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C G 911.13 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.199;QD=55.2197;RBI=0.0294333;REFB=-0.126702;REVB=0.0188973;RO=0;SAF=14;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76558e-08;STB=0.511079;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000620473;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:66:0:2:63:64:0.969697:49:14:0:0:49:15:1:1 chr1 914852 . G C 972.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4554;QD=58.9497;RBI=0.0839729;REFB=0;REVB=0.0698122;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858603;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:20:46:0:0:20:46:0:0 chr1 914876 . T C 1677.8 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.937;QD=60.4612;RBI=0.0373178;REFB=0;REVB=0.0367106;RO=0;SAF=76;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12547e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:109:111:1:33:76:0:0:35:76:0:0 chr1 914940 . T C 1699.34 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199124;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5919;QD=57.1206;RBI=0.203543;REFB=0;REVB=0.0421814;RO=0;SAF=8;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191576;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:101:119:0:0:100:119:1:92:8:0:0:93:26:0:0 chr1 915227 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.919;QD=51.9164;RBI=0.013303;REFB=0;REVB=-0.00542065;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176329;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr1 915861 . CT CG,C 220.0 PASS AF=0,0.666667;AO=3,25;DP=48;FAO=0,32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=0,1;FSAR=0,31;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00443551,0.143435;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=30.4331,12.4776;QD=18.3332;RBI=0.110697,0.157956;REFB=-0.000447554,-0.152977;REVB=-0.110608,0.0661553;RO=19;SAF=0,0;SAR=3,25;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496188,-0.827632;STB=0.5,0.67377;STBP=1,0.138;TYPE=snp,del;VARB=0,0.104435;OID=.,.;OPOS=915862,915862;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.666667:3,25:48:0,32:48:16:0,1:0,31:2:14:78:19:0,0:3,25:3:16 chr1 916549 . A G 1606.96 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4304;QD=64.2785;RBI=0.0420179;REFB=0;REVB=-0.00746258;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107261;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:60:40:0:0:60:40:0:0 chr1 935222 . C A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238979;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=313.51;QD=51.5087;RBI=0.0248679;REFB=0.0202807;REVB=0.00687753;RO=1;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189727;STB=0.510196;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-5.55381e-05;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:24:2:0:1:24:2:0:1 chr1 948921 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000240298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.364;QD=59.8392;RBI=0.0518088;REFB=0;REVB=0.0518082;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497817;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 949654 . A G 1212.32 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126868;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.799;QD=61.3835;RBI=0.035742;REFB=0;REVB=0.0334146;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154397;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr1 981931 . A G 837.08 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284115;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4258;QD=57.7298;RBI=0.0330832;REFB=0;REVB=0.0169494;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452682;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr1 982994 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.686;QD=60.974;RBI=0.131869;REFB=0;REVB=-0.100387;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307625;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr1 984302 . T C 1879.58 PASS AF=0.991935;AO=118;DP=119;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0830088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.55;QD=60.6315;RBI=0.0850024;REFB=-0.0848998;REVB=0.0183019;RO=0;SAF=39;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40809e-08;STB=0.503144;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000499405;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:124:0:1:118:123:0.991935:79:39:0:0:79:44:0:1 chr1 986443 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.983;QD=49.5992;RBI=0.0323495;REFB=0;REVB=0.0242653;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581894;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 987200 . C T 1217.4 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.844;QD=60.1184;RBI=0.0324546;REFB=-0.0575688;REVB=0.0318305;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346879;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:81:1:0:80:81:1:48:32:1:0:48:33:0:0 chr1 990280 . C G,T 2590.55 PASS AF=0.0176471,0.982353;AO=7,163;DP=170;FAO=3,167;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=0,89;FSAR=3,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254544,0.0441784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.282,95.4572;QD=60.9541;RBI=0.0260096,0.0522616;REFB=0,0;REVB=0.0053457,0.0279203;RO=0;SAF=0,89;SAR=7,74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0209167,0.00405511;OID=.,.;OPOS=990280,990280;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:170:170:0:0:7,163:3,167:0.0176471,0.982353:7,74:0,89:0:0:3,78:0,89:0:0 chr1 990806 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.007;QD=62.3509;RBI=0.0565301;REFB=0;REVB=0.040573;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150213;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 1007203 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.845;QD=33.4285;RBI=0.0102621;REFB=0;REVB=0.00413326;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44493e-05;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 1026707 . C A 1018.14 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00986808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.198;QD=56.5631;RBI=0.0152166;REFB=-0.129311;REVB=0.011583;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000669655;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:40:30:0:0:40:30:2:0 chr1 1147454 . C T 153.36 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0513235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6858;QD=15.7293;RBI=0.0604094;REFB=0.00214365;REVB=-0.0318622;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851303;STB=0.542119;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.000574367;OID=.;OPOS=1147454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:16:17:0.435897:9:7:11:10:9:8:12:10 chr1 1153113 . G A 1579.13 PASS AF=0.981651;AO=103;DP=106;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0543441;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.148;QD=57.9499;RBI=0.0544567;REFB=-0.0774967;REVB=0.00349995;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512818;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000804606;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:109:0:2:103:107:0.981651:69:34:0:0:69:38:2:0 chr1 1158562 . AAC A 554.34 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0368937;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.101;QD=44.3473;RBI=0.0877144;REFB=-0.040163;REVB=0.0795781;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.426;TYPE=del;VARB=0.00406666;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.96:48:51:48:50:2:34:14:2:0:3:0:34:14:0:0 chr1 1158631 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.538;QD=60.5472;RBI=0.0126308;REFB=0;REVB=-0.00648897;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05039e-06;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr1 1178245 . C T 2020.97 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264944;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5977;QD=60.7811;RBI=0.0511206;REFB=-0.171756;REVB=0.0437191;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500287;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00330248;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:134:133:0:2:131:131:0.984962:68:63:0:0:68:63:1:1 chr1 1178482 . A G 1380.77 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204267;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.414;QD=62.7621;RBI=0.0359754;REFB=0;REVB=-0.0296138;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9918e-05;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr1 1178925 . G A 1736.62 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0690066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.291;QD=59.3717;RBI=0.0799486;REFB=-0.0727982;REVB=0.0403715;RO=2;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139633;STB=0.503649;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00048011;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:117:2:1:115:116:0.991453:67:48:0:2:68:48:0:1 chr1 1242707 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0825;QD=40.7625;RBI=0.0126743;REFB=0;REVB=0.00387707;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522607;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 1246004 . A G 1087.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296678;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.314;QD=58.7589;RBI=0.0297815;REFB=0;REVB=0.00259977;RO=0;SAF=52;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261418;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:18:52:0:0:20:54:0:0 chr1 1246005 . T G 34.38 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=-0.0116363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.628;QD=1.76287;RBI=0.0119398;REFB=-0.0243124;REVB=0.00267523;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16113;STB=0.619299;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0132033;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:3:5:52:18:3:5:52:18 chr1 1246319 . G A 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00736225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9494;QD=20.5624;RBI=0.0395522;REFB=-0.0269906;REVB=-0.038861;RO=25;SAF=22;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412909;STB=0.730247;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0429795;OID=.;OPOS=1246319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:7:22:7:18:7:22:7:18 chr1 1254436 . A G 1572.15 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194388;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.66;QD=64.1693;RBI=0.0291219;REFB=0;REVB=0.029057;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70777e-05;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr1 1254443 . G A 1502.02 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187305;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.919;QD=59.4859;RBI=0.0226157;REFB=0;REVB=0.022538;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45456e-05;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:60:40:0:0:61:40:0:0 chr1 1254840 . GC G,GG 112.81 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,9;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253628,-0.013985;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.5042,41.1532;QD=41.0207;RBI=0.13109,0.0861719;REFB=0,0;REVB=-0.128613,-0.0850294;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.484988,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.115309,0.0386863;OID=.,.;OPOS=1254841,1254841;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:2,9:11:2,9:11:0:0,3:2,6:0:0:11:0:0,3:2,6:0:0 chr1 1262966 . C T 705.48 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.685;QD=61.346;RBI=0.124276;REFB=0;REVB=0.0154631;RO=1;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116049;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:35:10:0:1:36:10:0:0 chr1 1263144 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.268;QD=58.2429;RBI=0.0482999;REFB=-0.119681;REVB=0.044926;RO=1;SAF=4;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132108;STB=0.507039;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00411477;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:35:4:0:1:35:4:0:1 chr1 1269554 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.873;QD=62.671;RBI=0.0542902;REFB=0;REVB=0.0521517;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242415;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr1 1273116 . A G 2181.55 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389474;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2355;QD=63.2333;RBI=0.064736;REFB=0;REVB=-0.0517092;RO=0;SAF=42;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37325e-05;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:96:42:0:0:96:42:0:0 chr1 1277533 . T C 1450.06 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0416635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5349;QD=58.0023;RBI=0.0432775;REFB=-0.0360833;REVB=0.0117088;RO=5;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442478;STB=0.52336;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000897492;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:5:5:95:95:0.95:51:44:0:5:51:44:0:5 chr1 1310074 . C G 364.72 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631751;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.708;QD=56.1101;RBI=0.135103;REFB=0;REVB=0.119422;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614031;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:20:26:1:1:19:0:0:6:20:0:0 chr1 1361555 . T C 295.78 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0730381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.156;QD=20.3983;RBI=0.0747897;REFB=-0.0246894;REVB=-0.0160914;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645161;STB=0.563717;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0234312;OID=.;OPOS=1361555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:27:31:31:0.534483:18:13:12:12:18:13:15:12 chr1 1361633 . G A 121.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0391227;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.097;QD=19.3611;RBI=0.040655;REFB=-0.0314836;REVB=-0.0110565;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123714;STB=0.570367;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00994513;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:3:9:8:5:3:9 chr1 1361641 . C T 340.7 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.994;QD=54.5113;RBI=0.0120808;REFB=0;REVB=0.0116184;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9482e-05;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:20:25:1:10:10:0:0:15:10:0:0 chr1 1372668 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0293443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.042;QD=12.8608;RBI=0.0338326;REFB=-0.00131852;REVB=0.016839;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00149513;OID=.;OPOS=1372668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr1 1375810 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.58;QD=40.7629;RBI=0.0801201;REFB=0;REVB=0.021363;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100005;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr1 1376214 . C G 485.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.332;QD=57.1505;RBI=0.0884301;REFB=0;REVB=0.0830268;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583973;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:12:20:0:0:14:20:0:0 chr1 1376567 . A G 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.584;QD=64.4075;RBI=0.0392161;REFB=0;REVB=0.0237427;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70677e-05;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr1 1378173 . G A 416.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302931;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.812;QD=57.3879;RBI=0.0312871;REFB=0;REVB=0.00782373;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79591e-05;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr1 1378214 . G A 158.09 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00508613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1642;QD=25.2951;RBI=0.00846751;REFB=-0.0176721;REVB=-0.00676979;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684849;STB=0.538412;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00687596;OID=.;OPOS=1378214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:3:6:12:4:3:6 chr1 1396238 . G T 704.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.373;QD=61.2227;RBI=0.0815592;REFB=0;REVB=0.0796043;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361742;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:24:21:1:0:24:22:0:0 chr1 1418004 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7231;QD=57.3852;RBI=0.05228;REFB=0;REVB=-0.0502969;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220199;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 1421531 . C A 714.34 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8242;QD=60.7947;RBI=0.0496949;REFB=-0.146113;REVB=0.0408749;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.019859;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:0:1:24:22:0:1 chr1 1421991 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.88;QD=44.6898;RBI=0.0360732;REFB=0;REVB=0.0331455;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333985;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 1423267 . A G 663.82 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.211;QD=61.7503;RBI=0.00922529;REFB=0;REVB=0.00418075;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226804;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:17:26:0:0 chr1 1425700 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.952;QD=57.545;RBI=0.0355648;REFB=0;REVB=0.0229676;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42393e-05;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 1426003 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.786;QD=58.9611;RBI=0.0533321;REFB=0;REVB=0.0235392;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246135;OID=.;OPOS=1426003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:42:24:0:0 chr1 1479332 . CA C,CG 777.97 PASS AF=1,0;AO=22,27;DP=49;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591029,-0.512468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.7827,52.4806;QD=62.2377;RBI=0.0591481,0.515442;REFB=0,0;REVB=-0.00231247,-0.0552959;RO=0;SAF=0,22;SAR=22,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000568422,0;OID=.,.;OPOS=1479333,1479333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,27:49:50,0:50:0:22,0:28,0:0:0:4:0:0,22:22,5:0:0 chr1 1480226 . C T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0180921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.847;QD=15.6932;RBI=0.0188296;REFB=-0.0205596;REVB=-0.00521841;RO=41;SAF=24;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374258;STB=0.712092;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0460112;OID=.;OPOS=1480226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:8:24:16:25:8:24:16:25 chr1 1510724 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00544704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.559;QD=13.486;RBI=0.00548529;REFB=-0.00217764;REVB=-0.000646649;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00241786;OID=.;OPOS=1510724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr1 1510801 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0214;QD=42.1826;RBI=0.0451143;REFB=0;REVB=0.0448077;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245108;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 1511104 . G C 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3042;QD=56.4888;RBI=0.0312847;REFB=-0.114967;REVB=-0.0024301;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00301906;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:25:10:1:0:25:10:1:0 chr1 1551927 . T C 316.95 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0057772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.671;QD=17.8564;RBI=0.00580421;REFB=-0.0146808;REVB=-0.000559242;RO=37;SAF=24;SAR=10;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271277;STB=0.515143;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0158949;OID=.;OPOS=1551927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:10:24:27:10:10:24:27:10 chr1 1558792 . T C 697.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.817;QD=61.9708;RBI=0.0504184;REFB=0;REVB=0.00332357;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346271;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:22:23:0:0 chr1 1562437 . C G 397.05 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0206716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1363;QD=23.3559;RBI=0.0677689;REFB=-0.0193928;REVB=-0.0645393;RO=28;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137172;STB=0.513697;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0141416;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:29:39:39:0.573529:16:23:17:11:16:23:18:11 chr1 1571829 . A G 71.82 PASS AF=0.113208;AO=14;DP=158;FAO=18;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=141;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=-0.00931839;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.978;QD=1.80688;RBI=0.0101032;REFB=-0.00249326;REVB=0.00390422;RO=112;SAF=6;SAR=8;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214793;STB=0.595463;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0383492;OID=.;OPOS=1571829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:158:159:112:141:14:18:0.113208:8:6:68:44:10:8:78:63 chr1 1571841 . A C 50.72 PASS AF=0.0939597;AO=13;DP=148;FAO=14;FDP=149;FR=.;FRO=135;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=0.0150505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.739;QD=1.36162;RBI=0.0151321;REFB=0.000140479;REVB=-0.00156995;RO=133;SAF=5;SAR=8;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171871;STB=0.600618;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00120407;OID=.;OPOS=1571841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:148:149:133:135:13:14:0.0939597:8:5:71:62:8:6:73:62 chr1 1581508 . T C 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0128682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.759;QD=4.23798;RBI=0.0139293;REFB=0.0023268;REVB=0.00533247;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581394;STB=0.514677;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00795181;OID=.;OPOS=1581508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:45:47:10:10:0.175439:4:6:29:16:4:6:29:18 chr1 1588670 . G A 145.16 PASS AF=0.188406;AO=25;DP=140;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0250584;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.536;QD=4.20738;RBI=0.0367833;REFB=-0.0068625;REVB=-0.0269274;RO=105;SAF=9;SAR=16;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186262;STB=0.613313;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0241039;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:105:112:25:26:0.188406:16:9:53:52:17:9:54:58 chr1 1588717 . G A 132.48 PASS AF=0.163399;AO=25;DP=152;FAO=25;FDP=153;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.00606658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.52;QD=3.46339;RBI=0.00612222;REFB=0.00116913;REVB=-0.000823447;RO=127;SAF=10;SAR=15;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636831;STB=0.545418;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00764919;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:127:128:25:25:0.163399:15:10:57:70:15:10:58:70 chr1 1588737 . C T 108.63 PASS AF=0.145695;AO=22;DP=151;FAO=22;FDP=151;FR=.;FRO=129;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=0.0179643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.468;QD=2.87753;RBI=0.0192355;REFB=0.000210665;REVB=0.00687655;RO=129;SAF=7;SAR=15;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183237;STB=0.624489;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000240677;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:129:129:22:22:0.145695:15:7:59:70:15:7:59:70 chr1 1588743 . A T 108.0 PASS AF=0.144737;AO=22;DP=152;FAO=22;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=71;FWDB=-0.00284937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.155;QD=2.84201;RBI=0.0176361;REFB=-8.26478e-05;REVB=-0.0174044;RO=130;SAF=7;SAR=15;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178885;STB=0.621745;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000505404;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:130:130:22:22:0.144737:15:7:59:71:15:7:59:71 chr1 1588744 . AGCG A 108.73 PASS AF=0.150685;AO=21;DP=146;FAO=22;FDP=146;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.00903679;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=331.178;QD=2.9789;RBI=0.0114348;REFB=-0.00107967;REVB=-0.00700658;RO=120;SAF=6;SAR=15;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199855;STB=0.619154;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=0.0118962;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150685:21:146:22:146:124:7:15:56:68:99:120:6:15:52:68 chr1 1599888 . A G 41.9 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00208439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5158;QD=4.41017;RBI=0.0056083;REFB=-0.0106223;REVB=-0.00520657;RO=31;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521798;STB=0.53561;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0448307;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:5:2:10:21:5:2:10:21 chr1 1635004 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.002;QD=59.323;RBI=0.00813672;REFB=0;REVB=-0.00701226;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51375e-05;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr1 1635565 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00226164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.046;QD=8.06754;RBI=0.0230808;REFB=-0.0142913;REVB=-0.0229697;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779022;STB=0.548305;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0314248;OID=.;OPOS=1635565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:4:8:20:13:4:8:20:13 chr1 1635749 . C A 250.85 PASS AF=0.31;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.031704;FXX=0.0384578;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.879;QD=10.034;RBI=0.0317213;REFB=-0.0256522;REVB=-0.00104545;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809747;STB=0.526299;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0368477;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:50:66:31:31:0.31:12:19:27:23:12:19:38:28 chr1 1636044 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.084;QD=54.5177;RBI=0.036235;REFB=0;REVB=0.0358048;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015774;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 1636274 . C T 280.98 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0203469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.313;QD=35.1218;RBI=0.0204189;REFB=-0.0271742;REVB=0.00171319;RO=8;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962357;STB=0.552587;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00974269;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:10:14:3:5:10:14:3:5 chr1 1638925 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0225226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2949;QD=13.2126;RBI=0.024761;REFB=-0.0175477;REVB=0.0102879;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274841;STB=0.516106;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0162612;OID=.;OPOS=1638925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:10:12:8:6:10:12 chr1 1647814 . T C 793.87 PASS AF=0.429268;AO=88;DP=205;FAO=88;FDP=205;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=0.00622006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.444;QD=15.4901;RBI=0.00767245;REFB=0.00199804;REVB=-0.00449192;RO=117;SAF=41;SAR=47;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741965;STB=0.541357;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00277616;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:117:117:88:88:0.429268:47:41:63:54:47:41:63:54 chr1 1647871 . T C 660.95 PASS AF=0.404372;AO=73;DP=183;FAO=74;FDP=183;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.00620454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.148;QD=14.4469;RBI=0.0161381;REFB=-0.016294;REVB=-0.0148977;RO=110;SAF=33;SAR=40;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996576;STB=0.548659;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0245289;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:110:109:73:74:0.404372:40:33:60:50:40:34:59:50 chr1 1647893 . C CTTTCTT 362.28 PASS AF=0.322368;AO=41;DP=159;FAO=49;FDP=152;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.00562163;FXX=0.0256394;HRUN=3;LEN=6;MLLD=184.961;QD=9.53367;RBI=0.00567853;REFB=-0.0187042;REVB=0.000801859;RO=102;SAF=19;SAR=22;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915798;STB=0.516122;STBP=0.789;TYPE=ins;VARB=0.039748;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322368:41:159:49:152:103:25:24:55:48:99:102:19:22:55:47 chr1 1650787 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00776128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.223;QD=17.8005;RBI=0.00777525;REFB=-0.0170261;REVB=0.000465834;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683342;STB=0.538985;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0248411;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:14:10:7:13:14:10 chr1 1650797 . A G 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00235876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.874;QD=16.5034;RBI=0.0118993;REFB=-0.00442275;REVB=-0.0116632;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125;STB=0.515224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0024342;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:12:14:16:13:12:14:17:13 chr1 1650801 . T C 224.49 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00312957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.026;QD=15.2196;RBI=0.00412886;REFB=-0.00233242;REVB=0.0026932;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070653;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00304893;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:12:14:17:15:12:14:18:15 chr1 1650807 . T C 41.88 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.010795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4989;QD=2.74605;RBI=0.0562916;REFB=-0.0104039;REVB=-0.0552468;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696006;STB=0.540882;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0562554;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:52:53:8:8:0.131148:4:4:29:23:4:4:29:24 chr1 1650832 . A G 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00135883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.33;QD=18.163;RBI=0.026351;REFB=-0.00267525;REVB=0.0263159;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236221;STB=0.501319;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00253216;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:18:20:22:20:18:20:22:20 chr1 1650845 . G A 109.76 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0242996;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.562;QD=4.72085;RBI=0.0244391;REFB=0.00583479;REVB=0.00260738;RO=73;SAF=10;SAR=8;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270338;STB=0.528814;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00951768;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:73:75:18:18:0.193548:8:10:39:34:8:10:39:36 chr1 1654058 . C T 62.53 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0280518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.898;QD=3.20649;RBI=0.0322741;REFB=0.00872995;REVB=0.0159597;RO=66;SAF=9;SAR=3;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254107;STB=0.675745;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0200934;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:3:9:37:29:3:9:37:29 chr1 1654064 . A T 62.51 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0161193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.285;QD=3.20578;RBI=0.0262415;REFB=-0.00139309;REVB=-0.0207071;RO=66;SAF=9;SAR=3;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254107;STB=0.675745;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0093045;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:3:9:37:29:3:9:37:29 chr1 1654065 . AGCG A 63.63 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0166238;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.895;QD=3.34883;RBI=0.016984;REFB=-5.26119e-05;REVB=-0.00347966;RO=64;SAF=9;SAR=3;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252433;STB=0.673605;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.000202457;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:12:78:12:76:64:9:3:36:28:63:64:9:3:36:28 chr1 1683565 . G A 414.96 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000855353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.537;QD=30.1786;RBI=0.0189221;REFB=-0.0171065;REVB=-0.0189028;RO=17;SAF=22;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958739;STB=0.552096;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0111786;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:17:38:38:0.690909:16:22:7:10:16:22:7:10 chr1 1686040 . G T 321.76 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0233959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.572;QD=27.9789;RBI=0.0242883;REFB=-0.019768;REVB=0.0065235;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268812;STB=0.507807;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0118768;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:13:14:10:8:13:15:10:8 chr1 1823922 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.331;QD=52.613;RBI=0.0257735;REFB=0;REVB=0.0110975;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528976;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 1846765 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0114821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.957;QD=19.6925;RBI=0.0129194;REFB=-0.00708336;REVB=0.00592217;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860871;STB=0.548156;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00826012;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:14:11:14:12:14:11 chr1 1849529 . A G 277.19 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0144541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.878;QD=18.4794;RBI=0.0158838;REFB=-0.0231735;REVB=0.00658592;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118881;STB=0.566328;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.021103;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:14:16:12:18:14:16:12:18 chr1 1854109 . A G 182.87 PASS AF=0.392857;AO=23;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00928569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.652;QD=13.0621;RBI=0.0202325;REFB=-0.0113938;REVB=-0.0179758;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127438;STB=0.538045;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0129541;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:34:23:22:0.392857:14:9:16:15:13:9:16:18 chr1 1859131 . C T 638.68 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0130635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.185;QD=20.4376;RBI=0.013941;REFB=-0.0188282;REVB=-0.00486768;RO=61;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335246;STB=0.518466;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0132822;OID=.;OPOS=1859131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:37:27:28:33:37:27:28:33 chr1 1861582 . C T 318.42 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00177018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.985;QD=18.7303;RBI=0.0236156;REFB=-0.0339716;REVB=-0.0235491;RO=27;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21755;STB=0.660284;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0285927;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:34:33:34:0.5:11:22:11:16:12:22:11:23 chr1 1873514 . A G 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0167764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1471;QD=4.41847;RBI=0.031898;REFB=0.00291004;REVB=-0.0271299;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352833;STB=0.50767;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0200931;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:4:3:12:18:4:3:13:18 chr1 1873525 . T C 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00166402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1546;QD=5.69648;RBI=0.026332;REFB=-0.0106597;REVB=-0.0262794;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116546;STB=0.576097;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0296438;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:6:3:14:19:6:3:14:19 chr1 1875858 . CA GG 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0562234;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.178;QD=8.24623;RBI=0.0567069;REFB=-0.0152217;REVB=-0.00738971;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519455;STB=0.81321;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.0365495;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:3:12:2:5:3:12 chr1 1887019 . A G 429.17 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.901;QD=57.2229;RBI=0.0359464;REFB=0;REVB=0.0331366;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106123;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr1 1887089 . ACCG ACC,ACG,CACC 72.0 PASS AF=0.529412,0,0;AO=4,2,4;DP=18;FAO=9,0,0;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.011037,4.9855e-05,-0.0113029;FXX=0.0555247;HRUN=1,2,1;LEN=1,1,4;MLLD=157.182,18.1873,145.922;QD=16.9402;RBI=0.0682511,0.0738603,0.0695188;REFB=-0.0236645,-0.0387289,-0.0269419;REVB=0.0673528,-0.0738602,0.0685938;RO=7;SAF=0,1,0;SAR=4,1,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.639247,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0259475,0,0;OID=.,.,.;OPOS=1887092,1887090,1887089;OREF=G,C,ACCG;OALT=-,-,CACC;OMAPALT=ACC,ACG,CACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:17:7:8:4,2,4:9,0,0:0.529412,0,0:4,1,4:0,1,0:0:7:9,0,0:0,0,0:0:8 chr1 1887111 . GC G 55.94 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0372488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.9701;QD=9.3225;RBI=0.110439;REFB=-0.134105;REVB=-0.103968;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0.23208;SSEP=0;SSSB=-0.0443574;STB=0.542088;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.129646;OID=.;OPOS=1887112;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:23:11:24:13:2:9:3:10:55:13:2:8:3:10 chr1 1887245 . G A 437.64 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0201197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8571;QD=21.3484;RBI=0.0402739;REFB=-0.0126695;REVB=-0.0348882;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276009;STB=0.513986;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00952199;OID=.;OPOS=1887245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:39:43:43:0.52439:23:20:16:21:23:20:17:22 chr1 1888193 . C A 717.92 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00327047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.601;QD=22.9734;RBI=0.00922018;REFB=-0.00393939;REVB=0.00862065;RO=56;SAF=36;SAR=33;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616161;STB=0.533694;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00363734;OID=.;OPOS=1888193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:33:36:25:31:33:36:25:31 chr1 1896440 . G A 511.44 PASS AF=0.571429;AO=46;DP=82;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00227712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1107;QD=24.3543;RBI=0.0023868;REFB=-0.0112006;REVB=-0.000715213;RO=36;SAF=16;SAR=30;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256577;STB=0.624948;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00832041;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:36:36:46:48:0.571429:30:16:24:12:30:18:24:12 chr1 1900106 . T TCTC 429.31 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0012197;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.54;QD=15.3324;RBI=0.00348367;REFB=-0.0139574;REVB=-0.00326317;RO=65;SAF=25;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449308;STB=0.529727;STBP=0.618;TYPE=ins;VARB=0.0174543;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:48:116:48:112:64:25:23:30:34:99:65:25:23:31:34 chr1 1900232 . T C 238.7 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00278794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.801;QD=14.0409;RBI=0.00589512;REFB=-0.0109927;REVB=-0.00519421;RO=40;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120131;STB=0.568913;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0111449;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:22:6:12:28:22:6:12:28 chr1 1916890 . C T 1198.69 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420648;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.736;QD=61.4715;RBI=0.0488296;REFB=0;REVB=0.0247968;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039751;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr1 1957037 . T C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0620951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.948;QD=8.508;RBI=0.0623709;REFB=-0.0108398;REVB=-0.00585932;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041764;STB=0.525649;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0243026;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:14:17:7:5:14:17 chr1 1960674 . C T 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0401187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9049;QD=20.0708;RBI=0.0403167;REFB=-0.0283922;REVB=-0.00399045;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114389;STB=0.506348;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0254493;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:16:18:16:15:16:18:16:15 chr1 1987993 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.869;QD=59.017;RBI=0.0299595;REFB=0;REVB=0.00741988;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158322;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr1 1991014 . A G 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00247269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.926;QD=16.4181;RBI=0.0228864;REFB=-0.012601;REVB=-0.0227524;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297879;STB=0.665581;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156471;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:19:29:17:41:19:29:17:41 chr1 2005740 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.774;QD=42.1826;RBI=0.0129882;REFB=0;REVB=0.0127292;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259176;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 2113565 . T G 160.36 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00187823;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.921;QD=10.1815;RBI=0.00367738;REFB=-0.00797919;REVB=-0.00316154;RO=44;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434226;STB=0.743948;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0119314;OID=.;OPOS=2113565;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:44:42:21:21:0.333333:5:16:17:27:5:16:17:25 chr1 2144788 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0159899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.809;QD=12.0206;RBI=0.0371366;REFB=-0.0127069;REVB=-0.0335179;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184108;STB=0.609591;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0271661;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:14:11:4:10:14:11 chr1 2144982 . G T 916.31 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.773;QD=56.3885;RBI=0.0686956;REFB=-0.062964;REVB=0.0595849;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228828;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:63:65:1:33:30:0:1:35:30:0:0 chr1 2145524 . G A 179.12 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0340696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.409;QD=18.8548;RBI=0.0409377;REFB=-0.0165207;REVB=-0.0226971;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.555495;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0144577;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:18:16:18:0.473684:7:9:7:9:9:9:7:11 chr1 2340200 . T C 1065.98 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000530052;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1062;QD=60.0551;RBI=0.0120885;REFB=0;REVB=-0.0120768;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87226e-05;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr1 2399119 . A G 648.05 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00340424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.398;QD=20.0947;RBI=0.00628444;REFB=-0.00715991;REVB=-0.00528254;RO=64;SAF=36;SAR=29;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487221;STB=0.526863;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00708715;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:29:36:32:32:29:36:32:32 chr1 2418625 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0477;QD=56.7016;RBI=0.0285847;REFB=0;REVB=0.0115438;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061838;OID=.;OPOS=2418625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr1 2430617 . C T 1049.35 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152665;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.998;QD=59.9627;RBI=0.0221974;REFB=0;REVB=-0.0161139;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77729e-05;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr1 2433900 . C T 313.35 PASS AF=0.96;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.866;QD=50.1362;RBI=0.0438347;REFB=-0.120831;REVB=0.0354259;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00220382;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:21:24:0.96:6:15:0:0:6:18:1:0 chr1 2434077 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 35.99 PASS AF=0.368421,0,0;AO=3,3,3;DP=23;FAO=7,0,0;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0395543,0.0871373,0.136611;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=25.7414,14.1783,20.4922;QD=7.57726;RBI=0.0573308,0.28974,0.293508;REFB=-0.0613153,-0.0310383,0.028709;REVB=-0.0415003,-0.276327,-0.259778;RO=11;SAF=1,0,2;SAR=2,3,1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.136146,-0.630413,0.228941;STB=0.681208,0.5,0.5;STBP=0.314,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0760739,0,0;OID=.,.,.;OPOS=2434082,2434078,2434082;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0,0:3,3,3:23:7,0,0:19:12:1,0,0:6,0,0:4:8:34:11:1,0,2:2,3,1:5:6 chr1 2441358 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0182719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.028;QD=18.6371;RBI=0.0322212;REFB=-0.00187127;REVB=-0.0265395;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596367;STB=0.533857;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00183729;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:5:11:10:6:5:11 chr1 2452569 . T C 1516.24 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4442;QD=56.6817;RBI=0.0288566;REFB=-0.0344208;REVB=-0.002802;RO=2;SAF=45;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258501;STB=0.501362;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00108676;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:60:45:1:1:60:45:1:1 chr1 2488153 . A G 1170.37 PASS AF=0.420712;AO=130;DP=309;FAO=130;FDP=309;FR=.;FRO=179;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=75;FSRR=104;FWDB=-0.0106239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.459;QD=15.1504;RBI=0.0117855;REFB=-0.00582566;REVB=-0.00510208;RO=179;SAF=69;SAR=61;SRF=75;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11583;STB=0.56447;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00697749;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:179:179:130:130:0.420712:61:69:75:104:61:69:75:104 chr1 2490898 . C A,G 385.7 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=25,2;DP=27;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286739,-0.00629499;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.975,171.842;QD=55.0999;RBI=0.0288451,0.0126523;REFB=0,0;REVB=-0.00313828,0.0109751;RO=0;SAF=23,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.34264e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138598,-0.00918289;OID=.,.;OPOS=2490898,2490898;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:28:0:0:25,2:26,2:0.928571,0.0714286:2,0:23,2:0:0:2,0:24,2:0:0 chr1 2490942 . C A 317.62 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0302528;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5246;QD=23.9716;RBI=0.0555791;REFB=-0.0594426;REVB=0.046624;RO=20;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11816;STB=0.565997;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0569616;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:31:32:0.603774:16:15:13:7:16:16:14:7 chr1 2491205 . C T 1902.85 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650463;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.077;QD=61.8814;RBI=0.0149443;REFB=0;REVB=0.0134545;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24797e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr1 2491306 . G A 569.61 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0525005;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5537;QD=20.3431;RBI=0.0691594;REFB=-0.0184027;REVB=0.045019;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050581;STB=0.517851;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0279959;OID=.;OPOS=2491306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:50:54:58:58:0.517857:29:29:28:22:29:29:29:25 chr1 2494330 . G A 111.58 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0368741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.151;QD=15.9402;RBI=0.0383652;REFB=-0.0303886;REVB=-0.010592;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472555;STB=0.799399;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0316823;OID=.;OPOS=2494330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:12:1:5:8:12:1:6:9 chr1 2526746 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0495747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.333;QD=16.8228;RBI=0.0496249;REFB=-0.00758701;REVB=-0.00223172;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00216544;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:5:2:3:1:5:2:4:1 chr1 2535613 . C A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0157089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.466;QD=13.8995;RBI=0.0322008;REFB=-0.0220345;REVB=0.0281091;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.592028;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0354463;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:15:9:18:15:15:9:18:16 chr1 2541269 . A G 291.62 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0141405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6021;QD=19.4413;RBI=0.0241948;REFB=-0.0156517;REVB=-0.0196325;RO=28;SAF=5;SAR=26;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169116;STB=0.612713;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0102411;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:26:5:8:20:26:5:9:20 chr1 2560882 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00801504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.432;QD=11.8413;RBI=0.0564296;REFB=-0.0251429;REVB=0.0558575;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140073;STB=0.580935;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0172496;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:17:22:10:13:17:22 chr1 2560903 . T G 184.96 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.000108469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.628;QD=12.1288;RBI=0.000602819;REFB=-0.0132521;REVB=-0.00059298;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902594;STB=0.58554;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0174173;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:38:22:23:0.377049:12:10:13:22:12:11:13:25 chr1 2573199 . A G 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.829;QD=60.9515;RBI=0.0126774;REFB=0;REVB=0.0116788;RO=0;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49307e-06;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:76:40:0:0:76:40:0:0 chr1 2983963 . G A 753.0 PASS AF=0.390135;AO=87;DP=223;FAO=87;FDP=223;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=0.00888619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8318;QD=13.5067;RBI=0.0117514;REFB=-0.0253922;REVB=-0.00768963;RO=136;SAF=54;SAR=33;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14921;STB=0.584101;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0510306;OID=.;OPOS=2983963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:136:136:87:87:0.390135:33:54:66:70:33:54:66:70 chr1 2984087 . C A 707.26 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0477855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.718;QD=28.2902;RBI=0.0497637;REFB=-0.0378781;REVB=0.0138916;RO=39;SAF=23;SAR=38;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138498;STB=0.507528;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0211636;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:38:23:14:25:38:23:14:25 chr1 2985885 . C G 128.88 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.104492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1266;QD=13.5664;RBI=0.109677;REFB=0.00201995;REVB=-0.0333216;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423692;STB=0.561719;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0008809;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:23:13:15:0.394737:9:4:7:16:9:6:7:16 chr1 3328358 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.153;QD=37.4883;RBI=0.135382;REFB=0;REVB=-0.134702;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00640102;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 3328659 . C T 383.36 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00607915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2072;QD=13.6913;RBI=0.00904538;REFB=0.00347033;REVB=0.00669798;RO=67;SAF=16;SAR=29;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255382;STB=0.64438;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00481568;OID=.;OPOS=3328659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:29:16:40:27:29:16:40:27 chr1 3328728 . CGG C,CG 326.14 PASS AF=0.163265,0.836735;AO=8,23;DP=45;FAO=8,41;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=8,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416739,-0.0722392;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=10.2276,8.86364;QD=26.6235;RBI=0.0680995,0.129675;REFB=0,0;REVB=-0.0538593,-0.10769;RO=1;SAF=0,0;SAR=8,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803989,-0.865825;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0626385,-0.0891875;OID=.,.;OPOS=3328729,3328729;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.163265,0.836735:8,23:45:8,41:49:0:0,7:8,34:0:0:12:1:0,0:8,23:1:0 chr1 3352009 . G A 946.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.878;QD=58.2218;RBI=0.101846;REFB=0;REVB=0.00375266;RO=0;SAF=9;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184719;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:55:9:0:0:55:10:0:0 chr1 3353890 . A G 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.929;QD=62.6119;RBI=0.0157872;REFB=0;REVB=-0.00533303;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80331e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr1 3353949 . A G 1607.03 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.081;QD=64.2812;RBI=0.0128744;REFB=0;REVB=0.00474066;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12877e-05;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr1 3354595 . T C 1380.22 PASS AF=0.951923;AO=98;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0240049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.78;QD=53.0854;RBI=0.0494202;REFB=-0.0646532;REVB=-0.0431986;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522931;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000499145;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:104:104:0:5:98:99:0.951923:52:46:0:0:52:47:0:5 chr1 3354615 . T C 1365.77 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0144056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.09;QD=58.118;RBI=0.0149226;REFB=-0.154128;REVB=-0.00389381;RO=4;SAF=45;SAR=45;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201395;STB=0.510636;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000413944;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:4:4:90:90:0.957447:45:45:3:1:45:45:3:1 chr1 3380057 . G A 796.6 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=178;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.0227009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6464;QD=17.9012;RBI=0.0292151;REFB=0.00605816;REVB=-0.01839;RO=95;SAF=40;SAR=43;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123677;STB=0.568368;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00694296;OID=.;OPOS=3380057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:95:83:83:0.466292:43:40:58:37:43:40:58:37 chr1 3383898 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.344;QD=60.0765;RBI=0.0281681;REFB=0;REVB=0.00150039;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78419e-05;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr1 3389727 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00596995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.162;QD=16.9232;RBI=0.0253865;REFB=-0.008092;REVB=0.0246746;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100293;STB=0.556227;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00882256;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:23:17:18:16:23:17 chr1 3394456 . T C 723.55 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.642;QD=56.7486;RBI=0.0224316;REFB=0;REVB=-0.022403;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88198e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr1 3395039 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0107887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.742;QD=19.6924;RBI=0.0109858;REFB=-0.00638881;REVB=0.00207165;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258656;STB=0.644804;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0056705;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:17:9:16:9:17:9:16:9 chr1 3414105 . C T 295.54 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0313368;FXX=0.0461467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.9595;QD=19.0674;RBI=0.0313468;REFB=-0.0129473;REVB=-0.000789982;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11609;STB=0.564812;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0157462;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:31:31:31:31:0.5:13:18:14:17:13:18:14:17 chr1 3416449 . C A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0245267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.545;QD=16.6181;RBI=0.0359782;REFB=-0.0334239;REVB=0.0263224;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288886;STB=0.516393;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0348812;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:15:13:10:13:15:13 chr1 3428160 . T G 428.02 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0196992;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.983;QD=21.9498;RBI=0.0238378;REFB=-0.0308039;REVB=-0.0134233;RO=36;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103075;STB=0.505686;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0135684;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:36:42:42:0.538462:17:25:21:15:17:25:21:15 chr1 3428608 . G A 462.79 PASS AF=0.451327;AO=26;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0165651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.194;QD=16.3818;RBI=0.0185042;REFB=-0.0501056;REVB=0.00824645;RO=42;SAF=22;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382673;STB=0.551382;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0461966;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:42:62:26:51:0.451327:4:22:24:18:24:27:27:35 chr1 3496479 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00856635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.328;QD=11.8298;RBI=0.00955085;REFB=-0.0193459;REVB=-0.00422332;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105067;STB=0.562387;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0265289;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:10:8:6:5:10:8 chr1 3511934 . A G 222.68 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00248943;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.474;QD=12.3711;RBI=0.0267523;REFB=-0.0204913;REVB=-0.0266362;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741564;STB=0.542556;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0394832;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:12:15:28:17:12:15:28:17 chr1 3545612 . A G 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.45;QD=58.7792;RBI=0.0254201;REFB=0;REVB=0.0146606;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87067e-05;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 3548136 . T C 1476.53 PASS AF=0.989474;AO=83;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.828;QD=62.1697;RBI=0.0482943;REFB=-0.0419963;REVB=0.0221572;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000287506;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:83:94:0.989474:34:49:0:0:41:53:0:1 chr1 3607520 . G A 925.3 PASS AF=0.383513;AO=107;DP=280;FAO=107;FDP=279;FR=.;FRO=172;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=104;FWDB=-0.0200882;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.463;QD=13.266;RBI=0.0274804;REFB=-0.00743024;REVB=0.018752;RO=172;SAF=48;SAR=59;SRF=68;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594004;STB=0.5334;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0119218;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:172:172:107:107:0.383513:59:48:68:104:59:48:68:104 chr1 3703710 . G A 504.09 PASS AF=0.5875;AO=42;DP=76;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0307195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2803;QD=25.2044;RBI=0.123629;REFB=-0.0326149;REVB=0.119751;RO=33;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224636;STB=0.623901;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0488928;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:33:33:42:47:0.5875:28:14:20:13:32:15:20:13 chr1 3731965 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0010941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.699;QD=16.7314;RBI=0.0395922;REFB=-0.00296506;REVB=0.0395771;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263964;STB=0.501483;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00457396;OID=.;OPOS=3731965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:21:15:13:18:21:15 chr1 3743319 . G A 276.08 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00797349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.823;QD=20.4501;RBI=0.0215624;REFB=-0.00375466;REVB=0.020034;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123668;STB=0.584947;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00391644;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:25:28:29:0.537037:18:10:12:12:19:10:13:12 chr1 3751622 . C T 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0295234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.082;QD=29.9649;RBI=0.0295262;REFB=-0.00945113;REVB=-0.000401991;RO=13;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606681;STB=0.533307;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00780511;OID=.;OPOS=3751622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:15:10:4:9:15:10:4:9 chr1 3753136 . A T 511.93 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0194388;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.357;QD=23.8106;RBI=0.0259632;REFB=-0.0148133;REVB=0.0172111;RO=37;SAF=12;SAR=36;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149985;STB=0.578537;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00981741;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:37:38:48:48:0.55814:36:12:15:22:36:12:15:23 chr1 3755675 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.069;QD=56.9381;RBI=0.0394543;REFB=0;REVB=0.0183605;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165741;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr1 3759784 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.689;QD=62.4655;RBI=0.0398263;REFB=0;REVB=0.0214538;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52192e-05;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr1 3761479 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0168054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.853;QD=18.6423;RBI=0.0295148;REFB=-0.00213161;REVB=-0.0242632;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518891;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00250559;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:9:15:12:9:9:15 chr1 3786189 . G A 558.68 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.000787377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.438;QD=20.3155;RBI=0.00393025;REFB=-0.0129744;REVB=0.00385057;RO=52;SAF=16;SAR=41;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483346;STB=0.534087;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00983281;OID=.;OPOS=3786189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:53:57:57:0.518182:41:16:17:35:41:16:18:35 chr1 3800118 . A G 416.82 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0266147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6435;QD=25.2616;RBI=0.0332597;REFB=-0.0181732;REVB=-0.0199467;RO=26;SAF=27;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217627;STB=0.619401;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0105435;OID=.;OPOS=3800118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:13:27:10:16:13:27:10:16 chr1 3800242 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00748577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.31;QD=13.336;RBI=0.0275016;REFB=0.000520861;REVB=0.0264632;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189194;STB=0.609619;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000997637;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:17:7:7:8:17:7 chr1 4772053 . T C 261.97 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0678209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6094;QD=12.4749;RBI=0.0696233;REFB=-0.0215562;REVB=-0.0157393;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137324;STB=0.563512;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0264433;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:53:31:31:0.369048:15:16:19:30:15:16:22:31 chr1 4772717 . G A 347.12 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.000168738;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.468;QD=16.9327;RBI=0.0331125;REFB=-0.00462845;REVB=0.0331121;RO=44;SAF=8;SAR=29;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377815;STB=0.709292;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00798703;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:29:8:25:19:29:8:25:20 chr1 4847845 . G A 117.68 PASS AF=0.387097;AO=2;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0579119;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.892;QD=15.1843;RBI=0.114537;REFB=-0.0319983;REVB=-0.0988173;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590874;STB=0.576783;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0364788;OID=.;OPOS=4847845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:8:16:2:12:0.387097:0:2:4:4:10:2:4:12 chr1 5624154 . G A 405.59 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0107904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.737;QD=19.7848;RBI=0.0111779;REFB=-0.0205611;REVB=-0.00291776;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775422;STB=0.536524;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0198791;OID=.;OPOS=5624154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:20:21:17:23:20:21:18:23 chr1 5926507 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0072754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.266;QD=17.7534;RBI=0.0188044;REFB=-0.0154679;REVB=-0.0173399;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286599;STB=0.516116;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0151442;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:17:10:10:15:17:10 chr1 5935162 . A T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.673;QD=49.5992;RBI=0.0815292;REFB=0;REVB=0.0812549;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134293;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 5937168 . G A 654.11 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.0506159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5255;QD=14.8661;RBI=0.0583273;REFB=-0.0134388;REVB=-0.0289847;RO=103;SAF=42;SAR=31;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642028;STB=0.535991;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0249227;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:103:103:73:73:0.414773:31:42:53:50:31:42:53:50 chr1 5937327 . C T 921.95 PASS AF=0.460094;AO=98;DP=213;FAO=98;FDP=213;FR=.;FRO=115;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.00732641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.603;QD=17.3136;RBI=0.00911001;REFB=-0.0122698;REVB=0.00541444;RO=115;SAF=38;SAR=60;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389579;STB=0.521578;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0166383;OID=.;OPOS=5937327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:115:115:98:98:0.460094:60:38:49:66:60:38:49:66 chr1 5948677 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.268;QD=61.5112;RBI=0.0205472;REFB=-0.0444217;REVB=-0.0098564;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000597602;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:0:1:20:28:0:1 chr1 5965381 . C T 254.27 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0244449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.919;QD=15.8918;RBI=0.0259588;REFB=-0.0111577;REVB=-0.0087353;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121208;STB=0.555517;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.014073;OID=.;OPOS=5965381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:17:11:18:17:17:12:18:17 chr1 6008220 . G A 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0180351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.787;QD=11.5908;RBI=0.0269356;REFB=-0.00973112;REVB=-0.0200066;RO=44;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281331;STB=0.516266;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0177409;OID=.;OPOS=6008220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:13:12:20:24:13:12:20:24 chr1 6162054 . T C 128.51 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00180505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5232;QD=10.7089;RBI=0.0179252;REFB=-0.0117074;REVB=-0.0178341;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237509;STB=0.599867;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0275027;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:32:15:16:0.333333:12:3:11:19:12:4:12:20 chr1 6162355 . A T 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.018121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.353;QD=20.4555;RBI=0.0517762;REFB=-0.0177592;REVB=0.0485016;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464767;STB=0.526285;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00958005;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:7:8:10:7:7:8 chr1 6162407 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00050419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.297;QD=53.2771;RBI=0.0053776;REFB=0;REVB=0.00535391;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20279e-05;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 6163065 . G A 267.68 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0363145;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.541;QD=13.5534;RBI=0.0403884;REFB=-0.0038499;REVB=-0.0176772;RO=48;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340049;STB=0.693672;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0154813;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:10:21:17:31:10:21:17:31 chr1 6165419 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0274322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.629;QD=13.2308;RBI=0.0278692;REFB=-0.0188693;REVB=-0.00491578;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402461;STB=0.523532;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0289462;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:13:16:10:7:13:16 chr1 6166811 . G A 354.03 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0621964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2638;QD=29.5024;RBI=0.0672015;REFB=-0.0368729;REVB=0.0254492;RO=18;SAF=7;SAR=23;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178845;STB=0.598887;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0170289;OID=.;OPOS=6166811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:23:7:8:10:23:7:8:10 chr1 6184092 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.388;QD=57.0005;RBI=0.0245619;REFB=0;REVB=-0.0230718;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177823;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr1 6190315 . C T 553.65 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00416344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.642;QD=22.1459;RBI=0.00688739;REFB=-0.0108428;REVB=0.00548652;RO=48;SAF=33;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662461;STB=0.536571;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.011246;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:19:33:27:21:19:33:27:21 chr1 6196869 . A G 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0750901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6692;QD=58.7724;RBI=0.0940859;REFB=0;REVB=0.0566889;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181297;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr1 6202245 . G A 533.58 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.000302079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.232;QD=19.9468;RBI=0.0136103;REFB=-0.0048036;REVB=-0.013607;RO=52;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157659;STB=0.586815;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00271344;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:30:25:33:19:30:25:33:19 chr1 6209363 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5666;QD=56.1913;RBI=0.050731;REFB=0;REVB=0.0501329;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105128;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 6211183 . G A 858.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2114;QD=57.2588;RBI=0.0900566;REFB=0;REVB=0.0479;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105378;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:28:32:0:0 chr1 6278414 . A G 270.1 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00976325;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.587;QD=18.9546;RBI=0.0151381;REFB=-0.0089034;REVB=0.011569;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139099;STB=0.577564;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00913397;OID=.;OPOS=6278414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:13:16:11:17:13:16:11:17 chr1 6279370 . G C 396.29 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0126132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0285;QD=25.9863;RBI=0.18378;REFB=-0.0116672;REVB=0.183347;RO=23;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105005;STB=0.557347;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00870248;OID=.;OPOS=6279370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:19:19:15:8:19:19:15:8 chr1 6283547 . GA G 118.63 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.083875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.8939;QD=10.7844;RBI=0.0838814;REFB=-0.0260806;REVB=-0.00103415;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238914;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=del;VARB=0.028303;OID=.;OPOS=6283548;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:21:44:20:44:24:11:9:13:11:99:22:12:9:12:10 chr1 6292127 . G A 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00910038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.951;QD=17.9415;RBI=0.009358;REFB=-0.00273349;REVB=0.00218065;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254643;STB=0.659537;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00196034;OID=.;OPOS=6292127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:10:9:4:16:10:9:4:18 chr1 6308923 . TCCCCCC TCCCCCA,TCCCCC 341.75 PASS AF=0.55814,0.348837;AO=19,8;DP=44;FAO=24,15;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=11,7;FSAR=13,8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0242948,-0.204546;FXX=0.0444346;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=223.735,4.79118;QD=31.7908;RBI=0.0243443,0.206056;REFB=-0.012219,-0.0248248;REVB=0.00155123,-0.0248984;RO=8;SAF=6,4;SAR=13,4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0361417,0.105859;STB=0.505983,0.507033;STBP=0.913,0.914;TYPE=snp,del;VARB=0.00723822,0.160455;OID=.,.;OPOS=6308929,6308924;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.55814,0.348837:19,8:44:24,15:43:4:11,7:13,8:2:2:79:8:6,4:13,4:3:5 chr1 6313938 . C T 301.57 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0193338;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.727;QD=16.5245;RBI=0.0239207;REFB=-0.0141465;REVB=0.0140856;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830701;STB=0.546639;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0145069;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:24:16:16:17:24:16 chr1 6314822 . T C 619.51 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0134373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5191;QD=27.231;RBI=0.0161372;REFB=-0.0257736;REVB=-0.00893575;RO=36;SAF=27;SAR=28;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107331;STB=0.558415;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0121244;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:28:27:23:13:28:27:23:13 chr1 6473294 . A G 496.08 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0168436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6527;QD=34.8124;RBI=0.0769366;REFB=-0.0415147;REVB=-0.0750702;RO=14;SAF=14;SAR=29;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186863;STB=0.600988;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0178199;OID=.;OPOS=6473294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:29:14:10:4:29:14:10:4 chr1 6501044 . C G 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00194253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.679;QD=23.7299;RBI=0.00959037;REFB=-0.029081;REVB=-0.00939158;RO=38;SAF=31;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797371;STB=0.543841;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0198011;OID=.;OPOS=6501044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:17:31:21:17:17:31:21:17 chr1 6592630 . A G 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.010866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.439;QD=15.0642;RBI=0.0111099;REFB=0.000871454;REVB=-0.00231533;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421879;STB=0.502391;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00103291;OID=.;OPOS=6592630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:18:17:13:14:18:17 chr1 6614230 . G A 481.17 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0105254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0284;QD=15.9064;RBI=0.0835995;REFB=-0.00946934;REVB=0.0829342;RO=66;SAF=32;SAR=21;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181753;STB=0.508172;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.016028;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:68:53:53:0.438017:21:32:41:25:21:32:42:26 chr1 6614391 . A C 130.49 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.708;QD=43.4964;RBI=0.0982028;REFB=0;REVB=0.0612378;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024701;OID=.;OPOS=6614391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:10:2:0:0 chr1 6614535 . G A 173.26 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0139417;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0465;QD=17.7699;RBI=0.0449225;REFB=-0.0320191;REVB=0.0427043;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502545;STB=0.786203;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0205439;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:4:14:5:16:4:14:5:16 chr1 6635231 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1256;QD=50.4124;RBI=0.0660685;REFB=0;REVB=-0.0638788;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169567;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 6635306 . G A 1212.31 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594317;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.684;QD=61.3828;RBI=0.0608353;REFB=0;REVB=-0.0129924;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135034;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 207.75 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00399311;FXX=0.0632831;HRUN=2;LEN=9;MLLD=320.77;QD=11.2299;RBI=0.0212209;REFB=-0.00621844;REVB=0.0208418;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557167;STB=0.54466;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.00855865;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:32:74:32:74:42:17:15:19:23:99:36:17:15:17:19 chr1 6695244 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0428636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.104;QD=17.3781;RBI=0.0512806;REFB=-0.0194745;REVB=-0.0281499;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0132885;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:2:8:8:3:2:8 chr1 7111540 . T C 459.01 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0110993;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.835;QD=20.6295;RBI=0.0447579;REFB=-0.00168031;REVB=-0.0433598;RO=44;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353679;STB=0.519562;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00144277;OID=.;OPOS=7111540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:17:28:29:15:17:28:29:15 chr1 7723593 . A G 179.62 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00421038;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0667;QD=14.9687;RBI=0.0143262;REFB=-0.00979016;REVB=-0.0136935;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243515;STB=0.63144;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0162785;OID=.;OPOS=7723593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:29:19:19:0.395833:7:12:12:18:7:12:12:17 chr1 7797503 . C G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00376552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.018;QD=15.7844;RBI=0.0324431;REFB=-0.0149951;REVB=-0.0322238;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667651;STB=0.538408;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.020573;OID=.;OPOS=7797503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:12:5:5:9:12:5 chr1 7870048 . T C,G 1242.36 PASS AF=0.963415,0.0365854;AO=79,3;DP=82;FAO=79,3;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=43,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227221,0.00956594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.7025,111.492;QD=60.603;RBI=0.0250315,0.0282383;REFB=0,0;REVB=-0.0105015,-0.0265687;RO=0;SAF=36,0;SAR=43,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00264296,0.134588;OID=.,.;OPOS=7870048,7870048;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:82:0:0:79,3:79,3:0.963415,0.0365854:43,3:36,0:0:0:43,3:36,0:0:0 chr1 7887248 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.245;QD=59.8558;RBI=0.0333819;REFB=0;REVB=-0.00207615;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46914e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr1 7887404 . C T 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0169581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.196;QD=19.6183;RBI=0.0173936;REFB=-0.0198967;REVB=0.00386784;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863182;STB=0.548014;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0163533;OID=.;OPOS=7887404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:23:14:17:19:23:14:17:19 chr1 7887493 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.166;QD=58.7817;RBI=0.0532571;REFB=0;REVB=0.0465407;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323058;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 7889941 . C T 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.223;QD=62.7595;RBI=0.052469;REFB=0;REVB=0.0452006;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161609;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:32:57:0:0:32:57:0:0 chr1 7890053 . G A 52.87 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0963192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6528;QD=7.04876;RBI=0.100944;REFB=-0.0355696;REVB=-0.0302057;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273682;STB=0.680017;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0793501;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:7:1:6:16:7:1:6:16 chr1 7890055 . T A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.085885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8296;QD=7.04767;RBI=0.0860524;REFB=0.00433383;REVB=-0.00536459;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289512;STB=0.680017;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.024448;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:7:1:6:15:7:1:6:16 chr1 7906476 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.331;QD=54.5176;RBI=0.0240425;REFB=0;REVB=0.0216112;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691925;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 7913430 . G A 226.17 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0106455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.309;QD=17.0695;RBI=0.0371682;REFB=0.00587337;REVB=-0.0356111;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25311;STB=0.641904;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0156185;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:8:20:11:14:8:20 chr1 7990367 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0097998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.72;QD=8.08967;RBI=0.0203;REFB=-0.00860848;REVB=0.0177779;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146858;STB=0.589561;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0212862;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:17:5:3:6:17:5 chr1 8031054 . G A 447.12 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000583763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.004;QD=18.6301;RBI=0.0284386;REFB=-0.0289642;REVB=0.0284326;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692519;STB=0.533319;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0367229;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:24:21:27:23:24:21:27:24 chr1 8042970 . G T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000554234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.201;QD=17.4013;RBI=0.00534862;REFB=-0.00900787;REVB=0.00531983;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0065853;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:7:6:6:6:7:6:6:7 chr1 8384590 . G A 328.16 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.00685951;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.684;QD=29.833;RBI=0.0110066;REFB=-0.00131182;REVB=-0.00860767;RO=16;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307317;STB=0.666566;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00104967;OID=.;OPOS=8384590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:16:28:28:0.636364:16:12:0:16:16:12:0:16 chr1 8390384 . G C 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00403339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6357;QD=15.4715;RBI=0.00417985;REFB=-0.0196293;REVB=0.00109677;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963275;STB=0.554425;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0153698;OID=.;OPOS=8390384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:21:15:25:24:21:15:25:24 chr1 8390495 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.668;QD=45.8068;RBI=0.0502599;REFB=0;REVB=-0.00264309;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230267;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 8390888 . G A 534.18 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.000839956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.223;QD=15.5964;RBI=0.00443858;REFB=-0.00303619;REVB=0.00435838;RO=79;SAF=38;SAR=20;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107304;STB=0.5603;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00373483;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:79:58:58:0.423358:20:38:44:35:20:38:44:35 chr1 8412935 . C T 1686.03 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.794;QD=60.2153;RBI=0.0212724;REFB=0;REVB=0.007545;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64906e-05;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:112:0:0:103:112:1:62:41:0:0:67:45:0:0 chr1 8412989 . A G 1268.68 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00227928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.983;QD=60.4134;RBI=0.00478583;REFB=-0.125355;REVB=0.00420821;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137227;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-4.39531e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:47:34:1:0:48:35:1:0 chr1 8418644 . C A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.653;QD=58.6486;RBI=0.0308854;REFB=-0.0653239;REVB=0.0127911;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000706259;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr1 8418650 . T C 632.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.361;QD=61.7455;RBI=0.0687329;REFB=0;REVB=0.0279976;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391524;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr1 8928125 . G T 537.69 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.292;QD=55.1472;RBI=0.0407794;REFB=-0.190566;REVB=-0.0233856;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.506604;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00130455;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:39:1:2:37:37:0.948718:14:23:1:0:14:23:1:1 chr1 9009444 . A C 150.34 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0116324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.852;QD=12.2728;RBI=0.0143509;REFB=0.000224122;REVB=-0.0084045;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292532;STB=0.517221;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.000352541;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:14:18:10:7:14:18 chr1 9009451 . G C 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0228855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0286;QD=9.8985;RBI=0.0228867;REFB=-1.58435e-05;REVB=-0.000239468;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972001;STB=0.558738;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00111155;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:9:5:14:18:9:5:14:18 chr1 9009470 . G C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0152078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.082;QD=9.53623;RBI=0.0157836;REFB=-0.00517121;REVB=0.00422451;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17573;STB=0.606959;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00984806;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:13:14:8:4:13:14 chr1 9011586 . T G 883.94 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00440029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.456;QD=56.1234;RBI=0.061253;REFB=-0.198848;REVB=0.0610947;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00239721;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:0:1:59:62:0.984127:37:22:0:0:40:22:0:1 chr1 9011627 . G A 284.25 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0549001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.563;QD=15.5754;RBI=0.0552335;REFB=-0.0294962;REVB=-0.00605915;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203055;STB=0.61353;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0359462;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:10:31:18:14:10:31 chr1 9011722 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.498;QD=56.7061;RBI=0.00835894;REFB=0;REVB=0.00829352;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39151e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr1 9017204 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.734;QD=55.6561;RBI=0.0664519;REFB=0;REVB=-0.0562625;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7663e-05;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 9030964 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.802;QD=58.142;RBI=0.0182319;REFB=0;REVB=0.0111387;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111042;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 9034421 . G A 566.16 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0278723;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.245;QD=52.6659;RBI=0.0278851;REFB=-0.182124;REVB=-0.000845436;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.509913;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000142272;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:1:3:39:40:0.930233:20:19:1:0:21:19:1:2 chr1 9074861 . C T 454.95 PASS AF=0.632353;AO=42;DP=69;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0180914;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.98;QD=26.7617;RBI=0.02199;REFB=-0.0389853;REVB=0.0125004;RO=25;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844858;STB=0.540965;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0198592;OID=.;OPOS=9074861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:25:25:42:43:0.632353:22:20:15:10:22:21:15:10 chr1 9079365 . G A 178.62 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0143799;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.301;QD=14.2897;RBI=0.0157825;REFB=-0.002433;REVB=-0.00650423;RO=30;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181501;STB=0.558078;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00334524;OID=.;OPOS=9079365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:16:3:8:22:16:4:8:22 chr1 9188859 . C T 613.91 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0541881;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.744;QD=21.7315;RBI=0.055885;REFB=-0.0166436;REVB=0.0136671;RO=51;SAF=29;SAR=32;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15262;STB=0.586948;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0242828;OID=.;OPOS=9188859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:51:52:61:61:0.539823:32:29:15:36:32:29:15:37 chr1 9188876 . T C 509.5 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0141702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5698;QD=21.0101;RBI=0.0142554;REFB=0.00611847;REVB=0.00155618;RO=48;SAF=20;SAR=28;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987586;STB=0.559609;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00625713;OID=.;OPOS=9188876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:48:49:0.505155:28:20:15:33:28:21:15:33 chr1 9188967 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0519596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0861;QD=11.1024;RBI=0.0606617;REFB=0.00671455;REVB=0.0313057;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357723;STB=0.708624;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00218643;OID=.;OPOS=9188967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:1:9:4:3:1:9 chr1 9323910 . G A 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0470778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.246;QD=28.0221;RBI=0.0525835;REFB=-0.0119134;REVB=0.0234243;RO=19;SAF=1;SAR=28;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382366;STB=0.717743;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0103013;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:28:1:3:16:28:1:3:16 chr1 9416151 . G A 215.07 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0231194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.879;QD=21.5068;RBI=0.0297761;REFB=-0.0192479;REVB=-0.0187645;RO=19;SAF=16;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854914;STB=0.548239;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0176501;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:5:16:13:6:5:16:13:6 chr1 9427842 . A G 465.8 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.000969385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.059;QD=16.6356;RBI=0.00367515;REFB=-0.00744533;REVB=-0.003545;RO=59;SAF=25;SAR=26;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970269;STB=0.561774;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0118431;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:61:51:51:0.455357:26:25:23:36:26:25:23:38 chr1 9427869 . G A 397.6 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0581469;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.23;QD=20.3895;RBI=0.0585016;REFB=-0.00373312;REVB=-0.0064321;RO=38;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233647;STB=0.501295;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00310496;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:40:40:0.512821:22:18:17:21:22:18:17:21 chr1 9670834 . C T 978.07 PASS AF=0.589744;AO=92;DP=156;FAO=92;FDP=156;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0218328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0846;QD=25.0787;RBI=0.0260236;REFB=-0.0258924;REVB=-0.0141619;RO=63;SAF=34;SAR=58;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912517;STB=0.509224;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0246764;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:63:64:92:92:0.589744:58:34:24:39:58:34:25:39 chr1 9888202 . C T 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.499;QD=56.1796;RBI=0.0511845;REFB=0;REVB=0.0475458;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205813;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr1 9910357 . AT TC 249.3 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121057;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.429;QD=52.485;RBI=0.0432877;REFB=0;REVB=0.0415606;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000181977;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 10001235 . TTTCGTTCGTTCG TTTCGTTCG,TTTCGTTCGTTCT,TTTCTTTCGTTCG 78.06 PASS AF=0.259259,0.0740741,0.0740741;AO=6,2,2;DP=30;FAO=7,2,2;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6,2,1;FSAR=1,0,1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0191835,-0.00831585,-0.0191299;FXX=0.0999667;HRUN=2,1,1;LEN=4,1,1;MLLD=185.016,59.7324,63.1996;QD=11.5642;RBI=0.0225998,0.0222044,0.0269626;REFB=-0.00283615,-0.00803961,-0.0255758;REVB=0.0119476,-0.0205884,0.0190008;RO=15;SAF=6,2,1;SAR=0,0,1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.683596,0.462547,-0.252475;STB=0.624592,0.992298,0.720445;STBP=0.579,0.355,0.712;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00820146,0.0983736,-0.00108893;OID=.,.,.;OPOS=10001236,10001247,10001239;OREF=TTCG,G,G;OALT=-,T,T;OMAPALT=TTTCGTTCG,TTTCGTTCGTTCT,TTTCTTTCGTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0.0740741,0.0740741:6,2,2:30:7,2,2:27:16:6,2,1:1,0,1:12:4:48:15:6,2,1:0,0,1:11:4 chr1 10511589 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.956;QD=60.9781;RBI=0.0434223;REFB=0;REVB=0.0382128;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304109;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 10596341 . C T 241.56 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00908781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3752;QD=21.9601;RBI=0.0145833;REFB=-0.0306214;REVB=-0.0114055;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892066;STB=0.549856;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0275349;OID=.;OPOS=10596341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:14:7:10:13:14:7 chr1 10699140 . CTCGTCGTCG CTCG,CTCGTCGTCC 114.97 PASS AF=0.28125,0.15625;AO=8,4;DP=32;FAO=9,5;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4,5;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0682268,-0.047118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=201.95,55.5178;QD=14.3706;RBI=0.0687285,0.0910715;REFB=-0.0132879,0.00826189;REVB=-0.00828845,0.0779353;RO=18;SAF=3,4;SAR=5,0;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0504198,0.713887;STB=0.576108,0.998089;STBP=0.639,0.005;TYPE=del,snp;VARB=0.0469377,0.0107635;OID=.,.;OPOS=10699141,10699149;OREF=TCGTCG,G;OALT=-,C;OMAPALT=CTCG,CTCGTCGTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125,0.15625:8,4:32:9,5:32:18:4,5:5,0:6:12:69:18:3,4:5,0:6:12 chr1 10708142 . A G 141.34 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.102478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0372;QD=22.6137;RBI=0.108394;REFB=-0.0214874;REVB=-0.0353187;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0101254;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:9:10:15:15:0.6:10:5:3:6:10:5:3:7 chr1 10709441 . C T 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0184608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.957;QD=26.4935;RBI=0.0231376;REFB=-0.0330218;REVB=0.013948;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163095;STB=0.50908;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0162125;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:4:5:9:8:4:5 chr1 10713765 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0388368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1784;QD=18.0505;RBI=0.0837413;REFB=-0.0334212;REVB=-0.074191;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0202401;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr1 11008341 . G A 267.72 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0020966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.321;QD=16.9979;RBI=0.00589408;REFB=-0.0242523;REVB=0.00550859;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610493;STB=0.529392;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0253237;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:33:28:30:0.47619:11:17:18:15:12:18:18:15 chr1 11085168 . AC TT 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00612296;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=334.095;QD=6.92899;RBI=0.0100258;REFB=-0.00938947;REVB=-0.00793884;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292794;STB=0.686886;STBP=0.313;TYPE=mnp;VARB=0.0209981;OID=.;OPOS=11085168;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:9:6:4:2:9:6 chr1 11087272 . T G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000316051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.421;QD=16.4266;RBI=0.00699454;REFB=0.00772689;REVB=-0.0069874;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216984;STB=0.627647;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00724453;OID=.;OPOS=11087272;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:4:7:9:2:4:7 chr1 11087524 . G A 182.32 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0217872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.734;QD=11.576;RBI=0.0267819;REFB=-0.00617225;REVB=0.0155752;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504962;STB=0.54163;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0097881;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:40:22:23:0.365079:12:10:20:20:13:10:20:20 chr1 11090916 . C A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0110346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.665;QD=20.8719;RBI=0.0114046;REFB=-0.0155504;REVB=-0.00288118;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261587;STB=0.648496;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0332535;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:10:10:16:5:10:10 chr1 11105545 . T C 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0815486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.048;QD=22.9062;RBI=0.0836843;REFB=-0.0401363;REVB=-0.0187855;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17346;STB=0.596923;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0388411;OID=.;OPOS=11105545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:6:11:9:12:6:11 chr1 11129656 . C T 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0184073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4828;QD=17.3308;RBI=0.0185577;REFB=-0.0024875;REVB=0.0023585;RO=50;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200505;STB=0.612561;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00271788;OID=.;OPOS=11129656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:27:14:27:23:27:14:27:23 chr1 11132217 . G A 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0108092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.362;QD=23.4084;RBI=0.0114164;REFB=0.000152759;REVB=-0.00367361;RO=31;SAF=25;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175371;STB=0.596408;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000190715;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:16:25:12:19:16:25:12:19 chr1 11141187 . C G 248.5 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0425163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1502;QD=25.487;RBI=0.0427368;REFB=-0.0439263;REVB=-0.00433555;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108071;STB=0.559948;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0446614;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:10:6:12:11:10:6 chr1 11181327 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00485627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.532;QD=21.6129;RBI=0.00684699;REFB=0.00772224;REVB=-0.00482679;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301886;STB=0.670437;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00690614;OID=.;OPOS=11181327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:18:6:13:10:18:6:13:10 chr1 11190646 . G A 725.25 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0665052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6868;QD=19.0856;RBI=0.0671006;REFB=-0.0379068;REVB=0.00891923;RO=76;SAF=31;SAR=44;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195743;STB=0.507934;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0477327;OID=.;OPOS=11190646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:77:75:75:0.493421:44:31:33:43:44:31:33:44 chr1 11205058 . C T 151.3 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00294591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6492;QD=20.1735;RBI=0.00311986;REFB=-0.0984531;REVB=-0.00102722;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149262;STB=0.560268;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0757045;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:5:10:7:7:6:10:7:7 chr1 11212458 . A G 167.05 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0178341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.802;QD=15.186;RBI=0.0193701;REFB=0.00523942;REVB=-0.00755938;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145161;STB=0.583245;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00807955;OID=.;OPOS=11212458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:18:8:8:10:18:8 chr1 11288758 . G A 370.46 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00520577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.785;QD=29.0555;RBI=0.00910789;REFB=-0.00518818;REVB=-0.00747352;RO=17;SAF=23;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135726;STB=0.574237;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00498092;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:11:23:8:9:11:23:8:9 chr1 11301714 . A G 463.52 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0131951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.764;QD=21.8127;RBI=0.0305403;REFB=-0.00938255;REVB=-0.0275427;RO=40;SAF=28;SAR=17;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07207;STB=0.539665;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00574671;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:17:28:28:12:17:28:28:12 chr1 11579504 . G C 309.5 PASS AF=0.402299;AO=36;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0375863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7055;QD=14.2298;RBI=0.0411219;REFB=-0.00633265;REVB=0.0166818;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104133;STB=0.520015;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00858707;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:52:36:35:0.402299:18:18:24:25:17:18:25:27 chr1 11589911 . G A 521.07 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0039343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.992;QD=19.6631;RBI=0.00501766;REFB=-0.0219101;REVB=0.00311418;RO=52;SAF=20;SAR=34;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136041;STB=0.575206;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0176024;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:34:20:27:25:34:20:27:25 chr1 11710561 . T G 276.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0343116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.764;QD=13.3043;RBI=0.0353909;REFB=-0.0262908;REVB=0.00867354;RO=51;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602928;STB=0.534366;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0443562;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:19:13:18:33:19:13:18:33 chr1 11766424 . C T 282.97 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0490683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8647;QD=17.6854;RBI=0.0684984;REFB=-0.0133798;REVB=0.0477947;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292623;STB=0.530175;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0114212;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:33:31:31:0.484375:17:14:13:18:17:14:13:20 chr1 11810674 . G A 283.96 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0235189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.6;QD=15.1447;RBI=0.0335652;REFB=-0.0147778;REVB=0.0239476;RO=41;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825514;STB=0.534505;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0284272;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:43:32:32:0.426667:19:13:20:21:19:13:20:23 chr1 11810691 . C T 305.02 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.052606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.0804;QD=15.0624;RBI=0.0557121;REFB=0.00423963;REVB=-0.0183425;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780735;STB=0.551357;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00686501;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:21:13:21:25:21:13:22:25 chr1 11810765 . T A 1483.16 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021794;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.972;QD=63.7917;RBI=0.0319429;REFB=0;REVB=-0.0233532;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30815e-05;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:58:34:0:0:58:35:0:0 chr1 11810844 . A G 228.12 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0274112;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.343;QD=13.6193;RBI=0.0282296;REFB=-0.00139464;REVB=0.00674805;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123816;STB=0.570739;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00243423;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:16:11:21:19:16:11:21:19 chr1 11826630 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203829;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.439;QD=52.6132;RBI=0.00651203;REFB=0;REVB=0.00618481;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54462e-05;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 11828238 . G A 408.69 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.085;QD=56.371;RBI=0.0361635;REFB=0;REVB=0.0218049;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775822;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:14:15:0:0 chr1 11828319 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.791;QD=58.5878;RBI=0.0474808;REFB=0;REVB=0.0179041;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186897;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 11831615 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.528;QD=59.4349;RBI=0.0546693;REFB=0;REVB=0.0114444;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293282;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 11832311 . G C 741.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0718131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1984;QD=54.8949;RBI=0.118699;REFB=-0.127938;REVB=0.0945115;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00463227;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:26:27:0:0:26:27:0:1 chr1 11836628 . T C 1012.05 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245547;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.097;QD=59.5326;RBI=0.0284807;REFB=0;REVB=0.0144297;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137581;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 11836682 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.862;QD=57.5433;RBI=0.0956311;REFB=0;REVB=0.0119035;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327403;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr1 11838848 . G T 1360.15 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000846513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.109;QD=62.5355;RBI=0.0307962;REFB=0;REVB=0.0307845;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81357e-05;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:31:54:0:0:33:54:0:0 chr1 11839966 . G A 1530.4 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.002;QD=63.7668;RBI=0.0636072;REFB=0;REVB=0.0341906;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266418;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:45:50:0:0:45:51:0:0 chr1 11839998 . T C 1215.82 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610982;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.69;QD=61.5604;RBI=0.0265096;REFB=0;REVB=0.0257959;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37037e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr1 11844330 . C T 2542.74 PASS AF=1;AO=164;DP=169;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118415;FXX=0.0236672;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.696;QD=61.6422;RBI=0.0121712;REFB=0;REVB=-0.00281403;RO=1;SAF=80;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75831e-06;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:165:1:0:164:165:1:84:80:0:1:85:80:0:0 chr1 11848391 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0301387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.288;QD=12.2129;RBI=0.039157;REFB=-0.0120976;REVB=-0.0249986;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232535;STB=0.636165;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0338402;OID=.;OPOS=11848391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:15:7:7:6:15:7 chr1 11849447 . A G 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000715199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.825;QD=62.6595;RBI=0.0194062;REFB=0;REVB=0.019393;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84111e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr1 11854457 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.435;QD=56.9379;RBI=0.00960082;REFB=0;REVB=0.00401602;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16696e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr1 11856378 . G A 536.43 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0124046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.254;QD=23.8411;RBI=0.013972;REFB=0.0137291;REVB=0.00642986;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126656;STB=0.569355;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0108546;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:26:24:13:27:26:24:13:27 chr1 11884555 . A G 369.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.831;QD=54.7933;RBI=0.0247298;REFB=0;REVB=0.0236519;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53784e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr1 11968230 . T C 211.69 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0222524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.276;QD=15.1207;RBI=0.0240263;REFB=-0.0107366;REVB=-0.00906052;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193691;STB=0.57137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.013147;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:31:23:25:0.446429:16:7:15:16:16:9:15:16 chr1 11968273 . A G 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00693781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1707;QD=8.6126;RBI=0.00985557;REFB=-0.00719905;REVB=0.00699993;RO=47;SAF=5;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38917;STB=0.732587;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.018024;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:15:5:27:20:15:5:27:20 chr1 11968316 . T TA 89.54 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0127932;FXX=0.0298463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=241.983;QD=5.51027;RBI=0.0128182;REFB=-0.00378317;REVB=0.000800448;RO=52;SAF=4;SAR=10;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29561;STB=0.694784;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.0112106;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215385:14:67:14:65:51:4:10:27:24:89:52:4:10:27:25 chr1 11969917 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000835114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.276;QD=14.0965;RBI=0.0285457;REFB=-0.00746367;REVB=-0.0285335;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00522556;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:5:9:7:4:5:9 chr1 12009955 . C T 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.012545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.243;QD=7.86299;RBI=0.0160821;REFB=-0.00324041;REVB=-0.0100627;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300359;STB=0.68541;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00360148;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:8:4:20:14:8:4:20:14 chr1 12024235 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00736017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3234;QD=24.0655;RBI=0.0139264;REFB=-0.0284901;REVB=0.0118225;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119544;STB=0.588123;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0189706;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:9:10:16:16:0.615385:6:10:4:5:6:10:4:6 chr1 12081812 . T G,TG 58.93 PASS AF=0,0.25;AO=2,12;DP=50;FAO=0,12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0284025,-0.103113;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.0406,17.7624;QD=4.91092;RBI=0.0319222,0.111176;REFB=0.00837181,-0.107036;REVB=-0.0145714,-0.0415673;RO=35;SAF=2,9;SAR=0,3;SRF=27;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34064,-0.0351002;STB=0.5,0.528525;STBP=1,0.89;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.143071;OID=.,.;OPOS=12081812,12081813;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:50:48:35:36:2,12:0,12:0,0.25:0,3:2,9:27:8:0,3:0,9:28:8 chr1 12082926 . A G 199.35 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00856295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.762;QD=15.6351;RBI=0.0244277;REFB=-0.0168685;REVB=-0.0228777;RO=29;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363231;STB=0.710311;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0289168;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:18:4:14:15:18:4:14:15 chr1 12175729 . C T 715.66 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.506;QD=60.9075;RBI=0.0326467;REFB=-0.14981;REVB=0.00878513;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00069295;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:1:0 chr1 12198460 . C T 291.5 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.0835043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.841;QD=16.8987;RBI=0.0835774;REFB=-2.90033e-05;REVB=-0.00349453;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210284;STB=0.600851;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00144079;OID=.;OPOS=12198460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:22:10:5:31:22:10:6:31 chr1 12248942 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00438114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.077;QD=14.9039;RBI=0.0101088;REFB=-0.0273347;REVB=-0.00911009;RO=34;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31962;STB=0.684816;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0239984;OID=.;OPOS=12248942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:22:4:13:21:22:4:13:21 chr1 12251808 . T G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0178455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.209;QD=12.6376;RBI=0.0190002;REFB=-0.0193939;REVB=-0.00652273;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479278;STB=0.528258;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0312725;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:9:12:8:5:9:12 chr1 12252955 . T G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0132492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.727;QD=16.0341;RBI=0.0237252;REFB=-0.00904416;REVB=0.019681;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214925;STB=0.631022;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00729647;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:9:18:9:11:9:19 chr1 12401868 . A C 179.63 PASS AF=0.315789;AO=23;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.020162;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.791;QD=9.45432;RBI=0.0270609;REFB=-0.0135212;REVB=0.0180495;RO=52;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304696;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:23:24:0.315789:12:11:26:26:12:12:26:26 chr1 12628188 . T C 130.9 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0117167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.502;QD=10.2669;RBI=0.0153879;REFB=-0.00588972;REVB=-0.00997526;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509792;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0156571;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:8:8:17:17:8:8:17:18 chr1 12638964 . T C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.057102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.612;QD=9.41556;RBI=0.0615368;REFB=-0.00368754;REVB=-0.0229378;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241442;STB=0.648699;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00744694;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:13:25:8:10:13:26 chr1 12639168 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0514358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3381;QD=24.0666;RBI=0.0534633;REFB=-0.011311;REVB=0.0145835;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444459;STB=0.524968;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00836005;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:4:12:7:3:4:12:7:3 chr1 12639289 . C T 344.36 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.010937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.559;QD=13.1186;RBI=0.0116758;REFB=-0.0135193;REVB=-0.0040872;RO=59;SAF=26;SAR=15;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267228;STB=0.505985;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0186436;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:64:41:41:0.390476:15:26:36:23:15:26:40:24 chr1 12640461 . C G 566.45 PASS AF=0.614458;AO=50;DP=82;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0179598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.15;QD=27.2989;RBI=0.0369781;REFB=-0.0338737;REVB=0.0323238;RO=32;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161735;STB=0.582354;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0223443;OID=.;OPOS=12640461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:32:32:50:51:0.614458:30:20:20:12:30:21:20:12 chr1 12776344 . A T 364.55 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0183105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.432;QD=15.85;RBI=0.0274203;REFB=-0.0150389;REVB=0.0204107;RO=53;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102758;STB=0.56407;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00937231;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:53:38:39:0.423913:17:21:24:29:17:22:24:29 chr1 12779560 . T C 1115.35 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.491;QD=60.2891;RBI=0.0134701;REFB=0;REVB=0.0044123;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67413e-05;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chr1 12779618 . T C 627.34 PASS AF=0.625;AO=53;DP=87;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0182709;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.4;QD=28.5155;RBI=0.0185287;REFB=-0.0235198;REVB=-0.00307986;RO=34;SAF=15;SAR=38;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153071;STB=0.572837;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0204634;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:34:33:53:55:0.625:38:15:16:18:38:17:16:17 chr1 12785493 . TG T,TT 476.93 PASS AF=0.848485,0.151515;AO=17,15;DP=33;FAO=28,5;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126301,-0.0125909;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.605,165.635;QD=57.8091;RBI=0.0248172,0.0348347;REFB=0,0;REVB=-0.0213629,-0.0324796;RO=0;SAF=8,3;SAR=9,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00694138,-0.0047118;OID=.,.;OPOS=12785494,12785494;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.848485,0.151515:17,15:33:28,5:33:0:9,2:19,3:0:0:13:0:8,3:9,12:0:0 chr1 12799736 . C T 1510.82 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.47;QD=63.6133;RBI=0.0454215;REFB=0;REVB=0.00908731;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123711;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:47:48:0:0 chr1 12820870 . T C 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00902223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.495;QD=57.3912;RBI=0.0159376;REFB=-0.0834591;REVB=0.013138;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00545191;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:1:0:21:16:1:0 chr1 12835868 . T C 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000830056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.065;QD=63.1507;RBI=0.0203161;REFB=0;REVB=0.0202991;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84475e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:79:59:0:0:79:59:0:0 chr1 12837634 . T A 2353.69 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8694;QD=63.1862;RBI=0.0831563;REFB=0.0486199;REVB=-0.0829668;RO=1;SAF=70;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674616;STB=0.503546;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00193297;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:78:70:1:0:78:70:1:0 chr1 12854530 . C G 785.76 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=56;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=51;FWDB=-0.0149542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9084;QD=25.3471;RBI=0.0266878;REFB=-0.00408933;REVB=0.0221045;RO=0;SAF=56;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45227e-08;STB=0.799923;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00269066;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:0:51:73:73:0.58871:17:56:0:0:17:56:0:51 chr1 12855835 . C G 565.69 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.093;QD=56.5686;RBI=0.109251;REFB=-0.164221;REVB=0.00845833;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00989027;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:1:1:37:39:0.975:20:17:1:0:22:17:1:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 595.84 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,36;DP=40;FAO=4,36;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988146,-0.0105239;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=80.7612,138.196;QD=59.5842;RBI=0.011845,0.0191674;REFB=0,0;REVB=-0.00653143,-0.0160199;RO=0;SAF=2,16;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0288821,-0.000482134;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:40:40:0:0:4,36:4,36:0.1,0.9:2,20:2,16:0:0:2,20:2,16:0:0 chr1 12856010 . C G 114.84 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0112588;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7147;QD=17.6676;RBI=0.0288851;REFB=-0.0202233;REVB=-0.0266005;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148023;STB=0.584294;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0346844;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:10:3:5:8:10:3 chr1 12887549 . T C 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4244;QD=58.0312;RBI=0.0805632;REFB=0.0100699;REVB=-0.0706868;RO=1;SAF=50;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936384;STB=0.504949;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00135325;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:20:50:1:0:20:50:1:0 chr1 12888601 . G GC,GCC 197.33 PASS AF=1,0;AO=14,2;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.243425,0.132001;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.3236,10.5166;QD=39.4662;RBI=0.254107,0.137918;REFB=-0.0116157,-0.0193565;REVB=-0.0729031,-0.0399633;RO=4;SAF=6,0;SAR=8,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.225438,-0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00584623,0.0679229;OID=.,.;OPOS=12888602,12888602;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,2:20:20,0:20:0:10,0:10,0:0:0:3:4:6,0:8,2:4:0 chr1 12907379 . T C 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.00607972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.459;QD=5.80901;RBI=0.00898373;REFB=-0.000936412;REVB=-0.00661395;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131697;STB=0.59406;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00445528;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:41:43:12:12:0.218182:4:8:31:10:4:8:33:10 chr1 12907449 . C G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0276362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.064;QD=6.717;RBI=0.0286256;REFB=-0.0123876;REVB=0.00746086;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140538;STB=0.611102;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0437706;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:38:41:13:13:0.240741:7:6:22:16:7:6:25:16 chr1 12907496 . T C 95.29 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0815453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.663;QD=9.52941;RBI=0.082095;REFB=-0.0118097;REVB=-0.00948409;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368981;STB=0.776192;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0277471;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:40:40:20:27:12:12:0.3:10:2:9:11:10:2:14:13 chr1 12907507 . CT TC 105.06 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0528081;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=52.8915;QD=11.0591;RBI=0.0539402;REFB=-0.0247153;REVB=-0.0109928;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191879;STB=0.684625;STBP=0.134;TYPE=mnp;VARB=0.049382;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:25:13:13:0.342105:10:3:8:13:10:3:12:13 chr1 12907533 . T C 72.46 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0125399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.812;QD=8.52421;RBI=0.029163;REFB=-0.00481183;REVB=-0.0263293;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155879;STB=0.590719;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0140062;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:34:21:24:10:10:0.294118:7:3:9:12:7:3:10:14 chr1 12907633 . G A 273.42 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=123;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.0136983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.753;QD=8.89163;RBI=0.0137887;REFB=-0.000435991;REVB=-0.00157611;RO=86;SAF=8;SAR=29;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199206;STB=0.618336;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00105337;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:86:37:37:0.300813:29:8:30:56:29:8:30:56 chr1 12907762 . T C 201.89 PASS AF=0.168831;AO=39;DP=231;FAO=39;FDP=231;FR=.;FRO=192;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=86;FSRR=106;FWDB=-0.00538559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.521;QD=3.49587;RBI=0.0188676;REFB=-0.00581669;REVB=-0.0180827;RO=189;SAF=23;SAR=16;SRF=86;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172591;STB=0.616644;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0230762;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:189:192:39:39:0.168831:16:23:86:103:16:23:86:106 chr1 12907777 . T C 564.87 PASS AF=0.317391;AO=73;DP=230;FAO=73;FDP=230;FR=.;FRO=157;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=83;FWDB=0.014193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3398;QD=9.8239;RBI=0.0735758;REFB=-0.00173943;REVB=0.0721939;RO=156;SAF=48;SAR=25;SRF=73;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227489;STB=0.629549;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00443688;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:156:157:73:73:0.317391:25:48:73:83:25:48:74:83 chr1 12907781 . T C 125.7 PASS AF=0.127119;AO=30;DP=236;FAO=30;FDP=236;FR=.;FRO=206;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=106;FSRR=100;FWDB=0.00403321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.487;QD=2.13047;RBI=0.0424372;REFB=-0.00063137;REVB=-0.0422451;RO=203;SAF=21;SAR=9;SRF=105;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236731;STB=0.666844;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00269263;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:203:206:30:30:0.127119:9:21:105:98:9:21:106:100 chr1 12907798 . A C 151.55 PASS AF=0.144105;AO=33;DP=229;FAO=33;FDP=229;FR=.;FRO=196;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=89;FWDB=-0.0207227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.749;QD=2.64713;RBI=0.0214252;REFB=-0.00122084;REVB=-0.00544151;RO=196;SAF=21;SAR=12;SRF=107;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118785;STB=0.579934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00657089;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:196:196:33:33:0.144105:12:21:107:89:12:21:107:89 chr1 12907802 . CC TT 161.89 PASS AF=0.151786;AO=34;DP=223;FAO=34;FDP=224;FR=.;FRO=190;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=105;FSRR=85;FWDB=-0.0140088;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.42;QD=2.89086;RBI=0.0148866;REFB=-0.00140305;REVB=-0.00503637;RO=187;SAF=22;SAR=12;SRF=103;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127715;STB=0.583329;STBP=0.299;TYPE=mnp;VARB=0.00947266;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:187:190:34:34:0.151786:12:22:103:84:12:22:105:85 chr1 12907837 . C T 352.93 PASS AF=0.253589;AO=53;DP=209;FAO=53;FDP=209;FR=.;FRO=156;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=91;FSRR=65;FWDB=-0.00822858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.633;QD=6.75469;RBI=0.0197066;REFB=-0.00525251;REVB=-0.0179065;RO=156;SAF=31;SAR=22;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202204;STB=0.501207;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0257063;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:156:156:53:53:0.253589:22:31:91:65:22:31:91:65 chr1 12907843 . T G 35.25 PASS AF=0.07;AO=13;DP=199;FAO=14;FDP=200;FR=.;FRO=186;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=111;FSRR=75;FWDB=-0.0147049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.685;QD=0.705092;RBI=0.0373524;REFB=-0.00185771;REVB=-0.0343361;RO=186;SAF=7;SAR=6;SRF=111;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634398;STB=0.524195;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0392518;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:199:200:186:186:13:14:0.07:6:7:111:75:6:8:111:75 chr1 12907885 . T C 844.65 PASS AF=0.452736;AO=90;DP=201;FAO=91;FDP=201;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=0.0177753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5752;QD=16.809;RBI=0.0187451;REFB=-0.0118943;REVB=0.00595135;RO=111;SAF=56;SAR=34;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568476;STB=0.524375;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0114452;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:111:110:90:91:0.452736:34:56:63:48:35:56:63:47 chr1 12908080 . C T 47.93 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.013979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3822;QD=3.04335;RBI=0.0467069;REFB=0.0016036;REVB=0.0445659;RO=54;SAF=1;SAR=8;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519984;STB=0.871306;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00484957;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:8:1:28:26:8:1:28:26 chr1 12908130 . C T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00565884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.23;QD=5.70298;RBI=0.00657501;REFB=0.00192337;REVB=0.00334789;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427665;STB=0.785739;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00407086;OID=.;OPOS=12908130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:48:37:38:10:10:0.208333:8:2:20:17:8:2:21:17 chr1 12918891 . A C 223.67 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00634071;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.761;QD=8.44026;RBI=0.0280067;REFB=-0.0100555;REVB=-0.0272795;RO=77;SAF=19;SAR=12;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160524;STB=0.585641;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0267407;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:77:75:31:31:0.292453:12:19:37:40:12:19:37:38 chr1 12919064 . T G 262.72 PASS AF=0.266187;AO=37;DP=139;FAO=37;FDP=139;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0169306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.635;QD=7.56027;RBI=0.0182765;REFB=-0.00811133;REVB=-0.00688373;RO=101;SAF=17;SAR=20;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438121;STB=0.529785;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.018766;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:101:102:37:37:0.266187:20:17:50:51:20:17:51:51 chr1 12919111 . G A 99.43 PASS AF=0.182796;AO=18;DP=93;FAO=17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0126854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2199;QD=4.27646;RBI=0.0278472;REFB=-0.00351943;REVB=0.0247901;RO=74;SAF=9;SAR=9;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534725;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00838366;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:76:18:17:0.182796:9:9:37:37:9:8:39:37 chr1 12919872 . T G 479.08 PASS AF=0.357576;AO=59;DP=165;FAO=59;FDP=165;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00651133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.636;QD=11.6141;RBI=0.00684694;REFB=-0.00913285;REVB=0.00211736;RO=105;SAF=30;SAR=29;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417028;STB=0.505443;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0131087;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:105:106:59:59:0.357576:29:30:53:52:29:30:53:53 chr1 12919891 . G T 437.12 PASS AF=0.357143;AO=54;DP=155;FAO=55;FDP=154;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.00378941;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.29;QD=11.3538;RBI=0.0185941;REFB=-0.00875593;REVB=-0.0182039;RO=97;SAF=28;SAR=26;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613573;STB=0.52206;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0162693;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:97:99:54:55:0.357143:26:28:45:52:27:28:47:52 chr1 12919934 . A G 537.2 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0190678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2982;QD=14.2304;RBI=0.0206634;REFB=0.0181335;REVB=0.00796213;RO=88;SAF=34;SAR=27;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961544;STB=0.560622;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0134036;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:90:61:61:0.403974:27:34:41:47:27:34:41:49 chr1 12921127 . A G 192.91 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00999486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.437;QD=8.12248;RBI=0.0141593;REFB=-0.000630872;REVB=0.0100293;RO=69;SAF=12;SAR=14;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160122;STB=0.595434;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00103137;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:14:12:41:28:14:12:41:28 chr1 12942119 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00815282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.142;QD=21.7452;RBI=0.0282827;REFB=-0.00449559;REVB=0.0270822;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209928;STB=0.618056;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00327562;OID=.;OPOS=12942119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:6:10:7:12:6:10 chr1 12982461 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00829593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.72;QD=12.0157;RBI=0.0101323;REFB=0.000285579;REVB=-0.00581734;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00117381;OID=.;OPOS=12982461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr1 13001312 . C G 717.78 PASS AF=0.728395;AO=59;DP=81;FAO=59;FDP=81;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0277775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.046;QD=35.4461;RBI=0.0303581;REFB=-0.00276879;REVB=-0.0122484;RO=22;SAF=36;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034041;STB=0.518318;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00165181;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:22:22:59:59:0.728395:23:36:12:10:23:36:12:10 chr1 13052789 . G A 811.37 PASS AF=0.562963;AO=75;DP=135;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00283944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4109;QD=24.0406;RBI=0.0179807;REFB=-0.00502034;REVB=-0.0177551;RO=58;SAF=43;SAR=32;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454555;STB=0.525313;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00844429;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:58:59:75:76:0.562963:32:43:30:28:33:43:30:29 chr1 13052871 . C T 1703.28 PASS AF=0.611111;AO=154;DP=252;FAO=154;FDP=252;FR=.;FRO=98;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.00910119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.865;QD=27.0361;RBI=0.0098007;REFB=-0.0209618;REVB=-0.00363622;RO=98;SAF=81;SAR=73;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403059;STB=0.52175;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0125486;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:98:98:154:154:0.611111:73:81:57:41:73:81:57:41 chr1 13052907 . T C 1688.2 PASS AF=0.608696;AO=154;DP=253;FAO=154;FDP=253;FR=.;FRO=99;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.00818858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.043;QD=26.6909;RBI=0.00873391;REFB=-0.0118838;REVB=-0.00303783;RO=98;SAF=82;SAR=72;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282467;STB=0.517047;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0116241;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:98:99:154:154:0.608696:72:82:56:42:72:82:57:42 chr1 13183237 . CT TC 40.91 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0172665;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=60.4746;QD=3.55702;RBI=0.0273254;REFB=-0.0137736;REVB=-0.0211789;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25061;STB=0.694112;STBP=0.347;TYPE=mnp;VARB=0.0323991;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:36:39:7:7:0.152174:4:3:23:13:4:3:26:13 chr1 13183243 . T C 33.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0377754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.415;QD=3.24494;RBI=0.0492263;REFB=-0.0171184;REVB=-0.0315634;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369956;STB=0.756815;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0987379;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:23:12:4:2:23:12 chr1 13183248 . TC AA 42.52 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0145938;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.213;QD=4.3606;RBI=0.0162552;REFB=-6.86692e-05;REVB=-0.00715907;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233599;STB=0.65672;STBP=0.399;TYPE=mnp;VARB=-0.000256413;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:20:12:4:3:20:12 chr1 13183439 . T C 3186.54 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330295;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.878;QD=61.8745;RBI=0.0121959;REFB=0;REVB=0.0117402;RO=0;SAF=87;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74948e-05;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:206:0:0:206:206:1:119:87:0:0:119:87:0:0 chr1 13183472 . G A 331.84 PASS AF=0.235294;AO=52;DP=221;FAO=52;FDP=221;FR=.;FRO=169;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=103;FWDB=0.00685693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8772;QD=6.00617;RBI=0.0555491;REFB=0.00223102;REVB=0.0551242;RO=169;SAF=24;SAR=28;SRF=66;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914517;STB=0.555064;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00699554;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:169:169:52:52:0.235294:28:24:66:103:28:24:66:103 chr1 13183511 . T C 439.49 PASS AF=0.318436;AO=56;DP=178;FAO=57;FDP=179;FR=.;FRO=122;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=0.00810616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.442;QD=9.82103;RBI=0.0263371;REFB=-0.00830447;REVB=-0.0250586;RO=121;SAF=21;SAR=35;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574591;STB=0.522808;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0190464;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:121:122:56:57:0.318436:35:21:51:70:35:22:51:71 chr1 13183528 . A C 390.02 PASS AF=0.309524;AO=52;DP=166;FAO=52;FDP=168;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=-0.0298179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.6;QD=9.28628;RBI=0.0309999;REFB=-0.00275576;REVB=-0.00847852;RO=114;SAF=20;SAR=32;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661554;STB=0.539396;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00836105;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:114:116:52:52:0.309524:32:20:50:64:32:20:51:65 chr1 13183532 . CC TT 341.62 PASS AF=0.295597;AO=47;DP=159;FAO=47;FDP=159;FR=.;FRO=112;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.0109473;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.268;QD=8.59414;RBI=0.0135716;REFB=-0.00589298;REVB=-0.00802154;RO=112;SAF=20;SAR=27;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725537;STB=0.504246;STBP=0.946;TYPE=mnp;VARB=0.0176337;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:112:112:47:47:0.295597:27:20:47:65:27:20:47:65 chr1 13183567 . C T 206.44 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=111;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0339813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.95;QD=7.43916;RBI=0.0359212;REFB=-0.0176379;REVB=-0.0116452;RO=81;SAF=12;SAR=18;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629198;STB=0.503757;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0467117;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:81:81:30:30:0.27027:18:12:32:49:18:12:32:49 chr1 13183573 . G T 277.03 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0230206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.236;QD=11.3073;RBI=0.0236218;REFB=-0.00729357;REVB=0.00529543;RO=64;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210712;STB=0.51653;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0129209;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:65:33:33:0.336735:19:14:26:38:19:14:26:39 chr1 13219375 . G T 142.17 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0329858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0517;QD=5.57526;RBI=0.0514199;REFB=0.00375713;REVB=0.0394454;RO=80;SAF=15;SAR=7;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789311;STB=0.549459;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0141618;OID=.;OPOS=13219375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:80:80:22:22:0.215686:7:15:50:30:7:15:50:30 chr1 13448283 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.881;QD=44.6898;RBI=0.0440508;REFB=0;REVB=0.0439978;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600215;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 13448351 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00397718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.955;QD=30.7907;RBI=0.0293754;REFB=-0.0836179;REVB=-0.0291049;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00714723;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr1 13474974 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0178575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.587;QD=10.6346;RBI=0.0280747;REFB=-0.0144136;REVB=0.0216634;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912387;STB=0.555414;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0299985;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:7:6:3:5:7:6 chr1 13695787 . C G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000491364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.726;QD=36.3483;RBI=0.0172352;REFB=0.00139047;REVB=-0.0172282;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000255543;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr1 13695816 . G A 482.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.592;QD=56.7645;RBI=0.046544;REFB=0;REVB=0.0428768;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262778;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:14:17:0:0:16:18:0:0 chr1 13802325 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.963;QD=59.1432;RBI=0.044393;REFB=0;REVB=0.0130443;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116225;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr1 13802437 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.741;QD=58.6005;RBI=0.0409761;REFB=0;REVB=0.0220982;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109858;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr1 13910417 . C T 296.03 PASS AF=0.5;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=-0.0267067;FXX=0.0175408;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.631;QD=21.1452;RBI=0.028175;REFB=-0.00862529;REVB=0.00897685;RO=16;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231509;STB=0.620184;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00174576;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:57:56:16:26:27:28:0.5:24:3:0:16:24:4:1:25 chr1 13940864 . C G 1731.3 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000292655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.448;QD=60.7474;RBI=0.00876229;REFB=0;REVB=0.0087574;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00608e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:66:47:0:0:67:47:0:0 chr1 13944236 . C CTT 547.24 PASS AF=1;AO=43;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912793;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=45.5751;QD=47.5859;RBI=0.0532748;REFB=0;REVB=0.052487;RO=2;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000970065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000312466;OID=.;OPOS=13944237;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:47:46:46:0:22:24:0:0:10:2:21:22:1:1 chr1 14106394 . A ACTC 981.08 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=76;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0180941;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.29;QD=53.0316;RBI=0.01935;REFB=0.0230968;REVB=0.0068577;RO=6;SAF=33;SAR=36;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284249;STB=0.521733;STBP=0.204;TYPE=ins;VARB=-0.00135321;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.932432:69:76:69:74:5:33:36:4:1:18:6:33:36:4:2 chr1 14109424 . T C 460.14 PASS AF=0.947368;AO=3;DP=35;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.164029;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=29.6414;QD=48.4361;RBI=0.164152;REFB=0.0238827;REVB=0.00636365;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523796;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000223165;OID=.;OPOS=14109424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:38:0:2:3:36:0.947368:0:3:0:0:20:16:0:2 chr1 14143003 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.094;QD=61.467;RBI=0.0248714;REFB=0;REVB=0.0180071;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7075e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr1 14149622 . T C 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0203207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.992;QD=19.0013;RBI=0.027223;REFB=-0.011981;REVB=-0.0181153;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258665;STB=0.646886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0148615;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:11:6:11:6:11:6 chr1 14150709 . C T 2127.21 PASS AF=0.971831;AO=138;DP=143;FAO=138;FDP=142;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00626393;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.629;QD=59.9213;RBI=0.0317774;REFB=-0.203906;REVB=0.0311539;RO=4;SAF=74;SAR=64;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153808;STB=0.508095;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000872047;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:143:142:4:4:138:138:0.971831:64:74:1:3:64:74:1:3 chr1 14150714 . G A 2026.61 PASS AF=0.964286;AO=134;DP=139;FAO=135;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.053022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5039;QD=57.903;RBI=0.0927826;REFB=-0.113492;REVB=0.0761399;RO=3;SAF=73;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886124;STB=0.512224;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00867151;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:139:140:3:5:134:135:0.964286:61:73:1:2:62:73:1:4 chr1 14150740 . G T 1822.46 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.591;QD=61.2593;RBI=0.0395784;REFB=0;REVB=0.0389994;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29199e-05;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:58:61:0:0:58:61:0:0 chr1 14150992 . T C 1649.81 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674697;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.797;QD=60.5436;RBI=0.0172088;REFB=0;REVB=0.015831;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233017;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr1 14450771 . G A 218.27 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0101626;FXX=0.0206164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.694;QD=9.19009;RBI=0.0239264;REFB=-0.00353225;REVB=-0.0216609;RO=65;SAF=8;SAR=20;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936391;STB=0.547668;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00692897;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:65:67:28:28:0.294737:20:8:23:42:20:8:23:44 chr1 14507057 . A G 205.03 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.018811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.806;QD=16.4021;RBI=0.0198201;REFB=-0.0151964;REVB=0.00624353;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418733;STB=0.745631;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173367;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:6:15:8:20:6:15:8:21 chr1 15420803 . C T 650.67 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0205524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.437;QD=18.86;RBI=0.0209458;REFB=-0.0259786;REVB=0.00404042;RO=72;SAF=35;SAR=31;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769103;STB=0.542522;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0301893;OID=.;OPOS=15420803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:31:35:44:28:31:35:44:28 chr1 15438990 . G A 355.98 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.00615697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.957;QD=16.557;RBI=0.030086;REFB=-0.0149407;REVB=0.0294492;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874968;STB=0.548995;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0281025;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:23:15:15:33:23:15:15:33 chr1 15441090 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0347449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.434;QD=20.44;RBI=0.0347502;REFB=-0.0221536;REVB=-0.000608555;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107951;STB=0.559885;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0177104;OID=.;OPOS=15441090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:14:19:13:16:14:19:13:16 chr1 15490865 . T A 364.14 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00815461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.654;QD=15.8321;RBI=0.00827979;REFB=-0.00976302;REVB=-0.00143433;RO=53;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12195;STB=0.559969;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.01473;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:53:38:39:0.423913:21:17:30:23:21:18:30:23 chr1 15495110 . A G 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00686909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.522;QD=23.9245;RBI=0.00722235;REFB=-0.00343978;REVB=0.00223115;RO=33;SAF=18;SAR=26;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873263;STB=0.547805;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00246231;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:26:18:10:23:26:18:10:23 chr1 15497727 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.033;QD=60.2304;RBI=0.0647045;REFB=0;REVB=-0.000612659;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352994;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 15541607 . T C 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00705205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.425;QD=19.3865;RBI=0.0160598;REFB=-0.0232406;REVB=0.0144286;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104951;STB=0.550385;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0163141;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:18:17:20:13:18:17:20:14 chr1 15599025 . G A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00772842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.726;QD=20.0181;RBI=0.00945441;REFB=0.0109868;REVB=0.00544586;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0056071;OID=.;OPOS=15599025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr1 15687059 . A G 746.52 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2283;QD=63.5334;RBI=0.0461717;REFB=0;REVB=-0.0446376;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049619;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 15708540 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00761416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.506;QD=19.3435;RBI=0.00861721;REFB=-0.0192858;REVB=0.00403497;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197011;STB=0.610994;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0181219;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:13:5:9:9:13:5 chr1 15710411 . G C 209.53 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0398009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5523;QD=18.6244;RBI=0.0410914;REFB=-0.0231903;REVB=-0.0102174;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132566;STB=0.565154;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0270483;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:13:8:12:11:13:8:12:12 chr1 15714831 . C T 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0695368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1373;QD=26.0248;RBI=0.0728783;REFB=0.0726964;REVB=-0.0218147;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.02646;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:3:3:0:0:3:3:0:1 chr1 15754484 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.713;QD=61.5363;RBI=0.0220735;REFB=0;REVB=0.0219324;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99731e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr1 15788269 . A C 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.599;QD=62.7593;RBI=0.0139195;REFB=0;REVB=0.0013728;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20027e-05;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr1 15808198 . C T 1568.39 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.755;QD=64.0161;RBI=0.0721997;REFB=0;REVB=-0.0219751;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168591;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr1 15808767 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.018;QD=64.4124;RBI=0.0453429;REFB=0;REVB=0.0452645;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68472e-05;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 15808872 . G A 1533.66 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644213;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.695;QD=63.9026;RBI=0.0645933;REFB=0;REVB=-0.00471052;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140335;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr1 15809876 . G A 476.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987877;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.45;QD=59.5807;RBI=0.0206748;REFB=0;REVB=0.018162;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740973;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr1 15812432 . A G 1540.51 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.736;QD=59.8255;RBI=0.0204254;REFB=0;REVB=0.0196246;RO=0;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2554e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:64:39:0:0:64:39:0:0 chr1 15832543 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2749;QD=57.7109;RBI=0.0327944;REFB=0;REVB=0.0286868;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244285;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr1 15844615 . A G 1665.07 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118025;FXX=0.0350846;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4265;QD=60.5479;RBI=0.0132236;REFB=0;REVB=0.00596371;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380289;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:62:47:0:0:62:48:0:0 chr1 15850613 . G A 768.14 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085169;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.724;QD=64.0114;RBI=0.0141155;REFB=0;REVB=0.0112566;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212727;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr1 15909850 . C G 696.61 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00514973;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9203;QD=54.6362;RBI=0.0409283;REFB=-0.0104325;REVB=0.040603;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000565816;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:0:1:28:22:0:1 chr1 15911349 . G A 132.77 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125511;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.979;QD=44.2552;RBI=0.0126647;REFB=0;REVB=0.00169231;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01388e-05;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 16070754 . GCC GC,GCG 39.92 PASS AF=0.241379,0.0689655;AO=8,2;DP=30;FAO=7,2;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6,2;FSAR=1,0;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0942152,-0.0462465;FXX=0.0333222;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.5186,186.676;QD=5.50608;RBI=0.094263,0.0512419;REFB=-0.0300729,0.00347585;REVB=-0.00300158,-0.0220679;RO=19;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=8;SRR=11;SSEN=0.371039,0;SSEP=0,0;SSSB=0.548976,0.550427;STB=0.826583,0.995036;STBP=0.08,0.16;TYPE=del,snp;VARB=0.0282721,0.0680382;OID=.,.;OPOS=16070755,16070756;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0.0689655:8,2:30:7,2:29:20:6,2:1,0:9:11:29:19:7,2:1,0:8:11 chr1 16096934 . C T 278.18 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357031;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.6699;QD=48.3785;RBI=0.0566629;REFB=-0.0123337;REVB=0.0439997;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414457;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:23:1:0:20:23:1:13:7:1:0:13:10:0:0 chr1 16242620 . C A 265.16 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.000524626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.05;QD=8.91289;RBI=0.00173245;REFB=3.52073e-05;REVB=0.00165111;RO=83;SAF=19;SAR=17;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104446;STB=0.561023;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-7.11288e-05;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:83:83:36:36:0.302521:17:19:51:32:17:19:51:32 chr1 16255644 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0171888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.51;QD=20.2093;RBI=0.048446;REFB=-0.0158278;REVB=-0.0452941;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00805155;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr1 16256007 . T C 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0172404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.73;QD=14.1703;RBI=0.0192398;REFB=-0.00721933;REVB=0.00854027;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.540456;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00859589;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:3:9:8:2:3:9 chr1 16259813 . A G 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0794225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2815;QD=17.1546;RBI=0.0806343;REFB=-0.000275824;REVB=-0.0139266;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238057;STB=0.63756;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00308561;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:4:13:11:9:4:13:11:9 chr1 16260916 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00230256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.21;QD=14.2622;RBI=0.0107197;REFB=0.000845875;REVB=-0.0104695;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947353;STB=0.554729;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00175276;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:17:7:6:10:17:7 chr1 16262404 . C T 761.5 PASS AF=0.5625;AO=71;DP=127;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0410811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.879;QD=23.797;RBI=0.0420352;REFB=-0.0169126;REVB=0.00890507;RO=56;SAF=24;SAR=47;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150535;STB=0.512539;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0115569;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:56:56:71:72:0.5625:47:24:18:38:47:25:18:38 chr1 16272250 . A G 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00976311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8333;QD=16.9406;RBI=0.0362005;REFB=-0.0300939;REVB=0.0348591;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668713;STB=0.552373;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.039213;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:12:7:10:13:12:7:11:13 chr1 16274769 . C T 220.83 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.025795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.9229;QD=14.2472;RBI=0.0258169;REFB=0.00505867;REVB=0.00106195;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263348;STB=0.648674;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00522507;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:26:10:14:12:26:10 chr1 16330816 . C T 163.02 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0150609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.42;QD=9.18438;RBI=0.0195494;REFB=-0.00203002;REVB=-0.0124639;RO=49;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549964;STB=0.532579;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00462425;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:14:8:20:29:14:8:20:29 chr1 16332679 . T C 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000637343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.264;QD=17.0897;RBI=0.00943654;REFB=-0.0240928;REVB=-0.00941499;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263653;STB=0.64853;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0271911;OID=.;OPOS=16332679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:10:18:9:16:10:18 chr1 16341649 . C T 312.9 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0123353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.978;QD=14.386;RBI=0.018451;REFB=-0.0183484;REVB=0.0137215;RO=52;SAF=23;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692813;STB=0.539423;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0237793;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:12:23:31:21:12:23:31:21 chr1 16341733 . T C 345.16 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0117509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.749;QD=14.2332;RBI=0.0138222;REFB=-0.00635508;REVB=-0.00727794;RO=59;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580549;STB=0.533022;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00920818;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:22:16:28:31:22:16:28:31 chr1 16342237 . A G 158.12 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0115356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.864;QD=9.88277;RBI=0.0125917;REFB=-0.00656906;REVB=0.00504791;RO=42;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115609;STB=0.561737;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0151944;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:14:7:18:24:14:7:18:25 chr1 16344360 . A G 931.52 PASS AF=0.489474;AO=90;DP=187;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0108835;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.678;QD=19.6109;RBI=0.0198869;REFB=-0.0307427;REVB=0.0166444;RO=97;SAF=40;SAR=50;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184901;STB=0.500797;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0287604;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:97:97:90:93:0.489474:50:40:45:52:50:43:45:52 chr1 16344402 . G A 788.18 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=184;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=68;FWDB=0.0467138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8851;QD=17.0418;RBI=0.0646173;REFB=0.00817406;REVB=0.0446455;RO=101;SAF=39;SAR=44;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133777;STB=0.576236;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00870435;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:101:102:83:83:0.448649:44:39:34:67:44:39:34:68 chr1 16344466 . C T 636.37 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=116;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0375256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8297;QD=21.7563;RBI=0.0509891;REFB=-0.0419466;REVB=0.0345212;RO=54;SAF=28;SAR=34;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970285;STB=0.508635;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0348845;OID=.;OPOS=16344466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:54:54:62:63:0.538462:34:28:25:29:35:28:25:29 chr1 16344494 . G A 442.31 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0047939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6842;QD=19.6581;RBI=0.0387381;REFB=-0.0282122;REVB=0.0384403;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101157;STB=0.511139;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0251752;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:44:45:43:45:0.5:22:21:21:23:24:21:22:23 chr1 16344625 . C G 497.19 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0595381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.445;QD=23.6759;RBI=0.0595381;REFB=-0.0128503;REVB=-7.20527e-05;RO=34;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13046;STB=0.576581;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0101239;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:37:47:47:0.559524:26:21:21:13:26:21:23:14 chr1 16344664 . G A 318.2 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0149531;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.515;QD=15.3347;RBI=0.015812;REFB=-0.0084636;REVB=0.00514033;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571817;STB=0.532306;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0134022;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:26:22:18:17:26:22 chr1 16344684 . G A 522.98 PASS AF=0.569767;AO=47;DP=84;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0408329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.744;QD=24.3249;RBI=0.0445218;REFB=-0.0311919;REVB=0.0177445;RO=36;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522904;STB=0.524705;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0236961;OID=.;OPOS=16344684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:36:37:47:49:0.569767:23:24:16:20:25:24:16:21 chr1 16351275 . A G 328.22 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.000332314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.766;QD=20.8394;RBI=0.000345874;REFB=-0.0189268;REVB=-9.58993e-05;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821543;STB=0.545428;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0115334;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:33:34:0.539683:18:15:10:18:19:15:10:19 chr1 16354590 . A T 332.07 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0190293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7923;QD=16.8137;RBI=0.0195228;REFB=-0.0340961;REVB=0.00436198;RO=43;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885171;STB=0.555083;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0248061;OID=.;OPOS=16354590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:43:35:36:0.455696:24:11:17:26:25:11:17:26 chr1 16356501 . G A 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0605925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1166;QD=22.3953;RBI=0.06222;REFB=-0.0285171;REVB=-0.0141378;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114202;STB=0.563708;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0258182;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:15:8:12:13:15:8 chr1 16358932 . T C 462.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.377;QD=57.8471;RBI=0.0205818;REFB=0;REVB=0.0188121;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45962e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:23:9:0:0 chr1 16361916 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.997;QD=40.7628;RBI=0.0675812;REFB=0;REVB=-0.0675215;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090497;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 16373124 . A G 793.85 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.841;QD=56.7034;RBI=0.0816366;REFB=0;REVB=0.0123195;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456241;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:50:56:1:29:21:0:0:29:27:0:0 chr1 16374533 . G C 1121.94 PASS AF=0.869565;AO=79;DP=91;FAO=80;FDP=92;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=60;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0112742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.555;QD=48.78;RBI=0.0118459;REFB=-0.0862623;REVB=-0.0036357;RO=0;SAF=20;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615354;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000978539;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:91:92:0:12:79:80:0.869565:59:20:0:0:60:20:12:0 chr1 16374994 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.399;QD=54.481;RBI=0.0242961;REFB=0.0155216;REVB=-0.0220676;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000272063;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:0:1:10:21:0:1 chr1 16375063 . CA GC 337.84 PASS AF=0.878788;AO=26;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.13899;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.609;QD=40.9503;RBI=0.176111;REFB=-0.193101;REVB=0.108153;RO=3;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319132;STB=0.502091;STBP=0.932;TYPE=mnp;VARB=0.00845362;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:33:33:3:4:26:29:0.878788:13:13:2:1:14:15:2:2 chr1 16376191 . C T 455.14 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00371339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.113;QD=55.1682;RBI=0.0940652;REFB=-0.188759;REVB=0.0939919;RO=1;SAF=25;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183157;STB=0.509798;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00387833;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:7:25:1:0:7:25:1:0 chr1 16376319 . T C 1367.73 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.523;QD=62.1695;RBI=0.0354981;REFB=0;REVB=-0.0141526;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209117;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:57:30:0:0:58:30:0:0 chr1 16380196 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.676;QD=59.8549;RBI=0.0327576;REFB=0;REVB=0.0266124;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46593e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr1 16380243 . A G 157.14 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.0192191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.871;QD=9.67014;RBI=0.0272693;REFB=-0.00342177;REVB=-0.0193453;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28093;STB=0.66184;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00323845;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:9:35:12:9:9:35 chr1 16380252 . C T 146.76 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.0759194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3583;QD=10.2992;RBI=0.0774574;REFB=0.00728504;REVB=-0.0153586;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362947;STB=0.690601;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0132692;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:11:8:5:32:11:8:6:32 chr1 16383348 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0447137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.996;QD=19.1341;RBI=0.0481241;REFB=0.00917889;REVB=0.0177937;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000466995;OID=.;OPOS=16383348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr1 16383682 . G C 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0310561;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6451;QD=12.0821;RBI=0.0926715;REFB=-0.00662862;REVB=0.0873128;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128624;STB=0.56404;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0132269;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:35:21:21:0.375:7:14:20:16:7:14:20:15 chr1 16383742 . C G 482.43 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0552217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7789;QD=20.7497;RBI=0.0562773;REFB=-0.0190563;REVB=-0.0108488;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950713;STB=0.505261;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0288375;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:23:24:23:23:23:24:23:23 chr1 16384986 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000216298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.409;QD=12.3957;RBI=0.0208664;REFB=-0.00449073;REVB=0.0208653;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00435717;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr1 16384998 . GG CA 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00171343;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=292.981;QD=14.0438;RBI=0.0216033;REFB=-0.00868793;REVB=0.0215353;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.157;TYPE=mnp;VARB=0.00581869;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:4:0:3:2:4:0 chr1 16385042 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0214233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.177;QD=14.0438;RBI=0.0215696;REFB=-0.00460854;REVB=0.00250754;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00448917;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr1 16385175 . G A 184.81 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00932371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.998;QD=26.4011;RBI=0.0190299;REFB=0.00165473;REVB=-0.0165893;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516111;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000704487;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:8:10:5:4:8:10:6:4 chr1 16385178 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00738037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.066;QD=9.09998;RBI=0.0200511;REFB=-0.00256326;REVB=0.0186434;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00289307;OID=.;OPOS=16385178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:11:8:4:5:11:8 chr1 16386008 . T C 795.21 PASS AF=1;AO=45;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.374;QD=56.8004;RBI=0.19343;REFB=0;REVB=0.191017;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289632;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:45:56:1:23:22:0:0:32:24:0:0 chr1 16386065 . T A 59.35 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0565709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.037;QD=5.39555;RBI=0.0580871;REFB=-0.00725791;REVB=0.0131849;RO=35;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311671;STB=0.707369;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0472795;OID=.;OPOS=16386065;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:7:2:16:19:7:2:16:19 chr1 16386416 . G A 416.74 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.601;QD=55.5652;RBI=0.0815024;REFB=0;REVB=0.0230052;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557408;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:13:15:0:0:14:16:0:0 chr1 16386447 . G C 372.39 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7547;QD=55.169;RBI=0.152819;REFB=0;REVB=0.117912;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609697;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:11:13:0:0:13:14:0:0 chr1 16386495 . C T 52.63 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0297798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.123;QD=12.3833;RBI=0.0325007;REFB=-0.0157894;REVB=-0.0130176;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0439888;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:16:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:5:4:5:3:5:4 chr1 16388646 . T C 1587.64 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.396;QD=64.1473;RBI=0.0164142;REFB=0;REVB=0.0157203;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58749e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr1 16389026 . T C 362.37 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0496938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.523;QD=32.9429;RBI=0.0499323;REFB=-0.00485698;REVB=-0.00487453;RO=14;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804926;STB=0.543831;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000594107;OID=.;OPOS=16389026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:10:20:11:3:10:20:11:3 chr1 16451767 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0195024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9532;QD=22.5341;RBI=0.053985;REFB=-0.0194859;REVB=0.0503392;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280579;STB=0.65454;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0109024;OID=.;OPOS=16451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:1:14:12:7:1:14 chr1 16464673 . G A 154.43 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.14393;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.6214;QD=15.8385;RBI=0.158344;REFB=-0.100453;REVB=0.0660069;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.52827;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0605323;OID=.;OPOS=16464673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:39:18:21:16:18:0.461538:12:4:6:12:12:6:8:13 chr1 16475123 . C T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00526228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.003;QD=17.1584;RBI=0.0113959;REFB=-0.0183503;REVB=0.0101081;RO=44;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426516;STB=0.523939;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0169466;OID=.;OPOS=16475123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:25:12:16:28:25:12:16:28 chr1 16475126 . C T 347.5 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0407797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.919;QD=17.1606;RBI=0.0409651;REFB=-0.0183562;REVB=-0.00389355;RO=44;SAF=11;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982699;STB=0.55527;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0205378;OID=.;OPOS=16475126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:26:11:17:27:26:11:17:27 chr1 16532803 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0151346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5129;QD=14.798;RBI=0.0163617;REFB=-0.00601341;REVB=-0.00621687;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328516;STB=0.692551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00752551;OID=.;OPOS=16532803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:5:8:3:8:5:8 chr1 16532848 . A G 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0167029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.945;QD=10.2389;RBI=0.0226935;REFB=-0.00653673;REVB=-0.0153627;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813642;STB=0.549196;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0467431;OID=.;OPOS=16532848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:10:9:4:6:10:9 chr1 16532855 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0107307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.609;QD=25.2766;RBI=0.0152865;REFB=-0.00720363;REVB=-0.0108872;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398011;STB=0.522161;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00576755;OID=.;OPOS=16532855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:7:5:9:10:7:5 chr1 16534255 . C G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0152577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.962;QD=12.229;RBI=0.0198909;REFB=-0.00107718;REVB=-0.0127613;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368347;STB=0.713179;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00107479;OID=.;OPOS=16534255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:22:14:16:6:22:14 chr1 16534646 . C G 481.57 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0155469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7112;QD=17.3539;RBI=0.016831;REFB=-0.0218797;REVB=-0.00644798;RO=59;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133417;STB=0.574246;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0136745;OID=.;OPOS=16534646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:31:21:32:27:31:21:32:27 chr1 16577908 . G C 577.8 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0283259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.286;QD=18.4897;RBI=0.0297388;REFB=-0.00503318;REVB=-0.00905762;RO=65;SAF=28;SAR=32;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193663;STB=0.510726;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.006539;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:32:28:29:36:32:28:29:36 chr1 16725330 . G A 351.24 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00998739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.781;QD=18.012;RBI=0.0221997;REFB=-0.024117;REVB=0.0198262;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255552;STB=0.648568;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0230041;OID=.;OPOS=16725330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:13:24:15:25:13:24:15:26 chr1 16731510 . C G 244.34 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00301776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.706;QD=17.453;RBI=0.0202762;REFB=-0.0345933;REVB=-0.0200504;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386212;STB=0.521723;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0353263;OID=.;OPOS=16731510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:26:27:0.482143:11:15:15:13:11:16:16:13 chr1 16840730 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0110466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.309;QD=21.0076;RBI=0.0117787;REFB=-0.00395718;REVB=-0.00408782;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915077;STB=0.551568;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00245455;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:9:8:11:8:9:8 chr1 16840735 . G GA 53.66 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.212887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6294;QD=8.2551;RBI=0.21295;REFB=0.0173937;REVB=0.00518317;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224862;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=ins;VARB=0.013515;OID=.;OPOS=16840736;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:29:11:26:15:4:7:8:7:53:18:3:7:9:9 chr1 16858909 . G C 1264.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.112;QD=61.6947;RBI=0.0247017;REFB=0;REVB=-0.020573;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14141e-05;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:45:37:0:0 chr1 16860633 . G A 49.56 PASS AF=0.0851064;AO=16;DP=188;FAO=16;FDP=188;FR=.;FRO=172;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=71;FSRR=101;FWDB=0.0537239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0397;QD=1.0545;RBI=0.115666;REFB=-0.0114813;REVB=-0.102433;RO=172;SAF=12;SAR=4;SRF=71;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377211;STB=0.791118;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.110006;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:188:188:172:172:16:16:0.0851064:4:12:71:101:4:12:71:101 chr1 16860652 . A C 152.97 PASS AF=0.152709;AO=31;DP=204;FAO=31;FDP=203;FR=.;FRO=172;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=103;FWDB=0.0112782;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8992;QD=3.01421;RBI=0.0236072;REFB=-0.00193403;REVB=-0.0207389;RO=172;SAF=22;SAR=9;SRF=69;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383289;STB=0.75038;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00946905;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:172:172:31:31:0.152709:9:22:69:103:9:22:69:103 chr1 16860695 . G T 36.11 PASS AF=0.0693069;AO=14;DP=202;FAO=14;FDP=202;FR=.;FRO=188;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=111;FWDB=0.000852937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.473;QD=0.715002;RBI=0.00679266;REFB=0.000326201;REVB=-0.0067389;RO=188;SAF=10;SAR=4;SRF=77;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322259;STB=0.767337;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00216916;OID=.;OPOS=16860695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:202:202:188:188:14:14:0.0693069:4:10:77:111:4:10:77:111 chr1 16861772 . A G 194.19 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.00217079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.018;QD=7.39757;RBI=0.0198578;REFB=0.00270267;REVB=-0.0197388;RO=77;SAF=16;SAR=12;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994182;STB=0.559281;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0109906;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:77:28:28:0.266667:12:16:50:27:12:16:50:27 chr1 16861800 . C G 34.63 PASS AF=0.108696;AO=8;DP=91;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.00654098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3034;QD=1.50561;RBI=0.0552564;REFB=-0.00683731;REVB=-0.0548679;RO=83;SAF=2;SAR=6;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326145;STB=0.717522;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0778123;OID=.;OPOS=16861800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:91:92:83:82:8:10:0.108696:6:2:45:38:7:3:45:37 chr1 16861804 . G A 64.87 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0599675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.348;QD=2.78992;RBI=0.0600386;REFB=-0.0087324;REVB=0.00292098;RO=80;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322573;STB=0.522354;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0463342;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:80:80:13:13:0.139785:7:6:39:41:7:6:39:41 chr1 16861847 . A T 81.16 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0115465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.033;QD=3.00597;RBI=0.0259904;REFB=-0.00625721;REVB=-0.0232848;RO=92;SAF=8;SAR=8;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123669;STB=0.583232;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0259559;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:92:92:16:16:0.148148:8:8:37:55:8:8:37:55 chr1 16861849 . A G 81.17 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.00676246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.812;QD=3.00619;RBI=0.0302721;REFB=-0.00139314;REVB=-0.0295071;RO=91;SAF=8;SAR=8;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118054;STB=0.583232;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.033989;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:91:92:16:16:0.148148:8:8:37:54:8:8:37:55 chr1 16862282 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0426642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.658;QD=8.88631;RBI=0.0437052;REFB=-0.00833158;REVB=-0.00948195;RO=37;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319895;STB=0.696957;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0201062;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:12:3:16:21:12:3:16:21 chr1 16862296 . G C 45.13 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.029963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5568;QD=3.22377;RBI=0.0343972;REFB=-0.00351233;REVB=-0.0168934;RO=48;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319622;STB=0.719841;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0191902;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:3:5:17:31:3:5:17:31 chr1 16862454 . T G 796.27 PASS AF=0.385593;AO=90;DP=235;FAO=91;FDP=236;FR=.;FRO=145;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=-0.00581127;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.946;QD=13.496;RBI=0.00670225;REFB=-0.00182716;REVB=0.00333904;RO=143;SAF=40;SAR=50;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721674;STB=0.547864;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0091584;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:143:145:90:91:0.385593:50:40:73:70:51:40:75:70 chr1 16862461 . T A 1025.53 PASS AF=0.443515;AO=94;DP=240;FAO=106;FDP=239;FR=.,HEALED;FRO=128;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=0.00561961;FXX=0.00416649;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.765;QD=17.1637;RBI=0.00657979;REFB=-0.0195728;REVB=-0.00342251;RO=97;SAF=51;SAR=43;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631073;STB=0.504273;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00751646;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:97:128:94:106:0.443515:43:51:46:51:53:53:65:63 chr1 16862502 . A G 1907.09 PASS AF=0.513661;AO=188;DP=365;FAO=188;FDP=366;FR=.;FRO=178;FSAF=86;FSAR=102;FSRF=97;FSRR=81;FWDB=-0.0127201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2976;QD=20.8425;RBI=0.032532;REFB=0.0016228;REVB=-0.0299421;RO=177;SAF=86;SAR=102;SRF=97;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803821;STB=0.542549;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00227974;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:177:178:188:188:0.513661:102:86:97:80:102:86:97:81 chr1 16862566 . G A 88.52 PASS AF=0.0791855;AO=35;DP=442;FAO=35;FDP=442;FR=.;FRO=407;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=183;FSRR=224;FWDB=-0.0125151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.765;QD=0.801061;RBI=0.0470447;REFB=-0.0044358;REVB=-0.0453495;RO=407;SAF=18;SAR=17;SRF=183;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746406;STB=0.559347;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0671482;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:442:442:407:407:35:35:0.0791855:17:18:183:224:17:18:183:224 chr1 16863328 . T G 32.37 PASS AF=0.0787402;AO=10;DP=127;FAO=10;FDP=127;FR=.;FRO=117;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.0383878;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.172;QD=1.01946;RBI=0.0407457;REFB=-0.000242258;REVB=-0.0136599;RO=116;SAF=2;SAR=8;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30953;STB=0.758772;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00263368;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:127:127:116:117:10:10:0.0787402:8:2:54:62:8:2:54:63 chr1 16863352 . C T 51.48 PASS AF=0.105691;AO=13;DP=123;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.0284454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.488;QD=1.67411;RBI=0.0289095;REFB=-0.00918548;REVB=-0.00515928;RO=110;SAF=2;SAR=11;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383467;STB=0.795244;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0348135;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:123:123:110:110:13:13:0.105691:11:2:49:61:11:2:49:61 chr1 16874206 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8289;QD=52.6129;RBI=0.00711168;REFB=0;REVB=-0.00174941;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173066;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 16890598 . T A 697.54 PASS AF=0.368889;AO=83;DP=225;FAO=83;FDP=225;FR=.;FRO=142;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=-0.0135007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.153;QD=12.4008;RBI=0.0137002;REFB=-0.00203628;REVB=0.00232943;RO=142;SAF=32;SAR=51;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114313;STB=0.564849;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00246667;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:142:142:83:83:0.368889:51:32:69:73:51:32:69:73 chr1 16890602 . T G 90.76 PASS AF=0.110599;AO=24;DP=217;FAO=24;FDP=217;FR=.;FRO=193;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=86;FSRR=107;FWDB=0.00840964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.032;QD=1.67304;RBI=0.00918196;REFB=-0.000434914;REVB=0.00368597;RO=193;SAF=10;SAR=14;SRF=86;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362383;STB=0.526211;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00504352;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:217:217:193:193:24:24:0.110599:14:10:86:107:14:10:86:107 chr1 16890639 . C T 383.87 PASS AF=0.34058;AO=47;DP=138;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00816553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.802;QD=11.1267;RBI=0.0227848;REFB=-0.00440146;REVB=-0.0212714;RO=90;SAF=23;SAR=24;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769928;STB=0.54743;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00770647;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:90:91:47:47:0.34058:24:23:38:52:24:23:38:53 chr1 16890644 . C T 200.78 PASS AF=0.233083;AO=31;DP=133;FAO=31;FDP=133;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.00485244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.967;QD=6.03843;RBI=0.0193092;REFB=-0.00937836;REVB=-0.0186895;RO=102;SAF=11;SAR=20;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125468;STB=0.576872;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.043343;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:102:102:31:31:0.233083:20:11:46:56:20:11:46:56 chr1 16890671 . TG CA 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00178891;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.15;QD=22.3058;RBI=0.0144681;REFB=-0.00286705;REVB=0.0143571;RO=41;SAF=18;SAR=29;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070542;STB=0.538908;STBP=0.442;TYPE=mnp;VARB=0.00236872;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:29:18:19:22:29:18:19:22 chr1 16893701 . G A 32.25 PASS AF=0.0506608;AO=23;DP=454;FAO=23;FDP=454;FR=.;FRO=431;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=216;FSRR=215;FWDB=0.00769596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.941;QD=0.284158;RBI=0.0080294;REFB=-0.000381236;REVB=0.00228986;RO=429;SAF=9;SAR=14;SRF=214;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105979;STB=0.604399;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00735025;OID=.;OPOS=16893701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:454:454:429:431:23:23:0.0506608:14:9:214:215:14:9:216:215 chr1 16893721 . A C 179.03 PASS AF=0.104046;AO=54;DP=519;FAO=54;FDP=519;FR=.;FRO=465;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=233;FSRR=232;FWDB=-0.00143122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.024;QD=1.37982;RBI=0.0126346;REFB=-0.000847367;REVB=-0.0125533;RO=465;SAF=31;SAR=23;SRF=233;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902482;STB=0.565548;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00815687;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:519:465:465:54:54:0.104046:23:31:233:232:23:31:233:232 chr1 16893841 . C T 152.68 PASS AF=0.131868;AO=36;DP=273;FAO=36;FDP=273;FR=.;FRO=237;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=126;FSRR=111;FWDB=-0.00397317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.083;QD=2.23707;RBI=0.00863197;REFB=-0.00199288;REVB=-0.00766321;RO=234;SAF=21;SAR=15;SRF=123;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740201;STB=0.545429;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0149062;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:234:237:36:36:0.131868:15:21:123:111:15:21:126:111 chr1 16901668 . T C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0242882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0635;QD=29.9648;RBI=0.0671001;REFB=0.0216159;REVB=-0.06255;RO=13;SAF=19;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169286;STB=0.59367;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0137069;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:6:19:7:6:6:19:7:6 chr1 16907303 . C T 180.15 PASS AF=0.0847458;AO=70;DP=826;FAO=70;FDP=826;FR=.;FRO=756;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=387;FSRR=369;FWDB=-0.0238881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.224;QD=0.872384;RBI=0.0265445;REFB=0.000665243;REVB=-0.0115745;RO=755;SAF=40;SAR=30;SRF=386;SRR=369;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714094;STB=0.554729;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.006457;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:826:826:755:756:70:70:0.0847458:30:40:386:369:30:40:387:369 chr1 16907328 . G T 2069.78 PASS AF=0.403478;AO=232;DP=573;FAO=232;FDP=575;FR=.;FRO=343;FSAF=120;FSAR=112;FSRF=146;FSRR=197;FWDB=0.00715546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.256;QD=14.3985;RBI=0.00735238;REFB=0.00440833;REVB=0.00169025;RO=341;SAF=120;SAR=112;SRF=144;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101106;STB=0.554487;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00565392;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:575:341:343:232:232:0.403478:112:120:144:197:112:120:146:197 chr1 16909052 . C T 2395.28 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.381;QD=63.8741;RBI=0.0373285;REFB=0;REVB=0.0270519;RO=0;SAF=76;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71835e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:140:150:0:0:140:150:1:64:76:0:0:64:86:0:0 chr1 16909100 . G C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0202922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.469;QD=17.3255;RBI=0.0204691;REFB=-0.0053536;REVB=0.0026857;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584098;STB=0.5333;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00593047;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:11:14:10:10:11:14 chr1 16913584 . A C 731.35 PASS AF=0.638095;AO=67;DP=105;FAO=67;FDP=105;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000523663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0405;QD=27.8609;RBI=0.0237345;REFB=0.000235615;REVB=0.0237287;RO=38;SAF=33;SAR=34;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498662;STB=0.5027;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=8.5389e-05;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:38:67:67:0.638095:34:33:19:19:34:33:19:19 chr1 16913612 . G A 612.74 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0102741;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0603;QD=23.5668;RBI=0.010396;REFB=-0.00421303;REVB=-0.00158678;RO=41;SAF=32;SAR=28;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339744;STB=0.52374;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0031112;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:41:44:60:60:0.576923:28:32:20:21:28:32:21:23 chr1 16914252 . C T 116.76 PASS AF=0.109215;AO=32;DP=293;FAO=32;FDP=293;FR=.;FRO=261;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=143;FSRR=118;FWDB=-0.0679387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2557;QD=1.59403;RBI=0.0688939;REFB=-0.00281863;REVB=0.0114323;RO=259;SAF=16;SAR=16;SRF=142;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598356;STB=0.542636;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0227603;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:259:261:32:32:0.109215:16:16:142:117:16:16:143:118 chr1 16915357 . C T 151.06 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00847753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.628;QD=11.1898;RBI=0.00996024;REFB=-0.00615406;REVB=0.00522857;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062033;STB=0.56072;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0123099;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:18:19:0.351852:8:10:17:17:8:11:17:18 chr1 16918498 . G A 133.16 PASS AF=0.114379;AO=35;DP=306;FAO=35;FDP=306;FR=.;FRO=271;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=123;FSRR=148;FWDB=-0.0209536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.633;QD=1.74065;RBI=0.0213221;REFB=-0.00290199;REVB=0.00394686;RO=269;SAF=9;SAR=26;SRF=122;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258755;STB=0.686563;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0172598;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:269:271:35:35:0.114379:26:9:122:147:26:9:123:148 chr1 16918502 . A G 689.11 PASS AF=0.318182;AO=76;DP=272;FAO=91;FDP=286;FR=.;FRO=195;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=90;FSRR=105;FWDB=0.0219282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.873;QD=9.63787;RBI=0.0368471;REFB=-0.0144919;REVB=0.0296119;RO=192;SAF=28;SAR=48;SRF=87;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107372;STB=0.578321;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0225872;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:286:192:195:76:91:0.318182:48:28:87:105:59:32:90:105 chr1 17004770 . G T 77.88 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0180995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.402;QD=14.1597;RBI=0.0180996;REFB=0.0119311;REVB=-6.71621e-05;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0108651;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:7:5:5:5:7:5 chr1 17017717 . C T 86.3 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=0.0349168;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.924;QD=2.73978;RBI=0.0349169;REFB=-0.0015899;REVB=2.87271e-05;RO=109;SAF=10;SAR=7;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25007;STB=0.683794;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00921364;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:126:126:109:108:17:18:0.142857:7:10:42:67:7:11:42:66 chr1 17017734 . C T 70.03 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=113;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.00764593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.523;QD=2.47882;RBI=0.00765854;REFB=-0.00750458;REVB=0.000439383;RO=98;SAF=11;SAR=4;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412929;STB=0.781874;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0420049;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:113:113:98:98:15:15:0.132743:4:11:38:60:4:11:38:60 chr1 17022952 . C A 1500.45 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2798;QD=62.5189;RBI=0.0610269;REFB=-0.0253454;REVB=0.0537465;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116667;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:96:1:0:94:96:1:54:40:1:0:55:41:0:0 chr1 17023110 . G A 529.32 PASS AF=0.32093;AO=69;DP=215;FAO=69;FDP=215;FR=.;FRO=146;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=-0.0127988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.335;QD=9.84784;RBI=0.0166792;REFB=-0.0169613;REVB=-0.0106952;RO=146;SAF=29;SAR=40;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029999;STB=0.50173;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.033638;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:146:146:69:69:0.32093:40:29:61:85:40:29:61:85 chr1 17023143 . C T 708.89 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00166812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.026;QD=17.9466;RBI=0.0107349;REFB=-0.0177153;REVB=-0.0106045;RO=81;SAF=31;SAR=44;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534565;STB=0.530295;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0197334;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:83:75:75:0.474684:44:31:38:43:44:31:39:44 chr1 17023182 . C G 1019.67 PASS AF=0.699187;AO=86;DP=123;FAO=86;FDP=123;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0132399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.959;QD=33.1599;RBI=0.0141254;REFB=-0.0228941;REVB=-0.00492271;RO=37;SAF=36;SAR=50;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054049;STB=0.529043;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.010018;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:37:37:86:86:0.699187:50:36:19:18:50:36:19:18 chr1 17023376 . C T 723.26 PASS AF=0.435754;AO=78;DP=179;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0261484;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.948;QD=16.1622;RBI=0.0456677;REFB=-0.0225984;REVB=0.0374406;RO=97;SAF=40;SAR=38;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110229;STB=0.554589;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0301998;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:97:101:78:78:0.435754:38:40:39:58:38:40:42:59 chr1 17023403 . G A 382.59 PASS AF=0.318182;AO=47;DP=156;FAO=49;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0178749;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2338;QD=9.93734;RBI=0.0371709;REFB=-0.0112915;REVB=-0.0325909;RO=98;SAF=25;SAR=22;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966168;STB=0.553136;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0388344;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:98:102:47:49:0.318182:22:25:44:54:24:25:44:58 chr1 17026043 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00754181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.664;QD=23.236;RBI=0.0672398;REFB=-0.0504715;REVB=0.0668155;RO=12;SAF=17;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385824;STB=0.715472;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0225726;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:1:17:9:3:1:17:10:3 chr1 17026087 . G A 642.69 PASS AF=0.587629;AO=53;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0146444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.598;QD=26.5028;RBI=0.085643;REFB=-0.0179666;REVB=0.0843816;RO=30;SAF=41;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373156;STB=0.58032;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00895204;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:30:40:53:57:0.587629:12:41:22:8:16:41:22:18 chr1 17029257 . T C 98.06 PASS AF=0.115741;AO=25;DP=216;FAO=25;FDP=216;FR=.;FRO=191;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=79;FSRR=112;FWDB=-0.0214393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0359;QD=1.81587;RBI=0.0472414;REFB=-0.00710065;REVB=-0.0420964;RO=191;SAF=10;SAR=15;SRF=79;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174811;STB=0.512466;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0540487;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:216:216:191:191:25:25:0.115741:15:10:79:112:15:10:79:112 chr1 17029462 . A G 567.54 PASS AF=0.422078;AO=63;DP=152;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.0705612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2733;QD=14.7413;RBI=0.0842661;REFB=-0.0535598;REVB=-0.0460639;RO=87;SAF=36;SAR=27;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231269;STB=0.62334;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0574025;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:87:89:63:65:0.422078:27:36:30:57:29:36:30:59 chr1 17030504 . T A 176.52 PASS AF=0.111617;AO=49;DP=443;FAO=49;FDP=439;FR=.;FRO=390;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=204;FSRR=186;FWDB=0.0285755;FXX=0.00902914;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.071;QD=1.60837;RBI=0.0357262;REFB=-0.00598186;REVB=-0.021443;RO=384;SAF=27;SAR=22;SRF=203;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028136;STB=0.524948;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0267123;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:439:384:390:49:49:0.111617:22:27:203:181:22:27:204:186 chr1 17030515 . G A 159.79 PASS AF=0.104911;AO=47;DP=448;FAO=47;FDP=448;FR=.;FRO=401;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=216;FSRR=185;FWDB=-0.022295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.129;QD=1.42673;RBI=0.0273142;REFB=-0.00101303;REVB=-0.0157797;RO=401;SAF=25;SAR=22;SRF=216;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835772;STB=0.506058;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0161859;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:448:401:401:47:47:0.104911:22:25:216:185:22:25:216:185 chr1 17030518 . CT TG 149.7 PASS AF=0.102506;AO=45;DP=441;FAO=45;FDP=439;FR=.;FRO=394;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=213;FSRR=181;FWDB=-0.0400478;FXX=0.00453504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.897;QD=1.36401;RBI=0.0502691;REFB=0.00021239;REVB=-0.0303835;RO=386;SAF=24;SAR=21;SRF=210;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132774;STB=0.506562;STBP=0.918;TYPE=mnp;VARB=-0.00288029;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:439:386:394:45:45:0.102506:21:24:210:176:21:24:213:181 chr1 17030590 . G A 141.22 PASS AF=0.113772;AO=38;DP=334;FAO=38;FDP=334;FR=.;FRO=296;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=146;FSRR=150;FWDB=-0.0110716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8939;QD=1.69128;RBI=0.0128494;REFB=-0.00255572;REVB=0.00652125;RO=294;SAF=16;SAR=22;SRF=145;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903877;STB=0.564247;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00941242;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:294:296:38:38:0.113772:22:16:145:149:22:16:146:150 chr1 17033805 . C T 633.77 PASS AF=0.306569;AO=84;DP=275;FAO=84;FDP=274;FR=.;FRO=190;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=95;FSRR=95;FWDB=-0.00521413;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.683;QD=9.25213;RBI=0.00816783;REFB=-0.0121287;REVB=-0.00628699;RO=188;SAF=54;SAR=30;SRF=93;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180815;STB=0.60158;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0264558;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:188:190:84:84:0.306569:30:54:93:95:30:54:95:95 chr1 17033854 . C T 1767.96 PASS AF=0.672566;AO=150;DP=226;FAO=152;FDP=226;FR=.;FRO=74;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0132417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.477;QD=31.2913;RBI=0.0133498;REFB=-0.0355787;REVB=0.0016951;RO=76;SAF=76;SAR=74;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122122;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:76:74:150:152:0.672566:74:76:37:39:76:76:37:37 chr1 17034041 . T C 90.38 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0389515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.274;QD=30.1255;RBI=0.0437165;REFB=-0.0209982;REVB=-0.0198472;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586432;STB=0.538382;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00322247;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:2:2:9:10:0.833333:3:6:1:1:3:7:1:1 chr1 17034125 . C CAGCT 66.28 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0658043;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=4;MLLD=170.101;QD=10.6041;RBI=0.0669028;REFB=-0.020288;REVB=0.0120738;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433491;STB=0.763038;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0345347;OID=.;OPOS=17034126;OREF=-;OALT=AGCT;OMAPALT=CAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:26:9:25:16:2:7:10:6:66:16:2:7:10:6 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 388.56 PASS AF=0.331126;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=151;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.000764397;FXX=0.0621079;HRUN=1;LEN=8;MLLD=293.42;QD=10.2929;RBI=0.0194254;REFB=-0.00755383;REVB=0.0194104;RO=101;SAF=31;SAR=19;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101851;STB=0.55884;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.0156783;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.331126:50:161:50:151:101:31:19:54:47:99:101:31:19:54:47 chr1 17046456 . T C 1177.42 PASS AF=0.568421;AO=107;DP=190;FAO=108;FDP=190;FR=.;FRO=82;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.017331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.759;QD=24.7877;RBI=0.0628947;REFB=-0.00536698;REVB=-0.0604598;RO=82;SAF=54;SAR=53;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620729;STB=0.531573;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00453519;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:82:82:107:108:0.568421:53:54:35:47:54:54:35:47 chr1 17052116 . CG GC 77.58 PASS AF=0.0642202;AO=42;DP=656;FAO=42;FDP=654;FR=.;FRO=612;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=305;FSRR=307;FWDB=-0.00289003;FXX=0.00758714;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.484;QD=0.47451;RBI=0.0363024;REFB=-0.00101282;REVB=-0.0361872;RO=600;SAF=29;SAR=13;SRF=296;SRR=304;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215546;STB=0.681164;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.0161148;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:656:654:600:612:42:42:0.0642202:13:29:296:304:13:29:305:307 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 517.79 PASS AF=0.292089,0.0831643,0.0344828;AO=118,38,25;DP=530;FAO=144,41,17;FDP=493;FR=.;FRO=291;FSAF=34,1,0;FSAR=110,40,17;FSRF=217;FSRR=74;FWDB=0.0728318,0.0181818,0.00996993;FXX=0.102002;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=8.68753,21.2605,204.858;QD=4.20109;RBI=0.265488,0.111545,0.073747;REFB=-0.137644,-0.0794131,-0.00754231;REVB=-0.255302,-0.110054,-0.07307;RO=252;SAF=27,0,0;SAR=91,38,25;SRF=210;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0.454545,0,0;SSSB=-0.638269,-0.83104,-0.793951;STB=0.815232,0.98693,0.999652;STBP=0,0,0;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0566915,0.138364,0.0627795;OID=.,.,.;OPOS=17052137,17052142,17052136;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:530:493:252:291:118,38,25:144,41,17:0.292089,0.0831643,0.0344828:91,38,25:27,0,0:210:42:110,40,17:34,1,0:217:74 chr1 17053766 . G A 1074.17 PASS AF=0.578035;AO=100;DP=173;FAO=100;FDP=173;FR=.;FRO=73;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0195854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.576;QD=24.8363;RBI=0.0220275;REFB=-0.00797222;REVB=-0.010081;RO=72;SAF=61;SAR=39;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161243;STB=0.590557;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00497211;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:72:73:100:100:0.578035:39:61:29:43:39:61:29:44 chr1 17053769 . G A 100.11 PASS AF=0.130682;AO=23;DP=176;FAO=23;FDP=176;FR=.;FRO=153;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.0136226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.328;QD=2.2751;RBI=0.0166561;REFB=-0.00325048;REVB=-0.00958393;RO=153;SAF=19;SAR=4;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44844;STB=0.812348;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0229274;OID=.;OPOS=17053769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:153:153:23:23:0.130682:4:19:73:80:4:19:73:80 chr1 17053782 . C A,G 1512.37 PASS AF=0.396648,0.329609;AO=71,59;DP=180;FAO=71,59;FDP=179;FR=.;FRO=49;FSAF=29,36;FSAR=42,23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00232428,0.00159774;FXX=0.00555525;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=114.426,69.2497;QD=33.7961;RBI=0.140624,0.0192633;REFB=0.156659,-0.0163417;REVB=0.140605,-0.0191969;RO=48;SAF=29,36;SAR=42,23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0692432,0.0925487;STB=0.542312,0.546672;STBP=0.284,0.314;TYPE=snp,snp;VARB=-0.124328,0.00497506;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:180:179:48:49:71,59:71,59:0.396648,0.329609:42,23:29,36:24:24:42,23:29,36:25:24 chr1 17053809 . C T 609.58 PASS AF=0.367876;AO=71;DP=193;FAO=71;FDP=193;FR=.;FRO=122;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00352679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.041;QD=12.6338;RBI=0.0083238;REFB=-0.02143;REVB=-0.00753973;RO=120;SAF=27;SAR=44;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189151;STB=0.612333;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0317246;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:120:122:71:71:0.367876:44:27:66:54:44:27:68:54 chr1 17053826 . C T 390.56 PASS AF=0.291209;AO=53;DP=182;FAO=53;FDP=182;FR=.;FRO=129;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=-0.0173814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.857;QD=8.58368;RBI=0.0314359;REFB=-0.0131478;REVB=-0.0261936;RO=129;SAF=23;SAR=30;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971017;STB=0.505687;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.024978;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:129:129:53:53:0.291209:30:23:57:72:30:23:57:72 chr1 17053834 . A AC 44.64 PASS AF=0.132184;AO=22;DP=179;FAO=23;FDP=174;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=-0.0103228;FXX=0.0224706;HRUN=0;LEN=1;MLLD=287.398;QD=1.02615;RBI=0.0150999;REFB=-0.00414647;REVB=-0.0110204;RO=153;SAF=7;SAR=15;SRF=70;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180555;STB=0.598048;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=0.0209135;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132184:22:179:23:174:151:8:15:69:82:44:153:7:15:70:83 chr1 17053856 . T G 50.56 PASS AF=0.0945946;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=148;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=-0.0121866;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.402;QD=1.36654;RBI=0.0186837;REFB=-0.00181879;REVB=-0.0141622;RO=136;SAF=6;SAR=8;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753925;STB=0.551383;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0173993;OID=.;OPOS=17053856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:150:148:136:134:14:14:0.0945946:8:6:67:69:8:6:65:69 chr1 17053861 . C T 404.38 PASS AF=0.347518;AO=43;DP=137;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0175218;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.86;QD=11.4718;RBI=0.035468;REFB=-0.0135659;REVB=0.0308377;RO=94;SAF=24;SAR=19;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118479;STB=0.568475;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0253148;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:94:92:43:49:0.347518:19:24:43:51:22:27:41:51 chr1 17084086 . A G 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.015727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.766;QD=1.37024;RBI=0.0196664;REFB=-0.00207969;REVB=0.011808;RO=82;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692253;STB=0.555419;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0233384;OID=.;OPOS=17084086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:4:4:36:46:4:4:36:46 chr1 17084152 . C T 32.86 PASS AF=0.0673575;AO=13;DP=191;FAO=13;FDP=193;FR=.;FRO=180;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=87;FSRR=93;FWDB=-0.00411582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.891;QD=0.681112;RBI=0.0273077;REFB=-0.00134758;REVB=-0.0269958;RO=178;SAF=5;SAR=8;SRF=87;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112771;STB=0.592926;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0123429;OID=.;OPOS=17084152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:191:193:178:180:13:13:0.0673575:8:5:87:91:8:5:87:93 chr1 17084510 . G A 570.43 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0247393;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9208;QD=14.5331;RBI=0.0395342;REFB=0.00546474;REVB=0.030837;RO=93;SAF=29;SAR=36;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561825;STB=0.506749;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00729419;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:93:92:65:65:0.414013:36:29:41:52:36:29:40:52 chr1 17084536 . TGGAACA T 193.33 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00190377;FXX=0.0380916;HRUN=2;LEN=6;MLLD=335.428;QD=7.65652;RBI=0.00294285;REFB=-0.00704589;REVB=-0.0022441;RO=67;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=0.109734;STB=0.574217;STBP=0.273;TYPE=del;VARB=0.0134409;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356436:36:105:36:101:65:18:18:25:40:99:67:18:18:27:40 chr1 17084968 . G C 240.9 PASS AF=0.322917;AO=28;DP=93;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00209893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.57;QD=10.0376;RBI=0.019629;REFB=-0.00912349;REVB=-0.0195165;RO=65;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119556;STB=0.527647;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0205653;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:65:65:28:31:0.322917:17:11:32:33:17:14:32:33 chr1 17085006 . C T 73.6 PASS AF=0.123188;AO=17;DP=138;FAO=17;FDP=138;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.0158839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.814;QD=2.13339;RBI=0.0166644;REFB=-0.00483227;REVB=-0.00504014;RO=120;SAF=11;SAR=6;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154053;STB=0.606172;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0483685;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:138:138:120:121:17:17:0.123188:6:11:63:57:6:11:64:57 chr1 17085412 . C T 224.13 PASS AF=0.18552;AO=41;DP=221;FAO=41;FDP=221;FR=.;FRO=180;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=112;FWDB=0.0559874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.043;QD=4.05667;RBI=0.0592608;REFB=-0.0129606;REVB=0.0194228;RO=179;SAF=16;SAR=25;SRF=67;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217251;STB=0.510712;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0522805;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:179:180:41:41:0.18552:25:16:67:112:25:16:68:112 chr1 17085427 . T C 194.6 PASS AF=0.167401;AO=38;DP=228;FAO=38;FDP=227;FR=.;FRO=189;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=116;FWDB=-0.00788639;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=3.42914;RBI=0.00816295;REFB=-0.00374246;REVB=-0.00210679;RO=189;SAF=15;SAR=23;SRF=73;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114891;STB=0.507419;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0275982;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:189:189:38:38:0.167401:23:15:73:116:23:15:73:116 chr1 17085502 . T C 609.4 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0404547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171;QD=20.4841;RBI=0.0415909;REFB=-0.0104452;REVB=-0.00965522;RO=57;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159049;STB=0.512601;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0116549;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:57:57:61:62:0.521008:31:30:27:30:31:31:27:30 chr1 17085564 . A G 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0263623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.042;QD=2.28094;RBI=0.0285473;REFB=-0.0159225;REVB=0.0109535;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198226;STB=0.647698;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0503065;OID=.;OPOS=17085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:32:16:3:3:32:16 chr1 17085614 . G A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0217139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.906;QD=4.92228;RBI=0.0234963;REFB=-0.014528;REVB=-0.00897684;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419387;STB=0.775808;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.062666;OID=.;OPOS=17085614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:2:6:13:20:2:6:13:20 chr1 17085834 . G T 493.57 PASS AF=0.741379;AO=42;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0220594;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.603;QD=34.0393;RBI=0.0258393;REFB=-0.05263;REVB=0.0134556;RO=15;SAF=26;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109767;STB=0.554073;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0103242;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:42:43:0.741379:16:26:6:9:17:26:6:9 chr1 17086052 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.452;QD=35.5759;RBI=0.0952608;REFB=0;REVB=-0.0587767;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144582;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 17086941 . C T 198.77 PASS AF=0.210526;AO=32;DP=152;FAO=32;FDP=152;FR=.;FRO=120;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.00431419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.988;QD=5.23081;RBI=0.00689499;REFB=-0.00287125;REVB=-0.00537854;RO=120;SAF=12;SAR=20;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108883;STB=0.567754;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00834775;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:120:120:32:32:0.210526:20:12:55:65:20:12:55:65 chr1 17087262 . C T 226.91 PASS AF=0.264;AO=33;DP=125;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=79;FWDB=0.0682003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4473;QD=7.26115;RBI=0.0934461;REFB=0.0134396;REVB=0.063882;RO=92;SAF=9;SAR=24;SRF=13;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23602;STB=0.637045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0342197;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:92:92:33:33:0.264:24:9:13:79:24:9:13:79 chr1 17087365 . C G 1508.33 PASS AF=0.825175;AO=85;DP=142;FAO=118;FDP=143;FR=.;FRO=25;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0125115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.088;QD=42.1912;RBI=0.0284667;REFB=-0.0373486;REVB=0.0255698;RO=24;SAF=39;SAR=46;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122828;STB=0.534461;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0170059;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:24:25:85:118:0.825175:46:39:4:20:79:39:4:21 chr1 17087465 . G A 342.13 PASS AF=0.262032;AO=49;DP=186;FAO=49;FDP=187;FR=.;FRO=138;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.0139341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.18;QD=7.31829;RBI=0.0155324;REFB=-0.00757283;REVB=0.00686271;RO=137;SAF=23;SAR=26;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334381;STB=0.522604;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0230427;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:137:138:49:49:0.262032:26:23:68:69:26:23:69:69 chr1 17087521 . G A 46.48 PASS AF=0.0869565;AO=14;DP=160;FAO=14;FDP=161;FR=.;FRO=147;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=-0.0351762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.848;QD=1.15488;RBI=0.0567779;REFB=-0.00285862;REVB=-0.0445687;RO=145;SAF=7;SAR=7;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279794;STB=0.515506;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0309269;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:160:161:145:147:14:14:0.0869565:7:7:76:69:7:7:76:71 chr1 17087541 . GGTGCT G 125.37 PASS AF=0.22293;AO=34;DP=161;FAO=35;FDP=157;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.00381124;FXX=0.0248432;HRUN=2;LEN=5;MLLD=271.363;QD=3.19406;RBI=0.0141595;REFB=-0.00173327;REVB=-0.0136369;RO=122;SAF=11;SAR=23;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267537;STB=0.648395;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.00589525;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22293:34:161:35:157:122:12:23:65:57:99:122:11:23:65:57 chr1 17087582 . G A 268.13 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00732257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.958;QD=8.25011;RBI=0.0119277;REFB=-0.00830696;REVB=0.00941543;RO=92;SAF=16;SAR=21;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120933;STB=0.575063;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0135188;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:92:93:37:37:0.284615:21:16:49:43:21:16:50:43 chr1 17185500 . C T 55.82 PASS AF=0.108527;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.0316129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.906;QD=1.7309;RBI=0.0337414;REFB=-0.00306826;REVB=0.0117944;RO=115;SAF=5;SAR=9;SRF=44;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328817;STB=0.524341;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0245056;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:129:129:115:115:14:14:0.108527:9:5:44:71:9:5:44:71 chr1 17186685 . T C 305.73 PASS AF=0.3125;AO=40;DP=129;FAO=40;FDP=128;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00410157;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2294;QD=9.554;RBI=0.00694593;REFB=-0.00474737;REVB=-0.00560563;RO=87;SAF=21;SAR=19;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496742;STB=0.532771;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0176701;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:87:88:40:40:0.3125:19:21:42:45:19:21:42:46 chr1 17186719 . T G 433.8 PASS AF=0.341615;AO=55;DP=161;FAO=55;FDP=161;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.000127776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3676;QD=10.7777;RBI=0.01543;REFB=0.00525046;REVB=0.0154295;RO=106;SAF=29;SAR=26;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744704;STB=0.542713;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0103505;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:106:106:55:55:0.341615:26:29:49:57:26:29:49:57 chr1 17197563 . G T 284.46 PASS AF=0.276596;AO=39;DP=141;FAO=39;FDP=141;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00654476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5606;QD=8.06986;RBI=0.00815063;REFB=-0.0122265;REVB=0.00485787;RO=102;SAF=26;SAR=13;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231686;STB=0.637609;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0312059;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:102:102:39:39:0.276596:13:26:49:53:13:26:49:53 chr1 17197571 . G A 169.45 PASS AF=0.190789;AO=29;DP=152;FAO=29;FDP=152;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=-0.0171624;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.682;QD=4.45908;RBI=0.0245776;REFB=-0.00303353;REVB=0.017593;RO=121;SAF=23;SAR=6;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424802;STB=0.765746;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0320239;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:121:123:29:29:0.190789:6:23:57:64:6:23:59:64 chr1 17197595 . A C 249.07 PASS AF=0.222222;AO=40;DP=180;FAO=40;FDP=180;FR=.;FRO=140;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.00515645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.002;QD=5.53498;RBI=0.0162348;REFB=-0.00461618;REVB=-0.0153941;RO=140;SAF=30;SAR=10;SRF=69;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341079;STB=0.710417;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.014124;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:140:140:40:40:0.222222:10:30:69:71:10:30:69:71 chr1 17197609 . T C 267.45 PASS AF=0.228261;AO=40;DP=185;FAO=42;FDP=184;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=0.00270109;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.191;QD=5.81421;RBI=0.00936842;REFB=-0.00390859;REVB=0.00897058;RO=140;SAF=29;SAR=11;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289099;STB=0.646971;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0137478;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:140:142:40:42:0.228261:11:29:71:69:13:29:72:70 chr1 17197615 . C A 278.99 PASS AF=0.233696;AO=44;DP=186;FAO=43;FDP=184;FR=.;FRO=141;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=0.0240433;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.092;QD=6.06505;RBI=0.0276185;REFB=-0.0109475;REVB=0.0135906;RO=141;SAF=31;SAR=13;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279117;STB=0.684454;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0361579;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:141:141:44:43:0.233696:13:31:69:72:12:31:69:72 chr1 17197619 . A G 278.91 PASS AF=0.231183;AO=42;DP=185;FAO=43;FDP=186;FR=.;FRO=143;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.00486942;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.249;QD=5.99816;RBI=0.0134288;REFB=-0.0105109;REVB=0.0125148;RO=141;SAF=30;SAR=12;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309375;STB=0.689511;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0285467;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:141:143:42:43:0.231183:12:30:67:74:12:31:69:74 chr1 17199074 . T C 242.88 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00176129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.58;QD=22.5938;RBI=0.00765787;REFB=-0.00736642;REVB=0.00745257;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469479;STB=0.526293;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.010906;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:12:8:8:15:12:8 chr1 17199076 . T A 244.3 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00614876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.043;QD=23.2663;RBI=0.0155935;REFB=-0.021275;REVB=0.0143301;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.535683;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0259511;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:19:23:23:0.547619:8:15:9:8:8:15:11:8 chr1 17200227 . C A 51.53 PASS AF=0.0652742;AO=25;DP=384;FAO=25;FDP=383;FR=.;FRO=358;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=181;FSRR=177;FWDB=0.00604502;FXX=0.0026041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0362;QD=0.538134;RBI=0.0141775;REFB=0.000229313;REVB=-0.0128241;RO=356;SAF=9;SAR=16;SRF=180;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157903;STB=0.636273;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00438711;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:384:383:356:358:25:25:0.0652742:16:9:180:176:16:9:181:177 chr1 17200270 . T G 2380.54 PASS AF=0.47025;AO=245;DP=521;FAO=245;FDP=521;FR=.;FRO=276;FSAF=123;FSAR=122;FSRF=139;FSRR=137;FWDB=-0.0013783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7136;QD=18.2767;RBI=0.0369617;REFB=-0.0210588;REVB=0.036936;RO=273;SAF=123;SAR=122;SRF=139;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682312;STB=0.500838;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0233994;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:521:273:276:245:245:0.47025:122:123:139:134:122:123:139:137 chr1 17200289 . C T 2687.81 PASS AF=0.492754;AO=253;DP=530;FAO=272;FDP=552;FR=.;FRO=280;FSAF=130;FSAR=142;FSRF=145;FSRR=135;FWDB=-0.0547474;FXX=0.00180829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7573;QD=19.4769;RBI=0.122909;REFB=-0.0614722;REVB=0.110042;RO=276;SAF=130;SAR=123;SRF=142;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000626363;STB=0.520249;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0628408;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:530:552:276:280:253:272:0.492754:123:130:142:134:142:130:145:135 chr1 17250836 . A G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.016567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.638;QD=6.39527;RBI=0.0229634;REFB=-0.00520329;REVB=-0.0159013;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260507;STB=0.666297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0226215;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:13:16:3:6:13:16 chr1 17250856 . C T 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.148286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.405;QD=6.59499;RBI=0.149602;REFB=-0.00775779;REVB=-0.0198016;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280827;STB=0.678179;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0342697;OID=.;OPOS=17250856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:12:16:3:6:12:16 chr1 17264920 . C T 134.62 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0329208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.229;QD=6.64771;RBI=0.033663;REFB=-0.00718581;REVB=-0.00702982;RO=61;SAF=16;SAR=4;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323326;STB=0.701532;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0166921;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:4:16:35:26:4:16:35:26 chr1 17264939 . T C 128.48 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0148282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.729;QD=6.94464;RBI=0.0352839;REFB=-0.0139914;REVB=-0.0320168;RO=53;SAF=15;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311349;STB=0.682756;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0345344;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:55:19:19:0.256757:4:15:30:23:4:15:32:23 chr1 17265560 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0258512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.125;QD=13.2052;RBI=0.0413861;REFB=-0.0137988;REVB=0.0323191;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013128;OID=.;OPOS=17265560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr1 17270751 . G A 323.73 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00490633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6558;QD=34.9976;RBI=0.0737709;REFB=-0.0242525;REVB=0.0736076;RO=9;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897754;STB=0.55928;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0111379;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:9:10:27:27:0.72973:16:11:2:7:16:11:2:8 chr1 17273396 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.062876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.551;QD=12.5693;RBI=0.0632362;REFB=-0.0184057;REVB=-0.00673982;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132467;STB=0.577458;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0349943;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:9:17:8:7:9:17 chr1 17273444 . G A 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0310564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.972;QD=13.504;RBI=0.0371326;REFB=-0.00815776;REVB=0.0203551;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207284;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0115178;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:5:12:6:6:5:12 chr1 17295679 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.48;QD=62.0197;RBI=0.0176655;REFB=0;REVB=0.00969877;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77487e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr1 17312743 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0697129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.992;QD=7.27138;RBI=0.0698549;REFB=-0.00218682;REVB=0.0044507;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414735;STB=0.749559;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0180878;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:5:20:4:5:5:20 chr1 17313343 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0467603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5211;QD=23.8998;RBI=0.0468381;REFB=-0.0280333;REVB=-0.00269928;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281779;STB=0.515683;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0119028;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:11:12:15:12:11:12 chr1 17313654 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0288822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.908;QD=15.3791;RBI=0.0343705;REFB=-0.0192031;REVB=0.018632;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202806;STB=0.616261;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0186869;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:11:3:5:7:11:3 chr1 17314702 . C T 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00112893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.448;QD=22.1268;RBI=0.0343843;REFB=-0.00416587;REVB=0.0343658;RO=33;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131794;STB=0.572561;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00310573;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:19:21:12:21:19:21:12:21 chr1 17314942 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0109888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6158;QD=13.1196;RBI=0.0207995;REFB=-0.0242264;REVB=0.0176597;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2051;STB=0.617665;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0338509;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:16:9:21:17:16:9:21:17 chr1 17319011 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00601191;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.548;QD=14.6498;RBI=0.00626985;REFB=-0.0117125;REVB=0.00177987;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0122942;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:14:5:6:8:14:5 chr1 17380497 . G T 2496.52 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0391474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.851;QD=60.1572;RBI=0.0403291;REFB=-0.00122365;REVB=0.00969131;RO=2;SAF=79;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111938;STB=0.505813;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=5.39442e-05;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:163:164:0.987952:84:79:0:2:85:79:0:2 chr1 17394613 . T C,G 782.68 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=51,4;DP=55;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30,2;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478696,-0.0139135;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.08,116.405;QD=55.9055;RBI=0.0140607,0.0279453;REFB=0,0;REVB=0.0132207,-0.0242353;RO=0;SAF=29,2;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00483655,0.129084;OID=.,.;OPOS=17394613,17394613;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:55:56:0:0:51,4:52,4:0.928571,0.0714286:22,2:29,2:0:0:22,2:30,2:0:0 chr1 17394623 . C T 771.8 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.012;QD=56.1307;RBI=0.0282364;REFB=0;REVB=0.0251835;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106192;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:22:32:0:1:23:32:0:0 chr1 17395480 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0298761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.779;QD=7.52764;RBI=0.0298868;REFB=-0.0116784;REVB=0.000799222;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129604;STB=0.566659;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0231364;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:7:9:28:14:7:9:28:15 chr1 17395521 . G A 437.89 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0109349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.34;QD=18.6336;RBI=0.0961105;REFB=-0.0381168;REVB=0.0954864;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226052;STB=0.58289;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0337783;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:40:33:34:0.361702:15:18:10:24:16:18:15:25 chr1 17396703 . T C 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0105352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.46;QD=26.3377;RBI=0.0115982;REFB=-0.00149538;REVB=0.0048504;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864781;STB=0.547904;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00144164;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:6:9:11:12:6:9 chr1 17402255 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0445891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.283;QD=18.3009;RBI=0.0446598;REFB=-0.0262506;REVB=0.00251058;RO=23;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400655;STB=0.732038;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0224096;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:17:3:11:12:17:3:11:12 chr1 17405809 . G A 220.7 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00329938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.137;QD=14.2385;RBI=0.00343912;REFB=-0.0240175;REVB=0.000970352;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616977;STB=0.545078;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.031256;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:36:26:26:0.419355:15:11:16:17:15:11:18:18 chr1 17413121 . A C 271.0 PASS AF=0.442857;AO=26;DP=65;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0137431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.315;QD=15.4859;RBI=0.0170193;REFB=-0.0251789;REVB=0.0100391;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832281;STB=0.533048;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0321084;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:38:39:26:31:0.442857:17:9:16:22:20:11:16:23 chr1 17550121 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00952573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.722;QD=21.0076;RBI=0.0123109;REFB=-0.0149423;REVB=0.00779857;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210827;STB=0.634001;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0119822;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:6:13:7:9:6:13:7:10 chr1 17557133 . A C 204.65 PASS AF=0.558824;AO=15;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00734348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.594;QD=24.0764;RBI=0.00768253;REFB=-0.00478706;REVB=-0.0022571;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250535;STB=0.519211;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00392079;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:15:19:0.558824:9:6:6:8:10:9:6:8 chr1 17575645 . A C 220.38 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0674021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1809;QD=14.218;RBI=0.0712434;REFB=-0.0343202;REVB=-0.0230776;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190108;STB=0.608026;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0415585;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:22:14:15:11:22:14 chr1 17586134 . A G 429.57 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0218509;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.362;QD=14.4394;RBI=0.0230296;REFB=0.00340493;REVB=-0.00727319;RO=69;SAF=23;SAR=26;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14405;STB=0.576368;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00666232;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:69:70:49:49:0.411765:26:23:42:27:26:23:42:28 chr1 17593316 . G A 366.0 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0306792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.537;QD=21.5293;RBI=0.0396051;REFB=-0.0222694;REVB=-0.0250469;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118929;STB=0.572069;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0309016;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:18:19:11:19:18:19:11:20 chr1 17604437 . C T 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0202683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.87;QD=12.7897;RBI=0.0292907;REFB=-0.0177672;REVB=0.0211457;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187039;STB=0.600517;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0222652;OID=.;OPOS=17604437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:17:11:25:19:17:11:25:20 chr1 17609448 . G T 295.66 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0036836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.353;QD=17.919;RBI=0.00453905;REFB=-0.015231;REVB=-0.00265219;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111718;STB=0.562461;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0211847;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:14:18:15:19:14:18:15:19 chr1 17657534 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9703;QD=62.9825;RBI=0.0396419;REFB=0;REVB=-0.0160224;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457903;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 17657616 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.149;QD=62.021;RBI=0.0199235;REFB=0;REVB=0.0178934;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56898e-05;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr1 17660499 . G C 528.5 PASS AF=0.863636;AO=33;DP=39;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0417476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.914;QD=48.0454;RBI=0.048386;REFB=0.00525726;REVB=-0.0244611;RO=0;SAF=1;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537481;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00129533;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:44:0:6:33:38:0.863636:32:1:0:0:37:1:0:6 chr1 17661128 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5193;QD=45.8065;RBI=0.0598215;REFB=0;REVB=0.00388002;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150762;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr1 17662639 . T C 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1247;QD=59.0367;RBI=0.0680383;REFB=0.122507;REVB=-0.0669811;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0211181;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr1 17662662 . T C 724.37 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.469;QD=54.6694;RBI=0.0266289;REFB=0.0616832;REVB=-0.00543364;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154349;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0105547;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:1:1:50:52:0.981132:30:20:0:1:31:21:0:1 chr1 17674537 . C A 463.18 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000830209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.029;QD=57.898;RBI=0.0238572;REFB=0;REVB=0.0238427;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275641;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr1 17699680 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00411985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.518;QD=15.7844;RBI=0.0242076;REFB=-0.0128528;REVB=0.0238545;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0159962;OID=.;OPOS=17699680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:6:11:8:6:6:11 chr1 17707601 . T C 439.53 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0106685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.539;QD=20.6836;RBI=0.0360199;REFB=-0.0306921;REVB=0.0344037;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209965;STB=0.516846;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0282536;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:21:22:20:21:21:23:20:21 chr1 17718671 . AG A 744.68 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.8246;QD=47.2814;RBI=0.114779;REFB=0;REVB=0.0954879;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00330333;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:63:63:63:0:34:29:0:0:14:0:34:29:0:0 chr1 17733267 . ATGT A 1481.11 PASS AF=1;AO=94;DP=105;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133289;FXX=0.0565984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=179.846;QD=59.2445;RBI=0.0263395;REFB=0;REVB=-0.022718;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000366591;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:105:100:100:0:48:52:0:0:8:0:45:49:0:0 chr1 17733996 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0212767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5682;QD=16.1722;RBI=0.0258891;REFB=-0.0196876;REVB=0.0147495;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753757;STB=0.543423;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0150457;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:11:9:6:10:11:9 chr1 17739586 . G A 493.65 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00281839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2702;QD=22.9605;RBI=0.0279175;REFB=-0.00326056;REVB=0.0277748;RO=39;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194376;STB=0.606851;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00383051;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:28:19:25:14:28:19:25:14 chr1 17949640 . C T 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0144604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.637;QD=14.7481;RBI=0.0258813;REFB=-0.00854024;REVB=0.0214648;RO=63;SAF=27;SAR=19;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495505;STB=0.52789;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0115627;OID=.;OPOS=17949640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:19:27:34:29:19:27:34:29 chr1 17991052 . T C 351.07 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.298;QD=54.0113;RBI=0.0304701;REFB=0;REVB=0.0272842;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48818e-05;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:8:18:0:0 chr1 18021406 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.221;QD=44.6898;RBI=0.0165311;REFB=0;REVB=-0.00262252;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387517;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr1 18023365 . C T 656.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128148;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.66;QD=62.5507;RBI=0.0364984;REFB=0;REVB=0.0341748;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315479;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 18023509 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.596;QD=59.322;RBI=0.0307282;REFB=0;REVB=-0.00920211;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04223e-05;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 18023690 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.32;QD=59.5013;RBI=0.0367367;REFB=0;REVB=0.00161936;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16069e-05;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:47:21:0:0:48:21:0:0 chr1 18149510 . G T 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0306207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.812;QD=9.33496;RBI=0.0328309;REFB=-0.0246808;REVB=0.0118425;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102272;STB=0.562401;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0522288;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:12:19:9:4:12:19 chr1 18149566 . C A 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0173722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.501;QD=12.5475;RBI=0.0190423;REFB=-0.00958866;REVB=0.00779861;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233665;STB=0.634514;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0116248;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:18:9:24:20:18:9:24:20 chr1 18152646 . C T 203.04 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00909229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.692;QD=12.3057;RBI=0.0111499;REFB=-0.012746;REVB=-0.00645366;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842613;STB=0.50485;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0188813;OID=.;OPOS=18152646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:20:21:13:12:20:21 chr1 18807897 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.973;QD=39.2067;RBI=0.05966;REFB=0;REVB=0.0574028;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369291;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 18807938 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0144755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.783;QD=21.1692;RBI=0.0146821;REFB=-0.00831793;REVB=-0.0024545;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0028201;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:1:2:2:5:1:2 chr1 18808292 . C A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.744;QD=49.5984;RBI=0.0595525;REFB=0;REVB=0.0571013;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592507;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 18808465 . T A 1308.85 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205803;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.884;QD=62.3262;RBI=0.0366545;REFB=0;REVB=0.0303316;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15509e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr1 18808526 . A C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.364;QD=59.9239;RBI=0.0284034;REFB=0;REVB=-0.0112222;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33721e-05;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr1 18808711 . G C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.019612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.998;QD=10.1699;RBI=0.0316943;REFB=-0.00197533;REVB=-0.0248978;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220022;STB=0.633889;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00354578;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:10:12:8:3:10:12 chr1 18809896 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.123;QD=62.6711;RBI=0.0071689;REFB=0;REVB=-0.00480605;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18038e-07;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 18810344 . G T 633.11 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00864599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.617;QD=57.5555;RBI=0.031419;REFB=-0.18543;REVB=0.030206;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0033821;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:44:1:1:42:43:0.977273:23:19:0:1:24:19:0:1 chr1 18810484 . G A 87.46 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0566806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.533;QD=7.28852;RBI=0.0699868;REFB=-0.0353858;REVB=0.0410544;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.120889;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:18:14:7:9:18:14 chr1 18810486 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.615;QD=63.8712;RBI=0.0159322;REFB=0;REVB=-0.00111222;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92517e-05;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 18811668 . T C 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409589;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.211;QD=42.4477;RBI=0.0441819;REFB=0;REVB=0.0165654;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216712;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:1:0:10:10:1:4:6:1:0:4:6:0:0 chr1 18812176 . G A 439.42 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0034127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.442;QD=19.3152;RBI=0.021308;REFB=-0.0171736;REVB=0.0210329;RO=47;SAF=25;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170876;STB=0.5949;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0141564;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:19:25:18:29:19:25:18:29 chr1 18812316 . C T 448.76 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0274777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.558;QD=15.746;RBI=0.0290217;REFB=-0.00163297;REVB=-0.0093399;RO=63;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237273;STB=0.517537;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00211512;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:64:50:50:0.438596:25:25:30:33:25:25:30:34 chr1 19186129 . G C 1330.98 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0445628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.626;QD=59.8194;RBI=0.0446101;REFB=-0.115035;REVB=0.00205235;RO=2;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734801;STB=0.500388;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00110766;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:42:45:1:1:42:45:1:1 chr1 19201956 . A G 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00737634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.142;QD=13.8298;RBI=0.0157388;REFB=0.00398805;REVB=-0.0139032;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201617;STB=0.614535;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0049691;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:14:25:12:15:14:25 chr1 19202896 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00272498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.252;QD=15.7909;RBI=0.00790713;REFB=-0.00296094;REVB=0.00742274;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197078;STB=0.604846;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00182382;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:20:11:21:17:20:11:21:18 chr1 19202917 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0521627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.948;QD=13.7262;RBI=0.0526862;REFB=-0.0222325;REVB=0.00740816;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146927;STB=0.592031;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0255282;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:15:10:19:16:15:10:20:16 chr1 19202926 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0267804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.476;QD=13.8995;RBI=0.0457991;REFB=-0.00880671;REVB=-0.0371533;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145785;STB=0.583264;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.014397;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:19:15:14:10:19:15 chr1 19411129 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0843;QD=59.8557;RBI=0.0203165;REFB=0;REVB=0.0029245;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134197;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr1 19413261 . T A 546.27 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=-0.00627274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.23;QD=20.2321;RBI=0.0187388;REFB=-0.00640139;REVB=-0.0176577;RO=51;SAF=20;SAR=36;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139988;STB=0.579793;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00408875;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:51:52:56:56:0.518519:36:20:11:40:36:20:11:41 chr1 19415304 . C T 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0304111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.246;QD=19.7626;RBI=0.0344659;REFB=-0.0374224;REVB=0.0162194;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102778;STB=0.557172;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0302176;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:16:17:22:13:16:17 chr1 19433449 . A G 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.06;QD=61.6927;RBI=0.0305786;REFB=0;REVB=0.0252452;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90778e-05;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr1 19447843 . C G 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0682229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7866;QD=25.7311;RBI=0.0874263;REFB=0.00506672;REVB=-0.0546717;RO=18;SAF=20;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278956;STB=0.66915;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00744415;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:6:20:8:10:6:20:8:11 chr1 19510394 . A G 1031.11 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131595;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.553;QD=59.7747;RBI=0.0232345;REFB=0;REVB=-0.0191486;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461146;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr1 19565338 . C T 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00573268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.877;QD=16.479;RBI=0.0300042;REFB=-0.00844;REVB=-0.0294515;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153533;STB=0.588141;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0103093;OID=.;OPOS=19565338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:13:12:12:7:13:12 chr1 19565344 . C G 610.57 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691756;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3171;QD=59.5679;RBI=0.112253;REFB=0;REVB=0.0884055;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109489;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:20:18:0:0:21:20:0:0 chr1 19578385 . G C 548.06 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00595317;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.372;QD=23.5725;RBI=0.0065529;REFB=-0.0187252;REVB=-0.00273867;RO=41;SAF=24;SAR=27;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457401;STB=0.519077;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0130494;OID=.;OPOS=19578385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:27:24:17:24:27:24:18:24 chr1 19584004 . G A 217.96 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0344392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8491;QD=15.5684;RBI=0.0483686;REFB=-0.00698001;REVB=0.0339626;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17031;STB=0.596866;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0124501;OID=.;OPOS=19584004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:15:16:17:8:15:16 chr1 19584030 . G A 118.77 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0267362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8292;QD=13.1962;RBI=0.0373817;REFB=-0.0335456;REVB=-0.0261259;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247147;STB=0.646828;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0480332;OID=.;OPOS=19584030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:9:13:11:3:9:13 chr1 19585207 . G A 130.02 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.054707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5399;QD=14.4465;RBI=0.0564999;REFB=-0.00186669;REVB=0.0141204;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178309;STB=0.602284;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00929273;OID=.;OPOS=19585207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:5:16:9:6:5:16 chr1 19593826 . A C 409.89 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0699007;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3093;QD=20.4943;RBI=0.0848474;REFB=0.00879274;REVB=-0.0480934;RO=39;SAF=27;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415329;STB=0.523035;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00994052;OID=.;OPOS=19593826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:39:41:41:0.5125:14:27:24:15:14:27:24:15 chr1 19595137 . C T 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00348815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7837;QD=13.0531;RBI=0.0270419;REFB=-0.0108457;REVB=-0.026816;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130914;STB=0.575276;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.012784;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:17:18:9:14:17:18 chr1 19595159 . C T 267.56 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0168694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.876;QD=21.8413;RBI=0.0272962;REFB=-0.0188567;REVB=-0.0214594;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890431;STB=0.549878;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0175567;OID=.;OPOS=19595159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:11:13:11:14:11:13 chr1 19596124 . C T 209.27 PASS AF=0.28;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00795492;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5272;QD=8.37089;RBI=0.0362642;REFB=-0.0125476;REVB=-0.0353809;RO=72;SAF=9;SAR=19;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174573;STB=0.604468;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0231044;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:72:72:28:28:0.28:19:9:33:39:19:9:33:39 chr1 19596156 . G T 215.82 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0281681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2605;QD=8.99249;RBI=0.074363;REFB=0.0121907;REVB=0.0688216;RO=68;SAF=9;SAR=19;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204121;STB=0.621406;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0266272;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:19:9:33:35:19:9:33:35 chr1 19597274 . TC T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0185775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.614;QD=18.7119;RBI=0.0207174;REFB=-0.00151518;REVB=-0.00916979;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.603655;STBP=0.239;TYPE=del;VARB=0.0020046;OID=.;OPOS=19597275;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:18:38:18:37:19:6:12:10:9:99:20:6:12:10:10 chr1 19597289 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0284966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.364;QD=20.3166;RBI=0.0307567;REFB=-0.00738551;REVB=-0.0115723;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164361;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0183706;OID=.;OPOS=19597289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:10:8:12:7:10:8 chr1 19597328 . A G 148.16 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00191846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.987;QD=19.1172;RBI=0.00954591;REFB=-0.0192153;REVB=0.00935115;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137254;STB=0.588118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.017469;OID=.;OPOS=19597328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:11:4:6:9:12:4:6:9 chr1 19600370 . T C 143.05 PASS AF=0.4;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0139632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.458;QD=14.3051;RBI=0.0286614;REFB=-0.043497;REVB=-0.0250301;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164527;STB=0.590785;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0599039;OID=.;OPOS=19600370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:24:15:16:0.4:12:3:7:15:13:3:7:17 chr1 19600376 . TT GC 154.88 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0127263;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.271;QD=14.7507;RBI=0.0485321;REFB=-0.0152533;REVB=-0.0468338;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752274;STB=0.535537;STBP=0.778;TYPE=mnp;VARB=0.0297257;OID=.;OPOS=19600376;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:13:4:7:17:13:4:7:18 chr1 19600388 . G A 205.96 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00503799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4989;QD=16.8135;RBI=0.00632239;REFB=-0.0111308;REVB=-0.00381984;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628129;STB=0.536047;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0440489;OID=.;OPOS=19600388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:8:20:16:5:8:20 chr1 19600395 . A C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.148739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.759;QD=17.6892;RBI=0.148917;REFB=-0.00864523;REVB=0.0072722;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877298;STB=0.550214;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00670519;OID=.;OPOS=19600395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:16:5:8:18:16:5:8:18 chr1 19609254 . T C 728.08 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000697984;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.367;QD=57.1042;RBI=0.0563698;REFB=0;REVB=0.0563655;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215876;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr1 19610598 . A G 144.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0151494;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3943;QD=24.0942;RBI=0.124579;REFB=-0.113427;REVB=-0.123654;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109864;STB=0.580055;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0292417;OID=.;OPOS=19610598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:6:9:10:15:0.625:7:3:1:5:11:4:1:8 chr1 19611241 . T C 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315989;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8617;QD=58.4376;RBI=0.078398;REFB=0;REVB=-0.0717478;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417449;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:62:62:1:27:35:0:1:27:35:0:0 chr1 19612477 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0407825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9696;QD=19.4665;RBI=0.0409921;REFB=-0.000236078;REVB=-0.00414041;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420867;STB=0.523788;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00100145;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:12:12:10:12:12:12 chr1 19615042 . G A 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0294984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.027;QD=15.6157;RBI=0.0339513;REFB=-0.011835;REVB=0.0168088;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216232;STB=0.519219;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0184459;OID=.;OPOS=19615042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:18:15:20:22:18:15:21:22 chr1 19634964 . C G 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0086724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.608;QD=23.598;RBI=0.0207367;REFB=0.00122408;REVB=0.0188361;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798025;STB=0.544296;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00117182;OID=.;OPOS=19634964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:17:8:5:16:17:8:5:16 chr1 19684006 . G C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00946491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.329;QD=17.8403;RBI=0.0109758;REFB=-0.0186528;REVB=0.00555732;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188451;OID=.;OPOS=19684006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:4:10:10:4:4:10 chr1 19775375 . G A 480.53 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00326643;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.289;QD=25.2909;RBI=0.0468872;REFB=-0.0105455;REVB=0.0467733;RO=32;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703321;STB=0.547465;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.013295;OID=.;OPOS=19775375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:32:31:45:45:0.592105:18:27:22:10:18:27:22:9 chr1 19810810 . G GC 73.06 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.106443;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.46746;QD=5.41177;RBI=0.139039;REFB=-0.0404598;REVB=-0.0894523;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221385;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=ins;VARB=0.0255581;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462963:23:60:25:54:29:11:14:14:15:73:32:11:12:16:16 chr1 19858684 . A G 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00069224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.839;QD=25.498;RBI=0.014716;REFB=-0.0412478;REVB=-0.0146997;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17341;STB=0.596328;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0210247;OID=.;OPOS=19858684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:6:10:9:14:6:10 chr1 19950062 . T C 485.65 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0389468;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.734;QD=18.8602;RBI=0.0412385;REFB=-0.0162504;REVB=0.0135558;RO=52;SAF=24;SAR=27;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131472;STB=0.572699;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0129168;OID=.;OPOS=19950062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:52:51:51:0.495146:27:24:32:20:27:24:32:20 chr1 19953118 . G T 993.48 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100477;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5147;QD=59.3123;RBI=0.0214686;REFB=0;REVB=0.0189722;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08973e-05;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr1 19953165 . G A 290.6 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0042856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.685;QD=19.3736;RBI=0.0122426;REFB=-0.0349112;REVB=0.011468;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119625;STB=0.564803;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0246117;OID=.;OPOS=19953165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:30:31:0.516667:13:17:12:16:14:17:12:17 chr1 20066380 . C A 292.11 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000658473;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.06;QD=19.8039;RBI=0.014575;REFB=0.00433233;REVB=0.0145601;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209107;STB=0.605139;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00152718;OID=.;OPOS=20066380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:12:18:10:18:13:18:10:18 chr1 20072082 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0168169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.509;QD=18.4984;RBI=0.0197154;REFB=-0.0239527;REVB=-0.0102903;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167385;STB=0.593295;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0194525;OID=.;OPOS=20072082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:8:19:14:13:8:19 chr1 20073019 . C T 1767.58 PASS AF=0.513433;AO=172;DP=336;FAO=172;FDP=335;FR=.;FRO=163;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=68;FSRR=95;FWDB=0.0104587;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2905;QD=21.1054;RBI=0.0163912;REFB=-0.0158557;REVB=0.0126209;RO=159;SAF=83;SAR=89;SRF=68;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048443;STB=0.531918;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0155786;OID=.;OPOS=20073019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:335:159:163:172:172:0.513433:89:83:68:91:89:83:68:95 chr1 20097941 . G T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0163955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.804;QD=25.4947;RBI=0.0172363;REFB=-0.0414918;REVB=-0.00531781;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454578;STB=0.52551;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0205292;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:4:3:5:9:4:3 chr1 20246876 . C T 1611.59 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020569;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.516;QD=58.6033;RBI=0.0538632;REFB=0;REVB=0.0497812;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134027;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:110:0:0:108:110:1:57:51:0:0:59:51:0:0 chr1 20297475 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.801;QD=37.4885;RBI=0.0430177;REFB=0;REVB=-0.0287316;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71886e-05;OID=.;OPOS=20297475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr1 20297566 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.94;QD=59.4991;RBI=0.0263289;REFB=0;REVB=-0.00114118;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40198e-05;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 20297723 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.512;QD=60.2275;RBI=0.0719483;REFB=0;REVB=0.0450685;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842283;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 20304926 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0118802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.389;QD=19.44;RBI=0.0123356;REFB=0.00645935;REVB=0.00332097;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055892;STB=0.531127;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00529152;OID=.;OPOS=20304926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:13:18:15:14:13:18:15:14 chr1 20411332 . C T 733.83 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00539702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.188;QD=19.0604;RBI=0.00562782;REFB=-0.00816984;REVB=0.00159519;RO=77;SAF=25;SAR=51;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205938;STB=0.611021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00845836;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:77:78:76:76:0.493506:51:25:42:35:51:25:42:36 chr1 20490518 . T C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0201439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.663;QD=20.156;RBI=0.0379281;REFB=-0.00599891;REVB=0.0321366;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144755;STB=0.580588;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00455441;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:10:15:12:16:10:15 chr1 20519808 . G A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0139558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5824;QD=17.9426;RBI=0.0345447;REFB=-0.00933153;REVB=0.0316002;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186436;STB=0.603499;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0134475;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:23:6:11:17:23:6 chr1 20520732 . T C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0336913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.739;QD=17.0947;RBI=0.0393082;REFB=-0.0178473;REVB=-0.0202492;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622938;STB=0.534864;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0268257;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:20:15:15:26:20:15:15:26 chr1 20656843 . G A 563.08 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0106252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.695;QD=23.9607;RBI=0.0172584;REFB=-0.0104053;REVB=-0.0135999;RO=41;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490273;STB=0.531903;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00894096;OID=.;OPOS=20656843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:42:52:52:0.553191:26:26:23:18:26:26:24:18 chr1 20880905 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0126562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.321;QD=22.5346;RBI=0.0161602;REFB=-0.0278529;REVB=0.0100485;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299237;STB=0.516761;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0183224;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:7:12:10:5:7:12:10:5 chr1 20881309 . T A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00682263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.147;QD=18.7962;RBI=0.033275;REFB=-0.00972384;REVB=-0.0325681;RO=26;SAF=19;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517252;STB=0.788411;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00542948;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:4:19:8:18:4:19:9:18 chr1 20945055 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0193244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.327;QD=12.0245;RBI=0.0201585;REFB=-0.011643;REVB=0.00573866;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238155;STB=0.642602;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0239059;OID=.;OPOS=20945055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:11:9:3:9:11:9 chr1 20972048 . G A,C 584.56 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=37,2;DP=39;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228351,-0.0069387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.7282,123.926;QD=59.9546;RBI=0.13276,0.0168174;REFB=0,0;REVB=0.130782,0.0153192;RO=0;SAF=22,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.82408e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00152061,0.14294;OID=.,.;OPOS=20972048,20972048;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:37,2:38,1:0.974359,0.025641:15,1:22,1:0:0:16,0:22,1:0:0 chr1 20972111 . G A 228.85 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00410377;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.65;QD=13.6628;RBI=0.0189726;REFB=-0.0112701;REVB=-0.0185235;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01542;STB=0.518381;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0149992;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:37:40:27:27:0.402985:15:12:17:20:15:12:19:21 chr1 20977000 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.335;QD=64.414;RBI=0.044818;REFB=0;REVB=0.0431805;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166641;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr1 20982631 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0366707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.664;QD=18.9381;RBI=0.0402537;REFB=-0.00631786;REVB=-0.0166018;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469714;STB=0.526179;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00607212;OID=.;OPOS=20982631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:17:12:14:16:17:12 chr1 20987873 . G C 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.233;QD=60.3696;RBI=0.0426578;REFB=0;REVB=0.0137321;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181252;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr1 20990905 . G A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0189586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.665;QD=26.3385;RBI=0.0201604;REFB=-0.0510053;REVB=0.00685661;RO=15;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171482;STB=0.595599;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0437574;OID=.;OPOS=20990905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:6:17:8:7:6:17:8:7 chr1 20992819 . G C 276.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00723736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1858;QD=20.4878;RBI=0.069113;REFB=-0.0318948;REVB=0.068733;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185241;STB=0.603021;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0303288;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:11:18:10:15:11:18:10:15 chr1 21011346 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.343;QD=63.5823;RBI=0.0275169;REFB=0;REVB=0.0272162;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194128;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr1 21011531 . C A 99.67 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0449069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0968;QD=16.6111;RBI=0.0816444;REFB=-0.0129983;REVB=0.0681849;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268832;STB=0.666389;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0213123;OID=.;OPOS=21011531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:23:24:12:12:11:12:0.5:4:7:4:8:4:8:4:8 chr1 21011622 . C CGACA 142.74 PASS AF=0.875;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0594534;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.862;QD=35.6858;RBI=0.0622003;REFB=-0.077988;REVB=0.0182804;RO=4;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910764;STB=0.549931;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=0.0127713;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:13:18:14:16:2:5:9:0:2:10:4:4:9:2:2 chr1 21024901 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.398;QD=55.0987;RBI=0.0450302;REFB=0;REVB=0.0271025;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84007e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 21031042 . T C 588.49 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0149536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.753;QD=20.1192;RBI=0.0150276;REFB=-0.0131281;REVB=0.00148951;RO=57;SAF=19;SAR=41;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181183;STB=0.600148;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0320652;OID=.;OPOS=21031042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:41:19:29:28:41:19:29:28 chr1 21031046 . C T 550.89 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0195827;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.342;QD=17.7707;RBI=0.022748;REFB=-0.0170302;REVB=-0.0115753;RO=65;SAF=31;SAR=27;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214208;STB=0.621663;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0247176;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:65:66:58:58:0.467742:27:31:20:45:27:31:20:46 chr1 21042094 . G A 557.52 PASS AF=0.522936;AO=56;DP=107;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0103837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.782;QD=20.4593;RBI=0.0108444;REFB=-0.0163276;REVB=0.00312739;RO=51;SAF=28;SAR=28;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764208;STB=0.540822;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0169897;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:51:52:56:57:0.522936:28:28:21:30:28:29:22:30 chr1 21044161 . A G 410.85 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.901;QD=56.6692;RBI=0.0237567;REFB=0;REVB=0.0142333;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54815e-05;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:19:10:0:0 chr1 21048429 . T C 262.11 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00235434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.936;QD=25.5719;RBI=0.0054278;REFB=-0.012353;REVB=-0.00489062;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045109;STB=0.536555;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0095692;OID=.;OPOS=21048429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:17:24:24:0.585366:12:12:7:9:12:12:7:10 chr1 21050958 . C T 920.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.689;QD=58.4578;RBI=0.0702833;REFB=0;REVB=0.0670406;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216314;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr1 21167404 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.558;QD=60.5473;RBI=0.0249429;REFB=0;REVB=0.00133125;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49684e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr1 21325360 . C A 242.0 PASS AF=0.489796;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00516028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.283;QD=19.7547;RBI=0.0280011;REFB=0.00228755;REVB=0.0275215;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864829;STB=0.575852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0027628;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:25:21:24:0.489796:12:9:12:11:15:9:13:12 chr1 21795388 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0314448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.59;QD=16.7315;RBI=0.03157;REFB=0.000233618;REVB=-0.00280833;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174433;STB=0.59764;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000323649;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:24:12:16:15:24:12 chr1 21808159 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0452222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1128;QD=9.11029;RBI=0.0454729;REFB=0.00501724;REVB=0.00476859;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425784;STB=0.74953;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0122355;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:14:2:4:4:14:2 chr1 21809750 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1958;QD=33.4285;RBI=0.0308165;REFB=0;REVB=0.00888274;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298012;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 21889635 . T C 1216.38 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147478;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.987;QD=60.0679;RBI=0.0172961;REFB=-0.140491;REVB=-0.00903643;RO=1;SAF=48;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976249;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-6.24001e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:81:1:1:80:80:0.987654:32:48:1:0:32:48:1:0 chr1 21904267 . A G 437.83 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0178276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6846;QD=15.6366;RBI=0.0356237;REFB=0.00306563;REVB=-0.0308419;RO=62;SAF=26;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466625;STB=0.5306;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00734378;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:63:49:49:0.4375:23:26:30:32:23:26:30:33 chr1 21943820 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.585;QD=60.0301;RBI=0.107823;REFB=0;REVB=0.101702;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748302;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr1 22050649 . C A 175.63 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0339609;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.687;QD=22.6621;RBI=0.0339835;REFB=-0.032566;REVB=0.00124122;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123214;STB=0.531563;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0295135;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:13:17:18:0.580645:11:6:7:7:11:7:6:7 chr1 22109370 . G A 520.41 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0184467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.553;QD=16.7873;RBI=0.0198506;REFB=4.47098e-05;REVB=0.00733238;RO=67;SAF=24;SAR=32;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631609;STB=0.531457;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=8.06004e-05;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:68:56:56:0.451613:32:24:33:34:32:24:33:35 chr1 22149935 . T C 348.89 PASS AF=0.408602;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0134489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.902;QD=15.0061;RBI=0.0166089;REFB=-0.0134062;REVB=-0.00974587;RO=55;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042934;STB=0.531018;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.018825;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:37:38:0.408602:16:21:29:26:16:22:29:26 chr1 22191454 . G A 746.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.096;QD=56.361;RBI=0.124571;REFB=0;REVB=0.116782;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703704;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr1 22202878 . C T 508.02 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00474905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.788;QD=23.3573;RBI=0.0106808;REFB=-0.0305988;REVB=0.00956694;RO=39;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654105;STB=0.535939;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0268776;OID=.;OPOS=22202878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:26:22:21:18:26:22:21:18 chr1 22206649 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.046;QD=58.1381;RBI=0.0378973;REFB=0;REVB=0.0375834;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306674;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr1 22206942 . G A 1477.68 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272378;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.038;QD=63.5561;RBI=0.0410985;REFB=0;REVB=0.0307765;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100658;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:58:35:0:0:58:35:0:0 chr1 22207235 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.611;QD=61.3364;RBI=0.0305986;REFB=0;REVB=0.016684;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96977e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 22214127 . A G 1409.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.16;QD=62.636;RBI=0.0509656;REFB=0;REVB=-0.0509303;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198901;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr1 22217108 . G A 867.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0039;QD=57.8599;RBI=0.0701124;REFB=0;REVB=0.0526498;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79656e-05;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr1 22303509 . C A 348.12 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0209751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.636;QD=13.787;RBI=0.0215565;REFB=-0.00433563;REVB=-0.00497258;RO=59;SAF=11;SAR=29;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17724;STB=0.613867;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00798889;OID=.;OPOS=22303509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:61:40:40:0.39604:29:11:25:34:29:11:27:34 chr1 22303524 . G A 98.2 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.000595814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8346;QD=3.67114;RBI=0.0135112;REFB=-0.00757;REVB=-0.013498;RO=89;SAF=12;SAR=6;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374399;STB=0.740932;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0392191;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:107:107:89:89:18:18:0.168224:6:12:32:57:6:12:32:57 chr1 22304428 . CC GT 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646047;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=218.975;QD=33.4285;RBI=0.0247675;REFB=0;REVB=0.0239101;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00043129;OID=.;OPOS=22304428;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 22304431 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.883;QD=35.5759;RBI=0.0363384;REFB=0;REVB=0.0263575;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06939e-05;OID=.;OPOS=22304431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 22307340 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.749;QD=43.4839;RBI=0.0473235;REFB=0;REVB=0.04438;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315416;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr1 22307358 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9087;QD=47.8222;RBI=0.0555774;REFB=0;REVB=-0.0226354;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00302792;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 22307538 . C T 1387.54 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0232682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.415;QD=60.3279;RBI=0.0232703;REFB=-0.0969206;REVB=0.000308259;RO=2;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172299;STB=0.509089;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000342959;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:54:36:0:2:54:36:0:2 chr1 22310190 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.023;QD=62.0192;RBI=0.0252798;REFB=0;REVB=0.0204234;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028185;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr1 22310262 . G C 837.02 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8865;QD=55.801;RBI=0.0335244;REFB=0.0400999;REVB=-0.0220067;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219355;STB=0.511624;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0100692;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:21:38:0:1:21:38:0:1 chr1 22310725 . G C 970.92 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6386;QD=58.8435;RBI=0.131552;REFB=0;REVB=0.121138;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182067;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:27:37:0:0:29:37:0:0 chr1 22310824 . T C 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295243;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.19;QD=57.5726;RBI=0.0326736;REFB=0;REVB=0.0139957;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134997;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 22313161 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7173;QD=59.0165;RBI=0.0486408;REFB=0;REVB=0.0485538;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470318;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr1 22324705 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.105;QD=57.177;RBI=0.0350669;REFB=0;REVB=0.0297343;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62163e-05;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 22328228 . C G 1466.85 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0925;QD=56.9651;RBI=0.0691028;REFB=-0.0962924;REVB=0.0646438;RO=0;SAF=22;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00176897;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:103:0:1:99:102:0.990291:77:22:0:0:78:24:0:1 chr1 22332008 . T C 37.2 PASS AF=0.114286;AO=7;DP=69;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00980012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.376;QD=2.12574;RBI=0.0220822;REFB=-0.000350611;REVB=0.0197884;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354777;STB=0.5285;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00467424;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:70:61:62:7:8:0.114286:4:3:28:33:4:4:29:33 chr1 22336277 . C G 701.84 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00551338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8041;QD=53.988;RBI=0.0183455;REFB=-0.0376382;REVB=-0.0174974;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00905263;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:27:23:0:1:27:24:0:1 chr1 22443887 . G T 772.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.582;QD=56.1523;RBI=0.00560956;REFB=0;REVB=-6.7118e-05;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90752e-05;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:13:41:0:0:14:41:0:0 chr1 22445991 . C T 1848.09 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00227919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.131;QD=59.6158;RBI=0.00363461;REFB=0.0151794;REVB=-0.0028312;RO=2;SAF=57;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100881;STB=0.500531;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000324039;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:65:57:1:1:65:57:1:1 chr1 22835677 . A G 2092.68 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113435;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.722;QD=62.9377;RBI=0.0232529;REFB=0;REVB=0.0232252;RO=0;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19851e-06;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:133:133:1:65:68:0:0:65:68:0:0 chr1 22846709 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.738;QD=58.4197;RBI=0.02869;REFB=0;REVB=0.0193063;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101402;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 22852715 . G C 149.94 PASS AF=0.5;AO=17;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0320887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1904;QD=18.7419;RBI=0.0351217;REFB=-0.064672;REVB=-0.0142775;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.562423;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0689096;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:17:16:0.5:9:8:10:5:8:8:10:6 chr1 22853141 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00264893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.068;QD=13.441;RBI=0.0120541;REFB=-0.0417009;REVB=0.0117594;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266518;STB=0.653583;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0358314;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:2:11:6:4:2:11 chr1 22903102 . C T 144.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00976903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1975;QD=16.0583;RBI=0.0224138;REFB=-0.0345935;REVB=-0.0201729;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.589544;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0671325;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:20:16:16:0.444444:9:7:10:8:9:7:12:8 chr1 22965438 . A G 787.44 PASS AF=0.40625;AO=82;DP=222;FAO=91;FDP=224;FR=.;FRO=133;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.00312261;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.554;QD=14.0614;RBI=0.00853728;REFB=-0.018285;REVB=0.00794572;RO=133;SAF=32;SAR=50;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166642;STB=0.54944;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0307879;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:133:133:82:91:0.40625:50:32:72:61:50:41:71:62 chr1 23208925 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.985;QD=63.8719;RBI=0.00881062;REFB=0;REVB=0.00354639;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30179e-05;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr1 23219493 . T C 1114.18 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338746;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112;QD=60.2259;RBI=0.0452144;REFB=0;REVB=0.0299475;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451758;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr1 23280424 . G T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0154763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.005;QD=13.7411;RBI=0.0246455;REFB=-0.00742728;REVB=0.0191803;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791611;STB=0.545158;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.010829;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:12:17:22:21:12:17:22:21 chr1 23413027 . T C 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00188739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.572;QD=17.7624;RBI=0.0082525;REFB=-0.00796664;REVB=-0.00803378;RO=43;SAF=12;SAR=27;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306066;STB=0.660932;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00804531;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:45:39:39:0.464286:27:12:27:16:27:12:27:18 chr1 23418153 . C T 435.64 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0295844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7593;QD=18.538;RBI=0.0460846;REFB=-0.00461496;REVB=-0.0353349;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655608;STB=0.536569;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00491834;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:25:19:25:25:25:19:25:25 chr1 23419261 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00693079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1865;QD=14.0791;RBI=0.00923441;REFB=0.00798498;REVB=0.00610233;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396923;STB=0.723406;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0166784;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:1:15:7:5:1:15 chr1 23419374 . G T 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0185824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0626;QD=19.3862;RBI=0.0381817;REFB=0.0249839;REVB=-0.0333547;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640855;STB=0.535635;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0265701;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:16:19:16:18:16:19:16:18 chr1 23419383 . C T 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0120112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.297;QD=18.8072;RBI=0.0490294;REFB=-0.00564703;REVB=-0.0475354;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249874;STB=0.520933;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00573721;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:17:19:18:18:17:19:18:19 chr1 23419855 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0213372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9774;QD=13.6609;RBI=0.0216862;REFB=-0.0064091;REVB=-0.00387545;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503388;STB=0.789108;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0102594;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:4:17:4:10:4:17 chr1 23519633 . A G 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00710174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.502;QD=17.2479;RBI=0.00798539;REFB=0.00201359;REVB=0.00365125;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242956;STB=0.638376;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00245717;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:17:10:13:8:17:10 chr1 23687827 . T C 289.49 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0334963;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.918;QD=13.6228;RBI=0.0384734;REFB=-0.00563555;REVB=-0.0189263;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269667;STB=0.512813;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0112002;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:52:32:33:0.388235:19:13:21:31:19:14:21:31 chr1 23689083 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00624931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3632;QD=15.3789;RBI=0.00864371;REFB=-0.0033173;REVB=-0.00597158;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270556;STB=0.656002;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0049348;OID=.;OPOS=23689083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:4:10:5:7:4:10 chr1 23696152 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0150437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.554;QD=15.5714;RBI=0.0175941;REFB=0.00438939;REVB=-0.00912351;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20624;STB=0.617991;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00406979;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:10:2:4:7:10:2 chr1 23697617 . T C 277.56 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0290651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6012;QD=20.5601;RBI=0.0356751;REFB=-0.0019682;REVB=-0.0206866;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466216;STB=0.525879;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00199824;OID=.;OPOS=23697617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:9:16:17:12:9:16 chr1 23698120 . C G 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0165343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.106;QD=21.6118;RBI=0.0166262;REFB=-0.00290028;REVB=-0.00174573;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625897;STB=0.535027;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00254646;OID=.;OPOS=23698120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:8:15:14:10:8:15 chr1 23710805 . A G 245.4 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0245904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.275;QD=17.8476;RBI=0.0263426;REFB=-0.0325744;REVB=0.00944716;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386212;STB=0.529633;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0410246;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:11:15:15:13:11:16:15:13 chr1 23833599 . A AT 378.2 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=101;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0522119;FXX=0.0198;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.57461;QD=15.2807;RBI=0.298932;REFB=0.120772;REVB=0.294337;RO=29;SAF=42;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196148;STB=0.514016;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.0223614;OID=.;OPOS=23833600;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697:63:101:96:99:3:52:44:3:0:3:29:42:21:10:19 chr1 23833611 . G T 1353.97 PASS AF=0.95098;AO=96;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0254618;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.515;QD=53.0968;RBI=0.0294225;REFB=-0.192553;REVB=-0.0147437;RO=2;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220437;STB=0.517639;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000455905;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:102:102:2:5:96:97:0.95098:42:54:0:2:43:54:1:4 chr1 23835794 . A G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.766;QD=57.5376;RBI=0.019806;REFB=0;REVB=0.0128469;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26679e-05;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr1 23836364 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2045;QD=49.5972;RBI=0.0633679;REFB=0;REVB=0.0477616;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105822;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr1 23847464 . C A 750.65 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025513;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.635;QD=63.8846;RBI=0.0295403;REFB=0;REVB=-0.0148901;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30871e-05;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr1 23885498 . T C 2086.85 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.768;QD=61.8327;RBI=0.0399434;REFB=-0.102492;REVB=0.00904321;RO=0;SAF=54;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87219e-08;STB=0.503105;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000355062;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:80:54:0:0:80:54:0:1 chr1 24018277 . C G 1525.59 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9436;QD=57.0315;RBI=0.0323101;REFB=-0.0797042;REVB=0.0195747;RO=2;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00742556;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:107:2:0:103:107:1:57:46:0:2:61:46:0:0 chr1 24077451 . C T 844.61 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195936;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.881;QD=57.262;RBI=0.028599;REFB=0;REVB=0.0208325;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407081;OID=.;OPOS=24077451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr1 24121601 . C T 583.55 PASS AF=0.901961;AO=44;DP=50;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00968767;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=246.453;QD=45.7687;RBI=0.0175663;REFB=-0.232194;REVB=0.0146535;RO=5;SAF=18;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114054;STB=0.558114;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00120455;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:50:51:5:5:44:46:0.901961:26:18:5:0:27:19:5:0 chr1 24134721 . T C 1120.27 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245349;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4112;QD=60.5551;RBI=0.00363563;REFB=0;REVB=-0.00268295;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53547e-06;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr1 24201094 . G C 731.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858397;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7773;QD=63.592;RBI=0.0319314;REFB=0;REVB=-0.030756;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263294;OID=.;OPOS=24201094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr1 24201109 . C T 700.38 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.406;QD=60.9027;RBI=0.0214347;REFB=-0.0666905;REVB=0.00642395;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046647;OID=.;OPOS=24201109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:18:27:0:1:19:27:0:0 chr1 24201262 . A G 367.68 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9865;QD=54.4712;RBI=0.1964;REFB=0;REVB=-0.139739;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64537e-05;OID=.;OPOS=24201262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:11:12:0:0:13:14:0:0 chr1 24201357 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.86;QD=45.8068;RBI=0.0137473;REFB=0;REVB=-0.00544473;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25703e-05;OID=.;OPOS=24201357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 24201448 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.142;QD=51.1845;RBI=0.151218;REFB=0;REVB=-0.147591;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00305204;OID=.;OPOS=24201448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 24201643 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.512;QD=57.6807;RBI=0.0456331;REFB=0;REVB=0.0361869;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193758;OID=.;OPOS=24201643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 24201919 . TT CC 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117097;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=150.99;QD=57.6807;RBI=0.0491084;REFB=0;REVB=0.0476919;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000151855;OID=.;OPOS=24201919;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 24288476 . T C 1804.64 PASS AF=1;AO=81;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429871;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.691;QD=60.6603;RBI=0.0504813;REFB=0;REVB=0.0264664;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16438e-05;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:81:119:1:41:40:0:0:61:58:0:0 chr1 24288529 . TAAAC T 946.31 PASS AF=1;AO=74;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215705;FXX=0.0595167;HRUN=3;LEN=4;MLLD=247.284;QD=47.9145;RBI=0.022352;REFB=0;REVB=-0.00585871;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.77235e-05;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:79:79:79:0:41:38:0:0:17:0:37:37:0:0 chr1 24289057 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.32;QD=50.4128;RBI=0.0594468;REFB=0;REVB=-0.000201225;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000971134;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 24384031 . G T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0152342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4676;QD=17.2645;RBI=0.069885;REFB=0.0105907;REVB=-0.0682044;RO=42;SAF=25;SAR=11;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309759;STB=0.517374;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0137833;OID=.;OPOS=24384031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:11:25:28:14:11:25:28:14 chr1 24406647 . G A 405.47 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0438137;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.337;QD=19.5408;RBI=0.0445675;REFB=-0.00231415;REVB=0.00816215;RO=42;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419408;STB=0.518561;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0014965;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:40:41:0.493976:27:13:12:30:28:13:12:30 chr1 24409191 . C T 729.68 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0406536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.009;QD=19.5887;RBI=0.0406963;REFB=-0.0143133;REVB=0.00186332;RO=76;SAF=23;SAR=49;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778052;STB=0.547699;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0140273;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:76:77:72:72:0.483221:49:23:30:46:49:23:31:46 chr1 24413159 . T C 106.5 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00568121;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.02;QD=11.2104;RBI=0.0379882;REFB=-0.0211647;REVB=-0.037561;RO=25;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570334;STB=0.761917;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0387683;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:25:25:12:13:0.342105:1:11:13:12:2:11:13:12 chr1 24416058 . GT G,GC 1040.34 PASS AF=0.0142857,0.985714;AO=12,58;DP=70;FAO=1,69;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033616,0.208831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.698,141.947;QD=59.4478;RBI=0.0355557,0.208944;REFB=0,0;REVB=-0.0115834,0.00686094;RO=0;SAF=11,23;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0105787,0.00535736;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0142857,0.985714:12,58:70:1,69:70:0:1,33:0,36:0:0:3:0:11,23:1,35:0:0 chr1 24416070 . G C 1071.2 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.799;QD=56.3789;RBI=0.0267215;REFB=-0.170601;REVB=0.00727034;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.515147;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00047549;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:73:74:0.973684:42:31:0:0:42:32:2:0 chr1 24418768 . T C 663.62 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6196;QD=58.9885;RBI=0.0900095;REFB=-0.0245258;REVB=0.0866722;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056451;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:45:0:0:42:45:1:17:25:0:0:20:25:0:0 chr1 24419496 . A G 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.947;QD=59.6725;RBI=0.0450427;REFB=0;REVB=-0.0174126;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016558;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr1 24421474 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.685;QD=59.6794;RBI=0.0125653;REFB=0;REVB=0.0084201;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79048e-05;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 24421950 . C G 726.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199141;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0504;QD=56.9994;RBI=0.0220928;REFB=0;REVB=0.00956657;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164861;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 24447468 . G C 1413.8 PASS AF=0.968421;AO=93;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0259505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8014;QD=59.5286;RBI=0.0267826;REFB=-0.0305604;REVB=0.00662384;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194873;STB=0.503922;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00126615;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:93:92:0.968421:51:42:1:1:50:42:1:2 chr1 24465113 . C T 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.613;QD=58.0575;RBI=0.00765865;REFB=0;REVB=0.00745811;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30475e-05;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr1 24690764 . T A 1048.96 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440392;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.331;QD=59.9405;RBI=0.025718;REFB=0;REVB=0.0253381;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18085e-05;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr1 24718079 . C A 415.42 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.012837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4563;QD=19.322;RBI=0.0401443;REFB=-0.00351922;REVB=-0.0380365;RO=43;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.606344;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00381826;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:42:42:0.488372:17:25:17:26:17:25:17:27 chr1 24746127 . C T 506.85 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0023957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.253;QD=20.4786;RBI=0.0290403;REFB=-0.0144806;REVB=0.0289413;RO=50;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065725;STB=0.536428;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0156017;OID=.;OPOS=24746127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:28:21:25:25:28:21:25:25 chr1 24859617 . G A 225.76 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00393646;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.985;QD=17.0387;RBI=0.0186051;REFB=-0.00609227;REVB=0.0181839;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672963;STB=0.527251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00891522;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:12:13:16:11:12:13:16:12 chr1 24859665 . G A 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000213396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.838;QD=22.7106;RBI=0.00408909;REFB=-0.00315664;REVB=-0.00408352;RO=39;SAF=26;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148187;STB=0.569403;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00251054;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:41:48:48:0.539326:22:26:14:25:22:26:16:25 chr1 24861704 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00027341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.268;QD=20.811;RBI=0.0232673;REFB=-0.0128668;REVB=-0.0232657;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176566;STB=0.586393;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0231391;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:7:15:11:12:8:15 chr1 25291010 . A T 477.76 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0192316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.839;QD=22.2212;RBI=0.0283561;REFB=-0.000130399;REVB=-0.0208378;RO=40;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130344;STB=0.507184;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.000151269;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:26:20:18:22:26:20:18:22 chr1 25553934 . GTTTT GTTTC,GTTT 215.27 PASS AF=0.0810811,0.648649;AO=2,20;DP=37;FAO=3,24;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=3,22;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0389297,0.0540001;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=149.441,14.3291;QD=23.2724;RBI=0.0589315,0.153273;REFB=-0.0321468,-0.0871522;REVB=0.0442426,0.143445;RO=11;SAF=2,19;SAR=0,1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622114,0.641806;STB=0.996928,0.798068;STBP=0.026,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0616517,0.123714;OID=.,.;OPOS=25553938,25553935;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GTTTC,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0810811,0.648649:2,20:37:3,24:37:10:3,22:0,2:3:7:38:11:2,19:0,1:4:7 chr1 25634143 . T C 243.99 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00407072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.836;QD=15.2491;RBI=0.0478587;REFB=-0.0120358;REVB=0.0476853;RO=36;SAF=3;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335786;STB=0.699825;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0219854;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:24:3:11:25:25:3:11:25 chr1 25889632 . T C 60.03 PASS AF=0.571429;AO=5;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0776575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.707;QD=17.1526;RBI=0.0821705;REFB=-0.0157443;REVB=0.0268572;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703663;STB=0.655787;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0195708;OID=.;OPOS=25889632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:14:7:6:5:8:0.571429:5:0:2:5:7:1:2:4 chr1 25890189 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00852794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.73;QD=19.0002;RBI=0.0607761;REFB=-0.0279824;REVB=-0.0601748;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0377352;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:10:7:8:9:10:7 chr1 26131654 . G A 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.894;QD=60.1613;RBI=0.0282032;REFB=0;REVB=0.0256542;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10836e-05;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr1 26140573 . C A 1120.72 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7781;QD=58.9855;RBI=0.0610187;REFB=-0.0309519;REVB=0.0367395;RO=1;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918851;STB=0.504853;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00900874;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:51:24:0:1:51:24:0:1 chr1 26146884 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.684;QD=49.5992;RBI=0.046993;REFB=0;REVB=0.00613668;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776501;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr1 26158962 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.836;QD=62.9813;RBI=0.0192546;REFB=0;REVB=0.0177038;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15681e-05;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 26290745 . G C 306.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.854;QD=53.3145;RBI=0.0527941;REFB=0;REVB=0.04705;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295727;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:8:13:0:0:8:15:0:0 chr1 26357656 . C A 816.78 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137;QD=56.3297;RBI=0.0141057;REFB=0;REVB=0.00884662;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356476;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:55:58:1:36:19:0:0:36:22:0:0 chr1 26378002 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=50.4131;RBI=0.00978136;REFB=0;REVB=0.00422122;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146418;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 26488019 . G A 382.28 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.237;QD=54.6108;RBI=0.0759681;REFB=0;REVB=0.0705534;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157883;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:18:10:0:0 chr1 26496651 . T C 753.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.756;QD=62.8142;RBI=0.0613234;REFB=0;REVB=-0.00671585;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113212;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr1 26672506 . G A 74.21 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00151163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.914;QD=9.27582;RBI=0.00184794;REFB=-0.0221977;REVB=-0.00106295;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110149;STB=0.593569;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0289485;OID=.;OPOS=26672506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:32:20:22:10:10:0.3125:5:5:8:12:5:5:8:14 chr1 26691598 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGG,AGGGGG 424.03 PASS AF=0,1,0;AO=9,16,9;DP=45;FAO=0,46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=0,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.492119,0.216755,-0.0610719;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=9.74275,17.3996,8.68608;QD=36.8719;RBI=0.494369,0.282033,0.420523;REFB=0,0,0;REVB=-0.0471127,0.180444,0.416065;RO=5;SAF=0,4,8;SAR=9,12,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0.555556;SSSB=-0.807196,-0.179477,0.313638;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00828717,0.0133353,0;OID=.,.,.;OPOS=26691599,26691603,26691604;OREF=G,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGGC,AGGGG,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,16,9:45:0,46,0:46:0:0,19,0:0,27,0:0:0:8:5:0,4,8:9,12,1:3:2 chr1 26694245 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.868;QD=59.8394;RBI=0.0362316;REFB=0;REVB=0.0349553;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017198;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 26694260 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153;QD=55.098;RBI=0.0214321;REFB=0;REVB=0.0204397;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116066;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 26700794 . CT C,CC 664.09 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=6,39;DP=46;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703748,0.0646225;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.923,258.114;QD=61.776;RBI=0.0807769,0.0730938;REFB=0,0;REVB=0.0396522,0.034156;RO=0;SAF=4,10;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.36384e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.063148,-0.00129479;OID=.,.;OPOS=26700795,26700795;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0465116,0.953488:6,39:46:2,41:43:0:1,13:1,28:0:0:7:0:4,10:2,29:0:0 chr1 26755919 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00569495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.783;QD=51.5087;RBI=0.0590635;REFB=-0.0213088;REVB=0.0587883;RO=1;SAF=22;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206365;STB=0.51063;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000198836;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:3:22:1:0:3:23:1:0 chr1 26786627 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.263;QD=56.7064;RBI=0.0288804;REFB=0;REVB=0.0100461;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376352;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr1 26796096 . GAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAG 53.88 PASS AF=0.202381,0;AO=13,11;DP=87;FAO=17,0;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0715217,-0.15879;FXX=0.0232531;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=26.1795,11.5478;QD=2.56567;RBI=0.0726146,0.161183;REFB=-0.0259833,-0.0180038;REVB=-0.0125511,-0.0276737;RO=53;SAF=4,11;SAR=9,0;SRF=28;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.455399,0.455399;SSSB=-0.276652,0.708539;STB=0.69937,0.5;STBP=0.086,1;TYPE=del,del;VARB=0.100667,0;OID=.,.;OPOS=26796102,26796097;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202381,0:13,11:87:17,0:84:67:6,0:11,0:41:26:53:53:4,11:9,0:28:25 chr1 26873700 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00871543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.427;QD=21.5101;RBI=0.0129539;REFB=-0.00748867;REVB=-0.00958363;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503607;STB=0.518501;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00726788;OID=.;OPOS=26873700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:7:14:11:7:7:14:12:7 chr1 26879318 . A G 287.78 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00952375;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.655;QD=18.2716;RBI=0.0232422;REFB=-0.0328032;REVB=-0.0212013;RO=32;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207463;STB=0.616513;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0224467;OID=.;OPOS=26879318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:9:22:16:16:9:22:16:16 chr1 26879920 . T C 556.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.313;QD=60.161;RBI=0.0273448;REFB=0;REVB=0.0271151;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33018e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr1 26887592 . T C 97.0 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00911251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.879;QD=11.7572;RBI=0.00949015;REFB=-0.00887451;REVB=-0.00265051;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527134;STB=0.515126;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0129328;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:33:20:21:12:12:0.363636:6:6:11:9:6:6:11:10 chr1 26900735 . C G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1794;QD=60.547;RBI=0.0576542;REFB=0;REVB=0.0565836;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263773;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr1 26901319 . G A 756.5 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0730676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6089;QD=55.0183;RBI=0.0730731;REFB=-0.143837;REVB=-0.000899575;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00293974;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:55:0:1:52:54:0.981818:25:27:0:0:26:28:1:0 chr1 27210721 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.199;QD=60.2307;RBI=0.0409064;REFB=0;REVB=0.0102643;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010433;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 27278810 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0096649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.191;QD=11.1311;RBI=0.0238657;REFB=-0.00711378;REVB=0.0218211;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359789;STB=0.714905;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.01497;OID=.;OPOS=27278810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:11:6:7:3:11:6 chr1 27426796 . T C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3621;QD=58.7781;RBI=0.00701189;REFB=0;REVB=0.00655583;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22964e-05;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 27427041 . T C 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000587379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8793;QD=56.6854;RBI=0.0570603;REFB=0;REVB=-0.0570573;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136681;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 27676925 . G A 392.23 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0267114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.234;QD=17.6283;RBI=0.0268064;REFB=-0.00574932;REVB=-0.00225475;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165682;STB=0.597455;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00824383;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:19:21:17:31:19:22:17:31 chr1 27679954 . G A 370.11 PASS AF=0.659091;AO=24;DP=46;FAO=29;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0626601;FXX=0.0434688;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.576;QD=33.6464;RBI=0.0628001;REFB=-0.0366556;REVB=-0.00419141;RO=8;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729625;STB=0.516118;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0113721;OID=.;OPOS=27679954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:44:8:8:24:29:0.659091:18:6:3:5:20:9:3:5 chr1 27680292 . A G 334.56 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.040308;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3725;QD=16.5215;RBI=0.0517968;REFB=-0.010915;REVB=-0.0325295;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109634;STB=0.56161;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.014857;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:16:20:20:25:16:20:20:25 chr1 27687466 . G T 238.5 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0414291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.253;QD=27.2572;RBI=0.0558206;REFB=-0.0721475;REVB=0.0374108;RO=12;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268431;STB=0.667508;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0407991;OID=.;OPOS=27687466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:13:22:22:0.628571:17:5:7:5:17:5:8:5 chr1 27688633 . G A 431.91 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00708919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.784;QD=23.0349;RBI=0.015178;REFB=-0.0160259;REVB=-0.0134207;RO=33;SAF=22;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055361;STB=0.530442;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0159104;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:20:22:15:18:20:22:15:18 chr1 27875824 . C T 230.33 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1622;QD=46.0652;RBI=0.0613864;REFB=-0.0904294;REVB=0.0472004;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00598135;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:9:10:0:0:9:10:1:0 chr1 27876482 . C A 2021.19 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.029073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.929;QD=59.8872;RBI=0.02986;REFB=-0.13364;REVB=0.00680994;RO=1;SAF=22;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430198;STB=0.506607;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00065693;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:1:3:132:132:0.977778:110:22:0:1:110:22:1:2 chr1 28020307 . G C 119.67 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0275721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3791;QD=13.677;RBI=0.0558553;REFB=-0.0320487;REVB=-0.0485757;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761006;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0361241;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:21:14:14:0.4:8:6:8:11:8:6:8:13 chr1 28060574 . A G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0039023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.082;QD=22.7198;RBI=0.0192225;REFB=-0.00855242;REVB=0.0188222;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105825;STB=0.559359;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00552767;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:7:2:5:9:7:2 chr1 28149924 . A T 226.36 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0291823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5016;QD=17.084;RBI=0.0296824;REFB=-0.0163053;REVB=0.00542545;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953341;STB=0.553803;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0206831;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:14:14:10:15:14:14 chr1 28173614 . C G 114.71 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.063327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.881;QD=10.4284;RBI=0.0633568;REFB=-0.00219058;REVB=-0.00194506;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758904;STB=0.54539;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00339501;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:13:17:7:7:13:17 chr1 28209305 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.226;QD=57.2377;RBI=0.0259036;REFB=0;REVB=0.0239097;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44763e-05;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr1 28209362 . T C 563.65 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000796931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2085;QD=57.8105;RBI=0.0258155;REFB=0.057231;REVB=-0.0258032;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0016725;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:1:0:21:17:1:0 chr1 28209366 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.819;QD=60.2294;RBI=0.106389;REFB=0;REVB=-0.0316292;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235659;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 28268835 . A C 1037.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1223;QD=58.4441;RBI=0.0314886;REFB=0;REVB=-0.0291177;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140537;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr1 28293758 . GGA G 62.67 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0202565;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.429;QD=5.22233;RBI=0.0211675;REFB=-0.000402325;REVB=0.0061432;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188846;STB=0.615207;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=0.000296093;OID=.;OPOS=28293759;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:13:48:13:48:35:5:8:19:16:62:33:5:8:18:15 chr1 28422847 . C T 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0525376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.324;QD=56.4865;RBI=0.0697524;REFB=0.0571655;REVB=0.0458823;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00015127;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:0:1:22:13:0:1 chr1 28476862 . G T 240.39 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0231134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.737;QD=28.2816;RBI=0.0826028;REFB=-0.00815845;REVB=0.0793032;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29088;STB=0.659551;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00880019;OID=.;OPOS=28476862;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:12:10:11:1:12:10:11:1 chr1 28638859 . A T 1746.58 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.61;QD=60.7505;RBI=0.0297442;REFB=0;REVB=0.0110258;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80178e-05;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr1 29138975 . G T 255.98 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.386;QD=51.1961;RBI=0.0514987;REFB=0;REVB=0.0514826;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110371;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr1 29189597 . C T 191.82 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00323479;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.394;QD=9.59081;RBI=0.0334233;REFB=0.00470219;REVB=-0.0332664;RO=52;SAF=16;SAR=9;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121497;STB=0.567794;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00922614;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:52:55:25:25:0.3125:9:16:28:24:9:16:30:25 chr1 29314118 . A G 194.88 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00633962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.911;QD=17.3224;RBI=0.0956406;REFB=-0.0120391;REVB=0.0954302;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795058;STB=0.545409;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.023465;OID=.;OPOS=29314118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:12:13:12:8:12:13 chr1 29446332 . AT AA,A 215.46 PASS AF=0,0.608108;AO=5,33;DP=74;FAO=0,45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=0,23;FSAR=0,22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0790297,0.199559;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=13.405,9.60695;QD=11.6462;RBI=0.0823157,0.201776;REFB=0.0211647,0.0445492;REVB=0.0230256,0.0298258;RO=26;SAF=5,13;SAR=0,20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.662866,-0.0866404;STB=0.5,0.502403;STBP=1,0.975;TYPE=snp,del;VARB=0.0188151,0.0134235;OID=.,.;OPOS=29446333,29446333;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.608108:5,33:74:0,45:74:29:0,23:0,22:15:14:98:26:5,13:0,20:13:13 chr1 29446811 . A G 166.16 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0141898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3372;QD=14.7699;RBI=0.0170886;REFB=-0.0137427;REVB=0.00952206;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198113;STB=0.599893;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0502789;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:9:9:18:8:9:9:18:9 chr1 29475341 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00490705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.387;QD=22.0717;RBI=0.0430522;REFB=-0.0668931;REVB=0.0427716;RO=24;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522917;STB=0.528948;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0438775;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:11:20:14:10:11:20:14:10 chr1 29475394 . C G 269.55 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0188877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.031;QD=18.9157;RBI=0.0216304;REFB=-0.0385544;REVB=-0.0105417;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169804;STB=0.595522;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0323634;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:11:18:11:15:11:18:12:16 chr1 29475648 . T G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00178226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.896;QD=16.1192;RBI=0.023734;REFB=-0.0301779;REVB=-0.023667;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.66637;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0335848;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:6:7:3:9:6:7 chr1 29529699 . T C 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0045185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8238;QD=26.3364;RBI=0.0426968;REFB=-0.00608484;REVB=0.0424571;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114146;STB=0.506324;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00459756;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:5:10:15:8:5:10 chr1 29542637 . A G 341.47 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0172317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.112;QD=19.5126;RBI=0.01766;REFB=-0.0322018;REVB=0.00386614;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378084;STB=0.526256;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0215915;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:22:13:14:20:23:13:14:20 chr1 29606637 . C T 241.13 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0748962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.392;QD=14.6138;RBI=0.0765614;REFB=-0.0295896;REVB=-0.0158813;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177492;STB=0.599933;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0301867;OID=.;OPOS=29606637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:12:16:28:10:12:16:28:10 chr1 29631909 . A G 834.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.477;QD=57.5244;RBI=0.040274;REFB=0;REVB=0.0171385;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156507;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 31215364 . T C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0143952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.933;QD=28.5595;RBI=0.0232197;REFB=0.00112582;REVB=-0.0182189;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156459;STB=0.586717;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.000823587;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:6:4:13:7:6:4 chr1 31230532 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.015213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.574;QD=18.7119;RBI=0.0182209;REFB=-0.0109057;REVB=0.0100283;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302987;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0106648;OID=.;OPOS=31230532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:11:8:7:11:11:8 chr1 31346057 . A G 300.63 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0140916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2891;QD=21.4739;RBI=0.0146512;REFB=-0.00900406;REVB=-0.00401075;RO=25;SAF=9;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23386;STB=0.630049;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00864447;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:22:9:14:11:22:9:14:11 chr1 31347320 . G A 279.94 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0116078;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.356;QD=13.6558;RBI=0.0116373;REFB=-0.0226696;REVB=-0.000827851;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012052;STB=0.506876;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0291709;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:17:15:24:26:17:15:24:26 chr1 31347399 . C T 308.17 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0142471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2785;QD=16.2193;RBI=0.104748;REFB=-0.0263931;REVB=0.103774;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107716;STB=0.552601;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0325122;OID=.;OPOS=31347399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:40:42:33:34:0.447368:17:16:15:25:17:17:17:25 chr1 31445932 . C G 1336.37 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585812;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1916;QD=62.1567;RBI=0.0212414;REFB=0;REVB=0.0204176;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107183;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:43:43:0:0 chr1 31732892 . G A 214.52 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.159981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.389;QD=11.0011;RBI=0.162215;REFB=-0.0185645;REVB=-0.0268249;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930336;STB=0.518505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.039359;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:51:26:27:0.346154:14:12:15:25:14:13:26:25 chr1 31733926 . A G 81.43 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00803037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.134;QD=8.35158;RBI=0.0133102;REFB=0.00532197;REVB=-0.0106148;RO=28;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459453;STB=0.796421;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0323907;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:10:1:10:18:10:1:10:18 chr1 31740706 . A G 89.47 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00597576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.881;QD=15.5596;RBI=0.00600343;REFB=-0.0268179;REVB=-0.000575719;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293955;STB=0.671941;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0447425;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:7:5:8:3:7:5 chr1 31837174 . C G 649.26 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.00730767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.016;QD=16.3336;RBI=0.0101556;REFB=-0.00389873;REVB=0.00705224;RO=88;SAF=33;SAR=38;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913293;STB=0.550808;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00513341;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:88:71:71:0.446541:38:33:49:39:38:33:49:39 chr1 31883295 . T C 1262.55 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.019633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1898;QD=58.7232;RBI=0.0344471;REFB=0.035059;REVB=0.0283046;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015616;STB=0.501403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00556081;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:3:2:83:84:0.976744:47:36:2:1:47:37:1:1 chr1 31897643 . G A 1113.28 PASS AF=0.441176;AO=119;DP=272;FAO=120;FDP=272;FR=.;FRO=152;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0185713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.178;QD=16.3718;RBI=0.0206888;REFB=-0.00995232;REVB=0.00911775;RO=150;SAF=54;SAR=65;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533062;STB=0.530689;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0134053;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:150:152:119:120:0.441176:65:54:76:74:65:55:78:74 chr1 31905889 . A ACAG 584.38 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00363403;FXX=0.0354585;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.421;QD=17.1876;RBI=0.0047713;REFB=-0.0503653;REVB=-0.00309178;RO=78;SAF=23;SAR=38;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101014;STB=0.566016;STBP=0.202;TYPE=ins;VARB=0.0583512;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448529:61:142:61:136:75:23:38:37:38:99:78:23:38:37:41 chr1 31907457 . A G 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0128262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4303;QD=23.8368;RBI=0.0367918;REFB=-0.0231982;REVB=-0.0344837;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127826;STB=0.507038;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00903804;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:14:18:12:10:14:18:12:10 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00188742;FXX=0;HRUN=1;LEN=11;MLLD=411.403;QD=11.3693;RBI=0.00203551;REFB=-0.0113752;REVB=-0.000762201;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.7495;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.0165723;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:11:30:11:30:19:2:9:10:9:85:19:2:9:10:9 chr1 31973138 . T C 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.021037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.449;QD=12.0244;RBI=0.0345789;REFB=-0.0198485;REVB=0.0274435;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492362;STB=0.794926;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0172349;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:12:8:10:2:12:8 chr1 31973348 . A C 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0267039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.1;QD=18.9656;RBI=0.0296346;REFB=-0.022548;REVB=-0.0128495;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169702;STB=0.595661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0158331;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:8:17:11:11:8:17 chr1 31973409 . G A 237.94 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0287665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.565;QD=13.7938;RBI=0.0334877;REFB=-0.00710819;REVB=0.017144;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323668;STB=0.528477;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0191753;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:13:14:20:21:13:15:20:21 chr1 31973440 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000330454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.552;QD=13.3343;RBI=0.0322653;REFB=-0.0253248;REVB=-0.0322636;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134419;STB=0.507686;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0284688;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:19:20:13:13:19:20 chr1 32127953 . G A 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0428058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.049;QD=20.0156;RBI=0.0432871;REFB=-0.00396369;REVB=-0.00643685;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29513;STB=0.679048;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00394239;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:6:12:5:11:6:12:5:12 chr1 32138107 . G A 251.63 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0345115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.632;QD=20.5416;RBI=0.043453;REFB=-0.00876886;REVB=0.0264029;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163737;STB=0.591763;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0105672;OID=.;OPOS=32138107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:8:17:12:12:8:17 chr1 32148571 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.355;QD=63.8707;RBI=0.0155719;REFB=0;REVB=0.0139952;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98696e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr1 32149721 . G C 137.93 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0181771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.56;QD=11.4942;RBI=0.0217288;REFB=-0.0126883;REVB=-0.0119052;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037005;STB=0.52195;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0317797;OID=.;OPOS=32149721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:19:13:6:10:19:13 chr1 32149760 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000409607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.171;QD=11.0865;RBI=0.00202046;REFB=-0.0285232;REVB=-0.00197851;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127938;STB=0.590024;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0323404;OID=.;OPOS=32149760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:5:8:12:12:5:8:12:13 chr1 32158374 . T C 279.27 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0144614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.84;QD=29.3964;RBI=0.0240547;REFB=-0.017717;REVB=-0.0192223;RO=13;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476136;STB=0.530701;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00647611;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:6:18:9:4:6:19:9:4 chr1 32158873 . G A 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.100053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.158;QD=15.8793;RBI=0.124163;REFB=-0.0257095;REVB=0.0735257;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299338;STB=0.678324;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0395842;OID=.;OPOS=32158873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:9:1:0:9:9:1:0:10 chr1 32163574 . CGG C,CG 1852.27 PASS AF=0.964286,0.0255102;AO=95,57;DP=191;FAO=189,5;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=100,4;FSAR=89,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.252741,0.499992;FXX=0.0248744;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.6623,9.36023;QD=37.8015;RBI=0.255044,0.504107;REFB=0.0715418,0.0932389;REVB=-0.0341965,-0.0642746;RO=8;SAF=24,54;SAR=71,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0.555556,0.555556;SSEP=0,0;SSSB=-0.091845,0.185684;STB=0.505555,0.748924;STBP=0.166,0.113;TYPE=del,del;VARB=0.0216441,-0.0159316;OID=.,.;OPOS=32163575,32163575;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.964286,0.0255102:95,57:191:189,5:196:2:100,4:89,1:0:2:5:8:24,54:71,3:6:2 chr1 32164206 . T G 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0135872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3351;QD=16.0278;RBI=0.115497;REFB=-0.00243536;REVB=-0.114695;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209424;STB=0.617559;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000864929;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:22:8:12:13:22:8 chr1 32193063 . C T 929.1 PASS AF=0.469194;AO=97;DP=209;FAO=99;FDP=211;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.0108806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.493;QD=17.6132;RBI=0.0112669;REFB=-0.0324559;REVB=0.00292523;RO=111;SAF=43;SAR=54;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106395;STB=0.508545;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0343845;OID=.;OPOS=32193063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:111:112:97:99:0.469194:54:43:48:63:55:44:48:64 chr1 32193647 . T C 499.18 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00447489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.726;QD=21.47;RBI=0.0129903;REFB=-0.0264156;REVB=0.0121952;RO=44;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134661;STB=0.502761;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0316199;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:45:48:48:0.516129:28:20:19:25:28:20:19:26 chr1 32196647 . C G 151.16 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0983268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2525;QD=20.1543;RBI=0.112499;REFB=-0.0664921;REVB=0.0546614;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167883;STB=0.594924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0216939;OID=.;OPOS=32196647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:5:9:7:9:5:9 chr1 32201417 . C T 46.86 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00418661;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.296;QD=7.20926;RBI=0.0130342;REFB=-0.00395885;REVB=0.0123436;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302949;STB=0.72651;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0277497;OID=.;OPOS=32201417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:18:19:7:7:0.269231:1:6:12:6:1:6:12:7 chr1 32201473 . G A 75.11 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0111347;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.125;QD=10.0147;RBI=0.0126495;REFB=0.00156296;REVB=-0.00600249;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168862;STB=0.592391;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00199473;OID=.;OPOS=32201473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:19:20:10:10:0.333333:2:8:13:6:2:8:14:6 chr1 32204476 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0217118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.909;QD=22.5337;RBI=0.0538878;REFB=-0.0118272;REVB=0.0493203;RO=15;SAF=2;SAR=17;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595838;STB=0.839888;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0165853;OID=.;OPOS=32204476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:17:2:11:4:17:2:11:4 chr1 32280610 . T C 2274.22 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.067;QD=63.6146;RBI=0.0547841;REFB=0;REVB=-0.0504306;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015383;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:78:65:0:0:78:65:0:0 chr1 32373837 . GTTTTTTTTTTTT GTTTTTGTTTTTG,GTTTTTGTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT 140.45 PASS AF=0.0909091,0.272727,0.636364,0;AO=2,2,7,3;DP=25;FAO=2,6,14,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,14,0;FSAR=2,6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124387,-0.0106154,-0.084504,-0.158382;FXX=0.185117;HRUN=16,16,16,16;LEN=7,1,2,1;MLLD=192.061,179.794,4.81156,3.12124;QD=25.5371;RBI=0.0280127,0.0429124,0.276253,0.572407;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0250996,-0.0415787,-0.263011,-0.550059;RO=0;SAF=0,0,7,3;SAR=2,2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0.00401622,-0.00913745,0.0816166,-0.0833198;OID=.,.,.,.;OPOS=32373843,32373843,32373838,32373838;OREF=TTTTTTT,T,TT,T;OALT=GTTTTTG,G,-,-;OMAPALT=GTTTTTGTTTTTG,GTTTTTGTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0909091,0.272727,0.636364,0:2,2,7,3:25:2,6,14,0:22:0:0,0,14,0:2,6,0,0:0:0:39:0:0,0,7,3:2,2,0,0:0:0 chr1 32672932 . G A 257.76 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00687831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0391;QD=30.3246;RBI=0.0218372;REFB=0.0125498;REVB=0.0207256;RO=11;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749508;STB=0.541364;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0117498;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:6:17:7:4:6:17:7:4 chr1 33065947 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.095;QD=62.6705;RBI=0.00755805;REFB=0;REVB=-0.00441172;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14168e-05;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr1 33099637 . A G 113.38 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0395547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.009;QD=9.64964;RBI=0.0429655;REFB=-0.00392336;REVB=0.0167766;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177052;STB=0.608527;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0107051;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:11:3:11:22:11:3:11:22 chr1 33133968 . T C 895.57 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00651791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.276;QD=50.4546;RBI=0.00767918;REFB=-0.17808;REVB=-0.00406037;RO=5;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682918;STB=0.542844;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00142097;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:71:71:5:6:65:65:0.915493:32:33:0:5:32:33:0:6 chr1 33149698 . AAG A 180.33 PASS AF=0.439394;AO=24;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00997585;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=2;MLLD=270.852;QD=10.9288;RBI=0.0102602;REFB=-0.00876893;REVB=0.00239894;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872071;STB=0.536507;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.011328;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439394:24:65:29:66:37:12:17:13:24:99:34:8:16:14:20 chr1 33160644 . T G 141.87 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0357706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.93;QD=21.8265;RBI=0.0426337;REFB=-0.0150693;REVB=-0.023197;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.549931;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0178396;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:4:7:11:4:4:7 chr1 33160878 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00154235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.542;QD=11.6345;RBI=0.00543543;REFB=-0.00356609;REVB=-0.00521201;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420733;STB=0.760389;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00414858;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:4:11:3:7:4:12 chr1 33161212 . T C 106.81 PASS AF=0.253968;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00967758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.58;QD=6.78129;RBI=0.0135902;REFB=-0.0049042;REVB=-0.00954134;RO=47;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277711;STB=0.507927;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0174161;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:47:47:15:16:0.253968:7:8:24:23:8:8:24:23 chr1 33161264 . C T 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00959998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.699;QD=26.2143;RBI=0.00968443;REFB=-0.0172669;REVB=0.00127619;RO=26;SAF=21;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107787;STB=0.558796;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0124554;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:21:21:9:17:21:21:9:17 chr1 33231380 . T G 242.33 PASS AF=0.575;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00804394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4053;QD=24.2325;RBI=0.15424;REFB=-0.0437745;REVB=-0.154031;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591331;STB=0.529386;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0233104;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:17:22:23:0.575:8:14:9:7:8:15:10:7 chr1 33231403 . G T 134.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0135205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=17.9853;RBI=0.0135212;REFB=-0.032612;REVB=0.00013492;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374135;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:6:9:9:5:6:9:9:6 chr1 33235626 . G A 308.35 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00104616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.349;QD=20.905;RBI=0.0124905;REFB=-0.0215896;REVB=0.0124466;RO=26;SAF=26;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31869;STB=0.689522;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0276024;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:27:32:32:0.542373:6:26:13:13:6:26:13:14 chr1 33324088 . C G 261.75 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0056404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.731;QD=17.1636;RBI=0.00921997;REFB=-0.0175255;REVB=0.0072934;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676511;STB=0.537872;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0162059;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:18:11:10:22:18:11:10:22 chr1 33328165 . G A 697.67 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00682477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.677;QD=18.6044;RBI=0.0183649;REFB=0.0056354;REVB=0.0170497;RO=80;SAF=31;SAR=39;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311908;STB=0.517296;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00590474;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:80:70:70:0.466667:39:31:38:42:39:31:38:42 chr1 33475767 . G A 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.015227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.515;QD=2.28764;RBI=0.0172857;REFB=-0.00159109;REVB=-0.00818128;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685806;STB=0.55076;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0275992;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:5:2:13:41:5:2:13:41 chr1 33646950 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.624;QD=48.7359;RBI=0.0320515;REFB=0;REVB=0.0251174;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698443;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr1 33789588 . T C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0072648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.291;QD=28.5595;RBI=0.0412914;REFB=-0.0492349;REVB=0.0406473;RO=10;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254545;STB=0.63877;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0186911;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:7:13:10:0:7:13:10:0 chr1 33820033 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0139448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.468;QD=18.1182;RBI=0.0142274;REFB=-0.0169314;REVB=0.00282174;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252279;STB=0.645214;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0253845;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:4:14:11:9:4:14:11:9 chr1 33832865 . A G 276.8 PASS AF=0.365591;AO=27;DP=86;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0158353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.794;QD=11.9055;RBI=0.0354311;REFB=-0.0133433;REVB=0.0316955;RO=55;SAF=12;SAR=15;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136308;STB=0.632105;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0300685;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:55:59:27:34:0.365591:15:12:31:24:22:12:33:26 chr1 33957151 . GT G,GG 966.3 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=9,57;DP=66;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,46;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135613,0.00468836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.954,150.622;QD=58.5638;RBI=0.134125,0.124926;REFB=0,0;REVB=0.133438,0.124838;RO=0;SAF=1,46;SAR=8,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0191598,0.00608087;OID=.,.;OPOS=33957152,33957152;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:9,57:66:1,65:66:0:1,46:0,19:0:0:3:0:1,46:8,11:0:0 chr1 33960062 . A G 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0020732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.961;QD=16.7309;RBI=0.00294781;REFB=-0.00974874;REVB=0.00209558;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913281;STB=0.551225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0139168;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:14:22:16:15:14:22 chr1 33961722 . C T 251.6 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0104859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9282;QD=20.5389;RBI=0.0274511;REFB=0.00169647;REVB=0.0253694;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212062;STB=0.619616;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000804827;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:11:14:8:16:11:14 chr1 34038214 . T C 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0230309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9275;QD=15.886;RBI=0.0255318;REFB=-0.0313797;REVB=-0.0110206;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237593;STB=0.503935;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0431004;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:21:12:14:27:21:12:15:27 chr1 34066584 . CGT ATG 367.13 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00593165;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=167.333;QD=14.3972;RBI=0.0117189;REFB=-0.00044677;REVB=0.0101069;RO=60;SAF=18;SAR=24;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109373;STB=0.561768;STBP=0.295;TYPE=mnp;VARB=0.000789814;OID=.;OPOS=34066584;OREF=CGT;OALT=ATG;OMAPALT=ATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:24:18:32:28:24:18:32:28 chr1 34071525 . C T 552.9 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.109;QD=59.7733;RBI=0.0691272;REFB=0;REVB=0.0671706;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743627;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:25:37:1:11:14:0:0:20:17:0:0 chr1 34090679 . T C 810.11 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=151;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.00252276;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.787;QD=21.603;RBI=0.0124768;REFB=-0.0192605;REVB=-0.0122191;RO=68;SAF=49;SAR=31;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709444;STB=0.543849;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0170364;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:68:70:80:80:0.533333:31:49:47:21:31:49:49:21 chr1 34189867 . C T 226.25 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0136436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7183;QD=11.1731;RBI=0.0138189;REFB=-0.0252308;REVB=-0.00219423;RO=51;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1127;STB=0.565324;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0161482;OID=.;OPOS=34189867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:53:28:28:0.345679:12:16:24:27:12:16:25:28 chr1 34238283 . T C 258.24 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0207108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7832;QD=14.3467;RBI=0.0386287;REFB=-0.0266545;REVB=-0.0326073;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969152;STB=0.560306;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0513106;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:17:13:14:27:17:13:14:28 chr1 34270498 . G A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00793047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=20.6402;RBI=0.020219;REFB=-0.0100134;REVB=-0.0185988;RO=31;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2391;STB=0.624931;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.017025;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:14:22:10:21:14:22:11:21 chr1 34285342 . G A 457.62 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0412024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7576;QD=20.5671;RBI=0.057278;REFB=0.0173162;REVB=-0.0397886;RO=44;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506326;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0171921;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:44:44:45:0.505618:25:19:19:25:25:20:19:25 chr1 34285381 . C T 491.14 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0296961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.845;QD=19.8438;RBI=0.0331149;REFB=-0.0163486;REVB=0.014654;RO=49;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028788;STB=0.506348;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0154898;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:51:48:48:0.484848:26:22:24:25:26:22:24:27 chr1 34329897 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.052;QD=59.8559;RBI=0.0119009;REFB=0;REVB=-0.00905064;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57641e-06;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr1 34330067 . A C 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.019218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.023;QD=14.3247;RBI=0.0214181;REFB=-0.0143781;REVB=-0.00945525;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282689;STB=0.501607;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0249071;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:21:18:13:15:21:18 chr1 34578613 . A G 70.59 PASS AF=0.243902;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.013412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.163;QD=6.88665;RBI=0.0294756;REFB=-0.0235535;REVB=-0.0262475;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27788;STB=0.700568;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0442403;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:41:31:31:9:10:0.243902:4:5:10:21:4:6:10:21 chr1 35184033 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.216;QD=57.3857;RBI=0.020693;REFB=0;REVB=0.00525289;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87855e-05;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr1 35223913 . A C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0183115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.585;QD=13.5766;RBI=0.0185459;REFB=-0.0169333;REVB=0.00293983;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.666389;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0235311;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:9:10:10:3:9:10 chr1 35442168 . A C 1229.04 PASS AF=0.548837;AO=118;DP=216;FAO=118;FDP=215;FR=.;FRO=97;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.00219404;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.467;QD=22.8658;RBI=0.0266046;REFB=-0.0396089;REVB=-0.0265139;RO=97;SAF=63;SAR=55;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834353;STB=0.545447;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0353867;OID=.;OPOS=35442168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:97:97:118:118:0.548837:55:63:42:55:55:63:42:55 chr1 35562965 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0136246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.706;QD=16.5355;RBI=0.014284;REFB=0.00164941;REVB=0.00428992;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213918;STB=0.622506;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00542566;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:14:9:11:7:14:9 chr1 35757843 . A T 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2567;QD=64.1438;RBI=0.0520746;REFB=0;REVB=0.051297;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825952;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 35900615 . A G 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.539;QD=63.1945;RBI=0.0466698;REFB=0;REVB=0.020246;RO=0;SAF=28;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162722;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:64:28:0:0:64:28:0:0 chr1 35919979 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.747;QD=62.9829;RBI=0.0241996;REFB=0;REVB=-0.0146981;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14119e-05;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 36031342 . T A 375.72 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.173;QD=55.6619;RBI=0.0162895;REFB=0;REVB=0.0130893;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54693e-06;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:21:5:0:0:21:6:0:0 chr1 36101936 . GT G 47.55 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0633736;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8765;QD=4.87687;RBI=0.0808773;REFB=-0.0822837;REVB=0.0502485;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700618;STB=0.583226;STBP=0.427;TYPE=del;VARB=0.118569;OID=.;OPOS=36101937;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:14:39:15:39:24:7:8:8:16:47:22:6:8:8:14 chr1 36225948 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.544;QD=62.4651;RBI=0.0286303;REFB=0;REVB=-0.0179281;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41469e-05;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr1 36359669 . A G 971.0 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.402;QD=58.8484;RBI=0.0241469;REFB=0;REVB=-0.0224391;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0078e-06;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:34:30:0:0:36:30:0:0 chr1 36550658 . C T 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.226;QD=53.3599;RBI=0.0263244;REFB=-0.0050215;REVB=0.00599083;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000284885;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr1 36553673 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.431;QD=56.9983;RBI=0.0508219;REFB=0;REVB=1.23488e-05;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228364;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 36556867 . C T 418.1 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.466;QD=53.948;RBI=0.0424316;REFB=-0.132642;REVB=-0.0177391;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00219786;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:1:0 chr1 36563777 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.42;QD=33.4284;RBI=0.0172901;REFB=0;REVB=-0.0134046;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00062789;OID=.;OPOS=36563777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 36563797 . C T 56.75 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3875;QD=28.3741;RBI=0.1305;REFB=-0.0870631;REVB=-0.12783;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0369777;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr1 36642420 . T C 729.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.823;QD=57.2017;RBI=0.0690342;REFB=0;REVB=0.0251189;RO=0;SAF=10;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268699;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:40:10:0:0:40:11:0:0 chr1 36643685 . C A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00392861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.592;QD=14.0792;RBI=0.0124225;REFB=-0.0466052;REVB=-0.011785;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0569698;OID=.;OPOS=36643685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:10:6:6:6:10:6 chr1 36643783 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.745;QD=11.0924;RBI=0.0256976;REFB=-0.0340268;REVB=-0.0256976;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325117;OID=.;OPOS=36643783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr1 36752432 . G GT 96.18 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470802;FXX=0.333111;HRUN=0;LEN=1;MLLD=189.839;QD=38.4718;RBI=0.0915779;REFB=0;REVB=0.0785491;RO=13;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0138374;OID=.;OPOS=36752433;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:10:10:0:3:7:0:0:3:13:0:2:8:5 chr1 36752433 . C T 151.54 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.974;QD=40.4116;RBI=0.0433392;REFB=0;REVB=0.0427609;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00653145;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:7:8:0:0 chr1 36773405 . T G 2128.58 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.926;QD=62.6053;RBI=0.0663883;REFB=0;REVB=0.051765;RO=0;SAF=56;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2516e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:136:0:0:131:136:1:75:56:0:0:80:56:0:0 chr1 36794192 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2334;QD=37.4885;RBI=0.0392577;REFB=0;REVB=-0.000788779;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331903;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr1 36807481 . C T 236.49 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00308428;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.701;QD=13.3233;RBI=0.00317836;REFB=-0.013267;REVB=0.000767615;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762963;STB=0.543471;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.023898;OID=.;OPOS=36807481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:14:29:17:11:14:29 chr1 36859374 . T G 125.05 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0154538;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.0493;QD=14.7117;RBI=0.0177014;REFB=-0.00726336;REVB=0.00863251;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505338;STB=0.819345;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0581536;OID=.;OPOS=36859374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:19:15:15:0.441176:2:13:7:10:2:13:7:12 chr1 36927733 . G A 591.44 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00375441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4583;QD=56.3273;RBI=0.0181495;REFB=-0.0728934;REVB=0.0177569;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101901;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:1:1:20:20:1:1 chr1 36937059 . A G 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00322857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.375;QD=15.1036;RBI=0.00322891;REFB=-0.0250564;REVB=4.69064e-05;RO=44;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176576;STB=0.605996;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0264864;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:13:20:19:25:13:20:19:26 chr1 36937065 . A G 307.33 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0217443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.984;QD=14.635;RBI=0.0225157;REFB=0.00308594;REVB=-0.00584318;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135515;STB=0.56518;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00201765;OID=.;OPOS=36937065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:13:21:24:25:14:21:24:25 chr1 37948912 . C T 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0407413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.738;QD=15.292;RBI=0.0496943;REFB=-0.00725839;REVB=0.0284546;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00469579;OID=.;OPOS=37948912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:3:6:5:4:3:6 chr1 38006359 . A G 415.21 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0310269;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.024;QD=35.3368;RBI=0.0341638;REFB=0.00653777;REVB=-0.0143003;RO=14;SAF=17;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473444;STB=0.525758;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00344658;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:16:17:6:8:16:17:6:8 chr1 38023316 . C T 274.26 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.031531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.134;QD=19.9463;RBI=0.0364822;REFB=-0.0095634;REVB=-0.0183508;RO=25;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368214;STB=0.500693;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00794034;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:28:29:0.527273:19:9:9:16:19:10:9:17 chr1 38030672 . CAT C 456.62 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0148289;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=340.462;QD=20.5222;RBI=0.0174791;REFB=-0.00858917;REVB=-0.00925313;RO=44;SAF=9;SAR=35;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338482;STB=0.691797;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.00738738;OID=.;OPOS=38030673;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505618:44:89:45:89:44:9:36:23:21:99:44:9:35:23:21 chr1 38148765 . A G 1635.05 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4427;QD=57.3701;RBI=0.0312778;REFB=-0.00777084;REVB=0.0144155;RO=3;SAF=44;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00350082;STB=0.501735;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000269366;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:114:3:3:110:111:0.973684:66:44:1:2:67:44:1:2 chr1 38173983 . TTTC T,TT 792.29 PASS AF=1,0;AO=53,7;DP=61;FAO=66,0;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128896,-0.00760755;FXX=0.0294074;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=199.687,191.408;QD=48.0175;RBI=0.0249972,0.0202512;REFB=0,0;REVB=-0.0214178,-0.018768;RO=0;SAF=26,2;SAR=27,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00103938,-0.0597342;OID=.,.;OPOS=38173984,38173985;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:53,7:61:66,0:66:0:32,0:34,0:0:0:14:0:26,2:27,5:0:0 chr1 38184055 . C T 406.58 PASS AF=0.435294;AO=30;DP=91;FAO=37;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0633693;FXX=0.0659268;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.4617;QD=19.1332;RBI=0.0665724;REFB=-0.0743918;REVB=-0.0204013;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196249;STB=0.609513;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0465667;OID=.;OPOS=38184055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:85:21:27:30:37:0.435294:15:15:5:16:15:22:9:18 chr1 38289383 . T C 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0160496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.022;QD=12.4558;RBI=0.0160525;REFB=-0.00376055;REVB=0.00030258;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1514;STB=0.586878;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00529992;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:10:24:12:9:10:24 chr1 38327982 . G T 463.63 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0203257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1291;QD=16.4117;RBI=0.0209189;REFB=-0.0172169;REVB=-0.00494632;RO=62;SAF=32;SAR=18;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265223;STB=0.651031;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0271349;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:50:51:0.451327:18:32:23:39:18:33:23:39 chr1 38338795 . A G 220.24 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0164023;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.931;QD=17.2737;RBI=0.0208822;REFB=-0.0102027;REVB=-0.012924;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450608;STB=0.525403;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0105263;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:10:17:14:10:10:17 chr1 38397341 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.100142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1495;QD=14.0435;RBI=0.102909;REFB=-0.0271306;REVB=0.0237036;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0109984;OID=.;OPOS=38397341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr1 38397369 . C T 97.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0129193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.915;QD=24.4107;RBI=0.0600767;REFB=-0.0595975;REVB=0.0586711;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0554152;OID=.;OPOS=38397369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:3:2:5:6:3:2 chr1 38411445 . G A 271.12 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0145836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2651;QD=30.1242;RBI=0.0318633;REFB=-0.048441;REVB=0.02833;RO=11;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243719;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:11:12:24:24:0.666667:10:14:6:5:10:14:7:5 chr1 38423853 . G C 1267.07 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171866;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.515;QD=61.8084;RBI=0.0203551;REFB=0;REVB=0.0109065;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67481e-06;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr1 38442547 . G A 535.95 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6343;QD=59.5497;RBI=0.067209;REFB=0;REVB=-0.0520305;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179768;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr1 38449910 . T C 249.34 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00703609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6697;QD=19.9476;RBI=0.0684686;REFB=-0.0119271;REVB=-0.0681061;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174786;STB=0.605971;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0105348;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:9:14:11:15:9:15:11:15 chr1 38450367 . A G 589.31 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7226;QD=60.4424;RBI=0.0810062;REFB=0;REVB=0.0575181;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246135;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr1 38462898 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.395;QD=35.5759;RBI=0.0119965;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56755e-05;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 38462905 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2457;QD=35.5758;RBI=0.0103114;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000976718;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 38463504 . C T 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.010441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9956;QD=17.9194;RBI=0.0241207;REFB=-0.014939;REVB=-0.0217438;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296196;STB=0.664727;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0141913;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:9:25:13:19:9:25 chr1 38862336 . T A 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3916;QD=55.0817;RBI=0.0935498;REFB=0;REVB=-0.0627937;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00363499;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 39748921 . G A 316.85 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0487641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0418;QD=20.4418;RBI=0.0487832;REFB=-0.0331358;REVB=-0.00136689;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136533;STB=0.575712;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0242024;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:17:12:19:14:17:12 chr1 39797055 . A G 313.2 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00760943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=19.5752;RBI=0.0246784;REFB=-0.0110176;REVB=0.023476;RO=31;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815281;STB=0.545426;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0141118;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:22:11:13:18:22:11:13:18 chr1 39801815 . A C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00582852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3066;QD=24.0298;RBI=0.0268301;REFB=-0.0437199;REVB=0.0261894;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0201084;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:4:5:7:8:4:5 chr1 39806610 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.037;QD=61.684;RBI=0.0210879;REFB=0;REVB=0.0200932;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49474e-05;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr1 39812822 . C A,G 652.22 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274395,-0.0111596;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=82.3171,20.3329;QD=59.2931;RBI=0.0296044,0.0129356;REFB=0,0;REVB=-0.0111128,-0.00654165;RO=0;SAF=24,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00100573,-0.0152106;OID=.,.;OPOS=39812822,39812822;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:18,2:24,0:0:0:18,2:24,0:0:0 chr1 39835817 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0194061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2075;QD=12.2165;RBI=0.0333206;REFB=0.0101538;REVB=-0.0270862;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444977;STB=0.52628;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0279206;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:10:17:10:5:10:17 chr1 39881040 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0217776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9801;QD=12.3961;RBI=0.0402703;REFB=0.0227575;REVB=-0.0338738;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0391293;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr1 39881468 . T A 783.0 PASS AF=0.463277;AO=82;DP=177;FAO=82;FDP=177;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0141792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.157;QD=17.6948;RBI=0.0142337;REFB=-0.0112718;REVB=0.00124427;RO=94;SAF=43;SAR=39;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175783;STB=0.506702;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0119507;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:95:82:82:0.463277:39:43:51:43:39:43:51:44 chr1 39908506 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00502397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.937;QD=12.4136;RBI=0.00808277;REFB=-0.0100538;REVB=0.00633173;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201661;STB=0.511618;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0163695;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:17:20:12:11:17:20 chr1 39914363 . G C 449.45 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00167858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4413;QD=29.963;RBI=0.020296;REFB=-0.0360892;REVB=0.0202264;RO=19;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069829;STB=0.537879;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0136887;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:20:21:12:7:20:21:12:7 chr1 40098328 . T C 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645599;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.001;QD=59.8613;RBI=0.0647173;REFB=0;REVB=-0.00450983;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52282e-05;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:34:1:0:0:34:1:0:0 chr1 40129066 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0399137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4928;QD=9.41542;RBI=0.0409315;REFB=-0.00393763;REVB=0.00907117;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443059;STB=0.526287;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0119665;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:9:9:21:18:9:9:21:18 chr1 40145297 . C T 127.86 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0438542;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9943;QD=11.3657;RBI=0.0700302;REFB=-0.0101166;REVB=-0.0545988;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119572;STB=0.571331;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0391781;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:13:17:10:5:13:17 chr1 40149642 . G T 720.06 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.00374736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.63;QD=17.0428;RBI=0.01705;REFB=-0.0221594;REVB=-0.0166331;RO=91;SAF=40;SAR=37;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992699;STB=0.557754;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0259328;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:92:77:77:0.455621:37:40:38:53:37:40:38:54 chr1 40229368 . A G 120.94 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.040622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7617;QD=6.91102;RBI=0.0420873;REFB=0.00372723;REVB=-0.0110091;RO=52;SAF=12;SAR=6;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017397;STB=0.510626;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0108223;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:6:12:34:18:6:12:34:18 chr1 40230336 . C G 75.07 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0110436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.719;QD=11.5496;RBI=0.0127113;REFB=-0.00666672;REVB=0.00629411;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.702267;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00774067;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:13:15:9:9:0.346154:6:3:8:5:6:3:10:5 chr1 40349131 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00446048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.679;QD=12.5627;RBI=0.0135674;REFB=-0.0123066;REVB=-0.0128132;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127505;STB=0.573844;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0249669;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:7:15:20:15:7:15:20:15 chr1 40363054 . G C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4564;QD=62.6689;RBI=0.0677811;REFB=0;REVB=0.0419764;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144613;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 40533266 . T G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.536;QD=54.5116;RBI=0.0262522;REFB=0;REVB=0.00259499;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174582;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 40533287 . T G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6324;QD=51.9148;RBI=0.00210995;REFB=0;REVB=0.00210995;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52135e-05;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:21:0:0:0:21:0:0:0 chr1 40533315 . T G 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.537;QD=53.2642;RBI=0.0455515;REFB=0;REVB=-0.0150353;RO=0;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237175;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:22:1:0:0:22:1:0:0 chr1 40533320 . T G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.17;QD=48.626;RBI=0.035442;REFB=-0.00835412;REVB=0.028499;RO=1;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215211;STB=0.511617;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00106236;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:21:1:0:1:21:1:0:1 chr1 40533326 . T G 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5796;QD=51.9089;RBI=0.039224;REFB=0;REVB=-0.0360135;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164228;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:20:1:0:0:20:1:0:0 chr1 40533347 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.655;QD=51.1838;RBI=0.0841319;REFB=0;REVB=0.0157546;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104906;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr1 40539695 . TA T 685.61 PASS AF=0.507463;AO=66;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00568834;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.833;QD=20.4659;RBI=0.00679595;REFB=-0.00988772;REVB=-0.00371856;RO=67;SAF=31;SAR=35;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752408;STB=0.552651;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.0158943;OID=.;OPOS=40539696;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:66:134:68:134:66:33:35:25:41:99:67:31:35:26:41 chr1 40703440 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.013349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.748;QD=15.1963;RBI=0.0136139;REFB=-0.00508198;REVB=-0.00267289;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.544221;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00668397;OID=.;OPOS=40703440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:14:12:7:11:14:12 chr1 40769783 . G A 282.53 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0315597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.5;QD=19.4849;RBI=0.0435657;REFB=-0.0275882;REVB=0.0300325;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121315;STB=0.573938;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0257198;OID=.;OPOS=40769783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:13:17:19:8:13:17:20:8 chr1 40773149 . T C 1477.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987455;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.556;QD=63.5479;RBI=0.0206722;REFB=0;REVB=0.0181613;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46042e-05;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr1 40776752 . C A 62.92 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.031263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.972;QD=8.11925;RBI=0.0314966;REFB=-0.0272681;REVB=0.00382895;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523756;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0447098;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:6:3:7:14:6:3:8:14 chr1 40777800 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6061;QD=50.4127;RBI=0.12577;REFB=0;REVB=-0.0894307;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00585579;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr1 40881041 . C G 1509.78 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00401574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1438;QD=56.4404;RBI=0.0704586;REFB=-0.091105;REVB=0.0703441;RO=2;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158127;STB=0.512394;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0149212;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:107:2:3:104:104:0.971963:59:45:0:2:59:45:0:3 chr1 40923019 . G A 291.41 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00647006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.348;QD=22.8554;RBI=0.0183695;REFB=0.013289;REVB=-0.0171923;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360531;STB=0.512187;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00507864;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:14:14:12:10:14:15:12:10 chr1 40980731 . G T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00101127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.627;QD=20.8931;RBI=0.0293658;REFB=-0.00828997;REVB=-0.0293484;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00586374;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:4:2:2:8:4:2 chr1 40981007 . CTG CTC,C 201.92 PASS AF=0.0454545,0.431818;AO=2,19;DP=44;FAO=2,19;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=2,13;FSAR=0,6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0216662,-0.0090091;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=95.6313,224.272;QD=18.3566;RBI=0.0257158,0.0131391;REFB=-0.00248531,-0.0117556;REVB=0.0138522,0.00956404;RO=22;SAF=2,13;SAR=0,6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.498236,0.18428;STB=0.994448,0.595583;STBP=0.169,0.243;TYPE=snp,del;VARB=-0.0284965,0.0113893;OID=.,.;OPOS=40981009,40981008;OREF=G,TG;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.431818:2,19:44:2,19:44:23:2,13:0,6:12:11:99:22:2,13:0,6:11:11 chr1 41013015 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00580649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.938;QD=17.1006;RBI=0.00603494;REFB=-0.0097812;REVB=-0.00164475;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.58811;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00716141;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:6:9:6:8:6:9 chr1 41157590 . CGGGGGGA CGGGGG,CGGGGGA 82.42 PASS AF=0,0.522727;AO=7,12;DP=44;FAO=0,23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=0,15;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0331138,0.0151741;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=150.201,9.15427;QD=7.49238;RBI=0.0335734,0.20722;REFB=-0.00475247,-0.114279;REVB=0.00553667,-0.206664;RO=19;SAF=5,8;SAR=2,4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0.923077,0.923077;SSEP=0,0;SSSB=-0.03226,-0.0851185;STB=0.5,0.507652;STBP=1,0.974;TYPE=del,del;VARB=0,0.0760353;OID=.,.;OPOS=41157596,41157591;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGGG,CGGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.522727:7,12:44:0,23:44:21:0,15:0,8:14:7:66:19:5,8:2,4:14:5 chr1 41204569 . C T 430.19 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0078006;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.279;QD=24.5822;RBI=0.0228871;REFB=-0.0282278;REVB=-0.0215167;RO=24;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153226;STB=0.54683;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0185684;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:24:29:41:41:0.585714:23:18:16:8:23:18:16:13 chr1 41220077 . C T 394.27 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00221555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.594;QD=17.3307;RBI=0.0166319;REFB=-0.00931505;REVB=0.0164837;RO=50;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796994;STB=0.54465;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0161397;OID=.;OPOS=41220077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:23:18:26:24:23:18:26:24 chr1 41232395 . A C 95.53 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0282273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4354;QD=11.5798;RBI=0.0332305;REFB=0.014691;REVB=-0.0175352;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109101;STB=0.565106;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0307354;OID=.;OPOS=41232395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:9:12:8:4:9:12 chr1 41292377 . G A 414.99 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0234137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7316;QD=13.9492;RBI=0.0259346;REFB=-0.0331862;REVB=-0.0111534;RO=71;SAF=16;SAR=32;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384319;STB=0.52173;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0238991;OID=.;OPOS=41292377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:32:16:26:45:32:16:26:45 chr1 41304093 . C G 406.67 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0414427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7918;QD=17.4913;RBI=0.0440947;REFB=0.00397658;REVB=0.0150612;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425602;STB=0.518434;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00635724;OID=.;OPOS=41304093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:20:22:24:26:20:22:25:26 chr1 41326886 . C G 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8298;QD=63.8589;RBI=0.0443033;REFB=0;REVB=0.0349729;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588621;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr1 41327871 . C A 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286688;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.716;QD=36.2794;RBI=0.0286688;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651228;OID=.;OPOS=41327871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 41327873 . G C 61.23 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.806;QD=34.987;RBI=0.0603764;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149708;OID=.;OPOS=41327873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:0:6:0:0:0:7:0:0 chr1 41976017 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.602;QD=57.6807;RBI=0.0210171;REFB=0;REVB=-0.000671736;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4958e-05;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 41976328 . T C 61.81 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6193;QD=35.318;RBI=0.0703412;REFB=0;REVB=0.0665019;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00862924;OID=.;OPOS=41976328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr1 41978566 . T G 3026.11 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916088;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7968;QD=63.3739;RBI=0.127138;REFB=0;REVB=0.0881585;RO=0;SAF=105;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754067;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:191:0:0:185:191:1:80:105:0:0:83:108:0:0 chr1 41978825 . C G 1250.04 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.394;QD=60.2429;RBI=0.0420215;REFB=-0.129076;REVB=0.0405817;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126271;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000275715;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:1:0:45:37:1:0 chr1 42048745 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.043;QD=64.4149;RBI=0.0192299;REFB=0;REVB=-0.000470923;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153026;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr1 42049032 . G A 3908.11 PASS AF=1;AO=244;DP=247;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282265;FXX=0.0121453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.414;QD=64.0674;RBI=0.0395813;REFB=0;REVB=0.0277478;RO=0;SAF=132;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99963e-05;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:244:0:0:244:244:1:112:132:0:0:112:132:0:0 chr1 42049140 . C G 2531.0 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.926;QD=60.9879;RBI=0.0551124;REFB=-0.0960823;REVB=0.0416669;RO=1;SAF=95;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684663;STB=0.503546;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000324845;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:164:165:0.993976:69:95:0:1:70:95:0:1 chr1 42050366 . C T 171.2 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0079865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.7;QD=9.13064;RBI=0.0466901;REFB=-0.00552716;REVB=-0.046002;RO=51;SAF=5;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352121;STB=0.717021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0213023;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:52:23:23:0.306667:18:5:25:26:18:5:26:26 chr1 42619152 . C A 653.88 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00983844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.823;QD=19.2319;RBI=0.0248301;REFB=-0.0275083;REVB=0.0227978;RO=70;SAF=37;SAR=29;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167252;STB=0.509248;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0270198;OID=.;OPOS=42619152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:29:37:38:32:29:37:38:32 chr1 42630364 . G A 711.21 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0151279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8407;QD=25.4004;RBI=0.0176469;REFB=-0.0461703;REVB=0.0090863;RO=45;SAF=36;SAR=31;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801669;STB=0.543553;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0320817;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:45:67:67:0.598214:31:36:29:16:31:36:29:16 chr1 42693597 . A G 1770.77 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219687;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.804;QD=61.0609;RBI=0.0238754;REFB=0;REVB=-0.00934938;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63175e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:48:66:0:0:50:66:0:0 chr1 42880516 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0183658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7815;QD=13.6605;RBI=0.0185871;REFB=-0.0388255;REVB=-0.00285992;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0570443;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:10:11:7:7:10:11 chr1 42898843 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.00770421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.403;QD=14.139;RBI=0.00770474;REFB=-0.0049749;REVB=9.05603e-05;RO=19;SAF=13;SAR=1;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384389;STB=0.717203;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00718125;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:1:13:19:0:1:13:20:0 chr1 43212111 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0329155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.34;QD=18.1185;RBI=0.036008;REFB=-0.0239438;REVB=0.0145996;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138956;STB=0.578862;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0181453;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:7:13:9:9:7:13 chr1 43212430 . GA G,GG 2394.95 PASS AF=0.0545455,0.939394;AO=41,119;DP=164;FAO=9,155;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=2,92;FSAR=7,63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188024,0.0424479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.9139,59.7603;QD=58.0594;RBI=0.0213153,0.0450964;REFB=-0.0161627,-0.106887;REVB=0.0100406,0.0152268;RO=1;SAF=21,73;SAR=20,46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218198,-0.00646281;STB=0.599759,0.502702;STBP=0.166,0.496;TYPE=del,snp;VARB=-0.027316,0.0118321;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0545455,0.939394:41,119:164:9,155:165:1:2,92:7,63:1:0:9:1:21,73:20,46:1:0 chr1 43215571 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.336;QD=60.3764;RBI=0.00686287;REFB=0;REVB=0.00607387;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09872e-05;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr1 43296173 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0391023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.24;QD=10.1698;RBI=0.0411651;REFB=-0.0161723;REVB=-0.0128675;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531452;STB=0.532104;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0326448;OID=.;OPOS=43296173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:9:13:7:4:9:13 chr1 43296195 . C T 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.017186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8576;QD=7.79811;RBI=0.022416;REFB=-0.0118433;REVB=0.0143916;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011285;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222081;OID=.;OPOS=43296195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:10:13:5:4:10:13 chr1 43309842 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.813;QD=58.061;RBI=0.0312675;REFB=0;REVB=0.00669953;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86172e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr1 43408966 . G A 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0199788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.012;QD=15.2438;RBI=0.022469;REFB=-0.0143922;REVB=0.0102811;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378015;STB=0.521217;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0184124;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:26:21:30:32:26:21:30:32 chr1 43457170 . T C 238.4 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.904;QD=50.1897;RBI=0.0558087;REFB=0;REVB=-0.00223166;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139533;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:8:11:0:0 chr1 43610910 . T G 141.84 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00722944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.295;QD=13.8378;RBI=0.0112321;REFB=-0.00462242;REVB=0.00859623;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449217;STB=0.54853;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00793992;OID=.;OPOS=43610910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:15:16:0.390244:6:9:16:9:7:9:16:9 chr1 43649336 . T C 502.24 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0150963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4598;QD=17.3185;RBI=0.0269999;REFB=0.00414101;REVB=-0.0223851;RO=62;SAF=26;SAR=28;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229845;STB=0.501278;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00830376;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:28:26:30:32:28:26:30:32 chr1 43649393 . T C 433.47 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0225956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.867;QD=16.2044;RBI=0.0230448;REFB=-0.015724;REVB=-0.00452803;RO=59;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831084;STB=0.539349;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0218169;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:59:59:47:48:0.448598:27:20:30:29:27:21:30:29 chr1 43649508 . A G 241.32 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0417154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.634;QD=18.213;RBI=0.0419143;REFB=-0.00359625;REVB=0.00407779;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851628;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00610656;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:12:15:12:14:12:15 chr1 43652442 . G C 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.015206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.801;QD=20.7521;RBI=0.020921;REFB=-0.0204849;REVB=0.0143689;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821044;STB=0.545434;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0219901;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:24:20:23:19:24:20:23:19 chr1 43662106 . G C 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00485755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.608;QD=19.3394;RBI=0.00661614;REFB=-0.00362997;REVB=-0.00449193;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162152;STB=0.591122;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00499038;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:4:14:11:7:4:14 chr1 43675467 . G A 266.34 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0330278;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7835;QD=18.0567;RBI=0.0531569;REFB=-0.0467643;REVB=0.0416513;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117102;STB=0.56571;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0543141;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:14:16:19:10:14:16 chr1 43771016 . TA T 250.5 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.153328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2226;QD=50.0996;RBI=0.178159;REFB=0;REVB=-0.0907255;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.016094;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:20:20:0:8:12:0:0:4:0:6:12:0:0 chr1 43779564 . T C 2255.06 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.914;QD=63.5228;RBI=0.0410621;REFB=0;REVB=0.0371119;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02581e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:80:62:0:0:80:62:0:0 chr1 43812250 . C T 466.46 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00413675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.774;QD=22.48;RBI=0.0621788;REFB=-0.0261465;REVB=-0.062041;RO=36;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071791;STB=0.539308;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.014748;OID=.;OPOS=43812250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:38:45:45:0.542169:21:24:16:20:21:24:17:21 chr1 44035352 . C T 316.71 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00788855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.72;QD=19.4897;RBI=0.0185399;REFB=-0.0423693;REVB=0.016778;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123254;STB=0.550429;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0450857;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:31:33:34:0.523077:20:13:17:15:20:14:16:15 chr1 44058265 . C A 983.6 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00432668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.548;QD=56.206;RBI=0.0262252;REFB=-0.141531;REVB=0.0258658;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.515147;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000542957;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:36:32:1:0:36:32:2:0 chr1 44071221 . G A 731.06 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951048;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=56.2355;RBI=0.0392194;REFB=-0.0290132;REVB=0.0380488;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64394e-05;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 44072018 . C T 2061.85 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=138;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0169271;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5282;QD=60.2001;RBI=0.0211158;REFB=-0.150749;REVB=-0.0126234;RO=3;SAF=65;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063207;STB=0.503326;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00275327;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:137:3:3:134:134:0.978102:69:65:1:2:69:65:1:2 chr1 44072066 . C T 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.739;QD=59.5555;RBI=0.012162;REFB=-0.0614274;REVB=-0.0019423;RO=1;SAF=51;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092192;STB=0.504853;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000332435;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:62:51:1:0:62:51:1:0 chr1 44083507 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.284;QD=64.1499;RBI=0.0313117;REFB=0;REVB=0.0168428;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101094;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 44083519 . G A 698.86 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2484;QD=54.8127;RBI=0.0385157;REFB=0.00164992;REVB=0.0341107;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000478865;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr1 44084739 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00353504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.389;QD=50.8357;RBI=0.0518718;REFB=-0.161191;REVB=0.0517512;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250902;STB=0.513503;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00815902;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:0:1:18:7:0:1 chr1 44086831 . C T 758.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.981;QD=63.2033;RBI=0.0521931;REFB=0;REVB=-0.0353263;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14329e-05;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr1 44137257 . C A 591.25 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.585;QD=60.641;RBI=0.0216452;REFB=0;REVB=0.0205378;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80856e-05;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr1 44395786 . C T 801.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.159;QD=57.2281;RBI=0.0379272;REFB=0;REVB=0.027126;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208989;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 44401384 . A G 519.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.283;QD=59.3528;RBI=0.0675746;REFB=0;REVB=0.0608857;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524918;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:16:19:0:0 chr1 44415415 . C T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.969;QD=58.2365;RBI=0.0146776;REFB=0;REVB=0.0146252;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68251e-05;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr1 44457305 . G A 1701.14 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00877732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.411;QD=58.66;RBI=0.0272302;REFB=-0.071808;REVB=0.0257768;RO=2;SAF=70;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133722;STB=0.507041;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00043007;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:113:114:0.982759:43:70:2:0:44:70:2:0 chr1 44595047 . T A 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0155985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.143;QD=21.9594;RBI=0.016651;REFB=-0.0155136;REVB=0.00582602;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140337;STB=0.577344;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0128472;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:19:11:20:17:19:11 chr1 44595113 . G C 1353.07 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.548;QD=62.2103;RBI=0.101335;REFB=0;REVB=0.0272387;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435595;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:87:0:0:79:87:1:37:42:0:0:37:50:0:0 chr1 44595426 . G A 205.29 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0228785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.501;QD=23.4612;RBI=0.109292;REFB=-0.0684027;REVB=-0.106871;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299533;STB=0.516762;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0566823;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:5:10:14:6:5:10 chr1 44788397 . CA C,CT 496.76 PASS AF=0.371429,0.628571;AO=11,23;DP=35;FAO=13,22;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12,6;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120594,0.0101224;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.097,144.413;QD=56.7724;RBI=0.0375168,0.0167123;REFB=0,0;REVB=0.0355257,-0.0132981;RO=0;SAF=11,6;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0233952,0.0210742;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.371429,0.628571:11,23:35:13,22:35:0:12,6:1,16:0:0:90:0:11,6:0,17:0:0 chr1 45187478 . T C 100.93 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0156221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1678;QD=16.1483;RBI=0.0871931;REFB=-0.00558826;REVB=0.0857822;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0138481;OID=.;OPOS=45187478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:7:6:6:6:7:6 chr1 45187511 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.037274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.542;QD=13.5766;RBI=0.037286;REFB=-0.0053256;REVB=-0.000948365;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174255;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00754957;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:7:12:8:5:7:12 chr1 45196743 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0183306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.606;QD=7.12514;RBI=0.0220003;REFB=0.00784211;REVB=-0.0121656;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182661;STB=0.511595;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0208406;OID=.;OPOS=45196743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:10:8:3:4:10:8 chr1 45196754 . A G 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00443474;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=79.766;QD=7.95274;RBI=0.0347426;REFB=-0.010731;REVB=0.0344584;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162757;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.045508;OID=.;OPOS=45196754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:17:19:8:8:0.296296:4:4:11:6:4:4:11:8 chr1 45196770 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0129054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.212;QD=9.49165;RBI=0.0225929;REFB=-0.013354;REVB=0.0185443;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180374;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0219921;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:11:7:5:4:11:7 chr1 45196837 . G C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00941078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.564;QD=14.3343;RBI=0.0192243;REFB=-0.0157795;REVB=-0.0167633;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138165;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0152432;OID=.;OPOS=45196837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:6:4:5:4:6:4 chr1 45218895 . A T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00335312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9061;QD=21.4743;RBI=0.0402728;REFB=-0.000383563;REVB=-0.040133;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.558892;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.000227171;OID=.;OPOS=45218895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:20:11:12:13:20:11:12:13 chr1 45224998 . A C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00991528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.839;QD=14.6579;RBI=0.0101281;REFB=-0.0221604;REVB=-0.00206548;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161764;STB=0.593087;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.017241;OID=.;OPOS=45224998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:4:13:8:5:4:13 chr1 45226084 . G A 236.86 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.024099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.12;QD=19.7386;RBI=0.0292513;REFB=-0.00495206;REVB=0.0165795;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346445;STB=0.695482;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00542582;OID=.;OPOS=45226084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:8:17:7:16:8:17 chr1 45244051 . T TG 137.5 PASS AF=0.512821;AO=15;DP=41;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0631229;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.984;QD=14.1021;RBI=0.0728393;REFB=-0.0276131;REVB=0.0363465;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287878;STB=0.510628;STBP=0.925;TYPE=ins;VARB=0.0310318;OID=.;OPOS=45244052;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:15:41:20:39:19:12:8:11:8:99:25:11:4:12:13 chr1 45270024 . G C 520.08 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.023241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.121;QD=16.7768;RBI=0.0303115;REFB=-0.00767417;REVB=0.0194587;RO=64;SAF=32;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467227;STB=0.519624;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.044903;OID=.;OPOS=45270024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:67:57:57:0.459677:25:32:39:25:25:32:40:27 chr1 45285631 . G A 259.64 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.032392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8133;QD=19.2322;RBI=0.0374905;REFB=-0.00566618;REVB=-0.0188759;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175721;STB=0.620034;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00795301;OID=.;OPOS=45285631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:26:25:28:0.518519:16:9:5:21:16:12:5:21 chr1 45285664 . G A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.026944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.407;QD=22.188;RBI=0.0287983;REFB=-0.0134581;REVB=-0.0101666;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165817;STB=0.592508;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00751171;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:5:13:11:10:5:13 chr1 45293752 . T C 84.41 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00277701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8924;QD=11.2546;RBI=0.0185247;REFB=-0.0191633;REVB=-0.0183154;RO=19;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31976;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0286611;OID=.;OPOS=45293752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:30:19:19:10:11:0.366667:1:9:14:5:1:10:14:5 chr1 45444038 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.056108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.711;QD=15.4997;RBI=0.0561132;REFB=-0.0166676;REVB=0.000761479;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940643;STB=0.552908;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.016397;OID=.;OPOS=45444038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:12:19:28:12:12:19:28:12 chr1 45671966 . A G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0113655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.92;QD=19.0168;RBI=0.0226193;REFB=-0.0358498;REVB=-0.0195566;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874813;STB=0.549932;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0218278;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:8:6:5:10:8:6 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1618.93 PASS AF=0,0.977654;AO=54,95;DP=177;FAO=0,175;FDP=179;FR=.;FRO=4;FSAF=0,121;FSAR=0,54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0491041,-0.200967;FXX=0.0324307;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=158.194,16.1326;QD=36.1772;RBI=0.0514665,0.211919;REFB=0.0370978,-0.0904728;REVB=-0.0154138,0.067245;RO=11;SAF=40,70;SAR=14,25;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.110815,0.0687324;STB=0.5,0.508129;STBP=1,0.214;TYPE=del,del;VARB=0,0.0127016;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.977654:54,95:177:0,175:179:4:0,121:0,54:4:0:9:11:40,70:14,25:5:6 chr1 45805566 . G C 1023.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.505;QD=59.3618;RBI=0.0743988;REFB=0;REVB=0.00201178;RO=0;SAF=11;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20668e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:54:11:0:0:55:14:0:0 chr1 45962137 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.023;QD=53.9112;RBI=0.0303363;REFB=0;REVB=0.0296514;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107234;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 45973928 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.298;QD=56.7063;RBI=0.0125375;REFB=0;REVB=0.00201896;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92798e-05;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr1 46073489 . G A 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9425;QD=57.6654;RBI=0.0234526;REFB=0;REVB=0.0223584;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413275;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 46078854 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.562;QD=49.5987;RBI=0.014189;REFB=0;REVB=-0.0138662;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168141;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 46078884 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.927;QD=48.7373;RBI=0.0233806;REFB=0;REVB=0.0179814;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25618e-05;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 46086077 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.424;QD=39.2067;RBI=0.0297918;REFB=0;REVB=-0.026358;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178757;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 46087577 . G A 1659.92 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.667;QD=58.7584;RBI=0.0590377;REFB=-0.0841507;REVB=0.0431376;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000422277;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:111:112:0.99115:62:49:0:0:62:50:0:1 chr1 46094038 . G A 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0468133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.219;QD=13.9988;RBI=0.0519935;REFB=-0.00468929;REVB=-0.0226239;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146369;STB=0.583287;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00589196;OID=.;OPOS=46094038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:21:15:31:25:21:15:31:25 chr1 46295157 . A AC,C 35.22 PASS AF=0.103448,0.0517241;AO=6,4;DP=57;FAO=6,3;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=1,0;FSAR=5,3;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0142514,-0.0161969;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=21.093,130.898;QD=2.42902;RBI=0.128104,0.0691273;REFB=-0.0240185,-0.00489963;REVB=-0.127308,-0.067203;RO=47;SAF=1,0;SAR=5,4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.495063,-0.598041;STB=0.856032,0.997065;STBP=0.099,0.046;TYPE=ins,snp;VARB=0.0454807,0.102259;OID=.,.;OPOS=46295158,46295157;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:57:58:47:49:6,4:6,3:0.103448,0.0517241:5,4:1,0:29:18:5,3:1,0:29:20 chr1 46379518 . A G 349.23 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0215376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.282;QD=20.2454;RBI=0.0291334;REFB=-0.00318191;REVB=-0.0196185;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189848;STB=0.605038;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00420708;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:20:16:22:11:20:16:22:11 chr1 46476587 . T G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0619308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6592;QD=22.3966;RBI=0.0686161;REFB=-0.0151765;REVB=-0.0295424;RO=23;SAF=2;SAR=23;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119486;STB=0.565991;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0109358;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:23:2:1:22:23:2:1:22 chr1 46493460 . T G 394.63 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.038889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2372;QD=13.9691;RBI=0.0404972;REFB=-0.0103791;REVB=0.0112989;RO=67;SAF=24;SAR=22;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775641;STB=0.54376;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0274632;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:22:24:30:37:22:24:30:37 chr1 46496709 . A G 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.771;QD=60.4464;RBI=0.0189978;REFB=0;REVB=0.00894626;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110569;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr1 46498375 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.457;QD=61.2127;RBI=0.00312929;REFB=0;REVB=-0.00140338;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08707e-06;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:37:42:0:0 chr1 46500613 . T C 134.19 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0711891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7494;QD=9.4171;RBI=0.0970424;REFB=-0.0220167;REVB=-0.0659496;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172414;STB=0.511798;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0401744;OID=.;OPOS=46500613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:37:39:18:18:0.315789:8:10:20:17:8:10:21:18 chr1 46521517 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.724;QD=62.9813;RBI=0.0380343;REFB=0;REVB=0.00428243;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191457;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr1 46521559 . A T 738.82 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.6;QD=62.8782;RBI=0.00739078;REFB=0;REVB=0.00264469;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163427;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:32:15:0:0 chr1 46655158 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.785;QD=57.2377;RBI=0.0214629;REFB=0;REVB=0.0210907;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78889e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr1 46658910 . G A 318.75 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0172414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4324;QD=21.6101;RBI=0.0203902;REFB=-0.0581046;REVB=0.0108854;RO=26;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866404;STB=0.547916;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0434103;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:13:20:13:13:13:20:13:13 chr1 46743900 . C T 558.45 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0120346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.092;QD=25.6757;RBI=0.0213992;REFB=-0.02247;REVB=0.0176944;RO=36;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583129;STB=0.531873;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0143944;OID=.;OPOS=46743900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:28:23:19:17:28:23:19:17 chr1 46746164 . C T 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0522085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.297;QD=13.0136;RBI=0.0600719;REFB=-0.0218381;REVB=0.0297138;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898566;STB=0.562437;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0335549;OID=.;OPOS=46746164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:20:20:0.384615:12:8:15:16:12:8:16:16 chr1 46807711 . C T 209.62 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0249144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9459;QD=18.6333;RBI=0.0509939;REFB=-0.035829;REVB=0.0444933;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114428;STB=0.506487;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.040375;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:14:10:9:12:14:10 chr1 46808042 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0436174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.348;QD=18.4438;RBI=0.0477225;REFB=-0.0211307;REVB=0.0193638;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234231;STB=0.637996;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0218404;OID=.;OPOS=46808042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:10:1:2:7:10:1:2:7 chr1 46810530 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0246193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9558;QD=14.7991;RBI=0.0436432;REFB=-0.0340672;REVB=-0.0360364;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668248;STB=0.893544;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0322803;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:3:10:1:10:3:10 chr1 46827456 . A G 335.53 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00925151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.707;QD=13.2882;RBI=0.0230907;REFB=-0.010073;REVB=-0.0211563;RO=62;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100683;STB=0.557215;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0153425;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:19:20:26:36:19:20:26:36 chr1 46828360 . C T 702.64 PASS AF=0.48951;AO=67;DP=140;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00284001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.131;QD=19.6542;RBI=0.0148357;REFB=-0.0040266;REVB=0.0145613;RO=69;SAF=36;SAR=31;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258424;STB=0.509675;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00481338;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:69:73:67:70:0.48951:31:36:39:30:32:38:41:32 chr1 46871986 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3461;QD=60.03;RBI=0.0446571;REFB=0;REVB=0.000656211;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410176;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr1 47013180 . A G 818.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.075;QD=57.4181;RBI=0.0733998;REFB=0;REVB=-0.0248186;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415245;OID=.;OPOS=47013180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr1 47013364 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.4;QD=58.1369;RBI=0.0101538;REFB=0;REVB=-0.00251692;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42854e-05;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr1 47059934 . T C 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.71;QD=58.0314;RBI=0.0410804;REFB=0.00888592;REVB=0.0172952;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00012356;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:38:32:0:1:38:32:0:1 chr1 47078637 . T C 2235.26 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.89;QD=63.4115;RBI=0.0664833;REFB=0;REVB=0.015559;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013116;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:78:63:0:0:78:63:0:0 chr1 47080665 . C T 284.01 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0213335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.259;QD=36.6467;RBI=0.0214381;REFB=-0.00920138;REVB=-0.00211458;RO=7;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887521;STB=0.548347;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00166194;OID=.;OPOS=47080665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:12:12:2:5:12:12:2:5 chr1 47080679 . G A 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2253;QD=57.1925;RBI=0.0244415;REFB=0;REVB=0.0221893;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720785;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 47080741 . C T 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.122002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.808;QD=29.0281;RBI=0.122005;REFB=-0.0179584;REVB=-0.000920717;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392457;STB=0.521715;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00657683;OID=.;OPOS=47080741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:10:8:3:5:10:8:3:5 chr1 47101015 . C A 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.488;QD=64.2842;RBI=0.0273609;REFB=0;REVB=-0.0128108;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40642e-05;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr1 47138819 . T G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00245728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.775;QD=22.6785;RBI=0.00446558;REFB=-0.085293;REVB=0.0037287;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160449;STB=0.592391;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0181421;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:8:2:2:3:8:2:2:3 chr1 47139103 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.011811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.082;QD=22.5346;RBI=0.0192471;REFB=0.00598305;REVB=0.015197;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456183;STB=0.525521;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00389951;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:4:11:13:6:4:11 chr1 47280745 . GGAT G,GG 777.15 PASS AF=0,1;AO=14,34;DP=48;FAO=0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150538,0.0225402;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=297.093,325.819;QD=64.7627;RBI=0.0506267,0.0682441;REFB=0,0;REVB=0.0483367,0.0644143;RO=0;SAF=0,25;SAR=14,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000388434;OID=.,.;OPOS=47280746,47280747;OREF=GAT,AT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,34:48:0,48:48:0:0,25:0,23:0:0:4:0:0,25:14,9:0:0 chr1 47280859 . G A 2103.02 PASS AF=0.971631;AO=137;DP=141;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0262801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.238;QD=59.66;RBI=0.0277166;REFB=-0.0341194;REVB=-0.00880717;RO=4;SAF=53;SAR=84;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064164;STB=0.503377;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000903474;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:141:141:4:4:137:137:0.971631:84:53:2:2:84:53:2:2 chr1 47280884 . C T 2090.37 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0429306;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2617;QD=61.9368;RBI=0.0603204;REFB=-0.0467491;REVB=0.0423734;RO=1;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597912;STB=0.503105;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00050515;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:133:134:0.992593:79:54:0:1:80:54:0:1 chr1 47282772 . C T 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664543;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.99;QD=58.6185;RBI=0.0112216;REFB=0;REVB=0.00904223;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43607e-05;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 47395973 . G A 556.61 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00806595;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.019;QD=25.0162;RBI=0.0122888;REFB=-0.0140596;REVB=-0.00927115;RO=37;SAF=18;SAR=33;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108218;STB=0.566037;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0129555;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:37:38:51:51:0.573034:33:18:18:19:33:18:19:19 chr1 47399967 . G A 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0288156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5325;QD=18.0862;RBI=0.0460495;REFB=-0.00874614;REVB=-0.0359196;RO=27;SAF=21;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090986;STB=0.551381;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0135111;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:5:21:20:7:5:21:20:7 chr1 47571902 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.214;QD=59.0186;RBI=0.0200983;REFB=0;REVB=0.0188749;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68837e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr1 47571905 . C T 445.24 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0354591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2032;QD=52.3808;RBI=0.0748236;REFB=-0.187648;REVB=0.0658879;RO=2;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0182717;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:22:10:0:2:22:10:0:2 chr1 47607281 . C T 1348.02 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.712;QD=61.978;RBI=0.0227995;REFB=0;REVB=0.0134772;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140706;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:58:28:0:0:59:28:0:0 chr1 47607785 . G A 93.42 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00995092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.275;QD=12.8856;RBI=0.0197765;REFB=-0.00577264;REVB=0.0170906;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00495812;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:29:29:17:17:10:10:0.344828:5:5:10:7:5:5:10:7 chr1 47607851 . A T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.142;QD=56.0119;RBI=0.0285432;REFB=0.163717;REVB=-0.00754769;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0014164;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:1:0:17:17:1:0 chr1 47608983 . G T 146.3 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0536068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8458;QD=16.7195;RBI=0.0753757;REFB=-0.0219835;REVB=-0.0529888;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240418;STB=0.639157;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0223745;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:9:10:12:4:9:10 chr1 47609489 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000189227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=64.1535;RBI=0.0147051;REFB=0;REVB=-0.0147038;RO=0;SAF=33;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70451e-05;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:66:33:0:0:66:33:0:0 chr1 47610065 . A C 405.66 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0228796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8221;QD=15.1648;RBI=0.0234228;REFB=-0.00320101;REVB=-0.00501503;RO=60;SAF=16;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1595;STB=0.5857;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00656444;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:30:16:30:30:30:16:30:31 chr1 47611598 . T C 2324.02 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7563;QD=63.6717;RBI=0.0685013;REFB=0;REVB=0.02027;RO=0;SAF=84;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182806;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:57:84:0:0:57:89:0:0 chr1 47614434 . C T 133.37 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0314753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.619;QD=15.2423;RBI=0.0314883;REFB=-0.0227656;REVB=0.0009058;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203269;STB=0.618879;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0436655;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:20:14:15:0.428571:10:4:9:10:11:4:9:11 chr1 47685455 . T C 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.785;QD=61.1852;RBI=0.0340238;REFB=0.00984025;REVB=-0.0268205;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-8.56898e-05;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:18:29:0:1:18:29:0:1 chr1 47746678 . G C 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00225511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.614;QD=19.4635;RBI=0.00569793;REFB=-0.0176802;REVB=-0.00523267;RO=55;SAF=22;SAR=34;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027676;STB=0.51527;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0152687;OID=.;OPOS=47746678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:34:22:20:35:34:22:20:35 chr1 47767914 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.149;QD=59.3222;RBI=0.0255672;REFB=0;REVB=0.0242785;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171036;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 47799639 . G C 1485.18 PASS AF=0.981308;AO=90;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0698802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4665;QD=55.5208;RBI=0.073029;REFB=-0.139563;REVB=0.021213;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.508195;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00816585;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:0:2:90:105:0.981308:39:51:0:0:45:60:2:0 chr1 47842431 . G A 1071.64 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0957;QD=57.9266;RBI=0.0551636;REFB=-0.0926035;REVB=0.0536098;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00832355;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:74:1:1:70:73:0.986486:34:36:0:1:37:36:0:1 chr1 47842665 . TA T,TT 1105.6 PASS AF=0.0843373,0.915663;AO=27,47;DP=79;FAO=7,76;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=5,30;FSAR=2,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146138,0.0658344;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.0143,21.7996;QD=53.2818;RBI=0.214975,0.0673102;REFB=0,0;REVB=-0.157664,-0.0140177;RO=1;SAF=8,19;SAR=19,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.325513,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0545937,-0.024107;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.14408,0.0436098;OID=.,.;OPOS=47842666,47842666;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0843373,0.915663:27,47:79:7,76:83:0:5,30:2,46:0:0:16:1:8,19:19,28:1:0 chr1 47882365 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0235556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.036;QD=17.5879;RBI=0.0446997;REFB=-0.00984887;REVB=0.0379894;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.551613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00981509;OID=.;OPOS=47882365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:13:9:14:13:13:9:14:14 chr1 47883019 . T C 120.29 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0039529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.004;QD=9.81925;RBI=0.00497007;REFB=-0.0152583;REVB=0.00301267;RO=35;SAF=0;SAR=14;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.72976;STB=0.699657;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0250307;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:34:14:15:0.306122:14:0:7:28:14:1:6:28 chr1 47883024 . A C,G 737.37 PASS AF=0.183673,0.816327;AO=7,35;DP=46;FAO=9,40;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=7,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372821,0.0445701;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.9057,57.6124;QD=60.1935;RBI=0.0152201,0.0464125;REFB=0,0;REVB=-0.0147565,-0.0129469;RO=0;SAF=0,3;SAR=7,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.069431,-0.00025449;OID=.,.;OPOS=47883024,47883024;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:46:49:0:0:7,35:9,40:0.183673,0.816327:7,32:0,3:0:0:7,36:2,4:0:0 chr1 47906338 . G A 2216.76 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.61;QD=63.3361;RBI=0.007695;REFB=0;REVB=0.00124687;RO=0;SAF=59;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01096e-06;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:81:59:0:0:81:59:0:0 chr1 48241061 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00508734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.98;QD=14.6525;RBI=0.107939;REFB=-0.0291039;REVB=-0.107819;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290708;STB=0.666254;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0222217;OID=.;OPOS=48241061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:5:0:1:5:5:0 chr1 48694594 . G A 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0179189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.049;QD=18.0551;RBI=0.0222071;REFB=-0.0140239;REVB=0.0131175;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600035;STB=0.533558;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0152846;OID=.;OPOS=48694594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:20:13:16:19:20:13:16:19 chr1 48697226 . T C 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00635123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.37;QD=16.9924;RBI=0.00636201;REFB=0.000786005;REVB=-0.000370066;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484632;STB=0.527253;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00102342;OID=.;OPOS=48697226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:16:14:14:13:16:14 chr1 48697733 . T G 1507.29 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.01;QD=58.5356;RBI=0.0230641;REFB=0.025737;REVB=0.00870495;RO=1;SAF=40;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117132;STB=0.506172;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-3.76746e-05;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:62:40:1:0:62:40:1:0 chr1 48697781 . C T 349.27 PASS AF=0.474359;AO=35;DP=75;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0127198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.548;QD=17.9111;RBI=0.0129878;REFB=-0.0257732;REVB=-0.00262479;RO=39;SAF=10;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208004;STB=0.615017;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.020458;OID=.;OPOS=48697781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:39:41:35:37:0.474359:25:10:19:20:27:10:19:22 chr1 48713100 . C A 674.97 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0214848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.979;QD=22.1303;RBI=0.0246457;REFB=-0.0237855;REVB=0.0120755;RO=56;SAF=43;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102911;STB=0.556507;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.021557;OID=.;OPOS=48713100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:56:66:66:0.540984:23:43:30:26:23:43:30:26 chr1 48713394 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0109534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.28;QD=24.9293;RBI=0.013303;REFB=-0.0177353;REVB=0.00754944;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174218;STB=0.596936;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0145753;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:11:8:16:9:11:8 chr1 48764419 . C T 492.29 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0123491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.478;QD=22.6339;RBI=0.01236;REFB=0.00959881;REVB=-0.000519031;RO=38;SAF=13;SAR=34;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389989;STB=0.540618;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0124387;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:40:47:47:0.54023:34:13:12:26:34:13:14:26 chr1 48937691 . A T 54.49 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0257204;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.627;QD=6.2271;RBI=0.0366151;REFB=-0.0164809;REVB=-0.02606;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241479;STB=0.689207;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.034771;OID=.;OPOS=48937691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:33:35:24:27:8:8:0.228571:3:5:10:14:3:5:10:17 chr1 49113319 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00659187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.649;QD=13.336;RBI=0.0110778;REFB=-0.0107056;REVB=-0.00890302;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18229;STB=0.606996;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0195896;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:12:12:5:10:12:12 chr1 50661411 . C T 764.53 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0193887;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.134;QD=46.3354;RBI=0.0224153;REFB=-0.0715812;REVB=0.0112483;RO=7;SAF=14;SAR=44;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121436;STB=0.55955;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00124142;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:66:66:7:8:58:58:0.878788:44:14:5:2:44:14:5:3 chr1 50666515 . C T 358.07 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=117;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0185739;FXX=0.00819605;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.3038;QD=11.837;RBI=0.0305634;REFB=-0.0218691;REVB=0.0242721;RO=74;SAF=18;SAR=25;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135159;STB=0.580271;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0368062;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:74:77:43:44:0.363636:25:18:40:34:25:19:43:34 chr1 51753722 . G A 127.9 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0220863;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6221;QD=9.302;RBI=0.0559591;REFB=0.00487548;REVB=-0.0514161;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185608;STB=0.610045;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0243394;OID=.;OPOS=51753722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:14:24:8:9:14:24 chr1 51753812 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0124605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.632;QD=17.9916;RBI=0.0136507;REFB=-0.0125297;REVB=0.00557476;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137374;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0129553;OID=.;OPOS=51753812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:13:17:16:13:13:17 chr1 51761736 . C A 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00951112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.57;QD=21.8349;RBI=0.0409682;REFB=-0.0135038;REVB=0.0398489;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901406;STB=0.550448;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0176218;OID=.;OPOS=51761736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:14:10:13:12:14:10 chr1 51873951 . G A 1268.11 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189028;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.318;QD=61.8588;RBI=0.0206723;REFB=0;REVB=0.0205857;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09205e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:40:42:0:0 chr1 52264064 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3965;QD=56.9998;RBI=0.037533;REFB=0;REVB=0.0328502;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019712;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr1 52266242 . G A 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00111178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.096;QD=17.423;RBI=0.0221798;REFB=-0.00716572;REVB=-0.0221519;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212446;STB=0.619637;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00959359;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:22:9:17:17:22:9:17:17 chr1 52266350 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0600526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.462;QD=26.4134;RBI=0.0640232;REFB=-0.009944;REVB=0.0221957;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255876;STB=0.624185;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0109975;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:13:12:2:14:13:12:3:14 chr1 52290984 . T G 481.93 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0325834;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.511;QD=19.2772;RBI=0.034176;REFB=-0.0271548;REVB=0.0103113;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173288;STB=0.589965;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0375357;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:49:50:0.5:25:24:34:16:25:25:34:16 chr1 52306063 . ATCT A 295.73 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187108;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.955;QD=51.4318;RBI=0.0341224;REFB=0;REVB=0.0285349;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00278265;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:23:23:0:14:9:0:0:4:1:14:7:1:0 chr1 52439128 . G GT 1830.69 PASS AF=0.983607;AO=115;DP=127;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277205;FXX=0.0542594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.049;QD=60.0227;RBI=0.0292098;REFB=-0.107483;REVB=-0.00920795;RO=8;SAF=48;SAR=67;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261737;STB=0.501257;STBP=0.858;TYPE=ins;VARB=0.000735914;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983607:115:127:120:122:2:51:69:1:1:3:8:48:67:5:3 chr1 52822040 . CAG AGC 38.7 PASS AF=0.217391;AO=3;DP=24;FAO=5;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.222375;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=3;MLLD=23.6303;QD=6.73038;RBI=0.231456;REFB=-0.0347406;REVB=-0.0641989;RO=10;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597037;STB=0.726282;STBP=0.31;TYPE=mnp;VARB=0.0344251;OID=.;OPOS=52822040;OREF=CAG;OALT=AGC;OMAPALT=AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:23:10:15:3:5:0.217391:3:0:3:7:4:1:7:8 chr1 52863376 . G T 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00352821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3351;QD=12.5464;RBI=0.00692225;REFB=-0.0143942;REVB=0.00595561;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132921;STB=0.576268;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0236936;OID=.;OPOS=52863376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:25:19:15:12:25:19 chr1 52991638 . C T 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.029;QD=63.5791;RBI=0.0357584;REFB=0;REVB=-0.0191926;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267143;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr1 53072454 . T C 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.876;QD=60.5413;RBI=0.0401797;REFB=0;REVB=-0.000884429;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26723e-05;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr1 53236718 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA 44.75 PASS AF=0,0.611111;AO=3,9;DP=19;FAO=0,11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0305744,-0.0333678;FXX=0.0526039;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=151.565,9.19208;QD=9.94414;RBI=0.0612752,0.0340627;REFB=-0.00615269,-0.173899;REVB=-0.0531023,0.00684543;RO=5;SAF=2,3;SAR=1,6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152533,-0.289354;STB=0.5,0.636115;STBP=1,0.178;TYPE=del,del;VARB=0,0.190804;OID=.,.;OPOS=53236723,53236719;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.611111:3,9:19:0,11:18:7:0,4:0,7:5:2:26:5:2,3:1,6:4:1 chr1 53250650 . G A 924.66 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5951;QD=56.9022;RBI=0.0580246;REFB=-0.145667;REVB=0.0316376;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.005361;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr1 53373612 . C T 50.64 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.158987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5157;QD=6.13788;RBI=0.170265;REFB=-0.0155172;REVB=0.060939;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179101;STB=0.512155;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0754367;OID=.;OPOS=53373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:33:25:25:6:6:0.181818:4:2:8:17:4:2:8:17 chr1 53380922 . T G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.719;QD=56.704;RBI=0.0219262;REFB=0;REVB=0.0218173;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0857e-05;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr1 53535478 . G A 729.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.198;QD=57.1901;RBI=0.0539979;REFB=0;REVB=0.028137;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353068;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr1 53537266 . G A 1082.07 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428652;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3868;QD=58.4904;RBI=0.0616673;REFB=0.00418679;REVB=0.0443331;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.507934;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000435065;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:0:1:31:42:0:1 chr1 53547800 . A G 105.14 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0214081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.61;QD=32.351;RBI=0.0557662;REFB=0.0239176;REVB=-0.0514934;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994744;STB=0.549915;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0408521;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:2:8:2:0:2:9:2:0 chr1 53553702 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.562;QD=64.0205;RBI=0.020762;REFB=0;REVB=0.00138317;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99988e-05;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr1 53558270 . A G 740.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0938;QD=56.9411;RBI=0.0500048;REFB=0;REVB=0.0412143;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017317;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr1 53676448 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.666;QD=58.5878;RBI=0.0128263;REFB=0;REVB=0.00485655;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134502;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 53679878 . T C 545.16 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00701966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2281;QD=57.3848;RBI=0.0595171;REFB=0.109028;REVB=-0.0591017;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176755;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0174801;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:26:11:0:1:26:11:0:1 chr1 53684524 . GC G,GG 305.0 PASS AF=1,0;AO=9,13;DP=22;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616367,-0.0623943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.601,226.527;QD=53.0435;RBI=0.0683426,0.0720812;REFB=0,0;REVB=-0.0295232,-0.0360922;RO=0;SAF=4,8;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00655768,0;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,13:22:23,0:23:0:13,0:10,0:0:0:4:0:4,8:5,5:0:0 chr1 53716416 . G A 1497.28 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206301;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.834;QD=59.8914;RBI=0.0341661;REFB=0;REVB=0.0272346;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61147e-05;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:38:61:0:0:38:62:0:0 chr1 53732315 . G T 1151.83 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.828;QD=60.6226;RBI=0.0289089;REFB=0;REVB=0.0288951;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8919e-05;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr1 53792651 . A C 483.97 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.044367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.531;QD=16.2679;RBI=0.0496323;REFB=0.00161638;REVB=-0.022247;RO=66;SAF=16;SAR=37;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165776;STB=0.592995;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00196113;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:37:16:30:36:37:16:30:36 chr1 53793511 . T C 42.2 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.153225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3747;QD=18.7549;RBI=0.155029;REFB=-0.0747246;REVB=0.0235805;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0291671;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr1 53995515 . G A 476.79 PASS AF=0.536585;AO=41;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0797849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8639;QD=23.2579;RBI=0.206985;REFB=0.00748655;REVB=0.19099;RO=12;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154465;STB=0.617764;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00646434;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:12:34:41:44:0.536585:22:19:10:2:25:19:24:10 chr1 54060016 . G C 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0100119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.884;QD=33.3163;RBI=0.0346623;REFB=-0.0286723;REVB=0.0331849;RO=10;SAF=23;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364248;STB=0.703874;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00849676;OID=.;OPOS=54060016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:2:23:6:4:2:23:6:4 chr1 54060248 . T C 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00517293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.779;QD=19.2918;RBI=0.00542453;REFB=-0.00562098;REVB=0.00163288;RO=60;SAF=26;SAR=34;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608759;STB=0.529762;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00437474;OID=.;OPOS=54060248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:34:26:30:30:34:26:30:31 chr1 54354658 . T G 77.5 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00402811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5;QD=15.4997;RBI=0.0995947;REFB=-0.0479375;REVB=0.0995132;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0597618;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:11:10:9:10:0.5:4:5:5:6:5:5:5:5 chr1 54605319 . G GC 404.79 PASS AF=0.947368;AO=26;DP=43;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00653145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.54;QD=42.6095;RBI=0.129505;REFB=0.00497633;REVB=-0.12934;RO=16;SAF=25;SAR=1;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751592;STB=0.518508;STBP=0.426;TYPE=ins;VARB=-0.000964912;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:26:43:36:38:2:26:10:2:0:4:16:25:1:3:13 chr1 54606804 . C T 560.9 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722873;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.745;QD=60.6383;RBI=0.011227;REFB=0;REVB=0.00859012;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48642e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 54607051 . A G 373.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.965;QD=55.3041;RBI=0.0303523;REFB=0;REVB=0.0127454;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045337;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 54637167 . T C 664.87 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0181882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.023;QD=57.8146;RBI=0.0190173;REFB=0.0720861;REVB=0.00555403;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50408;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00249302;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:44:44:0.956522:18:26:0:0:18:26:1:1 chr1 54637416 . GG AA,GA 1209.1 PASS AF=0.0365854,0.95122;AO=3,78;DP=82;FAO=3,78;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=3,41;FSAR=0,37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0073863,-0.0134483;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=92.2232,135.259;QD=58.9803;RBI=0.0137578,0.0343787;REFB=0.0763486,0.0940161;REVB=0.0116069,0.0316392;RO=1;SAF=3,41;SAR=0,37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0114055;STB=0.5,0.506023;STBP=1,0.518;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00887493,-0.000153006;OID=.,.;OPOS=54637416,54637417;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:82:82:1:1:3,78:3,78:0.0365854,0.95122:0,37:3,41:1:0:0,37:3,41:1:0 chr1 54637697 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.529;QD=58.4197;RBI=0.0300032;REFB=0;REVB=0.0285543;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32402e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr1 54637915 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.601;QD=35.5759;RBI=0.0590074;REFB=0;REVB=-0.0121245;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00310207;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 54678305 . C G 1362.63 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.526;QD=61.2419;RBI=0.0151765;REFB=-0.0843076;REVB=0.00714716;RO=1;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796515;STB=0.504201;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000348117;OID=.;OPOS=54678305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:59:29:0:1:59:29:0:1 chr1 54681920 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.123;QD=60.2045;RBI=0.0299539;REFB=0;REVB=0.0233509;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78272e-05;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr1 54704567 . A G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7212;QD=46.8364;RBI=0.154591;REFB=0;REVB=-0.154491;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00822765;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 54704629 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.593;QD=62.9828;RBI=0.0264102;REFB=0;REVB=-0.0262075;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53044e-05;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr1 55075452 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0146553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.989;QD=15.6259;RBI=0.0377901;REFB=-0.00910791;REVB=0.0348326;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156226;STB=0.590068;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0170838;OID=.;OPOS=55075452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:14:13:12:7:14:13 chr1 55118566 . C G 738.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.597;QD=56.773;RBI=0.0632131;REFB=0;REVB=0.0463609;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108262;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:27:20:0:0:30:22:0:0 chr1 55118872 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00901952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3429;QD=8.89994;RBI=0.0389567;REFB=0.00133691;REVB=0.0378982;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314847;STB=0.693514;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00156802;OID=.;OPOS=55118872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:8:3:14:12:8:3:14:12 chr1 55119515 . T G 265.63 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00197426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.649;QD=13.2814;RBI=0.00276187;REFB=-0.0156748;REVB=0.00193139;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471377;STB=0.535951;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0247363;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:30:31:0.3875:16:14:25:24:17:14:25:24 chr1 55119545 . GA G,GG 1123.36 PASS AF=0.197368,0.802632;AO=15,58;DP=73;FAO=15,61;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=14,19;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520111,0.0546412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.978,203.416;QD=59.1244;RBI=0.0560194,0.0601952;REFB=0,0;REVB=0.0208091,0.0252546;RO=0;SAF=13,17;SAR=2,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0279948,0.00637658;OID=.,.;OPOS=55119546,55119546;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.197368,0.802632:15,58:73:15,61:76:0:14,19:1,42:0:0:62:0:13,17:2,41:0:0 chr1 55136529 . T C 2880.33 PASS AF=0.994595;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2587;QD=62.2774;RBI=0.0603833;REFB=0.0342325;REVB=0.0487802;RO=1;SAF=90;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509213;STB=0.502674;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000252056;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:185:1:1:183:184:0.994595:93:90:0:1:93:91:0:1 chr1 55139436 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0422394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8424;QD=10.1855;RBI=0.0441958;REFB=-0.00172131;REVB=-0.0130038;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575708;STB=0.534438;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00728314;OID=.;OPOS=55139436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:9:6:12:22:9:6:12:22 chr1 55139741 . A G 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.198;QD=59.8284;RBI=0.0192885;REFB=0;REVB=0.0190796;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58255e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr1 55167773 . T A 3139.91 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237628;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9976;QD=64.0798;RBI=0.0460806;REFB=0;REVB=0.0394811;RO=0;SAF=80;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124218;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:196:0:0:196:196:1:116:80:0:0:116:80:0:0 chr1 55168298 . G A 293.45 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00248007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.608;QD=14.8583;RBI=0.00298823;REFB=-0.0074535;REVB=-0.00166696;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209088;STB=0.618532;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0120533;OID=.;OPOS=55168298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:12:21:20:26:12:21:20:26 chr1 55168394 . A G 342.9 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00484231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.599;QD=16.1366;RBI=0.0187872;REFB=-0.00341026;REVB=-0.0181525;RO=47;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422939;STB=0.518654;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00588136;OID=.;OPOS=55168394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:48:37:37:0.435294:22:15:21:26:22:15:21:27 chr1 55182300 . T A 1597.83 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167375;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.866;QD=59.7321;RBI=0.0290556;REFB=0;REVB=-0.0237504;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100707;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:57:49:0:0:57:50:0:0 chr1 55224131 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0254508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1924;QD=21.3767;RBI=0.0477478;REFB=0.013223;REVB=-0.0403994;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572308;STB=0.532136;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.016691;OID=.;OPOS=55224131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:11:11:10:13:11:11 chr1 55224751 . C A 215.26 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0874466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3214;QD=22.078;RBI=0.0920799;REFB=-0.0303518;REVB=-0.0288409;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888256;STB=0.558767;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0265954;OID=.;OPOS=55224751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:9:11:8:10:9:12:8:10 chr1 55251689 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.825;QD=58.7817;RBI=0.0290424;REFB=0;REVB=0.0247623;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32681e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr1 55271845 . C T 1419.26 PASS AF=0.512821;AO=140;DP=273;FAO=140;FDP=273;FR=.;FRO=133;FSAF=84;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=0.0104183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9843;QD=20.795;RBI=0.0192781;REFB=0.00192974;REVB=-0.0162205;RO=132;SAF=84;SAR=56;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110562;STB=0.562491;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00300541;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:132:133:140:140:0.512821:56:84:63:69:56:84:63:70 chr1 55277599 . T C 769.14 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4429;QD=56.9736;RBI=0.126941;REFB=0;REVB=-0.119174;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191096;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr1 55307501 . A G 265.81 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0293534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2881;QD=21.2646;RBI=0.0295632;REFB=-0.0160352;REVB=0.00351535;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716692;STB=0.540161;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0148175;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:10:15:13:12:10:15 chr1 55319902 . A G 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00648128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.679;QD=19.7816;RBI=0.00810391;REFB=-0.00425029;REVB=0.00486481;RO=41;SAF=16;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232175;STB=0.512879;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00468184;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:25:16:15:26:25:16:15:26 chr1 55446697 . G A 622.78 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00375942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.49;QD=25.1629;RBI=0.0225188;REFB=-0.0405167;REVB=0.0222028;RO=43;SAF=28;SAR=27;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170857;STB=0.588846;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0238534;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:27:28:31:12:27:29:31:12 chr1 55457710 . G A 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000978565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.97;QD=19.1479;RBI=0.00494363;REFB=-0.0154384;REVB=-0.00484582;RO=36;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250728;STB=0.513946;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0173716;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:19:17:16:20:19:17:16:20 chr1 55505576 . C G 43.62 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0317511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.556;QD=2.45741;RBI=0.0907626;REFB=-0.00713531;REVB=-0.0850277;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428753;STB=0.812185;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.151004;OID=.;OPOS=55505576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:71:59:62:9:9:0.126761:8:1:24:35:8:1:24:38 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 674.61 PASS AF=0.241935,0.741935;AO=15,27;DP=63;FAO=15,46;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=15,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493432,0.630915;FXX=0.0158705;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=162.434,15.5985;QD=43.5231;RBI=0.0873359,0.639339;REFB=0.0695341,0.0171675;REVB=-0.0720612,-0.103447;RO=15;SAF=0,7;SAR=15,20;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.867765,-0.437691;STB=0.5,0.5098;STBP=1,0.51;TYPE=snp,del;VARB=0.060591,-0.0512386;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241935,0.741935:15,27:63:15,46:62:1:0,21:15,25:0:1:99:15:0,7:15,20:14:1 chr1 55505668 . C T 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0589219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8722;QD=22.9808;RBI=0.0590458;REFB=-0.0102011;REVB=-0.00382256;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0060676;OID=.;OPOS=55505668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:11:11:12:13:11:11 chr1 55518467 . A G 133.48 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.0217912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.089;QD=15.7037;RBI=0.0229104;REFB=-0.0358128;REVB=-0.00707326;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547429;STB=0.806697;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0271258;OID=.;OPOS=55518467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:1:18:5:10:1:18 chr1 55523033 . A G 2274.21 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2219;QD=63.6143;RBI=0.041048;REFB=0;REVB=-0.0381784;RO=0;SAF=53;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271511;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:90:53:0:0:90:53:0:0 chr1 55524197 . A G 1268.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.484;QD=60.4119;RBI=0.0500586;REFB=0.0648125;REVB=-0.0446514;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000340241;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:0:1:45:38:0:1 chr1 55524237 . G A 1548.52 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.923;QD=63.8567;RBI=0.018922;REFB=0;REVB=0.016491;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65435e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr1 55529187 . G A 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.952;QD=58.9181;RBI=0.0419511;REFB=0.0206277;REVB=0.0258538;RO=1;SAF=45;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104304;STB=0.505494;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-5.059e-05;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:62:45:1:0:62:45:1:0 chr1 55541174 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.889;QD=57.1775;RBI=0.0534967;REFB=0;REVB=0.052664;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306925;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 55638075 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.614;QD=59.143;RBI=0.00933127;REFB=0;REVB=-0.00702173;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45729e-06;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr1 55839117 . G T 344.68 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0182896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.469;QD=19.1489;RBI=0.0190528;REFB=-0.0118241;REVB=0.00533833;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108228;STB=0.559968;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0115909;OID=.;OPOS=55839117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:22:14:10:26:22:14:10:26 chr1 55842312 . G C 386.7 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000548464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.845;QD=18.1975;RBI=0.0109834;REFB=0.00169358;REVB=0.0109697;RO=43;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021369;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:43:45:40:40:0.470588:24:16:18:25:24:16:18:27 chr1 55864258 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8273;QD=58.0607;RBI=0.019338;REFB=0;REVB=0.000408258;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138864;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr1 56961756 . A G 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00542636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.199;QD=8.84518;RBI=0.0131119;REFB=-0.00841817;REVB=0.0119364;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103874;STB=0.562422;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0187891;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:7:9:18:20:7:9:18:20 chr1 57158051 . G A 470.44 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0224585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.656;QD=20.6788;RBI=0.0275346;REFB=0.00519752;REVB=-0.0159303;RO=44;SAF=16;SAR=30;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01531;STB=0.5042;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00635578;OID=.;OPOS=57158051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:30:16:16:28:30:16:16:29 chr1 57158150 . C T 471.99 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0396814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2414;QD=18.3296;RBI=0.0408555;REFB=-0.0213651;REVB=-0.00972426;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420877;STB=0.523333;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0253305;OID=.;OPOS=57158150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:27:23:22:31:27:23:22:31 chr1 57180867 . A G 278.33 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000218314;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.695;QD=13.577;RBI=0.0114811;REFB=-0.00279832;REVB=0.0114791;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474697;STB=0.536563;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0041954;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:50:31:32:0.390244:15:16:28:22:16:16:28:22 chr1 57221553 . GAAA GAA,GAAG,GTAA,TGAA 902.32 PASS AF=0.913043,0.0289855,0.057971,0;AO=7,3,5,50;DP=68;FAO=63,2,4,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1,0,0;FSAR=44,1,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159642,0.00142537,0.0219491,-0.0218103;FXX=0;HRUN=3,3,3,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=19.5908,5.85606,69.5752,5.46633;QD=52.3082;RBI=0.202506,0.143413,0.0226234,0.0637547;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.201875,-0.143406,-0.0054823,-0.059908;RO=0;SAF=4,1,0,14;SAR=3,2,5,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=-0.0124049,0.0309774,0.0669282,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57221554,57221556,57221554,57221553;OREF=A,A,A,GA;OALT=-,G,T,TG;OMAPALT=GAA,GAAG,GTAA,TGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:68:69:0:0:7,3,5,50:63,2,4,0:0.913043,0.0289855,0.057971,0:3,2,5,36:4,1,0,14:0:0:44,1,4,0:19,1,0,0:0:0 chr1 57221558 . A G 361.07 PASS AF=0.521127;AO=35;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00577818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.429;QD=20.3419;RBI=0.00614815;REFB=0.00130676;REVB=-0.00210058;RO=34;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230726;STB=0.518954;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00083541;OID=.;OPOS=57221558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:35:37:0.521127:25:10:9:25:26:11:9:25 chr1 57257817 . T C 666.64 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00178795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.521;QD=16.0635;RBI=0.0100598;REFB=-0.0114976;REVB=-0.00989965;RO=93;SAF=34;SAR=39;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290921;STB=0.51621;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0129908;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:93:73:73:0.439759:39:34:46:47:39:34:46:47 chr1 57340727 . C A 514.39 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0234071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.385;QD=18.8768;RBI=0.0239834;REFB=-0.0166833;REVB=0.00522607;RO=54;SAF=21;SAR=33;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176987;STB=0.513479;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.015939;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:55:54:54:0.495413:33:21:20:34:33:21:20:35 chr1 57422484 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.924;QD=60.5472;RBI=0.020744;REFB=0;REVB=0.00842554;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5312e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr1 58939634 . G A 687.71 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0057415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.101;QD=20.5286;RBI=0.0196358;REFB=-0.0104699;REVB=0.0187776;RO=66;SAF=36;SAR=32;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534001;STB=0.529403;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0108578;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:32:36:31:35:32:36:31:35 chr1 58971831 . G A 514.02 PASS AF=0.510204;AO=47;DP=95;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00345122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.207;QD=20.9806;RBI=0.0214035;REFB=-0.00784727;REVB=0.0211234;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501242;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00903689;OID=.;OPOS=58971831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:47:48:47:50:0.510204:26:21:21:26:28:22:21:27 chr1 59031326 . T A 316.85 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0348636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.372;QD=15.2699;RBI=0.0381028;REFB=-0.0249131;REVB=0.0153737;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101397;STB=0.557111;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0378766;OID=.;OPOS=59031326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:16:32:20:15:16:32 chr1 59031475 . T A 302.14 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00172288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.866;QD=19.4931;RBI=0.00614294;REFB=0.0139459;REVB=0.00589639;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142676;STB=0.579567;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0158675;OID=.;OPOS=59031475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:21:11:15:15:21:11:15:15 chr1 59125683 . C T 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0026165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5658;QD=17.5;RBI=0.0247012;REFB=-0.0029447;REVB=-0.0245622;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425025;STB=0.737532;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00238982;OID=.;OPOS=59125683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:6:22:8:18:6:22 chr1 59142713 . T C 1337.2 PASS AF=0.957447;AO=88;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0132223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.311;QD=56.9019;RBI=0.0148387;REFB=-0.051132;REVB=-0.00673478;RO=3;SAF=41;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831995;STB=0.520404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000395265;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:3:4:88:90:0.957447:47:41:1:2:47:43:0:4 chr1 59147926 . T C 1513.14 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4536;QD=59.9264;RBI=0.0336659;REFB=0;REVB=0.0141725;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183647;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr1 59148118 . A T 413.69 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0242319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.768;QD=16.3838;RBI=0.0245612;REFB=0.00868485;REVB=-0.00400819;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105763;STB=0.553375;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0101687;OID=.;OPOS=59148118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:56:45:45:0.445545:22:23:34:21:22:23:34:22 chr1 59213743 . G A 268.98 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0279653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.661;QD=25.6174;RBI=0.0295343;REFB=-0.0211033;REVB=-0.00949815;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273801;STB=0.504947;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0271327;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:15:10:7:9:15:10:7:10 chr1 59248813 . G C 358.65 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.835;QD=55.1768;RBI=0.0657743;REFB=0;REVB=0.0630681;RO=1;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326636;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:5:20:1:0:5:21:0:0 chr1 59249031 . T G 3909.2 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.794;QD=62.298;RBI=0.0630409;REFB=0;REVB=0.0522836;RO=0;SAF=120;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.703e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:251:0:0:243:251:1:123:120:0:0:129:122:0:0 chr1 59249347 . G C 4139.22 PASS AF=1;AO=265;DP=267;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865999;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.419;QD=62.2439;RBI=0.00908721;REFB=-0.039213;REVB=0.00275352;RO=2;SAF=132;SAR=133;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61572e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:267:266:2:0:265:266:1:133:132:0:2:134:132:0:0 chr1 59364918 . G A 278.84 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0121006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6943;QD=16.4024;RBI=0.01679;REFB=-0.017446;REVB=0.0116396;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024631;STB=0.513866;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0220379;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:14:23:20:11:14:23 chr1 59787350 . T G 473.68 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000742835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.73;QD=22.0317;RBI=0.0175586;REFB=0.00608084;REVB=-0.0175429;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172061;STB=0.598145;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00742981;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:40:40:45:46:0.534884:26:19:25:15:27:19:25:15 chr1 59844471 . G A 627.03 PASS AF=0.426829;AO=70;DP=164;FAO=70;FDP=164;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=-0.00298153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.344;QD=15.2935;RBI=0.00301123;REFB=-0.00181972;REVB=-0.000421905;RO=94;SAF=32;SAR=38;SRF=31;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133697;STB=0.574455;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00315804;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:94:94:70:70:0.426829:38:32:31:63:38:32:31:63 chr1 60466814 . T C 803.55 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.103396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9854;QD=55.4174;RBI=0.103401;REFB=-0.179491;REVB=-0.000970222;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00371569;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:57:57:0.982759:37:20:0:0:37:20:1:0 chr1 60474375 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0494572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0725;QD=14.7422;RBI=0.0528798;REFB=0.0210633;REVB=-0.0187152;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21537;STB=0.624851;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0323084;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:14:11:11:6:14:11 chr1 60505783 . G C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0160669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5927;QD=21.265;RBI=0.0219521;REFB=-0.0259408;REVB=-0.0149583;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141973;STB=0.590824;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0218358;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:12:7:4:14:12:8:4:14 chr1 60506744 . G A 292.88 PASS AF=0.44;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00420082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9464;QD=15.62;RBI=0.0285474;REFB=-0.021859;REVB=-0.0282366;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049292;STB=0.504851;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0287924;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:40:42:32:33:0.44:16:16:22:18:16:17:22:20 chr1 61869783 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4365;QD=62.671;RBI=0.0284687;REFB=0;REVB=0.0173223;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11405e-05;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 62232031 . C T 2386.23 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.091;QD=61.1854;RBI=0.0332384;REFB=0;REVB=0.0185867;RO=0;SAF=63;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53935e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:92:63:0:0:93:63:0:0 chr1 62261168 . A G 904.34 PASS AF=0.564935;AO=87;DP=155;FAO=87;FDP=154;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00614525;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4947;QD=23.4894;RBI=0.00617513;REFB=-0.00344505;REVB=0.000606718;RO=67;SAF=43;SAR=44;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371473;STB=0.520234;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00204254;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:67:67:87:87:0.564935:44:43:30:37:44:43:30:37 chr1 62318192 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.979;QD=58.5875;RBI=0.00546019;REFB=0;REVB=0.00391371;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20087e-07;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 62330080 . T G 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211086;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.051;QD=57.2708;RBI=0.0211627;REFB=0;REVB=-0.001513;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64703e-05;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr1 62380270 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2042;QD=51.9158;RBI=0.051834;REFB=0;REVB=-0.019717;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586828;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr1 62380298 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.53;QD=48.7373;RBI=0.0278306;REFB=0;REVB=0.0104017;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126625;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr1 62456014 . G A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.00926024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.744;QD=9.26751;RBI=0.0185047;REFB=-0.00768271;REVB=-0.016021;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342133;STB=0.706537;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0356156;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:46:21:21:0.313433:10:11:10:34:10:11:10:36 chr1 62516682 . C T 544.1 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00539013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.216;QD=19.9669;RBI=0.0111351;REFB=0.0109445;REVB=-0.00974353;RO=53;SAF=26;SAR=30;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138964;STB=0.57652;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00822427;OID=.;OPOS=62516682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:30:26:33:20:30:26:33:20 chr1 62579823 . G A 1154.0 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0928;QD=59.1795;RBI=0.116436;REFB=-0.168071;REVB=0.115271;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0136255;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:78:1:1:73:77:0.987179:36:37:0:1:40:37:0:1 chr1 62579907 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.527;QD=59.1432;RBI=0.036155;REFB=0;REVB=0.0231068;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80402e-05;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr1 62603421 . C T 2335.38 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148436;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.837;QD=63.983;RBI=0.0191134;REFB=0;REVB=-0.0120411;RO=0;SAF=55;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47013e-05;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:91:55:0:0:91:55:0:0 chr1 62603544 . C T 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6016;QD=61.0476;RBI=0.103886;REFB=0;REVB=0.00045874;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391708;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr1 62644118 . A G 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9377;QD=60.5951;RBI=0.0244577;REFB=0;REVB=0.0236597;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245729;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 62672546 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.487;QD=46.848;RBI=0.00443365;REFB=0;REVB=0.000170327;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62474e-06;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 62713224 . C G 2231.42 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00435802;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.433;QD=61.1348;RBI=0.00578209;REFB=-0.0527731;REVB=-0.00380002;RO=3;SAF=72;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664661;STB=0.503496;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000446989;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:146:146:3:3:143:143:0.979452:71:72:1:2:71:72:1:2 chr1 62728784 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3948;QD=61.5359;RBI=0.046926;REFB=0;REVB=-0.0349655;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606849;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr1 62728838 . T C 1720.21 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=60.3582;RBI=0.00244226;REFB=0;REVB=0.00124269;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140571;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:53:60:0:0:53:61:0:0 chr1 62728861 . T C 1581.12 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.064;QD=58.5601;RBI=0.0215168;REFB=0;REVB=-0.00592928;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572921;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:108:0:0:104:108:1:49:55:0:0:53:55:0:0 chr1 62728918 . G A 1406.43 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.221;QD=60.4916;RBI=0.0214688;REFB=-0.0992577;REVB=0.0145594;RO=2;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157658;STB=0.500832;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000277399;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:42:49:1:1:42:49:1:1 chr1 62732421 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.59;QD=56.1904;RBI=0.0670567;REFB=0;REVB=0.0118354;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677441;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chr1 62738904 . T C 2253.63 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.351;QD=63.0386;RBI=0.0652689;REFB=0;REVB=0.0609503;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60125e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:67:74:0:0:68:75:0:0 chr1 62740446 . T C 731.22 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143797;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6432;QD=63.584;RBI=0.0414207;REFB=0;REVB=0.0388445;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587688;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 62740449 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.491;QD=62.3503;RBI=0.0563539;REFB=0;REVB=0.0152638;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552504;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 62960101 . A G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0319503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2396;QD=15.8123;RBI=0.0407131;REFB=-0.0311781;REVB=0.0252335;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950453;STB=0.505357;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0421313;OID=.;OPOS=62960101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:15:19:25:19:15:19:25:19 chr1 63881552 . C T 658.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.744;QD=61.2917;RBI=0.0117105;REFB=0;REVB=0.00200102;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46883e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr1 63991267 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9296;QD=62.0078;RBI=0.0445869;REFB=0;REVB=0.0442387;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307762;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr1 63999223 . C T 363.87 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0201995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.78;QD=23.8601;RBI=0.020239;REFB=-0.0304609;REVB=0.00126417;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337077;STB=0.518508;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0158974;OID=.;OPOS=63999223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:20:16:10:15:20:16:10:15 chr1 64015217 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3345;QD=60.6096;RBI=0.00873429;REFB=0;REVB=-0.00373823;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28407e-05;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr1 64097432 . C T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0287155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.322;QD=14.119;RBI=0.0288219;REFB=-0.00532863;REVB=0.00247373;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278483;STB=0.657666;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00976212;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:16:11:26:12:16:11:26:12 chr1 64515379 . C T 746.29 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.099;QD=62.1909;RBI=0.117824;REFB=0;REVB=0.103351;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128114;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:46:48:1:16:30:0:1:18:30:0:0 chr1 64608329 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.287;QD=57.6807;RBI=0.0218691;REFB=0;REVB=-0.0186846;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45359e-05;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 64644105 . AG A 45.22 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.173222;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.0611;QD=6.23675;RBI=0.185991;REFB=-0.109953;REVB=-0.0677247;RO=17;SAF=0;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.806793;STB=0.858608;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.101814;OID=.;OPOS=64644106;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:11:29:11:29:18:1:10:10:8:45:17:0:11:10:7 chr1 64644599 . A G 340.01 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00418603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.956;QD=29.5662;RBI=0.00677849;REFB=-0.0192022;REVB=-0.00533151;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260364;STB=0.500772;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123246;OID=.;OPOS=64644599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:17:29:29:0.630435:17:12:6:10:17:12:7:10 chr1 65016349 . A T 653.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427926;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.542;QD=62.2238;RBI=0.0718483;REFB=0;REVB=0.0577145;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185465;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 65113568 . T C 2335.88 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333102;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5671;QD=61.0687;RBI=0.0376671;REFB=0;REVB=0.0175853;RO=0;SAF=63;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240939;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:89:63:0:0:89:64:0:0 chr1 65147002 . C T 1476.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300634;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.134;QD=63.5036;RBI=0.0327271;REFB=0;REVB=0.0129326;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54482e-05;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr1 65158724 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.514;QD=57.7124;RBI=0.0158366;REFB=0;REVB=0.00564958;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22442e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr1 65311262 . G A 1859.06 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.653;QD=61.4564;RBI=0.0672865;REFB=0;REVB=-0.00112191;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123471;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:69:52:0:0:69:52:0:0 chr1 65591719 . GC G 237.89 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.573;QD=45.313;RBI=0.192515;REFB=0;REVB=-0.189372;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0136915;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:21:21:0:9:12:0:0:4:0:8:12:0:0 chr1 65858151 . C T 402.57 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0388088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.607;QD=15.6336;RBI=0.0521848;REFB=-0.0142906;REVB=-0.0348873;RO=57;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150762;STB=0.589692;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.013807;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:28:17:30:27:28:17:31:27 chr1 65860660 . T C 623.28 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=0.00136522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.527;QD=19.9449;RBI=0.00470101;REFB=0.00206149;REVB=0.0044984;RO=62;SAF=32;SAR=31;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210462;STB=0.615506;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00291987;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:31:32:17:45:31:32:17:45 chr1 65860687 . A C 620.19 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.000933105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5705;QD=19.5334;RBI=0.0112671;REFB=-0.00582339;REVB=0.0112284;RO=64;SAF=30;SAR=33;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151397;STB=0.583308;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00754176;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:33:30:20:44:33:30:20:44 chr1 65867519 . G A 272.39 PASS AF=0.405063;AO=29;DP=77;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-0.00183141;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.722;QD=13.7918;RBI=0.00197955;REFB=-0.0151911;REVB=-0.00075137;RO=47;SAF=4;SAR=25;SRF=8;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685218;STB=0.544324;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0222961;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:47:29:32:0.405063:25:4:8:39:25:7:8:39 chr1 65879252 . A G 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.841;QD=60.9652;RBI=0.0222201;REFB=0;REVB=0.0192996;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146337;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 65886398 . T C 1461.31 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00489943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.571;QD=57.3061;RBI=0.0364569;REFB=-0.00211514;REVB=0.0361262;RO=2;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182378;STB=0.509613;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=5.66522e-05;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:51:49:0:2:51:49:0:2 chr1 65886448 . T C 2335.71 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.259;QD=61.0643;RBI=0.024125;REFB=0;REVB=-0.0201944;RO=0;SAF=65;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28303e-05;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:88:65:0:0:88:65:0:0 chr1 66036441 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2034;QD=56.7059;RBI=0.067818;REFB=0;REVB=-0.0609157;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482718;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 66058513 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.681;QD=62.1622;RBI=0.0115765;REFB=0;REVB=0.00269694;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07358e-05;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr1 66102257 . G A 667.39 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.348;QD=62.0831;RBI=0.0113221;REFB=0;REVB=-0.00354712;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890925;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chr1 66831370 . G A 553.07 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00123313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.396;QD=14.4594;RBI=0.0012699;REFB=-0.0020263;REVB=0.000303369;RO=90;SAF=32;SAR=31;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315773;STB=0.517729;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00243067;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:90:90:63:63:0.411765:31:32:43:47:31:32:43:47 chr1 66839341 . A G 514.38 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0233556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.567;QD=18.8763;RBI=0.0243371;REFB=-0.00927083;REVB=0.00684157;RO=55;SAF=21;SAR=33;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954374;STB=0.55286;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0124152;OID=.;OPOS=66839341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:33:21:27:28:33:21:27:28 chr1 67132582 . C T 153.79 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00200457;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.801;QD=13.373;RBI=0.007021;REFB=0.00332429;REVB=-0.00672876;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114474;STB=0.566931;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00619616;OID=.;OPOS=67132582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:15:14:10:7:15:14 chr1 67266756 . T A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.285;QD=59.1429;RBI=0.0243721;REFB=0;REVB=0.0140722;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147034;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr1 67288045 . C T 1375.07 PASS AF=0.885965;AO=101;DP=114;FAO=101;FDP=114;FR=.;FRO=13;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0118493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.594;QD=48.248;RBI=0.0118765;REFB=-0.0629771;REVB=-0.000803833;RO=6;SAF=37;SAR=64;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709537;STB=0.557116;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000653806;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:6:13:101:101:0.885965:64:37:6:0:64:37:11:2 chr1 67303457 . C A 766.43 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0540434;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.975;QD=19.2813;RBI=0.056509;REFB=-0.0166928;REVB=0.01651;RO=80;SAF=35;SAR=44;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977514;STB=0.553842;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0161776;OID=.;OPOS=67303457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:80:80:79:79:0.496855:44:35:44:36:44:35:44:36 chr1 67390416 . G C 2140.65 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.258;QD=62.9602;RBI=0.0234085;REFB=0;REVB=0.00218894;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11375e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:68:68:0:0:68:68:0:0 chr1 67390468 . C G 1825.07 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00333933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.047;QD=60.3328;RBI=0.00759886;REFB=-0.101051;REVB=0.0068258;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-4.28521e-06;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:65:55:0:0:65:55:1:0 chr1 67558739 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6891;QD=61.3349;RBI=0.0134603;REFB=0;REVB=-0.0109405;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352278;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 67560956 . C T 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.765;QD=63.5236;RBI=0.0725428;REFB=0;REVB=-0.019234;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96352e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:76:66:0:0:76:66:0:0 chr1 67568351 . C T 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.025;QD=60.3704;RBI=0.0155817;REFB=0;REVB=0.010082;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34099e-05;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr1 67579386 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3571;QD=62.3497;RBI=0.0443529;REFB=0;REVB=0.0322031;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101476;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 67581127 . T C 172.1 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00271681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.553;QD=18.1154;RBI=0.0134605;REFB=0.00383994;REVB=-0.0131835;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190132;STB=0.618047;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00470463;OID=.;OPOS=67581127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:6:11:9:11:6:12:9:11 chr1 67633812 . G T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000544103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.212;QD=16.1727;RBI=0.00225238;REFB=-0.0102634;REVB=-0.00218567;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144044;STB=0.583225;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00856088;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:9:11:11:5:9:11 chr1 67685387 . T C 726.72 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192673;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.245;QD=56.9975;RBI=0.0302972;REFB=0;REVB=0.0302359;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41102e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 67733346 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.809;QD=56.9381;RBI=0.0135232;REFB=0;REVB=-0.0127249;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37929e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 67795319 . T C 1818.4 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00346408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.734;QD=60.1124;RBI=0.013406;REFB=-0.114502;REVB=0.0129507;RO=1;SAF=42;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111735;STB=0.505746;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=8.64161e-05;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:118:120:0.991736:76:42:1:0:77:43:1:0 chr1 67852335 . G A 784.35 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.009;QD=57.0439;RBI=0.0701838;REFB=0;REVB=0.0700216;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291594;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr1 67861520 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9634;QD=37.4884;RBI=0.0213683;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149404;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr1 68006815 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.442;QD=47.8224;RBI=0.0298418;REFB=0;REVB=0.00862092;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363085;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 68462247 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.782;QD=58.1421;RBI=0.0179363;REFB=0;REVB=0.0173119;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0408e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 68591253 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.936;QD=64.1537;RBI=0.0183048;REFB=0;REVB=0.0177145;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24085e-05;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 68624878 . C T 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.927;QD=59.923;RBI=0.0565427;REFB=0;REVB=0.0333354;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72246e-05;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr1 68940883 . T TTA 1152.19 PASS AF=0.460674;AO=116;DP=272;FAO=123;FDP=267;FR=.;FRO=144;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=0.010825;FXX=0.0037312;HRUN=3;LEN=2;MLLD=232.719;QD=17.2613;RBI=0.0125624;REFB=-0.000925754;REVB=-0.00637434;RO=150;SAF=62;SAR=54;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350637;STB=0.539841;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=0.00107795;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460674:116:272:123:267:144:68:55:69:75:99:150:62:54:75:75 chr1 70034372 . G A 637.51 PASS AF=0.710526;AO=54;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0120115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.117;QD=33.553;RBI=0.0210101;REFB=-0.0534825;REVB=0.017238;RO=21;SAF=19;SAR=35;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043049;STB=0.531959;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00396077;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:21:22:54:54:0.710526:35:19:9:12:35:19:10:12 chr1 70345344 . A G 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00906559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.542;QD=24.3004;RBI=0.0101988;REFB=-0.0191999;REVB=0.00467241;RO=30;SAF=27;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236834;STB=0.629938;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0117608;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:15:27:10:20:15:27:10:20 chr1 70505191 . G A 212.22 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0220115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.826;QD=12.3024;RBI=0.0234817;REFB=-0.00979768;REVB=-0.00817809;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109613;STB=0.563264;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0128162;OID=.;OPOS=70505191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:17:9:19:24:17:9:19:24 chr1 70611347 . A G 715.08 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.325;QD=62.1808;RBI=0.0378814;REFB=0;REVB=0.0374775;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512038;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:20:19:0:0:26:20:0:0 chr1 70646053 . A G 168.01 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0451477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1714;QD=17.6852;RBI=0.0906104;REFB=-0.0414056;REVB=0.0785616;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268942;STB=0.628881;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0613513;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:20:16:18:0.473684:4:12:10:10:5:13:10:10 chr1 70831841 . C T 140.51 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0210797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.653;QD=9.52596;RBI=0.0244659;REFB=-0.0139956;REVB=-0.0124188;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954672;STB=0.540295;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0292209;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:18:19:0.322034:12:6:16:23:12:7:17:23 chr1 71331498 . A G 372.81 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.832;QD=55.2306;RBI=0.0687587;REFB=0;REVB=0.0673227;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023605;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:7:16:0:0:11:16:0:0 chr1 71334994 . C A 311.41 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00136693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.348;QD=16.6085;RBI=0.0169922;REFB=0.0029823;REVB=0.0169372;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113683;STB=0.540207;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00383418;OID=.;OPOS=71334994;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:33:41:34:34:0.453333:14:20:19:14:14:20:27:14 chr1 71419499 . C T 653.16 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.489;QD=62.2058;RBI=0.0388159;REFB=0;REVB=0.0286798;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200299;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:19:20:0:0:19:23:0:0 chr1 71440052 . T C 375.96 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0352802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.873;QD=14.6006;RBI=0.0427918;REFB=-0.00385782;REVB=-0.0242167;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138713;STB=0.578061;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00730426;OID=.;OPOS=71440052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:23:20:36:24:23:20:36:24 chr1 72058552 . G A 330.78 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0095103;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.905;QD=15.3853;RBI=0.0605201;REFB=-0.0160075;REVB=-0.0597682;RO=50;SAF=25;SAR=11;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864322;STB=0.54902;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.022832;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:11:25:31:19:11:25:31:19 chr1 74575182 . C T 1525.45 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.023;QD=59.8216;RBI=0.00816477;REFB=0;REVB=-0.000905203;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12325e-06;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:67:35:0:0:67:35:0:0 chr1 74610144 . TA T 78.62 PASS AF=0.283721;AO=63;DP=216;FAO=61;FDP=215;FR=.;FRO=154;FSAF=51;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=76;FWDB=-0.151648;FXX=0.00462942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5816;QD=1.46277;RBI=0.153177;REFB=-0.0548495;REVB=-0.0215886;RO=124;SAF=56;SAR=7;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608259;STB=0.772628;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0448092;OID=.;OPOS=74610145;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283721:63:216:61:215:154:51:10:78:76:78:124:56:7:52:72 chr1 74665493 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.068;QD=55.0095;RBI=0.0381833;REFB=-0.0241704;REVB=0.0225139;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000365266;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:1:0:17:15:1:0 chr1 74671519 . A G 741.3 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162131;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.688;QD=57.0228;RBI=0.0174918;REFB=0;REVB=-0.006565;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164922;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr1 74929170 . T C 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.018961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.479;QD=20.998;RBI=0.0213679;REFB=-0.0256871;REVB=0.00985226;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952296;STB=0.552606;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0199287;OID=.;OPOS=74929170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:20:20:14:22:20:20:14:22 chr1 74937828 . C T 335.34 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0405319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7729;QD=26.3012;RBI=0.0422388;REFB=-0.0190296;REVB=0.0118862;RO=19;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180676;STB=0.602691;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0132841;OID=.;OPOS=74937828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:19:31:32:0.627451:22:9:10:9:23:9:10:9 chr1 74941293 . G A 871.33 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373345;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.098;QD=58.0887;RBI=0.0398326;REFB=0;REVB=-0.0138844;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0693e-05;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr1 74945922 . A C 151.21 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0141259;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.439;QD=8.28535;RBI=0.0143328;REFB=-0.0142953;REVB=-0.00242635;RO=52;SAF=16;SAR=5;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182441;STB=0.61038;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0501981;OID=.;OPOS=74945922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:52:52:21:21:0.287671:5:16:33:19:5:16:33:19 chr1 74946373 . C T 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00583957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.29;QD=18.6038;RBI=0.00584612;REFB=0.00297649;REVB=0.000276821;RO=42;SAF=12;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124401;STB=0.569583;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00351447;OID=.;OPOS=74946373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:27:12:18:24:27:12:18:24 chr1 75035240 . C T 392.62 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0158815;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.653;QD=22.4352;RBI=0.027918;REFB=-0.0181851;REVB=0.0229607;RO=30;SAF=13;SAR=26;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606927;STB=0.538442;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0155133;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:31:39:39:0.557143:26:13:8:22:26:13:8:23 chr1 75036812 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.153;QD=63.3366;RBI=0.0123777;REFB=0;REVB=0.0121439;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49655e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr1 75037845 . A G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0367488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0417;QD=17.8265;RBI=0.037113;REFB=-0.0549171;REVB=0.00518698;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139753;STB=0.581247;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0482269;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:3:8:10:2:3:8 chr1 75037857 . CCCT C 36.19 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0186222;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=252.541;QD=7.23823;RBI=0.0219577;REFB=-0.0118666;REVB=-0.0116342;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184421;STB=0.599699;STBP=0.673;TYPE=del;VARB=0.0219419;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:21:6:20:14:2:4:3:11:36:15:2:4:3:12 chr1 75038228 . A C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0157664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.08;QD=12.8369;RBI=0.0161107;REFB=-0.0217925;REVB=-0.0033132;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762778;STB=0.504377;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0274531;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:19:20:13:12:19:20 chr1 75055419 . T C 317.06 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00881813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.934;QD=17.8624;RBI=0.0227799;REFB=-0.0116088;REVB=-0.0210039;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257044;STB=0.51438;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0102876;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:14:23:22:12:14:23 chr1 75172001 . T A 469.16 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0104882;FXX=0.0106372;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.596;QD=20.1789;RBI=0.0204915;REFB=0.00785892;REVB=-0.0176039;RO=46;SAF=31;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.598767;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00548582;OID=.;OPOS=75172001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:46:47:46:46:0.494624:15:31:23:23:15:31:23:24 chr1 75175886 . T C 338.37 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.000208097;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.344;QD=21.484;RBI=0.00159208;REFB=-0.00793509;REVB=-0.00157842;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131348;STB=0.578548;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0063784;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:63:28:29:34:34:0.539683:19:15:8:20:19:15:8:21 chr1 75190452 . C T 217.87 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0121673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.532;QD=13.6166;RBI=0.0512577;REFB=-0.00786935;REVB=-0.0497927;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12155;STB=0.569325;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00486231;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:16:22:12:14:16:22 chr1 75214441 . A G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00262361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.158;QD=13.7531;RBI=0.00369853;REFB=0.000723212;REVB=-0.00260688;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333056;STB=0.519409;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00147339;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:13:10:7:8:13:10 chr1 75229986 . C T 357.34 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00709624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.067;QD=14.4379;RBI=0.00794276;REFB=-0.00411512;REVB=0.00356802;RO=60;SAF=12;SAR=27;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090613;STB=0.551636;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00608309;OID=.;OPOS=75229986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:27:12:23:37:27:12:23:37 chr1 75672376 . A G 2075.35 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562818;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.092;QD=62.4166;RBI=0.0563038;REFB=0;REVB=0.00157171;RO=0;SAF=53;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.02569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43202e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:79:53:0:0:79:54:0:0 chr1 75681511 . T C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.685;QD=60.4467;RBI=0.0450368;REFB=0;REVB=0.00757012;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169059;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:67:44:0:0:67:44:0:0 chr1 75708664 . TAAAAAT TAAAAA,TAAAA,TAAAAT 192.94 PASS AF=0,0.418605,0;AO=11,21,10;DP=88;FAO=0,36,0;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=0,27,0;FSAR=0,9,0;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.178046,-0.156797,-0.133601;FXX=0.0227247;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=12.9068,23.0932,11.3666;QD=8.97409;RBI=0.311625,0.256839,0.197597;REFB=-0.0539935,-0.0774385,-0.0991909;REVB=-0.255753,-0.203423,-0.145587;RO=28;SAF=2,17,2;SAR=9,4,8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.118994,0.552884,-0.085074;STB=0.5,0.775134,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00542008,0.0848458,0;OID=.,.,.;OPOS=75708670,75708669,75708665;OREF=T,AT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.418605,0:11,21,10:88:0,36,0:86:50:0,27,0:0,9,0:13:37:99:28:2,17,2:9,4,8:7:21 chr1 75716925 . C T 1296.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.444;QD=61.7204;RBI=0.154877;REFB=0;REVB=0.00374871;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503876;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 76143443 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0171951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.781;QD=16.1989;RBI=0.0328432;REFB=-0.0126516;REVB=0.0279822;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0235243;OID=.;OPOS=76143443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr1 76143458 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0201032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.701;QD=21.8418;RBI=0.0424257;REFB=0.0105691;REVB=-0.0373605;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0320553;OID=.;OPOS=76143458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr1 76198785 . G A 434.89 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0101851;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.5;QD=13.1786;RBI=0.0104554;REFB=-0.0217832;REVB=-0.00236205;RO=71;SAF=29;SAR=21;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275657;STB=0.51977;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0223461;OID=.;OPOS=76198785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:71:82:50:50:0.378788:21:29:43:28:21:29:45:37 chr1 76227022 . A G 187.67 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00444171;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.106;QD=12.5114;RBI=0.00807314;REFB=-0.000879081;REVB=-0.00674142;RO=37;SAF=7;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313944;STB=0.681191;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00192657;OID=.;OPOS=76227022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:16:7:22:15:16:7:22:15 chr1 76257892 . A T 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.449;QD=59.716;RBI=0.0232114;REFB=-0.00700845;REVB=-0.0202192;RO=1;SAF=30;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155173;STB=0.508195;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000121756;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:49:30:1:0:49:30:1:0 chr1 76269460 . G A 382.72 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0234362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.09;QD=25.5147;RBI=0.0270264;REFB=-0.00326091;REVB=0.0134599;RO=23;SAF=22;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1132;STB=0.56201;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00165673;OID=.;OPOS=76269460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:15:22:10:13:15:22:10:13 chr1 76344705 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00549865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.754;QD=13.4058;RBI=0.00893716;REFB=0.00419636;REVB=0.0070454;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221893;STB=0.512728;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00736248;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:14:20:14:9:14:20 chr1 76344711 . A T 866.37 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.593;QD=57.758;RBI=0.0464027;REFB=0;REVB=-0.0162144;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54658e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr1 77093180 . C A 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0149741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.371;QD=30.5521;RBI=0.0456533;REFB=-0.0155433;REVB=-0.0431277;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241353;STB=0.633989;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00485352;OID=.;OPOS=77093180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:5:13:2:5:5:13:2:5 chr1 77555481 . C T 738.18 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.918;QD=56.7834;RBI=0.0864042;REFB=0;REVB=0.00558301;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225202;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr1 77558057 . G C 446.48 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7644;QD=57.6105;RBI=0.0492091;REFB=0;REVB=0.0469031;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307307;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 77634948 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00055235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.659;QD=60.376;RBI=0.00605562;REFB=0;REVB=-0.00603038;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1592e-05;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr1 77685042 . T C 1330.13 PASS AF=0.465753;AO=134;DP=291;FAO=136;FDP=292;FR=.;FRO=156;FSAF=91;FSAR=45;FSRF=92;FSRR=64;FWDB=-0.000328315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.08;QD=18.2209;RBI=0.0392557;REFB=-0.00812772;REVB=-0.0392544;RO=156;SAF=91;SAR=43;SRF=92;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958096;STB=0.546374;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00878917;OID=.;OPOS=77685042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:156:156:134:136:0.465753:43:91:92:64:45:91:92:64 chr1 77763542 . G A 1155.31 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.551;QD=59.2466;RBI=0.0126101;REFB=-0.125613;REVB=0.0115276;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.3258e-05;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:75:77:0.987179:35:40:1:0:36:41:1:0 chr1 78024284 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.324;QD=62.9829;RBI=0.00987302;REFB=0;REVB=7.03004e-05;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26435e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 608.91 PASS AF=0.844828;AO=48;DP=58;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00944235;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.31;QD=41.9938;RBI=0.0115359;REFB=-0.0270395;REVB=-0.00662711;RO=9;SAF=19;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486856;STB=0.523456;STBP=0.443;TYPE=ins;VARB=0.00578957;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.844828:48:58:49:58:9:20:29:5:4:51:9:19:29:5:4 chr1 78162073 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00289005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.047;QD=12.1823;RBI=0.0702095;REFB=-0.00593226;REVB=0.0701499;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00481764;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr1 78392446 . G A 75.07 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0360254;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.763;QD=10.0091;RBI=0.0461445;REFB=-0.0109667;REVB=-0.0288355;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279999;STB=0.66637;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0369751;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:5:15:5:5:5:15 chr1 78560583 . G A 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0180935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.653;QD=19.0373;RBI=0.0315223;REFB=-0.0317911;REVB=0.0258125;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20813;STB=0.615971;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0264055;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:27:15:26:19:27:15:26:19 chr1 78585086 . T C 214.41 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0168105;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.341;QD=17.1525;RBI=0.0275047;REFB=-0.0010546;REVB=0.0217696;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.541631;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00135633;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:11:12:12:15:11:12:12:15 chr1 79093818 . A G 270.6 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0239606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.379;QD=14.4322;RBI=0.0293502;REFB=0.00665908;REVB=-0.0169506;RO=44;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052101;STB=0.502957;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.013948;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:21:10:14:30:21:10:14:30 chr1 79094081 . T A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00309554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.969;QD=14.4906;RBI=0.0241918;REFB=-0.00837981;REVB=-0.0239929;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221481;STB=0.627776;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0102124;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:11:19:8:11:11:19 chr1 79095581 . T C 660.83 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=116;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00244528;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.626;QD=23.1868;RBI=0.00327243;REFB=-0.0163488;REVB=-0.00217472;RO=51;SAF=35;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461152;STB=0.520655;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0124966;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:51:50:64:64:0.561404:29:35:25:26:29:35:25:25 chr1 79128570 . G GT 1201.24 PASS AF=1;AO=98;DP=107;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929951;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.725;QD=48.535;RBI=0.0394085;REFB=0;REVB=-0.0382955;RO=9;SAF=50;SAR=48;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.05771e-05;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:107:99:99:0:50:49:0:0:21:9:50:48:6:3 chr1 79392756 . C A 709.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.605;QD=63.0559;RBI=0.020082;REFB=0;REVB=0.0200023;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54733e-05;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:32:13:0:0 chr1 82421596 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.175;QD=59.0187;RBI=0.0234253;REFB=0;REVB=0.0233497;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70927e-05;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:10:20:0:0:14:20:0:0 chr1 82457662 . G A 1435.0 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103272;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.65;QD=57.4001;RBI=0.0111318;REFB=-0.116513;REVB=0.00415523;RO=2;SAF=46;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000989828;STB=0.500409;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000216755;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:97:98:0.98:51:46:1:1:51:47:1:1 chr1 84335412 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.719;QD=59.8558;RBI=0.0193661;REFB=0;REVB=0.0163232;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85306e-05;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:52:19:0:0:52:19:0:0 chr1 84640691 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.43;QD=63.2868;RBI=0.0152936;REFB=0;REVB=0.0152287;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72121e-05;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr1 84810815 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.791;QD=63.2854;RBI=0.0250324;REFB=0;REVB=-0.000252986;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28753e-05;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 84853957 . A T 1431.56 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0217154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2704;QD=59.6483;RBI=0.0397073;REFB=0.0136257;REVB=0.0332432;RO=3;SAF=63;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230948;STB=0.512192;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00248342;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:3:3:93:93:0.96875:30:63:1:2:30:63:1:2 chr1 84864256 . G C 225.28 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00245937;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5436;QD=18.7731;RBI=0.00813058;REFB=-0.0122231;REVB=0.0077497;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.626755;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0131753;OID=.;OPOS=84864256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:23:26:22:22:0.458333:12:10:15:8:12:10:18:8 chr1 84867610 . G A 489.87 PASS AF=0.589041;AO=36;DP=74;FAO=43;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0303984;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.325;QD=26.8421;RBI=0.0305359;REFB=-0.0103797;REVB=0.00289529;RO=27;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235612;STB=0.60834;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00834414;OID=.;OPOS=84867610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:27:36:43:0.589041:25:11:16:11:29:14:16:11 chr1 84944989 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.505;QD=61.8521;RBI=0.00799968;REFB=0;REVB=0.00651881;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35191e-06;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr1 85039967 . CG C 57.78 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00734006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1701;QD=6.41948;RBI=0.0895178;REFB=-0.0517916;REVB=-0.0892164;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.209302;SSSB=-0.45868;STB=0.7994;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.0741286;OID=.;OPOS=85039968;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:11:35:13:36:23:1:12:8:15:57:22:1:10:8:14 chr1 85113203 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.513;QD=60.03;RBI=0.0324692;REFB=0;REVB=0.00675521;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202258;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr1 85113229 . A G 955.16 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.198;QD=58.7793;RBI=0.0358699;REFB=0;REVB=0.0133732;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166342;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr1 85121255 . A G 1954.98 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.937;QD=61.0932;RBI=0.0272652;REFB=0.00144453;REVB=0.00687902;RO=0;SAF=41;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-1.59619e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:86:41:0:0:86:41:1:0 chr1 85405361 . T A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00877737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.447;QD=13.0607;RBI=0.00935801;REFB=-0.00405958;REVB=-0.00324503;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040757;STB=0.523346;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00808364;OID=.;OPOS=85405361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:20:20:12:14:20:20 chr1 85488030 . G A 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00284926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9399;QD=7.12401;RBI=0.0375265;REFB=-0.00536001;REVB=-0.0374182;RO=41;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784466;STB=0.548708;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0183567;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:10:4:14:27:10:4:14:27 chr1 85537706 . T C 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0701499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.863;QD=18.7632;RBI=0.0710149;REFB=-0.00529899;REVB=-0.0110501;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058235;STB=0.532402;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00684258;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:18:28:23:19:18:28 chr1 85559452 . A G 506.73 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.019913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9437;QD=20.4738;RBI=0.0499229;REFB=-0.00927573;REVB=0.0457795;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100471;STB=0.555579;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.010369;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:25:24:19:31:25:24:19:31 chr1 85589842 . A G 563.14 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0098233;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.695;QD=23.2223;RBI=0.0177386;REFB=-0.0105214;REVB=0.0147702;RO=45;SAF=35;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107676;STB=0.559372;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00790945;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:45:45:52:52:0.536082:17:35:25:20:17:35:25:20 chr1 85594392 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0155419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.637;QD=25.3618;RBI=0.0155721;REFB=0.0217418;REVB=-0.000969971;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174828;STB=0.597574;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0103414;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:2:6:7:8:2:6 chr1 85594466 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00614726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.262;QD=12.3287;RBI=0.014498;REFB=-0.0107458;REVB=-0.0131302;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0168364;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr1 85598679 . T TA 75.76 PASS AF=0.55;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.137185;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=17.504;QD=15.1513;RBI=0.151205;REFB=0.00345706;REVB=0.0635879;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255285;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=ins;VARB=0.0181056;OID=.;OPOS=85598680;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:8:23:11:20:9:5:6:2:7:54:15:2:6:7:8 chr1 85599563 . A C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0140829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.193;QD=26.6377;RBI=0.014083;REFB=-0.0187827;REVB=-9.99138e-06;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161363;STB=0.590785;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0123001;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:3:5:13:3:3:5 chr1 85624549 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000198426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.931;QD=61.2124;RBI=0.00966829;REFB=0;REVB=-0.00966625;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43982e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr1 85624864 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.213;QD=57.2377;RBI=0.00527113;REFB=0;REVB=0.00084771;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25537e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr1 85648620 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.732;QD=62.3488;RBI=0.0612591;REFB=0;REVB=0.0153205;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314015;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 85655916 . G A 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00302467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.9;QD=7.23116;RBI=0.0199224;REFB=-0.0160292;REVB=0.0196915;RO=47;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944627;STB=0.557553;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0243604;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:10:7:23:24:10:7:23:24 chr1 85666156 . T G 280.03 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.00144058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.715;QD=11.916;RBI=0.0015764;REFB=0.00121589;REVB=0.000640141;RO=61;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320922;STB=0.684103;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00167501;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:12:21:21:40:12:21:21:40 chr1 85724283 . C T 558.95 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0381789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0512;QD=17.4673;RBI=0.0484894;REFB=-0.00572849;REVB=0.029893;RO=66;SAF=32;SAR=27;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154691;STB=0.588515;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0104753;OID=.;OPOS=85724283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:69:59:59:0.460938:27:32:25:41:27:32:26:43 chr1 85724328 . C T 437.87 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0558106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6722;QD=15.6383;RBI=0.0636461;REFB=-0.0341282;REVB=-0.0305943;RO=63;SAF=20;SAR=29;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535512;STB=0.530014;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0292458;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:29:20:29:34:29:20:29:34 chr1 85742023 . C A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00463079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.285;QD=15.5754;RBI=0.0105015;REFB=-0.0107756;REVB=-0.0094253;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980391;STB=0.547407;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0161595;OID=.;OPOS=85742023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:15:10:15:15:15:10:15:16 chr1 85785751 . T C 565.29 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00248999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.169;QD=16.7492;RBI=0.01216;REFB=0.00584971;REVB=0.0119023;RO=75;SAF=21;SAR=39;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135451;STB=0.575732;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00834705;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:60:60:0.444444:39:21:36:39:39:21:36:39 chr1 86202016 . C T 1234.62 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905014;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.083;QD=61.7311;RBI=0.0251649;REFB=0;REVB=0.0234812;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57478e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr1 86202102 . C A 305.39 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0397846;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.169;QD=17.4511;RBI=0.0416327;REFB=0.00489099;REVB=-0.0122667;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015463;STB=0.500866;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00653271;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:17:16:18:19:17:16:18:19 chr1 86375654 . C G 850.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.908;QD=57.6774;RBI=0.0192664;REFB=0;REVB=-0.00182231;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70529e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:25:32:0:0:25:34:0:0 chr1 86487981 . G A 1127.22 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.864;QD=60.1182;RBI=0.0413203;REFB=0;REVB=0.0326897;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8137e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:70:75:1:40:30:0:0:45:30:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 470.04 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00319865;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=4;MLLD=249.986;QD=30.8223;RBI=0.00515275;REFB=-0.0193438;REVB=-0.00403973;RO=24;SAF=17;SAR=25;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822263;STB=0.522078;STBP=0.637;TYPE=ins;VARB=0.00900714;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.688525:42:67:42:61:19:17:25:9:10:99:24:17:25:10:14 chr1 86557967 . G A 197.13 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00312001;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.287;QD=10.8014;RBI=0.00747809;REFB=0.00509621;REVB=-0.00679613;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225878;STB=0.513147;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0135311;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:24:24:12:13:24:24 chr1 86590915 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.54;QD=57.1775;RBI=0.0231026;REFB=0;REVB=-0.00910224;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56034e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr1 86591837 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.053;QD=55.0986;RBI=0.0112735;REFB=0;REVB=0.00945948;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25122e-05;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 86818572 . T C 805.34 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00101913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.626;QD=55.5404;RBI=0.0159837;REFB=-0.50372;REVB=0.0159512;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000873105;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:27:30:0:0:27:30:0:1 chr1 86820267 . C T 1877.83 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.007;QD=61.5681;RBI=0.0267399;REFB=0;REVB=0.00990738;RO=0;SAF=75;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35909e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:47:75:0:0:47:75:0:0 chr1 86838158 . C T 6610.04 PASS AF=1;AO=416;DP=417;FAO=418;FDP=418;FR=.;FRO=0;FSAF=225;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000871634;FXX=0.00238658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.855;QD=63.254;RBI=0.00170749;REFB=0;REVB=-0.00146826;RO=0;SAF=223;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29245e-06;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:417:418:0:0:416:418:1:193:223:0:0:193:225:0:0 chr1 86852621 . A G 2493.0 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.09;QD=61.5555;RBI=0.0250211;REFB=0;REVB=0.0249769;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7636e-05;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:82:80:0:0:82:80:0:0 chr1 86913265 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9883;QD=57.2376;RBI=0.0267668;REFB=0;REVB=0.0178045;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1092e-05;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr1 86920904 . A G 1792.48 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119966;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.257;QD=59.2555;RBI=0.0168635;REFB=-0.0780966;REVB=-0.0118516;RO=2;SAF=57;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163714;STB=0.508619;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=2.71653e-05;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:118:119:0.983471:61:57:2:0:62:57:2:0 chr1 86939130 . C T 1150.82 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.317;QD=60.5693;RBI=0.0292059;REFB=0;REVB=0.0218229;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141773;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr1 86947975 . A T 1499.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386135;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0097;QD=59.9647;RBI=0.0515445;REFB=0;REVB=0.0341442;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779273;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr1 86959173 . T C 977.22 PASS AF=0.455752;AO=103;DP=226;FAO=103;FDP=226;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.0209304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.42;QD=17.2959;RBI=0.0221018;REFB=0.011137;REVB=0.00709998;RO=123;SAF=47;SAR=56;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110545;STB=0.561187;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0121477;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:123:123:103:103:0.455752:56:47:70:53:56:47:70:53 chr1 87031656 . A C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00272963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.356;QD=15.6537;RBI=0.00533703;REFB=-0.0221019;REVB=-0.00458618;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1807;STB=0.601552;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0190525;OID=.;OPOS=87031656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:9:23:14:12:9:23 chr1 87101375 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.341;QD=57.6795;RBI=0.0126821;REFB=0;REVB=-0.00815852;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2358e-05;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 87101649 . T C 346.22 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0323759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2383;QD=16.8888;RBI=0.0527004;REFB=-0.0107346;REVB=0.0415829;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179571;STB=0.600469;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0203443;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:29:16:20:17:29:16 chr1 87208953 . T A 335.41 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0161369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.024;QD=19.73;RBI=0.0221469;REFB=-0.0161305;REVB=-0.0151685;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104951;STB=0.558224;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0212596;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:13:20:17:18:13:20 chr1 87599697 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.89;QD=57.3858;RBI=0.026155;REFB=0;REVB=-0.0257914;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74605e-05;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 89225976 . T C 510.22 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0329077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0222;QD=26.5047;RBI=0.0378065;REFB=0.029793;REVB=0.0186123;RO=30;SAF=19;SAR=28;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457749;STB=0.524989;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00844255;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:28:19:14:16:28:19:14:16 chr1 89301123 . C T 477.83 PASS AF=0.445378;AO=50;DP=116;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0172293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.284;QD=16.0614;RBI=0.018458;REFB=-0.00238992;REVB=0.00662208;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558409;STB=0.542986;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00687664;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:64:66:50:53:0.445378:27:23:33:31:29:24:35:31 chr1 89322982 . G A 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197902;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.395;QD=60.9977;RBI=0.025347;REFB=0;REVB=0.0158372;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40897e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr1 89426902 . G A 244.3 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00397112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.577;QD=13.0295;RBI=0.0194364;REFB=-0.0117985;REVB=-0.0190264;RO=46;SAF=7;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239843;STB=0.638607;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.015078;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:22:7:20:26:22:7:20:26 chr1 89449390 . T C 51.18 PASS AF=0.0874317;AO=16;DP=183;FAO=16;FDP=183;FR=.;FRO=167;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=83;FWDB=-0.00966507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.6306;QD=1.11859;RBI=0.0100087;REFB=-0.00147305;REVB=-0.00260022;RO=166;SAF=4;SAR=12;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295153;STB=0.735077;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0209235;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:183:183:166:167:16:16:0.0874317:12:4:83:83:12:4:84:83 chr1 89449399 . T C 53.25 PASS AF=0.0909091;AO=16;DP=176;FAO=16;FDP=176;FR=.;FRO=160;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=77;FWDB=-0.0169621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.723;QD=1.21031;RBI=0.0252678;REFB=0.000575233;REVB=-0.0187283;RO=160;SAF=4;SAR=12;SRF=83;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316193;STB=0.745406;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0066573;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:176:176:160:160:16:16:0.0909091:12:4:83:77:12:4:83:77 chr1 89474818 . A G 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00926224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.844;QD=10.1481;RBI=0.0147432;REFB=0.00554655;REVB=0.0114706;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122602;STB=0.577397;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0090155;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:44:22:22:0.333333:12:10:15:28:12:10:15:29 chr1 89475135 . C T 478.77 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00705336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.692;QD=25.1985;RBI=0.00709322;REFB=-0.0188815;REVB=-0.000750959;RO=31;SAF=28;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177346;STB=0.597113;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0173646;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:17:28:12:19:17:28:12:19 chr1 89479063 . G A 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00839933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.805;QD=15.2022;RBI=0.0134449;REFB=-0.00168644;REVB=0.0104985;RO=67;SAF=19;SAR=31;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162632;STB=0.591361;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00105169;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:31:19:36:31:31:19:36:31 chr1 89479074 . C T 386.45 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0289948;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.577;QD=13.926;RBI=0.0292984;REFB=-0.0113721;REVB=-0.0042065;RO=63;SAF=15;SAR=30;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219815;STB=0.621063;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.018874;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:63:66:45:45:0.405405:30:15:34:29:30:15:35:31 chr1 89479758 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.812;QD=60.8834;RBI=0.0360521;REFB=0;REVB=0.0343402;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.267e-05;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr1 89486037 . C T 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1005;QD=59.0015;RBI=0.125278;REFB=0;REVB=-0.0364235;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165964;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 89518623 . C T 553.88 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.000711421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.464;QD=21.1002;RBI=0.016243;REFB=-0.0114922;REVB=-0.0162274;RO=48;SAF=30;SAR=26;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134397;STB=0.578066;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00789159;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:49:56:56:0.533333:26:30:18:30:26:30:18:31 chr1 89521841 . G C 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000328308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.256;QD=62.4756;RBI=0.012065;REFB=0;REVB=0.0120606;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03773e-05;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:58:73:0:0:58:73:0:0 chr1 89522646 . G C 1779.35 PASS AF=0.931298;AO=122;DP=132;FAO=122;FDP=131;FR=.;FRO=9;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00873265;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.786;QD=54.3314;RBI=0.0135453;REFB=-0.126246;REVB=0.0103545;RO=7;SAF=57;SAR=65;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107611;STB=0.501571;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00104363;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:132:131:7:9:122:122:0.931298:65:57:4:3:65:57:4:5 chr1 89582702 . A G 1932.12 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5727;QD=61.8279;RBI=0.0180804;REFB=0;REVB=0.0145145;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12384e-05;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:56:69:0:0:56:69:0:0 chr1 89847372 . G T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0323334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.688;QD=15.4188;RBI=0.0327429;REFB=-0.0125758;REVB=-0.00516187;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895933;STB=0.531895;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0244942;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:20:11:18:23:20:12:18:24 chr1 89847411 . C T 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0344642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5844;QD=12.0138;RBI=0.0512174;REFB=0.00232673;REVB=0.0378873;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100693;STB=0.558763;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00134711;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:13:21:14:6:13:21 chr1 89847444 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0132805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4717;QD=18.9659;RBI=0.0197834;REFB=-0.00524768;REVB=0.0146633;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176766;STB=0.599037;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00789168;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:5:20:14:8:5:20 chr1 89849742 . A T 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0243766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.603;QD=31.2417;RBI=0.0455382;REFB=0.0158448;REVB=0.0384643;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00282654;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:2:2:7:7:2:2 chr1 90049011 . T C 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0151792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.406;QD=9.41615;RBI=0.0152968;REFB=-0.000316053;REVB=0.00189285;RO=52;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342773;STB=0.705717;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00105423;OID=.;OPOS=90049011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:53:24:24:0.311688:8:16:19:33:8:16:19:34 chr1 90049040 . A G 330.44 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00839163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.826;QD=13.4875;RBI=0.0100922;REFB=-0.00344105;REVB=-0.00560659;RO=60;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191939;STB=0.61406;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00626379;OID=.;OPOS=90049040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:15:22:25:35:15:22:25:36 chr1 90171835 . C T 695.69 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3566;QD=54.5639;RBI=0.0444254;REFB=-0.0273789;REVB=-0.0365566;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159482;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00342819;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:48:50:0.980392:19:29:1:0:19:31:1:0 chr1 90178743 . A G 512.49 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0762;QD=58.5706;RBI=0.10773;REFB=0;REVB=-0.0767008;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128137;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr1 90179532 . A G 300.29 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0305998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.475;QD=24.5132;RBI=0.0357036;REFB=-0.00711047;REVB=0.0183955;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.508315;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00580387;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:11:11:14:13:11:11 chr1 90486412 . T G 1946.67 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00763514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.126;QD=59.4402;RBI=0.0279844;REFB=-0.00877706;REVB=0.0269227;RO=2;SAF=55;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016964;STB=0.505527;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=5.5793e-05;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:2:3:128:128:0.977099:73:55:2:0:73:55:2:1 chr1 90493026 . G A 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0094;QD=47.8144;RBI=0.065082;REFB=0;REVB=0.0637494;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231125;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 91405998 . C T 285.45 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0437612;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.016;QD=23.3019;RBI=0.0438069;REFB=-0.00487063;REVB=-0.00199905;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221425;STB=0.611716;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00226431;OID=.;OPOS=91405998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:23:26:26:0.530612:19:7:12:12:19:7:11:12 chr1 91728053 . G A 902.01 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.778;QD=58.1942;RBI=0.0335689;REFB=0;REVB=0.032705;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56415e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr1 91781413 . T G 1568.41 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.605;QD=64.0165;RBI=0.053185;REFB=0;REVB=0.00325344;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151817;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr1 91851253 . T C 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00906811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.511;QD=59.7968;RBI=0.0269153;REFB=-0.000857977;REVB=0.0253417;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=5.48223e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:23:20:0:0:23:20:0:1 chr1 91853040 . T C 62.02 PASS AF=0.0547445;AO=45;DP=828;FAO=45;FDP=822;FR=.;FRO=777;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=409;FSRR=368;FWDB=-0.0201375;FXX=0.00844381;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.129;QD=0.301783;RBI=0.0348482;REFB=-0.00214709;REVB=-0.0284408;RO=781;SAF=23;SAR=22;SRF=414;SRR=367;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194153;STB=0.514446;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0408778;OID=.;OPOS=91853040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:828:822:781:777:45:45:0.0547445:22:23:414:367:22:23:409:368 chr1 91853111 . A C 4257.79 PASS AF=0.985612;AO=270;DP=279;FAO=274;FDP=278;FR=.;FRO=4;FSAF=152;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0894425;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.076;QD=61.2631;RBI=0.0941443;REFB=0.11023;REVB=0.0293803;RO=3;SAF=149;SAR=121;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462558;STB=0.500797;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00217413;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:279:278:3:4:270:274:0.985612:121:149:1:2:122:152:2:2 chr1 91859795 . T C 1759.35 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0855296;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9588;QD=60.1488;RBI=0.0864258;REFB=-0.12492;REVB=0.0124136;RO=0;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00108904;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:117:0:1:116:116:0.991453:76:40:0:0:76:40:1:0 chr1 91980447 . A G 1150.25 PASS AF=0.963855;AO=74;DP=77;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000151102;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.242;QD=55.4339;RBI=0.00135071;REFB=-0.137339;REVB=-0.00134223;RO=3;SAF=38;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358907;STB=0.518983;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00127422;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:83:3:3:74:80:0.963855:36:38:3:0:42:38:3:0 chr1 92107937 . C T 1315.51 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0667;QD=61.1867;RBI=0.0363321;REFB=0;REVB=0.0294061;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536521;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:35:47:0:0:36:50:0:0 chr1 92108119 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.669;QD=56.7043;RBI=0.0780739;REFB=0;REVB=-0.00343391;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513318;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr1 92108899 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.012;QD=62.6711;RBI=0.0221719;REFB=0;REVB=0.0117245;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103593;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 92174260 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.638;QD=61.5361;RBI=0.00470393;REFB=0;REVB=-0.00154781;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20729e-06;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr1 92185657 . C T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.108;QD=55.2224;RBI=0.0235554;REFB=0.000746966;REVB=-0.00435327;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-2.25982e-05;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:32:24:0:0:32:24:0:1 chr1 92262874 . T C 1085.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.704;QD=59.4614;RBI=0.0580242;REFB=0;REVB=0.022004;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233266;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:43:26:0:0:44:29:0:0 chr1 92428495 . C A 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00802257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.062;QD=16.9885;RBI=0.0115322;REFB=-0.0102619;REVB=-0.00828436;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114899;STB=0.564341;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.013163;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:19:20:19:29:19:20:19:29 chr1 92442690 . GAAAAA GAAAAC,GAAAA 594.27 PASS AF=0.573171,0.231707;AO=32,19;DP=83;FAO=47,19;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=20,0;FSAR=27,19;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0423886,-0.0638358;FXX=0.0120467;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=145.366,10.5945;QD=28.9887;RBI=0.0424157,0.0955714;REFB=-0.0772418,-0.229117;REVB=-0.00151455,-0.0711258;RO=13;SAF=18,0;SAR=14,19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0946455,-0.834271;STB=0.513171,0.999126;STBP=0.717,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.0308928,0.218845;OID=.,.;OPOS=92442695,92442691;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAAC,GAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.573171,0.231707:32,19:83:47,19:82:16:20,0:27,19:6:10:71:13:18,0:14,19:5:8 chr1 92457843 . C T 430.93 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00359014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.334;QD=14.7326;RBI=0.0104613;REFB=-0.0138442;REVB=-0.00982596;RO=68;SAF=24;SAR=25;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086442;STB=0.54857;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.017861;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:25:24:39:29:25:24:39:29 chr1 92646020 . AG A,AA 302.0 PASS AF=0.608696,0.391304;AO=8,15;DP=23;FAO=14,9;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,5;FSAR=5,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144245,-0.0144807;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.477,227.492;QD=52.5222;RBI=0.0495353,0.0496309;REFB=0,0;REVB=-0.0473886,-0.0474714;RO=0;SAF=8,6;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0252242,0.0353827;OID=.,.;OPOS=92646021,92646021;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.608696,0.391304:8,15:23:14,9:23:0:9,5:5,4:0:0:26:0:8,6:0,9:0:0 chr1 92647223 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.336;QD=49.5992;RBI=0.0218051;REFB=0;REVB=0.0151659;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176179;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 92647532 . C A 751.77 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000501978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.67;QD=56.7376;RBI=0.03633;REFB=0;REVB=0.0363266;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53329e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:28:23:0:0:30:23:0:0 chr1 92733628 . T C 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00657714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.113;QD=15.3074;RBI=0.0106942;REFB=-0.00363258;REVB=0.00843249;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221114;STB=0.512493;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00429422;OID=.;OPOS=92733628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:17:17:22:24:17:17:22:24 chr1 92889408 . C T 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2091;QD=57.1014;RBI=0.0367477;REFB=0;REVB=0.0186056;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003446;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr1 92946479 . G A 588.62 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8142;QD=60.3711;RBI=0.0983356;REFB=0;REVB=0.0767505;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248665;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:14:25:0:0 chr1 92974595 . G A 2011.28 PASS AF=0.992366;AO=111;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00263656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.951;QD=61.413;RBI=0.00729351;REFB=-0.0951257;REVB=-0.00680028;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.503448;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00015058;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:111:130:0.992366:59:52:0:0:72:58:0:1 chr1 92979124 . G A 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209169;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7017;QD=50.4973;RBI=0.0536904;REFB=0;REVB=-0.0536496;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115124;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 92979354 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.751;QD=60.9785;RBI=0.015717;REFB=0;REVB=0.0108109;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45679e-06;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr1 93089823 . T C 805.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8023;QD=64.4119;RBI=0.0836561;REFB=0;REVB=0.0226856;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143153;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chr1 93160902 . T C 472.01 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.823;QD=55.5309;RBI=0.0475801;REFB=-0.098138;REVB=0.0244188;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00153683;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr1 93306317 . G A 1422.17 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120486;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9526;QD=63.2076;RBI=0.0734114;REFB=0;REVB=0.0724159;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220681;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:46:42:0:0:48:42:0:0 chr1 93307908 . T A 774.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.159;QD=63.1935;RBI=0.0568722;REFB=0;REVB=-0.0563132;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143738;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr1 93311708 . G A 475.3 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.032084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7569;QD=16.5323;RBI=0.032797;REFB=-0.00609559;REVB=-0.00680172;RO=61;SAF=25;SAR=27;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153202;STB=0.583995;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00717307;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:63:52:52:0.452174:27:25:39:22:27:25:40:23 chr1 93440474 . T C 74.43 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0178612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.582;QD=11.0268;RBI=0.0181982;REFB=-0.0284421;REVB=0.00348587;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330452;STB=0.65188;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0581684;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:27:17:17:9:10:0.37037:6:3:11:6:6:4:11:6 chr1 93580581 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.204;QD=59.323;RBI=0.0246395;REFB=0;REVB=0.0232719;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62431e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr1 93581024 . T C 523.19 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.634;QD=56.5609;RBI=0.0982803;REFB=0;REVB=0.0874646;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105496;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:11:22:0:0:15:22:0:0 chr1 93603183 . C CAT,T 890.9 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=56,6;DP=66;FAO=56,6;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=21,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591576,-0.0338307;FXX=0.0605969;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=135.894,42.5289;QD=57.4777;RBI=0.0119874,0.0576296;REFB=0,0;REVB=-0.010426,-0.0466546;RO=4;SAF=35,2;SAR=21,4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0166457,-0.119263;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000499872,0.027173;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:66:62:4:0:56,6:56,6:0.903226,0.0967742:21,4:35,2:2:2:21,4:35,2:0:0 chr1 93617546 . T C 1224.26 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0934;QD=60.4574;RBI=0.0610848;REFB=0;REVB=0.0166934;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992625;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:48:33:0:0 chr1 93620393 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.518;QD=51.1846;RBI=0.0152934;REFB=0;REVB=0.00130021;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19381e-05;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 93646207 . T C 289.43 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0204315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8609;QD=46.3081;RBI=0.0848218;REFB=-0.0444794;REVB=-0.0823243;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.513296;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0204075;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:15:8:0:1:15:8:1:1 chr1 93672723 . A C 948.87 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713296;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.993;QD=58.3918;RBI=0.0200093;REFB=0;REVB=0.0186947;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09574e-05;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:36:28:0:1:37:28:0:0 chr1 93851295 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.612;QD=57.8842;RBI=0.00767888;REFB=0;REVB=0.0010835;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7736e-05;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 94341267 . A G 811.68 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0188784;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.056;QD=54.1121;RBI=0.035737;REFB=-0.129072;REVB=-0.0303437;RO=2;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107504;STB=0.505701;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000738622;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:38:20:1:1:38:20:1:1 chr1 94341980 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAT,TAAAATT 85.74 PASS AF=0.27451,0,0;AO=14,8,2;DP=54;FAO=14,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=3,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.265203,-0.291325,-0.0395559;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=26.9002,12.2371,22.2563;QD=6.72479;RBI=0.269838,0.291354,0.0607756;REFB=-0.0357784,-0.0593169,-0.0264972;REVB=0.0497992,0.00415565,-0.0461411;RO=26;SAF=4,7,2;SAR=10,1,0;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.396398,0.362506,0.418359;STB=0.816552,0.5,0.5;STBP=0.016,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.10535,0,0;OID=.,.,.;OPOS=94341985,94341981,94341985;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451,0,0:14,8,2:54:14,0,0:51:37:3,0,0:11,0,0:25:12:85:26:4,7,2:10,1,0:17:9 chr1 94342564 . C A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.983;QD=59.8555;RBI=0.0430564;REFB=0;REVB=0.000584582;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013365;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr1 94343023 . A G 1026.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.598;QD=59.4825;RBI=0.0206497;REFB=0;REVB=0.0176132;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88518e-05;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chr1 94343233 . T C 1066.2 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000664847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.63;QD=58.4221;RBI=0.0246802;REFB=-0.0249212;REVB=0.0246712;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150114;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=2.82647e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:0:1:31:41:0:1 chr1 94344716 . C T 871.38 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.42;QD=56.2183;RBI=0.0319812;REFB=-0.0630174;REVB=0.0298959;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111083;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000183426;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:42:19:0:1:42:19:0:1 chr1 94471075 . A G 1212.28 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676508;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1682;QD=61.381;RBI=0.0170659;REFB=0;REVB=0.0156678;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171782;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr1 94578548 . T C 729.47 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395556;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.877;QD=57.213;RBI=0.0395791;REFB=0;REVB=0.00136244;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072857;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr1 94638189 . T A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.03573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3411;QD=14.3339;RBI=0.038686;REFB=-0.00783998;REVB=-0.0148314;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400047;STB=0.732852;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0125782;OID=.;OPOS=94638189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:8:2:6:3:8:2 chr1 94639337 . A G 160.29 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.167;QD=45.7957;RBI=0.0342852;REFB=0;REVB=0.0315314;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146849;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr1 94639447 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.5;QD=51.9167;RBI=0.00678225;REFB=0;REVB=0.00565011;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24454e-05;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 94930345 . G A 313.01 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0820513;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6243;QD=14.9053;RBI=0.0820655;REFB=-0.0237069;REVB=0.00152677;RO=46;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179357;STB=0.570761;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0384892;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:28:35:0.416667:19:9:22:24:23:12:22:26 chr1 95001600 . A C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.557;QD=60.2045;RBI=0.0250326;REFB=0;REVB=-0.0182223;RO=0;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68263e-06;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:21:52:0:0:21:52:0:0 chr1 95294089 . T C 349.8 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0129718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.115;QD=11.758;RBI=0.0159158;REFB=0.00257761;REVB=-0.00922201;RO=76;SAF=24;SAR=19;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123295;STB=0.570505;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00549687;OID=.;OPOS=95294089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:43:43:0.361345:19:24:34:42:19:24:34:42 chr1 95305553 . G A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0186526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.244;QD=12.3388;RBI=0.0192334;REFB=-0.000307744;REVB=-0.00469062;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225096;STB=0.630414;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000253352;OID=.;OPOS=95305553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:17:7:19:20:17:7:19:20 chr1 95330372 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.727;QD=62.0082;RBI=0.00176125;REFB=0;REVB=0.00143818;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56556e-06;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:44:40:0:0 chr1 95709821 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5096;QD=57.198;RBI=0.0133032;REFB=0;REVB=-0.00783922;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34442e-05;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 97189091 . G A 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0129107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3162;QD=15.0166;RBI=0.0590593;REFB=0.00916623;REVB=0.0576309;RO=40;SAF=24;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282087;STB=0.661751;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00678203;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:6:24:23:17:6:24:23:17 chr1 97272456 . A G 580.63 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.037361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.091;QD=18.8821;RBI=0.0378445;REFB=-0.00860079;REVB=0.00602969;RO=63;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104528;STB=0.505783;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00926197;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:34:26:28:35:34:26:28:35 chr1 97981395 . T C 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.000962809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.53;QD=17.5369;RBI=0.0200584;REFB=-0.0080605;REVB=-0.0200353;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000845704;STB=0.511105;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00429393;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:11:23:25:12:11:23:25:13 chr1 98348885 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.61;QD=62.6145;RBI=0.0311009;REFB=0;REVB=0.0292874;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97804e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr1 99127392 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00350559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5836;QD=61.5112;RBI=0.0291101;REFB=-0.0626891;REVB=0.0288983;RO=1;SAF=36;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012892;STB=0.506846;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00227618;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:12:36:1:0:12:36:1:0 chr1 99225627 . G A 2296.37 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.593;QD=62.9141;RBI=0.0179232;REFB=0.159;REVB=-0.00726424;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.503759;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000456668;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:0:1:145:145:0.993151:79:66:0:0:79:66:1:0 chr1 100203648 . C T 490.91 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0203418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.011;QD=14.2294;RBI=0.0238388;REFB=-0.00164606;REVB=0.0124298;RO=83;SAF=27;SAR=28;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13882;STB=0.578085;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0024711;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:83:55:55:0.398551:28:27:30:53:28:27:30:53 chr1 100203693 . G A 529.66 PASS AF=0.379518;AO=63;DP=166;FAO=63;FDP=166;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.039411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4018;QD=12.7629;RBI=0.0498148;REFB=-0.00528404;REVB=-0.0304678;RO=103;SAF=30;SAR=33;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218589;STB=0.512374;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0108213;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:103:103:63:63:0.379518:33:30:47:56:33:30:47:56 chr1 100361925 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0178551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.894;QD=21.6305;RBI=0.0194056;REFB=0.00305259;REVB=0.00760093;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136374;STB=0.507552;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00227622;OID=.;OPOS=100361925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:14:10:13:17:14:10 chr1 100598866 . GC AT 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534112;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.1;QD=57.0008;RBI=0.0197624;REFB=0;REVB=0.0190269;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.07513e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 100672060 . T C 1841.46 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.389;QD=61.382;RBI=0.0429156;REFB=0;REVB=0.0361263;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39659e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:62:57:0:0:62:58:0:0 chr1 100741236 . C A 625.74 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.000158437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.601;QD=18.6789;RBI=0.00355154;REFB=-0.0117334;REVB=0.00354801;RO=69;SAF=23;SAR=41;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267449;STB=0.509417;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0140265;OID=.;OPOS=100741236;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:70:64:64:0.477612:41:23:23:46:41:23:24:46 chr1 101005855 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00299252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.092;QD=56.6222;RBI=0.00480781;REFB=0.0589428;REVB=0.00376296;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00016705;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:0:1:35:28:0:1 chr1 101006577 . A G 375.67 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0156771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.165;QD=23.8522;RBI=0.0172725;REFB=-0.00727225;REVB=0.00725033;RO=26;SAF=20;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173632;STB=0.595188;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00397033;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:17:20:8:18:17:20:8:18 chr1 101007055 . C T 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.853;QD=57.1741;RBI=0.00832312;REFB=0;REVB=-0.00811208;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48138e-05;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 101203827 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.494;QD=62.3144;RBI=0.0365394;REFB=0;REVB=0.0224338;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125113;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr1 101440878 . TTA T,TT,TTT 199.67 PASS AF=0.386364,0.386364,0;AO=14,11,7;DP=58;FAO=17,17,0;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=5,7,0;FSAR=12,10,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.164681,0.21088,0.376507;FXX=0.119976;HRUN=8,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=11.5508,7.88213,5.6685;QD=18.1515;RBI=0.180376,0.217701,0.376507;REFB=-0.0743908,-0.172838,-0.115786;REVB=0.0735912,0.0540663,0.000558856;RO=16;SAF=3,3,0;SAR=11,8,7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.190475,-0.119984,-0.723305;STB=0.543429,0.583241,0.5;STBP=0.619,0.295,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0177115,0.128125,0;OID=.,.,.;OPOS=101440879,101440880,101440880;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.386364,0.386364,0:14,11,7:58:17,17,0:44:10:5,7,0:12,10,0:2:8:52:16:3,3,0:11,8,7:6:10 chr1 102325412 . C T 309.97 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0541266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.968;QD=18.7859;RBI=0.0547013;REFB=-0.0338361;REVB=-0.00790879;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117583;STB=0.546191;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0358349;OID=.;OPOS=102325412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:33:33:33:0.5:15:18:21:10:15:18:21:12 chr1 103352451 . A G 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00405781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.768;QD=55.2223;RBI=0.00856935;REFB=-0.0170174;REVB=-0.00754771;RO=1;SAF=16;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285524;STB=0.515146;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000928452;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:40:16:1:0:40:16:1:0 chr1 103354138 . A G 2336.13 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100009;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.697;QD=64.0036;RBI=0.0106917;REFB=0;REVB=0.00378087;RO=0;SAF=79;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19511e-05;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:145:146:1:66:79:0:0:66:80:0:0 chr1 103354428 . A G 1140.48 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204246;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.222;QD=60.8255;RBI=0.0243259;REFB=0;REVB=0.013213;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17134e-05;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr1 103379918 . G A 905.89 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0679332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0931;QD=56.6181;RBI=0.0745036;REFB=-0.0595087;REVB=-0.0305919;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000416585;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr1 103444679 . T G 1109.02 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0433963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.932;QD=55.4509;RBI=0.0434576;REFB=-0.0799878;REVB=0.00230645;RO=4;SAF=45;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154905;STB=0.508195;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00109777;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:80:80:4:4:76:76:0.95:31:45:3:1:31:45:3:1 chr1 103471456 . CCAT C 948.99 PASS AF=0.640625;AO=138;DP=262;FAO=123;FDP=192;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=109;FSRF=10;FSRR=59;FWDB=-0.00903176;FXX=0.465168;HRUN=2;LEN=3;MLLD=220.816;QD=19.7706;RBI=0.027753;REFB=-0.00663954;REVB=-0.0262423;RO=1;SAF=66;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714908;STB=0.526566;STBP=0.511;TYPE=del;VARB=0.00603376;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.640625:138:262:123:192:69:14:109:10:59:99:1:66:72:1:0 chr1 104256578 . A G 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0184151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.298;QD=7.79829;RBI=0.0231308;REFB=-0.00975395;REVB=-0.013997;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366372;STB=0.7308;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0316928;OID=.;OPOS=104256578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:12:11:7:2:12:11 chr1 107599918 . C T 1252.56 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00742323;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.2747;QD=55.0577;RBI=0.0230726;REFB=-0.0850893;REVB=0.0218459;RO=6;SAF=41;SAR=44;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043722;STB=0.523127;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00233313;OID=.;OPOS=107599918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:91:91:6:6:85:85:0.934066:44:41:5:1:44:41:5:1 chr1 107979396 . A C 2534.14 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00230318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.523;QD=60.3368;RBI=0.0411122;REFB=-0.0161669;REVB=0.0410476;RO=2;SAF=83;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71979e-05;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:2:2:166:166:0.988095:83:83:1:1:83:83:1:1 chr1 108113526 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0839;QD=40.7628;RBI=0.136173;REFB=0;REVB=0.0881601;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683446;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 108113856 . G A 1343.74 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.746;QD=61.0791;RBI=0.0103579;REFB=-0.133706;REVB=-0.00128101;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000660794;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:50:37:0:1:50:37:0:1 chr1 108113865 . G A 1307.18 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529764;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.238;QD=62.2466;RBI=0.00966337;REFB=0;REVB=-0.00808181;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35008e-05;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr1 108115145 . T C 1388.83 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3593;QD=62.4193;RBI=0.0485365;REFB=0;REVB=0.0470884;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563341;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:38:48:0:0:41:48:0:0 chr1 108185301 . C G 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0300174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.271;QD=19.5766;RBI=0.0326966;REFB=-0.00218848;REVB=-0.0129624;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242855;STB=0.513505;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00372245;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:14:17:19:14:14:17 chr1 108185309 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00234154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.499;QD=19.2766;RBI=0.0107459;REFB=-0.000967115;REVB=-0.0104877;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012651;STB=0.507038;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.000685973;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:16:17:18:16:16:17 chr1 108307727 . T A 644.33 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00792661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0594;QD=21.4776;RBI=0.0252986;REFB=-0.00720333;REVB=-0.0240248;RO=56;SAF=33;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171055;STB=0.509387;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00737151;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:31:33:30:26:31:33:30:26 chr1 108313258 . C T 820.42 PASS AF=0.9375;AO=61;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0303666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4589;QD=51.2762;RBI=0.0334958;REFB=-0.00869235;REVB=0.0141364;RO=3;SAF=25;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233493;STB=0.505346;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00279011;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:3:4:61:60:0.9375:36:25:2:1:35:25:2:2 chr1 109256135 . T C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0138537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.035;QD=20.892;RBI=0.01561;REFB=-0.0100587;REVB=0.00719359;RO=27;SAF=10;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198293;STB=0.510996;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00746594;OID=.;OPOS=109256135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:22:10:9:18:22:10:9:18 chr1 109265029 . G T 1791.5 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00364631;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0791;QD=60.2185;RBI=0.0253258;REFB=-0.131135;REVB=0.0250619;RO=1;SAF=54;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871445;STB=0.504586;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00061269;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:64:54:1:0:64:54:1:0 chr1 109351501 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.593;QD=60.9786;RBI=0.0459023;REFB=0;REVB=0.0442971;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141618;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 109363178 . G T 114.56 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0316925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2838;QD=10.4142;RBI=0.137224;REFB=-0.00291917;REVB=-0.133514;RO=27;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170409;STB=0.630942;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.007205;OID=.;OPOS=109363178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:27:30:14:14:0.318182:3:11:18:9:3:11:19:11 chr1 109363232 . T C 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8945;QD=60.1564;RBI=0.0546984;REFB=-0.00351795;REVB=0.0466403;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000776683;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:1:0:18:26:1:0 chr1 109395105 . C T 1133.58 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.554;QD=60.4577;RBI=0.0345851;REFB=0;REVB=0.0216093;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010836;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:39:36:0:0 chr1 109513777 . T C 124.13 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000478226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1622;QD=27.5853;RBI=0.106616;REFB=-0.0109592;REVB=-0.106615;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109421;STB=0.561308;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00111114;OID=.;OPOS=109513777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:5:8:2:3:5:8:2:3 chr1 109656946 . T C 690.46 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0167766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.663;QD=17.2615;RBI=0.0172065;REFB=-0.0238704;REVB=0.00382229;RO=84;SAF=26;SAR=48;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430186;STB=0.52554;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0224787;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:84:86:74:74:0.4625:48:26:33:51:48:26:34:52 chr1 109704618 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.254;QD=57.6807;RBI=0.0153073;REFB=0;REVB=-0.0113142;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40969e-06;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr1 109735298 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.26;QD=64.4154;RBI=0.00216258;REFB=0;REVB=0.000169191;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27552e-06;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 109735416 . A C 722.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.058;QD=62.8081;RBI=0.0270454;REFB=0;REVB=0.0136408;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49066e-05;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:22:20:0:0:24:22:0:0 chr1 109737063 . C T 334.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0749592;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.005;QD=51.4535;RBI=0.0862743;REFB=-0.102546;REVB=0.0427126;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00203924;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:1:0:15:10:1:0 chr1 109737090 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.853;QD=55.6557;RBI=0.0121891;REFB=0;REVB=0.0120879;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112591;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr1 109737132 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.639;QD=54.5175;RBI=0.0123463;REFB=0;REVB=0.0115754;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192439;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 109737172 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.86;QD=56.706;RBI=0.0285232;REFB=0;REVB=0.0273764;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107559;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 109742485 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.557;QD=63.2867;RBI=0.0451721;REFB=0;REVB=0.030207;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218767;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 109745618 . T C 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.009;QD=58.956;RBI=0.0284391;REFB=0;REVB=0.0247648;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126256;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr1 109771063 . T C 888.7 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117855;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.697;QD=58.2753;RBI=0.0744468;REFB=0;REVB=0.0744374;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182743;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr1 109794252 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.681;QD=59.5003;RBI=0.026164;REFB=0;REVB=0.0133762;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151308;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr1 109795608 . T C 49.41 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4866;QD=32.9389;RBI=0.0563452;REFB=0;REVB=0.0315311;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760835;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 109806834 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0284424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.215;QD=9.1104;RBI=0.0304716;REFB=-0.0211186;REVB=-0.0109338;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0266339;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:4:12:6:2:4:12 chr1 109807099 . G A 347.19 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00133761;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.014;QD=14.3171;RBI=0.0294811;REFB=-0.00895106;REVB=-0.0294507;RO=58;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182802;STB=0.598015;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00650986;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:59:38:38:0.391753:17:21:22:36:17:21:23:36 chr1 109810544 . C A 971.31 PASS AF=0.492308;AO=94;DP=193;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0239244;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.212;QD=19.9244;RBI=0.0264719;REFB=-0.0293388;REVB=0.0113307;RO=98;SAF=40;SAR=54;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287919;STB=0.50395;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0354949;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:98:99:94:96:0.492308:54:40:42:56:56:40:42:57 chr1 109816176 . A C 423.44 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.729;QD=56.4586;RBI=0.0494491;REFB=0;REVB=0.00139598;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251815;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:24:5:0:0:24:6:0:0 chr1 109818263 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.004;QD=63.3366;RBI=0.027029;REFB=0;REVB=0.00391062;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56994e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr1 109825360 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.285;QD=55.6561;RBI=0.0363317;REFB=0;REVB=0.0356929;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208789;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr1 109836835 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00827161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.519;QD=23.3816;RBI=0.00939321;REFB=-0.00738752;REVB=-0.00445116;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501505;STB=0.528024;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00355508;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:9:5:8:11:9:5 chr1 109836842 . C G 125.09 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0205917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.777;QD=14.296;RBI=0.0551645;REFB=0.00717726;REVB=-0.0511772;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983446;STB=0.571331;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00249357;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:5:9:11:9:5:10:11:9 chr1 109838918 . C T 1395.93 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3301;QD=62.7383;RBI=0.0200768;REFB=0;REVB=0.0198373;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33867e-05;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr1 109839433 . A G 1752.35 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.451;QD=59.9095;RBI=0.0211215;REFB=-0.0280691;REVB=0.0163298;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000146162;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:65:51:0:0:65:51:1:0 chr1 109856306 . G A 582.06 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00203075;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8183;QD=18.7761;RBI=0.0067979;REFB=-0.0112657;REVB=-0.00648749;RO=64;SAF=31;SAR=29;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282218;STB=0.51562;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0136948;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:64:64:60:60:0.483871:29:31:35:29:29:31:35:29 chr1 109856384 . CAA C 916.07 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909156;FXX=0.0256377;HRUN=6;LEN=2;MLLD=29.523;QD=48.214;RBI=0.106749;REFB=0;REVB=-0.0559434;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000557249;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:72:76:76:0:35:41:0:0:16:0:27:35:0:0 chr1 109884775 . T G 1472.0 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2623;QD=63.312;RBI=0.030154;REFB=0;REVB=0.0295978;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184469;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr1 109897103 . A G 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.999;QD=61.7127;RBI=0.0108209;REFB=-0.06244;REVB=-0.0036108;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000334046;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:40:51:0:0:40:51:1:0 chr1 110086451 . G A 478.0 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00729785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.115;QD=53.1112;RBI=0.0239301;REFB=-0.211294;REVB=0.0227901;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548779;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00116636;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:36:2:2:33:34:0.944444:16:17:0:2:17:17:0:2 chr1 110087405 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.407;QD=61.6839;RBI=0.0103397;REFB=0;REVB=0.00899685;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80181e-05;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 110134210 . TA T 644.54 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2925;QD=48.6442;RBI=0.0383751;REFB=0;REVB=0.0350801;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00140836;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:53:53:53:0:24:29:0:0:11:0:24:29:0:0 chr1 110151395 . G T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.777;QD=60.0767;RBI=0.0322924;REFB=0;REVB=-0.0252768;RO=0;SAF=38;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45572e-06;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:69:38:0:0:69:38:0:0 chr1 110162918 . T C 1084.11 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.878;QD=58.6005;RBI=0.0217546;REFB=0.045252;REVB=-0.00334791;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995914;STB=0.505262;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=8.40518e-05;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:47:26:0:1:47:26:0:1 chr1 110163879 . G A 2392.92 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667743;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.236;QD=64.2393;RBI=0.0690407;REFB=0;REVB=0.0175443;RO=0;SAF=61;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29565e-05;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:88:61:0:0:88:61:0:0 chr1 110170896 . T C 1047.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307842;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8166;QD=59.8668;RBI=0.0487784;REFB=0;REVB=0.0378373;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046609;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr1 110201699 . T C 1143.44 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0012589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3075;QD=58.6382;RBI=0.0222439;REFB=-0.0842173;REVB=-0.0222083;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462003;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00134562;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:2:1:76:77:0.987179:45:31:1:1:46:31:1:0 chr1 110201809 . G T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.238;QD=59.8558;RBI=0.0266115;REFB=0;REVB=-0.0189365;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14468e-07;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr1 110201812 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.507;QD=59.6795;RBI=0.0301706;REFB=0;REVB=0.0203469;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167828;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr1 110210780 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.741;QD=56.7064;RBI=0.0659794;REFB=0;REVB=0.0509931;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449599;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 110233138 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2728;QD=59.8558;RBI=0.0248202;REFB=0;REVB=0.00186467;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193803;OID=.;OPOS=110233138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr1 110279701 . C T 222.82 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00343754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.781;QD=18.9634;RBI=0.00656807;REFB=-0.0174388;REVB=-0.00559668;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15601;STB=0.574402;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0191677;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:10:11:9:16:11:11:9:16 chr1 110282972 . G T 170.62 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0107432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.754;QD=10.833;RBI=0.0115488;REFB=-0.0077942;REVB=0.00423766;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166981;STB=0.608217;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0107331;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:10:12:27:12:10:12:29:12 chr1 110295772 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0130984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.275;QD=26.3418;RBI=0.0292969;REFB=-0.0212614;REVB=0.0262057;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358973;STB=0.519979;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00970971;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:6:13:7:4:6:13:7:4 chr1 110300441 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.015762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.848;QD=15.1567;RBI=0.0325165;REFB=-0.00835287;REVB=-0.0284408;RO=32;SAF=20;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19069;STB=0.609428;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0111677;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:5:20:21:11:5:20:21:11 chr1 110300504 . A G 1043.93 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2015;QD=59.6533;RBI=0.0272863;REFB=0;REVB=0.00968186;RO=0;SAF=53;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138506;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:17:53:0:0:17:53:0:0 chr1 110466338 . C A 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0363308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.171;QD=31.6787;RBI=0.0385979;REFB=-0.0169424;REVB=-0.0130334;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439998;STB=0.524204;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00586929;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:12:7:2:5:12:7:2:5 chr1 110466709 . T C 3557.1 PASS AF=0.991304;AO=226;DP=228;FAO=228;FDP=230;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0219918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4341;QD=61.8625;RBI=0.0284854;REFB=-0.0239678;REVB=0.0181047;RO=2;SAF=82;SAR=144;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657194;STB=0.503424;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00127679;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:230:2:2:226:228:0.991304:144:82:0:2:145:83:0:2 chr1 110467745 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.673;QD=62.0081;RBI=0.0193088;REFB=0;REVB=-0.0159659;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97627e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:37:47:0:0 chr1 110744268 . G T 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00643937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.197;QD=15.2045;RBI=0.00698888;REFB=0.00143404;REVB=-0.00271642;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117644;STB=0.566362;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00209955;OID=.;OPOS=110744268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:20:19:21:35:20:19:21:35 chr1 110882444 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0372071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6851;QD=12.7299;RBI=0.0515858;REFB=-0.0136616;REVB=0.0357313;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.599771;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0113045;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:6:6:3:6:6:6 chr1 110921715 . T G 489.32 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0931604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7167;QD=15.534;RBI=0.0931612;REFB=-0.0105469;REVB=-0.000385637;RO=72;SAF=28;SAR=26;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378793;STB=0.521219;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0154609;OID=.;OPOS=110921715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:26:28:40:32:26:28:40:32 chr1 110949720 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0027919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.021;QD=9.21709;RBI=0.00307944;REFB=-0.00278296;REVB=-0.00129933;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186353;STB=0.579609;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00893606;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:15:16:0.301887:5:10:19:18:6:10:19:18 chr1 110950439 . C T 979.89 PASS AF=0.597315;AO=82;DP=142;FAO=89;FDP=149;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0376775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6996;QD=26.3056;RBI=0.0507368;REFB=-0.0561711;REVB=0.0339799;RO=57;SAF=33;SAR=49;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095129;STB=0.546045;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0420182;OID=.;OPOS=110950439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:149:57:60:82:89:0.597315:49:33:30:27:53:36:31:29 chr1 110998854 . G A 393.05 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0129367;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.276;QD=22.1434;RBI=0.0283388;REFB=-0.0135759;REVB=0.0252137;RO=31;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131333;STB=0.580482;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.01628;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:31:32:39:39:0.549296:25:14:16:15:25:14:17:15 chr1 111060669 . T C 309.99 PASS AF=0.453333;AO=21;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0130224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.449;QD=16.5325;RBI=0.0171285;REFB=-0.0092775;REVB=0.0111267;RO=37;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185741;STB=0.559965;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0139971;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:41:21:34:0.453333:16:5:14:23:17:17:16:25 chr1 111061011 . C A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00789152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.124;QD=15.4997;RBI=0.0094506;REFB=-0.0174595;REVB=-0.00519978;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165364;STB=0.59307;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0106421;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:26:14:16:15:26:14 chr1 111061062 . T C 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0148649;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=348.213;QD=17.9775;RBI=0.0196895;REFB=-0.00919837;REVB=-0.0129116;RO=54;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830455;STB=0.546371;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.010824;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:23:22:31:23:23:22:31:23 chr1 111144661 . A G 1677.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.854;QD=60.4445;RBI=0.0328316;REFB=0;REVB=-0.032668;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32355e-05;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:51:60:0:0:51:60:0:0 chr1 111726869 . G A 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0179164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.462;QD=17.6947;RBI=0.0243855;REFB=-0.0335899;REVB=-0.0165425;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143231;STB=0.586907;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0485823;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:14:21:17:21:14:21:17:22 chr1 111773568 . G C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.020687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1872;QD=14.6163;RBI=0.0234834;REFB=-0.00333052;REVB=-0.0111138;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181787;STB=0.603787;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00443753;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:20:8:17:21:20:8:17:21 chr1 111783982 . C T 481.01 PASS AF=0.53;AO=36;DP=102;FAO=53;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00128826;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.363;QD=19.2404;RBI=0.00460737;REFB=-0.0149244;REVB=-0.0044236;RO=48;SAF=24;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15585;STB=0.527262;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0158823;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:48:47:36:53:0.53:12:24:25:23:29:24:24:23 chr1 111783996 . A G 1593.96 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.606;QD=59.5874;RBI=0.0350883;REFB=0;REVB=0.0247756;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9433e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:1:0:106:107:1:58:48:1:0:58:49:0:0 chr1 111833488 . C CCT 417.37 PASS AF=0.285714;AO=55;DP=200;FAO=56;FDP=196;FR=.;FRO=140;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=86;FWDB=-0.0317277;FXX=0.0150746;HRUN=2;LEN=2;MLLD=285.87;QD=8.51784;RBI=0.0320213;REFB=-0.0134629;REVB=-0.0043263;RO=144;SAF=26;SAR=29;SRF=55;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112969;STB=0.569283;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.0331112;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:55:200:56:196:140:27:29:54:86:99:144:26:29:55:89 chr1 111833517 . G A 452.13 PASS AF=0.295238;AO=62;DP=210;FAO=62;FDP=210;FR=.;FRO=148;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=90;FWDB=-0.0037847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.909;QD=8.61202;RBI=0.0219945;REFB=0.0051948;REVB=0.0216664;RO=147;SAF=26;SAR=36;SRF=58;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309129;STB=0.519994;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0169605;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:147:148:62:62:0.295238:36:26:58:89:36:26:58:90 chr1 111857154 . T C 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00495041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.199;QD=22.407;RBI=0.010563;REFB=-0.00574338;REVB=0.00933112;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100938;STB=0.555531;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00475625;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:22:22:14:23:22:22:14:23 chr1 111858444 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.591;QD=59.8386;RBI=0.0512983;REFB=0;REVB=-0.0473298;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177024;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 111861841 . A G 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00303864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.355;QD=13.4446;RBI=0.00361955;REFB=-0.01177;REVB=-0.00196667;RO=58;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234007;STB=0.626307;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0166366;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:17:19:18:40:17:19:19:40 chr1 111861974 . T C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0015569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.819;QD=15.5754;RBI=0.00471149;REFB=-0.0031095;REVB=-0.00444682;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07463;STB=0.54229;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00435708;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:16:15:14:11:16:15 chr1 111862952 . T G 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0578127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3099;QD=18.9409;RBI=0.0774655;REFB=-0.00699142;REVB=-0.0515616;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354485;STB=0.519711;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00728012;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:23:14:13:25:23:14:13:25 chr1 111893958 . A G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0150103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.689;QD=19.9734;RBI=0.0170328;REFB=0.00803469;REVB=0.00805021;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194933;STB=0.60796;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00922529;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:12:23:16:21:12:23 chr1 111957097 . C G 1475.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205999;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.633;QD=63.4803;RBI=0.0228545;REFB=0;REVB=0.0227615;RO=0;SAF=75;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47203e-05;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:18:75:0:0:18:75:0:0 chr1 111957311 . G C 282.28 PASS AF=0.52;AO=9;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00363691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.351;QD=22.5826;RBI=0.00379687;REFB=-0.00357486;REVB=0.00109048;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482003;STB=0.536813;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0117407;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:9:26:0.52:2:7:8:15:18:8:9:15 chr1 111957688 . T C 216.47 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00319415;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.413;QD=13.1195;RBI=0.00554543;REFB=-0.0170047;REVB=0.00453313;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526375;STB=0.530098;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0182836;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:15:25:15:11:15:25 chr1 111957693 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9093;QD=59.3218;RBI=0.0119877;REFB=0;REVB=-0.000161671;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2848e-05;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr1 111962256 . G T 247.06 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00117389;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.826;QD=15.4411;RBI=0.0338131;REFB=-0.0181931;REVB=0.0337927;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567502;STB=0.524869;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0224202;OID=.;OPOS=111962256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:12:16:18:17:12:16:19:17 chr1 111964262 . G A 325.31 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00706116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.123;QD=22.4352;RBI=0.0305796;REFB=-0.0278326;REVB=0.0297532;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18596;STB=0.601927;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0207896;OID=.;OPOS=111964262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:14:19:20:5:14:19:20:5 chr1 111968121 . C T 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00839568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.657;QD=13.9126;RBI=0.0171035;REFB=-0.0281921;REVB=-0.014901;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114759;STB=0.565654;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0403331;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:10:21:12:9:10:21 chr1 111969294 . A G 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00868315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.161;QD=57.5889;RBI=0.0228495;REFB=0.0350843;REVB=-0.0211354;RO=2;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205611;STB=0.510867;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000621781;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:74:75:0.974026:45:29:0:2:45:30:0:2 chr1 111969307 . G C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0223096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.762;QD=17.167;RBI=0.0223639;REFB=-0.0156486;REVB=-0.00155792;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245383;STB=0.638199;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0148992;OID=.;OPOS=111969307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:20:9:18:14:20:9:18:14 chr1 111969432 . C G 37.75 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0468129;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.8121;QD=8.38922;RBI=0.085596;REFB=-0.0119085;REVB=0.0716606;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141704;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0177929;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:3:3:4:7:3:3:4:8 chr1 111969719 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.31;QD=59.8394;RBI=0.0405635;REFB=0;REVB=0.0276893;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012539;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr1 111991768 . G A 281.49 PASS AF=0.462687;AO=23;DP=56;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.020237;FXX=0.0147037;HRUN=7;LEN=1;MLLD=174.524;QD=16.8052;RBI=0.0202422;REFB=-0.0138972;REVB=-0.000461819;RO=8;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137075;STB=0.641749;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0140547;OID=.;OPOS=111991768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:67:8:36:23:31:0.462687:15:8:5:3:16:15:27:9 chr1 111991845 . C A 2456.83 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.386;QD=61.4208;RBI=0.0297904;REFB=0;REVB=0.0289775;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90676e-05;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:79:81:0:0:79:81:0:0 chr1 111992019 . T A 520.2 PASS AF=0.371585;AO=53;DP=181;FAO=68;FDP=183;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.00255263;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=42.1692;QD=11.3705;RBI=0.00290177;REFB=-0.0088531;REVB=-0.00137999;RO=54;SAF=21;SAR=32;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608648;STB=0.517376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0341204;OID=.;OPOS=111992019;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:54:115:53:68:0.371585:32:21:18:36:42:26:47:68 chr1 111992095 . C T 2799.48 PASS AF=0.983696;AO=179;DP=183;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=114;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0633783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5533;QD=60.8582;RBI=0.0634613;REFB=0.0109683;REVB=-0.0032438;RO=3;SAF=67;SAR=112;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208343;STB=0.510948;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000840731;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:183:184:3:3:179:181:0.983696:112:67:3:0:114:67:3:0 chr1 111999312 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0115564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.818;QD=9.18862;RBI=0.0261429;REFB=-0.00903536;REVB=-0.02345;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587349;STB=0.862433;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0108597;OID=.;OPOS=111999312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:23:25:11:11:0.305556:2:9:6:17:2:9:6:19 chr1 112019467 . C T 180.77 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0817857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.583;QD=13.9054;RBI=0.084015;REFB=-0.0163341;REVB=0.0192254;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344227;STB=0.698132;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0118277;OID=.;OPOS=112019467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:31:21:21:0.403846:15:6:18:11:15:6:19:12 chr1 112029193 . A G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0195686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.724;QD=18.7118;RBI=0.0239665;REFB=-0.000355093;REVB=0.0138371;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178792;STB=0.600557;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000986169;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:4:15:11:7:4:15 chr1 112042632 . A G 447.52 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0167042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0858;QD=21.0599;RBI=0.0345542;REFB=-0.0155094;REVB=0.0302484;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104738;STB=0.550756;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00800548;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:25:18:22:19:25:19:22:19 chr1 112269872 . G A 568.29 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328892;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.07;QD=61.4372;RBI=0.0576894;REFB=0;REVB=0.0473959;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013335;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:17:20:0:0 chr1 112539061 . A G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00873979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4352;QD=19.4656;RBI=0.0162179;REFB=-0.0178534;REVB=0.0136615;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.566314;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0209393;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:6:18:14:8:6:18 chr1 112999227 . G A 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6377;QD=61.6741;RBI=0.08787;REFB=0;REVB=-0.0866248;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000905108;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr1 113000565 . A G 1098.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.861;QD=60.1971;RBI=0.0566715;REFB=0;REVB=0.0333348;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135869;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr1 113000946 . GGTCA G 504.16 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0292906;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=283.598;QD=42.9076;RBI=0.0343299;REFB=-0.0624668;REVB=-0.0179054;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523799;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.00272616;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.957447:43:44:45:47:2:20:25:2:0:3:0:19:24:0:0 chr1 113063125 . A G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00221628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.845;QD=54.6516;RBI=0.00898748;REFB=-0.104432;REVB=0.00870993;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000387663;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:0:1 chr1 113083439 . C T 288.27 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.907;QD=52.4124;RBI=0.0411371;REFB=0;REVB=0.0367965;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119946;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr1 113232232 . C T 733.85 PASS AF=0.62963;AO=63;DP=103;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0308444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.386;QD=27.1798;RBI=0.0332498;REFB=-0.000739256;REVB=-0.0124165;RO=40;SAF=7;SAR=56;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450146;STB=0.685651;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000374154;OID=.;OPOS=113232232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:40:40:63:68:0.62963:56:7:21:19:57:11:21:19 chr1 113236681 . C T 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.567;QD=61.0461;RBI=0.0169518;REFB=0;REVB=0.0122355;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09345e-06;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr1 113237171 . A G 592.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.699;QD=60.7468;RBI=0.0400818;REFB=0;REVB=0.00289174;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032491;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:18:18:0:0:18:21:0:0 chr1 113239382 . G A 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.773;QD=62.6131;RBI=0.0144517;REFB=-0.0594031;REVB=0.00446649;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101988;STB=0.505375;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000805423;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:46:51:0:1:46:51:0:1 chr1 113241052 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.973;QD=57.1062;RBI=0.0273353;REFB=0;REVB=0.0180026;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76301e-05;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr1 113243048 . C T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.876;QD=60.8823;RBI=0.0660319;REFB=0;REVB=0.0122082;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351795;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr1 113252882 . C T 297.27 PASS AF=0.5625;AO=15;DP=51;FAO=27;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00614209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.596;QD=24.7726;RBI=0.0133016;REFB=0.000479517;REVB=0.0117986;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201691;STB=0.555514;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000449905;OID=.;OPOS=113252882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:23:21:15:27:0.5625:5:10:11:12:15:12:12:9 chr1 113252883 . G T 78.16 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00325243;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.1745;QD=6.51371;RBI=0.00325299;REFB=-0.00909248;REVB=5.99519e-05;RO=35;SAF=1;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.664124;STB=0.908347;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.193704;OID=.;OPOS=113252883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:48:35:37:11:11:0.229167:10:1:23:12:10:1:23:14 chr1 113255389 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.549;QD=58.4197;RBI=0.0174007;REFB=0;REVB=-0.0095832;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88853e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr1 113456546 . A T 599.18 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0131239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.292;QD=15.3635;RBI=0.0235188;REFB=-0.0116972;REVB=-0.0195165;RO=89;SAF=38;SAR=29;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142652;STB=0.579686;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0174985;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:89:67:67:0.429487:29:38:38:51:29:38:38:51 chr1 113657092 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.701;QD=50.4135;RBI=0.0280833;REFB=0;REVB=0.0280121;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115185;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 114196495 . A G 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00740926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.913;QD=20.7521;RBI=0.0144154;REFB=-0.0162953;REVB=-0.0123655;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175275;STB=0.596488;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0193047;OID=.;OPOS=114196495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:24:20:11:31:24:20:11:31 chr1 114240319 . T TA 619.83 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281975;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3443;QD=48.6141;RBI=0.0464214;REFB=0;REVB=-0.0368761;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00197939;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:52:51:51:0:24:27:0:0:11:0:24:26:0:0 chr1 114301256 . TAA TA,T 499.57 PASS AF=0.364865,0.405405;AO=47,35;DP=148;FAO=54,60;FDP=148;FR=.;FRO=34;FSAF=43,20;FSAR=11,40;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.121284,0.060775;FXX=0.0573212;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.79155,11.7063;QD=13.5019;RBI=0.132465,0.0658714;REFB=-0.00406768,-0.00448019;REVB=0.0532643,0.0254057;RO=38;SAF=38,15;SAR=9,20;SRF=12;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.446155,0.109461;STB=0.74807,0.553702;STBP=0,0.219;TYPE=del,del;VARB=0.0766683,0.028052;OID=.,.;OPOS=114301257,114301257;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.364865,0.405405:47,35:148:54,60:148:34:43,20:11,40:7:27:84:38:38,15:9,20:12:26 chr1 114354654 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0441846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.601;QD=7.76208;RBI=0.0474395;REFB=-0.0228557;REVB=0.0172694;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0432182;OID=.;OPOS=114354654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:5:1:5:7:5:1:5:8 chr1 114354942 . T G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0226977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.729;QD=11.0198;RBI=0.0296619;REFB=0.00210218;REVB=0.0190957;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43608;STB=0.749459;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0107361;OID=.;OPOS=114354942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:0:8:4:2:0:8 chr1 114377568 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.357;QD=55.6561;RBI=0.0300947;REFB=0;REVB=0.00714431;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263158;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 114424600 . TC CT,TT 437.49 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629664,0.0130994;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=167.487,49.7802;QD=56.4505;RBI=0.0178139,0.0532389;REFB=0,0;REVB=-0.016664,0.0516022;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0602048,0.00131281;OID=.,.;OPOS=114424600,114424601;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:2,12:0,17:0:0:2,12:0,17:0:0 chr1 114505000 . G A 399.02 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0155773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1845;QD=15.9606;RBI=0.0810608;REFB=0.00307983;REVB=-0.07955;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.512518;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00572393;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:19:23:33:25:19:23:33:25 chr1 114632114 . TTAAAAA TAAAA,TAAAAAT,TTAAAA,TTTAAAA 331.29 PASS AF=0.238806,0.0447761,0.58209,0;AO=14,3,23,8;DP=78;FAO=16,3,39,0;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=11,3,10,0;FSAR=5,0,29,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.10198,-0.0620529,0.0221435,0.12118;FXX=0.129853;HRUN=6,6,7,7;LEN=2,6,1,1;MLLD=12.4022,180.586,8.89871,6.75307;QD=19.7785;RBI=0.133057,0.0653825,0.167813,0.153698;REFB=-0.0246672,-0.00405409,-0.136276,-0.126219;REVB=-0.0854656,-0.0205986,-0.166346,-0.0945429;RO=11;SAF=12,3,1,1;SAR=2,0,22,7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.392857,0,0,0;SSSB=0.411286,0.657411,-0.568224,-0.424693;STB=0.553004,0.995569,0.56859,0.5;STBP=0.561,0.122,0.086,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0426914,0.0833589,0.0927191,0;OID=.,.,.,.;OPOS=114632115,114632115,114632116,114632116;OREF=TA,TAAAAA,A,A;OALT=-,AAAAAT,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAAT,TTAAAA,TTTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.238806,0.0447761,0.58209,0:14,3,23,8:78:16,3,39,0:67:9:11,3,10,0:5,0,29,0:5:4:36:11:12,3,1,1:2,0,22,7:5:6 chr1 114680540 . C T 496.01 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0827926;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.405;QD=24.4942;RBI=0.0828746;REFB=-0.00260741;REVB=-0.00368643;RO=34;SAF=16;SAR=30;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535714;STB=0.522462;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00223595;OID=.;OPOS=114680540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:34:34:46:47:0.580247:30:16:14:20:30:17:14:20 chr1 114948281 . A G 330.02 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0117899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.78;QD=18.3346;RBI=0.0132581;REFB=-0.0104623;REVB=-0.00606434;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204982;STB=0.624538;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00939933;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:35:35:0.486111:18:17:25:10:18:17:27:10 chr1 115119392 . T C 96.78 PASS AF=0.521739;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00831757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.948;QD=16.8311;RBI=0.032909;REFB=0.00648786;REVB=0.0318406;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266665;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00481087;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:10:12:0.521739:3:7:4:6:5:7:5:6 chr1 115167840 . G C 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000432389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.688;QD=28.0294;RBI=0.00803194;REFB=0.00139454;REVB=-0.00802029;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115686;STB=0.563712;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00120359;OID=.;OPOS=115167840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:11:6:14:13:11:6 chr1 115428783 . C T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00300374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.93;QD=16.0056;RBI=0.00835632;REFB=-0.0198621;REVB=-0.00779779;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253521;STB=0.514278;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00865542;OID=.;OPOS=115428783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:23:22:18:17:23:22 chr1 115537933 . A G 354.29 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.006687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2978;QD=27.7877;RBI=0.0469274;REFB=-0.0480635;REVB=0.0464485;RO=18;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982569;STB=0.553667;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.028034;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:16:17:12:6:16:17:12:6 chr1 115576023 . A G 977.22 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011869;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9675;QD=59.2252;RBI=0.0125652;REFB=0;REVB=-0.00412449;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464678;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr1 115590998 . T C 1513.01 PASS AF=0.532847;AO=146;DP=274;FAO=146;FDP=274;FR=.;FRO=128;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=0.0382726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1123;QD=22.0878;RBI=0.0403416;REFB=-0.0132757;REVB=-0.0127537;RO=128;SAF=83;SAR=63;SRF=51;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145248;STB=0.579194;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0128834;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:128:128:146:146:0.532847:63:83:51:77:63:83:51:77 chr1 115591058 . T C 1336.82 PASS AF=0.453674;AO=139;DP=310;FAO=142;FDP=313;FR=.;FRO=171;FSAF=49;FSAR=93;FSRF=84;FSRR=87;FWDB=-0.00231852;FXX=0.0157228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.405;QD=17.084;RBI=0.0224576;REFB=-0.00565645;REVB=0.0223376;RO=169;SAF=48;SAR=91;SRF=82;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145391;STB=0.583734;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00702177;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:313:169:171:139:142:0.453674:91:48:82:87:93:49:84:87 chr1 115604798 . C T 313.72 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00138676;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.064;QD=35.8534;RBI=0.0280855;REFB=-0.0446607;REVB=0.0280513;RO=9;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964714;STB=0.552591;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0125362;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:35:9:9:26:26:0.742857:12:14:3:6:12:14:3:6 chr1 115829313 . G A 151.93 PASS AF=0.30137;AO=20;DP=74;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0389725;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6918;QD=8.32478;RBI=0.0442589;REFB=-0.0148282;REVB=-0.020976;RO=51;SAF=15;SAR=5;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197105;STB=0.55703;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0332689;OID=.;OPOS=115829313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:51:20:22:0.30137:5:15:31:20:7:15:31:20 chr1 116149152 . G A 2316.42 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00423342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.55;QD=60.1667;RBI=0.0267568;REFB=-0.061551;REVB=0.0264198;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.503067;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000184014;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:0:1:153:153:0.993506:72:81:0:0:72:81:1:0 chr1 116234313 . A G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.054204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.458;QD=18.4131;RBI=0.0545901;REFB=-0.0130606;REVB=-0.00648096;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116327;STB=0.50649;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0124369;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:14:20:19:14:14:20 chr1 116234505 . A G 335.6 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0111665;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.603;QD=19.1769;RBI=0.0121934;REFB=-0.0374916;REVB=0.00489776;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141803;STB=0.56094;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0419894;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:34:35:0.5:23:11:16:18:23:12:16:19 chr1 116236351 . T G 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0167339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.135;QD=21.3873;RBI=0.0168532;REFB=-0.0137412;REVB=-0.00200159;RO=27;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158968;STB=0.58818;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0135086;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:22:11:14:13:22:11:14:13 chr1 116239751 . A G 775.94 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0462118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.338;QD=22.3293;RBI=0.046267;REFB=-0.00491995;REVB=-0.00225882;RO=64;SAF=39;SAR=35;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361295;STB=0.523433;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00514035;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:65:74:74:0.532374:35:39:31:33:35:39:31:34 chr1 116243877 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0055596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8187;QD=14.7015;RBI=0.0439426;REFB=-0.010289;REVB=-0.0435895;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989856;STB=0.558038;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0117271;OID=.;OPOS=116243877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:5:10:9:3:5:10 chr1 116245626 . CA C 74.12 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0847585;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.08057;QD=10.9809;RBI=0.184611;REFB=-0.154459;REVB=0.164004;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058982;STB=0.544131;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.154316;OID=.;OPOS=116245627;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:15:27:16:27:11:7:9:6:5:29:11:7:8:6:5 chr1 116260532 . A T 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00536173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.729;QD=19.3925;RBI=0.01321;REFB=-0.00373818;REVB=-0.0120729;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128277;STB=0.570789;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00329302;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:25:28:20:32:25:28:20:32 chr1 116382318 . A G 2158.94 PASS AF=1;AO=116;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5449;QD=63.0348;RBI=0.0241368;REFB=0;REVB=-0.00982327;RO=0;SAF=28;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121932;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:116:137:1:88:28:0:0:89:48:0:0 chr1 116382511 . A T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4427;QD=57.545;RBI=0.0306013;REFB=0;REVB=0.0303323;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347826;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 116382778 . T C 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0549686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6284;QD=60.2416;RBI=0.0584093;REFB=-0.131591;REVB=0.0197509;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00204106;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:43:39:0:0:43:39:0:1 chr1 116383300 . T C 272.23 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9559;QD=51.853;RBI=0.0536935;REFB=0;REVB=-0.0515321;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235533;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 116384090 . G A 1499.82 PASS AF=1;AO=79;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.341;QD=63.1501;RBI=0.0380743;REFB=0;REVB=-0.00445401;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267103;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:79:95:1:48:31:0:0:50:45:0:0 chr1 116384580 . C T 534.76 PASS AF=0.5;AO=55;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.029958;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4209;QD=19.0987;RBI=0.0546452;REFB=-0.0306749;REVB=0.0457013;RO=57;SAF=33;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133563;STB=0.581261;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0315491;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:56:55:56:0.5:22:33:26:31:22:34:25:31 chr1 116384773 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00253851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.289;QD=17.4329;RBI=0.0344327;REFB=-0.00174503;REVB=0.034339;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112801;STB=0.501014;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0019735;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:36:37:0.4625:18:18:21:22:19:18:21:22 chr1 116385122 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.011853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.369;QD=12.9748;RBI=0.0214236;REFB=-0.0252601;REVB=-0.0178459;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167999;STB=0.599822;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0271832;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:7:11:9:3:7:11 chr1 116385171 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0066181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.454;QD=13.4417;RBI=0.0396591;REFB=0.000926611;REVB=0.039103;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177933;STB=0.603583;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000428472;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:3:10:6:4:3:10 chr1 116385288 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00116524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.937;QD=20.1593;RBI=0.00127628;REFB=0.00285285;REVB=-0.000520681;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330708;STB=0.687265;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0045143;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:10:4:11:5:10:4 chr1 116385309 . C A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.000370696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5864;QD=15.6507;RBI=0.00449367;REFB=0.00537517;REVB=0.00447835;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218022;STB=0.637413;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00623597;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:6:9:8:13:6:10:8:13 chr1 116385467 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0137661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.24;QD=15.7003;RBI=0.0362793;REFB=-0.00214081;REVB=0.0335661;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136089;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00296564;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:11:4:7:11:11:4:7:12 chr1 116386105 . G A 712.81 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=164;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=19;FWDB=-0.00326032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.943;QD=17.3855;RBI=0.0546554;REFB=-0.0128828;REVB=-0.0545581;RO=87;SAF=38;SAR=38;SRF=69;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285049;STB=0.652403;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0161451;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:88:76:76:0.463415:38:38:69:18:38:38:69:19 chr1 116386139 . G A 3307.76 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077654;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7333;QD=60.6929;RBI=0.0983011;REFB=0;REVB=0.060274;RO=0;SAF=120;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148614;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:202:218:0:0:202:218:1:82:120:0:0:94:124:0:0 chr1 116386243 . C T 1251.2 PASS AF=0.504;AO=126;DP=253;FAO=126;FDP=250;FR=.;FRO=124;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.00619932;FXX=0.0118572;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.501;QD=20.0192;RBI=0.0213686;REFB=0.00354037;REVB=-0.0204496;RO=127;SAF=45;SAR=81;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110621;STB=0.55367;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.026508;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:250:127:124:126:126:0.504:81:45:60:67:81:45:57:67 chr1 116386244 . C T 1269.97 PASS AF=0.497992;AO=124;DP=249;FAO=124;FDP=249;FR=.;FRO=125;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=45;FSRR=80;FWDB=-0.0130075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.229;QD=20.4011;RBI=0.0138335;REFB=-0.0256472;REVB=-0.00470843;RO=125;SAF=57;SAR=67;SRF=45;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926542;STB=0.550771;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00744138;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:125:125:124:124:0.497992:67:57:45:80:67:57:45:80 chr1 116534852 . C T 916.3 PASS AF=0.505556;AO=91;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.00240965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.244;QD=20.3622;RBI=0.0168418;REFB=-0.018509;REVB=0.0166685;RO=89;SAF=43;SAR=48;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616821;STB=0.533859;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0195462;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:89:89:91:91:0.505556:48:43:36:53:48:43:36:53 chr1 116569530 . G C 2293.22 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.298;QD=63.7007;RBI=0.0317588;REFB=0;REVB=0.0302642;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91053e-05;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:65:79:0:0:65:79:0:0 chr1 116609185 . G A 1036.61 PASS AF=0.55;AO=98;DP=178;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00913018;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.976;QD=23.0357;RBI=0.0162578;REFB=-0.00773954;REVB=0.013452;RO=80;SAF=56;SAR=42;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594985;STB=0.532602;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00692169;OID=.;OPOS=116609185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:80:81:98:99:0.55:42:56:40:40:43:56:40:41 chr1 116610388 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2991;QD=59.6787;RBI=0.0255313;REFB=0;REVB=0.0229907;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95714e-05;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr1 116670774 . A G 86.98 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.011187;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.242;QD=11.2234;RBI=0.0261855;REFB=-0.0135334;REVB=0.0236755;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252542;STB=0.650891;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0170496;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:12:8:7:4:12:8 chr1 116769830 . A C 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0474514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1037;QD=30.2996;RBI=0.0499178;REFB=-0.00775057;REVB=0.0154971;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150042;STB=0.582426;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00612268;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:19:11:10:7:19:11:10:7 chr1 117037377 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0116454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.957;QD=14.7344;RBI=0.0194804;REFB=0.00451828;REVB=-0.0156164;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093833;STB=0.553153;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00658613;OID=.;OPOS=117037377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:14:22:14:13:14:22 chr1 117102649 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0245444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4312;QD=14.2614;RBI=0.0362926;REFB=-0.0195646;REVB=0.0267343;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0297769;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:9:15:10:6:9:15 chr1 117131671 . C T 146.24 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00599637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.688;QD=13.2949;RBI=0.00638238;REFB=-0.00714442;REVB=-0.00218592;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396174;STB=0.724151;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0103384;OID=.;OPOS=117131671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:15:17:0.386364:5:10:7:18:5:12:9:18 chr1 117142613 . C T 112.37 PASS AF=0.225;AO=17;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00875328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.229;QD=5.61842;RBI=0.0106781;REFB=-0.00752138;REVB=0.0061157;RO=62;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645637;STB=0.519752;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.043405;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:62:62:17:18:0.225:9:8:26:36:10:8:26:36 chr1 117142641 . G A 273.4 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=123;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0212079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.105;QD=8.891;RBI=0.0221418;REFB=-0.0124749;REVB=-0.00636287;RO=86;SAF=13;SAR=24;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992426;STB=0.558367;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0382802;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:86:37:37:0.300813:24:13:37:49:24:13:37:49 chr1 117142700 . C A 750.8 PASS AF=0.419689;AO=79;DP=192;FAO=81;FDP=193;FR=.;FRO=112;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.00121011;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.149;QD=15.5605;RBI=0.0212985;REFB=-0.014603;REVB=0.021264;RO=112;SAF=32;SAR=47;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727968;STB=0.531514;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0210662;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:112:112:79:81:0.419689:47:32:53:59:47:34:53:59 chr1 117142736 . A G 1090.69 PASS AF=0.536458;AO=103;DP=192;FAO=103;FDP=192;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0113242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.818;QD=22.7228;RBI=0.0113666;REFB=-0.00535191;REVB=0.000980408;RO=89;SAF=36;SAR=67;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167017;STB=0.591407;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00494243;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:89:89:103:103:0.536458:67:36:48:41:67:36:48:41 chr1 117142855 . C T 795.79 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00177959;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.708;QD=27.6795;RBI=0.00600386;REFB=-0.0577585;REVB=-0.00573405;RO=30;SAF=37;SAR=31;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630593;STB=0.503077;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0164021;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:30:38:68:68:0.591304:31:37:13:17:31:37:21:17 chr1 117142868 . CA TG 593.95 PASS AF=0.581633;AO=56;DP=101;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0212725;FXX=0.0392118;HRUN=3;LEN=2;MLLD=170.054;QD=24.2428;RBI=0.02404;REFB=-0.0128509;REVB=0.0111984;RO=31;SAF=32;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079312;STB=0.500182;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0089894;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:31:41:56:57:0.581633:24:32:14:17:25:32:23:18 chr1 117146504 . G A 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0223555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.898;QD=2.55002;RBI=0.0223644;REFB=-0.00428983;REVB=0.000630948;RO=66;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143207;STB=0.603233;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0252258;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:66:66:10:10:0.131579:7:3:27:39:7:3:27:39 chr1 117150720 . C G 279.73 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.016483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.539;QD=16.953;RBI=0.0257077;REFB=-0.00442729;REVB=0.019728;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284231;STB=0.631078;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00920068;OID=.;OPOS=117150720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:33:35:30:31:0.469697:10:20:12:21:11:20:14:21 chr1 117150928 . C T 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0298737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.117;QD=15.3556;RBI=0.0322312;REFB=-0.0154261;REVB=0.0121001;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194108;STB=0.608978;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0203321;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:16:17:31:13:16:17:31:13 chr1 117150933 . G A 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.00427195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.198;QD=15.2182;RBI=0.0134699;REFB=-0.026581;REVB=0.0127745;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211615;STB=0.623795;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0146586;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:41:31:31:0.430556:15:16:29:11:15:16:30:11 chr1 117156459 . C T 293.93 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0224578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0531;QD=12.642;RBI=0.0240807;REFB=0.00980186;REVB=-0.00869054;RO=59;SAF=12;SAR=22;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158226;STB=0.591033;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0173917;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:22:12:29:30:22:12:29:30 chr1 117156490 . T C 274.89 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0242549;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.541;QD=9.99606;RBI=0.0461418;REFB=-0.00937066;REVB=-0.0392526;RO=74;SAF=12;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199648;STB=0.616286;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0330104;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:74:74:36:36:0.327273:24:12:37:37:24:12:37:37 chr1 117156584 . TG CA 136.03 PASS AF=0.211538;AO=21;DP=105;FAO=22;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.025816;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.578;QD=5.23198;RBI=0.0556026;REFB=-0.0174449;REVB=-0.0492462;RO=56;SAF=7;SAR=14;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455014;STB=0.645086;STBP=0.124;TYPE=mnp;VARB=0.0595786;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:56:82:21:22:0.211538:14:7:41:15:14:8:45:37 chr1 117156600 . T C 64.07 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0348362;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.424;QD=2.615;RBI=0.0422732;REFB=-0.0020076;REVB=-0.0239471;RO=84;SAF=7;SAR=6;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181712;STB=0.507874;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0181522;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:99:98:84:85:13:13:0.132653:6:7:44:40:6:7:45:40 chr1 117311147 . C A 1116.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8911;QD=60.3657;RBI=0.0372962;REFB=0;REVB=0.0109744;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr1 117487710 . AT GA 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460831;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.342;QD=57.6807;RBI=0.00902624;REFB=0;REVB=0.00776122;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.07029e-05;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr1 117529458 . G A 401.66 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0248274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.074;QD=13.5012;RBI=0.0283708;REFB=-0.00894191;REVB=0.0137296;RO=72;SAF=25;SAR=22;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254201;STB=0.514382;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0126186;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:72:47:47:0.394958:22:25:40:32:22:25:40:32 chr1 117530273 . A G 266.82 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0442847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3553;QD=20.1377;RBI=0.0773434;REFB=-0.00993262;REVB=-0.0634103;RO=25;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178305;STB=0.599639;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.010386;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:19:9:13:12:19:9:13:12 chr1 117554421 . A G 299.34 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0116598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.39;QD=15.9648;RBI=0.0254234;REFB=-0.0158231;REVB=-0.0225921;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762793;STB=0.536029;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0231585;OID=.;OPOS=117554421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:41:32:34:0.453333:16:16:22:16:18:16:22:19 chr1 117559726 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.964;QD=64.1539;RBI=0.0204021;REFB=0;REVB=0.0203269;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49773e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr1 117560818 . A G 133.5 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0179951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3205;QD=15.7055;RBI=0.0188673;REFB=-0.0048852;REVB=-0.00567034;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241819;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00352058;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:8:11:5:10:8:11 chr1 117602960 . C A 940.79 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0704053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8055;QD=57.0174;RBI=0.0957779;REFB=-0.118879;REVB=0.0649345;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00373677;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:1:0:40:25:1:0 chr1 117617705 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.957;QD=55.0979;RBI=0.052242;REFB=0;REVB=-0.0513416;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158137;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 117618067 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.445;QD=49.599;RBI=0.0150981;REFB=0;REVB=0.0110178;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04295e-05;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr1 117715026 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.926;QD=60.2307;RBI=0.019772;REFB=0;REVB=0.0095984;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07358e-05;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr1 117785931 . G A,T 435.52 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=28,3;DP=31;FAO=28,3;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129842,0.0156402;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.965,36.8169;QD=56.1967;RBI=0.0231404,0.0160548;REFB=0,0;REVB=0.0231039,0.00362519;RO=0;SAF=19,1;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00306726,0.0316842;OID=.,.;OPOS=117785931,117785931;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:31:31:0:0:28,3:28,3:0.903226,0.0967742:9,2:19,1:0:0:9,2:19,1:0:0 chr1 117785979 . T C 262.37 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0314639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4944;QD=47.7029;RBI=0.0648512;REFB=4.77506e-05;REVB=0.0567071;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000742917;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr1 118165691 . C T 534.79 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0317265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.465;QD=23.507;RBI=0.0334446;REFB=-0.0169668;REVB=-0.0105814;RO=41;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159609;STB=0.508768;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0132447;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:29:21:18:23:29:21:18:23 chr1 118165973 . C T 590.61 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0129697;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.025;QD=18.1726;RBI=0.0177732;REFB=-0.00544387;REVB=0.0121522;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1035;STB=0.557358;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00597822;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:67:69:61:61:0.469231:27:34:30:37:27:34:31:38 chr1 118166096 . C T 584.82 PASS AF=0.455882;AO=60;DP=135;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.0137552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.303;QD=17.2007;RBI=0.0165292;REFB=-0.0171205;REVB=0.00916575;RO=74;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104662;STB=0.566155;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0235232;OID=.;OPOS=118166096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:74:74:60:62:0.455882:31:29:28:46:31:31:28:46 chr1 118166750 . A G 124.79 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0149557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4056;QD=17.8272;RBI=0.0589127;REFB=-0.0148084;REVB=0.0569827;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866803;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0198978;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:4:10:11:3:4:10 chr1 118166877 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0177218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.588;QD=19.4397;RBI=0.0226088;REFB=-0.0105431;REVB=-0.0140392;RO=29;SAF=5;SAR=26;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490257;STB=0.775921;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126444;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:26:5:19:10:26:5:19:10 chr1 118167199 . A G 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0109545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.836;QD=21.1854;RBI=0.017006;REFB=0.00356809;REVB=0.0130078;RO=46;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376765;STB=0.520825;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00318568;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:23:25:22:24:23:25:22:24 chr1 118168234 . C T 298.99 PASS AF=0.229885;AO=18;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00292137;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.225;QD=13.7465;RBI=0.0283339;REFB=0.00188148;REVB=0.0281829;RO=53;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364708;STB=0.502887;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00424737;OID=.;OPOS=118168234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:87:87:53:52:18:20:0.229885:10:8:22:31:12:8:21:31 chr1 118168804 . T TC 136.61 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0239645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.7086;QD=21.0162;RBI=0.04394;REFB=0.0410862;REVB=0.0368297;RO=9;SAF=14;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470477;STB=0.526284;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=-0.0159892;OID=.;OPOS=118168805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:17:26:17:26:9:14:3:7:2:52:9:14:3:7:2 chr1 118168826 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0135426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.385;QD=10.5421;RBI=0.0151434;REFB=-0.00782132;REVB=-0.0067764;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319509;STB=0.509417;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0141032;OID=.;OPOS=118168826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:2:9:16:4:2:9:17:4 chr1 118169463 . G A 144.9 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0163569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.133;QD=10.1682;RBI=0.0178257;REFB=-0.00327347;REVB=-0.00708578;RO=38;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258516;STB=0.65555;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00731654;OID=.;OPOS=118169463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:16:3:12:26:16:3:12:26 chr1 118170466 . CTG C 33.62 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0650329;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.505;QD=19.2086;RBI=0.0675057;REFB=-0.0789031;REVB=-0.0181035;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210252;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=0.0374053;OID=.;OPOS=118170467;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:4:6:5:7:2:1:4:0:2:10:2:1:3:0:2 chr1 118530796 . C T 330.06 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00250172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.66;QD=18.3366;RBI=0.0134075;REFB=0.00303157;REVB=0.013172;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742313;STB=0.541378;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00245231;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:22:15:17:18:22:15 chr1 118537074 . A G 1926.33 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.215;QD=61.6427;RBI=0.00638684;REFB=0;REVB=0.00602793;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6433e-05;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:120:125:1:65:55:0:0:68:57:0:0 chr1 118624123 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.898;QD=62.0078;RBI=0.0386348;REFB=0;REVB=-0.0140766;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80615e-05;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 118629599 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.745;QD=60.5473;RBI=0.0203214;REFB=0;REVB=0.0202813;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62714e-05;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr1 118644430 . A G 1350.27 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268738;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4271;QD=62.8032;RBI=0.028712;REFB=0;REVB=0.0101083;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689693;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr1 118657952 . C T 1751.65 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.516;QD=59.8856;RBI=0.0119788;REFB=0.0773905;REVB=0.000176781;RO=0;SAF=39;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49548e-08;STB=0.506328;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000150084;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:116:116:0.991453:77:39:0:0:77:39:1:0 chr1 118807059 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.328;QD=59.5018;RBI=0.0162378;REFB=0;REVB=0.00250922;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37435e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr1 119427454 . G A 534.78 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00168321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.234;QD=23.5066;RBI=0.0101603;REFB=-0.0186554;REVB=-0.0100199;RO=41;SAF=26;SAR=24;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205642;STB=0.612522;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0193392;OID=.;OPOS=119427454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:24:26:11:30:24:26:11:30 chr1 120057158 . C T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00942458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.64;QD=16.1951;RBI=0.020569;REFB=-0.00292349;REVB=-0.0182828;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142928;STB=0.580599;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00424771;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:23:13:23:23:23:13:23:23 chr1 120057246 . C A 233.4 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0246758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0301;QD=16.9749;RBI=0.0876562;REFB=-0.023673;REVB=-0.0841114;RO=28;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346454;STB=0.692741;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0229572;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:22:4:12:16:22:4:12:17 chr1 120164738 . C T 1496.74 PASS AF=0.97;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0113337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1441;QD=59.8697;RBI=0.0227727;REFB=-0.135133;REVB=0.019752;RO=3;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781154;STB=0.504239;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00399844;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:100:3:3:96:97:0.97:51:45:1:2:51:46:1:2 chr1 120166681 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000719899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.5;QD=51.9167;RBI=0.00360341;REFB=0;REVB=-0.00353077;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16685e-05;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 120267505 . C G 313.93 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0101765;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8162;QD=19.3186;RBI=0.0243891;REFB=-0.0290773;REVB=0.0221646;RO=31;SAF=10;SAR=23;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279353;STB=0.66336;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0159239;OID=.;OPOS=120267505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:23:10:19:12:23:10:20:12 chr1 120267544 . C T 173.66 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0153547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9266;QD=12.8633;RBI=0.032984;REFB=-0.0138739;REVB=-0.0291921;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395005;STB=0.729208;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0419666;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:33:21:21:0.388889:7:14:8:22:7:14:9:24 chr1 120267597 . GC G 416.39 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.235852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7422;QD=45.0147;RBI=0.244405;REFB=0;REVB=-0.0640928;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.298411;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0108116;OID=.;OPOS=120267598;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:37:37:0:15:22:0:0:7:0:15:22:0:0 chr1 120285546 . G A 783.44 PASS AF=0.425;AO=84;DP=199;FAO=85;FDP=200;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0089108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.773;QD=15.6689;RBI=0.030324;REFB=-0.0124658;REVB=-0.0289853;RO=115;SAF=48;SAR=36;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520024;STB=0.524958;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0185301;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:115:115:84:85:0.425:36:48:60:55:37:48:60:55 chr1 120291724 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0052329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.033;QD=14.5587;RBI=0.0112731;REFB=-0.0148269;REVB=0.00998499;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101043;STB=0.557334;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0221391;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:21:14:13:13:21:14 chr1 120378678 . C T 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0277164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7736;QD=59.7161;RBI=0.0316822;REFB=-0.0024949;REVB=-0.015348;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000257941;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:36:43:0:0:36:43:0:1 chr1 120384205 . A G 1452.67 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.605;QD=63.1597;RBI=0.0369809;REFB=0;REVB=-0.0219983;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94521e-05;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr1 120387120 . G A 497.7 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0544485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.479;QD=15.1968;RBI=0.0551596;REFB=0.00675793;REVB=0.00882815;RO=75;SAF=20;SAR=35;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010732;STB=0.502993;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0100546;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:76:55:55:0.419847:35:20:28:47:35:20:28:48 chr1 120539331 . C T 892.61 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0129705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.608;QD=22.5977;RBI=0.0131914;REFB=-0.0124112;REVB=0.00240388;RO=71;SAF=52;SAR=35;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410357;STB=0.522412;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00993261;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:71:71:87:87:0.550633:35:52:39:32:35:52:39:32 chr1 120611830 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0380363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6927;QD=20.2093;RBI=0.0886569;REFB=-0.00483455;REVB=0.0800829;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0080135;OID=.;OPOS=120611830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:4:6:8:5:4:6 chr1 120611876 . C T 153.41 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0244812;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.588;QD=21.1594;RBI=0.0249522;REFB=-0.00670528;REVB=0.00482535;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058655;STB=0.545398;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00456637;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:15:16:0.551724:7:8:6:7:7:9:6:7 chr1 120611964 . G C 169.18 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=26;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0337349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.429;QD=24.168;RBI=0.0425741;REFB=-0.0250128;REVB=0.0259713;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780516;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0185172;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:28:11:11:15:17:0.607143:8:7:4:7:10:7:4:7 chr1 120612006 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00148395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.8872;QD=14.0436;RBI=0.00270651;REFB=0.0577918;REVB=-0.00226343;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0141887;OID=.;OPOS=120612006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr1 121116688 . A G 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0210097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7394;QD=20.6461;RBI=0.0321167;REFB=0.0177202;REVB=0.0242914;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108405;STB=0.559892;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00656177;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:19:21:24:13:19:21:24:13 chr1 121116733 . A G 264.86 PASS AF=0.329897;AO=31;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0133081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.615;QD=10.9219;RBI=0.0133145;REFB=-0.00569848;REVB=-0.000412652;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275478;STB=0.580424;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0128169;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:65:31:32:0.329897:12:19:33:23:12:20:33:32 chr1 143879895 . G A 36.22 PASS AF=0.0764331;AO=12;DP=157;FAO=12;FDP=157;FR=.;FRO=145;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=85;FWDB=-0.0202062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.758;QD=0.922715;RBI=0.0389976;REFB=0.000295954;REVB=-0.0333545;RO=141;SAF=6;SAR=6;SRF=60;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839269;STB=0.579489;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00416256;OID=.;OPOS=143879895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:157:157:141:145:12:12:0.0764331:6:6:60:81:6:6:60:85 chr1 144014051 . G A 193.88 PASS AF=0.23622;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0121515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.57;QD=6.10659;RBI=0.0133518;REFB=-0.0021374;REVB=0.00553282;RO=97;SAF=16;SAR=14;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099612;STB=0.560629;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00809698;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:97:97:30:30:0.23622:14:16:44:53:14:16:44:53 chr1 144014068 . T C 658.34 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00753929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.884;QD=24.6107;RBI=0.0180472;REFB=-0.0152741;REVB=0.0163969;RO=44;SAF=30;SAR=33;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682155;STB=0.537141;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0198511;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:44:63:63:0.588785:33:30:17:27:33:30:17:27 chr1 144534038 . A G 170.48 PASS AF=0.162562;AO=33;DP=203;FAO=33;FDP=203;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=103;FSRR=67;FWDB=-0.0343678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.131;QD=3.35915;RBI=0.0438545;REFB=0.000828831;REVB=-0.027241;RO=170;SAF=13;SAR=20;SRF=103;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267197;STB=0.67217;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00525004;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:170:170:33:33:0.162562:20:13:103:67:20:13:103:67 chr1 144534045 . T C 2014.13 PASS AF=0.743119;AO=160;DP=217;FAO=162;FDP=218;FR=.;FRO=56;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=-0.00127205;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.861;QD=36.9565;RBI=0.022169;REFB=-0.0272857;REVB=0.0221325;RO=56;SAF=87;SAR=73;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111104;STB=0.560144;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0118937;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:56:56:160:162:0.743119:73:87:43:13:75:87:43:13 chr1 144534076 . G A 781.31 PASS AF=0.320755;AO=101;DP=320;FAO=102;FDP=318;FR=.;FRO=216;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=144;FSRR=72;FWDB=0.00163804;FXX=0.0062498;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.483;QD=9.82779;RBI=0.00623378;REFB=0.00232837;REVB=-0.00601472;RO=217;SAF=45;SAR=56;SRF=144;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255132;STB=0.649809;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0067468;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:318:217:216:101:102:0.320755:56:45:144:73:57:45:144:72 chr1 144534082 . TC CT,TT 4276.27 PASS AF=0.200599,0.724551;AO=67,229;DP=334;FAO=67,242;FDP=334;FR=.;FRO=25;FSAF=38,150;FSAR=29,92;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00318042,-0.00128565;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=215.993,47.8438;QD=51.2128;RBI=0.0229888,0.0182781;REFB=0.0107908,-0.018038;REVB=-0.0227677,0.0182329;RO=26;SAF=38,143;SAR=29,86;SRF=7;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154326,0.0718211;STB=0.588361,0.537059;STBP=0.01,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00153414,0.0320791;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:334:334:26:25:67,229:67,242:0.200599,0.724551:29,86:38,143:7:19:29,92:38,150:6:19 chr1 144534084 . C G 43.24 PASS AF=0.0680473;AO=19;DP=337;FAO=23;FDP=338;FR=.;FRO=315;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=187;FSRR=128;FWDB=-0.00486815;FXX=0.0087974;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.18;QD=0.511668;RBI=0.00972613;REFB=-0.00068381;REVB=-0.00842014;RO=312;SAF=3;SAR=16;SRF=184;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426259;STB=0.79018;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.168966;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:337:338:312:315:19:23:0.0680473:16:3:184:128:17:6:187:128 chr1 144534092 . G A 3327.31 PASS AF=0.719251;AO=268;DP=374;FAO=269;FDP=374;FR=.;FRO=105;FSAF=134;FSAR=135;FSRF=72;FSRR=33;FWDB=0.00940299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.527;QD=35.5862;RBI=0.0206737;REFB=-0.0123446;REVB=0.0184116;RO=83;SAF=133;SAR=135;SRF=62;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111582;STB=0.552637;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00951259;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:83:105:268:269:0.719251:135:133:62:21:135:134:72:33 chr1 144534096 . T C 3295.55 PASS AF=0.699482;AO=270;DP=391;FAO=270;FDP=386;FR=.;FRO=116;FSAF=138;FSAR=132;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=-0.00438255;FXX=0.0127874;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.671;QD=34.1508;RBI=0.00789716;REFB=-0.00144122;REVB=0.0065695;RO=109;SAF=138;SAR=132;SRF=72;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808123;STB=0.532992;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000700894;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:386:109:116:270:270:0.699482:132:138:72:37:132:138:72:44 chr1 144534186 . TCG T 477.74 PASS AF=0.182365;AO=79;DP=508;FAO=91;FDP=499;FR=.;FRO=408;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=193;FSRR=215;FWDB=-0.00668282;FXX=0.0177162;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.735;QD=3.82959;RBI=0.00924235;REFB=-0.000167192;REVB=-0.00638443;RO=389;SAF=46;SAR=33;SRF=186;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135123;STB=0.571256;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.000295552;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.182365:79:508:91:499:408:51:40:193:215:99:389:46:33:186:203 chr1 144615138 . T G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000864646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.977;QD=30.7903;RBI=0.0243225;REFB=-0.0121987;REVB=0.0243071;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.666169;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00223519;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:0:1:1:7:0:1 chr1 144617251 . A G 282.95 PASS AF=0.421053;AO=33;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0123987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.282;QD=14.8919;RBI=0.037492;REFB=-0.028026;REVB=-0.0353825;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560859;STB=0.539449;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0328207;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:33:32:0.421053:17:16:18:24:16:16:19:25 chr1 144618123 . C T 141.46 PASS AF=0.16875;AO=27;DP=160;FAO=27;FDP=160;FR=.;FRO=133;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=0.0236117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.293;QD=3.53649;RBI=0.0241402;REFB=-0.00608875;REVB=-0.00502352;RO=133;SAF=15;SAR=12;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472514;STB=0.530703;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.020281;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:133:133:27:27:0.16875:12:15:69:64:12:15:69:64 chr1 144618144 . A G 1607.3 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00260267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.174;QD=58.9835;RBI=0.0403525;REFB=0.041014;REVB=0.0402685;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797715;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-5.47899e-05;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:48:59:1:0:48:60:1:0 chr1 144619346 . G A 1153.09 PASS AF=0.987179;AO=66;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00892542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.021;QD=59.1328;RBI=0.0613454;REFB=-0.0127658;REVB=0.0606926;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.50704;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000715122;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:66:77:0.987179:36:30:1:0:42:35:1:0 chr1 144619354 . C T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00877577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.635;QD=19.8665;RBI=0.00879921;REFB=-0.00911607;REVB=-0.000641822;RO=43;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300299;STB=0.506846;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00733686;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:45:44:44:0.494382:26:18:19:24:26:18:19:26 chr1 144811805 . T G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00129676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5561;QD=19.134;RBI=0.00129676;REFB=0.0382388;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0176367;OID=.;OPOS=144811805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr1 144811823 . A C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0236237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5315;QD=16.1189;RBI=0.0236262;REFB=0.00839771;REVB=0.000345577;RO=13;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38779;STB=0.732834;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00682512;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:1:11:9:4:1:11:9:4 chr1 144811827 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0156961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.938;QD=14.6655;RBI=0.0189015;REFB=0.013143;REVB=-0.0105309;RO=21;SAF=14;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533082;STB=0.822958;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00445276;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:1:14:13:8:1:14:13:8 chr1 144811836 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00568836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.693;QD=54.8829;RBI=0.0206566;REFB=-0.0463006;REVB=0.019858;RO=1;SAF=41;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113584;STB=0.506022;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00291087;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:13:41:1:0:13:41:1:0 chr1 144811856 . G A 63.92 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=33;FWDB=0.00691233;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.767;QD=2.30349;RBI=0.0309536;REFB=-0.00160342;REVB=0.0301719;RO=89;SAF=9;SAR=5;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593221;STB=0.516243;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0108706;OID=.;OPOS=144811856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:111:111:89:97:14:14:0.126126:5:9:61:28:5:9:64:33 chr1 144811924 . T G 3174.49 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271886;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4212;QD=63.8089;RBI=0.0428928;REFB=0.0244705;REVB=-0.0428065;RO=0;SAF=129;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191863;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:0:0:199:199:1:70:129:0:0:70:129:0:0 chr1 144828764 . GA TT 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00288657;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.758;QD=1.76266;RBI=0.00480058;REFB=-0.00216998;REVB=0.00383579;RO=70;SAF=1;SAR=7;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485708;STB=0.874064;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0164104;OID=.;OPOS=144828764;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:7:1:38:32:7:1:38:32 chr1 144828784 . A G 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0158632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8276;QD=1.84565;RBI=0.0163861;REFB=0.00127065;REVB=0.00410663;RO=68;SAF=1;SAR=7;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478435;STB=0.868188;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0117104;OID=.;OPOS=144828784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:7:1:36:32:7:1:36:32 chr1 144852390 . C T 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00210946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.285;QD=6.90926;RBI=0.0021774;REFB=-0.00157004;REVB=-0.000539657;RO=49;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248212;STB=0.652722;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00821834;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:12:5:24:25:12:5:24:25 chr1 144852476 . TG CA,CG 247.3 PASS AF=0.0967742,0.370968;AO=6,23;DP=62;FAO=6,23;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=1,8;FSAR=5,15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.002033,-0.00992565;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=169.826,125.115;QD=15.9551;RBI=0.0226642,0.0105816;REFB=0.000686436,-0.00558096;REVB=-0.0225729,-0.0036678;RO=32;SAF=1,8;SAR=5,15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.417551,-0.160624;STB=0.793339,0.58434;STBP=0.179,0.314;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0115727,0.0067379;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:62:62:32:33:6,23:6,23:0.0967742,0.370968:5,15:1,8:16:16:5,15:1,8:16:17 chr1 144854180 . T C 635.62 PASS AF=0.251989;AO=95;DP=377;FAO=95;FDP=377;FR=.;FRO=282;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=130;FSRR=152;FWDB=-0.00597259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.719;QD=6.74397;RBI=0.00607239;REFB=-0.0103602;REVB=-0.00109637;RO=282;SAF=55;SAR=40;SRF=130;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14805;STB=0.587955;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0271347;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:282:282:95:95:0.251989:40:55:130:152:40:55:130:152 chr1 144854528 . A G 358.89 PASS AF=0.308725;AO=46;DP=149;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=70;FWDB=-0.00621981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.799;QD=9.6346;RBI=0.00708677;REFB=-0.0106734;REVB=0.00339652;RO=103;SAF=21;SAR=25;SRF=33;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166771;STB=0.596373;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0201467;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:103:103:46:46:0.308725:25:21:33:70:25:21:33:70 chr1 144854537 . T C 455.78 PASS AF=0.329545;AO=57;DP=175;FAO=58;FDP=176;FR=.;FRO=118;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=81;FWDB=0.000287488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.584;QD=10.3587;RBI=0.00601;REFB=-0.0217754;REVB=0.00600312;RO=115;SAF=28;SAR=29;SRF=35;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219985;STB=0.62496;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0387975;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:115:118:57:58:0.329545:29:28:35:80:29:29:37:81 chr1 144854581 . T C 153.39 PASS AF=0.135135;AO=35;DP=259;FAO=35;FDP=259;FR=.;FRO=224;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=88;FSRR=136;FWDB=0.048621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.869;QD=2.36896;RBI=0.056121;REFB=-0.00618724;REVB=-0.0280281;RO=224;SAF=15;SAR=20;SRF=88;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469597;STB=0.5318;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0357363;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:224:224:35:35:0.135135:20:15:88:136:20:15:88:136 chr1 144854594 . G T 184.35 PASS AF=0.147059;AO=40;DP=272;FAO=40;FDP=272;FR=.;FRO=232;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=90;FSRR=142;FWDB=-0.0263152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.236;QD=2.71098;RBI=0.0291079;REFB=-0.0106667;REVB=-0.0124409;RO=232;SAF=20;SAR=20;SRF=90;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145098;STB=0.595542;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0449393;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:232:232:40:40:0.147059:20:20:90:142:20:20:90:142 chr1 144854597 . T C 1461.47 PASS AF=0.665094;AO=104;DP=270;FAO=141;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0187038;FXX=0.223435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.639;QD=27.5749;RBI=0.0189515;REFB=-0.0602255;REVB=0.00305399;RO=68;SAF=50;SAR=54;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104807;STB=0.550989;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.049737;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:212:68:70:104:141:0.665094:54:50:23:45:71:70:24:46 chr1 144854608 . T G 196.5 PASS AF=0.146853;AO=42;DP=286;FAO=42;FDP=286;FR=.;FRO=244;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=99;FSRR=145;FWDB=0.0143524;FXX=0.0034842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7601;QD=2.74825;RBI=0.0293215;REFB=-0.00574719;REVB=0.0255687;RO=243;SAF=10;SAR=32;SRF=98;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238338;STB=0.663286;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0335907;OID=.;OPOS=144854608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:243:244:42:42:0.146853:32:10:98:145:32:10:99:145 chr1 144855782 . C T 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0458452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.188;QD=2.4599;RBI=0.0564764;REFB=-0.00501482;REVB=-0.0329819;RO=62;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453958;STB=0.806189;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0395701;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:3:6:17:45:3:6:17:45 chr1 144855812 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0179912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.888;QD=12.8367;RBI=0.0186221;REFB=-0.00713122;REVB=0.00480616;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230005;STB=0.630045;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00954941;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:15:10:8:31:15:10:8:31 chr1 144855866 . A G 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0216897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.456;QD=2.35119;RBI=0.0412846;REFB=-0.00563558;REVB=-0.035128;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109945;STB=0.581837;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.066618;OID=.;OPOS=144855866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:4:2:12:35:4:2:12:35 chr1 144863320 . T C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00704723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.292;QD=11.2146;RBI=0.0191091;REFB=-0.00144228;REVB=-0.0177622;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171651;STB=0.510191;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00328788;OID=.;OPOS=144863320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:16:17:8:8:16:17 chr1 144864143 . G A 123.83 PASS AF=0.196262;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0253877;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.85;QD=4.62924;RBI=0.0296911;REFB=-0.00783972;REVB=-0.0153956;RO=82;SAF=11;SAR=10;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161809;STB=0.509795;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0242463;OID=.;OPOS=144864143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:82:86:21:21:0.196262:10:11:44:38:10:11:44:42 chr1 144865850 . G T 1145.72 PASS AF=0.426117;AO=123;DP=290;FAO=124;FDP=291;FR=.;FRO=167;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=76;FSRR=91;FWDB=-0.00968705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.283;QD=15.7487;RBI=0.010056;REFB=-0.00349919;REVB=0.00269903;RO=167;SAF=58;SAR=65;SRF=76;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170908;STB=0.507297;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00475631;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:167:167:123:124:0.426117:65:58:76:91:66:58:76:91 chr1 144866643 . G A 293.49 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.000866444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.532;QD=10.2978;RBI=0.00996742;REFB=-0.0279249;REVB=0.00992969;RO=76;SAF=19;SAR=19;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151538;STB=0.508767;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0275829;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:76:76:38:38:0.333333:19:19:39:37:19:19:39:37 chr1 144866662 . T C 731.83 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00783542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.83;QD=30.1786;RBI=0.0120114;REFB=-0.0174977;REVB=-0.00910388;RO=35;SAF=38;SAR=24;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162505;STB=0.588127;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0114172;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:35:35:62:62:0.639175:24:38:13:22:24:38:13:22 chr1 144868170 . C T 417.96 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00951374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.535;QD=19.9029;RBI=0.0111705;REFB=-0.0100689;REVB=0.0058539;RO=41;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362718;STB=0.512405;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0154301;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:25:17:15:26:25:17:16:26 chr1 144871738 . C A 165.31 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.011886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.609;QD=6.54671;RBI=0.0279785;REFB=-0.0107721;REVB=-0.0253283;RO=77;SAF=12;SAR=12;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566217;STB=0.534625;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0492379;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:77:77:24:24:0.237624:12:12:42:35:12:12:42:35 chr1 144871755 . A T 76.99 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00324621;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.191;QD=3.71054;RBI=0.0187523;REFB=-0.00767716;REVB=-0.0184692;RO=69;SAF=1;SAR=13;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641743;STB=0.926341;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0633914;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:13:1:40:29:13:1:40:29 chr1 144871782 . A G 128.72 PASS AF=0.253333;AO=18;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0300341;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.247;QD=6.86506;RBI=0.0311626;REFB=-0.0145406;REVB=0.00831032;RO=56;SAF=3;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418359;STB=0.760301;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0302665;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:18:19:0.253333:15:3:26:30:16:3:25:31 chr1 144871829 . C T 46.04 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00878637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.653;QD=3.75876;RBI=0.00879395;REFB=-0.00496873;REVB=0.000365087;RO=41;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420582;STB=0.801671;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0306486;OID=.;OPOS=144871829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:49:49:41:41:8:8:0.163265:7:1:17:24:7:1:17:24 chr1 144873887 . C T 568.65 PASS AF=0.348259;AO=70;DP=201;FAO=70;FDP=201;FR=.;FRO=131;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=98;FSRR=33;FWDB=-0.000925069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1594;QD=11.3164;RBI=0.00460623;REFB=-0.011544;REVB=-0.00451238;RO=128;SAF=52;SAR=18;SRF=97;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225055;STB=0.504483;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0271002;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:128:131:70:70:0.348259:18:52:97:31:18:52:98:33 chr1 144874760 . T C 562.96 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00724706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.936;QD=18.0146;RBI=0.0255215;REFB=-0.0176029;REVB=-0.0244709;RO=66;SAF=34;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733167;STB=0.540704;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0215554;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:25:34:33:33:25:34:33:33 chr1 144874815 . T C 551.46 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0179939;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.326;QD=18.3818;RBI=0.0231816;REFB=-0.0212754;REVB=0.0146153;RO=62;SAF=37;SAR=21;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133282;STB=0.57396;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0207143;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:62:62:58:58:0.483333:21:37:31:31:21:37:31:31 chr1 144875979 . G C 163.35 PASS AF=0.210938;AO=27;DP=128;FAO=27;FDP=128;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00396243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.096;QD=5.10477;RBI=0.00777543;REFB=0.00169739;REVB=-0.00669003;RO=101;SAF=9;SAR=18;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185661;STB=0.616128;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0060162;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:101:101:27:27:0.210938:18:9:48:53:18:9:48:53 chr1 144877176 . C T 436.41 PASS AF=0.329412;AO=56;DP=170;FAO=56;FDP=170;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=0.00324306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.909;QD=10.2684;RBI=0.0117094;REFB=-0.00408035;REVB=-0.0112514;RO=113;SAF=32;SAR=24;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108864;STB=0.565633;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00751437;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:113:114:56:56:0.329412:24:32:54:59:24:32:54:60 chr1 144879085 . ATTTTT ATCTTC 157.85 PASS AF=0.202532;AO=15;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0245187;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=4;MLLD=270.338;QD=7.99243;RBI=0.024521;REFB=-0.017283;REVB=-0.000335865;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153744;STB=0.58199;STBP=0.465;TYPE=mnp;VARB=0.0172498;OID=.;OPOS=144879087;OREF=TTTT;OALT=CTTC;OMAPALT=ATCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202532:15:79:16:79:51:8:8:20:31:99:41:7:8:14:27 chr1 144879264 . A G 2990.22 PASS AF=0.994792;AO=172;DP=177;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.467;QD=62.2963;RBI=0.0608744;REFB=-0.120458;REVB=0.0474692;RO=1;SAF=79;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509076;STB=0.502415;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=9.42707e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:192:1:1:172:191:0.994792:93:79:0:1:103:88:0:1 chr1 144879375 . T C 534.72 PASS AF=0.388889;AO=63;DP=162;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0824993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3608;QD=13.203;RBI=0.0899163;REFB=-0.0052175;REVB=-0.0357604;RO=99;SAF=17;SAR=46;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167017;STB=0.594931;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00723717;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:99:99:63:63:0.388889:46:17:40:59:46:17:40:59 chr1 144879485 . G C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0750376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.408;QD=5.44276;RBI=0.076836;REFB=0.00265566;REVB=-0.0165267;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.576673;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0206857;OID=.;OPOS=144879485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:8:12:3:3:8:12 chr1 144880832 . T C 97.55 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0202706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.593;QD=3.98158;RBI=0.0215043;REFB=-0.00697727;REVB=-0.00717901;RO=81;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577633;STB=0.537852;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.051638;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:81:81:17:17:0.173469:10:7:37:44:10:7:37:44 chr1 144880864 . T A 197.04 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0241681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.687;QD=8.95635;RBI=0.0292507;REFB=-0.00464888;REVB=-0.0164774;RO=62;SAF=8;SAR=18;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237932;STB=0.641569;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0154465;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:26:26:0.295455:18:8:31:31:18:8:31:31 chr1 144882581 . A G 1183.98 PASS AF=0.556122;AO=108;DP=195;FAO=109;FDP=196;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0171777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1523;QD=24.1629;RBI=0.0176547;REFB=-0.0146349;REVB=0.00407642;RO=87;SAF=58;SAR=50;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035125;STB=0.520943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00997692;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:87:87:108:109:0.556122:50:58:43:44:50:59:43:44 chr1 144882823 . C T 604.37 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=-0.0176016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.065;QD=17.392;RBI=0.0176211;REFB=-0.0127255;REVB=-0.000827526;RO=75;SAF=13;SAR=50;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101896;STB=0.554631;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0158045;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:76:63:63:0.453237:50:13:21:54:50:13:21:55 chr1 144886197 . A T 485.39 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0179325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.506;QD=13.483;RBI=0.0186584;REFB=-0.0105168;REVB=0.00515406;RO=89;SAF=27;SAR=28;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575847;STB=0.532613;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0192597;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:89:55:55:0.381944:28:27:39:50:28:27:39:50 chr1 144892089 . G T 102.24 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00821889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2733;QD=9.08766;RBI=0.0342543;REFB=-0.00783266;REVB=-0.0332537;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264441;STB=0.516104;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0158827;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:19:13:5:8:19:13 chr1 144892149 . G A 123.16 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0163143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.439;QD=7.35252;RBI=0.0283255;REFB=-0.0184559;REVB=-0.0231554;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339626;STB=0.526997;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0445958;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:8:10:28:20:8:10:29:20 chr1 144912153 . A G 2731.62 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311962;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.83;QD=62.437;RBI=0.0294227;REFB=0;REVB=0.0292568;RO=0;SAF=89;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3072e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:175:0:0:172:175:1:83:89:0:0:86:89:0:0 chr1 144912233 . C T 447.53 PASS AF=0.357616;AO=54;DP=151;FAO=54;FDP=151;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00340141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.11;QD=11.855;RBI=0.00569291;REFB=0.00341382;REVB=0.00456505;RO=97;SAF=16;SAR=38;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279974;STB=0.66047;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00487782;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:97:97:54:54:0.357616:38:16:52:45:38:16:52:45 chr1 144915561 . G A 1079.79 PASS AF=0.482456;AO=110;DP=228;FAO=110;FDP=228;FR=.;FRO=118;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0111636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.014;QD=18.9437;RBI=0.0267087;REFB=-0.0138771;REVB=-0.0242637;RO=116;SAF=58;SAR=52;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00131928;STB=0.50096;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0161166;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:116:118:110:110:0.482456:52:58:61:55:52:58:62:56 chr1 144915624 . G A 866.38 PASS AF=0.319149;AO=60;DP=189;FAO=60;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.00446508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.613;QD=18.4337;RBI=0.0060644;REFB=-0.0188246;REVB=-0.00410366;RO=96;SAF=32;SAR=28;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476127;STB=0.523679;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0230955;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:96:95:60:60:0.319149:28:32:47:49:28:32:47:48 chr1 144916748 . C G 458.96 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.022419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9194;QD=18.3583;RBI=0.022501;REFB=-0.028716;REVB=0.00191923;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689655;STB=0.538445;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0301377;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:24:22:22:32:24:22:22:32 chr1 144917546 . A G 445.59 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.00780568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9069;QD=13.9247;RBI=0.00949064;REFB=-0.0224903;REVB=-0.00539848;RO=77;SAF=22;SAR=29;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08904;STB=0.550155;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0329549;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:51:51:0.398438:29:22:27:50:29:22:27:50 chr1 144917841 . T C 621.01 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0184015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.197;QD=18.0002;RBI=0.0198025;REFB=-0.0235921;REVB=0.00731578;RO=74;SAF=34;SAR=30;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172722;STB=0.595658;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0343474;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:30:34:26:48:30:34:26:48 chr1 144918957 . T A 593.57 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0213087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.157;QD=19.6221;RBI=0.0216309;REFB=-0.00931771;REVB=0.0037198;RO=60;SAF=24;SAR=37;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217435;STB=0.511998;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00974449;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:37:24:25:35:37:24:25:35 chr1 144921856 . C T 286.04 PASS AF=0.223881;AO=45;DP=202;FAO=45;FDP=201;FR=.;FRO=156;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=65;FSRR=91;FWDB=-0.00686098;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.068;QD=5.69233;RBI=0.012135;REFB=-0.0128296;REVB=-0.0100092;RO=157;SAF=31;SAR=14;SRF=65;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344472;STB=0.707672;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0337782;OID=.;OPOS=144921856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:157:156:45:45:0.223881:14:31:65:92:14:31:65:91 chr1 144921924 . G A 365.52 PASS AF=0.237288;AO=56;DP=237;FAO=56;FDP=236;FR=.;FRO=180;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=94;FSRR=86;FWDB=-0.00806953;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6482;QD=6.19517;RBI=0.0188742;REFB=-0.00963768;REVB=-0.0170621;RO=176;SAF=22;SAR=34;SRF=94;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178133;STB=0.598992;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0443589;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:176:180:56:56:0.237288:34:22:94:82:34:22:94:86 chr1 144922583 . G A 662.85 PASS AF=0.437126;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0230965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7376;QD=15.8766;RBI=0.0236512;REFB=-0.0042487;REVB=0.00509221;RO=94;SAF=39;SAR=34;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131403;STB=0.507326;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00398432;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:73:73:0.437126:34:39:49:45:34:39:49:45 chr1 144922593 . C T 325.62 PASS AF=0.282209;AO=46;DP=163;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.0201674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9543;QD=7.99066;RBI=0.0287368;REFB=-0.00670107;REVB=-0.0204715;RO=117;SAF=24;SAR=22;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998095;STB=0.50588;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0158946;OID=.;OPOS=144922593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:117:117:46:46:0.282209:22:24:62:55:22:24:62:55 chr1 144923728 . GT G 150.68 PASS AF=0.203125;AO=53;DP=257;FAO=52;FDP=256;FR=.;FRO=204;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=107;FSRR=97;FWDB=0.0563096;FXX=0.00775164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.1145;QD=2.35429;RBI=0.0566406;REFB=-0.000609585;REVB=0.00611361;RO=201;SAF=28;SAR=25;SRF=105;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760871;STB=0.504213;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.00615857;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125:53:257:52:256:204:27:25:107:97:99:201:28:25:105:96 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1246.93 PASS AF=1;AO=79;DP=129;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870798;FXX=0.195856;HRUN=1;LEN=14;MLLD=377.928;QD=63.9453;RBI=0.0126306;REFB=0;REVB=0.00914897;RO=40;SAF=26;SAR=53;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.87248e-07;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:129:78:78:0:25:53:0:0:6:40:26:53:31:9 chr1 144930596 . C A 567.52 PASS AF=0.392857;AO=64;DP=169;FAO=66;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0117111;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.513;QD=13.5125;RBI=0.0147103;REFB=-0.00573807;REVB=-0.00890186;RO=72;SAF=36;SAR=28;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187744;STB=0.509801;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0121234;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:72:102:64:66:0.392857:28:36:54:18:30:36:54:48 chr1 144930940 . T C 212.06 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0502025;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0312;QD=12.1177;RBI=0.0523425;REFB=0.000954379;REVB=-0.0148138;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115848;STB=0.566689;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00349635;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:19:25:12:14:19:25 chr1 144931034 . C G 197.11 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00823229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9074;QD=8.95953;RBI=0.0142236;REFB=-0.0183662;REVB=-0.0115992;RO=61;SAF=11;SAR=15;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236114;STB=0.520447;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0239285;OID=.;OPOS=144931034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:62:26:26:0.295455:15:11:27:34:15:11:28:34 chr1 144931330 . C T 531.07 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.00953055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.005;QD=15.1734;RBI=0.025897;REFB=-0.00801562;REVB=0.0240795;RO=82;SAF=23;SAR=35;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196307;STB=0.610227;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0134073;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:35:23:48:34:35:23:48:34 chr1 144931392 . G A 566.12 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.0173663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9313;QD=14.2419;RBI=0.0302037;REFB=-0.00205608;REVB=-0.0247118;RO=94;SAF=22;SAR=43;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282412;STB=0.658667;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00209548;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:43:22:57:37:43:22:57:37 chr1 144931461 . A T 217.32 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0440849;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2256;QD=7.8315;RBI=0.0462891;REFB=-0.006553;REVB=-0.0141138;RO=80;SAF=10;SAR=21;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207647;STB=0.623932;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0197207;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:80:80:31:31:0.279279:21:10:39:41:21:10:39:41 chr1 144944655 . T G 125.57 PASS AF=0.210526;AO=19;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0141282;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.405;QD=5.28703;RBI=0.028415;REFB=0.000483109;REVB=0.0246537;RO=72;SAF=10;SAR=9;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193594;STB=0.547321;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00269335;OID=.;OPOS=144944655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:75:19:20:0.210526:9:10:39:33:10:10:42:33 chr1 144952207 . C T 40.94 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=0.0259346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3692;QD=2.12652;RBI=0.098112;REFB=-0.0120538;REVB=-0.0946222;RO=66;SAF=8;SAR=1;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326188;STB=0.749319;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0901571;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:77:66:68:9:9:0.116883:1:8:46:20:1:8:48:20 chr1 144952220 . C T 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-1.67653e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.399;QD=7.79575;RBI=0.0221676;REFB=-0.0093213;REVB=-0.0221676;RO=52;SAF=17;SAR=3;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275124;STB=0.669927;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0218225;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:3:17:36:16:3:17:36:16 chr1 144994658 . C A 871.08 PASS AF=0.494382;AO=88;DP=178;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0272878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.614;QD=19.5749;RBI=0.0277524;REFB=-0.0257912;REVB=0.00505691;RO=90;SAF=47;SAR=41;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301304;STB=0.516581;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0264634;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:90:90:88:88:0.494382:41:47:51:39:41:47:51:39 chr1 145014103 . G C 165.58 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00184341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.418;QD=9.73969;RBI=0.0273574;REFB=-0.0157961;REVB=0.0272952;RO=46;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126697;STB=0.574401;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0450913;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:10:12:20:26:10:12:20:26 chr1 145014263 . C T 187.3 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0140897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2302;QD=10.7028;RBI=0.0305122;REFB=-0.0200941;REVB=0.0270643;RO=46;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197434;STB=0.624896;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0428247;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:46:23:24:0.342857:14:9:26:20:15:9:26:20 chr1 145014299 . G T 71.27 PASS AF=0.196721;AO=10;DP=59;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0103649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.995;QD=4.6732;RBI=0.0126697;REFB=-0.0101957;REVB=-0.0072863;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362343;STB=0.557283;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0378624;OID=.;OPOS=145014299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:59:61:49:49:10:12:0.196721:6:4:21:28:6:6:21:28 chr1 145018023 . G T 349.39 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0043298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8601;QD=18.6342;RBI=0.0299958;REFB=-0.0228594;REVB=0.0296816;RO=35;SAF=11;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907988;STB=0.520423;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0251404;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:38:36:37:0.493333:25:11:11:24:25:12:11:27 chr1 145038952 . C T 502.12 PASS AF=0.354651;AO=61;DP=172;FAO=61;FDP=172;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.00967865;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.058;QD=11.6772;RBI=0.0130384;REFB=-0.00619079;REVB=0.00873637;RO=111;SAF=25;SAR=36;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263973;STB=0.515051;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0108032;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:111:111:61:61:0.354651:36:25:43:68:36:25:43:68 chr1 145038954 . G T 142.68 PASS AF=0.16763;AO=29;DP=167;FAO=29;FDP=173;FR=.;FRO=144;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=84;FWDB=-0.00657866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.5247;QD=3.29903;RBI=0.0254736;REFB=-0.00796253;REVB=0.0246095;RO=138;SAF=8;SAR=21;SRF=57;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192723;STB=0.629535;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0445989;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:173:138:144:29:29:0.16763:21:8:57:81:21:8:60:84 chr1 145039562 . C T 244.41 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0185119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.356;QD=13.0352;RBI=0.0220954;REFB=-0.0135831;REVB=-0.012063;RO=46;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701055;STB=0.540159;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0276553;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:12:17:24:22:12:17:24:22 chr1 145074975 . G A 68.98 PASS AF=0.0897959;AO=22;DP=245;FAO=22;FDP=245;FR=.;FRO=223;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=116;FWDB=-0.00953873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.041;QD=1.1262;RBI=0.00959366;REFB=-9.20449e-05;REVB=0.00102512;RO=223;SAF=10;SAR=12;SRF=107;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299101;STB=0.523079;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000856855;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:245:245:223:223:22:22:0.0897959:12:10:107:116:12:10:107:116 chr1 145075683 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00610155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.508;QD=22.072;RBI=0.0138935;REFB=-0.0461922;REVB=-0.012482;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711463;STB=0.53934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0391582;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:14:17:11:13:14:17:11:13 chr1 145075854 . G C 86.78 PASS AF=0.3;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0303218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.93;QD=8.67788;RBI=0.0327405;REFB=-0.0061518;REVB=0.0123503;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289182;STB=0.642602;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0164652;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:38:40:27:28:10:12:0.3:8:2:11:16:9:3:12:16 chr1 145103928 . G A 97.59 PASS AF=0.118227;AO=23;DP=203;FAO=24;FDP=203;FR=.;FRO=179;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=99;FWDB=-0.0171693;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.254;QD=1.92291;RBI=0.0205723;REFB=-0.000847535;REVB=-0.0113329;RO=178;SAF=6;SAR=17;SRF=79;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24024;STB=0.645443;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00844103;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:203:203:178:179:23:24:0.118227:17:6:79:99:17:7:80:99 chr1 145103947 . T C 460.64 PASS AF=0.294931;AO=63;DP=217;FAO=64;FDP=217;FR=.;FRO=153;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.0267451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.185;QD=8.49114;RBI=0.0293051;REFB=-0.00689666;REVB=-0.0119788;RO=147;SAF=26;SAR=37;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936827;STB=0.550789;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0168068;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:147:153:63:64:0.294931:37:26:72:75:38:26:73:80 chr1 145109549 . G T 530.02 PASS AF=0.185606;AO=98;DP=529;FAO=98;FDP=528;FR=.;FRO=430;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=181;FSRR=249;FWDB=-0.0158421;FXX=0.00377351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.636;QD=4.01531;RBI=0.0174265;REFB=0.00422247;REVB=0.00726014;RO=430;SAF=36;SAR=62;SRF=182;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759254;STB=0.545792;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.021758;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:529:528:430:430:98:98:0.185606:62:36:182:248:62:36:181:249 chr1 145109583 . C A 1728.21 PASS AF=0.37782;AO=199;DP=535;FAO=201;FDP=532;FR=.;FRO=331;FSAF=69;FSAR=132;FSRF=132;FSRR=199;FWDB=-0.0110178;FXX=0.00931081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5209;QD=12.9941;RBI=0.0623842;REFB=-0.00132551;REVB=0.0614036;RO=334;SAF=69;SAR=130;SRF=134;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652758;STB=0.537397;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00249262;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:532:334:331:199:201:0.37782:130:69:134:200:132:69:132:199 chr1 145109661 . G A 441.07 PASS AF=0.194103;AO=78;DP=407;FAO=79;FDP=407;FR=.;FRO=328;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=109;FSRR=219;FWDB=-0.0180038;FXX=0.00245092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.788;QD=4.33485;RBI=0.0185095;REFB=-0.00167882;REVB=-0.00429717;RO=329;SAF=20;SAR=58;SRF=109;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116859;STB=0.564481;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00696464;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:329:328:78:79:0.194103:58:20:109:220:58:21:109:219 chr1 145112414 . T C 166.0 PASS AF=0.195804;AO=28;DP=143;FAO=28;FDP=143;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.00721481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.003;QD=4.64342;RBI=0.0075378;REFB=-0.0068328;REVB=-0.00218288;RO=115;SAF=11;SAR=17;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217645;STB=0.636671;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0188104;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:115:115:28:28:0.195804:17:11:65:50:17:11:65:50 chr1 145112420 . C T 203.84 PASS AF=0.216216;AO=32;DP=148;FAO=32;FDP=148;FR=.;FRO=116;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.00170391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5442;QD=5.50914;RBI=0.00611579;REFB=-0.0192827;REVB=-0.00587364;RO=116;SAF=18;SAR=14;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468371;STB=0.528943;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0671104;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:116:116:32:32:0.216216:14:18:61:55:14:18:61:55 chr1 145112428 . C T 193.56 PASS AF=0.206667;AO=30;DP=149;FAO=31;FDP=150;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=-0.0372321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.835;QD=5.16154;RBI=0.039012;REFB=-0.00948265;REVB=-0.0116492;RO=119;SAF=11;SAR=19;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247953;STB=0.637821;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0378396;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:119:119:30:31:0.206667:19:11:67:52:19:12:67:52 chr1 145112485 . C T 225.66 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.021828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0193;QD=7.10732;RBI=0.0252444;REFB=-0.000224035;REVB=0.0126812;RO=94;SAF=17;SAR=16;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020725;STB=0.512421;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00152083;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:94:94:33:33:0.259843:16:17:50:44:16:17:50:44 chr1 145115810 . A G 1581.47 PASS AF=0.468023;AO=161;DP=344;FAO=161;FDP=344;FR=.;FRO=183;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=88;FSRR=95;FWDB=-0.00619686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.835;QD=18.3892;RBI=0.0133506;REFB=-0.0107844;REVB=0.0118253;RO=181;SAF=73;SAR=88;SRF=87;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263321;STB=0.514693;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0109793;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:181:183:161:161:0.468023:88:73:87:94:88:73:88:95 chr1 145115820 . T C 338.35 PASS AF=0.184524;AO=62;DP=336;FAO=62;FDP=336;FR=.;FRO=274;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=131;FSRR=143;FWDB=-0.00241167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.13;QD=4.02793;RBI=0.005185;REFB=-0.0013935;REVB=-0.00459;RO=274;SAF=26;SAR=36;SRF=131;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767791;STB=0.548403;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0174694;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:274:274:62:62:0.184524:36:26:131:143:36:26:131:143 chr1 145115883 . G T 227.95 PASS AF=0.222892;AO=37;DP=166;FAO=37;FDP=166;FR=.;FRO=129;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0420712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.988;QD=5.49269;RBI=0.0422328;REFB=0.00192915;REVB=-0.00369135;RO=129;SAF=14;SAR=23;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732561;STB=0.544999;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00891479;OID=.;OPOS=145115883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:129:129:37:37:0.222892:23:14:56:73:23:14:56:73 chr1 145116147 . T TA 171.38 PASS AF=0.261905;AO=38;DP=169;FAO=44;FDP=168;FR=.;FRO=124;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=0.0180842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.8056;QD=4.08052;RBI=0.0480771;REFB=0.00215569;REVB=-0.0445462;RO=128;SAF=24;SAR=14;SRF=76;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504247;STB=0.580948;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=-0.00612515;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905:38:169:44:168:124:30:14:72:52:99:128:24:14:76:52 chr1 145116192 . TG T 37.49 PASS AF=0.132979;AO=25;DP=189;FAO=25;FDP=188;FR=.;FRO=163;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=-0.0361242;FXX=0.00529073;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8829;QD=0.797687;RBI=0.0361936;REFB=0.017334;REVB=0.00223919;RO=156;SAF=13;SAR=12;SRF=90;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727153;STB=0.56756;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=-0.119484;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132979:25:189:25:188:163:12:13:91:72:37:156:13:12:90:66 chr1 145116319 . G T 53.78 PASS AF=0.538462;AO=3;DP=10;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0305079;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.691;QD=16.5487;RBI=0.0603355;REFB=-0.0319804;REVB=0.0520542;RO=6;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0264641;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:10:13:6:6:3:7:0.538462:1:2:4:2:4:3:4:2 chr1 145116327 . G T 61.63 PASS AF=0.692308;AO=4;DP=8;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0195176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.415;QD=18.9629;RBI=0.0583186;REFB=-0.0140811;REVB=0.0549556;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305979;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0123563;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:8:13:3:4:4:9:0.692308:1:3:1:2:4:5:2:2 chr1 145273302 . A G 235.32 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=94;FWDB=-0.00367339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.443;QD=7.29659;RBI=0.0257748;REFB=-0.00437813;REVB=-0.0255117;RO=95;SAF=1;SAR=33;SRF=1;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278156;STB=0.657966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00645776;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:95:95:34:34:0.263566:33:1:1:94:33:1:1:94 chr1 145273345 . T C 512.66 PASS AF=0.325123;AO=66;DP=203;FAO=66;FDP=203;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=136;FWDB=-0.0419018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.297;QD=10.1017;RBI=0.0461161;REFB=-0.00298227;REVB=0.0192596;RO=137;SAF=7;SAR=59;SRF=1;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448426;STB=0.743019;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00337964;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:137:137:66:66:0.325123:59:7:1:136:59:7:1:136 chr1 145273431 . A G 303.74 PASS AF=0.225806;AO=49;DP=217;FAO=49;FDP=217;FR=.;FRO=168;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=136;FWDB=0.00651829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8503;QD=5.59887;RBI=0.0408861;REFB=-0.00659539;REVB=-0.0403632;RO=168;SAF=8;SAR=41;SRF=32;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596837;STB=0.536634;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0222707;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:168:168:49:49:0.225806:41:8:32:136:41:8:32:136 chr1 145281408 . C T 371.04 PASS AF=0.232653;AO=57;DP=245;FAO=57;FDP=245;FR=.;FRO=188;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=108;FSRR=80;FWDB=-0.021717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.451;QD=6.05771;RBI=0.0235181;REFB=-0.00582903;REVB=-0.00902634;RO=188;SAF=25;SAR=32;SRF=108;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171094;STB=0.603139;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0225239;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:188:188:57:57:0.232653:32:25:108:80:32:25:108:80 chr1 145281543 . C T 186.01 PASS AF=0.163717;AO=37;DP=226;FAO=37;FDP=226;FR=.;FRO=189;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=108;FWDB=-0.0121045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.986;QD=3.29226;RBI=0.0225837;REFB=-0.00368529;REVB=-0.0190659;RO=189;SAF=20;SAR=17;SRF=81;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143503;STB=0.592789;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0174951;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:189:189:37:37:0.163717:17:20:81:108:17:20:81:108 chr1 145281613 . C A 186.61 PASS AF=0.179894;AO=34;DP=189;FAO=34;FDP=189;FR=.;FRO=155;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=0.0220103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9621;QD=3.94934;RBI=0.0226435;REFB=-0.00109782;REVB=-0.00531734;RO=155;SAF=7;SAR=27;SRF=68;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333938;STB=0.717183;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00282631;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:155:155:34:34:0.179894:27:7:68:87:27:7:68:87 chr1 145281633 . C A 194.92 PASS AF=0.197674;AO=34;DP=172;FAO=34;FDP=172;FR=.;FRO=138;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.0208467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.654;QD=4.53309;RBI=0.0227122;REFB=-0.0114943;REVB=-0.0090144;RO=138;SAF=8;SAR=26;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331758;STB=0.710357;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0348416;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:138:138:34:34:0.197674:26:8:66:72:26:8:66:72 chr1 145281656 . A T 236.81 PASS AF=0.239726;AO=35;DP=146;FAO=35;FDP=146;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0342732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.127;QD=6.48792;RBI=0.0350161;REFB=-0.0144987;REVB=-0.00717488;RO=109;SAF=7;SAR=28;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383005;STB=0.741492;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0275017;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:109:111:35:35:0.239726:28:7:52:57:28:7:54:57 chr1 145290409 . G A 97.11 PASS AF=0.118483;AO=23;DP=212;FAO=25;FDP=211;FR=.;FRO=186;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=112;FWDB=0.0132396;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.001;QD=1.84089;RBI=0.0163659;REFB=-0.00101941;REVB=0.00962063;RO=180;SAF=13;SAR=10;SRF=72;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202561;STB=0.672663;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0102648;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:212:211:180:186:23:25:0.118483:10:13:72:108:10:15:74:112 chr1 145290498 . T G 74.28 PASS AF=0.125;AO=17;DP=135;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=0.0156817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.326;QD=2.18464;RBI=0.0156906;REFB=-0.00552611;REVB=-0.000527396;RO=118;SAF=9;SAR=8;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152238;STB=0.609131;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0385007;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:135:136:118:119:17:17:0.125:8:9:48:70:8:9:48:71 chr1 145293425 . C A 315.35 PASS AF=0.179878;AO=59;DP=329;FAO=59;FDP=328;FR=.;FRO=269;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=165;FSRR=104;FWDB=-2.92157e-05;FXX=0.00303942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.772;QD=3.84572;RBI=0.0180169;REFB=-0.00297545;REVB=-0.0180169;RO=265;SAF=37;SAR=22;SRF=161;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268126;STB=0.511966;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0172686;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:328:265:269:59:59:0.179878:22:37:161:104:22:37:165:104 chr1 145293428 . G C 371.01 PASS AF=0.189112;AO=66;DP=349;FAO=66;FDP=349;FR=.;FRO=283;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=168;FSRR=115;FWDB=-0.0129148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.833;QD=4.25228;RBI=0.0149218;REFB=-0.00353392;REVB=0.00747459;RO=282;SAF=43;SAR=23;SRF=167;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815634;STB=0.550091;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0250227;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:282:283:66:66:0.189112:23:43:167:115:23:43:168:115 chr1 145293469 . G C 122.69 PASS AF=0.0807249;AO=49;DP=608;FAO=49;FDP=607;FR=.;FRO=558;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=311;FSRR=247;FWDB=-0.00732271;FXX=0.00164471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.164;QD=0.808503;RBI=0.0189484;REFB=-0.00010042;REVB=-0.0174762;RO=558;SAF=33;SAR=16;SRF=311;SRR=247;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140156;STB=0.611883;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00303994;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:608:607:558:558:49:49:0.0807249:16:33:311:247:16:33:311:247 chr1 145293490 . G C 424.72 PASS AF=0.139831;AO=100;DP=708;FAO=99;FDP=708;FR=.;FRO=609;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=348;FSRR=261;FWDB=-0.0182872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3145;QD=2.39954;RBI=0.0482727;REFB=-0.00624664;REVB=-0.0446747;RO=606;SAF=59;SAR=41;SRF=347;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230619;STB=0.521721;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0453176;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:708:708:606:609:100:99:0.139831:41:59:347:259:40:59:348:261 chr1 145293498 . G C 383.8 PASS AF=0.133527;AO=92;DP=697;FAO=92;FDP=689;FR=.;FRO=597;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=341;FSRR=256;FWDB=-0.00948189;FXX=0.0157141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.117;QD=2.22815;RBI=0.0138132;REFB=-0.00179667;REVB=0.0100448;RO=581;SAF=57;SAR=35;SRF=331;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663784;STB=0.543523;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00946712;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:689:581:597:92:92:0.133527:35:57:331:250:35:57:341:256 chr1 145293510 . C G 458.87 PASS AF=0.146341;AO=101;DP=697;FAO=102;FDP=697;FR=.;FRO=595;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=341;FSRR=254;FWDB=-0.0315996;FXX=0.00143264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1338;QD=2.63338;RBI=0.0324749;REFB=-0.00432097;REVB=0.00748899;RO=593;SAF=62;SAR=39;SRF=341;SRR=252;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520148;STB=0.53068;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0302959;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:697:593:595:101:102:0.146341:39:62:341:252:40:62:341:254 chr1 145293515 . A G 352.34 PASS AF=0.128843;AO=88;DP=685;FAO=88;FDP=683;FR=.;FRO=595;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=357;FSRR=238;FWDB=-0.0162742;FXX=0.00291967;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.943;QD=2.06346;RBI=0.0208448;REFB=-0.00443616;REVB=-0.0130252;RO=593;SAF=40;SAR=48;SRF=355;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183668;STB=0.624842;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0294927;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:685:683:593:595:88:88:0.128843:48:40:355:238:48:40:357:238 chr1 145293566 . G A 857.62 PASS AF=0.247148;AO=128;DP=525;FAO=130;FDP=526;FR=.;FRO=396;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=217;FSRR=179;FWDB=-0.00768167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.808;QD=6.5218;RBI=0.0309158;REFB=-0.00016007;REVB=0.0299463;RO=395;SAF=82;SAR=46;SRF=217;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120089;STB=0.57087;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000495336;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:526:395:396:128:130:0.247148:46:82:217:178:47:83:217:179 chr1 145296372 . A G 482.83 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0258784;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.919;QD=15.9612;RBI=0.0260264;REFB=-0.0136837;REVB=0.00277156;RO=68;SAF=20;SAR=33;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263032;STB=0.5147;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0156327;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:33:20:24:44:33:20:24:44 chr1 145296478 . G T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.315;QD=61.3353;RBI=0.0234147;REFB=0;REVB=-0.00732815;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86773e-05;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr1 145301802 . C G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.082987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7947;QD=13.2052;RBI=0.0838782;REFB=-0.029164;REVB=-0.012195;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0204283;OID=.;OPOS=145301802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:2:4:4:1:2:4:5:1 chr1 145311083 . A C 1546.9 PASS AF=0.434896;AO=150;DP=369;FAO=167;FDP=384;FR=.;FRO=217;FSAF=116;FSAR=51;FSRF=154;FSRR=63;FWDB=0.00448489;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.757;QD=16.1135;RBI=0.0123077;REFB=-0.022608;REVB=0.0114614;RO=215;SAF=115;SAR=35;SRF=154;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709019;STB=0.510112;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.028091;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:384:215:217:150:167:0.434896:35:115:154:61:51:116:154:63 chr1 145311110 . G C 172.15 PASS AF=0.119048;AO=45;DP=378;FAO=45;FDP=378;FR=.;FRO=333;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=235;FSRR=98;FWDB=0.00664004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.645;QD=1.82168;RBI=0.0209612;REFB=-0.00357959;REVB=0.0198817;RO=330;SAF=29;SAR=16;SRF=232;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843233;STB=0.56093;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0157035;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:330:333:45:45:0.119048:16:29:232:98:16:29:235:98 chr1 145311828 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.906;QD=47.8223;RBI=0.0321996;REFB=0;REVB=0.00977063;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297723;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 145368461 . A C 253.88 PASS AF=0.232558;AO=40;DP=172;FAO=40;FDP=172;FR=.;FRO=132;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=-0.00974041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.528;QD=5.90425;RBI=0.0150268;REFB=-0.00268803;REVB=-0.0114425;RO=132;SAF=21;SAR=19;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983041;STB=0.559646;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0125237;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:132:132:40:40:0.232558:19:21:59:73:19:21:59:73 chr1 145368472 . C T 306.82 PASS AF=0.242105;AO=46;DP=190;FAO=46;FDP=190;FR=.;FRO=144;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.0110821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.401;QD=6.45929;RBI=0.0175238;REFB=-0.00154394;REVB=0.0135746;RO=143;SAF=24;SAR=22;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842838;STB=0.553149;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00497959;OID=.;OPOS=145368472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:143:144:46:46:0.242105:22:24:65:78:22:24:65:79 chr1 145368473 . G A 329.99 PASS AF=0.252632;AO=48;DP=192;FAO=48;FDP=190;FR=.;FRO=142;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=0.00677851;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.232;QD=6.94715;RBI=0.0237964;REFB=-0.00167599;REVB=0.0228106;RO=142;SAF=22;SAR=26;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811008;STB=0.504852;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00371138;OID=.;OPOS=145368473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:142:142:48:48:0.252632:26:22:66:76:26:22:66:76 chr1 145379324 . C A 62.08 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0517249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.701;QD=7.5244;RBI=0.0517829;REFB=0.00159819;REVB=-0.00245045;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312079;STB=0.679605;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00971519;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:9:14:3:6:10:14 chr1 145379352 . T A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00746614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.082;QD=3.54003;RBI=0.00746781;REFB=-0.00104287;REVB=0.000157489;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200411;STB=0.642375;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0138734;OID=.;OPOS=145379352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:16:16:2:4:16:16 chr1 145395604 . T C 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0351857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.919;QD=17.4085;RBI=0.0362548;REFB=-0.0133099;REVB=-0.00873947;RO=46;SAF=22;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272264;STB=0.504585;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.016518;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:48:40:40:0.454545:18:22:24:22:18:22:26:22 chr1 145397942 . A T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0202808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.436;QD=19.0179;RBI=0.0206897;REFB=-0.00911015;REVB=-0.00409294;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42194;STB=0.733097;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00984202;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:0:14:8:7:0:14 chr1 145397947 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0718;QD=56.1912;RBI=0.0329926;REFB=0;REVB=-0.00457851;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717703;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr1 145399229 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00591929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.674;QD=17.7318;RBI=0.0161952;REFB=-0.0204706;REVB=0.0150747;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460992;STB=0.526285;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.020696;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:11:8:8:9:11:8 chr1 145442254 . G C 410.15 PASS AF=0.472527;AO=36;DP=84;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0295931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.948;QD=18.0287;RBI=0.0295991;REFB=-0.0143883;REVB=0.00059629;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633301;STB=0.510199;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0378458;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:48:48:36:43:0.472527:18:18:27:21:18:25:27:21 chr1 145474968 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0887075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.274;QD=13.4857;RBI=0.092183;REFB=-0.0158641;REVB=-0.0250735;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0252212;OID=.;OPOS=145474968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr1 145532549 . T C 919.06 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0206409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.926;QD=54.0623;RBI=0.0212649;REFB=-0.000778468;REVB=0.00511373;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269769;STB=0.50635;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-1.26127e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:2:3:65:65:0.955882:31:34:2:0:31:34:2:1 chr1 145561594 . C T 141.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00238507;FXX=0.0666222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.999;QD=40.4601;RBI=0.0245978;REFB=-0.0930141;REVB=-0.0244819;RO=1;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394551;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000686603;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:2:11:1:0:2:11:1:0 chr1 145561822 . C T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0555669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8615;QD=9.91538;RBI=0.0785928;REFB=-0.0135845;REVB=-0.0555801;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210452;STB=0.624759;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0360706;OID=.;OPOS=145561822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:3:14:6:3:3:14 chr1 145562751 . G T 745.84 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00978709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.769;QD=20.0225;RBI=0.0110577;REFB=-0.0292097;REVB=-0.00514651;RO=75;SAF=30;SAR=43;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1255;STB=0.566086;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0322799;OID=.;OPOS=145562751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:76:73:73:0.489933:43:30:41:34:43:30:41:35 chr1 145562881 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.898;QD=63.7517;RBI=0.0108832;REFB=0;REVB=0.00828619;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3872e-05;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr1 145586309 . C T 1697.3 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.757;QD=59.5543;RBI=0.0410516;REFB=-0.0559239;REVB=0.0193362;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772076;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00149437;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:61:52:0:1:61:52:0:1 chr1 145586403 . G T 1964.56 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044103;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.943;QD=62.367;RBI=0.0145512;REFB=0;REVB=0.0138667;RO=0;SAF=45;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.76837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0406e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:126:0:0:126:126:1:81:45:0:0:80:46:0:0 chr1 146057292 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0123807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.974;QD=20.6011;RBI=0.0206334;REFB=-0.00327837;REVB=-0.0165063;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155024;STB=0.5185;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00248075;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:12:6:7:13:13:6 chr1 146395447 . A G 561.22 PASS AF=0.417219;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=151;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.00136981;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.124;QD=14.8667;RBI=0.0147032;REFB=-0.00821805;REVB=-0.0146392;RO=88;SAF=34;SAR=29;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179478;STB=0.510063;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0100336;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:88:63:63:0.417219:29:34:49:39:29:34:49:39 chr1 146494510 . T C 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00897664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.257;QD=15.2294;RBI=0.00942775;REFB=-0.0196616;REVB=0.00288139;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686689;STB=0.539494;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0302184;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:10:18:11:8:10:18 chr1 146626922 . T C 125.43 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0488592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9632;QD=13.5598;RBI=0.0488777;REFB=0.00860411;REVB=-0.0013439;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.548953;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00446291;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:9:6:8:13:10:5:9:13 chr1 146650058 . T C 430.65 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0281902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5905;QD=20.03;RBI=0.0320491;REFB=0.00110586;REVB=0.0152466;RO=43;SAF=14;SAR=29;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467811;STB=0.525985;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000460069;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:29:14:16:27:29:14:16:27 chr1 146672906 . C T 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000153494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.301;QD=59.9371;RBI=0.00443445;REFB=0;REVB=-0.00443179;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14858e-06;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr1 146714392 . G C 602.21 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00730453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.505;QD=26.4708;RBI=0.00770984;REFB=-0.0197823;REVB=0.0024669;RO=36;SAF=25;SAR=29;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756531;STB=0.545925;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0137486;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:37:54:54:0.593407:29:25:13:23:29:25:13:24 chr1 146728162 . T TA 613.48 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7084;QD=48.1162;RBI=0.0899564;REFB=0;REVB=-0.0848178;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00291993;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:51:51:51:0:27:24:0:0:11:0:27:24:0:0 chr1 146751782 . A C 1641.73 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.697;QD=60.247;RBI=0.0461118;REFB=0;REVB=0.0450321;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31958e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:59:49:0:0:60:49:0:0 chr1 146767149 . G T 1929.7 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125607;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.881;QD=61.7504;RBI=0.0178499;REFB=0;REVB=0.0126826;RO=0;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134121;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:52:72:0:0:53:72:0:0 chr1 147095748 . A G 440.91 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0109855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.713;QD=27.9942;RBI=0.0201729;REFB=-0.0250164;REVB=0.0169194;RO=22;SAF=14;SAR=27;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782833;STB=0.542692;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0193155;OID=.;OPOS=147095748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:27:14:10:12:27:14:10:12 chr1 147119273 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.794;QD=63.2867;RBI=0.0143084;REFB=0;REVB=-0.0136244;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48426e-05;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr1 147121977 . C T 1821.25 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.685;QD=60.7085;RBI=0.0421196;REFB=0;REVB=0.034539;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4661e-05;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:54:65:0:0:55:65:0:0 chr1 147124310 . T G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6035;QD=60.8823;RBI=0.0387862;REFB=0;REVB=0.0379899;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206009;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr1 147229299 . G A 173.56 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.441;QD=46.2837;RBI=0.088182;REFB=0;REVB=-0.0413127;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00536585;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 147735828 . C T 536.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.52;QD=59.5715;RBI=0.0276829;REFB=0;REVB=-0.0181501;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729872;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr1 147781062 . A G 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0260288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.654;QD=16.9229;RBI=0.0264236;REFB=-0.00614505;REVB=0.00455093;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333073;STB=0.518665;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00853886;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:21:13:14:26:21:13:14:26 chr1 147802522 . GA G,GG 40.81 PASS AF=0.333333,0.0555556;AO=9,2;DP=36;FAO=12,2;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4,0;FSAR=8,2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0619449,0.002879;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.35966,24.9188;QD=4.53433;RBI=0.112552,0.00867175;REFB=-0.126885,-0.0703102;REVB=-0.0939727,-0.00817989;RO=22;SAF=4,0;SAR=5,2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115004,-0.518239;STB=0.639763,0.995037;STBP=0.264,0.159;TYPE=del,snp;VARB=0.0450266,0.0611966;OID=.,.;OPOS=147802523,147802523;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0555556:9,2:36:12,2:36:22:4,0:8,2:12:10:34:22:4,0:5,2:12:10 chr1 147806874 . G C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0195127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.422;QD=11.8157;RBI=0.0265643;REFB=-0.00773431;REVB=-0.0180253;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135016;STB=0.560673;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0125862;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:9:14:20:21:10:14:20:21 chr1 147806880 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4694;QD=57.106;RBI=0.0197872;REFB=0;REVB=-0.00808469;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207125;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr1 147994268 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00504262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.766;QD=15.0642;RBI=0.0291006;REFB=0.0182875;REVB=0.0286604;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201669;STB=0.614372;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0252773;OID=.;OPOS=147994268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:10:17:15:20:10:17:15:20 chr1 148000850 . A G 139.97 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0607101;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.553;QD=8.61332;RBI=0.0857994;REFB=-0.0219849;REVB=0.0606286;RO=46;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252055;STB=0.5925;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0457701;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:46:45:20:20:0.307692:7:13:20:26:8:12:21:24 chr1 148009349 . A G 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00389651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.175;QD=4.80916;RBI=0.0483754;REFB=-0.00764993;REVB=0.0482182;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270373;STB=0.68122;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0703842;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:13:10:4:2:13:10 chr1 148009510 . G A 50.68 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.012573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.964;QD=2.85522;RBI=0.0135521;REFB=-0.00394548;REVB=-0.00505753;RO=61;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502547;STB=0.535141;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.016408;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:5:5:33:28:5:5:33:28 chr1 148009517 . C A 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.013117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.806;QD=4.46181;RBI=0.0192968;REFB=-0.00336803;REVB=-0.0141532;RO=55;SAF=4;SAR=9;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374604;STB=0.739911;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0113474;OID=.;OPOS=148009517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:9:4:34:21:9:4:34:21 chr1 148016393 . A C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.096204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8381;QD=10.3782;RBI=0.100831;REFB=0.0172041;REVB=-0.0301932;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381346;STB=0.732786;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0353025;OID=.;OPOS=148016393;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:9:7:7:2:9:7 chr1 148025819 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.000551599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9832;QD=8.24621;RBI=0.0731558;REFB=-0.000520241;REVB=0.0731537;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00651386;OID=.;OPOS=148025819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:5:10:5:2:5:10 chr1 148341920 . C A 45.05 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0175833;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.928;QD=6.93109;RBI=0.0242575;REFB=0.00401064;REVB=0.0167108;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435122;STB=0.772481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00668964;OID=.;OPOS=148341920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:6:13:2:5:6:13 chr1 148342488 . T C 144.42 PASS AF=0.151515;AO=26;DP=195;FAO=30;FDP=198;FR=.;FRO=168;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=68;FWDB=0.00396795;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.277;QD=2.91748;RBI=0.0154648;REFB=-0.011353;REVB=0.0149471;RO=166;SAF=14;SAR=12;SRF=101;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904593;STB=0.60793;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0325325;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:166:168:26:30:0.151515:12:14:101:65:16:14:100:68 chr1 148344660 . G C 36.37 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0634427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5921;QD=2.50816;RBI=0.0785353;REFB=-0.00121479;REVB=-0.0462905;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509257;STB=0.87223;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00285857;OID=.;OPOS=148344660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:6:1:30:21:6:1:30:21 chr1 149155848 . C T 453.73 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0106722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.987;QD=22.4064;RBI=0.0114343;REFB=-0.0277007;REVB=0.00410455;RO=37;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156646;STB=0.586226;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0215742;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:19:25:14:23:19:25:14:23 chr1 149211947 . C G 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0210128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2498;QD=3.47813;RBI=0.0581459;REFB=-0.00864206;REVB=-0.0542163;RO=62;SAF=1;SAR=11;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557798;STB=0.887293;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0408522;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:11:1:30:32:11:1:30:32 chr1 149211962 . T C 163.46 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0215152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.129;QD=7.51549;RBI=0.0232562;REFB=-0.0120459;REVB=-0.00882862;RO=64;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386573;STB=0.523344;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0216811;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:14:9:27:37:14:9:27:37 chr1 149211967 . G A 183.68 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.024035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.314;QD=8.07396;RBI=0.024046;REFB=-0.0122177;REVB=-0.000726817;RO=66;SAF=11;SAR=14;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019425;STB=0.511619;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0262059;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:14:11:28:38:14:11:28:38 chr1 149211975 . C A 167.48 PASS AF=0.242424;AO=22;DP=97;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00964447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5384;QD=6.76665;RBI=0.0232594;REFB=-0.00818075;REVB=0.0211656;RO=75;SAF=9;SAR=13;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011788;STB=0.544797;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0226448;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:75:75:22:24:0.242424:13:9:30:45:13:11:30:45 chr1 149211992 . G A 220.22 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0187771;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.473;QD=7.34072;RBI=0.019109;REFB=-0.0104257;REVB=0.00354603;RO=87;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119997;STB=0.574954;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0234066;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:87:88:32:32:0.266667:16:16:35:52:16:16:35:53 chr1 149211998 . T G 202.67 PASS AF=0.256198;AO=30;DP=122;FAO=31;FDP=121;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0132752;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.08;QD=6.69969;RBI=0.0138999;REFB=-0.00303328;REVB=0.00412013;RO=89;SAF=15;SAR=15;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146939;STB=0.571001;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0127693;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:89:90:30:31:0.256198:15:15:34:55:16:15:35:55 chr1 149215180 . T C 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00589826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.278;QD=23.4829;RBI=0.0104254;REFB=-0.0137808;REVB=-0.00859647;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290079;STB=0.51594;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.010084;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:25:18:15:18:25:18:15:18 chr1 149286406 . T C 124.9 PASS AF=0.177914;AO=22;DP=155;FAO=29;FDP=163;FR=.;FRO=134;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=89;FWDB=-0.0457291;FXX=0.0239507;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0439;QD=3.06509;RBI=0.0486723;REFB=-0.00877226;REVB=-0.0166686;RO=133;SAF=8;SAR=14;SRF=44;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458155;STB=0.621878;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0626494;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:163:133:134:22:29:0.177914:14:8:44:89:15:14:45:89 chr1 149286469 . C G 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=42;FWDB=-0.0473564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.385;QD=6.7589;RBI=0.0474459;REFB=-0.00170722;REVB=0.00291154;RO=50;SAF=2;SAR=15;SRF=8;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109253;STB=0.568094;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00450755;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:15:2:8:42:15:2:8:42 chr1 149287392 . T G 517.1 PASS AF=0.371257;AO=61;DP=168;FAO=62;FDP=167;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0256046;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.682;QD=12.3857;RBI=0.026613;REFB=-0.00473618;REVB=0.00725632;RO=104;SAF=23;SAR=38;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18076;STB=0.592794;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00948401;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:104:105:61:62:0.371257:38:23:56:48:38:24:56:49 chr1 149294658 . G A 378.51 PASS AF=0.318471;AO=45;DP=152;FAO=50;FDP=157;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0307825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.309;QD=9.64356;RBI=0.030877;REFB=-0.00304921;REVB=0.00241363;RO=107;SAF=16;SAR=29;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12799;STB=0.540454;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00591576;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:157:107:107:45:50:0.318471:29:16:49:58:30:20:49:58 chr1 149294693 . G C 475.33 PASS AF=0.375;AO=57;DP=152;FAO=57;FDP=152;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.00172857;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.238;QD=12.5088;RBI=0.00266229;REFB=-0.0130533;REVB=-0.0020248;RO=91;SAF=24;SAR=33;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326437;STB=0.533368;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0178216;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:91:95:57:57:0.375:33:24:41:50:33:24:45:50 chr1 149298542 . C A 58.28 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0615023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.108;QD=19.428;RBI=0.0641131;REFB=-0.0330901;REVB=0.0181094;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0319031;OID=.;OPOS=149298542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:12:2:4:5:8:0.666667:3:2:1:1:4:4:1:3 chr1 149298554 . C A 77.95 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00326029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.347;QD=14.1725;RBI=0.0296942;REFB=0.0190201;REVB=0.0295147;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0114059;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr1 149298562 . GC AT 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00105145;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.053;QD=11.6361;RBI=0.00829366;REFB=-0.0199737;REVB=-0.00822674;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364728;STB=0.730897;STBP=0.081;TYPE=mnp;VARB=0.0236443;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:5:10:3:7:5:11 chr1 149298603 . G A 210.67 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0229823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.812;QD=19.152;RBI=0.024861;REFB=-0.00366104;REVB=0.0094805;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143588;STB=0.567623;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00299355;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:10:10:8:15:11:10:8:15 chr1 149334339 . G C 879.56 PASS AF=0.306069;AO=116;DP=380;FAO=116;FDP=379;FR=.;FRO=263;FSAF=34;FSAR=82;FSRF=77;FSRR=186;FWDB=0.00291438;FXX=0.00263151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.827;QD=9.28292;RBI=0.0122583;REFB=-0.00683019;REVB=-0.0119068;RO=262;SAF=34;SAR=82;SRF=77;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00114263;STB=0.500274;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.01522;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:379:262:263:116:116:0.306069:82:34:77:185:82:34:77:186 chr1 149664423 . A G 858.69 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0248439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.859;QD=23.0521;RBI=0.0280297;REFB=-0.00901643;REVB=-0.0129785;RO=67;SAF=35;SAR=45;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054958;STB=0.535675;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0057007;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:67:69:80:80:0.536913:45:35:25:42:45:35:25:44 chr1 149676401 . A G 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0243215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.783;QD=11.8158;RBI=0.0400151;REFB=-0.00586779;REVB=-0.0317753;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249487;STB=0.514424;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00657704;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:23:18:10:14:23:18 chr1 149680227 . A G 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.054;QD=55.6017;RBI=0.0253172;REFB=-0.0267549;REVB=-0.0170273;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000103602;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:1:0:34:24:1:0 chr1 149680250 . G A 40.79 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0368737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5867;QD=2.58991;RBI=0.053499;REFB=-0.00462343;REVB=0.0387617;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285343;STB=0.70295;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0377211;OID=.;OPOS=149680250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:21:34:3:5:21:34 chr1 149680293 . A C 41.17 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.011862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0051;QD=2.65589;RBI=0.0121942;REFB=0.000244048;REVB=-0.00282662;RO=53;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356771;STB=0.738114;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00237113;OID=.;OPOS=149680293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:62:53:54:8:8:0.129032:3:5:17:36:3:5:18:36 chr1 149684119 . TA T,TT 817.08 PASS AF=1,0;AO=55,2;DP=57;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215695,0.036032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=299.51,276.464;QD=57.3391;RBI=0.0222576,0.0365926;REFB=0,0;REVB=-0.00549153,-0.00638088;RO=0;SAF=13,0;SAR=42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.70796e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=7.46297e-05,0;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:55,2:57:57,0:57:0:13,0:44,0:0:0:5:0:13,0:42,2:0:0 chr1 149684166 . G A 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0372308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9808;QD=9.85657;RBI=0.0663717;REFB=-0.0187893;REVB=-0.0549461;RO=40;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826847;STB=0.543644;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0368585;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:41:20:20:0.327869:16:4:10:30:16:4:10:31 chr1 149684169 . G A 162.02 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.00743852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.262;QD=10.624;RBI=0.0177442;REFB=-0.0102702;REVB=-0.0161098;RO=39;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108485;STB=0.558626;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0218608;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:40:21:21:0.344262:17:4:10:29:17:4:10:30 chr1 149684171 . A T 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00840521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.979;QD=10.5912;RBI=0.0108196;REFB=-0.00894719;REVB=-0.00681289;RO=40;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993774;STB=0.558626;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00743519;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:17:4:10:30:17:4:10:30 chr1 149711815 . G A 122.95 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.00105847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.612;QD=4.82171;RBI=0.00203094;REFB=-0.000724765;REVB=-0.00173331;RO=79;SAF=13;SAR=7;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244447;STB=0.658712;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00732717;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:82:20:20:0.196078:7:13:36:43:7:13:37:45 chr1 149711845 . C A 135.44 PASS AF=0.209524;AO=21;DP=104;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0163476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4158;QD=5.15943;RBI=0.0178773;REFB=-0.00941101;REVB=-0.00723558;RO=83;SAF=15;SAR=6;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352065;STB=0.693913;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0388403;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:83:83:21:22:0.209524:6:15:36:47:7:15:36:47 chr1 149877473 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0326278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.516;QD=24.8183;RBI=0.0347973;REFB=-0.0193055;REVB=0.0120944;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651923;STB=0.53626;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0095106;OID=.;OPOS=149877473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:9:9:14:10:9:9 chr1 149906413 . T C 496.94 PASS AF=0.51;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0188906;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.392;QD=19.8776;RBI=0.0193773;REFB=-0.00409183;REVB=0.0043157;RO=49;SAF=27;SAR=24;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214725;STB=0.618116;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00326803;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:49:49:51:51:0.51:24:27:14:35:24:27:14:35 chr1 149914683 . G A 112.39 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.041058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8808;QD=34.5825;RBI=0.0441974;REFB=-0.100034;REVB=0.0163601;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00153025;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:0:1:4:8:0:1 chr1 150123132 . C G 679.41 PASS AF=0.485714;AO=66;DP=139;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0206907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4671;QD=19.4116;RBI=0.0442445;REFB=-0.01548;REVB=-0.0391085;RO=71;SAF=47;SAR=19;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128812;STB=0.554229;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0139961;OID=.;OPOS=150123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:71:72:66:68:0.485714:19:47:42:29:21:47:43:29 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 359.61 PASS AF=0.814815,0.185185;AO=21,5;DP=27;FAO=22,5;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633067,0.0618009;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=162.128,47.5854;QD=53.2754;RBI=0.0635215,0.103286;REFB=0,0;REVB=0.0052193,0.082756;RO=0;SAF=13,4;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00641004,-0.0302938;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.814815,0.185185:21,5:27:22,5:27:0:13,4:9,1:0:0:27:0:13,4:8,1:0:0 chr1 150199123 . G T 183.97 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.264;QD=45.9914;RBI=0.0463496;REFB=0;REVB=0.0153018;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00643586;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr1 150278741 . G GTC 82.34 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0143102;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.731;QD=29.9424;RBI=0.0215043;REFB=0.00136123;REVB=0.0160517;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.000208285;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:9:12:9:11:2:5:4:2:0:11:2:5:4:2:0 chr1 150526044 . G C 220.18 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0020072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6674;QD=18.7389;RBI=0.0529971;REFB=-0.0188016;REVB=-0.0529591;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029805;STB=0.516883;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0211015;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:11:14:13:9:11:14 chr1 150531008 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.703;QD=59.6794;RBI=0.037494;REFB=0;REVB=0.0372805;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42874e-05;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr1 150531050 . G A 413.42 PASS AF=0.486842;AO=30;DP=80;FAO=37;FDP=76;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.025624;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8735;QD=21.759;RBI=0.0665648;REFB=-0.0483344;REVB=0.0614352;RO=15;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217052;STB=0.521728;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00565165;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:76:15:28:30:37:0.486842:19:11:6:9:22:15:10:18 chr1 150531170 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.238;QD=62.3446;RBI=0.0303705;REFB=0;REVB=-0.00711051;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115087;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 150547747 . G A 108.67 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0236749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2483;QD=13.5838;RBI=0.0303761;REFB=-0.0403547;REVB=0.0190317;RO=19;SAF=12;SAR=0;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.765633;STB=0.734226;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0625341;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:12:13:0.40625:0:12:14:5:1:12:14:5 chr1 150548887 . C CCTAT,T 115.93 PASS AF=1,0;AO=9,2;DP=11;FAO=11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562708,-0.021536;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=367.821,149.903;QD=42.1549;RBI=0.00614835,0.0217181;REFB=0,0;REVB=0.00247754,0.00280659;RO=0;SAF=7,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-1.16872e-05,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9,2:11,0:1,0:2,2:7,0:0:0:4,0:7,0:0:0 chr1 150597890 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0197621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.892;QD=22.3981;RBI=0.0223972;REFB=-0.0162591;REVB=-0.01054;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981695;STB=0.555006;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0157263;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:10:9:13:9:10:9 chr1 150679033 . G A 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0121199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8142;QD=13.6194;RBI=0.012914;REFB=-0.0137298;REVB=-0.00445861;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134698;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:19:19:13:13:19:19 chr1 150727539 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0161628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6404;QD=22.341;RBI=0.0300021;REFB=0.00893968;REVB=0.0252762;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.5999;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00714309;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:12:2:6:12:12:2 chr1 150771703 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.473;QD=58.0602;RBI=0.038667;REFB=0;REVB=-0.0163008;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15156e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 150779755 . C T 1921.81 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0405965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5316;QD=60.0565;RBI=0.0544603;REFB=0.00669362;REVB=-0.0363022;RO=2;SAF=58;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161007;STB=0.508473;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00016811;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:126:126:0.984375:68:58:2:0:68:58:2:0 chr1 150808889 . C G 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00523308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.861;QD=13.7741;RBI=0.00846032;REFB=-0.00549961;REVB=0.00664771;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308578;STB=0.675334;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00979276;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:18:10:27:14:18:10:27:14 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 2916.71 PASS AF=0,1,0;AO=10,47,133;DP=245;FAO=0,247,0;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=0,153,0;FSAR=0,94,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588949,0.0618854,-0.383113;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=7.73709,16.4062,12.7465;QD=47.2341;RBI=0.0698722,0.182802,0.466925;REFB=0,0,0;REVB=0.0375967,0.172008,-0.266916;RO=6;SAF=2,26,84;SAR=8,21,49;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.249643,0.0113872,0.0115443;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.0394877,0.00285608,0;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:10,47,133:245:0,247,0:247:0:0,153,0:0,94,0:0:0:12:6:2,26,84:8,21,49:3:3 chr1 150940357 . GC TT 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=2.37998e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.934;QD=19.1804;RBI=0.0250154;REFB=-0.020043;REVB=0.0250154;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045895;STB=0.526274;STBP=0.84;TYPE=mnp;VARB=0.0209022;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:3:8:10:3:3:8 chr1 150940625 . T G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00877882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.266;QD=17.1565;RBI=0.009202;REFB=-0.0250709;REVB=-0.00275846;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22951;STB=0.629081;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0208774;OID=.;OPOS=150940625;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:3:17:11:6:3:17 chr1 150958836 . A G 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0386186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7742;QD=15.3759;RBI=0.0410534;REFB=-0.0100891;REVB=-0.013928;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343285;STB=0.659495;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0105632;OID=.;OPOS=150958836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:5:7:12:1:5:7:12:2 chr1 150960350 . A C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0034669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.664;QD=21.377;RBI=0.0220962;REFB=-0.0223034;REVB=0.0218226;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222485;STB=0.625401;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0137534;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:12:10:16:7:12:10 chr1 150969567 . A G 777.05 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.224;QD=56.5127;RBI=0.0193146;REFB=0;REVB=0.00865486;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25539e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr1 150969992 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.099;QD=55.6561;RBI=0.0562567;REFB=0;REVB=0.0547284;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025856;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 150970577 . G T 528.52 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3774;QD=58.7243;RBI=0.0961848;REFB=0;REVB=0.00369794;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180724;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:16:16:0:0:17:19:0:0 chr1 150974945 . C T 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.027466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.131;QD=9.1113;RBI=0.101064;REFB=-0.0150018;REVB=-0.0972607;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.599733;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0387317;OID=.;OPOS=150974945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:6:9:6:2:6:10 chr1 150975108 . T C 576.29 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.223;QD=57.6285;RBI=0.0395291;REFB=-0.00558366;REVB=-0.0115947;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00107918;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:13:25:0:1:13:26:0:1 chr1 150999737 . A G 246.92 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0152827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5555;QD=24.6923;RBI=0.122184;REFB=0.0141561;REVB=0.121225;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964566;STB=0.553565;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00726561;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:11:6:11:12:11:6 chr1 151006537 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0128816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.645;QD=14.0966;RBI=0.0129034;REFB=-0.00841319;REVB=0.000750275;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00560125;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:5:9:7:4:5:9 chr1 151006539 . C A 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3756;QD=54.5068;RBI=0.00812151;REFB=0;REVB=0.00375273;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162626;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 151019180 . A G 75.49 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0218226;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3135;QD=10.4118;RBI=0.0341485;REFB=-0.0132128;REVB=0.0262658;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419661;STB=0.77351;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.030086;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:20:19:10:10:0.344828:9:1:7:13:9:1:7:12 chr1 151040435 . G A 234.76 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0132725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.193;QD=13.0423;RBI=0.0335371;REFB=-0.0016933;REVB=0.030799;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173626;STB=0.601191;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00873093;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:43:44:27:28:0.388889:18:9:21:22:19:9:21:23 chr1 151104950 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0111111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.097;QD=18.3009;RBI=0.0115622;REFB=-0.0138284;REVB=0.00319818;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195504;STB=0.611001;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0137679;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:9:14:8:12:9:14 chr1 151105824 . C G 50.21 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.110261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4588;QD=20.0826;RBI=0.145116;REFB=-0.0528412;REVB=-0.0943455;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0136312;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:0:3:4:3:0:3 chr1 151108137 . T G 355.17 PASS AF=0.625;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0107327;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6027;QD=29.5974;RBI=0.0123992;REFB=-0.00720697;REVB=-0.00620868;RO=18;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699157;STB=0.538436;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00418065;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:18:18:30:30:0.625:18:12:9:9:18:12:9:9 chr1 151254023 . A C 257.92 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0122661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.433;QD=11.5921;RBI=0.0125942;REFB=-0.00722167;REVB=0.00285589;RO=56;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110647;STB=0.558066;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0127748;OID=.;OPOS=151254023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:58:31:31:0.348315:20:11:15:41:20:11:16:42 chr1 151254041 . T C 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.00404634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.664;QD=11.7612;RBI=0.0055846;REFB=-0.00218663;REVB=-0.00384901;RO=57;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941743;STB=0.554054;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00441506;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:20:11:16:41:20:11:16:41 chr1 151259043 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0213882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.462;QD=10.5421;RBI=0.0251831;REFB=-0.0135245;REVB=-0.0132941;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202481;STB=0.512173;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.028534;OID=.;OPOS=151259043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:13:8:4:7:13:8 chr1 151259543 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0193161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.291;QD=17.064;RBI=0.020235;REFB=-0.013778;REVB=-0.00602847;RO=31;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196204;STB=0.616731;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0139016;OID=.;OPOS=151259543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:21:6:12:19:22:6:12:19 chr1 151261595 . TG T 30.37 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00992893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1141;QD=2.47917;RBI=0.0268124;REFB=-0.0948328;REVB=-0.0249062;RO=32;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.349492;STB=0.687714;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=0.14931;OID=.;OPOS=151261596;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898:12:46:12:49:37:2:10:13:24:30:32:2:10:13:19 chr1 151288391 . A G,T 757.89 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226604,0.0546363;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.803,83.9259;QD=56.1396;RBI=0.0358091,0.0590524;REFB=0,0;REVB=0.0277273,-0.0224066;RO=0;SAF=28,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00166888,0.0555173;OID=.,.;OPOS=151288391,151288391;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:24,1:28,1:0:0:24,1:28,1:0:0 chr1 151316161 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.19;QD=45.8068;RBI=0.0169817;REFB=0;REVB=0.00719717;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20117e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 151372138 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00537374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.44;QD=16.923;RBI=0.00649265;REFB=-0.00258786;REVB=-0.00364382;RO=34;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405375;STB=0.522712;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00170701;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:21:9:9:25:21:9:9:25 chr1 151376067 . A G 388.23 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0256017;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.114;QD=36.9741;RBI=0.0282483;REFB=-0.0184288;REVB=-0.0119381;RO=11;SAF=8;SAR=23;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164313;STB=0.589682;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00427919;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:42:11:11:31:31:0.738095:23:8:6:5:23:8:6:5 chr1 151376075 . T C 398.13 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0444759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1164;QD=35.3895;RBI=0.0695765;REFB=0.0342008;REVB=-0.0535049;RO=13;SAF=9;SAR=23;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111641;STB=0.560936;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0160591;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:23:9:6:7:23:9:6:7 chr1 151377407 . A C 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00594493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.868;QD=12.1357;RBI=0.0127092;REFB=-0.00221203;REVB=-0.011233;RO=65;SAF=10;SAR=28;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258928;STB=0.649238;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00355381;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:28:10:31:34:28:10:31:34 chr1 151667442 . GA G,GG 118.1 PASS AF=0.305882,0.0941176;AO=23,8;DP=89;FAO=26,8;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=10,2;FSAR=16,6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.220515,0.128423;FXX=0.0659268;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.71242,23.0043;QD=5.55761;RBI=0.246785,0.170784;REFB=-0.117085,-0.0522839;REVB=0.110797,0.112582;RO=47;SAF=10,2;SAR=13,6;SRF=21;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0139675,-0.25489;STB=0.558476,0.702172;STBP=0.403,0.266;TYPE=del,snp;VARB=0.153287,0.0269455;OID=.,.;OPOS=151667443,151667443;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305882,0.0941176:23,8:89:26,8:85:51:10,2:16,6:24:27:68:47:10,2:13,6:21:26 chr1 151675414 . A G 400.13 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.885;QD=48.5011;RBI=0.0417664;REFB=-0.0258696;REVB=-0.0244206;RO=3;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536801;STB=0.528888;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0148578;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:3:3:30:30:0.909091:11:19:1:2:11:19:1:2 chr1 151678775 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0553177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.974;QD=26.6016;RBI=0.056633;REFB=-0.00506036;REVB=0.0121344;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.666221;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0192356;OID=.;OPOS=151678775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:2:6:0:1:2:6:0:2 chr1 151686982 . AT AA,AG,A 1089.48 PASS AF=0.946667,0,0.0533333;AO=60,3,9;DP=75;FAO=71,0,4;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0,1;FSAR=39,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153557,-0.0444173,-0.0193703;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=40.3507,13.9846,25.3008;QD=58.1054;RBI=0.15399,0.114707,0.144627;REFB=-0.0300721,-0.0545436,-0.0576229;REVB=0.0115302,-0.105758,-0.143324;RO=1;SAF=27,0,3;SAR=33,3,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0171579,-0.727144,-0.126211;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.00718659,0,0.0172727;OID=.,.,.;OPOS=151686983,151686983,151686983;OREF=T,T,T;OALT=A,G,-;OMAPALT=AA,AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.946667,0,0.0533333:60,3,9:75:71,0,4:75:0:32,0,1:39,0,3:0:0:9:1:27,0,3:33,3,6:1:0 chr1 151733335 . T G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0838931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4244;QD=10.0333;RBI=0.130343;REFB=-0.000219843;REVB=0.0997564;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463402;STB=0.768534;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0019986;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:0:7:3:2:0:7 chr1 151740666 . T C 936.49 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5709;QD=58.5308;RBI=0.0985883;REFB=0;REVB=0.0492705;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152567;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr1 151746235 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000854467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3489;QD=14.6474;RBI=0.0225455;REFB=0.00553916;REVB=0.0225293;RO=45;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510686;STB=0.528992;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00699685;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:20:12:19:26:20:12:19:26 chr1 151747970 . A G 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0344294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1484;QD=15.2244;RBI=0.0386165;REFB=-0.00612097;REVB=0.0174886;RO=52;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167447;STB=0.594776;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00956009;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:14:23:24:28:14:23:24:28 chr1 151814234 . A G 526.84 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0332051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.135;QD=56.9558;RBI=0.0467521;REFB=0.0166569;REVB=0.0329117;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000256833;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr1 151819671 . C A 811.23 PASS AF=0.616667;AO=74;DP=120;FAO=74;FDP=120;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.000630339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.71;QD=27.0409;RBI=0.00551005;REFB=-0.0209761;REVB=-0.00547388;RO=46;SAF=31;SAR=43;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271564;STB=0.514729;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0147815;OID=.;OPOS=151819671;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:46:46:74:74:0.616667:43:31:21:25:43:31:21:25 chr1 151820298 . G C 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5253;QD=62.1608;RBI=0.0220186;REFB=0;REVB=0.0112981;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231649;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:33:52:0:0:33:52:0:0 chr1 151820324 . T C 1161.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.986;QD=59.5862;RBI=0.0727736;REFB=0;REVB=0.0616511;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348142;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:30:42:0:0:32:46:0:0 chr1 151825991 . G T 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00616242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.046;QD=55.6042;RBI=0.0452291;REFB=-0.0887538;REVB=0.0448073;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000416406;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr1 151845569 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=49;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.34;QD=57.2338;RBI=0.0311047;REFB=-0.0803929;REVB=0.0072408;RO=0;SAF=47;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40231e-08;STB=0.512817;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00209656;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:49:66:0.985075:2:47:0:0:19:47:0:1 chr1 151845650 . G C 322.59 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3381;QD=53.7654;RBI=0.0143382;REFB=0;REVB=-0.00612256;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140545;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 151862661 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6342;QD=45.8067;RBI=0.0352648;REFB=0;REVB=-0.0098294;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00229881;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 151867560 . G A 1305.5 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000355073;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.451;QD=62.1666;RBI=0.0203145;REFB=0;REVB=0.0203114;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06406e-05;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 152079989 . T G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.274;QD=59.8559;RBI=0.0185653;REFB=0;REVB=0.000702025;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12923e-05;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr1 152081921 . G C 953.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.102;QD=58.6526;RBI=0.0445633;REFB=0;REVB=0.0430622;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213378;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:20:44:0:0:20:45:0:0 chr1 152085505 . A C 1268.6 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.538;QD=60.4094;RBI=0.0429669;REFB=-0.082396;REVB=0.0323275;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.506328;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00208867;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:39:44:0:1:39:44:0:1 chr1 152129087 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.419;QD=63.2868;RBI=0.078761;REFB=0;REVB=0.0649989;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284882;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr1 152129094 . A G 717.65 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.856;QD=62.4039;RBI=0.0715582;REFB=0;REVB=0.0559388;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516411;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:41:46:1:29:12:0:0:33:13:0:0 chr1 152129100 . CA TG 93.67 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0406613;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.701;QD=9.36699;RBI=0.0406922;REFB=-0.0453831;REVB=0.00158636;RO=27;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457349;STB=0.806014;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.070405;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:27:28:12:12:0.3:11:1:9:18:11:1:10:18 chr1 152129115 . T C 85.12 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=66;FWDB=-0.0414419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9365;QD=4.10214;RBI=0.0415001;REFB=-0.0190461;REVB=-0.00219724;RO=63;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411947;STB=0.752197;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0184594;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:83:63:68:15:15:0.180723:13:2:2:61:13:2:2:66 chr1 152185750 . G A 1461.68 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.14051;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9268;QD=62.1992;RBI=0.143578;REFB=-0.039519;REVB=0.0295182;RO=1;SAF=57;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082444;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00126976;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:91:93:0.989362:34:57:1:0:34:59:1:0 chr1 152190835 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.415;QD=56.1913;RBI=0.0938402;REFB=0;REVB=0.0920156;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127877;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr1 152190945 . C T 2099.65 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.043;QD=62.6761;RBI=0.0308806;REFB=0;REVB=0.028712;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55566e-05;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:131:134:1:59:72:0:0:60:74:0:0 chr1 152192555 . T C 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00177233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.673;QD=61.507;RBI=0.0507462;REFB=-0.0418644;REVB=0.0507152;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00107725;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:0:1 chr1 152192687 . T C 1191.19 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.863;QD=61.0868;RBI=0.0415048;REFB=0;REVB=0.0402031;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104123;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:35:43:0:0 chr1 152192978 . T C 1463.0 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0331388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.311;QD=60.9584;RBI=0.066833;REFB=-0.112542;REVB=-0.0580386;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210617;STB=0.511109;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000469465;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:50:44:2:0:50:44:2:0 chr1 152193052 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4651;QD=59.9375;RBI=0.00392293;REFB=0;REVB=-0.00198816;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00579e-06;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr1 152193547 . G A 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.4;QD=60.0767;RBI=0.0278442;REFB=0;REVB=0.00840642;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40415e-05;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr1 152275982 . G T 169.03 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0961136;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2668;QD=13.2569;RBI=0.102757;REFB=-0.00533633;REVB=-0.0363474;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355026;STB=0.556045;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00447711;OID=.;OPOS=152275982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:33:31:20:20:0.392157:14:6:9:24:14:6:7:24 chr1 152276149 . C T 2532.63 PASS AF=1;AO=162;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210266;FXX=0.02941;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.653;QD=61.3972;RBI=0.0660434;REFB=0;REVB=0.0626068;RO=0;SAF=88;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630666;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:162:165:1:74:88:0:0:77:88:0:0 chr1 152276659 . TG CC 515.15 PASS AF=0.808511;AO=37;DP=46;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0330014;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.583;QD=43.8428;RBI=0.0330418;REFB=-0.0167869;REVB=-0.00163276;RO=9;SAF=23;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017465;STB=0.512361;STBP=0.736;TYPE=mnp;VARB=0.00340441;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:47:9:9:37:38:0.808511:14:23:6:3:15:23:6:3 chr1 152276671 . C T 625.76 PASS AF=0.847458;AO=48;DP=57;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00320419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.516;QD=42.4245;RBI=0.0535608;REFB=0.0134044;REVB=0.0534649;RO=9;SAF=30;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131582;STB=0.510634;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00628102;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:57:59:9:9:48:50:0.847458:18:30:6:3:20:30:6:3 chr1 152276772 . C A 2481.99 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.705;QD=60.1695;RBI=0.0503747;REFB=-0.0557018;REVB=0.0416697;RO=2;SAF=80;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000212317;STB=0.502994;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000110968;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:165:165:2:1:163:164:0.993939:83:80:1:1:83:81:0:1 chr1 152276871 . A G 1751.67 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0516369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.302;QD=59.8861;RBI=0.0517176;REFB=-0.0635428;REVB=-0.00288923;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-7.15881e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:59:57:0:0:59:57:1:0 chr1 152276889 . A G 1771.96 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184959;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.976;QD=61.1021;RBI=0.0277027;REFB=0;REVB=-0.0206238;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91938e-06;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr1 152277055 . C G 1276.14 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0222824;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.513;QD=57.3545;RBI=0.02529;REFB=-0.0333579;REVB=0.0119616;RO=3;SAF=24;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405092;STB=0.51194;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000849249;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:3:4:85:85:0.955056:61:24:1:2:61:24:2:2 chr1 152277168 . A G 2181.46 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.063;QD=62.3273;RBI=0.0604563;REFB=-0.0618774;REVB=0.0487466;RO=1;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704349;STB=0.503703;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000624645;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:67:72:0:1:67:72:0:1 chr1 152277345 . C T 1476.99 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.072268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.879;QD=62.1889;RBI=0.0725419;REFB=-0.108528;REVB=0.0062984;RO=2;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151015;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00143641;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:2:1:93:94:0.989474:50:43:1:1:51:43:1:0 chr1 152277396 . T C 1090.32 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1861;QD=58.9363;RBI=0.0375121;REFB=-0.056302;REVB=0.0372734;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131076;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:1:0:73:74:1:34:39:0:1:35:39:0:0 chr1 152277717 . C A 727.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.183;QD=57.0627;RBI=0.0709929;REFB=0;REVB=0.0414455;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164597;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:28:18:0:0:28:23:0:0 chr1 152278555 . T C 315.29 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0270877;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.425;QD=19.4026;RBI=0.030913;REFB=-0.0295372;REVB=0.0148952;RO=32;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758278;STB=0.542346;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0331287;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:9:24:21:11:9:24:21:11 chr1 152278689 . C A 4039.58 PASS AF=0.992395;AO=247;DP=249;FAO=261;FDP=263;FR=.;FRO=2;FSAF=135;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.049079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.587;QD=61.4385;RBI=0.0689487;REFB=-0.121751;REVB=0.048427;RO=1;SAF=125;SAR=122;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389108;STB=0.503937;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000123123;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:249:263:1:2:247:261:0.992395:122:125:0:1:126:135:0:2 chr1 152278762 . A C 53.35 PASS AF=0.0744681;AO=21;DP=283;FAO=21;FDP=282;FR=.;FRO=261;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=104;FSRR=157;FWDB=-0.0148644;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.996;QD=0.756701;RBI=0.0216964;REFB=-0.00205247;REVB=-0.0158045;RO=261;SAF=7;SAR=14;SRF=104;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778272;STB=0.564822;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0417644;OID=.;OPOS=152278762;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:283:282:261:261:21:21:0.0744681:14:7:104:157:14:7:104:157 chr1 152278775 . T A 46.04 PASS AF=0.0682594;AO=20;DP=293;FAO=20;FDP=293;FR=.;FRO=273;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=115;FSRR=158;FWDB=-0.0310466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.895;QD=0.628563;RBI=0.042549;REFB=6.54087e-05;REVB=0.0290951;RO=272;SAF=6;SAR=14;SRF=114;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137741;STB=0.621297;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00343354;OID=.;OPOS=152278775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:293:293:272:273:20:20:0.0682594:14:6:114:158:14:6:115:158 chr1 152278788 . G A 43.84 PASS AF=0.0655738;AO=20;DP=305;FAO=20;FDP=305;FR=.;FRO=285;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=121;FSRR=164;FWDB=-0.00512904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.825;QD=0.574955;RBI=0.0178679;REFB=-0.00226239;REVB=-0.017116;RO=283;SAF=6;SAR=14;SRF=121;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144771;STB=0.624607;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0251304;OID=.;OPOS=152278788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:305:305:283:285:20:20:0.0655738:14:6:121:162:14:6:121:164 chr1 152278809 . G A 31.43 PASS AF=0.0566667;AO=17;DP=299;FAO=17;FDP=300;FR=.;FRO=283;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=127;FSRR=156;FWDB=-0.026218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.725;QD=0.419012;RBI=0.0262262;REFB=-0.00116509;REVB=-0.00065623;RO=282;SAF=6;SAR=11;SRF=126;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982722;STB=0.593397;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0133387;OID=.;OPOS=152278809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:299:300:282:283:17:17:0.0566667:11:6:126:156:11:6:127:156 chr1 152278814 . C T 99.81 PASS AF=0.102473;AO=29;DP=283;FAO=29;FDP=283;FR=.;FRO=254;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=121;FSRR=133;FWDB=-0.0604061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.194;QD=1.41069;RBI=0.0617762;REFB=-0.00483604;REVB=0.0129387;RO=249;SAF=8;SAR=21;SRF=117;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245763;STB=0.687255;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0266943;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:249:254:29:29:0.102473:21:8:117:132:21:8:121:133 chr1 152278856 . T G 566.52 PASS AF=0.388235;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=170;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.00290096;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.859;QD=13.3299;RBI=0.00871106;REFB=-0.0216243;REVB=0.00821383;RO=101;SAF=30;SAR=36;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223407;STB=0.522013;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0306825;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:101:104:66:66:0.388235:36:30:48:53:36:30:51:53 chr1 152279019 . G A 236.29 PASS AF=0.269841;AO=33;DP=124;FAO=34;FDP=126;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.00322499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.048;QD=7.50121;RBI=0.0173918;REFB=-0.006572;REVB=-0.0170902;RO=90;SAF=19;SAR=14;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113761;STB=0.517231;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0177582;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:90:92:33:34:0.269841:14:19:51:39:14:20:52:40 chr1 152279729 . C T 3022.98 PASS AF=0.974874;AO=194;DP=199;FAO=194;FDP=199;FR=.;FRO=5;FSAF=92;FSAR=102;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0506636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.329;QD=60.7635;RBI=0.0507149;REFB=-0.231453;REVB=0.00228033;RO=1;SAF=92;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514837;STB=0.513226;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00162068;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:199:199:1:5:194:194:0.974874:102:92:1:0:102:92:5:0 chr1 152279841 . G C 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.63;QD=62.0074;RBI=0.0758195;REFB=0;REVB=0.0753177;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209488;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 152279920 . A G 1643.72 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.371;QD=59.2331;RBI=0.0288657;REFB=-0.130746;REVB=0.00968948;RO=1;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068307;STB=0.503545;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-1.61445e-05;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:69:40:0:1:70:40:0:1 chr1 152280032 . T C 3196.97 PASS AF=0.990566;AO=208;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0364512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.956;QD=60.3202;RBI=0.0597995;REFB=-0.197564;REVB=0.0474056;RO=3;SAF=103;SAR=105;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438384;STB=0.500045;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00262535;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:212:212:3:2:208:210:0.990566:105:103:1:2:106:104:1:1 chr1 152280170 . C G 1511.69 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0467;QD=59.869;RBI=0.064236;REFB=0;REVB=0.0289884;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152494;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:99:101:1:61:38:0:0:61:40:0:0 chr1 152280372 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.26;QD=35.5759;RBI=0.059715;REFB=0;REVB=0.0587869;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185878;OID=.;OPOS=152280372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 152280471 . C G 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0358784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.283;QD=4.07337;RBI=0.0381361;REFB=0.00993098;REVB=-0.0129267;RO=55;SAF=11;SAR=1;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532359;STB=0.866782;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0536977;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:1:11:31:24:1:11:31:24 chr1 152280736 . T C 228.28 PASS AF=0.194175;AO=40;DP=206;FAO=40;FDP=206;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=89;FSRR=77;FWDB=-0.00668966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.081;QD=4.4327;RBI=0.0308253;REFB=-0.00648498;REVB=-0.0300906;RO=165;SAF=15;SAR=25;SRF=89;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210522;STB=0.629475;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0305427;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:165:166:40:40:0.194175:25:15:89:76:25:15:89:77 chr1 152280759 . A G 352.32 PASS AF=0.265957;AO=50;DP=188;FAO=50;FDP=188;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=-0.0112488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.931;QD=7.49608;RBI=0.0159615;REFB=-0.00352727;REVB=-0.011324;RO=137;SAF=19;SAR=31;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198005;STB=0.619952;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00956192;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:137:138:50:50:0.265957:31:19:74:63:31:19:75:63 chr1 152280782 . A G 2318.9 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214533;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3308;QD=60.2312;RBI=0.0256291;REFB=-0.0277483;REVB=-0.0140217;RO=1;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060597;STB=0.503184;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000100267;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:154:1:1:152:153:0.993506:78:74:0:1:78:75:0:1 chr1 152280788 . T G 388.83 PASS AF=0.335714;AO=44;DP=145;FAO=47;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0556366;FXX=0.0344804;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.281;QD=11.1095;RBI=0.0565465;REFB=-0.0198009;REVB=-0.0101032;RO=70;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057987;STB=0.592897;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0285977;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:140:70:92:44:47:0.335714:26:18:29:41:29:18:48:44 chr1 152280864 . A G 1096.79 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.496;QD=60.098;RBI=0.0380282;REFB=0;REVB=0.0119503;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52199e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:45:26:0:0:45:28:0:0 chr1 152280900 . T G 553.92 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0035448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4441;QD=21.1016;RBI=0.00621374;REFB=-0.00466795;REVB=-0.00510342;RO=49;SAF=33;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170774;STB=0.593854;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0036325;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:49:56:56:0.533333:23:33:19:30:23:33:19:30 chr1 152281007 . AA GG 1378.44 PASS AF=0.507407;AO=136;DP=268;FAO=137;FDP=270;FR=.;FRO=133;FSAF=80;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=-0.0148062;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.38;QD=20.4213;RBI=0.0248341;REFB=-0.0185659;REVB=-0.0199376;RO=131;SAF=80;SAR=56;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137774;STB=0.573093;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.0196688;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:270:131:133:136:137:0.507407:56:80:57:74:57:80:58:75 chr1 152281039 . G A 1638.48 PASS AF=0.501538;AO=163;DP=325;FAO=163;FDP=325;FR=.;FRO=162;FSAF=90;FSAR=73;FSRF=78;FSRR=84;FWDB=0.00358704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.284;QD=20.1659;RBI=0.0451676;REFB=-0.0210354;REVB=0.045025;RO=161;SAF=90;SAR=73;SRF=78;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616249;STB=0.535345;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0190756;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:161:162:163:163:0.501538:73:90:78:83:73:90:78:84 chr1 152281228 . C G 796.88 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.0409248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2759;QD=19.0871;RBI=0.0494681;REFB=-0.0265005;REVB=0.0277894;RO=83;SAF=35;SAR=47;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17045;STB=0.599309;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0335039;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:83:85:82:82:0.491018:47:35:51:32:47:35:53:32 chr1 152281290 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00285525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.433;QD=17.9434;RBI=0.00285576;REFB=-0.0219714;REVB=5.38925e-05;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235776;STB=0.631877;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0216268;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:19:10:17:11:19:10 chr1 152281304 . A C 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0130343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.613;QD=21.8826;RBI=0.0247378;REFB=-0.0437048;REVB=0.0210254;RO=27;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509841;STB=0.528139;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0271437;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:16:18:16:11:16:18:16:11 chr1 152281479 . G T 4341.04 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357896;FXX=0.010791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.644;QD=63.1424;RBI=0.0173586;REFB=0;REVB=0.0169857;RO=0;SAF=153;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78803e-06;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:275:0:0:276:275:1:123:153:0:0:123:152:0:0 chr1 152281523 . A C 748.05 PASS AF=0.304734;AO=94;DP=330;FAO=103;FDP=338;FR=.;FRO=235;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=116;FSRR=119;FWDB=0.0353219;FXX=0.0087974;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.223;QD=8.85264;RBI=0.0449239;REFB=-0.0203689;REVB=0.0277583;RO=235;SAF=56;SAR=38;SRF=116;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125908;STB=0.555339;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0478297;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:338:235:235:94:103:0.304734:38:56:116:119:44:59:116:119 chr1 152281534 . A T 684.14 PASS AF=0.274788;AO=97;DP=353;FAO=97;FDP=353;FR=.;FRO=256;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=126;FSRR=130;FWDB=-0.00220798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.738;QD=7.75229;RBI=0.00227063;REFB=-0.00392922;REVB=0.000529706;RO=255;SAF=58;SAR=39;SRF=126;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12921;STB=0.577319;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0131626;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:255:256:97:97:0.274788:39:58:126:129:39:58:126:130 chr1 152281690 . C T 3728.63 PASS AF=0.961538;AO=249;DP=260;FAO=250;FDP=260;FR=.;FRO=10;FSAF=93;FSAR=157;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0108161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.833;QD=57.3635;RBI=0.0153418;REFB=-0.0450071;REVB=0.0108804;RO=9;SAF=93;SAR=156;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502778;STB=0.501152;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000877697;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:260:260:9:10:249:250:0.961538:156:93:4:5:157:93:4:6 chr1 152281948 . G A 2285.82 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.673;QD=60.1531;RBI=0.0403908;REFB=-0.033245;REVB=0.0164067;RO=1;SAF=54;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487894;STB=0.502564;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=6.86478e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:97:54:0:1:97:54:0:1 chr1 152282267 . G A 1457.14 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368393;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.798;QD=63.354;RBI=0.0517476;REFB=0;REVB=0.0363412;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188807;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chr1 152282311 . C T 1124.11 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271851;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6405;QD=60.7627;RBI=0.0274763;REFB=0;REVB=0.0039899;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165541;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr1 152282917 . G T 1400.43 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00247279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.55;QD=61.5573;RBI=0.00549552;REFB=-0.109139;REVB=0.00490776;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000304919;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:61:29:0:0:61:29:1:0 chr1 152283236 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.03;QD=64.4154;RBI=0.0671347;REFB=0;REVB=0.0522973;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402145;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 152283283 . C T 693.23 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138672;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.172;QD=63.0205;RBI=0.0367377;REFB=0;REVB=-0.03402;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194946;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr1 152283862 . G C 1360.59 PASS AF=0.924528;AO=96;DP=104;FAO=98;FDP=106;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0124332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.516;QD=51.3431;RBI=0.0394382;REFB=-0.0719841;REVB=0.0374271;RO=8;SAF=37;SAR=59;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159978;STB=0.500205;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361739;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:104:106:8:8:96:98:0.924528:59:37:3:5:61:37:3:5 chr1 152283975 . A G 2139.81 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.651;QD=62.9357;RBI=0.0638969;REFB=0;REVB=0.0537477;RO=1;SAF=58;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46063e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:1:0:134:136:1:76:58:1:0:77:59:0:0 chr1 152284854 . A G 2769.77 PASS AF=1;AO=173;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828044;FXX=0.022221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.293;QD=62.9493;RBI=0.0115172;REFB=0;REVB=0.00800508;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38676e-05;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:173:176:1:90:83:0:0:91:85:0:0 chr1 152285099 . C T 1080.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.547;QD=60.0115;RBI=0.0286604;REFB=0;REVB=0.0139883;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51318e-05;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:34:35:0:0:34:38:0:0 chr1 152285930 . G A 2445.45 PASS AF=0.98773;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0145126;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.255;QD=60.011;RBI=0.0145177;REFB=-0.104596;REVB=-0.000382567;RO=2;SAF=95;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991128;STB=0.505208;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000445919;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:163:2:2:161:161:0.98773:66:95:2:0:66:95:2:0 chr1 152286002 . T C 1703.18 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2895;QD=60.2895;RBI=0.0389299;REFB=0;REVB=0.0131951;RO=0;SAF=75;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893189;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:37:75:0:0:38:75:0:0 chr1 152286032 . C T 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.483;QD=63.245;RBI=0.0252684;REFB=0;REVB=-0.00571454;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28993e-05;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:80:59:0:0:80:59:0:0 chr1 152286367 . C A 1507.22 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.433;QD=58.533;RBI=0.0331168;REFB=-0.0794996;REVB=0.0300324;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921259;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=6.91824e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:51:51:0:1:51:51:0:1 chr1 152323132 . G T 1556.11 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352352;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.417;QD=59.8505;RBI=0.0059012;REFB=0;REVB=0.00473381;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939806;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:50:53:0:0:51:53:0:0 chr1 152325732 . G A 1623.44 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102397;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.687;QD=60.1273;RBI=0.0102569;REFB=0;REVB=-0.000594703;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32432e-06;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:49:57:0:0:51:57:0:0 chr1 152327469 . C T 382.96 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.954;QD=52.8216;RBI=0.0638916;REFB=0.0181239;REVB=0.0404034;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000458088;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:17:10:1:0:17:11:1:0 chr1 152327502 . A G 160.59 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.271;QD=45.8819;RBI=0.0669608;REFB=0;REVB=0.0450816;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059888;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr1 152327526 . T C 75.12 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.006;QD=37.5579;RBI=0.0894914;REFB=0;REVB=0.0879532;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197203;OID=.;OPOS=152327526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr1 152327652 . G T 220.41 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.758;QD=48.9791;RBI=0.018068;REFB=0;REVB=0.00936715;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66693e-05;OID=.;OPOS=152327652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr1 152327656 . G A 223.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000294194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.632;QD=49.5845;RBI=0.0198361;REFB=0;REVB=-0.019834;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41013e-05;OID=.;OPOS=152327656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr1 152327658 . T A 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.316;QD=50.3979;RBI=0.0195984;REFB=0;REVB=-0.015305;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83414e-05;OID=.;OPOS=152327658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 152327667 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.32;QD=55.0987;RBI=0.0154214;REFB=0;REVB=0.00832091;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05944e-05;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 152328411 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.007;QD=55.6561;RBI=0.0357981;REFB=0;REVB=0.0126048;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259324;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 152329435 . C T 744.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.821;QD=63.3231;RBI=0.0164012;REFB=0;REVB=-0.00219311;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181521;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:21:24:0:0:21:26:0:0 chr1 152329942 . C T 538.86 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00156764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.366;QD=21.7723;RBI=0.00618309;REFB=-0.0199892;REVB=0.00598107;RO=48;SAF=24;SAR=27;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153177;STB=0.584383;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0132126;OID=.;OPOS=152329942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:27:24:31:17:27:24:31:17 chr1 152331240 . G A 1422.55 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.821;QD=62.5295;RBI=0.0127173;REFB=0;REVB=0.0124451;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199928;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:46:42:0:0:49:42:0:0 chr1 152382120 . C T 638.52 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6151;QD=59.3969;RBI=0.10801;REFB=-0.0272545;REVB=0.0147344;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0047008;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr1 152484129 . G A 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.0396245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.592;QD=21.7157;RBI=0.0404216;REFB=-0.0197911;REVB=0.00798784;RO=39;SAF=1;SAR=43;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585567;STB=0.839242;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0161737;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:43:1:8:31:43:1:8:31 chr1 152487979 . C T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0433019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5987;QD=24.7071;RBI=0.0540956;REFB=-0.0514948;REVB=0.0324234;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0417986;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:9:8:11:12:9:8 chr1 152488063 . C T 446.16 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0126158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3522;QD=23.482;RBI=0.0323199;REFB=0.00143382;REVB=0.029756;RO=33;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211588;STB=0.511622;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000578001;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:22:21:17:16:22:21:17:16 chr1 152488146 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0391862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.278;QD=13.5521;RBI=0.0486587;REFB=-0.0144325;REVB=0.0288464;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175177;STB=0.599919;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0255568;OID=.;OPOS=152488146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:13:11:22:13:13:11:22:13 chr1 152488428 . T C 451.73 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0404372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.852;QD=24.7522;RBI=0.0488127;REFB=0.000529503;REVB=0.0273407;RO=30;SAF=18;SAR=25;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174625;STB=0.5951;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00108438;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:25:18:6:24:25:18:6:24 chr1 152882610 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00979894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.084;QD=15.2627;RBI=0.0156418;REFB=-0.00931954;REVB=-0.012192;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127637;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00761021;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:6:7:6:9:6:7:7:9 chr1 152884111 . G A 376.29 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0315633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5286;QD=16.0123;RBI=0.0499118;REFB=-0.034363;REVB=-0.0386645;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631832;STB=0.535583;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0453403;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:19:21:25:29:19:21:25:29 chr1 152884246 . GA TG 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0177936;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.244;QD=19.156;RBI=0.0178055;REFB=0.0029817;REVB=-0.000652315;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.597281;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=-0.00296144;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:10:13:8:13:10:13 chr1 152944594 . C T 558.18 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0129531;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.316;QD=20.1145;RBI=0.0538839;REFB=-0.02075;REVB=0.0523039;RO=51;SAF=27;SAR=30;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191323;STB=0.605734;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00884864;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:54:57:57:0.513514:30:27:13:38:30:27:14:40 chr1 152957832 . C A 32.51 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.028334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1116;QD=7.22541;RBI=0.0316579;REFB=0.00715782;REVB=0.014121;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369732;STB=0.757857;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0045236;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:17:18:12:12:5:6:0.333333:2:3:3:9:2:4:3:9 chr1 152957887 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0176753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.615;QD=22.5346;RBI=0.0198421;REFB=-0.0377743;REVB=-0.0090163;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281315;STB=0.658058;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0310281;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:6:13:5:10:6:13:5:10 chr1 152958238 . A G 356.53 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.017902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8476;QD=19.272;RBI=0.0403414;REFB=-0.0454109;REVB=-0.0361517;RO=37;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151486;STB=0.584428;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.050778;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:13:24:18:19:13:24:18:19 chr1 152958267 . T C 340.9 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0393303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3988;QD=20.9782;RBI=0.048939;REFB=-0.016313;REVB=-0.0291231;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192633;STB=0.6067;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0198891;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:13:22:12:18:13:22:12:18 chr1 152975495 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0150224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.749;QD=21.0154;RBI=0.0151771;REFB=-0.00651369;REVB=-0.00216109;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13083;STB=0.57437;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00919276;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:5:8:12:4:5:8 chr1 152975715 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00902881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3274;QD=21.0134;RBI=0.0873237;REFB=-0.0794869;REVB=0.0868557;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327739;STB=0.685949;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0377424;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:6:1:7:4:6:1 chr1 152975941 . C G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.013648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.508;QD=21.2648;RBI=0.0177089;REFB=-0.0288114;REVB=-0.0112844;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155024;STB=0.508712;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0259505;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:6:12:13:7:6:12 chr1 152976108 . C T 191.47 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0052217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.212;QD=13.4367;RBI=0.0110047;REFB=0.00533083;REVB=-0.00968695;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558879;STB=0.539843;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00600292;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:12:11:14:19:12:11:14:20 chr1 152976114 . G C 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00910725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6348;QD=12.7232;RBI=0.0343128;REFB=-0.023504;REVB=-0.0330821;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656946;STB=0.537745;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0111505;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:15:21:12:11:15:21 chr1 152976306 . T G 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.012548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.539;QD=19.2741;RBI=0.0137121;REFB=-0.0194418;REVB=0.0055291;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170026;STB=0.594543;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0215373;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:22:15:22:15:22:15:22:15 chr1 153004848 . T C 52.04 PASS AF=0.291667;AO=5;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0049415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4;QD=8.67368;RBI=0.0086993;REFB=0.0155801;REVB=-0.00715956;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191381;STB=0.531163;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.065942;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:24:24:16:16:5:7:0.291667:2:3:12:4:2:5:12:4 chr1 153004853 . C T 44.73 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0337935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.294;QD=7.45509;RBI=0.033852;REFB=-0.0402895;REVB=0.00198877;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725222;STB=0.54533;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0830994;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:13:4:2:5:13:4 chr1 153004983 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00801562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.837;QD=11.0198;RBI=0.00821794;REFB=-0.0109809;REVB=0.00181227;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00781367;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr1 153005156 . C T 187.82 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0505732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.755;QD=20.3052;RBI=0.0619102;REFB=-0.00617044;REVB=0.0357104;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173386;STB=0.509794;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0166854;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:6:12:13:6:6:12 chr1 153066072 . T C 269.6 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0285222;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.416;QD=14.1893;RBI=0.0297871;REFB=-0.00746216;REVB=-0.00858821;RO=44;SAF=27;SAR=4;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283094;STB=0.66031;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0169378;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:4:27:31:13:4:27:32:13 chr1 153085029 . G T 816.99 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00159695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.595;QD=22.6943;RBI=0.0365094;REFB=-0.0146377;REVB=-0.0364745;RO=67;SAF=51;SAR=26;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469896;STB=0.525766;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0123666;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:67:67:77:77:0.534722:26:51:41:26:26:51:41:26 chr1 153113139 . G A 125.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0520844;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3175;QD=16.1728;RBI=0.0525624;REFB=-0.0219271;REVB=0.00707281;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960359;STB=0.555476;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0831019;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:8:9:6:8:8:9 chr1 153277423 . C T 888.39 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0352;QD=56.4058;RBI=0.0318178;REFB=-0.130721;REVB=0.00220692;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00284332;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:0:1:35:27:0:1 chr1 153314153 . C A 1539.98 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00368096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.13;QD=61.5992;RBI=0.00371077;REFB=-0.000840445;REVB=-0.000469421;RO=2;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182351;STB=0.509613;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=2.67457e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:51:47:0:2:51:47:0:2 chr1 153315579 . A G 1088.47 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00773378;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.099;QD=58.836;RBI=0.0288827;REFB=-0.132859;REVB=-0.0278281;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000614245;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:41:32:0:1:41:32:0:1 chr1 153320334 . T C 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.26;QD=45.4845;RBI=0.0168196;REFB=0.00439249;REVB=0.00616761;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000154952;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:8:14:2:0:8:14:2:0 chr1 153320372 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8083;QD=56.1915;RBI=0.0567005;REFB=0;REVB=-0.0548667;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133476;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr1 153410822 . C A 171.06 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0200011;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.154;QD=12.4409;RBI=0.020653;REFB=-0.00423822;REVB=-0.00514821;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454545;STB=0.526291;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00590116;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:16:18:12:9:16:18 chr1 153412392 . T G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00163351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.476;QD=19.6682;RBI=0.0212832;REFB=0.00162817;REVB=0.0212205;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00150339;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:10:9:8:11:10:9 chr1 153431406 . C G 1061.64 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.514;QD=59.8108;RBI=0.0365893;REFB=0;REVB=-0.0261809;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57252e-06;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:32:38:1:0:32:39:0:0 chr1 153509890 . T C 330.69 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0281526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9854;QD=21.3345;RBI=0.0333848;REFB=-0.0417321;REVB=0.0179438;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119383;STB=0.556588;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.031755;OID=.;OPOS=153509890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:20:13:15:13:20:14:15:13 chr1 153588279 . G A 376.65 PASS AF=0.4;AO=43;DP=109;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.002558;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.566;QD=13.6964;RBI=0.0425647;REFB=-0.00550924;REVB=0.0424878;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154748;STB=0.587408;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00712336;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:66:43:44:0.4:16:27:31:33:17:27:31:35 chr1 153588340 . C T 616.08 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0196041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.3;QD=23.4697;RBI=0.0281686;REFB=-0.0259892;REVB=0.0202274;RO=45;SAF=32;SAR=28;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351082;STB=0.519175;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0183406;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:28:32:26:19:28:32:26:19 chr1 153604029 . C T 143.69 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0161989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9616;QD=12.7723;RBI=0.0625228;REFB=0.00156829;REVB=0.0603879;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265885;STB=0.640865;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0011088;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:28:16:17:0.377778:7:9:8:18:7:10:10:18 chr1 153665813 . CTT C,CT 166.37 PASS AF=0.454545,0;AO=22,12;DP=56;FAO=25,0;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11,0;FSAR=14,0;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.130744,-0.254203;FXX=0.017854;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=25.3863,12.7363;QD=12.0994;RBI=0.210187,0.409876;REFB=-0.0453779,-0.087159;REVB=-0.164574,-0.321526;RO=17;SAF=9,6;SAR=13,6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0.592593,0.592593;SSEP=0,0;SSSB=-0.27246,-0.268038;STB=0.621682,0.5;STBP=0.127,1;TYPE=del,del;VARB=0.0343365,0;OID=.,.;OPOS=153665814,153665814;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0:22,12:56:25,0:55:30:11,0:14,0:20:10:99:17:9,6:13,6:13:4 chr1 153676713 . C A 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0104212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.374;QD=18.1911;RBI=0.0200005;REFB=-0.00485079;REVB=0.017071;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290968;STB=0.516235;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00592051;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:21:19:20:25:21:19:20:25 chr1 153743234 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0406359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.683;QD=24.9293;RBI=0.0551574;REFB=-0.00691735;REVB=-0.037297;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289268;STB=0.661374;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0198646;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:7:12:7:18:7:12 chr1 153910202 . G A 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00675224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9123;QD=10.4727;RBI=0.00720298;REFB=0.00158892;REVB=0.00250802;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105228;STB=0.561733;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00250161;OID=.;OPOS=153910202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:16:21:9:10:16:21 chr1 153913770 . A G 646.4 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00907561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.17;QD=50.6981;RBI=0.0131366;REFB=-0.0329909;REVB=0.00949761;RO=2;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477083;STB=0.513642;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0160014;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:3:48:48:0.941176:21:27:1:1:21:27:1:2 chr1 154091208 . G A 388.46 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.00256439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.518;QD=14.6588;RBI=0.0152536;REFB=-0.0179201;REVB=-0.0150365;RO=61;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299329;STB=0.66714;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0448731;OID=.;OPOS=154091208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:19:26:17:44:19:26:17:44 chr1 154108387 . G A 1212.51 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255694;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.151;QD=61.3929;RBI=0.0258413;REFB=0;REVB=-0.00373904;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54953e-05;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr1 154144681 . A T 313.95 PASS AF=0.833333;AO=27;DP=32;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00199506;FXX=0.0624805;HRUN=11;LEN=1;MLLD=243.376;QD=41.8606;RBI=0.016223;REFB=-0.0845294;REVB=-0.0160999;RO=3;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819671;STB=0.523346;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000554562;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:32:30:3:5:27:25:0.833333:19:8:1:2:17:8:1:4 chr1 154310048 . C G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.728;QD=59.996;RBI=0.0309675;REFB=0;REVB=0.0082664;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24382e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr1 154317153 . C T 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.75;QD=57.835;RBI=0.0370313;REFB=-0.0733273;REVB=0.0219474;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00124181;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:28:41:0:0:28:41:1:0 chr1 154426970 . A C 120.43 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0261894;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.664;QD=12.6772;RBI=0.0290567;REFB=0.00550369;REVB=0.012586;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300359;STB=0.681514;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00778368;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:24:24:14:14:0.368421:2:12:16:8:2:12:16:8 chr1 154437896 . T C 989.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035045;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.839;QD=59.0884;RBI=0.00832467;REFB=0;REVB=-0.00755107;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239558;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:43:23:0:0:44:23:0:0 chr1 154438880 . T C 755.2 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.912;QD=55.9409;RBI=0.06487;REFB=0;REVB=0.0626443;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585685;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr1 154474131 . C G 365.19 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.585;QD=52.1694;RBI=0.0272032;REFB=-0.0226149;REVB=0.0231312;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=9.23107e-05;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:1:0:18:9:1:0 chr1 154516571 . T C 845.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.513;QD=57.3549;RBI=0.0170411;REFB=0;REVB=0.00240713;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75263e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:34:23:0:0:35:24:0:0 chr1 154556663 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0297638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.374;QD=14.2416;RBI=0.0297699;REFB=-0.0111975;REVB=-0.000602164;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0177035;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr1 154561925 . C T 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00936374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.104;QD=17.1545;RBI=0.0144689;REFB=0.00673693;REVB=-0.0110304;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176965;STB=0.601147;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00690356;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:12:8:10:7:12:8 chr1 154573967 . T C 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00736334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.813;QD=28.1268;RBI=0.011948;REFB=-0.00902352;REVB=-0.00940931;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927365;STB=0.55098;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00498063;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:16:8:3:11:16:8:3:11 chr1 154574820 . T C 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.992;QD=59.6754;RBI=0.00708844;REFB=0;REVB=-0.00120457;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01308e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr1 154575040 . C T 705.95 PASS AF=0.780822;AO=55;DP=71;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0936305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.189;QD=38.6821;RBI=0.100683;REFB=-0.168548;REVB=0.0370179;RO=6;SAF=16;SAR=39;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14786;STB=0.653791;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247903;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:71:73:6:16:55:57:0.780822:39:16:6:0:39:18:16:0 chr1 154600372 . A G 207.44 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.201;QD=48.8087;RBI=0.0515999;REFB=0;REVB=0.00870636;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366231;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr1 154744807 . C G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00581733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.427;QD=13.4591;RBI=0.0148886;REFB=-0.00978645;REVB=-0.0137051;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548266;STB=0.531876;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0243632;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:7:19:11:5:7:19 chr1 154744852 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.363;QD=51.1834;RBI=0.0865837;REFB=0;REVB=0.0132298;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682283;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr1 154842482 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0369541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.96;QD=19.0179;RBI=0.0369565;REFB=-0.0174171;REVB=-0.000420665;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282127;STB=0.656971;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0150972;OID=.;OPOS=154842482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:1:13:10:5:1:13 chr1 154917314 . G A 1415.27 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.126;QD=62.901;RBI=0.0284674;REFB=0;REVB=-0.0186353;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01377e-05;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr1 154919080 . C T 698.19 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011186;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.576;QD=52.6938;RBI=0.0473969;REFB=-0.122295;REVB=0.046058;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047012;STB=0.52499;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00111481;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:32:19:2:0:32:19:2:0 chr1 154931757 . T A 356.88 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=92;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00679894;FXX=0.0543419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.457;QD=16.408;RBI=0.0106908;REFB=-0.00959896;REVB=-0.00825032;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761461;STB=0.555527;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0124866;OID=.;OPOS=154931757;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:87:48:48:37:39:0.448276:19:18:27:21:21:18:27:21 chr1 154937863 . G A 332.52 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0203935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2328;QD=26.6019;RBI=0.0325762;REFB=-0.0332093;REVB=0.0254031;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174805;STB=0.596945;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0224923;OID=.;OPOS=154937863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:9:20:10:11:9:20:10:11 chr1 154987526 . C T 396.81 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0339701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8509;QD=40.6983;RBI=0.0524378;REFB=0.00854713;REVB=0.0399469;RO=8;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311942;STB=0.516881;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00232817;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:18:13:4:4:18:13:4:4 chr1 154988957 . A G 108.86 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.126835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.049;QD=24.19;RBI=0.127299;REFB=0.0163382;REVB=0.0108489;RO=6;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615225;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0104823;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:10:12:0.666667:10:0:0:6:10:2:0:6 chr1 155006091 . A G 714.52 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00919329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.586;QD=60.8098;RBI=0.0226056;REFB=-0.0618356;REVB=0.0206518;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000257974;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:24:22:0:0:24:22:0:1 chr1 155006999 . C T 740.47 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4959;QD=63.0184;RBI=0.0715218;REFB=0;REVB=0.0641116;RO=1;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137752;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:1:0:44:47:1:33:11:0:1:34:13:0:0 chr1 155019710 . A C 846.84 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.385;QD=57.4131;RBI=0.0572309;REFB=0;REVB=-0.00684519;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52113e-05;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:25:32:0:0:26:33:0:0 chr1 155026942 . A C 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0880158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.166;QD=51.2386;RBI=0.0883543;REFB=-0.0715443;REVB=0.00772651;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.506489;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00351228;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:12:18:1:0:12:18:1:1 chr1 155033317 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.434;QD=57.6807;RBI=0.0188614;REFB=0;REVB=-0.0129152;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79184e-06;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 155059851 . A G 727.29 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.913;QD=51.9496;RBI=0.0458734;REFB=-0.071583;REVB=0.0280436;RO=3;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655594;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000448592;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:3:1:52:55:0.982143:20:32:0:3:22:33:0:1 chr1 155106697 . G A 726.74 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.747;QD=60.5615;RBI=0.0278038;REFB=-0.185924;REVB=-0.00676113;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000803978;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:24:22:0:0:25:22:1:0 chr1 155149718 . G A 329.92 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410746;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.078;QD=54.986;RBI=0.0457599;REFB=0;REVB=0.0201703;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88466e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 155162067 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.524;QD=56.1915;RBI=0.00888548;REFB=0;REVB=-0.0037251;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4243e-05;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 155178745 . AGG GAG,GTA 30.07 PASS AF=0.108108,0;AO=14,5;DP=117;FAO=12,0;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0289875,-0.0207273;FXX=0.059317;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=33.7288,165.675;QD=1.08365;RBI=0.131541,0.0943579;REFB=-0.0471035,-0.00766286;REVB=-0.128307,-0.0920533;RO=89;SAF=2,0;SAR=12,5;SRF=48;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499647,-0.501235;STB=0.902666,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.231017,0;OID=.,.;OPOS=155178745,155178745;OREF=AG,AGG;OALT=GA,GTA;OMAPALT=GAG,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:117:111:89:99:14,5:12,0:0.108108,0:12,5:2,0:48:41:11,0:1,0:50:49 chr1 155178782 . A T 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.576;QD=61.2119;RBI=0.0390402;REFB=0;REVB=0.0370986;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266182;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:49:30:0:0:49:30:0:0 chr1 155186729 . T C 3056.29 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999807;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2627;QD=60.2224;RBI=0.0362966;REFB=0.061376;REVB=-0.0348925;RO=1;SAF=96;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473886;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00299471;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:203:1:0:196:203:1:100:96:0:1:101:102:0:0 chr1 155186742 . G A 3095.23 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.141;QD=63.8191;RBI=0.0612309;REFB=0;REVB=0.0610126;RO=0;SAF=97;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4284e-05;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:97:97:0:0:97:97:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT 393.56 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130775;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=170.657;QD=56.2235;RBI=0.06586;REFB=0;REVB=0.0645486;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000553247;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:14:14:0:0 chr1 155230131 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530937;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.201;QD=58.1421;RBI=0.00746815;REFB=0;REVB=-0.00525204;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32956e-07;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 155258752 . G A 795.53 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206654;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.11;QD=55.8269;RBI=0.0206835;REFB=0;REVB=-0.000864364;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354757;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:1:0:56:57:1:24:32:1:0:24:33:0:0 chr1 155258756 . C T 754.65 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00587229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.799;QD=54.8835;RBI=0.00626008;REFB=-0.0374522;REVB=-0.00216905;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-2.63369e-06;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:0:1:22:32:0:1 chr1 155260383 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.351;QD=51.1846;RBI=0.0404695;REFB=0;REVB=0.0116404;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249714;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 155294274 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.505;QD=51.9133;RBI=0.0702844;REFB=0;REVB=0.0136674;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618425;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 155296882 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG 244.92 PASS AF=0.0416667,0.958333,0;AO=7,7,3;DP=21;FAO=1,23,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625698,0.156428,-0.29322;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,2;MLLD=19.4007,26.9574,9.73406;QD=40.8198;RBI=0.101179,0.179014,0.313959;REFB=0,0,0;REVB=-0.0795119,-0.0870407,-0.112215;RO=0;SAF=7,1,3;SAR=0,6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0682203,0.00156061,0;OID=.,.,.;OPOS=155296886,155296883,155296887;OREF=GGC,GG,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333,0:7,7,3:21:1,23,0:24:0:1,11,0:0,12,0:0:0:4:0:7,1,3:0,6,0:0:0 chr1 155306151 . T C,TACAC 30.88 PASS AF=0.222222,0.333333;AO=2,2;DP=13;FAO=2,3;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2;FSAR=2,1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000813051,0.0094059;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=50.6393,84.1948;QD=13.7248;RBI=0.011529,0.0493387;REFB=-0.022826,-0.0812514;REVB=0.0115003,-0.0484338;RO=7;SAF=0,2;SAR=2,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.67228,0.539624;STB=0.995001,0.555201;STBP=0.159,0.872;TYPE=snp,ins;VARB=0.0704083,0.0833907;OID=.,.;OPOS=155306151,155306152;OREF=T,-;OALT=C,ACAC;OMAPALT=C,TACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:13:9:7:4:2,2:2,3:0.222222,0.333333:2,0:0,2:5:2:2,1:0,2:3:1 chr1 155408635 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5262;QD=58.236;RBI=0.0706343;REFB=0;REVB=0.0672403;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107133;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr1 155451832 . T C 474.06 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00813173;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.493;QD=18.5906;RBI=0.0102116;REFB=-0.00588028;REVB=-0.00617675;RO=54;SAF=24;SAR=26;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156318;STB=0.598537;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00722188;OID=.;OPOS=155451832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:54:52:50:50:0.490196:26:24:17:37:26:24:15:37 chr1 155581311 . T C 338.62 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0280123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.877;QD=50.1656;RBI=0.0282099;REFB=0.0104678;REVB=-0.00333258;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000364965;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:14:11:1:0:14:12:1:0 chr1 155583937 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.225;QD=39.2038;RBI=0.0231325;REFB=0;REVB=0.0231325;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230587;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:9:0:0:0 chr1 155658085 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-5.29048e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.926;QD=61.5109;RBI=0.00511053;REFB=-0.0105703;REVB=0.00511052;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=6.81004e-06;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr1 155735012 . T C 699.04 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00344488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.635;QD=54.8269;RBI=0.00344492;REFB=-0.129931;REVB=1.65126e-05;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285;STB=0.515145;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00102605;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:16:33:0:1:16:34:0:1 chr1 155735901 . C T 145.32 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0105964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.347;QD=15.2971;RBI=0.0265003;REFB=-0.00725415;REVB=-0.0242895;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415998;STB=0.763243;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00829398;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:22:22:14:16:0.421053:2:12:12:10:2:14:12:10 chr1 155755097 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.539;QD=59.8394;RBI=0.00693073;REFB=0;REVB=-0.00674585;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24161e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 155823124 . G A 257.89 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0279172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.738;QD=18.4207;RBI=0.0281939;REFB=-0.00719659;REVB=-0.00394013;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491771;STB=0.517844;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00652808;OID=.;OPOS=155823124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:13:14:13:15:14:14:13:15 chr1 155837865 . G C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6509;QD=61.6754;RBI=0.0531461;REFB=0;REVB=0.0171385;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120856;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 155838267 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.586;QD=64.1533;RBI=0.0344495;REFB=0;REVB=0.0332181;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70189e-05;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr1 155880573 . C G 670.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.487;QD=62.4142;RBI=0.0477724;REFB=0;REVB=0.0391191;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08838e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:17:26:0:0 chr1 155904177 . T C 1606.67 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.2;QD=60.0626;RBI=0.0151273;REFB=0;REVB=-0.0150142;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84996e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr1 155912486 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6579;QD=58.5875;RBI=0.0120219;REFB=0;REVB=0.0119239;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139212;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr1 156107534 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.665;QD=58.5985;RBI=0.0168151;REFB=0;REVB=0.0167063;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114523;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr1 156215899 . G A 928.43 PASS AF=0.513966;AO=90;DP=178;FAO=92;FDP=179;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0128015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0695;QD=20.747;RBI=0.0128157;REFB=-0.0142693;REVB=0.000602885;RO=87;SAF=47;SAR=43;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968251;STB=0.541531;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0180723;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:87:87:90:92:0.513966:43:47:36:51:45:47:37:50 chr1 156220056 . T C 118.55 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0450948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.143;QD=13.1718;RBI=0.0859805;REFB=-0.0186432;REVB=-0.0732058;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193581;STB=0.624826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0260829;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:13:8:8:6:14:8 chr1 156233189 . C T 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.009073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.684;QD=24.8174;RBI=0.0122933;REFB=-0.0515622;REVB=0.00829491;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191286;STB=0.606211;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0259808;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:12:6:14:10:12:6 chr1 156255456 . G A 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0184268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.416;QD=11.9175;RBI=0.0184286;REFB=-0.0157047;REVB=-0.000251795;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.781686;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0356165;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:4:5:1:6:4:5 chr1 156263940 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0136038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7992;QD=17.3789;RBI=0.0205989;REFB=-0.00208976;REVB=0.0154677;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202605;STB=0.613791;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00356924;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:11:22:17:20:11:22:17:20 chr1 156264000 . G A 242.87 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00105123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.569;QD=22.5922;RBI=0.0379657;REFB=-0.0372318;REVB=0.0379511;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725604;STB=0.540506;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0353779;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:13:7:10:13:13:7 chr1 156280969 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0189083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5982;QD=14.169;RBI=0.0231933;REFB=-0.0483503;REVB=0.0134315;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0651954;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:4:8:4:6:4:8 chr1 156280971 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0507187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7962;QD=16.4259;RBI=0.0580581;REFB=-0.035563;REVB=0.0282551;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307182;STB=0.677107;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0398226;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:3:8:4:7:3:8 chr1 156306918 . G A 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00576488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.27;QD=19.3676;RBI=0.0183958;REFB=-0.00705989;REVB=-0.0174691;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317856;STB=0.685302;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00487778;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:4:3:8:2:4:3 chr1 156351699 . G A 369.48 PASS AF=0.36;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=-0.0349717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.906;QD=11.8233;RBI=0.0356279;REFB=-0.025223;REVB=-0.00680605;RO=74;SAF=18;SAR=27;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266937;STB=0.670735;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0490805;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:74:80:45:45:0.36:27:18:48:26:27:18:54:26 chr1 156354293 . A G 1541.62 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205323;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.288;QD=59.8686;RBI=0.00205589;REFB=0;REVB=0.000104507;RO=0;SAF=31;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86514e-06;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:72:31:0:0:72:31:0:0 chr1 156354367 . A G 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5893;QD=59.8524;RBI=0.0566704;REFB=0;REVB=0.0201715;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070698;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:50:21:0:0:50:21:0:0 chr1 156436083 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00328257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.959;QD=14.3354;RBI=0.0551829;REFB=0.00250093;REVB=0.0550852;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230887;STB=0.633877;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00055127;OID=.;OPOS=156436083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:2:8:5:4:2:8 chr1 156450719 . G A 317.09 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0536002;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.056;QD=50.7348;RBI=0.064916;REFB=-0.0617286;REVB=0.0366211;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00158044;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:0:1 chr1 156526387 . C G 1914.97 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9632;QD=61.7731;RBI=0.0306679;REFB=0;REVB=-0.0274966;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209701;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:121:124:1:62:59:0:0:65:59:0:0 chr1 156526444 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.066;QD=63.0525;RBI=0.0325548;REFB=0;REVB=0.0295469;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76988e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr1 156532977 . T C 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00766218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9663;QD=57.3928;RBI=0.0131652;REFB=0.0107071;REVB=-0.0107058;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000658221;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:0:1:14:23:0:1 chr1 156536221 . G C 905.97 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00480503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.066;QD=56.6229;RBI=0.0163336;REFB=-0.0988998;REVB=-0.0156108;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012593;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000260653;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:1:0:26:37:1:0 chr1 156536251 . T C 1049.35 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103906;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.903;QD=59.1184;RBI=0.0135676;REFB=0;REVB=0.00872429;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0929e-06;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr1 156556321 . G A 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.561;QD=61.8127;RBI=0.0166551;REFB=-0.138671;REVB=-0.00457392;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.51428;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0011568;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:17:32:0:0:17:32:0:1 chr1 156561651 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.637;QD=49.5978;RBI=0.067656;REFB=0;REVB=0.0674803;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311887;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 156563375 . G A 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164124;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.026;QD=59.4597;RBI=0.0613571;REFB=0;REVB=0.0591213;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117626;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr1 156563726 . A C 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4828;QD=61.9763;RBI=0.0271094;REFB=0;REVB=0.0270263;RO=0;SAF=89;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9351e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:37:89:0:0:37:89:0:0 chr1 156563813 . G A 1466.77 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=89;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.283;QD=61.7587;RBI=0.0614414;REFB=-0.0139458;REVB=0.0172767;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.504761;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00128496;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:95:1:1:88:94:0.989474:41:47:1:0:42:52:1:0 chr1 156563852 . C T 1024.84 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.614;QD=59.4113;RBI=0.0190071;REFB=0;REVB=-0.0108574;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116597;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr1 156564922 . C T 599.81 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280176;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.43;QD=59.9809;RBI=0.0280212;REFB=0;REVB=-0.000449073;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176297;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:1:0:39:40:1:25:14:1:0:25:15:0:0 chr1 156565049 . A AAC,AC 400.08 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=23,5;DP=32;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106868,-0.0193349;FXX=0.0333222;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=238.038,223.927;QD=55.1837;RBI=0.0238068,0.0289865;REFB=0,0;REVB=0.0212734,0.0215958;RO=2;SAF=16,4;SAR=7,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0544278,-0.171367;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00122956,0.0143411;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:23,5:32:28,1:29:0:20,1:8,0:0:0:5:2:16,4:7,1:2:0 chr1 156595447 . G A 606.03 PASS AF=0.793651;AO=48;DP=62;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00787011;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.413;QD=38.478;RBI=0.0301455;REFB=-0.037257;REVB=-0.0291001;RO=0;SAF=40;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.98835e-08;STB=0.621247;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000939841;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:63:0:13:48:50:0.793651:8:40:0:0:8:42:6:7 chr1 156639753 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.935;QD=53.2772;RBI=0.0135057;REFB=0;REVB=0.0113803;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49308e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 156640156 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109989;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.716;QD=42.1826;RBI=0.0127828;REFB=0;REVB=0.00651345;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9273e-05;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 156640678 . G A 485.15 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244131;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6865;QD=58.8062;RBI=0.0302355;REFB=0;REVB=0.0178379;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160023;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:30:3:0:0:30:3:0:0 chr1 156697056 . T C 554.57 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0275732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.065;QD=24.9244;RBI=0.0360396;REFB=-0.0125151;REVB=0.0232072;RO=38;SAF=21;SAR=29;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220368;STB=0.506945;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00948749;OID=.;OPOS=156697056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:38:50:51:0.573034:29:21:17:21:29:22:17:21 chr1 156705593 . G C 1304.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.951;QD=62.0956;RBI=0.0579366;REFB=0;REVB=0.0152166;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117434;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:38:43:0:0:38:46:0:0 chr1 156713512 . C T 591.86 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0981553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3251;QD=56.3677;RBI=0.100834;REFB=-0.181869;REVB=0.0230881;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545431;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0159246;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:0:2:40:40:0.952381:30:10:0:0:30:10:2:0 chr1 156752048 . C G 223.83 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0450127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5992;QD=17.2177;RBI=0.0474088;REFB=-0.00913067;REVB=-0.0148811;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838249;STB=0.557231;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0209235;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:13:11:10:17:13:12:10:17 chr1 156760887 . C A 413.05 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0103162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.768;QD=24.2969;RBI=0.0105814;REFB=-0.029291;REVB=0.00235408;RO=27;SAF=18;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595773;STB=0.538903;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0176474;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:28:40:40:0.588235:22:18:10:17:22:18:10:18 chr1 156784982 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.098;QD=62.6707;RBI=0.0676719;REFB=0;REVB=0.0118078;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255161;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr1 156785617 . G A 977.36 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0646124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.996;QD=57.4919;RBI=0.0661489;REFB=-0.0909581;REVB=0.0141744;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000378089;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr1 156846233 . G A 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0196539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.482;QD=19.5869;RBI=0.0200265;REFB=-0.0110788;REVB=-0.00384499;RO=46;SAF=25;SAR=19;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122109;STB=0.56758;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00945329;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:19:25:32:14:19:25:32:14 chr1 156873727 . G A 549.2 PASS AF=0.409091;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0154378;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.728;QD=14.265;RBI=0.0234616;REFB=-0.0308216;REVB=0.0176669;RO=91;SAF=33;SAR=30;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884086;STB=0.549645;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0405348;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:91:91:63:63:0.409091:30:33:40:51:30:33:40:51 chr1 156877457 . T C 770.32 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1116;QD=55.0227;RBI=0.0250282;REFB=0.0540841;REVB=-0.00668726;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00638593;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:30:26:0:0:30:25:1:0 chr1 156877797 . C A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0450052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.19;QD=10.1406;RBI=0.0462476;REFB=0.00260982;REVB=0.0106477;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927648;STB=0.555897;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00449199;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:15:13:5:8:15:13 chr1 156878531 . T C 437.69 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000823889;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7206;QD=21.0937;RBI=0.0359;REFB=-0.00684441;REVB=-0.0358906;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909282;STB=0.551581;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00571456;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:38:40:43:43:0.518072:17:26:19:19:17:26:20:20 chr1 156878737 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0134937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.952;QD=20.7547;RBI=0.0141906;REFB=-0.0163256;REVB=0.00439224;RO=12;SAF=14;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50937;STB=0.799466;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0240845;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:1:14:7:5:1:14:7:5 chr1 156879580 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0666427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.006;QD=21.3764;RBI=0.0666442;REFB=-0.0096117;REVB=0.000455025;RO=22;SAF=4;SAR=19;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596409;STB=0.533306;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0102056;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:19:4:3:19:19:4:3:19 chr1 156882996 . G C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.196;QD=60.5976;RBI=0.0682788;REFB=0;REVB=0.00520899;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744047;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr1 156883493 . G A 1084.47 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200978;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.365;QD=60.2481;RBI=0.0231465;REFB=0;REVB=0.011482;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215496;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr1 156883546 . A G 1043.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.159;QD=59.6152;RBI=0.0100454;REFB=0;REVB=0.00759143;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4348e-06;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 156883735 . AG A,CA 206.95 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204549,0.145383;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.53173,9.68825;QD=29.5639;RBI=0.263244,0.21006;REFB=0,0;REVB=0.165702,0.151621;RO=4;SAF=10,0;SAR=8,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101197,-0.569412;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0206935,0;OID=.,.;OPOS=156883736,156883735;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:28:4:0:18,2:28,0:1,0:8,2:10,0:1:3:16,0:12,0:0:0 chr1 156902259 . G A 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.471;QD=57.6347;RBI=0.0631019;REFB=-0.0536397;REVB=0.0478027;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00110138;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:0:1:34:34:0:1 chr1 156907081 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.813;QD=59.8351;RBI=0.0379955;REFB=0;REVB=0.0372396;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123996;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 156907115 . T C 738.02 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4631;QD=62.8106;RBI=0.16812;REFB=0;REVB=0.164398;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192415;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:39:47:1:14:25:0:0:22:25:0:0 chr1 157095433 . A AG 43.8 PASS AF=0.207317;AO=14;DP=87;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0680787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.485;QD=2.13645;RBI=0.0916339;REFB=-0.00495473;REVB=-0.0613357;RO=69;SAF=1;SAR=13;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479782;STB=0.733;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=-0.0361128;OID=.;OPOS=157095434;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207317:14:87:17:82:65:2:15:20:45:43:69:1:13:23:46 chr1 157095470 . A G 169.41 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=0.00328026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.629;QD=8.91637;RBI=0.136663;REFB=-0.0213271;REVB=-0.136623;RO=41;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777825;STB=0.510195;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0433024;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:53:23:23:0.302632:18:5:11:30:18:5:11:42 chr1 157497597 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0102457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.48;QD=14.0791;RBI=0.0115256;REFB=0.00310468;REVB=-0.00527877;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00274544;OID=.;OPOS=157497597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:9:7:8:4:9:7 chr1 157508882 . C T 158.9 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.039711;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1116;QD=16.2969;RBI=0.082025;REFB=-0.00957138;REVB=0.0717714;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427399;STB=0.740503;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0101627;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:3:19:7:10:3:19 chr1 157509025 . C T 401.5 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0282328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.749;QD=16.3878;RBI=0.0315506;REFB=-0.0116561;REVB=-0.0140836;RO=55;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119441;STB=0.561196;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0111044;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:56:42:42:0.428571:21:21:21:34:21:21:22:34 chr1 157514097 . A G 1315.56 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.15;QD=61.9086;RBI=0.0415888;REFB=0;REVB=0.00351922;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66047e-05;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:48:36:0:0:48:37:0:0 chr1 157557701 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00397687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.631;QD=16.627;RBI=0.00967698;REFB=-0.0264681;REVB=-0.00882205;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407186;STB=0.730869;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.018416;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:2:12:5:8:2:12 chr1 157567751 . A G 131.48 PASS AF=0.636364;AO=11;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0533465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.263;QD=23.9047;RBI=0.0626222;REFB=-0.0568855;REVB=0.0327977;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.567474;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0602669;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:11:14:0.636364:3:8:6:2:6:8:6:2 chr1 157739840 . CAAC CAC,CACT 1390.64 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=17,4;DP=99;FAO=92,6;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45,6;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.397303,-0.0447175;FXX=0.0101;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=22.5704,191.337;QD=56.7606;RBI=1.06001,0.147018;REFB=0,0;REVB=0.982736,0.140053;RO=62;SAF=17,4;SAR=0,0;SRF=16;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0.404959,0;SSSB=0.822252,0.634352;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0291569,0.139373;OID=.,.;OPOS=157739841,157739842;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=CAC,CACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.938776,0.0612245:17,4:99:92,6:98:0:45,6:47,0:0:0:15:62:17,4:0,0:16:46 chr1 157771880 . C T 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355548;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.574;QD=60.0425;RBI=0.0430719;REFB=0;REVB=0.0243115;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134112;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr1 157802979 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.854;QD=64.4145;RBI=0.0436487;REFB=0;REVB=0.032017;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459402;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr1 157805650 . A T 466.61 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00503444;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.442;QD=19.6465;RBI=0.00608432;REFB=-0.0124576;REVB=0.00341664;RO=50;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234491;STB=0.625462;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00992037;OID=.;OPOS=157805650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:49:46:46:0.484211:17:29:19:31:17:29:19:30 chr1 158047836 . G A 1222.25 PASS AF=0.565657;AO=107;DP=194;FAO=112;FDP=198;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0271091;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.043;QD=24.6919;RBI=0.0367083;REFB=-0.0276845;REVB=0.0247507;RO=84;SAF=47;SAR=60;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590882;STB=0.529566;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0250354;OID=.;OPOS=158047836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:198:84:86:107:112:0.565657:60:47:43:41:61:51:45:41 chr1 158066834 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9674;QD=54.5173;RBI=0.0503754;REFB=0;REVB=-0.00635612;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110407;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 158324425 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.877;QD=58.2396;RBI=0.0464181;REFB=0;REVB=0.00159871;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69748e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 158436299 . T C 746.88 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.691;QD=63.564;RBI=0.0379315;REFB=0;REVB=0.0377814;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97478e-05;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:23:22:0:0:24:23:0:0 chr1 158450314 . A G 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8185;QD=55.0901;RBI=0.0465167;REFB=0;REVB=-0.0452874;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000875635;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 158450382 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.54;QD=57.7124;RBI=0.011527;REFB=0;REVB=0.000987665;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58065e-05;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 158517142 . C T 709.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.102;QD=63.0294;RBI=0.0206801;REFB=0;REVB=0.0124254;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70933e-05;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:12:32:0:0:13:32:0:0 chr1 158517353 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.156;QD=56.7063;RBI=0.0238132;REFB=0;REVB=0.0231708;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100028;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr1 158533140 . A G 582.07 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1006;QD=58.2065;RBI=0.0346829;REFB=-0.0498226;REVB=-0.0277792;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00115987;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:13:26:1:0:13:26:1:0 chr1 158533224 . A G 535.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6342;QD=59.551;RBI=0.0121305;REFB=0;REVB=-0.0019785;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106264;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:12:24:0:0 chr1 158549264 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.756;QD=59.4356;RBI=0.0163952;REFB=0;REVB=0.0149689;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83023e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr1 158549420 . C T 691.5 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00314292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6458;QD=49.3931;RBI=0.0032148;REFB=-0.117917;REVB=-0.000675995;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.532246;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00724301;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:0:4:52:52:0.928571:29:23:0:0:29:23:0:4 chr1 158549492 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.409;QD=56.9383;RBI=0.0335665;REFB=0;REVB=0.03352;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61033e-05;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr1 158549511 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.348;QD=57.1775;RBI=0.0238225;REFB=0;REVB=-0.000233066;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27224e-05;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 158577109 . A C 286.55 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00411231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.187;QD=13.3278;RBI=0.0151125;REFB=-0.00502968;REVB=-0.0145422;RO=53;SAF=8;SAR=25;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130651;STB=0.575173;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00697059;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:25:8:18:35:25:8:18:35 chr1 158582646 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.304;QD=61.5362;RBI=0.0352656;REFB=0;REVB=0.00689119;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90557e-05;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr1 158584091 . A G 727.19 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.545;QD=63.2336;RBI=0.0575754;REFB=0;REVB=-0.0165618;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123379;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr1 158587390 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.746;QD=59.8557;RBI=0.00903905;REFB=0;REVB=-0.00532775;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72589e-06;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr1 158587858 . G A 270.79 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00226176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.223;QD=16.9242;RBI=0.0691352;REFB=0.0209941;REVB=-0.0690982;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142569;STB=0.588615;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0253638;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:34:30:30:0.46875:11:19:16:17:11:19:16:18 chr1 158592935 . G A 96.17 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00831416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.417;QD=12.0206;RBI=0.0104999;REFB=-0.0038605;REVB=0.00641272;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0050592;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:7:13:7:5:7:13 chr1 158597507 . G C 355.72 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0186093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.045;QD=17.5662;RBI=0.0197988;REFB=-0.0205268;REVB=0.00675906;RO=42;SAF=10;SAR=27;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148717;STB=0.583287;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0231966;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:37:38:0.469136:27:10:17:25:28:10:17:26 chr1 158606449 . G T 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0065631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.853;QD=17.7521;RBI=0.0279761;REFB=-0.0133084;REVB=-0.0271954;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734158;STB=0.541038;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0149064;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:22:23:24:31:22:23:24:31 chr1 158607935 . T G 505.33 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0802184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7953;QD=22.7116;RBI=0.0803295;REFB=0.0208688;REVB=-0.00422348;RO=41;SAF=26;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427953;STB=0.502355;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0179481;OID=.;OPOS=158607935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:22:26:22:19:22:26:22:19 chr1 158612236 . A G 4941.4 PASS AF=1;AO=316;DP=319;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156267;FXX=0.0062694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.966;QD=62.352;RBI=0.0332863;REFB=-0.0645712;REVB=0.0293902;RO=2;SAF=161;SAR=155;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000113946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016727;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:319:317:2:0:316:317:1:155:161:1:1:155:162:0:0 chr1 158619728 . A C 1569.29 PASS AF=0.964286;AO=69;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0213952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.931;QD=56.0461;RBI=0.0235531;REFB=-0.0127569;REVB=0.00984842;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504925;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000398498;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:112:0:4:69:108:0.964286:28:41:0:0:67:41:1:3 chr1 158626378 . C T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0153434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.804;QD=21.8824;RBI=0.0154278;REFB=0.00207957;REVB=-0.00161105;RO=27;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136394;STB=0.575554;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00127336;OID=.;OPOS=158626378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:23:11:13:14:23:11:13:14 chr1 158631171 . A C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00109115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.95;QD=12.9979;RBI=0.00199589;REFB=-0.0141769;REVB=-0.00167122;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546142;STB=0.531232;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0264864;OID=.;OPOS=158631171;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:18:16:24:33:18:16:24:33 chr1 158647495 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.052;QD=60.2307;RBI=0.0416448;REFB=0;REVB=-0.0362646;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245087;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 158647522 . A G 727.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5261;QD=63.2606;RBI=0.0220495;REFB=0;REVB=0.00351847;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275094;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr1 158655035 . CG C,CA 1109.99 PASS AF=0.106667,0.893333;AO=9,65;DP=76;FAO=8,67;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=8,20;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856637,0.087967;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.6403,94.9576;QD=59.1997;RBI=0.0862084,0.0940922;REFB=0,0;REVB=-0.00967582,-0.0333939;RO=0;SAF=9,19;SAR=0,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.91737e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0300606,0.0111337;OID=.,.;OPOS=158655036,158655036;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.106667,0.893333:9,65:76:8,67:75:0:8,20:0,47:0:0:26:0:9,19:0,46:0:0 chr1 158656281 . T C 1562.29 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00424664;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.17;QD=58.9544;RBI=0.0195137;REFB=-0.150346;REVB=0.0190461;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.504424;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000210546;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:106:0:1:105:105:0.990566:56:49:0:0:56:49:0:1 chr1 158687163 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.138;QD=60.8835;RBI=0.00710821;REFB=0;REVB=0.00149266;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77503e-06;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:46:30:0:0:47:30:0:0 chr1 158687224 . G A 621.51 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3782;QD=59.1914;RBI=0.0690681;REFB=-0.0784597;REVB=0.00670218;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523354;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:0:41:42:1:27:14:1:0:27:15:0:0 chr1 158735595 . C T 1400.5 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00253371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.814;QD=61.5603;RBI=0.0254421;REFB=-0.105568;REVB=0.0253156;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000735634;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:44:46:1:0:44:46:1:0 chr1 158735691 . T C 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1639;QD=64.0206;RBI=0.0409447;REFB=0;REVB=0.0404578;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251646;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr1 158735740 . A G 1491.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5381;QD=63.4707;RBI=0.032551;REFB=0;REVB=-0.0167736;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300342;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr1 158735892 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.768;QD=62.6703;RBI=0.0178787;REFB=0;REVB=-0.00694383;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117407;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:9:35:0:0:9:35:0:0 chr1 158736215 . G A 901.69 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0984713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3006;QD=58.1733;RBI=0.109898;REFB=0;REVB=0.0487957;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117953;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:24:37:0:0:24:38:0:0 chr1 158736445 . C T 774.6 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00301452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.069;QD=61.9683;RBI=0.00603299;REFB=-0.0625802;REVB=0.00522586;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00194984;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:50:1:1:48:49:0.98:27:21:0:1:28:21:0:1 chr1 158813813 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCG 172.26 PASS AF=0.416667,0.458333;AO=6,10;DP=26;FAO=10,11;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=10,7;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.222143,-0.0170893;FXX=0.0768935;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=13.3656,207.567;QD=28.7099;RBI=0.24969,0.0217835;REFB=-0.0528983,0.0265201;REVB=0.114007,0.0135085;RO=7;SAF=6,7;SAR=0,3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.72927,-0.0122361;STB=0.998294,0.567442;STBP=0.008,0.434;TYPE=del,snp;VARB=0.143365,-0.00939263;OID=.,.;OPOS=158813814,158813819;OREF=C,A;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.416667,0.458333:6,10:26:10,11:24:3:10,7:0,4:1:2:64:7:6,7:0,3:5:2 chr1 158986477 . G C 205.35 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0727793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.522;QD=12.8341;RBI=0.0753613;REFB=-0.0223476;REVB=-0.0195578;RO=38;SAF=4;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292754;STB=0.688945;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0186658;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:24:25:0.390625:20:4:14:24:21:4:15:24 chr1 158990247 . A G 1337.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.998;QD=62.2296;RBI=0.0263792;REFB=0;REVB=0.0217047;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49058e-05;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr1 159024668 . A T 224.22 PASS AF=0.904762;AO=14;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00566375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.219;QD=42.7079;RBI=0.0307717;REFB=-0.0226858;REVB=0.030246;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599885;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00385604;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:14:19:0.904762:14:0:0:0:15:4:2:0 chr1 159169641 . T C 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.993;QD=56.9296;RBI=0.00686997;REFB=0;REVB=-0.00379052;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2154e-06;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr1 159175428 . C T 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0337823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1866;QD=14.9476;RBI=0.0371526;REFB=-0.0103212;REVB=0.0154621;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827527;STB=0.546886;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0112372;OID=.;OPOS=159175428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:13:18:21:21:13:18:21:21 chr1 159273892 . A G 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00148913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.541;QD=19.0497;RBI=0.0153738;REFB=-0.0126373;REVB=-0.0153015;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390554;STB=0.521729;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0173834;OID=.;OPOS=159273892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:22:22:26:22:22:22:26:22 chr1 159275868 . A C 730.22 PASS AF=0.493506;AO=74;DP=152;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00230375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.435;QD=18.9667;RBI=0.00492396;REFB=-0.00938423;REVB=-0.0043518;RO=78;SAF=37;SAR=37;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715264;STB=0.532366;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00757385;OID=.;OPOS=159275868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:78:78:74:76:0.493506:37:37:33:45:39:37:33:45 chr1 159283494 . T C 834.27 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0816;QD=57.5358;RBI=0.0300527;REFB=0;REVB=-0.0149647;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043197;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:23:35:0:0 chr1 159283746 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.64;QD=62.0219;RBI=0.0521471;REFB=0;REVB=0.00923679;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105535;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 159409710 . C A 290.19 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0250996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.448;QD=19.0285;RBI=0.0264057;REFB=-0.0291432;REVB=0.00820188;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186722;STB=0.59075;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0273662;OID=.;OPOS=159409710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:30:30:31:0.508197:20:10:16:14:20:11:16:14 chr1 159409734 . G T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5333;QD=58.4178;RBI=0.065582;REFB=0;REVB=-0.0361427;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107796;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr1 159558258 . A G 786.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.433;QD=64.1896;RBI=0.0299802;REFB=0;REVB=0.0266058;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9141e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:33:16:0:0 chr1 159683438 . C G 1305.67 PASS AF=0.481884;AO=133;DP=276;FAO=133;FDP=276;FR=.;FRO=143;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=58;FSRR=85;FWDB=-0.00363249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.53;QD=18.9227;RBI=0.0167752;REFB=-0.0206363;REVB=0.0163772;RO=141;SAF=63;SAR=70;SRF=57;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065451;STB=0.535503;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0207878;OID=.;OPOS=159683438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:141:143:133:133:0.481884:70:63:57:84:70:63:58:85 chr1 159824967 . G C 1825.07 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.371;QD=60.3329;RBI=0.0549726;REFB=-0.102304;REVB=0.0402086;RO=1;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079833;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000481424;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:59:61:0:1:59:61:0:1 chr1 159897132 . T C 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00441786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.798;QD=14.047;RBI=0.00733126;REFB=-0.0196346;REVB=0.00585063;RO=29;SAF=15;SAR=3;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719989;STB=0.542119;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0320781;OID=.;OPOS=159897132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:3:15:23:6:3:15:23:6 chr1 159897638 . T C 458.18 PASS AF=0.368056;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=0.000517477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.9;QD=12.7273;RBI=0.00490758;REFB=-0.000920808;REVB=-0.00488022;RO=90;SAF=21;SAR=32;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608495;STB=0.529792;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00163423;OID=.;OPOS=159897638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:90:91:53:53:0.368056:32:21:31:59:32:21:32:59 chr1 159901703 . TA GT,T 30.74 PASS AF=0.0365854,0.109756;AO=4,11;DP=83;FAO=3,9;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=0,2;FSAR=3,7;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.000813557,-0.0698088;FXX=0.0120467;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=83.1661,16.0682;QD=1.49939;RBI=0.0632209,0.149961;REFB=-0.00489677,-0.0370707;REVB=-0.0632156,-0.132721;RO=63;SAF=0,3;SAR=4,8;SRF=38;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545486,-0.39517;STB=0.997092,0.806326;STBP=0.05,0.067;TYPE=mnp,del;VARB=0.112001,0.0728123;OID=.,.;OPOS=159901703,159901704;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:83:82:63:70:4,11:3,9:0.0365854,0.109756:4,8:0,3:38:25:3,7:0,2:41:29 chr1 159912899 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0339124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.157;QD=13.9599;RBI=0.0372691;REFB=-0.0388003;REVB=-0.0154575;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0478865;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:2:5:4:3:2:5 chr1 159913229 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0407137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.597;QD=12.9748;RBI=0.0409186;REFB=0.00197897;REVB=0.00408989;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212119;STB=0.628316;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00255425;OID=.;OPOS=159913229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:11:1:3:15:11:1:3:15 chr1 159923111 . T G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.635;QD=62.0207;RBI=0.0128601;REFB=0;REVB=0.00606088;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62828e-05;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr1 160104329 . TG T 146.39 PASS AF=0.329897;AO=34;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0690645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.27;QD=6.03657;RBI=0.0716636;REFB=-0.0463712;REVB=-0.019125;RO=63;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126072;STB=0.548166;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.0987502;OID=.;OPOS=160104330;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329897:34:97:32:97:65:19:13:34:31:99:63:21:13:32:31 chr1 160124875 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0371867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.507;QD=8.8108;RBI=0.0468336;REFB=0.000285366;REVB=0.0284698;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561709;STB=0.847941;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000771284;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:8:3:5:1:8:3 chr1 160133955 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000541039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.692;QD=7.7167;RBI=0.0142712;REFB=0.00112901;REVB=-0.0142609;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928416;STB=0.558162;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00263962;OID=.;OPOS=160133955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:3:7:17:10:3:7:17:10 chr1 160134205 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00862326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.979;QD=17.6173;RBI=0.0333311;REFB=-0.0140451;REVB=-0.0321963;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156751;STB=0.588164;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00833037;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:18:9:12:12:18:9 chr1 160136350 . G A 489.18 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0133857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9812;QD=21.9858;RBI=0.0193776;REFB=-0.00729793;REVB=0.0140113;RO=42;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863327;STB=0.54761;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00368045;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:21:26:19:23:21:26:19:23 chr1 160141171 . T G 253.91 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00788529;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.426;QD=10.1565;RBI=0.0104178;REFB=-0.00981279;REVB=0.00680825;RO=67;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052236;STB=0.526299;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0185895;OID=.;OPOS=160141171;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:68:32:32:0.32:20:12:28:39:20:12:28:40 chr1 160141196 . C T 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6306;QD=63.0494;RBI=0.033719;REFB=0;REVB=0.0204812;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325687;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr1 160165245 . C A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00198077;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.658;QD=20.5465;RBI=0.0066668;REFB=-0.0031558;REVB=0.00636575;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165118;STB=0.593134;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00351605;OID=.;OPOS=160165245;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:12:10:14:8:12:10 chr1 160585554 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.777;QD=62.9824;RBI=0.0687482;REFB=0;REVB=0.0666637;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203644;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr1 160650913 . A G 384.83 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0156753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2835;QD=53.0803;RBI=0.0882983;REFB=-0.132191;REVB=0.0868957;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00951335;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr1 160654786 . G A 449.42 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0150572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.378;QD=18.9228;RBI=0.0157653;REFB=-0.0184058;REVB=-0.00467175;RO=47;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169893;STB=0.509556;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0236746;OID=.;OPOS=160654786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:50:45:45:0.473684:26:19:19:28:26:19:22:28 chr1 160793442 . A G 729.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000365329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3225;QD=55.0785;RBI=0.0307466;REFB=-0.0597495;REVB=0.0307445;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116793;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:17:35:1:0:17:36:0:0 chr1 160793560 . A G 671.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.331;QD=61.0622;RBI=0.0319606;REFB=0;REVB=0.0295488;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103399;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr1 160793962 . G C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.822;QD=60.3766;RBI=0.0245627;REFB=0;REVB=0.0244434;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27234e-05;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 160851826 . A T 2070.69 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000494868;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7279;QD=62.7481;RBI=0.0152515;REFB=0;REVB=0.0152435;RO=0;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91974e-05;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:77:55:0:0:77:55:0:0 chr1 160851894 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4645;QD=64.1534;RBI=0.0539856;REFB=0;REVB=0.00930745;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331249;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:58:41:0:0:58:41:0:0 chr1 160920966 . C T 569.88 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.034784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.901;QD=25.3279;RBI=0.0374323;REFB=-0.0116133;REVB=0.0138293;RO=38;SAF=23;SAR=29;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25298;STB=0.637129;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0106869;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:29:23:5:33:29:23:5:33 chr1 160968609 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0202744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.419;QD=14.9786;RBI=0.0205132;REFB=-0.00702288;REVB=0.00312068;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19417;STB=0.615131;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00727892;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:4:7:8:2:4:7 chr1 160971146 . A G 764.01 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.818;QD=63.6676;RBI=0.0345486;REFB=0;REVB=0.0325685;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203324;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:23:25:0:0 chr1 160971154 . AG AC,CA 263.42 PASS AF=0.5,0.0434783;AO=23,2;DP=47;FAO=23,2;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12,1;FSAR=11,1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0178047,-0.00211694;FXX=0.0212721;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=114.853,111.088;QD=22.9064;RBI=0.0180027,0.0116845;REFB=-0.0414233,-0.0311563;REVB=0.00266232,0.0114912;RO=20;SAF=12,1;SAR=11,1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.02356,-0.0484995;STB=0.500989,0.521524;STBP=1,0.88;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0160885,0.0378704;OID=.,.;OPOS=160971155,160971154;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:23,2:23,2:0.5,0.0434783:11,1:12,1:11:9:11,1:12,1:11:10 chr1 160990875 . TC CA 54.05 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0132468;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.5;QD=7.20653;RBI=0.0414172;REFB=0.00145852;REVB=-0.0392417;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19361;STB=0.633024;STBP=0.465;TYPE=mnp;VARB=-0.00844629;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:30:21:22:8:8:0.266667:4:4:14:7:4:4:15:7 chr1 160990878 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0148004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.619;QD=9.09997;RBI=0.0199109;REFB=-0.00340518;REVB=0.0133189;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272686;STB=0.691927;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0071824;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:19:19:8:9:0.321429:4:4:14:5:5:4:14:5 chr1 161009523 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0115038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.974;QD=16.2364;RBI=0.0316896;REFB=-0.00531319;REVB=0.0295278;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139223;STB=0.578262;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00744184;OID=.;OPOS=161009523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:14:22:14:16:14:22 chr1 161019040 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0211711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.52;QD=16.4171;RBI=0.0523749;REFB=-0.00395073;REVB=-0.0479053;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00426602;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:8:8:8:6:8:8 chr1 161049662 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0302011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3471;QD=10.39;RBI=0.109138;REFB=-0.0437989;REVB=-0.104876;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0515368;OID=.;OPOS=161049662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr1 161163037 . T C 117.99 PASS AF=0.287879;AO=14;DP=61;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00217787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.008;QD=7.15084;RBI=0.00453392;REFB=-0.0191156;REVB=-0.0039766;RO=44;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193371;STB=0.558077;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0536983;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:44:47:14:19:0.287879:4:10:25:19:7:12:26:21 chr1 161168004 . C T 364.68 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00630425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.717;QD=18.465;RBI=0.0166561;REFB=-0.0134804;REVB=0.015417;RO=41;SAF=12;SAR=26;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171412;STB=0.595936;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0135911;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:26:12:20:21:26:12:20:21 chr1 161254280 . G C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6989;QD=61.5351;RBI=0.0578446;REFB=0;REVB=-0.0523069;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691813;OID=.;OPOS=161254280;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr1 161275943 . C T 224.45 PASS AF=0.511628;AO=16;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0741464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.4345;QD=20.879;RBI=0.121662;REFB=-0.0203635;REVB=0.0964568;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313034;STB=0.624896;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0425205;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:20:16:22:0.511628:8:8:3:15:12:10:4:16 chr1 161390656 . G A 321.73 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0150468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0085;QD=13.9883;RBI=0.0296895;REFB=0.00430587;REVB=-0.0255942;RO=56;SAF=24;SAR=12;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185662;STB=0.606;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00728538;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:12:24:28:28:12:24:28:28 chr1 161410044 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.73;QD=40.7629;RBI=0.0386233;REFB=0;REVB=0.00126655;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353417;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 161410654 . A G 62.33 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.165;QD=35.6172;RBI=0.0905169;REFB=0;REVB=-0.0199397;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019213;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr1 161493715 . A C 183.56 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0353173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.3;QD=13.3495;RBI=0.0362387;REFB=-0.00826506;REVB=0.0081196;RO=33;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408254;STB=0.523383;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0150069;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:16:6:8:25:16:6:8:25 chr1 161495293 . C A 235.19 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0118205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.182;QD=25.4261;RBI=0.0304365;REFB=-0.0151303;REVB=0.0280474;RO=15;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214064;STB=0.619942;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0142124;OID=.;OPOS=161495293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:17:5:7:8:17:5:7:8 chr1 161495338 . C A 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0211175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.183;QD=3.02337;RBI=0.107792;REFB=-0.00584975;REVB=0.105703;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670375;STB=0.557889;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0318312;OID=.;OPOS=161495338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:5:3:21:28:5:3:22:28 chr1 161495477 . A T 616.1 PASS AF=0.688312;AO=53;DP=77;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00422293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.442;QD=32.0052;RBI=0.0263915;REFB=0.029134;REVB=0.0260515;RO=24;SAF=22;SAR=31;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000933273;STB=0.500504;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.01119;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:24:24:53:53:0.688312:31:22:10:14:31:22:10:14 chr1 161495571 . G T 56.32 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0235565;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.491;QD=9.79558;RBI=0.0300079;REFB=-0.00919183;REVB=-0.0185894;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106688;STB=0.565057;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0261144;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:6:9:4:4:6:9 chr1 161495885 . T C 455.56 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.3351;QD=55.2198;RBI=0.0172429;REFB=-0.0477918;REVB=0.0118069;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00548607;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:0:1:11:21:0:1 chr1 161496530 . C G 1403.28 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.132;QD=62.3679;RBI=0.012659;REFB=0;REVB=0.0123539;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65744e-06;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:52:34:0:0:55:35:0:0 chr1 161501904 . A T 1780.97 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134109;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.434;QD=60.8878;RBI=0.0213114;REFB=0;REVB=0.0165627;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32978e-06;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:56:59:0:0:58:59:0:0 chr1 161518336 . C T 104.4 PASS AF=0.107407;AO=29;DP=270;FAO=29;FDP=270;FR=.;FRO=241;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=124;FSRR=117;FWDB=-0.00352884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.986;QD=1.54666;RBI=0.0129783;REFB=-0.00209512;REVB=-0.0124894;RO=241;SAF=13;SAR=16;SRF=124;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813958;STB=0.559;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0302614;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:241:241:29:29:0.107407:16:13:124:117:16:13:124:117 chr1 161561151 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.193;QD=50.4113;RBI=0.0581046;REFB=0;REVB=0.0568265;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124906;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 161565408 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.679;QD=44.6884;RBI=0.155285;REFB=0;REVB=0.0307163;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00624207;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 161565479 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.428;QD=55.0964;RBI=0.0223308;REFB=0;REVB=0.0194925;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62718e-05;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 161565705 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00630207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9716;QD=16.4542;RBI=0.111077;REFB=-0.0565773;REVB=0.110898;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0327697;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr1 161600995 . C T 812.26 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0920306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.176;QD=54.1509;RBI=0.0924077;REFB=-0.0471541;REVB=0.00833986;RO=1;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119389;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000983061;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:60:1:1:56:59:0.983333:39:17:0:1:39:20:0:1 chr1 161641384 . G A 118.87 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0205064;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8775;QD=12.1916;RBI=0.0372386;REFB=-0.0287985;REVB=-0.0310837;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196687;STB=0.615228;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.021328;OID=.;OPOS=161641384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:17:8:7:7:17:8 chr1 161681780 . A G 657.22 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00998549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5924;QD=50.5557;RBI=0.0517233;REFB=-0.0126373;REVB=-0.0507502;RO=3;SAF=11;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112348;STB=0.559974;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.010334;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:38:11:3:0:38:11:3:0 chr1 161695639 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.801;QD=46.848;RBI=0.0330739;REFB=0;REVB=0.0289197;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695634;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 161697072 . G C 429.79 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0293136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.501;QD=17.3651;RBI=0.0355913;REFB=-0.00959711;REVB=-0.0201856;RO=55;SAF=15;SAR=29;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208355;STB=0.616967;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.016701;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:29:15:30:25:29:15:30:25 chr1 161697149 . G T 519.16 PASS AF=0.444444;AO=57;DP=127;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0146241;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.63;QD=16.4813;RBI=0.0238448;REFB=-0.00868503;REVB=0.0188338;RO=70;SAF=22;SAR=35;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224546;STB=0.622141;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00941175;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:70:70:57:56:0.444444:35:22:43:27:34:22:43:27 chr1 161705871 . C G 36.97 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00848189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4968;QD=8.69963;RBI=0.0647392;REFB=-0.0836949;REVB=-0.0641812;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154572;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.135236;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:17:11:11:5:6:0.352941:3:2:6:5:4:2:6:5 chr1 161721707 . C T 273.33 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00115521;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.089;QD=24.2956;RBI=0.026203;REFB=-0.0110186;REVB=-0.0261775;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175062;STB=0.597098;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00600703;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:6:14:12:13:6:14 chr1 161748056 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0219058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2978;QD=12.0232;RBI=0.0359418;REFB=-0.0218416;REVB=-0.0284947;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.666389;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0492408;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:12:8:8:4:12:8 chr1 161753802 . T C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00602796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.112;QD=14.904;RBI=0.0213661;REFB=-0.0073557;REVB=-0.0204981;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384718;STB=0.521834;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0097561;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:17:17:14:12:17:17 chr1 161753841 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000140528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.911;QD=15.773;RBI=0.0255205;REFB=-0.0280332;REVB=0.0255202;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469799;STB=0.526562;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0227657;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:15:18:16:11:15:18 chr1 161761276 . G C 315.46 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0126116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.723;QD=20.0294;RBI=0.0128912;REFB=-0.0057752;REVB=0.00267014;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256597;STB=0.520535;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00434954;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:18:14:14:16:19:14:14:16 chr1 161761312 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0122736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1074;QD=19.999;RBI=0.0312196;REFB=0.00164072;REVB=-0.0287058;RO=30;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656869;STB=0.536492;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00204443;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:19:14:15:15:19:14:15:15 chr1 161993192 . T C 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0127153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.343;QD=11.3451;RBI=0.0128276;REFB=-0.0329098;REVB=-0.00169364;RO=38;SAF=2;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472674;STB=0.794055;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0596252;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:20:2:14:24:20:2:15:24 chr1 162335256 . C T 992.94 PASS AF=0.617021;AO=87;DP=141;FAO=87;FDP=141;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=66;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.0498737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9674;QD=28.1687;RBI=0.0514893;REFB=-0.0355671;REVB=0.0127971;RO=54;SAF=21;SAR=66;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000616784;STB=0.500334;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0258748;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:54:54:87:87:0.617021:66:21:13:41:66:21:13:41 chr1 162344102 . C T 600.28 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.018227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.302;QD=20.0093;RBI=0.0227202;REFB=-0.0147846;REVB=-0.0135642;RO=59;SAF=29;SAR=32;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768956;STB=0.542341;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0174842;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:32:29:23:36:32:29:23:36 chr1 162345091 . G A 2146.49 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.941;QD=62.217;RBI=0.054357;REFB=-0.0508846;REVB=0.0503865;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708265;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:138:138:0:0:137:138:1:59:78:0:0:60:78:0:0 chr1 162355883 . G A 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00639869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.576;QD=15.3247;RBI=0.0108715;REFB=-0.0222103;REVB=0.00878899;RO=58;SAF=27;SAR=16;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264792;STB=0.514907;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0312812;OID=.;OPOS=162355883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:16:27:35:23:16:27:35:23 chr1 162367071 . C T 301.97 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0165175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.362;QD=17.0125;RBI=0.0262646;REFB=-0.0179412;REVB=0.0204206;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435141;STB=0.524407;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0169338;OID=.;OPOS=162367071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:15:18:19:19:15:18:19:19 chr1 162367103 . G T 222.2 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0114646;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.387;QD=24.6888;RBI=0.0197572;REFB=-3.16587e-05;REVB=0.0160907;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225777;STB=0.618934;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000105862;OID=.;OPOS=162367103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:15:20:21:0.583333:12:8:11:5:13:8:10:5 chr1 162467014 . C G 1719.48 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0327725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.188;QD=58.7858;RBI=0.0378436;REFB=-0.0890483;REVB=0.0189235;RO=2;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150706;STB=0.507935;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00169915;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:62:53:0:2:62:53:0:2 chr1 162493009 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0629682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.711;QD=11.5708;RBI=0.0648913;REFB=-0.0051389;REVB=0.0156805;RO=42;SAF=3;SAR=21;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258463;STB=0.653183;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00643898;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:21:3:11:31:21:3:11:31 chr1 162737116 . C G 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0106658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.591;QD=22.9888;RBI=0.0175982;REFB=-0.00532793;REVB=-0.0139978;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440103;STB=0.52422;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0058347;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:24:17:15:17:24:17:15:17 chr1 162740209 . T G 901.69 PASS AF=0.546584;AO=88;DP=161;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0116986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.304;QD=22.4022;RBI=0.0203184;REFB=-0.0069129;REVB=0.0166127;RO=72;SAF=49;SAR=39;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115368;STB=0.56598;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00588406;OID=.;OPOS=162740209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:72:73:88:88:0.546584:39:49:30:42:39:49:30:43 chr1 162740327 . T C 1033.76 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1777;QD=59.072;RBI=0.0669174;REFB=0;REVB=0.0528532;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437369;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 162765475 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.402;QD=54.5173;RBI=0.0227406;REFB=0;REVB=-0.0226584;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286883;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr1 162775267 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00828637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4805;QD=11.9196;RBI=0.0212225;REFB=0.00822271;REVB=-0.019538;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00601304;OID=.;OPOS=162775267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:3:6:2:5:3:6 chr1 163309219 . A T 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00744896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.126;QD=22.7202;RBI=0.0106725;REFB=-0.00799022;REVB=0.00764304;RO=46;SAF=22;SAR=30;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193704;STB=0.606491;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00532415;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:30:22:30:16:30:22:30:16 chr1 163479278 . G A 265.77 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0111524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.61;QD=9.84314;RBI=0.0147764;REFB=-0.00188195;REVB=-0.00969364;RO=73;SAF=16;SAR=19;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578357;STB=0.533632;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00357292;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:73:73:35:35:0.324074:19:16:37:36:19:16:37:36 chr1 164529120 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0316112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.533;QD=9.20079;RBI=0.040225;REFB=-0.00909008;REVB=-0.0248754;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527602;STB=0.829762;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0123795;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:5:8:1:6:5:8 chr1 164608825 . G A 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.191;QD=59.8648;RBI=0.023998;REFB=0;REVB=0.0106312;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16315e-05;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr1 165173216 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6428;QD=58.5981;RBI=0.0128844;REFB=0;REVB=0.0128129;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39768e-05;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:18:46:0:0:18:46:0:0 chr1 165377552 . G A 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2038;QD=62.312;RBI=0.0547151;REFB=0;REVB=-0.0302399;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000531531;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr1 165389129 . G A 610.33 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00918718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.621;QD=22.8161;RBI=0.00922155;REFB=-0.0205531;REVB=0.000795409;RO=47;SAF=38;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677868;STB=0.537134;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0140518;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:22:38:26:21:22:38:26:21 chr1 165601466 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.329;QD=57.0008;RBI=0.0132306;REFB=0;REVB=-0.00955978;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09229e-07;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr1 165630698 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7473;QD=62.6698;RBI=0.0173935;REFB=0;REVB=0.0114201;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395403;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr1 165652273 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7617;QD=57.7122;RBI=0.0542022;REFB=0;REVB=-0.0540613;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058286;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr1 165737704 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.295;QD=56.9383;RBI=0.0371624;REFB=0;REVB=0.00816244;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86571e-05;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 166815880 . ATTTTTC ATTATTT,ATTTTC,TATTTTC 1934.32 PASS AF=0.0465116,0,0.945736;AO=6,29,17;DP=133;FAO=6,0,122;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,77;FSAR=6,0,45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.12686,0.862996,0.997792;FXX=0.0785658;HRUN=5,5,1;LEN=4,1,2;MLLD=197.963,10.1614,32.9706;QD=59.9788;RBI=0.1314,0.863564,1.03023;REFB=0.0154557,-0.0181342,-0.0705845;REVB=-0.0342429,0.0313266,0.256478;RO=72;SAF=0,4,0;SAR=6,25,17;SRF=68;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.843148,-0.787142,-0.881226;STB=0.5,0.5,0.505494;STBP=1,1,0.258;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.115063,0.0498707,0.0127562;OID=.,.,.;OPOS=166815883,166815881,166815880;OREF=TTTC,T,AT;OALT=ATTT,-,TA;OMAPALT=ATTATTT,ATTTTC,TATTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:16:133:129:72:1:6,29,17:6,0,122:0.0465116,0,0.945736:6,25,17:0,4,0:68:4:6,0,45:0,0,77:0:1 chr1 166818566 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000206378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.359;QD=63.583;RBI=0.00266971;REFB=0;REVB=0.00266172;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76866e-06;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 586.57 PASS AF=0.777778;AO=48;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0151138;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=342.929;QD=37.2423;RBI=0.0172892;REFB=-0.0350002;REVB=0.00839585;RO=14;SAF=19;SAR=29;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143225;STB=0.509507;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=0.0118191;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:48:63:49:63:14:19:30:6:8:88:14:19:29:6:8 chr1 166958601 . T C 677.51 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.000103025;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.19;QD=20.5306;RBI=0.00688528;REFB=-0.0126632;REVB=0.00688451;RO=65;SAF=34;SAR=33;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410392;STB=0.522597;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0106178;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:33:34:30:35:33:34:30:35 chr1 166958710 . T G 613.52 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0504883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.823;QD=18.5916;RBI=0.0513851;REFB=-0.0164537;REVB=-0.00955814;RO=68;SAF=34;SAR=29;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105854;STB=0.554685;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0155081;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:69:63:63:0.477273:29:34:29:39:29:34:30:39 chr1 167095163 . G C 1964.68 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0245972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4644;QD=59.5357;RBI=0.049718;REFB=-0.232045;REVB=0.0432071;RO=3;SAF=73;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102027;STB=0.50537;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00311727;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:56:73:1:2:56:73:1:2 chr1 167095765 . G A 503.19 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0187801;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.464;QD=19.7327;RBI=0.0206675;REFB=-0.0170667;REVB=-0.00862875;RO=50;SAF=19;SAR=33;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141449;STB=0.57824;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0130774;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:33:19:26:24:33:19:26:24 chr1 167095881 . G A 426.56 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0413458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.52;QD=19.1712;RBI=0.0414716;REFB=-0.0370362;REVB=-0.00322756;RO=46;SAF=28;SAR=15;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299234;STB=0.666245;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0298056;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:15:28:15:31:15:28:15:31 chr1 167096931 . A C 343.88 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0633009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0492;QD=31.2621;RBI=0.063389;REFB=0.0349194;REVB=0.00333939;RO=15;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989195;STB=0.554257;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0156027;OID=.;OPOS=167096931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:11:18:7:8:11:18:7:8 chr1 167097739 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0166452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.36;QD=14.9787;RBI=0.0317342;REFB=-0.0432793;REVB=-0.0270185;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376093;STB=0.719196;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0192825;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:3:8:3:7:3:8 chr1 167510996 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.022;QD=53.2771;RBI=0.0765927;REFB=0;REVB=-0.0765243;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143031;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr1 167511035 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5002;QD=56.7065;RBI=0.0179883;REFB=0;REVB=0.00830518;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121011;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr1 167817639 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.407;QD=58.2376;RBI=0.00562163;REFB=0;REVB=0.000736007;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54076e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr1 167825485 . T C 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0126616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.121;QD=15.9592;RBI=0.0131079;REFB=-0.00451783;REVB=-0.00339129;RO=59;SAF=23;SAR=25;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213035;STB=0.506958;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00472042;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:25:23:27:32:25:23:28:32 chr1 167906239 . A C 1532.94 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.00463e-05;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.725;QD=59.5317;RBI=0.0338101;REFB=0;REVB=0.0338101;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483019;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:37:65:0:0:37:66:0:0 chr1 168513129 . C T 255.1 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00709628;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.724;QD=12.9166;RBI=0.00760128;REFB=-0.0135752;REVB=0.00272439;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118958;STB=0.57713;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0169228;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:29:30:0.379747:14:15:20:29:14:16:20:29 chr1 168545949 . G A 494.14 PASS AF=0.453782;AO=52;DP=117;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.019392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.394;QD=16.6096;RBI=0.0316951;REFB=0.0202742;REVB=-0.0250705;RO=65;SAF=24;SAR=28;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932132;STB=0.551857;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0150669;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:65:65:52:54:0.453782:28:24:24:41:29:25:24:41 chr1 169101935 . C T 362.23 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0071247;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.084;QD=18.8171;RBI=0.0128355;REFB=-0.0252322;REVB=0.0106766;RO=37;SAF=7;SAR=30;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256735;STB=0.643142;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0327644;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:39:37:38:0.493506:30:7:15:22:30:8:17:22 chr1 169272451 . A T 2105.98 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00949292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.266;QD=61.9406;RBI=0.00949792;REFB=-0.121229;REVB=0.000308095;RO=1;SAF=71;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664825;STB=0.503496;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000164051;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:134:135:0.992647:63:71:1:0:64:71:1:0 chr1 169272453 . G A 2102.46 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8733;QD=62.76;RBI=0.0251909;REFB=0;REVB=0.00743089;RO=0;SAF=71;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112216;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:63:71:0:0:63:71:0:0 chr1 169345868 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.019503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1786;QD=16.5615;RBI=0.0326055;REFB=-0.0111498;REVB=0.0261295;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337947;STB=0.688678;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0126802;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:7:24:11:16:7:24 chr1 169366516 . G A 854.49 PASS AF=0.465241;AO=68;DP=189;FAO=87;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0230448;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.794;QD=18.2779;RBI=0.032102;REFB=-0.0144015;REVB=0.022349;RO=99;SAF=22;SAR=46;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148069;STB=0.581959;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0191863;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:99:99:68:87:0.465241:46:22:45:54:59:28:46:53 chr1 169391154 . A G 724.0 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.00490775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.116;QD=22.1067;RBI=0.0168516;REFB=-0.0055801;REVB=-0.0161212;RO=61;SAF=38;SAR=32;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208428;STB=0.613928;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00547538;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:32:38:18:43:32:38:18:43 chr1 169435027 . C T 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371468;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.633;QD=57.7375;RBI=0.0372366;REFB=0;REVB=0.00258506;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145912;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr1 169498975 . T C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00592615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3651;QD=18.008;RBI=0.0208122;REFB=-0.00724977;REVB=0.0199506;RO=41;SAF=24;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010241;STB=0.505718;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00695277;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:13:24:27:14:13:24:27:14 chr1 169510139 . G A 108.25 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.0174409;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.812;QD=12.3715;RBI=0.0338272;REFB=-0.000462003;REVB=0.0289844;RO=23;SAF=12;SAR=1;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444767;STB=0.738924;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000938876;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:23:22:13:13:0.371429:1:12:23:0:1:12:22:0 chr1 169510824 . T G 408.15 PASS AF=0.412281;AO=46;DP=113;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.000609563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.396;QD=14.3211;RBI=0.0620508;REFB=0.000765711;REVB=0.0620478;RO=67;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222613;STB=0.518232;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0018519;OID=.;OPOS=169510824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:67:67:46:47:0.412281:25:21:32:35:26:21:32:35 chr1 169511555 . T C 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0267659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5635;QD=27.2491;RBI=0.0532611;REFB=-0.00223346;REVB=0.046047;RO=18;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121097;STB=0.567112;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00184938;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:8:19:10:8:8:19:10:8 chr1 169511734 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0184877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.224;QD=12.8731;RBI=0.0196529;REFB=-0.00846002;REVB=-0.0066664;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609951;STB=0.549947;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0104702;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:8:10:16:16:8:11:16:16 chr1 169511755 . T C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00636689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.784;QD=10.9363;RBI=0.0163282;REFB=1.45253e-06;REVB=-0.0150358;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00892191;STB=0.505312;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-9.29819e-05;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:21:13:6:10:21:13 chr1 169512027 . T C 268.49 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0366737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8985;QD=13.9473;RBI=0.037235;REFB=-0.0164247;REVB=-0.00644086;RO=46;SAF=9;SAR=22;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298675;STB=0.670618;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0224687;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:22:9:26:20:22:9:26:20 chr1 169512093 . A G 335.99 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00307158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.649;QD=19.7643;RBI=0.0183186;REFB=0.00980576;REVB=-0.0180592;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18018;STB=0.599944;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00564338;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:20:15:21:12:20:15:21:12 chr1 169512120 . G A 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0356012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.747;QD=20.2461;RBI=0.0396791;REFB=-0.0166554;REVB=-0.017521;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164351;STB=0.591004;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0115019;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:20:16:21:12:20:16:21:12 chr1 169519049 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.12;QD=60.0308;RBI=0.0403391;REFB=0;REVB=0.0105585;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154602;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr1 169519112 . C T 575.9 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.000705157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.674;QD=23.9957;RBI=0.00909319;REFB=0.00131998;REVB=0.00906581;RO=42;SAF=26;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387699;STB=0.519835;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00108856;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:43:52:53:0.552083:26:26:19:23:26:27:20:23 chr1 169519943 . C CG 32.67 PASS AF=0.104167;AO=13;DP=97;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.0111427;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.269;QD=1.36113;RBI=0.0703042;REFB=-0.00824827;REVB=-0.0694155;RO=84;SAF=1;SAR=12;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48303;STB=0.817411;STBP=0.065;TYPE=ins;VARB=0.0165658;OID=.;OPOS=169519944;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104167:13:97:10:96:86:1:9:31:55:32:84:1:12:32:52 chr1 169529826 . C A 624.78 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0260126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.49;QD=17.3549;RBI=0.0270668;REFB=-0.0137842;REVB=-0.00748053;RO=79;SAF=22;SAR=43;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122958;STB=0.568606;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0142577;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:43:22:36:43:43:22:36:43 chr1 169529973 . C T 621.01 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00747257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.867;QD=18.0003;RBI=0.00787095;REFB=-0.0144376;REVB=-0.00247234;RO=74;SAF=24;SAR=40;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310212;STB=0.517236;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0201768;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:40:24:30:44:40:24:30:44 chr1 169551682 . T C 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0386411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.855;QD=8.0979;RBI=0.0388764;REFB=0.0024301;REVB=0.00427098;RO=56;SAF=11;SAR=11;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128937;STB=0.576855;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00308539;OID=.;OPOS=169551682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:11:11:34:22:11:11:34:22 chr1 169562904 . C T 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.038059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.102;QD=19.9053;RBI=0.0445007;REFB=0.00893692;REVB=0.0230615;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108871;STB=0.560401;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00588741;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:16:15:10:18:16:15:10:18 chr1 169566313 . C T 1339.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.076;QD=62.3086;RBI=0.0193494;REFB=0;REVB=0.010433;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62388e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr1 169580885 . C T 230.16 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0126146;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.505;QD=24.8824;RBI=0.0309066;REFB=-0.0291589;REVB=0.0282151;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157735;STB=0.571362;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0177224;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:7:14:7:8:8:14:7:8 chr1 169702705 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00249001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.549;QD=21.4743;RBI=0.0490469;REFB=0.00269665;REVB=-0.0489836;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772719;STB=0.542829;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00242236;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:12:19:13:12:12:19:13:12 chr1 169768033 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0209181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1131;QD=10.4387;RBI=0.0471345;REFB=0.0225247;REVB=0.0422385;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1922;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0185149;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:12:15:5:8:12:15 chr1 169768080 . C A 127.76 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00638532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.171;QD=11.6148;RBI=0.0102443;REFB=-0.00479173;REVB=0.00801086;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256878;STB=0.621461;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00734455;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:14:15:0.340909:5:9:12:17:6:9:12:17 chr1 169795276 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.048784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.288;QD=13.9608;RBI=0.0525708;REFB=0.0142392;REVB=-0.0195912;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252798;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0102486;OID=.;OPOS=169795276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:4:3:5:2:4:3 chr1 169821135 . C T 131.03 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0391646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.683;QD=14.1654;RBI=0.0401152;REFB=0.00571997;REVB=-0.00868117;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287163;STB=0.678336;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00409812;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:9:5:14:8:10:5:14:8 chr1 169823718 . T C 335.57 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0147743;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.241;QD=13.0317;RBI=0.0237642;REFB=-0.00735511;REVB=-0.0186134;RO=60;SAF=17;SAR=23;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183816;STB=0.607828;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.014376;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:63:40:40:0.38835:23:17:36:24:23:17:38:25 chr1 169927228 . T TG 436.58 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126609;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.2299;QD=45.9562;RBI=0.141075;REFB=0;REVB=0.0622296;RO=3;SAF=29;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0064803;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:43:38:38:0:29:9:0:0:8:3:29:8:2:1 chr1 169951997 . C T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00642109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.821;QD=17.9199;RBI=0.00642825;REFB=-0.00902009;REVB=0.00030341;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255427;STB=0.514277;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00975072;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:15:17:19:15:15:17:19:15 chr1 170135669 . C T 304.91 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00954021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.263;QD=15.0575;RBI=0.0397374;REFB=-0.0232413;REVB=0.0385752;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225621;STB=0.512754;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0405997;OID=.;OPOS=170135669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:13:21:30:17:13:21:30:17 chr1 170135760 . T C 391.64 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00593002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.249;QD=14.6407;RBI=0.0294738;REFB=0.00444038;REVB=0.0288711;RO=62;SAF=16;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210284;STB=0.622682;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00736198;OID=.;OPOS=170135760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:62:62:44:45:0.420561:28:16:35:27:29:16:35:27 chr1 170135765 . T C 430.64 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00352258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2519;QD=15.9496;RBI=0.0355949;REFB=0.000400059;REVB=-0.0354202;RO=60;SAF=19;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137978;STB=0.577251;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00109422;OID=.;OPOS=170135765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:29:19:32:28:29:19:32:28 chr1 170501385 . A C 713.49 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255887;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.676;QD=63.4215;RBI=0.0397242;REFB=0;REVB=0.0303847;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205306;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr1 170521376 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1476;QD=59.6787;RBI=0.0143828;REFB=0;REVB=-0.000914985;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47978e-05;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr1 170705685 . CTATATATATA C 1220.45 PASS AF=0.765625;AO=91;DP=114;FAO=98;FDP=128;FR=.;FRO=30;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0805458;FXX=0.092192;HRUN=1;LEN=10;MLLD=305.753;QD=38.139;RBI=0.0900972;REFB=-0.0524015;REVB=0.0403719;RO=0;SAF=62;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535533;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0133545;OID=.;OPOS=170705686;OREF=TATATATATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.765625:91:114:98:128:30:54:44:21:9:99:0:62:29:0:0 chr1 170916646 . G T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.194;QD=60.3759;RBI=0.0262695;REFB=0;REVB=0.00303824;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77056e-05;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr1 170928671 . T C 367.24 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0480995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9524;QD=16.5053;RBI=0.058826;REFB=-0.0375463;REVB=-0.0338665;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926434;STB=0.552015;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0599156;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:19:20:21:29:19:20:21:29 chr1 171080080 . G A 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00241107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.836;QD=14.4551;RBI=0.0119583;REFB=-0.0127055;REVB=-0.0117127;RO=63;SAF=26;SAR=19;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089436;STB=0.550413;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0160709;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:19:26:31:32:19:26:31:32 chr1 171107632 . CAAAAAAAC CAAAAAAC,CAAAAAACT 98.36 PASS AF=0.666667,0.0555556;AO=16,2;DP=35;FAO=24,2;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=16,0;FSAR=8,2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.106597,0.0651101;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.60995,28.5159;QD=10.9286;RBI=0.122084,0.069013;REFB=-0.0359731,-0.014574;REVB=-0.0595096,-0.0228794;RO=13;SAF=13,0;SAR=3,2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280762,-0.569211;STB=0.521721,0.995025;STBP=0.732,0.199;TYPE=del,mnp;VARB=0.0912145,0.0487167;OID=.,.;OPOS=171107633,171107639;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=CAAAAAAC,CAAAAAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.0555556:16,2:35:24,2:36:10:16,0:8,2:6:4:30:13:13,0:3,2:7:6 chr1 171112490 . C T 224.72 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00836676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.173;QD=19.9748;RBI=0.015426;REFB=0.00313643;REVB=0.0129599;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365635;STB=0.703895;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00182112;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:4:19:9:13:4:19 chr1 171168584 . CA TG 318.46 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0166326;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=347.9;QD=13.2692;RBI=0.0169585;REFB=-0.000886384;REVB=-0.00330855;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285504;STB=0.662077;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0013747;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:21:15:41:19:21:15:41:19 chr1 171178152 . A G 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00434509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.079;QD=18.1632;RBI=0.0138345;REFB=-0.00849526;REVB=0.0131344;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105563;STB=0.552604;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0100645;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:17:21:18:23:17:21:19:23 chr1 171236715 . A C 583.29 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00483361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.197;QD=20.8318;RBI=0.0370285;REFB=-0.0254145;REVB=0.0367117;RO=53;SAF=24;SAR=35;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734956;STB=0.540443;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0261325;OID=.;OPOS=171236715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:35:24:26:27:35:24:26:27 chr1 171461787 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.705;QD=58.5877;RBI=0.0249357;REFB=0;REVB=0.00959197;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307257;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 171482616 . A C 243.92 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0450092;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.113;QD=10.6052;RBI=0.0459643;REFB=-0.00297385;REVB=-0.00932116;RO=62;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335639;STB=0.694909;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0145147;OID=.;OPOS=171482616;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:62:62:30:30:0.326087:10:20:23:39:10:20:23:39 chr1 171486912 . G A 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0130074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.939;QD=20.8123;RBI=0.0134023;REFB=-0.0184806;REVB=0.0032296;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733973;STB=0.526302;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0139956;OID=.;OPOS=171486912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:34:38:38:0.527778:18:20:14:18:18:20:16:18 chr1 171509327 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3299;QD=46.8479;RBI=0.0683724;REFB=0;REVB=-0.0124407;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196078;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr1 171511039 . C G 668.56 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6925;QD=62.1916;RBI=0.0383347;REFB=0;REVB=-0.000981712;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619319;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr1 171514731 . C G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.607;QD=57.8833;RBI=0.019895;REFB=0;REVB=0.0156642;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74778e-06;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr1 171526570 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.075;QD=51.9118;RBI=0.0335085;REFB=0;REVB=-0.0313307;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445636;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr1 171556165 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.288;QD=58.1421;RBI=0.0357904;REFB=0;REVB=-0.00230533;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109386;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr1 171558516 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.974;QD=62.9828;RBI=0.0381273;REFB=0;REVB=0.0142051;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106842;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 171751236 . T C 972.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2139;QD=58.919;RBI=0.0761462;REFB=0;REVB=0.0162514;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754492;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:32:34:0:0 chr1 171753039 . A G 364.1 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.000290127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.613;QD=15.8306;RBI=0.023106;REFB=-0.0173225;REVB=-0.0231042;RO=53;SAF=27;SAR=12;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141424;STB=0.580068;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0258969;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:12:27:30:23:12:27:30:23 chr1 171755170 . G A 482.02 PASS AF=0.6875;AO=43;DP=63;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0185979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.172;QD=30.1264;RBI=0.0225896;REFB=-0.0269139;REVB=-0.0128222;RO=20;SAF=16;SAR=27;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107887;STB=0.552607;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.016768;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:20:20:43:44:0.6875:27:16:11:9:27:17:11:9 chr1 171755182 . G A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00421063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.518;QD=9.6222;RBI=0.00773718;REFB=-0.00450122;REVB=-0.00649112;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144292;STB=0.585019;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00958605;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:16:24:9:10:16:24 chr1 171763549 . C T 572.24 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00641599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.943;QD=20.8086;RBI=0.0279183;REFB=0.000394951;REVB=-0.0271711;RO=52;SAF=21;SAR=37;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172159;STB=0.594822;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000705029;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:37:21:29:23:37:21:29:23 chr1 171810960 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.611;QD=57.3858;RBI=0.0480684;REFB=0;REVB=-0.00222143;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73157e-05;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr1 171956803 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000549441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.75;QD=14.7347;RBI=0.0116813;REFB=0.00799695;REVB=0.0116684;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16143;STB=0.591768;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00819656;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:19:17:17:10:19:17 chr1 172356437 . A G 971.84 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180292;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.914;QD=58.8994;RBI=0.0200437;REFB=0;REVB=0.00875776;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88792e-06;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr1 172410967 . G A 657.62 PASS AF=0.84127;AO=53;DP=63;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0655551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2151;QD=41.7535;RBI=0.0655583;REFB=-0.109543;REVB=-0.000642515;RO=10;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130254;STB=0.569419;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0323246;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:63:63:10:10:53:53:0.84127:31:22:0:10:31:22:0:10 chr1 172412995 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9947;QD=57.1051;RBI=0.05774;REFB=0;REVB=-0.0145605;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777431;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr1 172434812 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.651;QD=59.8394;RBI=0.0219678;REFB=0;REVB=0.0096738;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08082e-05;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 172437592 . G A 1022.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.283;QD=59.2675;RBI=0.0333366;REFB=0;REVB=0.00825226;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161709;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:27:40:0:0:29:40:0:0 chr1 173429995 . G A 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0128443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.897;QD=21.2776;RBI=0.0139648;REFB=-0.0117249;REVB=-0.00548081;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124581;STB=0.56893;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0107;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:24:15:18:16:24:15:18:16 chr1 173457017 . C T 629.79 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00361728;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.84;QD=16.2526;RBI=0.00395774;REFB=-0.0111197;REVB=0.00160591;RO=88;SAF=29;SAR=40;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581255;STB=0.538275;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0142788;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:88:86:69:69:0.445161:40:29:42:46:40:29:42:44 chr1 173474429 . T C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9758;QD=58.4174;RBI=0.0189654;REFB=0;REVB=0.0189122;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183442;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr1 173516871 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.822;QD=57.106;RBI=0.0474077;REFB=0;REVB=0.00791077;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156151;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr1 173516903 . A G 674.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065511;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.678;QD=62.708;RBI=0.0174716;REFB=0;REVB=-0.0161969;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554217;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 173551091 . A G 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0354593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.383;QD=26.6365;RBI=0.0357978;REFB=0.00928818;REVB=0.00491153;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.541615;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00237381;OID=.;OPOS=173551091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:5:3:8:8:5:3 chr1 173835455 . TA T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0278305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.063;QD=7.83715;RBI=0.0282219;REFB=-0.00480294;REVB=-0.00468429;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536842;STB=0.823432;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0114188;OID=.;OPOS=173835456;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:23:7:23:16:5:2:3:13:45:16:5:2:3:13 chr1 173835460 . CA TC 36.97 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0329385;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.712;QD=6.42923;RBI=0.0341771;REFB=0.0109667;REVB=0.00911732;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522784;STB=0.819712;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=-0.0191493;OID=.;OPOS=173835460;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:3:14:2:4:3:14 chr1 173835463 . C G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0189093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5941;QD=5.95778;RBI=0.0594812;REFB=0.00121267;REVB=0.0563955;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480808;STB=0.7992;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00460251;OID=.;OPOS=173835463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:4:14:2:4:4:14 chr1 173878832 . T C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00834596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9139;QD=13.3413;RBI=0.0254695;REFB=0.0240627;REVB=-0.0240633;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738375;STB=0.542455;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0384981;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:19:13:10:11:19:13 chr1 173878862 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00783463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.391;QD=12.8969;RBI=0.0151264;REFB=-0.00799712;REVB=-0.0129393;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162552;STB=0.509525;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0181481;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:19:11:6:11:19:11 chr1 174169338 . C G 462.7 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0194096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1228;QD=16.2351;RBI=0.0299675;REFB=0.00877723;REVB=-0.0228324;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11166;STB=0.562283;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00875756;OID=.;OPOS=174169338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:25:26:25:38:25:26:25:38 chr1 174959108 . G A 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00283413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.676;QD=22.4368;RBI=0.00283692;REFB=-0.00857937;REVB=0.000125695;RO=30;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160106;STB=0.588426;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0067436;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:25:13:16:14:25:13:16:14 chr1 175097864 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.998;QD=50.4135;RBI=0.0263225;REFB=0;REVB=-0.00295856;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134805;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 175105996 . C T 1458.42 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7608;QD=61.4072;RBI=0.026959;REFB=0;REVB=0.0261948;RO=2;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973366;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:95:2:0:92:95:1:53:39:0:2:56:39:0:0 chr1 175113578 . T C 1749.25 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.905;QD=60.8433;RBI=0.0337448;REFB=0;REVB=0.024131;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113625;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr1 175129946 . C T 677.03 PASS AF=0.659341;AO=27;DP=75;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0390878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.268;QD=29.7597;RBI=0.0458571;REFB=-0.0396982;REVB=0.0239796;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.538449;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0292574;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:91:0:31:27:60:0.659341:14:13:0:0:30:30:12:19 chr1 175299301 . T C 81.94 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0432314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9507;QD=8.62478;RBI=0.0432915;REFB=-0.00241804;REVB=0.00228123;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333768;STB=0.7055;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0107257;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:15:12:8:3:15:12 chr1 175324651 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0124878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.19;QD=16.0718;RBI=0.0252444;REFB=-0.0129509;REVB=-0.0219393;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806954;STB=0.545424;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0174203;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:14:21:15:14:14:21 chr1 175348723 . C T 771.19 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=142;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0213446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3556;QD=21.7235;RBI=0.0409435;REFB=0.0312528;REVB=-0.0349396;RO=67;SAF=43;SAR=31;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646701;STB=0.539356;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0302464;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:67:68:74:74:0.521127:31:43:34:33:31:43:34:34 chr1 175355391 . A G 1484.26 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00234065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3395;QD=60.5819;RBI=0.0230971;REFB=-0.0590039;REVB=0.0229782;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.511109;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00109918;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:98:0:2:95:96:0.979592:43:52:0:0:44:52:0:2 chr1 175375683 . T C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0139687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.866;QD=18.3161;RBI=0.015348;REFB=-0.00198435;REVB=0.00635884;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176942;STB=0.598464;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00264783;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:18:21:15:28:18:21:15:28 chr1 175375802 . T C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0115673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.782;QD=10.1038;RBI=0.015525;REFB=-0.00167749;REVB=0.0103548;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972539;STB=0.556764;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00416503;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:13:7:11:29:13:7:11:29 chr1 176102974 . T C 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0210856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.088;QD=17.3896;RBI=0.0211255;REFB=0.00589929;REVB=-0.0012976;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162398;STB=0.590858;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00498273;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:15:20:16:24:15:20:16:24 chr1 176103053 . TAC T 169.88 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00425899;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.955;QD=15.8026;RBI=0.00833654;REFB=-0.00242635;REVB=-0.00716652;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.651989;STBP=0.118;TYPE=del;VARB=0.00324099;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:18:44:18:43:25:4:14:11:14:99:25:4:14:11:14 chr1 176118219 . G A 176.68 PASS AF=0.377049;AO=18;DP=56;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0133524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.634;QD=11.5857;RBI=0.0136898;REFB=-0.0175935;REVB=-0.00302063;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188199;STB=0.535786;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0288909;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:36:38:18:23:0.377049:11:7:20:16:11:12:22:16 chr1 176564490 . G A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0162568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2509;QD=15.5688;RBI=0.0167592;REFB=-0.00257641;REVB=-0.0040728;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186468;STB=0.605981;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00238786;OID=.;OPOS=176564490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:20:8:16:19:20:8:16:19 chr1 176826778 . G A 514.38 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0186471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.57;QD=18.8764;RBI=0.0289785;REFB=0.00439893;REVB=-0.0221819;RO=55;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260208;STB=0.514398;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00589865;OID=.;OPOS=176826778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:30:24:26:29:30:24:26:29 chr1 176863836 . G C 737.69 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9214;QD=62.7819;RBI=0.0306096;REFB=0;REVB=0.0287421;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706987;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr1 176863867 . T C 712.11 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246538;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1156;QD=63.2989;RBI=0.05376;REFB=0;REVB=0.0477737;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278454;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:46:45:1:26:20:0:0:25:20:0:0 chr1 176992553 . A G 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0214765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.471;QD=12.005;RBI=0.0224805;REFB=-0.0069814;REVB=0.00664319;RO=58;SAF=23;SAR=9;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330126;STB=0.690865;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0163211;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:9:23:25:33:9:23:25:33 chr1 177001896 . C G 42.98 PASS AF=0.25;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00546476;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.331;QD=6.13987;RBI=0.0370236;REFB=-0.00543603;REVB=0.0366181;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398055;STB=0.691863;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0219916;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:28:22:21:6:7:0.25:3:3:18:4:3:4:17:4 chr1 177901713 . T C 405.48 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0181304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1717;QD=19.7796;RBI=0.0505623;REFB=-0.0137998;REVB=-0.0471999;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223679;STB=0.512411;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0131961;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:23:18:17:24:23:18:17:24 chr1 177902753 . G C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00587891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.049;QD=24.3901;RBI=0.015715;REFB=-0.0489428;REVB=-0.0145739;RO=14;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301346;STB=0.670854;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0201144;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:17:3:6:8:17:3:6:8 chr1 177915474 . A C 708.53 PASS AF=0.929825;AO=40;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0132041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.828;QD=49.7214;RBI=0.0271108;REFB=-0.028476;REVB=0.023678;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.504709;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000290376;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:57:57:0:4:40:53:0.929825:19:21:0:0:30:23:2:2 chr1 177929554 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.157;QD=63.2863;RBI=0.0257797;REFB=0;REVB=0.0256714;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010001;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 177929987 . T C 906.31 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142568;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.236;QD=58.4716;RBI=0.0312497;REFB=0;REVB=0.0278081;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238272;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr1 177935050 . T A 941.78 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485332;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.932;QD=58.8611;RBI=0.0496688;REFB=0;REVB=0.0105601;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255593;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:39:25:0:0 chr1 178483231 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0177757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.328;QD=16.4526;RBI=0.0464939;REFB=-0.00481552;REVB=0.0429617;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29851;STB=0.667382;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00392885;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:12:21:13:27:12:21:13:27 chr1 178489978 . T G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0109502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.932;QD=19.9734;RBI=0.0152074;REFB=-0.00713324;REVB=-0.0105526;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493335;STB=0.527367;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00940699;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:18:19:16:19:18:19:16:19 chr1 178492447 . T A 295.72 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0244232;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.789;QD=15.1653;RBI=0.0244891;REFB=-0.0299735;REVB=-0.00179653;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230654;STB=0.629556;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0361072;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:16:17:13:32:16:17:13:32 chr1 178514622 . C T 1066.13 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0812467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0244;QD=58.4181;RBI=0.08172;REFB=-0.140312;REVB=-0.00878226;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00199992;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chr1 178820159 . C A 307.37 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0251462;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3192;QD=15.3684;RBI=0.0271882;REFB=-0.00194841;REVB=0.0103377;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442324;STB=0.524985;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00499652;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:46:34:34:0.425:17:17:21:25:17:17:21:25 chr1 178820327 . G A 1229.59 PASS AF=0.565217;AO=116;DP=206;FAO=117;FDP=207;FR=.;FRO=90;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.00368408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.639;QD=23.7603;RBI=0.00800996;REFB=-0.0098334;REVB=0.00711246;RO=90;SAF=59;SAR=57;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247716;STB=0.515231;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00928786;OID=.;OPOS=178820327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:90:90:116:117:0.565217:57:59:43:47:57:60:43:47 chr1 179312752 . C T 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0180465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.06;QD=20.0309;RBI=0.0186117;REFB=-0.0107885;REVB=0.00455182;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146547;STB=0.581095;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0133998;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:21:22:15:28:21:22:15:28 chr1 179319541 . C G 310.7 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0116716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.773;QD=13.9638;RBI=0.0172977;REFB=-0.0206852;REVB=-0.0127666;RO=54;SAF=10;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22586;STB=0.629293;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.034992;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:25:10:26:28:25:10:26:28 chr1 179320578 . A G 517.34 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0266157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.234;QD=25.2362;RBI=0.0290433;REFB=-0.0248904;REVB=0.0116241;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306833;STB=0.520825;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.017366;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:34:47:48:0.585366:23:24:16:18:23:25:16:18 chr1 179347832 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.99;QD=58.7813;RBI=0.00776763;REFB=0;REVB=-0.000648866;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67408e-06;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 179452275 . G A 1416.23 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.401;QD=62.9437;RBI=0.0652787;REFB=0;REVB=0.00353551;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362739;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr1 179520151 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.155;QD=60.3767;RBI=0.0106946;REFB=0;REVB=0.00134063;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24606e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr1 179520506 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0159512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.462;QD=22.724;RBI=0.0234365;REFB=-0.0207368;REVB=0.0171706;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221985;STB=0.62487;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00845338;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:7:9:6:14:7:9 chr1 179521751 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00231605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.524;QD=19.9409;RBI=0.00320483;REFB=-0.013917;REVB=-0.00221513;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551549;STB=0.530593;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0133589;OID=.;OPOS=179521751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:19:13:10:19:19:13:10:19 chr1 179562740 . G C 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00165133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.262;QD=23.3226;RBI=0.00165402;REFB=-0.00885066;REVB=-9.43432e-05;RO=44;SAF=23;SAR=29;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048433;STB=0.526624;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00576394;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:29:23:22:22:29:23:22:22 chr1 179604864 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.863;QD=59.5014;RBI=0.0158415;REFB=0;REVB=-0.0146708;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05717e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr1 179609589 . G T 374.17 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.561;QD=15.5905;RBI=0.00336437;REFB=-0.0106161;REVB=0.00313147;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299308;STB=0.508399;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0153516;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:56:39:40:0.416667:22:17:26:30:22:18:26:30 chr1 179852074 . T C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.082;QD=56.0079;RBI=0.0170409;REFB=-0.101408;REVB=-0.00765502;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000712793;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr1 179858444 . G A 2045.85 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.038;QD=62.4686;RBI=0.023885;REFB=0;REVB=-0.002996;RO=0;SAF=46;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90556e-05;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:85:46:0:0:85:46:0:0 chr1 179876988 . C G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.772;QD=61.5363;RBI=0.00215045;REFB=0;REVB=-0.000880838;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60433e-06;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr1 179887125 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.357;QD=57.4361;RBI=0.0161825;REFB=-0.0461181;REVB=0.0124179;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000349247;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:1:0:37:30:1:0 chr1 179989742 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.233;QD=42.1821;RBI=0.0374477;REFB=0;REVB=0.030689;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535114;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 180145088 . A G 1624.12 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8175;QD=60.1525;RBI=0.0148931;REFB=0;REVB=0.0132172;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129879;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr1 180165947 . C A 382.6 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000102133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.226;QD=20.1371;RBI=0.0269692;REFB=-0.0268341;REVB=0.026969;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457085;STB=0.525342;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0305166;OID=.;OPOS=180165947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:21:18:19:18:21:18:19:18 chr1 180243524 . A G 288.52 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0108946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.414;QD=16.4865;RBI=0.0166993;REFB=-0.0271861;REVB=0.0126559;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730923;STB=0.548357;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0242517;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:31:32:0.457143:17:14:20:18:18:14:20:18 chr1 180727915 . G GGCCCCTGCGCA 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00823539;FXX=0;HRUN=1;LEN=11;MLLD=414.528;QD=15.2589;RBI=0.0537164;REFB=-0.0196242;REVB=0.0530814;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434081;STB=0.749421;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=0.0199629;OID=.;OPOS=180727916;OREF=-;OALT=GCCCCTGCGCA;OMAPALT=GGCCCCTGCGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:13:7:13:6:3:4:6:0:38:6:3:4:6:0 chr1 180854067 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.908;QD=62.022;RBI=0.00874163;REFB=0;REVB=0.0044635;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38344e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 180885430 . T C 988.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.466;QD=59.0378;RBI=0.0255512;REFB=0;REVB=0.00343828;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95289e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:38:29:0:0 chr1 180897569 . C T 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00242245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.817;QD=22.9244;RBI=0.0102138;REFB=-0.0222355;REVB=0.00992241;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193925;STB=0.606159;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0108729;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:19:15:5:20:19:15:5:20 chr1 180904968 . A C 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0178324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1944;QD=8.23001;RBI=0.0204026;REFB=0.00564986;REVB=-0.00991322;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360961;STB=0.726777;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0192301;OID=.;OPOS=180904968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:13:12:2:8:13:12 chr1 180905694 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0708758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3028;QD=17.8272;RBI=0.0730721;REFB=-0.0383075;REVB=0.0177807;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366754;STB=0.703453;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0395581;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:0:11:8:4:0:11 chr1 180913597 . A G 580.07 PASS AF=0.975;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0606013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4463;QD=58.0067;RBI=0.0623268;REFB=-0.0876438;REVB=0.0145641;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00444931;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:40:1:1:36:39:0.975:18:18:1:0:21:18:1:0 chr1 180944003 . A G 304.07 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0218085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.911;QD=17.3756;RBI=0.0353165;REFB=-4.2765e-05;REVB=0.0277785;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149461;STB=0.508375;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00053287;OID=.;OPOS=180944003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:21:12:14:23:21:12:14:23 chr1 180944532 . T TAA 713.85 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450131;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=31.6757;QD=49.2307;RBI=0.0569702;REFB=0;REVB=-0.0349202;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00051187;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:59:58:58:0:26:32:0:0:13:1:24:28:1:0 chr1 180953853 . A G 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.142;QD=57.1695;RBI=0.0231646;REFB=0;REVB=0.0230326;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194036;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 181018236 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0187656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1545;QD=10.474;RBI=0.0355457;REFB=-0.00374306;REVB=-0.0301885;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750119;STB=0.544044;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.007715;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:17:20:9:10:17:20 chr1 181024404 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0604952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.557;QD=14.5324;RBI=0.0605244;REFB=-0.0135771;REVB=-0.00188156;RO=39;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165083;STB=0.588172;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0164287;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:20:9:18:21:20:9:18:22 chr1 181768186 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0217961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7909;QD=16.4205;RBI=0.0217962;REFB=-0.0114777;REVB=-2.33477e-05;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200401;STB=0.501128;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0132856;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:14:20:17:12:14:20 chr1 181770223 . A G 721.01 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00256811;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.639;QD=19.8898;RBI=0.00258504;REFB=-0.0113713;REVB=0.000295324;RO=71;SAF=35;SAR=36;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255483;STB=0.517377;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0159558;OID=.;OPOS=181770223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:71:74:71:71:0.489655:36:35:37:34:36:35:39:35 chr1 182026813 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.654;QD=44.6897;RBI=0.0227606;REFB=0;REVB=0.00655566;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010956;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr1 182027022 . C T 1055.81 PASS AF=0.961039;AO=72;DP=76;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0502542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9207;QD=54.8473;RBI=0.0552314;REFB=-0.196809;REVB=0.0229133;RO=4;SAF=32;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306307;STB=0.521733;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0107442;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:77:4:3:72:74:0.961039:40:32:3:1:41:33:3:0 chr1 182356399 . A G 941.11 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.382;QD=57.0371;RBI=0.0265519;REFB=-0.114602;REVB=0.0201352;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000984726;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:34:31:0:0:34:31:0:1 chr1 182369078 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.876;QD=64.4154;RBI=0.0162366;REFB=0;REVB=0.0158221;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48624e-05;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 182369233 . A G 727.44 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7261;QD=63.2558;RBI=0.0223338;REFB=0;REVB=0.0212264;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130216;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 182496829 . A G 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5447;QD=59.9368;RBI=0.055637;REFB=0;REVB=0.0524949;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185914;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr1 182551337 . A C 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0178199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.679;QD=17.7387;RBI=0.0225361;REFB=-0.00164128;REVB=-0.0137959;RO=55;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292342;STB=0.516246;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00162567;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:27:23:27:28:27:23:27:28 chr1 182554557 . C T 943.82 PASS AF=0.522472;AO=91;DP=177;FAO=93;FDP=178;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0300956;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.139;QD=21.2095;RBI=0.0312987;REFB=-0.0106096;REVB=0.0085941;RO=83;SAF=46;SAR=45;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205137;STB=0.510991;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0106515;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:83:85:91:93:0.522472:45:46:40:43:46:47:41:44 chr1 182568204 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.65;QD=58.0611;RBI=0.0167883;REFB=0;REVB=0.00889854;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92383e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 182569626 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7777;QD=56.1909;RBI=0.0887814;REFB=0;REVB=0.0249423;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101342;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 182640851 . T G 443.72 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.003323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.095;QD=17.2319;RBI=0.0286224;REFB=-0.0139425;REVB=-0.0284289;RO=54;SAF=28;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270206;STB=0.520652;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0269501;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:55:48:48:0.466019:20:28:30:24:20:28:30:25 chr1 182640864 . T C 447.47 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00988532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8118;QD=18.4524;RBI=0.0210927;REFB=-0.0184296;REVB=-0.0186329;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422197;STB=0.523535;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0170108;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:21:24:30:22:21:24:30:22 chr1 182778367 . G A 418.1 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.589;QD=53.9479;RBI=0.0246149;REFB=-0.173237;REVB=0.0214543;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00108076;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:0:1:17:13:0:1 chr1 182850727 . T C 1590.1 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2072;QD=60.0037;RBI=0.0900214;REFB=0;REVB=0.0835522;RO=0;SAF=37;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331542;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:68:37:0:0:69:37:0:0 chr1 182993025 . C T 1011.06 PASS AF=0.502439;AO=103;DP=205;FAO=103;FDP=205;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=0.040718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5913;QD=19.7279;RBI=0.0497589;REFB=-0.00672013;REVB=-0.0286006;RO=100;SAF=46;SAR=57;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928615;STB=0.555797;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0108614;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:100:102:103:103:0.502439:57:46:55:45:57:46:57:45 chr1 183072590 . T C 300.27 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00221328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8353;QD=12.3824;RBI=0.00434359;REFB=-0.011616;REVB=-0.0037374;RO=62;SAF=13;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128561;STB=0.573986;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0278134;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:22:13:30:32:22:13:30:32 chr1 183085755 . A G 496.96 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.00362904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.689;QD=15.0593;RBI=0.00546216;REFB=0.00304421;REVB=-0.0040823;RO=76;SAF=25;SAR=30;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133128;STB=0.569596;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00468383;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:77:55:55:0.416667:30:25:25:51:30:25:26:51 chr1 183086757 . A C 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00684184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.111;QD=17.067;RBI=0.0244788;REFB=0.00047452;REVB=-0.0235032;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501168;STB=0.5334;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.000713995;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:20:18:19:26:20:18:19:27 chr1 183093875 . T C 491.12 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.013978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183;QD=19.8433;RBI=0.0156815;REFB=-0.00697667;REVB=0.00710822;RO=51;SAF=20;SAR=28;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234996;STB=0.513038;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00300293;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:28:20:20:31:28:20:20:31 chr1 183094547 . T C 695.65 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0112064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.96;QD=28.6867;RBI=0.0129554;REFB=-0.0187862;REVB=0.00650063;RO=37;SAF=30;SAR=30;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142534;STB=0.577294;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.011962;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:37:60:60:0.618557:30:30:26:11:30:30:26:11 chr1 183103810 . A G 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0078947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.313;QD=18.7852;RBI=0.0138344;REFB=0.00489304;REVB=0.0113607;RO=33;SAF=26;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769028;STB=0.543054;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00441568;OID=.;OPOS=183103810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:7:26:24:9:7:26:24:9 chr1 183105534 . T C 60.35 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0264193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5646;QD=17.2428;RBI=0.0269881;REFB=-0.0384541;REVB=0.00551171;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0326172;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr1 183105705 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00354879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.571;QD=18.4386;RBI=0.0207864;REFB=0.000117424;REVB=0.0204812;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974127;STB=0.554271;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=5.98973e-05;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:20:9:12:17:20:9 chr1 183112041 . G C 449.02 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.00105703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7841;QD=16.9441;RBI=0.0133316;REFB=-0.0161547;REVB=-0.0132896;RO=57;SAF=20;SAR=29;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131282;STB=0.572803;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0161414;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:29:20:16:41:29:20:16:41 chr1 183112412 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0244121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.081;QD=15.1567;RBI=0.0282775;REFB=0.00931628;REVB=0.0142713;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504992;STB=0.515139;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00781698;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:17:8:11:19:17:8:11:21 chr1 183112505 . T C 393.61 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0174328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.781;QD=15.4356;RBI=0.0191908;REFB=-0.00933696;REVB=-0.00802399;RO=56;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938766;STB=0.544777;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.01238;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:58:44:44:0.431373:29:15:24:32:29:15:24:34 chr1 183112566 . T C 374.33 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00714876;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.461;QD=14.537;RBI=0.00839959;REFB=-0.00453507;REVB=0.00441004;RO=61;SAF=16;SAR=26;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15272;STB=0.586102;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00669683;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:60:42:43:0.417476:26:16:32:29:27:16:31:29 chr1 183112764 . A G 290.09 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0137412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.384;QD=16.5764;RBI=0.0138692;REFB=-0.00939781;REVB=-0.00187951;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253258;STB=0.647638;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0132199;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:12:25:13:19:12:26 chr1 183114634 . G A 367.13 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.00562281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.487;QD=16.317;RBI=0.0234003;REFB=-0.0193243;REVB=-0.0227147;RO=50;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20661;STB=0.606307;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0177992;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:51:39:39:0.433333:23:16:11:39:23:16:12:39 chr1 183155482 . C A 1414.07 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.003757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.853;QD=61.4812;RBI=0.00711103;REFB=-0.0898609;REVB=-0.00603753;RO=1;SAF=54;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869721;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000174613;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:36:54:1:0:37:54:1:0 chr1 183184616 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0071736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.417;QD=12.1432;RBI=0.0106904;REFB=-0.0123882;REVB=0.00792616;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924894;STB=0.537274;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0197123;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:19:19:0.365385:7:12:17:14:7:12:19:14 chr1 183187603 . C T 808.14 PASS AF=0.434146;AO=89;DP=205;FAO=89;FDP=205;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=0.016216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.994;QD=15.7686;RBI=0.0229761;REFB=-0.00102865;REVB=-0.0162771;RO=116;SAF=43;SAR=46;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355257;STB=0.519776;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00141492;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:116:116:89:89:0.434146:46:43:52:64:46:43:52:64 chr1 183191324 . C A 627.47 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0689855;FXX=0.013071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6837;QD=16.6217;RBI=0.0786669;REFB=-0.0401048;REVB=-0.0378084;RO=80;SAF=28;SAR=40;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626855;STB=0.545872;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.047191;OID=.;OPOS=183191324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:80:83:68:68:0.450331:40:28:38:42:40:28:41:42 chr1 183192304 . T G 315.65 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0349794;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5688;QD=17.0621;RBI=0.0489763;REFB=-0.0121549;REVB=-0.03428;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100293;STB=0.556227;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0133617;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:17:23:16:18:17:23 chr1 183206573 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0201731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.391;QD=13.9482;RBI=0.0432954;REFB=-0.0103582;REVB=-0.0383085;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150139;STB=0.596706;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0236159;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:9:8:16:10:9:8:17:10 chr1 183212548 . T G 236.54 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0158503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1547;QD=33.7918;RBI=0.05258;REFB=-0.0320126;REVB=-0.0501341;RO=7;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108179;STB=0.559266;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0277358;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:10:11:2:5:10:11:2:5 chr1 183486859 . G A 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.037;QD=61.3642;RBI=0.0300113;REFB=0;REVB=0.025294;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44217e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:53:67:0:0:53:67:0:0 chr1 183542387 . T C 728.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2668;QD=57.1589;RBI=0.0279447;REFB=0;REVB=-0.00576946;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047951;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 183885657 . ACCCC ACCC,ACCCT 400.29 PASS AF=0.890909,0.109091;AO=19,6;DP=55;FAO=49,6;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23,6;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599743,-0.0345357;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.6767,174.822;QD=29.1121;RBI=0.922891,0.122413;REFB=-0.0403818,-0.0159012;REVB=0.92094,0.11744;RO=25;SAF=18,6;SAR=1,0;SRF=3;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.650794,0;SSSB=0.791805,0.825138;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0307693,0.116182;OID=.,.;OPOS=183885658,183885661;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890909,0.109091:19,6:55:49,6:55:0:23,6:26,0:0:0:22:25:18,6:1,0:3:22 chr1 183909717 . G A 447.9 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0143739;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.28;QD=23.5739;RBI=0.0292636;REFB=-0.00431604;REVB=0.0254902;RO=33;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989855;STB=0.554303;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00463125;OID=.;OPOS=183909717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:33:43:43:0.565789:21:22:21:12:21:22:21:12 chr1 184020945 . G A 2410.1 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0320182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.246;QD=59.1437;RBI=0.14442;REFB=-0.211478;REVB=0.140826;RO=0;SAF=108;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50713;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00159072;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:0:3:160:160:0.981595:52:108:0:0:52:108:1:2 chr1 184023529 . A C 1472.23 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.906;QD=63.3219;RBI=0.0196753;REFB=0;REVB=0.0189402;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36417e-05;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr1 184660205 . T A 604.71 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00261727;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.751;QD=58.9963;RBI=0.00262089;REFB=-0.00896894;REVB=-0.000137661;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=1.87303e-05;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr1 184662181 . C T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00868493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.592;QD=12.7982;RBI=0.00870501;REFB=-0.0145224;REVB=0.000590986;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911303;STB=0.552199;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0215279;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:17:24:13:13:17:24 chr1 184663537 . A C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00994104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.236;QD=19.0588;RBI=0.0133446;REFB=-0.010519;REVB=0.00890241;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0116238;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:11:9:7:12:11:9 chr1 184675814 . G A 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0112133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.789;QD=20.2748;RBI=0.012695;REFB=-0.00804049;REVB=0.00595185;RO=45;SAF=14;SAR=31;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172768;STB=0.596109;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00819918;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:31:14:22:23:31:14:22:23 chr1 184677464 . G A 851.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1261;QD=57.7029;RBI=0.0364216;REFB=0;REVB=-0.0285842;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46666e-05;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr1 184706212 . GT G 820.15 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5481;QD=46.8659;RBI=0.0717354;REFB=0;REVB=-0.0604961;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00214741;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:69:70:70:0:23:47:0:0:15:0:22:45:0:0 chr1 184764067 . C G 139.64 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0274333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.63;QD=7.65152;RBI=0.0274398;REFB=0.00154014;REVB=0.000600465;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520431;STB=0.591656;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00278588;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:53:20:20:0.273973:13:7:18:28:13:7:25:28 chr1 184765072 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0155523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.578;QD=24.4133;RBI=0.01806;REFB=-0.00171816;REVB=-0.00918104;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.666388;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000823669;OID=.;OPOS=184765072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:0:5:5:6:0:5 chr1 184777177 . C A 492.07 PASS AF=0.516129;AO=43;DP=89;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0146143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.695;QD=21.1645;RBI=0.0152725;REFB=-0.0443197;REVB=0.00443512;RO=45;SAF=13;SAR=30;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319932;STB=0.629973;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0486922;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:45:45:43:48:0.516129:30:13:29:16:30:18:29:16 chr1 184787943 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0150624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.494;QD=9.91654;RBI=0.029491;REFB=-0.0113873;REVB=0.0253543;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356588;STB=0.719105;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0324804;OID=.;OPOS=184787943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:9:8:7:2:9:8 chr1 184853849 . G A 366.58 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00736394;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1498;QD=16.1135;RBI=0.0430997;REFB=-0.00251405;REVB=-0.0424659;RO=52;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130062;STB=0.507324;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00397903;OID=.;OPOS=184853849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:20:19:26:26:20:19:26:26 chr1 185069561 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000407781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.601;QD=58.9612;RBI=0.0185835;REFB=0;REVB=-0.018579;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50599e-05;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr1 185069843 . T A 465.12 PASS AF=0.795455;AO=36;DP=45;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000295542;FXX=0.0222173;HRUN=9;LEN=1;MLLD=238.806;QD=42.2839;RBI=0.033316;REFB=0.0733431;REVB=-0.0333147;RO=8;SAF=15;SAR=21;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287661;STB=0.509429;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000736805;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:44:8:9:36:35:0.795455:21:15:4:4:21:14:4:5 chr1 185135745 . A G 612.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.552;QD=61.2403;RBI=0.020436;REFB=0;REVB=-0.0143619;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99348e-06;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:16:24:0:0 chr1 185137452 . C CCTAAATGATAGA 110.82 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00400225;FXX=0.113186;HRUN=2;LEN=12;MLLD=281.567;QD=9.43153;RBI=0.00897399;REFB=0.00109336;REVB=0.00803209;RO=37;SAF=9;SAR=4;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542339;STB=0.56692;STBP=0.568;TYPE=ins;VARB=-0.00248088;OID=.;OPOS=185137453;OREF=-;OALT=CTAAATGATAGA;OMAPALT=CCTAAATGATAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:13:52:14:47:33:9:5:24:9:99:37:9:4:27:10 chr1 185137461 . A T 813.31 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.352;QD=55.1395;RBI=0.0655562;REFB=0;REVB=0.039744;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285116;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:0:0:58:59:1:20:38:0:0:20:39:0:0 chr1 185137463 . TT AA,TA,TTAA 761.8 PASS AF=0.517241,0,0.482759;AO=21,7,22;DP=58;FAO=30,0,28;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,21;FSAR=13,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407406,0.063181,0.0033904;FXX=0.0169463;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,2;MLLD=25.5196,13.1139,22.803;QD=52.538;RBI=0.126176,0.238432,0.0176811;REFB=0,0,0;REVB=0.119418,0.229909,0.017353;RO=4;SAF=17,0,16;SAR=4,7,6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.223574,-0.760919,0.156133;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.109966,0,-0.035517;OID=.,.,.;OPOS=185137463,185137464,185137465;OREF=TT,T,-;OALT=AA,A,AA;OMAPALT=AA,TA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:75:58:58:4:0:21,7,22:30,0,28:0.517241,0,0.482759:4,7,6:17,0,16:1:3:13,0,7:17,0,21:0:0 chr1 185143721 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.803;QD=60.9753;RBI=0.0409375;REFB=0;REVB=0.0408648;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164225;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr1 185171869 . A G 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.00818613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.468;QD=14.4551;RBI=0.0266407;REFB=0.00850975;REVB=0.0253518;RO=63;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167555;STB=0.594055;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00942037;OID=.;OPOS=185171869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:22:23:22:41:22:23:22:41 chr1 185240474 . A G 314.68 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0157266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.811;QD=11.8748;RBI=0.0170704;REFB=-0.00836916;REVB=-0.00663862;RO=67;SAF=23;SAR=16;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156843;STB=0.589698;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.014791;OID=.;OPOS=185240474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:16:23:30:37:16:23:30:37 chr1 185953319 . A G 762.98 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0156977;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.362;QD=20.4826;RBI=0.0161072;REFB=-0.0195553;REVB=0.00360869;RO=74;SAF=41;SAR=33;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493284;STB=0.524003;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.016463;OID=.;OPOS=185953319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:74:75:74:74:0.496644:33:41:37:37:33:41:38:37 chr1 186026474 . T C 1645.59 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192309;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.372;QD=60.3885;RBI=0.0395177;REFB=0;REVB=0.0345227;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156454;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr1 186031041 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.952;QD=62.0195;RBI=0.0244636;REFB=0;REVB=0.00145098;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208037;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 186050417 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.032;QD=61.0551;RBI=0.0180427;REFB=0;REVB=-0.00477651;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85309e-05;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:55:62:0:0:55:62:0:0 chr1 186052064 . C A 57.09 PASS AF=0.0852713;AO=24;DP=257;FAO=22;FDP=258;FR=.;FRO=236;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=125;FSRR=111;FWDB=-0.0847979;FXX=0.00386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5726;QD=0.885156;RBI=0.108681;REFB=-0.00421465;REVB=-0.0679771;RO=216;SAF=6;SAR=18;SRF=122;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372836;STB=0.733169;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.106616;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:257:258:216:236:24:22:0.0852713:18:6:122:94:16:6:125:111 chr1 186052065 . CA C,CC 1283.44 PASS AF=0.991453,0.00854701;AO=130,20;DP=235;FAO=232,2;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=106,2;FSAR=126,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448365,0.0691807;FXX=0.0487785;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.66465,16.5176;QD=21.9392;RBI=0.263454,0.18374;REFB=0,0;REVB=0.259611,0.170219;RO=52;SAF=72,2;SAR=58,18;SRF=16;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13104,-0.398429;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00241523,-0.0902395;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991453,0.00854701:130,20:235:232,2:234:0:106,2:126,0:0:0:4:52:72,2:58,18:16:36 chr1 186086704 . A T 129.19 PASS AF=0.295082;AO=19;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0138092;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.551;QD=8.47175;RBI=0.0184355;REFB=-0.00853118;REVB=-0.0122138;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246411;STB=0.634087;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0212759;OID=.;OPOS=186086704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:43:43:19:18:0.295082:12:7:25:18:11:7:25:18 chr1 186101539 . A G 677.16 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.924;QD=60.1919;RBI=0.022623;REFB=-0.158336;REVB=0.00806548;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00077196;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr1 186277088 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000156827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0151;QD=35.5722;RBI=0.010724;REFB=0;REVB=0.0107228;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956979;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 186326757 . TA T 112.34 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.042928;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1288;QD=8.64184;RBI=0.0935414;REFB=-0.10457;REVB=-0.0831095;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735483;STB=0.541632;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=0.10175;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:23:52:24:52:28:11:13:15:13:99:27:11:12:15:12 chr1 186839879 . AAG A 1454.1 PASS AF=1;AO=114;DP=167;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575671;FXX=0.303553;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.141;QD=49.7127;RBI=0.0625538;REFB=0;REVB=-0.0244748;RO=0;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.51674e-05;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:167:117:117:0:44:73:0:0:26:0:42:72:0:0 chr1 186946912 . G A 1602.8 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5782;QD=59.9177;RBI=0.113738;REFB=0;REVB=-0.113301;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000792198;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr1 187610537 . AC GG 1105.32 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117229;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=2;MLLD=351.362;QD=60.5655;RBI=0.00334912;REFB=0;REVB=-0.00313725;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.32904e-06;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr1 187610852 . A C 851.93 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.4;QD=57.7581;RBI=0.0361956;REFB=0;REVB=0.0240389;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01245e-05;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:38:19:0:0:40:19:0:0 chr1 192781172 . C G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.929;QD=60.3765;RBI=0.0184589;REFB=0;REVB=0.0179368;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46886e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr1 192844886 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.069;QD=60.9785;RBI=0.0232379;REFB=0;REVB=0.00549857;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136621;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 193054154 . G A 569.04 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0223668;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.325;QD=22.5361;RBI=0.0428177;REFB=-0.00504155;REVB=-0.0365114;RO=45;SAF=27;SAR=29;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121907;STB=0.566679;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00510549;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:45:45:56:56:0.554455:29:27:15:30:29:27:15:30 chr1 193074651 . T A 832.88 PASS AF=0.57037;AO=76;DP=135;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0314814;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9793;QD=24.6779;RBI=0.0343524;REFB=-0.0314941;REVB=0.0137481;RO=58;SAF=36;SAR=40;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117264;STB=0.566127;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0243215;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:58:58:76:77:0.57037:40:36:19:39:40:37:19:39 chr1 193701055 . G C 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.354;QD=60.7162;RBI=0.0282514;REFB=0;REVB=0.0137484;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106124;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:45:31:0:0 chr1 193701480 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.10061e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.903;QD=58.7817;RBI=0.00772285;REFB=0;REVB=0.00772275;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06023e-05;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr1 193701489 . C T 864.11 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0425024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4149;QD=52.3705;RBI=0.042873;REFB=-0.258806;REVB=0.00562492;RO=3;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422252;STB=0.50651;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0164252;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:65:66:3:3:62:63:0.954545:32:30:0:3:33:30:1:2 chr1 194457292 . T C 1292.16 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00285282;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.409;QD=60.8075;RBI=0.0190815;REFB=-0.108258;REVB=0.0188671;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00024623;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:85:0:1:84:84:0.988235:43:41:0:0:43:41:0:1 chr1 196227526 . A G 1073.77 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.856;QD=59.6538;RBI=0.0154508;REFB=0;REVB=-0.0151609;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26736e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr1 196288696 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0117462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.202;QD=17.4545;RBI=0.0205333;REFB=-0.0240413;REVB=0.0168417;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09886;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0347248;OID=.;OPOS=196288696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:16:13:15:12:16:13 chr1 196309523 . C T 1091.19 PASS AF=0.460905;AO=109;DP=243;FAO=112;FDP=243;FR=.;FRO=131;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=-0.00817717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.011;QD=17.962;RBI=0.00940786;REFB=0.00183056;REVB=0.00465206;RO=130;SAF=51;SAR=58;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467004;STB=0.515799;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00184509;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:130:131:109:112:0.460905:58:51:67:63:58:54:67:64 chr1 196642233 . G A 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0053194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5211;QD=17.6716;RBI=0.0260268;REFB=-0.0120419;REVB=0.0254774;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145149;STB=0.581143;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.013632;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:20:12:16:14:20:12 chr1 196654324 . A C 1789.9 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0223764;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7036;QD=59.1702;RBI=0.0431432;REFB=0.0674734;REVB=-0.0368868;RO=2;SAF=68;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228818;STB=0.501205;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00160395;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:51:68:1:1:51:68:1:1 chr1 196659237 . C T 1861.97 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550524;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.127;QD=61.5529;RBI=0.0149338;REFB=0;REVB=0.0138821;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19565e-05;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:57:64:0:0:57:64:0:0 chr1 196682947 . G A 463.08 PASS AF=0.516854;AO=44;DP=87;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0117597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2736;QD=20.8127;RBI=0.0170608;REFB=-0.0318626;REVB=-0.0123605;RO=43;SAF=12;SAR=32;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817522;STB=0.538131;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0235935;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:43:43:44:46:0.516854:32:12:15:28:33:13:15:28 chr1 196695661 . G T 227.03 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0212638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.365;QD=11.2114;RBI=0.0212662;REFB=0.0013881;REVB=0.000318545;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370517;STB=0.532479;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0023483;OID=.;OPOS=196695661;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:53:28:28:0.345679:15:13:22:29:15:13:22:31 chr1 196706049 . G A 477.92 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0377341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3463;QD=18.9276;RBI=0.0452056;REFB=0.00677957;REVB=-0.0248934;RO=51;SAF=15;SAR=35;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355466;STB=0.519714;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00930193;OID=.;OPOS=196706049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:35:15:17:34:35:15:17:34 chr1 196706645 . A G 300.89 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0546526;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.457;QD=21.4925;RBI=0.0546592;REFB=0.00229615;REVB=0.000851635;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344163;STB=0.512812;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0024665;OID=.;OPOS=196706645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:30:31:0.553571:18:12:9:16:19:12:9:16 chr1 196712586 . C T 336.27 PASS AF=0.25;AO=49;DP=196;FAO=49;FDP=196;FR=.;FRO=147;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=88;FWDB=-0.0272996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2125;QD=6.86263;RBI=0.0273279;REFB=0.00872304;REVB=-0.00124487;RO=147;SAF=30;SAR=19;SRF=59;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259823;STB=0.654907;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0250816;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:147:147:49:49:0.25:19:30:59:88:19:30:59:88 chr1 196749097 . C T 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00356801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.027;QD=12.615;RBI=0.0200927;REFB=0.00154149;REVB=0.0197733;RO=64;SAF=20;SAR=19;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201025;STB=0.51146;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00233539;OID=.;OPOS=196749097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:19:20:34:30:19:20:34:30 chr1 196757392 . C T 1767.62 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.215;QD=60.9523;RBI=0.00471689;REFB=0;REVB=-0.00111808;RO=0;SAF=42;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.75479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78978e-06;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:74:42:0:0:74:42:0:0 chr1 196757912 . T C 448.39 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00779418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.435;QD=18.6827;RBI=0.00809391;REFB=-0.0113328;REVB=-0.00218223;RO=50;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888644;STB=0.545434;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.013042;OID=.;OPOS=196757912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:51:45:45:0.46875:30:15:21:29:30:15:21:30 chr1 196797238 . C T 483.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1515;QD=58.6452;RBI=0.086461;REFB=0;REVB=0.079237;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224132;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr1 196797244 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0056;QD=58.5877;RBI=0.046052;REFB=0;REVB=0.0324825;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111447;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 196797292 . G C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7043;QD=42.1776;RBI=0.0711602;REFB=0;REVB=0.0533781;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030412;OID=.;OPOS=196797292;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 196799746 . C G 572.29 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.020668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9031;QD=20.8106;RBI=0.0289214;REFB=-0.0289453;REVB=0.0202307;RO=51;SAF=21;SAR=37;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084325;STB=0.501694;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0266907;OID=.;OPOS=196799746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:52:58:58:0.527273:37:21:18:33:37:21:19:33 chr1 196801042 . G T 3081.3 PASS AF=0.985437;AO=203;DP=206;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0111061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.663;QD=59.831;RBI=0.011202;REFB=-0.0394408;REVB=0.00146264;RO=3;SAF=97;SAR=106;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145007;STB=0.507613;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-5.46466e-06;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:206:206:3:3:203:203:0.985437:106:97:3:0:106:97:3:0 chr1 196801078 . A T 777.03 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=197;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.0204065;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.211;QD=15.8579;RBI=0.0215502;REFB=0.00796225;REVB=0.00692742;RO=113;SAF=34;SAR=49;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347713;STB=0.51943;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00786849;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:113:113:83:83:0.423469:49:34:50:63:49:34:50:63 chr1 196874356 . G T 3015.58 PASS AF=0.985149;AO=199;DP=202;FAO=199;FDP=202;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000617336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.085;QD=59.7144;RBI=0.0102532;REFB=-0.115373;REVB=-0.0102346;RO=3;SAF=77;SAR=122;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115661;STB=0.506072;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000666185;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:202:3:3:199:199:0.985149:122:77:0:3:122:77:0:3 chr1 196876458 . A G 642.6 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00482804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.34;QD=19.3263;RBI=0.01649;REFB=-0.0120796;REVB=0.0157674;RO=68;SAF=33;SAR=32;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711559;STB=0.503932;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0136504;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:32:33:34:34:32:33:34:34 chr1 196920060 . AAATT A 337.93 PASS AF=0.452174;AO=50;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0152073;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=4;MLLD=284.547;QD=11.7539;RBI=0.018564;REFB=-0.0118799;REVB=-0.010647;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121651;STB=0.502512;STBP=0.961;TYPE=del;VARB=0.0136095;OID=.;OPOS=196920061;OREF=AATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452174:50:116:52:115:63:27:25:33:30:99:62:26:24:33:29 chr1 196920148 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00110966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.266;QD=19.1562;RBI=0.0134861;REFB=-0.0195641;REVB=-0.0134404;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777475;STB=0.543819;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0165235;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:17:6:7:14:17:6 chr1 196963213 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00569366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8009;QD=22.7946;RBI=0.00571276;REFB=-0.000528565;REVB=-0.000466781;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147688;STB=0.582165;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000407474;OID=.;OPOS=196963213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:15:6:11:13:15:6 chr1 197009798 . A G 333.7 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0656835;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3838;QD=12.8346;RBI=0.069379;REFB=0.0180403;REVB=0.022341;RO=63;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154374;STB=0.591646;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0251145;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:63:64:40:40:0.384615:19:21:24:39:19:21:24:40 chr1 197019858 . A C 437.89 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0253779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.013;QD=15.6389;RBI=0.026421;REFB=-0.00904376;REVB=-0.00735068;RO=63;SAF=28;SAR=21;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802572;STB=0.544969;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0137652;OID=.;OPOS=197019858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:21:28:31:32:21:28:31:32 chr1 197026225 . T G 513.29 PASS AF=0.392157;AO=60;DP=153;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=0.0322214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.213;QD=13.4192;RBI=0.0370833;REFB=-0.0181417;REVB=0.0183564;RO=90;SAF=29;SAR=31;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171194;STB=0.604255;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0183974;OID=.;OPOS=197026225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:90:93:60:60:0.392157:31:29:58:32:31:29:61:32 chr1 197030201 . T C 690.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.902;QD=62.73;RBI=0.0262053;REFB=0;REVB=0.0160072;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72545e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr1 197031021 . C T 561.3 PASS AF=0.5;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0228001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.496;QD=19.3552;RBI=0.0271093;REFB=0.00817397;REVB=0.0146653;RO=57;SAF=29;SAR=29;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867043;STB=0.551706;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0105105;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:57:58:58:58:0.5:29:29:23:34:29:29:23:35 chr1 197070215 . A G 788.32 PASS AF=0.425121;AO=88;DP=207;FAO=88;FDP=207;FR=.;FRO=119;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=0.00972905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8097;QD=15.2333;RBI=0.0122391;REFB=-0.00863007;REVB=0.00742565;RO=119;SAF=48;SAR=40;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253203;STB=0.514131;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0140754;OID=.;OPOS=197070215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:119:88:88:0.425121:40:48:62:57:40:48:62:57 chr1 197070594 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00771891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.368;QD=16.0341;RBI=0.0155603;REFB=-0.0273497;REVB=-0.0135108;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323801;STB=0.690114;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0201089;OID=.;OPOS=197070594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:6:21:9:11:6:22 chr1 197070776 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00238599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.991;QD=19.3436;RBI=0.0076605;REFB=-0.00399754;REVB=-0.00727944;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166538;STB=0.594959;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00370092;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:10:8:5:13:10:8 chr1 197070815 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.84;QD=60.9776;RBI=0.0711725;REFB=0;REVB=0.0699956;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233639;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr1 197070901 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1886;QD=58.2339;RBI=0.0407264;REFB=0;REVB=0.028568;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04083e-06;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 197072560 . A G 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0218969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.285;QD=14.6472;RBI=0.0510516;REFB=-0.00567135;REVB=0.0461171;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269077;STB=0.522921;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0124049;OID=.;OPOS=197072560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:19:13:19:25:19:13:20:25 chr1 197072802 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00430844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.461;QD=15.6537;RBI=0.0421729;REFB=4.11769e-05;REVB=-0.0419522;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759405;STB=0.542825;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000502977;OID=.;OPOS=197072802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:10:22:16:10:10:22 chr1 197073318 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0490979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5338;QD=18.0506;RBI=0.0561805;REFB=0.0317926;REVB=-0.0273065;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368125;STB=0.719451;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0563677;OID=.;OPOS=197073318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:3:5:9:1:3:5 chr1 197091537 . A T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1677;QD=58.1408;RBI=0.0468581;REFB=0;REVB=0.0421582;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876698;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr1 197112375 . G T 349.57 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00239584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.315;QD=23.6995;RBI=0.00690389;REFB=-0.00960537;REVB=0.00647484;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951357;STB=0.546737;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00810927;OID=.;OPOS=197112375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:20:14:7:17:21:14:7:17 chr1 197112477 . C T 308.38 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00720577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.743;QD=18.4109;RBI=0.0629964;REFB=0.00516763;REVB=-0.0625829;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938314;STB=0.552315;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00338664;OID=.;OPOS=197112477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:14:20:16:17:14:20 chr1 197112533 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0324727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.038;QD=20.8111;RBI=0.0324732;REFB=-0.0121583;REVB=-0.000167133;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796895;STB=0.544709;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0164832;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:8:15:13:10:8:15 chr1 197112538 . T G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00130807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.125;QD=19.9928;RBI=0.00193641;REFB=0.0111595;REVB=0.0014278;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268159;STB=0.515138;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00834073;OID=.;OPOS=197112538;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:9:14:14:8:9:14 chr1 197124448 . A C 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0186515;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=227.301;QD=11.0218;RBI=0.018689;REFB=-0.0121246;REVB=0.00118272;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00829792;OID=.;OPOS=197124448;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr1 197127491 . A C 615.86 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.031603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5521;QD=18.9497;RBI=0.0357522;REFB=0.000612404;REVB=0.0167174;RO=67;SAF=25;SAR=38;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252477;STB=0.63938;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000716087;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:38:25:45:22:38:25:45:22 chr1 197128726 . G A 294.48 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00854015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3423;QD=15.1014;RBI=0.0272639;REFB=-0.0237932;REVB=-0.0258918;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797035;STB=0.544997;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0342735;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:17:28:18:15:17:28 chr1 197168625 . C A 304.49 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.000101413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.014;QD=17.3995;RBI=0.0243227;REFB=-0.00325925;REVB=-0.0243225;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107369;STB=0.55955;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00405319;OID=.;OPOS=197168625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:37:33:33:0.471429:18:15:20:15:18:15:21:16 chr1 197390368 . A G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.949;QD=62.465;RBI=0.0170834;REFB=0;REVB=0.0108895;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85002e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chr1 197446702 . G T 409.9 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0181903;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9824;QD=20.4948;RBI=0.0182182;REFB=-0.00531002;REVB=0.00100732;RO=40;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210342;STB=0.610576;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00482248;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:39:41:41:0.5125:26:15:24:16:26:15:23:16 chr1 197480927 . C T 713.84 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0217045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5721;QD=25.4943;RBI=0.0337695;REFB=-0.00555204;REVB=0.0258707;RO=44;SAF=27;SAR=40;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475459;STB=0.529403;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00369582;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:45:67:67:0.598214:40:27:15:29:40:27:15:30 chr1 197742171 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.314;QD=58.1418;RBI=0.0816943;REFB=0;REVB=0.0245859;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353007;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 197874949 . T C 331.43 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00231953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.871;QD=18.6722;RBI=0.0349665;REFB=0.00144144;REVB=-0.0348895;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165618;STB=0.600976;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00221295;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:24:11:17:18:24:11:18:18 chr1 197896728 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00908907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.726;QD=15.1564;RBI=0.0199576;REFB=0.000659312;REVB=0.0177678;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000550571;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:14:18:12:13:14:18 chr1 198671653 . A G 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0159214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6595;QD=14.0975;RBI=0.0323072;REFB=0.00975265;REVB=0.0281116;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00976891;OID=.;OPOS=198671653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr1 198703306 . C T 222.68 PASS AF=0.7;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00489082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.095;QD=29.69;RBI=0.00956162;REFB=-0.0176548;REVB=-0.00821611;RO=8;SAF=15;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156847;STB=0.591306;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00883973;OID=.;OPOS=198703306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:8:9:20:21:0.7:5:15:4:4:6:15:4:5 chr1 198704293 . GC CG,GT 1489.04 PASS AF=0,0.517857;AO=10,145;DP=281;FAO=0,145;FDP=280;FR=.;FRO=135;FSAF=0,70;FSAR=0,75;FSRF=47;FSRR=88;FWDB=-0.00214394,-0.013646;FXX=0.00355859;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=55.2684,144.826;QD=21.272;RBI=0.0880952,0.0294707;REFB=-0.0369606,-0.0266134;REVB=-0.0880691,-0.026121;RO=121;SAF=0,70;SAR=10,75;SRF=47;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.535282,0.0791964;STB=0.5,0.565262;STBP=1,0.026;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0262902;OID=.,.;OPOS=198704293,198704294;OREF=GC,C;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:281:280:121:135:10,145:0,145:0,0.517857:10,75:0,70:47:74:0,75:0,70:47:88 chr1 199977636 . C A 1690.42 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.269;QD=60.3721;RBI=0.0321901;REFB=0;REVB=0.0185417;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7623e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:53:56:0:0:55:57:0:0 chr1 199977724 . G T 1018.59 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6857;QD=59.0485;RBI=0.0407582;REFB=0;REVB=0.0321312;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15797e-05;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 200143281 . C T 842.2 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081846;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.041;QD=58.0825;RBI=0.017191;REFB=0;REVB=0.0151176;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08363e-05;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 200182834 . A G 1555.69 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.956;QD=63.4976;RBI=0.0301363;REFB=0;REVB=0.0126747;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145978;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr1 200183398 . C A 1052.14 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.732;QD=59.2757;RBI=0.036133;REFB=0;REVB=-0.0283176;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223347;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:39:32:0:0 chr1 200311868 . C G 786.88 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0079447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.223;QD=55.2193;RBI=0.00794904;REFB=-0.125172;REVB=-0.000262767;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00219463;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr1 200375836 . GT GG,G 133.24 PASS AF=0.5,0.291667;AO=10,5;DP=27;FAO=12,7;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=2,2;FSAR=10,5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.213133,0.0927743;FXX=0.11107;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=14.31,6.40811;QD=22.206;RBI=0.252879,0.0928766;REFB=0.0755149,0.01255;REVB=0.136096,-0.00435809;RO=4;SAF=1,1;SAR=9,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172958,-0.0543107;STB=0.517212,0.54533;STBP=0.92,0.803;TYPE=snp,del;VARB=0.0544187,0.00777959;OID=.,.;OPOS=200375837,200375837;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.291667:10,5:27:12,7:24:5:2,2:10,5:1:4:17:4:1,1:9,4:1:3 chr1 200534248 . C T 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0123949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.791;QD=9.18973;RBI=0.0134822;REFB=0.000952786;REVB=-0.00530449;RO=35;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184037;STB=0.612734;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00338353;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:10:4:15:20:10:4:15:20 chr1 200558363 . T C 639.47 PASS AF=0.494624;AO=43;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0025892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.962;QD=27.504;RBI=0.0194477;REFB=-0.0302961;REVB=-0.0192746;RO=28;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184733;STB=0.601186;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0185236;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:28:28:43:46:0.494624:18:25:23:5:20:26:23:5 chr1 200618238 . T C 1077.87 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.602;QD=59.8814;RBI=0.0365773;REFB=0;REVB=0.0236651;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39437e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr1 200635550 . T C 362.74 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00241294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.878;QD=32.9766;RBI=0.0138855;REFB=0.0152732;REVB=0.0136742;RO=13;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587575;STB=0.521458;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0125781;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:17:13:7:6:17:13:7:7 chr1 200635560 . T C 386.55 PASS AF=0.673469;AO=31;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0060011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.463;QD=31.5551;RBI=0.0169417;REFB=-0.0163699;REVB=0.0158433;RO=16;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725976;STB=0.535692;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00713063;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:31:33:0.673469:19:12:8:8:20:13:8:8 chr1 200776641 . C T 298.47 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00491191;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.39;QD=18.3675;RBI=0.0160092;REFB=-0.0235389;REVB=-0.015237;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964906;STB=0.553813;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0379543;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:13:20:16:16:13:20 chr1 200880702 . C T 218.7 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0302354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4954;QD=16.1998;RBI=0.0338071;REFB=-0.0411331;REVB=-0.0151242;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.507686;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0651338;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:29:25:25:0.462963:15:10:9:17:15:10:12:17 chr1 200880978 . C T 289.23 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.294;QD=52.5865;RBI=0.077565;REFB=0;REVB=0.0314229;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898583;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr1 200881172 . C A 73.14 PASS AF=0.692308;AO=6;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.19047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.7343;QD=22.5057;RBI=0.190696;REFB=-0.0337549;REVB=0.0092705;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000119102;OID=.;OPOS=200881172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:12:13:3:4:6:9:0.692308:4:2:1:2:4:5:2:2 chr1 200940189 . C T 678.44 PASS AF=0.55;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0224916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.155;QD=22.6145;RBI=0.0309462;REFB=-0.0137708;REVB=-0.0212554;RO=54;SAF=31;SAR=35;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098001;STB=0.553555;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0133478;OID=.;OPOS=200940189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:54:66:66:0.55:35:31:19:35:35:31:19:35 chr1 200941755 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0125545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.353;QD=11.1035;RBI=0.0279648;REFB=-0.0102564;REVB=0.0249883;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00811128;OID=.;OPOS=200941755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr1 200941934 . T C 506.79 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0106583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0347;QD=14.9056;RBI=0.0130837;REFB=-0.00995915;REVB=0.00758843;RO=79;SAF=27;SAR=29;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120112;STB=0.510506;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0140564;OID=.;OPOS=200941934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:80:56:56:0.411765:29:27:39:40:29:27:40:40 chr1 200945910 . G A 462.37 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.002058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.216;QD=24.3354;RBI=0.0150826;REFB=0.0120186;REVB=-0.0149415;RO=32;SAF=25;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528944;STB=0.529007;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0144126;OID=.;OPOS=200945910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:19:25:16:16:19:25:16:16 chr1 200959305 . G A 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0252718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.488;QD=21.0074;RBI=0.041215;REFB=-0.0352467;REVB=0.0325578;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617893;STB=0.534224;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0292432;OID=.;OPOS=200959305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:13:17:16:9:13:17:16:9 chr1 200969923 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0279378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.654;QD=16.1192;RBI=0.0422451;REFB=0.00557635;REVB=0.031688;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191053;STB=0.610921;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00428993;OID=.;OPOS=200969923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:7:6:8:4:7:6 chr1 200971353 . A G 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.034531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.801;QD=23.4119;RBI=0.0354607;REFB=-0.0240857;REVB=-0.00806668;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561911;STB=0.530905;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.01445;OID=.;OPOS=200971353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:18:17:14:11:18:17:14:11 chr1 201112981 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4346;QD=56.9568;RBI=0.0345153;REFB=0;REVB=0.0311453;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581492;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr1 201115822 . A G 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0266572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7956;QD=16.9851;RBI=0.0287662;REFB=-0.011569;REVB=-0.0108116;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429007;STB=0.524066;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0128632;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:22:21:16:20:22:21 chr1 201122947 . T G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8941;QD=62.0207;RBI=0.0266784;REFB=0;REVB=0.024895;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202159;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr1 201166383 . G A 833.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2151;QD=57.4675;RBI=0.0123964;REFB=0;REVB=0.0114312;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175991;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr1 201166435 . T C 707.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.929;QD=62.8723;RBI=0.0153532;REFB=0;REVB=-0.0114741;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75247e-06;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:14:31:0:0 chr1 201168499 . G A 403.3 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00402037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.789;QD=24.8184;RBI=0.00506773;REFB=-0.003013;REVB=-0.00308521;RO=25;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757214;STB=0.510633;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00124623;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:16:23:15:10:16:23:16:10 chr1 201175227 . C A 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7225;QD=61.3733;RBI=0.0332696;REFB=0;REVB=0.0289171;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104315;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr1 201175715 . G T 1021.73 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0230259;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.751;QD=56.7629;RBI=0.057562;REFB=-0.172351;REVB=0.0527559;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286319;STB=0.515147;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00101808;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:38:32:2:0:38:32:2:0 chr1 201176018 . A G 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.493;QD=47.816;RBI=0.0363062;REFB=0;REVB=-0.0362524;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452452;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 201176108 . G A 518.21 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000830916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.237;QD=59.2244;RBI=0.0328685;REFB=0;REVB=0.032858;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47315e-05;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr1 201176968 . A G 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176059;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.01;QD=56.7417;RBI=0.0325716;REFB=0;REVB=0.0274033;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07552e-05;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 201177246 . T C 806.44 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404665;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1647;QD=57.6026;RBI=0.0404731;REFB=0;REVB=0.000731463;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289556;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 201177278 . C T 849.73 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116262;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.833;QD=57.6087;RBI=0.025275;REFB=0;REVB=0.0224423;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119084;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr1 201177538 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.35;QD=48.7373;RBI=0.0276522;REFB=0;REVB=0.0159319;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134461;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr1 201181217 . A G 786.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.805;QD=64.1631;RBI=0.116203;REFB=0;REVB=0.114688;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875519;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:10:37:0:0:11:38:0:0 chr1 201181223 . A G 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00676683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.033;QD=61.5112;RBI=0.0207177;REFB=-0.0625566;REVB=0.0195814;RO=1;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447271;STB=0.523799;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00147983;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:10:38:0:1:10:38:0:1 chr1 201183363 . C T 1715.19 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00165583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.093;QD=59.6588;RBI=0.00964166;REFB=-0.0636292;REVB=0.00949841;RO=1;SAF=65;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072498;STB=0.503816;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000901926;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:49:65:1:0:49:65:1:0 chr1 201183402 . T C 2234.06 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.372;QD=62.9314;RBI=0.016513;REFB=0;REVB=0.0131024;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89919e-05;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:140:142:1:65:75:0:0:65:77:0:0 chr1 201184275 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.751;QD=64.4154;RBI=0.0135667;REFB=0;REVB=0.0114949;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25729e-05;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 201187764 . T C 1556.83 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.955;QD=59.8781;RBI=0.0172101;REFB=0;REVB=0.00574088;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22926e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:57:46:0:0:58:46:0:0 chr1 201195119 . C T 2391.1 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360546;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.146;QD=59.7774;RBI=0.052437;REFB=-0.0157435;REVB=0.0380751;RO=2;SAF=84;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111921;STB=0.505882;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000270644;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:160:2:2:158:158:0.9875:74:84:2:0:74:84:2:0 chr1 201285759 . A G 1636.35 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0267498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.06;QD=57.4157;RBI=0.0295107;REFB=-0.044993;REVB=0.0124633;RO=2;SAF=39;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237199;STB=0.509052;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000248727;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:2:3:111:111:0.973684:72:39:2:0:72:39:2:1 chr1 201299263 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.25;QD=61.5362;RBI=0.0138532;REFB=0;REVB=0.0137612;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49134e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:32:48:0:0:32:49:0:0 chr1 201331554 . T G 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0338555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7024;QD=28.7487;RBI=0.0536491;REFB=-0.0301746;REVB=-0.0416176;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627551;STB=0.53446;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0113852;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:18:12:6:13:18:12:6:13 chr1 201334382 . G A 261.2 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0253762;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1859;QD=16.8518;RBI=0.0346462;REFB=-0.00669399;REVB=-0.0235883;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200401;STB=0.505717;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00891059;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:33:29:29:0.467742:17:12:14:20:17:12:14:19 chr1 201341175 . CAGAAG C 216.03 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00191971;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=5;MLLD=241.971;QD=14.8983;RBI=0.0610738;REFB=-0.025025;REVB=0.0610437;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214684;STB=0.6491;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.0389869;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:25:61:25:58:33:17:8:14:19:99:30:17:8:14:16 chr1 201355522 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.155;QD=58.5878;RBI=0.0328075;REFB=0;REVB=0.0326449;RO=0;SAF=32;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46326e-05;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:1:32:0:0:1:32:0:0 chr1 201355943 . C T 1676.14 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.659;QD=60.4016;RBI=0.0476349;REFB=0;REVB=0.04302;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85798e-05;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:46:65:0:0:46:65:0:0 chr1 201360281 . A G 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.02617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3909;QD=21.7416;RBI=0.056362;REFB=0.0031598;REVB=-0.049918;RO=15;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382586;STB=0.709422;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00555722;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:19:19:0.542857:16:3:8:7:16:3:8:8 chr1 201383643 . A C 542.29 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146872;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.314;QD=60.2543;RBI=0.061952;REFB=0;REVB=0.0601859;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78955e-05;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr1 201777250 . C T 210.05 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0832552;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.628;QD=15.5593;RBI=0.0832873;REFB=-0.0120654;REVB=0.00231169;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084521;STB=0.528278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0156775;OID=.;OPOS=201777250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:32:30:24:24:0.444444:14:10:16:16:14:10:14:16 chr1 201777568 . C G 283.98 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00299233;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=112.371;QD=15.1454;RBI=0.0289001;REFB=-0.00161733;REVB=-0.0287448;RO=41;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912575;STB=0.540044;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00123414;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:43:32:32:0.426667:20:12:19:22:20:12:19:24 chr1 201844057 . T C 600.35 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0289563;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.775;QD=19.8463;RBI=0.0290005;REFB=-0.00598559;REVB=-0.00159938;RO=58;SAF=28;SAR=33;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404409;STB=0.529596;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00796883;OID=.;OPOS=201844057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:60:61:61:0.504132:33:28:24:34:33:28:24:36 chr1 201860626 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.331;QD=56.1888;RBI=0.0687686;REFB=0;REVB=0.00635703;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585779;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr1 201861016 . C G 152.91 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0313255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.748;QD=11.9927;RBI=0.0317123;REFB=-0.00942087;REVB=0.00493815;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295154;STB=0.650224;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0202634;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:5:27:11:7:6:27 chr1 201865763 . A G 270.3 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6976;QD=51.4862;RBI=0.0960273;REFB=0;REVB=0.00607426;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136053;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 201952574 . T C 353.56 PASS AF=0.59322;AO=33;DP=57;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000116674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.472;QD=23.9704;RBI=0.0108746;REFB=-0.00139121;REVB=-0.0108739;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762143;STB=0.550439;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00113256;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:24:24:33:35:0.59322:21:12:11:13:23:12:11:13 chr1 201970562 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.51;QD=60.5459;RBI=0.0083348;REFB=0;REVB=0.00128661;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3954e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr1 201973565 . G A 1755.79 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411195;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.734;QD=60.0269;RBI=0.0414802;REFB=-0.111409;REVB=0.00545829;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000224186;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:0:1:116:116:0.991453:51:65:0:0:51:65:1:0 chr1 201981861 . CT C,CC,CG 762.25 PASS AF=0.0181818,0.963636,0.0181818;AO=9,44,2;DP=55;FAO=1,53,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=1,38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619321,0.13422,0.0623512;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=152.728,165.361,134.519;QD=55.4366;RBI=0.0620336,0.13423,0.0623574;REFB=0,0,0;REVB=0.00354702,0.00159508,0.000883879;RO=0;SAF=8,6,1;SAR=1,38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0298911,0.000320421,0.0123451;OID=.,.,.;OPOS=201981862,201981862,201981862;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0181818,0.963636,0.0181818:9,44,2:55:1,53,1:55:0:0,15,0:1,38,1:0:0:5:0:8,6,1:1,38,1:0:0 chr1 202092360 . G A 216.26 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00996907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.279;QD=29.8293;RBI=0.0248126;REFB=-0.00372106;REVB=0.0227219;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315393;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218629;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:5:4:9:11:5:4 chr1 202092415 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0187638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.127;QD=21.7444;RBI=0.0187803;REFB=-0.000822974;REVB=0.00078863;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000585827;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:7:4:5:10:7:4 chr1 202092580 . T C 175.75 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00353697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.973;QD=11.9151;RBI=0.0143141;REFB=-0.0163375;REVB=0.0138703;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639372;STB=0.537003;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0395776;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:18:19:10:12:18:19 chr1 202155543 . A C 2354.42 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907827;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.017;QD=64.0658;RBI=0.111288;REFB=0;REVB=0.0643709;RO=0;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167276;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:147:0:0:134:147:1:83:51:0:0:86:61:0:0 chr1 202156135 . CCCTCGCT CCCTCGCTCCTCGCT,C,CCTCGCTCCTCGCT 826.84 PASS AF=0.357143,0.365079,0.0634921;AO=18,32,14;DP=87;FAO=45,46,8;FDP=126;FR=.;FRO=27;FSAF=19,16,1;FSAR=26,30,7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.105747,0.0228577,0.0432532;FXX=0.059697;HRUN=2,6,0;LEN=7,7,6;MLLD=157.084,315.234,158.743;QD=26.2488;RBI=0.10577,0.0228964,0.0433233;REFB=-0.00613732,-0.00481637,-0.00944699;REVB=-0.00220651,-0.00133086,-0.00246483;RO=0;SAF=5,11,0;SAR=13,21,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.525,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.536569,0.566721,0.839068;STBP=0.448,0.155,0.055;TYPE=ins,del,ins;VARB=0.0478693,0.0106466,-0.00316879;OID=.,.,.;OPOS=202156136,202156136,202156136;OREF=-,CCTCGCT,-;OALT=CCTCGCT,-,CTCGCT;OMAPALT=CCCTCGCTCCTCGCT,C,CCTCGCTCCTCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.365079,0.0634921:18,32,14:87:45,46,8:126:27:19,16,1:26,30,7:14:13:99:0:5,11,0:13,21,14:0:0 chr1 202156628 . A C 755.11 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.551;QD=62.9258;RBI=0.0124438;REFB=0;REVB=0.000591666;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126384;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:31:15:0:0:32:16:0:0 chr1 202183308 . C T 1608.32 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.207;QD=64.3328;RBI=0.0716275;REFB=0;REVB=0.0680063;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165635;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:42:54:0:0:46:54:0:0 chr1 202200812 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3422;QD=61.3285;RBI=0.0427843;REFB=0;REVB=0.00536453;RO=0;SAF=2;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731159;OID=.;OPOS=202200812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:38:2:0:0:38:2:0:0 chr1 202276494 . C T 1535.71 PASS AF=0.981132;AO=75;DP=109;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00948743;FXX=0.0275204;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.657;QD=57.9514;RBI=0.033294;REFB=-0.12797;REVB=0.0319136;RO=0;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000271794;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:106:0:2:75:104:0.981132:54:21:0:0:56:48:0:2 chr1 202287206 . T C 1582.35 PASS AF=1;AO=77;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168389;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.068;QD=64.5856;RBI=0.0484087;REFB=0;REVB=0.0453856;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50976e-05;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:77:98:1:26:51:0:0:40:58:0:0 chr1 202287537 . G A 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.732;QD=55.4112;RBI=0.0850602;REFB=-0.123409;REVB=0.0816007;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00148462;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:35:22:0:0:35:22:0:1 chr1 202287813 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.045;QD=44.6898;RBI=0.0449405;REFB=0;REVB=0.0351103;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457051;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 202531741 . C T 1961.8 PASS AF=0.992248;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00230411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.615;QD=60.8311;RBI=0.0408994;REFB=-0.0539133;REVB=0.0408344;RO=1;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085605;STB=0.504273;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000362233;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:129:1:1:125:128:0.992248:55:70:0:1:58:70:0:1 chr1 202565948 . G A 531.08 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0411227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1178;QD=16.7269;RBI=0.0417821;REFB=-0.032201;REVB=0.00739387;RO=70;SAF=24;SAR=33;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360697;STB=0.520096;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0204614;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:70:57:57:0.448819:33:24:27:43:33:24:27:43 chr1 202574784 . G A 276.73 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00783087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.501;QD=20.4985;RBI=0.0241576;REFB=-0.0196409;REVB=0.0228531;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122849;STB=0.557086;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.017898;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:15:14:8:16:15:14:9:16 chr1 202697547 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.22;QD=62.0216;RBI=0.012931;REFB=0;REVB=-0.012873;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56684e-05;OID=.;OPOS=202697547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr1 202705455 . G C 1435.34 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0139688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4061;QD=55.2054;RBI=0.0521965;REFB=-0.168719;REVB=0.0502926;RO=4;SAF=44;SAR=56;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140771;STB=0.507426;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00586539;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:104:104:4:4:100:100:0.961538:56:44:1:3:56:44:1:3 chr1 202715284 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.963;QD=62.9802;RBI=0.0120001;REFB=0;REVB=-0.0113147;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70216e-05;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr1 202733238 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.392;QD=60.6055;RBI=0.00985733;REFB=0;REVB=-0.00858116;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25693e-05;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 202795068 . C T 752.56 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.022;QD=62.7135;RBI=0.0320929;REFB=0;REVB=0.0254934;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23931e-05;OID=.;OPOS=202795068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:32:15:0:1:33:15:0:0 chr1 202795436 . AT ATAGC,GC 314.5 PASS AF=0.846154,0.0512821;AO=30,2;DP=40;FAO=33,2;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=19,0;FSAR=14,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0334392,0.000973156;FXX=0.0249938;HRUN=1,3;LEN=3,2;MLLD=133.488,195.677;QD=32.2563;RBI=0.0352069,0.00101035;REFB=-0.00824811,0.00387458;REVB=0.0110159,0.000271609;RO=4;SAF=17,0;SAR=13,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0696643,-0.569412;STB=0.535633,0.991616;STBP=0.243,0.42;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0039259,0.059367;OID=.,.;OPOS=202795438,202795436;OREF=-,AT;OALT=AGC,GC;OMAPALT=ATAGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:40:39:4:4:30,2:33,2:0.846154,0.0512821:13,2:17,0:1:3:14,2:19,0:1:3 chr1 202795825 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.799;QD=57.2375;RBI=0.0169262;REFB=0;REVB=-0.0152539;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81739e-05;OID=.;OPOS=202795825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 202795831 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00541093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.401;QD=55.0443;RBI=0.0217356;REFB=-0.0649477;REVB=0.0210513;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000978257;OID=.;OPOS=202795831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:0:1:23:32:0:1 chr1 202935911 . T C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0561686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.656;QD=11.8156;RBI=0.0561686;REFB=0.000720259;REVB=2.34827e-05;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785255;STB=0.545416;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.000997379;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:20:21:14:10:20:21 chr1 203003870 . G A 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00425418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5255;QD=57.3828;RBI=0.0453193;REFB=-0.0948446;REVB=0.0451192;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00320576;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:14:23:0:0:14:23:0:1 chr1 203004367 . C T 978.2 PASS AF=0.432099;AO=104;DP=244;FAO=105;FDP=243;FR=.;FRO=138;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=0.0157973;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.206;QD=16.102;RBI=0.0168855;REFB=-0.0116807;REVB=0.00596369;RO=138;SAF=36;SAR=68;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104322;STB=0.560119;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0145668;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:138:138:104:105:0.432099:68:36:61:77:69:36:61:77 chr1 203008173 . CG C,CC 914.51 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=8,55;DP=63;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141012,0.0113894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.104,241.33;QD=58.064;RBI=0.0449949,0.0454335;REFB=0,0;REVB=0.0427282,0.0439828;RO=0;SAF=1,41;SAR=7,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,4.47831e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0346271,0.000279578;OID=.,.;OPOS=203008174,203008174;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015873,0.984127:8,55:63:1,62:63:0:1,41:0,21:0:0:3:0:1,41:7,14:0:0 chr1 203053768 . T C 1977.66 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00217749;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.952;QD=61.3227;RBI=0.00456411;REFB=-0.0925652;REVB=0.00401119;RO=0;SAF=77;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46198e-08;STB=0.504854;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000150227;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:129:0:1:127:128:0.992248:50:77:0:0:51:77:0:1 chr1 203135840 . CT C 377.39 PASS AF=0.455882;AO=60;DP=135;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.0131809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2427;QD=11.0995;RBI=0.104267;REFB=0.014942;REVB=0.103431;RO=72;SAF=26;SAR=34;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101519;STB=0.554777;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=-0.0128164;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:60:135:62:136:74:27:35:25:49:99:72:26:34:24:48 chr1 203137784 . A ACT 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.000481947;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.324;QD=15.0059;RBI=0.0116322;REFB=-0.00485617;REVB=0.0116222;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053172;STB=0.525892;STBP=0.689;TYPE=ins;VARB=0.00676235;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:39:97:39:96:57:23:16:36:21:99:58:23:16:37:21 chr1 203148633 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.421;QD=57.2025;RBI=0.0125494;REFB=0;REVB=0.0117596;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178634;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr1 203309880 . G A 451.09 PASS AF=0.428571;AO=46;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0125339;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.177;QD=15.1628;RBI=0.0346209;REFB=-0.0227059;REVB=0.0322724;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771941;STB=0.548761;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0242309;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:68:46:51:0.428571:17:29:27:22:17:34:40:28 chr1 203309966 . G C 316.68 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0889688;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3328;QD=11.9502;RBI=0.0906054;REFB=-0.0249797;REVB=-0.0171432;RO=68;SAF=20;SAR=19;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840619;STB=0.534415;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.03807;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:68:67:39:39:0.367925:19:20:40:28:19:20:38:29 chr1 203316935 . C G 304.53 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.00866541;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.493;QD=14.331;RBI=0.00866957;REFB=-0.0193829;REVB=0.000268619;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278657;STB=0.656213;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0273347;OID=.;OPOS=203316935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:51:34:34:0.4:18:16:11:40:18:16:11:40 chr1 203317161 . AC A,AT,GA 434.09 PASS AF=0.290323,0.709677,0;AO=8,21,2;DP=31;FAO=9,22,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9,13,0;FSAR=0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542375,-0.00199601,-0.00483296;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=158.277,168.679,142.229;QD=56.0109;RBI=0.00643689,0.0528579,0.0227695;REFB=0,0,0;REVB=0.00346648,0.0528202,-0.0222506;RO=0;SAF=7,13,2;SAR=1,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0126639,-0.00603042,0;OID=.,.,.;OPOS=203317162,203317162,203317161;OREF=C,C,AC;OALT=-,T,GA;OMAPALT=A,AT,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:53:31:31:0:0:8,21,2:9,22,0:0.290323,0.709677,0:1,8,0:7,13,2:0:0:0,9,0:9,13,0:0:0 chr1 203458278 . C G 376.61 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0213654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.254;QD=32.7487;RBI=0.0245289;REFB=-0.0191844;REVB=-0.0120492;RO=15;SAF=25;SAR=6;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214227;STB=0.615323;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00497202;OID=.;OPOS=203458278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:6:25:15:0:6:25:15:0 chr1 203652444 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.582;QD=57.2369;RBI=0.00767505;REFB=0;REVB=0.00672967;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15017e-05;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 203667409 . T C 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.161;QD=60.3486;RBI=0.0405417;REFB=0;REVB=-0.0105336;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100992;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:62:48:0:0:62:48:0:0 chr1 203681085 . T C 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.375;QD=57.0309;RBI=0.069729;REFB=0.0111613;REVB=-0.0686398;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000408934;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:26:39:1:0:26:39:1:0 chr1 203766827 . T C 107.71 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00337343;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.618;QD=11.9678;RBI=0.0111303;REFB=-0.01061;REVB=0.0106068;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204005;STB=0.620076;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.021;OID=.;OPOS=203766827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:15:8:7:6:15:8 chr1 203766964 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0158661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.108;QD=7.0319;RBI=0.0170881;REFB=-0.00699035;REVB=0.00634575;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10346;STB=0.571265;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0211728;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:24:26:9:9:0.257143:6:3:10:14:6:3:11:15 chr1 203787700 . T C 771.38 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357279;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.69;QD=57.1389;RBI=0.0359089;REFB=0;REVB=0.00360089;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36464e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 204091465 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAC 47.62 PASS AF=0.282609,0.0217391;AO=11,3;DP=44;FAO=13,1;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=1,0;FSAR=12,1;FSRF=1;FSRR=31;FWDB=-0.204114,-0.0189179;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=10.5007,123.803;QD=4.14108;RBI=0.212141,0.0189548;REFB=-0.132177,-0.0213945;REVB=-0.0578018,0.0011821;RO=29;SAF=2,0;SAR=9,3;SRF=0;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.558154,0;STB=0.641627,0.980889;STBP=0.801,0.6;TYPE=del,mnp;VARB=0.0515091,0.136964;OID=.,.;OPOS=204091466,204091472;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282609,0.0217391:11,3:44:13,1:46:32:1,0:12,1:1:31:46:29:2,0:9,3:0:29 chr1 204110334 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5066;QD=57.1766;RBI=0.033975;REFB=0;REVB=0.00758063;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571043;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr1 204230581 . G A 1739.25 PASS AF=0.95935;AO=118;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0248538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.239;QD=56.5608;RBI=0.0263854;REFB=-0.0762941;REVB=0.00885887;RO=5;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346273;STB=0.518245;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000676026;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:123:123:5:5:118:118:0.95935:66:52:0:5:66:52:0:5 chr1 204237416 . C T 1880.98 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256474;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.049;QD=61.6714;RBI=0.0281612;REFB=0;REVB=0.0116302;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58448e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:79:43:0:0:79:43:0:0 chr1 204379617 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.058;QD=61.2127;RBI=0.0176193;REFB=0;REVB=0.0043615;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05519e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr1 204403659 . A G,T 772.89 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=47,2;DP=49;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810866,-0.084045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.271,102.532;QD=63.0933;RBI=0.0469786,0.0842402;REFB=0,0;REVB=-0.0462736,0.00573179;RO=0;SAF=24,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00160437,0.103761;OID=.,.;OPOS=204403659,204403659;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:49:49:0:0:47,2:48,1:0.979592,0.0204082:23,0:24,2:0:0:23,0:25,1:0:0 chr1 204425028 . G A 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.638;QD=57.4353;RBI=0.069847;REFB=-0.0362464;REVB=0.0677474;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000651251;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:30:37:0:0:30:37:1:0 chr1 204436066 . G A 1461.95 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.921;QD=62.2106;RBI=0.138514;REFB=0;REVB=0.0334147;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447816;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:1:0:87:94:1:41:46:1:0:42:52:0:0 chr1 204438334 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.197;QD=52.6132;RBI=0.0337797;REFB=0;REVB=-0.0300502;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8658e-05;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 204438643 . G T 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.548;QD=58.137;RBI=0.079077;REFB=0;REVB=0.0783871;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825783;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:10:22:0:0 chr1 204501383 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.133;QD=54.5177;RBI=0.0181335;REFB=0;REVB=-0.0110066;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59877e-05;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 204531567 . C T 669.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=62.3114;RBI=0.0888949;REFB=0;REVB=0.0888839;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424976;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 204587047 . G A 923.18 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0447;QD=56.8109;RBI=0.0762586;REFB=0.0505946;REVB=0.0695448;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000230351;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:0:1:25:39:0:1 chr1 204587569 . G C 722.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117632;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.815;QD=56.7027;RBI=0.0120098;REFB=0;REVB=0.00242108;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130446;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr1 204588140 . G A 732.63 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323155;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.12;QD=62.3514;RBI=0.0389177;REFB=0;REVB=0.0216864;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78755e-05;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:27:19:0:1:28:19:0:0 chr1 204589101 . G A 461.97 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.183;QD=55.9966;RBI=0.0413858;REFB=-0.0550068;REVB=0.0313909;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123576;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:8:24:0:1:9:24:0:0 chr1 204589623 . G A 867.0 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015762;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8505;QD=57.8002;RBI=0.126014;REFB=0;REVB=0.125024;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919635;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:34:23:0:0:37:23:0:0 chr1 204590044 . G A 1261.49 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0423645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8636;QD=58.6741;RBI=0.0545089;REFB=-0.0745817;REVB=0.0342998;RO=2;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215174;STB=0.511361;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000959565;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:43:40:0:2:43:41:0:2 chr1 204591237 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.362;QD=58.9627;RBI=0.0140498;REFB=0;REVB=0.0140034;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42635e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr1 204943947 . C A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.799;QD=57.175;RBI=0.0260889;REFB=0;REVB=0.00987322;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15912e-05;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr1 204966690 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.226;QD=57.545;RBI=0.0207896;REFB=0;REVB=0.0207399;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120956;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr1 204978533 . A G 633.54 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.513;QD=60.3373;RBI=0.0261581;REFB=0;REVB=0.0255324;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297753;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:25:17:0:0 chr1 204991770 . C T 300.1 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.000271116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7975;QD=13.958;RBI=0.00437378;REFB=-0.0108961;REVB=0.00436537;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127518;STB=0.572684;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0146467;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:21:13:26:26:21:13:26:26 chr1 205031116 . C T 3137.05 PASS AF=0.981043;AO=207;DP=211;FAO=207;FDP=211;FR=.;FRO=4;FSAF=134;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0541016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0229;QD=59.4702;RBI=0.0542036;REFB=-0.0388489;REVB=0.00332229;RO=4;SAF=134;SAR=73;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156284;STB=0.508208;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00322606;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:211:211:4:4:207:207:0.981043:73:134:1:3:73:134:1:3 chr1 205052939 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.475;QD=61.3362;RBI=0.014878;REFB=0;REVB=0.0140721;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5907e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 205053219 . C T 1145.11 PASS AF=0.951807;AO=78;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00183131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.964;QD=55.1859;RBI=0.0264378;REFB=-0.126484;REVB=0.0263743;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.526309;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00189832;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:1:4:78:79:0.951807:35:43:0:1:36:43:0:4 chr1 205056844 . T A,TTA 207.79 PASS AF=0,0.9;AO=3,16;DP=24;FAO=0,18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0305249,-0.0400614;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=215.579,247.256;QD=41.5578;RBI=0.0308292,0.0419545;REFB=-0.0505752,-0.0465565;REVB=0.00432054,0.0124605;RO=3;SAF=3,11;SAR=0,5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664835,0.00693073;STB=0.5,0.518498;STBP=1,0.759;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0042508;OID=.,.;OPOS=205056844,205056845;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:24:20:3:2:3,16:0,18:0,0.9:0,5:3,11:2:1:0,6:0,12:1:1 chr1 205129319 . G A 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8464;QD=60.0294;RBI=0.0548757;REFB=0;REVB=0.0498409;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272821;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr1 205130413 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1193;QD=59.3224;RBI=0.0533558;REFB=0;REVB=-0.0014881;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385016;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr1 205272926 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00256449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7141;QD=28.6831;RBI=0.0102803;REFB=-0.0912976;REVB=-0.00995534;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118266;STB=0.567407;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0141777;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:7:2:1:1:7:2:1:1 chr1 205272983 . C G 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0214126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.028;QD=30.1499;RBI=0.0237634;REFB=-0.0178112;REVB=-0.0103054;RO=8;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201339;STB=0.612116;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00843232;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:15:4:4:4:15:4:4:4 chr1 205275421 . A G 943.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.835;QD=58.0905;RBI=0.0212074;REFB=0;REVB=0.0209278;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481113;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:31:32:0:0:32:33:0:0 chr1 205492756 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.040883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.154;QD=18.1179;RBI=0.0408992;REFB=-0.00493743;REVB=0.00115025;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23314;STB=0.632043;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00522625;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:6:14:8:10:6:14 chr1 205501843 . A G 556.53 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.00651668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0679;QD=25.2966;RBI=0.0329716;REFB=-0.0319041;REVB=-0.0323212;RO=37;SAF=13;SAR=37;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453326;STB=0.531634;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0178336;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:37:37:50:51:0.579545:37:13:8:29:37:14:8:29 chr1 205564196 . T A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0100482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.066;QD=14.3343;RBI=0.0104419;REFB=0.00382707;REVB=-0.00284013;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00475562;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr1 205570406 . T A 255.01 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0333031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2022;QD=11.0873;RBI=0.0481441;REFB=0.00151747;REVB=-0.0347672;RO=61;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967815;STB=0.505614;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00389631;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:15:16:32:29:15:16:32:29 chr1 205588637 . C T 171.39 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0343665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1832;QD=29.8077;RBI=0.0370102;REFB=0.0137575;REVB=0.0137367;RO=4;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268655;STB=0.622061;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.000447161;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:4:6:16:17:0.73913:3:13:1:3:3:14:3:3 chr1 205589574 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0126916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9094;QD=20.2096;RBI=0.0612402;REFB=0.000873902;REVB=0.0599106;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180782;STB=0.602495;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0015551;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:3:7:6:7:3:7 chr1 205626995 . C G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.059895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8068;QD=16.9315;RBI=0.0611935;REFB=0.0134865;REVB=0.0125393;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218292;STB=0.624804;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00995246;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:9:3:6:6:9:3 chr1 205627101 . AC A 62.4 PASS AF=0.415385;AO=23;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.051776;FXX=0.0151492;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.39592;QD=3.8402;RBI=0.140796;REFB=-0.048956;REVB=-0.130931;RO=29;SAF=18;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162679;STB=0.541279;STBP=0.602;TYPE=del;VARB=-0.00163609;OID=.;OPOS=205627102;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:23:66:27:65:38:20:7:26:12:62:29:18:5:19:10 chr1 205738166 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.395;QD=63.583;RBI=0.0437851;REFB=0;REVB=0.00861297;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1017e-05;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 205767070 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00940764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.872;QD=19.7627;RBI=0.0114475;REFB=-0.00952887;REVB=0.00652242;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211788;STB=0.620046;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00899381;OID=.;OPOS=205767070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:16:7:13:12:16:7:13:12 chr1 205779231 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.653;QD=57.8842;RBI=0.0216224;REFB=0;REVB=0.0215546;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86957e-05;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 205814485 . G A 240.37 PASS AF=0.358025;AO=22;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0118679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4043;QD=11.87;RBI=0.0386747;REFB=-0.0373067;REVB=-0.0368088;RO=37;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108307;STB=0.571895;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0431695;OID=.;OPOS=205814485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:52:22:29:0.358025:17:5:6:31:17:12:16:36 chr1 205814497 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.508;QD=62.3138;RBI=0.0444826;REFB=0;REVB=0.0404745;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259938;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr1 205817018 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0425924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.546;QD=6.92877;RBI=0.0460925;REFB=-0.00747288;REVB=0.0176184;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0416509;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:8:7:2:4:8:7 chr1 205819039 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0303643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.281;QD=16.7313;RBI=0.0315518;REFB=-0.00811875;REVB=0.0085745;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300852;STB=0.516888;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0138193;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:22:14:13:18:22:14 chr1 205819104 . G A 377.85 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0013388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.909;QD=21.5916;RBI=0.00171018;REFB=-0.0241435;REVB=0.00106412;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393818;STB=0.521728;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0120911;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:16:22:20:12:16:22:20:12 chr1 206239431 . AAAT A 122.1 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00477873;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=283.365;QD=10.1746;RBI=0.0223273;REFB=-0.00413759;REVB=0.0218099;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0.527778;SSEP=0;SSSB=0.300826;STB=0.663625;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=0.00539987;OID=.;OPOS=206239432;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:20:49:20:48:28:14:6:12:16:99:29:14:6:12:17 chr1 206516261 . C T 300.78 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.0121735;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6773;QD=12.031;RBI=0.0192007;REFB=-0.0131189;REVB=0.0148483;RO=62;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788135;STB=0.552603;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0261723;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:64:36:36:0.36:22:14:20:42:22:14:20:44 chr1 206566195 . C T 131.13 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00841756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3589;QD=4.40765;RBI=0.0162598;REFB=-0.00244273;REVB=-0.0139113;RO=96;SAF=8;SAR=15;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158095;STB=0.600817;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0127417;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:96:23:23:0.193277:15:8:45:51:15:8:45:51 chr1 206566904 . T C 294.94 PASS AF=0.309524;AO=38;DP=125;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=-0.0151063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.662;QD=9.36315;RBI=0.0302905;REFB=-0.0111671;REVB=0.0262549;RO=86;SAF=22;SAR=16;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22844;STB=0.625488;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0172637;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:86:87:38:39:0.309524:16:22:33:53:17:22:33:54 chr1 206603535 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.913;QD=58.1421;RBI=0.0247106;REFB=0;REVB=0.00276876;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66444e-05;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 206635570 . C T 1679.45 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00524404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.459;QD=59.4497;RBI=0.00715427;REFB=-0.032059;REVB=0.00486658;RO=0;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-1.31842e-05;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:69:43:0:0:69:43:1:0 chr1 206647742 . A G 1589.82 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.579;QD=59.9931;RBI=0.0768677;REFB=0;REVB=-0.0559825;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00079224;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr1 206647787 . T C 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.43;QD=61.3642;RBI=0.0238042;REFB=0;REVB=0.0234741;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05999e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:63:57:0:0:63:57:0:0 chr1 206651107 . G A 420.86 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0209292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.539;QD=16.5045;RBI=0.0211469;REFB=-0.015083;REVB=0.00302647;RO=55;SAF=30;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197576;STB=0.60628;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0146957;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:56:46:46:0.45098:16:30:25:30:16:30:26:30 chr1 206652330 . C G 151.84 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.061812;FXX=0.0238067;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.6318;QD=7.40675;RBI=0.127519;REFB=-0.0748257;REVB=0.111537;RO=46;SAF=18;SAR=1;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751213;STB=0.945583;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0858041;OID=.;OPOS=206652330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:58:19:19:0.231707:1:18:14:32:1:18:21:37 chr1 206665052 . C T 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00066793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.629;QD=32.0231;RBI=0.00545825;REFB=-0.0139958;REVB=0.00541723;RO=15;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00940926;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:14:16:8:7:14:16:8:7 chr1 206665837 . G A 308.36 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00584124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1835;QD=18.4094;RBI=0.0231661;REFB=-0.0277565;REVB=-0.0224176;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120767;STB=0.567233;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0289515;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:17:16:12:22:17:16:12:22 chr1 206665896 . C G 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0118158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.654;QD=16.754;RBI=0.0122147;REFB=-0.0142686;REVB=-0.00309609;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217963;STB=0.503223;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0215975;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:11:13:14:13:11:13:15:13 chr1 206757857 . C A 452.21 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.022591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4255;QD=19.4498;RBI=0.0227788;REFB=-0.0114823;REVB=-0.00291869;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459887;STB=0.525536;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0177489;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:20:25:29:19:20:25:29:19 chr1 206758077 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9295;QD=37.4883;RBI=0.0246985;REFB=0;REVB=0.0246985;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679277;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 206773659 . A G 1375.98 PASS AF=1;AO=33;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310427;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.662;QD=62.5447;RBI=0.137193;REFB=0;REVB=0.133634;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185824;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:33:88:1:22:11:0:0:43:45:0:0 chr1 206820790 . A T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0171786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.106;QD=10.1572;RBI=0.0175671;REFB=-0.0101778;REVB=-0.00367397;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268019;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0305452;OID=.;OPOS=206820790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:17:14:6:8:17:14 chr1 206905043 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00117931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.184;QD=13.037;RBI=0.00663796;REFB=-0.010245;REVB=0.00653237;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321402;STB=0.688724;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0221932;OID=.;OPOS=206905043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:5:13:14:18:5:13:14:18 chr1 207015957 . T C 1549.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6324;QD=63.8843;RBI=0.0371062;REFB=0;REVB=-0.0013295;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274058;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr1 207110936 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00374779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.861;QD=19.4397;RBI=0.0264519;REFB=-0.00578336;REVB=-0.0261851;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858191;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00408147;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:15:14:18:13:15:14 chr1 207132345 . A G 185.93 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00973771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.564;QD=19.0702;RBI=0.0102254;REFB=-0.00646567;REVB=0.00312037;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292454;STB=0.672841;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0129337;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:18:19:0.487179:12:6:13:7:13:6:13:7 chr1 207140440 . C T 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00720757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.021;QD=15.5087;RBI=0.0115702;REFB=-0.0105511;REVB=-0.00905096;RO=47;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544209;STB=0.530788;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0112382;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:24:11:17:30:24:11:17:30 chr1 207143422 . A G 254.4 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000460697;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.43;QD=21.6512;RBI=0.0193363;REFB=-0.00994728;REVB=-0.0193308;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188791;STB=0.617547;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00523572;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:23:24:24:0.510638:8:16:10:12:8:16:10:13 chr1 207195779 . A G 145.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9285;QD=44.7496;RBI=0.0912216;REFB=0;REVB=0.0876835;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388019;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr1 207263829 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0136575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.737;QD=21.0081;RBI=0.0181489;REFB=-0.0125056;REVB=-0.0119522;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00848655;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:18:12:10:15:18:12:10:15 chr1 207297680 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.862;QD=57.385;RBI=0.0190116;REFB=0;REVB=-0.0105559;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17884e-05;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 207653395 . C A 923.54 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126798;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.722;QD=58.6374;RBI=0.0229096;REFB=0;REVB=0.0190807;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118137;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr1 207679307 . A G 1060.89 PASS AF=0.469828;AO=109;DP=233;FAO=109;FDP=232;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.000323046;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.644;QD=18.2911;RBI=0.00851614;REFB=-0.0124105;REVB=-0.00851001;RO=120;SAF=45;SAR=64;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839663;STB=0.553304;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0142906;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:120:123:109:109:0.469828:64:45:60:60:64:45:63:60 chr1 207753621 . A G 478.17 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0181104;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.269;QD=21.985;RBI=0.0189238;REFB=-0.0202992;REVB=-0.00548825;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312501;STB=0.517234;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0162421;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:23:23:19:22:23:23:19:22 chr1 207782916 . A T 1044.76 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134044;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.187;QD=58.8597;RBI=0.101015;REFB=0;REVB=0.100121;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133805;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:40:29:0:0:42:29:0:0 chr1 207782931 . A G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0326924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8987;QD=16.4053;RBI=0.0327509;REFB=-0.0216807;REVB=-0.00195584;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18273;STB=0.602232;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0299995;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:11:26:16:15:11:26 chr1 207790088 . C G 809.6 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.00835749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.796;QD=21.0286;RBI=0.00881325;REFB=-0.0136723;REVB=0.00279747;RO=73;SAF=33;SAR=48;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970624;STB=0.55306;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0144465;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:73:73:81:81:0.525974:48:33:22:51:48:33:22:51 chr1 207795320 . A G 681.24 PASS AF=0.472973;AO=68;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0108763;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2437;QD=18.4119;RBI=0.0133799;REFB=-0.0198768;REVB=0.00779288;RO=78;SAF=36;SAR=32;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364274;STB=0.501549;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0222219;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:78:68:70:0.472973:32:36:41:37:33:37:41:37 chr1 207812791 . A G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0130042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.302;QD=14.4326;RBI=0.0217381;REFB=0.000141648;REVB=0.0174195;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585831;STB=0.534475;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.000106352;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:44:31:31:0.413333:13:18:22:20:13:18:23:21 chr1 207851611 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.242;QD=64.4154;RBI=0.0398115;REFB=0;REVB=0.0119725;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142142;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr1 207857254 . A G 442.22 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0205475;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3186;QD=16.2283;RBI=0.0265977;REFB=-0.017681;REVB=0.016889;RO=60;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338053;STB=0.511995;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0233114;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:48:49:0.449541:28:20:27:33:28:21:27:33 chr1 207875116 . GAGA G 105.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0203005;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.537;QD=17.5739;RBI=0.0316305;REFB=-0.0098219;REVB=0.0242565;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00635275;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:23:12:24:12:3:9:3:9:99:11:3:9:3:8 chr1 207881557 . A G 1705.37 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914579;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.348;QD=60.9061;RBI=0.0102173;REFB=0;REVB=0.004555;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352906;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:52:60:0:0:52:60:0:0 chr1 207884105 . C A 1122.71 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431148;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5055;QD=60.6871;RBI=0.0565687;REFB=0;REVB=0.0366215;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531099;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr1 207884107 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.767;QD=60.547;RBI=0.0482047;REFB=0;REVB=0.00710561;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82485e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr1 207885881 . C T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.564;QD=59.8332;RBI=0.0323297;REFB=0;REVB=-0.0312346;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3916e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr1 207886150 . C T 1977.9 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170216;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.485;QD=62.296;RBI=0.0170446;REFB=0;REVB=0.000885233;RO=0;SAF=35;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.53063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69673e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:92:35:0:0:92:35:0:0 chr1 207888739 . G T 2467.45 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076175;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.625;QD=61.3032;RBI=0.00998273;REFB=0;REVB=-0.00645202;RO=0;SAF=69;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.266e-05;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:91:69:0:0:92:69:0:0 chr1 207941191 . G T 773.78 PASS AF=1;AO=38;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.765;QD=56.2746;RBI=0.0610902;REFB=0;REVB=0.0451954;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179958;OID=.;OPOS=207941191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:38:55:1:22:16:0:0:29:26:0:0 chr1 208063067 . G A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.032363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7192;QD=19.8459;RBI=0.0631719;REFB=-0.0101213;REVB=-0.0542525;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265188;STB=0.648603;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00803861;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:2:11:8:7:2:11 chr1 208390155 . C T 163.45 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0054357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.12;QD=13.076;RBI=0.0106931;REFB=-0.0129312;REVB=0.00920844;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205037;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0210785;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:8:9:11:21:9:9:11:21 chr1 208390162 . T C 153.9 PASS AF=0.365385;AO=13;DP=54;FAO=19;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0193573;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.582;QD=11.8384;RBI=0.0218506;REFB=-0.0266841;REVB=0.0101361;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183328;STB=0.57048;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0512777;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:34:33:13:19:0.365385:6:7:13:21:10:9:12:21 chr1 208390469 . C T 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00737223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.417;QD=21.9715;RBI=0.049851;REFB=-0.0177287;REVB=-0.0493029;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.563279;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0274998;OID=.;OPOS=208390469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:7:10:9:11:7:10 chr1 209782343 . A G 723.01 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.000277325;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.639;QD=21.7448;RBI=0.00208954;REFB=-0.0115865;REVB=-0.00207106;RO=63;SAF=44;SAR=26;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148701;STB=0.58173;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00810381;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:63:63:70:70:0.526316:26:44:29:34:26:44:29:34 chr1 209788703 . T C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0155405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.473;QD=12.059;RBI=0.027979;REFB=-0.0194435;REVB=-0.0232662;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142163;STB=0.581883;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0320285;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:14:11:24:18:14:11:24:18 chr1 209791929 . G T 943.65 PASS AF=0.554878;AO=91;DP=164;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0109343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.795;QD=23.0158;RBI=0.016323;REFB=-0.00832796;REVB=-0.0121195;RO=73;SAF=40;SAR=51;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553027;STB=0.530168;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00619714;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:73:73:91:91:0.554878:51:40:37:36:51:40:37:36 chr1 209797198 . A G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0266883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.062;QD=16.4438;RBI=0.0312701;REFB=-0.00160991;REVB=-0.0162958;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421449;STB=0.741691;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00108509;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:5:15:9:18:5:15:9:18 chr1 209797253 . T C 157.05 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0273484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.903;QD=16.1078;RBI=0.0307552;REFB=-0.0186668;REVB=-0.0140694;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.592708;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.026314;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:8:14:8:9:8:14 chr1 209799205 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.054;QD=55.0957;RBI=0.0293754;REFB=0;REVB=-0.00945343;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389481;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 209799253 . A C,G 402.19 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010942,0.0226196;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.7629,83.2291;QD=55.4749;RBI=0.0135201,0.034035;REFB=0,0;REVB=-0.0134758,-0.025431;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.160288,-0.00201395;OID=.,.;OPOS=209799253,209799253;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,14:0,13:0:0:2,14:0,13:0:0 chr1 209800230 . C T 1843.32 PASS AF=0.953846;AO=124;DP=130;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0113053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.256;QD=56.7175;RBI=0.0241228;REFB=-0.0902336;REVB=0.0213096;RO=6;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526793;STB=0.527773;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00127709;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:130:130:6:6:124:124:0.953846:51:73:0:6:51:73:0:6 chr1 209807815 . T C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00283785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8413;QD=11.4185;RBI=0.0148476;REFB=-0.00737587;REVB=-0.0145738;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240135;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0133578;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:13:13:22:24:13:13:23:24 chr1 209849406 . T G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.421;QD=62.6681;RBI=0.0574743;REFB=0;REVB=0.0475951;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033718;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr1 209933528 . G A 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0458252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.534;QD=25.039;RBI=0.0655867;REFB=-0.0310844;REVB=-0.0469219;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609872;STB=0.533872;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0217549;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:10:10:11:15:10:10 chr1 209933540 . A G 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00603577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.277;QD=17.6886;RBI=0.0160313;REFB=-0.0346063;REVB=-0.0148516;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0302246;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:14:12:10:11:14:12 chr1 209936466 . A G 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0159135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1314;QD=23.5973;RBI=0.036246;REFB=-0.0244105;REVB=0.0325659;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299271;STB=0.516683;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0207306;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:10:11:14:11:10:11 chr1 209936673 . C G 97.95 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0366203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.298;QD=7.12397;RBI=0.0369196;REFB=0.00660288;REVB=0.00469094;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244913;STB=0.650948;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0141306;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:23:18:9:5:23:18 chr1 209936914 . C T 344.66 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00349215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.496;QD=16.6101;RBI=0.0574494;REFB=-0.0261731;REVB=-0.0573431;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184722;STB=0.603316;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0316126;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:18:19:15:31:18:19:15:31 chr1 209948711 . A C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0156353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.51;QD=14.7015;RBI=0.0171943;REFB=-0.00422189;REVB=0.0071542;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.615187;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00470589;OID=.;OPOS=209948711;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:7:8:4:8:7:8 chr1 209950760 . C G 2733.86 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.432;QD=62.4881;RBI=0.0351622;REFB=0;REVB=0.0323779;RO=0;SAF=87;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48742e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:88:87:0:0:88:87:0:0 chr1 209956542 . C A 92.6 PASS AF=0.342105;AO=11;DP=35;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00794746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.804;QD=9.74766;RBI=0.012762;REFB=-0.00691255;REVB=-0.00998538;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430506;STB=0.514264;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0173417;OID=.;OPOS=209956542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:35:38:24:25:11:13:0.342105:6:5:11:13:7:6:11:14 chr1 209964080 . C T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0169037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.675;QD=22.3902;RBI=0.0195148;REFB=0.00364667;REVB=0.00975153;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142909;STB=0.507878;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00163833;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:23:11:8:18:23:11:8:18 chr1 209968684 . C A 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.909;QD=59.1728;RBI=0.0406523;REFB=-0.0311755;REVB=0.0342093;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000309438;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:1:0:38:38:1:0 chr1 210004199 . C G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00641895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.575;QD=13.7739;RBI=0.00650667;REFB=-0.00689739;REVB=-0.00106485;RO=30;SAF=2;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520331;STB=0.817796;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00805694;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:18:2:14:16:18:2:15:16 chr1 210004332 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.00114262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.921;QD=12.8974;RBI=0.0198861;REFB=-0.0255988;REVB=-0.0198533;RO=30;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485956;STB=0.52827;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0436814;OID=.;OPOS=210004332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:15:2:3:27:15:2:3:27 chr1 210006603 . C T 458.78 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00153168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.816;QD=23.5271;RBI=0.00576232;REFB=-0.0138962;REVB=0.00555502;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994784;STB=0.554553;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0118827;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:23:21:12:22:23:21:12:22 chr1 210027654 . T C 257.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0265097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.43;QD=11.594;RBI=0.027657;REFB=-0.00721656;REVB=0.00788334;RO=58;SAF=8;SAR=23;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441335;STB=0.754475;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111844;OID=.;OPOS=210027654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:23:8:38:20:23:8:38:20 chr1 210027669 . TGAGAGAGA TGAGAGA,TGAGAGATG,TGATGAGAG 320.98 PASS AF=0.394366,0.084507,0.056338;AO=23,3,3;DP=79;FAO=28,6,4;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=10,6,4;FSAR=18,0,0;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00092836,-0.0285703,-0.0244027;FXX=0.101253;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,6;MLLD=226.025,153.728,155.239;QD=18.0833;RBI=0.00095932,0.0329581,0.0272903;REFB=-0.0163763,-0.00848186,-0.00942924;REVB=-0.000241747,0.0164308,0.0122174;RO=21;SAF=9,3,3;SAR=14,0,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0743672,0.598305,0.598305;STB=0.572075,0.998124,0.997307;STBP=0.336,0.012,0.026;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00742109,0.213262,0.10907;OID=.,.,.;OPOS=210027670,210027676,210027672;OREF=GA,GA,GAGAGA;OALT=-,TG,TGAGAG;OMAPALT=TGAGAGA,TGAGAGATG,TGATGAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394366,0.084507,0.056338:23,3,3:79:28,6,4:71:33:10,6,4:18,0,0:16:17:99:21:9,3,3:14,0,0:10:11 chr1 210335027 . A AC 112.34 PASS AF=0.684211;AO=2;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0232851;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.133;QD=23.65;RBI=0.119417;REFB=-0.00647833;REVB=-0.117125;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594792;STB=0.615828;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.0154273;OID=.;OPOS=210335028;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:2:19:13:19:6:6:7:5:1:37:17:0:2:11:6 chr1 210335028 . T C 92.17 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0128209;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=127.995;QD=18.4337;RBI=0.093141;REFB=0.000781209;REVB=-0.0922544;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00283241;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr1 210335066 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00889126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.619;QD=19.1095;RBI=0.01773;REFB=-0.00399227;REVB=-0.0153394;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117169;STB=0.565412;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0028964;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:16:10:14:13:16:10 chr1 210337043 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.549;QD=55.0894;RBI=0.0851878;REFB=0;REVB=0.0222822;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868392;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 210407031 . G T 1325.39 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423415;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.363;QD=62.3711;RBI=0.0738857;REFB=0;REVB=0.06055;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244828;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr1 210547505 . C G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.235;QD=60.3767;RBI=0.00914723;REFB=0;REVB=0.00667557;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02672e-05;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr1 210547517 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.954;QD=60.5466;RBI=0.0566104;REFB=0;REVB=0.0488633;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70472e-05;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr1 210577873 . G C 1557.3 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106089;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.877;QD=64.2186;RBI=0.0205322;REFB=0;REVB=-0.0205048;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230754;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:49:48:0:0 chr1 210577884 . G A 1533.0 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00338574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.584;QD=62.5715;RBI=0.0285107;REFB=0.0322085;REVB=0.028309;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998257;STB=0.505049;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=6.91299e-05;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:1:1:95:97:0.989796:48:47:1:0:48:49:1:0 chr1 210804430 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.642;QD=60.8835;RBI=0.0127435;REFB=0;REVB=-0.000447079;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11281e-05;OID=.;OPOS=210804430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr1 211447625 . G A 2159.21 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5882;QD=63.0427;RBI=0.0368621;REFB=0;REVB=-0.0215733;RO=0;SAF=39;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269049;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:98:39:0:0:98:39:0:0 chr1 211846876 . A G 168.33 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00559418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0569;QD=10.3589;RBI=0.0169776;REFB=-0.00385059;REVB=0.0160294;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208157;STB=0.614625;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00577838;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:8:14:19:23:8:14:20:23 chr1 211922603 . G A 1222.46 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239841;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.465;QD=58.9137;RBI=0.0300804;REFB=-0.0298562;REVB=-0.0181548;RO=2;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01932;STB=0.510202;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00143242;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:48:33:0:2:48:33:0:2 chr1 212273639 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.325;QD=57.1775;RBI=0.0133397;REFB=0;REVB=-0.00284578;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24068e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr1 212274413 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.478;QD=63.2868;RBI=0.0206469;REFB=0;REVB=0.00655835;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75994e-05;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr1 212526288 . C T 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0154959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.429;QD=12.3836;RBI=0.0195146;REFB=-0.0150748;REVB=-0.0118617;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067488;STB=0.538712;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0161234;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:16:13:19:30:16:13:19:30 chr1 212534448 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.040427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.592;QD=17.9557;RBI=0.0405633;REFB=-0.00130832;REVB=-0.00332233;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327623;STB=0.688275;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00403349;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:7:10:4:12:7:10 chr1 212560327 . A G 435.07 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802515;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0409;QD=58.0095;RBI=0.104833;REFB=0;REVB=-0.0674516;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281997;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 212619339 . T C 285.46 PASS AF=0.530612;AO=27;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00198516;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.41;QD=23.3032;RBI=0.0115077;REFB=-0.0278051;REVB=-0.0113352;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233204;STB=0.646942;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0182303;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:27:26:0.530612:18:9:14:9:18:8:14:9 chr1 212799870 . A G 269.13 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00849731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8851;QD=11.8301;RBI=0.0294641;REFB=-0.0126573;REVB=-0.0282122;RO=59;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207508;STB=0.61976;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0227999;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:12:20:26:33:12:20:26:33 chr1 212799949 . C T 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00573436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.081;QD=16.2651;RBI=0.0165672;REFB=-0.0144386;REVB=-0.0155431;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25263;STB=0.641712;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0191629;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:14:21:15:29:14:21:15:29 chr1 212865704 . A AT 41.92 PASS AF=0.6;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0376448;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.62792;QD=11.1774;RBI=0.102791;REFB=0.0545784;REVB=-0.0956494;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.545355;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=-0.0396607;OID=.;OPOS=212865705;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:9:20:9:15:6:4:5:2:4:23:11:4:5:5:6 chr1 212900487 . A G 1194.51 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.705;QD=59.7255;RBI=0.0267926;REFB=-0.0774389;REVB=0.0144032;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000136552;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:1:0:39:40:1:0 chr1 212902901 . G A 189.22 PASS AF=0.262626;AO=25;DP=100;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0222193;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.256;QD=7.64543;RBI=0.0408252;REFB=-0.0145573;REVB=-0.0342491;RO=64;SAF=17;SAR=8;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188075;STB=0.593833;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0409327;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:64:73:25:26:0.262626:8:17:34:30:8:18:42:31 chr1 212911836 . T C 1274.8 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.111;QD=59.2932;RBI=0.0348383;REFB=0.0126333;REVB=0.0109894;RO=2;SAF=36;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255853;STB=0.51351;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-3.34193e-05;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:48:36:2:0:48:36:2:0 chr1 212965095 . G A 230.95 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00547353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.134;QD=17.7653;RBI=0.0193646;REFB=-0.0128732;REVB=0.018575;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520842;STB=0.518504;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.015247;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:12:12:12:15:13:12:12:15 chr1 212965284 . C G 989.8 PASS AF=0.287356;AO=66;DP=261;FAO=75;FDP=261;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=74;FWDB=-0.00340885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.203;QD=15.1693;RBI=0.0042879;REFB=-0.0106032;REVB=0.00260111;RO=145;SAF=54;SAR=12;SRF=72;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429959;STB=0.659678;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.027979;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:145:146:66:75:0.287356:12:54:72:73:21:54:72:74 chr1 213009469 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.734;QD=58.5876;RBI=0.0113337;REFB=0;REVB=-0.00543866;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36763e-05;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr1 213031948 . G C 844.98 PASS AF=1;AO=45;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9844;QD=56.3318;RBI=0.0564269;REFB=0;REVB=0.0176891;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308772;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:45:60:1:26:19:0:0:31:29:0:0 chr1 213068595 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.125;QD=51.1846;RBI=0.0325254;REFB=0;REVB=-0.00765657;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116006;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 214492286 . G A 272.78 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0852557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3066;QD=14.9471;RBI=0.0853706;REFB=0.00924345;REVB=0.00442893;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405452;STB=0.522953;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0138093;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:22:20:16:15:22:20 chr1 214510115 . T G 246.59 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0428295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2558;QD=15.9093;RBI=0.102333;REFB=0.0278218;REVB=0.0929392;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136929;STB=0.576871;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0308674;OID=.;OPOS=214510115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:10:24:16:12:10:24 chr1 214542819 . T C 306.42 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00423214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8849;QD=27.8563;RBI=0.043635;REFB=-0.0186694;REVB=0.0434293;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137637;STB=0.563652;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0232314;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:17:9:9:8:17:10:9:8 chr1 214557016 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0148463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.903;QD=18.4835;RBI=0.014999;REFB=-0.0110612;REVB=-0.00213487;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31744;STB=0.677259;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0213848;OID=.;OPOS=214557016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:3:18:10:9:3:18 chr1 214564340 . T C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00813383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.388;QD=19.7636;RBI=0.0103694;REFB=-0.00722478;REVB=0.00643159;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660158;STB=0.543599;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0063442;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:17:18:14:18:17:18:14:19 chr1 214571251 . A C 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0149354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.138;QD=17.5387;RBI=0.0899912;REFB=-0.0167543;REVB=0.0887432;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178367;STB=0.510191;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0252587;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:3:12:13:3:3:12:13:3 chr1 214815632 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0342494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.066;QD=11.1309;RBI=0.0422942;REFB=-0.0181945;REVB=-0.0248148;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0210057;OID=.;OPOS=214815632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr1 214826196 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00428187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.7;QD=48.626;RBI=0.0511491;REFB=0.0108096;REVB=0.0509696;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00222032;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr1 214830617 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.017;QD=56.954;RBI=0.010964;REFB=0;REVB=0.00970113;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24899e-05;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr1 214837110 . C G 752.95 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.627;QD=56.8267;RBI=0.0301843;REFB=0;REVB=0.0158284;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134824;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:18:35:0:0 chr1 215256779 . GACCCCCCCT CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT 345.82 PASS AF=0,1,0,0;AO=3,34,2,3;DP=56;FAO=0,56,0,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0,0;FSAR=0,47,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382267,0.247692,0.123299,0.0285147;FXX=0;HRUN=1,7,7,1;LEN=3,1,2,2;MLLD=40.4256,8.318,12.0973,129.775;QD=24.7011;RBI=0.0666089,0.247851,0.124373,0.053968;REFB=-0.0317964,-0.00124186,-0.00391923,0.02078;REVB=-0.0545478,-0.00888189,-0.0163097,-0.0458198;RO=8;SAF=1,2,0,0;SAR=2,32,2,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.413961,-0.523694,-0.684179,-0.73181;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0678117,0.0107032,0.0578708;OID=.,.,.,.;OPOS=215256779,215256781,215256787,215256780;OREF=GAC,C,CT,AC;OALT=CGA,-,TC,CA;OMAPALT=CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:56:56:8:0:3,34,2,3:0,56,0,0:0,1,0,0:2,32,2,3:1,2,0,0:6:2:0,47,0,0:0,9,0,0:0:0 chr1 215793834 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.754;QD=62.9829;RBI=0.0115858;REFB=0;REVB=0.0104892;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73355e-05;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 215848587 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.958;QD=58.061;RBI=0.031837;REFB=0;REVB=-0.0128007;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1102e-05;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr1 215848641 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.218;QD=59.1414;RBI=0.0388974;REFB=0;REVB=-0.00421097;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168551;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr1 215960167 . T G 570.25 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0206563;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.828;QD=21.7239;RBI=0.0213987;REFB=-0.00799367;REVB=0.00558775;RO=48;SAF=10;SAR=47;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275073;STB=0.652717;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00528239;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:48:48:57:57:0.542857:47:10:20:28:47:10:20:28 chr1 215987222 . T C 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00114488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.383;QD=18.0724;RBI=0.0261778;REFB=-0.0109949;REVB=-0.0261528;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482571;STB=0.527009;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00919085;OID=.;OPOS=215987222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:14:17:18:12:14:17 chr1 216011361 . T C 718.93 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00518483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.06;QD=18.6734;RBI=0.026668;REFB=-0.0140957;REVB=-0.0261591;RO=79;SAF=40;SAR=35;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133747;STB=0.507383;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0164324;OID=.;OPOS=216011361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:79:75:75:0.487013:35:40:41:38:35:40:41:38 chr1 216051125 . G A 247.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0196746;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.504;QD=13.5491;RBI=0.0233834;REFB=-0.00241948;REVB=-0.0126369;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781862;STB=0.544562;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00346561;OID=.;OPOS=216051125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:18:26:15:14:18:26 chr1 216172380 . A G,T 754.41 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=50,3;DP=53;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129049,0.00228794;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.303,139.707;QD=54.866;RBI=0.0162483,0.00881329;REFB=0,0;REVB=-0.00987275,0.00851114;RO=0;SAF=24,2;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.10374e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00090424,0.0229624;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:55:0:0:50,3:52,3:0.945455,0.0545455:26,1:24,2:0:0:27,1:25,2:0:0 chr1 216348764 . C T 508.55 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0323655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2734;QD=16.6737;RBI=0.0362776;REFB=0.0382057;REVB=0.0163872;RO=67;SAF=26;SAR=29;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841537;STB=0.546858;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0460002;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:29:26:26:41:29:26:26:41 chr1 216592003 . T C 1658.63 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.391;QD=60.3137;RBI=0.0217244;REFB=0;REVB=0.00659248;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94138e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:106:110:1:60:46:0:0:61:49:0:0 chr1 216595306 . C T 1425.35 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0078459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.603;QD=60.6533;RBI=0.010455;REFB=-0.0701318;REVB=-0.0069101;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.509613;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000723243;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:0:2:92:92:0.978723:51:41:0:0:51:41:0:2 chr1 216692669 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.297;QD=61.2129;RBI=0.0644115;REFB=0;REVB=0.0264791;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88695e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr1 217947738 . G A 407.14 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00960438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.444;QD=22.9375;RBI=0.0306664;REFB=-0.00516812;REVB=0.0291236;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364383;STB=0.521116;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00366615;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:30:31:39:40:0.56338:19:20:14:16:20:20:14:17 chr1 218683528 . A G 236.42 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0128449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6811;QD=11.2582;RBI=0.0313316;REFB=-0.00735409;REVB=0.0285776;RO=55;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149963;STB=0.586738;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0135042;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:16:13:32:23:16:13:32:23 chr1 219383866 . G GC 479.83 PASS AF=1;AO=11;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827511;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.689;QD=56.451;RBI=0.16459;REFB=0;REVB=0.142275;RO=22;SAF=0;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.807084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00923411;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:34:34:34:0:15:19:0:0:4:22:0:11:14:8 chr1 219383867 . T C 233.12 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00236383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.899;QD=26.6424;RBI=0.173847;REFB=-0.0550655;REVB=-0.173831;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39002;STB=0.699828;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00285531;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:34:35:12:13:21:22:0.628571:8:13:0:12:8:14:1:12 chr1 219383905 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.486;QD=63.583;RBI=0.0289507;REFB=0;REVB=0.007458;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48177e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr1 220136115 . A G 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00794774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4592;QD=21.5363;RBI=0.0527121;REFB=-0.00323869;REVB=0.0521095;RO=37;SAF=14;SAR=28;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348619;STB=0.519222;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00359107;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:28:14:11:26:28:14:11:26 chr1 220154768 . C T 294.18 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00982414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6891;QD=17.5631;RBI=0.0650688;REFB=-0.037636;REVB=-0.0643229;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732463;STB=0.534298;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.023976;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:20:11:10:25:21:11:10:25 chr1 220197625 . G T 1302.45 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6245;QD=62.0214;RBI=0.0477426;REFB=0;REVB=0.0389925;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24333e-05;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:40:44:0:0 chr1 220239448 . T C 165.73 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0174176;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.703;QD=11.4295;RBI=0.0229427;REFB=-0.00149981;REVB=-0.014933;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768673;STB=0.571361;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00373995;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:34:37:21:21:0.362069:9:12:17:17:9:12:17:20 chr1 220578893 . AACACACACACACACACACACACACACAC AACAACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC 273.43 PASS AF=0,0,1;AO=3,4,4;DP=23;FAO=0,0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483407,-0.032189,-0.00683646;FXX=0.19992;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=115.716,121.943,130.435;QD=54.6867;RBI=0.00526563,0.0633748,0.03351;REFB=0,0,0;REVB=0.00208774,0.0545916,0.0328052;RO=0;SAF=0,4,0;SAR=3,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.028963,0.00731214;OID=.,.,.;OPOS=220578897,220578919,220578894;OREF=C,CAC,AC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AACAACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:3,4,4:23:0,0,20:20:0:0,0,9:0,0,11:0:0:3:0:0,4,0:3,0,4:0:0 chr1 220603310 . TGTGA AGAGA,T,TGAGA,TGTGT 99.7 PASS AF=0,0.888889,0.111111,0;AO=2,4,2,4;DP=17;FAO=0,8,1,0;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,1,0;FSAR=0,2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147824,-0.0349197,-0.0948336,0.0303132;FXX=0.249792;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,4,1,1;MLLD=51.8069,69.1313,66.4511,65.0963;QD=44.3107;RBI=0.154025,0.102354,0.100113,0.0336585;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0432634,0.0962127,-0.0320802,0.0146289;RO=2;SAF=2,2,2,2;SAR=0,2,0,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.639851,0,0.639851,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0,6.51976e-05,0.00804484,0;OID=.,.,.,.;OPOS=220603310,220603311,220603312,220603314;OREF=TGT,GTGA,T,A;OALT=AGA,-,A,T;OMAPALT=AGAGA,T,TGAGA,TGTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:17:9:2:0:2,4,2,4:0,8,1,0:0,0.888889,0.111111,0:0,2,0,2:2,2,2,2:1:1:0,2,0,0:0,6,1,0:0:0 chr1 220603324 . A G 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0205787;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.618;QD=11.4967;RBI=0.0452662;REFB=-0.0450622;REVB=0.040318;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0600698;OID=.;OPOS=220603324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:11:10:7:7:0.411765:3:4:7:4:3:4:6:4 chr1 220607685 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2523;QD=58.1288;RBI=0.0367107;REFB=0;REVB=-0.0144892;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124408;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:11:21:0:0 chr1 220928313 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0177071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.294;QD=20.8113;RBI=0.0412536;REFB=-0.00598978;REVB=0.0372601;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092715;STB=0.523026;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00538757;OID=.;OPOS=220928313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:14:9:8:13:14:9:8:15 chr1 220928334 . A G 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00425552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.996;QD=19.8259;RBI=0.00495433;REFB=-0.00585142;REVB=0.00253691;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793802;STB=0.544196;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00426817;OID=.;OPOS=220928334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:8:17:16:11:8:17 chr1 220928376 . T C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000199961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1357;QD=16.279;RBI=0.0161899;REFB=0.00502027;REVB=-0.0161887;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436236;STB=0.524573;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00515575;OID=.;OPOS=220928376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:15:18:14:14:15:18 chr1 220936372 . G A 397.36 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00810109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.887;QD=12.9221;RBI=0.00927398;REFB=-0.011977;REVB=-0.00451432;RO=76;SAF=22;SAR=25;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049042;STB=0.527852;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0226853;OID=.;OPOS=220936372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:76:47:47:0.382114:25:22:39:37:25:22:39:37 chr1 220955168 . A G 483.02 PASS AF=0.409091;AO=53;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=0.0208995;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.82;QD=14.637;RBI=0.0259551;REFB=-0.013797;REVB=0.0153908;RO=78;SAF=17;SAR=36;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303587;STB=0.508471;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0159835;OID=.;OPOS=220955168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:53:54:0.409091:36:17:27:51:36:18:27:51 chr1 220960457 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00596545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.679;QD=10.3787;RBI=0.0114349;REFB=-0.0119595;REVB=-0.00975557;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265032;STB=0.662762;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0264695;OID=.;OPOS=220960457;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:9:7:2:7:9:7 chr1 220964843 . G C 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00608787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.036;QD=14.5581;RBI=0.0288268;REFB=-0.00959534;REVB=0.0281766;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349647;STB=0.519882;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0130694;OID=.;OPOS=220964843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:16:19:15:11:16:19 chr1 220970028 . A G 1026.55 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.26;QD=59.5103;RBI=0.0400598;REFB=0;REVB=0.0395887;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322213;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr1 220971263 . G A 468.76 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0101656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.868;QD=18.5648;RBI=0.0389048;REFB=-0.0213135;REVB=0.0375532;RO=52;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625785;STB=0.503472;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0201659;OID=.;OPOS=220971263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:22:27:29:23:22:27:29:23 chr1 221053545 . TCA CAC,CCA 234.73 PASS AF=0,0.444444;AO=3,21;DP=61;FAO=0,28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=0,9;FSAR=0,19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0190791,0.0395109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=174.55,215.157;QD=14.9032;RBI=0.0210642,0.0412449;REFB=-0.0457001,-0.0370916;REVB=-0.00892685,-0.0118333;RO=33;SAF=3,4;SAR=0,17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.582085,-0.274956;STB=0.5,0.565008;STBP=1,0.404;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0482533;OID=.,.;OPOS=221053545,221053545;OREF=TCA,T;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:63:33:35:3,21:0,28:0,0.444444:0,17:3,4:13:20:0,19:0,9:15:20 chr1 221054648 . A C 316.61 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00340555;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5066;QD=15.0766;RBI=0.0598807;REFB=-0.0162305;REVB=0.0597838;RO=49;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222566;OID=.;OPOS=221054648;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:24:10:14:35:25:10:14:35 chr1 221912361 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.066;QD=60.2046;RBI=0.0204297;REFB=0;REVB=-0.00955971;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6309e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr1 221912808 . T C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=1.91294e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.558;QD=18.0355;RBI=0.0235528;REFB=-0.00318532;REVB=-0.0235528;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125903;STB=0.571365;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00317561;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:10:17:11:11:10:17 chr1 222649341 . A C 561.14 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0524;QD=60.6633;RBI=0.226802;REFB=0;REVB=0.224726;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328779;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:16:15:0:0:22:15:0:0 chr1 222713503 . C G 466.1 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00377192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.259;QD=17.927;RBI=0.0284387;REFB=-0.0257792;REVB=0.0281875;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589413;STB=0.537852;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0251301;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:54:54:49:50:0.480769:23:26:32:22:24:26:32:22 chr1 222713631 . G C 368.37 PASS AF=0.443182;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00133384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6675;QD=16.7441;RBI=0.0016955;REFB=-0.0251003;REVB=0.00104671;RO=49;SAF=27;SAR=10;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407494;STB=0.701804;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0283532;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:37:39:0.443182:10:27:16:33:12:27:16:33 chr1 222717132 . C T 287.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0106623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.582;QD=18.5759;RBI=0.0220614;REFB=-0.023822;REVB=0.0193137;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295717;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:14:17:17:14:14:17 chr1 222721288 . C T 105.77 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.282;QD=38.4609;RBI=0.121875;REFB=0;REVB=0.0735863;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034671;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:2:0:9:11:1:5:4:0:2:7:4:0:0 chr1 222734803 . G C 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000554085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.342;QD=25.1839;RBI=0.00210668;REFB=-0.00367175;REVB=-0.0020325;RO=22;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720833;STB=0.539546;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00270637;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:14:21:11:11:14:21:11:11 chr1 222798106 . G A 820.89 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017428;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.514;QD=57.6063;RBI=0.0244163;REFB=0;REVB=0.0171002;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290135;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr1 222802006 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.561;QD=62.3508;RBI=0.0408814;REFB=0;REVB=0.0310234;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262861;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr1 222802376 . A G 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00816489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.829;QD=8.40207;RBI=0.0084584;REFB=-0.0100406;REVB=-0.00220884;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.666296;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0253269;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:12:9:6:3:12:9 chr1 222802803 . T G 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0160801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.087;QD=20.205;RBI=0.0181515;REFB=0.00501262;REVB=0.0084207;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.591095;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00359205;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:5:5:4:9:5:5 chr1 222802926 . C T 324.63 PASS AF=1;AO=15;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832559;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.115;QD=54.1042;RBI=0.0833021;REFB=0;REVB=-0.00277397;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828341;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:15:24:1:8:7:0:0:11:13:0:0 chr1 222803204 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00680709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.165;QD=56.0119;RBI=0.0413307;REFB=-0.048368;REVB=0.0407663;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00206855;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:34:34:0.971429:16:18:0:0:16:18:0:1 chr1 222823529 . A C 462.24 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0163247;FXX=0.116061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9516;QD=18.6762;RBI=0.028048;REFB=-0.0468426;REVB=0.0228078;RO=45;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501005;STB=0.524705;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0470622;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:99:45:51:48:48:0.484848:25:23:19:26:25:23:22:29 chr1 222825403 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.061;QD=56.7061;RBI=0.0816215;REFB=0;REVB=-0.00170801;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115762;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr1 222833601 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.464;QD=59.14;RBI=0.0429587;REFB=0;REVB=0.0161976;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165386;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr1 222838216 . C T 594.74 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203362;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.192;QD=59.4737;RBI=0.0536554;REFB=0;REVB=0.0496522;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109047;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:31:40:1:11:20:0:0:15:25:0:0 chr1 222886119 . A G 439.33 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.054466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4233;QD=21.9663;RBI=0.0750921;REFB=-0.0108447;REVB=-0.0516941;RO=37;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103009;STB=0.556832;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00792089;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:25:18:20:17:25:18:20:17 chr1 222919895 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.993;QD=60.61;RBI=0.0382358;REFB=0;REVB=0.00157198;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159886;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr1 222923351 . A G 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9991;QD=60.8779;RBI=0.0358328;REFB=0;REVB=0.0340163;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018964;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr1 223178561 . A C 712.46 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783809;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.464;QD=63.3299;RBI=0.0226123;REFB=0;REVB=0.0212104;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2013e-05;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr1 223283910 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.136;QD=59.1428;RBI=0.00172304;REFB=0;REVB=-8.28919e-05;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56205e-06;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr1 223284528 . A G 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0070608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.427;QD=19.1772;RBI=0.00777393;REFB=0.000113876;REVB=-0.00325256;RO=46;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11093;STB=0.561587;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000155431;OID=.;OPOS=223284528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:22:21:17:29:22:21:17:29 chr1 223566859 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.582;QD=47.8224;RBI=0.0633019;REFB=0;REVB=0.0529801;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432923;OID=.;OPOS=223566859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 223566876 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.749;QD=51.1845;RBI=0.0249027;REFB=0;REVB=0.0166719;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229766;OID=.;OPOS=223566876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 223567267 . C T 1003.48 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192788;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.397;QD=56.5341;RBI=0.0332289;REFB=-0.150181;REVB=0.0270645;RO=2;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314852;STB=0.516662;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000462347;OID=.;OPOS=223567267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:29:40:0:2:29:40:0:2 chr1 223567401 . T C 2235.84 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.767;QD=63.428;RBI=0.0312148;REFB=0;REVB=0.0213496;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05763e-06;OID=.;OPOS=223567401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:78:63:0:0:78:63:0:0 chr1 223567531 . G A 1772.85 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083413;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.974;QD=61.1329;RBI=0.0254257;REFB=0;REVB=0.0240185;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89566e-05;OID=.;OPOS=223567531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr1 223567808 . C T 1492.2 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0595392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.533;QD=58.5178;RBI=0.0822816;REFB=-0.0644615;REVB=0.0567921;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000434528;OID=.;OPOS=223567808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:50:51:1:0:50:51:1:0 chr1 223715248 . GT G 253.56 PASS AF=0.470588;AO=41;DP=87;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0908815;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.102;QD=11.9321;RBI=0.092919;REFB=0.00271451;REVB=-0.0193518;RO=44;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261656;STB=0.52474;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.00435963;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:41:87:40:85:45:16:24:16:29:99:44:16:25:16:28 chr1 223717484 . G A 215.22 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.012591;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8178;QD=20.4975;RBI=0.0128655;REFB=-0.0141676;REVB=0.00264358;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129307;STB=0.573015;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0258192;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:13:8:11:10:13:8:11:10 chr1 223718651 . G A 287.38 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00842304;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.037;QD=15.747;RBI=0.008764;REFB=-0.00815965;REVB=0.00242077;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133827;STB=0.575296;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0132259;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:16:16:15:26:16:16:15:26 chr1 223718670 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00241983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.21;QD=16.4059;RBI=0.0024199;REFB=-0.00797372;REVB=-1.93906e-05;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129215;STB=0.572473;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00896418;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:13:24:16:15:13:24 chr1 223722780 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0127226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.306;QD=16.0337;RBI=0.0253581;REFB=-0.009187;REVB=-0.0219355;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144286;STB=0.583246;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00932879;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:16:12:6:14:16:12 chr1 223813586 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.18;QD=62.6711;RBI=0.0238112;REFB=0;REVB=0.00325417;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216543;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 223877789 . T C 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4461;QD=61.8488;RBI=0.0195834;REFB=0;REVB=0.0187015;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128174;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr1 223900408 . C G 1358.53 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8755;QD=62.4613;RBI=0.0457391;REFB=0;REVB=0.00855098;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223335;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:34:52:0:0:35:52:0:0 chr1 223905532 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.497;QD=53.3631;RBI=0.0483859;REFB=-0.149053;REVB=0.0390009;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00272713;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr1 223933094 . C T 351.41 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0071234;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.564;QD=17.5704;RBI=0.00766485;REFB=-0.0158383;REVB=-0.00282967;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182635;STB=0.601953;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0176954;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:43:43:37:37:0.4625:17:20:15:28:17:20:15:28 chr1 223934720 . G A 1114.03 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8459;QD=57.8717;RBI=0.0262641;REFB=-0.0718645;REVB=-0.021714;RO=2;SAF=33;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153065;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:2:0:75:77:1:42:33:2:0:42:35:0:0 chr1 223951841 . T C 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0163132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.277;QD=18.1402;RBI=0.0163555;REFB=-0.0197388;REVB=-0.00117561;RO=50;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792596;STB=0.544283;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0190717;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:18:25:25:25:18:25:25:25 chr1 224492746 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.095;QD=55.6558;RBI=0.0768394;REFB=0;REVB=-0.0675662;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300946;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 224495852 . C T 1676.75 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1147;QD=59.354;RBI=0.0623486;REFB=-0.10518;REVB=-0.0608935;RO=1;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840321;STB=0.504424;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000129041;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:56:56:0:1:56:56:0:1 chr1 224505570 . T TAA 366.9 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522139;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=39.1622;QD=47.3416;RBI=0.0558699;REFB=0;REVB=0.0198783;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00033279;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:31:31:31:0:20:11:0:0:7:1:17:9:0:1 chr1 224517842 . C T 428.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7676;QD=57.1965;RBI=0.0742438;REFB=0;REVB=0.0139017;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199544;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:22:7:0:0:22:8:0:0 chr1 224575373 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.316;QD=56.9565;RBI=0.0553521;REFB=0;REVB=0.0547142;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182013;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:29:23:0:0 chr1 225230608 . C T 433.58 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0294562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.36;QD=26.2775;RBI=0.0300802;REFB=-0.0205576;REVB=-0.00609504;RO=25;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163432;STB=0.508924;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0129644;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:22:19:11:14:22:19:11:14 chr1 225266966 . C G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0168822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8534;QD=19.8665;RBI=0.0175582;REFB=0.00595163;REVB=0.00482532;RO=34;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208928;STB=0.616429;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00765301;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:25:11:18:16:25:11:18:16 chr1 225268343 . A G 84.26 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0595834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1388;QD=10.5321;RBI=0.0621153;REFB=0.0117776;REVB=-0.0175537;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540189;STB=0.815842;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0301875;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:4:17:3:8:4:17 chr1 225268346 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00240104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.173;QD=10.5421;RBI=0.0241688;REFB=0.00432453;REVB=-0.0240493;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540189;STB=0.815842;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00668298;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:4:17:3:8:4:17 chr1 225270409 . A T 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0125848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.86;QD=19.9056;RBI=0.0165924;REFB=-0.016584;REVB=0.0108136;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123772;STB=0.559401;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0174686;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:14:16:10:16:14:16:11:16 chr1 225273248 . G T 81.74 PASS AF=0.255319;AO=10;DP=45;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00960103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.277;QD=6.95654;RBI=0.0173238;REFB=-0.0241194;REVB=0.0144199;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348499;STB=0.69254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.055084;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:45:47:33:35:10:12:0.255319:4:6:10:23:5:7:11:24 chr1 225288534 . A C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000447024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.354;QD=16.6157;RBI=0.0228636;REFB=0.00262072;REVB=-0.0228592;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266672;STB=0.654479;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00318715;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:10:11:13:4:10:11 chr1 225328432 . G T 150.2 PASS AF=0.23913;AO=23;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0186527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1613;QD=6.53035;RBI=0.0446743;REFB=-0.0244958;REVB=-0.040594;RO=69;SAF=16;SAR=7;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273882;STB=0.652692;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0662523;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:70:23:22:0.23913:7:16:33:36:7:15:34:36 chr1 225373072 . C T 518.45 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000613916;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.408;QD=24.9854;RBI=0.000652321;REFB=-0.0152041;REVB=0.00022052;RO=34;SAF=23;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288779;STB=0.521402;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00731131;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:34:35:48:48:0.578313:25:23:15:19:25:23:15:20 chr1 225463772 . A G 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0130386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3582;QD=17.6722;RBI=0.0142926;REFB=-0.0080062;REVB=-0.0058544;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164066;STB=0.598016;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0223936;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:32:30:30:0.483871:13:17:11:18:13:17:12:20 chr1 225506294 . A G 319.33 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00399061;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9543;QD=15.3894;RBI=0.034609;REFB=-0.00818818;REVB=0.0343782;RO=48;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924362;STB=0.552337;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0163113;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:48:48:35:35:0.421687:22:13:22:26:22:13:22:26 chr1 225528183 . C A 190.81 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0037344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.67;QD=12.1152;RBI=0.0103866;REFB=-0.00791259;REVB=0.00969209;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292867;STB=0.651042;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00918517;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:9:14:13:26:10:14:13:26 chr1 225533684 . A G 358.4 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00353696;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.902;QD=12.6868;RBI=0.0403029;REFB=-0.000241772;REVB=0.0401474;RO=67;SAF=24;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00983161;STB=0.517378;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000497722;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:67:70:43:43:0.380531:19:24:38:29:19:24:41:29 chr1 225533731 . T A 588.18 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0173363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.656;QD=23.7647;RBI=0.017499;REFB=-0.00652821;REVB=0.0023805;RO=44;SAF=28;SAR=26;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594879;STB=0.537176;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00584213;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:45:54:54:0.545455:26:28:26:18:26:28:27:18 chr1 225533751 . CAAAAAAAGC CAAAAAAGAC,CAAAAAAGC,CAAAAAAGCA 40.05 PASS AF=0.0133333,0.133333,0.0533333;AO=3,22,3;DP=76;FAO=1,10,4;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=0,6,4;FSAR=1,4,0;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.141271,-0.215251,-0.105635;FXX=0.0131562;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,3;MLLD=73.2639,8.70807,143.528;QD=2.13623;RBI=0.141383,0.215751,0.105689;REFB=-0.00865233,-0.0932899,-0.0105068;REVB=0.005611,-0.0146717,-0.00340073;RO=43;SAF=2,14,3;SAR=1,8,0;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.322986,0.341142,0.584441;STB=0.988771,0.640176,0.997664;STBP=0.498,0.366,0.015;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0201994,0.181122,0.0923595;OID=.,.,.;OPOS=225533758,225533752,225533758;OREF=AG,A,AGC;OALT=GA,-,GCA;OMAPALT=CAAAAAAGAC,CAAAAAAGC,CAAAAAAGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0133333,0.133333,0.0533333:3,22,3:76:1,10,4:75:60:0,6,4:1,4,0:26:34:19:43:2,14,3:1,8,0:14:29 chr1 225534219 . T C 162.15 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0177281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.678;QD=12.011;RBI=0.0246882;REFB=-0.0142386;REVB=-0.017182;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225097;STB=0.629509;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0187363;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:10:24:10:10:10:24 chr1 225534348 . G A 44.01 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0312848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.631;QD=6.51963;RBI=0.0327172;REFB=-0.0207663;REVB=0.00957476;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329408;STB=0.749167;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0592372;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:20:20:6:7:0.259259:5:1:8:12:6:1:8:12 chr1 225541899 . C T 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0078023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.838;QD=15.7531;RBI=0.0273681;REFB=-0.0152464;REVB=-0.0262323;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12396;STB=0.56996;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0169165;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:21:14:24:22:21:14:24:22 chr1 225565015 . T C 338.02 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00325076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9868;QD=22.9169;RBI=0.0409618;REFB=-0.0371063;REVB=0.0408326;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032247;STB=0.517756;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0281101;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:19:15:10:15:19:15:10:15 chr1 225565073 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00650871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.954;QD=19.999;RBI=0.00668153;REFB=-0.00280682;REVB=0.00150983;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985494;STB=0.55467;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00452346;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:12:18:16:17:12:18 chr1 225569241 . T G 455.45 PASS AF=0.393939;AO=51;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.00341781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.173;QD=13.8015;RBI=0.00343745;REFB=0.00119367;REVB=-0.000367007;RO=79;SAF=30;SAR=21;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500864;STB=0.518275;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00161794;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:80:51:52:0.393939:21:30:50:29:21:31:50:30 chr1 225601647 . C T 501.86 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.72;QD=59.0428;RBI=0.0481114;REFB=0;REVB=0.0480849;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403786;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr1 225607144 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.432;QD=63.2863;RBI=0.0272568;REFB=0;REVB=0.0211764;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1375e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr1 225609884 . A G 2249.44 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.885;QD=63.3646;RBI=0.0298079;REFB=0;REVB=0.0292791;RO=0;SAF=53;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18758e-05;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:142:0:0:135:142:1:82:53:0:0:86:56:0:0 chr1 225611661 . C T 541.56 PASS AF=0.475;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0315805;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.263;QD=18.0521;RBI=0.0408414;REFB=-0.0113018;REVB=0.0258978;RO=64;SAF=30;SAR=26;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343375;STB=0.527263;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0108379;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:64:63:56:57:0.475:26:30:32:32:26:31:31:32 chr1 226019633 . T C 364.33 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00664585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2552;QD=21.1208;RBI=0.0207255;REFB=-0.017443;REVB=-0.019631;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134986;STB=0.574627;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0173429;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:19:13:21:16:19:13 chr1 226019653 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0193459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.342;QD=14.7942;RBI=0.0199766;REFB=-0.00471172;REVB=-0.00497979;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173498;STB=0.600384;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00684047;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:12:15:7:11:12:15 chr1 226026406 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.00479937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.018;QD=11.8818;RBI=0.00894428;REFB=-0.00661323;REVB=-0.0075476;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273808;STB=0.647905;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0120425;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:28:15:15:0.348837:14:1:4:21:14:1:4:24 chr1 226032229 . C T 227.5 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0208192;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.224;QD=13.3822;RBI=0.0356219;REFB=-0.0157754;REVB=-0.0289048;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511156;STB=0.502922;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0309067;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:10:17:26:15:10:17:26:15 chr1 226034909 . G A 313.01 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00539551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.324;QD=19.5633;RBI=0.00966862;REFB=-0.0426644;REVB=0.00802314;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983949;STB=0.544906;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0370921;OID=.;OPOS=226034909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:19:13:16:15:19:14:16:15 chr1 226040404 . C T 636.41 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0301684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3418;QD=25.2043;RBI=0.0687781;REFB=-0.0174427;REVB=0.0618085;RO=41;SAF=29;SAR=31;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513416;STB=0.527962;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0100277;OID=.;OPOS=226040404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:31:29:17:24:31:29:17:24 chr1 226055595 . G A 177.28 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0331975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3619;QD=12.2264;RBI=0.0346952;REFB=-0.0225737;REVB=-0.0100836;RO=36;SAF=17;SAR=5;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179251;STB=0.60464;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0348172;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:5:17:23:13:5:17:23:13 chr1 226074563 . T G 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00151277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1353;QD=16.1135;RBI=0.0525002;REFB=-0.0247545;REVB=-0.0524784;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0338907;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:12:17:12:12:12:17 chr1 226108200 . C T 510.63 PASS AF=0.538462;AO=46;DP=88;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0672153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3608;QD=22.4455;RBI=0.0672244;REFB=-0.0299232;REVB=0.00111036;RO=42;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154342;STB=0.501585;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0359467;OID=.;OPOS=226108200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:42:42:46:49:0.538462:20:26:23:19:22:27:23:19 chr1 226125385 . G A 153.86 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0117817;FXX=0.0499875;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.235;QD=16.1961;RBI=0.0125556;REFB=-0.0226696;REVB=-0.00433967;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041916;STB=0.516759;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0325934;OID=.;OPOS=226125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:21:16:17:0.447368:11:5:5:9:11:6:8:13 chr1 226352498 . T G 252.29 PASS AF=0.439394;AO=20;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0446567;FXX=0.0149231;HRUN=9;LEN=1;MLLD=218.527;QD=15.2902;RBI=0.0465701;REFB=0.0152957;REVB=0.0132118;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.566621;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0181539;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:18:37:20:29:0.439394:10:10:9:9:16:13:21:16 chr1 226474132 . G A 489.25 PASS AF=0.534091;AO=45;DP=86;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00797347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.596;QD=22.2386;RBI=0.0108955;REFB=-0.00322929;REVB=-0.00742527;RO=41;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240097;STB=0.513613;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00283308;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:41:41:45:47:0.534091:24:21:18:23:25:22:18:23 chr1 226555302 . A G 239.89 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00600455;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5097;QD=14.1113;RBI=0.0167793;REFB=-0.00833217;REVB=-0.0156681;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333127;STB=0.518989;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0143549;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:40:28:28:0.411765:19:9:14:26:19:9:14:26 chr1 226570840 . T C 201.33 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00153109;FXX=0.0476115;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.044;QD=13.4218;RBI=0.00259762;REFB=-0.00238003;REVB=-0.00209843;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792099;STB=0.52526;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00328523;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:36:24:24:0.4:11:13:21:13:11:13:21:15 chr1 226573364 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.01188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.892;QD=22.144;RBI=0.0390583;REFB=-0.0145234;REVB=0.0372077;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260481;STB=0.647123;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0146592;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:8:5:12:5:8:5 chr1 226589958 . G A 63.43 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0170755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.405;QD=10.5719;RBI=0.0209457;REFB=-0.00709203;REVB=0.0121304;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0139038;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:24:24:15:15:8:9:0.375:4:4:9:6:4:5:9:6 chr1 226613287 . A G 160.31 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0134117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2811;QD=20.6856;RBI=0.0569099;REFB=-0.0535936;REVB=-0.055307;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147755;STB=0.560268;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0326794;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:14:14:16:0.516129:4:10:6:5:6:10:7:7 chr1 226819524 . CGGGGGGGGT CGGGGGGGGGT,CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC,GCGGGGGGGT 83.38 PASS AF=0.18,0.62,0.04,0.02;AO=10,20,3,2;DP=50;FAO=9,31,2,1;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=6,15,0,0;FSAR=3,16,2,1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.141724,-0.129456,-0.0307612,-0.0523726;FXX=0;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=6.87548,6.67846,25.4251,22.5819;QD=6.67029;RBI=0.145934,0.134747,0.0418515,0.0589789;REFB=-0.043878,0.0492392,0.013155,0.0272048;REVB=-0.0347983,0.0373877,0.0283777,0.0271223;RO=8;SAF=6,10,0,0;SAR=4,10,3,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.264286,0.129829,-0.602514,-0.519945;STB=0.719537,0.5631,0.991064,0.982709;STBP=0.073,0.125,0.47,0.568;TYPE=ins,del,mnp,mnp;VARB=0.0710218,0.142303,0.110714,0.0875085;OID=.,.,.,.;OPOS=226819525,226819525,226819532,226819524;OREF=-,G,GT,CG;OALT=G,-,TC,GC;OMAPALT=CGGGGGGGGGT,CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC,GCGGGGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:50:50:8:7:10,20,3,2:9,31,2,1:0.18,0.62,0.04,0.02:4,10,3,2:6,10,0,0:2:6:3,16,2,1:6,15,0,0:1:6 chr1 226923505 . G T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.636;QD=59.8394;RBI=0.0159092;REFB=0;REVB=0.0145934;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00721e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr1 227153048 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0745725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.265;QD=13.6296;RBI=0.0761187;REFB=-0.00247769;REVB=0.0152644;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149044;STB=0.588021;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00939254;OID=.;OPOS=227153048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:6:3:4:4:6:3 chr1 227172290 . C T 273.63 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0588392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1058;QD=15.2017;RBI=0.0589318;REFB=-0.0152528;REVB=0.00330317;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383743;STB=0.521725;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.015786;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:20:11:16:25:20:11:16:25 chr1 227174210 . T C 426.16 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0043834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.497;QD=14.0881;RBI=0.0101481;REFB=-0.0112915;REVB=-0.00915257;RO=72;SAF=24;SAR=25;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332163;STB=0.518736;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0140153;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:72:49:49:0.404959:25:24:33:39:25:24:33:39 chr1 227177731 . A T 286.27 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0124377;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.864;QD=18.1757;RBI=0.0128222;REFB=0.0025692;REVB=-0.00311641;RO=32;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28964;STB=0.663347;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00423639;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:24:7:16:16:24:7:16:16 chr1 227178127 . A G 152.39 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0240474;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.599;QD=15.6297;RBI=0.0269989;REFB=-7.42832e-05;REVB=0.0122744;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152684;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00120427;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:9:7:13:9:9:8:13:9 chr1 227178948 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00812157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.402;QD=53.3617;RBI=0.0222065;REFB=-0.0965641;REVB=-0.0206681;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00318371;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr1 227182033 . G A 769.23 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755731;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.954;QD=64.1021;RBI=0.100598;REFB=0;REVB=0.100313;RO=0;SAF=39;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.15207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126522;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:43:48:1:4:39:0:0:9:39:0:0 chr1 227182575 . A G 801.41 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.505;QD=57.2432;RBI=0.0120719;REFB=0;REVB=-0.00191751;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30202e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:21:35:0:0 chr1 227216662 . T C 876.34 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0192228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0151;QD=54.7712;RBI=0.0317586;REFB=0.0127549;REVB=-0.0252803;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190992;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.000727345;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:29:33:1:1:29:33:1:1 chr1 227216775 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.965;QD=57.8849;RBI=0.0119434;REFB=0;REVB=0.00867295;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08689e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 227221123 . G A 184.97 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0049276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.443;QD=18.4972;RBI=0.0293518;REFB=-0.0208876;REVB=0.0289352;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263626;STB=0.662025;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00662409;OID=.;OPOS=227221123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:6:13:8:12:6:13:8:13 chr1 227504794 . T C 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.00974446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.465;QD=11.5424;RBI=0.00991542;REFB=0.0139481;REVB=0.00183333;RO=51;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356184;STB=0.520646;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0179081;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:21:7:14:37:21:7:14:37 chr1 227681475 . T C 1202.39 PASS AF=0.623529;AO=105;DP=170;FAO=106;FDP=170;FR=.;FRO=64;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0130462;FXX=0.034089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.594;QD=28.2915;RBI=0.0615248;REFB=-0.0219817;REVB=0.0601257;RO=59;SAF=55;SAR=50;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666818;STB=0.528297;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0120997;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:59:64:105:106:0.623529:50:55:25:34:50:56:29:35 chr1 227920103 . G A 393.08 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0291992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1225;QD=13.6725;RBI=0.0351804;REFB=-0.00177013;REVB=-0.0196231;RO=69;SAF=26;SAR=20;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137949;STB=0.577962;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00289687;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:20:26:30:39:20:26:30:39 chr1 227922918 . A C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0318448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.507;QD=14.6539;RBI=0.0324183;REFB=-0.0251071;REVB=0.00607127;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00964397;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr1 227935444 . A G 199.17 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0229161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.906;QD=13.5031;RBI=0.0230285;REFB=-0.00283579;REVB=0.0022727;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110532;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00284798;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:35:23:24:0.40678:10:13:19:14:10:14:20:15 chr1 227935762 . G A 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.02566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8471;QD=20.5122;RBI=0.0394994;REFB=-0.0118814;REVB=-0.0300295;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384487;STB=0.521296;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0132436;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:25:22:24:23:25:22:24:23 chr1 227963491 . G T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00951991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.436;QD=14.3998;RBI=0.0215571;REFB=-0.0171742;REVB=-0.0193412;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175106;STB=0.604999;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0214519;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:14:11:9:24:14:11:9:25 chr1 228003839 . C T 417.21 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=0.00162219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.394;QD=15.4521;RBI=0.0136306;REFB=-0.0181293;REVB=0.0135337;RO=61;SAF=13;SAR=34;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262933;STB=0.501474;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00897941;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:34:13:17:44:34:13:17:44 chr1 228003840 . G A 636.99 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0177909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.61;QD=23.3757;RBI=0.0184808;REFB=-0.000143131;REVB=-0.00500244;RO=44;SAF=18;SAR=44;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472811;STB=0.507223;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000389879;OID=.;OPOS=228003840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:47:62:62:0.568807:44:18:13:31:44:18:13:34 chr1 228033197 . A G 1232.85 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041584;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.718;QD=61.6427;RBI=0.0408704;REFB=0;REVB=0.0406583;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145153;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr1 228113163 . A G 378.64 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0197139;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2426;QD=12.7274;RBI=0.0206347;REFB=-0.0142131;REVB=-0.0060952;RO=73;SAF=15;SAR=30;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111248;STB=0.512494;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0267122;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:73:74:45:45:0.378151:30:15:25:48:30:15:26:48 chr1 228284991 . C T 283.11 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0206475;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.331;QD=19.5251;RBI=0.0276862;REFB=-0.0120637;REVB=-0.0184446;RO=28;SAF=22;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195269;STB=0.609421;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00931208;OID=.;OPOS=228284991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:8:22:15:13:8:22:15:13 chr1 228335125 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00632292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.399;QD=18.8287;RBI=0.0307448;REFB=-0.0364591;REVB=0.0300876;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586231;STB=0.533299;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.026097;OID=.;OPOS=228335125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:9:13:13:7:9:13 chr1 228347352 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0167309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.14;QD=13.2053;RBI=0.0892732;REFB=-0.00882724;REVB=-0.0876914;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513504;STB=0.799197;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0100159;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:6:0:4:2:6:0 chr1 228351877 . T A 150.72 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0235819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5574;QD=12.56;RBI=0.0407851;REFB=-0.0179491;REVB=-0.0332764;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152462;STB=0.596906;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.028059;OID=.;OPOS=228351877;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:9:8:10:20:9:8:10:21 chr1 228352160 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.915;QD=45.8068;RBI=0.02939;REFB=0;REVB=0.028227;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667063;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 228362682 . G A 212.79 PASS AF=0.45283;AO=25;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0233121;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.928;QD=16.0596;RBI=0.0233123;REFB=-0.00936355;REVB=8.68135e-05;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137538;STB=0.602174;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0134794;OID=.;OPOS=228362682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:29:25:24:0.45283:14:11:8:19:13:11:8:21 chr1 228399482 . C G 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.975;QD=60.1991;RBI=0.0057423;REFB=0;REVB=-0.0017478;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65892e-05;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr1 228399671 . G A 674.77 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0218498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5993;QD=18.7437;RBI=0.0269119;REFB=-0.00939786;REVB=-0.0157111;RO=74;SAF=24;SAR=44;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796627;STB=0.53845;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0129091;OID=.;OPOS=228399671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:74:76:68:68:0.472222:44:24:32:42:44:24:32:44 chr1 228399766 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0255763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.218;QD=16.6612;RBI=0.0259579;REFB=-0.0163705;REVB=-0.00443441;RO=32;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144024;STB=0.581571;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0196418;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:21:7:12:20:21:7:12:20 chr1 228402047 . A G 747.28 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=182;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.0192224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6832;QD=16.4238;RBI=0.0383446;REFB=-0.00442365;REVB=-0.0331784;RO=102;SAF=44;SAR=36;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491493;STB=0.527337;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00521318;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:102:102:80:80:0.43956:36:44:61:41:36:44:61:41 chr1 228402121 . A G 550.34 PASS AF=0.453846;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0515564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.213;QD=16.9336;RBI=0.051582;REFB=-0.0126222;REVB=-0.00162556;RO=70;SAF=23;SAR=35;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172146;STB=0.585745;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0112915;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:71:58:59:0.453846:35:23:40:30:35:24:40:31 chr1 228402508 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.074784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6411;QD=21.2665;RBI=0.0823083;REFB=0.0565076;REVB=0.0343804;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386739;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.041396;OID=.;OPOS=228402508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:11:6:4:9:11:6:5:9 chr1 228412227 . TG CA,CG 605.2 PASS AF=0.439024,0.560976;AO=18,23;DP=41;FAO=18,23;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=6,9;FSAR=12,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277829,0.0572329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.932,101.689;QD=59.0442;RBI=0.0367813,0.0580084;REFB=0,0;REVB=0.0241035,0.00945357;RO=0;SAF=6,9;SAR=12,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.84921e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0268808,-0.00246338;OID=.,.;OPOS=228412227,228412227;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:18,23:18,23:0.439024,0.560976:12,14:6,9:0:0:12,14:6,9:0:0 chr1 228412308 . G A 831.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.048;QD=57.351;RBI=0.00783557;REFB=0;REVB=0.00775131;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65091e-06;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:28:30:0:0 chr1 228431095 . A G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00503501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.28;QD=57.0313;RBI=0.0108734;REFB=-0.0662428;REVB=0.00963739;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00179709;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:66:65:0.984848:34:32:0:0:33:32:0:1 chr1 228433217 . A G 923.27 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.646;QD=56.8166;RBI=0.056951;REFB=0.023475;REVB=-0.0341203;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0015293;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:36:28:0:0:36:28:0:1 chr1 228433346 . C T 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0184157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8602;QD=15.4093;RBI=0.0371091;REFB=-0.017443;REVB=0.0322172;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551947;STB=0.524403;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0144492;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:17:10:14:19:17:10:14:20 chr1 228434395 . T C 1011.82 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000353595;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.686;QD=59.5191;RBI=0.0299022;REFB=0;REVB=0.0299001;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25831e-05;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 228434467 . T C,G 863.15 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=55,4;DP=59;FAO=58,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223197,0.00171311;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.677,172.278;QD=55.6873;RBI=0.051994,0.0603046;REFB=0,0;REVB=0.051946,0.0602803;RO=0;SAF=24,2;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00208622,-0.00995778;OID=.,.;OPOS=228434467,228434467;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:62:0:0:55,4:58,4:0.935484,0.0645161:31,2:24,2:0:0:32,2:26,2:0:0 chr1 228437772 . G A 298.26 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00184293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7031;QD=15.907;RBI=0.0768574;REFB=-0.0241694;REVB=0.0768353;RO=42;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198468;STB=0.599615;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0238566;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:42:32:33:0.44:12:20:18:24:13:20:18:24 chr1 228444565 . T A 795.32 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.041;QD=56.8087;RBI=0.0828944;REFB=0;REVB=0.0820832;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736053;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:52:56:1:27:25:0:0:31:25:0:0 chr1 228451826 . C T 222.58 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0206609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5657;QD=19.3545;RBI=0.0361075;REFB=-0.0301267;REVB=0.0296121;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139686;STB=0.564459;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0778305;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:10:12:16:7:10:12:16:8 chr1 228452032 . G A 275.7 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.01478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.254;QD=18.0783;RBI=0.0165917;REFB=-0.0228343;REVB=0.00753896;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302168;STB=0.509428;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0199868;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:17:13:14:16:17:13:14:17 chr1 228456147 . T C 937.01 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0179565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.388;QD=54.3192;RBI=0.0196072;REFB=-0.00959331;REVB=-0.00787458;RO=3;SAF=37;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367782;STB=0.519475;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000733864;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:29:37:3:0:29:37:3:0 chr1 228461129 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.006;QD=58.2385;RBI=0.0206059;REFB=0;REVB=0.019172;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148625;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr1 228461599 . G T 1504.45 PASS AF=0.537037;AO=144;DP=270;FAO=145;FDP=270;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=100;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0192042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2118;QD=22.2882;RBI=0.0331667;REFB=0.00958079;REVB=0.0270412;RO=125;SAF=45;SAR=99;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141107;STB=0.578153;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00879761;OID=.;OPOS=228461599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:125:125:144:145:0.537037:99:45:58:67:100:45:58:67 chr1 228464248 . T G 842.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.524;QD=57.0921;RBI=0.0550262;REFB=0;REVB=0.0383851;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137876;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr1 228464276 . T C 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00805602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.169;QD=54.8829;RBI=0.00830553;REFB=0.00847992;REVB=0.00202052;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-5.74038e-05;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:1:0:29:25:1:0 chr1 228468244 . G A 235.86 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0254213;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9117;QD=10.9703;RBI=0.0259012;REFB=0.00687786;REVB=-0.0049628;RO=56;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785982;STB=0.551912;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00925765;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:56:57:29:29:0.337209:12:17:29:27:12:17:29:28 chr1 228469870 . C T 483.8 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00370441;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.145;QD=20.1581;RBI=0.0224663;REFB=-0.0114815;REVB=0.0221587;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855421;STB=0.541815;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0138043;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:48:49:47:47:0.489583:23:24:20:28:23:24:21:28 chr1 228469903 . AG TT 324.66 PASS AF=0.466667;AO=33;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0140788;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.912;QD=17.315;RBI=0.0148218;REFB=-0.023109;REVB=0.00463399;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365568;STB=0.511621;STBP=0.885;TYPE=mnp;VARB=0.0336319;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:33:35:0.466667:19:14:18:21:20:15:18:22 chr1 228471379 . G C 355.88 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0302448;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2052;QD=12.487;RBI=0.0517676;REFB=0.0197054;REVB=0.0420135;RO=71;SAF=18;SAR=25;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440977;STB=0.511477;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0301369;OID=.;OPOS=228471379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:71:71:43:43:0.377193:25:18:30:41:25:18:31:40 chr1 228476366 . GA TT 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0155039;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.669;QD=10.3903;RBI=0.0415765;REFB=-0.0139374;REVB=0.0385777;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=mnp;VARB=0.02563;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr1 228476414 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00895187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.103;QD=21.5461;RBI=0.0165862;REFB=-0.0320488;REVB=0.0139631;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0289549;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:3:7:5:9:3:7 chr1 228480282 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000394669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.673;QD=58.9624;RBI=0.00196928;REFB=0;REVB=-0.00192933;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28897e-06;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr1 228482028 . G C 552.85 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0107738;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.667;QD=14.7425;RBI=0.0216089;REFB=-0.0244904;REVB=0.0187315;RO=89;SAF=25;SAR=37;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108826;STB=0.564249;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0304321;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:89:88:62:62:0.413333:37:25:45:44:37:25:45:43 chr1 228486404 . C T 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0274458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.142;QD=13.2814;RBI=0.0416944;REFB=-0.00976869;REVB=-0.0313872;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718647;STB=0.541036;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0218746;OID=.;OPOS=228486404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:16:15:27:22:16:15:27:22 chr1 228494696 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.632;QD=58.9627;RBI=0.0675966;REFB=0;REVB=0.0640401;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122174;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr1 228496014 . G A 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0499148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2139;QD=21.0083;RBI=0.0501717;REFB=-0.0214608;REVB=0.00507057;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2918;STB=0.662668;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0205958;OID=.;OPOS=228496014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:3:14:9:10:3:14 chr1 228503677 . A G 638.85 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.155;QD=59.4279;RBI=0.0457634;REFB=-0.137262;REVB=-0.0347219;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00199993;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr1 228504472 . T C 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5106;QD=58.7749;RBI=0.0290484;REFB=0;REVB=0.0165081;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247314;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 228504591 . C A 236.45 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.005962;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8726;QD=16.0303;RBI=0.0693039;REFB=-0.0423104;REVB=0.069047;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349534;STB=0.502686;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0544842;OID=.;OPOS=228504591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:16:10:13:18:17:10:12:20 chr1 228504669 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.013317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.535;QD=19.1553;RBI=0.0726346;REFB=-0.0262195;REVB=0.0714033;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220059;STB=0.624878;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0352;OID=.;OPOS=228504669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:13:10:14:7:13:10 chr1 228505204 . G A 902.11 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0585;QD=55.5144;RBI=0.11126;REFB=-0.00987603;REVB=0.0977714;RO=2;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294861;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00230425;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:2:1:62:64:0.984615:31:31:0:2:33:31:0:1 chr1 228505668 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.049;QD=58.2396;RBI=0.0365131;REFB=0;REVB=-0.016201;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.999e-05;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr1 228505699 . T C 519.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6971;QD=59.4159;RBI=0.0880055;REFB=0;REVB=0.0849907;RO=0;SAF=3;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140063;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:32:3:0:0:32:3:0:0 chr1 228505727 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0247037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.23;QD=20.2683;RBI=0.0248035;REFB=-0.0202534;REVB=0.00222292;RO=21;SAF=3;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210558;STB=0.620559;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0144922;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:18:3:6:15:18:3:6:15 chr1 228505739 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0206593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.626;QD=16.9415;RBI=0.0213055;REFB=-0.0246678;REVB=0.00520753;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271321;STB=0.652492;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0152151;OID=.;OPOS=228505739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:4:20:11:8:4:20 chr1 228509427 . A G 1193.68 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.696;QD=60.4393;RBI=0.0651083;REFB=0;REVB=0.0115575;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206064;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:74:79:1:37:37:0:0:39:40:0:0 chr1 228525008 . G A 481.28 PASS AF=0.45;AO=42;DP=121;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0150016;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5732;QD=16.0426;RBI=0.0501915;REFB=-0.0480339;REVB=0.0478971;RO=47;SAF=17;SAR=25;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199826;STB=0.59831;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.054138;OID=.;OPOS=228525008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:47:66:42:54:0.45:25:17:29:18:31:23:40:26 chr1 228526011 . C T 503.81 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00430697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.331;QD=17.5239;RBI=0.0131906;REFB=-0.0175329;REVB=-0.0124676;RO=61;SAF=28;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254975;STB=0.51417;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0220116;OID=.;OPOS=228526011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:26:28:30:31:26:28:30:31 chr1 228526665 . T C 1199.24 PASS AF=0.487705;AO=119;DP=245;FAO=119;FDP=244;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0182289;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.648;QD=19.6597;RBI=0.0320811;REFB=-0.0272727;REVB=-0.0263989;RO=125;SAF=45;SAR=74;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980585;STB=0.554002;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0292933;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:125:125:119:119:0.487705:74:45:60:65:74:45:60:65 chr1 228528563 . C G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00226038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.487;QD=11.6231;RBI=0.0152134;REFB=-0.0173199;REVB=-0.0150445;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210136;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0295759;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:18:20:12:10:18:20 chr1 228548197 . G A 86.96 PASS AF=0.314286;AO=6;DP=38;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00314385;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.174;QD=9.93816;RBI=0.0127524;REFB=-0.0201145;REVB=-0.0123588;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382422;STB=0.559478;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0562849;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:38:35:22:24:6:11:0.314286:5:1:10:12:5:6:11:13 chr1 228550426 . C T 1243.2 PASS AF=0.581633;AO=111;DP=191;FAO=114;FDP=196;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0175022;FXX=0.00507588;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.3738;QD=25.3715;RBI=0.0189213;REFB=-0.0313138;REVB=0.00718958;RO=80;SAF=46;SAR=65;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416197;STB=0.525527;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.024447;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:196:80:82:111:114:0.581633:65:46:29:51:67:47:29:53 chr1 228558891 . CCG CC,C 528.45 PASS AF=1,0;AO=38,9;DP=49;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110449,-0.213444;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=18.7167,5.15571;QD=43.1389;RBI=0.117114,0.220559;REFB=0,0;REVB=-0.038945,-0.0555711;RO=0;SAF=3,8;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0.416667;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00232886,0;OID=.,.;OPOS=228558893,228558892;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:38,9:49:49,0:49:0:13,0:36,0:0:0:10:0:3,8:35,1:0:0 chr1 228559994 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.711;QD=61.049;RBI=0.036452;REFB=0;REVB=0.0302489;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240318;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr1 228560139 . A G 744.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.666;QD=63.3875;RBI=0.0110478;REFB=0;REVB=-0.0081522;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4218e-05;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:12:34:0:0:12:35:0:0 chr1 228560700 . T C 3986.61 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208728;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3695;QD=62.2908;RBI=0.0454583;REFB=0;REVB=-0.0454103;RO=0;SAF=114;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43133e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:256:0:0:256:256:1:142:114:0:0:142:114:0:0 chr1 228564884 . G A 714.34 PASS AF=0.628571;AO=66;DP=105;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0152411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.838;QD=27.213;RBI=0.0369078;REFB=-0.0255243;REVB=0.0336139;RO=39;SAF=26;SAR=40;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658033;STB=0.535703;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0249997;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:39:39:66:66:0.628571:40:26:19:20:40:26:19:20 chr1 228588680 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0394752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.116;QD=13.9591;RBI=0.0413996;REFB=-0.0228999;REVB=-0.0124754;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0173273;OID=.;OPOS=228588680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr1 228602660 . G C 463.82 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0197349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0755;QD=19.3259;RBI=0.0273096;REFB=-0.0260728;REVB=-0.0188771;RO=49;SAF=17;SAR=29;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115512;STB=0.570194;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0266433;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:29:17:24:25:29:17:25:25 chr1 228612838 . G T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00786246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.385;QD=17.9428;RBI=0.00902317;REFB=-0.00890819;REVB=-0.00442712;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657451;STB=0.546942;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00695322;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:17:11:13:15:17:11:14:15 chr1 228645384 . G A 175.01 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0683487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5003;QD=28.0022;RBI=0.0826316;REFB=-0.0459479;REVB=0.0464375;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500611;STB=0.512181;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0347281;OID=.;OPOS=228645384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:25:25:5:8:17:17:0.68:10:7:2:3:10:7:3:5 chr1 228743499 . C A 742.99 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=129;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0391307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.288;QD=23.0385;RBI=0.0489383;REFB=-0.0291245;REVB=-0.0293896;RO=56;SAF=42;SAR=29;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167403;STB=0.518397;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0263529;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:58:71:71:0.550388:29:42:32:24:29:42:32:26 chr1 228783671 . C T 308.29 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.026506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1936;QD=15.8096;RBI=0.0402411;REFB=0.0164525;REVB=0.0302783;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178887;STB=0.60025;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0191457;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:18:16:13:31:18:16:13:31 chr1 229460246 . A T 436.42 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00556191;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.104;QD=18.1841;RBI=0.00868286;REFB=-0.0172726;REVB=0.00666762;RO=52;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168392;STB=0.593709;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0221063;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:22:22:17:35:22:22:17:35 chr1 229461024 . C T 393.41 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0138772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.186;QD=22.4804;RBI=0.0184563;REFB=-0.00802087;REVB=-0.012168;RO=29;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949613;STB=0.558794;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00388933;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:29:31:38:39:0.557143:19:19:11:18:20:19:11:20 chr1 229568084 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000862065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.418;QD=17.6896;RBI=0.0147453;REFB=-0.0240432;REVB=-0.0147201;RO=26;SAF=19;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540489;STB=0.816248;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.02083;OID=.;OPOS=229568084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:2:19:13:13:2:19:13:13 chr1 229622162 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0811607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8851;QD=13.9114;RBI=0.0836189;REFB=-0.00723203;REVB=-0.0201259;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797329;STB=0.504583;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0168024;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:16:15:10:11:16:15 chr1 229623338 . T C 230.74 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.000634949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.25;QD=17.7492;RBI=0.0125753;REFB=0.00720707;REVB=-0.0125592;RO=27;SAF=20;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208144;STB=0.618452;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0103974;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:5:20:17:10:5:20:17:10 chr1 229631734 . T C 321.79 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0199166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7112;QD=23.8363;RBI=0.0381433;REFB=-0.0485441;REVB=0.0325306;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901714;STB=0.549623;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.01759;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:9:13:15:17:9:13 chr1 229635521 . A G 639.12 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.000957111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5721;QD=28.4052;RBI=0.0188522;REFB=-0.0096222;REVB=0.0188279;RO=34;SAF=34;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177391;STB=0.596457;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00504093;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:34:56:56:0.622222:22:34:12:22:22:34:12:22 chr1 229652698 . G T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00895886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.636;QD=12.2129;RBI=0.0113085;REFB=-0.00161841;REVB=0.00690084;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543622;STB=0.811379;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00182571;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:3:19:4:9:3:19 chr1 229663064 . GAGGAA G 191.53 PASS AF=0.894737;AO=15;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00681536;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=5;MLLD=192.966;QD=40.3217;RBI=0.020756;REFB=-0.0184635;REVB=-0.0196051;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.537145;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=0.00298184;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:15:20:17:19:2:4:13:1:1:11:0:4:11:0:0 chr1 229683264 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0114446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.868;QD=19.2741;RBI=0.0129106;REFB=-0.00812444;REVB=-0.00597535;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743222;STB=0.541364;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00590509;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:15:22:19:18:15:22:19:18 chr1 229730452 . G A 284.65 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00345493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.84;QD=29.9633;RBI=0.00845194;REFB=-0.0280964;REVB=-0.00771354;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13161;STB=0.57227;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0120642;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:4:9:12:13:4:9 chr1 229737680 . C T 427.12 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0162915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.407;QD=24.7607;RBI=0.0341972;REFB=-0.0251417;REVB=0.0300671;RO=28;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882577;STB=0.548318;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0191709;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:21:20:17:11:21:20:17:11 chr1 229738170 . T G 1476.16 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150285;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.587;QD=63.491;RBI=0.0203455;REFB=0;REVB=0.0137143;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97883e-05;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr1 229738236 . G A 972.41 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00142402;FXX=0.0365809;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.703;QD=49.2358;RBI=0.0109009;REFB=-0.0847551;REVB=-0.0108075;RO=8;SAF=39;SAR=31;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596534;STB=0.525676;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000573284;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:8:9:70:70:0.886076:31:39:2:6:31:39:3:6 chr1 229772693 . T G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.462;QD=50.4101;RBI=0.0754674;REFB=0;REVB=0.0614777;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700826;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 229772932 . A G 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00230064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.102;QD=21.9591;RBI=0.00266263;REFB=-0.0115529;REVB=-0.0013404;RO=30;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130046;STB=0.571392;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00728146;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:23:14:7:23:23:14:7:23 chr1 229773441 . C T 550.41 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00170706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.809;QD=21.5846;RBI=0.0181948;REFB=-0.000702235;REVB=-0.0181146;RO=46;SAF=29;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766058;STB=0.537024;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000534294;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:47:55:55:0.539216:26:29:20:26:26:29:21:26 chr1 229790048 . A G 2351.08 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8004;QD=63.9751;RBI=0.0451261;REFB=0;REVB=-0.0433425;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141288;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:74:73:0:0:74:73:0:0 chr1 230384937 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00165051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.61;QD=17.4274;RBI=0.00411564;REFB=-0.0107888;REVB=0.00377018;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178806;STB=0.601884;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0117998;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:9:14:8:11:9:14 chr1 230415148 . G A 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00660916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.919;QD=59.537;RBI=0.0248825;REFB=-0.0655074;REVB=0.0239887;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00101422;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:1:0:38:40:1:0 chr1 230416319 . A C 2177.87 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.384;QD=63.1265;RBI=0.026242;REFB=0;REVB=0.025687;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3358e-05;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:78:59:0:0:79:59:0:0 chr1 230417557 . T C 629.27 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.872;QD=57.2067;RBI=0.0133048;REFB=-0.168002;REVB=0.00417589;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0010804;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:19:23:1:0:19:23:1:1 chr1 230417560 . A G 642.45 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453992;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3903;QD=59.7628;RBI=0.0475149;REFB=-0.135194;REVB=0.0140207;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00257644;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr1 230461079 . G A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0250233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.682;QD=24.5875;RBI=0.0296536;REFB=-0.00498947;REVB=0.0159113;RO=21;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189657;STB=0.510423;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0032315;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:13:19:13:8:13:19:13:8 chr1 230814431 . A G 80.83 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0183124;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.737;QD=15.3955;RBI=0.0190084;REFB=-0.0389196;REVB=-0.00509669;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940418;STB=0.555438;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0260063;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:3:8:8:2:3:8 chr1 230829139 . A G 116.12 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0168314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0479;QD=11.3283;RBI=0.059001;REFB=-0.0214659;REVB=0.0565493;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377473;STB=0.723821;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.044919;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:10:17:4:10:10:17 chr1 230841687 . T C 1521.83 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.584;QD=59.6795;RBI=0.0475595;REFB=0;REVB=-0.0458312;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126687;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:56:46:0:0 chr1 230845794 . A G 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0276422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.463;QD=13.6194;RBI=0.0284697;REFB=-0.00427713;REVB=-0.00681393;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187022;STB=0.501231;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00740416;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:15:11:15:22:15:11:16:22 chr1 230895340 . C A 1189.13 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046391;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.31;QD=60.2093;RBI=0.0113099;REFB=0;REVB=0.0103146;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192979;OID=.;OPOS=230895340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:30:46:0:0:32:47:0:0 chr1 230914729 . A C 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00524102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.597;QD=59.3559;RBI=0.0254322;REFB=-0.0326324;REVB=-0.0248863;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00156061;OID=.;OPOS=230914729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:41:36:0:1:41:36:0:1 chr1 230974609 . C T 1541.02 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000167058;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.616;QD=59.2702;RBI=0.0115241;REFB=0;REVB=-0.0115228;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168859;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:100:104:1:45:55:0:0:47:57:0:0 chr1 231042732 . T A 272.86 PASS AF=0.430556;AO=27;DP=69;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0105817;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.36;QD=15.1591;RBI=0.0285272;REFB=-0.0214326;REVB=0.026492;RO=41;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119163;STB=0.51145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0304212;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:41:41:27:31:0.430556:9:18:23:18:13:18:23:18 chr1 231057247 . A T 589.88 PASS AF=0.438462;AO=52;DP=126;FAO=57;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00166832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.651;QD=18.1502;RBI=0.00225327;REFB=-0.0065277;REVB=0.00151458;RO=56;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502896;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0161681;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:56:65:52:57:0.438462:26:26:28:28:31:26:30:35 chr1 231298898 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0141446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.395;QD=14.9786;RBI=0.0141884;REFB=-0.0576824;REVB=0.00111428;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216798;STB=0.624776;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0339807;OID=.;OPOS=231298898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:2:9:6:4:2:9 chr1 231353589 . A G 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0211385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.012;QD=14.8162;RBI=0.0222284;REFB=-0.0128126;REVB=-0.00687493;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12377;STB=0.578184;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0226229;OID=.;OPOS=231353589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:18:11:19:19:18:11:20:19 chr1 231355912 . G T 162.39 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0381209;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.0146;QD=9.41414;RBI=0.0389137;REFB=-0.0135555;REVB=0.00781484;RO=43;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434112;STB=0.724075;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.02714;OID=.;OPOS=231355912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:43:47:22:22:0.318841:7:15:12:31:7:15:16:31 chr1 231355918 . CG GT 170.93 PASS AF=0.338462;AO=19;DP=67;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0142186;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.883;QD=10.5186;RBI=0.0142741;REFB=-0.0053348;REVB=0.00125736;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369989;STB=0.738812;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0184922;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:43:43:19:22:0.338462:7:12:13:30:7:15:13:30 chr1 231357102 . G C 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00603208;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.064;QD=12.5922;RBI=0.0106469;REFB=-0.00100039;REVB=-0.00877329;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580236;STB=0.53325;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00125347;OID=.;OPOS=231357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:16:13:19:29:16:13:19:29 chr1 231376806 . G C 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0299884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0938;QD=19.9746;RBI=0.0444841;REFB=-0.0293576;REVB=-0.0328562;RO=39;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560801;STB=0.531115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0279444;OID=.;OPOS=231376806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:18:22:19:20:18:22:19:20 chr1 231401902 . G A 479.34 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0009179;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.51;QD=18.9839;RBI=0.0431152;REFB=0.0130937;REVB=-0.0431055;RO=52;SAF=20;SAR=30;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368026;STB=0.504131;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0125457;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:52:51:50:50:0.49505:30:20:21:31:30:20:20:31 chr1 231488524 . C T 427.9 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00921961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7222;QD=19.4499;RBI=0.0300607;REFB=-0.000554609;REVB=0.028612;RO=45;SAF=16;SAR=27;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00558544;STB=0.503104;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00114279;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:27:16:17:28:27:16:17:28 chr1 231830295 . G A 549.67 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0278279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.165;QD=23.8985;RBI=0.0336949;REFB=-0.0288304;REVB=0.0189987;RO=41;SAF=20;SAR=31;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138885;STB=0.576278;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0401413;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:31:20:23:18:31:20:23:18 chr1 231903010 . C T 263.47 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00282991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.287;QD=17.5646;RBI=0.00287617;REFB=-0.00544553;REVB=0.000513775;RO=30;SAF=6;SAR=23;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445772;STB=0.745455;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011264;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:31:29:29:0.483333:23:6:20:10:23:6:20:11 chr1 232534957 . T C 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0286797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.929;QD=58.0283;RBI=0.0549851;REFB=-0.161239;REVB=0.0469131;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00509822;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:70:70:0.985915:40:30:0:0:40:30:0:1 chr1 232539219 . C T 504.3 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0185614;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.174;QD=24.9037;RBI=0.0236176;REFB=-0.0201494;REVB=-0.0146037;RO=34;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436765;STB=0.502391;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0142234;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:34:34:47:47:0.580247:26:21:15:19:26:21:15:19 chr1 232568041 . G A 893.69 PASS AF=0.486486;AO=90;DP=185;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.0160015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7029;QD=19.323;RBI=0.024662;REFB=-0.0111866;REVB=0.018766;RO=94;SAF=35;SAR=55;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182732;STB=0.598165;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140312;OID=.;OPOS=232568041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:94:95:90:90:0.486486:55:35:55:39:55:35:55:40 chr1 232581376 . G A 495.31 PASS AF=0.46281;AO=52;DP=110;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0038521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.501;QD=16.374;RBI=0.0190533;REFB=-0.0338466;REVB=-0.0186598;RO=58;SAF=25;SAR=27;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509176;STB=0.516507;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0480758;OID=.;OPOS=232581376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:121:58:65:52:56:0.46281:27:25:31:27:31:25:31:34 chr1 232597919 . C T 180.46 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00296626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.514;QD=11.1054;RBI=0.0109119;REFB=-0.00829879;REVB=-0.010501;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319615;STB=0.527003;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0133704;OID=.;OPOS=232597919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:13:10:19:22:13:10:20:22 chr1 232650750 . A G 1033.47 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.526;QD=59.0553;RBI=0.0131393;REFB=0;REVB=0.0130745;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196404;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr1 232650867 . C T 711.0 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281119;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.116;QD=56.8799;RBI=0.0443956;REFB=0;REVB=0.0343611;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65757e-05;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:45:50:1:19:26:0:0:23:27:0:0 chr1 232940953 . T C 362.04 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0201156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.254;QD=15.4061;RBI=0.029165;REFB=-0.00882088;REVB=-0.0211177;RO=55;SAF=14;SAR=25;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122636;STB=0.56944;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0147667;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:25:14:26:29:25:14:26:29 chr1 232941069 . T G 198.66 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.00635923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.924;QD=19.8657;RBI=0.00693802;REFB=-0.0207755;REVB=0.00277422;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240673;STB=0.631468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0254976;OID=.;OPOS=232941069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:20:19:20:0.5:13:6:2:17:14:6:2:18 chr1 232941677 . G T 367.85 PASS AF=0.394958;AO=35;DP=106;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0444775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7822;QD=12.3647;RBI=0.0892052;REFB=-0.0309005;REVB=0.077326;RO=71;SAF=24;SAR=11;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135713;STB=0.505492;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0509774;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:119:71:72:35:47:0.394958:11:24:41:30:20:27:42:30 chr1 232942251 . A G 246.4 PASS AF=0.55;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0185417;FXX=0.111086;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.042;QD=24.6398;RBI=0.0276876;REFB=-0.0170474;REVB=-0.0205624;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248172;STB=0.63827;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0237477;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:40:18:18:22:22:0.55:9:13:5:13:9:13:5:13 chr1 232944569 . C T 146.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0412322;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.618;QD=15.0031;RBI=0.0419452;REFB=-0.0104106;REVB=-0.00770073;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234134;STB=0.660182;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00996299;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:25:23:16:16:0.410256:10:6:15:10:10:6:15:8 chr1 232945039 . G A 185.85 PASS AF=0.465116;AO=17;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00373154;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.886;QD=17.2885;RBI=0.0108761;REFB=-0.00488146;REVB=-0.0102159;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106282;STB=0.529383;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00573162;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:17:20:0.465116:9:8:8:14:12:8:8:15 chr1 232945255 . C G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0157999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3984;QD=22.6322;RBI=0.0512361;REFB=-0.036064;REVB=-0.0487391;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109699;STB=0.561949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0223036;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:5:3:7:6:5:3 chr1 232967889 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.583;QD=63.8693;RBI=0.0330297;REFB=0;REVB=-0.000239629;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86205e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 233086483 . GCC G,GC 322.87 PASS AF=0.0307692,0.969231;AO=9,44;DP=59;FAO=2,63;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146085,-0.287505;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=10.7667,7.12861;QD=19.8691;RBI=0.151121,0.297162;REFB=0.052913,0.0489357;REVB=-0.0386905,-0.0751384;RO=2;SAF=5,14;SAR=4,30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0179867,-0.0169789;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0587886,-0.00777509;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0307692,0.969231:9,44:59:2,63:65:0:1,21:1,42:0:0:3:2:5,14:4,30:1:1 chr1 233335909 . CA C,CC 31.55 PASS AF=0.291667,0.0833333;AO=7,2;DP=24;FAO=7,2;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6,1;FSAR=1,1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0514904,0.00682946;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.0634,35.3461;QD=5.25795;RBI=0.101828,0.0111815;REFB=-0.0516765,-0.03363;REVB=-0.0878503,-0.00885348;RO=12;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0.459459,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196632,-0.275016;STB=0.691662,0.645722;STBP=0.298,0.745;TYPE=del,snp;VARB=-0.0592494,0.114082;OID=.,.;OPOS=233335910,233335910;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667,0.0833333:7,2:24:7,2:24:15:6,1:1,1:10:5:22:12:4,1:3,1:9:3 chr1 233388242 . A G 358.52 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0403275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5687;QD=12.8042;RBI=0.0554367;REFB=-0.0151211;REVB=-0.0380384;RO=62;SAF=12;SAR=31;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200296;STB=0.615329;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0224357;OID=.;OPOS=233388242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:112:62:68:43:44:0.392857:31:12:28:34:32:12:30:38 chr1 233398713 . C T 412.16 PASS AF=0.461538;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0263865;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.211;QD=18.1169;RBI=0.0275086;REFB=-0.00607105;REVB=0.00777644;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103263;STB=0.560411;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00860133;OID=.;OPOS=233398713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:49:40:42:0.461538:21:19:19:32:21:21:19:30 chr1 233514934 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0199434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.232;QD=13.631;RBI=0.0223318;REFB=0.00949713;REVB=-0.0100483;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149044;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0083399;OID=.;OPOS=233514934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:3:6:4:4:3:6 chr1 233514975 . G T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00341745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.959;QD=34.6656;RBI=0.00753913;REFB=-0.0477243;REVB=0.00672008;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00232385;OID=.;OPOS=233514975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr1 233515071 . C T 247.05 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00113524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.671;QD=24.7054;RBI=0.0127742;REFB=-0.010963;REVB=0.0127237;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142268;STB=0.578881;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00909296;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:12:5:11:12:12:5 chr1 233515102 . T G 203.06 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00355638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.98;QD=18.4596;RBI=0.0123306;REFB=-0.0211767;REVB=0.0118066;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295343;STB=0.657982;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0313329;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:23:19:21:0.477273:10:9:18:5:11:10:18:5 chr1 233759918 . T C 350.72 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00360482;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.445;QD=17.758;RBI=0.00455899;REFB=-0.00302019;REVB=-0.002791;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14104;STB=0.578978;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00222463;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:37:37:0.468354:23:14:22:20:23:14:22:20 chr1 233767008 . T A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00259241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.968;QD=13.3141;RBI=0.0140118;REFB=-0.0218226;REVB=-0.0137699;RO=33;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244411;STB=0.642006;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0263957;OID=.;OPOS=233767008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:17:5:14:19:17:5:14:19 chr1 233767023 . A G 187.66 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0389211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3236;QD=12.7226;RBI=0.0450787;REFB=0.0172818;REVB=0.0227428;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131519;STB=0.576036;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0245544;OID=.;OPOS=233767023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:15:21:16:7:15:21 chr1 233767059 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.000158205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.606;QD=12.724;RBI=0.00466964;REFB=-0.00792966;REVB=0.00466696;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190883;STB=0.610393;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00842972;OID=.;OPOS=233767059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:17:19:16:7:17:19 chr1 233785786 . A C 509.06 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0257133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.862;QD=19.3926;RBI=0.0268075;REFB=-0.0155767;REVB=-0.00758071;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128348;STB=0.570937;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0116244;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:31:22:29:23:31:22:29:23 chr1 234442257 . A T 511.97 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00136439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.327;QD=19.6912;RBI=0.0204152;REFB=0.00522634;REVB=0.0203696;RO=50;SAF=17;SAR=36;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236512;STB=0.626749;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00563367;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:36:17:29:21:36:17:29:22 chr1 234509259 . G C 320.78 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0352141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.962;QD=21.3852;RBI=0.0372628;REFB=-0.0364837;REVB=0.0121855;RO=26;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107602;STB=0.571061;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0332204;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:23:10:11:15:23:10:12:15 chr1 234529552 . C T 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0109109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.566;QD=7.35773;RBI=0.0152712;REFB=-0.00189039;REVB=-0.0106846;RO=49;SAF=3;SAR=15;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525416;STB=0.820147;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00986589;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:15:3:29:20:15:3:29:20 chr1 234529570 . G A 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0119869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.059;QD=7.86294;RBI=0.0194696;REFB=0.00175875;REVB=-0.0153422;RO=34;SAF=2;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514582;STB=0.820346;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0109312;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:10:2:20:14:10:2:20:14 chr1 234546245 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00730371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.943;QD=15.1662;RBI=0.00874948;REFB=-0.0036958;REVB=0.0048176;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409917;STB=0.523777;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00445002;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:6:14:11:4:6:14 chr1 234563060 . T C 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00978634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.301;QD=18.9076;RBI=0.0106433;REFB=-0.00333578;REVB=0.00418414;RO=47;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163166;STB=0.590728;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0030371;OID=.;OPOS=234563060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:19:24:18:29:19:24:18:29 chr1 234569192 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00182057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.563;QD=23.0008;RBI=0.0251446;REFB=-0.0155457;REVB=-0.0250786;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220267;STB=0.512187;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0111613;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:15:14:10:12:15:14:10:12 chr1 234606998 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.799;QD=53.2772;RBI=0.0313617;REFB=0;REVB=-0.0199613;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026103;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 235040004 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=362.475;QD=59.8394;RBI=0.0114874;REFB=0;REVB=0.0112668;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60356e-05;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 235324497 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0398212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3206;QD=17.6431;RBI=0.0511692;REFB=0.00119036;REVB=-0.0321335;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240193;STB=0.637406;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00603318;OID=.;OPOS=235324497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:6:1:4:5:6:1 chr1 235383188 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0140083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.624;QD=15.5687;RBI=0.0216747;REFB=-0.0139717;REVB=0.0165396;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697573;STB=0.547911;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0158214;OID=.;OPOS=235383188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:12:15:17:18:12:16:17:18 chr1 235392546 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00941827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6058;QD=19.9277;RBI=0.0855556;REFB=0.0425994;REVB=0.0850356;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902331;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0233858;OID=.;OPOS=235392546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:5:4:4:8:5:4 chr1 235597525 . C T 512.0 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0392072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5713;QD=19.6921;RBI=0.0398039;REFB=-0.032758;REVB=0.00686628;RO=51;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00032864;STB=0.500181;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0347826;OID=.;OPOS=235597525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:26:27:26:25:26:27:26:25 chr1 235652513 . T C 1328.18 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0695193;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6277;QD=61.0659;RBI=0.0707044;REFB=-0.0543388;REVB=0.0128911;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.505262;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00151077;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:47:39:0:1:47:39:0:1 chr1 235705001 . G T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8193;QD=60.0305;RBI=0.018128;REFB=0;REVB=0.00104299;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018197;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr1 235715523 . A G 376.68 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00698346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3744;QD=18.6015;RBI=0.011869;REFB=-0.00937273;REVB=0.00959705;RO=42;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511981;STB=0.52846;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00950769;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:27:12:11:31:27:12:11:31 chr1 235901851 . C T 421.88 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00825514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.153;QD=13.5;RBI=0.0172901;REFB=-0.00371845;REVB=-0.0151921;RO=76;SAF=19;SAR=30;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372565;STB=0.521108;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00706678;OID=.;OPOS=235901851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:30:19:32:44:30:19:32:44 chr1 236141174 . T C 389.0 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.012644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.37;QD=18.7469;RBI=0.0161915;REFB=-0.0192499;REVB=-0.010114;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130885;STB=0.578275;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0202087;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:43:39:40:0.481928:19:20:28:15:20:20:28:15 chr1 236144951 . A G 180.24 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.131903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4159;QD=13.8643;RBI=0.13568;REFB=0.00464837;REVB=-0.0317928;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211161;STB=0.631451;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00754353;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:14:7:16:14:14:7:17:14 chr1 236175327 . C A 150.3 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0530315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.194;QD=9.85577;RBI=0.0531139;REFB=-0.000938594;REVB=0.00295806;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739046;STB=0.54358;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00230845;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:12:8:19:22:12:8:19:22 chr1 236175339 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.124;QD=57.3857;RBI=0.0420039;REFB=0;REVB=-0.011843;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105514;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 236208773 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.462;QD=58.1421;RBI=0.0108894;REFB=0;REVB=0.010486;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67227e-05;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 236228288 . C A 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00535403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.713;QD=17.6719;RBI=0.00844422;REFB=-0.0120149;REVB=0.00652987;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120503;STB=0.567104;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0151416;OID=.;OPOS=236228288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:8:24:19:11:8:24 chr1 236371831 . T C 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0287946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2057;QD=16.6139;RBI=0.0326955;REFB=0.00321581;REVB=0.0154876;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095668;STB=0.555093;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.000636482;OID=.;OPOS=236371831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:8:13:12:5:8:13 chr1 236381825 . G C 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4597;QD=58.2334;RBI=0.0432793;REFB=0;REVB=0.0330257;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612851;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr1 236389999 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.489;QD=60.2044;RBI=0.0104653;REFB=0;REVB=-0.00776706;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18285e-05;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr1 236557771 . G A 885.08 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0124051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.521;QD=53.6411;RBI=0.0199588;REFB=-0.209119;REVB=0.0156355;RO=3;SAF=35;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965651;STB=0.505118;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00211532;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:3:3:63:63:0.954545:28:35:2:1:28:35:2:1 chr1 236700807 . T A 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=-0.00879865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.748;QD=13.2652;RBI=0.0186457;REFB=-0.0140904;REVB=0.0164392;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241535;STB=0.639918;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0227954;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:18:12:9:37:18:12:9:38 chr1 236700823 . T C 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=0.00420983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.787;QD=15.1031;RBI=0.0145161;REFB=-0.00404133;REVB=-0.0138923;RO=45;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247952;STB=0.63817;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00739757;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:20:13:8:37:20:13:8:37 chr1 236700857 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=38;FWDB=0.00867583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.777;QD=14.4326;RBI=0.0458647;REFB=-0.0243259;REVB=-0.0450367;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239076;STB=0.637074;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0158612;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:21:10:6:37:21:10:6:38 chr1 236702209 . CA TG 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0299168;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.144;QD=21.3735;RBI=0.0300416;REFB=0.00245266;REVB=0.00273519;RO=44;SAF=37;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355401;STB=0.698021;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00336807;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:10:37:19:25:10:37:19:25 chr1 236702374 . G A 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0056843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=25.6408;RBI=0.0117414;REFB=-0.00788893;REVB=0.0102737;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936366;STB=0.558114;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00478188;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:19:26:13:16:19:26:13:17 chr1 236706780 . C T 508.56 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00428414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.409;QD=16.6741;RBI=0.00659603;REFB=-0.00630555;REVB=0.00501536;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090704;STB=0.545438;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00922936;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:67:55:55:0.45082:25:30:42:24:25:30:42:25 chr1 236706862 . G C 487.22 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0329795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2778;QD=15.2257;RBI=0.0337872;REFB=-0.0152384;REVB=0.00734328;RO=74;SAF=25;SAR=29;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05211;STB=0.529248;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0193073;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:29:25:38:36:29:25:38:36 chr1 236711323 . T C 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.000459485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.02;QD=16.2649;RBI=0.0279487;REFB=0.000227284;REVB=0.0279449;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836281;STB=0.504704;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-9.22436e-05;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:18:17:21:23:18:17:21:23 chr1 236714064 . A C 149.73 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0104569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.704;QD=28.5192;RBI=0.0575753;REFB=-0.0367383;REVB=0.0566177;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925989;STB=0.551653;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0118979;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:5:10:3:3:5:10:3:3 chr1 236716959 . C T 930.59 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0087804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.932;QD=21.7683;RBI=0.0124635;REFB=-0.00758962;REVB=0.0088456;RO=80;SAF=44;SAR=47;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354607;STB=0.519399;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0072385;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:80:91:91:0.532164:47:44:42:38:47:44:42:38 chr1 236717926 . T C 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0176926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8673;QD=16.6596;RBI=0.0245199;REFB=0.0114693;REVB=-0.0169763;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177806;STB=0.599447;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0158449;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:9:23:15:13:9:23 chr1 236718620 . T C 402.53 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=102;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0216182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6804;QD=15.6322;RBI=0.0218429;REFB=0.00115379;REVB=-0.0031255;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111814;STB=0.50065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117534;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:58:58:44:45:0.436893:20:24:31:27:21:24:31:27 chr1 236719135 . T C 609.92 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0389458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7714;QD=56.7367;RBI=0.0546706;REFB=-0.0377483;REVB=-0.0383679;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531235;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0134599;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:41:41:0.953488:15:26:0:0:15:26:0:2 chr1 236719193 . A G 168.07 PASS AF=0.642857;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0307912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.478;QD=24.0105;RBI=0.0310615;REFB=-0.0348738;REVB=-0.00408922;RO=9;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116632;STB=0.67081;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0243514;OID=.;OPOS=236719193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:28:9:10:16:18:0.642857:15:1:1:8:17:1:2:8 chr1 236720535 . G A 583.56 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.029237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.825;QD=19.2913;RBI=0.0305161;REFB=-0.00296165;REVB=-0.00874241;RO=58;SAF=24;SAR=36;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908923;STB=0.547281;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00345209;OID=.;OPOS=236720535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:58:61:60:60:0.495868:36:24:29:29:36:24:30:31 chr1 236721610 . G A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00783102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2079;QD=18.7097;RBI=0.0317495;REFB=0.00409985;REVB=0.0307686;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214562;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00277453;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:11:8:8:10:11:8 chr1 236721660 . T C 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00875223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.323;QD=23.3501;RBI=0.0368671;REFB=-0.0232513;REVB=0.0358131;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178307;STB=0.597938;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0192494;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:21:16:18:9:21:16:18:9 chr1 236721731 . T C 1271.19 PASS AF=0.977011;AO=82;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0849455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5534;QD=58.4455;RBI=0.087633;REFB=-0.171908;REVB=0.0215361;RO=3;SAF=36;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378368;STB=0.512818;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00597831;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:3:2:82:85:0.977011:46:36:3:0:47:38:2:0 chr1 236724504 . G A 74.49 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0264677;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.315;QD=11.4596;RBI=0.0267475;REFB=-0.00394906;REVB=-0.00385869;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.599815;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00780152;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:11:5:4:6:12:4 chr1 236744712 . C A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00303216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.428;QD=11.6341;RBI=0.00308142;REFB=-0.0108756;REVB=0.000548798;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409094;STB=0.537663;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0285893;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:4:11:7:3:4:12 chr1 236746443 . C T 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00568886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.702;QD=17.5683;RBI=0.00743249;REFB=-0.00641854;REVB=0.00478318;RO=31;SAF=6;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333993;STB=0.689229;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00916103;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:23:6:16:15:23:6:16:15 chr1 236748505 . T C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00453821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.75;QD=11.2962;RBI=0.00596365;REFB=-0.00679291;REVB=0.00386908;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231508;STB=0.634477;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0166065;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:24:10:9:9:24:10 chr1 236749649 . T C 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0107965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.395;QD=27.5323;RBI=0.0174377;REFB=-0.00801924;REVB=0.0136934;RO=22;SAF=21;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458494;STB=0.524988;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00371792;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:19:21:10:12:19:21:10:12 chr1 236755837 . C T 62.59 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0215926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.198;QD=8.07572;RBI=0.021739;REFB=-0.0106022;REVB=0.00251836;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195702;STB=0.621944;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.02758;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:11:11:6:3:11:11 chr1 236758887 . T C 121.94 PASS AF=0.3;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0217994;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.345;QD=9.75529;RBI=0.0243441;REFB=-0.0137049;REVB=0.0108361;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231908;STB=0.656049;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0313618;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:14:15:0.3:6:8:13:22:6:9:13:22 chr1 236767330 . A G 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0149866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.801;QD=14.6851;RBI=0.0324929;REFB=-0.0139862;REVB=-0.0288303;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378422;STB=0.521459;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0180461;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:21:22:17:14:21:22 chr1 236882303 . T C 976.53 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029917;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.569;QD=59.1835;RBI=0.0362106;REFB=0;REVB=0.0204005;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188583;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr1 236883421 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.3;QD=60.5471;RBI=0.0386615;REFB=0;REVB=-0.00688328;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112397;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr1 237054569 . A G 407.64 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00375008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.295;QD=15.3826;RBI=0.00670736;REFB=-0.000448003;REVB=-0.00556108;RO=60;SAF=18;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864387;STB=0.540433;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000480141;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:60:45:46:0.433962:27:18:29:31:27:19:29:31 chr1 237058744 . C A 515.57 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0150763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.609;QD=20.6228;RBI=0.0198087;REFB=-0.0238772;REVB=-0.0128488;RO=49;SAF=23;SAR=26;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150018;STB=0.571226;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0548948;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:49:50:0.5:26:23:15:34:27:23:16:34 chr1 237058748 . C T 506.68 PASS AF=0.494949;AO=47;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0160269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.911;QD=20.4721;RBI=0.0407942;REFB=-0.0350092;REVB=0.0375141;RO=49;SAF=14;SAR=33;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134425;STB=0.588198;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.041636;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:49:50:47:49:0.494949:33:14:21:28:35:14:22:28 chr1 237058828 . C T 204.16 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0217514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.043;QD=22.6842;RBI=0.0222167;REFB=-0.0209007;REVB=0.00452339;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283298;STB=0.657462;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0324416;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:3:13:9:11:3:13 chr1 237061056 . A C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0215952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.863;QD=18.7112;RBI=0.0216545;REFB=-0.00805771;REVB=-0.00160197;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314214;STB=0.680337;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0139907;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:14:4:10:9:14:4:10:9 chr1 237063504 . A G 334.36 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0248891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.99;QD=19.3833;RBI=0.0250695;REFB=-0.00416533;REVB=0.00300172;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958935;STB=0.553474;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00412738;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:24:11:14:20:24:11:14:20 chr1 237066853 . C T 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00147344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.386;QD=11.6223;RBI=0.0158181;REFB=-0.00956855;REVB=-0.0157494;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955055;STB=0.555504;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0171227;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:8:14:21:17:8:14:21:17 chr1 237433625 . C T 714.75 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.00796008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.295;QD=16.5259;RBI=0.0079634;REFB=-0.0167309;REVB=-0.000230019;RO=95;SAF=31;SAR=46;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124191;STB=0.572103;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0223;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:95:96:77:77:0.445087:46:31:50:45:46:31:51:45 chr1 237617757 . C T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0149576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.767;QD=17.379;RBI=0.0161619;REFB=-0.0150968;REVB=-0.00612184;RO=36;SAF=8;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24758;STB=0.648606;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0146833;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:25:8:17:19:25:8:18:19 chr1 237659994 . A T 382.24 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0227629;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.673;QD=16.8018;RBI=0.0228038;REFB=-0.00882143;REVB=0.00136485;RO=45;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783493;STB=0.56482;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00971468;OID=.;OPOS=237659994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:45:51:40:40:0.43956:27:13:18:27:27:13:22:29 chr1 237711797 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4589;QD=60.2038;RBI=0.061443;REFB=0;REVB=0.0405319;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823834;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr1 237766753 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00885432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.254;QD=21.9718;RBI=0.0215022;REFB=-0.0102139;REVB=0.0195946;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307167;STB=0.517226;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0130537;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:8:13:15:8:8:13 chr1 237801770 . T C 1606.92 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9636;QD=64.2768;RBI=0.00569225;REFB=0;REVB=0.00442748;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79348e-05;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:57:42:0:0:57:43:0:0 chr1 237814783 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0645281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.921;QD=13.0368;RBI=0.0647893;REFB=-0.0119627;REVB=-0.00581138;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136855;STB=0.587064;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0160376;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:8:10:21:10:8:10:22:10 chr1 237863718 . T G 759.8 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.473;QD=54.2711;RBI=0.0228515;REFB=0.0173735;REVB=0.00627428;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00168858;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:30:24:1:0:30:25:1:0 chr1 237881770 . C T 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.726;QD=63.7972;RBI=0.0420806;REFB=0;REVB=-0.0417699;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50318e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:71:74:0:0:71:74:0:0 chr1 237890437 . C T 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.734;QD=62.4671;RBI=0.0174621;REFB=0.0298091;REVB=-0.0103832;RO=1;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939059;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000202942;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:50:46:0:1:50:46:0:1 chr1 238107035 . C G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0109499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.29;QD=17.064;RBI=0.0200549;REFB=-0.00643155;REVB=-0.0168017;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785169;STB=0.544104;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0068517;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:15:13:17:14:15:13:17:14 chr1 238109695 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0749167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.583;QD=10.034;RBI=0.0757646;REFB=-0.0584352;REVB=0.0113034;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0216741;OID=.;OPOS=238109695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:5:2:4:1:5:2 chr1 238114860 . G A 215.3 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0141064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.321;QD=8.87821;RBI=0.0141688;REFB=-0.00468191;REVB=0.0013284;RO=69;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183828;STB=0.608174;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0103029;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:69:28:28:0.28866:14:14:24:45:14:14:24:45 chr1 238114934 . G A 267.02 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0101082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.414;QD=11.3625;RBI=0.0294163;REFB=-0.00310682;REVB=-0.0276251;RO=61;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135415;STB=0.583282;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00752345;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:62:32:32:0.340426:14:18:27:34:14:18:27:35 chr1 238114936 . A G 275.66 PASS AF=0.351064;AO=30;DP=91;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00867495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.257;QD=11.7302;RBI=0.0255387;REFB=-0.00941885;REVB=0.0240202;RO=58;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769472;STB=0.566434;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0122557;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:58:61:30:33:0.351064:14:16:27:31:15:18:27:34 chr1 240073226 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.308;QD=61.2128;RBI=0.0494912;REFB=0;REVB=0.00250287;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111158;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr1 240073619 . G A 322.58 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1305;QD=53.7639;RBI=0.140358;REFB=0;REVB=0.10962;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579498;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 240074981 . A G 549.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.84;QD=59.3956;RBI=0.0163601;REFB=0;REVB=0.00735647;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04245e-05;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr1 240076608 . A G 339.07 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0112704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.53;QD=17.846;RBI=0.0151883;REFB=-0.0119775;REVB=-0.0101815;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165072;STB=0.59254;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0205542;OID=.;OPOS=240076608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:24:12:20:20:24:12:20:20 chr1 240076975 . G A 131.89 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0106016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6395;QD=15.0734;RBI=0.0585279;REFB=-0.0271848;REVB=0.0575597;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168441;STB=0.596776;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0384361;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:6:14:8:7:6:14 chr1 240077023 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0103748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.129;QD=19.3436;RBI=0.0233784;REFB=-0.00320977;REVB=-0.0209502;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980718;STB=0.555495;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00240537;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:7:11:9:9:7:11 chr1 240077309 . A G 271.21 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00926468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.766;QD=23.5831;RBI=0.0161826;REFB=-0.0140165;REVB=0.0132681;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180474;STB=0.5995;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0190992;OID=.;OPOS=240077309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:17:8:3:18:17:8:3:18 chr1 240077669 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0113384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.488;QD=11.4389;RBI=0.0279145;REFB=-0.0121862;REVB=-0.0255081;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420088;STB=0.524961;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.043668;OID=.;OPOS=240077669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:12:12:6:7:12:12 chr1 240256822 . C A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0516464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.972;QD=53.9326;RBI=0.0567446;REFB=-0.0678366;REVB=0.0235076;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666522;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000248624;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:29:1:0:0:29:1:1:0 chr1 240370629 . C G 119.14 PASS AF=0.65;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0101332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.914;QD=23.8284;RBI=0.0193593;REFB=-0.0646059;REVB=0.0164954;RO=7;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34245;STB=0.701766;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0234922;OID=.;OPOS=240370629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:12:13:0.65:2:10:3:4:2:11:3:4 chr1 240492414 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0194812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6967;QD=8.89994;RBI=0.0314762;REFB=-0.00396656;REVB=-0.0247232;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314847;STB=0.693514;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0048494;OID=.;OPOS=240492414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:8:3:14:12:8:3:14:12 chr1 240497265 . A C 623.28 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.00118912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.151;QD=19.9449;RBI=0.0194589;REFB=0.00886152;REVB=-0.0194226;RO=62;SAF=25;SAR=38;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867865;STB=0.547727;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00869359;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:38:25:19:43:38:25:19:43 chr1 240939104 . G A 792.14 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.033;QD=56.5816;RBI=0.00548392;REFB=0;REVB=-0.00415382;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75994e-05;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:21:35:0:0 chr1 240939152 . A G 629.46 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.053702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1347;QD=57.2234;RBI=0.0843885;REFB=-0.127013;REVB=0.0650963;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.535697;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00383602;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:13:29:0:0:13:29:0:2 chr1 241695792 . T C 490.97 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0323278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.442;QD=19.2537;RBI=0.0323291;REFB=-0.0116809;REVB=0.000285718;RO=50;SAF=19;SAR=32;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153174;STB=0.589999;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00644341;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:32:19:27:23:32:19:28:23 chr1 241798631 . C T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000946267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.317;QD=19.9734;RBI=0.00128195;REFB=0.00501845;REVB=-0.000864854;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031808;STB=0.511622;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00424979;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:22:15:15:19:22:15:15:20 chr1 241907817 . T C 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0016721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.715;QD=15.1138;RBI=0.00566856;REFB=-0.00146598;REVB=0.00541633;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847555;STB=0.547555;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00188513;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:24:20:22:37:24:20:22:37 chr1 242030151 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.68;QD=62.3509;RBI=0.0557967;REFB=0;REVB=0.0557187;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209374;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr1 242042301 . G A 393.54 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00597399;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.884;QD=16.7462;RBI=0.0138373;REFB=-0.00920464;REVB=0.0124813;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160849;STB=0.59561;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0139178;OID=.;OPOS=242042301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:53:41:41:0.43617:24:17:31:23:24:17:31:22 chr1 242042545 . A G 187.04 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0285408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.196;QD=12.8992;RBI=0.0351321;REFB=-0.00948906;REVB=-0.0204862;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273359;STB=0.640835;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0143673;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:10:12:10:25:11:12:10:25 chr1 242045275 . C T 2075.03 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.206;QD=62.407;RBI=0.00890421;REFB=0;REVB=-0.00661306;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10272e-07;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr1 242048674 . C T 587.66 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0176456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8343;QD=21.3693;RBI=0.0441558;REFB=0.0104975;REVB=-0.0404767;RO=50;SAF=24;SAR=35;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587775;STB=0.502392;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00979803;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:35:24:20:30:35:24:21:30 chr1 242053030 . AT A 136.81 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0492742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.9824;QD=12.7264;RBI=0.0502862;REFB=0.0254616;REVB=-0.0100375;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134517;STB=0.560291;STBP=0.453;TYPE=del;VARB=-0.0210892;OID=.;OPOS=242053031;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:22:43:22:43:21:10:12:7:14:99:20:10:12:6:14 chr1 242053042 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0141597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.718;QD=17.9401;RBI=0.0141692;REFB=-0.00147911;REVB=-0.00051714;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141531;STB=0.580917;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00197186;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:10:12:13:6:10:12 chr1 242222754 . A G 1327.61 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.547;QD=61.7491;RBI=0.0208461;REFB=0;REVB=0.0131602;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104944;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:39:47:0:0 chr1 242253024 . T C 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0187893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.658;QD=14.4197;RBI=0.0188607;REFB=-0.00572557;REVB=-0.00163917;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404949;STB=0.511851;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0103533;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:17:10:12:24:17:10:13:24 chr1 242428735 . C G 410.44 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0526886;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.733;QD=17.8452;RBI=0.0536777;REFB=-0.00875457;REVB=-0.010257;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184834;STB=0.608689;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00813557;OID=.;OPOS=242428735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:50:42:42:0.456522:26:16:28:21:26:16:29:21 chr1 242612661 . C T 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.014001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9398;QD=12.4015;RBI=0.0214506;REFB=-0.00574351;REVB=0.0162512;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439391;STB=0.757923;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0119225;OID=.;OPOS=242612661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:19:10:12:4:19:10 chr1 243493907 . A T 509.04 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0473718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.618;QD=19.3919;RBI=0.0479818;REFB=0.00236621;REVB=0.0076269;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104005;STB=0.505745;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00230742;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:31:22:21:31:31:22:21:31 chr1 243579112 . G A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3671;QD=55.0927;RBI=0.104769;REFB=0;REVB=0.104338;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335826;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 244219563 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.397;QD=57.2377;RBI=0.0162289;REFB=0;REVB=-0.00521149;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09288e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 244627236 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000464149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.565;QD=11.1849;RBI=0.036302;REFB=-0.012967;REVB=-0.036299;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851886;STB=0.504985;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0267885;OID=.;OPOS=244627236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:15:20:11:8:15:20 chr1 244773784 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.982;QD=56.1915;RBI=0.00597036;REFB=0;REVB=-0.00121805;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51478e-05;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 244773803 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.713;QD=55.656;RBI=0.0325606;REFB=0;REVB=-0.0110637;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017913;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 245245378 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0131415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.131;QD=13.8995;RBI=0.0183984;REFB=-0.0114329;REVB=-0.0128764;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302722;STB=0.67213;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.01425;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:11:23:9:15:11:23 chr1 245245402 . C T 210.23 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0109426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.433;QD=15.5729;RBI=0.0235151;REFB=0.00121544;REVB=-0.0208139;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427486;STB=0.738956;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00267825;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:5:25:9:15:5:25 chr1 245297243 . G A 150.98 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0384326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6671;QD=11.1839;RBI=0.0429242;REFB=0.0153467;REVB=0.0191161;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250302;STB=0.640366;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0284487;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:5:14:18:16:5:14:19:16 chr1 245703990 . G T 715.01 PASS AF=0.533835;AO=68;DP=136;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0139902;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.424;QD=21.504;RBI=0.0141357;REFB=-0.00789889;REVB=0.00202243;RO=68;SAF=33;SAR=35;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133393;STB=0.519282;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00754716;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:68:62:68:71:0.533835:35:33:34:34:36:35:28:34 chr1 245704130 . G C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0375555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.21;QD=20.769;RBI=0.0385078;REFB=-0.00241901;REVB=0.00851081;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285029;STB=0.515873;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00251951;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:9:15:16:11:9:15 chr1 245851304 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.628;QD=33.4285;RBI=0.0131326;REFB=0;REVB=0.0118949;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281546;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 245861571 . C T 462.35 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0125228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.473;QD=27.1971;RBI=0.0224256;REFB=-0.0222805;REVB=0.0186034;RO=25;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227041;STB=0.623897;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0125231;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:28:15:17:8:28:15:17:8 chr1 246670481 . C G 5357.64 PASS AF=1;AO=338;DP=341;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446933;FXX=0.0116956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1326;QD=63.404;RBI=0.0478197;REFB=-0.0768405;REVB=0.0170069;RO=0;SAF=166;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95742e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337998;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:341:338:0:0:338:338:1:172:166:0:0:172:166:0:0 chr1 246714520 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00564047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.388;QD=9.53623;RBI=0.0210619;REFB=-0.00291993;REVB=-0.0202926;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17573;STB=0.606959;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00532915;OID=.;OPOS=246714520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:14:13:4:8:14:13 chr1 246714587 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.876;QD=61.3364;RBI=0.0132379;REFB=0;REVB=0.0128908;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61665e-05;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 246720798 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3695;QD=56.011;RBI=0.033059;REFB=0.0493738;REVB=-0.0310706;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00632487;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:0:1:20:14:0:1 chr1 246829616 . T C 1425.8 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000713932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.947;QD=60.6723;RBI=0.00689994;REFB=-0.174207;REVB=-0.00686291;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502694;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000715147;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:0:2:92:92:0.978723:35:57:0:0:35:57:1:1 chr1 246939513 . G A 1116.3 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4021;QD=60.3407;RBI=0.09894;REFB=0;REVB=0.0967226;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945126;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr1 246942159 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00955374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.972;QD=21.4743;RBI=0.0184525;REFB=0.000477792;REVB=-0.0157868;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100442;STB=0.55552;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000399577;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:16:15:9:16:16:15:9:16 chr1 246942171 . G A 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0345329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8671;QD=15.0614;RBI=0.0524354;REFB=0.0281153;REVB=0.0394582;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118557;STB=0.567316;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0367276;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:17:18:17:10:17:18 chr1 247048834 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.299;QD=60.2307;RBI=0.0399046;REFB=0;REVB=0.0374408;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621083;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 247150740 . T C 970.37 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0778741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8535;QD=55.4497;RBI=0.102836;REFB=-0.207224;REVB=0.067163;RO=3;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387952;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00926947;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:3:1:67:69:0.985714:35:32:0:3:37:32:0:1 chr1 247162658 . C T 903.14 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.239;QD=58.2672;RBI=0.0479536;REFB=0;REVB=0.000845904;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43488e-05;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:38:24:0:0 chr1 247367936 . G A 560.32 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0145157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3983;QD=17.6479;RBI=0.0451542;REFB=-0.026749;REVB=0.0427574;RO=68;SAF=27;SAR=32;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167186;STB=0.592719;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0313708;OID=.;OPOS=247367936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:32:27:43:25:32:27:43:25 chr1 247419509 . T C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00534329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.113;QD=28.5594;RBI=0.0206082;REFB=-0.0212232;REVB=-0.0199035;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156459;STB=0.586717;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0148154;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:6:4:13:7:6:4 chr1 247419664 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.021027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.797;QD=15.8821;RBI=0.0296405;REFB=-0.0177909;REVB=0.0208907;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308745;STB=0.68252;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0181634;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:5:5:8:2:5:5 chr1 247464573 . C T 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0134403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.736;QD=22.9469;RBI=0.0180394;REFB=-0.0238216;REVB=0.0120324;RO=31;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326474;STB=0.517961;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0224587;OID=.;OPOS=247464573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:19:21:15:16:19:21:15:16 chr1 247587477 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00840551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.753;QD=11.8157;RBI=0.00893508;REFB=-0.00617469;REVB=-0.00303038;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678133;STB=0.539292;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0143537;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:8:16:25:16:8:16:25:16 chr1 247587531 . A G 715.49 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.74;QD=62.2166;RBI=0.0368446;REFB=0;REVB=0.00366925;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524641;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr1 247614617 . C T 238.51 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0272032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4674;QD=20.2989;RBI=0.0281375;REFB=-0.0306274;REVB=-0.00719027;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038631;STB=0.511101;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0346251;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:11:12:11:12:12:12 chr1 247614693 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.38;QD=59.4327;RBI=0.0186807;REFB=0;REVB=0.0131012;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197449;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 247614896 . A C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0190324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.996;QD=12.0521;RBI=0.0360135;REFB=-0.0348279;REVB=-0.0305735;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466795;STB=0.787955;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0286829;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:6:7:8:1:6:7 chr1 247615252 . G A 1585.69 PASS AF=1;AO=86;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.35;QD=59.8375;RBI=0.0624889;REFB=0;REVB=0.0422808;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127073;OID=.;OPOS=247615252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:86:106:1:30:56:0:0:49:57:0:0 chr1 247615261 . GA G 1402.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.222;QD=49.6364;RBI=0.0728437;REFB=0;REVB=-0.0726299;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000807872;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:113:113:113:0:59:54:0:0:25:0:59:54:0:0 chr1 247694958 . G A 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00469634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.657;QD=18.3897;RBI=0.00469636;REFB=-0.00592274;REVB=-1.19132e-05;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210786;STB=0.617637;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00685691;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:16:27:20:29:16:27:20:29 chr1 247695612 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.783;QD=59.323;RBI=0.00565115;REFB=0;REVB=-0.00350104;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08592e-06;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 247695756 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.279;QD=55.0986;RBI=0.0415169;REFB=0;REVB=0.000223582;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263634;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 247729206 . CTTTTT CTTTTC,CTT,CTTT,CTTTT 279.26 PASS AF=0.204082,0.387755,0.285714,0.122449;AO=2,6,10,8;DP=49;FAO=10,19,14,6;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,14,6;FSAR=10,3,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199079,0.1264,0.188553,0.366189;FXX=0.0576812;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,3,2,1;MLLD=147.576,8.43112,6.09348,3.65941;QD=22.7968;RBI=0.19123,0.423113,0.695561,1.28752;REFB=-0.0102645,-0.0257009,-0.02885,-0.0244608;REVB=-0.190191,-0.403791,-0.669517,-1.23435;RO=4;SAF=0,6,10,8;SAR=2,0,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.767801,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.105267,0.104383,0.0278354,-0.0735866;OID=.,.,.,.;OPOS=247729211,247729207,247729207,247729207;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTTC,CTT,CTTT,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.204082,0.387755,0.285714,0.122449:2,6,10,8:49:10,19,14,6:49:0:0,16,14,6:10,3,0,0:0:0:65:4:0,6,10,8:2,0,0,0:4:0 chr1 247752019 . G C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.336;QD=56.9984;RBI=0.0522418;REFB=0;REVB=0.00431994;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031788;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 247752161 . T C 63.3 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0213064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.617;QD=13.3255;RBI=0.0220385;REFB=-0.0109986;REVB=0.00563342;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.631902;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0123131;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:18:19:10:10:7:9:0.473684:4:3:7:3:5:4:7:3 chr1 247752367 . A G 360.88 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00561817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.686;QD=14.2921;RBI=0.0142623;REFB=-0.00969356;REVB=0.0131091;RO=59;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635915;STB=0.531481;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0126711;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:60:41:41:0.405941:17:24:31:28:17:24:32:28 chr1 247769592 . C T 436.15 PASS AF=0.581081;AO=39;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00469953;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.311;QD=23.5755;RBI=0.0226178;REFB=-0.0338047;REVB=0.0221242;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129384;STB=0.558113;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0259065;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:31:39:43:0.581081:22:17:18:12:24:19:18:13 chr1 247769752 . A G 220.48 PASS AF=0.314607;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0166729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.478;QD=9.90918;RBI=0.016692;REFB=-0.0190334;REVB=-0.000798538;RO=60;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104106;STB=0.54127;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0282544;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:60:61:27:28:0.314607:12:15:28:32:13:15:29:32 chr1 247835674 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.751;QD=56.8268;RBI=0.0301928;REFB=0.00924533;REVB=0.0199453;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200902;STB=0.510635;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000128142;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:41:23:1:0:41:23:1:0 chr1 247835908 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.697;QD=60.61;RBI=0.0352915;REFB=0;REVB=0.0332663;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133792;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 247836008 . G A 524.68 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0093709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.941;QD=56.7218;RBI=0.0351788;REFB=-0.0127575;REVB=0.0339077;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00113064;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:36:36:0.972973:21:15:0:0:21:15:1:0 chr1 247836207 . T A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.278;QD=58.4197;RBI=0.0151375;REFB=0;REVB=0.00632151;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53864e-06;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr1 247921100 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.848;QD=59.8394;RBI=0.0336347;REFB=0;REVB=0.0335403;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287746;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr1 247921352 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.593;QD=60.9786;RBI=0.0473015;REFB=0;REVB=0.0458455;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264508;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 247921716 . AC A,AA 1368.29 PASS AF=0.0449438,0.955056;AO=12,77;DP=89;FAO=4,85;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=4,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161446,0.0166594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=385.064,396.156;QD=61.4962;RBI=0.0166784,0.0172097;REFB=0,0;REVB=0.00418567,0.00431723;RO=0;SAF=1,21;SAR=11,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,-4.42054e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0153565,0.000522827;OID=.,.;OPOS=247921717,247921717;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0449438,0.955056:12,77:89:4,85:89:0:0,22:4,63:0:0:6:0:1,21:11,56:0:0 chr1 247921888 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5397;QD=52.6128;RBI=0.0160059;REFB=0;REVB=-0.00264384;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323433;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 247978319 . A G 1093.74 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00996419;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.539;QD=57.5654;RBI=0.0247548;REFB=0.0122386;REVB=0.0226609;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.500356;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-4.1505e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:74:74:0.973684:36:38:0:0:36:38:1:1 chr1 247978541 . AAGG A 369.68 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345676;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=3;MLLD=302.496;QD=47.7011;RBI=0.00756669;REFB=0;REVB=-0.00673094;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.75826e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:32:31:31:0:14:17:0:0:7:0:14:16:0:0 chr1 248004614 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.546;QD=51.5086;RBI=0.062355;REFB=-0.00545681;REVB=-0.0314305;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000449955;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr1 248004687 . C G 354.12 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.895;QD=54.4801;RBI=0.0561894;REFB=0;REVB=0.0248674;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262614;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr1 248004775 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.137;QD=55.098;RBI=0.0479997;REFB=0;REVB=0.0420737;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490411;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 248004848 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2389;QD=51.9159;RBI=0.0393029;REFB=0;REVB=-0.00742231;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876672;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 248004877 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.584;QD=51.1843;RBI=0.0392575;REFB=0;REVB=0.0316737;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41598e-05;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 248004884 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.178;QD=51.1837;RBI=0.0231111;REFB=0;REVB=0.0220915;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013557;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 248005213 . G C 573.26 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182058;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.229;QD=58.7961;RBI=0.0260416;REFB=-0.0751021;REVB=0.0186202;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.001369;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:1:0:18:20:1:0 chr1 248020556 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.577;QD=44.6897;RBI=0.0173882;REFB=0;REVB=0.0158321;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68971e-05;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr1 248028219 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.942;QD=46.8478;RBI=0.0249159;REFB=0;REVB=0.0231033;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109778;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr1 248039451 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.012446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.777;QD=14.8342;RBI=0.0257309;REFB=0.00380003;REVB=0.0225206;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247078;STB=0.642716;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00474792;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:5:17:17:13:5:17:17:13 chr1 248039713 . A G 260.6 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.032419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5048;QD=20.8479;RBI=0.035362;REFB=-0.00939202;REVB=0.0141239;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216524;STB=0.520644;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00662911;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:10:14:14:11:10:15:14:11 chr1 248059423 . C T 484.41 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0417482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.742;QD=29.3584;RBI=0.0430691;REFB=-0.000535061;REVB=0.0105848;RO=22;SAF=28;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144008;STB=0.578311;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000528119;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:44:44:0.666667:16:28:9:13:16:28:9:13 chr1 248059456 . G A 743.9 PASS AF=0.673913;AO=62;DP=92;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00349226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1686;QD=32.3433;RBI=0.00613351;REFB=0.0149762;REVB=0.00504222;RO=30;SAF=32;SAR=30;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900648;STB=0.54862;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00817193;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:30:30:62:62:0.673913:30:32:11:19:30:32:11:19 chr1 248059476 . A C 726.92 PASS AF=0.647059;AO=66;DP=103;FAO=66;FDP=102;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0542429;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.523;QD=28.5067;RBI=0.055594;REFB=-0.0369973;REVB=-0.0121818;RO=36;SAF=33;SAR=33;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724845;STB=0.539204;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0214792;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:36:36:66:66:0.647059:33:33:14:22:33:33:14:22 chr1 248059703 . T A 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0174941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.847;QD=14.4897;RBI=0.0196549;REFB=-0.0174133;REVB=-0.00895932;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629558;STB=0.536442;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0289067;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:14:16:9:10:14:16 chr1 248059712 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00758291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.687;QD=15.1962;RBI=0.00925522;REFB=-0.0141505;REVB=-0.00530647;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176619;STB=0.510193;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0160697;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:14:12:8:10:14:12 chr1 248059856 . T C 467.72 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0311041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2871;QD=20.1171;RBI=0.03287;REFB=0.0226574;REVB=0.0106286;RO=47;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484703;STB=0.52687;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0380625;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:23:23:26:21:23:23:26:21 chr1 248060029 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.804;QD=60.6102;RBI=0.021415;REFB=0;REVB=0.0124341;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45212e-05;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 248060037 . G A 313.28 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00893062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0399;QD=36.8566;RBI=0.00899526;REFB=-0.0756317;REVB=0.00107641;RO=8;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106596;STB=0.558094;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0106898;OID=.;OPOS=248060037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:16:10:5:3:16:10:5:3 chr1 248060230 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00185073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.135;QD=14.1699;RBI=0.00966117;REFB=-0.016185;REVB=-0.00948225;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316368;STB=0.683866;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0185112;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:9:3:6:4:9:3 chr1 248060246 . TA T 65.64 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0466044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.7143;QD=13.1284;RBI=0.0737403;REFB=-0.00163611;REVB=-0.057146;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=del;VARB=-0.00474829;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:20:10:20:10:4:6:7:3:64:10:4:6:7:3 chr1 248060279 . C T 135.88 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.023264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0543;QD=17.5324;RBI=0.0254282;REFB=-0.0134974;REVB=-0.0102655;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233128;STB=0.634425;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0151107;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:8:8:11:4:8:8 chr1 248060380 . C G 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0110361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6231;QD=17.9904;RBI=0.0153085;REFB=-0.0450434;REVB=0.0106092;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198286;STB=0.511103;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0325975;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:12:18:18:11:12:18 chr1 248084464 . T C 407.3 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00108191;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.642;QD=22.0159;RBI=0.00429109;REFB=-0.0183934;REVB=0.00415246;RO=35;SAF=30;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126445;STB=0.590116;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0121072;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:35:34:40:40:0.540541:10:30:22:13:10:30:20:14 chr1 248085108 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0365382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7548;QD=18.8284;RBI=0.042867;REFB=0.0116259;REVB=0.0224174;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.523786;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0131008;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:12:10:10:10:12:10 chr1 248085124 . G A 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0101706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3131;QD=16.5259;RBI=0.0120361;REFB=-0.00913197;REVB=-0.00643637;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803453;STB=0.545418;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0124302;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:15:14:10:15:15:14 chr1 248085149 . C G 195.2 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0269037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4435;QD=12.0125;RBI=0.0717527;REFB=-0.0447397;REVB=0.0665179;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135761;STB=0.565005;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0621;OID=.;OPOS=248085149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:12:12:25:15:12:13:25:15 chr1 248112745 . G T 416.51 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0761079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.249;QD=19.3726;RBI=0.0819007;REFB=-0.0504024;REVB=-0.030254;RO=30;SAF=21;SAR=21;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25493;STB=0.534867;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0468153;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:44:42:42:0.488372:21:21:5:25:21:21:19:25 chr1 248112754 . T C 364.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00553606;FXX=0.03529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.252;QD=17.7936;RBI=0.0227049;REFB=-0.007136;REVB=-0.0220196;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462694;STB=0.520628;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00982018;OID=.;OPOS=248112754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:44:38:38:0.463415:23:15:19:24:23:15:19:25 chr1 248112762 . TG CA 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00557757;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.179;QD=19.5275;RBI=0.0247878;REFB=-0.00508852;REVB=-0.0241521;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587578;STB=0.527412;STBP=0.648;TYPE=mnp;VARB=0.00227181;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:25:14:16:22:25:14:16:23 chr1 248112771 . C T 419.73 PASS AF=0.577465;AO=37;DP=67;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0162671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.11;QD=23.6468;RBI=0.025094;REFB=-0.024465;REVB=0.0191073;RO=30;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689761;STB=0.519712;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.019376;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:30:30:37:41:0.577465:23:14:9:21:27:14:9:21 chr1 248112794 . G C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0311248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.634;QD=4.72356;RBI=0.031128;REFB=-0.00197957;REVB=-0.00044189;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261602;STB=0.517356;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0281884;OID=.;OPOS=248112794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:7:3:14:30:7:3:14:30 chr1 248112809 . A G 579.53 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0108029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.564;QD=41.395;RBI=0.0113316;REFB=-0.0111153;REVB=0.00342079;RO=9;SAF=14;SAR=33;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126451;STB=0.506772;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00108459;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:33:14:3:6:33:14:3:6 chr1 248112836 . A G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.513;QD=62.016;RBI=0.0420282;REFB=0;REVB=0.0182157;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397303;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 248112915 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.772;QD=54.5174;RBI=0.0754034;REFB=0;REVB=0.019582;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821515;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr1 248113026 . T A 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.052;QD=59.1087;RBI=0.0142262;REFB=-0.0326137;REVB=0.00147208;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158556;STB=0.508437;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000997176;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:32:15:1:1:32:15:1:1 chr1 248113040 . A G 775.2 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0157473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3774;QD=53.462;RBI=0.0596612;REFB=-0.0795362;REVB=0.0575454;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864257;STB=0.504586;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00377261;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:35:21:1:1:35:21:1:1 chr1 248128929 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.007;QD=51.9167;RBI=0.0872301;REFB=0;REVB=-0.00467641;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457641;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 248202344 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.672;QD=58.0611;RBI=0.0187401;REFB=0;REVB=0.0186755;RO=0;SAF=7;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84524e-05;OID=.;OPOS=248202344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:54:7:0:0:54:7:0:0 chr1 248224099 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.633;QD=58.7812;RBI=0.0178372;REFB=0;REVB=0.0124324;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65564e-05;OID=.;OPOS=248224099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr1 248224216 . C T 1116.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5827;QD=60.3722;RBI=0.0246249;REFB=0;REVB=0.00093981;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222557;OID=.;OPOS=248224216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr1 248224294 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.042;QD=60.0309;RBI=0.015551;REFB=0;REVB=-0.0145478;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84e-05;OID=.;OPOS=248224294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr1 248224398 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.354;QD=64.4144;RBI=0.055192;REFB=0;REVB=0.0250415;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353331;OID=.;OPOS=248224398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:40:9:0:0:41:9:0:0 chr1 248224569 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.324;QD=33.4285;RBI=0.0360183;REFB=0;REVB=0.0214603;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229141;OID=.;OPOS=248224569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 248224595 . C T 45.65 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.588;QD=26.0842;RBI=0.0827109;REFB=-0.0904668;REVB=0.0802157;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0093389;OID=.;OPOS=248224595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:2:3:0:1:3:3:0:1 chr1 248224754 . T C 246.81 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0871;QD=47.0114;RBI=0.0487401;REFB=0.0345371;REVB=-0.0025762;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.512808;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0106028;OID=.;OPOS=248224754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:20:20:0.952381:19:1:0:0:19:1:0:1 chr1 248285441 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.002;QD=63.8717;RBI=0.0223139;REFB=0;REVB=-0.00704167;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88798e-05;OID=.;OPOS=248285441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr1 248285487 . A G 1171.54 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.175;QD=60.8591;RBI=0.00814164;REFB=0;REVB=0.000284348;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51129e-05;OID=.;OPOS=248285487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr1 248436611 . G A 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0166525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.639;QD=10.6444;RBI=0.0258449;REFB=0.000503371;REVB=0.0197649;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188929;STB=0.617233;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000733559;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:11:9:23:14:11:9:24:14 chr1 248436616 . A G 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0124592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.403;QD=10.6444;RBI=0.0211901;REFB=-0.0230387;REVB=-0.0171403;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201226;STB=0.617233;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0101815;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:24:14:11:9:24:14 chr1 248436805 . T G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00682143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.752;QD=23.3999;RBI=0.0582326;REFB=-0.016585;REVB=0.0578317;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379258;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00669939;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:2:1:7:1:2:1 chr1 248457979 . C A 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00778043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.647;QD=20.6287;RBI=0.00780842;REFB=-0.00914317;REVB=0.000660589;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376182;STB=0.520825;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00433108;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:24:24:22:26:24:24:22:26 chr1 248458676 . T C 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0152302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.197;QD=8.27589;RBI=0.0169359;REFB=-0.00190683;REVB=-0.00740712;RO=61;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235409;STB=0.639235;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00814928;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:11:13:21:40:11:13:21:40 chr1 248458689 . A G 184.27 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0102379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=354.189;QD=8.18969;RBI=0.0274755;REFB=-0.00567838;REVB=-0.0254969;RO=65;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219387;STB=0.629858;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0169265;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:12:13:22:43:12:13:22:43 chr1 248458717 . C G 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00909452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.309;QD=12.1622;RBI=0.0103842;REFB=-0.00800849;REVB=-0.00501206;RO=66;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141578;STB=0.580745;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0119962;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:18:21:27:39:18:21:27:39 chr1 248487300 . C T 634.93 PASS AF=0.351351;AO=78;DP=222;FAO=78;FDP=222;FR=.;FRO=144;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.00806482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.027;QD=11.4402;RBI=0.0304957;REFB=-0.000125015;REVB=0.02941;RO=142;SAF=40;SAR=38;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464437;STB=0.521814;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000302758;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:142:144:78:78:0.351351:38:40:67:75:38:40:69:75 chr1 248487338 . C A 775.87 PASS AF=0.40553;AO=88;DP=219;FAO=88;FDP=217;FR=.;FRO=129;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.0134502;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.793;QD=14.3017;RBI=0.0157037;REFB=-0.0103289;REVB=-0.00810547;RO=130;SAF=43;SAR=45;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366;STB=0.522867;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0178871;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:130:129:88:88:0.40553:45:43:68:62:45:43:68:61 chr1 248487638 . A G 542.84 PASS AF=0.407895;AO=61;DP=151;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00786024;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.394;QD=14.2853;RBI=0.0134411;REFB=-0.0200682;REVB=-0.0109032;RO=90;SAF=31;SAR=30;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266378;STB=0.519731;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.027254;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:90:90:61:62:0.407895:30:31:48:42:31:31:48:42 chr1 248487768 . A G 239.88 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.0696082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.5021;QD=14.3209;RBI=0.0886468;REFB=0.00234218;REVB=-0.0548904;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278641;STB=0.655448;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00741229;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:11:17:33:6:11:17:33:6 chr1 248512094 . C T 766.1 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00724952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.347;QD=22.6992;RBI=0.0224744;REFB=-0.0195971;REVB=-0.0212731;RO=62;SAF=42;SAR=31;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774532;STB=0.542424;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0127341;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:62:73:73:0.540741:31:42:30:32:31:42:30:32 chr1 248512637 . C T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.018897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.633;QD=16.8123;RBI=0.0188974;REFB=-0.0137985;REVB=0.000118483;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130153;STB=0.572754;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0186204;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:32:15:17:21:32:15 chr1 248512749 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0100727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.73;QD=10.1417;RBI=0.0306855;REFB=-0.004672;REVB=-0.0289852;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289322;STB=0.67222;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0222397;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:17:8:7:5:17:8 chr1 248512767 . G T 81.42 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00345845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5138;QD=8.35062;RBI=0.0271267;REFB=-0.00809717;REVB=0.0269053;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217753;STB=0.632797;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.026861;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:18:10:6:5:18:10 chr1 248525638 . CA C 317.07 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00521453;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.166;QD=15.6579;RBI=0.0196732;REFB=-0.0181094;REVB=-0.0189696;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240356;STB=0.503595;STBP=0.966;TYPE=del;VARB=0.0248654;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432099:34:82:35:81:46:20:15:26:20:99:46:20:14:26:20 chr1 248525744 . A G 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00136233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.861;QD=5.15003;RBI=0.00404944;REFB=-0.00724438;REVB=-0.0038134;RO=60;SAF=3;SAR=13;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576336;STB=0.855892;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0139039;OID=.;OPOS=248525744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:13:3:41:19:13:3:41:19 chr1 248525827 . A G 347.81 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.000603494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.861;QD=11.4979;RBI=0.000603513;REFB=-0.00637294;REVB=4.83118e-06;RO=78;SAF=21;SAR=22;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171668;STB=0.597965;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0107637;OID=.;OPOS=248525827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:78:43:43:0.355372:22:21:50:28:22:21:50:28 chr1 248525831 . G C 348.79 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.02238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.521;QD=11.6264;RBI=0.0351645;REFB=-0.000106673;REVB=-0.0271234;RO=77;SAF=21;SAR=22;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165783;STB=0.594552;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-3.43084e-05;OID=.;OPOS=248525831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:77:43:43:0.358333:22:21:49:28:22:21:49:28 chr1 248550976 . T G 385.24 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0182212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.723;QD=18.129;RBI=0.0206357;REFB=-0.0123527;REVB=0.00968608;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977712;STB=0.559778;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0169079;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:45:39:40:0.470588:16:23:22:23:16:24:22:23 chr1 248569369 . A G 572.44 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0260186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.912;QD=22.0167;RBI=0.0398061;REFB=0.0011496;REVB=0.0301257;RO=47;SAF=32;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163504;STB=0.589584;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000494927;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:25:32:17:30:25:32:17:30 chr1 248616401 . G A 375.15 PASS AF=0.211604;AO=61;DP=293;FAO=62;FDP=293;FR=.;FRO=231;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=112;FSRR=119;FWDB=-0.00690398;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.643;QD=5.12143;RBI=0.00892934;REFB=-0.00152779;REVB=0.00566288;RO=231;SAF=32;SAR=29;SRF=111;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565992;STB=0.537341;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00634152;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:231:231:61:62:0.211604:29:32:111:120:29:33:112:119 chr1 248616408 . C T 376.35 PASS AF=0.211604;AO=62;DP=293;FAO=62;FDP=293;FR=.;FRO=231;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=112;FSRR=119;FWDB=0.000643682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9311;QD=5.1379;RBI=0.0132309;REFB=0.000460088;REVB=-0.0132152;RO=231;SAF=33;SAR=29;SRF=112;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608411;STB=0.537341;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00205255;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:231:231:62:62:0.211604:29:33:112:119:29:33:112:119 chr1 248637362 . C T 173.62 PASS AF=0.190184;AO=31;DP=164;FAO=31;FDP=163;FR=.;FRO=132;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=98;FSRR=34;FWDB=-0.0300945;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8647;QD=4.26071;RBI=0.0382318;REFB=-0.0166573;REVB=-0.0235795;RO=131;SAF=21;SAR=10;SRF=97;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973981;STB=0.562876;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0456088;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:131:132:31:31:0.190184:10:21:97:34:10:21:98:34 chr1 248637543 . C T 441.78 PASS AF=0.265823;AO=63;DP=237;FAO=63;FDP=237;FR=.;FRO=174;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=103;FSRR=71;FWDB=-0.00928363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.385;QD=7.45629;RBI=0.0124829;REFB=-0.00666529;REVB=-0.00834488;RO=172;SAF=50;SAR=13;SRF=102;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295342;STB=0.678561;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0231439;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:172:174:63:63:0.265823:13:50:102:70:13:50:103:71 chr1 248685253 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.876;QD=59.8558;RBI=0.00594501;REFB=0;REVB=-0.00182063;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83808e-06;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr1 248722777 . T A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0296573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.252;QD=8.69805;RBI=0.0310642;REFB=-0.00339513;REVB=-0.0092429;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376308;STB=0.726721;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0123611;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:3:11:3:4:3:11 chr1 248737343 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0160628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.856;QD=10.1699;RBI=0.0341987;REFB=-0.00558892;REVB=-0.0301918;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452279;STB=0.761541;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0146337;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:3:19:5:6:3:19 chr1 248737348 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.00778618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8112;QD=9.49527;RBI=0.0504213;REFB=0.00748498;REVB=-0.0498165;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476848;STB=0.775752;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0194217;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:3:21:5:6:3:21 chr1 248737595 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0178177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.816;QD=16.1192;RBI=0.0183085;REFB=-0.0123981;REVB=-0.0042105;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233662;STB=0.513491;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00580135;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:3:10:9:3:3:10 chr1 248789504 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.441;QD=55.6561;RBI=0.0124437;REFB=0;REVB=-0.00666906;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41164e-05;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 248789753 . G C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.507;QD=43.0153;RBI=0.0424255;REFB=-0.0210642;REVB=0.0184461;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00352493;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:1:0:8:8:1:0 chr1 248790167 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.899;QD=45.8068;RBI=0.0190951;REFB=0;REVB=-0.0190181;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522133;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 248790199 . T C 231.4 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.859;QD=46.2793;RBI=0.0405851;REFB=-0.139173;REVB=-0.0305818;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000845571;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr1 248801592 . C T 403.55 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.573;QD=53.8062;RBI=0.0452437;REFB=0;REVB=0.0296019;RO=1;SAF=22;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028497;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:28:30:1:6:22:1:0:7:23:0:0 chr1 248801602 . T TCA 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262059;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=362.609;QD=57.2026;RBI=0.0424452;REFB=0;REVB=0.0333893;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000128491;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:30:30:30:0:23:7:0:0:4:0:23:7:0:0 chr1 248801610 . GC AT 414.94 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168256;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.704;QD=57.2326;RBI=0.0233213;REFB=0;REVB=0.0161488;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000206647;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr1 248801633 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.693;QD=57.2026;RBI=0.0410981;REFB=0;REVB=0.00545588;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66073e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921878;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=7;MLLD=269.873;QD=39.6143;RBI=0.0945702;REFB=0;REVB=0.0210936;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00180462;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:8:8:0:1:7:0:0:4:0:1:7:0:0 chr1 248813280 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.328;QD=49.5992;RBI=0.0351815;REFB=0;REVB=0.0032299;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22165e-05;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 248813542 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.845;QD=54.5177;RBI=0.0234063;REFB=0;REVB=0.022351;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230468;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 248813650 . CAGA C 50.17 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194882;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.182;QD=33.4444;RBI=0.0584435;REFB=0;REVB=0.0550986;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000596813;OID=.;OPOS=248813651;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:6:6:6:0:4:2:0:0:4:0:4:1:0:0 chr1 248813723 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9638;QD=33.4283;RBI=0.0450596;REFB=0;REVB=-0.0382365;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013461;OID=.;OPOS=248813723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 248814080 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127072;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=376.183;QD=47.8224;RBI=0.0132886;REFB=0;REVB=-0.00388752;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89341e-05;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 248814126 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.183;QD=33.4283;RBI=0.121028;REFB=0;REVB=0.000230687;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00309983;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 248844959 . T C 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0179659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.67;QD=16.4062;RBI=0.0179675;REFB=-0.00472992;REVB=0.000238405;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0103229;OID=.;OPOS=248844959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:16:13:10:11:16:13 chr1 248845356 . G T 260.88 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00966992;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.265;QD=20.4612;RBI=0.0252368;REFB=-0.0188365;REVB=-0.0233107;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17035;STB=0.603373;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0129363;OID=.;OPOS=248845356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:27:27:0.529412:12:15:8:15:12:15:8:16 chr1 248845411 . G A 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0214176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.463;QD=23.0364;RBI=0.0256598;REFB=-0.0169281;REVB=0.014132;RO=33;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898033;STB=0.549427;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.012809;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:25:17:17:16:25:17:17:16 chr1 248845458 . C T 423.54 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0096844;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7485;QD=22.5887;RBI=0.0106783;REFB=-0.0205809;REVB=-0.00449882;RO=33;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017419;STB=0.516626;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0209264;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:34:41:41:0.546667:19:22:17:16:19:22:17:17 chr1 248845471 . T C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.522;QD=60.0293;RBI=0.0171187;REFB=0;REVB=0.0166171;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58153e-05;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr1 248845499 . A G 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.207;QD=57.0312;RBI=0.0753072;REFB=-0.025361;REVB=0.0716106;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000725218;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:26:39:1:0:26:39:1:0 chr1 249105163 . T C 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00688432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3034;QD=19.8262;RBI=0.0070811;REFB=-0.0342466;REVB=0.00165776;RO=48;SAF=13;SAR=39;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173703;STB=0.599959;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0306998;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:50:52:52:0.509804:39:13:20:28:39:13:21:29 chr1 249141782 . A T 271.7 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0426164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.262;QD=14.6865;RBI=0.0427552;REFB=-0.0158737;REVB=0.00344118;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616243;STB=0.534942;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0231733;OID=.;OPOS=249141782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:21:22:14:17:21:22 chr1 249143522 . C A 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00592213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.836;QD=27.3148;RBI=0.0270944;REFB=-0.0430083;REVB=0.0264393;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124558;STB=0.568901;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0198902;OID=.;OPOS=249143522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:4:8:10:11:4:8 chr1 249168107 . G C 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0152773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.775;QD=12.0712;RBI=0.0261483;REFB=-0.0120627;REVB=0.0212211;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566953;STB=0.532759;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0110165;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:23:17:9:15:23:17 chr1 249168436 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00350856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.227;QD=18.0872;RBI=0.00832891;REFB=-0.0117078;REVB=-0.00755386;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599803;STB=0.533726;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0092424;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:16:11:9:17:16:11 chr1 249168516 . A G 801.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4179;QD=57.2183;RBI=0.0686257;REFB=0;REVB=-0.0175541;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607725;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr2 45611 . C T 564.52 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00658888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6027;QD=24.2804;RBI=0.0163162;REFB=-0.029241;REVB=-0.0149267;RO=41;SAF=21;SAR=31;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291696;STB=0.515999;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0199918;OID=.;OPOS=45611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:31:21:18:23:31:21:18:23 chr2 242800 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0282995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.788;QD=14.9786;RBI=0.0284625;REFB=-0.00477899;REVB=-0.00304171;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376093;STB=0.719196;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00467106;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:8:3:7:3:8:3 chr2 243504 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0215983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.697;QD=11.1312;RBI=0.0221373;REFB=0.00288843;REVB=0.00485528;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255027;STB=0.65188;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00266098;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:11:6:6:4:11:6 chr2 269352 . G A 376.76 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00428222;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.088;QD=15.8636;RBI=0.0109205;REFB=-0.000786053;REVB=0.0100459;RO=55;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466645;STB=0.526303;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00137984;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:55:40:40:0.421053:20:20:25:30:20:20:25:30 chr2 676177 . C G 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00574526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.274;QD=22.404;RBI=0.0215271;REFB=-0.00127678;REVB=0.0207462;RO=29;SAF=8;SAR=29;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313533;STB=0.674315;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000919995;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:29:8:16:13:29:8:16:13 chr2 1079320 . C T 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0631762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6049;QD=18.4685;RBI=0.0631789;REFB=0.00269292;REVB=0.000582398;RO=57;SAF=31;SAR=24;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130796;STB=0.56796;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00323719;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:58:55:55:0.486726:24:31:24:33:24:31:25:33 chr2 1099075 . TTAT TCTT,TTCT,TTTC,TTTT 1319.07 PASS AF=0.0882353,0.558824,0.156863,0.156863;AO=6,29,7,18;DP=96;FAO=9,57,16,16;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,41,2,7;FSAR=2,16,14,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386047,0.00711446,0.00616095,0.00367864;FXX=0.0192289;HRUN=11,1,1,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=48.2477,47.8293,64.8692,78.6708;QD=51.7282;RBI=0.141836,0.0632232,0.0879958,0.0508455;REFB=0.0473197,-0.0190934,0.0167734,0.0380875;REVB=0.141783,0.0628216,0.0877799,0.0507123;RO=0;SAF=2,23,3,2;SAR=4,6,4,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp,snp;VARB=0.0368694,-0.0132243,0.0191994,0.00904862;OID=.,.,.,.;OPOS=1099076,1099077,1099077,1099077;OREF=TA,A,AT,A;OALT=CT,C,TC,T;OMAPALT=TCTT,TTCT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0882353,0.558824,0.156863,0.156863:6,29,7,18:96:9,57,16,16:102:0:7,41,2,7:2,16,14,9:0:0:96:0:2,23,3,2:4,6,4,16:0:0 chr2 1099079 . T C 94.39 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=104;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.00304745;FXX=0.0285687;HRUN=11;LEN=1;MLLD=145.594;QD=3.70152;RBI=0.0145753;REFB=-0.00340616;REVB=-0.0142532;RO=85;SAF=5;SAR=14;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438841;STB=0.804228;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00995782;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:104:102:85:85:19:17:0.166667:14:5:53:32:13:4:53:32 chr2 1320143 . C T 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.012;QD=63.1945;RBI=0.00353225;REFB=0;REVB=0.00324065;RO=0;SAF=29;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39268e-06;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:63:29:0:0:63:29:0:0 chr2 1418192 . C G 840.83 PASS AF=0.561151;AO=78;DP=139;FAO=78;FDP=139;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0112968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5019;QD=24.1966;RBI=0.0137068;REFB=-0.0277723;REVB=-0.00776253;RO=61;SAF=28;SAR=50;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984754;STB=0.553814;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0215105;OID=.;OPOS=1418192;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:61:61:78:78:0.561151:50:28:29:32:50:28:29:32 chr2 1481155 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.219;QD=33.4285;RBI=0.0201388;REFB=0;REVB=0.0201388;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058431;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr2 1546327 . C G 753.22 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2184;QD=61.4872;RBI=0.0430252;REFB=-0.0694966;REVB=-0.027894;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.01038;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr2 1636872 . CTAA ACAT,CATA,CTA,CT 187.31 PASS AF=0,0,0.38961,0.142857;AO=3,3,21,12;DP=82;FAO=0,0,30,11;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=0,0,7,0;FSAR=0,0,23,11;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.00567628,0.00332112,0.104943,0.053398;FXX=0.0833234;HRUN=2,1,6,6;LEN=4,2,1,2;MLLD=212.14,122.65,8.47178,14.5945;QD=9.73016;RBI=0.0531678,0.0457345,0.118803,0.0604969;REFB=-0.0170716,-0.0152437,-0.198232,-0.0996981;REVB=-0.0528639,-0.0456137,-0.055688,-0.0284347;RO=36;SAF=0,0,3,0;SAR=3,3,18,12;SRF=32;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.765336,-0.765336,-0.716064,-0.858036;STB=0.5,0.5,0.807211,0.999342;STBP=1,1,0,0;TYPE=mnp,mnp,del,del;VARB=0,-0.112816,0.0935672,0.0885014;OID=.,.,.,.;OPOS=1636872,1636873,1636874,1636874;OREF=CTAA,TA,A,AA;OALT=ACAT,AT,-,-;OMAPALT=ACAT,CATA,CTA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:81:82:77:36:36:3,3,21,12:0,0,30,11:0,0,0.38961,0.142857:3,3,18,12:0,0,3,0:32:4:0,0,23,11:0,0,7,0:30:6 chr2 1637648 . T C 410.77 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.285;QD=56.6576;RBI=0.042739;REFB=0;REVB=0.0368473;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011299;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr2 1647171 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.33;QD=60.3766;RBI=0.0168212;REFB=0;REVB=-0.0166214;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90325e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr2 1652822 . T G 2263.69 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.44;QD=63.3201;RBI=0.0152212;REFB=0;REVB=0.00400887;RO=0;SAF=84;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68004e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:58:84:0:0:59:84:0:0 chr2 1664654 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.832;QD=62.762;RBI=0.0312266;REFB=0;REVB=0.0264478;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122668;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:47:42:0:0 chr2 1842968 . T C 531.58 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0029131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.495;QD=18.3302;RBI=0.0268721;REFB=-0.0161986;REVB=-0.0267137;RO=60;SAF=21;SAR=35;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831501;STB=0.504607;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0148809;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:35:21:22:38:35:21:22:38 chr2 1893133 . C T 270.05 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00297262;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.947;QD=14.0287;RBI=0.0052605;REFB=-0.0165229;REVB=0.00434009;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812988;STB=0.554776;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0291913;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:30:31:0.402597:16:14:25:21:17:14:25:21 chr2 1926437 . G T 859.41 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00401351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.96;QD=54.5656;RBI=0.0280473;REFB=-0.144299;REVB=0.0277586;RO=2;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409887;STB=0.521732;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00058385;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:22:39:0:2:22:39:0:2 chr2 1946914 . A G 324.08 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0164059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.982;QD=28.8071;RBI=0.0170663;REFB=-0.0202183;REVB=0.00470164;RO=17;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201768;STB=0.511103;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00916987;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:14:14:8:9:14:14:8:9 chr2 3212704 . C A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00481921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.462;QD=10.0752;RBI=0.0134011;REFB=-0.0211835;REVB=0.0125046;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.03044;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:12:14:8:8:0.363636:4:4:5:7:4:4:7:7 chr2 3212712 . TG CA 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0151656;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.237;QD=29.7802;RBI=0.034842;REFB=0.00207757;REVB=-0.0313683;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905253;STB=0.550382;STBP=0.537;TYPE=mnp;VARB=-0.000734277;OID=.;OPOS=3212712;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:3:1:6:7:3:1 chr2 3261173 . A G 425.14 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0151282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.019;QD=24.2935;RBI=0.0168507;REFB=0.00205117;REVB=-0.00742184;RO=29;SAF=28;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162571;STB=0.589428;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00176237;OID=.;OPOS=3261173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:13:28:14:15:13:28:14:15 chr2 3392075 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.993;QD=57.8841;RBI=0.00604892;REFB=0;REVB=0.00132785;RO=0;SAF=9;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15154e-06;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:51:9:0:0:51:9:0:0 chr2 3392295 . A G 797.63 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.812;QD=56.9737;RBI=0.0261697;REFB=0;REVB=0.0235675;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277241;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:32:24:0:0 chr2 3392513 . TT CA,TC 695.31 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=41,4;DP=47;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=33,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630095,0.00989308;FXX=0.0425441;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=123.288,83.7373;QD=61.805;RBI=0.00696379,0.0160646;REFB=0,0;REVB=-0.0029652,0.012657;RO=0;SAF=8,0;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.8059e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00583291,0.019481;OID=.,.;OPOS=3392513,3392514;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:47:45:0:0:41,4:41,4:0.911111,0.0888889:33,4:8,0:0:0:33,4:8,0:0:0 chr2 3425514 . G C 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.661;QD=63.6137;RBI=0.0300914;REFB=0;REVB=0.00175898;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61117e-05;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:60:35:0:0:60:35:0:0 chr2 3425729 . C T 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0507698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3429;QD=17.0691;RBI=0.0522318;REFB=-0.010903;REVB=0.0122713;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587492;STB=0.512356;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0141951;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:35:31:31:0.469697:17:14:12:19:17:14:15:20 chr2 3469463 . G C 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00409969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.419;QD=18.0872;RBI=0.00768301;REFB=-0.0222989;REVB=0.00649778;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297861;STB=0.667524;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0164026;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:18:8:17:10:18:8:17:10 chr2 3470115 . T C 295.21 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0044702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2422;QD=15.139;RBI=0.00555312;REFB=-0.0190489;REVB=0.0032946;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.5789;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0172431;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:45:32:33:0.423077:17:15:27:17:17:16:28:17 chr2 3470124 . G A 297.61 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.022766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.3452;QD=15.6636;RBI=0.0231117;REFB=-0.0392294;REVB=0.00398265;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154153;STB=0.581491;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0309949;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:39:42:33:34:0.447368:18:15:24:15:18:16:26:16 chr2 3483205 . C T 107.1 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0359318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.682;QD=22.5464;RBI=0.0456359;REFB=-0.00766327;REVB=-0.0281344;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00786844;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:5:7:12:12:0.631579:8:4:2:3:8:4:3:4 chr2 3488502 . A G 610.96 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00826782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.74;QD=19.8686;RBI=0.0100218;REFB=-0.0158005;REVB=0.00566385;RO=61;SAF=29;SAR=33;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227176;STB=0.512526;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0160841;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:61:62:62:0.504065:33:29:27:34:33:29:27:34 chr2 3605468 . A G 305.13 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.06031;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2944;QD=23.9314;RBI=0.0628214;REFB=-0.00178193;REVB=0.0175849;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524803;STB=0.528907;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00188381;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:12:18:14:7:12:18:14:7 chr2 3605859 . C A 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0344236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.325;QD=12.0707;RBI=0.0345645;REFB=-0.0167794;REVB=-0.00311836;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104017;STB=0.568006;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0266443;OID=.;OPOS=3605859;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:40:24:24:0.375:10:14:19:20:10:14:19:21 chr2 3652616 . G C 683.57 PASS AF=0.440476;AO=72;DP=167;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.0235298;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.755;QD=16.2754;RBI=0.0240678;REFB=-0.0151125;REVB=0.00506002;RO=92;SAF=39;SAR=33;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461248;STB=0.517642;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0144737;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:92:94:72:74:0.440476:33:39:54:38:33:41:55:39 chr2 3653844 . T C 130.55 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0577756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.137;QD=13.7418;RBI=0.0599577;REFB=-0.0169164;REVB=0.0160283;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376672;STB=0.722566;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.024124;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:12:11:12:3:12:11 chr2 3721729 . A G 533.09 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0183647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4187;QD=23.178;RBI=0.0195318;REFB=-0.00288881;REVB=0.00665038;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993174;STB=0.549239;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00269073;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:28:22:23:18:28:22:23:19 chr2 3800383 . C T 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.485;QD=62.7607;RBI=0.0372573;REFB=0;REVB=-0.0370829;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72537e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr2 3826387 . T C 786.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.891;QD=55.2214;RBI=0.0532403;REFB=0.0875322;REVB=0.0487335;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000790229;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:32:24:0:0:32:24:1:0 chr2 5835512 . TGGGGC TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG 197.49 PASS AF=0,0.944444,0,0;AO=3,5,5,2;DP=19;FAO=0,17,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8,0,0;FSAR=0,9,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.19689,0.173742,0.344883,-0.0113483;FXX=0.0526039;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=10.7728,25.7655,14.1829,13.2305;QD=43.8859;RBI=0.275872,0.192942,0.485668,0.572133;REFB=0.0258814,-0.0377977,0.0269927,-0.0775017;REVB=-0.193235,0.0839063,-0.341948,0.572021;RO=1;SAF=0,4,0,2;SAR=3,1,5,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.445161,0.445161,0.445161,0.435897;SSEP=0,0,0,0.466667;SSSB=-0.727144,-0.0951258,-0.767767,0;STB=0.5,0.529377,0.5,0.5;STBP=1,0.544,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.0226431,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=5835513,5835516,5835513,5835517;OREF=GG,GC,G,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.944444,0,0:3,5,5,2:19:0,17,0,0:18:1:0,8,0,0:0,9,0,0:1:0:6:1:0,4,0,2:3,1,5,0:1:0 chr2 6990020 . C T 235.68 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00689396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.136;QD=11.0906;RBI=0.00878914;REFB=-0.00189042;REVB=-0.0054518;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136241;STB=0.513149;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00329572;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:13:16:31:24:13:16:32:24 chr2 7137067 . A G 634.76 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00223479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.559;QD=23.0822;RBI=0.0130353;REFB=-0.0228149;REVB=0.0128423;RO=48;SAF=29;SAR=33;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754305;STB=0.504124;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.018911;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:33:29:22:26:33:29:22:26 chr2 7154632 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.761;QD=60.3767;RBI=0.0207239;REFB=0;REVB=0.0203873;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88085e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr2 7208422 . T C 169.42 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0037457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.84;QD=10.5889;RBI=0.0188114;REFB=-0.0120489;REVB=0.0184347;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21585;STB=0.624893;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0114825;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:13:29:11:11:13:29 chr2 8871342 . C A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00331274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.616;QD=9.49167;RBI=0.00985423;REFB=0.00100455;REVB=0.00928072;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219477;STB=0.636033;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00196635;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:11:7:2:7:11:7 chr2 8891611 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0112718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.892;QD=18.0872;RBI=0.0125376;REFB=-0.00616817;REVB=-0.0054899;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156197;STB=0.508765;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00549634;OID=.;OPOS=8891611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:15:12:12:14:15:12 chr2 9491017 . C T 1589.78 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6405;QD=59.9917;RBI=0.0465116;REFB=0;REVB=0.046236;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274405;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:39:66:0:0:40:66:0:0 chr2 9880784 . G T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0100566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.484;QD=13.9183;RBI=0.01905;REFB=-0.00909043;REVB=-0.0161792;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066033;STB=0.537672;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0124402;OID=.;OPOS=9880784;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:15:11:18:19:15:11:18:19 chr2 9983686 . G T 1767.07 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2712;QD=60.9333;RBI=0.0139791;REFB=0;REVB=-0.0129912;RO=0;SAF=7;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08382e-05;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:109:7:0:0:109:7:0:0 chr2 9983716 . A C 1320.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.545;QD=62.1607;RBI=0.0672856;REFB=0;REVB=0.0406238;RO=0;SAF=6;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08771e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:73:6:0:0:79:6:0:0 chr2 10045014 . C A,T 1810.1 PASS AF=0.107438,0.892562;AO=11,107;DP=119;FAO=13,108;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=6,54;FSAR=7,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355314,0.000349716;FXX=0.0472404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.632,68.0688;QD=59.8379;RBI=0.0103758,0.0321947;REFB=0,0;REVB=-0.00974849,-0.0321928;RO=0;SAF=6,53;SAR=5,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.66183e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.061435,0.00260371;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:119:121:0:0:11,107:13,108:0.107438,0.892562:5,54:6,53:0:0:7,54:6,54:0:0 chr2 10045024 . G A 2313.39 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205784;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.635;QD=63.8177;RBI=0.0568462;REFB=0;REVB=0.0529908;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0385e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:71:74:0:0:71:74:0:0 chr2 10050947 . T C 601.71 PASS AF=0.432099;AO=55;DP=152;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.00594006;FXX=0.0357122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.756;QD=14.8571;RBI=0.0153552;REFB=-0.0147863;REVB=-0.0141597;RO=89;SAF=24;SAR=31;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203677;STB=0.563208;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0343144;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:162:89:92:55:70:0.432099:31:24:39:50:31:39:41:51 chr2 10050960 . A G 642.44 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0432808;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.1877;QD=14.7688;RBI=0.0439228;REFB=-0.0125107;REVB=-0.00748262;RO=98;SAF=39;SAR=33;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953642;STB=0.558723;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00985983;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:102:72:72:0.413793:33:39:44:54:33:39:45:57 chr2 10053412 . C T 446.03 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0196308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3739;QD=18.2051;RBI=0.062054;REFB=-0.00144965;REVB=0.0588671;RO=52;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165906;STB=0.514868;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00262277;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:25:20:24:28:25:20:25:28 chr2 10059770 . G T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0154467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.785;QD=15.2295;RBI=0.0155211;REFB=-0.00481595;REVB=-0.0015174;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164113;STB=0.595077;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00886613;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:13:15:13:6:13:15 chr2 10059844 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0165992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.37;QD=23.263;RBI=0.0223184;REFB=0.00931832;REVB=-0.0149189;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195499;STB=0.510908;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00932727;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:7:12:14:9:7:12 chr2 10094992 . A G 217.72 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0370048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.858;QD=21.7719;RBI=0.0450513;REFB=-0.0310075;REVB=-0.0256956;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130898;STB=0.573391;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0181244;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:12:7:11:10:12:7 chr2 10126330 . G A 525.05 PASS AF=0.520833;AO=49;DP=95;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00677903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.63;QD=21.8771;RBI=0.00791618;REFB=-0.00893158;REVB=0.00408788;RO=45;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377534;STB=0.510413;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00803593;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:46:49:50:0.520833:24:25:21:24:25:25:22:24 chr2 10188649 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.861;QD=60.9786;RBI=0.0257485;REFB=0;REVB=0.0215499;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22682e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr2 10580967 . G A 331.6 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0110128;FXX=0.0571374;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.826;QD=13.3979;RBI=0.0420677;REFB=0.00363355;REVB=-0.0406006;RO=56;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274207;STB=0.661041;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00558832;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:56:60:39:39:0.393939:16:23:18:38:16:23:19:41 chr2 10808776 . C A,CAA 2081.93 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=7,128;DP=135;FAO=5,130;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=2,66;FSAR=3,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295777,0.0330703;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=40.6787,158.394;QD=61.6867;RBI=0.0298131,0.034714;REFB=0,0;REVB=0.00373977,0.0105555;RO=0;SAF=3,65;SAR=4,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.1359e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0304432,0.00105727;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:135:135:0:0:7,128:5,130:0.037037,0.962963:4,63:3,65:0:0:3,64:2,66:0:0 chr2 10908893 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00976607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.089;QD=13.4559;RBI=0.0254454;REFB=-0.00636424;REVB=-0.0234966;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324673;STB=0.51905;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0096863;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:10:5:4:7:10:5 chr2 10928906 . T C 283.7 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0221078;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.524;QD=49.3396;RBI=0.0250853;REFB=-0.083937;REVB=0.0118541;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000907057;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:0:1:14:8:0:1 chr2 10930903 . T C 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00528354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.705;QD=57.6364;RBI=0.00585211;REFB=0.0212408;REVB=0.00251622;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=8.14989e-06;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:1:0:36:32:1:0 chr2 10933249 . C T 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5879;QD=60.2239;RBI=0.0422432;REFB=0;REVB=0.0167391;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104313;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr2 10942687 . C T 1555.42 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9171;QD=59.824;RBI=0.0462325;REFB=0;REVB=0.0405169;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407458;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr2 11053020 . A G 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.537;QD=57.7029;RBI=0.0400265;REFB=0;REVB=0.0312224;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269723;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr2 11264830 . G A 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8294;QD=61.4655;RBI=0.0663726;REFB=0;REVB=0.0582031;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462798;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr2 11323276 . T C 831.2 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.00371562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.057;QD=20.1504;RBI=0.0293648;REFB=-0.018692;REVB=0.0291288;RO=81;SAF=30;SAR=54;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105147;STB=0.557871;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.014;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:81:84:84:0.509091:54:30:38:43:54:30:38:43 chr2 11359120 . G T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0949326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.79;QD=11.1039;RBI=0.0949326;REFB=0.00958987;REVB=5.99304e-05;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0114457;OID=.;OPOS=11359120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr2 11374200 . C G 815.26 PASS AF=0.454545;AO=85;DP=187;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0128874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9617;QD=17.4387;RBI=0.0129319;REFB=-0.0105925;REVB=0.00107249;RO=102;SAF=33;SAR=52;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131362;STB=0.572949;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0128365;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:102:102:85:85:0.454545:52:33:53:49:52:33:53:49 chr2 11702661 . A C 504.71 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0124799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7495;QD=16.1508;RBI=0.0408785;REFB=0.00408758;REVB=-0.0389269;RO=70;SAF=25;SAR=30;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408592;STB=0.522819;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00977833;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:30:25:29:41:30:25:29:41 chr2 11725049 . T C 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.040125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.06;QD=21.9707;RBI=0.040954;REFB=-0.021831;REVB=-0.00819845;RO=21;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291348;STB=0.665604;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0356406;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:19:4:9:12:19:4:9:12 chr2 11727507 . G A 505.84 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0184722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2554;QD=26.2776;RBI=0.0258511;REFB=-0.0301184;REVB=0.0180848;RO=30;SAF=32;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115912;STB=0.506326;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0245499;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:15:32:20:10:15:32:20:10 chr2 11738091 . T C 902.45 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.941;QD=58.2223;RBI=0.0300531;REFB=0;REVB=0.00688529;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171387;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr2 11752635 . T C 1481.05 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9158;QD=58.6553;RBI=0.0224123;REFB=-0.133417;REVB=0.000874501;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000428488;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:0:1:100:100:0.990099:55:45:0:0:55:45:1:0 chr2 11965541 . A G 447.43 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.000934157;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.774;QD=18.8393;RBI=0.009662;REFB=0.0016892;REVB=0.00961674;RO=43;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101707;STB=0.517493;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0036207;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:43:50:44:45:0.473684:31:13:17:26:31:14:17:33 chr2 12864766 . C T 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0441036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.787;QD=18.6408;RBI=0.0463713;REFB=-0.0140192;REVB=-0.0143239;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937039;STB=0.552798;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0175794;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:5:19:15:6:5:19 chr2 12877501 . G GA 393.54 PASS AF=0.350365;AO=46;DP=139;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.00740276;FXX=0.0143875;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.8119;QD=11.4903;RBI=0.0117483;REFB=-0.00853824;REVB=0.00912259;RO=88;SAF=31;SAR=15;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142801;STB=0.557637;STBP=0.34;TYPE=ins;VARB=0.018194;OID=.;OPOS=12877502;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350365:46:139:48:137:89:31:17:50:39:99:88:31:15:49:39 chr2 12882822 . ATC A 800.85 PASS AF=0.509434;AO=78;DP=161;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=-0.00209651;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=319.979;QD=20.1471;RBI=0.00329584;REFB=0.00206852;REVB=-0.00254307;RO=78;SAF=26;SAR=52;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399212;STB=0.528018;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=-0.00178747;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434:78:161:81:159:78:28:53:23:55:99:78:26:52:23:55 chr2 14779829 . A G 300.48 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0129835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.991;QD=30.8183;RBI=0.013636;REFB=-0.022242;REVB=-0.00416778;RO=13;SAF=25;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31152;STB=0.675499;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00839626;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:1:25:11:2:1:25:11:2 chr2 14780038 . T G 412.43 PASS AF=0.365672;AO=47;DP=133;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0634641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8017;QD=12.3114;RBI=0.0788085;REFB=-0.015315;REVB=0.0467235;RO=85;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535108;STB=0.502741;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0274831;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:85:85:47:49:0.365672:23:24:43:42:24:25:43:42 chr2 14789474 . C T 166.43 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0087781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.062;QD=23.7754;RBI=0.0164462;REFB=-0.00228811;REVB=0.0139077;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686961;STB=0.530086;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00250848;OID=.;OPOS=14789474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:12:4:2:9:13:4:2:9 chr2 15533779 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0082688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.787;QD=11.1322;RBI=0.00858746;REFB=-0.00218179;REVB=-0.00231763;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521259;STB=0.810985;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00390041;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:5:12:2:8:5:12 chr2 15601441 . C T 713.42 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.0266372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.632;QD=20.6787;RBI=0.0272811;REFB=-0.0139784;REVB=0.00589183;RO=68;SAF=27;SAR=43;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453996;STB=0.52496;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.022298;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:43:27:23:45:43:27:23:45 chr2 15607842 . T C 286.57 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0241389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0484;QD=13.3288;RBI=0.0488493;REFB=0.0155801;REVB=0.0424685;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961573;STB=0.554815;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0254807;OID=.;OPOS=15607842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:32:21:16:17:32:21 chr2 15614404 . T C 348.81 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00587089;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.316;QD=17.2253;RBI=0.00896951;REFB=-0.0121337;REVB=-0.00678121;RO=45;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170552;STB=0.588815;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0165363;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:44:37:37:0.45679:25:12:22:23:25:12:21:23 chr2 15615910 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0015166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.554;QD=15.2375;RBI=0.00156929;REFB=-0.00817136;REVB=-0.000403248;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162587;STB=0.592069;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0162423;OID=.;OPOS=15615910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:16:20:11:17:16:20 chr2 15618339 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00665048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.722;QD=13.9118;RBI=0.0142544;REFB=-0.00701469;REVB=0.0126079;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267491;STB=0.65164;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00617311;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:24:7:10:11:24:7 chr2 15674686 . T C 599.27 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.000682483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.376;QD=15.3658;RBI=0.00758745;REFB=-0.00223078;REVB=-0.00755669;RO=89;SAF=31;SAR=36;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781503;STB=0.543669;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00370521;OID=.;OPOS=15674686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:89:67:67:0.429487:36:31:48:41:36:31:48:41 chr2 15735648 . T C 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00532478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.008;QD=13.758;RBI=0.00572271;REFB=-0.0143947;REVB=-0.0020967;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071561;STB=0.545676;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0233256;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:16:18:31:21:16:18:32:21 chr2 15747393 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.396;QD=57.8848;RBI=0.0133437;REFB=0;REVB=0.000126285;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64984e-05;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr2 16090820 . T C 123.1 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.043282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7724;QD=37.8783;RBI=0.067635;REFB=-0.0209592;REVB=-0.0519727;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0027015;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr2 16380485 . A G 111.33 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00470593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2468;QD=15.9035;RBI=0.0163241;REFB=-0.0129252;REVB=0.015631;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0179822;OID=.;OPOS=16380485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:9:6:8:5:9:6 chr2 16380541 . C T 93.17 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0502764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4429;QD=21.9218;RBI=0.051998;REFB=0.0122834;REVB=-0.0132694;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014862;OID=.;OPOS=16380541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:17:7:6:8:8:0.470588:4:4:3:4:4:4:3:3 chr2 17304295 . A G 524.14 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0278072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6569;QD=21.3936;RBI=0.031661;REFB=-0.0141986;REVB=-0.0151387;RO=48;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539956;STB=0.529833;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0100671;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:27:23:25:23:27:23:25:23 chr2 17696573 . C T 3114.47 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.27;QD=63.8866;RBI=0.014801;REFB=0;REVB=-0.00181554;RO=0;SAF=76;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38962e-05;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:119:76:0:0:119:76:0:0 chr2 17698678 . A G 2197.56 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000156156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.634;QD=63.2391;RBI=0.000939931;REFB=0;REVB=0.000926868;RO=0;SAF=80;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14457e-07;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:59:80:0:0:59:80:0:0 chr2 17942775 . T A 1084.22 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2371;QD=58.6063;RBI=0.0304298;REFB=0.0267544;REVB=0.0225732;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000424673;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:39:34:1:0:39:34:1:0 chr2 17954027 . G A 1208.18 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0736;QD=61.1736;RBI=0.0917973;REFB=0;REVB=-0.0783867;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101885;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr2 17954421 . C G 1153.28 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1535;QD=60.6991;RBI=0.00584379;REFB=0;REVB=0.00100457;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30306e-05;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr2 17962450 . A G 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3629;QD=57.2268;RBI=0.0204364;REFB=0;REVB=-0.0201029;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312744;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 17962518 . C T 673.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000595361;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.557;QD=62.6779;RBI=0.00682099;REFB=0;REVB=-0.00679496;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42856e-05;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr2 17962993 . CAAGTT C 67.2 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00377465;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=5;MLLD=356.08;QD=11.6863;RBI=0.00378645;REFB=-0.00246666;REVB=-0.000298795;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.00291049;OID=.;OPOS=17962994;OREF=AAGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:24:10:23:13:5:5:5:8:67:13:5:5:5:8 chr2 18112473 . G A 2011.14 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00855532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9119;QD=61.4089;RBI=0.139343;REFB=-0.0435641;REVB=0.13908;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00146626;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:131:0:1:128:130:0.992366:73:55:0:0:75:55:1:0 chr2 18113508 . G A 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00251531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.12;QD=21.5948;RBI=0.00276912;REFB=-0.00874286;REVB=0.00115811;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733973;STB=0.540519;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0103326;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:20:18:18:14:20:18:18:14 chr2 18113623 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.228;QD=56.1842;RBI=0.0974256;REFB=0;REVB=0.0957495;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974355;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 18113789 . G A 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00977265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.843;QD=9.38469;RBI=0.0105354;REFB=-0.00265379;REVB=-0.00393571;RO=56;SAF=7;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291439;STB=0.672754;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00406519;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:18:7:29:27:18:7:29:27 chr2 20240668 . C A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7023;QD=58.4183;RBI=0.0244117;REFB=0;REVB=0.0133002;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366272;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr2 20375110 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.59;QD=58.1421;RBI=0.0265883;REFB=0;REVB=-0.00857719;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61954e-05;OID=.;OPOS=20375110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr2 20375332 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.7;QD=53.2771;RBI=0.00777608;REFB=0;REVB=0.00298001;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146552;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr2 20403793 . CA CT,GT 1168.75 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=52,3;DP=77;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125723,-0.0145943;FXX=0.0126566;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=83.8899,111.393;QD=59.936;RBI=0.0221031,0.0368459;REFB=0,0;REVB=0.0181792,0.0338323;RO=0;SAF=51,0;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00107363,0.0819492;OID=.,.;OPOS=20403794,20403793;OREF=A,CA;OALT=T,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:77:78:0:0:52,3:75,3:0.961538,0.0384615:1,3:51,0:0:0:22,3:53,0:0:0 chr2 20601461 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0118471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.978;QD=20.4561;RBI=0.0172054;REFB=-0.00670199;REVB=0.0124768;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230545;STB=0.629074;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00567225;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:12:3:8:9:12:3 chr2 20648211 . G T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.761;QD=55.0972;RBI=0.0364546;REFB=0;REVB=0.0209052;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221713;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr2 20648793 . C T 422.69 PASS AF=0.518072;AO=40;DP=81;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0235519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.478;QD=20.3707;RBI=0.0283136;REFB=-0.00420727;REVB=0.0157152;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226657;STB=0.516122;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00467388;OID=.;OPOS=20648793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:40:40:43:0.518072:22:18:19:21:24:19:19:21 chr2 20680665 . C A 162.38 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0209625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.557;QD=38.2064;RBI=0.0360902;REFB=-0.0564491;REVB=0.0293782;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101074;STB=0.555483;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0010242;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:0:2:8:7:0:2 chr2 20680693 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0252;QD=46.8476;RBI=0.0749606;REFB=0;REVB=0.0119657;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00279031;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr2 20818454 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.632;QD=58.1421;RBI=0.0322791;REFB=0;REVB=0.00740139;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89538e-05;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 20818458 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.159;QD=58.5874;RBI=0.105015;REFB=0;REVB=-0.104665;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329447;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr2 20823724 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.324;QD=56.1916;RBI=0.0557198;REFB=0;REVB=0.0470025;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66495e-05;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr2 20824559 . C T 669.5 PASS AF=0.561404;AO=54;DP=115;FAO=64;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0758462;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.758;QD=23.4911;RBI=0.0954571;REFB=-0.0464665;REVB=-0.0579603;RO=41;SAF=20;SAR=34;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369849;STB=0.520655;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0207434;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:41:50:54:64:0.561404:34:20:17:24:35:29:25:25 chr2 20838318 . G A 1763.59 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147787;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.783;QD=60.2935;RBI=0.0230163;REFB=0;REVB=0.0176449;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25137e-05;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:113:117:1:53:60:0:0:54:63:0:0 chr2 21225281 . C T 373.03 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0112302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.959;QD=20.4401;RBI=0.0192774;REFB=-0.00575757;REVB=0.0156685;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114491;STB=0.563286;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00548936;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:20:18:12:23:20:18:12:23 chr2 21230283 . A G 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0200141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.369;QD=13.12;RBI=0.0215527;REFB=-0.0070849;REVB=0.00799718;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623551;STB=0.535686;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.011632;OID=.;OPOS=21230283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:16:22:13:12:16:22 chr2 21231524 . G A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0285714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.2;QD=19.5771;RBI=0.0293827;REFB=-0.00996957;REVB=-0.0068572;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246744;STB=0.635648;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.011741;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:5:26:19:14:5:26 chr2 21232195 . G A 1092.29 PASS AF=0.539267;AO=103;DP=191;FAO=103;FDP=191;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00919283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.077;QD=22.8752;RBI=0.0114695;REFB=-0.0149475;REVB=-0.00685873;RO=88;SAF=58;SAR=45;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823589;STB=0.544982;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0116333;OID=.;OPOS=21232195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:88:88:103:103:0.539267:45:58:41:47:45:58:41:47 chr2 21232803 . TG CA,CG 248.94 PASS AF=0.65,0.35;AO=13,7;DP=20;FAO=13,7;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639476,0.0725673;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.943,116.876;QD=49.7881;RBI=0.0639735,0.0726911;REFB=0,0;REVB=0.00182309,-0.0042397;RO=0;SAF=4,5;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000907601,0.0119416;OID=.,.;OPOS=21232803,21232803;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:20:20:0:0:13,7:13,7:0.65,0.35:9,2:4,5:0:0:9,2:4,5:0:0 chr2 21235475 . T C 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.828;QD=60.9522;RBI=0.0268792;REFB=0;REVB=0.0268385;RO=0;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71509e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:75:41:0:0:75:41:0:0 chr2 21250914 . G A 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00536268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.679;QD=19.7816;RBI=0.00658867;REFB=-0.0348392;REVB=-0.00382783;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233462;STB=0.633292;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0262475;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:20:21:10:30:20:21:10:31 chr2 21263900 . G A 498.09 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0387987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.231;QD=19.7263;RBI=0.0392323;REFB=-0.0162728;REVB=-0.00581654;RO=50;SAF=19;SAR=32;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120603;STB=0.506664;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0182343;OID=.;OPOS=21263900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:32:19:18:32:32:19:18:32 chr2 21360583 . A G 601.68 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.495;QD=60.1682;RBI=0.0325851;REFB=0;REVB=0.015624;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154748;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr2 23865260 . T C 2866.0 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.212;QD=62.989;RBI=0.0242275;REFB=0;REVB=0.0111604;RO=0;SAF=113;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46488e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:69:113:0:0:69:113:0:0 chr2 23919375 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.816;QD=59.3228;RBI=0.0507402;REFB=0;REVB=0.0156518;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112163;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr2 23926659 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.952;QD=58.9614;RBI=0.00570809;REFB=0;REVB=0.00385253;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7559e-06;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 23973799 . T C 1139.3 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438302;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1183;QD=60.7629;RBI=0.043927;REFB=0;REVB=-0.00291424;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390394;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr2 24055058 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3241;QD=58.5864;RBI=0.0523786;REFB=0;REVB=-0.00936389;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468333;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr2 24108652 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.884;QD=59.1433;RBI=0.0098965;REFB=0;REVB=-0.00595535;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45435e-06;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 24369673 . AC AT,GT 765.38 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199544,-0.0261483;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=124.155,59.6741;QD=62.4799;RBI=0.0219396,0.0306399;REFB=0,0;REVB=0.00911964,0.0159709;RO=0;SAF=19,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00103095,0.0414398;OID=.,.;OPOS=24369674,24369673;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:27,2:19,0:0:0:28,2:19,0:0:0 chr2 24384424 . T C 673.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106301;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0014;QD=62.6796;RBI=0.109002;REFB=0;REVB=-0.0241166;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137274;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:1:0:43:43:1:29:14:1:0:29:14:0:0 chr2 24387178 . G GC 305.14 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1264;QD=43.5911;RBI=0.0856142;REFB=0;REVB=0.0771622;RO=7;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00569557;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:34:28:28:0:12:16:0:0:6:7:12:15:5:2 chr2 24390517 . G A 1824.97 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.321;QD=60.3297;RBI=0.0103821;REFB=0.0190484;REVB=-0.0016533;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-4.21506e-05;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:66:54:0:0:66:54:0:1 chr2 24402127 . C CAA 267.35 PASS AF=1;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280961;FXX=0.130378;HRUN=0;LEN=2;MLLD=203.581;QD=53.4699;RBI=0.0281281;REFB=0;REVB=0.00134169;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000173862;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:29:20:20:0:9:11:0:0:3:9:9:11:5:4 chr2 24432835 . T G 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0354825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.571;QD=20.2735;RBI=0.0377345;REFB=0.00436974;REVB=0.0128406;RO=44;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130289;STB=0.577361;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00284367;OID=.;OPOS=24432835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:45:45:45:0.5:25:20:26:18:25:20:27:18 chr2 24521652 . C T 381.45 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0236041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2179;QD=22.4381;RBI=0.0259468;REFB=-0.00133761;REVB=0.0107743;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140248;STB=0.576885;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000995223;OID=.;OPOS=24521652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:7:23:23:15:7:23 chr2 24587571 . A G 1151.71 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032397;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.079;QD=60.6164;RBI=0.0360921;REFB=0;REVB=-0.0159083;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84281e-05;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr2 24787555 . G A 263.78 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0366683;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.387;QD=22.9377;RBI=0.0459082;REFB=-0.00272799;REVB=-0.0276223;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960261;STB=0.555513;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00326291;OID=.;OPOS=24787555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:21:24:25:0.543478:15:9:6:16:15:10:6:15 chr2 24899185 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6032;QD=57.2023;RBI=0.0416581;REFB=0;REVB=0.026143;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152002;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr2 24899204 . A G 386.92 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421562;FXX=0.0689417;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.827;QD=57.3219;RBI=0.0206851;REFB=0;REVB=-0.020251;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362926;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 24905927 . G C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.522;QD=62.0169;RBI=0.0724963;REFB=0;REVB=0.0177331;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395887;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr2 24974945 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.597;QD=57.1062;RBI=0.0242705;REFB=0;REVB=-0.00566946;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55125e-05;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:41:13:0:0:42:13:0:0 chr2 25046090 . T C 306.05 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.937;QD=53.2262;RBI=0.025766;REFB=0;REVB=-0.00206112;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114505;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr2 25047408 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.047;QD=53.9112;RBI=0.0354383;REFB=0;REVB=0.00174479;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254635;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr2 25050977 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.865;QD=63.872;RBI=0.0354547;REFB=0;REVB=0.0269919;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119084;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr2 25064193 . G A 1853.94 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.932;QD=59.8044;RBI=0.0601452;REFB=-0.106785;REVB=0.0434464;RO=1;SAF=39;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068441;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:0:122:124:1:83:39:1:0:83:41:0:0 chr2 25194741 . G A 3104.09 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=208;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0328668;FXX=0.0144224;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.346;QD=60.5677;RBI=0.044168;REFB=-0.144104;REVB=0.0295056;RO=2;SAF=113;SAR=90;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104658;STB=0.505494;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00033436;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:205:2:2:203:203:0.990244:90:113:0:2:90:113:0:2 chr2 25314186 . T C 1051.99 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0353935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.035;QD=56.8642;RBI=0.0990756;REFB=-0.00761506;REVB=-0.0925379;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000119775;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:34:38:0:1:34:38:1:1 chr2 25359422 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00685695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.283;QD=17.3781;RBI=0.0264084;REFB=-0.00566935;REVB=-0.0255027;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426568;STB=0.745326;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00128538;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:2:8:3:8:2:8 chr2 25372547 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.027293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.552;QD=19.134;RBI=0.0303559;REFB=0.0266628;REVB=-0.0132882;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0198674;OID=.;OPOS=25372547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr2 25377176 . T C 501.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.436;QD=58.9742;RBI=0.0472016;REFB=0;REVB=0.0401699;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337854;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr2 25469502 . C T 1889.47 PASS AF=0.588235;AO=170;DP=289;FAO=170;FDP=289;FR=.;FRO=119;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.00675149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.155;QD=26.1518;RBI=0.0100609;REFB=-0.0138341;REVB=0.00745921;RO=117;SAF=75;SAR=95;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105843;STB=0.508789;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00930908;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:117:119:170:170:0.588235:95:75:50:67:95:75:50:69 chr2 26149968 . C G,T 619.29 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710986,0.0100108;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.476,182.122;QD=60.4182;RBI=0.0210714,0.015964;REFB=0,0;REVB=-0.0198357,-0.0124351;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0898844,-0.00272648;OID=.,.;OPOS=26149968,26149968;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:0,16:2,23:0:0:0,16:2,23:0:0 chr2 26321526 . T C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0147796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.725;QD=9.25818;RBI=0.0177967;REFB=0.00356744;REVB=0.0099139;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.574878;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00837803;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:6:6:17:10:6:6:17:11 chr2 26358110 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0147932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9361;QD=15.8819;RBI=0.0210505;REFB=-0.0358787;REVB=-0.0149761;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0535065;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:6:4:6:4:6:4 chr2 26399214 . G A 469.96 PASS AF=0.494624;AO=43;DP=90;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00864825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.533;QD=20.2134;RBI=0.0143172;REFB=-0.00489698;REVB=0.01141;RO=47;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149333;STB=0.593922;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00793767;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:47:47:43:46:0.494624:30:13:21:26:33:13:21:26 chr2 26455127 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0292466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.266;QD=22.6322;RBI=0.0355337;REFB=0.00122534;REVB=-0.0201813;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141855;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00243517;OID=.;OPOS=26455127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:4:4:9:4:4:4 chr2 26477125 . G GACT 195.13 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00749034;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.058;QD=15.3039;RBI=0.0128638;REFB=0.00269601;REVB=0.0104581;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030906;STB=0.517609;STBP=0.881;TYPE=ins;VARB=-0.0035559;OID=.;OPOS=26477126;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=GACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:22:51:22:51:29:9:13:11:18:99:29:9:13:11:18 chr2 26502875 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0151159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.457;QD=17.8404;RBI=0.0151322;REFB=-0.00752456;REVB=0.000701923;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351112;STB=0.703172;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00891776;OID=.;OPOS=26502875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:8:6:11:3:8:6 chr2 26505858 . A G 420.97 PASS AF=0.544304;AO=39;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00693861;FXX=0.0705799;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1855;QD=21.315;RBI=0.0642509;REFB=-0.0266199;REVB=0.0638751;RO=30;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131001;STB=0.553822;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0141076;OID=.;OPOS=26505858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:36:39:43:0.544304:15:24:23:7:18:25:25:11 chr2 26507076 . A T 295.77 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00367187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.531;QD=20.3981;RBI=0.0152925;REFB=-0.0119454;REVB=-0.0148452;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214988;STB=0.511938;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0107687;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:13:18:15:12:13:18:15:12 chr2 26512957 . G C 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0304482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1456;QD=15.2683;RBI=0.0465224;REFB=-0.0166562;REVB=-0.0351744;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591297;STB=0.521037;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0201008;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:33:26:26:0.440678:14:12:12:18:14:12:14:19 chr2 26534801 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0240069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.358;QD=17.3212;RBI=0.0360417;REFB=-0.0226855;REVB=0.0268827;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259185;STB=0.647307;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.020263;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:5:13:7:9:5:13 chr2 26536299 . C G 97.09 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0855879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1916;QD=10.4966;RBI=0.0976083;REFB=-0.0167257;REVB=0.0469264;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630329;STB=0.92002;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0519852;OID=.;OPOS=26536299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:37:18:25:12:12:0.324324:11:1:11:7:11:1:18:7 chr2 26590084 . T G 1695.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.149;QD=60.5442;RBI=0.0138966;REFB=0;REVB=0.00877082;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13814e-05;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr2 26607992 . T C 258.12 PASS AF=0.305085;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=118;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0119725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6019;QD=8.74992;RBI=0.038412;REFB=-0.00818668;REVB=-0.0364985;RO=81;SAF=14;SAR=22;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770013;STB=0.50099;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0184413;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:81:82:36:36:0.305085:22:14:31:50:22:14:32:50 chr2 26613056 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.686;QD=61.3745;RBI=0.0499779;REFB=0;REVB=-0.0499401;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240736;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr2 26613329 . A G 424.1 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0597061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1769;QD=18.6419;RBI=0.0598861;REFB=-0.00324742;REVB=-0.00463915;RO=46;SAF=14;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171563;STB=0.586618;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00460991;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:48:43:43:0.472527:29:14:23:23:29:14:23:25 chr2 26647277 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.925;QD=63.8718;RBI=0.0258392;REFB=0;REVB=0.0232779;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127887;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr2 26667130 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.528;QD=57.2375;RBI=0.0275382;REFB=0;REVB=0.0273602;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86521e-05;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr2 26667615 . T C 879.91 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0112809;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8941;QD=54.9944;RBI=0.0378388;REFB=-0.190953;REVB=0.036118;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.513509;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00699236;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:64:0:2:62:62:0.96875:36:26:0:0:36:26:0:2 chr2 26676322 . A G 834.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4819;QD=57.5346;RBI=0.028625;REFB=0;REVB=0.0268412;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394429;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr2 26678082 . A C 372.22 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0180955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.2;QD=31.0182;RBI=0.0414157;REFB=-0.0280616;REVB=0.0372534;RO=17;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850425;STB=0.546529;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0165409;OID=.;OPOS=26678082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:16:15:6:11:16:15:6:11 chr2 26688572 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00239699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.458;QD=12.0971;RBI=0.00896114;REFB=-0.00358873;REVB=0.00863461;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273649;STB=0.515756;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00539237;OID=.;OPOS=26688572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:14:13:21:25:14:13:21:25 chr2 26699126 . C G 2274.67 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.974;QD=60.2561;RBI=0.10127;REFB=-0.0869953;REVB=0.101221;RO=0;SAF=67;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745298;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:151:151:0:0:150:151:1:83:67:0:0:84:67:0:0 chr2 26699855 . G C 1120.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.679;QD=59.7588;RBI=0.0202655;REFB=0;REVB=0.0139696;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679831;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:23:49:0:0:23:52:0:0 chr2 26700700 . G A 1679.37 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00115993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.441;QD=59.4468;RBI=0.0117732;REFB=-0.0877834;REVB=0.0117159;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000163833;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:58:54:0:0:58:54:0:1 chr2 26739423 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.478;QD=58.0602;RBI=0.0262536;REFB=0;REVB=-0.0181729;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22323e-06;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr2 26798893 . A T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.445;QD=55.6554;RBI=0.0607539;REFB=0;REVB=0.0429196;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104841;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr2 26799031 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.965;QD=44.6898;RBI=0.0660115;REFB=0;REVB=-0.00020305;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014177;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr2 26804218 . G A 2653.42 PASS AF=0.994253;AO=167;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352393;FXX=0.0543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.366;QD=60.9982;RBI=0.0369929;REFB=-0.0311821;REVB=0.0112544;RO=4;SAF=70;SAR=97;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192171;STB=0.502415;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000981747;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:174:174:4:1:167:173:0.994253:97:70:0:4:103:70:0:1 chr2 26804247 . T C 763.17 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0237044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7296;QD=16.8657;RBI=0.0304778;REFB=-0.0200139;REVB=-0.0191573;RO=100;SAF=23;SAR=58;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213768;STB=0.619403;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0229224;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:100:100:81:81:0.447514:58:23:48:52:58:23:48:52 chr2 26951449 . G A 311.26 PASS AF=0.923077;AO=20;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0201597;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.418;QD=47.8861;RBI=0.0875787;REFB=-0.0689596;REVB=0.0852268;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524979;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00356192;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:26:0:2:20:24:0.923077:3:17:0:0:6:18:1:1 chr2 27246285 . C T 267.31 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.000156867;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.247;QD=13.2004;RBI=0.0117934;REFB=-0.00420131;REVB=-0.0117923;RO=49;SAF=7;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235144;STB=0.631487;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00732842;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:50:31:31:0.382716:24:7:20:29:24:7:20:30 chr2 27261329 . A G 668.35 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.731;QD=62.1719;RBI=0.0162964;REFB=0;REVB=0.014637;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37002e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:24:19:0:0 chr2 27279013 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.03859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4492;QD=16.0643;RBI=0.0432051;REFB=-0.018545;REVB=-0.0194293;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113876;STB=0.565147;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.022787;OID=.;OPOS=27279013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:8:16:10:8:8:16 chr2 27290525 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.516;QD=64.0209;RBI=0.0290429;REFB=0;REVB=0.0143799;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178341;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr2 27303755 . A G 1007.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.832;QD=59.2401;RBI=0.0272708;REFB=0;REVB=0.0242317;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57616e-05;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:39:27:0:0:39:29:0:0 chr2 27315252 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00368965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.197;QD=16.6611;RBI=0.00450707;REFB=-0.0330469;REVB=-0.00258847;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114401;STB=0.564059;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0322298;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:9:23:17:11:9:23 chr2 27323385 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00280689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.389;QD=18.644;RBI=0.0237431;REFB=-0.00174618;REVB=-0.0235766;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162718;STB=0.592465;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00384507;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:4:9:7:7:4:9 chr2 27324036 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00539217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.09;QD=15.1012;RBI=0.0233657;REFB=-0.0165457;REVB=0.022735;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174825;STB=0.599913;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0154873;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:7:17:17:14:7:17:17:14 chr2 27324724 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0175855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.225;QD=15.8821;RBI=0.0183615;REFB=-0.0168788;REVB=-0.00528157;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.608469;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0194074;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:5:5:7:3:5:5 chr2 27324751 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0272558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.167;QD=8.81105;RBI=0.0292249;REFB=-0.00905489;REVB=-0.0105458;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390901;STB=0.740006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0216946;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:8:3:4:2:8:3 chr2 27351948 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.967;QD=64.415;RBI=0.0615379;REFB=0;REVB=0.0400434;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342041;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr2 27353507 . G C 402.64 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0260783;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.683;QD=24.4025;RBI=0.0281051;REFB=-0.0272662;REVB=-0.0104793;RO=26;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103091;STB=0.56407;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0250537;OID=.;OPOS=27353507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:26:27:39:39:0.590909:22:17:15:11:22:17:16:11 chr2 27355991 . G T 267.44 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00237828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6405;QD=21.8315;RBI=0.0245974;REFB=-0.00784529;REVB=-0.0244821;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198279;STB=0.611205;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.008114;OID=.;OPOS=27355991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:14:10:16:9:14:10 chr2 27361246 . C T 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0406643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.729;QD=18.9488;RBI=0.0409384;REFB=-0.0151858;REVB=0.00472891;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223598;STB=0.6157;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0152715;OID=.;OPOS=27361246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:11:17:9:17:11:17:10:17 chr2 27424636 . G A 1164.0 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.130699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6418;QD=58.9369;RBI=0.155826;REFB=-0.17976;REVB=0.0848496;RO=2;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415859;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0100488;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:45:32:1:1:45:33:0:1 chr2 27428295 . A G 1201.86 PASS AF=0.975904;AO=77;DP=79;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0397442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8939;QD=57.9211;RBI=0.0503567;REFB=-0.07258;REVB=0.0309224;RO=2;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201318;STB=0.510636;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0047224;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:83:2:2:77:81:0.975904:46:31:0:2:46:35:0:2 chr2 27435250 . A G 1780.87 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.817;QD=60.3685;RBI=0.0139435;REFB=0;REVB=-0.000439678;RO=0;SAF=72;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267934;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:118:0:0:114:118:1:42:72:0:0:46:72:0:0 chr2 27440784 . C CT 446.4 PASS AF=1;AO=10;DP=49;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207724;FXX=0.083316;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.355;QD=40.5821;RBI=0.0260043;REFB=0;REVB=-0.0156439;RO=39;SAF=0;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.778875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0224006;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:49:44:44:0:23:21:0:0:3:39:0:10:26:13 chr2 27440785 . C T 543.49 PASS AF=0.895833;AO=38;DP=49;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0018474;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.558;QD=45.2907;RBI=0.0571348;REFB=-0.180107;REVB=0.057105;RO=10;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23608;STB=0.543263;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00841802;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:49:48:10:5:38:43:0.895833:12:26:1:9:17:26:1:4 chr2 27466368 . C T 163.77 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.024886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.124;QD=13.3686;RBI=0.0483186;REFB=0.00120866;REVB=-0.041417;RO=28;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433152;STB=0.794636;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00491939;OID=.;OPOS=27466368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:31:18:18:0.367347:2:16:17:11:2:16:17:14 chr2 27715558 . T C 289.46 PASS AF=0.373626;AO=30;DP=89;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00759099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.181;QD=12.7236;RBI=0.0223343;REFB=-0.00825261;REVB=-0.0210047;RO=58;SAF=9;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239061;STB=0.632374;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0102514;OID=.;OPOS=27715558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:58:57:30:34:0.373626:21:9:29:29:24:10:28:29 chr2 27730940 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0376557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.119;QD=15.1979;RBI=0.0417459;REFB=-0.0229802;REVB=-0.0180213;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268157;STB=0.657361;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.028067;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:8:10:11:3:8:10 chr2 27801403 . C G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9035;QD=60.2295;RBI=0.0623016;REFB=0;REVB=0.00334754;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861134;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr2 27801418 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.476;QD=59.4356;RBI=0.0182226;REFB=0;REVB=0.0134132;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3604e-06;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr2 27801493 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.194;QD=59.0182;RBI=0.0367251;REFB=0;REVB=0.0185672;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053206;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 27801759 . A G 433.06 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507959;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.548;QD=57.7412;RBI=0.0561979;REFB=0;REVB=0.0240413;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539343;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 27838058 . C A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.897;QD=58.2396;RBI=0.0198283;REFB=0;REVB=0.0142753;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40213e-05;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr2 27851918 . G A 334.33 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.0984725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9253;QD=19.3813;RBI=0.100509;REFB=0.0069562;REVB=-0.0201286;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362705;STB=0.699896;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00367383;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:28:6:21:14:28:6 chr2 27876492 . T A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00943392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.249;QD=19.2749;RBI=0.00954732;REFB=-0.0258927;REVB=-0.00146714;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450092;STB=0.525402;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0290871;OID=.;OPOS=27876492;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:9:17:14:9:9:17 chr2 28634790 . G A 556.57 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00318258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.187;QD=17.1252;RBI=0.00907506;REFB=-0.0194733;REVB=-0.0084987;RO=71;SAF=21;SAR=38;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550854;STB=0.530716;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.029252;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:38:21:29:42:38:21:29:42 chr2 28635740 . T C 319.24 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0855736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4141;QD=12.5191;RBI=0.0856214;REFB=-0.0219142;REVB=0.00286165;RO=63;SAF=9;SAR=30;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285452;STB=0.664244;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0327574;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:30:9:29:34:30:9:29:34 chr2 28814033 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0531707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7015;QD=16.7275;RBI=0.0533031;REFB=0.000154225;REVB=0.00375338;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27835;STB=0.658351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00194863;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:5:14:7:9:5:14 chr2 28814548 . A T 328.27 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0167954;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.061;QD=29.8423;RBI=0.0168412;REFB=-0.00452903;REVB=0.00124012;RO=15;SAF=8;SAR=20;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187333;STB=0.576221;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0023676;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:15:16:28:28:0.636364:20:8:1:14:20:8:2:14 chr2 28824793 . C G 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.838;QD=49.5855;RBI=0.0309343;REFB=0;REVB=0.0207576;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82567e-05;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr2 29092679 . T C 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.988;QD=57.0311;RBI=0.0247075;REFB=-0.0106043;REVB=0.0203798;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209857;STB=0.511108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000441473;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:43:22:1:0:43:22:1:0 chr2 29092850 . G T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.096;QD=58.0611;RBI=0.0219984;REFB=0;REVB=0.0197876;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13702e-05;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr2 29129418 . A G 808.84 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5829;QD=56.7604;RBI=0.0372241;REFB=0;REVB=0.0366643;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415288;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 29135468 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.504;QD=57.1063;RBI=0.0158982;REFB=0;REVB=-0.00232861;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61754e-05;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr2 29170623 . G T 1984.25 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.403;QD=62.0078;RBI=0.0484328;REFB=0;REVB=0.00906831;RO=0;SAF=43;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31032e-05;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:128:0:0:121:128:1:78:43:0:0:79:49:0:0 chr2 29222070 . G A 648.08 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.865;QD=61.7214;RBI=0.0709976;REFB=0;REVB=-0.00437902;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149177;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:15:22:0:0:15:27:0:0 chr2 29226498 . G A 429.2 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8208;QD=57.2261;RBI=0.079382;REFB=0;REVB=0.00918049;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716037;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr2 29226512 . A G 334.9 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366084;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.066;QD=51.5228;RBI=0.042143;REFB=-0.0327569;REVB=0.0208772;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000650541;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:0:1:17:8:0:1 chr2 29240060 . A G 1219.28 PASS AF=0.517391;AO=119;DP=231;FAO=119;FDP=230;FR=.;FRO=111;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.0180618;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.831;QD=21.2049;RBI=0.0341528;REFB=-0.0295051;REVB=0.028986;RO=112;SAF=52;SAR=67;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164993;STB=0.510994;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0273846;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:112:111:119:119:0.517391:67:52:51:61:67:52:51:60 chr2 29240673 . G A 801.85 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=63;FSRF=31;FSRR=77;FWDB=0.0016684;FXX=0.0253794;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.807;QD=16.7053;RBI=0.00493397;REFB=-0.0176114;REVB=0.00464333;RO=105;SAF=21;SAR=63;SRF=29;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341664;STB=0.52702;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0189008;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:105:108:84:84:0.4375:63:21:29:76:63:21:31:77 chr2 29240686 . A C 772.05 PASS AF=0.44086;AO=82;DP=186;FAO=82;FDP=186;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=71;FWDB=1.95329e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.152;QD=16.6032;RBI=0.00336589;REFB=-0.0131155;REVB=-0.00336583;RO=100;SAF=25;SAR=57;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596009;STB=0.508144;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0145043;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:100:104:82:82:0.44086:57:25:31:69:57:25:33:71 chr2 29240783 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.953;QD=57.5448;RBI=0.0369497;REFB=0;REVB=-0.00275375;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47025e-05;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr2 29246044 . T C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0893927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.243;QD=18.0355;RBI=0.0899283;REFB=-0.0114789;REVB=-0.00980027;RO=27;SAF=3;SAR=19;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15204;STB=0.58754;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0146727;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:19:3:6:21:19:3:6:21 chr2 29256374 . C T 361.61 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0320422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1799;QD=11.2127;RBI=0.0754569;REFB=-0.000307026;REVB=-0.0683158;RO=84;SAF=21;SAR=24;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916134;STB=0.552554;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000742511;OID=.;OPOS=29256374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:84:84:45:45:0.348837:24:21:46:38:24:21:46:38 chr2 29274720 . A G 409.03 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-6.73107e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1384;QD=17.784;RBI=0.0157082;REFB=-0.0216245;REVB=0.0157081;RO=48;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161425;STB=0.588436;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0114417;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:20:22:17:31:20:22:18:32 chr2 29274730 . G T 394.53 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00197595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.336;QD=17.5345;RBI=0.00241592;REFB=-0.0125309;REVB=-0.00139007;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228989;STB=0.627809;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0132862;OID=.;OPOS=29274730;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:17:24:17:32:17:24:17:32 chr2 29416025 . C CATTG 1701.45 PASS AF=0.902985;AO=107;DP=136;FAO=121;FDP=134;FR=.;FRO=13;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0123869;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=4;MLLD=285.058;QD=50.7897;RBI=0.0189337;REFB=0.00918654;REVB=-0.0143196;RO=13;SAF=58;SAR=49;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151372;STB=0.504472;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=-0.000979055;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.902985:107:136:121:134:13:69:52:8:5:46:13:58:49:8:5 chr2 29416366 . G C 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0091;QD=63.4758;RBI=0.0195873;REFB=0;REVB=-0.000783397;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27246e-05;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr2 29416481 . T C 1674.02 PASS AF=0.991228;AO=109;DP=111;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2074;QD=58.7376;RBI=0.13415;REFB=-0.112633;REVB=0.0413642;RO=2;SAF=47;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197683;STB=0.504853;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00809453;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:114:2:1:109:113:0.991228:62:47:2:0:62:51:1:0 chr2 29416572 . T C 1079.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.22;QD=59.9674;RBI=0.0454147;REFB=0;REVB=0.0453733;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224675;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:38:34:0:0 chr2 29430942 . GTC G 1009.52 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253002;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.896;QD=59.3836;RBI=0.0287683;REFB=0;REVB=-0.0136936;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.67539e-05;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:68:68:0:27:41:0:0:5:0:27:40:0:0 chr2 29444076 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.283;QD=59.1428;RBI=0.0234806;REFB=0;REVB=0.0126721;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87307e-05;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 29444095 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.196;QD=56.9373;RBI=0.0163286;REFB=0;REVB=0.0128097;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86088e-06;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr2 29445458 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.024;QD=61.6839;RBI=0.0739346;REFB=0;REVB=0.0614704;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384063;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr2 29543663 . T C 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.273;QD=61.7738;RBI=0.0650092;REFB=0;REVB=-0.0647683;RO=0;SAF=90;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114907;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:34:90:0:0:34:90:0:0 chr2 29903931 . T A 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.349;QD=59.3206;RBI=0.044987;REFB=0;REVB=0.0421284;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365995;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr2 29940529 . A T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.203;QD=57.7124;RBI=0.0259512;REFB=0;REVB=-0.0146743;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41799e-05;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr2 30381505 . T C 1399.78 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359656;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7881;QD=62.9113;RBI=0.0735623;REFB=0;REVB=0.0641708;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803514;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr2 30980940 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.504;QD=60.9785;RBI=0.0233754;REFB=0;REVB=0.0144107;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32944e-05;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr2 31135184 . G T 338.24 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00892252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.004;QD=11.4659;RBI=0.0104316;REFB=0.000622727;REVB=0.00540426;RO=76;SAF=22;SAR=20;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773111;STB=0.544252;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00107277;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:20:22:45:31:20:22:45:31 chr2 31399988 . C T 297.79 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00431948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1378;QD=18.6119;RBI=0.00869511;REFB=-0.0334325;REVB=0.00754633;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185582;STB=0.592966;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0304822;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:31:32:0.5:18:13:20:12:18:14:20:12 chr2 31410653 . C T 699.93 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2432;QD=62.2158;RBI=0.0547701;REFB=0;REVB=-0.000774125;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234269;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr2 31411184 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.263;QD=39.2068;RBI=0.0307051;REFB=0;REVB=-0.0296015;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652905;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr2 31411242 . C A 61.93 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.328;QD=35.3892;RBI=0.0100609;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306215;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:0:5:0:0:0:7:0:0 chr2 31414223 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.06;QD=46.848;RBI=0.0092953;REFB=0;REVB=-0.00774697;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23299e-05;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr2 31490716 . C G 836.5 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.087888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2789;QD=55.7669;RBI=0.115721;REFB=0.0766777;REVB=-0.0752795;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125832;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00180339;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:37:22:0:1:37:22:0:1 chr2 31571786 . A G 1035.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152797;FXX=0.0810701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.739;QD=60.931;RBI=0.0184553;REFB=0;REVB=-0.0103502;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196009;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr2 31751178 . A T 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0314364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.51;QD=2.35124;RBI=0.0331467;REFB=-0.00359729;REVB=0.0105097;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163247;STB=0.622258;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0162721;OID=.;OPOS=31751178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:3:3:17:30:3:3:17:30 chr2 31805880 . A AG 391.98 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.22812;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2075;QD=44.7971;RBI=0.229235;REFB=0;REVB=-0.0225779;RO=6;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00721744;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:39:35:35:0:18:17:0:0:7:6:17:16:3:3 chr2 32342508 . A T 4869.02 PASS AF=1;AO=312;DP=314;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316548;FXX=0.006349;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3499;QD=62.224;RBI=0.0418627;REFB=-0.00176834;REVB=0.0273945;RO=2;SAF=136;SAR=176;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33585e-05;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:314:313:2:0:312:313:1:176:136:2:0:177:136:0:0 chr2 32667182 . G C 803.84 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649644;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.29;QD=57.4169;RBI=0.0680056;REFB=0;REVB=0.0201094;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197147;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr2 32690189 . A G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0012035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.031;QD=19.4993;RBI=0.00130478;REFB=-0.00668616;REVB=0.000504015;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390947;STB=0.530469;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00916349;OID=.;OPOS=32690189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:14:18:15:14:14:18:15:15 chr2 32843291 . TTTTATTTTTTTTTTAC TTTTATTTTTTTTTAC,TTTTATTTTTTTTTACT,TTTTTTTTTTTAC,TTTTTTTTTTTTTTAC,TTTTTTTTTTTTTTTAC 147.71 PASS AF=0.103448,0.0689655,0.413793,0.0344828,0.0344828;AO=4,2,4,3,2;DP=30;FAO=3,2,12,1,1;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2,2,4,1,1;FSAR=1,0,8,0,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0759422,0.0709768,-0.0121119,-0.0145796,-0.0147838;FXX=0.0644953;HRUN=10,10,1,1,1;LEN=1,3,4,1,1;MLLD=5.15525,22.2482,180.553,183.57,183.715;QD=20.3733;RBI=0.63783,0.326526,0.123106,0.13348,0.120359;REFB=-0.110781,-0.00474308,0.00584827,0.0047996,0.00532002;REVB=-0.633293,-0.318719,0.122508,0.132681,0.119448;RO=10;SAF=1,2,0,3,2;SAR=3,0,4,0,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.182961,0.612877,-0.671791,0.679145,0.612877;STB=0.760371,0.995847,0.517213,0.992788,0.992788;STBP=0.397,0.095,0.917,0.247,0.247;TYPE=del,mnp,del,del,snp;VARB=0.440854,0.142918,-0.125717,0.00963341,0.0392009;OID=.,.,.,.,.;OPOS=32843296,32843305,32843292,32843295,32843295;OREF=T,TAC,TTTA,A,A;OALT=-,ACT,-,-,T;OMAPALT=TTTTATTTTTTTTTAC,TTTTATTTTTTTTTACT,TTTTTTTTTTTAC,TTTTTTTTTTTTTTAC,TTTTTTTTTTTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.103448,0.0689655,0.413793,0.0344828,0.0344828:4,2,4,3,2:30:3,2,12,1,1:29:10:2,2,4,1,1:1,0,8,0,0:3:7:41:10:1,2,0,3,2:3,0,4,0,0:4:6 chr2 32855615 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.753;QD=60.6101;RBI=0.0669031;REFB=0;REVB=0.0607341;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117304;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr2 32983526 . C T 388.52 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00945333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4207;QD=14.2577;RBI=0.0111804;REFB=-0.00151689;REVB=-0.0059696;RO=62;SAF=15;SAR=30;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24272;STB=0.645897;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00208401;OID=.;OPOS=32983526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:64:45:45:0.412844:30:15:35:27:30:15:37:27 chr2 33412077 . G A 260.39 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.060181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.881;QD=24.7991;RBI=0.0688419;REFB=0.00908973;REVB=-0.0334284;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130348;STB=0.50724;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00517886;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:5:13:17:7:5:13 chr2 33447202 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0160143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.918;QD=13.3677;RBI=0.0183295;REFB=0.00426596;REVB=0.0089171;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392661;STB=0.522866;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0106154;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:11:20:11:7:11:20 chr2 33488419 . G A 442.22 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.017944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.656;QD=14.8645;RBI=0.0193956;REFB=-0.00454176;REVB=0.00736223;RO=69;SAF=18;SAR=32;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185357;STB=0.604353;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00621;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:32:18:37:32:32:18:37:32 chr2 33510916 . G T 536.76 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0103027;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.683;QD=23.5939;RBI=0.0183864;REFB=-0.0178759;REVB=-0.0152287;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119055;STB=0.565382;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0138675;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:41:50:50:0.549451:28:22:24:17:28:22:24:17 chr2 33540248 . G A 579.66 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.00200967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9459;QD=20.3388;RBI=0.00899764;REFB=-0.00751432;REVB=-0.00877033;RO=55;SAF=31;SAR=28;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188547;STB=0.603506;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00546226;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:28:31:17:38:28:31:17:38 chr2 33557974 . A G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00633097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.809;QD=14.697;RBI=0.00708511;REFB=-0.0108492;REVB=0.00318083;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635182;STB=0.536866;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0152607;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:13:10:6:10:13:10 chr2 33585796 . T C 1866.49 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=126;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0719329;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.558;QD=60.2092;RBI=0.0825415;REFB=-0.106566;REVB=-0.0404814;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00256843;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:124:0:1:121:123:0.991935:59:62:0:0:59:64:0:1 chr2 33774761 . T C 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00409131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.229;QD=17.5362;RBI=0.0113863;REFB=-0.00507487;REVB=-0.0106258;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148487;STB=0.501638;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00731469;OID=.;OPOS=33774761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:18:16:18:19:18:16:18:20 chr2 33952413 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0502082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.021;QD=21.0075;RBI=0.0603102;REFB=-0.0266291;REVB=-0.0334135;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917663;STB=0.551914;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0161669;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:14:5:6:11:14:5:6:11 chr2 33952456 . C G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.209;QD=52.7696;RBI=0.0218619;REFB=-0.028507;REVB=0.0184042;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000817113;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr2 36704144 . C T 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00884162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.241;QD=15.8306;RBI=0.0378252;REFB=0.00213868;REVB=-0.0367773;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180579;STB=0.595861;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00416417;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:22:17:32:20:22:17:32:21 chr2 36756288 . T C 1553.25 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00583498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.11;QD=62.7574;RBI=0.0131968;REFB=0.0562895;REVB=0.0118368;RO=1;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724211;STB=0.503816;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.000119838;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:65:33:0:1:65:33:0:1 chr2 36776049 . GT G 218.97 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.090528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.3121;QD=10.5529;RBI=0.0910926;REFB=0.0262177;REVB=-0.0101264;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120378;STB=0.56161;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=-0.034638;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445783:37:83:37:83:46:21:16:21:25:99:45:21:16:20:25 chr2 36776555 . G T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.026887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.261;QD=16.7548;RBI=0.0269674;REFB=-0.00156946;REVB=0.00208165;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934047;STB=0.552589;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00182056;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:8:20:15:9:8:20 chr2 36781401 . T C 334.4 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.03548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2068;QD=19.3855;RBI=0.0599045;REFB=-0.0225108;REVB=-0.0482671;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638967;STB=0.535544;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0231772;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:15:20:17:17:15:20:17:17 chr2 36782886 . G A 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0095066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.945;QD=7.0664;RBI=0.0360452;REFB=0.00261404;REVB=-0.034769;RO=47;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402775;STB=0.736574;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00736013;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:5:12:17:30:5:12:18:30 chr2 36783127 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00873181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.361;QD=12.4824;RBI=0.0244302;REFB=-0.0108439;REVB=0.0228165;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566983;STB=0.53328;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0145078;OID=.;OPOS=36783127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:4:15:9:3:4:15 chr2 36808732 . T G 709.74 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.933;QD=54.5957;RBI=0.0428652;REFB=0.10099;REVB=0.00465844;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000413243;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chr2 36810586 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.459;QD=63.2868;RBI=0.0129834;REFB=0;REVB=0.0127511;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28833e-05;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr2 37000915 . C A 838.09 PASS AF=0.497076;AO=85;DP=172;FAO=85;FDP=171;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0487158;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3351;QD=19.6043;RBI=0.0544993;REFB=-0.0154786;REVB=-0.0244324;RO=87;SAF=41;SAR=44;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738832;STB=0.538049;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0131811;OID=.;OPOS=37000915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:87:86:85:85:0.497076:44:41:35:52:44:41:35:51 chr2 37028486 . T C 1381.22 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.901;QD=61.3876;RBI=0.0415351;REFB=-0.10641;REVB=0.0402197;RO=1;SAF=55;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853897;STB=0.504424;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000966476;OID=.;OPOS=37028486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:33:55:1:0:33:56:1:0 chr2 37035934 . A G 915.96 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2631;QD=57.2472;RBI=0.0772855;REFB=0;REVB=-0.00255113;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401439;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:34:29:1:0:34:30:0:0 chr2 37035945 . C A 894.78 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373031;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.137;QD=56.8113;RBI=0.0373173;REFB=-0.101101;REVB=0.00103103;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000632094;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:0:1:32:30:0:1 chr2 37041439 . C T 724.1 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0010204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.12;QD=59.1103;RBI=0.0134419;REFB=-0.0995707;REVB=0.0134031;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303164;STB=0.508437;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00128659;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:32:15:1:0:32:15:1:1 chr2 37094945 . A G 491.36 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0111822;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=104.872;QD=51.7222;RBI=0.0120096;REFB=-0.0913407;REVB=0.00438043;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507688;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00267956;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:0:3:35:35:0.921053:20:15:0:0:20:15:1:2 chr2 37227797 . C G 631.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1623;QD=61.626;RBI=0.0682956;REFB=0;REVB=-0.0566087;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327139;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr2 37306343 . G A 2423.71 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.015;QD=60.9737;RBI=0.0057795;REFB=0;REVB=0.00235356;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32591e-07;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:159:0:0:156:159:1:80:76:0:0:80:79:0:0 chr2 37317869 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.051;QD=60.7161;RBI=0.0228022;REFB=0;REVB=-0.0191589;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14843e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr2 37406644 . A G 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00325834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.139;QD=11.5706;RBI=0.00508741;REFB=-0.000645654;REVB=0.00390704;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143863;STB=0.583264;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00189101;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:19:23:10:14:19:23 chr2 37406680 . C G 123.86 PASS AF=0.276923;AO=17;DP=66;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00189997;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.069;QD=7.62197;RBI=0.0106409;REFB=-0.00374705;REVB=0.0104699;RO=41;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342504;STB=0.659615;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00616964;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:47:17:18:0.276923:5:12:17:24:6:12:21:26 chr2 37438993 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.306;QD=60.6101;RBI=0.0342215;REFB=0;REVB=0.000284245;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227909;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 37456032 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1188;QD=42.1823;RBI=0.0435956;REFB=0;REVB=0.020318;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704374;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr2 37458711 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.065;QD=61.375;RBI=0.0313569;REFB=0;REVB=0.0309724;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45455e-05;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr2 37477794 . C A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.109;QD=62.9807;RBI=0.0434163;REFB=0;REVB=-0.0415911;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135014;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr2 37518045 . G C 598.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124303;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.45;QD=61.3517;RBI=0.0146785;REFB=0;REVB=0.00780691;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13812e-05;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr2 37579937 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0186898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0885;QD=17.2648;RBI=0.024115;REFB=-0.00686325;REVB=-0.0152389;RO=42;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326995;STB=0.68335;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0168346;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:25:11:27:15:25:11:27:15 chr2 37579971 . C T 556.24 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0109278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7167;QD=22.7036;RBI=0.0176362;REFB=-0.00878423;REVB=0.0138426;RO=46;SAF=14;SAR=38;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308421;STB=0.670519;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00587853;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:38:14:28:18:38:14:28:18 chr2 37599963 . A C 346.74 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0225458;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.736;QD=31.5221;RBI=0.0227754;REFB=-0.00672842;REVB=0.00322559;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137372;STB=0.584966;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00507294;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:14:15:29:29:0.659091:14:15:4:10:14:15:4:11 chr2 37872315 . TAAAA GTAAA,TAAA,TAA,TAAAT 421.15 PASS AF=0,0.274648,0.204225,0.056338;AO=5,33,29,8;DP=141;FAO=0,39,29,8;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=0,14,0,2;FSAR=0,25,29,6;FSRF=60;FSRR=6;FWDB=-0.0423542,-0.0844927,-0.0406658,-0.0172407;FXX=0.0273954;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=23.8257,11.4271,23.6541,194.375;QD=11.8633;RBI=0.0573684,0.188397,0.0997275,0.0400742;REFB=-0.0642332,-0.124489,-0.0612502,-0.0123273;REVB=-0.0386944,-0.168387,-0.0910597,-0.036176;RO=56;SAF=0,22,0,2;SAR=5,11,29,6;SRF=50;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.794982,-0.32165,-0.882849,-0.705193;STB=0.5,0.809864,0.999746,0.938947;STBP=1,0,0,0.252;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,-0.0715923,0.0570127,0.0306779;OID=.,.,.,.;OPOS=37872315,37872316,37872316,37872319;OREF=TA,A,AA,A;OALT=GT,-,-,T;OMAPALT=GTAAA,TAAA,TAA,TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:141:142:56:66:5,33,29,8:0,39,29,8:0,0.274648,0.204225,0.056338:5,11,29,6:0,22,0,2:50:6:0,25,29,6:0,14,0,2:60:6 chr2 37872508 . G A 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.746;QD=61.7738;RBI=0.0247714;REFB=0;REVB=-0.0115777;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14662e-05;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr2 37873712 . T C 677.89 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.00463552;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.535;QD=16.0447;RBI=0.014136;REFB=0.00631397;REVB=0.0133544;RO=95;SAF=35;SAR=39;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537775;STB=0.529968;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0109469;OID=.;OPOS=37873712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:95:95:74:74:0.43787:39:35:50:45:39:35:50:45 chr2 38179134 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.194;QD=58.2396;RBI=0.0140711;REFB=0;REVB=0.00717558;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50062e-05;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr2 38298150 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.359;QD=57.1774;RBI=0.0147079;REFB=0;REVB=0.00385856;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75626e-05;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr2 38298203 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8585;QD=62.9828;RBI=0.0513607;REFB=0;REVB=0.0510986;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431552;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr2 38916970 . A T 894.47 PASS AF=0.586957;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=138;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00742403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.083;QD=25.9268;RBI=0.00868516;REFB=-0.00108402;REVB=0.0045073;RO=57;SAF=45;SAR=36;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316168;STB=0.517181;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000825784;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:57:57:81:81:0.586957:36:45:34:23:36:45:34:23 chr2 39008949 . G A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0126541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.524;QD=19.5769;RBI=0.0517236;REFB=-0.0130613;REVB=0.0501518;RO=31;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208886;STB=0.511621;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0124111;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:22:11:11:20:22:11:11:20 chr2 39025555 . G A 993.87 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356051;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.929;QD=59.3358;RBI=0.00473303;REFB=0;REVB=-0.0031184;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70162e-06;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr2 39050141 . A C 326.42 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.398;QD=52.2272;RBI=0.0492825;REFB=0;REVB=0.0490685;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391607;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr2 39082344 . T C 1267.47 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00165052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.157;QD=60.3556;RBI=0.0042677;REFB=0.0265079;REVB=-0.00393561;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000345637;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:39:43:0:1:40:43:0:1 chr2 39209426 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.143;QD=42.1802;RBI=0.0756534;REFB=0;REVB=0.0755347;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172494;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr2 39209673 . C T 584.54 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0352594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.559;QD=22.2683;RBI=0.0352634;REFB=-0.00133006;REVB=-0.000531611;RO=47;SAF=28;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468882;STB=0.525683;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000982988;OID=.;OPOS=39209673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:30:28:20:27:30:28:20:27 chr2 39212637 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.245;QD=37.4885;RBI=0.00375561;REFB=0;REVB=0.00375561;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80106e-05;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 39477170 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0073845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.893;QD=22.7947;RBI=0.00806286;REFB=-0.0302594;REVB=0.0032371;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603007;STB=0.503368;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0264286;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:6:15:17:7:6:15 chr2 39507417 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.014;QD=56.1916;RBI=0.0287377;REFB=0;REVB=0.0034648;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310962;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 39583446 . A G 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2774;QD=60.8802;RBI=0.0430067;REFB=0;REVB=0.00312849;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026271;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr2 39996230 . G A 271.95 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00216802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8559;QD=17.2667;RBI=0.00727674;REFB=-0.0292546;REVB=-0.00694627;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104867;STB=0.558815;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.032442;OID=.;OPOS=39996230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:15:18:13:17:15:18 chr2 40339717 . T G 154.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00911684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.626;QD=14.7393;RBI=0.0234661;REFB=-0.00434564;REVB=-0.0216227;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37406;STB=0.728333;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00813724;OID=.;OPOS=40339717;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:13:4:14:10:13:4:15:10 chr2 42165754 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00745651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0025;QD=12.9749;RBI=0.0237685;REFB=-0.00503485;REVB=-0.0225687;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333332;STB=0.695334;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00658034;OID=.;OPOS=42165754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:12:6:8:4:12:6 chr2 42510018 . A G 1560.13 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663468;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2728;QD=59.4336;RBI=0.0996258;REFB=0;REVB=-0.0743195;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014703;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr2 42515388 . A G 1098.39 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.493;QD=60.1859;RBI=0.0215746;REFB=0;REVB=0.00930939;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7198e-05;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr2 42515437 . A G 286.47 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0168886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0536;QD=18.1886;RBI=0.0369555;REFB=-0.0297638;REVB=0.0328707;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168673;STB=0.509428;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0294117;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:18:14:13:18:18:14 chr2 42560975 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6751;QD=63.286;RBI=0.0338823;REFB=0;REVB=0.00125541;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396488;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr2 42588195 . T C 601.46 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0429051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8188;QD=18.65;RBI=0.0816421;REFB=-0.00202561;REVB=-0.0694593;RO=67;SAF=34;SAR=28;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364765;STB=0.50202;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.000953588;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:28:34:37:30:28:34:37:30 chr2 42990101 . G C 1274.15 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.646;QD=61.4047;RBI=0.0152229;REFB=0;REVB=0.00827801;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35541e-05;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:36:46:0:0:37:46:0:0 chr2 42990336 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.451;QD=62.6711;RBI=0.0314542;REFB=0;REVB=0.0182243;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11791e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr2 42990522 . C T 1233.85 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.281;QD=60.9311;RBI=0.115253;REFB=0;REVB=0.0303372;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474689;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:1:0:80:81:1:47:33:1:0:47:34:0:0 chr2 43015704 . T A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.000282714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3833;QD=10.3803;RBI=0.0511327;REFB=0.00139817;REVB=-0.0511319;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204393;STB=0.609637;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00369416;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:8:10:13:22:8:10:14:22 chr2 43015719 . T C 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00774438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.435;QD=9.59977;RBI=0.00816834;REFB=-0.0116684;REVB=-0.00259736;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178615;STB=0.602475;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00693524;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:37:17:17:0.314815:8:9:13:22:8:9:14:23 chr2 43015757 . G A 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00157183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.307;QD=9.33451;RBI=0.0252543;REFB=-0.0176754;REVB=-0.0252054;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419879;STB=0.525508;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0529306;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:13:18:8:5:13:18 chr2 44066174 . T G 1171.14 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2709;QD=60.0584;RBI=0.103491;REFB=0;REVB=0.0628999;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002798;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:78:0:0:64:78:1:23:41:0:0:27:51:0:0 chr2 44071743 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.973;QD=61.3364;RBI=0.0102636;REFB=0;REVB=-0.00890819;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39372e-05;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr2 44101538 . C T 1130.2 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.424;QD=58.7115;RBI=0.0343296;REFB=0;REVB=0.0143204;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02808e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:39:35:0:0:40:37:0:0 chr2 44104925 . T C 959.53 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4081;QD=57.2857;RBI=0.100059;REFB=0;REVB=0.0651422;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727632;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:60:67:1:41:19:0:0:42:25:0:0 chr2 44622132 . TA T 60.89 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0486598;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.49793;QD=10.5897;RBI=0.195009;REFB=-0.114281;REVB=0.188841;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.592461;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.159234;OID=.;OPOS=44622133;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:13:23:14:23:9:8:6:3:6:17:9:7:6:3:6 chr2 44981185 . C T 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.000260547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.899;QD=16.577;RBI=0.017091;REFB=-0.0126514;REVB=-0.017089;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464098;STB=0.526063;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0192884;OID=.;OPOS=44981185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:22:16:15:17:22:16 chr2 45171842 . A G 836.97 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00581997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.379;QD=55.7982;RBI=0.0270015;REFB=-0.0848009;REVB=0.0263668;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000270345;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:60:0:1:57:59:0.983333:14:43:0:0:14:45:1:0 chr2 46070220 . C A 617.41 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0120483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.079;QD=17.5151;RBI=0.0141051;REFB=-0.0117189;REVB=0.00733446;RO=77;SAF=38;SAR=26;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225881;STB=0.51257;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0111137;OID=.;OPOS=46070220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:26:38:44:33:26:38:44:33 chr2 46313481 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.241;QD=58.5997;RBI=0.0388488;REFB=0;REVB=0.0386878;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103735;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr2 46414169 . G A 902.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8246;QD=58.2015;RBI=0.0674592;REFB=0;REVB=0.0657524;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348936;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:36:26:0:0 chr2 46414434 . C A 613.66 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.305;QD=61.3656;RBI=0.0493585;REFB=0;REVB=0.0296694;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156569;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr2 46808710 . C T 611.7 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00306902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6646;QD=16.759;RBI=0.0290099;REFB=-0.0196123;REVB=-0.0288471;RO=82;SAF=27;SAR=37;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115866;STB=0.564683;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.018014;OID=.;OPOS=46808710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:82:82:64:64:0.438356:37:27:44:38:37:27:44:38 chr2 46987300 . T G 36.6 PASS AF=0.3;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0466914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5031;QD=7.32091;RBI=0.0700575;REFB=-0.0134163;REVB=-0.0522299;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0277348;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:13:14:6:6:0.3:4:2:5:8:4:2:5:9 chr2 46990012 . T TAC 84.41 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0430013;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.111;QD=17.7696;RBI=0.0446311;REFB=-0.0298988;REVB=-0.0119509;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54637;STB=0.839197;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0616479;OID=.;OPOS=46990013;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:10:27:10:19:9:9:1:3:6:71:15:9:1:7:8 chr2 47045309 . C T 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5144;QD=55.6474;RBI=0.0319723;REFB=0;REVB=0.0226659;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129704;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr2 47045321 . A G 249.36 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0133753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1277;QD=33.2479;RBI=0.0194999;REFB=0.066146;REVB=0.0141897;RO=8;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106145;STB=0.558229;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0232796;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:9:13:3:5:9:13:3:5 chr2 47201797 . A T 998.65 PASS AF=0.83;AO=73;DP=93;FAO=83;FDP=100;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.10032;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.7538;QD=39.946;RBI=0.103565;REFB=-0.131369;REVB=0.0257211;RO=20;SAF=30;SAR=43;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137156;STB=0.54876;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0361204;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:93:100:20:17:73:83:0.83:43:30:15:5:48:35:12:5 chr2 47251510 . G C 341.18 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0375572;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.039;QD=25.7491;RBI=0.0410196;REFB=-0.0179807;REVB=0.0164946;RO=20;SAF=8;SAR=25;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706263;STB=0.52228;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0114816;OID=.;OPOS=47251510;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:20:20:33:33:0.622642:25:8:5:15:25:8:4:16 chr2 47301029 . A G 804.05 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481103;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.246;QD=57.4323;RBI=0.00954943;REFB=0;REVB=0.00824898;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51375e-05;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 627.09 PASS AF=0.0634921,0.793651;AO=8,43;DP=66;FAO=4,50;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=4,28;FSAR=0,22;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000594084,0.0113291;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=185.821,220.688;QD=39.8154;RBI=0.00154911,0.0126682;REFB=-0.0256719,-0.0349507;REVB=0.00143067,0.0056686;RO=14;SAF=6,23;SAR=2,20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135085,-0.0496104;STB=0.996927,0.517801;STBP=0.04,0.537;TYPE=snp,ins;VARB=0.0312263,0.00728135;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:66:63:14:9:8,43:4,50:0.0634921,0.793651:2,20:6,23:9:5:0,22:4,28:4:5 chr2 47601106 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3046;QD=57.0005;RBI=0.0200511;REFB=0;REVB=-0.0199208;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199476;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr2 47739551 . A G 1472.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.82;QD=63.3295;RBI=0.0130373;REFB=0;REVB=0.0117223;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3046e-06;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:60:32:0:0:60:33:0:0 chr2 48602252 . C T 418.25 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00627319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.738;QD=17.4269;RBI=0.010168;REFB=-0.00483477;REVB=-0.00800223;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622733;STB=0.534867;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00565994;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:20:23:25:28:20:23:25:28 chr2 48713777 . C T 296.9 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00129663;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.291;QD=17.2114;RBI=0.0147893;REFB=-0.0110505;REVB=-0.0147323;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647249;STB=0.534225;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0132789;OID=.;OPOS=48713777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:35:37:32:32:0.463768:17:15:14:21:17:15:15:22 chr2 48756682 . C G 783.56 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0621;QD=19.8368;RBI=0.0554109;REFB=-0.0369089;REVB=0.00482957;RO=78;SAF=39;SAR=41;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057984;STB=0.531866;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0315324;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:78:80:80:0.506329:41:39:33:45:41:39:33:45 chr2 48822381 . G A 205.92 PASS AF=0.588235;AO=14;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00136701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.713;QD=24.2258;RBI=0.0179301;REFB=-0.00266445;REVB=0.0178779;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551669;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00403908;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:14:20:0.588235:10:4:4:10:16:4:4:10 chr2 48825620 . A G 107.66 PASS AF=0.448276;AO=10;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00186235;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.316;QD=14.8491;RBI=0.0018734;REFB=-0.0192316;REVB=0.000203199;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0262864;OID=.;OPOS=48825620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:16:10:13:0.448276:8:2:6:7:8:5:7:9 chr2 48825650 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0668729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.063;QD=16.2716;RBI=0.0813958;REFB=0.0100641;REVB=0.0464036;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00541779;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:9:6:8:9:9:6:8:10 chr2 48873978 . A G 283.91 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00356313;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.904;QD=14.7485;RBI=0.00883762;REFB=0.0157642;REVB=0.0080875;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06357;STB=0.536077;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0347537;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:19:13:21:24:19:13:21:24 chr2 48898798 . T A 1810.76 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0364314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1413;QD=58.4115;RBI=0.0999229;REFB=0.0589513;REVB=-0.0930448;RO=3;SAF=49;SAR=72;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341611;STB=0.501799;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00304931;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:3:3:121:121:0.975806:72:49:1:2:72:49:1:2 chr2 48915171 . CA C 73.29 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.100636;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.61723;QD=8.14294;RBI=0.110771;REFB=-0.109521;REVB=0.0462869;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146377;STB=0.517224;STBP=0.849;TYPE=del;VARB=0.0997967;OID=.;OPOS=48915172;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:20:36:20:36:16:12:8:9:7:51:15:13:7:7:8 chr2 48915871 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2602;QD=59.6778;RBI=0.0436967;REFB=0;REVB=0.0430435;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423795;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr2 48921375 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.942;QD=59.8544;RBI=0.0334263;REFB=0;REVB=0.0184726;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66392e-05;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr2 48948856 . A G 152.05 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.038536;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2518;QD=11.4754;RBI=0.0464335;REFB=-0.0214509;REVB=0.0259045;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377953;STB=0.676751;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0360057;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:29:34:19:19:0.358491:11:8:23:6:11:8:24:10 chr2 48960032 . G A 167.8 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0117676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.729;QD=15.6091;RBI=0.0119624;REFB=-0.00335124;REVB=0.00215017;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116321;STB=0.566936;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00547211;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:11:14:8:10:11:14 chr2 49189921 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.353;QD=63.0525;RBI=0.0286071;REFB=0;REVB=0.0269733;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21821e-05;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr2 49191041 . C T 746.36 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.4;QD=63.5198;RBI=0.0564454;REFB=0;REVB=-0.00524137;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112512;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr2 50201110 . A G 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0596451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3002;QD=14.118;RBI=0.0604119;REFB=-0.0200458;REVB=-0.00959446;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109015;STB=0.554872;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0320151;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:27:27:0.415385:16:11:19:18:16:11:19:19 chr2 51254901 . G A 652.2 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=0.0319269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1931;QD=20.7047;RBI=0.0323881;REFB=-0.00109403;REVB=-0.00544622;RO=59;SAF=40;SAR=25;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140202;STB=0.573312;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00121694;OID=.;OPOS=51254901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:61:65:65:0.515873:25:40:45:14:25:40:46:15 chr2 53992593 . A T 598.51 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0265558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.031;QD=18.1367;RBI=0.0265725;REFB=-0.0247296;REVB=0.000940562;RO=70;SAF=37;SAR=25;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754832;STB=0.541782;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0212022;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:25:37:47:23:25:37:47:23 chr2 54115904 . A G 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.000864316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.137;QD=14.8056;RBI=0.00272119;REFB=-0.00998292;REVB=-0.00258028;RO=56;SAF=15;SAR=23;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221515;STB=0.625351;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0121085;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:23:15:34:22:23:15:34:22 chr2 54120025 . A T 446.83 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00571322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.271;QD=14.0733;RBI=0.0268496;REFB=-0.00477827;REVB=-0.0262347;RO=76;SAF=20;SAR=31;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885533;STB=0.550043;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00764078;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:31:20:36:40:31:20:36:40 chr2 54120820 . G A 240.25 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0261945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4472;QD=16.5687;RBI=0.0313691;REFB=-0.00491125;REVB=0.0172589;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566566;STB=0.524228;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00548541;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:11:16:16:14:11:16:17:14 chr2 54125495 . T C 131.59 PASS AF=0.3;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00694277;FXX=0.0476115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.616;QD=8.77253;RBI=0.02099;REFB=0.00318168;REVB=-0.0198086;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152668;STB=0.604282;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00825787;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:27:42:18:18:0.3:8:10:11:16:8:10:17:25 chr2 54127041 . C T 551.21 PASS AF=0.402685;AO=61;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0213512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7568;QD=14.7975;RBI=0.0235029;REFB=-0.00416461;REVB=0.00982409;RO=87;SAF=34;SAR=27;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619878;STB=0.509765;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00683615;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:87:89:61:60:0.402685:27:34:49:38:26:34:49:40 chr2 54135936 . T C 236.15 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000578233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.399;QD=19.2778;RBI=0.0263132;REFB=-0.0153932;REVB=0.0263069;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839702;STB=0.558932;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0166413;OID=.;OPOS=54135936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:9:14:13:12:9:14:13:13 chr2 54587596 . C T 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1977;QD=63.5758;RBI=0.0645878;REFB=0;REVB=0.0506779;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143324;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 54756740 . C T 91.39 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0330153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.196;QD=18.2789;RBI=0.0335273;REFB=-0.011671;REVB=0.00583699;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0112235;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr2 54895851 . G T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00597229;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=268.763;QD=11.9536;RBI=0.00597229;REFB=-0.00738202;REVB=0;RO=11;SAF=8;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108599;OID=.;OPOS=54895851;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:0:8:11:0:0:8:11:0 chr2 55040426 . A G 513.37 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00453834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.082;QD=24.4463;RBI=0.0317915;REFB=-0.0255143;REVB=0.031466;RO=36;SAF=17;SAR=31;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975475;STB=0.553549;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0142642;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:31:17:17:19:31:17:17:19 chr2 55186394 . A C 214.17 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0127444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.673;QD=16.4746;RBI=0.01357;REFB=-0.000790214;REVB=0.00466117;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2354;STB=0.658112;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00171083;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:23:24:0.461538:7:16:13:15:7:17:12:16 chr2 55404794 . G A 260.58 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0163241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.407;QD=14.4767;RBI=0.0232058;REFB=-0.0296641;REVB=-0.0164934;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147208;STB=0.583279;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0272359;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:15:15:15:27:15:15:15:27 chr2 55407754 . C T 1193.99 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374655;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.7;QD=61.2303;RBI=0.0630007;REFB=0;REVB=0.05065;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139665;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr2 55470115 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.533;QD=62.6707;RBI=0.035125;REFB=0;REVB=-0.0338409;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679392;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr2 55481322 . T A 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00225931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.2;QD=18.5395;RBI=0.0129759;REFB=-0.00614061;REVB=-0.0127777;RO=50;SAF=28;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767066;STB=0.542837;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00517556;OID=.;OPOS=55481322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:16:28:28:22:16:28:28:22 chr2 55490819 . G T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00062658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9626;QD=61.3305;RBI=0.0231513;REFB=0;REVB=0.0231428;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239604;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr2 55516723 . C T 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000784266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.668;QD=57.3714;RBI=0.00211103;REFB=0;REVB=-0.00195995;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03498e-06;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:42:15:0:0:42:15:0:0 chr2 55522422 . A G 1787.74 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.093;QD=60.6013;RBI=0.027865;REFB=0;REVB=0.027525;RO=1;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6419e-05;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:1:0:117:118:1:64:53:0:1:65:53:0:0 chr2 55599655 . G A 507.24 PASS AF=0.5;AO=52;DP=107;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0021363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.176;QD=18.4451;RBI=0.00232758;REFB=-0.00544516;REVB=-0.000924039;RO=52;SAF=18;SAR=34;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996521;STB=0.542489;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00614499;OID=.;OPOS=55599655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:52:55:52:55:0.5:34:18:13:39:37:18:14:41 chr2 55727140 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.016731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.145;QD=12.0517;RBI=0.0269448;REFB=-0.0146573;REVB=-0.021121;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0317475;OID=.;OPOS=55727140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr2 55771161 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1034;QD=60.7154;RBI=0.047946;REFB=0;REVB=-0.0456204;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200064;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr2 55805440 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.804;QD=64.1515;RBI=0.0235906;REFB=0;REVB=0.0139375;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255745;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr2 55873385 . C G 574.44 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00473481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.038;QD=21.0803;RBI=0.00582651;REFB=-0.0156736;REVB=-0.00339556;RO=51;SAF=25;SAR=33;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084234;STB=0.546307;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0135726;OID=.;OPOS=55873385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:33:25:27:24:33:25:27:24 chr2 55883317 . G T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.013742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.084;QD=16.0718;RBI=0.0194492;REFB=-0.00391943;REVB=0.0137633;RO=35;SAF=6;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369799;STB=0.710595;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00489603;OID=.;OPOS=55883317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:23:6:19:16:23:6:19:16 chr2 55912120 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0494138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.333;QD=23.8205;RBI=0.0649744;REFB=-0.0125039;REVB=0.0421894;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218672;STB=0.512184;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0101729;OID=.;OPOS=55912120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:12:5:7:15:12:5 chr2 58359041 . G A 579.86 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0377569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.308;QD=20.346;RBI=0.0390288;REFB=-0.013687;REVB=-0.00988259;RO=55;SAF=28;SAR=31;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143309;STB=0.507891;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00748651;OID=.;OPOS=58359041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:31:28:27:28:31:28:27:28 chr2 58388696 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.237;QD=55.0987;RBI=0.0166398;REFB=0;REVB=0.0145107;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115306;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 60614572 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.824;QD=62.0219;RBI=0.00974251;REFB=0;REVB=-0.0014005;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72637e-05;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr2 60614577 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.475;QD=61.6839;RBI=0.0211556;REFB=0;REVB=-0.0115455;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7833e-05;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr2 60685072 . CTTTTTTGT CTTTTTGT,CTTTTTGTC 149.28 PASS AF=0.740741,0.259259;AO=3,3;DP=27;FAO=20,7;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=7,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.01619,0.0173765;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=6.05187,136.315;QD=22.1154;RBI=1.05086,0.0232538;REFB=-0.0118643,0.00575075;REVB=-0.267716,-0.015453;RO=10;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78742,-0.78742;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0611942,0.190162;OID=.,.;OPOS=60685073,60685078;OREF=T,TGT;OALT=-,GTC;OMAPALT=CTTTTTGT,CTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.740741,0.259259:3,3:27:20,7:27:0:13,0:7,7:0:0:33:10:0,0:3,3:9:1 chr2 60687959 . A G 1031.71 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.931;QD=58.1246;RBI=0.018693;REFB=-0.141404;REVB=0.00405634;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185343;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000599831;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:45:25:1:0:45:25:1:0 chr2 60867976 . C T 195.66 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0302341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0192;QD=17.7873;RBI=0.0403596;REFB=-0.00521123;REVB=0.0267357;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398935;STB=0.522705;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00873109;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:11:13:10:10:11:13 chr2 61450454 . A G 1392.17 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0076;QD=61.8742;RBI=0.0260391;REFB=0;REVB=-0.00126465;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152645;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:47:42:1:0:47:43:0:0 chr2 61522123 . T C 1453.25 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6293;QD=63.185;RBI=0.0580192;REFB=0;REVB=0.0364306;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644341;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr2 61575308 . A G 958.73 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439854;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.721;QD=58.9986;RBI=0.068925;REFB=0;REVB=0.0530654;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170206;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr2 61577435 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00248659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.215;QD=21.6305;RBI=0.0209548;REFB=-0.0110371;REVB=0.0208068;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10036;STB=0.555519;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0071215;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:9:15:15:15:9:15 chr2 61647901 . A G 731.23 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054963;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.612;QD=63.5848;RBI=0.0731357;REFB=0;REVB=0.0482483;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656718;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 62065759 . C T 289.2 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0104531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.327;QD=16.2931;RBI=0.0113788;REFB=0.00421813;REVB=-0.00449561;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142909;STB=0.586883;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00471857;OID=.;OPOS=62065759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:13:18:17:22:13:19:17:22 chr2 62066927 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4998;QD=58.4195;RBI=0.0635964;REFB=0;REVB=0.0297458;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286582;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr2 62081012 . A C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.664;QD=61.8524;RBI=0.00613925;REFB=0;REVB=0.00592273;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47117e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chr2 62729674 . T C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000591365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.52;QD=62.0069;RBI=0.0521089;REFB=0;REVB=0.0521056;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102387;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr2 62738931 . G C 1224.16 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2443;QD=60.4525;RBI=0.0140672;REFB=0;REVB=0.00186213;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315161;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:43:38:0:0 chr2 63170921 . C G 626.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.757;QD=61.0998;RBI=0.0272737;REFB=0;REVB=-0.0229535;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75518e-05;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr2 63283178 . C G 520.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.943;QD=59.4477;RBI=0.0534124;REFB=0;REVB=0.034315;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375229;OID=.;OPOS=63283178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:13:22:0:0 chr2 63395979 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.508;QD=55.656;RBI=0.0732872;REFB=0;REVB=0.0140279;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010446;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr2 63849491 . T C 673.83 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0182594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.035;QD=27.2252;RBI=0.0210312;REFB=-0.0152143;REVB=0.0104358;RO=40;SAF=26;SAR=33;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136206;STB=0.574182;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00790108;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:33:26:25:15:33:26:25:15 chr2 64124722 . C A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0154839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.446;QD=6.52645;RBI=0.0220614;REFB=-0.00266464;REVB=-0.0157148;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537883;STB=0.846807;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0037126;OID=.;OPOS=64124722;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:12:8:6:1:12:8 chr2 64327544 . G T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00392945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.108;QD=11.9168;RBI=0.00942399;REFB=0.00326467;REVB=0.00856569;RO=37;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676166;STB=0.539289;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00602457;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:16:6:12:25:16:6:12:25 chr2 64327592 . T C 233.47 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00588895;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3031;QD=12.4519;RBI=0.0347812;REFB=-0.0126925;REVB=0.034279;RO=46;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130186;STB=0.570123;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0178749;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:46:47:28:28:0.373333:20:8:18:28:20:8:18:29 chr2 64819380 . G A 208.62 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0158822;FXX=0.040808;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.29;QD=17.7548;RBI=0.0191954;REFB=-0.00306903;REVB=0.0107805;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.555503;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0044042;OID=.;OPOS=64819380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:11:9:15:11:11:10:15:11 chr2 64861279 . AAT A,AAA 199.3 PASS AF=0.568627,0;AO=12,9;DP=73;FAO=29,0;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.127738,0.00380118;FXX=0.0192271;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.4188,13.989;QD=15.6313;RBI=0.172794,0.144385;REFB=-0.0962513,0.0421585;REVB=-0.116365,0.144335;RO=44;SAF=3,5;SAR=9,4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272247,0.123174;STB=0.50273,0.5;STBP=0.971,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0776195,0;OID=.,.;OPOS=64861280,64861281;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568627,0:12,9:73:29,0:51:22:13,0:16,0:10:12:99:44:3,5:9,4:20:24 chr2 64863812 . ATTAAA ATAAA,ATAAAT,ATTAA 1825.29 PASS AF=0.911111,0.0888889,0;AO=18,12,20;DP=135;FAO=123,12,0;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=45,12,0;FSAR=78,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169158,-0.14136,-0.482287;FXX=0;HRUN=2,2,4;LEN=1,4,1;MLLD=19.933,169.931,16.8615;QD=54.0826;RBI=1.01958,0.141559,0.576478;REFB=0.00209186,0.120194,0.0559459;REVB=1.00545,-0.00750874,-0.315794;RO=63;SAF=18,12,1;SAR=0,0,19;SRF=5;SRR=58;SSEN=0,0,0.324074;SSEP=0,0,0;SSSB=0.875914,0.862611,-0.15289;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0186912,0.0929233,0;OID=.,.,.;OPOS=64863813,64863814,64863815;OREF=T,TAAA,A;OALT=-,AAAT,-;OMAPALT=ATAAA,ATAAAT,ATTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911111,0.0888889,0:18,12,20:135:123,12,0:135:0:45,12,0:78,0,0:0:0:38:63:18,12,1:0,0,19:5:58 chr2 65044680 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00880718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.287;QD=20.0305;RBI=0.00892763;REFB=0.0077065;REVB=-0.00146156;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144062;STB=0.581059;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00941121;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:10:16:11:13:10:16 chr2 65217089 . G C 437.54 PASS AF=0.511905;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00919447;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.218;QD=20.8352;RBI=0.02194;REFB=-0.00627231;REVB=0.0199204;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107009;STB=0.559089;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00438541;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:41:41:43:0.511905:21:20:16:27:21:22:16:25 chr2 65245365 . G A 349.88 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0357021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.445;QD=17.7156;RBI=0.0361697;REFB=-0.0190837;REVB=0.00579703;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159798;STB=0.508936;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0232444;OID=.;OPOS=65245365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:20:17:20:22:20:17:20:22 chr2 65248271 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0130394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.417;QD=16.5359;RBI=0.013074;REFB=-0.00515281;REVB=-0.000950632;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526057;STB=0.530268;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00641385;OID=.;OPOS=65248271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:6:17:14:4:6:17 chr2 65296657 . A G 266.97 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0142551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.463;QD=20.149;RBI=0.0143842;REFB=-0.0300096;REVB=0.00192321;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598986;STB=0.53331;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.017354;OID=.;OPOS=65296657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:16:9:12:16:16:9 chr2 65298839 . A G 216.46 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00485482;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.733;QD=15.1898;RBI=0.00937875;REFB=-0.0374194;REVB=0.00802444;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255406;STB=0.506324;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0274847;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:32:25:25:0.438596:13:12:15:18:13:12:15:17 chr2 65299766 . T C 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0190793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6783;QD=16.725;RBI=0.0274193;REFB=0.007177;REVB=-0.0196926;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995299;STB=0.538414;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0160258;OID=.;OPOS=65299766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:6:12:9:7:7:12 chr2 65300752 . C T 796.09 PASS AF=0.520548;AO=73;DP=143;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0117726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.84;QD=21.8108;RBI=0.0269758;REFB=-0.00573365;REVB=0.0242714;RO=70;SAF=23;SAR=50;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201345;STB=0.616486;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00764251;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:70:70:73:76:0.520548:50:23:37:33:53:23:37:33 chr2 65311555 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0118928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.18;QD=8.89995;RBI=0.0118939;REFB=-0.000322795;REVB=0.000158386;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227044;STB=0.637444;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000939118;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:9:17:5:6:9:17 chr2 65315711 . G A 429.93 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00647509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6389;QD=22.3338;RBI=0.0130405;REFB=-0.00605792;REVB=-0.0113193;RO=34;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634262;STB=0.540211;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00937229;OID=.;OPOS=65315711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:18:24:22:12:18:24:23:12 chr2 65495887 . G A 2378.55 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186058;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.329;QD=63.8538;RBI=0.0277678;REFB=0;REVB=0.0206125;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44675e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:148:149:1:68:80:0:0:68:81:0:0 chr2 65496018 . C G 962.8 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.455;QD=58.3514;RBI=0.0132162;REFB=0;REVB=0.010991;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85982e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:21:44:0:0:21:45:0:0 chr2 65496144 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3556;QD=57.385;RBI=0.0461373;REFB=0;REVB=0.0385121;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139766;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr2 65496187 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.673;QD=63.8665;RBI=0.0228463;REFB=0;REVB=-0.0102968;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75171e-05;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr2 65497571 . C A 331.8 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.259;QD=53.0874;RBI=0.0274575;REFB=0;REVB=0.00404704;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128129;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr2 65540905 . C G 981.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.11;QD=58.572;RBI=0.017196;REFB=0;REVB=-0.00740791;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83521e-06;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:35:32:0:0 chr2 65561392 . C T 239.72 PASS AF=0.589744;AO=20;DP=36;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0378497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.326;QD=24.5867;RBI=0.0379285;REFB=-0.0251619;REVB=0.00244384;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689287;STB=0.540507;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0203037;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:16:16:20:23:0.589744:15:5:3:13:17:6:3:13 chr2 67630980 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6203;QD=58.5844;RBI=0.0213584;REFB=0;REVB=0.00197714;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235037;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr2 67632125 . C T 1170.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7716;QD=60.8295;RBI=0.0604405;REFB=0;REVB=0.0434013;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34522e-05;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr2 68270068 . A G 499.98 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00863101;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.418;QD=17.6982;RBI=0.0104809;REFB=-0.00540825;REVB=0.00594604;RO=57;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031181;STB=0.5074;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00564839;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:57:60:53:53:0.469027:24:29:31:26:24:29:32:28 chr2 68361874 . G A 377.6 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00382274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.411;QD=17.981;RBI=0.00716781;REFB=0.00709828;REVB=-0.00606334;RO=43;SAF=29;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315652;STB=0.659914;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00612141;OID=.;OPOS=68361874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:43:44:38:40:0.47619:9:29:20:23:10:30:21:23 chr2 68364478 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0354959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.223;QD=17.6173;RBI=0.0390423;REFB=-0.00366555;REVB=0.0162586;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266285;STB=0.515038;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00497242;OID=.;OPOS=68364478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:15:12:10:14:15:12 chr2 68385097 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.864;QD=58.5844;RBI=0.0656931;REFB=0;REVB=0.0169277;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427703;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr2 68388823 . A G 352.3 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0137064;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1485;QD=18.5422;RBI=0.0203763;REFB=-0.0130526;REVB=0.0150774;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454982;STB=0.517232;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0137441;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:39:37:37:0.486842:14:23:23:17:14:23:23:16 chr2 68407926 . A G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0151115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.673;QD=13.7531;RBI=0.0176848;REFB=-0.00261624;REVB=-0.00918659;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146586;STB=0.585254;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00259529;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:14:9:8:7:14:9 chr2 68415767 . G A 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0169566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.77;QD=16.3815;RBI=0.0176327;REFB=-0.0115933;REVB=0.00483609;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155808;STB=0.587438;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0134554;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:20:17:29:18:20:17:29:18 chr2 68607947 . G T 334.78 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0359956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.541;QD=21.9527;RBI=0.0385033;REFB=-0.00212279;REVB=-0.0136682;RO=19;SAF=7;SAR=26;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259427;STB=0.600477;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00170524;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:26:33:33:0.540984:26:7:10:9:26:7:10:16 chr2 68613710 . G A 498.71 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0128656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4805;QD=21.4497;RBI=0.0236544;REFB=-0.0218907;REVB=-0.0198496;RO=45;SAF=25;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124946;STB=0.568914;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0202991;OID=.;OPOS=68613710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:23:25:17:28:23:25:17:28 chr2 68622914 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.358;QD=62.9829;RBI=0.0223215;REFB=0;REVB=0.0215349;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24909e-05;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr2 69049941 . T C 130.65 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0107089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.583;QD=22.7209;RBI=0.0177901;REFB=-0.0120489;REVB=-0.0142058;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142469;STB=0.580527;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0109753;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:4:5:5:9:4:5 chr2 69093312 . A G 238.23 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00304587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.086;QD=20.2747;RBI=0.0140625;REFB=0.00358984;REVB=0.0137287;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167399;STB=0.509426;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00306483;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:14:10:10:13:14:10 chr2 69173570 . C T 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00615617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.743;QD=18.6875;RBI=0.00979604;REFB=-0.0079088;REVB=0.00761997;RO=52;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106238;STB=0.558777;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0074398;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:24:26:33:19:24:26:33:19 chr2 69204629 . T C 445.82 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0151491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.365;QD=13.9317;RBI=0.036659;REFB=-0.00706394;REVB=-0.0333824;RO=76;SAF=27;SAR=24;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451402;STB=0.5294;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00716524;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:77:51:51:0.398438:24:27:37:39:24:27:37:40 chr2 69204671 . A T 513.27 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00702917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.105;QD=15.793;RBI=0.0140399;REFB=-0.015333;REVB=-0.0121535;RO=74;SAF=30;SAR=26;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774326;STB=0.543343;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0306755;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:26:30:34:40:26:30:34:40 chr2 69300243 . G A 1102.49 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000175881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.229;QD=58.7992;RBI=0.0153309;REFB=-0.0307343;REVB=0.0153299;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000515323;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:39:34:1:0:39:35:1:0 chr2 69362161 . C T 688.72 PASS AF=0.368889;AO=82;DP=225;FAO=83;FDP=225;FR=.;FRO=142;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=79;FSRR=63;FWDB=0.00036038;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.344;QD=12.2439;RBI=0.0212272;REFB=-0.00380855;REVB=-0.0212242;RO=141;SAF=40;SAR=42;SRF=78;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728783;STB=0.539316;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00625707;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:141:142:82:83:0.368889:42:40:78:63:42:41:79:63 chr2 69581631 . G A 284.9 PASS AF=0.484375;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.010794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.171;QD=17.8063;RBI=0.0345105;REFB=-0.021188;REVB=0.032779;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181078;STB=0.61283;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0303662;OID=.;OPOS=69581631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:33:33:29:31:0.484375:17:12:20:13:19:12:20:13 chr2 69614161 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00911731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.29;QD=15.8818;RBI=0.0718372;REFB=-0.0221776;REVB=-0.0712563;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0360038;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:7:3:3:7:7:3 chr2 69698158 . G A,T 669.96 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=39,3;DP=42;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000524989,-0.0102795;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.935,43.7242;QD=59.5517;RBI=0.00766106,0.0102813;REFB=0,0;REVB=0.00764305,0.00019569;RO=0;SAF=22,1;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000598172,0.0192265;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:42:45:0:0:39,3:42,3:0.933333,0.0666667:17,2:22,1:0:0:18,2:24,1:0:0 chr2 69701455 . T G 397.76 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00238239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.023;QD=18.0801;RBI=0.0107071;REFB=-0.00551767;REVB=-0.0104387;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390564;STB=0.521831;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0057537;OID=.;OPOS=69701455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:26:15:19:28:26:15:19:28 chr2 69702628 . C T 551.15 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00116944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.255;QD=24.4957;RBI=0.0101859;REFB=-0.00724659;REVB=-0.0101186;RO=39;SAF=31;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117823;STB=0.564612;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00483857;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:20:31:18:21:20:31:18:21 chr2 69741609 . C T 67.88 PASS AF=0.45;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0336045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.247;QD=13.5759;RBI=0.0548711;REFB=-0.0518316;REVB=0.0433771;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.77345;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0438253;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:7:9:0.45:6:1:5:6:8:1:5:6 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 174.62 PASS AF=0.321429,0.0714286;AO=16,5;DP=58;FAO=18,4;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8,1;FSAR=10,3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0097152,-0.0215269;FXX=0.0344768;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=114.661,105.941;QD=12.4731;RBI=0.0496218,0.0732293;REFB=-0.0263935,-0.0291897;REVB=-0.0486615,-0.0699937;RO=30;SAF=7,2;SAR=9,3;SRF=22;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.321369,-0.385052;STB=0.666496,0.850906;STBP=0.098,0.287;TYPE=del,snp;VARB=0.0481831,0.0471932;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0.0714286:16,5:58:18,4:56:34:8,1:10,3:24:10:99:30:7,2:9,3:22:8 chr2 69741854 . T G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.793;QD=57.5452;RBI=0.0361033;REFB=0;REVB=0.016838;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118063;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr2 70037739 . C G 188.44 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0273337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2618;QD=23.5552;RBI=0.0335995;REFB=-0.0631286;REVB=-0.0195396;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944578;STB=0.531565;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.041233;OID=.;OPOS=70037739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:5:13:8:5:6:13:8:5 chr2 70071305 . T C 1489.91 PASS AF=0.456973;AO=153;DP=339;FAO=154;FDP=337;FR=.;FRO=183;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=77;FSRR=106;FWDB=0.015241;FXX=0.0117299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.577;QD=17.6844;RBI=0.0160524;REFB=0.00358766;REVB=0.00503873;RO=183;SAF=77;SAR=76;SRF=77;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081329;STB=0.546498;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00465771;OID=.;OPOS=70071305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:337:183:183:153:154:0.456973:76:77:77:106:76:78:77:106 chr2 70164189 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.004183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.71;QD=21.7463;RBI=0.0142619;REFB=-0.0342823;REVB=-0.0136347;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426887;STB=0.518502;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0320142;OID=.;OPOS=70164189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:8:14:12:7:8:14:12:8 chr2 70191360 . C T 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00836195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.938;QD=14.8326;RBI=0.0112722;REFB=-0.014549;REVB=-0.00755909;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222797;STB=0.625462;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0140238;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:18:16:33:15:18:16:33:15 chr2 70476198 . G A 3572.55 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.629;QD=62.9524;RBI=0.0218949;REFB=0;REVB=-0.017123;RO=0;SAF=57;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60367e-06;OID=.;OPOS=70476198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:170:57:0:0:170:57:0:0 chr2 70485320 . C T 2023.86 PASS AF=0.992481;AO=128;DP=130;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00719539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.886;QD=60.8679;RBI=0.142952;REFB=-0.0778077;REVB=0.14277;RO=2;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139725;STB=0.503546;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00178807;OID=.;OPOS=70485320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:133:2:1:128:132:0.992481:67:61:0:2:70:62:0:1 chr2 70488442 . A G 451.21 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00687344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2872;QD=14.6734;RBI=0.0233444;REFB=-0.00821991;REVB=-0.0223095;RO=72;SAF=30;SAR=21;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525633;STB=0.502957;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0154418;OID=.;OPOS=70488442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:21:30:42:30:21:30:42:30 chr2 70528601 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.215;QD=63.2866;RBI=0.0378752;REFB=0;REVB=0.0368382;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110668;OID=.;OPOS=70528601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr2 70677994 . G A 199.01 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0130179;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.785;QD=13.2675;RBI=0.0148812;REFB=-0.0133828;REVB=0.00720994;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114959;STB=0.558123;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0200718;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:36:24:24:0.4:13:11:21:16:13:11:20:16 chr2 71004488 . CTTTT CTTT,CTTTC 435.56 PASS AF=0.28125,0.71875;AO=9,23;DP=32;FAO=9,23;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=6,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125465,-0.0444618;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=23.9353,39.722;QD=54.4446;RBI=0.135464,0.0446381;REFB=0,0;REVB=-0.0510798,0.00396275;RO=0;SAF=3,7;SAR=6,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00346639,-0.0175506;OID=.,.;OPOS=71004489,71004492;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.28125,0.71875:9,23:32:9,23:32:0:3,7:6,16:0:0:60:0:3,7:6,16:0:0 chr2 71004494 . A C,T 448.8 PASS AF=0.28125,0.71875;AO=9,23;DP=32;FAO=9,23;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=6,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136913,-0.0136451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.241,263.925;QD=56.1006;RBI=0.0187042,0.0193323;REFB=0,0;REVB=0.0127435,0.0136949;RO=0;SAF=3,7;SAR=6,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000372709,0.00384846;OID=.,.;OPOS=71004494,71004494;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:32:32:0:0:9,23:9,23:0.28125,0.71875:6,16:3,7:0:0:6,16:3,7:0:0 chr2 71012604 . G A 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000589501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2736;QD=61.9763;RBI=0.0413295;REFB=0;REVB=-0.0413253;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185935;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr2 71012734 . C G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2563;QD=53.2703;RBI=0.0277545;REFB=0;REVB=0.0265448;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806591;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 71036482 . T C 321.95 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0228938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3096;QD=25.7563;RBI=0.0229132;REFB=0.0152889;REVB=0.000941501;RO=21;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589591;STB=0.521724;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00819734;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:28:29:0.58:18:10:9:12:18:11:9:12 chr2 71058230 . T A 261.23 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0293421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.314;QD=12.2932;RBI=0.0323951;REFB=-0.00135206;REVB=-0.0137289;RO=53;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252334;STB=0.651064;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00262123;OID=.;OPOS=71058230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:10:21:24:29:10:21:24:30 chr2 71058306 . T C 171.22 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0391536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.512;QD=9.1319;RBI=0.0427199;REFB=-0.00876485;REVB=-0.0170878;RO=52;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253055;STB=0.648404;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.030099;OID=.;OPOS=71058306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:10:13:18:34:10:13:18:34 chr2 71058835 . A G 318.21 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0178242;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.086;QD=15.3356;RBI=0.0616707;REFB=0.00176661;REVB=-0.0590387;RO=48;SAF=25;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295633;STB=0.667771;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000663692;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:10:25:21:27:10:25:21:27 chr2 71058906 . G T 313.7 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0262438;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.492;QD=14.2589;RBI=0.0373037;REFB=-0.00671862;REVB=0.0265109;RO=53;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214141;STB=0.621553;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0115576;OID=.;OPOS=71058906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:53:35:35:0.397727:14:21:21:32:14:21:21:32 chr2 71060037 . A G 211.18 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00660558;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5891;QD=18.7712;RBI=0.0078693;REFB=0.00201079;REVB=0.00427693;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159068;STB=0.590936;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00169114;OID=.;OPOS=71060037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:5:16:15:9:5:16:15:9 chr2 71061001 . T A 419.47 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0207134;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.073;QD=22.674;RBI=0.0207193;REFB=-0.0115745;REVB=0.000498221;RO=33;SAF=14;SAR=27;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464043;STB=0.525582;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0135598;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:33:41:41:0.554054:27:14:13:20:27:14:13:20 chr2 71061051 . C T 316.7 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00914552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.366;QD=25.8533;RBI=0.0103312;REFB=-0.00734719;REVB=-0.00480554;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133753;STB=0.530099;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00887561;OID=.;OPOS=71061051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:23:28:0.571429:14:9:11:9:16:12:10:10 chr2 71062833 . G GC 770.23 PASS AF=1;AO=63;DP=78;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659724;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.8142;QD=44.6509;RBI=0.122579;REFB=0;REVB=0.122401;RO=12;SAF=24;SAR=39;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00396868;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:78:69:69:0:24:45:0:0:15:12:24:39:4:8 chr2 71163086 . T C 253.57 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0363711;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.612;QD=17.7944;RBI=0.0456209;REFB=-0.0462247;REVB=0.0275392;RO=28;SAF=23;SAR=4;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052192;STB=0.52939;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0327961;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:27:28:0.491228:4:23:23:5:4:24:24:5 chr2 71170807 . C T 103.47 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.036856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.195;QD=18.8126;RBI=0.0415552;REFB=-0.00536249;REVB=0.0191955;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177265;STB=0.599854;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00628235;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:1:9:9:3:1:9 chr2 71190384 . C T 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0591748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.886;QD=17.1664;RBI=0.0738826;REFB=-0.0275551;REVB=-0.0442378;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619934;STB=0.534859;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0241529;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:19:10:13:19:19:10:13:19 chr2 71273543 . C T 2505.93 PASS AF=0.988024;AO=164;DP=170;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00598445;FXX=0.0233904;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.251;QD=60.0223;RBI=0.0396789;REFB=0.0279811;REVB=0.039225;RO=2;SAF=78;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000560554;STB=0.500328;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-8.43688e-05;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:167:2:2:164:165:0.988024:86:78:1:1:87:78:1:1 chr2 71305456 . C T 617.23 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.009;QD=58.7841;RBI=0.0420943;REFB=-0.0158426;REVB=-0.00931007;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000499524;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:22:17:0:1:22:19:0:1 chr2 71360144 . A C 713.57 PASS AF=0.463415;AO=74;DP=161;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.00654175;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.094;QD=17.404;RBI=0.00667274;REFB=-0.00352397;REVB=-0.00131563;RO=85;SAF=27;SAR=47;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480335;STB=0.521865;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.002764;OID=.;OPOS=71360144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:85:88:74:76:0.463415:47:27:35:50:47:29:37:51 chr2 71360625 . G T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0271286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.966;QD=15.2625;RBI=0.0276206;REFB=-0.0177084;REVB=-0.00518991;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251107;STB=0.646177;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0195494;OID=.;OPOS=71360625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:9:7:9:4:9:7 chr2 71365659 . GA G,GC 104.41 PASS AF=0.354839,0.0645161;AO=21,5;DP=66;FAO=22,4;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16,0;FSAR=6,4;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0119361,-0.0153776;FXX=0.0605969;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.9981,123.153;QD=6.73626;RBI=0.0953497,0.015404;REFB=-0.123176,-0.0126911;REVB=0.0945996,-0.000901038;RO=32;SAF=16,0;SAR=5,5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.441834,-0.590262;STB=0.727066,0.996642;STBP=0.011,0.079;TYPE=del,snp;VARB=0.157912,0.0388752;OID=.,.;OPOS=71365660,71365660;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839,0.0645161:21,5:66:22,4:62:36:16,0:6,4:13:23:77:32:16,0:5,5:11:21 chr2 71365676 . G A 508.28 PASS AF=0.602564;AO=46;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00979509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.889;QD=26.0654;RBI=0.0192908;REFB=-0.00563835;REVB=0.016619;RO=30;SAF=20;SAR=26;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754812;STB=0.528969;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00351309;OID=.;OPOS=71365676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:30:31:46:47:0.602564:26:20:10:20:27:20:11:20 chr2 71365805 . A G 191.83 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0310265;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1094;QD=11.2842;RBI=0.0321446;REFB=0.00528479;REVB=0.00840428;RO=44;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330066;STB=0.519214;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0148713;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:44:44:24:24:0.352941:18:6:12:32:18:6:12:32 chr2 71366957 . C A 147.1 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00882397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.6;QD=17.3057;RBI=0.0103299;REFB=-0.021442;REVB=0.00537071;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183537;STB=0.587682;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.023356;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:8:7:5:13:9:7:5:13 chr2 71376999 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0089205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.621;QD=9.53615;RBI=0.0132143;REFB=-0.00255563;REVB=-0.009749;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105953;STB=0.563998;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00740379;OID=.;OPOS=71376999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:16:11:6:6:16:11 chr2 71415479 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8556;QD=59.4302;RBI=0.0246795;REFB=0;REVB=-0.0240013;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460264;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 71417065 . G T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.535;QD=58.9627;RBI=0.0183222;REFB=0;REVB=-0.0106521;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74665e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr2 71615571 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2471;QD=58.7803;RBI=0.0130341;REFB=0;REVB=0.00822976;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07233e-05;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr2 71654175 . G A 2333.95 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000914923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.765;QD=60.2311;RBI=0.00867904;REFB=-0.0366291;REVB=0.00863068;RO=1;SAF=76;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621846;STB=0.503268;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00011513;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:78:76:1:0:78:76:1:0 chr2 71838597 . C A 332.91 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0122321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.873;QD=19.0233;RBI=0.018425;REFB=-0.0258916;REVB=0.0137788;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198474;STB=0.615065;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0229336;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:34:35:0.5:13:21:14:21:13:22:14:21 chr2 72356449 . G T 644.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.099;QD=61.3983;RBI=0.0255638;REFB=0;REVB=0.0253775;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96925e-05;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:14:24:0:0:16:26:0:0 chr2 72356627 . T G 1143.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171308;FXX=0.0259707;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.482;QD=60.9673;RBI=0.0307199;REFB=0;REVB=-0.0255;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04403e-05;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr2 72356745 . T TG 923.21 PASS AF=1;AO=31;DP=90;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109164;FXX=0.0786428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4362;QD=45.0346;RBI=0.082966;REFB=0;REVB=-0.0822447;RO=57;SAF=3;SAR=28;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00112881;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:90:82:82:0:29:53:0:0:17:57:3:28:31:26 chr2 72356747 . A G 323.66 PASS AF=0.427083;AO=36;DP=92;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=50;FWDB=0.050444;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=42.2183;QD=13.4859;RBI=0.0507509;REFB=-0.0196345;REVB=-0.00557277;RO=55;SAF=25;SAR=11;SRF=5;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.581805;STB=0.826054;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0091821;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:55:55:36:41:0.427083:11:25:5:50:11:30:5:50 chr2 72356965 . A ACACACG,G 200.8 PASS AF=0.403846,0.0384615;AO=21,2;DP=52;FAO=21,2;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11,1;FSAR=10,1;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0132667,-0.0322621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=263.716,71.7983;QD=15.4459;RBI=0.0198367,0.052326;REFB=-0.0155818,-0.00958109;REVB=-0.0147476,0.0411967;RO=29;SAF=11,1;SAR=10,1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00665967,-0.0154067;STB=0.503813,0.515969;STBP=0.956,0.864;TYPE=ins,snp;VARB=0.0205965,0.0701565;OID=.,.;OPOS=72356966,72356965;OREF=-,A;OALT=CACACG,G;OMAPALT=ACACACG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:21,2:21,2:0.403846,0.0384615:10,1:11,1:15:14:10,1:11,1:15:14 chr2 72692272 . A AAG 1252.07 PASS AF=1;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139066;FXX=0.0470533;HRUN=2;LEN=2;MLLD=248.504;QD=61.8304;RBI=0.0242127;REFB=0;REVB=0.0198207;RO=3;SAF=46;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641876;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.77857e-05;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:84:81:81:0:46:35:0:0:7:3:46:34:2:1 chr2 73226090 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0111285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3885;QD=15.219;RBI=0.0622377;REFB=-0.0224725;REVB=-0.0612347;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151658;STB=0.586083;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0258811;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:10:21:22:19:10:21:22:19 chr2 73300560 . C G 44.68 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0749604;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0879;QD=8.51068;RBI=0.0769367;REFB=-0.0482913;REVB=-0.017326;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46896;STB=0.81719;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0667809;OID=.;OPOS=73300560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:21:21:14:14:6:7:0.333333:1:5:6:8:1:6:6:8 chr2 73339708 . G A 516.44 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0166031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.051;QD=19.1274;RBI=0.0176949;REFB=-0.00548411;REVB=0.00611952;RO=54;SAF=34;SAR=20;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180533;STB=0.509974;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0051267;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:20:34:35:19:20:34:35:19 chr2 73460299 . G C 45.52 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0607354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4823;QD=26.0142;RBI=0.0621893;REFB=-0.00628179;REVB=0.0133683;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00286912;OID=.;OPOS=73460299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr2 73461483 . C A 515.0 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0115702;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.751;QD=18.8991;RBI=0.0138805;REFB=-0.0289229;REVB=0.00766796;RO=51;SAF=30;SAR=24;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176971;STB=0.613641;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0377307;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:51:55:54:54:0.495413:24:30:18:33:24:30:18:37 chr2 73478461 . A T 668.86 PASS AF=0.623656;AO=57;DP=92;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0419915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.808;QD=28.7682;RBI=0.0445305;REFB=-0.0307799;REVB=0.0148215;RO=35;SAF=16;SAR=41;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183753;STB=0.592697;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0171527;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:35:35:57:58:0.623656:41:16:18:17:41:17:18:17 chr2 73479944 . T C 250.65 PASS AF=0.489362;AO=19;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00459083;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.148;QD=21.3319;RBI=0.0352941;REFB=-0.0395451;REVB=0.0349942;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163389;STB=0.590477;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0357961;OID=.;OPOS=73479944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:19:23:0.489362:11:8:6:17:13:10:6:17 chr2 73490412 . A G 158.83 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.000574097;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9781;QD=24.436;RBI=0.0293513;REFB=-0.0187837;REVB=0.0293457;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137454;STB=0.576829;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0142343;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:7:3:8:8:7:3 chr2 73492614 . A T 450.77 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0493834;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.511;QD=21.2129;RBI=0.0495653;REFB=-0.0221274;REVB=0.00424322;RO=39;SAF=10;SAR=34;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28397;STB=0.67235;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00654768;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:41:44:44:0.517647:34:10:20:19:34:10:22:19 chr2 73675227 . T TCTC 2183.1 PASS AF=1;AO=136;DP=155;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345039;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=3;MLLD=327.21;QD=62.8232;RBI=0.0377106;REFB=0;REVB=0.0152176;RO=13;SAF=43;SAR=93;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.35847e-05;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:136:155:139:139:0:46:93:0:0:12:13:43:93:7:6 chr2 73675669 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.615;QD=33.4282;RBI=0.0872217;REFB=0;REVB=0.00211268;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047302;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 73675844 . C T 340.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7889;QD=54.4911;RBI=0.0657895;REFB=0;REVB=0.0626971;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736039;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr2 73828538 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5353;QD=43.4861;RBI=0.10008;REFB=0;REVB=0.0415048;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00676893;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr2 73927931 . A G 1265.41 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.134;QD=61.7272;RBI=0.048071;REFB=0;REVB=0.0309797;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39867e-05;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:43:37:0:0:43:39:0:0 chr2 73928098 . C G 788.04 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.531;QD=55.301;RBI=0.0329321;REFB=-0.0901928;REVB=0.00680015;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000332616;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:1:0:32:24:1:0 chr2 73928366 . G C 353.51 PASS AF=0.931034;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.124925;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0541;QD=48.7603;RBI=0.125196;REFB=-0.0123632;REVB=0.00823986;RO=3;SAF=4;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607959;STB=0.520818;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0233397;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:29:3:2:25:27:0.931034:21:4:1:2:23:4:0:2 chr2 73957124 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.098;QD=60.9786;RBI=0.0122253;REFB=0;REVB=0.00809169;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55777e-05;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr2 74007136 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.233;QD=62.0078;RBI=0.025009;REFB=0;REVB=0.0231377;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59205e-05;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr2 74074845 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0377735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9332;QD=16.1165;RBI=0.0554574;REFB=-0.0108456;REVB=0.0406041;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341381;STB=0.701369;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0173335;OID=.;OPOS=74074845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:7:6:2:10:7:6 chr2 74135797 . T C 699.09 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.847;QD=54.8303;RBI=0.0210444;REFB=-0.169911;REVB=0.00378885;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0024527;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:0:1:30:20:0:1 chr2 74135898 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.337;QD=64.4154;RBI=0.0189;REFB=0;REVB=-0.0138635;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27661e-06;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr2 74332188 . GCTTT G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00367231;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=303.744;QD=13.2053;RBI=0.0129137;REFB=0.0123803;REVB=-0.0123805;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=-0.0143752;OID=.;OPOS=74332189;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:12:6:12:6:3:3:5:1:36:6:3:3:5:1 chr2 74334462 . G A 687.19 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00316867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.112;QD=18.8271;RBI=0.0340975;REFB=-0.0139301;REVB=-0.03395;RO=75;SAF=34;SAR=35;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100169;STB=0.561351;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0113695;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:77:69:69:0.472603:35:34:29:46:35:34:29:48 chr2 74362090 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.018;QD=51.1846;RBI=0.0182207;REFB=0;REVB=-0.0166161;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93698e-05;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00321237;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.837;QD=38.4684;RBI=0.00492489;REFB=-0.00996579;REVB=0.003733;RO=4;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360862;STB=0.699766;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00181771;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:20:24:20:24:4:17:3:0:4:20:4:17:3:0:4 chr2 74641624 . G C 742.74 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00459659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2356;QD=53.0529;RBI=0.0371519;REFB=-0.00590244;REVB=-0.0368664;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033633;STB=0.517851;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000508803;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:27:27:2:0:27:27:2:0 chr2 74654578 . C A 308.39 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0643669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.242;QD=16.4473;RBI=0.064368;REFB=-0.00733351;REVB=0.000371633;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242129;STB=0.623852;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00503549;OID=.;OPOS=74654578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:41:33:34:0.453333:21:12:25:16:21:13:25:16 chr2 74682512 . C T 955.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.63;QD=58.7942;RBI=0.039958;REFB=0;REVB=0.0305936;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134905;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr2 74687548 . CCT C,CC,CCA,CCC 649.77 PASS AF=0.44898,0.489796,0.0612245,0;AO=18,19,5,12;DP=57;FAO=22,24,3,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=8,10,3,0;FSAR=14,14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149598,0.141685,-0.0289973,0.111148;FXX=0.0754575;HRUN=7,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=143.109,143.718,30.6458,138.145;QD=53.0424;RBI=0.149778,0.141746,0.0308692,0.111165;REFB=-0.128684,-0.0669485,-0.0928196,-0.0095565;REVB=0.00735015,0.00414741,-0.010586,0.00192508;RO=0;SAF=7,7,5,4;SAR=11,12,0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0173463,0.014477,0.0720408,0.0499389;OID=.,.,.,.;OPOS=74687549,74687550,74687550,74687550;OREF=CT,T,T,T;OALT=-,-,A,C;OMAPALT=C,CC,CCA,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.44898,0.489796,0.0612245,0:18,19,5,12:57:22,24,3,0:49:0:8,10,3,0:14,14,0,0:0:0:45:0:7,7,5,4:11,12,0,8:0:0 chr2 74690039 . G A 3040.11 PASS AF=0.903766;AO=206;DP=240;FAO=216;FDP=239;FR=.;FRO=23;FSAF=79;FSAR=137;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0368027;FXX=0.00416649;HRUN=7;LEN=1;MLLD=255.815;QD=50.8804;RBI=0.0368339;REFB=-0.082175;REVB=-0.00151482;RO=6;SAF=69;SAR=137;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994238;STB=0.550822;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000902482;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:240:239:6:23:206:216:0.903766:137:69:3:3:137:79:20:3 chr2 74690378 . C T 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.87;QD=54.6513;RBI=0.0245204;REFB=0.0601192;REVB=-0.0119466;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=7.42415e-05;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr2 74699778 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.826;QD=57.8849;RBI=0.0714894;REFB=0;REVB=-0.00562468;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011593;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr2 74710491 . C T 770.74 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.564;QD=55.0531;RBI=0.036925;REFB=-0.111413;REVB=0.0228805;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000329583;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:1:0 chr2 74719530 . CCG CC,C 258.27 PASS AF=0,1;AO=6,9;DP=25;FAO=0,25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.326585,0.228908;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.2522,23.3668;QD=41.3233;RBI=0.396338,0.253105;REFB=0,0;REVB=-0.224557,0.107996;RO=1;SAF=1,4;SAR=5,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281147,-0.0984833;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0101518;OID=.,.;OPOS=74719532,74719531;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,9:25:0,25:25:0:0,11:0,14:0:0:5:1:1,4:5,5:1:0 chr2 74725144 . T C 696.09 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9067;QD=53.5452;RBI=0.126793;REFB=-0.144316;REVB=0.11974;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0104578;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:25:25:1:0:26:25:1:0 chr2 74725178 . G A 1099.39 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0614;QD=59.4267;RBI=0.0736983;REFB=0;REVB=0.0317456;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106358;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:41:32:0:1:42:32:0:0 chr2 74746322 . A T 940.4 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00768085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.627;QD=56.9941;RBI=0.0127831;REFB=-0.0928819;REVB=-0.0102182;RO=1;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106171;STB=0.505616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000487918;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:44:21:0:1:44:21:0:1 chr2 74756176 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.417;QD=50.4135;RBI=0.0321332;REFB=0;REVB=0.00566628;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114757;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr2 74761539 . T A 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00517572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.376;QD=13.9652;RBI=0.0314584;REFB=-0.0231744;REVB=0.0310297;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237306;STB=0.513505;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0381448;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:15:15:23:21:15:15:23:21 chr2 74834301 . T A 742.82 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.00383813;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9979;QD=22.5098;RBI=0.01344;REFB=0.00555136;REVB=0.0128803;RO=61;SAF=33;SAR=38;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103143;STB=0.556405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00344048;OID=.;OPOS=74834301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:61:61:71:71:0.537879:38:33:21:40:38:33:21:40 chr2 74900588 . G T 154.79 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0260831;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=198.694;QD=16.7345;RBI=0.0262548;REFB=-0.00203858;REVB=0.00299774;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233935;STB=0.61391;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000407449;OID=.;OPOS=74900588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:20:15:16:0.432432:10:5:2:14:11:5:3:17 chr2 75101454 . T C 1577.44 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271782;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.229;QD=60.093;RBI=0.0595721;REFB=0;REVB=0.0530111;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54193e-06;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr2 75113657 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.531;QD=55.6558;RBI=0.0289547;REFB=0;REVB=-0.00799644;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121831;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr2 75116527 . G A 1774.07 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0622417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0179;QD=59.1357;RBI=0.0735477;REFB=0.0398841;REVB=0.0391821;RO=2;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155669;STB=0.508195;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00204458;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:60:58:0:2:60:58:0:2 chr2 75118737 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2403;QD=56.9364;RBI=0.0317665;REFB=0;REVB=-0.027052;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127061;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr2 75124037 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.3;QD=62.1622;RBI=0.0289376;REFB=0;REVB=-0.0021397;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151482;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr2 75425728 . A G 496.0 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0254495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7081;QD=17.8739;RBI=0.0373473;REFB=0.0190117;REVB=-0.0273339;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122373;STB=0.567817;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0202021;OID=.;OPOS=75425728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:27:26:36:22:27:26:36:22 chr2 75899101 . T C 385.6 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00293794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6464;QD=15.5798;RBI=0.0169091;REFB=0.00283225;REVB=0.0166519;RO=58;SAF=29;SAR=12;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328554;STB=0.685866;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00427642;OID=.;OPOS=75899101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:12:29:23:35:12:29:23:35 chr2 79254261 . T C 1659.58 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.138;QD=60.3484;RBI=0.0470821;REFB=0;REVB=-0.0286225;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18606e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:52:57:0:0:53:57:0:0 chr2 79255325 . G C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00114897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.623;QD=8.50804;RBI=0.086296;REFB=-0.0173225;REVB=-0.0862884;RO=31;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532179;STB=0.840825;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0219125;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:1:11:18:13:1:11:18:13 chr2 79312414 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.073;QD=59.0187;RBI=0.0177777;REFB=0;REVB=-0.0115974;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55216e-06;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 79313531 . C T 526.25 PASS AF=0.569767;AO=48;DP=85;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0586642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1546;QD=24.4768;RBI=0.0599378;REFB=0.0181766;REVB=0.0122903;RO=37;SAF=23;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102209;STB=0.559709;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0145134;OID=.;OPOS=79313531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:37:37:48:49:0.569767:25:23:13:24:25:24:13:24 chr2 79350347 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9219;QD=60.2297;RBI=0.0501075;REFB=0;REVB=0.0117753;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564432;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr2 79385786 . TG CA 168.23 PASS AF=0.188679;AO=30;DP=160;FAO=30;FDP=159;FR=.;FRO=129;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=-0.0250408;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.103;QD=4.23227;RBI=0.0277114;REFB=0.000661529;REVB=-0.0118691;RO=129;SAF=17;SAR=13;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806265;STB=0.551124;STBP=0.559;TYPE=mnp;VARB=-0.00307867;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:129:129:30:30:0.188679:13:17:65:64:13:17:65:64 chr2 79385823 . T G 120.49 PASS AF=0.171429;AO=19;DP=136;FAO=24;FDP=140;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.00254199;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.327;QD=3.4425;RBI=0.00339021;REFB=-0.0113773;REVB=0.00224317;RO=115;SAF=10;SAR=9;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272304;STB=0.576858;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0538646;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:115:116:19:24:0.171429:9:10:63:52:9:15:62:54 chr2 79864080 . G C 185.29 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00757764;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.482;QD=13.7253;RBI=0.00852616;REFB=-0.0293039;REVB=-0.00390829;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297096;STB=0.669816;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0196309;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:11:21:8:14:11:21 chr2 80101321 . T G 513.78 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.0082913;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9609;QD=17.1259;RBI=0.0146008;REFB=-0.00921214;REVB=-0.0120183;RO=65;SAF=40;SAR=15;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418645;STB=0.523356;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0159565;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:55:55:0.458333:15:40:45:20:15:40:45:20 chr2 80529956 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.021;QD=61.2132;RBI=0.01261;REFB=0;REVB=0.00296882;RO=0;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33342e-05;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:24:54:0:0:25:54:0:0 chr2 82194270 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0357143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.915;QD=21.2676;RBI=0.0414875;REFB=-0.00242948;REVB=0.0211117;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124478;STB=0.570643;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00192047;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:5:9:13:4:5:9 chr2 83042810 . GGAAC G 147.55 PASS AF=0.318681;AO=28;DP=93;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00687062;FXX=0.0618493;HRUN=2;LEN=4;MLLD=310.938;QD=6.48574;RBI=0.00687971;REFB=0.00297966;REVB=-0.000353496;RO=58;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199035;STB=0.500758;STBP=0.991;TYPE=del;VARB=-0.00605195;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318681:28:93:29:91:62:15:14:32:30:99:58:14:14:28:30 chr2 84756049 . G A 1861.74 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.318;QD=60.5443;RBI=0.0121609;REFB=-0.0894706;REVB=0.00638809;RO=1;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736537;STB=0.503875;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00136672;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:64:58:0:1:64:58:0:1 chr2 84771480 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.203;QD=61.213;RBI=0.0157982;REFB=0;REVB=1.53355e-05;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64275e-05;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr2 84771567 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.975;QD=58.4197;RBI=0.0191303;REFB=0;REVB=0.00118729;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93566e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr2 84800605 . C A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.529;QD=58.061;RBI=0.00891768;REFB=0;REVB=-0.0072238;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66209e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr2 84897517 . A G 657.73 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.52;QD=59.7936;RBI=0.0179138;REFB=-0.0405255;REVB=0.0138204;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000166462;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr2 85051128 . C T 220.07 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00134696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.728;QD=16.0049;RBI=0.00361656;REFB=-0.0196065;REVB=0.00335637;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118934;STB=0.567512;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0352432;OID=.;OPOS=85051128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:17:13:8:17:17:13 chr2 85546615 . C T 771.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.895;QD=56.1424;RBI=0.017788;REFB=0;REVB=0.0124555;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45726e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:17:34:0:0:20:35:0:0 chr2 85549527 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.467;QD=57.6795;RBI=0.0230017;REFB=0;REVB=0.0134011;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205461;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr2 85549547 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.857;QD=62.6711;RBI=0.0276365;REFB=0;REVB=0.0174184;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59573e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 85553784 . C T 813.09 PASS AF=1;AO=31;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9559;QD=65.0469;RBI=0.21637;REFB=0;REVB=0.206702;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038956;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:31:50:1:19:12:0:0:35:15:0:0 chr2 85554080 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.145;QD=44.6898;RBI=0.0345078;REFB=0;REVB=-0.00160574;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162909;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr2 85570857 . G A 36.67 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00497247;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.162;QD=2.03747;RBI=0.0313271;REFB=-0.00259434;REVB=0.03093;RO=64;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219295;STB=0.668781;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0233094;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:72:64:64:8:8:0.111111:6:2:27:37:6:2:27:37 chr2 85571256 . CAG TGC 236.31 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00386241;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.342;QD=15.4956;RBI=0.00455178;REFB=-0.01155;REVB=0.00240842;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398143;STB=0.522517;STBP=0.785;TYPE=mnp;VARB=0.0143178;OID=.;OPOS=85571256;OREF=CAG;OALT=TGC;OMAPALT=TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:19:15:13:14:19:15 chr2 85573033 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7801;QD=57.2367;RBI=0.0342909;REFB=0;REVB=0.00443303;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419249;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 85573049 . G A 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124279;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.433;QD=63.5962;RBI=0.0166594;REFB=0;REVB=0.0110944;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66589e-05;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:1:0:46:46:1:25:21:1:0:25:21:0:0 chr2 85595429 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00717648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.851;QD=7.76203;RBI=0.0115161;REFB=-0.00863811;REVB=0.00900661;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0184613;OID=.;OPOS=85595429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr2 85781318 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.45;QD=58.142;RBI=0.0598938;REFB=0;REVB=0.0591308;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100804;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr2 85892764 . C T 268.97 PASS AF=0.648649;AO=19;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0286806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.766;QD=29.078;RBI=0.0308571;REFB=-0.0524104;REVB=0.0113837;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188515;STB=0.594518;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0236499;OID=.;OPOS=85892764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:12:13:19:24:0.648649:8:11:10:2:12:12:10:3 chr2 85893741 . G A 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0496429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.434;QD=20.0291;RBI=0.0561579;REFB=-0.0223646;REVB=0.0262544;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109043;STB=0.561411;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0289057;OID=.;OPOS=85893741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:11:15:11:13:11:15 chr2 85895338 . T G 1345.63 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.069;QD=61.868;RBI=0.0332902;REFB=0;REVB=0.0265414;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17625e-05;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:45:38:0:0:48:39:0:0 chr2 85982017 . G C 495.91 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0134212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.655;QD=14.9144;RBI=0.020421;REFB=-0.0134951;REVB=-0.0153911;RO=78;SAF=29;SAR=26;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817843;STB=0.545959;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0133689;OID=.;OPOS=85982017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:26:29:35:43:26:29:35:43 chr2 86259443 . C T 87.13 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0289434;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.757;QD=12.0183;RBI=0.03449;REFB=2.58929e-05;REVB=0.0187574;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000655526;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr2 86315741 . C T 926.27 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00645683;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.383;QD=56.1376;RBI=0.0137519;REFB=-0.087826;REVB=-0.0121419;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154834;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000299323;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:64:65:0.984848:34:30:1:0:34:31:1:0 chr2 86317037 . G C 1156.92 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019111;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.671;QD=60.8907;RBI=0.0191825;REFB=0;REVB=-0.00165424;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45711e-05;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr2 86363074 . A G 1400.32 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.347;QD=61.5523;RBI=0.0654496;REFB=-0.0214562;REVB=0.0360891;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.506172;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000461807;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:40:50:0:0:40:50:0:1 chr2 86371883 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.457;QD=59.4353;RBI=0.0252111;REFB=0;REVB=0.0241351;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373729;OID=.;OPOS=86371883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 86433240 . C T 252.16 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00864089;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.442;QD=18.6787;RBI=0.0172502;REFB=-0.0231871;REVB=-0.01493;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981897;STB=0.561413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.022041;OID=.;OPOS=86433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:10:17:19:7:10:17:20:7 chr2 86440718 . T C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00560854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.895;QD=16.6318;RBI=0.00562691;REFB=-0.00415672;REVB=0.000454392;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405008;STB=0.52275;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00574818;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:18:16:21:20:18:16:21:20 chr2 86441334 . C CTGTT 142.52 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.009782;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.552;QD=13.573;RBI=0.0162491;REFB=-0.00753848;REVB=-0.0129749;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379469;STB=0.731411;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0143669;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:15:42:16:42:26:4:12:16:10:99:26:4:11:16:10 chr2 86481835 . C T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00342483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.922;QD=14.4733;RBI=0.0257174;REFB=7.88513e-05;REVB=-0.0254883;RO=42;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14599;STB=0.583275;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000166985;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:21:9:18:24:21:9:18:24 chr2 86683642 . A G 422.83 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.091328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.516;QD=51.2524;RBI=0.0940968;REFB=-0.120322;REVB=0.0226583;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.005871;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:0:1:30:32:0.969697:21:9:0:0:21:11:0:1 chr2 86691250 . G A 2467.01 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117703;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.855;QD=60.5402;RBI=0.0283994;REFB=-0.0937432;REVB=0.0258454;RO=1;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591085;STB=0.503105;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000873603;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:163:1:1:161:162:0.993865:80:81:0:1:80:82:0:1 chr2 86979093 . G A 2304.76 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00597817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.078;QD=62.7145;RBI=0.0941915;REFB=-0.00333813;REVB=0.0940016;RO=1;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694226;STB=0.503597;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000571982;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:145:146:0.993197:68:77:0:1:69:77:0:1 chr2 87015633 . T TGA 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0337977;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.112;QD=54.5124;RBI=0.0361138;REFB=-0.0549976;REVB=0.0127248;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519265;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=ins;VARB=0.0034298;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:36:38:36:38:2:17:19:2:0:9:2:17:19:2:0 chr2 87069379 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.566;QD=54.5176;RBI=0.0567207;REFB=0;REVB=0.0133964;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645638;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr2 87069431 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6639;QD=46.8464;RBI=0.0984349;REFB=0;REVB=0.0747215;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00392089;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr2 87258051 . ACAAT A 50.0 PASS AO=48;DP=117;LEN=4;RO=69;SAF=31;SAR=22;SRF=36;SRR=28;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87258052;OREF=CAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:117:69:48:22:31:36:28 chr2 87276811 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.747;QD=40.7629;RBI=0.0160106;REFB=0;REVB=0.00958951;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459204;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 88315954 . C A 374.89 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.913;QD=49.9853;RBI=0.0200334;REFB=-0.132496;REVB=-0.00543828;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000748394;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:20:8:0:0:20:8:1:1 chr2 88315993 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8262;QD=55.6559;RBI=0.0732612;REFB=0;REVB=0.0173132;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137541;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 88387403 . C A 414.61 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.023;QD=55.2819;RBI=0.105718;REFB=0;REVB=0.10287;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500715;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:5:17:0:0:13:17:0:0 chr2 88424066 . T C 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0225105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.895;QD=16.2725;RBI=0.0225523;REFB=-0.0133174;REVB=-0.00137293;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288908;STB=0.662475;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0133376;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:21:11:25:14:21:11:25:14 chr2 88472791 . G A 1230.54 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.26;QD=60.0262;RBI=0.0267317;REFB=-0.0768134;REVB=-0.00266387;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161041;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:0:0:81:82:1:30:51:0:0:31:51:0:0 chr2 88482258 . G A 197.81 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=8.71647e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.991;QD=18.8388;RBI=0.0453078;REFB=-0.0072526;REVB=0.0453077;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100215;STB=0.57136;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00955466;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:7:12:16:6:8:12:16:6 chr2 88876094 . C T 687.4 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0074193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.295;QD=20.5195;RBI=0.00848426;REFB=-0.012109;REVB=-0.00411542;RO=66;SAF=36;SAR=32;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263456;STB=0.514508;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0102249;OID=.;OPOS=88876094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:32:36:33:33:32:36:33:33 chr2 88913273 . G C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.606;QD=60.3767;RBI=0.0111293;REFB=0;REVB=0.00607563;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29486e-06;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr2 89197190 . C T 3764.96 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159555;FXX=0.00418393;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.844;QD=63.2767;RBI=0.00456919;REFB=-0.123526;REVB=0.00428155;RO=1;SAF=136;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1823e-05;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:238:1:0:238:238:1:102:136:0:1:102:136:0:0 chr2 89246951 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5045;QD=57.711;RBI=0.0372905;REFB=0;REVB=0.0164638;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104231;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr2 89278103 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.69;QD=33.4285;RBI=0.0569312;REFB=0;REVB=-0.0545583;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566592;OID=.;OPOS=89278103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 89278489 . A C 1175.85 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137425;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.176;QD=61.0831;RBI=0.02973;REFB=0;REVB=0.0263632;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84002e-05;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:25:52:0:0:25:52:0:0 chr2 89292182 . A G 613.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.299;QD=61.3086;RBI=0.0202519;REFB=0;REVB=0.0178313;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03303e-05;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr2 89292201 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.952;QD=58.5878;RBI=0.0145836;REFB=0;REVB=0.00420895;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62919e-05;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr2 89292401 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.446;QD=61.684;RBI=0.00474461;REFB=0;REVB=0.000346195;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09028e-05;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 89309542 . T G 1568.42 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5186;QD=64.0173;RBI=0.069652;REFB=0;REVB=-0.0589319;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145699;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr2 89309554 . T A 1456.56 PASS AF=0.979167;AO=88;DP=90;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0885892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2847;QD=60.69;RBI=0.0895515;REFB=-0.0276835;REVB=0.013093;RO=2;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215283;STB=0.511109;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00830996;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:96:2:2:88:94:0.979167:43:45:0:2:44:50:0:2 chr2 89309735 . A G 145.79 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.129;QD=44.8591;RBI=0.20523;REFB=0;REVB=0.205222;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126721;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:5:5:0:0:7:6:0:0 chr2 89309762 . T G 211.87 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.784;QD=44.6045;RBI=0.0191496;REFB=-0.0611643;REVB=0.0114436;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00420372;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:9:8:1:0:10:8:1:0 chr2 89513004 . A G 1732.43 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.216;QD=59.7389;RBI=0.0752886;REFB=-0.0497401;REVB=0.0707541;RO=1;SAF=46;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102105;STB=0.505262;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00189453;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:68:46:1:0:68:47:1:0 chr2 89533687 . T G 713.79 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00891796;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.9;QD=59.4828;RBI=0.064115;REFB=-0.109431;REVB=0.0634917;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469419;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00126177;OID=.;OPOS=89533687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:2:1:46:47:0.979167:19:27:0:2:20:27:0:1 chr2 89533810 . C T 1541.94 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119938;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.835;QD=58.7404;RBI=0.0357638;REFB=-0.0084478;REVB=0.0336927;RO=1;SAF=47;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998939;STB=0.505262;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000139155;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:57:47:1:0:57:47:1:0 chr2 89986921 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.94;QD=50.4135;RBI=0.0340591;REFB=0;REVB=0.0339102;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040279;OID=.;OPOS=89986921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 90025275 . G C 594.6 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00382531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.202;QD=41.7264;RBI=0.0236457;REFB=-0.0177007;REVB=0.0233342;RO=9;SAF=12;SAR=36;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732938;STB=0.539309;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00668693;OID=.;OPOS=90025275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:9:9:48:48:0.842105:36:12:4:5:36:12:4:5 chr2 90121675 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.02;QD=52.6132;RBI=0.0313676;REFB=0;REVB=0.0029277;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195503;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr2 90121845 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00618457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.432;QD=13.8496;RBI=0.0158568;REFB=-0.00336965;REVB=-0.014601;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.560901;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00622446;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:15:9:8:8:15:10 chr2 90121849 . A G 131.49 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00224608;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.564;QD=13.1488;RBI=0.0150878;REFB=-0.0138375;REVB=-0.0149197;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718389;STB=0.542032;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.011554;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:15:10:7:8:15:10 chr2 90121926 . G T 239.91 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00668054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.183;QD=14.3228;RBI=0.00896303;REFB=0.0089284;REVB=0.00597548;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342345;STB=0.519467;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00759666;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:18:21:16:12:18:21 chr2 90121985 . A G 192.86 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0190531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.442;QD=8.12057;RBI=0.021797;REFB=-0.00763174;REVB=0.0105872;RO=69;SAF=13;SAR=13;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263801;STB=0.515777;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.032222;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:13:13:36:33:13:13:36:33 chr2 90139116 . G A 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00908662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.283;QD=13.7259;RBI=0.0642935;REFB=-0.0228024;REVB=-0.0636482;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19446;STB=0.610323;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0304707;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:15:17:17:32:15:17:17:32 chr2 90249273 . C G 33.47 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.00448476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.07;QD=1.08831;RBI=0.0181961;REFB=-0.00202798;REVB=-0.0176348;RO=112;SAF=5;SAR=5;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100215;STB=0.512171;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0212808;OID=.;OPOS=90249273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:112:113:10:10:0.0813008:5:5:57:55:5:5:58:55 chr2 90249290 . A C 60.74 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0251618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4512;QD=2.07669;RBI=0.0319518;REFB=-0.00382471;REVB=-0.0196927;RO=102;SAF=7;SAR=7;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120181;STB=0.512802;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0284272;OID=.;OPOS=90249290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:116:117:102:103:14:14:0.119658:7:7:52:50:7:7:53:50 chr2 90249299 . C T 80.85 PASS AF=0.141667;AO=17;DP=120;FAO=17;FDP=120;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0752674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0784;QD=2.69494;RBI=0.0834918;REFB=-0.00835594;REVB=-0.0361344;RO=100;SAF=9;SAR=8;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369633;STB=0.512755;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0460426;OID=.;OPOS=90249299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:120:120:100:103:17:17:0.141667:8:9:50:50:8:9:53:50 chr2 92129749 . T C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0180004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3108;QD=11.7806;RBI=0.0269643;REFB=-0.00944874;REVB=-0.0200764;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14212;STB=0.572853;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0190092;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:9:7:17:13:9:7:17:14 chr2 95537572 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00701395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.43;QD=10.9732;RBI=0.0305132;REFB=-0.0316345;REVB=-0.0296961;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054004;STB=0.532068;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0890279;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:11:20:9:6:11:20 chr2 95537622 . A G 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0147843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0668;QD=11.3321;RBI=0.0530847;REFB=-0.0221454;REVB=-0.0509844;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247563;STB=0.644263;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0424118;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:6:21:8:6:6:21 chr2 95542363 . C G 36.56 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=100;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00570559;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.63;QD=1.47723;RBI=0.00837021;REFB=-0.00878892;REVB=-0.00612427;RO=90;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0611853;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:100:99:90:90:10:9:0.0909091:6:4:40:50:5:4:40:50 chr2 95542376 . GC TT 51.17 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0280357;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.768;QD=1.87783;RBI=0.0304751;REFB=-0.00239954;REVB=-0.0119472;RO=95;SAF=5;SAR=7;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693421;STB=0.542564;STBP=0.707;TYPE=mnp;VARB=0.0208199;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:110:109:95:97:12:12:0.110092:7:5:45:50:7:5:45:52 chr2 95542416 . A G 38.25 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=125;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0173389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.65;QD=1.21444;RBI=0.023882;REFB=0.00143781;REVB=0.0164229;RO=112;SAF=4;SAR=7;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107976;STB=0.590943;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0102418;OID=.;OPOS=95542416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:125:126:112:115:11:11:0.0873016:7:4:51:61:7:4:53:62 chr2 95542419 . G A 44.18 PASS AF=0.0952381;AO=11;DP=125;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0116192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1311;QD=1.40258;RBI=0.0175228;REFB=0.00251433;REVB=-0.0131165;RO=110;SAF=4;SAR=7;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971408;STB=0.622741;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0211047;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:125:126:110:114:11:12:0.0952381:7:4:49:61:8:4:53:61 chr2 95847040 . TGCG T 486.52 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167559;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.678;QD=58.9716;RBI=0.0193978;REFB=0;REVB=0.00977307;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.27813e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:33:33:0:15:18:0:0:4:0:14:18:0:0 chr2 95847135 . TC T 58.49 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.147595;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.5237;QD=8.06753;RBI=0.152721;REFB=0.0306382;REVB=-0.0392376;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.44;SSSB=0.604871;STB=0.87514;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=-0.0611158;OID=.;OPOS=95847136;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:10:30:11:29:18:10:1:7:11:58:18:9:1:7:11 chr2 95848354 . G A 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0627898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4627;QD=14.7655;RBI=0.0628951;REFB=-0.0242741;REVB=-0.00363746;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389847;STB=0.536394;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0221951;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:25:25:0.431034:18:7:10:22:18:7:11:22 chr2 95947085 . A G 659.01 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0116478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.183;QD=18.3058;RBI=0.0196296;REFB=-0.0251882;REVB=-0.0158002;RO=77;SAF=32;SAR=35;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474848;STB=0.52633;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.02483;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:77:67:67:0.465278:35:32:33:44:35:32:33:44 chr2 96051021 . TGGGGCC TGGCC,TGGG,TGGGC 279.77 PASS AF=0,0,1;AO=10,4,3;DP=29;FAO=0,0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227977,0.0268722,0.133703;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,3,2;MLLD=7.9862,12.5883,20.5102;QD=41.447;RBI=0.434586,0.192582,0.13805;REFB=0,0,0;REVB=-0.369989,0.190698,0.0343694;RO=7;SAF=0,4,2;SAR=10,0,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0.553571,0.553571,0.553571;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.848352,0,-0.535261;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0345148,-0.00407522;OID=.,.,.;OPOS=96051022,96051025,96051025;OREF=GG,GCC,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGCC,TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:10,4,3:29:0,0,27:27:0:0,0,12:0,0,15:0:0:5:7:0,4,2:10,0,1:7:0 chr2 96051493 . T C 351.43 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0018557;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.021;QD=17.7941;RBI=0.00346841;REFB=-0.0045272;REVB=0.00293023;RO=42;SAF=10;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195919;STB=0.610225;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00444386;OID=.;OPOS=96051493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:37:37:0.468354:27:10:19:23:27:10:19:23 chr2 96195632 . T C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.295;QD=59.8536;RBI=0.00841595;REFB=0;REVB=0.00784234;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71731e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr2 96517518 . A G 74.97 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=0.0101046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3467;QD=2.56303;RBI=0.0146698;REFB=-0.00458588;REVB=0.0106348;RO=99;SAF=5;SAR=11;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311562;STB=0.712385;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0662914;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:116:117:99:101:16:16:0.136752:11:5:56:43:11:5:57:44 chr2 96517882 . G A 322.3 PASS AF=0.255435;AO=47;DP=186;FAO=47;FDP=184;FR=.;FRO=137;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=-0.0205415;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=7.00659;RBI=0.0215567;REFB=-0.00289119;REVB=0.00653725;RO=136;SAF=19;SAR=28;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146991;STB=0.585194;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00525728;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:136:137:47:47:0.255435:28:19:71:65:28:19:71:66 chr2 96517885 . G A 564.51 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=-0.0164021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.533;QD=12.2718;RBI=0.0192883;REFB=-0.00469852;REVB=-0.0101492;RO=115;SAF=26;SAR=41;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187866;STB=0.611907;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0120707;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:115:117:67:67:0.36413:41:26:64:51:41:26:66:51 chr2 96519500 . C T 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00712042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.527;QD=2.40071;RBI=0.0494392;REFB=-0.00218526;REVB=-0.0489238;RO=63;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621174;STB=0.545351;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0199549;OID=.;OPOS=96519500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:3:6:39:24:3:6:39:24 chr2 96519520 . G A 35.66 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0132482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.821;QD=1.50164;RBI=0.0587286;REFB=0.000300491;REVB=-0.0572148;RO=86;SAF=6;SAR=3;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129816;STB=0.602706;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0122865;OID=.;OPOS=96519520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:86:86:9:9:0.0947368:3:6:48:38:3:6:48:38 chr2 96521297 . T C 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0183773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.266;QD=22.9152;RBI=0.0218031;REFB=-0.0425537;REVB=-0.0117325;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0148086;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:2:2:3:6:2:2 chr2 96521438 . A G 39.33 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0351811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4868;QD=3.02519;RBI=0.0526072;REFB=0.00883555;REVB=0.0391127;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124483;STB=0.589908;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0519943;OID=.;OPOS=96521438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:4:3:24:21:4:3:24:21 chr2 96521481 . C T 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0218208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.015;QD=1.45436;RBI=0.0239735;REFB=-0.00162264;REVB=-0.00992872;RO=79;SAF=4;SAR=4;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109274;STB=0.585998;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00515478;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:4:4:47:32:4:4:47:32 chr2 96521512 . A C 116.89 PASS AF=0.170543;AO=22;DP=129;FAO=22;FDP=129;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=-0.0666495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1365;QD=3.62466;RBI=0.0831044;REFB=0.00224966;REVB=0.0496406;RO=107;SAF=10;SAR=12;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181777;STB=0.617421;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0129043;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:107:107:22:22:0.170543:12:10:64:43:12:10:64:43 chr2 96521548 . G A 135.53 PASS AF=0.160714;AO=27;DP=168;FAO=27;FDP=168;FR=.;FRO=141;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=58;FWDB=-0.000616116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.03;QD=3.22679;RBI=0.00392048;REFB=-0.00264381;REVB=-0.00387177;RO=141;SAF=15;SAR=12;SRF=83;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432039;STB=0.528281;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.02134;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:141:141:27:27:0.160714:12:15:83:58:12:15:83:58 chr2 96521556 . T C 139.09 PASS AF=0.158192;AO=28;DP=177;FAO=28;FDP=177;FR=.;FRO=149;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=85;FSRR=64;FWDB=0.00281358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.662;QD=3.14315;RBI=0.00944442;REFB=-0.00245827;REVB=-0.00901559;RO=149;SAF=16;SAR=12;SRF=85;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012513;STB=0.500823;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00902035;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:149:149:28:28:0.158192:12:16:85:64:12:16:85:64 chr2 96521563 . G A 47.49 PASS AF=0.0864865;AO=16;DP=185;FAO=16;FDP=185;FR=.;FRO=169;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=94;FSRR=75;FWDB=0.00460532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.663;QD=1.02673;RBI=0.0064455;REFB=-0.00127085;REVB=-0.00450949;RO=169;SAF=10;SAR=6;SRF=94;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817816;STB=0.564771;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0504662;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:185:185:169:169:16:16:0.0864865:6:10:94:75:6:10:94:75 chr2 96521596 . C G 37.99 PASS AF=0.0694444;AO=15;DP=216;FAO=15;FDP=216;FR=.;FRO=201;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=117;FSRR=84;FWDB=-0.0142855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9691;QD=0.703458;RBI=0.0152374;REFB=-0.00225737;REVB=-0.00530096;RO=201;SAF=9;SAR=6;SRF=117;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020127;STB=0.517218;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0264974;OID=.;OPOS=96521596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:216:216:201:201:15:15:0.0694444:6:9:117:84:6:9:117:84 chr2 96521607 . GGT CAC 56.81 PASS AF=0.0869565;AO=18;DP=209;FAO=18;FDP=207;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=109;FSRR=80;FWDB=0.0117263;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.044;QD=1.09774;RBI=0.0150752;REFB=0.000856276;REVB=0.0094739;RO=187;SAF=9;SAR=9;SRF=108;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091154;STB=0.569972;STBP=0.554;TYPE=mnp;VARB=-0.00803263;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:209:207:187:189:18:18:0.0869565:9:9:108:79:9:9:109:80 chr2 96525643 . T C 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0177882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.982;QD=1.97685;RBI=0.0186189;REFB=-0.00557783;REVB=-0.00549951;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063238;STB=0.55636;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0720114;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:66:58:59:7:7:0.106061:4:3:28:30:4:3:29:30 chr2 96525652 . T C 58.1 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0211545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.932;QD=3.27302;RBI=0.0212496;REFB=-0.000292079;REVB=0.00200823;RO=60;SAF=4;SAR=7;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209288;STB=0.642599;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00168954;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:7:4:32:28:7:4:32:28 chr2 96525718 . G T 42.41 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=-0.00646611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.762;QD=1.48799;RBI=0.00647646;REFB=-0.000811076;REVB=0.000366031;RO=95;SAF=5;SAR=6;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17237;STB=0.647635;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00711006;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:95:103:11:11:0.0964912:6:5:57:38:6:5:64:39 chr2 96525723 . C T 53.98 PASS AF=0.116071;AO=12;DP=111;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.00238377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.657;QD=1.92801;RBI=0.035661;REFB=0.000377928;REVB=0.0355812;RO=99;SAF=5;SAR=7;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261089;STB=0.711745;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00717198;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:111:112:99:99:12:13:0.116071:7:5:63:36:8:5:63:36 chr2 96525736 . T C 35.29 PASS AF=0.0854701;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=38;FWDB=0.00220752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.338;QD=1.20646;RBI=0.002245;REFB=0.00126977;REVB=0.000408503;RO=107;SAF=5;SAR=5;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168746;STB=0.632232;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0461964;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:117:107:107:10:10:0.0854701:5:5:69:38:5:5:69:38 chr2 96525750 . T A 33.18 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=0.0215971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7543;QD=1.07026;RBI=0.041987;REFB=0.000884155;REVB=-0.0360065;RO=114;SAF=5;SAR=5;SRF=69;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119406;STB=0.596588;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.011732;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:114:114:10:10:0.0806452:5:5:69:45:5:5:69:45 chr2 96525755 . A T 33.18 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=46;FWDB=-0.0268726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.109;QD=1.07036;RBI=0.0270407;REFB=-0.00449906;REVB=-0.00300991;RO=114;SAF=5;SAR=5;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109196;STB=0.588538;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.050212;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:114:114:10:10:0.0806452:5:5:68:46:5:5:68:46 chr2 96593000 . A G 123.06 PASS AF=0.136364;AO=27;DP=198;FAO=27;FDP=198;FR=.;FRO=171;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=91;FWDB=-0.0173803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.103;QD=2.48608;RBI=0.0204622;REFB=-0.00367271;REVB=0.0107993;RO=170;SAF=10;SAR=17;SRF=80;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129377;STB=0.586142;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0507112;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:170:171:27:27:0.136364:17:10:80:90:17:10:80:91 chr2 96593016 . C A 202.77 PASS AF=0.178404;AO=37;DP=212;FAO=38;FDP=213;FR=.;FRO=175;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=-0.0394297;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2885;QD=3.8079;RBI=0.0556488;REFB=-0.0128725;REVB=-0.0392694;RO=170;SAF=13;SAR=24;SRF=77;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135335;STB=0.575176;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0416099;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:170:175:37:38:0.178404:24:13:77:93:24:14:80:95 chr2 96593025 . C T 222.97 PASS AF=0.183857;AO=41;DP=223;FAO=41;FDP=223;FR=.;FRO=182;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=102;FWDB=-0.0384981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.592;QD=3.99944;RBI=0.0389247;REFB=-0.00152804;REVB=-0.00574695;RO=180;SAF=15;SAR=26;SRF=79;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975949;STB=0.562611;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0162664;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:180:182:41:41:0.183857:26:15:79:101:26:15:80:102 chr2 96593100 . G A 57.14 PASS AF=0.0873786;AO=18;DP=208;FAO=18;FDP=206;FR=.;FRO=188;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=99;FSRR=89;FWDB=-0.00918068;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2499;QD=1.10947;RBI=0.0184956;REFB=0.000622175;REVB=-0.0160563;RO=187;SAF=8;SAR=10;SRF=98;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927377;STB=0.574569;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0074515;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:208:206:187:188:18:18:0.0873786:10:8:98:89:10:8:99:89 chr2 96593108 . T G 164.0 PASS AF=0.159204;AO=32;DP=201;FAO=32;FDP=201;FR=.;FRO=169;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=92;FSRR=77;FWDB=0.0118647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.502;QD=3.26362;RBI=0.0205864;REFB=0.000427759;REVB=0.0168235;RO=168;SAF=12;SAR=20;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219832;STB=0.641096;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00271935;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:168:169:32:32:0.159204:20:12:92:76:20:12:92:77 chr2 96593118 . T A 158.91 PASS AF=0.162304;AO=31;DP=191;FAO=31;FDP=191;FR=.;FRO=160;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=73;FWDB=0.0446925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.475;QD=3.32794;RBI=0.0497388;REFB=0.00276392;REVB=-0.0218296;RO=160;SAF=11;SAR=20;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240894;STB=0.656956;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0169493;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:160:160:31:31:0.162304:20:11:87:73:20:11:87:73 chr2 96594958 . G A 91.34 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00741167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.641;QD=8.49715;RBI=0.0167369;REFB=-0.00858968;REVB=-0.0150064;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190754;STB=0.616667;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0532642;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:13:18:5:7:13:18 chr2 96594966 . T G 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0122761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8043;QD=37.5265;RBI=0.0531159;REFB=-0.0531696;REVB=0.0516778;RO=7;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119181;STB=0.506488;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0133246;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:7:7:25:25:0.78125:10:15:4:3:10:15:4:3 chr2 96595032 . A T 480.03 PASS AF=0.875;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0487952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.058;QD=48.0034;RBI=0.0503715;REFB=0.0414246;REVB=0.0125029;RO=5;SAF=18;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650502;STB=0.535796;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00135493;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:34:35:0.875:16:18:4:1:17:18:4:1 chr2 96595037 . TAATC T 70.15 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=39;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00830108;FXX=0.099975;HRUN=2;LEN=4;MLLD=227.066;QD=7.79394;RBI=0.0123662;REFB=-0.012881;REVB=0.00916601;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555981;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.024539;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:39:12:36:24:7:5:12:12:70:22:5:5:11:11 chr2 96601240 . G A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.024567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.227;QD=10.1573;RBI=0.0285527;REFB=-0.00698827;REVB=-0.0145506;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202136;STB=0.623289;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.008348;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:11:20:11:3:11:20 chr2 96601345 . T C 179.81 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00707394;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.008;QD=15.3027;RBI=0.075081;REFB=-0.00103688;REVB=0.074747;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418209;STB=0.512748;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00160179;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:9:17:13:7:10:17 chr2 96601364 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00662208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.153;QD=16.4804;RBI=0.0263341;REFB=-0.000541237;REVB=-0.0254879;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105058;STB=0.559939;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000638139;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:8:17:11:8:8:17 chr2 96604576 . C T 107.99 PASS AF=0.107914;AO=30;DP=277;FAO=30;FDP=278;FR=.;FRO=248;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=121;FSRR=127;FWDB=0.0115816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.569;QD=1.55387;RBI=0.0135556;REFB=0.000516397;REVB=-0.00704421;RO=247;SAF=22;SAR=8;SRF=121;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303316;STB=0.721775;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00667895;OID=.;OPOS=96604576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:247:248:30:30:0.107914:8:22:121:126:8:22:121:127 chr2 96604591 . A G 1895.35 PASS AF=0.594406;AO=170;DP=286;FAO=170;FDP=286;FR=.;FRO=116;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.00996301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.404;QD=26.5084;RBI=0.0134997;REFB=-0.024649;REVB=0.00910929;RO=116;SAF=91;SAR=79;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265538;STB=0.514356;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0130496;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:116:116:170:170:0.594406:79:91:58:58:79:91:58:58 chr2 96604606 . C A 152.77 PASS AF=0.12628;AO=37;DP=293;FAO=37;FDP=293;FR=.;FRO=256;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=137;FSRR=119;FWDB=0.0110179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.953;QD=2.08556;RBI=0.0115506;REFB=0.000650769;REVB=0.00346713;RO=256;SAF=17;SAR=20;SRF=137;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954852;STB=0.565829;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00412356;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:256:256:37:37:0.12628:20:17:137:119:20:17:137:119 chr2 96604632 . A T 1392.43 PASS AF=0.511111;AO=138;DP=270;FAO=138;FDP=270;FR=.;FRO=132;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.01919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9037;QD=20.6286;RBI=0.0303749;REFB=-0.0189595;REVB=0.0235452;RO=132;SAF=79;SAR=59;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586138;STB=0.532097;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0223177;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:132:132:138:138:0.511111:59:79:67:65:59:79:67:65 chr2 96604730 . T C 76.73 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00183797;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.559;QD=5.3845;RBI=0.00992899;REFB=-0.00398333;REVB=-0.00975739;RO=44;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357503;STB=0.744221;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00983006;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:44:45:12:12:0.210526:10:2:18:26:10:2:19:26 chr2 96606944 . C T 154.04 PASS AF=0.395349;AO=19;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0467317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5863;QD=14.3288;RBI=0.046791;REFB=0.0144043;REVB=-0.0023555;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.586856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0368745;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:19:17:0.395349:10:9:10:14:8:9:10:16 chr2 96610399 . C A 190.04 PASS AF=0.245763;AO=29;DP=119;FAO=29;FDP=118;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=0.0167414;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.531;QD=6.44217;RBI=0.0169012;REFB=-0.000623124;REVB=0.00231891;RO=90;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133884;STB=0.586233;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00168691;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:90:89:29:29:0.245763:16:13:31:59:16:13:30:59 chr2 96610410 . T A 175.6 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=111;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00544059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.461;QD=6.32783;RBI=0.00724682;REFB=-0.00165355;REVB=-0.0047871;RO=84;SAF=13;SAR=14;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172538;STB=0.603967;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00162804;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:84:84:27:27:0.243243:14:13:29:55:14:13:29:55 chr2 96610413 . C T 42.77 PASS AF=0.0860215;AO=26;DP=110;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.0112408;FXX=0.169628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.551;QD=1.83961;RBI=0.0156128;REFB=-0.00479495;REVB=0.0108353;RO=84;SAF=13;SAR=13;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179879;STB=0.521686;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0655736;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:110:93:84:85:26:8:0.0860215:13:13:30:54:5:3:30:55 chr2 96610420 . G T 156.26 PASS AF=0.238095;AO=23;DP=103;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.0261588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.051;QD=5.95281;RBI=0.0263625;REFB=-0.00316521;REVB=0.00327113;RO=79;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193769;STB=0.580583;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0139302;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:79:80:23:25:0.238095:11:12:29:50:13:12:30:50 chr2 96610899 . T C 1088.96 PASS AF=0.58046;AO=101;DP=174;FAO=101;FDP=174;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0245826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.678;QD=25.0336;RBI=0.0246439;REFB=-0.0313752;REVB=0.00173718;RO=72;SAF=38;SAR=63;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982611;STB=0.550923;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0233315;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:72:73:101:101:0.58046:63:38:36:36:63:38:36:37 chr2 96610921 . T G 1251.99 PASS AF=0.59893;AO=112;DP=187;FAO=112;FDP=187;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0173837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.23;QD=26.7806;RBI=0.0175475;REFB=-0.0149595;REVB=0.00239165;RO=75;SAF=40;SAR=72;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106042;STB=0.557512;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0116667;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:75:75:112:112:0.59893:72:40:37:38:72:40:37:38 chr2 96610923 . C G 67.9 PASS AF=0.100529;AO=19;DP=189;FAO=19;FDP=189;FR=.;FRO=170;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=99;FWDB=-0.0211362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.185;QD=1.43693;RBI=0.0266777;REFB=-0.00426472;REVB=-0.0162777;RO=170;SAF=6;SAR=13;SRF=71;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129952;STB=0.598219;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0323318;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:189:189:170:170:19:19:0.100529:13:6:71:99:13:6:71:99 chr2 96616485 . C G 66.44 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.01447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1831;QD=3.79638;RBI=0.0697196;REFB=-0.000295406;REVB=0.0682015;RO=58;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214498;STB=0.514262;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00127115;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:58:58:12:12:0.171429:6:6:28:30:6:6:28:30 chr2 96616506 . GC CA 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00374671;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.447;QD=3.61596;RBI=0.00550157;REFB=-0.0063788;REVB=-0.00402857;RO=51;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182349;STB=0.615156;STBP=0.431;TYPE=mnp;VARB=0.0290002;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:51:52:10:10:0.16129:4:6:23:28:4:6:24:28 chr2 96616532 . T G 58.85 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00820973;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.652;QD=4.80441;RBI=0.00878213;REFB=0.00119392;REVB=0.00311866;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523832;STB=0.525058;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00700337;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:49:39:40:9:9:0.183673:4:5:20:19:4:5:21:19 chr2 96617090 . A G 60.13 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00197465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.662;QD=2.86348;RBI=0.00534731;REFB=-0.00183358;REVB=0.00496936;RO=72;SAF=5;SAR=7;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350065;STB=0.524251;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0162874;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:7:5:32:40:7:5:32:40 chr2 96617106 . A C 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0273046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.238;QD=3.18449;RBI=0.0279102;REFB=-0.00573319;REVB=0.00578225;RO=72;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765794;STB=0.552157;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.033655;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:8:5:32:40:8:5:32:40 chr2 96617111 . G A 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0193983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2432;QD=2.58009;RBI=0.0222682;REFB=-0.00620681;REVB=-0.0109353;RO=78;SAF=4;SAR=8;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147415;STB=0.604472;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0300137;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:78:78:12:12:0.133333:8:4:35:43:8:4:35:43 chr2 96617113 . G A 65.19 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.000145503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.608;QD=2.8345;RBI=0.0108179;REFB=0.00332143;REVB=-0.0108169;RO=79;SAF=5;SAR=8;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074466;STB=0.551644;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0250754;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:79:79:13:13:0.141304:8:5:35:44:8:5:35:44 chr2 96617125 . T C 61.94 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.0125182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2316;QD=2.42902;RBI=0.0125229;REFB=0.00160834;REVB=-0.000344493;RO=88;SAF=5;SAR=8;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740071;STB=0.558049;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.020012;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:101:102:88:89:13:13:0.127451:8:5:39:49:8:5:40:49 chr2 96617132 . T C 73.46 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=108;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0102528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243;QD=2.72058;RBI=0.0167046;REFB=-0.00212822;REVB=-0.013188;RO=93;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460792;STB=0.531714;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0132446;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:108:108:93:93:15:15:0.138889:8:7:40:53:8:7:40:53 chr2 96617155 . A G 62.3 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.00372132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.535;QD=2.18594;RBI=0.00430815;REFB=-0.00204288;REVB=0.00217069;RO=100;SAF=6;SAR=8;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02344;STB=0.516686;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0382284;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:100:100:14:14:0.122807:8:6:41:59:8:6:41:59 chr2 96619688 . T G 34.21 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00027569;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.885;QD=3.60092;RBI=0.0041572;REFB=-0.00604457;REVB=-0.00414805;RO=32;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38784;STB=0.817088;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0506851;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:38:32:32:5:6:0.157895:1:4:15:17:1:5:15:17 chr2 96619734 . C T 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0181158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0571;QD=5.56791;RBI=0.0182665;REFB=0.00349673;REVB=-0.00234123;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107658;STB=0.570106;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0169072;OID=.;OPOS=96619734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:4:6:20:19:4:6:20:19 chr2 96626292 . C T 490.48 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00597937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.559;QD=56.0549;RBI=0.0202748;REFB=-0.159375;REVB=0.019373;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00098565;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr2 96780716 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.007;QD=52.6123;RBI=0.177362;REFB=0;REVB=-0.175454;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473545;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr2 96795857 . T C 481.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.953;QD=58.3969;RBI=0.0524489;REFB=0;REVB=0.0516815;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228529;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr2 96809331 . T C 1238.59 PASS AF=0.913978;AO=85;DP=94;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=68;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0574284;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2602;QD=53.2726;RBI=0.0602708;REFB=-0.118772;REVB=-0.0182906;RO=7;SAF=68;SAR=17;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129447;STB=0.510202;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0416097;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:94:93:7:8:85:85:0.913978:17:68:6:1:17:68:7:1 chr2 96859034 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.514;QD=60.6102;RBI=0.0356969;REFB=0;REVB=0.0243627;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314975;OID=.;OPOS=96859034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr2 96861159 . C G 1395.06 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0357786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.252;QD=59.3643;RBI=0.0362319;REFB=-0.0184884;REVB=0.00571315;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518068;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000265688;OID=.;OPOS=96861159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:0:3:91:91:0.968085:40:51:0:0:40:51:0:3 chr2 96874590 . TT CC 903.6 PASS AF=1;AO=48;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241422;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=2;MLLD=80.957;QD=56.4749;RBI=0.241664;REFB=0;REVB=-0.0108271;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00278376;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:48:64:1:35:13:0:0:35:29:0:0 chr2 96917588 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.748;QD=58.4197;RBI=0.0238959;REFB=0;REVB=-0.0170448;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34879e-07;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr2 96919642 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.751;QD=60.7159;RBI=0.0290408;REFB=0;REVB=0.0278138;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82548e-05;OID=.;OPOS=96919642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:32:42:0:0:32:44:0:0 chr2 96937296 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3038;QD=55.6561;RBI=0.0134165;REFB=0;REVB=-0.0131285;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363305;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 96951032 . GGCCCC G,GC,GCCC,GGCCC 371.49 PASS AF=0.166667,0.194444,0.638889,0;AO=5,7,11,6;DP=37;FAO=6,7,23,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7,2,0;FSAR=0,0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466748,0.0615037,0.133497,0.157092;FXX=0.0270197;HRUN=5,5,5,5;LEN=5,4,2,1;MLLD=31.1263,25.3446,19.815,10.435;QD=41.2764;RBI=0.0992021,0.132409,0.298748,0.325011;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0875358,0.117258,0.267262,0.284525;RO=4;SAF=5,7,0,0;SAR=0,0,11,6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0,0.326531;SSSB=0.804028,0.819748,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.022428,0.00454687,-0.0163864,0.0160334;OID=.,.,.,.;OPOS=96951033,96951033,96951033,96951034;OREF=GCCCC,GCCC,GC,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=G,GC,GCCC,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.166667,0.194444,0.638889,0:5,7,11,6:37:6,7,23,0:36:0:6,7,2,0:0,0,21,0:0:0:33:4:5,7,0,0:0,0,11,6:0:4 chr2 96952833 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.565;QD=56.9382;RBI=0.00566606;REFB=0;REVB=-0.00466095;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90207e-06;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 96993757 . C T 590.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296795;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.544;QD=60.5384;RBI=0.0297874;REFB=0;REVB=-0.00253224;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001423;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:20:19:0:0 chr2 96993884 . A G 854.46 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222561;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7766;QD=57.9296;RBI=0.0252111;REFB=0;REVB=0.0118434;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161329;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr2 97020049 . T C 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730919;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.746;QD=61.221;RBI=0.0116446;REFB=0;REVB=0.00906487;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60614e-05;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr2 97030247 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.603;QD=63.1953;RBI=0.0401641;REFB=0;REVB=0.0101752;RO=0;SAF=61;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158613;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:30:61:0:0:30:62:0:0 chr2 97166204 . A G 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.953;QD=58.4152;RBI=0.00399237;REFB=0;REVB=0.00125959;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65901e-06;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr2 97526592 . GGCC G,GC 90.83 PASS AF=0.105263,0.578947;AO=3,10;DP=22;FAO=2,11;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2,5;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0505722,-0.0747262;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=18.7705,16.437;QD=19.1215;RBI=0.0584091,0.074758;REFB=-0.10328,-0.189939;REVB=0.0292246,0.00217926;RO=9;SAF=3,4;SAR=0,6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0.416667,0.416667;SSEP=0,0;SSSB=0.612869,-0.215579;STB=0.993777,0.5161;STBP=0.22,0.914;TYPE=del,del;VARB=-0.00984683,0.0810187;OID=.,.;OPOS=97526593,97526593;OREF=GCC,GC;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.578947:3,10:22:2,11:19:6:2,5:0,6:3:3:30:9:3,4:0,6:6:3 chr2 97559759 . G A 761.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8225;QD=56.438;RBI=0.0452308;REFB=0;REVB=0.0349043;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644121;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr2 97613616 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00356954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.381;QD=20.2096;RBI=0.0149249;REFB=0.0151995;REVB=-0.0144918;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338476;STB=0.519202;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0129018;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:2:8:10:3:2:8 chr2 97617140 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0258656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3471;QD=15.1958;RBI=0.0258663;REFB=-0.0157722;REVB=0.000195765;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0249423;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:5:9:7:9:5:9:8:10 chr2 97637905 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00925215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.169;QD=19.697;RBI=0.0278057;REFB=-0.0131776;REVB=-0.0262213;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211772;STB=0.620317;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0174957;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:11:11:15:6:11:11 chr2 97638038 . A G 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0409109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.919;QD=15.916;RBI=0.0609088;REFB=-0.0284677;REVB=-0.045124;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185962;STB=0.606587;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0262927;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:4:11:7:6:4:11 chr2 97808349 . T C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.00826585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.947;QD=7.67877;RBI=0.0266348;REFB=0.00476738;REVB=-0.0253197;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242513;STB=0.646239;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0191816;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:6:25:7:4:6:25 chr2 97808394 . C G 67.61 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00109135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.435;QD=3.97677;RBI=0.00734165;REFB=-0.00320362;REVB=0.00726008;RO=56;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126834;STB=0.582771;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0166753;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:7:5:18:38:7:5:18:38 chr2 97820417 . T G 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00631151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.746;QD=4.10169;RBI=0.0101285;REFB=-0.00698699;REVB=-0.00792152;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143155;STB=0.599734;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0122978;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:14:26:6:2:14:26 chr2 97820430 . CC TA 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00835821;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.121;QD=4.1017;RBI=0.0178494;REFB=0.000336404;REVB=-0.0157715;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143155;STB=0.599734;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=-0.00172083;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:14:26:6:2:14:26 chr2 97820434 . T G 54.68 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00739921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.616;QD=4.46365;RBI=0.0454968;REFB=-0.0307733;REVB=-0.0448911;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14704;STB=0.584192;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0488323;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:48:49:34:39:8:8:0.163265:6:2:12:22:6:2:13:26 chr2 97820478 . G A 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00633867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8684;QD=4.20311;RBI=0.0264722;REFB=0.0112747;REVB=0.0257021;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154626;STB=0.607308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0574535;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:6:2:14:25:6:2:14:25 chr2 97820489 . C G 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0265976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.114;QD=4.203;RBI=0.0266515;REFB=-0.0086706;REVB=-0.00169534;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154626;STB=0.607308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0441177;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:6:2:14:25:6:2:14:25 chr2 97820493 . T C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00321134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.187;QD=4.4204;RBI=0.00345457;REFB=-0.00860598;REVB=-0.00127332;RO=37;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109574;STB=0.575144;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0271347;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:6:2:12:25:6:2:12:25 chr2 97827839 . G A 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0240382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9033;QD=12.2341;RBI=0.0280795;REFB=-0.000984647;REVB=0.014513;RO=52;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11167;STB=0.564313;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00453614;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:12:18:26:26:12:18:26:26 chr2 97830053 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0192633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.05;QD=10.2709;RBI=0.0262186;REFB=-0.0158302;REVB=-0.0177858;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440834;STB=0.518112;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0332109;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:10:6:14:20:10:6:14:21 chr2 97833342 . G A 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00315479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.383;QD=25.6497;RBI=0.00363718;REFB=-0.00748188;REVB=-0.00181007;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036133;STB=0.529389;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00537411;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:10:15:11:6:10:15:12:6 chr2 97833361 . A G 36.07 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0657685;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.507;QD=4.24307;RBI=0.0668145;REFB=0.000472306;REVB=-0.0117765;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290321;STB=0.666112;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-8.82098e-06;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:37:34:24:28:6:6:0.176471:4:2:14:10:4:2:15:13 chr2 97833466 . C T 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.029514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.273;QD=14.8311;RBI=0.0314437;REFB=-0.00671522;REVB=0.0108456;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336342;STB=0.519213;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0218263;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:16:14:11:11:16:14 chr2 97884763 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.496;QD=61.3334;RBI=0.06968;REFB=0;REVB=0.066775;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863588;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr2 98128172 . C A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0573402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0713;QD=4.9217;RBI=0.0710984;REFB=-0.00733515;REVB=-0.0420367;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183153;STB=0.512165;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.030585;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:4:4:16:17:4:4:16:17 chr2 98128183 . C G 40.06 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0326129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6438;QD=3.20458;RBI=0.0326799;REFB=-0.0127623;REVB=-0.00209203;RO=43;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441299;STB=0.531701;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0752206;OID=.;OPOS=98128183;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:3:4:23:20:3:4:23:20 chr2 98128194 . GGT CAC 126.94 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00229357;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=3;MLLD=213.474;QD=9.23167;RBI=0.0168348;REFB=0.00306769;REVB=-0.0166779;RO=38;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446357;STB=0.769989;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=-0.00686775;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:38:38:17:17:0.309091:3:14:18:20:3:14:18:20 chr2 98128228 . G A 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000887198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.356;QD=4.99983;RBI=0.0206081;REFB=-0.0132706;REVB=-0.020589;RO=38;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52285;STB=0.854742;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0340754;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:1:8:19:19:1:8:19:19 chr2 98128234 . T C 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00389367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.845;QD=5.2588;RBI=0.00396035;REFB=-0.0136249;REVB=0.000723671;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141537;STB=0.593536;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0460396;OID=.;OPOS=98128234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:3:6:20:16:3:6:20:16 chr2 98128256 . C T 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0242543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.321;QD=16.1048;RBI=0.0249408;REFB=-0.0196664;REVB=0.00581159;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407973;STB=0.735561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0228193;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:8:14:4:13:8:14 chr2 98128258 . G C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00670939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.418;QD=16.1065;RBI=0.00984678;REFB=-0.00474437;REVB=0.00720715;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444252;STB=0.735561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0148234;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:4:13:6:14:4:13:8:14 chr2 98128300 . A G 101.11 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0136225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0348;QD=19.2583;RBI=0.0273291;REFB=-0.0251754;REVB=-0.0236919;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339319;STB=0.699557;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.049101;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:21:9:9:10:10:0.47619:2:8:4:5:2:8:4:5 chr2 98349883 . TG GT,T 42.23 PASS AF=0.0181818,0.181818;AO=3,6;DP=55;FAO=1,10;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=0,5;FSAR=1,5;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.042561,0.132556;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=74.1913,17.9062;QD=3.07114;RBI=0.0776633,0.162576;REFB=-0.00292532,-0.0237517;REVB=-0.0649626,-0.0941256;RO=42;SAF=0,4;SAR=3,2;SRF=25;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.543055,0.0889446;STB=0.991684,0.573929;STBP=0.287,0.631;TYPE=mnp,del;VARB=0.150886,0.0828674;OID=.,.;OPOS=98349883,98349884;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:55:55:42:44:3,6:1,10:0.0181818,0.181818:3,2:0,4:25:17:1,5:0,5:26:18 chr2 98736225 . C T 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00963817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.558;QD=20.5987;RBI=0.0456072;REFB=-0.0198271;REVB=0.0445771;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155274;STB=0.587541;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0416018;OID=.;OPOS=98736225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:11:8:12:8:11:8 chr2 98795792 . C G 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223078;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7865;QD=57.5727;RBI=0.0449285;REFB=0;REVB=0.0389991;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516231;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr2 98844674 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4323;QD=57.1054;RBI=0.0379348;REFB=0;REVB=0.0315271;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114306;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr2 98853173 . G A 2030.01 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0287581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0983;QD=61.5154;RBI=0.0290934;REFB=0.0561341;REVB=0.00440396;RO=1;SAF=57;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826524;STB=0.504347;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00071326;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:74:57:1:0:74:57:1:0 chr2 98928494 . G A 640.11 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5427;QD=55.662;RBI=0.104681;REFB=-0.05312;REVB=0.104051;RO=3;SAF=31;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571943;STB=0.510583;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00904087;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:3:2:43:44:0.956522:12:31:1:2:13:31:1:1 chr2 99149946 . G A 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00553552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.35;QD=15.2681;RBI=0.00571838;REFB=-0.0154249;REVB=0.00143454;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179326;STB=0.601475;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0191193;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:20:13:15:11:20:13 chr2 99172244 . A G 62.82 PASS AF=0.45;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0261613;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3633;QD=12.5636;RBI=0.026184;REFB=0.00651993;REVB=-0.00109065;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815412;STB=0.617961;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000565456;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:20:11:11:8:9:0.45:7:1:1:10:7:2:1:10 chr2 99193496 . C T 595.05 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0047055;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.841;QD=17.5016;RBI=0.00530031;REFB=-0.0209043;REVB=0.00243959;RO=74;SAF=33;SAR=29;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973868;STB=0.554145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0307232;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:74:74:62:62:0.455882:29:33:32:42:29:33:32:42 chr2 99226173 . T A 142.34 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0084914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.453;QD=15.8154;RBI=0.0363166;REFB=-0.00573348;REVB=-0.0353099;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607014;STB=0.534921;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00751533;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:10:10:7:9:10:10 chr2 99778985 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4807;QD=61.8521;RBI=0.0352818;REFB=0;REVB=-0.0348482;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318215;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr2 99779131 . T C 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6068;QD=60.3732;RBI=0.0199903;REFB=0;REVB=0.0181552;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278222;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr2 99804642 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.307;QD=56.956;RBI=0.00565737;REFB=0;REVB=-0.00527597;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46654e-05;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 99812070 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0528;QD=59.6784;RBI=0.0233049;REFB=0;REVB=-0.00953817;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216969;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr2 100022541 . A C 167.64 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0168346;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7712;QD=11.7644;RBI=0.02389;REFB=-0.0109259;REVB=0.0169507;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183959;STB=0.510194;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.013765;OID=.;OPOS=100022541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:36:21:21:0.368421:12:9:14:20:12:9:16:20 chr2 100218080 . G A 593.18 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0179398;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.938;QD=24.716;RBI=0.0234853;REFB=-0.0219807;REVB=0.0151567;RO=42;SAF=17;SAR=37;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803385;STB=0.544101;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0179731;OID=.;OPOS=100218080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:37:17:17:25:37:17:17:25 chr2 100343557 . C T 902.59 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.53;QD=58.2316;RBI=0.0201277;REFB=0;REVB=0.0200058;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96505e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr2 100623289 . C A 591.27 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0423607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8243;QD=20.3886;RBI=0.045065;REFB=-0.00882632;REVB=0.0153763;RO=56;SAF=33;SAR=27;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126303;STB=0.506954;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00897739;OID=.;OPOS=100623289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:27:33:30:26:27:33:30:26 chr2 100897573 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.437;QD=59.8559;RBI=0.0362222;REFB=0;REVB=-0.00833591;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18101e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:42:29:0:0 chr2 100915772 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6891;QD=61.6829;RBI=0.0229932;REFB=0;REVB=-0.0228733;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437608;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr2 100916306 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.604;QD=59.8547;RBI=0.0168939;REFB=0;REVB=-0.0162766;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38213e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr2 100916315 . A G 355.31 PASS AF=0.553846;AO=34;DP=62;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000591145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.264;QD=21.8651;RBI=0.0401319;REFB=-0.00184489;REVB=0.0401275;RO=27;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101904;STB=0.504502;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00190218;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:27:29:34:36:0.553846:13:21:17:10:14:22:18:11 chr2 100917109 . C T 529.75 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0129589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.905;QD=13.4968;RBI=0.0134805;REFB=-0.00926529;REVB=-0.00371366;RO=95;SAF=23;SAR=39;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212727;STB=0.620031;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0140313;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:95:95:62:62:0.394904:39:23:54:41:39:23:54:41 chr2 101010043 . G A 234.42 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00490368;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.364;QD=15.1241;RBI=0.0300245;REFB=6.90371e-05;REVB=0.0296213;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131306;STB=0.574656;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000124557;OID=.;OPOS=101010043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:9:18:19:16:9:18:19:16 chr2 101010082 . G C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0253306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.328;QD=17.0949;RBI=0.0257976;REFB=-0.00257351;REVB=0.0048867;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214838;STB=0.512041;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00212565;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:22:19:17:18:22:19 chr2 101031561 . G T 324.66 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00862026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.533;QD=22.3906;RBI=0.0350511;REFB=-0.0419615;REVB=0.0339746;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192109;STB=0.605996;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.038699;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:16:9:20:13:16:9 chr2 101096960 . C T 1378.11 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.214;QD=62.6414;RBI=0.00833943;REFB=0;REVB=0.0057523;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4664e-07;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:37:49:0:0:38:50:0:0 chr2 101186088 . C T 1320.57 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0911;QD=62.1445;RBI=0.0278134;REFB=0;REVB=0.0154601;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49369e-05;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:56:28:0:0:56:29:0:0 chr2 101437561 . G A 1600.07 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.511;QD=59.8159;RBI=0.0273508;REFB=0;REVB=0.0197283;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109637;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:66:37:0:0:69:38:0:0 chr2 101437601 . C G 1574.66 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385122;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.67;QD=59.9871;RBI=0.0398383;REFB=0;REVB=0.0101928;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76848e-05;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr2 101591304 . A G 1049.07 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229444;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3826;QD=59.9471;RBI=0.0327747;REFB=0;REVB=0.0234038;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152825;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr2 101609827 . C T 946.79 PASS AF=0.428571;AO=102;DP=238;FAO=102;FDP=238;FR=.;FRO=136;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=0.0114306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.495;QD=15.9124;RBI=0.0168528;REFB=-0.0110212;REVB=0.0123839;RO=130;SAF=40;SAR=62;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163588;STB=0.5247;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.014365;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:130:136:102:102:0.428571:62:40:53:77:62:40:59:77 chr2 101612568 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0304935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.057;QD=11.917;RBI=0.0404484;REFB=0.00751145;REVB=0.0265749;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00861888;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:6:3:5:2:6:3 chr2 101638888 . A G 427.96 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.019306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.62;QD=19.4525;RBI=0.0217869;REFB=-0.0116891;REVB=0.0100971;RO=45;SAF=16;SAR=27;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090537;STB=0.550389;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00883755;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:27:16:21:24:27:16:21:24 chr2 101644855 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00657981;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.623;QD=19.6683;RBI=0.0161584;REFB=-0.0122352;REVB=-0.0147581;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0129817;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:7:12:11:8:7:12 chr2 101656726 . T C 832.02 PASS AF=0.441624;AO=88;DP=197;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00699076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.283;QD=16.8939;RBI=0.028693;REFB=-0.0172433;REVB=-0.0278284;RO=109;SAF=41;SAR=47;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198175;STB=0.504274;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0249135;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:109:110:88:87:0.441624:47:41:51:58:46:41:51:59 chr2 101898412 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.45;QD=62.0216;RBI=0.0365792;REFB=0;REVB=0.00860372;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316516;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr2 102038849 . T A 1244.63 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000368648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.457;QD=59.982;RBI=0.0446567;REFB=-0.131646;REVB=0.0446552;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00119043;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:81:82:0.987952:34:47:0:0:35:47:1:0 chr2 102067083 . T C 1665.63 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.884;QD=59.4867;RBI=0.0133332;REFB=0;REVB=0.00729646;RO=2;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48699e-05;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:2:0:110:112:1:53:57:0:2:55:57:0:0 chr2 102068872 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=39;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1499;QD=56.9381;RBI=0.077474;REFB=0;REVB=-0.0667126;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001715;OID=.;OPOS=102068872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:39:53:1:33:6:0:0:33:20:0:0 chr2 102472459 . A G 82.32 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0481365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4664;QD=9.40844;RBI=0.0780277;REFB=-0.0220235;REVB=-0.0614101;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133345;STB=0.581662;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0548346;OID=.;OPOS=102472459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:9:15:8:3:9:15 chr2 102842467 . T C 964.93 PASS AF=0.5;AO=95;DP=190;FAO=95;FDP=190;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=0.00821651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.307;QD=20.3142;RBI=0.00962058;REFB=0.000860508;REVB=0.00500445;RO=95;SAF=38;SAR=57;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504788;STB=0.52771;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.000716937;OID=.;OPOS=102842467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:95:95:95:95:0.5:57:38:33:62:57:38:33:62 chr2 102851708 . T C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00707333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.729;QD=18.902;RBI=0.0124711;REFB=-0.0104306;REVB=0.0102711;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0090197;OID=.;OPOS=102851708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:20:14:14:20:20:14:14:20 chr2 102957716 . C T 633.02 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00832361;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.222;QD=20.9263;RBI=0.00904739;REFB=4.73293e-06;REVB=-0.00354582;RO=59;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275207;STB=0.519078;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=2.20245e-06;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:59:58:63:63:0.520661:29:34:30:29:29:34:29:29 chr2 103001402 . C T 315.81 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00766349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.302;QD=27.4621;RBI=0.0109685;REFB=-0.0115422;REVB=0.00784719;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722961;STB=0.565172;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00779335;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:18:27:28:0.608696:14:13:6:10:14:14:6:12 chr2 103095404 . G A 456.28 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0746559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6107;QD=16.8991;RBI=0.0847915;REFB=-0.0559916;REVB=-0.0402005;RO=55;SAF=30;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804873;STB=0.54033;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0607557;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:56:52:52:0.481481:22:30:27:28:22:30:28:28 chr2 103095699 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.045535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.153;QD=17.4015;RBI=0.054764;REFB=-0.011618;REVB=-0.0304247;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0133787;OID=.;OPOS=103095699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:8:5:7:6:8:5 chr2 103149100 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0906011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.501;QD=21.0648;RBI=0.0921024;REFB=-0.0209302;REVB=0.0165613;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11088;STB=0.562232;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0114268;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:14:10:13:11:14:10 chr2 103334969 . G A 2403.28 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6281;QD=61.23;RBI=0.0437462;REFB=0;REVB=0.043436;RO=0;SAF=70;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172002;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:87:70:0:0:87:70:0:0 chr2 103431404 . T C 1503.15 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9969;QD=59.5308;RBI=0.0385036;REFB=0;REVB=0.0040546;RO=0;SAF=30;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013166;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:70:30:0:0:70:31:0:0 chr2 105665808 . C T 281.22 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0199958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.772;QD=21.2241;RBI=0.0214331;REFB=-0.0101821;REVB=-0.00771655;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714065;STB=0.539655;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00863312;OID=.;OPOS=105665808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:12:12:17:12:12:12 chr2 105705507 . C T 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0124356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2712;QD=11.9917;RBI=0.0911517;REFB=-0.0243531;REVB=0.0902995;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213951;STB=0.626358;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0475035;OID=.;OPOS=105705507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:13:5:15:18:13:5:15:18 chr2 105707766 . G A 264.88 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00225752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4752;QD=13.0806;RBI=0.0144542;REFB=-0.002355;REVB=-0.0142768;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666742;STB=0.538055;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00336562;OID=.;OPOS=105707766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:18:13:18:32:18:13:18:32 chr2 105709023 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.04;QD=56.9568;RBI=0.0191217;REFB=0;REVB=0.00783222;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89107e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr2 105713697 . A G 314.67 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0702073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.637;QD=17.9813;RBI=0.0704433;REFB=-0.013114;REVB=-0.00576169;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816326;STB=0.559966;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0159397;OID=.;OPOS=105713697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:33:34:0.485714:22:11:9:26:22:12:9:27 chr2 105915128 . G A 542.76 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0371069;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7499;QD=27.1381;RBI=0.0502033;REFB=-0.0270899;REVB=0.0338149;RO=31;SAF=21;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669286;STB=0.503648;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0204999;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:31:31:49:49:0.6125:28:21:13:18:28:21:13:18 chr2 105924510 . A G 324.79 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00813285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.931;QD=17.0944;RBI=0.11046;REFB=-0.0185381;REVB=-0.11016;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611477;STB=0.527407;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0229909;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:18:17:22:18:18:17:22:19 chr2 105953938 . G GC 435.17 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0137353;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.564;QD=18.5181;RBI=0.0388609;REFB=-0.0395947;REVB=-0.0363526;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532785;STB=0.534868;STBP=0.557;TYPE=ins;VARB=0.0552937;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085:44:95:44:94:50:24:20:24:26:99:51:24:20:25:26 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 641.87 PASS AF=0.56962,0.126582;AO=44,11;DP=84;FAO=45,10;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=20,9;FSAR=25,1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0595768,0.00394944;FXX=0.0919435;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=169.207,70.283;QD=32.4996;RBI=0.102761,0.0709752;REFB=-0.0573798,-0.0269466;REVB=0.0837282,0.0708652;RO=24;SAF=20,8;SAR=24,3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0835145,0.181957;STB=0.548366,0.810716;STBP=0.293,0.044;TYPE=del,mnp;VARB=0.0192997,0.0978121;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56962,0.126582:44,11:84:45,10:79:24:20,9:25,1:14:10:99:24:20,8:24,3:14:10 chr2 106710108 . C T 719.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.421;QD=62.57;RBI=0.031044;REFB=0;REVB=0.00639601;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97898e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:23:23:0:0 chr2 106742139 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.13;QD=57.2026;RBI=0.0152938;REFB=0;REVB=0.00681289;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115485;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr2 107073469 . T A 154.55 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6723;QD=44.1576;RBI=0.0485084;REFB=0;REVB=0.0483542;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120301;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:4:10:0:0 chr2 107073501 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2407;QD=42.1825;RBI=0.0212778;REFB=0;REVB=-0.00698403;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000659208;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr2 107084739 . A G 1954.99 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.821;QD=61.0934;RBI=0.0396258;REFB=-0.0100545;REVB=0.0318171;RO=1;SAF=77;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613176;STB=0.503225;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000115533;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:50:77:1:0:50:77:1:0 chr2 107107511 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0212553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.566;QD=14.8342;RBI=0.0212577;REFB=-0.00722662;REVB=0.000320148;RO=30;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251287;STB=0.645784;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0151745;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:18:4:11:19:18:4:11:19 chr2 107107567 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8137;QD=61.6823;RBI=0.0731453;REFB=0;REVB=-0.0700484;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768079;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr2 107423395 . T G 307.25 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00662331;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.774;QD=22.7594;RBI=0.0491286;REFB=-0.00342942;REVB=-0.0486801;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527182;STB=0.521183;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00149048;OID=.;OPOS=107423395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:23:31:31:0.574074:12:19:12:10:12:19:13:10 chr2 108443511 . C G 1025.33 PASS AF=0.435484;AO=108;DP=248;FAO=108;FDP=248;FR=.;FRO=140;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=78;FWDB=-0.0291052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8657;QD=16.5376;RBI=0.0362768;REFB=-0.00740247;REVB=0.0216539;RO=139;SAF=56;SAR=52;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805508;STB=0.542628;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0100763;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:139:140:108:108:0.435484:52:56:61:78:52:56:62:78 chr2 108475958 . A G 583.58 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.013021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3459;QD=20.842;RBI=0.0486112;REFB=-0.0160575;REVB=-0.0468349;RO=53;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333271;STB=0.518322;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0126785;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:30:29:24:29:30:29:24:29 chr2 108496435 . T A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0181093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.681;QD=16.6272;RBI=0.018128;REFB=-0.00188787;REVB=0.00082398;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169167;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00295409;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:6:8:5:8:6:8 chr2 108863767 . A C 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1094;QD=63.3353;RBI=0.0117635;REFB=0;REVB=-0.00443814;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84525e-05;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr2 108875198 . G A 403.55 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00283978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.161;QD=15.6719;RBI=0.008024;REFB=-0.0108201;REVB=-0.00750468;RO=55;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323624;STB=0.505075;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0168588;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:55:58:45:45:0.436893:26:19:25:30:26:19:25:33 chr2 108875244 . T C 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.437;QD=62.9061;RBI=0.00646844;REFB=0;REVB=-0.000589488;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07246e-05;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr2 108875471 . G T 2194.74 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.776;QD=63.1581;RBI=0.0532965;REFB=0;REVB=0.00944588;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228294;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:76:63:0:0:76:63:0:0 chr2 108877062 . T A 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00109372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.345;QD=57.3884;RBI=0.00649709;REFB=-0.0253374;REVB=-0.00640437;RO=2;SAF=31;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038846;STB=0.502189;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000457055;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:73:74:0.973684:42:31:1:1:43:31:1:1 chr2 109099572 . C G 544.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011707;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.442;QD=60.5148;RBI=0.0135248;REFB=0;REVB=0.00677253;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45276e-06;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr2 109106381 . A G 976.43 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00639374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.169;QD=57.4368;RBI=0.00691327;REFB=-0.102213;REVB=0.00262933;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000439348;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:40:27:1:0:40:27:1:0 chr2 109124356 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.188;QD=33.4285;RBI=0.0337503;REFB=0;REVB=-0.0259554;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45592e-05;OID=.;OPOS=109124356;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 109389463 . G A 817.27 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6696;QD=57.3522;RBI=0.0258423;REFB=0;REVB=0.0253205;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360675;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr2 109429146 . T A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6109;QD=63.2851;RBI=0.018935;REFB=0;REVB=-0.0157934;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39783e-05;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 109510937 . G A 2385.7 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3797;QD=61.1717;RBI=0.0332922;REFB=0;REVB=-0.00171845;RO=0;SAF=59;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115109;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:97:59:0:0:97:59:0:0 chr2 109512234 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.135;QD=52.6132;RBI=0.0300141;REFB=0;REVB=-0.0286714;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201067;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 109513601 . A G 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.52;QD=61.569;RBI=0.0259663;REFB=0;REVB=0.025782;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39195e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr2 109513654 . G A 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.961;QD=60.3489;RBI=0.0569936;REFB=0;REVB=0.0536324;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38529e-05;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr2 109526969 . G A 1122.16 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.525;QD=58.2938;RBI=0.0320177;REFB=0;REVB=0.0233456;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370051;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:74:77:1:50:24:0:0:53:24:0:0 chr2 109527373 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7316;QD=57.5421;RBI=0.0448623;REFB=0;REVB=-0.0441219;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483346;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr2 109745176 . G A 1480.86 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.297;QD=58.6477;RBI=0.0496296;REFB=-0.0944118;REVB=0.0196015;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.506172;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000571811;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:99:100:0.990099:59:40:0:0:60:40:1:0 chr2 110373197 . G A 875.41 PASS AF=0.553333;AO=77;DP=142;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0347753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.148;QD=23.3442;RBI=0.036167;REFB=-0.00819608;REVB=-0.00993639;RO=65;SAF=39;SAR=38;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525466;STB=0.515294;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0156531;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:150:65:67:77:83:0.553333:38:39:37:28:40:43:37:30 chr2 110373938 . T G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0190016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.589;QD=12.8689;RBI=0.0211135;REFB=-0.0210772;REVB=-0.00920431;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952078;STB=0.567454;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0434879;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:8:3:3:12:8:3:3:13 chr2 110374215 . T C 180.89 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.000310809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7718;QD=16.4446;RBI=0.00455416;REFB=-0.021052;REVB=0.00454354;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203561;STB=0.615997;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0256561;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:8:17:9:10:8:17 chr2 110375025 . C T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0064768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.153;QD=18.4127;RBI=0.00652793;REFB=-0.0103019;REVB=0.00081546;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120767;STB=0.567233;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00868669;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:22:12:16:17:22:12 chr2 110827570 . G C 60.73 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0224309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9318;QD=6.39249;RBI=0.0363848;REFB=-0.0158564;REVB=0.028648;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199952;STB=0.605841;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0521816;OID=.;OPOS=110827570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:20:8:4:5:20:9 chr2 110855123 . G T 539.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.586;QD=59.89;RBI=0.0333077;REFB=0;REVB=0.0332811;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89817e-05;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:10:25:0:0:11:25:0:0 chr2 110922703 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0205543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.511;QD=13.8995;RBI=0.0264004;REFB=-0.00879048;REVB=-0.0165682;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911804;STB=0.551845;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00950719;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:10:24:15:9:10:24 chr2 111850515 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.982;QD=56.1916;RBI=0.0352994;REFB=0;REVB=-0.0342249;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245891;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 111899881 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.935;QD=56.9383;RBI=0.0346744;REFB=0;REVB=-0.0220946;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109923;OID=.;OPOS=111899881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr2 111907691 . T C 1327.35 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6499;QD=61.7372;RBI=0.0246118;REFB=0;REVB=0.0204795;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08345e-06;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:44:41:0:0:44:42:0:0 chr2 111908262 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.439;QD=62.3139;RBI=0.0116678;REFB=0;REVB=-0.00186535;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71821e-05;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr2 111925731 . CTTATGTT C 528.23 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825224;FXX=0;HRUN=2;LEN=7;MLLD=290.266;QD=46.9533;RBI=0.0101618;REFB=0;REVB=-0.00592976;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.49414e-06;OID=.;OPOS=111925732;OREF=TTATGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:45:45:0:23:22:0:0:10:0:23:20:0:0 chr2 112605302 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.114;QD=48.7373;RBI=0.0556919;REFB=0;REVB=0.00681231;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828566;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr2 112615933 . T C 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0067774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9867;QD=3.45939;RBI=0.0159348;REFB=-0.00908682;REVB=-0.0144217;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493779;STB=0.850833;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0457454;OID=.;OPOS=112615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:1:6:18:22:1:6:18:22 chr2 112641255 . TGA TAG 173.14 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117996;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=89.5256;QD=46.1703;RBI=0.0703413;REFB=0;REVB=-0.0693445;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00185685;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:15:15:15:0:7:8:0:0:4:0:7:5:0:0 chr2 112641283 . A G 134.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652712;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.344;QD=44.8084;RBI=0.0712154;REFB=0;REVB=-0.0284834;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928732;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr2 112686988 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.957e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.015;QD=58.061;RBI=0.00600582;REFB=0;REVB=-0.00600553;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22529e-05;OID=.;OPOS=112686988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr2 112751928 . G A 945.54 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.068;QD=56.4503;RBI=0.0496665;REFB=-0.0580652;REVB=0.0496255;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59156e-05;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:67:0:0:65:67:1:24:41:0:0:25:42:0:0 chr2 112754720 . A C 319.68 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.213;QD=53.2802;RBI=0.0215271;REFB=0;REVB=0.0198714;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858626;OID=.;OPOS=112754720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr2 112754880 . G A 1267.41 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113604;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.29;QD=61.825;RBI=0.0137501;REFB=0;REVB=0.00774632;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356039;OID=.;OPOS=112754880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr2 112754943 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.907;QD=60.7161;RBI=0.0454492;REFB=0;REVB=-0.00954364;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111192;OID=.;OPOS=112754943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr2 112755001 . A G,T 605.87 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394448,0.050387;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.28,93.6912;QD=60.5871;RBI=0.0420949,0.0514453;REFB=0,0;REVB=0.0146999,0.0103813;RO=0;SAF=15,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0010014,0.00680077;OID=.,.;OPOS=112755001,112755001;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:23,2:15,0:0:0:23,2:15,0:0:0 chr2 112765973 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.493;QD=62.9828;RBI=0.0328189;REFB=0;REVB=0.0322287;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145546;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 112832535 . CAAT C 749.1 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561611;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=3;MLLD=301.353;QD=50.7866;RBI=0.0181882;REFB=0;REVB=0.0172994;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.05706e-05;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:60:59:59:0:34:25:0:0:13:0:34:25:0:0 chr2 113308516 . T A 1226.14 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8997;QD=61.307;RBI=0.0289151;REFB=0;REVB=0.0287525;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140528;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:34:45:0:0:34:46:0:0 chr2 113309473 . C T 800.96 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.939;QD=57.2114;RBI=0.0274362;REFB=0;REVB=0.00321597;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16473e-05;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr2 113344046 . AT AC,GC 214.21 PASS AF=0.529412,0.470588;AO=9,10;DP=20;FAO=9,8;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.149925;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=128.534,131.582;QD=50.4023;RBI=0.0130337,0.0136691;REFB=0,0;REVB=0.0130337,0.0136691;RO=0;SAF=0,0;SAR=9,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00475779,-0.00220108;OID=.,.;OPOS=113344047,113344046;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:20:17:0:0:9,10:9,8:0.529412,0.470588:9,10:0,0:0:0:9,8:0,0:0:0 chr2 113482779 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.002;QD=58.5862;RBI=0.0443926;REFB=0;REVB=-0.0165151;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143378;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr2 113484319 . G A 657.82 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.612;QD=59.8013;RBI=0.0241193;REFB=-0.142034;REVB=0.0205257;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000657088;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:29:14:0:1:29:14:0:1 chr2 113498566 . A G 1592.94 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110563;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.778;QD=60.1109;RBI=0.11311;REFB=0;REVB=0.0238654;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029834;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:58:44:0:0:58:48:0:0 chr2 113513825 . T C 1377.44 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.864;QD=62.6108;RBI=0.0439486;REFB=0;REVB=0.0390242;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043706;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:54:33:0:0:55:33:0:0 chr2 113671378 . G T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9072;QD=63.87;RBI=0.0491574;REFB=0;REVB=0.0085919;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720765;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr2 113671410 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.956;QD=62.0219;RBI=0.0118311;REFB=0;REVB=-0.0112208;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03795e-05;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 113763463 . A C 1534.42 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0706201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3563;QD=62.6293;RBI=0.0822585;REFB=-0.0824412;REVB=0.0421813;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.503936;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000637561;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:1:97:97:0.989796:63:34:0:0:63:34:0:1 chr2 113763575 . A G 1486.13 PASS AF=1;AO=61;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254158;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.696;QD=63.2397;RBI=0.0754563;REFB=0;REVB=0.0710471;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307718;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:94:0:0:61:94:1:27:34:0:0:55:39:0:0 chr2 113789316 . C T 277.89 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0311319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.932;QD=13.7228;RBI=0.031133;REFB=-0.016699;REVB=0.000258051;RO=48;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331492;STB=0.52446;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0244681;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:17:15:21:27:17:15:21:28 chr2 113831945 . T C 231.47 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0092831;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.831;QD=21.043;RBI=0.0339335;REFB=-0.00585804;REVB=0.032639;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819438;STB=0.546176;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00477043;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:22:22:22:22:0.5:13:9:11:11:13:9:11:11 chr2 113832333 . C A 582.52 PASS AF=0.445255;AO=60;DP=136;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00626394;FXX=0.021427;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.121;QD=17.0079;RBI=0.00627338;REFB=-0.00137957;REVB=0.000344003;RO=76;SAF=32;SAR=28;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194341;STB=0.50651;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0036636;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:76:76:60:61:0.445255:28:32:42:34:28:33:42:34 chr2 113870663 . G A 333.96 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0247083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.945;QD=12.0345;RBI=0.0248;REFB=-0.0142114;REVB=-0.00213093;RO=69;SAF=19;SAR=22;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163758;STB=0.505075;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0180918;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:70:41:41:0.369369:22:19:33:36:22:19:33:37 chr2 113885240 . T A 173.19 PASS AF=0.4;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0263121;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.874;QD=13.8554;RBI=0.033557;REFB=-0.00928111;REVB=0.0208265;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150714;STB=0.586126;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0164961;OID=.;OPOS=113885240;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:30:30:20:20:0.4:12:8:8:22:12:8:8:22 chr2 113890304 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.823;QD=63.7517;RBI=0.0200321;REFB=0;REVB=0.000654549;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95136e-05;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:55:41:0:0:55:41:0:0 chr2 113940681 . T C 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163686;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8518;QD=56.2292;RBI=0.0845761;REFB=0;REVB=-0.0845602;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021522;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 113940839 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804856;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=326.926;QD=58.6006;RBI=0.0111989;REFB=0;REVB=0.00778689;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52172e-06;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr2 113943469 . GA G,GG 335.1 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,22;DP=26;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740808,0.0143149;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.8151,71.1718;QD=51.5541;RBI=0.0174562,0.0500848;REFB=0,0;REVB=0.0158063,0.0479956;RO=0;SAF=1,8;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0698629,0.00236928;OID=.,.;OPOS=113943470,113943470;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.884615:3,22:26:3,23:26:0:1,9:2,14:0:0:10:0:1,8:2,14:0:0 chr2 113955074 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.055;QD=61.2132;RBI=0.0163099;REFB=0;REVB=0.0162649;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03091e-05;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr2 113956371 . G C 539.44 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.082;QD=59.9374;RBI=0.0847142;REFB=0;REVB=0.044156;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370705;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr2 113999023 . T C 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00880725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.768;QD=20.2461;RBI=0.0265345;REFB=-0.022969;REVB=0.0250302;RO=33;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138979;STB=0.577275;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0141335;OID=.;OPOS=113999023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:24:12:16:17:24:12:16:17 chr2 114391721 . T C 328.03 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0119294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.504;QD=15.257;RBI=0.0119787;REFB=-0.0111197;REVB=0.00108651;RO=50;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106992;STB=0.560513;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0139819;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:21:15:26:24:21:15:26:24 chr2 114392716 . C T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.002882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.236;QD=10.0236;RBI=0.0298715;REFB=-0.0017273;REVB=-0.0297321;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942777;STB=0.545404;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00447737;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:9:9:21:15:9:9:21:16 chr2 114763169 . C G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0516391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.515;QD=18.8957;RBI=0.0519469;REFB=-0.0106206;REVB=-0.00564658;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761879;STB=0.54241;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0184547;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:19:22:20:24:19:22:20:24 chr2 116099725 . A T 239.94 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.07895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.796;QD=16.5474;RBI=0.0804786;REFB=-0.0287995;REVB=0.0156107;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217029;STB=0.606865;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0296863;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:31:26:27:0.465517:16:10:6:26:17:10:6:25 chr2 116510817 . G C 751.4 PASS AF=0.40566;AO=85;DP=211;FAO=86;FDP=212;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0141405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.824;QD=14.1774;RBI=0.028158;REFB=-0.00522489;REVB=-0.0243499;RO=125;SAF=45;SAR=40;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354897;STB=0.513831;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00832503;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:125:126:85:86:0.40566:40:45:62:63:41:45:63:63 chr2 116525960 . G A 1592.26 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344327;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.456;QD=60.0854;RBI=0.00542193;REFB=0;REVB=-0.00418823;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66178e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr2 116600388 . A G 168.62 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0823657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8007;QD=16.0591;RBI=0.0832936;REFB=-0.0146114;REVB=0.0123986;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337636;STB=0.690295;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.038435;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:4:20:9:9:4:20 chr2 118583940 . C T 398.01 PASS AF=0.382114;AO=46;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=0.0259853;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.2;QD=12.9433;RBI=0.0292576;REFB=-0.00916566;REVB=-0.0134451;RO=76;SAF=15;SAR=31;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465473;STB=0.53584;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0171788;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:76:46:47:0.382114:31:15:22:54:31:16:22:54 chr2 118589808 . C T 195.74 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139025;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.912;QD=48.9352;RBI=0.0148824;REFB=0;REVB=-0.00531084;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000931823;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 118731573 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00590373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.488;QD=16.993;RBI=0.0128265;REFB=0.00817904;REVB=-0.0113871;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879328;STB=0.549501;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.012841;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:15:15:11:16:15:15 chr2 118771566 . C A 1625.13 PASS AF=0.482353;AO=159;DP=334;FAO=164;FDP=340;FR=.;FRO=176;FSAF=60;FSAR=104;FSRF=107;FSRR=69;FWDB=0.0205017;FXX=0.00584778;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2956;QD=19.1192;RBI=0.0644588;REFB=-0.0173121;REVB=0.0611115;RO=174;SAF=58;SAR=101;SRF=106;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232992;STB=0.625904;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0168068;OID=.;OPOS=118771566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:340:174:176:159:164:0.482353:101:58:106:68:104:60:107:69 chr2 118774082 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.83;QD=60.2281;RBI=0.00822502;REFB=0;REVB=-0.00593101;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4377e-05;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr2 118774178 . G C 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00890033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4612;QD=57.3891;RBI=0.0142152;REFB=-0.142507;REVB=-0.011084;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00494986;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:1:0:23:14:1:0 chr2 119591683 . C A 489.11 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.109367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.833;QD=21.9826;RBI=0.125634;REFB=0.0118523;REVB=0.0618277;RO=42;SAF=16;SAR=31;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184088;STB=0.601748;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0071015;OID=.;OPOS=119591683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:31:16:23:19:31:16:23:19 chr2 119600067 . C CT 206.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000540669;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=258.708;QD=48.6902;RBI=0.000540669;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=17;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.03411e-06;OID=.;OPOS=119600068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:17:0:0:0:4:0:17:0:0:0 chr2 119604255 . C T 72.73 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0361932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.33;QD=20.7792;RBI=0.0362175;REFB=-0.0211313;REVB=0.00132717;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218043;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0190066;OID=.;OPOS=119604255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:4:1:5:4:4:1 chr2 119915249 . T C 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00126799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.287;QD=57.2338;RBI=0.00777845;REFB=-0.0257003;REVB=-0.0076744;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000166625;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:30:36:1:0:30:36:1:0 chr2 119927405 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0331784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.89;QD=10.1735;RBI=0.0331854;REFB=0.00809498;REVB=-0.000679255;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.635901;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0100168;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:5:4:4:2:5:4 chr2 119927411 . G T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0114141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8593;QD=9.44483;RBI=0.0900037;REFB=-0.022787;REVB=0.089277;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0449605;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr2 119988565 . G A 618.28 PASS AF=0.571429;AO=55;DP=97;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0182688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.271;QD=25.236;RBI=0.0254344;REFB=-0.0299138;REVB=0.0176963;RO=41;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284745;STB=0.5;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0282614;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:41:42:55:56:0.571429:32:23:17:24:32:24:18:24 chr2 120021785 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7494;QD=59.6794;RBI=0.0360018;REFB=0;REVB=0.00528009;RO=0;SAF=18;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192515;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:52:18:0:0:52:18:0:0 chr2 120060082 . T C 348.65 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0620313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4874;QD=17.4325;RBI=0.0620503;REFB=-0.0058476;REVB=-0.00153427;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945403;STB=0.552905;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00798869;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:20:17:24:19:20:17:24:19 chr2 120078778 . T C 1173.21 PASS AF=0.434028;AO=125;DP=289;FAO=125;FDP=288;FR=.;FRO=163;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=65;FSRR=98;FWDB=0.0426753;FXX=0.00689631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.078;QD=16.2945;RBI=0.0427315;REFB=-0.0109399;REVB=-0.00218994;RO=163;SAF=60;SAR=65;SRF=65;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832769;STB=0.546209;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0174077;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:163:163:125:125:0.434028:65:60:65:98:65:60:65:98 chr2 120125029 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.325;QD=56.7066;RBI=0.0450078;REFB=0;REVB=0.0424786;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175538;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr2 120125053 . C G 72.48 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00793463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3868;QD=9.06022;RBI=0.0410452;REFB=0.00114903;REVB=0.040271;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20231;STB=0.519961;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00172038;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:20:22:10:10:0.3125:2:8:18:2:2:8:18:4 chr2 120125058 . C T 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0265191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8454;QD=9.1311;RBI=0.0341495;REFB=-0.00453302;REVB=-0.0215158;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328388;STB=0.519961;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0175919;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:18:4:2:8:18:4 chr2 120194651 . ACG A,AGTGTGCCG 694.3 PASS AF=0,1;AO=9,49;DP=59;FAO=0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758252,-0.0288866;FXX=0.172384;HRUN=1,0;LEN=2,6;MLLD=149.451,314.73;QD=57.858;RBI=0.00865391,0.0297124;REFB=0,0;REVB=-0.00417081,0.00695611;RO=0;SAF=0,11;SAR=9,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,-4.79884e-05;OID=.,.;OPOS=120194652,120194652;OREF=CG,-;OALT=-,GTGTGC;OMAPALT=A,AGTGTGCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,49:59:0,48:48:0:0,11:0,37:0:0:4:0:0,11:9,38:0:0 chr2 120199140 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.588;QD=55.6556;RBI=0.0146511;REFB=0;REVB=0.0039061;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3077e-05;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:17:27:1:8:9:0:0:12:15:0:0 chr2 120303820 . A T 786.85 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0781887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.434;QD=55.2176;RBI=0.0814807;REFB=-0.0340523;REVB=0.0229265;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=9.61739e-05;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:28:28:0:0:28:28:1:0 chr2 120369300 . T C 772.24 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000722299;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.66;QD=57.2032;RBI=0.0147927;REFB=0;REVB=0.0147751;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100758;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr2 120388412 . G A 1568.48 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4342;QD=64.0198;RBI=0.031362;REFB=0;REVB=-0.0226258;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141382;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr2 120438523 . A G 366.94 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0210574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.743;QD=20.9677;RBI=0.0215348;REFB=-0.0168515;REVB=-0.00450937;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120157;STB=0.546976;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0177216;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:32:37:38:0.542857:25:12:15:18:25:13:14:18 chr2 120438696 . A G 1015.18 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279354;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.478;QD=59.7167;RBI=0.0348447;REFB=0;REVB=0.020827;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100883;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr2 120439230 . C G 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0402384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2293;QD=17.6831;RBI=0.0403902;REFB=-0.0290734;REVB=-0.00349917;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165448;STB=0.59314;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0354191;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:5:21:14:7:5:21 chr2 120439459 . C A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0132202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.284;QD=16.504;RBI=0.0137226;REFB=-0.00510013;REVB=0.00367908;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135134;STB=0.507616;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00434949;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:9:17:20:10:9:17:20:10 chr2 120639431 . AAT A,ATT 65.95 PASS AF=0.275,0;AO=9,4;DP=51;FAO=11,0;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.225315,-0.102973;FXX=0.0243843;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.112,17.1818;QD=6.59543;RBI=0.23578,0.122768;REFB=-0.0716616,0.0348536;REVB=-0.0694654,0.0668482;RO=30;SAF=3,4;SAR=6,0;SRF=6;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20058,0.744796;STB=0.713979,0.5;STBP=0.176,1;TYPE=del,snp;VARB=0.149235,0;OID=.,.;OPOS=120639432,120639432;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275,0:9,4:51:11,0:40:29:5,0:6,0:5:24:66:30:3,4:6,0:6:24 chr2 120704166 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.173;QD=61.3364;RBI=0.0186756;REFB=0;REVB=0.0181075;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29562e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr2 120830815 . A G 277.92 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438499;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.306;QD=50.5317;RBI=0.0438516;REFB=-0.0350466;REVB=0.000389075;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0135202;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr2 120885310 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.558;QD=57.2344;RBI=0.0457708;REFB=0.0163462;REVB=0.0145558;RO=1;SAF=18;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=1.84075e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:48:18:1:0:48:18:1:0 chr2 120980428 . G C 1195.4 PASS AF=0.893617;AO=84;DP=94;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0119798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9508;QD=50.8679;RBI=0.0120044;REFB=-0.0296707;REVB=0.000768752;RO=9;SAF=48;SAR=36;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846801;STB=0.550447;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0385055;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:94:9:10:84:84:0.893617:36:48:1:8:36:48:1:9 chr2 121106850 . C T 1936.87 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024568;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.336;QD=61.9799;RBI=0.0265882;REFB=0;REVB=0.0101658;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37572e-05;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr2 121223274 . C T 1725.29 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.473;QD=60.5364;RBI=0.0554756;REFB=0;REVB=0.0549334;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199304;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:43:70:0:0:43:71:0:0 chr2 121726447 . G A 753.41 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0899714;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.98;QD=51.9593;RBI=0.0907796;REFB=-0.152471;REVB=0.0120871;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020053;STB=0.530601;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00448077;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:58:1:3:55:55:0.948276:32:23:1:0:32:23:3:0 chr2 121746956 . G T 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00287017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.331;QD=15.0059;RBI=0.0550142;REFB=-0.0120407;REVB=0.0549393;RO=55;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305012;STB=0.517676;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0155676;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:57:39:39:0.40625:21:18:27:28:21:18:28:29 chr2 121747406 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00852882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.69;QD=21.8718;RBI=0.00862978;REFB=-0.0158149;REVB=-0.00131616;RO=23;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10098;STB=0.556378;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0147628;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:22:6:7:16:22:6:7:16 chr2 121747429 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0275891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1582;QD=17.9527;RBI=0.0300915;REFB=-0.00730797;REVB=0.0120141;RO=28;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703718;STB=0.539599;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0121268;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:20:7:9:19:20:7:9:19 chr2 121749067 . G C 255.76 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0156279;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.897;QD=15.5006;RBI=0.0159772;REFB=-0.00578938;REVB=-0.00332263;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572258;STB=0.532337;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00712893;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:17:20:14:15:17:20 chr2 121948235 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000487322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.765;QD=52.6131;RBI=0.0258468;REFB=0;REVB=0.0258422;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61299e-05;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr2 121948239 . A C 244.31 PASS AF=0.916667;AO=17;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0035985;FXX=0.039984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=182.498;QD=40.7179;RBI=0.0117582;REFB=-0.186522;REVB=-0.011194;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583252;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00257321;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:24:0:2:17:22:0.916667:5:12:0:0:5:17:0:2 chr2 121948262 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00187161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.066;QD=14.079;RBI=0.0176931;REFB=-0.0037254;REVB=0.0175938;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339813;STB=0.702737;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0132143;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:2:10:9:7:2:10:9:7 chr2 121980405 . TC T 470.66 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089338;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6604;QD=47.0655;RBI=0.0501654;REFB=0;REVB=-0.0493635;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00164531;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:41:40:40:0:17:23:0:0:9:0:17:23:0:0 chr2 121989489 . G A 1767.52 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3023;QD=60.9489;RBI=0.085547;REFB=0;REVB=-0.021719;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352394;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:70:46:0:0:70:46:0:0 chr2 122216419 . A G 1495.52 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2624;QD=62.3131;RBI=0.0355598;REFB=0.0229677;REVB=-0.0290439;RO=1;SAF=56;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839243;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000640958;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:38:56:1:0:38:57:1:0 chr2 122409207 . A G 1274.17 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199463;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.398;QD=60.6747;RBI=0.0218789;REFB=-0.0473049;REVB=0.00899059;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000352311;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:83:83:0.988095:43:40:0:0:43:40:0:1 chr2 122523531 . G A 728.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.539;QD=57.1121;RBI=0.0319093;REFB=0;REVB=0.0112815;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90895e-05;OID=.;OPOS=122523531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr2 124783307 . A C 106.71 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.013732;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1254;QD=8.36915;RBI=0.0625886;REFB=-0.00333184;REVB=0.0610636;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145165;STB=0.588113;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0103897;OID=.;OPOS=124783307;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:37:37:14:14:0.27451:7:7:14:23:7:7:14:23 chr2 125192068 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.566;QD=61.5361;RBI=0.0123688;REFB=0;REVB=0.0114154;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76238e-05;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr2 125746817 . A G 731.32 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410275;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.077;QD=63.5933;RBI=0.0427774;REFB=0;REVB=0.0121099;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027444;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr2 127453664 . A C 133.61 PASS AF=0.340426;AO=6;DP=48;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0493613;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5235;QD=11.3712;RBI=0.0515608;REFB=-0.0698776;REVB=0.0148988;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355248;STB=0.559921;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0764777;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:31:6:16:0.340426:2:4:10:18:12:4:10:21 chr2 128065075 . TAA TA,TAT 758.97 PASS AF=0.932692,0.0673077;AO=38,6;DP=98;FAO=97,7;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=31,5;FSAR=66,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354589,-0.0321001;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.1917,177.93;QD=29.1912;RBI=0.502097,0.0339806;REFB=0.0026601,-0.0287896;REVB=0.500843,0.0111475;RO=30;SAF=19,4;SAR=19,2;SRF=1;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0.456311,0;SSSB=0.379458,0.736119;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0249091,-0.0190683;OID=.,.;OPOS=128065076,128065077;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.932692,0.0673077:38,6:98:97,7:104:0:31,5:66,2:0:0:20:30:19,4:19,2:1:29 chr2 128180872 . G T 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0208599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.28;QD=20.936;RBI=0.084535;REFB=-0.0123494;REVB=0.0819209;RO=29;SAF=25;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815847;STB=0.545323;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00912136;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:9:25:19:10:9:25:19:10 chr2 128229855 . G T 203.33 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0153766;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.698;QD=15.6407;RBI=0.0365233;REFB=-0.00422477;REVB=-0.0331287;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37969;STB=0.713208;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.012061;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:6:23:9:14:6:23 chr2 128321770 . G A 510.22 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00125664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.461;QD=20.8251;RBI=0.0145659;REFB=-0.01955;REVB=-0.0145116;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738529;STB=0.540885;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0185412;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:27:22:26:23:27:22:26:23 chr2 128324358 . C T 37.58 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.168651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.22;QD=9.39561;RBI=0.171036;REFB=-0.0257697;REVB=0.0284655;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0340789;OID=.;OPOS=128324358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:3:2:4:6:3:3:4:6 chr2 128381808 . C T 1228.84 PASS AF=0.481061;AO=126;DP=264;FAO=127;FDP=264;FR=.;FRO=137;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.0160316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.881;QD=18.6187;RBI=0.0161528;REFB=-0.0137816;REVB=-0.00197457;RO=124;SAF=62;SAR=64;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217656;STB=0.510926;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0136268;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:124:137:126:127:0.481061:64:62:64:60:65:62:64:73 chr2 128385224 . C G 302.86 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0258181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4532;QD=14.7739;RBI=0.0581545;REFB=-0.0102116;REVB=0.0521092;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219154;STB=0.629687;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0157643;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:48:33:34:0.414634:18:15:32:16:19:15:32:16 chr2 128385244 . T C 278.92 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00750124;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.606;QD=13.946;RBI=0.00760029;REFB=-0.000576057;REVB=-0.00122302;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156937;STB=0.59796;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000945107;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:47:32:33:0.4125:15:17:30:14:16:17:32:15 chr2 128394758 . T C 229.21 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0143153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.117;QD=22.3616;RBI=0.0153601;REFB=-0.00558172;REVB=0.00556826;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594771;STB=0.533303;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00445153;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:10:9:12:10:10:9 chr2 128394877 . C T 198.72 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0017839;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=221.438;QD=19.3872;RBI=0.00702258;REFB=0.00259594;REVB=0.00679222;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107847;STB=0.560915;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00264013;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:13:8:10:10:13:8 chr2 128396059 . C G 288.67 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0270054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.548;QD=16.2633;RBI=0.0288376;REFB=-0.0200172;REVB=0.010115;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233861;STB=0.506362;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0222316;OID=.;OPOS=128396059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:20:11:13:26:21:11:13:26 chr2 128400608 . C T 155.7 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0308458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7035;QD=10.9261;RBI=0.0670435;REFB=-0.0218351;REVB=-0.0595261;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251715;STB=0.514691;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.035662;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:12:8:14:23:12:8:14:23 chr2 128401091 . A G 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0228512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.238;QD=19.5771;RBI=0.0232714;REFB=-0.00348097;REVB=-0.00440261;RO=31;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515313;STB=0.528683;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00229488;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:21:12:13:18:21:12:13:18 chr2 128460956 . G A 727.41 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.509;QD=63.2529;RBI=0.0443534;REFB=0;REVB=0.00410828;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67208e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr2 128495645 . G A 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0226245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.365;QD=52.5377;RBI=0.0242117;REFB=-0.0368117;REVB=0.00862191;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.519992;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000465242;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:26:24:1:0:26:24:2:0 chr2 128849114 . T C 910.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.727;QD=57.799;RBI=0.0657123;REFB=0;REVB=0.0137805;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116712;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:31:30:0:0:31:32:0:0 chr2 128870808 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.692;QD=62.3506;RBI=0.0207362;REFB=0;REVB=0.0179427;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40728e-05;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr2 128878014 . G A 884.62 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0842643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2043;QD=58.0075;RBI=0.0898625;REFB=0;REVB=0.0312218;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566038;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:39:22:0:0 chr2 128934400 . T C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00153939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.616;QD=15.7383;RBI=0.00702835;REFB=-0.00389351;REVB=-0.00685769;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253099;STB=0.514276;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00459114;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:17:12:14:22:17:12:14:22 chr2 128939817 . G A 405.85 PASS AF=0.434343;AO=41;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0189953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0149;QD=16.3978;RBI=0.0639228;REFB=-0.0433651;REVB=0.0610352;RO=56;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132647;STB=0.546556;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.055647;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:56:41:43:0.434343:16:25:27:29:18:25:28:28 chr2 129023201 . G T 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00492963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.835;QD=2.37185;RBI=0.00496139;REFB=0.0032309;REVB=-0.000560471;RO=75;SAF=6;SAR=5;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311825;STB=0.516776;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0221738;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:75:76:11:11:0.126437:5:6:39:36:5:6:40:36 chr2 129023282 . G C 883.3 PASS AF=0.890411;AO=50;DP=74;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0129424;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5945;QD=48.3998;RBI=0.0193043;REFB=-0.0674934;REVB=-0.0143231;RO=5;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722543;STB=0.516233;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00854845;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:73:5:8:50:65:0.890411:30:20:0:5:31:34:3:5 chr2 129075877 . G T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0433627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.38;QD=22.5336;RBI=0.0469519;REFB=-0.0142428;REVB=0.0180046;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287101;STB=0.661982;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0106875;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:9:6:14:5:9:6 chr2 129075961 . T C 73.98 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151451;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7208;QD=32.8796;RBI=0.0442324;REFB=-0.165846;REVB=0.0415588;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0110301;OID=.;OPOS=129075961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr2 130738163 . G A 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.591;QD=63.2806;RBI=0.0356675;REFB=0;REVB=0.0109023;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22485e-05;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 130738450 . G A 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0242124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.223;QD=7.54498;RBI=0.0315624;REFB=-0.0172395;REVB=0.0202472;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307805;STB=0.529372;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0446603;OID=.;OPOS=130738450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:9:6:17:23:9:6:18:23 chr2 130739167 . G T 316.52 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0261055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.388;QD=12.4126;RBI=0.0357752;REFB=0.0259898;REVB=-0.0244616;RO=63;SAF=24;SAR=14;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189274;STB=0.613079;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0244627;OID=.;OPOS=130739167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:14:24:29:34:14:24:29:35 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 455.91 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=27,4;DP=32;FAO=29,3;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032864,0.0218962;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=257.285,344.077;QD=56.9882;RBI=0.0382444,0.0263656;REFB=0,0;REVB=0.0195599,-0.0146866;RO=0;SAF=6,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00126625,-0.00898933;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90625,0.09375:27,4:32:29,3:32:0:7,3:22,0:0:0:14:0:6,4:21,0:0:0 chr2 130739646 . TTAAC T 239.75 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472719;FXX=0.0869187;HRUN=3;LEN=4;MLLD=299.233;QD=45.6668;RBI=0.0113996;REFB=0;REVB=-0.0103733;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000835451;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:21:21:0:13:8:0:0:4:0:13:8:0:0 chr2 130739891 . T A 1233.8 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.25;QD=60.9283;RBI=0.0158363;REFB=0;REVB=0.00097083;RO=0;SAF=23;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71485e-05;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:56:23:0:0:57:24:0:0 chr2 130832531 . A G 72.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0202318;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.049;QD=5.24703;RBI=0.0237681;REFB=-0.021917;REVB=0.0124738;RO=44;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274999;STB=0.677107;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0374904;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:55:44:44:11:11:0.2:7:4:26:18:7:4:26:18 chr2 130866805 . C G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0142464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.166;QD=12.2756;RBI=0.0265501;REFB=-0.00249793;REVB=-0.0224042;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107528;STB=0.563034;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00480988;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:20:12:8:9:20:12 chr2 130897208 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0142173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.052;QD=8.68721;RBI=0.0145124;REFB=-0.00457809;REVB=-0.00291182;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142585;STB=0.508537;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00555175;OID=.;OPOS=130897208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:16:24:10:7:16:24 chr2 130897234 . C T 122.14 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0623414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.482;QD=9.21806;RBI=0.062343;REFB=-0.017563;REVB=0.000435576;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814459;STB=0.515494;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0333411;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:9:7:16:20:9:7:17:20 chr2 130900188 . A G 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0315498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.336;QD=11.4913;RBI=0.0330162;REFB=-0.0173413;REVB=-0.00973035;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141128;STB=0.583232;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0242362;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:12:20:8:8:12:20 chr2 130902067 . C T 67.18 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0196253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.184;QD=12.7966;RBI=0.020463;REFB=-0.00608893;REVB=-0.00579521;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224141;STB=0.636033;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0165356;OID=.;OPOS=130902067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:11:12:8:9:0.428571:2:6:6:5:2:7:7:5 chr2 130902194 . C T 89.92 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0228219;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.455;QD=25.6903;RBI=0.0323288;REFB=-0.0199786;REVB=0.0228978;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303873;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00598259;OID=.;OPOS=130902194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:14:4:4:10:10:0.714286:7:3:1:3:7:3:1:3 chr2 130925088 . C T 429.3 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0027843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.73;QD=19.7379;RBI=0.00311174;REFB=0.00319557;REVB=0.00138946;RO=44;SAF=14;SAR=29;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208843;STB=0.616275;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00302043;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:29:14:24:20:29:14:24:20 chr2 130939348 . G A 156.22 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0107981;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.369;QD=22.3177;RBI=0.0121398;REFB=-0.0173918;REVB=-0.0055475;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206687;STB=0.624832;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0236901;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:12:15:16:0.571429:11:4:6:6:12:4:6:6 chr2 130951548 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.006;QD=62.6139;RBI=0.0360539;REFB=0;REVB=0.0246911;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101485;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr2 130951566 . G A 1476.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365219;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2996;QD=63.5002;RBI=0.0861565;REFB=0;REVB=0.086079;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456944;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr2 130951581 . A G 426.53 PASS AF=0.451923;AO=43;DP=101;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0265957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.113;QD=16.405;RBI=0.0313998;REFB=-0.0407607;REVB=0.0166917;RO=55;SAF=27;SAR=16;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487166;STB=0.506445;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0281603;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:55:57:43:47:0.451923:16:27:37:18:17:30:37:20 chr2 130951584 . T C 400.31 PASS AF=0.445545;AO=38;DP=96;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0071403;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6506;QD=15.8538;RBI=0.0352858;REFB=-0.0298379;REVB=0.0345559;RO=55;SAF=31;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271678;STB=0.550816;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0400987;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:101:55:56:38:45:0.445545:7:31:34:21:14:31:34:22 chr2 130951754 . G T 358.43 PASS AF=0.383929;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0200563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9291;QD=12.801;RBI=0.0922817;REFB=-0.0105268;REVB=0.0900758;RO=69;SAF=20;SAR=22;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654402;STB=0.543737;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0224725;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:69:69:42:43:0.383929:22:20:37:32:23:20:37:32 chr2 131031142 . T G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00851049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0798;QD=19.3869;RBI=0.0261504;REFB=-0.00177899;REVB=0.0247268;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903167;STB=0.550267;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00153954;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:17:17:21:14:17:17 chr2 131033040 . C T 561.78 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=168;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0128938;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.405;QD=13.5369;RBI=0.0195294;REFB=0.00077814;REVB=-0.0146679;RO=102;SAF=37;SAR=28;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222037;STB=0.515238;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00184186;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:102:101:65:65:0.391566:28:37:56:46:28:37:55:46 chr2 131036000 . C T 226.14 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0125737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.336;QD=9.13705;RBI=0.0140879;REFB=-0.00934782;REVB=-0.00635383;RO=69;SAF=14;SAR=15;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132646;STB=0.57247;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0241094;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:70:29:29:0.292929:15:14:41:28:15:14:41:29 chr2 131037784 . T C 282.64 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00267561;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.179;QD=11.9005;RBI=0.0034384;REFB=-0.00429139;REVB=0.00215956;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110533;STB=0.500638;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00533776;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:62:62:33:33:0.347368:17:16:30:32:17:16:30:32 chr2 131037817 . A C 292.4 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.056765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7075;QD=12.3115;RBI=0.0691728;REFB=0.00423452;REVB=0.0395299;RO=60;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50526;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0060072;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:61:34:34:0.357895:17:17:30:30:17:17:30:31 chr2 131037849 . G A 197.11 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0571818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=10.9503;RBI=0.0571919;REFB=0.0112352;REVB=0.0010702;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115294;STB=0.573585;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0113279;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:14:11:25:21:14:11:26:21 chr2 131097236 . G A 348.86 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0354525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.779;QD=22.876;RBI=0.0401282;REFB=-0.0181403;REVB=0.0187987;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342368;STB=0.501886;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0166723;OID=.;OPOS=131097236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:19:16:12:14:19:16:12:14 chr2 131266530 . C A 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.976;QD=40.6387;RBI=0.119094;REFB=-0.039971;REVB=-0.00594318;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00217503;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr2 131414158 . C A 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0145153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.795;QD=10.2646;RBI=0.0147589;REFB=-0.00812595;REVB=-0.00267039;RO=67;SAF=17;SAR=14;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938786;STB=0.5547;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0153494;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:14:17:42:25:14:17:42:25 chr2 131414176 . C T 236.53 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00626249;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5884;QD=9.3677;RBI=0.0829909;REFB=-0.0205994;REVB=-0.0827543;RO=69;SAF=16;SAR=15;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109817;STB=0.558371;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0418881;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:69:70:31:31:0.306931:15:16:42:27:15:16:42:28 chr2 131487673 . A C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.087;QD=59.6795;RBI=0.0303637;REFB=0;REVB=-0.0303212;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75584e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:22:48:0:0:22:48:0:0 chr2 131520178 . C G 571.46 PASS AF=0.487603;AO=55;DP=119;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0149361;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.98;QD=18.8912;RBI=0.0175401;REFB=-0.0129765;REVB=0.00919605;RO=64;SAF=21;SAR=34;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394141;STB=0.527937;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0110227;OID=.;OPOS=131520178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:64:62:55:59:0.487603:34:21:22:42:37:22:20:42 chr2 131520663 . T C 1078.86 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404949;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.957;QD=59.9365;RBI=0.0180629;REFB=0;REVB=0.0176031;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36162e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:68:72:1:22:46:0:0:23:49:0:0 chr2 131523273 . G T 191.46 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00679076;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.908;QD=12.352;RBI=0.0194429;REFB=-0.0232499;REVB=-0.0182185;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149907;STB=0.574649;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0356004;OID=.;OPOS=131523273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:23:24:0.387097:7:16:21:16:8:16:21:17 chr2 131672950 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.005;QD=50.4134;RBI=0.0723246;REFB=0;REVB=0.0362787;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440784;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 131673316 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.71;QD=33.4285;RBI=0.0446201;REFB=0;REVB=-0.0347379;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36177e-05;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 131674285 . A G 1358.19 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.261;QD=62.4454;RBI=0.00462179;REFB=0;REVB=-0.0024462;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71251e-05;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr2 131802045 . C T 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0327035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.825;QD=16.9239;RBI=0.0333295;REFB=-0.0154649;REVB=-0.00642925;RO=55;SAF=27;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112226;STB=0.562717;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0237537;OID=.;OPOS=131802045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:19:27:26:29:19:27:26:29 chr2 131904412 . C T 690.61 PASS AF=0.515152;AO=67;DP=131;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.00144407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.455;QD=20.9274;RBI=0.0108933;REFB=-0.0114453;REVB=-0.0107972;RO=63;SAF=25;SAR=42;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688014;STB=0.529189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0077082;OID=.;OPOS=131904412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:64:67:68:0.515152:42:25:19:44:43:25:20:44 chr2 131906250 . C G 373.05 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00567265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.798;QD=20.4411;RBI=0.0151783;REFB=-0.0154177;REVB=0.0140785;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290706;STB=0.523065;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0117855;OID=.;OPOS=131906250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:37:38:0.520548:16:21:21:14:17:21:21:14 chr2 132044746 . C A 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00455106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.304;QD=4.4185;RBI=0.053412;REFB=-0.00230509;REVB=-0.0532177;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225157;STB=0.64763;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00740824;OID=.;OPOS=132044746;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:23:8:3:4:23:8 chr2 132044787 . G A 46.26 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0148359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.13;QD=3.42668;RBI=0.059706;REFB=-0.00530496;REVB=-0.0578334;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956555;STB=0.566169;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.057343;OID=.;OPOS=132044787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:32:14:3:5:32:14 chr2 132044797 . C A 44.7 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0411677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4046;QD=3.19299;RBI=0.202409;REFB=-0.0195289;REVB=-0.198178;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234782;STB=0.558683;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0829753;OID=.;OPOS=132044797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:56:56:42:48:8:8:0.142857:3:5:33:9:3:5:33:15 chr2 132044849 . T A 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00193263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.443;QD=2.08398;RBI=0.0208766;REFB=-0.0042844;REVB=-0.020787;RO=63;SAF=5;SAR=3;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330243;STB=0.524654;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0312462;OID=.;OPOS=132044849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:3:5:41:22:3:5:41:22 chr2 132044876 . T C 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0296724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.777;QD=2.59133;RBI=0.0308147;REFB=0.000793543;REVB=0.00831225;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881156;STB=0.563168;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00479211;OID=.;OPOS=132044876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:38:17:3:5:38:17 chr2 132044881 . A G 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.000182243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.474;QD=2.59133;RBI=0.0394962;REFB=-0.00193109;REVB=-0.0394958;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881156;STB=0.563168;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0219869;OID=.;OPOS=132044881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:38:17:3:5:38:17 chr2 132044903 . G A 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0129525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.909;QD=3.22787;RBI=0.0189261;REFB=-0.00448545;REVB=-0.0137997;RO=48;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272073;STB=0.519183;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0242014;OID=.;OPOS=132044903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:3:5:31:17:3:5:31:17 chr2 132044992 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6345;QD=50.4131;RBI=0.0400791;REFB=0;REVB=-0.00270107;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127206;OID=.;OPOS=132044992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr2 132129706 . A G 44.63 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0215843;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8712;QD=2.05189;RBI=0.048163;REFB=-0.00276414;REVB=0.0430557;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228609;STB=0.674937;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0286643;OID=.;OPOS=132129706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:87:78:77:10:10:0.114943:7:3:38:40:7:3:38:39 chr2 132129717 . T G 79.12 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0461963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2738;QD=3.16468;RBI=0.0607704;REFB=-0.00397929;REVB=0.0394834;RO=85;SAF=3;SAR=12;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386526;STB=0.765584;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0275119;OID=.;OPOS=132129717;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:12:3:42:43:12:3:42:43 chr2 132129774 . C T 206.77 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0196699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.937;QD=5.82459;RBI=0.021889;REFB=-0.00358911;REVB=-0.00960339;RO=110;SAF=12;SAR=20;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192798;STB=0.6183;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00912094;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:110:110:32:32:0.225352:20:12:58:52:20:12:58:52 chr2 132129810 . A C 293.34 PASS AF=0.272109;AO=40;DP=148;FAO=40;FDP=147;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.00382697;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.839;QD=7.98209;RBI=0.0199175;REFB=-0.00389037;REVB=-0.0195464;RO=107;SAF=17;SAR=23;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131937;STB=0.578282;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0134916;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:107:107:40:40:0.272109:23:17:57:50:23:17:57:50 chr2 132129841 . C A 347.24 PASS AF=0.318841;AO=44;DP=139;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.004646;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.218;QD=10.0649;RBI=0.00576505;REFB=0.00880618;REVB=-0.00341328;RO=95;SAF=17;SAR=27;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117378;STB=0.57154;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.025759;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:95:94:44:44:0.318841:27:17:46:49:27:17:46:48 chr2 132129844 . G A 307.93 PASS AF=0.305344;AO=40;DP=135;FAO=40;FDP=131;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00408494;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.183;QD=9.40231;RBI=0.00709699;REFB=-0.00292607;REVB=-0.00580349;RO=87;SAF=15;SAR=25;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129806;STB=0.569709;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00611086;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:87:91:40:40:0.305344:25:15:42:45:25:15:43:48 chr2 132137239 . C T 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.004;QD=61.467;RBI=0.0285145;REFB=0;REVB=0.0215488;RO=0;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02844e-07;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:58:63:0:0:58:63:0:0 chr2 132140090 . A C 822.86 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=170;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.0182683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.401;QD=19.3615;RBI=0.0762539;REFB=-0.00150488;REVB=0.0740333;RO=86;SAF=51;SAR=33;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200908;STB=0.511059;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00219676;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:86:84:84:0.494118:33:51:54:32:33:51:54:32 chr2 132140200 . C A 735.1 PASS AF=0.410891;AO=83;DP=202;FAO=83;FDP=202;FR=.;FRO=119;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.0137279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.671;QD=14.5564;RBI=0.0157887;REFB=-0.00525245;REVB=-0.00779914;RO=119;SAF=35;SAR=48;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875259;STB=0.549055;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00731174;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:119:119:83:83:0.410891:48:35:60:59:48:35:60:59 chr2 132141767 . A G 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0264463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.463;QD=9.26746;RBI=0.0264795;REFB=-0.000183534;REVB=-0.00132694;RO=46;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12821;STB=0.575601;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00017243;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:10:11:19:27:10:11:19:27 chr2 132200256 . T C 161.58 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00567086;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.437;QD=11.9691;RBI=0.0617484;REFB=-0.0168819;REVB=-0.0614875;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163518;STB=0.581671;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0201927;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:34:20:20:0.37037:11:9:10:23:11:9:11:23 chr2 132200307 . G A 157.13 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.000167813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.346;QD=9.66939;RBI=0.00411982;REFB=-0.0276701;REVB=0.0041164;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124551;STB=0.500734;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0418243;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:11:10:21:23:11:10:21:23 chr2 132200345 . C T 293.71 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00614416;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.419;QD=14.5043;RBI=0.0211943;REFB=-0.0284396;REVB=-0.0202841;RO=48;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197132;STB=0.611873;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.033771;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:13:20:20:28:13:20:20:28 chr2 132200529 . A G 175.13 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0292896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7054;QD=10.0072;RBI=0.0462633;REFB=0.00590257;REVB=-0.0358108;RO=45;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634454;STB=0.555506;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0182442;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:45:47:23:23:0.328571:15:8:18:27:15:8:20:27 chr2 132200568 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00134308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.271;QD=18.6756;RBI=0.058564;REFB=-0.00287648;REVB=0.0585486;RO=32;SAF=10;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632908;STB=0.535376;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00349364;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:22:10:12:20:22:10:12:20 chr2 132200935 . C T 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00755155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.14;QD=6.54485;RBI=0.00795616;REFB=-0.0108574;REVB=0.00250491;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118735;STB=0.57672;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0385833;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:8:16:6:2:8:16 chr2 132201288 . A G 185.62 PASS AF=0.290698;AO=24;DP=85;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0193988;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.631;QD=8.63363;RBI=0.0419859;REFB=-0.0066012;REVB=0.0372358;RO=59;SAF=15;SAR=9;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121878;STB=0.573028;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0141253;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:59:61:24:25:0.290698:9:15:31:28:9:16:33:28 chr2 132201468 . G A 553.53 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0052259;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.7104;QD=18.1485;RBI=0.00719052;REFB=-0.00579732;REVB=0.00493898;RO=63;SAF=30;SAR=28;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081134;STB=0.540281;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0073554;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:63:64:58:58:0.47541:28:30:38:25:28:30:38:26 chr2 132201582 . A G 634.72 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0234953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3401;QD=23.0808;RBI=0.0463665;REFB=-0.0296293;REVB=-0.0399728;RO=47;SAF=36;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896903;STB=0.553829;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0276398;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:48:62:62:0.563636:26:36:22:25:26:36:22:26 chr2 132201663 . T C 391.64 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00857134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.675;QD=22.064;RBI=0.00921683;REFB=-0.0276569;REVB=0.00338853;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107708;STB=0.559365;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0170399;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:13:19:18:21:13:19 chr2 132201718 . T C 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0215207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.523;QD=18.6411;RBI=0.0217506;REFB=-0.00471899;REVB=-0.00315401;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753369;STB=0.534196;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00463382;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:25:25:0.490196:9:16:14:11:9:16:15:11 chr2 132201736 . C G 208.81 PASS AF=0.416667;AO=26;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0579499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4603;QD=13.9205;RBI=0.091648;REFB=-0.0204222;REVB=0.0710012;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881531;STB=0.569666;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0492877;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:26:25:0.416667:13:13:20:14:13:12:21:14 chr2 132201862 . C G 371.47 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0202978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.775;QD=15.0088;RBI=0.0205487;REFB=0.00319418;REVB=0.00320089;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116155;STB=0.565624;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00610925;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:20:20:23:36:20:20:23:36 chr2 132201889 . C A 338.67 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00723653;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2967;QD=14.1114;RBI=0.0124171;REFB=-0.00707068;REVB=0.0100905;RO=59;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179543;STB=0.601953;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00681829;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:59:59:37:37:0.385417:17:20:22:37:17:20:22:37 chr2 132201930 . T C 204.95 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00554021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.984;QD=10.6465;RBI=0.00752164;REFB=-0.0205347;REVB=0.00508736;RO=51;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353368;STB=0.703489;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.034257;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:10:16:15:36:10:16:15:36 chr2 132229720 . T C 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0386887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.4;QD=4.41839;RBI=0.0399678;REFB=0.001512;REVB=0.0100301;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572856;STB=0.880118;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0401332;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:1:6:11:20:1:6:11:20 chr2 132248379 . T G 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0090329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.542;QD=16.0186;RBI=0.0716734;REFB=-0.0147773;REVB=-0.0711019;RO=52;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161715;STB=0.504423;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0242248;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:24:16:20:32:24:16:22:32 chr2 132248584 . T C 349.91 PASS AF=1;AO=18;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104354;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.0346;QD=53.8317;RBI=0.15147;REFB=0;REVB=0.109787;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00890434;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:18:26:1:9:9:0:0:11:15:0:0 chr2 132266142 . G C 773.61 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00846033;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.136;QD=19.8362;RBI=0.00913142;REFB=-0.00858707;REVB=0.00343593;RO=77;SAF=44;SAR=35;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920276;STB=0.550613;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0110414;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:77:77:79:79:0.50641:35:44:35:42:35:44:35:42 chr2 132274474 . G A 524.33 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0090471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.714;QD=17.3332;RBI=0.00922668;REFB=-0.0194559;REVB=-0.00181151;RO=62;SAF=21;SAR=35;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091115;STB=0.565008;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0207618;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:65:56:56:0.46281:35:21:29:33:35:21:32:33 chr2 132275343 . G T 469.5 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0328319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7704;QD=18.233;RBI=0.0425386;REFB=0.00843372;REVB=0.027048;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516477;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0125525;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:53:50:50:0.485437:22:28:28:22:22:28:28:25 chr2 132275396 . T C 696.48 PASS AF=0.563025;AO=66;DP=118;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00996524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.348;QD=23.4112;RBI=0.011228;REFB=-0.0155533;REVB=0.00517311;RO=52;SAF=41;SAR=25;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535652;STB=0.524673;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0134936;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:52:52:66:67:0.563025:25:41:29:23:26:41:29:23 chr2 132277686 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0300904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4308;QD=17.1563;RBI=0.0333655;REFB=-0.00560201;REVB=-0.0144163;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176965;STB=0.601147;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00683282;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:12:8:10:7:12:8 chr2 132277962 . T C 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0935787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1551;QD=18.1748;RBI=0.099655;REFB=-0.017987;REVB=-0.034266;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251409;STB=0.618108;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0186774;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:32:31:31:0.492063:14:17:7:21:14:17:10:22 chr2 132277984 . G A 282.11 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0582848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.834;QD=23.0294;RBI=0.0583263;REFB=-0.0180128;REVB=0.00219944;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267276;STB=0.648042;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0194124;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:5:18:12:14:5:18 chr2 132287820 . TGGGC TGGC,TGGGT 655.98 PASS AF=0.474576,0.525424;AO=6,28;DP=60;FAO=28,31;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13,10;FSAR=15,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.331267,-0.00563667;FXX=0.0781128;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=13.7784,160.015;QD=44.4731;RBI=0.353462,0.0113649;REFB=-0.122854,-0.00646806;REVB=-0.123277,0.00986863;RO=7;SAF=1,10;SAR=5,18;SRF=7;SRR=0;SSEN=0.588832,0;SSEP=0.239875,0;SSSB=-0.659146,-0.238837;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0933021,0.0407365;OID=.,.;OPOS=132287821,132287824;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.474576,0.525424:6,28:60:28,31:59:0:13,10:15,21:0:0:99:7:1,10:5,18:7:0 chr2 132909843 . T C 563.32 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0188774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.766;QD=14.6317;RBI=0.0189259;REFB=0.00775521;REVB=0.00135431;RO=88;SAF=31;SAR=33;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308902;STB=0.510363;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0107927;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:88:90:64:64:0.415584:33:31:40:48:33:31:42:48 chr2 133010762 . G A 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0257347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.281;QD=1.7626;RBI=0.0335441;REFB=-0.00171714;REVB=-0.0215158;RO=69;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844229;STB=0.512789;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0299495;OID=.;OPOS=133010762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:78:69:70:8:8:0.102564:4:4:35:34:4:4:36:34 chr2 133010778 . CG C 52.14 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0103094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.2505;QD=2.54352;RBI=0.103254;REFB=0.000170107;REVB=-0.102738;RO=70;SAF=4;SAR=7;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117723;STB=0.589811;STBP=0.565;TYPE=del;VARB=-0.0109885;OID=.;OPOS=133010779;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134146:11:82:11:82:71:4:7:33:38:52:70:4:7:32:38 chr2 133010783 . A T 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0374397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.086;QD=2.45938;RBI=0.0451828;REFB=-0.000543729;REVB=-0.0252933;RO=73;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111183;STB=0.574142;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00672548;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:73:74:11:11:0.129412:7:4:33:40:7:4:33:41 chr2 133010786 . C T 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0251871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7763;QD=17.9225;RBI=0.0324901;REFB=-0.00617546;REVB=-0.0205235;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104159;STB=0.558111;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00624029;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:20:20:18:28:20:20:18:28 chr2 133010796 . C T 73.0 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0313667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2466;QD=3.13987;RBI=0.0463914;REFB=-0.00191248;REVB=0.0341803;RO=79;SAF=7;SAR=7;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395666;STB=0.526843;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0119817;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:93:79:79:14:14:0.150538:7:7:37:42:7:7:37:42 chr2 133010802 . T C 71.68 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00163019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.085;QD=2.95603;RBI=0.00384328;REFB=-0.00119765;REVB=-0.00348041;RO=83;SAF=7;SAR=7;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225335;STB=0.515442;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00595557;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:97:97:83:83:14:14:0.14433:7:7:40:43:7:7:40:43 chr2 133010834 . TG CA 79.33 PASS AF=0.15;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0256228;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=323.461;QD=3.17319;RBI=0.0428329;REFB=-0.0024123;REVB=-0.0343239;RO=85;SAF=7;SAR=8;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196961;STB=0.513351;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=0.0102657;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:101:100:85:85:15:15:0.15:8:7:41:44:8:7:41:44 chr2 133010838 . G C 71.06 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.019404;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.837;QD=2.84231;RBI=0.019428;REFB=-0.00158874;REVB=0.000963775;RO=86;SAF=6;SAR=8;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603605;STB=0.541727;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.022111;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:100:100:86:86:14:14:0.14:8:6:41:45:8:6:41:45 chr2 133010847 . CA TG 72.62 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0300005;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.141;QD=3.05775;RBI=0.0300023;REFB=-0.00145644;REVB=0.000331983;RO=81;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231178;STB=0.515767;STBP=0.914;TYPE=mnp;VARB=0.00869519;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:96:95:81:81:14:14:0.147368:7:7:39:42:7:7:39:42 chr2 133011933 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000557294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8886;QD=6.54473;RBI=0.0291742;REFB=0.00317821;REVB=-0.0291689;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136707;STB=0.610814;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0223491;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:2:6:15:8:2:6:15:9 chr2 133012005 . C T 73.74 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0746484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.885;QD=4.91603;RBI=0.0784284;REFB=-0.0121631;REVB=0.0240549;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433022;STB=0.517213;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0588048;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:47:48:12:12:0.2:7:5:18:29:7:5:19:29 chr2 133012006 . G A 92.11 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0141422;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.18;QD=6.24457;RBI=0.0389591;REFB=0.00254724;REVB=-0.0363017;RO=45;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642859;STB=0.539944;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00287146;OID=.;OPOS=133012006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:60:59:45:45:14:14:0.237288:8:6:17:28:8:6:17:28 chr2 133012011 . G C 104.14 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=53;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0406691;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.534;QD=7.30785;RBI=0.0413163;REFB=-0.0145471;REVB=-0.0072838;RO=42;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793564;STB=0.581843;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0334399;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:42:42:10:15:0.263158:7:3:15:27:8:7:15:27 chr2 133012012 . C A 59.4 PASS AF=0.172414;AO=9;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0186032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.164;QD=4.09641;RBI=0.0247494;REFB=-0.00336649;REVB=0.0163235;RO=48;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24274;STB=0.587603;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0459842;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:9:10:0.172414:7:2:19:29:7:3:19:29 chr2 133012022 . G A 53.27 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0415036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.389;QD=3.80533;RBI=0.0511851;REFB=-0.00786746;REVB=-0.0299561;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635418;STB=0.513484;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0408057;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:54:56:45:47:9:9:0.160714:6:3:13:32:6:3:15:32 chr2 133012034 . CG C,CGG,GG 146.56 PASS AF=0.0689655,0.224138,0.155172;AO=11,9,11;DP=58;FAO=4,13,9;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=1,4,3;FSAR=3,9,6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.102328,0.102203,0.00941746;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,1;MLLD=18.2614,18.3514,161.171;QD=10.1074;RBI=0.290724,0.275332,0.0627358;REFB=-0.126756,0.125507,-0.00057671;REVB=-0.27212,0.25566,0.062025;RO=24;SAF=0,2,4;SAR=11,7,7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0.683616,0,0;SSEP=0.352518,0,0;SSSB=-0.771424,-0.305426,-0.110746;STB=0.628343,0.553761,0.535633;STBP=0.761,0.65,0.86;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.205413,-0.125831,0.180833;OID=.,.,.;OPOS=133012035,133012035,133012034;OREF=G,-,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=C,CGG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:58:58:24:32:11,9,11:4,13,9:0.0689655,0.224138,0.155172:11,7,7:0,2,4:11:13:3,9,6:1,4,3:12:20 chr2 133012061 . C T 59.17 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00631309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.586;QD=3.42998;RBI=0.0147391;REFB=-0.0015612;REVB=-0.0133186;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957016;STB=0.564402;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0104112;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:6:5:22:36:6:5:22:36 chr2 133012078 . C T 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0143298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1991;QD=2.99721;RBI=0.0152424;REFB=5.63094e-05;REVB=-0.00519505;RO=59;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00863635;STB=0.506012;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00176673;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:6:4:24:35:6:4:24:35 chr2 133012079 . G A 66.06 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00776475;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.297;QD=3.72196;RBI=0.0192097;REFB=-0.00386375;REVB=-0.0175705;RO=60;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12527;STB=0.577339;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0208461;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:72:71:60:59:12:12:0.169014:6:6:24:36:6:6:24:35 chr2 133012080 . A AC 133.73 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0403635;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.8008;QD=7.64179;RBI=0.0872101;REFB=0.0273677;REVB=0.0773071;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143033;STB=0.590838;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=-0.0406015;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:24:74:25:70:45:13:12:17:28:99:48:12:12:18:30 chr2 133012099 . G A 102.33 PASS AF=0.2;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00160928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.727;QD=4.81538;RBI=0.0954614;REFB=-0.00774133;REVB=-0.0954478;RO=56;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109619;STB=0.638429;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0180138;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:56:68:17:17:0.2:7:10:28:28:7:10:28:40 chr2 133012111 . T C 332.27 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0125652;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.111;QD=16.0129;RBI=0.0128656;REFB=-0.00393097;REVB=0.00276423;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762085;STB=0.558266;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00504947;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:47:36:36:0.433735:22:14:20:23:22:14:23:24 chr2 133012126 . A C 92.44 PASS AF=0.197531;AO=14;DP=79;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00287338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.909;QD=4.56498;RBI=0.0234429;REFB=-0.0134626;REVB=-0.0232662;RO=64;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587604;STB=0.592535;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0488748;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:79:81:64:65:14:16:0.197531:7:7:29:35:7:9:29:36 chr2 133012130 . C T 54.87 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0203117;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.122;QD=2.77816;RBI=0.0240965;REFB=-0.0036203;REVB=-0.0129644;RO=65;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843617;STB=0.576521;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.012166;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:79:65:68:11:11:0.139241:5:6:31:34:5:6:31:37 chr2 133012147 . A G 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00871839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.57;QD=6.16434;RBI=0.0183725;REFB=0.00239208;REVB=-0.0161722;RO=57;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231482;STB=0.635689;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00199633;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:58:18:18:0.236842:7:11:24:33:7:11:25:33 chr2 133012170 . CC AA 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00820416;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=170.87;QD=4.77052;RBI=0.0221485;REFB=-0.00743962;REVB=-0.020573;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066054;STB=0.542864;STBP=0.722;TYPE=mnp;VARB=0.029048;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:5:7:26:23:5:7:26:23 chr2 133012172 . T C 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00182954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.164;QD=6.07084;RBI=0.00402729;REFB=-0.0111883;REVB=-0.00358774;RO=44;SAF=10;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245937;STB=0.671388;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0284764;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:44:46:14:14:0.233333:4:10:23:21:4:10:23:23 chr2 133012182 . C T 75.41 PASS AF=0.210526;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0514632;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.322;QD=5.29191;RBI=0.0545117;REFB=-0.0243414;REVB=-0.0179741;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913109;STB=0.522351;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0688701;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:57:57:46:45:11:12:0.210526:4:7:26:20:5:7:25:20 chr2 133012250 . T C 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.0289903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.599;QD=2.53739;RBI=0.0455912;REFB=-0.00515829;REVB=-0.0351869;RO=79;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809234;STB=0.556531;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0470942;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:7:5:28:51:7:5:28:51 chr2 133012267 . T C 568.38 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0301661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.28;QD=27.7259;RBI=0.0306222;REFB=-0.0302948;REVB=0.00526522;RO=31;SAF=16;SAR=35;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821431;STB=0.544802;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0158405;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:31:51:51:0.621951:35:16:13:18:35:16:13:18 chr2 133012274 . T C 508.34 PASS AF=0.6;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00809411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.177;QD=25.4168;RBI=0.00828181;REFB=-0.00675455;REVB=-0.00175321;RO=32;SAF=14;SAR=33;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918128;STB=0.542235;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00604935;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:47:48:0.6:33:14:13:19:33:15:13:19 chr2 133012309 . A G 588.95 PASS AF=0.623529;AO=52;DP=84;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0128532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.133;QD=27.7154;RBI=0.0129301;REFB=-0.00980711;REVB=0.00140849;RO=32;SAF=16;SAR=36;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124941;STB=0.561106;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0223008;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:32:32:52:53:0.623529:36:16:15:17:36:17:15:17 chr2 133012354 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00135265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0639;QD=4.04954;RBI=0.0187638;REFB=0.0202266;REVB=-0.018715;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199094;STB=0.638682;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0227359;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:5:2:15:19:5:2:15:19 chr2 133012358 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0122679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.147;QD=6.39523;RBI=0.0273623;REFB=-0.00466875;REVB=-0.0244581;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102596;STB=0.565887;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0162144;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:6:3:12:17:6:3:12:17 chr2 133012362 . CA GG 43.97 PASS AF=0.2;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0180862;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.401;QD=5.02484;RBI=0.0192131;REFB=-0.00357089;REVB=-0.00648331;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184299;STB=0.624625;STBP=0.502;TYPE=mnp;VARB=0.00698033;OID=.;OPOS=133012362;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:37:35:28:28:7:7:0.2:5:2:12:16:5:2:12:16 chr2 133012369 . A G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00461789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1743;QD=9.65068;RBI=0.00911301;REFB=0.0102273;REVB=0.00785634;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045683;STB=0.527647;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0161838;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:9:5:13:20:9:5:13:20 chr2 133012401 . G A 131.15 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=57;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0750364;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.211;QD=9.04446;RBI=0.0750365;REFB=-0.00297252;REVB=-0.000103114;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036334;STB=0.506486;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0145999;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:40:17:18:0.310345:11:6:13:27:12:6:13:27 chr2 133012414 . G A 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0017327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.252;QD=11.0822;RBI=0.00438759;REFB=-0.00896297;REVB=-0.00403097;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17446;STB=0.600477;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0171862;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:13:10:12:30:13:10:12:30 chr2 133012457 . C T 83.42 PASS AF=0.0909091;AO=27;DP=297;FAO=27;FDP=297;FR=.;FRO=270;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=121;FSRR=149;FWDB=-0.000954486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.58;QD=1.12354;RBI=0.0215315;REFB=-0.00582674;REVB=-0.0215103;RO=269;SAF=12;SAR=15;SRF=120;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198798;STB=0.503404;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0381168;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:297:297:269:270:27:27:0.0909091:15:12:120:149:15:12:121:149 chr2 133012458 . GT AC 2928.87 PASS AF=0.760135;AO=225;DP=300;FAO=225;FDP=296;FR=.;FRO=71;FSAF=107;FSAR=118;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00601103;FXX=0.0133329;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.128;QD=39.5794;RBI=0.0202186;REFB=-0.030811;REVB=0.0193044;RO=71;SAF=107;SAR=118;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367906;STB=0.519557;STBP=0.252;TYPE=mnp;VARB=0.00501869;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:296:71:71:225:225:0.760135:118:107:28:43:118:107:28:43 chr2 133012465 . C T 75.81 PASS AF=0.0794521;AO=29;DP=363;FAO=29;FDP=365;FR=.;FRO=336;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=164;FSRR=172;FWDB=-0.00465939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.626;QD=0.830808;RBI=0.0193703;REFB=0.00044086;REVB=-0.0188016;RO=334;SAF=12;SAR=17;SRF=162;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824902;STB=0.568774;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0138965;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:363:365:334:336:29:29:0.0794521:17:12:162:172:17:12:164:172 chr2 133012504 . A G 4400.67 PASS AF=0.825;AO=328;DP=399;FAO=330;FDP=400;FR=.;FRO=70;FSAF=181;FSAR=149;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0108083;FXX=0.0024937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.779;QD=44.0067;RBI=0.0121375;REFB=-0.0219866;REVB=-0.0055226;RO=70;SAF=179;SAR=149;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043893;STB=0.523598;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00341664;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:400:70:70:328:330:0.825:149:179:29:41:149:181:29:41 chr2 133012508 . TG CA,CG 4963.66 PASS AF=0.0636132,0.83715;AO=20,319;DP=383;FAO=25,329;FDP=393;FR=.;FRO=39;FSAF=10,181;FSAR=15,148;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.000846311,0.00554415;FXX=0.0150372;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=108.507,147.81;QD=50.5207;RBI=0.00832349,0.0666231;REFB=0.0067563,-0.0102716;REVB=-0.00828036,0.066392;RO=39;SAF=10,180;SAR=10,139;SRF=14;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.159607,0.0429067;STB=0.526295,0.520382;STBP=0.758,0.02;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0157728,0.0013925;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:383:393:39:39:20,319:25,329:0.0636132,0.83715:10,139:10,180:14:25:15,148:10,181:14:25 chr2 133012516 . T G 4529.18 PASS AF=0.839901;AO=331;DP=390;FAO=341;FDP=406;FR=.;FRO=65;FSAF=190;FSAR=151;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0290029;FXX=0.00733478;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1859;QD=44.6224;RBI=0.0688404;REFB=-0.0465312;REVB=-0.0624326;RO=59;SAF=190;SAR=141;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437119;STB=0.527815;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00816934;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:406:59:65:331:341:0.839901:141:190:25:34:151:190:25:40 chr2 133012523 . A G 4686.85 PASS AF=0.841463;AO=343;DP=410;FAO=345;FDP=410;FR=.;FRO=65;FSAF=193;FSAR=152;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0157598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.154;QD=45.7253;RBI=0.0212597;REFB=-0.0175345;REVB=0.014269;RO=65;SAF=191;SAR=152;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522865;STB=0.527922;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00172559;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:65:65:343:345:0.841463:152:191:25:40:152:193:25:40 chr2 133012541 . C A 32.45 PASS AF=0.0527638;AO=21;DP=398;FAO=21;FDP=398;FR=.;FRO=377;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=206;FSRR=171;FWDB=0.0422577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.262;QD=0.326127;RBI=0.0429225;REFB=-0.0011792;REVB=-0.00752466;RO=375;SAF=11;SAR=10;SRF=205;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229707;STB=0.521489;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0081389;OID=.;OPOS=133012541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:398:398:375:377:21:21:0.0527638:10:11:205:170:10:11:206:171 chr2 133012542 . T C 4907.7 PASS AF=0.871537;AO=343;DP=397;FAO=346;FDP=397;FR=.;FRO=51;FSAF=196;FSAR=150;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0122307;FXX=0.0025125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.791;QD=49.4479;RBI=0.0147333;REFB=-0.0114131;REVB=-0.00821468;RO=51;SAF=193;SAR=150;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422828;STB=0.522658;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00131235;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:51:51:343:346:0.871537:150:193:20:31:150:196:20:31 chr2 133012571 . T C 4863.71 PASS AF=0.885714;AO=340;DP=385;FAO=341;FDP=385;FR=.;FRO=44;FSAF=195;FSAR=146;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.000386344;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.591;QD=50.5321;RBI=0.00149422;REFB=0.00158387;REVB=-0.00144341;RO=44;SAF=195;SAR=145;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363383;STB=0.518889;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000144833;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:44:44:340:341:0.885714:145:195:18:26:146:195:18:26 chr2 133012612 . T C 2613.0 PASS AF=0.896714;AO=162;DP=186;FAO=191;FDP=213;FR=.;FRO=22;FSAF=98;FSAR=93;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0371067;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.304;QD=49.0704;RBI=0.0410706;REFB=-0.0318778;REVB=0.0176036;RO=24;SAF=82;SAR=80;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.515433;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00361348;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:186:213:24:22:162:191:0.896714:80:82:10:14:93:98:8:14 chr2 133012633 . A G 46.15 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00238344;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.328;QD=8.02654;RBI=0.0220093;REFB=-0.0115514;REVB=-0.0218799;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21358;STB=0.631241;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0162491;OID=.;OPOS=133012633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:4:12:4:3:4:12 chr2 133012642 . TT CC 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0246859;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=272.802;QD=15.6509;RBI=0.0247839;REFB=-0.0137114;REVB=-0.00220088;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16468;STB=0.594481;STBP=0.334;TYPE=mnp;VARB=0.0142523;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:7:14:8:8:7:14 chr2 133012655 . A G 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00536648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.011;QD=23.4424;RBI=0.00669806;REFB=-0.0233485;REVB=0.0040081;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138348;STB=0.576222;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0132304;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:8:14:14:17:8:14 chr2 133012674 . A G 832.44 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0064121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.503;QD=50.4509;RBI=0.0144361;REFB=-0.0358071;REVB=0.0129339;RO=5;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434386;STB=0.522121;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00138343;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:66:5:5:60:61:0.924242:30:30:1:4:31:30:1:4 chr2 133012676 . C T 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0305761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.021;QD=1.923;RBI=0.0320471;REFB=-0.00372928;REVB=-0.00959798;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444124;STB=0.534384;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.023638;OID=.;OPOS=133012676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:4:3:28:32:4:3:28:32 chr2 133012680 . A G 526.48 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0033497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.402;QD=30.0845;RBI=0.0530133;REFB=-0.0188854;REVB=-0.0529073;RO=23;SAF=27;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162997;STB=0.58834;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0165165;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:23:47:47:0.671429:20:27:7:16:20:27:7:16 chr2 133012688 . A G 584.96 PASS AF=0.68;AO=51;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000417679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.146;QD=31.1978;RBI=0.0188586;REFB=-0.032812;REVB=0.018854;RO=24;SAF=31;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163595;STB=0.588573;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00982055;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:24:51:51:0.68:20:31:8:16:20:31:8:16 chr2 133012691 . T C 897.45 PASS AF=0.858974;AO=67;DP=78;FAO=67;FDP=78;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00876986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.823;QD=46.0229;RBI=0.00930342;REFB=-0.0133601;REVB=0.00310533;RO=11;SAF=39;SAR=28;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829463;STB=0.544173;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00213699;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:11:11:67:67:0.858974:28:39:3:8:28:39:3:8 chr2 133012712 . T C 1331.25 PASS AF=0.918367;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.016713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.993;QD=54.3366;RBI=0.0211767;REFB=-0.0335694;REVB=0.013005;RO=8;SAF=48;SAR=42;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244866;STB=0.512958;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00188893;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:98:98:8:8:90:90:0.918367:42:48:3:5:42:48:3:5 chr2 133012716 . A G 1100.2 PASS AF=0.857143;AO=84;DP=103;FAO=84;FDP=98;FR=.;FRO=14;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00107036;FXX=0.048539;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.974;QD=44.9061;RBI=0.00658613;REFB=0.00509604;REVB=-0.00649857;RO=14;SAF=48;SAR=36;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582751;STB=0.530966;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000894975;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:103:98:14:14:84:84:0.857143:36:48:5:9:36:48:5:9 chr2 133012797 . C CCG 575.37 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00728291;FXX=0.202675;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.8206;QD=39.0083;RBI=0.0740439;REFB=-0.0158195;REVB=0.0736849;RO=40;SAF=12;SAR=34;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382231;STB=0.573678;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.0131907;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.779661:46:87:46:59:13:12:34:7:6:85:40:12:34:28:12 chr2 133012798 . TAAACT CGTCTT,TCTTGC 621.98 PASS AF=0.0819672,0.737705;AO=5,45;DP=73;FAO=5,45;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=3,12;FSAR=2,33;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00230619,-0.00142867;FXX=0.164361;HRUN=1,3;LEN=5,5;MLLD=90.5966,186.746;QD=40.7855;RBI=0.00371045,0.00848431;REFB=-0.0167629,-0.010828;REVB=0.0029067,0.00836316;RO=11;SAF=3,12;SAR=2,33;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.059321,-0.121937;STB=0.538306,0.565684;STBP=0.944,0.063;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0456646,0.00319169;OID=.,.;OPOS=133012798,133012799;OREF=TAAAC,AAACT;OALT=CGTCT,CTTGC;OMAPALT=CGTCTT,TCTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:73:61:11:11:5,45:5,45:0.0819672,0.737705:2,33:3,12:6:5:2,33:3,12:6:5 chr2 133012807 . A G 576.03 PASS AF=0.689189;AO=49;DP=75;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0212872;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.374;QD=31.1365;RBI=0.029902;REFB=-0.0214946;REVB=0.0209996;RO=23;SAF=12;SAR=37;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222547;STB=0.602854;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0075302;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:23:23:49:51:0.689189:37:12:13:10:37:14:13:10 chr2 133012832 . T C 704.65 PASS AF=0.734177;AO=57;DP=79;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0182561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8468;QD=35.6787;RBI=0.0305893;REFB=-0.0108971;REVB=-0.0245442;RO=21;SAF=19;SAR=38;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175404;STB=0.589384;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00344752;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:21:21:57:58:0.734177:38:19:14:7:38:20:14:7 chr2 133012839 . T C 690.9 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=79;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0117694;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.495;QD=35.4307;RBI=0.0121719;REFB=0.0065624;REVB=-0.003104;RO=21;SAF=20;SAR=37;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163993;STB=0.588369;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00240118;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:21:21:57:57:0.730769:37:20:14:7:37:20:14:7 chr2 133012901 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00430705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.315;QD=18.2489;RBI=0.0282712;REFB=-0.0240413;REVB=-0.0279412;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798371;STB=0.545388;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0242996;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:10:2:3:10:10:2 chr2 133012982 . GT AC 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.014068;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.693;QD=13.9591;RBI=0.0428924;REFB=0.0040253;REVB=0.0405197;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0066535;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:6:1:1:6:6:1 chr2 133012994 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00277318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.395;QD=12.8616;RBI=0.0142493;REFB=0.00047496;REVB=0.0139768;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353209;STB=0.699618;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.000254786;OID=.;OPOS=133012994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:8:0:1:6:8:0 chr2 133013049 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00226229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.398;QD=16.3859;RBI=0.0362112;REFB=-0.0177324;REVB=0.0361405;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782009;STB=0.545357;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00845385;OID=.;OPOS=133013049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:6:2:3:6:6:2 chr2 133013074 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0202549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.447;QD=14.3343;RBI=0.0563406;REFB=-0.0334573;REVB=0.0525738;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0433303;OID=.;OPOS=133013074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr2 133013144 . A G 215.57 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00951622;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.681;QD=16.5822;RBI=0.0383398;REFB=-0.0419846;REVB=0.03714;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11204;STB=0.541163;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0366083;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:28:24:24:0.461538:7:17:15:10:7:17:18:10 chr2 133013145 . C T 88.24 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0146791;FXX=0.0769083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.189;QD=7.35337;RBI=0.0255946;REFB=-0.021038;REVB=-0.0209668;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558762;STB=0.856531;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.039269;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:49:48:33:35:10:10:0.208333:8:2:23:10:8:2:25:10 chr2 133013165 . G T 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00770878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.938;QD=2.83783;RBI=0.0271016;REFB=-0.00152731;REVB=0.0259822;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223538;STB=0.633024;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0095883;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:50:52:8:8:0.133333:4:4:34:16:4:4:34:18 chr2 133013174 . TT CG,TG 546.43 PASS AF=0.0625,0.6875;AO=4,44;DP=64;FAO=4,44;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=2,25;FSAR=2,19;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00140378,0.0352357;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=53.8592,67.5948;QD=34.1517;RBI=0.00547589,0.0369432;REFB=-0.0158535,-0.0245623;REVB=0.0052929,0.0111019;RO=14;SAF=2,25;SAR=2,19;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247161,-0.0673942;STB=0.69916,0.550056;STBP=0.449,0.238;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0197646,0.0163019;OID=.,.;OPOS=133013174,133013175;OREF=TT,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:64:14:16:4,44:4,44:0.0625,0.6875:2,19:2,25:10:4:2,19:2,25:12:4 chr2 133013183 . A G 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0166565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.579;QD=14.8163;RBI=0.0172524;REFB=-0.00233429;REVB=0.00449487;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150384;STB=0.585487;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00550432;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:10:19:20:19:10:19:20:19 chr2 133013189 . A G 236.36 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0520561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9809;QD=13.5063;RBI=0.0597409;REFB=-0.00576936;REVB=0.0293112;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231797;STB=0.639898;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00706385;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:9:19:19:22:9:19:19:23 chr2 133013201 . C G 599.8 PASS AF=0.728571;AO=50;DP=69;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0198999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.224;QD=34.2741;RBI=0.0204916;REFB=-0.0158403;REVB=0.00488873;RO=19;SAF=26;SAR=24;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301843;STB=0.518781;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00726403;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:19:19:50:51:0.728571:24:26:11:8:25:26:11:8 chr2 133013224 . A C 422.04 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0343293;FXX=0.159397;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6607;QD=29.1063;RBI=0.03463;REFB=-0.0113498;REVB=0.00455353;RO=19;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323701;STB=0.525534;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00370667;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:58:19:20:38:38:0.655172:18:20:11:8:18:20:12:8 chr2 133013250 . C T 97.93 PASS AF=0.206186;AO=15;DP=92;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0262178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6035;QD=4.03822;RBI=0.0282008;REFB=-0.00821955;REVB=-0.0103882;RO=77;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662658;STB=0.594946;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.098867;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:92:97:77:77:15:20:0.206186:8:7:40:37:12:8:40:37 chr2 133013260 . TC T 74.51 PASS AF=0.244681;AO=22;DP=96;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.119466;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.4557;QD=3.17058;RBI=0.182605;REFB=-0.00555097;REVB=0.138104;RO=68;SAF=10;SAR=12;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=-0.0562711;STB=0.554683;STBP=0.57;TYPE=del;VARB=0.0255192;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244681:22:96:23:94:71:10:13:36:35:74:68:10:12:34:34 chr2 133013266 . T G 158.72 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00694427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.442;QD=6.61337;RBI=0.0127121;REFB=0.00111186;REVB=-0.0106478;RO=73;SAF=15;SAR=8;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264111;STB=0.661427;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00155481;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:73:23:23:0.239583:8:15:32:41:8:15:32:41 chr2 133013270 . A G 134.36 PASS AF=0.21;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0172681;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.695;QD=5.37456;RBI=0.0191773;REFB=0.00168588;REVB=-0.00834169;RO=81;SAF=15;SAR=6;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379663;STB=0.730122;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00532109;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:81:79:21:21:0.21:6:15:33:48:6:15:33:46 chr2 133013286 . AG CA 60.74 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0194946;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.789;QD=2.92699;RBI=0.0204839;REFB=0.00202328;REVB=-0.00628886;RO=71;SAF=2;SAR=10;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375722;STB=0.766948;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=-0.0073603;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:83:71:71:12:12:0.144578:10:2:31:40:10:2:31:40 chr2 133013318 . A G 273.99 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.019412;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.195;QD=14.8105;RBI=0.0228376;REFB=-0.00550722;REVB=-0.0120305;RO=40;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483189;STB=0.525312;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00396472;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:43:31:31:0.418919:20:11:16:24:20:11:17:26 chr2 133013324 . C A 228.06 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0250222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.232;QD=11.5472;RBI=0.0256895;REFB=-0.00813137;REVB=0.0058172;RO=51;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164901;STB=0.594871;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.019614;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:14:14:18:33:14:14:18:33 chr2 133013327 . G T 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00588973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.902;QD=11.3566;RBI=0.0167912;REFB=-0.00472565;REVB=-0.0157243;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195534;STB=0.612424;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00992599;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:14:14:17:35:14:14:17:35 chr2 133013332 . T C 68.04 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0100777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9565;QD=3.24016;RBI=0.0137527;REFB=-0.00971596;REVB=-0.00935831;RO=71;SAF=5;SAR=8;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490236;STB=0.533282;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0525645;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:8:5:30:41:8:5:30:41 chr2 133013343 . T C 68.45 PASS AF=0.156627;AO=12;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00990012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.418;QD=3.29856;RBI=0.0192209;REFB=0.00156471;REVB=0.0164751;RO=70;SAF=4;SAR=8;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884666;STB=0.513598;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.012087;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:12:13:0.156627:8:4:28:42:8:5:28:42 chr2 133013351 . G A 236.77 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0143141;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.135;QD=11.0128;RBI=0.0183573;REFB=-0.00015955;REVB=0.0114935;RO=59;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280083;STB=0.652962;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000422143;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:59:57:29:29:0.337209:13:16:18:41:13:16:18:39 chr2 133013378 . A G 438.59 PASS AF=0.511628;AO=37;DP=79;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0250003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.754;QD=20.3997;RBI=0.0282849;REFB=-0.0475813;REVB=0.0132295;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17104;STB=0.581359;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0398922;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:42:42:37:44:0.511628:18:19:14:28:22:22:14:28 chr2 133013388 . C T 76.33 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00407042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.755;QD=3.63479;RBI=0.0123394;REFB=-0.000918667;REVB=0.0116487;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934652;STB=0.562409;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00513016;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:9:5:30:40:9:5:30:40 chr2 133013418 . A G 219.13 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.014366;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.473;QD=14.369;RBI=0.0181257;REFB=-0.00485092;REVB=-0.0110526;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209876;STB=0.626773;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0137669;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:25:26:0.42623:12:13:11:24:12:14:11:24 chr2 133013449 . G A 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.026334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.452;QD=8.8611;RBI=0.029542;REFB=0.000139046;REVB=-0.0133883;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154589;STB=0.594448;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00465232;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:16:17:5:8:16:17 chr2 133013461 . C T 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0138111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.334;QD=8.22839;RBI=0.0250579;REFB=0.00207877;REVB=-0.0209082;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360961;STB=0.726777;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0163773;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:13:12:2:8:13:12 chr2 133013475 . A G 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0172772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6465;QD=18.3461;RBI=0.0186479;REFB=-0.0110327;REVB=0.00701737;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364222;STB=0.70883;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0139007;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:7:11:4:13:7:11 chr2 133013498 . ACCCCCC ACCCCC,ACCCCCT 95.68 PASS AF=0.434783,0.26087;AO=8,3;DP=25;FAO=10,6;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=3,5;FSAR=7,1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.377802,-0.0498533;FXX=0.079968;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.29454,139.334;QD=16.6403;RBI=0.378654,0.0535246;REFB=-0.0947088,-0.0199502;REVB=0.0253805,-0.0194816;RO=8;SAF=2,3;SAR=6,0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.826087,0;SSSB=0.15636,0.773286;STB=0.581939,0.852542;STBP=0.51,0.033;TYPE=del,snp;VARB=0.148457,0.0351809;OID=.,.;OPOS=133013499,133013504;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCCCC,ACCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.434783,0.26087:8,3:25:10,6:23:7:3,5:7,1:1:6:45:8:2,3:6,0:1:7 chr2 133013513 . A C 89.99 PASS AF=0.458333;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.067565;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7006;QD=14.999;RBI=0.0944257;REFB=-0.0343096;REVB=-0.0659635;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394541;STB=0.709789;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0996501;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:7:13:9:11:0.458333:2:7:2:5:4:7:3:10 chr2 133013556 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0323931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.255;QD=10.0748;RBI=0.0413239;REFB=-0.00842527;REVB=0.0256584;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0195365;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:8:6:4:4:8:6 chr2 133013567 . T C 79.53 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0107852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.255;QD=17.6736;RBI=0.025528;REFB=-0.0113946;REVB=0.0231378;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0109277;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:8:8:7:8:0.444444:2:5:3:5:3:5:3:5 chr2 133013590 . A C,G 265.69 PASS AF=0.190476,0.809524;AO=4,17;DP=21;FAO=4,17;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511771,0.00654892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.226,158.651;QD=50.6077;RBI=0.0055008,0.0143242;REFB=0,0;REVB=0.0020169,0.0127394;RO=0;SAF=1,12;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0165111,-0.00211247;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:21:21:0:0:4,17:4,17:0.190476,0.809524:3,5:1,12:0:0:3,5:1,12:0:0 chr2 133013631 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0200659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8788;QD=11.8304;RBI=0.035992;REFB=0.0120807;REVB=0.0298795;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254975;STB=0.652768;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.018882;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:9:9:3:8:9:9 chr2 133013680 . G A 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00998892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.353;QD=14.8316;RBI=0.0116768;REFB=-0.00783429;REVB=0.00604714;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12628;STB=0.572451;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0386515;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:17:13:7:15:17:13 chr2 133013687 . T C 81.62 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0175972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.778;QD=6.04621;RBI=0.0180398;REFB=-0.00338016;REVB=0.00397181;RO=42;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176678;STB=0.610935;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00905008;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:6:6:27:15:6:6:27:15 chr2 133013695 . CA CG,TG 185.69 PASS AF=0.215686,0.215686;AO=11,11;DP=52;FAO=11,11;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8,6;FSAR=3,5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00236161,-0.00254462;FXX=0.0192271;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=126.001,173.217;QD=14.564;RBI=0.00236193,0.0476804;REFB=-0.0117447,-0.00943957;REVB=-3.83312e-05,-0.0476125;RO=29;SAF=8,6;SAR=3,5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223921,-0.00741697;STB=0.639731,0.504579;STBP=0.345,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0159261,0.012912;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:52:51:29:29:11,11:11,11:0.215686,0.215686:3,5:8,6:16:13:3,5:8,6:16:13 chr2 133013704 . G A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0277834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.975;QD=6.30288;RBI=0.0484835;REFB=-0.010465;REVB=-0.0397333;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135925;STB=0.586518;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0474337;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:4:8:23:18:4:8:23:18 chr2 133013756 . G A 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0231361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9789;QD=5.7034;RBI=0.0466743;REFB=-0.00423467;REVB=-0.0405365;RO=38;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154105;STB=0.5998;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0136288;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:4:6:18:20:4:6:18:20 chr2 133014602 . G C 109.91 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00610888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2451;QD=14.654;RBI=0.0222881;REFB=-0.0223903;REVB=-0.0214346;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293607;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0166531;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:12:13:0.433333:6:6:9:8:7:6:9:8 chr2 133014612 . A C 119.51 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000921983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.556;QD=15.4201;RBI=0.0185804;REFB=-0.0209746;REVB=0.0185575;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0431409;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:7:6:9:8:8:6:9:8 chr2 133014640 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0176405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.669;QD=4.30364;RBI=0.031407;REFB=0.00196359;REVB=0.0259849;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485636;STB=0.832224;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00443707;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:5:1:15:11:5:1:15:11 chr2 133014651 . A AC 98.39 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00467879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8784;QD=12.2984;RBI=0.044997;REFB=-0.0388435;REVB=0.0447531;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840217;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=ins;VARB=0.0495127;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:15:33:15:32:17:7:8:9:8:98:18:7:8:10:8 chr2 133036337 . A G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0164502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.716;QD=2.70739;RBI=0.0418261;REFB=-0.00122045;REVB=0.0384554;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368444;STB=0.768455;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0166978;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:4:2:27:14:4:2:28:14 chr2 133036343 . C T 32.17 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.048701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5255;QD=2.57361;RBI=0.0700226;REFB=0.00824953;REVB=0.0503129;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342341;STB=0.749251;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0481172;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:28:16:4:2:28:16 chr2 133036364 . G A 40.34 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0191085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3596;QD=3.29332;RBI=0.0212925;REFB=-0.00196365;REVB=0.00939337;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433506;STB=0.797136;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0111271;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:5:2:28:14:5:2:28:14 chr2 133036619 . CC TG 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00412948;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=185.767;QD=6.54486;RBI=0.0303021;REFB=-0.00755471;REVB=0.0300194;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350776;STB=0.725226;STBP=0.17;TYPE=mnp;VARB=0.0250124;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:13:11:6:2:13:11 chr2 133036630 . A G 69.69 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00100799;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.069;QD=6.06041;RBI=0.0325918;REFB=-0.00463352;REVB=0.0325762;RO=36;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440996;STB=0.785129;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0162549;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:36:36:10:10:0.217391:8:2:20:16:8:2:20:16 chr2 133036632 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0312626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.332;QD=7.48125;RBI=0.031286;REFB=-0.00657617;REVB=-0.00120961;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267056;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0497411;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:20:16:8:4:20:16 chr2 133036650 . T G 321.93 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00232559;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8825;QD=21.4617;RBI=0.0177189;REFB=-0.0447767;REVB=0.0175656;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211392;STB=0.607935;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0449394;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:27:33:33:0.55:19:14:18:8:19:14:18:9 chr2 133036661 . A AT 178.47 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00405891;FXX=0.0172384;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.3348;QD=12.5239;RBI=0.0220226;REFB=0.00474587;REVB=-0.0216454;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235965;STB=0.616009;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=-0.0045723;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:22:62:22:57:35:9:13:21:14:99:40:9:13:25:15 chr2 133036666 . AC A 164.51 PASS AF=0.35;AO=22;DP=64;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0163138;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.989;QD=10.9675;RBI=0.0240116;REFB=-0.00209764;REVB=0.0176186;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262251;STB=0.63539;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.00335819;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:22:64:21:60:39:9:12:25:14:99:40:9:13:26:14 chr2 133036669 . G T 182.27 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.013437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.196;QD=11.5727;RBI=0.0257243;REFB=-0.0130783;REVB=-0.021936;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206105;STB=0.618947;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0193181;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:25:15:13:10:25:15 chr2 133036675 . A G 33.5 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00396225;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.389;QD=2.09386;RBI=0.0139676;REFB=0.000669049;REVB=0.0133939;RO=56;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404948;STB=0.813087;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00476143;OID=.;OPOS=133036675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:56:57:7:7:0.109375:1:6:30:26:1:6:31:26 chr2 133036693 . T G 478.95 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00382631;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.832;QD=27.765;RBI=0.0220785;REFB=-0.0186752;REVB=0.0217444;RO=24;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094083;STB=0.557373;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00852603;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:25:44:44:0.637681:21:23:16:8:21:23:17:8 chr2 133036695 . C A 74.62 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0065104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.77;QD=4.26426;RBI=0.0281616;REFB=-0.00332896;REVB=-0.0273987;RO=54;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296229;STB=0.530844;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0469916;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:69:70:54:57:13:13:0.185714:5:8:32:22:5:8:33:24 chr2 133036697 . A G 473.82 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0135659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.85;QD=27.0753;RBI=0.0135659;REFB=-0.0151086;REVB=4.26766e-05;RO=25;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105518;STB=0.540879;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.010082;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:26:44:44:0.628571:21:23:17:8:20:24:17:9 chr2 133036704 . T C 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00180695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.832;QD=14.2591;RBI=0.0131132;REFB=-0.00946988;REVB=-0.0129881;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147114;STB=0.583278;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00977;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:14:15:27:14:14:15:27:14 chr2 133036714 . A G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00774529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.278;QD=14.259;RBI=0.0409372;REFB=0.000671018;REVB=0.0401978;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13687;STB=0.583278;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0020859;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:14:15:26:14:14:15:27:14 chr2 133036716 . G T 249.09 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00446135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.589;QD=14.2336;RBI=0.0044629;REFB=-0.0168055;REVB=-0.000117452;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130488;STB=0.583278;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0232813;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:13:15:27:14:14:15:27:14 chr2 133036720 . T C 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0153713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.79;QD=4.85921;RBI=0.0190441;REFB=0.000425782;REVB=-0.0112429;RO=54;SAF=9;SAR=5;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896035;STB=0.551347;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00149954;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:54:55:14:14:0.202899:5:9:31:23:5:9:32:23 chr2 133036742 . T C 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0053096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1186;QD=9.62317;RBI=0.0115961;REFB=-0.0195283;REVB=0.0103091;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107075;STB=0.549223;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.028271;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:7:13:30:11:7:13:30:12 chr2 133036757 . A G 87.14 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00440564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4658;QD=6.22442;RBI=0.0158394;REFB=-0.0068304;REVB=0.0152144;RO=43;SAF=10;SAR=3;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416338;STB=0.526274;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0431115;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:3:10:32:11:3:10:32:11 chr2 133036787 . C A 91.72 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.018173;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.631;QD=8.15258;RBI=0.0321753;REFB=-1.00491e-06;REVB=-0.0265517;RO=33;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368812;STB=0.733503;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-2.72867e-05;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:45:33:33:12:12:0.266667:2:10:19:14:2:10:19:14 chr2 133036797 . A AAGC 50.95 PASS AF=0.195122;AO=7;DP=48;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00123789;FXX=0;HRUN=6;LEN=3;MLLD=205.323;QD=4.97117;RBI=0.0021834;REFB=-0.00239986;REVB=-0.00179857;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344124;STB=0.783163;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.0118122;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195122:7:48:8:41:33:7:1:20:13:50:40:6:1:25:15 chr2 133036812 . T C 63.59 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00728442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.388;QD=6.69406;RBI=0.0117595;REFB=-0.00504657;REVB=0.00923157;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311238;STB=0.699558;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0816961;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:38:26:28:9:10:0.263158:2:7:14:12:2:8:16:12 chr2 133036828 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0290941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.669;QD=4.15608;RBI=0.0304395;REFB=-0.013007;REVB=0.00894975;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179959;STB=0.624574;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0437256;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:14:13:2:4:14:13 chr2 133037226 . T C 109.35 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00702794;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.542;QD=14.5797;RBI=0.014964;REFB=0.00440455;REVB=0.0132109;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226981;STB=0.646244;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000745975;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:6:11:5:8:6:11 chr2 133037311 . C A 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0160578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3228;QD=16.0641;RBI=0.0386158;REFB=0.0151533;REVB=0.0351188;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0288297;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:11:13:8:10:11:13 chr2 133037397 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00780168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.75;QD=18.7118;RBI=0.0266126;REFB=-0.000632764;REVB=0.0254434;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262756;STB=0.648806;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00122753;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:6:13:7:11:6:13 chr2 133037568 . T C 385.65 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00266332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0621;QD=48.2068;RBI=0.0161828;REFB=0.0207136;REVB=-0.0159621;RO=3;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473677;STB=0.525407;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00315194;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:28:1:0:3:28:1:0:3 chr2 133037812 . A G 873.49 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01714;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.551;QD=56.3545;RBI=0.018078;REFB=0.0554687;REVB=0.00574754;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000308704;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr2 133038166 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00910739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0328;QD=7.96573;RBI=0.0452858;REFB=-0.00494466;REVB=0.0443606;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182981;STB=0.605828;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0086096;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:8:2:8:17:8:2:8:18 chr2 133038179 . AG CT 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0232244;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.201;QD=8.12767;RBI=0.0247356;REFB=-0.0100944;REVB=0.00851315;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14317;STB=0.589302;STBP=0.514;TYPE=mnp;VARB=0.021623;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:8:3:11:18:8:3:11:18 chr2 133038188 . T C 125.96 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0133932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7905;QD=10.9534;RBI=0.0150828;REFB=-0.0365622;REVB=0.00693624;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20529;STB=0.576372;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0220219;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:7:7:10:21:8:7:11:20 chr2 133038228 . C T 140.24 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00322407;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.596;QD=9.19579;RBI=0.0164608;REFB=-0.0046942;REVB=-0.016142;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763628;STB=0.564394;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00827352;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:44:42:19:19:0.311475:10:9:18:26:10:9:16:26 chr2 133038234 . C T 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0212823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.094;QD=11.082;RBI=0.0259535;REFB=0.00185523;REVB=-0.0148543;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155997;STB=0.590349;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00335681;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:11:12:16:26:11:12:16:26 chr2 133038264 . G A 186.24 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0547064;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9515;QD=11.287;RBI=0.0645769;REFB=-0.00181847;REVB=0.0343131;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297257;STB=0.539441;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00602957;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:42:23:24:0.363636:14:9:15:26:14:10:15:27 chr2 133038275 . C T 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0071409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.552;QD=11.8207;RBI=0.012743;REFB=-0.00468612;REVB=0.0105542;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927987;STB=0.559276;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00476184;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:14:11:15:27:14:11:15:28 chr2 133038280 . A C 231.74 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0100456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=14.7135;RBI=0.0365159;REFB=0.00687039;REVB=-0.0351069;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233878;STB=0.615306;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00495437;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:36:26:27:0.428571:15:11:7:27:15:12:9:27 chr2 133038365 . G T 110.29 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0266074;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.2825;QD=13.7868;RBI=0.0276882;REFB=0.0312172;REVB=0.00766027;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.554371;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00516156;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:9:9:8:5:9:10 chr2 133038366 . C T 192.8 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00186377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.528;QD=23.3694;RBI=0.00882335;REFB=-0.00731576;REVB=0.00862426;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343481;STB=0.519211;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0389663;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:6:8:10:9:6:8 chr2 133038378 . A G 85.2 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00769567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.068;QD=11.3604;RBI=0.0173009;REFB=-0.00372894;REVB=0.0154951;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00966609;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:7:4:8:9:7:4:9:10 chr2 133038383 . GC AT 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00501948;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.532;QD=14.7015;RBI=0.0105591;REFB=-0.0196389;REVB=0.00928971;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=mnp;VARB=0.0133669;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:6:9:7:5:6:9 chr2 133038400 . GA G 49.55 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0397958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1667;QD=9.00834;RBI=0.0644478;REFB=0.0402987;REVB=-0.0506933;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=del;VARB=-0.0528997;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:9:22:10:22:12:5:5:7:5:49:11:5:4:7:4 chr2 133038421 . G C 61.35 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0388537;FXX=0.133289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.807;QD=9.43806;RBI=0.045084;REFB=-0.0260558;REVB=-0.0228683;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410879;STB=0.693987;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0371724;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:30:26:14:18:8:8:0.307692:3:5:3:11:3:5:6:12 chr2 133038491 . T C 130.11 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0419463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.299;QD=5.84773;RBI=0.0422468;REFB=-0.000190121;REVB=-0.00502972;RO=69;SAF=12;SAR=8;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116854;STB=0.572654;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-5.71571e-05;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:69:69:20:20:0.224719:8:12:35:34:8:12:35:34 chr2 133038501 . G A 119.52 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00251401;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.304;QD=5.19666;RBI=0.00299355;REFB=-0.00250498;REVB=-0.00162513;RO=73;SAF=11;SAR=8;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108129;STB=0.56824;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00712511;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:73:73:19:19:0.206522:8:11:36:37:8:11:36:37 chr2 133038515 . A G 171.83 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.000847723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.904;QD=6.73855;RBI=0.0500373;REFB=0.000256546;REVB=0.0500301;RO=77;SAF=14;SAR=11;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666046;STB=0.540551;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000619012;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:77:77:25:25:0.245098:11:14:39:38:11:14:39:38 chr2 133038530 . A G 139.44 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=109;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0309162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.275;QD=5.1171;RBI=0.0332202;REFB=-0.0103158;REVB=0.012156;RO=86;SAF=12;SAR=11;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274357;STB=0.517144;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0348359;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:86:86:23:23:0.211009:11:12:43:43:11:12:43:43 chr2 133038543 . A G 143.82 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00218387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.689;QD=5.04641;RBI=0.00726264;REFB=-0.00234473;REVB=0.00692652;RO=90;SAF=13;SAR=11;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387026;STB=0.524173;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0118048;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:90:90:24:24:0.210526:11:13:46:44:11:13:46:44 chr2 133038569 . T C 147.35 PASS AF=0.183099;AO=26;DP=142;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.00514433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.197;QD=4.15074;RBI=0.0200022;REFB=-0.00404695;REVB=-0.0193293;RO=114;SAF=13;SAR=13;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011195;STB=0.514074;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0168393;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:114:116:26:26:0.183099:13:13:56:58:13:13:56:60 chr2 133038580 . C T 205.81 PASS AF=0.215686;AO=33;DP=153;FAO=33;FDP=153;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=0.0142127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.16;QD=5.38057;RBI=0.0199978;REFB=-0.000165678;REVB=0.014068;RO=120;SAF=15;SAR=18;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154867;STB=0.509564;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000616978;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:120:120:33:33:0.215686:18:15:56:64:18:15:56:64 chr2 133038625 . G A 146.68 PASS AF=0.201613;AO=25;DP=124;FAO=25;FDP=124;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0127025;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.574;QD=4.73173;RBI=0.0215116;REFB=-0.00947318;REVB=-0.0173608;RO=99;SAF=10;SAR=15;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108905;STB=0.568572;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0378018;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:99:99:25:25:0.201613:15:10:48:51:15:10:48:51 chr2 133038681 . T C 51.2 PASS AF=0.0874317;AO=16;DP=182;FAO=16;FDP=183;FR=.;FRO=167;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=138;FWDB=0.010489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.098;QD=1.11922;RBI=0.013662;REFB=-0.00191136;REVB=-0.00875397;RO=166;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373047;STB=0.76031;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0367789;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:182:183:166:167:16:16:0.0874317:9:7:29:137:9:7:29:138 chr2 133038686 . A G 1344.7 PASS AF=0.648045;AO=116;DP=180;FAO=116;FDP=179;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=105;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00214726;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.415;QD=30.0491;RBI=0.00861812;REFB=-0.00380648;REVB=0.00834633;RO=59;SAF=11;SAR=105;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346201;STB=0.69115;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00124082;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:59:63:116:116:0.648045:105:11:22:37:105:11:23:40 chr2 133038693 . A T 1068.44 PASS AF=0.568182;AO=99;DP=175;FAO=100;FDP=176;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=96;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00186007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.045;QD=24.2828;RBI=0.00201828;REFB=0.00322027;REVB=-0.000783336;RO=76;SAF=4;SAR=95;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615174;STB=0.846959;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00141673;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:76:76:99:100:0.568182:95:4:29:47:96:4:29:47 chr2 133038724 . T C 605.28 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=57;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0298448;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.057;QD=22.0101;RBI=0.0309451;REFB=-0.0357577;REVB=-0.00817852;RO=39;SAF=3;SAR=57;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663109;STB=0.854509;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.032743;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:39:50:60:60:0.545455:57:3:23:16:57:3:23:27 chr2 133038728 . CT CG,GG 692.24 PASS AF=0.705882,0.196078;AO=36,10;DP=51;FAO=36,10;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15,4;FSAR=21,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647389,0.0521003;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=76.0651,54.5964;QD=54.2933;RBI=0.0689286,0.0531471;REFB=0,0;REVB=0.0236651,0.0104964;RO=0;SAF=15,4;SAR=21,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0132869,0.00347311;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:71:51:51:0:0:36,10:36,10:0.705882,0.196078:21,6:15,4:0:0:21,6:15,4:0:0 chr2 133038740 . G A 71.17 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.051464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.161;QD=7.29975;RBI=0.0515122;REFB=-0.00354439;REVB=0.00222738;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118809;STB=0.562374;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00684948;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:39:39:28:29:10:10:0.25641:6:4:14:14:6:4:14:15 chr2 133038745 . T C 90.08 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0154164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.477;QD=10.9193;RBI=0.0230391;REFB=0.000415767;REVB=-0.0171211;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244737;STB=0.666296;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00352454;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:33:33:20:21:9:9:0.272727:6:3:11:9:6:3:12:9 chr2 133038886 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.4;QD=53.2771;RBI=0.0450007;REFB=0;REVB=0.0448889;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383112;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr2 133039014 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0241437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.773;QD=7.48158;RBI=0.0251836;REFB=-0.00432663;REVB=0.00716199;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0151752;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:15:13:5:5:15:13 chr2 133039018 . T A 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0184816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0533;QD=4.28888;RBI=0.0445839;REFB=-8.03962e-05;REVB=-0.0405728;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297403;STB=0.703116;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000958809;OID=.;OPOS=133039018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:2:5:15:17:2:5:15:17 chr2 133039048 . A G 50.93 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0342044;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.978;QD=7.54564;RBI=0.0342152;REFB=-0.0234535;REVB=0.000859684;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224862;STB=0.615122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0565168;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:28:27:18:18:10:9:0.333333:7:3:9:9:6:3:9:9 chr2 133039050 . G A 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0398937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.875;QD=4.81013;RBI=0.0421067;REFB=-0.00641313;REVB=-0.013471;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107049;STB=0.585928;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0237229;OID=.;OPOS=133039050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:3:3:9:13:3:3:9:14 chr2 133039052 . C G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0100543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6497;QD=5.21556;RBI=0.0122862;REFB=-0.00882878;REVB=-0.00706142;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835743;STB=0.555373;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0407356;OID=.;OPOS=133039052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:9:12:3:3:9:12 chr2 133039082 . CC AT 33.23 PASS AF=0.171429;AO=5;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00231162;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=322.53;QD=3.79801;RBI=0.00780232;REFB=-0.00101303;REVB=0.00745202;RO=29;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175337;STB=0.542716;STBP=0.856;TYPE=mnp;VARB=0.00633818;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:5:6:0.171429:2:3:13:16:3:3:13:16 chr2 133039090 . T C 106.34 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0353301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.394;QD=11.8154;RBI=0.0374881;REFB=-0.00233994;REVB=-0.0125356;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3983;STB=0.748505;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00274604;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:12:13:0.361111:9:3:14:9:10:3:14:9 chr2 133039143 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0705394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.434;QD=6.48182;RBI=0.0711279;REFB=-0.00519886;REVB=-0.00913106;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43054;STB=0.776125;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0173316;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:18:15:8:2:18:15 chr2 133039156 . TG CA,CG 295.39 PASS AF=0.18,0.38;AO=9,19;DP=50;FAO=9,19;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=2,15;FSAR=7,4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00952182,-0.00817464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=186.529,166.981;QD=23.6314;RBI=0.024903,0.0256039;REFB=-0.0206098,-0.0125199;REVB=0.0230107,0.0242639;RO=22;SAF=2,15;SAR=7,4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386417,0.277962;STB=0.74186,0.660191;STBP=0.118,0.086;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0189278,0.0135649;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:22:22:9,19:9,19:0.18,0.38:7,4:2,15:12:10:7,4:2,15:12:10 chr2 133039164 . C T 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00105537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.816;QD=6.4573;RBI=0.00111688;REFB=-0.00288474;REVB=-0.000365529;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333969;STB=0.705592;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00682953;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:8:5:28:14:8:5:28:14 chr2 133039166 . T C 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0307995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.95;QD=9.60014;RBI=0.0614255;REFB=-0.00650227;REVB=-0.0531458;RO=37;SAF=14;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409215;STB=0.747768;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0149918;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:3:14:19:18:3:14:19:18 chr2 133039171 . C G 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000848645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.991;QD=8.46436;RBI=0.00394164;REFB=-0.0123143;REVB=-0.0038492;RO=38;SAF=13;SAR=2;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477949;STB=0.797091;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0155071;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:2:13:20:18:2:13:20:18 chr2 133039176 . A G 112.16 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0138087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.546;QD=8.46466;RBI=0.0152696;REFB=0.00720508;REVB=-0.00651778;RO=37;SAF=13;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464988;STB=0.797091;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00711884;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:2:13:20:17:2:13:20:18 chr2 133039199 . AC TG 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0233161;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.818;QD=7.40623;RBI=0.0266329;REFB=0.000444063;REVB=-0.0128712;RO=38;SAF=13;SAR=1;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631563;STB=0.898716;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=-0.00336126;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:40:14:14:0.259259:1:13:18:20:1:13:19:21 chr2 133039208 . AC GT 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00478373;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.578;QD=7.40619;RBI=0.00997452;REFB=0.00312072;REVB=0.00875254;RO=40;SAF=13;SAR=1;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630511;STB=0.898716;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=-0.00904979;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:1:13:19:21:1:13:19:21 chr2 133039221 . C T 141.71 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0554566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.24;QD=11.1143;RBI=0.0568232;REFB=0.00920692;REVB=-0.0123874;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323337;STB=0.688685;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0296165;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:10:7:24:10:10:7:24:10 chr2 133281214 . A G 268.78 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0239196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.753;QD=22.3986;RBI=0.0288511;REFB=-0.0338984;REVB=-0.016132;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506428;STB=0.518504;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0249005;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:11:11:11:14:12:11 chr2 133539566 . G A 1701.33 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133612;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.658;QD=60.7619;RBI=0.0139768;REFB=0;REVB=0.0041021;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86696e-05;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr2 133540605 . G T 668.05 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0111653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8318;QD=21.208;RBI=0.035606;REFB=-0.0226434;REVB=0.0338101;RO=59;SAF=24;SAR=42;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129046;STB=0.567547;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0372894;OID=.;OPOS=133540605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:60:66:66:0.52381:42:24:30:29:42:24:30:30 chr2 133541107 . T A 480.95 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0185707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.213;QD=17.4892;RBI=0.0185785;REFB=-0.0273255;REVB=-0.000538626;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375248;STB=0.512363;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0352745;OID=.;OPOS=133541107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:58:52:52:0.472727:29:23:27:29:29:23:27:31 chr2 133541444 . T C 2830.27 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00967738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.357;QD=62.2037;RBI=0.016254;REFB=-0.0175775;REVB=0.0130591;RO=1;SAF=76;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451281;STB=0.502369;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000131574;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:105:76:0:1:105:76:0:1 chr2 133541454 . A G 2494.38 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0091536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.582;QD=60.8385;RBI=0.0130071;REFB=-0.0645723;REVB=-0.00924099;RO=1;SAF=68;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498293;STB=0.502617;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=8.82061e-05;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:95:68:0:1:95:68:0:1 chr2 133541575 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0165015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.349;QD=11.3361;RBI=0.0165016;REFB=-0.00659513;REVB=4.72267e-05;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695922;STB=0.513822;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0108001;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:15:9:16:26:15:9:17:26 chr2 133542014 . T C 819.72 PASS AF=1;AO=36;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621954;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2332;QD=57.5244;RBI=0.120899;REFB=0;REVB=0.103674;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201664;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:36:57:1:8:28:0:0:28:29:0:0 chr2 133542545 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0213551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.406;QD=11.257;RBI=0.0541121;REFB=0.00175734;REVB=-0.04972;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57458;STB=0.850411;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00735202;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:8:4:7:1:8:4 chr2 133542574 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0186507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.494;QD=16.4266;RBI=0.0330283;REFB=0.0126656;REVB=0.0272583;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377341;STB=0.716172;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00802212;OID=.;OPOS=133542574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:2:9:4:7:2:9 chr2 133542585 . C G 117.34 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0325146;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7902;QD=19.5561;RBI=0.0325239;REFB=0.0148449;REVB=-0.000775607;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354326;STB=0.703889;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00829794;OID=.;OPOS=133542585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:7:4:10:3:7:4 chr2 133554288 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1658;QD=58.5878;RBI=0.0730325;REFB=0;REVB=0.0155972;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183043;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr2 134884700 . G A 292.76 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0150344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.834;QD=22.5203;RBI=0.0150479;REFB=-0.000857797;REVB=-0.000637414;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559648;STB=0.503103;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00125282;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:28:28:0.538462:18:10:8:14:18:10:8:14 chr2 135703648 . TCGTTT CGTTTT,TCG,TCGTT 130.46 PASS AF=0.25,0.53125,0.21875;AO=2,6,5;DP=33;FAO=8,17,7;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5,5;FSAR=0,12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379874,0.293294,0.830934;FXX=0.0302939;HRUN=2,13,13;LEN=3,3,1;MLLD=65.9889,6.99564,3.59324;QD=16.3075;RBI=0.237368,0.340979,0.978933;REFB=0,0,0;REVB=0.234309,-0.173912,-0.517551;RO=5;SAF=2,0,3;SAR=0,6,2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.819749,-0.389209;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.34968,0.221255,-0.180294;OID=.,.,.;OPOS=135703648,135703651,135703651;OREF=TCG,TTT,T;OALT=CGT,-,-;OMAPALT=CGTTTT,TCG,TCGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:33:32:5:0:2,6,5:8,17,7:0.25,0.53125,0.21875:0,6,2:2,0,3:5:0:0,12,2:8,5,5:0:0 chr2 135710322 . A G 871.84 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495736;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9741;QD=58.1226;RBI=0.0599883;REFB=0;REVB=0.0337796;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119734;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr2 135711516 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.494;QD=40.7626;RBI=0.0311499;REFB=0;REVB=-0.00663287;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209646;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr2 135711657 . G A 632.9 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.487;QD=61.7468;RBI=0.0305445;REFB=0;REVB=0.0272163;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51022e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr2 135740863 . C A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00791432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.879;QD=26.4612;RBI=0.0106813;REFB=-0.00580719;REVB=-0.00717308;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262578;STB=0.514512;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00400929;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:18:8:5:13:18:8:5:13 chr2 135740876 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00776932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.068;QD=12.0207;RBI=0.00902068;REFB=0.00436776;REVB=0.00458371;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446099;STB=0.526279;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0120194;OID=.;OPOS=135740876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:8:17:9:5:8:17 chr2 135744416 . C G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00417538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8902;QD=15.6504;RBI=0.00652767;REFB=-0.00221956;REVB=-0.00501763;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250838;STB=0.645958;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00324322;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:11:10:4:12:11:10 chr2 135745392 . G A 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0178171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.238;QD=21.2932;RBI=0.0184158;REFB=-0.00102974;REVB=-0.00465732;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363483;STB=0.520375;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.000618152;OID=.;OPOS=135745392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:10:15:14:11:10:15 chr2 135745545 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.414;QD=63.5815;RBI=0.0482319;REFB=0;REVB=0.022999;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606424;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr2 135745722 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.776;QD=42.1826;RBI=0.0316474;REFB=0;REVB=0.0223056;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54223e-06;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 135781035 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0152498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2049;QD=16.9415;RBI=0.0292547;REFB=-0.00475101;REVB=0.0249656;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149948;STB=0.586113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0110309;OID=.;OPOS=135781035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:11:13:13:6:11:13 chr2 135893372 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00118306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.387;QD=13.091;RBI=0.0167221;REFB=-0.0289383;REVB=-0.0166802;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117418;STB=0.568618;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0292236;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:7:13:7:6:7:13 chr2 135911422 . T C 964.69 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6512;QD=55.9238;RBI=0.0771141;REFB=-0.0300826;REVB=0.071;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644175;STB=0.50341;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00133467;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:41:26:1:1:41:26:1:1 chr2 135965376 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0344646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6157;QD=19.9411;RBI=0.0443912;REFB=0.0144041;REVB=0.0279781;RO=29;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1871;STB=0.604328;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00378495;OID=.;OPOS=135965376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:22:10:15:14:22:10:15:14 chr2 135988127 . T A 792.31 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0010499;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.817;QD=22.6374;RBI=0.0146173;REFB=-0.00639922;REVB=-0.0145795;RO=65;SAF=47;SAR=28;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780428;STB=0.5428;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00452374;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:65:65:75:75:0.535714:28:47:35:30:28:47:35:30 chr2 135988186 . G A 835.23 PASS AF=0.469945;AO=86;DP=183;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=0.00289145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.266;QD=18.2564;RBI=0.00874227;REFB=9.88123e-05;REVB=0.00825026;RO=97;SAF=50;SAR=36;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163376;STB=0.509032;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.000106473;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:97:97:86:86:0.469945:36:50:58:39:36:50:58:39 chr2 135988416 . C T 354.91 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0488147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.8;QD=26.2895;RBI=0.0489668;REFB=-0.00859443;REVB=-0.00385564;RO=19;SAF=24;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215541;STB=0.618071;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00895571;OID=.;OPOS=135988416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:11:24:7:12:11:24:7:12 chr2 136071141 . ATTTTTTC ATTT,ATTTTTC 39.58 PASS AF=0.16,0.2;AO=3,10;DP=28;FAO=4,5;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4,2;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0959822,-0.126499;FXX=0.107105;HRUN=6,6;LEN=4,1;MLLD=65.9014,11.1234;QD=6.33234;RBI=0.108011,0.184873;REFB=-0.0248497,-0.11515;REVB=-0.049536,-0.134818;RO=10;SAF=3,1;SAR=0,9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.5,0.5;SSEP=0,0;SSSB=0.679145,-0.413788;STB=0.998002,0.624553;STBP=0.007,0.594;TYPE=del,del;VARB=-0.0438356,0.093139;OID=.,.;OPOS=136071145,136071142;OREF=TTTC,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTT,ATTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.16,0.2:3,10:28:4,5:25:16:4,2:0,3:4:12:18:10:3,1:0,9:4:6 chr2 136107777 . G A 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0112684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.755;QD=11.6206;RBI=0.0118096;REFB=0.00411755;REVB=0.00353413;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150203;STB=0.5897;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00800491;OID=.;OPOS=136107777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:20:20:0.363636:13:7:16:17:13:7:17:18 chr2 136393658 . A G 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0112664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.956;QD=18.0549;RBI=0.012595;REFB=0.00235886;REVB=-0.00563048;RO=35;SAF=6;SAR=27;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209194;STB=0.618241;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00171047;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:27:6:12:23:27:6:12:23 chr2 136396300 . T C 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00499937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.966;QD=19.6178;RBI=0.0130708;REFB=0.00830579;REVB=0.0120769;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673992;STB=0.537363;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00556879;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:15:22:24:12:15:22:24:12 chr2 136407479 . A G 1197.09 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938991;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.926;QD=61.389;RBI=0.0293078;REFB=0;REVB=0.0277628;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05539e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:27:51:0:0:27:51:0:0 chr2 136409574 . A C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0110053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.661;QD=9.76019;RBI=0.0172002;REFB=-0.00856662;REVB=-0.0132185;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604779;STB=0.86855;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0217352;OID=.;OPOS=136409574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:9:3:6:1:9:3 chr2 136546110 . A G 208.52 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00909364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.547;QD=18.1323;RBI=0.017537;REFB=-0.00964693;REVB=0.014995;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170646;STB=0.605957;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0114345;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:7:13:12:13:7:14:12:13 chr2 136555659 . T C 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0370179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.88;QD=21.6129;RBI=0.0380087;REFB=-0.0072797;REVB=0.00862166;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981691;STB=0.55491;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.006851;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:8:15:13:11:8:15 chr2 136561557 . G A 1129.28 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.182;QD=60.2283;RBI=0.0355547;REFB=0;REVB=0.00906854;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546477;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr2 136562472 . G A 320.12 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.00998416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.724;QD=13.6219;RBI=0.0182833;REFB=0.00383479;REVB=0.0153165;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162699;STB=0.57417;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00339177;OID=.;OPOS=136562472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:58:36:36:0.382979:20:16:16:38:20:16:19:39 chr2 136575199 . G T 154.02 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.019195;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.504;QD=19.8736;RBI=0.0605712;REFB=0.0060396;REVB=0.0574494;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00596436;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr2 136575484 . C A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0209722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.063;QD=8.2462;RBI=0.0209865;REFB=-0.01341;REVB=0.000774799;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370142;STB=0.716554;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0375843;OID=.;OPOS=136575484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:1:14:5:2:1:14 chr2 136594158 . G A 525.27 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0116613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.135;QD=18.9286;RBI=0.0141328;REFB=-0.0220468;REVB=-0.0079844;RO=56;SAF=28;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733758;STB=0.540561;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0212314;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:27:28:24:32:27:28:24:32 chr2 136873084 . G A 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.035;QD=61.8727;RBI=0.0194861;REFB=0;REVB=0.0147349;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17322e-05;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:70:55:0:0:70:55:0:0 chr2 137814138 . T C 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00277438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.245;QD=18.0485;RBI=0.0125371;REFB=-0.0236514;REVB=-0.0122263;RO=56;SAF=28;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692978;STB=0.538447;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0239832;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:24:28:26:30:24:28:26:30 chr2 138237038 . C T 441.54 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0471802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1187;QD=21.8045;RBI=0.0471863;REFB=0.00293842;REVB=0.000762585;RO=37;SAF=19;SAR=25;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178449;STB=0.598175;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00262252;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:25:19:24:13:25:19:24:13 chr2 138375972 . A T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0159442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.978;QD=21.2269;RBI=0.0179756;REFB=-0.0101364;REVB=-0.00830087;RO=24;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320452;STB=0.517796;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00880848;OID=.;OPOS=138375972;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:18:11:10:14:18:11:10:14 chr2 138420996 . A G 1263.78 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.816;QD=61.6477;RBI=0.0317493;REFB=0;REVB=0.0317112;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98424e-05;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr2 139045852 . A G 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0150555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.618;QD=26.5502;RBI=0.0150575;REFB=-0.0218077;REVB=0.000248679;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180917;STB=0.598968;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0124828;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:15:17:5:14:15:17:5:14 chr2 139045855 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00509096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.226;QD=11.9922;RBI=0.0132812;REFB=-0.0103938;REVB=0.0122667;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277032;STB=0.663383;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0136315;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:13:5:17:16:13:5:17:16 chr2 139045929 . C T 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0107667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.097;QD=20.2727;RBI=0.0183167;REFB=-0.0183388;REVB=0.0148182;RO=24;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430463;STB=0.743871;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0191836;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:18:5:16:8:18:5:16:8 chr2 139045972 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8524;QD=56.9378;RBI=0.0986352;REFB=0;REVB=-0.0086202;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130637;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr2 139045987 . C T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0196159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.708;QD=15.5754;RBI=0.0198357;REFB=0.00608237;REVB=0.00294523;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17031;STB=0.596866;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00517955;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:15:16:17:8:15:16 chr2 139326879 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000754658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.689;QD=56.9381;RBI=0.00327441;REFB=0;REVB=0.00318626;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04702e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 139429020 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00414183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.376;QD=16.4059;RBI=0.0102732;REFB=-0.0151129;REVB=-0.00940132;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132927;STB=0.574622;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0181299;OID=.;OPOS=139429020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:14:23:15:16:14:23 chr2 139621308 . C T 1413.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9154;QD=62.8122;RBI=0.0289646;REFB=0;REVB=0.0277617;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252419;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:54:35:0:0:54:36:0:0 chr2 139621319 . A ATCT 796.02 PASS AF=0.777778;AO=61;DP=86;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00438088;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.931;QD=39.3098;RBI=0.0316169;REFB=-0.0189948;REVB=0.0313119;RO=23;SAF=21;SAR=40;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119355;STB=0.578922;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.00292347;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:61:86:63:81:18:21:42:12:6:99:23:21:40:13:10 chr2 139621326 . G A 958.23 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588502;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4128;QD=56.3664;RBI=0.0588601;REFB=-0.0868879;REVB=0.00108107;RO=2;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263075;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:2:0:66:68:1:44:22:0:2:46:22:0:0 chr2 141032088 . C T 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.105;QD=63.6144;RBI=0.0164132;REFB=0;REVB=0.00485604;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72105e-05;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr2 141260668 . A G 1476.36 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0234124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8038;QD=57.3343;RBI=0.0325978;REFB=-0.0337281;REVB=0.0226821;RO=2;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358884;STB=0.501892;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000192598;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:60:41:1:1:60:41:1:1 chr2 141274576 . T C 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00202771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.985;QD=19.2113;RBI=0.00614209;REFB=-0.00659171;REVB=-0.00579773;RO=40;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150229;STB=0.583561;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0077234;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:23:16:23:17:23:16:23:17 chr2 141457985 . T A 240.73 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0237994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.077;QD=14.5896;RBI=0.0244177;REFB=-0.00972033;REVB=-0.00546023;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938763;STB=0.5581;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0132812;OID=.;OPOS=141457985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:19:9:9:28:19:9:9:29 chr2 141571329 . T C 955.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.574;QD=58.7893;RBI=0.0100547;REFB=0;REVB=0.0014542;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6456e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:20:44:0:0:21:44:0:0 chr2 141707868 . G T 684.89 PASS AF=0.404255;AO=75;DP=187;FAO=76;FDP=188;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.025936;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.451;QD=14.5721;RBI=0.0380437;REFB=-0.00659491;REVB=-0.0278324;RO=111;SAF=41;SAR=34;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449551;STB=0.526176;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0137551;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:111:112:75:76:0.404255:34:41:56:55:34:42:57:55 chr2 141751592 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.281;QD=63.4766;RBI=0.00620088;REFB=0;REVB=-0.000710453;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07468e-05;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr2 141816621 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.724;QD=57.2377;RBI=0.0163888;REFB=0;REVB=0.0127125;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68765e-05;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr2 141946148 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0174082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.73;QD=14.766;RBI=0.0213961;REFB=-0.000966879;REVB=-0.0124398;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159476;STB=0.590835;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00144008;OID=.;OPOS=141946148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:9:16:16:17:9:16:16:17 chr2 144899559 . C A 1007.68 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0216236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.67;QD=55.2153;RBI=0.0232443;REFB=-0.0526416;REVB=0.00852732;RO=3;SAF=24;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555031;STB=0.529403;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00181855;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:46:24:3:0:46:24:3:0 chr2 145145728 . TAA TA,T 80.78 PASS AF=0.560976,0;AO=15,6;DP=41;FAO=23,0;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10,0;FSAR=13,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0877402,0.045452;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.12356,14.3346;QD=7.88069;RBI=0.202423,0.105373;REFB=-0.050875,-0.0269557;REVB=-0.182419,-0.0950666;RO=16;SAF=7,0;SAR=8,6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0.368071,0.368071;SSEP=0,0;SSSB=-0.0861724,-0.742201;STB=0.528883,0.5;STBP=0.74,1;TYPE=del,del;VARB=0.0361139,0;OID=.,.;OPOS=145145729,145145729;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976,0:15,6:41:23,0:41:18:10,0:13,0:9:9:45:16:7,0:8,6:9:7 chr2 148657117 . G A 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0038486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.523;QD=20.8559;RBI=0.0134714;REFB=-0.0133321;REVB=-0.01291;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118044;STB=0.559785;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0143355;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:50:50:0.5:24:26:19:30:24:26:20:30 chr2 148716428 . T C 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0279334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.107;QD=17.752;RBI=0.0307504;REFB=-0.0137107;REVB=-0.0128573;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173593;STB=0.590008;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0118889;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:25:25:0.480769:8:17:13:13:8:17:14:13 chr2 149449185 . G A 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0173543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.735;QD=18.5395;RBI=0.0197471;REFB=-0.00623012;REVB=0.00942205;RO=50;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12979;STB=0.572452;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0074516;OID=.;OPOS=149449185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:17:27:24:26:17:27:24:26 chr2 149544648 . G GA 49.25 PASS AF=0.647059;AO=6;DP=25;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0553191;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.7022;QD=11.5893;RBI=0.10037;REFB=-0.00255577;REVB=-0.0837492;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603731;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=ins;VARB=0.00955408;OID=.;OPOS=149544649;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:6:25:11:17:6:6:5:3:3:27:16:1:5:12:4 chr2 150432976 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.109;QD=57.2026;RBI=0.0411114;REFB=0;REVB=0.0403655;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188863;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 151219315 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.045;QD=63.3367;RBI=0.00999879;REFB=0;REVB=0.00817885;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59816e-06;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr2 152118271 . G A 944.83 PASS AF=0.516667;AO=93;DP=180;FAO=93;FDP=180;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00607948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.035;QD=20.9962;RBI=0.00828884;REFB=-0.0146732;REVB=-0.00563426;RO=87;SAF=47;SAR=46;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199327;STB=0.510928;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0182245;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:87:87:93:93:0.516667:46:47:42:45:46:47:42:45 chr2 152118275 . A G 950.88 PASS AF=0.522472;AO=93;DP=177;FAO=93;FDP=178;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0318704;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1488;QD=21.3682;RBI=0.0444484;REFB=-0.016556;REVB=-0.0309828;RO=84;SAF=47;SAR=46;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252879;STB=0.510991;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0139475;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:84:85:93:93:0.522472:46:47:40:44:46:47:41:44 chr2 152138522 . T C 150.32 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0109065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.819;QD=12.2712;RBI=0.0147933;REFB=-0.0120988;REVB=-0.00999457;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13609;STB=0.57986;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0180817;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:13:19:8:9:13:19 chr2 152139416 . G A 1188.25 PASS AF=0.452899;AO=124;DP=278;FAO=125;FDP=276;FR=.;FRO=151;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=87;FWDB=0.0106868;FXX=0.0107523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.5;QD=17.221;RBI=0.0129636;REFB=-0.00370728;REVB=0.0073381;RO=152;SAF=62;SAR=62;SRF=64;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078553;STB=0.54382;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00378798;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:152:151:124:125:0.452899:62:62:64:88:62:63:64:87 chr2 152228757 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0196675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.239;QD=19.3437;RBI=0.0267566;REFB=-0.00443562;REVB=-0.0181413;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247082;STB=0.638746;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0050051;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:14:4:9:9:14:4 chr2 152311570 . G A 207.22 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0154373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.28;QD=13.369;RBI=0.0159095;REFB=-0.00988227;REVB=0.00384737;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314453;STB=0.679856;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0233035;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:8:17:14:23:8:17:14:23 chr2 152314385 . G A 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0175645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.248;QD=18.0082;RBI=0.0212766;REFB=0.00184687;REVB=-0.0120076;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982795;STB=0.554908;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0032416;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:21:16:22:19:21:16:22:19 chr2 152320118 . G A 286.57 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0011695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.556;QD=24.3892;RBI=0.0104652;REFB=-0.0146605;REVB=0.0103997;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675504;STB=0.547668;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0108988;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:16:9:6:15:16:10:6:15 chr2 152331418 . C G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0106507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.207;QD=17.3253;RBI=0.0115913;REFB=-0.00914816;REVB=0.00457406;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171522;STB=0.597162;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.012399;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:7:18:11:9:7:18 chr2 152352843 . C G 713.3 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0126042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.266;QD=18.2898;RBI=0.0144568;REFB=-0.00375929;REVB=-0.00708036;RO=81;SAF=28;SAR=47;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459519;STB=0.525417;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00513352;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:81:75:75:0.480769:47:28:34:47:47:28:34:47 chr2 152387553 . T C 867.03 PASS AF=0.458763;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=194;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.0182057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.785;QD=17.8768;RBI=0.0212293;REFB=-0.000742336;REVB=0.0109194;RO=105;SAF=43;SAR=46;SRF=41;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091043;STB=0.550373;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00102679;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:105:105:89:89:0.458763:46:43:41:64:46:43:41:64 chr2 152422076 . C G 316.98 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00997979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.939;QD=17.8578;RBI=0.0109107;REFB=-0.0044137;REVB=-0.00440994;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622071;STB=0.534863;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00469868;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:24:10:13:24:24:10:13:24 chr2 152422087 . A G 253.02 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0118769;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.774;QD=14.8833;RBI=0.0120142;REFB=-0.000938982;REVB=0.00181078;RO=39;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268052;STB=0.515212;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00118037;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:39:29:29:0.426471:20:9:13:26:20:9:13:26 chr2 152423951 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00950129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0561;QD=13.0312;RBI=0.0464558;REFB=0.00379237;REVB=0.0454738;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279409;STB=0.660075;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00464198;OID=.;OPOS=152423951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:9:18:17:25:9:18:17:25 chr2 152490219 . A G 814.05 PASS AF=0.529412;AO=79;DP=151;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0111499;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.493;QD=21.2824;RBI=0.0165671;REFB=-0.00791601;REVB=0.0122535;RO=71;SAF=45;SAR=34;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103008;STB=0.552313;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00595216;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:71:72:79:81:0.529412:34:45:32:39:36:45:32:40 chr2 152490458 . A G 1530.01 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.68;QD=63.7506;RBI=0.0246955;REFB=0;REVB=0.0245448;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63177e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:47:49:0:0 chr2 152496526 . A G 436.6 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0895782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5557;QD=21.2975;RBI=0.0903477;REFB=-0.00225003;REVB=0.0117664;RO=39;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953688;STB=0.556838;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00174899;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:16:26:20:19:16:27:20:19 chr2 152500449 . C G 824.64 PASS AF=0.47486;AO=83;DP=178;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.02534;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5726;QD=18.4278;RBI=0.0306201;REFB=-0.00632435;REVB=0.0171895;RO=94;SAF=48;SAR=35;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962898;STB=0.545372;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0067391;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:94:94:83:85:0.47486:35:48:45:49:37:48:45:49 chr2 152521096 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0139034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7056;QD=17.6175;RBI=0.0144428;REFB=0.0100165;REVB=0.00391027;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230211;STB=0.621518;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0110462;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:8:16:11:15:8:16:12:15 chr2 152527572 . C T 687.71 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.000316932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.332;QD=20.5286;RBI=0.00121234;REFB=-0.0226024;REVB=0.00117018;RO=66;SAF=30;SAR=38;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393879;STB=0.521694;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0209102;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:38:30:32:34:38:30:32:34 chr2 152527608 . C T 552.17 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0250488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.51;QD=16.6067;RBI=0.0358752;REFB=-0.0139667;REVB=-0.0256825;RO=72;SAF=28;SAR=31;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298487;STB=0.523558;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0214015;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:72:74:59:59:0.443609:31:28:32:40:31:28:32:42 chr2 152531077 . A G 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0186805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.919;QD=14.051;RBI=0.0192002;REFB=-0.0040218;REVB=0.00443697;RO=60;SAF=18;SAR=20;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170991;STB=0.596965;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00717973;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:20:18:38:22:20:18:38:22 chr2 152536498 . T A 693.94 PASS AF=0.398964;AO=77;DP=189;FAO=77;FDP=193;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.0424629;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8804;QD=14.3822;RBI=0.0433083;REFB=-0.0155242;REVB=0.00851538;RO=112;SAF=44;SAR=33;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964276;STB=0.509089;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0223264;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:193:112:116:77:77:0.398964:33:44:65:47:33:44:68:48 chr2 152573981 . A G 533.24 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00830262;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.477;QD=18.7103;RBI=0.0117672;REFB=-0.00665515;REVB=-0.00833862;RO=59;SAF=21;SAR=35;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705906;STB=0.535702;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00601992;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:58:56:56:0.491228:35:21:18:41:35:21:18:40 chr2 152988610 . C CT,T 622.16 PASS AF=1,0;AO=38,2;DP=42;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470279,-0.0472966;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=30.4601,4.0972;QD=60.698;RBI=0.116681,0.0751581;REFB=0,0;REVB=-0.116586,-0.0584104;RO=2;SAF=19,1;SAR=19,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0467955,-0.390188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00451738,0;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:2:0:38,2:41,0:1,0:19,1:19,1:2:0:20,0:21,0:0:0 chr2 153378459 . T C 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.235;QD=58.5925;RBI=0.0468944;REFB=0;REVB=-0.00575718;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94821e-05;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr2 153405594 . G A 458.81 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.000664191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.854;QD=16.9929;RBI=0.00878641;REFB=0.000838716;REVB=0.00876127;RO=58;SAF=19;SAR=31;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168437;STB=0.509386;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00102713;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:31:19:23:35:31:19:23:35 chr2 153476066 . G GCCA 246.06 PASS AF=1;AO=10;DP=42;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=3;MLLD=236.132;QD=46.8681;RBI=0.0623073;REFB=0;REVB=0.0623073;RO=31;SAF=0;SAR=10;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.676034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000367109;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:42:21:21:0:1:20:0:0:3:31:0:10:4:27 chr2 153476072 . T C 53.38 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.319;QD=10.1667;RBI=0.0197704;REFB=-0.0246217;REVB=0.0197704;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.10761;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:21:14:13:8:8:0.380952:8:0:0:14:8:0:0:13 chr2 153511027 . T C 1797.45 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163577;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.423;QD=60.4183;RBI=0.0453801;REFB=-0.053215;REVB=0.0423294;RO=1;SAF=48;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785113;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:120:119:1:0:118:119:1:70:48:0:1:71:48:0:0 chr2 153577013 . G A 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.504;QD=61.0466;RBI=0.0234253;REFB=0;REVB=0.00207076;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19175e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr2 155265623 . G A 182.87 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0404721;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.966;QD=9.6245;RBI=0.0405158;REFB=-0.00145314;REVB=-0.00188059;RO=50;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325188;STB=0.700693;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00137432;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:52:24:24:0.315789:8:16:19:31:8:16:19:33 chr2 155307336 . G C 1790.95 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699418;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.691;QD=61.2289;RBI=0.0197978;REFB=0;REVB=-0.0185212;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168955;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:116:117:1:63:53:0:0:64:53:0:0 chr2 155712135 . A T 87.99 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00791075;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=184.043;QD=14.0791;RBI=0.0103712;REFB=-0.0073232;REVB=-0.00670678;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00734745;OID=.;OPOS=155712135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr2 156120552 . A G 312.46 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00840712;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.071;QD=16.445;RBI=0.0100927;REFB=-0.0153175;REVB=0.00558424;RO=42;SAF=9;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232154;STB=0.631451;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0148151;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:25:9:20:22:25:9:20:22 chr2 156168039 . T G 329.82 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0402031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.06;QD=18.8469;RBI=0.0403921;REFB=-0.0212017;REVB=-0.00390366;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112278;STB=0.578009;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.023822;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:35:35:32:35:0.5:11:21:19:16:11:24:19:16 chr2 157189011 . G C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.532;QD=52.7695;RBI=0.047262;REFB=0.00741098;REVB=0.0210656;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00036361;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr2 157257361 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.666;QD=59.6792;RBI=0.0482186;REFB=0;REVB=-0.0308618;RO=0;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78581e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:50:20:0:0:50:20:0:0 chr2 157406249 . G A 367.37 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00800013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.263;QD=19.0842;RBI=0.0101822;REFB=-0.026666;REVB=-0.00629884;RO=39;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250665;STB=0.643487;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0268439;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:12:25:16:23:12:26:16:23 chr2 157441664 . G C 284.09 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0157394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7132;QD=15.1516;RBI=0.0328105;REFB=-0.000749838;REVB=-0.0287888;RO=42;SAF=7;SAR=25;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122033;STB=0.564929;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.001415;OID=.;OPOS=157441664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:25:7:13:29:25:7:13:30 chr2 157442253 . G A 169.0 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00892411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4342;QD=8.66643;RBI=0.0241232;REFB=-0.0102688;REVB=-0.0224118;RO=55;SAF=8;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174544;STB=0.60405;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0246252;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:15:8:27:28:15:8:27:28 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 748.72 PASS AF=0.87037,0.12963;AO=44,4;DP=53;FAO=47,7;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=29,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011785,0.00972398;FXX=0.0181785;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=276.457,334.721;QD=55.461;RBI=0.00581353,0.0155787;REFB=0,0;REVB=-0.00569282,-0.0121713;RO=0;SAF=18,2;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000457189,-0.0119315;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.87037,0.12963:44,4:53:47,7:54:0:18,3:29,4:0:0:39:0:18,2:26,2:0:0 chr2 158155576 . G A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153797;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.293;QD=57.3932;RBI=0.0176434;REFB=0.00667585;REVB=0.008646;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=1.91472e-05;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:0:1:21:16:0:1 chr2 158157361 . C T 3354.33 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136176;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.003;QD=62.4062;RBI=0.00235929;REFB=0;REVB=-0.00192662;RO=0;SAF=106;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28455e-06;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:215:0:0:215:215:1:109:106:0:0:109:106:0:0 chr2 158291188 . A C 289.51 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101153;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=336.745;QD=46.3223;RBI=0.0101252;REFB=-0.0751668;REVB=-0.00044713;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000353551;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:1:1:12:11:1:1 chr2 158386938 . C T 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000900764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.985;QD=56.9942;RBI=0.0103875;REFB=0;REVB=0.0103483;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61828e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 158626980 . C T 1241.24 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000126828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.277;QD=61.2959;RBI=0.00812516;REFB=0;REVB=0.00812417;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57024e-05;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:49:31:0:0:50:31:0:0 chr2 158636910 . G A 1552.63 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619904;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.164;QD=64.026;RBI=0.0390991;REFB=0;REVB=0.0386045;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49754e-06;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr2 158958551 . G GA 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0062605;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=310.852;QD=13.7478;RBI=0.00724316;REFB=-0.00138267;REVB=0.00364273;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877487;STB=0.55056;STBP=0.565;TYPE=ins;VARB=0.0018484;OID=.;OPOS=158958552;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:22:54:22:54:32:6:16:11:21:99:32:6:16:11:21 chr2 158958605 . G T 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0551885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1798;QD=12.8723;RBI=0.0559995;REFB=-0.0242772;REVB=-0.00949596;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142071;STB=0.583241;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0335539;OID=.;OPOS=158958605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:14:5:12:20:14:5:12:20 chr2 159166069 . T C 815.47 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362941;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8702;QD=57.2258;RBI=0.0381396;REFB=0;REVB=0.0117203;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341037;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:1:0:56:57:1:38:18:0:1:39:18:0:0 chr2 159434672 . A G 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.000315887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.725;QD=18.1039;RBI=0.00600174;REFB=-0.00911606;REVB=-0.00599342;RO=57;SAF=21;SAR=32;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906818;STB=0.550349;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0113922;OID=.;OPOS=159434672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:32:21:28:29:32:21:28:29 chr2 159434727 . T G 688.35 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.000796815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.887;QD=18.9891;RBI=0.0287085;REFB=-0.0111275;REVB=0.0286975;RO=76;SAF=29;SAR=40;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638761;STB=0.535378;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0136182;OID=.;OPOS=159434727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:40:29:37:39:40:29:37:39 chr2 159440713 . T G 935.02 PASS AF=0.378472;AO=105;DP=284;FAO=109;FDP=288;FR=.;FRO=179;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=95;FSRR=84;FWDB=0.0238902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.292;QD=12.9864;RBI=0.0241877;REFB=-0.00691249;REVB=-0.00378192;RO=178;SAF=49;SAR=56;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745354;STB=0.527624;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00953201;OID=.;OPOS=159440713;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:288:178:179:105:109:0.378472:56:49:95:83:56:53:95:84 chr2 159537446 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0311019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3561;QD=20.4868;RBI=0.0965013;REFB=-0.0356528;REVB=0.0913519;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396455;STB=0.719746;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0243866;OID=.;OPOS=159537446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:0:11:7:7:0:11 chr2 159537868 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.176;QD=59.0171;RBI=0.0532308;REFB=0;REVB=0.0408968;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457227;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr2 159663599 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.047;QD=59.679;RBI=0.0219461;REFB=0;REVB=-0.0114836;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79694e-05;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr2 160019863 . A G 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.184;QD=61.8137;RBI=0.0273998;REFB=-0.0947889;REVB=-0.0177179;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00124028;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:0:1:30:19:0:1 chr2 160035207 . T C 561.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289803;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.225;QD=60.7538;RBI=0.0382497;REFB=0;REVB=0.0249637;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288828;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr2 160076309 . A G 246.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0223198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.625;QD=13.4941;RBI=0.0225755;REFB=-0.00623155;REVB=-0.00338847;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141838;STB=0.580529;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0115496;OID=.;OPOS=160076309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:16:13:14:30:16:13:14:30 chr2 160084473 . A C 843.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1914;QD=56.2273;RBI=0.0436731;REFB=-0.0555587;REVB=0.0421799;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161806;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr2 160086468 . G A 292.51 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00902241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.257;QD=14.6254;RBI=0.0103062;REFB=-0.00672899;REVB=0.00498137;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785489;STB=0.538674;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0116261;OID=.;OPOS=160086468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:33:33:0.4125:14:19:23:23:14:19:24:23 chr2 160086653 . CA TG 2351.14 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102548;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.148;QD=63.9766;RBI=0.0201922;REFB=0;REVB=0.0173943;RO=0;SAF=74;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.21303e-05;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:73:74:0:0:73:74:0:0 chr2 160086692 . A G 2454.65 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104309;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.109;QD=61.3662;RBI=0.0384665;REFB=0;REVB=0.0370252;RO=0;SAF=87;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64257e-05;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:160:0:0:155:160:1:68:87:0:0:73:87:0:0 chr2 160105007 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0119105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.305;QD=13.5766;RBI=0.0188162;REFB=-0.00173807;REVB=0.0145668;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523916;STB=0.810011;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00173859;OID=.;OPOS=160105007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:12:7:11:2:12:7 chr2 160112881 . G T 376.1 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00204652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2824;QD=18.3464;RBI=0.00258796;REFB=-0.0273852;REVB=-0.00158408;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170177;STB=0.586549;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0376955;OID=.;OPOS=160112881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:21:17:27:16:21:18:27:16 chr2 160114315 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0190768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.988;QD=15.2374;RBI=0.0192206;REFB=-0.00389336;REVB=0.00234625;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132038;STB=0.575005;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0040428;OID=.;OPOS=160114315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:19:9:16:20:19:9:16:20 chr2 160114437 . G A 413.28 PASS AF=0.447917;AO=41;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0147856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9684;QD=17.2199;RBI=0.0164136;REFB=-0.00134598;REVB=0.00712688;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086258;STB=0.532599;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00143611;OID=.;OPOS=160114437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:53:41:43:0.447917:24:17:18:36:26:17:18:35 chr2 160116291 . T C 444.38 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0118625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5679;QD=23.0847;RBI=0.0237816;REFB=-0.00714151;REVB=0.0206118;RO=34;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014289;STB=0.507856;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00683037;OID=.;OPOS=160116291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:22:21:16:18:22:21:16:18 chr2 160132089 . T G 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0146854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.122;QD=16.3816;RBI=0.0151655;REFB=0.00350646;REVB=-0.00378587;RO=36;SAF=10;SAR=27;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840489;STB=0.599943;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0041936;OID=.;OPOS=160132089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:47:37:37:0.440476:27:10:10:26:27:10:20:27 chr2 160136337 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.988;QD=52.6132;RBI=0.0122308;REFB=0;REVB=0.0117885;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43346e-05;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr2 160193992 . C T 589.89 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00396948;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.033;QD=25.9293;RBI=0.00621459;REFB=-0.00198516;REVB=0.00478166;RO=38;SAF=31;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456694;STB=0.524969;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00128867;OID=.;OPOS=160193992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:38:38:53:53:0.582418:22:31:20:18:22:31:20:18 chr2 160676427 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.902;QD=57.1062;RBI=0.0239669;REFB=0;REVB=0.0109663;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010377;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr2 160711045 . G C 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.994;QD=63.3385;RBI=0.0425959;REFB=0;REVB=0.0338076;RO=0;SAF=53;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90033e-05;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:87:53:0:0:87:53:0:0 chr2 160737621 . C T 1299.95 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00373473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.593;QD=59.0887;RBI=0.00379981;REFB=0.0199525;REVB=-0.000700245;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225456;STB=0.511902;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000134643;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:85:86:0.977273:41:44:0:2:41:45:0:2 chr2 160738677 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.751;QD=60.8835;RBI=0.00627973;REFB=0;REVB=-0.00552409;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2394e-05;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr2 160833188 . A G 2313.24 PASS AF=1;AO=140;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013795;FXX=0.0399973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.737;QD=64.2566;RBI=0.0180389;REFB=0;REVB=0.0116233;RO=0;SAF=55;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384259;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:140:144:1:85:55:0:0:88:56:0:0 chr2 160901517 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9239;QD=58.5974;RBI=0.0109865;REFB=0;REVB=-0.0105217;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159905;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr2 161029218 . G A 93.33 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0137102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.255;QD=10.0892;RBI=0.0301453;REFB=-0.00587654;REVB=-0.0268471;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289322;STB=0.67222;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00815404;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:8:17:5:7:8:17 chr2 161052808 . G T 41.11 PASS AF=0.134146;AO=8;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=23;FWDB=-0.0055583;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.082;QD=2.00538;RBI=0.0414881;REFB=-0.00439758;REVB=-0.0411141;RO=67;SAF=1;SAR=7;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607425;STB=0.936244;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.14741;OID=.;OPOS=161052808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:82:82:67:71:8:11:0.134146:7:1:47:20:10:1:48:23 chr2 161130982 . C T 48.15 PASS AF=0.538462;AO=2;DP=8;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0220949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.294;QD=14.8154;RBI=0.0817416;REFB=-0.0417562;REVB=0.0786988;RO=6;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562437;STB=0.526239;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0462295;OID=.;OPOS=161130982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:8:13:6:6:2:7:0.538462:0:2:4:2:2:5:4:2 chr2 161253376 . A G 345.44 PASS AF=0.422222;AO=36;DP=88;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00615198;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.815;QD=15.353;RBI=0.0115779;REFB=-0.00884067;REVB=0.00980824;RO=52;SAF=14;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137803;STB=0.557096;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0248495;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:52:52:36:38:0.422222:22:14:27:25:22:16:27:25 chr2 163005674 . G A 203.46 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00664497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.451;QD=15.6506;RBI=0.0163344;REFB=-0.00288318;REVB=-0.0149217;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.511935;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00322852;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:22:23:0.442308:9:13:17:11:10:13:17:12 chr2 163078195 . T A 182.67 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00989549;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.434;QD=11.2415;RBI=0.0373758;REFB=-0.0144722;REVB=-0.0360421;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464345;STB=0.527003;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0194594;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:42:42:23:23:0.353846:10:13:22:20:10:13:22:20 chr2 163080982 . A G 426.49 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0272169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.788;QD=16.4036;RBI=0.0282284;REFB=-0.0192034;REVB=0.00748879;RO=57;SAF=13;SAR=34;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179548;STB=0.600885;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0161777;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:34:13:25:32:34:13:25:32 chr2 163128824 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.054245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.069;QD=8.08964;RBI=0.0845691;REFB=-0.0116603;REVB=-0.06488;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298292;STB=0.68807;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0316192;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:12:10:2:7:12:10 chr2 163137871 . C G 739.33 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0136507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5684;QD=20.8262;RBI=0.0287238;REFB=-0.00998199;REVB=-0.0252728;RO=69;SAF=36;SAR=36;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019337;STB=0.50704;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00402793;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:70:72:72:0.507042:36:36:33:36:36:36:34:36 chr2 163137983 . T C 717.78 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0455647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.455;QD=21.2676;RBI=0.0460583;REFB=-0.00109003;REVB=0.00672459;RO=65;SAF=36;SAR=34;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865191;STB=0.547515;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000856166;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:65:65:70:70:0.518519:34:36:27:38:34:36:27:38 chr2 163175656 . A C 139.47 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.057871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9016;QD=12.3976;RBI=0.0595043;REFB=-0.00578742;REVB=0.0138459;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385925;STB=0.733057;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0154831;OID=.;OPOS=163175656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:5:11:9:19:5:11:9:20 chr2 163213381 . A G 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00567598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.382;QD=18.4674;RBI=0.0182757;REFB=-0.00874415;REVB=-0.0173719;RO=44;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526786;STB=0.529397;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0106041;OID=.;OPOS=163213381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:24:16:20:24:24:16:20:24 chr2 163217273 . AT A 514.41 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.03765;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.192;QD=18.8775;RBI=0.0401212;REFB=0.0108808;REVB=-0.0138635;RO=55;SAF=19;SAR=35;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117296;STB=0.506491;STBP=0.92;TYPE=del;VARB=-0.0115029;OID=.;OPOS=163217274;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495413:54:112:54:109:55:19:35:20:35:99:55:19:35:20:35 chr2 163227849 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0069615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.625;QD=13.6997;RBI=0.0170799;REFB=0.000977418;REVB=0.0155968;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239786;STB=0.637544;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00159099;OID=.;OPOS=163227849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:7:23:10:8:7:23 chr2 163256949 . G T 388.27 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.00732917;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.547;QD=12.9423;RBI=0.00936226;REFB=4.88103e-06;REVB=0.0058254;RO=74;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169709;STB=0.595861;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=1.12399e-05;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:74:74:46:46:0.383333:24:22:24:50:24:22:24:50 chr2 163291981 . G A 381.96 PASS AF=0.519481;AO=36;DP=75;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0451228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3548;QD=19.842;RBI=0.0491397;REFB=-0.0335277;REVB=-0.0194588;RO=27;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741973;STB=0.517638;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0227334;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:27:37:36:40:0.519481:21:15:11:16:22:18:18:19 chr2 164145582 . C A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0215863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.533;QD=22.5809;RBI=0.028167;REFB=-0.029319;REVB=-0.0180946;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139548;STB=0.578819;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0160111;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:2:5:6:6:2:5 chr2 164465716 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0216934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.189;QD=20.5464;RBI=0.0226928;REFB=-0.00756856;REVB=0.00666002;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404908;STB=0.522801;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00959774;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:11:11:10:12:11:11 chr2 165353712 . C T 604.97 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00369195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.309;QD=24.4433;RBI=0.063447;REFB=-0.0285186;REVB=-0.0633395;RO=44;SAF=38;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130074;STB=0.571518;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0102579;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:17:38:24:20:17:38:24:20 chr2 165996107 . T A 1210.81 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.534;QD=59.064;RBI=0.0402281;REFB=-0.133989;REVB=0.00934865;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00170997;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:38:42:1:0:39:42:1:0 chr2 166170127 . T C 2625.78 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115324;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1462;QD=61.783;RBI=0.0361386;REFB=0;REVB=0.0342491;RO=0;SAF=89;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138722;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:81:89:0:0:81:89:0:0 chr2 166248047 . G A 437.51 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0182756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=16.667;RBI=0.0188768;REFB=-0.00796594;REVB=-0.00472605;RO=57;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697038;STB=0.538906;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0102834;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:27:21:29:28:27:21:29:28 chr2 166535918 . C T 562.95 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0473868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.725;QD=23.9554;RBI=0.050745;REFB=0.00389294;REVB=0.0181536;RO=42;SAF=31;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000773984;STB=0.500425;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00332015;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:21:31:25:17:21:31:25:17 chr2 166605010 . A T 219.41 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0169923;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.093;QD=23.0964;RBI=0.0170138;REFB=-0.0157414;REVB=0.000854399;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335233;STB=0.666508;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00994252;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:14:6:12:5:14:7:12:5 chr2 166618262 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0081125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.048;QD=14.4326;RBI=0.00876832;REFB=-0.00219939;REVB=-0.00332729;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130494;STB=0.57409;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00265017;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:20:24:13:18:20:24 chr2 166788336 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.058;QD=57.7124;RBI=0.0161737;REFB=0;REVB=0.0157462;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10407e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr2 166797646 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.023;QD=61.5361;RBI=0.0444388;REFB=0;REVB=0.0435443;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014731;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr2 166892788 . C T 1569.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.93;QD=64.0758;RBI=0.0720724;REFB=0;REVB=0.00476635;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145265;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:44:52:0:0:44:54:0:0 chr2 166897864 . A G 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000986344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5399;QD=59.9232;RBI=0.0155507;REFB=0;REVB=0.0155194;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1704e-05;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr2 166903445 . T C 1627.07 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692842;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9587;QD=60.2617;RBI=0.00704616;REFB=0;REVB=-0.00128275;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72489e-05;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr2 167053386 . G A 166.14 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.085643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5799;QD=22.1517;RBI=0.0859925;REFB=-0.0105285;REVB=0.00774486;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0043502;OID=.;OPOS=167053386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:7:6:7:10:7:6 chr2 167054169 . G A 781.87 PASS AF=0.579365;AO=73;DP=126;FAO=73;FDP=126;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00441366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=24.8211;RBI=0.0102173;REFB=-0.0109907;REVB=-0.00921484;RO=53;SAF=37;SAR=36;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416938;STB=0.522706;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00522687;OID=.;OPOS=167054169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:53:53:73:73:0.579365:36:37:24:29:36:37:24:29 chr2 167056337 . C A 321.32 PASS AF=0.540984;AO=34;DP=63;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0151482;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.904;QD=21.0703;RBI=0.018232;REFB=-0.00195762;REVB=-0.0101459;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232084;STB=0.661417;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00176683;OID=.;OPOS=167056337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:29:28:34:33:0.540984:15:19:8:21:14:19:6:22 chr2 167099158 . A G 1154.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.232;QD=60.7469;RBI=0.0283045;REFB=0;REVB=0.0184123;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87095e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:37:38:0:0:37:39:0:0 chr2 167262088 . T G 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00366119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.158;QD=14.65;RBI=0.0181523;REFB=0.000755048;REVB=0.0177792;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546774;STB=0.540158;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000643998;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:12:11:16:14:12:11:17:14 chr2 167262353 . C G 409.14 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=49;FWDB=-0.000466756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4952;QD=14.4827;RBI=0.0113353;REFB=-0.0204977;REVB=-0.0113257;RO=66;SAF=12;SAR=35;SRF=17;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307084;STB=0.501729;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0235636;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:35:12:17:49:35:12:17:49 chr2 167266344 . G A 353.96 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00183171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.897;QD=16.0893;RBI=0.0327508;REFB=-0.00692974;REVB=-0.0326995;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156189;STB=0.508789;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00845129;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:23:15:19:31:23:15:19:31 chr2 167279922 . C A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3508;QD=63.5822;RBI=0.0311403;REFB=0;REVB=-0.00715411;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482305;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr2 167334085 . G T 2178.59 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.869;QD=63.1476;RBI=0.00238069;REFB=0;REVB=-0.00205127;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89012e-07;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:65:73:0:0:65:73:0:0 chr2 168099416 . T C 69.41 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0273236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.706;QD=17.3537;RBI=0.0292133;REFB=-0.020988;REVB=-0.0103363;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305806;STB=0.675319;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0155882;OID=.;OPOS=168099416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:1:6:4:5:1:6 chr2 168726659 . A C 1804.16 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.065;QD=61.1578;RBI=0.0131407;REFB=0;REVB=0.0102089;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7469e-05;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:70:47:0:0:70:48:0:0 chr2 169707428 . C T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8543;QD=60.882;RBI=0.0490585;REFB=0;REVB=-0.0329015;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000667221;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr2 169721377 . G A 627.3 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.036692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1634;QD=54.5479;RBI=0.103229;REFB=-0.109673;REVB=0.0964883;RO=3;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208155;STB=0.510117;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0963731;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:42:43:0.934783:21:21:1:2:22:21:1:2 chr2 169764176 . G C 300.17 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0190225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.235;QD=13.9614;RBI=0.029568;REFB=-0.0100507;REVB=-0.0226365;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071995;STB=0.54096;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0176079;OID=.;OPOS=169764176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:24:28:16:18:24:28 chr2 169764238 . CA C,GC 337.59 PASS AF=0.411111,0.144444;AO=30,10;DP=93;FAO=37,13;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=11,0;FSAR=26,13;FSRF=36;FSRR=4;FWDB=0.094355,0.02774;FXX=0.0425487;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=12.2109,169.127;QD=15.0038;RBI=0.256775,0.0281881;REFB=-0.0816192,-0.0173215;REVB=-0.23881,-0.00500573;RO=40;SAF=7,0;SAR=23,10;SRF=37;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.626732,-0.862328;STB=0.787235,0.999506;STBP=0,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.16578,0.0663272;OID=.,.;OPOS=169764239,169764238;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:40:40:30,10:37,13:0.411111,0.144444:23,10:7,0:37:3:26,13:11,0:36:4 chr2 169789016 . T C 314.34 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.047958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.676;QD=17.2243;RBI=0.0492733;REFB=-0.0063597;REVB=-0.0113089;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164901;STB=0.592273;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0127208;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:15:19:15:24:15:19:15:24 chr2 169826877 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.591;QD=53.2772;RBI=0.020986;REFB=0;REVB=-0.00630207;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286261;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 169830328 . A G 443.36 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0159868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2419;QD=20.1529;RBI=0.0194429;REFB=0.000333308;REVB=-0.0110657;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212892;STB=0.511797;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000711918;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:26:18:17:27:26:18:17:27 chr2 169952233 . T C 207.67 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00799067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.824;QD=15.1032;RBI=0.0120653;REFB=0.00110866;REVB=-0.00903988;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254166;STB=0.643801;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00168328;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:21:10:14:10:21:10 chr2 169997051 . G A 508.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0239;QD=58.1123;RBI=0.0590618;REFB=0;REVB=-0.0209836;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111231;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr2 170003432 . T G 1829.25 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0460786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.0824;QD=59.4878;RBI=0.0492943;REFB=-0.149925;REVB=-0.0175125;RO=2;SAF=57;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016374;STB=0.508619;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00149242;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:64:57:2:0:64:57:2:0 chr2 170010985 . T C 550.11 PASS AF=0.680556;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=-0.0111319;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.537;QD=30.5616;RBI=0.0200327;REFB=0.00138973;REVB=-0.016655;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.770546;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0025645;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:0:23:48:49:0.680556:40:8:0:0:40:9:22:1 chr2 170025083 . A G 416.06 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.026795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.58;QD=22.19;RBI=0.0300577;REFB=-0.0325145;REVB=-0.0136195;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262417;STB=0.514467;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0290485;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:18:23:18:16:18:23:18:16 chr2 170032989 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0044607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.09;QD=16.7543;RBI=0.00474774;REFB=-0.0133862;REVB=-0.0016258;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140899;STB=0.579552;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0107737;OID=.;OPOS=170032989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:11:17:11:13:11:17 chr2 170092395 . A G 530.89 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.016882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5455;QD=16.7209;RBI=0.0221;REFB=-0.0247601;REVB=0.014262;RO=70;SAF=27;SAR=30;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223543;STB=0.501246;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0178518;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:70:57:57:0.448819:30:27:33:37:30:27:33:37 chr2 170099473 . T C 962.59 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00524219;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8635;QD=57.4682;RBI=0.0623655;REFB=-0.0755173;REVB=0.0621448;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00263781;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:37:28:0:1:38:28:0:1 chr2 170103336 . T C 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.788;QD=59.3365;RBI=0.00847509;REFB=-0.0316341;REVB=-0.00820103;RO=1;SAF=55;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008554;STB=0.504504;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000293075;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:56:55:1:0:56:55:1:0 chr2 170103351 . G T 1716.13 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000547944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5705;QD=59.6914;RBI=0.0628234;REFB=-0.123412;REVB=0.062821;RO=1;SAF=58;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811696;STB=0.504273;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00151659;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:1:1:114:114:0.991304:56:58:1:0:56:58:1:0 chr2 170115588 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.687;QD=60.7153;RBI=0.00734368;REFB=0;REVB=-0.00318563;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11804e-06;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr2 170129528 . G A 254.37 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0184228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3414;QD=15.4163;RBI=0.0518239;REFB=0.0150709;REVB=-0.0484388;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000981208;STB=0.500555;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.022778;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:18:11:14:23:18:11:14:23 chr2 170175334 . T C 901.54 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000614418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.285;QD=53.823;RBI=0.00762719;REFB=-0.019782;REVB=0.0076024;RO=3;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767666;STB=0.504068;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00117707;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:37:27:1:2:37:27:1:2 chr2 170218847 . C G 785.11 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.826;QD=57.0992;RBI=0.0509398;REFB=0;REVB=0.0303544;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112679;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:27:28:0:0 chr2 170402752 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0211537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.557;QD=18.7669;RBI=0.0531108;REFB=-0.0232332;REVB=0.0487162;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0142672;OID=.;OPOS=170402752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chr2 170403030 . T C 564.28 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00740091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.141;QD=19.7994;RBI=0.00741627;REFB=-0.00430923;REVB=-0.000477168;RO=56;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312523;STB=0.517235;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00450017;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:58:58:0.508772:30:28:29:27:30:28:29:27 chr2 170411693 . T C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0194238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225;QD=13.774;RBI=0.0194725;REFB=0.00972741;REVB=0.00137619;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208926;STB=0.597962;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0140558;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:31:20:20:0.392157:9:11:10:19:9:11:12:19 chr2 170441001 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0247689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.296;QD=22.5999;RBI=0.0350632;REFB=0.00568094;REVB=0.024818;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133753;STB=0.574883;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00338036;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:11:9:14:9:11:9 chr2 170493103 . T A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0388074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.799;QD=15.1962;RBI=0.0392687;REFB=-0.0307539;REVB=0.00600131;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176217;STB=0.620108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0271058;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:14:4:9:16:14:4:10:16 chr2 170605981 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3335;QD=58.239;RBI=0.00549344;REFB=0;REVB=-0.00200677;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13525e-05;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr2 170632960 . CAAAAAAAAC CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAC 216.58 PASS AF=0.592593,0.037037,0.37037;AO=10,4,6;DP=29;FAO=16,1,10;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,5;FSAR=15,1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.099647,-0.0811351,0.0926992;FXX=0.0689417;HRUN=2,2,8;LEN=1,1,1;MLLD=21.1127,15.8323,7.29851;QD=32.0855;RBI=0.10337,0.0945211,0.103013;REFB=0,0,0;REVB=-0.0274937,-0.0484905,0.0449289;RO=1;SAF=0,1,3;SAR=10,3,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.819712,-0.272709,-0.123249;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.00468288,-0.00794382,-0.149806;OID=.,.,.;OPOS=170632969,170632969,170632961;OREF=C,C,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.592593,0.037037,0.37037:10,4,6:29:16,1,10:27:0:1,0,5:15,1,5:0:0:71:1:0,1,3:10,3,3:1:0 chr2 170672843 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00813221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7612;QD=22.7237;RBI=0.0152449;REFB=0.0390855;REVB=-0.0128947;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18729;STB=0.605944;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0318624;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:6:10:16:4:6:10 chr2 170762566 . A T 396.49 PASS AF=0.519481;AO=41;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0052951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6201;QD=20.5971;RBI=0.0221291;REFB=-0.0380116;REVB=-0.0214863;RO=36;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545098;STB=0.518509;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0333693;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:41:40:0.519481:22:19:19:17:21:19:19:18 chr2 170917648 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0132701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7578;QD=18.4831;RBI=0.0137548;REFB=-0.0190391;REVB=0.003619;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955612;STB=0.554319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0158961;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:10:11:8:11:10:11 chr2 170938659 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2663;QD=59.8381;RBI=0.0387301;REFB=0;REVB=0.0123123;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086002;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr2 170976590 . A G 222.93 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.151;QD=49.5388;RBI=0.0487343;REFB=0;REVB=0.0260119;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590103;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr2 171260787 . G A 261.34 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0179355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9276;QD=14.9336;RBI=0.0228423;REFB=-0.0339839;REVB=-0.0141453;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117591;STB=0.504851;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0407083;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:29:30:0.428571:12:17:23:17:13:17:23:17 chr2 171260820 . T C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-6.65663e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4781;QD=14.4725;RBI=0.045702;REFB=0.0044692;REVB=0.045702;RO=42;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116553;STB=0.566301;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00689179;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:11:19:22:20:11:19:22:20 chr2 171355198 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.719;QD=60.6101;RBI=0.0380043;REFB=0;REVB=0.037718;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126791;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr2 171356274 . G A 1823.92 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3975;QD=59.8007;RBI=0.112412;REFB=-0.0282913;REVB=0.112116;RO=1;SAF=54;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854612;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:115:122:1:0:114:122:1:60:54:1:0:67:55:0:0 chr2 171570151 . C T 265.23 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00440974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7862;QD=15.602;RBI=0.0332471;REFB=-0.0329604;REVB=-0.0329533;RO=37;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121389;STB=0.562203;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0402041;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:19:11:18:19:19:11:18:20 chr2 171570488 . C G 39.3 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.000808973;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.938;QD=9.82558;RBI=0.00562337;REFB=-0.011292;REVB=-0.00556488;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359862;STB=0.693701;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0200426;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:11:10:6:6:0.375:1:5:6:5:1:5:6:4 chr2 171573185 . G T 66.49 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.165824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7059;QD=26.5975;RBI=0.166914;REFB=-0.120944;REVB=0.0190481;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0528511;OID=.;OPOS=171573185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr2 171822465 . C CT 124.66 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0984751;FXX=0.111049;HRUN=0;LEN=1;MLLD=191.458;QD=31.1653;RBI=0.0988814;REFB=0;REVB=0.00895475;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0187315;OID=.;OPOS=171822466;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:16:16:0:7:9:0:0:3:16:0:2:7:9 chr2 171822466 . C T 185.1 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0123924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.785;QD=38.9676;RBI=0.0625849;REFB=-0.10732;REVB=0.0613457;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130187;STB=0.545402;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00299802;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:19:3:2:16:17:0.894737:9:7:0:3:10:7:0:2 chr2 171822522 . T TC 55.79 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.028881;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.1924;QD=9.70253;RBI=0.0547242;REFB=-0.000678639;REVB=-0.0464826;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571399;STB=0.920509;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0166231;OID=.;OPOS=171822523;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:9:23:10:23:13:1:9:12:1:55:13:2:7:11:2 chr2 171822874 . T C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0243625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6856;QD=11.3684;RBI=0.0573143;REFB=0.00615391;REVB=-0.0518787;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.538391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.016932;OID=.;OPOS=171822874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:8:11:7:4:8:11 chr2 172174150 . AA GC 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886506;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=191.849;QD=55.6561;RBI=0.0279663;REFB=0;REVB=0.0265241;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000222136;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 172180771 . A G 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.684;QD=61.2612;RBI=0.0119407;REFB=0;REVB=0.00924167;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0858e-06;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr2 172378818 . A G 511.83 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281505;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4002;QD=56.8699;RBI=0.0282316;REFB=0.0162042;REVB=-0.00213808;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533314;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00144258;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:7:28:0:0:7:28:0:1 chr2 172379781 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.402;QD=56.9382;RBI=0.0320687;REFB=0;REVB=0.024163;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28171e-05;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 172411273 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.000380103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4856;QD=20.0175;RBI=0.0170681;REFB=-0.0485837;REVB=-0.0170639;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41325;STB=0.733286;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0261759;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:5:13:4:13:5:13:4:13 chr2 172693780 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.020648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.298;QD=12.7368;RBI=0.0286337;REFB=0.00538829;REVB=-0.019838;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152516;STB=0.588505;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.017376;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:7:21:10:6:7:21 chr2 172709215 . G C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.897;QD=60.6087;RBI=0.0363354;REFB=0;REVB=-0.00152386;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105878;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 172725301 . A G 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.17;QD=60.7132;RBI=0.026645;REFB=0;REVB=-0.015372;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21283e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr2 172926226 . G T 168.39 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00827256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1117;QD=16.0372;RBI=0.0726285;REFB=-0.0400597;REVB=-0.0721558;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.531879;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.053232;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:12:12:10:8:12:12 chr2 172964638 . C A 188.93 PASS AF=1;AO=7;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.656;QD=47.233;RBI=0.018555;REFB=0;REVB=0.0105818;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2535e-05;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:7:16:1:6:1:0:0:10:6:0:0 chr2 172966250 . T C 383.31 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00119687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.903;QD=12.3647;RBI=0.00123549;REFB=-0.00698327;REVB=-0.0003065;RO=78;SAF=31;SAR=15;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18648;STB=0.606673;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00949045;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:78:46:46:0.370968:15:31:40:38:15:31:40:38 chr2 173337618 . G A 866.79 PASS AF=0.555556;AO=80;DP=142;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.039312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3543;QD=24.0775;RBI=0.0854129;REFB=-0.0187396;REVB=-0.0758284;RO=62;SAF=40;SAR=40;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645823;STB=0.534714;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0169528;OID=.;OPOS=173337618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:62:64:80:80:0.555556:40:40:36:26:40:40:37:27 chr2 173339808 . G A 303.53 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.0407815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.017;QD=14.8064;RBI=0.0407833;REFB=-0.0095952;REVB=-0.000383091;RO=48;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229599;STB=0.628415;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0188221;OID=.;OPOS=173339808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:20:14:10:38:20:14:10:38 chr2 173352103 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0081434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.171;QD=15.293;RBI=0.00822755;REFB=-0.000578407;REVB=0.00117369;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00141783;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr2 173609173 . T A 664.11 PASS AF=0.496296;AO=66;DP=134;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0360637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.753;QD=19.6775;RBI=0.0373818;REFB=-0.00146299;REVB=0.0098391;RO=68;SAF=35;SAR=31;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683219;STB=0.540982;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00412236;OID=.;OPOS=173609173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:68:68:66:67:0.496296:31:35:31:37:31:36:31:37 chr2 173686663 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.194;QD=63.8719;RBI=0.021431;REFB=0;REVB=0.0181598;RO=0;SAF=40;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106147;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:8:40:0:0:8:40:0:0 chr2 173917425 . G A 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.529;QD=61.6934;RBI=0.0251983;REFB=0;REVB=-0.0214256;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91278e-05;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr2 174068513 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.727;QD=58.4189;RBI=0.0182322;REFB=0;REVB=-0.00162023;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010809;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr2 174091088 . T C 449.69 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00409316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7753;QD=18.9345;RBI=0.0233474;REFB=0.00233812;REVB=-0.0229858;RO=50;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425466;STB=0.502369;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00476357;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:20:25:28:22:20:25:28:22 chr2 174097106 . A G 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00893201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.052;QD=24.157;RBI=0.00967279;REFB=-0.00479307;REVB=0.00371241;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310282;STB=0.501996;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00347416;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:21:30:30:0.588235:17:13:7:11:17:13:9:12 chr2 174103160 . T C 871.26 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315583;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.083;QD=58.0841;RBI=0.0517197;REFB=0;REVB=-0.0409756;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01254e-05;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 174128513 . C T 360.44 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00765683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8447;QD=18.484;RBI=0.0116459;REFB=-0.00810961;REVB=0.00877494;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100263;STB=0.567865;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.030101;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:40:37:38:0.487179:15:22:19:20:15:23:19:21 chr2 174131141 . ATTC A 104.21 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00361179;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=289.375;QD=8.86924;RBI=0.00420844;REFB=-0.0146634;REVB=0.00216007;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136183;STB=0.559255;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.0230487;OID=.;OPOS=174131142;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:18:46:18:47:29:11:7:15:14:99:27:11:7:13:14 chr2 174131220 . C T 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0316321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.274;QD=28.761;RBI=0.034847;REFB=-0.0127981;REVB=-0.0146192;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046701;STB=0.525869;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00657749;OID=.;OPOS=174131220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:7:12:5:4:7:12:5:4 chr2 174820750 . T C 458.96 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00436815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.732;QD=20.8618;RBI=0.00437477;REFB=-0.000810263;REVB=-0.000240528;RO=43;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170403;STB=0.50943;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000658569;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:27:18:18:25:27:18:18:25 chr2 174939983 . GG GAG,GA 115.26 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=4,5;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036003,0.00403428;FXX=0;HRUN=0,13;LEN=1,1;MLLD=225.066,227.556;QD=41.9127;RBI=0.105598,0.118639;REFB=0,0;REVB=-0.105537,-0.11857;RO=0;SAF=4,5;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0076558,-0.00759593;OID=.,.;OPOS=174939984,174939984;OREF=-,G;OALT=A,A;OMAPALT=GAG,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:4,5:11:2,9:11:0:2,7:0,2:0:0:8:0:4,5:0,0:0:0 chr2 175201299 . C G 1483.8 PASS AF=0.526882;AO=139;DP=272;FAO=147;FDP=279;FR=.;FRO=132;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.00348054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.296;QD=21.2732;RBI=0.0073426;REFB=-0.027047;REVB=0.00646527;RO=127;SAF=67;SAR=72;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290799;STB=0.511051;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0187543;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:279:127:132:139:147:0.526882:72:67:57:70:79:68:58:74 chr2 175287778 . G A 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0188461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.68;QD=13.3345;RBI=0.0189074;REFB=0.0134922;REVB=0.0015207;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08065;STB=0.554189;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.017382;OID=.;OPOS=175287778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:15:11:19:19:15:11:20:19 chr2 175292580 . TTCAAATTTATCAG T 57.81 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0251922;FXX=0.101678;HRUN=2;LEN=13;MLLD=335.02;QD=4.36311;RBI=0.0269816;REFB=-0.00412355;REVB=0.00966236;RO=44;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213189;STB=0.584886;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.0105747;OID=.;OPOS=175292581;OREF=TCAAATTTATCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283:13:60:13:53:40:6:7:23:17:57:44:6:7:28:16 chr2 175292599 . T G 36.68 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0194247;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.077;QD=2.52946;RBI=0.0203406;REFB=-0.00156626;REVB=-0.00603493;RO=51;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448293;STB=0.838365;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0519824;OID=.;OPOS=175292599;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:1:6:25:26:1:6:25:26 chr2 175300997 . G A 573.1 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00520775;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.12;QD=17.6337;RBI=0.0162731;REFB=-0.0132023;REVB=-0.0154173;RO=70;SAF=30;SAR=30;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138673;STB=0.576898;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0142969;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:70:70:60:60:0.461538:30:30:25:45:30:30:25:45 chr2 175424779 . T A,G 743.71 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023532,0.00609024;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.826,183.177;QD=56.1289;RBI=0.024476,0.0171492;REFB=0,0;REVB=-0.00673206,-0.0160313;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.2152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143451,0.00051276;OID=.,.;OPOS=175424779,175424779;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:2,32:0,19:0:0:2,32:0,19:0:0 chr2 175425476 . G A 670.55 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.948;QD=62.377;RBI=0.0100177;REFB=0;REVB=0.00728131;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3908e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr2 175426274 . C G 1268.1 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300845;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6651;QD=61.8587;RBI=0.0120375;REFB=0;REVB=0.0116555;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125895;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr2 175436940 . G A 871.3 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.101;QD=56.2128;RBI=0.0429028;REFB=-0.0134906;REVB=0.0347428;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000268869;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:26:35:0:0:26:35:0:1 chr2 175957897 . TAAAAAC TAAAA,TAAAAC 164.76 PASS AF=0,0.4;AO=14,36;DP=131;FAO=0,52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=0,43;FSAR=0,9;FSRF=19;FSRR=59;FWDB=-3.33448e-05,-0.123905;FXX=0.00763301;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=93.5267,9.07542;QD=5.06957;RBI=0.0708868,0.278443;REFB=-0.0132132,-0.0811975;REVB=0.0708868,0.249355;RO=68;SAF=13,34;SAR=1,2;SRF=13;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767149,0.795722;STB=0.5,0.839621;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.176437;OID=.,.;OPOS=175957902,175957898;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:14,36:131:0,52:130:78:0,43:0,9:19:59:99:68:13,34:1,2:13:55 chr2 176866967 . C T 344.53 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0445047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.774;QD=21.8748;RBI=0.123401;REFB=-0.0302346;REVB=0.115096;RO=28;SAF=9;SAR=26;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194072;STB=0.607798;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0376652;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:26:9:13:15:26:9:13:15 chr2 176988290 . C CGCA 173.25 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000737671;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.734;QD=17.769;RBI=0.00232267;REFB=-0.0216954;REVB=-0.00220242;RO=27;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341766;STB=0.729791;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0277386;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:18:45:18:39:21:4:14:13:8:99:27:4:14:14:13 chr2 176995607 . G A 1223.63 PASS AF=0.601093;AO=109;DP=184;FAO=110;FDP=183;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0847149;FXX=0.0161282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4606;QD=26.746;RBI=0.100949;REFB=-0.011761;REVB=0.0549014;RO=75;SAF=46;SAR=63;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845163;STB=0.53759;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00555086;OID=.;OPOS=176995607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:75:73:109:110:0.601093:63:46:40:35:63:47:38:35 chr2 177036754 . T C 256.84 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0349;QD=51.3683;RBI=0.156284;REFB=0;REVB=-0.00849678;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524852;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:10:7:0:0:10:10:0:0 chr2 178417142 . C T 1494.12 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241862;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7451;QD=59.7647;RBI=0.0303287;REFB=0;REVB=0.0182991;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001425;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:60:40:0:0:60:40:0:0 chr2 178417225 . C T 1491.6 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.721;QD=63.4722;RBI=0.0621795;REFB=0;REVB=0.00389349;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231899;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr2 178481818 . G T 1249.46 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519725;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.836;QD=61.7017;RBI=0.00729668;REFB=0;REVB=0.00512153;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66001e-08;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr2 178482094 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.305;QD=45.8068;RBI=0.049787;REFB=0;REVB=-0.0483157;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149189;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr2 178482560 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00188694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.439;QD=16.4059;RBI=0.0132384;REFB=-0.0118941;REVB=-0.0131032;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124444;STB=0.569678;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0100552;OID=.;OPOS=178482560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:11:26:18:13:11:26 chr2 178482698 . A G 248.4 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0104261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5729;QD=13.9944;RBI=0.0130078;REFB=0.0187251;REVB=0.0077781;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20211;STB=0.613997;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0289371;OID=.;OPOS=178482698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:16:13:11:31:16:13:11:31 chr2 178491217 . G A 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00244518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.369;QD=56.3503;RBI=0.00324206;REFB=-0.0504067;REVB=0.00212886;RO=2;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262456;STB=0.513885;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000852475;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:34:35:2:0:34:35:2:0 chr2 178493301 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000925131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.897;QD=48.7373;RBI=0.0178604;REFB=0;REVB=-0.0178364;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103324;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 650.77 PASS AF=0.458904;AO=65;DP=152;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.01353;FXX=0.0201329;HRUN=4;LEN=3;MLLD=329.602;QD=17.8292;RBI=0.0135805;REFB=-0.00968885;REVB=0.00116929;RO=83;SAF=32;SAR=33;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225565;STB=0.513089;STBP=0.785;TYPE=ins;VARB=0.0125424;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458904:65:152:67:146:79:33:34:37:42:99:83:32:33:39:44 chr2 178682603 . T C 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0250839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.809;QD=17.4328;RBI=0.0250868;REFB=-0.0169716;REVB=0.000383006;RO=43;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265306;STB=0.514866;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.024971;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:25:12:15:28:25:12:15:28 chr2 178682655 . A G 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0412755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.392;QD=16.8943;RBI=0.0415829;REFB=-0.000964016;REVB=-0.00504709;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098595;STB=0.55552;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00116128;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:22:10:15:22:22:10:15:22 chr2 178936373 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.169;QD=61.684;RBI=0.026376;REFB=0;REVB=0.0124354;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34165e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr2 178936614 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.017;QD=57.2026;RBI=0.0371392;REFB=0;REVB=-7.57059e-06;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209998;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:6:23:0:0:6:24:0:0 chr2 179203797 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9301;QD=53.9111;RBI=0.0291295;REFB=0;REVB=0.0101958;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773383;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 179260382 . A G 213.97 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00581273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.837;QD=10.5662;RBI=0.0223369;REFB=-0.00975944;REVB=0.0215674;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423256;STB=0.524662;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0156321;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:13:14:26:28:13:14:26:28 chr2 179358665 . A G 386.73 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00989341;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4924;QD=17.9873;RBI=0.00989345;REFB=-0.0325825;REVB=-2.63996e-05;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629876;STB=0.503519;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0266137;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:22:18:21:25:22:18:21:25 chr2 179367086 . A G 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0659713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3882;QD=7.83526;RBI=0.0683651;REFB=0.00186022;REVB=0.0179326;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146322;STB=0.589932;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00891689;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:13:3:2:5:13:3 chr2 179393111 . A G 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0165879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.041;QD=13.9457;RBI=0.0207616;REFB=-0.00820988;REVB=-0.0124853;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585093;STB=0.538438;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0160595;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:18:14:18:29:18:14:18:30 chr2 179395560 . G A 637.04 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00933956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.853;QD=23.3778;RBI=0.00939926;REFB=-0.000436209;REVB=0.00105763;RO=47;SAF=41;SAR=21;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25668;STB=0.640387;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000130692;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:21:41:16:31:21:41:16:31 chr2 179395760 . G A 815.45 PASS AF=0.531034;AO=75;DP=143;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00396792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.653;QD=22.4951;RBI=0.00421587;REFB=-0.00428141;REVB=-0.00142449;RO=68;SAF=25;SAR=50;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127236;STB=0.559544;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00489034;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:68:68:75:77:0.531034:50:25:32:36:50:27:32:36 chr2 179395958 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00656875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.613;QD=14.7663;RBI=0.0171441;REFB=-0.018464;REVB=0.0158358;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.514274;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0258606;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:14:19:15:10:14:19 chr2 179398509 . C A 413.4 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0021841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.618;QD=12.3401;RBI=0.00272511;REFB=-0.00201866;REVB=-0.0016297;RO=85;SAF=18;SAR=31;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385539;STB=0.522012;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00453376;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:85:85:49:49:0.365672:31:18:34:51:31:18:34:51 chr2 179400895 . C T 598.49 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0102783;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.904;QD=19.6227;RBI=0.0192571;REFB=-0.014458;REVB=0.0162847;RO=61;SAF=29;SAR=32;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298191;STB=0.516454;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0116334;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:61:61:61:61:0.5:32:29:27:34:32:29:27:34 chr2 179404628 . T A 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0137233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.023;QD=17.8386;RBI=0.0147758;REFB=-0.0190073;REVB=0.00547689;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0153593;OID=.;OPOS=179404628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:7:7:8:6:7:7 chr2 179421694 . A G 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0207722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4452;QD=15.5086;RBI=0.0266496;REFB=0.00698679;REVB=-0.0166948;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701975;STB=0.539546;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0105439;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:20:15:17:30:20:15:17:30 chr2 179427186 . A G 576.7 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00186008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8862;QD=21.3592;RBI=0.00186442;REFB=-0.00723212;REVB=0.000127169;RO=49;SAF=35;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797185;STB=0.549003;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00645894;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:50:58:58:0.537037:23:35:25:24:23:35:25:25 chr2 179427536 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00129723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.403;QD=19.0232;RBI=0.00575355;REFB=-0.0109258;REVB=0.0056054;RO=35;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00936903;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:12:23:23:12:12:23:23:12 chr2 179430537 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00516874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.542;QD=21.0068;RBI=0.00932631;REFB=-0.0240667;REVB=-0.007763;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140036;STB=0.578864;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0185411;OID=.;OPOS=179430537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:10:7:11:8:10:7 chr2 179430997 . G A 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0193462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.748;QD=15.8867;RBI=0.0224648;REFB=0.00138896;REVB=0.0114189;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877038;STB=0.548358;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00231636;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:42:33:33:0.44:16:17:17:23:16:17:18:24 chr2 179431797 . A T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00998369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.473;QD=18.2507;RBI=0.0105833;REFB=-0.0108918;REVB=-0.00351176;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174033;STB=0.59899;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.014857;OID=.;OPOS=179431797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:10:5:8:7:10:5 chr2 179434516 . C T 200.77 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00440187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.61;QD=20.5915;RBI=0.0159867;REFB=-0.0361649;REVB=0.0153688;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0186562;OID=.;OPOS=179434516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:11:8:9:11:11:8 chr2 179444768 . C G 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.269;QD=63.8873;RBI=0.012471;REFB=0;REVB=-0.0119814;RO=0;SAF=74;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22899e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:72:74:0:0:72:74:0:0 chr2 179444939 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0343902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0677;QD=17.6437;RBI=0.0851406;REFB=-0.0014012;REVB=-0.077886;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286547;STB=0.666296;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00208798;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:5:2:6:3:5:2 chr2 179447848 . T C 409.19 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0142058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.411;QD=14.4847;RBI=0.0223887;REFB=-0.0114478;REVB=0.0173046;RO=64;SAF=17;SAR=30;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161947;STB=0.592065;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0138788;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:64:66:47:47:0.415929:30:17:33:31:30:17:34:32 chr2 179451420 . G A 690.61 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0108456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7815;QD=20.9275;RBI=0.0434601;REFB=-0.0258964;REVB=-0.042085;RO=64;SAF=37;SAR=31;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134673;STB=0.574003;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0192643;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:68:68:0.515152:31:37:25:39:31:37:25:39 chr2 179451906 . G A 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00271842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6373;QD=17.6623;RBI=0.00298014;REFB=0.012687;REVB=-0.00122125;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266276;STB=0.649191;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0141034;OID=.;OPOS=179451906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:27:13:28:19:27:13:28:19 chr2 179454394 . A G 326.82 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0111268;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.321;QD=17.2012;RBI=0.0119045;REFB=-0.0188815;REVB=-0.0042322;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681444;STB=0.538257;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0241552;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:13:22:23:18:13:22:23:18 chr2 179455207 . T C 815.54 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00566494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.626;QD=22.4976;RBI=0.0530391;REFB=-0.0306657;REVB=0.0527358;RO=68;SAF=39;SAR=38;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181373;STB=0.509938;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0289597;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:68:77:77:0.531034:38:39:33:35:38:39:33:35 chr2 179464527 . T C 255.31 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0459971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.2;QD=13.263;RBI=0.0473242;REFB=-0.00977033;REVB=-0.0111287;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219429;STB=0.635427;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0160607;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:47:30:30:0.38961:13:17:16:29:13:17:16:31 chr2 179468771 . G A 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0066044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.676;QD=21.1857;RBI=0.028626;REFB=0.00193606;REVB=-0.0278537;RO=45;SAF=16;SAR=32;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23911;STB=0.637623;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0011884;OID=.;OPOS=179468771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:46:48:48:0.510638:32:16:27:18:32:16:28:18 chr2 179543217 . C T 466.36 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.0352005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2369;QD=19.8452;RBI=0.0357099;REFB=0.0188633;REVB=-0.0060105;RO=48;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19246;STB=0.606339;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0210813;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:23:23:14:34:23:23:14:34 chr2 179558366 . T C 246.57 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00408197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.012;QD=15.9076;RBI=0.00620011;REFB=-0.00984238;REVB=-0.00466678;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658498;STB=0.537248;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0094454;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:9:19:21:13:9:19:21:13 chr2 179571423 . G T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00886956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.787;QD=12.0517;RBI=0.0103875;REFB=-0.000707116;REVB=-0.00540657;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000916203;OID=.;OPOS=179571423;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:6:7:4:5:6:7 chr2 179578730 . G A 511.25 PASS AF=0.390411;AO=57;DP=146;FAO=57;FDP=146;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0023458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.133;QD=14.0069;RBI=0.0070576;REFB=-0.00535552;REVB=-0.00665635;RO=89;SAF=40;SAR=17;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259701;STB=0.647392;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0117182;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:89:89:57:57:0.390411:17:40:42:47:17:40:42:47 chr2 179579093 . T C 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00239037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.081;QD=18.785;RBI=0.0124765;REFB=-0.00369041;REVB=0.0122453;RO=33;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624058;STB=0.534862;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0049345;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:10:23:21:12:10:23:21:12 chr2 179579212 . T C 655.61 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0273699;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.186;QD=22.8037;RBI=0.0273706;REFB=-0.0259175;REVB=0.000206307;RO=51;SAF=30;SAR=34;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160336;STB=0.587398;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0255879;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:34:30:14:37:34:30:14:37 chr2 179579822 . T A 861.36 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0277422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3525;QD=23.4384;RBI=0.0468196;REFB=0.00703856;REVB=0.0377154;RO=67;SAF=49;SAR=31;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127262;STB=0.569651;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00539207;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:67:80:80:0.544218:31:49:31:36:31:49:31:36 chr2 179582327 . C T 346.25 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=67;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0107532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.422;QD=20.0722;RBI=0.0158113;REFB=-0.0180211;REVB=0.0115916;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298941;STB=0.645312;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0146766;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:33:33:34:36:0.521739:13:21:9:24:15:21:9:24 chr2 179582537 . G T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00883213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.169;QD=19.7636;RBI=0.0188755;REFB=-0.0171356;REVB=-0.0166816;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552622;STB=0.519989;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0164408;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:22:13:10:22:22:13:11:22 chr2 179583496 . T G 660.19 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0032264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.814;QD=27.2243;RBI=0.00703942;REFB=-0.00786783;REVB=0.0062565;RO=39;SAF=20;SAR=38;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524011;STB=0.528584;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00442039;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:39:58:58:0.597938:38:20:16:23:38:20:16:23 chr2 179585266 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9681;QD=59.8528;RBI=0.0343069;REFB=0;REVB=-0.0314672;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164209;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr2 179585393 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00405362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.776;QD=8.25463;RBI=0.0103779;REFB=-0.005844;REVB=-0.00955348;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403885;STB=0.759899;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0355684;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:6:6:5:1:6:6 chr2 179587130 . C G 390.91 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.045788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.092;QD=16.6343;RBI=0.0478018;REFB=0.00516235;REVB=-0.0137285;RO=53;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438886;STB=0.52463;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00492669;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:23:18:21:32:23:18:21:32 chr2 179600563 . G A 1607.06 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.703;QD=64.2824;RBI=0.0228354;REFB=0;REVB=-0.0119159;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96192e-06;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr2 179605180 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.442;QD=61.684;RBI=0.0455846;REFB=0;REVB=-0.00841925;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301756;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 179614952 . A G 1552.6 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941558;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.848;QD=64.0247;RBI=0.0123754;REFB=0;REVB=0.00803098;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31758e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr2 179615887 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.464;QD=58.5828;RBI=0.079507;REFB=0;REVB=0.075905;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135295;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr2 179615931 . C G 599.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000734985;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.656;QD=61.5238;RBI=0.0384274;REFB=0;REVB=0.0384204;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453764;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 179615994 . T C 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.845;QD=57.8805;RBI=0.0187092;REFB=0;REVB=0.00764157;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23203e-05;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr2 179620951 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.482;QD=62.9829;RBI=0.0128557;REFB=0;REVB=-0.00714353;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87909e-06;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr2 179621477 . C T 1994.47 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120211;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.409;QD=62.3272;RBI=0.0134814;REFB=0;REVB=0.0061027;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002839;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:74:54:0:0:74:54:0:0 chr2 179623758 . C T 2121.67 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.048;QD=62.8642;RBI=0.0154519;REFB=0;REVB=-0.00100104;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28012e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:75:60:0:0:75:60:0:0 chr2 179629363 . T C 1440.98 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.441;QD=62.6514;RBI=0.0364779;REFB=0;REVB=0.0146854;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278841;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:46:44:0:0:46:46:0:0 chr2 179629461 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.716;QD=63.5819;RBI=0.00920576;REFB=0;REVB=0.00536297;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22652e-06;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr2 179644035 . G A 1503.67 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.983;QD=59.5513;RBI=0.0526909;REFB=0;REVB=0.0427223;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278201;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:60:39:0:0:62:39:0:0 chr2 179655526 . G A 409.18 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00373076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3957;QD=14.4841;RBI=0.0213211;REFB=-0.00274001;REVB=0.0209922;RO=66;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937821;STB=0.5527;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00448611;OID=.;OPOS=179655526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:25:22:25:41:25:22:25:41 chr2 179659912 . G A 873.05 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.15;QD=55.4317;RBI=0.0340343;REFB=-0.0362344;REVB=0.0203214;RO=2;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451316;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00109559;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:35:26:1:1:36:26:1:0 chr2 179702268 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.243;QD=63.5819;RBI=0.0145908;REFB=0;REVB=0.00574632;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92705e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr2 179839833 . A G 235.46 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00169795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8973;QD=13.2652;RBI=0.0220779;REFB=-0.0330565;REVB=-0.0220125;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617741;STB=0.535245;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0352599;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:16:27:16:12:16:27 chr2 179990353 . C G 414.6 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.019026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2284;QD=19.2835;RBI=0.0202663;REFB=-0.0264791;REVB=0.00698078;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406633;STB=0.509799;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0344333;OID=.;OPOS=179990353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:43:44:41:42:0.488372:24:17:16:27:25:17:17:27 chr2 180047908 . T C 958.42 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000705626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2413;QD=57.2192;RBI=0.0329261;REFB=0.0504682;REVB=-0.0329185;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00150388;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:0:1:35:31:0:1 chr2 180810180 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0238256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.311;QD=14.6473;RBI=0.0258559;REFB=-0.0133491;REVB=-0.0100433;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631637;STB=0.535752;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0175036;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:18:14:17:28:18:14:17:28 chr2 180810202 . C T 428.2 PASS AF=0.583333;AO=39;DP=70;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0233203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.205;QD=23.7888;RBI=0.023334;REFB=-0.00864488;REVB=-0.000797022;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187561;STB=0.522874;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00647099;OID=.;OPOS=180810202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:30:30:39:42:0.583333:23:16:13:17:26:16:13:17 chr2 180810264 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.561;QD=56.9561;RBI=0.0259455;REFB=0;REVB=-0.0233447;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29783e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 180835792 . T A 300.86 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.030048;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.361;QD=16.4854;RBI=0.0315447;REFB=-9.14063e-05;REVB=-0.00960133;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134029;STB=0.57916;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000194458;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:40:31:33:0.452055:14:17:17:24:15:18:16:24 chr2 181854692 . C T 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00861744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.13;QD=23.5976;RBI=0.0222242;REFB=-0.00645485;REVB=0.0204855;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286926;STB=0.659668;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00582474;OID=.;OPOS=181854692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:15:6:16:9:15:6 chr2 182374534 . A G 240.01 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0641921;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.692;QD=16.2718;RBI=0.0642785;REFB=-0.00803795;REVB=0.00332987;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252056;STB=0.632784;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0200093;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:11:16:10:21:11:16:11:21 chr2 182374660 . A T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0157566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.05;QD=19.703;RBI=0.0281968;REFB=-0.00377871;REVB=-0.0233834;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230545;STB=0.608575;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00343746;OID=.;OPOS=182374660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:9:8:3:12:9:8:4:12 chr2 182395345 . G A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00547159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.996;QD=58.227;RBI=0.0182698;REFB=-0.0926402;REVB=-0.0174313;RO=1;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111269;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00030595;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:42:29:0:1:42:29:0:1 chr2 182399097 . T C 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0443812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.048;QD=11.741;RBI=0.0448367;REFB=-0.00760304;REVB=0.00637496;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230425;STB=0.513356;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0167293;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:13:23:13:8:13:23 chr2 182399638 . A G 2087.26 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209816;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0482;QD=62.7747;RBI=0.0209926;REFB=0;REVB=-0.000679335;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124136;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:68:65:0:0:68:65:0:0 chr2 182400905 . T G 1600.3 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0480063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.044;QD=58.1929;RBI=0.0490708;REFB=-0.0168716;REVB=-0.0101651;RO=2;SAF=48;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194049;STB=0.504131;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000189303;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:110:2:1:108:109:0.990909:60:48:1:1:60:49:0:1 chr2 182401116 . C T 260.72 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00671846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.772;QD=24.8303;RBI=0.00755085;REFB=-0.0319115;REVB=0.00344639;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428114;STB=0.52379;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0156153;OID=.;OPOS=182401116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:8:10:12:12:8:10 chr2 182403851 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.569;QD=60.8824;RBI=0.0371142;REFB=0;REVB=0.0227169;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65015e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr2 182413259 . A G 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.000205628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.377;QD=9.60059;RBI=0.0197955;REFB=-0.00124288;REVB=0.0197944;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172299;STB=0.601656;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00346897;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:8:9:25:12:8:9:25:12 chr2 182414358 . T C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0508884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.858;QD=11.78;RBI=0.0509558;REFB=0.00358923;REVB=0.00261884;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539783;STB=0.531875;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00666314;OID=.;OPOS=182414358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:14:17:8:8:14:17 chr2 182468803 . T G 373.14 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.414;QD=53.3051;RBI=0.0254482;REFB=-0.0716803;REVB=0.00625375;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196193;OID=.;OPOS=182468803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:28:1:0:26:28:1:13:13:1:0:13:15:0:0 chr2 182521578 . G A 1914.47 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.689;QD=61.7571;RBI=0.0651655;REFB=0;REVB=0.0579482;RO=0;SAF=41;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013876;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:81:41:0:0:83:41:0:0 chr2 182543455 . T C 961.87 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195181;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.881;QD=57.4253;RBI=0.0261843;REFB=-0.0149049;REVB=0.0174545;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00013084;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:0:1:26:40:0:1 chr2 182925120 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.665;QD=57.2013;RBI=0.015344;REFB=0;REVB=0.0140878;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11687e-05;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 183007502 . A G 747.32 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0344878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8703;QD=53.3799;RBI=0.0414855;REFB=0.0852742;REVB=-0.0230572;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303841;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00224237;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:2:1:54:55:0.982143:30:24:0:2:31:24:0:1 chr2 183593697 . C T 533.27 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0199905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.386;QD=18.5484;RBI=0.0295928;REFB=-0.00727083;REVB=-0.02182;RO=58;SAF=19;SAR=37;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403876;STB=0.518981;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00667914;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:58:59:56:56:0.486957:37:19:22:36:37:19:22:37 chr2 183605077 . C A 541.73 PASS AF=0.487179;AO=55;DP=116;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0172279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4011;QD=18.5205;RBI=0.0205517;REFB=0.0141404;REVB=-0.0112059;RO=58;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730875;STB=0.530106;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0139089;OID=.;OPOS=183605077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:58:60:55:57:0.487179:29:26:32:26:29:28:33:27 chr2 183622547 . T G 528.07 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00353418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.458;QD=14.7711;RBI=0.0035455;REFB=-0.0161821;REVB=0.000283063;RO=85;SAF=11;SAR=47;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309391;STB=0.676501;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0217412;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:47:11:36:49:47:11:36:49 chr2 183627504 . A G 126.67 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=5.4374e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.096;QD=14.9018;RBI=0.0188782;REFB=-0.00809637;REVB=-0.0188781;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971003;STB=0.502509;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.01616;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:19:14:15:0.441176:4:10:12:5:4:11:14:5 chr2 183738620 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3217;QD=39.2067;RBI=0.10577;REFB=0;REVB=0.0869275;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198412;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 183789649 . C A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00577496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.99;QD=17.7534;RBI=0.00713407;REFB=-0.0028917;REVB=-0.00418866;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359476;STB=0.691359;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00372413;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:16:9:20:6:16:9:20:7 chr2 183799558 . G C 1752.16 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.383;QD=60.4195;RBI=0.0487397;REFB=0;REVB=-0.00155356;RO=1;SAF=60;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133386;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:1:0:113:116:1:53:60:1:0:53:63:0:0 chr2 183948210 . A G 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00713177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9687;QD=10.4371;RBI=0.0122883;REFB=0.00448813;REVB=0.010007;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436431;STB=0.526274;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0123106;OID=.;OPOS=183948210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:10:3:7:20:10:3:7:20 chr2 183961650 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.098;QD=61.6952;RBI=0.0332721;REFB=0;REVB=0.0183442;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64935e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr2 183961668 . A G 370.2 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0139489;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.82;QD=19.4841;RBI=0.0146021;REFB=0.00952883;REVB=0.00431839;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118364;STB=0.581156;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00714484;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:38:38:38:0.5:21:17:11:24:21:17:11:27 chr2 184026021 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.100369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0756;QD=16.9401;RBI=0.100476;REFB=-0.0256111;REVB=0.00463093;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687748;STB=0.503933;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0300166;OID=.;OPOS=184026021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:9:15:12:7:9:15 chr2 184814072 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.945;QD=58.9627;RBI=0.0357673;REFB=0;REVB=0.00353376;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168945;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr2 185469503 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.99;QD=58.4197;RBI=0.0339047;REFB=0;REVB=0.00671681;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79007e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr2 185800905 . A T 734.3 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.323;QD=61.192;RBI=0.0264212;REFB=-0.12045;REVB=-0.00334023;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00105651;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:0:1:27:20:0:1 chr2 185801747 . G A 520.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.096;QD=59.4924;RBI=0.0510554;REFB=0;REVB=0.0100143;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178433;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr2 185801755 . A G 520.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.993;QD=59.4704;RBI=0.0352149;REFB=0;REVB=0.0201623;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166398;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr2 185802211 . C CACA 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0487232;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=317.56;QD=35.1736;RBI=0.0491295;REFB=0.0372292;REVB=-0.00630511;RO=5;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370366;STB=0.636141;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=-0.00581069;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:15:20:15:18:3:1:14:1:2:14:5:1:14:2:3 chr2 185802243 . C A 137.66 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.078903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.262;QD=39.3299;RBI=0.0804038;REFB=-0.0158135;REVB=0.0154628;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.666346;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00293571;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:0:1:13:13:0.928571:12:1:0:0:12:1:1:0 chr2 185802363 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.477;QD=64.4152;RBI=0.0109157;REFB=0;REVB=0.00745655;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54024e-05;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr2 186625770 . A G 634.78 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00502559;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=246.719;QD=55.1981;RBI=0.00647011;REFB=-0.165777;REVB=0.00407501;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029222;STB=0.508643;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000568975;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:46:46:2:3:43:43:0.934783:23:20:1:1:23:20:1:2 chr2 186627943 . T C 1328.56 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.229;QD=61.7934;RBI=0.0245574;REFB=0;REVB=-0.0184709;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692663;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:52:34:0:0 chr2 186654592 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9543;QD=58.0603;RBI=0.102623;REFB=0;REVB=0.102021;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106739;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr2 186654867 . G C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0115435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.797;QD=13.9955;RBI=0.0121802;REFB=-0.00561354;REVB=-0.00388645;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539421;STB=0.53071;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00873944;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:13:16:21:21:13:16:21:21 chr2 186655726 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.353;QD=57.5449;RBI=0.0256818;REFB=0;REVB=-0.022003;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230838;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:44:14:0:0:44:14:0:0 chr2 186656657 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.966;QD=59.5006;RBI=0.0677322;REFB=0;REVB=-0.0674772;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036477;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr2 186656956 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1521;QD=43.4848;RBI=0.0653412;REFB=0;REVB=0.0639385;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188472;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr2 186657089 . C A 1245.87 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.31;QD=61.5245;RBI=0.0190445;REFB=0;REVB=0.0163514;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93633e-06;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr2 186658056 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.287;QD=64.4152;RBI=0.0186589;REFB=0;REVB=-0.0164972;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35713e-05;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr2 186658438 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.259;QD=53.9106;RBI=0.0190882;REFB=0;REVB=-0.00517806;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93021e-05;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr2 186658565 . G T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00069818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.05;QD=57.1746;RBI=0.0256584;REFB=0;REVB=-0.0256489;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013303;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 186659359 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.713;QD=58.2396;RBI=0.00749795;REFB=0;REVB=0.00265435;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12832e-05;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr2 186661673 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.59;QD=62.6624;RBI=0.0155776;REFB=0;REVB=-0.000970717;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12618e-05;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr2 186662102 . GA G 66.19 PASS AF=0.475;AO=16;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0321785;FXX=0.0476077;HRUN=8;LEN=1;MLLD=11.3824;QD=6.61893;RBI=0.0766549;REFB=-0.0515791;REVB=0.0695738;RO=21;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204264;STB=0.521213;STBP=0.83;TYPE=del;VARB=0.0550067;OID=.;OPOS=186662103;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:16:41:19:40:21:4:15:5:16:66:21:2:14:5:16 chr2 186664473 . T C 2709.63 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159092;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.263;QD=61.9344;RBI=0.0169657;REFB=-0.0352457;REVB=0.00589341;RO=1;SAF=75;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111193;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:175:1:0:173:175:1:98:75:0:1:99:76:0:0 chr2 186664963 . C A 685.82 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0687017;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.482;QD=54.8653;RBI=0.0695866;REFB=-0.113053;REVB=-0.0110623;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268741;STB=0.51428;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000240441;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:32:17:1:0:32:17:1:0 chr2 186665432 . G A 925.27 PASS AF=0.917808;AO=66;DP=72;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00743701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.424;QD=50.6998;RBI=0.0322671;REFB=0.0128166;REVB=0.0313984;RO=6;SAF=36;SAR=30;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033461;STB=0.518116;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00242055;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:73:6:6:66:67:0.917808:30:36:2:4:30:37:2:4 chr2 186665824 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.863;QD=62.0219;RBI=0.00559499;REFB=0;REVB=-0.00131972;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61633e-05;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr2 186667121 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.282;QD=58.1421;RBI=0.0111675;REFB=0;REVB=0.0053721;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84572e-05;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 186670104 . A C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000225017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4499;QD=58.4174;RBI=0.0126632;REFB=0;REVB=0.0126612;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143193;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr2 186670780 . T A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.125;QD=63.2868;RBI=0.0170836;REFB=0;REVB=0.0168516;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77935e-05;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr2 186670979 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.975;QD=57.2025;RBI=0.0200372;REFB=0;REVB=0.014616;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05271e-06;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr2 186671357 . G A 1426.69 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.163;QD=62.7115;RBI=0.034884;REFB=0;REVB=-0.0343862;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96028e-05;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:88:91:1:42:46:0:0:42:49:0:0 chr2 186671912 . G A 1577.5 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996552;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.726;QD=60.0951;RBI=0.0193728;REFB=0;REVB=0.0166131;RO=0;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236656;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:67:37:0:0:67:38:0:0 chr2 186697876 . A G 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6068;QD=62.4635;RBI=0.0410953;REFB=0;REVB=0.0403668;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121325;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr2 187351158 . CA C 245.19 PASS AF=0.761905;AO=46;DP=84;FAO=64;FDP=84;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.148715;FXX=0.0232531;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.72749;QD=11.6756;RBI=0.240048;REFB=-0.0700275;REVB=-0.188432;RO=19;SAF=15;SAR=31;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146526;STB=0.557518;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.106312;OID=.;OPOS=187351159;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:46:84:64:84:20:21:43:11:9:29:19:15:31:11:8 chr2 187487160 . G A 438.61 PASS AF=0.409836;AO=49;DP=121;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0244665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.311;QD=14.3807;RBI=0.0254457;REFB=0.00398879;REVB=-0.00699071;RO=70;SAF=16;SAR=33;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997586;STB=0.562564;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00458643;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:70:72:49:50:0.409836:33:16:29:41:34:16:30:42 chr2 187498107 . T C 477.78 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.000756417;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.667;QD=15.1678;RBI=0.00188778;REFB=0.00278446;REVB=0.00172961;RO=73;SAF=22;SAR=31;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485465;STB=0.527223;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00355038;OID=.;OPOS=187498107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:73:73:53:53:0.420635:31:22:27:46:31:22:27:46 chr2 187532417 . G A 1473.51 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397631;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8468;QD=62.7025;RBI=0.0434301;REFB=0;REVB=0.0174661;RO=0;SAF=72;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205366;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:94:0:0:93:94:1:21:72:0:0:22:72:0:0 chr2 187558960 . G A 201.52 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0406172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.246;QD=21.2122;RBI=0.100162;REFB=-0.0115791;REVB=0.0915568;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225143;STB=0.512646;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0123692;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:13:5:6:14:13:5 chr2 187559029 . A ACAG,G 113.23 PASS AF=0.361111,0;AO=12,5;DP=74;FAO=13,0;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0304809,-0.0338616;FXX=0.389764;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=139.761,76.8032;QD=12.5806;RBI=0.0319279,0.0428471;REFB=-0.0297288,-0.00505272;REVB=0.00950302,-0.0262539;RO=55;SAF=6,4;SAR=6,1;SRF=32;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102147,0.256797;STB=0.59308,0.5;STBP=0.4,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0776447,0;OID=.,.;OPOS=187559030,187559029;OREF=-,A;OALT=CAG,G;OMAPALT=ACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:36:55:23:12,5:13,0:0.361111,0:6,1:6,4:32:23:7,0:6,0:14:9 chr2 187559047 . G A,GCAA 371.9 PASS AF=0.222222,0.319444;AO=19,20;DP=91;FAO=16,23;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=9,13;FSAR=7,10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00341414,0.0268557;FXX=0.0769132;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=106.795,108.046;QD=20.661;RBI=0.0115459,0.0283514;REFB=-0.0266213,-0.0466726;REVB=-0.0110295,-0.00908695;RO=52;SAF=10,12;SAR=9,8;SRF=27;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00857928,0.0983815;STB=0.572429,0.565161;STBP=0.492,0.437;TYPE=snp,ins;VARB=0.0395941,0.0281091;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:72:52:33:19,20:16,23:0.222222,0.319444:9,8:10,12:27:25:7,10:9,13:15:18 chr2 187559050 . A G 49.72 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.004661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.159;QD=2.13853;RBI=0.0286794;REFB=-0.011165;REVB=-0.0282981;RO=81;SAF=6;SAR=5;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476491;STB=0.529358;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0700692;OID=.;OPOS=187559050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:81:82:11:11:0.11828:5:6:41:40:5:6:42:40 chr2 187987389 . G A 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00324682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.032;QD=13.9654;RBI=0.0305056;REFB=-0.0304453;REVB=0.0303323;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607279;STB=0.534523;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0422656;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:26:18:14:16:26:18 chr2 187987519 . C T 277.46 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0659927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0294;QD=16.0847;RBI=0.0663355;REFB=-0.0177571;REVB=0.00673539;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123995;STB=0.569788;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0231422;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:17:14:22:16:17:14:22:16 chr2 187987557 . A G 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0160684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.511;QD=27.2319;RBI=0.0202649;REFB=-0.0629401;REVB=-0.012348;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904628;STB=0.549962;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0305578;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:7:10:12:14:7:10 chr2 188208130 . A G 804.57 PASS AF=0.433673;AO=84;DP=194;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=0.010605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.448;QD=16.4198;RBI=0.0108852;REFB=-0.00830972;REVB=-0.0024539;RO=110;SAF=36;SAR=48;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146271;STB=0.586385;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00913911;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:110:111:84:85:0.433673:48:36:63:47:49:36:64:47 chr2 188211112 . C T 432.77 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0228739;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.315;QD=22.7773;RBI=0.025502;REFB=-0.00441483;REVB=-0.0112757;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823451;STB=0.545259;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00210189;OID=.;OPOS=188211112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:34:42:42:0.552632:23:19:12:22:23:19:12:22 chr2 188250301 . T A 1805.77 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00340378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.709;QD=60.1924;RBI=0.00674312;REFB=-0.0275798;REVB=0.00582099;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.503596;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000491761;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:69:50:0:0:69:50:0:1 chr2 189460553 . T C 1848.31 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00245245;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.997;QD=60.6002;RBI=0.00247473;REFB=-0.105361;REVB=-0.000331278;RO=1;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826123;STB=0.504347;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000547619;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:57:64:0:1:57:64:0:1 chr2 189599667 . G A 417.89 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0155697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.928;QD=42.8605;RBI=0.0260253;REFB=0.00336315;REVB=0.0208543;RO=7;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175479;STB=0.594537;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00101923;OID=.;OPOS=189599667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:7:7:32:32:0.820513:17:15:7:0:17:15:7:0 chr2 189863389 . C T 220.38 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00207105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.656;QD=14.2182;RBI=0.00455503;REFB=-0.00899126;REVB=0.00405698;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161905;STB=0.568474;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0100183;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:25:26:0.419355:9:16:17:18:10:16:18:18 chr2 189864080 . G A 448.98 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0341065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.962;QD=14.3672;RBI=0.0341231;REFB=-0.00134092;REVB=0.00106277;RO=73;SAF=27;SAR=24;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236251;STB=0.50943;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00189496;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:74:51:51:0.408:24:27:37:36:24:27:38:36 chr2 189866199 . T A 2691.28 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709582;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.156;QD=61.8685;RBI=0.0239006;REFB=0.0216487;REVB=0.0228229;RO=0;SAF=79;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22674e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:174:0:0:173:174:1:94:79:0:0:96:78:0:0 chr2 189875421 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.033;QD=57.1062;RBI=0.0259857;REFB=0;REVB=0.0244996;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78744e-05;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr2 189904203 . A G 505.6 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00459642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.243;QD=19.8274;RBI=0.020021;REFB=-0.0170845;REVB=0.0194863;RO=50;SAF=18;SAR=34;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143111;STB=0.579208;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0125992;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:34:18:25:25:34:18:25:25 chr2 189904233 . T G 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0244311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.633;QD=19.4774;RBI=0.0249406;REFB=-0.00643996;REVB=-0.00501542;RO=42;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156023;STB=0.586995;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00834758;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:28:13:20:22:28:13:20:22 chr2 189907937 . A G 1084.02 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169135;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8249;QD=60.2231;RBI=0.0182926;REFB=0;REVB=0.00696794;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18847e-05;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr2 189932831 . T C 1251.43 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191021;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.191;QD=61.7991;RBI=0.0210823;REFB=0;REVB=0.00892033;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82468e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr2 189974958 . G T 248.27 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0712;QD=49.6536;RBI=0.0178257;REFB=0;REVB=0.00736198;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118745;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr2 190323530 . A G 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00882825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.882;QD=17.8246;RBI=0.0111126;REFB=0.00971507;REVB=0.00674926;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792003;STB=0.544282;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0109779;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:23:18:25:23:23:18:25:23 chr2 190430177 . A G 772.34 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.03645;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.938;QD=21.756;RBI=0.0432839;REFB=0.0228443;REVB=0.023343;RO=68;SAF=30;SAR=44;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711296;STB=0.531973;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0217621;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:68:68:74:74:0.521127:44:30:33:35:44:30:32:36 chr2 190531426 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00324459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.495;QD=57.4361;RBI=0.0130571;REFB=0.117986;REVB=-0.0126476;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-1.56507e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:0:1:37:30:0:1 chr2 190595258 . G T 1414.68 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.142;QD=62.8748;RBI=0.0731513;REFB=0;REVB=0.0528346;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61061e-05;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr2 190602513 . T C 1059.38 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0108925;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.3985;QD=55.7569;RBI=0.01368;REFB=-0.131352;REVB=-0.00827627;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.518067;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00567268;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:0:3:73:73:0.960526:33:40:0:0:33:40:3:0 chr2 190617643 . A G,T 1377.95 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=69,20;DP=90;FAO=80,10;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=41,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382487,-0.0572267;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.008,59.7119;QD=61.2422;RBI=0.0157025,0.0572374;REFB=0,0;REVB=0.0152295,-0.00110358;RO=0;SAF=29,10;SAR=40,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00222556,0.140658;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:90:90:0:0:69,20:80,10:0.888889,0.111111:40,10:29,10:0:0:41,10:39,0:0:0 chr2 190618249 . T A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.131;QD=63.8708;RBI=0.0211151;REFB=0;REVB=-0.0177819;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138757;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr2 190788123 . G T 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00833604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.667;QD=16.0186;RBI=0.015025;REFB=-0.00107872;REVB=-0.0125004;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348587;STB=0.519653;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00136823;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:25:15:22:32:25:15:22:32 chr2 190788844 . T TC 217.46 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130596;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.7017;QD=48.3251;RBI=0.0800588;REFB=0;REVB=0.0789865;RO=3;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000561252;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:18:18:18:0:13:5:0:0:4:3:13:1:0:3 chr2 190815211 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.901;QD=58.1419;RBI=0.0268736;REFB=0;REVB=-0.00295648;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82706e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr2 191064753 . C T 145.07 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0106514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.294;QD=15.6829;RBI=0.0145944;REFB=-0.0113266;REVB=0.0099771;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0132577;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:12:9:8:8:12:9 chr2 191065236 . TTTTG T 67.22 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0238878;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=274.601;QD=5.48761;RBI=0.0239063;REFB=0.00139378;REVB=-0.000940147;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153585;STB=0.601013;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=-0.0033478;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:13:48:14:49:35:8:6:15:20:67:32:7:6:13:19 chr2 191065595 . G T 386.98 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0083149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.212;QD=36.8554;RBI=0.0184799;REFB=0.00220168;REVB=-0.0165036;RO=11;SAF=6;SAR=25;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120042;STB=0.565566;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00131965;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:25:6:4:7:25:6:4:7 chr2 191065782 . A AGAT 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0048846;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.09;QD=13.8496;RBI=0.0171929;REFB=-0.00549578;REVB=-0.0164844;RO=25;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227198;STB=0.633623;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=0.0117865;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:16:41:16:41:25:12:4:14:11:99:25:12:4:14:11 chr2 191066683 . C T 380.21 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.00781112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.758;QD=14.91;RBI=0.00832147;REFB=-0.00143942;REVB=0.00286937;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108955;STB=0.561154;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00140654;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:24:19:20:39:24:19:20:39 chr2 191066769 . C T 445.8 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.749;QD=57.5222;RBI=0.0462794;REFB=0;REVB=0.0462546;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218195;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:15:13:0:0:18:13:0:0 chr2 191066913 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00641174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.008;QD=16.9316;RBI=0.0216987;REFB=-0.0421608;REVB=0.0207298;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245037;STB=0.642602;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0350577;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:6:6:9:3:6:6 chr2 191066970 . C T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0240507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.275;QD=26.3716;RBI=0.0240932;REFB=0.00997707;REVB=0.00142964;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301861;STB=0.516722;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00587382;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:13:11:8:8:13:11:8:8 chr2 191067766 . T TTC 180.0 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0456413;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=2;MLLD=143.841;QD=20.5719;RBI=0.0456909;REFB=0.0021057;REVB=-0.00212853;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19448;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=-0.00132441;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:16:39:18:35:17:8:10:9:8:99:23:6:10:13:10 chr2 191161622 . T C 352.53 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0172687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.507;QD=15.6679;RBI=0.018695;REFB=-0.00649037;REVB=-0.00716211;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124948;STB=0.570394;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00613793;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:18:20:21:31:18:20:21:31 chr2 191224981 . G T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0135675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3753;QD=11.3359;RBI=0.0163298;REFB=-0.000170447;REVB=0.00908755;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018387;STB=0.510656;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00086272;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:19:24:13:11:19:24 chr2 191231458 . G A 1715.3 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2399;QD=59.6626;RBI=0.0462631;REFB=-0.00565217;REVB=0.0451178;RO=1;SAF=54;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871245;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000900756;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:60:54:1:0:60:54:1:0 chr2 191231503 . G A 423.97 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0109055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.436;QD=13.7877;RBI=0.0109123;REFB=-0.00570039;REVB=0.00038603;RO=74;SAF=28;SAR=21;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161494;STB=0.591187;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0072358;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:21:28:31:43:21:28:31:43 chr2 191235901 . A C 1516.01 PASS AF=1;AO=89;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523857;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2107;QD=59.4512;RBI=0.0754542;REFB=0;REVB=0.0752722;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323388;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:89:102:1:47:42:0:0:60:42:0:0 chr2 191301368 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.186;QD=42.1769;RBI=0.0461612;REFB=0;REVB=-0.0306904;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228059;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 191354491 . T C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00519791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.937;QD=17.2229;RBI=0.0289515;REFB=-0.00874321;REVB=-0.028481;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469667;STB=0.526299;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0129385;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:14:22:18:14:14:22 chr2 191379268 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0592763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0707;QD=19.5235;RBI=0.059613;REFB=-0.0208251;REVB=0.00632667;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00954714;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:7:5:5:9:7:5 chr2 191402654 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0123584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2368;QD=7.48159;RBI=0.0441052;REFB=0.00616269;REVB=-0.0423384;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13934;STB=0.574318;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0268493;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:6:4:14:13:6:4:14:14 chr2 191402680 . A G 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0294877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.552;QD=6.4659;RBI=0.0322404;REFB=-0.00643115;REVB=0.0130354;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329976;STB=0.700873;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0208411;OID=.;OPOS=191402680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:10:6:32:17:10:6:32:17 chr2 191402685 . A C 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0158667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2304;QD=16.4053;RBI=0.038274;REFB=0.0131518;REVB=-0.0348303;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14223;STB=0.580294;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0183932;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:10:21:20:17:10:21:20:17 chr2 191402698 . A C 379.88 PASS AF=0.513158;AO=28;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0179128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2448;QD=19.9939;RBI=0.0180644;REFB=0.0165628;REVB=-0.00233504;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019846;STB=0.552353;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0143173;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:37:28:39:0.513158:13:15:20:16:13:26:21:16 chr2 191402702 . T C 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0159045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.459;QD=20.1937;RBI=0.0399721;REFB=-0.00337356;REVB=-0.0366718;RO=37;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942115;STB=0.552353;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00935564;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:13:26:21:16:13:26:21:16 chr2 191402710 . T C 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00145581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.894;QD=20.4176;RBI=0.00227574;REFB=-0.00863948;REVB=0.00174917;RO=39;SAF=28;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908906;STB=0.550483;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00989318;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:13:28:23:16:13:28:23:16 chr2 191402712 . TA CG 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.000527897;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=144.581;QD=20.7505;RBI=0.0153654;REFB=-0.01162;REVB=-0.0153563;RO=38;SAF=28;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123728;STB=0.568686;STBP=0.213;TYPE=mnp;VARB=0.0127777;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:13:28:21:17:13:28:21:17 chr2 191402748 . A T 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0147528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.78;QD=21.0938;RBI=0.0161398;REFB=0.000994025;REVB=0.00654578;RO=37;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156552;STB=0.586839;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00153981;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:13:28:19:18:13:28:19:18 chr2 191402761 . G A 372.14 PASS AF=0.520548;AO=36;DP=71;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0271599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.917;QD=20.391;RBI=0.0314828;REFB=0.000962945;REVB=-0.0159219;RO=35;SAF=26;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205174;STB=0.621642;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00064994;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:35:36:38:0.520548:10:26:18:17:10:28:18:17 chr2 191402775 . T C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0255278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.36;QD=18.2899;RBI=0.0411713;REFB=-0.0385866;REVB=-0.0323018;RO=33;SAF=25;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286526;STB=0.661569;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00749102;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:7:25:17:16:7:25:17:16 chr2 191402778 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0205518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.638;QD=16.7847;RBI=0.0292367;REFB=0.00285709;REVB=-0.0207944;RO=32;SAF=25;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442034;STB=0.748301;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00165642;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:4:25:16:16:4:25:17:16 chr2 191555331 . C T 250.65 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00886976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.243;QD=14.5305;RBI=0.0090574;REFB=-0.0060549;REVB=0.00183408;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078417;STB=0.544514;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0151357;OID=.;OPOS=191555331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:16:13:21:19:16:13:21:19 chr2 191828203 . A T 261.2 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00573081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9933;QD=12.2916;RBI=0.0204824;REFB=-0.00974171;REVB=0.0196644;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773545;STB=0.545425;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0194592;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:54:30:31:0.364706:15:15:28:21:16:15:30:24 chr2 191828205 . C A 261.2 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00528188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.029;QD=12.2917;RBI=0.00528609;REFB=-0.00420264;REVB=0.000210795;RO=54;SAF=15;SAR=15;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619259;STB=0.545425;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00900716;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:54:54:30:31:0.364706:15:15:30:24:16:15:30:24 chr2 191828686 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00567076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.19;QD=14.0792;RBI=0.00691721;REFB=-0.00597289;REVB=0.0039611;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00710715;OID=.;OPOS=191828686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:10:6:6:6:10:6 chr2 192160839 . A T 548.27 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0223987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.08;QD=20.4961;RBI=0.0238676;REFB=-0.00955418;REVB=0.00824396;RO=50;SAF=20;SAR=36;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394675;STB=0.527887;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00566007;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:51:56:56:0.523364:36:20:20:30:36:20:21:30 chr2 192160875 . C T 669.61 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0252402;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.768;QD=22.8925;RBI=0.0256725;REFB=-0.0065305;REVB=-0.0046915;RO=51;SAF=23;SAR=42;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332949;STB=0.514819;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00471525;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:52:65:65:0.555556:42:23:20:31:42:23:20:32 chr2 192214966 . T C 442.73 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0148015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9724;QD=22.7041;RBI=0.0429306;REFB=0.0139304;REVB=-0.0402983;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443805;STB=0.524423;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0154639;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:21:22:16:19:21:22:16:19 chr2 192250726 . G A 938.24 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.176;QD=58.64;RBI=0.0377977;REFB=0;REVB=0.0168716;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49661e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:32:30:0:0:34:30:0:0 chr2 192279327 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0056055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.562;QD=56.6228;RBI=0.0306571;REFB=-0.128606;REVB=0.0301403;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000458468;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:1:0:33:30:1:0 chr2 192699639 . A AG 421.84 PASS AF=0.468531;AO=66;DP=151;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0741764;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.2887;QD=11.7998;RBI=0.074828;REFB=-0.00331926;REVB=0.00985304;RO=83;SAF=25;SAR=41;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130118;STB=0.546888;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.00655056;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468531:66:151:67:143:76:26:41:36:40:99:83:25:41:42:41 chr2 192701393 . A G 319.52 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.00933625;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.954;QD=11.3103;RBI=0.0110409;REFB=-0.0107392;REVB=0.00589364;RO=73;SAF=14;SAR=26;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759653;STB=0.504363;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.021698;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:73:73:40:40:0.353982:26:14:26:47:26:14:26:47 chr2 195523141 . G T 328.64 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0941859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4365;QD=18.0077;RBI=0.116227;REFB=-0.0124235;REVB=0.068101;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000777266;STB=0.500434;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0133567;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:13:25:23:12:13:25 chr2 196601214 . AATAT A 168.54 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00392917;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=303.883;QD=11.2357;RBI=0.0039696;REFB=-0.0225002;REVB=-0.00056517;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255406;STB=0.511619;STBP=0.882;TYPE=del;VARB=0.0298168;OID=.;OPOS=196601215;OREF=ATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:25:59:26:60:34:12:14:15:19:99:33:12:13:15:18 chr2 196602089 . TATCA TATCAATCA,T 742.85 PASS AF=0.383333,0.566667;AO=21,33;DP=60;FAO=23,34;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=11,13;FSAR=12,21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0224615,0.0287515;FXX=0.0163908;HRUN=2,1;LEN=4,4;MLLD=82.5277,224.076;QD=49.5236;RBI=0.0302098,0.0289246;REFB=-0.106693,-0.127922;REVB=-0.0202019,-0.00315972;RO=0;SAF=12,12;SAR=9,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.559948,0.551693;STBP=0.127,0.049;TYPE=ins,del;VARB=0.055084,0.00863001;OID=.,.;OPOS=196602090,196602090;OREF=-,ATCA;OALT=ATCA,-;OMAPALT=TATCAATCA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.383333,0.566667:21,33:60:23,34:60:3:11,13:12,21:3:0:99:0:12,12:9,21:0:0 chr2 196602132 . GTGAT G 177.68 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0042179;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.314;QD=12.2538;RBI=0.00790123;REFB=-0.0190363;REVB=0.00668122;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727731;STB=0.534852;STBP=0.677;TYPE=del;VARB=0.0273384;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:22:60:22:58:36:14:8:21:15:99:35:14:8:20:15 chr2 196673533 . A G 810.87 PASS AF=1;AO=40;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.576;QD=64.8698;RBI=0.245485;REFB=0;REVB=0.240438;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391593;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:40:50:1:16:24:0:0:26:24:0:0 chr2 196791276 . T G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0227203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1609;QD=18.3349;RBI=0.0247499;REFB=-0.00445477;REVB=0.00981545;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742313;STB=0.541378;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00521362;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:15:22:18:17:15:22 chr2 196799394 . A G 493.47 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00960041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.628;QD=20.5613;RBI=0.0100983;REFB=-0.0184895;REVB=-0.0031317;RO=48;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192685;STB=0.510672;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0256763;OID=.;OPOS=196799394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:20:28:27:21:20:28:27:21 chr2 196851911 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00574896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.802;QD=13.037;RBI=0.0106631;REFB=-0.00608832;REVB=0.00898063;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769751;STB=0.504499;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00831449;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:18:14:8:10:18:14 chr2 196866420 . C T 501.33 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00785702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.673;QD=15.6667;RBI=0.0133489;REFB=-0.00770603;REVB=-0.0107916;RO=73;SAF=28;SAR=27;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440942;STB=0.524693;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0102379;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:27:28:34:39:27:28:34:39 chr2 196915991 . A G 1615.26 PASS AF=0.906977;AO=115;DP=127;FAO=117;FDP=129;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0157567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9937;QD=50.0856;RBI=0.0179626;REFB=0.0115716;REVB=-0.00862441;RO=11;SAF=46;SAR=69;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403141;STB=0.516535;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0180711;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:129:11:12:115:117:0.906977:69:46:7:4:69:48:7:5 chr2 197004439 . A G 2566.26 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.182;QD=61.8376;RBI=0.0129614;REFB=0;REVB=-0.00864877;RO=0;SAF=71;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82542e-07;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:95:71:0:0:95:71:0:0 chr2 197021276 . T C 469.41 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0351124;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.399;QD=19.975;RBI=0.0357791;REFB=-0.0174835;REVB=-0.00687513;RO=50;SAF=27;SAR=19;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111912;STB=0.553913;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0130982;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:50:48:46:46:0.489362:19:27:35:15:19:27:33:15 chr2 197021372 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.392;QD=62.022;RBI=0.0066374;REFB=0;REVB=0.00522416;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03593e-06;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr2 197065221 . A G 1441.72 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00221791;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.718;QD=62.0093;RBI=0.0376278;REFB=-0.0448809;REVB=0.0375624;RO=1;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117038;STB=0.506171;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000339012;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:40:52:0:1:40:52:0:1 chr2 197065415 . T C 238.05 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0164267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0888;QD=11.6122;RBI=0.0182117;REFB=0.0146005;REVB=-0.0078631;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172538;STB=0.599433;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0260238;OID=.;OPOS=197065415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:16:13:32:21:16:13:32:21 chr2 197118729 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.401;QD=60.9785;RBI=0.0155754;REFB=0;REVB=0.00137901;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58398e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 197154234 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.223;QD=62.3509;RBI=0.00310978;REFB=0;REVB=0.0013881;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36456e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr2 197184321 . C T 658.28 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0111995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.579;QD=50.6372;RBI=0.011376;REFB=-0.172591;REVB=0.00199601;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511404;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00108006;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:52:52:0:3:49:49:0.942308:26:23:0:0:26:23:2:1 chr2 197504545 . C G 1460.11 PASS AF=1;AO=79;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366983;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.039;QD=63.4832;RBI=0.135497;REFB=0;REVB=0.130432;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285275;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:79:92:1:46:33:0:0:59:33:0:0 chr2 198001319 . A G 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00550883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.848;QD=18.1913;RBI=0.0158121;REFB=-0.000736666;REVB=0.0148214;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898162;STB=0.549976;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000897236;OID=.;OPOS=198001319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:24:16:14:31:24:16:14:31 chr2 198257795 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00610868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.174;QD=13.5806;RBI=0.0228898;REFB=-0.0045728;REVB=-0.0220596;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304224;STB=0.67672;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00629955;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:10:18:6:11:10:18 chr2 198265526 . A G 381.04 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0166606;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.93;QD=18.1446;RBI=0.0178683;REFB=-0.00735368;REVB=-0.0064576;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512016;STB=0.528636;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0107436;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:45:39:39:0.464286:17:22:23:22:17:22:23:22 chr2 198283305 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00691376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.832;QD=13.4559;RBI=0.0204549;REFB=-0.00703545;REVB=-0.0192511;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.620478;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0117478;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:5:10:5:6:5:10 chr2 198572076 . A ATTC,C 275.82 PASS AF=0.769231,0.115385;AO=20,3;DP=26;FAO=20,3;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12,3;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0291111,-0.0433489;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=172.655,58.608;QD=42.4339;RBI=0.0291171,0.0467814;REFB=0.00607134,-0.0593134;REVB=-0.000591425,-0.0175888;RO=3;SAF=12,3;SAR=8,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0166773,0.664835;STB=0.509082,0.99438;STBP=0.92,0.271;TYPE=ins,snp;VARB=0.0183591,0.0513207;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:26:26:3:3:20,3:20,3:0.769231,0.115385:8,0:12,3:2:1:8,0:12,3:2:1 chr2 198572617 . AT A 34.46 PASS AF=0.260274;AO=16;DP=75;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.132289;FXX=0.0266631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.597;QD=1.88811;RBI=0.166029;REFB=-0.0343917;REVB=0.100326;RO=48;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621473;STB=0.878078;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=-0.0334001;OID=.;OPOS=198572618;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260274:16:75:19:73:54:16:3:15:39:34:48:13:3:12:36 chr2 200136583 . T A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.692;QD=63.3351;RBI=0.0142696;REFB=0;REVB=-0.0040813;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83016e-05;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr2 200790216 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00190586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.996;QD=13.3141;RBI=0.0180152;REFB=-0.0103587;REVB=-0.0179141;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158109;STB=0.509083;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0113176;OID=.;OPOS=200790216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:17:16:11:11:17:16 chr2 200792881 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.769;QD=62.4647;RBI=0.024166;REFB=0;REVB=0.0228459;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53914e-05;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr2 200813126 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00117434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2702;QD=9.58939;RBI=0.00790655;REFB=-0.0156357;REVB=-0.00781885;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593855;STB=0.503592;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0420669;OID=.;OPOS=200813126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:7:6:14:16:7:6:14:16 chr2 201344434 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2887;QD=57.2001;RBI=0.0258094;REFB=0;REVB=0.0248485;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292796;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr2 201344491 . G A 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6349;QD=59.4244;RBI=0.0501837;REFB=0.0470932;REVB=-0.0461028;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00253831;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr2 201344732 . C T 1098.18 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.379;QD=60.1743;RBI=0.0235742;REFB=0;REVB=-0.00100565;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22529e-05;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:52:20:0:0:53:20:0:0 chr2 201354935 . C G 1546.67 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.696;QD=63.7804;RBI=0.0518061;REFB=0;REVB=0.0313403;RO=0;SAF=64;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60384e-05;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:31:64:0:0:32:65:0:0 chr2 201397724 . G A 413.68 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0014014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.715;QD=15.0431;RBI=0.010617;REFB=-0.00609461;REVB=-0.0105241;RO=62;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204118;STB=0.609598;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00982494;OID=.;OPOS=201397724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:20:27:23:39:20:27:24:39 chr2 201437334 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0152279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.262;QD=10.4293;RBI=0.0160575;REFB=-0.000396334;REVB=-0.00509481;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36241;STB=0.72193;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00102706;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:5:9:9:20:5:9:9:21 chr2 201468732 . C G 135.54 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00603837;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.753;QD=13.9014;RBI=0.0102357;REFB=-6.83153e-05;REVB=0.00826483;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203824;STB=0.606149;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00300621;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:24:15:15:0.384615:11:4:9:11:11:4:10:14 chr2 201760105 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0559328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.947;QD=11.845;RBI=0.0586234;REFB=-0.00645293;REVB=0.0175564;RO=45;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168856;STB=0.597342;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00611841;OID=.;OPOS=201760105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:15:11:26:19:15:11:26:19 chr2 202172248 . C T 129.8 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0326448;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.521;QD=19.23;RBI=0.0382282;REFB=-5.45356e-06;REVB=0.0198925;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329044;STB=0.646828;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000461874;OID=.;OPOS=202172248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:15:13:14:14:0.518519:3:11:7:8:3:11:7:6 chr2 202245607 . AAT AA,A 57.34 PASS AF=0,0.5625;AO=3,4;DP=19;FAO=0,9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.201257,0.216254;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,2;MLLD=13.0727,25.784;QD=14.3348;RBI=0.224526,0.219972;REFB=-0.13503,-0.148684;REVB=0.0995364,0.0402718;RO=10;SAF=1,2;SAR=2,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0766313,0.107009;STB=0.5,0.571275;STBP=1,0.575;TYPE=del,del;VARB=0,0.149153;OID=.,.;OPOS=202245609,202245608;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5625:3,4:19:0,9:16:7:0,4:0,5:2:5:45:10:1,2:2,2:4:6 chr2 202252539 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9354;QD=57.7093;RBI=0.0258346;REFB=0;REVB=0.0125366;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202911;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr2 202260049 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.947;QD=58.5876;RBI=0.0363906;REFB=0;REVB=0.000658814;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101969;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr2 202357949 . A C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1101;QD=60.6057;RBI=0.0445032;REFB=0;REVB=0.0317351;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110876;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr2 202410300 . A T 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.835;QD=60.5443;RBI=0.0127962;REFB=0;REVB=0.00232245;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19497e-05;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr2 202469361 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.944;QD=59.0186;RBI=0.0271577;REFB=0;REVB=0.0231347;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107118;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr2 202508115 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.751;QD=54.5164;RBI=0.0679559;REFB=0;REVB=-0.00332838;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179631;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr2 202512449 . C T 1234.54 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00358663;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.182;QD=60.2214;RBI=0.0119625;REFB=-0.0148934;REVB=0.0114122;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000579218;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:1:0:42:39:1:0 chr2 202557702 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1082;QD=64.1537;RBI=0.0218292;REFB=0;REVB=0.0203046;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123609;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr2 202575821 . G A 465.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2603;QD=58.1249;RBI=0.0303313;REFB=0;REVB=-0.0278097;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222556;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 202598113 . C T 751.21 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401441;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.106;QD=63.9325;RBI=0.0042997;REFB=0;REVB=0.00154011;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83124e-05;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr2 202625615 . C T 1254.39 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.53;QD=61.1898;RBI=0.0193492;REFB=0;REVB=-0.015228;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015618;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:36:46:0:0 chr2 202741256 . A T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.688;QD=58.4188;RBI=0.0266275;REFB=0;REVB=0.00137845;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149694;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr2 202741269 . G A 871.38 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.641;QD=56.2177;RBI=0.0295356;REFB=-0.159175;REVB=0.0212868;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00121532;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:1:0:36:25:1:0 chr2 202964380 . G A 822.79 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245464;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.553;QD=57.7397;RBI=0.0311974;REFB=0;REVB=0.0192549;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175404;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr2 203139844 . T C 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.868;QD=37.4763;RBI=0.0482976;REFB=0;REVB=0.0188199;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679889;OID=.;OPOS=203139844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 203155936 . A C,G 796.79 PASS AF=0.966102,0.0338983;AO=55,4;DP=59;FAO=57,2;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405742,-0.00598281;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=50.0405,16.1758;QD=54.0198;RBI=0.0569812,0.00601231;REFB=0.000381674,-0.106915;REVB=0.0400073,0.000594811;RO=0;SAF=34,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00504918,0.201036;OID=.,.;OPOS=203155936,203155936;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:59:59:0:0:55,4:57,2:0.966102,0.0338983:21,0:34,4:0:0:21,0:36,2:0:0 chr2 203640713 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.979;QD=55.0983;RBI=0.0163395;REFB=0;REVB=0.00170365;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97243e-05;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 204062061 . A G 1479.26 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650619;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.835;QD=63.6239;RBI=0.00658333;REFB=0;REVB=-0.00100482;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15269e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr2 204090887 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.726;QD=57.8849;RBI=0.0364328;REFB=0;REVB=0.0358645;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11673e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr2 204116690 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3842;QD=63.582;RBI=0.0178775;REFB=0;REVB=0.00933817;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3116e-05;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 204150379 . CA C,TC 50.32 PASS AF=0.277778,0;AO=14,6;DP=54;FAO=15,0;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6,0;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0232621,0.00314689;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=8.41617,21.2332;QD=3.72732;RBI=0.0535605,0.0168381;REFB=-0.0179859,-0.0236004;REVB=0.0482452,0.0165414;RO=30;SAF=8,1;SAR=6,5;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266362,-0.256366;STB=0.531209,0.5;STBP=0.781,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0392504,0;OID=.,.;OPOS=204150380,204150379;OREF=A,CA;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:54:54:30:39:14,6:15,0:0.277778,0:6,5:8,1:10:20:9,0:6,0:14:25 chr2 204154552 . C T 1128.92 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165253;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6245;QD=60.2089;RBI=0.0891726;REFB=0;REVB=0.0891573;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00827336;OID=.;OPOS=204154552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:37:38:0:0 chr2 204206977 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.782;QD=60.61;RBI=0.0328437;REFB=0;REVB=-0.0307405;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108682;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr2 204298783 . A C 1893.01 PASS AF=0.984375;AO=124;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0504867;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1415;QD=59.1566;RBI=0.0934032;REFB=-0.0300252;REVB=0.0785828;RO=4;SAF=69;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183735;STB=0.500751;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00192997;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:4:2:124:126:0.984375:55:69:1:3:57:69:1:1 chr2 204298787 . A C 1120.98 PASS AF=0.713178;AO=92;DP=130;FAO=92;FDP=129;FR=.;FRO=37;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0512345;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0502;QD=34.759;RBI=0.127432;REFB=-0.118874;REVB=0.116679;RO=37;SAF=52;SAR=40;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570643;STB=0.530606;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0485923;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:37:37:92:92:0.713178:40:52:17:20:40:52:17:20 chr2 204305093 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.237;QD=32.8219;RBI=0.0404903;REFB=0.0483073;REVB=0.0310067;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00181207;OID=.;OPOS=204305093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr2 204322298 . T C 476.76 PASS AF=0.9;AO=29;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0611275;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.0812;QD=47.6761;RBI=0.0742905;REFB=-0.107012;REVB=0.0422198;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.543455;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0239644;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:40:1:4:29:36:0.9:17:12:0:1:21:15:0:4 chr2 204355961 . G A 603.77 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00775941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.736;QD=18.8677;RBI=0.0209594;REFB=-0.00930736;REVB=-0.0194702;RO=66;SAF=21;SAR=41;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561831;STB=0.531136;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00980547;OID=.;OPOS=204355961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:41:21:26:40:41:21:26:40 chr2 204732714 . A G 228.2 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00149816;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.843;QD=20.7453;RBI=0.0031298;REFB=-0.0282644;REVB=-0.00274794;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123993;STB=0.569559;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0203318;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:22:22:22:22:0.5:10:12:15:7:10:12:15:7 chr2 205829991 . C T 203.4 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00294613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.57;QD=10.2988;RBI=0.00422774;REFB=-0.00428564;REVB=-0.00303219;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111954;STB=0.558332;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00797281;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:53:25:26:0.329114:11:14:34:18:11:15:35:18 chr2 206218963 . G A 291.47 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0253701;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.936;QD=18.8047;RBI=0.0255459;REFB=0.00375594;REVB=-0.00299179;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579871;STB=0.532338;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00375631;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:31:31:31:31:0.5:16:15:13:18:16:15:13:18 chr2 206219012 . TA CC 290.29 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00438958;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.277;QD=18.7285;RBI=0.0099326;REFB=-0.0219616;REVB=-0.00891001;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619508;STB=0.534499;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=0.0251232;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:31:31:31:31:0.5:19:12:10:21:19:12:10:21 chr2 206364737 . T C 531.6 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00758011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.854;QD=22.8644;RBI=0.0183494;REFB=-0.0085396;REVB=-0.0167105;RO=43;SAF=26;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704218;STB=0.503874;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00731878;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:24:26:22:21:24:26:22:21 chr2 206581033 . G A 2064.9 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4842;QD=62.5727;RBI=0.0258842;REFB=0;REVB=0.0084341;RO=0;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186935;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:57:75:0:0:57:75:0:0 chr2 206592695 . T C 2700.78 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924898;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.814;QD=62.4457;RBI=0.0134401;REFB=0;REVB=0.00975153;RO=0;SAF=75;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38604e-05;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:98:75:0:0:98:75:0:0 chr2 206608039 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.641;QD=59.6779;RBI=0.0174639;REFB=0;REVB=0.00178122;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011702;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr2 206610502 . T G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.472;QD=57.5453;RBI=0.0143292;REFB=0;REVB=0.00252713;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01223e-05;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr2 206863874 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0300136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5853;QD=26.3417;RBI=0.0405461;REFB=0.0131204;REVB=0.0272612;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167464;STB=0.592501;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00792667;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:2:9:11:8:2:9 chr2 206874339 . G A 518.48 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00251049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.239;QD=18.034;RBI=0.0241259;REFB=-0.0110655;REVB=-0.0239949;RO=60;SAF=45;SAR=10;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221241;STB=0.624111;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0120425;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:10:45:39:21:10:45:39:21 chr2 206911228 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.062853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.326;QD=8.30744;RBI=0.0631983;REFB=-0.00618767;REVB=-0.00659795;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121057;STB=0.574292;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.025955;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:5:13:5:3:5:13 chr2 206921451 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.645;QD=62.3509;RBI=0.019923;REFB=0;REVB=0.00594196;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42628e-05;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr2 207008763 . C A 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00646804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.131;QD=18.0551;RBI=0.00986419;REFB=-0.00833539;REVB=0.0074476;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133333;STB=0.574423;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00956557;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:18:15:21:14:18:15:21:14 chr2 207012483 . A G 165.7 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.00410782;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.077;QD=13.8081;RBI=0.00894787;REFB=-0.0176534;REVB=-0.00794923;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.593657;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0377842;OID=.;OPOS=207012483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:30:18:18:0.375:5:13:26:5:5:13:25:5 chr2 207041053 . T C 183.6 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0102511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.225;QD=11.8453;RBI=0.0123416;REFB=-0.00574075;REVB=-0.00687255;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237321;STB=0.627479;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0116856;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:39:23:23:0.370968:13:10:25:13:13:10:25:14 chr2 207041441 . G A 45.32 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0182526;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.812;QD=6.71402;RBI=0.0186918;REFB=-0.0197867;REVB=-0.00402834;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198932;STB=0.512783;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0343734;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:6:14:5:2:6:14 chr2 207086148 . T C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0219167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.312;QD=13.1196;RBI=0.0223301;REFB=-0.0060581;REVB=0.00427683;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146929;STB=0.583802;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00689402;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:13:25:13:12:13:25 chr2 207169731 . G A 273.05 PASS AF=0.517241;AO=25;DP=53;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0115414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.423;QD=18.8307;RBI=0.0123626;REFB=-0.0222816;REVB=0.00443054;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118784;STB=0.519987;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0200861;OID=.;OPOS=207169731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:28:28:25:30:0.517241:13:12:17:11:13:17:17:11 chr2 207172627 . A G 376.13 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00555663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7444;QD=16.0056;RBI=0.00557638;REFB=-0.0279792;REVB=0.00046892;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699824;STB=0.539426;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0269231;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:18:22:26:28:18:22:26:28 chr2 207174316 . T C 288.44 PASS AF=0.54;AO=23;DP=46;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00643376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.794;QD=23.0749;RBI=0.0117586;REFB=-0.0201873;REVB=-0.00984232;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535688;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0212364;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:23:23:23:27:0.54:12:11:11:12:12:15:11:12 chr2 207621759 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.365;QD=61.3756;RBI=0.0490805;REFB=0;REVB=0.0477945;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315978;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr2 207647981 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0121132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.974;QD=18.7441;RBI=0.0190974;REFB=-0.013216;REVB=0.0147642;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0143704;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:2:2:6:1:2:2 chr2 207653653 . G A 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00799741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.031;QD=13.9661;RBI=0.0358128;REFB=-0.00987985;REVB=-0.0349084;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191945;STB=0.616743;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0118419;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:30:30:0.405405:10:20:21:22:10:20:21:23 chr2 207820276 . G A 719.46 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.77;QD=56.4283;RBI=0.0226555;REFB=0;REVB=-0.00199102;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247707;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:25:26:0:0 chr2 207824384 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.498;QD=57.5446;RBI=0.0680961;REFB=0;REVB=-0.00196022;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322111;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr2 207825656 . A T 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.283;QD=59.6779;RBI=0.0391071;REFB=0;REVB=0.0163489;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264024;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr2 207833983 . A G 790.32 PASS AF=0.453552;AO=82;DP=183;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.00332914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.381;QD=17.2747;RBI=0.0116266;REFB=-0.0175893;REVB=-0.0111397;RO=100;SAF=41;SAR=41;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296801;STB=0.519674;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0178936;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:100:100:82:83:0.453552:41:41:47:53:41:42:47:53 chr2 207945785 . A G 91.97 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9574;QD=33.4445;RBI=0.130569;REFB=-0.126507;REVB=0.130569;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295077;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:9:10:0.909091:9:0:0:1:10:0:0:1 chr2 207988613 . C T 1753.3 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234815;FXX=0.0169477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.547;QD=60.4588;RBI=0.0248905;REFB=0;REVB=0.00825554;RO=1;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47813e-05;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:1:0:115:116:1:58:57:1:0:58:58:0:0 chr2 208477852 . G A 1604.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.253;QD=64.1887;RBI=0.00876166;REFB=0;REVB=0.00860117;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83463e-06;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:56:43:0:0:57:43:0:0 chr2 208477956 . C T 958.55 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131256;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.422;QD=58.9876;RBI=0.00726044;REFB=0;REVB=0.00714081;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70508e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr2 208478055 . A G 452.23 PASS AF=0.418033;AO=50;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0833199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4247;QD=14.827;RBI=0.0840355;REFB=0.00291968;REVB=-0.0109436;RO=71;SAF=30;SAR=20;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268197;STB=0.653703;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00297935;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:50:51:0.418033:20:30:24:47:20:31:24:47 chr2 208633413 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.952;QD=37.4885;RBI=0.0349559;REFB=0;REVB=-0.0248791;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74377e-06;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr2 208633627 . C T 1073.55 PASS AF=0.521951;AO=105;DP=203;FAO=107;FDP=205;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.00552252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.049;QD=20.9473;RBI=0.0106989;REFB=-0.0163482;REVB=0.00916339;RO=95;SAF=41;SAR=64;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086645;STB=0.507036;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0187899;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:95:98:105:107:0.521951:64:41:38:57:64:43:38:60 chr2 208841964 . A G 1196.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934015;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.227;QD=61.347;RBI=0.0100462;REFB=0;REVB=0.00369963;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1813e-06;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr2 208918917 . C T 1190.21 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8676;QD=61.0364;RBI=0.1199;REFB=0;REVB=-0.117477;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799781;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr2 208986637 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00740643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.929;QD=7.71671;RBI=0.0151773;REFB=0.00151563;REVB=-0.0132474;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433629;STB=0.772158;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00497177;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:2:8:12:15:2:8:12:15 chr2 208989037 . A G 239.37 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0114489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.363;QD=9.20644;RBI=0.0302971;REFB=-0.0128547;REVB=-0.0280506;RO=72;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248783;STB=0.514589;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0201292;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:72:32:32:0.307692:18:14:33:39:18:14:33:39 chr2 209007559 . T G 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0148455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3728;QD=22.769;RBI=0.0149167;REFB=-0.00953222;REVB=0.00145608;RO=36;SAF=25;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212245;STB=0.61654;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00695181;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:19:25:11:25:19:25:11:25 chr2 209010558 . A G 335.88 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.017639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.294;QD=22.3923;RBI=0.01766;REFB=-0.0142979;REVB=-0.00086083;RO=25;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174709;STB=0.607496;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00488949;OID=.;OPOS=209010558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:33:34:0.566667:15:18:8:17:15:19:8:18 chr2 209030050 . T A 168.38 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0404775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9398;QD=16.0361;RBI=0.0404853;REFB=-0.0123499;REVB=0.000795534;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258698;STB=0.647513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0209765;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:7:17:8:10:7:17 chr2 209033138 . C T 673.71 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0353586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8874;QD=27.7819;RBI=0.0427346;REFB=-0.0551238;REVB=-0.0240003;RO=37;SAF=36;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220801;STB=0.615024;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0321951;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:38:59:59:0.608247:23:36:11:26:23:36:12:26 chr2 209033173 . A G 1060.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.377;QD=59.7187;RBI=0.0121173;REFB=0;REVB=-0.00336936;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48312e-05;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:30:41:0:0 chr2 209036712 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000846447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.722;QD=61.2133;RBI=0.00571675;REFB=0;REVB=-0.00565373;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9995e-06;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr2 209036778 . A G 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.649;QD=62.0058;RBI=0.0598509;REFB=0;REVB=0.0557463;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201755;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr2 209141437 . C G 167.81 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0307252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.935;QD=14.5923;RBI=0.116106;REFB=-0.00783837;REVB=-0.111967;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0110954;OID=.;OPOS=209141437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:28:18:18:0.391304:7:11:12:14:7:11:12:16 chr2 209184980 . G A 956.33 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618193;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.533;QD=57.9593;RBI=0.0871751;REFB=0;REVB=0.0869556;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400491;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:61:66:1:31:30:0:0:36:30:0:0 chr2 209184999 . C T 894.22 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0431968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.011;QD=55.0292;RBI=0.0463827;REFB=0.0582657;REVB=-0.0168935;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.50173;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000204755;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:35:28:1:0:35:28:1:1 chr2 209190330 . T C 988.79 PASS AF=0.934211;AO=70;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.104629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.585;QD=52.0413;RBI=0.105331;REFB=-0.120325;REVB=-0.0121399;RO=6;SAF=24;SAR=46;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294002;STB=0.525766;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0115897;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:76:6:5:70:71:0.934211:46:24:1:5:46:25:0:5 chr2 209190519 . A T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.734;QD=60.6102;RBI=0.0585179;REFB=0;REVB=0.0580621;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262093;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 209190528 . C G 636.05 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709224;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5618;QD=62.0534;RBI=0.0746465;REFB=0;REVB=0.0232834;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132096;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:19:22:0:0 chr2 209191082 . C A 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4839;QD=51.9069;RBI=0.0469895;REFB=0;REVB=0.0412723;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620874;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 209191099 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6402;QD=44.6898;RBI=0.0452296;REFB=0;REVB=0.0452089;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208727;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr2 209209827 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.24;QD=60.2302;RBI=0.0183796;REFB=0;REVB=0.00124006;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64322e-05;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr2 209212707 . G A 1606.7 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.038;QD=60.0637;RBI=0.0199378;REFB=0;REVB=0.000232942;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14848e-05;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr2 209214770 . A G 1104.59 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.304;QD=58.1361;RBI=0.0171847;REFB=-0.0629701;REVB=0.0132259;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113997;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000260881;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:41:33:0:1:41:34:0:1 chr2 209215586 . A G 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5629;QD=62.4639;RBI=0.0347306;REFB=0;REVB=0.0291188;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23491e-05;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr2 209220157 . G T 3039.19 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259461;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.276;QD=63.648;RBI=0.0271947;REFB=0;REVB=-0.00814573;RO=0;SAF=69;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30366e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:122:69:0:0:122:69:0:0 chr2 209220238 . G C 3098.21 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140524;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8291;QD=61.3506;RBI=0.0186179;REFB=-0.015811;REVB=0.0122129;RO=1;SAF=64;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47718e-05;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:202:202:1:138:64:1:0:138:64:0:0 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 829.53 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=56,4;DP=60;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135895,0.00114879;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.9483,6.69547;QD=55.3022;RBI=0.014048,0.0397885;REFB=0,0;REVB=0.00356005,-0.0397719;RO=0;SAF=21,4;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00739504,0.0823846;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0666667:56,4:60:56,4:60:0:21,4:35,0:0:0:10:0:21,4:35,0:0:0 chr2 209358027 . C T 1419.52 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.537;QD=61.7184;RBI=0.0242793;REFB=-0.123501;REVB=0.00468038;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000386608;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:50:41:0:1:50:41:0:1 chr2 210586685 . T C 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.863;QD=62.2774;RBI=0.0315226;REFB=0;REVB=0.00679701;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2689e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:68:61:0:0:68:61:0:0 chr2 210685100 . G A 439.45 PASS AF=0.473118;AO=45;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000949091;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.817;QD=18.9009;RBI=0.0071625;REFB=0.00642162;REVB=-0.00709934;RO=48;SAF=11;SAR=34;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231403;STB=0.651493;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00887484;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:45:44:0.473118:34:11:22:26:34:10:23:26 chr2 210843383 . G A 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.672;QD=61.8515;RBI=0.0212616;REFB=0;REVB=0.00720167;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88057e-05;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr2 211098113 . C T 1628.66 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.983;QD=59.7673;RBI=0.0262919;REFB=0;REVB=0.0252325;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66063e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:105:109:1:59:46:0:0:61:48:0:0 chr2 211098308 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0254884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5462;QD=22.9154;RBI=0.0272824;REFB=-0.00830198;REVB=0.00972991;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252808;STB=0.642573;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00251368;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:0:4:5:4:0:4 chr2 211336338 . T C 405.58 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0122989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.341;QD=15.162;RBI=0.0204583;REFB=-0.000434614;REVB=-0.0163486;RO=61;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831928;STB=0.504671;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000507344;OID=.;OPOS=211336338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:23:23:30:31:23:23:30:31 chr2 211342502 . G A 868.81 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.204;QD=57.9203;RBI=0.0381469;REFB=0;REVB=0.033204;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36965e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr2 212241725 . C T 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00655149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.982;QD=23.6154;RBI=0.00804253;REFB=-0.0101556;REVB=0.0046648;RO=23;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135684;STB=0.574494;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00530937;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:17:16:7:16:17:16:7:16 chr2 212242745 . G C 137.26 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0115985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.406;QD=11.2049;RBI=0.0124611;REFB=-0.00316417;REVB=-0.00455583;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505947;STB=0.529989;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00664056;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:13:20:9:7:13:20 chr2 212251864 . T C 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00596853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.108;QD=35.4875;RBI=0.00767959;REFB=0.00145185;REVB=0.00483247;RO=2;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824044;STB=0.545388;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000102536;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:10:3:0:2:10:3:0:2 chr2 212522651 . A G 489.31 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00924852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.008;QD=27.5668;RBI=0.0138003;REFB=-0.00933179;REVB=0.0102427;RO=26;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184022;STB=0.510021;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00332049;OID=.;OPOS=212522651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:23:22:12:14:23:22:12:14 chr2 213866671 . TTA T,TT,TTT 36.33 PASS AF=0.181818,0.030303,0;AO=6,7,4;DP=45;FAO=6,1,0;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1,0,0;FSAR=5,1,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.104832,-0.232322,-0.129859;FXX=0.0294031;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=23.3033,12.1443,20.6353;QD=4.40381;RBI=0.181305,0.260397,0.131109;REFB=-0.0541095,-0.0562872,-0.00346431;REVB=-0.147924,-0.117615,0.0180635;RO=27;SAF=1,6,0;SAR=5,1,4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0.33042,0.368071,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.467913,0.417836,-0.638932;STB=0.848886,0.991964,0.5;STBP=0.083,0.266,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.179413,-0.030205,0;OID=.,.,.;OPOS=213866672,213866673,213866673;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.030303,0:6,7,4:45:6,1,0:33:26:1,0,0:5,1,0:16:10:32:27:1,6,0:5,1,4:15:12 chr2 213866714 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.669;QD=63.3366;RBI=0.0147151;REFB=0;REVB=-0.000440237;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36054e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr2 213886454 . A T 867.5 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0107898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.63;QD=53.3844;RBI=0.0167009;REFB=-0.147781;REVB=0.0127476;RO=3;SAF=32;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422252;STB=0.522381;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000798659;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:3:3:62:62:0.953846:30:32:3:0:30:32:3:0 chr2 214012405 . A C 571.33 PASS AF=0.662338;AO=46;DP=72;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0040593;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=126.15;QD=29.6796;RBI=0.0178617;REFB=-0.00377002;REVB=0.0173944;RO=2;SAF=8;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103945;STB=0.697904;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00276592;OID=.;OPOS=214012405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:2:26:46:51:0.662338:38:8:2:0:39:12:20:6 chr2 214014932 . GCTT G 187.02 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0245098;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.712;QD=20.218;RBI=0.0445926;REFB=-0.0099155;REVB=-0.0372527;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041688;STB=0.509794;STBP=0.973;TYPE=del;VARB=0.00902396;OID=.;OPOS=214014933;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:17:37:19:37:18:6:13:6:12:99:18:5:12:6:12 chr2 214637043 . CA TG 113.48 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0109211;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.478;QD=16.8123;RBI=0.0269761;REFB=-0.0306242;REVB=-0.0246665;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252667;STB=0.732918;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=0.0254164;OID=.;OPOS=214637043;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:14:13:13:0.481481:11:2:4:7:11:2:7:7 chr2 214794743 . A C 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0108279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.953;QD=17.8206;RBI=0.0116282;REFB=-0.0123214;REVB=-0.00423951;RO=53;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217818;STB=0.621872;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0154551;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:28:16:31:22:28:16:31:22 chr2 215102884 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00552255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.816;QD=16.0653;RBI=0.00679576;REFB=-0.0199846;REVB=-0.00396028;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.531879;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0258509;OID=.;OPOS=215102884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:12:12:10:8:12:12 chr2 215102929 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.278;QD=60.9786;RBI=0.0235985;REFB=0;REVB=0.013362;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33055e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr2 215595645 . C T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0016165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.774;QD=18.0093;RBI=0.0115851;REFB=-0.0167923;REVB=-0.0114718;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195151;STB=0.609114;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0155883;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:22:13:22:16:22:13:22:16 chr2 215632255 . CA TG 662.23 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0175662;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.588;QD=23.6512;RBI=0.0213393;REFB=-0.0093219;REVB=0.0121159;RO=48;SAF=22;SAR=42;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145997;STB=0.57988;STBP=0.074;TYPE=mnp;VARB=0.00898563;OID=.;OPOS=215632255;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:64:64:0.571429:42:22:25:23:42:22:25:23 chr2 215645464 . C G 711.52 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00223431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.881;QD=29.0414;RBI=0.00796845;REFB=-0.0102614;REVB=-0.0076488;RO=37;SAF=31;SAR=30;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338678;STB=0.518389;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00707375;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:37:61:61:0.622449:30:31:17:20:30:31:17:20 chr2 215645502 . GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 133.87 PASS AF=0.263158;AO=18;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00119094;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=21;MLLD=826.928;QD=7.04585;RBI=0.00744182;REFB=-0.00222172;REVB=-0.0073459;RO=54;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.00652812;OID=.;OPOS=215645503;OREF=TGGTGAAGAACATTCAGGCAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:18:76:20:76:56:9:11:23:33:99:54:7:11:21:33 chr2 215796568 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0319427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.892;QD=16.5617;RBI=0.0331145;REFB=-0.0161689;REVB=0.00873141;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239522;STB=0.635192;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0157056;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:18:13:18:9:18:13 chr2 215865575 . T C 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00806482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.965;QD=21.8935;RBI=0.0146057;REFB=0.00516866;REVB=0.0121772;RO=36;SAF=13;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148665;STB=0.582289;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0029203;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:29:13:17:19:29:13:17:19 chr2 215876166 . A T 754.5 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00177957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6382;QD=54.873;RBI=0.0278674;REFB=0.0158369;REVB=-0.0278105;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00271102;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr2 215940242 . T C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00988287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.245;QD=17.5011;RBI=0.0150753;REFB=-0.0101409;REVB=-0.0113839;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051818;STB=0.502913;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00992309;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:12:16:15:11:12:16 chr2 216190020 . C G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.796;QD=59.1408;RBI=0.0384558;REFB=0;REVB=0.0347962;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255323;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr2 216212339 . T C 1533.64 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00109653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3215;QD=62.5977;RBI=0.00651427;REFB=-0.150794;REVB=-0.00642131;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00217895;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:56:41:0:0:56:41:1:0 chr2 216229692 . A G 1116.77 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.181;QD=60.3661;RBI=0.130103;REFB=0;REVB=0.0121346;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519435;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:49:23:0:0:51:23:0:0 chr2 216235089 . C T 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.16;QD=59.8635;RBI=0.0226672;REFB=0;REVB=-0.01652;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90415e-06;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:64:40:0:0:64:40:0:0 chr2 216242917 . T A 230.36 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0786552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4058;QD=15.6178;RBI=0.0836806;REFB=-0.0171768;REVB=0.0285624;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317425;STB=0.683183;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0273632;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:26:27:0.457627:10:16:9:23:10:17:9:23 chr2 216249587 . C T 1107.33 PASS AF=0.974026;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0328385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.572;QD=57.5238;RBI=0.102552;REFB=-0.157921;REVB=0.097152;RO=1;SAF=58;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325786;STB=0.52777;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00167381;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:77:1:2:72:75:0.974026:14:58:0:1:17:58:0:2 chr2 216264021 . T G 120.78 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0392126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9311;QD=11.2352;RBI=0.0635357;REFB=-0.0122924;REVB=-0.0499916;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.634737;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0333303;OID=.;OPOS=216264021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:15:13:10:5:15:13 chr2 216269209 . T G 258.47 PASS AF=0.326733;AO=30;DP=98;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.000514363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.883;QD=10.2365;RBI=0.0232819;REFB=-0.0101165;REVB=0.0232762;RO=66;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291;STB=0.519114;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0173788;OID=.;OPOS=216269209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:66:68:30:33:0.326733:17:13:27:39:18:15:29:39 chr2 216269254 . T G 345.92 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0190737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.703;QD=11.2496;RBI=0.0229548;REFB=-0.0114686;REVB=-0.0127717;RO=80;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109921;STB=0.563059;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.026596;OID=.;OPOS=216269254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:20:23:35:45:20:23:35:45 chr2 216272900 . T G 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225047;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.882;QD=64.4267;RBI=0.0109054;REFB=0;REVB=0.0106707;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5683e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr2 216272907 . A T 178.99 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0077352;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.525;QD=13.7684;RBI=0.0144237;REFB=-0.0104669;REVB=0.0121741;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635824;STB=0.553455;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0204912;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:31:21:21:0.403846:10:11:17:12:10:11:19:12 chr2 216296584 . T G 250.06 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0122565;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.317;QD=14.2892;RBI=0.0183185;REFB=-0.0126445;REVB=-0.0136141;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161743;STB=0.579421;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0151913;OID=.;OPOS=216296584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:41:28:29:0.414286:17:11:18:14:18:11:21:20 chr2 216300482 . T A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=5.29433e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3495;QD=19.3863;RBI=0.0320349;REFB=-0.0285066;REVB=0.0320348;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123292;STB=0.568783;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0286142;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:24:11:15:19:24:11:15:19 chr2 217012901 . A G 251.72 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00101891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.3111;QD=20.5489;RBI=0.0190137;REFB=-7.43828e-05;REVB=0.0189864;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119949;STB=0.614356;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.000427033;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:22:25:24:24:0.489796:18:6:8:14:18:6:11:14 chr2 217069876 . T G 642.59 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00807259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.113;QD=17.6052;RBI=0.0117889;REFB=-0.0106605;REVB=-0.0085914;RO=57;SAF=25;SAR=41;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142373;STB=0.503471;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0108263;OID=.;OPOS=217069876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:57:80:66:66:0.452055:41:25:31:26:40:26:32:48 chr2 217148417 . C A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0205633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.669;QD=12.6376;RBI=0.0304115;REFB=-0.0213676;REVB=-0.0224056;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405815;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0350385;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:13:8:5:8:13:8 chr2 217364539 . C T 432.52 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0225212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1891;QD=12.1837;RBI=0.022873;REFB=-0.00461301;REVB=-0.00399582;RO=91;SAF=21;SAR=30;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142438;STB=0.581363;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00821324;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:91:91:51:51:0.359155:30:21:49:42:30:21:49:42 chr2 217541582 . T C 1481.4 PASS AF=0.980769;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00913958;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.579;QD=56.9768;RBI=0.0154987;REFB=-0.0501412;REVB=-0.012517;RO=2;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149694;STB=0.500759;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000259086;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:100:102:0.980769:54:46:1:1:55:47:1:1 chr2 218577819 . C G 213.16 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00726568;FXX=0.0142837;HRUN=7;LEN=1;MLLD=278.089;QD=12.3569;RBI=0.0121774;REFB=-0.00522331;REVB=-0.00977236;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122254;STB=0.507037;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00748215;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:43:26:26:0.376812:16:10:17:26:16:10:17:26 chr2 218604247 . A C,G 634.01 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136907,0.0536935;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.091,12.0662;QD=60.3821;RBI=0.137258,0.0590112;REFB=0,0;REVB=0.00981021,-0.0244813;RO=0;SAF=12,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00196841,0.102017;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:28,2:12,0:0:0:28,2:12,0:0:0 chr2 218664633 . T G 556.63 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0326838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.997;QD=22.7198;RBI=0.0333487;REFB=0.00898391;REVB=-0.00662602;RO=46;SAF=30;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175787;STB=0.596687;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00523624;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:22:30:17:29:22:30:17:29 chr2 218682474 . A G 395.03 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0147062;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.196;QD=22.573;RBI=0.0259427;REFB=-0.031664;REVB=0.0213717;RO=31;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940116;STB=0.551672;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0200131;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:17:22:21:10:17:22:21:10 chr2 218682771 . A G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0105396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.077;QD=29.093;RBI=0.0278915;REFB=-0.0161946;REVB=-0.0258235;RO=13;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263289;STB=0.646023;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00467244;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:6:18:5:8:6:18:5:8 chr2 218683154 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00108097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.747;QD=18.8208;RBI=0.00344233;REFB=-0.0309449;REVB=-0.0032682;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579899;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0248714;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:4:6:8:4:4:6 chr2 218683257 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0164029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.787;QD=15.2625;RBI=0.0424956;REFB=-0.00531743;REVB=0.0392023;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356893;STB=0.706492;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0096992;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:11:5:9:4:11:5 chr2 218683368 . C T 252.45 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00816681;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.218;QD=26.5733;RBI=0.0115744;REFB=-0.0504342;REVB=0.00820185;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652201;STB=0.536052;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0169932;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:8:15:11:4:8:15:11:4 chr2 218694551 . A G 919.09 PASS AF=0.457944;AO=98;DP=214;FAO=98;FDP=214;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=75;FWDB=0.0227157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.512;QD=17.1793;RBI=0.0344175;REFB=0.00948027;REVB=-0.0258565;RO=116;SAF=37;SAR=61;SRF=41;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025287;STB=0.513991;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0132969;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:116:116:98:98:0.457944:61:37:41:75:61:37:41:75 chr2 218695102 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0170158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.118;QD=13.6609;RBI=0.0173263;REFB=-0.00997025;REVB=0.00326551;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733535;STB=0.542796;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0134118;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:12:9:7:7:12:9 chr2 218706857 . T C 477.21 PASS AF=0.424;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0175327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.014;QD=15.2709;RBI=0.019275;REFB=-0.0164695;REVB=-0.00800804;RO=70;SAF=20;SAR=33;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156145;STB=0.580346;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0241189;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:70:72:53:53:0.424:33:20:37:33:33:20:37:35 chr2 218712306 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0147829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9609;QD=19.3866;RBI=0.0338205;REFB=-0.0111244;REVB=-0.0304186;RO=33;SAF=30;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213463;STB=0.619921;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0106575;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:34:35:0.507246:4:30:25:8:4:31:26:8 chr2 218712606 . G A 167.25 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-4.54701e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.36;QD=11.7366;RBI=0.0185983;REFB=-0.0178051;REVB=-0.0185982;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219312;STB=0.627167;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0259485;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:15:21:8:13:15:21 chr2 218712726 . A G 228.21 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0871548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8117;QD=13.8309;RBI=0.0945111;REFB=-0.00870802;REVB=-0.0365565;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199558;STB=0.612515;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00880282;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:30:9:11:16:30:9 chr2 218712918 . C T 243.67 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347959;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9419;QD=51.299;RBI=0.0376083;REFB=0;REVB=-0.01427;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458637;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 218712936 . C T 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00601514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.869;QD=12.0138;RBI=0.0297814;REFB=0.0115377;REVB=0.0291677;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0146122;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr2 218713282 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0335426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.412;QD=19.3862;RBI=0.0335529;REFB=-0.00338194;REVB=0.000833047;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180259;STB=0.510194;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00240389;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:13:8:8:12:13:8 chr2 218745685 . G A 1524.37 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0614001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.375;QD=57.5232;RBI=0.06149;REFB=-0.112264;REVB=-0.00332341;RO=1;SAF=37;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126505;STB=0.502734;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000467846;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:106:1:2:103:104:0.981132:66:37:1:0:66:38:1:1 chr2 218925608 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0167086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.308;QD=19.44;RBI=0.031909;REFB=-0.0189153;REVB=0.0271847;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292445;STB=0.501628;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0166965;OID=.;OPOS=218925608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:17:14:13:16:17:14:13:16 chr2 218940418 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0225323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.92;QD=23.6751;RBI=0.0239411;REFB=-0.00698423;REVB=0.00809146;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704467;STB=0.503933;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00515289;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:7:9:12:9:7:9 chr2 219000310 . C T 1410.9 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.098;QD=62.7065;RBI=0.0736411;REFB=0;REVB=0.0568508;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135016;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:53:35:0:0:54:36:0:0 chr2 219000734 . T C 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8175;QD=60.2243;RBI=0.0597725;REFB=0;REVB=-0.00306511;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882707;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr2 219000966 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0887273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.633;QD=36.3473;RBI=0.089991;REFB=0.0333668;REVB=-0.0150281;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=8.63826e-05;OID=.;OPOS=219000966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr2 219110625 . G A 715.53 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.279;QD=56.1196;RBI=0.101507;REFB=0;REVB=0.097499;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651342;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:16:31:0:0:20:31:0:0 chr2 219128506 . C T 3762.32 PASS AF=0.983673;AO=239;DP=245;FAO=241;FDP=245;FR=.;FRO=4;FSAF=129;FSAR=112;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00582735;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.917;QD=61.4257;RBI=0.00734235;REFB=-0.140159;REVB=-0.00446677;RO=5;SAF=129;SAR=110;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236758;STB=0.503525;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00041173;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:245:245:5:4:239:241:0.983673:110:129:3:2:112:129:3:1 chr2 219140288 . G C 1261.26 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3603;QD=60.0601;RBI=0.0673835;REFB=0;REVB=0.00381074;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43695e-05;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:79:84:1:40:39:0:0:44:40:0:0 chr2 219143229 . G A 853.76 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303943;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.625;QD=57.8823;RBI=0.00910356;REFB=0;REVB=0.00858118;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14957e-05;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr2 219144089 . G A 326.85 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.030566;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.186;QD=48.4221;RBI=0.0496594;REFB=-0.0866709;REVB=0.0391379;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.562448;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0037013;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:27:1:2:25:25:0.925926:18:7:1:0:18:7:2:0 chr2 219144815 . T C 937.85 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.276;QD=58.6153;RBI=0.0205119;REFB=0;REVB=0.014814;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17838e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr2 219221846 . G A 904.63 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0122844;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.137;QD=54.0077;RBI=0.0191125;REFB=0.0153605;REVB=0.0146418;RO=3;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181636;STB=0.509626;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000131201;OID=.;OPOS=219221846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:67:3:3:64:64:0.955224:35:29:2:1:35:29:2:1 chr2 219231807 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.173;QD=55.0096;RBI=0.0354954;REFB=0.0370231;REVB=0.0174228;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000144407;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr2 219249013 . C T 375.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.198;QD=55.6366;RBI=0.0532362;REFB=0;REVB=0.0531939;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137344;OID=.;OPOS=219249013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr2 219254622 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.574;QD=61.0486;RBI=0.04096;REFB=0;REVB=0.0315167;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194467;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr2 219257795 . G A 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.725;QD=54.8231;RBI=0.0183677;REFB=-0.0324523;REVB=0.00385547;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000153312;OID=.;OPOS=219257795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:0:1:24:26:0:1 chr2 219265094 . T C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.45;QD=60.2218;RBI=0.0693825;REFB=0;REVB=0.00997199;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107318;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr2 219267781 . C T 97.34 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0309204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0467;QD=12.5594;RBI=0.04182;REFB=-0.024719;REVB=-0.0281574;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0266228;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:7:12:7:5:7:12 chr2 219317118 . T A 85.86 PASS AF=0.255319;AO=14;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.148584;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.383;QD=7.30751;RBI=0.149087;REFB=-0.00919222;REVB=-0.0122333;RO=30;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657765;STB=0.88904;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0391002;OID=.;OPOS=219317118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:48:47:30:35:14:12:0.255319:2:12:7:23:2:10:8:27 chr2 219319657 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.791;QD=58.061;RBI=0.016822;REFB=0;REVB=-0.00933559;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1304e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr2 219374744 . G C 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0221902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.164;QD=14.2303;RBI=0.0247563;REFB=-0.000965844;REVB=-0.0109757;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104207;STB=0.559149;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00247555;OID=.;OPOS=219374744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:13:23:14:12:13:23 chr2 219492924 . T C 280.1 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0608076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1025;QD=16.7226;RBI=0.0718627;REFB=-0.0272462;REVB=-0.0382974;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207757;STB=0.616482;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0459926;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:13:23:13:18:13:23 chr2 219494242 . GGC G,GG 223.57 PASS AF=0,1;AO=3,16;DP=22;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274548,0.0974721;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=5.33551,19.7225;QD=40.6484;RBI=0.250181,0.215347;REFB=0,0;REVB=-0.24867,0.192025;RO=2;SAF=1,16;SAR=2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.469521,0.286966;SSEP=0.286966,0;SSSB=-0.111102,0.843697;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0173754;OID=.,.;OPOS=219494243,219494244;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,16:22:0,22:22:0:0,19:0,3:0:0:4:2:1,16:2,0:1:1 chr2 219508988 . T C 1526.33 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.684;QD=63.5972;RBI=0.0399169;REFB=0;REVB=0.019549;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69389e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:62:33:0:0:62:34:0:0 chr2 219509618 . C A 848.52 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107504;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0807;QD=55.6409;RBI=0.0419525;REFB=-0.126355;REVB=0.0405517;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-1.9275e-07;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:28:31:0:1:28:32:0:1 chr2 219558698 . G A 320.18 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0202878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.927;QD=16.0091;RBI=0.0207745;REFB=-0.00327317;REVB=0.00447028;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327787;STB=0.509086;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00336226;OID=.;OPOS=219558698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:20:15:19:25:20:15:20:25 chr2 219692696 . G C 615.24 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0120189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2821;QD=19.0772;RBI=0.0301435;REFB=-0.0212868;REVB=-0.0276437;RO=65;SAF=35;SAR=28;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584045;STB=0.528587;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0314118;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:28:35:32:33:28:35:33:33 chr2 219695487 . G C 341.44 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00834626;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4721;QD=15.881;RBI=0.0295125;REFB=-0.0141378;REVB=0.0283078;RO=48;SAF=11;SAR=26;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032281;STB=0.507944;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0250671;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:49:37:37:0.430233:26:11:13:35:26:11:14:35 chr2 219754873 . C T 641.27 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0126411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.255;QD=19.1423;RBI=0.0183463;REFB=-0.0198617;REVB=-0.0132962;RO=69;SAF=32;SAR=33;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807379;STB=0.544605;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0196429;OID=.;OPOS=219754873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:69:65:65:0.485075:33:32:28:41:33:32:28:41 chr2 219920037 . A G 2776.84 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.098;QD=60.6959;RBI=0.0588948;REFB=0;REVB=0.0358035;RO=0;SAF=76;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57579e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:183:0:0:167:183:1:91:76:0:0:101:82:0:0 chr2 219940484 . C T 779.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.496;QD=63.6316;RBI=0.0258533;REFB=0;REVB=-0.0252532;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133396;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr2 219967380 . T C 393.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7071;QD=56.1592;RBI=0.0379325;REFB=0;REVB=0.0125141;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206396;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 220037393 . A G 354.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.631;QD=54.559;RBI=0.0653003;REFB=0;REVB=0.0469721;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283995;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr2 220045454 . G A 1521.79 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.609;QD=58.5305;RBI=0.0524535;REFB=-0.0325299;REVB=0.0482483;RO=1;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735701;STB=0.503875;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00278079;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:64:39:0:1:64:39:0:1 chr2 220046975 . C A 462.0 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.112429;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=38.3381;QD=21.4883;RBI=0.113296;REFB=-0.0193296;REVB=0.0139839;RO=34;SAF=24;SAR=22;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311979;STB=0.636581;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0406303;OID=.;OPOS=220046975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:40:46:46:0.534884:22:24:4:30:22:24:9:31 chr2 220072766 . G T 575.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9705;QD=60.5898;RBI=0.0488944;REFB=0;REVB=-0.0330824;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142759;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr2 220083279 . C T 1404.42 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252659;FXX=0.0315756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.589;QD=61.0615;RBI=0.0444198;REFB=-0.0925305;REVB=0.0365343;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000927721;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:0:1:89:91:0.98913:45:44:0:0:45:46:1:0 chr2 220084902 . G A 722.33 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0010164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.837;QD=54.5157;RBI=0.0140907;REFB=-0.121392;REVB=0.014054;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000330875;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:52:52:0.981132:29:23:0:0:29:23:0:1 chr2 220085845 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2482;QD=55.096;RBI=0.0133139;REFB=0;REVB=0.0111514;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39393e-05;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 220100209 . C T 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0349997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9694;QD=14.1784;RBI=0.0413268;REFB=-0.00703082;REVB=-0.0219756;RO=53;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514134;STB=0.502922;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00981038;OID=.;OPOS=220100209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:18:17:26:27:18:17:26:27 chr2 220113242 . T G 4079.64 PASS AF=0.992453;AO=263;DP=266;FAO=263;FDP=265;FR=.;FRO=2;FSAF=161;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000344618;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.037;QD=61.5794;RBI=0.0233734;REFB=-0.108865;REVB=0.0233709;RO=0;SAF=161;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16902e-08;STB=0.500891;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000341003;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:266:265:0:2:263:263:0.992453:102:161:0:0:102:161:1:1 chr2 220118531 . G C 487.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904302;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5915;QD=59.0389;RBI=0.0913331;REFB=0;REVB=0.0128106;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734237;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:12:21:0:0 chr2 220136155 . T C 1545.37 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.866;QD=58.8713;RBI=0.0206423;REFB=-0.038026;REVB=-0.00103724;RO=1;SAF=60;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078438;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194961;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:1:0:104:105:1:44:60:1:0:44:61:0:0 chr2 220136351 . G A 513.6 PASS AF=0.505051;AO=40;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0828105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8684;QD=20.7513;RBI=0.0835649;REFB=-0.00934803;REVB=0.011203;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109827;STB=0.505048;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0129257;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:40:50:0.505051:24:16:25:24:25:25:25:24 chr2 220136371 . T C 1330.25 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0717964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.734;QD=59.7864;RBI=0.0718742;REFB=0.0708734;REVB=-0.00334455;RO=2;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236761;STB=0.512497;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000922348;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:39:48:0:2:39:48:0:2 chr2 220144635 . A T 156.08 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0128084;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.105;QD=10.9531;RBI=0.03913;REFB=-0.0102468;REVB=-0.0369743;RO=38;SAF=16;SAR=4;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49133;STB=0.782318;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0227314;OID=.;OPOS=220144635;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:37:20:20:0.350877:4:16:14:24:4:16:14:23 chr2 220164724 . G A 534.8 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0257536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.448;QD=23.5078;RBI=0.0333345;REFB=-0.0241504;REVB=0.0211646;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119055;STB=0.565382;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.016616;OID=.;OPOS=220164724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:28:22:24:17:28:22:24:17 chr2 220250147 . A G 636.03 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397409;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.192;QD=62.0512;RBI=0.0185921;REFB=0;REVB=0.0181624;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06291e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 220283259 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4926;QD=47.8223;RBI=0.00838222;REFB=0;REVB=-0.00591641;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025844;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 220283277 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.547;QD=47.8203;RBI=0.0441434;REFB=0;REVB=-0.041291;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398272;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 220285309 . C T 293.13 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0235892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8739;QD=22.9906;RBI=0.0340152;REFB=0.000472974;REVB=0.0245067;RO=22;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120372;STB=0.566961;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000174225;OID=.;OPOS=220285309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:22:7:8:14:22:7:8:14 chr2 220285666 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0258717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.997;QD=9.82166;RBI=0.0262593;REFB=-0.024833;REVB=-0.00449541;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07195;STB=0.5434;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0594245;OID=.;OPOS=220285666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:14:9:5:6:14:9 chr2 220286142 . G A 587.97 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00746551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.118;QD=22.6141;RBI=0.0258807;REFB=-0.00227607;REVB=-0.0247805;RO=46;SAF=27;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103309;STB=0.505657;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00202897;OID=.;OPOS=220286142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:31:27:22:24:31:27:22:24 chr2 220308789 . A G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0355712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.454;QD=17.49;RBI=0.0391392;REFB=-0.0173146;REVB=-0.0163268;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638932;STB=0.53569;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0185415;OID=.;OPOS=220308789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:21:7:6:24:21:7:6:24 chr2 220315970 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0294401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.823;QD=24.8186;RBI=0.0294403;REFB=0.00146217;REVB=-0.000118811;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133039;STB=0.57426;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00122666;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:8:10:17:7:8:10 chr2 220330804 . T C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00565318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.465;QD=10.1699;RBI=0.0277525;REFB=-0.0146875;REVB=-0.0271707;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369535;STB=0.689369;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0640152;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:3:18:6:5:4:18 chr2 220333950 . T C 810.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000447969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.626;QD=56.8556;RBI=0.0129456;REFB=0;REVB=0.0129379;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374872;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr2 220353013 . G A 339.67 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0278155;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7999;QD=23.0283;RBI=0.0382669;REFB=-0.0162183;REVB=-0.0262803;RO=25;SAF=9;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251812;STB=0.639512;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0233643;OID=.;OPOS=220353013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:25:34:34:0.576271:25:9:14:11:25:9:14:11 chr2 220354108 . A G 185.99 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00329968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8734;QD=13.5263;RBI=0.0233017;REFB=-0.0275222;REVB=0.0230669;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616319;STB=0.527844;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0620875;OID=.;OPOS=220354108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:21:23:0.418182:13:8:14:18:14:9:14:18 chr2 220354365 . C T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0694747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3562;QD=16.9307;RBI=0.0847205;REFB=-0.0283834;REVB=0.0484853;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319453;STB=0.676267;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.05003;OID=.;OPOS=220354365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:11:1:0:12:11:1:0:12 chr2 220355529 . A G 402.13 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0158861;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.516;QD=21.165;RBI=0.0248031;REFB=-0.0386089;REVB=0.0190479;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177299;STB=0.597515;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0269093;OID=.;OPOS=220355529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:36:36:40:40:0.526316:18:22:27:9:18:22:27:9 chr2 220356520 . G T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0249638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.791;QD=18.7769;RBI=0.0261415;REFB=-0.00825694;REVB=0.00775805;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114326;STB=0.564305;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00835638;OID=.;OPOS=220356520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:8:18:15:11:8:18:15:11 chr2 220357594 . C A 464.64 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0120562;FXX=0.0430061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.307;QD=20.8826;RBI=0.0197171;REFB=-0.0162895;REVB=0.0156017;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244288;STB=0.506664;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0162234;OID=.;OPOS=220357594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:43:44:45:45:0.505618:26:19:17:26:26:19:18:26 chr2 220362557 . C T 453.5 PASS AF=0.489796;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0505094;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5017;QD=18.5101;RBI=0.0673504;REFB=-0.0404911;REVB=0.044552;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959108;STB=0.561415;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0178006;OID=.;OPOS=220362557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:47:50:47:48:0.489796:24:23:28:19:25:23:30:20 chr2 220362899 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2598;QD=62.6708;RBI=0.0827057;REFB=0;REVB=0.0391575;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163478;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr2 220379560 . C G 366.26 PASS AF=0.625;AO=38;DP=59;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00605832;FXX=0.0508388;HRUN=6;LEN=1;MLLD=125.414;QD=26.1615;RBI=0.0198305;REFB=-0.0303367;REVB=-0.0188824;RO=20;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170169;STB=0.617907;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0149897;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:20:21:38:35:0.625:25:13:12:8:25:10:12:9 chr2 220402671 . G T 579.46 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0136833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.914;QD=52.6778;RBI=0.052146;REFB=-0.162077;REVB=-0.0503187;RO=3;SAF=32;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419741;STB=0.529398;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00146298;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:44:3:4:40:40:0.909091:8:32:3:0:8:32:4:0 chr2 220402680 . T C,G 655.91 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000373736,0.00464553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.1101,169.748;QD=61.0148;RBI=0.030071,0.005103;REFB=0,0;REVB=-0.0300687,0.00211178;RO=0;SAF=33,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.8059e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0014689,0.119613;OID=.,.;OPOS=220402680,220402680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:8,0:33,2:0:0:8,0:33,2:0:0 chr2 220404381 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.47;QD=59.4337;RBI=0.0853727;REFB=0;REVB=-0.01084;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621739;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr2 220404579 . C T 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0400678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9626;QD=16.7688;RBI=0.0434332;REFB=-0.00990175;REVB=-0.0167633;RO=56;SAF=19;SAR=24;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235257;STB=0.63152;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00957278;OID=.;OPOS=220404579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:24:19:38:18:24:19:38:18 chr2 220404648 . C T 534.88 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0069119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.621;QD=18.7675;RBI=0.0297434;REFB=-0.0159766;REVB=-0.0289292;RO=58;SAF=40;SAR=16;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261089;STB=0.645107;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0246029;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:16:40:26:32:16:40:26:32 chr2 220404726 . G A 387.8 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.000381645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.855;QD=18.4666;RBI=0.00119426;REFB=-0.0279808;REVB=0.00113164;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265095;STB=0.653675;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0266985;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:44:40:40:0.47619:13:27:17:26:13:27:17:27 chr2 220405230 . G A 671.61 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0125366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.662;QD=21.6649;RBI=0.0206154;REFB=-0.00999831;REVB=0.0163654;RO=57;SAF=46;SAR=20;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217347;STB=0.624178;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0147146;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:58:66:66:0.532258:20:46:26:31:20:46:26:32 chr2 220405321 . T C 1514.01 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.069;QD=59.9608;RBI=0.028606;REFB=0;REVB=-0.0155167;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66833e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:51:49:0:0:52:49:0:0 chr2 220406722 . T C 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.373;QD=10.9414;RBI=0.0103684;REFB=-0.00903519;REVB=-0.00240397;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102486;STB=0.561292;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0170637;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:9:11:5:6:9:11 chr2 220412256 . T C 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7331;QD=57.1685;RBI=0.0617084;REFB=0;REVB=0.00428054;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000749721;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr2 220414016 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.417;QD=50.4134;RBI=0.0331277;REFB=0;REVB=0.0258832;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201548;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr2 220414019 . T C 214.12 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2399;QD=45.0782;RBI=0.243492;REFB=0;REVB=0.193303;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00758849;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr2 220415595 . GGA G 427.74 PASS AF=0.857143;AO=40;DP=48;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0458806;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=253.43;QD=34.9173;RBI=0.0481695;REFB=-0.00732;REVB=0.0146719;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.506819;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.00177616;OID=.;OPOS=220415596;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:40:48:42:49:7:20:22:3:4:20:0:19:21:0:0 chr2 220417266 . C T 1376.93 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.046;QD=62.5877;RBI=0.0756646;REFB=0;REVB=0.060967;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766202;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:47:40:0:0:48:40:0:0 chr2 220419236 . T C 2355.55 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106203;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.268;QD=60.3988;RBI=0.0361313;REFB=-0.216406;REVB=0.0345352;RO=0;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00180725;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:156:0:1:154:155:0.99359:79:75:0:0:80:75:1:0 chr2 220419339 . T C 2847.03 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=62.9179;RBI=0.0223355;REFB=0;REVB=-0.0219478;RO=0;SAF=66;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97558e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:115:66:0:0:115:66:0:0 chr2 220420785 . G A 2296.97 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.793;QD=60.8469;RBI=0.0609144;REFB=0;REVB=0.0506131;RO=0;SAF=58;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148901;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:92:58:0:0:93:58:0:0 chr2 220420956 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.97;QD=60.9781;RBI=0.0337727;REFB=0;REVB=0.0298839;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97022e-05;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr2 220422774 . A G 3092.36 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504983;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.439;QD=61.2348;RBI=0.0619962;REFB=0;REVB=0.0359646;RO=0;SAF=64;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15326e-05;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:176:202:0:0:175:202:1:111:64:0:0:124:78:0:0 chr2 220427347 . G T 255.18 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00833937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2367;QD=22.1894;RBI=0.0228178;REFB=-0.00126044;REVB=0.0212393;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297553;STB=0.666528;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00190419;OID=.;OPOS=220427347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:15:7:16:8:15:7 chr2 220427395 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.01337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2775;QD=18.3454;RBI=0.0145784;REFB=-0.00852334;REVB=0.00581142;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404406;STB=0.733563;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0110465;OID=.;OPOS=220427395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:14:3:10:8:14:3:10:8 chr2 220430203 . C T 1250.16 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0349707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0451;QD=60.2488;RBI=0.104876;REFB=-0.131104;REVB=0.0988737;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.506848;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00162431;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:36:46:0:0:36:46:0:1 chr2 220435034 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.032;QD=62.3491;RBI=0.0120259;REFB=0;REVB=-0.0111539;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33936e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr2 220435386 . G C 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0124389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.986;QD=13.4573;RBI=0.0133901;REFB=-0.000547026;REVB=-0.00495676;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450003;STB=0.764736;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000366551;OID=.;OPOS=220435386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:5:6:1:13:5:6:1:14 chr2 220439678 . C T 279.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000831854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.951;QD=18.9374;RBI=0.0243167;REFB=-0.0327609;REVB=0.0243024;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194838;STB=0.608036;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.03184;OID=.;OPOS=220439678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:29:30:30:0.508475:18:12:17:10:18:12:18:11 chr2 220462640 . G T 1594.97 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.246;QD=57.999;RBI=0.0236565;REFB=-0.139633;REVB=0.000392036;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517343;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:0:2:108:108:0.981818:54:54:0:0:54:54:1:1 chr2 220466199 . G T 802.65 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00975276;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.121;QD=55.3552;RBI=0.0103355;REFB=-0.0876521;REVB=0.00342135;RO=1;SAF=42;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110967;STB=0.505745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=1.44239e-05;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:14:42:1:0:14:43:1:0 chr2 220466756 . A G 240.16 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0416561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.302;QD=16.5629;RBI=0.0417715;REFB=-0.0106885;REVB=0.00310299;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152448;STB=0.585524;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0148217;OID=.;OPOS=220466756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:10:21:14:13:10:21 chr2 220471116 . C G 683.05 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0266575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.627;QD=52.5423;RBI=0.0275273;REFB=-0.151058;REVB=0.00686489;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.5238;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00147714;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:30:20:1:0:30:20:2:0 chr2 220473355 . G A 652.39 PASS AF=0.547009;AO=63;DP=119;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00995799;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.064;QD=22.3039;RBI=0.0099734;REFB=-0.0248708;REVB=0.00055421;RO=54;SAF=37;SAR=26;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136313;STB=0.581295;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0255634;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:54:53:63:64:0.547009:26:37:23:31:26:38:22:31 chr2 220476443 . C T 1149.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.387;QD=60.5096;RBI=0.0277476;REFB=0;REVB=0.0164462;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68557e-05;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:48:25:0:0:49:27:0:0 chr2 220479312 . T C 671.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.784;QD=62.4222;RBI=0.0364705;REFB=0;REVB=0.0264169;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106845;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:29:14:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 585.89 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=23,16;DP=40;FAO=33,6;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=23,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109863,-0.0229348;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.393,253.878;QD=60.0913;RBI=0.0115931,0.0234088;REFB=0,0;REVB=-0.00370129,-0.00468699;RO=0;SAF=5,5;SAR=18,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00937464,0.0168664;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:23,16:40:33,6:39:0:10,0:23,6:0:0:16:0:5,5:18,11:0:0 chr2 220500423 . A G 2566.18 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7148;QD=61.8357;RBI=0.0128482;REFB=0;REVB=0.0105858;RO=1;SAF=84;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29873e-05;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:1:0:165:166:1:81:84:1:0:81:85:0:0 chr2 220500426 . A G 2496.65 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016312;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.669;QD=61.2676;RBI=0.0256673;REFB=0;REVB=-0.0198173;RO=0;SAF=81;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059456;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:163:0:0:158:163:1:77:81:0:0:79:84:0:0 chr2 220502367 . A C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000361825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.892;QD=62.022;RBI=0.0066802;REFB=0;REVB=0.00667039;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75964e-06;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr2 220505265 . T C 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.223;QD=61.8671;RBI=0.0121607;REFB=0.0568569;REVB=0.00478777;RO=1;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758573;STB=0.503999;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000148331;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:62:30:0:1:62:30:0:1 chr2 220771223 . C T 1659.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.287;QD=60.3419;RBI=0.0227537;REFB=0;REVB=0.0192379;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22495e-05;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:49:61:0:0:49:61:0:0 chr2 220771290 . G A 1576.05 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00955956;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.106;QD=58.9178;RBI=0.011696;REFB=-0.0356106;REVB=0.00673873;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=3.73768e-05;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:53:53:0:0:53:53:1:0 chr2 223161889 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0715;QD=64.415;RBI=0.0288953;REFB=0;REVB=-0.0287643;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211698;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr2 223423362 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.588;QD=62.0215;RBI=0.0499896;REFB=0;REVB=0.0070357;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420387;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr2 223436607 . C T 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0198083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3863;QD=15.0175;RBI=0.0425869;REFB=0.00703592;REVB=-0.0376998;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0133721;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:24:16:12:18:24:16 chr2 223509221 . T G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000432712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9075;QD=17.8004;RBI=0.0253843;REFB=-0.0382035;REVB=0.0253806;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338911;STB=0.695436;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131427;OID=.;OPOS=223509221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:16:4:12:12:16:4:12:12 chr2 223785740 . A G 71.72 PASS AF=0.25641;AO=11;DP=40;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0237749;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.056;QD=7.35568;RBI=0.0238575;REFB=-0.00708551;REVB=0.00198416;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073258;STB=0.58957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0286864;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:39:28:29:11:10:0.25641:6:5:11:17:5:5:11:18 chr2 223807380 . C A 533.66 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00591273;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.849;QD=16.9416;RBI=0.00596035;REFB=-0.00363183;REVB=-0.000751975;RO=69;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450771;STB=0.502512;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0041823;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:69:69:57:57:0.452381:27:30:36:33:27:30:36:33 chr2 223917629 . C T 221.1 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00906675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4361;QD=24.5671;RBI=0.0398487;REFB=-0.0251831;REVB=-0.0388035;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139552;STB=0.592404;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0124092;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:15:21:21:0.583333:8:13:6:8:8:13:6:9 chr2 223917812 . T C 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.133;QD=60.646;RBI=0.0385;REFB=0;REVB=0.0347313;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4592e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:59:54:0:0:59:54:0:0 chr2 223917983 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000896399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.823;QD=58.2396;RBI=0.0140378;REFB=0;REVB=0.0140091;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27786e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr2 223918080 . C G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5574;QD=60.2232;RBI=0.0566988;REFB=0;REVB=0.0128119;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117764;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr2 223918333 . G A 301.8 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0315144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.233;QD=25.1498;RBI=0.0317541;REFB=-0.056666;REVB=-0.00389399;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279502;STB=0.651476;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0181731;OID=.;OPOS=223918333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:16:11:15:4:16:11:16:5 chr2 223918363 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.017;QD=61.3359;RBI=0.0265519;REFB=0;REVB=-0.00100678;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118672;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr2 224620181 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.218;QD=63.8719;RBI=0.0426659;REFB=0;REVB=-0.0425048;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70052e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr2 224743373 . C T 126.47 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0559351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.958;QD=14.8784;RBI=0.055937;REFB=-0.0165196;REVB=0.000456238;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0169254;OID=.;OPOS=224743373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:9:5:10:9:9:6:10:9 chr2 224744931 . G C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00236585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.755;QD=11.4394;RBI=0.00386275;REFB=-0.0202113;REVB=-0.00305345;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222182;STB=0.630956;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.02568;OID=.;OPOS=224744931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:8:16:6:7:8:16 chr2 224765956 . C T 131.26 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0154102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1754;QD=13.8165;RBI=0.0332319;REFB=-0.0163153;REVB=0.029443;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103647;STB=0.548322;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0327003;OID=.;OPOS=224765956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:11:11:9:6:11:12 chr2 224856650 . G A 868.57 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.000502496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.288;QD=24.2956;RBI=0.00166482;REFB=0.00519064;REVB=0.00158718;RO=63;SAF=27;SAR=53;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171007;STB=0.593514;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00486747;OID=.;OPOS=224856650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:63:63:80:80:0.559441:53:27:34:29:53:27:34:29 chr2 225244923 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0249171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7922;QD=15.1666;RBI=0.0563165;REFB=0.01242;REVB=0.0505043;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0132216;OID=.;OPOS=225244923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:5:15:10:5:5:15 chr2 225630233 . C T 563.95 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0333019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0676;QD=57.8408;RBI=0.0361048;REFB=-0.080183;REVB=0.0139477;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00177762;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr2 225630435 . C T 417.81 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0321006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.816;QD=16.2256;RBI=0.0528107;REFB=-0.0222088;REVB=-0.0419347;RO=52;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755286;STB=0.555532;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0277588;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:52:57:46:46:0.446602:22:24:23:29:22:24:24:33 chr2 225706613 . C T 332.87 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0191233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1687;QD=19.0212;RBI=0.0446095;REFB=-0.0184306;REVB=0.0403027;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102449;STB=0.556971;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0184815;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:21:14:18:17:21:14 chr2 225750861 . C T 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0055029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.93;QD=19.0758;RBI=0.0108753;REFB=-0.00884049;REVB=0.00938029;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105266;STB=0.548168;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0108822;OID=.;OPOS=225750861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:24:14:10:28:24:14:11:28 chr2 225798838 . T C 1960.09 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028076;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1086;QD=60.3103;RBI=0.0757242;REFB=-0.0170646;REVB=0.070327;RO=1;SAF=59;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798606;STB=0.500483;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00112195;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:130:130:1:2:127:128:0.984615:68:59:1:0:68:60:1:1 chr2 225811581 . T A 1768.22 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0322;QD=59.9397;RBI=0.0424231;REFB=-0.0338263;REVB=0.0378973;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747895;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000603915;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:63:53:0:1:64:53:0:1 chr2 225811592 . T A 398.39 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0257165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.22;QD=13.0619;RBI=0.0257222;REFB=-0.00336365;REVB=-0.000539362;RO=74;SAF=23;SAR=24;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909051;STB=0.546833;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00510257;OID=.;OPOS=225811592;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:74:75:47:47:0.385246:24:23:30:44:24:23:31:44 chr2 226273689 . T C 2368.78 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.528;QD=61.1297;RBI=0.0217785;REFB=0;REVB=0.0086008;RO=0;SAF=63;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75142e-05;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:92:63:0:0:92:63:0:0 chr2 226447735 . C T 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00402586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9689;QD=15.6391;RBI=0.00414314;REFB=-0.00375569;REVB=0.000978845;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143241;STB=0.568593;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00368679;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:52:38:38:0.422222:22:16:14:35:22:16:16:36 chr2 226491770 . A C 972.73 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4058;QD=58.9534;RBI=0.099344;REFB=0;REVB=0.0128435;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130671;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:40:26:0:0 chr2 226516913 . A G 187.76 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00200737;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.914;QD=14.1709;RBI=0.00270031;REFB=-0.0168945;REVB=-0.00180614;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168925;STB=0.584831;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0160709;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:10:20:11:11:11:20 chr2 227660269 . GCCCCCCAG GCCCCCAGC 35.16 PASS AF=0.09375;AO=4;DP=66;FAO=6;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=53;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.10191;FXX=0;HRUN=6;LEN=3;MLLD=21.6455;QD=2.19739;RBI=0.190573;REFB=-0.0346708;REVB=-0.161036;RO=40;SAF=1;SAR=3;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271492;STB=0.658559;STBP=0.491;TYPE=mnp;VARB=0.121369;OID=.;OPOS=227660275;OREF=CAG;OALT=AGC;OMAPALT=GCCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.09375:4:66:6:64:53:2:4:27:26:22:40:1:3:20:20 chr2 227661043 . T C 331.06 PASS AF=0.604167;AO=26;DP=46;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0142462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.643;QD=27.5886;RBI=0.0197876;REFB=-0.0155794;REVB=0.013733;RO=19;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293555;STB=0.620606;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00928457;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:19:19:26:29:0.604167:18:8:13:6:18:11:13:6 chr2 227661663 . GC G 33.91 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0712578;FXX=0.0370233;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.59299;QD=5.21711;RBI=0.207289;REFB=-0.125485;REVB=0.194656;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.555461;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.172294;OID=.;OPOS=227661664;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:10:27:12:26:14:4:8:6:8:33:15:4:6:5:10 chr2 227663185 . G A 276.81 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00620941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.72;QD=16.7762;RBI=0.0216644;REFB=-0.0190618;REVB=0.0207555;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524244;STB=0.529393;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0106965;OID=.;OPOS=227663185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:15:20:16:15:15:20 chr2 227663901 . C T 508.7 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0323989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1776;QD=20.9773;RBI=0.0633985;REFB=-0.0268081;REVB=0.0544947;RO=48;SAF=16;SAR=33;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127085;STB=0.570489;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0382947;OID=.;OPOS=227663901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:33:16:22:26:33:16:22:26 chr2 227664103 . T C 93.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0263415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.278;QD=12.4363;RBI=0.101448;REFB=-0.0565663;REVB=-0.0979684;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218026;STB=0.599822;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0343028;OID=.;OPOS=227664103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:30:30:17:18:12:12:0.4:4:8:11:6:3:9:11:7 chr2 227664191 . A C 229.26 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00319043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.024;QD=12.2273;RBI=0.0356766;REFB=-0.0109261;REVB=-0.0355336;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921149;STB=0.534881;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0141047;OID=.;OPOS=227664191;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:44:47:28:28:0.373333:11:17:23:21:11:17:26:21 chr2 227807202 . G T 207.2 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.576;QD=48.7538;RBI=0.0620211;REFB=0;REVB=0.0543302;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008568;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:11:6:0:0 chr2 227871266 . A AT 293.04 PASS AF=1;AO=38;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865355;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.02309;QD=19.216;RBI=0.252065;REFB=0.00175225;REVB=0.236745;RO=22;SAF=25;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0242478;OID=.;OPOS=227871267;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:64:61:61:0:37:24:0:0:4:22:25:13:11:11 chr2 227872181 . CG C,CA 869.52 PASS AF=0.0163934,0.983607;AO=10,51;DP=62;FAO=1,60;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921731,0.0994326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.314,43.2917;QD=57.0175;RBI=0.0944637,0.122403;REFB=0,0;REVB=0.0206762,0.0713831;RO=0;SAF=5,23;SAR=5,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.97956e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0972779,0.00474928;OID=.,.;OPOS=227872182,227872182;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0163934,0.983607:10,51:62:1,60:61:0:0,29:1,31:0:0:5:0:5,23:5,28:0:0 chr2 227872995 . T C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.688;QD=58.7793;RBI=0.0428335;REFB=0;REVB=-0.021599;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163435;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr2 227886773 . A G 944.41 PASS AF=1;AO=57;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.984;QD=58.1172;RBI=0.0201638;REFB=0;REVB=0.00858689;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165234;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:57:65:1:32:25:0:0:34:31:0:0 chr2 227892619 . C T 712.51 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136781;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.382;QD=63.3342;RBI=0.00384462;REFB=0;REVB=-0.00359308;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89977e-05;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr2 227892720 . C T 351.27 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.496;QD=54.0409;RBI=0.016334;REFB=0;REVB=0.00252904;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167596;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr2 227896886 . C T 2312.62 PASS AF=1;AO=137;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111261;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.175;QD=60.4608;RBI=0.0189888;REFB=0;REVB=0.0153879;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158362;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:137:153:1:73:64:0:0:84:69:0:0 chr2 227896976 . C T 1719.36 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00167403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0718;QD=58.7815;RBI=0.0322094;REFB=-0.0351403;REVB=-0.0321659;RO=2;SAF=46;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337842;STB=0.501779;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000294551;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:69:46:1:1:69:46:1:1 chr2 227915832 . G A 303.14 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00657238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.379;QD=19.5576;RBI=0.0136933;REFB=-0.00708023;REVB=-0.0120129;RO=29;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320539;STB=0.523795;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0136637;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:21:11:9:20:21:11:9:21 chr2 227954599 . G A 336.55 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0105184;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.412;QD=19.51;RBI=0.0105685;REFB=-0.00645271;REVB=-0.00102735;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648357;STB=0.536097;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00542103;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:15:19:22:13:15:19 chr2 228111435 . T C 1546.22 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.427;QD=59.47;RBI=0.0348984;REFB=0;REVB=-0.0112766;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24178e-05;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:102:104:1:55:47:0:0:55:49:0:0 chr2 228111600 . G T 700.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9669;QD=62.2351;RBI=0.0563653;REFB=0;REVB=-0.0101638;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161916;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr2 228113175 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3574;QD=60.7146;RBI=0.0746889;REFB=0;REVB=0.0181768;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481306;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr2 228118815 . G A 478.4 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0142272;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3891;QD=19.5264;RBI=0.0233643;REFB=-0.017736;REVB=-0.0185331;RO=50;SAF=32;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267005;STB=0.644232;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0184516;OID=.;OPOS=228118815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:50:51:47:47:0.479592:15:32:20:30:15:32:21:30 chr2 228124491 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.019912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.208;QD=11.1312;RBI=0.0211224;REFB=-0.0111642;REVB=0.00704755;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62129;STB=0.877229;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0151716;OID=.;OPOS=228124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:1:9:6:11:1:9:6:11 chr2 228128540 . C T 4006.73 PASS AF=0.984906;AO=261;DP=265;FAO=261;FDP=265;FR=.;FRO=4;FSAF=138;FSAR=123;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0143412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6739;QD=60.479;RBI=0.0546494;REFB=-0.0976768;REVB=-0.0527342;RO=2;SAF=138;SAR=123;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000418014;STB=0.503352;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00116157;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:265:265:2:4:261:261:0.984906:123:138:1:1:123:138:3:1 chr2 228128568 . G A 993.82 PASS AF=0.426357;AO=108;DP=257;FAO=110;FDP=258;FR=.;FRO=148;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=-0.00696662;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.729;QD=15.408;RBI=0.0535241;REFB=-0.0020729;REVB=0.0530687;RO=144;SAF=51;SAR=57;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214784;STB=0.512853;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00224281;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:144:148:108:110:0.426357:57:51:65:79:57:53:68:80 chr2 228131169 . A G 765.2 PASS AF=0.571429;AO=72;DP=126;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00231222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.011;QD=24.2922;RBI=0.0102108;REFB=-0.00316023;REVB=-0.00994561;RO=54;SAF=35;SAR=37;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182142;STB=0.509931;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00209679;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:54:54:72:72:0.571429:37:35:25:29:37:35:25:29 chr2 228131752 . G A 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0506927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9852;QD=12.2344;RBI=0.0532261;REFB=-0.00890862;REVB=0.0162256;RO=52;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263053;STB=0.515141;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0223131;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:12:18:30:22:12:18:30:22 chr2 228135631 . C T 220.08 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0327728;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.202;QD=13.9734;RBI=0.0364248;REFB=-0.00939628;REVB=-0.0158967;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696095;STB=0.539652;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0191623;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:16:21:13:13:16:21 chr2 228177479 . C T 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0455528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.485;QD=16.637;RBI=0.0455912;REFB=-0.00041884;REVB=-0.00187205;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834899;STB=0.50469;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000602702;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:22:19:25:28:22:19:25:28 chr2 228177751 . G A 249.54 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0598468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.136;QD=14.2596;RBI=0.0600752;REFB=-0.0274566;REVB=-0.00523311;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821428;STB=0.55988;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0329842;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:41:29:29:0.414286:15:14:22:17:15:14:24:17 chr2 228177825 . C G 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0101512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.101;QD=13.7744;RBI=0.038557;REFB=0.00160585;REVB=0.0371967;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148502;STB=0.515109;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00245745;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:15:13:18:22:15:13:18:23 chr2 228194480 . AG TT 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00132877;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.846;QD=11.0866;RBI=0.0062214;REFB=-0.00214865;REVB=-0.00607784;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=mnp;VARB=0.00408241;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:15:10:6:7:15:10 chr2 228197238 . G A 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0257015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6112;QD=19.2918;RBI=0.0373343;REFB=0.0061164;REVB=-0.0270792;RO=60;SAF=37;SAR=23;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780913;STB=0.547976;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0105044;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:23:37:32:28:23:37:32:29 chr2 228384735 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0147251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.128;QD=15.7383;RBI=0.0152476;REFB=-0.00525642;REVB=-0.00395718;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926442;STB=0.552203;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00631866;OID=.;OPOS=228384735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:14:22:15:14:14:22 chr2 228416712 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.975;QD=55.6556;RBI=0.0791958;REFB=0;REVB=0.00435925;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649657;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr2 228419373 . C T 100.29 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00305451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.414;QD=6.68571;RBI=0.00361301;REFB=-0.0114039;REVB=-0.00192971;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949672;STB=0.550952;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0328694;OID=.;OPOS=228419373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:45:15:15:0.25:6:9:23:21:6:9:24:21 chr2 228419764 . A T 544.1 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00342018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.26;QD=19.9669;RBI=0.0144777;REFB=0.000488618;REVB=-0.0140679;RO=53;SAF=28;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749068;STB=0.54127;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000525826;OID=.;OPOS=228419764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:28:28:31:22:28:28:31:22 chr2 228420303 . T C 155.71 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0675519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1823;QD=11.3246;RBI=0.0678445;REFB=-0.013812;REVB=0.00629402;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764449;STB=0.527246;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.028852;OID=.;OPOS=228420303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:19:20:0.363636:10:9:19:16:10:10:19:16 chr2 228476253 . C G 840.3 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0588;QD=56.9698;RBI=0.0531805;REFB=0;REVB=-0.0079772;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526773;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr2 228493211 . G A 247.37 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.013783;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.823;QD=13.5543;RBI=0.0276234;REFB=-0.00839134;REVB=-0.0239391;RO=43;SAF=6;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35418;STB=0.686647;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0327015;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:28:29:0.39726:22:6:22:21:22:7:23:21 chr2 228855866 . G C 382.43 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0302975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5619;QD=17.5828;RBI=0.0319548;REFB=-0.00533077;REVB=-0.0101573;RO=47;SAF=26;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258602;STB=0.644679;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00529681;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:14:26:18:29:14:26:18:29 chr2 230045542 . C G 1199.07 PASS AF=0.558376;AO=111;DP=197;FAO=110;FDP=197;FR=.;FRO=87;FSAF=81;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0322329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.553;QD=24.3466;RBI=0.0351547;REFB=-0.00330876;REVB=-0.0140318;RO=85;SAF=82;SAR=29;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32882;STB=0.6749;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00240523;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:85:87:111:110:0.558376:29:82:30:55:29:81:32:55 chr2 230045545 . T C 1202.64 PASS AF=0.561224;AO=110;DP=197;FAO=110;FDP=196;FR=.;FRO=86;FSAF=82;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00518835;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.011;QD=24.5437;RBI=0.0278128;REFB=-0.0190101;REVB=-0.0273245;RO=86;SAF=82;SAR=28;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342402;STB=0.687115;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109512;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:86:86:110:110:0.561224:28:82:30:56:28:82:30:56 chr2 230045554 . G C 1281.39 PASS AF=0.589109;AO=119;DP=201;FAO=119;FDP=202;FR=.;FRO=83;FSAF=91;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.0131268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.695;QD=25.3741;RBI=0.0173402;REFB=4.18024e-05;REVB=-0.01133;RO=82;SAF=91;SAR=28;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351172;STB=0.689487;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-2.36251e-05;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:82:83:119:119:0.589109:28:91:28:54:28:91:29:54 chr2 230045564 . T C 1271.25 PASS AF=0.584615;AO=114;DP=195;FAO=114;FDP=195;FR=.;FRO=81;FSAF=91;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.00154269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.454;QD=26.077;RBI=0.00855964;REFB=-0.00784794;REVB=0.00841947;RO=81;SAF=91;SAR=23;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396071;STB=0.71642;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144876;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:81:81:114:114:0.584615:23:91:28:53:23:91:28:53 chr2 230045568 . T C 1291.12 PASS AF=0.605263;AO=114;DP=191;FAO=115;FDP=190;FR=.;FRO=75;FSAF=92;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.00904942;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.182;QD=27.1814;RBI=0.0294883;REFB=-0.0068526;REVB=-0.0280654;RO=75;SAF=92;SAR=22;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403515;STB=0.713896;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00790316;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:75:75:114:115:0.605263:22:92:25:50:23:92:25:50 chr2 230045615 . G A 1438.01 PASS AF=0.755102;AO=111;DP=147;FAO=111;FDP=147;FR=.;FRO=36;FSAF=95;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00233754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.369;QD=39.1296;RBI=0.00470745;REFB=-0.0331223;REVB=-0.00408608;RO=36;SAF=95;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364413;STB=0.696614;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00569248;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:36:36:111:111:0.755102:16:95:11:25:16:95:11:25 chr2 230135711 . G C,GC 2448.75 PASS AF=0,1;AO=10,136;DP=173;FAO=0,164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=0,58;FSAR=0,106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103317,-0.150299;FXX=0.017963;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.62674,28.0017;QD=59.7257;RBI=0.156722,0.260574;REFB=0,0;REVB=0.117845,0.21286;RO=22;SAF=2,49;SAR=8,87;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.232628,-0.00095318;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000498142;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:14:173:164:22:0:10,136:0,164:0,1:8,87:2,49:8:14:0,106:0,58:0:0 chr2 230723777 . G C 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0164274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.397;QD=11.5969;RBI=0.0208596;REFB=-0.00586199;REVB=0.0128554;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187816;STB=0.609594;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00942669;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:4:17:8:4:4:17 chr2 230841074 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0850491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.238;QD=53.2765;RBI=0.0853155;REFB=0;REVB=0.00673699;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107245;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:18:5:0:0 chr2 231050715 . A G 1483.43 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.62;QD=61.1725;RBI=0.0379822;REFB=-0.0256515;REVB=0.0122045;RO=2;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151015;STB=0.500764;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00111839;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:97:2:2:93:95:0.979381:43:50:1:1:44:51:1:1 chr2 231072709 . C T 191.47 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00759933;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6121;QD=9.57364;RBI=0.0312589;REFB=-0.00699246;REVB=0.0303211;RO=55;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205882;STB=0.620596;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0184572;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:55:55:25:25:0.3125:11:14:21:34:11:14:21:34 chr2 231077725 . A G 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1041;QD=62.0146;RBI=0.0569948;REFB=0;REVB=0.0469732;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134993;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr2 231149108 . G A 1267.83 PASS AF=1;AO=58;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169362;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9933;QD=61.8455;RBI=0.241743;REFB=0;REVB=0.241149;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242505;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:58:82:1:24:34:0:0:47:35:0:0 chr2 231248261 . C T 390.7 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00145742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.74;QD=32.5587;RBI=0.00262764;REFB=-0.0240949;REVB=-0.00218642;RO=16;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196684;STB=0.510746;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0116289;OID=.;OPOS=231248261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:13:19:9:7:13:19:9:7 chr2 231256812 . A G 399.89 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0211275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.716;QD=18.3858;RBI=0.0711211;REFB=-0.0195546;REVB=-0.0679106;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129339;STB=0.507879;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.023781;OID=.;OPOS=231256812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:44:46:41:41:0.471264:22:19:21:23:22:19:22:24 chr2 231258150 . C T 746.84 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0151165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4623;QD=20.1849;RBI=0.0215544;REFB=-0.00442646;REVB=0.015365;RO=75;SAF=39;SAR=34;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985887;STB=0.554351;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00467883;OID=.;OPOS=231258150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:75:75:73:73:0.493243:34:39:32:43:34:39:32:43 chr2 231331896 . G A 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0103701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.971;QD=15.9778;RBI=0.0270201;REFB=-0.0062207;REVB=-0.0249509;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110868;STB=0.562461;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0097638;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:18:14:22:18:18:14:22:18 chr2 231406680 . T C 192.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00976899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.232;QD=9.85782;RBI=0.00977616;REFB=-0.00755479;REVB=0.000374313;RO=53;SAF=10;SAR=15;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294682;STB=0.671512;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0155906;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:15:10:35:18:15:10:35:18 chr2 231407663 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0139818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4452;QD=13.4585;RBI=0.04659;REFB=0.0121095;REVB=0.0444425;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773425;STB=0.545395;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0204759;OID=.;OPOS=231407663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:18:8:4:12:18:8 chr2 231738168 . G A 765.17 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0367005;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=256.729;QD=51.8761;RBI=0.0423096;REFB=-0.0884968;REVB=0.0210517;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463114;STB=0.524581;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000425346;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:27:29:3:0:27:29:3:0 chr2 231738263 . C T 814.78 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0201;QD=55.2391;RBI=0.0680281;REFB=-0.156944;REVB=0.0368611;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.509088;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0154438;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:31:25:1:0:31:27:1:0 chr2 231738269 . G A 755.82 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641679;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.973;QD=57.0433;RBI=0.043427;REFB=0;REVB=0.0429503;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167765;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr2 231861044 . C T 625.81 PASS AF=0.9375;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=43;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.053232;FXX=0.0769083;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.313;QD=52.1506;RBI=0.0940933;REFB=-0.0586838;REVB=0.077588;RO=2;SAF=41;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223644;STB=0.511359;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000269899;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:43:45:0.9375:2:41:2:0:2:43:2:0 chr2 231861071 . T C 295.74 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0134739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.821;QD=22.3199;RBI=0.0363324;REFB=-0.00831295;REVB=-0.0337416;RO=23;SAF=29;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.732464;STB=0.91928;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0279802;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:1:29:9:14:1:29:9:14 chr2 231865090 . T C 842.78 PASS AF=0.389344;AO=95;DP=244;FAO=95;FDP=244;FR=.;FRO=149;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=102;FWDB=-0.0378656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0226;QD=13.8161;RBI=0.0579836;REFB=-0.00690726;REVB=-0.0439123;RO=149;SAF=43;SAR=52;SRF=47;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153455;STB=0.585897;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0103696;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:149:149:95:95:0.389344:52:43:47:102:52:43:47:102 chr2 232035429 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.023;QD=57.2026;RBI=0.0298345;REFB=0;REVB=0.00520898;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421242;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr2 232087474 . AT GA 378.37 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487452;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.668;QD=45.8627;RBI=0.147103;REFB=0;REVB=0.138791;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00717746;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr2 232091479 . C T 253.81 PASS AF=0.520833;AO=22;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0106239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7549;QD=21.1508;RBI=0.0683222;REFB=-0.000328583;REVB=0.0674912;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1473;STB=0.559274;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00107217;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:23:23:22:25:0.520833:8:14:11:12:10:15:11:12 chr2 232225535 . C CG 1602.89 PASS AF=1;AO=124;DP=190;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.235745;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8742;QD=34.6571;RBI=0.236846;REFB=-0.0336095;REVB=-0.0228085;RO=62;SAF=26;SAR=98;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00691313;OID=.;OPOS=232225536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:190:185:185:0:67:118:0:0:27:62:26:98:43:19 chr2 232322505 . A T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0156653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.917;QD=8.08961;RBI=0.0162635;REFB=-0.00392045;REVB=0.00437038;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.50723;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0103371;OID=.;OPOS=232322505;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:10:12:5:4:10:12 chr2 232325414 . TTCA T 61.41 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0255935;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.712;QD=7.44309;RBI=0.0279951;REFB=-0.0220572;REVB=-0.0113447;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0373648;OID=.;OPOS=232325415;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:34:11:33:22:8:3:16:6:61:20:8:3:14:6 chr2 232326417 . C T 394.47 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0239062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4791;QD=19.9732;RBI=0.0342922;REFB=-0.0287198;REVB=-0.0245855;RO=39;SAF=27;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589345;STB=0.532753;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0342402;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:13:27:24:15:13:27:24:15 chr2 232378231 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0158153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7308;QD=12.7238;RBI=0.025912;REFB=-0.0261758;REVB=-0.0205258;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2778;STB=0.659686;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0317452;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:22:14:15:8:22:14 chr2 232458443 . T C 816.35 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.313;QD=56.3001;RBI=0.0221872;REFB=0;REVB=0.0102417;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392863;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:54:58:1:17:37:0:0:19:39:0:0 chr2 232672932 . C T 856.58 PASS AF=1;AO=17;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423571;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.728;QD=54.3857;RBI=0.0514022;REFB=0;REVB=0.0291215;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76705e-05;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:17:63:1:17:0:0:0:38:25:0:0 chr2 232672933 . G T 205.16 PASS AF=0.390625;AO=22;DP=61;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0154407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.746;QD=12.8223;RBI=0.0399417;REFB=-0.0555915;REVB=0.0368365;RO=39;SAF=1;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713768;STB=0.824291;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00618118;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:39:39:22:25:0.390625:21:1:22:17:22:3:22:17 chr2 233127939 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0225048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.356;QD=17.0892;RBI=0.0230705;REFB=-0.0179125;REVB=-0.00507754;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168664;STB=0.595271;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.015725;OID=.;OPOS=233127939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:16:9:15:13:16:9:15:13 chr2 233199346 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0131777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1861;QD=15.6453;RBI=0.0179783;REFB=0.00117139;REVB=-0.0122298;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448264;STB=0.516114;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00515759;OID=.;OPOS=233199346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:10:12:14:14:10:12:15:14 chr2 233200849 . A G 538.7 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0131646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.944;QD=24.4861;RBI=0.02669;REFB=-0.0110326;REVB=0.0232174;RO=38;SAF=26;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453532;STB=0.528677;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0097952;OID=.;OPOS=233200849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:38:49:50:0.568182:23:26:18:20:23:27:18:20 chr2 233205600 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.034852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.014;QD=18.6441;RBI=0.0369541;REFB=0.0175038;REVB=0.0122858;RO=13;SAF=1;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484355;STB=0.787335;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00442589;OID=.;OPOS=233205600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:13:1:5:8:13:1:5:8 chr2 233208288 . A C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0463417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.457;QD=14.0965;RBI=0.0463418;REFB=-0.0196284;REVB=0.000125168;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0256016;OID=.;OPOS=233208288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:4:10:7:4:4:10 chr2 233243981 . A T 511.15 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0193331;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.998;QD=21.0785;RBI=0.0214221;REFB=-0.00878759;REVB=0.0092271;RO=48;SAF=20;SAR=29;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281334;STB=0.65497;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00860435;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:48:49:49:0.505155:29:20:35:13:29:20:35:13 chr2 233244586 . C G 241.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00242885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3507;QD=16.6303;RBI=0.00244061;REFB=-0.0416444;REVB=0.000239315;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280862;STB=0.657423;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0585128;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:9:22:11:16:9:22 chr2 233245141 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0276386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.233;QD=7.46444;RBI=0.0309498;REFB=-0.018672;REVB=-0.0139284;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0426992;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:6:11:4:3:6:11 chr2 233349588 . G A 741.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477318;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.087;QD=54.8891;RBI=0.0477671;REFB=-0.127188;REVB=0.00183491;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00210763;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:35:18:0:0:35:18:0:1 chr2 233385396 . G A 2394.92 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644428;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0326;QD=60.2496;RBI=0.0950938;REFB=0;REVB=0.0699282;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863548;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:154:159:1:82:72:0:0:82:77:0:0 chr2 233386583 . T C 1828.61 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00843297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.308;QD=59.9544;RBI=0.0422002;REFB=-0.0299902;REVB=0.041349;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683504;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000255736;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:69:51:0:1:70:51:0:1 chr2 233390937 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.01368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.056;QD=18.7955;RBI=0.0172594;REFB=-0.0162348;REVB=0.0105235;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307392;STB=0.501741;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0200961;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:13:14:12:11:13:14 chr2 233390960 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0104268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.179;QD=18.6418;RBI=0.0169816;REFB=-0.0220159;REVB=0.0134036;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518425;STB=0.529111;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0205229;OID=.;OPOS=233390960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:11:15:13:12:11:15 chr2 233410294 . C T 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0297606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.445;QD=25.0371;RBI=0.0305371;REFB=0.0163442;REVB=0.00684273;RO=23;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702251;STB=0.53844;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.010768;OID=.;OPOS=233410294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:20:16:8:15:20:16:8:15 chr2 233413771 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0389923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3538;QD=23.2356;RBI=0.0389978;REFB=0.0122044;REVB=-0.000652091;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183763;STB=0.602725;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0239073;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:9:4:10:8:9:4 chr2 233414341 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0012564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5061;QD=12.0239;RBI=0.019386;REFB=-0.017362;REVB=-0.0193453;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365445;STB=0.71693;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0134643;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:1:11:14:5:1:11:15:5 chr2 233414832 . T G 86.54 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00724774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.39;QD=12.8211;RBI=0.0375934;REFB=-0.00645651;REVB=-0.0368882;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.575628;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.033473;OID=.;OPOS=233414832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:14:16:11:11:0.407407:7:4:3:11:7:4:4:12 chr2 233415938 . T TTGCTG 351.69 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00857306;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=5;MLLD=299.538;QD=13.0257;RBI=0.00955992;REFB=-0.00818386;REVB=0.00423021;RO=67;SAF=23;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021377;STB=0.517402;STBP=0.789;TYPE=ins;VARB=0.0117893;OID=.;OPOS=233415939;OREF=-;OALT=TGCTG;OMAPALT=TTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:42:109:42:108:66:23:19:38:28:99:67:23:19:38:29 chr2 233438786 . G A 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00800992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.594;QD=13.9502;RBI=0.0168775;REFB=-0.0216078;REVB=-0.0148556;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977452;STB=0.55552;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0288791;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:15:16:28:18:15:16:28:18 chr2 233543682 . C T 80.58 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00893856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.469;QD=7.67403;RBI=0.00894811;REFB=-0.00782997;REVB=-0.000413491;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113167;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0416714;OID=.;OPOS=233543682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:11:20:7:4:11:20 chr2 233543689 . T C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0121034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.594;QD=8.74517;RBI=0.0121661;REFB=-0.0035219;REVB=-0.0012328;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428424;STB=0.526271;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00974621;OID=.;OPOS=233543689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:11:19:8:4:11:19 chr2 233659553 . C A 1282.79 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5769;QD=61.821;RBI=0.0139618;REFB=0;REVB=0.00510226;RO=0;SAF=24;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83203e-05;OID=.;OPOS=233659553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:59:24:0:0:59:24:0:0 chr2 233693426 . A G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00689129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.247;QD=20.5623;RBI=0.0071979;REFB=-0.000905232;REVB=0.00207841;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310039;STB=0.517229;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00130136;OID=.;OPOS=233693426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:12:13:14:15:12:13 chr2 233708806 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.615;QD=53.3623;RBI=0.0389689;REFB=0.0697933;REVB=0.0361953;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000941224;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr2 233712226 . CA AG,CG 119.79 PASS AF=0,0.411765;AO=2,14;DP=34;FAO=0,14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=0,2;FSAR=0,12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0326841,-0.0196469;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=166.08,102.372;QD=14.0934;RBI=0.0651525,0.0483464;REFB=-0.0385994,-0.0235961;REVB=-0.0563614,-0.0441744;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.648403;STBP=1,0.235;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0573607;OID=.,.;OPOS=233712226,233712227;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:34:34:0:20:2,14:0,14:0,0.411765:2,12:0,2:0:0:0,12:0,2:6:14 chr2 233723182 . G A 769.62 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.996;QD=62.8259;RBI=0.0348401;REFB=0;REVB=0.0339687;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512335;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:12:31:0:0:13:36:0:0 chr2 233740227 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.855;QD=53.2737;RBI=0.0420261;REFB=0;REVB=0.0287977;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01754e-05;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr2 233744021 . G A 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9709;QD=54.4982;RBI=0.0603367;REFB=0;REVB=-0.0388079;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012449;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr2 233744041 . T A 46.77 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0226866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.676;QD=10.394;RBI=0.043315;REFB=-0.0700319;REVB=-0.0368986;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0749707;OID=.;OPOS=233744041;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr2 233757679 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.346;QD=60.716;RBI=0.00703025;REFB=0;REVB=0.00462729;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9577e-05;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr2 233757697 . A G 1038.11 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770682;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.336;QD=59.3204;RBI=0.0233524;REFB=0;REVB=0.022044;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210161;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:40:30:0:0 chr2 233834975 . A G 1677.4 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.706;QD=60.4468;RBI=0.0300009;REFB=0;REVB=-0.000138199;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5326e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:48:62:0:0:49:62:0:0 chr2 234055004 . T C 1191.41 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.489;QD=61.098;RBI=0.0913353;REFB=0;REVB=0.0883654;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437512;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:35:41:0:0:37:41:0:0 chr2 234066969 . C G 958.38 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0002859;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2707;QD=58.9775;RBI=0.012312;REFB=0;REVB=0.0123087;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114572;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr2 234112956 . G A 290.5 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0338657;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.817;QD=18.1562;RBI=0.0338746;REFB=-0.0148101;REVB=0.00077593;RO=32;SAF=2;SAR=29;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402012;STB=0.735099;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.017117;OID=.;OPOS=234112956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:31:32:0.5:29:2:8:24:30:2:8:24 chr2 234115337 . G A 205.43 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0148631;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.898;QD=15.8021;RBI=0.0215504;REFB=0.0106532;REVB=0.0156048;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160338;STB=0.513078;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00879619;OID=.;OPOS=234115337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:14:9:11:16:14:9:12:17 chr2 234183368 . A G 1807.51 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131239;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1168;QD=61.2716;RBI=0.0176637;REFB=0;REVB=0.0118224;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211194;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr2 234184417 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.599;QD=58.6005;RBI=0.0126018;REFB=0;REVB=0.0112149;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44383e-05;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr2 234203233 . C A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00810499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.953;QD=24.2461;RBI=0.0158012;REFB=-0.00306937;REVB=0.0135642;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107938;STB=0.570865;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00250714;OID=.;OPOS=234203233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:11:14:8:11:11:14:8:12 chr2 234227523 . A G 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.454;QD=58.778;RBI=0.0375171;REFB=0;REVB=-0.00181687;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65025e-05;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:48:17:0:0:48:17:0:0 chr2 234255547 . G A 1471.0 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171826;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.833;QD=58.2576;RBI=0.0232454;REFB=-0.114109;REVB=0.0156559;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000478079;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:98:100:0.990099:56:42:0:0:58:42:0:1 chr2 234449316 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.831;QD=57.3857;RBI=0.0250145;REFB=0;REVB=0.00415921;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129604;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr2 234469664 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.73;QD=62.1621;RBI=0.0460145;REFB=0;REVB=0.0422935;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260827;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:38:45:0:0:38:47:0:0 chr2 234590616 . C A 1054.26 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0356124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.696;QD=56.9871;RBI=0.0360709;REFB=0.0289668;REVB=0.00573327;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106287;STB=0.503154;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.000215944;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:28:44:1:0:28:44:1:1 chr2 234590970 . T G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.013;QD=58.9627;RBI=0.0261641;REFB=0;REVB=0.0131874;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91506e-06;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr2 234590974 . CG AA,CA 868.26 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=60,4;DP=64;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127518,0.0116072;FXX=0.0156226;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=145.595,105.042;QD=55.1277;RBI=0.0163335,0.047762;REFB=0,0;REVB=0.0102066,0.0463301;RO=0;SAF=29,1;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.73709e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00907901,-0.215944;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:64:63:0:0:60,4:59,4:0.936508,0.0634921:31,3:29,1:0:0:30,3:29,1:0:0 chr2 234591205 . T C 2322.32 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.436;QD=63.6252;RBI=0.0338592;REFB=0;REVB=0.0169918;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231154;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:144:146:1:82:62:0:0:83:63:0:0 chr2 234601669 . T G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.719;QD=63.1951;RBI=0.00770906;REFB=0;REVB=-0.00754273;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33417e-05;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr2 234601965 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.846;QD=59.8373;RBI=0.0547441;REFB=0;REVB=0.0446306;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115329;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:20:16:0:0 chr2 234602191 . A G 854.74 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136969;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.092;QD=57.9482;RBI=0.0160048;REFB=0;REVB=0.00827956;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157867;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr2 234602202 . A C 770.36 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.598;QD=55.0255;RBI=0.0155631;REFB=0.0239778;REVB=0.00149704;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011936;STB=0.506327;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000360376;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:39:16:0:1:39:16:0:1 chr2 234622429 . T C 2353.9 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000984762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.636;QD=63.1919;RBI=0.0253694;REFB=-0.0268226;REVB=0.0253502;RO=0;SAF=62;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99978e-08;STB=0.50289;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000119439;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:149:0:1:147:148:0.993289:85:62:0:0:86:62:0:1 chr2 234627937 . T C 2388.22 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372566;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5546;QD=60.8464;RBI=0.0610665;REFB=0;REVB=0.0483846;RO=0;SAF=79;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152157;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:155:157:1:76:79:0:0:78:79:0:0 chr2 234637803 . T C 978.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589429;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1443;QD=59.2876;RBI=0.074899;REFB=0;REVB=0.0462125;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029106;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:26:40:0:0 chr2 234637853 . G A 1473.46 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.872;QD=63.3746;RBI=0.0479833;REFB=0;REVB=0.0428896;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08198e-05;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:49:42:0:0:49:44:0:0 chr2 234637912 . T C 1290.47 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.762;QD=61.4509;RBI=0.0326924;REFB=0;REVB=0.00168739;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044257;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:38:44:0:0:40:44:0:0 chr2 234638249 . A G 2584.66 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.764;QD=61.9081;RBI=0.0297127;REFB=0;REVB=0.00715745;RO=0;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48659e-05;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:86:80:0:0:87:80:0:0 chr2 234652347 . C G 359.31 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00027058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.962;QD=12.9482;RBI=0.0172732;REFB=-0.00860419;REVB=-0.0172711;RO=68;SAF=22;SAR=21;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442329;STB=0.525114;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0140835;OID=.;OPOS=234652347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:21:22:32:36:21:22:32:36 chr2 234688036 . C A 833.06 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9479;QD=57.4525;RBI=0.0287044;REFB=0;REVB=-0.0275835;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029279;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr2 234702321 . A G 776.74 PASS AF=0.450549;AO=82;DP=182;FAO=82;FDP=182;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0249699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.351;QD=17.0713;RBI=0.0285321;REFB=-0.0220315;REVB=-0.0138053;RO=99;SAF=35;SAR=47;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277689;STB=0.518519;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0220539;OID=.;OPOS=234702321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:100:82:82:0.450549:47:35:45:54:47:35:46:54 chr2 234702459 . T C 501.81 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00771324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.177;QD=18.5856;RBI=0.0119778;REFB=-0.0104688;REVB=-0.00916372;RO=55;SAF=19;SAR=34;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315386;STB=0.517447;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00971429;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:34:19:18:37:34:19:18:37 chr2 234703136 . T C 189.29 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0151164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1554;QD=21.0327;RBI=0.0164812;REFB=-0.0539133;REVB=-0.00656688;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466785;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0490939;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:9:8:10:9:9:8 chr2 234704318 . A G 243.99 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0544563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2093;QD=15.2493;RBI=0.0885399;REFB=-0.00258463;REVB=-0.0698128;RO=36;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119656;STB=0.587481;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00450755;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:35:27:29:0.453125:9:18:20:16:9:20:19:16 chr2 234704690 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.003;QD=62.022;RBI=0.0327186;REFB=0;REVB=0.0325409;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82387e-05;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:16:26:0:0 chr2 234725502 . T C 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2304;QD=58.4107;RBI=0.0481176;REFB=0;REVB=-0.0476549;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000604423;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr2 234727333 . C G 1515.39 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.403;QD=62.4905;RBI=0.0380224;REFB=-0.0954498;REVB=0.0362844;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000441963;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:0:1:95:96:0.989691:36:59:0:0:37:59:0:1 chr2 234728078 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0206;QD=61.2122;RBI=0.0159403;REFB=0;REVB=0.0142634;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166155;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr2 234732317 . A G 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.542;QD=58.9545;RBI=0.0155941;REFB=0;REVB=0.00714619;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22535e-05;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 234737275 . G C 2125.64 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687444;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.872;QD=62.9819;RBI=0.0110002;REFB=0;REVB=0.00858753;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16402e-05;OID=.;OPOS=234737275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:60:75:0:0:60:75:0:0 chr2 234737372 . C A 1362.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868533;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.703;QD=62.648;RBI=0.0327769;REFB=0;REVB=0.0316052;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40419e-05;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr2 234740136 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.505;QD=56.9569;RBI=0.0229847;REFB=0;REVB=-0.00777912;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198434;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 234741808 . C T 854.01 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161724;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.749;QD=56.9341;RBI=0.0492538;REFB=0;REVB=0.046523;RO=1;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80867e-05;OID=.;OPOS=234741808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:1:0:59:60:1:16:43:0:1:17:43:0:0 chr2 234750831 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.476;QD=64.1538;RBI=0.0406173;REFB=0;REVB=0.0154924;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04037e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 234856212 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.431;QD=63.3368;RBI=0.0157744;REFB=0;REVB=0.012986;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47353e-06;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr2 234863788 . G A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.257;QD=54.6508;RBI=0.0236261;REFB=-0.0665053;REVB=0.0120552;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000764014;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:52:52:0.981132:26:26:0:0:26:26:0:1 chr2 234926008 . C T 210.23 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0320053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1766;QD=11.844;RBI=0.0567947;REFB=0.0189135;REVB=-0.0469181;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361152;STB=0.513801;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0249052;OID=.;OPOS=234926008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:41:45:26:26:0.366197:11:15:25:16:11:15:25:20 chr2 234959637 . T A 495.65 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.0202788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.472;QD=13.3959;RBI=0.0215573;REFB=-0.0180577;REVB=0.00731336;RO=91;SAF=23;SAR=33;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077328;STB=0.501494;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0172704;OID=.;OPOS=234959637;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:91:92:56:56:0.378378:33:23:38:53:33:23:38:54 chr2 234967539 . T A 206.13 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.005655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.027;QD=13.5166;RBI=0.0211524;REFB=-0.0129935;REVB=-0.0203825;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290639;STB=0.528156;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0209552;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:12:12:17:19:12:13:17:19 chr2 235402279 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.122;QD=62.9828;RBI=0.0237767;REFB=0;REVB=0.0185274;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134059;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr2 235949877 . T C 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0188286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.067;QD=11.6207;RBI=0.0214479;REFB=-0.00651876;REVB=0.0102711;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216557;STB=0.625775;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00951157;OID=.;OPOS=235949877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:21:14:12:8:21:14 chr2 235949920 . A G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0155202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.564;QD=10.9435;RBI=0.0158184;REFB=-0.00872499;REVB=0.00305682;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750837;STB=0.543816;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0139833;OID=.;OPOS=235949920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:21:16:10:10:21:16 chr2 235949936 . G A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0364993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2667;QD=12.2757;RBI=0.0393017;REFB=-0.00847488;REVB=-0.0145749;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292532;STB=0.517221;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0252156;OID=.;OPOS=235949936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:18:14:7:10:18:14 chr2 235950002 . G A 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0172844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.358;QD=15.6484;RBI=0.0218086;REFB=-0.0211805;REVB=-0.013299;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0145926;OID=.;OPOS=235950002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:6:10:9:11:6:10:9:12 chr2 235950187 . T C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.00490825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.667;QD=15.8128;RBI=0.00718279;REFB=-0.0200325;REVB=-0.00524419;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240706;STB=0.64045;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0233356;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:33:34:0.435897:20:13:8:36:20:14:8:36 chr2 235950284 . A C 684.51 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.00597566;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.128;QD=17.5516;RBI=0.00865863;REFB=-0.00409452;REVB=0.00626605;RO=82;SAF=25;SAR=48;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245701;STB=0.518114;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00467776;OID=.;OPOS=235950284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:83:73:73:0.467949:48:25:30:52:48:25:31:52 chr2 235951819 . A G 449.41 PASS AF=0.442478;AO=46;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0111724;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.783;QD=15.9084;RBI=0.011489;REFB=-0.00474548;REVB=-0.00267882;RO=63;SAF=29;SAR=17;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161653;STB=0.606351;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0106048;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:46:50:0.442478:17:29:30:33:17:33:30:33 chr2 236433161 . G A 118.9 PASS AF=0.432432;AO=11;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00876189;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.443;QD=12.8541;RBI=0.0111882;REFB=-0.0168289;REVB=0.00695743;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444202;STB=0.586098;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0312918;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:21:11:16:0.432432:6:5:7:10:6:10:10:11 chr2 236691982 . A G 359.9 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00266679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7825;QD=13.2073;RBI=0.0134865;REFB=-0.0117095;REVB=0.0132202;RO=66;SAF=17;SAR=26;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192315;STB=0.608978;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0159044;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:26:17:38:28:26:17:38:28 chr2 236761396 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0270569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.107;QD=9.83024;RBI=0.0320323;REFB=-0.00117892;REVB=-0.0171462;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178695;STB=0.60918;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0066912;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:10:16:9:3:10:16 chr2 236761414 . C CCAGG 162.08 PASS AF=0.486486;AO=14;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0089461;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=4;MLLD=278.713;QD=17.5218;RBI=0.0238828;REFB=-0.0172723;REVB=-0.022144;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760533;STB=0.555096;STBP=0.591;TYPE=ins;VARB=0.0131651;OID=.;OPOS=236761415;OREF=-;OALT=CAGG;OMAPALT=CCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:14:38:18:37:19:5:13:7:12:99:20:4:10:7:13 chr2 236957822 . G A 1563.5 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.364;QD=59.562;RBI=0.0309499;REFB=0;REVB=0.0301168;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237945;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:64:40:0:0:65:40:0:0 chr2 237232855 . A T 213.75 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0120641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.106;QD=12.5736;RBI=0.0147718;REFB=-0.00048338;REVB=0.00852424;RO=41;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12175;STB=0.55098;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000789721;OID=.;OPOS=237232855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:41:42:24:26:0.382353:17:7:16:25:18:8:16:26 chr2 237923852 . G A 235.82 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.013313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.233;QD=14.9726;RBI=0.014705;REFB=-0.00702585;REVB=0.00624498;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259426;STB=0.599474;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00956046;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:21:28:0.444444:14:7:20:15:17:11:20:15 chr2 238166147 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0193562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.903;QD=24.0732;RBI=0.0234755;REFB=0.00048719;REVB=-0.013283;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.614009;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000408498;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:1:6:7:6:1:6 chr2 238233483 . G A 209.15 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0292835;FXX=0.0937207;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.696;QD=28.8478;RBI=0.0371593;REFB=-0.0763896;REVB=-0.0228754;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527488;STB=0.543351;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0222026;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:9:10:19:19:0.655172:11:8:3:6:11:8:3:7 chr2 238243464 . C G 238.07 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0460279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5272;QD=27.2076;RBI=0.130287;REFB=-0.0062171;REVB=-0.121886;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563967;STB=0.531222;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000832878;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:7:6:12:10:7:6 chr2 238253065 . C T 394.12 PASS AF=0.382114;AO=46;DP=122;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0098192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.382;QD=12.817;RBI=0.0323209;REFB=-0.0153029;REVB=0.0307933;RO=74;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026426;STB=0.521064;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.025299;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:74:76:46:47:0.382114:25:21:32:42:25:22:33:43 chr2 238258814 . C G 364.05 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.00789603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.979;QD=13.4832;RBI=0.0123378;REFB=-0.00798297;REVB=-0.00948022;RO=65;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16562;STB=0.593179;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00974906;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:24:19:19:46:24:19:19:46 chr2 238267717 . C T 332.24 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0111205;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.815;QD=16.0116;RBI=0.0113142;REFB=-0.0109888;REVB=-0.00208428;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158259;STB=0.589129;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0129953;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:21:15:27:20:21:15:27:20 chr2 238434249 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0252618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6575;QD=16.4432;RBI=0.0363121;REFB=-0.00371904;REVB=0.0260846;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433655;STB=0.524813;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00621635;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:11:16:11:9:11:16 chr2 238443226 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00568164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.697;QD=15.9153;RBI=0.0199725;REFB=-0.0138694;REVB=0.0191473;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571552;STB=0.532235;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0163267;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:19:15:14:14:19:15 chr2 238449007 . T C 254.35 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0184531;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.945;QD=17.5415;RBI=0.0185343;REFB=-0.0176923;REVB=-0.00173222;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699934;STB=0.539312;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0171915;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:16:14:11:17:16:14 chr2 238449023 . T C 287.45 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000344419;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.559;QD=18.2508;RBI=0.00545875;REFB=-0.0256317;REVB=0.00544788;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168673;STB=0.509428;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0240802;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:18:14:13:18:18:14 chr2 238449107 . A G 277.55 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000915606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0731;QD=16.0897;RBI=0.0476273;REFB=-0.0171748;REVB=-0.0476185;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021716;STB=0.512233;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0261229;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:20:18:14:17:20:18 chr2 238461773 . G A 198.94 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00821035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5128;QD=11.3679;RBI=0.0615453;REFB=-0.042405;REVB=-0.0609952;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966167;STB=0.555773;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0720611;OID=.;OPOS=238461773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:16:29:14:11:16:29 chr2 238462324 . A G 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0010067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.583;QD=16.9914;RBI=0.00717533;REFB=-0.0124634;REVB=0.00710436;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27576;STB=0.652962;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0163328;OID=.;OPOS=238462324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:5:25:15:12:5:25 chr2 238483164 . T C 310.87 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.787;QD=51.8123;RBI=0.0578061;REFB=0;REVB=-0.0359742;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150442;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:19:4:0:0:19:5:0:0 chr2 238483671 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000183271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.953;QD=20.4362;RBI=0.0616933;REFB=-0.0177743;REVB=0.0616931;RO=26;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310582;STB=0.673348;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0280132;OID=.;OPOS=238483671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:22:8:16:10:22:8:16:10 chr2 238483729 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.803;QD=57.5436;RBI=0.0139732;REFB=0;REVB=0.00376182;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11415e-05;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr2 238494742 . A G 121.52 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00310507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.815;QD=15.1897;RBI=0.0933629;REFB=0.00650225;REVB=-0.0933113;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00807761;OID=.;OPOS=238494742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr2 238499863 . A AAATTCTTCAGGAGACTCT,T 689.47 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=36,12;DP=58;FAO=42,9;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35,9;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000521554,-0.00182257;FXX=0.0192271;HRUN=2,2;LEN=18,1;MLLD=658.321,215.868;QD=54.076;RBI=0.0167243,0.00913244;REFB=0,0;REVB=0.0167162,0.00894872;RO=7;SAF=31,12;SAR=5,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0947788,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00115342,0.0185929;OID=.,.;OPOS=238499864,238499863;OREF=-,A;OALT=AATTCTTCAGGAGACTCT,T;OMAPALT=AAATTCTTCAGGAGACTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:58:51:7:0:36,12:42,9:0.823529,0.176471:5,0:31,12:7:0:7,0:35,9:0:0 chr2 238499866 . C T 743.7 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000109408;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.296;QD=55.0889;RBI=0.0677918;REFB=-0.120626;REVB=0.0677917;RO=1;SAF=45;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626232;STB=0.53332;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000445896;OID=.;OPOS=238499866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:7:45:0:1:7:46:0:1 chr2 238499874 . C T 331.86 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00997212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.727;QD=16.1882;RBI=0.108181;REFB=-0.0208164;REVB=0.107721;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410465;STB=0.518158;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0388585;OID=.;OPOS=238499874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:13:23:27:18:13:23:28:18 chr2 238500642 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00298137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.216;QD=14.6579;RBI=0.0326045;REFB=-0.022296;REVB=0.0324679;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503595;STB=0.529366;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0319163;OID=.;OPOS=238500642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:6:11:9:4:6:11 chr2 238503559 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.247;QD=61.213;RBI=0.0251178;REFB=0;REVB=0.0221349;RO=0;SAF=58;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89376e-05;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:21:58:0:0:21:58:0:0 chr2 238990436 . G A 338.0 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0173299;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.834;QD=14.8573;RBI=0.0201297;REFB=-0.0182367;REVB=0.0102411;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141506;STB=0.508017;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0293649;OID=.;OPOS=238990436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:19:18:27:27:19:18:27:27 chr2 238991733 . C A 301.57 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0141294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.488;QD=16.7538;RBI=0.0170491;REFB=-0.0115227;REVB=0.00954116;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763253;STB=0.542831;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0222535;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:22:17:17:16:22:17 chr2 238991796 . C T 477.75 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0274916;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.2;QD=21.2332;RBI=0.028115;REFB=-0.0210702;REVB=-0.00588805;RO=43;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129187;STB=0.566875;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0144796;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:30:16:21:22:30:16:21:23 chr2 239006879 . C T 443.64 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0552593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8255;QD=20.6345;RBI=0.0666034;REFB=-0.0299082;REVB=0.0371808;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569327;STB=0.537524;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0211613;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:43:44:0.511628:25:18:15:27:25:19:15:27 chr2 239010719 . T C 1970.93 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.758;QD=62.0764;RBI=0.043882;REFB=0;REVB=0.041896;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16012e-05;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:65:62:0:0:65:62:0:0 chr2 239016539 . C G 2121.62 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7769;QD=62.8627;RBI=0.0342837;REFB=0;REVB=0.0339049;RO=0;SAF=71;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131646;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:63:71:0:0:64:71:0:0 chr2 239025630 . T C 719.89 PASS AF=0.506329;AO=71;DP=147;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0289722;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6442;QD=18.2251;RBI=0.0345352;REFB=-0.0273701;REVB=-0.0187961;RO=72;SAF=30;SAR=41;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448456;STB=0.544578;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.023085;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:158:72:78:71:80:0.506329:41:30:27:45:41:39:31:47 chr2 239025645 . C T 620.97 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.0275615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.325;QD=17.999;RBI=0.0275694;REFB=-0.0187914;REVB=-0.000659845;RO=74;SAF=33;SAR=31;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132261;STB=0.573308;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0171966;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:31:33:28:46:31:33:28:46 chr2 239039896 . G C 1926.4 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0157053;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1656;QD=59.2737;RBI=0.0515134;REFB=-0.141417;REVB=-0.0490609;RO=3;SAF=68;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578408;STB=0.51079;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00278631;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:3:3:127:127:0.976923:59:68:2:1:59:68:3:0 chr2 239040187 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000929828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.244;QD=57.2025;RBI=0.0468799;REFB=0;REVB=0.0468707;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189023;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr2 239050033 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.441;QD=49.5991;RBI=0.074388;REFB=0;REVB=-0.020322;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845471;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr2 239051550 . T C 3129.31 PASS AF=0.990385;AO=205;DP=211;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0163548;FXX=0.0142173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3587;QD=60.1789;RBI=0.0346129;REFB=-0.124691;REVB=0.0305053;RO=2;SAF=70;SAR=135;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324041;STB=0.501714;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000517963;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:211:208:2:2:205:206:0.990385:135:70:1:1:136:70:1:1 chr2 239059484 . T C 1629.82 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291908;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.043;QD=60.3637;RBI=0.0466844;REFB=0;REVB=0.0364326;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144336;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr2 239075935 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8068;QD=61.3351;RBI=0.105597;REFB=0;REVB=-0.100187;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119247;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 239155053 . C T 757.3 PASS AF=0.51773;AO=72;DP=140;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0183023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.393;QD=21.4836;RBI=0.0588529;REFB=0.0022989;REVB=0.0559347;RO=68;SAF=34;SAR=38;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144928;STB=0.504785;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00178321;OID=.;OPOS=239155053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:68:68:72:73:0.51773:38:34:31:37:39:34:31:37 chr2 239229372 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0175181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.658;QD=11.1041;RBI=0.0188988;REFB=-0.0398094;REVB=0.00709085;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.05345;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr2 239261866 . G A 300.61 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.017453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.382;QD=16.4718;RBI=0.0174538;REFB=-0.0157547;REVB=-0.000171233;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01249;STB=0.502511;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0168687;OID=.;OPOS=239261866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:18:14:18:22:18:15:18:22 chr2 239353001 . C T 604.92 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0291486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.717;QD=24.4412;RBI=0.0297599;REFB=-0.0110625;REVB=-0.00600084;RO=42;SAF=26;SAR=29;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731883;STB=0.528445;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0128671;OID=.;OPOS=239353001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:44:55:55:0.555556:29:26:16:26:29:26:18:26 chr2 239969974 . G C 243.83 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0047287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.29;QD=15.2393;RBI=0.0225846;REFB=-0.0191689;REVB=0.022084;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145132;STB=0.581982;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0245639;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:22:14:15:13:22:14 chr2 240003870 . G A 1798.31 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00254305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.95;QD=58.4816;RBI=0.0432506;REFB=-0.121803;REVB=0.0431757;RO=3;SAF=72;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128271;STB=0.506756;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000307469;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:3:3:120:120:0.97561:48:72:1:2:48:72:1:2 chr2 240323905 . T TG 953.42 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.0833;QD=48.8936;RBI=0.113049;REFB=0;REVB=-0.0963817;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000601651;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:78:78:78:0:39:39:0:0:17:0:38:39:0:0 chr2 240500173 . T C 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0319628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.609;QD=21.1201;RBI=0.0321194;REFB=0.000839536;REVB=-0.00316696;RO=27;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124345;STB=0.620073;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000757242;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:32:37:37:0.536232:27:10:11:16:27:10:16:16 chr2 240500249 . C T 305.42 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00696769;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.01;QD=17.4524;RBI=0.0371417;REFB=-0.0199912;REVB=0.0364822;RO=36;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126969;STB=0.566112;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0135047;OID=.;OPOS=240500249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:24:9:14:22:24:9:14:23 chr2 240500413 . A G 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00186829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.336;QD=13.8095;RBI=0.0152938;REFB=-0.00450191;REVB=-0.0151793;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103542;STB=0.558792;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00767409;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:20:16:20:37:20:16:20:37 chr2 240500437 . C T 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0102904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.069;QD=14.1672;RBI=0.0268266;REFB=-0.0217387;REVB=-0.0247745;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294944;STB=0.516748;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.029215;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:20:13:18:31:20:13:18:31 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 808.28 PASS AF=0,1;AO=8,65;DP=77;FAO=0,75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121093,-0.0714997;FXX=0.0259707;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=6.47002,17.1533;QD=43.1084;RBI=0.155787,0.0858086;REFB=0,0;REVB=-0.0980095,-0.0474437;RO=0;SAF=5,26;SAR=3,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,5.10038e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000792234;OID=.,.;OPOS=240900612,240900608;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,65:77:0,75:75:0:0,32:0,43:0:0:15:0:5,26:3,39:0:0 chr2 240923050 . C T 2737.11 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124927;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.665;QD=62.5624;RBI=0.0161466;REFB=0;REVB=0.0102296;RO=0;SAF=77;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01091e-06;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:97:77:0:0:97:78:0:0 chr2 240946766 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.378;QD=56.9569;RBI=0.0349907;REFB=0;REVB=0.0315713;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279125;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 240961728 . T C 882.99 PASS AF=1;AO=46;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.313;QD=53.5145;RBI=0.0894193;REFB=0;REVB=0.0859756;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264794;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:46:66:1:16:30:0:0:36:30:0:0 chr2 240969312 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.323;QD=33.4284;RBI=0.0360173;REFB=0;REVB=0.0241874;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13116e-05;OID=.;OPOS=240969312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 240981262 . A C 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00310765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.28;QD=15.1651;RBI=0.00940609;REFB=-0.00353399;REVB=0.0088779;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521122;STB=0.530081;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00821761;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:13:7:6:9:13:7 chr2 240981375 . T A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0560187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.83;QD=26.3153;RBI=0.0582727;REFB=-0.0337305;REVB=-0.0160503;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114815;STB=0.563717;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0276588;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:6:8:9:13:6:8 chr2 240984789 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000284514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.254;QD=57.1773;RBI=0.017607;REFB=0;REVB=0.0176047;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112345;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 240985347 . G A 486.18 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0286264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.103;QD=49.8643;RBI=0.0449629;REFB=-0.10728;REVB=-0.0346727;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084785;STB=0.533314;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0072056;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:3:4:35:35:0.897436:20:15:3:0:20:15:3:1 chr2 241066280 . C T 165.66 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.000906258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2351;QD=14.4049;RBI=0.0224368;REFB=-0.00387107;REVB=-0.0224185;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.618919;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.013284;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:10:18:8:10:10:18 chr2 241066325 . A C 84.77 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000195622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.568;QD=10.9385;RBI=0.0185253;REFB=-0.00608232;REVB=0.0185242;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202063;STB=0.621079;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0132182;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:9:11:4:7:9:11 chr2 241404310 . AGGGC AGG,AGGC 162.26 PASS AF=0.365385,0;AO=14,17;DP=125;FAO=38,0;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=35,0;FSAR=3,0;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0696981,0.123558;FXX=0.174589;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=26.7502,12.7824;QD=6.24091;RBI=0.0726402,0.12562;REFB=-0.0176115,-0.147855;REVB=0.0204639,0.0226674;RO=91;SAF=14,16;SAR=0,1;SRF=39;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.712892,0.654358;STB=0.860424,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,del;VARB=0.00306063,0.0285199;OID=.,.;OPOS=241404313,241404311;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385,0:14,17:125:38,0:104:66:35,0:3,0:33:33:99:91:14,16:0,1:39:52 chr2 241404317 . C T 527.72 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00151241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.1406;QD=16.6211;RBI=0.00481811;REFB=-0.00214945;REVB=0.00457458;RO=66;SAF=39;SAR=19;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202648;STB=0.61055;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00353282;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:69:58:58:0.456693:19:39:31:35:19:39:33:36 chr2 241404499 . C T 776.22 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0177709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.602;QD=20.6993;RBI=0.057986;REFB=-0.00973948;REVB=0.0551957;RO=75;SAF=44;SAR=30;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749471;STB=0.506923;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0127798;OID=.;OPOS=241404499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:75:75:74:75:0.5:30:44:44:31:30:45:44:31 chr2 241405528 . A G 876.5 PASS AF=0.559211;AO=84;DP=151;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0211899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6798;QD=23.0657;RBI=0.0230808;REFB=-0.0206095;REVB=-0.00914948;RO=67;SAF=44;SAR=40;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859457;STB=0.549023;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0157838;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:67:67:84:85:0.559211:40:44:28:39:40:45:28:39 chr2 241492255 . G T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9967;QD=64.4143;RBI=0.0400023;REFB=0;REVB=-0.0375735;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151785;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr2 241537421 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.907;QD=61.6947;RBI=0.0299314;REFB=0;REVB=0.00965729;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53004e-05;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr2 241538074 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.559;QD=58.6005;RBI=0.0228149;REFB=0;REVB=-0.0209838;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21707e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr2 241558397 . G A 1525.02 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314284;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.176;QD=59.8047;RBI=0.00394196;REFB=0;REVB=0.00237942;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2962e-05;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:57:44:0:0:57:45:0:0 chr2 241570107 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0163902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.675;QD=13.7531;RBI=0.0228225;REFB=-0.0109088;REVB=0.0158816;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403331;STB=0.70992;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0113946;OID=.;OPOS=241570107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:7:7:3:20:8:7:3:20 chr2 241570249 . A C 393.09 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.552;QD=56.1558;RBI=0.0528502;REFB=0;REVB=-0.0264938;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52748e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr2 241570391 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.987;QD=61.6745;RBI=0.0751004;REFB=0;REVB=0.0615231;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020558;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr2 241621799 . GC G 126.27 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0202032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7863;QD=14.0296;RBI=0.123786;REFB=-0.048538;REVB=-0.122126;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329428;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=del;VARB=0.0318697;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:36:15:36:21:8:7:11:10:99:20:8:7:10:10 chr2 241627928 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0057891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.52;QD=12.339;RBI=0.0183736;REFB=-0.0179016;REVB=-0.0174377;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123663;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0221844;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:20:19:9:15:20:19 chr2 241631476 . C G 286.81 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.015956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2364;QD=22.0624;RBI=0.0509849;REFB=-0.000608265;REVB=-0.0484238;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686098;STB=0.542827;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00234077;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:23:29:29:0.557692:19:10:9:12:19:10:10:13 chr2 241664801 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.739;QD=62.3486;RBI=0.0576034;REFB=0;REVB=0.0491982;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592746;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr2 241667783 . C T 348.17 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.076;QD=53.5642;RBI=0.0367528;REFB=0;REVB=0.0367388;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495104;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 1022.6 PASS AF=0.150685,0.643836,0.205479;AO=12,26,16;DP=82;FAO=11,47,15;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=10,7,2;FSAR=1,40,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737679,0.0735138,0.019139;FXX=0.0874891;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=87.465,93.4774,75.6831;QD=56.0327;RBI=0.0801106,0.0827159,0.0475719;REFB=0,0,0;REVB=0.031241,0.0379163,0.0435521;RO=0;SAF=9,0,2;SAR=3,26,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0136412,0.0373001,0.0123237;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:82:73:0:0:12,26,16:11,47,15:0.150685,0.643836,0.205479:3,26,14:9,0,2:0:0:1,40,13:10,7,2:0:0 chr2 241722445 . G A 944.23 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136967;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8365;QD=57.2262;RBI=0.0399858;REFB=-0.051661;REVB=0.0375668;RO=1;SAF=43;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010861;STB=0.505745;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-1.00685e-05;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:22:43:1:0:22:43:1:0 chr2 241826517 . C T 1267.43 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.571;QD=61.0809;RBI=0.0342571;REFB=0;REVB=0.00853509;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376041;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:41:38:0:0:42:41:0:0 chr2 241828034 . A G 670.49 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.528;QD=62.3707;RBI=0.0891586;REFB=0;REVB=0.0149805;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200029;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr2 241865156 . T C 4175.14 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.459;QD=62.549;RBI=0.0159912;REFB=0;REVB=0.0022044;RO=0;SAF=131;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16985e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:267:0:0:264:267:1:133:131:0:0:136:131:0:0 chr2 241872722 . G A 1061.38 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.909;QD=57.3719;RBI=0.0300381;REFB=-0.0871581;REVB=0.00301131;RO=2;SAF=34;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027006;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00075149;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:2:1:72:73:0.986486:38:34:2:0:38:35:1:0 chr2 241922430 . T C 310.07 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00826328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.282;QD=13.781;RBI=0.0205056;REFB=-0.0217963;REVB=-0.018767;RO=54;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152281;STB=0.514278;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0319714;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:18:17:27:27:18:17:28:27 chr2 241925343 . T C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0112547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.012;QD=16.0925;RBI=0.015313;REFB=-0.0136959;REVB=-0.0103837;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247153;STB=0.638136;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00684321;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:10:28:15:16:10:28 chr2 241929228 . A G 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.406;QD=63.6134;RBI=0.0138596;REFB=0;REVB=0.0132069;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44164e-06;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr2 241979550 . T C 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0100558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.559;QD=17.2393;RBI=0.0110104;REFB=-0.00360152;REVB=0.00448438;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169218;STB=0.590116;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00372424;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:13:26:23:23:13:26:24:23 chr2 242011084 . T C 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.031194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.176;QD=29.3742;RBI=0.0341127;REFB=-0.0556355;REVB=-0.0138062;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110583;STB=0.545399;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.037969;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:6:7:17:17:0.708333:12:5:3:3:12:5:3:4 chr2 242011303 . A G 457.51 PASS AF=0.480769;AO=47;DP=101;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00328416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9695;QD=17.5966;RBI=0.0429788;REFB=-0.0261822;REVB=0.0428532;RO=54;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340097;STB=0.505317;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0298918;OID=.;OPOS=242011303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:54:54:47:50:0.480769:28:19:20:34:31:19:20:34 chr2 242011330 . C A 436.42 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0240669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7568;QD=18.7709;RBI=0.0246653;REFB=-0.0190507;REVB=0.00540012;RO=49;SAF=13;SAR=30;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427577;STB=0.519371;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0145003;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:30:13:13:36:31:13:13:36 chr2 242011531 . G A 188.1 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00131702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4035;QD=15.3549;RBI=0.0391565;REFB=-0.0118416;REVB=0.0391343;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180969;STB=0.616618;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0258585;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:6:14:15:13:6:14:15:14 chr2 242021742 . G T 755.64 PASS AF=0.506579;AO=76;DP=152;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0540355;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.021;QD=19.8851;RBI=0.0544363;REFB=-0.0124275;REVB=0.00659393;RO=74;SAF=46;SAR=30;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843088;STB=0.545696;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0128245;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:75:76:77:0.506579:30:46:38:36:31:46:38:37 chr2 242028762 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00746558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.194;QD=11.2612;RBI=0.0074665;REFB=0.00807908;REVB=-0.000117239;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156924;STB=0.593621;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00987172;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:14:16:10:5:14:16 chr2 242035466 . C T 389.17 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0307325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.943;QD=18.7552;RBI=0.0370757;REFB=-0.026716;REVB=-0.0207393;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045;STB=0.542973;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0288512;OID=.;OPOS=242035466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:43:40:40:0.481928:21:19:21:19:21:19:24:19 chr2 242046785 . A C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0167262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.75;QD=19.9056;RBI=0.0217065;REFB=-0.0141509;REVB=-0.013835;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247308;STB=0.636281;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0148637;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:5:22:16:14:5:22 chr2 242051777 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00797479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.23;QD=15.7005;RBI=0.00939929;REFB=-0.00910471;REVB=-0.00497488;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375681;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0176626;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:7:12:10:5:7:12 chr2 242054403 . G A 569.65 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0104348;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.486;QD=20.3447;RBI=0.0104638;REFB=-0.0222875;REVB=0.000778616;RO=54;SAF=30;SAR=28;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312969;STB=0.517235;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0207589;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:54:54:58:58:0.517857:28:30:26:28:28:30:26:28 chr2 242062162 . C T 45.98 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.050613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5455;QD=9.19588;RBI=0.120279;REFB=0.00877183;REVB=0.109111;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46896;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0242475;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:14:13:6:7:0.35:5:1:8:6:5:2:7:6 chr2 242066156 . C T 271.07 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0150298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.386;QD=30.1185;RBI=0.0246241;REFB=-0.0138949;REVB=-0.0195052;RO=10;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536345;STB=0.527755;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0105578;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:36:10:12:24:24:0.666667:12:12:6:4:12:12:7:5 chr2 242066789 . A G 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0274315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.756;QD=12.3836;RBI=0.0281886;REFB=-0.00449472;REVB=-0.00648931;RO=49;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149911;STB=0.586147;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0103374;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:12:17:22:27:12:17:22:27 chr2 242082262 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0141699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.304;QD=15.6263;RBI=0.0316487;REFB=-0.0140284;REVB=0.0282993;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261363;STB=0.648492;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0170044;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:18:5:8:9:18:5 chr2 242122386 . C T 274.53 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0104886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7094;QD=18.9333;RBI=0.0180928;REFB=-0.126761;REVB=-0.0147424;RO=28;SAF=3;SAR=27;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479879;STB=0.773966;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0762451;OID=.;OPOS=242122386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:27:3:13:15:27:3:13:15 chr2 242122391 . T C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00669283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.531;QD=23.1634;RBI=0.0165366;REFB=0.00158972;REVB=-0.0151216;RO=23;SAF=3;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410957;STB=0.734423;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00356415;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:23:3:10:13:23:3:10:13 chr2 242157228 . G C 325.26 PASS AF=0.539683;AO=32;DP=61;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0748236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0025;QD=20.6513;RBI=0.0863068;REFB=0.010647;REVB=0.043015;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934918;STB=0.503309;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00577717;OID=.;OPOS=242157228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:29:29:32:34:0.539683:14:18:16:13:15:19:16:13 chr2 242162732 . G C 555.01 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.120781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.209;QD=18.5002;RBI=0.121189;REFB=-0.00969774;REVB=-0.00993263;RO=58;SAF=16;SAR=42;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197379;STB=0.519428;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0088754;OID=.;OPOS=242162732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:58:62:58:58:0.483333:42:16:15:43:42:16:19:43 chr2 242168976 . T C 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.096;QD=58.2257;RBI=0.0174845;REFB=0.103863;REVB=-0.00384179;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000433982;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:1:0:32:39:1:0 chr2 242203916 . A C 1571.57 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.382;QD=59.8694;RBI=0.0133523;REFB=0;REVB=0.00968873;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38146e-05;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:45:59:0:0:46:59:0:0 chr2 242291371 . CT C,TC 129.07 PASS AF=0.941176,0;AO=11,2;DP=17;FAO=16,0;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0969073,0.0115548;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=15.382,8.8817;QD=30.3699;RBI=0.181393,0.059075;REFB=0.0302122,0.0019586;REVB=0.153338,0.057934;RO=3;SAF=8,0;SAR=3,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.4,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171518,-0.599865;STB=0.526283,0.5;STBP=0.504,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0248602,0;OID=.,.;OPOS=242291372,242291371;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:17:17:3:1:11,2:16,0:0.941176,0:3,2:8,0:1:2:7,0:9,0:1:0 chr2 242380748 . T A 282.3 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0152513;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.296;QD=21.3059;RBI=0.0199008;REFB=-0.00917243;REVB=-0.0127843;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828149;STB=0.504596;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00940047;OID=.;OPOS=242380748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:11:13:16:13:11:13 chr2 242434602 . A G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0389759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.592;QD=16.7266;RBI=0.0389841;REFB=-0.000631997;REVB=0.000798819;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00152217;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:9:10:10:6:9:10 chr2 242439595 . G A 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0507561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.71;QD=21.9188;RBI=0.0510669;REFB=-0.0139217;REVB=0.00562508;RO=29;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174775;STB=0.596216;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0142872;OID=.;OPOS=242439595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:19:17:20:9:19:17:20:9 chr2 242443507 . G A 149.6 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.180783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9904;QD=28.4956;RBI=0.182724;REFB=0.0103259;REVB=0.0265628;RO=6;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925989;STB=0.551653;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00522337;OID=.;OPOS=242443507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:10:5:3:3:10:5:3:3 chr2 242572846 . A G 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0290399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.085;QD=26.5137;RBI=0.0296649;REFB=-0.0239864;REVB=0.00605739;RO=19;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308673;STB=0.672177;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0265688;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:21:6:11:8:21:6:11:8 chr2 242573211 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.564;QD=58.1418;RBI=0.0356794;REFB=0;REVB=0.0319827;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216736;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 242576777 . C T 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00769013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.2;QD=14.6977;RBI=0.0890859;REFB=-0.00911319;REVB=0.0887533;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041821;STB=0.524241;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0125984;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:11:12:9:7:11:12 chr2 242577022 . C T 298.13 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0274187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.488;QD=29.813;RBI=0.049308;REFB=-0.0376121;REVB=0.0409816;RO=14;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336163;STB=0.683881;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00786246;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:10:16:1:13:10:16:1:13 chr2 242607924 . A G 349.92 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00585877;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5021;QD=17.4961;RBI=0.00794671;REFB=-0.0275998;REVB=-0.00536889;RO=41;SAF=10;SAR=27;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132565;STB=0.592424;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0359771;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:43:37:37:0.4625:27:10:16:25:27:10:18:25 chr2 242610738 . T C 371.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00427167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0803;QD=17.4956;RBI=0.00687233;REFB=-0.0162731;REVB=-0.00538348;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146485;STB=0.569844;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0291048;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:46:39:39:0.458824:22:17:26:18:22:17:26:20 chr2 242610773 . T A 1677.37 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.814;QD=60.4457;RBI=0.0819602;REFB=0;REVB=0.0652674;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258398;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr2 242611934 . T C 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0317191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.881;QD=23.3695;RBI=0.0328974;REFB=-0.0184382;REVB=-0.00872583;RO=26;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110607;STB=0.560941;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0155453;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:23:13:13:13:23:13:13:13 chr2 242613089 . A G 809.62 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=129;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0418097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.374;QD=25.1046;RBI=0.0423496;REFB=-0.0204426;REVB=-0.00674098;RO=54;SAF=35;SAR=40;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286056;STB=0.501557;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0150822;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:54:75:75:0.581395:40:35:25:29:40:35:25:29 chr2 242613133 . T G 730.5 PASS AF=0.612613;AO=67;DP=111;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00887628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.206;QD=26.3243;RBI=0.0197857;REFB=-0.0276419;REVB=0.017683;RO=42;SAF=31;SAR=36;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414879;STB=0.52934;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0120992;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:42:43:67:68:0.612613:36:31:17:25:36:32:17:26 chr2 242742875 . C T 1046.6 PASS AF=0.545455;AO=73;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0238018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.983;QD=29.2756;RBI=0.0263606;REFB=-0.101869;REVB=0.0113293;RO=38;SAF=31;SAR=42;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131316;STB=0.572727;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0200932;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:38:39:73:78:0.545455:42:31:24:14:45:33:25:14 chr2 242757411 . C T 495.27 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0319681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.076;QD=26.0669;RBI=0.032859;REFB=0.000683997;REVB=0.00759952;RO=30;SAF=28;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175805;STB=0.596045;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000292979;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:18:28:11:19:18:28:11:19 chr2 242758179 . C T 266.74 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00495732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.136;QD=13.5056;RBI=0.005159;REFB=-0.0113694;REVB=0.00142839;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144197;STB=0.582382;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0185338;OID=.;OPOS=242758179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:19:12:25:23:19:12:25:23 chr2 242758203 . T C 1099.79 PASS AF=1;AO=36;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.054;QD=61.0996;RBI=0.11284;REFB=0;REVB=0.108885;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167541;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:36:72:1:6:30:0:0:40:32:0:0 chr2 242758326 . G A,C 967.07 PASS AF=0.9,0.1;AO=62,6;DP=69;FAO=63,7;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18,7;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173088,0.0432805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.587,109.899;QD=55.2613;RBI=0.173831,0.0472017;REFB=0,0;REVB=0.0160586,0.0188362;RO=1;SAF=17,6;SAR=45,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0269575,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00307902,0.154125;OID=.,.;OPOS=242758326,242758326;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:69:70:1:0:62,6:63,7:0.9,0.1:45,0:17,6:1:0:45,0:18,7:0:0 chr2 242793273 . A G 295.27 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00616982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.006;QD=10.5454;RBI=0.0268822;REFB=-0.00763537;REVB=-0.0261646;RO=74;SAF=16;SAR=22;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166787;STB=0.596211;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0133576;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:74:38:38:0.339286:22:16:42:32:22:16:42:32 chr2 242813124 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.439;QD=62.016;RBI=0.0620389;REFB=0;REVB=0.061884;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463449;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 242814009 . G A 472.48 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00830503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.844;QD=29.53;RBI=0.0135661;REFB=-0.0168923;REVB=0.0107269;RO=20;SAF=7;SAR=36;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387134;STB=0.542693;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00643249;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:21:43:43:0.671875:36:7:4:16:36:7:5:16 chr2 242839363 . G C 297.87 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0187753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1221;QD=15.8864;RBI=0.0189412;REFB=0.0113395;REVB=-0.00250143;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119169;STB=0.573725;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0114126;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:42:32:33:0.44:13:19:20:22:13:20:20:22 chr3 361508 . C T 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0200445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8312;QD=17.2877;RBI=0.0201403;REFB=-0.0015594;REVB=-0.00196257;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975156;STB=0.554568;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0012279;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:16:14:12:21:16:14:12:21 chr3 391100 . A G 2013.44 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.404;QD=61.4791;RBI=0.0243239;REFB=-0.098462;REVB=0.0210441;RO=1;SAF=66;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87812e-05;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:131:1:0:130:131:1:64:66:1:0:64:67:0:0 chr3 439963 . A G 1415.97 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6075;QD=62.2402;RBI=0.0260847;REFB=0;REVB=0.0106369;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182889;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:1:0:90:91:1:47:43:1:0:47:44:0:0 chr3 440028 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.842;QD=60.5473;RBI=0.00590677;REFB=0;REVB=0.00552113;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46437e-06;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:39:36:0:0 chr3 450391 . T C 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0025628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.094;QD=53.3605;RBI=0.048194;REFB=0.0864704;REVB=0.0481258;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00130479;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr3 450534 . T C 1624.38 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3892;QD=60.1624;RBI=0.0367251;REFB=0;REVB=0.0156513;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317647;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:65:43:0:0 chr3 1107455 . T C 968.1 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.677;QD=58.673;RBI=0.00478998;REFB=0;REVB=0.00394091;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40138e-07;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:28:38:0:0 chr3 1262474 . T C 1698.17 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489118;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.17;QD=60.6488;RBI=0.0489134;REFB=0;REVB=-0.000399976;RO=0;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75926e-05;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:69:43:0:0:69:43:0:0 chr3 1424718 . G A 571.61 PASS AF=0.535354;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0193106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.339;QD=23.0954;RBI=0.0211449;REFB=0.00713322;REVB=0.00861429;RO=46;SAF=20;SAR=32;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156009;STB=0.588795;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00363389;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:52:53:0.535354:32:20:26:20:33:20:26:20 chr3 1424842 . G A 687.33 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00575195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.106;QD=22.172;RBI=0.0103598;REFB=-0.0189362;REVB=0.00861634;RO=57;SAF=37;SAR=30;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051412;STB=0.528179;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0189645;OID=.;OPOS=1424842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:57:67:67:0.540323:30:37:28:29:30:37:28:29 chr3 1424850 . T G 646.16 PASS AF=0.528926;AO=62;DP=119;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00168321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.546;QD=21.3606;RBI=0.00937151;REFB=-0.0107778;REVB=0.00921911;RO=54;SAF=35;SAR=27;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394226;STB=0.526308;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00879818;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:54:57:62:64:0.528926:27:35:28:26:29:35:28:29 chr3 3067850 . A G 267.89 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0037522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.444;QD=9.23758;RBI=0.00570716;REFB=0.00331757;REVB=0.00430031;RO=80;SAF=15;SAR=21;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113646;STB=0.566437;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.010068;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:80:80:36:36:0.310345:21:15:41:39:21:15:41:39 chr3 3067853 . G A 256.39 PASS AF=0.301724;AO=35;DP=116;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00630996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.724;QD=8.84108;RBI=0.0167517;REFB=-0.0084639;REVB=-0.0155179;RO=81;SAF=15;SAR=20;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107237;STB=0.562927;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0333473;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:81:81:35:35:0.301724:20:15:42:39:20:15:42:39 chr3 3076443 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00390016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.876;QD=16.1064;RBI=0.0113977;REFB=0.0062978;REVB=0.0107096;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161818;STB=0.592708;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00505412;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:14:8:9:8:14:8 chr3 3081750 . A T 741.79 PASS AF=0.427807;AO=80;DP=187;FAO=80;FDP=187;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.00905664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4371;QD=15.8672;RBI=0.0442304;REFB=-0.00578305;REVB=0.0432932;RO=106;SAF=33;SAR=47;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071251;STB=0.542714;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00726653;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:106:107:80:80:0.427807:47:33:51:55:47:33:52:55 chr3 3081825 . T C 2980.24 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.869;QD=63.4094;RBI=0.0343325;REFB=0;REVB=0.0340683;RO=0;SAF=69;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01722e-05;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:119:69:0:0:119:69:0:0 chr3 3098041 . G C 1606.98 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.95955e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.434;QD=60.0741;RBI=0.0403193;REFB=0;REVB=-0.0403193;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30671e-05;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr3 3099460 . T C 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.037243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.256;QD=15.3056;RBI=0.040519;REFB=-0.00695074;REVB=0.0159608;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384376;STB=0.521725;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0086259;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:21:18:15:15:21:18 chr3 3115478 . T C 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0272686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.286;QD=21.9184;RBI=0.0274673;REFB=-0.04929;REVB=-0.00329728;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158492;STB=0.508751;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.022429;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:13:23:18:11:13:23:18:11 chr3 3139957 . T C 206.57 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0133833;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.52;QD=22.9521;RBI=0.0144112;REFB=-0.0073139;REVB=-0.00534499;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313542;STB=0.675957;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00930447;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:5:11:6:14:5:11 chr3 3170792 . C T 1084.29 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.241;QD=58.61;RBI=0.013094;REFB=0.0300227;REVB=-0.00151747;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00106854;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:1:0:37:36:1:0 chr3 3189279 . A G 771.92 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00984984;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.229;QD=52.3335;RBI=0.00987337;REFB=-0.244845;REVB=-0.000681221;RO=3;SAF=20;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656225;STB=0.534871;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0014986;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:59:3:3:56:56:0.949153:36:20:3:0:36:20:3:0 chr3 3886580 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.947;QD=58.4196;RBI=0.016723;REFB=0;REVB=0.0137135;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61997e-05;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr3 3886721 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.599;QD=33.4285;RBI=0.0582539;REFB=0;REVB=0.0552031;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256722;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr3 3886847 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5037;QD=59.8393;RBI=0.0395381;REFB=0;REVB=0.0304392;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745982;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr3 3886919 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.169;QD=63.6146;RBI=0.0312788;REFB=0;REVB=-0.0159262;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104031;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr3 3889222 . G T 238.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.34;QD=50.1453;RBI=0.00947874;REFB=0;REVB=-0.00536748;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41492e-05;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr3 4714955 . G A 647.76 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00198878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.704;QD=19.931;RBI=0.0020612;REFB=-0.00752182;REVB=0.000541588;RO=64;SAF=31;SAR=34;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104862;STB=0.561302;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00623368;OID=.;OPOS=4714955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:65:65:65:0.5:34:31:38:26:34:31:39:26 chr3 4817057 . T C 976.42 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0633085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.823;QD=57.4366;RBI=0.0633114;REFB=-0.0111432;REVB=-0.000603512;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000238808;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:32:34:1:0:33:34:1:0 chr3 4842231 . C T 1909.59 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.462;QD=61.5996;RBI=0.0216898;REFB=0;REVB=0.0162665;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221503;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:60:63:0:0:60:64:0:0 chr3 4856180 . T C 892.1 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6975;QD=57.5549;RBI=0.0497804;REFB=0;REVB=0.0240157;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764981;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr3 4856234 . G A 591.35 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.225;QD=60.6509;RBI=0.0127634;REFB=0;REVB=0.00890068;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11789e-07;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:20:19:0:0 chr3 5024998 . CAA CA,CAC 119.78 PASS AF=0.647059,0.0588235;AO=21,2;DP=35;FAO=22,2;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=21,2;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0586998,-0.0300096;FXX=0.0285633;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.42249,271.329;QD=14.0921;RBI=0.166607,0.0324414;REFB=-0.131655,-0.00887126;REVB=0.155924,-0.0123235;RO=10;SAF=21,2;SAR=0,0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.866,0.703678;STB=0.891031,0.996669;STBP=0,0.043;TYPE=del,snp;VARB=0.13982,-0.000578611;OID=.,.;OPOS=5024999,5025000;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059,0.0588235:21,2:35:22,2:34:10:21,2:1,0:2:8:45:10:21,2:0,0:2:8 chr3 5222432 . G T 304.28 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0338595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.386;QD=14.843;RBI=0.0353161;REFB=-0.00362679;REVB=0.0100377;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797259;STB=0.534612;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00483887;OID=.;OPOS=5222432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:48:33:34:0.414634:19:14:24:24:19:15:24:24 chr3 5241309 . C A 729.07 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0422119;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.449;QD=53.0234;RBI=0.0439094;REFB=-0.108391;REVB=0.0120911;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313873;STB=0.51666;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00236675;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:29:24:0:2:29:24:0:2 chr3 5294713 . C T 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0198483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.46;QD=27.2487;RBI=0.0889562;REFB=0.0494603;REVB=0.0867136;RO=18;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169186;STB=0.593678;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0290362;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:9:18:8:10:9:18:8:10 chr3 5294774 . C T 204.9 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00445689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.992;QD=16.3921;RBI=0.00705602;REFB=-0.00377184;REVB=-0.00547024;RO=16;SAF=19;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52477;STB=0.897247;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00408819;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:29:21:21:0.42:2:19:7:9:2:19:7:22 chr3 6828364 . A G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0264431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.985;QD=18.6421;RBI=0.0283947;REFB=0.0143312;REVB=-0.0103449;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593965;STB=0.503368;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0115181;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:15:9:8:13:15:9 chr3 6903297 . C T 3770.77 PASS AF=1;AO=241;DP=244;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223517;FXX=0.0354317;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.493;QD=61.5637;RBI=0.0282538;REFB=0.0151012;REVB=0.0172823;RO=1;SAF=86;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533238;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:245:1:0:241:245:1:155:86:1:0:155:90:0:0 chr3 7721763 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0208793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.144;QD=18.6417;RBI=0.0260185;REFB=-0.0140824;REVB=0.0155247;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207536;STB=0.528823;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.01145;OID=.;OPOS=7721763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:14:11:10:14:14:11:10:16 chr3 8556671 . T G 534.18 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0112911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.006;QD=15.5966;RBI=0.0234845;REFB=0.00312648;REVB=-0.020592;RO=79;SAF=24;SAR=34;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121902;STB=0.568365;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00481266;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:79:58:58:0.423358:34:24:42:37:34:24:42:37 chr3 8590313 . T C 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00833696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.383;QD=22.1429;RBI=0.0190813;REFB=-0.0315179;REVB=-0.0171637;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127272;STB=0.571347;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0398335;OID=.;OPOS=8590313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:4:9:9:8:4:9 chr3 8676204 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.767;QD=60.715;RBI=0.0377098;REFB=0;REVB=0.0295455;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139064;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr3 8677503 . C T 411.2 PASS AF=0.442308;AO=34;DP=107;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0332863;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1623;QD=15.8155;RBI=0.0496896;REFB=-0.0382216;REVB=-0.0368928;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112084;STB=0.524318;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0193272;OID=.;OPOS=8677503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:45:58:34:46:0.442308:17:17:22:23:25:21:29:29 chr3 8705555 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00822818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.418;QD=15.6256;RBI=0.0114119;REFB=0.00575041;REVB=-0.00790753;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798967;STB=0.545941;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00556434;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:14:9:8:9:14:9 chr3 8775661 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0232322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.534;QD=10.4292;RBI=0.0259093;REFB=-0.0117333;REVB=0.0114697;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176414;STB=0.593416;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0202549;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:8:6:17:12:8:6:17:13 chr3 8809222 . C T 1845.66 PASS AF=0.479381;AO=187;DP=390;FAO=186;FDP=388;FR=.;FRO=202;FSAF=115;FSAR=71;FSRF=103;FSRR=99;FWDB=0.00535747;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.819;QD=19.0274;RBI=0.0162966;REFB=-0.0306647;REVB=0.0153908;RO=202;SAF=116;SAR=71;SRF=103;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10747;STB=0.558119;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0313451;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:388:202:202:187:186:0.479381:71:116:103:99:71:115:103:99 chr3 8973283 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.026185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0455;QD=21.1724;RBI=0.0385081;REFB=-0.0271317;REVB=0.028235;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0203744;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:3:5:7:5:3:5 chr3 9024017 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0397831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.326;QD=14.6538;RBI=0.0520913;REFB=-0.00944548;REVB=-0.0336275;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327753;STB=0.699398;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0103417;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:5:3:1:7:5:3 chr3 9024146 . C A 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00637151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6011;QD=17.2648;RBI=0.0371777;REFB=-0.0216847;REVB=-0.0366276;RO=41;SAF=28;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378235;STB=0.708736;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0184312;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:8:28:17:24:8:28:18:24 chr3 9026818 . G A 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00568081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.187;QD=23.3589;RBI=0.0144715;REFB=-0.0310689;REVB=-0.0133098;RO=29;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165289;STB=0.509086;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0220696;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:21:18:14:15:21:18:14:15 chr3 9091151 . C G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0154249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.695;QD=13.7536;RBI=0.0172057;REFB=-0.00515727;REVB=-0.00762298;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435714;STB=0.753096;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00358104;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:16:7:11:4:16:7 chr3 9122948 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.987;QD=61.5363;RBI=0.0443829;REFB=0;REVB=0.0169393;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113628;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr3 9406836 . T C 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.000993322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.652;QD=18.1041;RBI=0.00591526;REFB=-0.0142889;REVB=0.00583126;RO=57;SAF=26;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000618516;STB=0.500343;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.018643;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:27:26:28:29:27:26:28:29 chr3 9422210 . T C 254.34 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.000403363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.725;QD=13.043;RBI=0.0261767;REFB=-0.00678593;REVB=-0.0261736;RO=48;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164609;STB=0.59453;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.015468;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:20:10:23:25:20:10:23:25 chr3 9425911 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=31;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0113652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.594;QD=22.3224;RBI=0.0161694;REFB=-0.0109034;REVB=-0.0115014;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160472;STB=0.571382;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0078749;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:31:30:0.566038:16:15:6:16:16:14:7:16 chr3 9425944 . G C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00750057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.248;QD=12.0148;RBI=0.019742;REFB=-0.0231039;REVB=-0.0182616;RO=34;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235526;STB=0.63815;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0379274;OID=.;OPOS=9425944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:15:5:15:19:15:5:15:19 chr3 9426224 . G A 362.19 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=53;FWDB=0.0156796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4647;QD=13.2914;RBI=0.0718046;REFB=-0.00942716;REVB=0.0700718;RO=64;SAF=18;SAR=25;SRF=12;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267105;STB=0.644273;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0114265;OID=.;OPOS=9426224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:66:43:43:0.394495:25:18:12:52:25:18:13:53 chr3 9540366 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.362;QD=58.4197;RBI=0.0180548;REFB=0;REVB=0.0103146;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23188e-05;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr3 9768336 . C G 1291.43 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117931;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.799;QD=60.7733;RBI=0.0225199;REFB=-0.0137533;REVB=0.0191852;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126298;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000100699;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:47:37:1:0:47:37:1:0 chr3 9769008 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0144858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.64;QD=15.2622;RBI=0.0512068;REFB=-0.0280694;REVB=-0.0491152;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0163392;OID=.;OPOS=9769008;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:6:10:5:8:6:10 chr3 9798773 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.319;QD=55.6561;RBI=0.023832;REFB=0;REVB=0.0206412;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107332;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr3 9908749 . G C 458.76 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0244587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7615;QD=16.991;RBI=0.0275881;REFB=-0.0364355;REVB=0.0127624;RO=58;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877849;STB=0.504889;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0429079;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:28:22:25:33:28:22:25:33 chr3 9934605 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.162;QD=43.4862;RBI=0.0362325;REFB=0;REVB=0.0360339;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280958;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr3 9970031 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4503;QD=44.6898;RBI=0.0455016;REFB=0;REVB=0.0449331;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204302;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr3 9975247 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.951;QD=43.4862;RBI=0.0105744;REFB=0;REVB=0.0101071;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21591e-05;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr3 9976159 . A C,G 889.09 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=6,57;DP=63;FAO=6,57;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=6,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365259,-0.0168502;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.2989,119.438;QD=56.4501;RBI=0.0422325,0.0201532;REFB=0,0;REVB=-0.0212002,-0.0110555;RO=0;SAF=0,20;SAR=6,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154458,-0.00698169;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:63:63:0:0:6,57:6,57:0.0952381,0.904762:6,37:0,20:0:0:6,37:0,20:0:0 chr3 9979713 . C G 329.55 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0292477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7661;QD=21.6095;RBI=0.0345111;REFB=-0.0212167;REVB=-0.0183189;RO=27;SAF=6;SAR=28;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600921;STB=0.533313;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0159353;OID=.;OPOS=9979713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:28:6:6:21:28:6:6:21 chr3 9991388 . G C 1589.78 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6679;QD=59.9916;RBI=0.0200043;REFB=0;REVB=-0.0076449;RO=0;SAF=34;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100379;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:72:34:0:0:72:34:0:0 chr3 10088266 . G T 31.05 PASS AF=0.1;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00285753;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.164;QD=1.77434;RBI=0.00299842;REFB=-0.00140288;REVB=0.000908302;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638759;STB=0.571225;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0100277;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:70:62:63:7:7:0.1:3:4:32:30:3:4:31:32 chr3 10088299 . C T 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0161099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.654;QD=2.44622;RBI=0.0409286;REFB=-0.00125966;REVB=-0.0376247;RO=57;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180099;STB=0.631855;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00349845;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:3:5:27:30:3:5:27:30 chr3 10088308 . T C 43.2 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0102502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.426;QD=2.92864;RBI=0.010697;REFB=0.00262939;REVB=0.00305938;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807963;STB=0.567514;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00936985;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:50:51:8:8:0.135593:3:5:28:22:3:5:28:23 chr3 10088343 . A G 44.73 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00163996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.798;QD=3.7273;RBI=0.0149066;REFB=-0.00315705;REVB=-0.0148161;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251183;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:48:40:40:6:6:0.125:3:3:20:20:3:3:20:20 chr3 10089723 . G A 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0319183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.34;QD=3.19941;RBI=0.032264;REFB=-0.00348347;REVB=0.00471004;RO=59;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667228;STB=0.559087;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0241534;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:59:61:11:11:0.152778:6:5:30:29:6:5:32:29 chr3 10089738 . A G 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0411312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6336;QD=2.51697;RBI=0.0422605;REFB=-0.00747947;REVB=-0.00970435;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170754;STB=0.624688;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0753236;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:5:3:29:27:5:3:29:27 chr3 10175098 . T G 74.71 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00907529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.805;QD=13.5843;RBI=0.0232719;REFB=-0.0270834;REVB=0.0214295;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0327464;OID=.;OPOS=10175098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:21:22:12:12:9:10:0.454545:6:3:6:6:6:4:6:6 chr3 10251340 . C G 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0184826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0051;QD=22.056;RBI=0.0233841;REFB=-0.0112774;REVB=0.014325;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852761;STB=0.546992;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0120676;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:21:23:16:22:21:23:16:22 chr3 10264480 . C G 203.31 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00563476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.758;QD=14.2674;RBI=0.0312649;REFB=-0.00698212;REVB=-0.0307529;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333165;STB=0.6895;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0152323;OID=.;OPOS=10264480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:11:22:8:16:11:22 chr3 10276163 . T A 1190.58 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.876;QD=61.0555;RBI=0.0299061;REFB=0;REVB=0.0288366;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37412e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:46:32:0:0 chr3 10302172 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.785;QD=53.9108;RBI=0.0560168;REFB=0;REVB=0.0218848;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0825e-05;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr3 10311939 . C T 502.23 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.021486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.214;QD=18.6011;RBI=0.0216446;REFB=-0.0120057;REVB=-0.00261531;RO=55;SAF=26;SAR=27;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117233;STB=0.564829;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0102565;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:27:26:34:21:27:26:34:21 chr3 10312507 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0040114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.505;QD=15.1568;RBI=0.0200091;REFB=-0.000557084;REVB=-0.0196029;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000528606;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:14:18:12:13:14:18 chr3 10331457 . G T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0349296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.772;QD=13.5518;RBI=0.0389742;REFB=-0.00914922;REVB=0.0172891;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916862;STB=0.552324;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0135273;OID=.;OPOS=10331457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:13:11:13:22:13:11:13:22 chr3 10367926 . GACAA G,GACCA 401.23 PASS AF=0.360825,0.0927835;AO=33,6;DP=96;FAO=35,9;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=10,2;FSAR=25,7;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0360818,-0.0375117;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=211.772,36.2071;QD=16.5455;RBI=0.0543134,0.042601;REFB=-0.00506837,0.0289393;REVB=-0.0405962,0.0201919;RO=50;SAF=10,2;SAR=23,4;SRF=19;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0920369,-0.0578917;STB=0.5513,0.641578;STBP=0.498,0.434;TYPE=del,snp;VARB=0.0152853,0.0559833;OID=.,.;OPOS=10367927,10367929;OREF=ACAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360825,0.0927835:33,6:96:35,9:97:53:10,2:25,7:19:34:99:50:10,2:23,4:19:31 chr3 10379923 . C T 2494.48 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.277;QD=60.8409;RBI=0.0462647;REFB=-0.0947514;REVB=0.0417497;RO=0;SAF=77;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1879e-08;STB=0.503225;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000143784;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:0:1:163:163:0.993902:86:77:0:0:86:77:1:0 chr3 10413601 . G A 655.36 PASS AF=0.5;AO=59;DP=127;FAO=65;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0185982;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5706;QD=20.165;RBI=0.0191794;REFB=-0.0146442;REVB=-0.0046855;RO=43;SAF=34;SAR=25;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19513;STB=0.512016;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0165041;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:43:64:59:65:0.5:25:34:35:8:30:35:36:28 chr3 10413715 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00875863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.36;QD=18.4132;RBI=0.017021;REFB=-0.000177036;REVB=0.0145946;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.567137;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00018449;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:17:16:20:13:17:16:21:13 chr3 10420087 . T C 346.29 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0552924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.24;QD=19.5094;RBI=0.0563806;REFB=-0.0244821;REVB=-0.0110239;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2136;STB=0.590786;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0289127;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:31:35:36:36:0.507042:22:14:20:11:22:14:20:15 chr3 10885920 . T C 694.25 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00673433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.127;QD=17.4655;RBI=0.0301149;REFB=-0.0148905;REVB=-0.0293522;RO=82;SAF=46;SAR=28;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251421;STB=0.501084;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0147572;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:82:85:74:74:0.465409:28:46:53:29:28:46:53:32 chr3 10967739 . T C 463.54 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.286;QD=57.9423;RBI=0.0877778;REFB=0;REVB=0.0538517;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374736;OID=.;OPOS=10967739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:28:32:1:15:13:0:0:17:15:0:0 chr3 10976876 . A G 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.000319722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.656;QD=15.2284;RBI=0.03231;REFB=0.000958464;REVB=-0.0323084;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137074;STB=0.589192;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00149357;OID=.;OPOS=10976876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:8:11:12:15:8:11:12:16 chr3 11079070 . C T 807.83 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=64;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.00308475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.418;QD=19.0077;RBI=0.00312473;REFB=-0.0152744;REVB=0.000498236;RO=86;SAF=64;SAR=19;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247814;STB=0.635581;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0208516;OID=.;OPOS=11079070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:87:83:83:0.488235:19:64:47:39:19:64:48:39 chr3 11302884 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0137333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.613;QD=17.4015;RBI=0.0139251;REFB=-0.00384726;REVB=0.00230322;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00216175;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:8:5:6:7:8:5 chr3 11302933 . A G 399.88 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00325323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7943;QD=53.3173;RBI=0.0138317;REFB=-0.132666;REVB=-0.0134437;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00378978;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:0:1:13:16:0:1 chr3 11303874 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000546727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.52;QD=62.4651;RBI=0.0147534;REFB=0;REVB=-0.0147433;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05941e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr3 11596348 . C T 190.66 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0190495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.391;QD=11.5555;RBI=0.0190594;REFB=-0.00513763;REVB=0.000616643;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140446;STB=0.601168;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0102559;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:42:24:24:0.363636:13:11:23:16:13:11:26:16 chr3 11643465 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.981;QD=62.9827;RBI=0.0197251;REFB=0;REVB=0.0196876;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14479e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr3 11734610 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8396;QD=51.1831;RBI=0.0758897;REFB=0;REVB=0.0710538;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956077;OID=.;OPOS=11734610;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 299.72 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101675;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=4;MLLD=275.13;QD=46.11;RBI=0.019425;REFB=0;REVB=0.0165515;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.97892e-05;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:26:26:0:7:19:0:0:5:0:6:19:0:0 chr3 11994493 . C T 56.3 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0315187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.991;QD=11.2595;RBI=0.0322624;REFB=-0.0150347;REVB=0.00688735;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.617332;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0218107;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:7:5:2:6:7:5 chr3 12229015 . A G 976.08 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134325;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.727;QD=57.4164;RBI=0.00839901;REFB=-0.0848312;REVB=-0.0082909;RO=0;SAF=12;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99257e-08;STB=0.519994;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00406046;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:66:67:0.985294:54:12:0:0:55:12:1:0 chr3 12232074 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.989;QD=58.2394;RBI=0.00632412;REFB=0;REVB=0.00110543;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01407e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr3 12458274 . C G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.010867;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.233;QD=21.065;RBI=0.0127395;REFB=-0.00407362;REVB=0.00664858;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378335;STB=0.521259;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00428868;OID=.;OPOS=12458274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:11:13:14:10:11:13 chr3 12838293 . G C 950.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.887;QD=58.4755;RBI=0.132632;REFB=0;REVB=0.0293843;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803845;OID=.;OPOS=12838293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:35:26:0:0:35:30:0:0 chr3 12848822 . T C 101.05 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0115542;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.902;QD=13.9373;RBI=0.0121445;REFB=-0.0204271;REVB=-0.00374026;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.517213;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0321871;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:18:17:12:12:0.413793:6:6:8:10:6:6:8:9 chr3 12851445 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0112191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.543;QD=13.9183;RBI=0.0136286;REFB=0.00109844;REVB=-0.00773762;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125516;STB=0.571375;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00117573;OID=.;OPOS=12851445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:23:14:13:13:23:14 chr3 12856856 . A G 168.81 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00729764;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.465;QD=19.8599;RBI=0.0337382;REFB=-0.0231694;REVB=0.0329395;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292682;STB=0.65606;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0201622;OID=.;OPOS=12856856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:16:17:18:0.529412:13:4:9:8:14:4:8:8 chr3 12857493 . C T 637.92 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0116747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2957;QD=21.9972;RBI=0.0498232;REFB=-0.0186682;REVB=0.0484361;RO=53;SAF=31;SAR=32;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140209;STB=0.57671;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.01582;OID=.;OPOS=12857493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:53:63:63:0.543103:32:31:35:18:32:31:35:18 chr3 12858028 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.405;QD=59.8292;RBI=0.0183091;REFB=0;REVB=0.0131647;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93678e-05;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:65:38:0:0:65:38:0:0 chr3 12859004 . A C 589.89 PASS AF=0.568421;AO=49;DP=91;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00414426;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.341;QD=24.8373;RBI=0.0292908;REFB=-0.0220382;REVB=0.0289962;RO=41;SAF=31;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260003;STB=0.619718;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.015846;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:41:41:49:54:0.568421:18:31:13:28:23:31:12:29 chr3 12875443 . G A 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.045357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.739;QD=26.5134;RBI=0.0453605;REFB=0.00630407;REVB=0.000564607;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148185;STB=0.508191;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00599601;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:9:18:13:6:9:18:13:6 chr3 12950812 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0163826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.415;QD=16.0718;RBI=0.0273863;REFB=-0.0135866;REVB=-0.0219459;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173499;STB=0.597586;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0191075;OID=.;OPOS=12950812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:22:13:16:13:22:13 chr3 13358204 . G A 1018.36 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0932009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9239;QD=56.5757;RBI=0.116333;REFB=-0.152812;REVB=0.0696201;RO=1;SAF=48;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974824;STB=0.505956;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00862551;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:72:1:2:69:70:0.972222:21:48:1:0:22:48:1:1 chr3 13361287 . C T 1304.27 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0170214;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.126;QD=58.619;RBI=0.0565818;REFB=0.0802426;REVB=0.0539608;RO=3;SAF=42;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326407;STB=0.517237;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00046349;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:89:3:3:86:86:0.966292:44:42:3:0:44:42:3:0 chr3 13361391 . A G 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.169;QD=60.1636;RBI=0.0154229;REFB=0;REVB=0.0126161;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54486e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:62:46:0:0:62:46:0:0 chr3 13364876 . G T 1148.85 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0094;QD=58.1695;RBI=0.179583;REFB=-0.17311;REVB=0.178722;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278067;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00925704;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:79:2:1:74:78:0.987342:41:33:2:0:44:34:1:0 chr3 13367406 . C T 1943.15 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00638017;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.077;QD=61.2016;RBI=0.0359809;REFB=-0.0776732;REVB=0.0354107;RO=1;SAF=53;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888075;STB=0.504672;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=8.23669e-05;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:127:1:1:126:126:0.992126:73:53:1:0:73:53:1:0 chr3 13670481 . A G 902.48 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7413;QD=58.2243;RBI=0.0569281;REFB=0;REVB=0.0511933;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206012;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr3 13670536 . A G 694.32 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0621009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7615;QD=53.409;RBI=0.0626061;REFB=-0.165402;REVB=0.00793686;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00886217;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:0:1:48:51:0.980769:29:19:0:0:29:22:1:0 chr3 13670776 . T C 580.08 PASS AF=1;AO=29;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.824;QD=58.0077;RBI=0.034151;REFB=0;REVB=0.0280056;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368983;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:29:40:1:23:6:0:0:27:13:0:0 chr3 13679688 . T A 336.47 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00305262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.738;QD=14.7898;RBI=0.0102648;REFB=-0.00684332;REVB=-0.00980037;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110517;STB=0.567675;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0133522;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:54:37:37:0.406593:17:20:23:30:17:20:23:31 chr3 13679695 . C A 336.76 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00295494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5738;QD=14.8028;RBI=0.0295258;REFB=-0.00565489;REVB=0.0293775;RO=54;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915875;STB=0.551839;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0087512;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:18:19:23:31:18:19:23:31 chr3 13679708 . C A 376.41 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00559643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6477;QD=16.0174;RBI=0.00958341;REFB=-0.0142803;REVB=-0.00777957;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885872;STB=0.549815;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0208995;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:21:19:21:33:21:19:21:33 chr3 13689455 . T G 257.57 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0231558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2071;QD=20.2013;RBI=0.0360187;REFB=-0.0055565;REVB=0.027589;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299936;STB=0.667605;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00805596;OID=.;OPOS=13689455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:25:25:0.490196:9:16:7:17:9:16:7:17 chr3 13695587 . C T 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00812351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.81;QD=19.9562;RBI=0.00814625;REFB=-0.0214634;REVB=-0.000608319;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863118;STB=0.50476;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0173234;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:27:27:25:26:27:27:25:26 chr3 13896140 . A G 531.03 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0211624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.161;QD=15.1722;RBI=0.0261514;REFB=-0.0122948;REVB=-0.0153639;RO=81;SAF=27;SAR=31;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479333;STB=0.522832;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0165805;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:82:58:58:0.414286:31:27:34:47:31:27:35:47 chr3 13896284 . C T 800.37 PASS AF=0.449198;AO=84;DP=187;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.00937659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.796;QD=17.1202;RBI=0.00965835;REFB=-0.0123062;REVB=-0.00231589;RO=103;SAF=43;SAR=41;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935352;STB=0.5519;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0178629;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:103:103:84:84:0.449198:41:43:43:60:41:43:43:60 chr3 14123156 . T C 271.39 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00376065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.883;QD=23.5993;RBI=0.00402239;REFB=-0.00273591;REVB=0.00142728;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159779;STB=0.501741;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00245097;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:10:10:12:13:11:10 chr3 14175262 . T C 269.11 PASS AF=0.510204;AO=26;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0437893;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.607;QD=21.9684;RBI=0.0446945;REFB=-0.0205386;REVB=0.00894957;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267276;STB=0.630969;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.030654;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:24:26:25:0.510204:14:12:18:5:13:12:18:6 chr3 14187449 . G T 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00779456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.716;QD=20.5296;RBI=0.00800837;REFB=-0.0167087;REVB=-0.00183817;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468089;STB=0.525901;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0185123;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:23:19:16:24:23:19:16:24 chr3 14197987 . A T 476.77 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.311;QD=57.7901;RBI=0.0393689;REFB=0;REVB=0.039231;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114049;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:29:33:1:13:16:0:0:16:17:0:0 chr3 14220023 . G C 676.54 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0162899;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9689;QD=22.1818;RBI=0.0337492;REFB=-0.0642773;REVB=-0.0295576;RO=56;SAF=21;SAR=45;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369967;STB=0.520298;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0422643;OID=.;OPOS=14220023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:56:56:66:66:0.540984:45:21:20:36:45:21:20:36 chr3 14436184 . GT G 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0122984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.953;QD=13.9502;RBI=0.0338586;REFB=-0.0147808;REVB=0.031546;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397115;STB=0.522599;STBP=0.777;TYPE=del;VARB=0.0255857;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402597:31:77:31:77:46:16:15:22:24:99:46:16:15:22:24 chr3 14485484 . C A 357.96 PASS AF=0.848485;AO=24;DP=31;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0634087;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=271.764;QD=43.3886;RBI=0.0634806;REFB=-0.0116923;REVB=-0.003021;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.578887;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000105564;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:33:0:5:24:28:0.848485:20:4:0:0:22:6:3:2 chr3 14486329 . G A 245.36 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00317548;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.484;QD=14.4328;RBI=0.0124178;REFB=-0.015432;REVB=-0.0120049;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044551;STB=0.502536;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0191366;OID=.;OPOS=14486329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:39:27:29:0.426471:15:12:19:20:15:14:19:20 chr3 14548460 . G A 88.31 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0411817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1306;QD=4.70994;RBI=0.0467399;REFB=-0.0721291;REVB=-0.0221062;RO=60;SAF=13;SAR=2;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515831;STB=0.835773;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.189133;OID=.;OPOS=14548460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:75:75:60:60:15:15:0.2:2:13:29:31:2:13:29:31 chr3 14551444 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.503;QD=60.8833;RBI=0.024283;REFB=0;REVB=0.00985011;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09847e-05;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr3 14552994 . A G 595.51 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.1446;QD=56.7151;RBI=0.0369224;REFB=0;REVB=-0.00198267;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196086;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:31:42:1:19:12:0:0:24:18:0:0 chr3 14555216 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3871;QD=62.9827;RBI=0.0285059;REFB=0;REVB=0.00380206;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291534;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr3 14555811 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9533;QD=56.7005;RBI=0.0569735;REFB=0;REVB=0.0350594;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800989;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr3 14561627 . A AG 654.89 PASS AF=1;AO=53;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9829;QD=45.1648;RBI=0.253775;REFB=0;REVB=0.0103318;RO=4;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00650371;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:58:58:58:0:24:34:0:0:12:4:23:30:0:4 chr3 14563258 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6269;QD=59.0176;RBI=0.02467;REFB=0;REVB=0.0243233;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601053;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr3 14712473 . G A 1468.25 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00595415;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.521;QD=61.821;RBI=0.0208429;REFB=-0.12205;REVB=-0.0199744;RO=2;SAF=49;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189561;STB=0.504949;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000358126;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:2:1:93:94:0.989474:44:49:2:0:44:50:1:0 chr3 14724345 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.381;QD=56.7066;RBI=0.0471356;REFB=0;REVB=0.0462776;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374744;OID=.;OPOS=14724345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr3 14724413 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.915;QD=62.3474;RBI=0.0169392;REFB=0;REVB=0.00145216;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155438;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 14745857 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00300846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.515;QD=51.5076;RBI=0.0962914;REFB=-0.105722;REVB=0.0962444;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00184224;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:1:0:12:14:1:0 chr3 14755572 . A G 1241.67 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.797;QD=61.3169;RBI=0.0326749;REFB=0;REVB=-0.00932659;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23364e-05;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:30:50:0:0:30:51:0:0 chr3 14755617 . C G 854.24 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.471;QD=56.0156;RBI=0.0403941;REFB=-0.117284;REVB=0.00231997;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00108757;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr3 14939088 . GA AT 401.27 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-9.4289e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.574;QD=18.8835;RBI=0.00748394;REFB=-0.0253306;REVB=0.00748335;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063855;STB=0.540832;STBP=0.486;TYPE=mnp;VARB=0.0224253;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:21:20:18:25:21:20:18:26 chr3 14939479 . G T 222.64 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.016116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.037;QD=12.5433;RBI=0.0167915;REFB=-0.0180295;REVB=-0.00471482;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197758;STB=0.607761;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0364325;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:9:18:21:22:9:18:22:22 chr3 15492150 . C T 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00393448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0433;QD=22.9058;RBI=0.0206757;REFB=0.0286876;REVB=-0.0202979;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0230342;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:9:8:10:11:9:8 chr3 15492786 . T A 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0192195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.34;QD=19.9667;RBI=0.0300806;REFB=-0.00696708;REVB=-0.0231399;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242784;STB=0.634242;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00350569;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:6:20:14:15:6:20 chr3 15492807 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0260704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6436;QD=19.6918;RBI=0.0279804;REFB=-0.00953419;REVB=0.0101605;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224302;STB=0.624908;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00741255;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:7:18:12:14:7:18 chr3 15509327 . C G 515.45 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0137731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.932;QD=17.6221;RBI=0.017248;REFB=-0.0110101;REVB=0.0103824;RO=62;SAF=30;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435018;STB=0.524172;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0109821;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:25:30:31:31:25:30:31:31 chr3 15515695 . C T 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000393538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.433;QD=9.89823;RBI=0.0471171;REFB=-0.00965008;REVB=-0.0471155;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153747;STB=0.592461;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.016644;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:14:18:6:8:14:18 chr3 15516481 . T C 199.91 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0170572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9137;QD=11.589;RBI=0.0181585;REFB=9.16905e-05;REVB=0.00622761;RO=44;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134423;STB=0.578248;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000498089;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:18:7:17:27:18:7:17:27 chr3 15548131 . A G 128.33 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0115581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.323;QD=12.2223;RBI=0.0138011;REFB=-0.00145482;REVB=-0.00754182;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318642;STB=0.687254;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00342716;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:10:17:5:10:10:17 chr3 15548227 . G A 398.86 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00757355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.154;QD=20.9925;RBI=0.0137769;REFB=-0.000762632;REVB=-0.0115085;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925544;STB=0.551156;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000716534;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:21:19:21:15:21:19:21:15 chr3 15643043 . A G 770.68 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.407;QD=55.0482;RBI=0.0248212;REFB=-0.0441691;REVB=0.00837149;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.506327;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000373697;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:16:39:0:0:16:39:1:0 chr3 15643175 . G A 210.84 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00062577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.764;QD=15.0603;RBI=0.0261247;REFB=-0.00831522;REVB=-0.0261172;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370608;STB=0.71093;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0216376;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:23:23:0.410714:7:16:10:21:7:16:10:21 chr3 15686776 . T C 559.74 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00928432;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.529;QD=18.9743;RBI=0.010423;REFB=-0.00198211;REVB=-0.00473715;RO=60;SAF=25;SAR=33;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177165;STB=0.509801;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00173592;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:33:25:27:33:33:25:27:33 chr3 15710011 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.973;QD=59.0186;RBI=0.0144117;REFB=0;REVB=0.012934;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84689e-05;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr3 16268974 . T A 272.54 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0207904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.541;QD=10.7937;RBI=0.0211258;REFB=-0.00530273;REVB=-0.00374926;RO=66;SAF=15;SAR=19;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845321;STB=0.553904;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00452185;OID=.;OPOS=16268974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:66:67:34:34:0.336634:19:15:34:32:19:15:35:32 chr3 16268986 . C A 290.11 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00629114;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.617;QD=11.3767;RBI=0.00630827;REFB=-0.0071207;REVB=0.000464537;RO=67;SAF=16;SAR=20;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713381;STB=0.545826;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0184939;OID=.;OPOS=16268986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:67:66:36:36:0.352941:20:16:34:33:20:16:34:32 chr3 16327909 . C T 777.43 PASS AF=0.496894;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0139044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.206;QD=19.315;RBI=0.0145391;REFB=-0.0111611;REVB=0.00424889;RO=81;SAF=42;SAR=38;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280269;STB=0.515431;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0118458;OID=.;OPOS=16327909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:81:80:80:0.496894:38:42:45:36:38:42:45:36 chr3 16358584 . T C 1523.02 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.2;QD=59.7263;RBI=0.0341336;REFB=0;REVB=0.00423759;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99954e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:43:58:0:0:43:59:0:0 chr3 16364919 . A C 392.79 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0163257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.344;QD=19.6394;RBI=0.0674874;REFB=-0.0178609;REVB=0.0654829;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225014;STB=0.512494;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0216277;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:20:20:19:21:20:20:19:21 chr3 16457700 . C T 46.61 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0243763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3663;QD=9.81244;RBI=0.0768523;REFB=-0.00149312;REVB=-0.0728839;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000992118;OID=.;OPOS=16457700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:12:12:6:7:0.368421:3:3:9:3:3:4:9:3 chr3 16535229 . C T 118.93 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0224652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.182;QD=13.2145;RBI=0.0262234;REFB=-0.0115314;REVB=0.0135271;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192977;STB=0.613864;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0148359;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:10:12:10:4:10:12 chr3 16646745 . C G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.812;QD=60.9776;RBI=0.0442564;REFB=0;REVB=0.0397105;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189489;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 17053499 . A G 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6626;QD=57.3918;RBI=0.0595472;REFB=-0.0763884;REVB=-0.0411347;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00298682;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr3 17208267 . T C 449.73 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00765673;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.743;QD=14.2773;RBI=0.0250053;REFB=-0.00678553;REVB=0.0238042;RO=75;SAF=32;SAR=19;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743606;STB=0.542003;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00980515;OID=.;OPOS=17208267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:75:75:51:51:0.404762:19:32:42:33:19:32:42:33 chr3 17741409 . C G 1068.82 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322487;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.927;QD=60.2151;RBI=0.0203893;REFB=0;REVB=0.0201327;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164249;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr3 18055231 . A C 1190.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.696;QD=61.0614;RBI=0.0182884;REFB=0;REVB=0.00405866;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25993e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:51:26:0:0:52:26:0:0 chr3 18427924 . G T 2303.43 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00980243;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.524;QD=58.6861;RBI=0.0132138;REFB=-0.0434812;REVB=0.00886103;RO=3;SAF=64;SAR=90;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217725;STB=0.511449;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=6.09861e-05;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:3:3:154:154:0.980892:90:64:3:0:90:64:3:0 chr3 19388116 . T A 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00527031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.937;QD=21.6259;RBI=0.00561853;REFB=-0.0297386;REVB=-0.00194722;RO=38;SAF=32;SAR=11;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911638;STB=0.550513;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0213825;OID=.;OPOS=19388116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:11:32:25:13:11:32:25:13 chr3 19490425 . C T 319.26 PASS AF=0.378947;AO=35;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00920194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.262;QD=13.4426;RBI=0.0153698;REFB=-0.00702383;REVB=-0.0123108;RO=59;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991414;STB=0.564321;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0135021;OID=.;OPOS=19490425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:59:35:36:0.378947:17:18:25:34:17:19:25:34 chr3 19959756 . G A 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00591684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.807;QD=14.6856;RBI=0.0114645;REFB=-0.00029503;REVB=0.00981963;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131831;STB=0.575021;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0004814;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:21:10:19:24:21:10:19:24 chr3 19961330 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00485905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.246;QD=16.9229;RBI=0.00646297;REFB=-0.00635542;REVB=-0.00426142;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165707;STB=0.593342;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00770397;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:10:20:17:17:10:20:17:17 chr3 19962044 . G A 447.22 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0411656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3361;QD=18.442;RBI=0.0421524;REFB=0.00273391;REVB=-0.00906751;RO=50;SAF=32;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235099;STB=0.633288;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00331796;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:52:45:45:0.463918:13:32:24:26:13:32:25:27 chr3 19975215 . C A 335.03 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00315155;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.375;QD=16.7516;RBI=0.00437336;REFB=-0.0152153;REVB=-0.00303216;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10958;STB=0.567829;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0192139;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:35:36:0.45:16:19:19:25:16:20:19:25 chr3 19992432 . G T 219.28 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0133324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.673;QD=13.9226;RBI=0.0135482;REFB=-0.0042848;REVB=-0.00240848;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975262;STB=0.555513;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0052569;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:15:22:13:13:15:22 chr3 20027232 . G T 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0182091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7887;QD=14.8491;RBI=0.0428697;REFB=0.00990797;REVB=-0.0388103;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500627;STB=0.528971;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0158909;OID=.;OPOS=20027232;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:12:17:12:7:12:17 chr3 20053581 . C T 203.37 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.077357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1501;QD=14.2716;RBI=0.0774941;REFB=0.0191657;REVB=-0.00460739;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115551;STB=0.574718;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0182282;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:14:10:17:15:14:10:18:15 chr3 20216519 . T A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.654;QD=62.021;RBI=0.0381937;REFB=0;REVB=-0.00201815;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121545;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr3 20549191 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00579473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.542;QD=16.1561;RBI=0.00725992;REFB=-0.0108181;REVB=0.0043735;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080499;STB=0.555514;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0118949;OID=.;OPOS=20549191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:17:10:14:17:17:10:15:17 chr3 21462754 . A G 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.542;QD=64.1506;RBI=0.0252963;REFB=0;REVB=0.0246323;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24216e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr3 21462787 . G A 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.406;QD=59.8652;RBI=0.0462168;REFB=0;REVB=0.0336489;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016259;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr3 21462880 . A G 221.55 PASS AF=0.45;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00182762;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.274;QD=14.7698;RBI=0.0182559;REFB=-0.0350929;REVB=0.0181642;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207623;STB=0.620598;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0330095;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:33:24:27:0.45:8:16:16:18:9:18:15:18 chr3 23312442 . C G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0340764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.539;QD=16.0718;RBI=0.0351486;REFB=0.0111967;REVB=0.00861525;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138253;STB=0.50779;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0162434;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:14:21:17:12:14:21 chr3 24006477 . T A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.376;QD=64.153;RBI=0.0256104;REFB=0;REVB=-0.0157466;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67131e-05;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr3 24231686 . C T 910.9 PASS AF=0.491892;AO=91;DP=186;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0079652;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.373;QD=19.6952;RBI=0.0182076;REFB=-0.0059915;REVB=0.016373;RO=92;SAF=39;SAR=52;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065945;STB=0.529405;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00547167;OID=.;OPOS=24231686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:92:94:91:91:0.491892:52:39:33:59:52:39:35:59 chr3 24562877 . G T 671.78 PASS AF=0.493333;AO=60;DP=134;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=0.0166006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.558;QD=17.9142;RBI=0.0241517;REFB=-0.0322285;REVB=0.0175421;RO=70;SAF=5;SAR=55;SRF=15;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292929;STB=0.50423;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0378076;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:150:70:76:60:74:0.493333:55:5:15:55:55:19:20:56 chr3 25393837 . T C 293.84 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0417418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.375;QD=27.3341;RBI=0.0418684;REFB=-0.0629019;REVB=-0.00325418;RO=16;SAF=5;SAR=21;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792044;STB=0.550422;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0243555;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:26:26:0.604651:21:5:2:14:21:5:2:15 chr3 25393860 . A G 292.41 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=-0.0109272;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.323;QD=21.6598;RBI=0.0121565;REFB=-0.0278385;REVB=0.00532695;RO=24;SAF=4;SAR=26;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940658;STB=0.551692;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0172046;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:24:30:30:0.555556:26:4:2:22:26:4:2:22 chr3 25638912 . AAAT AAAA,AAA,A 173.38 PASS AF=0,0.266667,0.633333;AO=10,5,5;DP=39;FAO=0,8,19;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=0,2,16;FSAR=0,6,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.535309,0.425961,-0.152487;FXX=0.0322477;HRUN=7,7,8;LEN=1,1,3;MLLD=5.39376,5.48555,16.0085;QD=23.1169;RBI=0.579221,0.457977,0.167318;REFB=-0.00634071,-0.193902,-0.158387;REVB=-0.221225,-0.168226,0.0688693;RO=15;SAF=1,0,4;SAR=9,5,1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.74457,-0.833325,-0.312492;STB=0.5,0.631225,0.542326;STBP=1,0.288,0.523;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.216161,0.0739627;OID=.,.,.;OPOS=25638915,25638915,25638913;OREF=T,T,AAT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.266667,0.633333:10,5,5:39:0,8,19:30:3:0,2,16:0,6,3:2:1:26:15:1,0,4:9,5,1:14:1 chr3 25671860 . G A 354.36 PASS AF=0.422222;AO=35;DP=87;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0282416;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.644;QD=15.7492;RBI=0.0283943;REFB=0.0086939;REVB=-0.00294142;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214077;STB=0.528401;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0140939;OID=.;OPOS=25671860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:44:52:35:38:0.422222:23:12:15:29:23:15:23:29 chr3 27152813 . T C 368.49 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0297681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.238;QD=19.3939;RBI=0.0299786;REFB=-0.00386861;REVB=0.00354624;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172376;STB=0.596046;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00386962;OID=.;OPOS=27152813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:25:13:20:18:25:13:20:18 chr3 27244038 . G C 286.46 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00915992;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9088;QD=15.4842;RBI=0.0160634;REFB=-0.0103877;REVB=-0.0131958;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064882;STB=0.536604;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.014104;OID=.;OPOS=27244038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:42:32:32:0.432432:15:17:25:17:15:17:25:17 chr3 27296745 . C T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00795987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.005;QD=15.5756;RBI=0.0080619;REFB=-0.0148018;REVB=-0.00127857;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131686;STB=0.507457;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0173077;OID=.;OPOS=27296745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:19:12:10:15:19:12 chr3 27307115 . C T 295.72 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.061397;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.792;QD=22.3185;RBI=0.0685819;REFB=-0.00272532;REVB=-0.0305595;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432316;STB=0.523914;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000468351;OID=.;OPOS=27307115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:12:11:16:14:12:11 chr3 27424718 . A G 1377.49 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7902;QD=62.613;RBI=0.0523972;REFB=0;REVB=0.0393984;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426558;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:41:47:0:0 chr3 27498128 . A T 118.42 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0184928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9551;QD=12.802;RBI=0.0403123;REFB=0.0028491;REVB=0.0358204;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344765;STB=0.702832;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00467875;OID=.;OPOS=27498128;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:9:14:4:10:9:14 chr3 27758834 . G A 272.89 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0226527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6275;QD=12.6928;RBI=0.0273263;REFB=-0.00763394;REVB=-0.0152835;RO=53;SAF=20;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878858;STB=0.545426;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0150232;OID=.;OPOS=27758834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:12:20:29:24:12:20:30:24 chr3 28520417 . T A 2877.54 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.422;QD=62.897;RBI=0.0216299;REFB=0;REVB=0.0195028;RO=0;SAF=79;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425687;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:183:0:0:181:183:1:102:79:0:0:102:81:0:0 chr3 28533658 . G A 126.92 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00826054;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.423;QD=18.8036;RBI=0.0107197;REFB=-0.00632278;REVB=0.00683198;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171635;STB=0.595095;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00612661;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:12:14:0.518519:3:9:7:5:4:10:7:6 chr3 28617460 . GCGCCGCCGC G,GCGC 75.16 PASS AF=0.0689655,0.275862;AO=2,7;DP=13;FAO=2,8;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.0147292,0.0610397;FXX=0.121175;HRUN=1,2;LEN=9,6;MLLD=252.622,227.536;QD=10.3671;RBI=0.0328776,0.0649904;REFB=-0.00438545,-0.00490642;REVB=-0.0293937,-0.0223139;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.827182;STBP=1,0.339;TYPE=del,del;VARB=0.108026,0.0256371;OID=.,.;OPOS=28617461,28617461;OREF=CGCCGCCGC,CGCCGC;OALT=-,-;OMAPALT=G,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0689655,0.275862:2,7:13:2,8:29:19:0,3:2,5:0:19:59:0:0,2:2,5:0:0 chr3 30046191 . G T 191.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00530683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.624;QD=13.4059;RBI=0.0127648;REFB=0.00306998;REVB=-0.0116094;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13115;STB=0.565293;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00393291;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:12:11:20:13:12:11:20:14 chr3 30713842 . C T 1592.61 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145107;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.373;QD=60.0985;RBI=0.0171155;REFB=0;REVB=0.00907631;RO=0;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025952;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:68:38:0:0:68:38:0:0 chr3 30733443 . A G 308.17 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00944674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.023;QD=15.8038;RBI=0.0332878;REFB=-0.0173244;REVB=-0.0319193;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117499;STB=0.566462;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0253846;OID=.;OPOS=30733443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:11:23:25:19:11:23:25:19 chr3 30769828 . T C 722.41 PASS AF=0.530303;AO=70;DP=132;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0258963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.465;QD=21.8911;RBI=0.0284622;REFB=-0.0153986;REVB=-0.0118101;RO=62;SAF=42;SAR=28;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171887;STB=0.509431;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0135038;OID=.;OPOS=30769828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:62:62:70:70:0.530303:28:42:36:26:28:42:36:26 chr3 31705649 . C T 2848.0 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.278;QD=62.2514;RBI=0.0332156;REFB=0.0122545;REVB=0.0120344;RO=0;SAF=90;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.20432e-05;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:0:1:182:182:0.994536:92:90:0:0:92:90:0:1 chr3 31712393 . C T 1646.3 PASS AF=1;AO=53;DP=120;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471587;FXX=0.0655684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.594;QD=57.7651;RBI=0.0216114;REFB=0;REVB=0.0210906;RO=1;SAF=51;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111163;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:120:114:1:0:53:114:1:2:51:0:1:62:52:0:0 chr3 31789582 . T C 1181.89 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.109998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7713;QD=58.3649;RBI=0.127066;REFB=0.0267603;REVB=0.0636104;RO=2;SAF=29;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315274;STB=0.516662;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00111886;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:50:29:2:0:50:29:2:0 chr3 31839242 . T C 724.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.569;QD=62.9763;RBI=0.0410783;REFB=0;REVB=0.0334579;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188139;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:20:24:0:0:22:24:0:0 chr3 32031962 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0676254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3669;QD=11.9196;RBI=0.0800247;REFB=-0.0282098;REVB=-0.0427873;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.027218;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:4:5:4:3:4:5 chr3 32208621 . T C 579.43 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019139;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.303;QD=60.9927;RBI=0.0196011;REFB=0;REVB=-0.00423098;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84746e-05;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 32209927 . A G 1140.41 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284547;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.268;QD=60.822;RBI=0.0287602;REFB=0;REVB=0.00418082;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482456;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr3 32214179 . A T 874.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0050804;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3964;QD=56.4031;RBI=0.024382;REFB=-0.165423;REVB=0.0238468;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0027927;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr3 32214212 . A C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.074;QD=57;RBI=0.0363189;REFB=0;REVB=0.00969472;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137368;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr3 32815231 . A T 405.66 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173608;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.391;QD=55.9533;RBI=0.0196578;REFB=0;REVB=0.0092212;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65166e-05;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:18:8:0:0:18:11:0:0 chr3 32927509 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.839;QD=58.7817;RBI=0.0925377;REFB=0;REVB=0.0819411;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420158;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:17:48:0:0:17:48:0:0 chr3 33038747 . C G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0827245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9964;QD=19.9663;RBI=0.0832389;REFB=0.00560203;REVB=-0.00923976;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353571;STB=0.51965;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00601522;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:19:10:8:18:19:10:8:18 chr3 33055721 . A G 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.159;QD=63.7495;RBI=0.0155288;REFB=0;REVB=0.0140094;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74498e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr3 33118631 . G A 491.68 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=-0.0250038;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.26;QD=18.5539;RBI=0.0250397;REFB=-0.0257813;REVB=-0.00134013;RO=54;SAF=34;SAR=18;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111656;STB=0.561542;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.024661;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:54:54:52:52:0.490566:18:34:41:13:18:34:41:13 chr3 33135515 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0102175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4531;QD=14.7985;RBI=0.0822443;REFB=-0.0315977;REVB=-0.0816071;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552525;STB=0.832592;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0539625;OID=.;OPOS=33135515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:6:7:1:10:6:7 chr3 33138544 . A G 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.453;QD=61.9762;RBI=0.0422508;REFB=0;REVB=0.0388815;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33779e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:67:59:0:0:67:59:0:0 chr3 33194990 . C A 241.9 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0662576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.1056;QD=16.9756;RBI=0.0662723;REFB=-0.01192;REVB=-0.00139416;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566566;STB=0.531891;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0179451;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:14:16:16:11:14:16 chr3 33255487 . G A 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.015425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.017;QD=21.9722;RBI=0.0336774;REFB=-0.0243979;REVB=-0.0299373;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121387;STB=0.567513;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0244735;OID=.;OPOS=33255487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:7:16:17:4:7:16:17:4 chr3 33255592 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.837;QD=40.7629;RBI=0.0459019;REFB=0;REVB=0.0450687;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360745;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 33319047 . AC A,CA 51.8 PASS AF=0.225806,0.016129;AO=11,3;DP=62;FAO=14,1;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=3,0;FSAR=11,1;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.178151,-0.0501772;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=16.5835,134.781;QD=3.34178;RBI=0.209886,0.0834515;REFB=-0.0807356,-0.00286583;REVB=-0.110971,-0.0666814;RO=43;SAF=3,0;SAR=8,3;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0774452,-0.427638;STB=0.623687,0.986993;STBP=0.388,0.497;TYPE=del,mnp;VARB=0.120307,0.108385;OID=.,.;OPOS=33319048,33319047;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:43:47:11,3:14,1:0.225806,0.016129:8,3:3,0:14:29:11,1:3,0:16:31 chr3 33533554 . C T 164.72 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0127426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.861;QD=21.2544;RBI=0.0143879;REFB=-0.00114106;REVB=0.00668129;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156716;STB=0.603652;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000512079;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:5:8:7:10:5:9 chr3 33539893 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0132456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.48;QD=18.7119;RBI=0.0137077;REFB=-0.000244387;REVB=-0.00352905;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351237;STB=0.519978;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000327043;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:7:12:12:6:7:12 chr3 33644385 . T C 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00892566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0208;QD=15.1648;RBI=0.0289841;REFB=-0.020524;REVB=-0.0275755;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320578;STB=0.518256;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0254324;OID=.;OPOS=33644385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:16:14:10:13:16:14 chr3 33879770 . G A 324.53 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0208653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.592;QD=17.3084;RBI=0.024384;REFB=0.000535236;REVB=-0.0126182;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102715;STB=0.570714;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000604482;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:34:35:0.466667:21:13:19:20:22:13:20:20 chr3 33907861 . GC CG,G 50.27 PASS AF=0,0.454545;AO=2,16;DP=33;FAO=0,15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=0,13;FSAR=0,2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0853325,-0.153207;FXX=0.0294031;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=78.1433,10.4882;QD=6.09291;RBI=0.184861,0.196415;REFB=-0.0209491,-0.156845;REVB=-0.163987,-0.122909;RO=15;SAF=0,15;SAR=2,1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.528044,0.610899;STB=0.5,0.76429;STBP=1,0.026;TYPE=mnp,del;VARB=0.0606159,0.179069;OID=.,.;OPOS=33907861,33907862;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:33:33:15:18:2,16:0,15:0,0.454545:2,1:0,15:7:8:0,2:0,13:9:9 chr3 35725250 . C T 3386.61 PASS AF=0.99095;AO=217;DP=219;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=126;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.278;QD=61.2961;RBI=0.0126764;REFB=-0.0137602;REVB=-0.00607021;RO=2;SAF=92;SAR=125;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135416;STB=0.500697;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=1.43425e-05;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:219:221:2:2:217:219:0.99095:125:92:1:1:126:93:1:1 chr3 35778773 . A G 281.31 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0102858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.042;QD=21.2312;RBI=0.031573;REFB=-0.064867;REVB=0.0298505;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140682;STB=0.507807;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0350086;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:12:12:14:15:12:12 chr3 35779750 . A G 530.04 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0155032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.129;QD=18.1212;RBI=0.0156517;REFB=-0.00628445;REVB=-0.00215093;RO=61;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908717;STB=0.505039;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00712042;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:29:27:30:31:29:27:30:31 chr3 36422135 . G A 2503.19 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399629;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.159;QD=61.4281;RBI=0.0654212;REFB=0;REVB=0.0517967;RO=0;SAF=78;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121166;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:163:0:0:159:163:1:81:78:0:0:82:81:0:0 chr3 36422216 . T C 1545.43 PASS AF=1;AO=92;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.105;QD=60.0167;RBI=0.0655649;REFB=0;REVB=0.0116905;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166298;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:92:103:1:49:43:0:0:49:54:0:0 chr3 37163039 . G A 1157.06 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.531;QD=60.1068;RBI=0.0340658;REFB=0;REVB=0.0252785;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16095e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:43:31:0:0:45:32:0:0 chr3 37368784 . GA G 192.18 PASS AF=1;AO=26;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714174;FXX=0.0217344;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.98074;QD=17.0822;RBI=0.255643;REFB=0.0135241;REVB=0.245465;RO=13;SAF=5;SAR=21;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00365729;OID=.;OPOS=37368785;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:26:43:45:45:0:14:31:0:0:3:13:5:21:5:8 chr3 37523079 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0101909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.614;QD=17.0893;RBI=0.0165194;REFB=-0.0140719;REVB=0.0130013;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260435;STB=0.644905;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0183709;OID=.;OPOS=37523079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:23:5:11:14:23:5 chr3 37535984 . C G 180.95 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00300783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.641;QD=19.5619;RBI=0.0541018;REFB=-0.0504781;REVB=-0.0540181;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205909;STB=0.542207;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0470538;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:18:16:19:0.513514:4:12:10:3:5:14:12:6 chr3 37536056 . C T 524.14 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0155279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.437;QD=21.3934;RBI=0.0231171;REFB=-0.00550005;REVB=-0.0171256;RO=48;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116769;STB=0.564315;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00525968;OID=.;OPOS=37536056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:28:22:15:33:28:22:15:33 chr3 37574951 . G A 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9673;QD=59.8511;RBI=0.0437557;REFB=0;REVB=0.0201541;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193064;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr3 37670789 . C T 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00495004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.639;QD=20.5631;RBI=0.0117782;REFB=-0.00358074;REVB=0.0106876;RO=31;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987693;STB=0.554881;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0024892;OID=.;OPOS=37670789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:24:11:13:18:24:11:13:18 chr3 38080952 . T G 526.6 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0156858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.882;QD=22.6496;RBI=0.0494302;REFB=-0.0219208;REVB=0.0468753;RO=43;SAF=30;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18483;STB=0.604639;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0146497;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:43:43:49:50:0.537634:19:30:17:26:19:31:17:26 chr3 38081031 . A T 511.35 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0262592;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1958;QD=18.5945;RBI=0.03126;REFB=-0.00526869;REVB=0.01696;RO=56;SAF=29;SAR=24;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158539;STB=0.591149;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00586841;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:53:54:0.490909:24:29:21:35:24:30:21:35 chr3 38087142 . G A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00411288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.419;QD=18.3452;RBI=0.00941992;REFB=0.000856253;REVB=0.00847461;RO=46;SAF=14;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115899;STB=0.564821;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000659298;OID=.;OPOS=38087142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:27:14:21:25:27:14:21:25 chr3 38125705 . G A 451.07 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0497079;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0243;QD=18.9925;RBI=0.0742884;REFB=-0.0382043;REVB=-0.0552077;RO=48;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730138;STB=0.53085;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0348752;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:50:45:45:0.473684:26:19:24:24:26:19:24:26 chr3 38151731 . T C 332.62 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0518153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.1866;QD=26.6097;RBI=0.0527469;REFB=-0.0377451;REVB=-0.00986963;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575985;STB=0.531834;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0154865;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:16:13:11:10:16:13:11:10 chr3 38170810 . C G 125.8 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.026626;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.067;QD=17.3521;RBI=0.0266445;REFB=-0.00878949;REVB=-0.000992913;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00481468;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:7:8:8:6:7:8 chr3 38348743 . A C 200.67 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000715713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.03;QD=20.5817;RBI=0.0221604;REFB=-0.0163559;REVB=0.0221488;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340786;STB=0.666496;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0122122;OID=.;OPOS=38348743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:5:14:7:12:6:14:7:12 chr3 38350479 . T C 2223.16 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275092;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.243;QD=62.6243;RBI=0.0372622;REFB=-0.113229;REVB=0.0251339;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.503936;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000263854;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:141:141:0.992958:78:63:0:0:78:63:1:0 chr3 38350519 . G A 2114.64 PASS AF=0.978571;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0890582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.067;QD=60.4182;RBI=0.0908487;REFB=-0.106152;REVB=0.0179477;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50533;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000267745;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:140:0:3:136:137:0.978571:79:57:0:0:79:58:2:1 chr3 38350543 . A G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.366;QD=61.3642;RBI=0.0348978;REFB=0;REVB=-0.0344053;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05697e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr3 38401839 . T C 712.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319868;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.645;QD=63.3201;RBI=0.0412797;REFB=0;REVB=0.0260933;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330285;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr3 38406773 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.017;QD=63.2867;RBI=0.0769597;REFB=0;REVB=0.0483807;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031483;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr3 38408361 . G A 1456.83 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229254;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.328;QD=63.3403;RBI=0.023493;REFB=0;REVB=0.00513279;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01099e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:52:39:0:0:52:40:0:0 chr3 38534144 . T A 42.48 PASS AF=0.108696;AO=9;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.010306;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.696;QD=1.84684;RBI=0.0104879;REFB=-0.0010329;REVB=0.00194462;RO=83;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160489;STB=0.647717;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00670016;OID=.;OPOS=38534144;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:92:92:83:82:9:10:0.108696:7:2:28:55:8:2:27:55 chr3 38534296 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2005;QD=48.7362;RBI=0.0158632;REFB=0;REVB=0.00128529;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268686;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 214.16 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00756438;FXX=0;HRUN=3;LEN=25;MLLD=565.461;QD=28.5549;RBI=0.0076955;REFB=-0.025442;REVB=0.00141454;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250434;STB=0.64692;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.00712615;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:18:31:20:30:10:9:11:9:1:73:11:8:10:9:2 chr3 38590358 . C CT 705.93 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=66;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411562;FXX=0.0724533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3039;QD=44.1208;RBI=0.107201;REFB=-0.000394357;REVB=0.0989854;RO=4;SAF=21;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138734;STB=0.50588;STBP=0.615;TYPE=ins;VARB=0.00446938;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984375:59:66:63:64:1:21:42:0:1:8:4:21:38:1:3 chr3 38592406 . A G 2034.52 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0492742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1672;QD=60.732;RBI=0.0544542;REFB=-0.0818168;REVB=0.0231799;RO=2;SAF=51;SAR=81;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018271;STB=0.509614;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000717466;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:81:51:2:0:81:51:2:0 chr3 38622467 . T C 1135.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4102;QD=60.5416;RBI=0.0371586;REFB=0;REVB=-0.00428831;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272609;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr3 38674712 . T C 3667.43 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000578649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.426;QD=63.2316;RBI=0.0121583;REFB=0;REVB=0.0121446;RO=0;SAF=100;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.47211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02337e-06;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:232:0:0:231:232:1:131:100:0:0:132:100:0:0 chr3 38739574 . T C 1801.86 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415118;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9454;QD=61.0799;RBI=0.0609492;REFB=0;REVB=0.0446271;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546181;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:61:56:0:0:61:57:0:0 chr3 38739845 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.843;QD=56.9382;RBI=0.0218224;REFB=0;REVB=0.0199684;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024891;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr3 38763863 . G C 427.98 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0454204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.141;QD=19.4538;RBI=0.0474145;REFB=-0.00506186;REVB=-0.0136059;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024299;STB=0.513507;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00505178;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:25:18:20:25:25:18:20:25 chr3 38764998 . A G 518.74 PASS AF=0.607595;AO=44;DP=75;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0238941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.645;QD=26.2654;RBI=0.0318306;REFB=-0.0324957;REVB=0.02103;RO=29;SAF=16;SAR=28;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650528;STB=0.535564;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0224075;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:29:31:44:48:0.607595:28:16:13:16:29:19:15:16 chr3 38766675 . A G 794.08 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.512;QD=63.5267;RBI=0.0601615;REFB=0;REVB=0.0233665;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122111;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:24:22:0:0:25:25:0:0 chr3 38768247 . G A 359.48 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00883511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.862;QD=17.3241;RBI=0.0097557;REFB=-0.0186581;REVB=0.00413696;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036238;STB=0.520294;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0273209;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:18:20:22:23:18:20:22:23 chr3 38768300 . T C 371.79 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00483402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.484;QD=17.4961;RBI=0.0277631;REFB=0.00730825;REVB=-0.027339;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647925;STB=0.537496;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00594333;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:46:39:39:0.458824:23:16:21:23:23:16:22:24 chr3 38798171 . C T 361.55 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0234283;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.62;QD=17.424;RBI=0.0339185;REFB=-0.0333295;REVB=0.0245271;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400957;STB=0.522643;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0322632;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:45:37:38:0.457831:17:20:23:23:17:21:23:22 chr3 38802251 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00608074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0545;QD=61.8144;RBI=0.0212539;REFB=-0.138718;REVB=-0.0203655;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00398513;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr3 38945560 . A G 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0127732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.331;QD=18.0543;RBI=0.0173082;REFB=-0.016078;REVB=-0.0116798;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778356;STB=0.543459;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.015573;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:21:23:23:29:21:23:23:29 chr3 39111140 . C A 1501.33 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561255;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9914;QD=59.4587;RBI=0.021983;REFB=0;REVB=0.0212545;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206344;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:36:63:0:0:37:64:0:0 chr3 39138082 . C T 750.05 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210933;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9473;QD=63.8337;RBI=0.0311512;REFB=0;REVB=0.0229231;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000770253;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr3 39152345 . G A 1026.48 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6112;QD=59.5063;RBI=0.0390139;REFB=0;REVB=0.0067798;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248159;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr3 39161456 . G A 804.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8944;QD=64.3288;RBI=0.0330589;REFB=0;REVB=0.0295467;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360965;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr3 39161463 . CG C,CA 705.3 PASS AF=0.02,0.98;AO=7,44;DP=51;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501409,0.0488041;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.03,156.013;QD=56.4241;RBI=0.0604302,0.058612;REFB=0,0;REVB=-0.0337298,0.0324581;RO=0;SAF=4,23;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.010518,0.000722077;OID=.,.;OPOS=39161464,39161464;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:7,44:51:1,49:50:0:1,25:0,24:0:0:6:0:4,23:3,21:0:0 chr3 39185248 . A G 300.95 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.632;QD=52.3398;RBI=0.0181625;REFB=0;REVB=-0.00422375;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447375;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr3 39188141 . C T 436.41 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00612028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.798;QD=14.0776;RBI=0.0446813;REFB=-0.0068987;REVB=0.0442602;RO=74;SAF=21;SAR=29;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995678;STB=0.556219;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00975703;OID=.;OPOS=39188141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:74:50:50:0.403226:29:21:38:36:29:21:38:36 chr3 39188182 . C T 1807.26 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325042;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.171;QD=61.2631;RBI=0.0084261;REFB=0;REVB=0.00777393;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01772e-05;OID=.;OPOS=39188182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:62:56:0:0:62:56:0:0 chr3 39225752 . C G 198.03 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0292244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7117;QD=9.90136;RBI=0.0313752;REFB=-0.00465785;REVB=-0.0114166;RO=54;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04442;STB=0.525992;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00956852;OID=.;OPOS=39225752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:12:14:27:27:12:14:27:27 chr3 39226436 . C T 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00307866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.933;QD=28.0295;RBI=0.00307907;REFB=-0.0404137;REVB=5.02168e-05;RO=17;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216182;STB=0.620156;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.018611;OID=.;OPOS=39226436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:21:6:8:9:21:6:8:9 chr3 39226610 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0187315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.332;QD=13.9591;RBI=0.019875;REFB=0.000952191;REVB=-0.00664443;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00198428;OID=.;OPOS=39226610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:4:7:7:7:0.5:4:3:2:2:4:3:2:5 chr3 39229900 . T C 1345.1 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210273;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.035;QD=62.5626;RBI=0.0262558;REFB=0;REVB=0.0157232;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258726;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr3 39230997 . A G 421.5 PASS AF=0.357143;AO=50;DP=140;FAO=50;FDP=140;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00678211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.655;QD=12.0428;RBI=0.00839603;REFB=-0.0200562;REVB=0.00494938;RO=90;SAF=30;SAR=20;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222721;STB=0.627069;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0230869;OID=.;OPOS=39230997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:90:90:50:50:0.357143:20:30:36:54:20:30:36:54 chr3 39323163 . A C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6127;QD=62.976;RBI=0.0250039;REFB=0;REVB=0.0247957;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149697;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr3 39431081 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0507166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.142;QD=15.1962;RBI=0.051353;REFB=-0.00148447;REVB=0.00805931;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252584;STB=0.645989;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000995717;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:15:11:12:6:15:11 chr3 39448424 . T C 250.17 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0127873;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.204;QD=16.4045;RBI=0.013405;REFB=-0.0170024;REVB=-0.00402225;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221996;STB=0.534223;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0193493;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:35:33:28:28:0.459016:17:11:13:22:17:11:11:22 chr3 39449137 . T C 160.33 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0202752;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.406;QD=16.8763;RBI=0.0203291;REFB=0.0010117;REVB=-0.00147942;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079434;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00117333;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:7:14:10:7:7:14 chr3 39453160 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00821441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.312;QD=16.8984;RBI=0.0403064;REFB=0.00447779;REVB=0.0394605;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0020774;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr3 39541550 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0137753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.388;QD=18.9664;RBI=0.0181612;REFB=-0.00110121;REVB=-0.0118351;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482031;STB=0.527248;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00134596;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:9:16:13:9:9:16 chr3 40231383 . C T 563.8 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.016705;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.802;QD=21.0765;RBI=0.0176016;REFB=-0.0133823;REVB=-0.00554614;RO=44;SAF=32;SAR=25;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244229;STB=0.620314;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0133809;OID=.;OPOS=40231383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:50:57:57:0.53271:25:32:11:33:25:32:15:35 chr3 40231883 . C T 371.61 PASS AF=0.377049;AO=43;DP=120;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0442246;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8189;QD=12.1839;RBI=0.0502018;REFB=-0.0345595;REVB=0.0237572;RO=76;SAF=20;SAR=23;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053634;STB=0.557118;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0629721;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:76:76:43:46:0.377049:23:20:39:37:26:20:40:36 chr3 40251392 . T C 246.89 PASS AF=0.509804;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00357565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.323;QD=19.3639;RBI=0.0113003;REFB=-0.0288586;REVB=-0.0107196;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491305;STB=0.583128;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0188002;OID=.;OPOS=40251392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:25:24:26:0.509804:8:16:13:5:9:17:20:5 chr3 40286017 . T C 502.12 PASS AF=0.504854;AO=49;DP=100;FAO=52;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0572206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3218;QD=19.4998;RBI=0.0580403;REFB=0.00147384;REVB=-0.00972013;RO=28;SAF=29;SAR=20;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608155;STB=0.505745;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0033689;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:28:51:49:52:0.504854:20:29:19:9:22:30:30:21 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 94.31 PASS AF=0,0.21875;AO=5,14;DP=65;FAO=0,14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=0,4;FSAR=0,10;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.034341,-0.00892296;FXX=0.111096;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=130.633,221.928;QD=5.89445;RBI=0.0347238,0.00991148;REFB=-0.00373766,-0.000732182;REVB=-0.00514153,-0.00431488;RO=41;SAF=1,4;SAR=4,10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245499,-0.141509;STB=0.5,0.59985;STBP=1,0.418;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00323845;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.21875:5,14:65:0,14:64:50:0,4:0,10:20:30:94:41:1,4:4,10:16:25 chr3 40351484 . C T 698.82 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.727;QD=54.8097;RBI=0.121224;REFB=0.0606947;REVB=-0.0154521;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00831866;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr3 40435890 . A G 37.65 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.009189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7944;QD=9.41134;RBI=0.0449233;REFB=-0.0391824;REVB=-0.0439735;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0614847;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:3:3:4:5:3:3:5:5 chr3 40468896 . C T 355.05 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0262436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.995;QD=15.1083;RBI=0.0266785;REFB=-0.0117421;REVB=0.00479743;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15426;STB=0.583292;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.018681;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:38:39:0.414894:19:19:19:35:20:19:19:36 chr3 40499182 . C T 409.9 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0287136;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.048;QD=14.5097;RBI=0.0364689;REFB=-0.0116073;REVB=0.0224836;RO=66;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111301;STB=0.562614;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0209746;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:66:47:47:0.415929:22:25:28:38:22:25:28:38 chr3 40503520 . A ACTG,ACTGCTG,G 126.46 PASS AF=0.333333,0.2,0.333333;AO=5,3,5;DP=15;FAO=5,3,5;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3,2,1;FSAR=2,1,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0405365,0.0305124,-0.0362562;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,6,1;MLLD=161.412,146.542,86.2072;QD=33.7215;RBI=0.0558993,0.0416305,0.0458876;REFB=0.0171136,-0.0360398,-0.0590599;REVB=0.0384906,0.0283213,0.0281274;RO=2;SAF=3,2,1;SAR=2,1,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0491618,0.111102,-0.190062;STB=0.529293,0.570936,0.614874;STBP=0.911,0.906,0.568;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0716024,-0.0153386,0.052794;OID=.,.,.;OPOS=40503521,40503521,40503520;OREF=-,-,A;OALT=CTG,CTGCTG,G;OMAPALT=ACTG,ACTGCTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:36:15:15:2:2:5,3,5:5,3,5:0.333333,0.2,0.333333:2,1,4:3,2,1:1:1:2,1,4:3,2,1:1:1 chr3 40519429 . T C 658.37 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00674805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.1055;QD=56.0316;RBI=0.0137593;REFB=0.127305;REVB=-0.011991;RO=3;SAF=17;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759582;STB=0.540522;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00979491;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:27:17:3:0:27:17:3:0 chr3 40558150 . G C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0120453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.849;QD=18.6449;RBI=0.0123885;REFB=-0.0146135;REVB=-0.00289587;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324097;STB=0.518492;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0145093;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:6:7:7:7:6:7 chr3 40559078 . G C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0120253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.839;QD=21.0082;RBI=0.0141978;REFB=-0.0146474;REVB=0.00754777;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136207;STB=0.575524;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0113913;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:15:10:17:13:15:10 chr3 40573556 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00405905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.733;QD=17.1006;RBI=0.00418151;REFB=-0.0237254;REVB=0.00100458;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150546;STB=0.586087;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0269775;OID=.;OPOS=40573556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:5:10:7:7:5:10 chr3 40573744 . A G 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0152474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.74;QD=24.4892;RBI=0.0366137;REFB=-0.00457791;REVB=0.0332878;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260269;STB=0.644773;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00552209;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:13:8:11:4:13:8:11:4 chr3 41756965 . CA TA,TG 346.23 PASS AF=0.426829,0.0365854;AO=35,3;DP=82;FAO=35,3;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19,1;FSAR=16,2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0106939,-0.00483993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.415,146.544;QD=16.8891;RBI=0.0202901,0.0123531;REFB=-0.013836,-0.00610988;REVB=-0.0172432,0.0113654;RO=44;SAF=19,1;SAR=16,2;SRF=21;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0649633,-0.138058;STB=0.536547,0.636752;STBP=0.598,0.708;TYPE=snp,mnp;VARB=0.010297,0.0285144;OID=.,.;OPOS=41756965,41756965;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:35,3:35,3:0.426829,0.0365854:16,2:19,1:21:23:16,2:19,1:21:23 chr3 41756986 . A T 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00248875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.879;QD=20.4177;RBI=0.0174935;REFB=0.00177726;REVB=0.0173156;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000550445;STB=0.500305;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222259;OID=.;OPOS=41756986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:20:19:20:21:20:19 chr3 41841716 . A C 1013.17 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00160198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8974;QD=57.8954;RBI=0.067741;REFB=-0.141813;REVB=0.067722;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00183107;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:70:1:1:66:69:0.985714:36:30:1:0:39:30:1:0 chr3 41877414 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00646052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.114;QD=9.99289;RBI=0.00914063;REFB=-0.00431103;REVB=-0.00646628;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186479;STB=0.611513;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00864658;OID=.;OPOS=41877414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:12:5:16:20:12:5:16:20 chr3 41910571 . T C 759.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646893;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8096;QD=56.2419;RBI=0.0655538;REFB=0;REVB=0.010611;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535208;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:34:18:0:0:34:20:0:0 chr3 41925398 . C T 610.77 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00695485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.344;QD=19.8626;RBI=0.0089017;REFB=-0.017792;REVB=0.00555611;RO=61;SAF=26;SAR=36;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363542;STB=0.520058;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.017359;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:61:62:62:0.504065:36:26:28:33:36:26:28:33 chr3 41925423 . T C 1776.0 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000130501;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.869;QD=60.2033;RBI=0.0179218;REFB=-0.126867;REVB=0.0179213;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.505262;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00292295;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:118:0:1:117:117:0.991525:70:47:0:0:70:47:1:0 chr3 41937000 . C T 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0133839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.06;QD=15.3079;RBI=0.0143686;REFB=0.00954826;REVB=0.0052274;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0144298;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:17:17:23:23:17:17:23:23 chr3 41939993 . T A 685.58 PASS AF=1;AO=29;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.245954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9925;QD=58.3468;RBI=0.266629;REFB=0;REVB=0.102945;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00770164;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:29:47:1:15:14:0:0:24:23:0:0 chr3 41942255 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0141655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.103;QD=14.6164;RBI=0.0332679;REFB=-0.027687;REVB=0.0301014;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251538;STB=0.642755;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0333651;OID=.;OPOS=41942255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:23:15:18:10:23:15 chr3 41957466 . T G 354.55 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0102958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.53;QD=24.4519;RBI=0.0218699;REFB=-0.0068598;REVB=0.0192948;RO=23;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655168;STB=0.503595;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00628771;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:14:21:14:9:14:21:14:9 chr3 41960006 . T C 232.89 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00610978;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.992;QD=23.2893;RBI=0.0417075;REFB=0.0125273;REVB=0.0412576;RO=18;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159072;STB=0.589388;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00575902;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:6:16:10:8:6:16:10:8 chr3 41996136 . T C 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0127138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.032;QD=22.5571;RBI=0.0130533;REFB=-0.00407242;REVB=0.00295767;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212085;STB=0.616499;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00392633;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:20:26:12:27:20:26:12:27 chr3 42236415 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6726;QD=56.1916;RBI=0.0295986;REFB=0;REVB=0.0113734;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724988;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr3 42244321 . G A 1637.62 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.27;QD=58.4863;RBI=0.0468978;REFB=-0.122838;REVB=0.0325834;RO=2;SAF=49;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187062;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000373511;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:2:1:110:111:0.991071:61:49:1:1:61:50:0:1 chr3 42304784 . A G 723.2 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.63;QD=56.7215;RBI=0.0459891;REFB=0;REVB=-0.0443435;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272332;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr3 42438754 . T C 1032.08 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043592;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0072;QD=59.8308;RBI=0.05616;REFB=0;REVB=0.0354075;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639921;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr3 42448471 . G A 1308.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=61.5957;RBI=0.0507969;REFB=0;REVB=0.0351862;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233257;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr3 42568929 . T C 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0328909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.293;QD=14.649;RBI=0.0381193;REFB=-0.0164331;REVB=0.0192683;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0154372;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr3 42577733 . G T 976.43 PASS AF=0.618705;AO=85;DP=140;FAO=86;FDP=139;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0733077;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.467;QD=28.0986;RBI=0.0746876;REFB=-0.0429841;REVB=0.0142906;RO=53;SAF=42;SAR=43;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292905;STB=0.513565;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0296905;OID=.;OPOS=42577733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:53:53:85:86:0.618705:43:42:24:29:44:42:24:29 chr3 42599091 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0305459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.68;QD=9.47553;RBI=0.0312667;REFB=-0.00384723;REVB=-0.00667524;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490515;STB=0.810052;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00742967;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:9:1:9:12:9:1:9:12 chr3 42610374 . A G 319.07 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0105038;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.802;QD=23.2052;RBI=0.0139296;REFB=-0.00397386;REVB=0.00914907;RO=23;SAF=23;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20236;STB=0.612093;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00264258;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:9:23:11:12:9:23:11:12 chr3 42610515 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0108606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1321;QD=10.8234;RBI=0.015851;REFB=-0.0138529;REVB=-0.0115457;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493599;STB=0.529364;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0205186;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:5:18:9:3:5:18 chr3 42636141 . G A 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00438115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8977;QD=12.7346;RBI=0.0328789;REFB=-0.013232;REVB=-0.0325857;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489223;STB=0.777296;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00569449;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:0:10:4:4:0:10 chr3 42700456 . C T 448.74 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=113;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00256936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.614;QD=15.7454;RBI=0.00265869;REFB=-0.0130314;REVB=-0.0006834;RO=64;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160959;STB=0.583242;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0169618;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:64:49:50:0.438596:22:27:25:39:23:27:25:39 chr3 42700630 . A G 686.81 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0186062;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.808;QD=20.0527;RBI=0.0219187;REFB=-0.0182399;REVB=-0.0115861;RO=69;SAF=25;SAR=43;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370084;STB=0.520432;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0174697;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:69:68:68:0.49635:43:25:28:41:43:25:28:41 chr3 42728144 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00935486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.135;QD=21.8389;RBI=0.01273;REFB=0.000787196;REVB=0.0086337;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162165;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000575379;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:11:13:14:11:11:13 chr3 42733468 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.151;QD=61.6836;RBI=0.0658277;REFB=0;REVB=0.0234349;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192187;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:29:11:0:0:29:12:0:0 chr3 42734688 . G A 395.91 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0303895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8076;QD=20.303;RBI=0.0311339;REFB=-0.0302122;REVB=0.00676738;RO=38;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200356;STB=0.511106;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0344412;OID=.;OPOS=42734688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:17:23:21:17:17:23:21:17 chr3 42735150 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0109375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.798;QD=7.12516;RBI=0.0203275;REFB=-0.000165717;REVB=-0.0171341;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131357;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000867426;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:7:11:5:2:7:11 chr3 42735274 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0193792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.588;QD=10.2395;RBI=0.0314792;REFB=-0.0112598;REVB=-0.024807;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200623;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0352022;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:10:9:3:7:10:9 chr3 42787469 . A G 310.38 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0188566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4413;QD=21.4053;RBI=0.0411259;REFB=-0.0705425;REVB=-0.0365482;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623041;STB=0.534461;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0539652;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:11:15:16:16:11:15 chr3 42788823 . C A 364.52 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00822212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2401;QD=21.1315;RBI=0.00935118;REFB=-0.0377411;REVB=-0.00445434;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134837;STB=0.506266;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0561285;OID=.;OPOS=42788823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:31:32:36:37:0.536232:18:18:15:16:18:19:16:16 chr3 42826168 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.624;QD=39.2068;RBI=0.021444;REFB=0;REVB=0.0202324;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108821;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr3 42907112 . A C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00184834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.326;QD=12.7289;RBI=0.012357;REFB=-0.00659646;REVB=-0.012218;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00916511;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:8:4:4:5:8:4 chr3 42908775 . A C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0278973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.85;QD=9.84392;RBI=0.0280812;REFB=0.000856324;REVB=0.00320811;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150214;STB=0.592391;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000814257;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:8:2:6:14:8:2:6:14 chr3 42917047 . A G 1753.88 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.631;QD=60.4788;RBI=0.0253735;REFB=0;REVB=0.0252982;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18931e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:113:116:1:60:53:0:0:62:54:0:0 chr3 42956273 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.674;QD=55.6558;RBI=0.0624234;REFB=0;REVB=0.0457583;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972875;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr3 42959107 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0572253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.471;QD=16.1065;RBI=0.0607486;REFB=-0.00205766;REVB=-0.0203877;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192683;STB=0.610978;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00365842;OID=.;OPOS=42959107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:12:10:11:6:12:10 chr3 42984107 . C T 414.76 PASS AF=0.413793;AO=46;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0375375;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.179;QD=14.3021;RBI=0.039671;REFB=0.00199236;REVB=0.0128346;RO=67;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770784;STB=0.544933;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0021418;OID=.;OPOS=42984107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:68:46:48:0.413793:28:18:31:36:29:19:32:36 chr3 43073761 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7274;QD=58.1414;RBI=0.0788617;REFB=0;REVB=0.0788031;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111969;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 43074430 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.928;QD=53.9112;RBI=0.0283753;REFB=0;REVB=0.00772274;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107721;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 43074434 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000635143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6322;QD=53.9068;RBI=0.121489;REFB=0;REVB=0.121488;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028776;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 43074871 . A G 3062.67 PASS AF=1;AO=167;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215508;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.804;QD=62.5035;RBI=0.0227299;REFB=0;REVB=0.00722577;RO=0;SAF=83;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54734e-07;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:196:0:0:167:196:1:84:83:0:0:107:89:0:0 chr3 43074872 . C G 136.06 PASS AF=0.142157;AO=28;DP=203;FAO=29;FDP=204;FR=.;FRO=175;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=88;FSRR=87;FWDB=-0.0289842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.624;QD=2.66779;RBI=0.029491;REFB=-0.0411712;REVB=0.0054442;RO=175;SAF=4;SAR=24;SRF=88;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481602;STB=0.836725;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0347462;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:175:175:28:29:0.142157:24:4:88:87:25:4:88:87 chr3 43095101 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.805;QD=60.9786;RBI=0.00852092;REFB=0;REVB=0.00121841;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84049e-05;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 43097710 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.311;QD=60.8836;RBI=0.0172576;REFB=0;REVB=-0.000602907;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65326e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr3 43121559 . C T 221.96 PASS AF=0.385714;AO=25;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00761139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.443;QD=12.6834;RBI=0.0412319;REFB=-0.00518151;REVB=0.0405232;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819014;STB=0.501607;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00804741;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:43:25:27:0.385714:15:10:19:21:15:12:19:24 chr3 43122966 . G A 429.47 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0619688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6509;QD=17.3523;RBI=0.063372;REFB=-0.0164046;REVB=-0.0132621;RO=54;SAF=29;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898965;STB=0.556842;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0209392;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:15:29:31:23:15:29:31:24 chr3 43390387 . C CT 159.65 PASS AF=0.5;AO=26;DP=75;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0202613;FXX=0.0410903;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3286;QD=9.1226;RBI=0.131736;REFB=-0.00659965;REVB=-0.130169;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10497;STB=0.544279;STBP=0.514;TYPE=ins;VARB=-0.018391;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:75:35:70:35:20:15:23:12:99:41:17:9:23:18 chr3 43392356 . G GTA 146.77 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=86;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00952509;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.817;QD=10.8717;RBI=0.00953493;REFB=-0.0286609;REVB=-0.00043324;RO=65;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673236;STB=0.56686;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=0.0385694;OID=.;OPOS=43392357;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351852:18:86:19:54:35:10:9:22:13:99:65:9:9:29:36 chr3 43414318 . A G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.305;QD=61.3643;RBI=0.032051;REFB=0;REVB=0.00694709;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91265e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr3 43602803 . C T 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00384141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.8;QD=22.0646;RBI=0.013076;REFB=-0.0113222;REVB=-0.012499;RO=31;SAF=12;SAR=27;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165065;STB=0.502537;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00838558;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:27:12:9:22:27:12:10:22 chr3 44283672 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00344073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0293;QD=11.0197;RBI=0.00344073;REFB=-0.0573583;REVB=0;RO=8;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0756628;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:0:6:8:0:0:6:8:0 chr3 44283808 . C A 318.2 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0113673;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.78;QD=20.5291;RBI=0.0122442;REFB=-0.0347817;REVB=0.00455023;RO=28;SAF=8;SAR=25;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303972;STB=0.678494;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0267255;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:28:29:33:33:0.532258:25:8:16:12:25:8:17:12 chr3 44284584 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00946902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.027;QD=19.401;RBI=0.0127505;REFB=0.00320865;REVB=-0.0085389;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145766;STB=0.581153;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00341577;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:24:14:20:18:24:14:20:18 chr3 44540791 . TTC T,TTT 867.62 PASS AF=0.984127,0;AO=55,3;DP=62;FAO=62,0;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41,0;FSAR=21,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00875931,0.0121585;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=277.607,251.565;QD=55.087;RBI=0.0441064,0.0325977;REFB=0.140201,0.0960412;REVB=-0.0432279,-0.0302454;RO=0;SAF=35,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.67221e-08,0;STB=0.506022,0.5;STBP=0.618,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00106545,0;OID=.,.;OPOS=44540792,44540793;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984127,0:55,3:62:62,0:63:1:41,0:21,0:1:0:3:0:35,1:20,2:0:0 chr3 44612050 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00653925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.211;QD=22.6322;RBI=0.00653934;REFB=-0.00159385;REVB=-3.4624e-05;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358954;STB=0.699733;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000440065;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:8:0:7:6:8:0 chr3 44692564 . C G 273.44 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0143671;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9127;QD=17.3613;RBI=0.0257039;REFB=-0.020409;REVB=0.0213138;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153275;STB=0.574396;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0243972;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:12:17:14:19:13:17:14:19 chr3 44761736 . C T 280.06 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0443971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.818;QD=14.0032;RBI=0.048351;REFB=-0.0197079;REVB=-0.0191497;RO=48;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776818;STB=0.544137;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0213178;OID=.;OPOS=44761736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:17:15:19:29:17:15:19:29 chr3 44763037 . A C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00322856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.908;QD=19.5232;RBI=0.00328869;REFB=-0.0495194;REVB=-0.000625992;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0355768;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:5:7:8:6:5:7 chr3 44775962 . A G 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0253536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.397;QD=23.1236;RBI=0.0271429;REFB=-0.00296306;REVB=-0.00969192;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072361;STB=0.503997;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00271079;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:12:18:13:9:12:18:13:9 chr3 44777795 . CT TC 201.91 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00882757;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.754;QD=28.8436;RBI=0.0536397;REFB=-0.0220555;REVB=0.0529083;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477228;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.00728989;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:28:28:7:9:19:19:0.678571:9:10:3:4:9:10:4:5 chr3 44869026 . A T 3059.58 PASS AF=0.985437;AO=202;DP=205;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00990058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9521;QD=59.4093;RBI=0.074049;REFB=-0.0728623;REVB=0.0733842;RO=2;SAF=93;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865869;STB=0.506726;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00109081;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:205:206:2:3:202:203:0.985437:109:93:0:2:110:93:0:3 chr3 44884647 . C A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0088658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.094;QD=11.8203;RBI=0.0324023;REFB=-0.01388;REVB=-0.0311658;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295021;STB=0.666555;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0266303;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:15:10:7:36:15:10:7:36 chr3 44929287 . G C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0152597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8174;QD=14.7935;RBI=0.0325056;REFB=0.0140913;REVB=-0.0287012;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153075;STB=0.589131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0213124;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:13:5:11:16:13:5:11:16 chr3 44943069 . C T 142.89 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0239977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.763;QD=22.8627;RBI=0.0250224;REFB=0.0100531;REVB=-0.00708747;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296574;STB=0.683968;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00763908;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:9:10:15:15:0.6:5:10:2:7:5:10:2:8 chr3 44943389 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00142212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.368;QD=17.4229;RBI=0.0433374;REFB=-0.00571476;REVB=0.0433141;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675715;STB=0.537824;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00570508;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:14:20:16:15:14:20 chr3 44948479 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.261;QD=61.3364;RBI=0.0202439;REFB=0;REVB=0.00983092;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73202e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 44948590 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.649;QD=59.3223;RBI=0.0222533;REFB=0;REVB=0.00263842;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72339e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr3 44968319 . CT C 315.38 PASS AF=0.796296;AO=28;DP=55;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.110719;FXX=0.0689536;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.8084;QD=23.3618;RBI=0.23933;REFB=-0.0799923;REVB=-0.21218;RO=11;SAF=26;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176718;STB=0.504502;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.0224123;OID=.;OPOS=44968320;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.796296:28:55:43:54:11:32:11:8:3:33:11:26:2:9:2 chr3 45052775 . G C 1877.88 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.413;QD=61.5697;RBI=0.0302263;REFB=0;REVB=0.0296996;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72268e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr3 45077123 . G A 835.44 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0415778;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.917;QD=53.0439;RBI=0.0418438;REFB=-0.0328145;REVB=0.00471094;RO=2;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362622;STB=0.512191;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000317344;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:2:3:60:60:0.952381:25:35:0:2:25:35:1:2 chr3 45127515 . T C 1529.19 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9813;QD=63.7165;RBI=0.0535058;REFB=0;REVB=0.0281335;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491516;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr3 45134822 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.335;QD=57.7108;RBI=0.0171478;REFB=0;REVB=-0.0165566;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00262e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr3 45527218 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.8;QD=60.0309;RBI=0.0261256;REFB=0;REVB=0.0249904;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93728e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr3 45533224 . G A 1359.34 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.304;QD=62.4985;RBI=0.0151381;REFB=0;REVB=0.0083535;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83074e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:50:36:0:0:50:37:0:0 chr3 45559519 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.556;QD=61.3756;RBI=0.0558368;REFB=0;REVB=0.0199244;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1696e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr3 45565554 . A G 2296.37 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.676;QD=62.9143;RBI=0.0340116;REFB=-0.00678829;REVB=-0.0297915;RO=1;SAF=60;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562799;STB=0.502924;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-6.73405e-05;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:144:145:0.993151:84:60:0:1:85:60:0:1 chr3 45637253 . C T 972.04 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00597148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.718;QD=54.763;RBI=0.0164293;REFB=-0.0956127;REVB=0.0153057;RO=3;SAF=24;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554863;STB=0.529403;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000292522;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:44:24:3:0:44:24:3:0 chr3 45637439 . T C 3447.96 PASS AF=1;AO=164;DP=210;FAO=218;FDP=218;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.008;QD=63.2654;RBI=0.0819615;REFB=0;REVB=0.0733341;RO=0;SAF=81;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127067;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:210:218:0:0:164:218:1:83:81:0:0:137:81:0:0 chr3 45722654 . C G 337.43 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0185963;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1092;QD=19.8488;RBI=0.022312;REFB=-0.00138973;REVB=-0.0123289;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521406;STB=0.528951;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000674194;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:18:17:18:15:18:17:18:15 chr3 45730482 . C G 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00739596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6577;QD=20.7234;RBI=0.0292659;REFB=-0.0320846;REVB=0.028316;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124297;STB=0.568756;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0298785;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:13:20:17:20:13:20 chr3 45754685 . A G 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00561864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.374;QD=30.8607;RBI=0.0104604;REFB=-0.011179;REVB=-0.00882326;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20243;STB=0.610833;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00454155;OID=.;OPOS=45754685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:11:10:1:8:11:10:1:8 chr3 45779136 . A T 952.77 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.87494e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.28;QD=58.6317;RBI=0.0610967;REFB=0;REVB=0.0610967;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176221;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:61:65:1:32:29:0:0:36:29:0:0 chr3 45784417 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0124776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.673;QD=15.626;RBI=0.0138591;REFB=-0.0216472;REVB=-0.00603201;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137177;STB=0.578856;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0198391;OID=.;OPOS=45784417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:9:14:8:9:9:14 chr3 45817418 . A G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00589419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.226;QD=18.8953;RBI=0.0424612;REFB=-0.00287895;REVB=-0.0420501;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18063;STB=0.600293;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00328239;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:22:19:29:15:22:19:29:15 chr3 45959515 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.704;QD=61.3363;RBI=0.0329968;REFB=0;REVB=0.0327851;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192026;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 45959759 . T C 1453.92 PASS AF=1;AO=49;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117368;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.865;QD=63.9087;RBI=0.11901;REFB=0;REVB=0.0197042;RO=0;SAF=7;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119665;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:49:91:1:42:7:0:0:47:44:0:0 chr3 45989044 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.475;QD=58.142;RBI=0.0110818;REFB=0;REVB=-0.00789151;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128093;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr3 45996761 . G A 2680.44 PASS AF=0.994253;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0027307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.706;QD=61.6193;RBI=0.00470004;REFB=-0.0815714;REVB=0.00382539;RO=0;SAF=77;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77593e-08;STB=0.50259;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000102051;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:174:0:1:172:173:0.994253:95:77:0:0:96:77:0:1 chr3 46008790 . G A 1589.44 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6824;QD=58.8681;RBI=0.121273;REFB=0.0542142;REVB=0.0484794;RO=1;SAF=44;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106646;STB=0.505617;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000335698;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:63:44:1:0:63:44:1:0 chr3 46009864 . C G 1056.15 PASS AF=0.960526;AO=75;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0926536;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.231;QD=55.587;RBI=0.0933643;REFB=0.000392954;REVB=-0.0114978;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.507396;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000921089;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:76:0:3:75:73:0.960526:39:36:0:0:38:35:2:1 chr3 46010077 . C T 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.312;QD=61.8672;RBI=0.0349881;REFB=-0.0904367;REVB=0.0105582;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000407702;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:44:48:0:0:44:48:0:1 chr3 46021218 . G T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.727;QD=63.2861;RBI=0.023398;REFB=0;REVB=0.022932;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48079e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 46399798 . T C 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.042888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.55;QD=23.0011;RBI=0.0451006;REFB=-0.00293192;REVB=0.0139527;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10391;STB=0.557361;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00231268;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:7:15:16:13:7:15 chr3 46414709 . G A 288.84 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0281097;FXX=0.0506265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7729;QD=15.4048;RBI=0.0642062;REFB=-0.00863038;REVB=-0.057726;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908421;STB=0.528949;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0106567;OID=.;OPOS=46414709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:75:47:43:32:32:0.426667:15:17:29:18:15:17:25:18 chr3 46416470 . G T 304.38 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.113193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1706;QD=26.4674;RBI=0.134998;REFB=0.0243211;REVB=0.0735648;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186368;STB=0.603692;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0136661;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:20:7:9:10:20:7:9:10 chr3 46417312 . G T 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00422285;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.635;QD=16.6919;RBI=0.0140171;REFB=-0.0130726;REVB=-0.0133659;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354275;STB=0.721368;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0187454;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:3:15:12:10:3:15:12:11 chr3 46449978 . A C 356.39 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0205368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.923;QD=16.5761;RBI=0.0215807;REFB=-0.00999581;REVB=-0.00663073;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951916;STB=0.54828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.009998;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:15:23:24:23:15:23:25:23 chr3 46450070 . T A 341.79 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00542462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.524;QD=18.475;RBI=0.0381654;REFB=-0.0286542;REVB=0.0377779;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12566;STB=0.570097;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0303458;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:15:21:17:21:15:21:17:21 chr3 46480958 . C G 851.44 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.179;QD=57.7249;RBI=0.0493457;REFB=0;REVB=-0.0347489;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81118e-06;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr3 46501284 . C CCTT 783.43 PASS AF=1;AO=52;DP=69;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686695;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=252.865;QD=56.9764;RBI=0.0394983;REFB=0;REVB=0.0388968;RO=15;SAF=25;SAR=27;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000103922;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:69:55:55:0:26:29:0:0:4:15:25:27:13:2 chr3 46654132 . G A 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.923;QD=63.8871;RBI=0.00900674;REFB=0;REVB=-0.00632959;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41604e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr3 46658737 . A G 1475.94 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.572;QD=62.145;RBI=0.100596;REFB=0.00049467;REVB=0.0987302;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000740382;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:45:49:0:0:45:49:0:1 chr3 46714821 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.955;QD=61.3364;RBI=0.0189805;REFB=0;REVB=0.0170666;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69096e-05;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr3 46722692 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8777;QD=62.9828;RBI=0.0256545;REFB=0;REVB=0.02;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83895e-05;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr3 46723551 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.835;QD=46.8479;RBI=0.0864866;REFB=0;REVB=0.0180188;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131594;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr3 47018214 . T C 1418.12 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360702;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.053;QD=63.0278;RBI=0.0361455;REFB=0;REVB=0.00233117;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98836e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr3 47036565 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0130225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3846;QD=16.884;RBI=0.0311786;REFB=0.0248807;REVB=0.0283288;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240166;STB=0.63811;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0155043;OID=.;OPOS=47036565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:7:10:5:10:7:10 chr3 47036578 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0245702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.927;QD=19.9759;RBI=0.0320364;REFB=0.00248396;REVB=0.0205581;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275449;STB=0.656089;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000758633;OID=.;OPOS=47036578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:8:12:6:14:8:12 chr3 47036756 . C G 286.37 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0278894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4511;QD=15.6916;RBI=0.0461889;REFB=-0.00244275;REVB=-0.0368185;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324888;STB=0.690081;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0024598;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:41:32:32:0.438356:23:9:24:16:23:9:25:16 chr3 47043238 . C T 206.26 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0258378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.212;QD=16.5011;RBI=0.0301995;REFB=-0.0179559;REVB=0.0156337;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105357;STB=0.576852;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.015064;OID=.;OPOS=47043238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:11:10:10:17:11:10:10:19 chr3 47043622 . G A 317.52 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0331644;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.077;QD=19.8448;RBI=0.0343741;REFB=-0.0326626;REVB=0.00903895;RO=30;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188402;STB=0.615311;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0177567;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:24:9:14:16:24:9:15:16 chr3 47051026 . A G 710.25 PASS AF=0.430168;AO=78;DP=180;FAO=77;FDP=179;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0282766;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.769;QD=15.8715;RBI=0.0346908;REFB=-0.0255928;REVB=-0.020097;RO=90;SAF=51;SAR=27;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15518;STB=0.615514;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.037379;OID=.;OPOS=47051026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:90:102:78:77:0.430168:27:51:45:45:27:50:46:56 chr3 47161214 . T C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00749246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.15;QD=25.711;RBI=0.0188364;REFB=-0.0149986;REVB=-0.0172822;RO=6;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379922;STB=0.717002;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00370562;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:11:2:4:2:11:2:4:2 chr3 47162661 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0289863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.02;QD=12.1823;RBI=0.0315556;REFB=0.00748768;REVB=0.012472;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527018;STB=0.81189;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00279368;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:4:11:2:8:4:11 chr3 47162886 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00791182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.689;QD=19.4668;RBI=0.0236572;REFB=-0.00929197;REVB=-0.022295;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115537;STB=0.565159;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0148291;OID=.;OPOS=47162886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:15:9:11:11:15:9 chr3 47288905 . G A 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0143993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.933;QD=19.7385;RBI=0.0202756;REFB=-0.0115423;REVB=0.0142744;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312769;STB=0.517362;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0127694;OID=.;OPOS=47288905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:22:21:23:21:22:21:23:21 chr3 47386060 . G C 635.89 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259936;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4671;QD=62.0382;RBI=0.026512;REFB=0;REVB=-0.0052172;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357627;OID=.;OPOS=47386060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:23:18:0:0 chr3 47448825 . G A 174.85 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0169534;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.151;QD=18.9031;RBI=0.0185209;REFB=-0.0127775;REVB=0.00745704;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302987;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0250261;OID=.;OPOS=47448825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:8:11:11:7:8:11 chr3 47449058 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.282;QD=48.7373;RBI=0.0563651;REFB=0;REVB=0.00997794;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264294;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr3 47451730 . C T 268.74 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0138062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.171;QD=16.5376;RBI=0.0144597;REFB=-0.0213174;REVB=0.00429767;RO=35;SAF=5;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331692;STB=0.68951;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0384851;OID=.;OPOS=47451730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:25:5:15:20:25:5:15:20 chr3 47452087 . G A 145.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.277;QD=44.6748;RBI=0.0833887;REFB=0;REVB=0.0131942;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122594;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr3 47454399 . G A,C 178.44 PASS AF=0.75,0.25;AO=12,3;DP=15;FAO=12,4;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.5092,87.8999;QD=44.6088;RBI=0.034805,0.00551171;REFB=0,0;REVB=0.034805,-0.00551171;RO=0;SAF=0,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0078486,0.152682;OID=.,.;OPOS=47454399,47454399;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:15:16:0:0:12,3:12,4:0.75,0.25:12,3:0,0:0:0:12,4:0,0:0:0 chr3 47455294 . G GGCCCC 353.54 PASS AF=0.610169;AO=25;DP=64;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0137257;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=5;MLLD=271.58;QD=23.9687;RBI=0.0198578;REFB=-0.0267464;REVB=0.0143505;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059742;STB=0.548136;STBP=0.369;TYPE=ins;VARB=0.020286;OID=.;OPOS=47455295;OREF=-;OALT=GCCCC;OMAPALT=GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.610169:25:64:36:59:23:23:13:12:11:99:34:14:11:21:13 chr3 47462200 . T C 753.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.144;QD=62.8114;RBI=0.0479836;REFB=0;REVB=0.0477737;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184849;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:25:23:0:0 chr3 47539702 . T C 591.59 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0520794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.03;QD=56.3421;RBI=0.0952758;REFB=0.054376;REVB=0.0797823;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446131;STB=0.523798;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00019225;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:2:0:20:20:2:0 chr3 47539751 . T C 1270.27 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000347924;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.294;QD=61.9645;RBI=0.0127865;REFB=0;REVB=-0.0127818;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325573;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:84:82:1:43:41:0:0:41:41:0:0 chr3 47618953 . C A 365.9 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00837469;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.712;QD=23.9937;RBI=0.0157903;REFB=-0.0315729;REVB=-0.0133865;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447471;STB=0.524577;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0213609;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:25:25:36:36:0.590164:18:18:14:11:18:18:14:11 chr3 47712202 . TT CC,CT 787.44 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228323,0.0456512;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=13.0784,58.7921;QD=56.246;RBI=0.0315033,0.0622656;REFB=0,0;REVB=-0.0217059,-0.0423435;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.111658,-0.00601077;OID=.,.;OPOS=47712202,47712202;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:2,31:0,23:0:0:2,31:0,23:0:0 chr3 48419897 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.915;QD=56.9358;RBI=0.0594316;REFB=0;REVB=0.0361815;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460803;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr3 48476431 . C G 1675.39 PASS AF=1;AO=110;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.163;QD=58.7855;RBI=0.0112647;REFB=0;REVB=0.00545613;RO=4;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263637;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:4:0:110:114:1:63:47:0:4:67:47:0:0 chr3 48683635 . C T 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00277937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.067;QD=18.7627;RBI=0.0116121;REFB=-0.0235446;REVB=-0.0112745;RO=46;SAF=27;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23736;STB=0.632289;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0293251;OID=.;OPOS=48683635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:15:27:18:28:15:27:18:28 chr3 48727112 . G A 820.61 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000229675;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.193;QD=57.5866;RBI=0.0379535;REFB=0;REVB=0.0379528;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68453e-05;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr3 48731961 . A G 279.44 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.322;QD=48.5984;RBI=0.0217279;REFB=0.0669894;REVB=0.00496436;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00106155;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:0:1:13:9:0:1 chr3 48995487 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.993;QD=49.5992;RBI=0.0498765;REFB=0;REVB=0.0489657;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353047;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr3 49053219 . A G 1103.18 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171463;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.494;QD=61.2877;RBI=0.029409;REFB=0;REVB=0.0238934;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326639;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:41:28:0:0:42:30:0:0 chr3 49054692 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.97;QD=60.6103;RBI=0.0176609;REFB=0;REVB=0.0143676;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28778e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 49151697 . C T 303.34 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=6.55457e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.347;QD=25.8157;RBI=0.00642054;REFB=0.00362017;REVB=0.0064202;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305811;STB=0.668088;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.003238;OID=.;OPOS=49151697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:15:12:17:3:15:12:17:3 chr3 49200627 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.688;QD=39.2068;RBI=0.0356992;REFB=0;REVB=0.00954013;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448077;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 49200692 . T A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.465;QD=55.6551;RBI=0.213744;REFB=0;REVB=0.210076;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281562;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr3 49273996 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.162;QD=46.8479;RBI=0.0316818;REFB=0;REVB=0.009987;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344617;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 49298139 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5446;QD=59.839;RBI=0.0500094;REFB=0;REVB=-0.0208778;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000938342;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 49298205 . T C 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.74;QD=59.009;RBI=0.0557169;REFB=0;REVB=0.0333233;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411253;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 49548008 . C G 696.65 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00684515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8081;QD=59.2895;RBI=0.0217369;REFB=0.0335505;REVB=0.020631;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000440761;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:0:1:44:46:0.978723:25:19:0:0:27:19:0:1 chr3 49570882 . T C 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.601;QD=61.2088;RBI=0.0294255;REFB=0;REVB=0.0275284;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78944e-05;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr3 49690199 . G A,C 1500.8 PASS AF=0.951456,0.0485437;AO=98,5;DP=103;FAO=98,5;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55,5;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387845,0.057896;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=198.65,8.40094;QD=58.2834;RBI=0.0694404,0.0809789;REFB=0,0;REVB=0.0575997,0.0566183;RO=0;SAF=55,5;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.423e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000181216,0.123252;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:103:103:0:0:98,5:98,5:0.951456,0.0485437:43,0:55,5:0:0:43,0:55,5:0:0 chr3 49701298 . G A 1552.21 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265459;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.922;QD=64.0087;RBI=0.0266595;REFB=0;REVB=0.00245876;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70266e-05;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr3 49708769 . T C 1546.35 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.012177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9818;QD=56.7467;RBI=0.01817;REFB=0.0431119;REVB=-0.0134859;RO=3;SAF=34;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400451;STB=0.521123;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00706266;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:3:3:106:106:0.972477:72:34:3:0:72:34:3:0 chr3 49723784 . C A 136.36 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00429665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.577;QD=38.9599;RBI=0.0944059;REFB=-0.19785;REVB=0.0943081;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00469689;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:12:13:0.928571:6:6:0:1:7:6:0:1 chr3 49724808 . T C 1583.38 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00224723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3364;QD=57.0586;RBI=0.0122434;REFB=-0.180068;REVB=0.0120354;RO=2;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172535;STB=0.504504;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0025586;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:111:111:2:3:108:108:0.972973:54:54:0:2:54:54:1:2 chr3 49739507 . G C 766.44 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7763;QD=63.87;RBI=0.0271255;REFB=0;REVB=0.0139197;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439251;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:11:36:0:0:11:37:0:0 chr3 49760039 . T C 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.782;QD=63.5775;RBI=0.0481841;REFB=0;REVB=0.0197325;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213846;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr3 49928691 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.818;QD=57.2016;RBI=0.0218922;REFB=0;REVB=0.0119216;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329149;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr3 50114515 . C T 644.69 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.445;QD=61.3992;RBI=0.0359873;REFB=0;REVB=-0.028043;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13735e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 50129399 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4776;QD=57.6806;RBI=0.0626819;REFB=0;REVB=-0.0608196;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327005;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr3 50144951 . T C 356.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4847;QD=54.8932;RBI=0.107759;REFB=0;REVB=-0.0334665;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00391428;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr3 50150845 . C T 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.001521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.308;QD=23.086;RBI=0.0172028;REFB=-0.00746754;REVB=-0.0171354;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686566;STB=0.538426;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00778936;OID=.;OPOS=50150845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:10:8:8:14:10:8 chr3 50153356 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5805;QD=57.7083;RBI=0.0436987;REFB=0;REVB=0.0279431;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544018;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr3 50197092 . C T 650.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8791;QD=61.9933;RBI=0.0637976;REFB=0;REVB=-0.00982907;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771333;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr3 50222926 . T A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.395;QD=62.9825;RBI=0.0755831;REFB=0;REVB=0.072635;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267868;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr3 50251833 . A AG 509.33 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.9885;QD=44.2894;RBI=0.222281;REFB=0;REVB=0.199744;RO=3;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00776518;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:46:46:0:23:23:0:0:10:3:23:21:1:2 chr3 50311899 . AC A,AT 612.42 PASS AF=0.195122,0.804878;AO=6,34;DP=40;FAO=8,33;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=6,18;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758533,0.00871606;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.979,280.032;QD=59.7479;RBI=0.0334903,0.0284444;REFB=0,0;REVB=0.03262,0.0270761;RO=0;SAF=5,19;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,-4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00511012,0.000335538;OID=.,.;OPOS=50311900,50311900;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.195122,0.804878:6,34:40:8,33:41:0:6,18:2,15:0:0:48:0:5,19:1,15:0:0 chr3 50311902 . G T 32.16 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0207987;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.549;QD=2.85872;RBI=0.0210057;REFB=-0.0276283;REVB=-0.00294179;RO=36;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285309;STB=0.686254;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.242704;OID=.;OPOS=50311902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:36:37:8:8:0.177778:2:6:19:17:2:6:20:17 chr3 50326020 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.217;QD=62.671;RBI=0.00829339;REFB=0;REVB=-0.00351924;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35099e-05;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr3 50327429 . A G 129.42 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6103;QD=43.1391;RBI=0.0750172;REFB=0;REVB=0.0174656;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158662;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr3 50329826 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.023;QD=59.4356;RBI=0.050261;REFB=0;REVB=0.0496075;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282383;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr3 50334231 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.17;QD=56.7062;RBI=0.0262725;REFB=0;REVB=0.0258921;RO=0;SAF=28;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235063;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:1:28:0:0:1:28:0:0 chr3 50336661 . T C 989.41 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.557;QD=59.0692;RBI=0.0302247;REFB=0;REVB=0.0173287;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24932e-05;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:37:30:0:0 chr3 50355730 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.26;QD=63.8716;RBI=0.00609356;REFB=0;REVB=0.000145255;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93991e-05;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr3 50357869 . A C 865.37 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213245;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2904;QD=55.8305;RBI=0.0233374;REFB=0.102702;REVB=-0.00948172;RO=1;SAF=40;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00033457;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:62:1:1:61:61:0.983871:21:40:1:0:21:40:1:0 chr3 50367867 . A C 777.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.778;QD=62.1793;RBI=0.0340549;REFB=0;REVB=0.0166252;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299299;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:24:23:0:0:24:26:0:0 chr3 50400343 . T C 129.34 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00949795;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.417;QD=12.9337;RBI=0.0168641;REFB=0.00658648;REVB=-0.0139351;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482327;STB=0.545393;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00590859;OID=.;OPOS=50400343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:10:5:9:15:10:5:10:15 chr3 50401841 . G A 789.62 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0776591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.0382;QD=49.3511;RBI=0.0826712;REFB=-0.0580819;REVB=0.0283477;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.580616;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0103086;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:63:64:0:5:59:59:0.921875:45:14:0:0:46:13:5:0 chr3 50403454 . CCGGGG CCGGGC,CCGGG,CGGG 202.79 PASS AF=0,0.690476,0;AO=3,16,5;DP=50;FAO=0,29,0;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=0,18,0;FSAR=0,11,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.115349,-0.0590962,-0.156768;FXX=0.124974;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=104.808,13.2037,16.6256;QD=19.313;RBI=0.134925,0.126381,0.215994;REFB=-0.0166393,-0.161906,-0.0287242;REVB=-0.0699953,-0.111713,-0.148584;RO=18;SAF=3,12,0;SAR=0,4,5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.647452,0.352469,-0.66487;STB=0.5,0.550985,0.5;STBP=1,0.364,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0619904,0.0890951,0;OID=.,.,.;OPOS=50403459,50403456,50403455;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCGGGC,CCGGG,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.690476,0:3,16,5:50:0,29,0:42:13:0,18,0:0,11,0:6:7:66:18:3,12,0:0,4,5:7:11 chr3 50457227 . G A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000402796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.888;QD=23.8984;RBI=0.0142156;REFB=-0.00514586;REVB=0.0142099;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542295;STB=0.529773;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00305588;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:19:17:10:15:19:17:10:15 chr3 50597092 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00852089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.811;QD=13.3673;RBI=0.0438201;REFB=-0.0251531;REVB=0.0429837;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146771;STB=0.585491;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0444528;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:18:13:10:8:18:13 chr3 50599934 . C A 81.79 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0115193;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8701;QD=27.2637;RBI=0.0154604;REFB=0.0497756;REVB=0.0103115;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140735;STB=0.578792;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0134885;OID=.;OPOS=50599934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:1:8:3:0:1:8:3:0 chr3 50645158 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00787786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1136;QD=9.85794;RBI=0.012237;REFB=-0.00298581;REVB=0.00936393;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220099;STB=0.631576;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00571617;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:19:10:7:6:19:10 chr3 50645413 . G A 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00316027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.014;QD=17.9229;RBI=0.00339585;REFB=-0.0191108;REVB=0.00124278;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208032;STB=0.511622;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0232201;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:20:20:22:24:20:20:22:24 chr3 50647888 . T G 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0139745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.647;QD=18.5937;RBI=0.014126;REFB=-0.0180003;REVB=-0.00206332;RO=63;SAF=26;SAR=33;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150736;STB=0.583397;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0171875;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:33:26:38:25:33:26:38:25 chr3 50927523 . G C 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0467099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.36;QD=14.1315;RBI=0.0482359;REFB=0.0101431;REVB=0.0120369;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110531;STB=0.563812;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.017124;OID=.;OPOS=50927523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:10:21:11:8:10:21 chr3 51273773 . T C 1153.48 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.495;QD=59.153;RBI=0.00888853;REFB=-0.0997111;REVB=0.0009492;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-3.43978e-05;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:46:30:0:0:47:30:0:1 chr3 51430657 . A C 232.55 PASS AF=0.490196;AO=23;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0270983;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.673;QD=18.2395;RBI=0.0271016;REFB=-0.00784503;REVB=-0.000422895;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149702;STB=0.590478;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0084268;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:26:23:25:0.490196:10:13:11:16:10:15:11:15 chr3 51431352 . TG T 43.49 PASS AF=0.481481;AO=9;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.171728;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.48575;QD=6.44301;RBI=0.237304;REFB=-0.139496;REVB=-0.163777;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=del;VARB=0.14856;OID=.;OPOS=51431353;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:9:27:13:27:14:6:7:9:5:42:14:4:5:9:5 chr3 51431981 . C CTTAT 237.01 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0124545;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=270.101;QD=20.1708;RBI=0.0233145;REFB=-0.00214467;REVB=0.0197092;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136018;STB=0.55339;STBP=0.546;TYPE=ins;VARB=0.00212622;OID=.;OPOS=51431982;OREF=-;OALT=TTAT;OMAPALT=CTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489362:21:47:23:47:24:10:13:8:16:99:24:10:11:8:16 chr3 51432847 . C T 339.55 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0131381;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.501;QD=19.6842;RBI=0.0141479;REFB=-2.10497e-05;REVB=0.00524915;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157784;STB=0.579164;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000249388;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:33:34:35:35:0.507246:17:18:11:22:17:18:12:22 chr3 51432895 . T C 744.82 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177959;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.994;QD=63.3886;RBI=0.0223026;REFB=0;REVB=0.0134429;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255251;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr3 51433932 . AACTT A 68.24 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0181146;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=4;MLLD=251.629;QD=10.1097;RBI=0.0191124;REFB=-0.00476959;REVB=-0.00609461;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752546;STB=0.507233;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=0.00613383;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:9:26:11:27:16:7:4:10:6:68:16:5:4:10:6 chr3 51434215 . A C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0113876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.719;QD=13.4555;RBI=0.0174167;REFB=-0.00134054;REVB=0.0131782;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00226764;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr3 51728573 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0136093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.983;QD=15.1567;RBI=0.0171276;REFB=0.00737001;REVB=-0.0103992;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200007;STB=0.612681;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00780763;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:23:9:12:13:23:9 chr3 51737965 . G A 405.62 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00741451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.18;QD=15.1635;RBI=0.0100648;REFB=-0.0210167;REVB=-0.00680632;RO=60;SAF=27;SAR=19;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203662;STB=0.61827;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0362635;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:19:27:23:37:19:27:23:38 chr3 51978220 . A G 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00324879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.776;QD=56.487;RBI=0.0287107;REFB=-0.0880011;REVB=0.0285263;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000938109;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:19:16:0:0:19:16:0:1 chr3 51990930 . G C 803.35 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0259015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0349;QD=55.4035;RBI=0.0265265;REFB=0.0410469;REVB=-0.00572409;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0109991;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:1:0:25:32:1:0 chr3 52381841 . C T 356.76 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00580894;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.245;QD=27.981;RBI=0.00720129;REFB=-0.0158578;REVB=0.00425616;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26419;STB=0.662704;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0246556;OID=.;OPOS=52381841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:52:51:13:14:23:24:0.470588:16:7:9:4:17:7:10:4 chr3 52430698 . A G 616.97 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236048;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.906;QD=61.6974;RBI=0.0238864;REFB=0;REVB=-0.0036569;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95998e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 52453892 . GC G,GT 775.83 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=5,44;DP=49;FAO=1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488356,0.0112775;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.632,236.013;QD=63.3331;RBI=0.0209263,0.0450144;REFB=0,0;REVB=0.0203485,0.0435788;RO=0;SAF=1,25;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0374539,0.000804067;OID=.,.;OPOS=52453893,52453893;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0204082,0.979592:5,44:49:1,48:49:0:0,26:1,22:0:0:5:0:1,25:4,19:0:0 chr3 52477080 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.834;QD=61.6836;RBI=0.00514025;REFB=0;REVB=0.00270241;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16809e-05;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr3 52492707 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.485;QD=59.3222;RBI=0.0471827;REFB=0;REVB=0.00809078;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35077e-05;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr3 52510592 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.482;QD=56.7065;RBI=0.0170409;REFB=0;REVB=0.00123369;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181311;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr3 52523405 . C T 636.69 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.215907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.541;QD=55.3644;RBI=0.216335;REFB=-0.201322;REVB=0.0136109;RO=3;SAF=38;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03564;STB=0.506021;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0211748;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:3:1:42:45:0.978261:4:38:3:0:4:41:1:0 chr3 52540773 . T C 501.33 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=-0.0229105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.506;QD=15.6666;RBI=0.0257397;REFB=-0.00739557;REVB=-0.011732;RO=72;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170116;STB=0.597634;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0117138;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:73:55:55:0.429688:30:25:21:51:30:25:21:52 chr3 52544470 . A G 1124.45 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287331;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2394;QD=59.1813;RBI=0.0290085;REFB=-0.0432895;REVB=0.00398735;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000174783;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:74:75:0.986842:41:33:0:0:41:34:0:1 chr3 52548818 . C T 583.69 PASS AF=0.449275;AO=61;DP=140;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0492061;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.365;QD=16.9186;RBI=0.0509433;REFB=-0.0356488;REVB=0.0131903;RO=76;SAF=33;SAR=28;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799843;STB=0.539455;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0468063;OID=.;OPOS=52548818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:76:76:61:62:0.449275:28:33:35:41:29:33:35:41 chr3 52554304 . G C 716.15 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0601035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9741;QD=51.1535;RBI=0.0976983;REFB=-0.152557;REVB=-0.0770229;RO=3;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044814;STB=0.523801;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0102392;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:56:56:3:3:53:53:0.946429:30:23:0:3:30:23:0:3 chr3 52555957 . T C 101.4 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.051554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4214;QD=10.6737;RBI=0.0691602;REFB=-0.0200418;REVB=-0.0461012;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112421;STB=0.590225;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0219957;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:6:6:10:15:6:7:10:15 chr3 52556890 . A G 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0493488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4101;QD=8.74407;RBI=0.0748669;REFB=-0.0220866;REVB=-0.0563005;RO=30;SAF=1;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48966;STB=0.814149;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0716252;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:11:1:11:19:11:1:11:19 chr3 52557038 . C T 205.37 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.045768;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.188;QD=22.2021;RBI=0.0502469;REFB=-0.00941573;REVB=0.0207375;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201123;STB=0.612791;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00956611;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:6:11:8:12:6:11 chr3 52557069 . C T 193.0 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0527743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.372;QD=23.3934;RBI=0.053622;REFB=-0.0135435;REVB=0.00949699;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170469;STB=0.588141;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00832843;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:14:18:19:0.575758:7:11:5:8:7:12:6:8 chr3 52558008 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00274252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.553;QD=22.7947;RBI=0.0219391;REFB=-0.0159998;REVB=0.021767;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014;STB=0.505699;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0120697;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:10:14:12:8:10:14:12:9 chr3 52558133 . T C 498.79 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.010346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.624;QD=21.4532;RBI=0.0141198;REFB=-0.0127501;REVB=0.00960877;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577009;STB=0.536308;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0143014;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:45:47:48:0.516129:22:25:21:24:22:26:21:24 chr3 52558904 . A T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000686366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.17;QD=21.9707;RBI=0.00485218;REFB=0.00317538;REVB=0.00480339;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159398;STB=0.590068;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00422527;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:7:10:15:5:7:10 chr3 52584787 . T C 346.8 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.080149;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8253;QD=19.5381;RBI=0.0865286;REFB=-0.0358085;REVB=-0.0326088;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105518;STB=0.505744;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0387095;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:35:35:36:0.507042:14:21:22:14:14:22:21:14 chr3 52610651 . T A 365.87 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00578728;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.456;QD=21.2099;RBI=0.0499322;REFB=-0.0228213;REVB=-0.0495956;RO=29;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434322;STB=0.527317;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0260127;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:32:37:37:0.536232:16:21:18:11:16:21:20:12 chr3 52643307 . A G 326.99 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00699569;FXX=0.059988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.431;QD=27.829;RBI=0.0184202;REFB=-0.00158353;REVB=-0.01704;RO=13;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895506;STB=0.567115;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00216839;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:13:19:28:28:0.595745:19:9:6:7:19:9:9:10 chr3 52643685 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0217282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.077;QD=21.9721;RBI=0.0217771;REFB=-0.0229771;REVB=0.00145903;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115364;STB=0.564796;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0135241;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:8:15:11:10:8:15:11:10 chr3 52676065 . C T 217.83 PASS AF=0.295455;AO=10;DP=47;FAO=13;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0232777;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0796;QD=19.803;RBI=0.0232833;REFB=-0.00836418;REVB=0.000506312;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189567;STB=0.520516;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0207134;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:21:21:10:13:0.295455:4:6:9:12:7:6:9:12 chr3 52720080 . A C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.000290131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.198;QD=6.39526;RBI=0.039377;REFB=-0.00986009;REVB=-0.0393759;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321414;STB=0.520614;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0235505;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:2:7:22:7:2:7:22:7 chr3 52721305 . G A 464.88 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0014307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.719;QD=22.1371;RBI=0.00412808;REFB=-0.00429814;REVB=-0.00387222;RO=39;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044704;STB=0.524631;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00153002;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:23:22:17:22:23:22:17:22 chr3 52727257 . G A 397.36 PASS AF=0.382114;AO=46;DP=122;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.00500329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.544;QD=12.9221;RBI=0.00589924;REFB=-0.00439558;REVB=-0.00312539;RO=76;SAF=29;SAR=17;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326069;STB=0.513202;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00464935;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:76:76:46:47:0.382114:17:29:50:26:17:30:50:26 chr3 52728804 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00613549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.034;QD=15.2681;RBI=0.00688215;REFB=-0.00989286;REVB=0.00311765;RO=33;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.599919;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0164573;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:7:19:19:14:7:19:19:14 chr3 52740182 . C G 399.41 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0454434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.1057;QD=18.3636;RBI=0.0461639;REFB=-0.0202506;REVB=-0.0081244;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239318;STB=0.617939;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0314784;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:46:40:41:0.471264:26:14:27:18:26:15:27:19 chr3 52745087 . T C 178.93 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00568923;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.075;QD=14.6061;RBI=0.0139251;REFB=-0.00303545;REVB=-0.0127099;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170097;STB=0.59897;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0073123;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:14:16:13:6:14:16 chr3 52797634 . G C 111.9 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0389248;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.388;QD=15.4344;RBI=0.0405948;REFB=-0.0125004;REVB=-0.011524;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339338;STB=0.692062;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0113819;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:2:14:7:6:2:14 chr3 52800284 . T C 816.51 PASS AF=0.522293;AO=82;DP=157;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00453911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.517;QD=20.8027;RBI=0.00471372;REFB=-0.002047;REVB=0.00127106;RO=75;SAF=47;SAR=35;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104826;STB=0.557501;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00228051;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:75:75:82:82:0.522293:35:47:34:41:35:47:34:41 chr3 52802402 . A C 149.67 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0133205;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.795;QD=14.9673;RBI=0.0289896;REFB=-0.0410732;REVB=-0.025748;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724028;STB=0.542199;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0450408;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:5:11:15:9:5:11:15:9 chr3 52820981 . A T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00276393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9865;QD=20.2682;RBI=0.0287006;REFB=-0.00463206;REVB=-0.0285672;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00900428;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:7:14:14:7:7:14 chr3 52821011 . A G 407.32 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00258631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.884;QD=33.2503;RBI=0.0066203;REFB=-0.0243608;REVB=-0.0060942;RO=15;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487817;STB=0.535958;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0115974;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:16:33:33:0.673469:17:16:6:9:17:16:6:10 chr3 52821177 . A C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0130749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.87;QD=21.0079;RBI=0.0140512;REFB=0.00104116;REVB=0.00514604;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126473;STB=0.578262;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000940265;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:14:16:9:15:14:16:9:16 chr3 52821992 . CT C,CC 254.82 PASS AF=0.446154,0.0153846;AO=14,6;DP=55;FAO=29,1;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12,1;FSAR=17,0;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.041583,0.038882;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.997,268.984;QD=15.6812;RBI=0.0480171,0.0442689;REFB=-0.0144961,-0.014339;REVB=-0.0240103,-0.0211642;RO=34;SAF=2,1;SAR=12,5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.547833,-0.488513;STB=0.601217,0.988047;STBP=0.154,0.477;TYPE=del,snp;VARB=0.00874862,-0.00628495;OID=.,.;OPOS=52821993,52821993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154,0.0153846:14,6:55:29,1:65:35:12,1:17,0:21:14:99:34:2,1:12,5:20:14 chr3 52825585 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000484693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.411;QD=21.065;RBI=0.0182054;REFB=-0.0102158;REVB=-0.018199;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152138;STB=0.585038;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0127386;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:17:7:11:13:17:7 chr3 52829633 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00558522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.624;QD=13.037;RBI=0.00875664;REFB=-0.0149061;REVB=-0.00674418;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660103;STB=0.53842;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0289034;OID=.;OPOS=52829633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:12:6:9:23:12:6:9:23 chr3 52833805 . C A 523.27 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0134561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=23.7852;RBI=0.0136157;REFB=-0.032673;REVB=-0.00207853;RO=39;SAF=24;SAR=25;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147919;STB=0.580974;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0212292;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:25:24:12:27:25:24:12:27 chr3 52852538 . G T 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0325346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3128;QD=19.172;RBI=0.0472402;REFB=-0.0207108;REVB=0.0342511;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685681;STB=0.538152;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.024462;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:14:18:16:17:14:18 chr3 52853747 . C G 318.66 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00268592;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.197;QD=32.6834;RBI=0.0223101;REFB=-0.0134382;REVB=0.0221478;RO=10;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586452;STB=0.531286;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00507286;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:10:12:27:27:0.692308:14:13:6:4:14:13:7:5 chr3 52860936 . C T 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0439584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.097;QD=23.8548;RBI=0.0442545;REFB=-0.0121697;REVB=0.00511073;RO=26;SAF=9;SAR=28;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132642;STB=0.573234;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0112812;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:28:9:10:16:28:9:10:16 chr3 52861211 . A T 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00511248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2063;QD=12.0489;RBI=0.00885925;REFB=-0.0271681;REVB=0.00723525;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208265;STB=0.624716;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0569609;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:7:6:6:3:7:6 chr3 52864584 . A G 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0194934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.16;QD=33.6874;RBI=0.0198414;REFB=-0.0114786;REVB=0.0036999;RO=14;SAF=14;SAR=17;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966002;STB=0.552598;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00539217;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:17:14:4:10:17:14:4:10 chr3 52867715 . G C 1592.26 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782534;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.661;QD=60.0851;RBI=0.0135515;REFB=0;REVB=0.0110638;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0169e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr3 52870618 . T A 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00146155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.141;QD=21.6259;RBI=0.00928899;REFB=-0.0222089;REVB=-0.00917329;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408235;STB=0.522517;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0196405;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:15:23:24:19:15:23 chr3 52874288 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.017343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.116;QD=14.1699;RBI=0.0241385;REFB=-0.0235406;REVB=-0.0167896;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0226891;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:3:8:4:6:4:8 chr3 52874296 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00948752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0365;QD=14.1693;RBI=0.0540158;REFB=0.000869399;REVB=0.053176;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00164067;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:4:8:4:6:4:8 chr3 52874446 . C T 89.05 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0141993;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0755;QD=13.7004;RBI=0.0516469;REFB=4.38594e-05;REVB=0.0496566;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572116;STB=0.562392;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00297109;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:13:15:11:11:0.423077:4:7:9:4:4:7:11:4 chr3 53125922 . T C 655.2 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492033;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0368;QD=62.3999;RBI=0.0569584;REFB=0;REVB=-0.0286931;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502592;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr3 53215799 . G A 758.84 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906471;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2616;QD=55.1885;RBI=0.0912772;REFB=-0.133278;REVB=0.0107066;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330848;OID=.;OPOS=53215799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:34:20:1:0:34:21:0:0 chr3 53220215 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.917;QD=56.9383;RBI=0.030914;REFB=0;REVB=0.0279302;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207396;OID=.;OPOS=53220215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr3 53223927 . C G 867.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6345;QD=57.8619;RBI=0.0633882;REFB=0;REVB=-0.0358732;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161762;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr3 53224002 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6397;QD=59.429;RBI=0.0713231;REFB=0;REVB=-0.00103873;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124911;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr3 53226554 . CAT C 451.84 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164049;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.604;QD=58.3024;RBI=0.0571113;REFB=0;REVB=0.0547044;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000427315;OID=.;OPOS=53226555;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:31:31:0:10:21:0:0:4:0:9:20:0:0 chr3 53324819 . ATGGCAC A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209994;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=350.497;QD=32.822;RBI=0.0229183;REFB=-0.0509347;REVB=-0.00918002;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=del;VARB=0.0101845;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:9:9:9:10:1:1:8:0:1:6:0:1:8:0:0 chr3 53700550 . T C 2211.42 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156785;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.695;QD=62.2936;RBI=0.0270251;REFB=-0.0523782;REVB=0.0220122;RO=1;SAF=58;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576343;STB=0.50303;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000579802;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:1:1:140:141:0.992958:82:58:0:1:82:59:0:1 chr3 53766026 . T C 834.2 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5303;QD=57.5311;RBI=0.0573104;REFB=0;REVB=0.0397801;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008316;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr3 53856653 . C T 755.69 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312349;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.597;QD=57.033;RBI=0.0490743;REFB=0;REVB=0.0378506;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365995;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr3 53857803 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.462;QD=60.9786;RBI=0.0666189;REFB=0;REVB=0.0392609;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126548;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr3 53882663 . G A 785.09 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00312641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.769;QD=55.0943;RBI=0.00313608;REFB=-0.123019;REVB=-0.00024601;RO=1;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241661;STB=0.512816;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00060844;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:19:37:0:1:19:37:0:1 chr3 53883722 . C G 464.61 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0137076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2234;QD=13.869;RBI=0.0786741;REFB=-0.00619323;REVB=-0.0774707;RO=79;SAF=26;SAR=27;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639904;STB=0.535389;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00860433;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:81:53:53:0.395522:27:26:34:45:27:26:35:46 chr3 53886912 . C T 289.49 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0265901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.021;QD=25.7321;RBI=0.0267078;REFB=-0.00489451;REVB=0.00250466;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150091;STB=0.583269;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0086637;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:8:11:10:16:8:11 chr3 53899276 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0139683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.92;QD=14.3349;RBI=0.0178301;REFB=-0.0200357;REVB=-0.0110815;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107046;STB=0.562424;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.029063;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:5:12:16:10:5:12:16:10 chr3 53905308 . T C 1030.36 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.51685e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.3884;QD=58.0485;RBI=0.0459775;REFB=-0.145054;REVB=0.0459774;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0018182;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr3 53906513 . G A 1443.62 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.697;QD=62.7659;RBI=0.0308899;REFB=0;REVB=0.0293671;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977804;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chr3 53916130 . A G 417.92 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0170891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.008;QD=22.5901;RBI=0.0196777;REFB=-0.00266564;REVB=-0.00975562;RO=32;SAF=12;SAR=29;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103717;STB=0.566883;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00178699;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:29:12:13:19:29:12:14:19 chr3 53925775 . C T 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00734103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.807;QD=23.3185;RBI=0.0078054;REFB=-0.0350587;REVB=0.00265209;RO=38;SAF=26;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212445;STB=0.51167;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0226478;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:21:26:22:16:21:26:22:16 chr3 53925849 . C T 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.06368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.134;QD=21.7375;RBI=0.0665373;REFB=-0.0120351;REVB=-0.0192892;RO=34;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529394;STB=0.529197;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00883149;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:21:19:14:20:21:19:14:20 chr3 54354510 . T C 1401.25 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249509;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3445;QD=62.9776;RBI=0.0315025;REFB=0;REVB=0.0192317;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39724e-06;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr3 54401650 . C A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00343907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.946;QD=17.1565;RBI=0.0113843;REFB=0.00631031;REVB=-0.0108524;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369472;STB=0.521148;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00863299;OID=.;OPOS=54401650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:9:11:10:7:9:11 chr3 54401666 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0168874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.867;QD=14.1389;RBI=0.0217346;REFB=-0.00825729;REVB=-0.0136824;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.666405;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00826941;OID=.;OPOS=54401666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:9:11:11:3:9:11 chr3 54604029 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0033067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.044;QD=17.059;RBI=0.00442976;REFB=0.00833645;REVB=0.00294762;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137336;STB=0.576779;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00959706;OID=.;OPOS=54604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:17:16:13:25:17:16:13:25 chr3 54798258 . G A 410.88 PASS AF=0.384;AO=42;DP=119;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0427519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.413;QD=13.1482;RBI=0.0436191;REFB=0.00495219;REVB=0.0086547;RO=76;SAF=14;SAR=28;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110294;STB=0.542403;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00777278;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:76:77:42:48:0.384:28:14:26:50:28:20:27:50 chr3 54880461 . A G 450.81 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00484593;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.12;QD=17.854;RBI=0.00664845;REFB=0.00955103;REVB=-0.00455179;RO=54;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573159;STB=0.52687;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00895436;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:53:48:48:0.475248:26:22:28:26:26:22:27:26 chr3 54905607 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.000707582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.889;QD=15.2191;RBI=0.00895738;REFB=0.000261973;REVB=0.00892939;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268939;STB=0.65162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00038022;OID=.;OPOS=54905607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:14:27:12:19:14:27 chr3 54958762 . C G 129.79 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0397406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.168;QD=7.21073;RBI=0.0398946;REFB=-0.0111727;REVB=-0.00350269;RO=53;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849653;STB=0.551914;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0254138;OID=.;OPOS=54958762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:14:5:17:36:14:5:17:36 chr3 54961949 . C T 650.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4524;QD=61.9179;RBI=0.0535702;REFB=0;REVB=0.0191515;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112941;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr3 55018619 . T G,TG 164.46 PASS AF=0.0625,0.875;AO=2,12;DP=19;FAO=1,14;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=1,12;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000452894,0.000724493;FXX=0;HRUN=10,0;LEN=1,1;MLLD=222.241,238.264;QD=41.1159;RBI=0.0371844,0.0410937;REFB=-0.0997643,-0.0280346;REVB=-0.0371817,-0.0410873;RO=4;SAF=2,11;SAR=0,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,0.376194;STB=0.989913,0.599839;STBP=0.496,0.101;TYPE=snp,ins;VARB=0.0397062,-0.00300623;OID=.,.;OPOS=55018619,55018620;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:19:16:4:1:2,12:1,14:0.0625,0.875:0,1:2,11:2:2:0,2:1,12:0:1 chr3 55501002 . G C 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0601333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.381;QD=57.8255;RBI=0.0614499;REFB=-0.128569;REVB=0.0126525;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00168854;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr3 55501394 . T C 43.89 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0124096;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=96.9119;QD=5.16313;RBI=0.0460553;REFB=0.0442718;REVB=-0.0443519;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124619;STB=0.576694;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0151848;OID=.;OPOS=55501394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:34:21:27:7:7:0.205882:2:5:13:8:2:5:17:10 chr3 56106226 . C T 281.57 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00423081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9166;QD=18.7713;RBI=0.0707792;REFB=-0.0310315;REVB=-0.0706527;RO=30;SAF=21;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132986;STB=0.548661;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0265525;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:29:30:31:0.516667:9:21:17:13:10:21:17:12 chr3 56114861 . T C 468.77 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=147;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0261038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.078;QD=12.6694;RBI=0.0263279;REFB=0.00294373;REVB=-0.00342818;RO=92;SAF=33;SAR=21;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987645;STB=0.503153;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00295849;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:92:94:54:54:0.364865:21:33:57:35:21:33:57:37 chr3 56219210 . T C 588.53 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0301831;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8171;QD=26.1567;RBI=0.0304114;REFB=-0.0234819;REVB=0.00371914;RO=37;SAF=25;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162416;STB=0.505049;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0160481;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:52:53:0.588889:27:25:17:20:28:25:17:20 chr3 56591298 . T A 73.56 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00103362;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.112;QD=4.8239;RBI=0.0293507;REFB=-0.00786387;REVB=-0.0293325;RO=43;SAF=4;SAR=8;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37587;STB=0.728811;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0313695;OID=.;OPOS=56591298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:59:61:43:49:12:12:0.196721:8:4:28:15:8:4:31:18 chr3 56597954 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0149697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.687;QD=14.0966;RBI=0.018873;REFB=-0.00117605;REVB=-0.0114933;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240656;STB=0.63887;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00125149;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:11:3:5:6:11:3 chr3 56627048 . A G 2814.76 PASS AF=0.989071;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00195377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.63;QD=61.5248;RBI=0.00352354;REFB=-0.0509436;REVB=0.00293225;RO=2;SAF=93;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108172;STB=0.505681;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-1.49417e-06;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:183:2:2:180:181:0.989071:87:93:0:2:87:94:0:2 chr3 56627598 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.187;QD=59.833;RBI=0.0399848;REFB=0;REVB=-0.00393686;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6847e-05;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr3 56650051 . A ACTT 1207.9 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=4.70533e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.067;QD=57.5193;RBI=0.0162791;REFB=-0.0267002;REVB=0.0162791;RO=3;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921705;STB=0.50487;STBP=0.72;TYPE=ins;VARB=0.00114969;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:81:84:81:84:3:38:43:1:2:7:3:38:43:1:2 chr3 56653424 . A T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00538877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.629;QD=17.6896;RBI=0.00824799;REFB=0.0104798;REVB=-0.00624423;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772372;STB=0.543819;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0106857;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:8:18:13:8:8:18 chr3 56653427 . T C 198.61 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0303138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5839;QD=16.9029;RBI=0.030388;REFB=0.00666778;REVB=0.00212327;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946124;STB=0.505429;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0156409;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:19:19:0.404255:13:6:8:18:13:6:8:18 chr3 56667682 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5603;QD=61.6826;RBI=0.0288955;REFB=0;REVB=0.0248856;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117129;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 56703746 . A C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000318171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.533;QD=14.1953;RBI=0.0100432;REFB=-0.00106597;REVB=-0.0100381;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960055;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00109018;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:8:7:10:11:8:7:11:11 chr3 56716922 . T G 1300.67 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6529;QD=61.2082;RBI=0.0071045;REFB=0;REVB=-0.0070116;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611709;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:82:85:1:41:41:0:0:44:41:0:0 chr3 56763316 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0170874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.839;QD=13.9482;RBI=0.0245189;REFB=-0.0116043;REVB=-0.017584;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353648;STB=0.70564;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0190427;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:10:17:5:12:10:17 chr3 56763328 . T C 131.26 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0798434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5491;QD=14.1903;RBI=0.0958392;REFB=-0.0114323;REVB=-0.0530112;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393032;STB=0.731371;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0101495;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:10:12:3:12:10:12 chr3 56771251 . A C 933.3 PASS AF=0.574194;AO=89;DP=155;FAO=89;FDP=155;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0258285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.917;QD=24.0851;RBI=0.0259134;REFB=-0.00585875;REVB=0.00209625;RO=66;SAF=47;SAR=42;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136432;STB=0.507422;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00444634;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:66:66:89:89:0.574194:42:47:36:30:42:47:36:30 chr3 57108551 . C A 548.85 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00380067;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.519;QD=57.7736;RBI=0.00411944;REFB=-0.103998;REVB=0.00158894;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000950709;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:38:37:0.973684:18:20:0:1:18:19:0:1 chr3 57176505 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00334598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.393;QD=6.81341;RBI=0.0142046;REFB=5.87101e-05;REVB=-0.0138049;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409635;STB=0.526239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00030233;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:6:13:5:2:6:13 chr3 57323170 . A G 418.8 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0718225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.007;QD=54.0392;RBI=0.0757112;REFB=-0.10159;REVB=0.0239522;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000970026;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:1:0:19:11:1:0 chr3 57335876 . C T 2315.99 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132955;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.395;QD=63.0202;RBI=0.0144016;REFB=-0.160854;REVB=0.00553495;RO=1;SAF=63;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748901;STB=0.503936;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000342471;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:83:63:1:0:83:63:1:0 chr3 57563120 . GA G,GG 687.29 PASS AF=1,0;AO=46,2;DP=49;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138309,-0.0656923;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=19.4209,4.21892;QD=54.9829;RBI=0.166779,0.0664592;REFB=0,0;REVB=0.0931973,0.0100672;RO=1;SAF=14,1;SAR=32,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0144681,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00118542,0;OID=.,.;OPOS=57563121,57563121;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,2:49:50,0:50:0:15,0:35,0:0:0:4:1:14,1:32,1:0:1 chr3 57882601 . C T 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00812502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.954;QD=19.5004;RBI=0.0154812;REFB=0.00548454;REVB=-0.0131777;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241646;STB=0.634539;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0105387;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:24:12:21:14:24:12:21:14 chr3 58081888 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.922;QD=57.2368;RBI=0.0560065;REFB=0;REVB=0.0511986;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163651;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 58109162 . G A 398.01 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0427346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.149;QD=28.9464;RBI=0.0561058;REFB=-0.0044794;REVB=0.0363541;RO=18;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414893;STB=0.522581;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00371323;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:18:19:8:10:18:19:8:10 chr3 58112440 . A G 597.88 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029024;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3754;QD=61.3213;RBI=0.0678524;REFB=0;REVB=0.0613315;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865648;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr3 58112488 . C T 215.61 PASS AF=0.95;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0593526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.6776;QD=43.1216;RBI=0.065573;REFB=-0.1783;REVB=0.0278763;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00222239;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:20:2:1:17:19:0.95:11:6:2:0:11:8:1:0 chr3 58117724 . G A 223.02 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00359873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.276;QD=14.8678;RBI=0.168889;REFB=-0.0137568;REVB=0.168851;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694597;STB=0.596788;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0151998;OID=.;OPOS=58117724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:34:26:26:0.433333:14:12:10:8:14:12:10:24 chr3 58118555 . G A 976.09 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308387;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.728;QD=59.1572;RBI=0.0310079;REFB=0;REVB=-0.00323491;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00176e-05;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr3 58154327 . C T 344.67 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0122034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.927;QD=19.1483;RBI=0.0168153;REFB=0.000270276;REVB=0.0115685;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223337;STB=0.624165;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000240492;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:22:14:23:13:22:14:23:13 chr3 58179028 . T C 675.25 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000383376;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8046;QD=61.3863;RBI=0.0362326;REFB=0;REVB=0.0362305;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169131;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:16:25:0:0:16:28:0:0 chr3 58191266 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.213;QD=57.545;RBI=0.0154211;REFB=0;REVB=-0.0126475;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12914e-05;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr3 58280206 . TTA T 58.05 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=33;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00797252;FXX=0.0689417;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.4375;QD=8.60027;RBI=0.0609464;REFB=-0.121601;REVB=-0.0604227;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383826;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=del;VARB=0.160468;OID=.;OPOS=58280207;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:9:33:12:27:15:4:8:7:8:58:18:2:7:10:8 chr3 58305033 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.025;QD=62.6711;RBI=0.0414093;REFB=0;REVB=-0.00764905;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84672e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr3 58305079 . T C,G 758.31 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805144,-0.0140087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.311,121.562;QD=56.1709;RBI=0.0545115,0.0264979;REFB=0,0;REVB=0.0539136,0.0224921;RO=0;SAF=23,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.84538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00153432,0.105528;OID=.,.;OPOS=58305079,58305079;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:29,2:23,0:0:0:29,2:23,0:0:0 chr3 58305235 . G T 459.31 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.621;QD=57.4139;RBI=0.0201281;REFB=0;REVB=0.0156798;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01525e-06;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:8:22:0:0:9:23:0:0 chr3 58416538 . T C 1005.15 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.525;QD=59.1266;RBI=0.0233977;REFB=0;REVB=0.0221435;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18775e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:61:68:1:27:34:0:0:28:40:0:0 chr3 58520306 . G C 1430.43 PASS AF=1;AO=78;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288708;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0955;QD=63.5746;RBI=0.0304726;REFB=0;REVB=0.00974985;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272858;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:90:0:0:78:90:1:42:36:0:0:44:46:0:0 chr3 58572577 . C G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0285192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.089;QD=16.0718;RBI=0.0298005;REFB=-0.00803492;REVB=-0.00864459;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235776;STB=0.633389;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0138372;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:20:9:19:16:20:9:19:16 chr3 58572625 . G A 193.49 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0230082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.884;QD=13.8207;RBI=0.0230423;REFB=-0.0130566;REVB=0.00125225;RO=32;SAF=4;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423728;STB=0.754267;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0240688;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:19:4:17:15:19:4:18:15 chr3 58631321 . G A 720.72 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0452299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1422;QD=20.02;RBI=0.0468595;REFB=-0.015735;REVB=0.0122501;RO=72;SAF=39;SAR=32;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444258;STB=0.520423;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0160141;OID=.;OPOS=58631321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:73:71:71:0.493056:32:39:43:29:32:39:43:30 chr3 60519224 . G A 285.11 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.064519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3826;QD=23.7588;RBI=0.0673582;REFB=0.00412489;REVB=-0.0193501;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408;STB=0.725449;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00624466;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:3:19:9:17:3:19 chr3 62189189 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.511;QD=57.2026;RBI=0.0187045;REFB=0;REVB=0.0136556;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53152e-05;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr3 62229553 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6729;QD=62.0212;RBI=0.0704269;REFB=0;REVB=0.0535321;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207399;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr3 62384314 . A G 507.42 PASS AF=1;AO=20;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.538;QD=57.9912;RBI=0.0125254;REFB=0;REVB=-0.00680046;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225461;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:20:35:1:13:7:0:0:24:11:0:0 chr3 62384315 . T G 93.78 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00115876;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=84.6755;QD=10.7179;RBI=0.0152225;REFB=0.0011499;REVB=0.0151783;RO=23;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536348;STB=0.833787;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00330199;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:23:23:12:12:0.342857:11:1:10:13:11:1:10:13 chr3 62431412 . CCAT AACC,CCAC 180.51 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=17;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239192,0.0932634;FXX=0.117578;HRUN=4,1;LEN=4,1;MLLD=116.773,126.362;QD=48.1357;RBI=0.0424976,0.0989816;REFB=0,0;REVB=-0.0351272,-0.0331557;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0615931,0.000859382;OID=.,.;OPOS=62431412,62431415;OREF=CCAT,T;OALT=AACC,C;OMAPALT=AACC,CCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:17:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:0,4:2,9:0:0:0,4:2,9:0:0 chr3 62556622 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.221;QD=60.2307;RBI=0.017524;REFB=0;REVB=0.0149576;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10659e-05;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr3 63817430 . G C 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0149954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6016;QD=16.1553;RBI=0.0268847;REFB=-0.0223696;REVB=-0.0223142;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493771;STB=0.515592;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0197138;OID=.;OPOS=63817430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:21:10:10:17:21:11 chr3 63967900 . A G 430.96 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00175481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.166;QD=14.7335;RBI=0.0179189;REFB=-0.00670273;REVB=-0.0178328;RO=68;SAF=21;SAR=28;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104527;STB=0.558799;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00937194;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:28:21:36:32:28:21:36:32 chr3 63982082 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.342;QD=53.9111;RBI=0.0123609;REFB=0;REVB=-0.0101927;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134315;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 64009508 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0172306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8126;QD=17.3775;RBI=0.0172773;REFB=-0.0277771;REVB=-0.0012693;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243326;STB=0.636281;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0451146;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:21:12:23:14:21:12:23:14 chr3 64133350 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.24;QD=48.7369;RBI=0.0610468;REFB=0;REVB=0.035896;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094339;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 64502189 . G A 337.6 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0173602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.441;QD=20.1554;RBI=0.0264282;REFB=-0.00188041;REVB=-0.0199267;RO=32;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242874;STB=0.638783;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00137858;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:11:23:13:19:11:24:13:19 chr3 64600967 . C T 379.78 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00352537;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3866;QD=18.989;RBI=0.0336898;REFB=-0.015411;REVB=-0.0335048;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309348;STB=0.511622;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0182574;OID=.;OPOS=64600967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:41:39:39:0.4875:21:18:18:24:21:18:18:23 chr3 65583502 . G A 1228.15 PASS AF=0.440273;AO=127;DP=294;FAO=129;FDP=293;FR=.;FRO=164;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=57;FSRR=107;FWDB=-0.00449274;FXX=0.0101348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.919;QD=16.7666;RBI=0.00479992;REFB=-0.0105255;REVB=-0.00168954;RO=162;SAF=53;SAR=74;SRF=56;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755853;STB=0.537067;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0130014;OID=.;OPOS=65583502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:162:164:127:129:0.440273:74:53:56:106:76:53:57:107 chr3 66287056 . G A 569.95 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00304134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1221;QD=17.4031;RBI=0.0368668;REFB=-0.00464133;REVB=-0.0367412;RO=71;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077869;STB=0.543293;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00325366;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:29:31:31:40:29:31:31:40 chr3 66354911 . G C 1995.57 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593278;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.438;QD=61.4023;RBI=0.0618301;REFB=-0.0885053;REVB=-0.0174119;RO=0;SAF=41;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502824;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000980807;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:0:1:129:129:0.992308:88:41:0:0:88:41:0:1 chr3 66374361 . G C 629.05 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0289514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4561;QD=57.1865;RBI=0.0814993;REFB=-0.00978591;REVB=0.0761837;RO=1;SAF=4;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103746;STB=0.549108;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00259172;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:38:4:1:0:38:4:1:1 chr3 66396845 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.034;QD=42.1826;RBI=0.0287119;REFB=0;REVB=0.026716;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384195;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr3 66419956 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.562;QD=57.2376;RBI=0.0282417;REFB=0;REVB=0.0281365;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00305e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 66431275 . G A 172.4 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0168406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.279;QD=14.9915;RBI=0.0450712;REFB=-0.0204582;REVB=0.0418068;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2246;STB=0.702493;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.044691;OID=.;OPOS=66431275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:27:18:19:0.413043:12:6:10:7:13:6:18:9 chr3 66433676 . A G 1342.7 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3205;QD=61.0318;RBI=0.0310112;REFB=-0.091055;REVB=-0.0278036;RO=1;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111481;STB=0.505881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00571383;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:42:45:0:1:42:45:0:1 chr3 66434643 . T C 2068.19 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044184;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.168;QD=62.6725;RBI=0.00784029;REFB=0;REVB=0.00647672;RO=0;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18893e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:71:60:0:0:72:60:0:0 chr3 67048762 . T C 1100.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.02761e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.176;QD=57.8965;RBI=0.0544304;REFB=0;REVB=0.0544304;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149121;OID=.;OPOS=67048762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:76:0:0:66:76:1:27:39:0:0:36:40:0:0 chr3 67048766 . GGC G,GG 441.56 PASS AF=0.898305,0;AO=20,17;DP=61;FAO=53,0;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=29,0;FSAR=24,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.216259,-0.0343795;FXX=0.0327815;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.6374,12.2438;QD=29.9362;RBI=0.23543,0.232122;REFB=-0.240022,-0.209164;REVB=0.0930566,0.229562;RO=16;SAF=7,17;SAR=13,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0.445946,0;SSEP=0,0.441379;SSSB=0.149856,0.859989;STB=0.521843,0.5;STBP=0.352,1;TYPE=del,del;VARB=0.0512075,-0.0390994;OID=.,.;OPOS=67048767,67048768;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.898305,0:20,17:61:53,0:59:6:29,0:24,0:2:4:12:16:7,17:13,0:3:13 chr3 69036678 . G C 171.13 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0378943;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6631;QD=13.4217;RBI=0.0385439;REFB=-0.0179868;REVB=-0.00704687;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364741;STB=0.528897;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0488897;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:31:20:20:0.392157:12:8:11:19:12:8:11:20 chr3 69054341 . T C 226.64 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0428976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.029;QD=14.8616;RBI=0.0431456;REFB=-0.0250685;REVB=-0.00461975;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632571;STB=0.514528;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0317126;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:25:27:0.442623:15:10:13:20:16:11:13:21 chr3 69070563 . A C 97.32 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.000823037;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=221.955;QD=12.9753;RBI=0.0174894;REFB=-0.00735312;REVB=0.01747;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387095;STB=0.52269;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00862195;OID=.;OPOS=69070563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:14:4:3:9:14:4 chr3 69096614 . G A 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.061;QD=58.233;RBI=0.0137202;REFB=0;REVB=-0.00662176;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05625e-05;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr3 69230061 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3941;QD=43.4862;RBI=0.0278157;REFB=0;REVB=-0.0262013;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169934;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr3 69230801 . G A 919.96 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.374;QD=58.4101;RBI=0.0951936;REFB=0;REVB=0.0948401;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278221;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr3 69245454 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.068;QD=57.5447;RBI=0.0228231;REFB=0;REVB=-0.0190516;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37537e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr3 69246152 . A G 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3741;QD=56.0059;RBI=0.042577;REFB=0.0103046;REVB=-0.00617433;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000845227;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:27:33:0:0:27:33:1:0 chr3 71876449 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00331531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.814;QD=14.0791;RBI=0.0110503;REFB=6.7452e-05;REVB=0.0105413;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=6.02539e-05;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr3 72424471 . A G 192.77 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0361265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3866;QD=12.0482;RBI=0.036451;REFB=-0.00958041;REVB=-0.00485294;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246179;STB=0.640517;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0452374;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:12:12:29:11:12:12:29:11 chr3 72426901 . A G 5288.46 PASS AF=1;AO=333;DP=333;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7053;QD=63.525;RBI=0.0432987;REFB=0;REVB=0.031248;RO=0;SAF=182;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107633;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:333:333:0:0:333:333:1:151:182:0:0:151:182:0:0 chr3 72495945 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.207;QD=49.5992;RBI=0.110694;REFB=0;REVB=0.0210884;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444154;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr3 73024350 . C A 740.53 PASS AF=0.456647;AO=79;DP=171;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7133;QD=17.1221;RBI=0.0616986;REFB=-0.0193902;REVB=-0.050392;RO=92;SAF=47;SAR=32;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725051;STB=0.546663;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0221972;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:92:94:79:79:0.456647:32:47:48:44:32:47:48:46 chr3 73111368 . T C 1418.24 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0566684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.69;QD=61.6628;RBI=0.118113;REFB=0.049226;REVB=-0.103631;RO=1;SAF=35;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133487;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00182504;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:55:35:1:0:55:36:1:0 chr3 73111480 . AC ACA,CA 1233.98 PASS AF=1,0;AO=75,8;DP=87;FAO=87,0;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160231,-0.036908;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=24.105,11.3687;QD=56.7348;RBI=0.0194651,0.0420943;REFB=0,0;REVB=0.0110522,-0.0202417;RO=1;SAF=32,3;SAR=43,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0145558,-0.125393;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000503913,0.0174999;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:75,8:87,0:1,0:43,5:32,3:1:0:49,0:38,0:0:0 chr3 73111973 . A G 634.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.97432e-05;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.838;QD=61.8758;RBI=0.0308995;REFB=0;REVB=0.0308994;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160624;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 73111998 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.238;QD=62.9828;RBI=0.00909031;REFB=0;REVB=0.00898583;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18112e-05;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr3 73112378 . A G 759.08 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0112003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.694;QD=53.2688;RBI=0.017867;REFB=-0.1246;REVB=0.0139206;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.516123;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000849854;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:24:30:2:0:25:30:2:0 chr3 73114003 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6316;QD=60.3756;RBI=0.038819;REFB=0;REVB=0.00202776;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041286;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr3 73433369 . G A 259.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0987695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7392;QD=24.1037;RBI=0.0990995;REFB=-0.0324971;REVB=0.0080808;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309076;STB=0.517227;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00958172;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:7:12:16:8:7:12 chr3 73453325 . C T 1012.12 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.374;QD=57.8355;RBI=0.10144;REFB=-0.11017;REVB=0.100159;RO=1;SAF=63;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744652;STB=0.503936;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000446022;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:6:63:1:0:6:63:1:0 chr3 74349062 . T C 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.011069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.985;QD=20.9711;RBI=0.0115481;REFB=0.00802045;REVB=0.00329153;RO=44;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220476;STB=0.51219;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00636069;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:25:21:19:25:25:21:19:25 chr3 75232044 . C T 799.06 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.991;QD=63.9245;RBI=0.0469275;REFB=0;REVB=0.0109142;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267902;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:16:33:0:0:16:34:0:0 chr3 75679930 . A C 48.57 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0302405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.114;QD=2.00269;RBI=0.031839;REFB=-0.00163234;REVB=-0.00996177;RO=86;SAF=4;SAR=7;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191586;STB=0.640866;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0251999;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:86:86:11:11:0.113402:7:4:45:41:7:4:45:41 chr3 75679937 . G A 92.08 PASS AF=0.161905;AO=17;DP=105;FAO=17;FDP=105;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.0139793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.94;QD=3.50784;RBI=0.0139796;REFB=-0.00043166;REVB=9.0679e-05;RO=88;SAF=4;SAR=13;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415353;STB=0.774516;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0100633;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:105:105:88:88:17:17:0.161905:13:4:50:38:13:4:50:38 chr3 75679938 . T C 52.08 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.000329902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.298;QD=1.94709;RBI=0.00375519;REFB=0.00127131;REVB=0.00374068;RO=92;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152656;STB=0.596739;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0146391;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:92:95:12:12:0.11215:7:5:50:42:7:5:50:45 chr3 75679944 . C T 76.78 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.00767665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.892;QD=2.69389;RBI=0.0123117;REFB=-0.00407175;REVB=-0.00962531;RO=98;SAF=9;SAR=7;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656361;STB=0.545098;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0215041;OID=.;OPOS=75679944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:98:98:16:16:0.140351:7:9:50:48:7:9:50:48 chr3 75679945 . C G 181.19 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.000602529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.495;QD=6.24788;RBI=0.0105796;REFB=-0.00640997;REVB=-0.0105624;RO=88;SAF=13;SAR=15;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727675;STB=0.544249;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0298865;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:28:28:0.241379:15:13:46:42:15:13:46:42 chr3 75679958 . C T 101.99 PASS AF=0.16;AO=20;DP=125;FAO=20;FDP=125;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0206237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.029;QD=3.26371;RBI=0.0212649;REFB=-0.000947856;REVB=-0.00518273;RO=105;SAF=5;SAR=15;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342645;STB=0.728161;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00626296;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:105:105:20:20:0.16:15:5:54:51:15:5:54:51 chr3 75679963 . C T 31.04 PASS AF=0.08;AO=11;DP=121;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0828073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5444;QD=0.993302;RBI=0.0832461;REFB=-0.0101031;REVB=-0.00853561;RO=110;SAF=7;SAR=4;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228118;STB=0.626333;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.107041;OID=.;OPOS=75679963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:121:125:110:115:11:10:0.08:4:7:48:62:4:6:53:62 chr3 75679965 . C A 50.76 PASS AF=0.104;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.036756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.173;QD=1.62421;RBI=0.0373149;REFB=-0.00084386;REVB=-0.00643429;RO=112;SAF=5;SAR=8;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117671;STB=0.588391;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00988494;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:112:112:13:13:0.104:8:5:54:58:8:5:54:58 chr3 75679973 . A G 107.15 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=132;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.00785474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.304;QD=3.247;RBI=0.0140911;REFB=-0.00885832;REVB=-0.0116988;RO=110;SAF=5;SAR=16;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335045;STB=0.727048;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0394942;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:110:111:21:21:0.159091:16:5:54:56:16:5:55:56 chr3 75679975 . C T 75.66 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0327547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.614;QD=2.29282;RBI=0.0337776;REFB=-0.00191872;REVB=-0.00824962;RO=115;SAF=6;SAR=11;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148236;STB=0.604271;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0152785;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:132:132:115:115:17:17:0.128788:11:6:54:61:11:6:54:61 chr3 75679988 . A G 73.28 PASS AF=0.122302;AO=17;DP=139;FAO=17;FDP=139;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=0.0459649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1702;QD=2.10881;RBI=0.0674049;REFB=0.00872511;REVB=0.0493016;RO=122;SAF=6;SAR=11;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134636;STB=0.596039;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0575978;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:139:139:122:122:17:17:0.122302:11:6:56:66:11:6:56:66 chr3 75680006 . T C 197.11 PASS AF=0.22069;AO=30;DP=143;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.0163568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.113;QD=5.43739;RBI=0.0186992;REFB=-0.00410459;REVB=-0.00906172;RO=112;SAF=11;SAR=19;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934866;STB=0.521918;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0144805;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:112:113:30:32:0.22069:19:11:49:63:19:13:49:64 chr3 75680010 . T C 127.96 PASS AF=0.165517;AO=24;DP=145;FAO=24;FDP=145;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=0.00172784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2065;QD=3.52994;RBI=0.0196149;REFB=-0.00570848;REVB=-0.0195386;RO=121;SAF=6;SAR=18;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288818;STB=0.691282;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0170677;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:121:121:24:24:0.165517:18:6:56:65:18:6:56:65 chr3 75713564 . T C 511.19 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00366698;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.995;QD=15.3741;RBI=0.00456311;REFB=0.00210465;REVB=-0.00271573;RO=78;SAF=37;SAR=19;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513309;STB=0.531816;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.003167;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:78:77:56:56:0.421053:19:37:48:30:19:37:47:30 chr3 75713662 . C T 47.93 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00861455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.189;QD=3.04343;RBI=0.00863403;REFB=0.00433027;REVB=0.000579545;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216418;STB=0.644835;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0320073;OID=.;OPOS=75713662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:53:54:9:9:0.142857:3:6:26:27:3:6:27:27 chr3 75714298 . A G 743.44 PASS AF=0.454545;AO=76;DP=172;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=-0.00302998;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.557;QD=16.8964;RBI=0.00593417;REFB=-0.00926014;REVB=0.00510231;RO=96;SAF=42;SAR=34;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419128;STB=0.517387;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0146778;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:96:96:76:80:0.454545:34:42:57:39:35:45:57:39 chr3 75714311 . G A 54.83 PASS AF=0.0885417;AO=17;DP=192;FAO=17;FDP=192;FR=.;FRO=175;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=100;FSRR=75;FWDB=-0.00377362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6314;QD=1.14227;RBI=0.0682037;REFB=0.00522233;REVB=0.0680992;RO=173;SAF=13;SAR=4;SRF=99;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242766;STB=0.694144;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0649829;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:192:192:173:175:17:17:0.0885417:4:13:99:74:4:13:100:75 chr3 75714337 . T G 1135.7 PASS AF=0.538071;AO=106;DP=198;FAO=106;FDP=197;FR=.;FRO=91;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00622215;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.471;QD=23.0599;RBI=0.0168082;REFB=-0.0085591;REVB=0.0156142;RO=91;SAF=60;SAR=46;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141326;STB=0.507715;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00655751;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:91:91:106:106:0.538071:46:60:53:38:46:60:53:38 chr3 75714345 . G T 262.38 PASS AF=0.211823;AO=43;DP=203;FAO=43;FDP=203;FR=.;FRO=160;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=87;FSRR=73;FWDB=-0.00815099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.99;QD=5.17002;RBI=0.0188652;REFB=-0.00257312;REVB=-0.0170134;RO=158;SAF=26;SAR=17;SRF=87;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706578;STB=0.549144;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00570269;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:158:160:43:43:0.211823:17:26:87:71:17:26:87:73 chr3 75714702 . A G 622.23 PASS AF=0.559633;AO=60;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00110708;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.11;QD=22.8342;RBI=0.00255498;REFB=-0.00456256;REVB=0.00230267;RO=48;SAF=37;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804618;STB=0.546747;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0032838;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:60:61:0.559633:23:37:25:23:23:38:25:23 chr3 75714709 . G T 68.22 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=0.000772332;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.229;QD=2.35256;RBI=0.00416403;REFB=0.00314397;REVB=0.00409178;RO=102;SAF=9;SAR=6;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398953;STB=0.505369;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0144823;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:119:116:102:101:15:15:0.12931:6:9:58:44:6:9:60:41 chr3 75714809 . C T 114.73 PASS AF=0.13;AO=25;DP=202;FAO=26;FDP=200;FR=.;FRO=174;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=97;FWDB=-0.0175949;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.613;QD=2.29462;RBI=0.0210662;REFB=-0.0117895;REVB=-0.0115848;RO=103;SAF=14;SAR=11;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167747;STB=0.582825;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0661917;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:103:174:25:26:0.13:11:14:44:59:12:14:77:97 chr3 75714819 . G A 192.14 PASS AF=0.161702;AO=39;DP=235;FAO=38;FDP=235;FR=.;FRO=197;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=90;FSRR=107;FWDB=-0.026201;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.307;QD=3.27045;RBI=0.0471174;REFB=-0.00487064;REVB=-0.0391606;RO=195;SAF=17;SAR=22;SRF=88;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020071;STB=0.530466;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.034393;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:195:197:39:38:0.161702:22:17:88:107:22:16:90:107 chr3 75714825 . G A 1005.4 PASS AF=0.329167;AO=78;DP=242;FAO=79;FDP=240;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=0.0161162;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3642;QD=16.7567;RBI=0.0405402;REFB=-0.02123;REVB=-0.0371991;RO=124;SAF=39;SAR=39;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526758;STB=0.53542;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.050703;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:124:127:78:79:0.329167:39:39:56:68:39:40:57:70 chr3 75714831 . G A 354.87 PASS AF=0.215328;AO=59;DP=272;FAO=59;FDP=274;FR=.;FRO=215;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=102;FSRR=113;FWDB=-0.0161821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.508;QD=5.18058;RBI=0.0191686;REFB=-0.00811885;REVB=-0.0102748;RO=213;SAF=22;SAR=37;SRF=100;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126615;STB=0.581615;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0329028;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:274:213:215:59:59:0.215328:37:22:100:113:37:22:102:113 chr3 75714835 . C T 351.39 PASS AF=0.20922;AO=59;DP=282;FAO=59;FDP=282;FR=.;FRO=223;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=108;FSRR=115;FWDB=0.0094829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.724;QD=4.98431;RBI=0.0222503;REFB=-0.00507796;REVB=-0.0201283;RO=223;SAF=21;SAR=38;SRF=108;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168492;STB=0.604031;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0248265;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:223:223:59:59:0.20922:38:21:108:115:38:21:108:115 chr3 75714840 . A G 1487.61 PASS AF=0.503448;AO=147;DP=288;FAO=146;FDP=290;FR=.;FRO=144;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=-0.0167362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2814;QD=20.5188;RBI=0.0364407;REFB=-0.0067092;REVB=-0.0323701;RO=141;SAF=66;SAR=81;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426988;STB=0.51701;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00890919;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:290:141:144:147:146:0.503448:81:66:70:71:80:66:70:74 chr3 75714843 . T A 559.68 PASS AF=0.265101;AO=79;DP=298;FAO=79;FDP=298;FR=.;FRO=219;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=103;FSRR=116;FWDB=0.00353675;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8029;QD=7.51247;RBI=0.00500626;REFB=0.00183541;REVB=-0.00354317;RO=217;SAF=39;SAR=40;SRF=102;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293625;STB=0.517167;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00893049;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:217:219:79:79:0.265101:40:39:102:115:40:39:103:116 chr3 75714853 . G A 668.49 PASS AF=0.28012;AO=92;DP=331;FAO=93;FDP=332;FR=.;FRO=239;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=116;FSRR=123;FWDB=-0.00336283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.252;QD=8.05411;RBI=0.00355502;REFB=-0.00998965;REVB=0.00115304;RO=239;SAF=43;SAR=49;SRF=116;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221798;STB=0.516599;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0357792;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:332:239:239:92:93:0.28012:49:43:116:123:50:43:116:123 chr3 75714898 . G A 866.98 PASS AF=0.304233;AO=115;DP=373;FAO=115;FDP=378;FR=.;FRO=263;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=129;FSRR=134;FWDB=-0.0360983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0862;QD=9.17437;RBI=0.0742803;REFB=-0.0153444;REVB=0.064919;RO=258;SAF=58;SAR=57;SRF=126;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191401;STB=0.509636;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.034947;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:378:258:263:115:115:0.304233:57:58:126:132:57:58:129:134 chr3 75714917 . G A 582.83 PASS AF=0.248588;AO=86;DP=354;FAO=88;FDP=354;FR=.,HEALED;FRO=266;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=140;FSRR=126;FWDB=-0.0115809;FXX=0.00281682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.014;QD=6.58568;RBI=0.0117551;REFB=-0.00654757;REVB=-0.00201625;RO=199;SAF=35;SAR=51;SRF=136;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324141;STB=0.588155;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0226368;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:199:266:86:88:0.248588:51:35:136:63:52:36:140:126 chr3 75714929 . G A 504.82 PASS AF=0.227273;AO=80;DP=352;FAO=80;FDP=352;FR=.;FRO=272;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=143;FSRR=129;FWDB=-0.0445572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.653;QD=5.7366;RBI=0.0592535;REFB=-0.0169348;REVB=-0.0390594;RO=272;SAF=31;SAR=49;SRF=143;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176896;STB=0.607065;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0576179;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:272:272:80:80:0.227273:49:31:143:129:49:31:143:129 chr3 75714950 . C A 369.75 PASS AF=0.198777;AO=65;DP=329;FAO=65;FDP=327;FR=.;FRO=262;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=132;FSRR=130;FWDB=-0.00491368;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.147;QD=4.52297;RBI=0.00977083;REFB=-0.00676033;REVB=-0.0084454;RO=263;SAF=24;SAR=41;SRF=133;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177872;STB=0.609109;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0247923;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:263:262:65:65:0.198777:41:24:133:130:41:24:132:130 chr3 75714971 . C A 245.15 PASS AF=0.175824;AO=47;DP=273;FAO=48;FDP=273;FR=.;FRO=225;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=112;FSRR=113;FWDB=0.000868762;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8989;QD=3.59197;RBI=0.0220312;REFB=-0.0105087;REVB=-0.022014;RO=225;SAF=22;SAR=25;SRF=112;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383923;STB=0.532545;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0480997;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:225:225:47:48:0.175824:25:22:112:113:26:22:112:113 chr3 75714976 . C T 804.82 PASS AF=0.372093;AO=96;DP=259;FAO=96;FDP=258;FR=.;FRO=162;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=88;FWDB=0.044642;FXX=0.00769201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.694;QD=12.4779;RBI=0.0492784;REFB=-0.00663389;REVB=0.0208676;RO=161;SAF=53;SAR=43;SRF=73;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109186;STB=0.559726;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0108263;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:161:162:96:96:0.372093:43:53:73:88:43:53:74:88 chr3 75714980 . C A 222.48 PASS AF=0.17004;AO=42;DP=247;FAO=42;FDP=247;FR=.;FRO=205;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=107;FSRR=98;FWDB=0.000850222;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.769;QD=3.60297;RBI=0.00677254;REFB=-0.000503577;REVB=-0.00671896;RO=198;SAF=16;SAR=26;SRF=102;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173639;STB=0.61708;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00174;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:198:205:42:42:0.17004:26:16:102:96:26:16:107:98 chr3 75715118 . G A 130.28 PASS AF=0.275362;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00907795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.779;QD=7.55225;RBI=0.00912045;REFB=-0.015395;REVB=0.000879446;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16563;STB=0.590816;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.046718;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:48:50:18:19:0.275362:8:10:20:28:9:10:20:30 chr3 75715124 . C T 151.66 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00451457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3058;QD=8.54435;RBI=0.0469846;REFB=-0.0352887;REVB=-0.0467672;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131439;STB=0.578239;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0796988;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:9:12:23:27:9:12:23:27 chr3 75715173 . CT TG 183.64 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0049598;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.319;QD=6.99564;RBI=0.00733306;REFB=-0.0122068;REVB=-0.00540131;RO=77;SAF=12;SAR=15;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605115;STB=0.531891;STBP=0.693;TYPE=mnp;VARB=0.0336526;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:77:78:27:27:0.257143:15:12:38:39:15:12:38:40 chr3 75715181 . G A 156.57 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0159524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.933;QD=6.02201;RBI=0.0166911;REFB=-0.0166216;REVB=0.00491073;RO=80;SAF=12;SAR=12;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469026;STB=0.528822;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.048732;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:80:24:24:0.230769:12:12:37:43:12:12:37:43 chr3 75779719 . T C 73.0 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0241243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.067;QD=3.13961;RBI=0.0374743;REFB=-0.000819063;REVB=0.0286766;RO=77;SAF=10;SAR=4;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309646;STB=0.700644;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0132709;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:77:79:14:14:0.150538:4:10:36:41:4:10:38:41 chr3 75779724 . T C 334.88 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0369379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.806;QD=14.4033;RBI=0.0369381;REFB=-0.0149197;REVB=0.000140282;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460826;STB=0.502616;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0226477;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:18:19:29:27:18:19:29:27 chr3 75779727 . A G 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.046664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3383;QD=14.6102;RBI=0.0482482;REFB=-0.00659873;REVB=-0.0122624;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742274;STB=0.536945;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00658955;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:17:21:27:29:17:21:28:29 chr3 75779742 . G A 158.72 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00734715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.803;QD=6.61331;RBI=0.00743822;REFB=-0.00238412;REVB=-0.0011604;RO=73;SAF=9;SAR=14;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177464;STB=0.608601;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.010909;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:73:23:23:0.239583:14:9:39:34:14:9:39:34 chr3 75779762 . G T 178.82 PASS AF=0.25;AO=25;DP=100;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0471575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9024;QD=7.15289;RBI=0.0477717;REFB=-0.0166479;REVB=-0.00763597;RO=73;SAF=9;SAR=16;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183428;STB=0.611789;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0309377;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:75:25:25:0.25:16:9:37:36:16:9:38:37 chr3 75779769 . C G 380.59 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00581978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.527;QD=14.925;RBI=0.00787433;REFB=-0.0196686;REVB=0.00530426;RO=58;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172934;STB=0.504354;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0233373;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:43:43:0.421569:23:20:26:32:23:20:27:32 chr3 75779777 . TA T 234.17 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0161687;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.0046;QD=9.55813;RBI=0.0190332;REFB=-0.0230778;REVB=-0.0100418;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0268276;STB=0.550996;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.0297348;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:42:99:42:98:56:21:21:23:33:99:54:19:23:23:31 chr3 75781222 . C T 344.23 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00320173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7453;QD=14.05;RBI=0.0476129;REFB=-0.00990728;REVB=0.0475051;RO=59;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136355;STB=0.581591;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0166347;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:60:38:38:0.387755:19:19:22:37:19:19:22:38 chr3 75781243 . T C 89.7 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0039602;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2466;QD=3.66117;RBI=0.00448765;REFB=0.00130123;REVB=0.00211089;RO=82;SAF=12;SAR=4;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449288;STB=0.792929;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00480544;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:100:98:82:82:16:16:0.163265:4:12:31:51:4:12:31:51 chr3 75781257 . T C 132.43 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=99;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0386975;FXX=0.1717;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7899;QD=6.46018;RBI=0.0422724;REFB=0.00352771;REVB=0.0170134;RO=63;SAF=14;SAR=5;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429881;STB=0.764001;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0143388;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:82:63:63:19:19:0.231707:5:14:24:39:5:14:24:39 chr3 75781263 . T C 307.69 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0149915;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0403;QD=13.0933;RBI=0.0149929;REFB=0.00857198;REVB=-0.000197782;RO=60;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162511;STB=0.598856;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.024711;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:60:59:35:35:0.37234:17:18:22:38:17:18:21:38 chr3 75781272 . C A 103.11 PASS AF=0.2;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0232439;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2414;QD=4.85247;RBI=0.0522788;REFB=0.00899969;REVB=-0.0468273;RO=69;SAF=5;SAR=12;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189466;STB=0.615243;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0239274;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:69:68:17:17:0.2:12:5:30:39:12:5:29:39 chr3 75786031 . A C 147.16 PASS AF=0.136364;AO=32;DP=238;FAO=33;FDP=242;FR=.;FRO=209;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=106;FSRR=103;FWDB=-0.00118096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0312;QD=2.43241;RBI=0.0395679;REFB=-0.00470397;REVB=-0.0395502;RO=205;SAF=16;SAR=16;SRF=106;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216863;STB=0.519267;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0319055;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:242:205:209:32:33:0.136364:16:16:106:99:17:16:106:103 chr3 75786036 . A C 76.57 PASS AF=0.0942623;AO=23;DP=242;FAO=23;FDP=244;FR=.;FRO=221;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=111;FSRR=110;FWDB=-0.0114639;FXX=0.0651316;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.123;QD=1.2552;RBI=0.0223837;REFB=-0.00276801;REVB=-0.0192252;RO=198;SAF=12;SAR=11;SRF=95;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510096;STB=0.517632;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0348471;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:242:244:198:221:23:23:0.0942623:11:12:95:103:11:12:111:110 chr3 75786042 . G A 1660.35 PASS AF=0.323529;AO=86;DP=264;FAO=88;FDP=272;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.00242832;FXX=0.021582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.266;QD=24.4169;RBI=0.00415713;REFB=-0.00866424;REVB=-0.00337417;RO=115;SAF=40;SAR=46;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022466;STB=0.519126;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00955384;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:272:115:112:86:88:0.323529:46:40:56:59:47:41:56:56 chr3 75786059 . CA TA,TG 2019.49 PASS AF=0.25387,0.346749;AO=82,112;DP=324;FAO=82,112;FDP=323;FR=.;FRO=129;FSAF=46,58;FSAR=36,54;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=-0.0090461,-0.00986508;FXX=0.00308632;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=127.951,197.511;QD=25.0091;RBI=0.0100277,0.0134574;REFB=-0.00531127,-0.0108654;REVB=0.00432699,-0.00915331;RO=126;SAF=46,58;SAR=36,54;SRF=65;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0489411,0.00190535;STB=0.530391,0.503337;STBP=0.53,0.938;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0170175,0.0145222;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:324:323:126:129:82,112:82,112:0.25387,0.346749:36,54:46,58:65:61:36,54:46,58:66:63 chr3 75786071 . C G 353.22 PASS AF=0.191358;AO=61;DP=349;FAO=62;FDP=324;FR=.;FRO=262;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=133;FSRR=129;FWDB=-0.0223548;FXX=0.0742836;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.324;QD=4.36073;RBI=0.0271435;REFB=-0.00765179;REVB=-0.0153958;RO=261;SAF=34;SAR=27;SRF=133;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06205;STB=0.546203;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.024436;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:324:261:262:61:62:0.191358:27:34:133:128:27:35:133:129 chr3 75786073 . C G 157.45 PASS AF=0.116809;AO=41;DP=350;FAO=41;FDP=351;FR=.;FRO=310;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=160;FSRR=150;FWDB=-0.0129683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3864;QD=1.79434;RBI=0.0145815;REFB=0.000169565;REVB=-0.00666661;RO=309;SAF=20;SAR=21;SRF=160;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037603;STB=0.524988;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0021202;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:351:309:310:41:41:0.116809:21:20:160:149:21:20:160:150 chr3 75786079 . CG CA,TA 2488.29 PASS AF=0.40836,0.292605;AO=125,92;DP=359;FAO=127,91;FDP=311;FR=.;FRO=93;FSAF=65,50;FSAR=62,41;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.000870616,-0.00581125;FXX=0.136107;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=143.064,128.415;QD=32.0037;RBI=0.0112759,0.00721665;REFB=-0.00493475,-0.00224504;REVB=0.0112422,-0.00427894;RO=93;SAF=63,50;SAR=62,42;SRF=44;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0242632,0.064376;STB=0.51635,0.538656;STBP=0.568,0.313;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00466583,0.00467067;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:311:93:93:125,92:127,91:0.40836,0.292605:62,42:63,50:44:49:62,41:65,50:44:49 chr3 75786132 . T C 139.12 PASS AF=0.108635;AO=39;DP=361;FAO=39;FDP=359;FR=.;FRO=320;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=145;FSRR=175;FWDB=-0.0215022;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.239;QD=1.55005;RBI=0.0216108;REFB=-0.000557216;REVB=-0.00216315;RO=312;SAF=15;SAR=24;SRF=138;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736009;STB=0.562605;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00390553;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:359:312:320:39:39:0.108635:24:15:138:174:24:15:145:175 chr3 75786163 . C T 679.84 PASS AF=0.321168;AO=88;DP=274;FAO=88;FDP=274;FR=.;FRO=186;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=111;FWDB=0.00690642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.037;QD=9.92473;RBI=0.0105108;REFB=-0.001509;REVB=-0.00792326;RO=186;SAF=29;SAR=59;SRF=75;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094372;STB=0.554479;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00371358;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:186:186:88:88:0.321168:59:29:75:111:59:29:75:111 chr3 75786175 . C A 40.25 PASS AF=0.0674603;AO=17;DP=252;FAO=17;FDP=252;FR=.;FRO=235;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=151;FWDB=0.0146982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2391;QD=0.638862;RBI=0.0147181;REFB=-0.000447292;REVB=-0.000765211;RO=235;SAF=7;SAR=10;SRF=84;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626385;STB=0.553204;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00939595;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:252:252:235:235:17:17:0.0674603:10:7:84:151:10:7:84:151 chr3 75786211 . A G 569.05 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=63;FWDB=0.0331913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.552;QD=13.712;RBI=0.0359436;REFB=-0.0198594;REVB=-0.0137944;RO=100;SAF=21;SAR=45;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620785;STB=0.535044;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0289041;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:100:100:66:66:0.39759:45:21:37:63:45:21:37:63 chr3 75786225 . G A 400.4 PASS AF=0.379845;AO=43;DP=125;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=0.0421733;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.136;QD=12.4154;RBI=0.0438737;REFB=-0.0124323;REVB=0.0120961;RO=76;SAF=17;SAR=26;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953611;STB=0.541735;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0161558;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:76:80:43:49:0.379845:26:17:24:52:30:19:26:54 chr3 75786230 . C T 32.66 PASS AF=0.0793651;AO=10;DP=126;FAO=10;FDP=126;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=76;FWDB=-0.0198701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6535;QD=1.03687;RBI=0.0232735;REFB=0.00129511;REVB=-0.0121175;RO=116;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282946;STB=0.7225;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0197219;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:126:126:116:116:10:10:0.0793651:4:6:40:76:4:6:40:76 chr3 75786243 . C T 346.53 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0100069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.399;QD=12.4877;RBI=0.0215581;REFB=0.000740179;REVB=-0.0190949;RO=69;SAF=11;SAR=31;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25993;STB=0.649139;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00208644;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:31:11:33:36:31:11:33:36 chr3 75786244 . A T 56.89 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0130312;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.328;QD=2.04993;RBI=0.0224966;REFB=0.00278596;REVB=-0.018338;RO=99;SAF=4;SAR=9;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126087;STB=0.596231;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00705955;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:111:99:98:13:13:0.117117:9:4:40:59:9:4:40:58 chr3 75786245 . T A 322.21 PASS AF=0.371429;AO=40;DP=110;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00837348;FXX=0.0454504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.484;QD=12.2746;RBI=0.00852256;REFB=0.00192226;REVB=-0.00158712;RO=69;SAF=10;SAR=30;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279959;STB=0.640807;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00394924;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:105:69:66:40:39:0.371429:30:10:33:36:29:10:30:36 chr3 75786251 . GG AT,GT 115.16 PASS AF=0.040404,0.161616;AO=4,16;DP=101;FAO=4,16;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=1,5;FSAR=3,11;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.000956798,-0.00673332;FXX=0.0198;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=196.709,222.325;QD=4.65277;RBI=0.00404599,0.0127329;REFB=0.000824994,-0.000648731;REVB=-0.00393123,-0.0108068;RO=79;SAF=1,5;SAR=3,11;SRF=32;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.147967,-0.125979;STB=0.663556,0.583822;STBP=0.577,0.466;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00210513,-0.000661459;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:91:101:99:79:79:4,16:4,16:0.040404,0.161616:3,11:1,5:32:47:3,11:1,5:32:47 chr3 75786256 . T A 363.1 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.000971605;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.099;QD=15.617;RBI=0.00154294;REFB=-0.00479719;REVB=0.0011986;RO=54;SAF=11;SAR=27;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215908;STB=0.62705;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00573638;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:38:39:0.419355:27:11:26:28:28:11:26:28 chr3 75786261 . C T 220.41 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0236521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.824;QD=9.90612;RBI=0.0237425;REFB=-0.00902694;REVB=0.00206943;RO=61;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163666;STB=0.59544;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0113909;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:14:14:22:39:14:14:22:39 chr3 75786278 . A C 481.82 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000121144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.854;QD=28.7654;RBI=0.0242495;REFB=-0.0351208;REVB=0.0242492;RO=22;SAF=20;SAR=24;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056604;STB=0.521968;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0131353;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:23:44:44:0.656716:24:20:8:14:24:20:9:14 chr3 75786288 . A G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0131401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.896;QD=6.71704;RBI=0.0264172;REFB=-0.00122993;REVB=-0.0229173;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240786;STB=0.649635;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00331125;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:5:8:17:24:5:8:17:24 chr3 75786298 . T C 75.15 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0226926;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5391;QD=5.78105;RBI=0.0248692;REFB=-0.00198452;REVB=0.0101746;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252138;STB=0.653703;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00891599;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:53:52:42:41:11:11:0.211538:4:7:18:24:4:7:18:23 chr3 75786302 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00669501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.003;QD=3.44848;RBI=0.0181376;REFB=-0.00154803;REVB=0.0168567;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152449;STB=0.607206;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0105096;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:5:3:23:23:5:3:23:23 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 105.26 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00625598;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=9;MLLD=346.546;QD=10.0251;RBI=0.0128403;REFB=-0.00930407;REVB=0.0112132;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392194;STB=0.746829;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0127967;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:17:45:17:42:25:13:4:9:16:99:25:13:4:10:15 chr3 75786379 . T C 127.22 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00659226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.695;QD=6.69555;RBI=0.0195945;REFB=0.00103315;REVB=0.0184522;RO=57;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23514;STB=0.643591;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00494438;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:7:12:25:32:7:12:25:32 chr3 75786381 . T C 267.53 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0144584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3734;QD=13.7196;RBI=0.02522;REFB=-0.0135308;REVB=0.020664;RO=47;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040078;STB=0.522845;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.021097;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:17:14:23:24:17:14:23:24 chr3 75786385 . C G 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00153117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.625;QD=9.38477;RBI=0.0182263;REFB=0.00147288;REVB=0.0181619;RO=56;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153186;STB=0.590125;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0118888;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:11:14:24:32:11:14:24:32 chr3 75786417 . T C 66.21 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00140537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.245;QD=2.97591;RBI=0.00391628;REFB=-0.000756423;REVB=-0.00365544;RO=76;SAF=7;SAR=6;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129258;STB=0.588203;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00852261;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:6:7:33:43:6:7:33:43 chr3 75786438 . G A 51.92 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00504259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.086;QD=2.41491;RBI=0.00504994;REFB=0.00143229;REVB=-0.00027232;RO=75;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128293;STB=0.591032;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0122417;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:75:75:11:11:0.127907:5:6:33:42:5:6:33:42 chr3 75786440 . C T 534.75 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0183652;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4807;QD=25.771;RBI=0.0475214;REFB=-0.0138062;REVB=-0.0438293;RO=33;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114232;STB=0.500493;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00920273;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:33:34:49:49:0.590361:26:23:16:17:26:23:16:18 chr3 75786450 . G A 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.030146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.807;QD=2.45941;RBI=0.0346227;REFB=-0.00102315;REVB=-0.0170279;RO=74;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104805;STB=0.574334;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00873133;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:5:6:34:40:5:6:34:40 chr3 75786453 . C T 111.46 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0349113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.526;QD=5.12452;RBI=0.0349672;REFB=-0.00418964;REVB=-0.00197511;RO=67;SAF=7;SAR=11;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131178;STB=0.594489;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0197755;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:69:18:18:0.206897:11:7:33:34:11:7:35:34 chr3 75786500 . AT GA,GT 80.45 PASS AF=0.0638298,0.106383;AO=6,9;DP=94;FAO=6,10;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=4,3;FSAR=2,7;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00420721,0.00312883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=264.749,212.796;QD=3.42355;RBI=0.0120061,0.00877128;REFB=0.000624554,-0.000554777;REVB=-0.0112448,-0.00819426;RO=75;SAF=4,3;SAR=2,6;SRF=37;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184039,-0.190847;STB=0.666112,0.670212;STBP=0.465,0.282;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00259256,0.000101209;OID=.,.;OPOS=75786500,75786500;OREF=AT,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:94:94:75:78:6,9:6,10:0.0638298,0.106383:2,6:4,3:37:38:2,7:4,3:38:40 chr3 75786515 . GG AG,AT 177.26 PASS AF=0.22449,0.0408163;AO=22,4;DP=98;FAO=22,4;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=12,1;FSAR=10,3;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=5.3132e-05,-0.00264373;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=193.435,190.903;QD=7.23507;RBI=0.0182167,0.00555695;REFB=-0.00138223,0.000787293;REVB=-0.0182166,-0.00488778;RO=70;SAF=12,1;SAR=10,3;SRF=36;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.038797,-0.244789;STB=0.52425,0.748755;STBP=0.767,0.402;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000703221,0.00220138;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:72:22,4:22,4:0.22449,0.0408163:10,3:12,1:36:34:10,3:12,1:37:35 chr3 75786518 . A C 40.35 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00417175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6669;QD=1.58247;RBI=0.0202464;REFB=-0.00185208;REVB=-0.0198119;RO=92;SAF=5;SAR=5;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253988;STB=0.519569;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0165257;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:102:102:92:92:10:10:0.0980392:5:5:48:44:5:5:48:44 chr3 75786521 . G A 40.06 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0062749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.354;QD=1.55557;RBI=0.0226085;REFB=-0.00289849;REVB=-0.0217203;RO=93;SAF=5;SAR=5;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626639;STB=0.504845;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0286508;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:93:93:10:10:0.0970874:5:5:46:47:5:5:46:47 chr3 75786533 . T G 101.81 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00792696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.321;QD=3.91575;RBI=0.00793133;REFB=-0.00738247;REVB=0.000263158;RO=86;SAF=10;SAR=8;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114041;STB=0.574386;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0305736;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:86:86:18:18:0.173077:8:10:40:46:8:10:40:46 chr3 75786555 . C CTG 410.17 PASS AF=0.442308;AO=41;DP=110;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00139208;FXX=0.079639;HRUN=0;LEN=2;MLLD=251.117;QD=15.7756;RBI=0.0141715;REFB=-0.00650778;REVB=0.014103;RO=60;SAF=28;SAR=13;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202263;STB=0.561886;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.00570962;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:41:110:46:104:58:28:18:29:29:99:60:28:13:30:30 chr3 75786572 . T C 253.71 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=119;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0178418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.446;QD=8.5281;RBI=0.0183915;REFB=-0.00363578;REVB=-0.00446303;RO=84;SAF=22;SAR=13;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128878;STB=0.576043;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0137301;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:84:84:35:35:0.294118:13:22:44:40:13:22:44:40 chr3 75786597 . C T 293.77 PASS AF=0.307087;AO=39;DP=127;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00688217;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.541;QD=9.25257;RBI=0.00788973;REFB=-0.00320787;REVB=0.00385793;RO=88;SAF=24;SAR=15;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112291;STB=0.565723;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00694427;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:88:88:39:39:0.307087:15:24:46:42:15:24:46:42 chr3 75786607 . C T 260.35 PASS AF=0.285714;AO=36;DP=126;FAO=36;FDP=126;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0064606;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.931;QD=8.26503;RBI=0.0151714;REFB=-0.0114077;REVB=-0.0137271;RO=90;SAF=22;SAR=14;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962179;STB=0.55693;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0147718;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:90:90:36:36:0.285714:14:22:48:42:14:22:48:42 chr3 75786610 . T G 256.97 PASS AF=0.276923;AO=36;DP=130;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0186834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7311;QD=7.90667;RBI=0.0476677;REFB=0.00632219;REVB=0.0438536;RO=94;SAF=22;SAR=14;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111545;STB=0.56628;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0148946;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:94:94:36:36:0.276923:14:22:49:45:14:22:49:45 chr3 75786618 . CT AC,CC 222.45 PASS AF=0.0592593,0.2;AO=8,27;DP=135;FAO=8,27;FDP=135;FR=.;FRO=100;FSAF=4,17;FSAR=4,10;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.00844038,-0.00114249;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=190.608,188.479;QD=6.59112;RBI=0.0144766,0.00415162;REFB=-0.00129154,0.00835134;REVB=0.0117614,0.00399132;RO=99;SAF=4,17;SAR=4,10;SRF=56;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0715073,0.0841222;STB=0.555419,0.556996;STBP=0.772,0.511;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0117401,-0.0152274;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:135:135:99:100:8,27:8,27:0.0592593,0.2:4,10:4,17:56:43:4,10:4,17:56:44 chr3 75786623 . G T 159.41 PASS AF=0.198529;AO=27;DP=136;FAO=27;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.021164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.352;QD=4.68842;RBI=0.0214481;REFB=7.09494e-05;REVB=-0.00347942;RO=109;SAF=16;SAR=11;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429491;STB=0.52706;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.000186899;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:109:109:27:27:0.198529:11:16:61:48:11:16:61:48 chr3 75786628 . G C 67.39 PASS AF=0.117647;AO=15;DP=135;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.00248284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.805;QD=1.98215;RBI=0.00666308;REFB=-8.10374e-05;REVB=-0.00618321;RO=120;SAF=10;SAR=5;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146668;STB=0.627495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000351767;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:136:120:120:15:16:0.117647:5:10:66:54:5:11:66:54 chr3 75786670 . G A 524.16 PASS AF=0.397351;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00167301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.771;QD=13.8851;RBI=0.00846796;REFB=0.00244779;REVB=-0.00830105;RO=91;SAF=32;SAR=28;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532516;STB=0.530025;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00308598;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:91:60:60:0.397351:28:32:44:47:28:32:44:47 chr3 75786681 . G A 1236.28 PASS AF=0.727941;AO=98;DP=137;FAO=99;FDP=136;FR=.;FRO=37;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000753225;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.807;QD=36.3612;RBI=0.0112784;REFB=-0.027022;REVB=-0.0112533;RO=37;SAF=48;SAR=50;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155398;STB=0.509656;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00770514;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:37:37:98:99:0.727941:50:48:17:20:50:49:17:20 chr3 75786687 . A T 120.31 PASS AF=0.161972;AO=23;DP=142;FAO=23;FDP=142;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0514224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.078;QD=3.3891;RBI=0.0516819;REFB=0.000770919;REVB=0.00517291;RO=118;SAF=11;SAR=12;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00470341;STB=0.50644;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00331866;OID=.;OPOS=75786687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:118:119:23:23:0.161972:12:11:56:62:12:11:56:63 chr3 75786737 . A T 570.53 PASS AF=0.487603;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0157291;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.84;QD=18.8605;RBI=0.0157351;REFB=0.000690583;REVB=0.000433249;RO=60;SAF=27;SAR=31;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155258;STB=0.587107;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00186553;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:62:58:59:0.487603:31:27:18:42:31:28:19:43 chr3 75786740 . CA CG,GG 585.57 PASS AF=0.373913,0.165217;AO=42,19;DP=115;FAO=43,19;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=21,4;FSAR=22,15;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0187058,0.0118914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=130.478,112.512;QD=20.3677;RBI=0.0187549,0.012065;REFB=0.00271407,-0.00744057;REVB=0.00135522,0.00203903;RO=52;SAF=21,4;SAR=21,15;SRF=18;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152312,-0.20664;STB=0.582445,0.6225;STBP=0.168,0.283;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00680829,-0.00466625;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:53:42,19:43,19:0.373913,0.165217:21,15:21,4:18:34:22,15:21,4:18:35 chr3 75786748 . C T 96.99 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=63;FWDB=-0.036259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4989;QD=3.2601;RBI=0.0395528;REFB=0.000944318;REVB=-0.0158021;RO=100;SAF=10;SAR=9;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198406;STB=0.629792;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00644923;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:119:119:100:100:19:19:0.159664:9:10:37:63:9:10:37:63 chr3 75786753 . C T 246.89 PASS AF=0.309091;AO=33;DP=108;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.003177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.588;QD=8.97778;RBI=0.00807392;REFB=-0.00699897;REVB=-0.00742259;RO=75;SAF=9;SAR=24;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277976;STB=0.666177;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0271598;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:75:76:33:34:0.309091:24:9:37:38:25:9:37:39 chr3 75786754 . G T 38.04 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.00250462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.981;QD=1.39609;RBI=0.0164741;REFB=0.000151471;REVB=-0.0162826;RO=98;SAF=3;SAR=7;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16786;STB=0.629866;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00599105;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:109:98:99:10:10:0.0917431:7:3:43:55:7:3:43:56 chr3 75786759 . T C 477.4 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00587662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.022;QD=18.0151;RBI=0.0106714;REFB=-0.00369785;REVB=-0.00890758;RO=53;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122094;STB=0.565631;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00350039;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:55:51:51:0.481132:27:24:18:35:27:24:19:36 chr3 75786760 . TC T 47.7 PASS AF=0.195876;AO=20;DP=102;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0461331;FXX=0.0582468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.1673;QD=1.96697;RBI=0.079925;REFB=-0.0194306;REVB=0.0652667;RO=70;SAF=11;SAR=9;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203682;STB=0.622863;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.0660984;OID=.;OPOS=75786761;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195876:20:102:19:97:78:10:9:29:49:47:70:11:9:27:43 chr3 75786773 . T A 342.48 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.00961725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.75;QD=13.6994;RBI=0.0188304;REFB=-0.00740044;REVB=-0.0161893;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237954;STB=0.634689;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00748071;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:18:20:19:43:18:20:19:43 chr3 75786784 . T C 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.000502766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.707;QD=1.69003;RBI=0.0115704;REFB=-0.0123515;REVB=-0.0115595;RO=88;SAF=2;SAR=8;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286438;STB=0.725089;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.053315;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:8:2:37:51:8:2:37:51 chr3 75786802 . G A 151.32 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.000933713;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.327;QD=6.65119;RBI=0.0148294;REFB=0.00501771;REVB=-0.0148;RO=70;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351644;STB=0.707567;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00674188;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:70:69:22:22:0.241758:9:13:21:49:9:13:21:48 chr3 75786827 . A T 373.89 PASS AF=0.445652;AO=38;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0140646;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.996;QD=16.2561;RBI=0.014754;REFB=-0.0107872;REVB=0.00445727;RO=51;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110286;STB=0.557369;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0147171;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:51:38:41:0.445652:23:15:15:36:25:16:15:36 chr3 75786832 . C T 481.29 PASS AF=0.5;AO=45;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00531305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.223;QD=20.4804;RBI=0.00607656;REFB=-0.00025498;REVB=-0.00294892;RO=45;SAF=15;SAR=30;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227541;STB=0.51193;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000163092;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:47:45:47:0.5:30:15:14:31:31:16:15:32 chr3 75786833 . G A 129.68 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=53;FWDB=-0.016362;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.754;QD=5.57778;RBI=0.0186849;REFB=-0.00495718;REVB=0.00902274;RO=72;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228723;STB=0.643447;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00886292;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:72:73:20:20:0.215054:11:9:20:52:11:9:20:53 chr3 75786845 . T C 722.24 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=88;FAO=62;FDP=93;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0217763;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.506;QD=31.0639;RBI=0.0272558;REFB=-0.0246547;REVB=0.0163912;RO=32;SAF=19;SAR=37;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440744;STB=0.523802;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0148268;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:32:31:56:62:0.666667:37:19:9:23:40:22:9:22 chr3 75786854 . A T 124.73 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=107;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=-0.0104294;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.963;QD=4.7066;RBI=0.0104974;REFB=-0.00632928;REVB=-0.00119292;RO=84;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267262;STB=0.667747;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.030999;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:84:85:21:21:0.198113:11:10:23:61:11:10:23:62 chr3 75786866 . G T 162.31 PASS AF=0.226087;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=115;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.0202691;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.757;QD=5.64553;RBI=0.0243301;REFB=-0.0158988;REVB=-0.013458;RO=89;SAF=4;SAR=22;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325106;STB=0.706238;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0396126;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:89:89:26:26:0.226087:22:4:31:58:22:4:31:58 chr3 75786888 . C T 277.22 PASS AF=0.283582;AO=38;DP=134;FAO=38;FDP=134;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=65;FWDB=-0.000540552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.318;QD=8.27511;RBI=0.00528087;REFB=-0.00291868;REVB=-0.00525313;RO=96;SAF=12;SAR=26;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994888;STB=0.505879;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.010894;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:96:96:38:38:0.283582:26:12:31:65:26:12:31:65 chr3 75786892 . A C 265.78 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.000653558;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.856;QD=7.87485;RBI=0.00816291;REFB=-0.00510334;REVB=-0.0081367;RO=97;SAF=8;SAR=29;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231263;STB=0.644359;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.018866;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:97:98:37:37:0.274074:29:8:36:61:29:8:37:61 chr3 75786899 . T C 408.46 PASS AF=0.276119;AO=36;DP=131;FAO=37;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.146802;FXX=0.00740686;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4228;QD=12.1928;RBI=0.17089;REFB=0.00748605;REVB=-0.0874776;RO=67;SAF=6;SAR=30;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344114;STB=0.672792;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000733523;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:67:74:36:37:0.276119:30:6:27:40:30:7:29:45 chr3 75786910 . T C 38.37 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=169;FAO=13;FDP=169;FR=.;FRO=156;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=99;FWDB=-0.0107368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7042;QD=0.908062;RBI=0.0219996;REFB=-0.000832831;REVB=0.0192016;RO=155;SAF=3;SAR=10;SRF=56;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168134;STB=0.647004;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.021495;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:169:169:155:156:13:13:0.0769231:10:3:56:99:10:3:57:99 chr3 75786916 . C A 450.81 PASS AF=0.315217;AO=58;DP=185;FAO=58;FDP=184;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=84;FWDB=0.00765412;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.986;QD=9.80014;RBI=0.00795213;REFB=-0.00199485;REVB=0.00215658;RO=127;SAF=23;SAR=35;SRF=41;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936931;STB=0.533969;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0065808;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:127:126:58:58:0.315217:35:23:41:86:36:22:42:84 chr3 75786919 . A T 423.23 PASS AF=0.293814;AO=57;DP=193;FAO=57;FDP=194;FR=.;FRO=137;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=91;FWDB=-0.00182779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.543;QD=8.7264;RBI=0.00770265;REFB=0.000508584;REVB=-0.00748265;RO=133;SAF=21;SAR=36;SRF=43;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594516;STB=0.525095;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00194596;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:133:137:57:57:0.293814:36:21:43:90:36:21:46:91 chr3 75786921 . G A 108.13 PASS AF=0.127551;AO=24;DP=195;FAO=25;FDP=196;FR=.;FRO=171;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=113;FWDB=-0.0075229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.88;QD=2.20665;RBI=0.00826811;REFB=-0.000361932;REVB=0.0034304;RO=171;SAF=8;SAR=16;SRF=58;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081814;STB=0.519913;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00164983;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:171:171:24:25:0.127551:16:8:58:113:16:9:58:113 chr3 75786942 . C A 86.38 PASS AF=0.108491;AO=23;DP=212;FAO=23;FDP=212;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=123;FWDB=-0.00678666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5321;QD=1.62981;RBI=0.0162515;REFB=-0.0100415;REVB=-0.0147667;RO=189;SAF=9;SAR=14;SRF=66;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555131;STB=0.540045;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0581193;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:212:212:189:189:23:23:0.108491:14:9:66:123:14:9:66:123 chr3 75786965 . C T 497.9 PASS AF=0.300448;AO=66;DP=222;FAO=67;FDP=223;FR=.;FRO=156;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=93;FWDB=0.0162029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.051;QD=8.93091;RBI=0.0172468;REFB=-0.00340589;REVB=-0.00590916;RO=155;SAF=20;SAR=46;SRF=63;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137327;STB=0.582126;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0122516;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:155:156:66:67:0.300448:46:20:63:92:47:20:63:93 chr3 75786991 . C T 515.77 PASS AF=0.308036;AO=68;DP=223;FAO=69;FDP=224;FR=.;FRO=155;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=93;FWDB=-0.0506297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9193;QD=9.21011;RBI=0.0537653;REFB=-0.0105143;REVB=0.0180928;RO=155;SAF=22;SAR=46;SRF=62;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998847;STB=0.561735;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0390031;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:155:155:68:69:0.308036:46:22:62:93:47:22:62:93 chr3 75786993 . T A 68.47 PASS AF=0.0933333;AO=21;DP=224;FAO=21;FDP=225;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=131;FWDB=-0.00354334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2989;QD=1.21732;RBI=0.0060634;REFB=-0.00273185;REVB=-0.00492031;RO=203;SAF=11;SAR=10;SRF=73;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19801;STB=0.648552;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0295968;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:224:225:203:204:21:21:0.0933333:10:11:73:130:10:11:73:131 chr3 75787015 . C T 430.75 PASS AF=0.282407;AO=61;DP=216;FAO=61;FDP=216;FR=.;FRO=155;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=96;FWDB=0.014976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.527;QD=7.97693;RBI=0.0176645;REFB=-0.000298838;REVB=0.00936764;RO=155;SAF=26;SAR=35;SRF=59;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576375;STB=0.533761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000998165;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:155:155:61:61:0.282407:35:26:59:96:35:26:59:96 chr3 75787032 . T C 516.18 PASS AF=0.314815;AO=68;DP=216;FAO=68;FDP=216;FR=.;FRO=148;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=64;FSRR=84;FWDB=0.00837075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.642;QD=9.55896;RBI=0.0107361;REFB=-0.00256466;REVB=0.00672266;RO=148;SAF=23;SAR=45;SRF=64;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118686;STB=0.568855;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.010925;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:148:148:68:68:0.314815:45:23:64:84:45:23:64:84 chr3 75787043 . G A 600.51 PASS AF=0.355769;AO=119;DP=208;FAO=74;FDP=208;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=85;FWDB=0.019002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6313;QD=11.5482;RBI=0.0190023;REFB=0.00131234;REVB=-9.91611e-05;RO=88;SAF=45;SAR=74;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025567;STB=0.552912;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00402513;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:88:134:119:74:0.355769:74:45:36:52:41:33:49:85 chr3 75787047 . G GACTTATA 127.64 PASS AF=0.146893;AO=26;DP=204;FAO=26;FDP=177;FR=.;FRO=151;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.00432924;FXX=0.123756;HRUN=1;LEN=7;MLLD=275.407;QD=2.88443;RBI=0.00846635;REFB=-0.00352729;REVB=-0.00727576;RO=177;SAF=5;SAR=21;SRF=77;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337557;STB=0.737554;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0190701;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146893:26:204:26:177:151:5:21:66:85:99:177:5:21:77:100 chr3 75787049 . C A 99.4 PASS AF=0.117647;AO=25;DP=204;FAO=24;FDP=204;FR=.;FRO=180;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=108;FWDB=-0.00341157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.457;QD=1.94896;RBI=0.00426829;REFB=-0.00438002;REVB=0.00256505;RO=179;SAF=10;SAR=15;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290714;STB=0.51519;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0284889;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:179:180:25:24:0.117647:15:10:72:107:14:10:72:108 chr3 75787057 . G A 1088.69 PASS AF=0.60479;AO=94;DP=162;FAO=101;FDP=167;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=73;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00144961;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.65;QD=26.0765;RBI=0.0466092;REFB=-0.00739153;REVB=0.0465867;RO=62;SAF=28;SAR=66;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126845;STB=0.574629;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00962516;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:62:66:94:101:0.60479:66:28:28:34:73:28:29:37 chr3 75787081 . A T 71.73 PASS AF=0.118056;AO=17;DP=144;FAO=17;FDP=144;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=0.0100827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.978;QD=1.99242;RBI=0.0102339;REFB=-0.00430412;REVB=-0.00175311;RO=127;SAF=6;SAR=11;SRF=46;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123982;STB=0.508886;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.035732;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:144:144:127:127:17:17:0.118056:11:6:46:81:11:6:46:81 chr3 75787098 . CCT C 73.0 PASS AF=0.203704;AO=18;DP=118;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.0457015;FXX=0.0357111;HRUN=4;LEN=2;MLLD=196.338;QD=2.70363;RBI=0.0460924;REFB=-0.00080695;REVB=0.0059898;RO=92;SAF=7;SAR=11;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320901;STB=0.5406;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.00250418;OID=.;OPOS=75787099;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203704:18:118:22:108:86:9:13:31:55:72:92:7:11:36:56 chr3 75787116 . T G 44.95 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0142459;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.937;QD=1.60542;RBI=0.0278752;REFB=-0.00499767;REVB=0.02396;RO=101;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873471;STB=0.567442;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0508624;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:112:112:101:101:11:11:0.0982143:7:4:44:57:7:4:44:57 chr3 75787145 . T C 112.67 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.000935142;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.929;QD=3.72464;RBI=0.00872043;REFB=-0.000543847;REVB=0.00867014;RO=99;SAF=11;SAR=10;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113528;STB=0.568901;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00268204;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:99:100:21:21:0.173554:10:11:43:56:10:11:44:56 chr3 75787159 . C T 112.43 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.0165819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.534;QD=3.71658;RBI=0.0166822;REFB=0.00129041;REVB=-0.00182639;RO=100;SAF=12;SAR=9;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190693;STB=0.623142;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00780308;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:100:100:21:21:0.173554:9:12:42:58:9:12:42:58 chr3 75787169 . G A 174.51 PASS AF=0.224;AO=28;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.00488279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.653;QD=5.58431;RBI=0.0190662;REFB=-0.00298878;REVB=-0.0184304;RO=97;SAF=13;SAR=15;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530138;STB=0.532579;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0141038;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:97:97:28:28:0.224:15:13:41:56:15:13:41:56 chr3 75787186 . C T 111.9 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.0155071;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.512;QD=3.69931;RBI=0.0222615;REFB=-0.0129444;REVB=-0.0159719;RO=100;SAF=8;SAR=13;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773805;STB=0.55044;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.022777;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:100:100:21:21:0.173554:13:8:44:56:13:8:44:56 chr3 75787224 . C T 69.26 PASS AF=0.131579;AO=16;DP=118;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.0410971;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8273;QD=2.43011;RBI=0.0434042;REFB=-0.0161365;REVB=-0.0139626;RO=97;SAF=9;SAR=7;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135648;STB=0.568013;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0407196;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:118:114:97:99:16:15:0.131579:7:9:44:53:7:8:45:54 chr3 75787240 . A G 60.9 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0107468;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.394;QD=2.34234;RBI=0.0111865;REFB=-0.000986454;REVB=0.00310535;RO=89;SAF=6;SAR=7;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128081;STB=0.509643;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00568397;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:89:91:13:13:0.125:7:6:42:47:7:6:43:48 chr3 75787372 . A T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0118279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.441;QD=16.0339;RBI=0.01939;REFB=-0.00917136;REVB=0.0153647;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229601;STB=0.631022;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00817525;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:9:19:9:11:9:19 chr3 75787382 . T C 251.55 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00101003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.674;QD=20.5348;RBI=0.00340294;REFB=-0.022662;REVB=0.0032496;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151186;STB=0.575852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.022654;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:15:9:13:11:15:9:13:12 chr3 75787405 . C T 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0110858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.775;QD=16.0709;RBI=0.0111358;REFB=0.000658381;REVB=0.0010539;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373745;STB=0.709407;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00201086;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:10:19:9:26:10:19:9:26 chr3 75787416 . C T 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0044388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.033;QD=6.61506;RBI=0.0193762;REFB=0.00386564;REVB=-0.018861;RO=50;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427403;STB=0.752196;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00752862;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:5:12:17:33:5:12:18:33 chr3 75787424 . C G 321.26 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.00601379;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.038;QD=18.624;RBI=0.0376936;REFB=-0.00141531;REVB=-0.0372108;RO=35;SAF=23;SAR=11;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416706;STB=0.719218;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00101495;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:11:23:7:28:11:23:8:27 chr3 75787427 . T C 272.82 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.00924843;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.05;QD=14.9489;RBI=0.00927402;REFB=-0.00395699;REVB=-0.000688577;RO=41;SAF=22;SAR=9;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470187;STB=0.767921;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00251427;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:9:22:9:32:9:22:9:33 chr3 75787458 . G A 37.28 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.00157225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.439;QD=1.67553;RBI=0.00822657;REFB=-0.0107336;REVB=0.00807493;RO=79;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190591;STB=0.647612;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0607214;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:79:80:9:9:0.101124:4:5:31:48:4:5:31:49 chr3 75787464 . C T 551.41 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.000937836;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7555;QD=23.9745;RBI=0.0164734;REFB=-0.0171152;REVB=0.0164467;RO=42;SAF=28;SAR=23;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252231;STB=0.633647;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0107874;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:41:51:51:0.554348:23:28:10:32:23:28:10:31 chr3 75787476 . C T 152.29 PASS AF=0.23;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0131498;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.565;QD=6.09152;RBI=0.0252905;REFB=-0.00207405;REVB=-0.021603;RO=76;SAF=15;SAR=8;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299732;STB=0.687448;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00481961;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:76:77:23:23:0.23:8:15:31:45:8:15:31:46 chr3 75787486 . C T 673.09 PASS AF=0.603774;AO=55;DP=100;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00622877;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.917;QD=25.3996;RBI=0.016438;REFB=-0.0165966;REVB=0.0152122;RO=45;SAF=31;SAR=24;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169525;STB=0.568641;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0129039;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:106:45:42:55:64:0.603774:24:31:16:29:30:34:15:27 chr3 75787516 . C G 664.69 PASS AF=0.550847;AO=63;DP=117;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.000947207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.997;QD=22.5318;RBI=0.00464244;REFB=-0.00932112;REVB=-0.00454478;RO=52;SAF=32;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699888;STB=0.534715;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00865457;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:52:53:63:65:0.550847:31:32:22:30:33:32:22:31 chr3 75787519 . CT AG 739.83 PASS AF=0.589744;AO=69;DP=121;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0023214;FXX=0.0330551;HRUN=4;LEN=2;MLLD=150.207;QD=25.2934;RBI=0.00512563;REFB=-0.00951039;REVB=-0.00456982;RO=48;SAF=36;SAR=33;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790538;STB=0.543014;STBP=0.299;TYPE=mnp;VARB=0.00509573;OID=.;OPOS=75787519;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:117:48:48:69:69:0.589744:33:36:20:28:33:36:20:28 chr3 75787576 . A G 40.2 PASS AF=0.0857143;AO=12;DP=140;FAO=12;FDP=140;FR=.;FRO=128;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.0170464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.19;QD=1.14848;RBI=0.0175772;REFB=-0.00718969;REVB=-0.00428675;RO=128;SAF=3;SAR=9;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342876;STB=0.770397;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0258486;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:140:140:128:128:12:12:0.0857143:9:3:71:57:9:3:71:57 chr3 75787583 . AC GA 42.38 PASS AF=0.0902778;AO=10;DP=140;FAO=13;FDP=144;FR=.;FRO=131;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=0.0189651;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.85;QD=1.17723;RBI=0.0211284;REFB=-0.0090305;REVB=-0.00931317;RO=130;SAF=4;SAR=6;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132653;STB=0.697891;STBP=0.151;TYPE=mnp;VARB=0.0764003;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:140:144:130:131:10:13:0.0902778:6:4:68:62:9:4:69:62 chr3 75787620 . T C 59.56 PASS AF=0.108696;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=138;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=0.0205966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1181;QD=1.72652;RBI=0.0208362;REFB=-0.00294066;REVB=0.00315098;RO=123;SAF=6;SAR=9;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145383;STB=0.606795;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0262465;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:138:123:123:15:15:0.108696:9:6:64:59:9:6:64:59 chr3 75787637 . C T 595.09 PASS AF=0.459259;AO=58;DP=131;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0251446;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.388;QD=17.6321;RBI=0.0317951;REFB=-0.0283731;REVB=-0.0194596;RO=73;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09225;STB=0.566645;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0310818;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:73:73:58:62:0.459259:28:30:31:42:28:34:31:42 chr3 75787645 . GAA G 344.52 PASS AF=0.470085;AO=44;DP=124;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0528642;FXX=0.0564471;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.6741;QD=11.7786;RBI=0.080124;REFB=0.00664145;REVB=-0.0602099;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239;STB=0.61061;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=-0.0085012;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470085:44:124:55:117:62:32:23:23:39:99:51:24:20:15:36 chr3 75787679 . T C 586.09 PASS AF=0.466165;AO=61;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=0.00821659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.851;QD=17.6268;RBI=0.0103101;REFB=-0.0143609;REVB=0.00622786;RO=71;SAF=26;SAR=35;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132395;STB=0.569225;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0132186;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:61:62:0.466165:35:26:21:50:36:26:21:50 chr3 75787688 . T A 678.42 PASS AF=0.503704;AO=56;DP=137;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=0.00819343;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3598;QD=20.1013;RBI=0.037009;REFB=-0.0124029;REVB=0.0360906;RO=50;SAF=16;SAR=40;SRF=5;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217606;STB=0.553176;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0105727;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:50:67:56:68:0.503704:40:16:5:45:42:26:19:48 chr3 75787702 . C G 1105.58 PASS AF=0.60119;AO=99;DP=167;FAO=101;FDP=168;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=17;FSRR=50;FWDB=-0.0196315;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0111;QD=26.3232;RBI=0.0261237;REFB=-0.0222831;REVB=-0.0172352;RO=65;SAF=38;SAR=61;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109746;STB=0.553412;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0132159;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:65:67:99:101:0.60119:61:38:16:49:63:38:17:50 chr3 75787726 . G A 2334.01 PASS AF=0.84;AO=168;DP=200;FAO=168;FDP=200;FR=.;FRO=32;FSAF=60;FSAR=108;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0109463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.82;QD=46.6802;RBI=0.0109893;REFB=-0.0027208;REVB=-0.000972045;RO=32;SAF=60;SAR=108;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441297;STB=0.502336;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00162192;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:32:32:168:168:0.84:108:60:11:21:108:60:11:21 chr3 75787728 . C T 105.6 PASS AF=0.123153;AO=25;DP=203;FAO=25;FDP=203;FR=.;FRO=178;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=114;FWDB=0.00258362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8147;QD=2.08081;RBI=0.0351192;REFB=-0.00681357;REVB=-0.0350241;RO=178;SAF=7;SAR=18;SRF=64;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113112;STB=0.580314;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0094735;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:178:178:25:25:0.123153:18:7:64:114:18:7:64:114 chr3 75787732 . A C 732.21 PASS AF=0.403846;AO=84;DP=208;FAO=84;FDP=208;FR=.;FRO=124;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=88;FWDB=0.00593874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.627;QD=14.0809;RBI=0.024403;REFB=0.00170586;REVB=-0.0236693;RO=124;SAF=37;SAR=47;SRF=36;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166391;STB=0.592787;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00190297;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:124:124:84:84:0.403846:47:37:36:88:47:37:36:88 chr3 75787739 . A T 3281.16 PASS AF=1;AO=170;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135182;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.13;QD=61.9086;RBI=0.0437107;REFB=-0.0517987;REVB=0.0415678;RO=1;SAF=72;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472075;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:213:212:1:0:170:212:1:98:72:1:0:137:75:0:0 chr3 75787770 . C T 95.76 PASS AF=0.103846;AO=27;DP=260;FAO=27;FDP=260;FR=.;FRO=233;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=156;FWDB=-0.0129455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.065;QD=1.47324;RBI=0.0146099;REFB=-0.00224083;REVB=-0.00677225;RO=233;SAF=18;SAR=9;SRF=77;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395404;STB=0.776296;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0248351;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:260:260:233:233:27:27:0.103846:9:18:77:156:9:18:77:156 chr3 75787794 . A G 2518.62 PASS AF=0.719858;AO=203;DP=282;FAO=203;FDP=282;FR=.;FRO=79;FSAF=88;FSAR=115;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.0144886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.69;QD=35.7252;RBI=0.0312801;REFB=-0.0213607;REVB=0.0277223;RO=78;SAF=88;SAR=115;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025995;STB=0.51539;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00766735;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:78:79:203:203:0.719858:115:88:30:48:115:88:30:49 chr3 75787801 . TG CA 184.98 PASS AF=0.140893;AO=40;DP=290;FAO=41;FDP=291;FR=.;FRO=250;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=109;FSRR=141;FWDB=-0.00491131;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.863;QD=2.54272;RBI=0.00519297;REFB=-0.00181468;REVB=0.00168701;RO=248;SAF=19;SAR=21;SRF=107;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561328;STB=0.52375;STBP=0.752;TYPE=mnp;VARB=0.0103506;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:248:250:40:41:0.140893:21:19:107:141:22:19:109:141 chr3 75787809 . T C 582.0 PASS AF=0.269231;AO=84;DP=312;FAO=84;FDP=312;FR=.;FRO=228;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=99;FSRR=129;FWDB=-0.00167109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.63;QD=7.46148;RBI=0.0374456;REFB=-0.0114714;REVB=-0.0374083;RO=226;SAF=37;SAR=47;SRF=97;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141919;STB=0.504649;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0253689;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:226:228:84:84:0.269231:47:37:97:129:47:37:99:129 chr3 75787829 . C G 72.75 PASS AF=0.0810811;AO=27;DP=333;FAO=27;FDP=333;FR=.;FRO=306;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=133;FSRR=173;FWDB=-0.00865555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.813;QD=0.873895;RBI=0.0148407;REFB=-0.00115685;REVB=-0.0120552;RO=306;SAF=11;SAR=16;SRF=133;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321818;STB=0.525648;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.017036;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:333:333:306:306:27:27:0.0810811:16:11:133:173:16:11:133:173 chr3 75787840 . C A 77.81 PASS AF=0.0835821;AO=28;DP=334;FAO=28;FDP=335;FR=.;FRO=307;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=137;FSRR=170;FWDB=-0.0139688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.497;QD=0.929016;RBI=0.0186759;REFB=-0.000883922;REVB=0.012396;RO=305;SAF=9;SAR=19;SRF=136;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150572;STB=0.6198;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0103483;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:334:335:305:307:28:28:0.0835821:19:9:136:169:19:9:137:170 chr3 75787863 . AT TA 63.12 PASS AF=0.0776699;AO=24;DP=309;FAO=24;FDP=309;FR=.;FRO=285;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=130;FSRR=155;FWDB=-0.0118567;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.801;QD=0.817116;RBI=0.0151999;REFB=-0.00176816;REVB=-0.00951083;RO=285;SAF=6;SAR=18;SRF=130;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245216;STB=0.702061;STBP=0.035;TYPE=mnp;VARB=0.021598;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:309:309:285:285:24:24:0.0776699:18:6:130:155:18:6:130:155 chr3 75787869 . CA TG 2372.02 PASS AF=0.698925;AO=194;DP=278;FAO=195;FDP=279;FR=.;FRO=84;FSAF=81;FSAR=114;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0170528;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.6;QD=34.0075;RBI=0.0191322;REFB=-0.0191061;REVB=-0.00867412;RO=84;SAF=81;SAR=113;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213321;STB=0.51071;STBP=0.592;TYPE=mnp;VARB=0.00637492;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:84:84:194:195:0.698925:113:81:32:52:114:81:32:52 chr3 75787876 . G T 2387.49 PASS AF=0.7;AO=196;DP=280;FAO=196;FDP=280;FR=.;FRO=84;FSAF=81;FSAR=115;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.0129959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.187;QD=34.107;RBI=0.0130155;REFB=-0.0337318;REVB=0.000714764;RO=83;SAF=81;SAR=115;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208226;STB=0.502632;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0149837;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:83:84:196:196:0.7:115:81:34:49:115:81:34:50 chr3 75787880 . A G 854.21 PASS AF=0.360424;AO=99;DP=283;FAO=102;FDP=283;FR=.;FRO=181;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=72;FSRR=109;FWDB=-0.0146176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.819;QD=12.0736;RBI=0.0201161;REFB=-0.00438239;REVB=-0.0138196;RO=181;SAF=44;SAR=55;SRF=72;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541555;STB=0.522019;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00859502;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:181:181:99:102:0.360424:55:44:72:109:58:44:72:109 chr3 75787897 . T C 170.4 PASS AF=0.143969;AO=37;DP=257;FAO=37;FDP=257;FR=.;FRO=220;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=91;FSRR=129;FWDB=-0.00170719;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.233;QD=2.65215;RBI=0.00363383;REFB=-0.00364682;REVB=-0.00320783;RO=217;SAF=20;SAR=17;SRF=91;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154627;STB=0.607391;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0218085;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:217:220:37:37:0.143969:17:20:91:126:17:20:91:129 chr3 75787927 . A G 1400.99 PASS AF=0.591743;AO=121;DP=210;FAO=129;FDP=218;FR=.;FRO=89;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.00518044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.727;QD=25.7062;RBI=0.0115902;REFB=-0.00899849;REVB=-0.010368;RO=88;SAF=53;SAR=68;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488801;STB=0.515683;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00615198;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:218:88:89:121:129:0.591743:68:53:38:50:69:60:38:51 chr3 75787949 . C T 1335.94 PASS AF=0.644444;AO=109;DP=173;FAO=116;FDP=180;FR=.;FRO=64;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0287641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.998;QD=29.6877;RBI=0.0293365;REFB=-0.0183107;REVB=-0.00576711;RO=64;SAF=45;SAR=64;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500558;STB=0.51607;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0081662;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:180:64:64:109:116:0.644444:64:45:31:33:65:51:31:33 chr3 75787961 . A G 443.72 PASS AF=0.343558;AO=56;DP=163;FAO=56;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.00199332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.727;QD=10.8889;RBI=0.00666049;REFB=-0.0173193;REVB=-0.00635521;RO=107;SAF=26;SAR=30;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676033;STB=0.538751;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0215909;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:107:107:56:56:0.343558:30:26:56:51:30:26:56:51 chr3 75787962 . G C 287.65 PASS AF=0.265823;AO=42;DP=158;FAO=42;FDP=158;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0150569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.598;QD=7.28226;RBI=0.0158338;REFB=-0.00346221;REVB=0.00489884;RO=116;SAF=23;SAR=19;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905455;STB=0.553858;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0315642;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:116:116:42:42:0.265823:19:23:55:61:19:23:55:61 chr3 75787996 . C T 154.49 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0125897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2152;QD=5.8855;RBI=0.014058;REFB=0.00568607;REVB=0.00625504;RO=81;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151826;STB=0.593158;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0223144;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:81:24:24:0.228571:11:13:34:47:11:13:34:47 chr3 75788010 . A C 1435.82 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.036;QD=63.113;RBI=0.0502374;REFB=0;REVB=0.0112752;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46884e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:50:39:0:0:51:40:0:0 chr3 75788023 . C T 677.3 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00780915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6309;QD=30.4403;RBI=0.023137;REFB=0.00968096;REVB=-0.0217793;RO=31;SAF=25;SAR=33;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289279;STB=0.515663;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00584272;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:31:58:58:0.651685:33:25:12:19:33:25:12:19 chr3 75788028 . G C 306.91 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.012483;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.322;QD=14.2748;RBI=0.0476257;REFB=-0.0025848;REVB=-0.0459607;RO=51;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423078;STB=0.518923;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00623957;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:86:51:52:34:34:0.395349:20:14:23:28:20:14:23:29 chr3 75788068 . A C 89.82 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00830234;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.505;QD=3.7818;RBI=0.0190344;REFB=-0.00980073;REVB=-0.0171283;RO=79;SAF=8;SAR=8;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039882;STB=0.526283;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0470026;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:95:79:79:16:16:0.168421:8:8:37:42:8:8:37:42 chr3 75788076 . A C 955.78 PASS AF=0.74;AO=73;DP=99;FAO=74;FDP=100;FR=.;FRO=26;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000354726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.555;QD=38.2313;RBI=0.0177371;REFB=-0.0113033;REVB=0.0177335;RO=26;SAF=37;SAR=36;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221827;STB=0.51351;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00281216;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:26:26:73:74:0.74:36:37:12:14:36:38:12:14 chr3 75788088 . C T 98.29 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0653211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.756;QD=3.70902;RBI=0.0808858;REFB=-0.0107104;REVB=-0.047704;RO=88;SAF=10;SAR=8;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127239;STB=0.583242;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.053839;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:106:106:88:88:18:18:0.169811:8:10:40:48:8:10:40:48 chr3 75788115 . G A 1276.36 PASS AF=0.775194;AO=100;DP=129;FAO=100;FDP=129;FR=.;FRO=29;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0205957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3704;QD=39.5769;RBI=0.0216342;REFB=-0.0124074;REVB=-0.00662236;RO=27;SAF=52;SAR=48;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301495;STB=0.523864;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00339813;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:27:29:100:100:0.775194:48:52:12:15:48:52:12:17 chr3 75788130 . C A 425.37 PASS AF=0.359712;AO=50;DP=142;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00227531;FXX=0.0211253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.3;QD=12.2409;RBI=0.00637197;REFB=0.000565148;REVB=-0.00595189;RO=89;SAF=26;SAR=24;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161307;STB=0.509213;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00109845;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:89:89:50:50:0.359712:24:26:45:44:24:26:45:44 chr3 75788152 . T C,G 1407.15 PASS AF=0.328859,0.436242;AO=49,65;DP=149;FAO=49,65;FDP=149;FR=.;FRO=35;FSAF=26,33;FSAR=23,32;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.000741228,0.0123023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.224,161.002;QD=37.7757;RBI=0.0261073,0.0259259;REFB=-0.0137889,-0.0172405;REVB=0.0260968,0.0228212;RO=35;SAF=26,33;SAR=23,32;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0124672,-0.00426537;STB=0.50682,0.502308;STBP=0.882,0.971;TYPE=snp,snp;VARB=0.00702854,0.00129012;OID=.,.;OPOS=75788152,75788152;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:149:149:35:35:49,65:49,65:0.328859,0.436242:23,32:26,33:18:17:23,32:26,33:18:17 chr3 75788156 . C T 57.53 PASS AF=0.097561;AO=16;DP=164;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=-0.0149214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.291;QD=1.40325;RBI=0.028312;REFB=-0.010242;REVB=-0.0240609;RO=147;SAF=10;SAR=6;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176747;STB=0.636195;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0418928;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:164:147:148:16:16:0.097561:6:10:70:77:6:10:70:78 chr3 75788158 . G C 45.73 PASS AF=0.0858896;AO=14;DP=163;FAO=14;FDP=163;FR=.;FRO=149;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=0.0107556;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.816;QD=1.12223;RBI=0.0154891;REFB=-0.00137617;REVB=-0.0111458;RO=149;SAF=6;SAR=8;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785299;STB=0.562301;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0241062;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:163:163:149:149:14:14:0.0858896:8:6:74:75:8:6:74:75 chr3 75788165 . T C 55.63 PASS AF=0.0946746;AO=16;DP=169;FAO=16;FDP=169;FR=.;FRO=153;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.00933724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.329;QD=1.31669;RBI=0.0301046;REFB=-0.00208391;REVB=-0.0286199;RO=152;SAF=10;SAR=6;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178491;STB=0.633119;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0202021;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:169:169:152:153:16:16:0.0946746:6:10:72:80:6:10:73:80 chr3 75788199 . T C 628.43 PASS AF=0.378947;AO=70;DP=188;FAO=72;FDP=190;FR=.;FRO=118;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00180091;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.998;QD=13.2302;RBI=0.0343692;REFB=-0.0073164;REVB=0.034322;RO=116;SAF=30;SAR=40;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126146;STB=0.578186;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0142621;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:116:118:70:72:0.378947:40:30:63:53:42:30:64:54 chr3 75788217 . G A 49.4 PASS AF=0.0842105;AO=16;DP=190;FAO=16;FDP=190;FR=.;FRO=174;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=83;FSRR=91;FWDB=0.00848316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.559;QD=1.04002;RBI=0.0112065;REFB=-0.00146166;REVB=0.00732264;RO=171;SAF=11;SAR=5;SRF=83;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2339;STB=0.691767;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.01301;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:190:190:171:174:16:16:0.0842105:5:11:83:88:5:11:83:91 chr3 75788226 . CA AG,GG 1553.71 PASS AF=0.380435,0.347826;AO=69,62;DP=183;FAO=70,64;FDP=184;FR=.;FRO=50;FSAF=29,36;FSAR=41,28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00151776,-0.00522577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=219.956,213.83;QD=33.7762;RBI=0.00333463,0.00527951;REFB=-0.011395,-0.00857384;REVB=-0.0029692,-0.000751361;RO=51;SAF=29,36;SAR=40,26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0858974,0.0429741;STB=0.552971,0.509997;STBP=0.203,0.829;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00146817,0.00195552;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:183:184:51:50:69,62:70,64:0.380435,0.347826:40,26:29,36:27:24:41,28:29,36:27:23 chr3 75788230 . C T 162.11 PASS AF=0.169399;AO=31;DP=183;FAO=31;FDP=183;FR=.;FRO=152;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0234444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.156;QD=3.54339;RBI=0.0234445;REFB=0.00406731;REVB=7.52275e-05;RO=151;SAF=14;SAR=17;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832608;STB=0.551059;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0161795;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:151:152:31:31:0.169399:17:14:78:73:17:14:78:74 chr3 75788245 . C T 466.37 PASS AF=0.331461;AO=59;DP=178;FAO=59;FDP=178;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=0.00781594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.169;QD=10.4803;RBI=0.0109852;REFB=-0.00785229;REVB=-0.00771913;RO=118;SAF=34;SAR=25;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137429;STB=0.576245;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0215878;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:118:119:59:59:0.331461:25:34:54:64:25:34:55:64 chr3 75788258 . C A 1389.56 PASS AF=0.716049;AO=116;DP=162;FAO=116;FDP=162;FR=.;FRO=46;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000591433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.314;QD=34.3102;RBI=0.00493443;REFB=0.0076519;REVB=-0.00489886;RO=46;SAF=54;SAR=62;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041425;STB=0.522171;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00322442;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:46:46:116:116:0.716049:62:54:25:21:62:54:25:21 chr3 75788273 . G T 95.92 PASS AF=0.142857;AO=20;DP=140;FAO=20;FDP=140;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.00319757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.437;QD=2.7407;RBI=0.00383107;REFB=-0.0001572;REVB=-0.00211013;RO=112;SAF=7;SAR=13;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126505;STB=0.596056;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00143688;OID=.;OPOS=75788273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:140:140:112:120:20:20:0.142857:13:7:50:62:13:7:55:65 chr3 75788281 . T C 1090.47 PASS AF=0.689394;AO=91;DP=131;FAO=91;FDP=132;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00352449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.791;QD=33.0445;RBI=0.0098794;REFB=-0.000132774;REVB=0.00922933;RO=40;SAF=37;SAR=54;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687335;STB=0.541183;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000180793;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:40:41:91:91:0.689394:54:37:21:19:54:37:22:19 chr3 75788291 . AT AA,GA 692.77 PASS AF=0.247619,0.390476;AO=25,41;DP=108;FAO=26,41;FDP=105;FR=.;FRO=38;FSAF=14,11;FSAR=12,30;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0378106,0.013086;FXX=0.0277752;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=110.201,202.032;QD=26.3911;RBI=0.0394754,0.0130885;REFB=-0.00519427,0.00270266;REVB=0.0113428,-0.000258687;RO=37;SAF=13,11;SAR=12,30;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00677094,-0.234149;STB=0.507241,0.637789;STBP=0.964,0.021;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00280107,9.7115e-05;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:108:105:37:38:25,41:26,41:0.247619,0.390476:12,30:13,11:19:18:12,30:14,11:20:18 chr3 75788314 . T C 128.16 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.00614738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.123;QD=5.45375;RBI=0.0116731;REFB=-0.000394348;REVB=-0.0099232;RO=74;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197032;STB=0.622523;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00177034;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:74:20:20:0.212766:9:11:29:45:9:11:29:45 chr3 75788316 . C T 293.25 PASS AF=0.382022;AO=28;DP=83;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00508754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2368;QD=13.1795;RBI=0.102596;REFB=-0.0330638;REVB=0.10247;RO=55;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221474;STB=0.663933;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0614183;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:55:55:28:34:0.382022:19:9:28:27:25:9:28:27 chr3 75788366 . C A 51.06 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00277906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.578;QD=5.3751;RBI=0.00361047;REFB=-0.00381815;REVB=0.00230485;RO=30;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637082;STB=0.904998;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00620234;OID=.;OPOS=75788366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:1:7:9:21:1:7:9:21 chr3 75790444 . G A 218.45 PASS AF=0.216867;AO=36;DP=163;FAO=36;FDP=166;FR=.;FRO=130;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.0188656;FXX=0.0177504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.791;QD=5.26377;RBI=0.0335108;REFB=-0.00522047;REVB=-0.0276959;RO=126;SAF=18;SAR=18;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301866;STB=0.518062;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0197494;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:126:130:36:36:0.216867:18:18:66:60:18:18:68:62 chr3 75790446 . GG TA 105.56 PASS AF=0.139394;AO=23;DP=169;FAO=23;FDP=165;FR=.;FRO=142;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=-0.0269815;FXX=0.0236672;HRUN=4;LEN=2;MLLD=262.915;QD=2.55907;RBI=0.0273385;REFB=-0.00296021;REVB=-0.00440348;RO=140;SAF=15;SAR=8;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194505;STB=0.638177;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0196668;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:140:142:23:23:0.139394:8:15:70:70:8:15:70:72 chr3 75790466 . G T 131.25 PASS AF=0.153409;AO=27;DP=176;FAO=27;FDP=176;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=78;FWDB=-0.032497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.028;QD=2.98294;RBI=0.0332646;REFB=-0.00359746;REVB=0.00710456;RO=149;SAF=13;SAR=14;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635649;STB=0.504213;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.023505;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:149:149:27:27:0.153409:14:13:71:78:14:13:71:78 chr3 75790479 . C T 1000.93 PASS AF=0.542373;AO=95;DP=176;FAO=96;FDP=177;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0059018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.51;QD=22.62;RBI=0.0113465;REFB=-0.00790039;REVB=-0.00969078;RO=81;SAF=49;SAR=46;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807785;STB=0.54615;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00778205;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:81:81:95:96:0.542373:46:49:34:47:46:50:34:47 chr3 75790513 . T C 2267.47 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289203;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.84;QD=60.8716;RBI=0.0306086;REFB=0;REVB=0.0100249;RO=0;SAF=71;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3494e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:77:71:0:0:77:72:0:0 chr3 75790822 . A G 357.94 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0505943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.658;QD=43.3865;RBI=0.0518086;REFB=-0.0179212;REVB=-0.0111512;RO=5;SAF=19;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249722;STB=0.513504;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00451133;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:9:19:3:2:9:19:3:2 chr3 75986663 . C A 2113.37 PASS AF=0.495349;AO=194;DP=414;FAO=213;FDP=430;FR=.;FRO=217;FSAF=103;FSAR=110;FSRF=105;FSRR=112;FWDB=0.000852314;FXX=0.00232013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.847;QD=19.6593;RBI=0.0279527;REFB=-0.0308882;REVB=0.0279397;RO=217;SAF=100;SAR=94;SRF=105;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303112;STB=0.500153;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0228555;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:430:217:217:194:213:0.495349:94:100:105:112:110:103:105:112 chr3 75986686 . A G 2242.02 PASS AF=0.493304;AO=220;DP=449;FAO=221;FDP=448;FR=.;FRO=227;FSAF=108;FSAR=113;FSRF=107;FSRR=120;FWDB=0.00442291;FXX=0.00222712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5027;QD=20.018;RBI=0.0425874;REFB=-0.0239057;REVB=0.0423571;RO=227;SAF=108;SAR=112;SRF=107;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018123;STB=0.508784;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.030837;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:448:227:227:220:221:0.493304:112:108:107:120:113:108:107:120 chr3 75986695 . G A 231.77 PASS AF=0.127232;AO=57;DP=445;FAO=57;FDP=448;FR=.;FRO=391;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=177;FSRR=214;FWDB=-0.0230304;FXX=0.00222712;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.453;QD=2.06934;RBI=0.0230395;REFB=-0.0064369;REVB=-0.000646373;RO=387;SAF=37;SAR=20;SRF=173;SRR=214;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254634;STB=0.669133;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0411045;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:448:387:391:57:57:0.127232:20:37:173:214:20:37:177:214 chr3 75986717 . G A 313.81 PASS AF=0.151584;AO=67;DP=442;FAO=67;FDP=442;FR=.;FRO=375;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=190;FSRR=185;FWDB=-0.00508672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.76;QD=2.8399;RBI=0.0122422;REFB=-0.00647877;REVB=-0.0111354;RO=375;SAF=26;SAR=41;SRF=190;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153992;STB=0.60111;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0428347;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:442:375:375:67:67:0.151584:41:26:190:185:41:26:190:185 chr3 75986719 . G C 2082.65 PASS AF=0.483796;AO=208;DP=436;FAO=209;FDP=432;FR=.;FRO=223;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=115;FSRR=108;FWDB=-0.0047724;FXX=0.0136983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.743;QD=19.2838;RBI=0.00522095;REFB=-0.00811295;REVB=0.00211721;RO=213;SAF=96;SAR=112;SRF=108;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421075;STB=0.526659;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0050616;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:432:213:223:208:209:0.483796:112:96:108:105:112:97:115:108 chr3 77860987 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8139;QD=60.2302;RBI=0.0205024;REFB=0;REVB=0.00563192;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234217;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 80677187 . T C 682.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.51;QD=62.0752;RBI=0.026928;REFB=0;REVB=0.00358737;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417427;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:27:17:0:0 chr3 81643167 . T C 957.87 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0122787;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6963;QD=54.7352;RBI=0.0137139;REFB=0.00641367;REVB=-0.00610773;RO=3;SAF=32;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042261;STB=0.522381;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000186742;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:35:32:3:0:35:32:3:0 chr3 81698130 . T C 1246.12 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.361;QD=61.5367;RBI=0.00923809;REFB=0;REVB=-0.00137039;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95454e-06;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:42:39:0:0 chr3 81810702 . A AG 628.83 PASS AF=1;AO=59;DP=74;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.2941;QD=39.3021;RBI=0.11001;REFB=0;REVB=0.0943733;RO=15;SAF=24;SAR=35;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00253359;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:74:64:64:0:24:40:0:0:12:15:24:35:7:8 chr3 81810725 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5129;QD=60.9779;RBI=0.0322141;REFB=0;REVB=0.0306781;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038748;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr3 86411414 . G A 417.5 PASS AF=0.625;AO=39;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00143916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.474;QD=26.0937;RBI=0.0231462;REFB=-0.0249876;REVB=-0.0231014;RO=24;SAF=24;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169142;STB=0.584863;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0190705;OID=.;OPOS=86411414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:39:40:0.625:15:24:9:15:16:24:9:15 chr3 86411485 . A G 129.36 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0183007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.291;QD=12.9361;RBI=0.0281074;REFB=-0.015056;REVB=0.0213333;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251641;STB=0.646868;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0294507;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:16:9:9:6:16:9 chr3 86411527 . G A 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0317784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.615;QD=22.9536;RBI=0.0615259;REFB=-0.00979627;REVB=-0.0526837;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0106225;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:4:7:7:9:4:7 chr3 86995839 . T TC 116.45 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0523612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.4325;QD=16.0626;RBI=0.0523834;REFB=0.0388315;REVB=0.00152458;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677684;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=ins;VARB=-0.0246843;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:15:29:16:29:13:8:8:8:5:83:13:8:7:8:5 chr3 87276699 . C T 583.59 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0229675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.629;QD=19.2923;RBI=0.0231879;REFB=-0.0122364;REVB=-0.00318916;RO=60;SAF=34;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457607;STB=0.521465;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0134978;OID=.;OPOS=87276699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:26:34:31:29:26:34:32:29 chr3 87295049 . T C 1190.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.416;QD=61.0473;RBI=0.013947;REFB=0;REVB=0.0127609;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20059e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:55:23:0:0:55:23:0:0 chr3 87299075 . A C 197.63 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0192712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7681;QD=18.8218;RBI=0.0823276;REFB=0.00579877;REVB=0.0800404;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00270437;OID=.;OPOS=87299075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:11:11:10:10:11:11 chr3 87304561 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0136401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.987;QD=15.4716;RBI=0.0163028;REFB=0.00198385;REVB=-0.00892917;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.591774;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0024558;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:17:19:18:31:17:19:18:31 chr3 88041650 . G A 483.65 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=155;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00628389;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.802;QD=12.5624;RBI=0.0153688;REFB=0.000578448;REVB=-0.0140254;RO=96;SAF=36;SAR=22;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190892;STB=0.608345;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00114466;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:96:96:58:58:0.376623:22:36:43:53:22:36:43:53 chr3 88101694 . G T 2437.73 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-7.47244e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5076;QD=60.5647;RBI=0.00112309;REFB=0.0533787;REVB=0.0011206;RO=1;SAF=64;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493089;STB=0.50259;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=2.40645e-06;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:96:64:0:1:96:64:0:1 chr3 88105264 . A C 2208.76 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100421;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.171;QD=61.7834;RBI=0.0107263;REFB=-0.128437;REVB=-0.00376972;RO=0;SAF=86;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50173;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-3.80823e-05;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:143:0:2:140:141:0.986014:54:86:0:0:54:87:1:1 chr3 88105818 . T C 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2607;QD=59.4195;RBI=0.0622103;REFB=0;REVB=0.0179304;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163956;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 491.07 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=30,5;DP=35;FAO=30,4;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989704,0.0176497;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=264.6,71.0322;QD=57.7724;RBI=0.0107852,0.0193319;REFB=0,0;REVB=0.00428604,0.00788723;RO=0;SAF=15,1;SAR=15,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0055684,0.00517725;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.882353,0.117647:30,5:35:30,4:34:0:15,1:15,3:0:0:20:0:15,1:15,4:0:0 chr3 88189341 . T C 1138.91 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0298624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4248;QD=59.1644;RBI=0.0395762;REFB=-0.0493371;REVB=0.0259714;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00049902;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:38:38:0:0:38:38:0:1 chr3 88190768 . C A 728.38 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.881;QD=63.3372;RBI=0.0354354;REFB=0;REVB=0.00956753;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112918;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:18:28:0:0 chr3 88190809 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.831;QD=60.3766;RBI=0.0210033;REFB=0;REVB=0.000991945;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86893e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:22:52:0:0:22:52:0:0 chr3 88191143 . AA GT 528.58 PASS AF=0.974359;AO=6;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106625;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=97.3477;QD=54.2128;RBI=0.177233;REFB=-0.1988;REVB=0.141573;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.286;TYPE=mnp;VARB=0.0122626;OID=.;OPOS=88191143;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:6:38:0.974359:2:4:0:0:13:25:0:1 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 507.24 PASS AF=0,1;AO=19,26;DP=50;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156604,-0.00659929;FXX=0.059988;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=194.845,20.2172;QD=43.1692;RBI=0.0320796,0.191723;REFB=0,0;REVB=0.0279974,-0.19161;RO=0;SAF=5,19;SAR=14,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.63811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0260276,-0.00555684;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:19,26:50:0,47:47:0:0,26:0,21:0:0:10:0:5,19:14,7:0:0 chr3 88192423 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.767;QD=62.0207;RBI=0.0362586;REFB=0;REVB=0.0160129;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033279;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 88192484 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.084;QD=63.8688;RBI=0.0770671;REFB=0;REVB=-0.0159482;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380428;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr3 88193268 . G A 727.07 PASS AF=0.522059;AO=68;DP=135;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0828032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9149;QD=21.3844;RBI=0.0878866;REFB=-0.0117219;REVB=0.0294567;RO=65;SAF=25;SAR=43;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101091;STB=0.555299;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0119883;OID=.;OPOS=88193268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:65:65:68:71:0.522059:43:25:31:34:45:26:31:34 chr3 88199298 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.946;QD=57.6807;RBI=0.0142673;REFB=0;REVB=0.0137536;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70896e-05;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr3 89521664 . G A 512.09 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0126664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.491;QD=19.6957;RBI=0.0133345;REFB=-0.00571856;REVB=-0.00416797;RO=51;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507643;STB=0.52803;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00341704;OID=.;OPOS=89521664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:29:24:26:25:29:24:26:25 chr3 89521693 . T C 583.6 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00339663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.423;QD=20.8427;RBI=0.00513269;REFB=0.000950496;REVB=-0.00384804;RO=53;SAF=23;SAR=36;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105268;STB=0.557947;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000823374;OID=.;OPOS=89521693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:36:23:27:26:36:23:27:26 chr3 93780109 . G C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0027744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.321;QD=13.2877;RBI=0.0106901;REFB=-0.00439505;REVB=-0.0103238;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578801;STB=0.503309;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00643537;OID=.;OPOS=93780109;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:12:15:23:18:12:15:23:18 chr3 96327750 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0162087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.023;QD=23.2362;RBI=0.020275;REFB=-0.00295769;REVB=0.0121801;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10519;STB=0.55876;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00251842;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:4:9:10:8:4:9 chr3 96963004 . C T 539.84 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00249695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.096;QD=24.5381;RBI=0.00596024;REFB=-0.0098687;REVB=-0.005412;RO=38;SAF=21;SAR=29;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125649;STB=0.568859;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00940275;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:29:21:22:16:29:21:22:16 chr3 97194242 . C T 506.39 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0214689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.689;QD=19.1091;RBI=0.0224521;REFB=0.00551256;REVB=-0.00657149;RO=53;SAF=26;SAR=27;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00575043;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:27:26:26:27:27:26:26:27 chr3 97365038 . G A 2315.6 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00882148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.718;QD=63.0096;RBI=0.0148869;REFB=-0.054281;REVB=0.0119918;RO=1;SAF=85;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556257;STB=0.502924;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000546815;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:61:85:1:0:61:85:1:0 chr3 97365074 . A G 2073.74 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6013;QD=62.3681;RBI=0.0373062;REFB=0;REVB=0.0229657;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154267;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:58:74:0:0:58:75:0:0 chr3 97591153 . C T 381.46 PASS AF=0.596774;AO=35;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00151872;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.404;QD=24.6105;RBI=0.00797595;REFB=-0.019811;REVB=0.00783002;RO=26;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282342;STB=0.529515;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0137345;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:25:35:37:0.596774:24:11:9:17:26:11:9:16 chr3 97593380 . G A 282.43 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0258708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.007;QD=12.4143;RBI=0.0271255;REFB=0.00221674;REVB=0.00815445;RO=58;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.518152;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00407111;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:19:14:23:35:19:14:23:35 chr3 97593485 . C T 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0355894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.925;QD=31.5143;RBI=0.0356463;REFB=-0.00726342;REVB=-0.00201335;RO=10;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257695;STB=0.642721;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00430311;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:18:5:6:4:18:5:6:4 chr3 97607290 . G A 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0225809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.148;QD=17.067;RBI=0.0227459;REFB=-0.0166535;REVB=-0.00273532;RO=46;SAF=11;SAR=27;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15865;STB=0.589387;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0160114;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:27:11:20:26:27:11:20:26 chr3 97660084 . C T 246.57 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00140932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.63;QD=15.9077;RBI=0.00525694;REFB=-0.00824995;REVB=-0.00506451;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199214;STB=0.612594;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0121973;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:18:10:19:15:18:10:19:15 chr3 97660106 . A C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0622123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.695;QD=18.9487;RBI=0.0622125;REFB=-0.0201835;REVB=-0.000172856;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240504;STB=0.649577;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0315463;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:27:28:28:0.509091:11:17:8:17:11:17:8:19 chr3 97664725 . C T 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0341044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.815;QD=16.9229;RBI=0.0341464;REFB=0.00294826;REVB=0.00169216;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920055;STB=0.551693;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00247695;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:21:13:19:21:21:13:19:21 chr3 97673268 . A C 1718.45 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797842;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.724;QD=60.83;RBI=0.0102849;REFB=0;REVB=0.00649027;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13216e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr3 97726747 . T A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.584;QD=62.4654;RBI=0.0144201;REFB=0;REVB=0.0120786;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15382e-06;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr3 97806616 . G A 182.13 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.043942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3428;QD=11.5639;RBI=0.0439766;REFB=-0.012027;REVB=-0.00174416;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32447;STB=0.687173;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0157055;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:15:8:26:14:15:8:26:14 chr3 98001777 . G C 470.43 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00282466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.951;QD=20.6782;RBI=0.0134793;REFB=-0.00153934;REVB=-0.01318;RO=45;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127529;STB=0.57058;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00202369;OID=.;OPOS=98001777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:20:26:19:26:20:26:19:26 chr3 98002419 . A G 280.31 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00104501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.216;QD=16.7349;RBI=0.0151504;REFB=0.00941196;REVB=0.0151143;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205261;STB=0.615696;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00513875;OID=.;OPOS=98002419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:10:21:17:19:10:21:17:19 chr3 98002587 . A G 327.95 PASS AF=0.472973;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00839466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.987;QD=17.7271;RBI=0.0187648;REFB=-0.00108121;REVB=0.0167823;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319116;STB=0.521727;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00174578;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:33:35:0.472973:12:21:26:13:13:22:26:13 chr3 98073313 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00460518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.051;QD=16.2723;RBI=0.0176433;REFB=-0.00387337;REVB=-0.0170317;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464098;STB=0.518146;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00529685;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:15:17:22:16:15:17:22:17 chr3 98109640 . G A 646.17 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.000918425;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.409;QD=16.7836;RBI=0.0170319;REFB=-0.00054933;REVB=-0.0170071;RO=83;SAF=34;SAR=36;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086467;STB=0.544291;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000759866;OID=.;OPOS=98109640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:83:84:70:70:0.454545:36:34:33:50:36:34:34:50 chr3 98304467 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.837;QD=60.6097;RBI=0.0136359;REFB=0;REVB=0.0113816;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0159e-05;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 98307696 . T G 1149.88 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0460319;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.311;QD=57.4938;RBI=0.0460359;REFB=-0.0336956;REVB=-0.000604406;RO=3;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318772;STB=0.511108;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00773107;OID=.;OPOS=98307696;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:3:2:77:78:0.975:43:34:0:3:44:34:0:2 chr3 98540982 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.424;QD=64.4154;RBI=0.0114196;REFB=0;REVB=0.000370617;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28696e-05;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr3 98541012 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.179;QD=57.2369;RBI=0.0291335;REFB=0;REVB=-0.016931;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55788e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr3 98541116 . G A 683.05 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00669957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0587;QD=52.5425;RBI=0.0144744;REFB=-0.175165;REVB=0.0128305;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503998;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00839425;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:20:30:0:0:20:30:1:1 chr3 99643176 . C T 437.88 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0120917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.04;QD=15.6386;RBI=0.0138013;REFB=-0.00395928;REVB=-0.00665329;RO=63;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705111;STB=0.539482;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00539419;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:26:23:34:29:26:23:34:29 chr3 99860401 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0224689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1863;QD=22.9242;RBI=0.0350213;REFB=0.0122824;REVB=-0.0268634;RO=25;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000917176;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0188909;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:15:19:14:11:15:19:14:11 chr3 100084432 . G A 1532.88 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124076;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.263;QD=63.8701;RBI=0.0242432;REFB=0;REVB=0.0208275;RO=0;SAF=68;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61325e-05;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:28:68:0:0:28:68:0:0 chr3 100170628 . A G 138.82 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00993216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1066;QD=12.0711;RBI=0.0314191;REFB=-0.00051716;REVB=0.029808;RO=30;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615746;STB=0.864698;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00175053;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:2:14:10:20:2:14:10:20 chr3 100170634 . T C 114.25 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0241882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5901;QD=10.1556;RBI=0.0426751;REFB=-0.00549633;REVB=0.0351582;RO=30;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595462;STB=0.86199;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0125556;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:2:12:10:20:2:12:10:21 chr3 100174722 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.007;QD=61.3363;RBI=0.040279;REFB=0;REVB=0.0389913;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151661;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 100277250 . C T 213.97 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0408793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4815;QD=14.7565;RBI=0.0515562;REFB=-0.0424132;REVB=0.0314154;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320754;STB=0.701043;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0494758;OID=.;OPOS=100277250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:33:25:25:0.431034:9:16:9:21:9:16:9:24 chr3 100374740 . T C 1079.96 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7095;QD=59.9977;RBI=0.0757387;REFB=0;REVB=0.0386759;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686377;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr3 100467018 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.086;QD=51.1846;RBI=0.0413343;REFB=0;REVB=0.0354211;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230683;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 713.23 PASS AF=0.9;AO=54;DP=62;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00209081;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=4;MLLD=302.302;QD=47.5489;RBI=0.0160696;REFB=-0.0041446;REVB=0.015933;RO=6;SAF=30;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420214;STB=0.52238;STBP=0.328;TYPE=ins;VARB=0.000286514;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:54:62:54:60:6:30:24:2:4:28:6:30:24:2:4 chr3 100539887 . C T 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0175478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.681;QD=20.5121;RBI=0.0300514;REFB=-0.00897717;REVB=-0.0243959;RO=47;SAF=19;SAR=28;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812921;STB=0.544914;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00923446;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:28:19:15:32:28:19:15:32 chr3 100558416 . T C 691.55 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0260008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.332;QD=27.9415;RBI=0.0275953;REFB=-0.0102037;REVB=-0.00924444;RO=39;SAF=32;SAR=28;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334709;STB=0.518213;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0066763;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:39:60:60:0.606061:28:32:19:20:28:32:19:20 chr3 100558913 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00800599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.574;QD=19.44;RBI=0.0669197;REFB=0.00642598;REVB=-0.0664391;RO=29;SAF=28;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310563;STB=0.676783;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0042044;OID=.;OPOS=100558913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:3:28:21:8:3:28:21:8 chr3 100617680 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.364;QD=64.2852;RBI=0.0282283;REFB=0;REVB=0.00607055;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62562e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr3 100712249 . T C 584.83 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00637709;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.259;QD=19.1748;RBI=0.029554;REFB=-0.00883891;REVB=-0.0288578;RO=58;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445382;STB=0.525958;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0110888;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:58:62:60:60:0.491803:34:26:28:30:34:26:30:32 chr3 100949842 . G A 1157.38 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5159;QD=59.3527;RBI=0.018395;REFB=-0.180429;REVB=-0.0124726;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00304767;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:41:36:0:0:41:36:1:0 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA 179.03 PASS AF=0.0705882,0.341176,0.105882;AO=10,18,12;DP=94;FAO=6,29,9;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=3,13,6;FSAR=3,16,3;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0232203,0.0155263,0.0808923;FXX=0.0449388;HRUN=7,7,7;LEN=3,2,1;MLLD=21.8887,14.9522,8.79382;QD=8.4249;RBI=0.0461696,0.0704296,0.0979284;REFB=-0.0716851,-0.108481,-0.136872;REVB=-0.0399055,-0.0686969,-0.0551943;RO=33;SAF=4,8,10;SAR=6,10,2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.20955,-0.144127,0.368812;STB=0.616653,0.607523,0.529345;STBP=0.572,0.156,0.877;TYPE=del,del,del;VARB=0.0102473,0.110707,0.164458;OID=.,.,.;OPOS=101044310,101044311,101044305;OREF=TTA,TA,T;OALT=-,-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0705882,0.341176,0.105882:10,18,12:94:6,29,9:85:41:3,13,6:3,16,3:26:15:69:33:4,8,10:6,10,2:19:14 chr3 101066717 . T A 205.06 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0397375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6302;QD=15.7735;RBI=0.0411706;REFB=-0.030618;REVB=-0.010768;RO=29;SAF=19;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372896;STB=0.715269;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.035403;OID=.;OPOS=101066717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:4:19:15:14:4:19:15:14 chr3 101283792 . C G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00150577;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.396;QD=22.3412;RBI=0.022159;REFB=0.00704692;REVB=-0.0221078;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.571352;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00395042;OID=.;OPOS=101283792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:4:10:10:8:4:10 chr3 101298713 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000554157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.617;QD=23.6744;RBI=0.00213392;REFB=-0.0326119;REVB=-0.0020607;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.53122;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0379095;OID=.;OPOS=101298713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:16:21:21:0.567568:12:9:8:6:12:9:8:8 chr3 101298765 . A G 127.88 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0195743;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.617;QD=18.9446;RBI=0.024974;REFB=-0.0357041;REVB=0.0155096;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.595095;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0205363;OID=.;OPOS=101298765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:13:14:0.518519:9:4:6:7:10:4:6:7 chr3 101334753 . C A 687.85 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.484;QD=62.5315;RBI=0.0278193;REFB=0;REVB=0.0141364;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25982e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr3 101484335 . G A 2307.22 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.050822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8896;QD=61.5259;RBI=0.0534352;REFB=-0.0406438;REVB=-0.0165059;RO=2;SAF=73;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.68088e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113712;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:149:150:2:2:147:148:0.986667:74:73:1:1:74:74:1:1 chr3 101674012 . G A 117.41 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0817512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.598;QD=21.3478;RBI=0.0832714;REFB=-0.0195366;REVB=0.0158391;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.627399;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0157264;OID=.;OPOS=101674012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:2:7:6:7:2:7 chr3 103879569 . G A 1429.01 PASS AF=0.435159;AO=149;DP=345;FAO=151;FDP=347;FR=.;FRO=196;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=92;FSRR=104;FWDB=0.0246595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.107;QD=16.4727;RBI=0.0297477;REFB=-0.013989;REVB=-0.0166383;RO=193;SAF=66;SAR=83;SRF=90;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239989;STB=0.510846;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0145968;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:347:193:196:149:151:0.435159:83:66:90:103:83:68:92:104 chr3 103879599 . T A 323.58 PASS AF=0.327273;AO=11;DP=90;FAO=36;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00901115;FXX=0.0677909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.015;QD=11.7665;RBI=0.0309993;REFB=-0.0155234;REVB=0.0296606;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593233;STB=0.871522;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0791554;OID=.;OPOS=103879599;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:110:39:55:11:36:0.327273:10:1:21:18:34:2:24:31 chr3 105260596 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.488;QD=60.5473;RBI=0.0201686;REFB=0;REVB=0.0156069;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99562e-06;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:53:22:0:0:53:22:0:0 chr3 105294502 . G A 491.1 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0156037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.912;QD=17.2314;RBI=0.017166;REFB=0.00562599;REVB=-0.0071553;RO=61;SAF=18;SAR=35;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153692;STB=0.585741;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00735939;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:35:18:30:31:35:18:30:31 chr3 105377515 . C T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0114917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.456;QD=27.2319;RBI=0.013097;REFB=-0.010397;REVB=-0.00628265;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904628;STB=0.549962;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.025775;OID=.;OPOS=105377515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:7:10:12:14:7:10 chr3 105389153 . A G 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00905886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.931;QD=19.1893;RBI=0.0113951;REFB=-0.00608798;REVB=0.00691275;RO=49;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121015;STB=0.567332;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00564161;OID=.;OPOS=105389153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:19:26:22:27:19:26:22:27 chr3 105422844 . C T 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0302272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.505;QD=21.2772;RBI=0.0323035;REFB=-0.0107537;REVB=-0.0113946;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085034;STB=0.546961;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00709492;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:20:14:20:19:20:14 chr3 105438957 . T G 716.67 PASS AF=0.445087;AO=76;DP=172;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0172084;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.539;QD=16.5704;RBI=0.0249836;REFB=-0.0126833;REVB=-0.0181122;RO=94;SAF=44;SAR=32;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110778;STB=0.558906;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0294869;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:94:96:76:77:0.445087:32:44:44:50:32:45:46:50 chr3 105439026 . G A 618.19 PASS AF=0.409357;AO=70;DP=171;FAO=70;FDP=171;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.00611209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.567;QD=14.4606;RBI=0.00977909;REFB=-0.00409773;REVB=0.00763368;RO=99;SAF=35;SAR=35;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686383;STB=0.538001;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00624942;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:99:101:70:70:0.409357:35:35:43:56:35:35:44:57 chr3 106613060 . T G 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00510139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5596;QD=16.0922;RBI=0.0457501;REFB=0.0234543;REVB=-0.0454647;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418904;STB=0.502359;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0291938;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:21:17:14:17:21:17 chr3 106617500 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.159;QD=59.4357;RBI=0.0422291;REFB=0;REVB=-0.0089485;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4908e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr3 107096547 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.316;QD=62.022;RBI=0.020891;REFB=0;REVB=0.00378864;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95788e-05;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr3 107646728 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.08;QD=58.142;RBI=0.0546141;REFB=0;REVB=0.0489706;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228259;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 107646807 . G T 289.89 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0289345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.482;QD=19.0092;RBI=0.0305225;REFB=-0.0167622;REVB=0.00971688;RO=29;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20444;STB=0.622238;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0160136;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:11:20:12:17:11:20:12:18 chr3 107646895 . T C 210.78 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0153475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0427;QD=14.0517;RBI=0.0780846;REFB=-0.00286066;REVB=-0.0765614;RO=35;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336319;STB=0.693266;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00146391;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:6:19:16:19:6:19:16:19 chr3 107765249 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0111419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.267;QD=13.7202;RBI=0.0700412;REFB=0.00258163;REVB=-0.0691493;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626648;STB=0.529838;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0062009;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:18:13:22:24:18:13:22:25 chr3 107765392 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0139434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0927;QD=16.0335;RBI=0.0271961;REFB=-0.0118438;REVB=0.0233497;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261118;STB=0.64985;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00902533;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:13:7:17:11:13:7:17:11 chr3 107884269 . A G 491.1 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0230395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.116;QD=17.2314;RBI=0.0455126;REFB=0.00451579;REVB=0.0392502;RO=61;SAF=24;SAR=29;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131486;STB=0.573095;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00618406;OID=.;OPOS=107884269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:29:24:36:25:29:24:36:25 chr3 107937408 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0182272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.845;QD=13.0148;RBI=0.0210684;REFB=0.0098859;REVB=0.0105663;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119186;STB=0.568897;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0163042;OID=.;OPOS=107937408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:14:18:9:11:14:18 chr3 108072298 . T C 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.392;QD=63.4756;RBI=0.00290433;REFB=0;REVB=-0.000363555;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61037e-06;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr3 108081217 . C A 517.18 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.714;QD=59.1063;RBI=0.0255137;REFB=0;REVB=0.0248323;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245442;OID=.;OPOS=108081217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:22:9:0:0:25:10:0:0 chr3 108096098 . C G 1499.17 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194634;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.859;QD=63.7944;RBI=0.0233872;REFB=0;REVB=-0.0129668;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33945e-05;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:57:37:0:0:57:37:0:0 chr3 108100429 . G A 359.75 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0170616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9219;QD=13.8366;RBI=0.0272276;REFB=-0.0221481;REVB=-0.0212189;RO=62;SAF=15;SAR=27;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171827;STB=0.59741;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0309731;OID=.;OPOS=108100429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:27:15:32:30:27:15:32:30 chr3 108135680 . C T 601.02 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0158949;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.203;QD=25.8505;RBI=0.0161126;REFB=-0.0163916;REVB=0.00263935;RO=38;SAF=34;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218556;STB=0.624554;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0133213;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:38:39:54:54:0.580645:20:34:13:25:20:34:13:26 chr3 108159977 . G A 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0373858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.243;QD=25.8961;RBI=0.0402305;REFB=-0.0238111;REVB=-0.0148591;RO=21;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889643;STB=0.549108;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0256075;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:17:11:6:15:17:11:6:15 chr3 108298260 . C T 171.09 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0191337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.536;QD=12.4431;RBI=0.0192111;REFB=-0.0142572;REVB=0.00172329;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693522;STB=0.540032;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0200256;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:14:20:11:10:14:20 chr3 108403086 . T C 1890.53 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.481;QD=61.4808;RBI=0.0434328;REFB=0;REVB=0.00419027;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37055e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:123:0:0:116:123:1:59:57:0:0:59:64:0:0 chr3 108557820 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.745;QD=56.9568;RBI=0.00580187;REFB=0;REVB=0.000834782;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35224e-05;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr3 108703587 . C T 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6099;QD=59.3213;RBI=0.028426;REFB=0;REVB=0.0274024;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116706;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr3 108754238 . A T 1213.18 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.107;QD=59.9103;RBI=0.0181391;REFB=-0.185961;REVB=-0.00570876;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.505049;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000278198;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:49:31:0:0:49:31:0:1 chr3 108867128 . A G 1419.27 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3234;QD=61.7073;RBI=0.0568551;REFB=0.0372215;REVB=-0.0557756;RO=1;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796745;STB=0.504201;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00936687;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:59:32:0:1:59:32:0:1 chr3 109052732 . T C 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.708;QD=62.7614;RBI=0.006954;REFB=0;REVB=0.00603023;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84008e-06;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr3 109136653 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00197149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.38;QD=14.1699;RBI=0.00541591;REFB=-0.00611747;REVB=-0.00504434;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234457;STB=0.636111;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00627523;OID=.;OPOS=109136653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:3:9:5:5:3:9 chr3 109178707 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.279;QD=62.3509;RBI=0.0385163;REFB=0;REVB=-0.0221854;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83281e-05;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 109178758 . C T 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6982;QD=58.9937;RBI=0.0607361;REFB=0;REVB=0.052524;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224041;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr3 110611137 . G A 618.56 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5427;QD=60.3476;RBI=0.0925894;REFB=0;REVB=-0.0869222;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900292;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:15:24:0:0:15:26:0:0 chr3 110793050 . G A 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.934;QD=59.8286;RBI=0.0199506;REFB=0;REVB=0.0164256;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2765e-05;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr3 110866337 . T C 737.76 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0250356;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4036;QD=22.1883;RBI=0.0265436;REFB=-0.0400594;REVB=0.00881933;RO=60;SAF=33;SAR=38;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973571;STB=0.551872;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0364368;OID=.;OPOS=110866337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:60:62:71:71:0.533835:38:33:21:39:38:33:22:40 chr3 111298145 . A G 419.38 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0132625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8603;QD=20.211;RBI=0.01622;REFB=-0.0386543;REVB=0.00933781;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377038;STB=0.520875;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0371954;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:26:16:14:27:26:16:14:27 chr3 111313457 . T C 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4268;QD=64.409;RBI=0.0657609;REFB=0;REVB=-0.0635756;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719769;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr3 111313854 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.912;QD=55.0985;RBI=0.0446443;REFB=0;REVB=0.0174174;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049533;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr3 111356082 . CG C,CC 2053.81 PASS AF=0.0671642,0.932836;AO=31,101;DP=134;FAO=9,125;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=6,60;FSAR=3,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347918,0.0694095;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.9499,86.5752;QD=61.3076;RBI=0.0355893,0.0695422;REFB=0,0;REVB=-0.00749168,0.00429349;RO=0;SAF=22,43;SAR=9,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.15349e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00624992,0.0159196;OID=.,.;OPOS=111356083,111356083;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0671642,0.932836:31,101:134:9,125:134:0:6,60:3,65:0:0:12:0:22,43:9,58:0:0 chr3 111604541 . G C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.39;QD=61.8145;RBI=0.0198573;REFB=-0.0869526;REVB=-0.0127612;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000514001;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:1:0:21:28:1:0 chr3 111677526 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.495;QD=57.1044;RBI=0.0397758;REFB=0;REVB=-0.038479;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99528e-05;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr3 111694438 . T C 1501.0 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283261;FXX=0.0476145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.798;QD=60.0398;RBI=0.031771;REFB=0;REVB=0.0143886;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820647;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr3 111732608 . G A 546.64 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0400178;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.367;QD=16.6912;RBI=0.0408274;REFB=-0.00624564;REVB=-0.00809042;RO=73;SAF=23;SAR=35;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165476;STB=0.592404;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00827998;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:58:58:0.442748:35:23:41:32:35:23:41:32 chr3 111760771 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.57;QD=60.7162;RBI=0.00755998;REFB=0;REVB=0.00674806;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21052e-05;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr3 111765834 . G A 454.33 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00805631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.991;QD=55.0698;RBI=0.0119463;REFB=-0.106091;REVB=0.00882099;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00157474;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:31:32:0.969697:15:16:0:0:16:16:1:0 chr3 111799845 . A T 4396.28 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442247;FXX=0.0035841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8698;QD=63.2558;RBI=0.0442527;REFB=0;REVB=-0.00157393;RO=0;SAF=122;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46223e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146747;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:278:0:0:278:278:1:156:122:0:0:156:122:0:0 chr3 111828423 . G A 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.307;QD=58.5352;RBI=0.0343208;REFB=-0.0169463;REVB=0.00628118;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000250197;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:1:0:54:48:1:0 chr3 111918215 . CA CG,TG 1008.02 PASS AF=0.492754,0.507246;AO=34,35;DP=75;FAO=34,35;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=18,16;FSAR=16,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935695,0.00650945;FXX=0.0799893;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=144.063,217.144;QD=58.4358;RBI=0.00963123,0.0205682;REFB=0,0;REVB=-0.00228211,0.0195109;RO=0;SAF=18,16;SAR=16,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00561275,-0.00136642;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:69:0:0:34,35:34,35:0.492754,0.507246:16,19:18,16:0:0:16,19:18,16:0:0 chr3 111921116 . C A 658.56 PASS AF=0.511628;AO=63;DP=126;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0105822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8582;QD=20.4204;RBI=0.0151878;REFB=-0.0282882;REVB=0.0108943;RO=63;SAF=29;SAR=34;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144914;STB=0.504977;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0250738;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:63:63:63:66:0.511628:34:29:28:35:36:30:28:35 chr3 111921225 . G T 849.77 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.356;QD=57.6119;RBI=0.0357986;REFB=0;REVB=0.0307012;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46273e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:30:26:0:0:33:26:0:0 chr3 111923123 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.151;QD=56.9377;RBI=0.0129412;REFB=0;REVB=-0.0121713;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29452e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr3 111962851 . T C 434.53 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.00752723;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.966;QD=15.114;RBI=0.0185475;REFB=0.000795648;REVB=0.0169514;RO=66;SAF=18;SAR=31;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408423;STB=0.502293;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00071472;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:66:49:49:0.426087:31:18:24:42:31:18:24:42 chr3 111981849 . C T 712.21 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0808852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5685;QD=54.7855;RBI=0.105681;REFB=-0.134975;REVB=0.0680155;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00611742;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:51:51:0.980769:21:30:1:0:21:30:1:0 chr3 111981878 . T C 747.51 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.779;QD=63.6182;RBI=0.050355;REFB=0;REVB=0.0320306;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260439;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr3 111981924 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.412;QD=58.5877;RBI=0.00995834;REFB=0;REVB=-0.00939358;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.444e-05;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr3 111985107 . T C 1244.3 PASS AF=0.52381;AO=120;DP=230;FAO=121;FDP=231;FR=.;FRO=110;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.000387544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.546;QD=21.5463;RBI=0.00711046;REFB=-0.00511789;REVB=0.00709989;RO=109;SAF=57;SAR=63;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980211;STB=0.505516;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00479898;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:109:110:120:121:0.52381:63:57:53:56:63:58:54:56 chr3 111996554 . T C 196.87 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00814807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.318;QD=12.9093;RBI=0.0324064;REFB=-0.0239767;REVB=0.0313654;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460265;STB=0.52644;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.033138;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:20:17:10:14:20:17 chr3 112059768 . C G 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.1;QD=60.8517;RBI=0.0141679;REFB=0.159137;REVB=0.00609279;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=5.19137e-05;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:0:1:28:18:0:1 chr3 112066562 . G A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00514208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.511;QD=15.3052;RBI=0.0153453;REFB=-0.0104198;REVB=0.0144581;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101083;STB=0.545159;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00863724;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:17:12:20:19:17:13:20:19 chr3 112081560 . T A,TTA 1519.3 PASS AF=0,0.938053;AO=7,96;DP=147;FAO=0,106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=0,51;FSAR=0,55;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0060143,0.041557;FXX=0.0583285;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=141.2,179.202;QD=53.7805;RBI=0.0706878,0.0875442;REFB=-0.116178,-0.151229;REVB=0.0704315,0.077052;RO=35;SAF=6,47;SAR=1,49;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.493458,0.0162063;STB=0.5,0.514445;STBP=1,0.218;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00705623;OID=.,.;OPOS=112081560,112081561;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:147:113:35:7:7,96:0,106:0,0.938053:1,49:6,47:16:19:0,55:0,51:5:2 chr3 112185025 . G A 1051.21 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.02;QD=59.223;RBI=0.0262493;REFB=0;REVB=0.00622794;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75486e-05;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:28:41:0:0:29:42:0:0 chr3 112190137 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000156455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.949;QD=57.7124;RBI=0.0481224;REFB=0;REVB=0.0481222;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118032;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr3 112546473 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.657;QD=61.213;RBI=0.00526849;REFB=0;REVB=0.0046023;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32837e-06;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:54:25:0:0:54:25:0:0 chr3 112642568 . C G 1695.23 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1557;QD=60.5438;RBI=0.0333883;REFB=0;REVB=-0.0332389;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173549;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr3 112647832 . A C 773.12 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8818;QD=63.1118;RBI=0.0173924;REFB=0;REVB=0.0102095;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004838;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:34:15:0:0 chr3 112647988 . C T 976.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00063575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.731;QD=57.4334;RBI=0.00870547;REFB=0.00940314;REVB=-0.00868223;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-1.79931e-05;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:1:0:29:38:1:0 chr3 112648125 . G T 1028.87 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0187037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.411;QD=57.1594;RBI=0.0209359;REFB=0.0355827;REVB=0.00940645;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000140396;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:2:1:70:71:0.986111:39:31:2:0:39:32:1:0 chr3 112648127 . T G 896.81 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131759;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.616;QD=51.2461;RBI=0.17267;REFB=0;REVB=0.1116;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0067792;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr3 112648222 . T C 1520.81 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0356359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5262;QD=61.447;RBI=0.036954;REFB=-0.0565591;REVB=0.00978171;RO=2;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152952;STB=0.508063;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00495305;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:61:36:0:2:61:36:0:2 chr3 112710381 . T C 806.63 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.705;QD=56.6052;RBI=0.0857174;REFB=0;REVB=0.0189705;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174614;OID=.;OPOS=112710381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:36:21:0:0 chr3 112724661 . T C 1599.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.745;QD=59.2435;RBI=0.0154726;REFB=0;REVB=0.00511531;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14068e-05;OID=.;OPOS=112724661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:103:108:1:41:62:0:0:41:67:0:0 chr3 112727199 . G A 958.49 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7539;QD=57.2231;RBI=0.0135436;REFB=0.0204202;REVB=0.00522403;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00403715;OID=.;OPOS=112727199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:1:0:37:29:1:0 chr3 112935113 . G C 207.35 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0508427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4126;QD=11.2082;RBI=0.0542455;REFB=-0.019872;REVB=0.0189101;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154637;STB=0.589951;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0410531;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:17:9:23:25:17:9:23:25 chr3 112935138 . C G 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00760654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.156;QD=11.2835;RBI=0.0306815;REFB=-0.00735967;REVB=-0.0297236;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111163;STB=0.560394;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0133592;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:50:27:27:0.350649:17:10:22:25:17:10:23:27 chr3 112991312 . C T 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00707102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.182;QD=13.504;RBI=0.00790389;REFB=-0.01465;REVB=-0.00353158;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190811;STB=0.613822;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0388885;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:5:12:10:2:5:12 chr3 112991959 . C T 365.81 PASS AF=0.401869;AO=44;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0127903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.8848;QD=13.6753;RBI=0.0188505;REFB=-0.00245797;REVB=0.0138473;RO=62;SAF=12;SAR=32;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19059;STB=0.634539;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00536508;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:64:44:43:0.401869:32:12:27:35:32:11:29:35 chr3 112993367 . G A 401.9 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.077328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.835;QD=14.7485;RBI=0.0782247;REFB=-0.0024423;REVB=-0.0118104;RO=62;SAF=22;SAR=24;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212475;STB=0.621922;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00407343;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:63:46:46:0.422018:24:22:17:45:24:22:17:46 chr3 112997554 . A G 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6044;QD=59.673;RBI=0.0552464;REFB=0;REVB=-0.0480881;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074536;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr3 112998265 . A G 610.37 PASS AF=0.539823;AO=44;DP=114;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.000892227;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.796;QD=21.606;RBI=0.000901101;REFB=0.00194342;REVB=-0.000126147;RO=44;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537803;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00269109;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:44:52:44:61:0.539823:25:19:19:25:29:32:23:29 chr3 112998268 . G A 473.02 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=9.86556e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.338;QD=16.744;RBI=0.00188575;REFB=-0.00252756;REVB=-0.00188317;RO=61;SAF=22;SAR=30;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989703;STB=0.555153;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00474988;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:30:22:32:29:30:22:32:29 chr3 113010466 . T C 972.16 PASS AF=0.508021;AO=95;DP=189;FAO=95;FDP=187;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0141257;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.448;QD=20.7948;RBI=0.0143177;REFB=-0.0057945;REVB=0.00233708;RO=94;SAF=34;SAR=61;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143373;STB=0.572889;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00664185;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:94:92:95:95:0.508021:61:34:48:46:61:34:46:46 chr3 113022870 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2468;QD=62.0079;RBI=0.014873;REFB=0;REVB=-0.00661516;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74149e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr3 113046640 . A G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0211094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.976;QD=11.2612;RBI=0.0437735;REFB=-0.0039711;REVB=-0.0383472;RO=30;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56284;STB=0.838224;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104828;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:2:13:12:18:2:13:12:18 chr3 113164109 . A G 226.39 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.03341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.181;QD=22.6394;RBI=0.0994382;REFB=-0.0337902;REVB=0.0936575;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413399;STB=0.706785;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0233819;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:5:16:5:13:6:16:5:13 chr3 113176122 . G A 614.43 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0560927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.094;QD=21.9438;RBI=0.0564798;REFB=0.00884101;REVB=0.00660071;RO=50;SAF=18;SAR=43;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987403;STB=0.560661;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00577557;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:50:51:61:61:0.544643:43:18:20:30:43:18:21:30 chr3 113222036 . G A 670.05 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00475344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.41;QD=23.1052;RBI=0.00790722;REFB=0.00269806;REVB=0.00631893;RO=51;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613323;STB=0.533517;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00287344;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:33:32:29:22:33:32:29:22 chr3 113286405 . C T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0033983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.224;QD=11.2959;RBI=0.0124047;REFB=0.00343931;REVB=-0.0119302;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254856;STB=0.64838;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00936747;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:10:8:23:11:10:8:23:11 chr3 113373930 . A G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6407;QD=54.7456;RBI=0.0166101;REFB=-0.0918479;REVB=-0.0123017;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00277358;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr3 113377505 . T G 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0455405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.811;QD=18.4944;RBI=0.0471347;REFB=-0.00307735;REVB=0.0121551;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543775;STB=0.536562;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00411586;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:19:11:9:20:19:11:9:21 chr3 113557787 . AGCC A 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618416;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=327.75;QD=41.0867;RBI=0.0618683;REFB=0;REVB=0.00181965;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000479131;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:3:6:0:0:4:0:3:6:0:0 chr3 113673125 . A G 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0322635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1499;QD=20.2461;RBI=0.0327246;REFB=0.00887918;REVB=0.00547452;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188213;STB=0.604259;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0107424;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:21:15:21:12:21:15:21:12 chr3 113679589 . C A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00288731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.481;QD=12.3841;RBI=0.0119541;REFB=0.0013093;REVB=-0.0116002;RO=49;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116811;STB=0.567519;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00314507;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:8:21:31:18:8:21:31:18 chr3 113753801 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0191824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1518;QD=16.9928;RBI=0.0416477;REFB=-0.00171144;REVB=0.0369671;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146113;STB=0.523792;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00304862;OID=.;OPOS=113753801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:30:27:27:0.473684:12:15:16:12:12:15:18:12 chr3 113858350 . C T 1791.47 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.945;QD=60.2175;RBI=0.0245699;REFB=0;REVB=-0.0245052;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142499;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:55:61:0:0:55:64:0:0 chr3 113890815 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.785;QD=62.762;RBI=0.00708846;REFB=0;REVB=-0.00591226;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0855e-05;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr3 113955164 . T G 140.25 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00464313;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.479;QD=9.19689;RBI=0.00592602;REFB=-0.00370179;REVB=0.00368227;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526616;STB=0.531217;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0080084;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:24:18:9:10:24:18 chr3 113955265 . G A 281.8 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0366439;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.549;QD=11.9914;RBI=0.0383144;REFB=-0.00755754;REVB=0.0111899;RO=61;SAF=19;SAR=13;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152975;STB=0.595797;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.014089;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:32:33:0.351064:13:19:28:33:13:20:28:33 chr3 113955320 . C T 268.4 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0124822;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.193;QD=13.7641;RBI=0.0164461;REFB=-0.00907896;REVB=-0.0107085;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732603;STB=0.573615;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0182511;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:47:31:31:0.397436:14:17:19:21:14:17:20:27 chr3 113955820 . G C 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00841793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.776;QD=16.9239;RBI=0.0106362;REFB=0.0022401;REVB=-0.00650131;RO=55;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315097;STB=0.517612;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00248339;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:29:17:22:33:29:17:22:33 chr3 115440007 . T G 613.04 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0226871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2563;QD=28.5135;RBI=0.0263456;REFB=-0.024074;REVB=-0.0133936;RO=30;SAF=23;SAR=31;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494116;STB=0.527937;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00906938;OID=.;OPOS=115440007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:32:54:54:0.627907:31:23:15:15:31:23:16:16 chr3 115440070 . CTTTC CTTC,CTTTCCT 66.23 PASS AF=0.0222222,0.244444;AO=7,6;DP=60;FAO=1,11;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=1,8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0101347,-0.0543751;FXX=0.0425441;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=16.466,112.01;QD=5.88709;RBI=0.152712,0.0561794;REFB=-0.131966,-0.0646448;REVB=-0.152376,-0.0141234;RO=37;SAF=0,3;SAR=7,3;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.714746,-0.112597;STB=0.989613,0.669281;STBP=0.467,0.221;TYPE=del,ins;VARB=0.0434166,0.187784;OID=.,.;OPOS=115440071,115440075;OREF=T,-;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTC,CTTTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0222222,0.244444:7,6:60:1,11:45:33:0,3:1,8:16:17:65:37:0,3:7,3:22:15 chr3 116301660 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.716;QD=44.6898;RBI=0.0918107;REFB=0;REVB=0.0140216;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821674;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr3 116683964 . G C 5959.5 PASS AF=1;AO=376;DP=378;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146157;FXX=0.00264543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.366;QD=63.2308;RBI=0.0212004;REFB=-0.0747611;REVB=0.015357;RO=1;SAF=190;SAR=186;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48348e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:378:377:1:0:376:377:1:186:190:1:0:186:191:0:0 chr3 118269774 . A G 425.42 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0525453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.965;QD=18.9075;RBI=0.0530386;REFB=-0.00874596;REVB=0.00721675;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753707;STB=0.547128;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0100871;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:42:43:0.477778:23:19:25:22:24:19:25:22 chr3 118381320 . C A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0227378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.146;QD=14.7013;RBI=0.0354003;REFB=-0.00844598;REVB=0.0271326;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149152;STB=0.588073;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0143407;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:4:11:10:2:4:11 chr3 118649060 . G T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.815;QD=60.5473;RBI=0.0336019;REFB=0;REVB=0.0319923;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82183e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr3 118824042 . A ATTC 130.99 PASS AF=0.3;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00187384;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=3;MLLD=250.642;QD=8.73234;RBI=0.00581311;REFB=-0.00794267;REVB=0.00550282;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120575;STB=0.56243;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=0.0196398;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:67:18:60:42:11:7:22:20:99:45:11:7:23:22 chr3 118865801 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0244666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.102;QD=27.2322;RBI=0.0244844;REFB=-0.0185184;REVB=0.000932752;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625564;STB=0.534457;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0107179;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:18:8:4:13:18:8:4:13 chr3 118865970 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00755999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.855;QD=24.4929;RBI=0.0514394;REFB=-0.00191538;REVB=-0.0508809;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176686;STB=0.598332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0010214;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:10:5:12:9:10:5 chr3 118867047 . C G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.011829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.568;QD=14.8342;RBI=0.0134393;REFB=-0.00699112;REVB=-0.00637883;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334206;STB=0.519067;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.011214;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:8:14:20:10:8:14:20:10 chr3 118878789 . C T 342.9 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0358728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.816;QD=21.4315;RBI=0.0362771;REFB=-0.00607681;REVB=0.00540124;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135856;STB=0.568226;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00318772;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:22:13:15:13:22:13:15:14 chr3 118905584 . C T 531.54 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00845164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.66;QD=18.3291;RBI=0.00878117;REFB=-0.000354134;REVB=-0.00238302;RO=60;SAF=27;SAR=29;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927816;STB=0.551343;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00051902;OID=.;OPOS=118905584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:29:27:23:37:29:27:23:37 chr3 118909159 . A G 650.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3345;QD=61.9913;RBI=0.0186183;REFB=0;REVB=-0.0148278;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023559;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 118909892 . A G 288.17 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0213553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3287;QD=25.0581;RBI=0.0367276;REFB=-0.0260492;REVB=0.0298808;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702482;STB=0.551684;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0208033;OID=.;OPOS=118909892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:26:26:0.565217:16:10:9:10:16:10:10:10 chr3 118945796 . G C 821.89 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00224563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.037;QD=21.2099;RBI=0.00305694;REFB=-0.0188727;REVB=-0.00207414;RO=73;SAF=41;SAR=41;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647871;STB=0.535475;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0191646;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:73:82:82:0.529032:41:41:31:42:41:41:31:42 chr3 119118104 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.361;QD=61.6831;RBI=0.0837777;REFB=0;REVB=0.0805094;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707965;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr3 119133183 . G A 221.66 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0263078;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.686;QD=17.0504;RBI=0.028012;REFB=-0.0154025;REVB=0.00962123;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219971;STB=0.622981;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0150309;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:23:23:0.442308:9:14:22:5:9:14:22:5 chr3 119197285 . A G 285.23 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00116701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6281;QD=15.4179;RBI=0.0210141;REFB=-0.0185155;REVB=0.0209816;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122679;STB=0.562461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0233226;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:18:14:23:18:18:14:23:19 chr3 119263680 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0011236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.192;QD=17.0891;RBI=0.00827018;REFB=-0.00244841;REVB=0.00819349;RO=28;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174526;STB=0.599173;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00412271;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:19:6:11:17:19:6:11:17 chr3 119305169 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0236483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.404;QD=13.3672;RBI=0.0507951;REFB=-0.0198829;REVB=-0.0449544;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460538;STB=0.774739;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0307741;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:29:31:18:18:0.367347:6:12:6:23:6:12:6:25 chr3 119327653 . T C 317.56 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00477631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.331;QD=13.0952;RBI=0.0498615;REFB=0.00481433;REVB=0.0496322;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919579;STB=0.547799;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0114458;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:61:36:36:0.371134:21:15:30:30:21:15:30:31 chr3 119331874 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00273615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.695;QD=17.0635;RBI=0.00414611;REFB=0.00555557;REVB=-0.00311508;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452343;STB=0.525406;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00756571;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:17:14:14:14:17:14 chr3 119331892 . C G 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00273014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.416;QD=19.0773;RBI=0.0370576;REFB=-0.0212056;REVB=-0.0369569;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728319;STB=0.540515;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0211535;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:19:12:15:17:19:12 chr3 119334868 . T G 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00539402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0994;QD=16.9207;RBI=0.0056939;REFB=-0.0170167;REVB=0.00182346;RO=50;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034812;STB=0.519522;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0192474;OID=.;OPOS=119334868;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:21:19:22:28:21:19:22:28 chr3 119338956 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.112;QD=64.1539;RBI=0.0115694;REFB=0;REVB=0.00303681;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72255e-06;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr3 119367390 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.021;QD=58.7817;RBI=0.0104355;REFB=0;REVB=0.00435999;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06674e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr3 119395662 . C G 1888.41 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166512;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3381;QD=61.9151;RBI=0.0207522;REFB=0;REVB=0.0123851;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364201;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr3 119426307 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.107;QD=58.587;RBI=0.0478083;REFB=0;REVB=0.0177428;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586278;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr3 119434527 . G C 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.015;QD=63.3385;RBI=0.0257834;REFB=0;REVB=-0.00089404;RO=0;SAF=83;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40763e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:57:83:0:0:57:83:0:0 chr3 119533910 . T C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5969;QD=61.6947;RBI=0.0419571;REFB=0;REVB=0.0158644;RO=0;SAF=59;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267864;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:23:59:0:0:23:59:0:0 chr3 119886548 . G C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.47;QD=58.0604;RBI=0.0547742;REFB=0;REVB=0.0247721;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230726;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr3 119886776 . T A 1538.77 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00592729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.77;QD=58.0668;RBI=0.0119315;REFB=0.000756471;REVB=0.0103551;RO=1;SAF=45;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104282;STB=0.505493;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=2.17e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:104:105:0.990566:59:45:1:0:60:45:1:0 chr3 120067797 . G A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00404693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.179;QD=30.8215;RBI=0.024821;REFB=0.0459991;REVB=0.0244889;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308588;STB=0.517213;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00834453;OID=.;OPOS=120067797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:5:7:2:1:5:7:2:1 chr3 120389316 . T A 557.71 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00724567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.252;QD=22.0874;RBI=0.0175672;REFB=-0.0222708;REVB=-0.0160033;RO=45;SAF=33;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16463;STB=0.585626;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0173007;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:45:46:55:55:0.544554:22:33:18:27:22:33:19:27 chr3 121137976 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00708379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.082;QD=17.8516;RBI=0.0122798;REFB=-0.00726026;REVB=-0.0100306;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181462;STB=0.601587;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0126419;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:23:13:22:18:23:13:22:18 chr3 121138015 . C T 374.07 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0250626;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.641;QD=20.2198;RBI=0.0264001;REFB=0.0128239;REVB=0.00829671;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163879;STB=0.606004;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00787401;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:36:36:38:0.513514:22:14:21:16:24:14:21:15 chr3 121143384 . C CT 396.9 PASS AF=0.453901;AO=63;DP=150;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0535195;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1865;QD=11.2595;RBI=0.0535643;REFB=0.0264679;REVB=-0.00218889;RO=84;SAF=28;SAR=35;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081224;STB=0.544955;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=-0.0312248;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453901:63:150:64:141:77:28:36:40:37:99:84:28:35:44:40 chr3 121154974 . T C 631.79 PASS AF=0.448052;AO=67;DP=152;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00110386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.873;QD=16.41;RBI=0.0333901;REFB=-0.00915097;REVB=-0.0333718;RO=84;SAF=38;SAR=29;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161239;STB=0.576275;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0160581;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:84:85:67:69:0.448052:29:38:34:50:31:38:35:50 chr3 121208176 . T C 329.67 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0219865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8596;QD=20.9317;RBI=0.0507521;REFB=-0.0175519;REVB=0.0457424;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134727;STB=0.564933;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0208139;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:13:20:13:16:14:20:13:16 chr3 121208833 . G C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00747848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.77;QD=13.3343;RBI=0.0376638;REFB=-0.0159404;REVB=-0.0369138;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877788;STB=0.556062;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0213914;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:15:11:13:25:15:11:13:26 chr3 121238749 . G A 923.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042112;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.951;QD=58.6168;RBI=0.0575763;REFB=0;REVB=-0.0574221;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251068;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr3 121263720 . C A 837.41 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371576;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6547;QD=57.7526;RBI=0.0383784;REFB=0;REVB=0.00960292;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237012;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr3 121340536 . T C 1913.06 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1364;QD=61.7115;RBI=0.0420754;REFB=0;REVB=-0.0197344;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209845;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:71:53:0:0:71:53:0:0 chr3 121350966 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.937;QD=53.2771;RBI=0.0456168;REFB=0;REVB=0.0422468;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552368;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr3 121351315 . G A,GGGCTCAGGCTCA 408.06 PASS AF=0.369565,0.413043;AO=18,16;DP=48;FAO=17,19;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=8,6;FSAR=9,13;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0416435,-0.0187906;FXX=0.041658;HRUN=3,3;LEN=1,12;MLLD=162.103,83.5982;QD=35.4837;RBI=0.04347,0.0245964;REFB=-0.0436913,-0.0840796;REVB=-0.0124684,-0.0158712;RO=13;SAF=8,4;SAR=10,12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.239703,-0.41803;STB=0.620554,0.668937;STBP=0.134,0.02;TYPE=snp,ins;VARB=0.0479134,0.0486764;OID=.,.;OPOS=121351315,121351316;OREF=G,-;OALT=A,GGCTCAGGCTCA;OMAPALT=A,GGGCTCAGGCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:46:13:10:18,16:17,19:0.369565,0.413043:10,12:8,4:10:3:9,13:8,6:8:2 chr3 121353254 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.514;QD=48.7373;RBI=0.0338896;REFB=0;REVB=-0.00830545;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226654;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 121354583 . G A 1072.23 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00713384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.802;QD=57.1855;RBI=0.0310411;REFB=-0.0291906;REVB=0.0302103;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023638;STB=0.512497;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000481596;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:39:34:0:2:39:34:0:2 chr3 121372875 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.161;QD=53.2762;RBI=0.0361704;REFB=0;REVB=0.01598;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824983;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 121373058 . T C 575.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4101;QD=60.5821;RBI=0.0238813;REFB=0;REVB=-0.00341883;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399999;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr3 121373111 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.043;QD=55.0987;RBI=0.018601;REFB=0;REVB=0.0184446;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48217e-05;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 121374361 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.566;QD=61.3363;RBI=0.0386919;REFB=0;REVB=0.0270415;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058834;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr3 121414061 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.706;QD=57.5451;RBI=0.0146121;REFB=0;REVB=0.00161737;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80447e-05;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr3 121415720 . T C 1298.41 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762705;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.73;QD=61.8293;RBI=0.0170972;REFB=0;REVB=0.0153017;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41356e-05;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr3 121435621 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0314;QD=39.2067;RBI=0.0736676;REFB=0;REVB=0.0633332;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00714793;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 121435624 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.91;QD=40.7629;RBI=0.0584535;REFB=0;REVB=-0.0228313;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289859;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr3 121488995 . C G 196.73 PASS AF=0.512821;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000809423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.337;QD=20.1771;RBI=0.0374429;REFB=-0.00411426;REVB=0.0374341;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302987;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0050568;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:19:18:20:0.512821:7:11:11:8:9:11:11:8 chr3 121500699 . C T 127.17 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0265667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1019;QD=9.24855;RBI=0.0323563;REFB=-0.00745813;REVB=0.01847;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183238;STB=0.502143;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0106626;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:8:9:19:18:8:9:20:18 chr3 121526204 . G A 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00370747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4176;QD=26.3702;RBI=0.01749;REFB=-0.02784;REVB=-0.0170925;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267636;STB=0.648026;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00976377;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:9:15:4:12:9:15:4:12 chr3 121563355 . T C 502.62 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0332263;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7102;QD=15.7069;RBI=0.0332627;REFB=-0.0119376;REVB=0.00155629;RO=73;SAF=32;SAR=23;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104938;STB=0.55881;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.015796;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:23:32:35:38:23:32:35:38 chr3 121641693 . G A 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.051634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.369;QD=56.21;RBI=0.0561404;REFB=0.0288737;REVB=0.0220381;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122616;STB=0.506491;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000319815;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:0:1:38:23:0:1 chr3 121642048 . A T 803.35 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0906489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6412;QD=55.4037;RBI=0.0954083;REFB=0.145521;REVB=-0.0297577;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00800257;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr3 121643170 . A T 756.23 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318021;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.396;QD=57.0738;RBI=0.0343014;REFB=0;REVB=-0.0128536;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123615;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr3 121643804 . C T 1349.63 PASS AF=0.977778;AO=89;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0887641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6497;QD=59.9835;RBI=0.0959341;REFB=-0.055143;REVB=-0.0363909;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176534;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:89:88:0.977778:45:44:1:0:44:44:1:1 chr3 121646641 . A G 969.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.614;QD=58.7562;RBI=0.0370032;REFB=0;REVB=0.022707;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001492;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr3 121647286 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.526;QD=60.7161;RBI=0.019142;REFB=0;REVB=0.0183959;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43535e-05;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr3 121648168 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.678;QD=59.0187;RBI=0.0380156;REFB=0;REVB=-0.0265493;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73351e-06;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr3 121712051 . A C 594.91 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3685;QD=61.0167;RBI=0.0782766;REFB=0;REVB=0.0720176;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175771;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr3 121825197 . G A 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.572;QD=62.8648;RBI=0.0101711;REFB=0;REVB=0.00336361;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45617e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:76:59:0:0:76:59:0:0 chr3 121836966 . TGA T 422.19 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531338;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.051;QD=56.2925;RBI=0.0445057;REFB=0;REVB=0.0441874;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000249087;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:31:30:30:0:14:16:0:0:4:0:12:13:0:0 chr3 121838319 . G A 549.22 PASS AF=0.457364;AO=57;DP=127;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00805516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.921;QD=17.0301;RBI=0.0116265;REFB=-0.0136887;REVB=0.00838396;RO=70;SAF=28;SAR=29;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792038;STB=0.543293;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.016352;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:70:70:57:59:0.457364:29:28:40:30:30:29:40:30 chr3 121838791 . T C 545.94 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.000550208;FXX=0.0967664;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.574;QD=19.4978;RBI=0.00217456;REFB=-0.0102924;REVB=0.0021038;RO=52;SAF=18;SAR=37;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17842;STB=0.586388;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00690049;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:52:56:55:56:0.5:37:18:27:25:38:18:27:29 chr3 122003045 . G C 2029.52 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.781;QD=61.97;RBI=0.0375173;REFB=0;REVB=0.0306686;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41873e-05;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:131:0:0:118:131:1:52:66:0:0:63:68:0:0 chr3 122003769 . A G 729.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=62.0953;RBI=0.0162449;REFB=0;REVB=0.0145897;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314693;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr3 122003832 . G C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2605;QD=58.7789;RBI=0.0364861;REFB=0;REVB=-0.0212835;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91769e-05;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr3 122133830 . T G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00190177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.894;QD=21.9437;RBI=0.00787781;REFB=-0.0147876;REVB=-0.00764482;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221621;STB=0.624844;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0180349;OID=.;OPOS=122133830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:8:4:10:6:8:4 chr3 122145324 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00256003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.556;QD=19.1804;RBI=0.0215384;REFB=-0.0164634;REVB=-0.0213857;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155247;STB=0.588105;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00789647;OID=.;OPOS=122145324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:3:8:7:6:3:8 chr3 122186188 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.809;QD=57.8848;RBI=0.0275899;REFB=0;REVB=0.0243493;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4666e-05;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr3 122259606 . T C 1970.58 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.099;QD=62.0655;RBI=0.0656641;REFB=0;REVB=0.0550609;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221593;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:71:56:0:0:71:56:0:0 chr3 122274757 . G C 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0203453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.028;QD=9.26747;RBI=0.0203456;REFB=-0.00566995;REVB=9.66628e-05;RO=46;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389877;STB=0.523078;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0117386;OID=.;OPOS=122274757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:13:8:19:27:13:8:19:27 chr3 122288210 . G A 586.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8035;QD=60.173;RBI=0.116118;REFB=0;REVB=-0.0867079;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106801;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr3 122290579 . C T 583.83 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00513564;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.814;QD=20.6665;RBI=0.00910362;REFB=0.00659371;REVB=0.00751672;RO=54;SAF=29;SAR=30;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15435;STB=0.584685;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00610311;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:54:54:59:59:0.522124:30:29:17:37:30:29:17:37 chr3 122296647 . G A 902.23 PASS AF=0.360927;AO=109;DP=302;FAO=109;FDP=302;FR=.;FRO=193;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=95;FSRR=98;FWDB=0.00453085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7432;QD=11.95;RBI=0.00541635;REFB=-0.0125851;REVB=-0.00296787;RO=187;SAF=54;SAR=55;SRF=90;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157901;STB=0.502035;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0241024;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:187:193:109:109:0.360927:55:54:90:97:55:54:95:98 chr3 122354034 . GAAA GAA,GAAG 227.26 PASS AF=0.354839,0.548387;AO=3,15;DP=29;FAO=11,17;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=5,7;FSAR=6,10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0779648,0.0128799;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=6.89416,191.758;QD=29.3232;RBI=0.368046,0.0725109;REFB=-0.204843,-0.0562996;REVB=-0.359693,-0.0713578;RO=7;SAF=1,7;SAR=2,8;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.381818,0;SSSB=-0.645366,-0.301148;STB=0.615181,0.588131;STBP=0.146,0.121;TYPE=del,snp;VARB=0.134768,0.0176836;OID=.,.;OPOS=122354035,122354037;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.354839,0.548387:3,15:29:11,17:31:3:5,7:6,10:3:0:49:7:1,7:2,8:7:0 chr3 122354792 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00142989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.887;QD=17.5646;RBI=0.0101587;REFB=-0.00229498;REVB=-0.0100575;RO=34;SAF=7;SAR=25;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949041;STB=0.548355;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00269251;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:25:7:10:24:25:7:10:25 chr3 122418256 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0149964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.323;QD=20.8719;RBI=0.0303615;REFB=-0.00257885;REVB=-0.0263994;RO=20;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378872;STB=0.714425;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00127148;OID=.;OPOS=122418256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:5:16:7:13:5:16:7:13 chr3 122437321 . T C 1193.57 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166572;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.869;QD=61.2087;RBI=0.0356174;REFB=0;REVB=0.0314824;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224121;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr3 122843110 . G T 2330.03 PASS AF=0.993289;AO=142;DP=143;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0531165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.27;QD=62.5512;RBI=0.0632714;REFB=-0.0606107;REVB=0.0343789;RO=0;SAF=74;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000311385;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:149:0:1:142:148:0.993289:68:74:0:0:70:78:1:0 chr3 122864436 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.115;QD=58.9626;RBI=0.0259328;REFB=0;REVB=0.00274744;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50092e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr3 122880191 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.418;QD=59.3228;RBI=0.0233501;REFB=0;REVB=0.0231761;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010293;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr3 122991021 . A T 1513.49 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.53;QD=59.9403;RBI=0.00973895;REFB=0;REVB=-0.00684544;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21335e-06;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:59:41:0:0:59:42:0:0 chr3 122991038 . C T 1606.98 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.844;QD=64.2793;RBI=0.0412782;REFB=0;REVB=0.0391098;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53361e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr3 123167249 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.079;QD=35.5759;RBI=0.0652472;REFB=0;REVB=0.0645352;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024534;OID=.;OPOS=123167249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr3 123331774 . T TTAAG 48.97 PASS AF=0.5;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0380664;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=290.459;QD=13.9923;RBI=0.0381764;REFB=0.0126886;REVB=0.00289582;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46433;STB=0.817189;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=-0.00554272;OID=.;OPOS=123331775;OREF=-;OALT=TAAG;OMAPALT=TTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:15:7:14:7:1:6:5:2:45:8:1:5:5:3 chr3 123357037 . A G 234.42 PASS AF=0.383562;AO=29;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0269729;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.058;QD=12.8451;RBI=0.0273841;REFB=-0.00703646;REVB=0.00472798;RO=44;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961582;STB=0.507323;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00903205;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:45:29:28:0.383562:20:9:14:30:19:9:14:31 chr3 123368013 . A G 127.96 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0387063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.981;QD=20.4737;RBI=0.0567205;REFB=-0.0201302;REVB=0.0414613;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641068;STB=0.536531;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0103725;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:3:8:11:3:3:8 chr3 123418913 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.424;QD=61.684;RBI=0.032874;REFB=0;REVB=0.00292678;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53814e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 123419116 . GTTC G 366.38 PASS AF=0.5;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00819918;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.548;QD=13.8255;RBI=0.0101064;REFB=-0.0169971;REVB=0.00590866;RO=50;SAF=34;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03917;STB=0.530228;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0160234;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:53:105:53:106:53:34:19:31:22:99:50:34:19:30:20 chr3 123419288 . C T 450.79 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0150451;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.994;QD=21.2136;RBI=0.0153277;REFB=-0.0248443;REVB=0.00292999;RO=43;SAF=11;SAR=33;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852838;STB=0.526705;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0250288;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:43:41:44:44:0.517647:33:11:14:29:33:11:12:29 chr3 123419573 . G T 1415.37 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2092;QD=62.9055;RBI=0.0400458;REFB=0;REVB=-0.0371661;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360201;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr3 123419733 . A G 756.73 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562262;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.455;QD=57.1115;RBI=0.0579486;REFB=0;REVB=0.0140233;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397909;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:24:26:0:0:25:28:0:0 chr3 123451773 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.452;QD=60.5473;RBI=0.0359247;REFB=0;REVB=0.0213293;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4287e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr3 123452838 . G A 1719.91 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0153742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.147;QD=58.8003;RBI=0.018945;REFB=-0.144684;REVB=0.0110701;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.501613;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000183636;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:115:115:0.982906:47:68:0:0:47:68:1:1 chr3 123457893 . G A 266.88 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00301083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4282;QD=42.7004;RBI=0.0105282;REFB=-0.0557919;REVB=0.0100885;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565158;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0372878;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:0:3:22:22:0.88:12:10:0:0:12:10:3:0 chr3 123634046 . G A 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00034143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.714;QD=59.9241;RBI=0.0226266;REFB=0;REVB=0.022624;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102248;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr3 123699299 . G A 1514.84 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00430766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.891;QD=62.4676;RBI=0.01272;REFB=-0.0247267;REVB=0.0119684;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000308711;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:63:33:0:0:63:33:0:1 chr3 124044949 . C T 811.34 PASS AF=0.58209;AO=72;DP=129;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00733151;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.69;QD=24.2192;RBI=0.0157276;REFB=-0.0318141;REVB=0.0139142;RO=56;SAF=22;SAR=50;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140413;STB=0.534597;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0239657;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:56:56:72:78:0.58209:50:22:26:30:48:30:26:30 chr3 124048764 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0135209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.503;QD=15.1663;RBI=0.014253;REFB=-0.00186726;REVB=0.00450917;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.558061;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00296595;OID=.;OPOS=124048764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:10:10:6:9:10:10 chr3 124196094 . A T 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0178482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.254;QD=17.0668;RBI=0.0444879;REFB=-0.0108692;REVB=0.0407506;RO=41;SAF=27;SAR=11;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307143;STB=0.564086;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0100944;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:46:38:38:0.452381:11:27:28:13:11:27:28:18 chr3 124351316 . G A 1084.21 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.273;QD=58.6059;RBI=0.037252;REFB=0.0262899;REVB=-0.0350085;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000328822;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:38:35:1:0:38:35:1:0 chr3 124351424 . T C 1370.41 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000644678;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.881;QD=60.9069;RBI=0.015962;REFB=0.0376507;REVB=-0.015949;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123069;STB=0.506492;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=1.29855e-05;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:88:89:0.988889:38:50:0:1:38:51:0:1 chr3 124376653 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.672;QD=58.7815;RBI=0.0325855;REFB=0;REVB=0.0060287;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128242;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr3 124412634 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.375;QD=60.6103;RBI=0.0176856;REFB=0;REVB=-0.00937982;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39217e-06;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr3 124515308 . A G 718.68 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.796;QD=52.2677;RBI=0.047076;REFB=0;REVB=0.0457515;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314042;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:44:55:1:18:26:0:0:29:26:0:0 chr3 124515314 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.135;QD=57.2369;RBI=0.0182277;REFB=0;REVB=-0.0163033;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70178e-05;OID=.;OPOS=124515314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr3 124515395 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.288;QD=55.0987;RBI=0.0598997;REFB=0;REVB=0.0230012;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298634;OID=.;OPOS=124515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr3 124515636 . C T 1435.3 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.74;QD=63.0903;RBI=0.0555949;REFB=0;REVB=0.0136129;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74737e-05;OID=.;OPOS=124515636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:52:37:0:0:52:39:0:0 chr3 124632412 . C T 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00132807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.851;QD=29.0287;RBI=0.0216737;REFB=-0.0253486;REVB=-0.021633;RO=8;SAF=17;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331858;STB=0.688916;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00497044;OID=.;OPOS=124632412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:1:17:6:2:1:17:6:2 chr3 124646705 . A AAAG,AAG,AG 1289.41 PASS AF=1,0,0;AO=47,17,14;DP=92;FAO=83,0,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=70,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188515,-0.0102241,-0.0154456;FXX=0.0777691;HRUN=3,3,2;LEN=3,2,1;MLLD=230.552,213.356,194.064;QD=62.1401;RBI=0.0723754,0.0718018,0.0626757;REFB=0,0,0;REVB=0.0723509,0.0710702,0.0607428;RO=14;SAF=13,0,0;SAR=34,17,14;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.115966,-0.800411,-0.779853;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.000740459,0,0;OID=.,.,.;OPOS=124646706,124646706,124646706;OREF=-,-,-;OALT=AAG,AG,G;OMAPALT=AAAG,AAG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:47,17,14:92:83,0,0:83:0:13,0,0:70,0,0:0:0:7:14:13,0,0:34,17,14:1:13 chr3 124688791 . A T 215.09 PASS AF=0.875;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0081446;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=29.9095;QD=35.8482;RBI=0.0300399;REFB=-0.00169223;REVB=0.0289147;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837554;STB=0.517911;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00203644;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:24:4:3:19:21:0.875:9:10:2:2:10:11:2:1 chr3 124692689 . C T 1662.41 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080592;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3824;QD=60.4511;RBI=0.00838468;REFB=0;REVB=0.00231348;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208769;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr3 124728626 . A G 357.11 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00667061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6788;QD=15.3597;RBI=0.0320119;REFB=0.00136371;REVB=0.0313092;RO=54;SAF=24;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10198;STB=0.574014;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00130367;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:38:39:0.419355:14:24:29:25:14:25:28:26 chr3 124731485 . C G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.895;QD=59.6764;RBI=0.0141101;REFB=0;REVB=0.012637;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18461e-05;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr3 124731689 . T A 766.18 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00897511;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.32;QD=20.7075;RBI=0.0144096;REFB=-0.01693;REVB=-0.0112731;RO=74;SAF=39;SAR=35;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246397;STB=0.513569;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0191239;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:74:74:74:0.5:35:39:41:33:35:39:41:33 chr3 124732618 . A G 255.7 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0124362;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.962;QD=24.9463;RBI=0.0150118;REFB=-0.0169376;REVB=-0.00840796;RO=10;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259305;STB=0.52172;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00235891;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:10:15:22:23:0.560976:10:12:5:5:11:12:7:8 chr3 124733649 . T G 1794.96 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.919;QD=60.8462;RBI=0.0330247;REFB=0;REVB=0.0190612;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06312e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:118:0:0:113:118:1:52:61:0:0:53:65:0:0 chr3 124738107 . C T 338.69 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0157028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7233;QD=15.2219;RBI=0.0165184;REFB=0.00924331;REVB=-0.00512642;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13811;STB=0.571042;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0156326;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:52:37:37:0.41573:18:19:33:18:18:19:33:19 chr3 124739892 . G A 525.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00826822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.801;QD=21.6743;RBI=0.0100017;REFB=-0.0134754;REVB=0.00562774;RO=47;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335587;STB=0.518511;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0141877;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:29:21:18:29:29:21:18:29 chr3 124746049 . A G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000260065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.426;QD=14.4324;RBI=0.0422701;REFB=-0.00990008;REVB=0.0422693;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1074;STB=0.560999;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0114755;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:21:23:13:18:21:23 chr3 124746182 . C A 489.46 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0111867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.303;QD=18.2976;RBI=0.012844;REFB=-0.018117;REVB=-0.00631091;RO=55;SAF=31;SAR=20;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944876;STB=0.556191;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0195838;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:51:52:0.485981:20:31:28:27:20:32:28:27 chr3 124746347 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.793;QD=59.3225;RBI=0.0129977;REFB=0;REVB=0.0085524;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35248e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr3 124748226 . G A 338.4 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0248865;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.441;QD=19.3368;RBI=0.0265431;REFB=-0.0271179;REVB=-0.00923026;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601904;STB=0.543472;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0119851;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:35:35:35:0.5:19:16:12:19:19:16:13:22 chr3 124802881 . A G 232.74 PASS AF=0.473684;AO=22;DP=52;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0115951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.479;QD=16.3327;RBI=0.0146482;REFB=-0.0161147;REVB=0.00895115;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.600962;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0149779;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:30:30:22:27:0.473684:9:13:12:18:11:16:12:18 chr3 124802888 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0110173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.487;QD=17.9428;RBI=0.0110174;REFB=0.00386798;REVB=5.53406e-05;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142756;STB=0.579943;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00628388;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:12:17:12:16:12:17 chr3 124837684 . T C 1419.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.471;QD=61.7122;RBI=0.0273256;REFB=-0.152839;REVB=0.0219812;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00135403;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:44:47:1:0:44:47:1:0 chr3 124839470 . G A 2022.23 PASS AF=0.977941;AO=130;DP=138;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155832;FXX=0.0555517;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.991;QD=59.4775;RBI=0.0346239;REFB=-0.12964;REVB=0.0309189;RO=3;SAF=75;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186281;STB=0.509676;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000283677;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:136:3:3:130:133:0.977941:55:75:3:0:57:76:3:0 chr3 124951821 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0147203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.255;QD=14.1955;RBI=0.014886;REFB=-0.00753246;REVB=-0.00221473;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.58684;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0065072;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:9:6:12:9:9:6:12:10 chr3 125235852 . A ATTTAT 689.23 PASS AF=0.980769;AO=42;DP=57;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621236;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=5;MLLD=243.64;QD=53.0173;RBI=0.00634353;REFB=0.038847;REVB=0.00128333;RO=7;SAF=17;SAR=25;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331641;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=-0.00071279;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980769:42:57:51:52:1:19:32:1:0:4:7:17:25:2:5 chr3 125235909 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00260971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.472;QD=18.9664;RBI=0.00667132;REFB=-0.00273668;REVB=0.0061397;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016718;STB=0.505005;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00333066;OID=.;OPOS=125235909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:22:22:0.468085:13:9:9:14:13:9:10:15 chr3 125653291 . A G 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0140216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.459;QD=35.4807;RBI=0.0174443;REFB=-0.0212118;REVB=-0.0103778;RO=6;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163469;STB=0.589389;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00715466;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:9:12:1:5:9:12:1:5 chr3 125692141 . G A 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0145759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.076;QD=18.3591;RBI=0.0245482;REFB=-0.0131722;REVB=0.0197524;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481337;STB=0.526837;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0139956;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:25:21:22:32:25:21:22:32 chr3 125692148 . G A 414.23 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00140039;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0039;QD=16.0866;RBI=0.023683;REFB=-0.00396556;REVB=0.0236416;RO=56;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620964;STB=0.502145;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00408022;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:26:20:24:32:26:20:25:32 chr3 125694422 . T C 150.16 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0537838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9499;QD=10.3561;RBI=0.0549755;REFB=-0.0218318;REVB=0.0113846;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108467;STB=0.568898;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0301805;OID=.;OPOS=125694422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:38:19:20:0.344828:9:10:23:14:10:10:23:15 chr3 125726047 . CG C,CC,TC 804.68 PASS AF=0,0.964912,0.0350877;AO=7,48,2;DP=57;FAO=0,55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,2;FSAR=0,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269437,0.0777498,0.0321002;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=131.134,156.564,102.933;QD=56.469;RBI=0.0320493,0.0806146,0.0389647;REFB=0,0,0;REVB=0.0173549,0.0212997,0.0220867;RO=0;SAF=7,16,2;SAR=0,32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0,0.00206329,0.00232041;OID=.,.,.;OPOS=125726048,125726048,125726047;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,TC;OMAPALT=C,CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:57:57:0:0:7,48,2:0,55,2:0,0.964912,0.0350877:0,32,0:7,16,2:0:0:0,32,0:0,23,2:0:0 chr3 125775227 . CT C,CC 923.78 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=26,38;DP=65;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279031,0.0239123;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.131,130.957;QD=58.6528;RBI=0.119506,0.1424;REFB=0,0;REVB=0.116202,0.140378;RO=0;SAF=2,26;SAR=24,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.21284e-08,-4.05056e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0442087,0.00503999;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015873,0.984127:26,38:65:1,62:63:0:0,28:1,34:0:0:4:0:2,26:24,12:0:0 chr3 125775321 . G C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.027749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.286;QD=16.0289;RBI=0.0297394;REFB=-0.00837067;REVB=-0.0106969;RO=30;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13312;STB=0.575694;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00937154;OID=.;OPOS=125775321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:18:7:12:18:18:7:12:18 chr3 125786852 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0075366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.93;QD=18.2511;RBI=0.0116054;REFB=-0.0272842;REVB=0.00882524;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285636;STB=0.66213;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0191531;OID=.;OPOS=125786852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:11:4:9:6:11:4 chr3 125786879 . T C 598.49 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00777179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5898;QD=58.3896;RBI=0.00777403;REFB=-0.138028;REVB=-0.000186614;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00535147;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:18:21:0:0:18:22:0:1 chr3 125854409 . T C 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0114564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.841;QD=21.9743;RBI=0.0195862;REFB=-0.0237409;REVB=-0.0158861;RO=34;SAF=13;SAR=30;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173183;STB=0.618306;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0148865;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:37:43:43:0.5375:30:13:17:17:30:13:20:17 chr3 125856695 . C A 314.13 PASS AF=0.465753;AO=31;DP=70;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0433388;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6198;QD=17.2126;RBI=0.0586889;REFB=-0.0336586;REVB=0.0395744;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17614;STB=0.588186;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0618262;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:39:39:31:34:0.465753:15:16:27:12:16:18:27:12 chr3 125865766 . C A 202.13 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00945337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.97;QD=14.1842;RBI=0.0174125;REFB=-0.0234645;REVB=-0.0146229;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838897;STB=0.529929;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0315095;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:15:8:14:19:15:9:14:19 chr3 125872384 . A G 385.47 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0164255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.108;QD=13.8909;RBI=0.0165074;REFB=-0.0102409;REVB=0.00164212;RO=65;SAF=15;SAR=30;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929564;STB=0.558415;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00933406;OID=.;OPOS=125872384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:30:15:27:38:30:15:28:38 chr3 126169230 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.936;QD=59.8555;RBI=0.0173722;REFB=0;REVB=0.00350721;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29738e-05;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:48:22:0:0:49:22:0:0 chr3 126169472 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.873;QD=44.6894;RBI=0.0116857;REFB=0;REVB=-0.00876334;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154743;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr3 126194076 . T C 976.43 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.223;QD=58.2942;RBI=0.0309855;REFB=0;REVB=0.0251971;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525472;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:30:35:0:0:30:37:0:0 chr3 126202257 . G A 5891.93 PASS AF=1;AO=372;DP=374;FAO=373;FDP=373;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239589;FXX=0.00267373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.181;QD=63.1842;RBI=0.0254677;REFB=0;REVB=0.00863572;RO=0;SAF=173;SAR=199;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0289e-06;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:374:373:0:0:372:373:1:199:173:0:0:200:173:0:0 chr3 126218167 . G A,C 1518.94 PASS AF=0.970874,0.0291262;AO=98,5;DP=103;FAO=100,3;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52,2;FSAR=48,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897711,-0.0266412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.8661,108.653;QD=58.9879;RBI=0.011466,0.0276321;REFB=0,0;REVB=0.00713306,-0.00733346;RO=0;SAF=50,4;SAR=48,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.35849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00118642,0.197876;OID=.,.;OPOS=126218167,126218167;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:103:103:0:0:98,5:100,3:0.970874,0.0291262:48,1:50,4:0:0:48,1:52,2:0:0 chr3 126260608 . G T 1047.71 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8144;QD=58.2058;RBI=0.0659469;REFB=-0.0236567;REVB=0.0627143;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00133387;OID=.;OPOS=126260608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:1:0:32:39:1:0 chr3 126268918 . G A 613.97 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.398;QD=61.397;RBI=0.0780294;REFB=0;REVB=0.0436411;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185439;OID=.;OPOS=126268918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:29:8:0:0:32:8:0:0 chr3 126329910 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.045;QD=62.9785;RBI=0.0645982;REFB=0;REVB=0.0643678;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509345;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr3 126385067 . C T 317.88 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0465248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5512;QD=20.8449;RBI=0.0673316;REFB=-0.0264401;REVB=0.0486722;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472299;STB=0.53519;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0240547;OID=.;OPOS=126385067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:19:14:13:14:19:14:14:14 chr3 126385070 . G A 331.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0133022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.488;QD=21.3972;RBI=0.028116;REFB=-0.0159791;REVB=0.0247702;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483681;STB=0.526753;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.015818;OID=.;OPOS=126385070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:19:15:14:14:19:15:14:14 chr3 126451937 . G T 397.41 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0360534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.902;QD=20.6449;RBI=0.0409006;REFB=-0.00489513;REVB=-0.0193136;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150067;STB=0.582916;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00275841;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:19:21:13:24:19:21:13:24 chr3 126737268 . C A 1081.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.909;QD=60.0607;RBI=0.0607446;REFB=0;REVB=0.0131976;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002745;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:33:39:0:0 chr3 126916371 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2659;QD=56.6976;RBI=0.034526;REFB=0;REVB=-0.00583386;RO=0;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623442;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:28:1:0:0:28:1:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 311.82 PASS AF=1;AO=18;DP=27;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095105;FXX=0.148093;HRUN=3;LEN=3;MLLD=298.614;QD=54.2286;RBI=0.0157372;REFB=0;REVB=-0.0125383;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00016064;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:27:23:23:0:10:13:0:0:3:6:8:10:1:5 chr3 126921308 . G A 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.021227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.293;QD=17.7388;RBI=0.0213204;REFB=0.00382696;REVB=-0.00199314;RO=55;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131358;STB=0.572915;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00456059;OID=.;OPOS=126921308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:23:27:22:33:23:27:22:33 chr3 127294890 . TC GT,T 92.94 PASS AF=0,0.733333;AO=2,7;DP=15;FAO=0,11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=0,6;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0355154,0.074705;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=17.8894,22.4134;QD=24.785;RBI=0.104232,0.175707;REFB=-0.0171418,-0.0171785;REVB=0.0979949,0.159035;RO=4;SAF=0,6;SAR=2,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.563426;STB=0.5,0.642612;STBP=1,0.106;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0252711;OID=.,.;OPOS=127294890,127294891;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:15:15:4:4:2,7:0,11:0,0.733333:2,1:0,6:0:4:0,5:0,6:0:4 chr3 127641968 . C A 306.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.307;QD=53.2727;RBI=0.0309002;REFB=0;REVB=0.0297011;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018332;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr3 127642814 . G C 491.1 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00299492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4722;QD=19.8425;RBI=0.0197502;REFB=-0.010506;REVB=-0.0195218;RO=51;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909472;STB=0.505048;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00826318;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:24:24:26:25:24:24:26:25 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 277.85 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00747546;FXX=0.0181802;HRUN=0;LEN=7;MLLD=350.883;QD=10.2907;RBI=0.00747872;REFB=-0.00348549;REVB=-0.000220884;RO=77;SAF=15;SAR=21;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105755;STB=0.546849;STBP=0.501;TYPE=ins;VARB=0.00681987;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:36:113:36:108:72:15:21:35:37:99:77:15:21:39:38 chr3 127682477 . AC GT 223.65 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=109;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00101675;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.357;QD=8.43972;RBI=0.00291843;REFB=-0.0140137;REVB=-0.00273559;RO=74;SAF=16;SAR=15;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353947;STB=0.516119;STBP=0.84;TYPE=mnp;VARB=0.0284525;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:74:75:31:31:0.292453:15:16:36:38:15:16:37:38 chr3 127983495 . T C 804.13 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.597;QD=57.4377;RBI=0.0813073;REFB=0;REVB=0.0149472;RO=0;SAF=6;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702078;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:47:56:1:41:6:0:0:41:15:0:0 chr3 128181537 . C T 1457.44 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00666692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.665;QD=62.0188;RBI=0.0449884;REFB=-0.0681836;REVB=0.0444917;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000194012;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:51:42:0:0:51:42:0:1 chr3 128182074 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.395;QD=62.9828;RBI=0.0339938;REFB=0;REVB=0.0251486;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251593;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr3 128204951 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00131639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.699;QD=14.0438;RBI=0.0260936;REFB=-0.00878735;REVB=-0.0260604;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00903272;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr3 128205860 . G C 160.16 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5147;QD=45.7594;RBI=0.0501207;REFB=0;REVB=-0.0496678;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00271214;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr3 128292213 . A G 2338.11 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107461;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.322;QD=63.1923;RBI=0.0277309;REFB=0.00581198;REVB=0.0255642;RO=1;SAF=87;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543562;STB=0.502857;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=8.3823e-06;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:147:147:0.993243:60:87:1:0:60:87:1:0 chr3 128292844 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.338;QD=43.4861;RBI=0.0625704;REFB=0;REVB=0.0194064;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850439;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr3 128292858 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.74;QD=48.7373;RBI=0.0316792;REFB=0;REVB=0.0293836;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187782;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 128356852 . C T 185.87 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.04309;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9519;QD=10.0468;RBI=0.0594877;REFB=-0.00488232;REVB=-0.0410127;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143033;STB=0.594519;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0122543;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:48:50:24:24:0.324324:12:12:18:30:12:12:18:32 chr3 128580574 . T C 1555.57 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.091;QD=59.8298;RBI=0.0280813;REFB=0;REVB=0.027492;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99699e-05;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr3 128580585 . C A 1802.62 PASS AF=1;AO=108;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.464;QD=60.0874;RBI=0.0139756;REFB=0;REVB=0.0115316;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025863;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:108:120:1:59:49:0:0:71:49:0:0 chr3 128614185 . A C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7939;QD=51.9147;RBI=0.0429901;REFB=0;REVB=-0.0398226;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175066;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr3 128627021 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7598;QD=55.0932;RBI=0.0193919;REFB=0;REVB=0.0151034;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515688;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr3 128627933 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.135;QD=57.0006;RBI=0.0126079;REFB=0;REVB=-0.000705889;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03051e-05;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 128755953 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.305;QD=57.5443;RBI=0.00220166;REFB=0;REVB=0.0019605;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70191e-06;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:42:16:0:0:42:16:0:0 chr3 128890350 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.321;QD=47.8223;RBI=0.0270426;REFB=0;REVB=0.0265782;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304382;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr3 129130197 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0311031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.559;QD=21.9445;RBI=0.0324066;REFB=0.00487598;REVB=-0.00909845;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25565;STB=0.642693;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00580631;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:2:10:8:8:2:10 chr3 129134242 . G A 380.64 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0178413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.037;QD=19.52;RBI=0.0256764;REFB=-0.0149643;REVB=-0.0184653;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024847;STB=0.513813;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0112106;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:25:14:15:24:25:14:15:24 chr3 129137127 . G A 183.05 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0080314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.572;QD=11.8095;RBI=0.00882201;REFB=-0.00390284;REVB=0.00365026;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110729;STB=0.542131;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00775669;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:7:15:23:16:8:15:23:16 chr3 129140499 . T C 375.83 PASS AF=0.52;AO=32;DP=68;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00144379;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.232;QD=20.0441;RBI=0.0274237;REFB=-0.0245049;REVB=0.0273857;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414206;STB=0.509403;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0250962;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:75:36:36:32:39:0.52:12:20:21:15:17:22:21:15 chr3 129155451 . C T 443.36 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0202962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.645;QD=20.1525;RBI=0.0203274;REFB=-0.0160052;REVB=-0.00112661;RO=44;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012835;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:19:25:25:19:19:25:25:19 chr3 129210977 . G C 74.21 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0147583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.998;QD=9.89447;RBI=0.0429533;REFB=-0.00495311;REVB=0.0403383;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690072;STB=0.920938;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0155262;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:19:20:9:10:0.333333:8:1:15:4:9:1:16:4 chr3 129279597 . C T 584.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.144;QD=59.9112;RBI=0.027139;REFB=0;REVB=0.0271094;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25214e-05;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:34:4:0:0:35:4:0:0 chr3 129281980 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5944;QD=57.7113;RBI=0.0249569;REFB=0;REVB=0.0177645;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300074;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr3 129286413 . G C 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.434;QD=57.7094;RBI=0.0298095;REFB=0;REVB=-0.0030467;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020929;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr3 129286635 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.556;QD=43.4862;RBI=0.0670796;REFB=0;REVB=0.0275238;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619752;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr3 129291751 . T C 799.05 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0495;QD=63.9241;RBI=0.0186442;REFB=0;REVB=0.00524158;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112756;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:33:17:0:0 chr3 129293183 . T C 1668.28 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032414;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.833;QD=59.5815;RBI=0.0472052;REFB=0;REVB=-0.0470938;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389628;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:45:64:0:0:48:64:0:0 chr3 129293256 . T C 2884.17 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210873;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6121;QD=63.042;RBI=0.0211997;REFB=0;REVB=0.00217993;RO=0;SAF=110;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33993e-05;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:182:183:1:72:110:0:0:73:110:0:0 chr3 129297223 . C G 648.72 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5173;QD=60.346;RBI=0.029518;REFB=0;REVB=-0.00438495;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012213;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr3 129367024 . T A 798.11 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00192458;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.81;QD=52.3348;RBI=0.00505456;REFB=-0.145328;REVB=-0.00467382;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229992;STB=0.534871;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00155437;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:61:1:3:58:58:0.95082:38:20:1:0:38:20:3:0 chr3 129538635 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0065711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.026;QD=53.9321;RBI=0.0110461;REFB=0.0723477;REVB=0.00887897;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=6.27167e-05;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr3 129546729 . T C 977.27 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104051;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.743;QD=59.2288;RBI=0.0120891;REFB=0;REVB=-0.00615453;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55959e-05;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr3 129695954 . T C 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5133;QD=59.4245;RBI=0.00329896;REFB=0;REVB=0.00257882;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91946e-05;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr3 129696041 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.186;QD=56.9383;RBI=0.0270804;REFB=0;REVB=0.0237863;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98816e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr3 129800823 . T G 101.48 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00306172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.374;QD=4.61254;RBI=0.00441809;REFB=-0.00549333;REVB=-0.00318518;RO=69;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155852;STB=0.599085;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0257102;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:71:17:17:0.193182:10:7:37:32:10:7:38:33 chr3 129800888 . G A 183.68 PASS AF=0.247788;AO=26;DP=110;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.000259591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.949;QD=6.50191;RBI=0.0162597;REFB=-0.00516332;REVB=-0.0162577;RO=63;SAF=9;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250541;STB=0.650827;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0137064;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:63:85:26:28:0.247788:17:9:35:28:19:9:44:41 chr3 129800895 . G A 218.29 PASS AF=0.281818;AO=31;DP=110;FAO=31;FDP=110;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0153407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.06;QD=7.93782;RBI=0.0154217;REFB=-0.00659636;REVB=0.00157839;RO=79;SAF=11;SAR=20;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230203;STB=0.636704;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0301444;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:79:79:31:31:0.281818:20:11:43:36:20:11:43:36 chr3 130098349 . G A 1761.59 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0303304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2928;QD=58.2345;RBI=0.0412769;REFB=-0.0442052;REVB=0.0279972;RO=2;SAF=52;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179135;STB=0.505442;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00241848;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:2:3:117:118:0.975207:65:52:2:0:65:53:2:1 chr3 130103709 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0648;QD=56.9995;RBI=0.02181;REFB=0;REVB=-0.021659;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294983;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr3 130103723 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.010775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.454;QD=18.7957;RBI=0.0130431;REFB=0.000167227;REVB=-0.00735003;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849899;STB=0.548343;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000217605;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:9:18:17:6:9:18 chr3 130104062 . T C 1098.84 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.198;QD=60.2102;RBI=0.0169622;REFB=0;REVB=-0.000696017;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82956e-05;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:40:33:0:0 chr3 130104206 . A G 1373.59 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0437718;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0821;QD=59.7212;RBI=0.0504946;REFB=-0.084774;REVB=-0.0251739;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885968;STB=0.501994;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000135572;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:53:37:0:1:53:37:1:1 chr3 130110550 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.988;QD=59.8371;RBI=0.0112764;REFB=0;REVB=-0.0111495;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16918e-05;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr3 130114082 . C G 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0236287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.165;QD=14.7482;RBI=0.0395229;REFB=-0.000306492;REVB=-0.031682;RO=63;SAF=31;SAR=15;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179633;STB=0.601389;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000121775;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:15:31:32:31:15:31:32:31 chr3 130116684 . G A 334.3 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0137738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.089;QD=16.7148;RBI=0.0144266;REFB=-0.0073684;REVB=0.00429066;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120863;STB=0.567829;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0113364;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:16:20:19:25:16:20:19:25 chr3 130128159 . AT A 191.6 PASS AF=1;AO=22;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037032;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.2033;QD=21.897;RBI=0.241635;REFB=0.0253532;REVB=0.23878;RO=10;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0172995;OID=.;OPOS=130128160;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:35:35:35:0:8:27:0:0:3:10:7:15:0:10 chr3 130162395 . A G 690.51 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.1879;QD=53.1164;RBI=0.0699553;REFB=-0.0907113;REVB=-0.0617471;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00142069;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:48:51:0.980769:27:21:1:0:30:21:1:0 chr3 130174334 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.322;QD=59.8291;RBI=0.0116076;REFB=0;REVB=0.00897384;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47216e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:56:46:0:0:56:47:0:0 chr3 130187817 . T C 1415.3 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.688;QD=62.9022;RBI=0.0257075;REFB=0;REVB=0.0241913;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70785e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr3 130190630 . G A 1419.61 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003361;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.107;QD=63.0939;RBI=0.0290326;REFB=0;REVB=-0.0288374;RO=1;SAF=53;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034684;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:1:0:88:90:1:35:53:1:0:35:55:0:0 chr3 130190720 . AT A 75.04 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0168057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7564;QD=10.7197;RBI=0.0456649;REFB=-0.0332794;REVB=0.04246;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.0500241;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:13:28:13:28:15:7:6:7:8:75:15:7:6:7:8 chr3 130284284 . G A 271.71 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0285161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9394;QD=20.9006;RBI=0.0285483;REFB=-0.0289578;REVB=0.00135724;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598704;STB=0.533309;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0158653;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:12:12:16:12:12:12 chr3 130287194 . AG AC,A 362.65 PASS AF=0,0.902439;AO=2,26;DP=40;FAO=0,37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=0,14;FSAR=0,23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0564706,-0.14649;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=53.009,15.8983;QD=35.38;RBI=0.0602755,0.156812;REFB=0.0233241,-0.0420427;REVB=-0.0210764,0.0559525;RO=8;SAF=1,10;SAR=1,16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.221239;SSSB=0.128706,0.00439157;STB=0.5,0.537806;STBP=1,0.159;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0106615;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.902439:2,26:40:0,37:41:4:0,14:0,23:3:1:19:8:1,10:1,16:3:5 chr3 130311398 . C T 376.82 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0141046;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.085;QD=13.8282;RBI=0.014781;REFB=-0.0083334;REVB=0.00442017;RO=63;SAF=11;SAR=33;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264993;STB=0.66146;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.030133;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:63:65:44:44:0.40367:33:11:30:33:33:11:32:33 chr3 130368069 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00114302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.673;QD=14.1319;RBI=0.0143392;REFB=-0.0208784;REVB=-0.0142935;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572863;STB=0.533298;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0363777;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:13:18:12:7:13:18 chr3 130424441 . C T 320.2 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0175568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4938;QD=15.0684;RBI=0.0596887;REFB=0.0250322;REVB=0.0570482;RO=49;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156285;STB=0.59415;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.032164;OID=.;OPOS=130424441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:49:35:36:0.423529:21:14:27:22:22:14:27:22 chr3 130852185 . TG CA 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186643;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=320.921;QD=62.9829;RBI=0.0200716;REFB=0;REVB=0.00738332;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.09958e-05;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr3 130992385 . T C 441.07 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.012432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.276;QD=22.3326;RBI=0.0303664;REFB=-0.0331293;REVB=-0.0277049;RO=36;SAF=16;SAR=27;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177326;STB=0.5978;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0357406;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:27:16:21:15:27:16:21:15 chr3 131947937 . A G 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8107;QD=61.3742;RBI=0.0580601;REFB=0;REVB=0.0313184;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145034;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr3 132166266 . T G 288.69 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0404502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.279;QD=16.2641;RBI=0.0407862;REFB=-0.00685474;REVB=0.00522508;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191958;STB=0.607607;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00697133;OID=.;OPOS=132166266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:13:26:15:17:13:26 chr3 132186187 . G A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.000400874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.922;QD=19.2745;RBI=0.0150517;REFB=-0.00212154;REVB=0.0150463;RO=26;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862636;STB=0.549088;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00365651;OID=.;OPOS=132186187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:19:4:6:20:19:4:6:20 chr3 132218623 . G T 1770.81 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022967;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.825;QD=61.0625;RBI=0.0253808;REFB=0;REVB=0.0108027;RO=0;SAF=77;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7589e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:39:77:0:0:39:77:0:0 chr3 132257419 . A G 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00244677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.194;QD=14.8035;RBI=0.00284875;REFB=-0.00354202;REVB=-0.00145901;RO=54;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618759;STB=0.535058;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00522955;OID=.;OPOS=132257419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:20:17:28:26:20:17:28:26 chr3 132277866 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0115988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.655;QD=21.971;RBI=0.030205;REFB=-0.000990791;REVB=-0.0278892;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405079;STB=0.522705;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=3.04457e-05;OID=.;OPOS=132277866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:11:6:8:12:11:6 chr3 132338346 . T G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0186283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.595;QD=13.3366;RBI=0.0189097;REFB=-0.00211354;REVB=-0.00325026;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446326;STB=0.546014;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00266534;OID=.;OPOS=132338346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:7:7:13:11:8:7:13:11 chr3 132360883 . C T 1218.48 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.895;QD=60.9239;RBI=0.00903004;REFB=0;REVB=-0.00309541;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06511e-05;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:39:41:0:0 chr3 132401600 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0116054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4215;QD=10.9361;RBI=0.0493534;REFB=-0.00044174;REVB=0.0479695;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267326;STB=0.65501;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00314699;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:6:28:10:6:6:28 chr3 132436967 . A G 291.5 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00792081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3072;QD=33.3141;RBI=0.0109919;REFB=-0.0201658;REVB=-0.00762119;RO=10;SAF=16;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130225;STB=0.57137;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0070283;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:9:16:4:6:9:16:4:6 chr3 133099245 . G A 438.06 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00996399;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.105;QD=18.8414;RBI=0.0100355;REFB=-0.00219474;REVB=-0.0011958;RO=49;SAF=16;SAR=28;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448113;STB=0.524989;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00296826;OID=.;OPOS=133099245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:28:16:20:29:28:16:20:29 chr3 133114893 . C T 893.32 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167108;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.282;QD=56.7184;RBI=0.0262449;REFB=-0.126258;REVB=-0.0202372;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000407476;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:1:0:30:32:1:0 chr3 133342218 . C T 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.000521657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.063;QD=19.4503;RBI=0.0223212;REFB=-0.011848;REVB=-0.0223151;RO=48;SAF=27;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556615;STB=0.53096;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0127996;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:18:27:26:22:18:27:26:22 chr3 133483696 . T C 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0144028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.045;QD=14.8588;RBI=0.0211504;REFB=0.000700355;REVB=-0.0154886;RO=46;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033735;STB=0.519114;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00110025;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:19:14:21:25:19:14:21:25 chr3 133485133 . A G 940.97 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887223;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.917;QD=58.8108;RBI=0.0373438;REFB=0;REVB=0.0362746;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3156e-05;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr3 133486958 . G C 349.46 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00200471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.673;QD=15.1941;RBI=0.00338742;REFB=-0.0200489;REVB=-0.00273052;RO=54;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04652;STB=0.526302;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0290977;OID=.;OPOS=133486958;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:20:18:28:26:20:18:28:26 chr3 133494354 . C T 153.44 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0075301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.525;QD=13.9495;RBI=0.0183014;REFB=-0.00404007;REVB=-0.0166805;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992387;STB=0.538878;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00810783;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:17:17:0.386364:11:6:7:19:11:6:8:19 chr3 133524717 . G C 1269.81 PASS AF=0.483271;AO=130;DP=269;FAO=130;FDP=269;FR=.;FRO=139;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=0.0057147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.487;QD=18.8819;RBI=0.0101545;REFB=-0.0209127;REVB=-0.00839376;RO=138;SAF=74;SAR=56;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789214;STB=0.545364;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0162087;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:138:139:130:130:0.483271:56:74:67:71:56:74:67:72 chr3 133538548 . A G 281.36 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.111333;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.392;QD=19.0754;RBI=0.114733;REFB=-0.0215266;REVB=-0.0277259;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732914;STB=0.525407;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0177172;OID=.;OPOS=133538548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:29:30:30:0.508475:15:15:13:18:15:15:13:16 chr3 133698349 . C T 188.73 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00315477;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.033;QD=10.9411;RBI=0.0147234;REFB=-0.00213733;REVB=0.0143814;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182348;STB=0.605649;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00468328;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:45:24:24:0.347826:11:13:17:28:11:13:17:28 chr3 133941320 . C T 300.03 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0107597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9715;QD=17.6485;RBI=0.0253405;REFB=-0.000680405;REVB=0.0229428;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124694;STB=0.575712;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0015765;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:18:14:20:15:19:14:20:15 chr3 134075522 . A G 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.423;QD=60.9143;RBI=0.0233825;REFB=0.0211677;REVB=-0.0134917;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000328621;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:1:0:37:49:1:0 chr3 134077470 . C G 2701.77 PASS AF=0.988701;AO=174;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.865;QD=61.057;RBI=0.0157321;REFB=0.0368292;REVB=0.0106772;RO=1;SAF=91;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520227;STB=0.505434;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-3.6223e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:177:1:2:174:175:0.988701:83:91:1:0:84:91:2:0 chr3 134278270 . C T 516.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.471;QD=59.0678;RBI=0.0218716;REFB=0;REVB=0.0155277;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23922e-05;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:14:21:0:0 chr3 134280395 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.223;QD=63.8716;RBI=0.0259578;REFB=0;REVB=0.0107122;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94683e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr3 134322163 . C A 920.23 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.541;QD=58.4271;RBI=0.0116609;REFB=0;REVB=-0.00465009;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93464e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr3 134322742 . A G 657.37 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0405297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.588;QD=50.5668;RBI=0.0413248;REFB=-0.000621982;REVB=-0.00806738;RO=3;SAF=14;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630344;STB=0.503354;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00017181;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:35:14:1:2:35:14:1:2 chr3 134323156 . A G 740.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6673;QD=56.9498;RBI=0.0578604;REFB=0;REVB=-0.0567068;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459917;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr3 134499419 . G A 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159486;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.746;QD=62.6855;RBI=0.0659114;REFB=0;REVB=-0.0639527;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000696782;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr3 134898742 . C T 627.92 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0116645;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.53;QD=20.4201;RBI=0.0117973;REFB=-0.00898995;REVB=0.001765;RO=60;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773433;STB=0.504259;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00825058;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:60:60:63:63:0.512195:32:31:29:31:32:31:29:31 chr3 136573440 . A G 270.5 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0692263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3253;QD=14.4264;RBI=0.0758994;REFB=-0.0167183;REVB=-0.0311198;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142046;STB=0.580733;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0203413;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:21:23:12:19:21:23 chr3 136574501 . A G 594.47 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.05523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0074;QD=22.2231;RBI=0.0629974;REFB=-0.0170284;REVB=-0.0303038;RO=47;SAF=24;SAR=34;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804054;STB=0.512858;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.01349;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:48:58:59:0.551402:34:24:19:28:34:25:19:29 chr3 136574578 . T TTAA 285.58 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00729297;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=3;MLLD=275.36;QD=17.5741;RBI=0.00811216;REFB=-0.00685663;REVB=-0.00355243;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730266;STB=0.568819;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.00687454;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923:31:70:31:65:34:16:15:22:12:99:39:16:15:23:16 chr3 136649463 . C T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0154132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.723;QD=15.5684;RBI=0.016432;REFB=-0.00578141;REVB=-0.00569606;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150621;STB=0.584717;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00533308;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:11:24:15:13:11:24 chr3 136731030 . C T 137.8 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.11186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5002;QD=10.0215;RBI=0.118999;REFB=0.00561171;REVB=0.040594;RO=37;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309734;STB=0.683999;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0145296;OID=.;OPOS=136731030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:5:13:17:20:5:13:17:20 chr3 137786442 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.387;QD=60.9783;RBI=0.0151961;REFB=0;REVB=0.0150079;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73355e-05;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 137787047 . C T 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.656;QD=59.4955;RBI=0.0266113;REFB=0;REVB=0.0167059;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91662e-05;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr3 137787192 . T C 1095.51 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0586423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1336;QD=58.4272;RBI=0.0615935;REFB=-0.0993253;REVB=0.018837;RO=2;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788676;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00962583;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:2:1:73:74:0.986667:47:26:1:1:47:27:0:1 chr3 137787963 . T G 1635.32 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.288;QD=60.0117;RBI=0.020581;REFB=0;REVB=0.00983438;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186089;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:44:65:0:0:44:65:0:0 chr3 137807259 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.647;QD=59.8559;RBI=0.018744;REFB=0;REVB=0.0159715;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58526e-05;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr3 137843106 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.056;QD=52.6132;RBI=0.0137664;REFB=0;REVB=0.0098138;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86057e-07;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 137843476 . G T 751.7 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964957;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.764;QD=63.9741;RBI=0.0224771;REFB=0;REVB=0.0203003;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35267e-05;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr3 137850003 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.163;QD=62.9829;RBI=0.0225467;REFB=0;REVB=0.0136833;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5145e-05;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr3 137880743 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.275;QD=50.4129;RBI=0.0147155;REFB=0;REVB=-0.00529138;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198439;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr3 137881265 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.93;QD=57.6807;RBI=0.0401511;REFB=0;REVB=0.0108156;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166068;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr3 137881275 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0357317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.548;QD=12.3284;RBI=0.0486995;REFB=-0.00855796;REVB=-0.0330891;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0128401;OID=.;OPOS=137881275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:5:12:6:5:5:12 chr3 138033181 . C T 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6779;QD=56.6953;RBI=0.110234;REFB=0;REVB=-0.0340158;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164442;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 138187568 . C T 3150.71 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211768;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.569;QD=61.7786;RBI=0.0238204;REFB=0;REVB=0.0109067;RO=0;SAF=90;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39065e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:204:204:1:114:90:0:0:114:90:0:0 chr3 138191232 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.937;QD=43.016;RBI=0.0292742;REFB=-0.0689776;REVB=-0.01489;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0030716;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr3 138289163 . T C 768.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201654;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.29;QD=64.0806;RBI=0.0358754;REFB=0;REVB=0.0296716;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177134;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr3 138289221 . C T 1313.43 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293273;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4149;QD=61.8087;RBI=0.0394931;REFB=0;REVB=0.0264501;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012417;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:40:45:0:0 chr3 138329862 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.77;QD=62.3502;RBI=0.0376478;REFB=0;REVB=0.0264823;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27196e-06;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr3 138665815 . C T 319.39 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0624222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8281;QD=15.9694;RBI=0.0636833;REFB=-0.0139163;REVB=0.0126112;RO=45;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056618;STB=0.531789;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0212158;OID=.;OPOS=138665815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:24:11:12:33:24:11:12:33 chr3 138668582 . T C 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0131905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.494;QD=14.4108;RBI=0.0261264;REFB=0.00256045;REVB=0.0225522;RO=28;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391766;STB=0.728897;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00221945;OID=.;OPOS=138668582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:4:14:12:16:4:14:12:16 chr3 138668692 . T C 379.59 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00378174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.45;QD=16.6854;RBI=0.0068432;REFB=-0.0184596;REVB=0.00570332;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598383;STB=0.53361;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0298892;OID=.;OPOS=138668692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:22:18:26:25:22:18:26:25 chr3 138669222 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0266399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.081;QD=18.9387;RBI=0.0316211;REFB=-0.0141815;REVB=-0.0170355;RO=29;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286835;STB=0.661321;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00993056;OID=.;OPOS=138669222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:7:23:14:15:7:23:14:15 chr3 138724757 . C G 156.2 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0220836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1396;QD=15.6195;RBI=0.0645579;REFB=-0.00189219;REVB=0.0606633;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668603;STB=0.538417;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00328418;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:15:8:7:10:15:8 chr3 138738958 . A G 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00233998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.778;QD=26.5502;RBI=0.00921349;REFB=-0.0132574;REVB=-0.00891139;RO=19;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131486;STB=0.572082;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00685871;OID=.;OPOS=138738958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:14:18:7:12:14:18:7:12 chr3 138739617 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.355;QD=40.7629;RBI=0.020054;REFB=0;REVB=-0.000806331;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128825;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr3 138762707 . C G 385.26 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00411609;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.983;QD=17.7131;RBI=0.0132355;REFB=-0.0352146;REVB=-0.0125792;RO=45;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089907;STB=0.530714;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0235034;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:47:39:40:0.45977:18:21:20:25:19:21:22:25 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 1480.47 PASS AF=0.00980392,0.990196;AO=14,80;DP=110;FAO=1,101;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=0,58;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165598,0.0142978;FXX=0.0810738;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=263.531,275.146;QD=58.0576;RBI=0.0472361,0.0609824;REFB=0,0;REVB=0.0442383,0.0592826;RO=0;SAF=2,46;SAR=12,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3274e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0180905,0.000257838;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.00980392,0.990196:14,80:110:1,101:102:0:0,58:1,43:0:0:3:0:2,46:12,34:0:0 chr3 139102120 . C A 1099.26 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.893;QD=60.2334;RBI=0.0221229;REFB=0;REVB=0.0213101;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90564e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr3 139257603 . A G 112.97 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.026932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.469;QD=9.41429;RBI=0.0287211;REFB=-0.00803086;REVB=0.00997844;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838779;STB=0.550825;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0312607;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:6:8:17:17:6:8:17:17 chr3 139258411 . G A 446.16 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0172597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1823;QD=20.7515;RBI=0.0242312;REFB=-0.0314382;REVB=0.0170075;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840843;STB=0.546491;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0197626;OID=.;OPOS=139258411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:22:22:25:17:22:22:25:17 chr3 139303248 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.382;QD=55.6551;RBI=0.0397025;REFB=0;REVB=0.0352826;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15066e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr3 139318241 . A T 303.69 PASS AF=0.447368;AO=31;DP=72;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0291808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.611;QD=15.9834;RBI=0.0301509;REFB=-0.0048691;REVB=0.00758682;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110591;STB=0.522966;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00671696;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:39:42:31:34:0.447368:20:11:18:21:20:14:19:23 chr3 139328739 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.499;QD=49.5947;RBI=0.0917141;REFB=0;REVB=0.0906427;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016673;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr3 140167536 . A G 358.56 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0136445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.604;QD=11.6606;RBI=0.0177759;REFB=-0.000431829;REVB=-0.0113935;RO=79;SAF=14;SAR=30;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918943;STB=0.552801;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000670383;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:30:14:31:48:30:14:31:48 chr3 140401693 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9138;QD=56.7027;RBI=0.0544226;REFB=0;REVB=0.0471862;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531122;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 140406947 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0298259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.521;QD=14.6497;RBI=0.0335494;REFB=-0.00554036;REVB=-0.0153615;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00974996;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:12:7:6:8:12:7 chr3 140407260 . C A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0440151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.65;QD=18.2489;RBI=0.0441798;REFB=-0.00456881;REVB=-0.00381124;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182354;STB=0.603623;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00556769;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:3:9:7:6:3:9 chr3 140785175 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.066;QD=43.4861;RBI=0.0791558;REFB=0;REVB=0.0411132;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883735;OID=.;OPOS=140785175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr3 141145046 . C G 313.17 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0659312;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.022;QD=16.7021;RBI=0.0664611;REFB=-0.00181576;REVB=0.00837613;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201471;STB=0.612378;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00360404;OID=.;OPOS=141145046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:18:16:11:30:18:16:11:30 chr3 141162128 . C G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0494623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.722;QD=21.0138;RBI=0.0512608;REFB=0.00369935;REVB=-0.013459;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00249429;OID=.;OPOS=141162128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr3 141162185 . T G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0187467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.626;QD=14.0438;RBI=0.020604;REFB=-0.082178;REVB=-0.008549;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0138419;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr3 141326602 . T C 406.74 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0339981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.364;QD=15.9506;RBI=0.0381672;REFB=0.00203917;REVB=0.0173455;RO=57;SAF=16;SAR=29;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140513;STB=0.578912;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00147292;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:29:16:28:29:29:16:28:29 chr3 141327474 . G A 222.74 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0234647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2019;QD=14.1422;RBI=0.0277677;REFB=-0.0172245;REVB=0.0148476;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204465;STB=0.607063;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0192013;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:36:36:25:27:0.428571:16:9:20:16:17:10:20:16 chr3 141331222 . G A 1071.85 PASS AF=0.488789;AO=109;DP=223;FAO=109;FDP=223;FR=.;FRO=114;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=-0.000781399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.66;QD=19.2261;RBI=0.0221696;REFB=-0.00628498;REVB=-0.0221558;RO=112;SAF=51;SAR=58;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782273;STB=0.542275;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0055395;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:112:114:109:109:0.488789:58:51:43:69:58:51:44:70 chr3 141535558 . A G 234.25 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00532285;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4832;QD=14.6407;RBI=0.0054446;REFB=-0.00051817;REVB=0.00114495;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979716;STB=0.570882;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00798739;OID=.;OPOS=141535558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:35:37:27:27:0.421875:15:12:19:16:15:12:21:16 chr3 141535608 . C A 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0075406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.018;QD=16.3843;RBI=0.00987167;REFB=-0.000587622;REVB=0.00637096;RO=56;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463363;STB=0.525934;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000870132;OID=.;OPOS=141535608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:22:23:26:30:22:23:26:30 chr3 141923506 . C T 769.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.478;QD=61.5297;RBI=0.0478051;REFB=0;REVB=0.0123629;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191649;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:21:26:0:0:21:29:0:0 chr3 141932356 . G A 901.53 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.656;QD=58.1631;RBI=0.019883;REFB=0;REVB=-0.0049934;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45193e-05;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:34:28:0:0 chr3 142139172 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0176474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.683;QD=14.8515;RBI=0.0193517;REFB=0.00214352;REVB=0.00794073;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24096;STB=0.638569;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0024694;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:19:10:11:8:19:10 chr3 142168331 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3808;QD=59.6784;RBI=0.0804353;REFB=0;REVB=0.0739903;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036373;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr3 142222284 . A G 444.91 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00931464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.439;QD=17.9761;RBI=0.00961924;REFB=-0.00748714;REVB=-0.00240152;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147681;STB=0.576511;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0110463;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:22:23:19:34:22:23:20:34 chr3 142277536 . A G 405.94 PASS AF=0.405172;AO=48;DP=117;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00840836;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.456;QD=13.998;RBI=0.0089113;REFB=0.00416096;REVB=-0.0029514;RO=69;SAF=23;SAR=25;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161472;STB=0.502578;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0117382;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:69:69:48:47:0.405172:25:23:32:37:25:22:32:37 chr3 142277575 . A T 260.66 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00248907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.453;QD=11.3331;RBI=0.00283416;REFB=-0.0136664;REVB=0.00135536;RO=59;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104463;STB=0.543451;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0224743;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:60:31:32:0.347826:15:16:25:34:16:16:26:34 chr3 142281612 . A G 173.0 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00517436;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.068;QD=18.211;RBI=0.0174656;REFB=0.00336687;REVB=0.0166815;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417034;STB=0.738851;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00443107;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:13:7:14:4:13:7 chr3 142392596 . T C,TC 250.21 PASS AF=0.025641,0.384615;AO=3,28;DP=81;FAO=2,30;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=2,14;FSAR=0,16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0121666,0.0219731;FXX=0.0126566;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=224.955,22.1322;QD=12.8312;RBI=0.0173115,0.0671841;REFB=-0.00624799,0.00537246;REVB=-0.0123151,-0.0634892;RO=49;SAF=3,13;SAR=0,15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468352,-0.0506917;STB=0.994635,0.533311;STBP=0.185,0.673;TYPE=snp,ins;VARB=0.0487094,-0.0255762;OID=.,.;OPOS=142392596,142392597;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:81:78:49:46:3,28:2,30:0.025641,0.384615:0,15:3,13:25:24:0,16:2,14:24:22 chr3 142408606 . G A 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0155762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.676;QD=22.9714;RBI=0.0175108;REFB=-0.00372207;REVB=-0.00800048;RO=39;SAF=16;SAR=31;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054709;STB=0.530027;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00245423;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:31:16:11:28:31:16:11:28 chr3 142503605 . G A 1935.51 PASS AF=0.962687;AO=127;DP=132;FAO=129;FDP=134;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0275069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.142;QD=57.7764;RBI=0.0288285;REFB=-0.0903291;REVB=-0.00862867;RO=5;SAF=61;SAR=66;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086154;STB=0.504459;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00084745;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:134:5:5:127:129:0.962687:66:61:3:2:67:62:3:2 chr3 142523349 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.854;QD=58.5976;RBI=0.00207111;REFB=0;REVB=0.00176784;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95459e-06;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr3 142524858 . G A 1389.83 PASS AF=0.951456;AO=100;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00934512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3206;QD=53.9739;RBI=0.0702582;REFB=0.0126042;REVB=0.0696339;RO=3;SAF=40;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342516;STB=0.530858;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00759641;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:3:5:100:98:0.951456:60:40:3:0:60:38:5:0 chr3 142670616 . A G 387.04 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00918672;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.404;QD=23.1066;RBI=0.0127427;REFB=0.00443809;REVB=0.00883061;RO=27;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180749;STB=0.527142;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00380393;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:27:29:38:38:0.567164:22:16:12:15:22:16:14:15 chr3 142730774 . T G 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4559;QD=54.8812;RBI=0.031947;REFB=0.0245709;REVB=-0.0263697;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0131908;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:1:0:33:21:1:0 chr3 142779294 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.394;QD=63.2866;RBI=0.0307723;REFB=0;REVB=-0.00532018;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125138;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr3 142985717 . T C 505.04 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.023169;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.967;QD=17.5665;RBI=0.0233981;REFB=-0.00298068;REVB=-0.00326608;RO=60;SAF=18;SAR=36;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150501;STB=0.588923;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00434552;OID=.;OPOS=142985717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:36:18:29:31:36:18:30:31 chr3 143293012 . A G 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0348777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5991;QD=19.6663;RBI=0.0620946;REFB=-0.0288649;REVB=-0.051374;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046477;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.025921;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:9:10:9:10:9:10 chr3 145782812 . T C 564.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.912;QD=59.4556;RBI=0.0886964;REFB=0;REVB=0.0460577;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129679;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr3 145803138 . T C 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0602255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8606;QD=44.09;RBI=0.0723787;REFB=0.00188158;REVB=-0.0401443;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00647663;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:0:1:9:8:0:1 chr3 145803142 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.656;QD=47.8222;RBI=0.0184507;REFB=0;REVB=-0.0071452;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112142;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr3 146177815 . C T 512.11 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0142442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9172;QD=15.6368;RBI=0.037502;REFB=-0.0168097;REVB=-0.0346916;RO=75;SAF=22;SAR=34;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217983;STB=0.512218;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0233325;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:34:22:31:44:34:22:31:44 chr3 146243369 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00991739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.526;QD=13.4855;RBI=0.0101747;REFB=-0.0162178;REVB=0.00227368;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0236729;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr3 146289323 . T C 429.62 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.315;QD=57.2832;RBI=0.0516387;REFB=0;REVB=0.0504729;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890446;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:11:17:0:0:12:18:0:0 chr3 147121751 . C T 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0155565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2144;QD=22.9792;RBI=0.0185355;REFB=-0.004705;REVB=-0.0100777;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835506;STB=0.546724;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0050955;OID=.;OPOS=147121751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:12:10:9:16:12:10 chr3 148459395 . C T 615.09 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319078;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2373;QD=61.509;RBI=0.0377765;REFB=0;REVB=0.0202228;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228521;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 148460467 . C A 2511.21 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.463;QD=61.6249;RBI=0.0182225;REFB=0;REVB=0.00852191;RO=0;SAF=83;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5241e-06;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:80:83:0:0:80:83:0:0 chr3 148460700 . G A 164.81 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194969;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.741;QD=47.0893;RBI=0.0284489;REFB=0;REVB=0.028382;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212292;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr3 148562310 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0275059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.795;QD=12.873;RBI=0.0518787;REFB=-0.000410705;REVB=0.0439867;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119125;STB=0.569285;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00135138;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:17:15:11:8:17:15 chr3 148597612 . C T 944.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00056875;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.383;QD=59.0475;RBI=0.0175384;REFB=0;REVB=-0.0175292;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449388;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:36:26:0:0:38:26:0:0 chr3 148759325 . T C 333.69 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0197963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8583;QD=21.8816;RBI=0.0528617;REFB=-0.0449339;REVB=0.0490149;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867016;STB=0.547917;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0336617;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:14:13:20:14:14:13 chr3 148786108 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.433;QD=61.6839;RBI=0.0214751;REFB=0;REVB=-0.0191595;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45139e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr3 148863151 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0157106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.216;QD=14.2416;RBI=0.0158331;REFB=0.0050297;REVB=-0.0019655;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20676;STB=0.609655;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00630653;OID=.;OPOS=148863151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:8:14:13:17:8:14:14:17 chr3 148916235 . T A 670.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0976;QD=62.3259;RBI=0.0216636;REFB=0;REVB=0.00857518;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270015;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 149093238 . A G 771.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191317;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.323;QD=57.1431;RBI=0.0211792;REFB=0;REVB=0.00908504;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48326e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr3 149216629 . C T 575.18 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0152737;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.846;QD=17.9742;RBI=0.0152864;REFB=-0.0188637;REVB=0.00062221;RO=68;SAF=15;SAR=45;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282412;STB=0.657839;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.015641;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:68:68:60:60:0.46875:45:15:35:33:45:15:35:33 chr3 149220517 . C T 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.035244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5579;QD=16.0051;RBI=0.0384787;REFB=-0.00276824;REVB=0.0154424;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229759;STB=0.512946;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00301905;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:21:14:19:26:21:14:19:26 chr3 149374873 . G T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0154628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.799;QD=28.126;RBI=0.0168022;REFB=0.00555397;REVB=-0.00657384;RO=14;SAF=19;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24542;STB=0.636746;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0026233;OID=.;OPOS=149374873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:5:19:7:7:5:19:7:7 chr3 149459341 . A G 564.99 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00855807;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.339;QD=23.5414;RBI=0.0454068;REFB=-0.00771401;REVB=0.044593;RO=43;SAF=25;SAR=27;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321589;STB=0.512044;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0064763;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:43:44:52:52:0.541667:27:25:19:24:27:25:20:24 chr3 149459413 . C T 652.8 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.000245892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.808;QD=20.7237;RBI=0.0130599;REFB=-0.0204315;REVB=0.0130576;RO=61;SAF=23;SAR=42;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528725;STB=0.529125;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0206218;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:42:23:25:36:42:23:25:36 chr3 149469159 . C G 224.88 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0186048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.165;QD=19.9894;RBI=0.0469861;REFB=0.00202517;REVB=0.0431457;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581528;STB=0.53274;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00137039;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:15:8:9:13:15:8 chr3 149479301 . C T 477.77 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00242568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.103;QD=15.4121;RBI=0.0282635;REFB=-0.00222853;REVB=-0.0281592;RO=71;SAF=29;SAR=24;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219046;STB=0.501228;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0039639;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:24:29:39:32:24:29:39:32 chr3 149485531 . A C 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00220242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.414;QD=21.2879;RBI=0.00548098;REFB=-0.00830628;REVB=-0.00501901;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087136;STB=0.548109;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00565164;OID=.;OPOS=149485531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:16:23:21:22:16:23 chr3 149678534 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000165136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.744;QD=57.1043;RBI=0.00338005;REFB=0;REVB=0.00337601;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54546e-05;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr3 150176547 . T G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0173847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.937;QD=18.4442;RBI=0.032446;REFB=-0.00218469;REVB=0.0273956;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00252939;OID=.;OPOS=150176547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr3 150280445 . C G 117.39 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0260389;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7833;QD=11.4523;RBI=0.0264258;REFB=0.00282144;REVB=0.00450548;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178774;STB=0.510623;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00630484;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:12:15:8:6:12:15 chr3 150347833 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0138254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0503;QD=14.0966;RBI=0.0198318;REFB=-0.000770177;REVB=0.0142182;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.617473;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000924713;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:12:6:7:6:12:6 chr3 150403749 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0443602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2535;QD=22.3978;RBI=0.0472384;REFB=-0.0115272;REVB=-0.016237;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280213;STB=0.515681;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0113349;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:11:8:10:12:11:8 chr3 150421419 . G A 236.02 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0159096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.239;QD=17.4831;RBI=0.0246293;REFB=-0.0289486;REVB=-0.0188013;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131991;STB=0.574018;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0236264;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:18:10:13:13:18:10 chr3 150690439 . T A 322.64 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0345754;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.246;QD=21.5096;RBI=0.0356052;REFB=-0.0308804;REVB=-0.00850136;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167598;STB=0.509273;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.029476;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:19:14:12:15:19:14:12:15 chr3 151011969 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0259928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.166;QD=9.19985;RBI=0.0420365;REFB=0.0149521;REVB=-0.033037;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343745;STB=0.71926;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0198762;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:5:8:6:1:5:8 chr3 151012497 . T C 464.22 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0128141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.414;QD=16.4326;RBI=0.0128314;REFB=-0.00125638;REVB=0.0006654;RO=61;SAF=34;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224911;STB=0.630251;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00122019;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:51:51:0.451327:17:34:27:34:17:34:27:35 chr3 151046308 . G A 415.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281709;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.638;QD=57.2434;RBI=0.0328585;REFB=0;REVB=0.016914;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697774;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr3 151046604 . G T 344.97 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00540978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0699;QD=16.6252;RBI=0.00914833;REFB=-0.0155192;REVB=0.00737741;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019816;STB=0.501113;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0238765;OID=.;OPOS=151046604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:25:12:15:31:25:12:15:31 chr3 151090424 . G A 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0318713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.989;QD=15.4225;RBI=0.0320405;REFB=-0.0153242;REVB=-0.00328812;RO=52;SAF=25;SAR=13;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474345;STB=0.522471;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0201666;OID=.;OPOS=151090424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:13:25:32:20:13:25:33:20 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=46;DP=151;LEN=87;RO=105;SAF=2;SAR=46;SRF=12;SRR=91;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:151:105:46:46:2:12:91 chr3 151143447 . G T 251.6 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000360052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.487;QD=20.5391;RBI=0.00426758;REFB=0.00197017;REVB=-0.00425236;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239863;STB=0.513502;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00259008;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:10:15:15:9:10:15 chr3 151150968 . T G 434.11 PASS AF=1;AO=12;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037965;FXX=0.0302939;HRUN=13;LEN=1;MLLD=223.94;QD=54.2632;RBI=0.15918;REFB=0;REVB=-0.159134;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625933;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:32:0:0:12:32:1:4:8:0:0:14:18:0:0 chr3 151154666 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.301;QD=64.1538;RBI=0.0210801;REFB=0;REVB=0.0205185;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44573e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr3 151155248 . A C 256.32 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00436223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.406;QD=13.4904;RBI=0.00439489;REFB=0.000154213;REVB=-0.000534721;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152798;STB=0.587243;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000237983;OID=.;OPOS=151155248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:25:21:18:12:25:21 chr3 151155620 . G A 481.17 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0330306;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0062;QD=17.1848;RBI=0.0339369;REFB=-0.00243664;REVB=-0.0077903;RO=48;SAF=30;SAR=22;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812646;STB=0.505616;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000988453;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:48:60:52:52:0.464286:22:30:32:16:22:30:34:26 chr3 151155758 . A C 268.9 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00156546;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.333;QD=18.5448;RBI=0.00211389;REFB=-0.0132384;REVB=0.00142052;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126275;STB=0.570682;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0108715;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:29:29:29:29:0.5:11:18:14:15:11:18:14:15 chr3 151161112 . A G 435.28 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00738391;FXX=0.0350846;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.29;QD=15.8284;RBI=0.0968164;REFB=-0.0166858;REVB=-0.0965344;RO=58;SAF=19;SAR=29;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153792;STB=0.577745;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0244281;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:58:62:48:48:0.436364:29:19:32:26:29:19:33:29 chr3 151165678 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0256158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.878;QD=54.481;RBI=0.0266328;REFB=-0.22695;REVB=-0.00728938;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00614005;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:22:9:0:1:22:9:0:1 chr3 151166058 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000816459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.836;QD=21.5108;RBI=0.00760664;REFB=0.000482461;REVB=-0.0075627;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000505303;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:9:10:13:8:9:10 chr3 151166422 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00329434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.374;QD=17.7107;RBI=0.00910754;REFB=-0.0224416;REVB=0.00849085;RO=36;SAF=25;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166645;STB=0.593892;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0221768;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:8:25:22:14:8:25:22:14 chr3 151171439 . A C 196.55 PASS AF=0.337838;AO=22;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00638096;FXX=0.0133316;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.819;QD=10.6241;RBI=0.0247217;REFB=-0.016453;REVB=-0.0238841;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237094;STB=0.573677;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0213807;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:49:22:25:0.337838:10:12:12:25:12:13:20:29 chr3 151171542 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.364;QD=57.1775;RBI=0.0246913;REFB=0;REVB=-0.00685805;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20703e-05;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr3 151283691 . C A 335.71 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0193618;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=14.2856;RBI=0.0312917;REFB=-0.00977465;REVB=-0.0245824;RO=56;SAF=11;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210505;STB=0.615895;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.022786;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:26:11:27:29:26:11:27:30 chr3 151463421 . G T 396.11 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0130028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.119;QD=17.8027;RBI=0.0229393;REFB=-0.0207807;REVB=0.0188981;RO=48;SAF=8;SAR=32;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326599;STB=0.68786;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0224874;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:32:8:23:25:33:8:23:25 chr3 152554357 . A G 1717.34 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488056;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.029;QD=59.7337;RBI=0.0488063;REFB=0.0425654;REVB=-0.000256111;RO=1;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811696;STB=0.504273;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000578335;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:115:1:1:114:114:0.991304:58:56:0:1:58:56:0:1 chr3 152637565 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00482017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.221;QD=14.948;RBI=0.00583161;REFB=-0.00873334;REVB=0.00328234;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323431;STB=0.68194;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0108526;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:12:19:12:30:12:19:12:30 chr3 152852044 . C T 254.31 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000930727;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.66;QD=27.493;RBI=0.0367187;REFB=0.0204729;REVB=0.0367069;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196324;STB=0.609038;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.012431;OID=.;OPOS=152852044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:14:23:23:0.621622:16:7:8:6:16:7:8:6 chr3 152852070 . T C 708.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.422;QD=62.9671;RBI=0.0258087;REFB=0;REVB=0.0237849;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23351e-05;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr3 152852188 . T C 310.58 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0217228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.037;QD=21.419;RBI=0.0224064;REFB=-0.00158715;REVB=0.00549266;RO=25;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193695;STB=0.607949;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00175001;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:25:26:30:32:0.551724:19:11:15:10:21:11:15:11 chr3 152881396 . T G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0101782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.745;QD=26.6007;RBI=0.0326543;REFB=-0.0448759;REVB=0.0310275;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332935;OID=.;OPOS=152881396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:1:1:4:4:1:1 chr3 152882853 . C A 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0252792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2694;QD=14.0774;RBI=0.062682;REFB=-0.00462535;REVB=-0.0573585;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00270502;OID=.;OPOS=152882853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr3 152884465 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.000246663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.882;QD=15.5715;RBI=0.0201421;REFB=-0.00635911;REVB=0.0201406;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420583;STB=0.743751;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00692263;OID=.;OPOS=152884465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:3:9:3:8:3:9 chr3 152885599 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.882;QD=60.9786;RBI=0.0156194;REFB=0;REVB=0.0136054;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29573e-05;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr3 152885818 . G A 288.79 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00602854;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.877;QD=19.5793;RBI=0.016061;REFB=-0.00759108;REVB=0.0148867;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119684;STB=0.55502;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00855468;OID=.;OPOS=152885818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:28:30:31:0.525424:19:11:14:14:19:12:14:14 chr3 152885859 . A G 456.42 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0102346;FXX=0.0833234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.975;QD=23.7102;RBI=0.0154779;REFB=-0.0099115;REVB=-0.0116111;RO=34;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037951;STB=0.520861;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0046567;OID=.;OPOS=152885859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:77:34:34:43:43:0.558442:21:22:19:15:21:22:19:15 chr3 153839866 . G C 2198.91 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0175224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.913;QD=60.2441;RBI=0.0223641;REFB=-0.0168253;REVB=0.0138967;RO=3;SAF=71;SAR=71;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196643;STB=0.513697;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000302628;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:146:3:4:142:142:0.972603:71:71:3:0:71:71:4:0 chr3 153839959 . CT TC 692.77 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0486165;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=2;MLLD=56.6427;QD=58.9589;RBI=0.0509261;REFB=0.105716;REVB=-0.0151628;RO=1;SAF=3;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110625;STB=0.565624;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=-0.00873883;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:47:1:2:45:45:0.957447:42:3:0:1:42:3:1:1 chr3 154018887 . G C 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.232;QD=60.9724;RBI=0.0196451;REFB=0;REVB=-0.0170046;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05869e-05;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr3 154886278 . T C 442.17 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0208301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1486;QD=14.8629;RBI=0.0622188;REFB=-0.00186662;REVB=0.0586284;RO=68;SAF=14;SAR=36;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137976;STB=0.574735;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00394129;OID=.;OPOS=154886278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:69:50:50:0.420168:36:14:27:41:36:14:27:42 chr3 155241740 . A G 885.57 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=364.396;QD=58.07;RBI=0.0276786;REFB=0;REVB=-0.0235712;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0002e-06;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:22:38:0:0:22:39:0:0 chr3 155314034 . A G 480.76 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00576353;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.609;QD=21.8526;RBI=0.0306855;REFB=-0.0224756;REVB=0.0301394;RO=41;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226928;STB=0.621294;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0309372;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:41:42:45:46:0.522727:24:21:30:11:25:21:30:12 chr3 155461457 . C T 236.08 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0117902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2524;QD=19.272;RBI=0.011873;REFB=-0.00901808;REVB=0.00139989;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452756;STB=0.525645;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0146001;OID=.;OPOS=155461457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:9:17:16:7:9:17 chr3 155560337 . C T 460.01 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00691286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.05;QD=21.1498;RBI=0.017413;REFB=-0.0154484;REVB=0.015982;RO=42;SAF=16;SAR=29;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152159;STB=0.584267;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00946808;OID=.;OPOS=155560337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:29:16:22:20:29:16:22:20 chr3 156177675 . A G 311.96 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0151614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.098;QD=11.448;RBI=0.0167054;REFB=0.000672116;REVB=0.00701432;RO=70;SAF=20;SAR=19;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303241;STB=0.517395;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0012497;OID=.;OPOS=156177675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:70:39:39:0.357798:19:20:34:36:19:20:34:36 chr3 156234108 . A G 469.24 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0331258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6173;QD=15.7728;RBI=0.0338688;REFB=0.0026635;REVB=-0.00705542;RO=66;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109834;STB=0.555535;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00526485;OID=.;OPOS=156234108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:66:67:52:52:0.436975:30:22:21:45:30:22:22:45 chr3 156249214 . T C 287.53 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0360089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.419;QD=15.9741;RBI=0.036051;REFB=-0.0168024;REVB=0.00174299;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206448;STB=0.511621;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0275521;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:21:11:13:27:21:11:13:27 chr3 156544584 . C T 794.88 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00959736;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0651;QD=21.3389;RBI=0.00969011;REFB=-0.0064033;REVB=-0.00133746;RO=74;SAF=40;SAR=36;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.556323;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00622995;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:74:73:76:76:0.510067:36:40:30:44:36:40:30:43 chr3 156763279 . C T 567.54 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0234142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8551;QD=17.0687;RBI=0.0559766;REFB=0.00166643;REVB=0.0508444;RO=72;SAF=22;SAR=38;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10756;STB=0.564335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00156357;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:72:73:60:60:0.451128:38:22:34:38:38:22:35:38 chr3 156877276 . CAA C 125.75 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0173646;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.583;QD=12.5746;RBI=0.0211188;REFB=-0.0113771;REVB=0.0120197;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262756;STB=0.634468;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=0.0144756;OID=.;OPOS=156877277;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:18:40:18:40:22:11:7:8:14:99:19:11:7:6:13 chr3 156983414 . T C 612.84 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00252889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.51;QD=18.2938;RBI=0.0101876;REFB=-0.0149643;REVB=-0.00986877;RO=65;SAF=28;SAR=35;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012745;STB=0.503355;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0164819;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:65:71:63:63:0.470149:35:28:28:37:35:28:32:39 chr3 157081324 . A G 556.48 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0098261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0732;QD=22.7133;RBI=0.0212418;REFB=-0.0157521;REVB=-0.0188325;RO=45;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685438;STB=0.501179;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0088988;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:46:52:52:0.530612:27:25:22:23:27:25:22:24 chr3 157155314 . C A 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.000233359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.998;QD=13.7258;RBI=0.0312061;REFB=-0.00342605;REVB=0.0312053;RO=49;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139898;STB=0.579965;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00429599;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:11:21:26:23:11:21:26:23 chr3 157161190 . CAAAAAAAAGA CAAAAAAAATG,CAAAAAAAATGA,CAAAAAAAGA,CAAAAAAATGA 210.17 PASS AF=0,0.466667,0.0888889,0;AO=2,12,9,6;DP=46;FAO=0,21,4,0;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=0,6,1,0;FSAR=0,15,3,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0486128,-0.041725,-0.356985,-0.06198;FXX=0.0425441;HRUN=1,0,8,8;LEN=2,1,1,1;MLLD=93.4962,104.971,6.67917,104.871;QD=18.6817;RBI=0.0492367,0.0418216,0.36412,0.0622281;REFB=-0.00561378,-0.0259389,-0.0901647,-0.0307257;REVB=-0.00781286,-0.00283992,-0.0717279,-0.00555059;RO=12;SAF=2,1,5,3;SAR=0,11,4,3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.630414,-0.405775,0.211189,0.177981;STB=0.5,0.564452,0.642094,0.5;STBP=1,0.453,0.546,1;TYPE=mnp,ins,del,snp;VARB=-0.00932722,0.0140666,-0.0550619,-0.00131256;OID=.,.,.,.;OPOS=157161199,157161199,157161191,157161198;OREF=GA,-,A,A;OALT=TG,T,-,T;OMAPALT=CAAAAAAAATG,CAAAAAAAATGA,CAAAAAAAGA,CAAAAAAATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.466667,0.0888889,0:2,12,9,6:46:0,21,4,0:45:20:0,6,1,0:0,15,3,0:8:12:99:12:2,1,5,3:0,11,4,3:4:8 chr3 157815088 . G A 1558.15 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143963;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.505;QD=59.9287;RBI=0.0179061;REFB=0;REVB=0.0106478;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8635e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr3 157815217 . A T 258.97 PASS AF=0.553191;AO=23;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0887316;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.7204;QD=22.0397;RBI=0.112894;REFB=-0.0124515;REVB=-0.0697982;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218818;STB=0.6382;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00020542;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:21:23:26:0.553191:12:11:3:13:13:13:4:17 chr3 158187189 . G A 443.37 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0169214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.026;QD=20.1531;RBI=0.0225973;REFB=0.00086879;REVB=-0.0149767;RO=44;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834664;STB=0.546198;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00100743;OID=.;OPOS=158187189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:24:20:16:28:24:20:16:28 chr3 158306630 . T G 244.16 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0411881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8255;QD=23.2534;RBI=0.0562486;REFB=-0.0184269;REVB=-0.0383073;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265499;STB=0.634034;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0160417;OID=.;OPOS=158306630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:13:10:14:4:13:10:14:5 chr3 158320597 . T C 350.56 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0229118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.647;QD=20.6213;RBI=0.0299138;REFB=0.00697514;REVB=-0.0192323;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967771;STB=0.553661;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0032909;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:14:22:16:16:14:22:16:16 chr3 158362441 . T C 897.07 PASS AF=0.402439;AO=99;DP=245;FAO=99;FDP=246;FR=.;FRO=147;FSAF=66;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=83;FWDB=0.018481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.107;QD=14.5865;RBI=0.0370826;REFB=-0.0142152;REVB=-0.0321492;RO=144;SAF=66;SAR=33;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240316;STB=0.640855;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0320157;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:144:147:99:99:0.402439:33:66:64:80:33:66:64:83 chr3 158366900 . G A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0076098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.466;QD=18.7515;RBI=0.0078749;REFB=0.0101932;REVB=0.00202608;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540704;STB=0.530105;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0121875;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:20:20:19:24:20:20:19:24 chr3 158388780 . T C 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0167338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.214;QD=12.3459;RBI=0.0169516;REFB=0.00463145;REVB=-0.00270861;RO=47;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199776;STB=0.511474;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00494736;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:18:10:16:31:18:10:16:31 chr3 158952312 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0199805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.186;QD=15.153;RBI=0.0206007;REFB=-0.0078468;REVB=0.00501659;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153112;STB=0.586844;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00638733;OID=.;OPOS=158952312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:21:11:21:22:21:11:21:22 chr3 158952315 . C A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.127;QD=60.3767;RBI=0.00846266;REFB=0;REVB=0.00764499;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07182e-05;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr3 159744438 . C T 216.21 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0218707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.571;QD=13.3054;RBI=0.0228432;REFB=-0.0360422;REVB=-0.0065944;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067545;STB=0.54764;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.026464;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:10:16:21:17:10:16:21:18 chr3 159744440 . C T 216.66 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0279953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.387;QD=13.3331;RBI=0.0286391;REFB=-0.027571;REVB=0.00603833;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067545;STB=0.54764;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0250981;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:10:16:21:17:10:16:21:18 chr3 160219827 . T C 282.68 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.042091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0347;QD=8.76529;RBI=0.0459728;REFB=-0.045179;REVB=0.0184891;RO=88;SAF=15;SAR=24;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988846;STB=0.558793;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.107708;OID=.;OPOS=160219827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:90:39:39:0.302326:24:15:41:47:24:15:42:48 chr3 160219837 . C T 532.94 PASS AF=0.373563;AO=64;DP=173;FAO=65;FDP=174;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0529933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7532;QD=12.2514;RBI=0.0758475;REFB=-0.0527622;REVB=-0.0542638;RO=101;SAF=29;SAR=35;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409595;STB=0.524992;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.097029;OID=.;OPOS=160219837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:101:109:64:65:0.373563:35:29:42:59:35:30:46:63 chr3 160395205 . C A 538.29 PASS AF=0.5;AO=55;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00419399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.453;QD=19.2246;RBI=0.0216547;REFB=-0.01826;REVB=0.0212447;RO=56;SAF=31;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421649;STB=0.517988;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0200939;OID=.;OPOS=160395205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:55:56:0.5:24:31:29:27:25:31:29:27 chr3 160414759 . G A 297.18 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00251382;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.123;QD=10.6137;RBI=0.0400391;REFB=-0.00715324;REVB=-0.0399601;RO=69;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603657;STB=0.536405;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0119662;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:69:74:38:38:0.339286:20:18:29:40:20:18:31:43 chr3 160939776 . T A 167.65 PASS AF=0.9;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.196558;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=20.1589;QD=33.5309;RBI=0.196652;REFB=-0.0327318;REVB=-0.00607821;RO=4;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226414;STB=0.555494;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0176404;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:20:20:4:2:16:18:0.9:10:6:4:0:10:8:2:0 chr3 161221705 . A C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0831017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9322;QD=58.4157;RBI=0.0915434;REFB=0;REVB=0.0383967;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315743;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr3 164714532 . C T 2403.36 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.968;QD=61.2322;RBI=0.0326529;REFB=0;REVB=0.0181187;RO=0;SAF=74;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.87047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14496e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:83:74:0:0:83:74:0:0 chr3 164764719 . C A 2942.04 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.209;QD=63.2698;RBI=0.0467208;REFB=0;REVB=0.0105963;RO=0;SAF=84;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66677e-05;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:102:84:0:0:102:84:0:0 chr3 164773057 . G A 1053.98 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.596;QD=56.972;RBI=0.0278101;REFB=-0.123762;REVB=0.0226878;RO=2;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214341;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000736803;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:33:39:1:1:33:39:1:1 chr3 164783165 . T C 2064.91 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.033;QD=62.573;RBI=0.00680292;REFB=0;REVB=0.00587625;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50347e-05;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:72:59:0:0:73:59:0:0 chr3 164906806 . T C 223.81 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0412933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1806;QD=19.4619;RBI=0.104389;REFB=-0.02955;REVB=-0.095874;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851252;STB=0.548149;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0242144;OID=.;OPOS=164906806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:12:12:9:13:12:12 chr3 165951073 . C A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140;QD=57.7112;RBI=0.0284788;REFB=0;REVB=0.00672704;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173986;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr3 166900401 . C G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0360847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.116;QD=26.4934;RBI=0.0364149;REFB=0.0181935;REVB=-0.00489255;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861345;STB=0.54789;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00665047;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:6:3:8:9:6:3 chr3 166966436 . C T 901.67 PASS AF=0.424242;AO=98;DP=226;FAO=98;FDP=231;FR=.;FRO=133;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=89;FSRR=44;FWDB=-0.0014589;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.044;QD=15.6134;RBI=0.0221496;REFB=-0.00773051;REVB=-0.0221015;RO=127;SAF=61;SAR=37;SRF=85;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513494;STB=0.529019;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0149087;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:231:127:133:98:98:0.424242:37:61:85:42:37:61:89:44 chr3 167000256 . G C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0096284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.729;QD=16.1065;RBI=0.0186969;REFB=0.00865752;REVB=0.0160271;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299457;STB=0.672688;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.004333;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:13:9:12:5:13:9 chr3 167034814 . T C 544.41 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00345448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.712;QD=17.0127;RBI=0.00467947;REFB=-0.00912173;REVB=-0.00315658;RO=70;SAF=35;SAR=23;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181014;STB=0.510086;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.010464;OID=.;OPOS=167034814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:23:35:41:29:23:35:41:29 chr3 167051726 . A G 422.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0168857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.285;QD=17.9824;RBI=0.0375099;REFB=0.000345434;REVB=-0.0334943;RO=48;SAF=28;SAR=15;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262064;STB=0.660693;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00125312;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:48:51:43:43:0.457447:15:28:18:30:15:28:18:33 chr3 167051769 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0143194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.422;QD=16.9796;RBI=0.0217078;REFB=-0.00447386;REVB=-0.0163151;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422559;STB=0.737683;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00604272;OID=.;OPOS=167051769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:21:8:19:7:21:8 chr3 167068256 . T A 512.17 PASS AF=0.392157;AO=60;DP=153;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=0.0383509;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.778;QD=13.3901;RBI=0.038962;REFB=-0.00831768;REVB=-0.0068736;RO=92;SAF=39;SAR=21;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478142;STB=0.524408;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0152603;OID=.;OPOS=167068256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:92:93:60:60:0.392157:21:39:56:36:21:39:57:36 chr3 167077691 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.963;QD=59.323;RBI=0.0264763;REFB=0;REVB=0.011881;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52356e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr3 167159980 . A G 82.06 PASS AF=0.366667;AO=9;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0435698;FXX=0.0322477;HRUN=9;LEN=1;MLLD=40.6463;QD=10.9419;RBI=0.116766;REFB=-0.0970962;REVB=0.108333;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137716;STB=0.606691;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0398213;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:30:30:20:19:9:11:0.366667:6:3:9:11:8:3:8:11 chr3 167164187 . A G 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.012804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.049;QD=22.0763;RBI=0.0263704;REFB=-0.000648618;REVB=0.0230533;RO=43;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343991;STB=0.518956;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000485741;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:22:26:25:18:22:26:25:18 chr3 167167186 . T A 519.99 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.016463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.639;QD=23.1105;RBI=0.0178854;REFB=-0.0124311;REVB=0.00698968;RO=41;SAF=16;SAR=33;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122513;STB=0.567539;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0110913;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:33:16:19:22:33:16:19:22 chr3 167184878 . T C 256.88 PASS AF=0.22093;AO=17;DP=89;FAO=19;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0510583;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.792;QD=11.9479;RBI=0.0543633;REFB=-0.0129304;REVB=-0.0186658;RO=56;SAF=4;SAR=13;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2883;STB=0.601741;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0536646;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:56:54:17:19:0.22093:13:4:25:31:13:6:24:30 chr3 167217960 . C T 318.87 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.02702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.679;QD=11.2873;RBI=0.0271329;REFB=-0.00897673;REVB=0.00247268;RO=71;SAF=22;SAR=18;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950091;STB=0.545593;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0156249;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:73:40:40:0.353982:18:22:33:38:18:22:35:38 chr3 167217964 . A G 366.65 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.000161347;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.383;QD=12.6432;RBI=0.00240294;REFB=-0.00434706;REVB=0.00239751;RO=71;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875206;STB=0.536875;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00685603;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:72:44:44:0.37931:20:24:33:38:20:24:35:37 chr3 167284676 . G A 913.31 PASS AF=0.409836;AO=100;DP=244;FAO=100;FDP=244;FR=.;FRO=144;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=0.0182839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.328;QD=14.9723;RBI=0.0195544;REFB=-0.0124321;REVB=0.00693359;RO=143;SAF=43;SAR=57;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113098;STB=0.508672;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0192003;OID=.;OPOS=167284676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:143:144:100:100:0.409836:57:43:63:80:57:43:64:80 chr3 167320010 . T C 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.911;QD=61.0456;RBI=0.0282541;REFB=0;REVB=0.0120886;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124632;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr3 168538993 . A G 1300.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.23;QD=61.9476;RBI=0.0336465;REFB=0;REVB=0.0282065;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27981e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:45:36:0:0:47:37:0:0 chr3 168546914 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.645;QD=61.8521;RBI=0.0332812;REFB=0;REVB=0.0234958;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3588e-09;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr3 169492101 . C T 954.23 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.842;QD=58.7216;RBI=0.0128428;REFB=0;REVB=-0.0111432;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05755e-05;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr3 169514585 . A T 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129597;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.569;QD=57.4154;RBI=0.0276175;REFB=0;REVB=-0.024388;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286275;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr3 169518455 . T C 620.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1586;QD=60.5162;RBI=0.0809592;REFB=0;REVB=0.0567664;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380377;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr3 169540397 . T C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7149;QD=30.7883;RBI=0.0248877;REFB=-0.00822349;REVB=0.0206266;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00568848;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr3 169558025 . C T 984.32 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.348;QD=57.9014;RBI=0.0484945;REFB=0;REVB=0.00162019;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468204;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:30:37:1:0:30:38:0:0 chr3 169802930 . G T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0253874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.018;QD=10.853;RBI=0.0257196;REFB=-0.00591195;REVB=-0.00412057;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105215;STB=0.554046;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.011971;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:13:8:18:20:13:8:18:21 chr3 169806170 . G A 244.74 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0761504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1317;QD=15.5393;RBI=0.0775948;REFB=0.0129078;REVB=0.0149019;RO=35;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101747;STB=0.537607;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0115615;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:20:7:12:23:20:8:12:23 chr3 169894680 . G A 958.81 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00624658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.241;QD=57.2422;RBI=0.00670839;REFB=-0.0422297;REVB=0.00244595;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-6.60832e-05;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:0:1:38:28:0:1 chr3 169962665 . CTAAAA CAATAA,CTAAA,CTCAAT,TCAATA 255.51 PASS AF=0.0645161,0.709677,0,0.225806;AO=2,7,2,4;DP=31;FAO=2,22,0,7;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0,0;FSAR=2,12,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379977,0.000457485,-0.0231374,-0.0174551;FXX=0.0312402;HRUN=1,6,6,2;LEN=3,1,4,5;MLLD=64.8938,12.1021,74.8511,79.4608;QD=32.9684;RBI=0.0987679,0.467606,0.0938128,0.0925476;REFB=0.0797108,0.166677,0.0775874,0.0683351;REVB=-0.0986948,-0.467606,-0.0909148,-0.0908866;RO=2;SAF=0,7,0,0;SAR=2,0,2,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.804017,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.0263147,-0.265299,0,0.0904346;OID=.,.,.,.;OPOS=169962666,169962667,169962667,169962665;OREF=TAA,A,AAAA,CTAAA;OALT=AAT,-,CAAT,TCAAT;OMAPALT=CAATAA,CTAAA,CTCAAT,TCAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:39:31:31:2:0:2,7,2,4:2,22,0,7:0.0645161,0.709677,0,0.225806:2,0,2,4:0,7,0,0:0:2:2,12,0,7:0,10,0,0:0:0 chr3 169988286 . C T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00446063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.233;QD=10.4742;RBI=0.00446951;REFB=0.000397706;REVB=0.000281624;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016046;STB=0.509424;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.000812795;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:20:17:9:10:20:17 chr3 170078232 . C T 563.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.223;QD=59.3359;RBI=0.0495491;REFB=0;REVB=-0.0412632;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112998;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr3 170724956 . G T 544.5 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.01308;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.941;QD=18.4576;RBI=0.0146802;REFB=-0.0171724;REVB=-0.00666498;RO=62;SAF=24;SAR=33;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163629;STB=0.502741;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0169732;OID=.;OPOS=170724956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:62:61:57:57:0.483051:33:24:26:36:33:24:26:35 chr3 170825905 . C G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.353;QD=60.0299;RBI=0.012644;REFB=0;REVB=0.00125703;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80159e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr3 170825920 . G A 295.35 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0421853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.1199;QD=15.5446;RBI=0.0628031;REFB=-0.0366267;REVB=0.0465256;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452962;STB=0.519219;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.045416;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:18:15:21:21:18:15:21:22 chr3 170893070 . G A 403.17 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00229973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.709;QD=48.8686;RBI=0.0486488;REFB=-0.0612137;REVB=-0.0485944;RO=2;SAF=23;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422343;STB=0.512526;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00044064;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:2:3:30:30:0.909091:7:23:1:1:7:23:2:1 chr3 170946002 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000974274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.212;QD=14.2413;RBI=0.00113734;REFB=-0.00634059;REVB=0.000586803;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108098;STB=0.506189;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00608177;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:13:18:13:9:13:18 chr3 171065031 . G C 100.91 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.395;QD=40.3659;RBI=0.190313;REFB=0;REVB=0.00417457;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102213;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:10:0:0:8:10:1:7:1:0:0:9:1:0:0 chr3 171087469 . G A 30.93 PASS AF=0.4375;AO=3;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.139846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.664;QD=7.73257;RBI=0.140191;REFB=-0.0224414;REVB=-0.00982981;RO=9;SAF=1;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341307;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0647941;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:16:9:9:3:7:0.4375:2:1:6:3:6:1:6:3 chr3 171844787 . A T 433.69 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0444974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.235;QD=23.4426;RBI=0.049058;REFB=-0.0222634;REVB=0.020656;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568287;STB=0.531235;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0136965;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:24:18:16:16:24:18:16:16 chr3 172034271 . T C 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.00610294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.132;QD=18.5842;RBI=0.00912485;REFB=-0.00743476;REVB=0.00678359;RO=52;SAF=20;SAR=29;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137759;STB=0.576067;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00781812;OID=.;OPOS=172034271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:29:20:14:38:29:20:14:38 chr3 172046861 . T C 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0222553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.41;QD=11.8201;RBI=0.0353803;REFB=-0.0018083;REVB=0.027504;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119301;STB=0.568667;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00322938;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:16:27:13:12:16:27 chr3 172165727 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.8;QD=59.0187;RBI=0.0123556;REFB=0;REVB=0.0120369;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02874e-05;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr3 172166033 . G A,C 647.05 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=39,2;DP=41;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030662,-0.0231284;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.5234,79.6936;QD=60.1908;RBI=0.0721749,0.0863261;REFB=0,0;REVB=0.065338,0.0831701;RO=0;SAF=27,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000209115,0.144345;OID=.,.;OPOS=172166033,172166033;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:41:43:0:0:39,2:40,3:0.930233,0.0697674:12,1:27,1:0:0:13,2:27,1:0:0 chr3 172224303 . A G 623.73 PASS AF=0.979167;AO=40;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00139671;FXX=0.111091;HRUN=7;LEN=1;MLLD=115.713;QD=51.9775;RBI=0.0236105;REFB=-0.0034005;REVB=0.0235692;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00255694;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:40:47:0.979167:20:20:0:0:25:22:1:0 chr3 172365825 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTG 216.58 PASS AF=0.547619,0.357143;AO=14,10;DP=42;FAO=23,15;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=12,3;FSAR=11,12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.267676,-0.0764277;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.2297,29.0452;QD=20.6263;RBI=0.350925,0.116561;REFB=-0.143661,-0.0892263;REVB=0.226932,0.0880078;RO=9;SAF=8,0;SAR=6,10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.238512,-0.775457;STB=0.503223,0.588107;STBP=0.924,0.203;TYPE=del,snp;VARB=0.176035,-0.0617375;OID=.,.;OPOS=172365826,172365832;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.547619,0.357143:14,10:42:23,15:42:4:12,3:11,12:2:2:99:9:8,0:6,10:2:7 chr3 172428782 . T C 477.37 PASS AF=0.490566;AO=48;DP=103;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0235946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.658;QD=18.014;RBI=0.0341042;REFB=-0.0206619;REVB=0.024625;RO=54;SAF=15;SAR=33;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224309;STB=0.612123;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0133356;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:54:54:48:52:0.490566:33:15:29:25:35:17:29:25 chr3 172489076 . C T 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.01219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.249;QD=20.4371;RBI=0.0881764;REFB=-0.00256956;REVB=-0.0873297;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151456;STB=0.584067;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00259673;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:16:10:17:13:16:10 chr3 172514294 . G A 941.47 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428746;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2783;QD=58.8421;RBI=0.0440751;REFB=0;REVB=0.0102168;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369196;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:34:28:0:0:35:29:0:0 chr3 172766822 . G A 297.23 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00594727;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.961;QD=20.4988;RBI=0.0362251;REFB=-0.0255168;REVB=-0.0357336;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375712;STB=0.520843;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0217362;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:11:16:17:14:11:16 chr3 174581888 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.546;QD=61.6837;RBI=0.0303505;REFB=0;REVB=0.00276604;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91532e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 174951756 . T C 135.63 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0145395;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.177;QD=15.957;RBI=0.0298888;REFB=-0.00803956;REVB=-0.0261141;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.599867;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00634253;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:19:15:15:0.441176:6:9:6:11:6:9:8:11 chr3 175087408 . C T 289.26 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0848262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0757;QD=13.9404;RBI=0.0979405;REFB=-0.0320214;REVB=-0.0489578;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714472;STB=0.539171;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0434885;OID=.;OPOS=175087408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:50:33:33:0.39759:17:16:20:28:17:16:21:29 chr3 175165079 . C T 647.01 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00740842;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.62;QD=60.1874;RBI=0.0166405;REFB=-0.110014;REVB=0.0149004;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=8.56877e-05;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:1:42:42:0.976744:17:25:0:0:17:25:0:1 chr3 175189447 . G A 640.6 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.316;QD=61.0094;RBI=0.0322765;REFB=0;REVB=0.00623908;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112087;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:32:42:1:11:21:0:0:12:30:0:0 chr3 175327309 . G A 3020.71 PASS AF=0.994792;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6413;QD=62.9315;RBI=0.0408444;REFB=-0.0323958;REVB=-0.0354967;RO=1;SAF=82;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577191;STB=0.50303;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000671826;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:192:1:1:191:191:0.994792:109:82:1:0:109:82:1:0 chr3 175345143 . C G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.165;QD=58.9627;RBI=0.00918345;REFB=0;REVB=0.00887788;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25011e-05;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr3 175473047 . T C 1491.71 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000604391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7863;QD=57.3735;RBI=0.0019946;REFB=-0.00538869;REVB=0.00190082;RO=1;SAF=39;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120095;STB=0.512498;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-2.38762e-06;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:63:39:1:0:63:39:2:0 chr3 175521611 . A G 391.32 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00322264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.449;QD=20.3283;RBI=0.00496637;REFB=5.81223e-05;REVB=-0.00377882;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103863;STB=0.555834;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=6.257e-05;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:39:40:0.519481:26:13:16:20:26:14:17:20 chr3 176765269 . T C 201.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0115053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1658;QD=21.2586;RBI=0.0259089;REFB=0.0178535;REVB=0.0232142;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132154;STB=0.574509;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0224375;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:9:9:7:13:9:9 chr3 176838514 . C G 514.96 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.267;QD=58.8529;RBI=0.0208018;REFB=0;REVB=-0.0200259;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149314;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:16:15:0:0:19:16:0:0 chr3 178742690 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.245;QD=62.9825;RBI=0.0382209;REFB=0;REVB=0.0186914;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141601;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr3 178748672 . G A 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00422377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.198;QD=18.904;RBI=0.0176516;REFB=-0.00904581;REVB=0.0171388;RO=41;SAF=12;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200942;STB=0.612311;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0123596;OID=.;OPOS=178748672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:27:12:21:20:27:12:21:20 chr3 178952020 . C T 393.45 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0048668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.347;QD=15.4296;RBI=0.00912671;REFB=-0.009618;REVB=0.00772083;RO=58;SAF=16;SAR=28;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898049;STB=0.550538;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0127129;OID=.;OPOS=178952020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:28:16:26:32:28:16:26:32 chr3 178957855 . G C 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.033102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1954;QD=11.8121;RBI=0.0528525;REFB=-0.0138114;REVB=0.0412024;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137569;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0302218;OID=.;OPOS=178957855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:7:6:7:14:7:6:8:15 chr3 178968568 . A C 197.64 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00621122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.599;QD=14.6396;RBI=0.0150584;REFB=-0.0120745;REVB=-0.0137177;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221369;STB=0.626089;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0180476;OID=.;OPOS=178968568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:19:12:14:9:19:12 chr3 178968660 . T C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0264358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.36;QD=20.8919;RBI=0.0267436;REFB=-0.00234485;REVB=0.00404565;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715829;STB=0.539658;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0014897;OID=.;OPOS=178968660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:15:12:17:15:15:12 chr3 178976777 . C T 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0641283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3352;QD=29.8318;RBI=0.0852297;REFB=-0.0330736;REVB=0.0561398;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667753;STB=0.536806;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0204596;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:3:6:11:9:3:6 chr3 179051810 . A G 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00110503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0517;QD=18.2497;RBI=0.0610677;REFB=-0.0162081;REVB=0.0610577;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0147081;OID=.;OPOS=179051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:8:7:6:9:8:7 chr3 179085343 . T C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0134327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.751;QD=20.6401;RBI=0.0152708;REFB=-0.0211485;REVB=0.0072636;RO=32;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285805;STB=0.658998;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0100339;OID=.;OPOS=179085343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:26:10:19:13:26:10:19:13 chr3 179096508 . C G 1073.89 PASS AF=0.902439;AO=72;DP=82;FAO=74;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0104369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6437;QD=52.385;RBI=0.0110621;REFB=-0.0693126;REVB=-0.00366632;RO=4;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027645;STB=0.52809;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00534254;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:82:82:4:6:72:74:0.902439:34:38:1:3:34:40:1:5 chr3 179114280 . A G 94.23 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0067339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0408;QD=10.4703;RBI=0.0297267;REFB=-0.00369179;REVB=0.028954;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146101;STB=0.588084;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.010071;OID=.;OPOS=179114280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:11:13:8:4:11:13 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 144.56 PASS AF=0.319149,0.0425532;AO=14,2;DP=51;FAO=15,2;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6,0;FSAR=9,2;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0235479,0.0147566;FXX=0.078416;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=226.628,92.1933;QD=12.3032;RBI=0.0408627,0.0471224;REFB=0.00429352,0.00454633;REVB=0.0333955,-0.0447523;RO=29;SAF=6,0;SAR=8,2;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140486,-0.391533;STB=0.547109,0.993202;STBP=0.669,0.324;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0101588,0.0976663;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149,0.0425532:14,2:51:15,2:47:30:6,0:9,2:10:20:99:29:6,0:8,2:9:20 chr3 179137273 . A G 515.49 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.000814763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.83;QD=24.8429;RBI=0.00472612;REFB=-0.0131353;REVB=-0.00465536;RO=35;SAF=19;SAR=29;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093213;STB=0.551083;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00931257;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:29:19:18:17:29:19:18:17 chr3 179298999 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.009;QD=60.1634;RBI=0.0160626;REFB=0;REVB=-0.0130788;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5094e-05;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:66:42:0:0:66:42:0:0 chr3 179306775 . C T 186.19 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0387852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.785;QD=12.4123;RBI=0.0399399;REFB=-0.0181098;REVB=-0.00953445;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489731;STB=0.528311;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0201206;OID=.;OPOS=179306775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:17:6:11:26:17:6:11:26 chr3 179322385 . A C 503.83 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.050764;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5901;QD=22.1464;RBI=0.0507717;REFB=0.00949324;REVB=0.000884014;RO=43;SAF=16;SAR=32;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583919;STB=0.532244;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00805201;OID=.;OPOS=179322385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:43:43:48:48:0.527473:32:16:17:26:32:16:17:26 chr3 179325566 . G GCTGT 456.35 PASS AF=0.484848;AO=45;DP=101;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0335352;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.039;QD=18.4382;RBI=0.0336684;REFB=-0.00443073;REVB=-0.002992;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154804;STB=0.576537;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.00468065;OID=.;OPOS=179325567;OREF=-;OALT=CTGT;OMAPALT=GCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:45:101:48:99:51:22:26:31:20:99:51:20:25:31:20 chr3 179371154 . C T 978.23 PASS AF=0.426877;AO=108;DP=253;FAO=108;FDP=253;FR=.;FRO=145;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=68;FSRR=77;FWDB=-0.00399824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.91;QD=15.466;RBI=0.0281699;REFB=-0.00588799;REVB=0.0278848;RO=145;SAF=52;SAR=56;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129029;STB=0.507186;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00602572;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:145:145:108:108:0.426877:56:52:68:77:56:52:68:77 chr3 182631792 . C A 1932.92 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.706;QD=61.8535;RBI=0.0296552;REFB=0;REVB=0.0296225;RO=0;SAF=47;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00048e-05;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:78:47:0:0:78:47:0:0 chr3 182755209 . T G 453.5 PASS AF=0.443478;AO=49;DP=113;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.00853446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.252;QD=15.774;RBI=0.00978499;REFB=-0.0138375;REVB=0.00478635;RO=64;SAF=16;SAR=33;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019607;STB=0.506491;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0175372;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:64:64:49:51:0.443478:33:16:22:42:34:17:22:42 chr3 182790249 . G A 1232.24 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.318;QD=60.1093;RBI=0.0236287;REFB=-0.123318;REVB=0.017819;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000229849;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:0:1:80:81:0.987805:48:32:0:0:48:33:1:0 chr3 182853670 . T C 163.73 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0211875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.631;QD=13.3656;RBI=0.0218117;REFB=-0.0031848;REVB=0.00518069;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635434;STB=0.536996;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00881191;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:12:19:10:8:12:19 chr3 182871962 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.89;QD=52.6125;RBI=0.0260636;REFB=0;REVB=0.0120302;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22144e-05;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr3 182897920 . A G 157.35 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0636175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2882;QD=11.2389;RBI=0.0656427;REFB=-0.00414822;REVB=-0.0161794;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11593;STB=0.567548;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0130872;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:16:20:9:11:16:20 chr3 182925404 . T C 1133.07 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4798;QD=59.6354;RBI=0.042496;REFB=0;REVB=0.0419097;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676636;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:37:32:0:0:37:39:0:0 chr3 183027542 . T G 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00816061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.238;QD=23.8998;RBI=0.00829507;REFB=0.0253661;REVB=-0.00148748;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163914;STB=0.591479;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0164045;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:18:9:12:11:18:9:12:11 chr3 183211906 . A G 1398.74 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108763;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.068;QD=62.8649;RBI=0.0215299;REFB=0;REVB=-0.0185807;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029309;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr3 183368216 . A T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00466343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.642;QD=56.0078;RBI=0.0247536;REFB=-0.0479941;REVB=0.0243103;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000220641;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr3 183368891 . C T 786.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491543;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.838;QD=64.1787;RBI=0.0492171;REFB=0;REVB=-0.00248506;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335823;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr3 183432983 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.431;QD=57.8849;RBI=0.0221958;REFB=0;REVB=-0.0145516;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36487e-06;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr3 183476685 . G A 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0456236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.469;QD=21.7716;RBI=0.0728875;REFB=-0.00505028;REVB=-0.0568425;RO=44;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13305;STB=0.573612;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00549601;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:32:16:21:23:32:16:21:23 chr3 183521133 . A G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0180627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.159;QD=18.3354;RBI=0.0189952;REFB=0.000316372;REVB=-0.00587875;RO=37;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763835;STB=0.542472;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000460145;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:23:12:10:27:23:12:10:27 chr3 183524193 . T C 234.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00664417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.289;QD=18.791;RBI=0.00848279;REFB=-0.020741;REVB=0.00527378;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168273;STB=0.604042;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0116074;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:13:10:16:10:13:10:17:10 chr3 183533964 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=9;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0106432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4035;QD=10.6348;RBI=0.0128152;REFB=-0.00411229;REVB=-0.0071381;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586203;STB=0.918352;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00797148;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:11:13:9:8:0.380952:7:2:10:1:7:1:12:1 chr3 183637722 . T G 324.36 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0909839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6292;QD=19.6582;RBI=0.0963739;REFB=0.0115658;REVB=-0.0317783;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333363;STB=0.518508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00870838;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:20:14:12:20:20:14:12:20 chr3 183660585 . G A 451.99 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0172068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7245;QD=19.4404;RBI=0.0270285;REFB=-0.018111;REVB=0.0208438;RO=48;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149341;STB=0.582978;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0589437;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:19:26:20:28:19:26:20:28 chr3 183682960 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0130411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.12;QD=15.1962;RBI=0.0228544;REFB=-0.00187589;REVB=0.0187684;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282199;STB=0.663788;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00213708;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:14:12:13:5:14:12 chr3 183685534 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.761;QD=60.2297;RBI=0.0595167;REFB=0;REVB=0.0540304;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907898;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr3 183696309 . G C 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0018683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.282;QD=15.6161;RBI=0.0204437;REFB=-0.0175572;REVB=-0.0203582;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12335;STB=0.574529;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0318462;OID=.;OPOS=183696309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:18:15:14:28:18:15:14:29 chr3 183696402 . A G 977.03 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.74;QD=58.3301;RBI=0.0647854;REFB=0;REVB=-0.00720642;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130024;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:61:67:1:45:16:0:0:45:22:0:0 chr3 183699516 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0285867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.409;QD=12.8607;RBI=0.0290015;REFB=-0.00183342;REVB=-0.00488717;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00130791;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr3 183754294 . G C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00976607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.337;QD=54.8229;RBI=0.0301171;REFB=0.0333613;REVB=-0.0284897;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000942828;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:30:20:0:0:30:20:1:0 chr3 183754585 . C T 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0186688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4754;QD=18.482;RBI=0.0228736;REFB=-0.0142838;REVB=-0.0132165;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382695;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0133921;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:8:13:11:8:8:13 chr3 183755822 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.37;QD=58.142;RBI=0.0867332;REFB=0;REVB=0.0744639;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150189;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr3 183756391 . C G 133.79 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.101935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0815;QD=25.4838;RBI=0.106987;REFB=-0.0530084;REVB=0.0324896;RO=7;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138763;OID=.;OPOS=183756391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:12:2:1:6:12:2:1:6 chr3 183756637 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0112328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.761;QD=19.148;RBI=0.013431;REFB=-0.0201877;REVB=-0.00736311;RO=36;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814688;STB=0.545429;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.021702;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:12:24:21:15:12:24:21:15 chr3 183756702 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0167744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.858;QD=17.4229;RBI=0.0273472;REFB=-0.00371622;REVB=-0.0215984;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984132;STB=0.505513;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00387792;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:19:15:14:17:19:15 chr3 183756742 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0288449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.608;QD=20.0303;RBI=0.0294879;REFB=-0.0212081;REVB=-0.00612435;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397195;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:13:13:12:12:13:13 chr3 183774762 . C A 1573.07 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.861;QD=59.9266;RBI=0.0345571;REFB=0;REVB=0.0128187;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351366;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:58:46:0:0:58:47:0:0 chr3 183778010 . G C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.322;QD=58.5986;RBI=0.0360168;REFB=0;REVB=0.0275094;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143774;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr3 183818416 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.955;QD=58.5878;RBI=0.0255139;REFB=0;REVB=-0.023892;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58439e-05;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr3 183823729 . G T 533.18 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0029833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.032;QD=18.5452;RBI=0.00734364;REFB=0.000400902;REVB=0.00671037;RO=59;SAF=33;SAR=23;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18397;STB=0.601819;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000367062;OID=.;OPOS=183823729;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:23:33:23:36:23:33:23:36 chr3 183900680 . G C 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0287672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0368;QD=14.0465;RBI=0.0306041;REFB=-0.0342569;REVB=0.0104433;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278416;STB=0.659415;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0210158;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:7:22:9:9:7:22 chr3 183900729 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.027898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.8;QD=11.1312;RBI=0.0335813;REFB=-0.0052224;REVB=-0.0186925;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191078;STB=0.612698;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00666989;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:4:13:6:4:4:13 chr3 183904049 . A G 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0650097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3415;QD=10.6968;RBI=0.0656842;REFB=-0.0145167;REVB=0.00938904;RO=32;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31504;STB=0.689289;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0263019;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:4:11:15:17:4:11:15:17 chr3 183907032 . G C 668.07 PASS AF=0.468966;AO=58;DP=139;FAO=68;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0048291;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=18.4294;RBI=0.00959809;REFB=-0.015146;REVB=0.00829477;RO=60;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139681;STB=0.589181;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0133827;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:145:60:77:58:68:0.468966:25:33:25:35:30:38:30:47 chr3 183975365 . C T 746.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.746;QD=62.2042;RBI=0.0764479;REFB=0;REVB=0.0683459;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395215;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:22:25:0:1:23:25:0:0 chr3 183996068 . C T 474.76 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00217941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.225;QD=21.5799;RBI=0.00821956;REFB=-0.0230133;REVB=0.00792536;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170967;STB=0.509439;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0163358;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:25:21:20:22:25:21:20:22 chr3 184010230 . C T 665.28 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0125177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.915;QD=20.7899;RBI=0.0280386;REFB=-0.0318346;REVB=0.0250893;RO=62;SAF=33;SAR=33;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156601;STB=0.585912;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0245455;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:62:66:66:0.515625:33:33:20:42:33:33:20:42 chr3 184037533 . A G 815.32 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247479;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0791;QD=55.2762;RBI=0.053707;REFB=0;REVB=-0.0476653;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550787;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:46:59:1:35:11:0:0:40:19:0:0 chr3 184039666 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0516964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4317;QD=16.4077;RBI=0.0551124;REFB=0.00643077;REVB=0.0191013;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039234;STB=0.522428;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0133232;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:10:19:13:8:10:19 chr3 184046470 . C T 546.92 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.000276785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.67;QD=17.3627;RBI=0.0123384;REFB=-0.00407047;REVB=-0.0123353;RO=68;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594635;STB=0.533067;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00495753;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:28:30:31:37:28:30:31:37 chr3 184071063 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00675641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.217;QD=10.2407;RBI=0.0126572;REFB=-0.0105684;REVB=-0.0107031;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03601;STB=0.521696;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00932652;OID=.;OPOS=184071063;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:12:7:4:6:12:7 chr3 184293769 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.978;QD=59.4354;RBI=0.0155252;REFB=0;REVB=-0.00917209;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145691;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr3 184299068 . G A 1231.39 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.562;QD=60.0679;RBI=0.0285537;REFB=-0.0764263;REVB=0.0261329;RO=1;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853276;STB=0.504503;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0021127;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:55:26:0:1:55:26:0:1 chr3 184299167 . T C 824.22 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140041;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5591;QD=55.8791;RBI=0.0146896;REFB=-0.147953;REVB=-0.0044352;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00164052;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:0:1:35:23:0:1 chr3 184300057 . TGTGTGTGTGCGC T,TGTGTGTGTGTGC,TGTGTGTGTGTGT 248.34 PASS AF=0.35,0.1,0.55;AO=7,2,11;DP=21;FAO=7,2,11;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1,0;FSAR=3,1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112256,-0.0992945,-0.10174;FXX=0.0475964;HRUN=1,1,1;LEN=12,1,3;MLLD=170.476,115.602,167.351;QD=49.6679;RBI=0.049587,0.123323,0.121466;REFB=0,0,0;REVB=0.0482996,0.0731374,0.0663546;RO=0;SAF=4,1,0;SAR=3,1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0158298,0.0576713,-0.00188433;OID=.,.,.;OPOS=184300058,184300067,184300067;OREF=GTGTGTGTGCGC,C,CGC;OALT=-,T,TGT;OMAPALT=T,TGTGTGTGTGTGC,TGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.35,0.1,0.55:7,2,11:21:7,2,11:20:0:4,1,0:3,1,11:0:0:57:0:4,1,0:3,1,11:0:0 chr3 184428903 . T G 489.61 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.015945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.414;QD=24.7904;RBI=0.045568;REFB=-0.0123308;REVB=-0.0426872;RO=32;SAF=27;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525681;STB=0.504814;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0077885;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:19:27:19:13:19:27:19:14 chr3 184429133 . A ATCC 99.85 PASS AF=0.295455;AO=11;DP=50;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.010909;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.219;QD=9.07742;RBI=0.0346126;REFB=-0.0155109;REVB=0.0328485;RO=39;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183574;STB=0.672328;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=0.0452532;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:11:50:13:44:31:9:4:14:17:99:39:7:4:19:20 chr3 184429326 . CTCT C 114.35 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0183337;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.97;QD=13.4529;RBI=0.0188629;REFB=-0.000670757;REVB=-0.00443689;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193058;STB=0.627922;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=0.0020943;OID=.;OPOS=184429327;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:13:34:14:34:20:8:6:7:13:99:20:7:6:7:13 chr3 184429414 . C A 173.66 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00478595;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.662;QD=23.9536;RBI=0.0127271;REFB=-0.0431841;REVB=0.0117929;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0322406;OID=.;OPOS=184429414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr3 184429718 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0173975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8056;QD=8.2544;RBI=0.0582326;REFB=-0.0265411;REVB=-0.0555731;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583773;STB=0.860959;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0244337;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:3:9:1:5:3:9 chr3 184550501 . A G 421.7 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00550815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6351;QD=26.3561;RBI=0.0329338;REFB=-0.000974234;REVB=0.03247;RO=24;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129717;STB=0.571029;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00129763;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:27:13:12:12:27:13:12:12 chr3 184573555 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0165133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.897;QD=20.8117;RBI=0.0165148;REFB=0.00467022;REVB=0.000227584;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419051;STB=0.523593;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00383504;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:9:14:15:8:9:14 chr3 184633247 . A C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.017696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.446;QD=8.23035;RBI=0.0385095;REFB=0.00647995;REVB=-0.0342028;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128387;STB=0.580471;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0121975;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:18:7:2:8:18:7 chr3 184647413 . T A,C 839.44 PASS AF=0.0508475,0.949153;AO=3,56;DP=59;FAO=3,56;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122277,0.00178045;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.164,237.544;QD=56.9115;RBI=0.0200269,0.00806904;REFB=0,0;REVB=-0.0158607,0.00787016;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.43892e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.109025,-0.00173103;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:59:59:0:0:3,56:3,56:0.0508475,0.949153:3,34:0,22:0:0:3,34:0,22:0:0 chr3 184700356 . A C 252.97 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.4;QD=50.5935;RBI=0.0198763;REFB=0;REVB=0.0191602;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495759;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr3 184700426 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0373946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8061;QD=19.0176;RBI=0.0426308;REFB=-0.0399511;REVB=-0.0204701;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224755;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0285869;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:5:9:10:5:5:9 chr3 184795895 . A G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00401548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.652;QD=16.1562;RBI=0.00746599;REFB=-0.0132301;REVB=-0.0062942;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373568;STB=0.521057;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0133885;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:13:19:15:12:13:19 chr3 184798067 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.242;QD=58.0605;RBI=0.0262126;REFB=0;REVB=0.0261644;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06633e-05;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr3 185046975 . T C 1425.52 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00337094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.168;QD=60.6604;RBI=0.00754496;REFB=-0.131901;REVB=0.00675005;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.510867;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000435828;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:0:2:92:92:0.978723:45:47:0:0:45:47:0:2 chr3 185252619 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.012756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.731;QD=18.9387;RBI=0.015992;REFB=-0.0119161;REVB=-0.00964515;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840306;STB=0.546732;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00786865;OID=.;OPOS=185252619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:20:9:12:18:20:9 chr3 185775263 . CT CG,C 74.83 PASS AF=0,0.447368;AO=2,18;DP=39;FAO=0,17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=0,13;FSAR=0,4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00346935,-0.00831435;FXX=0.0256345;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=110.807,11.4737;QD=7.87715;RBI=0.0598732,0.186677;REFB=-0.0169361,-0.143938;REVB=-0.0597726,-0.186492;RO=17;SAF=2,10;SAR=0,8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.474595,-0.0804767;STB=0.5,0.654479;STBP=1,0.13;TYPE=snp,del;VARB=0.0799986,0.111713;OID=.,.;OPOS=185775264,185775264;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.447368:2,18:39:0,17:38:21:0,13:0,4:11:10:70:17:2,10:0,8:11:6 chr3 185775273 . TGAA TA,TGA,TG 74.38 PASS AF=0,0.542857,0;AO=4,11,4;DP=35;FAO=0,19,0;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=0,8,0;FSAR=0,11,0;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0136481,-0.00678274,-0.00321;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=90.1836,8.16882,17.7678;QD=8.50033;RBI=0.241052,0.286395,0.161264;REFB=-0.0552735,-0.221926,-0.118166;REVB=-0.240666,-0.286314,-0.161232;RO=14;SAF=0,7,0;SAR=4,4,4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.792716,-0.251125,-0.792716;STB=0.5,0.64691,0.5;STBP=1,0.075,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.146935,0;OID=.,.,.;OPOS=185775274,185775275,185775275;OREF=GA,A,AA;OALT=-,-,-;OMAPALT=TA,TGA,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.542857,0:4,11,4:35:0,19,0:35:16:0,8,0:0,11,0:12:4:52:14:0,7,0:4,4,4:12:2 chr3 185866733 . T C 1658.46 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133924;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.422;QD=59.7643;RBI=0.0135874;REFB=0;REVB=0.00229356;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150818;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:107:111:1:67:40:0:0:69:42:0:0 chr3 185867550 . G C 547.44 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0024734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.241;QD=56.1481;RBI=0.00797885;REFB=-0.128929;REVB=0.0075858;RO=2;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.50847;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000488645;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:28:9:0:2:29:9:0:1 chr3 186006566 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.299;QD=57.3858;RBI=0.0520934;REFB=0;REVB=-0.0508095;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102127;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr3 186006618 . G C 754.37 PASS AF=1;AO=44;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000637937;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.036;QD=56.9332;RBI=0.0295754;REFB=0;REVB=0.0295685;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93045e-05;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:44:53:1:19:25:0:0:20:33:0:0 chr3 186015283 . A G 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0130802;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=264.404;QD=55.2584;RBI=0.0237797;REFB=-0.0266591;REVB=-0.0198591;RO=2;SAF=42;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219605;STB=0.511624;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=4.48634e-05;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:22:42:2:0:22:42:2:0 chr3 186300521 . T C 374.71 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00768882;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.382;QD=15.1399;RBI=0.00787075;REFB=0.00126863;REVB=0.00168253;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421949;STB=0.524861;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00248059;OID=.;OPOS=186300521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:59:40:40:0.40404:22:18:27:28:22:18:29:30 chr3 186337713 . T C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0723491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.304;QD=7.0856;RBI=0.0723552;REFB=-0.00942327;REVB=-0.000938054;RO=34;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506763;STB=0.832593;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0260574;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:10:1:14:20:10:1:14:20 chr3 186338382 . G C 230.06 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0143606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.302;QD=17.6966;RBI=0.0147022;REFB=0.00719026;REVB=-0.00315087;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894198;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00541607;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:14:10:11:16:15:10:11:16 chr3 186338425 . A C 222.57 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0296339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.039;QD=16.4866;RBI=0.0298983;REFB=-0.0103893;REVB=-0.00396794;RO=29;SAF=4;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284066;STB=0.627338;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0123294;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:20:4:11:18:20:5:11:18 chr3 186370333 . G T 258.58 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0367987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4787;QD=16.4178;RBI=0.0409149;REFB=0.00155113;REVB=0.0178852;RO=34;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235209;STB=0.633196;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00277079;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:8:21:17:17:8:21:17:17 chr3 186390627 . C T 235.48 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0191413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.461;QD=13.2665;RBI=0.0327912;REFB=-0.0121252;REVB=0.0266247;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111026;STB=0.563336;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0152869;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:14:14:26:17:14:14:26:17 chr3 186395113 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0460002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.843;QD=13.5053;RBI=0.0481251;REFB=0.00306332;REVB=-0.0141423;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530399;STB=0.801933;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0013197;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:10:2:11:5:10:2:11:6 chr3 186395180 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5851;QD=49.5964;RBI=0.0611064;REFB=0;REVB=0.0320025;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107376;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr3 186395572 . A T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0492409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3059;QD=18.2509;RBI=0.072746;REFB=-0.00530341;REVB=0.0535473;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0107051;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:6:9:6:9:6:9 chr3 186435370 . G A 1120.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948378;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.842;QD=60.5861;RBI=0.0259069;REFB=0;REVB=0.0241086;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06746e-05;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr3 186445052 . T G 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.012931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.317;QD=16.8919;RBI=0.0146075;REFB=-0.00391268;REVB=0.00679478;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708811;STB=0.503977;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00484316;OID=.;OPOS=186445052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:21:24:20:17:21:24 chr3 186509517 . G A 392.35 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0123054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.12;QD=16.8755;RBI=0.0125828;REFB=-0.0122662;REVB=0.0026273;RO=49;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144041;STB=0.563188;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0186654;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:49:52:41:41:0.44086:19:22:19:30:19:22:22:30 chr3 186937568 . A G 914.65 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204404;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.801;QD=58.0729;RBI=0.0306863;REFB=0;REVB=0.0228876;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101034;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:41:20:0:0:42:21:0:0 chr3 186954285 . A G 1235.74 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9818;QD=61.0244;RBI=0.114873;REFB=0;REVB=0.111393;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553199;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:45:33:0:0:48:33:0:0 chr3 187088812 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.015399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.541;QD=15.1533;RBI=0.0160133;REFB=-0.0103192;REVB=0.00439295;RO=43;SAF=10;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212618;STB=0.620733;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0114927;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:22:10:22:21:22:10:22:21 chr3 187088903 . C A 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0196715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8524;QD=15.1701;RBI=0.0222003;REFB=-0.0328624;REVB=-0.0102901;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113823;STB=0.565638;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0446026;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:10:14:8:9:10:14 chr3 187088926 . G A 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.606;QD=60.5962;RBI=0.0338142;REFB=0;REVB=0.0171977;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011773;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr3 187089031 . C A 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00971649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.044;QD=17.9428;RBI=0.023824;REFB=-0.0252635;REVB=-0.0217525;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181982;STB=0.510197;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0175104;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:16:13:12:16:16:13 chr3 187416666 . C T 470.02 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00720138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.721;QD=17.2484;RBI=0.0238471;REFB=-0.0109498;REVB=0.0227338;RO=58;SAF=29;SAR=22;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341311;STB=0.518975;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00828799;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:22:29:35:23:22:29:35:23 chr3 187419816 . T C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.000731218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.603;QD=16.0643;RBI=0.00603679;REFB=-0.00632758;REVB=0.00599234;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168583;STB=0.594526;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00318955;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:8:23:15:11:8:23 chr3 187447032 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.0326382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.372;QD=13.9118;RBI=0.052536;REFB=-0.00665499;REVB=0.0411678;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306898;STB=0.672135;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00595597;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:27:4:8:13:27:4 chr3 187450128 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1886;QD=56.1908;RBI=0.0176445;REFB=0;REVB=-0.0115126;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98406e-05;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr3 187897059 . G A,C 1520.16 PASS AF=0.908163,0.0918367;AO=89,9;DP=98;FAO=89,9;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36,9;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798809,0.0153053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.689,174.343;QD=62.0473;RBI=0.087688,0.0184914;REFB=0,0;REVB=0.0361693,-0.0103769;RO=0;SAF=36,9;SAR=53,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.47001e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000675876,0.0595131;OID=.,.;OPOS=187897059,187897059;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:98:98:0:0:89,9:89,9:0.908163,0.0918367:53,0:36,9:0:0:53,0:36,9:0:0 chr3 187897283 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00159845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.871;QD=13.631;RBI=0.0286847;REFB=-0.0296704;REVB=0.0286401;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0146456;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr3 187897424 . A C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0166815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.516;QD=14.262;RBI=0.0186925;REFB=-0.00144493;REVB=-0.00843432;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107476;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00263299;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:11:13:7:9:11:13 chr3 187897614 . C G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.749;QD=47.8145;RBI=0.036779;REFB=-0.0621525;REVB=-0.00710646;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00092469;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:0:1:7:14:0:1 chr3 187897954 . T A 1529.32 PASS AF=0.964286;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0462215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3666;QD=54.6187;RBI=0.0489956;REFB=-0.153255;REVB=0.0162524;RO=4;SAF=57;SAR=50;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224435;STB=0.500995;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00941233;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:4:4:107:108:0.964286:50:57:2:2:51:57:2:2 chr3 187897989 . C A 516.47 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0266057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.12;QD=19.1287;RBI=0.0267395;REFB=-0.0149693;REVB=0.00267157;RO=54;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337575;STB=0.518665;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0135035;OID=.;OPOS=187897989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:30:24:26:28:30:24:26:28 chr3 187898523 . T C 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00947268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.933;QD=5.99232;RBI=0.0210011;REFB=-0.000506565;REVB=-0.0187434;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337748;STB=0.71862;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00200511;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:6:4:24:11:6:4:25:11 chr3 187898593 . G A 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.358;QD=41.68;RBI=0.0265005;REFB=-0.0339502;REVB=-0.00348617;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00139946;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:1:1:8:10:1:1 chr3 188464248 . G GT 1417.53 PASS AF=1;AO=117;DP=125;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117839;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6593;QD=47.2508;RBI=0.0793853;REFB=0;REVB=-0.0785058;RO=7;SAF=80;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000969614;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:117:125:120:120:0:80:40:0:0:26:7:80:37:4:3 chr3 189033292 . C G 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0397965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.485;QD=23.0409;RBI=0.0406567;REFB=-0.0292485;REVB=-0.00831901;RO=40;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278153;STB=0.51529;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0320502;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:26:22:17:23:26:22:17:23 chr3 189615080 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0702896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2413;QD=8.25454;RBI=0.084086;REFB=-0.0065459;REVB=0.04615;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011945;OID=.;OPOS=189615080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:1:10:5:1:2:10 chr3 189712010 . G A 221.51 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0197583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.914;QD=18.0828;RBI=0.0204383;REFB=-0.00996846;REVB=0.00522803;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15399;STB=0.567505;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0163946;OID=.;OPOS=189712010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:7:14:14:13:8:14:14:13 chr3 189713205 . T C 376.21 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0218314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1051;QD=21.1951;RBI=0.0350563;REFB=-0.005488;REVB=-0.0274287;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204452;STB=0.612845;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00425043;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:11:22:16:22:11:22 chr3 190023552 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.598;QD=45.8068;RBI=0.00526291;REFB=0;REVB=-0.00508359;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.557e-05;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr3 190024457 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.135;QD=57.8849;RBI=0.0378241;REFB=0;REVB=0.0311783;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4424e-05;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr3 190030680 . A G 1456.04 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136732;FXX=0.0807999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.439;QD=64.0017;RBI=0.0319101;REFB=0;REVB=0.0288322;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329001;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:55:36:0:0 chr3 190105974 . C A 300.39 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0122005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5537;QD=19.0726;RBI=0.0241182;REFB=-0.0245153;REVB=-0.0208047;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698145;STB=0.538898;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0230509;OID=.;OPOS=190105974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:15:16:14:18:15:16 chr3 190333162 . TG T,TT 1589.1 PASS AF=1,0;AO=97,8;DP=105;FAO=108,0;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231099,-0.0204484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=308.541,289.707;QD=58.8555;RBI=0.0231151,0.0205018;REFB=0,0;REVB=0.000489576,0.0014788;RO=0;SAF=50,3;SAR=47,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-5.2303e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:97,8:105:108,0:108:0:54,0:54,0:0:0:9:0:50,3:47,5:0:0 chr3 190360102 . G A 306.7 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00411982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.786;QD=22.7182;RBI=0.0234296;REFB=-0.0137585;REVB=-0.0230646;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138348;STB=0.584762;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0095834;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:17:14:14:8:17:14:15:8 chr3 190999917 . C A 354.04 PASS AF=0.493506;AO=32;DP=72;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00290396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4113;QD=18.3916;RBI=0.0168778;REFB=-0.0304738;REVB=0.0166261;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029773;STB=0.536004;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00961597;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:39:39:32:38:0.493506:19:13:17:22:24:14:17:22 chr3 191047532 . A G 562.33 PASS AF=0.320175;AO=69;DP=225;FAO=73;FDP=228;FR=.;FRO=155;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=-0.000845443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.362;QD=9.86535;RBI=0.0243991;REFB=-0.0190153;REVB=0.0243845;RO=155;SAF=30;SAR=39;SRF=70;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203665;STB=0.51864;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0410352;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:155:155:69:73:0.320175:39:30:70:85:42:31:70:85 chr3 191074873 . C G 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0311049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.87;QD=27.2641;RBI=0.0311898;REFB=-0.00915931;REVB=0.00230035;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880355;STB=0.548768;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00796847;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:9:13:6:7:9:13:6:7 chr3 191098539 . C G 315.97 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00836703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.515;QD=12.7666;RBI=0.0237138;REFB=-0.00400897;REVB=-0.0221886;RO=63;SAF=24;SAR=12;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166249;STB=0.59569;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00613428;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:12:24:33:30:12:24:33:30 chr3 191179193 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.037675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3881;QD=22.1891;RBI=0.0404921;REFB=0.00391647;REVB=0.0148394;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110708;STB=0.561985;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00565809;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:7:11:10:11:7:11 chr3 191810914 . TA CG 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499184;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.034;QD=64.4154;RBI=0.0168232;REFB=0;REVB=0.0160655;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000129636;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 192515557 . G A 170.15 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00278954;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.16;QD=10.4706;RBI=0.0397153;REFB=-0.0140185;REVB=-0.0396173;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535056;STB=0.523056;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0238829;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:11:11:23:19:11:11:23:20 chr3 192994543 . A G 460.85 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0305747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.501;QD=17.2279;RBI=0.0348502;REFB=-0.0104009;REVB=0.0167249;RO=57;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777736;STB=0.543266;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0123077;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:24:26:25:32:24:26:25:32 chr3 193031926 . C T 106.14 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.077536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5528;QD=11.7937;RBI=0.0854557;REFB=-0.021179;REVB=-0.0359283;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459362;STB=0.777298;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0329327;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:12:11:11:2:12:11 chr3 193036783 . G A 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0278823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.838;QD=21.0158;RBI=0.0372338;REFB=-0.0049686;REVB=0.0246765;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00586487;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:5:8:10:6:5:8 chr3 193036794 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.813;QD=57.2026;RBI=0.0150754;REFB=0;REVB=-0.00768672;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4903e-05;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 193042776 . T C 727.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.656;QD=57.0915;RBI=0.0104216;REFB=0;REVB=0.000188967;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68525e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr3 193080344 . C T 351.29 PASS AF=0.468354;AO=38;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0144055;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.361;QD=17.7871;RBI=0.0176905;REFB=-0.00168616;REVB=-0.0102682;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694253;STB=0.546796;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00394918;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:38:37:0.468354:18:20:19:23:17:20:19:23 chr3 193080414 . C G 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.000527969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.044;QD=17.6719;RBI=0.0114276;REFB=-0.0066243;REVB=0.0114154;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905467;STB=0.550722;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00682387;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:17:15:17:13:17:15 chr3 193081122 . G T 742.99 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=156;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.024396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8415;QD=19.051;RBI=0.0254843;REFB=-0.00721361;REVB=-0.00736774;RO=78;SAF=30;SAR=47;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559189;STB=0.528083;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00588708;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:79:77:77:0.49359:47:30:35:43:47:30:35:44 chr3 193096529 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00952277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4109;QD=21.595;RBI=0.0296448;REFB=-0.0201033;REVB=-0.0280737;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438026;STB=0.524193;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0169538;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:21:17:16:16:21:17:16:16 chr3 193180592 . G A 198.87 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0114481;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.315;QD=11.2041;RBI=0.0244779;REFB=-0.00147705;REVB=-0.0216359;RO=46;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913378;STB=0.553005;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00184793;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:46:25:25:0.352113:11:14:22:24:11:14:22:24 chr3 193183817 . A G 236.03 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0157053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.719;QD=19.2675;RBI=0.0298272;REFB=-0.0213027;REVB=0.0253576;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200127;STB=0.612582;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00820019;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:18:8:12:11:18:8 chr3 193209178 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0116324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9664;QD=13.5804;RBI=0.0116505;REFB=0.0112212;REVB=-0.000648193;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409142;STB=0.739546;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0244105;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:13:4:17:11:13:4:17:11 chr3 193210768 . A G 372.9 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00607843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.52;QD=17.7569;RBI=0.00964368;REFB=-0.0156522;REVB=0.00748687;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114608;STB=0.56407;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0217946;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:17:22:20:25:17:22:20:25 chr3 193355074 . T C 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000891385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.514;QD=60.7474;RBI=0.0114112;REFB=0;REVB=0.0113764;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44541e-06;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr3 193385059 . G A 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.687;QD=60.5457;RBI=0.0184158;REFB=0;REVB=0.00340454;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34558e-05;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr3 194061826 . C T 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0592907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.435;QD=16.2789;RBI=0.0593019;REFB=-0.0311419;REVB=-0.00115032;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101912;STB=0.557337;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0374664;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:13:20:14:14:13:20 chr3 194061906 . T C 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0267143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.816;QD=17.7107;RBI=0.0268702;REFB=-0.0406074;REVB=0.00288955;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524755;STB=0.529394;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0257241;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:21:12:15:21:21:12:15:21 chr3 194063300 . T C 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0505959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8269;QD=18.8896;RBI=0.0510906;REFB=0.0144748;REVB=0.00709269;RO=46;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440341;STB=0.504585;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00861326;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:52:51:51:0.495146:27:24:24:22:27:24:24:28 chr3 194118874 . T C 800.24 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.486;QD=64.0188;RBI=0.0438166;REFB=0;REVB=0.0437108;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261272;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr3 194124427 . C T 1472.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000102885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.514;QD=63.3316;RBI=0.0307485;REFB=0;REVB=-0.0307484;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54397e-05;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr3 194313832 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0165211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.422;QD=14.0963;RBI=0.0186043;REFB=-0.00015103;REVB=-0.00855427;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-2.01165e-06;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:8:6:4:7:8:6 chr3 194337901 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.436;QD=63.4764;RBI=0.0105355;REFB=0;REVB=-0.00973613;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75689e-06;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr3 194338423 . CG TC,TG 543.45 PASS AF=0.526316,0.473684;AO=19,18;DP=39;FAO=20,18;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=13,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308021,-0.0431293;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=113.853,124.077;QD=57.2053;RBI=0.0354932,0.0436715;REFB=0,0;REVB=0.0176351,-0.00686055;RO=0;SAF=7,5;SAR=12,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0233743,-0.00818168;OID=.,.;OPOS=194338423,194338423;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:38:0:0:19,18:20,18:0.526316,0.473684:12,13:7,5:0:0:13,13:7,5:0:0 chr3 194349178 . C T 451.12 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.000532877;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.819;QD=17.8661;RBI=0.0154209;REFB=-0.0110458;REVB=0.0154117;RO=53;SAF=30;SAR=18;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182284;STB=0.601461;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.011779;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:53:53:48:48:0.475248:18:30:23:30:18:30:23:30 chr3 194373832 . TG CA 814.49 PASS AF=0.417431;AO=91;DP=218;FAO=91;FDP=218;FR=.;FRO=127;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=0.0177203;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=348.04;QD=14.9448;RBI=0.0221745;REFB=-1.00389e-06;REVB=0.0133304;RO=126;SAF=44;SAR=47;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418596;STB=0.52106;STBP=0.603;TYPE=mnp;VARB=2.23628e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:126:127:91:91:0.417431:47:44:66:60:47:44:66:61 chr3 194387186 . C T 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00609943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.779;QD=19.8662;RBI=0.0195718;REFB=-0.0103044;REVB=-0.0185971;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050386;STB=0.527938;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0126394;OID=.;OPOS=194387186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:24:20:18:27:24:20:18:27 chr3 194387253 . A G 335.94 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0140415;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.787;QD=14.4491;RBI=0.0209634;REFB=0.00529925;REVB=0.015566;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446268;STB=0.525359;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00563736;OID=.;OPOS=194387253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:56:37:37:0.397849:22:15:25:31:22:15:25:31 chr3 194408821 . G C 112.71 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0186683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1627;QD=28.1778;RBI=0.082237;REFB=-0.10494;REVB=-0.08009;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218866;STB=0.543407;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0315334;OID=.;OPOS=194408821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:2:4:12:12:0.75:7:5:1:1:7:5:1:3 chr3 194842785 . C G 447.09 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7476;QD=57.6896;RBI=0.0303126;REFB=0;REVB=0.0110895;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459131;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr3 194842877 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.459;QD=57.2377;RBI=0.0339862;REFB=0;REVB=-0.0124901;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89591e-05;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr3 194842911 . A G 856.78 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464627;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.116;QD=58.0871;RBI=0.0102994;REFB=0;REVB=0.00919184;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356551;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr3 195076877 . C G 367.67 PASS AF=0.412371;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0112059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.392;QD=15.1619;RBI=0.0144842;REFB=-0.0208697;REVB=-0.00917701;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099297;STB=0.548872;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0404986;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:57:39:40:0.412371:18:21:36:21:18:22:36:21 chr3 195242526 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0609645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.275;QD=13.6314;RBI=0.06631;REFB=-0.0488284;REVB=0.0260836;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.608461;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0362293;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:8:1:2:6:8:1 chr3 195345828 . AG GA 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0028444;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.549;QD=31.225;RBI=0.0311088;REFB=0.0023445;REVB=-0.0309785;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154571;STB=0.585022;STBP=0.155;TYPE=mnp;VARB=-0.00209975;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:9:11:2:6:9:11:2:6 chr3 195345953 . C T 221.79 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0781542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6742;QD=18.4826;RBI=0.0781788;REFB=-0.0237638;REVB=-0.00196325;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364213;STB=0.512184;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0304966;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:8:14:15:10:8:14:16:10 chr3 195346477 . C T 192.79 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0175572;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7981;QD=11.8639;RBI=0.0176657;REFB=-0.00886637;REVB=-0.00195475;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268086;STB=0.501318;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293526;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:9:14:24:17:10:14:24:17 chr3 195346623 . A G 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0203662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.752;QD=6.88086;RBI=0.0208986;REFB=-0.00733433;REVB=0.00468716;RO=39;SAF=10;SAR=2;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357827;STB=0.731269;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0195728;OID=.;OPOS=195346623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:2:10:23:16:2:10:23:16 chr3 195346665 . G A 88.9 PASS AF=0.24;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.022322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.768;QD=7.1123;RBI=0.0291259;REFB=-0.01974;REVB=-0.0187095;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0809815;OID=.;OPOS=195346665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:50:38:38:11:12:0.24:6:5:19:19:6:6:19:19 chr3 195346677 . G A 78.19 PASS AF=0.24;AO=9;DP=45;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0135992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.163;QD=6.25529;RBI=0.0237365;REFB=-0.0139264;REVB=-0.0194546;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299321;STB=0.559901;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0496121;OID=.;OPOS=195346677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:45:50:36:38:9:12:0.24:6:3:21:15:6:6:22:16 chr3 195346861 . T C 174.75 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0522778;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4942;QD=11.6502;RBI=0.0532392;REFB=0.00669845;REVB=-0.0100719;RO=37;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247172;STB=0.640024;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0114144;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:38:22:22:0.366667:18:4:13:24:18:4:13:25 chr3 195395487 . C T 255.43 PASS AF=0.268657;AO=36;DP=135;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.00530434;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.593;QD=7.6249;RBI=0.0643861;REFB=0.00531395;REVB=0.0641672;RO=98;SAF=12;SAR=24;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268286;STB=0.659911;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0192668;OID=.;OPOS=195395487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:98:98:36:36:0.268657:24:12:54:44:24:12:54:44 chr3 195399505 . C T 62.94 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0523556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.401;QD=3.26945;RBI=0.0530324;REFB=-0.00776218;REVB=0.00844598;RO=65;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179314;STB=0.512175;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0384051;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:7:5:28:37:7:5:28:37 chr3 195447886 . G C 642.47 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0273557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.464;QD=14.9412;RBI=0.0273764;REFB=-0.0330576;REVB=0.00106455;RO=99;SAF=41;SAR=31;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775924;STB=0.540692;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0454459;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:99:100:72:72:0.418605:31:41:49:50:31:41:50:50 chr3 195451880 . AG GA 311.72 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0235409;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.248;QD=47.9573;RBI=0.0242929;REFB=0.0412598;REVB=0.00599754;RO=2;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054487;STB=0.529388;STBP=0.419;TYPE=mnp;VARB=-0.000883437;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:16:8:0:2:16:8:0:2 chr3 195452770 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0132424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.995;QD=17.5601;RBI=0.0159186;REFB=-0.00479982;REVB=-0.008834;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215916;STB=0.623093;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0039695;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:8:13:7:11:8:13 chr3 195452799 . C T 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00838062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2961;QD=20.5423;RBI=0.0276577;REFB=-0.000783902;REVB=0.0263574;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163585;STB=0.59183;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0013853;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:9:16:11:13:9:16 chr3 195452951 . G C 685.41 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7888;QD=50.7709;RBI=0.0543106;REFB=0.0282439;REVB=-0.0531705;RO=3;SAF=19;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325492;STB=0.517314;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0023325;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:32:19:2:1:32:19:2:1 chr3 195452987 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.100357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3812;QD=14.6507;RBI=0.100755;REFB=-0.0331848;REVB=-0.00894258;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408057;STB=0.736203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0411187;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:19:4:16:15:19:4:16:15 chr3 195452991 . C T 184.83 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0259825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6061;QD=13.4422;RBI=0.0285405;REFB=-0.00902362;REVB=-0.0118096;RO=32;SAF=4;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387573;STB=0.719776;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00875501;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:18:4:16:16:18:4:16:17 chr3 195453014 . G A 205.38 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00702958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.551;QD=14.6697;RBI=0.00772094;REFB=-0.00987853;REVB=-0.00319343;RO=30;SAF=3;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526529;STB=0.807396;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0109751;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:30:32:24:24:0.428571:21:3:17:13:21:3:18:14 chr3 195453064 . T G 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1844;QD=58.2351;RBI=0.00758942;REFB=0;REVB=-0.00472946;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34433e-05;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr3 195453243 . C T 199.08 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=-0.0372248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.283;QD=9.36847;RBI=0.0372996;REFB=-0.00909842;REVB=-0.0023613;RO=59;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131936;STB=0.578881;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0211917;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:26:26:0.305882:22:4:13:46:22:4:13:46 chr3 195453257 . G A 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=-0.0267641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0383;QD=10.1985;RBI=0.0287537;REFB=-0.017253;REVB=-0.01051;RO=51;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824772;STB=0.54779;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0547945;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:20:5:8:43:20:5:8:43 chr3 195453406 . G C 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.031418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.265;QD=14.0415;RBI=0.0346784;REFB=0.00792267;REVB=0.0146799;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.012248;OID=.;OPOS=195453406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr3 195453412 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0487557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.527;QD=16.199;RBI=0.048886;REFB=-0.0212564;REVB=-0.00356721;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0330757;OID=.;OPOS=195453412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr3 195456561 . C G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00910451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.3;QD=12.4808;RBI=0.0139712;REFB=-0.00513992;REVB=-0.0105973;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.567454;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00886676;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:10:9:7:5:10:9 chr3 195477791 . G A 2665.63 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.869;QD=61.9915;RBI=0.0445337;REFB=0;REVB=0.0191099;RO=0;SAF=100;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.70168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21668e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:163:172:0:0:163:172:1:63:100:0:0:67:105:0:0 chr3 195479256 . T C 1034.45 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0076;QD=59.1113;RBI=0.118058;REFB=0;REVB=0.111925;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767596;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr3 195489009 . C A 4439.95 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.758;QD=63.2021;RBI=0.0446318;REFB=0;REVB=0.0247471;RO=0;SAF=116;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56888e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:281:0:0:280:281:1:164:116:0:0:165:116:0:0 chr3 195489067 . C G 4820.3 PASS AF=1;AO=308;DP=308;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8603;QD=62.6013;RBI=0.0710735;REFB=0;REVB=-0.0609395;RO=0;SAF=117;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188686;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:308:308:0:0:308:308:1:191:117:0:0:191:117:0:0 chr3 195495916 . G C 1281.62 PASS AF=0.926316;AO=87;DP=95;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0448152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.523;QD=53.9631;RBI=0.0448535;REFB=-0.100582;REVB=0.00185409;RO=5;SAF=38;SAR=49;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583657;STB=0.541167;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00172469;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:95:95:5:7:87:88:0.926316:49:38:5:0:49:39:7:0 chr3 195497174 . C G 1860.06 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1256;QD=61.4897;RBI=0.0607301;REFB=0;REVB=0.0043086;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292405;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:62:57:0:0:63:58:0:0 chr3 195497743 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000481333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.776;QD=62.9808;RBI=0.00790669;REFB=0;REVB=0.00789203;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95829e-05;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr3 195501149 . C T 1117.39 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.103696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7552;QD=56.5766;RBI=0.107448;REFB=-0.136704;REVB=0.0281444;RO=3;SAF=34;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828689;STB=0.504382;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00512144;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:79:3:3:76:76:0.962025:42:34:1:2:42:34:1:2 chr3 195505664 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.887;QD=61.3348;RBI=0.0420137;REFB=0;REVB=0.0363202;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133872;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr3 195505788 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.447;QD=42.1826;RBI=0.0118152;REFB=0;REVB=0.0104197;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107036;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr3 195515594 . C G 1098.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.252;QD=59.3671;RBI=0.0216588;REFB=0;REVB=0.0171249;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016547;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:44:27:0:0:47:27:0:0 chr3 195515617 . G C 1082.08 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537479;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9189;QD=58.4907;RBI=0.140164;REFB=-0.090088;REVB=0.12945;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219878;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00352742;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:2:1:72:73:0.986486:42:30:0:2:43:30:0:1 chr3 195516522 . CG C 123.78 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0153654;FXX=0.0265463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7085;QD=4.50125;RBI=0.088357;REFB=-0.0441847;REVB=-0.0870107;RO=73;SAF=1;SAR=34;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.722974;STB=0.884776;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0625311;OID=.;OPOS=195516523;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:35:113:35:110:75:2:33:33:42:99:73:1:34:33:40 chr3 195516630 . G T 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.289;QD=60.6038;RBI=0.00440701;REFB=0;REVB=0.00304341;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49326e-05;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:32:6:0:0:32:6:0:0 chr3 195516878 . T C 408.8 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.286;QD=56.3855;RBI=0.273157;REFB=0;REVB=0.0730438;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021537;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:21:29:1:20:1:0:0:26:3:0:0 chr3 195517258 . G A 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00273618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.026;QD=59.4248;RBI=0.00327358;REFB=0.110887;REVB=0.00179711;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.508193;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=1.58787e-05;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:12:30:0:0:12:30:1:0 chr3 195517321 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8545;QD=53.9105;RBI=0.037513;REFB=0;REVB=-0.0310351;RO=0;SAF=23;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111072;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:1:23:0:0:1:23:0:0 chr3 195517553 . A C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.303;QD=60.2289;RBI=0.0700937;REFB=0;REVB=0.0653582;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440957;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 772.91 PASS AF=0.0833333,0.678571;AO=7,53;DP=87;FAO=7,57;FDP=84;FR=.;FRO=20;FSAF=7,12;FSAR=0,45;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0355971,0.0066459;FXX=0.0232531;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=88.1142,464.623;QD=36.8053;RBI=0.0437891,0.0144365;REFB=0.017652,-0.0106964;REVB=0.0255017,0.0128158;RO=21;SAF=7,12;SAR=0,41;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705152,-0.249562;STB=0.997886,0.643169;STBP=0.031,0;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0202667,0.00462424;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:87:84:21:20:7,53:7,57:0.0833333,0.678571:0,41:7,12:13:8:0,45:7,12:13:7 chr3 195518330 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.123;QD=50.4135;RBI=0.037191;REFB=0;REVB=0.0162128;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291574;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr3 195595228 . CG C 112.91 PASS AF=1;AO=13;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.240466;FXX=0.0951928;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.67293;QD=23.7713;RBI=0.295443;REFB=-0.0102152;REVB=-0.171647;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0264425;OID=.;OPOS=195595229;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:20:19:19:0:13:6:0:0:3:4:9:4:4:0 chr3 195668443 . GA G 76.56 PASS AF=0.22449;AO=8;DP=47;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0180413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.207;QD=6.24952;RBI=0.0181415;REFB=-0.0134568;REVB=0.00190421;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15307;STB=0.684476;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.0410013;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:8:47:11:49:38:8:3:19:19:76:38:5:3:19:19 chr3 195668478 . AT GT,TG 287.09 PASS AF=0.5,0.04;AO=24,2;DP=50;FAO=25,2;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13,1;FSAR=12,1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0217974,-0.0319474;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=106.804,36.2761;QD=22.9672;RBI=0.0375604,0.0598336;REFB=-0.00928876,-0.0123678;REVB=-0.0305885,-0.0505908;RO=23;SAF=12,1;SAR=12,1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.056906,0.0618654;STB=0.540733,0.559413;STBP=0.579,0.854;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0139993,0.1145;OID=.,.;OPOS=195668478,195668478;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:24,2:25,2:0.5,0.04:12,1:12,1:10:13:12,1:13,1:10:13 chr3 195692347 . G A 87.81 PASS AF=0.107143;AO=24;DP=224;FAO=24;FDP=224;FR=.;FRO=200;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=110;FSRR=90;FWDB=0.0160783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.311;QD=1.5681;RBI=0.0162248;REFB=-0.000427481;REVB=-0.00217542;RO=200;SAF=15;SAR=9;SRF=110;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941034;STB=0.568907;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00390193;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:224:224:200:200:24:24:0.107143:9:15:110:90:9:15:110:90 chr3 195701278 . C T 135.53 PASS AF=0.20354;AO=22;DP=113;FAO=23;FDP=113;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0135068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.77;QD=4.79767;RBI=0.0135301;REFB=-0.0017367;REVB=0.000793787;RO=89;SAF=12;SAR=10;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107063;STB=0.552526;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0168586;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:89:90:22:23:0.20354:10:12:41:48:11:12:41:49 chr3 195701285 . G T 144.36 PASS AF=0.195312;AO=25;DP=128;FAO=25;FDP=128;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0169548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.39;QD=4.51116;RBI=0.0177787;REFB=-0.00231131;REVB=-0.0053496;RO=103;SAF=12;SAR=13;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178318;STB=0.511269;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00940413;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:103:103:25:25:0.195312:13:12:48:55:13:12:48:55 chr3 195701304 . C T 175.47 PASS AF=0.194805;AO=30;DP=153;FAO=30;FDP=154;FR=.;FRO=124;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.0161327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.38;QD=4.55772;RBI=0.0177591;REFB=-0.00336121;REVB=0.00742453;RO=123;SAF=15;SAR=15;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318641;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:123:124:30:30:0.194805:15:15:62:61:15:15:62:62 chr3 195701310 . C CAA 82.52 PASS AF=0.180124;AO=29;DP=164;FAO=29;FDP=161;FR=.;FRO=132;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.0358951;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=2;MLLD=46.1647;QD=2.05026;RBI=0.0365329;REFB=0.00642726;REVB=-0.00679702;RO=134;SAF=15;SAR=14;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012532;STB=0.507924;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=-0.028616;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180124:29:164:29:161:132:15:14:67:65:82:134:15:14:68:66 chr3 195701331 . G A 234.66 PASS AF=0.21547;AO=38;DP=180;FAO=39;FDP=181;FR=.;FRO=142;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.0172314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.297;QD=5.18584;RBI=0.0334507;REFB=-0.000150043;REVB=0.028671;RO=142;SAF=21;SAR=17;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040404;STB=0.513645;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00105472;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:142:142:38:39:0.21547:17:21:74:68:18:21:74:68 chr3 195701388 . GC AA 273.73 PASS AF=0.25974;AO=40;DP=154;FAO=40;FDP=154;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=0.0093569;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.324;QD=7.10987;RBI=0.02006;REFB=-0.000743754;REVB=0.0177441;RO=114;SAF=16;SAR=24;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177788;STB=0.606165;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=0.00257966;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:114:114:40:40:0.25974:24:16:62:52:24:16:62:52 chr3 195710989 . G A 431.91 PASS AF=0.310734;AO=34;DP=179;FAO=55;FDP=177;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.00457001;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.756;QD=9.7606;RBI=0.0126611;REFB=-0.00633076;REVB=0.0118075;RO=87;SAF=6;SAR=28;SRF=14;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334103;STB=0.548572;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0493175;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:87:122:34:55:0.310734:28:6:14:73:30:25:47:75 chr3 195710993 . A G 428.85 PASS AF=0.28934;AO=57;DP=195;FAO=57;FDP=197;FR=.;FRO=140;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=87;FWDB=-0.0429039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.512;QD=8.70768;RBI=0.0461848;REFB=-0.00232445;REVB=-0.0170965;RO=138;SAF=27;SAR=30;SRF=51;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127863;STB=0.568244;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00492255;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:138:140:57:57:0.28934:30:27:51:87:30:27:53:87 chr3 195711016 . G A 646.4 PASS AF=0.334728;AO=80;DP=239;FAO=80;FDP=239;FR=.;FRO=159;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=96;FWDB=-0.0125601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3533;QD=10.8183;RBI=0.0289186;REFB=-0.0023714;REVB=-0.0260487;RO=159;SAF=31;SAR=49;SRF=63;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106387;STB=0.506097;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00443996;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:159:159:80:80:0.334728:49:31:63:96:49:31:63:96 chr3 195929252 . G T 179.25 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0109052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.929;QD=22.4066;RBI=0.0420249;REFB=-0.0259317;REVB=0.0405853;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302788;STB=0.639987;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0228676;OID=.;OPOS=195929252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:13:4:8:6:13:5:8:6 chr3 195938177 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0338;QD=56.9379;RBI=0.0744493;REFB=0;REVB=-0.0190587;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111057;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr3 195941118 . C G 447.91 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00533975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.775;QD=26.7412;RBI=0.0210599;REFB=0.0041297;REVB=0.0203717;RO=25;SAF=14;SAR=28;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795073;STB=0.543457;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0039199;OID=.;OPOS=195941118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:28:14:11:14:28:14:11:14 chr3 195941216 . C G 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.25;QD=60.9518;RBI=0.020261;REFB=0;REVB=0.0194621;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25206e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:63:53:0:0:63:53:0:0 chr3 195955762 . G A 720.78 PASS AF=0.514493;AO=70;DP=139;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0190992;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.882;QD=20.8921;RBI=0.0282981;REFB=0.00202694;REVB=-0.0208806;RO=67;SAF=42;SAR=28;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165147;STB=0.511901;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00174882;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:67:67:70:71:0.514493:28:42:39:28:28:43:39:28 chr3 195956827 . T C 395.2 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00266899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5786;QD=22.9103;RBI=0.0122019;REFB=0.00240898;REVB=-0.0119064;RO=30;SAF=19;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162192;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00197658;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:20:19:14:16:20:19:14:16 chr3 196054439 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.957;QD=60.6103;RBI=0.0189128;REFB=0;REVB=0.0180082;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02004e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 196294104 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.537;QD=56.9569;RBI=0.0162407;REFB=0;REVB=0.0144479;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28108e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr3 196386964 . C G 1390.4 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.32;QD=60.4523;RBI=0.0308281;REFB=-0.0466455;REVB=0.0276197;RO=2;SAF=46;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201594;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000470242;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:2:1:90:91:0.98913:44:46:2:0:44:47:1:0 chr3 196612151 . T C 489.51 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0337061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8821;QD=24.7855;RBI=0.0519447;REFB=-0.0228062;REVB=0.039524;RO=32;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897478;STB=0.543301;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.017085;OID=.;OPOS=196612151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:27:19:17:15:27:19:17:16 chr3 196613075 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0162501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.57;QD=23.6749;RBI=0.0177508;REFB=-0.00732773;REVB=0.00714317;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185161;STB=0.603672;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0054984;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:9:7:14:7:9:7 chr3 196660820 . C T 460.4 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0233268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.111;QD=21.1679;RBI=0.0240767;REFB=-0.01038;REVB=-0.00596228;RO=42;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970332;STB=0.505363;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0128598;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:23:22:21:21:23:22:21:21 chr3 196673831 . A G 171.97 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0243941;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.811;QD=17.1975;RBI=0.0299133;REFB=-0.0167141;REVB=0.0173127;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.59988;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0203145;OID=.;OPOS=196673831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:18:18:0.45:14:4:8:14:14:4:8:14 chr3 196674879 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9084;QD=57.1029;RBI=0.030917;REFB=0;REVB=-0.0021667;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398007;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr3 196674916 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000237598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.193;QD=63.2865;RBI=0.0236498;REFB=0;REVB=0.0236486;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42994e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr3 196674972 . CT TC 538.3 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387798;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.781;QD=59.8108;RBI=0.0254818;REFB=0;REVB=0.025185;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.84061e-05;OID=.;OPOS=196674972;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:34:36:1:20:14:0:0:20:16:0:0 chr3 196742290 . T C 727.61 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00147495;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.837;QD=23.8559;RBI=0.00149291;REFB=-0.0186694;REVB=-0.000230861;RO=52;SAF=29;SAR=40;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289841;STB=0.51076;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0193772;OID=.;OPOS=196742290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:53:69:69:0.565574:40:29:20:32:40:29:21:32 chr3 196743130 . T C 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00935849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.058;QD=21.8982;RBI=0.0100903;REFB=-0.00130291;REVB=-0.00377257;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134469;STB=0.574163;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0004784;OID=.;OPOS=196743130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:17:16:17:9:17:16:17:9 chr3 196746629 . T C 429.89 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0165023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2748;QD=16.6948;RBI=0.0200075;REFB=0.00436219;REVB=0.0113126;RO=56;SAF=29;SAR=18;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167833;STB=0.593775;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00508588;OID=.;OPOS=196746629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:18:29:25:31:18:29:25:31 chr3 196770355 . TAAGG T 291.19 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=151;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=-0.00449488;FXX=0.0197355;HRUN=2;LEN=4;MLLD=175.598;QD=7.81728;RBI=0.0228542;REFB=-0.00583356;REVB=-0.0224078;RO=95;SAF=17;SAR=37;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544049;STB=0.531089;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.0101937;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362416:54:151:54:149:95:17:37:34:61:99:95:17:37:34:61 chr3 196771245 . G A 169.49 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0458662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.903;QD=10.5931;RBI=0.0467849;REFB=0.00605724;REVB=0.00922643;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535056;STB=0.531222;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0215734;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:19:23:11:11:19:23 chr3 197020780 . G A,GA 136.19 PASS AF=0.11215,0.242991;AO=6,28;DP=129;FAO=12,26;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=6,15;FSAR=6,11;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.00637277,0.142175;FXX=0.0446389;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=229.129,9.02377;QD=5.09104;RBI=0.0228133,0.142827;REFB=-0.00474991,-0.0240277;REVB=-0.0219052,-0.013624;RO=87;SAF=0,17;SAR=6,11;SRF=49;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.557256,0.0563526;STB=0.617099,0.545802;STBP=0.418,0.617;TYPE=snp,ins;VARB=0.0655998,0.00511768;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:129:107:87:69:6,28:12,26:0.11215,0.242991:6,11:0,17:49:38:6,11:6,15:44:25 chr3 197495334 . G A 1033.59 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3367;QD=59.0621;RBI=0.0820647;REFB=0;REVB=0.0220816;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122022;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:41:26:0:0:42:28:0:0 chr3 197579466 . C T 507.13 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.012643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.164;QD=17.9514;RBI=0.0126432;REFB=-0.00790482;REVB=7.00713e-05;RO=58;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185535;STB=0.506089;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.011997;OID=.;OPOS=197579466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:25:29:30:28:25:29:31:28 chr3 197659160 . C G 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0058395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.961;QD=22.5829;RBI=0.0184662;REFB=-0.00450656;REVB=-0.0175186;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331203;STB=0.518504;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00517457;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:12:12:12:14:12:12 chr3 197665599 . G T 438.24 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0142804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.738;QD=19.2633;RBI=0.0156226;REFB=-0.00991362;REVB=-0.00633517;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783322;STB=0.543604;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0103864;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:27:17:22:25:27:17:22:25 chr3 197846850 . G A 81.62 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0375019;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6093;QD=4.47248;RBI=0.0378762;REFB=-0.0125732;REVB=-0.00531175;RO=59;SAF=10;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2849;STB=0.685212;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0386384;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:4:10:29:30:4:10:29:30 chr4 53360 . C G 30.13 PASS AF=0.0735294;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=136;FR=.;FRO=126;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0241642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.749;QD=0.886176;RBI=0.031827;REFB=-0.000355431;REVB=-0.0207135;RO=126;SAF=1;SAR=9;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427557;STB=0.875805;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00959485;OID=.;OPOS=53360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:136:126:126:10:10:0.0735294:9:1:59:67:9:1:59:67 chr4 53428 . G A 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.827;QD=62.6122;RBI=0.0526757;REFB=0;REVB=0.0460689;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010326;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr4 59350 . A G 96.17 PASS AF=0.113636;AO=25;DP=220;FAO=25;FDP=220;FR=.;FRO=195;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=99;FSRR=96;FWDB=-0.0335122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.26;QD=1.74861;RBI=0.0361679;REFB=-0.00585803;REVB=-0.0136033;RO=195;SAF=12;SAR=13;SRF=99;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342547;STB=0.524517;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.042612;OID=.;OPOS=59350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:220:220:195:195:25:25:0.113636:13:12:99:96:13:12:99:96 chr4 60303 . G A 125.85 PASS AF=0.119403;AO=32;DP=268;FAO=32;FDP=268;FR=.;FRO=236;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=83;FSRR=153;FWDB=-0.033844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.435;QD=1.87836;RBI=0.0356091;REFB=-0.00638488;REVB=-0.0110721;RO=236;SAF=8;SAR=24;SRF=83;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148752;STB=0.606595;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0419564;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:236:236:32:32:0.119403:24:8:83:153:24:8:83:153 chr4 85995 . C CA 172.9 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8036;QD=40.6811;RBI=0.0565685;REFB=-0.0249792;REVB=-0.0118262;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.006122;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:22:17:17:0:8:9:0:0:3:6:8:8:5:1 chr4 86022 . CAG ATA 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517135;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=163.201;QD=44.8759;RBI=0.061002;REFB=0;REVB=-0.0323566;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000298781;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr4 86040 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.7;QD=39.2068;RBI=0.10076;REFB=0;REVB=0.0156399;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00353041;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 86042 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.622;QD=39.2065;RBI=0.0404805;REFB=0;REVB=0.0322295;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195088;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 86044 . G A 88.37 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.232;QD=39.2742;RBI=0.0392398;REFB=0;REVB=-0.0120728;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490005;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr4 86738 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.512;QD=57.2026;RBI=0.0175727;REFB=0;REVB=0.0100607;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36534e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 86798 . C T 89.96 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00279565;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.266;QD=14.3929;RBI=0.0299466;REFB=-0.00977851;REVB=-0.0298158;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0152116;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:7:7:6:5:7:7 chr4 87113 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00408283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7652;QD=14.1952;RBI=0.0228119;REFB=-0.0159125;REVB=0.0224436;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104935;STB=0.57338;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0208669;OID=.;OPOS=87113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:7:8:9:12:7:8:9:13 chr4 87277 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3344;QD=59.4355;RBI=0.0232124;REFB=0;REVB=-0.0212965;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317419;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr4 87313 . G GA 446.36 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292827;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.5196;QD=49.596;RBI=0.0538815;REFB=0;REVB=0.0452298;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000636818;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:36:36:0:23:13:0:0:8:2:23:13:2:0 chr4 155713 . A G 585.85 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0107034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.11;QD=28.5782;RBI=0.010966;REFB=-0.000614699;REVB=0.00238553;RO=30;SAF=27;SAR=25;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577622;STB=0.531384;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000215953;OID=.;OPOS=155713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:52:52:0.634146:25:27:13:17:25:27:13:17 chr4 264941 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0148551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.275;QD=10.4292;RBI=0.0275661;REFB=-0.00433574;REVB=0.0232211;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438412;STB=0.526278;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0114099;OID=.;OPOS=264941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:16:14:6:8:16:14 chr4 376888 . C A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00079683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.489;QD=17.9407;RBI=0.0105265;REFB=-0.0017177;REVB=-0.0104963;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035222;STB=0.529381;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00233792;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:7:12:14:7:7:12:15:7 chr4 420688 . C T 643.78 PASS AF=0.387435;AO=74;DP=191;FAO=74;FDP=191;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0315516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6416;QD=13.4823;RBI=0.0432992;REFB=-0.0210235;REVB=-0.0296532;RO=117;SAF=27;SAR=47;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618833;STB=0.534961;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0312908;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:117:117:74:74:0.387435:47:27:49:68:47:27:49:68 chr4 436300 . TGGGG TCGGG,TGGG,TGGGT 128.42 PASS AF=0.0243902,0.414634,0.0243902;AO=2,15,2;DP=42;FAO=1,17,1;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=0,1,0;FSAR=1,16,1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0652518,-0.126865,-0.0756336;FXX=0.0238039;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=29.8381,16.2193,27.8226;QD=12.529;RBI=0.108673,0.151179,0.141754;REFB=-0.0505818,-0.11391,-0.0411338;REVB=-0.0869028,-0.0822201,-0.11989;RO=20;SAF=0,3,0;SAR=2,12,2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.531429,-0.387559,-0.531429;STB=0.99143,0.899022,0.99143;STBP=0.278,0.001,0.278;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.0128828,0.117118,0.0927774;OID=.,.,.;OPOS=436301,436301,436304;OREF=G,G,G;OALT=C,-,T;OMAPALT=TCGGG,TGGG,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0243902,0.414634,0.0243902:2,15,2:42:1,17,1:41:22:0,1,0:1,16,1:13:9:99:20:0,3,0:2,12,2:11:9 chr4 436414 . T A 115.48 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.061682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1822;QD=15.397;RBI=0.0885905;REFB=-0.0526554;REVB=-0.0635894;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0654415;OID=.;OPOS=436414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:7:6:8:8:7:7:8:8 chr4 648643 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.21;QD=58.5878;RBI=0.0246859;REFB=0;REVB=-0.0152535;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2049e-05;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr4 663908 . A G 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0111407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.807;QD=16.3499;RBI=0.0283685;REFB=-0.00820598;REVB=0.0260894;RO=42;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182886;STB=0.603216;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0144594;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:23:11:21:21:23:11:21:21 chr4 675855 . G A 316.8 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0433853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.582;QD=20.4384;RBI=0.0547033;REFB=-0.0312234;REVB=-0.0333191;RO=27;SAF=8;SAR=25;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947367;STB=0.579924;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0470232;OID=.;OPOS=675855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:29:33:33:0.532258:25:8:9:18:25:8:11:18 chr4 762935 . C A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.859;QD=15.839;RBI=0.0030606;REFB=-0.00564956;REVB=0.0030606;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623739;OID=.;OPOS=762935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:8:0:0:7:8:0:0:7 chr4 762963 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.55;QD=40.7629;RBI=0.0149208;REFB=0;REVB=-0.0149208;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102996;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr4 780286 . C G 1189.44 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.495;QD=60.2249;RBI=0.101137;REFB=0;REVB=0.0764862;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157377;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:79:0:0:63:79:1:21:42:0:0:35:44:0:0 chr4 843695 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000458042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.004;QD=61.3358;RBI=0.0282303;REFB=0;REVB=0.0282266;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189834;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr4 858940 . AT AC,GC 903.82 PASS AF=0.968254,0.031746;AO=59,3;DP=62;FAO=61,2;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351596,0.00150522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=82.03,108.738;QD=57.3851;RBI=0.0771439,0.00248685;REFB=0,0;REVB=0.0686657,0.00197958;RO=0;SAF=45,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000244461,0.082597;OID=.,.;OPOS=858941,858940;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:62:63:0:0:59,3:61,2:0.968254,0.031746:14,3:45,0:0:0:16,2:45,0:0:0 chr4 860192 . A G 196.42 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0099415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.795;QD=11.9042;RBI=0.103735;REFB=-0.032475;REVB=-0.103257;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612853;STB=0.50209;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.043097;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:8:17:27:13:8:17:28:13 chr4 946226 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.343;QD=37.4885;RBI=0.0443546;REFB=0;REVB=0.0320842;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103656;OID=.;OPOS=946226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 952208 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.021143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7919;QD=21.8421;RBI=0.0211464;REFB=0.0455306;REVB=0.000377856;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00878311;OID=.;OPOS=952208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr4 960993 . C T 192.7 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0806662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.755;QD=16.0582;RBI=0.0807383;REFB=-0.0177955;REVB=-0.00341204;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709175;STB=0.548625;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0259139;OID=.;OPOS=960993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:12:8:9:18:12:8:9:19 chr4 981598 . C T 258.67 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00268616;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.692;QD=13.9819;RBI=0.0171266;REFB=-0.00812418;REVB=-0.0169146;RO=43;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185348;STB=0.613956;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00869711;OID=.;OPOS=981598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:9:21:23:20:9:21:23:21 chr4 994414 . G A 672.34 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00318014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.607;QD=17.3507;RBI=0.00742601;REFB=-0.0181839;REVB=0.00671062;RO=82;SAF=37;SAR=35;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952189;STB=0.549262;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.015802;OID=.;OPOS=994414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:82:83:72:72:0.464516:35:37:34:48:35:37:35:48 chr4 994452 . C T 692.27 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0558808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8377;QD=19.5006;RBI=0.0590214;REFB=0.0368961;REVB=0.0189964;RO=73;SAF=26;SAR=43;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729342;STB=0.54035;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.034773;OID=.;OPOS=994452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:73:69:69:0.485915:43:26:33:40:43:26:33:40 chr4 995305 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=-0.00958847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.109;QD=10.4362;RBI=0.0201323;REFB=-0.00394371;REVB=-0.0177022;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430184;STB=0.746157;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0109647;OID=.;OPOS=995305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:29:4:7:8:29:4 chr4 995919 . G C 390.19 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0170382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8158;QD=21.6771;RBI=0.0514509;REFB=0.00785207;REVB=0.0485478;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891529;STB=0.548782;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0045407;OID=.;OPOS=995919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:33:38:39:0.541667:23:15:16:16:23:16:17:16 chr4 995997 . A G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0290241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.254;QD=25.2873;RBI=0.0373487;REFB=-0.018593;REVB=0.0235059;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168365;STB=0.594472;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00859908;OID=.;OPOS=995997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:5:4:11:5:5:4 chr4 996012 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000192753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.334;QD=22.7198;RBI=0.0168058;REFB=-0.0265552;REVB=-0.0168047;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385055;STB=0.521708;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0268902;OID=.;OPOS=996012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:5:4:7:7:5:4 chr4 996165 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0520387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.786;QD=13.0367;RBI=0.052851;REFB=-0.0172387;REVB=0.00923051;RO=30;SAF=2;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571597;STB=0.830175;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0159669;OID=.;OPOS=996165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:32:18:18:0.36:16:2:17:13:16:2:17:15 chr4 996248 . G C 96.68 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0558349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2734;QD=12.4752;RBI=0.0633534;REFB=0.0254469;REVB=0.0299353;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474469;STB=0.792166;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0398397;OID=.;OPOS=996248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:11:1:7:12:11:1:7:12 chr4 996888 . C T 271.5 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0747946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.178;QD=23.6086;RBI=0.0748225;REFB=-0.0196158;REVB=-0.00204237;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115497;STB=0.549961;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0213927;OID=.;OPOS=996888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:25:25:0.543478:14:11:6:14:14:11:7:14 chr4 1006333 . G A 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.333;QD=51.1714;RBI=0.11724;REFB=0;REVB=-0.00185766;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774889;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr4 1050653 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.064;QD=58.5878;RBI=0.0170076;REFB=0;REVB=-0.00279631;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62153e-05;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr4 1052125 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1714;QD=50.4113;RBI=0.11724;REFB=0;REVB=0.111678;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0053189;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr4 1052166 . A C 265.94 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.269;QD=50.6544;RBI=0.0550902;REFB=0;REVB=0.0510943;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005854;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr4 1066769 . C T 483.66 PASS AF=0.376712;AO=55;DP=146;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.00276987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.86;QD=13.2509;RBI=0.0146205;REFB=0.000200129;REVB=-0.0143557;RO=90;SAF=19;SAR=36;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514964;STB=0.533824;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000319671;OID=.;OPOS=1066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:90:91:55:55:0.376712:36:19:35:55:36:19:36:55 chr4 1075271 . C T 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.011353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.359;QD=12.6705;RBI=0.023632;REFB=-0.00955955;REVB=0.0207264;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420537;STB=0.518362;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0185282;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:14:17:26:25:14:17:27:25 chr4 1087265 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.248e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.64;QD=37.4885;RBI=0.0231815;REFB=0;REVB=0.0231815;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899151;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 461.58 PASS AF=0.515152,0.484848;AO=17,14;DP=33;FAO=17,16;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17,15;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014342,0.0147659;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=329.099,653.003;QD=55.9496;RBI=0.0251091,0.0322674;REFB=0,0;REVB=0.02061,0.0286906;RO=0;SAF=17,13;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00216663,0.0157251;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:33:33:0:0:17,14:17,16:0.515152,0.484848:0,1:17,13:0:0:0,1:17,15:0:0 chr4 1087329 . C T 471.99 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00842791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.344;QD=55.5287;RBI=0.0588435;REFB=-0.162467;REVB=0.0582368;RO=0;SAF=32;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00193833;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:1:32:0:0:1:32:1:0 chr4 1087338 . C T 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.698;QD=64.1385;RBI=0.0715336;REFB=0;REVB=0.0712303;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145779;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr4 1090625 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.762;QD=56.1915;RBI=0.0295024;REFB=0;REVB=-0.00430661;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169445;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 1164277 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.582;QD=56.1915;RBI=0.021839;REFB=0;REVB=0.0141413;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027271;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr4 1164552 . A G 795.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.343;QD=56.802;RBI=0.0680522;REFB=0;REVB=0.0313337;RO=0;SAF=47;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158285;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:7:47:0:0:7:49:0:0 chr4 1165130 . G T 979.12 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297181;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.676;QD=59.3405;RBI=0.0867923;REFB=0;REVB=0.081546;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557381;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr4 1165741 . A G 1620.53 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.273;QD=59.4691;RBI=0.0687438;REFB=0;REVB=0.0682432;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106122;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:104:109:1:40:64:0:0:43:66:0:0 chr4 1194586 . T A 919.67 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3967;QD=58.3916;RBI=0.0751722;REFB=0;REVB=-0.00949325;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482159;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr4 1244416 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.031;QD=62.0083;RBI=0.017519;REFB=0;REVB=-0.0171434;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0555e-05;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr4 1244879 . A G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0184309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.565;QD=16.5778;RBI=0.0233198;REFB=-0.0223747;REVB=-0.0142869;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352979;STB=0.519843;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0233977;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:20:18:14:18:20:18 chr4 1330759 . T C 173.94 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00260746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1732;QD=19.3269;RBI=0.0232643;REFB=-0.0428192;REVB=-0.0231177;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172046;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0457817;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:7:11:7:10:7:11:7:11 chr4 1343405 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0321063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.702;QD=17.7161;RBI=0.0337234;REFB=-0.0138416;REVB=0.0103176;RO=41;SAF=6;SAR=31;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323426;STB=0.692617;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0102097;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:31:6:17:24:31:6:18:24 chr4 1349029 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00478351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1366;QD=13.486;RBI=0.0284172;REFB=0.00432511;REVB=0.0280117;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00346626;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:8:3:4:5:8:3 chr4 1374695 . C A 473.04 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00774564;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.822;QD=20.5671;RBI=0.0633212;REFB=-0.00321447;REVB=0.0628456;RO=45;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108446;STB=0.554171;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00362853;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:24:22:27:18:24:22:27:19 chr4 1374774 . C T 290.97 PASS AF=0.438356;AO=25;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0151377;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7322;QD=15.9438;RBI=0.0557706;REFB=-0.0190202;REVB=-0.0536769;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301953;STB=0.538043;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0416488;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:35:41:25:32:0.438356:10:15:20:15:17:15:22:19 chr4 1377615 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000586933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.221;QD=16.408;RBI=0.0136641;REFB=-0.0182559;REVB=-0.0136515;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990281;STB=0.556569;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0307075;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:18:11:10:11:18:11 chr4 1619865 . TG CA 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0034705;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.717;QD=14.4116;RBI=0.0136915;REFB=-0.00573712;REVB=0.0132443;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214985;STB=0.625521;STBP=0.202;TYPE=mnp;VARB=0.00921438;OID=.;OPOS=1619865;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:13:5:13:15:13:5:13:15 chr4 1685211 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0150021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.53;QD=21.745;RBI=0.0160238;REFB=-0.00592302;REVB=-0.00563046;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151073;STB=0.568791;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00426252;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:10:9:10:5:10:9:10:6 chr4 1701317 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00270056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.92;QD=13.7269;RBI=0.033447;REFB=-0.0173293;REVB=-0.0333378;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.599921;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0163579;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:14:22:11:14:14:22 chr4 1719294 . T C 291.04 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.000275045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.144;QD=26.458;RBI=0.00628271;REFB=0.00429742;REVB=0.00627669;RO=18;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570071;STB=0.531472;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00334942;OID=.;OPOS=1719294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:9:17:13:5:9:17:13:5 chr4 1737502 . C T 269.09 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0247794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1058;QD=17.6453;RBI=0.0321374;REFB=-0.0195356;REVB=0.0204646;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287648;STB=0.524574;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0171798;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:14:15:17:14:15:15:17:14 chr4 1739518 . CGCCATCCCT C 133.34 PASS AF=0.25;AO=18;DP=85;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0451265;FXX=0.126422;HRUN=1;LEN=9;MLLD=279.972;QD=7.01777;RBI=0.0457499;REFB=-0.0111618;REVB=-0.00752681;RO=35;SAF=1;SAR=17;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508895;STB=0.860337;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0459965;OID=.;OPOS=1739519;OREF=GCCATCCCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:18:85:19:76:57:2:17:30:27:99:35:1:17:10:25 chr4 1739592 . A G 279.23 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0270824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.434;QD=14.6961;RBI=0.0587816;REFB=-0.0218249;REVB=-0.052171;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108385;STB=0.574277;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0316302;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:44:31:32:0.421053:19:12:22:23:20:12:22:22 chr4 1807894 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2131;QD=56.1909;RBI=0.0679717;REFB=0;REVB=0.0360771;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187967;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr4 1809127 . CGTGTGTGTGTGTGTGTGTG CGTGTGTGTGTGTGTGTG,CGTGTGTGTGTGTGTGTGCA,TGCGTGTGTGTGTGTGTGTG 1412.43 PASS AF=0.977778,0.0111111,0.0111111;AO=65,4,14;DP=94;FAO=88,1,1;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,0;FSAR=81,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104608,0.0679395,-0.117865;FXX=0.0624935;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,3;MLLD=107.399,224.788,108.472;QD=62.7747;RBI=0.10901,0.0687902,0.122764;REFB=0,0,0;REVB=-0.0306637,-0.0107847,-0.0343351;RO=0;SAF=3,0,0;SAR=62,4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.47565e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00345203,0.136619,0.00383538;OID=.,.,.;OPOS=1809128,1809145,1809127;OREF=GT,TG,CGT;OALT=-,CA,TGC;OMAPALT=CGTGTGTGTGTGTGTGTG,CGTGTGTGTGTGTGTGTGCA,TGCGTGTGTGTGTGTGTGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:12:94:90:0:0:65,4,14:88,1,1:0.977778,0.0111111,0.0111111:62,4,14:3,0,0:0:0:81,1,1:7,0,0:0:0 chr4 1815990 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.414;QD=61.3363;RBI=0.0199025;REFB=0;REVB=0.00608716;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24654e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 1818594 . C T 1499.94 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.601;QD=63.1555;RBI=0.0289783;REFB=0;REVB=0.0109972;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002058;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:43:49:0:0:43:52:0:0 chr4 1954945 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.798;QD=60.2549;RBI=0.021838;REFB=0;REVB=-0.0110798;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.677e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr4 1986542 . C T 174.63 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0206612;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.435;QD=17.911;RBI=0.0211661;REFB=-0.0069821;REVB=-0.00459577;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252279;STB=0.661965;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0148592;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:21:18:18:0.461538:4:14:11:9:4:14:11:10 chr4 2160894 . C T 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00633115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.176;QD=24.7609;RBI=0.0294601;REFB=-0.00183936;REVB=-0.0287717;RO=27;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148541;STB=0.574676;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00212156;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:25:16:16:11:25:16:16:12 chr4 2175733 . A G 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00925577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.569;QD=17.0284;RBI=0.0105017;REFB=-0.0110755;REVB=0.00496142;RO=62;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328217;STB=0.518266;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0120373;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:29:24:26:36:29:24:26:36 chr4 2176454 . G A 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00208348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.515;QD=7.96602;RBI=0.00726022;REFB=-0.00967681;REVB=-0.00695485;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232757;STB=0.637376;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.033855;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:8:2:9:16:8:2:9:17 chr4 2181080 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0251106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.594;QD=14.6505;RBI=0.025526;REFB=0.00384991;REVB=0.00458612;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266625;STB=0.652042;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00634105;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:12:19:8:15:12:19 chr4 2194946 . C T 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0257375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.672;QD=8.11413;RBI=0.0410298;REFB=-0.00707675;REVB=-0.0319535;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163939;STB=0.590036;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00906352;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:6:8:16:21:6:8:17:21 chr4 2194953 . G A 115.32 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0116661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.231;QD=8.23717;RBI=0.0142294;REFB=-0.00461581;REVB=0.0081473;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059127;STB=0.53567;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0245157;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:8:8:18:22:8:8:18:22 chr4 2195024 . T G 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0160917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.77;QD=10.6444;RBI=0.0163292;REFB=-0.00539436;REVB=-0.00277471;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588911;STB=0.534448;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0118725;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:10:10:17:21:10:10:17:21 chr4 2252174 . G C 79.87 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0125178;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6126;QD=13.8899;RBI=0.0633237;REFB=-0.0169313;REVB=0.0620741;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426955;STB=0.754173;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00948247;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:8:5:8:2:8:5 chr4 2252201 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0118028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.183;QD=14.9786;RBI=0.0223688;REFB=-0.0021068;REVB=0.0190015;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578494;STB=0.846249;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00352127;OID=.;OPOS=2252201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:7:4:9:1:7:4 chr4 2306045 . G A 106.89 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.043627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6937;QD=12.2165;RBI=0.0443527;REFB=-0.0431587;REVB=-0.0079906;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119645;STB=0.571312;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0561123;OID=.;OPOS=2306045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:3:10:15:7:3:10:15:7 chr4 2341194 . T C 642.65 PASS AF=0.435583;AO=71;DP=163;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0057238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.411;QD=15.7704;RBI=0.00934228;REFB=0.00875369;REVB=-0.00738351;RO=92;SAF=26;SAR=45;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139453;STB=0.57793;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.010097;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:92:92:71:71:0.435583:45:26:46:46:45:26:46:46 chr4 2451694 . T C 560.77 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125737;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.192;QD=60.624;RBI=0.0155812;REFB=0;REVB=0.00920192;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53777e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr4 2460571 . C T 266.44 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0373916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8907;QD=18.0634;RBI=0.0485145;REFB=-0.0449942;REVB=0.0309115;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246314;STB=0.626368;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0414009;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:14:15:7:22:14:15:8:22 chr4 2461888 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.052;QD=62.3506;RBI=0.0704977;REFB=0;REVB=0.0704856;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330088;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr4 2743999 . A G 798.6 PASS AF=0.587302;AO=74;DP=126;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0128806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.162;QD=25.3523;RBI=0.0297498;REFB=-0.016945;REVB=-0.0268168;RO=52;SAF=37;SAR=37;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875669;STB=0.547606;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0107557;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:52:52:74:74:0.587302:37:37:20:32:37:37:20:32 chr4 2822467 . G T 356.11 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0418462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.93;QD=24.5594;RBI=0.0427498;REFB=-0.0361373;REVB=0.00874298;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368632;STB=0.520225;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0231352;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:18:17:10:13:18:17:10:13 chr4 2826400 . T C 395.19 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0656331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.594;QD=22.9095;RBI=0.077867;REFB=-0.00385674;REVB=-0.0418994;RO=28;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199705;STB=0.620784;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00170775;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:30:39:39:0.565217:20:19:21:7:20:19:23:7 chr4 2831383 . T G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00591119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.499;QD=17.3212;RBI=0.0234295;REFB=-0.0238877;REVB=-0.0226715;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995299;STB=0.556749;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0305282;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:12:6:7:9:12:6 chr4 2906707 . G T 214.1 PASS AF=0.38806;AO=23;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0150739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.09;QD=12.7822;RBI=0.0651686;REFB=-0.0339075;REVB=-0.0634013;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097699;STB=0.584128;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0447342;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:41:23:26:0.38806:9:14:19:8:11:15:18:23 chr4 2916762 . C G 416.0 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0079856;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.71;QD=15.2662;RBI=0.0186928;REFB=-0.0162812;REVB=-0.0169012;RO=62;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108548;STB=0.56093;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0178259;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:62:62:47:47:0.431193:20:27:29:33:20:27:29:33 chr4 2928413 . T C 475.65 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00337207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.054;QD=24.3922;RBI=0.012349;REFB=-0.0136635;REVB=0.0118797;RO=33;SAF=15;SAR=30;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265817;STB=0.514557;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0092495;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:30:15:10:23:30:15:10:23 chr4 3039150 . T C 353.8 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.076199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.202;QD=18.6212;RBI=0.0765916;REFB=-0.00467388;REVB=-0.00774474;RO=39;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228511;STB=0.627699;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0032948;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:25:12:22:17:25:12:22:17 chr4 3162056 . C T 273.73 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0383515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8046;QD=15.2073;RBI=0.0701344;REFB=0.0286657;REVB=-0.0587196;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222883;STB=0.625921;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0350686;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:16:25:12:19:16:25 chr4 3213832 . G A 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00743639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.474;QD=22.9114;RBI=0.00773624;REFB=-0.00195047;REVB=-0.00213297;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407256;STB=0.502241;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00152986;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:21:18:14:16:21:18:14:16 chr4 3215835 . T C 290.95 PASS AF=0.485294;AO=27;DP=63;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0279934;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.233;QD=17.1147;RBI=0.0294857;REFB=-0.0301269;REVB=0.00926166;RO=35;SAF=4;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472284;STB=0.630949;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0315647;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:35:35:27:33:0.485294:23:4:19:16:23:10:19:16 chr4 3219613 . A C 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.627;QD=61.774;RBI=0.051889;REFB=0;REVB=0.0516326;RO=0;SAF=43;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66815e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:81:43:0:0:81:43:0:0 chr4 3227419 . A G 860.82 PASS AF=0.568345;AO=79;DP=140;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0234174;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.23;QD=24.7719;RBI=0.0382147;REFB=-0.0053553;REVB=-0.0301991;RO=60;SAF=36;SAR=43;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352316;STB=0.519205;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00476401;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:60:60:79:79:0.568345:43:36:30:30:43:36:30:30 chr4 3231661 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0369306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.982;QD=17.2458;RBI=0.047125;REFB=-0.00172231;REVB=-0.0292728;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891061;STB=0.550849;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00270855;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:14:13:12:9:14:13 chr4 3234980 . G A 748.65 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0332792;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.009;QD=21.8583;RBI=0.033668;REFB=0.0114434;REVB=0.005102;RO=65;SAF=31;SAR=41;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271859;STB=0.514923;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00810291;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:65:65:72:72:0.525547:41:31:30:35:41:31:30:35 chr4 3257593 . C T 217.8 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0321151;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.807;QD=21.7796;RBI=0.0334676;REFB=-0.0334325;REVB=0.00941824;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.519981;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0302401;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:8:11:13:8:8:11 chr4 3263138 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00178014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.279;QD=14.6688;RBI=0.0152466;REFB=-0.0277644;REVB=0.0151423;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151482;STB=0.586879;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.046416;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:18:6:12:20:18:6:12:20 chr4 3318413 . A G 286.13 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00650255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.016;QD=20.4381;RBI=0.0101638;REFB=-0.00536345;REVB=0.00781147;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128787;STB=0.571382;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00353022;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:15:15:9:17:15:15:9:17 chr4 3319553 . C T 461.82 PASS AF=0.443478;AO=52;DP=116;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0356269;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7136;QD=16.0633;RBI=0.0384439;REFB=-0.040571;REVB=-0.0144449;RO=63;SAF=20;SAR=32;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925515;STB=0.564348;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0642043;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:64:52:51:0.443478:32:20:30:33:32:19:31:33 chr4 3417845 . G C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0144254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.371;QD=18.6422;RBI=0.0260109;REFB=-0.0261444;REVB=-0.0216442;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352015;STB=0.519981;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.034606;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:10:14:13:8:10:14 chr4 3425299 . C T 228.16 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0221177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0163;QD=13.8282;RBI=0.0240297;REFB=-0.00758802;REVB=0.0093931;RO=39;SAF=3;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472337;STB=0.776449;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0130788;OID=.;OPOS=3425299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:24:3:17:22:24:3:17:22 chr4 3444593 . G A 69.3 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0310246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.032;QD=16.3063;RBI=0.0398737;REFB=-0.107991;REVB=0.0250477;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379034;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00400435;OID=.;OPOS=3444593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:7:8:8:9:0.529412:6:2:5:2:6:3:5:3 chr4 3446091 . G T 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0246442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.725;QD=16.0627;RBI=0.0258769;REFB=-0.0149087;REVB=0.00789174;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507894;STB=0.540938;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.035134;OID=.;OPOS=3446091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:24:18:18:0.428571:11:7:8:10:11:7:11:13 chr4 3446132 . C G 756.59 PASS AF=1;AO=42;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.32;QD=56.0435;RBI=0.0474098;REFB=0;REVB=0.0382474;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318433;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:42:54:1:22:20:0:0:27:27:0:0 chr4 3446682 . C T 508.2 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0197085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1804;QD=20.743;RBI=0.0270662;REFB=-0.0176096;REVB=-0.0185515;RO=48;SAF=29;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228583;STB=0.630641;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0266556;OID=.;OPOS=3446682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:20:29:16:32:20:29:16:33 chr4 3449886 . G A 929.01 PASS AF=0.571429;AO=84;DP=147;FAO=84;FDP=147;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00601395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3404;QD=25.2792;RBI=0.0770817;REFB=-0.0316095;REVB=0.0768467;RO=63;SAF=41;SAR=43;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280995;STB=0.5153;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.025973;OID=.;OPOS=3449886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:63:63:84:84:0.571429:43:41:33:30:43:41:33:30 chr4 3475252 . T C 4236.06 PASS AF=0.992701;AO=271;DP=274;FAO=272;FDP=274;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.042064;FXX=0.00363623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8608;QD=61.8402;RBI=0.0506653;REFB=-0.0106;REVB=0.0282416;RO=1;SAF=138;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034427;STB=0.503597;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000486042;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:274:274:1:2:271:272:0.992701:133:138:1:0:134:138:2:0 chr4 3494600 . A G 271.19 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0442511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.275;QD=23.5821;RBI=0.0541845;REFB=-0.037655;REVB=0.0312699;RO=21;SAF=5;SAR=19;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229654;STB=0.506844;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0207094;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:19:5:4:17:20:5:4:17 chr4 3494826 . A C 67.32 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0420212;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.341;QD=11.7082;RBI=0.0489781;REFB=-0.0161535;REVB=-0.025161;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0269917;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:6:8:3:6:6:8 chr4 3494847 . G A 90.69 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0127262;FXX=0.0644953;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.186;QD=12.5096;RBI=0.0509603;REFB=-0.021591;REVB=-0.0493457;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2505;STB=0.683863;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0174932;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:29:29:17:18:10:11:0.37931:3:7:8:9:3:8:8:10 chr4 3494898 . C T 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0162625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.09;QD=18.64;RBI=0.0189075;REFB=-0.00507357;REVB=0.00964489;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199663;STB=0.612349;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00802396;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:11:15:9:16:11:15 chr4 3514695 . A G 501.81 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0200709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5295;QD=18.5854;RBI=0.0200795;REFB=-0.00352298;REVB=0.000589699;RO=55;SAF=27;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504325;STB=0.527922;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0113666;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:26:27:25:30:26:27:25:30 chr4 3526786 . C T 358.73 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0132709;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.113;QD=19.3908;RBI=0.013271;REFB=-0.0221827;REVB=4.35852e-05;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116531;STB=0.513526;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0251357;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:36:37:0.5:19:17:17:20:19:18:17:20 chr4 3589689 . C A 330.69 PASS AF=0.546875;AO=33;DP=61;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0137143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.141;QD=20.668;RBI=0.0190693;REFB=-0.0394647;REVB=0.0132498;RO=28;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542633;STB=0.520329;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0525443;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:28:29:33:35:0.546875:22:11:11:17:22:13:12:17 chr4 3589719 . CA C 191.32 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000204592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.4686;QD=12.5455;RBI=0.0826084;REFB=-0.027846;REVB=-0.0826081;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727268;STB=0.504081;STBP=0.941;TYPE=del;VARB=0.0251513;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541:29:61:29:61:32:12:17:13:19:99:32:12:17:13:19 chr4 3590683 . T G 247.77 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00811945;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.398;QD=13.5766;RBI=0.0126841;REFB=-0.00183613;REVB=0.00974479;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115709;STB=0.566082;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00285833;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:12:17:21:23:12:17:21:23 chr4 3590711 . G T 161.47 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0191652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9256;QD=10.588;RBI=0.0196542;REFB=-0.0162142;REVB=-0.00435685;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941638;STB=0.547125;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0324724;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:9:12:19:20:9:12:20:20 chr4 3590730 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0024189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.55;QD=13.0148;RBI=0.00651816;REFB=-0.00507806;REVB=-0.00605272;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151883;STB=0.5877;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00778832;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:13:19:9:11:13:19 chr4 3590822 . AGACAC AG,GCACAG 326.89 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=21,2;DP=26;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026961,-0.00892492;FXX=0.11107;HRUN=1,1;LEN=4,6;MLLD=198.216,108.046;QD=54.4813;RBI=0.0729329,0.0450361;REFB=0,0;REVB=0.0677666,0.0441429;RO=0;SAF=20,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78928e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00929505,0.0173614;OID=.,.;OPOS=3590824,3590822;OREF=ACAC,AGACAC;OALT=-,GCACAG;OMAPALT=AG,GCACAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:26:24:0:0:21,2:22,2:0.916667,0.0833333:1,0:20,2:0:0:1,0:21,2:0:0 chr4 3590878 . C T 299.1 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00490775;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.714;QD=15.9517;RBI=0.0143242;REFB=-0.004392;REVB=0.0134573;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12335;STB=0.569266;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00882925;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:15:18:28:14:15:18:28:14 chr4 3590911 . A C 549.75 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.012289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.699;QD=14.6599;RBI=0.0155547;REFB=-0.0111305;REVB=0.00953568;RO=90;SAF=27;SAR=33;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15867;STB=0.589256;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0186778;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:90:90:60:60:0.4:33:27:54:36:33:27:54:36 chr4 3591015 . A C 773.31 PASS AF=0.358779;AO=94;DP=262;FAO=94;FDP=262;FR=.;FRO=168;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=73;FSRR=95;FWDB=-0.0227997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.739;QD=11.8062;RBI=0.0256519;REFB=-0.00534567;REVB=-0.0117556;RO=162;SAF=29;SAR=65;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150552;STB=0.588268;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00861214;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:162:168:94:94:0.358779:65:29:70:92:65:29:73:95 chr4 3591049 . C T 722.3 PASS AF=0.358871;AO=86;DP=241;FAO=89;FDP=248;FR=.;FRO=159;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=63;FSRR=96;FWDB=-0.009589;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.9443;QD=11.6501;RBI=0.0692056;REFB=-0.0179576;REVB=0.068538;RO=155;SAF=31;SAR=55;SRF=62;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477011;STB=0.533143;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0318216;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:248:155:159:86:89:0.358871:55:31:62:93:58:31:63:96 chr4 3591069 . C T 690.47 PASS AF=0.372727;AO=82;DP=220;FAO=82;FDP=220;FR=.;FRO=138;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=88;FWDB=-0.0164764;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.803;QD=12.554;RBI=0.0258542;REFB=-0.00880302;REVB=-0.019924;RO=133;SAF=32;SAR=50;SRF=46;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518372;STB=0.518549;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0155381;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:133:138:82:82:0.372727:50:32:46:87:50:32:50:88 chr4 4228273 . TCCACAGCAG T 50.0 PASS AO=34;DP=101;LEN=9;RO=67;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=40;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=4228274;OREF=CCACAGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:101:67:34:16:20:25:40 chr4 4239587 . G T 188.32 PASS AF=0.26;AO=26;DP=100;FAO=26;FDP=100;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0222739;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0254;QD=7.53277;RBI=0.0312886;REFB=-0.00468632;REVB=0.0219739;RO=74;SAF=19;SAR=7;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396265;STB=0.738385;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0267237;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:74:74:26:26:0.26:7:19:30:44:7:19:30:44 chr4 4249297 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00859078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.202;QD=11.8143;RBI=0.011772;REFB=-0.0265569;REVB=0.0080485;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480603;STB=0.779151;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0255197;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:5:18:4:9:5:18 chr4 4249300 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00693482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8116;QD=11.8139;RBI=0.0736402;REFB=0.00274855;REVB=-0.0733129;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480603;STB=0.779151;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00940837;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:5:18:4:9:5:18 chr4 4249909 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0919442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8952;QD=17.3775;RBI=0.10694;REFB=0.0279799;REVB=0.0546116;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358864;STB=0.707579;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0208629;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:7:3:8:3:7:3 chr4 4276132 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0912093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.922;QD=61.6838;RBI=0.0929308;REFB=0;REVB=0.0178045;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398983;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr4 4304337 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.752;QD=40.7629;RBI=0.0757737;REFB=0;REVB=0.00912529;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123959;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr4 4304522 . A C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.103186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.24;QD=14.1699;RBI=0.104815;REFB=-0.0056945;REVB=-0.0184074;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00849205;OID=.;OPOS=4304522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:5:7:7:3:5:7 chr4 4304605 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0307531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.501;QD=19.1804;RBI=0.0320014;REFB=-0.00425701;REVB=-0.00885056;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00172863;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:4:7:7:6:4:7 chr4 4322570 . G A 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0114876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8341;QD=19.4066;RBI=0.0180202;REFB=0.0108726;REVB=0.0138839;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256403;STB=0.643664;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00448045;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:22:8:15:13:22:8:15:13 chr4 4322665 . T C 313.05 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000707695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.352;QD=16.9218;RBI=0.00462392;REFB=-0.0106423;REVB=0.00456945;RO=40;SAF=4;SAR=30;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492773;STB=0.782409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122515;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:30:4:20:20:30:4:20:20 chr4 4322770 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0322589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.897;QD=13.3339;RBI=0.0379059;REFB=-0.00905259;REVB=-0.0199052;RO=39;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299733;STB=0.672427;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.019899;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:19:7:21:18:19:7:21:18 chr4 4417899 . G C 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0169338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5525;QD=12.2342;RBI=0.0221744;REFB=0.0032696;REVB=-0.0143161;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390613;STB=0.522507;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00715173;OID=.;OPOS=4417899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:20:10:19:33:20:10:19:33 chr4 4420291 . T TAA 242.05 PASS AF=0.376068;AO=39;DP=119;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.00157173;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=2;MLLD=35.8036;QD=8.27503;RBI=0.0466258;REFB=-0.0166995;REVB=0.0465993;RO=75;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363521;STB=0.512815;STBP=0.849;TYPE=ins;VARB=0.0300809;OID=.;OPOS=4420292;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376068:39:119:44:117:73:22:22:38:35:99:75:21:18:38:37 chr4 5333091 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00357521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.65;QD=19.3432;RBI=0.0175234;REFB=-0.00899968;REVB=-0.0171548;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197011;STB=0.610994;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00522445;OID=.;OPOS=5333091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:13:5:9:9:13:5 chr4 5448429 . A G 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.00376354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.768;QD=13.0461;RBI=0.00379401;REFB=-0.000847057;REVB=-0.000479877;RO=47;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702398;STB=0.544526;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0015668;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:20:10:13:34:20:10:13:35 chr4 5469810 . T C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00126535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.71;QD=26.4134;RBI=0.00784491;REFB=0.00199943;REVB=0.00774218;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184568;STB=0.519984;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00224776;OID=.;OPOS=5469810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:15:10:6:10:15:10:6:11 chr4 5570221 . G A 697.65 PASS AF=0.472973;AO=69;DP=147;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=57;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.00630729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.988;QD=18.8554;RBI=0.00877434;REFB=-0.02831;REVB=0.00609977;RO=78;SAF=57;SAR=12;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220195;STB=0.610679;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0243212;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:78:69:70:0.472973:12:57:52:26:13:57:52:26 chr4 5624370 . CC GT 558.24 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00404808;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=254.388;QD=18.9232;RBI=0.00704367;REFB=-0.0190802;REVB=0.00576423;RO=57;SAF=20;SAR=38;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138212;STB=0.591182;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.0180991;OID=.;OPOS=5624370;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:57:60:58:58:0.491525:38:20:28:29:38:20:31:29 chr4 5624670 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0115077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.251;QD=10.3903;RBI=0.0130062;REFB=-0.00655576;REVB=-0.00606091;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0154425;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:4:7:3:4:4:7 chr4 5690902 . T C 998.47 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111349;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.418;QD=59.6099;RBI=0.00507152;REFB=0;REVB=0.00494778;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45671e-06;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr4 5743509 . C T 1486.89 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299019;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.469;QD=61.9539;RBI=0.0426808;REFB=-0.0452462;REVB=0.0304553;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.504273;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000614712;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:1:94:95:0.989583:59:35:0:0:58:37:0:1 chr4 5743512 . T C 1465.37 PASS AF=0.979167;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0346685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.184;QD=61.0571;RBI=0.0348878;REFB=-0.11739;REVB=-0.00390503;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502319;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000725803;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:96:0:2:92:94:0.979167:57:35:0:0:57:37:1:1 chr4 5749904 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0342187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9245;QD=14.7986;RBI=0.0345107;REFB=-0.0128647;REVB=0.00447973;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0190735;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:7:6:4:7:7:6 chr4 5749961 . G C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0231289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2988;QD=12.329;RBI=0.0338995;REFB=-0.00713201;REVB=-0.0247836;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229905;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00920952;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:7:10:4:7:7:10 chr4 5755516 . T A 534.76 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0239097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.924;QD=23.5059;RBI=0.0246459;REFB=-0.017589;REVB=-0.0059791;RO=41;SAF=24;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136306;STB=0.507486;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0224688;OID=.;OPOS=5755516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:26:24:19:22:26:24:19:22 chr4 5755542 . C A 417.26 PASS AF=0.46;AO=44;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.01703;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.345;QD=16.6903;RBI=0.0171129;REFB=-0.00645605;REVB=0.0016825;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141251;STB=0.503501;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00591395;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:54:44:46:0.46:23:21:25:29:25:21:25:29 chr4 5759860 . A G 276.06 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0141811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1709;QD=15.7747;RBI=0.0222716;REFB=-0.0320764;REVB=-0.0171733;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353008;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0569775;OID=.;OPOS=5759860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:19:20:17:14:19:20 chr4 5785442 . G A 209.26 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.043792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.091;QD=11.6258;RBI=0.0444879;REFB=0.000712789;REVB=-0.00783824;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103453;STB=0.559608;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00136632;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:14:12:17:29:14:12:17:29 chr4 5838513 . C G 1495.65 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.123;QD=62.3188;RBI=0.08206;REFB=-0.00981935;REVB=-0.0642437;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=4.12731e-05;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:52:43:0:1:52:43:0:1 chr4 5841350 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.588;QD=62.0219;RBI=0.0360712;REFB=0;REVB=0.0122387;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268373;OID=.;OPOS=5841350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr4 5975538 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.37;QD=58.6005;RBI=0.021414;REFB=0;REVB=0.0140198;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58056e-05;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr4 5990110 . C A 1389.25 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.877;QD=62.4383;RBI=0.0140723;REFB=0;REVB=0.00566291;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68033e-06;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:34:54:0:0:35:54:0:0 chr4 5990250 . C T 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0123752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.753;QD=18.6165;RBI=0.0130777;REFB=0.00310899;REVB=0.00422866;RO=45;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141891;STB=0.507905;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00449102;OID=.;OPOS=5990250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:24:17:18:27:24:17:18:27 chr4 5990339 . G A 840.75 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.77;QD=57.0003;RBI=0.0400944;REFB=0;REVB=0.036668;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177685;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr4 5990551 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4834;QD=56.1915;RBI=0.0527818;REFB=0;REVB=0.0223626;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113901;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr4 5990599 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.377;QD=46.848;RBI=0.0745251;REFB=0;REVB=0.0252774;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224787;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr4 5990791 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.61;QD=57.7123;RBI=0.0110093;REFB=0;REVB=0.00345216;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18473e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr4 5991384 . T C 584.79 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0827736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.7;QD=58.4792;RBI=0.0835534;REFB=-0.106323;REVB=-0.0113885;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00208421;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:40:0:1:39:39:0.975:25:14:0:0:25:14:1:0 chr4 5991476 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.055128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.24;QD=44.093;RBI=0.057812;REFB=-0.091056;REVB=0.0174106;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0020762;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr4 6107518 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0101575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6289;QD=22.7238;RBI=0.020664;REFB=-0.0162147;REVB=0.0179952;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122137;STB=0.568679;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0118164;OID=.;OPOS=6107518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:9:7:6:14:9:7 chr4 6293696 . C G 3274.27 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.035;QD=62.0715;RBI=0.0502408;REFB=0;REVB=0.0107202;RO=0;SAF=113;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86378e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48489e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:210:211:1:97:113:0:0:98:113:0:0 chr4 6302519 . G A 493.26 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3756;QD=58.0304;RBI=0.055277;REFB=0;REVB=0.0125482;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037005;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr4 6302707 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.142;QD=59.8388;RBI=0.0369828;REFB=0;REVB=0.0286678;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189256;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 6302889 . G A 215.8 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0115083;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.494;QD=21.0536;RBI=0.0118478;REFB=-0.0314331;REVB=-0.00281598;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703917;STB=0.539531;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0621672;OID=.;OPOS=6302889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:7:13:12:9:7:13 chr4 6303022 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.604;QD=63.8719;RBI=0.0200959;REFB=0;REVB=-0.00318622;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16313e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr4 6303248 . G A 169.18 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00401535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.81;QD=18.7978;RBI=0.00832358;REFB=-0.0218579;REVB=0.00729102;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177796;STB=0.610994;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.019857;OID=.;OPOS=6303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:9:8:5:13:9:9:5:13 chr4 6303354 . G A 204.88 PASS AF=0.466667;AO=25;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0233623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4815;QD=13.6584;RBI=0.0244276;REFB=-0.0969031;REVB=0.00713536;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380498;STB=0.687371;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.122514;OID=.;OPOS=6303354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:32:25:28:0.466667:8:17:10:24:10:18:9:23 chr4 6303955 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.301;QD=62.6711;RBI=0.0187247;REFB=0;REVB=0.00874842;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22151e-05;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr4 6304087 . A C,G 1259.95 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=3,80;DP=83;FAO=3,80;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=2,42;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045691,-0.00502761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.618,152.06;QD=60.7204;RBI=0.0170539,0.0185126;REFB=0,0;REVB=0.0164304,-0.0178168;RO=0;SAF=2,42;SAR=1,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.26068e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0852588,0.000105715;OID=.,.;OPOS=6304087,6304087;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:83:0:0:3,80:3,80:0.0361446,0.963855:1,38:2,42:0:0:1,38:2,42:0:0 chr4 6304242 . T C 556.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8985;QD=60.1818;RBI=0.0127184;REFB=0;REVB=-0.0125886;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001777;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr4 6304285 . GC AT,GT 465.06 PASS AF=0.454545,0.545455;AO=15,18;DP=33;FAO=15,18;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,9;FSAR=10,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824048,0.0296687;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=260.637,97.6042;QD=56.371;RBI=0.0249852,0.0460122;REFB=0,0;REVB=0.0235872,0.0351695;RO=0;SAF=5,9;SAR=10,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00251063,0.00582431;OID=.,.;OPOS=6304285,6304286;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:33:33:0:0:15,18:15,18:0.454545,0.545455:10,9:5,9:0:0:10,9:5,9:0:0 chr4 6304344 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.565;QD=60.5465;RBI=0.0107535;REFB=0;REVB=-0.00299963;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92475e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:51:24:0:0:51:24:0:0 chr4 6304448 . G A 481.18 PASS AF=0.5;AO=44;DP=91;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0139727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7162;QD=20.4755;RBI=0.0179899;REFB=-0.0464808;REVB=0.0113314;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141502;STB=0.521892;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0430627;OID=.;OPOS=6304448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:47:47:44:47:0.5:25:19:21:26:28:19:21:26 chr4 6304469 . A G 434.86 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0191848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.753;QD=19.1148;RBI=0.0205517;REFB=-0.0163156;REVB=-0.00736998;RO=47;SAF=15;SAR=28;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975502;STB=0.545242;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0163872;OID=.;OPOS=6304469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:47:47:43:44:0.483516:28:15:21:26:28:16:21:26 chr4 6325086 . G A 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00973081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.886;QD=13.8911;RBI=0.0300018;REFB=-0.00816072;REVB=0.0283799;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397686;STB=0.517233;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0115376;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:20:21:33:27:20:21:33:28 chr4 6536979 . G A 834.17 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.785;QD=57.5292;RBI=0.0518591;REFB=0;REVB=0.0403245;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212992;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr4 6594947 . A C 437.76 PASS AF=0.5;AO=42;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0137847;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3759;QD=19.8979;RBI=0.0537278;REFB=-0.0162191;REVB=-0.0519294;RO=44;SAF=15;SAR=27;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314105;STB=0.667268;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0294196;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:42:44:0.5:27:15:31:13:28:16:31:13 chr4 6596360 . G A 623.81 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=168;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.00418105;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.031;QD=14.9415;RBI=0.021445;REFB=-0.00992546;REVB=0.0210334;RO=97;SAF=29;SAR=41;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126909;STB=0.571089;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0125716;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:97:97:70:70:0.419162:41:29:52:45:41:29:52:45 chr4 6600012 . A G 1044.18 PASS AF=0.569767;AO=95;DP=169;FAO=98;FDP=172;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0120617;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.324;QD=24.2833;RBI=0.0129767;REFB=-0.0347337;REVB=-0.00478644;RO=74;SAF=40;SAR=55;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580997;STB=0.538538;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0375259;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:74:74:95:98:0.569767:55:40:26:48:55:43:26:48 chr4 6606864 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00209187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.181;QD=13.8496;RBI=0.0124724;REFB=-0.00553508;REVB=0.0122958;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836018;STB=0.54853;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0133074;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:9:16:9:7:9:16 chr4 6619165 . A G 531.92 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205017;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.265;QD=57.5052;RBI=0.0241275;REFB=-0.120598;REVB=-0.0127208;RO=1;SAF=27;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170248;STB=0.509086;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000328201;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:9:27:1:0:9:27:1:0 chr4 6619204 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.269;QD=62.3503;RBI=0.0276777;REFB=0;REVB=-0.0213484;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31986e-05;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr4 6698667 . T C 1110.59 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341144;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.185;QD=59.2316;RBI=0.0353033;REFB=-0.0472041;REVB=0.00908455;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318615;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:75:0:0:74:75:1:44:30:0:0:45:30:0:0 chr4 6698706 . A C 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.976;QD=62.4629;RBI=0.0153268;REFB=0;REVB=-0.00751505;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105449;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:52:35:0:0:52:35:0:0 chr4 6711417 . G C 136.27 PASS AF=0.377778;AO=15;DP=43;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0289999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0942;QD=12.1128;RBI=0.0502541;REFB=-0.0111536;REVB=0.0410424;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112207;STB=0.51074;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0438541;OID=.;OPOS=6711417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:28:28:15:17:0.377778:10:5:12:16:10:7:12:16 chr4 6718775 . G T 819.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.606;QD=56.4837;RBI=0.0219552;REFB=0;REVB=0.0217742;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51211e-05;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:21:33:0:0:24:34:0:0 chr4 6719092 . TAGTC T 352.14 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696258;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.951;QD=54.1748;RBI=0.0230119;REFB=0;REVB=0.0219333;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.63044e-05;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:26:26:0:13:13:0:0:4:0:12:12:0:0 chr4 6884329 . T C 599.14 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00643426;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.158;QD=46.9911;RBI=0.0183699;REFB=-0.0142476;REVB=0.0172062;RO=5;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675682;STB=0.536067;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000420459;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:20:26:1:4:20:26:1:4 chr4 6956059 . T C 343.89 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.038277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3962;QD=12.1732;RBI=0.0387721;REFB=0.0130286;REVB=-0.00617614;RO=71;SAF=26;SAR=16;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171418;STB=0.597909;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0241182;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:71:42:42:0.371681:16:26:33:38:16:26:33:38 chr4 7044357 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6831;QD=33.4285;RBI=0.0194173;REFB=0;REVB=0.0194173;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057974;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 7044600 . G A 724.1 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0351803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9508;QD=23.5478;RBI=0.0352742;REFB=-0.0783748;REVB=-0.00257282;RO=51;SAF=34;SAR=35;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171082;STB=0.594632;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0571238;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:51:54:69:69:0.560976:35:34:14:37:35:34:15:39 chr4 7056350 . A T 94.31 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0103307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.757;QD=10.4792;RBI=0.0168825;REFB=0.00648365;REVB=0.0133527;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128512;STB=0.655971;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0136282;OID=.;OPOS=7056350;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:20:24:12:12:0.333333:3:9:13:7:3:9:13:11 chr4 7057037 . C G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0129187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.997;QD=21.6129;RBI=0.0133662;REFB=-0.00660835;REVB=-0.00342954;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625897;STB=0.535027;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00620872;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:8:15:14:10:8:15 chr4 7057106 . G C 234.93 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0193416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.794;QD=18.7944;RBI=0.0202512;REFB=-0.00554473;REVB=0.00600114;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538499;STB=0.541631;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00582201;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:11:11:15:12:12:11:15:12 chr4 7114091 . C T 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0152001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.798;QD=28.7723;RBI=0.0152001;REFB=-0.00332757;REVB=2.8621e-05;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.506603;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.001846;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:15:14:9:9:15:14:9:9 chr4 7435379 . A G 1422.27 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3513;QD=61.8377;RBI=0.0693834;REFB=-0.113274;REVB=-0.0415484;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683451;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:92:0:0:89:92:1:51:38:0:0:54:38:0:0 chr4 7435805 . C A 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0124761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7902;QD=20.4836;RBI=0.0552154;REFB=0.0294497;REVB=0.0537875;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231617;STB=0.632885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0214875;OID=.;OPOS=7435805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:6:5:3:11:6:5 chr4 7436486 . C A 969.58 PASS AF=0.459459;AO=97;DP=217;FAO=102;FDP=222;FR=.;FRO=120;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.0474576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.891;QD=17.4699;RBI=0.0482714;REFB=-0.0245851;REVB=0.00882627;RO=120;SAF=48;SAR=49;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316729;STB=0.515106;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.021686;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:222:120:120:97:102:0.459459:49:48:59:61:49:53:59:61 chr4 7461826 . C CCCA 576.13 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=47;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145984;FXX=0.133304;HRUN=3;LEN=3;MLLD=271.78;QD=59.09;RBI=0.0175321;REFB=-0.112688;REVB=0.00970884;RO=9;SAF=10;SAR=27;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122843;STB=0.523797;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.00363673;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:37:47:38:39:1:10:28:1:0:6:9:10:27:5:4 chr4 7655855 . C T 1660.55 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0521409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2088;QD=59.3054;RBI=0.0749991;REFB=-0.134197;REVB=0.0539092;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811551;STB=0.504273;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00222558;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:58:53:0:1:58:53:0:1 chr4 7714490 . T C 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0793;QD=61.3737;RBI=0.0162727;REFB=0;REVB=-0.000158951;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.356e-05;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr4 7716061 . C T 307.31 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0253097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.257;QD=22.764;RBI=0.0253134;REFB=-0.0249017;REVB=0.000433901;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463073;STB=0.516119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0255397;OID=.;OPOS=7716061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:15:16:10:12:15:16:11:12 chr4 7716932 . T C 788.71 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041413;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.698;QD=57.3604;RBI=0.046406;REFB=0;REVB=0.0209397;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625133;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:33:22:0:0 chr4 7761211 . C T 404.89 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0120232;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.255;QD=16.8704;RBI=0.0180402;REFB=-0.000292551;REVB=0.0134496;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693794;STB=0.538904;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000875808;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:22:20:22:32:22:20:22:32 chr4 7761286 . T C 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00311424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3925;QD=11.6279;RBI=0.0110316;REFB=0.00349031;REVB=-0.0105829;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521001;STB=0.530025;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00971087;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:17:9:14:32:17:9:14:32 chr4 7765495 . G T 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0297547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.398;QD=16.5645;RBI=0.0317265;REFB=-0.0125511;REVB=0.0110103;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734202;STB=0.541177;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0125237;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:17:21:30:18:17:21:30:18 chr4 7770723 . G T 2351.08 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.277;QD=63.975;RBI=0.0491657;REFB=0;REVB=0.0275805;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39744e-05;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:80:67:0:0:80:67:0:0 chr4 7774610 . C T 1106.01 PASS AF=0.608434;AO=101;DP=166;FAO=101;FDP=166;FR=.;FRO=65;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0669286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.491;QD=26.651;RBI=0.0687108;REFB=0.00209654;REVB=0.0155477;RO=65;SAF=62;SAR=39;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145823;STB=0.579002;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000600904;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:65:65:101:101:0.608434:39:62:27:38:39:62:27:38 chr4 7783163 . G A 1319.66 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0307381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.662;QD=58.6514;RBI=0.0693929;REFB=-0.140408;REVB=0.0622137;RO=2;SAF=30;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305383;STB=0.511782;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00157003;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:87:87:0.966667:57:30:2:0:57:30:2:1 chr4 7783286 . G A 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00154373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.397;QD=16.9885;RBI=0.00485919;REFB=-0.000450762;REVB=-0.00460746;RO=48;SAF=14;SAR=25;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170188;STB=0.509549;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000542398;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:25:14:18:30:25:14:18:30 chr4 7940903 . A G 357.32 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.010893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.653;QD=14.4371;RBI=0.0190918;REFB=-0.000968572;REVB=-0.0156792;RO=60;SAF=10;SAR=29;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300864;STB=0.672038;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00863748;OID=.;OPOS=7940903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:29:10:31:29:29:10:31:29 chr4 7940915 . C T 355.11 PASS AF=0.40625;AO=29;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0657385;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.618;QD=14.7961;RBI=0.0684825;REFB=-0.0308683;REVB=0.0191911;RO=44;SAF=8;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232539;STB=0.680047;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0243555;OID=.;OPOS=7940915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:44:56:29:39:0.40625:21:8:21:23:30:9:28:28 chr4 7941788 . G A 30.98 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0110833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.012;QD=12.3933;RBI=0.0115218;REFB=-0.00515742;REVB=-0.00314845;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00507842;OID=.;OPOS=7941788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr4 7941901 . A C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.98;QD=61.5112;RBI=0.031095;REFB=0.00163557;REVB=0.0204935;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000110541;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr4 8031471 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.292;QD=61.3743;RBI=0.0456105;REFB=0;REVB=-0.0430876;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160966;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:39:41:0:0 chr4 8062689 . TG CA 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475928;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=229.744;QD=57.6807;RBI=0.0489027;REFB=0;REVB=-0.0112426;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000191259;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr4 8228731 . T C 2200.74 PASS AF=0.992958;AO=136;DP=137;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.595;QD=61.9928;RBI=0.10416;REFB=-0.0852056;REVB=0.00140385;RO=1;SAF=54;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087218;STB=0.504201;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00067654;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:137:142:1:1:136:141:0.992958:82:54:1:0:82:59:1:0 chr4 8228894 . T C 1955.32 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180305;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.996;QD=62.0735;RBI=0.0181513;REFB=0;REVB=-0.00209117;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87358e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr4 8229218 . A G 1749.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.415;QD=60.843;RBI=0.0220803;REFB=0;REVB=-0.0161742;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62554e-06;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:63:51:0:0:63:52:0:0 chr4 8229326 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.386;QD=60.23;RBI=0.0491938;REFB=0;REVB=-0.00268538;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399376;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr4 8229774 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.137939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5209;QD=18.7439;RBI=0.148692;REFB=-0.0567427;REVB=0.055517;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219787;STB=0.62471;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0517185;OID=.;OPOS=8229774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:0:4:6:1:0:4 chr4 8230070 . T C 317.9 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0118399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.919;QD=25.951;RBI=0.0501891;REFB=-0.0208956;REVB=0.0487726;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378587;STB=0.520943;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0124092;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:12:16:13:8:12:16:13:8 chr4 8230235 . T C 107.8 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0044856;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.793;QD=21.559;RBI=0.0389558;REFB=-0.00307437;REVB=-0.0386967;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231045;STB=0.630934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00294846;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:7:5:6:2:7:5:6:2 chr4 8242466 . A G 2859.91 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493276;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.476;QD=63.2025;RBI=0.0513282;REFB=0;REVB=0.0141906;RO=0;SAF=86;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65311e-05;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:179:181:1:93:86:0:0:94:87:0:0 chr4 8358361 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0260597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4376;QD=10.1413;RBI=0.0488208;REFB=0.0107671;REVB=0.0412839;RO=25;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513017;STB=0.82245;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.017362;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:11:1:10:15:11:1:10:15 chr4 8375342 . G A 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.016276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.759;QD=13.1941;RBI=0.0236104;REFB=-0.00535722;REVB=0.0171039;RO=65;SAF=20;SAR=22;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993592;STB=0.556318;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00870774;OID=.;OPOS=8375342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:22:20:37:28:22:20:37:28 chr4 8383292 . C T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0189865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.362;QD=12.5461;RBI=0.0190177;REFB=0.00266495;REVB=-0.00108841;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601971;STB=0.543292;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0041217;OID=.;OPOS=8383292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:10:16:23:18:10:16:23:19 chr4 8394836 . G C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00491417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.101;QD=14.0539;RBI=0.0131284;REFB=0.0022723;REVB=-0.012174;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170973;STB=0.598105;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00468189;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:7:18:20:15:7:18:20:15 chr4 8443041 . C T 1031.78 PASS AF=0.509804;AO=104;DP=204;FAO=104;FDP=204;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00208758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.008;QD=20.231;RBI=0.0598811;REFB=-0.00866679;REVB=0.0598447;RO=100;SAF=52;SAR=52;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357518;STB=0.519604;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00855927;OID=.;OPOS=8443041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:100:100:104:104:0.509804:52:52:54:46:52:52:54:46 chr4 8454639 . A G 417.9 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000723505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.844;QD=24.2261;RBI=0.0054666;REFB=-0.0230385;REVB=-0.00541851;RO=28;SAF=26;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223433;STB=0.625119;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0148033;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:28:40:41:0.594203:14:26:10:18:14:27:10:18 chr4 8594574 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5838;QD=46.847;RBI=0.0969374;REFB=0;REVB=0.0378512;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290677;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr4 8601298 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0247897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7785;QD=19.9054;RBI=0.0259381;REFB=-0.00320922;REVB=-0.00763286;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113822;STB=0.563089;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00376833;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:9:19:17:14:9:19 chr4 8602884 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.054;QD=56.9982;RBI=0.0613089;REFB=0;REVB=0.0111213;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000627853;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr4 8602935 . A G 1216.98 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985055;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.397;QD=60.849;RBI=0.0109073;REFB=0;REVB=0.00468347;RO=1;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42319e-05;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:78:80:1:51:27:0:1:52:28:0:0 chr4 8605818 . C T 857.86 PASS AF=0.552632;AO=83;DP=152;FAO=84;FDP=152;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0625132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7393;QD=22.5752;RBI=0.0638878;REFB=-0.0212724;REVB=0.0131817;RO=68;SAF=35;SAR=48;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020895;STB=0.514447;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0212728;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:68:68:83:84:0.552632:48:35:27:41:48:36:27:41 chr4 8616096 . T C 288.34 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00442617;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.844;QD=16.2445;RBI=0.0725237;REFB=-0.036947;REVB=-0.0723886;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147606;STB=0.516762;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0283297;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:19:13:16:22:19:13:17:22 chr4 8616179 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6544;QD=63.8862;RBI=0.0386255;REFB=0;REVB=0.0381304;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240591;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr4 8621194 . A G 779.34 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261719;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.276;QD=56.6793;RBI=0.0480875;REFB=0;REVB=0.0403415;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119271;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr4 8951816 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.986;QD=51.1846;RBI=0.0619438;REFB=0;REVB=0.000433645;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184887;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr4 8952116 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0279136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.959;QD=13.486;RBI=0.0279206;REFB=0.00578507;REVB=0.000624597;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358971;STB=0.705518;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0172076;OID=.;OPOS=8952116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:1:10:5:4:1:10 chr4 9250376 . C G 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0114928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.477;QD=7.89731;RBI=0.0126421;REFB=-0.00244824;REVB=-0.00526674;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192427;STB=0.615211;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00509127;OID=.;OPOS=9250376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:9:2:3:27:9:2:3:27 chr4 9370724 . G C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0189786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6286;QD=25.4944;RBI=0.0291579;REFB=-0.0722839;REVB=-0.0221359;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0384589;OID=.;OPOS=9370724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:2:5:10:4:2:5 chr4 9388888 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.399;QD=33.4285;RBI=0.070127;REFB=0;REVB=0.0137528;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969044;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 9390660 . A G 92.5 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124575;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.961;QD=41.111;RBI=0.0397152;REFB=0;REVB=0.0377108;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055569;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 9446325 . AG A,AA 1390.12 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=83,5;DP=89;FAO=87,3;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000578633,0.000689563;FXX=0.0109878;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=314.123,298.048;QD=61.7832;RBI=0.0222583,0.0155717;REFB=0,0;REVB=0.0222508,0.0155564;RO=0;SAF=31,3;SAR=52,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00105862,0.00869801;OID=.,.;OPOS=9446326,9446326;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.966667,0.0333333:83,5:89:87,3:90:0:31,3:56,0:0:0:8:0:31,3:52,2:0:0 chr4 9922130 . C T 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2271;QD=59.8514;RBI=0.0824125;REFB=0;REVB=0.0325256;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926782;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr4 9982330 . A G 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8625;QD=55.6351;RBI=0.0557346;REFB=0;REVB=-0.00405306;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108162;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr4 9998440 . C T 930.74 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000681279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.042;QD=58.171;RBI=0.00718745;REFB=0;REVB=0.00715509;RO=0;SAF=49;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7934e-05;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:13:49:0:0:15:49:0:0 chr4 9998493 . A G 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00780421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.971;QD=62.0197;RBI=0.0362789;REFB=0.0327398;REVB=0.0354295;RO=1;SAF=61;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145837;STB=0.507691;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000263241;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:32:61:0:1:32:61:0:1 chr4 10022981 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.919;QD=58.7817;RBI=0.0201548;REFB=0;REVB=0.0110192;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74323e-05;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr4 10090178 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.519;QD=58.0611;RBI=0.0267233;REFB=0;REVB=0.0200261;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95581e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr4 10442700 . C T 396.58 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0150933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2069;QD=15.1079;RBI=0.0185485;REFB=-0.00445809;REVB=-0.0107815;RO=60;SAF=14;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220043;STB=0.624104;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00297177;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:31:14:31:29:31:14:31:29 chr4 10446385 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.201;QD=57.7124;RBI=0.0105594;REFB=0;REVB=0.010109;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22832e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr4 10446906 . A G 410.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.662;QD=56.5716;RBI=0.0614706;REFB=0;REVB=0.0192586;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441342;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr4 10447985 . AT A 750.75 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.9337;QD=50.0498;RBI=0.0821566;REFB=0;REVB=-0.054818;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00253356;OID=.;OPOS=10447986;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:59:60:60:0:24:36:0:0:13:0:21:35:0:0 chr4 10502937 . T G 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4584;QD=60.5379;RBI=0.0340546;REFB=0;REVB=-0.00272334;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149788;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr4 10669522 . A C 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.00388598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.204;QD=14.3921;RBI=0.00633337;REFB=-0.0137688;REVB=0.00500107;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189909;STB=0.607087;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.023589;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:19:17:16:38:19:17:16:38 chr4 13530604 . T C 379.8 PASS AF=0.555556;AO=37;DP=67;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0639417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8872;QD=21.0997;RBI=0.0652246;REFB=-0.0427907;REVB=0.0128727;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0373086;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:30:32:37:40:0.555556:17:20:16:14:20:20:16:16 chr4 13545792 . G C,T 420.09 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,28;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130573,0.0130122;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.568,145.326;QD=56.0115;RBI=0.0324283,0.0554617;REFB=0,0;REVB=-0.0296834,0.0539137;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0438822,-0.0082074;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:2,28:2,28:0.0666667,0.933333:1,21:1,7:0:0:1,21:1,7:0:0 chr4 13548796 . T G 483.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.136;QD=58.5466;RBI=0.065958;REFB=0;REVB=0.0650401;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405021;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 13601337 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0260951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.774;QD=14.2307;RBI=0.0272134;REFB=-0.00421553;REVB=0.00772103;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850411;STB=0.54835;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00732179;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:15:21:13:13:15:21 chr4 13602366 . C T 768.78 PASS AF=0.481928;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00431974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.104;QD=18.5247;RBI=0.00522414;REFB=-0.00694776;REVB=-0.00293793;RO=85;SAF=34;SAR=46;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108882;STB=0.563164;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00800973;OID=.;OPOS=13602366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:85:86:80:80:0.481928:46:34:46:39:46:34:47:39 chr4 13606576 . A T 1728.35 PASS AF=0.952;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0504154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2928;QD=55.3071;RBI=0.0513551;REFB=-0.0353617;REVB=0.00977929;RO=5;SAF=58;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669105;STB=0.507799;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00783367;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:5:6:119:119:0.952:61:58:2:3:60:59:2:4 chr4 15003721 . A G 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00920872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7394;QD=17.0628;RBI=0.0215628;REFB=-0.0131673;REVB=-0.0194976;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619424;STB=0.534858;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0150695;OID=.;OPOS=15003721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:13:18:18:10:13:18 chr4 15042142 . T G 537.24 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0653232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2378;QD=16.0371;RBI=0.0657667;REFB=-0.00484075;REVB=-0.00762436;RO=76;SAF=33;SAR=25;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327994;STB=0.501835;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00704288;OID=.;OPOS=15042142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:25:33:43:33:25:33:43:33 chr4 15068500 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 153.86 PASS AF=0.578947,0;AO=29,5;DP=77;FAO=44,0;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=24,0;FSAR=20,0;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.052417,-0.0481186;FXX=0.0129853;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.68411,90.1836;QD=8.09766;RBI=0.0525896,0.0481346;REFB=-0.151269,-0.0146906;REVB=0.00425696,0.00124133;RO=35;SAF=15,5;SAR=14,0;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0582233,0.646064;STB=0.507243,0.5;STBP=0.899,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.171082,0;OID=.,.;OPOS=15068501,15068507;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947,0:29,5:77:44,0:76:32:24,0:20,0:18:14:84:35:15,5:14,0:16:19 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 131.16 PASS AF=0.235294;AO=18;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0106731;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=9;MLLD=312.981;QD=6.17226;RBI=0.0244155;REFB=-0.00655995;REVB=-0.0219591;RO=65;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480543;STB=0.508888;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=0.0175859;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:18:85:20:85:65:9:11:30:35:99:65:9:9:30:35 chr4 15095629 . G A 41.73 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00195767;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.577;QD=2.19637;RBI=0.0271152;REFB=-0.00799131;REVB=-0.0270445;RO=66;SAF=3;SAR=6;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201692;STB=0.642535;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0422411;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:66:67:9:9:0.118421:6:3:33:33:6:3:33:34 chr4 15482360 . C T 831.0 PASS AF=0.534247;AO=78;DP=146;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0100339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.185;QD=22.7671;RBI=0.0232984;REFB=-0.0058141;REVB=-0.021027;RO=68;SAF=41;SAR=37;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121437;STB=0.56644;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00483721;OID=.;OPOS=15482360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:68:68:78:78:0.534247:37:41:26:42:37:41:26:42 chr4 15518357 . A C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.234;QD=60.6103;RBI=0.0292074;REFB=0;REVB=0.0178536;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141686;OID=.;OPOS=15518357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr4 15690233 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.581;QD=33.4285;RBI=0.0460292;REFB=0;REVB=-0.0459087;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364521;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 15704874 . G C 230.32 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.337;QD=46.0646;RBI=0.0258218;REFB=-0.10404;REVB=0.0025881;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00105114;OID=.;OPOS=15704874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:5:14:1:0:5:14:1:0 chr4 15733454 . A C 398.85 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00406806;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.777;QD=15.3404;RBI=0.0145771;REFB=-0.0116927;REVB=-0.0139979;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923599;STB=0.543288;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.011974;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:59:44:45:0.432692:27:17:28:31:27:18:28:31 chr4 15737722 . C T 527.15 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.000293293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.077;QD=20.2749;RBI=0.000541571;REFB=-0.0112413;REVB=-0.000455278;RO=50;SAF=27;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131368;STB=0.575859;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00977338;OID=.;OPOS=15737722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:50:53:54:0.519231:26:27:18:32:26:28:18:32 chr4 15737732 . G A 487.98 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0102583;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0228;QD=19.519;RBI=0.0297676;REFB=-0.0245441;REVB=-0.0279441;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900663;STB=0.549707;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0542292;OID=.;OPOS=15737732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:25:26:20:29:25:26:20:29 chr4 15739390 . T G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.014;QD=55.0959;RBI=0.00710859;REFB=0;REVB=0.0065539;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63974e-05;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 15739428 . A T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0109824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.867;QD=10.2401;RBI=0.0269995;REFB=-0.0158774;REVB=-0.024665;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0336775;OID=.;OPOS=15739428;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:8:11:5:5:8:11 chr4 15937731 . T C 1854.34 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4423;QD=58.4045;RBI=0.0351183;REFB=-0.0719015;REVB=0.0203797;RO=1;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00711293;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:127:1:0:115:127:1:58:57:1:0:58:69:0:0 chr4 15964485 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.010819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.087;QD=19.646;RBI=0.0167068;REFB=-0.0141895;REVB=-0.0127305;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0108792;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr4 15964501 . G A 38.46 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0161758;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.839;QD=8.54651;RBI=0.0187877;REFB=0.000815921;REVB=0.00955616;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.610759;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00719348;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:13:12:6:6:0.333333:3:3:8:5:3:3:8:4 chr4 15964573 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.041;QD=60.61;RBI=0.0730582;REFB=0;REVB=-0.0725448;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497076;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr4 15964670 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00284667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.37;QD=16.4203;RBI=0.00867743;REFB=-0.0135689;REVB=0.00819721;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118634;STB=0.566882;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0133628;OID=.;OPOS=15964670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:17:17:18:11:17:17 chr4 16020162 . C T 263.95 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0136099;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.64;QD=15.0826;RBI=0.0177409;REFB=-0.0107552;REVB=0.0113803;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332648;STB=0.509572;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0123677;OID=.;OPOS=16020162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:40:30:30:0.428571:16:14:19:22:16:14:18:22 chr4 16025934 . C T 411.86 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0390885;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1319;QD=13.5036;RBI=0.0410176;REFB=-0.0197783;REVB=-0.0124309;RO=74;SAF=29;SAR=19;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699848;STB=0.53966;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0231819;OID=.;OPOS=16025934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:74:74:48:48:0.393443:19:29:40:34:19:29:40:34 chr4 16164193 . T TTA 355.15 PASS AF=0.392523;AO=40;DP=111;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00462808;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=2;MLLD=288.845;QD=13.2766;RBI=0.0203714;REFB=-0.00346024;REVB=-0.0198387;RO=69;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135831;STB=0.605684;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.00433509;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392523:40:111:42:107:65:26:16:29:36:99:69:24:16:33:36 chr4 16198378 . A G 337.35 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0149323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.649;QD=34.5995;RBI=0.0152775;REFB=0.00499144;REVB=0.00322929;RO=11;SAF=8;SAR=20;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131729;STB=0.571381;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00259469;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:20:8:1:10:20:8:1:10 chr4 16229072 . C G 438.97 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0117334;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.054;QD=15.5386;RBI=0.0118725;REFB=-0.0137114;REVB=-0.00181177;RO=62;SAF=17;SAR=32;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17467;STB=0.598985;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0175997;OID=.;OPOS=16229072;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:64:49:49:0.433628:32:17:32:30:32:17:33:31 chr4 16675898 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.897;QD=46.848;RBI=0.0279299;REFB=0;REVB=0.0196058;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159446;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr4 17517099 . A G 410.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6254;QD=56.6679;RBI=0.0367595;REFB=0;REVB=0.0247378;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729439;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 17524570 . C G 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00521073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.33;QD=19.4655;RBI=0.0177693;REFB=-0.0179069;REVB=0.0169882;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231107;STB=0.631452;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0258346;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:12:12:16:6:12:12 chr4 17586703 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.977;QD=57.3836;RBI=0.00737666;REFB=0;REVB=-0.00704814;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89373e-05;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr4 17627294 . A G 756.61 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886185;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.242;QD=57.1023;RBI=0.0106564;REFB=0;REVB=-0.00591835;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11464e-05;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr4 17627332 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.77;QD=60.6103;RBI=0.0272756;REFB=0;REVB=-0.0181749;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39406e-06;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr4 17634213 . A G 1190.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6862;QD=61.0647;RBI=0.0887911;REFB=0;REVB=0.0771541;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826268;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr4 17643848 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0803601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.097;QD=30.7904;RBI=0.0896295;REFB=-0.0107819;REVB=0.0396952;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00516357;OID=.;OPOS=17643848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:6:2:0:0:6:2:1:0 chr4 17660082 . C T 976.44 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.742;QD=57.4375;RBI=0.0322812;REFB=-0.100873;REVB=0.0291888;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00156516;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:0:1:39:28:0:1 chr4 17694943 . A G 885.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6073;QD=58.0471;RBI=0.0018419;REFB=0;REVB=0.000613899;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76536e-05;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:41:19:0:0:41:20:0:0 chr4 17711076 . T C 1185.31 PASS AF=0.522523;AO=116;DP=221;FAO=116;FDP=222;FR=.;FRO=106;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0322104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.836;QD=21.3569;RBI=0.0322443;REFB=-0.0175397;REVB=0.00147722;RO=104;SAF=49;SAR=67;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595916;STB=0.532997;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0146561;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:104:106:116:116:0.522523:67:49:51:53:67:49:52:54 chr4 17818885 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0105454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.426;QD=17.2244;RBI=0.0271196;REFB=-0.0204758;REVB=0.0249854;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734431;STB=0.547141;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0297254;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:33:34:0.465753:21:12:17:22:22:12:17:22 chr4 20520993 . T C 744.76 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0146817;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3903;QD=51.363;RBI=0.062786;REFB=-0.035463;REVB=-0.0610453;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250439;STB=0.511037;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000731144;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:54:55:0.948276:29:25:1:1:30:25:2:1 chr4 20544184 . C T 887.2 PASS AF=0.454545;AO=95;DP=210;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.00938646;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.619;QD=16.9799;RBI=0.0140845;REFB=-0.0090793;REVB=-0.0105008;RO=114;SAF=48;SAR=47;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396978;STB=0.521997;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0139827;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:114:114:95:95:0.454545:47:48:53:61:47:48:53:61 chr4 20852166 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.852;QD=57.8849;RBI=0.0153846;REFB=0;REVB=0.0141951;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89842e-05;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr4 20852244 . A G 1206.23 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533775;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.153;QD=61.0748;RBI=0.0537014;REFB=0;REVB=0.00588937;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459476;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:33:40:0:0:35:44:0:0 chr4 21950259 . A G 3929.9 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.41;QD=60.9287;RBI=0.0574016;REFB=0;REVB=0.0566958;RO=0;SAF=110;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527556;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:240:258:0:0:240:258:1:130:110:0:0:148:110:0:0 chr4 22416195 . C G 871.68 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00025363;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4583;QD=58.1118;RBI=0.0434621;REFB=0;REVB=0.0434613;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233064;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr4 22439914 . A C 1783.58 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125057;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.157;QD=59.9521;RBI=0.0527664;REFB=-0.00314921;REVB=0.0512631;RO=1;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871394;STB=0.504504;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=8.11999e-05;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:117:118:0.991597:54:63:0:1:55:63:0:1 chr4 22444692 . C T 490.02 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00598843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.936;QD=56.0023;RBI=0.00746832;REFB=-0.036653;REVB=0.00446256;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-6.97564e-06;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:18:15:1:0:18:16:1:0 chr4 22457478 . C T 1525.16 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8116;QD=59.8101;RBI=0.03;REFB=0;REVB=0.0198247;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45902e-05;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:47:55:0:0:47:55:0:0 chr4 22820504 . A T 395.73 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0043094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.494;QD=16.8394;RBI=0.00800481;REFB=-0.00829521;REVB=-0.00674581;RO=53;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922992;STB=0.540246;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0154222;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:52:41:42:0.446809:21:20:21:32:22:20:21:31 chr4 23831210 . TA T 481.28 PASS AF=0.6;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00201759;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.544;QD=25.6684;RBI=0.0027399;REFB=-0.0324121;REVB=0.00185375;RO=32;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079468;STB=0.544359;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=0.0219723;OID=.;OPOS=23831211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:45:78:45:75:30:23:22:12:18:99:32:23:22:13:19 chr4 23886323 . G T 288.61 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0119451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.57;QD=13.7432;RBI=0.0119453;REFB=-0.0148491;REVB=-7.18999e-05;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305165;STB=0.520047;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0250748;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:48:51:33:33:0.392857:14:19:29:19:14:19:31:20 chr4 24801315 . G A 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0127517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.53;QD=7.95226;RBI=0.0141184;REFB=-0.0276724;REVB=-0.00606004;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326369;STB=0.705344;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0932914;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:10:9:6:2:10:9 chr4 24801354 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0402056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.828;QD=10.0339;RBI=0.0552473;REFB=0.0137307;REVB=0.0378916;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65516;STB=0.887733;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000915884;OID=.;OPOS=24801354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:0:7:1:4:0:7 chr4 24801949 . C T 80.28 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0146394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6353;QD=16.9013;RBI=0.033779;REFB=0.0105737;REVB=0.0304419;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150146;STB=0.588044;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0197119;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:6:3:2:8:6:3 chr4 24801976 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0119621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.468;QD=19.8495;RBI=0.0166293;REFB=-0.0121227;REVB=0.0115516;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381393;STB=0.521709;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0116564;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:10:3:3:12:10:3 chr4 24802323 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.479;QD=57.6807;RBI=0.0509525;REFB=0;REVB=0.0508466;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120785;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr4 25001439 . T C 1411.11 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1687;QD=60.6931;RBI=0.0152834;REFB=-0.152173;REVB=-0.00261153;RO=2;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225584;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00567625;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:2:1:91:92:0.989247:41:50:0:2:42:50:0:1 chr4 25005193 . G A 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.837;QD=62.6116;RBI=0.00331712;REFB=0;REVB=-8.54653e-05;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83948e-06;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr4 25032135 . C T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00588899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.57;QD=16.5721;RBI=0.0218441;REFB=-0.0195177;REVB=0.0210353;RO=35;SAF=25;SAR=5;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138167;STB=0.578455;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0258681;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:5:25:26:9:5:25:26:9 chr4 25235875 . A C 259.02 PASS AF=0.460317;AO=24;DP=58;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0509342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.017;QD=16.4459;RBI=0.0509491;REFB=-0.0396857;REVB=-0.0012307;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727319;STB=0.602738;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0275727;OID=.;OPOS=25235875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:34:34:24:29:0.460317:17:7:8:26:17:12:8:26 chr4 25253995 . C T 1157.64 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.863;QD=59.366;RBI=0.0249355;REFB=-0.100029;REVB=0.0209191;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104009;STB=0.505375;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000509649;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:45:31:0:1:46:31:0:1 chr4 25363901 . T A 363.73 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.064974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2801;QD=12.9903;RBI=0.0679893;REFB=-0.00294327;REVB=0.020023;RO=68;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117929;STB=0.512043;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00680303;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:43:44:0.392857:27:16:26:42:27:17:25:43 chr4 25678199 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.551;QD=56.9366;RBI=0.00703481;REFB=0;REVB=-0.00299045;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33303e-05;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr4 25749303 . C A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0140038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.917;QD=16.2717;RBI=0.0146127;REFB=0.00140745;REVB=0.00417446;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165557;STB=0.595613;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00182905;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:9:9:10:5:9:9 chr4 25821497 . AG GG,GT 248.68 PASS AF=0.547619,0;AO=22,2;DP=43;FAO=23,0;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=5,0;FSAR=18,0;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0311122,0.0188502;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=285.982,284.576;QD=23.6841;RBI=0.0311125,0.0188504;REFB=-0.0213184,-0.0216009;REVB=0.000151465,9.35952e-05;RO=19;SAF=4,0;SAR=18,2;SRF=2;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11628,-0.391848;STB=0.581332,0.5;STBP=0.454,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0171038,0;OID=.,.;OPOS=25821497,25821497;OREF=A,AG;OALT=G,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:22,2:23,0:0.547619,0:18,2:4,0:2:17:18,0:5,0:2:17 chr4 25915858 . C A 1898.38 PASS AF=0.992;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.265;QD=60.7481;RBI=0.0495203;REFB=-0.0389595;REVB=0.0380265;RO=0;SAF=81;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000913111;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:0:1:123:124:0.992:42:81:0:0:43:81:0:1 chr4 25929999 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAA,GAAAAAG 94.03 PASS AF=0.5625,0,0.4375;AO=3,2,5;DP=17;FAO=9,0,7;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,0;FSAR=6,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.213046,-0.128607,-0.0715023;FXX=0.0587889;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=4.89433,8.49721,192.454;QD=23.5063;RBI=0.365407,0.201225,0.0890564;REFB=-0.0290984,-0.0298128,-0.00587106;REVB=0.296874,0.154764,0.0530893;RO=3;SAF=1,2,0;SAR=2,0,5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.352427,0.74993,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.108582,0.434679,-0.0391687;OID=.,.,.;OPOS=25930000,25930000,25930005;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAAAAA,GAAAA,GAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.5625,0,0.4375:3,2,5:17:9,0,7:16:0:3,0,0:6,0,7:0:0:27:3:1,2,0:2,0,5:0:3 chr4 26274274 . T A 366.95 PASS AF=0.475;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00560922;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.923;QD=18.3477;RBI=0.0262343;REFB=0.00157996;REVB=-0.0256276;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942408;STB=0.552604;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00285879;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:42:42:38:38:0.475:17:21:19:23:17:21:19:23 chr4 26417136 . T C 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0103999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3043;QD=18.2887;RBI=0.0122424;REFB=0.0167018;REVB=0.00645897;RO=33;SAF=6;SAR=26;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077069;STB=0.543255;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0158327;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:26:6:8:25:26:6:8:25 chr4 26673761 . T A,TA 3176.65 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=161,24;DP=230;FAO=219,9;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=93,5;FSAR=126,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262737,-0.114451;FXX=0.00436662;HRUN=9,2;LEN=1,1;MLLD=30.3273,18.7945;QD=55.7307;RBI=0.0582699,0.116263;REFB=0,0;REVB=0.0520103,0.0204464;RO=36;SAF=66,8;SAR=95,16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0706421,-0.290598;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0163872,-0.102638;OID=.,.;OPOS=26673761,26673762;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:230:228:36:0:161,24:219,9:0.960526,0.0394737:95,16:66,8:22:14:126,4:93,5:0:0 chr4 26673787 . A G 4030.84 PASS AF=0.988722;AO=262;DP=266;FAO=263;FDP=266;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=162;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0497746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.111;QD=60.6141;RBI=0.0500778;REFB=-0.184059;REVB=-0.00550272;RO=2;SAF=100;SAR=162;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180968;STB=0.503363;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000296789;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:266:266:2:3:262:263:0.988722:162:100:1:1:162:101:2:1 chr4 27004011 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4909;QD=57.385;RBI=0.0134454;REFB=0;REVB=-0.00494155;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212873;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr4 28712912 . C G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0118653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3765;QD=15.626;RBI=0.0183939;REFB=0.0180661;REVB=0.0140553;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408023;STB=0.523439;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0248504;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:17:6:5:12:17:6 chr4 28712968 . A G 726.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430359;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2288;QD=57.0101;RBI=0.0450806;REFB=0;REVB=0.0134228;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066553;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:12:39:0:0:12:39:0:0 chr4 30725696 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.000534132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.723;QD=11.4398;RBI=0.0102306;REFB=-0.00200414;REVB=-0.0102167;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496607;STB=0.788943;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00635462;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:12:2:6:3:12:2 chr4 30725987 . G A 299.11 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00382792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.198;QD=16.1682;RBI=0.00403114;REFB=-0.0156059;REVB=-0.00126377;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702813;STB=0.539605;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0159644;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:13:20:22:19:13:20:22:19 chr4 31146018 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0296771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.47;QD=10.4292;RBI=0.0380509;REFB=-0.0125302;REVB=0.0238147;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758904;STB=0.54539;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0327662;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:13:17:7:7:13:17 chr4 31147272 . A C 537.49 PASS AF=0.463415;AO=58;DP=124;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00722227;FXX=0.00806387;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.281;QD=17.4792;RBI=0.00722247;REFB=0.00186339;REVB=5.43144e-05;RO=66;SAF=32;SAR=26;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642644;STB=0.531721;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00187536;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:66:66:58:57:0.463415:26:32:32:34:26:31:32:34 chr4 31147691 . A C 372.26 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.000909698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.392;QD=31.0216;RBI=0.0158676;REFB=-0.00437049;REVB=0.0158415;RO=17;SAF=24;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347827;STB=0.691824;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00331927;OID=.;OPOS=31147691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:7:24:5:12:7:24:5:12 chr4 34967868 . G T 851.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4664;QD=57.6996;RBI=0.0513318;REFB=0;REVB=-0.0512394;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318667;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr4 36068567 . A AT 105.22 PASS AF=0.53125;AO=5;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0832981;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9954;QD=13.1524;RBI=0.0923751;REFB=0.0456007;REVB=-0.0399323;RO=28;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364066;STB=0.591136;STBP=0.294;TYPE=ins;VARB=-0.0328186;OID=.;OPOS=36068568;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:5:34:17:32:15:8:9:10:5:93:28:4:1:14:14 chr4 36081878 . C T 813.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.385;QD=57.1048;RBI=0.0396702;REFB=0;REVB=-0.0153966;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91506e-05;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:37:20:0:0 chr4 36179498 . AT AA,A 43.14 PASS AF=0.0361446,0.156627;AO=4,12;DP=75;FAO=3,13;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=0,4;FSAR=3,9;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0467459,-0.0633178;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=21.783,13.1398;QD=2.07926;RBI=0.059424,0.102715;REFB=-0.0493928,-0.0562385;REVB=-0.0366883,-0.0808772;RO=57;SAF=0,3;SAR=4,9;SRF=34;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.558269,-0.42001;STB=0.996873,0.702548;STBP=0.053,0.138;TYPE=snp,del;VARB=-0.0502456,0.106742;OID=.,.;OPOS=36179499,36179499;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0361446,0.156627:4,12:75:3,13:83:67:0,4:3,9:37:30:33:57:0,3:4,9:34:23 chr4 36258197 . T C 3917.8 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.513;QD=62.1873;RBI=0.010711;REFB=0;REVB=0.00998783;RO=0;SAF=126;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35873e-06;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:252:0:0:252:252:1:126:126:0:0:126:126:0:0 chr4 36292018 . T A 834.77 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6749;QD=57.5706;RBI=0.0906783;REFB=0;REVB=0.029251;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129305;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr4 36310049 . C T 386.31 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.00490666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.834;QD=12.7705;RBI=0.00520866;REFB=0.00527019;REVB=0.00174779;RO=74;SAF=11;SAR=35;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151057;STB=0.592913;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00822943;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:74:75:46:46:0.380165:35:11:26:48:35:11:27:48 chr4 36340753 . G A 797.18 PASS AF=0.547445;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=137;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00459098;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.995;QD=23.2754;RBI=0.00617862;REFB=-0.00991091;REVB=-0.004135;RO=62;SAF=33;SAR=42;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722667;STB=0.539463;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00706368;OID=.;OPOS=36340753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:62:62:75:75:0.547445:42:33:22:40:42:33:22:40 chr4 37327583 . A C 165.01 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00494714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.936;QD=14.0436;RBI=0.0274084;REFB=-0.00806052;REVB=0.0269582;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411419;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.012144;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:16:13:8:10:16:13 chr4 37445315 . C A 289.5 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00111982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.553;QD=25.7335;RBI=0.0110719;REFB=0.00269116;REVB=-0.0110151;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049393;STB=0.527376;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00170001;OID=.;OPOS=37445315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:9:10:12:14:9:10 chr4 37445885 . T C 480.68 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0101355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2127;QD=22.8893;RBI=0.0101367;REFB=-0.00478867;REVB=-0.000150579;RO=38;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735806;STB=0.540424;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00375469;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:25:21:14:24:25:21:14:24 chr4 37592128 . G A 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.033144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.083;QD=12.8665;RBI=0.0332064;REFB=-0.0379793;REVB=0.00203424;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0850263;OID=.;OPOS=37592128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:10:6:6:5:10:6 chr4 37593173 . G A 316.66 PASS AF=0.644444;AO=27;DP=44;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00486834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.017;QD=28.1478;RBI=0.00643174;REFB=-0.00647965;REVB=0.00420316;RO=16;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961837;STB=0.526297;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00429192;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:16:27:29:0.644444:20:7:6:10:20:9:6:10 chr4 37612486 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.2191e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.299;QD=58.5878;RBI=0.00397485;REFB=0;REVB=0.00397483;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64984e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr4 37836302 . T C 882.45 PASS AF=0.461538;AO=90;DP=195;FAO=90;FDP=195;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.0265137;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5396;QD=18.1016;RBI=0.0296519;REFB=0.00583944;REVB=0.0132762;RO=105;SAF=44;SAR=46;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774226;STB=0.542828;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00450073;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:105:105:90:90:0.461538:46:44:43:62:46:44:43:62 chr4 37851856 . A C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00633911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.579;QD=12.998;RBI=0.00888299;REFB=0.00682249;REVB=-0.0062228;RO=57;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28224;STB=0.661774;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0116677;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:11:23:24:33:11:23:24:33 chr4 37903756 . T C 368.44 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0706087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5543;QD=22.33;RBI=0.113601;REFB=0.00594193;REVB=-0.0889918;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186556;STB=0.510283;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00820789;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:14:15:20:17:14:15 chr4 37962186 . G C 581.34 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00256172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2259;QD=58.1341;RBI=0.00315065;REFB=-0.0915555;REVB=-0.00183418;RO=1;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623305;STB=0.533316;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00187303;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:7:32:0:1:7:32:0:1 chr4 38016395 . T G 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.00803745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.985;QD=24.9347;RBI=0.0146331;REFB=-0.0387645;REVB=0.0122281;RO=24;SAF=8;SAR=29;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155717;STB=0.584487;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0199608;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:29:8:2:22:29:8:2:22 chr4 38023302 . C G 212.28 PASS AF=0.645161;AO=17;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0189621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.69;QD=27.3906;RBI=0.019023;REFB=-0.0268274;REVB=-0.0015208;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806144;STB=0.5135;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0156434;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:10:11:17:20:0.645161:7:10:6:4:8:12:7:4 chr4 38062232 . CT CA,TC 150.6 PASS AF=0.36,0;AO=18,3;DP=52;FAO=18,0;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14,0;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0127237,-0.0363991;FXX=0.0384541;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=202.583,32.4187;QD=12.048;RBI=0.0130348,0.0629618;REFB=-0.00399437,-0.00586828;REVB=-0.00283049,-0.0513741;RO=27;SAF=14,0;SAR=4,3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.406222,-0.524993;STB=0.777469,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00575909,0.0792738;OID=.,.;OPOS=38062233,38062232;OREF=T,CT;OALT=A,TC;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:27:32:18,3:18,0:0.36,0:4,3:14,0:11:16:4,0:14,0:11:21 chr4 38139024 . C T 769.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.816;QD=56.9684;RBI=0.121904;REFB=0;REVB=0.121098;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600119;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:12:42:0:0:12:42:0:0 chr4 38258908 . G T 227.11 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0331496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4024;QD=21.1264;RBI=0.0332858;REFB=-0.00412589;REVB=-0.00300784;RO=21;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237396;STB=0.635156;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00315175;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:4:18:13:8:4:18:13:8 chr4 38259005 . T G 52.92 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.016587;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=149.837;QD=13.2293;RBI=0.118259;REFB=0.0143052;REVB=-0.11709;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0267922;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:16:16:4:8:6:7:0.4375:1:5:3:1:1:6:4:4 chr4 38259310 . T C 124.11 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0729745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6815;QD=18.3864;RBI=0.0794676;REFB=-0.0382301;REVB=-0.0314614;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224043;STB=0.512802;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0314705;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:4:9:10:4:4:9 chr4 38628725 . C T 244.56 PASS AF=0.52;AO=27;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0290624;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0209;QD=19.5651;RBI=0.0651484;REFB=-0.046823;REVB=0.0583069;RO=22;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267792;STB=0.63186;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0433547;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:24:27:26:0.52:21:6:11:11:20:6:11:13 chr4 38702437 . A G 322.83 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0224819;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.294;QD=18.4474;RBI=0.028159;REFB=-0.0172219;REVB=0.0169555;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111134;STB=0.562139;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0160956;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:18:18:21:13:18:18 chr4 38774785 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0246686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.915;QD=17.2469;RBI=0.0286778;REFB=-0.00582296;REVB=-0.0146246;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522327;STB=0.502979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00300148;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:13:14:11:10:13:14 chr4 38774889 . T C 746.95 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0209175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.717;QD=20.1879;RBI=0.0213388;REFB=0.00417998;REVB=-0.0042194;RO=75;SAF=32;SAR=41;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612288;STB=0.533729;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00364916;OID=.;OPOS=38774889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:75:75:73:73:0.493243:41:32:28:47:41:32:28:47 chr4 38775040 . A G 529.61 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0614591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8522;QD=18.583;RBI=0.0646506;REFB=0.0190582;REVB=0.0200618;RO=59;SAF=22;SAR=33;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391783;STB=0.510634;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0110916;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:58:55:56:0.491228:33:22:26:33:33:23:25:33 chr4 38776070 . C T 174.31 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0253584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1489;QD=11.6208;RBI=0.0398311;REFB=-0.00684328;REVB=-0.0307159;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955055;STB=0.555504;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.012137;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:14:8:17:21:14:8:17:21 chr4 38776107 . T G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00624801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.285;QD=23.2356;RBI=0.0119595;REFB=0.00909389;REVB=-0.0101977;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448988;STB=0.525087;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0059468;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:3:10:13:5:3:10 chr4 38776180 . C A 124.67 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0108034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4278;QD=23.7463;RBI=0.0227902;REFB=-0.0258795;REVB=-0.0200669;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.63135;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0278091;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:21:21:5:6:11:11:0.52381:5:6:0:5:5:6:1:5 chr4 38776491 . T G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0163444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.131;QD=19.3862;RBI=0.0163482;REFB=-0.00645689;REVB=-0.000354179;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075896;STB=0.543037;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00870792;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:12:9:7:13:12:9 chr4 38798648 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.686;QD=62.6711;RBI=0.0141924;REFB=0;REVB=-0.000623889;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87287e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr4 38798935 . C T 200.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0443962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.24;QD=20.59;RBI=0.0453223;REFB=-0.0122451;REVB=0.00911513;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327175;STB=0.682997;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00499011;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:15:4:12:8:15:4 chr4 38798971 . T C 59.9 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00591075;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.198;QD=14.0934;RBI=0.0303117;REFB=0.00332438;REVB=-0.0297299;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0033873;OID=.;OPOS=38798971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:5:4:5:3:5:4 chr4 38799710 . T C 62.63 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0302445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7083;QD=8.08157;RBI=0.0308894;REFB=-0.019818;REVB=-0.00627897;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364049;STB=0.716021;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0361709;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:7:2:11:10:7:2:11:11 chr4 38829832 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000249298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6795;QD=22.5807;RBI=0.0188634;REFB=0.00531475;REVB=-0.0188618;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139548;STB=0.578819;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0132996;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:2:5:6:6:2:5 chr4 38830012 . G C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00544122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.472;QD=21.1302;RBI=0.00593862;REFB=-0.000982865;REVB=0.00237914;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228018;STB=0.512809;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00108882;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:9:12:12:10:9:12 chr4 38830350 . A G 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2963;QD=64.1474;RBI=0.0593265;REFB=0;REVB=-0.00304155;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831975;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 38916610 . G A 347.45 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00993753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.71;QD=17.1582;RBI=0.0278265;REFB=-0.00657985;REVB=-0.0259915;RO=42;SAF=24;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255258;STB=0.654172;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00522214;OID=.;OPOS=38916610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:37:37:0.45679:13:24:16:26:13:24:16:28 chr4 38937372 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0287031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7476;QD=16.1189;RBI=0.0287811;REFB=0.0079541;REVB=0.00211724;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0117182;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:4:9:6:6:4:9 chr4 38995374 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.35;QD=59.9959;RBI=0.0160597;REFB=0;REVB=0.00143969;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77166e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:42:64:0:0:42:64:0:0 chr4 39000305 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00475609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.876;QD=12.229;RBI=0.00566637;REFB=0.00734015;REVB=0.00308016;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204604;STB=0.6187;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00570719;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:18:18:7:15:18:18 chr4 39064162 . A C 1481.94 PASS AF=1;AO=83;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6675;QD=62.3975;RBI=0.0258396;REFB=0;REVB=-0.0215646;RO=0;SAF=56;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010717;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:83:95:1:27:56:0:0:34:61:0:0 chr4 39064163 . T C 47.22 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.00918829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.2243;QD=1.8516;RBI=0.0190335;REFB=-0.0117687;REVB=-0.0166688;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205511;STB=0.650094;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0124398;OID=.;OPOS=39064163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:91:91:11:11:0.107843:6:5:57:34:6:5:57:34 chr4 39094738 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.18;QD=57.2377;RBI=0.0180013;REFB=0;REVB=0.0170317;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44324e-05;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr4 39116911 . T C 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134917;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.243;QD=62.4702;RBI=0.0199744;REFB=0;REVB=0.0147292;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87067e-06;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr4 39122697 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0270558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.887;QD=56.4168;RBI=0.0285536;REFB=-0.000794451;REVB=-0.00912641;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-6.64023e-05;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:1:0:39:23:1:0 chr4 39302029 . T C 646.47 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176496;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5286;QD=61.5686;RBI=0.0247347;REFB=0;REVB=0.0173291;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407857;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr4 39448171 . A G 311.27 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00058863;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2759;QD=18.865;RBI=0.00341468;REFB=-0.0149312;REVB=0.00336356;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144181;STB=0.580595;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.011778;OID=.;OPOS=39448171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:11:22:17:16:11:22:17:16 chr4 39448529 . G A 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0229012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5138;QD=26.4131;RBI=0.0248678;REFB=-0.0320824;REVB=-0.0096924;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962864;STB=0.553355;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0241873;OID=.;OPOS=39448529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:8:9:10:15:8:9 chr4 39448542 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.127;QD=60.6096;RBI=0.0343981;REFB=0;REVB=-0.0044311;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200285;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr4 39458051 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.139;QD=59.8392;RBI=0.0788682;REFB=0;REVB=0.0748317;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424311;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr4 39459724 . T C 1253.34 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012685;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.791;QD=60.402;RBI=0.0129535;REFB=0.0508636;REVB=0.00262386;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000934137;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:38:44:0:0:38:44:0:1 chr4 39460797 . G A 154.27 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0121934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9367;QD=10.6395;RBI=0.111272;REFB=-0.0191628;REVB=0.110602;RO=37;SAF=16;SAR=4;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111195;STB=0.559936;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0242654;OID=.;OPOS=39460797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:38:20:20:0.344828:4:16:27:10:4:16:28:10 chr4 39921942 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.011422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.107;QD=21.7444;RBI=0.0127375;REFB=-0.0200765;REVB=-0.0056376;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058982;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0125673;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:6:5:8:7:6:5 chr4 40045139 . T C 508.2 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00558261;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5906;QD=19.1773;RBI=0.0156099;REFB=-0.0103205;REVB=-0.0145775;RO=49;SAF=23;SAR=30;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968252;STB=0.529014;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.01514;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:53:53:53:0.5:30:23:16:33:30:23:20:33 chr4 40079556 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0120035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.248;QD=13.7531;RBI=0.0182652;REFB=-0.00128163;REVB=-0.0137672;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125503;STB=0.572859;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00209984;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:15:8:7:8:15:8 chr4 40103767 . G T 189.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.022411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.216;QD=21.0044;RBI=0.0391191;REFB=-0.0244754;REVB=-0.0320633;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0140685;OID=.;OPOS=40103767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:10:9:8:8:10:9:9:8 chr4 40119501 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0118156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.382;QD=11.5636;RBI=0.0175347;REFB=-0.00593132;REVB=-0.012956;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208424;STB=0.622598;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0060099;OID=.;OPOS=40119501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:7:8:10:19:7:8:10:19 chr4 40121562 . G A 1207.94 PASS AF=0.97561;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00794077;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.36;QD=58.9238;RBI=0.034672;REFB=-0.0588022;REVB=-0.0337505;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.511108;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00251885;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:1:2:78:80:0.97561:36:42:1:0:36:44:2:0 chr4 40138676 . A G 521.11 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0336359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8297;QD=26.0555;RBI=0.0385631;REFB=0.0102738;REVB=0.0188612;RO=32;SAF=24;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114558;STB=0.562474;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00543591;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:24:24:11:21:24:24:11:21 chr4 40155927 . T C 414.48 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0114485;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.799;QD=21.5315;RBI=0.0194488;REFB=0.00280035;REVB=-0.0157222;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161619;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00271992;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:36:41:41:0.532468:19:22:20:16:19:22:20:16 chr4 40356422 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.941;QD=53.277;RBI=0.0505832;REFB=0;REVB=0.0330474;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014935;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr4 40425863 . A G 253.12 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00293467;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.448;QD=19.1033;RBI=0.0425433;REFB=-0.00477804;REVB=0.0424419;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05214;STB=0.546688;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00539204;OID=.;OPOS=40425863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:26:25:27:0.509434:13:12:15:13:14:13:15:11 chr4 40438576 . A G 761.13 PASS AF=0.64486;AO=68;DP=109;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0103862;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.21;QD=28.4534;RBI=0.0116957;REFB=-0.000569607;REVB=0.00537736;RO=41;SAF=35;SAR=33;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151718;STB=0.572339;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000385833;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:41:38:68:69:0.64486:33:35:30:11:34:35:27:11 chr4 40438603 . AC AA,A 64.79 PASS AF=0.0697674,0.139535;AO=6,18;DP=86;FAO=6,12;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=6,10;FSAR=0,2;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0561328,-0.0715408;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=40.3981,19.705;QD=3.01356;RBI=0.0700364,0.0719304;REFB=-0.0450623,-0.0801727;REVB=0.0418832,-0.00747653;RO=62;SAF=6,16;SAR=0,2;SRF=26;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0.321429;SSSB=0.620688,0.60276;STB=0.998292,0.818417;STBP=0.006,0.024;TYPE=snp,del;VARB=0.0950257,0.166095;OID=.,.;OPOS=40438604,40438604;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0697674,0.139535:6,18:86:6,12:86:68:6,10:0,2:32:36:32:62:6,16:0,2:26:36 chr4 40440215 . T C 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0178938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.859;QD=19.4539;RBI=0.0180421;REFB=-0.0195221;REVB=-0.00230862;RO=44;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555939;STB=0.525958;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0204385;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:45:43:43:0.488636:26:17:20:24:26:17:20:25 chr4 40440854 . G C 32.41 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000823291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1433;QD=16.2074;RBI=0.0247431;REFB=0.0166765;REVB=-0.0247294;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0139023;OID=.;OPOS=40440854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr4 40778146 . C T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.089;QD=59.8331;RBI=0.0229579;REFB=0;REVB=0.0222818;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73464e-05;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr4 40778162 . T G 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.009;QD=58.529;RBI=0.0276504;REFB=0.00848403;REVB=0.0171732;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784213;STB=0.504131;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=2.21958e-05;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:0:1:60:41:0:1 chr4 40810747 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.701;QD=63.8719;RBI=0.00687365;REFB=0;REVB=0.00454435;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25753e-06;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr4 40870972 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0115146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.43;QD=16.4804;RBI=0.0222087;REFB=-0.0135789;REVB=-0.0189905;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0170351;OID=.;OPOS=40870972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:14:11:10:9:14:11 chr4 41015823 . G T 530.05 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.00705299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.368;QD=18.1212;RBI=0.0158277;REFB=-0.00973643;REVB=-0.0141694;RO=61;SAF=24;SAR=32;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131254;STB=0.572494;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0103916;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:32:24:18:43:32:24:18:43 chr4 41015899 . C T 523.51 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00714205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.893;QD=17.746;RBI=0.00886694;REFB=-0.0115138;REVB=0.00525488;RO=57;SAF=29;SAR=27;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167828;STB=0.568432;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0141805;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:62:56:56:0.474576:27:29:19:38:27:29:24:38 chr4 41016484 . T C 76.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00778092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.36;QD=11.2772;RBI=0.00809762;REFB=0.0016546;REVB=-0.00224251;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.615758;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00228381;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:16:17:10:10:0.37037:7:3:7:9:7:3:8:9 chr4 41086681 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0207384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.585;QD=15.1663;RBI=0.0376355;REFB=0.0142115;REVB=-0.0314062;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148733;STB=0.586091;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0304817;OID=.;OPOS=41086681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:9:11:6:9:9:11 chr4 41259633 . C A 558.19 PASS AF=0.641026;AO=48;DP=76;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0182598;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1452;QD=28.6249;RBI=0.0216356;REFB=-0.0668918;REVB=0.0116052;RO=27;SAF=23;SAR=25;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122143;STB=0.563583;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0216197;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:27:28:48:50:0.641026:25:23:8:19:27:23:8:20 chr4 41526503 . C T 599.02 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0143149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.856;QD=21.3934;RBI=0.015763;REFB=-0.00354974;REVB=-0.00659967;RO=52;SAF=30;SAR=30;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162579;STB=0.508926;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00274449;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:30:30:25:27:30:30:25:27 chr4 41652571 . C T 321.24 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0167086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.666;QD=19.1786;RBI=0.0226235;REFB=-0.00399453;REVB=0.0152528;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391601;STB=0.527328;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00499382;OID=.;OPOS=41652571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:22:12:10:22:22:12:10:23 chr4 41749668 . C T 764.13 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0214252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.901;QD=20.2418;RBI=0.0219063;REFB=-0.0171056;REVB=-0.00456593;RO=74;SAF=47;SAR=30;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887078;STB=0.548819;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0242213;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:74:77:77:0.509934:30:47:38:36:30:47:38:36 chr4 41984118 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.079;QD=58.2396;RBI=0.0113935;REFB=0;REVB=0.00377241;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98499e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr4 41985101 . A G 3387.38 PASS AF=1;AO=215;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240484;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.229;QD=62.1537;RBI=0.0412151;REFB=0;REVB=0.0334718;RO=0;SAF=97;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03037e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:219:218:0:0:215:218:1:118:97:0:0:119:99:0:0 chr4 41985478 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.709;QD=64.415;RBI=0.0134077;REFB=0;REVB=0.00840492;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98809e-05;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr4 41985688 . TC T,TT 847.35 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=14,45;DP=60;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852397,0.214583;FXX=0.0166639;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.315,48.2565;QD=57.4471;RBI=0.121557,0.214584;REFB=0,0;REVB=-0.0866626,-0.000472852;RO=0;SAF=14,16;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=5.67137e-05,0.00260883;OID=.,.;OPOS=41985689,41985689;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0169492,0.983051:14,45:60:1,58:59:0:1,29:0,29:0:0:4:0:14,16:0,29:0:0 chr4 41986857 . A G 1549.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.009;QD=63.8855;RBI=0.0499658;REFB=0;REVB=0.0499019;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220281;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:44:53:0:0:44:53:0:0 chr4 41987892 . G A 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.863;QD=60.2308;RBI=0.00957583;REFB=0;REVB=0.00607444;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7524e-06;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 650.88 PASS AF=0,1;AO=6,36;DP=43;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493851,0.0467888;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=163.056,146.926;QD=61.9886;RBI=0.0187479,0.0469648;REFB=0,0;REVB=-0.0180857,0.00406302;RO=0;SAF=4,15;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00109403;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,36:43:0,42:42:0:0,19:0,23:0:0:4:0:4,15:2,21:0:0 chr4 41992677 . C G 4847.1 PASS AF=0.987578;AO=314;DP=322;FAO=318;FDP=322;FR=.;FRO=4;FSAF=157;FSAR=161;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.13348;FXX=0.00309588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9683;QD=60.2124;RBI=0.138696;REFB=-0.232642;REVB=0.0376779;RO=3;SAF=153;SAR=161;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027807;STB=0.503028;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00264621;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:322:322:3:4:314:318:0.987578:161:153:1:2:161:157:1:3 chr4 42003671 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.533;QD=62.9829;RBI=0.0137021;REFB=0;REVB=0.0101328;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06194e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:22:23:0:0 chr4 42020142 . A G 1840.91 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000309804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.373;QD=61.3636;RBI=0.0309009;REFB=0;REVB=0.0308993;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104023;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr4 42022464 . C A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.856;QD=56.9369;RBI=0.0072234;REFB=0;REVB=0.00529227;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88556e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr4 42400112 . G T 345.46 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0139716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9659;QD=19.4625;RBI=0.0478063;REFB=-0.0191767;REVB=0.0457191;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211963;STB=0.607569;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0148146;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:17:19:26:8:17:19:26:9 chr4 42414273 . A G 409.9 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00948265;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.457;QD=17.2591;RBI=0.0145892;REFB=0.00448682;REVB=0.0110871;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199011;STB=0.526303;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00357867;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:53:42:42:0.442105:21:21:23:25:21:21:24:29 chr4 42425647 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0400373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.262;QD=22.724;RBI=0.0413234;REFB=-0.0190851;REVB=0.0102294;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178387;STB=0.5999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00784498;OID=.;OPOS=42425647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:10:6:12:8:10:6 chr4 42895423 . C T 1575.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703972;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.705;QD=60.0341;RBI=0.00839594;REFB=0;REVB=0.00457538;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32409e-07;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr4 44626641 . A G 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0226897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.817;QD=20.6395;RBI=0.0260013;REFB=-0.00815338;REVB=0.0126982;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700368;STB=0.53883;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00671785;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:14:22:17:15:14:22:17:15 chr4 44652030 . C T 701.42 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00718549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.548;QD=17.3191;RBI=0.0145298;REFB=-2.00857e-05;REVB=-0.0126287;RO=87;SAF=30;SAR=45;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594473;STB=0.532986;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-3.33851e-05;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:87:87:75:75:0.462963:45:30:40:47:45:30:40:47 chr4 44682465 . T C 335.33 PASS AF=0.386792;AO=39;DP=104;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0657371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4098;QD=12.654;RBI=0.0663488;REFB=-0.0163158;REVB=-0.00898839;RO=65;SAF=12;SAR=27;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.538903;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0276493;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:65:65:39:41:0.386792:27:12:26:39:27:14:26:39 chr4 44699484 . T G 223.75 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00668592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.127;QD=12.7854;RBI=0.0103664;REFB=-0.000612812;REVB=-0.00792222;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543702;STB=0.531227;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00136164;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:18:25:17:10:18:25 chr4 44704757 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.297;QD=57.8848;RBI=0.00734361;REFB=0;REVB=0.000782546;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38641e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr4 44704938 . T A 236.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00881783;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.926;QD=13.3198;RBI=0.030099;REFB=-0.0128788;REVB=0.0287783;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497209;STB=0.52868;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0169442;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:43:28:28:0.394366:13:15:19:20:13:15:21:22 chr4 46086060 . T C 752.82 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.046;QD=61.4543;RBI=0.0194311;REFB=-0.0165048;REVB=0.0157428;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00028688;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:1:0:23:25:1:0 chr4 46314593 . T C 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00853345;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.708;QD=60.4127;RBI=0.00864694;REFB=0.063383;REVB=-0.00139633;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-7.49127e-05;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:1:0:48:35:1:0 chr4 46334702 . A G 947.22 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0461551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7944;QD=55.7186;RBI=0.0516073;REFB=-0.0488532;REVB=0.0230873;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262331;STB=0.513885;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00266114;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:35:31:0:2:35:31:0:2 chr4 47034626 . C G 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442731;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.01;QD=57.738;RBI=0.0617057;REFB=0;REVB=0.0429825;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132458;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr4 47322190 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.015;QD=59.8372;RBI=0.0428197;REFB=0;REVB=-0.00312;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000661528;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr4 47428305 . G A 536.5 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00842145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.135;QD=18.9911;RBI=0.00980871;REFB=-0.00362746;REVB=-0.0050289;RO=57;SAF=31;SAR=25;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411171;STB=0.522741;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00371682;OID=.;OPOS=47428305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:25:31:29:28:25:31:29:28 chr4 47560015 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0118087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.424;QD=17.4545;RBI=0.0485161;REFB=0.00873914;REVB=0.0470571;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130195;STB=0.573069;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00816503;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:17:12:15:12:17:12 chr4 47560163 . C A 1531.43 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00925809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.205;QD=62.5072;RBI=0.0453848;REFB=0.0128646;REVB=-0.0444305;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824859;STB=0.504347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000163215;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:40:57:1:0:40:57:1:0 chr4 47584046 . G A 702.9 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=166;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00340667;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.601;QD=17.2492;RBI=0.00586352;REFB=-0.0057411;REVB=-0.00477237;RO=88;SAF=33;SAR=42;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807713;STB=0.544816;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0055325;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:163:88:88:75:75:0.460123:42:33:46:42:42:33:46:42 chr4 47589203 . G A 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00314384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.942;QD=16.9239;RBI=0.0158414;REFB=-0.00266299;REVB=-0.0155263;RO=55;SAF=11;SAR=35;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389742;STB=0.71875;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00494429;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:35:11:34:21:35:11:34:21 chr4 47667064 . T C 699.23 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6681;QD=60.803;RBI=0.228114;REFB=-0.0872236;REVB=0.228043;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0046062;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr4 47682174 . A G 328.27 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00313049;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.724;QD=29.8429;RBI=0.0147389;REFB=-0.0384315;REVB=0.0144026;RO=16;SAF=21;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150717;STB=0.58327;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0173473;OID=.;OPOS=47682174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:16:28:28:0.636364:7:21:9:7:7:21:9:7 chr4 47839929 . C T 442.47 PASS AF=0.45;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00759954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3977;QD=17.6989;RBI=0.0358811;REFB=-0.0204563;REVB=0.0350671;RO=56;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760693;STB=0.53107;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0284076;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:55:44:45:0.45:21:23:25:31:22:23:25:30 chr4 47887536 . T C 588.18 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00460412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.336;QD=23.7647;RBI=0.014644;REFB=-0.00932271;REVB=-0.0139014;RO=44;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930603;STB=0.555535;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00946846;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:45:54:54:0.545455:27:27:27:17:27:27:28:17 chr4 47887991 . G A 812.85 PASS AF=0.554745;AO=76;DP=136;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00772766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.786;QD=23.7329;RBI=0.0186683;REFB=-0.0101342;REVB=-0.0169938;RO=60;SAF=30;SAR=46;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100601;STB=0.558981;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00692947;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:60:61:76:76:0.554745:46:30:31:29:46:30:32:29 chr4 47936972 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0439631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.57;QD=9.76019;RBI=0.0439678;REFB=0.000197753;REVB=-0.000640813;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.000569633;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr4 47945455 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.872;QD=42.1824;RBI=0.0203954;REFB=0;REVB=-0.0177558;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583732;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr4 48069696 . G C 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00773012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9522;QD=19.9405;RBI=0.0213345;REFB=0.0357045;REVB=0.0198849;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100204;STB=0.555634;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0320576;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:17:12:17:15:17:12 chr4 48069725 . G A 235.37 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00785511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.824;QD=16.5173;RBI=0.0235789;REFB=-0.0118023;REVB=0.022232;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410029;STB=0.543049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0124544;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:30:26:27:0.473684:12:14:18:13:13:14:18:12 chr4 48111418 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.000743489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.684;QD=21.2929;RBI=0.0233333;REFB=-0.00240425;REVB=-0.0233215;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212274;STB=0.618953;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00199308;OID=.;OPOS=48111418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:16:9:15:10:16:9 chr4 48115264 . C T 475.34 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0265739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.27;QD=16.5335;RBI=0.0273808;REFB=-0.0059307;REVB=0.00659836;RO=62;SAF=19;SAR=33;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457006;STB=0.528733;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00826545;OID=.;OPOS=48115264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:63:52:52:0.452174:33:19:20:42:33:19:20:43 chr4 48170669 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.187;QD=61.3339;RBI=0.0176061;REFB=0;REVB=0.00833718;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35975e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr4 48172266 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.757;QD=58.2385;RBI=0.0464473;REFB=0;REVB=0.0413245;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117563;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr4 48424839 . T A 544.13 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.027506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5889;QD=17.004;RBI=0.0278468;REFB=-0.0240698;REVB=-0.00434354;RO=69;SAF=17;SAR=41;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224841;STB=0.622619;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0267216;OID=.;OPOS=48424839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:58:58:0.453125:41:17:35:34:41:17:35:35 chr4 48426066 . A T 1023.1 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495004;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6054;QD=59.3099;RBI=0.005975;REFB=0;REVB=0.0033463;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21593e-05;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr4 48492434 . G C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0804726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.771;QD=36.3502;RBI=0.0974435;REFB=-0.119186;REVB=0.0549491;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666293;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00435323;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:10:1:0:0:10:1:1:0 chr4 48588742 . C T 1092.77 PASS AF=0.949367;AO=76;DP=80;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00955365;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.967;QD=55.3303;RBI=0.0123342;REFB=-0.0196062;REVB=-0.00780126;RO=4;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370752;STB=0.519603;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000473323;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:79:4:4:76:75:0.949367:49:27:0:4:49:26:0:4 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 525.87 PASS AF=0,0.944444,0.0555556;AO=11,15,7;DP=33;FAO=0,34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,1;FSAR=0,22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451979,0.0560696,0.0622964;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=239.754,242.086,237.337;QD=58.43;RBI=0.0475047,0.0578658,0.0638284;REFB=0,0,0;REVB=0.0146235,0.0143058,0.0139003;RO=0;SAF=4,3,3;SAR=7,12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.016554,-0.00532698,-0.00617573;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.944444,0.0555556:11,15,7:33:0,34,2:36:0:0,12,1:0,22,1:0:0:8:0:4,3,3:7,12,4:0:0 chr4 52714354 . A ATTTC,C 743.24 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=49,3;DP=54;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138739,0.0114855;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=213.627,105.882;QD=56.0938;RBI=0.0172528,0.0164134;REFB=0,0;REVB=0.0102555,0.0117253;RO=1;SAF=25,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0192048,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000993987,0.0114531;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:53:1:0:49,3:51,2:0.962264,0.0377358:24,0:25,3:0:1:25,0:26,2:0:0 chr4 52752812 . A T 1512.05 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.417;QD=59.883;RBI=0.0169702;REFB=0;REVB=0.0124683;RO=0;SAF=36;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43721e-05;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:65:36:0:0:65:36:0:0 chr4 52780048 . G C 2273.2 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00109574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.652;QD=60.2172;RBI=0.00474635;REFB=0.00175156;REVB=-0.00461814;RO=1;SAF=76;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621765;STB=0.503268;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-1.43201e-05;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:74:76:1:0:74:76:1:0 chr4 52860985 . G A 329.72 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0679037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4385;QD=20.9347;RBI=0.0687766;REFB=0.00334644;REVB=-0.0109225;RO=28;SAF=11;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196057;STB=0.511105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00446591;OID=.;OPOS=52860985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:34:34:0.539683:23:11:9:19:23:11:10:19 chr4 52938243 . T C 234.09 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0417024;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2145;QD=14.8626;RBI=0.0421028;REFB=-0.0143091;REVB=-0.00579266;RO=36;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208012;STB=0.62522;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0153402;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:26:27:0.428571:18:8:18:18:19:8:18:18 chr4 52948557 . C T 498.56 PASS AF=0.414815;AO=55;DP=135;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=-0.00185841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.943;QD=14.7721;RBI=0.0253117;REFB=-0.0102112;REVB=-0.0252434;RO=79;SAF=24;SAR=31;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229394;STB=0.622059;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0182239;OID=.;OPOS=52948557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:79:55:56:0.414815:31:24:52:27:31:25:52:27 chr4 53822307 . A G 379.52 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00271771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.249;QD=19.2162;RBI=0.0242921;REFB=-0.0182936;REVB=-0.0241396;RO=40;SAF=27;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210292;STB=0.617401;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0134779;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:12:27:19:21:12:27:19:21 chr4 54310281 . T G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.957;QD=59.6776;RBI=0.0465764;REFB=0;REVB=0.0299133;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349781;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr4 54966667 . C T 1387.51 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0425013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.192;QD=60.3264;RBI=0.0438224;REFB=-0.0417154;REVB=0.0106792;RO=1;SAF=18;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255979;STB=0.52631;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000753452;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:72:18:1:0:72:18:2:0 chr4 54966830 . G A 733.12 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0234833;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.095;QD=51.447;RBI=0.0245317;REFB=-0.0460395;REVB=0.00709509;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202528;STB=0.510759;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=7.6608e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:3:3:54:54:0.947368:25:29:1:2:25:29:1:2 chr4 54966919 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.597;QD=44.685;RBI=0.013927;REFB=0;REVB=0.013927;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178597;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr4 55130078 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0230867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.465;QD=13.6996;RBI=0.0238984;REFB=0.00639444;REVB=0.00617571;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494346;STB=0.528814;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00973917;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:13:17:11:7:13:17 chr4 55133726 . T G 425.18 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00862318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5725;QD=18.8968;RBI=0.0264565;REFB=-0.0348117;REVB=-0.0250117;RO=46;SAF=25;SAR=18;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29137;STB=0.655173;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0399447;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:43:43:0.477778:18:25:12:34:18:25:13:34 chr4 55141055 . A G 2511.19 PASS AF=1;AO=141;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.668;QD=61.6243;RBI=0.052447;REFB=0;REVB=0.0347174;RO=0;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2497e-06;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:141:163:1:83:58:0:0:96:67:0:0 chr4 55161391 . T C 2312.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.709;QD=63.7966;RBI=0.0311842;REFB=0;REVB=0.0273082;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76387e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:67:78:0:0:67:78:0:0 chr4 55161517 . A G 2677.65 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.799;QD=62.2709;RBI=0.0115715;REFB=0;REVB=0.00986868;RO=0;SAF=76;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85457e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:96:76:0:0:96:76:0:0 chr4 55599436 . T C 681.66 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.053272;FXX=0.0377287;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.5794;QD=53.4635;RBI=0.0538585;REFB=-0.0711493;REVB=-0.00792701;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285083;STB=0.50746;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00353307;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:2:1:49:50:0.980392:32:17:0:2:33:17:0:1 chr4 55946081 . A G 2008.52 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.555;QD=62.2798;RBI=0.0185878;REFB=0;REVB=0.0102583;RO=0;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36185e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:57:70:0:0:58:71:0:0 chr4 55955089 . C T 182.93 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0115892;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6422;QD=13.3043;RBI=0.0153033;REFB=-0.000678983;REVB=-0.0099941;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130703;STB=0.575273;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00145043;OID=.;OPOS=55955089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:17:16:8:14:17:16 chr4 55972974 . T A 223.25 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.004918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.543;QD=16.537;RBI=0.0147986;REFB=-0.0125995;REVB=0.0139575;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0194154;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:19:10:9:16:19:10 chr4 56291620 . CAA C 1385.17 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115461;FXX=0.0491763;HRUN=2;LEN=2;MLLD=94.3072;QD=47.7646;RBI=0.0160746;REFB=0;REVB=0.0111839;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00358539;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:110:116:116:0:58:58:0:0:25:0:58:49:0:0 chr4 56300685 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.871;QD=56.9565;RBI=0.0379868;REFB=0;REVB=0.0276979;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184159;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr4 56301049 . G GA 897.22 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112826;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4966;QD=46.0112;RBI=0.011703;REFB=0;REVB=-0.00310875;RO=8;SAF=49;SAR=24;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000678245;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:84:78:78:0:54:24:0:0:17:8:49:24:4:4 chr4 56306111 . G A 1338.21 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6136;QD=62.2425;RBI=0.0400497;REFB=0;REVB=-0.0150688;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90219e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:51:34:0:0:51:35:0:0 chr4 56309992 . A G 679.84 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.709;QD=60.4306;RBI=0.0797137;REFB=0;REVB=-0.00368609;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392822;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:43:45:1:26:17:1:0:26:19:0:0 chr4 56318462 . G A 587.7 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0370042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8202;QD=51.1045;RBI=0.0373222;REFB=-0.0354971;REVB=0.00486219;RO=4;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320462;STB=0.526531;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0306523;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:46:4:5:41:41:0.891304:23:18:1:3:23:18:1:4 chr4 56367796 . T G 430.02 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.818;QD=57.3363;RBI=0.0396907;REFB=0;REVB=0.0364913;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111713;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:11:17:0:0:13:17:0:0 chr4 56756531 . T C 1026.96 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.926;QD=59.5342;RBI=0.0435141;REFB=0;REVB=0.00890462;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164881;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr4 56771089 . G A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.767;QD=58.0319;RBI=0.0216371;REFB=0.170541;REVB=-0.00725893;RO=1;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106256;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000661147;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:44:26:0:1:44:26:0:1 chr4 56835309 . T C 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0360075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.914;QD=14.8056;RBI=0.0373579;REFB=-0.00330294;REVB=0.00995352;RO=56;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470193;STB=0.526676;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00365983;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:14:24:33:23:14:24:33:23 chr4 57154737 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.555;QD=57.3852;RBI=0.0479244;REFB=0;REVB=0.0277723;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377254;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr4 57180473 . C A 239.97 PASS AF=0.358025;AO=26;DP=83;FAO=29;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0612939;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.26;QD=11.8506;RBI=0.0638874;REFB=-0.0254927;REVB=-0.0180183;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194767;STB=0.596887;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0460342;OID=.;OPOS=57180473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:43:52:26:29:0.358025:15:11:26:17:15:14:33:19 chr4 57181632 . G C 2438.92 PASS AF=1;AO=129;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.024;QD=60.973;RBI=0.0339531;REFB=0;REVB=0.0320009;RO=0;SAF=47;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260325;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:129:160:1:82:47:0:0:105:55:0:0 chr4 57190356 . G A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0137768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9009;QD=15.6033;RBI=0.036222;REFB=-0.00539821;REVB=0.0334998;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403712;STB=0.522802;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00555011;OID=.;OPOS=57190356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:18:20:17:13:18:20 chr4 57194329 . G T 1120.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8229;QD=59.7834;RBI=0.053607;REFB=0;REVB=-0.0502828;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159564;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:31:44:0:0 chr4 57196155 . C T 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0250714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6544;QD=28.0474;RBI=0.0554347;REFB=-0.011119;REVB=0.0494411;RO=15;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056653;STB=0.521056;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0111036;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:26:26:0.619048:10:16:8:7:10:16:9:7 chr4 57204960 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0244652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.42;QD=12.3946;RBI=0.0268829;REFB=-0.0200878;REVB=-0.0111419;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40041;STB=0.734966;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0172008;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:16:8:10:4:16:8 chr4 57215677 . G A 374.83 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0264753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3054;QD=26.3039;RBI=0.028973;REFB=-0.00509287;REVB=-0.0117685;RO=21;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667475;STB=0.536494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0054016;OID=.;OPOS=57215677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:17:19:9:12:17:19:9:12 chr4 57219592 . G A 851.79 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.089;QD=57.7485;RBI=0.0358189;REFB=0;REVB=0.0139701;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108337;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:23:35:0:0:23:36:0:0 chr4 57237683 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00839083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.504;QD=10.4362;RBI=0.0158019;REFB=-0.00315467;REVB=0.0133901;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333694;STB=0.695425;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00585718;OID=.;OPOS=57237683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:8:25:7:8:8:25 chr4 57268328 . T C 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0047646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.632;QD=14.7482;RBI=0.00661422;REFB=0.00223906;REVB=-0.00458765;RO=63;SAF=14;SAR=32;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123716;STB=0.569871;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00458048;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:32:14:26:37:32:14:26:37 chr4 57270197 . T C 1283.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.207;QD=61.8396;RBI=0.0339379;REFB=0;REVB=0.0332913;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04706e-05;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr4 57273840 . C G 391.7 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00572006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2841;QD=22.0676;RBI=0.0235631;REFB=0.0150897;REVB=-0.0228583;RO=32;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178633;STB=0.623333;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0124511;OID=.;OPOS=57273840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:22:17:21:11:23:16:22:10 chr4 57333820 . G T 2039.88 PASS AF=0.532468;AO=125;DP=311;FAO=164;FDP=308;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=100;FSAR=64;FSRF=62;FSRR=22;FWDB=0.014095;FXX=0.00964599;HRUN=7;LEN=1;MLLD=156.538;QD=26.492;RBI=0.034737;REFB=-0.00489056;REVB=-0.0317489;RO=74;SAF=80;SAR=45;SRF=61;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144543;STB=0.546599;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00128039;OID=.;OPOS=57333820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:308:74:84:125:164:0.532468:45:80:61:13:64:100:62:22 chr4 57361553 . A G 541.73 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00459766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.456;QD=19.6993;RBI=0.0168697;REFB=-0.00181597;REVB=-0.0162311;RO=54;SAF=29;SAR=27;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114468;STB=0.563084;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00186996;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:27:29:21:33:27:29:21:33 chr4 57368807 . C T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0274053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.335;QD=15.6538;RBI=0.0278934;REFB=-0.00930428;REVB=-0.00519531;RO=31;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166772;STB=0.522918;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0135915;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:18:8:10:21:18:8:11:21 chr4 57516896 . G A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0247948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.785;QD=18.3454;RBI=0.0247951;REFB=-0.0228246;REVB=0.000130614;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162972;STB=0.59089;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0167943;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:24:17:27:19:24:17:27:19 chr4 57660802 . T G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5529;QD=40.7613;RBI=0.0193949;REFB=0;REVB=0.00426;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174955;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr4 57797414 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.000922016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.396;QD=19.0178;RBI=0.0290397;REFB=0.00181829;REVB=-0.029025;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268408;STB=0.651396;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00250756;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:3:11:7:8:3:11 chr4 57798189 . G A 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0534071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.849;QD=8.12756;RBI=0.053993;REFB=0.00135748;REVB=0.00793269;RO=29;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32819;STB=0.70744;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0037149;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:9:2:12:17:9:2:12:17 chr4 57876955 . G A 473.75 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0111376;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.491;QD=17.5465;RBI=0.0207291;REFB=-0.0104294;REVB=0.0174828;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132988;STB=0.573742;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0121926;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:57:57:51:51:0.472222:26:25:20:37:26:25:20:37 chr4 57881715 . G A 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.000794215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.354;QD=15.0668;RBI=0.0100949;REFB=-0.00399749;REVB=-0.0100636;RO=47;SAF=8;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252769;STB=0.644352;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00571636;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:26:8:21:26:26:8:21:26 chr4 57889677 . C T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0198674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.232;QD=18.4581;RBI=0.0201487;REFB=-0.0164426;REVB=0.00335488;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1479;STB=0.582236;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0195721;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:19:19:14:27:19:19:14:27 chr4 62598689 . C T 1573.46 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.062;QD=58.8211;RBI=0.0146471;REFB=-0.0209071;REVB=0.00779089;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000827532;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:55:51:0:0:55:51:0:1 chr4 62800728 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0177714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0499;QD=16.7314;RBI=0.0265966;REFB=-0.00649041;REVB=-0.0197879;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308755;STB=0.672165;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00653404;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:27:9:18:13:27:9 chr4 62845388 . G C 661.53 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0011092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.835;QD=18.6345;RBI=0.00216555;REFB=0.000167566;REVB=-0.00185992;RO=75;SAF=37;SAR=30;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309417;STB=0.517149;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.000164827;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:67:67:0.471831:30:37:39:36:30:37:39:36 chr4 62937458 . CT C 38.19 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0711578;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.1541;QD=9.54719;RBI=0.0781778;REFB=-0.0416543;REVB=0.032378;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404365;STB=0.760088;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.0627118;OID=.;OPOS=62937459;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:16:8:16:8:7:1:4:4:37:8:6:1:4:4 chr4 65473384 . C G 1196.71 PASS AF=0.515419;AO=117;DP=227;FAO=117;FDP=227;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.0149741;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.446;QD=21.0875;RBI=0.0160971;REFB=-0.00803605;REVB=0.00590712;RO=109;SAF=50;SAR=67;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480325;STB=0.500038;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0071126;OID=.;OPOS=65473384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:109:110:117:117:0.515419:67:50:46:63:67:50:47:63 chr4 66197804 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00363105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.167;QD=18.7852;RBI=0.0161171;REFB=-0.00389462;REVB=0.0157027;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279568;STB=0.515571;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00354941;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:13:20:19:14:13:20 chr4 67142620 . G A 182.01 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0296276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.446;QD=9.5794;RBI=0.0325522;REFB=-0.0158154;REVB=-0.0134851;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374906;STB=0.502206;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0302726;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:13:11:24:28:13:11:24:28 chr4 68374597 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5056;QD=59.8654;RBI=0.0343591;REFB=0;REVB=-0.0287214;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187823;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:51:53:0:0:51:53:0:0 chr4 68376708 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.163;QD=58.6001;RBI=0.00584935;REFB=0;REVB=0.00530459;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91572e-05;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr4 68380215 . G A 1196.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8551;QD=59.8384;RBI=0.10062;REFB=0;REVB=0.0947626;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436272;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:80:0:0:74:80:1:44:30:0:0:49:31:0:0 chr4 68384008 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.587;QD=59.8333;RBI=0.0107051;REFB=0;REVB=-0.00144318;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77521e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr4 68436883 . T C 1499.0 PASS AF=0.989583;AO=63;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415897;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9852;QD=62.4582;RBI=0.0463974;REFB=-0.0316509;REVB=0.0205675;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000562073;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:63:95:0.989583:43:20:0:0:44:51:1:0 chr4 68780399 . A G 3031.4 PASS AF=0.994845;AO=191;DP=193;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00295575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.293;QD=62.5032;RBI=0.0465438;REFB=-0.0552309;REVB=0.0464498;RO=2;SAF=87;SAR=104;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000885157;STB=0.502857;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000429462;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:194:2:1:191:193:0.994845:104:87:1:1:106:87:1:0 chr4 68784774 . T C 1793.58 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113568;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.335;QD=61.3191;RBI=0.0249646;REFB=0;REVB=-0.0222318;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15051e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr4 68812283 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.381;QD=62.9829;RBI=0.0171873;REFB=0;REVB=0.0168076;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9386e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr4 68995529 . C T 370.85 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0262817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8254;QD=13.2445;RBI=0.0266732;REFB=-0.00129;REVB=0.00455328;RO=68;SAF=15;SAR=29;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817014;STB=0.546429;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00195892;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:29:15:28:40:29:15:28:40 chr4 69078113 . T C 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00342405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.718;QD=55.4805;RBI=0.0216568;REFB=-0.044759;REVB=0.0213844;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277691;STB=0.514701;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00116821;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:33:32:0:2:33:32:0:2 chr4 69094507 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.911;QD=62.022;RBI=0.0105472;REFB=0;REVB=0.00748572;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06816e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr4 69094575 . T G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.72;QD=60.6097;RBI=0.0161927;REFB=0;REVB=-0.00588699;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23534e-05;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 69095197 . T C 453.85 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00444817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.773;QD=55.0118;RBI=0.0195538;REFB=-0.0368309;REVB=0.0190412;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=3.26623e-05;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:0:1:14:18:0:1 chr4 69179300 . GTTTTTTAAAAAAAG GTTTTTAAAAAAAAG,GTTTTTAAAAAAAG,GTTTTTAAAAAAAGT,GTTTTTAAAAAAG,GTTTTTTAAAAAAAAG 150.49 PASS AF=0,0.725,0,0.075,0.05;AO=2,12,2,6,5;DP=42;FAO=0,29,0,3,2;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=0,18,0,2,2;FSAR=0,11,0,1,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0123324,0.00199792,-0.03158,-0.0117089,0.024594;FXX=0.0476077;HRUN=6,6,6,6,7;LEN=1,1,9,2,1;MLLD=6.78135,8.19093,115.169,11.5038,10.1256;QD=15.0486;RBI=0.244037,0.192318,0.0317127,0.0496186,0.269378;REFB=-0.0899878,-0.0603914,-0.00653419,0.0247875,-0.10657;REVB=0.243725,0.192307,0.00289831,-0.0482173,0.268253;RO=9;SAF=1,11,1,2,5;SAR=1,1,1,4,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0568293,0.463907,-0.0568293,-0.219799,0.718987;STB=0.5,0.539419,0.5,0.635588,0.991203;STBP=1,0.315,1,0.792,0.467;TYPE=snp,del,mnp,del,ins;VARB=0,0.118583,0,-0.111118,0.0479837;OID=.,.,.,.,.;OPOS=69179306,69179301,69179306,69179306,69179307;OREF=T,T,TAAAAAAAG,TA,-;OALT=A,-,AAAAAAAGT,-,A;OMAPALT=GTTTTTAAAAAAAAG,GTTTTTAAAAAAAG,GTTTTTAAAAAAAGT,GTTTTTAAAAAAG,GTTTTTTAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.725,0,0.075,0.05:2,12,2,6,5:42:0,29,0,3,2:40:6:0,18,0,2,2:0,11,0,1,0:5:1:18:9:1,11,1,2,5:1,1,1,4,0:5:4 chr4 69203551 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.109;QD=63.872;RBI=0.00926236;REFB=0;REVB=-0.00774643;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20027e-06;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr4 69340500 . A G 1250.71 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.04;QD=60.2753;RBI=0.0194063;REFB=0.126731;REVB=-0.00327941;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126256;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000618388;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:44:37:1:0:44:38:1:0 chr4 69536084 . A C 466.46 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.011045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.89;QD=22.4802;RBI=0.0199448;REFB=-0.00338329;REVB=-0.0166073;RO=38;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130471;STB=0.571856;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0014419;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:26:19:22:16:26:19:22:16 chr4 69687987 . C A 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.456;QD=61.3987;RBI=0.0151177;REFB=-0.0446884;REVB=-0.00911705;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126361;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000183429;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:52:37:1:0:52:37:1:0 chr4 69795626 . C T 195.25 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00261944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1525;QD=12.5968;RBI=0.0348666;REFB=0.00844821;REVB=-0.0347681;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295464;STB=0.669155;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0177714;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:25:13:15:9:25:13 chr4 69962449 . G T 141.52 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0432119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5378;QD=13.4782;RBI=0.0432676;REFB=-0.00525514;REVB=-0.00219514;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252144;STB=0.646878;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00717961;OID=.;OPOS=69962449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:10:16:6:10:10:16 chr4 69962610 . A G 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0304719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6851;QD=11.6627;RBI=0.0445875;REFB=-0.00444038;REVB=-0.03255;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945459;STB=0.535665;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0110475;OID=.;OPOS=69962610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:5:9:18:7:5:9:18:8 chr4 69964337 . AT TC 780.08 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281137;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.078;QD=57.7836;RBI=0.00281196;REFB=0;REVB=-5.76145e-05;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000180952;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr4 69972949 . C G 2964.44 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330861;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.755;QD=63.4105;RBI=0.00959845;REFB=0;REVB=0.00901018;RO=0;SAF=106;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23492e-05;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:187:187:1:81:106:0:0:81:106:0:0 chr4 70296603 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0018;QD=54.5169;RBI=0.125284;REFB=0;REVB=-0.0596596;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011216;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:20:4:0:0:20:5:0:0 chr4 70296653 . GCCT TGGG 35.14 PASS AF=0.125;AO=4;DP=32;FAO=4;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0183627;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=315.63;QD=4.39236;RBI=0.0254232;REFB=-0.000267419;REVB=-0.0175826;RO=24;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611934;STB=0.8988;STBP=0.396;TYPE=mnp;VARB=-0.0157907;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:32:32:24:24:4:4:0.125:1:3:4:20:1:3:4:20 chr4 70296660 . A G 43.05 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0260637;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8841;QD=5.06493;RBI=0.0262516;REFB=-0.0100472;REVB=0.00313478;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469073;STB=0.800788;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0233318;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:8:19:2:5:8:19 chr4 70296662 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0429501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.065;QD=17.3212;RBI=0.0498703;REFB=-0.0171314;REVB=0.0253443;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259537;STB=0.649799;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0193891;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:9:9:12:4:9:9 chr4 70296734 . T C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0126473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.082;QD=5.19184;RBI=0.0127062;REFB=0.00863636;REVB=-0.00122167;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131509;STB=0.587971;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0217321;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:16:10:2:5:16:10 chr4 70355211 . T C 1102.12 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.549;QD=58.7798;RBI=0.0430266;REFB=-0.0820744;REVB=0.024148;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116794;STB=0.506023;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000366565;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:33:40:1:0:33:41:1:0 chr4 70513139 . C T 953.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9022;QD=58.705;RBI=0.0711555;REFB=0;REVB=-0.0549942;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118121;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr4 70800377 . A G 267.35 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0292908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5402;QD=28.1419;RBI=0.0382305;REFB=-0.0346485;REVB=0.0245686;RO=12;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142096;STB=0.612882;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0211107;OID=.;OPOS=70800377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:12:14:24:24:0.631579:17:7:6:6:17:7:8:6 chr4 70807771 . C T 195.58 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0449255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2652;QD=14.2242;RBI=0.0469199;REFB=-0.0137685;REVB=0.0135345;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470768;STB=0.512647;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0208934;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:10:12:16:16:11:12:16:16 chr4 70821025 . A G 415.38 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0378196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.693;QD=27.692;RBI=0.038356;REFB=0.0100136;REVB=-0.00639208;RO=21;SAF=17;SAR=22;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067652;STB=0.536823;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00601968;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:22:17:7:14:22:17:7:14 chr4 70898907 . C T 691.56 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.010263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.032;QD=27.9417;RBI=0.0155728;REFB=-0.0211808;REVB=0.0117125;RO=38;SAF=31;SAR=29;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306438;STB=0.511616;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0133102;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:39:60:60:0.606061:29:31:18:20:29:31:19:20 chr4 70898953 . C T 193.73 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00558922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9308;QD=10.1965;RBI=0.0351928;REFB=0.00344417;REVB=-0.0347461;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774422;STB=0.520706;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00540629;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:51:25:25:0.328947:11:14:26:21:11:14:27:24 chr4 70934799 . A T 312.19 PASS AF=0.416667;AO=32;DP=81;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0409455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=14.8661;RBI=0.0411423;REFB=-0.0296898;REVB=0.0040191;RO=49;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161325;STB=0.571187;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0358694;OID=.;OPOS=70934799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:49:49:32:35:0.416667:21:11:24:25:22:13:24:25 chr4 70944452 . G A 3058.73 PASS AF=1;AO=198;DP=201;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130306;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.786;QD=61.7925;RBI=0.0134191;REFB=0;REVB=-0.00320557;RO=0;SAF=90;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35426e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85024e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:198:0:0:198:198:1:108:90:0:0:108:90:0:0 chr4 71062256 . C T 555.11 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.00270163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.579;QD=20.0039;RBI=0.0364331;REFB=-0.0514139;REVB=-0.0363328;RO=52;SAF=22;SAR=35;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128874;STB=0.577123;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0299851;OID=.;OPOS=71062256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:52:54:57:57:0.513514:35:22:13:39:35:22:13:41 chr4 71062426 . C T 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0107434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.639;QD=14.2302;RBI=0.0209268;REFB=-0.000827558;REVB=0.0179585;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222127;STB=0.512648;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00148204;OID=.;OPOS=71062426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:16:20:15:11:16:20 chr4 71068489 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0015241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.79;QD=10.4387;RBI=0.0104796;REFB=-0.00691657;REVB=0.0103682;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382996;STB=0.731334;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00959255;OID=.;OPOS=71068489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:3:10:12:15:3:10:12:15 chr4 71115060 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0039166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2167;QD=18.248;RBI=0.0557446;REFB=-0.0634602;REVB=-0.0556068;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304683;STB=0.674727;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0366137;OID=.;OPOS=71115060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:4:8:4:9:4:8 chr4 71115152 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0183042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.533;QD=12.7373;RBI=0.0231848;REFB=-0.00488711;REVB=0.01423;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0221823;OID=.;OPOS=71115152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:7:8:0.444444:3:4:2:7:3:5:3:7 chr4 71201388 . C T 851.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5886;QD=57.6972;RBI=0.0702353;REFB=0;REVB=0.0693399;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572817;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr4 71201648 . T G 157.82 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0847804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3618;QD=16.6131;RBI=0.0861439;REFB=-0.0153499;REVB=0.0152665;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313244;STB=0.682682;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0129529;OID=.;OPOS=71201648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:14:3:9:12:14:3:9:12 chr4 71232430 . T C 494.71 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6669;QD=58.2014;RBI=0.061167;REFB=0;REVB=-0.0580549;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178834;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr4 71255767 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.358;QD=57.1774;RBI=0.0351228;REFB=0;REVB=-0.00537161;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138789;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr4 71339723 . G A 92.96 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0185286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7836;QD=9.53405;RBI=0.0265607;REFB=-0.0049347;REVB=-0.0190305;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198834;STB=0.620056;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0107565;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:11:16:5:7:11:16 chr4 71339728 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00524858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.14;QD=10.1405;RBI=0.0246834;REFB=0.00572573;REVB=-0.024119;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1922;STB=0.626672;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00788732;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:5:8:12:15:5:8:12:16 chr4 71346701 . C G 95.68 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0168589;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=157.779;QD=19.1352;RBI=0.0212881;REFB=-0.0214748;REVB=0.0129985;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00554446;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:20:8:8:11:12:0.6:4:7:4:4:4:8:4:4 chr4 71384488 . C T 368.82 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0104775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.253;QD=22.6966;RBI=0.0121473;REFB=-0.0179428;REVB=-0.00614641;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198345;STB=0.612704;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0151834;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:28:36:37:0.569231:13:23:11:17:13:24:11:17 chr4 71467593 . A C 254.21 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000396886;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.944;QD=15.1764;RBI=0.0176259;REFB=0.00210905;REVB=0.0176215;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215917;STB=0.614627;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00241721;OID=.;OPOS=71467593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:38:29:29:0.432836:9:20:19:20:9:20:19:19 chr4 71657772 . G A 1083.58 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348666;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.684;QD=60.1988;RBI=0.0163367;REFB=0;REVB=0.0159603;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114346;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:36:36:0:0 chr4 71704965 . C T 789.58 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.168;QD=56.3985;RBI=0.14792;REFB=0;REVB=0.139464;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107074;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:25:28:0:0:28:28:0:0 chr4 71849697 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.337;QD=59.4348;RBI=0.00499733;REFB=0;REVB=0.00474064;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18558e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr4 71849888 . G T 1150.7 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.113;QD=60.5633;RBI=0.0443518;REFB=0;REVB=0.0394296;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406111;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:42:29:0:0:45:31:0:0 chr4 72425863 . C T 173.07 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0384103;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.115;QD=17.7503;RBI=0.046983;REFB=-0.00250809;REVB=-0.0270565;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207007;STB=0.618908;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00185315;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:10:11:13:5:10:11 chr4 72433642 . TG T,TT 289.34 PASS AF=0.441558,0;AO=28,5;DP=76;FAO=34,0;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9,0;FSAR=25,0;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.016248,-0.0171312;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.259,267.432;QD=15.0309;RBI=0.0177502,0.0181659;REFB=0.00180586,9.14769e-05;REVB=0.00714654,0.00604335;RO=43;SAF=8,1;SAR=20,4;SRF=13;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0212927,-0.147585;STB=0.5263,0.5;STBP=0.712,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00231383,-0.0280039;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441558,0:28,5:76:34,0:77:43:9,0:25,0:13:30:99:43:8,1:20,4:13:30 chr4 72434406 . G C 426.88 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0489966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.375;QD=21.8911;RBI=0.0490099;REFB=-0.00556547;REVB=-0.00114172;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199137;STB=0.599954;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00974746;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:36:34:42:0.538462:16:18:10:23:20:22:11:25 chr4 72436804 . G A 2055.3 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00714608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.685;QD=61.3521;RBI=0.0113472;REFB=-0.0552095;REVB=-0.00881439;RO=1;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613319;STB=0.503225;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000129515;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:132:133:0.992537:77:55:0:1:77:56:0:1 chr4 72618296 . T C 2102.72 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.147;QD=62.7677;RBI=0.0483882;REFB=0;REVB=0.0283905;RO=0;SAF=59;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149831;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:75:59:0:0:75:59:0:0 chr4 72618334 . A C 667.16 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0138261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.848;QD=17.7909;RBI=0.0145068;REFB=-0.00555014;REVB=0.00439147;RO=81;SAF=24;SAR=44;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131405;STB=0.570349;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0060708;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:82:68:68:0.453333:44:24:39:42:44:24:39:43 chr4 72622566 . A G 532.03 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0138325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.572;QD=16.8897;RBI=0.0185629;REFB=-0.00337032;REVB=-0.0123792;RO=68;SAF=28;SAR=29;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372815;STB=0.524623;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00343799;OID=.;OPOS=72622566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:69:57:57:0.452381:29:28:36:32:29:28:37:32 chr4 72649774 . G A 361.01 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0257972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3658;QD=20.3384;RBI=0.0332495;REFB=-0.0193721;REVB=-0.0209769;RO=34;SAF=24;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134268;STB=0.57458;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.017458;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:13:24:17:17:13:24:17:17 chr4 73414286 . C T 812.66 PASS AF=1;AO=38;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.599;QD=65.0129;RBI=0.0783045;REFB=0;REVB=0.0766616;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874425;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:38:50:1:18:20:0:0:30:20:0:0 chr4 73433122 . GA G 56.0 PASS AF=0.222222;AO=19;DP=74;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0903484;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.5994;QD=3.11097;RBI=0.143903;REFB=-0.00997056;REVB=-0.112005;RO=52;SAF=8;SAR=11;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298638;STB=0.668724;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.00693094;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:19:74:16:72:56:7:9:37:19:55:52:8:11:35:17 chr4 73892496 . C T 466.83 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00649562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2487;QD=16.8227;RBI=0.00649628;REFB=-0.00481259;REVB=-9.25967e-05;RO=59;SAF=21;SAR=30;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17424;STB=0.601226;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00716228;OID=.;OPOS=73892496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:60:51:51:0.459459:30:21:35:24:30:21:36:24 chr4 73930552 . G A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0210238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.708;QD=14.0443;RBI=0.0404318;REFB=-0.00107327;REVB=-0.034536;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129439;STB=0.573478;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00106869;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:15:25:14:14:15:25 chr4 73956736 . G A 64.38 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.023268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.291;QD=9.90461;RBI=0.0388186;REFB=0.00197547;REVB=0.0310723;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330452;STB=0.699569;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00146041;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:11:6:6:3:11:6 chr4 73991006 . T C 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.922;QD=58.7768;RBI=0.0266743;REFB=0;REVB=0.0217015;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0783e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr4 74302870 . T C 1576.51 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170764;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2035;QD=58.9351;RBI=0.0255123;REFB=-0.0108795;REVB=0.0189545;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000177088;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:0:1:106:106:0.990654:43:63:0:0:43:63:1:0 chr4 74318330 . A G 836.73 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307335;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.462;QD=57.7053;RBI=0.045574;REFB=0;REVB=0.0336518;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221188;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr4 74347503 . TA T 321.39 PASS AF=0.87037;AO=38;DP=55;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0180434;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6278;QD=23.8065;RBI=0.174228;REFB=-0.156523;REVB=-0.173291;RO=13;SAF=23;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.0326736;STB=0.500403;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0568945;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87037:38:55:47:54:7:27:20:4:3:14:13:23:15:7:6 chr4 74451073 . A G 1542.2 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153384;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.308;QD=59.8914;RBI=0.0244941;REFB=0;REVB=-0.0190969;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249381;OID=.;OPOS=74451073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr4 74714084 . T C 425.96 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00127617;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.855;QD=18.321;RBI=0.00347958;REFB=-0.00743684;REVB=-0.00323711;RO=53;SAF=15;SAR=28;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145751;STB=0.563231;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00745231;OID=.;OPOS=74714084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:53:50:43:43:0.462366:28:15:26:27:28:15:23:27 chr4 74714098 . G A 561.29 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0369584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.21;QD=23.6332;RBI=0.0373736;REFB=-0.0115871;REVB=0.00555556;RO=43;SAF=24;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943173;STB=0.551705;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0137596;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:28:24:15:28:28:24:15:28 chr4 74735244 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0077996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.243;QD=19.5231;RBI=0.0416498;REFB=-0.047755;REVB=-0.040913;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211639;STB=0.512031;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0228506;OID=.;OPOS=74735244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:4:8:9:5:4:8 chr4 74863997 . T C 1065.3 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4258;QD=58.3726;RBI=0.0605071;REFB=-0.0200207;REVB=0.0591754;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00208118;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:34:37:1:0:35:37:1:0 chr4 75023609 . T C 786.82 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0676946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2212;QD=55.2153;RBI=0.0684539;REFB=0.0562989;REVB=-0.0101672;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0147468;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:1:0:34:22:1:0 chr4 75023709 . C T 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.273;QD=61.1581;RBI=0.0193673;REFB=0;REVB=0.0142025;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0324e-05;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chr4 75046465 . C G 766.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1;QD=63.8651;RBI=0.0460737;REFB=0;REVB=0.0444449;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405729;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr4 75248434 . A G 1476.68 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244307;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.831;QD=63.5129;RBI=0.0244308;REFB=0;REVB=-8.26924e-05;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57325e-05;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr4 75254282 . G A 1461.51 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00346174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.819;QD=57.3143;RBI=0.0114625;REFB=-0.195597;REVB=0.0109272;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.501399;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00119461;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:57:43:1:0:57:43:1:1 chr4 75485872 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00676806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.722;QD=12.8607;RBI=0.0124241;REFB=-0.00251516;REVB=0.0104188;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00287965;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr4 75719517 . A C 1087.22 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.387;QD=59.5739;RBI=0.0797387;REFB=0;REVB=0.0483388;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145518;OID=.;OPOS=75719517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:73:0:0:63:73:1:29:34:0:0:34:39:0:0 chr4 76407217 . A ACT,T 1667.69 PASS AF=0.919643,0.0803571;AO=103,9;DP=120;FAO=103,9;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54,4;FSAR=49,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291373,0.0271901;FXX=0.0508431;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=229.86,91.7953;QD=59.5602;RBI=0.019997,0.0584755;REFB=0,0;REVB=-0.0197836,0.0517695;RO=7;SAF=54,4;SAR=49,5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0287644,0.123424;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00137944,0.0200024;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:120:112:7:0:103,9:103,9:0.919643,0.0803571:49,5:54,4:2:5:49,5:54,4:0:0 chr4 76407219 . T C 1630.62 PASS AF=0.957265;AO=112;DP=117;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00974743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.1;QD=55.7477;RBI=0.0190816;REFB=0.0842279;REVB=-0.0164041;RO=4;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338735;STB=0.52212;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000673301;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:117:117:4:5:112:112:0.957265:54:58:0:4:54:58:0:5 chr4 76455189 . G GA 234.55 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0303725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9236;QD=12.1846;RBI=0.0308362;REFB=0.0251483;REVB=-0.00532799;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647124;STB=0.548405;STBP=0.36;TYPE=ins;VARB=-0.0298161;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532468:40:84:41:77:36:19:22:13:23:99:42:18:22:16:26 chr4 76489582 . G A 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0220544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.329;QD=16.5329;RBI=0.0220613;REFB=0.00364545;REVB=-0.000550933;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489003;STB=0.539846;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00391274;OID=.;OPOS=76489582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:18:17:22:19:18:17:24:19 chr4 76720885 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.663;QD=59.5013;RBI=0.00406959;REFB=0;REVB=-0.00344965;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18771e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr4 76722353 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4592;QD=47.8212;RBI=0.0104802;REFB=0;REVB=0.00804073;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714012;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr4 76787673 . T C 1107.1 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.163;QD=59.8433;RBI=0.112428;REFB=0;REVB=0.0975075;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280032;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:31:41:0:0:33:41:0:0 chr4 76793228 . A G 1116.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000809005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.674;QD=60.368;RBI=0.132379;REFB=0;REVB=-0.132377;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199327;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr4 76794345 . T G 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.536;QD=59.8317;RBI=0.020326;REFB=0;REVB=-0.00803131;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58071e-05;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:42:60:0:0:42:60:0:0 chr4 76805902 . C T 962.13 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257945;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.947;QD=59.2083;RBI=0.0302879;REFB=0;REVB=0.0158744;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171788;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr4 76807218 . C G 812.4 PASS AF=0.807692;AO=63;DP=79;FAO=63;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0205084;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.696;QD=41.6613;RBI=0.0205223;REFB=0.019533;REVB=-0.000756303;RO=13;SAF=9;SAR=54;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178569;STB=0.625721;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0124651;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:79:78:13:15:63:63:0.807692:54:9:6:7:54:9:8:7 chr4 76807249 . C G 713.93 PASS AF=0.719512;AO=59;DP=82;FAO=59;FDP=82;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0174604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6773;QD=34.8257;RBI=0.0234663;REFB=-0.00730385;REVB=-0.0156781;RO=22;SAF=7;SAR=52;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35682;STB=0.691314;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00700096;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:22:23:59:59:0.719512:52:7:12:10:52:7:12:11 chr4 76807252 . C A 717.33 PASS AF=0.728395;AO=59;DP=78;FAO=59;FDP=81;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0241323;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2091;QD=35.4238;RBI=0.0301415;REFB=-0.0512058;REVB=0.0180594;RO=19;SAF=7;SAR=52;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289092;STB=0.661369;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0188329;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:19:22:59:59:0.728395:52:7:9:10:51:8:11:11 chr4 76807270 . C T 746.59 PASS AF=0.759494;AO=60;DP=80;FAO=60;FDP=79;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00605524;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.789;QD=37.8022;RBI=0.0167806;REFB=0.0163544;REVB=0.01565;RO=20;SAF=7;SAR=53;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314853;STB=0.657812;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00549396;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:20:19:60:60:0.759494:53:7:10:10:53:7:9:10 chr4 76807288 . A G 740.67 PASS AF=0.75;AO=60;DP=80;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00603358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.753;QD=37.0335;RBI=0.0181399;REFB=-0.032389;REVB=0.017107;RO=20;SAF=7;SAR=53;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314853;STB=0.671318;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00628971;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:20:20:60:60:0.75:53:7:10:10:53:7:10:10 chr4 76807302 . A G 726.01 PASS AF=0.722892;AO=59;DP=82;FAO=60;FDP=83;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=53;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00823385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0028;QD=34.9883;RBI=0.0469289;REFB=-0.00441427;REVB=-0.0462009;RO=23;SAF=6;SAR=53;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361579;STB=0.677005;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00466549;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:23:23:59:60:0.722892:53:6:11:12:53:7:11:12 chr4 76807304 . A G 718.26 PASS AF=0.719512;AO=59;DP=82;FAO=59;FDP=82;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0154827;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.246;QD=35.0368;RBI=0.0167306;REFB=0.00594627;REVB=0.00634012;RO=23;SAF=7;SAR=52;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32287;STB=0.676229;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00341123;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:23:23:59:59:0.719512:52:7:11:12:52:7:11:12 chr4 76807313 . C A 724.98 PASS AF=0.705882;AO=60;DP=85;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0139948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.104;QD=34.1165;RBI=0.0150453;REFB=-0.0293174;REVB=0.00552323;RO=25;SAF=7;SAR=53;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339168;STB=0.685426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00370634;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:25:25:60:60:0.705882:53:7:12:13:53:7:12:13 chr4 76807325 . T A 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0201602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.427;QD=24.8628;RBI=0.0201733;REFB=-0.0181334;REVB=-0.000726312;RO=25;SAF=7;SAR=31;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282605;STB=0.656541;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00759342;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:31:7:12:13:31:7:12:13 chr4 76807334 . T C 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0242095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.585;QD=21.4745;RBI=0.0266189;REFB=0.00392437;REVB=0.0110665;RO=25;SAF=7;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246556;STB=0.637665;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00656453;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:24:7:12:13:24:7:12:13 chr4 76809386 . A G 2216.82 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.091;QD=63.3377;RBI=0.0396744;REFB=0;REVB=-0.0319301;RO=0;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72675e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:68:72:0:0:68:72:0:0 chr4 76836137 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.103277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.948;QD=18.967;RBI=0.108367;REFB=-0.024388;REVB=-0.0328212;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171306;STB=0.596192;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0241828;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:6:19:13:9:6:19 chr4 76878727 . G C 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0167167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.939;QD=25.6409;RBI=0.0173478;REFB=-0.012484;REVB=0.00463638;RO=30;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121464;STB=0.566342;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00670196;OID=.;OPOS=76878727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:24:21:19:11:24:21:19:11 chr4 76942943 . C G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9312;QD=61.6944;RBI=0.0455059;REFB=0;REVB=0.0177512;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173912;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr4 76943137 . G C 1007.84 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7982;QD=59.2846;RBI=0.0740613;REFB=0;REVB=0.0164469;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625141;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr4 76955914 . T C 797.92 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117973;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.277;QD=56.9946;RBI=0.0224453;REFB=0;REVB=0.019095;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514953;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:30:26:0:0 chr4 76956188 . T C 803.97 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.347;QD=55.4465;RBI=0.0155741;REFB=-0.143319;REVB=0.00179894;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000434584;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:55:57:0.982759:28:27:0:0:30:27:1:0 chr4 77021433 . C T 272.96 PASS AF=0.54902;AO=24;DP=48;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0121999;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.284;QD=21.4084;RBI=0.0122119;REFB=-0.00511988;REVB=-0.000539976;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933852;STB=0.502855;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00480511;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:23:23:24:28:0.54902:9:15:12:11:12:16:13:10 chr4 77055474 . A G 1550.17 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.473;QD=63.9245;RBI=0.0396637;REFB=0;REVB=0.0226115;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125194;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr4 77057501 . A G 1817.04 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163098;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.973;QD=61.0768;RBI=0.01571;REFB=0;REVB=0.0156251;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222671;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:67:51:0:0:67:52:0:0 chr4 77065318 . C CTGT,T 1681.34 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=101,13;DP=118;FAO=102,12;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50,6;FSAR=52,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110407,-0.0158865;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=177.79,188.521;QD=58.9944;RBI=0.0157369,0.0180162;REFB=0,0;REVB=0.011214,0.00849717;RO=3;SAF=50,7;SAR=51,6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0276126,-0.159262;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-5.88505e-06,0.0347702;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:118:114:3:0:101,13:102,12:0.894737,0.105263:51,6:50,7:3:0:52,6:50,6:0:0 chr4 77065580 . T C 969.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.673;QD=58.7466;RBI=0.0253464;REFB=0;REVB=0.00792224;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73028e-05;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr4 77081814 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.011;QD=61.6827;RBI=0.0176274;REFB=0;REVB=0.00542683;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17578e-05;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr4 77637502 . A C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.711;QD=61.3755;RBI=0.0098618;REFB=0;REVB=0.00410149;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14413e-05;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr4 77660162 . G C 582.38 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4197;QD=58.2378;RBI=0.0568467;REFB=-0.0104262;REVB=-0.002368;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00279448;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:1:0 chr4 77660731 . C G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.712;QD=58.961;RBI=0.016559;REFB=0;REVB=0.0101755;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83882e-05;OID=.;OPOS=77660731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr4 77662248 . G A 152.87 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.515;QD=40.7665;RBI=0.0803962;REFB=-0.123433;REVB=-0.0343341;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00336352;OID=.;OPOS=77662248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr4 77662309 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3617;QD=44.6897;RBI=0.102951;REFB=0;REVB=0.0981339;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282431;OID=.;OPOS=77662309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr4 77675505 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.529;QD=62.6707;RBI=0.0387614;REFB=0;REVB=0.00815958;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221903;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr4 78634765 . CT C 71.15 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00878834;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.74735;QD=5.47342;RBI=0.269141;REFB=-0.10737;REVB=0.268998;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228891;STB=0.613549;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.135542;OID=.;OPOS=78634766;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:20:51:28:52:24:7:21:11:13:54:24:5:15:11:13 chr4 78638730 . T C 475.21 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0174002;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7369;QD=19.8006;RBI=0.0372216;REFB=-0.0207542;REVB=0.0329042;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120267;STB=0.500667;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0219172;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:22:25:26:23:22:25:26:23 chr4 78669454 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0116531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.716;QD=14.8342;RBI=0.0121888;REFB=0.00392887;REVB=-0.00357363;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257162;STB=0.647345;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00546204;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:17:13:15:7:17:13 chr4 78987157 . A G 235.98 PASS AF=0.3625;AO=26;DP=77;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00968809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.695;QD=11.7988;RBI=0.0107371;REFB=-0.0118472;REVB=0.00462882;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331064;STB=0.522229;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0261145;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:50:51:26:29:0.3625:17:9:16:34:19:10:16:35 chr4 79186047 . G A 291.11 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00804175;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9109;QD=19.0892;RBI=0.0567422;REFB=0.00489925;REVB=0.0561695;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743134;STB=0.541375;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00403305;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:12:18:16:15:12:18 chr4 79186171 . G A 1046.81 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108222;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.793;QD=59.8174;RBI=0.0156916;REFB=0;REVB=-0.0113626;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02693e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr4 79205699 . T A 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00128052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.237;QD=19.1093;RBI=0.00504019;REFB=-0.0143558;REVB=-0.00487481;RO=53;SAF=20;SAR=33;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366969;STB=0.520268;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0147115;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:33:20:18:35:33:20:18:35 chr4 79238649 . T C 762.87 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0126354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.402;QD=22.2734;RBI=0.015884;REFB=-0.004461;REVB=0.00962533;RO=62;SAF=33;SAR=40;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553475;STB=0.536575;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00367616;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:62:64:73:73:0.532847:40:33:24:38:40:33:24:40 chr4 79240063 . A G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0571576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7823;QD=18.9015;RBI=0.0788254;REFB=-0.022397;REVB=-0.0542812;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157407;STB=0.587578;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0247715;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:15:19:13:21:15:19:13:21 chr4 79284694 . C T 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0300322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.14;QD=19.5008;RBI=0.0312295;REFB=-0.0128003;REVB=0.00856464;RO=35;SAF=8;SAR=28;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169784;STB=0.595085;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.010966;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:28:8:13:22:28:8:13:22 chr4 79300993 . G A 361.62 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000577577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.237;QD=18.5447;RBI=0.0935001;REFB=0.0108329;REVB=0.0934983;RO=22;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213511;STB=0.528381;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00836337;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:22:39:37:37:0.474359:16:21:19:3:16:21:20:19 chr4 79372930 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0159962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.478;QD=17.4545;RBI=0.0305022;REFB=-0.0065108;REVB=-0.0259713;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042321;STB=0.523792;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00636275;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:17:12:10:17:17:12 chr4 79385719 . G A 761.34 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00112562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.349;QD=22.0678;RBI=0.0029109;REFB=-0.0141944;REVB=-0.00268446;RO=64;SAF=28;SAR=45;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635257;STB=0.500525;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0110364;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:64:65:73:73:0.528986:45:28:25:39:45:28:25:40 chr4 79387464 . A G 1419.63 PASS AF=0.970297;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0385917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6904;QD=56.223;RBI=0.0600072;REFB=-0.207455;REVB=-0.0459515;RO=3;SAF=49;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918559;STB=0.504649;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00475774;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:101:3:3:97:98:0.970297:48:49:2:1:48:50:2:1 chr4 79387586 . A G 209.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0264351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3843;QD=18.634;RBI=0.0284439;REFB=0.0138244;REVB=0.0104997;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106569;STB=0.560452;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00696854;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:11:13:9:12:11:13 chr4 79400868 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0114652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.695;QD=11.3693;RBI=0.0138578;REFB=-0.000308701;REVB=0.00778386;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131313;STB=0.578172;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000831148;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:11:8:6:5:11:8 chr4 79432455 . A C 531.05 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0115384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.543;QD=19.6685;RBI=0.0476999;REFB=-0.0220591;REVB=-0.0462833;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192774;STB=0.510634;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0346193;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:31:24:22:31:31:24:22:31 chr4 79443850 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00448008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.883;QD=23.4121;RBI=0.0118148;REFB=-0.0141402;REVB=0.0109324;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110533;STB=0.56094;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0123966;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:23:12:12:13:23:12:12:13 chr4 79455714 . C G 929.22 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0236282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.715;QD=55.4757;RBI=0.0266236;REFB=-0.00834925;REVB=0.012269;RO=2;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248502;STB=0.513154;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=4.01799e-05;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:37:28:0:2:37:28:0:2 chr4 79455733 . C T 947.22 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6776;QD=58.2903;RBI=0.0368638;REFB=0;REVB=0.0364991;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303182;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:38:27:0:0 chr4 79832706 . C G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00464999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.746;QD=18.4386;RBI=0.00924302;REFB=-0.00804298;REVB=0.00798818;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154141;STB=0.586147;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0230556;OID=.;OPOS=79832706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:12:17:12:17:12:17 chr4 79845007 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.854;QD=64.1539;RBI=0.00314441;REFB=0;REVB=0.000247712;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10255e-06;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr4 80329343 . T C 251.01 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0658995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.857;QD=19.6869;RBI=0.0671697;REFB=-0.0228819;REVB=-0.0130009;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339214;STB=0.695512;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.025583;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:26:26:0.509804:10:16:5:19:10:16:5:20 chr4 80827062 . T C 1319.62 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.018414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.755;QD=58.65;RBI=0.0229727;REFB=0.0453839;REVB=-0.0137358;RO=3;SAF=49;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664106;STB=0.503507;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.000654377;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:38:49:2:1:38:49:2:1 chr4 80828555 . G A 268.55 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00461898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.777;QD=13.9507;RBI=0.0109142;REFB=-0.00862968;REVB=0.00988857;RO=46;SAF=9;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318972;STB=0.68205;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0115623;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:22:9:27:19:22:9:27:19 chr4 80905990 . C G 123.81 PASS AF=0.5;AO=10;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0259454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.912;QD=17.6874;RBI=0.0259454;REFB=-0.0131071;REVB=0;RO=14;SAF=10;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190275;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:10:14:0.5:0:10:14:0:0:14:14:0 chr4 80977078 . T G 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00434176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2115;QD=18.3161;RBI=0.00563866;REFB=-0.0106336;REVB=0.00359773;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100369;STB=0.549288;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0219525;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:19:20:17:25:19:20:18:25 chr4 81124596 . G C 749.16 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.00507419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2167;QD=18.7291;RBI=0.0339353;REFB=-0.00842307;REVB=0.0335538;RO=82;SAF=43;SAR=35;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910829;STB=0.505025;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00964765;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:82:82:78:78:0.4875:35:43:46:36:35:43:46:36 chr4 81208411 . T C 273.65 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323327;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.336;QD=52.1239;RBI=0.0296832;REFB=0;REVB=-0.0295065;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348191;OID=.;OPOS=81208411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr4 81529518 . T C 1087.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.824;QD=59.5778;RBI=0.0370546;REFB=0;REVB=0.0369247;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417751;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:26:46:0:0:27:46:0:0 chr4 81884722 . G A 1954.99 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.151;QD=61.0935;RBI=0.0109398;REFB=-0.0839823;REVB=0.00298155;RO=1;SAF=43;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109217;STB=0.505746;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000184986;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:84:43:1:0:84:43:1:0 chr4 81967150 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00733127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.847;QD=14.1959;RBI=0.00818696;REFB=8.38605e-05;REVB=-0.00364402;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114854;STB=0.565164;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.000268797;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:8:24:15:8:8:24 chr4 81967188 . C T 779.83 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.317;QD=56.7147;RBI=0.0746712;REFB=0;REVB=-0.0069155;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159667;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:49:55:1:35:14:0:0:35:20:0:0 chr4 81974809 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0110623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.828;QD=12.3948;RBI=0.0350118;REFB=-0.00668189;REVB=0.0332182;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225447;STB=0.631404;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00720001;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:7:17:7:7:7:17 chr4 81975088 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.551;QD=63.2866;RBI=0.013066;REFB=0;REVB=-0.00149689;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71227e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr4 81977657 . AT AA,A 31.2 PASS AF=0.06,0.18;AO=3,13;DP=52;FAO=3,9;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=0,6;FSAR=3,3;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0220091,-0.0556036;FXX=0.0384541;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=29.7368,9.17698;QD=2.4956;RBI=0.0994064,0.117963;REFB=-0.0502135,-0.105064;REVB=-0.0969393,-0.104036;RO=31;SAF=0,9;SAR=3,4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.645896,-0.0239582;STB=0.99773,0.540896;STBP=0.012,0.827;TYPE=snp,del;VARB=0.0866576,0.124359;OID=.,.;OPOS=81977658,81977658;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.06,0.18:3,13:52:3,9:50:38:0,6:3,3:27:11:25:31:0,9:3,4:22:9 chr4 81977690 . C T 241.69 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00315165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.111;QD=10.2846;RBI=0.00558274;REFB=-0.0184089;REVB=0.00460805;RO=61;SAF=15;SAR=15;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028305;STB=0.521262;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0322346;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:64:30:30:0.319149:15:15:29:32:15:15:30:34 chr4 81977730 . A T 1639.67 PASS AF=0.94958;AO=113;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0178066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.347;QD=55.1151;RBI=0.019887;REFB=-0.202162;REVB=0.00885542;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.514136;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00159412;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:119:119:0:6:113:113:0.94958:63:50:0:0:63:50:1:5 chr4 83274634 . C T 431.88 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0506044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3097;QD=23.0337;RBI=0.0515209;REFB=-0.0162891;REVB=-0.00967469;RO=33;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137723;STB=0.575779;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0136562;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:25:17:19:14:25:17:19:14 chr4 83778839 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00472771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.749;QD=54.7457;RBI=0.0268237;REFB=0.0859233;REVB=0.0264038;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000204518;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:22:31:0:0:22:31:0:1 chr4 83788344 . A T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.042;QD=56.9375;RBI=0.0145244;REFB=0;REVB=0.0107422;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83601e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr4 83792555 . C A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6851;QD=56.7035;RBI=0.070485;REFB=0;REVB=0.0702559;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197424;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr4 83838217 . G A 1789.13 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100018;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.59;QD=61.1669;RBI=0.0145597;REFB=0;REVB=0.0105805;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0711e-05;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr4 83839799 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.485;QD=58.7816;RBI=0.0326033;REFB=0;REVB=-0.0221085;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79922e-06;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr4 83848965 . G A 2159.13 PASS AF=1;AO=64;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.802;QD=63.0402;RBI=0.0273599;REFB=0;REVB=0.0038903;RO=0;SAF=57;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0886e-06;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:64:137:1:7:57:0:0:70:67:0:0 chr4 83848976 . CAGAA C 2012.18 PASS AF=1;AO=128;DP=135;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040028;FXX=0.051848;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.609;QD=62.8808;RBI=0.00741058;REFB=0;REVB=0.00623652;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.73282e-06;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:135:128:128:0:60:68:0:0:11:0:60:68:0:0 chr4 83900043 . A G 1219.59 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000838969;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.246;QD=60.9793;RBI=0.0295641;REFB=0;REVB=-0.0295521;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230389;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:80:80:1:54:26:0:0:54:26:0:0 chr4 84191031 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.716;QD=63.5828;RBI=0.0155114;REFB=0;REVB=-0.0099619;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77939e-05;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr4 84230619 . T C 600.65 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0432889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9736;QD=58.5997;RBI=0.0452606;REFB=-0.0664259;REVB=-0.0132136;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00198646;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:0:1:39:40:0.97561:15:24:0:0:15:25:1:0 chr4 84364751 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0150759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.831;QD=13.7844;RBI=0.0184485;REFB=0.00497983;REVB=0.0106332;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206154;STB=0.511801;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00610097;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:15:18:13:10:15:18 chr4 84370091 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00246533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.663;QD=18.7769;RBI=0.0151288;REFB=-0.0111118;REVB=0.0149266;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0104291;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:13:13:12:14:13:13 chr4 84374480 . C T 741.46 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0144877;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1845;QD=22.4686;RBI=0.0409291;REFB=-0.0185993;REVB=0.0382791;RO=61;SAF=36;SAR=35;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012851;STB=0.50704;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0148786;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:71:71:0.537879:35:36:30:31:35:36:30:31 chr4 84376743 . A T 1261.6 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.291;QD=60.7999;RBI=0.037696;REFB=0;REVB=0.0124236;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253824;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr4 84380955 . G T 241.89 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00163444;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.601;QD=14.4413;RBI=0.0149761;REFB=0.00271753;REVB=0.0148867;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634438;STB=0.501159;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00403017;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:18:10:13:24:18:10:14:25 chr4 84382552 . A T 397.77 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0390708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.461;QD=18.0803;RBI=0.0391844;REFB=0.0112228;REVB=0.0029826;RO=47;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365384;STB=0.520393;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0134616;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:22:19:20:27:22:19:20:27 chr4 84383810 . C T 478.25 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.00772946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.618;QD=15.6804;RBI=0.0087704;REFB=-0.0207358;REVB=-0.00414432;RO=67;SAF=22;SAR=30;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217397;STB=0.624115;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0274834;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:69:52:53:0.434426:30:22:43:24:31:22:44:25 chr4 85762385 . T C 481.4 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.000250506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.587;QD=15.914;RBI=0.00366949;REFB=-0.0040952;REVB=0.00366093;RO=67;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156776;STB=0.5838;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00594297;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:32:21:37:30:32:21:37:31 chr4 86021741 . C T 816.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.907;QD=57.2732;RBI=0.0470366;REFB=0;REVB=0.00255955;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22523e-05;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:0:0:52:57:1:32:20:0:0:33:24:0:0 chr4 86021765 . C T 1138.05 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7387;QD=59.1192;RBI=0.0564039;REFB=-0.00298796;REVB=-0.018409;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134881;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000216635;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:2:1:74:76:0.987013:35:39:1:1:36:40:0:1 chr4 86021967 . C T 772.86 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000844386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.377;QD=61.8289;RBI=0.0191594;REFB=-0.0353863;REVB=0.0191408;RO=1;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347865;STB=0.515145;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000472552;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:1:1:46:49:0.98:13:33:0:1:16:33:0:1 chr4 86844835 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0607727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.712;QD=12.4136;RBI=0.0624038;REFB=-0.0174763;REVB=0.0141742;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201661;STB=0.511618;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0298467;OID=.;OPOS=86844835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:20:17:11:12:20:17 chr4 86915848 . T C 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00115543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.328;QD=25.8112;RBI=0.00660067;REFB=-0.00915955;REVB=-0.00649875;RO=25;SAF=14;SAR=26;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233754;STB=0.51277;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00511255;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:26:14:8:17:26:14:8:17 chr4 86915923 . G A 320.49 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00222052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.112;QD=27.2755;RBI=0.0396271;REFB=-0.0344002;REVB=-0.0395648;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190508;STB=0.604581;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.015802;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:4:15:15:13:4:15 chr4 86922187 . A T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.012032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.038;QD=15.6938;RBI=0.0273783;REFB=-0.00121135;REVB=0.0245927;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121348;STB=0.506845;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00132616;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:16:16:21:20:16:16:21:20 chr4 87024409 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.36;QD=58.5877;RBI=0.0382054;REFB=0;REVB=0.0301524;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279481;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr4 87684031 . A G 755.88 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5048;QD=62.9903;RBI=0.0399437;REFB=0;REVB=0.0235325;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525138;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:18:30:0:0 chr4 87690998 . A G 462.71 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.00835086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.094;QD=16.2355;RBI=0.0266253;REFB=-0.00518547;REVB=0.0252818;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221951;STB=0.623242;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00898565;OID=.;OPOS=87690998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:25:26:18:45:25:26:18:45 chr4 87706506 . T G 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0341381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8523;QD=22.1268;RBI=0.0392245;REFB=-0.00529296;REVB=-0.0193171;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102945;STB=0.556743;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00409574;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:14:19:18:22:14:19 chr4 87809387 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.333;QD=59.4356;RBI=0.0271617;REFB=0;REVB=-0.0224853;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84329e-05;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr4 88056925 . A G 317.57 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363499;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.137;QD=55.2296;RBI=0.00385396;REFB=0;REVB=-0.00128057;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220896;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 88057353 . G A 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2671;QD=58.2339;RBI=0.0545064;REFB=0;REVB=-0.0498391;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221555;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr4 88059617 . G C 675.14 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054124;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8966;QD=62.8038;RBI=0.0626946;REFB=0;REVB=0.0316418;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104004;OID=.;OPOS=88059617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr4 88059662 . TGTGTG T 275.29 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346088;FXX=0.153787;HRUN=1;LEN=5;MLLD=230.056;QD=50.0522;RBI=0.0569811;REFB=-0.117835;REVB=0.0452667;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=del;VARB=0.00302551;OID=.;OPOS=88059663;OREF=GTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545:21:25:21:22:1:8:13:0:1:7:1:8:13:0:1 chr4 88061624 . ATATAT A 134.75 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0258033;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=5;MLLD=193.088;QD=24.4992;RBI=0.0269763;REFB=0.0374388;REVB=0.00786839;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526278;STBP=0.787;TYPE=del;VARB=-0.0244005;OID=.;OPOS=88061625;OREF=TATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:14:20:14:22:8:8:6:4:4:56:0:8:6:0:0 chr4 88231392 . T A,TA 1060.37 PASS AF=0,0.987013;AO=4,68;DP=79;FAO=0,76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=0,29;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171001,-0.0238495;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.11245,24.0399;QD=55.0842;RBI=0.0577498,0.108792;REFB=-0.0664661,-0.0286551;REVB=-0.05516,-0.106146;RO=3;SAF=0,29;SAR=4,39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74182,-0.0195228;STB=0.5,0.505262;STBP=1,0.512;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000980594;OID=.,.;OPOS=88231392,88231393;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:79:77:3:1:4,68:0,76:0,0.987013:4,39:0,29:2:1:0,47:0,29:0:1 chr4 88258483 . T C 791.77 PASS AF=0.921875;AO=45;DP=63;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00517009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=106.287;QD=49.4854;RBI=0.00518227;REFB=-0.111684;REVB=-0.000355073;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.533176;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000927781;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:63:64:0:5:45:59:0.921875:20:25:0:0:23:36:1:4 chr4 88333389 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0155343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9439;QD=8.73783;RBI=0.0206089;REFB=0.0118589;REVB=0.013543;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0237455;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chr4 88333400 . A T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0199973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.337;QD=8.73807;RBI=0.0291327;REFB=-0.0135115;REVB=0.0211854;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137716;STB=0.585171;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0134858;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:9:11:6:3:9:11 chr4 88333458 . ACCC ACCA,AC 130.95 PASS AF=0.692308,0.307692;AO=7,3;DP=13;FAO=9,4;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=294.63,14.2968;QD=40.291;RBI=0.0114944,0.018872;REFB=0,0;REVB=-0.0114944,-0.018872;RO=0;SAF=0,0;SAR=7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00311087,-0.0181205;OID=.,.;OPOS=88333461,88333459;OREF=C,CC;OALT=A,-;OMAPALT=ACCA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.692308,0.307692:7,3:13:9,4:13:0:0,0:9,4:0:0:22:0:0,0:7,3:0:0 chr4 88401616 . A G 637.97 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0136152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.49;QD=19.0437;RBI=0.0197547;REFB=-0.00414617;REVB=0.0143134;RO=68;SAF=31;SAR=33;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145557;STB=0.50769;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00510598;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:69:64:65:0.485075:33:31:34:34:33:32:35:34 chr4 88416223 . A G 783.47 PASS AF=0.560606;AO=72;DP=130;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0240256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.958;QD=23.7417;RBI=0.0305637;REFB=-0.0341218;REVB=0.018892;RO=58;SAF=35;SAR=37;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875463;STB=0.553016;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0199336;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:58:58:72:74:0.560606:37:35:22:36:37:37:22:36 chr4 88534235 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0175084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.318;QD=15.2929;RBI=0.0181583;REFB=-0.0139089;REVB=-0.0048144;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419704;STB=0.754021;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0607607;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:4:5:8:1:4:5 chr4 88535140 . T C 203.3 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.00849551;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.318;QD=15.6386;RBI=0.0491198;REFB=-0.00444255;REVB=-0.0483796;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273799;STB=0.65842;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00525874;OID=.;OPOS=88535140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:23:23:0.442308:14:9:4:24:14:9:4:25 chr4 88536316 . TAGCAG TAG,TAGCAA 93.93 PASS AF=0.529412,0.117647;AO=8,2;DP=17;FAO=9,2;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3,0;FSAR=6,2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0701934,-0.0168468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=152.026,91.6301;QD=22.102;RBI=0.22297,0.0473161;REFB=-0.0601446,-0.0399956;REVB=0.211633,0.0442154;RO=4;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348619,-0.767801;STB=0.749499,0.997484;STBP=0.047,0.011;TYPE=del,snp;VARB=0.0584559,0.00491074;OID=.,.;OPOS=88536317,88536321;OREF=AGC,G;OALT=-,A;OMAPALT=TAG,TAGCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412,0.117647:8,2:17:9,2:17:6:3,0:6,2:6:0:39:4:3,0:5,2:4:0 chr4 88536362 . G A 64.42 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.142447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.962;QD=9.91103;RBI=0.157685;REFB=-0.0349594;REVB=-0.0676276;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190233;STB=0.575601;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.111444;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:3:13:6:3:4:13 chr4 88583135 . A T 638.97 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.419;QD=59.439;RBI=0.0430746;REFB=-0.16199;REVB=0.040334;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00190419;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr4 88732531 . T C 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210143;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.216;QD=46.9858;RBI=0.0753455;REFB=0;REVB=0.0723557;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134347;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr4 88732746 . A G 501.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.037;QD=58.9615;RBI=0.0494552;REFB=0;REVB=0.0252654;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643891;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr4 88732874 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.725;QD=57.1061;RBI=0.00724055;REFB=0;REVB=0.00015262;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24681e-05;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr4 88767942 . T A 199.01 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0036946;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.435;QD=13.2675;RBI=0.0038501;REFB=-0.00784098;REVB=-0.00108313;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441176;STB=0.52526;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0119877;OID=.;OPOS=88767942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:36:24:24:0.4:11:13:21:15:11:13:21:15 chr4 88813503 . T C 1129.16 PASS AF=0.513761;AO=109;DP=215;FAO=112;FDP=218;FR=.;FRO=106;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00238951;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.636;QD=20.7185;RBI=0.00477607;REFB=-0.0114573;REVB=0.00413535;RO=105;SAF=60;SAR=49;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751031;STB=0.548898;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00942635;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:105:106:109:112:0.513761:49:60:49:56:49:63:49:57 chr4 88902692 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00462976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.21;QD=18.7768;RBI=0.00463106;REFB=-0.000889107;REVB=-0.000109722;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694935;STB=0.538893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00109943;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:16:10:12:14:16:10 chr4 88903853 . C T 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00137524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.746;QD=17.6623;RBI=0.00234626;REFB=-0.0187782;REVB=-0.00190096;RO=47;SAF=10;SAR=30;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220222;STB=0.624094;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.027487;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:30:10:21:26:30:10:21:26 chr4 88921446 . G C 637.24 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0327646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1159;QD=25.4895;RBI=0.0674968;REFB=0.01145;REVB=0.0590109;RO=43;SAF=28;SAR=29;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890985;STB=0.548687;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00900159;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:29:28:26:17:29:28:26:17 chr4 88921512 . G A 449.03 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0130647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.395;QD=21.3825;RBI=0.0138151;REFB=-0.00711937;REVB=-0.00449107;RO=39;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573596;STB=0.524989;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00776174;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:21:23:23:16:21:23:23:17 chr4 89052323 . G T 522.36 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00150869;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.833;QD=18.3284;RBI=0.00179633;REFB=0.00519656;REVB=-0.000975013;RO=61;SAF=23;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861544;STB=0.538497;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00577725;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:61:59:55:55:0.482456:32:23:31:30:32:23:29:30 chr4 89182518 . T C 622.03 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00264835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.954;QD=57.8628;RBI=0.00691244;REFB=-0.0661892;REVB=0.00638499;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010028;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00214756;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:2:1:41:42:0.976744:25:16:1:1:25:17:0:1 chr4 89311962 . T C 388.95 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0157401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.814;QD=13.6472;RBI=0.0159794;REFB=-0.0198276;REVB=0.00275469;RO=68;SAF=22;SAR=23;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152454;STB=0.591318;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0338521;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:45:46:0.403509:23:22:43:25:24:22:43:25 chr4 89319296 . T C 375.22 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5524;QD=55.5877;RBI=0.0819171;REFB=0;REVB=0.0496947;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401528;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr4 89397091 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.8;QD=59.1428;RBI=0.0206696;REFB=0;REVB=-0.000418787;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117797;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr4 89415396 . T C 1179.99 PASS AF=0.931034;AO=81;DP=87;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0256086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5957;QD=54.2523;RBI=0.0529696;REFB=-0.00908076;REVB=0.0463678;RO=6;SAF=42;SAR=39;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411412;STB=0.521771;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00721713;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:87:87:6:6:81:81:0.931034:39:42:5:1:39:42:5:1 chr4 89443162 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0637271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.649;QD=17.1669;RBI=0.0638001;REFB=-0.000292276;REVB=0.00304935;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283081;STB=0.65843;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00019561;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:11:18:10:22:11:18:10:22 chr4 89504991 . G A 345.34 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0153996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.335;QD=14.2406;RBI=0.0160876;REFB=-0.014109;REVB=0.00465442;RO=57;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190971;STB=0.519587;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.022897;OID=.;OPOS=89504991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:59:38:38:0.391753:22:16:23:34:22:16:23:36 chr4 89505014 . CA AT 245.55 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0169168;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.06;QD=12.9236;RBI=0.0183682;REFB=-0.00254417;REVB=-0.00715633;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586844;STB=0.533563;STBP=0.661;TYPE=mnp;VARB=0.00439876;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:47:29:29:0.381579:17:12:17:30:17:12:17:30 chr4 89577214 . A T 325.09 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0072652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.189;QD=14.6106;RBI=0.0171202;REFB=-0.0107311;REVB=-0.0155022;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169726;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181424;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:53:36:36:0.404494:19:17:24:27:19:17:25:28 chr4 89617387 . A G 1553.29 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197165;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.838;QD=64.053;RBI=0.0197165;REFB=0;REVB=7.14489e-06;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81218e-05;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr4 89618837 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.678;QD=57.1769;RBI=0.0231521;REFB=0;REVB=0.0197796;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70782e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr4 89619276 . A G 816.91 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597769;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.068;QD=57.3268;RBI=0.0636184;REFB=0;REVB=0.0217722;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187562;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:41:15:0:0:42:15:0:0 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AAA,AA,A 701.75 PASS AF=0,0,1,0;AO=6,9,27,12;DP=60;FAO=0,0,50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,30,0;FSAR=0,0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120953,-0.0105593,-0.00864566,-0.00629922;FXX=0.0740604;HRUN=1,1,7,7;LEN=1,1,2,3;MLLD=223.775,232.177,239.558,232.211;QD=56.1397;RBI=0.0263801,0.0241349,0.0207281,0.0160488;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0234439,0.0217024,0.0188389,0.0147609;RO=0;SAF=0,6,21,3;SAR=6,3,6,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,-0.00143885,0.00014534,0;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799,89647798;OREF=C,C,AC,AAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:6,9,27,12:60:0,0,50,0:50:0:0,0,30,0:0,0,20,0:0:0:4:0:0,6,21,3:6,3,6,9:0:0 chr4 89670155 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00230799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.58;QD=61.7128;RBI=0.00466278;REFB=-0.0843992;REVB=-0.00405151;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117028;STB=0.506171;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000533903;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:40:51:0:1:40:51:0:1 chr4 90168415 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.925;QD=61.684;RBI=0.0346109;REFB=0;REVB=0.0343636;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83166e-05;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr4 90168566 . C A 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0753;QD=58.9571;RBI=0.0338746;REFB=0;REVB=0.0265049;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500977;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr4 90168572 . C T 954.98 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5498;QD=58.7678;RBI=0.0376229;REFB=0;REVB=0.0350111;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012654;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr4 90169925 . A G 40.57 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0231812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.829;QD=5.07121;RBI=0.0259167;REFB=-0.014623;REVB=0.0115891;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324794;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0284911;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:32:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:14:11:5:2:14:11 chr4 90833131 . A G 264.02 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00156756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.274;QD=10.7762;RBI=0.0123043;REFB=-0.000812232;REVB=0.0122041;RO=66;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705256;STB=0.540915;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00185748;OID=.;OPOS=90833131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:19:13:23:43:19:13:23:43 chr4 90857479 . G A 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0183252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.786;QD=14.3843;RBI=0.0183497;REFB=-0.00294782;REVB=0.000947527;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515858;STB=0.52931;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00439347;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:20:14:23:27:20:14:23:27 chr4 90874879 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.422;QD=56.9999;RBI=0.09604;REFB=0;REVB=-0.00698611;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162257;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:41:13:0:0:41:13:0:0 chr4 91230579 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.781;QD=57.3858;RBI=0.0206452;REFB=0;REVB=0.0121324;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08397e-06;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr4 91648353 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0126922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.154;QD=15.2589;RBI=0.0237811;REFB=0.00559971;REVB=0.020111;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00954525;OID=.;OPOS=91648353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr4 92240276 . TAAT TAA,TAT,TATT 393.71 PASS AF=0,0.195489,0.195489;AO=30,31,15;DP=134;FAO=0,26,26;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=0,15,10;FSAR=0,11,16;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.1117,-0.0722326,-0.0922835;FXX=0.00746213;HRUN=6,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=9.98343,22.7992,27.5822;QD=11.8408;RBI=0.648472,0.0834989,0.292969;REFB=-0.0458866,0.000352405,0.0218032;REVB=-0.638779,-0.0418869,0.278055;RO=42;SAF=1,12,11;SAR=29,19,4;SRF=30;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.791509,-0.323431,0.0287032;STB=0.5,0.608459,0.537284;STBP=1,0.225,0.702;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0573957,0.0248999,0.0268232;OID=.,.,.;OPOS=92240279,92240277,92240278;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,TAT,TATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.195489,0.195489:30,31,15:134:0,26,26:133:81:0,15,10:0,11,16:35:46:99:42:1,12,11:29,19,4:30:12 chr4 92240802 . C T 276.42 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0141582;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2524;QD=12.1504;RBI=0.059313;REFB=0.000642425;REVB=-0.0575984;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102061;STB=0.56653;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00225427;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:56:59:32:32:0.351648:20:12:26:30:20:12:28:31 chr4 92246344 . G A 531.61 PASS AF=0.397436;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.012647;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.055;QD=13.6311;RBI=0.0126553;REFB=-0.0131401;REVB=0.000459585;RO=94;SAF=33;SAR=29;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339839;STB=0.519145;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0242002;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:94:94:62:62:0.397436:29:33:53:41:29:33:53:41 chr4 94316763 . T G 1541.84 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825439;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7354;QD=59.8774;RBI=0.019947;REFB=0;REVB=0.018159;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184092;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:1:0:102:103:1:56:46:0:1:57:46:0:0 chr4 95134165 . C G 171.84 PASS AF=0.487179;AO=9;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0309894;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7639;QD=17.6249;RBI=0.0324369;REFB=-0.014294;REVB=-0.00958184;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.614857;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0139033;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:12:20:9:19:0.487179:3:6:3:9:9:10:6:14 chr4 95169682 . G T 226.63 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00921068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9012;QD=13.5301;RBI=0.0525771;REFB=-0.00144799;REVB=0.051764;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11225;STB=0.563914;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00419722;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:14:13:15:25:14:13:15:25 chr4 95170839 . G A 543.38 PASS AF=0.5;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00526184;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.034;QD=19.0659;RBI=0.0159742;REFB=-0.0128324;REVB=0.0150827;RO=56;SAF=36;SAR=20;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687232;STB=0.546781;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0141732;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:57:56:57:0.5:20:36:32:24:20:37:32:25 chr4 95173779 . T C 391.6 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0119937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8045;QD=24.8636;RBI=0.0373528;REFB=0.000221995;REVB=-0.0353749;RO=25;SAF=28;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211972;STB=0.616793;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000576545;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:10:28:12:13:10:28:12:13 chr4 95186055 . A G 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00403887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.658;QD=19.8263;RBI=0.0142826;REFB=0.00231206;REVB=-0.0136996;RO=50;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372154;STB=0.52054;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00243244;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:28:24:21:29:28:24:21:29 chr4 95197520 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00953929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.887;QD=21.0641;RBI=0.0137851;REFB=-0.011227;REVB=-0.00995145;RO=41;SAF=29;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218506;STB=0.621031;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0153212;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:15:29:17:24:15:29:17:24 chr4 95211610 . T C 228.31 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00116083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.645;QD=21.7437;RBI=0.0154206;REFB=-0.025221;REVB=0.0153769;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469145;STB=0.526292;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0362839;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:12:8:10:12:12:8 chr4 95503902 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00060049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2178;QD=54.6512;RBI=0.00105404;REFB=0.00806946;REVB=-0.000866262;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000178641;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:18:34:0:1:18:34:0:1 chr4 95531417 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.265;QD=59.1429;RBI=0.032815;REFB=0;REVB=0.0104817;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107344;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr4 95539267 . G A 850.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.108;QD=57.6865;RBI=0.0135786;REFB=0;REVB=0.0117785;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53976e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr4 95561459 . A G 139.68 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0152911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.161;QD=13.9684;RBI=0.0156385;REFB=-0.017851;REVB=-0.00327802;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.03927;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:15:9:6:10:15:9 chr4 95578588 . G A 2274.16 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.31;QD=63.6129;RBI=0.045105;REFB=0;REVB=-0.023278;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04257e-05;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:67:76:0:0:67:76:0:0 chr4 95587587 . T C 489.3 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.0270726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4857;QD=16.8724;RBI=0.0504085;REFB=-0.00362659;REVB=-0.0425216;RO=62;SAF=22;SAR=30;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136335;STB=0.574149;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00343968;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:63:52:53:0.456897:30:22:18:44:31:22:18:45 chr4 95588075 . G A 469.46 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00280059;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.234;QD=16.9176;RBI=0.0109826;REFB=0.00974856;REVB=-0.0106195;RO=59;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365196;STB=0.515917;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.012307;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:24:27:29:30:24:27:30:30 chr4 95588158 . C G 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00137248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.723;QD=17.9224;RBI=0.0402691;REFB=-0.00720379;REVB=0.0402457;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269552;STB=0.505342;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00920343;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:23:17:19:26:23:17:20:26 chr4 96075965 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.908;QD=62.4654;RBI=0.0466732;REFB=0;REVB=0.0464782;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78216e-05;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr4 96106322 . A G 1970.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.329;QD=62.0773;RBI=0.0295056;REFB=0;REVB=0.0119617;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93583e-05;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr4 96123981 . C T 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00352757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.449;QD=24.7144;RBI=0.00352758;REFB=-0.0328688;REVB=4.02687e-06;RO=42;SAF=31;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135193;STB=0.574047;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0219401;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:23:31:17:25:23:31:17:25 chr4 96127869 . T G 295.94 PASS AF=0.452055;AO=29;DP=71;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0129767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.419;QD=16.2161;RBI=0.0137485;REFB=-0.0212019;REVB=-0.00454158;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13035;STB=0.535634;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0296623;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:38:40:29:33:0.452055:16:13:22:16:17:16:22:18 chr4 96169733 . G T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00550327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9792;QD=13.4585;RBI=0.0259741;REFB=-0.00872868;REVB=-0.0253844;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252144;STB=0.646878;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0167879;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:16:10:10:6:16:10 chr4 96256616 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0364;QD=63.8872;RBI=0.0377871;REFB=0;REVB=-0.0367763;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203885;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr4 96256673 . G A 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000307346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.166;QD=59.8175;RBI=0.00632275;REFB=0.0456691;REVB=-0.00631527;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242823;STB=0.512818;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-1.76739e-05;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:49:38:2:0:49:38:2:0 chr4 97270159 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.91;QD=57.6807;RBI=0.0562758;REFB=0;REVB=-0.00470789;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543426;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr4 98893437 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00558597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.635;QD=23.0938;RBI=0.0150259;REFB=-0.00155856;REVB=-0.013949;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204677;STB=0.614328;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00123099;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:3:9:8:9:3:9 chr4 98893476 . C T 286.42 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0161186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.907;QD=23.8679;RBI=0.0166327;REFB=-0.0239898;REVB=-0.00410346;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816934;STB=0.54542;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0187712;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:8:14:14:12:8:14 chr4 99218108 . G GA 240.66 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00760003;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.198;QD=17.8268;RBI=0.00761313;REFB=-0.036037;REVB=-0.000446534;RO=23;SAF=21;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321129;STB=0.677305;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0135565;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574074:31:54:31:54:23:21:10:6:17:99:23:21:10:6:17 chr4 100045574 . T C 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0242654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.732;QD=13.3351;RBI=0.024383;REFB=0.00299956;REVB=0.00239259;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165628;STB=0.596484;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00418763;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:9:15:7:8:9:15 chr4 100045616 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0170925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.298;QD=12.5695;RBI=0.0281487;REFB=-0.0189084;REVB=-0.0223651;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338628;STB=0.698156;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0175055;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:9:17:5:10:9:17 chr4 100045647 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00522342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.836;QD=12.3948;RBI=0.012828;REFB=0.00568988;REVB=-0.0117164;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387948;STB=0.711947;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00543341;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:5:9:6:17:5:9:7:17 chr4 100047812 . G A 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000703647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.101;QD=16.1943;RBI=0.024601;REFB=-0.00868981;REVB=-0.024591;RO=46;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550221;STB=0.531007;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0113978;OID=.;OPOS=100047812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:13:23:27:19:13:23:27:19 chr4 100048414 . T C 180.43 PASS AF=0.352941;AO=21;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0145869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.2;QD=10.6133;RBI=0.0161991;REFB=-0.0145721;REVB=-0.00704511;RO=37;SAF=4;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375887;STB=0.726572;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.052374;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:44:21:24:0.352941:17:4:18:19:19:5:23:21 chr4 100052733 . C A 216.78 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00595658;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.833;QD=15.2126;RBI=0.010298;REFB=-0.00875688;REVB=0.00840052;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.599916;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00975227;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:18:7:14:18:18:7:14:18 chr4 100062819 . A G 936.58 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.899;QD=58.5361;RBI=0.0430761;REFB=0;REVB=0.0347669;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117804;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:35:29:0:0 chr4 100064233 . G A 523.53 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0022289;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.041;QD=18.3694;RBI=0.0190508;REFB=-0.0141125;REVB=0.0189199;RO=62;SAF=20;SAR=35;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209154;STB=0.603214;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0140463;OID=.;OPOS=100064233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:62:59:55:55:0.482456:35:20:36:26:35:20:33:26 chr4 100064305 . C G 1774.75 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00439745;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.473;QD=60.161;RBI=0.0208164;REFB=0.00423969;REVB=0.0203466;RO=1;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736305;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000443342;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:116:117:0.991525:64:52:0:1:64:53:0:1 chr4 100064326 . A T 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0289547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.899;QD=22.8011;RBI=0.031695;REFB=-0.0106282;REVB=0.0128918;RO=47;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715779;STB=0.539375;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0121678;OID=.;OPOS=100064326;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:27:26:27:20:27:26:27:20 chr4 100140306 . A T 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.774;QD=58.4169;RBI=0.0583404;REFB=0;REVB=0.0562342;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264088;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr4 100235053 . A G 2905.76 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110537;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3102;QD=62.8273;RBI=0.0171468;REFB=-0.0154613;REVB=0.0131083;RO=1;SAF=83;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570202;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76666e-06;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:185:1:0:185:185:1:102:83:1:0:102:83:0:0 chr4 100239319 . T C 608.74 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0216845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1958;QD=21.1736;RBI=0.0216884;REFB=-0.0255904;REVB=-0.000412348;RO=54;SAF=26;SAR=35;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657553;STB=0.536071;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0275338;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:61:61:0.530435:35:26:19:35:35:26:19:35 chr4 100260789 . T C 287.76 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0130798;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.283;QD=18.2706;RBI=0.0282752;REFB=0.000234152;REVB=-0.025068;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268764;STB=0.649805;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00203462;OID=.;OPOS=100260789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:19:12:22:10:19:12:22:10 chr4 100263965 . C T 514.05 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0165848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.618;QD=14.3789;RBI=0.0166216;REFB=-0.00133439;REVB=-0.00110463;RO=86;SAF=23;SAR=34;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795948;STB=0.544938;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00199039;OID=.;OPOS=100263965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:86:57:57:0.398601:34:23:41:45:34:23:41:45 chr4 100266112 . C T 823.11 PASS AF=0.445596;AO=86;DP=193;FAO=86;FDP=193;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=0.0247114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.082;QD=17.0593;RBI=0.0289147;REFB=-0.0256232;REVB=-0.0150136;RO=107;SAF=31;SAR=55;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828897;STB=0.546138;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0231588;OID=.;OPOS=100266112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:107:107:86:86:0.445596:55:31:47:60:55:31:47:60 chr4 100266133 . T C 1013.45 PASS AF=0.513089;AO=98;DP=191;FAO=98;FDP=191;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.00645715;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.52;QD=21.224;RBI=0.00908331;REFB=-0.0196165;REVB=0.00638841;RO=92;SAF=41;SAR=57;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648447;STB=0.532107;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0168242;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:92:93:98:98:0.513089:57:41:32:60:57:41:33:60 chr4 100266330 . A G 698.9 PASS AF=0.469799;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00838399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.619;QD=18.7624;RBI=0.0135389;REFB=-0.0102379;REVB=0.0106307;RO=76;SAF=33;SAR=37;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352248;STB=0.528654;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0100816;OID=.;OPOS=100266330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:79:70:70:0.469799:37:33:33:43:37:33:33:46 chr4 100266371 . A G 760.56 PASS AF=0.481928;AO=53;DP=164;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00872863;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.641;QD=18.3268;RBI=0.0176484;REFB=-0.000170808;REVB=-0.0153387;RO=78;SAF=33;SAR=20;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172175;STB=0.521734;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000200303;OID=.;OPOS=100266371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:78:86:53:80:0.481928:20:33:36:42:47:33:39:47 chr4 100268190 . A C 2081.1 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.069897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3555;QD=61.2087;RBI=0.0732012;REFB=-0.123049;REVB=0.0217444;RO=1;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693903;STB=0.503546;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00172397;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:133:135:0.992647:68:65:0:1:70:65:0:1 chr4 100268971 . C T 317.55 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0256012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.648;QD=13.0947;RBI=0.0280894;REFB=-0.00076555;REVB=-0.0115583;RO=61;SAF=20;SAR=16;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758402;STB=0.543302;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000912033;OID=.;OPOS=100268971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:16:20:38:23:16:20:38:23 chr4 100356179 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.663;QD=62.6698;RBI=0.0337577;REFB=0;REVB=0.033456;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15749e-05;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr4 100457115 . TAA AGT,TAACAGT 136.68 PASS AF=0.0487805,0.341463;AO=2,14;DP=41;FAO=2,14;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=2,6;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0106503,-0.00508162;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=178.674,245.071;QD=13.3346;RBI=0.0195872,0.0225572;REFB=0.00101221,-0.00231575;REVB=0.0164387,0.0219773;RO=23;SAF=2,6;SAR=0,8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.522115,-0.00669221;STB=0.995221,0.507452;STBP=0.115,0.969;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0239905,0.000624594;OID=.,.;OPOS=100457115,100457118;OREF=TAA,-;OALT=AGT,CAGT;OMAPALT=AGT,TAACAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:41:23:25:2,14:2,14:0.0487805,0.341463:0,8:2,6:10:13:0,8:2,6:11:14 chr4 100504575 . G C 424.11 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00437667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5272;QD=26.9277;RBI=0.0104917;REFB=-0.0350528;REVB=-0.00953522;RO=22;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846587;STB=0.555527;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0156377;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:23:40:40:0.634921:25:15:11:11:25:15:12:11 chr4 100510859 . T C 261.65 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0397392;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.427;QD=14.3367;RBI=0.0409142;REFB=-0.00933791;REVB=0.00973488;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700895;STB=0.526491;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0159429;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:45:43:30:30:0.410959:14:16:21:24:14:16:21:22 chr4 100510903 . A G 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00440736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8386;QD=9.40161;RBI=0.0109269;REFB=-0.00942666;REVB=-0.0099986;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124291;STB=0.573387;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0154008;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:9:11:19:24:9:11:19:24 chr4 100512412 . T C 521.08 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00149512;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.273;QD=21.0536;RBI=0.00362004;REFB=-0.0155275;REVB=-0.00329687;RO=49;SAF=27;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921388;STB=0.544996;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0132768;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:49:49:50:0.505051:22:27:22:27:23:27:22:27 chr4 100516022 . C G 393.94 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00850369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.824;QD=16.9437;RBI=0.00969609;REFB=0.00226719;REVB=0.00465847;RO=52;SAF=13;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192862;STB=0.608641;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00322437;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:28:13:26:26:28:13:26:26 chr4 100774430 . T A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0292442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.54;QD=18.4984;RBI=0.029595;REFB=-0.0187234;REVB=-0.00454296;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663602;STB=0.537162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0224923;OID=.;OPOS=100774430;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:14:13:15:12:14:13 chr4 100805207 . C A 546.93 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.00835947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.371;QD=17.3627;RBI=0.00853145;REFB=-0.00470979;REVB=0.00170437;RO=66;SAF=25;SAR=33;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817898;STB=0.551765;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00572319;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:68:58:58:0.460317:33:25:23:43:33:25:23:45 chr4 101368661 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.907;QD=57.3932;RBI=0.0280858;REFB=-0.0928954;REVB=0.00051129;RO=1;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622689;STB=0.533315;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000623595;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:7:30:0:1:7:30:0:1 chr4 102269830 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0073879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.306;QD=16.4201;RBI=0.031143;REFB=-0.0108744;REVB=-0.030254;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327001;STB=0.51842;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00877994;OID=.;OPOS=102269830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:11:18:20:14:11:18:20:14 chr4 102751276 . C T 450.6 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00404633;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.853;QD=14.4191;RBI=0.00802466;REFB=0.0047077;REVB=-0.00692982;RO=74;SAF=28;SAR=23;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079922;STB=0.545037;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00467833;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:23:28:35:39:23:28:35:39 chr4 102816467 . C G 461.33 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.00698499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.438;QD=11.6057;RBI=0.0171879;REFB=0.00134511;REVB=0.0157046;RO=102;SAF=20;SAR=37;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845161;STB=0.548324;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00244226;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:102:102:57:57:0.358491:37:20:43:59:37:20:43:59 chr4 102839287 . G A 293.2 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00652454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8415;QD=12.4764;RBI=0.00776526;REFB=-0.0197557;REVB=-0.00421066;RO=60;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741066;STB=0.542528;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.027159;OID=.;OPOS=102839287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:17:17:26:34:17:17:26:34 chr4 102965043 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.495;QD=57.5449;RBI=0.0100117;REFB=0;REVB=-0.00802059;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99805e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr4 103514658 . T C,G 730.58 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=50,2;DP=52;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643163,-0.00461842;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.908,98.4767;QD=56.1983;RBI=0.0212653,0.0201984;REFB=0,0;REVB=0.0202693,0.0196633;RO=0;SAF=36,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00291009,0.0889429;OID=.,.;OPOS=103514658,103514658;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:52:0:0:50,2:51,1:0.980769,0.0192308:14,0:36,2:0:0:14,0:37,1:0:0 chr4 103555992 . A G 352.85 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0372118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9551;QD=15.8584;RBI=0.0603907;REFB=-0.0069511;REVB=-0.0475639;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031556;STB=0.501778;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00791581;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:20:18:24:27:20:18:24:27 chr4 103557077 . G A 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0138883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.879;QD=14.9197;RBI=0.0145854;REFB=-0.00769794;REVB=-0.00445538;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12097;STB=0.568812;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0104793;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:16:21:19:9:16:21 chr4 103611845 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0324906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9956;QD=18.413;RBI=0.0331446;REFB=-0.02392;REVB=-0.00655169;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946641;STB=0.552814;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0184985;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:18:15:19:15:18:15:19:15 chr4 103808862 . T C 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00170614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.645;QD=3.33841;RBI=0.024215;REFB=0.00174479;REVB=-0.0241548;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241613;STB=0.674489;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0193733;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:40:33:34:6:6:0.15:3:3:23:10:3:3:24:10 chr4 103866480 . G A 365.26 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.217;QD=52.1792;RBI=0.0354469;REFB=-0.0550918;REVB=0.0211436;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000661778;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:27:27:0.964286:18:9:0:0:18:9:0:1 chr4 103911069 . C A 493.84 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026046;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.569;QD=56.4389;RBI=0.0303707;REFB=-0.069012;REVB=-0.0156201;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000297719;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:14:20:0:0:14:20:0:1 chr4 103964529 . A C 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00664783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.41;QD=18.0552;RBI=0.0070539;REFB=0.0078969;REVB=-0.0023588;RO=35;SAF=26;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415876;STB=0.734025;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00576855;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:7:26:13:22:7:26:13:22 chr4 104000922 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0281701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7341;QD=12.4824;RBI=0.0436395;REFB=-0.00572474;REVB=-0.0333295;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00580369;OID=.;OPOS=104000922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:9:10:7:5:9:10 chr4 104013796 . T C 356.99 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0133905;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.487;QD=19.0397;RBI=0.0133931;REFB=0.00601527;REVB=0.000263337;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132304;STB=0.573459;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00694118;OID=.;OPOS=104013796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:19:18:13:25:19:18:13:25 chr4 104061993 . C G 641.7 PASS AF=0.488889;AO=65;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00857124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.257;QD=19.0133;RBI=0.0249404;REFB=-0.00533925;REVB=0.0234213;RO=68;SAF=38;SAR=27;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038266;STB=0.520542;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0045676;OID=.;OPOS=104061993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:69:65:66:0.488889:27:38:37:31:28:38:37:32 chr4 104062223 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0165452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.72;QD=15.6193;RBI=0.0175583;REFB=0.00304603;REVB=-0.00587791;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265503;STB=0.65101;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00769286;OID=.;OPOS=104062223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:6:19:9:9:6:19 chr4 104065677 . T C 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0202319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.694;QD=16.2365;RBI=0.0251423;REFB=-0.0197168;REVB=0.0149267;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167381;STB=0.509428;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0200862;OID=.;OPOS=104065677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:12:18:21:15:12:18:21:15 chr4 104082349 . C T 399.02 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00893397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.012;QD=18.3459;RBI=0.0147759;REFB=0.0032347;REVB=-0.0117691;RO=45;SAF=26;SAR=15;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298312;STB=0.647313;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0045965;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:46:41:41:0.471264:15:26:14:31:16:25:15:31 chr4 106159644 . T A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.702;QD=54.5177;RBI=0.01954;REFB=0;REVB=0.00837253;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57204e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr4 106160133 . G A 960.95 PASS AF=0.5;AO=93;DP=188;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.00483001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.374;QD=20.0198;RBI=0.00833875;REFB=0.00388669;REVB=0.00679748;RO=93;SAF=50;SAR=43;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196329;STB=0.510469;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.003798;OID=.;OPOS=106160133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:192:93:96:93:96:0.5:43:50:48:45:44:52:50:46 chr4 106196829 . T G 329.63 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0696294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7845;QD=20.9289;RBI=0.0758419;REFB=0.031108;REVB=0.0300624;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198142;STB=0.609877;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.029301;OID=.;OPOS=106196829;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:22:12:17:12:22:12:17:12 chr4 106317429 . C G 169.17 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00308167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.698;QD=12.0832;RBI=0.0124593;REFB=-0.00649235;REVB=0.0120722;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201634;STB=0.617169;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0111866;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:7:14:17:18:7:14:17:18 chr4 106328200 . A G 60.03 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0153589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.95;QD=21.8279;RBI=0.0190912;REFB=-0.00597835;REVB=0.0113391;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00350048;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:4:3:1:2:5:3:1:2 chr4 106474096 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000531835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.594;QD=61.1861;RBI=0.00188079;REFB=-0.00829404;REVB=0.00180403;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000388784;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:0:1 chr4 106861730 . A G 1586.09 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679909;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.242;QD=58.2052;RBI=0.0681217;REFB=-0.0930644;REVB=-0.00421965;RO=1;SAF=36;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129995;STB=0.506492;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00260765;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:106:108:0.990826:70:36:1:0:70:38:1:0 chr4 106890143 . G A 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00574916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.674;QD=18.8349;RBI=0.0209831;REFB=-0.0238087;REVB=-0.0201802;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443198;STB=0.524538;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0219015;OID=.;OPOS=106890143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:23:29:27:26:23:29:27:26 chr4 107168431 . G C 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0193846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2666;QD=20.4405;RBI=0.0225926;REFB=-0.0186863;REVB=0.0116045;RO=35;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.55895;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0185746;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:25:13:16:19:25:13:16:19 chr4 107249244 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.442;QD=57.8849;RBI=0.0182901;REFB=0;REVB=0.00535513;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90112e-05;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr4 107288449 . G A 1514.78 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736618;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.19;QD=63.7802;RBI=0.0111859;REFB=0;REVB=0.00841804;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28772e-05;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:37:58:0:0:37:58:0:0 chr4 108615149 . C T 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00204028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.1;QD=13.8302;RBI=0.00248339;REFB=-0.0223426;REVB=0.00141581;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101124;STB=0.55752;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0194644;OID=.;OPOS=108615149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:14:13:15:24:14:13:15:24 chr4 108641300 . T C 1625.7 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00560013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.686;QD=58.584;RBI=0.0364077;REFB=-0.0761668;REVB=-0.0359744;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077189;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000101765;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:61:48:0:1:61:49:0:1 chr4 108931039 . T C 1216.57 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8699;QD=60.8285;RBI=0.114802;REFB=0;REVB=-0.0201798;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065026;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:76:80:1:45:31:0:0:45:35:0:0 chr4 108953492 . C T 303.12 PASS AF=0.294964;AO=40;DP=138;FAO=41;FDP=139;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0166563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.696;QD=8.7229;RBI=0.0174216;REFB=-0.00197163;REVB=0.00510703;RO=98;SAF=16;SAR=24;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975792;STB=0.564282;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00601766;OID=.;OPOS=108953492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:98:98:40:41:0.294964:24:16:47:51:25:16:47:51 chr4 109478108 . C G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0207167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4536;QD=11.2612;RBI=0.0362958;REFB=-0.00789736;REVB=-0.0298028;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360835;STB=0.672196;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0120728;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:30:12:15:0.333333:7:5:20:7:9:6:20:10 chr4 109541499 . C T 360.5 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.10842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8807;QD=12.9908;RBI=0.125594;REFB=-3.23711e-05;REVB=0.0633956;RO=68;SAF=13;SAR=29;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306473;STB=0.66236;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00224006;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:68:68:42:43:0.387387:29:13:40:28:29:14:40:28 chr4 109541603 . T A 93.95 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00953592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.263;QD=14.4538;RBI=0.00966868;REFB=-0.0332092;REVB=-0.00159676;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351885;STB=0.723208;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0278007;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:26:26:14:14:11:12:0.461538:10:1:4:10:11:1:4:10 chr4 109674116 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.824;QD=58.4199;RBI=0.017435;REFB=0;REVB=0.0165746;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95055e-05;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:31:32:0:0 chr4 109735133 . T C 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00274273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.328;QD=21.1196;RBI=0.00393102;REFB=-0.0267154;REVB=0.00281609;RO=32;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159;STB=0.588288;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0136523;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:26:11:15:17:26:11:15:17 chr4 109745336 . T G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0189516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.988;QD=16.0425;RBI=0.0189642;REFB=0.00748142;REVB=0.000691668;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.61278;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0111222;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:13:6:12:13:13:6:13:13 chr4 109769899 . C T 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00413565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3594;QD=61.8669;RBI=0.039281;REFB=0.016634;REVB=0.0390627;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=5.65189e-05;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:47:45:0:1:47:45:0:1 chr4 109969337 . G T 785.08 PASS AF=0.824324;AO=61;DP=74;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0132577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.224;QD=42.4368;RBI=0.0134554;REFB=0.0215843;REVB=-0.00229821;RO=13;SAF=34;SAR=27;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107411;STB=0.557358;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00113275;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:13:13:61:61:0.824324:27:34:3:10:27:34:3:10 chr4 109969338 . G T 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00243727;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=73.4783;QD=2.60649;RBI=0.0207532;REFB=-0.0171676;REVB=0.0206096;RO=65;SAF=1;SAR=9;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55758;STB=0.896771;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0436212;OID=.;OPOS=109969338;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:9:1:36:29:9:1:36:29 chr4 110409933 . A T 568.4 PASS AF=0.39521;AO=66;DP=167;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.00867346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.119;QD=13.6143;RBI=0.00923322;REFB=-0.00633347;REVB=-0.00316597;RO=100;SAF=31;SAR=35;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110488;STB=0.509366;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00889318;OID=.;OPOS=110409933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:100:101:66:66:0.39521:35:31:48:52:35:31:49:52 chr4 110603784 . T C 741.97 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3781;QD=63.1465;RBI=0.0302876;REFB=0;REVB=0.0301969;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466656;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:33:13:0:0:33:14:0:0 chr4 110638867 . A G 194.59 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-7.78597e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.836;QD=10.3782;RBI=0.00612115;REFB=5.35978e-05;REVB=-0.00612115;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456174;STB=0.526631;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000159869;OID=.;OPOS=110638867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:12:13:24:26:12:13:24:26 chr4 110661937 . G A 518.9 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.434;QD=59.3028;RBI=0.0249106;REFB=0;REVB=0.0224111;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231719;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr4 110678925 . T C 955.9 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2677;QD=58.8247;RBI=0.101122;REFB=0;REVB=-0.0383539;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372078;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:47:15:0:0:47:18:0:0 chr4 110737389 . T C 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0711286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.892;QD=55.4113;RBI=0.0717406;REFB=-0.100595;REVB=-0.00935123;RO=0;SAF=11;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.087e-08;STB=0.505374;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000718371;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:46:11:0:0:46:11:0:1 chr4 110757224 . G A 726.57 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00561922;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.346;QD=18.3943;RBI=0.0166177;REFB=-0.00731428;REVB=-0.0156388;RO=79;SAF=37;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522983;STB=0.531211;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00688095;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:82:76:76:0.481013:39:37:34:45:39:37:35:47 chr4 110757287 . G A 519.17 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.029356;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.998;QD=14.94;RBI=0.0592796;REFB=0.00549832;REVB=-0.0515005;RO=82;SAF=31;SAR=26;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461278;STB=0.525947;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00938959;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:82:82:57:57:0.410072:26:31:41:41:26:31:41:41 chr4 110790911 . A T 461.62 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00384149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.797;QD=14.6546;RBI=0.0110628;REFB=-0.008135;REVB=-0.0103744;RO=74;SAF=20;SAR=32;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108917;STB=0.56138;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00824855;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:32:20:36:38:32:20:36:38 chr4 110791361 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0231085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.677;QD=18.8287;RBI=0.0249084;REFB=-0.00920827;REVB=-0.00929661;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0117798;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:12:10:8:12:12:10 chr4 110791413 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0063638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=27.2217;RBI=0.00646237;REFB=0.00947504;REVB=-0.00112438;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179014;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00569642;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:11:14:9:7:11:14:9:7 chr4 110791543 . C T 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0127291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.703;QD=19.5285;RBI=0.0206403;REFB=0.0111295;REVB=-0.0162479;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071184;STB=0.53948;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0131289;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:17:22:25:14:17:22:25:14 chr4 110901198 . G A 677.94 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.000507157;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.904;QD=20.7006;RBI=0.00386634;REFB=-0.0170262;REVB=0.00383293;RO=65;SAF=30;SAR=37;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114471;STB=0.559815;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.016722;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:65:64:67:67:0.51145:37:30:21:44:37:30:21:43 chr4 110914427 . A T 1496.62 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131265;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2238;QD=59.8647;RBI=0.0221892;REFB=0;REVB=-0.0178901;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65413e-05;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr4 110971030 . G T 1227.08 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217986;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8982;QD=61.3542;RBI=0.0118068;REFB=0;REVB=0.0116039;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442284;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr4 111398208 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4276;QD=60.2301;RBI=0.0239747;REFB=0;REVB=0.0217324;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149023;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr4 111409705 . T C 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.807;QD=62.4643;RBI=0.0334019;REFB=0;REVB=0.00702676;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100105;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr4 111483133 . C A 367.26 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00858288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5687;QD=13.859;RBI=0.00937652;REFB=-0.0217589;REVB=-0.00377535;RO=62;SAF=17;SAR=26;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111241;STB=0.558612;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0347226;OID=.;OPOS=111483133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:63:43:43:0.40566:26:17:31:31:26:17:31:32 chr4 111542124 . G A 2808.67 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.169;QD=62.415;RBI=0.0365225;REFB=0;REVB=0.0150102;RO=1;SAF=97;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63405e-05;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:1:0:178:180:1:81:97:0:1:82:98:0:0 chr4 111542154 . G A 2661.14 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.308;QD=61.5291;RBI=0.0485416;REFB=-0.0667797;REVB=0.0179401;RO=0;SAF=92;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=4.11013e-05;OID=.;OPOS=111542154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:0:1:172:172:0.99422:80:92:0:0:80:92:1:0 chr4 112252643 . G T 260.57 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0277062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1801;QD=24.8161;RBI=0.0281851;REFB=-0.0214743;REVB=0.00517329;RO=18;SAF=21;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417195;STB=0.736604;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0170141;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:3:21:9:9:3:21:9:9 chr4 113178892 . GAATTTGT GAA,GATTTGT,GATTTTGT 96.99 PASS AF=0.193182,0,0;AO=15,12,4;DP=89;FAO=17,0,0;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=8,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0195845,-0.0664981,0.0227292;FXX=0.0112347;HRUN=3,2,2;LEN=5,1,1;MLLD=213.257,21.8129,37.6592;QD=4.40847;RBI=0.0351857,0.366042,0.24095;REFB=-0.00768602,-0.0533556,-0.0421928;REVB=0.0292315,-0.359951,-0.239875;RO=47;SAF=8,0,0;SAR=7,12,4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0507538,-0.760514,-0.576958;STB=0.527559,0.5,0.5;STBP=0.815,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0342678,0,0;OID=.,.,.;OPOS=113178895,113178893,113178894;OREF=TTTGT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAA,GATTTGT,GATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193182,0,0:15,12,4:89:17,0,0:88:71:8,0,0:9,0,0:31:40:97:47:8,0,0:7,12,4:27:20 chr4 113198805 . G C 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0363303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.602;QD=11.7425;RBI=0.0363404;REFB=-0.020581;REVB=-0.000855957;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212485;STB=0.625749;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0218389;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:15:6:5:30:15:6:5:31 chr4 113199075 . A G 327.22 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0197449;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6491;QD=14.7063;RBI=0.0209863;REFB=-0.0150466;REVB=-0.00711083;RO=53;SAF=19;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604292;STB=0.534236;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0186011;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:53:53:36:36:0.404494:17:19:31:22:17:19:31:22 chr4 113344884 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00577214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.041;QD=16.5359;RBI=0.00660624;REFB=0.0135102;REVB=-0.00321323;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106652;STB=0.561333;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0170646;OID=.;OPOS=113344884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:10:13:12:6:10:13 chr4 113344925 . C T 622.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.051;QD=60.7222;RBI=0.00920747;REFB=0;REVB=0.00724577;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74703e-05;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:25:13:0:0:27:14:0:0 chr4 113352397 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.553;QD=57.0008;RBI=0.0240372;REFB=0;REVB=0.0185141;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3153e-05;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr4 113352628 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.059;QD=49.5992;RBI=0.039754;REFB=0;REVB=-0.0126866;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256463;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr4 113352899 . G A 1321.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603655;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.835;QD=62.2069;RBI=0.0140688;REFB=0;REVB=0.0127079;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230494;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr4 113353285 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.903;QD=59.4305;RBI=0.0608606;REFB=0;REVB=-0.0601113;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354488;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr4 113359703 . A G 1301.01 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.384;QD=61.953;RBI=0.0242478;REFB=0;REVB=0.0242138;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11761e-05;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr4 113362622 . C G 1069.58 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100461;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0429;QD=58.607;RBI=0.0183344;REFB=-0.0518532;REVB=-0.0153371;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000493303;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:41:31:0:1:41:31:0:1 chr4 113436044 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.868;QD=48.7373;RBI=0.0330314;REFB=0;REVB=0.0329191;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369419;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:14:3:0:0 chr4 113462395 . T C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00385369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.954;QD=29.0929;RBI=0.0122268;REFB=-0.0316589;REVB=0.0116036;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047535;STB=0.526174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0131778;OID=.;OPOS=113462395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:13:11:5:8:13:11:5:8 chr4 113462397 . G C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0176434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3729;QD=29.0928;RBI=0.0331696;REFB=0.00336148;REVB=-0.0280879;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047535;STB=0.526174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00407685;OID=.;OPOS=113462397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:13:11:5:8:13:11:5:8 chr4 113505203 . A G 249.96 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00394785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.966;QD=12.0463;RBI=0.0135918;REFB=-0.00312141;REVB=0.0130058;RO=53;SAF=9;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243815;STB=0.641124;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00532275;OID=.;OPOS=113505203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:21:9:27:26:21:9:27:26 chr4 113575873 . C G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00952868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.888;QD=20.0176;RBI=0.0243531;REFB=-0.00334873;REVB=0.0224116;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187803;STB=0.510626;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00326431;OID=.;OPOS=113575873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:6:11:12:6:6:11 chr4 114257201 . C T 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0423959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.933;QD=24.2913;RBI=0.0445033;REFB=-0.0478831;REVB=0.0135324;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213745;STB=0.618773;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0250977;OID=.;OPOS=114257201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:3:10:9:10:3:10 chr4 114276884 . A G 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0151974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5735;QD=38.7573;RBI=0.0164074;REFB=0.0365101;REVB=0.00618403;RO=10;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.579218;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0121004;OID=.;OPOS=114276884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:20:12:7:3:20:12:7:3 chr4 114278277 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0653697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6285;QD=16.1054;RBI=0.112234;REFB=0.00826638;REVB=0.0912316;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433584;STB=0.745506;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00446443;OID=.;OPOS=114278277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:4:18:6:11:4:18 chr4 114294308 . T C 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0468744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4901;QD=14.8161;RBI=0.0516372;REFB=-0.00866989;REVB=-0.0216609;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208514;STB=0.618961;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0224499;OID=.;OPOS=114294308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:21:8:18:21:21:8:18:21 chr4 114309839 . C T 835.57 PASS AF=0.518519;AO=84;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0127404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.796;QD=20.6315;RBI=0.0190348;REFB=-0.000269643;REVB=-0.0141424;RO=76;SAF=49;SAR=35;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314726;STB=0.509552;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000272982;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:76:78:84:84:0.518519:35:49:47:29:35:49:47:31 chr4 114341210 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.228;QD=57.2005;RBI=0.0321331;REFB=0;REVB=0.00955347;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14143e-05;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:16:10:0:0:17:13:0:0 chr4 114341631 . T C 519.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.74;QD=59.3182;RBI=0.0580195;REFB=0;REVB=-0.00346485;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017729;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 114429407 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0461791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5668;QD=17.8005;RBI=0.0489469;REFB=0.0143013;REVB=-0.0162264;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.545409;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0188888;OID=.;OPOS=114429407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:10:14:10:10:10:14 chr4 114822485 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00910531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.811;QD=12.5663;RBI=0.012694;REFB=-0.00337828;REVB=-0.00884483;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18531;STB=0.605555;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00638848;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:11:29:14:11:11:29 chr4 114823316 . A C 474.67 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0912768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.361;QD=21.824;RBI=0.0913654;REFB=0.021366;REVB=0.0040229;RO=41;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423116;STB=0.523354;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0204631;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:28:18:18:23:28:18:18:23 chr4 115544714 . A G 1127.36 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.111;QD=60.1257;RBI=0.0079622;REFB=0;REVB=0.00653881;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31541e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:49:25:0:0:49:26:0:0 chr4 115589302 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.153;QD=64.1538;RBI=0.0158176;REFB=0;REVB=-0.00930133;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25742e-05;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr4 117760488 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0102556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.943;QD=19.2766;RBI=0.0201019;REFB=-0.00355409;REVB=-0.017289;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038807;STB=0.521606;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00376783;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:21:13:14:19:21:13:14:19 chr4 119161795 . G A 446.78 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.000806913;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.652;QD=23.2092;RBI=0.024232;REFB=-0.0282572;REVB=-0.0242186;RO=33;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856411;STB=0.555823;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0203008;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:29:14:14:19:29:14:15:19 chr4 119203243 . C T 494.44 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00748264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.076;QD=18.836;RBI=0.0210681;REFB=-0.00208826;REVB=0.0196946;RO=52;SAF=25;SAR=27;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698873;STB=0.533272;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00272309;OID=.;OPOS=119203243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:53:52:52:0.495238:27:25:21:31:27:25:22:31 chr4 119237348 . T C 502.08 PASS AF=0.630137;AO=45;DP=72;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0222193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.221;QD=27.5113;RBI=0.025313;REFB=-0.015689;REVB=-0.0121264;RO=27;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670557;STB=0.539656;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00707059;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:27:27:45:46:0.630137:19:26:13:14:19:27:13:14 chr4 119273712 . C G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.497;QD=49.5965;RBI=0.0213452;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345032;OID=.;OPOS=119273712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:0:18:0:0:0:18:0:0 chr4 119736796 . A C 606.73 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0271829;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1539;QD=22.2653;RBI=0.0317371;REFB=0.00201033;REVB=-0.0163808;RO=47;SAF=21;SAR=39;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829119;STB=0.547486;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00356758;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:47:49:60:60:0.550459:39:21:21:26:39:21:22:27 chr4 119944611 . G T 1098.3 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6051;QD=60.1806;RBI=0.079682;REFB=0;REVB=-0.0787403;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000697518;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr4 119947961 . AAAG A 364.24 PASS AF=0.520833;AO=48;DP=94;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00382041;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=3;MLLD=176.311;QD=15.1768;RBI=0.0303125;REFB=-0.0124183;REVB=-0.0300708;RO=40;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491035;STB=0.51785;STBP=0.722;TYPE=del;VARB=0.0099783;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:48:94:50:96:46:21:29:21:25:99:40:20:28:19:21 chr4 119947985 . G C 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.060445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7472;QD=19.8665;RBI=0.0653568;REFB=-0.00164049;REVB=-0.0248579;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419909;STB=0.518355;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000170785;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:26:18:20:24:26:18:20:25 chr4 119951647 . A G 765.18 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4196;QD=56.68;RBI=0.171631;REFB=0;REVB=0.169443;RO=0;SAF=43;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254885;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:8:43:0:0:11:43:0:0 chr4 120133549 . T G 60.49 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0526314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1528;QD=9.30681;RBI=0.0531199;REFB=-0.0180484;REVB=-0.00718734;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107891;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0416319;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:25:26:17:17:8:9:0.346154:5:3:8:9:5:4:8:9 chr4 120158685 . T G 582.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.433;QD=58.2445;RBI=0.018511;REFB=-0.0286858;REVB=0.0153524;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00012321;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:0:1:17:22:0:1 chr4 120181724 . A G 798.47 PASS AF=0.618644;AO=73;DP=118;FAO=73;FDP=118;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0196353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.673;QD=27.0667;RBI=0.0641661;REFB=-0.00478792;REVB=0.061088;RO=45;SAF=36;SAR=37;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299761;STB=0.501625;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00333073;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:45:45:73:73:0.618644:37:36:22:23:37:36:22:23 chr4 120214030 . T G 400.52 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0487603;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.479;QD=21.0799;RBI=0.057801;REFB=0.0153189;REVB=-0.0310384;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392752;STB=0.529397;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0135651;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:36:40:40:0.526316:22:18:15:22:22:18:14:22 chr4 120215314 . A G 330.11 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.010472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.891;QD=11.5829;RBI=0.0122953;REFB=0.00107562;REVB=0.00644288;RO=73;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05929;STB=0.533922;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00159339;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:73:73:41:41:0.359649:22:19:30:43:22:19:30:43 chr4 120239831 . A G 676.8 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.203;QD=60.1599;RBI=0.0309221;REFB=-0.0275447;REVB=0.00746677;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000406191;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:1:0:19:25:1:0 chr4 120239878 . G A 753.8 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.43288e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.201;QD=56.8906;RBI=0.0329829;REFB=0;REVB=-0.0329829;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166984;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:22:31:0:0 chr4 120240238 . T C 689.74 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.419;QD=62.7033;RBI=0.0501316;REFB=0;REVB=-0.00469617;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474318;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:19:24:1:0:19:25:0:0 chr4 120241849 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.671;QD=60.2306;RBI=0.0261977;REFB=0;REVB=0.0198737;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110588;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr4 120241902 . T C 713.86 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276157;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.412;QD=57.1084;RBI=0.027667;REFB=0;REVB=-0.00168444;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23758e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr4 120325630 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.204;QD=57.8246;RBI=0.0211091;REFB=-0.0102135;REVB=-0.0163195;RO=1;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=7.81918e-05;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:28:10:0:1:28:10:0:1 chr4 120325654 . GC G 464.97 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.8323;QD=39.5716;RBI=0.0513399;REFB=-0.0655403;REVB=-0.00688082;RO=3;SAF=10;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162337;STB=0.507039;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=0.00860481;OID=.;OPOS=120325655;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978723:42:47:46:47:1:11:35:0:1:5:3:10:32:1:2 chr4 120325732 . C A 972.9 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0132803;FXX=0.0273935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.197;QD=54.8111;RBI=0.0160197;REFB=-0.110948;REVB=0.00895906;RO=3;SAF=11;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112822;STB=0.559981;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000156644;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:71:3:3:68:68:0.957746:57:11:3:0:57:11:3:0 chr4 120325820 . T A 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.832;QD=61.5695;RBI=0.0375;REFB=0;REVB=0.00522758;RO=0;SAF=84;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50162e-05;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:38:84:0:0:38:84:0:0 chr4 120330155 . C T 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0019284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5788;QD=52.1504;RBI=0.0361639;REFB=-0.117556;REVB=-0.0361124;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00530154;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:1:0 chr4 120330272 . C G 246.14 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.238;QD=49.2282;RBI=0.125363;REFB=0;REVB=-0.0286079;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338762;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:11:8:1:0:11:9:0:0 chr4 120330448 . GC AA 191.49 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229935;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.307;QD=47.8721;RBI=0.0326894;REFB=0;REVB=-0.0232357;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.10146e-06;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:3:12:0:0:3:13:0:0 chr4 120330539 . G A 289.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6587;QD=52.5909;RBI=0.0969216;REFB=0;REVB=0.0843467;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125724;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr4 120423729 . T C 801.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.661;QD=57.2148;RBI=0.0673912;REFB=0;REVB=0.0515196;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403341;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr4 120474859 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.866;QD=62.6146;RBI=0.0604992;REFB=0;REVB=0.0133843;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113043;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:47:41:0:0 chr4 120528327 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.514;QD=59.435;RBI=0.0360506;REFB=0;REVB=-0.0270485;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55394e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 120868354 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0287776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.501;QD=20.563;RBI=0.0333041;REFB=-0.00993797;REVB=0.0167633;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139039;STB=0.50773;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00806316;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:9:16:19:10:9:16 chr4 121742459 . T G 828.88 PASS AF=0.530612;AO=78;DP=147;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00747938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.521;QD=22.5545;RBI=0.0106784;REFB=-0.0160699;REVB=0.00762144;RO=69;SAF=40;SAR=38;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449758;STB=0.524635;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0130481;OID=.;OPOS=121742459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:69:69:78:78:0.530612:38:40:39:30:38:40:39:30 chr4 121957051 . C T 3153.02 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000852774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.65;QD=64.0206;RBI=0.00451908;REFB=0;REVB=-0.00443789;RO=0;SAF=96;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16551e-06;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:101:96:0:0:101:96:0:0 chr4 121957734 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.568;QD=59.6762;RBI=0.0244401;REFB=0;REVB=0.0243935;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42161e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:23:46:0:0:24:46:0:0 chr4 121958091 . T G 668.25 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.028;QD=51.4041;RBI=0.0416333;REFB=-0.0453963;REVB=0.0120486;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391617;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000432098;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:52:2:1:48:51:0.980769:23:25:0:2:25:26:0:1 chr4 121958187 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.393;QD=58.9627;RBI=0.010591;REFB=0;REVB=-0.00884235;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19118e-05;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr4 121958697 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.422;QD=55.656;RBI=0.0375784;REFB=0;REVB=-0.00736109;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130343;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr4 121966807 . C T 753.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.04;QD=56.8544;RBI=0.0378904;REFB=0;REVB=0.0247649;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94218e-05;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr4 122075739 . T C 297.31 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00465726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.756;QD=11.4348;RBI=0.0194867;REFB=-0.00689762;REVB=0.018922;RO=65;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406324;STB=0.513506;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.013269;OID=.;OPOS=122075739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:67:37:37:0.355769:18:19:31:34:18:19:33:34 chr4 122137662 . T G 183.6 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0416049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2021;QD=14.9875;RBI=0.0468283;REFB=-0.035134;REVB=-0.0214922;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181591;STB=0.590073;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0532138;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:29:19:20:0.408163:11:8:13:8:12:8:16:13 chr4 122250272 . C G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0031762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.651;QD=19.7024;RBI=0.0303515;REFB=-0.00183284;REVB=-0.0301849;RO=16;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394926;STB=0.726972;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00203631;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:14:3:9:7:14:3:9:7 chr4 122250734 . A G 363.18 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00095861;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4722;QD=13.3276;RBI=0.0124233;REFB=-0.0425075;REVB=0.0123862;RO=64;SAF=15;SAR=28;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228703;STB=0.629969;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0177724;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:64:66:43:43:0.394495:28:15:36:28:28:15:37:29 chr4 122254119 . G A 345.9 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0698425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8225;QD=14.4126;RBI=0.0952432;REFB=-0.00924535;REVB=-0.0647556;RO=56;SAF=15;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750115;STB=0.554343;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0127595;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:58:38:38:0.395833:23:15:26:30:23:15:28:30 chr4 122257950 . A G 336.44 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0231899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.256;QD=28.0366;RBI=0.0708094;REFB=-0.0121141;REVB=0.0669044;RO=19;SAF=18;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2189;STB=0.620606;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00775852;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:11:18:6:13:11:18:6:13 chr4 122683007 . G A 1733.9 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126211;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.136;QD=60.8387;RBI=0.0191491;REFB=0;REVB=-0.0144012;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32482e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:62:51:0:0:62:52:0:0 chr4 122687491 . G C 201.16 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.020153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9656;QD=9.81251;RBI=0.0591184;REFB=-0.0032817;REVB=-0.0555774;RO=56;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031749;STB=0.51865;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00534421;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:16:10:23:33:16:10:23:33 chr4 122742217 . T C 1342.87 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318536;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.988;QD=62.4593;RBI=0.0469582;REFB=0;REVB=0.0345025;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192837;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr4 122800889 . C T 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0136873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.034;QD=18.6205;RBI=0.0137011;REFB=-0.0127422;REVB=-0.00061556;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192565;STB=0.501073;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0129942;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:17:20:21:18:17:20:21:18 chr4 122824052 . C T 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00194579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.841;QD=15.2021;RBI=0.0114607;REFB=0.00232864;REVB=0.0112943;RO=67;SAF=29;SAR=21;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120129;STB=0.567429;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00315318;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:21:29:31:36:21:29:31:36 chr4 122872719 . G A 46.86 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0159187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.163;QD=12.4969;RBI=0.0292057;REFB=-0.0312814;REVB=0.024486;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37999;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0651777;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:8:8:4:7:0.466667:3:1:5:3:3:4:5:3 chr4 123008808 . C T 224.25 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0126222;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.429;QD=12.2875;RBI=0.0339351;REFB=-0.0178979;REVB=-0.0315004;RO=42;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100946;STB=0.572543;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0179856;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:46:26:27:0.369863:10:16:22:20:11:16:22:24 chr4 123145751 . T A 211.97 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00895218;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.366;QD=14.1314;RBI=0.0146051;REFB=-0.00707969;REVB=-0.0115399;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118765;STB=0.50677;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0112848;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:15:20:14:11:15:20 chr4 123192383 . T C 506.32 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0144564;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.173;QD=22.2559;RBI=0.0166304;REFB=-0.000916723;REVB=0.00822092;RO=43;SAF=14;SAR=33;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159934;STB=0.591567;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00261049;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:47:48:0.527473:33:14:20:23:34:14:20:23 chr4 123229132 . C T 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00340478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.653;QD=15.993;RBI=0.00353903;REFB=-0.00386172;REVB=0.00096549;RO=56;SAF=13;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143318;STB=0.581062;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00448893;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:28:13:25:31:28:13:25:31 chr4 123280860 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0107036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.685;QD=14.7942;RBI=0.0142108;REFB=-0.0144515;REVB=-0.0093477;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134803;STB=0.577693;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0193658;OID=.;OPOS=123280860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:10:17:9:9:10:17 chr4 123377482 . C A 510.16 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0157769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.474;QD=23.7284;RBI=0.015806;REFB=-0.0067446;REVB=0.000958316;RO=38;SAF=9;SAR=39;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338559;STB=0.687868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00925182;OID=.;OPOS=123377482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:39:9:20:18:39:9:20:18 chr4 123533862 . T G 380.24 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.030117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0903;QD=24.9338;RBI=0.0449022;REFB=0.013371;REVB=0.0333042;RO=24;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613913;STB=0.533614;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00796174;OID=.;OPOS=123533862;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:17:20:15:9:17:20:15:9 chr4 123536963 . G A 420.04 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.032929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.588;QD=16.472;RBI=0.0330183;REFB=-0.00896319;REVB=-0.00242694;RO=56;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116973;STB=0.558798;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0131913;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:56:56:45:46:0.45098:22:23:22:34:23:23:22:34 chr4 123664204 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.001247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.773;QD=19.5231;RBI=0.00331525;REFB=-0.012162;REVB=-0.00307178;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34373;STB=0.692073;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00250866;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:1:11:7:7:1:11 chr4 123664445 . C T 112.39 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.017915;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8772;QD=15.5026;RBI=0.0223223;REFB=-0.0115153;REVB=-0.013317;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0351859;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:6:10:7:6:6:10 chr4 123665991 . C G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0105013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.341;QD=14.5589;RBI=0.0127192;REFB=-0.00987522;REVB=-0.00717641;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360194;STB=0.520436;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.016226;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:11:24:17:9:11:24 chr4 123814308 . C T 373.67 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0059874;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.175;QD=15.2518;RBI=0.0141087;REFB=0.00166441;REVB=0.0127753;RO=58;SAF=17;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167743;STB=0.594781;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00207664;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:58:58:40:40:0.408163:23:17:34:24:23:17:34:24 chr4 123838758 . A G 1624.24 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.949;QD=60.1569;RBI=0.0408382;REFB=0;REVB=0.0322241;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47743e-06;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr4 123843716 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.206;QD=53.2771;RBI=0.0400155;REFB=0;REVB=-0.017126;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149079;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr4 123949556 . G A 475.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431835;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.51;QD=55.9867;RBI=0.0431978;REFB=-0.165169;REVB=0.00110865;RO=1;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169959;STB=0.509085;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00106851;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:27:6:0:1:27:6:0:1 chr4 125586828 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00871116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.94;QD=13.7842;RBI=0.00961737;REFB=-0.000930879;REVB=0.00407548;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284342;STB=0.501627;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00178517;OID=.;OPOS=125586828;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:20:13:9:14:20:13 chr4 125590478 . T C 463.32 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00866665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.262;QD=21.8035;RBI=0.00951476;REFB=-0.0201325;REVB=-0.00392681;RO=40;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946411;STB=0.552169;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0234338;OID=.;OPOS=125590478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:22:23:16:24:22:23:16:24 chr4 125591687 . A G 730.44 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0409719;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.534;QD=22.8261;RBI=0.0410266;REFB=-0.00636115;REVB=0.00211827;RO=55;SAF=28;SAR=42;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896356;STB=0.554124;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0049201;OID=.;OPOS=125591687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:55:58:70:70:0.546875:42:28:28:27:42:28:30:28 chr4 125592065 . C A 357.61 PASS AF=0.277778;AO=24;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0690983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2823;QD=15.8936;RBI=0.0723554;REFB=-0.00590814;REVB=-0.0214645;RO=49;SAF=4;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392394;STB=0.6966;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0375403;OID=.;OPOS=125592065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:24:25:0.277778:20:4:22:27:20:5:22:27 chr4 126240485 . C T 415.79 PASS AF=0.483146;AO=39;DP=83;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0195498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7057;QD=18.6871;RBI=0.0328477;REFB=-0.0452816;REVB=-0.0263966;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337184;STB=0.516476;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0454185;OID=.;OPOS=126240485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:44:46:39:43:0.483146:20:19:23:21:21:22:25:21 chr4 126240510 . T C 398.27 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00723681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5066;QD=18.103;RBI=0.0161849;REFB=-0.0252901;REVB=-0.0144769;RO=47;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857064;STB=0.547846;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0251241;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:22:19:26:21:22:19:26:21 chr4 126241335 . C G 497.4 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0127788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.9;QD=19.1309;RBI=0.012906;REFB=-0.00753422;REVB=-0.00180776;RO=52;SAF=21;SAR=31;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710329;STB=0.539319;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0134067;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:31:21:25:27:31:21:25:27 chr4 126241871 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00992933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.573;QD=16.2716;RBI=0.0115614;REFB=-0.0115861;REVB=-0.00592242;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423971;STB=0.746313;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0346001;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:7:11:3:12:7:11 chr4 126329789 . T C 1731.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000556935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.367;QD=60.7476;RBI=0.0291869;REFB=0;REVB=0.0291816;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52551e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:66:48:0:0:66:48:0:0 chr4 126336703 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.549;QD=62.1622;RBI=0.0120397;REFB=0;REVB=0.00663087;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45167e-05;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr4 126369872 . G C 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.825;QD=61.1578;RBI=0.0202133;REFB=0;REVB=0.00416794;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52378e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:55:63:0:0:55:63:0:0 chr4 126372742 . G A 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.807;QD=61.814;RBI=0.0199058;REFB=-0.017583;REVB=0.00345675;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.517234;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=3.09326e-05;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:14:35:0:0:14:35:0:1 chr4 126373789 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.2;QD=58.2395;RBI=0.0293228;REFB=0;REVB=-0.0251866;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48525e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr4 126398497 . G A 384.64 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.01807;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7879;QD=22.9638;RBI=0.0646132;REFB=-0.00970576;REVB=-0.062035;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551687;STB=0.530371;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0067493;OID=.;OPOS=126398497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:17:21:14:15:17:21:14:15 chr4 126412575 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.393;QD=61.6792;RBI=0.0534465;REFB=0;REVB=0.0534283;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856348;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr4 128565000 . A G 188.85 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00109667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.164;QD=11.1089;RBI=0.00243381;REFB=-0.00941056;REVB=-0.00217273;RO=44;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091207;STB=0.553146;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0117826;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:16:8:18:26:16:8:18:26 chr4 128584580 . G A 120.16 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.030124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.049;QD=14.137;RBI=0.0348393;REFB=0.00298279;REVB=0.0175021;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00562058;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:7:6:9:11:7:7:9:11 chr4 128689936 . A G,T 1105.16 PASS AF=0.960526,0.0263158;AO=72,3;DP=76;FAO=73,2;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30,1;FSAR=43,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153468,0.000701315;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.412,142.481;QD=58.1663;RBI=0.0155296,0.00520961;REFB=-0.0524703,-0.0884657;REVB=-0.00237541,-0.00516219;RO=1;SAF=30,1;SAR=42,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0155031,-0.266641;STB=0.508195,0.665164;STBP=0.307,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000154527,0.0539391;OID=.,.;OPOS=128689936,128689936;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:76:76:1:1:72,3:73,2:0.960526,0.0263158:42,2:30,1:1:0:43,1:30,1:1:0 chr4 128723042 . T C 1250.04 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0074;QD=60.2429;RBI=0.0627695;REFB=-0.0806179;REVB=0.0452041;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00150933;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:41:41:0:0:41:41:1:0 chr4 128807219 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.326;QD=62.022;RBI=0.0335906;REFB=0;REVB=0.0299045;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00991e-05;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 128808623 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00177115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.749;QD=9.85815;RBI=0.00956965;REFB=-0.0057158;REVB=-0.00940432;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132665;STB=0.580516;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0106283;OID=.;OPOS=128808623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:12:17:9:4:12:17 chr4 128814964 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3551;QD=59.3229;RBI=0.015799;REFB=0;REVB=-0.00545932;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180256;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr4 129012181 . G A 1194.02 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.766;QD=59.7008;RBI=0.0148949;REFB=-0.00100877;REVB=-0.00173926;RO=1;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095643;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.51791e-05;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:49:30:0:1:49:30:0:1 chr4 129012638 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.725;QD=59.143;RBI=0.0198849;REFB=0;REVB=-0.00919292;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00281e-05;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr4 129029009 . G A,GA 237.91 PASS AF=0.0277778,0.944444;AO=2,25;DP=37;FAO=1,34;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=1,18;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449912,0.0859337;FXX=0.0270197;HRUN=3,6;LEN=1,1;MLLD=14.7307,9.2375;QD=26.4343;RBI=0.105652,0.168121;REFB=-0.0209573,0.027201;REVB=-0.0955936,-0.144499;RO=7;SAF=1,12;SAR=1,13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224092,-0.0938976;STB=0.989913,0.515143;STBP=0.496,0.319;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0445191,0.00284296;OID=.,.;OPOS=129029009,129029010;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:36:7:1:2,25:1,34:0.0277778,0.944444:1,13:1,12:5:2:0,16:1,18:0:1 chr4 129043204 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.198;QD=63.8714;RBI=0.0527069;REFB=0;REVB=0.0161263;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127539;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr4 129043286 . C T 838.29 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.185;QD=55.8862;RBI=0.0341341;REFB=-0.0790862;REVB=0.0325676;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00104203;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:27:32:0:0:27:32:0:1 chr4 129043617 . T G 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00063725;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=194.661;QD=33.8167;RBI=0.0136663;REFB=-0.0996778;REVB=-0.0136514;RO=2;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908241;STB=0.571332;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000678675;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:5:9:2:0:5:9:3:0 chr4 129100643 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000996046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.697;QD=62.314;RBI=0.0285389;REFB=0;REVB=-0.0285216;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109093;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr4 129677239 . T C 777.98 PASS AF=1;AO=35;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.576;QD=64.8318;RBI=0.125501;REFB=0;REVB=0.015018;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773648;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:35:48:1:30:5:0:0:30:18:0:0 chr4 129867280 . T A 262.77 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00213702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.91;QD=15.0154;RBI=0.00320576;REFB=-0.0249744;REVB=-0.00238956;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264488;STB=0.51496;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0327209;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:18:12:15:25:18:12:15:25 chr4 129924977 . C A 911.73 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00318121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9151;QD=55.2561;RBI=0.0270643;REFB=-0.0488576;REVB=-0.0268767;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154834;STB=0.50095;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00157436;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:34:30:1:0:34:30:1:1 chr4 130030652 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.406;QD=57.2371;RBI=0.0492709;REFB=0;REVB=0.0304889;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239289;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr4 132641498 . T A 517.81 PASS AF=0.416058;AO=56;DP=141;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0036575;FXX=0.0352088;HRUN=7;LEN=1;MLLD=201.555;QD=15.1184;RBI=0.00560897;REFB=-0.000143255;REVB=0.00425243;RO=53;SAF=29;SAR=27;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240692;STB=0.519706;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000913606;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:137:53:80:56:57:0.416058:27:29:26:27:28:29:38:42 chr4 133367588 . T C 1624.32 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4808;QD=60.1601;RBI=0.0536566;REFB=0;REVB=0.0310166;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21939e-05;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:45:63:0:0:45:63:0:0 chr4 134710268 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.508;QD=59.3224;RBI=0.0504951;REFB=0;REVB=0.00133409;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013726;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr4 135121066 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.51;QD=60.8835;RBI=0.0290987;REFB=0;REVB=0.0145672;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75501e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr4 135121368 . G T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.003;QD=56.9554;RBI=0.014507;REFB=0;REVB=0.0143514;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57944e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr4 135121601 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.304;QD=50.4118;RBI=0.0157593;REFB=0;REVB=0.00463928;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128351;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr4 138449683 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.577;QD=60.547;RBI=0.0488534;REFB=0;REVB=0.0269892;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130243;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr4 138453453 . G A 603.19 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.000253967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.45;QD=21.934;RBI=0.0174325;REFB=-0.00154293;REVB=0.0174306;RO=50;SAF=34;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154045;STB=0.584411;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000924583;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:26:34:19:31:26:34:19:31 chr4 139086246 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.212;QD=57.1035;RBI=0.0451834;REFB=0;REVB=0.0380088;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21666e-05;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr4 139100372 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.233;QD=63.5828;RBI=0.0146291;REFB=0;REVB=0.00963437;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67408e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr4 139135799 . T C 6926.66 PASS AF=1;AO=439;DP=448;FAO=440;FDP=440;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=272;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102944;FXX=0.0243897;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.267;QD=62.9697;RBI=0.0137519;REFB=0;REVB=-0.00911812;RO=0;SAF=167;SAR=272;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141963;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:448:440:0:0:439:440:1:272:167:0:0:272:168:0:0 chr4 140005294 . A G 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6832;QD=63.613;RBI=0.0177245;REFB=0;REVB=-0.00347072;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148567;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr4 140021554 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0101552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.484;QD=21.0145;RBI=0.0166418;REFB=-0.0205712;REVB=-0.0131842;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0251171;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:7:6:9:7:7:6 chr4 140310520 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000801109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.37;QD=62.9078;RBI=0.0340014;REFB=0;REVB=0.033992;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84083e-05;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr4 140417671 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.372;QD=59.3229;RBI=0.0214895;REFB=0;REVB=-0.00352723;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72943e-05;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr4 140450204 . G A 354.08 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00210424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4585;QD=17.7041;RBI=0.0122811;REFB=-0.017255;REVB=-0.0120995;RO=42;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113787;STB=0.554348;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0218803;OID=.;OPOS=140450204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:42:37:38:0.475:15:22:20:22:16:22:20:22 chr4 140606425 . G A 344.78 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0087949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6287;QD=21.8907;RBI=0.0638365;REFB=0.0148813;REVB=-0.0632278;RO=26;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185104;STB=0.529395;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.014895;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:28:35:35:0.555556:14:21:15:11:14:21:15:13 chr4 140606447 . G T 326.74 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0145203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.109;QD=20.7453;RBI=0.0280858;REFB=-0.0254127;REVB=0.0240411;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176347;STB=0.505615;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0231615;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:16:17:15:14:16:18:15:14 chr4 140640703 . G T 337.94 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0218299;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.961;QD=19.8787;RBI=0.0223566;REFB=-0.0554558;REVB=-0.00482441;RO=26;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201759;STB=0.582475;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0346969;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:32:33:35:0.514706:23:10:14:12:25:10:14:18 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 190.13 PASS AF=0,1;AO=4,12;DP=16;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663078,0.0681064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=216.413,238.523;QD=47.5319;RBI=0.0674914,0.0689434;REFB=0,0;REVB=-0.0125846,-0.0107099;RO=0;SAF=4,7;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000614078;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,12:16:0,16:16:0:0,11:0,5:0:0:4:0:4,7:0,5:0:0 chr4 140810334 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.698;QD=55.6056;RBI=0.0236506;REFB=-0.0344098;REVB=-0.0121616;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000373768;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:1:0:29:29:1:0 chr4 140810637 . C T 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.437;QD=55.6385;RBI=0.0455465;REFB=0;REVB=0.0196717;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602809;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 141264871 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0207157;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.295;QD=12.1824;RBI=0.0300124;REFB=-0.000613553;REVB=-0.0217165;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000622385;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:8:7:4:6:8:7 chr4 141294814 . G C 497.4 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00527319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.103;QD=19.1309;RBI=0.0107953;REFB=-0.00763727;REVB=0.00941979;RO=52;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527234;STB=0.529137;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00991088;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:28:24:21:31:28:24:21:31 chr4 141317068 . G A 652.13 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00182892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4525;QD=20.7027;RBI=0.0265315;REFB=-0.032746;REVB=0.0264684;RO=60;SAF=25;SAR=40;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741316;STB=0.54544;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0415359;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:65:65:0.515873:40:25:28:32:40:25:29:32 chr4 141364579 . CTTAT C 107.14 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00227891;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=4;MLLD=268.263;QD=8.08588;RBI=0.0190864;REFB=-0.00706957;REVB=-0.0189499;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796189;STB=0.516881;STBP=0.839;TYPE=del;VARB=0.0118606;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491:19:53:19:53:34:9:10:17:17:99:31:9:10:17:14 chr4 141499166 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00879648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.918;QD=21.9721;RBI=0.0345317;REFB=-0.00997919;REVB=0.0333925;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156049;STB=0.587351;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0119339;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:8:13:10:13:8:13 chr4 141543997 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.267;QD=60.3767;RBI=0.0217591;REFB=0;REVB=0.0111648;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65629e-05;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr4 141598126 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000396436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.817;QD=17.9916;RBI=0.0179712;REFB=-0.000511621;REVB=0.0179668;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220455;STB=0.509427;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00134984;OID=.;OPOS=141598126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:28:29:0.491525:15:13:14:16:16:13:14:16 chr4 141600320 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.43;QD=57.6804;RBI=0.0551751;REFB=0;REVB=0.0551401;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507128;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr4 141974816 . A C 225.3 PASS AF=0.55;AO=17;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0115231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.222;QD=22.5301;RBI=0.050272;REFB=-0.0241448;REVB=0.0489335;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08752;STB=0.524977;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0210789;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:17:22:0.55:6:11:10:8:11:11:10:8 chr4 142640637 . A G 526.93 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00736701;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=225.764;QD=20.2667;RBI=0.00971824;REFB=-0.00383081;REVB=0.00633809;RO=25;SAF=22;SAR=31;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151463;STB=0.554893;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00353757;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:25:50:53:54:0.519231:31:22:11:14:32:22:26:24 chr4 142654084 . C A 294.02 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00657992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.111;QD=12.6461;RBI=0.00776544;REFB=0.00593269;REVB=-0.00412391;RO=53;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184072;STB=0.582968;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00878076;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:59:34:34:0.365591:20:14:31:22:20:14:32:27 chr4 143235865 . C G 1477.91 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166597;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.133;QD=58.5311;RBI=0.0213336;REFB=-0.0545932;REVB=-0.0133259;RO=1;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839647;STB=0.504424;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000188468;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:56:44:0:1:56:44:0:1 chr4 143268702 . A G 3075.72 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.217;QD=63.7454;RBI=0.0422556;REFB=0;REVB=-0.00394063;RO=0;SAF=86;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35721e-05;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:193:0:0:191:193:1:105:86:0:0:106:87:0:0 chr4 144135718 . G A 741.6 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0585875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1298;QD=52.9711;RBI=0.0654912;REFB=-0.105942;REVB=0.0292677;RO=2;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277076;STB=0.5147;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0143013;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:33:21:0:2:33:21:0:2 chr4 144442611 . T C 110.75 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00457236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.267;QD=15.2754;RBI=0.049156;REFB=-0.00646005;REVB=-0.0489428;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00705053;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:8:8:5:8:8:8 chr4 144442735 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0184954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7435;QD=13.5759;RBI=0.0352029;REFB=0.00200505;REVB=0.0299527;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819582;STB=0.524235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00165211;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:6:6:11:8:6:7:11:8 chr4 144467104 . T C 783.55 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175546;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.7;QD=56.9856;RBI=0.018555;REFB=0;REVB=0.00601057;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189495;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:35:18:0:0:35:20:0:0 chr4 144617842 . G T 462.35 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0205984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.695;QD=24.3343;RBI=0.0206;REFB=-0.00647401;REVB=0.000259985;RO=32;SAF=21;SAR=23;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201916;STB=0.610122;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0070498;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:23:21:7:25:23:21:7:25 chr4 144618610 . G C 1413.75 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.128;QD=62.8332;RBI=0.035016;REFB=0;REVB=-0.0101591;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26157e-05;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr4 144620758 . C T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000830652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.21;QD=22.7232;RBI=0.0517776;REFB=-0.0325705;REVB=-0.0517709;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605442;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0144658;OID=.;OPOS=144620758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:6:10:11:9:6:10 chr4 144621779 . A G 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00269829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.528;QD=16.8192;RBI=0.049493;REFB=-0.0293786;REVB=-0.0494193;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0370187;OID=.;OPOS=144621779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr4 144801662 . C G,T 1237.31 PASS AF=0.464789,0.267606;AO=67,38;DP=142;FAO=66,38;FDP=142;FR=.;FRO=38;FSAF=25,21;FSAR=41,17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00126432,-0.0201262;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=153.713,34.8169;QD=34.8538;RBI=0.042601,0.022274;REFB=-0.00880578,0.00645537;REVB=-0.0425822,-0.00954296;RO=36;SAF=26,21;SAR=41,17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0193593,0.118912;STB=0.526276,0.552604;STBP=0.485,0.386;TYPE=snp,snp;VARB=0.0184036,0.01883;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:36:38:67,38:66,38:0.464789,0.267606:41,17:26,21:15:21:41,17:25,21:17:21 chr4 144920596 . G A 435.82 PASS AF=0.72;AO=25;DP=49;FAO=36;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.010213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.325;QD=34.8659;RBI=0.0131891;REFB=-0.00562967;REVB=0.00834545;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105816;STB=0.501204;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000843629;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:14:14:25:36:0.72:12:13:5:9:23:13:5:9 chr4 145041686 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3993;QD=37.4885;RBI=0.0482722;REFB=0;REVB=-0.0431712;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180345;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr4 146029181 . C T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0410857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3211;QD=8.42975;RBI=0.0511654;REFB=-3.54657e-05;REVB=-0.0304937;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154767;STB=0.595666;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00317538;OID=.;OPOS=146029181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:9:4:15:20:9:4:15:20 chr4 146479235 . A C 60.64 PASS AF=0.178571;AO=3;DP=37;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.000973816;FXX=0.0344768;HRUN=15;LEN=1;MLLD=140.448;QD=4.33175;RBI=0.0304522;REFB=-0.00136166;REVB=-0.0304367;RO=1;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.582568;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00280156;OID=.;OPOS=146479235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:56:1:46:3:10:0.178571:3:0:0:1:6:4:23:23 chr4 148461037 . T C 716.87 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0342496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3944;QD=19.5066;RBI=0.0351166;REFB=-0.0165636;REVB=0.00775491;RO=76;SAF=32;SAR=39;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926604;STB=0.505121;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0175681;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:76:76:71:71:0.482993:39:32:35:41:39:32:35:41 chr4 148461073 . G A 641.84 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0112648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.984;QD=20.8728;RBI=0.0122726;REFB=0.000349488;REVB=0.00487051;RO=58;SAF=27;SAR=37;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810781;STB=0.509215;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.000313403;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:59:64:64:0.520325:37:27:25:33:37:27:26:33 chr4 148944467 . A G 306.44 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0112143;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.249;QD=15.133;RBI=0.0184987;REFB=-0.00706955;REVB=-0.014712;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11188;STB=0.570134;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00834868;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:33:34:0.419753:19:14:25:22:20:14:25:22 chr4 148968058 . C T 291.45 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0548359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9931;QD=19.4298;RBI=0.0548798;REFB=0.0359667;REVB=-0.00219284;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184015;STB=0.581145;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0122133;OID=.;OPOS=148968058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:29:29:29:31:0.516667:17:12:18:11:17:14:18:11 chr4 149000024 . C T 893.78 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.27;QD=57.6629;RBI=0.0145139;REFB=0;REVB=-0.00598997;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88138e-06;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:28:30:0:0:29:33:0:0 chr4 149002016 . AT A 180.9 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110887;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.77388;QD=21.9275;RBI=0.118412;REFB=-0.0543437;REVB=-0.0415364;RO=5;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000716245;OID=.;OPOS=149002017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:23:33:33:33:0:10:23:0:0:3:5:7:16:2:3 chr4 149356516 . A G 1828.78 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112209;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.576;QD=60.4555;RBI=0.0166087;REFB=0.00845156;REVB=-0.0122451;RO=1;SAF=58;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811967;STB=0.504273;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=5.11471e-06;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:62:58:1:0:62:58:1:0 chr4 149357475 . C T 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.246;QD=58.1353;RBI=0.0353062;REFB=0;REVB=0.0351835;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201611;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr4 149358014 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.882;QD=48.7373;RBI=0.00894872;REFB=0;REVB=0.0054696;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30138e-05;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr4 151000419 . G A 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00618478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.059;QD=18.128;RBI=0.0122427;REFB=-0.0114467;REVB=0.0105656;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985572;STB=0.549321;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0106692;OID=.;OPOS=151000419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:25:24:31:21:25:24:31:22 chr4 151773593 . G C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.040274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3822;QD=9.47633;RBI=0.0536463;REFB=0.00398952;REVB=0.0354391;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304965;STB=0.685898;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0109184;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:12:9:7:3:12:9 chr4 151829824 . T C 299.92 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.024013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.404;QD=13.9497;RBI=0.0409033;REFB=-0.00510826;REVB=0.0331128;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071561;STB=0.540666;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00946522;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:31:21:16:18:31:21 chr4 152041502 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.209;QD=61.336;RBI=0.0308205;REFB=0;REVB=-0.00708412;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152344;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr4 152048801 . C T 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00642198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.086;QD=16.7835;RBI=0.022423;REFB=-0.00931869;REVB=0.0214837;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151472;STB=0.594371;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0233936;OID=.;OPOS=152048801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:29:29:0.467742:19:10:16:16:19:10:17:16 chr4 152065197 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0132117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.94;QD=12.8974;RBI=0.0175011;REFB=-0.0156156;REVB=-0.0114778;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16479;STB=0.596783;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0223987;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:15:15:6:11:15:15 chr4 152070633 . T A 898.89 PASS AF=0.595588;AO=81;DP=133;FAO=81;FDP=136;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0071757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.211;QD=26.4381;RBI=0.00734836;REFB=-0.00194872;REVB=-0.00158361;RO=52;SAF=38;SAR=43;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499982;STB=0.516184;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00121882;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:52:55:81:81:0.595588:43:38:28:24:43:38:28:27 chr4 152201053 . G A 249.96 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0410195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.068;QD=12.0464;RBI=0.0441136;REFB=-0.00555546;REVB=-0.0162298;RO=53;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942148;STB=0.554181;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0105018;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:15:15:22:31:15:15:22:31 chr4 152212486 . C T 224.77 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0126607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.722;QD=13.0302;RBI=0.0179889;REFB=-0.0132464;REVB=-0.0127792;RO=42;SAF=9;SAR=18;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412203;STB=0.733785;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0141832;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:18:9:31:11:18:9:31:11 chr4 152212603 . T G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00987505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0229;QD=20.5629;RBI=0.026269;REFB=-0.0146234;REVB=0.0243422;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191175;STB=0.605989;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0123341;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:17:8:16:13:17:8 chr4 153548420 . G A 341.01 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.032636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.858;QD=20.9851;RBI=0.0355627;REFB=-0.0247555;REVB=-0.0141279;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694817;STB=0.547143;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0274592;OID=.;OPOS=153548420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:14:21:15:14:14:21:15:15 chr4 153690842 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2187;QD=58.4195;RBI=0.0262689;REFB=0;REVB=0.0230632;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232472;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr4 153896358 . C T 1097.31 PASS AF=0.462451;AO=116;DP=254;FAO=117;FDP=253;FR=.;FRO=136;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=46;FSRR=90;FWDB=-0.00197989;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.175;QD=17.3488;RBI=0.00569345;REFB=-0.0080941;REVB=0.00533811;RO=137;SAF=48;SAR=68;SRF=46;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080105;STB=0.54058;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.008815;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:137:136:116:117:0.462451:68:48:46:91:69:48:46:90 chr4 153897770 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0196049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.838;QD=14.6505;RBI=0.0228158;REFB=-0.0142741;REVB=0.0116709;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380893;STB=0.52172;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0186355;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:16:15:12:11:16:15 chr4 153898178 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8006;QD=46.848;RBI=0.0318325;REFB=0;REVB=0.029568;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803441;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr4 154387597 . G C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0480863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6394;QD=10.6671;RBI=0.0481947;REFB=0.00382011;REVB=0.00323044;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413721;STB=0.524949;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00925553;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:12:6:3:7:12:6 chr4 154478222 . C T 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0358148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0502;QD=25.4133;RBI=0.0358161;REFB=0.0170664;REVB=-0.00030615;RO=24;SAF=15;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459477;STB=0.525122;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0123592;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:23:15:8:16:23:15:8:16 chr4 154479430 . T C 312.09 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00798383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7669;QD=29.7233;RBI=0.0102059;REFB=0.0120922;REVB=-0.00635766;RO=14;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100142;STB=0.565857;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00529027;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:15:27:27:0.642857:13:14:5:9:13:14:5:10 chr4 154513627 . A G 498.26 PASS AF=0.510417;AO=38;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0079184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.299;QD=20.7606;RBI=0.0154991;REFB=-0.00454861;REVB=0.0133237;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115453;STB=0.601822;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00670657;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:38:49:0.510417:19:19:29:18:29:20:29:18 chr4 154513722 . C T 318.75 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0223969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.858;QD=15.7409;RBI=0.0226294;REFB=-0.0127497;REVB=0.00323539;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506171;STB=0.528555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0174293;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:20:15:22:24:20:15:22:24 chr4 154514965 . T C 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0115507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.255;QD=17.5526;RBI=0.0270674;REFB=-0.0232871;REVB=0.0244791;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380447;STB=0.521288;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0350519;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:19:17:21:20:19:17:21:20 chr4 154525575 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00194252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.609;QD=11.0198;RBI=0.00207225;REFB=-0.0217597;REVB=0.000721677;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236249;STB=0.642419;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0280709;OID=.;OPOS=154525575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:6:2:3:3:6:2 chr4 154624656 . T C 412.99 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00122249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.889;QD=24.2936;RBI=0.00499929;REFB=0.00782777;REVB=-0.00484751;RO=28;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214651;STB=0.617504;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00441448;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:17:23:8:20:17:23:8:20 chr4 154625409 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0183455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.562;QD=13.336;RBI=0.0321045;REFB=0.0163746;REVB=0.0263466;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628468;STB=0.536793;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0178535;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:11:13:9:6:11:13 chr4 154631543 . A T 1391.77 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.838;QD=62.5513;RBI=0.011626;REFB=0;REVB=0.0114516;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87581e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:48:40:0:0:49:40:0:0 chr4 154702283 . G C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0675496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.329;QD=9.56961;RBI=0.0699459;REFB=-0.00163;REVB=-0.0181514;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252475;STB=0.651828;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00297636;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:4:11:4:4:4:11 chr4 154709856 . A C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0417886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.217;QD=54.823;RBI=0.048896;REFB=-0.0543937;REVB=0.0253876;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00204403;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:29:21:0:0:29:21:0:1 chr4 155156207 . G A 808.12 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.812;QD=56.7098;RBI=0.00933283;REFB=0;REVB=0.00568482;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707244;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr4 155219318 . C T 253.15 PASS AF=0.615385;AO=14;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00570129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1852;QD=25.964;RBI=0.0321778;REFB=-0.0501019;REVB=0.0316687;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272544;STB=0.51281;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0235191;OID=.;OPOS=155219318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:14:24:0.615385:3:11:8:7:12:12:8:7 chr4 155219361 . A G 223.55 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0514696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2926;QD=26.2999;RBI=0.0519383;REFB=-0.0218418;REVB=0.0069617;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230733;STB=0.512808;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0135091;OID=.;OPOS=155219361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:12:9:6:7:12:9:6:7 chr4 155219662 . G C 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0119724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.911;QD=21.6755;RBI=0.0372013;REFB=-0.0133507;REVB=-0.0352221;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778298;STB=0.542947;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0194585;OID=.;OPOS=155219662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:25:22:24:19:25:22:24:19 chr4 155241572 . G A 619.75 PASS AF=0.512397;AO=61;DP=123;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00913975;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.463;QD=20.4874;RBI=0.0091717;REFB=-0.0194879;REVB=-0.00076489;RO=61;SAF=22;SAR=39;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123623;STB=0.560976;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0192814;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:61:59:61:62:0.512397:39:22:30:31:39:23:29:30 chr4 155243573 . C T 1501.21 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220416;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.109;QD=60.0483;RBI=0.0221366;REFB=0;REVB=0.0020485;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258962;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr4 155243604 . T C 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6557;QD=61.6924;RBI=0.0199391;REFB=0;REVB=-0.0136402;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6981e-06;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT 327.45 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=17,2;DP=27;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136549,0.0182442;FXX=0.11107;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=189.157,164.249;QD=54.5757;RBI=0.0218678,0.0215837;REFB=0,0;REVB=-0.0170805,0.0115328;RO=0;SAF=9,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000575561,-0.00561723;OID=.,.;OPOS=155244402,155244425;OREF=TTTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:17,2:27:22,2:24:0:12,0:10,2:0:0:10:0:9,0:8,2:0:0 chr4 155244475 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.665;QD=55.6561;RBI=0.0199427;REFB=0;REVB=0.0153206;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47105e-05;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr4 155256177 . A G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0186067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.194;QD=14.6859;RBI=0.0198714;REFB=-0.0150842;REVB=0.00697596;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15581;STB=0.588179;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0253817;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:17:26:14:17:17:26 chr4 155256205 . G A 908.85 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.292;QD=57.705;RBI=0.0352467;REFB=0;REVB=0.0259163;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212497;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:30:30:0:0:32:31:0:0 chr4 155287535 . T C 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0185828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.161;QD=10.81;RBI=0.0236858;REFB=-0.0218889;REVB=-0.0146866;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183644;STB=0.607102;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0373879;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:13:23:9:10:13:23 chr4 155295076 . A G 88.74 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0532876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2072;QD=14.79;RBI=0.0533206;REFB=-0.0300008;REVB=0.0018742;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0367441;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:6:7:6:5:6:7 chr4 155312411 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0044583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.348;QD=20.0176;RBI=0.0133043;REFB=-0.00655965;REVB=-0.0125351;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076961;STB=0.543676;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00561721;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:5:13:11:6:5:13:11:6 chr4 155407680 . A G 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2001;QD=54.5085;RBI=0.00715491;REFB=0;REVB=6.61034e-05;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018792;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr4 155410822 . G A 1604.24 PASS AF=0.948718;AO=108;DP=114;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0112706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.696;QD=54.8458;RBI=0.0298049;REFB=-0.0790166;REVB=-0.0275918;RO=1;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978608;STB=0.529406;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00194885;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:114:117:1:6:108:111:0.948718:48:60:0:1:48:63:0:6 chr4 155411065 . T C 2284.54 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204532;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.934;QD=63.9031;RBI=0.0232851;REFB=0;REVB=-0.0111294;RO=0;SAF=56;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011233;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:87:56:0:0:87:56:0:0 chr4 155411104 . A C 2255.48 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0340318;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4455;QD=60.1461;RBI=0.0353633;REFB=-0.0498643;REVB=-0.00961275;RO=1;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562892;STB=0.502958;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000150209;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:149:149:0.993333:84:65:0:1:84:65:0:1 chr4 155459194 . A T 570.0 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00645335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.869;QD=22.8;RBI=0.00812319;REFB=-0.0011243;REVB=-0.00493361;RO=47;SAF=19;SAR=34;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297747;STB=0.501639;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0011984;OID=.;OPOS=155459194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:34:19:17:30:34:19:17:30 chr4 155461113 . T C 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00647256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.526;QD=18.0551;RBI=0.00665029;REFB=-0.0103824;REVB=0.00152719;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573308;STB=0.532049;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00877883;OID=.;OPOS=155461113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:17:18:19:14:17:18 chr4 155719189 . T G 429.83 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0043139;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.421;QD=14.3277;RBI=0.00754661;REFB=-0.000595627;REVB=0.00619206;RO=70;SAF=31;SAR=18;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214327;STB=0.616973;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00141188;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:70:71:49:49:0.408333:18:31:30:40:18:31:31:40 chr4 155720274 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00472024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.524;QD=17.8006;RBI=0.00837676;REFB=-0.00323555;REVB=0.00692022;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145161;STB=0.583245;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00585261;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:9:15:15:5:9:15 chr4 155720346 . AGGC AGC,AGGA 424.39 PASS AF=0.287879,0.454545;AO=14,25;DP=66;FAO=19,30;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=19,15;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0712717,0.0879459;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=19.2706,197.078;QD=25.7206;RBI=0.0752183,0.0880331;REFB=-0.00781775,0.00575068;REVB=0.0240444,-0.00391717;RO=17;SAF=14,11;SAR=0,14;SRF=2;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.398142,0;SSSB=0.860985,0.24932;STB=0.999415,0.659479;STBP=0,0.009;TYPE=del,snp;VARB=0.161442,-0.000594602;OID=.,.;OPOS=155720347,155720349;OREF=G,C;OALT=-,A;OMAPALT=AGC,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.287879,0.454545:14,25:66:19,30:66:17:19,15:0,15:1:16:99:17:14,11:0,14:2:15 chr4 156135676 . C T 172.2 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0298746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.62;QD=7.56925;RBI=0.0626557;REFB=-0.016367;REVB=0.0550748;RO=66;SAF=9;SAR=15;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.598803;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0470147;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:66:67:24:24:0.263736:15:9:33:33:15:9:34:33 chr4 156136027 . C T 340.49 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.01497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.579;QD=23.482;RBI=0.0584375;REFB=0.00091172;REVB=0.0564876;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228957;STB=0.629395;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000194085;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:33:34:0.586207:11:22:9:15:11:23:9:15 chr4 156273768 . T C 154.83 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0125589;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.176;QD=12.386;RBI=0.0127956;REFB=-0.00505604;REVB=-0.00244952;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252627;STB=0.530772;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00797855;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:32:18:18:0.36:7:11:19:11:7:11:21:11 chr4 156274377 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0522729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5626;QD=15.7003;RBI=0.0576107;REFB=0.00486653;REVB=0.0242186;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00873139;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:7:12:8:7:7:12 chr4 156276289 . C T 322.93 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00646348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.138;QD=21.8938;RBI=0.00752313;REFB=0.00216462;REVB=-0.0038498;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350971;STB=0.510282;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.000684554;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:17:16:11:14:17:16:12:14 chr4 156276317 . A G 196.98 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0294981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1053;QD=18.3233;RBI=0.0384635;REFB=-0.0187363;REVB=0.0246841;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0146742;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:13:6:10:13:13:7:10:13 chr4 156281371 . T C 725.73 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0248282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.771;QD=18.4899;RBI=0.0280852;REFB=-0.00513013;REVB=0.0131277;RO=81;SAF=44;SAR=32;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250194;STB=0.513809;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00520497;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:81:76:76:0.484076:32:44:49:32:32:44:49:32 chr4 156289900 . C T 708.27 PASS AF=0.530303;AO=65;DP=125;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0389332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.565;QD=21.4628;RBI=0.0418651;REFB=-0.0163366;REVB=0.0153911;RO=55;SAF=20;SAR=45;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16652;STB=0.624963;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0101796;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:55:62:65:70:0.530303:45:20:27:28:49:21:34:28 chr4 156379973 . G T 1594.75 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00099589;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.399;QD=60.1794;RBI=0.0248292;REFB=0;REVB=-0.0248092;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0454e-05;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr4 156382738 . A C 1263.75 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.539;QD=61.6465;RBI=0.0295879;REFB=0;REVB=0.0111592;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136692;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:51:30:0:0:51:31:0:0 chr4 156632391 . A G 1312.33 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00292978;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=311.958;QD=59.6515;RBI=0.00745768;REFB=-0.218186;REVB=0.00685808;RO=2;SAF=42;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220241;STB=0.511625;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000416504;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:44:42:2:0:44:42:2:0 chr4 156680340 . G T 977.29 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.553;QD=57.4875;RBI=0.047011;REFB=-0.0552834;REVB=0.0169819;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0003884;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:1:0:39:28:1:0 chr4 156693910 . T G 372.25 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0921724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6296;QD=20.397;RBI=0.0964615;REFB=-0.0177218;REVB=-0.0284443;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243435;STB=0.506846;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0150886;OID=.;OPOS=156693910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:35:37:38:0.520548:18:19:17:18:19:19:17:18 chr4 156706482 . G A 253.89 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000311953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.421;QD=21.6077;RBI=0.0207337;REFB=-0.009388;REVB=-0.0207314;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167942;STB=0.593948;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00896502;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:8:15:11:13:8:15 chr4 156721198 . C T 356.08 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0484052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.562;QD=24.557;RBI=0.0542374;REFB=-0.0253126;REVB=0.0244669;RO=23;SAF=12;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382688;STB=0.521023;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0117804;OID=.;OPOS=156721198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:23:12:9:14:23:12:9:14 chr4 156784671 . G A 662.78 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.011171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.828;QD=18.8022;RBI=0.035201;REFB=-0.010898;REVB=-0.0333814;RO=74;SAF=35;SAR=32;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161459;STB=0.5892;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00915048;OID=.;OPOS=156784671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:32:35:26:48:32:35:26:48 chr4 156787340 . G A 880.63 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324938;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.003;QD=57.7461;RBI=0.032677;REFB=0;REVB=-0.00345497;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7496e-05;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr4 156847230 . A G 217.52 PASS AF=0.4;AO=27;DP=60;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.122713;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=34.6996;QD=13.3857;RBI=0.128705;REFB=-0.0137932;REVB=-0.0388123;RO=33;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125926;STB=0.629896;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.014361;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:33:39:27:26:0.4:18:9:15:18:18:8:20:19 chr4 156847237 . AG A 162.2 PASS AF=0.42623;AO=21;DP=57;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0405882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3113;QD=10.6359;RBI=0.112489;REFB=0.0289721;REVB=-0.104911;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260961;STB=0.625568;STBP=0.114;TYPE=del;VARB=-0.0455757;OID=.;OPOS=156847238;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:21:57:26:61:35:8:18:18:17:99:35:6:15:18:17 chr4 157557726 . A G 1212.41 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296382;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.091;QD=61.388;RBI=0.0533759;REFB=0;REVB=-0.044391;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110457;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:77:79:1:46:31:0:0:46:33:0:0 chr4 157684248 . T C 336.3 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0127236;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.233;QD=19.4956;RBI=0.0305119;REFB=-0.00577375;REVB=-0.0277324;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137491;STB=0.565515;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00575385;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:33:35:0.507246:13:20:15:18:13:22:17:17 chr4 157907642 . C G 377.39 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0162416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.601;QD=16.2319;RBI=0.0162416;REFB=-0.00930897;REVB=7.62406e-06;RO=53;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346104;STB=0.505374;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0119912;OID=.;OPOS=157907642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:39:40:0.430108:19:20:27:26:20:20:27:26 chr4 158005840 . A G 217.67 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0500903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.919;QD=14.2736;RBI=0.0501011;REFB=-0.0101845;REVB=0.0010443;RO=35;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131783;STB=0.582456;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0151793;OID=.;OPOS=158005840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:19:6:12:23:20:6:12:23 chr4 158043559 . C T 1511.14 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330943;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7291;QD=59.847;RBI=0.00333646;REFB=0;REVB=0.000423876;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144444;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:43:58:0:0:43:58:0:0 chr4 158065038 . T C 1403.83 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.35;QD=63.0935;RBI=0.0874227;REFB=0;REVB=-0.00228641;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50396e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:78:89:1:39:39:0:0:39:50:0:0 chr4 158238830 . T C 4396.81 PASS AF=1;AO=278;DP=278;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.306;QD=63.0367;RBI=0.0291924;REFB=0;REVB=0.0104628;RO=0;SAF=129;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6646e-05;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:279:0:0:278:279:1:149:129:0:0:149:130:0:0 chr4 159076826 . C T 1751.72 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00697944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.244;QD=59.8879;RBI=0.0073722;REFB=0.030487;REVB=0.00237418;RO=1;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655085;STB=0.503448;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-4.4314e-06;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:72:44:0:1:72:44:0:1 chr4 159092567 . T C 1480.87 PASS AF=0.595556;AO=134;DP=228;FAO=134;FDP=225;FR=.;FRO=91;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00271491;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.263;QD=26.3266;RBI=0.00313327;REFB=-0.0105605;REVB=0.00156417;RO=94;SAF=58;SAR=76;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597537;STB=0.525224;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00662959;OID=.;OPOS=159092567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:225:94:91:134:134:0.595556:76:58:48:46:76:58:45:46 chr4 159092633 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.929;QD=62.9075;RBI=0.027105;REFB=0;REVB=-0.0213882;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119378;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr4 159601676 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.1;QD=57.8842;RBI=0.0149791;REFB=0;REVB=0.0144658;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94325e-05;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr4 159826773 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=377.582;QD=57.6807;RBI=0.0151766;REFB=0;REVB=0.00985083;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72846e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr4 159881479 . T C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0659628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3989;QD=6.90638;RBI=0.0739012;REFB=-0.00280368;REVB=-0.0333211;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060557;STB=0.53839;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.010499;OID=.;OPOS=159881479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:11:24:8:3:11:24 chr4 159894250 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.626;QD=58.0611;RBI=0.0077693;REFB=0;REVB=0.00616126;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87133e-06;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr4 159894277 . T C 352.63 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00211151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.247;QD=18.0836;RBI=0.0320987;REFB=-0.00696523;REVB=-0.0320291;RO=39;SAF=28;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385196;STB=0.716776;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00354776;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:41:37:37:0.474359:9:28:14:25:9:28:15:26 chr4 159894305 . T C 1190.25 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.621;QD=61.0383;RBI=0.0275789;REFB=0;REVB=0.0267086;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81207e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:35:42:0:0:36:42:0:0 chr4 159894391 . G A 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0278771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.145;QD=16.8944;RBI=0.033632;REFB=0.00585876;REVB=0.0188143;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28997;STB=0.662658;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00479192;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:21:11:24:13:21:11:24:13 chr4 160428588 . G A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0372845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.803;QD=18.7846;RBI=0.0385891;REFB=-0.0146447;REVB=0.00994925;RO=33;SAF=11;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249144;STB=0.639089;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.011329;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:22:11:20:13:22:11:20:13 chr4 162307060 . G T 768.1 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=177;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00369563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.896;QD=17.3583;RBI=0.00529477;REFB=-0.00479846;REVB=-0.00379169;RO=96;SAF=40;SAR=41;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162195;STB=0.508995;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0082539;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:96:96:81:81:0.457627:41:40:49:47:41:40:49:47 chr4 162307312 . C A 656.63 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0100034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.421;QD=19.6007;RBI=0.01556;REFB=-0.00328394;REVB=-0.0119183;RO=67;SAF=33;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204334;STB=0.50746;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00303829;OID=.;OPOS=162307312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:68:66:66:0.492537:33:33:35:32:33:33:35:33 chr4 164048199 . G C 1417.11 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219022;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1111;QD=62.9825;RBI=0.0219294;REFB=0;REVB=-0.00109205;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173533;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:51:39:0:0 chr4 164085425 . T C 2655.32 PASS AF=0.983051;AO=172;DP=175;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0208677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.959;QD=60.0072;RBI=0.0298154;REFB=-0.152215;REVB=0.0212956;RO=3;SAF=72;SAR=100;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285889;STB=0.501595;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000483187;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:177:3:3:172:174:0.983051:100:72:1:2:100:74:1:2 chr4 164247159 . G A 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00629803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.071;QD=16.0053;RBI=0.00829846;REFB=0.0055197;REVB=0.00540364;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12;STB=0.567529;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00497261;OID=.;OPOS=164247159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:19:16:26:19:19:16:26:19 chr4 164394229 . G A 298.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00306931;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.718;QD=15.7221;RBI=0.00776313;REFB=-0.0180228;REVB=-0.0071306;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130681;STB=0.567679;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0175874;OID=.;OPOS=164394229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:13:20:20:22:13:20:21:22 chr4 164435265 . A C 271.15 PASS AF=0.552239;AO=24;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.167463;FXX=0.0147037;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.8006;QD=16.1883;RBI=0.167871;REFB=-0.0400077;REVB=-0.0116962;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186871;STB=0.595131;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0383849;OID=.;OPOS=164435265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:30:24:37:0.552239:15:9:4:18:18:19:9:21 chr4 164440581 . T C 643.66 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0236804;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2468;QD=16.6104;RBI=0.0236823;REFB=-0.0128049;REVB=0.000299572;RO=83;SAF=33;SAR=37;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489153;STB=0.53294;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0226572;OID=.;OPOS=164440581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:83:85:70:70:0.451613:37:33:35:48:37:33:35:50 chr4 164466824 . C T 642.02 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00389987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.202;QD=22.5269;RBI=0.0229018;REFB=-0.0230853;REVB=-0.0225673;RO=50;SAF=31;SAR=32;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259473;STB=0.518389;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0187013;OID=.;OPOS=164466824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:32:31:23:27:32:31:23:28 chr4 164533702 . T C 2046.8 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.778;QD=62.4977;RBI=0.0811017;REFB=0;REVB=0.0804611;RO=0;SAF=46;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240895;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:84:46:0:0:85:46:0:0 chr4 165118652 . C T 568.35 PASS AF=0.508475;AO=57;DP=116;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00261841;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.764;QD=19.2662;RBI=0.0160272;REFB=-0.0282901;REVB=-0.0158118;RO=54;SAF=33;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210821;STB=0.550156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.031389;OID=.;OPOS=165118652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:54:58:57:60:0.508475:24:33:30:24:24:36:29:29 chr4 165118796 . G A 423.76 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0305718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.996;QD=18.6267;RBI=0.0372756;REFB=-0.0281735;REVB=0.0213269;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383216;STB=0.521366;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0269589;OID=.;OPOS=165118796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:25:18:22:26:25:18:22:26 chr4 165878335 . A G 361.95 PASS AF=0.469136;AO=28;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0750378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9131;QD=17.8742;RBI=0.0789891;REFB=-0.0172743;REVB=-0.02467;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148626;STB=0.572878;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0256177;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:43:28:38:0.469136:12:16:24:17:22:16:24:19 chr4 165878609 . T A 194.07 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.014319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.164;QD=16.5167;RBI=0.0159125;REFB=-0.0135049;REVB=0.00694069;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208009;STB=0.584326;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.016701;OID=.;OPOS=165878609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:4:15:17:10:5:15:17:10 chr4 165879007 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00810006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.866;QD=17.8275;RBI=0.00858941;REFB=0.00084249;REVB=0.00285779;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000810784;OID=.;OPOS=165879007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr4 165879381 . T C 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00358477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.354;QD=16.7257;RBI=0.0536427;REFB=0.0123613;REVB=0.0535227;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119416;STB=0.568183;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00703103;OID=.;OPOS=165879381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:6:13:9:7:6:13 chr4 165981142 . A G 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.037664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1866;QD=13.2011;RBI=0.0435913;REFB=-0.0331707;REVB=0.021946;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0324192;OID=.;OPOS=165981142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:5:1:2:4:5:1 chr4 166000194 . CA C,CG 520.11 PASS AF=0.194444,0.805556;AO=7,29;DP=36;FAO=7,29;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=6,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483229,0.049148;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.738,175.958;QD=57.7902;RBI=0.0486578,0.0521384;REFB=0,0;REVB=0.00569914,0.0174036;RO=0;SAF=1,18;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00619646,-0.00296661;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.194444,0.805556:7,29:36:7,29:36:0:1,18:6,11:0:0:41:0:1,18:6,11:0:0 chr4 166000197 . C G 31.78 PASS AF=0.162162;AO=7;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0220437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.6321;QD=3.43559;RBI=0.0906181;REFB=-0.0591094;REVB=0.087896;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555932;STB=0.839595;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.243996;OID=.;OPOS=166000197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:37:37:29:31:7:6:0.162162:6:1:18:11:5:1:18:13 chr4 166199933 . T C 367.02 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0035327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.057;QD=12.766;RBI=0.00353302;REFB=-0.00203019;REVB=-4.7055e-05;RO=71;SAF=25;SAR=19;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972765;STB=0.55531;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00394152;OID=.;OPOS=166199933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:19:25:34:37:19:25:34:37 chr4 166231868 . A G 436.07 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0296367;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.938;QD=16.4554;RBI=0.0328898;REFB=-0.015866;REVB=-0.014262;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701064;STB=0.539191;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.030674;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:19:29:31:27:19:29:31:27 chr4 166264119 . A G 508.82 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00269804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.319;QD=18.1723;RBI=0.0127651;REFB=-0.00559996;REVB=-0.0124767;RO=58;SAF=24;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147701;STB=0.581824;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00591455;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:30:24:35:23:30:24:35:23 chr4 166929102 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0112134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.208;QD=16.923;RBI=0.0370746;REFB=-0.0128073;REVB=-0.0353382;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115537;STB=0.506489;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0138349;OID=.;OPOS=166929102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:20:14:12:18:20:14 chr4 167012381 . G A 2320.32 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4519;QD=61.0612;RBI=0.0402694;REFB=0;REVB=-9.45036e-05;RO=0;SAF=76;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156657;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:76:76:0:0:76:76:0:0 chr4 167012480 . T C 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.211;QD=63.3345;RBI=0.0741604;REFB=0;REVB=0.0388536;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023362;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr4 167020644 . A G 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0128632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.337;QD=13.1014;RBI=0.0129729;REFB=0.00378186;REVB=0.0016836;RO=63;SAF=15;SAR=25;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211727;STB=0.620378;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00590645;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:25:15:36:27:25:15:36:27 chr4 167023255 . A G 202.57 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00945297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1263;QD=10.1286;RBI=0.011536;REFB=-0.0111146;REVB=-0.0066122;RO=54;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04442;STB=0.525992;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0303596;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:14:12:27:27:14:12:27:27 chr4 167063842 . C T 340.89 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0621961;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.397;QD=20.66;RBI=0.0633164;REFB=-0.0498362;REVB=-0.0118579;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219257;STB=0.614906;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0369078;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:31:35:35:0.530303:23:12:18:12:23:12:18:13 chr4 167654960 . C G 246.69 PASS AF=0.5;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.000629368;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.392;QD=21.4514;RBI=0.00682246;REFB=-0.0193253;REVB=-0.00679336;RO=23;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296961;STB=0.66278;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0190891;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:23:23:23:23:0.5:6:17:22:1:6:17:22:1 chr4 168004426 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0181518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.502;QD=14.6659;RBI=0.0181965;REFB=-0.00893558;REVB=-0.00127565;RO=19;SAF=1;SAR=14;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253788;STB=0.636142;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0102068;OID=.;OPOS=168004426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:14:1:3:16:14:1:3:18 chr4 168584259 . T A 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155101;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.788;QD=53.3351;RBI=0.0158733;REFB=0;REVB=0.00337608;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303875;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 169141748 . T A 35.02 PASS AF=0.0586797;AO=28;DP=415;FAO=24;FDP=409;FR=.;FRO=385;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=209;FSRR=176;FWDB=-0.0141112;FXX=0.0168265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.808;QD=0.342466;RBI=0.0159373;REFB=-0.000555383;REVB=-0.00740753;RO=370;SAF=3;SAR=25;SRF=203;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482228;STB=0.882498;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0710501;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:415:409:370:385:28:24:0.0586797:25:3:203:167:21:3:209:176 chr4 169158471 . T G 607.89 PASS AF=0.38674;AO=69;DP=181;FAO=70;FDP=181;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.0192502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0458;QD=13.4341;RBI=0.030578;REFB=0.0172652;REVB=0.023758;RO=109;SAF=33;SAR=36;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312681;STB=0.521664;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0145641;OID=.;OPOS=169158471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:109:111:69:70:0.38674:36:33:49:60:36:34:50:61 chr4 169158489 . G C 680.12 PASS AF=0.421348;AO=75;DP=178;FAO=75;FDP=178;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00490093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4849;QD=15.2836;RBI=0.00634515;REFB=-0.00640428;REVB=-0.00403011;RO=100;SAF=33;SAR=42;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507536;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0111149;OID=.;OPOS=169158489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:100:103:75:75:0.421348:42:33:44:56:42:33:44:59 chr4 169158531 . T C 593.92 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0017536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.135;QD=15.9442;RBI=0.00982072;REFB=-0.0117719;REVB=-0.00966289;RO=86;SAF=27;SAR=36;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174649;STB=0.500978;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0168836;OID=.;OPOS=169158531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:86:63:63:0.422819:36:27:37:49:36:27:37:49 chr4 169176996 . G A 225.56 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.00884705;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.699;QD=10.491;RBI=0.0238029;REFB=-0.00697976;REVB=-0.0220977;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235829;STB=0.626963;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0156272;OID=.;OPOS=169176996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:55:58:28:28:0.325581:15:13:37:18:15:13:38:20 chr4 169195109 . C A 398.95 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0134616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7695;QD=15.958;RBI=0.0388796;REFB=-0.00852839;REVB=-0.0364747;RO=57;SAF=16;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202833;STB=0.618991;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0101851;OID=.;OPOS=169195109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:26:16:33:24:26:16:34:24 chr4 169197297 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0117824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.453;QD=14.4326;RBI=0.0203251;REFB=-0.00378772;REVB=-0.0165616;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24388;STB=0.637889;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00421681;OID=.;OPOS=169197297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:15:29:13:18:15:29 chr4 169282355 . T C 377.08 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00818062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.429;QD=13.9658;RBI=0.00906594;REFB=-0.0105608;REVB=0.00390752;RO=64;SAF=15;SAR=29;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157431;STB=0.589181;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0145306;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:29:15:31:33:29:15:31:33 chr4 169299528 . T C 665.25 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0121147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.969;QD=20.7891;RBI=0.0174095;REFB=-0.00573767;REVB=-0.012503;RO=62;SAF=33;SAR=33;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283987;STB=0.51562;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00491206;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:62:66:66:0.515625:33:33:33:29:33:33:33:29 chr4 169315760 . C A 1270.9 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214308;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.83;QD=61.9953;RBI=0.0216327;REFB=0;REVB=-0.00294868;RO=0;SAF=18;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262841;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:64:18:0:0:64:18:0:0 chr4 169317279 . C T 278.76 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0786095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1813;QD=28.5905;RBI=0.0787962;REFB=-0.046442;REVB=-0.00542098;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815304;STB=0.51063;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0201713;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:14:10:6:8:15:10:6:8 chr4 169336662 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5567;QD=59.4347;RBI=0.0593701;REFB=0;REVB=0.0167778;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134426;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 169341435 . A G 2294.25 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065422;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.03;QD=60.7747;RBI=0.0339722;REFB=0;REVB=-0.0333363;RO=0;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57689e-05;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:151:0:0:151:151:1:88:63:0:0:88:63:0:0 chr4 169362557 . C G 233.43 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0253695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0143;QD=16.9764;RBI=0.060854;REFB=-0.0096456;REVB=-0.0553136;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176678;STB=0.59992;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0160002;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:18:8:14:15:18:8:14:15 chr4 169369820 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.962;QD=57.1775;RBI=0.0360839;REFB=0;REVB=0.0340474;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06678e-05;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr4 169369853 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000674764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.508;QD=63.8715;RBI=0.0319711;REFB=0;REVB=0.031964;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136659;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr4 169369920 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0142945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2573;QD=15.2624;RBI=0.0143797;REFB=-0.0200662;REVB=0.00156332;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740872;STB=0.542793;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0121259;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:5:11:8:5:5:11 chr4 169393595 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1206;QD=57.5446;RBI=0.0363506;REFB=0;REVB=0.0264623;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578026;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr4 169621191 . G A 689.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3391;QD=62.6489;RBI=0.0464489;REFB=0;REVB=-0.0060695;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496623;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr4 169630204 . T G 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00702513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.262;QD=21.4756;RBI=0.00705005;REFB=-0.0127127;REVB=-0.000592229;RO=30;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173099;STB=0.595801;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00845415;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:23:13:17:13:23:13:17:13 chr4 169806527 . A G 224.04 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0292028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.223;QD=8.78582;RBI=0.0298562;REFB=-0.0133838;REVB=0.00621213;RO=72;SAF=9;SAR=21;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24942;STB=0.648046;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0333067;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:72:30:30:0.294118:21:9:36:36:21:9:36:36 chr4 169846359 . GCT G 928.9 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311083;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.053;QD=58.0562;RBI=0.0422283;REFB=0;REVB=-0.0285571;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.9238e-06;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:65:64:64:0:27:37:0:0:5:0:25:31:0:0 chr4 169928842 . G T 5597.27 PASS AF=1;AO=349;DP=349;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.134;QD=64.1521;RBI=0.0231536;REFB=0;REVB=0.0144363;RO=0;SAF=161;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54752e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:349:349:0:0:349:349:1:188:161:0:0:188:161:0:0 chr4 170398454 . T C 459.9 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0181617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1243;QD=34.7095;RBI=0.021552;REFB=0.00500969;REVB=0.0116036;RO=13;SAF=22;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00528976;STB=0.502856;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00183486;OID=.;OPOS=170398454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:40:40:0.754717:18:22:7:6:18:22:7:6 chr4 170581570 . G A 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.7;QD=62.9077;RBI=0.0748547;REFB=0;REVB=-0.0373866;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010746;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr4 170623982 . C G 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0224704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.816;QD=13.1806;RBI=0.0365349;REFB=-0.00930347;REVB=-0.0288077;RO=56;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194237;STB=0.511105;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0157937;OID=.;OPOS=170623982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:17:17:29:27:17:17:29:27 chr4 170634390 . C T 368.25 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0263222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.893;QD=12.921;RBI=0.0299671;REFB=-0.0103779;REVB=-0.0143238;RO=70;SAF=26;SAR=18;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.565188;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0180697;OID=.;OPOS=170634390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:18:26:34:36:18:26:34:36 chr4 170663235 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00382968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.767;QD=18.0872;RBI=0.0116803;REFB=-0.00697992;REVB=0.0110347;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.582557;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00568034;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:19:7:11:16:19:7:11:16 chr4 170678993 . T C 447.42 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0131648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.724;QD=18.4502;RBI=0.0147375;REFB=-0.0239078;REVB=0.00662425;RO=52;SAF=13;SAR=31;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157831;STB=0.577217;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0269713;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:52:44:45:0.463918:31:13:23:29:31:14:23:29 chr4 170987636 . A G 1030.23 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.437;QD=58.041;RBI=0.0128724;REFB=-0.133108;REVB=-0.00112491;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000178803;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr4 172735897 . C G 1434.07 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9834;QD=63.0359;RBI=0.0389344;REFB=0;REVB=-0.0370592;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327194;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr4 174062875 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.291;QD=61.3364;RBI=0.03431;REFB=0;REVB=-0.0258293;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47461e-05;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 174090004 . G A 1513.76 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.929;QD=62.423;RBI=0.0385755;REFB=-0.172149;REVB=0.0356143;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000898505;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:0:1:95:96:0.989691:40:55:0:0:41:55:1:0 chr4 175158212 . G T 327.2 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0298441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4642;QD=12.4646;RBI=0.0328276;REFB=-0.00502059;REVB=0.0136741;RO=65;SAF=19;SAR=21;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188286;STB=0.510724;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0088736;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:21:19:32:33:21:19:32:33 chr4 175225452 . G A 312.87 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00973561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.741;QD=14.385;RBI=0.0213265;REFB=-0.00527834;REVB=-0.0189747;RO=52;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291505;STB=0.669551;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00785244;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:52:52:34:35:0.402299:14:20:16:36:14:21:16:36 chr4 175237408 . T C 1478.1 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918018;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.897;QD=63.5744;RBI=0.0101228;REFB=0;REVB=-0.0042655;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135135;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr4 175443156 . C T 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0459322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.087;QD=20.2461;RBI=0.0466365;REFB=-0.0145253;REVB=0.00807473;RO=33;SAF=11;SAR=25;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861793;STB=0.547918;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0128076;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:25:11:13:20:25:11:13:20 chr4 175598280 . A G 528.07 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00698747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.887;QD=14.7712;RBI=0.00707742;REFB=-0.019463;REVB=-0.00112481;RO=84;SAF=28;SAR=30;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431397;STB=0.527701;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0225678;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:85:58:58:0.405594:30:28:44:40:30:28:45:40 chr4 175598334 . T C 2173.04 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.948;QD=62.9868;RBI=0.0125878;REFB=0;REVB=0.00600381;RO=0;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60459e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:70:67:0:0:70:68:0:0 chr4 175688138 . A G 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.547;QD=59.8517;RBI=0.00944204;REFB=0;REVB=0.00740855;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82447e-05;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr4 175688141 . G A 935.34 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14936;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.713;QD=54.2227;RBI=0.175105;REFB=0;REVB=0.091396;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00777083;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr4 175898555 . C T 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.000237404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.023;QD=24.3905;RBI=0.00315645;REFB=-0.0040555;REVB=-0.00314751;RO=34;SAF=29;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216387;STB=0.618657;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00222563;OID=.;OPOS=175898555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:17:29:12:22:17:29:12:22 chr4 176555585 . A C 902.49 PASS AF=0.577465;AO=82;DP=142;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0127141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8586;QD=25.4223;RBI=0.0131333;REFB=-0.0028019;REVB=-0.00329144;RO=60;SAF=37;SAR=45;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380676;STB=0.52072;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00255769;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:60:60:82:82:0.577465:45:37:30:30:45:37:30:30 chr4 177073026 . G A 1132.48 PASS AF=1;AO=59;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.881;QD=60.3992;RBI=0.046502;REFB=0;REVB=0.0374966;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010973;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:59:75:1:39:20:0:0:39:36:0:0 chr4 177087322 . C T 1226.96 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.428;QD=61.3481;RBI=0.0463968;REFB=0;REVB=0.0258018;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91483e-05;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr4 177113779 . T C 1113.1 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.437;QD=60.1678;RBI=0.0106836;REFB=0;REVB=0.00119995;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03595e-05;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:41:33:0:0 chr4 177113956 . A G 696.83 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0275946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.093;QD=21.7758;RBI=0.0275978;REFB=0.00981387;REVB=-0.000417839;RO=60;SAF=23;SAR=45;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145954;STB=0.580268;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00628528;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:68:68:0.53125:45:23:30:30:45:23:30:30 chr4 177137988 . C T 1145.13 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0164792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0715;QD=57.9812;RBI=0.0274947;REFB=0.0768024;REVB=-0.022009;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248932;STB=0.513155;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.01187;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:37:40:0:2:37:40:0:2 chr4 177605081 . CTCA C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058232;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.549;QD=61.3756;RBI=0.00606378;REFB=0;REVB=0.0016911;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.42322e-06;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:80:80:80:0:47:33:0:0:7:0:47:33:0:0 chr4 178102691 . C G 473.7 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00220589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9045;QD=14.5754;RBI=0.00601779;REFB=0.0145473;REVB=0.00559892;RO=76;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420208;STB=0.520122;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0229451;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:76:77:53:53:0.407692:23:30:40:36:23:30:41:36 chr4 178256978 . T TA 37.42 PASS AF=0.5;AO=9;DP=32;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.099696;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.07141;QD=5.34578;RBI=0.188928;REFB=-0.101079;REVB=-0.160482;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628668;STB=0.536031;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.0746672;OID=.;OPOS=178256979;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:32:14:28:14:6:8:7:7:35:20:4:5:9:11 chr4 178274565 . A G 302.48 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0627652;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.91;QD=12.2215;RBI=0.0653673;REFB=0.0140642;REVB=-0.0182596;RO=62;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608699;STB=0.523046;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0298921;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:62:64:35:35:0.353535:19:16:25:37:19:16:27:37 chr4 178274694 . T G 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00389861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.38;QD=15.3987;RBI=0.0159897;REFB=-0.00317003;REVB=0.0155072;RO=57;SAF=22;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678624;STB=0.538281;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00494246;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:18:22:35:22:18:22:35:22 chr4 178274750 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0166116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.397;QD=14.2704;RBI=0.0166876;REFB=-0.00482508;REVB=-0.00159086;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769306;STB=0.543823;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00850567;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:19:14:12:12:19:14 chr4 178281754 . G A 1054.25 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0256771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.774;QD=56.9867;RBI=0.0350284;REFB=-0.0927589;REVB=0.0238259;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.515147;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00141337;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:32:40:0:2:32:40:0:2 chr4 178359960 . G C 851.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7203;QD=57.7112;RBI=0.0551746;REFB=0;REVB=-0.027413;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176746;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr4 178363470 . T C 395.85 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00149332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.875;QD=14.0123;RBI=0.0241335;REFB=-0.0131586;REVB=-0.0240872;RO=67;SAF=33;SAR=13;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207966;STB=0.618081;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0157614;OID=.;OPOS=178363470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:13:33:36:31:13:33:36:31 chr4 178881982 . G T 312.09 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00516517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.022;QD=29.7226;RBI=0.0145178;REFB=-0.0263628;REVB=-0.0135679;RO=14;SAF=20;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175691;STB=0.588166;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0205534;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:15:27:27:0.642857:7:20:7:7:7:20:8:7 chr4 179037990 . C T 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297728;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.128;QD=60.9978;RBI=0.0298047;REFB=0;REVB=-0.00137894;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141451;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr4 179327856 . G A 1860.03 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4723;QD=61.4887;RBI=0.0797098;REFB=0;REVB=-0.0295898;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025311;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:121:0:0:118:121:1:55:63:0:0:55:66:0:0 chr4 183601847 . T C 1358.21 PASS AF=0.933962;AO=95;DP=104;FAO=99;FDP=106;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0150438;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.015;QD=51.2533;RBI=0.0396313;REFB=-0.0435169;REVB=0.036665;RO=8;SAF=33;SAR=62;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442859;STB=0.525662;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0180393;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:104:106:8:7:95:99:0.933962:62:33:5:3:64:35:5:2 chr4 183652175 . T C 2658.72 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.134;QD=62.1924;RBI=0.0307372;REFB=0;REVB=0.0293759;RO=0;SAF=72;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25558e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:99:72:0:0:99:72:0:0 chr4 184203886 . G C 292.8 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0614883;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3621;QD=19.5198;RBI=0.0723933;REFB=0.0136681;REVB=0.0382096;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985279;STB=0.547914;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0114919;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:20:11:13:15:20:11:13:16 chr4 184237193 . A AC 278.21 PASS AF=0.418803;AO=48;DP=116;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.000582524;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2953;QD=9.51151;RBI=0.0616637;REFB=-0.00389022;REVB=0.061661;RO=67;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540877;STB=0.551823;STBP=0.359;TYPE=ins;VARB=0.00423621;OID=.;OPOS=184237194;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418803:48:116:49:117:68:26:23:30:38:99:67:24:24:30:37 chr4 184238670 . C G 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00142933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8908;QD=13.0314;RBI=0.00382644;REFB=0.00688834;REVB=-0.00354946;RO=42;SAF=6;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309102;STB=0.67896;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.017291;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:21:6:20:22:21:6:20:22 chr4 184243528 . G A 79.74 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0101534;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.529;QD=14.4979;RBI=0.0101709;REFB=-0.00473699;REVB=0.000597283;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154027;STB=0.538386;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00430959;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:13:12:10:10:0.454545:6:4:5:8:6:4:4:8 chr4 184366145 . C T 813.43 PASS AF=0.47191;AO=84;DP=178;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0149384;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2861;QD=18.2792;RBI=0.0479202;REFB=-0.0251456;REVB=0.0455323;RO=91;SAF=43;SAR=41;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163863;STB=0.517514;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0298196;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:91:94:84:84:0.47191:41:43:45:46:41:43:45:49 chr4 184368714 . T C 291.08 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0235635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.092;QD=26.4614;RBI=0.0381859;REFB=-0.010914;REVB=0.0300487;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00519896;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:10:8:11:15:10:8 chr4 184426387 . C T 1136.02 PASS AF=0.523364;AO=112;DP=216;FAO=112;FDP=214;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0159478;FXX=0.00925883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.682;QD=21.2339;RBI=0.0194291;REFB=-0.0459036;REVB=0.0110976;RO=102;SAF=41;SAR=71;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333309;STB=0.518245;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0371302;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:214:102:102:112:112:0.523364:71:41:41:61:71:41:41:61 chr4 184560790 . G A 800.7 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.957;QD=57.1928;RBI=0.0767644;REFB=0;REVB=-0.0767354;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546739;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:39:17:0:0 chr4 184596850 . A G 269.09 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0246755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7697;QD=29.0905;RBI=0.0276847;REFB=0.0309934;REVB=-0.0125524;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125094;STB=0.568665;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0156085;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:10:3:10:14:10:3 chr4 184600601 . A G 260.25 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00520757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.729;QD=12.1048;RBI=0.0057537;REFB=0.00278208;REVB=0.00244668;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917276;STB=0.557391;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00421687;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:17:14:20:34:17:14:20:35 chr4 184614874 . C T 356.11 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0126625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.777;QD=16.5633;RBI=0.0151041;REFB=0.00147153;REVB=0.00823379;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079212;STB=0.544531;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00167195;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:22:16:24:24:22:16:24:24 chr4 184615117 . A C 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0165646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0288;QD=10.4737;RBI=0.0412127;REFB=-0.00328679;REVB=-0.0377373;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750119;STB=0.544044;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00443469;OID=.;OPOS=184615117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:20:17:10:9:20:17 chr4 184618936 . G C 436.89 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0246575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.37;QD=18.791;RBI=0.0297645;REFB=0.00613201;REVB=-0.0166714;RO=49;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696446;STB=0.538782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00747139;OID=.;OPOS=184618936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:21:23:22:27:21:23:22:27 chr4 184931818 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.605;QD=59.4356;RBI=0.00431339;REFB=0;REVB=-0.0026003;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98177e-06;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr4 185012398 . T C 453.77 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2163;QD=55.0021;RBI=0.0912063;REFB=0.0602627;REVB=0.0897132;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548081;STB=0.529393;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00125815;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:8:24:0:1:8:24:0:1 chr4 185310218 . C T 636.3 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461699;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.169;QD=62.0777;RBI=0.0490186;REFB=0;REVB=0.0164668;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886608;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr4 185587165 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.262;QD=62.7621;RBI=0.0197573;REFB=0;REVB=0.0143171;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07913e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:40:49:0:0 chr4 185655171 . C T 1581.36 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0246662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.855;QD=56.9861;RBI=0.025664;REFB=-0.00340023;REVB=0.00708628;RO=3;SAF=48;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287401;STB=0.515149;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=3.54602e-05;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:60:48:3:0:60:48:3:0 chr4 185655190 . C G 1042.16 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.399;QD=58.7135;RBI=0.0412501;REFB=0;REVB=0.0293853;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252056;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:38:28:0:0:41:30:0:0 chr4 185678110 . A G 1641.84 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.89;QD=60.251;RBI=0.0163441;REFB=0;REVB=0.00604082;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90051e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr4 185678118 . C G 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.532;QD=60.2548;RBI=0.0179798;REFB=0;REVB=0.0151207;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56974e-05;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr4 185686032 . C T 739.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.954;QD=56.9142;RBI=0.073716;REFB=0;REVB=0.0737026;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537048;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr4 185701549 . G T 130.82 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0145242;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.23;QD=12.4588;RBI=0.0151525;REFB=-0.00463854;REVB=-0.00431792;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148551;STB=0.586985;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0128595;OID=.;OPOS=185701549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:9:18:8:7:9:18 chr4 185735054 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0379451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.243;QD=18.9663;RBI=0.0381727;REFB=-0.0251795;REVB=0.00416269;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209262;STB=0.617431;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0178018;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:6:19:12:10:6:19 chr4 186091487 . G A 326.0 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00616173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.832;QD=17.3864;RBI=0.00892997;REFB=-0.0367651;REVB=-0.00646355;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207494;STB=0.511621;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0356054;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:20:15:18:22:20:15:18:22 chr4 186097045 . C T 378.53 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00485315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.782;QD=16.4578;RBI=0.010422;REFB=-0.0069346;REVB=-0.00922307;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127335;STB=0.584575;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00729182;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:52:40:40:0.434783:19:21:32:17:19:21:35:17 chr4 186111639 . T C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0196625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.144;QD=15.418;RBI=0.0284247;REFB=-0.00601063;REVB=0.0205269;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379962;STB=0.508988;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00789119;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:13:16:20:16:13:16:21:16 chr4 186112111 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00708882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.492;QD=20.2686;RBI=0.0145064;REFB=0.010483;REVB=0.0126564;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143476;STB=0.581314;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0131048;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:15:6:9:12:15:6:9:12 chr4 186320880 . A G 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0129503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.526;QD=9.92271;RBI=0.0162195;REFB=-0.00351326;REVB=0.00976541;RO=50;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207571;STB=0.621014;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00813699;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:11:13:18:32:11:13:18:32 chr4 186320906 . C G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00134604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.04;QD=9.85698;RBI=0.00521529;REFB=-0.00114915;REVB=-0.00503859;RO=41;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248331;STB=0.643824;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00307456;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:11:9:10:31:11:9:10:31 chr4 186339584 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.197;QD=58.1418;RBI=0.0478457;REFB=0;REVB=-0.010354;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155528;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr4 186347055 . G A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00625914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.551;QD=22.1885;RBI=0.072107;REFB=0.0194819;REVB=0.0718349;RO=18;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803271;STB=0.5045;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0150131;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:6:15:13:5:6:15:13:5 chr4 186357523 . C G 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.401;QD=57.1729;RBI=0.0333045;REFB=0;REVB=0.0269298;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77932e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr4 186361876 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.393;QD=61.3361;RBI=0.033457;REFB=0;REVB=0.0020839;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10951e-05;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr4 186379371 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1742;QD=60.03;RBI=0.0238026;REFB=0;REVB=0.0224531;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187124;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr4 186379735 . T C 661.48 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228122;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.749;QD=60.1345;RBI=0.0340858;REFB=-0.0446054;REVB=0.0253267;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000495513;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:0:1 chr4 186380216 . T C 146.72 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0120489;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=105.212;QD=16.7682;RBI=0.0125322;REFB=-0.00494996;REVB=0.00344684;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284327;STB=0.660204;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0066623;OID=.;OPOS=186380216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:16:3:7:9:16:3 chr4 186423637 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0233821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.695;QD=16.5777;RBI=0.0234623;REFB=-0.0195987;REVB=0.00193815;RO=38;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230812;STB=0.629918;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.015225;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:11:21:16:22:11:21:16:22 chr4 186507298 . AAT A 70.79 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0174709;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=195.426;QD=8.84883;RBI=0.0214903;REFB=-0.0131623;REVB=-0.012514;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886344;STB=0.552543;STBP=0.671;TYPE=del;VARB=0.0121596;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:12:32:12:32:20:7:5:10:10:70:20:7:5:10:10 chr4 186599992 . A T 436.48 PASS AF=0.398438;AO=39;DP=126;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0212602;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=37.5027;QD=13.64;RBI=0.0369302;REFB=-0.0158498;REVB=0.0301967;RO=43;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389786;STB=0.522027;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0104988;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:43:77:39:51:0.398438:22:17:17:26:29:22:36:41 chr4 187004074 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.81;QD=61.336;RBI=0.0251593;REFB=0;REVB=-0.0245513;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41645e-05;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr4 187074833 . A G 1484.57 PASS AF=1;AO=89;DP=113;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380514;FXX=0.123883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.86;QD=59.9828;RBI=0.0383456;REFB=0;REVB=-0.0381563;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102098;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:113:99:0:0:89:99:1:48:41:0:0:53:46:0:0 chr4 187077206 . A G 1771.08 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867555;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.046;QD=61.0718;RBI=0.0257845;REFB=0;REVB=-0.0242812;RO=0;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81405e-05;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:71:45:0:0:71:45:0:0 chr4 187078785 . A G 3921.05 PASS AF=1;AO=253;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.687;QD=61.7489;RBI=0.0576589;REFB=0;REVB=0.0443377;RO=1;SAF=112;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175552;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:254:254:1:0:253:254:1:141:112:0:1:142:112:0:0 chr4 187079047 . A G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0312996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5395;QD=25.8141;RBI=0.0620515;REFB=-0.0522876;REVB=-0.0535791;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525663;STB=0.529112;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0353566;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:13:14:9:11:13:14:9:11 chr4 187079183 . G A 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0244871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.224;QD=14.8052;RBI=0.0332549;REFB=-0.0049714;REVB=0.0225005;RO=59;SAF=17;SAR=25;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737236;STB=0.541627;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00763903;OID=.;OPOS=187079183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:25:17:28:31:25:17:28:31 chr4 187122355 . T C 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.002876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.744;QD=22.0649;RBI=0.0278773;REFB=-0.0142649;REVB=-0.0277285;RO=32;SAF=29;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368548;STB=0.703988;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0181709;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:10:29:10:22:10:29:10:22 chr4 187133576 . A C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.837;QD=59.8559;RBI=0.0234304;REFB=0;REVB=0.0184138;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04224e-05;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr4 187158034 . G A 130.27 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0308704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6496;QD=7.44412;RBI=0.0370015;REFB=-0.0205256;REVB=-0.0203993;RO=50;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260702;STB=0.506948;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0390379;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:51:19:19:0.271429:11:8:20:30:11:8:21:30 chr4 187178473 . G A 1375.34 PASS AF=0.519084;AO=136;DP=262;FAO=136;FDP=262;FR=.;FRO=126;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.0222333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.692;QD=20.9976;RBI=0.0223096;REFB=-0.00270138;REVB=-0.00184377;RO=126;SAF=55;SAR=81;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755173;STB=0.504129;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00251449;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:126:126:136:136:0.519084:81:55:52:74:81:55:52:74 chr4 187179210 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.447;QD=59.0153;RBI=0.0504292;REFB=0;REVB=-0.0446741;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214599;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr4 187209702 . G T 348.1 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0796276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7581;QD=13.786;RBI=0.0899913;REFB=-0.00733931;REVB=0.0419272;RO=60;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706046;STB=0.544532;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0116416;OID=.;OPOS=187209702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:20:20:26:34:20:20:26:35 chr4 187209729 . G A 295.12 PASS AF=0.4;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0119471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.939;QD=13.8879;RBI=0.0245833;REFB=-0.0153459;REVB=0.021485;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198884;STB=0.512188;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0311287;OID=.;OPOS=187209729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:51:33:34:0.4:20:13:20:31:20:14:20:31 chr4 187516880 . A G 800.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.901;QD=57.1732;RBI=0.0228596;REFB=0;REVB=0.0157145;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117627;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr4 187519206 . C G 1623.31 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.507;QD=60.1224;RBI=0.0662513;REFB=0;REVB=0.0661568;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07303e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:45:61:0:0:47:61:0:0 chr4 187521158 . G A 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0196692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.493;QD=16.9228;RBI=0.0535459;REFB=-0.00214121;REVB=0.0498025;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256572;STB=0.644637;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00272887;OID=.;OPOS=187521158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:9:21:15:19:9:21:15:19 chr4 187524464 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3988;QD=60.5466;RBI=0.0392354;REFB=0;REVB=0.0377353;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355046;OID=.;OPOS=187524464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr4 187525020 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.472;QD=49.5991;RBI=0.0601616;REFB=0;REVB=-0.00218936;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972439;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr4 187531022 . A G 1533.28 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121118;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.877;QD=63.8865;RBI=0.0502964;REFB=0;REVB=0.0488163;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89639e-05;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:40:56:0:0:40:56:0:0 chr4 187534363 . G A 1484.53 PASS AF=0.9;AO=106;DP=120;FAO=108;FDP=120;FR=.;FRO=12;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0420796;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.585;QD=49.4844;RBI=0.0426716;REFB=-0.0559955;REVB=-0.00708291;RO=12;SAF=51;SAR=55;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835655;STB=0.542532;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000401725;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:120:120:12:12:106:108:0.9:55:51:11:1:55:53:11:1 chr4 187538942 . T G 1757.55 PASS AF=0.924242;AO=122;DP=132;FAO=122;FDP=132;FR=.;FRO=10;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00594297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4822;QD=53.259;RBI=0.0131581;REFB=0.00648354;REVB=-0.0117395;RO=10;SAF=56;SAR=66;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063356;STB=0.533444;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0016896;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:132:132:10:10:122:122:0.924242:66:56:9:1:66:56:9:1 chr4 187542755 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.657;QD=62.0055;RBI=0.0493792;REFB=0;REVB=0.0453334;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213789;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr4 187557893 . T C 2662.31 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227653;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4147;QD=62.2762;RBI=0.0501027;REFB=0;REVB=0.0446321;RO=0;SAF=92;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50778e-05;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:79:92:0:0:79:92:0:0 chr4 187627792 . T C 358.27 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0152338;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.432;QD=24.2895;RBI=0.0155682;REFB=-0.0442577;REVB=-0.00320946;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171027;STB=0.584568;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0213697;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:16:19:7:16:16:19:8:16 chr4 187628338 . G A 269.31 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0178354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.176;QD=16.5729;RBI=0.0178447;REFB=-0.019831;REVB=-0.000573496;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233333;STB=0.631489;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0204869;OID=.;OPOS=187628338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:20:15:20:10:20:15 chr4 187628398 . C G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00243578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.903;QD=20.0305;RBI=0.0258784;REFB=-0.0143399;REVB=0.0257635;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230211;STB=0.630026;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0188226;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:15:11:16:8:15:11 chr4 187629140 . G C 290.87 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00669469;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.617;QD=16.3868;RBI=0.00720076;REFB=-0.00667687;REVB=0.00265181;RO=39;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113127;STB=0.506362;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00434755;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:11:21:26:13:11:21:26:13 chr4 187629497 . G A 56.94 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0388519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.089;QD=11.9881;RBI=0.0574927;REFB=-0.00923513;REVB=-0.0423785;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.683812;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0074264;OID=.;OPOS=187629497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:6:11:7:8:0.421053:4:3:4:2:4:4:9:2 chr4 187629538 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0134377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.064;QD=15.8821;RBI=0.0331682;REFB=-0.00261757;REVB=0.0303243;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422067;OID=.;OPOS=187629538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:8:2:2:8:8:2 chr4 187629770 . A C 325.66 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0262153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.267;QD=24.5779;RBI=0.0262537;REFB=-0.00760456;REVB=-0.00142109;RO=21;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919194;STB=0.550405;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0119002;OID=.;OPOS=187629770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:19:13:6:15:19:13:6:15 chr4 188924979 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.076;QD=51.9167;RBI=0.0114223;REFB=0;REVB=-0.00543279;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09139e-05;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr4 188925176 . T TGAC 852.87 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378915;FXX=0.0327815;HRUN=0;LEN=3;MLLD=323.354;QD=57.8218;RBI=0.0109437;REFB=0;REVB=0.0102668;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.11047e-06;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:61:59:59:0:22:37:0:0:5:2:22:37:0:2 chr4 189012728 . G C 1070.59 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000950833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.682;QD=59.4772;RBI=0.00868186;REFB=0;REVB=0.00862963;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19007e-05;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr4 189012809 . C T 440.94 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0458537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.059;QD=27.9963;RBI=0.0484952;REFB=-0.0269899;REVB=0.0157869;RO=22;SAF=22;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235337;STB=0.512814;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0132946;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:19:22:11:11:19:22:11:11 chr4 189022324 . C T 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00754454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.201;QD=12.3516;RBI=0.0149205;REFB=0.000798242;REVB=-0.0128725;RO=56;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346209;STB=0.519902;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00140286;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:17:15:28:28:17:15:28:28 chr4 189060983 . G C 213.8 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.07018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4692;QD=20.8581;RBI=0.0703487;REFB=-0.0166576;REVB=-0.00486871;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124959;STB=0.569911;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.019139;OID=.;OPOS=189060983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:13:8:5:15:13:8:5:15 chr4 190630715 . G A 40.1 PASS AF=0.0765027;AO=14;DP=183;FAO=14;FDP=183;FR=.;FRO=169;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=86;FSRR=83;FWDB=-0.00404966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.801;QD=0.876448;RBI=0.0364676;REFB=-0.00129359;REVB=-0.0362421;RO=169;SAF=8;SAR=6;SRF=86;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700968;STB=0.557911;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0152775;OID=.;OPOS=190630715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:183:183:169:169:14:14:0.0765027:6:8:86:83:6:8:86:83 chr4 190630720 . C G 86.3 PASS AF=0.112245;AO=22;DP=197;FAO=22;FDP=196;FR=.;FRO=174;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=90;FSRR=84;FWDB=-0.0120926;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.007;QD=1.76114;RBI=0.0361143;REFB=-0.0055219;REVB=-0.0340296;RO=173;SAF=7;SAR=15;SRF=90;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249269;STB=0.677213;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0481712;OID=.;OPOS=190630720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:197:196:173:174:22:22:0.112245:15:7:90:83:15:7:90:84 chr4 190630778 . GC AT 2337.67 PASS AF=0.689286;AO=193;DP=283;FAO=193;FDP=280;FR=.;FRO=87;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0156604;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.88;QD=33.3953;RBI=0.0186007;REFB=-0.0279002;REVB=-0.0100369;RO=76;SAF=108;SAR=85;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388547;STB=0.541902;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.0146267;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:280:76:87:193:193:0.689286:85:108:37:39:85:108:37:50 chr4 190630782 . C T 123.45 PASS AF=0.112628;AO=33;DP=293;FAO=33;FDP=293;FR=.;FRO=260;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=137;FSRR=123;FWDB=0.00474823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6045;QD=1.68527;RBI=0.00476616;REFB=-0.000915108;REVB=0.000412997;RO=259;SAF=15;SAR=18;SRF=137;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923042;STB=0.563969;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00812977;OID=.;OPOS=190630782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:259:260:33:33:0.112628:18:15:137:122:18:15:137:123 chr4 190630786 . A G 2541.86 PASS AF=0.70068;AO=204;DP=293;FAO=206;FDP=294;FR=.;FRO=88;FSAF=115;FSAR=91;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0215283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.329;QD=34.5832;RBI=0.0255942;REFB=-0.030752;REVB=-0.0138418;RO=88;SAF=113;SAR=91;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690843;STB=0.538021;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0138923;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:88:88:204:206:0.70068:91:113:38:50:91:115:38:50 chr4 190630805 . G C 347.55 PASS AF=0.198052;AO=61;DP=308;FAO=61;FDP=308;FR=.;FRO=247;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=129;FSRR=118;FWDB=0.0105511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4434;QD=4.51367;RBI=0.0363547;REFB=-0.00383417;REVB=0.0347899;RO=247;SAF=38;SAR=23;SRF=129;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132313;STB=0.582427;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0175131;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:247:247:61:61:0.198052:23:38:129:118:23:38:129:118 chr4 190815066 . CA C 45.55 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0133419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.619;QD=9.11078;RBI=0.0136035;REFB=-0.000683805;REVB=-0.00265536;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.671134;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=0.00300358;OID=.;OPOS=190815067;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:20:7:20:13:5:2:6:7:45:13:5:2:6:7 chr4 190862154 . T C 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0154322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.371;QD=10.1987;RBI=0.0266762;REFB=-0.0150138;REVB=-0.0217593;RO=51;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1271;STB=0.574408;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0302794;OID=.;OPOS=190862154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:10:15:25:26:10:15:25:26 chr4 190862182 . C T 272.57 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00131349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.889;QD=12.5319;RBI=0.0189062;REFB=-0.00845853;REVB=-0.0188605;RO=55;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235926;STB=0.522482;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0144208;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:55:55:31:32:0.367816:14:17:29:26:14:18:29:26 chr4 190874206 . T A 334.67 PASS AF=0.294872;AO=46;DP=156;FAO=46;FDP=156;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.00785853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.362;QD=8.58136;RBI=0.0199215;REFB=0.00550303;REVB=-0.018306;RO=109;SAF=18;SAR=28;SRF=68;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274224;STB=0.656423;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0111331;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:109:110:46:46:0.294872:28:18:68:41:28:18:68:42 chr4 190874234 . C T 398.01 PASS AF=0.285714;AO=54;DP=189;FAO=54;FDP=189;FR=.;FRO=135;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=81;FSRR=54;FWDB=-0.00446742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.494;QD=8.42345;RBI=0.0145013;REFB=0.000233698;REVB=0.013796;RO=135;SAF=22;SAR=32;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231301;STB=0.635263;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000541999;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:135:135:54:54:0.285714:32:22:81:54:32:22:81:54 chr4 190874255 . A T 41.47 PASS AF=0.0746269;AO=15;DP=201;FAO=15;FDP=201;FR=.;FRO=186;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=98;FSRR=88;FWDB=-0.0233676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.317;QD=0.8252;RBI=0.0246201;REFB=-0.00123006;REVB=-0.00775265;RO=186;SAF=11;SAR=4;SRF=98;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235934;STB=0.698621;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0238119;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:201:201:186:186:15:15:0.0746269:4:11:98:88:4:11:98:88 chr4 190874256 . C T 84.78 PASS AF=0.109453;AO=22;DP=201;FAO=22;FDP=201;FR=.;FRO=179;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=101;FSRR=78;FWDB=-0.00821374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.606;QD=1.68713;RBI=0.0251393;REFB=-0.00361115;REVB=-0.0237596;RO=179;SAF=8;SAR=14;SRF=101;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242677;STB=0.67447;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0252272;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:201:201:179:179:22:22:0.109453:14:8:101:78:14:8:101:78 chr4 190874290 . T A 83.2 PASS AF=0.107317;AO=22;DP=204;FAO=22;FDP=205;FR=.;FRO=183;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=95;FSRR=88;FWDB=0.0249188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.527;QD=1.62347;RBI=0.0249724;REFB=-0.00155726;REVB=0.00163578;RO=182;SAF=13;SAR=9;SRF=95;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850327;STB=0.564652;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0104215;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:204:205:182:183:22:22:0.107317:9:13:95:87:9:13:95:88 chr4 190876192 . A C 45.27 PASS AF=0.0815217;AO=15;DP=183;FAO=15;FDP=184;FR=.;FRO=169;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=93;FSRR=76;FWDB=-0.00281451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.958;QD=0.984116;RBI=0.00659079;REFB=-0.000652208;REVB=-0.00595961;RO=168;SAF=8;SAR=7;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164175;STB=0.515661;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0125846;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:183:184:168:169:15:15:0.0815217:7:8:92:76:7:8:93:76 chr4 190876195 . C T 731.89 PASS AF=0.429348;AO=79;DP=185;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0238963;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.84;QD=15.9107;RBI=0.0304236;REFB=-0.00474128;REVB=-0.0188298;RO=103;SAF=45;SAR=34;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167444;STB=0.515503;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00630836;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:103:105:79:79:0.429348:34:45:57:46:34:45:57:48 chr4 190876196 . G A 80.46 PASS AF=0.109375;AO=21;DP=192;FAO=21;FDP=192;FR=.;FRO=171;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=96;FSRR=75;FWDB=0.000494966;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.055;QD=1.6763;RBI=0.0121589;REFB=-0.00115203;REVB=-0.0121488;RO=169;SAF=12;SAR=9;SRF=95;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011608;STB=0.509082;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0114736;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:192:192:169:171:21:21:0.109375:9:12:95:74:9:12:96:75 chr4 190876204 . G A 1171.25 PASS AF=0.6;AO=99;DP=191;FAO=105;FDP=175;FR=.;FRO=70;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0216425;FXX=0.107137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6644;QD=26.7714;RBI=0.0586611;REFB=-0.0334615;REVB=0.0545227;RO=70;SAF=57;SAR=42;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585575;STB=0.524987;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0226533;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:175:70:70:99:105:0.6:42:57:35:35:46:59:35:35 chr4 190876242 . G A 2141.0 PASS AF=0.716667;AO=172;DP=240;FAO=172;FDP=240;FR=.;FRO=68;FSAF=102;FSAR=70;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.014696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.167;QD=35.6833;RBI=0.0490767;REFB=-0.00714451;REVB=-0.0468247;RO=68;SAF=102;SAR=70;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347017;STB=0.518539;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00239011;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:68:68:172:172:0.716667:70:102:36:32:70:102:36:32 chr4 190876256 . C T 166.13 PASS AF=0.150215;AO=35;DP=233;FAO=35;FDP=233;FR=.;FRO=198;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=112;FSRR=86;FWDB=-0.0231483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.485;QD=2.85197;RBI=0.0232012;REFB=0.000246466;REVB=0.00156627;RO=198;SAF=24;SAR=11;SRF=112;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162623;STB=0.608722;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.002023;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:198:198:35:35:0.150215:11:24:112:86:11:24:112:86 chr4 190876278 . G A 76.44 PASS AF=0.1;AO=22;DP=222;FAO=22;FDP=220;FR=.;FRO=198;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=111;FSRR=87;FWDB=-0.0121822;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.569;QD=1.38987;RBI=0.0128348;REFB=0.000164684;REVB=-0.00404043;RO=200;SAF=15;SAR=7;SRF=113;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147334;STB=0.615075;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00159581;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:222:220:200:198:22:22:0.1:7:15:113:87:7:15:111:87 chr4 190876293 . C A 78.08 PASS AF=0.101852;AO=22;DP=216;FAO=22;FDP=216;FR=.;FRO=194;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=108;FSRR=86;FWDB=0.00864973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7464;QD=1.44598;RBI=0.0304823;REFB=0.00304745;REVB=-0.0292293;RO=192;SAF=15;SAR=7;SRF=108;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151385;STB=0.61824;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0302046;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:216:216:192:194:22:22:0.101852:7:15:108:84:7:15:108:86 chr4 190878563 . C A 63.0 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.0234662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1115;QD=2.54533;RBI=0.0386948;REFB=-0.00467774;REVB=0.0307673;RO=80;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809153;STB=0.578118;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0180927;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:99:99:80:86:13:13:0.131313:8:5:26:54:8:5:26:60 chr4 190878597 . C T 318.87 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.00740283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.292;QD=11.2873;RBI=0.025931;REFB=-0.0106341;REVB=-0.0248519;RO=73;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686594;STB=0.539307;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0160857;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:73:40:40:0.353982:24:16:25:48:24:16:25:48 chr4 190878599 . A G 30.77 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=-0.0024781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1665;QD=1.08922;RBI=0.00851148;REFB=-0.000435224;REVB=-0.00814275;RO=103;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111161;STB=0.584;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00187962;OID=.;OPOS=190878599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:103:104:9:9:0.079646:5:4:36:67:5:4:37:67 chr4 190878654 . C G 110.91 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=119;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=0.0122203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7434;QD=3.66641;RBI=0.0250835;REFB=-0.0032906;REVB=-0.0219054;RO=98;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164118;STB=0.565575;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0131649;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:98:99:20:22:0.181818:11:9:32:66:13:9:33:66 chr4 190884225 . T TTTC 68.74 PASS AF=0.36;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0169716;FXX=0.107105;HRUN=4;LEN=3;MLLD=234.272;QD=10.9976;RBI=0.0177832;REFB=0.003055;REVB=0.00531118;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423404;STB=0.648314;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=-0.00529593;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:8:28:9:25:16:3:6:9:7:68:19:2:6:12:7 chr4 190906015 . A G 135.15 PASS AF=0.1875;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=128;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.0230503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.975;QD=4.22347;RBI=0.0231986;REFB=-0.00531463;REVB=0.00261883;RO=103;SAF=11;SAR=13;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206499;STB=0.633228;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0380968;OID=.;OPOS=190906015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:103:104:24:24:0.1875:13:11:64:39:13:11:65:39 chr4 190906025 . G A 388.15 PASS AF=0.368;AO=45;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0217732;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.918;QD=12.4208;RBI=0.0249311;REFB=-0.0195534;REVB=0.0121443;RO=78;SAF=29;SAR=16;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108514;STB=0.563715;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0251003;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:79:45:46:0.368:16:29:43:35:16:30:44:35 chr4 190906043 . GGGC G 43.99 PASS AF=0.146154;AO=18;DP=134;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.00141709;FXX=0.0298485;HRUN=3;LEN=3;MLLD=221.407;QD=1.35354;RBI=0.0176634;REFB=-0.0089541;REVB=-0.0176065;RO=106;SAF=7;SAR=11;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0.318945;SSSB=-0.175017;STB=0.652642;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0484757;OID=.;OPOS=190906044;OREF=GGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146154:18:134:19:130:111:7:12:61:50:43:106:7:11:56:50 chr4 190936390 . G T 30.84 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=0.00419047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.148;QD=0.927494;RBI=0.011541;REFB=0.000902106;REVB=-0.0107534;RO=123;SAF=8;SAR=2;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415526;STB=0.837372;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0207561;OID=.;OPOS=190936390;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:123:123:10:10:0.075188:2:8:50:73:2:8:50:73 chr4 190936397 . G C 622.13 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0417443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0519;QD=18.4335;RBI=0.0714167;REFB=-0.00987932;REVB=-0.0579462;RO=71;SAF=27;SAR=37;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278912;STB=0.515462;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0101931;OID=.;OPOS=190936397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:71:64:64:0.474074:37:27:32:39:37:27:32:39 chr5 163205 . G C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.028257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.257;QD=24.2041;RBI=0.0349175;REFB=-5.42821e-05;REVB=-0.0205128;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192156;STB=0.605957;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000111262;OID=.;OPOS=163205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:1:11:13:5:1:11 chr5 163260 . A C 198.77 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00777167;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.163;QD=24.8461;RBI=0.00780618;REFB=-0.0162714;REVB=-0.000733133;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211251;STB=0.560479;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0194167;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:14:13:19:19:0.59375:14:5:1:13:14:5:2:11 chr5 205565 . G A 471.7 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0329123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6686;QD=20.9644;RBI=0.034769;REFB=-0.00983651;REVB=-0.01121;RO=41;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126157;STB=0.587279;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00761798;OID=.;OPOS=205565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:41:44:46:46:0.511111:28:18:22:19:28:18:25:19 chr5 220433 . T TG 199.74 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0553584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4608;QD=17.3684;RBI=0.0619002;REFB=0.0266649;REVB=0.0276962;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749014;STB=0.525022;STBP=0.701;TYPE=ins;VARB=-0.0146001;OID=.;OPOS=220434;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957:27:50:27:46:19:13:14:8:11:99:23:13:14:9:14 chr5 224633 . A G 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0325248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3017;QD=19.1773;RBI=0.04021;REFB=-0.101462;REVB=-0.0236428;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0768786;OID=.;OPOS=224633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:5:6:10:3:5:6 chr5 226160 . A C 513.51 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00243882;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.59;QD=17.1171;RBI=0.0367905;REFB=-0.0277774;REVB=-0.0367095;RO=62;SAF=30;SAR=25;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281101;STB=0.52054;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0317115;OID=.;OPOS=226160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:65:55:55:0.458333:25:30:32:30:25:30:33:32 chr5 228362 . T C 464.42 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0117736;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.132;QD=18.9559;RBI=0.01223;REFB=0.0179416;REVB=-0.00330995;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106786;STB=0.542054;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.016923;OID=.;OPOS=228362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:50:52:45:46:0.469388:21:24:21:29:22:24:23:29 chr5 231111 . T C 487.77 PASS AF=0.575;AO=44;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0216316;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.493;QD=24.3883;RBI=0.0262036;REFB=-0.0262985;REVB=0.0147886;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287422;STB=0.506576;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0152356;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:34:44:46:0.575:23:21:15:19:25:21:15:19 chr5 233734 . C G 1275.79 PASS AF=0.5;AO=129;DP=260;FAO=129;FDP=258;FR=.;FRO=129;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=44;FSRR=85;FWDB=0.0110352;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.463;QD=19.7797;RBI=0.0169956;REFB=-0.0171024;REVB=-0.0129257;RO=129;SAF=60;SAR=69;SRF=44;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114833;STB=0.562856;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0170281;OID=.;OPOS=233734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:258:129:129:129:129:0.5:69:60:44:85:69:60:44:85 chr5 235548 . T C 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0288313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.568;QD=13.9657;RBI=0.031513;REFB=-0.00749632;REVB=0.012721;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211752;STB=0.620609;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0168659;OID=.;OPOS=235548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:11:19:19:25:11:19:19:25 chr5 251469 . G A 189.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0208173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.485;QD=21.0041;RBI=0.0413108;REFB=0.00553209;REVB=0.0356823;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466785;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00207546;OID=.;OPOS=251469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:8:9:9:10:8:9 chr5 251541 . A G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00686207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.984;QD=18.3355;RBI=0.0071691;REFB=-0.0166985;REVB=-0.00207557;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24242;STB=0.635682;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0179629;OID=.;OPOS=251541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:11:24:16:21:11:24:16:21 chr5 251703 . TG AT,T,TC 96.36 PASS AF=0,0.289474,0.0789474;AO=3,6,3;DP=37;FAO=0,11,3;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=0,2,2;FSAR=0,9,1;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0027709,0.00201628,0.00113253;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=146.075,142.327,148.55;QD=10.1436;RBI=0.00375838,0.00332653,0.00942869;REFB=-0.004001,-0.00566615,-0.00473835;REVB=-0.00253919,-0.00264583,0.00936043;RO=25;SAF=0,2,2;SAR=3,4,1;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.506164,0.0179101,0.359402;STB=0.5,0.608803,0.798404;STBP=1,0.448,0.444;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0103336,0.0264352;OID=.,.,.;OPOS=251703,251704,251704;OREF=TG,G,G;OALT=AT,-,C;OMAPALT=AT,T,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:37:38:25:24:3,6,3:0,11,3:0,0.289474,0.0789474:3,4,1:0,2,2:8:17:0,9,1:0,2,2:7:17 chr5 251707 . T C 72.82 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00467484;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.2317;QD=8.09152;RBI=0.015945;REFB=0.00494603;REVB=-0.0152443;RO=27;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411649;STB=0.749375;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.043741;OID=.;OPOS=251707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:27:26:10:10:0.277778:9:1:9:18:9:1:8:18 chr5 254599 . A T 64.84 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0136939;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.523;QD=4.89327;RBI=0.0148781;REFB=-0.000186785;REVB=-0.00581671;RO=43;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281684;STB=0.690486;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000691848;OID=.;OPOS=254599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:8:2:17:26:8:2:17:26 chr5 256472 . G A 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00049509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.156;QD=12.7897;RBI=0.0137192;REFB=0.00012769;REVB=-0.0137102;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697397;STB=0.503997;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000260139;OID=.;OPOS=256472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:16:12:19:26:16:12:19:26 chr5 256509 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0228463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.121;QD=13.5518;RBI=0.0270299;REFB=-0.00198829;REVB=0.014445;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395191;STB=0.502261;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00300009;OID=.;OPOS=256509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:13:22:15:9:13:22 chr5 271857 . CCCGGCCCTGGGGCCGGC CCCGG,CCCGGC 101.56 PASS AF=0,0.6;AO=3,9;DP=24;FAO=0,12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=0,7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.031545,-0.0129308;FXX=0.0475964;HRUN=3,3;LEN=13,12;MLLD=284.254,287.944;QD=20.3115;RBI=0.0315532,0.0129729;REFB=-0.0118351,-0.0146782;REVB=-0.000718823,0.00104429;RO=9;SAF=3,2;SAR=0,7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.703681,-0.124428;STB=0.5,0.624812;STBP=1,0.251;TYPE=del,del;VARB=0,0.0121649;OID=.,.;OPOS=271862,271858;OREF=CCCTGGGGCCGGC,CCGGCCCTGGGG;OALT=-,-;OMAPALT=CCCGG,CCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:3,9:24:0,12:20:8:0,5:0,7:1:7:56:9:3,2:0,7:3:6 chr5 436265 . G C 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0067516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.448;QD=23.252;RBI=0.0432969;REFB=-0.0144842;REVB=-0.0427673;RO=43;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105751;STB=0.558136;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0142681;OID=.;OPOS=436265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:29:22:24:19:29:22:24:19 chr5 442586 . G C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0399877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3527;QD=20.2093;RBI=0.040222;REFB=0.00798007;REVB=-0.00433476;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165885;STB=0.594448;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00444321;OID=.;OPOS=442586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:4:6:5:8:4:6 chr5 442790 . G A 701.3 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00333168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.363;QD=19.083;RBI=0.00756367;REFB=-0.00618727;REVB=-0.00679036;RO=77;SAF=35;SAR=35;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676266;STB=0.537404;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00891353;OID=.;OPOS=442790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:77:70:70:0.47619:35:35:33:44:35:35:33:44 chr5 453567 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0447524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.827;QD=14.6525;RBI=0.0833908;REFB=-0.0254093;REVB=-0.0703651;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0336414;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr5 462465 . C A 797.8 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.00806561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.038;QD=21.8575;RBI=0.0132655;REFB=-0.0292705;REVB=0.0105319;RO=69;SAF=25;SAR=51;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244029;STB=0.515885;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0205832;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:70:76:76:0.520548:51:25:21:48:51:25:21:49 chr5 475104 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00616138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.593;QD=7.62906;RBI=0.0284676;REFB=-0.0264945;REVB=-0.0277929;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379343;STB=0.767494;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0604404;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:7:1:7:12:7:1:8:12 chr5 475157 . A G 292.02 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00100219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1998;QD=21.6309;RBI=0.00470435;REFB=-0.0308913;REVB=0.00459636;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944086;STB=0.559961;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00792886;OID=.;OPOS=475157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:16:14:8:15:16:14:8:16 chr5 482186 . C G 388.1 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00886785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9617;QD=21.2659;RBI=0.00886828;REFB=-0.0240832;REVB=-8.68385e-05;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266944;STB=0.647229;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.024676;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:15:24:10:24:15:24:10:24 chr5 640705 . A G 804.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5345;QD=55.4795;RBI=0.0270946;REFB=-0.130525;REVB=0.0209629;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021926;STB=0.511624;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00260853;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:1:0:36:21:1:0 chr5 665280 . T C 1201.82 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.121;QD=60.8518;RBI=0.00176593;REFB=0;REVB=0.00133574;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79944e-05;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:43:36:0:0 chr5 678062 . A G 3421.92 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.648;QD=62.5009;RBI=0.0209361;REFB=0;REVB=-0.0010123;RO=0;SAF=101;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8553e-06;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:219:219:1:118:101:0:0:118:101:0:0 chr5 741736 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.604;QD=46.848;RBI=0.0362503;REFB=0;REVB=0.0351574;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380832;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr5 748594 . T C 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00358118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.411;QD=20.8551;RBI=0.00376512;REFB=-0.023301;REVB=0.00116245;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141109;STB=0.577988;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0228601;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:23:19:24:15:23:19:24:15 chr5 748621 . C G 347.45 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0190019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0551;QD=17.158;RBI=0.0196326;REFB=-0.0420817;REVB=-0.0049366;RO=43;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144521;STB=0.579435;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0451004;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:36:37:0.45679:17:19:29:14:18:19:29:15 chr5 751256 . C A 1357.72 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00575291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.63;QD=57.1672;RBI=0.0288814;REFB=-0.0431742;REVB=0.0283027;RO=4;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210341;STB=0.516367;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00211853;OID=.;OPOS=751256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:95:95:4:5:90:90:0.947368:44:46:1:3:44:46:1:4 chr5 766910 . C T 3043.12 PASS AF=0.779605;AO=237;DP=307;FAO=237;FDP=304;FR=.;FRO=67;FSAF=93;FSAR=144;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00934486;FXX=0.00977167;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.846;QD=40.041;RBI=0.0141878;REFB=-0.0105117;REVB=0.0106755;RO=63;SAF=93;SAR=144;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474117;STB=0.533009;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00258161;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:304:63:67:237:237:0.779605:144:93:32:31:144:93:36:31 chr5 766939 . G A 375.27 PASS AF=0.200617;AO=65;DP=325;FAO=65;FDP=324;FR=.;FRO=259;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=107;FSRR=152;FWDB=-0.00583506;FXX=0.0151971;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.162;QD=4.63294;RBI=0.0124761;REFB=-0.0042871;REVB=-0.0110274;RO=258;SAF=34;SAR=31;SRF=106;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144531;STB=0.587343;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0250531;OID=.;OPOS=766939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:258:259:65:65:0.200617:31:34:106:152:31:34:107:152 chr5 767033 . A C 1816.79 PASS AF=0.804598;AO=137;DP=171;FAO=140;FDP=174;FR=.;FRO=34;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0344436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.894;QD=41.7652;RBI=0.0394653;REFB=-0.0347207;REVB=0.0192652;RO=34;SAF=59;SAR=78;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297909;STB=0.515149;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00666468;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:34:34:137:140:0.804598:78:59:12:22:80:60:12:22 chr5 795933 . C G 350.01 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.000502577;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3755;QD=17.5003;RBI=0.0140371;REFB=-0.00945077;REVB=0.0140281;RO=43;SAF=5;SAR=32;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427602;STB=0.74403;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0223905;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:32:5:20:23:32:5:20:23 chr5 795947 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0108852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.996;QD=14.9204;RBI=0.0122592;REFB=-5.69301e-05;REVB=0.00563901;RO=37;SAF=3;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493856;STB=0.787151;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=7.5178e-05;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:25:3:17:20:25:3:17:20 chr5 795984 . GAA G,GGG 192.49 PASS AF=0.347826,0.434783;AO=8,10;DP=24;FAO=8,10;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0;FSAR=8,10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0,0;FXX=0.0416493;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=100.598,111.996;QD=33.4756;RBI=0.0213627,0.000846044;REFB=-0.018731,-0.0135432;REVB=-0.0213627,-0.000846044;RO=4;SAF=0,0;SAR=8,10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0582807,0.0389986;OID=.,.;OPOS=795985,795985;OREF=AA,AA;OALT=-,GG;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.347826,0.434783:8,10:24:8,10:23:5:0,0:8,10:0:5:65:4:0,0:8,10:0:4 chr5 796029 . T TGG 92.93 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.037058;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.2397;QD=19.5652;RBI=0.0379696;REFB=-0.0629189;REVB=0.00827015;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167219;STB=0.540461;STBP=0.84;TYPE=ins;VARB=0.0482958;OID=.;OPOS=796030;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:10:23:11:19:8:1:10:1:7:58:11:1:9:2:9 chr5 796162 . C A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0264091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.258;QD=11.1317;RBI=0.0316463;REFB=-0.0309827;REVB=0.0174369;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437516;STB=0.742584;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0454533;OID=.;OPOS=796162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:0:17:9:1:0:17 chr5 796277 . T C 42.73 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.123;QD=5.02675;RBI=0.0644043;REFB=-0.01697;REVB=-0.0644043;RO=26;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0462791;OID=.;OPOS=796277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:7:0:0:26:7:0:0:27 chr5 796297 . C T 34.83 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.329;QD=4.49397;RBI=0.00865593;REFB=-0.0124041;REVB=-0.00865593;RO=25;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0593342;OID=.;OPOS=796297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:6:0:0:25:6:0:0:25 chr5 796328 . T C 36.14 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.515;QD=6.57124;RBI=0.0365213;REFB=-0.0139486;REVB=0.0365213;RO=16;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132153;OID=.;OPOS=796328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:16:16:5:6:0.272727:5:0:0:16:6:0:0:16 chr5 824172 . G A 226.76 PASS AF=0.202128;AO=39;DP=189;FAO=38;FDP=188;FR=.;FRO=150;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=79;FSRR=71;FWDB=-0.00938712;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.447;QD=4.82468;RBI=0.0177656;REFB=-0.00741227;REVB=-0.015083;RO=149;SAF=22;SAR=17;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522977;STB=0.520846;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.028139;OID=.;OPOS=824172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:149:150:39:38:0.202128:17:22:78:71:17:21:79:71 chr5 824190 . G A 185.61 PASS AF=0.17801;AO=34;DP=191;FAO=34;FDP=191;FR=.;FRO=157;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=-0.0223002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1522;QD=3.88709;RBI=0.0979754;REFB=-0.00614822;REVB=0.0954038;RO=153;SAF=20;SAR=14;SRF=80;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08485;STB=0.560014;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0313841;OID=.;OPOS=824190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:153:157:34:34:0.17801:14:20:80:73:14:20:81:76 chr5 825280 . C T 3212.65 PASS AF=0.813333;AO=244;DP=302;FAO=244;FDP=300;FR=.;FRO=56;FSAF=104;FSAR=140;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0370428;FXX=0.0066223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.306;QD=42.8353;RBI=0.0396518;REFB=-0.0203468;REVB=-0.0141457;RO=54;SAF=104;SAR=140;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636634;STB=0.50385;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00524984;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:300:54:56:244:244:0.813333:140:104:24:30:140:104:25:31 chr5 825286 . G T 79.37 PASS AF=0.0876623;AO=24;DP=305;FAO=27;FDP=308;FR=.;FRO=281;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=117;FSRR=164;FWDB=-0.0240928;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.744;QD=1.03076;RBI=0.0407046;REFB=-0.00747118;REVB=-0.0328085;RO=281;SAF=10;SAR=14;SRF=117;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00034871;STB=0.559705;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0457506;OID=.;OPOS=825286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:305:308:281:281:24:27:0.0876623:14:10:117:164:14:13:117:164 chr5 825297 . A G 111.09 PASS AF=0.10356;AO=32;DP=309;FAO=32;FDP=309;FR=.;FRO=277;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=108;FSRR=169;FWDB=-0.0279036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.642;QD=1.43806;RBI=0.0279994;REFB=-0.00134675;REVB=0.00231505;RO=277;SAF=16;SAR=16;SRF=108;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136476;STB=0.598646;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0352352;OID=.;OPOS=825297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:277:277:32:32:0.10356:16:16:108:169:16:16:108:169 chr5 840506 . C T 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0512711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.007;QD=16.042;RBI=0.0513456;REFB=0.000645384;REVB=0.00276569;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281343;STB=0.516112;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000587564;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:15:4:5:21:15:4:5:21 chr5 843815 . C T 115.64 PASS AF=0.181034;AO=21;DP=116;FAO=21;FDP=116;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0179042;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.002;QD=3.98753;RBI=0.018135;REFB=-0.00537629;REVB=-0.00288366;RO=94;SAF=10;SAR=11;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571938;STB=0.532373;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0211454;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:94:95:21:21:0.181034:11:10:49:45:11:10:49:46 chr5 878525 . T A 407.43 PASS AF=0.246094;AO=61;DP=256;FAO=63;FDP=256;FR=.;FRO=193;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=81;FSRR=112;FWDB=-0.0330366;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.716;QD=6.36612;RBI=0.0343479;REFB=-0.00528886;REVB=-0.00939994;RO=194;SAF=18;SAR=43;SRF=82;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175605;STB=0.597469;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0171114;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:194:193:61:63:0.246094:43:18:82:112:44:19:81:112 chr5 1009145 . C G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.203;QD=50.134;RBI=0.0293611;REFB=0.0388112;REVB=0.0293611;RO=1;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213249;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:24:0:0:1:24:0:0:1 chr5 1009167 . G T 73.16 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.297;QD=32.5151;RBI=0.0462895;REFB=0.0138096;REVB=0.0462895;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789652;OID=.;OPOS=1009167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr5 1036900 . C T 146.56 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0119023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.61;QD=11.274;RBI=0.0308497;REFB=-0.0158391;REVB=-0.0284612;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654866;STB=0.538419;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0371204;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:15:19:9:9:15:19 chr5 1036962 . C A 65.02 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0636512;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.894;QD=7.88111;RBI=0.063652;REFB=-0.0267511;REVB=-0.000310284;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22518;STB=0.647597;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0787292;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:34:33:23:24:9:9:0.272727:5:4:6:17:5:4:6:18 chr5 1038526 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.037;QD=42.1826;RBI=0.0931409;REFB=0;REVB=0.0643301;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228417;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr5 1052360 . C T 366.29 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0378084;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.039;QD=15.9257;RBI=0.0378312;REFB=-0.00991;REVB=0.00131232;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858345;STB=0.518992;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0169085;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:92:48:54:38:38:0.413043:23:15:23:25:23:15:23:31 chr5 1057615 . A G 325.87 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0405315;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.884;QD=19.7497;RBI=0.0405318;REFB=0.00729519;REVB=-0.000138266;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136583;STB=0.560571;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0101559;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:11:21:17:17:12:20 chr5 1063998 . G A 1039.29 PASS AF=0.457627;AO=108;DP=236;FAO=108;FDP=236;FR=.;FRO=128;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=0.0126924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.506;QD=17.6151;RBI=0.0233073;REFB=-0.00700118;REVB=0.0195482;RO=127;SAF=63;SAR=45;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169319;STB=0.595622;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00964614;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:127:128:108:108:0.457627:45:63:52:75:45:63:52:76 chr5 1065399 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00190508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.378;QD=14.6977;RBI=0.013163;REFB=-0.00749091;REVB=0.0130244;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312681;STB=0.673506;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00909761;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:5:16:14:15:5:16:15:15 chr5 1074818 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0131787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.007;QD=13.899;RBI=0.013204;REFB=-0.028708;REVB=0.000817082;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275018;STB=0.656652;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0330062;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:22:12:15:9:22:12 chr5 1081702 . A G 499.44 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0110351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3062;QD=18.3282;RBI=0.011775;REFB=-0.0257341;REVB=-0.00410821;RO=56;SAF=30;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525243;STB=0.50282;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0229849;OID=.;OPOS=1081702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:52:53:0.486239:22:30:32:24:23:30:32:24 chr5 1081767 . C T 437.86 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00190173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.095;QD=15.6378;RBI=0.00985525;REFB=-0.0154021;REVB=0.00967003;RO=63;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752559;STB=0.542151;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0245428;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:22:27:30:33:22:27:30:33 chr5 1208964 . T C 218.75 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0547916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.908;QD=23.6482;RBI=0.0579054;REFB=-0.0443886;REVB=0.0187329;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210984;STB=0.61724;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0143517;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:12:4:11:10:12:4 chr5 1213668 . G A 708.31 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0417311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.367;QD=16.9656;RBI=0.0462322;REFB=-0.0241364;REVB=-0.0198978;RO=91;SAF=50;SAR=26;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229421;STB=0.627581;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0268998;OID=.;OPOS=1213668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:91:91:76:76:0.45509:26:50:39:52:26:50:39:52 chr5 1216775 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.151;QD=62.1622;RBI=0.0318147;REFB=0;REVB=-0.002701;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147914;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr5 1225613 . G A 177.84 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0101195;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.539;QD=10.4611;RBI=0.0119858;REFB=-0.00364059;REVB=-0.00642314;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136263;STB=0.579549;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00693741;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:25:20:13:10:25:20 chr5 1225626 . T A 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00848372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4726;QD=11.6768;RBI=0.0560487;REFB=-0.0197792;REVB=-0.0554029;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160409;STB=0.598942;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.024836;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:16:11:26:21:16:11:27:21 chr5 1225687 . CT TC 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.019178;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.431;QD=11.9322;RBI=0.019656;REFB=-0.00891067;REVB=0.00430848;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069278;STB=0.548099;STBP=0.53;TYPE=mnp;VARB=0.0193082;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:18:10:20:28:18:10:21:28 chr5 1225703 . A G 268.38 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0360518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.942;QD=13.9417;RBI=0.0391656;REFB=-0.0124411;REVB=-0.015304;RO=45;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112837;STB=0.559189;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0173647;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:21:10:19:26:21:10:19:27 chr5 1321873 . C T 283.29 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0123269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.796;QD=14.9101;RBI=0.0126284;REFB=0.00213721;REVB=0.00274308;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108016;STB=0.555057;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00361725;OID=.;OPOS=1321873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:32:32:0.421053:13:19:21:22:13:19:22:22 chr5 1364242 . C G 109.77 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0557321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6857;QD=11.5545;RBI=0.0557431;REFB=-0.00912589;REVB=-0.00110791;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364894;STB=0.507681;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0310113;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:5:8:14:10:6:8:14:10 chr5 1364617 . G C 587.23 PASS AF=0.597701;AO=50;DP=82;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0628983;FXX=0.0439512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8617;QD=26.9989;RBI=0.0629998;REFB=-0.0327452;REVB=-0.00357473;RO=32;SAF=24;SAR=26;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530051;STB=0.521056;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0342565;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:32:35:50:52:0.597701:26:24:13:19:27:25:15:20 chr5 1466919 . G A 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0217501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.344;QD=13.2238;RBI=0.0237057;REFB=-0.00298012;REVB=-0.00942835;RO=58;SAF=23;SAR=12;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121561;STB=0.569711;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00368646;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:12:23:32:26:12:23:32:26 chr5 1494909 . C T 646.56 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0262819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.956;QD=27.2236;RBI=0.027168;REFB=-0.027553;REVB=0.00688183;RO=38;SAF=23;SAR=34;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331871;STB=0.518089;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0151801;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:38:57:57:0.6:34:23:17:21:34:23:17:21 chr5 1574319 . T A 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0137666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.818;QD=9.22852;RBI=0.0137928;REFB=-0.00959339;REVB=0.000850543;RO=59;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263563;STB=0.661637;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.017903;OID=.;OPOS=1574319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:60:26:26:0.302326:8:18:28:31:8:18:28:32 chr5 1708983 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0171122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.345;QD=11.5972;RBI=0.0242072;REFB=-0.0187153;REVB=-0.0171219;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190262;STB=0.615169;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0269838;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:2:10:15:6:2:10:15:6 chr5 1814783 . T C 68.06 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.101704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6622;QD=14.3293;RBI=0.102553;REFB=-0.017236;REVB=-0.0131655;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00219275;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:3:7:5:4:3:7 chr5 1877638 . CAA C 339.21 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000143536;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.958;QD=16.7509;RBI=0.0176135;REFB=0.00721365;REVB=0.0176129;RO=36;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538492;STB=0.529592;STBP=0.558;TYPE=del;VARB=-0.00598385;OID=.;OPOS=1877639;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:45:81:45:81:36:23:22:16:20:99:36:23:22:16:20 chr5 1878212 . G A 244.29 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0124883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.376;QD=23.2653;RBI=0.0595127;REFB=-0.0192221;REVB=-0.0581876;RO=19;SAF=22;SAR=1;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343518;STB=0.698184;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0138895;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:1:22:16:3:1:22:16:3 chr5 1880865 . T C 429.61 PASS AF=0.46;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0121554;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.681;QD=17.1845;RBI=0.013162;REFB=-0.02054;REVB=0.00504815;RO=53;SAF=27;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151686;STB=0.519449;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0266307;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:54:45:46:0.46:18:27:31:22:18:28:31:23 chr5 3599376 . AC A 198.78 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1857;QD=37.8622;RBI=0.122469;REFB=0;REVB=0.0880336;RO=2;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0130473;OID=.;OPOS=3599377;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:21:21:21:0:13:8:0:0:4:2:9:6:2:0 chr5 3600334 . T C 2276.04 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000900797;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.407;QD=61.1017;RBI=0.0185974;REFB=0;REVB=-0.0185756;RO=0;SAF=59;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317958;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:90:59:0:0:90:59:0:0 chr5 3610658 . T C 340.72 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0366302;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3675;QD=17.9324;RBI=0.0394534;REFB=-0.00743417;REVB=-0.0146562;RO=40;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1987;STB=0.611049;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00890361;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:14:22:16:24:14:22:16:24 chr5 5140632 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.569;QD=39.2068;RBI=0.0192033;REFB=0;REVB=0.00423597;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402666;OID=.;OPOS=5140632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr5 5146377 . T C 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00247288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.115;QD=14.8962;RBI=0.0179458;REFB=-0.0163303;REVB=-0.0177746;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110309;STB=0.562461;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.021222;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:14:18:20:24:14:18:20:24 chr5 5146395 . A G 366.0 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00253192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.693;QD=21.5292;RBI=0.0106979;REFB=-0.0119503;REVB=0.010394;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130688;STB=0.572069;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0085945;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:19:18:20:11:19:18:20:11 chr5 5182385 . CAA CAAC,C,CAC 187.18 PASS AF=0,0.5,0.5;AO=3,6,5;DP=16;FAO=0,8,8;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0;FSAR=0,7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145975,0.42241,0.16546;FXX=0;HRUN=0,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=99.2756,39.6865,94.6051;QD=46.794;RBI=0.14627,0.422595,0.165668;REFB=0,0,0;REVB=-0.00927518,-0.0124944,0.00830256;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=3,6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0890261,0.055998,0.0596978;OID=.,.,.;OPOS=5182388,5182386,5182387;OREF=-,AA,A;OALT=C,-,C;OMAPALT=CAAC,C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.5,0.5:3,6,5:16:0,8,8:16:0:0,1,0:0,7,8:0:0:41:0:0,0,0:3,6,5:0:0 chr5 5200281 . C T 818.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121181;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.146;QD=57.4136;RBI=0.0351892;REFB=0;REVB=0.0330368;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365818;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:36:19:0:0:38:19:0:0 chr5 5209210 . G A 753.55 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.17;QD=56.8714;RBI=0.0411562;REFB=0;REVB=0.00556535;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125475;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr5 5447607 . A G 284.04 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00968315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.432;QD=12.7657;RBI=0.015546;REFB=-0.00424384;REVB=-0.012162;RO=54;SAF=25;SAR=8;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211013;STB=0.636853;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00833414;OID=.;OPOS=5447607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:56:33:33:0.370787:8:25:32:22:8:25:32:24 chr5 5457724 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT,CATTTTT,TATTTTT 366.77 PASS AF=0,0.362069,0.637931,0,0;AO=3,19,14,2,2;DP=54;FAO=0,21,37,0,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,10,0,0;FSAR=0,13,27,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.250434,-0.170905,-0.303116,-0.119766,-0.0320176;FXX=0.0169463;HRUN=7,7,7,1,1;LEN=1,2,1,2,2;MLLD=158.017,10.9806,8.38743,11.9168,74.9259;QD=25.2944;RBI=0.253345,0.18699,0.339113,0.122317,0.134653;REFB=0.0519823,0.133611,0.167742,0.0841996,0.0509229;REVB=-0.0382932,-0.075871,-0.152047,0.024849,-0.130791;RO=6;SAF=3,3,1,0,0;SAR=0,16,13,2,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.672276,-0.228886,-0.457622,-0.606693,-0.606693;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0784956,-0.0955348,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=5457730,5457725,5457725,5457724,5457724;OREF=T,TT,T,AT,AT;OALT=A,-,-,CA,TA;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT,CATTTTT,TATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:54:54:58:6:0:3,19,14,2,2:0,21,37,0,0:0,0.362069,0.637931,0,0:0,16,13,2,2:3,3,1,0,0:3:3:0,13,27,0,0:0,8,10,0,0:0:0 chr5 5460569 . C T 181.17 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0133742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.909;QD=11.3231;RBI=0.022389;REFB=-0.00951821;REVB=-0.0179555;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16505;STB=0.595605;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0195014;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:10:13:17:24:10:13:17:24 chr5 5460619 . G C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0100025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.37;QD=11.8152;RBI=0.0103128;REFB=-0.0183485;REVB=-0.00251098;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918874;STB=0.543527;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0245598;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:13:11:15:25:13:11:16:25 chr5 5462148 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0246568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.141;QD=28.1411;RBI=0.0293393;REFB=-0.0111635;REVB=-0.0159008;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039064;STB=0.521712;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00393821;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:3:4:8:8:3:4 chr5 5490326 . G A 412.9 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00602511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.559;QD=18.7682;RBI=0.00602564;REFB=-0.0219124;REVB=7.98982e-05;RO=46;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126667;STB=0.561922;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0211592;OID=.;OPOS=5490326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:25:16:24:22:25:17:24:22 chr5 6337241 . T A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0246162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.27;QD=14.8056;RBI=0.03159;REFB=-0.024593;REVB=-0.0197982;RO=55;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185554;STB=0.609699;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0420123;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:16:22:22:33:16:22:22:34 chr5 6602544 . T C 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5482;QD=61.3726;RBI=0.0298315;REFB=0;REVB=0.0277691;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158121;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:26:54:0:0:26:54:0:0 chr5 6604787 . C T 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0182278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.605;QD=17.7525;RBI=0.0213553;REFB=-0.012865;REVB=-0.0111264;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191936;STB=0.596255;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.014377;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:12:13:8:18:12:13:9:18 chr5 6632756 . G A 229.31 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00620661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.303;QD=11.9121;RBI=0.011883;REFB=-0.0184999;REVB=0.0101333;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927477;STB=0.548099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0355939;OID=.;OPOS=6632756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:18:10:21:27:18:10:21:28 chr5 6633779 . C G 42.26 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00907809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.908;QD=18.7819;RBI=0.0991346;REFB=-0.0269364;REVB=0.098718;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0147481;OID=.;OPOS=6633779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr5 6645016 . A G 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00203298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4393;QD=16.4774;RBI=0.0179237;REFB=-0.0138225;REVB=0.017808;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154895;STB=0.588288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.020986;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:17:8:9:10:17:8 chr5 6651970 . A G 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00757558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.881;QD=8.67194;RBI=0.0100537;REFB=-0.00149349;REVB=0.00660964;RO=58;SAF=6;SAR=18;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299848;STB=0.679841;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00263197;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:18:6:28:30:18:6:28:30 chr5 6652009 . G A 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0045209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6739;QD=13.5919;RBI=0.041802;REFB=-0.00172537;REVB=-0.0415568;RO=66;SAF=14;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171263;STB=0.597299;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0022595;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:30:14:31:35:30:14:31:35 chr5 6656210 . G A 179.23 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.010764;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8198;QD=14.3385;RBI=0.0370107;REFB=-0.0159428;REVB=-0.0354108;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296048;STB=0.673075;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0270836;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:16:4:13:17:16:4:13:17 chr5 6748659 . T C 1038.26 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.448;QD=59.3291;RBI=0.0434173;REFB=0;REVB=-0.0429038;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148941;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr5 7047375 . T A 3182.44 PASS AF=0.543011;AO=303;DP=559;FAO=303;FDP=558;FR=.;FRO=255;FSAF=134;FSAR=169;FSRF=118;FSRR=137;FWDB=0.0139389;FXX=0.00178888;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.382;QD=22.8132;RBI=0.0147745;REFB=-0.00993288;REVB=-0.00489814;RO=254;SAF=134;SAR=169;SRF=118;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189473;STB=0.509474;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00858444;OID=.;OPOS=7047375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:558:254:255:303:303:0.543011:169:134:118:136:169:134:118:137 chr5 7654210 . A G 395.68 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00433114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8901;QD=19.3015;RBI=0.00492759;REFB=-0.0108714;REVB=0.00234996;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237118;STB=0.524897;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0138648;OID=.;OPOS=7654210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:39:41:39:41:0.5:23:16:17:22:24:17:19:22 chr5 7802363 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6587;QD=58.5999;RBI=0.0272527;REFB=0;REVB=-0.00251162;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203616;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr5 7826680 . T C 718.26 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.012906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.221;QD=51.3041;RBI=0.0145424;REFB=-0.15996;REVB=0.00670199;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51898;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000287766;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:56:56:0:3:53:53:0.946429:38:15:0:0:38:15:0:3 chr5 7866821 . T C 229.61 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0423943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8778;QD=11.4807;RBI=0.054343;REFB=-0.0248056;REVB=0.0339983;RO=51;SAF=13;SAR=16;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153814;STB=0.588477;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0455618;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:16:13:30:21:16:13:30:21 chr5 7866967 . G C 1606.67 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.432;QD=60.0624;RBI=0.0230079;REFB=0;REVB=-0.005994;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87366e-05;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr5 7867568 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00518587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.617;QD=17.2463;RBI=0.00733478;REFB=-0.000990075;REVB=-0.00518707;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160798;STB=0.592498;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00132026;OID=.;OPOS=7867568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:5:16:17:10:5:16:17:10 chr5 7868030 . T C 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.971;QD=62.6131;RBI=0.0176748;REFB=-0.0194262;REVB=0.0120333;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886502;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000343425;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:44:53:1:0:44:53:1:0 chr5 7878192 . T C 544.53 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0179204;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.584;QD=18.4587;RBI=0.0255469;REFB=-0.0146576;REVB=0.0182073;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821182;STB=0.54552;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0116877;OID=.;OPOS=7878192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:61:61:57:57:0.483051:33:24:31:30:33:24:31:30 chr5 7878424 . T A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00427599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4596;QD=17.1002;RBI=0.0180187;REFB=0.0138107;REVB=-0.017504;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0151409;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:5:10:8:6:5:10 chr5 7885959 . A G 288.79 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0247466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.681;QD=16.2699;RBI=0.0458534;REFB=-0.00985257;REVB=0.0386023;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522987;STB=0.546638;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0158479;OID=.;OPOS=7885959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:39:31:32:0.450704:17:14:16:24:17:15:15:24 chr5 7889216 . G A 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.000181419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.504;QD=12.005;RBI=0.00814893;REFB=-0.00492832;REVB=0.00814691;RO=57;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166648;STB=0.59994;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0119988;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:32:32:0.355556:16:16:20:37:16:16:20:38 chr5 7889304 . C T 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00470859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.792;QD=13.6999;RBI=0.0243675;REFB=-0.0115308;REVB=0.0239083;RO=61;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160438;STB=0.594835;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0133642;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:62:38:38:0.38:20:18:20:41:20:18:20:42 chr5 7891506 . C G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0112464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.302;QD=14.1389;RBI=0.0155526;REFB=-0.00185414;REVB=-0.0107425;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220592;STB=0.627922;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00187641;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:13:7:8:6:13:7 chr5 7897191 . C T 170.58 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.015267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.587;QD=10.8307;RBI=0.0154527;REFB=-0.00895595;REVB=0.00238858;RO=41;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169036;STB=0.598472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.023324;OID=.;OPOS=7897191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:13:9:23:18:13:9:23:18 chr5 7897283 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0167303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.259;QD=14.196;RBI=0.0172135;REFB=-0.0130735;REVB=-0.00404978;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112676;STB=0.564459;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0174458;OID=.;OPOS=7897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:16:16:14:9:16:16 chr5 7900712 . G A 458.44 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.000218266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.755;QD=14.2152;RBI=0.0156349;REFB=0.00514255;REVB=0.0156334;RO=77;SAF=24;SAR=28;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201618;STB=0.511373;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00480317;OID=.;OPOS=7900712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:28:24:37:40:28:24:37:40 chr5 8620513 . G A 168.94 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00562103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.515;QD=24.1338;RBI=0.0997059;REFB=-0.0399721;REVB=-0.0995473;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195324;STB=0.506322;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0200466;OID=.;OPOS=8620513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:10:11:17:17:0.607143:9:8:5:5:9:8:5:6 chr5 9041924 . T C 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174099;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.243;QD=61.3536;RBI=0.0208572;REFB=0;REVB=0.0114857;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172513;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr5 9041935 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.34;QD=61.3364;RBI=0.00631561;REFB=0;REVB=-0.00440948;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5188e-07;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr5 9053945 . C T 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.078;QD=52.6038;RBI=0.0490338;REFB=0;REVB=-0.0393644;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270293;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr5 9122890 . C A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00746935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.906;QD=17.0948;RBI=0.00752751;REFB=-0.0104405;REVB=0.000933901;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375538;STB=0.713964;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0190573;OID=.;OPOS=9122890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:12:23:10:30:12:23:10:31 chr5 9136646 . C G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00524897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.32;QD=16.7848;RBI=0.0154721;REFB=-0.00788414;REVB=0.0145545;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886139;STB=0.549964;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00876621;OID=.;OPOS=9136646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:13:20:20:9:13:20 chr5 9190404 . G A 510.6 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0114384;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.474;QD=23.4758;RBI=0.0549127;REFB=-0.0219115;REVB=-0.0537082;RO=40;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392944;STB=0.520539;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0207654;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:39:47:48:0.551724:28:19:18:22:28:20:18:21 chr5 9280957 . C A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.284;QD=63.866;RBI=0.0140265;REFB=0;REVB=-0.0130054;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50916e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr5 9629529 . G A 79.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0115992;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.573;QD=13.7848;RBI=0.0168146;REFB=-0.0277582;REVB=-0.0121733;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.620451;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0181312;OID=.;OPOS=9629529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:8:5:6:4:8:5 chr5 9761013 . C A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00281949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.929;QD=14.6526;RBI=0.0227331;REFB=-0.0153186;REVB=-0.0225576;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309389;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0283672;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:2:6:3:5:2:6 chr5 9761022 . C T 70.03 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.016831;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.524;QD=14.7425;RBI=0.0172672;REFB=-0.00457566;REVB=-0.00385657;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225517;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00931668;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:3:7:4:5:3:7 chr5 9761048 . C G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.024462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.819;QD=14.7981;RBI=0.0255673;REFB=0.0127143;REVB=0.00743622;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0169561;OID=.;OPOS=9761048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr5 10237036 . A G 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127134;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.334;QD=57.5643;RBI=0.0172497;REFB=0;REVB=-0.0116586;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77149e-05;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr5 10239261 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.098;QD=61.5362;RBI=0.0207124;REFB=0;REVB=-0.0200749;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03082e-05;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr5 10239278 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.049;QD=60.8835;RBI=0.0288531;REFB=0;REVB=0.0134569;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60911e-05;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr5 10250430 . G A 1337.92 PASS AF=0.932692;AO=97;DP=103;FAO=97;FDP=104;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0618906;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.1194;QD=51.4585;RBI=0.0952982;REFB=-0.090821;REVB=0.0724659;RO=1;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797141;STB=0.503355;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00646831;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:103:104:1:7:97:97:0.932692:59:38:0:1:60:37:3:4 chr5 10250443 . T C 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.429;QD=60.3498;RBI=0.0151045;REFB=0;REVB=-0.00869051;RO=0;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61179e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:68:42:0:0:68:42:0:0 chr5 10254817 . A G 1007.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.219;QD=59.2839;RBI=0.017067;REFB=0;REVB=0.00711454;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2591e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr5 10256161 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.293;QD=60.8831;RBI=0.100199;REFB=0;REVB=0.00359455;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537209;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr5 10261966 . G A 963.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3806;QD=58.4136;RBI=0.0287995;REFB=0;REVB=-0.0194372;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396656;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:36:30:0:0 chr5 10374392 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00810874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.043;QD=10.6681;RBI=0.00908672;REFB=-0.00884624;REVB=-0.00410083;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123941;STB=0.507448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0213856;OID=.;OPOS=10374392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:7:11:6:4:7:11 chr5 10505585 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00509226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.724;QD=18.7955;RBI=0.0218324;REFB=-0.0150974;REVB=0.0212302;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564209;STB=0.541631;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0309925;OID=.;OPOS=10505585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:12:11:14:12:12:11:15:12 chr5 10564846 . C T 1968.23 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687253;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7841;QD=61.9916;RBI=0.0472599;REFB=0;REVB=0.0467575;RO=1;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99841e-05;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:1:0:125:127:1:62:63:0:1:64:63:0:0 chr5 10624887 . T C 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.024216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.977;QD=19.7816;RBI=0.0251194;REFB=-0.0128003;REVB=-0.00667623;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440157;STB=0.524422;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00924499;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:20:21:23:18:20:21:23:18 chr5 10638180 . T C 546.29 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0206345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.138;QD=24.0128;RBI=0.0213558;REFB=-0.00720131;REVB=-0.00550346;RO=40;SAF=26;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162046;STB=0.512948;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00535686;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:50:51:0.56044:24:26:20:20:24:27:20:20 chr5 11117583 . C T 285.47 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0342283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.711;QD=17.8421;RBI=0.06168;REFB=-0.00829107;REVB=0.0513112;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865288;STB=0.531702;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00997343;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:31:33:31:31:0.484375:15:16:13:18:15:16:15:18 chr5 13811775 . T C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0386951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6148;QD=23.0409;RBI=0.039584;REFB=0.00377207;REVB=0.00834132;RO=40;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103408;STB=0.556795;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00168141;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:24:24:25:15:24:24:25:15 chr5 13829799 . G A 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00439279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.072;QD=23.0875;RBI=0.021041;REFB=0.00218365;REVB=-0.0205773;RO=34;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13984;STB=0.576653;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00216231;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:23:20:10:24:23:20:10:24 chr5 13845045 . G A 536.43 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00779061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.508;QD=23.8414;RBI=0.011527;REFB=-0.0240691;REVB=0.00849578;RO=40;SAF=28;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489483;STB=0.526871;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0195715;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:22:28:20:20:22:28:20:20 chr5 13882841 . A G 115.35 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00568038;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.948;QD=10.2531;RBI=0.0146802;REFB=-0.00817796;REVB=0.0135366;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268019;STB=0.538406;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0236891;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:17:14:6:8:16:15 chr5 13900345 . A G 1979.64 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686013;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.437;QD=62.3509;RBI=0.0280814;REFB=0;REVB=0.0272305;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5228e-06;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr5 13902220 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.112;QD=56.7063;RBI=0.0324507;REFB=0;REVB=-0.0160197;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105717;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr5 13913885 . A G 2867.7 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078248;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.402;QD=62.682;RBI=0.00933424;REFB=0.0271654;REVB=-0.00508926;RO=1;SAF=80;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54691e-05;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:183:1:0:183:183:1:103:80:0:1:103:80:0:0 chr5 13931340 . C T 727.63 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.693;QD=63.2721;RBI=0.0345612;REFB=0;REVB=0.0341973;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603331;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr5 13944512 . A C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9406;QD=62.9824;RBI=0.0175006;REFB=0;REVB=-0.0087599;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322426;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:11:34:0:0:11:34:0:0 chr5 14184022 . G A 206.88 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0154391;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.627;QD=8.80343;RBI=0.0220383;REFB=0.000655019;REVB=-0.0157264;RO=52;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468732;STB=0.508387;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00237746;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:67:27:27:0.287234:15:12:21:31:15:12:29:38 chr5 14184079 . G A 275.38 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00334549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.005;QD=11.0152;RBI=0.00334579;REFB=0.00393776;REVB=4.46534e-05;RO=67;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811966;STB=0.547235;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00743377;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:67:33:33:0.33:20:13:31:36:20:13:31:36 chr5 14368975 . C T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00478948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.749;QD=19.6924;RBI=0.0176794;REFB=0.00269914;REVB=-0.0170183;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288093;STB=0.660647;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00276856;OID=.;OPOS=14368975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:7:18:10:16:7:18 chr5 14397238 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00451805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.346;QD=18.9482;RBI=0.0251373;REFB=-0.0171116;REVB=0.0247279;RO=26;SAF=20;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38395;STB=0.721492;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00918295;OID=.;OPOS=14397238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:8:20:7:19:8:20:7:20 chr5 14420027 . A C 549.22 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0456406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8157;QD=23.8793;RBI=0.0541167;REFB=-0.00626895;REVB=0.0290784;RO=41;SAF=14;SAR=37;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23471;STB=0.629436;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0046747;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:37:14:22:19:37:14:22:19 chr5 14492756 . C T 299.02 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.000680259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6096;QD=16.163;RBI=0.00479362;REFB=-0.0149628;REVB=-0.00474511;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188787;STB=0.605996;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0125472;OID=.;OPOS=14492756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:41:33:33:0.445946:20:13:23:16:20:13:24:17 chr5 14498727 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0633723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1034;QD=21.6129;RBI=0.0635148;REFB=0.00681451;REVB=-0.00425331;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056906;STB=0.531888;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00392923;OID=.;OPOS=14498727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:10:13:12:12:10:13 chr5 14709412 . A AT 66.08 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0347793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.1307;QD=8.52647;RBI=0.13092;REFB=-0.0403394;REVB=0.126216;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2224;STB=0.586817;STBP=0.447;TYPE=ins;VARB=0.0752981;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:11:32:13:31:18:9:4:10:8:65:17:8:3:9:8 chr5 16478200 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5527;QD=64.1527;RBI=0.0645658;REFB=0;REVB=0.0278504;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176382;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr5 16666180 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9407;QD=57.1959;RBI=0.0270393;REFB=0;REVB=0.00135033;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656786;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr5 16673975 . C G 810.59 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.356;QD=56.8838;RBI=0.0324118;REFB=0;REVB=0.0213017;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750396;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:38:17:0:0:38:19:0:0 chr5 16769273 . G A 568.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.046;QD=59.8159;RBI=0.0256397;REFB=0;REVB=-0.0231567;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000453027;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chr5 16794916 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0625692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.996;QD=21.0138;RBI=0.0626388;REFB=0.0505517;REVB=-0.002951;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108456;STB=0.562378;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0147823;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:2:9:5:2:2:9:5:2 chr5 17345804 . C A 958.69 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710773;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.366;QD=58.9963;RBI=0.025493;REFB=0;REVB=0.0244821;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.369e-05;OID=.;OPOS=17345804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr5 19721490 . T C 1741.74 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322774;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4814;QD=59.5467;RBI=0.0323045;REFB=-0.0574408;REVB=-0.00132178;RO=1;SAF=51;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092192;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00435404;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:117:1:1:113:116:0.991453:62:51:1:0:62:54:1:0 chr5 21751367 . CTT C 152.9 PASS AF=0.409836;AO=22;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0176038;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.3939;QD=10.026;RBI=0.030337;REFB=0.00468951;REVB=0.0247071;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144845;STB=0.569027;STBP=0.403;TYPE=del;VARB=-0.00561299;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:22:62:25:61:36:9:16:17:19:99:32:8:14:16:16 chr5 21752050 . A G 601.08 PASS AF=0.394286;AO=69;DP=176;FAO=69;FDP=175;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.000906675;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.096;QD=13.739;RBI=0.00572733;REFB=-0.00471366;REVB=-0.00565511;RO=107;SAF=38;SAR=31;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397916;STB=0.525134;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00631321;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:107:106:69:69:0.394286:31:38:55:52:31:38:54:52 chr5 21752056 . A G 562.77 PASS AF=0.383721;AO=66;DP=172;FAO=66;FDP=172;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.00687464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.377;QD=13.0877;RBI=0.0109431;REFB=-0.00287884;REVB=-0.00851421;RO=105;SAF=35;SAR=31;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174466;STB=0.507065;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00408884;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:105:106:66:66:0.383721:31:35:54:51:31:35:55:51 chr5 23526968 . T C 95.38 PASS AF=0.857143;AO=8;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.184927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.6332;QD=27.2502;RBI=0.21458;REFB=-0.249024;REVB=0.108842;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101851;STB=0.646759;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.174767;OID=.;OPOS=23526968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:13:14:5:2:8:12:0.857143:1:7:4:1:1:11:1:1 chr5 23976115 . G A 274.2 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00363467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.589;QD=8.99001;RBI=0.00404884;REFB=-0.00968448;REVB=-0.0017839;RO=85;SAF=20;SAR=17;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133016;STB=0.507791;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0202774;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:85:37:37:0.303279:17:20:45:40:17:20:45:40 chr5 24910721 . C G 727.2 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.086;QD=63.2352;RBI=0.0453955;REFB=0;REVB=0.00721497;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463915;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr5 26198591 . C T 2219.66 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114764;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.462;QD=63.419;RBI=0.029586;REFB=0;REVB=0.0272694;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31836e-05;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:76:64:0:0:76:64:0:0 chr5 26903557 . G A,T 1296.97 PASS AF=0.942529,0.045977;AO=82,4;DP=87;FAO=82,4;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46,1;FSAR=36,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00945252,-0.0534598;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=215.95,18.4142;QD=59.631;RBI=0.0172013,0.0764144;REFB=0.00149461,0.00276386;REVB=-0.0143714,-0.0546005;RO=1;SAF=46,1;SAR=36,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0101845,-0.272709;STB=0.505375,0.665771;STBP=0.501,0.27;TYPE=snp,snp;VARB=0.000395175,0.049362;OID=.,.;OPOS=26903557,26903557;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:87:87:1:1:82,4:82,4:0.942529,0.045977:36,3:46,1:1:0:36,3:46,1:1:0 chr5 31409252 . A G 161.42 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0148966;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.027;QD=11.9567;RBI=0.0187049;REFB=-0.0217512;REVB=0.0113121;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085668;STB=0.531567;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0283046;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:36:34:20:20:0.37037:11:9:19:17:11:9:17:17 chr5 31423007 . T C 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.714;QD=61.7728;RBI=0.0112839;REFB=0;REVB=0.00393035;RO=0;SAF=48;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24873e-06;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:76:48:0:0:76:48:0:0 chr5 32058115 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.411;QD=63.5817;RBI=0.0646113;REFB=0;REVB=-0.00507793;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251328;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:37:10:0:0:37:10:0:0 chr5 32074509 . G A 245.32 PASS AF=0.453125;AO=23;DP=59;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00500005;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.718;QD=15.3327;RBI=0.105625;REFB=-0.018292;REVB=0.105507;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279928;STB=0.545424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0283823;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:36:35:23:29:0.453125:9:14:21:15:14:15:21:14 chr5 32087802 . A G 119.35 PASS AF=0.636364;AO=12;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.050077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.936;QD=21.7005;RBI=0.0580857;REFB=-0.0365215;REVB=0.029432;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162618;STB=0.633602;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.016817;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:22:7:8:12:14:0.636364:8:4:4:3:10:4:5:3 chr5 32087808 . G C 110.8 PASS AF=0.52381;AO=8;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0287052;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.705;QD=21.105;RBI=0.0288484;REFB=0.0043707;REVB=0.00287013;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.659488;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00316727;OID=.;OPOS=32087808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:20:21:8:8:8:11:0.52381:5:3:5:3:8:3:5:3 chr5 32090294 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0147924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.124;QD=22.1441;RBI=0.02916;REFB=-0.0413141;REVB=0.0251294;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188707;STB=0.60546;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0240366;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:3:10:9:8:3:10 chr5 32090631 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 178.17 PASS AF=0.870968,0;AO=17,3;DP=32;FAO=27,0;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=13,0;FSAR=14,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0943467,-0.0905436;FXX=0.0312402;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.4529,11.4621;QD=22.9899;RBI=0.123192,0.0949347;REFB=-0.0599875,-0.0419435;REVB=0.0792148,0.0285389;RO=9;SAF=8,3;SAR=9,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0527584,0.640421;STB=0.534581,0.5;STBP=0.383,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0610819,0;OID=.,.;OPOS=32090632,32090636;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870968,0:17,3:32:27,0:31:4:13,0:14,0:3:1:16:9:8,3:9,0:5:4 chr5 32093070 . G A 489.21 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0136361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.014;QD=21.9869;RBI=0.0219167;REFB=-0.0036304;REVB=-0.017158;RO=42;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546385;STB=0.530108;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00548626;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:25:22:17:25:25:22:17:25 chr5 32229677 . G A 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.822;QD=62.3373;RBI=0.0108339;REFB=0;REVB=-0.00747595;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21696e-06;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr5 32400266 . A G 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0150561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.702;QD=8.8456;RBI=0.018262;REFB=-0.00216675;REVB=-0.0103351;RO=38;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311622;STB=0.687266;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00983891;OID=.;OPOS=32400266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:5:11:16:22:5:11:16:22 chr5 32403346 . C T 1952.18 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4144;QD=61.9741;RBI=0.0401017;REFB=0;REVB=0.00560028;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176988;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:64:62:0:0:64:62:0:0 chr5 32789852 . T C 740.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.29;QD=56.9875;RBI=0.0343859;REFB=0;REVB=0.0161162;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241715;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr5 32790616 . T C 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.565;QD=60.6462;RBI=0.0160385;REFB=0;REVB=-0.0115725;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08574e-07;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:51:62:0:0:51:62:0:0 chr5 33461355 . G A 478.52 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0070681;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.582;QD=19.5312;RBI=0.00827072;REFB=-9.59545e-05;REVB=-0.00429496;RO=50;SAF=14;SAR=33;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238661;STB=0.628953;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000112694;OID=.;OPOS=33461355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:50:51:47:47:0.479592:33:14:27:23:33:14:27:24 chr5 33535060 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.553;QD=60.2306;RBI=0.0184292;REFB=0;REVB=-0.0163266;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221716;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr5 33751454 . A T 172.94 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0144735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.219;QD=18.6961;RBI=0.0337478;REFB=0.000341503;REVB=0.0304865;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000414462;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr5 33881252 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00786895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.178;QD=10.1695;RBI=0.0572631;REFB=-0.000300594;REVB=-0.0567198;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510626;STB=0.812299;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000210705;OID=.;OPOS=33881252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:11:11:0.333333:1:10:12:9:1:10:13:9 chr5 33938447 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.977;QD=48.7373;RBI=0.0578048;REFB=0;REVB=0.0575579;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295365;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr5 33954511 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.696;QD=61.3756;RBI=0.0571299;REFB=0;REVB=0.0555753;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03305e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr5 33963870 . C T 417.78 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0204494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.091;QD=22.5826;RBI=0.0245634;REFB=0.0118803;REVB=-0.0136082;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466455;STB=0.525679;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0124248;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:20:21:15:18:20:21:15:18 chr5 33989503 . C G 211.21 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.010927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0115;QD=12.0691;RBI=0.0439349;REFB=-0.0150394;REVB=0.0425544;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578754;STB=0.533308;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0255792;OID=.;OPOS=33989503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:26:18:12:14:26:18 chr5 33989518 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0156885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.149;QD=11.5708;RBI=0.0158416;REFB=-0.0261662;REVB=-0.00219731;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061546;STB=0.535684;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0347162;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:9:15:24:18:9:15:24:18 chr5 33994182 . T C 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0164899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.848;QD=17.9232;RBI=0.0174226;REFB=-0.0100349;REVB=0.00562405;RO=46;SAF=15;SAR=25;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163856;STB=0.591669;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0114451;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:25:15:25:21:25:15:25:21 chr5 33998883 . A G 446.76 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0502073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.886;QD=16.7015;RBI=0.0515476;REFB=0.0119171;REVB=0.0116779;RO=58;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123707;STB=0.569037;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0136929;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:29:20:31:27:29:20:31:27 chr5 34020277 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000941082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.939;QD=58.2429;RBI=0.0098838;REFB=0.0454984;REVB=-0.0098389;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000578294;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chr5 34038537 . A G 260.58 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0053232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.184;QD=14.4764;RBI=0.00797005;REFB=0.00190597;REVB=-0.00593171;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979571;STB=0.555519;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00411697;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:15:15:17:25:15:15:17:25 chr5 34802384 . A G 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.027077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.389;QD=16.2371;RBI=0.0277158;REFB=-0.00316965;REVB=0.00591665;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271388;STB=0.652958;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00269848;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:20:10:22:14:20:10:22:14 chr5 34840841 . A G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0091049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.268;QD=29.0929;RBI=0.0097013;REFB=-0.0172158;REVB=-0.00334904;RO=12;SAF=19;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328153;STB=0.672865;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0136075;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:5:19:4:8:5:19:5:8 chr5 34925328 . T A 784.35 PASS AF=0.968254;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198903;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=25.5167;QD=49.7997;RBI=0.073703;REFB=-0.0580766;REVB=-0.0709683;RO=1;SAF=45;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01037;STB=0.510201;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00635353;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:63:1:2:58:61:0.968254:13:45:1:0:13:48:2:0 chr5 35010138 . A G 1828.61 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486283;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.148;QD=61.4659;RBI=0.0491548;REFB=0;REVB=-0.00717524;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06233e-05;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:119:0:0:109:119:1:40:69:0:0:40:79:0:0 chr5 35033605 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.261;QD=61.3363;RBI=0.0376063;REFB=0;REVB=0.0344596;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180204;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr5 35037115 . C T 321.02 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0121583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.907;QD=16.2541;RBI=0.0145395;REFB=0.00380943;REVB=-0.00797322;RO=44;SAF=9;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127494;STB=0.57214;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00526663;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:26:9:16:28:26:9:16:28 chr5 35039486 . C T 370.32 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00422143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.628;QD=17.4267;RBI=0.0191862;REFB=-0.0097995;REVB=0.0187161;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687495;STB=0.550433;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0126817;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:46:38:39:0.458824:17:21:28:17:18:21:29:17 chr5 35644621 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0260886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.91;QD=19.9927;RBI=0.0402749;REFB=0.00419574;REVB=0.0306831;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305004;STB=0.517226;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00372595;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:15:8:7:15:15:8 chr5 35700598 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.108;QD=45.8068;RBI=0.0302827;REFB=0;REVB=-0.023479;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83016e-05;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr5 35702306 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.264;QD=59.0187;RBI=0.031524;REFB=0;REVB=0.00471311;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121987;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 35709095 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.261;QD=63.7515;RBI=0.0159045;REFB=0;REVB=-0.012053;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10232e-05;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:60:36:0:0:60:36:0:0 chr5 35709184 . G C 1470.51 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00610628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7495;QD=60.0209;RBI=0.0289013;REFB=0.00114525;REVB=0.0282488;RO=3;SAF=32;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042396;STB=0.522383;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000694282;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:63:32:3:0:63:32:3:0 chr5 35764696 . C T 803.81 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0692006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9504;QD=55.4351;RBI=0.0704555;REFB=-0.00648212;REVB=0.0132381;RO=1;SAF=39;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119389;STB=0.506171;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000454761;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:17:39:1:0:17:40:1:0 chr5 35861068 . T C 555.11 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0124479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.905;QD=18.5036;RBI=0.013296;REFB=-0.00543385;REVB=-0.0046726;RO=62;SAF=29;SAR=29;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752561;STB=0.541652;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00562027;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:29:29:26:36:29:29:26:36 chr5 35871190 . G A 313.61 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0135977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.904;QD=17.4229;RBI=0.0203906;REFB=-0.00894154;REVB=-0.0151947;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174151;STB=0.596961;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00994832;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:11:27:18:16:11:27 chr5 35874575 . C T 826.06 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=153;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00751881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.305;QD=21.456;RBI=0.0558407;REFB=-0.018307;REVB=-0.0553322;RO=71;SAF=46;SAR=36;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117279;STB=0.567346;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0121174;OID=.;OPOS=35874575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:71:72:82:82:0.532468:36:46:30:41:36:46:30:42 chr5 35875593 . A T 945.86 PASS AF=0.505435;AO=79;DP=172;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.0461201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.324;QD=20.5622;RBI=0.0470916;REFB=-0.0110688;REVB=0.00951612;RO=90;SAF=30;SAR=49;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930572;STB=0.538598;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0106862;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:184:90:91:79:93:0.505435:49:30:35:55:49:44:36:55 chr5 35910529 . C T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.663;QD=52.4084;RBI=0.018651;REFB=-0.0645518;REVB=-0.00418798;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582581;STB=0.53123;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00120484;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:2:0:17:15:2:0 chr5 35962984 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0461615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.346;QD=10.0339;RBI=0.0483951;REFB=-0.0335609;REVB=0.0145325;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0340864;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr5 36269551 . G C 185.8 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00612903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.892;QD=10.9292;RBI=0.00748564;REFB=0.00204457;REVB=-0.00429764;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335767;STB=0.666528;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00270453;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:23:24:0.352941:7:16:17:26:8:16:18:26 chr5 36985303 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00196685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.237;QD=14.6525;RBI=0.0217528;REFB=0.0050534;REVB=0.0216637;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00233773;OID=.;OPOS=36985303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr5 37036492 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00525455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.261;QD=16.9413;RBI=0.0544307;REFB=-0.0114969;REVB=0.0541764;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256938;STB=0.51469;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0121698;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:12:12:9:10:12:12 chr5 37057334 . GT G 83.62 PASS AF=0.287129;AO=34;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.245666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4884;QD=3.31161;RBI=0.27959;REFB=-0.0510688;REVB=-0.133487;RO=63;SAF=6;SAR=28;SRF=22;SRR=41;SSEN=0.580645;SSEP=0;SSSB=-0.263167;STB=0.85639;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0686411;OID=.;OPOS=37057335;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287129:34:101:29:101:72:2:27:29:43:83:63:6:28:22:41 chr5 37173930 . A C 474.39 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00138332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.256;QD=14.9414;RBI=0.0068716;REFB=-0.00782462;REVB=0.00673092;RO=74;SAF=28;SAR=25;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293723;STB=0.516507;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0132247;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:25:28:37:37:25:28:37:37 chr5 37176091 . A G 252.52 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000676451;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.282;QD=17.1199;RBI=0.000870729;REFB=0.00736306;REVB=0.000548254;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785169;STB=0.544104;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00664516;OID=.;OPOS=37176091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:14:17:13:15:14:17 chr5 37182902 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00290832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.251;QD=17.379;RBI=0.0226401;REFB=-0.0074533;REVB=-0.0224525;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741783;STB=0.541641;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00925046;OID=.;OPOS=37182902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:11:22:22:15:11:22:22:15 chr5 37239884 . T G 471.81 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0294775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.198;QD=20.9694;RBI=0.0428269;REFB=-0.019523;REVB=0.031068;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157931;STB=0.587211;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0164526;OID=.;OPOS=37239884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:21:25:16:28:21:25:16:28 chr5 37244479 . CATTTTTTA CAGGTTTTA,CATTTTTA,CATTTTTAG,TCATTTTTA 164.71 PASS AF=0.242424,0.484848,0.0606061,0;AO=2,11,2,4;DP=36;FAO=8,16,2,0;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=8,6,2,0;FSAR=0,10,0,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0297447,0.0838678,0.00232469,0.0663374;FXX=0.0833102;HRUN=6,6,6,1;LEN=2,1,2,3;MLLD=83.7637,11.2929,73.3824,18.1488;QD=19.9649;RBI=0.0606799,0.239633,0.0369599,0.120002;REFB=-0.0534142,-0.127101,-0.0176627,-0.0782607;REVB=-0.0528896,-0.224478,-0.0368867,-0.0999989;RO=6;SAF=2,5,2,0;SAR=0,6,0,4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0.33042,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.524163,-0.23253,0.524163,-0.776095;STB=0.997818,0.604264,0.992254,0.5;STBP=0.093,0.17,0.347,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.140615,0.0677054,0.0703529,0;OID=.,.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244486,37244479;OREF=TT,T,TA,CAT;OALT=GG,-,AG,TCA;OMAPALT=CAGGTTTTA,CATTTTTA,CATTTTTAG,TCATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:36:33:6:7:2,11,2,4:8,16,2,0:0.242424,0.484848,0.0606061,0:0,6,0,4:2,5,2,0:5:1:0,10,0,0:8,6,2,0:5:2 chr5 37294473 . T C 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00772645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.734;QD=16.4181;RBI=0.00793007;REFB=-0.000489611;REVB=0.00178551;RO=58;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204202;STB=0.511404;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000633627;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:23:25:29:29:23:25:29:29 chr5 37309371 . TAGA T,TAG 131.43 PASS AF=0.518519,0;AO=14,3;DP=30;FAO=14,0;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=9,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0193717,0.0684561;FXX=0.0999667;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=256.274,24.8;QD=19.4717;RBI=0.0240485,0.125107;REFB=-0.0138883,-0.0392206;REVB=-0.0142501,-0.104717;RO=9;SAF=5,0;SAR=9,3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.018083,-0.612869;STB=0.568769,0.5;STBP=0.505,1;TYPE=del,del;VARB=0.0125986,0;OID=.,.;OPOS=37309372,37309374;OREF=AGA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519,0:14,3:30:14,0:27:13:5,0:9,0:3:10:99:9:5,0:9,3:3:6 chr5 37364443 . C A,T 389.33 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755308,-0.0142836;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2685,143.817;QD=55.6191;RBI=0.0381799,0.0282034;REFB=0,0;REVB=0.0374254,-0.0243189;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.28381e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0902353,0.000186202;OID=.,.;OPOS=37364443,37364443;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,8:2,18:0:0:0,8:2,18:0:0 chr5 37700516 . C T 2222.89 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.1;QD=63.0607;RBI=0.0362889;REFB=0;REVB=0.016166;RO=0;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294418;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:73:67:0:0:74:67:0:0 chr5 38337657 . G A 569.92 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00654034;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.185;QD=25.0514;RBI=0.0234389;REFB=-0.0296423;REVB=-0.0225079;RO=39;SAF=23;SAR=29;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460638;STB=0.525195;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.027069;OID=.;OPOS=38337657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:39:39:52:52:0.571429:29:23:15:24:29:23:15:24 chr5 38370537 . T C 141.79 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0180439;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.802;QD=19.5568;RBI=0.0220015;REFB=-0.0109084;REVB=-0.0125891;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212664;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00834906;OID=.;OPOS=38370537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:16:14:15:15:0.517241:10:5:9:7:10:5:7:7 chr5 38412674 . C T 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00110419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.038;QD=12.0196;RBI=0.0485479;REFB=0.00471259;REVB=-0.0485353;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221229;STB=0.630808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0250671;OID=.;OPOS=38412674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:11:14:5:9:11:14 chr5 38475507 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2864;QD=59.6782;RBI=0.0397992;REFB=0;REVB=-0.0358667;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450387;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr5 38820695 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.336;QD=45.8068;RBI=0.0320684;REFB=0;REVB=-0.0301475;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343807;OID=.;OPOS=38820695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr5 38822040 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0441;QD=45.8064;RBI=0.0553094;REFB=0;REVB=0.0399053;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06995e-05;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr5 38823254 . C T 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.849;QD=57.8768;RBI=0.0113429;REFB=0;REVB=-0.00398338;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16873e-05;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr5 38904514 . A G 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00664533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.864;QD=19.1823;RBI=0.0233556;REFB=0.00324893;REVB=-0.0223902;RO=42;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053959;STB=0.523129;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00279713;OID=.;OPOS=38904514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:19:22:25:17:19:22:25:18 chr5 38921788 . G A 1123.95 PASS AF=0.504505;AO=112;DP=225;FAO=112;FDP=222;FR=.;FRO=110;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0168655;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.319;QD=20.2513;RBI=0.0227586;REFB=-0.00501454;REVB=0.015281;RO=112;SAF=52;SAR=60;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410089;STB=0.513931;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00488062;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:222:112:110:112:112:0.504505:60:52:47:65:60:52:48:62 chr5 38938664 . A G 1328.57 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879194;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.066;QD=62.5211;RBI=0.0259223;REFB=0;REVB=0.0243858;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154601;OID=.;OPOS=38938664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:61:24:0:0:61:24:0:0 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1146.51 PASS AF=0.111842,0.888158;AO=20,33;DP=152;FAO=17,135;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=17,42;FSAR=0,93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870182,-0.143877;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=187.152,9.81155;QD=30.1714;RBI=0.138579,0.802432;REFB=-0.00460109,0.0181753;REVB=0.107851,0.789428;RO=81;SAF=20,19;SAR=0,14;SRF=5;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.882043,0.604437;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.130736,-0.0220997;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111842,0.888158:20,33:152:17,135:152:0:17,42:0,93:0:0:72:81:20,19:0,14:5:76 chr5 38941425 . ATG A,AT,ATT 897.91 PASS AF=0.0153846,0.953846,0.0307692;AO=11,38,17;DP=66;FAO=1,62,2;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31,0;FSAR=0,31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162956,-0.015281,-0.014376;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=163.765,168.789,162.7;QD=55.2563;RBI=0.0404823,0.0248489,0.0482187;REFB=0,0,0;REVB=0.0370576,-0.0195949,-0.0460258;RO=0;SAF=4,24,4;SAR=7,14,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.76123e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0126446,-0.000292918,0.0132856;OID=.,.,.;OPOS=38941426,38941427,38941427;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0153846,0.953846,0.0307692:11,38,17:66:1,62,2:65:0:1,31,0:0,31,2:0:0:8:0:4,24,4:7,14,13:0:0 chr5 38942090 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.695;QD=60.2031;RBI=0.0143319;REFB=0;REVB=-0.00995708;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80892e-05;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr5 38950776 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.153;QD=59.1432;RBI=0.0216743;REFB=0;REVB=0.00409653;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6268e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr5 38955796 . G A 1933.24 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6864;QD=61.8636;RBI=0.0333973;REFB=0;REVB=0.0154236;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75171e-05;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:64:61:0:0:64:61:0:0 chr5 39108309 . A G 119.72 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00631168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.209;QD=9.39;RBI=0.00722171;REFB=-0.00272985;REVB=-0.00350939;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401673;STB=0.542799;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00819293;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:36:14:15:0.294118:5:9:22:14:5:10:22:14 chr5 39108322 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.304;QD=57.1774;RBI=0.0236468;REFB=0;REVB=0.0222155;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90153e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr5 39119723 . C A 160.88 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00273755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.509;QD=18.3861;RBI=0.0165171;REFB=-0.00371049;REVB=0.0162887;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581634;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00401032;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:9:7:9:9:10:7:9:9 chr5 40692940 . G A 236.43 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0527116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7012;QD=11.2587;RBI=0.0662265;REFB=0.0151527;REVB=-0.0400928;RO=55;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129769;STB=0.575112;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0327402;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:16:13:31:24:16:13:31:24 chr5 40762735 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0139709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.156;QD=3.1573;RBI=0.0374406;REFB=-0.00240103;REVB=-0.0347364;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311493;STB=0.734406;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0164064;OID=.;OPOS=40762735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:1:5:22:14:1:5:22:14 chr5 40852451 . C G 1437.73 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3561;QD=61.838;RBI=0.036607;REFB=-0.196245;REVB=-0.019334;RO=1;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810429;STB=0.504273;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00755163;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:58:34:0:1:58:34:0:1 chr5 40955561 . G C 557.79 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00123039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2033;QD=17.2959;RBI=0.0289443;REFB=-0.00345769;REVB=0.0289182;RO=70;SAF=21;SAR=37;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977716;STB=0.557875;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00388232;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:70:70:58:59:0.457364:37:21:32:38:38:21:32:38 chr5 40972111 . C T 3366.25 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.026;QD=62.338;RBI=0.00985126;REFB=0;REVB=-0.00677235;RO=0;SAF=112;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53218e-07;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:104:112:0:0:104:112:0:0 chr5 40998196 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.279;QD=61.3364;RBI=0.0420933;REFB=0;REVB=0.0419624;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107521;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr5 40998235 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0162893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.062;QD=13.3679;RBI=0.0288299;REFB=0.00160054;REVB=0.023787;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136855;STB=0.579355;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00314723;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:10:21:10:8:10:21 chr5 41000343 . G A 902.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.533;QD=58.211;RBI=0.0187587;REFB=0;REVB=-0.0183629;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92071e-05;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr5 41008780 . A G 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.000455406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.262;QD=19.3191;RBI=0.0172712;REFB=-0.0213953;REVB=0.0172652;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176348;STB=0.509799;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0203159;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:25:17:17:27:25:17:17:27 chr5 41033909 . ATCTATCTATCTATC A 33.8 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.114941;FXX=0;HRUN=1;LEN=14;MLLD=305.392;QD=16.9008;RBI=0.115031;REFB=-0.006125;REVB=-0.00454592;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.0057693;OID=.;OPOS=41033910;OREF=TCTATCTATCTATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:5:8:5:8:3:3:2:0:3:13:2:3:2:0:2 chr5 41042284 . G T 269.25 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.08311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4719;QD=16.569;RBI=0.0833159;REFB=-0.00622933;REVB=0.0058531;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923656;STB=0.551833;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0052255;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:16:14:13:22:16:14:13:22 chr5 41049389 . T C 323.53 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0619804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2862;QD=19.608;RBI=0.0659338;REFB=0.00178681;REVB=-0.0224875;RO=32;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796316;STB=0.544352;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00230458;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:23:11:13:19:23:11:13:19 chr5 41049397 . C T 431.94 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00135979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.723;QD=23.0368;RBI=0.00480973;REFB=-0.0387487;REVB=-0.00461351;RO=33;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284133;STB=0.515618;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0224858;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:24:18:13:20:24:18:13:20 chr5 41054934 . A G 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0258566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.239;QD=10.1679;RBI=0.0296444;REFB=-0.0043065;REVB=-0.0144991;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148522;STB=0.587385;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0110323;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:8:11:17:21:8:11:17:21 chr5 41061716 . A G 514.37 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00460181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.491;QD=18.8761;RBI=0.00907224;REFB=0.00244047;REVB=-0.0078185;RO=53;SAF=33;SAR=21;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225203;STB=0.632646;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00353322;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:55:54:54:0.495413:21:33:19:34:21:33:19:36 chr5 41158863 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.908;QD=60.3764;RBI=0.0187642;REFB=0;REVB=-0.00295567;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47384e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr5 41199959 . G T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000504324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.921;QD=19.6972;RBI=0.00899905;REFB=-0.00700509;REVB=0.0089849;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226186;STB=0.627333;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00926297;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:15:7:12:9:15:7 chr5 42700044 . A G 1095.0 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6651;QD=59.9999;RBI=0.0356961;REFB=0;REVB=0.0275063;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253253;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:33:36:0:0:37:36:0:0 chr5 42719239 . A C 708.62 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00602349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.131;QD=60.3082;RBI=0.00943881;REFB=-0.0279285;REVB=0.00726697;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=5.52289e-05;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:18:27:0:0:18:28:0:1 chr5 42720068 . T A,TA 554.81 PASS AF=0,0.906977;AO=2,37;DP=43;FAO=0,39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=0,20;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0147166,-0.0102414;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=39.6914,256.274;QD=51.6101;RBI=0.0674949,0.0102418;REFB=-0.0643298,0.000196381;REVB=0.065871,0.000100532;RO=4;SAF=2,18;SAR=0,19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767801,0.0889307;STB=0.5,0.547595;STBP=1,0.069;TYPE=snp,ins;VARB=0.00584809,-0.00902211;OID=.,.;OPOS=42720068,42720069;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:43:43:4:4:2,37:0,39:0,0.906977:0,19:2,18:0:4:0,19:0,20:0:4 chr5 43120098 . A G 191.9 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1447;QD=47.9739;RBI=0.0922218;REFB=0;REVB=0.0875456;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396302;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:7:9:0:0 chr5 43175369 . G T 569.72 PASS AF=0.404908;AO=65;DP=162;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.00685081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.518;QD=13.9807;RBI=0.00694737;REFB=-0.000904698;REVB=0.00115424;RO=97;SAF=34;SAR=31;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106529;STB=0.55488;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00141749;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:97:97:65:66:0.404908:31:34:41:56:32:34:41:56 chr5 43492978 . G A 423.21 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080602;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.951;QD=58.374;RBI=0.0184884;REFB=0;REVB=0.0166389;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102636;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr5 43506449 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0523387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.682;QD=17.8401;RBI=0.0631823;REFB=-0.010351;REVB=0.035393;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114592;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:5:9:9:5:5:9 chr5 43509348 . T A 1580.56 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6026;QD=63.8611;RBI=0.0768062;REFB=0;REVB=0.069589;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753719;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr5 43527135 . A C 1330.91 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.010783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.249;QD=59.8164;RBI=0.0355137;REFB=-0.121054;REVB=0.0338372;RO=2;SAF=56;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665246;STB=0.503511;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000669651;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:31:56:1:1:31:56:1:1 chr5 44066732 . A G 951.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7421;QD=58.5773;RBI=0.0938589;REFB=0;REVB=0.0937716;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373026;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr5 49698180 . G A 1572.94 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.151;QD=59.9214;RBI=0.0394477;REFB=0;REVB=-0.0393358;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125389;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr5 50045965 . TTG T,TT,TTT 758.38 PASS AF=0,1,0;AO=16,20,27;DP=63;FAO=0,54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,0;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483133,-0.0623431,-0.0687997;FXX=0.0526223;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=198.038,200.333,196.127;QD=56.1764;RBI=0.0539206,0.0669352,0.0728356;REFB=0,0,0;REVB=0.0239427,0.0243649,0.0239088;RO=0;SAF=1,11,15;SAR=15,9,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000909163,0.00022508,-0.0467536;OID=.,.,.;OPOS=50045966,50045967,50045967;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:16,20,27:63:0,54,0:54:0:0,24,0:0,30,0:0:0:4:0:1,11,15:15,9,12:0:0 chr5 50053015 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.253;QD=61.6827;RBI=0.0455675;REFB=0;REVB=-0.0116878;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146558;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr5 50057729 . G A 465.46 PASS AF=1;AO=22;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.397;QD=58.1821;RBI=0.132013;REFB=0;REVB=0.129961;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817537;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:22:32:1:2:20:0:0:11:21:0:0 chr5 50617820 . CT C 31.2 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.138769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7447;QD=1.89098;RBI=0.163748;REFB=-0.0267816;REVB=-0.0869272;RO=49;SAF=11;SAR=3;SRF=17;SRR=32;SSEN=0.452899;SSEP=0;SSSB=0.516222;STB=0.835747;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0354179;OID=.;OPOS=50617821;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:14:66:15:66:51:12:3:17:34:31:49:11:3:17:32 chr5 50689807 . AAT AA,A 480.37 PASS AF=1,0;AO=12,31;DP=63;FAO=54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.270049,-0.0524358;FXX=0.0999833;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.1579,8.85511;QD=35.5833;RBI=0.287043,0.297306;REFB=0,0;REVB=0.097297,-0.292646;RO=9;SAF=11,6;SAR=1,25;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.374436,-0.2579;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00747883,0;OID=.,.;OPOS=50689809,50689808;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,31:63:54,0:54:0:26,0:28,0:0:0:9:9:11,6:1,25:6:3 chr5 50690278 . GA G,GG 245.44 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=27,11;DP=94;FAO=80,8;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=26,5;FSAR=54,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168418,-0.0160502;FXX=0.063823;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.8103,17.6242;QD=11.1565;RBI=0.305812,0.163861;REFB=0.0890795,0.0934164;REVB=0.305348,0.163073;RO=25;SAF=9,6;SAR=18,5;SRF=4;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180929,0.439832;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0103319,-0.0545598;OID=.,.;OPOS=50690279,50690279;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.909091,0.0909091:27,11:94:80,8:88:0:26,5:54,3:0:0:10:25:9,6:18,5:4:21 chr5 52087584 . T TCA 339.14 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298389;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=316.259;QD=54.2617;RBI=0.0298409;REFB=0;REVB=0.000337958;RO=1;SAF=1;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302561;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.3799e-05;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:26:25:25:0:1:24:0:0:4:1:1:23:1:0 chr5 52096889 . C A 1324.76 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.39;QD=60.9085;RBI=0.0246164;REFB=-0.129193;REVB=0.0220978;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00162768;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:48:38:0:1:48:38:0:1 chr5 52157374 . T C 584.82 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00302636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1358;QD=17.8571;RBI=0.0032198;REFB=-0.0021239;REVB=-0.00109923;RO=70;SAF=20;SAR=41;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762421;STB=0.542433;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00278027;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:70:61:61:0.465649:41:20:28:42:41:20:28:42 chr5 52193287 . C T 279.12 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0132036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1325;QD=27.231;RBI=0.0467924;REFB=-0.0508051;REVB=-0.0448909;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607929;STB=0.524209;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0152231;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:8:17:9:6:8:17:10:6 chr5 52248291 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.703;QD=64.1532;RBI=0.0173116;REFB=0;REVB=0.0113859;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84827e-05;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr5 52338047 . G A 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0175634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5947;QD=9.26195;RBI=0.0259075;REFB=-0.00895873;REVB=-0.0190453;RO=38;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260379;STB=0.655137;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0363193;OID=.;OPOS=52338047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:11:6:22:16:11:6:22:16 chr5 52351377 . T C 478.81 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0209944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2969;QD=19.9504;RBI=0.0752075;REFB=-0.0112213;REVB=-0.0722177;RO=49;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120267;STB=0.500667;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0199363;OID=.;OPOS=52351377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:25:22:23:26:25:22:23:26 chr5 52351876 . A G 351.87 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00649989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.954;QD=15.6386;RBI=0.0355109;REFB=-0.0207621;REVB=0.034911;RO=49;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110211;STB=0.546075;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0314865;OID=.;OPOS=52351876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:52:38:38:0.422222:16:22:23:26:16:22:26:26 chr5 52358757 . G A 351.32 PASS AF=0.493333;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0239798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.138;QD=18.7368;RBI=0.0242549;REFB=-6.77588e-06;REVB=0.00364247;RO=38;SAF=11;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473419;STB=0.541644;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=5.95155e-06;OID=.;OPOS=52358757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:38:38:34:37:0.493333:23:11:14:24:26:11:14:24 chr5 52368472 . C T 558.1 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00987104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.902;QD=18.9186;RBI=0.0102172;REFB=-0.0114312;REVB=-0.00263697;RO=59;SAF=25;SAR=33;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038565;STB=0.524886;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0182241;OID=.;OPOS=52368472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:60:58:58:0.491525:33:25:23:36:33:25:23:37 chr5 52369002 . G A 254.46 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0251514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.198;QD=15.4219;RBI=0.0652628;REFB=-0.0322621;REVB=-0.0602216;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304838;STB=0.517229;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0201503;OID=.;OPOS=52369002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:19:18:15:14:19:18 chr5 52389455 . A G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.022454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.598;QD=7.25966;RBI=0.022642;REFB=-0.00421807;REVB=-0.00291132;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17891;STB=0.612022;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0106627;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:16:13:6:4:16:13 chr5 52389593 . G A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0130598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.402;QD=9.62315;RBI=0.0209039;REFB=-0.00083728;REVB=-0.0163223;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195616;STB=0.61527;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00185785;OID=.;OPOS=52389593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:8:12:18:24:8:12:18:24 chr5 52389811 . T TAAAG 150.32 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0252439;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=4;MLLD=156.69;QD=22.2701;RBI=0.0252444;REFB=-0.00340316;REVB=-0.000154115;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207763;STB=0.645758;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.00234106;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:14:28:16:27:11:13:3:6:5:88:12:11:3:7:5 chr5 52390026 . A AATTTATAAACAATTTTGTAGGACT,T 101.4 PASS AF=0.27027,0.0810811;AO=9,3;DP=49;FAO=10,3;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4,3;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0110346,-0.0067576;FXX=0.0512689;HRUN=2,2;LEN=24,1;MLLD=700.585,386.518;QD=10.9617;RBI=0.0158633,0.0108088;REFB=-0.00131482,-0.00119545;REVB=-0.0113965,-0.00843591;RO=36;SAF=3,3;SAR=6,0;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.299321,0.487509;STB=0.542084,0.996559;STBP=0.808,0.061;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000726264,0.0180337;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTTATAAACAATTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTTATAAACAATTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:49:37:36:24:9,3:10,3:0.27027,0.0810811:6,0:3,3:21:15:6,0:4,3:11:13 chr5 52394018 . GC G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0211779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.01;QD=12.8607;RBI=0.0213755;REFB=-0.00588197;REVB=-0.00289983;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=0.00704104;OID=.;OPOS=52394019;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:15:7:15:8:5:2:4:4:47:8:5:2:4:4 chr5 52778870 . CG AC,C,GC 232.14 PASS AF=0,0.807692,0;AO=4,23,5;DP=60;FAO=0,42,0;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=0,11,0;FSAR=0,31,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00883683,0.119108,-0.0266834;FXX=0.174575;HRUN=1,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=14.1589,8.28151,52.5686;QD=17.8566;RBI=0.0594739,0.157315,0.0600608;REFB=-0.114961,-0.20646,-0.0356094;REVB=0.0588137,0.102767,-0.0538079;RO=16;SAF=0,7,0;SAR=4,16,5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.599981,0.048488,-0.642913;STB=0.5,0.515618,0.5;STBP=1,0.717,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.136619,0;OID=.,.,.;OPOS=52778870,52778871,52778870;OREF=CG,G,CG;OALT=AC,-,GC;OMAPALT=AC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:60:52:16:10:4,23,5:0,42,0:0,0.807692,0:4,16,5:0,7,0:4:12:0,31,0:0,11,0:2:8 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 568.0 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=39,6;DP=59;FAO=57,6;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=44,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.287232,-0.00163625;FXX=0.0156226;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.7944,168.049;QD=36.0637;RBI=0.311897,0.0251435;REFB=0.00955548,0.00911224;REVB=0.121562,-0.0250902;RO=7;SAF=1,0;SAR=38,6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.630629,-0.787422;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00597323,0.0111015;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.904762,0.0952381:39,6:59:57,6:63:0:13,0:44,6:0:0:27:7:1,0:38,6:5:2 chr5 52942083 . A C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00447802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.899;QD=23.9648;RBI=0.0191944;REFB=-0.00382831;REVB=0.0186647;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963201;STB=0.553486;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00225093;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:13:5:9:14:13:5 chr5 52942197 . A G 471.5 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0189058;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.167;QD=23.2839;RBI=0.0203297;REFB=-0.0190809;REVB=0.00747441;RO=36;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898283;STB=0.517272;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0137077;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:36:45:45:0.555556:23:22:18:18:23:22:19:17 chr5 52979097 . G A 119.39 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0287093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1294;QD=8.84394;RBI=0.0366004;REFB=-0.010263;REVB=-0.0227016;RO=38;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339548;STB=0.705613;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.024784;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:4:12:18:20:4:12:18:20 chr5 53344135 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0287761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.182;QD=11.257;RBI=0.0375822;REFB=-0.0106431;REVB=-0.0241735;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359997;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0136241;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:3:9:3:5:3:9 chr5 53751901 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.014746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.422;QD=16.5355;RBI=0.0161275;REFB=-0.0119398;REVB=0.00653065;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257126;STB=0.501423;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0194633;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:8:14:11:7:9:14 chr5 53751988 . T C 387.61 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00345551;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.738;QD=18.0282;RBI=0.00620648;REFB=-0.0207273;REVB=-0.00515556;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516568;STB=0.528877;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0181501;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:46:40:40:0.465116:23:17:22:24:23:17:22:24 chr5 53814394 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=9;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.311;QD=43.0158;RBI=0.0641888;REFB=0.0225484;REVB=0.0124446;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00109043;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:9:16:0.941176:3:6:0:0:10:6:0:1 chr5 53815495 . A C 410.66 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.000395415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.4;QD=18.2515;RBI=0.0086751;REFB=-0.0126348;REVB=0.00866608;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058235;STB=0.541961;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0120668;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:48:42:42:0.466667:23:19:18:28:23:19:18:30 chr5 53815721 . G C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0027052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.804;QD=10.5912;RBI=0.0237604;REFB=-0.0115963;REVB=-0.0236059;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13837;STB=0.58067;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0241154;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:11:10:24:16:11:10:24:16 chr5 53815918 . A C 196.75 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0124433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.668;QD=18.3019;RBI=0.0124793;REFB=-0.0031519;REVB=-0.000946063;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282498;STB=0.660349;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00476015;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:8:15:7:13:8:15 chr5 53816341 . G A 48.97 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=33;FAO=5;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0268584;FXX=0.0908816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.979;QD=6.52888;RBI=0.028492;REFB=-0.00668932;REVB=-0.00950878;RO=20;SAF=2;SAR=3;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520889;STB=0.832478;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0358973;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:33:30:20:21:5:5:0.166667:3:2:17:3:3:2:18:3 chr5 53816782 . T C 187.32 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0385237;FXX=0.031741;HRUN=6;LEN=1;MLLD=116.879;QD=12.283;RBI=0.0559468;REFB=-0.00890392;REVB=-0.0405705;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194024;STB=0.620684;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00991908;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:24:38:22:23:0.377049:10:12:8:16:10:13:14:24 chr5 54252345 . T C 157.86 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0339627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.873;QD=16.6165;RBI=0.0351482;REFB=-0.0194729;REVB=-0.00905142;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0255572;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:12:9:8:9:12:9 chr5 54253555 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0367468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0858;QD=15.064;RBI=0.0728029;REFB=0.0102118;REVB=0.0628485;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816209;STB=0.546185;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0133905;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:21:14:13:14:21:14 chr5 54253581 . A G 246.59 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0121053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.971;QD=15.9092;RBI=0.0231018;REFB=0.000936834;REVB=0.0196763;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760672;STB=0.542827;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00135194;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:22:12:12:16:22:12 chr5 54403957 . T C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.866;QD=55.0441;RBI=0.036838;REFB=-0.0350787;REVB=0.0326055;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000450615;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:28:27:0:1:28:27:0:1 chr5 54404015 . C T 1311.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.279;QD=60.9819;RBI=0.0266942;REFB=-0.0855418;REVB=0.00559707;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441259;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:86:1:0:82:86:1:47:35:1:0:47:39:0:0 chr5 54410120 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4297;QD=63.8717;RBI=0.0060049;REFB=0;REVB=0.00306633;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65693e-05;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr5 54433393 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.916;QD=56.7066;RBI=0.0203883;REFB=0;REVB=-0.00488642;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1742e-05;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 54439466 . G A 745.25 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352047;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.338;QD=55.204;RBI=0.0353022;REFB=-0.0126367;REVB=0.00262101;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01291;STB=0.506847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000326507;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:36:17:0:1:36:17:0:1 chr5 54459961 . A G 798.54 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0311963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5281;QD=52.3632;RBI=0.0775073;REFB=0.04781;REVB=-0.0709519;RO=3;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349149;STB=0.518512;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0155619;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:39:19:0:3:39:19:0:3 chr5 54468124 . A T 1804.06 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4525;QD=61.1547;RBI=0.0444175;REFB=0;REVB=0.0388696;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171034;OID=.;OPOS=54468124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr5 54516521 . G A 1752.11 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364213;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.839;QD=60.9428;RBI=0.0513353;REFB=0;REVB=0.051206;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112106;OID=.;OPOS=54516521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:68:47:0:0:68:47:0:0 chr5 54830380 . A G 1163.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8799;QD=60.4447;RBI=0.122242;REFB=0;REVB=0.0430657;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285048;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:72:77:1:25:47:0:0:25:52:0:0 chr5 54960609 . A G 485.33 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00861629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.183;QD=17.8103;RBI=0.0205337;REFB=-0.0194668;REVB=-0.0186384;RO=56;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106875;STB=0.509742;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0219881;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:57:52:52:0.477064:31:21:22:34:31:21:22:35 chr5 54960673 . C G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0152021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.879;QD=13.6199;RBI=0.0156163;REFB=0.00459349;REVB=-0.00357317;RO=38;SAF=4;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313578;STB=0.682595;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00669707;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:22:4:14:24:22:4:14:24 chr5 54960687 . C T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00966854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.854;QD=10.9436;RBI=0.0114004;REFB=-0.0021495;REVB=0.00604054;RO=37;SAF=3;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314963;STB=0.688388;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00276302;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:17:3:13:24:17:3:13:24 chr5 55149407 . T C 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.551;QD=60.3496;RBI=0.0246768;REFB=0;REVB=0.000984069;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63351e-05;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr5 55155402 . C T 1066.51 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.082574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6181;QD=58.4387;RBI=0.0853038;REFB=-0.146238;REVB=0.0214073;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129566;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00415817;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:36:36:1:0:36:36:1:0 chr5 55206444 . G A 483.44 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0319826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5582;QD=17.5795;RBI=0.0365781;REFB=-0.0163887;REVB=-0.0177502;RO=58;SAF=22;SAR=30;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771962;STB=0.50429;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0163913;OID=.;OPOS=55206444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:30:22:25:33:30:22:25:33 chr5 55246001 . A G 323.07 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.070304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.7994;QD=47.8624;RBI=0.0762599;REFB=-0.120062;REVB=0.0295453;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142411;STB=0.507686;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0089604;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:27:2:2:25:25:0.925926:10:15:1:1:10:15:1:1 chr5 55455728 . GA G,GG 236.03 PASS AF=0.684211,0.0526316;AO=23,2;DP=39;FAO=26,2;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=14,1;FSAR=12,1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.121516,0.0445734;FXX=0.0256345;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=14.4198,23.0831;QD=24.845;RBI=0.134,0.0469691;REFB=-0.067367,-0.0455609;REVB=-0.0564804,-0.0148093;RO=11;SAF=11,1;SAR=12,1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.448276,0;SSSB=-0.0927057,-0.142187;STB=0.517228,0.582527;STBP=0.739,0.875;TYPE=del,snp;VARB=0.0441821,0.0434386;OID=.,.;OPOS=55455729,55455729;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0.0526316:23,2:39:26,2:38:10:14,1:12,1:6:4:35:11:11,1:12,1:7:4 chr5 56161787 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.558;QD=56.9382;RBI=0.0306376;REFB=0;REVB=0.0175911;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82015e-05;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr5 56171027 . A G 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00221921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.631;QD=1.72754;RBI=0.0617517;REFB=0.000343092;REVB=-0.0617118;RO=64;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422031;STB=0.811532;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00251625;OID=.;OPOS=56171027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:2:5:21:43:2:5:21:43 chr5 56177743 . G A 1384.11 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030766;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7412;QD=62.9142;RBI=0.0307828;REFB=0;REVB=-0.00101657;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141716;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315375;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.774;QD=37.4885;RBI=0.0143719;REFB=0;REVB=0.0140216;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000189765;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:5:3:0:0:4:0:5:3:0:0 chr5 56178217 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.635;QD=47.8224;RBI=0.0700545;REFB=0;REVB=0.0601341;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250898;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr5 56526564 . TG T,TT 965.0 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=7,59;DP=66;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390982,0.0432568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.037,161.893;QD=58.4849;RBI=0.0470384,0.0514874;REFB=0,0;REVB=0.0261522,0.0279249;RO=0;SAF=2,24;SAR=5,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0399259,0.000962864;OID=.,.;OPOS=56526565,56526565;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:7,59:66:1,65:66:0:0,26:1,39:0:0:3:0:2,24:5,35:0:0 chr5 56526783 . G A 1561.58 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.784;QD=63.7378;RBI=0.0111467;REFB=0;REVB=0.00958744;RO=1;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75744e-05;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:1:0:97:98:1:56:41:0:1:57:41:0:0 chr5 56777839 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0314192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.958;QD=17.8012;RBI=0.0475661;REFB=0.0023145;REVB=0.0357124;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877436;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00187439;OID=.;OPOS=56777839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:13:11:11:9:13:11 chr5 57750267 . A C 940.88 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9041;QD=57.0228;RBI=0.057849;REFB=-0.0997207;REVB=0.0434009;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0120391;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:0:1:33:32:0:1 chr5 57750350 . C G 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00214016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.029;QD=19.0768;RBI=0.00214025;REFB=-0.00911339;REVB=1.98981e-05;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946483;STB=0.559013;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00892088;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:17:21:17:21:17:21:17:22 chr5 57754132 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.26;QD=59.8392;RBI=0.0260969;REFB=0;REVB=-0.025432;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133516;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr5 57754808 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.877;QD=57.106;RBI=0.0117587;REFB=0;REVB=-0.0104576;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019039;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr5 57754851 . A G 495.16 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0228255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3788;QD=23.3015;RBI=0.0433226;REFB=-0.0193694;REVB=-0.0368218;RO=38;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04352;STB=0.523919;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0244557;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:26:21:19:19:26:21:19:19 chr5 57755703 . C T 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0220033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.54;QD=30.8607;RBI=0.0244939;REFB=-0.00732023;REVB=0.0107615;RO=9;SAF=3;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261467;STB=0.645993;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0036949;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:18:3:4:5:18:3:4:5 chr5 57825920 . A G 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0127998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.653;QD=30.5651;RBI=0.0140249;REFB=-0.00166834;REVB=-0.0057326;RO=10;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.528819;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.000762312;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:15:7:4:6:15:7:4:6 chr5 58267557 . C T 729.87 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00877388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.87;QD=19.5937;RBI=0.0157658;REFB=-0.00361205;REVB=0.0130988;RO=76;SAF=44;SAR=28;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16583;STB=0.588521;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00453524;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:77:72:72:0.483221:28:44:33:43:28:44:34:43 chr5 58295380 . G GTA 74.84 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=67;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0407696;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.813;QD=11.0877;RBI=0.0464484;REFB=-0.0474369;REVB=-0.0222552;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379595;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=ins;VARB=0.0715293;OID=.;OPOS=58295381;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:9:67:10:27:17:5:5:8:9:74:58:5:4:34:24 chr5 58489384 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1898;QD=58.0599;RBI=0.00551144;REFB=0;REVB=-0.0045051;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48325e-05;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr5 59984897 . A T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.026285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.447;QD=15.2375;RBI=0.0263185;REFB=0.00529487;REVB=-0.00132639;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121208;STB=0.576868;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00514067;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:17:11:18:17:17:11:19:17 chr5 60241142 . G A 1348.3 PASS AF=0.967742;AO=85;DP=89;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0253588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7912;QD=57.9912;RBI=0.139464;REFB=-0.115538;REVB=0.137139;RO=4;SAF=34;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883994;STB=0.509861;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00771885;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:93:4:3:85:90:0.967742:51:34:2:2:56:34:2:1 chr5 60960063 . G A 751.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.793;QD=56.7479;RBI=0.0565068;REFB=0;REVB=0.0100628;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204277;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:35:16:0:0:37:16:0:0 chr5 60982744 . A T 240.16 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0144237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.625;QD=16.563;RBI=0.01707;REFB=-0.00449865;REVB=0.00912908;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687579;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00976261;OID=.;OPOS=60982744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:17:14:12:15:17:14 chr5 60982841 . G A 1624.32 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.351;QD=60.1601;RBI=0.0479591;REFB=0;REVB=-0.0374944;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83146e-05;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:50:58:0:0 chr5 61694379 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.277;QD=57.2377;RBI=0.00541582;REFB=0;REVB=0.00497372;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49226e-06;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr5 61697859 . C T 571.29 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.898;QD=57.1286;RBI=0.0521937;REFB=-0.0380715;REVB=0.00830507;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00085689;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:28:11:0:0:28:11:1:0 chr5 63905068 . A G 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.00833503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.152;QD=19.1893;RBI=0.010283;REFB=-0.00435734;REVB=-0.00602223;RO=49;SAF=17;SAR=28;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160503;STB=0.588631;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00440629;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:28:17:11:38:28:17:11:38 chr5 63991473 . G C 1061.03 PASS AF=0.960526;AO=74;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0215978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1977;QD=55.8437;RBI=0.0240975;REFB=-0.0223149;REVB=-0.0106876;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278067;STB=0.522382;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00676268;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:74:73:0.960526:41:33:2:0:41:32:3:0 chr5 64015361 . G C 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1327;QD=64.2844;RBI=0.0387407;REFB=0;REVB=0.0287494;RO=0;SAF=65;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359679;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:35:65:0:0:35:65:0:0 chr5 64023924 . C A,T 948.31 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=55,4;DP=59;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130021,0.00960466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.18,79.433;QD=57.4732;RBI=0.0256032,0.0131664;REFB=0,0;REVB=0.022056,-0.00900577;RO=0;SAF=35,2;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000157402,0.0358428;OID=.,.;OPOS=64023924,64023924;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:59:66:0:0:55,4:64,2:0.969697,0.030303:20,2:35,2:0:0:23,1:41,1:0:0 chr5 64023981 . C T 1270.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.829;QD=61.249;RBI=0.0183936;REFB=0;REVB=-0.0102363;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0294e-06;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:44:35:0:0:44:39:0:0 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=65;DP=118;LEN=9;RO=53;SAF=37;SAR=39;SRF=20;SRR=22;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:118:53:65:39:37:20:22 chr5 64273018 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.148;QD=59.0179;RBI=0.0234363;REFB=0;REVB=0.00630796;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84272e-05;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr5 64419196 . G A 308.23 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=3.81859e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.655;QD=13.4013;RBI=0.00169583;REFB=-0.00786841;REVB=0.0016954;RO=56;SAF=10;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110955;STB=0.559531;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0172059;OID=.;OPOS=64419196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:57:35:35:0.380435:25:10:21:35:25:10:21:36 chr5 64881936 . A G 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0755473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.212;QD=27.2508;RBI=0.0757198;REFB=-0.0292132;REVB=0.0051079;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139246;STB=0.507687;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.020232;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:16:11:7:11:16:11:7:11 chr5 64926315 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0287468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.866;QD=26.4609;RBI=0.0304655;REFB=-0.00662149;REVB=-0.0100879;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164706;STB=0.590841;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00347775;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:5:13:13:13:5:13 chr5 64926500 . ATTTTTTA AAATTTTT,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 204.91 PASS AF=0,0.962963,0,0;AO=5,4,4,4;DP=32;FAO=0,26,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12,0,0;FSAR=0,14,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441908,0.0666299,-0.201027,-0.28184;FXX=0;HRUN=6,6,6,6;LEN=7,2,1,1;MLLD=12.8782,16.4237,8.27549,6.12876;QD=30.3568;RBI=0.0460392,0.20856,0.206902,0.318699;REFB=0.0234833,-0.170601,-0.100299,0.040072;REVB=-0.0129144,0.19763,0.048955,-0.14878;RO=6;SAF=0,3,4,4;SAR=5,1,0,0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.318584,0.318584,0;SSSB=0,0.623982,0.812478,0.812478;STB=0.5,0.517228,0.5,0.5;STBP=1,0.524,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.00896654,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=64926501,64926506,64926501,64926506;OREF=TTTTTTA,TA,T,T;OALT=AATTTTT,-,-,A;OMAPALT=AAATTTTT,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.962963,0,0:5,4,4,4:32:0,26,0,0:27:1:0,12,0,0:0,14,0,0:0:1:7:6:0,3,4,4:5,1,0,0:0:6 chr5 64926553 . G C 295.65 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0687997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4658;QD=20.3895;RBI=0.0694423;REFB=-0.0167147;REVB=-0.00942514;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358317;STB=0.50823;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0166656;OID=.;OPOS=64926553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:19:12:9:17:19:12:10:17 chr5 65108215 . A G 324.81 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00906032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.06;QD=10.9179;RBI=0.0134025;REFB=0.000572542;REVB=-0.00987611;RO=78;SAF=16;SAR=25;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237702;STB=0.513692;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00156292;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:78:41:41:0.344538:25:16:32:46:25:16:32:46 chr5 65317181 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.825;QD=62.0209;RBI=0.0185176;REFB=0;REVB=0.017137;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97033e-05;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 65350173 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00156479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5425;QD=16.8243;RBI=0.0102472;REFB=-0.00614746;REVB=0.0101271;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208654;STB=0.619601;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00889667;OID=.;OPOS=65350173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:15:13:14:7:15:13 chr5 66195774 . T C 452.99 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.468;QD=54.9074;RBI=0.030672;REFB=-0.126402;REVB=0.0199136;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000250917;OID=.;OPOS=66195774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr5 66283374 . C T 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0632347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.173;QD=11.6197;RBI=0.0662683;REFB=-0.021119;REVB=0.0198207;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204505;STB=0.61807;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0379785;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:11:24:10:10:11:24 chr5 66459878 . G C 397.63 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6962;QD=53.0167;RBI=0.112534;REFB=0;REVB=0.0904522;RO=2;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526649;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:2:0:28:30:1:9:19:0:2:11:19:0:0 chr5 66480004 . T C 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.378;QD=56.9286;RBI=0.0442287;REFB=0;REVB=0.0239292;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031796;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr5 67494070 . A T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0322501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.366;QD=19.4206;RBI=0.0363853;REFB=-0.00119641;REVB=0.0168471;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156723;STB=0.587567;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000947048;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:13:14:10:19:13:14 chr5 67522722 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00471753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.055;QD=15.8864;RBI=0.00937602;REFB=-0.0016789;REVB=0.00810275;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994346;STB=0.556063;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00263443;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:22:20:19:14:22:20 chr5 68266553 . A T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00809287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.501;QD=19.0582;RBI=0.0209554;REFB=-0.015569;REVB=0.0193296;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158713;STB=0.58972;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0116653;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:7:13:9:10:7:13 chr5 68525027 . C T 853.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0017;QD=55.9402;RBI=0.0182477;REFB=-0.0812488;REVB=0.0139954;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0146959;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:0:1:30:30:0:1 chr5 68531253 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.522;QD=59.8559;RBI=0.0181696;REFB=0;REVB=-0.0142525;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81394e-05;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr5 68546706 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.792;QD=58.4196;RBI=0.0170936;REFB=0;REVB=0.0105831;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41495e-06;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 68551507 . T G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4226;QD=47.8209;RBI=0.0680073;REFB=0;REVB=0.00252995;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158707;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 68609885 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.845;QD=59.8393;RBI=0.00529626;REFB=0;REVB=-0.00209088;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9573e-06;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr5 68688608 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.29991e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0771;QD=59.0184;RBI=0.0332829;REFB=0;REVB=-0.0332827;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640014;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr5 68695940 . T G 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.958;QD=61.3719;RBI=0.0589864;REFB=0;REVB=0.0213022;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262246;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr5 68715310 . C T 305.05 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.533;QD=53.0526;RBI=0.111088;REFB=0;REVB=-0.00400476;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655533;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:20:2:0:0:20:3:0:0 chr5 68775065 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0013568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.675;QD=30.7904;RBI=0.00929833;REFB=0.0176897;REVB=0.00919881;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000623466;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr5 70308251 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.061;QD=60.6103;RBI=0.0109567;REFB=0;REVB=-0.00073127;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09592e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr5 70751818 . T G 1999.72 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956079;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1183;QD=62.0069;RBI=0.0125354;REFB=0;REVB=0.00810721;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736907;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:66:62:0:0:66:63:0:0 chr5 70800538 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.017;QD=57.1058;RBI=0.0122279;REFB=0;REVB=0.00877113;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72147e-07;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr5 70806457 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.956;QD=48.7373;RBI=0.0281632;REFB=0;REVB=0.0167857;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182385;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr5 70806649 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.483;QD=40.7628;RBI=0.0851545;REFB=0;REVB=0.0326736;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024201;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr5 70806711 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.186;QD=46.848;RBI=0.0699312;REFB=0;REVB=-0.00742829;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00295034;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr5 70806958 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.051;QD=62.6709;RBI=0.0648905;REFB=0;REVB=0.0149828;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320247;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 70809024 . T C 399.33 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=0.00492225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.454;QD=15.973;RBI=0.00669482;REFB=0.00478177;REVB=0.00453785;RO=58;SAF=14;SAR=28;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684597;STB=0.538444;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00678739;OID=.;OPOS=70809024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:28:14:16:42:28:14:16:42 chr5 70809169 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.597;QD=58.2394;RBI=0.00251999;REFB=0;REVB=0.000199628;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43355e-06;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:45:17:0:0:45:17:0:0 chr5 70837295 . A C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.649;QD=56.0116;RBI=0.0714706;REFB=0.0459445;REVB=0.0576709;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00211417;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:1:0:12:22:1:0 chr5 70840233 . C T 1116.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2396;QD=60.3628;RBI=0.038232;REFB=0;REVB=-0.0162903;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241779;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr5 70849021 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.641;QD=56.9568;RBI=0.00510726;REFB=0;REVB=-0.00357502;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85813e-07;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr5 70932002 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.109;QD=57.2021;RBI=0.0263523;REFB=0;REVB=-0.0126593;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1947e-05;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr5 70945075 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.871;QD=60.6101;RBI=0.0570661;REFB=0;REVB=0.0458692;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453868;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr5 71146741 . T G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.534;QD=43.0161;RBI=0.0129208;REFB=-0.116229;REVB=0;RO=1;SAF=16;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266578;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:0:16:1:0:0:16:1:0 chr5 71146757 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.272;QD=56.998;RBI=0.0333296;REFB=0;REVB=-0.0103872;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126891;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr5 71146882 . T C 3232.07 PASS AF=0.981481;AO=211;DP=217;FAO=212;FDP=216;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00417928;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.063;QD=59.8531;RBI=0.0120188;REFB=-0.00990892;REVB=0.0112688;RO=4;SAF=115;SAR=96;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160804;STB=0.500881;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000109869;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:217:216:4:4:211:212:0.981481:96:115:2:2:96:116:2:2 chr5 71146889 . A G 3123.35 PASS AF=0.980952;AO=206;DP=210;FAO=206;FDP=210;FR=.;FRO=4;FSAF=114;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00903511;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.919;QD=59.4924;RBI=0.0130041;REFB=-0.0020691;REVB=0.00935272;RO=4;SAF=114;SAR=92;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195859;STB=0.501028;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=1.23099e-05;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:210:210:4:4:206:206:0.980952:92:114:2:2:92:114:2:2 chr5 71412292 . A G 300.2 PASS AF=0.958333;AO=24;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239971;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.618;QD=50.0329;RBI=0.0246566;REFB=0.0121602;REVB=0.00566455;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=1.89634e-06;OID=.;OPOS=71412292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:1:1:24:23:0.958333:15:9:0:1:15:8:0:1 chr5 71490962 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0442;QD=56.7065;RBI=0.0217761;REFB=0;REVB=-0.0192742;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101956;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr5 71494375 . C A 256.2 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0638875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3378;QD=22.7734;RBI=0.0693218;REFB=-0.0014254;REVB=0.0269053;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019872;STB=0.511102;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00378258;OID=.;OPOS=71494375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:11:10:12:12:11:10 chr5 71495041 . T C 519.52 PASS AF=0.4625;AO=32;DP=83;FAO=37;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0570346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9249;QD=25.976;RBI=0.0583478;REFB=-0.0289887;REVB=0.0123094;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233921;STB=0.607089;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.022796;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:27:25:32:37:0.4625:13:19:23:4:17:20:20:5 chr5 71739681 . AGG AGA,AG 1238.85 PASS AF=0.12766,0.87234;AO=13,22;DP=138;FAO=18,123;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=0,96;FSAR=18,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217791,0.533809;FXX=0.00704176;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=190.492,11.0562;QD=35.1446;RBI=0.0687171,0.73807;REFB=0.050281,0.112137;REVB=-0.0651745,-0.509701;RO=60;SAF=0,16;SAR=13,6;SRF=56;SRR=4;SSEN=0,0.514563;SSEP=0,0;SSSB=-0.871253,-0.40497;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0413856,-0.042487;OID=.,.;OPOS=71739683,71739682;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12766,0.87234:13,22:138:18,123:141:0:0,96:18,27:0:0:77:60:0,16:13,6:56:4 chr5 71756102 . G A 713.97 PASS AF=0.442529;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=69;FWDB=0.0391128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2429;QD=16.4131;RBI=0.0498639;REFB=0.00284422;REVB=0.030929;RO=97;SAF=26;SAR=51;SRF=28;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561005;STB=0.531146;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00240526;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:97:97:77:77:0.442529:51:26:28:69:51:26:28:69 chr5 71756670 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0359164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.863;QD=19.3698;RBI=0.0360456;REFB=-0.0152067;REVB=0.00304853;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811631;STB=0.54616;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0144924;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:8:7:6:10:8:7 chr5 72144209 . C T 280.2 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0151626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.816;QD=14.1872;RBI=0.0157613;REFB=-0.00586799;REVB=0.00430276;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955991;STB=0.562609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00756682;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:47:31:32:0.405063:15:16:20:27:15:17:20:27 chr5 72174432 . C G 1222.3 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2066;QD=61.1152;RBI=0.0374224;REFB=0;REVB=0.0086013;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231116;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:48:31:0:0:49:31:0:0 chr5 72184098 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3939;QD=61.6824;RBI=0.0244752;REFB=0;REVB=0.0203157;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328201;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr5 72347223 . A G 446.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.159;QD=57.6416;RBI=0.0158499;REFB=0;REVB=-0.00549569;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166294;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr5 72351905 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00150528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.97;QD=14.6538;RBI=0.0216649;REFB=-0.029846;REVB=-0.0216125;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00188387;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr5 72385914 . A G 636.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034541;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7278;QD=62.0683;RBI=0.0396182;REFB=0;REVB=0.0194042;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363547;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr5 72419410 . A G 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.041;QD=61.8513;RBI=0.0326972;REFB=0;REVB=0.0176737;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16296e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr5 72419456 . C G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0597772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1629;QD=13.0536;RBI=0.071746;REFB=0.00867063;REVB=-0.0396759;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189959;STB=0.607822;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0190263;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:14:9:8:27:14:9:8:27 chr5 72419617 . C A 596.73 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.0026498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.099;QD=23.4013;RBI=0.011998;REFB=-0.00828475;REVB=-0.0117017;RO=44;SAF=21;SAR=37;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11973;STB=0.56518;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00600468;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:37:21:10:34:37:21:10:34 chr5 72795160 . AATCTC A 996.52 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178656;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=327.46;QD=50.4566;RBI=0.0286256;REFB=0;REVB=0.0285698;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.75195e-05;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:79:79:79:0:27:52:0:0:17:0:27:52:0:0 chr5 72795176 . G A 1001.82 PASS AF=0.888889;AO=73;DP=82;FAO=72;FDP=81;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0223126;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.211;QD=49.4728;RBI=0.0241392;REFB=-0.276028;REVB=-0.00921139;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995914;STB=0.530604;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00283696;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:82:81:1:9:73:72:0.888889:47:26:0:1:46:26:1:8 chr5 72798845 . A G 401.5 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.27;QD=53.5331;RBI=0.0498027;REFB=-0.166022;REVB=0.0389135;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00505114;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr5 72801012 . C G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00674408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.289;QD=13.459;RBI=0.0106949;REFB=-0.00177741;REVB=-0.00830044;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533805;STB=0.53121;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00207889;OID=.;OPOS=72801012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:15:11:6:10:15:11 chr5 73471334 . G C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2196;QD=59.9372;RBI=0.036592;REFB=0;REVB=-0.0169927;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88823e-05;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr5 73613858 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000890232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.482;QD=57.68;RBI=0.00505452;REFB=0;REVB=0.00497551;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73608e-05;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr5 73613972 . G C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.718;QD=60.0307;RBI=0.0165203;REFB=0;REVB=-0.0163684;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97766e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr5 73613991 . T C 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00756831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.003;QD=18.1942;RBI=0.0403451;REFB=0.0071966;REVB=-0.0396289;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131544;STB=0.586761;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00781811;OID=.;OPOS=73613991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:36:34:34:0.485714:19:15:20:14:19:15:22:14 chr5 73614007 . G A 230.63 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00847361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7704;QD=15.1234;RBI=0.0644824;REFB=-0.0340184;REVB=-0.0639232;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122095;STB=0.575519;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0223138;OID=.;OPOS=73614007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:34:26:27:0.442623:13:13:20:12:14:13:21:13 chr5 73614019 . G A 221.38 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0109844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.521;QD=14.5164;RBI=0.0154978;REFB=-0.00161927;REVB=0.0109327;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101043;STB=0.557334;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00359108;OID=.;OPOS=73614019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:21:14:13:13:21:14 chr5 73930751 . C T 176.62 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.064176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4754;QD=14.1297;RBI=0.0645786;REFB=-0.00797506;REVB=0.00719992;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160735;STB=0.593448;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0162942;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:16:15:12:7:16:15 chr5 73932315 . T C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00152274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.191;QD=19.9672;RBI=0.00730678;REFB=-0.000541329;REVB=-0.00714635;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130214;STB=0.572138;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000617987;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:7:19:17:12:7:19 chr5 73981270 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.812;QD=56.7066;RBI=0.0424784;REFB=0;REVB=0.039691;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79977e-05;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr5 73992881 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0273566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.873;QD=16.0651;RBI=0.0273604;REFB=0.00266843;REVB=0.000458829;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251984;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00273212;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:10:14:6:12:10:14 chr5 74074520 . A G 1112.45 PASS AF=0.449057;AO=119;DP=265;FAO=119;FDP=265;FR=.;FRO=146;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=57;FSRR=89;FWDB=-0.00678899;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.265;QD=16.7917;RBI=0.0166978;REFB=-0.00436339;REVB=0.0152553;RO=145;SAF=52;SAR=67;SRF=56;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515767;STB=0.526236;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00470035;OID=.;OPOS=74074520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:145:146:119:119:0.449057:67:52:56:89:67:52:57:89 chr5 74178511 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00846661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.061;QD=19.6682;RBI=0.00954576;REFB=-0.0144514;REVB=0.00440886;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16284;STB=0.59273;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0146334;OID=.;OPOS=74178511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:8:11:14:5:8:11 chr5 74400386 . G C 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0178568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.422;QD=20.5645;RBI=0.0178957;REFB=-0.0055676;REVB=0.00117895;RO=44;SAF=15;SAR=30;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273247;STB=0.651447;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00307469;OID=.;OPOS=74400386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:30:15:28:16:30:15:28:16 chr5 74442410 . G A 226.23 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0270891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.819;QD=13.3078;RBI=0.027183;REFB=-0.0173199;REVB=-0.00225708;RO=37;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358158;STB=0.703553;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0359971;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:41:27:27:0.397059:8:19:13:24:8:19:15:26 chr5 74442920 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00978866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.315;QD=15.1567;RBI=0.0208304;REFB=-0.00637593;REVB=0.0183872;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073364;STB=0.541575;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00736679;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:19:13:12:13:19:13 chr5 74443132 . C T 304.08 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0326698;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.362;QD=17.131;RBI=0.0333995;REFB=0.00328108;REVB=-0.00694337;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143052;STB=0.508027;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00569161;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:33:33:0.464789:10:23:26:12:10:23:26:12 chr5 74491715 . TTCA T 88.58 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0280899;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=3;MLLD=293.122;QD=6.68505;RBI=0.0331395;REFB=-0.00817503;REVB=-0.0175836;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033353;STB=0.501112;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0211604;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:17:54:17:53:36:9:8:19:17:88:34:9:8:19:15 chr5 74506658 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0050076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.322;QD=23.3821;RBI=0.00509313;REFB=0.00754166;REVB=0.000929492;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114403;STB=0.564035;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00523244;OID=.;OPOS=74506658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:6:8:8:11:6:8 chr5 74681773 . T C 964.12 PASS AF=0.490099;AO=98;DP=201;FAO=99;FDP=202;FR=.;FRO=103;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0344236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5506;QD=19.0914;RBI=0.0631577;REFB=-0.0224008;REVB=0.0529519;RO=102;SAF=48;SAR=50;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638977;STB=0.539836;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0234303;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:102:103:98:99:0.490099:50:48:57:45:51:48:58:45 chr5 74722243 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0308411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.166;QD=27.221;RBI=0.032504;REFB=-0.0154288;REVB=-0.0102636;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100145;STB=0.555508;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0175359;OID=.;OPOS=74722243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:16:8:7:8:16:8:7:8 chr5 74921686 . G A 335.82 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0259491;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.631;QD=19.4678;RBI=0.0271535;REFB=-0.0143062;REVB=-0.00799717;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134155;STB=0.507458;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00879061;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:18:16:17:18:18:16 chr5 74951901 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0410973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7441;QD=15.4187;RBI=0.047833;REFB=-0.00134613;REVB=-0.0244747;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188962;STB=0.606656;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000321408;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:19:13:25:17:19:13:25:17 chr5 74970024 . T C 420.91 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00963685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.339;QD=13.3621;RBI=0.0214884;REFB=-0.00405489;REVB=-0.0192063;RO=76;SAF=33;SAR=16;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138898;STB=0.575683;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0058197;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:77:49:49:0.388889:16:33:42:34:16:33:43:34 chr5 75001582 . A G 241.15 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0473346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.883;QD=14.6153;RBI=0.0500036;REFB=-0.00478735;REVB=0.0161182;RO=38;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300447;STB=0.670094;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0085602;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:10:18:13:25:10:18:13:25 chr5 75003678 . T C 2496.54 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016922;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.66;QD=60.8912;RBI=0.0397917;REFB=-0.0544805;REVB=0.0360142;RO=0;SAF=69;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25475e-08;STB=0.502645;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000153346;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:164:0:1:163:163:0.993902:94:69:0:0:94:69:0:1 chr5 75008193 . T C 80.71 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0233069;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.697;QD=7.01836;RBI=0.0246965;REFB=-0.015585;REVB=0.00816712;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273758;STB=0.51721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0512861;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:35:35:11:11:0.23913:7:4:12:23:7:4:12:23 chr5 75427935 . G A 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00616538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1814;QD=20.4951;RBI=0.0433441;REFB=-0.0144787;REVB=0.0429034;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474194;STB=0.5263;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0140314;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:20:14:14:16:20:14:14:16 chr5 75884734 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5166;QD=58.4192;RBI=0.0399273;REFB=0;REVB=0.0363023;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046239;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:34:29:0:0 chr5 75886292 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00998399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.243;QD=13.2301;RBI=0.0149017;REFB=-0.000536601;REVB=-0.0110625;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161739;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000561469;OID=.;OPOS=75886292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:7:9:12:17:8:9:12:17 chr5 75923285 . C T 388.76 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0215434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3205;QD=16.1983;RBI=0.0239175;REFB=-0.000664454;REVB=-0.0103889;RO=55;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133528;STB=0.57518;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000595598;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:17:24:25:30:17:24:25:30 chr5 75923294 . T G 1473.5 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.315;QD=63.3761;RBI=0.053754;REFB=0;REVB=-0.013847;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34459e-05;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:87:93:1:43:44:0:0:43:50:0:0 chr5 75923307 . A G 1387.5 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00369504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.38;QD=60.3262;RBI=0.00931526;REFB=-0.0568651;REVB=-0.00855107;RO=2;SAF=49;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189511;STB=0.509998;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00152938;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:41:49:2:0:41:49:2:0 chr5 75932869 . C T 234.9 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0121121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.623;QD=10.9257;RBI=0.0279284;REFB=-0.0229296;REVB=-0.0251653;RO=55;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113484;STB=0.505614;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0561282;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:57:29:29:0.337209:14:15:29:26:14:15:29:28 chr5 75932965 . G C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0104587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.605;QD=18.008;RBI=0.0481742;REFB=-0.00840127;REVB=-0.0470253;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124094;STB=0.500693;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00795739;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:18:19:21:20:18:19:21:20 chr5 75948650 . A G 357.62 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0175572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.173;QD=11.5361;RBI=0.0210558;REFB=0.00492687;REVB=0.0116229;RO=80;SAF=23;SAR=21;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536767;STB=0.530755;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0114452;OID=.;OPOS=75948650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:80:80:44:44:0.354839:21:23:38:42:21:23:38:42 chr5 75960865 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.745;QD=54.5165;RBI=0.0512128;REFB=0;REVB=0.046774;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164032;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr5 76003246 . A AT 442.61 PASS AF=1;AO=14;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162897;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.95998;QD=19.6714;RBI=0.248087;REFB=0.027651;REVB=-0.187115;RO=75;SAF=1;SAR=13;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0012267;OID=.;OPOS=76003247;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:92:90:90:0:36:54:0:0:9:75:1:13:33:42 chr5 76003254 . A T 1281.83 PASS AF=0.977778;AO=78;DP=81;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0875103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.1619;QD=56.9702;RBI=0.0875104;REFB=-0.0952884;REVB=0.000151686;RO=3;SAF=29;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219686;STB=0.502369;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00662796;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:90:3:2:78:88:0.977778:49:29:2:1:53:35:1:1 chr5 76003258 . C T 1402.78 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.816;QD=62.3457;RBI=0.026362;REFB=0;REVB=-0.00225728;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38984e-05;OID=.;OPOS=76003258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:54:35:0:0:54:36:0:0 chr5 76128521 . G A 715.53 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240259;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6923;QD=57.2423;RBI=0.0272446;REFB=0;REVB=-0.0128462;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47895e-05;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr5 76129053 . T C 111.02 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0524058;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.995;QD=7.52688;RBI=0.0537287;REFB=-0.0142165;REVB=-0.0118495;RO=43;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138291;STB=0.600731;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0373697;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:10:6:21:22:10:6:22:21 chr5 76359024 . C A 508.33 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0652863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.47;QD=56.4814;RBI=0.0747939;REFB=-0.0781245;REVB=0.0364942;RO=1;SAF=26;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017657;STB=0.509429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00125093;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:9:26:1:0:9:26:1:0 chr5 76704849 . T C 1013.69 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.43;QD=58.7647;RBI=0.0247188;REFB=0;REVB=0.0221069;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004736;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:35:30:0:0:37:32:0:0 chr5 76708987 . A G,T 1988.21 PASS AF=0.875817,0.0588235;AO=133,10;DP=154;FAO=134,9;FDP=153;FR=.;FRO=10;FSAF=71,1;FSAR=63,8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00406048,-0.0436142;FXX=0.00649309;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=91.7754,17.8185;QD=51.9794;RBI=0.0147289,0.0512067;REFB=0.0194456,0.0180559;REVB=-0.0141582,-0.0268315;RO=10;SAF=70,2;SAR=63,8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0231209,-0.452485;STB=0.511873,0.85246;STBP=0.318,0.015;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0100058,0.10441;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:154:153:10:10:133,10:134,9:0.875817,0.0588235:63,8:70,2:7:3:63,8:71,1:7:3 chr5 76722443 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.092;QD=62.3505;RBI=0.0630372;REFB=0;REVB=0.0308867;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434813;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr5 76722895 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.522;QD=51.1846;RBI=0.047528;REFB=0;REVB=0.00950359;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190826;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr5 76734084 . C T 1190.14 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.509;QD=61.0326;RBI=0.0173286;REFB=0;REVB=0.00586053;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42177e-05;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr5 76926578 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.528;QD=60.3767;RBI=0.0136196;REFB=0;REVB=-0.0102867;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14425e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr5 77745853 . C A,CA 371.7 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=5,20;DP=29;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147808,-0.00298274;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.258,24.4804;QD=53.1005;RBI=0.0147864,0.148284;REFB=0,0;REVB=-0.00040488,0.148254;RO=3;SAF=3,10;SAR=2,10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165639,0.0398736;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.000710292,0.0184625;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:28:3:0:5,20:1,27:0.0357143,0.964286:2,10:3,10:1:2:1,12:0,15:0:0 chr5 77781785 . C CT 790.43 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8151;QD=45.8221;RBI=0.0878595;REFB=0;REVB=0.0582407;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00263467;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:69:69:69:0:35:34:0:0:14:1:33:34:1:0 chr5 77784737 . GA G,GG 988.96 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=8,59;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135126,-0.00193384;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.3392,97.7325;QD=59.0422;RBI=0.0222366,0.0298641;REFB=0,0;REVB=0.0176601,0.0298014;RO=0;SAF=1,28;SAR=7,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00830002,-0.00403049;OID=.,.;OPOS=77784738,77784738;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:8,59:67:1,66:67:0:1,28:0,38:0:0:4:0:1,28:7,31:0:0 chr5 78320085 . T C 281.14 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00357789;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.751;QD=18.4352;RBI=0.00470758;REFB=-0.0156429;REVB=-0.00305941;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181926;STB=0.59435;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0190751;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:31:30:30:0.491803:19:11:17:13:19:11:17:14 chr5 78340257 . C G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.812;QD=61.8526;RBI=0.0168334;REFB=0;REVB=0.0144266;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10617e-05;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr5 78340286 . A G 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919294;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.495;QD=63.3403;RBI=0.0214674;REFB=0;REVB=0.0193995;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18727e-05;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr5 78351635 . GA G,GC 829.53 PASS AF=0.416667,0.583333;AO=26,29;DP=60;FAO=25,35;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24,14;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245823,0.0230654;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.3829,78.0564;QD=55.3022;RBI=0.0441816,0.100755;REFB=0,0;REVB=-0.0367113,-0.0980797;RO=0;SAF=26,12;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000505116,0.0529479;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.416667,0.583333:26,29:60:25,35:60:0:24,14:1,21:0:0:93:0:26,12:0,17:0:0 chr5 78373431 . C T 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.0105824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.816;QD=11.9322;RBI=0.0106114;REFB=-0.00769987;REVB=-0.000783077;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162643;STB=0.596952;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00827731;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:18:10:11:37:18:10:11:38 chr5 78421959 . G A 581.45 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00595454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.545;QD=25.0086;RBI=0.0276002;REFB=-0.0145219;REVB=-0.0269502;RO=40;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764029;STB=0.54182;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0182601;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:29:24:22:18:29:24:22:18 chr5 78423621 . C T 371.79 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00939123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.135;QD=17.4961;RBI=0.0127298;REFB=-0.000558406;REVB=-0.00859378;RO=45;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526785;STB=0.533964;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000371124;OID=.;OPOS=78423621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:15:24:30:15:15:24:31:15 chr5 78573790 . A T 450.22 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00747035;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1864;QD=19.3644;RBI=0.00760817;REFB=-0.0116723;REVB=0.00144155;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141502;STB=0.507243;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0128483;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:44:45:0.483871:25:19:21:26:25:20:22:26 chr5 78596044 . T C 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.721;QD=62.4756;RBI=0.0218499;REFB=0;REVB=0.0203954;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55629e-05;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:72:59:0:0:72:59:0:0 chr5 78617534 . T G 553.63 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0140655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.536;QD=22.1453;RBI=0.0193626;REFB=-0.0160152;REVB=-0.0133068;RO=48;SAF=25;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377868;STB=0.520825;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0157328;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:27:25:21:27:27:25:21:27 chr5 79277817 . A C 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00407908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.179;QD=52.7643;RBI=0.00916575;REFB=0.215803;REVB=0.00820805;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00296207;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:0:1:13:15:0:1 chr5 79286831 . C G 2591.31 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042277;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.009;QD=61.6978;RBI=0.0476873;REFB=0;REVB=0.0220621;RO=0;SAF=61;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010834;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:168:0:0:164:168:1:103:61:0:0:107:61:0:0 chr5 79351735 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.752;QD=58.0608;RBI=0.0316889;REFB=0;REVB=0.0156111;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4942e-05;OID=.;OPOS=79351735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr5 79351852 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.257;QD=40.7629;RBI=0.0507598;REFB=0;REVB=0.0498499;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574053;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr5 79439630 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00833655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.225;QD=12.0207;RBI=0.0086239;REFB=-0.00315752;REVB=0.0022076;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.004061;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:13:12:7:7:13:12 chr5 79616083 . G C 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.252;QD=63.8618;RBI=0.0364671;REFB=0;REVB=-0.00654095;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83002e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr5 79617357 . T C 804.0 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.351;QD=64.32;RBI=0.0103484;REFB=0;REVB=-0.00513568;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3686e-06;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr5 79733079 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.062;QD=51.9167;RBI=0.0511057;REFB=0;REVB=-0.0165369;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636584;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr5 79734297 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3447;QD=52.6077;RBI=0.0563391;REFB=0;REVB=0.0446262;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100485;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr5 79734409 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000220048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.545;QD=57.2026;RBI=0.00975572;REFB=0;REVB=0.00975324;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11936e-05;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr5 79735858 . A G 1575.96 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211752;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.174;QD=60.0365;RBI=0.0271132;REFB=0;REVB=0.0169333;RO=0;SAF=36;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72582e-05;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:69:36:0:0:69:36:0:0 chr5 79745469 . A G 774.24 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000518811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2463;QD=55.3027;RBI=0.00284866;REFB=-0.0948936;REVB=-0.00280102;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022948;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:0:0:55:56:1:20:35:0:0:21:35:0:0 chr5 79815658 . T C 1026.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.054;QD=59.4879;RBI=0.0184976;REFB=0;REVB=0.0175715;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117426;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr5 79855372 . A G 706.86 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.93;QD=62.8317;RBI=0.0176644;REFB=0;REVB=-0.0153576;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63201e-05;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr5 80149981 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.308;QD=61.684;RBI=0.0327476;REFB=0;REVB=0.0105149;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65917e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr5 80168937 . G A 244.48 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.017418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.238;QD=23.2842;RBI=0.0174181;REFB=-0.024045;REVB=-4.8231e-05;RO=18;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211594;STB=0.60758;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0183386;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:15:8:11:7:15:8:11:8 chr5 80502736 . C G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0089455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.113;QD=20.3167;RBI=0.0102196;REFB=-0.000328899;REVB=-0.00494139;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171802;STB=0.596445;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000229473;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:5:13:10:9:5:13 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAA,TAAAAAAT 1544.23 PASS AF=0.82808,0.0573066,0.0945559;AO=109,57,31;DP=371;FAO=289,20,33;FDP=349;FR=.;FRO=7;FSAF=138,18,31;FSAR=151,2,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.275789,-0.136495,-0.137388;FXX=0.0592976;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.13447,8.82404,132;QD=17.6989;RBI=0.473308,0.235635,0.140757;REFB=-0.0747339,-0.0364449,-0.00553664;REVB=0.384657,0.192075,0.0306107;RO=92;SAF=56,54,31;SAR=53,3,0;SRF=8;SRR=84;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.358683,0.830407,0.88415;STB=0.504546,0.758712,0.766566;STBP=0.291,0.003,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0283554,0.0512823,0.09625;OID=.,.,.;OPOS=80756849,80756849,80756855;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.82808,0.0573066,0.0945559:109,57,31:371:289,20,33:349:7:138,18,31:151,2,2:2:5:99:92:56,54,31:53,3,0:8:84 chr5 81549216 . C T 727.18 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000111506;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.726;QD=57.0334;RBI=0.0119341;REFB=0;REVB=0.0119336;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28255e-06;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:41:10:0:0:41:10:0:0 chr5 81549240 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.024;QD=62.6709;RBI=0.0138517;REFB=0;REVB=-0.000597363;RO=0;SAF=8;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74789e-05;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:36:8:0:0:36:8:0:0 chr5 81572184 . G C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.782;QD=63.6149;RBI=0.0472098;REFB=0;REVB=-0.00224967;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116606;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr5 82648943 . G A 251.3 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.050462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2666;QD=20.5145;RBI=0.051191;REFB=-0.010167;REVB=0.00860833;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184232;STB=0.593143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0244237;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:14:10:15:9:14:10:15:10 chr5 82648977 . T G 302.08 PASS AF=0.417722;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0139402;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.55;QD=15.2954;RBI=0.0541235;REFB=-0.00681839;REVB=0.0522974;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154877;STB=0.618401;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0148089;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:46:31:33:0.417722:18:13:23:17:19:14:29:17 chr5 82875800 . C T 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0813391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.946;QD=60.2533;RBI=0.0826643;REFB=0;REVB=-0.0147422;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161563;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:63:46:0:0:63:46:0:0 chr5 83360520 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.331;QD=57.5448;RBI=0.0146159;REFB=0;REVB=-0.0144998;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38384e-05;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr5 85582712 . T C 667.35 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.793;QD=60.6679;RBI=0.033567;REFB=0;REVB=0.0244088;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69527e-05;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr5 85583507 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.579;QD=37.4885;RBI=0.0641105;REFB=0;REVB=0.0477248;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176222;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr5 85583642 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.393;QD=57.8241;RBI=0.0242811;REFB=0.0451427;REVB=0.0144744;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000211542;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:1:0:24:14:1:0 chr5 86513974 . A G 1657.72 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0638864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.321;QD=56.6741;RBI=0.063887;REFB=0.0241987;REVB=0.000284733;RO=4;SAF=31;SAR=82;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574146;STB=0.530298;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000279497;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:4:4:113:113:0.965812:82:31:4:0:82:31:4:0 chr5 87497977 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.206;QD=63.8707;RBI=0.0140788;REFB=0;REVB=-0.0134016;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2269e-05;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr5 87498849 . G A 2055.02 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.868;QD=62.2734;RBI=0.038395;REFB=0;REVB=0.0134949;RO=0;SAF=48;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49713e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:132:0:0:129:132:1:81:48:0:0:83:49:0:0 chr5 87502320 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA 702.77 PASS AF=0.606557,0.393443,0;AO=21,21,31;DP=88;FAO=37,24,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15,7,0;FSAR=22,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.56907,0.104307,0.67783;FXX=0.061529;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.2768,16.8293,13.7462;QD=46.0833;RBI=0.599992,0.14685,0.740466;REFB=0,0,0;REVB=0.190132,-0.103368,-0.298053;RO=1;SAF=15,3,20;SAR=6,18,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0297929,-0.130868,-0.0227606;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0612288,0.0225168,-0.147851;OID=.,.,.;OPOS=87502325,87502321,87502325;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.606557,0.393443,0:21,21,31:88:37,24,0:61:0:15,7,0:22,17,0:0:0:23:1:15,3,20:6,18,11:1:0 chr5 87968864 . A G 1405.05 PASS AF=0.524715;AO=138;DP=263;FAO=138;FDP=263;FR=.;FRO=125;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=-0.00725524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.981;QD=21.3696;RBI=0.012624;REFB=-0.0138222;REVB=0.0103309;RO=125;SAF=70;SAR=68;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738877;STB=0.540332;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0124936;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:125:125:138:138:0.524715:68:70:74:51:68:70:74:51 chr5 89812725 . CACTG C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683344;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=311.287;QD=56.1916;RBI=0.0700523;REFB=0;REVB=-0.0154188;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000171773;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:28:28:28:0:15:13:0:0:4:0:15:13:0:0 chr5 89816299 . C A 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.773;QD=58.0553;RBI=0.0328039;REFB=0;REVB=-0.00339282;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18935e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr5 89820984 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.771;QD=61.5363;RBI=0.0217041;REFB=0;REVB=0.0151276;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25044e-05;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:42:39:0:0 chr5 89943433 . A G 1527.12 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659245;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3612;QD=59.887;RBI=0.0714774;REFB=0;REVB=-0.0276221;RO=0;SAF=25;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204958;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:77:25:0:0:77:25:0:0 chr5 89943571 . G T 500.47 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.103;QD=58.8789;RBI=0.0399693;REFB=0;REVB=-0.00167369;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166099;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr5 89979589 . G A 1267.71 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169056;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0429;QD=61.8394;RBI=0.0173461;REFB=0;REVB=0.00388448;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113219;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:43:39:0:0 chr5 89979691 . A G 789.54 PASS AF=0.982456;AO=57;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190012;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.597;QD=55.4063;RBI=0.00319118;REFB=-0.0646844;REVB=0.00256382;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-3.00243e-06;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:57:56:0.982456:25:32:0:0:24:32:1:0 chr5 89979750 . G T 830.64 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.561;QD=57.2853;RBI=0.0106922;REFB=0;REVB=-0.00848337;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44864e-05;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:24:32:0:0:24:34:0:0 chr5 89990324 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.448;QD=51.9167;RBI=0.0855943;REFB=0;REVB=0.010689;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158874;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 90000210 . C T 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00547875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.441;QD=10.0838;RBI=0.00549478;REFB=-0.00276378;REVB=0.000419431;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074704;STB=0.543734;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00582973;OID=.;OPOS=90000210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:15:12:29:28:15:12:29:28 chr5 90001368 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.841;QD=60.6103;RBI=0.0397526;REFB=0;REVB=0.0351101;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5441e-05;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr5 90016871 . G A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.124;QD=57.5435;RBI=0.0274417;REFB=0;REVB=0.0229387;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146597;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr5 90024735 . G A 1556.47 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.408;QD=59.8644;RBI=0.00710944;REFB=0;REVB=-0.00515131;RO=0;SAF=27;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41595e-07;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:76:27:0:0:77:27:0:0 chr5 90052289 . G A 326.21 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0313831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8726;QD=14.9981;RBI=0.0319654;REFB=-0.00960295;REVB=0.00607361;RO=50;SAF=15;SAR=21;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226717;STB=0.621862;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0135592;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:21:15:32:18:21:15:32:19 chr5 90052372 . C T 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00737362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.675;QD=17.8244;RBI=0.00750456;REFB=-0.0115295;REVB=-0.00139579;RO=48;SAF=15;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211481;STB=0.618305;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0103492;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:26:15:28:20:26:15:28:20 chr5 90107108 . A G 1091.81 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.595;QD=59.017;RBI=0.0202615;REFB=0;REVB=0.0190213;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964292;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:37:32:0:0:40:34:0:0 chr5 90119324 . G A 1249.78 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260422;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.804;QD=61.7176;RBI=0.0261402;REFB=0;REVB=0.00226149;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47427e-05;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr5 90151589 . G A 722.49 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0155095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.984;QD=18.8885;RBI=0.018107;REFB=-0.00398699;REVB=-0.00934435;RO=77;SAF=46;SAR=29;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18264;STB=0.597691;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00379174;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:77:78:75:75:0.490196:29:46:32:45:29:46:33:45 chr5 93727244 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.016675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3769;QD=14.1389;RBI=0.0285663;REFB=0.00701703;REVB=-0.0231944;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367422;STB=0.713979;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0145359;OID=.;OPOS=93727244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:13:7:10:4:13:7 chr5 93731985 . A G 2020.22 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.779;QD=62.1605;RBI=0.0240364;REFB=0;REVB=0.0140945;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88144e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:70:58:0:0:72:58:0:0 chr5 93987532 . C A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0122651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.327;QD=15.7059;RBI=0.0639122;REFB=0.00721478;REVB=-0.0627243;RO=48;SAF=26;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181937;STB=0.603233;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00883448;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:10:26:27:21:10:26:27:21 chr5 94050487 . T A 327.59 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0533734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.109;QD=20.4745;RBI=0.0892592;REFB=-0.0113351;REVB=-0.0715436;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543006;STB=0.540251;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0112072;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:22:12:12:17:22:12:13:17 chr5 94278129 . T C 230.32 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0827178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6105;QD=46.0643;RBI=0.0889439;REFB=-0.121905;REVB=0.0326923;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0133399;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:1:0:6:13:1:0 chr5 94772540 . C T 862.28 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2569;QD=57.4856;RBI=0.120141;REFB=0;REVB=-0.0387414;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214982;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:53:60:1:29:24:0:0:32:28:0:0 chr5 94957676 . A T 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0857856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6054;QD=16.1708;RBI=0.0861385;REFB=-0.0152359;REVB=-0.00778942;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0159568;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr5 95084131 . G A 525.45 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0128262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.154;QD=18.9351;RBI=0.0464743;REFB=-0.0178193;REVB=-0.0446693;RO=54;SAF=19;SAR=36;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060071;STB=0.526006;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0218456;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:54:56:55:55:0.495495:36:19:22:32:36:19:22:34 chr5 95091194 . C T 488.97 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0101756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.289;QD=17.3086;RBI=0.028934;REFB=0.00141758;REVB=0.0270857;RO=60;SAF=21;SAR=32;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129065;STB=0.507173;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00191261;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:32:21:23:37:32:21:23:37 chr5 95091201 . A G 489.45 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00474079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.154;QD=17.0244;RBI=0.0199397;REFB=0.00247546;REVB=-0.019368;RO=62;SAF=20;SAR=33;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999935;STB=0.505569;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00404815;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:33:20:24:38:33:20:24:38 chr5 95194571 . T C 478.05 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00573212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.146;QD=19.7132;RBI=0.0369894;REFB=-0.012884;REVB=-0.0365426;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123231;STB=0.568401;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.010218;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:21:26:21:29:21:26:21:29 chr5 95194593 . G T 386.79 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00377919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.932;QD=15.7873;RBI=0.0145446;REFB=-0.0196164;REVB=-0.0140451;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151898;STB=0.604991;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.026514;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:57:41:41:0.418367:17:24:23:30:17:24:23:34 chr5 95194686 . C T 475.91 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00153423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.169;QD=21.8807;RBI=0.00153423;REFB=-0.019436;REVB=-3.74103e-06;RO=40;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997811;STB=0.560512;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0198595;OID=.;OPOS=95194686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:41:46:46:0.528736:25:21:23:17:25:21:24:17 chr5 95222277 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.957;QD=57.2026;RBI=0.0234141;REFB=0;REVB=-0.0198382;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1011e-05;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr5 95223499 . ATACTT A 216.32 PASS AF=0.458333;AO=17;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00157806;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=5;MLLD=300.055;QD=18.0269;RBI=0.00726935;REFB=-0.0134227;REVB=-0.00709599;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.562444;STBP=0.443;TYPE=del;VARB=0.0145379;OID=.;OPOS=95223500;OREF=TACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:17:48:22:48:26:11:11:10:16:99:19:8:9:8:11 chr5 95234377 . C T 66.29 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0379921;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7337;QD=4.49393;RBI=0.077367;REFB=-0.00332545;REVB=-0.0673962;RO=43;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386337;STB=0.790975;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0072211;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:43:48:11:11:0.186441:2:9:23:20:2:9:23:25 chr5 95234392 . A C 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00483077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.237;QD=4.91593;RBI=0.0171173;REFB=-0.00922799;REVB=-0.0164215;RO=48;SAF=11;SAR=2;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484543;STB=0.81953;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0257413;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:48:51:13:13:0.203125:2:11:23:25:2:11:24:27 chr5 95236415 . G A 209.74 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00429171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8455;QD=18.6432;RBI=0.0317587;REFB=-0.0156359;REVB=-0.0314673;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677185;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0191292;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:12:12:9:12:12:12 chr5 95236459 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0224421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.032;QD=14.1955;RBI=0.022575;REFB=-0.000187002;REVB=0.00244643;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131556;STB=0.576817;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000584052;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:12:10:5:10:12:10 chr5 95414863 . G A 514.44 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0105822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0263;QD=27.437;RBI=0.0291312;REFB=-0.0212894;REVB=-0.0271411;RO=28;SAF=34;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223763;STB=0.62242;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00834996;OID=.;OPOS=95414863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:13:34:12:16:13:34:12:16 chr5 95728440 . A G 465.05 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0128957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7401;QD=19.581;RBI=0.0202188;REFB=-0.002921;REVB=-0.0155725;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473649;STB=0.526304;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00274879;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:23:23:27:22:23:23:27:22 chr5 95728898 . C G 430.66 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0212442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.661;QD=20.0308;RBI=0.0257326;REFB=-0.0150589;REVB=-0.0145207;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170873;STB=0.581095;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0121543;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:42:43:0.5:20:22:14:28:21:22:15:28 chr5 95728974 . G C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00483428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.596;QD=17.1564;RBI=0.0102675;REFB=-0.0229482;REVB=-0.00905826;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144153;STB=0.582682;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0243103;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:10:10:11:6:10:10 chr5 96031569 . A G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0301435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.694;QD=26.3058;RBI=0.0311009;REFB=-0.000138585;REVB=0.00765736;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762441;STB=0.542332;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000377833;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:12:9:7:6:12:9:7:6 chr5 96079387 . C T 766.08 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6577;QD=63.8396;RBI=0.00933972;REFB=0;REVB=0.00364842;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8113e-05;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:40:8:0:0:40:8:0:0 chr5 96079402 . C T 781.25 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.385;QD=63.7756;RBI=0.0219189;REFB=0;REVB=0.0218477;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144503;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:40:8:0:0:41:8:0:0 chr5 96093222 . G A 594.81 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.00726205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8943;QD=17.6239;RBI=0.036336;REFB=-0.0085099;REVB=0.0356029;RO=72;SAF=31;SAR=31;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161673;STB=0.585159;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00754044;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:62:62:0.459259:31:31:48:24:31:31:48:25 chr5 96118852 . G C 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0140263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9508;QD=12.5469;RBI=0.0343278;REFB=-0.0111593;REVB=-0.0313315;RO=44;SAF=21;SAR=6;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191242;STB=0.611022;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0181471;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:6:21:28:16:6:21:28:16 chr5 96121524 . C T 427.28 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00983069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=16.9221;RBI=0.0150492;REFB=-0.0102953;REVB=-0.0113946;RO=55;SAF=27;SAR=19;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131464;STB=0.50734;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0113785;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:19:27:33:22:19:27:33:22 chr5 96122260 . T G 159.04 PASS AF=0.38;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00407933;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1467;QD=12.723;RBI=0.00715883;REFB=-0.0303475;REVB=0.00588286;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715736;STB=0.565969;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0347712;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:30:31:18:19:0.38:9:9:17:13:10:9:18:13 chr5 96124330 . T C 807.15 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00991627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.968;QD=18.9917;RBI=0.0415517;REFB=-0.00139269;REVB=0.0403511;RO=87;SAF=46;SAR=37;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877484;STB=0.548385;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00227663;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:87:87:83:83:0.488235:37:46:40:47:37:46:40:47 chr5 96126308 . A G 314.05 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0202889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9181;QD=14.7786;RBI=0.0912442;REFB=-0.0412496;REVB=-0.0889599;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859226;STB=0.548663;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0536004;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:16:19:23:27:16:19:23:27 chr5 96129512 . A G 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.000278952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.337;QD=15.2245;RBI=0.00227313;REFB=-0.00692265;REVB=0.00225595;RO=52;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139382;STB=0.579004;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00943252;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:24:13:25:27:24:13:25:27 chr5 96130836 . T C 258.11 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0254458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.102;QD=13.9519;RBI=0.0324368;REFB=-0.0203959;REVB=-0.0201161;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258656;STB=0.507242;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0197449;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:16:14:19:24:16:14:20:24 chr5 96136677 . G C 348.92 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00987501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.226;QD=22.8802;RBI=0.0100174;REFB=-0.0237468;REVB=0.00168322;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270267;STB=0.649188;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.011318;OID=.;OPOS=96136677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:11:24:9:17:11:24:9:17 chr5 96139250 . C G 329.27 PASS AF=0.365217;AO=35;DP=107;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00455495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.618;QD=11.453;RBI=0.0111692;REFB=-0.0119157;REVB=0.0101982;RO=70;SAF=19;SAR=16;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667451;STB=0.535532;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0102959;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:115:70:73:35:42:0.365217:16:19:42:28:19:23:44:29 chr5 96231000 . G T 902.35 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00132055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.884;QD=18.8973;RBI=0.0029562;REFB=-0.00461726;REVB=0.00264485;RO=100;SAF=34;SAR=57;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142151;STB=0.578594;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00594071;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:100:91:91:0.47644:57:34:52:48:57:34:52:48 chr5 96232142 . T A 472.86 PASS AF=0.490385;AO=49;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.000847852;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.253;QD=18.187;RBI=0.00241859;REFB=-0.00744097;REVB=-0.00226511;RO=55;SAF=4;SAR=45;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398595;STB=0.699396;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00682927;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:53:49:51:0.490385:45:4:16:39:46:5:16:37 chr5 96235896 . A G 204.56 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0207726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.635;QD=22.7288;RBI=0.0212219;REFB=-0.0101367;REVB=-0.00434402;RO=15;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753766;STB=0.533299;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0100854;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:20:20:0.555556:16:4:4:11:16:4:4:12 chr5 96237326 . G A 325.58 PASS AF=0.409091;AO=37;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0219367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3269;QD=14.7993;RBI=0.0476714;REFB=0.0419087;REVB=0.0423243;RO=51;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330032;STB=0.50847;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0563775;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:37:36:0.409091:25:12:18:33:24:12:18:34 chr5 96245343 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0115705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.186;QD=15.6193;RBI=0.0197412;REFB=-0.0142585;REVB=-0.0159949;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0214729;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr5 96245439 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0185619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.272;QD=20.2683;RBI=0.0263046;REFB=-0.0148057;REVB=0.0186383;RO=21;SAF=3;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397841;STB=0.728716;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0171877;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:18:3:10:11:18:3:10:11 chr5 96249115 . C T 503.75 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00596158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.798;QD=22.389;RBI=0.0122291;REFB=-0.0179137;REVB=0.0106775;RO=42;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698962;STB=0.538446;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.014846;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:27:21:15:27:27:21:15:27 chr5 96315246 . CATAA ACAAT,CATA,CAT,TCAAT 206.51 PASS AF=0.366667,0.566667,0.0666667,0;AO=4,13,3,2;DP=30;FAO=11,17,2,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,2,0;FSAR=11,5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102155,0.0484747,0.0275589,0.0103386;FXX=0.0322477;HRUN=2,8,8,2;LEN=5,1,2,5;MLLD=143.851,7.12357,11.6659,137.524;QD=27.5352;RBI=0.0811182,0.521861,0.275533,0.150746;REFB=-0.0232142,-0.0456781,-0.0498848,-0.0143181;REVB=-0.0804724,-0.519604,-0.274151,-0.150391;RO=3;SAF=0,10,2,0;SAR=4,3,1,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.74182,0.0471602,0,-0.666583;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.0458492,-0.00270754,0.088994,0;OID=.,.,.,.;OPOS=96315246,96315249,96315249,96315246;OREF=CATAA,A,AA,CATAA;OALT=ACAAT,-,-,TCAAT;OMAPALT=ACAAT,CATA,CAT,TCAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:83:30:30:3:0:4,13,3,2:11,17,2,0:0.366667,0.566667,0.0666667,0:4,3,1,2:0,10,2,0:2:1:11,5,0,0:0,12,2,0:0:0 chr5 96350710 . G A 362.54 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0221056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.5;QD=12.1861;RBI=0.0279207;REFB=-0.0152052;REVB=-0.017056;RO=75;SAF=24;SAR=20;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763269;STB=0.543459;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0211991;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:75:75:44:44:0.369748:20:24:46:29:20:24:46:29 chr5 96498783 . G A 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00354445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.276;QD=11.7422;RBI=0.0168463;REFB=-0.0142571;REVB=-0.0164692;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716143;STB=0.541626;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0220421;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:20:16:8:13:20:16 chr5 96503523 . C T 103.56 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00827732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.972;QD=18.8281;RBI=0.0141663;REFB=-0.000359087;REVB=0.0114965;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301131;STB=0.517213;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00037067;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:7:3:4:8:7:3 chr5 96512865 . T A 1080.57 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.316;QD=60.0315;RBI=0.0465909;REFB=0;REVB=0.0449022;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48065e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:30:40:0:0:32:40:0:0 chr5 96512871 . T A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.134;QD=61.2132;RBI=0.0197736;REFB=0;REVB=-0.0165328;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45738e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr5 96513471 . G C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00820704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0977;QD=13.1195;RBI=0.0309581;REFB=-0.00376412;REVB=-0.0298504;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161025;STB=0.592283;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00640677;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:15:10:21:17:15:10:21:17 chr5 96518792 . T G 274.04 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3299;QD=52.1975;RBI=0.211581;REFB=0;REVB=0.209574;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00788631;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:16:21:1:10:6:0:0:15:6:0:0 chr5 99921841 . G C 469.16 PASS AF=0.337143;AO=59;DP=175;FAO=59;FDP=175;FR=.;FRO=116;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.00356719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.128;QD=10.7237;RBI=0.0274985;REFB=0.000928072;REVB=-0.0272662;RO=114;SAF=25;SAR=34;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682009;STB=0.545261;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0021276;OID=.;OPOS=99921841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:114:116:59:59:0.337143:34:25:55:59:34:25:57:59 chr5 100068875 . C T 561.23 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0174374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2847;QD=19.3529;RBI=0.0234152;REFB=-0.0376916;REVB=0.0156271;RO=58;SAF=37;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145005;STB=0.58023;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0443094;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:21:37:28:30:21:37:28:30 chr5 100145388 . A C 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0204137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9947;QD=11.2659;RBI=0.0231732;REFB=-0.0272534;REVB=0.010967;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246454;STB=0.514374;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0534065;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:19:17:9:11:19:17 chr5 100146447 . G T 563.36 PASS AF=0.504274;AO=54;DP=115;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00944044;FXX=0.0249979;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.818;QD=19.2602;RBI=0.0113001;REFB=-0.0124377;REVB=0.00621057;RO=57;SAF=19;SAR=35;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018938;STB=0.532189;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0182836;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:57:58:54:59:0.504274:35:19:19:38:35:24:20:38 chr5 101466840 . G T 225.52 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.00744223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5079;QD=9.02096;RBI=0.0225539;REFB=-0.00634378;REVB=-0.0212906;RO=71;SAF=18;SAR=11;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035025;STB=0.520696;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.012622;OID=.;OPOS=101466840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:71:71:29:29:0.29:11:18:46:25:11:18:46:25 chr5 101575091 . C T 213.05 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0496312;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8017;QD=14.4443;RBI=0.0496714;REFB=0.0302291;REVB=-0.00199906;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299052;STB=0.662973;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0379861;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:34:25:25:0.423729:16:9:23:12:16:9:22:12 chr5 101724448 . G C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.018626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.148;QD=21.7158;RBI=0.018686;REFB=-0.000878495;REVB=0.00149617;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128038;STB=0.570439;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000627627;OID=.;OPOS=101724448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:12:27:24:20:12:27 chr5 102345546 . A C 516.93 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0163894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.409;QD=14.7695;RBI=0.0172592;REFB=-0.00443574;REVB=-0.00541001;RO=83;SAF=19;SAR=38;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23777;STB=0.634098;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00498277;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:83:57:57:0.407143:38:19:46:37:38:19:46:37 chr5 102365186 . G A 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0434063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1459;QD=14.7405;RBI=0.0466662;REFB=-0.0191143;REVB=-0.0171355;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145001;STB=0.582036;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.026382;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:16:25:14:16:16:25 chr5 102365426 . C CAG 390.98 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00557874;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.846;QD=16.6372;RBI=0.00767956;REFB=0.00680588;REVB=-0.00527762;RO=54;SAF=27;SAR=14;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256057;STB=0.639069;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=-0.00652489;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43617:41:95:41:94:53:27:14:22:31:99:54:27:14:22:32 chr5 102433409 . G A 682.36 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.00805828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.229;QD=16.542;RBI=0.0138034;REFB=-0.0120781;REVB=-0.011207;RO=88;SAF=41;SAR=33;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130244;STB=0.568961;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0116146;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:88:91:74:74:0.448485:33:41:37:51:33:41:39:52 chr5 102512570 . C CA 1015.02 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9904;QD=47.7657;RBI=0.0450174;REFB=0;REVB=-0.0405673;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000356558;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:85:85:85:0:36:49:0:0:18:0:36:47:0:0 chr5 102520400 . A C 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0140577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.093;QD=25.3392;RBI=0.0228165;REFB=-0.0103078;REVB=0.0179714;RO=25;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218225;STB=0.511948;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00497522;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:16:23:14:11:16:23:14:11 chr5 102538752 . T C 768.24 PASS AF=0.580645;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=124;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0062452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.898;QD=24.7818;RBI=0.013914;REFB=-0.0203392;REVB=0.0124337;RO=52;SAF=35;SAR=37;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550587;STB=0.529983;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0175404;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:52:52:72:72:0.580645:37:35:29:23:37:35:29:23 chr5 108672755 . T A 2181.05 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.335;QD=62.3158;RBI=0.0186931;REFB=-0.0528211;REVB=-0.0133554;RO=1;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684088;STB=0.503597;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-8.71021e-07;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:69:70:0:1:69:70:0:1 chr5 108672946 . C T 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0215879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.585;QD=17.7618;RBI=0.0676356;REFB=-0.00671482;REVB=-0.0640979;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284456;STB=0.50922;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00794604;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:18:21:25:19:18:21:25:20 chr5 108713970 . C T 301.38 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00931359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4744;QD=16.7431;RBI=0.0701035;REFB=-0.00612931;REVB=-0.069482;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178435;STB=0.599941;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00574045;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:25:14:18:15:25:14 chr5 109035302 . T TAAAG 670.92 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0266438;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.547;QD=50.6352;RBI=0.0360304;REFB=-0.0636138;REVB=0.0242548;RO=3;SAF=33;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000790325;STB=0.50042;STBP=0.959;TYPE=ins;VARB=0.00218899;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.943396:50:53:50:53:3:33:17:2:1:12:3:33:17:2:1 chr5 109035496 . A G 454.15 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.4;QD=55.0481;RBI=0.0146879;REFB=0.0174445;REVB=0.000876108;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000677385;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:1:0 chr5 109117171 . A G 2196.37 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=143;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025738;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8171;QD=62.3083;RBI=0.070745;REFB=-0.07145;REVB=0.065897;RO=1;SAF=97;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487682;STB=0.502564;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000734246;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:141:1:1:139:140:0.992908:42:97:1:0:43:97:1:0 chr5 109181682 . A T 1300.83 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.354;QD=61.9445;RBI=0.0378638;REFB=0;REVB=0.0317336;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113985;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:51:32:0:0:52:32:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 2228.07 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509009;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.316;QD=63.6592;RBI=0.0410785;REFB=0;REVB=-0.0407619;RO=0;SAF=57;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.81072e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:139:140:140:140:0:57:83:0:0:12:0:57:82:0:0 chr5 110439509 . A G 472.01 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0218172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2809;QD=18.3305;RBI=0.0261165;REFB=0.0131857;REVB=0.0143555;RO=53;SAF=30;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857231;STB=0.5476;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0148554;OID=.;OPOS=110439509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:20:30:27:26:20:30:27:26 chr5 110456704 . A T 228.11 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0199132;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.376;QD=15.465;RBI=0.0201432;REFB=-0.0145416;REVB=0.00303549;RO=34;SAF=5;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412398;STB=0.742065;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0279136;OID=.;OPOS=110456704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:33:26:26:0.440678:21:5:19:15:21:5:19:14 chr5 110784822 . A G 801.04 PASS AF=0.446809;AO=84;DP=189;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.00174114;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.874;QD=17.0434;RBI=0.0233199;REFB=0.00154818;REVB=0.0232548;RO=103;SAF=35;SAR=49;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126472;STB=0.572936;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0024611;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:103:104:84:84:0.446809:49:35:56:47:49:35:57:47 chr5 110819753 . G C 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0042801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.451;QD=12.6193;RBI=0.00473125;REFB=-0.00759949;REVB=0.0020163;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100688;STB=0.55809;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0124362;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:16:22:16:8:16:22 chr5 111065696 . C CAAAG 187.94 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0166333;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=4;MLLD=263.818;QD=10.8948;RBI=0.0167864;REFB=-0.00675598;REVB=0.00226176;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869248;STB=0.503719;STBP=0.976;TYPE=ins;VARB=0.0108307;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:24:70:24:69:45:10:14:19:26:99:44:10:14:18:26 chr5 111065764 . C T 210.85 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0206903;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8182;QD=11.8788;RBI=0.0210997;REFB=-0.0275844;REVB=-0.0041364;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865399;STB=0.524868;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0401766;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:45:26:26:0.366197:16:10:19:22:16:10:19:26 chr5 111066697 . T C 321.3 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00593763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.521;QD=14.7723;RBI=0.0240205;REFB=-0.0193733;REVB=-0.0232751;RO=51;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187635;STB=0.611877;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0321063;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:51:51:35:36:0.413793:13:22:23:28:13:23:23:28 chr5 111496598 . G T 1002.15 PASS AF=0.304569;AO=57;DP=196;FAO=60;FDP=197;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=78;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.000279049;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.836;QD=20.3481;RBI=0.00715605;REFB=-0.0150332;REVB=-0.00715061;RO=66;SAF=25;SAR=32;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231563;STB=0.601417;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0337389;OID=.;OPOS=111496598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:66:78:57:60:0.304569:32:25:45:21:30:30:53:25 chr5 111500220 . GTTAAAAC GTAAAAC,GTT 100.78 PASS AF=0,0.441176;AO=4,14;DP=34;FAO=0,15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6;FSAR=0,9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.318269,-0.00033912;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,5;MLLD=22.1397,239.835;QD=11.856;RBI=0.320213,0.000500882;REFB=-0.0821513,0.0095018;REVB=0.0352329,-0.00036862;RO=11;SAF=4,5;SAR=0,9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0.333333;SSEP=0,0;SSSB=0.751254,0.0731378;STB=0.5,0.542112;STBP=1,0.666;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00962647;OID=.,.;OPOS=111500221,111500223;OREF=T,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=GTAAAAC,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.441176:4,14:34:0,15:34:19:0,6:0,9:9:10:99:11:4,5:0,9:3:8 chr5 111500816 . C CTAAAA 974.65 PASS AF=0.630435;AO=82;DP=140;FAO=87;FDP=138;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0162305;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=252.931;QD=28.2507;RBI=0.016721;REFB=-0.0219958;REVB=-0.00402023;RO=54;SAF=29;SAR=53;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219006;STB=0.597803;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0120587;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630435:82:140:87:138:51:32:55:32:19:99:54:29:53:35:19 chr5 111504479 . C T 2287.82 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.236;QD=63.5506;RBI=0.0165092;REFB=0;REVB=-0.000510024;RO=0;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17527e-06;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:73:70:0:0:73:71:0:0 chr5 111506069 . G A 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.215;QD=59.3558;RBI=0.0227193;REFB=-0.125516;REVB=-0.000209259;RO=1;SAF=27;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172042;STB=0.509089;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000279093;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:50:27:1:0:50:27:1:0 chr5 111519740 . T C 2512.01 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.616;QD=61.6445;RBI=0.0232835;REFB=0;REVB=0.000744498;RO=0;SAF=84;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16422e-05;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:78:84:0:0:78:85:0:0 chr5 111530284 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4901;QD=63.8704;RBI=0.022428;REFB=0;REVB=0.00708746;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100078;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr5 111545670 . C G 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.502;QD=59.9369;RBI=0.0197718;REFB=0;REVB=-0.0116879;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04846e-06;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr5 111755408 . A G 505.67 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0253071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4047;QD=14.764;RBI=0.0317908;REFB=-0.0240502;REVB=0.0192407;RO=80;SAF=32;SAR=24;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152579;STB=0.582091;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0476646;OID=.;OPOS=111755408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:81:56:56:0.408759:24:32:34:46:24:32:35:46 chr5 111756062 . G C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.13642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7604;QD=15.8365;RBI=0.13788;REFB=0.00372631;REVB=-0.02001;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368153;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.016562;OID=.;OPOS=111756062;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:2:5:6:2:2:5 chr5 112043427 . C G 653.98 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0232445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.327;QD=17.21;RBI=0.0238892;REFB=-0.0356753;REVB=-0.0055123;RO=81;SAF=30;SAR=40;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111118;STB=0.558474;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0346035;OID=.;OPOS=112043427;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:82:70:70:0.460526:40:30:44:37:40:30:44:38 chr5 112162854 . T C 2284.32 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988405;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.173;QD=63.8971;RBI=0.0257719;REFB=0;REVB=0.0238012;RO=0;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54839e-05;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:81:62:0:0:81:62:0:0 chr5 112164561 . G A 1150.19 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9507;QD=60.5365;RBI=0.00978664;REFB=0;REVB=-0.00965804;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56128e-05;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr5 112175770 . G A 792.09 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00730141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.978;QD=53.7011;RBI=0.0119188;REFB=-0.0456381;REVB=0.00942051;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314166;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.004481;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:28:29:2:0:28:29:2:0 chr5 112176325 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00119418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.078;QD=60.1583;RBI=0.00448151;REFB=0.0268518;REVB=-0.00431948;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132374;STB=0.507039;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000412659;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:35:9:0:1:35:9:0:1 chr5 112176559 . T G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.988;QD=59.8551;RBI=0.079652;REFB=0;REVB=0.0294861;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552741;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr5 112176756 . T A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3987;QD=57.3856;RBI=0.0264809;REFB=0;REVB=-0.00412903;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219094;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr5 112176793 . C T 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00554261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.717;QD=19.0226;RBI=0.0645441;REFB=-0.018108;REVB=0.0643057;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256956;STB=0.514301;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0171822;OID=.;OPOS=112176793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:17:18:19:16:17:18:19:16 chr5 112177171 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.09;QD=47.8224;RBI=0.0312315;REFB=0;REVB=-0.0311071;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122572;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 112200098 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4892;QD=63.5826;RBI=0.058819;REFB=0;REVB=0.0268607;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696617;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr5 112203564 . T A 873.59 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00595455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.996;QD=56.3606;RBI=0.00751745;REFB=-0.164556;REVB=-0.00458861;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000550593;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:24:37:0:0:24:37:0:1 chr5 112312676 . T C 1590.73 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.739;QD=58.9161;RBI=0.0153947;REFB=-0.0289967;REVB=0.00542347;RO=1;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072467;STB=0.503816;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00018177;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:65:42:0:1:65:42:0:1 chr5 112328377 . A G 868.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.18;QD=57.8715;RBI=0.00739476;REFB=0;REVB=0.00725533;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91426e-05;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr5 112346430 . GTGTTT G,GTGTGT,GTGTTG,GTTTTT 172.21 PASS AF=0.647059,0,0.294118,0;AO=4,4,2,2;DP=17;FAO=11,0,5,0;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4,0,1,0;FSAR=7,0,4,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0662905,-0.0109631,-0.0118417,-0.0694125;FXX=0;HRUN=1,14,14,1;LEN=5,1,1,1;MLLD=89.1604,57.6097,57.4729,80.5738;QD=40.5207;RBI=0.067861,0.0119131,0.0120614,0.100142;REFB=0.0489321,0.0269167,0.0287157,0.0504161;REVB=0.014515,0.00466185,-0.00229168,0.0721825;RO=1;SAF=0,1,0,2;SAR=4,3,2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.749895,-0.272709,-0.697199,0;STB=0.555452,0.5,0.66592,0.5;STBP=0.296,1,0.243,1;TYPE=del,snp,snp,snp;VARB=-0.0226566,0,-0.044401,0;OID=.,.,.,.;OPOS=112346431,112346434,112346435,112346432;OREF=TGTTT,T,T,G;OALT=-,G,G,T;OMAPALT=G,GTGTGT,GTGTTG,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.647059,0,0.294118,0:4,4,2,2:17:11,0,5,0:17:1:4,0,1,0:7,0,4,0:1:0:26:1:0,1,0,2:4,3,2,0:1:0 chr5 112349070 . T C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00962937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.45;QD=53.9324;RBI=0.0182795;REFB=-0.103425;REVB=-0.0155376;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000971387;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:1:0:19:11:1:0 chr5 112349379 . T C 877.37 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00865428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.376;QD=54.8354;RBI=0.0181775;REFB=-0.118908;REVB=0.0159852;RO=2;SAF=28;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325305;STB=0.517236;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000712105;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:34:28:2:0:34:28:2:0 chr5 112350707 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.813;QD=59.1431;RBI=0.00703131;REFB=0;REVB=-0.00558879;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65656e-06;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr5 112358131 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.226;QD=58.1421;RBI=0.0356311;REFB=0;REVB=-0.00685658;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102191;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr5 112379289 . G A 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00583638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128;QD=53.0522;RBI=0.0239838;REFB=-0.0611635;REVB=-0.0232629;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.504165;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00208083;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:33:21:1:0:33:21:1:1 chr5 112384802 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3301;QD=58.781;RBI=0.12947;REFB=0;REVB=0.0223467;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128278;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr5 112399791 . G A 340.95 PASS AF=0.390476;AO=39;DP=104;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00542814;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.027;QD=12.9886;RBI=0.059947;REFB=-0.0324232;REVB=-0.0597007;RO=64;SAF=33;SAR=6;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538497;STB=0.769588;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0532473;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:64:39:41:0.390476:6:33:25:39:8:33:25:39 chr5 112406862 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00472968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.829;QD=11.1851;RBI=0.00619282;REFB=-0.0108702;REVB=0.00399764;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257513;STB=0.65114;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0223923;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:19:16:13:6:19:16 chr5 112439941 . T C 1265.38 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.465;QD=61.7258;RBI=0.10645;REFB=0;REVB=0.103027;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107469;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:43:39:0:0 chr5 112479004 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.488;QD=63.0525;RBI=0.0268742;REFB=0;REVB=0.0121288;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83411e-05;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr5 112769541 . T C 155.61 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0785568;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.922;QD=14.8197;RBI=0.0786233;REFB=-0.0108086;REVB=0.00323476;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295431;STB=0.613149;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0248853;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:14:3:1:23:14:3:2:23 chr5 112769840 . C G 457.01 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00106649;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0782;QD=17.748;RBI=0.0151204;REFB=-0.0116341;REVB=-0.0150827;RO=55;SAF=34;SAR=15;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287128;STB=0.65539;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0114882;OID=.;OPOS=112769840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:54:49:49:0.475728:15:34:22:33:15:34:22:32 chr5 112769997 . C T 131.99 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0189882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.084;QD=23.9982;RBI=0.0348403;REFB=-0.0242952;REVB=0.0292113;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00703337;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr5 112770015 . G T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000102378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.389;QD=25.2873;RBI=0.00245574;REFB=-0.00604995;REVB=-0.00245361;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00272809;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:7:9:4:5:7:9:4:5 chr5 112823998 . C T 2700.86 PASS AF=0.994286;AO=166;DP=166;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.647;QD=61.7339;RBI=0.0509755;REFB=0.053294;REVB=0.0254064;RO=0;SAF=63;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25405e-08;STB=0.502415;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-1.20617e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:175:0:1:166:174:0.994286:103:63:0:0:103:71:0:1 chr5 112824039 . T C 922.78 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.581;QD=56.7866;RBI=0.0647559;REFB=-0.0631822;REVB=0.0446544;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154807;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00102454;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:30:33:0:1:31:33:0:1 chr5 112824048 . TGCC T,TGCCGCC 165.49 PASS AF=0.625,0.3125;AO=10,4;DP=17;FAO=10,5;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2,1;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487272,-0.023587;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=177.105,136.145;QD=41.3714;RBI=0.050706,0.0375451;REFB=0.0308344,0.00277843;REVB=0.0140271,0.0292112;RO=1;SAF=2,1;SAR=8,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0526894,0.119989;STB=0.529355,0.555346;STBP=0.651,0.649;TYPE=del,ins;VARB=0.0188264,0.0144721;OID=.,.;OPOS=112824049,112824049;OREF=GCC,-;OALT=-,GCC;OMAPALT=T,TGCCGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.625,0.3125:10,4:17:10,5:16:1:2,1:8,4:0:1:31:1:2,1:8,3:0:1 chr5 112868693 . C A 427.54 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0223782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.998;QD=12.8583;RBI=0.026617;REFB=-0.00810539;REVB=-0.0144112;RO=81;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717595;STB=0.547099;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0154637;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:83:50:50:0.37594:27:23:32:49:27:23:32:51 chr5 112884728 . G A 301.2 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0418034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3649;QD=11.1557;RBI=0.0419847;REFB=-0.0125623;REVB=0.00389827;RO=70;SAF=27;SAR=11;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266513;STB=0.654039;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0114997;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:11:27:34:36:11:27:34:36 chr5 112888875 . C T 106.92 PASS AF=0.419355;AO=10;DP=28;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.05699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6425;QD=13.7959;RBI=0.0582397;REFB=-0.0188541;REVB=0.0120001;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309114;STB=0.586817;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0240965;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:18:18:10:13:0.419355:8:2:8:10:9:4:8:10 chr5 112888882 . A T 145.88 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.013814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.694;QD=16.6722;RBI=0.0225926;REFB=-0.0099752;REVB=0.0178774;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917711;STB=0.526283;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0137168;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:10:5:8:11:10:6:8:11 chr5 112889374 . G A 713.86 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0120003;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6587;QD=18.9103;RBI=0.0125577;REFB=-0.0140824;REVB=-0.00369994;RO=78;SAF=38;SAR=36;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601649;STB=0.536637;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0127151;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:78:77:74:74:0.490066:36:38:35:43:36:38:34:43 chr5 112899702 . A G 674.96 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00341037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.913;QD=20.4532;RBI=0.0181024;REFB=-0.00883069;REVB=0.0177783;RO=64;SAF=26;SAR=41;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313292;STB=0.514072;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0109276;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:65:67:67:0.507576:41:26:27:37:41:26:27:38 chr5 112926755 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00303293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9364;QD=16.5778;RBI=0.0245462;REFB=0.0077608;REVB=0.0243581;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950612;STB=0.553276;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00808119;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:13:25:18:14:13:25 chr5 112929013 . T A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0137881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.337;QD=16.0642;RBI=0.043243;REFB=-0.00782664;REVB=-0.0409859;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592558;STB=0.53349;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0106026;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:15:16:15:11:15:16 chr5 112930952 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0103063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.696;QD=14.0443;RBI=0.0187207;REFB=0.00642089;REVB=-0.0156283;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344717;STB=0.519637;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0100088;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:17:11:17:23:17:11:17:23 chr5 113589389 . T A 322.71 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0132771;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.707;QD=18.9827;RBI=0.0393297;REFB=-0.00739463;REVB=-0.0370209;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265329;STB=0.514774;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00600463;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:18:16:15:19:18:16:15:19 chr5 113698544 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.099;QD=62.0207;RBI=0.0296782;REFB=0;REVB=0.0245432;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25096e-05;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC 530.95 PASS AF=0.0454545,0.863636;AO=2,32;DP=47;FAO=2,38;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=1,20;FSAR=1,18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0232742,0.0337416;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=118.025,130.973;QD=48.2685;RBI=0.0510605,0.0360011;REFB=-0.0201137,-0.111931;REVB=-0.0454476,0.0125534;RO=12;SAF=1,17;SAR=1,15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0855427,0.0574817;STB=0.665181,0.526302;STBP=0.732,0.344;TYPE=snp,ins;VARB=0.0280931,0.0124077;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:47:44:12:4:2,32:2,38:0.0454545,0.863636:1,15:1,17:5:7:1,18:1,20:1:3 chr5 113829121 . A G 1102.49 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00712914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.596;QD=58.7997;RBI=0.0276244;REFB=0.00563728;REVB=0.0266886;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-6.64348e-06;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:30:43:1:0:30:44:1:0 chr5 113831696 . T C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00700812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.963;QD=16.077;RBI=0.0607373;REFB=-0.0101937;REVB=-0.0603317;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227673;STB=0.512813;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0148111;OID=.;OPOS=113831696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:15:19:25:18:15:19:25:18 chr5 114460539 . T C 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00997766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.646;QD=17.3696;RBI=0.0162899;REFB=-0.00747184;REVB=0.0128766;RO=55;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125701;STB=0.570352;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00554201;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:20:24:23:32:20:24:23:32 chr5 114460580 . C G 660.65 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00296482;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.856;QD=21.6608;RBI=0.00362626;REFB=-0.00614101;REVB=-0.00208798;RO=57;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11021;STB=0.56051;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00511443;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:57:57:65:65:0.532787:38:27:31:26:38:27:31:26 chr5 114462355 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.958;QD=59.1432;RBI=0.0125704;REFB=0;REVB=0.00939626;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17856e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr5 114469724 . T C 476.79 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00235944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0294;QD=16.7295;RBI=0.00512713;REFB=-0.00551308;REVB=-0.00455198;RO=61;SAF=31;SAR=21;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133908;STB=0.579113;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00686209;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:61:62:52:52:0.45614:21:31:28:33:21:31:28:34 chr5 114480364 . C T 866.03 PASS AF=0.544872;AO=85;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00263213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.682;QD=22.2058;RBI=0.0074145;REFB=0.0142253;REVB=-0.00693157;RO=71;SAF=33;SAR=52;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124774;STB=0.568246;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.016285;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:71:85:85:0.544872:52:33:38:33:52:33:38:33 chr5 114860161 . G A 548.95 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0262677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9961;QD=20.7152;RBI=0.0376581;REFB=-0.0419222;REVB=-0.026984;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649027;STB=0.535702;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0336429;OID=.;OPOS=114860161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:30:26:27:23:30:26:27:23 chr5 114860397 . G A 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00645117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.311;QD=13.9611;RBI=0.00808893;REFB=-0.0167143;REVB=-0.00487988;RO=52;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496529;STB=0.528314;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0232451;OID=.;OPOS=114860397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:23:11:19:33:23:11:19:33 chr5 115110090 . A C 549.65 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0284833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.808;QD=19.286;RBI=0.0290813;REFB=-0.012334;REVB=0.00586717;RO=57;SAF=31;SAR=26;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157759;STB=0.587019;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0149735;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:26:31:21:36:26:31:21:36 chr5 115176589 . A G 481.4 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0095427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.261;QD=15.914;RBI=0.00976475;REFB=-0.00518414;REVB=-0.00207057;RO=68;SAF=22;SAR=31;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344581;STB=0.501927;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00623428;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:31:22:28:40:31:22:28:40 chr5 115177336 . G C 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00401331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.816;QD=21.5795;RBI=0.0144567;REFB=-0.00659886;REVB=0.0138885;RO=42;SAF=13;SAR=33;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227675;STB=0.626298;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00605335;OID=.;OPOS=115177336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:33:13:22:20:33:13:22:20 chr5 115188660 . A G 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000403812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.555;QD=25.758;RBI=0.0147635;REFB=0.0242168;REVB=0.0147579;RO=20;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171202;STB=0.509384;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0132107;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:19:14:8:12:19:14:8:12 chr5 115249078 . C T 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0169819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.657;QD=9.40173;RBI=0.0368218;REFB=-0.00777138;REVB=-0.032672;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229088;STB=0.636222;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0205844;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:6:14:22:21:6:14:22:21 chr5 115249271 . G A 1031.47 PASS AF=0.484018;AO=104;DP=217;FAO=106;FDP=219;FR=.;FRO=113;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=0.0271128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5837;QD=18.8396;RBI=0.0366606;REFB=-0.00760595;REVB=0.0246758;RO=113;SAF=43;SAR=61;SRF=41;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498199;STB=0.532894;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00674623;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:113:113:104:106:0.484018:61:43:41:72:61:45:41:72 chr5 115298232 . G C 363.25 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00578318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.58;QD=18.1627;RBI=0.00618816;REFB=-0.0281778;REVB=-0.00220183;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127938;STB=0.577185;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0195359;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:21:17:24:17:21:17:25:17 chr5 115298374 . TGGGC TGGC,TGGGT 445.33 PASS AF=0.229508,0.57377;AO=13,17;DP=61;FAO=14,35;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=0,15;FSAR=14,20;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0581608,0.0281539;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=13.6377,148.761;QD=29.202;RBI=0.0584958,0.0855171;REFB=-0.152133,-0.0570274;REVB=-0.00625134,0.0807499;RO=12;SAF=0,14;SAR=13,3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0.604418,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.858898,-0.130624;STB=0.999175,0.622686;STBP=0,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.0132453,0.0456721;OID=.,.;OPOS=115298375,115298378;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.229508,0.57377:13,17:61:14,35:61:12:0,15:14,20:11:1:70:12:0,14:13,3:11:1 chr5 115298475 . T C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0420833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.617;QD=26.3719;RBI=0.04339;REFB=-0.0101629;REVB=-0.0105685;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147433;STB=0.596408;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00451385;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:16:8:8:7:16:8:9:7 chr5 115298518 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0162961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5834;QD=19.7014;RBI=0.0225518;REFB=-0.0537444;REVB=0.0155891;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234444;STB=0.632936;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0112431;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:10:6:11:6:10:6 chr5 115298977 . C T 1620.29 PASS AF=0.504702;AO=158;DP=318;FAO=161;FDP=319;FR=.;FRO=158;FSAF=93;FSAR=68;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=0.0775353;FXX=0.00623034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9142;QD=20.3172;RBI=0.0879834;REFB=-0.0194117;REVB=0.0415856;RO=158;SAF=90;SAR=68;SRF=82;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467517;STB=0.529492;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0211039;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:158:158:158:161:0.504702:68:90:82:76:68:93:82:76 chr5 115341611 . G T 687.18 PASS AF=0.436047;AO=75;DP=172;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0120418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.4;QD=15.9808;RBI=0.0151831;REFB=-0.017344;REVB=-0.00924778;RO=97;SAF=37;SAR=38;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193357;STB=0.510777;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0220578;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:97:97:75:75:0.436047:38:37:46:51:38:37:46:51 chr5 115341638 . G C 745.61 PASS AF=0.481481;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00186443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1609;QD=18.4101;RBI=0.00593622;REFB=0.0189868;REVB=0.00563583;RO=84;SAF=39;SAR=39;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.018532;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:84:84:78:78:0.481481:39:39:42:42:39:39:42:42 chr5 115346245 . T G 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0147928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.836;QD=22.7687;RBI=0.0170259;REFB=-0.0103351;REVB=0.00842942;RO=36;SAF=18;SAR=26;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165138;STB=0.590868;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0105882;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:26:18:22:14:26:18:22:14 chr5 115362148 . A G 460.78 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.017306;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.7369;QD=18.8071;RBI=0.0295146;REFB=-0.00508183;REVB=-0.0239085;RO=51;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872832;STB=0.553564;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00829081;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:25:21:28:23:25:21:29:23 chr5 115394626 . G A 1272.06 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854474;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.057;QD=62.0518;RBI=0.0181866;REFB=0;REVB=0.0160543;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23691e-05;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr5 115428334 . G T 580.11 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0271739;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.198;QD=17.062;RBI=0.0302236;REFB=0.00838734;REVB=0.0132305;RO=75;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372853;STB=0.520781;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0103475;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:75:75:61:61:0.448529:34:27:36:39:34:27:36:39 chr5 115469773 . C T 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0168713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.012;QD=13.4958;RBI=0.0216248;REFB=-0.00771728;REVB=-0.0135275;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161833;STB=0.592043;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0138279;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:28:16:15:14:28:16 chr5 115781213 . G A 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0364177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.656;QD=19.6086;RBI=0.0379233;REFB=-0.0059029;REVB=-0.0105794;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137952;STB=0.576435;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00633523;OID=.;OPOS=115781213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:21:21:15:28:21:21:15:28 chr5 115808571 . G A 75.21 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0126774;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.338;QD=10.3737;RBI=0.0149037;REFB=-0.000493011;REVB=0.00783603;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.596102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00327589;OID=.;OPOS=115808571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:29:18:18:9:11:0.37931:6:3:11:7:6:5:11:7 chr5 115811248 . G T 403.15 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00654151;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.636;QD=21.5012;RBI=0.0271107;REFB=-0.0201622;REVB=0.0263097;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572609;STB=0.53163;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0125361;OID=.;OPOS=115811248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:21:19:19:16:21:19:19:16 chr5 115813726 . A G 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.356;QD=59.8641;RBI=0.0372353;REFB=0;REVB=0.0063081;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131456;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr5 115822585 . C T 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0159983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.223;QD=19.8665;RBI=0.0202192;REFB=0.00152692;REVB=-0.012364;RO=33;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235726;STB=0.504308;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00138157;OID=.;OPOS=115822585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:23:13:12:21:23:13:12:22 chr5 115824639 . A G 340.62 PASS AF=0.386792;AO=39;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00637747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.417;QD=12.8536;RBI=0.0189349;REFB=-0.0100786;REVB=0.0178286;RO=65;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157164;STB=0.60069;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0225269;OID=.;OPOS=115824639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:39:41:0.386792:23:16:36:29:25:16:36:29 chr5 118484804 . G A 818.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.224;QD=57.4107;RBI=0.040598;REFB=0;REVB=0.0139584;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161798;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr5 118506603 . A C 238.18 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00118126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.753;QD=20.271;RBI=0.00974524;REFB=-0.0191188;REVB=-0.00967339;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152842;STB=0.58648;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0242565;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:13:11:7:16:13:11 chr5 118506685 . G A 430.21 PASS AF=0.552632;AO=40;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0147502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.215;QD=22.6428;RBI=0.0147502;REFB=0.00111902;REVB=-1.06217e-06;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51066;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00112822;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:34:40:42:0.552632:20:20:17:17:22:20:17:17 chr5 118506805 . A T 180.43 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0122092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.885;QD=16.038;RBI=0.0145589;REFB=-0.0187192;REVB=-0.00793077;RO=26;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351895;STB=0.708063;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0124128;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:17:2:8:18:17:2:8:18 chr5 118788446 . G A 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00773445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.405;QD=23.111;RBI=0.00951869;REFB=-0.0129081;REVB=-0.00554831;RO=40;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492114;STB=0.532384;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0116229;OID=.;OPOS=118788446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:41:49:49:0.544444:24:25:18:22:24:25:18:23 chr5 118811533 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0041705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.343;QD=14.0543;RBI=0.0100551;REFB=-0.0109156;REVB=-0.00914941;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265211;STB=0.515139;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0164741;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:17:8:12:23:17:8:12:23 chr5 118827842 . T C 468.75 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0082045;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.596;QD=16.892;RBI=0.0107846;REFB=-0.0124181;REVB=-0.00699951;RO=58;SAF=19;SAR=32;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834189;STB=0.532834;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0135345;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:60:51:51:0.459459:32:19:17:41:32:19:19:41 chr5 118845139 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6766;QD=37.4885;RBI=0.0488448;REFB=0;REVB=0.0394961;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00593255;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 118861713 . A G 176.26 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00529527;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.385;QD=11.9496;RBI=0.00618885;REFB=0.00116066;REVB=-0.00320342;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480378;STB=0.527843;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00240319;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:15:22:14:8:15:22 chr5 118969960 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0117318;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.213;QD=16.7554;RBI=0.0125763;REFB=-0.00605425;REVB=0.00453098;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118604;STB=0.588161;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00817382;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:15:9:13:13:15:9:15:13 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 1185.36 PASS AF=0.10219,0.89781;AO=18,40;DP=137;FAO=14,123;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60;FSAR=14,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120921,0.843302;FXX=0.0143875;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=180.901,12.1868;QD=34.609;RBI=0.124608,0.855184;REFB=0.00856264,-0.0131866;REVB=-0.0300875,0.14206;RO=75;SAF=0,6;SAR=18,34;SRF=54;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.809887,-0.629442;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0807131,0.0378585;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.10219,0.89781:18,40:137:14,123:137:0:0,60:14,63:0:0:38:75:0,6:18,34:54:21 chr5 120021819 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.683;QD=57.2376;RBI=0.0439228;REFB=0;REVB=0.00691517;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16374e-05;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 121488506 . C G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00821035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.159;QD=14.0792;RBI=0.031176;REFB=-0.0112904;REVB=0.0300754;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409997;STB=0.749463;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.011345;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:11:1:5:11:11:1:5:11 chr5 121489122 . T C 210.73 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0706666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.325;QD=19.157;RBI=0.0707118;REFB=-0.000801318;REVB=0.00252895;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652453;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-5.21904e-05;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:9:12:11:11:9:12:12:11 chr5 121518309 . G A 812.89 PASS AF=0.449735;AO=83;DP=187;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.00681817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.964;QD=17.204;RBI=0.00998732;REFB=-0.0127187;REVB=-0.00729788;RO=103;SAF=36;SAR=47;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320096;STB=0.501456;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0148796;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:103:104:83:85:0.449735:47:36:45:58:48:37:45:59 chr5 122165470 . TACACACACACACAC T 143.57 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00966939;FXX=0.204499;HRUN=1;LEN=14;MLLD=333.622;QD=16.408;RBI=0.0122252;REFB=-0.00774946;REVB=-0.00748048;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512299;STBP=0.907;TYPE=del;VARB=0.00926987;OID=.;OPOS=122165471;OREF=ACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:14:22:15:35:20:11:4:15:5:99:0:11:3:0:0 chr5 122681834 . C T 262.54 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.0488464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6246;QD=8.60794;RBI=0.0506305;REFB=-0.00358573;REVB=0.0133219;RO=86;SAF=13;SAR=23;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726847;STB=0.542847;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00804989;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:86:86:36:36:0.295082:23:13:36:50:23:13:36:50 chr5 122682348 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0161554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.949;QD=18.7768;RBI=0.0299492;REFB=-0.00924847;REVB=0.0252181;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685819;STB=0.538432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00824318;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:12:14:12:14:12:14 chr5 122685727 . C G 724.48 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.019319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.436;QD=20.9995;RBI=0.0499953;REFB=0.00130201;REVB=0.0461118;RO=67;SAF=35;SAR=36;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000371282;STB=0.500204;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00118264;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:67:67:71:71:0.514493:36:35:33:34:36:35:33:34 chr5 122718736 . G C 1413.37 PASS AF=0.530769;AO=138;DP=261;FAO=138;FDP=260;FR=.;FRO=122;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.00242451;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1567;QD=21.7441;RBI=0.0144689;REFB=-0.0248765;REVB=-0.0142644;RO=122;SAF=61;SAR=77;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572271;STB=0.531238;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0188815;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:122:122:138:138:0.530769:77:61:62:60:77:61:62:60 chr5 122727026 . G A 324.7 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0155966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.807;QD=17.0893;RBI=0.0215893;REFB=-0.017262;REVB=-0.014928;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11637;STB=0.555857;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0231832;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:34:35:0.460526:15:19:18:23:16:19:18:23 chr5 122739421 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0150474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2433;QD=19.0581;RBI=0.0162443;REFB=0.00848355;REVB=0.00611976;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046477;STB=0.513499;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00644882;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:10:9:10:9:10:9:10:10 chr5 122758268 . G C 1188.23 PASS AF=1;AO=54;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109862;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.106;QD=61.7261;RBI=0.110138;REFB=0;REVB=0.00778999;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229128;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:54:77:1:37:17:0:0:39:38:0:0 chr5 122950330 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7871;QD=60.2303;RBI=0.0198339;REFB=0;REVB=-0.00526949;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476056;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr5 122950911 . G A 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.75;QD=62.667;RBI=0.0318387;REFB=0;REVB=-0.0175222;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73014e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr5 122990902 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.738;QD=57.0007;RBI=0.0183605;REFB=0;REVB=-0.00728849;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83944e-05;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr5 123973360 . T TTA 221.08 PASS AF=0.689655;AO=15;DP=80;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0241458;FXX=0.0937207;HRUN=3;LEN=2;MLLD=146.748;QD=30.494;RBI=0.0273727;REFB=-0.116377;REVB=0.0128936;RO=60;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228856;STB=0.572368;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.0457181;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:15:80:20:29:9:9:11:2:7:54:60:8:7:21:39 chr5 123984763 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000742407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.714;QD=17.1;RBI=0.00968003;REFB=0.0020331;REVB=-0.00965152;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.58811;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00291225;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:6:9:6:8:6:9 chr5 124686757 . G A 101.81 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00156719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.168;QD=8.48416;RBI=0.00858582;REFB=-0.00221176;REVB=-0.00844157;RO=35;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883869;STB=0.554371;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00618104;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:8:5:16:19:8:5:16:19 chr5 125696140 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.226;QD=56.9569;RBI=0.0127089;REFB=0;REVB=0.0119017;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96668e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr5 125828803 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.65;QD=57.2377;RBI=0.0281678;REFB=0;REVB=0.0128351;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74523e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 125939409 . C T 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0138786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.503;QD=21.806;RBI=0.0140221;REFB=0.00183411;REVB=0.00200086;RO=40;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144741;STB=0.579584;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0056667;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:24:21:12:28:24:21:12:28 chr5 126171999 . T C 825.58 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0022877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3099;QD=54.1363;RBI=0.0441391;REFB=-0.180189;REVB=-0.0440798;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371819;STB=0.501971;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00781781;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:33:26:1:1:33:26:1:1 chr5 126206303 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00613896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.908;QD=16.0718;RBI=0.00752275;REFB=0.00466686;REVB=-0.00434798;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136982;STB=0.576955;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0045089;OID=.;OPOS=126206303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:12:23:15:14:12:23 chr5 126746277 . C T 808.59 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3201;QD=53.9062;RBI=0.0558211;REFB=0.0259729;REVB=-0.0535815;RO=1;SAF=19;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241769;STB=0.524991;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0128032;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:39:19:1:0:39:19:2:0 chr5 126769146 . T C 406.35 PASS AF=0.5;AO=34;DP=78;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0136406;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.995;QD=19.3502;RBI=0.0137648;REFB=-0.0112117;REVB=0.00184478;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211785;STB=0.607094;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0143177;OID=.;OPOS=126769146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:42:42:34:42:0.5:17:17:12:30:21:21:12:30 chr5 126791256 . G A 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00137806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.266;QD=20.892;RBI=0.00248344;REFB=-0.0199373;REVB=0.00206602;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410077;STB=0.515685;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0158274;OID=.;OPOS=126791256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:20:12:11:15:20:12:11:16 chr5 126792974 . T A 500.67 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0217062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.779;QD=24.4231;RBI=0.0228875;REFB=-0.0121609;REVB=-0.00725794;RO=34;SAF=22;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596028;STB=0.51376;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00607637;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:35:46:47:0.573171:24:22:16:18:24:23:16:19 chr5 126887569 . G A 338.06 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.024432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.59;QD=28.7713;RBI=0.0255897;REFB=-0.0315192;REVB=0.00760992;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140576;STB=0.51204;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0159695;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:18:29:29:0.617021:17:12:7:10:17:12:8:10 chr5 126890472 . C T 180.05 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00677808;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6047;QD=15.0043;RBI=0.0079298;REFB=-0.00193445;REVB=-0.00411576;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35931;STB=0.70568;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00539985;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:21:8:12:7:21:8 chr5 126890541 . T C 183.36 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0261735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.419;QD=17.4632;RBI=0.0284602;REFB=-0.0208279;REVB=0.0111771;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307386;STB=0.674639;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0167407;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:16:7:12:7:16:7 chr5 126993249 . G C 796.47 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.091;QD=63.7176;RBI=0.00743731;REFB=0;REVB=-0.00452569;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06976e-05;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:27:20:0:0:27:23:0:0 chr5 126993263 . A T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.233;QD=55.6053;RBI=0.0219815;REFB=-0.0406541;REVB=-0.00326493;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021926;STB=0.511624;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000116864;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:36:21:1:0:37:21:1:0 chr5 126993282 . G A 393.23 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0322142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.683;QD=19.9102;RBI=0.0350798;REFB=-0.00105264;REVB=0.0138866;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035508;STB=0.505492;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00198468;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:23:17:16:22:23:17:17:22 chr5 126993838 . A G 308.22 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0171102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0821;QD=18.4014;RBI=0.0183098;REFB=-0.0249117;REVB=0.00651833;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961915;STB=0.553701;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0137736;OID=.;OPOS=126993838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:18:16:19:14:18:16 chr5 126993922 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0172968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1685;QD=18.9485;RBI=0.0196067;REFB=-0.0257085;REVB=0.00923271;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238273;STB=0.509797;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0206289;OID=.;OPOS=126993922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:13:15:14:12:13:15:15:12 chr5 126993958 . C T 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00302361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.035;QD=53.2542;RBI=0.00450883;REFB=-0.0528127;REVB=0.00334475;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000243336;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:23:32:0:2:23:32:0:2 chr5 127594414 . A T 429.1 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=3.3617e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.46;QD=15.7467;RBI=0.0131966;REFB=0.000595628;REVB=0.0131966;RO=61;SAF=19;SAR=29;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814442;STB=0.545649;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00084941;OID=.;OPOS=127594414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:29:19:29:32:29:19:29:32 chr5 127597518 . G A 452.33 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00669124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.507;QD=14.8303;RBI=0.019599;REFB=-0.00741337;REVB=-0.0184214;RO=71;SAF=34;SAR=17;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18741;STB=0.605672;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0111096;OID=.;OPOS=127597518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:17:34:35:36:17:34:35:36 chr5 127614472 . A G 382.91 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.00686279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.636;QD=17.4052;RBI=0.0214502;REFB=-0.0262485;REVB=-0.0203227;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205995;STB=0.61481;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0289588;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:19:21:15:33:19:21:15:33 chr5 127622491 . T C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00226557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.467;QD=16.5778;RBI=0.0135511;REFB=0.0102405;REVB=-0.0133603;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555751;STB=0.53123;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0117972;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:18:20:15:17:18:20 chr5 127685135 . C T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0132489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.176;QD=21.8823;RBI=0.0194289;REFB=-0.0140719;REVB=-0.0142109;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887818;STB=0.548933;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0121012;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:15:19:18:9:15:19:18:9 chr5 128797156 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.01133;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.224;QD=16.4544;RBI=0.033225;REFB=-0.0171525;REVB=0.0312335;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0142972;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr5 128797315 . T TCCCGGC 98.0 PASS AF=0.161017;AO=18;DP=121;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.0139522;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=6;MLLD=258.495;QD=3.32217;RBI=0.0199986;REFB=-0.00692673;REVB=-0.0143275;RO=97;SAF=7;SAR=11;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378347;STB=0.504775;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.0413383;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.161017:18:121:19:118:99:7:12:37:62:98:97:7:11:35:62 chr5 128844838 . A G 407.02 PASS AF=0.456522;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000144118;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.221;QD=17.6966;RBI=0.0216323;REFB=-0.000854983;REVB=0.0216318;RO=51;SAF=25;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789223;STB=0.519713;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00122683;OID=.;OPOS=128844838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:50:40:42:0.456522:15:25:28:23:17:25:28:22 chr5 128863471 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.359;QD=59.8559;RBI=0.014868;REFB=0;REVB=0.00385382;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11128e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr5 129072943 . G T 771.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7294;QD=63.0084;RBI=0.0583278;REFB=0;REVB=0.0574171;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104661;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:25:24:0:0 chr5 129520338 . G A 249.72 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0167223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5872;QD=16.648;RBI=0.0306953;REFB=-0.0271996;REVB=-0.0257404;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.627312;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0334161;OID=.;OPOS=129520338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:19:13:18:10:19:13 chr5 129520354 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0372185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.432;QD=19.2762;RBI=0.0388532;REFB=-0.0157829;REVB=0.0111515;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118902;STB=0.566131;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0186862;OID=.;OPOS=129520354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:15:19:14:19:15:19:14:19 chr5 129520679 . G A 148.1 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0148433;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.396;QD=17.423;RBI=0.028603;REFB=-0.0260015;REVB=-0.0244502;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0242793;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:18:15:16:0.470588:9:6:7:7:10:6:8:10 chr5 129521126 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00096481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.302;QD=15.2296;RBI=0.0139933;REFB=-0.000189129;REVB=-0.01396;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237579;STB=0.635405;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000437439;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:7:21:10:9:7:21 chr5 129521440 . C T 640.42 PASS AF=0.386243;AO=72;DP=188;FAO=73;FDP=189;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.00585836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.623;QD=13.5538;RBI=0.00614906;REFB=-0.00240872;REVB=-0.0018683;RO=116;SAF=30;SAR=42;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542679;STB=0.525457;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00375195;OID=.;OPOS=129521440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:116:116:72:73:0.386243:42:30:54:62:42:31:54:62 chr5 130500750 . CA C,CC 1737.05 PASS AF=0.00862069,0.991379;AO=17,99;DP=116;FAO=1,115;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53;FSAR=1,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155378,0.0163407;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.391,215.173;QD=59.8982;RBI=0.0262037,0.0262075;REFB=0,0;REVB=0.0211,0.0204894;RO=0;SAF=7,46;SAR=10,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0130132,0.00171529;OID=.,.;OPOS=130500751,130500751;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00862069,0.991379:17,99:116:1,115:116:0:0,53:1,62:0:0:3:0:7,46:10,53:0:0 chr5 130539946 . G T 1006.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7937;QD=59.2108;RBI=0.0419275;REFB=0;REVB=0.029466;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547151;OID=.;OPOS=130539946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:45:23:0:0 chr5 130766662 . T C 301.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0184436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.862;QD=25.1479;RBI=0.0184809;REFB=-0.00510821;REVB=-0.00117448;RO=21;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026716;STB=0.51484;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00373205;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:20:7:6:15:20:7:6:15 chr5 130805475 . C T 246.0 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0083422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.681;QD=11.1818;RBI=0.0184197;REFB=-0.0116037;REVB=-0.0164223;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134157;STB=0.577743;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0230289;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:17:13:32:26:17:13:32:26 chr5 130808198 . T C 358.0 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.000891963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.286;QD=20.1689;RBI=0.0219483;REFB=-0.020942;REVB=0.0219302;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128874;STB=0.576591;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0128847;OID=.;OPOS=130808198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:36:37:0.521127:18:18:22:12:19:18:22:12 chr5 130979332 . A G 94.77 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00013864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.826;QD=12.2285;RBI=0.0168385;REFB=-0.00371129;REVB=-0.016838;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659571;STB=0.823624;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00292692;OID=.;OPOS=130979332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:31:19:19:11:12:0.387097:1:10:6:13:2:10:6:13 chr5 131008194 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00513385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.94;QD=25.2555;RBI=0.0231492;REFB=-0.0119576;REVB=0.0225728;RO=10;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211248;STB=0.618896;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00544952;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:4:13:5:5:4:13:5:5 chr5 131066725 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.049;QD=57.3858;RBI=0.00704943;REFB=0;REVB=0.000627968;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20488e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr5 131283376 . C T 491.44 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00114613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7559;QD=25.2018;RBI=0.0282689;REFB=0.0148447;REVB=0.0282457;RO=32;SAF=30;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721813;STB=0.539551;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00994738;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:16:30:18:14:16:30:18:14 chr5 131322494 . C T 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0222605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.44;QD=10.3665;RBI=0.0277732;REFB=-0.0152484;REVB=-0.0166078;RO=43;SAF=18;SAR=4;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420901;STB=0.74975;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0269525;OID=.;OPOS=131322494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:4:18:21:22:4:18:21:22 chr5 131324250 . C CTG 226.8 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0245409;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.828;QD=16.2;RBI=0.0245625;REFB=-0.00196791;REVB=-0.00103038;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484598;STB=0.531226;STBP=0.682;TYPE=ins;VARB=0.00220596;OID=.;OPOS=131324251;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:26:59:26:56:30:11:15:11:19:99:32:11:15:12:20 chr5 131396478 . C T 423.5 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00520893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.212;QD=21.1749;RBI=0.0107219;REFB=-0.0117103;REVB=-0.00937153;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191774;STB=0.605345;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0115663;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:19:23:29:9:19:23:29:9 chr5 131411460 . T C 751.25 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00247922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.477;QD=18.8994;RBI=0.00581068;REFB=-0.0278462;REVB=0.00525523;RO=81;SAF=42;SAR=36;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640585;STB=0.535325;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0291144;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:36:42:38:43:36:42:38:43 chr5 131553428 . T TA 699.99 PASS AF=0.490066;AO=71;DP=157;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00868954;FXX=0.00657851;HRUN=0;LEN=1;MLLD=284.233;QD=18.5428;RBI=0.0108063;REFB=-0.00394065;REVB=-0.00642395;RO=84;SAF=38;SAR=33;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069182;STB=0.556929;STBP=0.172;TYPE=ins;VARB=0.00391091;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490066:71:157:74:151:77:40:34:33:44:99:84:38:33:39:45 chr5 131602166 . T C 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.015533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2107;QD=15.619;RBI=0.0162168;REFB=-0.00155837;REVB=-0.00465952;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324969;STB=0.685592;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00329469;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:7:18:7:11:7:18 chr5 131607080 . A G 211.06 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00691827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8734;QD=14.0703;RBI=0.00706213;REFB=-0.0184763;REVB=-0.00141818;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151515;STB=0.58614;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00831134;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:13:22:12:13:13:22 chr5 131607297 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0190803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1776;QD=14.6579;RBI=0.0311471;REFB=-0.0356527;REVB=0.0246188;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0295914;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr5 131607588 . G T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0212617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.128;QD=13.631;RBI=0.0397385;REFB=-0.018811;REVB=-0.0335722;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164675;STB=0.599716;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.018077;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:2:7:7:1:2:7 chr5 131663062 . T C 466.48 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0569457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1898;QD=22.4808;RBI=0.0579907;REFB=-0.0156615;REVB=-0.0109595;RO=38;SAF=11;SAR=34;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103002;STB=0.55697;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0155885;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:34:11:13:25:34:11:13:25 chr5 131670546 . C G 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00693039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.691;QD=15.6938;RBI=0.00744288;REFB=-0.0188392;REVB=-0.00271407;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104424;STB=0.565177;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.027138;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:15:17:17:23:15:17:17:24 chr5 131701279 . T C 748.67 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00409165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.681;QD=53.4767;RBI=0.0226203;REFB=-0.0581039;REVB=0.0222471;RO=2;SAF=18;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495049;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00162017;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:56:2:1:53:55:0.982143:35:18:2:0:35:20:1:0 chr5 131705949 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00870375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3052;QD=17.8518;RBI=0.086203;REFB=-0.0248285;REVB=-0.0857625;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639213;STB=0.542498;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0158444;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:16:20:19:20:16:20:19:21 chr5 131721174 . A G 460.38 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0178513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.052;QD=21.1667;RBI=0.0196702;REFB=-0.0167942;REVB=-0.00826138;RO=42;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171035;STB=0.59447;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0158128;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:26:19:26:16:26:19:26:16 chr5 131731304 . A T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.62;QD=59.8333;RBI=0.0942361;REFB=0;REVB=-0.00261147;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164626;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr5 131796498 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.732;QD=46.848;RBI=0.0211396;REFB=0;REVB=0.000213764;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23637e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr5 131819126 . C T 958.95 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.765;QD=57.2509;RBI=0.0359183;REFB=-0.0725216;REVB=0.00421677;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000865082;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:36:30:0:0:36:30:0:1 chr5 131822055 . T C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.637;QD=55.6484;RBI=0.0496985;REFB=0;REVB=0.0489183;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629499;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr5 131822072 . A G 351.58 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6728;QD=54.0896;RBI=0.0614823;REFB=0;REVB=-0.0386001;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369207;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:7:16:0:0:7:19:0:0 chr5 131822133 . T C 224.59 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.897;QD=49.9092;RBI=0.119614;REFB=0;REVB=-0.0163188;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863166;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:12:18:1:8:4:0:0:8:10:0:0 chr5 131822224 . T C 455.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.639;QD=56.9717;RBI=0.0274618;REFB=0;REVB=0.0183938;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293299;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:15:17:0:0 chr5 131892357 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9159;QD=45.8058;RBI=0.0624982;REFB=0;REVB=0.0624632;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269143;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr5 131995964 . A G 1040.53 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.258;QD=59.4586;RBI=0.059842;REFB=0;REVB=0.051337;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226461;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr5 131996500 . A C 969.39 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.66494e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.766;QD=58.7509;RBI=0.0604888;REFB=0;REVB=0.0604888;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24896e-05;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:28:35:0:0:31:35:0:0 chr5 132010172 . G A 327.26 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.000782113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.329;QD=17.6897;RBI=0.00291783;REFB=-0.0067834;REVB=0.00281105;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131721;STB=0.573728;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.012672;OID=.;OPOS=132010172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:21:18:21:14:21:18 chr5 132030414 . T A 95.17 PASS AF=0.352941;AO=13;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0253746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4312;QD=11.1965;RBI=0.0300022;REFB=-0.0133038;REVB=-0.0160081;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984012;STB=0.524958;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0240913;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:13:12:0.352941:8:5:10:11:7:5:10:12 chr5 132031972 . T C 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0341824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3684;QD=12.3262;RBI=0.0345098;REFB=-0.0414209;REVB=-0.00474226;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23631;STB=0.642565;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0110532;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:6:11:9:2:6:11 chr5 132042146 . C T 486.68 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.000388375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.524;QD=16.6386;RBI=0.00646954;REFB=0.00171204;REVB=0.00645787;RO=63;SAF=18;SAR=35;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124872;STB=0.566239;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00198487;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:35:18:29:34:35:18:29:35 chr5 132098242 . A G 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.829;QD=63.7507;RBI=0.0334442;REFB=0;REVB=0.0307645;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185873;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr5 132099999 . A G 1044.76 PASS AF=0.719008;AO=87;DP=120;FAO=87;FDP=121;FR=.;FRO=34;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.015458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.028;QD=34.5375;RBI=0.0162042;REFB=-0.0291792;REVB=-0.00486063;RO=33;SAF=42;SAR=45;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107338;STB=0.504848;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0110717;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:33:34:87:87:0.719008:45:42:16:17:45:42:17:17 chr5 132150948 . T G 1523.44 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392644;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.991;QD=59.7429;RBI=0.0400757;REFB=0;REVB=0.00802263;RO=0;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50386e-05;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:66:36:0:0:66:36:0:0 chr5 132198199 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.686;QD=57.105;RBI=0.0217936;REFB=0;REVB=0.0148191;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49898e-06;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr5 132534059 . T G 1579.94 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.78;QD=59.6203;RBI=0.0340121;REFB=0;REVB=0.00948367;RO=0;SAF=34;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89222e-05;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:70:34:0:0:71:35:0:0 chr5 132535046 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.037;QD=59.6785;RBI=0.020223;REFB=0;REVB=0.0143443;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121722;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr5 133186592 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6927;QD=43.4841;RBI=0.0830254;REFB=0;REVB=0.0705885;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00601514;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr5 133186603 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.864;QD=44.6894;RBI=0.0436335;REFB=0;REVB=-0.0347429;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61647e-05;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr5 133316518 . G A 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0104135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.262;QD=21.6757;RBI=0.0160865;REFB=-0.0120338;REVB=0.012261;RO=43;SAF=27;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752086;STB=0.541529;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0119134;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:20:27:21:22:20:27:21:22 chr5 133477802 . C T 467.72 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0181129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.583;QD=20.1169;RBI=0.0193123;REFB=-0.0128996;REVB=-0.00669997;RO=47;SAF=14;SAR=32;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143127;STB=0.579674;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0293022;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:32:14:21:26:32:14:21:26 chr5 133481467 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00693612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.19;QD=11.7419;RBI=0.0260961;REFB=-0.0115119;REVB=-0.0251574;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951703;STB=0.555501;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.018674;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:15:6:13:23:15:6:13:23 chr5 133533047 . A T 38.08 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=52;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0606453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.4436;QD=2.72029;RBI=0.0633465;REFB=-0.0298342;REVB=-0.0183008;RO=42;SAF=2;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497554;STB=0.749376;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.122146;OID=.;OPOS=133533047;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:56:42:48:10:8:0.142857:8:2:26:16:6:2:26:22 chr5 133887780 . G A 956.27 PASS AF=0.487562;AO=98;DP=201;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0135295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.246;QD=19.0302;RBI=0.0135874;REFB=-0.000997992;REVB=0.00125324;RO=102;SAF=51;SAR=47;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983475;STB=0.507977;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0011152;OID=.;OPOS=133887780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:102:103:98:98:0.487562:47:51:52:50:47:51:52:51 chr5 133909475 . G A 851.53 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591038;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4009;QD=57.7308;RBI=0.0644456;REFB=0;REVB=0.0256899;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665043;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr5 133915477 . A G 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0718633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0297;QD=16.56;RBI=0.0835991;REFB=0.00442112;REVB=-0.0427139;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337947;STB=0.688678;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00491522;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:7:24:11:16:7:24 chr5 133915761 . G A 250.11 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00294017;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.866;QD=25.0108;RBI=0.0437254;REFB=-0.0333649;REVB=0.0436264;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159353;STB=0.588163;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0338138;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:13:4:10:13:13:4 chr5 133997171 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00482286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.569;QD=8.40207;RBI=0.019432;REFB=-0.00637641;REVB=-0.018824;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0173617;OID=.;OPOS=133997171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:4:5:10:10:4:5:10:11 chr5 134076812 . G A 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0446256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.202;QD=26.3721;RBI=0.0498924;REFB=-0.0292675;REVB=-0.0223116;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167045;STB=0.592942;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0208988;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:17:7:8:8:17:7:8:8 chr5 134190914 . ACC AC,ACT 51.75 PASS AF=0.291667,0.0833333;AO=5,2;DP=24;FAO=7,2;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6,2;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.232627,-0.0298889;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=19.7562,244.959;QD=8.62457;RBI=0.241327,0.0307992;REFB=-0.0633586,0.00791785;REVB=-0.0642159,-0.00743279;RO=15;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.393696,0.554201;STB=0.804999,0.994743;STBP=0.08,0.174;TYPE=del,snp;VARB=-0.0657382,0.018865;OID=.,.;OPOS=134190915,134190916;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667,0.0833333:5,2:24:7,2:24:15:6,2:1,0:7:8:39:15:4,2:1,0:7:8 chr5 134235613 . A C 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00515821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.326;QD=22.8642;RBI=0.00576276;REFB=-0.0159398;REVB=-0.00256949;RO=27;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152544;STB=0.584221;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0163082;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:24:12:14:13:24:12:14:13 chr5 134262271 . C A 379.58 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0039979;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4095;QD=16.1523;RBI=0.0126211;REFB=-0.0411399;REVB=-0.0119712;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197286;STB=0.602055;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0586241;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:54:54:39:40:0.425532:17:22:20:34:18:22:20:34 chr5 134343661 . C T 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00296531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.699;QD=23.0874;RBI=0.00396541;REFB=-0.000478811;REVB=0.00263276;RO=34;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671681;STB=0.536896;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00043765;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:20:23:21:13:20:23:21:13 chr5 134343799 . A G 375.44 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0298159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.049;QD=18.3141;RBI=0.035607;REFB=-0.00194503;REVB=-0.0194645;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324203;STB=0.523797;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0022895;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:20:19:19:23:20:19:19:24 chr5 134782212 . C T 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0132724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.518;QD=20.8438;RBI=0.0302029;REFB=-0.00181464;REVB=0.0271304;RO=49;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224776;STB=0.512363;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00198872;OID=.;OPOS=134782212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:30:25:21:28:30:25:21:28 chr5 134782414 . G T 252.53 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0205405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.704;QD=20.6144;RBI=0.0207937;REFB=-0.0143655;REVB=0.00323489;RO=23;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179607;STB=0.563298;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00966756;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:25:23:24:0.489796:17:6:10:13:17:7:10:15 chr5 134782450 . T A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00570437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.436;QD=10.7925;RBI=0.0123622;REFB=-0.0145402;REVB=0.0109674;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33652;STB=0.698699;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0331459;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:13:5:20:15:13:5:20:15 chr5 134782510 . T C 268.51 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00823215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.108;QD=13.9488;RBI=0.0325572;REFB=-0.0061175;REVB=-0.0314992;RO=46;SAF=9;SAR=22;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358514;STB=0.704164;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0142457;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:22:9:29:17:22:9:29:17 chr5 134782576 . T G 281.43 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0622311;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6848;QD=12.3703;RBI=0.064997;REFB=-0.0279348;REVB=-0.0187591;RO=55;SAF=12;SAR=21;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292961;STB=0.661878;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0417388;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:55:57:33:34:0.373626:21:12:35:20:22:12:35:22 chr5 134871009 . G A 94.63 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0356522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7417;QD=19.9231;RBI=0.0587458;REFB=-0.0665112;REVB=0.0466904;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585073;STB=0.553098;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0442016;OID=.;OPOS=134871009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:19:7:8:11:11:0.578947:4:7:5:2:4:7:6:2 chr5 134871440 . A C 471.38 PASS AF=0.484536;AO=41;DP=91;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00601626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6376;QD=19.4384;RBI=0.00957647;REFB=-0.0388204;REVB=-0.00745072;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429789;STB=0.502917;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.038495;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:97:50:50:41:47:0.484536:22:19:21:29:27:20:21:29 chr5 134986196 . C T 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0076138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.975;QD=30.5651;RBI=0.00948897;REFB=-0.00980262;REVB=0.00566309;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259305;STB=0.514273;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00524084;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:12:10:5:5:12:10:5:5 chr5 135178124 . T C 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.28;QD=57.3812;RBI=0.0343853;REFB=0;REVB=0.0329301;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209721;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr5 135207187 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0189517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.444;QD=6.31776;RBI=0.0251848;REFB=-0.0140431;REVB=-0.0165865;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310598;STB=0.51995;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0289746;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:15:10:3:5:15:10 chr5 135207382 . C T 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.449;QD=61.1846;RBI=0.027064;REFB=-0.0890679;REVB=0.0224152;RO=1;SAF=32;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144729;STB=0.507689;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000715502;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:15:32:1:0:15:32:1:0 chr5 135258105 . G A 370.68 PASS AF=0.4;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=0.0104349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.763;QD=14.8271;RBI=0.0105845;REFB=-0.000434289;REVB=-0.00177354;RO=58;SAF=18;SAR=22;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265209;STB=0.656483;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000859313;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:58:60:40:40:0.4:22:18:41:17:22:18:43:17 chr5 135276201 . AGTT A 1063.02 PASS AF=1;AO=65;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130049;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.734;QD=59.8884;RBI=0.0131029;REFB=0;REVB=-0.00160019;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.43557e-05;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:71:71:71:0:36:35:0:0:6:0:35:30:0:0 chr5 135276314 . C T 1175.74 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0260205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.321;QD=59.5309;RBI=0.0263066;REFB=0.00535245;REVB=-0.00386902;RO=1;SAF=28;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166031;STB=0.50877;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000115738;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:50:28:1:0:50:28:1:0 chr5 135276814 . G A 1062.92 PASS AF=0.528497;AO=98;DP=190;FAO=102;FDP=193;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.00808456;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.362;QD=22.0294;RBI=0.00883713;REFB=-0.0202612;REVB=0.00356859;RO=91;SAF=46;SAR=52;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606707;STB=0.522741;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.018382;OID=.;OPOS=135276814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:193:91:91:98:102:0.528497:52:46:49:42:52:50:49:42 chr5 135276847 . T C 2324.28 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.854;QD=60.7655;RBI=0.0244488;REFB=0;REVB=0.00201651;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145991;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:78:74:0:0:78:75:0:0 chr5 135282630 . C T 1529.66 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.663;QD=63.0788;RBI=0.00879497;REFB=0;REVB=-0.00576282;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22217e-05;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:57:38:0:0:58:39:0:0 chr5 135287029 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.07;QD=63.8717;RBI=0.0137247;REFB=0;REVB=-0.00346839;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53978e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr5 135382989 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.187;QD=63.5827;RBI=0.0336915;REFB=0;REVB=-0.0265921;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81674e-05;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr5 135513085 . T TC 1064.74 PASS AF=1;AO=70;DP=77;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146088;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.8016;QD=59.1524;RBI=0.0467797;REFB=0;REVB=-0.0444401;RO=4;SAF=28;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000412489;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:77:72:72:0:28:44:0:0:6:4:28:42:3:1 chr5 136304985 . T C 650.07 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00818174;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.837;QD=18.4416;RBI=0.0100698;REFB=-0.00958954;REVB=0.00587035;RO=74;SAF=26;SAR=40;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773818;STB=0.546964;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0121332;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:75:66:66:0.468085:40:26:35:39:40:26:36:39 chr5 136312039 . A G 380.2 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0066221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.862;QD=14.9097;RBI=0.0429673;REFB=-0.00883853;REVB=0.042454;RO=59;SAF=28;SAR=15;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799346;STB=0.504502;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0160146;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:15:28:38:21:15:28:38:21 chr5 136313330 . A AG,G 299.97 PASS AF=0.541176,0;AO=40,3;DP=85;FAO=46,0;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=18,0;FSAR=28,0;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.156399,0.0959377;FXX=0.0116266;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.4523,25.289;QD=14.1164;RBI=0.196205,0.0996281;REFB=-0.0118202,-0.0139237;REVB=0.118471,-0.0268648;RO=42;SAF=17,0;SAR=23,3;SRF=12;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134635,-0.418695;STB=0.553824,0.5;STBP=0.347,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0394537,0;OID=.,.;OPOS=136313331,136313330;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:39:40,3:46,0:0.541176,0:23,3:17,0:12:30:28,0:18,0:11:28 chr5 136953577 . TG CG,T 161.17 PASS AF=0.764706,0.176471;AO=11,3;DP=17;FAO=13,3;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=3,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00887297,0.0399497;FXX=0.105208;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=140.817,8.61848;QD=37.9226;RBI=0.00907162,0.377018;REFB=0.00691328,0.0639155;REVB=0.00188806,-0.374895;RO=1;SAF=10,0;SAR=1,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0.4;SSEP=0,0;SSSB=-0.0428878,-0.727144;STB=0.523774,0.994936;STBP=0.654,0.121;TYPE=snp,del;VARB=0.00138945,0.116817;OID=.,.;OPOS=136953577,136953578;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:17:17:1:1:11,3:13,3:0.764706,0.176471:1,3:10,0:1:0:3,3:10,0:1:0 chr5 136954719 . T C 324.47 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0146107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.427;QD=19.6648;RBI=0.0202153;REFB=-0.00548137;REVB=0.0139709;RO=32;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108376;STB=0.560392;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00484678;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:11:23:18:14:11:23:18:14 chr5 136969793 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00172998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.883;QD=20.3167;RBI=0.00650792;REFB=9.03987e-05;REVB=-0.00627378;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116263;STB=0.565645;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.000138747;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:8:10:8:11:8:10 chr5 137028029 . T C 804.9 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0776;QD=64.392;RBI=0.0655183;REFB=0;REVB=0.0614385;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860917;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr5 137206560 . A C 726.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1477;QD=63.1723;RBI=0.0445052;REFB=0;REVB=-0.024234;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000929579;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr5 137213248 . G C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00522204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.138;QD=16.0425;RBI=0.0252561;REFB=-0.0117392;REVB=-0.0247103;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904698;STB=0.551833;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0159441;OID=.;OPOS=137213248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:16:10:9:10:16:10 chr5 137244517 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.479;QD=59.1419;RBI=0.0187767;REFB=0;REVB=-0.00656223;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51907e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr5 137259179 . T C 2569.23 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226571;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8031;QD=61.9092;RBI=0.0258799;REFB=0;REVB=-0.012507;RO=0;SAF=83;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13915e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:83:83:0:0:83:83:0:0 chr5 137347498 . G A 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.968;QD=62.31;RBI=0.0120953;REFB=0;REVB=0.00377635;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5177e-05;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr5 137372207 . A T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.869;QD=57.1044;RBI=0.029832;REFB=0;REVB=0.0244322;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295762;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr5 137426447 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.528;QD=49.5992;RBI=0.0163231;REFB=0;REVB=0.0156477;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16141e-05;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr5 137475787 . C T 330.95 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.011305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.934;QD=16.5477;RBI=0.0113379;REFB=-0.0206368;REVB=-0.000863414;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115851;STB=0.564971;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0143255;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:19:17:26:18:19:17:26:18 chr5 137476416 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3838;QD=61.8517;RBI=0.031331;REFB=0;REVB=0.0103735;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130523;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr5 137665323 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0264496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5837;QD=13.5765;RBI=0.0317942;REFB=0.00622688;REVB=0.0176434;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275431;STB=0.672643;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00509432;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:12:6:8:5:13:6 chr5 137708434 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.481;QD=60.5464;RBI=0.0353573;REFB=0;REVB=0.0140685;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41421e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr5 137717213 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00133527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.523;QD=13.3417;RBI=0.018973;REFB=-0.0230779;REVB=-0.018926;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298004;STB=0.670006;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0324623;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:9:23:9:12:9:23 chr5 137717265 . G A 800.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00086448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.849;QD=57.1491;RBI=0.0102097;REFB=0;REVB=-0.010173;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27368e-05;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:36:20:0:0 chr5 137754695 . T C 1339.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5479;QD=62.3084;RBI=0.019156;REFB=0;REVB=0.018779;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122913;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr5 137781792 . G A 106.98 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052481;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.05;QD=42.7901;RBI=0.0637728;REFB=0;REVB=0.0362314;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609735;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr5 137892170 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.317;QD=64.4154;RBI=0.0257441;REFB=0;REVB=0.0242393;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34384e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr5 137902339 . T C 837.03 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.237;QD=55.8017;RBI=0.0269717;REFB=-0.071746;REVB=-0.00491603;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000370534;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:37:22:0:0:37:22:0:1 chr5 138632030 . G T 236.03 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00801859;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.721;QD=24.845;RBI=0.00810792;REFB=-0.00278724;REVB=-0.00120026;RO=15;SAF=1;SAR=21;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570638;STB=0.825424;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00207215;OID=.;OPOS=138632030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:16:22:22:0.578947:21:1:6:9:21:1:6:10 chr5 138657700 . TA T 38.72 PASS AF=0.32;AO=17;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.175147;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2837;QD=3.09797;RBI=0.203744;REFB=-0.0932936;REVB=-0.104092;RO=30;SAF=1;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0.346535;SSEP=0;SSSB=-0.626715;STB=0.797035;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.120645;OID=.;OPOS=138657701;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:17:50:16:50:34:2:14:16:18:38:30:1:16:14:16 chr5 138665547 . T G 276.22 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0242468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.9092;QD=26.3062;RBI=0.0246074;REFB=-0.0122976;REVB=0.00419706;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181339;STB=0.599924;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0266365;OID=.;OPOS=138665547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:4:13:13:12:4:13 chr5 138665756 . G A 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0059784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.032;QD=16.4198;RBI=0.00626994;REFB=-0.00883633;REVB=-0.00188967;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983855;STB=0.555516;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0121004;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:10:19:19:15:10:19:19:15 chr5 138705187 . AC ACATT,TT 1118.19 PASS AF=0.925926,0.037037;AO=71,3;DP=82;FAO=75,3;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=36,3;FSAR=39,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00221264,0.00142761;FXX=0.0121936;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=247.184,112.735;QD=55.2195;RBI=0.0182397,0.0511835;REFB=0.000565676,0.00254705;REVB=-0.0181049,-0.0511635;RO=4;SAF=34,3;SAR=37,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00213072,0.683038;STB=0.505651,0.995542;STBP=0.723,0.086;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000840519,-0.0492408;OID=.,.;OPOS=138705189,138705187;OREF=-,AC;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ACATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:81:4:3:71,3:75,3:0.925926,0.037037:37,0:34,3:2:2:39,0:36,3:1:2 chr5 138713959 . A C 754.65 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00375836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.067;QD=54.8833;RBI=0.0225791;REFB=-0.127514;REVB=0.0222641;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00177715;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:0:1:30:24:0:1 chr5 138720108 . C T 383.28 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.049827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8774;QD=22.8822;RBI=0.0829786;REFB=0.00890024;REVB=0.066353;RO=29;SAF=27;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134428;STB=0.561957;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00388482;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:37:38:0.567164:10:27:17:12:11:27:17:12 chr5 138720156 . C T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0107895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.157;QD=15.6938;RBI=0.059072;REFB=-0.0145847;REVB=0.0580783;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176526;STB=0.598872;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.022649;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:30:11:14:18:30:11 chr5 138728483 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4958;QD=61.6836;RBI=0.0168219;REFB=0;REVB=0.0156069;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278144;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr5 138730037 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0555102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.728;QD=20.8978;RBI=0.0661866;REFB=-0.0598453;REVB=0.0360457;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141787;STB=0.5831;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0289892;OID=.;OPOS=138730037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:1:3:7:1:1:3 chr5 138732579 . C T 219.29 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0143628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.348;QD=11.8537;RBI=0.0175871;REFB=-0.0170221;REVB=0.0101497;RO=46;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761793;STB=0.547227;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0259826;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:46:47:26:27:0.364865:19:7:15:31:20:7:15:32 chr5 138857919 . T C 504.84 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.000114887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.463;QD=19.7976;RBI=0.00840559;REFB=-0.0240193;REVB=0.0084048;RO=49;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588001;STB=0.528291;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0240645;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:32:20:22:27:32:20:22:28 chr5 138861146 . C G 263.49 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00728546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.409;QD=17.5661;RBI=0.0175081;REFB=-0.00233872;REVB=-0.0159203;RO=30;SAF=8;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131051;STB=0.567519;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00156407;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:21:8:12:18:21:8:12:19 chr5 139097627 . A C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0131372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.698;QD=18.4899;RBI=0.0180166;REFB=0.00239485;REVB=-0.0123293;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110302;STB=0.562444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00267944;OID=.;OPOS=139097627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:10:16:11:11:10:16 chr5 139722345 . G A 254.37 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0222548;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7349;QD=17.5426;RBI=0.0280141;REFB=-0.0101366;REVB=-0.0170151;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756267;STB=0.512811;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0207262;OID=.;OPOS=139722345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:30:28:28:0.482759:19:9:7:21:19:9:9:21 chr5 139740454 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00569101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.219;QD=11.2568;RBI=0.00701052;REFB=-0.010322;REVB=-0.00409387;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0165531;OID=.;OPOS=139740454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:4:8:4:4:4:8 chr5 139745154 . T C 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0125055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.134;QD=14.0464;RBI=0.0182817;REFB=0.00315474;REVB=0.0133354;RO=29;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346553;STB=0.70346;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00641673;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:4:14:14:15:4:14:14:15 chr5 139936760 . G A,T 486.56 PASS AF=0.621622,0.378378;AO=21,12;DP=36;FAO=23,14;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4;FSAR=8,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406155,0.0200579;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.407,39.8316;QD=52.6012;RBI=0.0426642,0.0559387;REFB=0,0;REVB=0.0130619,0.052219;RO=0;SAF=15,4;SAR=6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0210068,0.0479323;OID=.,.;OPOS=139936760,139936760;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:36:37:0:0:21,12:23,14:0.621622,0.378378:6,8:15,4:0:0:8,10:15,4:0:0 chr5 139936980 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0114014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.721;QD=19.9669;RBI=0.0121077;REFB=-0.0125367;REVB=-0.00407488;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11537;STB=0.572138;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0126318;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:17:11:7:19:17:12:7:19 chr5 139940233 . G A 330.53 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0175033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.219;QD=15.9289;RBI=0.021802;REFB=-0.00830875;REVB=0.0129985;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128604;STB=0.507242;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0059077;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:15:21:28:19:15:21:28:19 chr5 139941228 . A G 70.18 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00056998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.1985;QD=10.3967;RBI=0.0402373;REFB=-0.019295;REVB=-0.0402333;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.601558;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0102755;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:13:17:9:9:0.333333:5:4:5:8:5:4:5:12 chr5 140021482 . C T 183.67 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.038901;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.877;QD=20.4079;RBI=0.0389153;REFB=-0.0123743;REVB=0.0010527;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29513;STB=0.656898;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0124445;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:18:19:0.527778:6:12:5:11:7:12:5:12 chr5 140023238 . C G 642.15 PASS AF=0.503876;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00875846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.631;QD=19.9116;RBI=0.00876001;REFB=-0.0137257;REVB=0.000164394;RO=63;SAF=30;SAR=34;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761958;STB=0.511841;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.013113;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:63:64:64:65:0.503876:34:30:29:34:34:31:29:35 chr5 140048209 . T C 790.61 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9254;QD=55.4814;RBI=0.0697958;REFB=-0.0737934;REVB=0.0246491;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266436;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr5 140048267 . T C 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.916;QD=60.1947;RBI=0.0813627;REFB=0;REVB=0.0812918;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97126e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr5 140048544 . C T 123.2 PASS AF=0.292308;AO=15;DP=61;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0062682;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.096;QD=7.5813;RBI=0.0121572;REFB=-0.0179846;REVB=-0.0104167;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252004;STB=0.570387;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0546557;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:46:46:15:19:0.292308:7:8:15:31:11:8:15:31 chr5 140052271 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.982;QD=47.8224;RBI=0.0467223;REFB=0;REVB=-0.0415579;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192291;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr5 140098596 . T G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.008064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.537;QD=13.6997;RBI=0.0188764;REFB=-0.0195085;REVB=-0.0170672;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486333;STB=0.528271;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0341368;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:12:18:10:8:12:18 chr5 140111764 . AT A 261.33 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0733128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8738;QD=12.2976;RBI=0.0869529;REFB=-0.00152543;REVB=0.0467551;RO=44;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111925;STB=0.562469;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.00814874;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482353:41:85:41:85:44:14:27:20:24:99:44:14:27:20:24 chr5 140168052 . C G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00917496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6889;QD=16.7844;RBI=0.0133351;REFB=-0.000403151;REVB=-0.009677;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159513;STB=0.589768;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000110109;OID=.;OPOS=140168052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:15:18:11:18:15:18 chr5 140181648 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00685787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.28;QD=16.417;RBI=0.039365;REFB=-0.000377406;REVB=-0.0387631;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407851;STB=0.736753;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-8.67714e-05;OID=.;OPOS=140181648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:3:11:6:10:3:11:6:10 chr5 140188891 . G T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.011378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9173;QD=18.0081;RBI=0.0117819;REFB=0.0093419;REVB=0.00305866;RO=41;SAF=12;SAR=25;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00780754;STB=0.504359;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0095863;OID=.;OPOS=140188891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:25:12:13:28:25:12:13:28 chr5 140214995 . G A 412.8 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0113299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.083;QD=15.8768;RBI=0.0114142;REFB=-0.000981391;REVB=0.00138494;RO=57;SAF=35;SAR=11;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361323;STB=0.699908;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000950661;OID=.;OPOS=140214995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:11:35:24:33:11:35:25:33 chr5 140228164 . C A 716.91 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.806;QD=55.147;RBI=0.0891051;REFB=0;REVB=0.0890531;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726179;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:1:0:48:52:1:18:30:1:0:21:31:0:0 chr5 140229086 . C G 1453.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7592;QD=63.1905;RBI=0.0479804;REFB=0;REVB=-0.0423969;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130259;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr5 140229368 . G C 1185.92 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00766503;FXX=0.0232531;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.3843;QD=56.4722;RBI=0.02117;REFB=-0.00427551;REVB=0.0197337;RO=4;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539984;STB=0.528564;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000227128;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:84:4:4:80:80:0.952381:33:47:0:4:33:47:0:4 chr5 140229526 . T G 2201.0 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00995685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.949;QD=62.4398;RBI=0.0201787;REFB=-0.0371066;REVB=0.0175511;RO=0;SAF=74;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37847e-08;STB=0.503759;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000325847;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:141:0:1:139:140:0.992908:65:74:0:0:66:74:0:1 chr5 140230370 . AA CC 1232.13 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339122;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=2;MLLD=137.78;QD=61.6064;RBI=0.00544674;REFB=0;REVB=-0.00426222;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.14547e-05;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr5 140231237 . T C 1305.83 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00456269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7712;QD=60.7361;RBI=0.010652;REFB=-0.122777;REVB=0.00962529;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011146;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0014534;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:1:0:43:42:1:0 chr5 140232950 . G C 568.02 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5291;QD=58.2582;RBI=0.0232914;REFB=-0.10152;REVB=0.0230044;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356097;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:0:38:39:1:19:19:0:1:20:19:0:0 chr5 140236950 . C G 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000123744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.201;QD=63.7519;RBI=0.00765457;REFB=0;REVB=0.00765357;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09529e-05;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr5 140237109 . T G 2566.01 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8857;QD=61.8316;RBI=0.0743994;REFB=0;REVB=-0.0563941;RO=0;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403097;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:89:77:0:0:89:77:0:0 chr5 140237387 . T G 730.93 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6527;QD=63.5588;RBI=0.109912;REFB=0;REVB=0.107212;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203498;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:41:46:1:18:23:0:0:23:23:0:0 chr5 140237548 . A G 954.72 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.371;QD=58.7521;RBI=0.0295562;REFB=0;REVB=0.0206953;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102221;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr5 140242451 . GC G 682.61 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281602;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.867;QD=49.6446;RBI=0.0297976;REFB=0;REVB=-0.00974177;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000909618;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:56:55:55:0:28:27:0:0:12:0:28:27:0:0 chr5 140242479 . T A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.739;QD=58.7817;RBI=0.0222172;REFB=0;REVB=0.0129312;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11085e-05;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr5 140250252 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.948;QD=59.5017;RBI=0.0454433;REFB=0;REVB=0.0194649;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150298;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr5 140255792 . C A 350.42 PASS AF=0.965517;AO=23;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.033327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9379;QD=48.3339;RBI=0.0362209;REFB=-0.0960204;REVB=0.0141868;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0126857;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:29:29:0:1:23:28:0.965517:9:14:0:0:14:14:0:1 chr5 140263290 . T G 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250385;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.027;QD=61.2208;RBI=0.0265275;REFB=0;REVB=0.00876252;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64465e-05;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:27:51:0:0:27:51:0:0 chr5 140308333 . G A 473.91 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00959903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.784;QD=16.3417;RBI=0.020459;REFB=-0.00734604;REVB=-0.0180674;RO=64;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212542;STB=0.618411;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00875041;OID=.;OPOS=140308333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:22:30:23:41:22:30:23:41 chr5 140389536 . A G 156.18 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0859611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7596;QD=15.6179;RBI=0.0937816;REFB=-0.0339089;REVB=0.0374924;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674181;STB=0.538876;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0441618;OID=.;OPOS=140389536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:11:12:10:7:11:12 chr5 140431103 . T C 1090.2 PASS AF=0.509259;AO=103;DP=209;FAO=110;FDP=216;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.0113092;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.72;QD=20.189;RBI=0.0238793;REFB=-0.0023544;REVB=0.0210315;RO=106;SAF=46;SAR=57;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320747;STB=0.526787;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00285441;OID=.;OPOS=140431103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:216:106:106:103:110:0.509259:57:46:51:55:63:47:51:55 chr5 140482483 . G A 575.4 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.222;QD=60.5679;RBI=0.0451615;REFB=0;REVB=0.0371038;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257615;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:14:24:0:0 chr5 140502733 . C T 194.36 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0335209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4374;QD=12.5396;RBI=0.0647763;REFB=-0.0276922;REVB=0.0554286;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737826;STB=0.530701;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0437378;OID=.;OPOS=140502733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:10:13:24:14:10:14:24:14 chr5 140517174 . T C 255.93 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.199;QD=51.1865;RBI=0.0201116;REFB=0;REVB=0.0188402;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39811e-05;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr5 140530529 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00527301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.879;QD=26.3417;RBI=0.0389134;REFB=-0.025741;REVB=-0.0385545;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472971;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0164366;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:5:6:9:10:5:6 chr5 140531175 . T C 672.02 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5001;QD=62.5134;RBI=0.0929909;REFB=0;REVB=-0.00627255;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012975;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:32:43:1:24:8:0:0:25:18:0:0 chr5 140531746 . C G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0112025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2976;QD=17.1564;RBI=0.022142;REFB=-0.0244157;REVB=0.019099;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115476;STB=0.565841;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.030844;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:7:13:9:8:7:13 chr5 140532871 . T A 291.03 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0245053;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5176;QD=25.8692;RBI=0.0246026;REFB=-0.0331981;REVB=-0.00218652;RO=20;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332099;STB=0.510311;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0122473;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:19:26:26:0.577778:9:17:13:7:9:17:12:7 chr5 140553581 . G C 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0120852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.687;QD=19.7384;RBI=0.0232158;REFB=-0.015756;REVB=0.0198222;RO=44;SAF=30;SAR=13;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346992;STB=0.692713;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0166314;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:13:30:14:30:13:30:14:30 chr5 140553856 . G A 54.49 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00303153;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6464;QD=10.3792;RBI=0.0459478;REFB=-0.0101661;REVB=-0.0458477;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224998;STB=0.599771;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00988543;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:21:13:13:7:8:0.380952:4:3:3:10:5:3:3:10 chr5 140554006 . C G 117.68 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0155947;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.528;QD=18.8279;RBI=0.035818;REFB=-0.0316085;REVB=0.0322449;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240907;STB=0.638489;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0243485;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:7:5:9:4:7:5 chr5 140554481 . G T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0354866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4191;QD=5.2589;RBI=0.0654136;REFB=0.0123222;REVB=0.0549513;RO=36;SAF=1;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481974;STB=0.82842;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0424389;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:8:1:16:20:8:1:16:20 chr5 140554606 . T C 212.59 PASS AF=0.269565;AO=30;DP=114;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0462365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8685;QD=7.39456;RBI=0.0500862;REFB=-0.0280841;REVB=-0.0192567;RO=82;SAF=17;SAR=13;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819095;STB=0.53541;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0302963;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:82:84:30:31:0.269565:13:17:41:41:14:17:42:42 chr5 140554808 . T A 433.97 PASS AF=0.292308;AO=56;DP=194;FAO=57;FDP=195;FR=.;FRO=138;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=79;FWDB=0.0179427;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.489;QD=8.90201;RBI=0.0182061;REFB=-0.00443353;REVB=-0.00308564;RO=135;SAF=30;SAR=26;SRF=56;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145441;STB=0.569562;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0107396;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:135:138:56:57:0.292308:26:30:56:79:27:30:59:79 chr5 140559532 . G C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0558444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.374;QD=13.9588;RBI=0.0646409;REFB=0.0105211;REVB=-0.0325553;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40817;STB=0.732842;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0149655;OID=.;OPOS=140559532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:0:7:4:3:0:7 chr5 140559596 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.728;QD=61.3364;RBI=0.0388018;REFB=0;REVB=0.0223176;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145401;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr5 140563579 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0322098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.466;QD=22.9154;RBI=0.0371468;REFB=-0.0671647;REVB=0.0185044;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17833;STB=0.599811;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00760277;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:0:4:8:1:0:4 chr5 140564088 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0204854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1512;QD=17.2297;RBI=0.0327548;REFB=-0.0101407;REVB=0.0255583;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122361;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0114321;OID=.;OPOS=140564088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:2:4:4:4:2:4 chr5 140564263 . C T 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0380107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.305;QD=13.5056;RBI=0.0477856;REFB=-0.0171589;REVB=0.0289594;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28299;STB=0.664545;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0122884;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:12:5:7:5:12:5 chr5 140567264 . G T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0201714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.844;QD=17.0333;RBI=0.020202;REFB=-0.00343217;REVB=0.00111235;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00413981;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:12:10:7:11:12:10 chr5 140567445 . A G 153.62 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00398481;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.947;QD=10.4146;RBI=0.0141812;REFB=-0.00304801;REVB=0.0136098;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581395;STB=0.524451;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0109156;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:40:39:20:20:0.338983:8:12:22:18:8:12:22:17 chr5 140567608 . C T 252.57 PASS AF=0.5;AO=19;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.260564;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1699;QD=18.7088;RBI=0.260876;REFB=-0.0409728;REVB=-0.012746;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142836;STB=0.555514;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0309488;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:27:19:27:0.5:15:4:6:12:15:12:15:12 chr5 140568026 . T C 303.48 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0164963;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.628;QD=19.5791;RBI=0.0389215;REFB=-0.0147464;REVB=0.0352528;RO=29;SAF=22;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324369;STB=0.687383;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00939559;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:30:32:32:0.516129:10:22:9:20:10:22:9:21 chr5 140568034 . C CA 784.0 PASS AF=1;AO=65;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8677;QD=44.1692;RBI=0.12635;REFB=0;REVB=-0.0732264;RO=5;SAF=35;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00124332;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:71:71:71:0:39:32:0:0:14:5:35:30:3:2 chr5 140568796 . A G 69.89 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0604208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.821;QD=6.21259;RBI=0.0630969;REFB=-0.0135178;REVB=-0.0181808;RO=35;SAF=0;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702599;STB=0.817411;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0583436;OID=.;OPOS=140568796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:45:35:35:9:10:0.222222:9:0:14:21:9:1:14:21 chr5 140568998 . C T 90.69 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00703239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.313;QD=8.061;RBI=0.0578285;REFB=-0.00869069;REVB=0.0573993;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36043;STB=0.723753;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.02688;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:9:3:18:15:9:3:18:15 chr5 140572668 . C T 220.95 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0148126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4937;QD=18.0369;RBI=0.0402939;REFB=0.0063098;REVB=0.0374725;RO=27;SAF=3;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373131;STB=0.716747;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00786097;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:19:3:11:16:19:3:11:16 chr5 140573439 . G C 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0823155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1309;QD=23.0068;RBI=0.0834133;REFB=0.00876085;REVB=-0.0134885;RO=24;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180892;STB=0.509972;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00882797;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:13:20:14:10:13:20:14:10 chr5 140573442 . C G 283.72 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00247636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.257;QD=19.9101;RBI=0.0137677;REFB=-0.0313084;REVB=0.0135432;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279229;STB=0.530592;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0258036;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:27:30:30:0.526316:13:17:15:10:13:17:17:10 chr5 140573754 . A C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0402795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6294;QD=7.95467;RBI=0.064918;REFB=-0.0126301;REVB=-0.0509107;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295481;STB=0.677063;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0193621;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:3:16:5:3:3:16 chr5 140575211 . G T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00132742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.863;QD=27.2513;RBI=0.00235922;REFB=0.00519561;REVB=-0.00195035;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263502;STB=0.645057;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00539349;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:4:14:11:16:4:14 chr5 140580931 . C G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0618649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.143;QD=16.1192;RBI=0.0622038;REFB=-0.00184458;REVB=-0.00648485;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00354032;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr5 140581510 . G T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0104934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.023;QD=18.6423;RBI=0.0106393;REFB=-0.00358795;REVB=0.00175587;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061468;STB=0.534851;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00242785;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:13:11:11:10:13:11 chr5 140594442 . A G 41.62 PASS AF=0.0948276;AO=11;DP=116;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.00733325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.69;QD=1.43503;RBI=0.0110622;REFB=-0.0013864;REVB=-0.00828225;RO=103;SAF=7;SAR=4;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187315;STB=0.644045;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0134598;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:116:116:103:105:11:11:0.0948276:4:7:49:54:4:7:50:55 chr5 140605131 . CC TG 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0244236;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=211.927;QD=10.0752;RBI=0.0283806;REFB=-0.0121001;REVB=-0.014455;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=mnp;VARB=0.0295767;OID=.;OPOS=140605131;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:8:6:5:3:8:6 chr5 140626627 . G A 75.15 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0151375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.104;QD=11.1336;RBI=0.0159507;REFB=-0.00763484;REVB=-0.00502817;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318917;STB=0.66637;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0182015;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:16:17:9:10:0.37037:4:5:4:12:5:5:4:13 chr5 140683265 . G A 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0040291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.923;QD=20.0721;RBI=0.00408001;REFB=-0.00413812;REVB=-0.000642521;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219731;STB=0.512188;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00387925;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:20:14:12:19:20:14:12:19 chr5 140710705 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.41;QD=53.9111;RBI=0.0149877;REFB=0;REVB=-0.00320338;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34327e-05;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr5 140720516 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00304572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.326;QD=15.293;RBI=0.0490889;REFB=0.0125521;REVB=-0.0489943;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305668;STB=0.674995;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0165909;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:1:8:5:4:1:8 chr5 140720543 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0157095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.772;QD=9.44486;RBI=0.01571;REFB=-0.0147702;REVB=-0.000129916;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303669;STB=0.693701;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0186082;OID=.;OPOS=140720543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:4:6:5:1:4:6 chr5 140725828 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00546026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.511;QD=16.7846;RBI=0.0168642;REFB=-0.00286706;REVB=0.0159558;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818968;STB=0.545939;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00271674;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:12:21:16:13:12:21 chr5 140750044 . T C 3141.16 PASS AF=0.990431;AO=204;DP=209;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=148;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0373466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.635;QD=60.1179;RBI=0.0398687;REFB=-0.0549415;REVB=0.013955;RO=2;SAF=147;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164159;STB=0.508333;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000665744;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:209:209:2:2:204:207:0.990431:57:147:0:2:59:148:0:2 chr5 140751128 . C G 216.17 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0443749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3168;QD=22.1715;RBI=0.0471474;REFB=-0.0570501;REVB=0.0159294;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335303;STB=0.518779;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0551689;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:7:11:12:9:7:11 chr5 140763029 . A G 255.2 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0522501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8122;QD=22.1914;RBI=0.052422;REFB=-0.0362117;REVB=0.00424238;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244655;STB=0.624898;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0286374;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:10:14:6:15:10:14:7:15 chr5 140772427 . T G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00761575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.025;QD=12.7914;RBI=0.0110064;REFB=-0.00283787;REVB=-0.00794614;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107662;STB=0.50632;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00406869;OID=.;OPOS=140772427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:15:8:5:9:15:8 chr5 140774288 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.518;QD=57.2026;RBI=0.0308687;REFB=0;REVB=0.0306452;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193719;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr5 140783596 . C T 307.0 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0155835;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.488;QD=26.6957;RBI=0.0242711;REFB=-0.0196507;REVB=-0.0186076;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506519;STB=0.528032;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0128055;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:11:16:10:9:11:16:10:9 chr5 140788534 . GC CG,G 88.48 PASS AF=0.0526316,0.421053;AO=2,14;DP=40;FAO=2,16;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=0,10;FSAR=2,6;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0310112,-0.0694294;FXX=0.0499875;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=185.096,10.7637;QD=9.31411;RBI=0.0316775,0.138553;REFB=-0.0030322,-0.12197;REVB=0.00646296,0.119902;RO=21;SAF=0,10;SAR=2,4;SRF=1;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.491803;SSSB=-0.365894,0.612782;STB=0.990409,0.790857;STBP=0.528,0.018;TYPE=mnp,del;VARB=0.107927,0.170922;OID=.,.;OPOS=140788534,140788535;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:40:38:21:20:2,14:2,16:0.0526316,0.421053:2,4:0,10:1:20:2,6:0,10:1:19 chr5 140793007 . A G 358.1 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0093544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.037;QD=22.3815;RBI=0.0175106;REFB=-0.00922223;REVB=0.0148026;RO=28;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618939;STB=0.534153;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00661723;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:14:22:15:13:14:22:15:13 chr5 140797630 . G T 400.96 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0153941;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.176;QD=14.5805;RBI=0.0171509;REFB=-0.0162875;REVB=-0.00756146;RO=65;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719746;STB=0.545435;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0216227;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:64:46:46:0.418182:23:23:28:37:23:23:27:37 chr5 140810773 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0158215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.592;QD=13.3343;RBI=0.0330385;REFB=-0.00896745;REVB=-0.0290039;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147556;STB=0.584351;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0111835;OID=.;OPOS=140810773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:17:22:11:15:17:22 chr5 140856265 . G C 71.64 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00840505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7441;QD=19.1041;RBI=0.0423585;REFB=0.0164282;REVB=-0.0415162;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137772;STB=0.578784;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0176557;OID=.;OPOS=140856265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:5:1:3:6:5:1 chr5 140857798 . T C 341.8 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0753362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.776;QD=18.4759;RBI=0.0756887;REFB=-0.0278972;REVB=-0.00729571;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727132;STB=0.540518;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0169115;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:18:18:22:16:18:18:22:16 chr5 140869134 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0189884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.792;QD=21.7464;RBI=0.0190313;REFB=-0.00212079;REVB=-0.00127702;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388945;STB=0.502181;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0026828;OID=.;OPOS=140869134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:11:9:10:12:11:9 chr5 141036337 . A G 612.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9903;QD=61.2216;RBI=0.035334;REFB=0;REVB=-0.00894321;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199775;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr5 141059649 . A G 126.04 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.68124e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.522;QD=42.014;RBI=0.0355458;REFB=0;REVB=0.0355458;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592473;OID=.;OPOS=141059649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:9:3:0:0 chr5 141059868 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.62;QD=54.5171;RBI=0.0409803;REFB=0;REVB=0.0407446;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039382;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr5 141243646 . A G 790.69 PASS AF=0.5;AO=81;DP=162;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0199508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.96;QD=19.5231;RBI=0.02593;REFB=-0.0190593;REVB=-0.0165629;RO=81;SAF=47;SAR=34;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793893;STB=0.543719;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0200945;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:81:81:81:81:0.5:34:47:40:41:34:47:40:41 chr5 141309824 . G A 239.35 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0161757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8219;QD=20.8135;RBI=0.0258414;REFB=-0.0227496;REVB=-0.0201525;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176574;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.017349;OID=.;OPOS=141309824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:11:12:11:10:11:12:11:12 chr5 141324955 . C CCTGCTGCTG 213.53 PASS AF=0.25;AO=27;DP=148;FAO=31;FDP=124;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=-0.0569736;FXX=0.178796;HRUN=2;LEN=9;MLLD=270.523;QD=6.88802;RBI=0.0691836;REFB=-0.0222626;REVB=-0.0392477;RO=114;SAF=15;SAR=12;SRF=79;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185058;STB=0.541933;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=0.0651628;OID=.;OPOS=141324956;OREF=-;OALT=CTGCTGCTG;OMAPALT=CCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:27:148:31:124:93:18:13:59:34:99:114:15:12:79:35 chr5 141325249 . T C 2042.99 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.546;QD=61.4433;RBI=0.0379856;REFB=-0.10271;REVB=0.018661;RO=1;SAF=47;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177913;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:133:1:0:131:133:1:84:47:1:0:84:49:0:0 chr5 141335241 . A G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0190579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.11;QD=21.1302;RBI=0.0260051;REFB=-0.0386224;REVB=-0.0176936;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183632;STB=0.603353;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0264472;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:12:9:14:8:12:9 chr5 141335284 . G A 259.05 PASS AF=0.460317;AO=30;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0112275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2199;QD=16.4479;RBI=0.0112339;REFB=-0.0370056;REVB=-0.000379305;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778746;STB=0.531228;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0576457;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:34:30:29:0.460317:18:12:15:16:17:12:16:18 chr5 141335498 . C T 395.03 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00678251;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.297;QD=22.9002;RBI=0.0101598;REFB=-0.0154613;REVB=0.0075643;RO=30;SAF=19;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956144;STB=0.552546;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0113972;OID=.;OPOS=141335498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:30:39:39:0.565217:20:19:11:19:20:19:11:19 chr5 141336264 . G T 208.85 PASS AF=0.438596;AO=21;DP=53;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0422718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.066;QD=14.656;RBI=0.0427175;REFB=-0.0103496;REVB=0.00615469;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829241;STB=0.503647;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0163968;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:32:32:21:25:0.438596:7:14:19:13:10:15:19:13 chr5 141337126 . C T 293.25 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0569871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7127;QD=23;RBI=0.0796996;REFB=-0.0139005;REVB=0.0557179;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078075;STB=0.543111;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0141502;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:7:15:17:12:7:15 chr5 141337225 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.669;QD=61.6839;RBI=0.0333371;REFB=0;REVB=0.0138097;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205941;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr5 141391532 . G A 1751.69 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0178467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3894;QD=59.887;RBI=0.0184042;REFB=-0.0110888;REVB=0.00449534;RO=1;SAF=46;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102117;STB=0.505375;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=4.20338e-05;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:70:46:1:0:70:46:1:0 chr5 141531735 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.953;QD=60.0303;RBI=0.0190793;REFB=0;REVB=0.0100515;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85806e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr5 141692505 . TGGGGC TGGGC,TGGGCT 37.29 PASS AF=0.157895,0.0789474;AO=8,3;DP=38;FAO=6,3;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2,2;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.119569,0.0165335;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=19.5039,36.9158;QD=3.9257;RBI=0.168026,0.0171321;REFB=-0.0681655,-0.0290314;REVB=-0.118051,-0.00448892;RO=27;SAF=4,2;SAR=4,1;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.395858,0.513152;STB=0.590633,0.834785;STBP=0.677,0.488;TYPE=del,mnp;VARB=0.0428964,0.112939;OID=.,.;OPOS=141692506,141692509;OREF=G,GC;OALT=-,CT;OMAPALT=TGGGC,TGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895,0.0789474:8,3:38:6,3:38:29:2,2:4,1:7:22:25:27:4,2:4,1:5:22 chr5 141973349 . C G 1423.49 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392995;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.012;QD=63.2664;RBI=0.0488543;REFB=0;REVB=0.0290222;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352502;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:57:33:0:0:57:33:0:0 chr5 141973501 . T C 1008.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.672;QD=59.3191;RBI=0.0252435;REFB=0;REVB=0.023896;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86829e-05;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr5 142254679 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.423;QD=57.8844;RBI=0.0161222;REFB=0;REVB=0.0128357;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85575e-06;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr5 142421415 . T G 955.46 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.315;QD=58.7974;RBI=0.0195215;REFB=0;REVB=0.0149132;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59508e-05;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:38:25:0:0:39:26:0:0 chr5 142593652 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.929;QD=61.0492;RBI=0.0159564;REFB=0;REVB=0.0137059;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72938e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:29:48:0:0:30:48:0:0 chr5 142661538 . G A 438.38 PASS AF=0.348101;AO=55;DP=157;FAO=55;FDP=158;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.00416232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.838;QD=11.0982;RBI=0.0114364;REFB=-0.000588774;REVB=0.010652;RO=101;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198938;STB=0.606698;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00102215;OID=.;OPOS=142661538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:101:103:55:55:0.348101:24:31:39:62:24:31:41:62 chr5 142693676 . T C 556.63 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0212867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.09;QD=25.3015;RBI=0.0213493;REFB=-0.0128803;REVB=0.00163315;RO=37;SAF=18;SAR=33;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02124;STB=0.511623;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0107989;OID=.;OPOS=142693676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:33:18:14:23:33:18:14:23 chr5 142779508 . T C 474.58 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00701029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.498;QD=27.1186;RBI=0.00787934;REFB=-0.0408818;REVB=0.00359719;RO=25;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173422;STB=0.585676;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0288372;OID=.;OPOS=142779508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:26:44:44:0.628571:22:22:19:6:22:22:19:7 chr5 143200053 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00217421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.171;QD=10.1699;RBI=0.0216224;REFB=-0.00631714;REVB=-0.0215128;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138203;STB=0.581954;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00801204;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:4:18:8:3:4:18 chr5 145246085 . T G 2572.14 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.124;QD=61.6081;RBI=0.0186202;REFB=0;REVB=-0.00492243;RO=0;SAF=84;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12113e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:166:167:1:82:84:0:0:82:85:0:0 chr5 145393364 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0200943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.418;QD=15.5688;RBI=0.0314598;REFB=0.00116462;REVB=0.0242062;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255984;STB=0.644269;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00472507;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:17:11:23:12:17:11:23:12 chr5 145439647 . T C 1120.27 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012158;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.674;QD=60.5552;RBI=0.0138313;REFB=0;REVB=0.00659445;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56577e-05;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:52:22:0:0:52:22:0:0 chr5 145442133 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00812586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.402;QD=14.0975;RBI=0.00829422;REFB=-0.00861726;REVB=0.00166265;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0122108;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr5 145442203 . G C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0186476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7946;QD=18.4831;RBI=0.0705864;REFB=0.00579163;REVB=0.0680786;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14704;STB=0.583694;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00286165;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:10:11:7:12:10:11 chr5 145890028 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.589;QD=58.7816;RBI=0.0232906;REFB=0;REVB=0.0218057;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58057e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr5 145895246 . G A 395.12 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00794327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.604;QD=22.9056;RBI=0.0195257;REFB=-0.0284293;REVB=0.017837;RO=30;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040193;STB=0.522133;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0328444;OID=.;OPOS=145895246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:15:24:17:13:15:24:17:13 chr5 145935658 . G A 2287.19 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00825674;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.629;QD=60.1893;RBI=0.0150766;REFB=-0.138946;REVB=-0.0126147;RO=1;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543639;STB=0.502857;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000118885;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:1:1:151:151:0.993421:87:64:0:1:87:64:0:1 chr5 146619206 . G C 367.28 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00988553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.454;QD=24.4856;RBI=0.0100507;REFB=-0.0239463;REVB=-0.00181482;RO=24;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195846;STB=0.518977;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0136751;OID=.;OPOS=146619206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:24:35:36:0.6:11:24:17:7:12:24:17:7 chr5 146971253 . C T 165.04 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170311;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.229;QD=47.1545;RBI=0.0691404;REFB=0;REVB=0.06701;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493085;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr5 147286054 . G A 111.72 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.013226;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.982;QD=6.38415;RBI=0.0134975;REFB=-0.0182247;REVB=-0.00269337;RO=53;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245418;STB=0.515134;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0392905;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:9:8:26:27:9:8:26:27 chr5 147468614 . A G 1202.86 PASS AF=0.922222;AO=83;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0391053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9852;QD=53.4603;RBI=0.0429823;REFB=-0.0275649;REVB=-0.0178395;RO=6;SAF=59;SAR=24;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811171;STB=0.538888;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0245261;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:90:90:6:7:83:83:0.922222:24:59:1:5:24:59:2:5 chr5 147473988 . C T 252.73 PASS AF=0.426471;AO=30;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0291351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9951;QD=14.8665;RBI=0.0461289;REFB=-0.00552637;REVB=-0.0357634;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120723;STB=0.555757;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00624692;OID=.;OPOS=147473988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:30:29:0.426471:10:20:21:17:10:19:22:17 chr5 147475386 . A G 400.23 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00526844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.612;QD=15.8509;RBI=0.0355803;REFB=-0.00168291;REVB=0.0351881;RO=57;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142768;STB=0.58021;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0020906;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:27:17:30:27:27:17:30:27 chr5 147477551 . C T 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00418922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.976;QD=23.9612;RBI=0.00777098;REFB=-0.00282176;REVB=-0.00654511;RO=34;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099079;STB=0.554431;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00230519;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:28:17:17:17:28:17:17:17 chr5 147480027 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0138413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.497;QD=27.235;RBI=0.0454006;REFB=-0.00442469;REVB=0.0432393;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936859;STB=0.551841;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00304953;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:6:8:10:13:6:8 chr5 147480080 . G A 201.93 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0225076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2585;QD=12.0557;RBI=0.0409067;REFB=-0.018333;REVB=-0.034158;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279888;STB=0.662301;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0344769;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:18:7:22:20:18:7:22:20 chr5 147480112 . T C 484.89 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00354403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.31;QD=26.5695;RBI=0.0104755;REFB=-0.00139152;REVB=0.00985778;RO=28;SAF=23;SAR=22;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158206;STB=0.586128;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000616705;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:22:23:8:20:22:23:8:20 chr5 147480955 . A G 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0387469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.643;QD=6.31809;RBI=0.041141;REFB=-0.00536867;REVB=-0.0138295;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126229;STB=0.581189;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0462528;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:12:13:5:3:12:13 chr5 147481430 . A G 476.85 PASS AF=0.392857;AO=54;DP=130;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.00496646;FXX=0.0070917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.5717;QD=13.6244;RBI=0.0104841;REFB=-0.0196032;REVB=0.00923315;RO=76;SAF=24;SAR=30;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952432;STB=0.570267;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0302625;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:140:76:85:54:55:0.392857:30:24:27:49:30:25:29:56 chr5 147486677 . C A 413.82 PASS AF=0.494253;AO=41;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0177847;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6814;QD=19.026;RBI=0.091531;REFB=-0.0448693;REVB=-0.0897866;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521628;STB=0.540291;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0426256;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:41:43:0.494253:20:21:25:19:22:21:25:19 chr5 147488367 . C T 208.31 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0106953;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8086;QD=13.4396;RBI=0.0150622;REFB=-0.00804883;REVB=0.0106057;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104818;STB=0.559952;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00908968;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:20:17:14:11:20:17 chr5 147498019 . G A 358.56 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0101714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.093;QD=11.6605;RBI=0.0188762;REFB=-0.00455475;REVB=-0.0159014;RO=79;SAF=26;SAR=18;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245478;STB=0.514062;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00937212;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:18:26:45:34:18:26:45:34 chr5 147499616 . C T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0489642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.135;QD=11.2963;RBI=0.0567202;REFB=-0.0135601;REVB=-0.0286302;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125524;STB=0.57383;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.013918;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:17:17:11:7:17:17 chr5 147499670 . C T 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0283216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.85;QD=9.65117;RBI=0.029603;REFB=0.012976;REVB=0.00861542;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347824;STB=0.712981;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0321803;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:11:3:16:17:11:3:16:17 chr5 147499891 . G T 326.16 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0341648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1571;QD=24.6159;RBI=0.0380429;REFB=-0.00989006;REVB=0.016734;RO=21;SAF=11;SAR=20;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180935;STB=0.593308;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00245318;OID=.;OPOS=147499891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:20:11:3:18:21:11:3:18 chr5 147505116 . G A 240.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0126098;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2203;QD=19.2132;RBI=0.0286081;REFB=-0.0345621;REVB=-0.0256791;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890431;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0351202;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:11:14:11:13:11:14:11:14 chr5 147510866 . T C 612.58 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00561302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.723;QD=21.6841;RBI=0.0326943;REFB=-0.0187216;REVB=0.0322089;RO=52;SAF=33;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344873;STB=0.518922;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0173791;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:28:33:26:26:28:33:26:26 chr5 147516598 . T C 258.74 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00254525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.412;QD=16.4278;RBI=0.0191018;REFB=-0.00614791;REVB=-0.0189314;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227115;STB=0.501128;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0127407;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:34:29:29:0.460317:17:12:14:18:17:12:14:20 chr5 147554889 . A C 760.65 PASS AF=0.364754;AO=89;DP=244;FAO=89;FDP=244;FR=.;FRO=155;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=71;FSRR=84;FWDB=-0.00599851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.852;QD=12.4697;RBI=0.00610788;REFB=-0.019406;REVB=0.00115071;RO=155;SAF=34;SAR=55;SRF=71;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879594;STB=0.549936;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0309707;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:155:155:89:89:0.364754:55:34:71:84:55:34:71:84 chr5 147593497 . C A 585.51 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.013511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.164;QD=15.013;RBI=0.0158655;REFB=-0.0044996;REVB=-0.0083167;RO=90;SAF=30;SAR=36;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925363;STB=0.551789;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00585077;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:36:30:49:41:36:30:49:41 chr5 147665537 . ATCT A 316.92 PASS AF=0.404494;AO=28;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00299584;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.175;QD=14.2434;RBI=0.0174423;REFB=0.0117347;REVB=-0.0171831;RO=39;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248621;STB=0.641142;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=-0.0119452;OID=.;OPOS=147665538;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404494:28:89:36:89:53:24:12:23:30:99:39:20:8:19:20 chr5 147665620 . A G 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00897092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.805;QD=14.8164;RBI=0.0137839;REFB=-0.0112731;REVB=-0.0104651;RO=39;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18806;STB=0.606667;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0189359;OID=.;OPOS=147665620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:11:18:17:22:11:18:17:22 chr5 147703416 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0161452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.914;QD=23.0883;RBI=0.0167443;REFB=0.0118486;REVB=-0.00443884;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17956;STB=0.599913;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00806566;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:5:13:11:11:5:13 chr5 147805120 . T C 367.06 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00949305;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.37;QD=18.3528;RBI=0.0175616;REFB=-0.00142059;REVB=-0.0147746;RO=42;SAF=27;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299019;STB=0.667491;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00174906;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:11:27:17:25:11:27:17:25 chr5 147856333 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00548804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.563;QD=12.0148;RBI=0.00582424;REFB=0.00163153;REVB=0.00195017;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148881;STB=0.586312;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00340149;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:14:20:9:11:14:20 chr5 148206473 . G C 738.74 PASS AF=0.863636;AO=57;DP=66;FAO=57;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00150359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.846;QD=44.7723;RBI=0.0419786;REFB=-0.129515;REVB=0.0419516;RO=8;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100958;STB=0.561382;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00614804;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:66:8:9:57:57:0.863636:25:32:1:7:25:32:1:8 chr5 148206646 . G A 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0446142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.469;QD=17.1422;RBI=0.0470156;REFB=-0.00795087;REVB=0.0148337;RO=59;SAF=32;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557063;STB=0.536362;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0119714;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:20:32:33:26:20:32:33:27 chr5 148206917 . C A 345.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0112268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.231;QD=16.6313;RBI=0.0121832;REFB=-0.016144;REVB=0.00473181;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370003;STB=0.508126;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.019971;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:46:37:37:0.445783:22:15:18:26:22:15:18:28 chr5 148207447 . G C 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.715;QD=60.7475;RBI=0.00939577;REFB=0;REVB=0.000991167;RO=0;SAF=46;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57833e-06;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:68:46:0:0:68:46:0:0 chr5 148207633 . G A 452.25 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264787;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.147;QD=58.3549;RBI=0.00426353;REFB=0;REVB=0.00334163;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399781;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 148407708 . A C 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330089;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6852;QD=60.252;RBI=0.0403773;REFB=0;REVB=0.0232537;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798502;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr5 148610276 . C A 3447.05 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.478;QD=62.3901;RBI=0.044814;REFB=0;REVB=0.0373359;RO=0;SAF=83;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52427e-05;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:210:221:0:0:210:221:1:127:83:0:0:137:84:0:0 chr5 148627252 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.692;QD=57.8842;RBI=0.0158862;REFB=0;REVB=-0.00798358;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07678e-05;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr5 148720087 . T G 1271.9 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504904;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.267;QD=62.0441;RBI=0.0556746;REFB=0;REVB=0.0234603;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113385;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:42:40:0:0 chr5 148989122 . C T 210.34 PASS AF=0.4;AO=22;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00463518;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.552;QD=12.944;RBI=0.0110123;REFB=-0.0247106;REVB=0.00998931;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567967;STB=0.562453;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0385763;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:39:22:26:0.4:10:12:25:17:12:14:25:14 chr5 149006837 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.01;QD=51.1834;RBI=0.00497618;REFB=0;REVB=-0.00476816;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41153e-05;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr5 149008403 . A G 1497.0 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023285;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.284;QD=63.702;RBI=0.0243802;REFB=0;REVB=-0.00722514;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146893;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr5 149008467 . C A 1519.4 PASS AF=0.946903;AO=105;DP=112;FAO=107;FDP=113;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00317823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.151;QD=53.7842;RBI=0.00942758;REFB=-0.0200783;REVB=0.0088757;RO=6;SAF=51;SAR=54;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185332;STB=0.509595;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000298002;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:112:113:6:6:105:107:0.946903:54:51:4:2:55:52:4:2 chr5 149008521 . A G 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.321;QD=61.534;RBI=0.0229941;REFB=0;REVB=0.00842258;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67859e-05;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr5 149101876 . A G 647.72 PASS AF=0.504425;AO=45;DP=114;FAO=57;FDP=113;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0137488;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.563;QD=22.9282;RBI=0.0169822;REFB=-0.0428245;REVB=0.00996815;RO=34;SAF=29;SAR=16;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535473;STB=0.524829;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0542192;OID=.;OPOS=149101876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:34:41:45:57:0.504425:16:29:24:10:27:30:24:17 chr5 149151707 . G A 101.41 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00264323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.486;QD=9.01429;RBI=0.099538;REFB=-0.00294598;REVB=0.0995029;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141178;STB=0.58524;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00909819;OID=.;OPOS=149151707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:11:21:7:6:11:21 chr5 149212243 . G C 215.33 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=10;FWDB=-0.038546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4953;QD=10.9026;RBI=0.0890675;REFB=-0.00350371;REVB=0.0802946;RO=51;SAF=25;SAR=2;SRF=42;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287015;STB=0.691065;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.007943;OID=.;OPOS=149212243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:2:25:42:9:2:25:42:10 chr5 149212471 . G A 386.91 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00474857;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.903;QD=17.9957;RBI=0.00519093;REFB=-0.0120025;REVB=0.00209687;RO=41;SAF=10;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154514;STB=0.604111;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0126793;OID=.;OPOS=149212471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:46:40:40:0.465116:30:10:16:25:30:10:19:27 chr5 149264115 . G A 602.18 PASS AF=0.42236;AO=65;DP=157;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.00641104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.886;QD=14.9609;RBI=0.0394773;REFB=-0.0114838;REVB=-0.0389533;RO=87;SAF=29;SAR=36;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698805;STB=0.536072;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00993292;OID=.;OPOS=149264115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:87:93:65:68:0.42236:36:29:33:54:36:32:38:55 chr5 149360877 . T C 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2758;QD=57.229;RBI=0.050651;REFB=0;REVB=0.0474627;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629442;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr5 149361221 . A T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0080951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4023;QD=14.334;RBI=0.0539016;REFB=-0.0186589;REVB=0.0532903;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196745;STB=0.614388;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0377609;OID=.;OPOS=149361221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:14:12:11:6:14:12 chr5 149374879 . CT C 133.44 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0710361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.1694;QD=11.12;RBI=0.0836774;REFB=-0.0282497;REVB=0.0442242;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130311;STB=0.573705;STBP=0.443;TYPE=del;VARB=0.0304602;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:21:48:21:48:27:7:14:6:21:99:27:7:14:6:21 chr5 149374932 . T C 800.66 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.409;QD=57.1902;RBI=0.0454665;REFB=0;REVB=0.000500882;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52836e-05;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:39:16:0:0:39:17:0:0 chr5 149389789 . G T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00397226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.419;QD=14.3992;RBI=0.0173566;REFB=-0.00188093;REVB=-0.0168959;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224006;STB=0.617556;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00278968;OID=.;OPOS=149389789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:11:14:11:22:11:14:12:22 chr5 149406271 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.994;QD=58.4197;RBI=0.0275073;REFB=0;REVB=0.0258133;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82431e-05;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr5 149421502 . A G 254.33 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0157305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5127;QD=15.4137;RBI=0.105622;REFB=-0.0266365;REVB=-0.104444;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200731;STB=0.620606;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0294584;OID=.;OPOS=149421502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:18:11:21:15:18:11:22:15 chr5 149433400 . G GC 662.45 PASS AF=0.962963;AO=33;DP=60;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0147294;FXX=0.0526223;HRUN=0;LEN=1;MLLD=240.641;QD=49.0702;RBI=0.051114;REFB=-0.0372482;REVB=-0.0489457;RO=24;SAF=26;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165158;STB=0.512816;STBP=0.42;TYPE=ins;VARB=0.00212656;OID=.;OPOS=149433401;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:33:60:52:54:2:38:14:2:0:8:24:26:7:15:9 chr5 149433401 . G C 136.99 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00434062;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=108.943;QD=9.13261;RBI=0.00491263;REFB=-0.00566241;REVB=-0.00230065;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199031;STB=0.615891;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00134838;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:7:12:32:9:7:12:32:9 chr5 149439407 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0327018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.37;QD=23.9002;RBI=0.0327074;REFB=0.00445681;REVB=-0.00060367;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232943;STB=0.512967;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00442772;OID=.;OPOS=149439407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:10:13:16:11:10:13 chr5 149450132 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.869;QD=62.0218;RBI=0.0172223;REFB=0;REVB=0.0167311;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16767e-05;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr5 149493472 . C T 708.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282701;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.833;QD=62.9575;RBI=0.0473131;REFB=0;REVB=0.0472286;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504202;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:46:45:1:27:19:0:0:27:18:0:0 chr5 149495050 . T C 3897.25 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740655;FXX=0.00395241;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.195;QD=61.8611;RBI=0.0137329;REFB=-0.054676;REVB=0.0115645;RO=1;SAF=143;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92241e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:252:1:0:252:252:1:109:143:0:1:109:143:0:0 chr5 149499672 . T C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00249765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.07;QD=15.575;RBI=0.00250075;REFB=0.009659;REVB=0.000124611;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278056;STB=0.515747;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0129341;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:17:14:12:13:17:14 chr5 149515380 . G A 91.86 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00801228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.225;QD=8.74833;RBI=0.0582377;REFB=0.00620654;REVB=0.057684;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198959;STB=0.512175;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0154027;OID=.;OPOS=149515380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:17:13:5:7:17:13 chr5 149515397 . T A 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0135295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0572;QD=8.8115;RBI=0.0135624;REFB=-0.0159674;REVB=0.000943977;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0306518;OID=.;OPOS=149515397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:11:12:4:6:11:12 chr5 149563715 . T C 728.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1215;QD=57.1533;RBI=0.0776412;REFB=0;REVB=-0.0466084;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152331;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr5 149583300 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5187;QD=51.1789;RBI=0.0577169;REFB=0;REVB=-0.0079667;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262635;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr5 149583336 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1554;QD=48.7373;RBI=0.0318584;REFB=0;REVB=0.023685;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19037e-05;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr5 149585025 . A C 1199.08 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252822;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.172;QD=61.4912;RBI=0.025338;REFB=0;REVB=-0.0016807;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191675;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr5 149602608 . A G 654.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186615;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.688;QD=62.3689;RBI=0.0314653;REFB=0;REVB=0.0253341;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27572e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr5 149644597 . T G 2223.55 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.078;QD=63.0793;RBI=0.008537;REFB=0;REVB=0.00263069;RO=0;SAF=93;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31321e-06;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:139:141:1:46:93:0:0:47:94:0:0 chr5 149677851 . A G 1321.66 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.866;QD=62.196;RBI=0.053687;REFB=0;REVB=0.0506831;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61106e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:53:31:0:0:54:31:0:0 chr5 149776232 . C T 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00327474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=20.9025;RBI=0.00578664;REFB=-0.0183413;REVB=0.00477088;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899404;STB=0.549868;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0149173;OID=.;OPOS=149776232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:13:20:14:14:13:20:14:14 chr5 149824223 . T C 441.31 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0210422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=356.502;QD=53.4925;RBI=0.0217485;REFB=0.0196651;REVB=0.00549759;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-6.4832e-05;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:21:10:1:0:21:11:1:0 chr5 149826526 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.826;QD=59.8394;RBI=0.0135157;REFB=0;REVB=-0.00318849;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28997e-05;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr5 149907533 . T G 154.53 PASS AF=0.350877;AO=18;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00215746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.221;QD=10.844;RBI=0.0624666;REFB=-0.00102377;REVB=-0.0624293;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769453;STB=0.626821;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00104007;OID=.;OPOS=149907533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:37:18:20:0.350877:8:10:13:14:9:11:13:24 chr5 149907602 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0474262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2525;QD=20.5461;RBI=0.0476296;REFB=0.0049362;REVB=0.00439658;RO=22;SAF=18;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122503;STB=0.569552;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00622674;OID=.;OPOS=149907602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:4:18:16:6:4:18:16:6 chr5 149915402 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.010617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.12;QD=15.6509;RBI=0.0119275;REFB=0.000385634;REVB=0.0054356;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149081;STB=0.586098;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.000642087;OID=.;OPOS=149915402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:11:10:10:6:11:10 chr5 149919739 . G C 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0136709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.948;QD=18.5414;RBI=0.015123;REFB=-0.00127392;REVB=0.00646623;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140659;STB=0.567529;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00132511;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:14:20:25:9:14:20:25:10 chr5 149923209 . C T 581.3 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0423302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.902;QD=19.0588;RBI=0.0424057;REFB=0.00243829;REVB=0.00252856;RO=62;SAF=31;SAR=29;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292204;STB=0.51615;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00262393;OID=.;OPOS=149923209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:29:31:34:28:29:31:34:28 chr5 149936688 . C T 321.17 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00444543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5761;QD=16.2616;RBI=0.00571954;REFB=-0.0198823;REVB=-0.00359878;RO=41;SAF=24;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178437;STB=0.622353;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0240334;OID=.;OPOS=149936688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:44:35:35:0.443038:11:24:21:20:11:24:21:23 chr5 149937495 . TA T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00163709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.709;QD=13.2585;RBI=0.00206697;REFB=-0.0112026;REVB=-0.00126187;RO=45;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879724;STB=0.550414;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.0172539;OID=.;OPOS=149937496;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391892:29:74:29:74:45:19:10:26:19:99:45:19:10:26:19 chr5 149998128 . G A 235.3 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0166621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.133;QD=17.4295;RBI=0.0179744;REFB=-0.0106773;REVB=0.00674203;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200884;STB=0.61944;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00927242;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:16:9:16:12:17:9:16:12 chr5 150030596 . T C 109.49 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0114404;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.16;QD=13.2712;RBI=0.0199838;REFB=-0.0112739;REVB=-0.016385;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.683905;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0159392;OID=.;OPOS=150030596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:20:13:13:0.393939:10:3:9:10:10:3:10:10 chr5 150030886 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0196153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8782;QD=15.5715;RBI=0.0563216;REFB=0.00912216;REVB=0.0527955;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293955;STB=0.671941;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0065388;OID=.;OPOS=150030886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:5:7:3:8:5:7 chr5 150030987 . C T 244.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00459424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.485;QD=20.4044;RBI=0.0165316;REFB=-0.018438;REVB=0.0158804;RO=19;SAF=17;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198511;STB=0.548345;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0180219;OID=.;OPOS=150030987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:24:19:24:0.5:2:17:15:4:7:17:15:9 chr5 150051779 . G C 295.04 PASS AF=0.441558;AO=30;DP=73;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00447823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.598;QD=15.3269;RBI=0.00451761;REFB=-0.0235518;REVB=-0.000595189;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256094;STB=0.599943;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.016855;OID=.;OPOS=150051779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:43:43:30:34:0.441558:18:12:28:15:18:16:28:15 chr5 150051850 . TGGGGGCT TGGGGCT,TGGGGCTG 66.08 PASS AF=0.647059,0;AO=7,2;DP=17;FAO=11,0;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.184599,0.00563626;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=12.6238,15.4786;QD=15.5476;RBI=0.20896,0.00575512;REFB=-0.0707459,0.0067766;REVB=0.0979167,-0.00116358;RO=6;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.333333,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0364235,0.524163;STB=0.571283,0.5;STBP=0.743,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0918513,0;OID=.,.;OPOS=150051851,150051855;OREF=G,GCT;OALT=-,CTG;OMAPALT=TGGGGCT,TGGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059,0:7,2:17:11,0:17:6:10,0:1,0:5:1:25:6:6,2:1,0:5:1 chr5 150051958 . T C 2058.77 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.18;QD=62.3869;RBI=0.0403515;REFB=0;REVB=0.0306135;RO=1;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56106e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:1:0:130:132:1:60:70:0:1:61:71:0:0 chr5 150056296 . C T 328.54 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0304722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.865;QD=20.8596;RBI=0.031684;REFB=-0.0116105;REVB=-0.00867875;RO=29;SAF=24;SAR=10;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383752;STB=0.712306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0287642;OID=.;OPOS=150056296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:10:24:7:22:10:24:7:22 chr5 150056307 . C A 315.03 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0757695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9662;QD=20.0022;RBI=0.0947814;REFB=-0.014211;REVB=0.0569429;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312802;STB=0.67358;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0205604;OID=.;OPOS=150056307;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:11:22:9:21:11:22:9:21 chr5 150088545 . G A 249.22 PASS AF=0.48;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0167772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.359;QD=19.9375;RBI=0.0170408;REFB=-0.0272415;REVB=0.00298565;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201866;STB=0.571367;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0331982;OID=.;OPOS=150088545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:26:26:22:24:0.48:6:16:14:12:8:16:14:12 chr5 150089756 . TA AT,T 89.82 PASS AF=0,0.555556;AO=3,15;DP=37;FAO=0,20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=0,3;FSAR=0,17;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00941791,0.100154;FXX=0.0270197;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=144.131,12.2651;QD=9.9796;RBI=0.0565679,0.130947;REFB=-0.00879052,-0.0968106;REVB=-0.0557784,-0.0843578;RO=18;SAF=0,1;SAR=3,14;SRF=16;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.786001,-0.761211;STB=0.5,0.834912;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0970066,0.10047;OID=.,.;OPOS=150089756,150089757;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:37:36:18:16:3,15:0,20:0,0.555556:3,14:0,1:16:2:0,17:0,3:14:2 chr5 150089766 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0193104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.624;QD=12.3949;RBI=0.0308069;REFB=0.00087095;REVB=-0.0240036;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244389;STB=0.644944;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00250954;OID=.;OPOS=150089766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:12:12:10:4:12:12 chr5 150090781 . C T 291.63 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00112761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.588;QD=12.151;RBI=0.0163454;REFB=-0.00341256;REVB=-0.0163065;RO=61;SAF=21;SAR=13;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321509;STB=0.514167;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00594673;OID=.;OPOS=150090781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:62:34:34:0.354167:13:21:36:25:13:21:37:25 chr5 150097883 . G C 155.4 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0377488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.462;QD=15.1607;RBI=0.0424381;REFB=-0.0296662;REVB=0.0193912;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299457;STB=0.69542;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0218262;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:24:17:17:0.414634:12:5:13:9:12:5:15:9 chr5 150158164 . C G 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0169827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.027;QD=16.6861;RBI=0.0326037;REFB=-0.00713178;REVB=-0.0278314;RO=51;SAF=29;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254217;STB=0.643596;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00695332;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:11:29:25:26:11:29:25:26 chr5 150158199 . C T 267.53 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0834975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8926;QD=13.7196;RBI=0.0898059;REFB=-0.00367586;REVB=0.0330646;RO=47;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30924;STB=0.676806;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00797929;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:9:22:20:27:9:22:20:27 chr5 150158226 . A C 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0254728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.412;QD=14.2705;RBI=0.0283836;REFB=-0.0195062;REVB=-0.0125206;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24987;STB=0.642736;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0273292;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:14:19:8:16:14:19 chr5 150227966 . C A 356.61 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00341509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.752;QD=23.3842;RBI=0.00763364;REFB=-0.0210666;REVB=0.00682712;RO=25;SAF=18;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116598;STB=0.568412;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0122004;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:35:36:0.590164:17:18:9:16:17:19:9:16 chr5 150227998 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.035725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0917;QD=12.2164;RBI=0.071827;REFB=0.000627987;REVB=0.0623124;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966188;STB=0.556886;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00348013;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:15:12:8:7:15:12 chr5 150257616 . A G 327.64 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0013281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2552;QD=22.992;RBI=0.00749858;REFB=0.0339064;REVB=-0.00738003;RO=24;SAF=10;SAR=23;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010322;STB=0.505686;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0238135;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:23:10:7:17:23:10:7:17 chr5 150275787 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0103481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.831;QD=10.3903;RBI=0.043978;REFB=-0.0284781;REVB=-0.0427432;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0434321;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr5 150311773 . T C 1299.62 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0025;QD=61.8867;RBI=0.0517034;REFB=0;REVB=-0.020742;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229414;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:39:45:0:0 chr5 150323428 . A G 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0112387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.499;QD=19.319;RBI=0.0199322;REFB=-0.0121787;REVB=0.0164616;RO=44;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621196;STB=0.534505;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0144641;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:22:20:18:26:22:20:18:26 chr5 150407456 . T C 2677.37 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.163;QD=62.2644;RBI=0.0514376;REFB=0;REVB=0.0440889;RO=0;SAF=90;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18834e-05;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:171:172:1:81:90:0:0:81:91:0:0 chr5 150409477 . T C 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00378017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.255;QD=9.1898;RBI=0.0106043;REFB=-0.00532894;REVB=-0.00990767;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117907;STB=0.571329;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00885213;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:14:21:7:7:14:21 chr5 150410219 . C A 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00815975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5041;QD=21.9698;RBI=0.0126474;REFB=-0.00544217;REVB=0.00966313;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120525;STB=0.567501;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00461159;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:6:11:10:10:6:11 chr5 150480520 . C T 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00894493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2928;QD=19.2534;RBI=0.0133916;REFB=-0.0225022;REVB=0.00996605;RO=51;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707901;STB=0.539155;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0235347;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:27:24:28:23:27:24:28:23 chr5 150489390 . A G 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0171202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.725;QD=13.7245;RBI=0.0274499;REFB=-0.0121961;REVB=0.0214568;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141304;STB=0.580591;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0179427;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:12:18:21:24:12:18:21:24 chr5 150565008 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0426845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3666;QD=14.1694;RBI=0.0845324;REFB=-0.0253382;REVB=0.0729641;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393982;STB=0.734184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0416647;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:7:5:8:2:7:5 chr5 150632832 . G A 78.2 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0648457;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7934;QD=13.5994;RBI=0.0708768;REFB=-0.0326689;REVB=-0.0286105;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.548295;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0378365;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:23:9:13:9:10:0.434783:6:3:2:7:7:3:3:10 chr5 150639439 . A G 1287.26 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127617;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2373;QD=62.0365;RBI=0.0322141;REFB=0;REVB=0.0295785;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850376;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:47:34:0:0:47:36:0:0 chr5 150647156 . T C 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0172832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.84;QD=11.1305;RBI=0.0223367;REFB=-0.00755746;REVB=-0.0141499;RO=38;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218741;STB=0.627783;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0175137;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:7:14:18:20:7:14:18:20 chr5 150657130 . G T 401.4 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0255783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.803;QD=24.3271;RBI=0.0255824;REFB=-0.0304141;REVB=-0.000461168;RO=25;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.578907;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0212114;OID=.;OPOS=150657130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:27:39:39:0.590909:22:17:15:10:22:17:17:10 chr5 150657173 . T C 281.86 PASS AF=0.590909;AO=22;DP=41;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00448219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.588;QD=25.6239;RBI=0.0478853;REFB=-0.0232222;REVB=0.0476751;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536082;STB=0.560929;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0157832;OID=.;OPOS=150657173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:18:18:22:26:0.590909:10:12:11:7:14:12:11:7 chr5 150666843 . A C 212.3 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0102526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6834;QD=21.2298;RBI=0.0384131;REFB=0.00948187;REVB=0.0370196;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117349;STB=0.573697;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00951334;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:14:6:8:11:15:6:8:11 chr5 150666933 . C A 605.24 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0391554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8155;QD=20.692;RBI=0.0434051;REFB=-0.00354936;REVB=0.0187314;RO=56;SAF=20;SAR=41;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111736;STB=0.561623;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00416485;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:41:20:25:31:41:20:25:31 chr5 150666962 . G A 556.53 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.018297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.266;QD=17.1241;RBI=0.0209012;REFB=-0.0108909;REVB=0.0101034;RO=71;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151466;STB=0.584069;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0136859;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:30:29:24:47:30:29:24:47 chr5 150667016 . T C 655.03 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=-0.0182546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.596;QD=17.8238;RBI=0.0196077;REFB=-0.00730053;REVB=-0.00715769;RO=80;SAF=30;SAR=37;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110833;STB=0.561429;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00988355;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:67:67:0.455782:37:30:27:53:37:30:27:53 chr5 150695254 . T C 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0327751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8962;QD=15.7811;RBI=0.0334749;REFB=-0.0072266;REVB=0.00680912;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258764;STB=0.648446;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00740581;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:12:5:8:6:12:5 chr5 150696447 . C T 1556.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6191;QD=59.8619;RBI=0.117837;REFB=0;REVB=-0.0943053;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162662;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr5 150696498 . G A 486.09 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0013915;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.92;QD=17.8383;RBI=0.00521866;REFB=-0.00672129;REVB=0.00502973;RO=57;SAF=29;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793224;STB=0.544054;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00820335;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:57:57:52:52:0.477064:23:29:27:30:23:29:27:30 chr5 150696540 . C T 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.923;QD=61.5345;RBI=0.0138484;REFB=0;REVB=0.00287163;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08725e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr5 150723806 . G A 1254.42 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402353;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8677;QD=60.4539;RBI=0.0403703;REFB=0.0236805;REVB=-0.0032984;RO=1;SAF=14;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691479;STB=0.503649;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000809795;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:83:1:1:82:82:0.987952:68:14:0:1:68:14:0:1 chr5 150726875 . C T 159.82 PASS AF=0.37037;AO=17;DP=51;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00923448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.074;QD=11.8382;RBI=0.0216838;REFB=-0.00967267;REVB=0.0196191;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066221;STB=0.513047;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0173322;OID=.;OPOS=150726875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:34:34:17:20:0.37037:8:9:16:18:11:9:16:18 chr5 150886725 . G A 988.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8724;QD=59.033;RBI=0.0851065;REFB=0;REVB=-0.085055;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728122;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr5 150886882 . G A 2032.41 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00773851;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.522;QD=61.5883;RBI=0.0172081;REFB=0.0376062;REVB=-0.0153699;RO=1;SAF=60;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785553;STB=0.504132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=6.59209e-05;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:71:60:1:0:71:60:1:0 chr5 150891733 . A G 863.62 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.131;QD=56.6309;RBI=0.0612524;REFB=0;REVB=0.0229171;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170278;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:29:32:0:0 chr5 150901111 . A G 1232.23 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189023;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.122;QD=61.6115;RBI=0.0192526;REFB=0;REVB=-0.00365581;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137019;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr5 150901261 . C T 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2627;QD=52.1495;RBI=0.056964;REFB=-0.0622169;REVB=0.0426516;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00307135;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:1:0:8:19:1:0 chr5 150901300 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.632;QD=56.7066;RBI=0.0366826;REFB=0;REVB=0.0366385;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026552;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr5 150901613 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6609;QD=60.2254;RBI=0.0185626;REFB=0;REVB=0.0162242;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257214;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr5 150905485 . C T 471.24 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00527972;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.355;QD=18.3006;RBI=0.0145615;REFB=-0.00234063;REVB=0.0135706;RO=54;SAF=26;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333524;STB=0.514013;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00249498;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:53:50:50:0.485437:24:26:30:24:24:26:29:24 chr5 150914184 . A T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.952;QD=57.8849;RBI=0.023759;REFB=0;REVB=0.0176528;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3447e-06;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr5 150923405 . A G 834.92 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2514;QD=57.5807;RBI=0.0493464;REFB=0;REVB=-0.0436591;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835223;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr5 150925144 . A G 223.35 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00935147;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.186;QD=18.6123;RBI=0.0205738;REFB=0.000337776;REVB=0.0183258;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238047;STB=0.624883;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000132709;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:26:22:22:0.458333:7:15:12:15:7:15:12:14 chr5 150942919 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.738;QD=63.5828;RBI=0.00989317;REFB=0;REVB=-0.0027066;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74853e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr5 150942969 . G A 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00842927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.948;QD=21.9192;RBI=0.0243031;REFB=-0.0158383;REVB=-0.0227944;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411059;STB=0.522714;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0136977;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:12:24:18:11:12:24:18:11 chr5 150943085 . G A 561.11 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0165374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.559;QD=19.3487;RBI=0.0210685;REFB=7.54933e-05;REVB=-0.0130535;RO=57;SAF=33;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163439;STB=0.585769;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-5.37683e-05;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:58:58:58:0.5:25:33:22:35:25:33:23:35 chr5 150945483 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0306288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.479;QD=15.2189;RBI=0.0314318;REFB=0.00402467;REVB=0.00705959;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182243;STB=0.602772;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00754332;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:14:17:15:26:14:17:15:26 chr5 150945518 . C T 252.95 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0138308;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.59;QD=15.1014;RBI=0.0158409;REFB=-0.0353665;REVB=0.00772297;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883697;STB=0.524674;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0224159;OID=.;OPOS=150945518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:38:28:29:0.432836:15:13:22:18:15:14:20:18 chr5 150945699 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0063698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.702;QD=17.0591;RBI=0.0155804;REFB=-0.0106985;REVB=0.0142189;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141292;STB=0.522171;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.015358;OID=.;OPOS=150945699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:17:16:18:18:17:16:20:18 chr5 150945862 . A G 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0173964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.456;QD=16.0333;RBI=0.0174995;REFB=-0.00471505;REVB=0.00189673;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208877;STB=0.619716;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00386424;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:11:17:8:12:11:17 chr5 150945931 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00583003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.014;QD=13.0315;RBI=0.032968;REFB=-0.0207978;REVB=-0.0324484;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056466;STB=0.532304;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.031161;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:14:13:18:24:14:13:18:24 chr5 150946132 . G A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.04015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3739;QD=20.7689;RBI=0.0736457;REFB=-0.0131874;REVB=-0.0617387;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389279;STB=0.521723;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0107331;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:18:9:9:15:18:9:9:15 chr5 150946436 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00171848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.581;QD=14.0443;RBI=0.0143343;REFB=0.000511945;REVB=-0.0142309;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212777;STB=0.621;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00096711;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:11:17:16:24:11:17:16:24 chr5 150946773 . G A 157.22 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0365357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.391;QD=15.7217;RBI=0.0369836;REFB=-0.0132845;REVB=0.00573836;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.588131;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0319473;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:10:7:13:9:10:7:13:10 chr5 150946966 . G A 2231.61 PASS AF=0.993197;AO=134;DP=136;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00202767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.1397;QD=60.724;RBI=0.015865;REFB=-0.0130585;REVB=0.0157349;RO=2;SAF=86;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109256;STB=0.502857;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00212585;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:147:2:1:134:146:0.993197:48:86:2:0:59:87:1:0 chr5 150947719 . C T 256.45 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0143144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.022;QD=22.7958;RBI=0.0188941;REFB=-0.034395;REVB=0.0123323;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144792;STB=0.595793;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0343083;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:24:24:0.533333:17:7:9:11:17:7:10:11 chr5 151043103 . G C 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00930803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.558;QD=15.8871;RBI=0.0115803;REFB=-0.0214786;REVB=-0.00688944;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107716;STB=0.558407;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0210023;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:42:33:33:0.44:17:16:15:25:17:16:16:26 chr5 151083909 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.826;QD=58.1374;RBI=0.0141164;REFB=0;REVB=0.007831;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46163e-05;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr5 151084036 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.318;QD=57.8848;RBI=0.0427784;REFB=0;REVB=0.0267283;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236454;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr5 151255217 . C T 711.67 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-2.11024e-05;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.957;QD=54.7435;RBI=0.0459003;REFB=-0.083293;REVB=0.0459003;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00100423;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:30:20:1:0:31:20:1:0 chr5 151771356 . C T 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0371047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6842;QD=13.7577;RBI=0.0372215;REFB=-0.00188331;REVB=-0.00294698;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782694;STB=0.504459;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00199628;OID=.;OPOS=151771356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:15:19:30:23:15:19:30:23 chr5 151771817 . C T 2319.72 PASS AF=0.993506;AO=154;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148903;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.305;QD=60.2525;RBI=0.0228332;REFB=-0.0899042;REVB=0.01731;RO=1;SAF=79;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630084;STB=0.503311;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-5.62363e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:154:1:1:154:153:0.993506:75:79:0:1:75:78:0:1 chr5 151771838 . T C 653.68 PASS AF=0.441718;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0101562;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.084;QD=16.0412;RBI=0.0167424;REFB=-0.0120261;REVB=0.01331;RO=90;SAF=37;SAR=35;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581562;STB=0.535309;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0125755;OID=.;OPOS=151771838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:90:91:72:72:0.441718:35:37:41:49:35:37:41:50 chr5 151771852 . G A 649.36 PASS AF=0.432927;AO=53;DP=164;FAO=71;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0247074;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.017;QD=15.8381;RBI=0.0547451;REFB=-0.00129022;REVB=-0.0488526;RO=92;SAF=17;SAR=36;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173289;STB=0.523459;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00188835;OID=.;OPOS=151771852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:92:93:53:71:0.432927:36:17:43:49:36:35:42:51 chr5 151772055 . G T 150.82 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00270022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6055;QD=12.5681;RBI=0.0691376;REFB=-0.00640079;REVB=0.0690849;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281768;STB=0.51652;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0141643;OID=.;OPOS=151772055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:12:19:10:7:12:19 chr5 151775064 . C G 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00762324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.572;QD=11.1104;RBI=0.013807;REFB=0.0142642;REVB=-0.0115117;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146839;STB=0.585088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0230555;OID=.;OPOS=151775064;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:11:13:18:26:11:13:18:26 chr5 151784183 . G A 210.04 PASS AF=0.38806;AO=24;DP=65;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0226612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.614;QD=12.5397;RBI=0.0256216;REFB=-0.0261422;REVB=0.0119556;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190359;STB=0.627023;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0418678;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:41:41:24:26:0.38806:13:11:26:15:15:11:26:15 chr5 153413390 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.441;QD=60.2045;RBI=0.0109245;REFB=0;REVB=0.0106729;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66058e-06;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:35:38:0:0 chr5 153429459 . T C 1934.29 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.183;QD=61.8974;RBI=0.033978;REFB=0;REVB=0.0219458;RO=0;SAF=46;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166746;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:77:46:0:0:79:46:0:0 chr5 153432733 . T A,C 544.3 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,34;DP=36;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408723,-0.0143831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.8294,116.495;QD=58.8428;RBI=0.0180907,0.053877;REFB=0,0;REVB=0.0176229,0.0519216;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.193574,-0.000692734;OID=.,.;OPOS=153432733,153432733;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:37:0:0:2,34:2,35:0.0540541,0.945946:1,21:1,13:0:0:1,22:1,13:0:0 chr5 153432970 . C T 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7282;QD=62.6633;RBI=0.0247998;REFB=0;REVB=0.0227856;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114906;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr5 153433115 . G A 180.01 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0448329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3991;QD=23.2273;RBI=0.0469123;REFB=0.0257211;REVB=0.013812;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336458;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0164839;OID=.;OPOS=153433115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:8:5:7:11:8:5 chr5 153783753 . C T 563.71 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0128573;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.179;QD=14.6419;RBI=0.0133746;REFB=-0.0242854;REVB=0.00368384;RO=88;SAF=27;SAR=37;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580338;STB=0.539634;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0346496;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:90:64:64:0.415584:37:27:42:46:37:27:44:46 chr5 153796484 . G A 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0636239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.384;QD=13.0142;RBI=0.0636431;REFB=-0.0216212;REVB=0.00156215;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276866;STB=0.632162;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0208353;OID=.;OPOS=153796484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:32:20:20:0.384615:7:13:11:18:7:13:14:18 chr5 154268902 . C T 1585.16 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3509;QD=64.0471;RBI=0.106481;REFB=0;REVB=0.106299;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373397;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:39:60:0:0:39:60:0:0 chr5 154271948 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.321;QD=62.6687;RBI=0.0414397;REFB=0;REVB=-0.0381773;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148793;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr5 154291409 . C T 820.94 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183272;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.428;QD=57.6099;RBI=0.0930345;REFB=0;REVB=0.0912115;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676905;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr5 154300940 . A C 1268.73 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0538112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2984;QD=60.4155;RBI=0.0732657;REFB=-0.116423;REVB=0.0497215;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00156107;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:45:38:0:0:45:38:0:1 chr5 154306972 . T C 1505.25 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4142;QD=59.6137;RBI=0.0419577;REFB=0;REVB=0.034757;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296584;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr5 154394946 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0129791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9401;QD=18.9665;RBI=0.0131245;REFB=-0.00724822;REVB=0.00194814;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563503;STB=0.531886;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00301994;OID=.;OPOS=154394946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:11:14:11:11:11:14 chr5 155511486 . T C 1007.64 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.566;QD=59.2731;RBI=0.0222238;REFB=0;REVB=0.0177228;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37311e-05;OID=.;OPOS=155511486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:23:43:0:0:24:44:0:0 chr5 155771579 . T C 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.756;QD=60.5435;RBI=0.00973249;REFB=0;REVB=0.00260911;RO=0;SAF=40;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86433e-06;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:72:40:0:0:72:40:0:0 chr5 156376703 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.73;QD=44.6898;RBI=0.0782261;REFB=0;REVB=-0.00283297;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012534;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr5 156479424 . A C 1677.11 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.295;QD=60.4365;RBI=0.0404694;REFB=0;REVB=0.0401668;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1557e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 440.82 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00288111;FXX=0.0227256;HRUN=2;LEN=3;MLLD=282.163;QD=13.6688;RBI=0.0146965;REFB=-0.00686226;REVB=-0.0144113;RO=55;SAF=29;SAR=35;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767592;STB=0.519248;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=0.00611554;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496124:64:129:64:129:65:29:35:27:38:99:55:29:35:20:35 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=41;DP=184;LEN=66;RO=143;SAF=10;SAR=76;SRF=42;SRR=56;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:184:143:41:76:10:42:56 chr5 156479509 . A G 2143.99 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.68725e-05;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.966;QD=63.0585;RBI=0.0249645;REFB=0;REVB=0.0249643;RO=0;SAF=46;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46094e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:136:0:0:133:136:1:87:46:0:0:89:47:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 1633.45 PASS AF=0.176991,0.690265,0.132743;AO=21,71,12;DP=127;FAO=20,78,15;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9,2;FSAR=12,69,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285295,0.0189923,0.00634707;FXX=0.110228;HRUN=2,1,1;LEN=15,3,5;MLLD=137.895,308.285,90.8452;QD=57.8212;RBI=0.030285,0.0306855,0.0163325;REFB=0,0,0;REVB=-0.0101612,0.0241018,-0.0150488;RO=0;SAF=8,9,2;SAR=13,62,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0211001,0.0217158,0.029922;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,-,CGTCA;OALT=-,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176991,0.690265,0.132743:21,71,12:127:20,78,15:113:0:8,9,2:12,69,13:0:0:95:0:8,9,2:13,62,10:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=50;DP=184;LEN=69;RO=134;SAF=10;SAR=76;SRF=42;SRR=56;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:184:134:50:76:10:42:56 chr5 156482459 . G T 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0984;QD=60.1993;RBI=0.0694795;REFB=0;REVB=0.0165674;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463111;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr5 156531736 . C A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.907;QD=60.8834;RBI=0.0706033;REFB=0;REVB=0.00807986;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177188;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr5 156721863 . T C,TC 1609.08 PASS AF=0,1;AO=5,106;DP=121;FAO=0,118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=0,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342301,-0.0427734;FXX=0.00840265;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=7.44998,24.3767;QD=54.5451;RBI=0.035704,0.0855482;REFB=0,0;REVB=0.0101528,0.0740874;RO=7;SAF=0,49;SAR=5,57;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.748008,-0.0128656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000595955;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:121:118:7:0:5,106:0,118:0,1:5,57:0,49:4:3:0,66:0,52:0:0 chr5 156898690 . A G 1602.83 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.54;QD=64.1131;RBI=0.0136394;REFB=0;REVB=0.0109833;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48951e-07;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:44:52:0:0:48:52:0:0 chr5 156904633 . C T 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.433;QD=62.9678;RBI=0.0263585;REFB=0;REVB=-0.0126017;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5075e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr5 157102159 . G A 59.88 PASS AF=0.2;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0074773;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.238;QD=5.32285;RBI=0.0101957;REFB=-0.0058851;REVB=0.00693124;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268792;STB=0.676082;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0263904;OID=.;OPOS=157102159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:45:36:36:9:9:0.2:6:3:20:16:6:3:20:16 chr5 157102185 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0104259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.66;QD=5.39763;RBI=0.0376982;REFB=-0.00349255;REVB=0.0362279;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271611;STB=0.666297;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0213644;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:34:35:9:9:0.204545:6:3:19:15:6:3:19:16 chr5 157164962 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7941;QD=58.5872;RBI=0.0704028;REFB=0;REVB=0.0639393;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146001;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 157183739 . G A 224.13 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0332357;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9927;QD=19.0748;RBI=0.0527208;REFB=-0.00679729;REVB=-0.0409251;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443258;STB=0.525141;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00550339;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:16:9:7:15:16:9 chr5 157183770 . C T 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00358794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6875;QD=12.2114;RBI=0.0288097;REFB=0.00955445;REVB=-0.0285854;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188234;STB=0.627703;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0272325;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:10:11:9:4:11:11 chr5 157213497 . A G 2280.23 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325999;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.417;QD=63.7827;RBI=0.0389316;REFB=0;REVB=0.0212818;RO=0;SAF=53;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51756e-05;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:90:53:0:0:90:53:0:0 chr5 157403931 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0125125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.947;QD=18.1184;RBI=0.015625;REFB=-0.00142681;REVB=0.00935842;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366622;STB=0.706494;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00121872;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:4:16:7:11:4:16 chr5 158122989 . AT A 39.56 PASS AF=0.382979;AO=13;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.129453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.72674;QD=3.36657;RBI=0.186389;REFB=-0.0342606;REVB=0.134099;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323012;STB=0.537855;STBP=0.7;TYPE=del;VARB=-0.0138702;OID=.;OPOS=158122990;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:13:47:18:47:29:11:7:16:13:39:24:10:3:12:12 chr5 158204425 . A G 1607.12 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.319;QD=64.2848;RBI=0.00477275;REFB=0;REVB=-0.00464253;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59672e-06;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:63:36:0:0:64:36:0:0 chr5 159344461 . G A 431.23 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0243062;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.162;QD=17.4233;RBI=0.0243121;REFB=-0.0116128;REVB=-0.000537411;RO=55;SAF=15;SAR=29;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151327;STB=0.508471;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0132618;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:29:15:18:37:29:15:18:37 chr5 159659273 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00362218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.792;QD=14.2414;RBI=0.00541411;REFB=-0.00544548;REVB=-0.00402397;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0146397;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:15:16:12:10:15:16 chr5 159665599 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0239112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.01;QD=17.5878;RBI=0.0438101;REFB=0.00899625;REVB=0.0367094;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239328;STB=0.63624;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00796346;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:11:17:8:14:11:17 chr5 159718987 . C T 488.09 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00135511;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.232;QD=16.8308;RBI=0.009316;REFB=-0.000723513;REVB=0.00921692;RO=63;SAF=20;SAR=33;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190555;STB=0.606259;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000951637;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:33:20:36:27:33:20:36:27 chr5 159775741 . G A 1510.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036959;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7904;QD=59.8113;RBI=0.0614501;REFB=0;REVB=0.0490932;RO=0;SAF=69;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34908e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:30:69:0:0:30:71:0:0 chr5 159776047 . A G 420.62 PASS AF=0.911765;AO=32;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0390051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.035;QD=49.4851;RBI=0.0396735;REFB=-0.2363;REVB=-0.00725156;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530593;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00432782;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:0:3:32:31:0.911765:24:8:0:0:23:8:0:3 chr5 159776637 . C T 806.59 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104166;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7037;QD=54.6843;RBI=0.104302;REFB=-0.0587965;REVB=-0.00533804;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134628;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:59:1:0:57:59:1:29:28:1:0:30:29:0:0 chr5 159835658 . A G 2271.49 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00925779;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.189;QD=60.1719;RBI=0.0202583;REFB=0.0372409;REVB=0.0180192;RO=1;SAF=81;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069433;STB=0.503649;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=3.15673e-05;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:149:150:0.993377:68:81:0:1:68:82:0:1 chr5 159912418 . C G 249.59 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0165556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9582;QD=16.3666;RBI=0.0172828;REFB=-0.00748801;REVB=0.00496072;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255639;STB=0.505297;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00927145;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:15:13:14:18:15:13:15:18 chr5 160097496 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.688;QD=58.9622;RBI=0.0462137;REFB=0;REVB=0.0038364;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277853;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr5 160097632 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.513;QD=59.4356;RBI=0.0385228;REFB=0;REVB=-0.0357394;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167515;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 161119071 . G T 1510.67 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4224;QD=63.6071;RBI=0.01232;REFB=0;REVB=-0.00255216;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65508e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr5 161128761 . C G 1157.01 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468093;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.365;QD=60.8952;RBI=0.0468114;REFB=0;REVB=0.000443363;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663774;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr5 161281245 . T C 346.05 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00562899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.681;QD=14.4187;RBI=0.0062927;REFB=-0.00160883;REVB=0.00281295;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362905;STB=0.520591;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00241143;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:21:17:24:34:21:17:24:34 chr5 161325934 . A C 305.58 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000912507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.686;QD=15.2789;RBI=0.0112424;REFB=-0.010539;REVB=-0.0112053;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666673;STB=0.5263;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0144353;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:46:34:34:0.425:20:14:21:23:20:14:21:25 chr5 161522556 . C T 344.21 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0073736;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.763;QD=16.1981;RBI=0.0131853;REFB=-0.0197764;REVB=-0.0109308;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091636;STB=0.551696;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0164836;OID=.;OPOS=161522556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:48:37:37:0.435294:24:13:21:27:24:13:21:27 chr5 161528280 . C T 452.85 PASS AF=0.55;AO=42;DP=78;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0072094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.846;QD=22.6427;RBI=0.0112412;REFB=-0.0197453;REVB=0.00862496;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287095;STB=0.501197;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0121883;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:35:36:42:44:0.55:25:17:13:22:27:17:14:22 chr5 161582469 . C G 289.5 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0036361;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4213;QD=10.7222;RBI=0.00904219;REFB=0.00624491;REVB=0.00827889;RO=67;SAF=22;SAR=15;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180716;STB=0.594543;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00786461;OID=.;OPOS=161582469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:71:37:37:0.342593:15:22:29:38:15:22:32:39 chr5 161582493 . CAT C 346.34 PASS AF=0.375;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.00164609;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.394;QD=12.3694;RBI=0.00550684;REFB=0.00370908;REVB=0.00525507;RO=68;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264658;STB=0.648312;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=-0.00541357;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:42:115:42:112:70:24:18:23:47:99:68:24:18:22:46 chr5 161904930 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.303;QD=47.8224;RBI=0.0191333;REFB=0;REVB=0.0181556;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151566;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 162210532 . A G 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.475;QD=57.1037;RBI=0.0441024;REFB=0;REVB=0.0279243;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41535e-05;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr5 162890953 . G A 1343.98 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817709;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.255;QD=62.5108;RBI=0.0216464;REFB=0;REVB=0.0200425;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66287e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr5 162902516 . T C 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.016591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.836;QD=28.7722;RBI=0.0185743;REFB=0.00659775;REVB=0.00835137;RO=18;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253852;STB=0.640347;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00513456;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:21:8:11:7:21:8:11:7 chr5 167420006 . G A 623.57 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0257828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.386;QD=23.0953;RBI=0.0266794;REFB=0.00430015;REVB=0.00685825;RO=47;SAF=23;SAR=38;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106411;STB=0.557974;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00388526;OID=.;OPOS=167420006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:38:23:12:35:38:23:12:35 chr5 167489093 . A T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000606177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.402;QD=17.8399;RBI=0.0054375;REFB=-0.0138841;REVB=-0.00540361;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190444;STB=0.609216;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0196408;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:6:8:5:9:6:8 chr5 167645888 . T C 1692.99 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.933;QD=60.4641;RBI=0.0341599;REFB=0;REVB=-0.00943931;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65978e-05;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:57:54:0:0:58:54:0:0 chr5 167674370 . C T 294.65 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0189922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.217;QD=17.5913;RBI=0.0558263;REFB=-0.0133639;REVB=0.0524964;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112903;STB=0.569789;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0167757;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:17:14:20:15:18:14:20:15 chr5 167690948 . CAAAAAAAAT CAAAAAA,CAAAAAAATT,CAAAAAAT 53.74 PASS AF=0.09375,0,0.21875;AO=4,2,5;DP=36;FAO=3,0,7;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3,0,6;FSAR=0,0,1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0892048,0.0768689,-0.0516727;FXX=0.0856898;HRUN=8,8,8;LEN=3,1,2;MLLD=16.5865,9.47627,11.4624;QD=6.71728;RBI=0.206456,0.0799997,0.172042;REFB=-0.0808099,-0.082877,-0.100551;REVB=0.18619,0.0221613,0.164099;RO=12;SAF=4,2,5;SAR=0,0,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.664388,0.532086,0.699781;STB=0.996285,0.5,0.808013;STBP=0.064,1,0.11;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0748406,0,0.0904746;OID=.,.,.;OPOS=167690955,167690956,167690949;OREF=AAT,A,AA;OALT=-,T,-;OMAPALT=CAAAAAA,CAAAAAAATT,CAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.09375,0,0.21875:4,2,5:36:3,0,7:32:22:3,0,6:0,0,1:11:11:34:12:4,2,5:0,0,0:7:5 chr5 167850748 . A G 3116.96 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.127;QD=61.722;RBI=0.0469307;REFB=0;REVB=0.0248275;RO=0;SAF=94;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33546e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:202:0:0:196:202:1:102:94:0:0:104:98:0:0 chr5 167858434 . T C 235.76 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0245992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.47;QD=19.2457;RBI=0.0281059;REFB=-0.0143113;REVB=-0.013595;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858497;STB=0.548405;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.016082;OID=.;OPOS=167858434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:9:17:13:10:9:17 chr5 167895953 . T C 1767.59 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5798;QD=60.9512;RBI=0.0162461;REFB=0;REVB=-0.0160683;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81509e-05;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:52:63:0:0:53:63:0:0 chr5 167913510 . G A 182.15 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0104501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.515;QD=16.9438;RBI=0.0254949;REFB=0.00565378;REVB=0.0232548;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133281;STB=0.575759;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0079772;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:7:17:11:8:7:17 chr5 167943827 . G A 395.15 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000117597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.141;QD=19.7576;RBI=0.00297428;REFB=-0.0097978;REVB=-0.00297195;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103544;STB=0.512588;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00874269;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:22:18:18:21:22:18:19:21 chr5 168098463 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.584;QD=57.177;RBI=0.045521;REFB=0;REVB=0.0163052;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134202;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr5 168176517 . A G 329.36 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0609199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0764;QD=18.5557;RBI=0.102614;REFB=-0.028152;REVB=-0.0825737;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179545;STB=0.593167;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0256488;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:14:21:14:21:14:21:15:21 chr5 168180081 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.325;QD=57.0008;RBI=0.0433446;REFB=0;REVB=0.0429952;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012432;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr5 168212951 . A G 407.64 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0972;QD=56.2267;RBI=0.152308;REFB=0;REVB=0.0277335;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329853;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:23:29:1:7:16:0:0:7:22:0:0 chr5 168690612 . A G 3685.94 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.51;QD=63.2779;RBI=0.0184045;REFB=0;REVB=-0.0136094;RO=0;SAF=121;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09172e-07;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:233:0:0:232:233:1:111:121:0:0:111:122:0:0 chr5 169021610 . C T 818.99 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.947;QD=57.4728;RBI=0.0847521;REFB=0;REVB=0.0832433;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457449;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:31:23:0:0:34:23:0:0 chr5 169028481 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.452;QD=62.35;RBI=0.0113748;REFB=0;REVB=0.00990395;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53852e-05;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 169031150 . T C 1757.44 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00981704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2028;QD=59.0737;RBI=0.0542855;REFB=-0.182661;REVB=0.0533905;RO=2;SAF=45;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388587;STB=0.502046;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00173042;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:119:2:2:117:117:0.983193:72:45:1:1:72:45:1:1 chr5 169129422 . A G 1049.26 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00795698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.218;QD=58.2924;RBI=0.0138494;REFB=-0.107403;REVB=0.0113354;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00032362;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:40:31:0:0:40:31:1:0 chr5 169454941 . C G 315.94 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0120771;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9119;QD=17.0777;RBI=0.0793385;REFB=0.00992907;REVB=-0.0784139;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158468;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0151509;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:34:34:0.459459:18:16:19:20:18:16:19:21 chr5 169461547 . C T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00765363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.653;QD=23.1236;RBI=0.0231383;REFB=0.00522411;REVB=-0.0218358;RO=22;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170675;STB=0.59453;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00467233;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:20:10:12:10:20:10:12:10 chr5 169504743 . T C 739.5 PASS AF=0.57377;AO=67;DP=119;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=2.02331e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.246;QD=24.246;RBI=0.00403622;REFB=-0.0109874;REVB=-0.00403622;RO=50;SAF=38;SAR=29;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215881;STB=0.51225;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00989304;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:50:52:67:70:0.57377:29:38:27:23:29:41:29:23 chr5 169510392 . G A 210.25 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0105296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.387;QD=11.8452;RBI=0.0106236;REFB=-0.00428588;REVB=-0.0014102;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506734;STB=0.513801;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00244062;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:25:26:0.366197:15:10:20:25:15:11:20:25 chr5 169533240 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00774221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.303;QD=14.6539;RBI=0.010772;REFB=-0.00127632;REVB=-0.00748953;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00070991;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:3:5:6:2:3:5 chr5 169535522 . T C 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.448;QD=60.0759;RBI=0.00990342;REFB=0;REVB=0.00297451;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12231e-05;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr5 169661994 . G C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0531068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.9;QD=17.5594;RBI=0.0545945;REFB=-0.00292248;REVB=-0.0126583;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119423;STB=0.568106;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00289213;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:12:9:10:8:12:9 chr5 169685163 . C T 350.11 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.000500674;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.17;QD=15.0586;RBI=0.000557007;REFB=-0.0154108;REVB=-0.000244095;RO=55;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034302;STB=0.508017;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0139124;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:55:55:38:38:0.408602:15:23:35:20:15:23:34:21 chr5 169715038 . A G 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0163551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5306;QD=21.0068;RBI=0.0226937;REFB=-0.0375189;REVB=0.0157326;RO=17;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438139;STB=0.750601;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0288126;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:16:3:10:7:16:3:10:7 chr5 169805956 . C G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0229331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.684;QD=13.4856;RBI=0.0264323;REFB=-0.0256248;REVB=-0.0131429;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.666221;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0187918;OID=.;OPOS=169805956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:3:8:8:1:3:8 chr5 169910062 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0107123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.628;QD=10.7923;RBI=0.0216942;REFB=-0.00300216;REVB=0.018865;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155491;STB=0.592218;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.005119;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:13:5:14:21:13:5:14:21 chr5 169910084 . G T 785.56 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.2251;QD=64.1277;RBI=0.0582501;REFB=0;REVB=-0.0374259;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117353;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr5 170239112 . C A 829.35 PASS AF=0.44335;AO=90;DP=203;FAO=90;FDP=203;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.00791052;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9751;QD=16.3419;RBI=0.0127998;REFB=-0.0141899;REVB=0.0100628;RO=113;SAF=44;SAR=46;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952329;STB=0.552873;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00802852;OID=.;OPOS=170239112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:113:113:90:90:0.44335:46:44:66:47:46:44:66:47 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TAAAC,TATAAAC 1650.68 PASS AF=0,0,0,0.869318,0,0.130682;AO=11,22,16,42,19,30;DP=174;FAO=0,0,0,153,0,23;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,71,0,0;FSAR=0,0,0,82,0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.316624,-0.519711,0.0916678,0.662806,0.322641,0.0472388;FXX=0;HRUN=1,2,5,5,5,5;LEN=2,1,2,1,2,1;MLLD=7.515,15.0821,5.66983,13.8046,12.5349,138.703;QD=37.5154;RBI=0.356415,0.520424,0.103233,0.666706,0.32752,0.0608074;REFB=0.00521799,-0.00329695,0.0218225,0.0277105,0.039327,0.0712469;REVB=-0.163649,0.0272404,-0.0474765,-0.0720077,-0.0563248,-0.0382889;RO=33;SAF=0,22,15,7,0,0;SAR=11,0,1,35,19,30;SRF=25;SRR=8;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.820116,0.795945,0.432925,-0.519769,-0.852637,-0.871495;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,del,snp;VARB=0,0,0,-0.0542526,-0.0479628,0.0514371;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,AA,A;OALT=AT,A,CA,-,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/6:90:174:176:33:0:11,22,16,42,19,30:0,0,0,153,0,23:0,0,0,0.869318,0,0.130682:11,0,1,35,19,30:0,22,15,7,0,0:25:8:0,0,0,82,0,23:0,0,0,71,0,0:0:0 chr5 170294132 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00196812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.347;QD=16.0426;RBI=0.021001;REFB=-0.0214217;REVB=-0.0209086;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431029;STB=0.524666;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0183976;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:6:20:14:5:6:20 chr5 170395512 . A T 385.17 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.00547528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.79;QD=16.5665;RBI=0.0190611;REFB=-0.00620152;REVB=0.0182578;RO=52;SAF=7;SAR=33;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195159;STB=0.614717;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00763593;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:52:40:41:0.44086:33:7:16:36:34:7:16:36 chr5 170726391 . A G 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0124495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=20.9711;RBI=0.0124495;REFB=0.00562627;REVB=-3.09967e-05;RO=44;SAF=14;SAR=32;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206583;STB=0.614694;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00379282;OID=.;OPOS=170726391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:32:14:23:21:32:14:23:21 chr5 171472417 . A G 128.86 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00886207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.3042;QD=12.5714;RBI=0.0433866;REFB=-0.0199964;REVB=-0.0424719;RO=26;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366995;STB=0.718781;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0174548;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:3:12:13:13:3:12:13:13 chr5 171533629 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.727;QD=60.547;RBI=0.0150336;REFB=0;REVB=8.62905e-05;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67506e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr5 171533656 . C T 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.632;QD=59.9953;RBI=0.0283797;REFB=0;REVB=0.0200974;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0741e-05;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr5 171636926 . C T 220.61 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00495724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.173;QD=16.0443;RBI=0.00865148;REFB=0.00638105;REVB=0.00709041;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138559;STB=0.560926;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00572294;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:8:16:16:14:9:16:16:14 chr5 171760569 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00097511;FXX=0.0555453;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.876;QD=57.1751;RBI=0.0182168;REFB=0;REVB=-0.0181907;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102574;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:25:26:0:0 chr5 171849471 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=37;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.593;QD=62.9825;RBI=0.0709057;REFB=0;REVB=-0.0632661;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237197;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:37:45:1:19:18:0:0:19:26:0:0 chr5 172196711 . G T 637.92 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628084;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.648;QD=62.236;RBI=0.0696091;REFB=0;REVB=0.0300088;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123671;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:32:8:0:0:33:8:0:0 chr5 172261462 . G A 32.34 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00278636;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.069;QD=11.7615;RBI=0.00385739;REFB=-0.0132224;REVB=0.00266752;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0226789;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr5 172294194 . G T 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.184;QD=62.6614;RBI=0.0260039;REFB=0;REVB=0.0218547;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249324;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr5 172381973 . A AGGT 211.94 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0263833;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.615;QD=10.0924;RBI=0.031068;REFB=-0.00755284;REVB=-0.0164057;RO=56;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25059;STB=0.640563;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0202572;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:27:84:27:84:57:17:10:24:33:99:56:17:10:23:33 chr5 172447762 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.399;QD=59.0185;RBI=0.0260296;REFB=0;REVB=-0.0242348;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31667e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr5 172562142 . G A 1835.37 PASS AF=0.483029;AO=182;DP=382;FAO=185;FDP=383;FR=.;FRO=198;FSAF=84;FSAR=101;FSRF=106;FSRR=92;FWDB=-0.0226973;FXX=0.0026041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0642;QD=19.1683;RBI=0.0395795;REFB=-0.000179182;REVB=-0.0324248;RO=198;SAF=82;SAR=100;SRF=106;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804598;STB=0.542055;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000111856;OID=.;OPOS=172562142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:383:198:198:182:185:0.483029:100:82:106:92:101:84:106:92 chr5 172631051 . T G 83.76 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0182995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7536;QD=10.1522;RBI=0.0625338;REFB=-0.0446905;REVB=-0.0597963;RO=21;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945707;STB=0.589985;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.081696;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:2:9:16:5:2:9:16:6 chr5 172662024 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00759738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.597;QD=15.1661;RBI=0.0172768;REFB=-0.0117178;REVB=-0.0155167;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.599863;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0135704;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:10:10:5:10:10:10 chr5 172681229 . G A 346.03 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0351571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5132;QD=19.4946;RBI=0.0451897;REFB=0.0249507;REVB=0.0283916;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113523;STB=0.563164;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0231092;OID=.;OPOS=172681229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:22:14:18:17:22:14:18:17 chr5 172750436 . G A 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.004874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8854;QD=21.4066;RBI=0.0281361;REFB=-0.00753676;REVB=0.0277108;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112874;STB=0.562461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00293899;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:15:11:18:14:15:11 chr5 173376506 . A G 1061.19 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2825;QD=58.9548;RBI=0.0126032;REFB=0;REVB=0.0105718;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53944e-05;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:41:29:0:0:41:31:0:0 chr5 174156168 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.345;QD=62.6707;RBI=0.0237411;REFB=0;REVB=0.01825;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92913e-05;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr5 174178774 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0731108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.204;QD=10.034;RBI=0.0820974;REFB=-0.0210169;REVB=0.0373468;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0207367;OID=.;OPOS=174178774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr5 174422374 . C T 547.95 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=3.70679e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.068;QD=23.5678;RBI=0.0151747;REFB=-0.00644432;REVB=-0.0151747;RO=42;SAF=30;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540544;STB=0.529704;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00685791;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:21:30:22:20:21:30:22:20 chr5 174868840 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.97;QD=58.6003;RBI=0.0168787;REFB=0;REVB=0.0159721;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18399e-05;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr5 174870150 . C T 573.15 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0153777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.004;QD=55.9172;RBI=0.0275943;REFB=0.00342296;REVB=0.0229122;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.515339;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000102435;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:29:10:0:0:29:10:1:1 chr5 174870196 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.488;QD=57.3855;RBI=0.0280758;REFB=0;REVB=-0.0112739;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02558e-05;OID=.;OPOS=174870196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr5 174937193 . C T 184.18 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.015932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.494;QD=17.9689;RBI=0.0304491;REFB=-0.0204653;REVB=-0.0259484;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484832;STB=0.50276;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0266578;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:8:14:12:7:8:14 chr5 175055271 . G A 393.96 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.109772;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.718;QD=21.8868;RBI=0.110154;REFB=-0.0129383;REVB=-0.0091619;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815447;STB=0.514699;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00929852;OID=.;OPOS=175055271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:33:32:39:40:0.555556:24:15:13:20:25:15:13:19 chr5 175307256 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0575546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7276;QD=19.1803;RBI=0.058452;REFB=-0.00723035;REVB=-0.0102034;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017866;STB=0.510188;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00242581;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:7:4:5:8:7:4 chr5 175307969 . G A 62.71 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0123972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.8;QD=8.09218;RBI=0.022367;REFB=-0.0153899;REVB=-0.0186171;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361444;STB=0.53948;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0309427;OID=.;OPOS=175307969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:4:5:11:10:4:5:11:11 chr5 175308022 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0167345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.35;QD=10.1699;RBI=0.0395556;REFB=-0.00949307;REVB=-0.0358413;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102813;STB=0.561688;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0181317;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:14:8:5:6:14:8 chr5 175309540 . T C 261.0 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00157623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4732;QD=18.9817;RBI=0.0171921;REFB=-0.0114646;REVB=0.0171197;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333177;STB=0.526297;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0113784;OID=.;OPOS=175309540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:15:12:13:14:16:12:13:14 chr5 175309601 . G A 150.35 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00774257;FXX=0.132333;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.7784;QD=10.1929;RBI=0.0232263;REFB=-0.00453411;REVB=-0.0218978;RO=30;SAF=2;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558509;STB=0.844075;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0217562;OID=.;OPOS=175309601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:59:30:40:19:19:0.322034:17:2:16:14:17:2:21:19 chr5 175530790 . A G 178.97 PASS AF=0.190476;AO=32;DP=168;FAO=32;FDP=168;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=88;FWDB=0.0311847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5682;QD=4.26114;RBI=0.0401336;REFB=0.000852417;REVB=0.0252631;RO=136;SAF=12;SAR=20;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030494;STB=0.519219;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00324122;OID=.;OPOS=175530790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:136:136:32:32:0.190476:20:12:48:88:20:12:48:88 chr5 175811094 . C CGT 660.0 PASS AF=0.910714;AO=49;DP=64;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0370375;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.089;QD=47.1429;RBI=0.0373078;REFB=-0.084304;REVB=0.00448295;RO=13;SAF=26;SAR=23;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307733;STB=0.542356;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.0062848;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910714:49:64:51:56:5:27:24:5:0:23:13:26:23:7:6 chr5 175955814 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.756;QD=37.4884;RBI=0.0535085;REFB=0;REVB=0.0484962;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143406;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr5 175956271 . A C 854.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732845;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.603;QD=57.9123;RBI=0.00767672;REFB=0;REVB=0.00228599;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50484e-06;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr5 176002144 . A C 415.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185095;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.655;QD=57.2421;RBI=0.0200628;REFB=0;REVB=-0.00774049;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25978e-05;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr5 176004476 . T C 353.47 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8184;QD=52.3666;RBI=0.0463128;REFB=0;REVB=0.0373542;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049137;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:24:27:1:6:18:0:0:8:19:0:0 chr5 176005477 . C T 754.5 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.165;QD=56.943;RBI=0.0805952;REFB=0;REVB=0.0789486;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201514;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:20:32:0:0:21:32:0:0 chr5 176011264 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.992;QD=62.021;RBI=0.026405;REFB=0;REVB=-0.014251;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74238e-05;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 176017455 . C T 976.17 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229254;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.787;QD=59.1616;RBI=0.0438235;REFB=0;REVB=0.0373487;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174145;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr5 176024880 . C T 832.76 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00646534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.761;QD=50.4704;RBI=0.0145167;REFB=-0.129082;REVB=0.0129974;RO=2;SAF=19;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471202;STB=0.55812;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000813879;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:66:2:5:61:61:0.924242:42:19:2:0:42:19:5:0 chr5 176025938 . T C 532.42 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0114238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.682;QD=54.6072;RBI=0.0384524;REFB=-0.0590176;REVB=0.0367162;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.529396;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00129977;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:36:37:0.948718:15:21:0:1:16:21:0:2 chr5 176026146 . C T 97.27 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135981;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.564;QD=38.9075;RBI=0.135983;REFB=0;REVB=0.000800442;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00908705;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:11:10:1:8:3:0:0:7:3:0:0 chr5 176069831 . G A 2084.11 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8546;QD=62.68;RBI=0.0459771;REFB=0;REVB=-0.022588;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07716e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr5 176081907 . C T 1270.22 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476401;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4655;QD=61.9622;RBI=0.0620414;REFB=0;REVB=-0.0397436;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37441e-05;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr5 176314318 . G A 187.88 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0177029;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.134;QD=14.1795;RBI=0.031876;REFB=0.00338544;REVB=0.0265082;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108098;STB=0.506189;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00544144;OID=.;OPOS=176314318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:13:18:13:9:13:18 chr5 176314459 . G A 52.28 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00551533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.029;QD=6.5356;RBI=0.0238213;REFB=-0.0124442;REVB=0.0231741;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048886;STB=0.531172;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0496803;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:13:11:4:4:13:11 chr5 176314639 . G A 188.22 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00133414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.111;QD=12.7608;RBI=0.0138677;REFB=-0.0197821;REVB=0.0138034;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441444;STB=0.756401;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0386039;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:15:7:27:9:16:7:27:9 chr5 176517170 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.572;QD=42.1826;RBI=0.0812019;REFB=0;REVB=-0.00350812;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136594;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr5 176517292 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7669;QD=62.9815;RBI=0.0934222;REFB=0;REVB=-0.0886976;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374959;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr5 176517326 . T C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0029602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.794;QD=59.0423;RBI=0.0124146;REFB=0.0372246;REVB=0.0120565;RO=1;SAF=9;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492942;STB=0.526303;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00112768;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:32:9:1:0:32:9:1:0 chr5 176517461 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.708;QD=55.0987;RBI=0.0171286;REFB=0;REVB=0.0161129;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131082;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr5 176517797 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00995967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.901;QD=60.5103;RBI=0.0119579;REFB=-0.0137661;REVB=0.00661795;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=4.54718e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:0:1 chr5 176518784 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.981;QD=60.8835;RBI=0.0229603;REFB=0;REVB=-0.00240792;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75782e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr5 176520243 . G A 517.96 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0416964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.672;QD=54.5221;RBI=0.0417107;REFB=-0.00119576;REVB=0.00109086;RO=2;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268759;STB=0.51438;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=9.20396e-05;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:26:10:1:1:26:10:1:1 chr5 176636882 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.46;QD=62.9825;RBI=0.00316491;REFB=0;REVB=-0.000299882;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21416e-06;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr5 176637149 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.62;QD=59.4357;RBI=0.0175021;REFB=0;REVB=-0.0139338;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48893e-06;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr5 176637240 . G T 734.2 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0278222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0323;QD=61.183;RBI=0.0687717;REFB=-0.118087;REVB=0.0628926;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00780935;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:0:1:28:19:0:1 chr5 176637576 . T C 268.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.895;QD=51.1536;RBI=0.0171336;REFB=0;REVB=0.0154204;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234746;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr5 176785022 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0725988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.854;QD=18.1175;RBI=0.0740948;REFB=0.0072493;REVB=0.014814;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.559813;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00323642;OID=.;OPOS=176785022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:10:10:7:11:10:10 chr5 176815124 . T C 663.73 PASS AF=0.511628;AO=65;DP=127;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.044564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.204;QD=20.5808;RBI=0.0463953;REFB=-0.00868236;REVB=-0.0129065;RO=62;SAF=27;SAR=38;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559057;STB=0.530573;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00873554;OID=.;OPOS=176815124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:62:63:65:66:0.511628:38:27:22:40:39:27:22:41 chr5 176831826 . C G 2174.01 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.511;QD=62.1147;RBI=0.020308;REFB=0.0103038;REVB=0.0136353;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=4.49355e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:0:1:138:139:0.992857:64:74:0:0:64:75:0:1 chr5 176836532 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0208183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.816;QD=14.262;RBI=0.028299;REFB=0.00033935;REVB=0.0191685;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429906;STB=0.749687;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000331306;OID=.;OPOS=176836532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:4:12:8:16:4:12:8:16 chr5 176863519 . G C 385.27 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0031733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.203;QD=12.6318;RBI=0.0134278;REFB=-0.0195767;REVB=-0.0130475;RO=75;SAF=17;SAR=29;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138519;STB=0.583357;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0392399;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:76:46:46:0.377049:29:17:37:38:29:17:38:38 chr5 176867943 . A G 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0072191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2806;QD=21.8142;RBI=0.0416465;REFB=-0.0104847;REVB=-0.041016;RO=35;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819309;STB=0.545252;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00674086;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:25:16:17:18:25:16:17:18 chr5 176885178 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5161;QD=56.1844;RBI=0.0321364;REFB=0;REVB=-0.00243412;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040227;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr5 176885499 . T C 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00647456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.454;QD=19.292;RBI=0.00649367;REFB=-0.0101147;REVB=-0.000497884;RO=61;SAF=26;SAR=34;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682803;STB=0.537665;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00957756;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:34:26:22:39:34:26:22:39 chr5 176894756 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00729493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.155;QD=12.5695;RBI=0.0216497;REFB=-0.0145486;REVB=0.0203837;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206469;STB=0.623195;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0267773;OID=.;OPOS=176894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:12:3:9:17:12:3:9:17 chr5 176917078 . T C 568.23 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302427;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.62;QD=58.2801;RBI=0.0309783;REFB=-0.168035;REVB=0.00671076;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00210617;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:17:21:0:0:17:21:0:1 chr5 176930135 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.494;QD=64.4147;RBI=0.0137725;REFB=0;REVB=0.00868047;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60492e-05;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 173.51 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0125825;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.587;QD=12.8527;RBI=0.0127197;REFB=-0.0216394;REVB=0.00186369;RO=31;SAF=2;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494723;STB=0.784783;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0317938;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:21:54:21:54:33:2:19:13:20:99:31:2:19:13:18 chr5 176936650 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4639;QD=61.3326;RBI=0.0476356;REFB=0;REVB=0.0445894;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818153;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr5 176940384 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0119884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0303;QD=14.4905;RBI=0.0120735;REFB=-0.00489274;REVB=-0.00143137;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238289;STB=0.636807;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0135644;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:9:21:9:10:9:21 chr5 176942371 . CAGAGAGAGAGAGAGAGAG CAGAGAGAGAGAGAGAGAGA,CAGAGAGAGAGAGAGAG 49.19 PASS AF=0.222222,0.222222;AO=4,4;DP=19;FAO=4,4;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4,0;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.114311,0.00522712;FXX=0.0526039;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=120.111,140.147;QD=10.9314;RBI=0.116727,0.0570978;REFB=0.011854,-0.0345623;REVB=-0.023627,-0.0568581;RO=10;SAF=4,0;SAR=0,4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.836524,0;STB=0.998567,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0424688,0.126443;OID=.,.;OPOS=176942390,176942372;OREF=-,AG;OALT=A,-;OMAPALT=CAGAGAGAGAGAGAGAGAGA,CAGAGAGAGAGAGAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.222222,0.222222:4,4:19:4,4:18:10:4,0:0,4:0:10:25:10:4,0:0,4:0:10 chr5 176951276 . A G 1117.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.991;QD=60.3927;RBI=0.0713654;REFB=0;REVB=0.0553104;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010351;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:37:30:0:0:41:33:0:0 chr5 176951760 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 42.52 PASS AF=0.111111,0.333333;AO=6,3;DP=19;FAO=2,6;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2,1;FSAR=0,5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.278037,-0.142261;FXX=0.0526039;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.7859,11.6119;QD=9.44986;RBI=0.417609,0.286621;REFB=-0.017789,-0.0933149;REVB=-0.311597,-0.248824;RO=7;SAF=2,2;SAR=4,1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0484388,0.371415;STB=0.995847,0.62453;STBP=0.095,0.527;TYPE=del,del;VARB=0.0236738,0.0615359;OID=.,.;OPOS=176951765,176951761;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.333333:6,3:19:2,6:18:10:2,1:0,5:3:7:28:7:2,2:4,1:2:5 chr5 176958397 . G A 758.27 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=146;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0045418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.939;QD=19.9544;RBI=0.0235236;REFB=-0.0239363;REVB=-0.023081;RO=69;SAF=30;SAR=47;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201296;STB=0.591426;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0235922;OID=.;OPOS=176958397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:152:69:75:77:77:0.506579:47:30:43:26:47:30:43:32 chr5 177022652 . A G 467.24 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5521;QD=56.635;RBI=0.248389;REFB=0;REVB=0.230261;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00777318;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:3:23:0:0:8:25:0:0 chr5 177023098 . A T 541.07 PASS AF=0.9;AO=18;DP=38;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00996703;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=68.7195;QD=43.2857;RBI=0.0258311;REFB=0.00752055;REVB=0.0238307;RO=2;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510627;STB=0.517133;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00217892;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:50:2:5:18:45:0.9:17:1:0:2:29:16:1:4 chr5 177031348 . T C 265.32 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0514688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6241;QD=27.2127;RBI=0.0603955;REFB=-0.0196112;REVB=-0.0316002;RO=15;SAF=17;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266706;STB=0.652038;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0411817;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:23:24:0.615385:6:17:6:9:6:18:6:9 chr5 177035964 . T C 437.88 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0277191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.251;QD=15.6387;RBI=0.0282635;REFB=-0.0159656;REVB=-0.00552077;RO=63;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685231;STB=0.503838;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0202608;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:26:23:30:33:26:23:30:33 chr5 177037280 . A T 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00312166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.172;QD=9.19062;RBI=0.00312581;REFB=0.00164768;REVB=-0.00016108;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29097;STB=0.6729;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00440504;OID=.;OPOS=177037280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:14:6:24:20:14:6:24:20 chr5 177161891 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.513;QD=35.5759;RBI=0.0270378;REFB=0;REVB=0.0261902;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390043;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr5 177180236 . G A 727.11 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.739;QD=52.881;RBI=0.0259087;REFB=-0.194609;REVB=-0.022016;RO=2;SAF=47;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196309;STB=0.510413;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000826508;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:6:47:2:0:6:47:2:0 chr5 177422876 . T C 1770.42 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.142;QD=60.0142;RBI=0.030671;REFB=-0.0874;REVB=0.0212816;RO=1;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736305;STB=0.503816;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00045026;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:64:52:0:1:65:52:0:1 chr5 177422908 . A G 1536.55 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.34;QD=63.3628;RBI=0.0138875;REFB=0;REVB=0.0102564;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96789e-05;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:58:38:0:0:59:38:0:0 chr5 177547247 . T C 1138.5 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013434;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.022;QD=60.7199;RBI=0.0134377;REFB=0;REVB=0.000311285;RO=0;SAF=7;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34277e-05;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:68:7:0:0:68:7:0:0 chr5 177550723 . T C 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0317484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.615;QD=24.028;RBI=0.0440743;REFB=-0.0141818;REVB=0.030571;RO=9;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105601;STB=0.559911;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0161763;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:1:14:8:1:1:14:8:1 chr5 177551154 . C T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00642331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8355;QD=17.9398;RBI=0.0360498;REFB=-0.00960622;REVB=0.0354729;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484832;STB=0.50276;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.013976;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:8:14:12:7:8:14 chr5 177551169 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.000996688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=13.2307;RBI=0.00109271;REFB=-0.0038579;REVB=0.000447912;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176789;STB=0.602483;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00489677;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:9:20:9:8:9:20 chr5 177551176 . T C 153.43 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0254559;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.479;QD=12.5249;RBI=0.0259707;REFB=-0.00642827;REVB=-0.00514509;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07942;STB=0.546546;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.012654;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:11:21:10:7:11:21 chr5 177612734 . T C 1911.71 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213675;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.124;QD=61.668;RBI=0.0050969;REFB=0;REVB=-0.00462738;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78344e-06;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:68:56:0:0:68:56:0:0 chr5 177612744 . A G 1840.87 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.277;QD=61.3624;RBI=0.0443182;REFB=0;REVB=-0.00892053;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91843e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:63:57:0:0:63:57:0:0 chr5 177612983 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.168;QD=62.3508;RBI=0.0191722;REFB=0;REVB=0.00350294;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011389;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr5 177613123 . T C 619.9 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0299394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3496;QD=59.0379;RBI=0.0309382;REFB=0.000685921;REVB=0.00779775;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000260501;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr5 177613168 . C T 849.45 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.805;QD=57.5897;RBI=0.0625203;REFB=0;REVB=0.043077;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57664e-05;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr5 177613296 . C T 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00971773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.141;QD=18.4969;RBI=0.00979725;REFB=-0.00335119;REVB=-0.00124573;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355953;STB=0.698652;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00321104;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:7:20:9:18:7:20 chr5 177614001 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00771848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.602;QD=11.1851;RBI=0.037193;REFB=0.00296489;REVB=-0.0363833;RO=35;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194716;STB=0.614052;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00887854;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:7:12:16:19:7:12:16:19 chr5 177614090 . G C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0193508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.305;QD=10.7151;RBI=0.0223661;REFB=-0.0159737;REVB=-0.0112156;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220646;STB=0.631917;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0523826;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:16:13:9:5:16:13 chr5 177614094 . C G 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0444663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.605;QD=10.7156;RBI=0.0553733;REFB=-0.0157233;REVB=-0.0329993;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220646;STB=0.631917;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0284685;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:16:13:9:5:16:13 chr5 177614137 . C T 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0197417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.408;QD=13.4527;RBI=0.0208643;REFB=-0.0279258;REVB=-0.00675164;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0306036;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:6:9:5:6:6:9 chr5 177614183 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0675199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.947;QD=8.81111;RBI=0.0678618;REFB=-0.0407682;REVB=-0.00680326;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.049102;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr5 177681946 . C CT 56.99 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0414931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6594;QD=8.14181;RBI=0.0416158;REFB=-0.000457469;REVB=-0.00319331;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329711;STB=0.642595;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=-0.00469061;OID=.;OPOS=177681947;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:28:10:28:18:5:5:13:5:56:16:5:5:13:3 chr5 177683377 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0201713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1193;QD=12.3946;RBI=0.0202344;REFB=-0.0299363;REVB=-0.00159695;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221375;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0454902;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:5:9:10:13:5:9:10:14 chr5 177683905 . G A 546.23 PASS AF=0.554348;AO=48;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000874171;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.343;QD=23.7491;RBI=0.00414377;REFB=-0.0145106;REVB=0.00405051;RO=41;SAF=33;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199464;STB=0.617476;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00765127;OID=.;OPOS=177683905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:48:51:0.554348:15:33:19:22:15:36:19:22 chr5 177715581 . T C 214.29 PASS AF=0.373494;AO=14;DP=68;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0211795;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.941;QD=10.3272;RBI=0.0230165;REFB=-0.0264691;REVB=0.00901036;RO=53;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23502;STB=0.566185;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.078637;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:83:53:52:14:31:0.373494:5:9:24:29:14:17:23:29 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT,T 574.97 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=36,2;DP=45;FAO=37,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602282,-0.00864842;FXX=0.0499875;HRUN=0,2;LEN=11,1;MLLD=332.763,91.1175;QD=60.5227;RBI=0.00653344,0.00994405;REFB=0,0;REVB=0.00253208,0.00490805;RO=7;SAF=19,0;SAR=17,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0568132,-0.67228;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000596125,-0.0267171;OID=.,.;OPOS=178138658,178138657;OREF=-,A;OALT=TTCATTTGTAT,T;OMAPALT=ATTCATTTGTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:38:7:0:36,2:37,1:0.973684,0.0263158:17,2:19,0:5:2:18,1:19,0:0:0 chr5 178139442 . T G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.002;QD=61.0492;RBI=0.019629;REFB=0;REVB=0.00457936;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50717e-05;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr5 178140090 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.576;QD=57.2375;RBI=0.0176578;REFB=0;REVB=-0.0114819;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14036e-05;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr5 178293253 . G A 661.65 PASS AF=0.45;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0206353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.135;QD=16.5411;RBI=0.0600412;REFB=-0.0105751;REVB=0.0563838;RO=88;SAF=38;SAR=33;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102445;STB=0.502098;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0101755;OID=.;OPOS=178293253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:88:71:72:0.45:33:38:48:40:33:39:48:40 chr5 178294059 . T C 777.39 PASS AF=0.496894;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.0123333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1241;QD=19.3139;RBI=0.0262298;REFB=0.0126797;REVB=0.0231493;RO=81;SAF=40;SAR=40;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129915;STB=0.571411;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0106791;OID=.;OPOS=178294059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:81:80:80:0.496894:40:40:52:29:40:40:52:29 chr5 178310446 . C T 124.76 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0307172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.117;QD=10.1846;RBI=0.0307172;REFB=-0.0136382;REVB=-9.83639e-06;RO=34;SAF=1;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476197;STB=0.801546;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0304016;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:14:1:10:24:14:1:10:24 chr5 178359989 . T C 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0237546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.568;QD=14.0943;RBI=0.024304;REFB=-0.017958;REVB=0.00513849;RO=61;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145974;STB=0.582694;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.029222;OID=.;OPOS=178359989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:27:15:30:31:27:15:30:31 chr5 178368465 . C CCAAA 181.78 PASS AF=0.342857;AO=21;DP=78;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0246329;FXX=0.078937;HRUN=3;LEN=4;MLLD=254.029;QD=10.3871;RBI=0.0247235;REFB=-0.00440015;REVB=0.00211425;RO=54;SAF=14;SAR=7;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205497;STB=0.571367;STBP=0.409;TYPE=ins;VARB=0.00847543;OID=.;OPOS=178368466;OREF=-;OALT=CAAA;OMAPALT=CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:21:78:24:70:46:16:8:26:20:99:54:14:7:27:27 chr5 178373452 . G A 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0234447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.648;QD=11.3457;RBI=0.0263438;REFB=-0.015775;REVB=-0.0120142;RO=39;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379347;STB=0.720519;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0341109;OID=.;OPOS=178373452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:6:16:15:24:6:16:15:24 chr5 178391902 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.822;QD=58.0611;RBI=0.0295414;REFB=0;REVB=0.0239381;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106785;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr5 178395849 . C A 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0311938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.386;QD=17.0286;RBI=0.0361824;REFB=-0.00904884;REVB=0.0183334;RO=62;SAF=33;SAR=20;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748038;STB=0.541708;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0050382;OID=.;OPOS=178395849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:20:33:34:28:20:33:34:28 chr5 178395850 . G C 583.49 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0273709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.158;QD=20.8388;RBI=0.0326039;REFB=-0.00882947;REVB=-0.0177157;RO=52;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772847;STB=0.546326;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0092183;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:53:59:59:0.526786:28:31:32:20:28:31:33:20 chr5 178395883 . C T 367.22 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0222385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5662;QD=19.0763;RBI=0.0238557;REFB=-0.00935307;REVB=0.00863394;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861327;STB=0.547977;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00974387;OID=.;OPOS=178395883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:15:23:20:19:15:23:20:19 chr5 178408835 . C T 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0175991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4842;QD=20.918;RBI=0.0213345;REFB=-0.00444502;REVB=0.0120595;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782065;STB=0.504334;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00422608;OID=.;OPOS=178408835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:20:11:9:17:20:11:9:17 chr5 178410151 . C T 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0288969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.667;QD=6.4571;RBI=0.0327016;REFB=-0.00624208;REVB=-0.015309;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469043;STB=0.529366;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0112662;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:7:6:21:21:7:6:21:21 chr5 178410213 . T C 168.16 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0221865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.16;QD=15.2875;RBI=0.0247114;REFB=-0.0137354;REVB=0.0108817;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153997;STB=0.603057;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0268282;OID=.;OPOS=178410213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:26:17:18:0.409091:11:6:12:12:12:6:13:13 chr5 178410234 . A G 165.67 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0122323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1221;QD=14.4061;RBI=0.0634896;REFB=-0.00101936;REVB=-0.0623001;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437406;STB=0.502535;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00109269;OID=.;OPOS=178410234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:11:17:11:7:11:17 chr5 178410437 . G A 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00600267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.82;QD=18.4962;RBI=0.0080383;REFB=-0.0193791;REVB=-0.00534623;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264073;STB=0.646639;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0123996;OID=.;OPOS=178410437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:6:21:13:14:6:21 chr5 178410519 . T G 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0231718;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.856;QD=14.9568;RBI=0.0232829;REFB=0.00596006;REVB=-0.00227234;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783932;STB=0.534828;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00817351;OID=.;OPOS=178410519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:16:15:12:12:0.444444:10:2:2:14:10:2:2:13 chr5 178412273 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.000226925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.481;QD=19.3861;RBI=0.00538482;REFB=-0.0045367;REVB=-0.00538004;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352518;STB=0.51998;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00542302;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:14:7:6:14:14:7 chr5 178413816 . T C 439.53 PASS AF=0.55;AO=41;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0150813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.791;QD=21.9762;RBI=0.0491496;REFB=-0.0237453;REVB=0.0467786;RO=35;SAF=29;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763518;STB=0.510046;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0224254;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:36:41:44:0.55:12:29:22:13:15:29:23:13 chr5 178413947 . T C 203.15 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00506485;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.707;QD=15.6271;RBI=0.00916792;REFB=0.000948727;REVB=-0.00764186;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160463;STB=0.602561;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00139157;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:29:21:23:0.442308:11:10:19:11:13:10:18:11 chr5 178415937 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00684336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.787;QD=15.7005;RBI=0.01431;REFB=0.0224264;REVB=0.0125676;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378213;STB=0.716706;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00678186;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:5:14:5:10:5:14 chr5 178415982 . A G 1119.57 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.535;QD=59.7106;RBI=0.0194013;REFB=0;REVB=0.0027851;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13054e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:1:0:74:75:1:34:40:0:1:35:40:0:0 chr5 178416063 . G A 449.09 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0214732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.468;QD=18.7121;RBI=0.0244886;REFB=-0.00220376;REVB=0.0117725;RO=51;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215173;STB=0.619782;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00350125;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:18:27:19:32:18:27:19:32 chr5 178416288 . G A 499.08 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0314003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.005;QD=24.0521;RBI=0.0335018;REFB=-0.0527093;REVB=0.0116785;RO=36;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356939;STB=0.519563;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0301693;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:28:19:13:23:28:19:13:23 chr5 178459283 . A G 652.7 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0131916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8046;QD=20.7208;RBI=0.0302665;REFB=-0.0293648;REVB=0.0272404;RO=61;SAF=24;SAR=41;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227016;STB=0.512496;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0239341;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:41:24:24:37:41:24:24:37 chr5 178459426 . A C 336.64 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0060489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.158;QD=17.2637;RBI=0.00704725;REFB=-0.00626429;REVB=0.00361586;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168252;STB=0.59454;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0114822;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:24:12:21:21:24:12:21:21 chr5 178507069 . T C 894.48 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000586757;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.473;QD=50.3932;RBI=0.0127829;REFB=-0.07375;REVB=0.0127694;RO=5;SAF=40;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303822;STB=0.510247;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000516455;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:71:71:5:6:65:65:0.915493:25:40:2:3:25:40:3:3 chr5 178507090 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.153;QD=57.5452;RBI=0.032557;REFB=0;REVB=0.032189;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77384e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr5 178540975 . G A 678.72 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.00325774;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.593;QD=17.7444;RBI=0.00660269;REFB=-0.0141297;REVB=-0.00574305;RO=81;SAF=40;SAR=32;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175604;STB=0.597096;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0172164;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:81:81:72:72:0.470588:32:40:30:51:32:40:30:51 chr5 178581859 . G A 201.5 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00399193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.829;QD=13.8964;RBI=0.024659;REFB=-0.00357665;REVB=0.0243338;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24987;STB=0.651036;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00809452;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:8:16:14:19:8:16:14:20 chr5 178634619 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.153;QD=61.6839;RBI=0.0711182;REFB=0;REVB=0.0554934;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659996;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr5 178634672 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0298036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.191;QD=15.7847;RBI=0.0365425;REFB=-0.0467626;REVB=-0.0211448;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149999;STB=0.543414;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0460771;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:3:10:11:6:4:10:11:6 chr5 178949560 . AG GT 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0120054;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.194;QD=8.50801;RBI=0.0357184;REFB=-0.00129155;REVB=-0.0336404;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38846;STB=0.734932;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.00161436;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:10:21:4:8:10:21 chr5 178949781 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00687945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.986;QD=8.89995;RBI=0.0116357;REFB=-0.0114259;REVB=-0.00938411;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315419;STB=0.696344;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0146266;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:10:11:0.297297:6:4:17:8:7:4:17:9 chr5 178951598 . G A 98.92 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00192925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8528;QD=14.1316;RBI=0.0253246;REFB=-0.00374534;REVB=-0.025251;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.535655;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00658658;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:6:6:8:7:6:6:9:7 chr5 178951831 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0322065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.477;QD=24.8031;RBI=0.0543697;REFB=-0.0110502;REVB=-0.0438042;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303873;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0079455;OID=.;OPOS=178951831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:7:3:1:3:7:3:1:3 chr5 179036433 . G A 1088.77 PASS AF=0.661871;AO=92;DP=139;FAO=92;FDP=139;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0267609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.547;QD=31.3314;RBI=0.0316843;REFB=-0.0108671;REVB=0.0169631;RO=47;SAF=48;SAR=44;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019797;STB=0.510663;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00598918;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:47:47:92:92:0.661871:44:48:26:21:44:48:26:21 chr5 179069468 . A G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0555587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3074;QD=5.37256;RBI=0.10896;REFB=0.00393052;REVB=-0.0937314;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246107;STB=0.657539;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0173483;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:21:9:4:4:21:9 chr5 179070437 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0112195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.106;QD=14.0792;RBI=0.0155894;REFB=0.00925706;REVB=0.0108236;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0283258;OID=.;OPOS=179070437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:10:6:6:6:10:6 chr5 179071866 . A G 407.91 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0158823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7498;QD=17.7351;RBI=0.0158837;REFB=-0.0239387;REVB=0.000204718;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745665;STB=0.541647;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0243785;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:20:22:30:20:20:22:30:20 chr5 179078940 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.163;QD=60.6103;RBI=0.0285144;REFB=0;REVB=-0.0236408;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69007e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr5 179079104 . G A 89.33 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0378851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6886;QD=15.5353;RBI=0.0382977;REFB=-0.014992;REVB=0.00560648;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0172704;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:3:9:6:5:3:9 chr5 179126090 . C T 296.72 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00497428;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.916;QD=17.9828;RBI=0.0118592;REFB=-0.017199;REVB=-0.0107656;RO=34;SAF=23;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297233;STB=0.666891;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0235838;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:9:23:14:20:9:23:14:20 chr5 179157296 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0168115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.466;QD=19.134;RBI=0.0358425;REFB=0.00259224;REVB=-0.0316553;RO=2;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00486068;OID=.;OPOS=179157296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:4:0:0:2:4:1:0:2 chr5 179193598 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000446304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.796;QD=10.6346;RBI=0.0107681;REFB=-0.0135373;REVB=0.0107588;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31536;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00595346;OID=.;OPOS=179193598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:4:9:3:5:4:9 chr5 179201847 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000683337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.71;QD=13.0881;RBI=0.00967138;REFB=-0.00248527;REVB=-0.00964721;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2731;STB=0.677753;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00873785;OID=.;OPOS=179201847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:27:16:16:0.372093:10:6:16:9:10:6:18:9 chr5 179201919 . AT A 93.52 PASS AF=0.552632;AO=15;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.100084;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3882;QD=9.8443;RBI=0.109035;REFB=-0.107572;REVB=-0.0432657;RO=21;SAF=1;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670617;STB=0.593127;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.146006;OID=.;OPOS=179201920;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552632:15:39:21:38:17:6:15:8:9:74:21:1:14:13:8 chr5 179203933 . A G 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.936;QD=60.3727;RBI=0.0492636;REFB=0;REVB=0.0397333;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232836;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr5 179218842 . G A 525.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00489701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.979;QD=21.6742;RBI=0.00525455;REFB=-0.00819835;REVB=-0.00190513;RO=47;SAF=17;SAR=33;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193666;STB=0.607145;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0108253;OID=.;OPOS=179218842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:33:17:26:21:33:17:26:21 chr5 179267949 . T C 348.18 PASS AF=0.4;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00111394;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.688;QD=14.6601;RBI=0.0487427;REFB=-0.0197235;REVB=-0.04873;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19217;STB=0.614651;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0238543;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:58:57:38:38:0.4:18:20:20:38:18:20:19:38 chr5 179285752 . G A 592.88 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0289298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.825;QD=18.972;RBI=0.0930294;REFB=-0.0366984;REVB=0.0884168;RO=63;SAF=31;SAR=30;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.568041;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0274131;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:64:61:61:0.488:30:31:24:39:30:31:24:40 chr5 179290845 . T G 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00817095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.294;QD=21.5795;RBI=0.00905538;REFB=-0.0168079;REVB=-0.00390327;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119473;STB=0.565916;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0155218;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:25:21:25:17:25:21:25:17 chr5 179529124 . G A 770.06 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000134787;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.038;QD=64.1715;RBI=0.00100248;REFB=0;REVB=0.000993382;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93706e-05;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr5 179563435 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.226;QD=57.7116;RBI=0.0430447;REFB=0;REVB=0.0128711;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328981;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr5 179727681 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0107891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.43;QD=20.0307;RBI=0.0137582;REFB=0.00221369;REVB=0.00853724;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327183;STB=0.684059;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00235218;OID=.;OPOS=179727681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:18:8:16:8:18:8 chr5 179729519 . A G 905.94 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9169;QD=56.621;RBI=0.0739989;REFB=0.0129565;REVB=0.0701672;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192676;STB=0.510201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00117172;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:39:24:1:0:39:24:1:0 chr5 179734200 . A G 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.000783344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.094;QD=25.6495;RBI=0.0175352;REFB=-0.00247235;REVB=-0.0175177;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822524;STB=0.554413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00116991;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:10:15:12:5:10:15:13:5 chr5 179757720 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00288406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4519;QD=16.504;RBI=0.0397397;REFB=0.00206425;REVB=-0.039635;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293342;STB=0.664757;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00305702;OID=.;OPOS=179757720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:21:9:16:10:21:9 chr5 179996111 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.172;QD=57.1774;RBI=0.0223515;REFB=0;REVB=0.0196381;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17952e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr5 180041166 . AG A 40.63 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.200731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2109;QD=7.73925;RBI=0.223052;REFB=-0.0992188;REVB=0.0972605;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.536585;SSSB=-0.396358;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=del;VARB=0.108997;OID=.;OPOS=180041167;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:7:21:9:21:12:2:7:5:7:40:11:1:6:5:6 chr5 180046344 . G C 2389.65 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9133;QD=64.1517;RBI=0.0217146;REFB=0;REVB=0.0186554;RO=0;SAF=64;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37703e-05;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:85:64:0:0:85:64:0:0 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG 215.56 PASS AF=1;AO=11;DP=38;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156624;FXX=0.46412;HRUN=0;LEN=22;MLLD=589.857;QD=57.4832;RBI=0.0316501;REFB=0;REVB=0.0275031;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472042;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.13934e-05;OID=.;OPOS=180046427;OREF=-;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:38:15:15:0:1:14:0:0:3:21:1:10:8:13 chr5 180046492 . CAG C 641.02 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159754;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.793;QD=61.0499;RBI=0.0436159;REFB=0;REVB=0.0405849;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.04103e-05;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:42:42:42:0:23:19:0:0:4:0:22:15:0:0 chr5 180046636 . G C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.0698037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3164;QD=16.6319;RBI=0.0771221;REFB=0.0217311;REVB=0.0327913;RO=41;SAF=1;SAR=33;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537482;STB=0.817904;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0241993;OID=.;OPOS=180046636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:33:1:8:33:33:1:8:33 chr5 180057067 . C A 207.59 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00945494;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.168;QD=16.2818;RBI=0.0148224;REFB=-0.0282297;REVB=-0.0114153;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33585;STB=0.682315;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0299507;OID=.;OPOS=180057067;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:28:23:23:0.45098:17:6:17:12:17:6:16:12 chr5 180120149 . T C 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=8.93089e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.364;QD=16.5039;RBI=0.0290254;REFB=-0.028186;REVB=-0.0290253;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163721;STB=0.59274;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0163955;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:18:8:14:16:18:8:14:16 chr5 180120192 . G T 366.21 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.020926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.547;QD=29.2971;RBI=0.0224117;REFB=-0.0191736;REVB=0.00802408;RO=19;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167371;STB=0.584363;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0187668;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:19:30:31:0.62:15:15:5:14:16:15:5:14 chr5 180166141 . C T 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0190924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.544;QD=16.8249;RBI=0.0193175;REFB=-0.012034;REVB=0.00293992;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891061;STB=0.541137;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0150756;OID=.;OPOS=180166141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:9:12:13:14:9:12:14:14 chr5 180166461 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.555;QD=55.0986;RBI=0.0134392;REFB=0;REVB=-0.00819094;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1792e-05;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 180218668 . A G 1606.38 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.617;QD=64.2552;RBI=0.0550971;REFB=0;REVB=0.0439502;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0408e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:44:54:0:0:44:56:0:0 chr5 180276402 . C T 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3549;QD=58.9585;RBI=0.0377288;REFB=0;REVB=-0.0197755;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558518;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr5 180277343 . T C 286.14 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.013486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.174;QD=20.4387;RBI=0.0183732;REFB=-0.0214214;REVB=-0.012478;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069281;STB=0.538436;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0193153;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:10:16:16:14:10:16 chr5 180278393 . C G 556.29 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.651;QD=60.1391;RBI=0.0643728;REFB=0;REVB=-0.00791151;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041161;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:13:24:0:0 chr5 180329359 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7067;QD=60.9783;RBI=0.106448;REFB=0;REVB=0.106417;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152469;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr5 180336849 . C T 1320.17 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.559;QD=62.1255;RBI=0.0138726;REFB=0;REVB=-0.0123733;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4831e-05;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr5 180338368 . A G 1044.09 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.901;QD=59.6622;RBI=0.0396138;REFB=0;REVB=0.00374814;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57385e-05;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr5 180374534 . G A 1457.49 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8108;QD=62.0208;RBI=0.0194007;REFB=-0.0345738;REVB=-0.0104749;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104194;STB=0.505493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000363134;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:45:48:0:1:45:48:0:1 chr5 180430869 . G A 458.97 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00101877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.698;QD=18.5444;RBI=0.00191102;REFB=0.00458133;REVB=-0.00161682;RO=52;SAF=30;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204538;STB=0.619337;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00974863;OID=.;OPOS=180430869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:16:30:23:29:16:30:23:30 chr5 180432416 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.619;QD=56.7066;RBI=0.0254985;REFB=0;REVB=0.0251232;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89768e-05;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr5 180472498 . C T 464.74 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.188;QD=58.0921;RBI=0.0562107;REFB=0;REVB=-0.0375236;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54971e-05;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr5 180472513 . A G 651.75 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.601;QD=62.0713;RBI=0.0455128;REFB=0;REVB=-0.017595;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52069e-05;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:28:14:0:0 chr5 180480932 . CA C 370.51 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0270842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.891;QD=17.2329;RBI=0.0271472;REFB=-0.00878175;REVB=0.00184847;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602944;STB=0.533754;STBP=0.572;TYPE=del;VARB=0.00978836;OID=.;OPOS=180480933;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453488:39:86:39:86:47:20:19:27:20:99:47:20:19:27:20 chr5 180482899 . C T 382.88 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.044;QD=54.6972;RBI=0.0185376;REFB=0;REVB=-0.0184974;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331479;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:7:21:0:0 chr5 180486247 . G T 183.75 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00433884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.1;QD=11.855;RBI=0.00511367;REFB=-0.023037;REVB=0.00270631;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234563;STB=0.505613;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.018449;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:12:11:19:19:12:11:19:20 chr5 180582256 . TTGTC T 243.89 PASS AF=0.383929;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00605152;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=293.056;QD=8.71041;RBI=0.00641203;REFB=-0.0166785;REVB=0.00211971;RO=60;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994649;STB=0.524115;STBP=0.706;TYPE=del;VARB=0.0234323;OID=.;OPOS=180582257;OREF=TGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383929:42:109:43:112:69:22:21:38:31:99:60:22:20:32:28 chr5 180582604 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9459;QD=61.3353;RBI=0.0344349;REFB=0;REVB=0.0319407;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223645;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr5 180596597 . A G 2217.78 PASS AF=0.944444;AO=153;DP=162;FAO=153;FDP=162;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0605119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2234;QD=54.7599;RBI=0.0667235;REFB=-0.0504755;REVB=0.0281129;RO=9;SAF=65;SAR=88;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259841;STB=0.513687;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0025392;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:162:162:9:9:153:153:0.944444:88:65:6:3:88:65:6:3 chr5 180600638 . T C 972.76 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.273;QD=58.9551;RBI=0.0890993;REFB=0;REVB=0.0890914;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025483;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr5 180600645 . T C 280.18 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00184033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6965;QD=16.727;RBI=0.0249797;REFB=-0.0157456;REVB=0.0249118;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267299;STB=0.643822;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0208075;OID=.;OPOS=180600645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:10:21:14:21:10:21:15:21 chr5 180601077 . A G 502.08 PASS AF=0.76;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0291975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.017;QD=40.1666;RBI=0.0601059;REFB=-0.0214451;REVB=0.0525379;RO=12;SAF=25;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433417;STB=0.502341;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0066196;OID=.;OPOS=180601077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:12:12:38:38:0.76:13:25:8:4:13:25:8:4 chr5 180615403 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00380614;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=179.423;QD=13.9591;RBI=0.00445921;REFB=-0.00277252;REVB=-0.00232332;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00573571;OID=.;OPOS=180615403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr5 180615933 . T C 238.89 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00443732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.761;QD=11.7969;RBI=0.00575005;REFB=-0.00458856;REVB=-0.00365695;RO=52;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197956;STB=0.613328;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00841394;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:15:14:16:36:15:14:16:36 chr5 180615938 . G A 214.27 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.00578457;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.074;QD=10.4522;RBI=0.00586116;REFB=-0.0097248;REVB=-0.000944376;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21614;STB=0.629135;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0202082;OID=.;OPOS=180615938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:14:13:16:38:14:13:16:39 chr5 180618713 . A AC 1026.11 PASS AF=1;AO=89;DP=100;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160875;FXX=0.0303;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.618;QD=42.7545;RBI=0.169937;REFB=0;REVB=-0.0547517;RO=9;SAF=58;SAR=31;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00618489;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:100:96:96:0:64:32:0:0:17:9:58:31:8:1 chr5 180622615 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.000561267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.356;QD=10.6681;RBI=0.0222583;REFB=-0.00720385;REVB=0.0222513;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334551;STB=0.698267;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0121626;OID=.;OPOS=180622615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:13:5:6:4:13:5 chr5 180626927 . A G 524.33 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0141705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.739;QD=17.3333;RBI=0.0146528;REFB=-0.00990827;REVB=-0.00372818;RO=63;SAF=28;SAR=28;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113624;STB=0.570223;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0145041;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:65:56:56:0.46281:28:28:39:24:28:28:41:24 chr5 180630512 . G C 180.52 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0228089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2765;QD=16.046;RBI=0.0242165;REFB=0.000776748;REVB=0.00813582;RO=26;SAF=15;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132603;STB=0.576836;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00158656;OID=.;OPOS=180630512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:4:15:18:8:4:15:18:8 chr5 180634747 . C T 806.3 PASS AF=0.562963;AO=72;DP=131;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00539428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.514;QD=23.8904;RBI=0.118565;REFB=-0.0129633;REVB=0.118442;RO=58;SAF=45;SAR=27;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913386;STB=0.535949;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00694858;OID=.;OPOS=180634747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:58:59:72:76:0.562963:27:45:30:28:30:46:31:28 chr5 180645350 . G C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.432;QD=58.9617;RBI=0.0229185;REFB=0;REVB=-0.00268859;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58018e-05;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr5 180645353 . A G 348.82 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00305363;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.149;QD=21.8015;RBI=0.012934;REFB=0.00523265;REVB=0.0125683;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774939;STB=0.542833;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00315164;OID=.;OPOS=180645353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:29:35:35:0.546875:19:16:16:13:19:16:16:13 chr5 180649052 . G A 577.33 PASS AF=0.48;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0788405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.286;QD=18.4744;RBI=0.0791526;REFB=-0.0150286;REVB=0.00702188;RO=63;SAF=30;SAR=30;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220388;STB=0.503999;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0157305;OID=.;OPOS=180649052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:65:60:60:0.48:30:30:30:33:30:30:32:33 chr5 180659796 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0196063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.777;QD=12.482;RBI=0.0197693;REFB=-0.0227393;REVB=-0.00253333;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851185;STB=0.54992;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0142678;OID=.;OPOS=180659796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:5:14:8:4:5:14 chr5 180660447 . G C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0101592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8152;QD=17.3214;RBI=0.0101729;REFB=0.000453905;REVB=-0.000527629;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206841;STB=0.617508;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-8.02988e-05;OID=.;OPOS=180660447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:13:5:8:8:13:5 chr5 180664200 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0120554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.864;QD=11.1313;RBI=0.012135;REFB=-0.00952334;REVB=0.00138812;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129954;STB=0.578349;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0152542;OID=.;OPOS=180664200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:10:7:3:7:10:7 chr5 180670858 . G C 112.12 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0134233;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2682;QD=9.15233;RBI=0.0598921;REFB=-0.00696499;REVB=-0.0583684;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311971;STB=0.688127;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0162178;OID=.;OPOS=180670858;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:5:9:13:22:5:9:13:22 chr5 180687212 . C T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0112078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.313;QD=19.8665;RBI=0.0209996;REFB=-0.0112359;REVB=0.0177586;RO=45;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173551;STB=0.596287;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0134813;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:26:18:27:18:26:18:27:18 chr5 180687428 . CTCT C 565.84 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438669;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.618;QD=61.1713;RBI=0.0188596;REFB=0;REVB=-0.0183424;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.2495e-05;OID=.;OPOS=180687429;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:40:37:37:0:24:13:0:0:4:0:24:12:0:0 chr6 203878 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.070166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.617;QD=15.626;RBI=0.0714896;REFB=0.00661642;REVB=-0.0136929;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157432;STB=0.603799;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0114935;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:13:6:12:14:13:6:13:14 chr6 203909 . A G 165.86 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00160933;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.227;QD=14.1157;RBI=0.0177556;REFB=-0.00210986;REVB=0.0176826;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107325;STB=0.575671;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00387213;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:29:18:18:0.382979:12:6:12:16:12:6:13:16 chr6 204072 . G T 223.49 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.000999699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.867;QD=11.3157;RBI=0.00742742;REFB=-0.00332661;REVB=-0.00735983;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944673;STB=0.540117;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00418336;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:51:27:28:0.35443:11:16:26:25:12:16:26:25 chr6 335175 . A T 477.73 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.547;QD=57.9066;RBI=0.034204;REFB=0;REVB=0.0125919;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46141e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:16:13:0:0:18:15:0:0 chr6 348906 . G A 132.06 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00617118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.942;QD=14.6734;RBI=0.00619335;REFB=-0.0173709;REVB=0.000523618;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152343;STB=0.58812;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0169743;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:13:8:8:7:13:8 chr6 350829 . G A 412.88 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0114862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.192;QD=21.4484;RBI=0.0135079;REFB=-0.00546677;REVB=-0.00710847;RO=36;SAF=14;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158109;STB=0.591195;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00508467;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:40:41:0.532468:26:14:19:17:27:14:19:17 chr6 350940 . T TA 136.56 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.060955;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.9774;QD=7.58664;RBI=0.0633769;REFB=-0.00343753;REVB=0.017353;RO=49;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410294;STB=0.520909;STBP=0.792;TYPE=ins;VARB=0.00423732;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:26:76:26:72:46:11:15:18:28:99:49:11:15:19:30 chr6 408012 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0237403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.608;QD=14.1875;RBI=0.0238055;REFB=0.00744668;REVB=-0.00176124;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118944;STB=0.574713;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00852167;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:12:19:22:22:12:19:22:23 chr6 408079 . C T 568.9 PASS AF=0.42069;AO=60;DP=144;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0187271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.216;QD=15.6938;RBI=0.0244319;REFB=-0.0160653;REVB=-0.0156913;RO=84;SAF=29;SAR=31;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198331;STB=0.515949;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0218531;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:84:84:60:61:0.42069:31:29:39:45:31:30:39:45 chr6 564145 . A G 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0155557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8558;QD=17.534;RBI=0.0155601;REFB=0.0108952;REVB=0.00036776;RO=16;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164937;STB=0.509421;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0127091;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:13:2:2:14:13:2:2:14 chr6 656143 . C A 318.82 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0409947;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7976;QD=17.7119;RBI=0.0411033;REFB=0.0022167;REVB=-0.00298584;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16594;STB=0.597404;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00259173;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:19:15:10:27:19:15:10:28 chr6 656343 . T C 417.23 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0613132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0196;QD=17.2053;RBI=0.0634035;REFB=-0.0229564;REVB=-0.0161458;RO=54;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112258;STB=0.563029;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0117246;OID=.;OPOS=656343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:27:16:26:28:27:16:26:28 chr6 656810 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0272423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.741;QD=14.5587;RBI=0.0326858;REFB=-0.0162033;REVB=0.0180616;RO=32;SAF=6;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269715;STB=0.683608;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0212519;OID=.;OPOS=656810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:35:26:26:0.42623:20:6:15:17:20:6:18:17 chr6 1395043 . T C 2301.18 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.465;QD=63.4807;RBI=0.0232114;REFB=0;REVB=0.011812;RO=0;SAF=87;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33588e-05;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:144:145:1:57:87:0:0:57:88:0:0 chr6 1507626 . G A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00401548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.529;QD=14.3918;RBI=0.00408256;REFB=-0.0196797;REVB=0.000737032;RO=54;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117109;STB=0.566466;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0214049;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:16:20:24:30:16:20:24:30 chr6 1507808 . G T 752.32 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0120433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.248;QD=19.6685;RBI=0.0150619;REFB=0.00315145;REVB=0.00904547;RO=76;SAF=34;SAR=43;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411975;STB=0.522679;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00295848;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:76:77:77:0.503268:43:34:37:39:43:34:37:39 chr6 1523145 . C G 862.98 PASS AF=0.888889;AO=64;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0182751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6431;QD=47.9433;RBI=0.0515035;REFB=0.00638088;REVB=-0.0481521;RO=1;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192711;STB=0.571406;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00228823;OID=.;OPOS=1523145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:1:8:64:64:0.888889:24:40:0:1:24:40:0:8 chr6 1596910 . A G 192.59 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=0.0116401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.876;QD=14.266;RBI=0.0198333;REFB=-0.00598657;REVB=0.0160583;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527522;STB=0.772818;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0186809;OID=.;OPOS=1596910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:27:16:17:0.314815:9:7:23:1:10:7:24:3 chr6 2623820 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0691501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7025;QD=20.2682;RBI=0.0821665;REFB=-0.00977394;REVB=0.0443802;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842361;STB=0.547466;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0126097;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:9:12:10:11:9:12 chr6 2664375 . C A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0285957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.908;QD=11.1312;RBI=0.0333547;REFB=-0.0108513;REVB=-0.0171704;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.581924;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00653898;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:9:8:6:4:9:8 chr6 2667031 . A G 574.2 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.033;QD=60.4417;RBI=0.0887187;REFB=0;REVB=0.0886918;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312757;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:15:21:0:0:16:22:0:0 chr6 2668071 . G C 262.11 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0155088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.898;QD=25.572;RBI=0.022051;REFB=0.0245112;REVB=-0.0156756;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128583;STB=0.571369;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0100622;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:10:14:7:10:10:14:7:10 chr6 2679676 . G A 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0248823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.931;QD=23.8319;RBI=0.032861;REFB=-0.0238995;REVB=0.0214644;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537377;STB=0.529552;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0136399;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:25:13:11:16:25:13:11:16 chr6 2955802 . T C 697.7 PASS AF=0.5;AO=68;DP=137;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.01255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.893;QD=20.2233;RBI=0.0143166;REFB=-0.002897;REVB=-0.00688944;RO=68;SAF=30;SAR=38;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682946;STB=0.544313;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00222867;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:68:69:68:69:0.5:38:30:25:43:38:31:25:44 chr6 2959513 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0359482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7966;QD=21.7377;RBI=0.0444578;REFB=-0.0307185;REVB=-0.0261577;RO=34;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282679;STB=0.515596;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.02771;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:21:19:15:19:21:19:15:19 chr6 2994218 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.000780488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.414;QD=27.2217;RBI=0.0908796;REFB=0.00295562;REVB=0.0908763;RO=15;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440887;STB=0.741751;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000187233;OID=.;OPOS=2994218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:8:16:0:15:8:16:0:15 chr6 3077141 . T C 1870.23 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00470971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.671;QD=57.9915;RBI=0.0648999;REFB=0.0378777;REVB=-0.0647287;RO=4;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338968;STB=0.517854;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000888212;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:129:4:4:125:125:0.968992:54:71:0:4:54:71:0:4 chr6 3255327 . G A 341.5 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0121236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8466;QD=13.3921;RBI=0.0146312;REFB=-0.00572448;REVB=0.00819087;RO=61;SAF=23;SAR=17;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191169;STB=0.506503;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00530441;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:17:23:34:27:17:23:35:27 chr6 3255340 . A C 379.0 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0136368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.521;QD=14.1682;RBI=0.0190772;REFB=0.000512159;REVB=-0.0133407;RO=63;SAF=25;SAR=18;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107372;STB=0.511806;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.000701351;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:63:43:44:0.411215:18:25:36:27:18:26:36:27 chr6 3264487 . T C 537.69 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0138965;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.56;QD=17.4859;RBI=0.0139654;REFB=-0.0119143;REVB=0.0013854;RO=64;SAF=23;SAR=34;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636;STB=0.536359;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00917675;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:66:57:57:0.463415:34:23:30:34:34:23:31:35 chr6 3264502 . G C 516.18 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00431472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.26;QD=17.6471;RBI=0.00945211;REFB=-0.0034685;REVB=0.00840985;RO=62;SAF=22;SAR=32;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435512;STB=0.518089;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00477294;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:62:54:55:0.470085:32:22:28:34:32:23:28:34 chr6 3273457 . A G 342.09 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0140179;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.288;QD=18.0046;RBI=0.0161743;REFB=0.00756625;REVB=0.00806884;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073115;STB=0.540853;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00951181;OID=.;OPOS=3273457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:19:17:22:18:19:17:22:18 chr6 3285286 . A G 378.51 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0424946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1457;QD=16.4568;RBI=0.0871932;REFB=-0.0218319;REVB=-0.0761371;RO=52;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037311;STB=0.520984;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0304586;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:23:17:24:28:23:17:24:28 chr6 3287118 . T C 287.27 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3693;QD=52.2314;RBI=0.0149004;REFB=0;REVB=0.000933263;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75804e-05;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr6 3438738 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00160138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.964;QD=16.0289;RBI=0.00799621;REFB=-0.0112537;REVB=-0.00783421;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16114;STB=0.591168;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0166229;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:17:13:15:10:17:13 chr6 3439595 . G GA 102.58 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0319609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9465;QD=11.0901;RBI=0.0395445;REFB=0.049814;REVB=0.0232866;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910968;STB=0.567485;STBP=0.481;TYPE=ins;VARB=-0.0627237;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:16:38:16:37:21:8:8:8:13:99:22:8:8:9:13 chr6 3727811 . C G 1549.13 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.805;QD=63.8815;RBI=0.0388143;REFB=0;REVB=0.0381977;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119896;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr6 3851193 . C G 409.14 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00326968;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.667;QD=20.2042;RBI=0.0247922;REFB=-0.00525408;REVB=0.0245756;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775422;STB=0.542974;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00591965;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:21:20:23:17:21:20:23:17 chr6 3851545 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0235156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.42;QD=16.3856;RBI=0.0268081;REFB=-0.0108907;REVB=-0.0128721;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0217169;OID=.;OPOS=3851545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:5:3:3:6:5:3 chr6 4031998 . A G 50.11 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.234;QD=33.4036;RBI=0.0919032;REFB=0;REVB=0.0624819;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148829;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:2:4:0:0 chr6 4057380 . C T 619.01 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00762676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.929;QD=20.9832;RBI=0.00888245;REFB=-0.00168932;REVB=0.00455309;RO=56;SAF=35;SAR=27;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868685;STB=0.54776;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.001957;OID=.;OPOS=4057380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:27:35:26:30:27:35:26:30 chr6 4060694 . G A 407.66 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.000745797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.342;QD=15.3835;RBI=0.048373;REFB=-0.0293159;REVB=-0.0483673;RO=60;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387366;STB=0.52173;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0329766;OID=.;OPOS=4060694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:24:22:31:29:24:22:31:29 chr6 4069166 . C T 657.71 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0309536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1935;QD=59.7921;RBI=0.0360645;REFB=-0.0687678;REVB=-0.0185073;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170778;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00146367;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:0:1:27:16:0:1 chr6 4074612 . A C 3345.08 PASS AF=0.977679;AO=214;DP=219;FAO=219;FDP=224;FR=.;FRO=5;FSAF=86;FSAR=133;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0155419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.232;QD=59.7335;RBI=0.0155599;REFB=-0.0655308;REVB=0.00074986;RO=0;SAF=81;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509491;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000122089;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:219:224:0:5:214:219:0.977679:133:81:0:0:133:86:4:1 chr6 4428223 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375429;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=350.64;QD=49.5992;RBI=0.00536174;REFB=0;REVB=-0.00382799;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01936e-05;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr6 4716016 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.089;QD=42.1821;RBI=0.0182586;REFB=0;REVB=-0.00118987;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175456;OID=.;OPOS=4716016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 4716037 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2516;QD=43.4861;RBI=0.0440891;REFB=0;REVB=0.0439631;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233155;OID=.;OPOS=4716037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 4735035 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9069;QD=57.1051;RBI=0.0189116;REFB=0;REVB=0.0157067;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278165;OID=.;OPOS=4735035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr6 4735071 . C G 708.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.774;QD=62.935;RBI=0.0254958;REFB=0;REVB=0.00139764;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35156e-05;OID=.;OPOS=4735071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr6 5086211 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.367;QD=45.8068;RBI=0.0881714;REFB=0;REVB=0.0696502;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881561;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 5086558 . C A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.012;QD=61.3754;RBI=0.0504102;REFB=0;REVB=0.045314;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130334;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr6 5139012 . C A 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.09;QD=44.6808;RBI=0.0413852;REFB=0;REVB=-0.0248368;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00325618;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 5260936 . A C 771.92 PASS AF=0.465517;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0117444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.537;QD=17.7453;RBI=0.0117445;REFB=-0.025374;REVB=4.99574e-05;RO=93;SAF=41;SAR=40;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019994;STB=0.511071;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0289572;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:93:81:81:0.465517:40:41:49:44:40:41:49:44 chr6 5431340 . A G 381.7 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00168024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.833;QD=17.1552;RBI=0.00287106;REFB=-0.00912026;REVB=-0.00232804;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622472;STB=0.53484;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0103765;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:18:22:30:19:18:22:30:19 chr6 6003985 . C T 687.7 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0019136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.883;QD=20.5284;RBI=0.0106715;REFB=-0.0269922;REVB=0.0104986;RO=66;SAF=37;SAR=31;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070037;STB=0.538519;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0235983;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:31:37:41:25:31:37:41:25 chr6 6174866 . G A 525.03 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00596873;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.464;QD=21.2132;RBI=0.0147378;REFB=-0.00886673;REVB=0.0134751;RO=49;SAF=13;SAR=37;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334835;STB=0.685993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0143494;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:37:13:30:19:37:13:30:19 chr6 6320808 . T G 2511.06 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8863;QD=60.8743;RBI=0.0994451;REFB=0;REVB=-0.0977745;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399001;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:163:165:1:87:76:0:0:88:77:0:0 chr6 6321128 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.545;QD=11.9197;RBI=0.00727716;REFB=-0.00266734;REVB=0.00727716;RO=9;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198312;OID=.;OPOS=6321128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:7:0:0:9:7:0:0:9 chr6 6938928 . C T 689.34 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9891;QD=62.667;RBI=0.0132535;REFB=0;REVB=-8.87584e-05;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131429;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:17:27:0:0 chr6 7211818 . G A 275.18 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0073283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.293;QD=13.1036;RBI=0.0152095;REFB=-0.0165523;REVB=-0.0133276;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11663;STB=0.566625;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0261799;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:17:15:30:22:17:15:30:22 chr6 7229346 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00808263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.778;QD=17.0591;RBI=0.00879705;REFB=0.000624689;REVB=-0.00347262;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103198;STB=0.557942;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000781586;OID=.;OPOS=7229346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:19:19:20:13:19:19 chr6 7230680 . G T 255.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468208;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.77;QD=51.1604;RBI=0.00576612;REFB=0;REVB=-0.00336545;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54081e-05;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr6 7231770 . A G 74.23 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0175771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1838;QD=10.2382;RBI=0.0447715;REFB=-0.0152836;REVB=0.0411769;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062215;STB=0.559872;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0334049;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:7:2:5:14:8:2:5:14 chr6 7231843 . G A 264.63 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.023631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5333;QD=27.1418;RBI=0.0434196;REFB=-0.00236766;REVB=0.0364257;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311855;STB=0.517227;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00178379;OID=.;OPOS=7231843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:15:9:5:10:15:9:5:10 chr6 7246998 . G A 228.38 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0180391;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.075;QD=10.6224;RBI=0.0181757;REFB=-0.0260414;REVB=-0.00222377;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.524109;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0595439;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:37:58:28:28:0.325581:13:15:19:18:13:15:29:29 chr6 7247248 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00177757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.964;QD=16.1724;RBI=0.00597405;REFB=-0.0257337;REVB=-0.00570347;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249699;STB=0.642687;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0314697;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:6:14:7:9:6:14 chr6 7251037 . C T 437.29 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0138103;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.837;QD=18.412;RBI=0.0345391;REFB=0.00329072;REVB=-0.0316579;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532785;STB=0.529737;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00423603;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:51:51:44:44:0.463158:20:24:25:26:20:24:25:26 chr6 7288544 . A C 202.58 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00870587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3789;QD=21.3242;RBI=0.0545688;REFB=-0.0193091;REVB=0.0538699;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132178;STB=0.574393;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0185922;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:8:10:8:12:8:10 chr6 7289957 . CCA C 265.81 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.01275;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.469;QD=19.3318;RBI=0.0132647;REFB=-0.0175524;REVB=-0.00365936;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228867;STB=0.625334;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0101971;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:33:55:33:55:22:18:15:5:17:99:22:18:15:5:17 chr6 7295283 . T A 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0651277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0424;QD=14.0746;RBI=0.0664376;REFB=-0.00244378;REVB=-0.0131278;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00488403;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr6 7310259 . A G 177.59 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00758713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.621;QD=14.497;RBI=0.0147459;REFB=-0.0176315;REVB=0.0126443;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740487;STB=0.575751;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0378911;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:30:19:19:0.387755:14:5:9:19:14:5:11:19 chr6 7387236 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.363;QD=62.9829;RBI=0.0418488;REFB=0;REVB=0.0401957;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44428e-05;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr6 7542148 . C CA 305.6 PASS AF=0.466102;AO=50;DP=117;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0996988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2521;QD=10.3593;RBI=0.126028;REFB=-0.0287607;REVB=0.077092;RO=67;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744687;STB=0.51288;STBP=0.801;TYPE=ins;VARB=0.0397109;OID=.;OPOS=7542149;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466102:50:117:55:118:63:31:24:37:26:99:67:27:23:41:26 chr6 7563983 . T G 2178.34 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.323;QD=63.1403;RBI=0.0065286;REFB=0;REVB=0.00352762;RO=0;SAF=50;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24233e-06;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:88:50:0:0:88:50:0:0 chr6 7572262 . A G 165.78 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0139711;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.163;QD=10.8709;RBI=0.0164751;REFB=-0.00913549;REVB=-0.00873139;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328992;STB=0.519213;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0175421;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:9:12:24:16:9:12:24:16 chr6 7576527 . G A 179.05 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00390587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.8;QD=10.8516;RBI=0.0569374;REFB=-0.00725894;REVB=-0.0568032;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230443;STB=0.508579;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0121539;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:11:12:22:20:11:12:23:20 chr6 7577260 . C T 230.75 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.043466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5441;QD=23.0745;RBI=0.043566;REFB=-0.0134054;REVB=0.00294936;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158448;STB=0.588703;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0128476;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:8:10:8:14:8:10 chr6 7581636 . G A 246.48 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00273133;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.588;QD=23.4739;RBI=0.00304332;REFB=-0.00372726;REVB=-0.00134225;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251126;STB=0.514027;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00135701;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:11:8:9:14:11:8 chr6 7585967 . G C 91.25 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0483859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.528;QD=17.3801;RBI=0.0495141;REFB=-0.0443676;REVB=0.0105097;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281505;STB=0.660746;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0348037;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:8:2:6:5:8:2 chr6 7601720 . C T 162.35 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.021588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5288;QD=7.29676;RBI=0.0310173;REFB=-0.0026946;REVB=-0.0222718;RO=66;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431939;STB=0.760009;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00634384;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:66:23:23:0.258427:6:17:25:41:6:17:25:41 chr6 7727522 . G C,GAGC 63.3 PASS AF=0.16,0.2;AO=5,4;DP=27;FAO=4,5;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2,4;FSAR=2,1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0252726,0.0188302;FXX=0.0384468;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=152.391,179.502;QD=10.1281;RBI=0.0286567,0.0235546;REFB=-0.0348336,-0.0284168;REVB=-0.0135095,0.0141507;RO=18;SAF=2,4;SAR=3,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0133606,0.69403;STB=0.599521,0.813595;STBP=0.657,0.135;TYPE=snp,ins;VARB=0.0872853,0.0762029;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:27:25:18:16:5,4:4,5:0.16,0.2:3,0:2,4:7:11:2,1:2,4:6:10 chr6 7862631 . G C 722.97 PASS AF=0.565574;AO=59;DP=113;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.046214;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.919;QD=23.7039;RBI=0.0488876;REFB=-0.0272956;REVB=-0.0159459;RO=54;SAF=15;SAR=44;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176616;STB=0.533054;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0257689;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:122:54:53:59:69:0.565574:44:15:23:31:44:25:23:30 chr6 7986847 . G A 1047.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127247;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1092;QD=59.8671;RBI=0.128406;REFB=0;REVB=0.0172126;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910274;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr6 7988189 . T C 1281.35 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0309996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.832;QD=56.3232;RBI=0.0419415;REFB=-0.0189136;REVB=-0.028251;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536223;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00158985;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:91:91:0:5:86:86:0.945055:54:32:0:0:54:32:5:0 chr6 8015129 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.909;QD=63.2865;RBI=0.0154771;REFB=0;REVB=0.00084257;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58188e-05;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr6 8428137 . A AAGT 115.79 PASS AF=0.52;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0120051;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.477;QD=18.5273;RBI=0.0562534;REFB=0.000496831;REVB=-0.0549574;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218292;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=ins;VARB=-0.000838061;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:12:25:13:25:12:6:7:9:3:99:12:6:6:9:3 chr6 8430049 . G A 494.51 PASS AF=0.375839;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0288116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3803;QD=13.2755;RBI=0.0288199;REFB=-0.0119177;REVB=-0.000692875;RO=92;SAF=27;SAR=29;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908765;STB=0.547938;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0226954;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:92:93:56:56:0.375839:29:27:52:40:29:27:52:41 chr6 8435454 . T C 685.73 PASS AF=0.419355;AO=43;DP=100;FAO=39;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0632269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.845;QD=29.4939;RBI=0.063594;REFB=-0.0758399;REVB=-0.00682354;RO=30;SAF=9;SAR=34;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216676;STB=0.802772;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0520633;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:93:30:32:43:39:0.419355:34:9:13:17:36:3:15:17 chr6 10401034 . CAAG C 107.53 PASS AF=0.368421;AO=15;DP=53;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0171428;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=319.561;QD=7.54585;RBI=0.0210762;REFB=-0.00532948;REVB=0.012261;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152578;STB=0.532523;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=0.00718905;OID=.;OPOS=10401035;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:15:53:21:57:36:11:10:17:19:99:31:6:9:12:19 chr6 10509380 . T A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00257121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.787;QD=18.3354;RBI=0.0177822;REFB=-0.0176366;REVB=0.0175953;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248424;STB=0.638056;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0166614;OID=.;OPOS=10509380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:15:20:11:26:15:20:11:26 chr6 10529158 . G A 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0209531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1502;QD=14.7404;RBI=0.0219994;REFB=-0.00769666;REVB=-0.00670379;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080489;STB=0.535691;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0142506;OID=.;OPOS=10529158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:18:12:13:27:18:12:14:27 chr6 10587038 . C G 992.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280479;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6622;QD=59.2765;RBI=0.0373292;REFB=0;REVB=0.0246329;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513091;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr6 10729020 . C T 1211.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5009;QD=60.5554;RBI=0.00866796;REFB=0;REVB=-0.000988468;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34546e-05;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr6 10753107 . T A 849.15 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217677;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.526;QD=55.6822;RBI=0.0442179;REFB=-0.0306501;REVB=0.0384889;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000956424;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:24:35:0:1:25:35:0:1 chr6 10763312 . G A 603.14 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.573;QD=60.3138;RBI=0.0235852;REFB=0;REVB=0.00272121;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900341;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:27:13:0:0 chr6 10764727 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.311;QD=60.3767;RBI=0.0222703;REFB=0;REVB=-0.0215797;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37443e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr6 10891781 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.544;QD=63.5813;RBI=0.0177792;REFB=0;REVB=0.0164033;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126402;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr6 10955408 . C T 1200.32 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0461327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9801;QD=58.552;RBI=0.0537279;REFB=0.00973172;REVB=0.0275402;RO=2;SAF=32;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00480354;STB=0.502537;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000400755;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:48:32:1:1:48:32:1:1 chr6 10981053 . G A 340.26 PASS AF=0.928571;AO=28;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00647707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.293;QD=48.6085;RBI=0.00887948;REFB=0.0131894;REVB=0.00607394;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.526296;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0032848;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:28:26:0.928571:8:20:0:0:8:18:2:0 chr6 11005686 . G A 402.61 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-2.23142e-05;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.165;QD=16.1044;RBI=0.026166;REFB=-0.00757032;REVB=-0.026166;RO=56;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014827;STB=0.508314;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00965345;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:56:44:44:0.44:25:19:25:31:25:19:25:31 chr6 11105763 . C T 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0145175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.005;QD=17.9409;RBI=0.0149716;REFB=-0.00616189;REVB=-0.00365903;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612775;STB=0.534847;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00603532;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:13:9:9:10:13:9 chr6 11185257 . A T 490.2 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.269;QD=56.0227;RBI=0.014246;REFB=-0.136659;REVB=0.00531686;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00130559;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:1:0 chr6 11185533 . G A 631.66 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0123244;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.631;QD=22.5594;RBI=0.0208047;REFB=-0.0165907;REVB=0.0167613;RO=50;SAF=33;SAR=29;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039207;STB=0.521455;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0103892;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:50:62:62:0.553571:29:33:29:21:29:33:29:21 chr6 11190626 . A G 2030.03 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0027328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.79;QD=61.516;RBI=0.00690659;REFB=-0.171647;REVB=-0.00634293;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00112975;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:130:131:0.992424:65:65:0:0:65:66:1:0 chr6 11192575 . C T 662.07 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0515204;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4842;QD=60.1885;RBI=0.0556667;REFB=-0.0304883;REVB=0.0210816;RO=1;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375223;STB=0.519991;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000459449;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:12:31:0:1:12:31:0:1 chr6 11193860 . G A 329.57 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00847905;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.955;QD=12.4366;RBI=0.00889662;REFB=0.00389407;REVB=0.00269363;RO=65;SAF=18;SAR=22;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161889;STB=0.587036;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00716101;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:65:66:40:40:0.377358:22:18:39:26:22:18:39:27 chr6 11213832 . T C 298.72 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0229114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.295;QD=23.8974;RBI=0.0293649;REFB=-0.0125667;REVB=0.0183674;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104877;STB=0.558303;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0109454;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:14:9:14:13:14:9 chr6 11576130 . T C 1456.83 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397058;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.8272;QD=58.2731;RBI=0.0467073;REFB=-0.0516647;REVB=0.0245971;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.504504;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000532015;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:98:99:0.99:54:44:0:0:55:44:0:1 chr6 11581374 . T C 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0165263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9981;QD=15.8863;RBI=0.0226133;REFB=0.00388612;REVB=0.0154351;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180341;STB=0.601227;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00219853;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:28:14:17:16:28:14 chr6 11644302 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9547;QD=40.7628;RBI=0.00695567;REFB=0;REVB=0.00678848;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335532;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr6 11644518 . C T 729.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6429;QD=57.1896;RBI=0.0569486;REFB=0;REVB=0.0121454;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668299;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr6 12122645 . A G 944.33 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00795949;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.129;QD=57.232;RBI=0.0136569;REFB=-0.0396772;REVB=0.0110976;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160106;STB=0.508472;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000299927;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:36:29:1:0:36:29:1:0 chr6 12122773 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0133252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.17;QD=15.6455;RBI=0.0142563;REFB=-0.0177191;REVB=0.00506781;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171759;STB=0.509795;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.016884;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:15:14:11:11:15:14 chr6 12123049 . G A 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00964868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.547;QD=19.6086;RBI=0.036621;REFB=-0.0178078;REVB=-0.035327;RO=42;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872919;STB=0.554897;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0129036;OID=.;OPOS=12123049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:25:17:21:21:25:17:22:21 chr6 12123249 . A G 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0482685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.151;QD=14.0532;RBI=0.049256;REFB=0.00463363;REVB=0.00981328;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115074;STB=0.571374;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00638285;OID=.;OPOS=12123249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:15:10:10:24:15:10:10:25 chr6 12125772 . A G 242.47 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.000880953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.815;QD=23.6558;RBI=0.00649248;REFB=-0.000652888;REVB=0.00643243;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686565;STB=0.534577;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000441364;OID=.;OPOS=12125772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:18:21:23:0.560976:7:14:14:5:8:15:13:5 chr6 12164612 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0300242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.526;QD=13.0912;RBI=0.0327128;REFB=-0.0110857;REVB=-0.0129875;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498891;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0223443;OID=.;OPOS=12164612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:7:13:9:4:7:13 chr6 12294258 . A G 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00350396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.532;QD=58.8007;RBI=0.0185752;REFB=0.0441264;REVB=-0.0182417;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000345262;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr6 13288648 . A G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00947004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.703;QD=7.04963;RBI=0.0103771;REFB=-0.00759062;REVB=-0.0042429;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41727;STB=0.765398;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.019644;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:8:2:16:14:8:2:16:14 chr6 13288679 . GCT G 44.29 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00800884;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.53;QD=5.905;RBI=0.0362108;REFB=-0.0259967;REVB=-0.0353141;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305167;STB=0.68573;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0879942;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:7:31:7:30:23:2:5:12:11:44:24:2:5:13:11 chr6 13295502 . T C 528.91 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0087599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.673;QD=22.2697;RBI=0.0141004;REFB=0.00522279;REVB=0.0110492;RO=45;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023697;STB=0.506327;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00336238;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:45:49:50:0.526316:23:26:24:21:24:26:24:21 chr6 13295515 . A C 516.85 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0373473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.778;QD=22.4717;RBI=0.0398623;REFB=0.00583121;REVB=-0.0139348;RO=43;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120843;STB=0.500666;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00509748;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:25:24:21:22:25:24:21:22 chr6 13295536 . C T 519.75 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0570279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7814;QD=23.0998;RBI=0.0585378;REFB=-0.00123296;REVB=-0.0132096;RO=41;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218727;STB=0.512024;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00132894;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:25:24:19:22:25:24:19:22 chr6 13321244 . T G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0468058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.173;QD=10.3793;RBI=0.0468604;REFB=-0.0147933;REVB=-0.00226092;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250529;STB=0.515118;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.027977;OID=.;OPOS=13321244;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:11:5:3:6:11:5 chr6 13361088 . A G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00851316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.004;QD=16.5778;RBI=0.028588;REFB=-0.0172809;REVB=-0.027291;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261286;STB=0.514697;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0237585;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:21:11:14:24:21:11:14:24 chr6 13470113 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8617;QD=57.0005;RBI=0.0120615;REFB=0;REVB=0.00123177;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01431e-05;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr6 13547958 . C T 231.08 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00175496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.387;QD=16.5056;RBI=0.0846047;REFB=-0.0421096;REVB=-0.0845865;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288542;STB=0.661647;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0434925;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:8:22:11:15:8:22 chr6 13548165 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.204;QD=43.4862;RBI=0.0224903;REFB=0;REVB=0.00632948;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65842e-05;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 13659079 . T G 218.05 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0341;QD=48.4554;RBI=0.252358;REFB=0;REVB=0.250354;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100905;OID=.;OPOS=13659079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:1:14:0:0:3:15:0:0 chr6 13711279 . A G 660.84 PASS AF=0.468531;AO=66;DP=142;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0249787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.94;QD=18.485;RBI=0.0305305;REFB=-0.0123091;REVB=-0.0175549;RO=73;SAF=29;SAR=37;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407857;STB=0.535818;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0121571;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:73:76:66:67:0.468531:37:29:29:44:37:30:29:47 chr6 13794110 . C A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0142572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.263;QD=12.0207;RBI=0.0148564;REFB=0.00759169;REVB=-0.00417662;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196687;STB=0.615228;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00975228;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:8:17:7:7:8:17 chr6 13977825 . G A 256.67 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0114635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.184;QD=17.1115;RBI=0.0142172;REFB=-0.0161567;REVB=0.00840933;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490181;STB=0.502957;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0162147;OID=.;OPOS=13977825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:27:29:0.483333:10:17:18:13:12:17:18:13 chr6 13978275 . A C 632.14 PASS AF=0.450331;AO=67;DP=150;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0142446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9108;QD=16.7455;RBI=0.0280735;REFB=0.00219302;REVB=0.0241912;RO=82;SAF=37;SAR=30;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159147;STB=0.586482;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.001156;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:82:83:67:68:0.450331:30:37:32:50:31:37:32:51 chr6 13978618 . C G 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00174701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.23;QD=24.1571;RBI=0.0116407;REFB=-0.020026;REVB=-0.0115089;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137388;STB=0.575548;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0181338;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:6:15:16:14:6:15 chr6 13978802 . TCTC T 334.33 PASS AF=0.6;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0405773;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.962;QD=24.3152;RBI=0.04103;REFB=-0.0267771;REVB=0.0060782;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170314;STB=0.578439;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0216313;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:33:58:33:55:22:17:16:7:15:99:24:17:16:7:17 chr6 13978837 . G T 339.32 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00653663;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.331;QD=23.0048;RBI=0.0130648;REFB=-0.0076671;REVB=-0.0113121;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193508;STB=0.610108;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00490911;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:25:33:34:0.576271:17:16:6:19:17:17:6:19 chr6 13978854 . G T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0417504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.368;QD=14.1959;RBI=0.0423667;REFB=-0.0218859;REVB=-0.00720013;RO=32;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267022;STB=0.653704;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0320141;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:17:6:16:16:17:6:16:16 chr6 13978904 . GTTTT GTTT,GTTTG 180.61 PASS AF=0.333333,0.333333;AO=10,10;DP=32;FAO=10,10;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=1,0;FSAR=9,10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.18573,0.0983022;FXX=0.0624805;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.9919,26.8852;QD=24.0815;RBI=0.186566,0.0983121;REFB=-0.0443261,-0.0380434;REVB=-0.0176443,0.0013921;RO=9;SAF=1,0;SAR=9,10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.667743,-0.842214;STB=0.899199,0.998899;STBP=0.004,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0268354,-0.00388578;OID=.,.;OPOS=13978905,13978908;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=GTTT,GTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.333333:10,10:32:10,10:30:10:1,0:9,10:9:1:84:9:1,0:9,10:8:1 chr6 13979526 . A G 104.54 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0105916;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=270.718;QD=10.4538;RBI=0.0115505;REFB=-0.00328932;REVB=0.00460788;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120418;STB=0.571326;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00655742;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:6:21:9:4:6:21 chr6 13980527 . G A 279.43 PASS AF=0.26;AO=39;DP=150;FAO=39;FDP=150;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.00231631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.137;QD=7.45156;RBI=0.00589562;REFB=-0.00472228;REVB=-0.00542153;RO=111;SAF=22;SAR=17;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271696;STB=0.516222;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0189531;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:111:111:39:39:0.26:17:22:65:46:17:22:65:46 chr6 15513482 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0198245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3622;QD=20.2084;RBI=0.019844;REFB=-0.0211238;REVB=-0.000879953;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159391;STB=0.591095;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0170335;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:5:5:9:4:5:5 chr6 15521189 . G GA 285.31 PASS AF=0.483516;AO=38;DP=96;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0174477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4176;QD=12.541;RBI=0.0966839;REFB=-0.039635;REVB=0.0950966;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925494;STB=0.617158;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0464106;OID=.;OPOS=15521190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483516:38:96:44:91:47:26:18:17:30:99:57:20:18:25:32 chr6 15586009 . G T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.726;QD=61.3756;RBI=0.0212;REFB=0;REVB=0.021099;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43503e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr6 16145325 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.491;QD=59.853;RBI=0.030143;REFB=0;REVB=0.027744;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30402e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr6 16290761 . T A 1182.89 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295225;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.031;QD=59.8934;RBI=0.0414368;REFB=-0.102105;REVB=0.0290762;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122936;STB=0.506492;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000317736;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:0:1:38:40:0:1 chr6 16306866 . G A 156.45 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0186962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.96;QD=9.06959;RBI=0.0191994;REFB=-0.0111452;REVB=0.00436685;RO=47;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100171;STB=0.559174;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0247063;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:14:8:21:26:14:8:21:26 chr6 16327330 . T C 410.47 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0995;QD=56.6168;RBI=0.0187175;REFB=0;REVB=0.0173746;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597616;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr6 16327615 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.846;QD=53.9105;RBI=0.0153567;REFB=0;REVB=0.0135885;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111033;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr6 17293563 . G C 530.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0311798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.591;QD=15.0375;RBI=0.0345047;REFB=-0.00426444;REVB=-0.0147783;RO=83;SAF=28;SAR=30;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117515;STB=0.506606;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00763763;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:30:28:41:42:30:28:41:42 chr6 17543302 . A G 1145.17 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122629;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=294.194;QD=57.9831;RBI=0.021973;REFB=-0.106736;REVB=-0.0182327;RO=2;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205689;STB=0.510867;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000336723;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:45:32:0:2:45:32:0:2 chr6 17629616 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.135;QD=57.0008;RBI=0.0227791;REFB=0;REVB=0.013718;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49799e-05;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr6 17633061 . C T 201.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0936848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.913;QD=21.2615;RBI=0.0936855;REFB=-0.022781;REVB=-0.000366695;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523046;STB=0.529383;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0214184;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:7:11:11:9:7:11 chr6 17688798 . G A 307.39 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00729345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.178;QD=18.3517;RBI=0.0160247;REFB=-0.00901197;REVB=-0.0142688;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414729;STB=0.523147;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0090908;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:17:17:15:18:17:17 chr6 17764530 . C T 888.43 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9395;QD=56.4084;RBI=0.0331753;REFB=-0.104731;REVB=-0.00596022;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00267812;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:23:39:0:0:23:39:0:1 chr6 17773796 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.014433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.803;QD=16.6158;RBI=0.0155206;REFB=0.00855305;REVB=0.0057075;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0119254;OID=.;OPOS=17773796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr6 17794494 . G A 1559.34 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248646;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.659;QD=64.3025;RBI=0.0250058;REFB=0;REVB=-0.0026533;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36014e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:50:47:0:0 chr6 18122506 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0254823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.347;QD=22.831;RBI=0.0254833;REFB=-0.0304633;REVB=0.000227176;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38499;STB=0.717096;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0191383;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:2:8:4:11:2:8 chr6 18134021 . C A 69.35 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8465;QD=34.6772;RBI=0.249793;REFB=0;REVB=0.180151;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318696;OID=.;OPOS=18134021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:3:5:0:0 chr6 18139214 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.458;QD=58.4196;RBI=0.00963198;REFB=0;REVB=-0.00920889;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43631e-05;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr6 18161563 . G A 513.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.079;QD=58.6866;RBI=0.0257084;REFB=0;REVB=0.0014106;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15191e-05;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr6 18215303 . T C 2640.35 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.399;QD=62.1258;RBI=0.0307521;REFB=0;REVB=0.00452362;RO=0;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55324e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:86:83:0:0:87:83:0:0 chr6 18237661 . C T 504.7 PASS AF=0.5;AO=51;DP=106;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0139286;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.925;QD=18.6927;RBI=0.014043;REFB=-0.00463156;REVB=-0.00178837;RO=55;SAF=31;SAR=20;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602072;STB=0.528835;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00498033;OID=.;OPOS=18237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:55:54:51:54:0.5:20:31:30:25:21:33:30:24 chr6 18264210 . G A 203.94 PASS AF=0.512821;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.110139;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6847;QD=20.9167;RBI=0.112665;REFB=-0.0293016;REVB=0.0237271;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381998;STB=0.566864;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0562781;OID=.;OPOS=18264210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:19:18:20:0.512821:11:7:7:13:11:9:6:13 chr6 18466677 . A T 950.49 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0261217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.758;QD=50.6931;RBI=0.0372899;REFB=-0.0432328;REVB=-0.0266119;RO=5;SAF=37;SAR=32;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.537489;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0366412;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:75:75:5:6:69:69:0.92:32:37:5:0:32:37:6:0 chr6 18836419 . G C 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00139764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.797;QD=23.6162;RBI=0.00375866;REFB=0.00425803;REVB=-0.00348914;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156897;STB=0.586156;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00335172;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:16:17:7:16:16:17:7:16 chr6 19839847 . ATTTTTTTTT ATTTTTTTTA,ATTTTTTTT 284.9 PASS AF=0.26,0.72;AO=3,12;DP=51;FAO=13,36;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=13,5;FSAR=0,31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.224709,-0.725832;FXX=0.019604;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=121.809,6.94974;QD=22.792;RBI=0.231201,0.878751;REFB=0.138053,0.225313;REVB=0.0544052,0.49535;RO=15;SAF=3,1;SAR=0,11;SRF=1;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.811401,0.0551328;STB=0.5,0.545428;STBP=1,0.08;TYPE=snp,del;VARB=-0.0740109,-0.0307787;OID=.,.;OPOS=19839856,19839848;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTTTA,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.26,0.72:3,12:51:13,36:50:1:13,5:0,31:1:0:76:15:3,1:0,11:1:14 chr6 20282269 . T C 365.16 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.241;QD=52.1654;RBI=0.0294914;REFB=-0.0417305;REVB=0.0252864;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000230586;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr6 20492995 . T C 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00855366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.373;QD=52.5803;RBI=0.0108457;REFB=-0.0603284;REVB=-0.00666808;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.502637;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00044921;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:29:22:1:0:29:22:1:1 chr6 20599628 . C T 1680.44 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433591;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.435;QD=60.5564;RBI=0.0130754;REFB=0;REVB=0.0123356;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030819;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr6 22287745 . C T 598.43 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00648257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.622;QD=25.7388;RBI=0.0234793;REFB=-0.0155001;REVB=-0.0225667;RO=39;SAF=26;SAR=28;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945857;STB=0.551622;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0087981;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:28:26:14:25:28:26:14:25 chr6 24147409 . C A 286.95 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0545923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1118;QD=15.9419;RBI=0.0852141;REFB=-0.00750599;REVB=0.0654304;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108612;STB=0.566743;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0119384;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:32:32:0.444444:17:15:14:25:17:15:14:26 chr6 24174955 . G C 1138.55 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113986;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5565;QD=60.7228;RBI=0.0287677;REFB=0;REVB=0.0264131;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68398e-05;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr6 24291203 . T C 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0180445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.872;QD=12.3834;RBI=0.0248115;REFB=-0.0157779;REVB=0.0170297;RO=49;SAF=8;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164298;STB=0.595073;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.025873;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:21:8:20:29:21:8:20:29 chr6 24358202 . G A 250.36 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00618289;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.251;QD=32.3038;RBI=0.0102587;REFB=-0.0128479;REVB=-0.00818617;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129629;STB=0.575152;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00509034;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:31:9:9:21:22:0.709677:9:12:3:6:9:13:3:6 chr6 24403455 . C T 632.45 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0339592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.817;QD=22.7909;RBI=0.0345559;REFB=-0.0289593;REVB=0.00639436;RO=49;SAF=24;SAR=38;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853575;STB=0.546747;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0202143;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:38:24:24:25:38:24:24:25 chr6 24411018 . A G 333.97 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0211268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.08;QD=14.2113;RBI=0.021484;REFB=-0.0138788;REVB=0.0039012;RO=57;SAF=11;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238806;STB=0.636398;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0164364;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:26:11:29:28:26:11:29:28 chr6 24418786 . T C 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00170333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.53;QD=18.585;RBI=0.0253518;REFB=-0.00742711;REVB=-0.0252945;RO=55;SAF=29;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134693;STB=0.574529;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00947984;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:24:29:22:33:24:29:22:33 chr6 24424231 . G T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0167065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.863;QD=10.6346;RBI=0.0167822;REFB=0.025775;REVB=0.00159229;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0371998;OID=.;OPOS=24424231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:6:7:4:4:6:7 chr6 24425609 . T A 181.21 PASS AF=0.396552;AO=21;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0716116;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.0485;QD=12.4972;RBI=0.115117;REFB=-0.0297663;REVB=-0.0901314;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364795;STB=0.548151;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0207031;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:35:21:23:0.396552:10:11:13:12:10:13:17:18 chr6 24425671 . A G 165.54 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0204648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1671;QD=9.73768;RBI=0.0419617;REFB=0.00369356;REVB=-0.036633;RO=45;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116609;STB=0.501346;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0107411;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:12:10:20:25:12:10:21:25 chr6 24425690 . A G 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0407202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.63;QD=10.4166;RBI=0.0414234;REFB=-0.0100389;REVB=-0.0076004;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111033;STB=0.506488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0223056;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:20:25:13:10:20:25 chr6 24433483 . T C 329.54 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00505225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.949;QD=15.6925;RBI=0.0490458;REFB=-0.00904137;REVB=0.0487849;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309043;STB=0.508017;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0109091;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:48:35:36:0.428571:20:15:22:26:20:16:22:26 chr6 24437445 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.048;QD=57.5451;RBI=0.0577085;REFB=0;REVB=0.0300285;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358319;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr6 24437458 . T C 303.33 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0143789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7319;QD=19.8907;RBI=0.0204249;REFB=-0.0189463;REVB=-0.0145061;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211194;STB=0.617186;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0222043;OID=.;OPOS=24437458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:19:13:19:10:19:13:19:10 chr6 24463020 . G C 426.9 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0563913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6615;QD=18.3614;RBI=0.0563947;REFB=-0.0182799;REVB=-0.000622134;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265336;STB=0.50787;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0247024;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:43:44:0.473118:19:24:26:23:20:24:26:23 chr6 24551664 . T C 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00440961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6667;QD=12.4284;RBI=0.00470513;REFB=-0.00187413;REVB=0.0016412;RO=50;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158806;STB=0.58471;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00311721;OID=.;OPOS=24551664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:13:17:21:29:13:17:22:29 chr6 24551729 . T C 285.69 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0186726;FXX=0.0410903;HRUN=7;LEN=1;MLLD=251.177;QD=16.3254;RBI=0.019984;REFB=-0.0161583;REVB=-0.0071201;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110502;STB=0.537289;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0121934;OID=.;OPOS=24551729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:27:37:30:30:0.428571:15:15:17:10:15:15:21:16 chr6 24559281 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0174457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.022;QD=18.9665;RBI=0.0190523;REFB=0.00862983;REVB=-0.00765748;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113601;STB=0.564456;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0111009;OID=.;OPOS=24559281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:12:13:14:8:12:13 chr6 24588884 . C T 396.58 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0139372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4897;QD=15.1078;RBI=0.0188311;REFB=-0.0357605;REVB=-0.0126635;RO=58;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507905;STB=0.538054;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0324961;OID=.;OPOS=24588884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:60:45:45:0.428571:21:24:28:30:21:24:28:32 chr6 24596478 . T G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.525;QD=57.2333;RBI=0.0834377;REFB=0;REVB=0.0205883;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413015;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr6 24653273 . G C 441.17 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00806827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.973;QD=17.4719;RBI=0.00883849;REFB=-0.0103309;REVB=0.00360859;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253483;STB=0.514123;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0078559;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:23:24:29:25:23:24:29:25 chr6 24653376 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0107938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.064;QD=13.7478;RBI=0.0153122;REFB=-0.000568288;REVB=-0.0108608;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127027;STB=0.583256;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000641378;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:14:8:15:16:14:8:16:16 chr6 24780892 . A C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0117159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.474;QD=14.2621;RBI=0.0333371;REFB=-0.00513234;REVB=0.0312106;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395556;STB=0.730474;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0211036;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:15:9:12:4:15:9 chr6 24804808 . G C 1475.2 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455752;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1429;QD=62.1137;RBI=0.0488394;REFB=-0.103968;REVB=0.0175552;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011423;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000177518;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:52:41:1:0:53:41:1:0 chr6 24804860 . G T 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000590777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.06;QD=61.9767;RBI=0.0109986;REFB=0;REVB=0.0109827;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59014e-05;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:63:63:0:0:63:63:0:0 chr6 24818785 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.977;QD=57.5453;RBI=0.0338989;REFB=0;REVB=-0.0301392;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61403e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:44:14:0:0:44:14:0:0 chr6 24825511 . A G 993.67 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262144;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2837;QD=59.3233;RBI=0.028078;REFB=0;REVB=-0.0100588;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395776;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr6 24869300 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=8.18666e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.018;QD=18.1185;RBI=0.00801582;REFB=-0.0145559;REVB=-0.0080154;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262756;STB=0.635689;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00957119;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:11:7:13:6:11:7:13:7 chr6 25084718 . A G 1697.38 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5717;QD=59.5572;RBI=0.0455779;REFB=-0.134083;REVB=0.0414214;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772076;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00175107;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:61:52:0:1:61:52:0:1 chr6 25106745 . A G 1065.93 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.406;QD=58.4072;RBI=0.0433384;REFB=0.0280032;REVB=0.0198384;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.508194;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000935721;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:72:72:0.986301:42:30:0:0:42:30:1:0 chr6 25106783 . G A 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0816;QD=60.2251;RBI=0.0747994;REFB=0;REVB=-0.0047397;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146164;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr6 25420344 . C G 1523.12 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00964493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.537;QD=58.5815;RBI=0.0113006;REFB=-0.0663342;REVB=0.00588896;RO=1;SAF=53;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886897;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00129241;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:50:53:1:0:50:53:1:0 chr6 25435552 . G A 620.88 PASS AF=0.48855;AO=63;DP=130;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00746366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.289;QD=18.9581;RBI=0.0111426;REFB=-0.0102222;REVB=0.0082735;RO=67;SAF=23;SAR=40;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691703;STB=0.5092;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.010454;OID=.;OPOS=25435552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:67:67:63:64:0.48855:40:23:24:43:40:24:24:43 chr6 25600968 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0757174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.422;QD=15.5708;RBI=0.0808303;REFB=-0.0328512;REVB=0.0282914;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0446107;OID=.;OPOS=25600968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:6:5:7:4:6:6 chr6 25605091 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0182366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4464;QD=20.8989;RBI=0.0209624;REFB=-0.0112364;REVB=-0.0103367;RO=24;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124569;STB=0.569568;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00963466;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:8:20:14:10:8:20:14:10 chr6 25726621 . C T 509.88 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0250142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.926;QD=16.8555;RBI=0.0320921;REFB=-0.0259065;REVB=-0.0201047;RO=66;SAF=27;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356301;STB=0.519848;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0276412;OID=.;OPOS=25726621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:28:27:30:36:28:27:30:36 chr6 25726675 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0134552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.71;QD=13.7476;RBI=0.0159462;REFB=-0.00736026;REVB=-0.00855797;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470768;STB=0.527002;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0125478;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:16:16:10:12:16:16 chr6 25727265 . C T 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00339447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.464;QD=15.589;RBI=0.0096356;REFB=-0.0102559;REVB=-0.00901789;RO=58;SAF=24;SAR=17;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380591;STB=0.521462;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0167409;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:17:24:36:22:17:24:36:22 chr6 25727334 . C T 419.02 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.028743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7157;QD=15.6644;RBI=0.0552958;REFB=0.00801507;REVB=-0.0472384;RO=59;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831084;STB=0.542151;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00840554;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:20:27:29:30:20:27:30:30 chr6 25727517 . G A 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.028294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.581;QD=12.1813;RBI=0.0283083;REFB=-0.0144359;REVB=0.000898301;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0274296;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:10:5:5:5:10:5 chr6 25769349 . T C 774.72 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0477343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6398;QD=53.4292;RBI=0.049504;REFB=0.0209766;REVB=0.013118;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00584045;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:35:21:2:0:35:21:2:0 chr6 25773744 . T G 761.54 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.000595227;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.874;QD=21.7584;RBI=0.0202022;REFB=-0.00678587;REVB=0.0201934;RO=67;SAF=38;SAR=35;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146457;STB=0.50804;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00612163;OID=.;OPOS=25773744;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:67:73:73:0.521429:35:38:36:31:35:38:36:31 chr6 25779392 . A G 813.91 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0559277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1066;QD=22.4527;RBI=0.055982;REFB=-0.00895676;REVB=0.0024639;RO=68;SAF=31;SAR=46;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340439;STB=0.518664;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00873566;OID=.;OPOS=25779392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:68:77:77:0.531034:46:31:30:38:46:31:30:38 chr6 25813150 . G A 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.67;QD=58.5963;RBI=0.031527;REFB=0;REVB=0.00767313;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55968e-05;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr6 25849620 . A G 723.97 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2204;QD=54.6394;RBI=0.0407039;REFB=-0.103972;REVB=0.0357764;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00321255;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr6 25862466 . C T 314.5 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00381346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.835;QD=14.628;RBI=0.00740264;REFB=0.00116383;REVB=-0.00634481;RO=49;SAF=10;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20718;STB=0.608791;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0014811;OID=.;OPOS=25862466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:51:35:35:0.406977:25:10:23:26:25:10:23:28 chr6 25914801 . G A 1007.6 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00462236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.047;QD=55.2111;RBI=0.042602;REFB=-0.0365385;REVB=-0.0423504;RO=2;SAF=22;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112569;STB=0.516587;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00349411;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:48:22:1:1:48:22:2:1 chr6 25914901 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000435647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.539;QD=60.2045;RBI=0.000476522;REFB=0;REVB=-0.000193093;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5962e-06;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:50:22:0:0:51:22:0:0 chr6 25916979 . C T 1049.97 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578262;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.585;QD=59.9982;RBI=0.0231814;REFB=0;REVB=0.0224486;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145081;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr6 25967068 . C T 475.05 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0153608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.003;QD=17.759;RBI=0.0180911;REFB=-0.0229366;REVB=-0.00955688;RO=56;SAF=22;SAR=29;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819504;STB=0.545537;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0321012;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:29:22:29:27:29:22:29:27 chr6 26027433 . G A 619.67 PASS AF=0.94;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0411616;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.621;QD=49.5733;RBI=0.0417565;REFB=-0.183929;REVB=-0.00702339;RO=3;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447272;STB=0.503155;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00506679;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:50:3:3:46:47:0.94:29:17:1:2:29:18:1:2 chr6 26033506 . G A 1019.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.746;QD=59.1203;RBI=0.00982344;REFB=0;REVB=-0.00326078;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32221e-06;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:36:30:0:0:38:31:0:0 chr6 26044369 . A G 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.309;QD=60.1947;RBI=0.02917;REFB=0;REVB=0.0276069;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214038;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr6 26045929 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2413;QD=58.9625;RBI=0.0610136;REFB=0;REVB=-0.0389497;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771476;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr6 26056072 . G C 746.6 PASS AF=1;AO=27;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.42;QD=60.9467;RBI=0.0148037;REFB=0;REVB=0.0146846;RO=0;SAF=0;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65131e-05;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:27:49:1:27:0:0:0:27:22:0:0 chr6 26056285 . G A 413.33 PASS AF=0.538462;AO=40;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0208039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7102;QD=21.1964;RBI=0.0483827;REFB=-0.0171089;REVB=0.0436817;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828173;STB=0.503697;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.016719;OID=.;OPOS=26056285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:36:40:42:0.538462:22:18:17:20:23:19:16:20 chr6 26056549 . A G 1084.96 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932991;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.338;QD=60.2755;RBI=0.0129985;REFB=0;REVB=-0.00905063;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179657;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr6 26104280 . T C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1814;QD=62.9074;RBI=0.0329174;REFB=0;REVB=-0.0206222;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61796e-05;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr6 26108282 . C G 592.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8727;QD=60.8;RBI=0.0587032;REFB=0;REVB=0.0456293;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108056;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 26184102 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.835;QD=61.0484;RBI=0.062408;REFB=0;REVB=0.0532919;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139585;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr6 26200083 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.967;QD=55.0987;RBI=0.0297732;REFB=0;REVB=0.0264546;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575502;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr6 26200677 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.731;QD=43.486;RBI=0.034636;REFB=0;REVB=0.0232756;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436156;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 26205293 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.716;QD=52.6132;RBI=0.0112749;REFB=0;REVB=0.00910695;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19339e-05;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 26285560 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.845;QD=59.8657;RBI=0.016303;REFB=0;REVB=0.0162022;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47808e-05;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr6 26285683 . T C 724.18 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.534;QD=56.798;RBI=0.114601;REFB=0;REVB=0.00653022;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673966;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:44:51:1:34:10:0:0:35:16:0:0 chr6 26286744 . C T 742.53 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8765;QD=59.4024;RBI=0.0545791;REFB=0.00805993;REVB=-0.0521556;RO=2;SAF=27;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335788;STB=0.51785;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00153368;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:21:27:2:0:21:27:2:0 chr6 26286838 . TTCT TT,TTCC,TTT,TTTC 724.17 PASS AF=0.428571,0.0408163,0.530612,0;AO=11,4,13,4;DP=45;FAO=21,2,26,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1,7,0;FSAR=18,1,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481867,0.0452876,0.0415353,0.0414327;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=225.457,211.863,225.456,220.475;QD=59.1162;RBI=0.0526267,0.0498668,0.046396,0.0463164;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0211568,0.0208743,0.0206737,0.0207013;RO=0;SAF=0,2,3,0;SAR=11,2,10,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=-0.00650553,-0.0388826,0.00521762,0.00441676;OID=.,.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286840,26286840;OREF=TC,T,C,CT;OALT=-,C,-,TC;OMAPALT=TT,TTCC,TTT,TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.428571,0.0408163,0.530612,0:11,4,13,4:45:21,2,26,0:49:0:3,1,7,0:18,1,19,0:0:0:60:0:0,2,3,0:11,2,10,4:0:0 chr6 26299900 . C G,T 4267.4 PASS AF=0.0530035,0.946996;AO=14,262;DP=276;FAO=15,268;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=12,158;FSAR=3,110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103355,-0.0265292;FXX=0.0070173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.777,54.7188;QD=60.3166;RBI=0.0299649,0.0473429;REFB=0,0;REVB=-0.028126,-0.0392116;RO=0;SAF=11,158;SAR=3,104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.1657e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0332704,0.00117258;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:276:283:0:0:14,262:15,268:0.0530035,0.946996:3,104:11,158:0:0:3,110:12,158:0:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00335389;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=437.627;QD=25.8983;RBI=0.0034092;REFB=-0.0147503;REVB=0.000611612;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552766;STB=0.53059;STBP=0.643;TYPE=ins;VARB=0.00994129;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:28:49:28:49:21:14:14:9:12:99:21:14:14:9:12 chr6 26305796 . C G,T 481.85 PASS AF=0,0.8;AO=5,36;DP=44;FAO=0,36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=0,14;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0265067,0.0424039;FXX=0.0425441;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=145.377,87.6403;QD=42.8307;RBI=0.0298011,0.0435216;REFB=-0.0537161,-0.0191887;REVB=-0.0136199,-0.00980026;RO=3;SAF=0,14;SAR=5,22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0596598;STB=0.5,0.584861;STBP=1,0.059;TYPE=snp,snp;VARB=0,0.00905856;OID=.,.;OPOS=26305796,26305796;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:44:45:3:9:5,36:0,36:0,0.8:5,22:0,14:0:3:0,22:0,14:0:9 chr6 26305801 . C A,G 681.54 PASS AF=0.104167,0.854167;AO=5,41;DP=48;FAO=5,41;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=0,16;FSAR=5,25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0604503,0.0704445;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=89.6837,188.879;QD=56.7947;RBI=0.0645374,0.0740504;REFB=-0.000884593,-0.0318797;REVB=0.0226017,0.0228261;RO=2;SAF=0,16;SAR=5,25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0360683;STB=0.5,0.519221;STBP=1,0.312;TYPE=snp,snp;VARB=0.0275551,-0.00493426;OID=.,.;OPOS=26305801,26305801;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:48:48:2:2:5,41:5,41:0.104167,0.854167:5,25:0,16:0:2:5,25:0,16:0:2 chr6 26327814 . T C 1952.24 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.506;QD=61.9758;RBI=0.0181068;REFB=0;REVB=0.00572151;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55662e-06;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:47:79:0:0:47:79:0:0 chr6 26328365 . A G 2274.24 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.11;QD=63.6152;RBI=0.023636;REFB=0;REVB=0.00889509;RO=1;SAF=77;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6497e-05;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:1:0:142:143:1:65:77:0:1:66:77:0:0 chr6 26353267 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA 139.76 PASS AF=0.28125,0.28125,0.25;AO=5,7,6;DP=35;FAO=9,9,8;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=2,7,1;FSAR=7,2,7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.188072,0.3333,0.265645;FXX=0.179441;HRUN=11,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=9.41245,5.53172,13.9875;QD=17.4704;RBI=0.205808,0.374485,0.293628;REFB=-0.0291137,-0.0477683,-0.00938672;REVB=-0.0835818,-0.170735,-0.125101;RO=9;SAF=0,6,1;SAR=5,1,5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.718987,0.45597,-0.33738;STB=0.533262,0.753262,0.538359;STBP=0.817,0.035,0.894;TYPE=del,del,snp;VARB=0.163355,-0.0484013,-0.141948;OID=.,.,.;OPOS=26353268,26353268,26353278;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.28125,0.28125,0.25:5,7,6:35:9,9,8:32:6:2,7,1:7,2,7:1:5:41:9:0,6,1:5,1,5:4:5 chr6 26385325 . C T 501.36 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0112195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.414;QD=15.6674;RBI=0.0192994;REFB=-0.0115401;REVB=-0.0157032;RO=73;SAF=22;SAR=33;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470339;STB=0.526306;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0157405;OID=.;OPOS=26385325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:33:22:26:47:33:22:26:47 chr6 26466225 . A C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1262;QD=59.8288;RBI=0.0163138;REFB=0;REVB=-0.0155811;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59012e-05;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr6 26501897 . T C 900.54 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.554;QD=58.0991;RBI=0.0209506;REFB=0;REVB=0.000384765;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05396e-05;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:37:23:0:0:38:24:0:0 chr6 26505362 . G A 712.25 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546971;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6442;QD=63.3109;RBI=0.0588186;REFB=0;REVB=-0.0216301;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167667;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr6 26505403 . C A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2747;QD=55.6543;RBI=0.0750471;REFB=0;REVB=0.0686914;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561383;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr6 26509330 . C G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.411;QD=60.0304;RBI=0.0502747;REFB=0;REVB=0.0467559;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255078;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:49:23:0:0:49:23:0:0 chr6 26521435 . C G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.77;QD=63.8873;RBI=0.00518097;REFB=0;REVB=0.00505836;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39834e-06;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr6 26521520 . T C 1632.51 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.163;QD=58.3038;RBI=0.0264017;REFB=-0.122969;REVB=-0.0108926;RO=1;SAF=54;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870981;STB=0.504504;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000651743;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:112:1:1:109:111:0.991071:55:54:1:0:55:56:0:1 chr6 26538268 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.232;QD=62.9797;RBI=0.0142027;REFB=0;REVB=-0.00279372;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37225e-05;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr6 26545632 . G A 894.13 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.029708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2992;QD=55.0232;RBI=0.0327927;REFB=-0.191739;REVB=0.013885;RO=2;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236012;STB=0.512496;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00665172;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:39:24:0:2:39:24:0:2 chr6 26546048 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.131;QD=60.6102;RBI=0.0216143;REFB=0;REVB=-0.021448;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23342e-05;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr6 26546808 . T C 670.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267768;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.114;QD=58.3427;RBI=0.0269195;REFB=-0.073119;REVB=0.00276756;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00167633;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:2:0:24:20:2:0 chr6 26553815 . C G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.057726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5281;QD=10.8235;RBI=0.0625437;REFB=0.00744005;REVB=0.0240713;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363668;STB=0.722468;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00511934;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:2:10:13:10:2:10:13:10 chr6 26554337 . C T 448.25 PASS AF=0.489362;AO=37;DP=84;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0183624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.569;QD=19.0743;RBI=0.0261163;REFB=-0.0242031;REVB=0.018571;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137036;STB=0.5102;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0285672;OID=.;OPOS=26554337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:94:46:48:37:46:0.489362:15:22:21:25:24:22:22:26 chr6 26555484 . A G 619.66 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00237834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.564;QD=21.0054;RBI=0.0115726;REFB=0.0025312;REVB=-0.0113256;RO=56;SAF=37;SAR=25;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115787;STB=0.563691;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00191687;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:25:37:26:30:25:37:26:30 chr6 26556769 . G T 243.06 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00818289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.204;QD=10.5677;RBI=0.0118921;REFB=-0.0171584;REVB=-0.00862913;RO=62;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19332;STB=0.612827;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0359441;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:11:19:29:33:11:19:29:33 chr6 26556798 . C T 313.51 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0376502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1987;QD=11.6113;RBI=0.0376503;REFB=-0.00841824;REVB=-0.000113581;RO=67;SAF=24;SAR=15;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121669;STB=0.57056;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0147885;OID=.;OPOS=26556798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:67:69:39:39:0.361111:15:24:34:33:15:24:35:34 chr6 26572165 . G T 348.7 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0249438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.725;QD=14.9977;RBI=0.0271302;REFB=0.00481173;REVB=-0.0106703;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049153;STB=0.552484;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00605717;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:55:38:38:0.408602:22:16:23:26:22:16:28:27 chr6 26575798 . CT C 575.34 PASS AF=0.519126;AO=85;DP=186;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.157889;FXX=0.0161282;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.516;QD=12.5758;RBI=0.174585;REFB=0.106958;REVB=-0.0745047;RO=87;SAF=45;SAR=40;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000623023;STB=0.516743;STBP=0.619;TYPE=del;VARB=-0.108441;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519126:85:186:95:183:88:54:41:47:41:99:87:45:40:46:41 chr6 26577326 . C A 940.81 PASS AF=0.502703;AO=92;DP=184;FAO=93;FDP=185;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0182473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.26;QD=20.3418;RBI=0.0226606;REFB=-0.00703543;REVB=0.0134364;RO=92;SAF=47;SAR=45;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691265;STB=0.540381;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.008489;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:92:92:92:93:0.502703:45:47:40:52:45:48:40:52 chr6 26577370 . C T 1101.43 PASS AF=0.495536;AO=109;DP=222;FAO=111;FDP=224;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.00582452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.347;QD=19.6684;RBI=0.0100662;REFB=-0.023126;REVB=0.0082099;RO=112;SAF=56;SAR=53;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620068;STB=0.52681;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0183091;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:112:113:109:111:0.495536:53:56:50:62:55:56:51:62 chr6 26595168 . T C 590.92 PASS AF=0.350711;AO=69;DP=206;FAO=74;FDP=211;FR=.;FRO=137;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=87;FWDB=0.0710525;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0203;QD=11.2022;RBI=0.072597;REFB=-0.0175501;REVB=-0.0148951;RO=137;SAF=21;SAR=48;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796874;STB=0.509637;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.041696;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:211:137:137:69:74:0.350711:48:21:50:87:48:26:50:87 chr6 26597333 . A G 735.79 PASS AF=0.564516;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.011596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.162;QD=23.7352;RBI=0.0138495;REFB=-0.00791824;REVB=0.00757248;RO=54;SAF=27;SAR=43;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446158;STB=0.524329;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0067805;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:54:54:70:70:0.564516:43:27:18:36:43:27:18:36 chr6 26598188 . A G 412.55 PASS AF=0.4375;AO=52;DP=102;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.000352991;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.3034;QD=14.7338;RBI=0.111182;REFB=-0.0912602;REVB=-0.111181;RO=49;SAF=20;SAR=32;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21757;STB=0.553824;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0685864;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:112:49:63:52:49:0.4375:32:20:31:18:28:21:33:30 chr6 26701786 . C T 620.36 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0337385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.435;QD=19.5389;RBI=0.0340845;REFB=0.00877053;REVB=0.0048436;RO=64;SAF=21;SAR=42;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188527;STB=0.604362;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00582208;OID=.;OPOS=26701786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:42:21:34:30:42:21:34:30 chr6 26745250 . A G 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00796887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.268;QD=5.75092;RBI=0.0203226;REFB=-0.0022314;REVB=-0.018695;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109961;STB=0.512179;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00780471;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:45:51:15:15:0.227273:7:8:28:17:7:8:28:23 chr6 26745257 . G A 85.15 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0236017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.47;QD=5.08334;RBI=0.0397039;REFB=-0.0268464;REVB=-0.0319274;RO=51;SAF=8;SAR=6;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281326;STB=0.504342;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0255223;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:51:53:14:14:0.208955:6:8:28:23:6:8:30:23 chr6 26745260 . A G 113.62 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00424884;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.269;QD=6.78313;RBI=0.00693385;REFB=-0.00985642;REVB=-0.00547956;RO=49;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514179;STB=0.538009;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0290441;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:49:50:17:17:0.253731:8:9:28:21:8:9:29:21 chr6 26745262 . T C 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00849764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.755;QD=5.4969;RBI=0.037193;REFB=-0.00572105;REVB=-0.0362092;RO=53;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668123;STB=0.542112;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0200259;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:6:9:29:24:6:9:29:24 chr6 26745286 . A G 182.72 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0282741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.72;QD=9.74485;RBI=0.0305839;REFB=0.0111823;REVB=-0.0116598;RO=51;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104633;STB=0.561411;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0337788;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:13:11:28:23:13:11:28:23 chr6 26758631 . AT GC 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0306462;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.859;QD=3.79128;RBI=0.0474421;REFB=-0.00411596;REVB=-0.0362156;RO=54;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329055;STB=0.720722;STBP=0.134;TYPE=mnp;VARB=0.0150605;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:8:3:29:25:8:3:29:25 chr6 26758634 . ATGC TCAA 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0726067;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=206.973;QD=4.1161;RBI=0.0733824;REFB=0.00158049;REVB=-0.0106412;RO=51;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362337;STB=0.739455;STBP=0.094;TYPE=mnp;VARB=-0.00448734;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:8:3:29:22:8:3:29:22 chr6 27107610 . G A 340.22 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00411145;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.631;QD=17.6739;RBI=0.0084787;REFB=-0.0122807;REVB=0.00741515;RO=41;SAF=25;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186735;STB=0.604935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0134652;OID=.;OPOS=27107610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:41:36:36:0.467532:11:25:21:20:11:25:21:20 chr6 27107865 . G A 210.72 PASS AF=0.703704;AO=16;DP=28;FAO=19;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00740691;FXX=0.0357015;HRUN=7;LEN=1;MLLD=202.743;QD=31.2182;RBI=0.0858133;REFB=-0.0113539;REVB=-0.0854931;RO=3;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031269;STB=0.524246;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00158366;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:28:27:3:4:16:19:0.703704:4:12:2:1:7:12:2:2 chr6 27181610 . G A 462.24 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.043;QD=57.7795;RBI=0.0828426;REFB=0;REVB=0.0327474;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79612e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:17:12:0:0:18:14:0:0 chr6 27181701 . T C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0707;QD=62.9681;RBI=0.0536224;REFB=0;REVB=-0.0519148;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623978;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr6 27261700 . C G 2571.44 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205525;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.878;QD=61.9625;RBI=0.0226765;REFB=0;REVB=0.00958229;RO=0;SAF=81;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230782;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:84:81:0:0:84:82:0:0 chr6 27263252 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.147;QD=58.9627;RBI=0.0158378;REFB=0;REVB=-0.000451791;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83069e-05;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr6 27271636 . T C 607.72 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.00179722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.241;QD=15.888;RBI=0.00564419;REFB=-0.00700439;REVB=0.00535041;RO=85;SAF=29;SAR=38;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15512;STB=0.589464;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0101798;OID=.;OPOS=27271636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:86:67:67:0.437908:38:29:50:35:38:29:51:35 chr6 27277402 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.543;QD=55.0987;RBI=0.0243562;REFB=0;REVB=-0.0210403;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184003;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr6 27277665 . G A 967.39 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.273;QD=56.0803;RBI=0.0492356;REFB=-0.0726612;REVB=0.041664;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842368;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00433786;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:69:2:1:66:68:0.985507:32:34:1:1:33:35:0:1 chr6 27279632 . C A 234.26 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00826006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9594;QD=13.0146;RBI=0.0207268;REFB=-0.0299984;REVB=-0.0190097;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256539;STB=0.502023;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0463999;OID=.;OPOS=27279632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:42:44:28:28:0.388889:12:16:25:17:12:16:25:19 chr6 27302765 . T C 926.61 PASS AF=0.984615;AO=65;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110665;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.906;QD=57.022;RBI=0.0151994;REFB=-0.0690873;REVB=0.010419;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000189539;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:65:64:0.984615:32:33:1:0:31:33:1:0 chr6 27327349 . C G 491.1 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00357148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5172;QD=19.8426;RBI=0.0160779;REFB=-0.0159998;REVB=0.0156762;RO=51;SAF=18;SAR=30;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128421;STB=0.571398;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0173278;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:30:18:26:25:30:18:26:25 chr6 27356647 . G A 577.43 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0337039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.618;QD=26.8573;RBI=0.0339463;REFB=-0.026687;REVB=0.00405016;RO=34;SAF=23;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207199;STB=0.511298;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0181316;OID=.;OPOS=27356647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:29:23:16:18:29:23:16:18 chr6 27356867 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.722;QD=56.8271;RBI=0.0107039;REFB=-0.00692125;REVB=-0.00231146;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000129774;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:0:1:33:31:0:1 chr6 27356902 . A G 238.43 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00595991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3347;QD=14.0254;RBI=0.0619969;REFB=-0.00534096;REVB=-0.0617097;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456088;STB=0.519637;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0218364;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:17:11:17:22:17:11:17:23 chr6 27356925 . T G 359.2 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0183363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.505;QD=22.8061;RBI=0.0267318;REFB=-0.0231401;REVB=0.0194518;RO=27;SAF=9;SAR=26;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174286;STB=0.599941;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.011573;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:27:35:36:0.571429:26:9:12:15:27:9:12:15 chr6 27369873 . C T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0275831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.841;QD=7.74648;RBI=0.0289517;REFB=-6.97831e-05;REVB=0.00879609;RO=42;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177114;STB=0.608155;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000739834;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:11:5:19:23:11:5:19:23 chr6 27369892 . C T 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0209372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1228;QD=8.56756;RBI=0.028011;REFB=0.000472888;REVB=-0.0186077;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157388;STB=0.596401;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00402875;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:18:19:9:5:18:19 chr6 27370046 . T G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00622203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.638;QD=13.6609;RBI=0.00629647;REFB=0.00629641;REVB=-0.000965359;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302938;STB=0.677704;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.017255;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:12:9:10:4:12:9 chr6 27371011 . C T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00151366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.886;QD=13.2112;RBI=0.00609303;REFB=-0.020647;REVB=0.00590202;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198983;STB=0.616766;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0333621;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:10:12:5:9:10:12 chr6 27371193 . G A 231.84 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0111314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2939;QD=14.9572;RBI=0.0153953;REFB=-0.00855516;REVB=-0.0106352;RO=35;SAF=6;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17642;STB=0.60722;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0104502;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:26:27:0.435484:20:6:13:22:21:6:13:22 chr6 27420588 . G A 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00710115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.099;QD=29.8274;RBI=0.0134982;REFB=-0.00400718;REVB=0.0114794;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146415;STB=0.581292;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00232757;OID=.;OPOS=27420588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:2:4:6:10:2:4 chr6 27425185 . C A 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0114455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.177;QD=12.3036;RBI=0.0209317;REFB=-0.00906228;REVB=0.0175253;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969568;STB=0.555514;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0108121;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:16:10:13:30:16:10:13:30 chr6 27435707 . G A 216.55 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00933159;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.4235;QD=22.2099;RBI=0.0520196;REFB=0.039012;REVB=0.0511757;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.033383;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:10:8:7:14:10:8 chr6 27470810 . G C 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00886802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4723;QD=22.7105;RBI=0.00919079;REFB=0.0224339;REVB=-0.00241428;RO=41;SAF=27;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103447;STB=0.556938;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0109898;OID=.;OPOS=27470810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:21:27:18:23:21:27:18:23 chr6 27471515 . A G 489.32 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000950009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.257;QD=27.567;RBI=0.0125319;REFB=0.00480573;REVB=0.0124959;RO=26;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409419;STB=0.522283;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00386599;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:20:25:16:10:20:25:16:10 chr6 27515585 . C T 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00189869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.7;QD=7.66789;RBI=0.00700829;REFB=0.00436171;REVB=0.00674619;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433452;STB=0.762773;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00963262;OID=.;OPOS=27515585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:4:8:10:25:4:8:10:25 chr6 27586122 . T C 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0242543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8149;QD=23.7568;RBI=0.024283;REFB=0.0218868;REVB=-0.00118079;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816934;STB=0.54542;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0173773;OID=.;OPOS=27586122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:14:8:12:14:14:8 chr6 27586181 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00659777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.03;QD=22.7217;RBI=0.00707296;REFB=-0.0211992;REVB=0.00254877;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685132;STB=0.537748;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0167603;OID=.;OPOS=27586181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:12:19:16:7:12:19:16:7 chr6 27652478 . C G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00449076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.44;QD=22.9824;RBI=0.00594557;REFB=0.0007946;REVB=-0.00389652;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412452;STB=0.523058;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.000677121;OID=.;OPOS=27652478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:8:17:14:8:8:17:14:8 chr6 27688927 . G A 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.981;QD=59.6748;RBI=0.0424507;REFB=0;REVB=0.0166536;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143217;OID=.;OPOS=27688927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr6 27688930 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.38;QD=59.3227;RBI=0.0253689;REFB=0;REVB=0.00973299;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91788e-05;OID=.;OPOS=27688930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr6 27696359 . C T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0299071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.259;QD=10.9438;RBI=0.0313677;REFB=0.00262336;REVB=0.00946035;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194983;STB=0.591457;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00291318;OID=.;OPOS=27696359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:37:19:20:0.350877:7:12:17:20:8:12:17:20 chr6 27721168 . G A 233.36 PASS AF=0.4;AO=18;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0573626;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6558;QD=13.3347;RBI=0.0690134;REFB=-0.0528136;REVB=0.0383717;RO=40;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245365;STB=0.507241;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0881607;OID=.;OPOS=27721168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:18:28:0.4:13:5:19:21:14:14:20:21 chr6 27775674 . A G 434.86 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0312053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.266;QD=20.9573;RBI=0.0336034;REFB=-0.0138718;REVB=0.0124667;RO=40;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162411;STB=0.589574;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00932473;OID=.;OPOS=27775674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:22:21:27:13:22:21:27:13 chr6 27775697 . G C 306.52 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0414001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8316;QD=18.0303;RBI=0.0515294;REFB=-0.0291513;REVB=-0.0306807;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.647332;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.033929;OID=.;OPOS=27775697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:20:13:24:11:20:13:24:11 chr6 27776002 . C T 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0117367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.264;QD=1.88401;RBI=0.0155412;REFB=-0.00293269;REVB=0.0101872;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38224;STB=0.789396;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0413264;OID=.;OPOS=27776002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:73:74:9:9:0.108434:7:2:40:33:7:2:41:33 chr6 27782528 . T C 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00270201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.901;QD=4.65378;RBI=0.0135482;REFB=0.000603638;REVB=0.013276;RO=47;SAF=9;SAR=2;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367858;STB=0.746797;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00270037;OID=.;OPOS=27782528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:2:9:26:21:2:9:26:21 chr6 27782535 . C T 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00573787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.762;QD=4.98688;RBI=0.0150966;REFB=-0.00102579;REVB=0.0139637;RO=45;SAF=9;SAR=2;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365801;STB=0.74387;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.009271;OID=.;OPOS=27782535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:2:9:25:20:2:9:25:20 chr6 27782538 . T A 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0113232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.09;QD=4.98689;RBI=0.0122804;REFB=-0.00449993;REVB=-0.00475332;RO=45;SAF=9;SAR=2;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365801;STB=0.74387;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0150322;OID=.;OPOS=27782538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:2:9:25:20:2:9:25:20 chr6 27782559 . A G 524.25 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0311798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6306;QD=41.9403;RBI=0.0372865;REFB=-0.0152685;REVB=-0.0204475;RO=11;SAF=22;SAR=17;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107143;STB=0.557643;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00184398;OID=.;OPOS=27782559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:11:11:39:39:0.78:17:22:9:2:17:22:9:2 chr6 27792163 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00807173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.313;QD=14.0975;RBI=0.00817949;REFB=0.00573848;REVB=-0.00132339;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.617473;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0052054;OID=.;OPOS=27792163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:12:6:7:6:12:6 chr6 27792221 . C T 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0205338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6115;QD=21.5091;RBI=0.020557;REFB=-0.00381011;REVB=0.000976176;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245556;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00180366;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:6:12:5:9:6:12:6:9 chr6 27792228 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00376384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.507;QD=23.3816;RBI=0.0188885;REFB=-0.0100993;REVB=-0.0185097;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157268;STB=0.588141;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00654202;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:6:8:7:12:6:8 chr6 27792232 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00478445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.969;QD=14.6497;RBI=0.0107563;REFB=-0.0239701;REVB=-0.00963365;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198995;STB=0.615223;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00982044;OID=.;OPOS=27792232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:12:7:8:6:12:7 chr6 27833174 . A G 284.67 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0232476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4984;QD=23.7228;RBI=0.0232585;REFB=-0.00303146;REVB=0.000712391;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133033;STB=0.574266;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00192523;OID=.;OPOS=27833174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:11:11:9:17:11:11 chr6 27839746 . T C 732.51 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0284754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9744;QD=51.4043;RBI=0.0463463;REFB=-0.103576;REVB=0.0365668;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378168;STB=0.511807;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00216853;OID=.;OPOS=27839746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:30:24:1:1:30:24:2:1 chr6 27858421 . A G 194.17 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.000588268;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7339;QD=15.8502;RBI=0.0548367;REFB=0.000462915;REVB=-0.0548336;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208926;STB=0.619603;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00156089;OID=.;OPOS=27858421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:10:19:9:11:10:19 chr6 27879551 . C G 84.88 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00319586;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.445;QD=19.9711;RBI=0.00326156;REFB=-0.0193362;REVB=0.000651373;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.685302;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0117702;OID=.;OPOS=27879551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:7:7:9:10:0.588235:2:7:3:4:2:8:3:4 chr6 27925456 . T C 329.96 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0158488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4259;QD=16.2941;RBI=0.0264813;REFB=-0.00937328;REVB=0.021215;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475084;STB=0.533908;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0108349;OID=.;OPOS=27925456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:17:18:21:24:17:19:21:24 chr6 27925827 . A G 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00533576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.957;QD=18.4686;RBI=0.0133268;REFB=-0.00470308;REVB=0.0122121;RO=58;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563052;STB=0.531178;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00503737;OID=.;OPOS=27925827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:27:28:26:32:27:28:26:32 chr6 28056646 . T G 393.22 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0167413;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.526;QD=19.4182;RBI=0.0205884;REFB=-0.0194781;REVB=-0.0119837;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101032;STB=0.505615;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0218591;OID=.;OPOS=28056646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:22:18:18:23:22:18:18:23 chr6 28059020 . G A 1952.41 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.981;QD=61.9812;RBI=0.0469775;REFB=0;REVB=0.0453514;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94136e-05;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:68:57:0:0:69:57:0:0 chr6 28059217 . G C 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.574;QD=61.3741;RBI=0.034758;REFB=0;REVB=0.0335616;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102564;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr6 28104634 . G T 2356.52 PASS AF=0.98125;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0106857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.059;QD=58.9129;RBI=0.0353397;REFB=0.00258811;REVB=0.0336854;RO=2;SAF=100;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163975;STB=0.512819;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=3.37244e-06;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:160:2:3:157:157:0.98125:57:100:0:2:57:100:0:3 chr6 28120898 . G A 871.96 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272349;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.346;QD=58.1307;RBI=0.0382786;REFB=0;REVB=0.0268982;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24924e-05;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr6 28134582 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0166413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.035;QD=14.8958;RBI=0.0166726;REFB=-0.00486491;REVB=0.00101978;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285564;STB=0.660102;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00582063;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:11:33:15:17:11:33 chr6 28219270 . G A 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000564175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9277;QD=60.2549;RBI=0.0149133;REFB=0;REVB=-0.0149027;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16726e-05;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr6 28219661 . G A 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0109597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8482;QD=13.7728;RBI=0.0538406;REFB=0.0482707;REVB=0.0527133;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103332;STB=0.559938;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0723383;OID=.;OPOS=28219661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:12:19:14:6:12:19 chr6 28227436 . A G 952.25 PASS AF=0.590278;AO=83;DP=144;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.000453023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.091;QD=26.4513;RBI=0.00709703;REFB=-0.0104009;REVB=0.00708255;RO=57;SAF=28;SAR=55;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149654;STB=0.573977;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00652793;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:57:59:83:85:0.590278:55:28:30:27:55:30:31:28 chr6 28227604 . C A 150.17 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0282582;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8015;QD=24.0278;RBI=0.0299665;REFB=-0.0561729;REVB=0.00997312;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142995;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0349935;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:6:4:9:6:6:4 chr6 28227633 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.025776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.663;QD=9.76016;RBI=0.0510541;REFB=0.00395526;REVB=0.0440695;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.01015;OID=.;OPOS=28227633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr6 28228342 . A G 306.46 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00622876;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.831;QD=22.2878;RBI=0.00946287;REFB=-0.00705109;REVB=0.0071238;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531914;STB=0.529393;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00573184;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:14:10:15:16:14:10 chr6 28239915 . G A 240.91 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0042499;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.96;QD=27.5325;RBI=0.0287948;REFB=0.015629;REVB=0.0284795;RO=13;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251329;STB=0.639866;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00955692;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:13:22:22:0.628571:6:16:5:8:6:16:5:8 chr6 28239932 . T TG 419.77 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1017;QD=47.9734;RBI=0.021186;REFB=0;REVB=0.00424635;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000539726;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:35:35:0:21:14:0:0:7:2:20:14:2:0 chr6 28264681 . G A 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.000787195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.983;QD=16.9884;RBI=0.0172417;REFB=-0.00846675;REVB=-0.0172238;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654391;STB=0.536654;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0121921;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:19:29:21:18:19:29 chr6 28269407 . G A 164.46 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00583141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.108;QD=13.7046;RBI=0.0260591;REFB=-0.0182886;REVB=-0.0253982;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186249;STB=0.609247;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0245935;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:13:17:13:5:13:17 chr6 28269663 . A G 1301.9 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.149;QD=61.9952;RBI=0.0366389;REFB=0;REVB=0.00158385;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151542;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr6 28270064 . T A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0062679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.362;QD=15.5754;RBI=0.00711769;REFB=-0.0335432;REVB=-0.00337268;RO=31;SAF=5;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300459;STB=0.672413;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0214175;OID=.;OPOS=28270064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:20:5:14:17:20:5:14:17 chr6 28294550 . T C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.591;QD=59.5373;RBI=0.0423795;REFB=0.0963697;REVB=0.0138516;RO=1;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956315;STB=0.505049;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000148675;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:49:29:0:1:49:29:0:1 chr6 28297313 . T A 666.23 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0115452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4278;QD=20.9836;RBI=0.0166923;REFB=3.56412e-05;REVB=-0.0120558;RO=61;SAF=32;SAR=34;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946604;STB=0.551973;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-3.05724e-05;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:34:32:23:38:34:32:23:38 chr6 28328293 . G A 361.43 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00290276;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.508;QD=20.0794;RBI=0.00757958;REFB=0.00266328;REVB=0.00700172;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992694;STB=0.555027;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0026106;OID=.;OPOS=28328293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:21:14:19:18:21:14 chr6 28328391 . CTT C 180.21 PASS AF=0.446154;AO=27;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00599642;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=44.8615;QD=11.0895;RBI=0.00979055;REFB=-0.0052605;REVB=-0.00773937;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107759;STB=0.542827;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.00613515;OID=.;OPOS=28328392;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:27:65:29:65:36:10:19:15:21:99:33:8:19:13:20 chr6 28328683 . G A 616.3 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00871598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.382;QD=17.3606;RBI=0.00873987;REFB=-0.019974;REVB=-0.000645862;RO=78;SAF=31;SAR=33;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225717;STB=0.512562;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0208788;OID=.;OPOS=28328683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:33:31:36:42:33:31:36:42 chr6 28328791 . CA C,CC 252.31 PASS AF=0.355263,0.0526316;AO=27,4;DP=75;FAO=27,4;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=8,0;FSAR=19,4;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0223809,0.0234112;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.6795,33.5041;QD=13.2794;RBI=0.0225308,0.041535;REFB=-0.0115406,-0.0131551;REVB=0.00259481,0.0343084;RO=43;SAF=8,0;SAR=19,4;SRF=10;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0855854,-0.464227;STB=0.558099,0.996043;STBP=0.53,0.194;TYPE=del,snp;VARB=0.00837432,0.0354951;OID=.,.;OPOS=28328792,28328792;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355263,0.0526316:27,4:75:27,4:76:45:8,0:19,4:10:35:99:43:8,0:19,4:10:33 chr6 28329037 . C G 173.75 PASS AF=0.4;AO=14;DP=47;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0573913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9679;QD=13.9002;RBI=0.0982934;REFB=-0.0602142;REVB=0.0797987;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166227;STB=0.53009;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0910816;OID=.;OPOS=28329037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:30:30:14:20:0.4:5:9:15:15:11:9:15:15 chr6 28331094 . G A 252.43 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00112453;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.18;QD=33.6567;RBI=0.00295393;REFB=-0.0051326;REVB=-0.00273151;RO=8;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.588152;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00178613;OID=.;OPOS=28331094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:8:8:22:22:0.733333:15:7:5:3:15:7:5:3 chr6 28331127 . AA GC 305.39 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362908;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=228.339;QD=53.1117;RBI=0.0403847;REFB=0;REVB=0.0177173;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.79808e-05;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr6 28333396 . T C 254.13 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0162294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.068;QD=17.5265;RBI=0.0258264;REFB=-0.0146803;REVB=0.02009;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164767;STB=0.607066;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.010134;OID=.;OPOS=28333396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:27:28:0.482759:16:11:17:12:17:11:18:12 chr6 28358320 . A G 1290.88 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.253;QD=60.7471;RBI=0.0337125;REFB=-0.143626;REVB=0.0230426;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428048;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:85:1:0:83:85:1:46:37:0:1:47:38:0:0 chr6 28358335 . G C 1115.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.65;QD=60.2722;RBI=0.026461;REFB=0;REVB=0.00139745;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76014e-05;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:41:30:0:0:42:32:0:0 chr6 28358893 . T C 424.77 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0180705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2072;QD=18.8787;RBI=0.0371825;REFB=-0.00982714;REVB=0.032496;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102262;STB=0.556903;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0151532;OID=.;OPOS=28358893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:27:20:23:20:27:20 chr6 28359170 . A G 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0099362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.117;QD=58.2274;RBI=0.00993639;REFB=-0.0696626;REVB=6.12856e-05;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000270708;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:69:71:0.986111:35:34:1:0:35:36:1:0 chr6 28402260 . T C 47.81 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0224059;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.553;QD=10.066;RBI=0.0802664;REFB=-0.0181256;REVB=0.0770757;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324104;STB=0.69515;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0109141;OID=.;OPOS=28402260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:3:9:3:4:3:9 chr6 28456854 . A G 192.18 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00254719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.93;QD=16.0146;RBI=0.0259068;REFB=-0.0489645;REVB=0.0257813;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158565;STB=0.59082;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0345479;OID=.;OPOS=28456854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:11:17:9:11:11:17 chr6 28483482 . A C 492.66 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.000349168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.772;QD=17.4393;RBI=0.0137434;REFB=-0.00943185;REVB=-0.0137389;RO=60;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128558;STB=0.575588;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0106696;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:60:52:53:0.469027:26:26:22:38:26:27:22:38 chr6 28542424 . G A 410.69 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.357;QD=56.6469;RBI=0.0521156;REFB=0;REVB=-0.00144292;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070204;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr6 28542520 . C T 1146.9 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.098;QD=60.3632;RBI=0.0138921;REFB=0;REVB=0.0135882;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44021e-05;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:38:38:0:0 chr6 28543264 . C T 208.73 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0123276;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.318;QD=16.3711;RBI=0.0262554;REFB=0.0113769;REVB=0.0231814;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.529387;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00989271;OID=.;OPOS=28543264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:27:22:24:0.470588:12:10:9:13:12:12:12:15 chr6 28601934 . A T 538.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.289;QD=59.7969;RBI=0.026833;REFB=0;REVB=0.0239204;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190939;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 28616066 . T A 902.86 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.931;QD=58.2491;RBI=0.0347546;REFB=0;REVB=0.0325062;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15022e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:43:18:0:0:44:18:0:0 chr6 28626098 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=57.2026;RBI=0.0245631;REFB=0;REVB=-0.0159682;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201625;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 28641689 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0172246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.797;QD=16.5041;RBI=0.0316463;REFB=-0.0212652;REVB=-0.0265481;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484183;STB=0.535687;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.014742;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:13:13:13:16:13:13:13:17 chr6 28663716 . A G 989.84 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.433;QD=59.0948;RBI=0.00534278;REFB=0;REVB=-0.00458374;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43861e-05;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr6 28663754 . T C 1208.45 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.634;QD=61.1876;RBI=0.0602175;REFB=0;REVB=0.0254158;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359887;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr6 28678357 . T C 712.61 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128605;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.043;QD=63.343;RBI=0.021306;REFB=0;REVB=0.0169868;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132093;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr6 28687469 . G A 67.44 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0922126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5262;QD=8.17491;RBI=0.0959587;REFB=-0.0303858;REVB=-0.0265504;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.633889;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0319173;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:31:33:21:22:10:11:0.333333:3:7:11:10:3:8:12:10 chr6 28687489 . A G 287.89 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00873918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.28;QD=25.0339;RBI=0.0255101;REFB=-0.0154678;REVB=0.0239665;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028511;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0111231;OID=.;OPOS=28687489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:20:26:26:0.565217:14:12:9:9:14:12:11:9 chr6 28687542 . T C 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.061;QD=63.5619;RBI=0.0445283;REFB=0;REVB=0.0413464;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113627;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr6 28693844 . C T 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00232125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.185;QD=16.5066;RBI=0.0309236;REFB=0.0129843;REVB=0.0308363;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128137;STB=0.507201;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0167375;OID=.;OPOS=28693844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:20:19:25:25:20:19:25:25 chr6 28697086 . C T 210.18 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.010195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.146;QD=15.569;RBI=0.0102272;REFB=-0.00867228;REVB=0.000810685;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258799;STB=0.514694;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00835156;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:12:18:15:9:12:18 chr6 28703244 . T C 1768.02 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=123;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0168453;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.099;QD=58.4471;RBI=0.0235016;REFB=-0.0152185;REVB=0.0163879;RO=3;SAF=48;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287569;STB=0.515149;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=1.5912e-05;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:121:3:3:118:118:0.975207:70:48:3:0:70:48:3:0 chr6 28703281 . T C 675.04 PASS AF=0.540984;AO=65;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00864315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.877;QD=22.1325;RBI=0.00988296;REFB=0.00162892;REVB=0.00479257;RO=54;SAF=26;SAR=39;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257221;STB=0.50052;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00111119;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:56:65:66:0.540984:39:26:20:34:40:26:22:34 chr6 28715516 . C G 359.33 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.000545227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.022;QD=12.949;RBI=0.00541569;REFB=-0.0208977;REVB=0.00538818;RO=67;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262069;STB=0.505686;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0257057;OID=.;OPOS=28715516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:68:43:43:0.387387:23:20:31:36:23:20:31:37 chr6 28715537 . T C 349.23 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0153901;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.62;QD=12.6993;RBI=0.0157141;REFB=-0.00955061;REVB=0.00317485;RO=68;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543248;STB=0.530882;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0196648;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:68:68:42:42:0.381818:22:20:29:39:22:20:29:39 chr6 28715564 . C G 348.43 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0118395;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.499;QD=12.6703;RBI=0.0124012;REFB=-0.0218386;REVB=-0.0036901;RO=69;SAF=14;SAR=28;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350524;STB=0.523479;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0245115;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:69:68:42:42:0.381818:28:14:25:44:28:14:25:43 chr6 28715583 . C T 352.88 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0192856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4882;QD=13.1919;RBI=0.032096;REFB=-0.0113136;REVB=0.0256558;RO=65;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415094;STB=0.502355;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.017422;OID=.;OPOS=28715583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:26:16:25:40:26:16:25:40 chr6 28715604 . G C 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4271;QD=59.9226;RBI=0.043403;REFB=0;REVB=0.00802265;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154922;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr6 28726163 . CG C 71.87 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.10068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.7927;QD=11.9785;RBI=0.111262;REFB=0.00975464;REVB=-0.0473569;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872281;STB=0.533274;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=-0.0190822;OID=.;OPOS=28726164;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:23:11:24:13:4:7:4:9:71:13:3:7:4:9 chr6 28732209 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00255993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.181;QD=19.3147;RBI=0.00366463;REFB=0.00213653;REVB=0.00262227;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933346;STB=0.551908;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00236114;OID=.;OPOS=28732209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:25:19:25:22:25:19:25:22 chr6 28758580 . TTTG T 432.25 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00594318;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=3;MLLD=274.405;QD=41.1671;RBI=0.0107455;REFB=0.0102612;REVB=-0.00895234;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=-0.000489425;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:39:43:40:42:2:13:27:1:1:4:0:12:27:0:0 chr6 28770596 . A AC 856.6 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4554;QD=46.937;RBI=0.154423;REFB=0;REVB=0.00273892;RO=3;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00341293;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:74:73:73:0:42:31:0:0:15:3:41:29:1:2 chr6 28775664 . C T 457.8 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.013737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.209;QD=17.7785;RBI=0.0157774;REFB=-0.00164801;REVB=0.00776029;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188877;STB=0.510494;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00167863;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:29:20:21:33:29:20:21:33 chr6 28779887 . C G 231.54 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00727335;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.32;QD=14.033;RBI=0.00877821;REFB=-0.0155145;REVB=-0.0049148;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590881;STB=0.503368;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0204902;OID=.;OPOS=28779887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:20:19:13:14:20:19 chr6 28779933 . G A 396.1 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0167644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.217;QD=19.0891;RBI=0.016768;REFB=-0.0109359;REVB=-0.00035153;RO=42;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496058;STB=0.519533;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0106589;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:40:41:0.493976:24:16:19:23:24:17:19:23 chr6 28785085 . C T 787.36 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9524;QD=56.2398;RBI=0.0310044;REFB=0;REVB=-0.0136389;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44076e-05;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr6 28791134 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.856;QD=56.9569;RBI=0.0358288;REFB=0;REVB=0.0200587;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165219;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr6 28791150 . A C 173.54 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0572871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3836;QD=12.855;RBI=0.0572944;REFB=-0.000325068;REVB=-0.000916835;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233046;STB=0.633388;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00244704;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:10:11:10:23:10:11:10:23 chr6 28806218 . G A 375.33 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3272;QD=55.6047;RBI=0.0994886;REFB=0;REVB=0.0911147;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012469;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr6 28831535 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0472789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9876;QD=15.2677;RBI=0.0667855;REFB=0.00201464;REVB=0.0471699;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201407;STB=0.614368;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000690647;OID=.;OPOS=28831535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:15:18:9:17:15:18 chr6 28849157 . T C 468.18 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.001871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7136;QD=12.6535;RBI=0.0404562;REFB=-0.00606812;REVB=-0.0404129;RO=91;SAF=21;SAR=33;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130735;STB=0.56516;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0137766;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:94:54:54:0.364865:33:21:46:45:33:21:46:48 chr6 28864100 . C T 185.45 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0127028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6306;QD=13.737;RBI=0.0306866;REFB=0.0221538;REVB=0.027934;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151068;STB=0.586132;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.03079;OID=.;OPOS=28864100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:10:22:12:10:10:22 chr6 28911802 . G A 834.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3152;QD=57.5386;RBI=0.080279;REFB=0;REVB=0.0126785;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122699;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr6 28912076 . C T 597.63 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00454606;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.07;QD=22.1343;RBI=0.0228145;REFB=-0.0193509;REVB=0.0223569;RO=49;SAF=32;SAR=27;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772536;STB=0.542359;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0145396;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:49:49:59:59:0.546296:27:32:22:27:27:32:22:27 chr6 28912345 . G C 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00443174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9979;QD=13.9499;RBI=0.0346748;REFB=-0.0144126;REVB=0.0343904;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929791;STB=0.55274;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0270235;OID=.;OPOS=28912345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:14:19:33:17:14:19:33:17 chr6 28912437 . T C 531.06 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0138313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.602;QD=22.8415;RBI=0.0222197;REFB=-0.0200576;REVB=-0.0173899;RO=42;SAF=28;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303526;STB=0.511745;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0152404;OID=.;OPOS=28912437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:22:28:22:20:22:28:23:20 chr6 28945520 . G A 440.34 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0418321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.757;QD=16.9361;RBI=0.0418988;REFB=-0.00725246;REVB=0.00236315;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578379;STB=0.503224;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00954645;OID=.;OPOS=28945520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:22:26:30:26:22:26:30:26 chr6 28949529 . A G 576.96 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0244881;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9712;QD=19.725;RBI=0.0577693;REFB=-0.00716664;REVB=0.0523224;RO=58;SAF=26;SAR=33;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723924;STB=0.539886;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00604992;OID=.;OPOS=28949529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:58:59:59:0.504274:33:26:21:37:33:26:21:37 chr6 28963248 . T G 3238.5 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732397;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0628;QD=61.6856;RBI=0.00735559;REFB=-0.0134998;REVB=-0.000681288;RO=1;SAF=104;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07537e-05;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:210:1:0:209:210:1:105:104:0:1:106:104:0:0 chr6 28964086 . G A 438.28 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0123511;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.605;QD=18.6501;RBI=0.0192553;REFB=-0.00540082;REVB=-0.0147721;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472354;STB=0.538444;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00904006;OID=.;OPOS=28964086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:50:44:44:0.468085:18:26:26:22:18:26:26:24 chr6 29068759 . C A 2440.67 PASS AF=1;AO=158;DP=162;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234331;FXX=0.0304859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5339;QD=61.4005;RBI=0.0243673;REFB=0;REVB=-0.00668235;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186487;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:162:159:0:0:158:159:1:88:70:0:0:89:70:0:0 chr6 29069337 . A T 3977.12 PASS AF=0.995984;AO=219;DP=250;FAO=248;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000208573;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.717;QD=63.8894;RBI=0.0540857;REFB=0;REVB=0.0540853;RO=0;SAF=110;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123547;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:250:249:0:0:219:248:0.995984:109:110:0:0:137:111:0:0 chr6 29080004 . A G 1704.65 PASS AF=0.543046;AO=163;DP=303;FAO=164;FDP=302;FR=.;FRO=138;FSAF=62;FSAR=102;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=-0.0400099;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.484;QD=22.5782;RBI=0.0401839;REFB=-0.0152108;REVB=-0.00373645;RO=139;SAF=62;SAR=101;SRF=56;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200646;STB=0.513392;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0164894;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:139:138:163:164:0.543046:101:62:56:83:102:62:56:82 chr6 29080344 . G A 3076.35 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120237;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.178;QD=61.2209;RBI=0.0122319;REFB=-0.0537216;REVB=-0.0022474;RO=1;SAF=105;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269594;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:201:1:0:199:201:1:94:105:1:0:94:107:0:0 chr6 29080349 . A G 3133.61 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.541;QD=61.7461;RBI=0.01626;REFB=0;REVB=0.0160788;RO=0;SAF=108;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3036e-05;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:95:108:0:0:95:108:0:0 chr6 29080450 . G A 2658.94 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7493;QD=62.1975;RBI=0.0440205;REFB=0;REVB=0.043956;RO=0;SAF=89;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167696;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:82:89:0:0:82:89:0:0 chr6 29141743 . A G 3858.0 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9819;QD=63.7685;RBI=0.0312867;REFB=0;REVB=0.00991267;RO=0;SAF=96;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15314e-05;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:242:0:0:242:242:1:146:96:0:0:146:96:0:0 chr6 29141772 . A G 3921.07 PASS AF=0.991968;AO=247;DP=249;FAO=247;FDP=249;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=153;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0253087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.891;QD=62.989;RBI=0.0253584;REFB=-0.0735729;REVB=-0.00158654;RO=2;SAF=94;SAR=153;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193845;STB=0.501017;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00124764;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:249:249:2:2:247:247:0.991968:153:94:1:1:153:94:1:1 chr6 29275507 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.017752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.35;QD=14.5588;RBI=0.0251319;REFB=0.00244975;REVB=0.0177898;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29444;STB=0.668335;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00276178;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:19:7:19:16:19:7:19:16 chr6 29323259 . G A 724.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.097;QD=56.8276;RBI=0.0744155;REFB=0;REVB=0.073386;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101466;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:25:23:0:0:28:23:0:0 chr6 29323905 . A C 206.56 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0661706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0638;QD=13.1149;RBI=0.0677032;REFB=0.00990922;REVB=0.014324;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623551;STB=0.535686;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0128345;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:16:22:13:12:16:22 chr6 29342630 . C T 481.03 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0337861;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.931;QD=22.6365;RBI=0.0353188;REFB=-0.0193654;REVB=-0.0102915;RO=39;SAF=21;SAR=25;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149085;STB=0.581775;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0189912;OID=.;OPOS=29342630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:25:21:11:28:25:21:11:28 chr6 29364787 . C T 1725.17 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0715816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9066;QD=57.9888;RBI=0.0786115;REFB=-0.104698;REVB=0.0324937;RO=3;SAF=49;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119521;STB=0.506296;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00256215;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:3:3:116:116:0.97479:67:49:2:1:67:49:2:1 chr6 29385237 . T C 628.82 PASS AF=0.451389;AO=66;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.0422427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5214;QD=17.4671;RBI=0.0445481;REFB=0.000672314;REVB=0.0141451;RO=77;SAF=33;SAR=33;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132484;STB=0.561866;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000240979;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:79:66:65:0.451389:33:33:28:49:33:32:30:49 chr6 29523676 . C G 994.45 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0489317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3861;QD=57.649;RBI=0.0496609;REFB=-0.0835834;REVB=-0.00847911;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00139772;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:30:37:0:0:30:38:1:0 chr6 29555778 . A G 842.45 PASS AF=0.541096;AO=78;DP=145;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.000891584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.323;QD=23.0807;RBI=0.00417223;REFB=-0.0039746;REVB=0.00407586;RO=66;SAF=35;SAR=43;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304744;STB=0.510116;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00360574;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:66:67:78:79:0.541096:43:35:32:34:43:36:32:35 chr6 29555809 . C T 2111.89 PASS AF=0.965035;AO=138;DP=143;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0852421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2406;QD=59.0737;RBI=0.0861353;REFB=-0.0757548;REVB=0.012372;RO=4;SAF=71;SAR=67;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260281;STB=0.517004;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.014002;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:143:143:4:5:138:138:0.965035:67:71:4:0:67:71:5:0 chr6 29555864 . C T 687.04 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.000754955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.771;QD=18.8229;RBI=0.00784575;REFB=-0.027953;REVB=0.00780934;RO=77;SAF=44;SAR=25;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667542;STB=0.537026;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0354079;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:25:44:44:33:25:44:44:33 chr6 29556633 . G C 507.3 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0131471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.787;QD=16.4976;RBI=0.0131941;REFB=-0.0118275;REVB=0.00111304;RO=68;SAF=26;SAR=29;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157392;STB=0.587634;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0138957;OID=.;OPOS=29556633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:68:55:55:0.447154:29:26:43:25:29:26:43:25 chr6 29570841 . A G 244.35 PASS AF=0.509434;AO=24;DP=50;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0077329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.49;QD=18.4413;RBI=0.0117246;REFB=-0.0215156;REVB=-0.00881304;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704917;STB=0.518505;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0175897;OID=.;OPOS=29570841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:26:26:24:27:0.509434:17:7:6:20:20:7:6:20 chr6 29571373 . GC CG 39.67 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=45;FAO=5;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0103467;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=151.225;QD=3.5263;RBI=0.197846;REFB=-0.00241568;REVB=-0.197575;RO=34;SAF=0;SAR=6;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.821425;STB=0.917512;STBP=0.271;TYPE=mnp;VARB=0.0279924;OID=.;OPOS=29571373;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:45:45:34:37:6:5:0.111111:6:0:30:4:4:1:30:7 chr6 29576393 . A G 271.86 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0181353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4794;QD=17.2609;RBI=0.0555201;REFB=-0.0365879;REVB=-0.0524747;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356671;STB=0.529392;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0364068;OID=.;OPOS=29576393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:30:30:0.47619:12:18:18:14:12:18:18:15 chr6 29625001 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2782;QD=57.5449;RBI=0.0184891;REFB=0;REVB=0.0057673;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221509;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr6 29634003 . G C 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0301691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.237;QD=13.9499;RBI=0.0420235;REFB=-0.0109117;REVB=-0.0292541;RO=49;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151042;STB=0.593162;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0181943;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:22:11:23:26:22:11:24:26 chr6 29634012 . A G 1347.53 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.27;QD=61.9554;RBI=0.00761136;REFB=0;REVB=0.00496623;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99617e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr6 29691857 . C G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0204828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.76;QD=12.0205;RBI=0.0235995;REFB=-0.00113114;REVB=0.0117214;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268001;STB=0.656931;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00161403;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:17:8:8:6:17:8 chr6 29693011 . C T 557.44 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1188;QD=60.2638;RBI=0.0338617;REFB=0;REVB=0.0307104;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352128;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:15:22:0:0 chr6 29695854 . G A 426.47 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.006726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7064;QD=16.4027;RBI=0.013527;REFB=0.0123914;REVB=0.0117363;RO=57;SAF=27;SAR=20;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249655;STB=0.638932;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0179086;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:20:27:18:39:20:27:18:39 chr6 29718220 . G A 188.17 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0302501;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6097;QD=14.2014;RBI=0.03308;REFB=-0.014237;REVB=-0.0133872;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164564;STB=0.595093;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0136616;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:17:5:11:20:17:5:11:20 chr6 29794860 . C T 380.71 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00239331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0563;QD=16.9203;RBI=0.0193691;REFB=-0.0179384;REVB=-0.0192207;RO=49;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185892;STB=0.518107;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0182099;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:50:40:40:0.444444:26:14:18:31:26:14:19:31 chr6 29795636 . G A 361.46 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0168634;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7931;QD=16.2453;RBI=0.0270184;REFB=-0.0183715;REVB=0.0211097;RO=48;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971235;STB=0.500625;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0235718;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:50:38:39:0.438202:25:13:16:32:25:14:18:32 chr6 29795657 . G A 292.34 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.061722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4827;QD=14.6169;RBI=0.0621529;REFB=-0.0148244;REVB=0.00730567;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564792;STB=0.53209;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0370707;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:22:11:18:29:22:11:18:29 chr6 29795993 . G A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00767868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.143;QD=8.20275;RBI=0.0135898;REFB=-0.0110202;REVB=-0.0112125;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193089;STB=0.614438;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0353196;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:10:7:11:31:10:7:11:31 chr6 29796376 . C A 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0127917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.083;QD=13.8884;RBI=0.0192382;REFB=-0.014762;REVB=0.0143695;RO=65;SAF=15;SAR=30;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280615;STB=0.662578;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0218771;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:30:15:39:26:30:15:40:26 chr6 29797696 . A G 527.56 PASS AF=0.510204;AO=51;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0198216;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2433;QD=21.533;RBI=0.0846399;REFB=-0.0269232;REVB=-0.0822862;RO=48;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105762;STB=0.55367;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0207914;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:48:51:50:0.510204:28:23:16:32:28:22:16:32 chr6 29798140 . A G 308.41 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.019182;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.034;QD=17.3754;RBI=0.0229309;REFB=0.0110641;REVB=-0.0125649;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117857;STB=0.520091;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0100653;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:36:38:33:33:0.464789:17:16:17:19:17:16:17:21 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 871.81 PASS AF=0.640625,0.1875,0.171875;AO=41,10,6;DP=61;FAO=41,12,11;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5,9;FSAR=26,7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173193,0.0317157,-0.0700286;FXX=0.0724533;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=233.091,83.0399,147.236;QD=54.4883;RBI=0.0173744,0.0341506,0.0700534;REFB=0,0,0;REVB=0.00138273,-0.012664,-0.00186316;RO=0;SAF=15,4,4;SAR=26,6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00207932,0.0326824,0.00582057;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.640625,0.1875,0.171875:41,10,6:61:41,12,11:64:0:15,5,9:26,7,2:0:0:80:0:15,4,4:26,6,2:0:0 chr6 29855849 . A C 272.69 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4274;QD=51.9417;RBI=0.0585825;REFB=0;REVB=0.0109119;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191706;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr6 29855858 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.365;QD=50.4132;RBI=0.0238732;REFB=0;REVB=0.0236755;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195884;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 29855862 . AGA GAT 243.62 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000923746;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.735;QD=51.2877;RBI=0.011846;REFB=0;REVB=0.0118099;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.08605e-05;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr6 29855901 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.503;QD=55.6561;RBI=0.016821;REFB=0;REVB=0.0146894;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32309e-05;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr6 29856330 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.423;QD=60.9784;RBI=0.0589849;REFB=0;REVB=0.0420847;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560671;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr6 29856347 . C T 635.42 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530111;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.992;QD=61.9918;RBI=0.0153461;REFB=0;REVB=0.0144014;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05223e-05;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 29856427 . G A 432.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038042;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.914;QD=57.7102;RBI=0.0382047;REFB=0;REVB=0.00352161;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328724;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr6 29856550 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.229;QD=48.7363;RBI=0.0306919;REFB=0;REVB=0.00396581;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056059;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr6 29856633 . T C 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0211564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2281;QD=43.6825;RBI=0.0250961;REFB=0.00466545;REVB=0.0134989;RO=2;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18245;STB=0.599891;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00422638;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:4:16:0:2:4:16:0:2 chr6 29856686 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.274;QD=56.706;RBI=0.0274348;REFB=0;REVB=0.0262481;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028868;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr6 29856693 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.733;QD=56.7063;RBI=0.046984;REFB=0;REVB=0.0403637;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293384;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 29856718 . G C 467.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142781;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8045;QD=58.4866;RBI=0.0315502;REFB=0;REVB=-0.0281346;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190174;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 29910324 . G C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0120806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.916;QD=15.1962;RBI=0.0150089;REFB=-0.000361434;REVB=0.00890662;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829087;STB=0.522702;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000544844;OID=.;OPOS=29910324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:9:9:10:14:9:9:12:14 chr6 29910358 . C G 263.69 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00872329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8283;QD=26.3685;RBI=0.0102723;REFB=-0.0177603;REVB=0.00542437;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154142;STB=0.50854;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0157421;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:7:9:14:10:7:9 chr6 29910402 . G A 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00605583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.625;QD=15.3795;RBI=0.00618114;REFB=-0.0157451;REVB=-0.00123832;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113119;STB=0.506568;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0319777;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:6:8:7:5:6:8 chr6 29910558 . T A,C 229.81 PASS AF=0.407407,0.37037;AO=11,10;DP=27;FAO=11,10;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=3,3;FSAR=8,7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0661372,-0.0184036;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=122.888,34.0267;QD=34.0465;RBI=0.066139,0.0997569;REFB=-0.0104981,-0.0539538;REVB=0.000486442,-0.0980447;RO=6;SAF=3,3;SAR=8,7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.440891,-0.439458;STB=0.749558,0.74953;STBP=0.014,0.028;TYPE=snp,snp;VARB=0.0357424,0.00612052;OID=.,.;OPOS=29910558,29910558;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:27:27:6:6:11,10:11,10:0.407407,0.37037:8,7:3,3:6:0:8,7:3,3:6:0 chr6 29910562 . A C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0354323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.951;QD=12.8681;RBI=0.062342;REFB=-0.0209875;REVB=0.051294;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.680509;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0282091;OID=.;OPOS=29910562;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:16:16:10:11:0.407407:7:3:9:7:8:3:9:7 chr6 29910801 . C A 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0385608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8117;QD=43.8419;RBI=0.0541788;REFB=0.0110265;REVB=0.0380579;RO=4;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616112;STB=0.533308;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00050419;OID=.;OPOS=29910801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:13:13:1:3:13:13:1:3 chr6 29911056 . A C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0120285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.551;QD=12.5793;RBI=0.0315199;REFB=-0.0027357;REVB=-0.0291345;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656443;STB=0.538417;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0061965;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:20:11:7:10:20:11 chr6 29911064 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0251821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4837;QD=13.7744;RBI=0.0409763;REFB=0.00591604;REVB=-0.0323252;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00558046;STB=0.503223;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00790327;OID=.;OPOS=29911064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:20:11:7:13:20:11 chr6 29911069 . A T 210.39 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0130251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.887;QD=15.5841;RBI=0.01352;REFB=0.0008271;REVB=-0.00362449;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696964;STB=0.528822;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.001053;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:10:13:19:11:10:14:19:11 chr6 29911086 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0277665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5803;QD=19.44;RBI=0.0323538;REFB=-0.00994857;REVB=0.0166069;RO=29;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146292;STB=0.581602;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00499688;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:11:20:14:15:11:20:14:15 chr6 29911114 . GG AC 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0214925;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.901;QD=17.9199;RBI=0.0223149;REFB=-0.000561415;REVB=-0.00600215;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.57731;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.000813605;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:20:14:18:14:20:14 chr6 29911119 . G T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0324446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.55;QD=18.2898;RBI=0.0391085;REFB=-0.0138525;REVB=-0.0218364;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112005;STB=0.554879;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0166636;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:18:14:18:14:18:14:18:15 chr6 29911154 . C A 343.72 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0539907;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.767;QD=23.7049;RBI=0.122935;REFB=-0.0374534;REVB=0.110445;RO=24;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153383;STB=0.584486;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0314298;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:21:13:14:10:21:13:14:10 chr6 29911190 . G A 137.37 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00367435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.537;QD=11.2134;RBI=0.0123926;REFB=-0.00506568;REVB=-0.0118354;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512642;STB=0.530349;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0140791;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:10:6:11:22:10:6:11:22 chr6 29911228 . A C,T 606.85 PASS AF=0.365854,0.634146;AO=16,25;DP=41;FAO=15,26;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=12,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000537518,0.0446538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.186,57.8927;QD=59.2052;RBI=0.0185491,0.0811646;REFB=0,0;REVB=-0.0185413,0.0677771;RO=0;SAF=3,7;SAR=13,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0511951,0.0149752;OID=.,.;OPOS=29911228,29911228;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:16,25:15,26:0.365854,0.634146:13,18:3,7:0:0:12,19:3,7:0:0 chr6 29911239 . TT CA 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799905;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.301;QD=59.0187;RBI=0.00985109;REFB=0;REVB=0.00574971;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.16302e-05;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr6 29911256 . T G 339.11 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.667;QD=54.2581;RBI=0.0587468;REFB=0;REVB=0.0283381;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138936;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:17:5:0:0:20:5:0:0 chr6 29911260 . AC CG 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0199885;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.03;QD=16.1192;RBI=0.0249633;REFB=-0.0231754;REVB=-0.0149541;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124735;STB=0.571319;STBP=0.622;TYPE=mnp;VARB=0.024095;OID=.;OPOS=29911260;OREF=AC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:2:11:9:3:2:11 chr6 29911271 . GT CG 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0287232;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.141;QD=17.4015;RBI=0.0300485;REFB=-0.0129613;REVB=-0.0088257;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884388;STB=0.551099;STBP=0.671;TYPE=mnp;VARB=0.0179184;OID=.;OPOS=29911271;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:4:9:10:3:4:9 chr6 29912041 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0351545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.017;QD=10.1737;RBI=0.0375788;REFB=-0.0216878;REVB=-0.0132787;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0419131;OID=.;OPOS=29912041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:7:2:2:4:7:2 chr6 29912086 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00519173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.605;QD=20.2096;RBI=0.0291979;REFB=-0.0289633;REVB=-0.0287326;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105391;STB=0.559908;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.026741;OID=.;OPOS=29912086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:4:6:6:7:4:6 chr6 29912098 . G A 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00274038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.581;QD=23.2347;RBI=0.0461714;REFB=-0.00389;REVB=0.04609;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144203;STB=0.580558;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00272806;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:4:9:9:9:4:9 chr6 29912280 . TG CA 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0225885;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.938;QD=21.2649;RBI=0.02259;REFB=-0.0110207;REVB=0.000267733;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203275;STB=0.574393;STBP=0.338;TYPE=mnp;VARB=0.0114988;OID=.;OPOS=29912280;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:18:20:20:0.526316:12:8:10:5:12:8:10:8 chr6 29912297 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0124058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.23;QD=24.1061;RBI=0.0153227;REFB=-0.0184126;REVB=-0.00899338;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371334;STB=0.506817;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0164955;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:19:23:24:0.55814:11:12:10:9:11:13:10:9 chr6 29912368 . C T 171.84 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0411712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.294;QD=9.28882;RBI=0.0573589;REFB=-0.0246858;REVB=-0.0399372;RO=51;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214967;STB=0.627128;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0325843;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:8:15:24:27:8:15:24:27 chr6 29912386 . G C 145.74 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0345454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5517;QD=7.28673;RBI=0.0358644;REFB=-0.00888513;REVB=0.00963678;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227398;STB=0.643929;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0324536;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:59:21:21:0.2625:7:14:28:30:7:14:28:31 chr6 29912410 . G A 627.2 PASS AF=0.710526;AO=38;DP=78;FAO=54;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0449079;FXX=0.0379699;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.813;QD=33.0102;RBI=0.147381;REFB=-0.0597457;REVB=0.140372;RO=21;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108151;STB=0.563084;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0292624;OID=.;OPOS=29912410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:21:22:38:54:0.710526:17:21:15:6:29:25:15:7 chr6 29912830 . T C 1624.51 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.599;QD=60.1669;RBI=0.0390701;REFB=0;REVB=-0.01414;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50586e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:48:59:0:0:48:60:0:0 chr6 29912852 . T C 235.09 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00661161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.503;QD=8.87146;RBI=0.0400465;REFB=-0.00563698;REVB=0.0394969;RO=74;SAF=17;SAR=15;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597401;STB=0.535056;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0148037;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:74:74:32:32:0.301887:15:17:43:31:15:17:43:31 chr6 29912856 . A T 264.3 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.010642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.703;QD=9.69899;RBI=0.0160914;REFB=0.000985082;REVB=0.0120699;RO=74;SAF=18;SAR=17;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094187;STB=0.554706;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0048981;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:35:35:0.321101:17:18:44:30:17:18:44:30 chr6 29913042 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.55;QD=63.0525;RBI=0.0315965;REFB=0;REVB=0.0215441;RO=0;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49655e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:60:31:0:0:60:31:0:0 chr6 29913074 . A G 1086.28 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.162;QD=58.718;RBI=0.0628187;REFB=0;REVB=0.0230265;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040399;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:68:74:1:44:24:0:0:47:27:0:0 chr6 29913078 . A G 1034.17 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00821621;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.238;QD=58.2631;RBI=0.0405481;REFB=-0.0888638;REVB=-0.039707;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108697;STB=0.505745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000235528;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:43:27:0:1:43:27:0:1 chr6 29913213 . TA T,TT 438.06 PASS AF=0.542169,0;AO=31,7;DP=80;FAO=45,0;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=17,0;FSAR=28,0;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00259683,0.00256821;FXX=0.0879024;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.554,202.126;QD=21.1115;RBI=0.0449826,0.0520209;REFB=0.00958899,0.00921483;REVB=0.0449076,0.0519575;RO=35;SAF=13,4;SAR=18,3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00892328,0.170555;STB=0.545636,0.5;STBP=0.379,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.015593,0.00318931;OID=.,.;OPOS=29913214,29913214;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542169,0:31,7:80:45,0:83:38:17,0:28,0:18:20:99:35:13,4:18,3:15:20 chr6 29976838 . A G 705.62 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0242944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1872;QD=27.4027;RBI=0.0330415;REFB=-0.00863586;REVB=-0.0223947;RO=38;SAF=30;SAR=35;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620192;STB=0.533622;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00449219;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:38:65:65:0.631068:35:30:21:17:35:30:21:17 chr6 29977145 . G C 752.04 PASS AF=0.424084;AO=81;DP=191;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0123246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.302;QD=15.7495;RBI=0.0187719;REFB=-0.0121191;REVB=0.0141594;RO=110;SAF=49;SAR=32;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119393;STB=0.566755;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0201386;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:110:110:81:81:0.424084:32:49:54:56:32:49:54:56 chr6 30075843 . T C 1071.72 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000293592;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=162.894;QD=57.1585;RBI=0.00613165;REFB=-0.099611;REVB=0.00612462;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.502856;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000118271;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:0:2:72:73:0.973333:28:44:0:0:29:44:1:1 chr6 30075864 . A G 1193.72 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723992;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8133;QD=61.2162;RBI=0.0369297;REFB=0;REVB=0.0362131;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207818;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr6 30080231 . G A 546.34 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0265881;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.384;QD=15.4989;RBI=0.0266871;REFB=-0.00484014;REVB=0.00229758;RO=83;SAF=34;SAR=25;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863404;STB=0.544777;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00836145;OID=.;OPOS=30080231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:83:82:59:59:0.41844:25:34:41:42:25:34:41:41 chr6 30121460 . C T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0164914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.854;QD=16.8946;RBI=0.029016;REFB=0.00134847;REVB=0.023874;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185709;STB=0.60433;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00152576;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:21:16:20:12:21:16 chr6 30122154 . T C 1043.35 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000798402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.901;QD=53.5051;RBI=0.0326;REFB=-0.0133249;REVB=-0.0325902;RO=5;SAF=47;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047708;STB=0.525246;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00152702;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:73:73:0.935897:26:47:5:0:26:47:5:0 chr6 30122433 . G A 376.74 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00804642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7917;QD=18.6042;RBI=0.0546848;REFB=-0.00197468;REVB=-0.0540896;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360179;STB=0.502007;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.000771152;OID=.;OPOS=30122433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:16:26:24:15:16:26 chr6 30131546 . A G 561.1 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0378799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.89;QD=21.7902;RBI=0.0382182;REFB=-0.0138769;REVB=-0.00507368;RO=42;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482204;STB=0.516904;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0101674;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:42:47:56:56:0.543689:23:33:25:17:23:33:26:21 chr6 30140342 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131;QD=60.0307;RBI=0.0130071;REFB=0;REVB=-0.0117256;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33496e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr6 30227583 . C G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0304267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7766;QD=21.5099;RBI=0.0314427;REFB=0.0059321;REVB=-0.00792821;RO=15;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465312;STB=0.526285;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00348055;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:15:3:3:12:15:3:3:12 chr6 30228230 . A C 258.5 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00985818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.357;QD=14.1642;RBI=0.0158544;REFB=-0.0218868;REVB=0.0124169;RO=43;SAF=21;SAR=8;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907558;STB=0.558458;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0305833;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:8:21:28:15:8:22:28:15 chr6 30228379 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.000736775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.132;QD=12.9747;RBI=0.0471047;REFB=-0.00974476;REVB=-0.047099;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358031;STB=0.707139;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0288424;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:14:4:7:5:14:4 chr6 30228398 . CG C 58.58 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00052113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.2969;QD=8.67792;RBI=0.0495075;REFB=0.015757;REVB=-0.0495048;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350968;STB=0.68595;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=-0.0182387;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:11:27:11:27:16:4:7:11:5:58:15:4:7:11:4 chr6 30229013 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00622796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.508;QD=7.46504;RBI=0.0185437;REFB=-0.00874524;REVB=-0.0174666;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.026668;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr6 30229034 . C CT,T 93.74 PASS AF=0.428571,0;AO=9,3;DP=29;FAO=12,0;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0263186,-0.0204459;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=31.1851,40.0373;QD=13.392;RBI=0.0613567,0.0304374;REFB=0.0191631,0.00398707;REVB=0.0554254,0.0225477;RO=17;SAF=4,3;SAR=5,0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0357641,0.642845;STB=0.583194,0.5;STBP=0.49,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0185535,0;OID=.,.;OPOS=30229035,30229034;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:29:28:17:16:9,3:12,0:0.428571,0:5,0:4,3:7:10:5,0:7,0:7:9 chr6 30229457 . C T 442.31 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0137551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3211;QD=22.9771;RBI=0.01577;REFB=-0.0560254;REVB=0.00771301;RO=34;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425158;STB=0.523388;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0560749;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:25:18:16:18:25:18:16:18 chr6 30229463 . G A 415.89 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0157881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.59;QD=22.1807;RBI=0.0169121;REFB=-0.00102096;REVB=0.00606234;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712351;STB=0.551077;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000938284;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:34:40:41:0.546667:24:16:16:17:25:16:17:17 chr6 30230085 . T C 265.28 PASS AF=0.491525;AO=19;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0572317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.351;QD=17.9851;RBI=0.0572629;REFB=-0.0430816;REVB=-0.00189247;RO=31;SAF=2;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549079;STB=0.561278;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0525778;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:30:19:29:0.491525:17:2:16:15:17:12:16:14 chr6 30230128 . T C 84.38 PASS AF=0.44;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0114495;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.563;QD=13.501;RBI=0.0124062;REFB=-0.0157393;REVB=-0.00477736;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0372261;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:26:25:13:14:10:11:0.44:5:5:5:8:5:6:5:9 chr6 30231071 . G A 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00215966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4889;QD=13.4156;RBI=0.00249078;REFB=-0.0146349;REVB=-0.00124091;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147369;STB=0.584348;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0229364;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:20:17:15:10:20:17 chr6 30231108 . G T 400.03 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0261016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7325;QD=18.6059;RBI=0.0262077;REFB=-0.0155103;REVB=-0.00235636;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306761;STB=0.50171;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0210538;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:21:24:22:19:21:24 chr6 30297529 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0136468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.357;QD=17.4901;RBI=0.0158523;REFB=-0.0212359;REVB=-0.00806601;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220455;STB=0.501237;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0196726;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:14:16:15:13:14:16 chr6 30309508 . T C 386.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0109709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.447;QD=20.904;RBI=0.0226035;REFB=-0.00514379;REVB=0.0197626;RO=35;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392471;STB=0.521728;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00626874;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:15:24:20:15:15:24:20:15 chr6 30313268 . G A 390.43 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00773127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.309;QD=19.0452;RBI=0.00857625;REFB=-0.014531;REVB=-0.00371206;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105781;STB=0.500611;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0154097;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:21:19:19:22:21:19:20:22 chr6 30314566 . TC GA 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00107692;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.817;QD=16.3826;RBI=0.0275681;REFB=-0.0207444;REVB=-0.027547;RO=56;SAF=29;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187674;STB=0.606008;STBP=0.088;TYPE=mnp;VARB=0.023662;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:13:29:29:27:13:29:29:27 chr6 30457732 . T C 388.52 PASS AF=0.589286;AO=30;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0108866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.417;QD=27.7516;RBI=0.0268219;REFB=-0.0442516;REVB=0.0245132;RO=13;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143052;STB=0.556223;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0284842;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:13:16:30:33:0.589286:17:13:9:4:20:13:9:7 chr6 30521137 . G A 210.99 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0114528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.927;QD=12.0567;RBI=0.0212639;REFB=-0.0135692;REVB=-0.0179161;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156639;STB=0.509022;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0242194;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:11:15:26:18:11:15:26:18 chr6 30530245 . T C 271.75 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.000585584;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.782;QD=14.4934;RBI=0.00385043;REFB=-0.0160008;REVB=-0.00380564;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310103;STB=0.525289;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0245083;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:44:31:31:0.413333:14:17:26:19:14:17:26:18 chr6 30558477 . G GA 366.09 PASS AF=0.46875;AO=57;DP=131;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.065592;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2746;QD=11.4403;RBI=0.100798;REFB=-0.0229593;REVB=0.0765374;RO=71;SAF=17;SAR=40;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137749;STB=0.57234;STBP=0.151;TYPE=ins;VARB=0.0328586;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:57:131:60:128:68:19:41:30:38:99:71:17:40:30:41 chr6 30575603 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4517;QD=57.5444;RBI=0.0325412;REFB=0;REVB=0.019241;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28068e-05;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr6 30672600 . C T 35.45 PASS AF=0.14;AO=6;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.000211715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.282;QD=2.83594;RBI=0.0310894;REFB=-0.0240926;REVB=-0.0310887;RO=43;SAF=6;SAR=0;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669458;STB=0.865651;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.122968;OID=.;OPOS=30672600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:49:50:43:43:6:7:0.14:0:6:18:25:1:6:18:25 chr6 30673351 . C G 67.32 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0681588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6903;QD=8.68676;RBI=0.0784367;REFB=-0.0456987;REVB=-0.0388162;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629073;STB=0.881274;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.195127;OID=.;OPOS=30673351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:32:31:18:19:6:6:0.193548:5:1:14:4:5:1:14:5 chr6 30691490 . G A 500.48 PASS AF=0.45082;AO=53;DP=120;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.000108966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.86;QD=16.4092;RBI=0.019423;REFB=-0.00636204;REVB=0.0194227;RO=67;SAF=48;SAR=5;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376989;STB=0.688565;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00693879;OID=.;OPOS=30691490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:67:67:53:55:0.45082:5:48:47:20:6:49:47:20 chr6 30692752 . C CTG 159.93 PASS AF=0.305556;AO=20;DP=74;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00225643;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.412;QD=8.88487;RBI=0.00616255;REFB=-0.00664586;REVB=0.00573459;RO=51;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322677;STB=0.669487;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0119059;OID=.;OPOS=30692753;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:20:74:22:72:50:7:15:28:22:99:51:6:14:29:22 chr6 30692754 . C T 186.99 PASS AF=0.342857;AO=26;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00461761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.21;QD=10.6851;RBI=0.00558381;REFB=-0.00536997;REVB=0.00313953;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25487;STB=0.627342;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00857904;OID=.;OPOS=30692754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:46:26:24:0.342857:18:8:23:20:16:8:24:22 chr6 30693121 . A G 267.36 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.000231506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.38;QD=9.9949;RBI=0.00411172;REFB=-0.011455;REVB=0.00410519;RO=71;SAF=19;SAR=16;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251927;STB=0.510198;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0331796;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:72:35:35:0.327103:16:19:37:34:16:19:38:34 chr6 30697931 . T C 269.04 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0200149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.434;QD=29.0858;RBI=0.020037;REFB=0.0100293;REVB=0.000941814;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245071;STB=0.513502;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00610322;OID=.;OPOS=30697931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:12:12:7:6:12:12:7:6 chr6 30711805 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.428;QD=64.4154;RBI=0.0271776;REFB=0;REVB=0.0264238;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8363e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr6 30712327 . G A 449.72 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0514534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2859;QD=21.6735;RBI=0.0867619;REFB=-0.0575707;REVB=0.0698582;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019116;STB=0.505086;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0600753;OID=.;OPOS=30712327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:38:44:45:0.542169:21:23:19:19:22:23:19:19 chr6 30782105 . T C 467.42 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00965428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.405;QD=16.844;RBI=0.0110279;REFB=0.00600581;REVB=-0.00532999;RO=60;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902466;STB=0.550245;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00988553;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:25:26:25:35:25:26:25:35 chr6 30782235 . G A 242.41 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0335771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1459;QD=12.5928;RBI=0.04565;REFB=-0.000570092;REVB=-0.0309274;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595742;STB=0.528317;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00140256;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:12:17:25:22:12:17:26:22 chr6 30782303 . C T 65.9 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00255706;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.363;QD=9.76347;RBI=0.0054449;REFB=-0.00271559;REVB=0.00480712;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407997;STB=0.672658;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00686938;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:27:17:18:9:9:0.333333:7:2:10:7:7:2:8:10 chr6 30782361 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00843295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.623;QD=12.2166;RBI=0.0128432;REFB=-0.00408086;REVB=0.00968674;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419129;STB=0.749643;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00659872;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:12:3:15:12:12:3:15:12 chr6 30782407 . A G 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00586753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.685;QD=13.314;RBI=0.0140841;REFB=-0.0101471;REVB=-0.0128036;RO=33;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333801;STB=0.693688;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.01727;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:17:5:17:16:17:5:17:16 chr6 30857072 . G C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0118503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.514;QD=20.5427;RBI=0.0259966;REFB=-0.0074898;REVB=0.0231386;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751199;STB=0.532844;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0104685;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:10:14:12:12:10:14:13:12 chr6 30858857 . C T 664.33 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0286571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.122;QD=22.3304;RBI=0.048293;REFB=-0.012138;REVB=0.0388714;RO=53;SAF=23;SAR=42;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208889;STB=0.618747;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00731443;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:54:65:65:0.546218:42:23:32:21:42:23:33:21 chr6 30864829 . T C 432.59 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0237695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.098;QD=16.1718;RBI=0.0268596;REFB=0.0111796;REVB=0.0125079;RO=58;SAF=16;SAR=32;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187875;STB=0.610342;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0120709;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:32:16:30:28:32:16:31:28 chr6 30876238 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0112933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.734;QD=19.2749;RBI=0.0183427;REFB=-0.0276926;REVB=-0.014454;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842958;STB=0.547488;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0325665;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:8:18:14:9:8:18 chr6 30877760 . A C 668.2 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00965883;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.639;QD=28.4338;RBI=0.0189247;REFB=-0.0171655;REVB=-0.0162743;RO=37;SAF=25;SAR=33;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155129;STB=0.589685;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00983126;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:37:36:58:58:0.617021:33:25:24:13:33:25:24:12 chr6 30882203 . T C 38.92 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0905686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.798;QD=11.9767;RBI=0.0992664;REFB=-0.049985;REVB=-0.0406343;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.040277;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:2:5:3:3:2:5 chr6 30887972 . C T 727.26 PASS AF=0.542636;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00214201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.583;QD=22.5507;RBI=0.00399434;REFB=-0.0242608;REVB=0.00337143;RO=58;SAF=40;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271854;STB=0.518177;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.021159;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:58:59:70:70:0.542636:30:40:35:23:30:40:36:23 chr6 30888161 . T C 382.13 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0160425;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.9;QD=16.9835;RBI=0.0216534;REFB=0.0014097;REVB=-0.0145432;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989794;STB=0.541926;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00386249;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:50:39:40:0.444444:21:18:17:30:21:19:20:30 chr6 30889389 . T C 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0180684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9211;QD=10.9521;RBI=0.027258;REFB=-0.00677204;REVB=-0.0204092;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253156;STB=0.639235;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00956098;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:15:10:29:17:15:10:29:18 chr6 30893127 . G A 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00167856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.434;QD=18.5411;RBI=0.00810129;REFB=-0.0203249;REVB=0.00792549;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129874;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0270788;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:17:17:18:17:17:17:18:17 chr6 30893728 . C T 289.9 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0275232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8254;QD=17.0529;RBI=0.0700794;REFB=-0.0205456;REVB=0.0644484;RO=35;SAF=9;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183482;STB=0.612631;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0288357;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:23:9:16:19:23:9:17:19 chr6 30900427 . T G 288.82 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0220356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.9;QD=16.2717;RBI=0.0357618;REFB=0.00058045;REVB=0.0281663;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191958;STB=0.607607;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.000384795;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:17:15:26:13:17:15:26:13 chr6 30954245 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.066;QD=46.8479;RBI=0.0142582;REFB=0;REVB=0.012785;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379052;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr6 30955209 . T A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00989194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3701;QD=17.6444;RBI=0.0142974;REFB=-0.0155115;REVB=-0.0103231;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.676989;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00937365;OID=.;OPOS=30955209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:3:4:2:7:3:4 chr6 30955211 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00596388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.717;QD=15.293;RBI=0.00625551;REFB=0.00228428;REVB=0.00188775;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00123894;OID=.;OPOS=30955211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:5:4:2:7:5:4 chr6 30955359 . G A 848.42 PASS AF=0.611111;AO=75;DP=124;FAO=77;FDP=126;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0583068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.189;QD=26.934;RBI=0.0874418;REFB=-0.019157;REVB=0.0651642;RO=49;SAF=28;SAR=47;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367974;STB=0.520953;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0124445;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:49:49:75:77:0.611111:47:28:16:33:48:29:16:33 chr6 30955929 . C A 405.69 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0177484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.525;QD=17.2632;RBI=0.0188411;REFB=-0.00566371;REVB=0.00632298;RO=52;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864481;STB=0.510466;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00556283;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:41:42:0.446809:17:24:30:22:17:25:30:22 chr6 30993377 . T A 119.86 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0701411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2971;QD=13.6984;RBI=0.0703775;REFB=-0.0716855;REVB=0.00576309;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911277;STB=0.553764;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0507225;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:17:4:2:12:17:4 chr6 30993499 . C T 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.183;QD=52.7665;RBI=0.0435712;REFB=-0.091078;REVB=0.0102595;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216544;STB=0.51162;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00877792;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:7:21:1:0:7:21:1:0 chr6 30993533 . A G 107.63 PASS AF=0.318182;AO=11;DP=41;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.00733477;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.149;QD=9.78443;RBI=0.013615;REFB=-0.0267313;REVB=0.0114704;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600281;STB=0.571317;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0536112;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:28:30:11:14:0.318182:2:9:22:6:2:12:24:6 chr6 30993567 . G T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.00745308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.679;QD=26.4136;RBI=0.051343;REFB=-0.0437997;REVB=-0.0507992;RO=17;SAF=22;SAR=3;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25751;STB=0.639259;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.017469;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:3:22:17:0:3:22:17:0 chr6 30993958 . A G 592.66 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375739;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7479;QD=60.7853;RBI=0.0385279;REFB=0;REVB=-0.00852051;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00980263;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:6:31:0:0:6:33:0:0 chr6 30994759 . A T 368.94 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0322195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.562;QD=27.3289;RBI=0.0390056;REFB=0.0102704;REVB=-0.0219852;RO=19;SAF=30;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191028;STB=0.605437;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0104008;OID=.;OPOS=30994759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:5:30:13:6:5:30:13:6 chr6 30997692 . G C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00631474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.508;QD=26.4935;RBI=0.025286;REFB=-0.0331561;REVB=0.0244848;RO=9;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739483;STB=0.540938;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0190398;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:3:14:8:1:3:14:8:1 chr6 30999997 . T C 262.78 PASS AF=0.32;AO=33;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0138744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.431;QD=10.511;RBI=0.0284632;REFB=-0.00864712;REVB=-0.0248526;RO=66;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194413;STB=0.600322;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0189389;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:68:33:32:0.32:17:16:21:45:17:15:22:46 chr6 31002452 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00326941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.423;QD=18.3009;RBI=0.0103453;REFB=0.0100509;REVB=0.00981513;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268425;STB=0.651339;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00982208;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:6:17:9:11:6:17 chr6 31002527 . A G 462.66 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0231344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4143;QD=16.2337;RBI=0.0252076;REFB=-0.016504;REVB=0.0100112;RO=63;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594199;STB=0.538129;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0170024;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:50:51:0.447368:24:26:29:34:24:27:29:34 chr6 31002616 . C T 460.54 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0176529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.556;QD=14.5052;RBI=0.0234104;REFB=-0.00588492;REVB=-0.015376;RO=74;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13028;STB=0.576998;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00611877;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:75:52:52:0.409449:23:29:32:42:23:29:32:43 chr6 31084163 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.118;QD=43.4861;RBI=0.0250864;REFB=0;REVB=-0.0219564;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143896;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr6 31084288 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.238;QD=35.5754;RBI=0.0466806;REFB=0;REVB=0.00164082;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648591;OID=.;OPOS=31084288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31084684 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4162;QD=37.4885;RBI=0.0392401;REFB=0;REVB=0.021629;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194951;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31084787 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253;QD=52.6132;RBI=0.0130547;REFB=0;REVB=-0.0113245;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15283e-05;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 31084792 . C T 290.11 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.158;QD=52.7468;RBI=0.0680783;REFB=0;REVB=0.0674346;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200039;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:12:10:0:0 chr6 31088202 . A G 1353.19 PASS AF=1;AO=81;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2771;QD=62.2156;RBI=0.195873;REFB=0;REVB=0.0113909;RO=0;SAF=17;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564574;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:81:87:1:64:17:0:0:64:23:0:0 chr6 31097453 . T G 1589.61 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5826;QD=59.9852;RBI=0.0475207;REFB=0;REVB=0.0247468;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295133;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:63:43:0:0:63:43:0:0 chr6 31107733 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.126;QD=63.0524;RBI=0.0205598;REFB=0;REVB=-0.0189055;RO=0;SAF=18;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64733e-05;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:73:18:0:0:73:18:0:0 chr6 31111180 . T C 761.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261782;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.772;QD=63.45;RBI=0.0317061;REFB=0;REVB=-0.0178879;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545503;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chr6 31113030 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.631;QD=60.3767;RBI=0.0167282;REFB=0;REVB=0.0142979;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05435e-05;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr6 31113052 . G A 1099.3 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114479;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.198;QD=60.2358;RBI=0.0499191;REFB=0;REVB=0.0485887;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110348;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr6 31113214 . C A 601.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0511345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.384;QD=58.6448;RBI=0.0613224;REFB=-0.0095604;REVB=0.0338481;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000307915;OID=.;OPOS=31113214;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr6 31118511 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.822;QD=59.8394;RBI=0.0178244;REFB=0;REVB=0.00899713;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06716e-05;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr6 31118565 . C G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.549;QD=64.1539;RBI=0.00567284;REFB=0;REVB=0.00380547;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09545e-07;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr6 31122315 . G C 888.41 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0456136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1002;QD=56.4068;RBI=0.0468692;REFB=0.0365139;REVB=0.0107759;RO=1;SAF=13;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349219;STB=0.518512;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00950313;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:48:13:1:0:49:13:1:0 chr6 31124849 . C T 746.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5638;QD=63.5596;RBI=0.0777786;REFB=0;REVB=0.0386868;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156398;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr6 31125158 . C T 1359.15 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.311;QD=62.4898;RBI=0.0303552;REFB=0;REVB=0.0292473;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33828e-05;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:34:52:0:0:34:53:0:0 chr6 31129616 . A G 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.853;QD=57.5401;RBI=0.044224;REFB=0;REVB=-0.00256459;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168244;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:45:13:0:0:45:13:0:0 chr6 31129642 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.848;QD=58.2396;RBI=0.0300972;REFB=0;REVB=0.0296867;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74783e-05;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr6 31132414 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4045;QD=52.609;RBI=0.0332774;REFB=0;REVB=0.0257579;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587342;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 31133943 . C A 1749.34 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.964;QD=60.8466;RBI=0.00808299;REFB=0;REVB=-0.000723462;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01042e-05;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:70:45:0:0:70:45:0:0 chr6 31134087 . C G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.791;QD=57.5442;RBI=0.0389008;REFB=0;REVB=0.0193525;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292619;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr6 31134118 . C CGAG 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143005;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.095;QD=56.8429;RBI=0.0225954;REFB=-0.0667135;REVB=0.0174943;RO=6;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813633;STB=0.512929;STBP=0.489;TYPE=ins;VARB=0.00592183;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938776:46:52:46:49:3:25:21:1:2:13:6:25:21:1:5 chr6 31138371 . G A 2103.54 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729901;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.836;QD=62.3271;RBI=0.008062;REFB=0;REVB=0.00342351;RO=1;SAF=59;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20888e-05;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:1:0:132:135:1:73:59:1:0:73:62:0:0 chr6 31138377 . C T 2125.0 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501368;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.017;QD=62.963;RBI=0.00576216;REFB=0;REVB=-0.00283998;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20256e-06;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr6 31165566 . T C 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4067;QD=63.8857;RBI=0.00200516;REFB=0;REVB=0.00123285;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51548e-05;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr6 31165962 . G A 1030.55 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.564;QD=58.0594;RBI=0.0371754;REFB=-0.15777;REVB=0.015276;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000480457;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:43:27:0:0:43:27:1:0 chr6 31170228 . G C 1008.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.798;QD=59.3276;RBI=0.0565778;REFB=0;REVB=0.0297769;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250591;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:41:27:0:0 chr6 31170528 . A G 817.64 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.253;QD=55.4333;RBI=0.0416587;REFB=-0.0556311;REVB=0.00508035;RO=0;SAF=9;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10453e-08;STB=0.526306;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000775825;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:59:0:1:55:58:0.983051:46:9:0:0:49:9:1:0 chr6 31236853 . G A 330.33 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3417;QD=50.8206;RBI=0.0154329;REFB=0.0138679;REVB=-0.00766435;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00416587;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr6 31237124 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5782;QD=57.2021;RBI=0.013136;REFB=0;REVB=-0.00425015;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355683;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 31237162 . C G 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3934;QD=55.0904;RBI=0.035664;REFB=0;REVB=-0.0185602;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318358;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 31237255 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000367727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.235;QD=53.911;RBI=0.0119409;REFB=0;REVB=0.0119352;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119599;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr6 31237323 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0568;QD=45.8068;RBI=0.0835714;REFB=0;REVB=0.0258621;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399132;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 31237333 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.605;QD=43.4862;RBI=0.0362133;REFB=0;REVB=0.0263739;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60833e-05;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 31237723 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.85;QD=39.2034;RBI=0.0359504;REFB=0;REVB=0.0148459;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145299;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 31237727 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5867;QD=37.4804;RBI=0.123639;REFB=0;REVB=-0.0341648;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0138604;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 31237767 . T C 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2051;QD=35.5653;RBI=0.00752459;REFB=0;REVB=-0.00737204;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468524;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 31237769 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.86;QD=35.5759;RBI=0.0865008;REFB=0;REVB=0.0300769;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342664;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 31237771 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.064;QD=39.2068;RBI=0.037049;REFB=0;REVB=0.0153408;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128095;OID=.;OPOS=31237771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31237773 . TG CC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618561;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.043;QD=39.2068;RBI=0.0637598;REFB=0;REVB=0.0154643;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00104102;OID=.;OPOS=31237773;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31237786 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.415;QD=42.1826;RBI=0.0632123;REFB=0;REVB=0.0616694;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445862;OID=.;OPOS=31237786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 31237802 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000495083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.539;QD=42.1826;RBI=0.0161842;REFB=0;REVB=-0.0161766;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210082;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 31237833 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1834;QD=42.182;RBI=0.106015;REFB=0;REVB=0.103021;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445248;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 31237858 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.774;QD=43.4861;RBI=0.043817;REFB=0;REVB=0.0377031;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192033;OID=.;OPOS=31237858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 31238009 . TT CG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284792;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.166;QD=35.5759;RBI=0.00284792;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.56532e-05;OID=.;OPOS=31238009;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 31238029 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.112;QD=44.6898;RBI=0.00758092;REFB=0;REVB=-0.00416892;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013717;OID=.;OPOS=31238029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr6 31238053 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8848;QD=46.8479;RBI=0.0713687;REFB=0;REVB=0.0713679;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315758;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr6 31238068 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.349;QD=49.5992;RBI=0.0496657;REFB=0;REVB=0.0476648;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524018;OID=.;OPOS=31238068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr6 31238134 . G GA 189.54 PASS AF=1;AO=4;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567892;FXX=0.124948;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.971;QD=36.1031;RBI=0.0230177;REFB=0;REVB=-0.0223062;RO=19;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000265769;OID=.;OPOS=31238135;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:23:21:21:0:14:7:0:0:3:19:3:1:13:6 chr6 31238135 . G A 254.14 PASS AF=0.833333;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.373;QD=42.3574;RBI=0.0391348;REFB=0.0537789;REVB=0.0311537;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.521255;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00122052;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:24:1:2:19:20:0.833333:6:13:0:1:6:14:1:1 chr6 31238138 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.681;QD=53.9112;RBI=0.0355418;REFB=0;REVB=0.0347154;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158301;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr6 31238155 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2026;QD=51.184;RBI=0.164107;REFB=0;REVB=0.134405;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00812532;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 172.81 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213498;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=193.551;QD=46.0824;RBI=0.0556851;REFB=0;REVB=-0.0514297;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000180447;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:10:15:1:3:7:0:0:8:7:0:0 chr6 31238259 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.907;QD=44.6898;RBI=0.0459595;REFB=0;REVB=0.00110157;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243051;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 31238490 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.088;QD=59.4316;RBI=0.0216583;REFB=0;REVB=0.0119892;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69182e-05;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr6 31238492 . C A 508.12 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122931;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.166;QD=59.7787;RBI=0.0247223;REFB=0;REVB=0.0246918;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182974;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr6 31238851 . T C 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0324102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.187;QD=53.4661;RBI=0.0543077;REFB=-0.0950437;REVB=0.0435765;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336487;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00574643;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:29:27:2:0:29:27:2:0 chr6 31238909 . GT AG,TC 83.07 PASS AF=0.204082,0.0408163;AO=10,2;DP=49;FAO=10,2;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=4,1;FSAR=6,1;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0255352,-0.0348695;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=166.69,163.307;QD=6.78103;RBI=0.0266016,0.039264;REFB=-0.0145834,-0.00290115;REVB=-0.00745625,-0.0180493;RO=37;SAF=4,1;SAR=6,1;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.233672,-0.0801307;STB=0.64971,0.588882;STBP=0.304,0.766;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0419825,-0.0199573;OID=.,.;OPOS=31238909,31238909;OREF=GT,GT;OALT=AG,TC;OMAPALT=AG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:49:49:37:37:10,2:10,2:0.204082,0.0408163:6,1:4,1:22:15:6,1:4,1:22:15 chr6 31238930 . A C 420.81 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0357644;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.233;QD=37.4054;RBI=0.0362737;REFB=-0.0136704;REVB=-0.00605757;RO=12;SAF=20;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951647;STB=0.551692;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00312932;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:45:12:12:33:33:0.733333:13:20:5:7:13:20:5:7 chr6 31238942 . G A,T 752.3 PASS AF=0.244898,0.755102;AO=12,37;DP=49;FAO=12,37;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=5,18;FSAR=7,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164887,0.0193977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.4317,129.156;QD=61.4125;RBI=0.016493,0.0195263;REFB=0,0;REVB=0.000378201,0.00223752;RO=0;SAF=5,18;SAR=7,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0296144,-0.000655224;OID=.,.;OPOS=31238942,31238942;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:49:49:0:0:12,37:12,37:0.244898,0.755102:7,19:5,18:0:0:7,19:5,18:0:0 chr6 31238957 . A C 746.51 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3371;QD=63.5327;RBI=0.0517475;REFB=0;REVB=-0.0515381;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750464;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr6 31238992 . G C 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0429279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7404;QD=2.83701;RBI=0.073246;REFB=-0.00112107;REVB=0.0593478;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600705;STB=0.543368;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00744557;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:5:3:22:30:5:3:22:30 chr6 31239006 . G T 35.32 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00347472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.067;QD=2.39482;RBI=0.023118;REFB=-0.00498579;REVB=-0.0228554;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661427;STB=0.504936;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.048291;OID=.;OPOS=31239006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:4:3:22:30:4:3:22:30 chr6 31239050 . G T 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011953;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.211;QD=62.6861;RBI=0.013566;REFB=0;REVB=-0.00641576;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103764;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 31239101 . G C 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504681;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.412;QD=61.7014;RBI=0.00519664;REFB=0;REVB=0.00123887;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6145e-05;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr6 31239108 . T A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00435609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.363;QD=57.3927;RBI=0.0294964;REFB=-0.0257956;REVB=0.029173;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00224963;OID=.;OPOS=31239108;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:1:0:22:15:1:0 chr6 31239378 . T G 456.87 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5187;QD=57.1093;RBI=0.00656926;REFB=0;REVB=0.00404804;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220143;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr6 31239430 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.758;QD=61.3353;RBI=0.055641;REFB=0;REVB=0.00326338;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039716;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 31239602 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.782;QD=43.4859;RBI=0.0106166;REFB=0;REVB=0.0070701;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43987e-05;OID=.;OPOS=31239602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 31239616 . CG AT 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348168;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.485;QD=35.5759;RBI=0.0317347;REFB=0;REVB=0.0315431;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000489979;OID=.;OPOS=31239616;OREF=CG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31239621 . TC AA 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047061;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.906;QD=33.4285;RBI=0.0744989;REFB=0;REVB=0.0743501;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00270701;OID=.;OPOS=31239621;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31239630 . C T 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.18;QD=33.3942;RBI=0.051993;REFB=0;REVB=0.0288178;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00751919;OID=.;OPOS=31239630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31239722 . A C 185.32 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.217;QD=46.3295;RBI=0.0819247;REFB=0;REVB=0.06726;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186765;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr6 31239727 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.72;QD=51.1842;RBI=0.0812585;REFB=0;REVB=0.079262;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442319;OID=.;OPOS=31239727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr6 31239733 . C T 375.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.478;QD=55.6752;RBI=0.0413607;REFB=0;REVB=0.0388622;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220337;OID=.;OPOS=31239733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:9:18:0:0 chr6 31239752 . C T 728.52 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.683;QD=57.1384;RBI=0.130812;REFB=0;REVB=0.130689;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026164;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:19:31:0:0:20:31:0:0 chr6 31239802 . C G 1219.11 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9085;QD=61.7269;RBI=0.209034;REFB=0;REVB=0.203867;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143297;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:63:79:1:18:45:0:0:34:45:0:0 chr6 31239821 . G T 1449.08 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0276276;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.892;QD=61.0138;RBI=0.0586132;REFB=-0.102526;REVB=0.0516936;RO=2;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263128;STB=0.513155;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000837937;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:2:2:91:93:0.978947:35:56:0:2:37:56:0:2 chr6 31239827 . C T 1518.45 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.036;QD=63.2686;RBI=0.0778302;REFB=0;REVB=0.0751661;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103244;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:37:57:0:0:39:57:0:0 chr6 31322470 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.526;QD=56.7066;RBI=0.0390321;REFB=0;REVB=0.0389965;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108915;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr6 31322888 . A G 487.15 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355384;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.489;QD=59.0482;RBI=0.0471554;REFB=0;REVB=0.0309945;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469454;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr6 31322911 . C T 301.79 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00711548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.64;QD=22.7764;RBI=0.0151175;REFB=-0.0315645;REVB=0.0133383;RO=22;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14718;STB=0.571382;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0193328;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:22:30:31:0.584906:18:12:13:9:18:13:13:9 chr6 31322980 . C T 320.77 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0177622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.243;QD=21.3845;RBI=0.0333282;REFB=-0.0282042;REVB=0.0282005;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821256;STB=0.545427;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0196258;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:15:12:18:15:15:12 chr6 31322996 . C T 971.95 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.297;QD=58.9059;RBI=0.0328943;REFB=0;REVB=0.0180935;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016763;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:33:31:0:0:34:32:0:0 chr6 31323115 . T C 39.73 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0118544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7916;QD=3.11621;RBI=0.012858;REFB=0.00567714;REVB=0.00498029;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255016;STB=0.693564;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.011563;OID=.;OPOS=31323115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:6:1:13:31:6:1:13:31 chr6 31323296 . A G 685.91 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0140099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.051;QD=58.3749;RBI=0.0227056;REFB=-0.0160833;REVB=0.0178681;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000164243;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:1:0:20:25:2:0 chr6 31323945 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.342;QD=46.8478;RBI=0.0258475;REFB=0;REVB=0.00331477;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036795;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 31323953 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.235;QD=46.8478;RBI=0.0316965;REFB=0;REVB=-0.0187771;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117937;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 31323958 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.339;QD=45.8068;RBI=0.035947;REFB=0;REVB=0.0113815;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642505;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 31323960 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.361;QD=45.8064;RBI=0.0583817;REFB=0;REVB=-0.0198246;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683434;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 31324024 . C A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.48;QD=21.8421;RBI=0.0240505;REFB=-0.0204539;REVB=0.0174822;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00853777;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr6 31324036 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.029743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.251;QD=12.3961;RBI=0.0304598;REFB=0.0199879;REVB=0.00656909;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0128522;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:4:1:4:1:4:1 chr6 31324077 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4053;QD=33.4285;RBI=0.0670824;REFB=0;REVB=-0.0576301;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00906402;OID=.;OPOS=31324077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 31324643 . G C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.268;QD=45.1041;RBI=0.0131907;REFB=-0.0069119;REVB=-0.00303909;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=8.03642e-05;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:0:1:10:8:0:1 chr6 31324666 . A C,T 128.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153908,0.0352561;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.3028,15.8787;QD=42.749;RBI=0.0158152,0.0363652;REFB=0,0;REVB=-0.00363917,0.00891261;RO=0;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0101663,0.0102434;OID=.,.;OPOS=31324666,31324666;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:7,1:3,1:0:0:7,1:3,1:0:0 chr6 31324702 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.79;QD=39.2067;RBI=0.0356175;REFB=0;REVB=0.0242754;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117707;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 31324705 . A C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.455;QD=30.7911;RBI=0.0155;REFB=-0.0945256;REVB=0.00191281;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00243377;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr6 31324764 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.408;QD=37.4885;RBI=0.0622732;REFB=0;REVB=0.0190124;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100453;OID=.;OPOS=31324764;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31324788 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.149;QD=35.5759;RBI=0.0393427;REFB=0;REVB=-0.0111939;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362708;OID=.;OPOS=31324788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31324790 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.204;QD=35.5759;RBI=0.0202738;REFB=0;REVB=-0.0193455;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114101;OID=.;OPOS=31324790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31324829 . GG CA 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425506;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.857;QD=43.4862;RBI=0.0427015;REFB=0;REVB=0.00358635;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000422325;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 31324851 . A AT 48.59 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0459382;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.0436;QD=13.8828;RBI=0.0519622;REFB=-0.0156562;REVB=0.0242848;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468095;STB=0.768637;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.00373267;OID=.;OPOS=31324852;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:14:7:14:7:4:3:0:7:45:7:4:3:0:7 chr6 31324887 . GG CT 33.06 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.039734;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=2;MLLD=232.862;QD=13.2232;RBI=0.0397915;REFB=-0.00364604;REVB=0.00213774;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596316;STB=0.855915;STBP=0.079;TYPE=mnp;VARB=0.000632177;OID=.;OPOS=31324887;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:1:4:0:5:1:4:0:5 chr6 31324892 . G C 114.45 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.073;QD=41.6199;RBI=0.0853699;REFB=0;REVB=0.0449603;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769581;OID=.;OPOS=31324892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31324895 . G C 115.88 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6573;QD=42.1388;RBI=0.114128;REFB=0;REVB=0.0378549;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197809;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31324911 . C G 123.84 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.705;QD=41.2809;RBI=0.0497369;REFB=0;REVB=0.0482755;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747539;OID=.;OPOS=31324911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr6 31324925 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.686;QD=42.1827;RBI=0.0213957;REFB=0;REVB=0.00394352;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162508;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31324931 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.039;QD=42.1824;RBI=0.0407774;REFB=0;REVB=0.00780727;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330569;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31324938 . CGGC CGC,CGGT 66.77 PASS AF=0.363636,0.454545;AO=3,5;DP=11;FAO=4,5;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4,0;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.149508,-0.00707347;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=26.6209,216.104;QD=24.2813;RBI=0.150523,0.0155956;REFB=-0.0218178,-0.049242;REVB=0.0174529,0.0138992;RO=3;SAF=3,0;SAR=0,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.403226,0;SSSB=0.712642,-0.73361;STB=0.996649,0.5;STBP=0.028,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0571641,0.00342675;OID=.,.;OPOS=31324939,31324941;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=CGC,CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.454545:3,5:11:4,5:11:2:4,0:0,5:0:2:22:3:3,0:0,5:1:2 chr6 31337968 . G A 77.25 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00555559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6152;QD=13.435;RBI=0.00904181;REFB=-0.00442991;REVB=-0.00713371;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168206;STB=0.599791;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0135362;OID=.;OPOS=31337968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:7:6:3:7:7:6 chr6 31337986 . A T 89.83 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0631347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1732;QD=15.6219;RBI=0.0774808;REFB=-0.0193916;REVB=-0.0449143;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0222903;OID=.;OPOS=31337986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:3:7:6:6:3:8:6:6 chr6 31370027 . C CTAAT 142.61 PASS AF=0.361702;AO=13;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00517626;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=338.976;QD=12.1374;RBI=0.0309049;REFB=0.00790415;REVB=-0.0304683;RO=32;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510346;STB=0.678448;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=-0.0131913;OID=.;OPOS=31370028;OREF=-;OALT=TAAT;OMAPALT=CTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:13:47:17:47:30:12:5:13:17:99:32:11:2:14:18 chr6 31371430 . T C 746.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8252;QD=63.5433;RBI=0.0796183;REFB=0;REVB=-0.00172607;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126702;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr6 31378358 . T G 169.11 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00414087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.614;QD=13.0088;RBI=0.017519;REFB=-0.00701142;REVB=0.0170225;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814697;STB=0.547013;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00997498;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:12:20:11:9:12:20 chr6 31378387 . T C 598.22 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273809;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.017;QD=61.356;RBI=0.0377308;REFB=0;REVB=0.0259595;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77277e-05;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr6 31378425 . A G 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.295;QD=62.3391;RBI=0.0217622;REFB=0;REVB=0.0169592;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19238e-05;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr6 31378977 . G A 743.01 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00058581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.238;QD=55.0374;RBI=0.00528602;REFB=-0.00187837;REVB=-0.00525346;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303856;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:21:32:1:0:21:33:0:0 chr6 31379109 . G A 801.59 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.231;QD=64.1274;RBI=0.0264694;REFB=0;REVB=0.0261563;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96854e-05;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:22:26:0:0:24:26:0:0 chr6 31379752 . C T 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0267706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5787;QD=13.3413;RBI=0.0388038;REFB=-0.0182058;REVB=0.0280904;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122812;STB=0.570596;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0308778;OID=.;OPOS=31379752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:19:13:11:10:19:13 chr6 31379773 . C T 747.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.051;QD=56.4313;RBI=0.0430477;REFB=0;REVB=0.0317233;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144056;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:25:28:0:0 chr6 31379794 . CA TG 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136493;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.416;QD=63.872;RBI=0.0241532;REFB=0;REVB=0.0199267;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.683e-05;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr6 31379807 . C T 713.14 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112465;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.918;QD=63.3899;RBI=0.0135296;REFB=0;REVB=0.0134828;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159341;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 31379817 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.472;QD=62.0215;RBI=0.0315498;REFB=0;REVB=0.0128193;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214001;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 31379823 . C G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3662;QD=61.333;RBI=0.0394337;REFB=0;REVB=-0.0125523;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343466;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 31379930 . CG CA,GA 631.34 PASS AF=0.44898,0.469388;AO=22,23;DP=49;FAO=22,23;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=10,11;FSAR=12,12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00645625,0.0676909;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=194.105,60.2284;QD=51.5381;RBI=0.00801843,0.0690273;REFB=-0.0478412,-0.0573345;REVB=-0.00475522,0.0135171;RO=4;SAF=10,11;SAR=12,12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131556,0.131699;STB=0.571366,0.571368;STBP=0.143,0.1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0228971,0.0348391;OID=.,.;OPOS=31379931,31379930;OREF=G,CG;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:4:4:22,23:22,23:0.44898,0.469388:12,12:10,11:0:4:12,12:10,11:0:4 chr6 31380157 . TGCTG T,TGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT 440.32 PASS AF=0.75,0.125,0.125;AO=22,6,4;DP=35;FAO=24,4,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1,1;FSAR=14,3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460926,0.0196531,-0.0160177;FXX=0.0856898;HRUN=1,2,1;LEN=4,1,11;MLLD=392.138,29.3876,157.783;QD=55.0398;RBI=0.00934354,0.0201066,0.0349494;REFB=0,0,0;REVB=-0.00812752,-0.00424635,-0.0310628;RO=1;SAF=8,3,1;SAR=14,3,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0542958,-0.123249,-0.272709;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.000201106,0.0381256,0.0471939;OID=.,.,.;OPOS=31380158,31380161,31380162;OREF=GCTG,G,-;OALT=-,-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.125,0.125:22,6,4:35:24,4,4:32:0:10,1,1:14,3,3:0:0:24:1:8,3,1:14,3,3:1:0 chr6 31380194 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0351945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.11;QD=7.83703;RBI=0.0359183;REFB=-0.00413814;REVB=0.00717451;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502797;STB=0.820921;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0238631;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:9:7:6:1:9:7 chr6 31380198 . C T 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0271581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.948;QD=7.83806;RBI=0.0271826;REFB=-0.0167774;REVB=-0.00115457;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478097;STB=0.820921;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0229536;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:6:1:8:7:6:1:9:7 chr6 31382882 . C A 1016.78 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240932;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.795;QD=58.102;RBI=0.0439352;REFB=-0.0468183;REVB=0.0367399;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000405423;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chr6 31382911 . A G 739.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.717;QD=56.8675;RBI=0.0653437;REFB=0;REVB=0.0117716;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605535;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr6 31466051 . T A 96.77 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00211871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.877;QD=12.4869;RBI=0.0162639;REFB=-0.0210056;REVB=-0.0161253;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848265;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0398473;OID=.;OPOS=31466051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:31:17:19:12:12:0.387097:8:4:7:10:8:4:7:12 chr6 31473546 . A G 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.107;QD=53.9065;RBI=0.025229;REFB=0.153404;REVB=0.017906;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.517851;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000551562;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:27:31:0:0:27:31:0:2 chr6 31473561 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0151515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.315;QD=15.2375;RBI=0.0176424;REFB=-0.00728437;REVB=-0.00903794;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126132;STB=0.571378;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0112937;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:12:16:16:20:12:16:16:20 chr6 31474000 . G A 405.86 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0276357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3371;QD=17.0887;RBI=0.0325144;REFB=-0.0397511;REVB=-0.0171305;RO=51;SAF=14;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750187;STB=0.534494;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.045864;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:51:53:41:42:0.442105:27:14:21:30:27:15:22:31 chr6 31475056 . G A 211.24 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0287092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.949;QD=12.071;RBI=0.0292786;REFB=-0.0267127;REVB=-0.00574624;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13339;STB=0.576864;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0273441;OID=.;OPOS=31475056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:24:20:15:11:24:20 chr6 31477681 . A G 1227.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.655;QD=61.3712;RBI=0.0725343;REFB=0;REVB=-0.010586;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429859;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr6 31496925 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.81;QD=64.1528;RBI=0.0522912;REFB=0;REVB=0.0233803;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203588;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr6 31496933 . G A 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.027696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3285;QD=26.6149;RBI=0.0276961;REFB=-0.00122388;REVB=-4.3254e-05;RO=21;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132922;STB=0.573859;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000802081;OID=.;OPOS=31496933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:22:7:8:13:22:7:8:13 chr6 31497706 . C T 1010.22 PASS AF=0.505155;AO=98;DP=194;FAO=98;FDP=194;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.0464839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.618;QD=20.8292;RBI=0.0465169;REFB=-0.0055415;REVB=-0.00175041;RO=96;SAF=46;SAR=52;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182426;STB=0.510017;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00630299;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:96:96:98:98:0.505155:52:46:47:49:52:46:47:49 chr6 31506624 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.044;QD=58.9627;RBI=0.00833343;REFB=0;REVB=-0.000251561;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57851e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr6 31506648 . G T 229.1 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.000398059;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7434;QD=13.8848;RBI=0.00633495;REFB=-0.0203001;REVB=0.00632243;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526227;STB=0.529943;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0284449;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:39:27:27:0.409091:16:11:14:25:16:11:14:25 chr6 31506691 . G A 292.72 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.029343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4161;QD=17.2187;RBI=0.0603887;REFB=-0.0325249;REVB=-0.0527805;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665208;STB=0.503729;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0337588;OID=.;OPOS=31506691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:16:20:18:14:16:20 chr6 31509432 . G A 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0194383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.118;QD=14.4062;RBI=0.0199096;REFB=0.00071303;REVB=-0.00430634;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652795;STB=0.537073;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.000814554;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:18:14:23:23:18:14:23:23 chr6 31510105 . A G 761.51 PASS AF=0.625;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0321535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6532;QD=27.1966;RBI=0.033067;REFB=-0.0185917;REVB=0.00771879;RO=42;SAF=37;SAR=33;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965266;STB=0.552251;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0159449;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:42:42:70:70:0.625:33:37:28:14:33:37:28:14 chr6 31525448 . C T 167.14 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0410547;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.84;QD=14.5341;RBI=0.0410836;REFB=-0.0248208;REVB=0.00153932;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242614;STB=0.639663;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0372038;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:19:9:10:8:19:9 chr6 31525912 . C T 718.16 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00872486;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.491;QD=51.2968;RBI=0.0332442;REFB=-0.133116;REVB=0.0320789;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303767;STB=0.505492;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000943063;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:56:2:3:53:53:0.946429:23:30:2:0:23:30:2:1 chr6 31528326 . G C 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0111292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.263;QD=13.747;RBI=0.011154;REFB=-0.0184738;REVB=0.000742872;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14669;STB=0.595578;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0243315;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:15:7:14:17:15:7:15:17 chr6 31540784 . C A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0726778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7105;QD=12.7387;RBI=0.085009;REFB=0.0119877;REVB=0.0440961;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3708;STB=0.728476;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00644789;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:4:6:7:1:4:6 chr6 31545548 . C T 537.06 PASS AF=0.517857;AO=50;DP=101;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0856664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0659;QD=19.1808;RBI=0.0901071;REFB=-0.0301315;REVB=0.0279387;RO=51;SAF=15;SAR=35;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273784;STB=0.603413;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0294415;OID=.;OPOS=31545548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:112:51:54:50:58:0.517857:35:15:30:21:35:23:33:21 chr6 31555130 . A G 1173.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.839;QD=60.9436;RBI=0.0478119;REFB=0;REVB=0.0469657;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45598e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:44:31:0:0:46:31:0:0 chr6 31556581 . T A 374.0 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=70;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0871021;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8452;QD=21.0704;RBI=0.0897697;REFB=-0.0125311;REVB=0.0217216;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104279;STB=0.582741;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0252086;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:32:37:39:0.549296:21:16:10:22:21:18:9:23 chr6 31556922 . C T 512.19 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.03892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4456;QD=24.1029;RBI=0.049615;REFB=0.0044473;REVB=-0.0307715;RO=37;SAF=31;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153364;STB=0.584274;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00353264;OID=.;OPOS=31556922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:17:31:17:20:17:31:17:20 chr6 31556928 . C A 557.06 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0107016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9754;QD=23.4551;RBI=0.0591351;REFB=-0.0193374;REVB=-0.0581587;RO=37;SAF=34;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488928;STB=0.568097;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0160519;OID=.;OPOS=31556928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:37:43:52:52:0.547368:18:34:22:15:18:34:22:21 chr6 31583155 . G A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0260352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.827;QD=33.8157;RBI=0.0260352;REFB=-0.0375672;REVB=0;RO=3;SAF=14;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450675;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:0:14:3:0:0:14:3:0 chr6 31583312 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0148932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.463;QD=22.6322;RBI=0.0270461;REFB=-0.0300565;REVB=-0.0225762;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180069;STB=0.510188;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0109014;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:3:10:6:2:3:10:6:2 chr6 31590898 . C T 325.51 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0451702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9681;QD=17.1321;RBI=0.0522978;REFB=-0.0065544;REVB=-0.0263575;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17565;STB=0.59696;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0095419;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:34:35:0.460526:19:15:25:15:20:15:25:16 chr6 31594628 . T A 1084.91 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151166;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2459;QD=58.6438;RBI=0.0221189;REFB=-0.140414;REVB=-0.0161473;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00136969;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:35:38:0:1 chr6 31595882 . C A 711.1 PASS AF=0.980769;AO=52;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.07274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.931;QD=54.7002;RBI=0.0730992;REFB=-0.168238;REVB=0.00723761;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00133642;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:52:51:0.980769:40:12:0:0:39:12:0:1 chr6 31597380 . C G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0793386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5418;QD=7.95453;RBI=0.0924535;REFB=-0.0343285;REVB=0.0474662;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136697;STB=0.594386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0729389;OID=.;OPOS=31597380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:6:2:3:15:6:2:3:16 chr6 31599360 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0105849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.286;QD=13.0908;RBI=0.0130359;REFB=-0.00914183;REVB=-0.00760879;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39774;STB=0.734917;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0107331;OID=.;OPOS=31599360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:3:10:8:12:3:10:8:12 chr6 31600304 . G C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.034985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.807;QD=12.8689;RBI=0.0352201;REFB=-0.00290634;REVB=-0.00406317;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0034202;OID=.;OPOS=31600304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:6:10:6:5:6:10 chr6 31601344 . T C 506.62 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.124684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3294;QD=56.2911;RBI=0.142556;REFB=-0.0968334;REVB=0.0691111;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0212232;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:24:11:0:0:24:11:0:1 chr6 31602967 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0248546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.562;QD=17.3291;RBI=0.0349303;REFB=-0.0149152;REVB=0.0245433;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413372;STB=0.518209;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0186349;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:24:14:18:26:24:14:18:27 chr6 31604010 . C G 156.27 PASS AF=0.5;AO=13;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0295912;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.1372;QD=18.3845;RBI=0.029609;REFB=-0.0577752;REVB=0.00102434;RO=11;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285238;STB=0.61632;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0734797;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:11:17:13:17:0.5:12:1:0:11:12:5:2:15 chr6 31604044 . TT GC,GT 704.22 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,43;DP=45;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330214,0.042163;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=47.6051,42.4927;QD=61.2361;RBI=0.0330286,0.04229;REFB=0,0;REVB=-0.00068851,0.00327538;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00405655,0.000836765;OID=.,.;OPOS=31604044,31604044;OREF=TT,T;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:46:0:0:2,43:2,44:0.0434783,0.956522:1,34:1,9:0:0:1,35:1,9:0:0 chr6 31605278 . C T 611.78 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0138193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.827;QD=16.7611;RBI=0.0184537;REFB=-0.0223266;REVB=0.0122297;RO=82;SAF=26;SAR=38;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397764;STB=0.50222;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0350588;OID=.;OPOS=31605278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:82:82:64:64:0.438356:38:26:33:49:38:26:33:49 chr6 31610686 . A G 733.08 PASS AF=0.493506;AO=75;DP=156;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0126724;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.629;QD=19.0409;RBI=0.0155225;REFB=-0.00739594;REVB=-0.00896431;RO=74;SAF=41;SAR=34;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672718;STB=0.512471;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00806536;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:74:78:75:76:0.493506:34:41:41:33:34:42:45:33 chr6 31617063 . TCCCC GCCCT,GTCCC,TCCC,TCCCG 94.48 PASS AF=0.0333333,0,0.416667,0.0833333;AO=2,5,14,2;DP=55;FAO=2,0,25,5;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=2,0,19,5;FSAR=0,0,6,0;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.125035,-0.0664307,-0.2283,-0.137451;FXX=0;HRUN=1,1,5,5;LEN=5,2,1,1;MLLD=153.55,85.3247,8.06057,158.692;QD=6.2989;RBI=0.128365,0.0774783,0.24186,0.141836;REFB=-0.016657,-0.0179212,-0.247452,-0.0185025;REVB=-0.0290487,-0.039873,-0.0798434,-0.0349952;RO=26;SAF=2,5,10,2;SAR=0,0,4,0;SRF=1;SRR=25;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.381818,0;SSSB=0.819988,0.85504,0.654935,0.819988;STB=0.998331,0.5,0.816695,0.999029;STBP=0.007,1,0,0;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=0.126116,0,0.0360927,0.138741;OID=.,.,.,.;OPOS=31617063,31617063,31617064,31617067;OREF=TCCCC,TC,C,C;OALT=GCCCT,GT,-,G;OMAPALT=GCCCT,GTCCC,TCCC,TCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:57:55:60:26:28:2,5,14,2:2,0,25,5:0.0333333,0,0.416667,0.0833333:0,0,4,0:2,5,10,2:1:25:0,0,6,0:2,0,19,5:3:25 chr6 31625507 . G T 720.62 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00193204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.406;QD=19.879;RBI=0.00527602;REFB=-0.00428424;REVB=-0.00490954;RO=73;SAF=33;SAR=38;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244554;STB=0.516629;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00391818;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:73:74:71:71:0.489655:38:33:32:41:38:33:32:42 chr6 31625541 . C A 814.03 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00603949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2264;QD=20.6084;RBI=0.0357787;REFB=-0.00154619;REVB=-0.0352653;RO=76;SAF=39;SAR=43;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214039;STB=0.511744;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000892462;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:76:82:82:0.518987:43:39:38:38:43:39:38:38 chr6 31627523 . C T 2853.18 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0236439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.063;QD=61.6903;RBI=0.0242434;REFB=-0.189655;REVB=0.00535806;RO=1;SAF=98;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483371;STB=0.50505;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000301256;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:1:2:183:183:0.989189:85:98:1:0:85:98:2:0 chr6 31628113 . A C 569.33 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00552899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.802;QD=21.6887;RBI=0.00800258;REFB=0.0242236;REVB=-0.00578546;RO=47;SAF=21;SAR=36;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00595793;STB=0.503225;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0212317;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:48:57:57:0.542857:36:21:17:30:36:21:18:30 chr6 31630241 . C T 383.31 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00470089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.646;QD=22.2209;RBI=0.00682406;REFB=-0.0246777;REVB=-0.00494667;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477374;STB=0.520049;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0207406;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:38:39:0.565217:20:18:16:14:20:19:16:14 chr6 31634758 . G A 1457.13 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122888;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.465;QD=63.3536;RBI=0.0159616;REFB=0;REVB=0.0101862;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63627e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr6 31635710 . T C 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0557018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.041;QD=20.3971;RBI=0.0558869;REFB=-0.00816022;REVB=0.00454445;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449392;STB=0.524984;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0100144;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:21:10:10:17:21:10:10:17 chr6 31639757 . G A 388.85 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.015455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7858;QD=16.2021;RBI=0.0316932;REFB=-0.00473616;REVB=-0.0276695;RO=55;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315987;STB=0.501778;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0132363;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:20:21:28:27:20:21:28:27 chr6 31655681 . C T 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0288551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.231;QD=12.9229;RBI=0.031068;REFB=-0.00371953;REVB=-0.0115154;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174917;STB=0.599914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0096601;OID=.;OPOS=31655681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:10:24:12:10:10:24 chr6 31657413 . T C 1133.75 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.706;QD=60.4668;RBI=0.0881504;REFB=0;REVB=0.0857791;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230063;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:40:33:0:0:40:35:0:0 chr6 31657924 . G A 534.99 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0198717;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2172;QD=19.9998;RBI=0.0201921;REFB=-0.0387417;REVB=0.00358268;RO=50;SAF=40;SAR=15;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705162;STB=0.553951;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0321592;OID=.;OPOS=31657924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:50:52:55:55:0.514019:15:40:33:17:15:40:33:19 chr6 31675297 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00290956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.922;QD=19.999;RBI=0.00961376;REFB=-0.00115203;REVB=0.00916291;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796353;STB=0.504422;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00115081;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:14:19:17:13:14:19:17:13 chr6 31679874 . G T 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0164188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.569;QD=15.1036;RBI=0.0196788;REFB=-0.00152289;REVB=-0.0108479;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243411;STB=0.637115;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00140968;OID=.;OPOS=31679874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:14:19:15:30:14:19:15:30 chr6 31683157 . T G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0178399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.363;QD=16.4797;RBI=0.0182034;REFB=-0.0163742;REVB=-0.00361957;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365193;STB=0.706229;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0141331;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:20:5:11:8:20:5 chr6 31729359 . A G 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0226081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.263;QD=15.5754;RBI=0.0630249;REFB=-0.0114793;REVB=-0.0588304;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306736;STB=0.674518;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0194322;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:18:7:18:13:18:7:18:13 chr6 31745284 . C T 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2597;QD=62.4636;RBI=0.0261161;REFB=0;REVB=0.0137107;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187485;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr6 31750509 . G A 95.14 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.058784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9287;QD=11.1925;RBI=0.0698175;REFB=-0.00265717;REVB=0.0376686;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138041;STB=0.58127;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0096602;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:5:17:8:4:5:17 chr6 31753423 . T C 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00881059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.423;QD=17.5646;RBI=0.0679687;REFB=-0.0200787;REVB=-0.0673953;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36924;STB=0.706295;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0128785;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:10:22:10:25:10:22:10:25 chr6 31777946 . C T 327.87 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0374733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4162;QD=20.4917;RBI=0.0378679;REFB=0.00464321;REVB=0.00545228;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563687;STB=0.531232;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00478326;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:13:17:17:17:13:17 chr6 31778272 . G A 690.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.559;QD=62.7415;RBI=0.053851;REFB=0;REVB=0.00849157;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298791;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr6 31778529 . C T 94.96 PASS AF=0.611111;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.04599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7918;QD=21.1026;RBI=0.0472115;REFB=-0.0429784;REVB=-0.01067;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0331145;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:18:8:7:9:11:0.611111:6:3:5:3:6:5:4:3 chr6 31778831 . A G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00198031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.291;QD=19.5184;RBI=0.00250517;REFB=-0.0126619;REVB=0.00153435;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606427;STB=0.533874;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0125701;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:11:15:18:10:11:15 chr6 31795561 . G C 270.83 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00375695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0947;QD=23.049;RBI=0.00796618;REFB=-0.0258281;REVB=0.00702463;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139454;STB=0.554751;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0216856;OID=.;OPOS=31795561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:24:25:0.531915:12:12:14:7:12:13:14:8 chr6 31797587 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00232935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.996;QD=9.84393;RBI=0.019793;REFB=-0.0198828;REVB=0.0196555;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549448;STB=0.533267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0332683;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:11:9:5:5:11:9 chr6 31838441 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.703;QD=57.5444;RBI=0.0435566;REFB=0;REVB=0.0418828;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103232;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr6 31838713 . G A 446.17 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0363524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.404;QD=23.4825;RBI=0.036669;REFB=-0.0188356;REVB=-0.00480811;RO=32;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587996;STB=0.52657;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0180045;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:26:17:15:17:26:17:15:18 chr6 31839309 . C T 901.78 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.988;QD=58.179;RBI=0.0404644;REFB=0;REVB=0.0316359;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230534;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:39:22:0:0:40:22:0:0 chr6 31839331 . C T 642.99 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000790396;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.157;QD=59.8129;RBI=0.0158354;REFB=-0.0515337;REVB=-0.0158156;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00106579;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr6 31860337 . T C 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.044;QD=58.4134;RBI=0.0261265;REFB=0;REVB=0.013107;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61973e-05;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr6 31864547 . G T 401.19 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0490546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1217;QD=48.6292;RBI=0.0616432;REFB=-0.0477468;REVB=0.03733;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0055373;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:33:2:3:30:30:0.909091:15:15:1:1:15:15:1:2 chr6 31914179 . C T 402.56 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0182159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.689;QD=15.6334;RBI=0.0183374;REFB=-0.00956345;REVB=0.00210749;RO=57;SAF=14;SAR=31;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191605;STB=0.613385;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0153537;OID=.;OPOS=31914179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:31:14:28:29:31:14:29:29 chr6 31914935 . A G 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.139;QD=62.7617;RBI=0.0366673;REFB=0;REVB=-0.00270594;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95199e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:50:39:0:0 chr6 31928799 . T C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5105;QD=60.713;RBI=0.0840476;REFB=0;REVB=-0.0837921;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791451;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr6 31929014 . A C 1973.9 PASS AF=1;AO=124;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5167;QD=61.2061;RBI=0.065658;REFB=0;REVB=0.0592906;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362064;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:124:129:1:65:59:0:0:66:63:0:0 chr6 31930351 . A G 620.68 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.033967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.362;QD=21.2198;RBI=0.0358545;REFB=0.00263587;REVB=-0.0114801;RO=55;SAF=35;SAR=27;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322453;STB=0.517717;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00277937;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:27:35:29:26:27:35:29:26 chr6 31935567 . G A 370.54 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0102621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1038;QD=14.8216;RBI=0.0334337;REFB=0.011498;REVB=0.0318198;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445981;STB=0.51999;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0217699;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:20:20:27:32:20:20:28:32 chr6 31936668 . T C,G 703.65 PASS AF=0.921569,0.0784314;AO=47,4;DP=51;FAO=47,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=13,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168484,-0.0307888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.184,113.132;QD=55.1882;RBI=0.0324706,0.0354732;REFB=0,0;REVB=0.0277574,-0.0176181;RO=0;SAF=34,1;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0010092,0.176044;OID=.,.;OPOS=31936668,31936668;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:51:51:0:0:47,4:47,4:0.921569,0.0784314:13,3:34,1:0:0:13,3:34,1:0:0 chr6 31936679 . C T 151.24 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0173019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3899;QD=9.45278;RBI=0.0454485;REFB=-0.0272515;REVB=-0.0420263;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571453;STB=0.522558;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0447137;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:37:44:20:20:0.3125:8:12:24:13:8:12:25:19 chr6 31939345 . G A 662.84 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0251312;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6094;QD=20.2393;RBI=0.0310893;REFB=-0.0257818;REVB=0.0183021;RO=65;SAF=30;SAR=36;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781426;STB=0.543006;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0257407;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:65:65:66:66:0.503817:36:30:24:41:36:30:24:41 chr6 31974849 . C G 234.89 PASS AF=0.209677;AO=39;DP=186;FAO=39;FDP=186;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=-0.0253026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0781;QD=5.05134;RBI=0.0394596;REFB=-0.00634325;REVB=0.0302793;RO=144;SAF=19;SAR=20;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251988;STB=0.523548;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0233369;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:144:147:39:39:0.209677:20:19:73:71:20:19:76:71 chr6 31975113 . G C 40.24 PASS AF=0.0717703;AO=15;DP=208;FAO=15;FDP=209;FR=.;FRO=194;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=138;FSRR=56;FWDB=-0.00561769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.912;QD=0.770135;RBI=0.025552;REFB=-0.00244379;REVB=-0.0249269;RO=193;SAF=14;SAR=1;SRF=137;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359592;STB=0.839408;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0239947;OID=.;OPOS=31975113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:208:209:193:194:15:15:0.0717703:1:14:137:56:1:14:138:56 chr6 31975151 . T G 83.78 PASS AF=0.0948905;AO=26;DP=274;FAO=26;FDP=274;FR=.;FRO=248;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=159;FSRR=89;FWDB=-0.00291303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.408;QD=1.22304;RBI=0.0419347;REFB=-0.00506249;REVB=-0.0418334;RO=248;SAF=15;SAR=11;SRF=159;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811751;STB=0.560588;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0571543;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:274:274:248:248:26:26:0.0948905:11:15:159:89:11:15:159:89 chr6 31977391 . C T 3499.22 PASS AF=1;AO=223;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329106;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.173;QD=62.4861;RBI=0.0630063;REFB=0;REVB=0.0537279;RO=1;SAF=111;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68808e-05;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:224:224:1:0:223:224:1:112:111:0:1:113:111:0:0 chr6 31978746 . G A 88.74 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0188745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.237;QD=3.65928;RBI=0.0360112;REFB=-0.00478275;REVB=-0.0306685;RO=70;SAF=6;SAR=10;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175917;STB=0.629658;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0196334;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:96:97:70:81:16:16:0.164948:10:6:36:34:10:6:43:38 chr6 31978824 . G A 1217.26 PASS AF=0.867925;AO=91;DP=106;FAO=92;FDP=106;FR=.;FRO=14;FSAF=68;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00409375;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.643;QD=45.9345;RBI=0.0164259;REFB=0.00993671;REVB=-0.0159075;RO=13;SAF=67;SAR=24;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100555;STB=0.504236;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00125826;OID=.;OPOS=31978824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:106:106:13:14:91:92:0.867925:24:67:10:3:24:68:10:4 chr6 31996524 . C A 123.96 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0219495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.075;QD=27.5475;RBI=0.0226384;REFB=-0.0406099;REVB=0.00554204;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691109;STB=0.517215;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0181109;OID=.;OPOS=31996524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:3:5:13:13:0.722222:6:7:1:2:6:7:3:2 chr6 32006317 . C T 453.68 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8381;QD=54.991;RBI=0.0216721;REFB=0.0186551;REVB=-0.000627453;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000430474;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:19:12:0:1:19:13:0:1 chr6 32006337 . C A 65.23 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0287313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.989;QD=10.872;RBI=0.0471704;REFB=-0.0160984;REVB=0.0374106;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0573186;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:5:9:6:3:5:10 chr6 32007849 . G C 697.74 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00751495;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.795;QD=20.9845;RBI=0.0223269;REFB=-0.0148327;REVB=0.0210241;RO=64;SAF=48;SAR=21;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157776;STB=0.579266;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0193322;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:21:48:34:30:21:48:35:29 chr6 32011644 . A G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00742591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.223;QD=15.8125;RBI=0.0131216;REFB=-0.0131452;REVB=-0.0108182;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105207;STB=0.559549;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0155875;OID=.;OPOS=32011644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:27:17:10:24:27:17 chr6 32012987 . A G 665.77 PASS AF=0.168798;AO=132;DP=797;FAO=132;FDP=782;FR=.;FRO=650;FSAF=37;FSAR=95;FSRF=297;FSRR=353;FWDB=-0.0494419;FXX=0.0200499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.06;QD=3.40548;RBI=0.0515205;REFB=-0.00440501;REVB=-0.0144866;RO=663;SAF=37;SAR=95;SRF=312;SRR=351;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259675;STB=0.656829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0224296;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:797:782:663:650:132:132:0.168798:95:37:312:351:95:37:297:353 chr6 32017105 . A G 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00427508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.143;QD=19.4503;RBI=0.0403124;REFB=-0.00646647;REVB=-0.0400851;RO=47;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176468;STB=0.591389;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00846004;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:23:22:32:15:23:22:32:16 chr6 32025870 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00548615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.382;QD=20.1602;RBI=0.0156197;REFB=-0.0345094;REVB=-0.0146246;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0166649;OID=.;OPOS=32025870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:6:7:9:7:7:7 chr6 32026107 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00718913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.705;QD=8.81109;RBI=0.0173317;REFB=-0.00817274;REVB=-0.0157704;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0135243;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr6 32029183 . C T 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00232133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.442;QD=30.8607;RBI=0.0160764;REFB=-0.0470586;REVB=0.0159079;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017341;STB=0.509545;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0187355;OID=.;OPOS=32029183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:11:10:4:5:11:10:4:5 chr6 32029226 . A G 387.23 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0134813;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.736;QD=28.6835;RBI=0.0209353;REFB=-0.0251205;REVB=-0.0160169;RO=18;SAF=21;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15285;STB=0.583287;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0148096;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:15:21:6:12:15:21:6:12 chr6 32035603 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0246754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.605;QD=15.7817;RBI=0.0247802;REFB=-0.0166878;REVB=0.00227641;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199197;STB=0.602561;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0172045;OID=.;OPOS=32035603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:10:13:10:18:10:13:11:18 chr6 32036357 . G A 615.91 PASS AF=0.467153;AO=63;DP=136;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0100614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.158;QD=17.9827;RBI=0.0111678;REFB=-0.0153135;REVB=-0.00484649;RO=73;SAF=30;SAR=33;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315795;STB=0.502625;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0198239;OID=.;OPOS=32036357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:73:73:63:64:0.467153:33:30:35:38:33:31:35:38 chr6 32050067 . T C 246.18 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00441875;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2426;QD=12.7886;RBI=0.00545504;REFB=-0.0198128;REVB=0.00319877;RO=47;SAF=21;SAR=8;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.557876;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0315176;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:29:29:0.376623:8:21:30:17:8:21:31:17 chr6 32056580 . A C 162.29 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0112927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3407;QD=17.5448;RBI=0.0828791;REFB=-0.0211697;REVB=-0.0821061;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213889;STB=0.596172;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0217395;OID=.;OPOS=32056580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:19:17:18:0.486486:9:8:5:15:10:8:5:14 chr6 32063681 . C T 673.74 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0142406;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.949;QD=24.4996;RBI=0.0157551;REFB=-0.0128524;REVB=0.00674011;RO=45;SAF=27;SAR=37;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515474;STB=0.533131;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0103263;OID=.;OPOS=32063681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:46:64:64:0.581818:37:27:22:23:37:27:23:23 chr6 32064098 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0913759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.412;QD=14.0437;RBI=0.0979231;REFB=0.00214702;REVB=0.0352047;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00769038;OID=.;OPOS=32064098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr6 32064756 . T C 48.36 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.137498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4746;QD=16.1201;RBI=0.137713;REFB=-0.0963779;REVB=0.0076811;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.088485;OID=.;OPOS=32064756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:12:4:5:6:7:0.583333:4:2:0:4:4:3:1:4 chr6 32097475 . T C 315.22 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00948153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.658;QD=11.784;RBI=0.017814;REFB=-0.00309803;REVB=0.0150811;RO=68;SAF=17;SAR=22;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151956;STB=0.586902;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00724217;OID=.;OPOS=32097475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:68:39:39:0.364486:22:17:39:29:22:17:39:29 chr6 32119898 . T C 4255.77 PASS AF=0.982143;AO=274;DP=280;FAO=275;FDP=280;FR=.;FRO=5;FSAF=100;FSAR=175;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.021848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.16;QD=60.7966;RBI=0.0218796;REFB=-0.00440046;REVB=-0.00117435;RO=5;SAF=100;SAR=174;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00863806;STB=0.504548;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000166118;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:280:280:5:5:274:275:0.982143:174:100:3:2:175:100:3:2 chr6 32122386 . C G 799.31 PASS AF=1;AO=42;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.978;QD=57.0935;RBI=0.0849772;REFB=0;REVB=0.0664377;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012281;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:42:56:1:20:22:0:0:30:26:0:0 chr6 32151294 . T C 669.31 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0128434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.75;QD=18.0894;RBI=0.0138251;REFB=3.79763e-05;REVB=0.00511668;RO=80;SAF=34;SAR=34;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109639;STB=0.560793;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-7.43452e-05;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:80:68:68:0.459459:34:34:31:49:34:34:31:49 chr6 32151994 . A T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.813;QD=57.5447;RBI=0.00461191;REFB=0;REVB=-0.00028535;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81749e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr6 32154998 . C T 261.73 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00289734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6684;QD=14.7454;RBI=0.00359236;REFB=-0.00731758;REVB=0.00212379;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461555;STB=0.512233;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0154049;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:41:30:30:0.422535:16:14:20:19:16:14:20:21 chr6 32159956 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.015458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.153;QD=14.0966;RBI=0.0181895;REFB=-0.0227642;REVB=-0.00958685;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0310909;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:5:9:4:7:5:9 chr6 32172065 . T G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.476;QD=60.4467;RBI=0.0156657;REFB=0;REVB=-0.0148189;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57107e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr6 32178570 . C T 427.33 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.0212208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.217;QD=14.2442;RBI=0.021329;REFB=-0.00400496;REVB=-0.00214607;RO=71;SAF=12;SAR=37;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138876;STB=0.578824;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00535499;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:37:12:25:46:37:12:25:46 chr6 32184705 . G A 642.19 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8062;QD=61.1606;RBI=0.0576923;REFB=0;REVB=0.00532791;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187439;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:28:14:0:0 chr6 32188297 . G C 233.63 PASS AF=0.5;AO=12;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0274485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.772;QD=21.2386;RBI=0.0278759;REFB=-0.0282398;REVB=-0.00486233;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313907;STB=0.533867;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.050585;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:12:22:0.5:9:3:11:10:12:10:11:10 chr6 32188383 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0524659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.618;QD=15.3785;RBI=0.0544293;REFB=-0.0143195;REVB=-0.0144872;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0172331;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:9:5:5:7:9:5 chr6 32188603 . C T 213.21 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00961395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.936;QD=12.5416;RBI=0.0102025;REFB=-0.0141854;REVB=0.0034152;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785921;STB=0.554305;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0478523;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:25:26:0.382353:9:16:24:18:9:17:24:18 chr6 32188640 . T C 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0134491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.508;QD=13.2868;RBI=0.022155;REFB=-0.0224126;REVB=0.0176058;RO=41;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379346;STB=0.521723;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0447036;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:9:18:26:15:9:18:26:15 chr6 32188642 . T C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00773833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.386;QD=13.0312;RBI=0.023649;REFB=-0.0160428;REVB=0.0223471;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281136;STB=0.516117;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.02381;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:9:18:27:15:9:18:27:15 chr6 32189032 . T C 841.11 PASS AF=0.543046;AO=82;DP=151;FAO=82;FDP=151;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0173769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.002;QD=22.2812;RBI=0.0202963;REFB=-0.0183009;REVB=-0.0104873;RO=69;SAF=31;SAR=51;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868645;STB=0.547547;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0105668;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:69:69:82:82:0.543046:51:31:33:36:51:31:33:36 chr6 32190484 . G A 921.07 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00725813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.558;QD=54.1805;RBI=0.0129556;REFB=-0.0432464;REVB=0.0107316;RO=3;SAF=29;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463917;STB=0.524583;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000269001;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:68:68:3:3:65:65:0.955882:36:29:3:0:36:29:3:0 chr6 32191620 . C T 333.69 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00350304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.697;QD=14.1995;RBI=0.0284334;REFB=-0.0228091;REVB=-0.0282168;RO=56;SAF=28;SAR=9;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384025;STB=0.723867;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0256015;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:9:28:23:33:9:28:23:34 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T,TAGCAGCAGCAGCAGC 827.27 PASS AF=0.5375,0.4125;AO=36,15;DP=81;FAO=43,33;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=20,24;FSAR=23,9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00384485,-0.0190096;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=12,3;MLLD=450.527,55.3182;QD=41.3632;RBI=0.0539704,0.0752391;REFB=-0.0180518,-0.11577;REVB=0.0538333,0.072798;RO=13;SAF=18,8;SAR=18,7;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.246088,-0.405322;STB=0.545433,0.538439;STBP=0.071,0.242;TYPE=del,ins;VARB=0.00928665,0.0242488;OID=.,.;OPOS=32191659,32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC,-;OALT=-,AGC;OMAPALT=T,TAGCAGCAGCAGCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5375,0.4125:36,15:81:43,33:80:4:20,24:23,9:4:0:99:13:18,8:18,7:13:0 chr6 32290927 . G T 613.94 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0124555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0826;QD=17.0538;RBI=0.0393069;REFB=-0.0136603;REVB=-0.0372813;RO=80;SAF=28;SAR=36;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160978;STB=0.589627;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0174512;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:80:64:64:0.444444:36:28:48:32:36:28:48:32 chr6 32291359 . T G 304.09 PASS AF=0.52459;AO=33;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0035603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0989;QD=19.9402;RBI=0.0485378;REFB=0.0144746;REVB=-0.048407;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057509;STB=0.513332;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0169735;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:33:32:0.52459:14:19:18:10:13:19:18:11 chr6 32291407 . G C 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00224025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.027;QD=16.1647;RBI=0.0136097;REFB=-0.00877027;REVB=-0.0134241;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206845;STB=0.61675;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0119297;OID=.;OPOS=32291407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:11:22:19:22:11:22:19:22 chr6 32299822 . G A 752.45 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.000869502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.584;QD=24.2726;RBI=0.0139217;REFB=-0.0116578;REVB=-0.0138945;RO=53;SAF=40;SAR=31;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211718;STB=0.501154;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00901574;OID=.;OPOS=32299822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:31:40:30:23:31:40:30:23 chr6 32317859 . T C 385.78 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0170012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.215;QD=15.587;RBI=0.0184126;REFB=-0.00244563;REVB=0.0070699;RO=58;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000898804;STB=0.500507;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00531494;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:24:17:24:34:24:17:24:34 chr6 32337686 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0231477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.156;QD=12.8731;RBI=0.0272033;REFB=0.0126498;REVB=0.0142899;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123459;STB=0.571357;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0114444;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:10:22:11:8:10:22 chr6 32361821 . C T 402.95 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0263401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.074;QD=22.0795;RBI=0.0287321;REFB=-0.000398954;REVB=-0.0114775;RO=33;SAF=11;SAR=28;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23768;STB=0.619407;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000237955;OID=.;OPOS=32361821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:28:11:18:15:28:12:18:15 chr6 32410987 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.804;QD=60.376;RBI=0.00806639;REFB=0;REVB=-0.00639723;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0207e-06;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr6 32411035 . A C 373.33 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=0.00819359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.003;QD=12.3415;RBI=0.00822415;REFB=-0.00529992;REVB=0.000708366;RO=75;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157425;STB=0.59258;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00738966;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:76:45:45:0.371901:23:22:26:49:23:22:26:50 chr6 32411646 . T G 480.92 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0101789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5128;QD=22.9009;RBI=0.0147635;REFB=-0.0253449;REVB=-0.0106935;RO=38;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216346;STB=0.5119;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0208432;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:23:23:20:18:23:23:20:18 chr6 32412480 . G A 471.0 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00791813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.546;QD=17.2846;RBI=0.00839584;REFB=-0.0100857;REVB=0.00279165;RO=58;SAF=16;SAR=35;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173451;STB=0.59686;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0129685;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:35:16:28:30:35:16:28:30 chr6 32489749 . G C 785.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.804;QD=64.0998;RBI=0.00700374;REFB=0;REVB=-0.000919691;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51116e-05;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:33:16:0:0 chr6 32489766 . A T 744.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.262;QD=63.3876;RBI=0.0105416;REFB=0;REVB=0.00141265;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43722e-05;OID=.;OPOS=32489766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr6 32489791 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.62;QD=61.3363;RBI=0.00518352;REFB=0;REVB=-0.00505859;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15484e-05;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr6 32489795 . TC CT 467.83 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00628182;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=85.108;QD=49.2454;RBI=0.0105737;REFB=-0.0723945;REVB=0.00850539;RO=4;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475127;STB=0.525532;STBP=0.419;TYPE=mnp;VARB=0.00742282;OID=.;OPOS=32489795;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:24:10:2:2:24:10:2:2 chr6 32489853 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.967;QD=51.9161;RBI=0.0648858;REFB=0;REVB=0.0331276;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309189;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr6 32489856 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2696;QD=48.7367;RBI=0.100443;REFB=0;REVB=-0.0434164;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167346;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 32489874 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.939;QD=39.2066;RBI=0.0247286;REFB=0;REVB=0.0207052;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103567;OID=.;OPOS=32489874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 32489877 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0244;QD=37.4883;RBI=0.104235;REFB=0;REVB=-0.0285167;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00558031;OID=.;OPOS=32489877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 32489883 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.567;QD=33.4285;RBI=0.0177475;REFB=0;REVB=0.00299234;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375819;OID=.;OPOS=32489883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 32517807 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0648586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0754;QD=5.78792;RBI=0.0793949;REFB=-0.00365732;REVB=0.045792;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360822;STB=0.726722;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.021687;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:6:17:3:4:6:17 chr6 32546743 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.828;QD=49.5992;RBI=0.0628124;REFB=0;REVB=-0.0608296;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447371;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr6 32546781 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.04108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6367;QD=6.25131;RBI=0.0423901;REFB=0.00678658;REVB=-0.0104572;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954119;STB=0.562286;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0167878;OID=.;OPOS=32546781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:10:7:2:4:10:7 chr6 32546795 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.022;QD=53.2771;RBI=0.0284707;REFB=0;REVB=0.0280531;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383252;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr6 32546800 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0208456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.181;QD=7.837;RBI=0.0480063;REFB=0.00157855;REVB=-0.0432443;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114826;STB=0.538354;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0616651;OID=.;OPOS=32546800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:2:16:21:7:0.304348:7:14:0:2:3:4:10:6 chr6 32546828 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.435;QD=56.7018;RBI=0.00790671;REFB=0;REVB=0.00553213;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33351e-07;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 32546846 . C T 317.16 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0435632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0842;QD=45.3084;RBI=0.0479483;REFB=-0.0428733;REVB=0.0200322;RO=3;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895847;STB=0.548349;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00830271;OID=.;OPOS=32546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:14:11:0:3:14:11:0:3 chr6 32546854 . TG T,TT 348.27 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136588,-0.00574215;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.481,9.13235;QD=53.5802;RBI=0.0141202,0.00651855;REFB=0,0;REVB=-0.0035801,0.00308532;RO=0;SAF=11,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.224771,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00141656,0.0659362;OID=.,.;OPOS=32546855,32546855;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:24,2:26:24,2:26:0:11,0:13,2:0:0:9:0:11,0:13,2:0:0 chr6 32546866 . T C 294.17 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676817;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4916;QD=53.4848;RBI=0.0726952;REFB=0;REVB=-0.0265289;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274953;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 32547982 . G A 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.000584674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.76;QD=7.73069;RBI=0.0436817;REFB=-0.00484191;REVB=-0.0436778;RO=39;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476102;STB=0.791588;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0105722;OID=.;OPOS=32547982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:3:11:15:24:3:11:15:24 chr6 32547988 . T C 454.57 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00097061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.518;QD=33.6716;RBI=0.0143326;REFB=-0.0148369;REVB=-0.0142997;RO=14;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198663;STB=0.607422;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00262183;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:25:15:11:3:25:15:11:3 chr6 32547990 . TG AA,TA 745.15 PASS AF=0.259259,0.740741;AO=14,40;DP=54;FAO=14,40;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11,15;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185476,0.00201945;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=174.192,71.6894;QD=55.1961;RBI=0.0218467,0.00748242;REFB=0,0;REVB=0.0115442,0.00720475;RO=0;SAF=11,15;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0227082,-0.00420949;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:54:54:0:0:14,40:14,40:0.259259,0.740741:3,25:11,15:0:0:3,25:11,15:0:0 chr6 32547997 . T G 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0128215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.855;QD=6.8736;RBI=0.020947;REFB=-0.00544709;REVB=0.0165646;RO=42;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502785;STB=0.808402;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00736259;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:3:11:15:27:3:11:15:27 chr6 32548026 . G C 463.99 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0294878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2575;QD=33.7445;RBI=0.0424112;REFB=0.0242613;REVB=0.0304825;RO=14;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200586;STB=0.608407;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00485817;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:55:55:14:14:41:41:0.745455:26:15:11:3:26:15:11:3 chr6 32548066 . G T 348.52 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0180785;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4801;QD=32.4207;RBI=0.0190398;REFB=0.00742357;REVB=0.00597326;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19876;STB=0.608485;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.017566;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:11:3:16:13:11:3 chr6 32548520 . C T 366.17 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.012518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.551;QD=16.2741;RBI=0.0214647;REFB=-0.00590254;REVB=-0.0174366;RO=51;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463531;STB=0.502607;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0109228;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:17:22:29:22:17:22:29:22 chr6 32548554 . G C 80.18 PASS AF=0.148515;AO=16;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0134394;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8334;QD=3.17546;RBI=0.0413767;REFB=-0.0143517;REVB=0.0391333;RO=85;SAF=8;SAR=8;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740185;STB=0.538208;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0610036;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:101:101:85:86:16:15:0.148515:8:8:43:42:8:7:44:42 chr6 32548556 . C T 87.36 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.033329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.129;QD=3.45982;RBI=0.0347443;REFB=-0.00497302;REVB=-0.00981546;RO=84;SAF=8;SAR=8;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299785;STB=0.514833;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0164135;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:100:101:84:85:16:16:0.158416:8:8:44:40:8:8:44:41 chr6 32548632 . T A 60.11 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0120773;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.147;QD=2.58553;RBI=0.0786177;REFB=-0.0105176;REVB=-0.0776846;RO=79;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859618;STB=0.559043;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0467252;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:93:93:79:81:12:12:0.129032:6:6:34:45:6:6:35:46 chr6 32549401 . T C 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.632;QD=58.1367;RBI=0.0457734;REFB=0;REVB=-0.044498;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702711;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 32549416 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.018666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.306;QD=15.6258;RBI=0.0186713;REFB=-0.00954383;REVB=0.000442257;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110527;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0188219;OID=.;OPOS=32549416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:11:12:7:10:11:12 chr6 32549452 . C G 471.94 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0140364;FXX=0.15712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.798;QD=31.996;RBI=0.0279651;REFB=-0.0115401;REVB=0.0241873;RO=18;SAF=23;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346413;STB=0.518788;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00287665;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:59:18:18:41:41:0.694915:18:23:9:9:18:23:9:9 chr6 32549464 . T C 122.7 PASS AF=0.228916;AO=18;DP=82;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0151865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.96;QD=5.9132;RBI=0.0273276;REFB=-0.00786698;REVB=-0.0227194;RO=64;SAF=10;SAR=8;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877958;STB=0.528032;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0374183;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:64:64:18:19:0.228916:8:10:36:28:9:10:36:28 chr6 32549475 . T C 1357.92 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.317;QD=62.4329;RBI=0.0148587;REFB=0;REVB=0.0143218;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99931e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:39:48:0:0 chr6 32549481 . C T 867.33 PASS AF=0.71875;AO=69;DP=94;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.012115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.894;QD=36.1388;RBI=0.0127543;REFB=-0.0425955;REVB=0.00398763;RO=25;SAF=43;SAR=26;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114039;STB=0.55213;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0208271;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:25:27:69:69:0.71875:26:43:10:15:26:43:12:15 chr6 32549497 . G A 1032.04 PASS AF=0.722689;AO=86;DP=119;FAO=86;FDP=119;FR=.;FRO=33;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0134898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.105;QD=34.6904;RBI=0.0204833;REFB=-0.0318544;REVB=-0.015414;RO=33;SAF=51;SAR=35;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572613;STB=0.530711;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00948118;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:33:33:86:86:0.722689:35:51:16:17:35:51:16:17 chr6 32549501 . A C 1792.73 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.375;QD=60.7704;RBI=0.0212032;REFB=0;REVB=0.0195634;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87862e-05;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:51:64:0:0:53:65:0:0 chr6 32549548 . G A 1562.84 PASS AF=0.68984;AO=129;DP=187;FAO=129;FDP=187;FR=.;FRO=58;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0070321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.354;QD=33.4297;RBI=0.0229212;REFB=-0.0118271;REVB=-0.0218159;RO=56;SAF=69;SAR=60;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399595;STB=0.516207;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00594467;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:56:58:129:129:0.68984:60:69:26:30:60:69:28:30 chr6 32549589 . A C 516.68 PASS AF=0.351955;AO=63;DP=177;FAO=63;FDP=179;FR=.;FRO=116;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.000228274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.467;QD=11.5459;RBI=0.0118397;REFB=-0.0119418;REVB=-0.0118375;RO=114;SAF=32;SAR=31;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108545;STB=0.500443;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0238987;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:114:116:63:63:0.351955:31:32:59:55:31:32:59:57 chr6 32549596 . T C 2677.62 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8692;QD=62.2702;RBI=0.00611651;REFB=0;REVB=-0.00102076;RO=0;SAF=85;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31923e-05;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:171:172:1:86:85:0:0:86:86:0:0 chr6 32549607 . T G 491.86 PASS AF=0.363636;AO=60;DP=165;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0422677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.076;QD=11.9238;RBI=0.0431685;REFB=-0.00194152;REVB=-0.00877274;RO=105;SAF=30;SAR=30;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532275;STB=0.503029;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00488858;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:105:105:60:60:0.363636:30:30:52:53:30:30:52:53 chr6 32549611 . T A 2373.18 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198243;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.534;QD=59.7025;RBI=0.0199681;REFB=-0.0154099;REVB=0.00239232;RO=2;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118909;STB=0.506249;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00033856;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:159:2:2:157:157:0.987421:79:78:0:2:79:78:0:2 chr6 32551957 . GC TC,TT 253.81 PASS AF=0.85,0.15;AO=17,3;DP=21;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11,3;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158039,0.00818206;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=198.133,204.18;QD=50.7609;RBI=0.0263255,0.0105413;REFB=0,0;REVB=0.0210539,0.0066463;RO=0;SAF=11,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00294605,0.0161733;OID=.,.;OPOS=32551957,32551957;OREF=G,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:21:20:0:0:17,3:17,3:0.85,0.15:6,0:11,3:0:0:6,0:11,3:0:0 chr6 32551959 . C G 235.11 PASS AF=0.869565;AO=18;DP=22;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00758319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.343;QD=40.8891;RBI=0.0132391;REFB=-0.0403798;REVB=-0.0108522;RO=3;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.548341;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00299392;OID=.;OPOS=32551959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:23:3:3:18:20:0.869565:6:12:3:0:6:14:3:0 chr6 32551961 . GC CT 222.72 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226387;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.631;QD=40.4943;RBI=0.0232946;REFB=0.00853;REVB=0.0054886;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950419;STB=0.551672;STBP=0.293;TYPE=mnp;VARB=-0.00197563;OID=.;OPOS=32551961;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:3:3:19:19:0.863636:6:13:3:0:6:13:3:0 chr6 32551995 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000148908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.848;QD=56.7066;RBI=0.0194358;REFB=0;REVB=0.0194353;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108252;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr6 32551998 . G A 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0242559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.462;QD=45.3101;RBI=0.0264239;REFB=-0.0395628;REVB=0.0104819;RO=3;SAF=18;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00563935;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:7:18:3:0:7:18:3:0 chr6 32552059 . GA AA,TA,TT 328.79 PASS AF=0.08,0.12,0.8;AO=2,3,20;DP=26;FAO=2,3,20;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3,14;FSAR=1,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419686,0.0218093,0.00510557;FXX=0.0384468;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=14.2063,55.8774,91.3707;QD=52.607;RBI=0.0165695,0.0237718,0.00535278;REFB=0,0,0;REVB=0.0160292,0.00945803,0.00160793;RO=0;SAF=1,3,14;SAR=1,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.5931e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.0535765,0.042479,-0.00954022;OID=.,.,.;OPOS=32552059,32552059,32552059;OREF=G,G,GA;OALT=A,T,TT;OMAPALT=AA,TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:26:25:0:0:2,3,20:2,3,20:0.08,0.12,0.8:1,0,6:1,3,14:0:0:1,0,6:1,3,14:0:0 chr6 32552075 . A G 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0118566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.295;QD=44.5056;RBI=0.0118739;REFB=0.0172677;REVB=-0.000641212;RO=3;SAF=15;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084107;STB=0.545418;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00377084;OID=.;OPOS=32552075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:9:15:3:0:9:15:3:0 chr6 32557478 . CG AA 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000350138;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.842;QD=24.3281;RBI=0.0165938;REFB=-0.00921983;REVB=0.0165901;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=mnp;VARB=0.00441187;OID=.;OPOS=32557478;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr6 32557483 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.097;QD=40.7629;RBI=0.0392047;REFB=0;REVB=-0.0354481;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201911;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32557506 . T C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0385929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0359;QD=32.3521;RBI=0.0399503;REFB=-0.0472242;REVB=-0.0103251;RO=2;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399473;STB=0.522347;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00670043;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:4:7:1:1:4:7:1:1 chr6 32605257 . C A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.012307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.672;QD=12.7371;RBI=0.0185017;REFB=-0.00515005;REVB=-0.0138149;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304652;STB=0.674515;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00377083;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:5:23:9:7:5:23 chr6 32605271 . C T 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0417727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.854;QD=10.715;RBI=0.0426036;REFB=0.0146517;REVB=-0.00837312;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381594;STB=0.720676;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00587754;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:5:24:7:7:5:24 chr6 32605274 . T C 111.21 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0103155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.974;QD=9.46445;RBI=0.0134585;REFB=0.00286133;REVB=0.0086441;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275309;STB=0.638115;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00854872;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:33:13:14:0.297872:6:7:10:23:7:7:10:23 chr6 32605325 . C T 70.24 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0221247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3359;QD=4.39002;RBI=0.0396705;REFB=-0.00390883;REVB=-0.0329279;RO=52;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168972;STB=0.609201;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0101089;OID=.;OPOS=32605325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:6:6:19:33:6:6:19:33 chr6 32606682 . C G 1310.55 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00682412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.353;QD=57.6064;RBI=0.0169294;REFB=-0.00303643;REVB=0.0154931;RO=4;SAF=50;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284813;STB=0.515148;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000138399;OID=.;OPOS=32606682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:90:91:4:4:86:87:0.956044:36:50:1:3:36:51:1:3 chr6 32606691 . T G 1390.88 PASS AF=0.960396;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0411851;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.125;QD=55.0844;RBI=0.0535554;REFB=-0.0383283;REVB=0.034234;RO=4;SAF=51;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283427;STB=0.501023;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00128868;OID=.;OPOS=32606691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:101:4:4:95:97:0.960396:44:51:2:2:46:51:2:2 chr6 32606701 . A G 1601.07 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0344654;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6859;QD=57.181;RBI=0.043181;REFB=-0.0642774;REVB=0.0260141;RO=3;SAF=59;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106301;STB=0.505602;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000820282;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:112:3:3:109:109:0.973214:50:59:1:2:50:59:1:2 chr6 32609097 . T C 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0381135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.285;QD=13.015;RBI=0.0386084;REFB=-0.00824398;REVB=0.00616194;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332173;STB=0.519212;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00499878;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:17:15:10:10:17:15 chr6 32609105 . G A 151.71 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00932514;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3775;QD=11.2381;RBI=0.0519517;REFB=-0.0165721;REVB=-0.0511079;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449356;STB=0.526288;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0307604;OID=.;OPOS=32609105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:18:17:10:9:18:17 chr6 32609126 . T C 204.36 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.052111;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.268;QD=12.0214;RBI=0.052638;REFB=-0.0227463;REVB=-0.00743014;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22509;STB=0.537782;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0343401;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:39:22:23:0.338235:11:11:8:21:11:12:18:21 chr6 32609192 . A G 64.85 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0139977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.718;QD=3.55322;RBI=0.0278807;REFB=-0.00623411;REVB=-0.0241121;RO=60;SAF=10;SAR=2;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483595;STB=0.828939;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0419715;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:60:61:12:12:0.164384:2:10:27:33:2:10:27:34 chr6 32609806 . C T 79.48 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000600472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.211;QD=6.91137;RBI=0.00147101;REFB=-0.0106307;REVB=0.00134287;RO=35;SAF=10;SAR=1;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497186;STB=0.827995;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0388401;OID=.;OPOS=32609806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:1:10:21:14:1:10:21:14 chr6 32609813 . T C 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0346012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.662;QD=7.47122;RBI=0.0358448;REFB=-0.00927951;REVB=-0.00935964;RO=32;SAF=10;SAR=1;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526606;STB=0.841945;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0285896;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:1:10:18:14:1:10:18:14 chr6 32609873 . G C 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00540398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.63;QD=5.42446;RBI=0.00865175;REFB=-0.00895236;REVB=0.00675645;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426486;STB=0.793392;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0377051;OID=.;OPOS=32609873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:1:9:26:14:1:9:26:14 chr6 32609952 . T C 95.7 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00806294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4551;QD=4.7851;RBI=0.00916625;REFB=-0.0119203;REVB=-0.00435995;RO=64;SAF=10;SAR=6;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864864;STB=0.554729;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0554892;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:64:64:16:16:0.2:6:10:44:20:6:10:44:20 chr6 32609964 . G T 105.19 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.000356366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.652;QD=5.25942;RBI=0.0260085;REFB=-0.00984588;REVB=-0.026006;RO=63;SAF=9;SAR=8;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197643;STB=0.622621;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0487807;OID=.;OPOS=32609964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:63:63:17:17:0.2125:8:9:43:20:8:9:43:20 chr6 32609969 . T G 104.69 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0106683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.67;QD=5.16998;RBI=0.0108638;REFB=-0.00703358;REVB=0.00205169;RO=62;SAF=9;SAR=8;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19047;STB=0.61435;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0176236;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:64:17:17:0.209877:8:9:42:20:8:9:43:21 chr6 32609974 . T G 112.68 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.00263556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.204;QD=5.49635;RBI=0.0888996;REFB=-0.0031679;REVB=-0.0888605;RO=62;SAF=9;SAR=9;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244959;STB=0.634008;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0510494;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:62:64:18:18:0.219512:9:9:43:19:9:9:43:21 chr6 32610009 . C A 182.48 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.0169906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1838;QD=7.84838;RBI=0.0279397;REFB=-0.00338299;REVB=-0.0221799;RO=68;SAF=10;SAR=15;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327644;STB=0.694072;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.010466;OID=.;OPOS=32610009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:25:25:0.268817:15:10:46:22:15:10:46:22 chr6 32610044 . T C 206.85 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00156176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8872;QD=9.09253;RBI=0.0282689;REFB=0.00511446;REVB=-0.0282257;RO=64;SAF=12;SAR=15;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194303;STB=0.614375;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0138084;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:15:12:39:25:15:12:39:25 chr6 32610047 . T C 208.42 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00409931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=9.36709;RBI=0.00762343;REFB=-0.0112556;REVB=0.00642747;RO=61;SAF=12;SAR=15;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207966;STB=0.61568;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0158852;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:62:27:27:0.303371:15:12:38:23:15:12:38:24 chr6 32610050 . T C 187.83 PASS AF=0.298851;AO=24;DP=83;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00904228;FXX=0.0113623;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.772;QD=8.63603;RBI=0.010455;REFB=0.000301972;REVB=0.00524826;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104838;STB=0.600625;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000130707;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:42:61:24:26:0.298851:12:12:25:17:14:12:37:24 chr6 32610059 . T G 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0151325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.965;QD=10.0837;RBI=0.0189887;REFB=0.011397;REVB=0.0114707;RO=56;SAF=12;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206226;STB=0.613495;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0199859;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:57:27:27:0.321429:15:12:35:21:15:12:35:22 chr6 32610109 . A C 81.86 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0597494;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.1551;QD=6.17779;RBI=0.102479;REFB=-0.0221502;REVB=-0.083258;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299526;STB=0.529025;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0564996;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:50:53:37:40:13:13:0.245283:6:7:19:18:6:7:20:20 chr6 32610436 . T C 520.43 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0141712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.533;QD=16.7879;RBI=0.0176827;REFB=-0.00995483;REVB=-0.0105762;RO=68;SAF=42;SAR=14;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288795;STB=0.6621;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0191966;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:14:42:33:35:14:42:33:35 chr6 32610445 . G A 489.46 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.041413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3369;QD=15.5385;RBI=0.0688558;REFB=0.00717374;REVB=0.0550098;RO=70;SAF=42;SAR=12;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333781;STB=0.697132;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0242814;OID=.;OPOS=32610445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:72:54:54:0.428571:12:42:34:36:12:42:34:38 chr6 32610461 . A G 468.49 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.020549;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.845;QD=15.4871;RBI=0.0284927;REFB=-0.0265787;REVB=-0.0197376;RO=68;SAF=39;SAR=13;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295354;STB=0.671163;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.015548;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:13:39:33:35:13:39:33:36 chr6 32610495 . A G 383.27 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0893398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8246;QD=14.6007;RBI=0.0902385;REFB=0.0141529;REVB=0.0127044;RO=61;SAF=34;SAR=10;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384737;STB=0.718204;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.022421;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:10:34:26:35:10:34:26:35 chr6 32610535 . A C 248.55 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0108071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.643;QD=12.1246;RBI=0.0127494;REFB=-0.00452876;REVB=0.00676407;RO=52;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241452;STB=0.646053;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.010538;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:52:52:29:30:0.365854:9:20:25:27:9:21:25:27 chr6 32610947 . A C 1145.17 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00757423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.068;QD=57.9835;RBI=0.00793411;REFB=-0.0537714;REVB=0.00236247;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137161;STB=0.501499;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000230956;OID=.;OPOS=32610947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:43:34:1:0:43:34:1:1 chr6 32628602 . G GC 120.55 PASS AF=0.3;AO=26;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.166434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.3473;QD=5.35771;RBI=0.247216;REFB=0.0629974;REVB=0.182799;RO=62;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139154;STB=0.587129;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=-0.135514;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:26:90:27:90:63:17:10:32:31:99:62:16:10:31:31 chr6 32628606 . C A 749.16 PASS AF=0.688889;AO=62;DP=90;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0304358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1345;QD=33.2959;RBI=0.038807;REFB=0.021625;REVB=0.0240758;RO=28;SAF=32;SAR=30;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526526;STB=0.528388;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00881286;OID=.;OPOS=32628606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:28:28:62:62:0.688889:30:32:17:11:30:32:17:11 chr6 32628621 . T C 221.1 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0143516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.882;QD=10.05;RBI=0.0151483;REFB=-0.00873279;REVB=-0.00484778;RO=60;SAF=18;SAR=10;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188913;STB=0.610847;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0188293;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:10:18:29:31:10:18:29:31 chr6 32629193 . C T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0442961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.246;QD=2.5171;RBI=0.0447552;REFB=-0.0099059;REVB=0.00639407;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376625;STB=0.77207;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0320131;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:6:2:32:24:6:2:32:24 chr6 32629764 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00700779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.452;QD=8.25557;RBI=0.00701282;REFB=-0.0111312;REVB=0.000265556;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0344274;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:7:5:3:3:7:5 chr6 32629802 . A G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00838667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.857;QD=25.4295;RBI=0.0123609;REFB=0.0140361;REVB=-0.0090805;RO=15;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325799;STB=0.683356;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00595306;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:18:4:8:7:18:4:8:7 chr6 32629809 . C T 260.52 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0162596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5336;QD=24.8117;RBI=0.0222028;REFB=-0.00414902;REVB=0.0151193;RO=18;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379726;STB=0.714081;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00471569;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:20:4:10:8:20:4:10:8 chr6 32629847 . A G 257.33 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00458449;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.204;QD=16.0832;RBI=0.0721999;REFB=-0.00238944;REVB=-0.0720542;RO=36;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213398;STB=0.627147;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00133017;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:35:29:29:0.453125:21:8:17:19:21:8:17:18 chr6 32629859 . A G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=67;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00651231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.915;QD=15.017;RBI=0.010578;REFB=-0.0151228;REVB=-0.00833576;RO=38;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255869;STB=0.60862;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0254331;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:38:40:28:30:0.428571:21:7:18:20:21:9:19:21 chr6 32629891 . C T 237.75 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00741248;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.49;QD=13.5859;RBI=0.0146586;REFB=-0.00176794;REVB=-0.0126464;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168572;STB=0.61282;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00444279;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:42:28:28:0.4:19:9:19:21:19:9:21:21 chr6 32629904 . A G 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0119318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.172;QD=12.5475;RBI=0.0129174;REFB=0.00953414;REVB=-0.00494894;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138678;STB=0.579939;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00843498;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:18:9:20:24:18:9:20:24 chr6 32629920 . C T 491.6 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00550568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.329;QD=28.0913;RBI=0.0249568;REFB=-0.00386438;REVB=0.0243419;RO=25;SAF=20;SAR=25;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565322;STB=0.530731;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00377229;OID=.;OPOS=32629920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:25:20:9:16:25:20:9:16 chr6 32629935 . C G 156.36 PASS AF=0.309859;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.108066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2493;QD=8.80901;RBI=0.116678;REFB=0.00220768;REVB=-0.0439948;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189845;STB=0.567959;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00291915;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:46:49:21:22:0.309859:15:6:20:26:15:7:20:29 chr6 32629955 . C T 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0081184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.077;QD=7.05534;RBI=0.00812623;REFB=-0.0050313;REVB=0.000356739;RO=51;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077375;STB=0.547211;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.014212;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:11:7:23:28:11:7:23:28 chr6 32632650 . C T 52.49 PASS AF=0.0931677;AO=15;DP=161;FAO=15;FDP=161;FR=.;FRO=146;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=-0.0284718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.458;QD=1.30418;RBI=0.0287691;REFB=-0.000489709;REVB=0.00412519;RO=145;SAF=6;SAR=9;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741254;STB=0.560525;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00576225;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:161:161:145:146:15:15:0.0931677:9:6:67:78:9:6:68:78 chr6 32632687 . A G 119.61 PASS AF=0.159722;AO=24;DP=144;FAO=23;FDP=144;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=-0.0193839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.914;QD=3.32262;RBI=0.0209227;REFB=-0.00568276;REVB=-0.0078756;RO=119;SAF=9;SAR=15;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925046;STB=0.540438;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0198251;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:119:121:24:23:0.159722:15:9:53:66:14:9:53:68 chr6 32632694 . C G 113.94 PASS AF=0.161765;AO=22;DP=136;FAO=22;FDP=136;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=0.0287645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9681;QD=3.3511;RBI=0.0288401;REFB=0.00154237;REVB=0.00208681;RO=114;SAF=7;SAR=15;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139427;STB=0.592585;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00889811;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:114:114:22:22:0.161765:15:7:48:66:15:7:48:66 chr6 32632700 . T A 133.14 PASS AF=0.180451;AO=24;DP=134;FAO=24;FDP=133;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.018284;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.091;QD=4.00423;RBI=0.0195478;REFB=-0.000798646;REVB=-0.00691447;RO=109;SAF=9;SAR=15;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504813;STB=0.532517;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00890303;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:109:109:24:24:0.180451:15:9:45:64:15:9:45:64 chr6 32632714 . G C 191.67 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=131;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=-0.0188591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.536;QD=5.85244;RBI=0.02292;REFB=-0.0072027;REVB=-0.0130253;RO=98;SAF=10;SAR=20;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741432;STB=0.544414;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0287877;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:98:101:30:30:0.229008:20:10:38:60:20:10:39:62 chr6 32632724 . C T 198.52 PASS AF=0.25;AO=30;DP=120;FAO=30;FDP=120;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0192746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.255;QD=6.61751;RBI=0.0192789;REFB=-0.0109664;REVB=0.000408282;RO=90;SAF=10;SAR=20;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603205;STB=0.53656;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0274128;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:90:90:30:30:0.25:20:10:34:56:20:10:34:56 chr6 32632744 . C T 186.4 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.000842359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.257;QD=7.38219;RBI=0.0135158;REFB=-0.0046931;REVB=-0.0134895;RO=75;SAF=8;SAR=18;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174185;STB=0.605827;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0236342;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:26:26:0.257426:18:8:33:42:18:8:33:42 chr6 32632770 . A G 551.67 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00387994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5168;QD=29.8199;RBI=0.00650688;REFB=-0.0376749;REVB=0.00522355;RO=25;SAF=17;SAR=32;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186328;STB=0.5101;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.017569;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:32:17:8:17:32:17:8:17 chr6 32632777 . C T 423.59 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0210569;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.383;QD=26.4744;RBI=0.0228256;REFB=-0.00681407;REVB=0.00880992;RO=24;SAF=13;SAR=27;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026357;STB=0.514381;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00162774;OID=.;OPOS=32632777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:27:13:7:17:27:13:7:17 chr6 32632781 . AG TA 171.23 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=3.97556e-05;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.277;QD=10.872;RBI=0.0298603;REFB=-0.0223025;REVB=-0.0298602;RO=41;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142628;STB=0.500831;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0326421;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:15:7:13:28:15:7:13:28 chr6 32632820 . C G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.114179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1236;QD=11.8303;RBI=0.114456;REFB=-0.0139689;REVB=-0.0079592;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139848;STB=0.583781;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0289544;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:7:11:8:3:7:11 chr6 32632832 . A T 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0814171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.925;QD=49.3991;RBI=0.0830094;REFB=-0.0793986;REVB=-0.0161809;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00236277;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:0:1:14:9:0:1 chr6 32634300 . G C 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0131963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5732;QD=6.48156;RBI=0.0202123;REFB=-0.00723485;REVB=-0.01531;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278658;STB=0.681415;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0347005;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:20:13:2:8:20:13 chr6 32634302 . A G 77.42 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00990532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.758;QD=7.20185;RBI=0.0138531;REFB=-0.0126538;REVB=0.00968473;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291911;STB=0.706383;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0398099;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:43:43:32:32:10:11:0.255814:2:8:19:13:2:9:19:13 chr6 32634306 . A T 80.29 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0208557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.336;QD=7.46887;RBI=0.0424278;REFB=-0.0187097;REVB=-0.0369481;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322881;STB=0.706383;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0458769;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:19:13:2:9:19:13 chr6 32634331 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0216436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8659;QD=6.48183;RBI=0.0261641;REFB=0.000126982;REVB=0.0147008;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121838;STB=0.578777;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000817282;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:24:9:2:8:24:9 chr6 32634341 . A G 50.04 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0180449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.385;QD=4.76543;RBI=0.0201683;REFB=-0.0125218;REVB=-0.00900786;RO=34;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232742;STB=0.515585;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0489485;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:2:6:25:9:2:6:25:9 chr6 32634350 . T C 50.14 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00605755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7113;QD=4.7754;RBI=0.0345108;REFB=-0.0120341;REVB=-0.033975;RO=34;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232742;STB=0.515585;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0177938;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:2:6:25:9:2:6:25:9 chr6 32634373 . C T 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00818659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.991;QD=4.41852;RBI=0.00920981;REFB=0.000547917;REVB=0.00421906;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206641;STB=0.53561;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00242582;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:2:5:21:9:2:5:21:10 chr6 32634387 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00622441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.756;QD=4.30363;RBI=0.0182529;REFB=-0.00118153;REVB=0.0171589;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845942;STB=0.5453;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00629984;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:2:4:15:10:2:4:16:10 chr6 32636376 . C G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00248479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9357;QD=16.824;RBI=0.00361132;REFB=-0.00183883;REVB=-0.00262058;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000926363;OID=.;OPOS=32636376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr6 32636434 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00715875;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.147;QD=18.7442;RBI=0.0364236;REFB=0.0233534;REVB=-0.0357131;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.66626;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00867816;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:0:4:4:3:0:4 chr6 32709309 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.241;QD=60.2046;RBI=0.0338082;REFB=0;REVB=0.0275187;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1938e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr6 32713030 . T C 3424.85 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025575;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.916;QD=62.5544;RBI=0.0270966;REFB=0;REVB=-0.00895229;RO=0;SAF=113;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177048;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:219:0:0:218:219:1:105:113:0:0:106:113:0:0 chr6 32724258 . C T 755.77 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379291;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.278;QD=57.0394;RBI=0.0421958;REFB=0;REVB=0.0184897;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16298e-05;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr6 32725062 . T A 761.41 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031804;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.283;QD=56.4004;RBI=0.102798;REFB=0;REVB=0.0977547;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281525;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:17:37:0:0 chr6 32725619 . TG CA 984.92 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0188532;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.941;QD=51.8377;RBI=0.0203505;REFB=0.020316;REVB=-0.00766157;RO=5;SAF=24;SAR=46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795151;STB=0.513644;STBP=0.43;TYPE=mnp;VARB=-0.00224989;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:77:76:5:6:70:70:0.921053:46:24:2:3:46:24:3:3 chr6 32725625 . T C 1020.54 PASS AF=0.923077;AO=73;DP=79;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00550906;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.536;QD=52.3355;RBI=0.0082448;REFB=-0.0630568;REVB=-0.00613408;RO=6;SAF=26;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022305;STB=0.5115;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00447451;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:78:6:6:73:72:0.923077:47:26:3:3:46:26:3:3 chr6 32726774 . C T 31.18 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=155;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.000562206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.356;QD=0.80476;RBI=0.0248923;REFB=-0.0020015;REVB=-0.024886;RO=144;SAF=3;SAR=8;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180704;STB=0.657926;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0324207;OID=.;OPOS=32726774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:155:155:144:144:11:11:0.0709677:8:3:62:82:8:3:62:82 chr6 32726803 . C T 1949.33 PASS AF=0.83815;AO=145;DP=174;FAO=145;FDP=173;FR=.;FRO=28;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00115082;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.588;QD=45.0713;RBI=0.0342691;REFB=-0.029562;REVB=0.0342498;RO=26;SAF=65;SAR=80;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635986;STB=0.532653;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00401133;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:26:28:145:145:0.83815:80:65:6:20:80:65:7:21 chr6 32726838 . C T 2677.61 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.167;QD=62.2699;RBI=0.065559;REFB=0;REVB=0.0424387;RO=0;SAF=76;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11206e-05;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:96:76:0:0:96:76:0:0 chr6 32729459 . C T 1490.01 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6748;QD=63.4049;RBI=0.0148085;REFB=0;REVB=0.00471665;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61588e-05;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr6 32729642 . G C 1928.28 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.55;QD=61.7048;RBI=0.0189145;REFB=0;REVB=0.0147898;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53252e-06;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:121:125:1:71:50:0:0:74:51:0:0 chr6 32781554 . G A 255.54 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0123672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.936;QD=16.2245;RBI=0.0327201;REFB=-0.0285983;REVB=0.0302929;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592805;STB=0.525147;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0274251;OID=.;OPOS=32781554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:18:15:15:14:18:16 chr6 32782149 . G A 472.01 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0127213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.257;QD=18.3305;RBI=0.0190621;REFB=0.00115414;REVB=-0.0141962;RO=53;SAF=29;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148134;STB=0.575232;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0020373;OID=.;OPOS=32782149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:49:50:0.485437:20:29:23:30:21:29:23:30 chr6 32784645 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0181491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.987;QD=14.4116;RBI=0.018819;REFB=-0.0127193;REVB=0.0049764;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383032;STB=0.721975;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0124053;OID=.;OPOS=32784645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:13:5:18:10:13:5:18:10 chr6 32796653 . C A 287.63 PASS AF=0.316667;AO=38;DP=120;FAO=38;FDP=120;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=-0.0108416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.599;QD=9.5878;RBI=0.0115434;REFB=-0.00580211;REVB=0.00396342;RO=82;SAF=31;SAR=7;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214291;STB=0.626764;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0115063;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:82:82:38:38:0.316667:7:31:56:26:7:31:56:26 chr6 32796685 . A G 263.04 PASS AF=0.264286;AO=37;DP=141;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.0171407;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.331;QD=7.51538;RBI=0.0413701;REFB=-0.0113305;REVB=-0.0376521;RO=101;SAF=33;SAR=4;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468301;STB=0.796053;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0226796;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:101:103:37:37:0.264286:4:33:62:39:4:33:62:41 chr6 32796751 . T C 954.54 PASS AF=0.445415;AO=100;DP=226;FAO=102;FDP=229;FR=.;FRO=127;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.055577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1422;QD=16.6732;RBI=0.0572444;REFB=-0.0250726;REVB=-0.0137158;RO=124;SAF=40;SAR=60;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109439;STB=0.567554;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0351377;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:229:124:127:100:102:0.445415:60:40:63:61:62:40:65:62 chr6 32797297 . T C 268.65 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0457502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.288;QD=22.3878;RBI=0.120967;REFB=-0.0113386;REVB=-0.111982;RO=22;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464582;STB=0.533307;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00743703;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:17:8:6:16:17:8:6:17 chr6 32800224 . C A 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00085356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.043;QD=25.2444;RBI=0.011335;REFB=-0.0104175;REVB=0.0113029;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.564472;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00894889;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:10:18:17:5:10:18:17:5 chr6 32800412 . C T 530.03 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0170471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.295;QD=18.1208;RBI=0.0320477;REFB=-0.0209589;REVB=0.0271376;RO=61;SAF=24;SAR=32;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290641;STB=0.516123;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0266739;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:32:24:28:33:32:24:28:33 chr6 32825090 . G A 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0102651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7894;QD=21.1968;RBI=0.0266401;REFB=-0.0595973;REVB=0.024583;RO=32;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117531;STB=0.572027;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0529413;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:22:16:18:14:22:16:19:14 chr6 32826233 . A G 543.48 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00907342;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.166;QD=24.7036;RBI=0.0115087;REFB=-0.0226899;REVB=0.00707985;RO=38;SAF=22;SAR=28;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12262;STB=0.566984;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0167315;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:38:38:50:50:0.568182:28:22:11:27:28:22:11:27 chr6 32844922 . G A 139.47 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.10961;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3989;QD=11.8699;RBI=0.115602;REFB=-0.00537979;REVB=-0.0367351;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228698;STB=0.634303;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00326126;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:20:11:9:7:20:11 chr6 32904981 . G A 2274.2 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.172;QD=63.6139;RBI=0.0069438;REFB=0;REVB=0.00536261;RO=0;SAF=64;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32313e-07;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:79:64:0:0:79:64:0:0 chr6 32917544 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0049964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.496;QD=14.2416;RBI=0.0138934;REFB=-0.0053779;REVB=0.0129639;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956672;STB=0.554745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00726306;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:17:14:12:10:17:14 chr6 32939894 . G T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0254494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.304;QD=12.4824;RBI=0.0255712;REFB=-0.00235598;REVB=0.00249284;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686173;STB=0.54091;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00251403;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:11:1:2:17:11:1:2:17 chr6 32948462 . G A 243.78 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00733585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3618;QD=15.2364;RBI=0.0144248;REFB=-0.0233004;REVB=-0.0124201;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874126;STB=0.539143;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0478527;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:28:28:0.4375:16:12:12:23:16:12:13:23 chr6 32948598 . ACCCCCCCCC ACCCCCCCC,ACCCCCCCCT 77.44 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,6;DP=12;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128989,0.00314713;FXX=0.249792;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=6.26014,223.495;QD=34.4168;RBI=0.131593,0.0196609;REFB=-0.0652239,-0.0260302;REVB=-0.0260499,0.0194073;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.135973,0.0022544;OID=.,.;OPOS=32948599,32948607;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCCCCCCC,ACCCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778:2,6:12:2,7:9:0:1,1:1,6:0:0:10:0:1,1:1,5:0:0 chr6 32948804 . C T 258.73 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00705296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2589;QD=11.7603;RBI=0.0195704;REFB=0.00800059;REVB=0.0182553;RO=57;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119026;STB=0.568817;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0129247;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:12:19:29:28:12:19:29:28 chr6 32974551 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.818;QD=53.2766;RBI=0.0144495;REFB=0;REVB=0.0140026;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27286e-05;OID=.;OPOS=32974551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr6 33036505 . G C 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0120704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.898;QD=18.7924;RBI=0.0515074;REFB=-0.0157795;REVB=0.0500731;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.541631;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0140097;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:11:12:12:14:11:12:12:15 chr6 33036853 . A C 405.13 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00956912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.788;QD=13.97;RBI=0.0279809;REFB=-0.0182118;REVB=-0.0262938;RO=69;SAF=18;SAR=29;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231802;STB=0.513075;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0291594;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:29:18:25:44:29:18:25:44 chr6 33036951 . A G 636.11 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0144875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.625;QD=18.438;RBI=0.0146385;REFB=-0.0146699;REVB=-0.00209723;RO=69;SAF=30;SAR=35;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208761;STB=0.512356;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0323104;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:73:65:65:0.471014:35:30:32:37:35:30:32:41 chr6 33036959 . G A 616.0 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00320406;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.615;QD=18.8091;RBI=0.00663346;REFB=-0.0187191;REVB=0.00580834;RO=68;SAF=28;SAR=35;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452618;STB=0.525035;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0139403;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:68:68:63:63:0.480916:35:28:27:41:35:28:27:41 chr6 33036971 . C T 592.38 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0248057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.509;QD=17.2957;RBI=0.0345207;REFB=-0.019518;REVB=-0.0240074;RO=75;SAF=27;SAR=35;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451225;STB=0.502512;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0320811;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:62:62:0.452555:35:27:33:42:35:27:33:42 chr6 33036977 . G A 484.04 PASS AF=0.412214;AO=53;DP=130;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00104622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.835;QD=14.7798;RBI=0.00404837;REFB=-0.0153462;REVB=0.00391085;RO=75;SAF=22;SAR=31;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825168;STB=0.55897;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0259104;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:77:53:54:0.412214:31:22:37:38:32:22:39:38 chr6 33036999 . T C 458.4 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00083027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8542;QD=14.214;RBI=0.0121071;REFB=-0.0202107;REVB=-0.0120786;RO=77;SAF=23;SAR=29;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818427;STB=0.546171;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0331116;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:29:23:40:37:29:23:40:37 chr6 33037061 . G C 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0577395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7061;QD=13.7001;RBI=0.0673922;REFB=0.0122225;REVB=0.0347542;RO=62;SAF=21;SAR=17;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466161;STB=0.502658;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0199412;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:17:21:34:28:17:21:34:28 chr6 33037080 . G A 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0248017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.71;QD=13.9778;RBI=0.0282464;REFB=-0.00372313;REVB=0.0135178;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457933;STB=0.526064;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00486789;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:16:19:27:27:16:19:27:27 chr6 33037419 . G A 571.61 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0050492;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.744;QD=17.4538;RBI=0.0121111;REFB=-0.00530095;REVB=-0.0110084;RO=70;SAF=24;SAR=36;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112294;STB=0.558986;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00677911;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:71:60:60:0.458015:36:24:36:34:36:24:36:35 chr6 33037424 . T C 607.25 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00798762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6949;QD=17.73;RBI=0.00887239;REFB=-0.0156324;REVB=0.00386227;RO=74;SAF=24;SAR=39;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131599;STB=0.573234;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0131819;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:63:63:0.459854:39:24:38:36:39:24:38:36 chr6 33037522 . T C 514.01 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00803021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.744;QD=14.3778;RBI=0.011467;REFB=-0.00367767;REVB=0.00818582;RO=84;SAF=29;SAR=28;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344437;STB=0.526229;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00804597;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:86:57:57:0.398601:28:29:40:44:28:29:40:46 chr6 33037579 . AT TG 299.12 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00297894;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.364;QD=11.6162;RBI=0.00869841;REFB=-0.011514;REVB=0.00817241;RO=64;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322157;STB=0.518353;STBP=0.784;TYPE=mnp;VARB=0.0215208;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:64:66:37:37:0.359223:18:19:31:33:18:19:32:34 chr6 33037611 . C T 213.23 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0230088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.391;QD=10.4015;RBI=0.023066;REFB=-0.00733371;REVB=0.00162346;RO=55;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951299;STB=0.555514;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0171283;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:12:15:26:29:12:15:26:29 chr6 33037626 . C G 210.22 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0246537;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.483;QD=11.6787;RBI=0.0270541;REFB=-0.00556603;REVB=0.011141;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01067;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:46:26:26:0.361111:13:13:23:24:13:13:23:23 chr6 33037639 . GC AT 174.02 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0153555;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.991;QD=11.227;RBI=0.0559121;REFB=-0.0156827;REVB=-0.0537622;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027703;STB=0.516114;STBP=0.844;TYPE=mnp;VARB=0.024006;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:19:21:11:11:19:21 chr6 33048538 . T C 459.17 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00690072;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.224;QD=20.637;RBI=0.00855703;REFB=-0.0103788;REVB=0.00505993;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707085;STB=0.539135;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0104451;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:44:45:45:0.505618:22:23:19:25:22:23:19:25 chr6 33048542 . C T 1362.11 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610351;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.64;QD=62.6257;RBI=0.0336444;REFB=0;REVB=0.0330862;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23475e-05;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr6 33048599 . CT AG,AT 854.19 PASS AF=0.622951,0.377049;AO=38,22;DP=61;FAO=38,23;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19,9;FSAR=19,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825231,0.0116834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.979,107.978;QD=56.0126;RBI=0.0129864,0.0286761;REFB=0,0;REVB=-0.0100272,-0.0261881;RO=0;SAF=19,8;SAR=19,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00938219,0.0264079;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:61:61:0:0:38,22:38,23:0.622951,0.377049:19,14:19,8:0:0:19,14:19,9:0:0 chr6 33048602 . C A 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0197116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4499;QD=11.0816;RBI=0.0259806;REFB=-0.00926901;REVB=-0.0169248;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870907;STB=0.543244;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0130042;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:13:9:19:20:13:9:19:21 chr6 33048640 . A G 197.44 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00625829;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3987;QD=14.6248;RBI=0.0515629;REFB=-0.0320954;REVB=-0.0511817;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737873;STB=0.552629;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0414435;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:31:23:23:0.425926:12:11:13:19:12:11:12:19 chr6 33048686 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.029228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.527;QD=17.3211;RBI=0.0302507;REFB=-0.00220678;REVB=-0.00779933;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670294;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0125915;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:8:10:10:6:8:10 chr6 33048689 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0151586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.595;QD=16.2716;RBI=0.0268679;REFB=-0.018154;REVB=-0.0221833;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.03331;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:9:5:8:10:9:6:8:10 chr6 33048694 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0210345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.482;QD=15.2625;RBI=0.0255234;REFB=-0.00798098;REVB=-0.0144566;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208227;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00977759;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:7:5:7:9:7:6:7:9 chr6 33052736 . G A 57.97 PASS AF=0.18;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00318211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3062;QD=4.63739;RBI=0.0333001;REFB=-0.0128467;REVB=-0.0331477;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235445;STB=0.648315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0541775;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:50:40:41:9:9:0.18:6:3:21:19:6:3:21:20 chr6 33052743 . T C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0141188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.204;QD=4.72354;RBI=0.0141632;REFB=0.00123959;REVB=-0.00112134;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00662966;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:43:44:10:10:0.185185:5:5:22:21:5:5:22:22 chr6 33052768 . T C 102.65 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0121213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0498;QD=6.12824;RBI=0.0123129;REFB=-0.00593687;REVB=0.002164;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012031;STB=0.507453;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0322277;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:8:8:26:25:8:8:26:25 chr6 33052803 . G A 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00257377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.211;QD=14.601;RBI=0.00465452;REFB=-0.0129958;REVB=0.00387818;RO=55;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129355;STB=0.57342;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.018997;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:15:22:26:29:15:22:26:29 chr6 33052950 . T C 429.84 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0123744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.489;QD=16.6929;RBI=0.0155166;REFB=-0.00701183;REVB=-0.00936148;RO=55;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921491;STB=0.546372;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0103242;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:22:25:24:31:22:25:25:31 chr6 33052958 . C T 428.8 PASS AF=0.44;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0225939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.168;QD=17.1522;RBI=0.0230617;REFB=0.00961574;REVB=0.00462128;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437043;STB=0.519991;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0135829;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:56:43:44:0.44:22:21:24:30:22:22:26:30 chr6 33052986 . T C 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0265775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.911;QD=15.022;RBI=0.0276517;REFB=0.00636258;REVB=-0.00763247;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476581;STB=0.526977;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0156184;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:20:16:25:26:20:16:25:26 chr6 33053609 . G A 435.35 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00813352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.885;QD=13.9312;RBI=0.00889072;REFB=-0.0102228;REVB=0.00359037;RO=73;SAF=21;SAR=29;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120636;STB=0.568235;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0103142;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:75:50:50:0.4:29:21:39:34:29:21:40:35 chr6 33053682 . G A 306.94 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0277691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2632;QD=11.693;RBI=0.0300189;REFB=-0.00929997;REVB=0.0114024;RO=67;SAF=21;SAR=17;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504927;STB=0.528952;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0158547;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:17:21:34:33:17:21:34:33 chr6 33053968 . T A 69.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.0170177;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.943;QD=3.67963;RBI=0.0303124;REFB=-0.0103841;REVB=0.0250846;RO=62;SAF=10;SAR=4;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311035;STB=0.520332;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.039093;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:76:76:62:62:14:14:0.184211:4:10:43:19:4:10:43:19 chr6 33053971 . T C 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00102139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.399;QD=4.04887;RBI=0.0419166;REFB=0.00102717;REVB=0.0419042;RO=64;SAF=10;SAR=4;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399562;STB=0.526277;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00378842;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:4:10:44:20:4:10:44:20 chr6 33053982 . G C 95.07 PASS AF=0.2;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0185462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.687;QD=4.75363;RBI=0.0212188;REFB=-0.00200038;REVB=-0.0103092;RO=60;SAF=12;SAR=4;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102447;STB=0.590788;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0256785;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:79:80:60:64:16:16:0.2:4:12:41:19:4:12:42:22 chr6 33054057 . G A 65.54 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0112714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.62;QD=2.88107;RBI=0.0263281;REFB=0.00184061;REVB=-0.0237934;RO=78;SAF=11;SAR=2;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46444;STB=0.824475;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0115668;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:2:11:38:40:2:11:38:40 chr6 33080359 . CT TG 222.81 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00283137;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.363;QD=24.7566;RBI=0.0127505;REFB=-0.0362689;REVB=0.0124321;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713466;STB=0.503975;STBP=0.962;TYPE=mnp;VARB=0.0192029;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:8:7:10:11:8:7 chr6 33086249 . C T 570.28 PASS AF=0.427586;AO=45;DP=151;FAO=62;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00335632;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.709;QD=15.7318;RBI=0.00631015;REFB=-0.0127561;REVB=0.00534351;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213964;STB=0.556932;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0157818;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:145:52:83:45:62:0.427586:21:24:39:13:36:26:43:40 chr6 33132693 . C T 873.34 PASS AF=0.475936;AO=89;DP=187;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0402734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7615;QD=18.681;RBI=0.0663606;REFB=-0.00863647;REVB=0.0527426;RO=97;SAF=42;SAR=47;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217022;STB=0.51474;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00593833;OID=.;OPOS=33132693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:97:98:89:89:0.475936:47:42:48:49:47:42:49:49 chr6 33138677 . G A 125.99 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00461946;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.642;QD=17.3785;RBI=0.064089;REFB=-0.0312808;REVB=-0.0639223;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045895;STB=0.511095;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0273533;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:11:15:13:14:0.482759:10:3:3:8:11:3:3:12 chr6 33138955 . G A 747.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.883;QD=56.4107;RBI=0.0742037;REFB=0;REVB=0.0734558;RO=0;SAF=43;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133574;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:6:43:0:0:10:43:0:0 chr6 33139328 . C T 528.41 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0640605;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3519;QD=25.4653;RBI=0.0648791;REFB=0.000172737;REVB=0.0102738;RO=34;SAF=25;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380692;STB=0.516218;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000440934;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:34:34:48:49:0.590361:23:25:16:18:24:25:16:18 chr6 33141161 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.476;QD=62.667;RBI=0.0407143;REFB=0;REVB=0.0185955;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110165;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:36:44:1:25:11:0:0:25:19:0:0 chr6 33141475 . C T 239.73 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4255;QD=50.4691;RBI=0.0782095;REFB=0;REVB=0.0754194;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861759;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:5:13:0:1:6:13:0:0 chr6 33141920 . G C 255.04 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.324;QD=51.0083;RBI=0.0887057;REFB=0;REVB=0.0251324;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038165;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:17:2:0:0:17:3:0:0 chr6 33144243 . T A 294.31 PASS AF=0.36;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0209325;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.463;QD=11.7725;RBI=0.0217077;REFB=-0.0171659;REVB=-0.00574943;RO=64;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122175;STB=0.569962;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0292984;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:64:64:36:36:0.36:18:18:25:39:18:18:25:39 chr6 33152835 . A T 172.16 PASS AF=0.842105;AO=14;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0029823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.238;QD=36.2434;RBI=0.00517583;REFB=-0.0535819;REVB=-0.00423027;RO=3;SAF=12;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.55549;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00284513;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:14:16:0.842105:2:12:3:0:4:12:3:0 chr6 33153528 . C T 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00701677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9683;QD=17.9524;RBI=0.013298;REFB=-0.00230567;REVB=0.0112961;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140316;STB=0.580896;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000953402;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:3:13:12:5:3:13:12:5 chr6 33154514 . C A 1261.6 PASS AF=0.542601;AO=121;DP=223;FAO=121;FDP=223;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0124252;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.956;QD=22.6296;RBI=0.0127136;REFB=-0.0128983;REVB=0.0026929;RO=102;SAF=54;SAR=67;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617637;STB=0.53368;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0097725;OID=.;OPOS=33154514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:102:102:121:121:0.542601:67:54:53:49:67:54:53:49 chr6 33163451 . G A 1090.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.915;QD=59.7343;RBI=0.0573644;REFB=0;REVB=0.0505039;RO=1;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477822;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:1:0:67:73:1:48:19:0:1:53:20:0:0 chr6 33176958 . C T 446.5 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0256208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.313;QD=18.2244;RBI=0.0256217;REFB=-0.0224779;REVB=-0.000209363;RO=53;SAF=18;SAR=27;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161374;STB=0.590124;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0282798;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:27:18:30:23:27:18:30:23 chr6 33179689 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0141226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.827;QD=11.9198;RBI=0.0515008;REFB=0.00736115;REVB=0.0495266;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00749502;OID=.;OPOS=33179689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr6 33235755 . G A 611.11 PASS AF=0.5;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.001016;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.338;QD=19.7131;RBI=0.0101874;REFB=-0.0183509;REVB=-0.0101366;RO=62;SAF=37;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089247;STB=0.549295;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0201245;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:62:62:62:62:0.5:25:37:31:31:25:37:31:31 chr6 33256471 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.224;QD=51.9166;RBI=0.0192885;REFB=0;REVB=0.00407534;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69812e-05;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr6 33264262 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0176449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.547;QD=17.0891;RBI=0.0267496;REFB=0.0145603;REVB=-0.0201047;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285393;STB=0.659674;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0226038;OID=.;OPOS=33264262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:7:21:11:14:7:21 chr6 33333446 . C T 215.64 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.444;QD=47.9204;RBI=0.0612078;REFB=0;REVB=0.0297197;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539235;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr6 33333916 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.551;QD=57.2026;RBI=0.0156114;REFB=0;REVB=0.0149383;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57153e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr6 33382136 . TG T 42.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0112317;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0166;QD=4.39528;RBI=0.079568;REFB=-0.0149905;REVB=0.0787713;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0.518519;SSEP=0;SSSB=-0.208107;STB=0.584294;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=-0.00227369;OID=.;OPOS=33382137;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:13:39:13:39:26:8:5:19:7:42:22:7:6:16:6 chr6 33382241 . T C 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0616384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9963;QD=16.9227;RBI=0.100141;REFB=-0.00401077;REVB=-0.0789233;RO=40;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131389;STB=0.573965;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00208529;OID=.;OPOS=33382241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:23:11:18:22:23:11:18:22 chr6 33382288 . G A 1044.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0759;QD=59.6669;RBI=0.0560484;REFB=0;REVB=-0.0211561;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320933;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:51:19:0:0:51:19:0:0 chr6 33399778 . C T 482.7 PASS AF=0.521739;AO=45;DP=89;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=39;FWDB=0.0839963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.423;QD=20.9871;RBI=0.0841207;REFB=-0.021981;REVB=-0.00457283;RO=44;SAF=6;SAR=39;SRF=5;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393694;STB=0.548592;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0206558;OID=.;OPOS=33399778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:44:44:45:48:0.521739:39:6:5:39:40:8:5:39 chr6 33408542 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0130315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.585;QD=12.7916;RBI=0.0405602;REFB=-0.0096006;REVB=0.0384097;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237927;STB=0.513998;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0193204;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:7:16:10:4:7:16 chr6 33420660 . GGC G,GG,GGG 181.94 PASS AF=0.0909091,0.909091,0;AO=8,6,3;DP=24;FAO=2,20,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=2,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.382217,-0.133639,0.228951;FXX=0;HRUN=6,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.27361,11.6462,4.71645;QD=33.0799;RBI=0.382234,0.228779,0.314111;REFB=0,0,0;REVB=-0.00360058,0.185689,0.215051;RO=2;SAF=3,0,0;SAR=5,6,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.764706,0,0;SSEP=0.333333,0.416667,0;SSSB=-0.0459355,-0.767694,-0.692188;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.031893,0.00625538,0.0546671;OID=.,.,.;OPOS=33420661,33420662,33420662;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091,0:8,6,3:24:2,20,0:22:0:0,6,0:2,14,0:0:0:10:2:3,0,0:5,6,3:1:1 chr6 33422976 . T G 804.88 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.647;QD=64.39;RBI=0.0729236;REFB=0;REVB=0.0698512;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119606;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr6 33541507 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.578;QD=54.5176;RBI=0.0315246;REFB=0;REVB=-0.0144915;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22567e-05;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr6 33560896 . A G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.331;QD=60.2228;RBI=0.0460392;REFB=0;REVB=0.0333057;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040783;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr6 33636907 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.943;QD=49.5992;RBI=0.0282998;REFB=0;REVB=0.0201212;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064135;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr6 33638180 . C T 785.29 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.272;QD=64.1051;RBI=0.0976327;REFB=0;REVB=0.0329339;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469712;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr6 33641379 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.612;QD=57.8847;RBI=0.0162592;REFB=0;REVB=-0.000166479;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27944e-05;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr6 33648228 . C T 1256.09 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0168484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.32;QD=59.1102;RBI=0.0257138;REFB=-0.0398861;REVB=0.019425;RO=2;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225409;STB=0.511902;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000631569;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:41:42:0:2:41:42:0:2 chr6 33651129 . C T 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0142256;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.149;QD=16.2358;RBI=0.0176059;REFB=-0.0040972;REVB=0.010373;RO=56;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228739;STB=0.503104;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00498149;OID=.;OPOS=33651129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:63:51:51:0.447368:27:24:25:31:27:24:30:33 chr6 33653448 . C T 1283.14 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.978;QD=60.383;RBI=0.0428276;REFB=0.00828534;REVB=0.0404081;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=5.60088e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:83:84:0.988235:31:52:0:0:32:52:0:1 chr6 33659472 . C G 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5888;QD=57.1003;RBI=0.0215307;REFB=0;REVB=0.0042395;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121965;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr6 33690796 . CA TG 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636618;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.283;QD=59.1432;RBI=0.00932044;REFB=0;REVB=0.00680752;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.2203e-07;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr6 33739960 . A G 1264.66 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.332;QD=61.6905;RBI=0.0792397;REFB=0;REVB=0.0391871;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086737;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr6 33740025 . C T 148.71 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2842;QD=19.1886;RBI=0.0036083;REFB=-0.0115735;REVB=-0.0036083;RO=15;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0236458;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:16:0:0:15:16:0:0:15 chr6 33762625 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0273534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.289;QD=17.9407;RBI=0.030007;REFB=-0.00619757;REVB=-0.0123374;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561003;STB=0.531882;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00554403;OID=.;OPOS=33762625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:14:8:8:11:14:8 chr6 33768897 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0265302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.103;QD=17.3212;RBI=0.0265677;REFB=-0.0298877;REVB=-0.00141095;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311675;STB=0.682653;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0223909;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:14:2:6:12:14:2:6:12 chr6 33990447 . T C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00886673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.86;QD=13.7478;RBI=0.0167504;REFB=-0.0248727;REVB=-0.0142112;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126192;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0487307;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:12:20:14:8:12:20 chr6 34008006 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0204545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.047;QD=14.7422;RBI=0.0326187;REFB=-0.00773624;REVB=0.0254086;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112032;STB=0.564895;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0171851;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:13:12:10:7:13:12 chr6 34212743 . A G 397.19 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.174;QD=56.7417;RBI=0.00560659;REFB=0;REVB=0.00560659;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89047e-05;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:23:28:1:23:0:0:0:28:0:0:0 chr6 34213296 . T C 519.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.84;QD=59.3777;RBI=0.0340577;REFB=0;REVB=0.00149403;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132008;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr6 34213868 . A G 123.17 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00229045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.569;QD=37.8998;RBI=0.00371681;REFB=-0.111626;REVB=0.00292721;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00161265;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:1:0:9:3:1:0 chr6 34214322 . C G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0102115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.026;QD=18.6419;RBI=0.0108731;REFB=-0.00295225;REVB=0.00373473;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110402;STB=0.569526;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00383234;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:14:11:8:17:14:11:8:18 chr6 34498328 . C T 120.19 PASS AF=0.411765;AO=9;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0450017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.765;QD=14.1405;RBI=0.045156;REFB=-0.00970961;REVB=0.00373071;RO=19;SAF=9;SAR=0;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.745447;STB=0.504581;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0273603;OID=.;OPOS=34498328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:9:14:0.411765:0:9:12:7:5:9:13:7 chr6 34502687 . T C 1975.18 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102303;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.734;QD=62.2103;RBI=0.025623;REFB=0;REVB=0.0234921;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29277e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:69:57:0:0:69:58:0:0 chr6 34557374 . A G 457.25 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.409;QD=57.1567;RBI=0.00785506;REFB=0;REVB=-0.00773648;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68005e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr6 34949607 . C T 734.39 PASS AF=0.636364;AO=62;DP=99;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0100961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.332;QD=29.6724;RBI=0.0111833;REFB=-0.0171812;REVB=0.00480987;RO=35;SAF=29;SAR=33;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878765;STB=0.544683;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0122794;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:35:36:62:63:0.636364:33:29:21:14:34:29:21:15 chr6 35027927 . T C 1880.49 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.124;QD=60.6608;RBI=0.020068;REFB=0.0404625;REVB=-0.00138623;RO=0;SAF=55;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61944e-08;STB=0.503649;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000141833;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:68:55:0:0:68:55:0:1 chr6 35050506 . G A 801.25 PASS AF=1;AO=45;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8967;QD=57.2322;RBI=0.0146611;REFB=0;REVB=0.00725106;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59341e-05;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:45:56:1:26:19:0:0:31:25:0:0 chr6 35203203 . T G 441.81 PASS AF=0.945946;AO=29;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0074641;FXX=0.0263089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.092;QD=47.763;RBI=0.0178663;REFB=-0.0783895;REVB=0.0162324;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000616643;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:37:37:0:2:29:35:0.945946:12:17:0:0:14:21:1:1 chr6 35260503 . C T 837.04 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384628;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.749;QD=57.7266;RBI=0.0387377;REFB=0;REVB=0.00460667;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40144e-05;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr6 35260530 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8877;QD=62.9828;RBI=0.0447422;REFB=0;REVB=0.0433618;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481847;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 35263555 . A G 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0305489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3933;QD=56.826;RBI=0.0307049;REFB=-0.0707053;REVB=0.00309103;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122684;STB=0.506491;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00131418;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:38:26:0:1:38:26:0:1 chr6 35285720 . A C 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1653;QD=63.57;RBI=0.0535925;REFB=0;REVB=0.00219582;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683183;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr6 35314951 . G C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0138262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.179;QD=13.336;RBI=0.0145226;REFB=-0.0115254;REVB=-0.00444323;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745361;STB=0.543422;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0148844;OID=.;OPOS=35314951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:8:16:9:6:8:16 chr6 35391787 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.322;QD=60.6102;RBI=0.0196249;REFB=0;REVB=0.0119717;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81769e-05;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr6 35395010 . C T 1200.46 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.02668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.601;QD=58.5592;RBI=0.0356991;REFB=-0.0886859;REVB=0.0237192;RO=2;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416352;STB=0.502199;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000879647;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:33:47:1:1:33:47:1:1 chr6 35395795 . G C 1366.14 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.887;QD=62.0973;RBI=0.0705087;REFB=0;REVB=0.0470907;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397024;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:88:0:0:79:88:1:47:32:0:0:51:37:0:0 chr6 35423662 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.584;QD=54.5175;RBI=0.0312579;REFB=0;REVB=0.00159106;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49978e-05;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr6 35430686 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0327353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.597;QD=20.9185;RBI=0.0362259;REFB=-0.0231458;REVB=0.0155151;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248385;STB=0.637496;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0173403;OID=.;OPOS=35430686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:18:8:19:12:18:8 chr6 35436571 . C T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00991337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.445;QD=13.7475;RBI=0.0100245;REFB=-0.00705446;REVB=0.0014886;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287945;STB=0.665377;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.012439;OID=.;OPOS=35436571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:19:13:15:7:19:13 chr6 35441423 . T G 42.46 PASS AF=0.0779221;AO=9;DP=152;FAO=12;FDP=154;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.0164516;FXX=0.0314446;HRUN=21;LEN=1;MLLD=104.826;QD=1.10275;RBI=0.0449156;REFB=0.000409908;REVB=-0.0417943;RO=132;SAF=8;SAR=1;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471191;STB=0.768552;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00583123;OID=.;OPOS=35441423;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:152:154:132:142:9:12:0.0779221:1:8:55:77:3:9:64:78 chr6 35441516 . CAA CA,C,CAC 839.48 PASS AF=0.708955,0.238806,0.0522388;AO=61,29,7;DP=139;FAO=95,32,7;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=23,8,6;FSAR=72,24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.188899,-0.0933006,-0.030838;FXX=0.0758568;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.67371,11.7407,117.832;QD=25.059;RBI=0.205588,0.102049,0.0511452;REFB=0.0519383,0.071663,0.045213;REVB=0.0811386,0.0413402,-0.0408026;RO=19;SAF=12,6,6;SAR=49,23,1;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00960511,-0.00395918,0.661268;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0142322,0.00848888,0.0365781;OID=.,.,.;OPOS=35441517,35441517,35441518;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=CA,C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.708955,0.238806,0.0522388:61,29,7:139:95,32,7:134:0:23,8,6:72,24,1:0:0:81:19:12,6,6:49,23,1:4:15 chr6 35465786 . A C 1565.62 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5023;QD=57.4539;RBI=0.0714351;REFB=-0.101752;REVB=0.00272555;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00390757;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:109:0:1:106:108:0.990826:64:42:0:0:64:44:0:1 chr6 35474073 . C G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.223;QD=56.1906;RBI=0.0519673;REFB=0;REVB=0.013548;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361655;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr6 35477025 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4404;QD=59.0183;RBI=0.0410935;REFB=0;REVB=0.0363013;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716505;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr6 35477032 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.683;QD=60.23;RBI=0.0349494;REFB=0;REVB=0.0102212;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130439;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr6 35479574 . G C 374.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.688;QD=55.4759;RBI=0.0534497;REFB=0;REVB=0.0182392;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242659;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr6 35705892 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00761872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.849;QD=10.7535;RBI=0.0179975;REFB=-0.0156556;REVB=0.0163054;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160562;STB=0.604687;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0199218;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:17:8:6:7:18:8 chr6 35745655 . C T 619.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0714295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.91;QD=59.0354;RBI=0.0735305;REFB=0.0696052;REVB=-0.0174514;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00120378;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr6 35761336 . T C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0227123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.309;QD=6.39518;RBI=0.0235834;REFB=-0.00554894;REVB=0.00635058;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487551;STB=0.822689;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0547469;OID=.;OPOS=35761336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:8:1:13:16:8:1:13:16 chr6 35763565 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0102646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.506;QD=16.4079;RBI=0.0134384;REFB=-0.0162269;REVB=0.00867344;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373906;STB=0.714082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0212882;OID=.;OPOS=35763565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:19:10:15:6:19:10 chr6 35803192 . C A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0570118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1285;QD=16.1154;RBI=0.0614086;REFB=-0.0168482;REVB=0.0228183;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13074;STB=0.574071;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0187282;OID=.;OPOS=35803192;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:13:16:10:14:13:16 chr6 35888067 . G C 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00574589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.027;QD=14.6579;RBI=0.0268076;REFB=-0.0134952;REVB=-0.0261846;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0157681;OID=.;OPOS=35888067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:8:9:6:7:8:9 chr6 35980121 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0135483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.255;QD=20.2683;RBI=0.0224817;REFB=-0.0318001;REVB=-0.0179407;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849174;STB=0.547899;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0244479;OID=.;OPOS=35980121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:11:10:12:9:11:10 chr6 36198577 . G C 997.27 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153139;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.845;QD=59.5386;RBI=0.0254321;REFB=0;REVB=-0.0203046;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39489e-05;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:21:45:0:0:22:45:0:0 chr6 36260858 . C T 168.49 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00108716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4613;QD=16.0462;RBI=0.042002;REFB=-0.00925618;REVB=0.0419879;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132136;STB=0.576184;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0257233;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:11:13:12:6:11:13 chr6 36275458 . T C 831.84 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.054491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.347;QD=54.5468;RBI=0.0550919;REFB=-0.0833691;REVB=-0.00811527;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00559869;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:59:60:0.983607:28:31:1:0:29:31:1:0 chr6 36341294 . C T 1302.8 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7703;QD=62.0381;RBI=0.0571322;REFB=0;REVB=0.0256231;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146664;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:53:30:0:0:53:31:0:0 chr6 36393816 . A G 501.39 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0121326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.883;QD=18.5701;RBI=0.0122784;REFB=-0.00659168;REVB=-0.00188669;RO=54;SAF=31;SAR=22;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242664;STB=0.629123;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0117995;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:53:53:0.490741:22:31:17:37:22:31:18:37 chr6 36418781 . T TG 89.21 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00989128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8832;QD=7.93001;RBI=0.0155356;REFB=0.0136505;REVB=0.0119799;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375262;STB=0.724279;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=-0.0229362;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:16:46:16:45:29:3:13:14:15:89:29:3:13:14:15 chr6 36446975 . G C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0121994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.366;QD=20.5628;RBI=0.0124288;REFB=-4.0612e-05;REVB=0.0023771;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122439;STB=0.568076;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00028647;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:11:14:12:17:11:14 chr6 36463627 . C T 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00941621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.098;QD=15.159;RBI=0.0110998;REFB=-0.00323886;REVB=-0.00587716;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.571343;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00597995;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:15:7:7:9:15:7 chr6 36490133 . G A 260.19 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00225277;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=300.999;QD=16.7866;RBI=0.00433553;REFB=-0.0164213;REVB=-0.0037043;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230107;STB=0.646547;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0153783;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:20:9:17:14:20:9:19:14 chr6 36569714 . TTTC T 32.09 PASS AF=0.315789;AO=3;DP=21;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.011273;FXX=0.208247;HRUN=4;LEN=3;MLLD=271.855;QD=6.75567;RBI=0.0126053;REFB=0.00202207;REVB=0.00564035;RO=16;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594791;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=3.33345e-06;OID=.;OPOS=36569715;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:3:21:6:19:13:4:2:6:7:32:16:3:0:9:7 chr6 36645696 . A G 612.83 PASS AF=0.444444;AO=66;DP=152;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00069263;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9701;QD=16.0216;RBI=0.00254004;REFB=-0.0153449;REVB=-0.00244379;RO=85;SAF=28;SAR=38;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000736064;STB=0.506728;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0234717;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:85:85:66:68:0.444444:38:28:36:49:40:28:36:49 chr6 36713263 . A G 3175.01 PASS AF=1;AO=205;DP=207;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159625;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.506;QD=61.9513;RBI=0.00710438;REFB=0;REVB=0.00692273;RO=0;SAF=115;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148268;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:207:205:0:0:205:205:1:90:115:0:0:90:115:0:0 chr6 36733132 . G A 523.11 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0123612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.815;QD=26.4865;RBI=0.0141067;REFB=-0.0301762;REVB=0.00679704;RO=30;SAF=13;SAR=35;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541778;STB=0.540176;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0246236;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:31:48:48:0.607595:35:13:10:20:35:13:11:20 chr6 36766292 . C T 1074.32 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295527;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.834;QD=59.6845;RBI=0.0330263;REFB=0;REVB=0.0147438;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101158;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:43:29:0:0 chr6 36882353 . A G 397.77 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0169618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0696;QD=18.0805;RBI=0.0420033;REFB=-0.0214522;REVB=-0.0384263;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857064;STB=0.547846;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0237275;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:19:22:21:26:19:22:21:26 chr6 36895835 . C T 620.04 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0091296;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.692;QD=22.547;RBI=0.0123793;REFB=-0.00238357;REVB=0.00836048;RO=49;SAF=29;SAR=32;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382819;STB=0.520951;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00201699;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:49:49:61:61:0.554545:32:29:21:28:32:29:21:28 chr6 36922684 . A C 820.33 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00186564;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4769;QD=22.9464;RBI=0.035281;REFB=0.0154768;REVB=0.0352316;RO=66;SAF=27;SAR=50;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258067;STB=0.514135;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00914465;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:77:77:0.538462:50:27:25:41:50:27:25:41 chr6 36931162 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0093172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.178;QD=11.9196;RBI=0.00932243;REFB=-0.0147156;REVB=0.00031216;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520396;STB=0.805709;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00396008;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:1:8:2:5:1:8 chr6 36988364 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.988;QD=62.022;RBI=0.0253365;REFB=0;REVB=0.0244733;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64165e-05;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 37013127 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.508;QD=46.8481;RBI=0.0117923;REFB=0;REVB=-0.00862084;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09483e-06;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 37180237 . G A 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6977;QD=61.182;RBI=0.0274588;REFB=-0.0800544;REVB=-0.0164806;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00176415;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:1:0 chr6 37180355 . G A 914.14 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.802;QD=58.0404;RBI=0.0243536;REFB=0;REVB=-0.00345609;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70635e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr6 37180523 . A G 1531.61 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6922;QD=59.4799;RBI=0.144961;REFB=0;REVB=-0.108469;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150668;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:61:42:0:0:61:42:0:0 chr6 37250112 . A G 362.01 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335228;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.889;QD=55.6941;RBI=0.0339871;REFB=0;REVB=-0.00559836;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141891;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr6 37252210 . C T 785.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.282;QD=57.1033;RBI=0.055771;REFB=0;REVB=0.0407806;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241103;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr6 37288036 . A G 731.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248583;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.501;QD=63.6437;RBI=0.0266697;REFB=0;REVB=0.00966095;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7202e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr6 37349033 . G A 1438.42 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.279;QD=61.8674;RBI=0.00609554;REFB=-0.0190954;REVB=0.0014457;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=4.89556e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:46:46:0:1:46:46:0:1 chr6 37450914 . T C 885.83 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.29;QD=58.0871;RBI=0.0133853;REFB=0;REVB=0.00317888;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23137e-06;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:24:37:0:0 chr6 37475508 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.035;QD=40.7629;RBI=0.00885133;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114627;OID=.;OPOS=37475508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr6 37502110 . C G 387.68 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00396925;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.122;QD=14.0974;RBI=0.0042214;REFB=-0.00464551;REVB=0.00143712;RO=65;SAF=22;SAR=23;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100105;STB=0.556427;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00786277;OID=.;OPOS=37502110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:23:22:38:27:23:22:38:27 chr6 37603102 . TG CA 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314071;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.954;QD=58.2601;RBI=0.0656417;REFB=0;REVB=0.0576405;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000213544;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr6 37623566 . C T 731.66 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934296;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.478;QD=63.6229;RBI=0.0938666;REFB=0;REVB=0.00904671;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580856;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr6 38139032 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.000803687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.423;QD=26.3058;RBI=0.0157176;REFB=-0.018085;REVB=0.015697;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469859;STB=0.517225;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0103489;OID=.;OPOS=38139032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:11:9:5:8:12:9:5:8 chr6 38147355 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00408468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.921;QD=19.4668;RBI=0.00895259;REFB=-0.023784;REVB=0.00796645;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0199374;OID=.;OPOS=38147355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:14:10:13:9:14:10 chr6 38650588 . T A 135.46 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.034528;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.34;QD=13.5458;RBI=0.0391093;REFB=-0.0101076;REVB=0.0183672;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19955;STB=0.631385;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.014885;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:3:11:16:9:3:12:16:9 chr6 38670837 . G A 587.9 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0198196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7418;QD=22.6115;RBI=0.0337358;REFB=-0.022369;REVB=0.0272999;RO=46;SAF=20;SAR=38;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219263;STB=0.512013;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0200115;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:38:20:17:29:38:20:17:29 chr6 38747770 . G A 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.000291009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.744;QD=15.2438;RBI=0.00500635;REFB=-0.0131804;REVB=0.00499788;RO=50;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147219;STB=0.583397;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.01415;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:13:23:25:25:13:23:25:25 chr6 38750888 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.356;QD=62.6146;RBI=0.00590001;REFB=0;REVB=0.00385279;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13593e-05;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr6 38773293 . G A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8178;QD=61.2127;RBI=0.00973627;REFB=0;REVB=-0.00854237;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107971;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr6 38781866 . C G,T 550.82 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261796,-0.0245293;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=112.831,27.6629;QD=57.9812;RBI=0.0390323,0.0249796;REFB=0,0;REVB=-0.0289508,0.00472125;RO=0;SAF=15,0;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00109483,0.0219464;OID=.,.;OPOS=38781866,38781866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:38:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:20,3:15,0:0:0:20,3:15,0:0:0 chr6 38800164 . G A 1078.33 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7038;QD=58.2881;RBI=0.0788502;REFB=-0.0786005;REVB=0.0474466;RO=1;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900989;STB=0.504672;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00497021;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:52:20:0:1:53:20:0:1 chr6 38825329 . C T 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4739;QD=61.5353;RBI=0.046444;REFB=0;REVB=0.0325783;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51129e-06;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr6 38841101 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.581;QD=57.6807;RBI=0.0171436;REFB=0;REVB=-0.00323167;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51782e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr6 38843426 . C T 2549.33 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4626;QD=61.0619;RBI=0.0208988;REFB=-0.0657781;REVB=0.00884518;RO=0;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08121e-08;STB=0.503225;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0014581;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:167:0:1:166:166:0.994012:89:77:0:0:89:77:1:0 chr6 38851669 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.136;QD=58.6004;RBI=0.0329943;REFB=0;REVB=-0.0325005;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178295;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr6 38957853 . A G 375.36 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0247632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.387;QD=13.7746;RBI=0.024898;REFB=0.00322811;REVB=-0.00258767;RO=64;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108336;STB=0.555624;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00490583;OID=.;OPOS=38957853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:44:44:0.40367:23:21:24:40:23:21:25:40 chr6 39033593 . G A 204.44 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00970469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.078;QD=16.0345;RBI=0.0113917;REFB=-0.0393416;REVB=-0.00596574;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30892;STB=0.646943;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0608245;OID=.;OPOS=39033593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:28:21:23:0.45098:10:11:6:22:12:11:6:22 chr6 39033602 . A G 772.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.306;QD=61.8149;RBI=0.0335836;REFB=-0.0600152;REVB=0.025758;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000229586;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:32:17:0:1:32:17:0:1 chr6 39040654 . A C 272.98 PASS AF=0.37931;AO=31;DP=85;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0254622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.909;QD=12.5508;RBI=0.0314361;REFB=-0.0101414;REVB=-0.0184366;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222021;STB=0.535944;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0203034;OID=.;OPOS=39040654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:53:54:31:33:0.37931:14:17:28:25:14:19:28:26 chr6 39041502 . A C 447.3 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0264775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.283;QD=18.4453;RBI=0.034385;REFB=-0.0111784;REVB=0.0219379;RO=52;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136687;STB=0.575978;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0162261;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:24:21:17:35:24:21:17:35 chr6 39048491 . A C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0434017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9924;QD=13.3343;RBI=0.0490578;REFB=0.00636265;REVB=-0.0228685;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110084;STB=0.563058;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00409194;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:16:10:19:20:16:10:19:20 chr6 39325078 . A G 640.43 PASS AF=0.44898;AO=65;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00390018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.442;QD=17.4266;RBI=0.00920273;REFB=-0.00483528;REVB=0.00833539;RO=81;SAF=28;SAR=37;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.572409;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00419592;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:81:65:66:0.44898:37:28:45:36:38:28:45:36 chr6 39507889 . C T 1218.32 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6968;QD=58.7142;RBI=0.0111893;REFB=0.00330214;REVB=0.00338681;RO=2;SAF=55;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350317;STB=0.518514;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-8.70398e-05;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:26:55:0:2:26:55:0:2 chr6 39828862 . A C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.718;QD=61.2127;RBI=0.0231849;REFB=0;REVB=0.00601288;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38385e-05;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr6 39851818 . G A 821.98 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595781;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.964;QD=57.6828;RBI=0.0596346;REFB=0;REVB=-0.00259626;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168609;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:49:57:1:40:9:0:0:41:16:0:0 chr6 39864730 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.128;QD=50.4134;RBI=0.0424808;REFB=0;REVB=0.0187054;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658636;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 39865047 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.745;QD=53.9112;RBI=0.0307045;REFB=0;REVB=0.0281578;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446271;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 39869952 . T A 750.68 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278772;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.01;QD=63.888;RBI=0.0356734;REFB=0;REVB=-0.0222589;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12645e-05;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr6 40360201 . G A 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00475285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.135;QD=25.4975;RBI=0.0195862;REFB=-0.00960793;REVB=0.0190007;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110114;STB=0.561348;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0090988;OID=.;OPOS=40360201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:7:9:16:7:7:9 chr6 40360465 . A G 310.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0314853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0746;QD=28.8491;RBI=0.0392541;REFB=-0.0144084;REVB=0.0234427;RO=15;SAF=18;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303017;STB=0.676793;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00712585;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:16:27:27:0.627907:9:18:3:12:9:18:3:13 chr6 40998141 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.747;QD=62.6703;RBI=0.10131;REFB=0;REVB=0.101205;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030251;OID=.;OPOS=40998141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr6 41029109 . T C 571.55 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00940484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.954;QD=19.2118;RBI=0.0140003;REFB=-0.0265893;REVB=0.0103709;RO=59;SAF=33;SAR=26;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137598;STB=0.579905;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0301185;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:60:59:59:0.495798:26:33:24:35:26:33:24:36 chr6 41029139 . C G 417.19 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00500389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.755;QD=17.2037;RBI=0.00501164;REFB=0.00171031;REVB=0.000278603;RO=54;SAF=13;SAR=30;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227651;STB=0.62813;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00201873;OID=.;OPOS=41029139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:30:13:28:26:30:13:28:26 chr6 41029342 . T C 477.19 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0140775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.617;QD=20.5241;RBI=0.0166548;REFB=0.00339326;REVB=-0.00889986;RO=47;SAF=16;SAR=30;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138599;STB=0.50746;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00683872;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:46:46:47:0.505376:30:16:17:30:30:17:16:30 chr6 41029488 . G A 576.27 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0192438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.692;QD=22.3795;RBI=0.019252;REFB=0.00024647;REVB=-0.000564637;RO=46;SAF=27;SAR=30;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176344;STB=0.596241;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000108522;OID=.;OPOS=41029488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:46:57:57:0.553398:30:27:12:34:30:27:12:34 chr6 41037778 . C T 414.74 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240263;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3392;QD=57.205;RBI=0.0237323;REFB=0;REVB=-0.0236104;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107856;OID=.;OPOS=41037778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr6 41038845 . C T 391.73 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00508025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.088;QD=19.3446;RBI=0.016944;REFB=-0.00471465;REVB=-0.0161644;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816509;STB=0.545432;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00500741;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:24:16:20:21:24:16:20:21 chr6 41065252 . A T 437.32 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0183067;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.753;QD=16.197;RBI=0.0209981;REFB=-0.00614779;REVB=-0.0102852;RO=59;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095573;STB=0.558168;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0193844;OID=.;OPOS=41065252;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:48:49:0.453704:23:25:25:34:23:26:25:34 chr6 41065412 . A G 237.09 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0399533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2687;QD=19.7573;RBI=0.0408442;REFB=-0.0174419;REVB=0.00848402;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992073;STB=0.556187;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0220014;OID=.;OPOS=41065412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:15:10:7:16:15:10 chr6 41065424 . C A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0422801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3411;QD=15.6449;RBI=0.0580803;REFB=0.00535021;REVB=-0.0398211;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140021;STB=0.580195;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0098378;OID=.;OPOS=41065424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:16:13:7:15:16:13 chr6 41117599 . A G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00698622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.864;QD=16.279;RBI=0.0089823;REFB=-0.00798531;REVB=-0.00564573;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119285;STB=0.567293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00960735;OID=.;OPOS=41117599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:17:16:17:11:17:16 chr6 41118000 . A G 424.95 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.019348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.12;QD=18.6791;RBI=0.0223491;REFB=-0.00644423;REVB=0.0111865;RO=46;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126323;STB=0.501639;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00685384;OID=.;OPOS=41118000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:48:42:43:0.472527:27:15:17:29:27:16:18:30 chr6 41119109 . CTCT C 226.34 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00570984;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.958;QD=26.6283;RBI=0.0187697;REFB=-0.0273915;REVB=0.0178801;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183545;STB=0.526291;STBP=0.749;TYPE=del;VARB=0.0200032;OID=.;OPOS=41119110;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:21:35:21:34:13:6:15:3:10:99:13:6:15:4:9 chr6 41121974 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0254326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.567;QD=20.5464;RBI=0.0305994;REFB=-0.0207974;REVB=-0.017015;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819438;STB=0.546176;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0233;OID=.;OPOS=41121974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:11:11:13:9:11:11 chr6 41126472 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000248568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.452;QD=17.1002;RBI=0.00775415;REFB=-0.0108822;REVB=-0.00775016;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488251;STB=0.785249;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0137635;OID=.;OPOS=41126472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:6:9:2:12:6:9 chr6 41126655 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00266616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.165;QD=17.247;RBI=0.00779794;REFB=-0.00780055;REVB=-0.00732799;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.523787;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00952825;OID=.;OPOS=41126655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:11:9:14:13:11:10:14:13 chr6 41162518 . T C 652.16 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0279195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.379;QD=22.296;RBI=0.0295531;REFB=-0.0029585;REVB=0.00968947;RO=53;SAF=22;SAR=42;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802387;STB=0.544027;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00252351;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:53:64:64:0.547009:42:22:23:30:42:22:23:30 chr6 41162562 . G C 451.48 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00616099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8585;QD=17.1992;RBI=0.0174558;REFB=-0.0064189;REVB=0.0163324;RO=51;SAF=19;SAR=30;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425715;STB=0.507184;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0072053;OID=.;OPOS=41162562;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:56:49:49:0.466667:30:19:20:31:30:19:21:35 chr6 41165899 . G A 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0166797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.95;QD=11.4179;RBI=0.0168935;REFB=0.0019339;REVB=-0.00267889;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978695;STB=0.55669;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00348899;OID=.;OPOS=41165899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:23:24:11:15:23:24 chr6 41196156 . C T 737.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162309;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.952;QD=55.6938;RBI=0.0398703;REFB=0;REVB=0.036417;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182976;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:29:21:0:0:31:22:0:0 chr6 41196169 . G T 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00669356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0527;QD=17.9508;RBI=0.0314457;REFB=-0.00925466;REVB=-0.030725;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288443;STB=0.655615;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0201196;OID=.;OPOS=41196169;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:20:7:15:12:20:7:15:13 chr6 41196605 . T C 338.65 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0228179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.745;QD=17.8235;RBI=0.0321089;REFB=-0.013976;REVB=-0.0225904;RO=40;SAF=8;SAR=27;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180316;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:27:8:10:30:27:9:10:30 chr6 41196727 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0210875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.054;QD=26.3129;RBI=0.0527157;REFB=0.0188932;REVB=-0.0483142;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485512;STB=0.527;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00590709;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:13:7:5:7:13:7:5:7 chr6 41197785 . T C 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.000491381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.372;QD=15.773;RBI=0.00440076;REFB=-0.0220295;REVB=0.00437324;RO=33;SAF=20;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377777;STB=0.714122;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0260347;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:7:20:12:21:7:20:12:21 chr6 41197856 . AC A,AT 450.04 PASS AF=0.413793,0.431034;AO=14,25;DP=56;FAO=24,25;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=1,17;FSAR=23,8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0523018,-0.00250857;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.4363,150.893;QD=31.0372;RBI=0.301537,0.00361184;REFB=-0.0630466,0.0243805;REVB=0.296966,0.00259855;RO=15;SAF=1,17;SAR=13,8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0.353571,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.595024,0.109146;STB=0.895654,0.566522;STBP=0,0.28;TYPE=del,snp;VARB=0.139048,0.0165821;OID=.,.;OPOS=41197857,41197857;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.413793,0.431034:14,25:56:24,25:58:9:1,17:23,8:8:1:99:15:1,17:13,8:8:7 chr6 41270223 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9798;QD=64.4151;RBI=0.0476112;REFB=0;REVB=-0.024863;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908989;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr6 41303592 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.362;QD=51.9167;RBI=0.0149888;REFB=0;REVB=-0.00279495;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134025;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr6 41309552 . T C 564.51 PASS AF=0.974359;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.995;QD=57.8986;RBI=0.0337017;REFB=0.0114283;REVB=0.0130521;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-6.70629e-05;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:39:1:1:35:38:0.974359:16:19:1:0:16:22:1:0 chr6 41318438 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.994;QD=63.5829;RBI=0.0609964;REFB=0;REVB=0.00853466;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118854;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 41533579 . C A 235.45 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00265314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.261;QD=13.2646;RBI=0.0167248;REFB=-0.0143994;REVB=0.016513;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283526;STB=0.516219;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0188438;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:18:25:17:11:18:25 chr6 41568064 . G A 282.27 PASS AF=0.52;AO=22;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00429224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.948;QD=22.5817;RBI=0.0205751;REFB=-0.0127201;REVB=0.0201225;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223253;STB=0.542024;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0160067;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:24:22:26:0.52:10:12:6:15:14:12:9:15 chr6 41621618 . A G 266.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0765;QD=50.7723;RBI=0.0342283;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407544;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:0:21:0:0:0:21:0:0 chr6 41621625 . G A 247.22 PASS AF=0.84;AO=19;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0223193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.309;QD=39.5551;RBI=0.0223193;REFB=-0.0108291;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103824;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:25:25:0:4:19:21:0.84:0:19:0:0:0:21:4:0 chr6 41652514 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0159755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.439;QD=11.0924;RBI=0.0473136;REFB=-0.0285859;REVB=-0.0445349;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0349701;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr6 41708911 . T C 209.95 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.000296263;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.364;QD=11.6637;RBI=0.011833;REFB=0.00555947;REVB=-0.0118293;RO=46;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359038;STB=0.708169;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0176499;OID=.;OPOS=41708911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:7:19:19:27:7:19:19:27 chr6 41708938 . C G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00474692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.791;QD=11.8157;RBI=0.0231572;REFB=-0.00478044;REVB=-0.0226654;RO=41;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348893;STB=0.701766;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00871024;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:7:17:16:25:7:17:16:25 chr6 41773735 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.434;QD=45.8068;RBI=0.0623375;REFB=0;REVB=0.0472563;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497637;OID=.;OPOS=41773735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr6 41895150 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6039;QD=59.3221;RBI=0.0747813;REFB=0;REVB=0.0489434;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822232;OID=.;OPOS=41895150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr6 41900406 . C T 971.62 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490464;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.588;QD=58.8863;RBI=0.0279495;REFB=0;REVB=0.0275158;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04282e-05;OID=.;OPOS=41900406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:27:39:0:0 chr6 41903782 . A C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.541;QD=62.0177;RBI=0.0112953;REFB=0;REVB=0.00399485;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42912e-05;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr6 42044945 . G A 735.95 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0181917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.504;QD=49.8947;RBI=0.037195;REFB=-0.0364882;REVB=0.0324427;RO=4;SAF=24;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723076;STB=0.538447;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00402744;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:54:55:0.932203:30:24:4:0:31:24:4:0 chr6 42072692 . G T 385.33 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0288736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.614;QD=28.543;RBI=0.0294738;REFB=-0.0207314;REVB=-0.00591755;RO=17;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101967;STB=0.546849;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00912298;OID=.;OPOS=42072692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:36:36:0.666667:21:15:10:7:21:15:10:8 chr6 42074106 . A G 184.38 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000712808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.949;QD=19.4088;RBI=0.0120803;REFB=-0.0145276;REVB=0.0120593;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146151;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.015608;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:18:19:0.5:10:8:11:7:11:8:11:8 chr6 42123317 . A C 1882.07 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287598;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.75;QD=61.7072;RBI=0.0336534;REFB=0;REVB=0.0335302;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87094e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:57:63:0:0:59:63:0:0 chr6 42162388 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.328;QD=60.255;RBI=0.0501146;REFB=0;REVB=0.0162424;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31893e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:59:50:0:0:59:50:0:0 chr6 42232475 . G A 341.83 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0266282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4202;QD=15.8992;RBI=0.0290135;REFB=0.0145259;REVB=0.0115205;RO=49;SAF=13;SAR=24;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397682;STB=0.522437;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0447948;OID=.;OPOS=42232475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:24:13:19:30:24:13:19:30 chr6 42600319 . A G 1701.3 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00431005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.237;QD=58.6655;RBI=0.00434907;REFB=-0.0999355;REVB=-0.00058124;RO=2;SAF=48;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264923;STB=0.501395;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0023919;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:66:48:1:1:66:48:1:1 chr6 42666061 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.459;QD=63.8707;RBI=0.0499674;REFB=0;REVB=0.0324981;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773641;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr6 42666145 . C T 958.47 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0769145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7157;QD=57.2221;RBI=0.100786;REFB=-0.0289686;REVB=0.0651304;RO=1;SAF=19;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242139;STB=0.512817;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00212853;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:47:19:1:0:47:19:1:0 chr6 42666164 . G C 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.084;QD=58.0539;RBI=0.0397552;REFB=0;REVB=0.0295526;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58268e-06;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr6 42689755 . A G 994.26 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9207;QD=57.638;RBI=0.0737184;REFB=-0.0342818;REVB=-0.0717184;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000613167;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:41:27:0:1:41:27:0:1 chr6 42713618 . A G 1419.42 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.641;QD=61.7141;RBI=0.0252032;REFB=-0.0959433;REVB=0.0122966;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00022382;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:46:45:0:1:46:45:0:1 chr6 42989057 . T C 752.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.989;QD=56.7761;RBI=0.0442098;REFB=0;REVB=0.00730683;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001753;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:30:21:0:0:32:21:0:0 chr6 43004055 . CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAT CATTTATTTATTTATTTATTTA,CATTTATTTATTTATTTATTTAT 181.18 PASS AF=0,1;AO=2,11;DP=16;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146971,0.008414;FXX=0.062461;HRUN=3,3;LEN=13,12;MLLD=282.672,299.125;QD=48.3132;RBI=0.0263604,0.0135033;REFB=0,0;REVB=-0.021883,-0.0105614;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000187817;OID=.,.;OPOS=43004077,43004056;OREF=TTTATTTATTTAT,ATTTATTTATTT;OALT=-,-;OMAPALT=CATTTATTTATTTATTTATTTA,CATTTATTTATTTATTTATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,11:16:0,15:15:0:0,3:0,12:0:0:4:0:0,3:2,8:0:0 chr6 43004132 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.482;QD=33.4285;RBI=0.0651363;REFB=0;REVB=0.0169794;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567818;OID=.;OPOS=43004132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 43005625 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00189399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.553;QD=14.7421;RBI=0.0162389;REFB=-0.0274946;REVB=0.0161281;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21537;STB=0.624851;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0279967;OID=.;OPOS=43005625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:14:11:11:6:14:11 chr6 43008298 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00692966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.181;QD=20.4561;RBI=0.0112022;REFB=0.00625143;REVB=-0.00880168;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254537;STB=0.64596;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00404527;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:14:3:6:9:14:3:6:9 chr6 43014298 . TT CC 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192476;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.437;QD=52.6132;RBI=0.0223588;REFB=0;REVB=0.0113774;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.49283e-05;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr6 43020188 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00797363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.885;QD=21.9446;RBI=0.00858696;REFB=0.00543506;REVB=-0.00318701;RO=12;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361316;STB=0.706233;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00271252;OID=.;OPOS=43020188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:3:13:5:7:3:13:5:7 chr6 43023904 . GCCCCCA CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC 356.77 PASS AF=0.166667,0.736111,0;AO=11,26,4;DP=71;FAO=12,53,0;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=0,39,0;FSAR=12,14,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0306308,0.172412,-0.0683766;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=42.5699,8.19629,71.3266;QD=19.8206;RBI=0.0514403,0.1918,0.0772885;REFB=-0.0986039,-0.272052,-0.0162945;REVB=-0.0413263,0.0840332,-0.0360298;RO=23;SAF=0,23,4;SAR=11,3,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.777255,0.476515,0.642669;STB=0.99859,0.544169,0.5;STBP=0.012,0.101,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0115871,0.19606,0;OID=.,.,.;OPOS=43023904,43023905,43023909;OREF=GC,C,CA;OALT=CG,-,AC;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:71:72:23:7:11,26,4:12,53,0:0.166667,0.736111,0:11,3,0:0,23,4:11:12:12,14,0:0,39,0:3:4 chr6 43034850 . C T 141.33 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.775;QD=21.7431;RBI=0.0109751;REFB=-0.0239012;REVB=-0.0109751;RO=11;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00882454;OID=.;OPOS=43034850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:14:15:0.576923:14:0:0:11:15:0:0:11 chr6 43148987 . G C 553.65 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00510963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.683;QD=22.1459;RBI=0.00720659;REFB=-0.0208086;REVB=0.00508199;RO=48;SAF=9;SAR=43;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107158;STB=0.559455;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0162825;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:43:9:12:36:43:9:12:36 chr6 43152573 . A G 113.21 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0227007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.825;QD=17.4171;RBI=0.0269835;REFB=0.0023212;REVB=-0.0145872;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00178791;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:8:5:6:7:8:5 chr6 43154091 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.717;QD=53.2772;RBI=0.040909;REFB=0;REVB=0.040774;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176575;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 43184132 . A C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0099242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.394;QD=18.3452;RBI=0.0139758;REFB=-0.0148813;REVB=-0.0098404;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130349;STB=0.574236;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0206503;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:10:8:10:7:10:8 chr6 43250811 . TG T,TT 36.5 PASS AF=0.163265,0.0816327;AO=8,4;DP=49;FAO=8,4;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=7,4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0149836,0.0550069;FXX=0.019996;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.3383,27.6261;QD=2.9796;RBI=0.0378306,0.0657868;REFB=-0.061505,-0.0456551;REVB=0.0347368,0.0360853;RO=34;SAF=2,0;SAR=6,4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0.348958,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.21835,-0.557247;STB=0.793466,0.996844;STBP=0.112,0.052;TYPE=del,snp;VARB=0.0938527,0.119086;OID=.,.;OPOS=43250812,43250812;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265,0.0816327:8,4:49:8,4:49:37:1,0:7,4:15:22:22:34:2,0:6,4:14:20 chr6 43270097 . T C 905.88 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115393;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.036;QD=58.4436;RBI=0.0115932;REFB=0;REVB=0.00111691;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61767e-07;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr6 43270151 . C T 754.71 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.011;QD=54.8883;RBI=0.0411892;REFB=-0.0803636;REVB=0.0264779;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129132;STB=0.506847;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000378634;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:1:0:18:36:1:0 chr6 43306346 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.819;QD=59.5009;RBI=0.0295404;REFB=0;REVB=0.00976489;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78845e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr6 43307861 . G A 450.8 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0131635;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.15;QD=18.9809;RBI=0.0132076;REFB=-0.00862299;REVB=-0.00107898;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427652;STB=0.534591;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0128781;OID=.;OPOS=43307861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:50:44:45:0.473684:25:19:19:30:25:20:19:31 chr6 43492578 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00185023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.598;QD=23.6751;RBI=0.0228991;REFB=-0.0274677;REVB=0.0228242;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151496;STB=0.584535;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0095393;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:10:6:12:9:10:6 chr6 43533405 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00433028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.238;QD=8.40216;RBI=0.0129718;REFB=-0.00278221;REVB=0.0122277;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00853819;OID=.;OPOS=43533405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:14:7:3:6:14:7 chr6 43638674 . C T 614.83 PASS AF=0.544643;AO=60;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0711471;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2232;QD=21.958;RBI=0.0853957;REFB=-0.035558;REVB=-0.0472283;RO=49;SAF=31;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554768;STB=0.51567;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0229462;OID=.;OPOS=43638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:51:60:61:0.544643:29:31:22:27:29:32:25:26 chr6 43640099 . A G 149.57 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0412691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.632;QD=11.9653;RBI=0.0458817;REFB=0.00157424;REVB=-0.0200496;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477116;STB=0.764394;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0075322;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:33:17:17:0.34:4:13:10:21:4:13:12:21 chr6 43968814 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.989;QD=62.022;RBI=0.0180387;REFB=0;REVB=-0.00307637;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55819e-05;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr6 43970827 . G A 862.82 PASS AF=0.609375;AO=78;DP=128;FAO=78;FDP=128;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00639659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5218;QD=26.963;RBI=0.00664486;REFB=-0.0215464;REVB=-0.00179937;RO=50;SAF=40;SAR=38;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380185;STB=0.520619;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0159147;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:50:50:78:78:0.609375:38:40:23:27:38:40:23:27 chr6 44081718 . G A 336.29 PASS AF=0.433735;AO=27;DP=86;FAO=36;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0147789;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9615;QD=16.2068;RBI=0.165849;REFB=-0.0171183;REVB=0.165189;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277919;STB=0.550951;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0316937;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:48:47:27:36:0.433735:10:17:18:30:19:17:18:29 chr6 44108848 . C T 302.49 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0327318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7243;QD=25.2077;RBI=0.0386099;REFB=-0.0183782;REVB=-0.0204781;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161359;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:18:9:6:13:18:9:7:14 chr6 44141088 . G A 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0187982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.62;QD=22.3985;RBI=0.0211639;REFB=-0.000390359;REVB=-0.00972314;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163095;STB=0.59083;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000954534;OID=.;OPOS=44141088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:5:14:12:10:5:14 chr6 44147821 . A G 421.36 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.00992776;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.087;QD=20.0649;RBI=0.00993815;REFB=0.00649335;REVB=-0.000454449;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146538;STB=0.589376;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00640031;OID=.;OPOS=44147821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:42:42:42:0.5:25:17:10:30:25:17:10:32 chr6 44218120 . A G 69.65 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0229994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.355;QD=16.388;RBI=0.055994;REFB=-0.00171952;REVB=-0.0510525;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240193;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000473854;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:5:4:1:6:5:4:2:6 chr6 44223010 . G T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00226289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.495;QD=21.9446;RBI=0.0104023;REFB=-0.0201272;REVB=-0.0101532;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.526993;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0149823;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:6:6:9:7:6:6 chr6 44247951 . T G 1416.34 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324647;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.902;QD=62.2568;RBI=0.0449333;REFB=0;REVB=-0.0310653;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92721e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:1:0:90:91:1:49:41:0:1:50:41:0:0 chr6 44253749 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2109;QD=51.9163;RBI=0.0146777;REFB=0;REVB=0.00604449;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582646;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr6 44253765 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8687;QD=52.6132;RBI=0.0684526;REFB=0;REVB=-0.0680093;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210614;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr6 44268135 . C T 726.45 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338086;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.155;QD=56.9766;RBI=0.0431211;REFB=0;REVB=0.0267658;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340052;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr6 44268371 . T C 1301.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.694;QD=61.9956;RBI=0.0542771;REFB=0;REVB=0.0167505;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154346;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr6 44275011 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.527;QD=60.8828;RBI=0.0165097;REFB=0;REVB=0.0156468;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19499e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr6 44310854 . G A 1200.9 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00291197;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.61;QD=60.045;RBI=0.0239997;REFB=-0.0102488;REVB=0.0238224;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.01365e-05;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:1:0:38:41:1:0 chr6 44371562 . CA C 69.21 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0987664;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.04581;QD=7.90972;RBI=0.0990301;REFB=-0.11424;REVB=0.00722147;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275051;STB=0.606768;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=0.121045;OID=.;OPOS=44371563;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:14:35:17:35:18:6:11:10:8:53:18:4:10:10:8 chr6 44371714 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.148;QD=59.5018;RBI=0.0554612;REFB=0;REVB=0.0151477;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012263;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr6 44403438 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.298;QD=51.9167;RBI=0.0358956;REFB=0;REVB=-0.000306833;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224413;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr6 44413463 . T A 1225.99 PASS AF=0.892157;AO=91;DP=104;FAO=91;FDP=102;FR=.;FRO=11;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00391415;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.154;QD=48.0781;RBI=0.0119999;REFB=-0.0378359;REVB=0.0113436;RO=8;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580804;STB=0.525086;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0017458;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:104:102:8:11:91:91:0.892157:45:46:1:7:45:46:3:8 chr6 44982593 . G A 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0685715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5402;QD=12.2342;RBI=0.0688633;REFB=0.000683438;REVB=0.006333;RO=52;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142034;STB=0.58153;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00266462;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:14:16:21:31:14:16:21:31 chr6 46047458 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00460535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.777;QD=21.6305;RBI=0.0097289;REFB=-0.00365741;REVB=-0.00856984;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729967;STB=0.540513;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00280858;OID=.;OPOS=46047458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:10:20:14:10:10:20:14:10 chr6 46107752 . C G 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0105266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6284;QD=10.4698;RBI=0.0241222;REFB=-0.00142398;REVB=0.0217041;RO=52;SAF=7;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430704;STB=0.750294;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00230774;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:19:7:34:18:19:7:34:18 chr6 46128688 . G C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000813339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.924;QD=13.7269;RBI=0.0311616;REFB=-0.00274228;REVB=-0.031151;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120572;STB=0.569027;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00390287;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:19:17:9:16:19:17 chr6 46128745 . C T 169.16 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00947986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7521;QD=13.0126;RBI=0.00948453;REFB=-0.0168066;REVB=-0.000297837;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131882;STB=0.576534;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.027263;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:17:15:7:13:17:15 chr6 46128794 . C T 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00514585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.882;QD=9.11182;RBI=0.0273996;REFB=-0.00493488;REVB=0.026912;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291729;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00813989;OID=.;OPOS=46128794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:8:8:6:2:8:8 chr6 46129345 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00188133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.485;QD=12.0831;RBI=0.0199573;REFB=-0.0108187;REVB=-0.0198684;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114941;STB=0.50666;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.019978;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:12:23:14:7:12:23 chr6 46135489 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.032579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.407;QD=11.1033;RBI=0.0330758;REFB=-0.00520539;REVB=-0.00571133;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0134731;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr6 46135984 . G T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0153476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7102;QD=13.5516;RBI=0.0168772;REFB=-0.00118138;REVB=0.00702072;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102076;STB=0.558093;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00134747;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:10:25:15:9:10:25 chr6 46563817 . A T 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0207017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.956;QD=19.0772;RBI=0.020811;REFB=-0.00226024;REVB=-0.00213008;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342954;STB=0.68948;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00236409;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:6:25:13:19:6:25 chr6 46623698 . T C 1077.35 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.251;QD=59.853;RBI=0.0663914;REFB=0;REVB=0.0660204;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025716;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:67:72:1:47:20:0:0:49:23:0:0 chr6 46657057 . A G 1379.0 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199132;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.544;QD=62.6818;RBI=0.0385791;REFB=0;REVB=0.0330426;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111291;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:48:38:0:0:50:38:0:0 chr6 46672943 . A G 2351.13 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.562;QD=63.9764;RBI=0.0308679;REFB=0;REVB=0.0274271;RO=0;SAF=74;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13018e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:73:74:0:0:73:74:0:0 chr6 46824448 . A G 421.8 PASS AF=0.914286;AO=30;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0331106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8265;QD=48.2051;RBI=0.040283;REFB=-0.132766;REVB=0.0229435;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53942;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0189474;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:0:3:30:32:0.914286:7:23:0:0:9:23:1:2 chr6 46826508 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.989;QD=62.3467;RBI=0.0309052;REFB=0;REVB=-0.0294225;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57901e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr6 46826715 . T A 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.469;QD=59.9234;RBI=0.0116858;REFB=0;REVB=0.00186953;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47017e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr6 46826844 . T C 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.215;QD=61.5696;RBI=0.0306511;REFB=0;REVB=0.0119383;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84992e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:59:63:0:0:59:63:0:0 chr6 46826910 . G A 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.995;QD=63.3382;RBI=0.0248553;REFB=0;REVB=0.0186738;RO=0;SAF=80;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5642e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:60:80:0:0:60:80:0:0 chr6 46826979 . A G 3198.73 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.35;QD=61.8112;RBI=0.0221358;REFB=0;REVB=0.013549;RO=0;SAF=107;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14519e-05;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:207:0:0:206:207:1:99:107:0:0:99:108:0:0 chr6 46827126 . C T 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.514;QD=60.4467;RBI=0.00833329;REFB=0;REVB=0.00624362;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01963e-06;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:60:51:0:0:60:51:0:0 chr6 46827239 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.32;QD=35.5758;RBI=0.0144406;REFB=0;REVB=0.00223794;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457771;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 46834685 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.541;QD=63.3367;RBI=0.00750007;REFB=0;REVB=-0.00626037;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44305e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr6 46856100 . G A 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00137301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.786;QD=14.1724;RBI=0.0137736;REFB=-0.00757224;REVB=0.0137049;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100314;STB=0.556927;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0112862;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:28:19:16:16:28:19 chr6 47563692 . C T 1097.76 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2561;QD=59.3384;RBI=0.0334377;REFB=0;REVB=0.0241408;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599797;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:40:34:0:0 chr6 47594302 . T C 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.479;QD=63.7519;RBI=0.0234295;REFB=0;REVB=-0.0108367;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06844e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr6 47594722 . G A 359.19 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.000115349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.109;QD=14.8121;RBI=0.00540194;REFB=-0.00585563;REVB=-0.00540071;RO=58;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224665;STB=0.512732;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00944828;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:21:18:28:30:21:18:28:30 chr6 47649265 . T A 1268.78 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.971;QD=60.4182;RBI=0.0198665;REFB=-0.0916938;REVB=0.00139844;RO=1;SAF=33;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.507461;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000360622;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:50:33:1:0:50:33:1:0 chr6 47682604 . A C 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0536098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.02;QD=15.6169;RBI=0.0643995;REFB=-0.0184896;REVB=-0.0356831;RO=52;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04562;STB=0.514073;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0223531;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:54:39:39:0.419355:20:19:23:29:20:19:25:29 chr6 47685100 . CTTTTA CCTTTA,CTTTA,CTTTAT 313.43 PASS AF=0,0.877551,0;AO=2,15,5;DP=53;FAO=0,43,0;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=0,21,0;FSAR=0,22,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0609594,-0.0301539,-0.212212;FXX=0.039208;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=8.28142,11.5318,33.0729;QD=25.5859;RBI=0.0780337,0.0399823,0.217449;REFB=-0.106891,-0.121747,-0.050752;REVB=0.0487156,-0.026255,-0.0474376;RO=5;SAF=2,12,5;SAR=0,3,0;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705406,0.325692,0.783108;STB=0.5,0.539468,0.5;STBP=1,0.143,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0536636,0;OID=.,.,.;OPOS=47685101,47685101,47685104;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AT;OMAPALT=CCTTTA,CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.877551,0:2,15,5:53:0,43,0:49:6:0,21,0:0,22,0:1:5:17:5:2,12,5:0,3,0:1:4 chr6 47847179 . A G 1080.24 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1751;QD=60.0135;RBI=0.0526129;REFB=0;REVB=-0.0186778;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041489;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr6 47847401 . A G 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.349;QD=63.5704;RBI=0.0374079;REFB=0;REVB=0.0214158;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123778;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr6 49403282 . T C 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0264531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1491;QD=14.8441;RBI=0.0315697;REFB=-0.0153236;REVB=0.0172301;RO=58;SAF=17;SAR=27;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117447;STB=0.576477;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0243035;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:27:17:29:29:27:17:31:29 chr6 49425521 . C T 438.35 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00990026;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.155;QD=18.8538;RBI=0.0198287;REFB=-0.0124227;REVB=0.0171803;RO=45;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116945;STB=0.541586;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0136842;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:49:44:44:0.473118:25:19:20:25:25:19:25:24 chr6 49459978 . A G 256.77 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0179602;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9456;QD=15.801;RBI=0.0202172;REFB=-0.0115143;REVB=0.00928269;RO=34;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19565;STB=0.582721;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0223871;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:36:29:29:0.446154:22:7:14:20:22:7:13:23 chr6 49460152 . A G 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0401136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3599;QD=18.2998;RBI=0.0739685;REFB=-0.010162;REVB=0.0621469;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423538;STB=0.508227;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0122689;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:10:12:11:9:10:13 chr6 49479750 . T C 844.51 PASS AF=0.404255;AO=93;DP=237;FAO=95;FDP=235;FR=.;FRO=140;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=0.017639;FXX=0.0126045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=14.3746;RBI=0.0195509;REFB=0.00716038;REVB=0.00843234;RO=138;SAF=49;SAR=44;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549155;STB=0.502918;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0113187;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:138:140:93:95:0.404255:44:49:72:66:45:50:73:67 chr6 49479775 . A T 794.57 PASS AF=0.41784;AO=89;DP=215;FAO=89;FDP=213;FR=.;FRO=124;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=-0.0439641;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3135;QD=14.9216;RBI=0.0450636;REFB=-0.0171058;REVB=0.00989396;RO=123;SAF=43;SAR=46;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301642;STB=0.519194;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0289314;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:123:124:89:89:0.41784:46:43:63:60:46:43:64:60 chr6 49485266 . C A 367.83 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=105;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.00451035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.618;QD=13.8802;RBI=0.00531978;REFB=-0.00269201;REVB=-0.00282079;RO=63;SAF=11;SAR=31;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728067;STB=0.545933;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0035705;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:63:42:43:0.40566:31:11:20:43:32:11:20:43 chr6 49489397 . C A 347.69 PASS AF=0.4;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00597714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0092;QD=14.6397;RBI=0.0288298;REFB=-0.00509743;REVB=-0.0282034;RO=57;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198168;STB=0.517337;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.010039;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:57:57:37:38:0.4:24:13:21:36:25:13:21:36 chr6 49494241 . A G 118.87 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0184294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.279;QD=13.2078;RBI=0.0412344;REFB=0.00846261;REVB=0.0368868;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00526188;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:10:12:7:7:10:12 chr6 49518914 . C G 1686.36 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232844;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.471;QD=60.7696;RBI=0.0258535;REFB=0;REVB=0.0112356;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132122;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr6 49815997 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.042735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.104;QD=20.1601;RBI=0.0448772;REFB=0.00397153;REVB=-0.0136996;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297871;STB=0.666481;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00440339;OID=.;OPOS=49815997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:2:12:8:8:2:12 chr6 51480486 . G T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00770438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.495;QD=26.5502;RBI=0.0705684;REFB=-0.014651;REVB=-0.0701466;RO=19;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829829;STB=0.545539;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0106767;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:19:13:10:9:19:13:10:9 chr6 51524257 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0030571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.056;QD=17.542;RBI=0.0103424;REFB=0.003436;REVB=0.00988021;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158066;STB=0.590784;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00262921;OID=.;OPOS=51524257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:8:8:5:10:8:8 chr6 51524403 . G A 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0114871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.256;QD=14.9033;RBI=0.0707686;REFB=-0.00930706;REVB=-0.0698301;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586998;STB=0.533212;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0216084;OID=.;OPOS=51524403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:24:10:9:17:24:10 chr6 51586771 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000606767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.36;QD=62.022;RBI=0.0127228;REFB=0;REVB=0.0127083;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20631e-05;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr6 51613177 . C T 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5771;QD=45.1006;RBI=0.0364364;REFB=-0.0540143;REVB=0.0145296;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00353138;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:1:0:9:9:1:0 chr6 51720838 . T C 859.69 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000969664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.311;QD=54.5836;RBI=0.00480724;REFB=0.0897557;REVB=-0.00470843;RO=2;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247062;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000546773;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:33:28:1:1:33:28:1:1 chr6 51875250 . A C 913.61 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0415866;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.877;QD=53.7416;RBI=0.0444506;REFB=-0.04255;REVB=-0.0156976;RO=3;SAF=22;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029914;STB=0.504321;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00321023;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:3:2:64:66:0.970588:42:22:2:1:42:24:1:1 chr6 51890823 . G A 2472.84 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.003;QD=61.437;RBI=0.0392898;REFB=0;REVB=0.0341794;RO=0;SAF=81;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08888e-05;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:161:0:0:156:161:1:75:81:0:0:78:83:0:0 chr6 51914956 . G A 871.44 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000750919;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.605;QD=58.096;RBI=0.0234838;REFB=0;REVB=-0.0234718;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123379;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr6 51924774 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4103;QD=59.6777;RBI=0.0165352;REFB=0;REVB=0.0158878;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197797;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr6 51948023 . T C 500.2 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0195435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.913;QD=21.748;RBI=0.0945902;REFB=0.0127384;REVB=-0.0925492;RO=44;SAF=22;SAR=26;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124016;STB=0.568238;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0132117;OID=.;OPOS=51948023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:26:22:14:30:26:22:14:30 chr6 52288886 . C CG 32.3 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.04642;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.87;QD=2.58429;RBI=0.0535873;REFB=-0.000351921;REVB=0.0267729;RO=43;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338408;STB=0.754708;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.0151581;OID=.;OPOS=52288887;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:7:50:7:50:43:6:1:27:16:32:43:6:1:27:16 chr6 52360283 . TA AA,AC 801.19 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=51,2;DP=56;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188624,0.0173602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=198.587,145.287;QD=56.2241;RBI=0.0223174,0.0177939;REFB=0,0;REVB=0.011928,0.00390466;RO=1;SAF=41,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.044767,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00155025,-0.0450588;OID=.,.;OPOS=52360283,52360283;OREF=T,TA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:57:1:0:51,2:56,1:0.982456,0.0175439:10,2:41,0:0:1:12,1:44,0:0:0 chr6 52362844 . T A 463.78 PASS AF=0.833333;AO=37;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0134016;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.7404;QD=44.1695;RBI=0.0560638;REFB=-0.0459537;REVB=0.0544385;RO=3;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214906;STB=0.514278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00541052;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:42:3:7:37:35:0.833333:19:18:1:2:18:17:4:3 chr6 52374319 . T TAC 1517.37 PASS AF=0.954955;AO=104;DP=111;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0150327;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.044;QD=54.6799;RBI=0.0158298;REFB=0.00600627;REVB=0.0049599;RO=5;SAF=58;SAR=46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138674;STB=0.506679;STBP=0.576;TYPE=ins;VARB=-3.0478e-05;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954955:104:111:106:111:5:58:48:2:3:11:5:58:46:2:3 chr6 52617731 . C G 2121.68 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129;QD=62.8645;RBI=0.041377;REFB=0;REVB=0.0402972;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92023e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:75:60:0:0:75:60:0:0 chr6 52701143 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.25;QD=59.434;RBI=0.0647193;REFB=0;REVB=0.0137238;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228401;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 52843131 . G T 1116.74 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4183;QD=60.3642;RBI=0.0634136;REFB=0;REVB=0.0633582;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065503;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr6 52844045 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00782272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.697;QD=56.8272;RBI=0.0382156;REFB=-0.0152668;REVB=0.0374064;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000348696;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:35:29:1:0:35:29:1:0 chr6 52963071 . A G 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216777;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.251;QD=52.6749;RBI=0.0278257;REFB=0;REVB=0.0174456;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113182;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr6 53514946 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0103738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.275;QD=17.5596;RBI=0.0472084;REFB=-0.0196519;REVB=0.0460545;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119423;STB=0.568106;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0192533;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:9:12:8:10:9:12 chr6 53516876 . T G 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.677;QD=60.8496;RBI=0.00918535;REFB=0;REVB=0.00254176;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82973e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:48:67:0:0:48:67:0:0 chr6 53517035 . G A 1468.48 PASS AF=0.491525;AO=144;DP=295;FAO=145;FDP=295;FR=.;FRO=150;FSAF=62;FSAR=83;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=0.0288762;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.984;QD=19.9116;RBI=0.0337403;REFB=-0.0378259;REVB=0.0174519;RO=148;SAF=62;SAR=82;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045954;STB=0.53041;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0308425;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:148:150:144:145:0.491525:82:62:71:77:83:62:73:77 chr6 53519062 . A G 326.82 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00974278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5788;QD=11.1732;RBI=0.0268046;REFB=0.00807051;REVB=0.0249712;RO=76;SAF=15;SAR=26;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183997;STB=0.60588;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0157237;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:76:41:41:0.350427:26:15:40:36:26:15:40:36 chr6 53519605 . C T 2002.23 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160934;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.231;QD=62.5696;RBI=0.0272353;REFB=0;REVB=0.0219718;RO=0;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26163e-05;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:128:0:0:128:128:1:57:71:0:0:57:71:0:0 chr6 53762092 . A G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00801952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.977;QD=26.3154;RBI=0.0466301;REFB=-0.0164545;REVB=0.0459353;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151194;STB=0.50273;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0079165;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:14:8:5:8:14:8:5:9 chr6 53989526 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.443;QD=58.6004;RBI=0.0700737;REFB=0;REVB=0.0614251;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607179;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 54054686 . T A 990.43 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234184;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.074;QD=59.1301;RBI=0.0348017;REFB=0;REVB=0.0257436;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19984e-05;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr6 54079968 . G A 1933.38 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.147;QD=61.868;RBI=0.0143746;REFB=0;REVB=0.00202089;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67866e-05;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:52:73:0:0:52:73:0:0 chr6 54186147 . T C 1062.21 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7626;QD=59.8427;RBI=0.0371234;REFB=0;REVB=0.0075781;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046866;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr6 54191970 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1935;QD=59.4349;RBI=0.048081;REFB=0;REVB=0.0154343;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543571;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr6 54254589 . A C 587.79 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00827014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.518;QD=19.7575;RBI=0.00983272;REFB=-0.0208106;REVB=-0.00531855;RO=57;SAF=29;SAR=30;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110098;STB=0.563004;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0190528;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:57:59:59:60:0.504202:30:29:21:36:30:30:22:37 chr6 54735122 . A G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00454447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.05;QD=25.0397;RBI=0.00527137;REFB=-0.0112859;REVB=-0.00267118;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391418;STB=0.521722;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00963962;OID=.;OPOS=54735122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:13:13:11:9:13:13:11:9 chr6 54804798 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0217717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.043;QD=17.9525;RBI=0.0250667;REFB=-0.00228183;REVB=-0.0124231;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262219;STB=0.637968;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00443642;OID=.;OPOS=54804798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:10:17:9:18:10:17:10:18 chr6 55142337 . A G 1824.68 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00216268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.265;QD=60.3199;RBI=0.0170283;REFB=0.0397864;REVB=-0.0168904;RO=1;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714322;STB=0.503759;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00042546;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:66:54:0:1:66:54:0:1 chr6 55266625 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.922;QD=62.9826;RBI=0.0505624;REFB=0;REVB=0.00078931;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021682;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr6 55428658 . A C 131.58 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00572683;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.676;QD=11.6956;RBI=0.0225319;REFB=-0.00534764;REVB=0.0217919;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875898;STB=0.551658;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0152809;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:30:30:15:15:0.333333:5:10:22:8:5:10:22:8 chr6 55739553 . A G 589.09 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.018017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.757;QD=23.1014;RBI=0.0222042;REFB=-0.0195053;REVB=0.0129774;RO=43;SAF=23;SAR=35;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586026;STB=0.52533;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0123188;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:35:23:14:29:35:23:15:29 chr6 56044578 . T C 1553.23 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00934434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.578;QD=62.7567;RBI=0.00941862;REFB=0.0951372;REVB=0.00118057;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.506172;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00026548;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:96:98:0.989899:56:40:1:0:58:40:1:0 chr6 56327849 . C T 382.23 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000813704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.147;QD=19.8561;RBI=0.00310037;REFB=-0.00500844;REVB=-0.00299168;RO=38;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126853;STB=0.507039;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00507457;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:18:21:21:17:18:21:21:17 chr6 56351972 . G C 706.88 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0135465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.782;QD=16.8304;RBI=0.028597;REFB=-0.0123413;REVB=0.025185;RO=92;SAF=38;SAR=38;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750437;STB=0.541656;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.014905;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:38:38:39:53:38:38:39:53 chr6 56417282 . C T 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0101305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.026;QD=14.8056;RBI=0.0461182;REFB=-0.0280059;REVB=-0.0449918;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287813;STB=0.516302;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0361516;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:20:18:25:31:20:18:25:31 chr6 56417545 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0129071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.498;QD=21.8715;RBI=0.0186527;REFB=-0.0177104;REVB=0.0134659;RO=23;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137459;STB=0.576575;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0113806;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:19:9:11:12:19:9:11:12 chr6 56420538 . C T 174.47 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00495338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.391;QD=9.82929;RBI=0.0157215;REFB=0.00425725;REVB=-0.0149208;RO=47;SAF=7;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268403;STB=0.664841;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00662861;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:16:7:25:22:16:7:26:22 chr6 56426931 . C T 179.4 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00486297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9316;QD=11.2124;RBI=0.0112802;REFB=-0.00486418;REVB=-0.0101781;RO=40;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116541;STB=0.561776;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0119809;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:41:23:23:0.359375:7:16:24:16:7:16:25:16 chr6 56810539 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.55;QD=40.763;RBI=0.0236399;REFB=0;REVB=-0.0140236;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10915e-05;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 56917799 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0721493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.792;QD=11.8817;RBI=0.0730084;REFB=-0.00345407;REVB=-0.0111672;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148419;STB=0.50876;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00708976;OID=.;OPOS=56917799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:9:19:10:5:9:19 chr6 56918825 . T TA 118.71 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0963044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.081;QD=13.5667;RBI=0.103977;REFB=-0.00405564;REVB=0.0391992;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214115;STB=0.512181;STBP=0.912;TYPE=ins;VARB=0.0142363;OID=.;OPOS=56918826;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:17:35:17:35:18:7:10:7:11:99:18:7:10:7:11 chr6 57244780 . G A 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0259639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.15;QD=10.6105;RBI=0.0289496;REFB=-0.018558;REVB=-0.0128046;RO=59;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128835;STB=0.575086;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0351847;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:12:17:28:31:12:17:28:31 chr6 57246884 . A G 1326.43 PASS AF=0.458194;AO=137;DP=300;FAO=137;FDP=299;FR=.;FRO=162;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.0013453;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.514;QD=17.7448;RBI=0.00290993;REFB=-0.00391955;REVB=-0.00258028;RO=162;SAF=83;SAR=54;SRF=89;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571237;STB=0.53159;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00403002;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:162:162:137:137:0.458194:54:83:89:73:54:83:89:73 chr6 57246969 . G A 995.5 PASS AF=0.417293;AO=111;DP=266;FAO=111;FDP=266;FR=.;FRO=155;FSAF=73;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=-0.0200355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.763;QD=14.97;RBI=0.0200631;REFB=-0.00463514;REVB=-0.00105333;RO=154;SAF=73;SAR=38;SRF=75;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184079;STB=0.604981;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00721386;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:154:155:111:111:0.417293:38:73:75:79:38:73:75:80 chr6 57246982 . G T 761.29 PASS AF=0.389381;AO=86;DP=224;FAO=88;FDP=226;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=0.00738038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.24;QD=13.4741;RBI=0.0112397;REFB=-0.00681027;REVB=0.00847705;RO=137;SAF=56;SAR=30;SRF=62;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219977;STB=0.618903;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0109789;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:137:138:86:88:0.389381:30:56:62:75:31:57:63:75 chr6 57254927 . A G 303.38 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.000185872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.659;QD=10.4615;RBI=0.0299657;REFB=-0.00192149;REVB=0.0299652;RO=74;SAF=19;SAR=20;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152723;STB=0.581457;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00446528;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:77:39:39:0.336207:20:19:46:28:20:19:47:30 chr6 57254950 . A AT 131.6 PASS AF=0.315789;AO=28;DP=104;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0586474;FXX=0.0594001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.949;QD=5.54094;RBI=0.0587012;REFB=-0.0367542;REVB=-0.00251267;RO=76;SAF=11;SAR=17;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240043;STB=0.676136;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.0672336;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:28:104:30:95:65:11:19:41:24:99:76:11:17:45:31 chr6 57254955 . GT AT,G 266.18 PASS AF=0.238095,0.297619;AO=19,25;DP=89;FAO=20,25;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=10,10;FSAR=10,15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.000195603,-0.0260577;FXX=0.0666593;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=145.476,10.876;QD=12.6754;RBI=0.0316248,0.0268479;REFB=-0.00508436,-0.032762;REVB=-0.0316242,0.00646564;RO=34;SAF=10,11;SAR=9,14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236316,-0.293644;STB=0.627,0.672596;STBP=0.184,0.038;TYPE=snp,del;VARB=0.0410928,0.0889803;OID=.,.;OPOS=57254955,57254956;OREF=G,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:89:84:34:39:19,25:20,25:0.238095,0.297619:9,14:10,11:25:9:10,15:10,10:27:12 chr6 57254986 . G A 96.29 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0307062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.049;QD=4.87567;RBI=0.0492106;REFB=-0.017227;REVB=-0.0384553;RO=63;SAF=10;SAR=6;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493835;STB=0.531522;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0725058;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:79:79:63:63:16:16:0.202532:6:10:37:26:6:10:37:26 chr6 57255001 . C A 67.0 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0206028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7126;QD=3.88429;RBI=0.0968823;REFB=0.00862372;REVB=-0.0946663;RO=57;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115572;STB=0.577187;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0570288;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:57:57:12:12:0.173913:4:8:33:24:4:8:33:24 chr6 57372361 . C A 984.71 PASS AF=0.653846;AO=85;DP=132;FAO=85;FDP=130;FR=.;FRO=45;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0252433;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2905;QD=30.2986;RBI=0.0253086;REFB=0.00452699;REVB=0.0018163;RO=45;SAF=42;SAR=43;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318891;STB=0.5172;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00290929;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:45:45:85:85:0.653846:43:42:20:25:43:42:20:25 chr6 57372365 . A G 142.82 PASS AF=0.192308;AO=25;DP=130;FAO=25;FDP=130;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0297697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7658;QD=4.39454;RBI=0.0335367;REFB=-0.00960474;REVB=-0.0154427;RO=104;SAF=13;SAR=12;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743094;STB=0.542963;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0444854;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:104:105:25:25:0.192308:12:13:48:56:12:13:49:56 chr6 57393112 . T C 81.96 PASS AF=0.144068;AO=17;DP=119;FAO=17;FDP=118;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.00201965;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.843;QD=2.77821;RBI=0.00342969;REFB=0.00364895;REVB=0.00277196;RO=102;SAF=7;SAR=10;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624031;STB=0.546504;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0154808;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:118:102:101:17:17:0.144068:10:7:47:55:10:7:47:54 chr6 57393125 . A G 619.75 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00710141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.038;QD=17.8347;RBI=0.0247844;REFB=-0.00579044;REVB=0.0237453;RO=75;SAF=23;SAR=41;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198118;STB=0.610224;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00545725;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:41:23:42:33:41:23:42:33 chr6 57393160 . G A 256.23 PASS AF=0.246835;AO=39;DP=158;FAO=39;FDP=158;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.0236504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.052;QD=6.48686;RBI=0.0248741;REFB=-0.00428252;REVB=-0.00770581;RO=119;SAF=19;SAR=20;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052419;STB=0.531539;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0124235;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:119:119:39:39:0.246835:20:19:53:66:20:19:53:66 chr6 57398154 . T C 594.85 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.0394202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2272;QD=16.0769;RBI=0.0430855;REFB=-0.0288519;REVB=-0.0173898;RO=84;SAF=33;SAR=30;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858165;STB=0.544028;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0412719;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:84:85:63:63:0.425676:30:33:51:33:30:33:51:34 chr6 57398157 . A G 622.61 PASS AF=0.436242;AO=64;DP=148;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0124657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.648;QD=16.7144;RBI=0.0127222;REFB=-0.0227757;REVB=0.0025419;RO=83;SAF=34;SAR=30;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479502;STB=0.52554;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.033951;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:83:84:64:65:0.436242:30:34:48:35:30:35:49:35 chr6 57398163 . A G 714.41 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.00814902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.203;QD=17.5316;RBI=0.0110259;REFB=-0.00994982;REVB=-0.00742727;RO=86;SAF=39;SAR=37;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768498;STB=0.545251;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0210689;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:87:76:76:0.466258:37:39:51:35:37:39:52:35 chr6 57398186 . G GA 64.21 PASS AF=0.186813;AO=32;DP=187;FAO=34;FDP=182;FR=.;FRO=148;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=68;FWDB=0.221884;FXX=0.0162153;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8598;QD=1.41113;RBI=0.222141;REFB=-0.00817608;REVB=0.0106897;RO=145;SAF=17;SAR=15;SRF=79;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175205;STB=0.515014;STBP=0.867;TYPE=ins;VARB=0.0110743;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186813:32:187:34:182:148:19:15:80:68:64:145:17:15:79:66 chr6 57398201 . T C 838.72 PASS AF=0.446078;AO=91;DP=204;FAO=91;FDP=204;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.0137792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6724;QD=16.4455;RBI=0.0141379;REFB=-0.0126427;REVB=-0.00316442;RO=112;SAF=39;SAR=52;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124297;STB=0.566605;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0112001;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:113:91:91:0.446078:52:39:62:50:52:39:62:51 chr6 57398226 . T G 365.57 PASS AF=0.29697;AO=49;DP=212;FAO=49;FDP=165;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.0345191;FXX=0.221688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6133;QD=8.86221;RBI=0.037624;REFB=-0.012854;REVB=0.0149665;RO=115;SAF=21;SAR=28;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122224;STB=0.574364;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0286335;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:165:115:116:49:49:0.29697:28:21:61:54:28:21:62:54 chr6 57398264 . A G 894.85 PASS AF=0.464646;AO=90;DP=197;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00380946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.371;QD=18.0777;RBI=0.019797;REFB=-0.00574784;REVB=-0.0194271;RO=106;SAF=41;SAR=49;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343238;STB=0.52925;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00799327;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:106:106:90:92:0.464646:49:41:52:54:51:41:53:53 chr6 57398270 . C T 271.92 PASS AF=0.219388;AO=43;DP=196;FAO=43;FDP=196;FR=.;FRO=153;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=0.0125164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.038;QD=5.54943;RBI=0.0126866;REFB=-0.00820947;REVB=-0.00207077;RO=153;SAF=21;SAR=22;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310212;STB=0.519003;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0365395;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:153:153:43:43:0.219388:22:21:71:82:22:21:71:82 chr6 57467084 . A G 195.86 PASS AF=0.169643;AO=38;DP=225;FAO=38;FDP=224;FR=.;FRO=186;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=106;FSRR=80;FWDB=-0.00824883;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.191;QD=3.49755;RBI=0.00921669;REFB=-0.00085296;REVB=0.00411146;RO=187;SAF=20;SAR=18;SRF=107;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059618;STB=0.536405;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00377431;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:187:186:38:38:0.169643:18:20:107:80:18:20:106:80 chr6 57467093 . A G 192.66 PASS AF=0.165217;AO=38;DP=230;FAO=38;FDP=230;FR=.;FRO=192;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=108;FSRR=84;FWDB=-0.0103937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.14;QD=3.35066;RBI=0.0151486;REFB=0.000692063;REVB=0.0110205;RO=192;SAF=19;SAR=19;SRF=108;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806729;STB=0.552147;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00282531;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:192:192:38:38:0.165217:19:19:108:84:19:19:108:84 chr6 57467100 . G C 1377.15 PASS AF=0.571429;AO=128;DP=225;FAO=128;FDP=224;FR=.;FRO=96;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.0100319;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.77;QD=24.592;RBI=0.0104703;REFB=-0.00294953;REVB=-0.00299797;RO=96;SAF=69;SAR=59;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103504;STB=0.505619;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00194947;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:96:96:128:128:0.571429:59:69:53:43:59:69:53:43 chr6 57467107 . C T 220.34 PASS AF=0.179825;AO=41;DP=228;FAO=41;FDP=228;FR=.;FRO=187;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=103;FSRR=84;FWDB=-0.00800764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.274;QD=3.86568;RBI=0.0550237;REFB=-0.00506498;REVB=-0.0544379;RO=186;SAF=21;SAR=20;SRF=102;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467851;STB=0.531717;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.030789;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:186:187:41:41:0.179825:20:21:102:84:20:21:103:84 chr6 57467175 . A G 625.38 PASS AF=0.403409;AO=71;DP=176;FAO=71;FDP=176;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.0233312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.224;QD=14.2131;RBI=0.0249042;REFB=-0.00677676;REVB=0.00871074;RO=104;SAF=36;SAR=35;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09456;STB=0.549842;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00906473;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:104:105:71:71:0.403409:35:36:62:42:35:36:62:43 chr6 57512476 . G A 1682.06 PASS AF=0.48;AO=168;DP=350;FAO=168;FDP=350;FR=.;FRO=182;FSAF=83;FSAR=85;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=0.00948674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.501;QD=19.2235;RBI=0.0119739;REFB=-0.00396374;REVB=-0.00730583;RO=181;SAF=83;SAR=85;SRF=96;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342798;STB=0.520229;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00386873;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:181:182:168:168:0.48:85:83:96:85:85:83:97:85 chr6 57512510 . T G 1906.62 PASS AF=0.50266;AO=189;DP=374;FAO=189;FDP=376;FR=.;FRO=187;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=-0.0231536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.154;QD=20.2832;RBI=0.0235981;REFB=-0.0213885;REVB=-0.00455882;RO=185;SAF=88;SAR=101;SRF=91;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238294;STB=0.515813;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0161624;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:376:185:187:189:189:0.50266:101:88:91:94:101:88:93:94 chr6 57512529 . C A 604.6 PASS AF=0.244681;AO=90;DP=376;FAO=92;FDP=376;FR=.;FRO=284;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=138;FSRR=146;FWDB=-0.0024003;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.598;QD=6.43191;RBI=0.0228863;REFB=-0.00483126;REVB=-0.0227601;RO=283;SAF=41;SAR=49;SRF=137;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363037;STB=0.522279;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0128776;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:283:284:90:92:0.244681:49:41:137:146:50:42:138:146 chr6 57512565 . T C 1608.45 PASS AF=0.506329;AO=152;DP=308;FAO=160;FDP=316;FR=.;FRO=156;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=79;FSRR=77;FWDB=0.0513339;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.246;QD=20.3601;RBI=0.0534217;REFB=0.000813279;REVB=-0.0147888;RO=156;SAF=73;SAR=79;SRF=79;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024145;STB=0.500079;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.000660201;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:316:156:156:152:160:0.506329:79:73:79:77:79:81:79:77 chr6 57512678 . G A 626.48 PASS AF=0.675;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00605033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9996;QD=31.3239;RBI=0.0203648;REFB=-0.0316954;REVB=0.0194453;RO=26;SAF=17;SAR=37;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475959;STB=0.52578;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0130681;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:26:54:54:0.675:37:17:10:16:37:17:10:16 chr6 58141869 . C T 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00349219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.341;QD=5.1501;RBI=0.0217299;REFB=-0.000417116;REVB=0.0214474;RO=60;SAF=6;SAR=10;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157585;STB=0.599874;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00225076;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:10:6:30:30:10:6:30:30 chr6 58141876 . C T 772.07 PASS AF=0.792208;AO=61;DP=77;FAO=61;FDP=77;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00121667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.512;QD=40.1077;RBI=0.0257624;REFB=-0.00246005;REVB=0.0257337;RO=16;SAF=31;SAR=30;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516778;STB=0.527651;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000731699;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:16:16:61:61:0.792208:30:31:6:10:30:31:6:10 chr6 58141878 . A G 97.31 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00560114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.427;QD=5.05525;RBI=0.0202145;REFB=-0.0019169;REVB=-0.019423;RO=61;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167616;STB=0.606423;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0117128;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:61:61:16:16:0.207792:10:6:31:30:10:6:31:30 chr6 58141886 . G C 1090.94 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0242234;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.194;QD=55.2376;RBI=0.0293964;REFB=-0.0337776;REVB=0.0166545;RO=4;SAF=34;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395152;STB=0.502382;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000943826;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:79:79:4:4:74:75:0.949367:40:34:2:2:41:34:2:2 chr6 58141920 . G C 51.26 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00467373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.442;QD=2.33005;RBI=0.00912755;REFB=-0.00453887;REVB=-0.00784018;RO=77;SAF=5;SAR=6;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789641;STB=0.556598;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0267466;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:6:5:40:37:6:5:40:37 chr6 58141935 . T C 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.000185819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0048;QD=1.64902;RBI=0.0320385;REFB=-0.0018154;REVB=-0.0320379;RO=73;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790793;STB=0.506157;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00724368;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:4:4:36:37:4:4:36:37 chr6 58141946 . C T 246.37 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00603036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6768;QD=13.4996;RBI=0.0627228;REFB=-0.0219744;REVB=0.0624322;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302308;STB=0.51039;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0391053;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:15:14:22:21:15:14:22:22 chr6 58196684 . G A 218.11 PASS AF=0.230769;AO=33;DP=143;FAO=33;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0051335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.724;QD=6.10101;RBI=0.0168073;REFB=-0.00671757;REVB=-0.0160041;RO=109;SAF=21;SAR=12;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25578;STB=0.652302;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0222375;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:109:110:33:33:0.230769:12:21:47:62:12:21:48:62 chr6 58287640 . C G 256.45 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0353535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.406;QD=22.7952;RBI=0.0353571;REFB=-0.0127541;REVB=0.000499926;RO=21;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233302;STB=0.631708;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00845433;OID=.;OPOS=58287640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:19:5:9:12:19:5:9:12 chr6 62282965 . C T 385.45 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00919867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7415;QD=13.8902;RBI=0.0137087;REFB=-0.0117502;REVB=-0.0101643;RO=66;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263966;STB=0.514919;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.016247;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:27:18:28:38:27:18:28:38 chr6 62283016 . T G 820.17 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0515331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.101;QD=55.6048;RBI=0.0515488;REFB=-0.0530975;REVB=0.0012692;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122514;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000644903;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:38:19:0:1:38:20:0:1 chr6 62284247 . T G 1787.4 PASS AF=0.991736;AO=116;DP=118;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9147;QD=59.0875;RBI=0.0675124;REFB=-0.136646;REVB=0.0644411;RO=2;SAF=65;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197031;STB=0.504586;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00362604;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:121:2:1:116:120:0.991736:51:65:1:1:54:66:0:1 chr6 62284301 . G T 617.15 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00463469;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.802;QD=20.5715;RBI=0.0339502;REFB=-0.0209226;REVB=-0.0336324;RO=57;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317595;STB=0.522418;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0143842;OID=.;OPOS=62284301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:57:58:62:62:0.516667:25:37:32:25:25:37:32:26 chr6 62284487 . C T 1701.94 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.75;QD=60.2457;RBI=0.0366434;REFB=0;REVB=0.0130633;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267851;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:53:59:0:0:54:59:0:0 chr6 62284512 . T C 1434.62 PASS AF=0.98;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0101175;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.862;QD=57.3848;RBI=0.014362;REFB=-0.0357127;REVB=0.0101934;RO=2;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020611;STB=0.510867;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000181048;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:100:2:2:98:98:0.98:45:53:0:2:45:53:0:2 chr6 62390916 . T C 494.88 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00502421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.262;QD=14.7726;RBI=0.0164263;REFB=-0.00947344;REVB=-0.015639;RO=79;SAF=26;SAR=29;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984825;STB=0.555292;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.01268;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:79:55:55:0.410448:29:26:30:49:29:26:30:49 chr6 62442604 . A G 239.93 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0212703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9032;QD=14.3242;RBI=0.0269748;REFB=-0.0080515;REVB=0.0165897;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839576;STB=0.534458;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0114971;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:27:28:0.41791:11:16:20:19:12:16:20:19 chr6 62442676 . CA C 185.72 PASS AF=0.947368;AO=26;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.192458;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.36798;QD=19.5498;RBI=0.254485;REFB=-0.0750673;REVB=0.166501;RO=8;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106596;STB=0.533315;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=0.0710038;OID=.;OPOS=62442677;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:26:38:36:38:2:14:22:2:0:5:8:10:16:5:3 chr6 62887099 . C T 208.2 PASS AF=0.3;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0486601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5127;QD=9.25329;RBI=0.0502707;REFB=-0.00634549;REVB=-0.0126227;RO=61;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715723;STB=0.503707;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0146748;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:61:63:27:27:0.3:13:14:32:29:13:14:33:30 chr6 63921853 . A G 482.51 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00299555;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.344;QD=20.1045;RBI=0.0106319;REFB=-0.00773468;REVB=-0.0102012;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12786;STB=0.563484;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00816386;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:20:27:34:14:20:27:34:15 chr6 63921873 . A T 396.55 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.00169285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.144;QD=17.8226;RBI=0.01282;REFB=-0.00465511;REVB=-0.0127078;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190834;STB=0.605995;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00550306;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:19:22:35:13:19:22:35:13 chr6 63921924 . A G 242.94 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0181838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.103;QD=15.1837;RBI=0.02575;REFB=-0.00339623;REVB=0.0182322;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206675;STB=0.616659;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00349411;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:23:13:16:12:23:13 chr6 63922023 . C T 267.37 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0038397;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.314;QD=15.7274;RBI=0.00421427;REFB=-0.00977799;REVB=-0.0017369;RO=38;SAF=6;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237925;STB=0.611031;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00917862;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:29:30:0.441176:23:6:15:23:23:7:15:23 chr6 63922282 . G T 208.34 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00791332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.861;QD=18.1168;RBI=0.0150105;REFB=0.000737737;REVB=0.0127552;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.528275;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.000577511;OID=.;OPOS=63922282;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:25:21:21:0.456522:9:12:13:6:9:12:13:12 chr6 63922916 . T C 291.09 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.035607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.806;QD=26.4625;RBI=0.0361818;REFB=-0.0193023;REVB=0.00642348;RO=18;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259966;STB=0.636284;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0136116;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:25:26:0.590909:23:2:0:18:24:2:0:18 chr6 64290734 . G C 272.64 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0139371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.748;QD=24.2347;RBI=0.0141862;REFB=-0.00439576;REVB=0.002647;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166505;STB=0.592519;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0051951;OID=.;OPOS=64290734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:7:13:11:14:7:13 chr6 64498055 . T A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.01559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2899;QD=15.7002;RBI=0.0414275;REFB=-0.00186734;REVB=-0.0383822;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00370282;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr6 64694354 . C T 527.66 PASS AF=0.576471;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00901524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.492;QD=24.8311;RBI=0.0155535;REFB=-0.0248616;REVB=0.0126742;RO=36;SAF=13;SAR=35;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852396;STB=0.549597;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0146838;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:36:48:49:0.576471:35:13:13:23:36:13:13:23 chr6 65149185 . T A 529.68 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.119839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3593;QD=19.4377;RBI=0.120128;REFB=-0.0030481;REVB=-0.00833102;RO=49;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149923;STB=0.603793;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00124324;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:49:54:55:55:0.504587:31:24:30:19:31:24:35:19 chr6 65301504 . A G 1591.1 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325102;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.18;QD=64.287;RBI=0.022093;REFB=0;REVB=0.0218525;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6709e-05;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:45:53:0:0:45:54:0:0 chr6 65596591 . T C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00367351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.538;QD=10.1038;RBI=0.0113393;REFB=0.00538834;REVB=-0.0107278;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11471;STB=0.567499;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0111497;OID=.;OPOS=65596591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:8:12:20:20:8:12:20:20 chr6 66005888 . C T 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.386;QD=60.9512;RBI=0.00807117;REFB=0;REVB=0.00163791;RO=0;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71238e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:75:41:0:0:75:41:0:0 chr6 66005970 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.462;QD=57.8848;RBI=0.00658117;REFB=0;REVB=-0.000930389;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23532e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr6 66044927 . T C 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0220018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.906;QD=19.1725;RBI=0.0302407;REFB=-0.00677781;REVB=0.0207466;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680559;STB=0.537921;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00732491;OID=.;OPOS=66044927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:20:13:15:17:20:13:15:17 chr6 66063513 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.491;QD=57.6807;RBI=0.0237805;REFB=0;REVB=0.00635129;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195021;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr6 69666684 . A G 769.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.928;QD=56.9858;RBI=0.0607421;REFB=0;REVB=-0.000198377;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043737;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:38:15:0:0:39:15:0:0 chr6 70071173 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.476;QD=62.9829;RBI=0.00755045;REFB=0;REVB=0.00454653;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67498e-05;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 70407465 . A T 465.87 PASS AF=0.455357;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0182677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.957;QD=16.6384;RBI=0.0270738;REFB=-0.00865502;REVB=0.019982;RO=60;SAF=29;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111355;STB=0.562012;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0114163;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:50:51:0.455357:21:29:28:32:21:30:29:32 chr6 70733547 . C G 435.01 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00745008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.755;QD=20.9642;RBI=0.0148021;REFB=-0.0157415;REVB=-0.0127905;RO=40;SAF=16;SAR=27;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270716;STB=0.501497;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0147774;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:27:16:15:25:27:16:15:25 chr6 70778378 . GC CT 112.38 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0152162;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.974;QD=15.5001;RBI=0.0331509;REFB=-0.0214438;REVB=0.0294525;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=mnp;VARB=0.0186785;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:8:8:6:7:8:8 chr6 70812123 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00545964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.635;QD=13.224;RBI=0.0099614;REFB=-0.00965825;REVB=0.00833198;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164516;STB=0.593676;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0151911;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:11:25:13:11:11:25 chr6 70916888 . A C 1007.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.333;QD=59.2377;RBI=0.0218924;REFB=0;REVB=0.0112045;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37203e-05;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:33:30:0:0:35:33:0:0 chr6 70917550 . T C 113.46 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0141244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.742;QD=8.56284;RBI=0.0141279;REFB=-0.00427812;REVB=0.000312648;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866633;STB=0.542657;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0124784;OID=.;OPOS=70917550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:7:8:17:20:7:8:18:20 chr6 70917559 . A AT 513.44 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128214;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.18;QD=46.6767;RBI=0.0371225;REFB=0;REVB=-0.0371003;RO=5;SAF=20;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.9633e-06;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:46:44:44:0:20:24:0:0:9:5:20:20:3:2 chr6 71238105 . A G 289.2 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0340664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.46;QD=21.0328;RBI=0.0343526;REFB=-0.0505846;REVB=0.00442456;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498781;STB=0.51616;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0355359;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:19:10:10:15:19:11:10:15 chr6 71546702 . C T 404.72 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00065876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5914;QD=19.7422;RBI=0.0139323;REFB=-0.00506355;REVB=0.0139167;RO=41;SAF=13;SAR=28;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250721;STB=0.513929;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.004299;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:28:13:14:27:28:13:14:27 chr6 71547572 . A T 317.04 PASS AF=0.357143;AO=39;DP=110;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0768874;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.49;QD=11.3227;RBI=0.0773025;REFB=-0.0046982;REVB=-0.00800095;RO=69;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156828;STB=0.580318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0145055;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:69:72:39:40:0.357143:20:19:24:45:20:20:27:45 chr6 71569090 . T C 157.21 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0110358;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.835;QD=9.67419;RBI=0.011257;REFB=-0.0048862;REVB=0.00222072;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565022;STB=0.533301;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00849228;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:21:23:12:9:21:23 chr6 71665986 . G A 64.85 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0407473;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.708;QD=12.3525;RBI=0.0826083;REFB=-0.00761139;REVB=0.0718595;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.749375;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0641782;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:21:8:12:7:8:0.380952:6:1:4:4:6:2:8:4 chr6 72889472 . A G 310.72 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.10754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.513;QD=12.3056;RBI=0.107556;REFB=-0.00312971;REVB=0.00181439;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136246;STB=0.520123;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00369406;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:56:64:37:37:0.366337:22:15:16:40:22:15:24:40 chr6 72892257 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.471;QD=48.7371;RBI=0.0192076;REFB=0;REVB=0.0179769;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156697;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr6 73752821 . T C 521.42 PASS AF=0.415493;AO=57;DP=140;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=0.00358099;FXX=0.0657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.941;QD=14.6878;RBI=0.00360303;REFB=-0.0128301;REVB=0.000397967;RO=83;SAF=31;SAR=26;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252726;STB=0.629623;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0187672;OID=.;OPOS=73752821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:83:83:57:59:0.415493:26:31:25:58:28:31:25:58 chr6 74079024 . A G 347.37 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00548567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.98;QD=17.154;RBI=0.0128027;REFB=-0.00634966;REVB=-0.0115679;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115126;STB=0.564282;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0062825;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:21:16:14:30:21:16:14:30 chr6 74079041 . A C 1268.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0095413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6732;QD=60.4117;RBI=0.0425973;REFB=0.0220645;REVB=0.041515;RO=1;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919718;STB=0.504853;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00255052;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:51:32:0:1:51:32:0:1 chr6 74079414 . A T 106.52 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0294313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.814;QD=12.5317;RBI=0.030366;REFB=-0.0158245;REVB=0.00747638;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0217927;OID=.;OPOS=74079414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:14:7:7:6:14:7 chr6 74135016 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0222377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7262;QD=17.1561;RBI=0.06329;REFB=-0.00457638;REVB=0.0592547;RO=20;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328566;STB=0.691102;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0160709;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:3:14:11:9:3:14:11:9 chr6 74155346 . G T 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00144069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.117;QD=15.2435;RBI=0.0265173;REFB=-0.0104213;REVB=-0.0264781;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011976;STB=0.506771;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0144171;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:20:30:22:14:20:30 chr6 74161503 . A G 174.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.792;QD=46.5718;RBI=0.032336;REFB=0;REVB=0.00560838;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192946;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 74161801 . G T 727.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3315;QD=63.2657;RBI=0.0823013;REFB=0;REVB=0.0515411;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168273;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 74173899 . TTAAAAAAT TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAAATA 44.86 PASS AF=0.196078,0,0;AO=10,13,2;DP=51;FAO=10,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.148756,-0.228638,-0.198147;FXX=0;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=21.4195,9.8893,22.7454;QD=3.51806;RBI=0.252667,0.375357,0.238585;REFB=-0.0402346,-0.0594353,-0.0286625;REVB=-0.204236,-0.297687,-0.132894;RO=22;SAF=7,2,2;SAR=3,11,0;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0.34252,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.370656,-0.309356,0.563482;STB=0.739166,0.5,0.5;STBP=0.13,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.110981,0.0103873,0.111717;OID=.,.,.;OPOS=74173900,74173901,74173906;OREF=TA,A,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078,0,0:10,13,2:51:10,0,0:51:41:7,0,0:3,0,0:16:25:42:22:7,2,2:3,11,0:8:14 chr6 74190448 . T C 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0137582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2106;QD=25.8973;RBI=0.0198783;REFB=0.0139825;REVB=0.0143478;RO=21;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516111;STB=0.528621;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00901598;OID=.;OPOS=74190448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:9:19:13:8:9:19:13:8 chr6 74197548 . C T 39.04 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0621462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6152;QD=12.0132;RBI=0.0762849;REFB=-0.0859016;REVB=0.0442406;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386089;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0454679;OID=.;OPOS=74197548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:7:4:6:0.461538:1:3:5:0:3:3:6:1 chr6 74466377 . C T 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.846;QD=56.9275;RBI=0.0128842;REFB=0;REVB=0.00121956;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90027e-05;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr6 74466433 . GA G 31.68 PASS AF=0.375;AO=14;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.100442;FXX=0.0302939;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.2101;QD=3.95998;RBI=0.103648;REFB=-0.119659;REVB=-0.0255807;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.576787;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=0.176137;OID=.;OPOS=74466434;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:14:33:12:32:20:3:9:7:13:31:17:3:11:6:11 chr6 74493432 . A C 487.98 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.00775819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.739;QD=13.8435;RBI=0.0443576;REFB=0.000305177;REVB=-0.0436739;RO=83;SAF=27;SAR=28;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998411;STB=0.565531;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000497624;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:83:86:55:55:0.390071:28:27:33:50:28:27:33:53 chr6 74521947 . C T 134.17 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00187236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.86;QD=9.41531;RBI=0.0423578;REFB=-0.00603172;REVB=-0.0423164;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947306;STB=0.564131;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.01431;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:39:17:18:0.315789:9:8:21:17:10:8:21:18 chr6 74533192 . T G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.622;QD=62.9788;RBI=0.0844442;REFB=0;REVB=-0.0298114;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353373;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr6 75797302 . C T 1255.77 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0269378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.541;QD=59.095;RBI=0.0344033;REFB=-0.0869286;REVB=0.0213996;RO=2;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220173;STB=0.511625;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0106074;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:42:41:0:2:42:41:0:2 chr6 75801224 . T C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0590758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1083;QD=10.6987;RBI=0.0634927;REFB=0.000434282;REVB=-0.0232676;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16455;STB=0.585803;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00479125;OID=.;OPOS=75801224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:32:15:15:0.319149:7:8:12:19:7:8:13:19 chr6 75841722 . A T 1330.99 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193201;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.692;QD=62.635;RBI=0.0240032;REFB=0;REVB=0.0142439;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100612;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr6 75848181 . A G 614.05 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00403969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.942;QD=20.2992;RBI=0.0202865;REFB=-0.0134538;REVB=-0.0198802;RO=59;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536999;STB=0.502958;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0130903;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:28:34:32:27:28:34:32:27 chr6 76138146 . C CAG 286.89 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0153412;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=322.089;QD=11.3619;RBI=0.0158923;REFB=-0.01289;REVB=-0.00414881;RO=67;SAF=16;SAR=19;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158057;STB=0.596359;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.0266515;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346535:35:102:35:101:66:16:19:40:26:99:67:16:19:40:27 chr6 76369054 . A G 2067.74 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000724229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=61.7236;RBI=0.0157015;REFB=0.0702281;REVB=0.0156848;RO=0;SAF=53;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00022747;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:0:1:133:133:0.992537:80:53:0:0:80:53:0:1 chr6 76425594 . A C 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00708897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.104;QD=28.0214;RBI=0.0134955;REFB=-0.00162357;REVB=0.0114836;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118435;STB=0.565172;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000982794;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:6:12:14:14:6:12 chr6 76625079 . T C 1955.06 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=329.395;QD=61.0955;RBI=0.0135172;REFB=-0.0918222;REVB=-0.00666165;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.503401;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=5.10191e-05;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:73:54:0:0:73:54:0:1 chr6 76640781 . C T 669.49 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0036947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8156;QD=22.1319;RBI=0.0204283;REFB=-0.0149086;REVB=0.0200914;RO=54;SAF=29;SAR=37;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421053;STB=0.501398;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0150687;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:55:66:66:0.545455:37:29:24:30:37:29:24:31 chr6 76660551 . G C 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0459999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7138;QD=14.9194;RBI=0.0470063;REFB=-0.0228421;REVB=0.00967482;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12298;STB=0.569782;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0365156;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:19:18:17:11:19:18 chr6 76717157 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0478675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.962;QD=16.8839;RBI=0.0488741;REFB=-0.00264896;REVB=-0.00986826;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00447202;OID=.;OPOS=76717157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:7:10:9:6:7:10 chr6 78172260 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1917;QD=64.1526;RBI=0.0156215;REFB=0;REVB=0.0153552;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129567;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:11:38:0:0:11:38:0:0 chr6 78172992 . G A 1641.61 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.574;QD=58.629;RBI=0.0461001;REFB=-0.123521;REVB=0.0429125;RO=1;SAF=61;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077189;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000480537;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:109:111:0.991071:48:61:1:0:50:61:1:0 chr6 79595167 . A ACTTAT 359.79 PASS AF=0.875;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0236466;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=278.819;QD=44.9741;RBI=0.0243038;REFB=-0.0315033;REVB=0.00561366;RO=4;SAF=14;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554786;STB=0.531228;STBP=0.378;TYPE=ins;VARB=0.00438596;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:27:32:28:32:4:14:14:3:1:19:4:14:13:3:1 chr6 79612800 . G A 784.92 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.335;QD=57.0853;RBI=0.0313597;REFB=0;REVB=0.00919993;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48709e-05;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr6 79657391 . G A 1208.93 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.688;QD=61.2117;RBI=0.00403632;REFB=0;REVB=0.00386044;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69381e-05;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr6 79679577 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.26;QD=56.9383;RBI=0.0191156;REFB=0;REVB=0.00469858;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34943e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr6 79708000 . A C 1120.68 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00117651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5445;QD=58.983;RBI=0.0107435;REFB=0.0231818;REVB=-0.0106788;RO=1;SAF=32;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145558;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000117926;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:43:32:1:0:43:32:1:0 chr6 79918309 . G A 704.82 PASS AF=1;AO=51;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1704;QD=50.3441;RBI=0.147634;REFB=-0.091065;REVB=0.018619;RO=5;SAF=16;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0337664;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:5:0:51:56:1:35:16:5:0:35:21:0:0 chr6 80196498 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9547;QD=58.419;RBI=0.0552094;REFB=0;REVB=-0.0041041;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507926;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr6 80228541 . A G 3148.84 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004336;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.707;QD=61.4408;RBI=0.025934;REFB=0.0779957;REVB=0.025569;RO=0;SAF=96;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04624e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73395e-05;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:205:0:0:205:205:1:109:96:0:0:109:96:0:0 chr6 80410956 . A G 758.19 PASS AF=0.625;AO=69;DP=112;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00270233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.073;QD=27.0783;RBI=0.00625214;REFB=-0.00654023;REVB=0.00563797;RO=38;SAF=51;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164836;STB=0.616078;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00395694;OID=.;OPOS=80410956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:38:42:69:70:0.625:18:51:20:18:18:52:20:22 chr6 80580038 . T G 1534.26 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300551;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.024;QD=63.2683;RBI=0.0306713;REFB=0;REVB=0.00611719;RO=1;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587587;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:97:1:0:96:97:1:51:45:1:0:51:46:0:0 chr6 80837253 . G T 81.07 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=30;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0482914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5341;QD=9.00827;RBI=0.0653909;REFB=-0.0112406;REVB=0.0440899;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.555981;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0743883;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:30:36:23:24:7:12:0.333333:3:4:12:11:7:5:12:12 chr6 82457147 . C G 346.41 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0177701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.58;QD=25.1936;RBI=0.0324471;REFB=-0.00508405;REVB=0.0271484;RO=19;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103733;STB=0.579352;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00401276;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:21:33:34:0.618182:19:14:11:8:20:14:13:8 chr6 82458639 . G T 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.018118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.464;QD=16.9238;RBI=0.041101;REFB=-0.0208295;REVB=-0.0368921;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956547;STB=0.548366;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0225744;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:25:21:30:24:25:21:30:25 chr6 82461520 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0139416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.224;QD=22.5346;RBI=0.0335743;REFB=-0.00701693;REVB=-0.0305428;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129356;STB=0.572802;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00538232;OID=.;OPOS=82461520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:6:13:8:7:6:13:8:7 chr6 82935347 . T C 202.56 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0335813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5763;QD=21.8979;RBI=0.0417305;REFB=-0.000137413;REVB=0.0247735;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544063;STB=0.530581;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=7.1073e-05;OID=.;OPOS=82935347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:7:10:13:7:7:10 chr6 83078381 . C T 1069.73 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00576052;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.0632;QD=56.3017;RBI=0.0166047;REFB=-0.0838927;REVB=-0.0155734;RO=3;SAF=41;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750081;STB=0.50181;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00613828;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:76:3:2:72:74:0.973684:31:41:2:1:32:42:1:1 chr6 83838673 . G A 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0084698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.451;QD=11.9867;RBI=0.0142944;REFB=-0.00112629;REVB=-0.0115149;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223905;STB=0.633808;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00232753;OID=.;OPOS=83838673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:17:12:31:19:17:12:32:19 chr6 83881740 . T C 256.34 PASS AF=0.533333;AO=25;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000946932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6138;QD=22.786;RBI=0.0492342;REFB=-0.0372692;REVB=-0.0492251;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.639482;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0516306;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:21:25:24:0.533333:8:17:9:10:7:17:9:12 chr6 84303342 . T C,G 1199.29 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=75,5;DP=80;FAO=75,5;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32,5;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182191,-0.00270137;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.954,102.795;QD=59.9645;RBI=0.031355,0.00952761;REFB=0,0;REVB=0.0255187,0.00913663;RO=0;SAF=32,5;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00537353,0.0883809;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:80:80:0:0:75,5:75,5:0.9375,0.0625:43,0:32,5:0:0:43,0:32,5:0:0 chr6 84388514 . G A 240.72 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.000365214;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.39;QD=9.82544;RBI=0.00731506;REFB=-0.00918419;REVB=-0.00730594;RO=68;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137033;STB=0.580059;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0176741;OID=.;OPOS=84388514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:68:30:30:0.306122:16:14:24:44:16:14:24:44 chr6 85473758 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00159051;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.568;QD=13.0608;RBI=0.0151473;REFB=-0.0197672;REVB=0.0150636;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150348;STB=0.586221;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.025344;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:21:19:16:10:21:19 chr6 86199233 . A G 539.04 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00389363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.003;QD=17.8195;RBI=0.00896452;REFB=-0.00599753;REVB=-0.00807479;RO=63;SAF=23;SAR=34;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129978;STB=0.568304;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00949691;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:64:57:57:0.471074:34:23:34:29:34:23:34:30 chr6 86205323 . T G 257.06 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00193552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.75;QD=16.0663;RBI=0.0522982;REFB=0.00567694;REVB=0.0522624;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305691;STB=0.517229;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00666309;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:18:17:15:14:18:17 chr6 86303091 . G A 242.49 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0524181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3109;QD=12.5966;RBI=0.0542479;REFB=-0.00828493;REVB=0.0139706;RO=48;SAF=7;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299345;STB=0.679151;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.016622;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:48:48:28:29:0.376623:21:7:24:24:22:7:24:24 chr6 87796233 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0051282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.485;QD=41.8675;RBI=0.0252348;REFB=-0.00655443;REVB=-0.0247082;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000436579;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr6 87965528 . T C 648.07 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00122622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.872;QD=30.1425;RBI=0.0129934;REFB=-0.0202952;REVB=-0.0129354;RO=30;SAF=26;SAR=30;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417287;STB=0.522605;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.015659;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:30:56:56:0.651163:30:26:12:18:30:26:12:18 chr6 87968565 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0600483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.85;QD=15.7844;RBI=0.062386;REFB=-0.00728779;REVB=-0.016918;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00890823;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:9:8:10:4:9:8 chr6 87970301 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.074258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.622;QD=12.0157;RBI=0.0775769;REFB=-0.0211156;REVB=0.0224483;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0248911;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr6 87994015 . A G 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.114729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1644;QD=16.4108;RBI=0.160767;REFB=7.03176e-05;REVB=0.112621;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.57132;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000211626;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:5:11:11:3:5:11 chr6 87994572 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0232279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1133;QD=25.3618;RBI=0.0240522;REFB=-0.0429844;REVB=-0.00624281;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.578841;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0199168;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:5:3:9:6:5:3 chr6 88108048 . AGAT A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411984;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.128;QD=53.9632;RBI=0.0428751;REFB=0;REVB=0.0118731;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000302548;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:23:23:0:10:13:0:0:4:0:10:13:0:0 chr6 88221892 . T G 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00428917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.717;QD=11.932;RBI=0.0145305;REFB=-0.00407635;REVB=-0.013883;RO=49;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192595;STB=0.610315;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0122208;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:14:14:16:33:14:14:16:33 chr6 88315741 . TA T 457.74 PASS AF=0.557143;AO=67;DP=143;FAO=78;FDP=140;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0871033;FXX=0.0209776;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3865;QD=13.0783;RBI=0.0930785;REFB=0.0399983;REVB=-0.0328119;RO=60;SAF=12;SAR=55;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244124;STB=0.587306;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=-0.00230082;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557143:67:143:78:140:62:19:59:25:37:99:60:12:55:23:37 chr6 88853635 . C T 469.9 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=-0.0162773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.331;QD=15.7948;RBI=0.025302;REFB=-0.0183878;REVB=-0.0193711;RO=66;SAF=25;SAR=27;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195921;STB=0.603551;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0191514;OID=.;OPOS=88853635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:27:25:19:47:27:25:20:47 chr6 89676264 . ATG A,AT,ATT 439.59 PASS AF=0.464789,0.140845,0;AO=23,13,7;DP=71;FAO=33,10,0;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=21,5,0;FSAR=12,5,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00892211,0.00793787,0.00706519;FXX=0.013887;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=190.547,191.123,188.308;QD=24.7654;RBI=0.0199813,0.00842497,0.0219571;REFB=-0.0190043,-0.0152226,-0.0111009;REVB=0.0178787,-0.00282317,-0.0207894;RO=23;SAF=17,7,2;SAR=6,6,5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.327841,0.157662,-0.138371;STB=0.64383,0.631334,0.5;STBP=0.019,0.401,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00255753,0.0184676,0.031415;OID=.,.,.;OPOS=89676265,89676266,89676266;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464789,0.140845,0:23,13,7:71:33,10,0:71:28:21,5,0:12,5,0:9:19:99:23:17,7,2:6,6,5:9:14 chr6 89793894 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.969;QD=64.1539;RBI=0.0244114;REFB=0;REVB=0.0178038;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7761e-05;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr6 89806689 . T C 842.55 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00895421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.67;QD=54.3583;RBI=0.0142992;REFB=-0.124303;REVB=0.0111484;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.502762;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00226356;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:25:35:1:0:25:35:1:1 chr6 89806992 . A C 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181289;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.793;QD=63.3002;RBI=0.0415271;REFB=0;REVB=0.0414875;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175367;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr6 89888744 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8226;QD=57.7112;RBI=0.0287954;REFB=0;REVB=0.0260122;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376039;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr6 89907873 . G A 1494.46 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.232;QD=58.0372;RBI=0.0205849;REFB=-0.134396;REVB=-0.00347422;RO=1;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903647;STB=0.504761;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000109729;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:52:49:0:1:52:50:0:1 chr6 89913209 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.614;QD=60.2045;RBI=0.0292774;REFB=0;REVB=0.0222004;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69618e-06;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr6 89913218 . T A 924.35 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0287255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2481;QD=50.6493;RBI=0.0291308;REFB=-0.00144288;REVB=-0.00484194;RO=6;SAF=36;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316812;STB=0.516812;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000670137;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:73:73:6:6:67:67:0.917808:31:36:2:4:31:36:2:4 chr6 89926966 . T C 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0293168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.605;QD=17.6719;RBI=0.029858;REFB=-0.0187065;REVB=-0.00565909;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178459;STB=0.599933;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0288327;OID=.;OPOS=89926966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:13:19:12:18:13:19 chr6 89967498 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0184346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.949;QD=23.2632;RBI=0.0189919;REFB=-0.00265665;REVB=0.00456684;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166184;STB=0.592514;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00177724;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:13:6:12:11:13:6 chr6 89981413 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.147;QD=57.3858;RBI=0.0638357;REFB=0;REVB=-0.0634658;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243118;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr6 90039670 . G C 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0213571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.986;QD=25.0396;RBI=0.0217744;REFB=-0.0167398;REVB=0.00424259;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146734;STB=0.581334;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0106708;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:7:13:12:14:7:13 chr6 90315789 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.295;QD=61.6837;RBI=0.0517451;REFB=0;REVB=-0.0357356;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01434e-05;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr6 90327873 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3492;QD=58.9626;RBI=0.0456404;REFB=0;REVB=0.0443186;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273423;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr6 90333599 . A G 695.43 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357222;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.516;QD=52.4856;RBI=0.0393446;REFB=-0.082447;REVB=0.01649;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024341;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:53:2:0:47:53:1:29:18:2:0:29:24:0:0 chr6 90340276 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=63.583;RBI=0.00459578;REFB=0;REVB=-0.00423683;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53572e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr6 90362783 . A C,T 1669.49 PASS AF=0.964602,0.0353982;AO=105,4;DP=109;FAO=109,4;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53,1;FSAR=56,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144306,0.00263973;FXX=0.0173898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.125,188.963;QD=59.0969;RBI=0.008531,0.00600138;REFB=0,0;REVB=0.00840806,0.00538966;RO=0;SAF=53,1;SAR=52,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00151429,-0.0175374;OID=.,.;OPOS=90362783,90362783;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:109:113:0:0:105,4:109,4:0.964602,0.0353982:52,3:53,1:0:0:56,3:53,1:0:0 chr6 90371202 . G A 1826.64 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032237;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.583;QD=61.3997;RBI=0.039409;REFB=0;REVB=-0.0226681;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90722e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr6 90388368 . A AT 120.33 PASS AF=0.364486;AO=32;DP=111;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=57;FWDB=-0.285076;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.9261;QD=4.49814;RBI=0.285526;REFB=-0.0379304;REVB=0.0160338;RO=71;SAF=25;SAR=7;SRF=14;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620305;STB=0.871697;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.00985506;OID=.;OPOS=90388369;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364486:32:111:39:107:68:32:7:11:57:99:71:25:7:14:57 chr6 90390443 . C A 435.84 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0636769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.195;QD=54.4794;RBI=0.0765491;REFB=-0.0649034;REVB=0.0424854;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00221346;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:30:31:0.96875:20:10:1:0:20:11:1:0 chr6 90402482 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.64;QD=57.0008;RBI=0.0570281;REFB=0;REVB=0.0487413;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022313;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr6 90402840 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.947;QD=52.6132;RBI=0.0183802;REFB=0;REVB=0.0155601;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272918;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr6 90418262 . C T 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00589127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.385;QD=59.7768;RBI=0.0360914;REFB=-0.101594;REVB=0.0356073;RO=1;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693286;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000851229;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:68:47:0:1:68:47:0:1 chr6 90448092 . C T 1339.44 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.271;QD=62.2997;RBI=0.0332566;REFB=0;REVB=0.0208463;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139243;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:31:55:0:0:31:55:0:0 chr6 90455084 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.731;QD=56.9999;RBI=0.0570994;REFB=0;REVB=0.00683642;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036031;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr6 90459454 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.956;QD=55.0102;RBI=0.0257148;REFB=-0.074018;REVB=-0.0142678;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000746787;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:13:19:0:0:13:19:0:1 chr6 90577984 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0249941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.161;QD=15.2625;RBI=0.0251649;REFB=0.00710786;REVB=0.00292717;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00922755;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr6 90638390 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0233549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.874;QD=13.9114;RBI=0.0241823;REFB=-0.0099287;REVB=-0.00627178;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127383;STB=0.572945;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.020654;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:20:11:10:11:20:11 chr6 90638553 . T G 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0274342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7858;QD=24.7073;RBI=0.0279642;REFB=-0.0280195;REVB=0.00541865;RO=16;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104682;STB=0.514273;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0244312;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:6:17:12:4:6:17:13:4 chr6 90641674 . ATAT A 66.65 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298725;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=3;MLLD=109.435;QD=38.0836;RBI=0.226933;REFB=0;REVB=0.224959;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.767767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00598583;OID=.;OPOS=90641675;OREF=TAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:8:7:7:0:6:1:0:0:4:1:5:0:0:1 chr6 90660754 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0177724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.299;QD=12.3957;RBI=0.0346771;REFB=0.0067996;REVB=-0.0297765;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0199474;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr6 93951725 . G A 80.33 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.011538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.597;QD=7.83678;RBI=0.013122;REFB=-0.00910171;REVB=0.00624986;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515693;STB=0.82165;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0166345;OID=.;OPOS=93951725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:10:11:0.268293:7:3:23:7:8:3:23:7 chr6 93967851 . C T 504.33 PASS AF=0.414815;AO=54;DP=133;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.0182695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.905;QD=14.9431;RBI=0.0195511;REFB=-0.00486675;REVB=-0.00696191;RO=79;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183739;STB=0.590519;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0062031;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:79:79:54:56:0.414815:24:30:30:49:26:30:30:49 chr6 93982124 . A G 315.05 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0291064;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.738;QD=14.6532;RBI=0.0341344;REFB=-0.00761513;REVB=0.0178319;RO=51;SAF=9;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229501;STB=0.631179;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00601197;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:51:35:35:0.406977:26:9:23:28:26:9:23:28 chr6 94067981 . C T 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.753;QD=58.8218;RBI=0.0276321;REFB=-0.0297408;REVB=0.0194736;RO=1;SAF=58;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811295;STB=0.504273;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-1.28513e-07;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:48:58:1:0:48:58:1:0 chr6 96386151 . G A 506.87 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00425227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.51;QD=20.4797;RBI=0.0060462;REFB=-0.0131892;REVB=0.00429823;RO=50;SAF=17;SAR=32;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163935;STB=0.591027;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0127512;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:32:17:26:24:32:17:26:24 chr6 96651740 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2886;QD=57.1059;RBI=0.0124779;REFB=0;REVB=0.0101458;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44902e-05;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr6 96652371 . T C 385.82 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0132225;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.974;QD=48.2273;RBI=0.013273;REFB=-0.0990124;REVB=-0.00115749;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626798;STB=0.520593;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000444543;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:2:3:29:29:0.90625:13:16:1:1:13:16:1:2 chr6 96652582 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.319;QD=57.1775;RBI=0.0116997;REFB=0;REVB=-0.000682467;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28367e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr6 96652706 . G A 869.56 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146181;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.639;QD=57.0205;RBI=0.0162182;REFB=0;REVB=-0.00702434;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46416e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr6 96653038 . T C 4662.42 PASS AF=1;AO=275;DP=280;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000420234;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0772;QD=61.754;RBI=0.0329915;REFB=-0.0561462;REVB=0.0329888;RO=0;SAF=160;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196985;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:280:302:0:0:275:302:1:115:160:0:0:143:159:0:0 chr6 96653208 . C G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3102;QD=59.8536;RBI=0.04505;REFB=0;REVB=0.036643;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40106e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr6 96661315 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.738;QD=43.4861;RBI=0.00537118;REFB=0;REVB=-0.00228538;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14634e-05;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr6 96661410 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.057;QD=57.2343;RBI=0.0133389;REFB=0;REVB=-0.00863041;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12495e-06;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr6 96730731 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.774;QD=46.848;RBI=0.0155571;REFB=0;REVB=-0.0022812;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126312;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr6 96999725 . C T 924.26 PASS AF=0.492063;AO=92;DP=188;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0166213;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8864;QD=19.561;RBI=0.032475;REFB=-0.0173818;REVB=-0.0278991;RO=91;SAF=43;SAR=49;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466478;STB=0.50206;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0122009;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:91:96:92:93:0.492063:49:43:43:48:50:43:44:52 chr6 97058553 . A G 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0115119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.826;QD=18.8897;RBI=0.0115655;REFB=-0.0113122;REVB=0.00111316;RO=52;SAF=29;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771676;STB=0.504272;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00768288;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:22:29:30:22:22:29:30:22 chr6 97058574 . G A 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00116883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.377;QD=15.9726;RBI=0.019883;REFB=-0.0205746;REVB=-0.0198486;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639033;STB=0.536045;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0225989;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:17:25:31:27:17:25:31:27 chr6 97063522 . C G 439.9 PASS AF=0.466019;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0104925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1888;QD=17.0833;RBI=0.0158025;REFB=0.00295872;REVB=-0.0118164;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136586;STB=0.584704;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00327992;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:54:55:47:48:0.466019:25:22:33:21:26:22:34:21 chr6 97063555 . A G 423.72 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.010705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.056;QD=16.1416;RBI=0.0175813;REFB=-0.015935;REVB=-0.0139465;RO=58;SAF=22;SAR=25;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183636;STB=0.602367;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0251839;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:25:22:38:20:25:22:38:20 chr6 97339078 . A G 1613.21 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430145;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.088;QD=59.2004;RBI=0.0532068;REFB=-0.165235;REVB=0.0313164;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887197;STB=0.504672;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000813957;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:109:1:1:108:108:0.990826:55:53:1:0:55:53:1:0 chr6 97339088 . C T 1755.67 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0331158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.145;QD=59.0142;RBI=0.0386209;REFB=-0.0731062;REVB=-0.0198726;RO=2;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160933;STB=0.508473;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00278318;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:58:59:0:2:58:59:0:2 chr6 97512577 . A G 421.48 PASS AF=0.352113;AO=50;DP=143;FAO=50;FDP=142;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.0072049;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.154;QD=11.8727;RBI=0.0199593;REFB=-0.0116267;REVB=-0.0186135;RO=87;SAF=16;SAR=34;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298438;STB=0.686025;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0183817;OID=.;OPOS=97512577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:87:92:50:50:0.352113:34:16:51:36:34:16:56:36 chr6 99283376 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7981;QD=35.5757;RBI=0.0255444;REFB=0;REVB=-0.0012439;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653435;OID=.;OPOS=99283376;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 99724713 . G A 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00154638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.298;QD=18.6751;RBI=0.00195517;REFB=-0.0158298;REVB=-0.00119641;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221771;STB=0.623476;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0147642;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:13:19:11:21:13:19:11:21 chr6 99771540 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.736;QD=63.5822;RBI=0.0262742;REFB=0;REVB=-0.0240699;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151927;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 772.36 PASS AF=0,1;AO=2,45;DP=50;FAO=0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118595,0.0122667;FXX=0.039992;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=266.141,290.525;QD=64.3635;RBI=0.0139664,0.0136018;REFB=0,0;REVB=-0.00737649,-0.00587682;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,3.2328e-05;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:50:48:0:0:2,45:0,48:0,1:0,25:2,20:0:0:0,26:0,22:0:0 chr6 99817601 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.582;QD=60.6102;RBI=0.0347363;REFB=0;REVB=0.0171394;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103753;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr6 99819379 . T C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2549;QD=57.671;RBI=0.0686126;REFB=0;REVB=0.0674238;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012596;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr6 99825348 . T C 296.11 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0650441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7433;QD=19.4167;RBI=0.119432;REFB=-0.0216893;REVB=-0.100167;RO=29;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1871;STB=0.604328;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0177665;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:10:22:14:15:10:22:14:15 chr6 99842056 . C A 636.75 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0316738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.993;QD=54.1916;RBI=0.0342404;REFB=-0.257967;REVB=0.0130067;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.538444;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00434717;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:47:2:4:43:43:0.914894:19:24:2:0:19:24:4:0 chr6 99883694 . T C 689.63 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.645;QD=62.6936;RBI=0.0491943;REFB=0;REVB=0.0357124;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307918;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr6 99883704 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.048;QD=61.3358;RBI=0.0274137;REFB=0;REVB=-0.00346937;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171436;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr6 99893938 . T C 874.08 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000631842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.159;QD=57.3168;RBI=0.0137522;REFB=0;REVB=0.0137377;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592801;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:27:30:0:0:30:31:0:0 chr6 99956560 . T C 1071.96 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00190163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.344;QD=54.9721;RBI=0.00244863;REFB=0.0323334;REVB=-0.00154259;RO=4;SAF=38;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229408;STB=0.512141;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000749192;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:78:78:4:4:74:74:0.948718:36:38:3:1:36:38:3:1 chr6 100868721 . G A 422.75 PASS AF=0.362319;AO=49;DP=141;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.0121673;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7402;QD=12.2535;RBI=0.0125895;REFB=-0.0034423;REVB=0.00323327;RO=78;SAF=19;SAR=30;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011004;STB=0.511127;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0076118;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:78:88:49:50:0.362319:30:19:31:47:31:19:32:56 chr6 100868779 . G T 423.04 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00443253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.537;QD=12.4423;RBI=0.0114595;REFB=-0.0168966;REVB=0.0105676;RO=85;SAF=18;SAR=32;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742476;STB=0.546904;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0373883;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:85:86:50:50:0.367647:32:18:36:49:32:18:37:49 chr6 100964147 . G C 997.59 PASS AF=0.625899;AO=87;DP=139;FAO=87;FDP=139;FR=.;FRO=52;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0170738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.292;QD=28.7077;RBI=0.0291628;REFB=-0.00332019;REVB=0.0236422;RO=52;SAF=50;SAR=37;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844463;STB=0.5456;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0015925;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:52:52:87:87:0.625899:37:50:36:16:37:50:36:16 chr6 101094554 . A G 526.37 PASS AF=0.504587;AO=53;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0131321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.834;QD=19.3162;RBI=0.0248515;REFB=-0.0207288;REVB=0.0210984;RO=54;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251912;STB=0.504853;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0147282;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:54:54:53:55:0.504587:26:27:29:25:26:29:29:25 chr6 101166095 . G A 280.25 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0147295;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.901;QD=11.0988;RBI=0.0147429;REFB=0.00156005;REVB=0.000628179;RO=66;SAF=19;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486344;STB=0.528061;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00246823;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:66:66:35:35:0.346535:16:19:33:33:16:19:33:33 chr6 101296389 . G A 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00290834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.01;QD=17.8975;RBI=0.00294727;REFB=5.16355e-05;REVB=-0.000477476;RO=51;SAF=13;SAR=30;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214926;STB=0.620631;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-6.77237e-05;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:30:13:26:25:30:13:26:25 chr6 101405050 . T G 224.85 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00492314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.473;QD=15.2443;RBI=0.00746571;REFB=-0.00197011;REVB=-0.00561245;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351646;STB=0.530003;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00256973;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:12:13:16:17:12:14:16:17 chr6 102307204 . T C 648.53 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00445977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.687;QD=27.5972;RBI=0.00921566;REFB=0.00319467;REVB=0.00806467;RO=37;SAF=29;SAR=28;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161073;STB=0.508769;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00154713;OID=.;OPOS=102307204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:28:29:18:19:28:29:18:19 chr6 105300262 . C CAG,G 255.11 PASS AF=0.36,0.52;AO=7,13;DP=26;FAO=9,13;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=5,4;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0183715,0.0225615;FXX=0.0740466;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=203.853,76.5316;QD=40.8171;RBI=0.0184499,0.0491649;REFB=0.000935522,0.00201935;REVB=0.00169845,0.0436826;RO=3;SAF=4,4;SAR=3,9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.288883,0.129286;STB=0.636074,0.571326;STBP=0.17,0.33;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0076526,0.0246906;OID=.,.;OPOS=105300263,105300262;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:26:25:3:3:7,13:9,13:0.36,0.52:3,9:4,4:0:3:4,9:5,4:0:3 chr6 105307435 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.897;QD=39.2067;RBI=0.0607336;REFB=0;REVB=0.0260854;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337646;OID=.;OPOS=105307435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 105526774 . G T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0193557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.496;QD=11.8306;RBI=0.0384464;REFB=-0.000263603;REVB=0.0332187;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334483;STB=0.702709;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00041348;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:2:9:10:8:2:9:10:8 chr6 105530994 . GTA G 353.26 PASS AF=0.41;AO=35;DP=103;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00649889;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.754;QD=14.1306;RBI=0.00805611;REFB=-0.00368798;REVB=-0.00476081;RO=59;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124665;STB=0.581876;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=0.00765137;OID=.;OPOS=105530995;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41:35:103:41:100:59:20:21:37:22:99:59:18:17:37:22 chr6 105726036 . C T 1511.1 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425544;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.729;QD=59.8456;RBI=0.0150403;REFB=0;REVB=-0.0144257;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84176e-05;OID=.;OPOS=105726036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr6 105776792 . G A 362.06 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0247836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7524;QD=15.4069;RBI=0.0247934;REFB=-0.00925287;REVB=-0.000694334;RO=54;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359687;STB=0.513037;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0123909;OID=.;OPOS=105776792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:24:15:19:35:24:15:20:35 chr6 105850712 . A G 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=-0.0162779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.626;QD=12.07;RBI=0.021229;REFB=-0.0104514;REVB=0.0136272;RO=43;SAF=22;SAR=4;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631416;STB=0.532232;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0165366;OID=.;OPOS=105850712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:4:22:35:8:4:22:36:8 chr6 106352349 . T C 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00920622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.964;QD=25.8983;RBI=0.0478883;REFB=-0.00954994;REVB=0.046995;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924929;STB=0.505121;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00687459;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:10:11:15:13:10:11 chr6 106556784 . A G 658.55 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00797997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.75;QD=19.9561;RBI=0.016945;REFB=-0.00340149;REVB=0.0149484;RO=66;SAF=31;SAR=34;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295894;OID=.;OPOS=106556784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:66:66:65:66:0.5:34:31:32:34:34:32:32:34 chr6 106731487 . G A 243.53 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0116453;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.098;QD=14.9864;RBI=0.0178106;REFB=-0.00122072;REVB=-0.0134761;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302787;STB=0.6717;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00136144;OID=.;OPOS=106731487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:23:14:19:9:23:14 chr6 106959936 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.458;QD=49.5992;RBI=0.0436703;REFB=0;REVB=-0.00667155;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102739;OID=.;OPOS=106959936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 106959999 . C G 204.77 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00943689;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.674;QD=39.0042;RBI=0.0438788;REFB=-0.0359267;REVB=0.042852;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.508371;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000561014;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:21:21:1:3:18:18:0.857143:11:7:0:1:11:7:1:2 chr6 106987370 . A C 1755.06 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00705316;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.997;QD=60.0022;RBI=0.027701;REFB=-0.0177725;REVB=0.026788;RO=1;SAF=46;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102112;STB=0.505262;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=6.53997e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:69:46:1:0:69:47:1:0 chr6 106992464 . A G 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.266;QD=63.0525;RBI=0.0152625;REFB=0;REVB=0.0138809;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3598e-06;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr6 107076783 . A T 769.94 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.68;QD=57.0324;RBI=0.0430366;REFB=0;REVB=0.0352398;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475873;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr6 107113715 . G A 559.05 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0279787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.577;QD=17.4704;RBI=0.0397632;REFB=-0.0179512;REVB=0.0282543;RO=69;SAF=29;SAR=30;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119061;STB=0.500662;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0186198;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:30:29:34:35:30:29:34:35 chr6 107351293 . G T 231.52 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0208324;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.891;QD=22.5872;RBI=0.0968181;REFB=-0.0227794;REVB=-0.0945503;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231539;STB=0.630416;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0209825;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:22:22:0.536585:16:6:10:9:16:6:10:9 chr6 107388504 . C T 1877.81 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.906;QD=61.5676;RBI=0.00510264;REFB=0;REVB=-0.00365346;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67739e-07;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:66:56:0:0:66:56:0:0 chr6 107391396 . G A 583.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4536;QD=59.8737;RBI=0.0664117;REFB=0;REVB=-0.00145608;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155503;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr6 107420516 . A C 715.03 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00783435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.208;QD=60.8535;RBI=0.00877339;REFB=-0.0591687;REVB=-0.00394911;RO=1;SAF=9;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000123521;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:37:9:1:0:37:9:1:0 chr6 107454303 . A C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00198347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.756;QD=23.0883;RBI=0.00776324;REFB=0.00603273;REVB=-0.00750558;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201284;STB=0.612875;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00514273;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:10:8:15:7:10:8 chr6 107565060 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.751;QD=57.0007;RBI=0.0918328;REFB=0;REVB=0.0169311;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296542;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr6 107980406 . A T 296.86 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0170545;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.304;QD=15.4213;RBI=0.0194584;REFB=-0.00477981;REVB=0.00936879;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382793;STB=0.521623;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0116223;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:16:17:21:23:16:17:21:23 chr6 108026146 . C T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00928921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.601;QD=20.892;RBI=0.0114951;REFB=-0.0130989;REVB=0.00677113;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940809;STB=0.552174;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.010875;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:13:19:13:14:13:19:13:14 chr6 108026317 . G T 546.39 PASS AF=0.421429;AO=56;DP=137;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0165312;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.048;QD=15.6112;RBI=0.0332491;REFB=-0.0108093;REVB=0.0288482;RO=79;SAF=15;SAR=41;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137039;STB=0.583681;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0159036;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:79:81:56:59:0.421429:41:15:30:49:43:16:32:49 chr6 108026402 . A C 588.18 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0192695;FXX=0.00840265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.965;QD=19.9383;RBI=0.0195846;REFB=-0.0109956;REVB=-0.0034988;RO=57;SAF=8;SAR=51;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222658;STB=0.623953;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0092542;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:58:59:60:0.508475:51:8:16:41:52:8:16:42 chr6 108026455 . A G 552.02 PASS AF=0.586207;AO=48;DP=85;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00651796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.037;QD=25.3801;RBI=0.0156122;REFB=-0.0196443;REVB=0.0141865;RO=36;SAF=9;SAR=39;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191538;STB=0.612277;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0202345;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:36:36:48:51:0.586207:39:9:13:23:42:9:13:23 chr6 108224191 . G A 501.34 PASS AF=0.482143;AO=52;DP=110;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00629154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.837;QD=17.905;RBI=0.0113176;REFB=-0.00636094;REVB=-0.00940766;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970873;STB=0.50704;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00933882;OID=.;OPOS=108224191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:53:58:52:54:0.482143:23:29:29:24:24:30:33:25 chr6 108233929 . G A 697.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110683;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.607;QD=56.8994;RBI=0.0122564;REFB=0;REVB=0.00526422;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109312;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:18:31:0:0 chr6 108277287 . C A 2685.14 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141681;FXX=0.0225976;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.391;QD=62.0842;RBI=0.0377362;REFB=-0.053335;REVB=0.0349755;RO=1;SAF=63;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148001;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:173:1:0:173:173:1:110:63:0:1:110:63:0:0 chr6 108306914 . G A 229.06 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0234592;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.256;QD=18.6985;RBI=0.0239457;REFB=-0.0119559;REVB=-0.0048024;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127841;STB=0.548405;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.024781;OID=.;OPOS=108306914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:26:21:23:0.469388:11:10:9:17:13:10:9:17 chr6 109201129 . A C 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.012758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.772;QD=28.0215;RBI=0.0880587;REFB=-0.00503281;REVB=0.0871296;RO=19;SAF=23;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387122;STB=0.715059;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00297122;OID=.;OPOS=109201129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:6:23:6:13:6:23:6:13 chr6 109583186 . A G 668.26 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.015382;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.741;QD=21.0475;RBI=0.0162226;REFB=0.0172614;REVB=-0.00515431;RO=62;SAF=29;SAR=37;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179505;STB=0.514455;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0156009;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:62:61:66:66:0.519685:37:29:26:36:37:29:25:36 chr6 109586062 . C T 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.093;QD=64.019;RBI=0.0137062;REFB=0;REVB=0.00874453;RO=0;SAF=73;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05839e-05;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:25:73:0:0:25:73:0:0 chr6 109591433 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.005;QD=49.5991;RBI=0.07535;REFB=0;REVB=-0.0192797;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445181;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 109615603 . G T 799.64 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0139816;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.189;QD=20.244;RBI=0.0194818;REFB=-0.00398357;REVB=0.0135667;RO=77;SAF=32;SAR=49;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778013;STB=0.542773;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0042605;OID=.;OPOS=109615603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:77:77:81:81:0.512658:49:32:37:40:49:32:37:40 chr6 109616762 . A G 552.85 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.00797659;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.231;QD=14.7426;RBI=0.0235174;REFB=-0.0267801;REVB=-0.0221234;RO=88;SAF=26;SAR=36;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110336;STB=0.506193;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0444792;OID=.;OPOS=109616762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:88:88:62:62:0.413333:36:26:36:52:36:26:36:52 chr6 109621493 . AT A,AC 1241.86 PASS AF=0.0493827,0.950617;AO=27,53;DP=83;FAO=4,77;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=1,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1444,0.160793;FXX=0.0240935;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.242,127.258;QD=61.3264;RBI=0.144671,0.168625;REFB=0,0;REVB=-0.00884976,-0.0507934;RO=1;SAF=27,2;SAR=0,51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.186512;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00516052,0.00329601;OID=.,.;OPOS=109621494,109621494;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0493827,0.950617:27,53:83:4,77:81:0:3,27:1,50:0:0:10:1:27,2:0,51:1:0 chr6 109669704 . G A 822.32 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=4.36566e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.357;QD=18.1728;RBI=0.0128782;REFB=-0.0120337;REVB=0.0128781;RO=92;SAF=34;SAR=51;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753938;STB=0.554041;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0120222;OID=.;OPOS=109669704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:96:85:85:0.469613:51:34:44:48:51:34:48:48 chr6 109674055 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0114837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.024;QD=21.265;RBI=0.0289006;REFB=-0.0124117;REVB=-0.0265211;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467648;STB=0.52629;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00880669;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:8:10:10:10:8:10 chr6 109689431 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.378;QD=57.8841;RBI=0.0099978;REFB=0;REVB=-0.00723907;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90659e-07;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr6 109689681 . T C 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0125796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.077;QD=17.6837;RBI=0.0158816;REFB=-0.0109509;REVB=0.00969433;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171871;STB=0.597495;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00998978;OID=.;OPOS=109689681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:9:17:10:11:9:17 chr6 109713896 . G T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0110758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3849;QD=14.6973;RBI=0.0199993;REFB=-0.00131282;REVB=0.0166523;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244127;STB=0.514005;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00259578;OID=.;OPOS=109713896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:15:15:11:10:15:15 chr6 109761437 . A G 654.98 PASS AF=0.883333;AO=52;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0212473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.0905;QD=43.6654;RBI=0.0802971;REFB=-0.077703;REVB=0.077435;RO=8;SAF=5;SAR=47;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100369;STB=0.559044;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0109031;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:8:7:52:53:0.883333:47:5:2:6:48:5:2:5 chr6 109761545 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00608131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.316;QD=32.3683;RBI=0.0340884;REFB=-0.0114513;REVB=-0.0335415;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097715;STB=0.55437;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00463564;OID=.;OPOS=109761545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:5:8:1:2:5:8:1:2 chr6 109762600 . A C 119.42 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00524398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7119;QD=5.08156;RBI=0.0358368;REFB=-0.00978602;REVB=-0.0354511;RO=70;SAF=14;SAR=5;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210464;STB=0.654999;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0340741;OID=.;OPOS=109762600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:70:75:19:19:0.202128:5:14:41:29:5:14:42:33 chr6 109763947 . TC T 173.91 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=-0.0661178;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.1343;QD=10.8691;RBI=0.107558;REFB=-0.00413254;REVB=0.0848356;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=3;SRR=32;SSEN=0.423729;SSEP=0;SSSB=0.337403;STB=0.673926;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.0064455;OID=.;OPOS=109763948;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:29:64:30:64:34:11:19:3:31:99:35:11:18:3:32 chr6 109764535 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.847;QD=57.1775;RBI=0.020476;REFB=0;REVB=-0.0200551;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09321e-05;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr6 109767930 . GC TC,TT 1332.72 PASS AF=0.455556,0.544444;AO=41,41;DP=82;FAO=41,49;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=17,16;FSAR=24,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112812,-0.00231281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=91.3146,192.954;QD=59.232;RBI=0.01422,0.0252913;REFB=0,0;REVB=0.00865697,0.0251853;RO=0;SAF=17,16;SAR=24,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.2194e-08,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00149301,0.00390709;OID=.,.;OPOS=109767930,109767930;OREF=G,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:90:0:0:41,41:41,49:0.455556,0.544444:24,25:17,16:0:0:24,33:17,16:0:0 chr6 109768295 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.709;QD=60.2305;RBI=0.0305635;REFB=0;REVB=0.0243646;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327607;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 109775366 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0632521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.239;QD=17.6172;RBI=0.0638179;REFB=-0.0188878;REVB=0.00847966;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228265;STB=0.629517;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.018664;OID=.;OPOS=109775366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:17:7:14:13:17:7:14:13 chr6 109775436 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.527;QD=48.7373;RBI=0.0081707;REFB=0;REVB=0.00259903;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40947e-05;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 109827716 . C T 565.99 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.000604316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7552;QD=27.2765;RBI=0.0248853;REFB=-0.0450375;REVB=-0.024878;RO=32;SAF=16;SAR=35;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100721;STB=0.500549;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0437181;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:35:16:10:22:35:16:10:22 chr6 109837229 . C T 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0198886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.366;QD=15.6166;RBI=0.0221007;REFB=-0.0175159;REVB=0.00963765;RO=54;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823939;STB=0.546437;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0298692;OID=.;OPOS=109837229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:20:19:22:32:20:19:22:32 chr6 109885475 . G A 510.17 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000257049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.899;QD=23.729;RBI=0.00672537;REFB=-0.0161661;REVB=0.00672046;RO=38;SAF=13;SAR=35;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164089;STB=0.590511;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0110134;OID=.;OPOS=109885475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:35:13:17:21:35:13:17:21 chr6 109906329 . GCTT G 377.06 PASS AF=0.679245;AO=15;DP=54;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.011926;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.297;QD=28.4574;RBI=0.0119607;REFB=-0.0336103;REVB=-0.00091014;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163157;STB=0.527411;STBP=0.611;TYPE=del;VARB=0.011597;OID=.;OPOS=109906330;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.679245:15:54:36:53:17:20:16:8:9:99:11:11:4:6:5 chr6 109935484 . G A 770.61 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0108587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7779;QD=19.6335;RBI=0.0129093;REFB=-0.00205767;REVB=0.00698133;RO=78;SAF=40;SAR=39;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751288;STB=0.541314;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00193902;OID=.;OPOS=109935484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:78:79:79:0.503185:39:40:33:45:39:40:33:45 chr6 109935606 . A G 436.58 PASS AF=0.433628;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.0124426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.148;QD=15.4541;RBI=0.0185397;REFB=-0.0149087;REVB=-0.0137441;RO=62;SAF=33;SAR=15;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026268;STB=0.529745;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0183475;OID=.;OPOS=109935606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:64:48:49:0.433628:15:33:44:18:16:33:46:18 chr6 109954252 . C A,T 1021.08 PASS AF=0.056338,0.943662;AO=5,65;DP=70;FAO=4,67;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426264,-0.00580447;FXX=0.0273935;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.668,104.66;QD=57.5254;RBI=0.00513111,0.0111692;REFB=0,0;REVB=0.00285626,0.00954245;RO=0;SAF=1,33;SAR=4,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0353673,0.00464984;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:70:71:0:0:5,65:4,67:0.056338,0.943662:4,32:1,33:0:0:3,34:1,33:0:0 chr6 110022962 . G T 283.89 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0122966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.168;QD=15.9937;RBI=0.0156416;REFB=-0.00397507;REVB=0.00966718;RO=39;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359616;STB=0.514277;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00543026;OID=.;OPOS=110022962;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:23:8:9:30:24:8:9:30 chr6 110074396 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0052962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.394;QD=22.5856;RBI=0.0433946;REFB=-0.00257492;REVB=-0.0430702;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23253;STB=0.63135;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.002056;OID=.;OPOS=110074396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:1:5:5:6:1:5 chr6 110098129 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0449114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.952;QD=10.941;RBI=0.0460354;REFB=0.00271501;REVB=0.0101108;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202063;STB=0.621079;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00344439;OID=.;OPOS=110098129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:11:9:7:4:11:9 chr6 110106234 . A G 486.23 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00736432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.602;QD=21.3727;RBI=0.0109116;REFB=-0.0194219;REVB=-0.0080517;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231811;STB=0.518511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0223424;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:44:46:47:0.516484:26:20:18:26:26:21:18:26 chr6 110107517 . T C 574.72 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0113156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3165;QD=19.6487;RBI=0.017044;REFB=-0.0276866;REVB=0.0127458;RO=58;SAF=26;SAR=33;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884969;STB=0.548735;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0227703;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:33:26:20:38:33:26:20:38 chr6 110146303 . G A 304.45 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0219358;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.55;QD=12.0576;RBI=0.0220027;REFB=-0.0371118;REVB=0.00171462;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233394;STB=0.53775;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0207518;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:45:60:34:34:0.336634:19:15:10:35:19:15:23:37 chr6 110421361 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0411;QD=58.4196;RBI=0.0141953;REFB=0;REVB=-0.0124239;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73251e-05;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr6 110746526 . T C 458.57 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00587964;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2208;QD=16.9839;RBI=0.0110772;REFB=-0.0148626;REVB=0.00938792;RO=58;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386595;STB=0.521537;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0174617;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:58:50:50:0.462963:27:23:29:29:27:23:29:29 chr6 110746545 . T G 449.29 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0229316;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0591;QD=16.9544;RBI=0.0276751;REFB=-0.00655998;REVB=0.0154937;RO=57;SAF=22;SAR=27;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578855;STB=0.532264;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00649506;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:27:22:29:28:27:22:29:28 chr6 110763875 . A G 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0143919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.625;QD=22.8643;RBI=0.0148184;REFB=0.00713294;REVB=0.00352962;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100955;STB=0.555525;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00357867;OID=.;OPOS=110763875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:18:18:17:10:18:18:17:10 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 903.36 PASS AF=0.815385,0.107692;AO=47,8;DP=62;FAO=53,7;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=41,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766071,0.0540765;FXX=0.0151492;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=158.799,112.96;QD=55.5911;RBI=0.0772128,0.0548028;REFB=0,0;REVB=0.00965234,0.00889241;RO=0;SAF=6,4;SAR=41,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.19087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0140655,-0.0171473;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:62:65:0:0:47,8:53,7:0.815385,0.107692:41,4:6,4:0:0:41,4:12,3:0:0 chr6 110797713 . C T 649.35 PASS AF=0.791045;AO=53;DP=67;FAO=53;FDP=67;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000476579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.859;QD=38.7674;RBI=0.00599111;REFB=-0.0199735;REVB=0.00597213;RO=13;SAF=10;SAR=43;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280493;STB=0.646555;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00245219;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:13:14:53:53:0.791045:43:10:10:3:43:10:10:4 chr6 110964409 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00944632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.839;QD=18.7119;RBI=0.0412738;REFB=0.00253172;REVB=-0.0401782;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302987;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00286884;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:11:8:7:11:11:8 chr6 111280038 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.159969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.317;QD=51.5087;RBI=0.161213;REFB=-0.0612569;REVB=0.0199919;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0019825;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:0:1:16:10:0:1 chr6 111283592 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.185;QD=47.8223;RBI=0.0391725;REFB=0;REVB=-0.0368934;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624376;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 111587266 . T C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00293605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.307;QD=18.3163;RBI=0.0234309;REFB=-0.00394784;REVB=-0.0232462;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906112;STB=0.550536;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00367389;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:18:21:19:24:18:21:19:24 chr6 111589293 . A C 304.71 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00464255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7563;QD=26.4963;RBI=0.0658228;REFB=-0.0443932;REVB=0.0656589;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108272;STB=0.554416;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0276461;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:17:19:27:27:0.586957:15:12:5:12:15:12:6:13 chr6 111620758 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0148423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.923;QD=25.2443;RBI=0.0160112;REFB=-0.0109231;REVB=0.00600536;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100176;STB=0.555516;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00666233;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:15:13:13:9:15:13:13:9 chr6 111695073 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0100829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.446;QD=20.2689;RBI=0.0201827;REFB=-0.0129932;REVB=-0.0174836;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210139;STB=0.61787;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0150348;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:15:6:11:10:15:6 chr6 111695268 . C T 481.7 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0112476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.063;QD=17.3587;RBI=0.019789;REFB=-0.0210403;REVB=-0.0162818;RO=59;SAF=20;SAR=32;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230418;STB=0.62805;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0256907;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:32:20:37:22:32:20:37:22 chr6 111696257 . G A 714.12 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00276967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0024;QD=22.4921;RBI=0.0104979;REFB=0.0116589;REVB=0.010126;RO=58;SAF=24;SAR=45;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744385;STB=0.540827;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.011069;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:69:69:0.543307:45:24:25:33:45:24:25:33 chr6 111696852 . T C 183.83 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.0623136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4663;QD=17.9343;RBI=0.0680652;REFB=-0.0087155;REVB=-0.0273842;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257192;STB=0.643788;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0107794;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:19:3:7:12:19:3 chr6 111901453 . G T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.313;QD=60.3765;RBI=0.0202368;REFB=0;REVB=-0.0185878;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95309e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr6 112382313 . G T 440.58 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00903749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.923;QD=21.4917;RBI=0.0266435;REFB=-0.0296109;REVB=0.025064;RO=37;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578158;STB=0.519654;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0217235;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:38:43:44:0.536585:25:18:18:19:25:19:18:20 chr6 112408610 . T C 270.9 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.00536348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.576;QD=12.1752;RBI=0.0171256;REFB=-0.0133926;REVB=-0.016264;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194616;STB=0.611086;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0201883;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:17:15:17:40:17:15:17:40 chr6 112435912 . A T 535.64 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0165384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5847;QD=21.0054;RBI=0.0867238;REFB=-0.00928313;REVB=0.0851322;RO=48;SAF=25;SAR=28;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646001;STB=0.507656;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00884687;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:48:53:54:0.529412:28:25:23:25:29:25:23:25 chr6 112457383 . G C 533.49 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0121295;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8976;QD=16.6714;RBI=0.046874;REFB=-0.0505887;REVB=-0.0452774;RO=66;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385423;STB=0.521184;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0535837;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:66:71:57:57:0.445312:35:22:28:38:35:22:30:41 chr6 112457390 . C T 1917.62 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00662291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.487;QD=60.8767;RBI=0.0149743;REFB=-0.0487156;REVB=-0.0134301;RO=1;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646475;STB=0.503401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000914448;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:73:52:0:1:73:52:0:1 chr6 112471688 . G C 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0307279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8416;QD=18.0206;RBI=0.0322656;REFB=-0.0280357;REVB=-0.00984224;RO=51;SAF=32;SAR=18;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314643;STB=0.536371;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.031236;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:54:50:50:0.480769:18:32:31:20:18:32:31:23 chr6 112493872 . A G 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.913;QD=62.6712;RBI=0.00989907;REFB=0;REVB=-0.000401934;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79558e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:72:61:0:0:72:61:0:0 chr6 112512905 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.009529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.58;QD=18.4271;RBI=0.0104589;REFB=0.0037263;REVB=0.00431124;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958236;STB=0.553534;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00360286;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:11:17:14:14:11:17 chr6 112671611 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.000425736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3504;QD=15.7844;RBI=0.0148431;REFB=0.00304091;REVB=-0.014837;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00598511;OID=.;OPOS=112671611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:6:10:8:6:7:10 chr6 112671813 . A C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0025295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.695;QD=22.6;RBI=0.0025319;REFB=-0.0041969;REVB=0.000110115;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214014;STB=0.619615;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0045997;OID=.;OPOS=112671813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:7:13:9:14:7:13 chr6 112672155 . C A 213.46 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0221856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.833;QD=12.7442;RBI=0.0254668;REFB=0.00431863;REVB=0.0125043;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132922;STB=0.602895;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0190757;OID=.;OPOS=112672155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:41:25:26:0.38806:17:8:17:22:18:8:19:22 chr6 112672198 . CAG C 239.94 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0147088;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.172;QD=16.2674;RBI=0.0154865;REFB=-0.0257082;REVB=-0.00484612;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227581;STB=0.627557;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0178787;OID=.;OPOS=112672199;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:27:61:27:59:32:14:13:9:23:99:32:14:13:9:23 chr6 114378970 . C T 335.96 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0296237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3648;QD=19.7622;RBI=0.031702;REFB=-0.0055648;REVB=0.0112894;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790486;STB=0.528951;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00173313;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:33:34:35:0.514706:18:16:19:15:18:17:18:15 chr6 116262976 . G A 718.61 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.658;QD=56.3615;RBI=0.0154651;REFB=0;REVB=0.0077779;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65085e-05;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:47:51:1:32:15:0:0:33:18:0:0 chr6 116263181 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.571;QD=56.1916;RBI=0.0580007;REFB=0;REVB=0.0577618;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214501;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr6 116325142 . CG TA,TG 937.46 PASS AF=0.0461538,0.953846;AO=3,61;DP=65;FAO=3,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=3,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343862,-0.010163;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=102.307,213.014;QD=57.6896;RBI=0.00345811,0.0158231;REFB=0,0;REVB=0.000366623,0.0121279;RO=0;SAF=0,25;SAR=3,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0309098,0.00162439;OID=.,.;OPOS=116325142,116325142;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:65:0:0:3,61:3,62:0.0461538,0.953846:3,36:0,25:0:0:3,37:0,25:0:0 chr6 116441646 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.897;QD=56.9569;RBI=0.0180318;REFB=0;REVB=0.00549017;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53908e-05;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr6 116446576 . A G 3540.77 PASS AF=1;AO=223;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125234;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.959;QD=62.3924;RBI=0.012531;REFB=0;REVB=-0.000434568;RO=0;SAF=97;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15798e-05;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:223:227:1:126:97:0:0:126:101:0:0 chr6 116575083 . C A 1394.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.994;QD=62.6672;RBI=0.0928573;REFB=0;REVB=0.00383069;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255986;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr6 116600465 . T C,TCAC 190.07 PASS AF=0.1,0.8;AO=2,14;DP=20;FAO=2,16;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=2,12;FSAR=0,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.135606,0.0117978;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=39.0051,159.632;QD=38.0138;RBI=0.168839,0.0427197;REFB=-0.0955134,-0.0861973;REVB=0.100588,0.0410583;RO=3;SAF=2,11;SAR=0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.10908;STB=0.5,0.538415;STBP=1,0.497;TYPE=snp,ins;VARB=0.1616,0.0106393;OID=.,.;OPOS=116600465,116600466;OREF=T,-;OALT=C,CAC;OMAPALT=C,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:20:20:3:2:2,14:2,16:0.1,0.8:0,3:2,11:3:0:0,4:2,12:2:0 chr6 116757557 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0884;QD=43.4859;RBI=0.0462214;REFB=0;REVB=-0.0102818;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181183;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 116784850 . C G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0112075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.546;QD=35.1474;RBI=0.0130855;REFB=-0.0287162;REVB=0.00675446;RO=4;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102057;STB=0.505611;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00597265;OID=.;OPOS=116784850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:8:9:2:2:8:9:2:2 chr6 116875427 . G A 1795.23 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.498;QD=59.3464;RBI=0.0426432;REFB=-0.138153;REVB=0.0130432;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.505154;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000417473;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:121:0:1:119:120:0.991736:72:47:0:0:72:48:1:0 chr6 116875504 . A G 350.19 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0679163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4985;QD=28.0151;RBI=0.0685401;REFB=-0.0220603;REVB=0.0092262;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100209;STB=0.555061;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0129506;OID=.;OPOS=116875504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:6:14:17:13:6:14 chr6 116950833 . T C 191.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0388272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4666;QD=14.7538;RBI=0.0517449;REFB=-0.0433971;REVB=-0.034205;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702579;STB=0.519213;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0553164;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:30:22:22:0.423077:11:11:12:16:11:11:14:16 chr6 117121894 . G A 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.122;QD=59.1399;RBI=0.0349072;REFB=0;REVB=-0.0190708;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127491;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr6 117127757 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00500367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.697;QD=12.0712;RBI=0.00860716;REFB=-0.00329758;REVB=-0.00700332;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216507;STB=0.624896;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00374633;OID=.;OPOS=117127757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:17:23:9:15:17:23 chr6 117243260 . T C 431.64 PASS AF=0.444444;AO=49;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00790681;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.304;QD=15.9866;RBI=0.00863246;REFB=-0.00911208;REVB=-0.00346435;RO=57;SAF=25;SAR=24;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119754;STB=0.576006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0123704;OID=.;OPOS=117243260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:60:49:48:0.444444:24:25:22:35:23:25:23:37 chr6 117244374 . T C 635.86 PASS AF=0.42515;AO=70;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=0.0342915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.412;QD=15.2302;RBI=0.0417448;REFB=-0.00865189;REVB=0.0238059;RO=97;SAF=29;SAR=41;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080576;STB=0.553394;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0118061;OID=.;OPOS=117244374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:97:96:70:71:0.42515:41:29:33:64:41:30:32:64 chr6 117246719 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00572302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.048;QD=18.5415;RBI=0.0116902;REFB=-0.00198464;REVB=-0.0101936;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038176;STB=0.521273;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00216669;OID=.;OPOS=117246719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:21:14:15:19:21:14 chr6 117248218 . T C 234.09 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0011121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.286;QD=13.0048;RBI=0.0202967;REFB=-0.0154731;REVB=0.0202662;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139084;STB=0.507962;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0239215;OID=.;OPOS=117248218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:15:13:21:23:15:13:21:23 chr6 117252672 . C A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0570223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3375;QD=16.0289;RBI=0.0705283;REFB=0.00502207;REVB=-0.0415054;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127101;STB=0.578066;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00973784;OID=.;OPOS=117252672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:8:21:15:10:8:22 chr6 117589645 . C G 370.05 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0501591;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2311;QD=17.0137;RBI=0.0545112;REFB=0.00368441;REVB=-0.0213432;RO=49;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179373;STB=0.606273;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00584778;OID=.;OPOS=117589645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:48:39:39:0.448276:16:23:20:29:16:23:19:29 chr6 117642418 . A C 285.94 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0270921;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.595;QD=17.8713;RBI=0.0273361;REFB=-0.018754;REVB=0.00364397;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461717;STB=0.502584;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0181861;OID=.;OPOS=117642418;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:19:14:13:18:19:14 chr6 117649988 . T C 557.9 PASS AF=0.453846;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00713958;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.737;QD=17.1662;RBI=0.0286875;REFB=-0.00576635;REVB=0.0277849;RO=71;SAF=15;SAR=43;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188211;STB=0.608256;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00861242;OID=.;OPOS=117649988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:71:71:58:59:0.453846:43:15:30:41:44:15:30:41 chr6 117662682 . A G 510.99 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.00596353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5168;QD=15.4845;RBI=0.00598195;REFB=-0.021695;REVB=0.000469149;RO=76;SAF=26;SAR=30;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127778;STB=0.571404;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0285135;OID=.;OPOS=117662682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:30:26:26:50:30:26:26:50 chr6 117717348 . T C 566.35 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00847012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.03;QD=21.3717;RBI=0.00877552;REFB=-0.00290478;REVB=0.00229494;RO=49;SAF=27;SAR=30;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135828;STB=0.50746;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0024043;OID=.;OPOS=117717348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:30:27:24:25:30:27:24:25 chr6 118881822 . C T 675.51 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0345579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.277;QD=18.8953;RBI=0.0353424;REFB=-0.0137989;REVB=-0.00740505;RO=75;SAF=34;SAR=34;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631375;STB=0.503495;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0185839;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:34:34:38:37:34:34:38:37 chr6 118886961 . G T 173.59 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0525103;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.818;QD=11.3829;RBI=0.0560588;REFB=-0.00942932;REVB=-0.0196279;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100342;STB=0.550634;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0140406;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:39:22:22:0.360656:13:9:19:19:13:9:19:20 chr6 118973953 . A G 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0163832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.073;QD=26.6164;RBI=0.0180185;REFB=0.00342985;REVB=-0.00750052;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764456;STB=0.542295;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00313683;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:18:11:10:11:18:11:10:11 chr6 119149149 . C G 769.66 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.297;QD=57.0115;RBI=0.00749964;REFB=0;REVB=0.000545656;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57093e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr6 119510941 . C A 1293.9 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0149569;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=121.511;QD=57.5067;RBI=0.0149868;REFB=-0.0819581;REVB=-0.000945877;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101887;STB=0.509618;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00040369;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:1:4:86:86:0.955556:40:46:1:0:40:46:3:1 chr6 120583498 . G A 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0235548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3544;QD=4.8544;RBI=0.0318016;REFB=-0.00708218;REVB=-0.0213662;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043134;STB=0.528843;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0073704;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:3:4:15:13:3:4:15:13 chr6 120583501 . T G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0393651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.409;QD=5.57563;RBI=0.0393767;REFB=0.00269869;REVB=0.000956625;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845626;STB=0.555396;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00995691;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:12:12:3:4:12:12 chr6 120583509 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0157774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.414;QD=6.26146;RBI=0.0158307;REFB=0.00200958;REVB=0.00129843;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164658;STB=0.605762;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00657211;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:9:12:3:4:9:12 chr6 120583521 . A T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0185271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.877;QD=6.57361;RBI=0.0402741;REFB=-0.00768896;REVB=-0.0357596;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2144;STB=0.635943;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.032002;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:5:11:3:3:5:11 chr6 120583526 . C G 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.000439979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.85;QD=6.57363;RBI=0.0247882;REFB=-0.00237448;REVB=0.0247843;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2144;STB=0.635943;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0031358;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:5:11:3:3:5:11 chr6 121451095 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9018;QD=58.1402;RBI=0.0444083;REFB=0;REVB=0.0219581;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197872;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 121620608 . G T 903.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.741;QD=58.259;RBI=0.0221837;REFB=0;REVB=-0.00253386;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28711e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:35:25:0:0:36:26:0:0 chr6 121632008 . T A 1293.68 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219175;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5734;QD=62.3459;RBI=0.0612341;REFB=0;REVB=0.0571773;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315989;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr6 121699975 . A G 452.08 PASS AF=0.517241;AO=40;DP=82;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00682004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.217;QD=20.7854;RBI=0.044992;REFB=-0.0185246;REVB=0.044472;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109697;STB=0.541777;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0186887;OID=.;OPOS=121699975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:42:42:40:45:0.517241:20:20:16:26:24:21:16:26 chr6 123066514 . T C 1356.41 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.109;QD=62.3635;RBI=0.0209139;REFB=0;REVB=0.013654;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25815e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:44:43:0:0 chr6 123066585 . G A 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6937;QD=60.5938;RBI=0.0924221;REFB=0;REVB=-0.0594628;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249578;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr6 123101646 . GA G,GG 314.93 PASS AF=1,0;AO=17,3;DP=28;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260889,-0.0295029;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.584,237.859;QD=52.4878;RBI=0.102977,0.102766;REFB=0,0;REVB=0.0996173,0.0984395;RO=8;SAF=6,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243173,0.819744;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00359412,0.0155127;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,3:28:24,0:24:0:9,0:15,0:0:0:4:8:6,3:11,0:0:8 chr6 123687288 . A C 1689.72 PASS AF=0.966667;AO=113;DP=121;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0127029;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.425;QD=56.3242;RBI=0.0143669;REFB=0.0423044;REVB=-0.00671146;RO=2;SAF=70;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133722;STB=0.503596;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.000699811;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:120:2:4:113:116:0.966667:43:70:2:0:46:70:2:2 chr6 123699019 . A C 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00316251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.963;QD=12.0244;RBI=0.0255958;REFB=0.00290112;REVB=0.0253997;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00410048;OID=.;OPOS=123699019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:11:9:6:6:11:9 chr6 123699042 . T C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0119692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.705;QD=26.399;RBI=0.0229178;REFB=-0.00719311;REVB=-0.0195439;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449281;OID=.;OPOS=123699042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:5:5:9:9:5:5 chr6 123702499 . G A 277.61 PASS AF=0.336735;AO=32;DP=97;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00286343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.615;QD=11.3308;RBI=0.0101118;REFB=-0.0199042;REVB=-0.00969789;RO=65;SAF=22;SAR=10;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282894;STB=0.648185;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0308234;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:65:65:32:33:0.336735:10:22:29:36:11:22:29:36 chr6 123758492 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.11;QD=58.2393;RBI=0.0115458;REFB=0;REVB=0.00414519;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2113e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr6 123833457 . G C 2312.13 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.55;QD=62.915;RBI=0.00843894;REFB=-0.0557287;REVB=0.00688952;RO=0;SAF=78;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000126983;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:0:1:146:146:0.993197:68:78:0:0:68:78:1:0 chr6 124759053 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0285763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8706;QD=19.1337;RBI=0.0352564;REFB=-0.058303;REVB=0.0206497;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0290952;OID=.;OPOS=124759053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr6 125573194 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.112;QD=58.6003;RBI=0.0230948;REFB=0;REVB=-0.00555245;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0789e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr6 125614100 . C A 320.19 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00069391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.72;QD=13.625;RBI=0.0112039;REFB=-6.9181e-05;REVB=-0.0111824;RO=57;SAF=19;SAR=17;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745761;STB=0.53629;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000108145;OID=.;OPOS=125614100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:58:36:36:0.382979:17:19:34:23:17:19:34:24 chr6 125614121 . C A 204.19 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0126643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.508;QD=10.8903;RBI=0.0129033;REFB=-0.0160988;REVB=0.00247222;RO=49;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962673;STB=0.510003;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0350431;OID=.;OPOS=125614121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:49:25:26:0.346667:10:15:29:20:11:15:29:20 chr6 126080844 . AGC AG,CAG 176.71 PASS AF=0.826087,0;AO=12,3;DP=23;FAO=19,0;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=7,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.217248,-0.0965747;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=16.9281,15.8409;QD=30.7318;RBI=0.235596,0.10446;REFB=-0.0944641,-0.0292651;REVB=0.091153,0.0398146;RO=4;SAF=4,1;SAR=8,2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.64,0;SSSB=0.180145,0.413613;STB=0.571357,0.5;STBP=0.193,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.040971,0;OID=.,.;OPOS=126080846,126080844;OREF=C,AGC;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:23:23:4:4:12,3:19,0:0.826087,0:8,2:4,1:0:4:12,0:7,0:0:4 chr6 126101477 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0106353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.445;QD=21.12;RBI=0.0138374;REFB=0.00240462;REVB=0.0088524;RO=32;SAF=8;SAR=29;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173437;STB=0.596651;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00235325;OID=.;OPOS=126101477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:29:8:12:20:29:8:12:20 chr6 126278230 . G C 1899.01 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0347082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9926;QD=60.7685;RBI=0.0357546;REFB=-0.0808632;REVB=-0.0085869;RO=0;SAF=76;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00055922;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:48:76:0:0:48:76:0:1 chr6 127609691 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.867;QD=37.4885;RBI=0.0569455;REFB=0;REVB=-0.0316674;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111726;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 127611051 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0165206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.541;QD=17.7909;RBI=0.0414609;REFB=-0.000447572;REVB=0.0380273;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112646;STB=0.562791;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000992323;OID=.;OPOS=127611051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:23:10:13:18:23:10 chr6 127768472 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.275;QD=62.0213;RBI=0.0400588;REFB=0;REVB=0.0295742;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87623e-06;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:14:28:0:0 chr6 127797179 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00550351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.065;QD=21.6129;RBI=0.0169722;REFB=-0.016154;REVB=0.0160551;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933852;STB=0.552442;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0176726;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:12:11:9:15:12:11 chr6 127797374 . G A 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.306;QD=63.8859;RBI=0.00854125;REFB=0;REVB=-0.00824508;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30677e-05;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr6 128040839 . T C 316.57 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0165414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6273;QD=12.4144;RBI=0.0167654;REFB=-0.0138954;REVB=0.00273134;RO=64;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265401;STB=0.651086;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0265096;OID=.;OPOS=128040839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:15:23:23:41:15:23:23:41 chr6 128312033 . A G 328.81 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.056794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.35;QD=15.4734;RBI=0.0567951;REFB=-0.00723417;REVB=0.000352992;RO=49;SAF=9;SAR=27;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121998;STB=0.569302;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.018983;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:27:9:17:32:27:9:17:32 chr6 128388799 . G T 599.28 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=0.00480931;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.2919;QD=22.8298;RBI=0.0376747;REFB=0.0064153;REVB=0.0373665;RO=43;SAF=11;SAR=48;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000501629;STB=0.509147;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00338581;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:46:59:59:0.561905:48:11:8:35:48:11:8:38 chr6 128403745 . A G 1575.35 PASS AF=0.940171;AO=103;DP=113;FAO=110;FDP=117;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0512719;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6566;QD=53.8583;RBI=0.0576904;REFB=-0.0961029;REVB=0.0264455;RO=9;SAF=44;SAR=59;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877297;STB=0.533327;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00805862;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:113:117:9:7:103:110:0.940171:59:44:9:0:61:49:7:0 chr6 128934390 . G C 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00508459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.271;QD=23.488;RBI=0.0137268;REFB=-0.00309229;REVB=-0.0127504;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508125;STB=0.527934;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00211728;OID=.;OPOS=128934390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:15:19:15:9:15:19:15:9 chr6 129381026 . C A 1097.54 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0131912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.732;QD=54.1994;RBI=0.0136363;REFB=-0.00201253;REVB=0.00345561;RO=4;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154905;STB=0.513346;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000112432;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:81:4:5:76:76:0.938272:45:31:1:3:45:31:1:4 chr6 129635800 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00696273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3865;QD=19.4011;RBI=0.0073622;REFB=0.00904316;REVB=0.00239214;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193049;STB=0.606688;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00674595;OID=.;OPOS=129635800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:20:18:10:28:20:18:10:28 chr6 129722389 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.027;QD=57.6807;RBI=0.0329435;REFB=0;REVB=0.0311862;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01649e-05;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr6 129722425 . G A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8739;QD=59.426;RBI=0.0599596;REFB=0;REVB=0.0549266;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603284;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr6 129807714 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.536;QD=58.0598;RBI=0.0261736;REFB=0;REVB=0.0258454;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124612;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr6 129813053 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0265831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.957;QD=21.3767;RBI=0.0290549;REFB=-0.0160568;REVB=-0.0117273;RO=22;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118335;STB=0.566867;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0146038;OID=.;OPOS=129813053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:5:18:15:7:5:18:15:7 chr6 129814566 . G A 1734.32 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016967;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.722;QD=60.8535;RBI=0.0170154;REFB=0;REVB=-0.00128267;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36715e-06;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr6 129927014 . A G 1679.58 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.971;QD=59.4543;RBI=0.0375197;REFB=-0.0738282;REVB=0.0357416;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999396;STB=0.505262;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00060635;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:1:1:111:112:0.99115:64:47:1:0:65:47:1:0 chr6 130031215 . T C 1490.08 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6033;QD=58.4345;RBI=0.0675478;REFB=-0.117083;REVB=0.0622696;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00158087;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:102:0:1:98:101:0.990196:49:49:0:0:52:49:1:0 chr6 130374102 . C A 656.65 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.879;QD=61.0836;RBI=0.0639854;REFB=0;REVB=-0.0587884;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523688;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:30:11:0:0:31:12:0:0 chr6 130381246 . T C 1377.98 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.594;QD=62.6356;RBI=0.019823;REFB=0;REVB=0.0194659;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21308e-05;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:46:42:0:0 chr6 130537005 . G A 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00575496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.167;QD=17.5367;RBI=0.0130981;REFB=0.00445886;REVB=-0.011766;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744624;STB=0.541642;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00484565;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:16:22:17:17:16:22 chr6 130761804 . C T 1627.32 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199908;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.013;QD=60.2711;RBI=0.0224804;REFB=0;REVB=-0.0102828;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91678e-05;OID=.;OPOS=130761804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:67:40:0:0:67:41:0:0 chr6 131148737 . G A 747.13 PASS AF=0.525547;AO=71;DP=136;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00102124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.635;QD=21.8141;RBI=0.00288013;REFB=-0.015377;REVB=-0.002693;RO=65;SAF=19;SAR=52;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909453;STB=0.552205;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0130987;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:65:65:71:72:0.525547:52:19:23:42:53:19:23:42 chr6 131156102 . G T 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00166212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.319;QD=21.9744;RBI=0.0126136;REFB=-0.00168829;REVB=-0.0125036;RO=36;SAF=12;SAR=31;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15619;STB=0.58173;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00135509;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:31:12:16:20:31:12:16:21 chr6 131160876 . G T 1180.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.06;QD=60.5317;RBI=0.0605321;REFB=0;REVB=0.0597901;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14383e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:28:48:0:0:30:48:0:0 chr6 131603366 . AGT A 166.17 PASS AF=0.27381;AO=22;DP=85;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0239934;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.634;QD=7.91285;RBI=0.024219;REFB=-0.0137881;REVB=0.00329801;RO=60;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350707;STB=0.529755;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=0.0416635;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27381:22:85:23:84:61:10:13:29:32:99:60:10:12:29:31 chr6 132172368 . A C 379.56 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0100717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4391;QD=16.6837;RBI=0.0127384;REFB=0.00190465;REVB=0.00779915;RO=49;SAF=15;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960313;STB=0.566538;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00204862;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:51:40:40:0.43956:25:15:23:26:25:15:25:26 chr6 132212742 . A C 469.88 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0129926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.602;QD=15.7942;RBI=0.0242283;REFB=-0.0065113;REVB=0.02045;RO=67;SAF=19;SAR=33;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241588;STB=0.513508;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0108868;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:33:19:23:44:33:19:23:44 chr6 132212808 . C T 338.8 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00724924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1494;QD=15.2268;RBI=0.00837285;REFB=-0.00555294;REVB=-0.00418963;RO=52;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391628;STB=0.532442;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00975362;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:52:36:37:0.41573:23:13:17:35:23:14:17:35 chr6 132271952 . G C 768.37 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907278;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.195;QD=54.8832;RBI=0.0350031;REFB=-0.0105554;REVB=0.0338068;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020175;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:56:2:0:54:56:1:28:26:1:1:29:27:0:0 chr6 132271959 . T G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2728;QD=57.8837;RBI=0.0665469;REFB=0;REVB=-0.0294482;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826186;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr6 132271980 . T G 891.51 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.486;QD=57.5169;RBI=0.0881408;REFB=0;REVB=0.0628637;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102453;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:51:62:1:33:18:0:0:41:21:0:0 chr6 132713347 . G A 395.55 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0288786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.597;QD=34.3953;RBI=0.0290598;REFB=0.00456706;REVB=-0.0032403;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536228;STB=0.529229;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00165024;OID=.;OPOS=132713347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:19:13:7:7:19:13:7:7 chr6 132859609 . T A 1936.9 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.966;QD=61.0047;RBI=0.0367591;REFB=-0.0255051;REVB=0.0161678;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=9.79197e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:127:0:1:125:126:0.992126:68:57:0:0:68:58:1:0 chr6 132910612 . G A 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0081;QD=57.5404;RBI=0.0499454;REFB=0;REVB=0.0473809;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874426;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr6 132910634 . C T 785.01 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.085;QD=57.0915;RBI=0.0332737;REFB=0;REVB=0.0128991;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259044;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr6 132966279 . T C 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0077118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.942;QD=12.0698;RBI=0.0168605;REFB=-0.0104505;REVB=0.0149935;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262694;STB=0.65;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0181718;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:14:12:31:13:14:12:31:13 chr6 133015271 . T C 543.09 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00871331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.17;QD=16.8398;RBI=0.0138139;REFB=-0.00123846;REVB=-0.0107193;RO=71;SAF=24;SAR=34;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930983;STB=0.55193;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00180965;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:34:24:36:35:34:24:36:35 chr6 133035098 . G A 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0067784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=12.11;RBI=0.00910334;REFB=0.00797701;REVB=0.00607651;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128726;STB=0.573944;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0131349;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:15:16:22:33:15:16:22:33 chr6 133045812 . G A 577.66 PASS AF=0.423841;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0242011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.899;QD=15.3023;RBI=0.0245321;REFB=-0.0135489;REVB=-0.00401639;RO=85;SAF=25;SAR=39;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18981;STB=0.599844;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0153544;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:85:87:64:64:0.423841:39:25:49:36:39:25:49:38 chr6 133045902 . A G 556.47 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00554797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5965;QD=18.7049;RBI=0.0418791;REFB=0.00247666;REVB=0.04151;RO=61;SAF=22;SAR=36;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611563;STB=0.533886;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00199848;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:36:22:27:34:36:22:27:34 chr6 133052616 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00169033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.771;QD=14.6975;RBI=0.0118831;REFB=-0.00424168;REVB=-0.0117623;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124647;STB=0.571632;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00520602;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:15:15:13:8:15:15 chr6 133070995 . G T 1524.36 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.212;QD=59.7788;RBI=0.0248624;REFB=0;REVB=0.0244702;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01597e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:54:47:0:0:55:47:0:0 chr6 133072650 . A G 254.23 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0359671;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.032;QD=27.4842;RBI=0.0359791;REFB=-0.0165607;REVB=-0.000927267;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594986;STB=0.532966;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0133284;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:14:23:23:0.621622:15:8:6:8:15:8:6:8 chr6 133074645 . A G 385.23 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00264433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.091;QD=20.5458;RBI=0.00644237;REFB=0.00759612;REVB=0.00587467;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103863;STB=0.557662;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00594816;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:26:13:16:20:26:13:16:20 chr6 133074663 . T C 324.02 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00172895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1356;QD=19.6373;RBI=0.0921643;REFB=-0.00700222;REVB=-0.092148;RO=32;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145614;STB=0.581345;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0050206;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:25:9:13:19:25:9:13:19 chr6 133077063 . T C 398.91 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0422197;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.499;QD=15.3428;RBI=0.0455805;REFB=-0.00830815;REVB=0.0171779;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124631;STB=0.565003;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0202763;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:59:45:45:0.432692:25:20:33:25:25:20:33:26 chr6 133135886 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00545809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.837;QD=10.6346;RBI=0.0243302;REFB=-0.0131051;REVB=-0.0237101;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501662;STB=0.799314;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0337563;OID=.;OPOS=133135886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:10:3:6:2:10:3 chr6 133849966 . C T 259.57 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00480459;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.296;QD=11.7986;RBI=0.00704406;REFB=-0.00651109;REVB=-0.00515118;RO=57;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647953;STB=0.53729;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0109784;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:57:57:31:31:0.352273:19:12:19:38:19:12:19:38 chr6 133850246 . AC A 215.03 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0594791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.6246;QD=13.2324;RBI=0.129275;REFB=-0.00660142;REVB=-0.114779;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.262375;STB=0.646298;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.00343662;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492308:32:65:32:65:33:12:20:22:11:99:33:12:20:22:11 chr6 134304023 . C T 251.63 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0142226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0816;QD=20.541;RBI=0.0158742;REFB=0.00387449;REVB=0.00705029;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919354;STB=0.55156;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00850882;OID=.;OPOS=134304023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:8:17:14:10:8:17 chr6 134494481 . T C 317.73 PASS AF=0.571429;AO=26;DP=47;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.076938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0378;QD=25.9371;RBI=0.0834886;REFB=-0.042089;REVB=0.0324175;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22318;STB=0.614161;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0366104;OID=.;OPOS=134494481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:21:21:26:28:0.571429:17:9:13:8:18:10:13:8 chr6 135263557 . C A 443.66 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00773054;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.931;QD=22.1831;RBI=0.00783642;REFB=-0.00795041;REVB=0.00128386;RO=36;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247174;STB=0.640962;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00725412;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:37:43:43:0.5375:25:18:26:10:25:18:27:10 chr6 135286230 . T C 113.16 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.021965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.84;QD=16.7645;RBI=0.0233553;REFB=-0.0233567;REVB=-0.00793789;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27476;STB=0.676026;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0382636;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:4:9:5:8:4:9:5:9 chr6 135358567 . T G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0125605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.601;QD=11.6672;RBI=0.0143461;REFB=-0.00730584;REVB=0.00693141;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119122;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0185085;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:12:14:9:5:12:14 chr6 135358916 . G A 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.070106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1575;QD=18.412;RBI=0.0757381;REFB=0.00456967;REVB=0.0286603;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015707;STB=0.508767;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00261642;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:15:19:19:14:15:19 chr6 135375762 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00604055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.311;QD=14.4116;RBI=0.0140375;REFB=0.00174626;REVB=-0.0126713;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552757;STB=0.531985;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00394066;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:17:11:8:10:17:11 chr6 135523774 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0255994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.142;QD=15.6194;RBI=0.0307233;REFB=0.000588154;REVB=-0.0169881;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298632;STB=0.672825;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000786521;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:11:14:5:13:11:14 chr6 135539911 . ATTTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTT,ATTTTTTTC 369.69 PASS AF=0,0.911392,0.0886076;AO=9,37,8;DP=82;FAO=0,72,7;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,5;FSAR=0,44,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211442,0.418111,0.2335;FXX=0.0365809;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=8.3829,6.71072,17.1866;QD=18.7187;RBI=0.21335,0.422112,0.233633;REFB=0,0,0;REVB=0.0284663,0.0579839,-0.00788628;RO=24;SAF=0,14,6;SAR=9,23,2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.755916,-0.0904014,0.309225;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0272842,-0.104075;OID=.,.,.;OPOS=135539912,135539912,135539919;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTT,ATTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.911392,0.0886076:9,37,8:82:0,72,7:79:0:0,28,5:0,44,2:0:0:13:24:0,14,6:9,23,2:12:12 chr6 136359280 . C CG 179.52 PASS AF=0.5;AO=35;DP=85;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0351417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7731;QD=8.75686;RBI=0.0524747;REFB=0.00467299;REVB=0.0389698;RO=45;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217;STB=0.585324;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=-0.00962609;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:35:85:41:82:41:24:17:17:24:99:45:23:12:20:25 chr6 136359446 . A C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0108774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.158;QD=20.0176;RBI=0.0168946;REFB=-0.0265008;REVB=0.0129271;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228917;STB=0.628438;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0335056;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:13:4:9:9:13:4 chr6 136516257 . T C 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00019443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.431;QD=15.6389;RBI=0.00209132;REFB=0.00420979;REVB=-0.00208226;RO=52;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459456;STB=0.502593;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00629762;OID=.;OPOS=136516257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:25:13:18:34:25:13:18:34 chr6 136582417 . G A 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0185792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.114;QD=6.7168;RBI=0.042247;REFB=-0.00299533;REVB=-0.0379423;RO=41;SAF=2;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535207;STB=0.835727;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0183869;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:11:2:24:17:11:2:24:17 chr6 136582497 . G T 358.25 PASS AF=0.293413;AO=47;DP=165;FAO=49;FDP=167;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=0.00554821;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.186;QD=8.58077;RBI=0.00563074;REFB=-0.00711211;REVB=0.000960502;RO=115;SAF=18;SAR=29;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199344;STB=0.635377;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0168008;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:115:118:47:49:0.293413:29:18:63:52:31:18:66:52 chr6 136597262 . T C 286.9 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0154348;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.764;QD=13.0409;RBI=0.0154509;REFB=-0.0066879;REVB=0.000704093;RO=55;SAF=21;SAR=12;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200585;STB=0.614992;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0135111;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:12:21:25:30:12:21:25:30 chr6 136597281 . A T 265.66 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00271387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.118;QD=13.2831;RBI=0.00443036;REFB=-0.00669347;REVB=0.00350185;RO=49;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290758;STB=0.666287;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0118454;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:10:21:20:29:10:21:20:29 chr6 136597288 . A C 231.44 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0113942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.131;QD=12.3436;RBI=0.0413692;REFB=-0.000936277;REVB=-0.0397691;RO=46;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.695637;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00973901;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:28:28:0.373333:9:19:17:29:9:19:17:30 chr6 136599393 . G C 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00142874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.252;QD=12.2136;RBI=0.00484296;REFB=-0.00156584;REVB=0.00462741;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409598;STB=0.524192;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0021075;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:11:11:6:7:11:11 chr6 136599404 . T C 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0246546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.101;QD=12.7902;RBI=0.031318;REFB=-0.0112184;REVB=-0.0193124;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.531205;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0177974;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:11:12:8:6:11:12 chr6 136599714 . G A 71.93 PASS AF=0.118056;AO=18;DP=145;FAO=17;FDP=144;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.00526621;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.488;QD=1.99806;RBI=0.00589833;REFB=-0.00188417;REVB=-0.00265655;RO=127;SAF=10;SAR=8;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932356;STB=0.594836;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.012611;OID=.;OPOS=136599714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:145:144:127:127:18:17:0.118056:8:10:61:66:7:10:61:66 chr6 136599822 . C G 31.9 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0124579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.862;QD=1.48389;RBI=0.0126282;REFB=-0.00378228;REVB=-0.00206688;RO=78;SAF=6;SAR=2;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339072;STB=0.766395;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0318471;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:2:6:35:43:2:6:35:43 chr6 136599836 . G A 32.47 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00237587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.146;QD=1.54636;RBI=0.0160305;REFB=-0.003015;REVB=-0.0158535;RO=74;SAF=6;SAR=2;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292764;STB=0.731116;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0547982;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:74:76:8:8:0.0952381:2:6:37:37:2:6:38:38 chr6 136682172 . G A,C 772.22 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747174,0.024327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.0469,116.961;QD=56.1615;RBI=0.0830212,0.0400934;REFB=0,0;REVB=0.0361915,-0.0318697;RO=0;SAF=27,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00531985,0.164593;OID=.,.;OPOS=136682172,136682172;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:26,1:27,1:0:0:26,1:27,1:0:0 chr6 136977568 . T C 62.21 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0206934;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.598;QD=17.7756;RBI=0.0303033;REFB=0.00919099;REVB=0.0221376;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00389891;OID=.;OPOS=136977568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:14:7:5:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:2 chr6 137026266 . T G 986.72 PASS AF=0.432099;AO=105;DP=243;FAO=105;FDP=243;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=0.0244761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.38;QD=16.2424;RBI=0.0249338;REFB=0.0027931;REVB=-0.00475562;RO=131;SAF=57;SAR=48;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00087894;STB=0.507924;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00352167;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:131:138:105:105:0.432099:48:57:71:60:48:57:73:65 chr6 137176884 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00623449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.869;QD=18.1941;RBI=0.00789242;REFB=-0.0120241;REVB=0.00483956;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208278;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0112122;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:13:23:21:13:13:23 chr6 137321402 . G C 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0175783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1139;QD=18.7928;RBI=0.021459;REFB=-0.0132263;REVB=0.0123081;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421408;STB=0.525461;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00966204;OID=.;OPOS=137321402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:27:23:23:0.46:13:10:12:13:13:10:13:14 chr6 137323213 . G A 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00663439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.027;QD=20.5296;RBI=0.0210698;REFB=-0.0121001;REVB=0.0199981;RO=40;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128933;STB=0.571395;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00941107;OID=.;OPOS=137323213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:18:24:17:23:18:24:17:23 chr6 137325847 . C T 685.98 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.039;QD=62.362;RBI=0.0437751;REFB=0;REVB=0.0403099;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790594;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:22:16:0:0:23:21:0:0 chr6 137325848 . G T 30.28 PASS AF=0.136364;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0416286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1232;QD=2.75239;RBI=0.0424223;REFB=-0.0171544;REVB=-0.00816777;RO=38;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650736;STB=0.844475;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0451433;OID=.;OPOS=137325848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:43:44:38:38:5:6:0.136364:0:5:16:22:1:5:16:22 chr6 137519588 . A C 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.733;QD=59.5365;RBI=0.0206747;REFB=-0.0547666;REVB=-0.0125491;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000757388;OID=.;OPOS=137519588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:48:30:0:0:48:30:1:0 chr6 137536455 . G A 1253.17 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218138;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.294;QD=61.1301;RBI=0.00500251;REFB=0;REVB=0.00450186;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30485e-05;OID=.;OPOS=137536455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:78:82:1:40:38:0:0:41:41:0:0 chr6 137540375 . G A 386.58 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=-0.00942651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.877;QD=20.8964;RBI=0.0326978;REFB=-0.041044;REVB=-0.0313095;RO=35;SAF=35;SAR=4;SRF=32;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040646;STB=0.522406;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0354446;OID=.;OPOS=137540375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:4:35:32:3:4:35:32:3 chr6 138192745 . G A 80.51 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0202992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.822;QD=12.386;RBI=0.0383096;REFB=-0.0116045;REVB=0.0324895;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469885;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0185582;OID=.;OPOS=138192745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:25:26:15:15:9:11:0.423077:5:4:6:9:7:4:6:9 chr6 138195991 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00994773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.958;QD=16.6186;RBI=0.0139609;REFB=-0.00861092;REVB=-0.00979532;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415392;STB=0.52354;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0147972;OID=.;OPOS=138195991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:17:11:10:13:17:11 chr6 138413269 . A G 961.55 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255462;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6783;QD=59.1722;RBI=0.0381557;REFB=0;REVB=0.0283416;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321156;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr6 138413333 . G C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.282;QD=57.835;RBI=0.0372813;REFB=0.0471573;REVB=0.0338721;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-6.13144e-05;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:0:1:31:38:0:1 chr6 138539183 . A AG 149.23 PASS AF=0.415385;AO=24;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0612433;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.8605;QD=9.18325;RBI=0.136705;REFB=-0.0254585;REVB=0.12222;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918874;STB=0.507687;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.0438925;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:24:65:27:65:38:11:16:15:23:99:40:11:13:15:25 chr6 138539315 . A G 536.49 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.010683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0956;QD=18.9909;RBI=0.0179762;REFB=0.00857543;REVB=0.0144574;RO=57;SAF=26;SAR=30;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886274;STB=0.548927;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0108901;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:30:26:21:36:30:26:21:36 chr6 138539556 . T C 419.53 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0116737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.429;QD=22.9878;RBI=0.0248255;REFB=-0.0144858;REVB=0.0219096;RO=32;SAF=12;SAR=29;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182015;STB=0.60054;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00993551;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:29:12:16:16:29:12:16:16 chr6 138584685 . T G 678.42 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0042618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.585;QD=24.2294;RBI=0.00428442;REFB=-0.0146892;REVB=-0.000439709;RO=47;SAF=30;SAR=35;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611638;STB=0.533323;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0114277;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:35:30:18:29:35:30:18:29 chr6 138753337 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00795829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.103;QD=12.0207;RBI=0.00844376;REFB=-0.00443697;REVB=0.00282184;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336707;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00982131;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:9:16:9:5:9:16 chr6 138754323 . A G 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0154417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.595;QD=17.6623;RBI=0.0195017;REFB=-0.00276502;REVB=-0.011911;RO=47;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427502;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00305342;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:24:16:19:28:24:16:19:28 chr6 139013015 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0137052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.856;QD=19.44;RBI=0.0366327;REFB=-0.0242498;REVB=-0.0339724;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289608;STB=0.516119;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0160921;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:14:15:15:16:14:15 chr6 139013227 . TC T 221.13 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00332543;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.9498;QD=18.8198;RBI=0.0897849;REFB=0.0183332;REVB=0.0897233;RO=16;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=-0.0476698;STB=0.517386;STBP=0.8;TYPE=del;VARB=0.0102516;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.638298:30:48:30:47:17:11:19:7:10:74:16:11:19:7:9 chr6 139013263 . A C 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00871398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.822;QD=27.235;RBI=0.00993304;REFB=0.00247561;REVB=0.00476779;RO=14;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185702;STB=0.603561;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00181324;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:18:5:6:8:18:5:6:8 chr6 139013283 . T TC 147.34 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0609939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.2313;QD=19.0118;RBI=0.0709212;REFB=0.00839258;REVB=0.036188;RO=13;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410026;STB=0.673268;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=-0.000541677;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903:18:31:19:31:12:4:15:7:5:68:13:3:15:8:5 chr6 139017815 . A G 1866.97 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0105367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.994;QD=59.743;RBI=0.0160359;REFB=-0.0304317;REVB=-0.0120883;RO=1;SAF=57;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826211;STB=0.508619;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000766723;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:1:2:123:123:0.984:66:57:1:0:66:57:2:0 chr6 139017832 . C T 384.5 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0200723;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.086;QD=13.7321;RBI=0.0203901;REFB=-0.00355071;REVB=-0.00358568;RO=65;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169142;STB=0.586428;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0106613;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:65:67:45:45:0.401786:19:26:27:38:19:26:29:38 chr6 139206937 . A G 259.17 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0134655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.105;QD=24.1086;RBI=0.0147275;REFB=-0.0100659;REVB=0.00596495;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161318;STB=0.590087;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0103498;OID=.;OPOS=139206937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:10:9:16:8:10:9 chr6 139207979 . CTTTTTTTC CTTTTTTC,CTTTTTTTT,TCTTTTTTC 45.27 PASS AF=0.242424,0.0606061,0.0606061;AO=10,2,2;DP=34;FAO=8,2,2;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3,2,0;FSAR=5,0,2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0284646,-0.100022,-0.0229169;FXX=0;HRUN=7,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=9.09271,32.1257,154.766;QD=5.48759;RBI=0.165954,0.185285,0.0325164;REFB=-0.0496415,0.0515323,-0.00122884;REVB=-0.163495,0.155968,0.0230679;RO=15;SAF=2,2,0;SAR=8,0,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.430131,0.504245,-0.583083;STB=0.57503,0.994823,0.994396;STBP=0.627,0.181,0.175;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.079928,0.0509689,0.0636568;OID=.,.,.;OPOS=139207980,139207987,139207979;OREF=T,C,CT;OALT=-,T,TC;OMAPALT=CTTTTTTC,CTTTTTTTT,TCTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:34:33:15:21:10,2,2:8,2,2:0.242424,0.0606061,0.0606061:8,0,2:2,2,0:9:6:5,0,2:3,2,0:10:11 chr6 139266402 . G A 313.04 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0147146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.443;QD=16.921;RBI=0.0153301;REFB=-0.033215;REVB=-0.00430028;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920055;STB=0.551693;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0257925;OID=.;OPOS=139266402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:13:21:21:19:13:21:21:19 chr6 139561436 . C T 258.93 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.049626;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.3594;QD=22.5152;RBI=0.0531299;REFB=-0.0601682;REVB=0.0189749;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50819;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0489965;OID=.;OPOS=139561436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:16:8:7:14:16:8:7:15 chr6 139562440 . G C 180.66 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0178351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.244;QD=13.8972;RBI=0.0289705;REFB=-0.000181623;REVB=-0.0228298;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174933;STB=0.600643;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000602659;OID=.;OPOS=139562440;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:14:17:8:13:14:17 chr6 139562864 . T C 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00841767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.186;QD=13.9121;RBI=0.00845989;REFB=-0.002799;REVB=0.000844146;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747104;STB=0.542921;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00432587;OID=.;OPOS=139562864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:17:14:11:10:17:14 chr6 139563914 . C G 592.31 PASS AF=0.352941;AO=51;DP=187;FAO=66;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.00451304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1113;QD=12.6696;RBI=0.0305352;REFB=-0.0479988;REVB=0.0301998;RO=103;SAF=8;SAR=43;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385605;STB=0.591638;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.103845;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:103:110:51:66:0.352941:43:8:43:60:45:21:50:60 chr6 139581542 . C A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00174247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.725;QD=15.3562;RBI=0.00434149;REFB=-0.0111425;REVB=0.00397648;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147509;OID=.;OPOS=139581542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:18:15:20:24:18:15:20:24 chr6 141004964 . G GT,T 2500.43 PASS AF=0.982036,0.0179641;AO=143,11;DP=184;FAO=164,3;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=53,3;FSAR=111,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347795,-0.0563135;FXX=0.0511335;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=47.9723,28.0731;QD=59.8905;RBI=0.0363228,0.0611916;REFB=0,0;REVB=0.0104754,0.0239418;RO=15;SAF=32,11;SAR=111,0;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0919061,0.785339;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00184968,-0.00813098;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:184:167:15:0:143,11:164,3:0.982036,0.0179641:111,0:32,11:9:6:111,0:53,3:0:0 chr6 142396790 . G T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.853;QD=56.9375;RBI=0.0320009;REFB=0;REVB=-0.013272;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122807;OID=.;OPOS=142396790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr6 142718801 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.394;QD=58.6004;RBI=0.0210076;REFB=0;REVB=0.0205213;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82882e-05;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr6 142758631 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8975;QD=59.1429;RBI=0.0314789;REFB=0;REVB=-0.00995358;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109587;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr6 143074700 . T C 231.23 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0122099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.277;QD=14.6813;RBI=0.0172138;REFB=-0.0211387;REVB=0.0121339;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193842;STB=0.510994;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0496331;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:14:22:16:11:14:22 chr6 143090734 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0412674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6898;QD=17.2646;RBI=0.041277;REFB=0.00241619;REVB=0.000887767;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19825;STB=0.611049;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00261588;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:14:22:17:25:14:22:17:25 chr6 143091263 . A G 911.93 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.946;QD=57.9006;RBI=0.0425325;REFB=0;REVB=0.0405;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122875;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:29:34:0:0 chr6 143091769 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0223328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1881;QD=14.6972;RBI=0.0539372;REFB=-0.00617404;REVB=-0.0490966;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209668;STB=0.630197;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00429304;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:10:10:9:21:10:11:9:21 chr6 143382110 . T C 2556.79 PASS AF=0.982456;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0552378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.405;QD=59.8079;RBI=0.055456;REFB=0.0202439;REVB=0.00491473;RO=3;SAF=81;SAR=87;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497475;STB=0.502614;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00230658;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:171:3:3:168:168:0.982456:87:81:1:2:87:81:1:2 chr6 143745915 . A G 1098.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5171;QD=60.2002;RBI=0.040943;REFB=0;REVB=0.012936;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256957;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr6 144537771 . T C 1477.62 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196698;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.958;QD=58.5196;RBI=0.0310404;REFB=-0.0842329;REVB=-0.0240126;RO=1;SAF=26;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636843;STB=0.503355;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=9.23963e-05;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:74:26:0:1:74:26:0:1 chr6 144758799 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4503;QD=56.9533;RBI=0.0187736;REFB=0;REVB=-0.0142696;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69312e-05;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr6 144806604 . G A 399.8 PASS AF=0.38843;AO=43;DP=117;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.000515727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.955;QD=13.2165;RBI=0.0188352;REFB=-0.0155865;REVB=0.0188282;RO=73;SAF=15;SAR=28;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889419;STB=0.566778;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0240327;OID=.;OPOS=144806604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:73:74:43:47:0.38843:28:15:31:42:32:15:31:43 chr6 144869785 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000475335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.628;QD=19.6176;RBI=0.0122041;REFB=-0.00444989;REVB=0.0121949;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612397;STB=0.534005;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00419373;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:18:19:16:20:18:19:16:20 chr6 144878337 . G T 494.72 PASS AF=0.435484;AO=53;DP=125;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00441847;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.144;QD=15.9588;RBI=0.0297732;REFB=-0.019803;REVB=0.0294435;RO=68;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117358;STB=0.526051;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0263453;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:68:70:53:54:0.435484:31:22:29:39:31:23:33:37 chr6 145051594 . G A 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.885;QD=57.543;RBI=0.0248234;REFB=0;REVB=-0.0217117;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03054e-05;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:43:15:0:0:43:15:0:0 chr6 145073062 . C T 380.03 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.0155341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1466;QD=14.9029;RBI=0.0159614;REFB=0.02301;REVB=0.0036684;RO=58;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201646;STB=0.616463;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0288209;OID=.;OPOS=145073062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:22:21:17:41:22:21:17:42 chr6 145115037 . T C 435.79 PASS AF=0.403226;AO=49;DP=121;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0214139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8875;QD=14.0578;RBI=0.0218496;REFB=-0.0161102;REVB=-0.00434185;RO=72;SAF=26;SAR=23;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761018;STB=0.544091;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0187437;OID=.;OPOS=145115037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:72:74:49:50:0.403226:23:26:33:39:24:26:33:41 chr6 145167978 . C G 447.27 PASS AF=0.368794;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.0186751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.539;QD=12.6885;RBI=0.021745;REFB=-0.00605842;REVB=0.0111394;RO=89;SAF=25;SAR=27;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983893;STB=0.505601;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0111739;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:89:89:52:52:0.368794:27:25:42:47:27:25:42:47 chr6 145172505 . A G 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.00415299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6515;QD=18.835;RBI=0.0143737;REFB=0.00716045;REVB=-0.0137607;RO=53;SAF=21;SAR=31;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136736;STB=0.575315;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0139154;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:31:21:14:39:31:21:14:39 chr6 146112348 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1105;QD=40.7583;RBI=0.0508959;REFB=0;REVB=0.046166;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149661;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr6 146234644 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.82;QD=57.3842;RBI=0.0471567;REFB=0;REVB=0.0137855;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393586;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:42:15:0:0:42:15:0:0 chr6 146243916 . T C 324.89 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=0.00982895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.739;QD=12.6169;RBI=0.0218149;REFB=-0.0121823;REVB=-0.0194752;RO=64;SAF=11;SAR=28;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665335;STB=0.537759;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.013069;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:28:11:15:49:28:11:15:49 chr6 146264759 . T C 41.09 PASS AF=0.0864198;AO=14;DP=164;FAO=14;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=145;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=72;FWDB=-0.037322;FXX=0.0121944;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.2561;QD=1.0146;RBI=0.0682172;REFB=-0.0203469;REVB=-0.0571022;RO=102;SAF=5;SAR=9;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210453;STB=0.633954;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.143822;OID=.;OPOS=146264759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:164:162:102:145:14:14:0.0864198:9:5:54:48:9:5:73:72 chr6 147049868 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0100725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.817;QD=14.0975;RBI=0.0193439;REFB=-0.0164746;REVB=-0.0165146;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202649;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0265425;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:9:9:9:4:9:9 chr6 147067093 . C T 739.28 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00947443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0457;QD=24.2385;RBI=0.0139159;REFB=-0.0045201;REVB=-0.0101925;RO=52;SAF=41;SAR=29;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706787;STB=0.503854;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00266585;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:70:70:0.57377:29:41:30:22:29:41:30:22 chr6 147136212 . A T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.52;QD=60.0767;RBI=0.0137302;REFB=0;REVB=0.0109803;RO=0;SAF=33;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84397e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:74:33:0:0:74:33:0:0 chr6 147136244 . A G 1268.17 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596097;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9046;QD=61.8621;RBI=0.0600238;REFB=0;REVB=0.00703875;RO=0;SAF=20;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759151;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:62:20:0:0:62:20:0:0 chr6 147635385 . C G 306.08 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0077427;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.813;QD=14.9309;RBI=0.0207423;REFB=-0.00140655;REVB=0.0192431;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209116;STB=0.618037;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00048242;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:15:19:17:31:15:19:17:31 chr6 147635413 . A G 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0169312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.077;QD=15.4716;RBI=0.019302;REFB=0.00103215;REVB=0.00926835;RO=49;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251083;STB=0.640951;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00140326;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:16:20:15:34:16:20:15:34 chr6 147680359 . A G 562.05 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0020276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5359;QD=23.9168;RBI=0.0226026;REFB=-0.0145614;REVB=-0.0225114;RO=42;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314078;STB=0.517235;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0173109;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:24:28:21:21:24:28:21:21 chr6 147886107 . C G 792.02 PASS AF=0.506667;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.000610558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0638;QD=21.1205;RBI=0.0245193;REFB=-0.0463091;REVB=-0.0245117;RO=74;SAF=36;SAR=40;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719722;STB=0.539583;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0450439;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:74:76:76:0.506667:40:36:41:33:40:36:41:33 chr6 148865257 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00289931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.902;QD=9.10973;RBI=0.020535;REFB=-0.00738799;REVB=-0.0203293;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350398;STB=0.716828;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0344376;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:7:9:2:6:7:9 chr6 149397743 . ATT A,AT 508.84 PASS AF=0.0375,0.9625;AO=14,50;DP=81;FAO=3,77;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130868,-0.0251169;FXX=0.0123442;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.17804,9.14952;QD=25.4422;RBI=0.0472175,0.0857058;REFB=0.0458455,0.0264048;REVB=-0.0453677,-0.0819428;RO=5;SAF=2,23;SAR=12,27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0525103,0.0448189;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0281977,-0.0401092;OID=.,.;OPOS=149397744,149397744;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0375,0.9625:14,50:81:3,77:80:0:3,33:0,44:0:0:5:5:2,23:12,27:1:4 chr6 149721690 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00548218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.988;QD=6.57358;RBI=0.0579497;REFB=0.0117314;REVB=-0.0576898;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0421096;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr6 149721965 . T C 146.72 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00120086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0355;QD=16.7684;RBI=0.0144087;REFB=-0.00589085;REVB=-0.0143586;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307288;STB=0.692054;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00593799;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:4:12:8:10:4:12:8:11 chr6 149722040 . A G 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8683;QD=56.1795;RBI=0.0486839;REFB=0;REVB=-0.00966341;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693035;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr6 149773850 . G A 102.57 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0241993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.578;QD=17.8381;RBI=0.0249891;REFB=-0.0055467;REVB=0.00623261;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00461549;OID=.;OPOS=149773850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:4:7:8:4:4:7 chr6 149899981 . T C 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00179861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.931;QD=21.4745;RBI=0.00876021;REFB=-0.0120828;REVB=-0.00857358;RO=24;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116537;STB=0.557484;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0118646;OID=.;OPOS=149899981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:21:10:11:13:21:10:11:14 chr6 149953981 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.202;QD=61.8524;RBI=0.0113385;REFB=0;REVB=0.00994545;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0968e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr6 149983216 . G A 523.65 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356316;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9263;QD=59.8458;RBI=0.0571515;REFB=0;REVB=0.0446843;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559773;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr6 150004779 . A G 712.67 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136057;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.396;QD=63.3484;RBI=0.0137031;REFB=0;REVB=-0.00163093;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9644e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr6 150067675 . A G 756.97 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.822;QD=56.0715;RBI=0.0347501;REFB=0;REVB=0.034642;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196692;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:25:29:0:0 chr6 150093678 . C T 531.99 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.19;QD=59.1095;RBI=0.0339745;REFB=0;REVB=0.00112859;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54173e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:13:21:0:0:13:23:0:0 chr6 150093682 . C T 582.49 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6993;QD=58.2486;RBI=0.0410199;REFB=-0.0297765;REVB=-0.0168239;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00544984;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr6 150114745 . G A 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.691;QD=57.1732;RBI=0.025097;REFB=0;REVB=0.0211754;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187542;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr6 150209717 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1646;QD=59.8388;RBI=0.0512502;REFB=0;REVB=0.050246;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111388;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr6 150210681 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.751;QD=61.3749;RBI=0.0183566;REFB=0;REVB=0.00505011;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63005e-05;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr6 150210685 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.855;QD=61.2131;RBI=0.0562383;REFB=0;REVB=0.0557442;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153949;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr6 150211123 . A T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.021;QD=61.0492;RBI=0.0269921;REFB=0;REVB=0.0245325;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45409e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:53:25:0:0:53:25:0:0 chr6 150212003 . C T 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.652;QD=59.5371;RBI=0.0175563;REFB=-0.127099;REVB=0.0141809;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0016329;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:37:41:0:0:37:41:0:1 chr6 150239330 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6062;QD=60.2281;RBI=0.0157424;REFB=0;REVB=-0.000833551;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312858;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr6 150240829 . G C 1749.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7066;QD=60.8495;RBI=0.0620835;REFB=0;REVB=-0.00951653;RO=0;SAF=37;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265597;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:77:37:0:0:77:38:0:0 chr6 150267527 . A C 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000349252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4984;QD=59.1714;RBI=0.0866394;REFB=-0.0798288;REVB=0.0866387;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00590281;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:0:1:31:45:0:1 chr6 150342232 . G A 703.74 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00132255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.539;QD=21.0072;RBI=0.00135297;REFB=-0.00659451;REVB=-0.000285303;RO=65;SAF=33;SAR=36;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530596;STB=0.529174;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00656258;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:36:33:35:30:36:33:35:30 chr6 150346532 . T C 328.19 PASS AF=0.395349;AO=19;DP=47;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0232007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.617;QD=30.529;RBI=0.0279789;REFB=-0.0352345;REVB=-0.015638;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176086;STB=0.60734;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.031221;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:43:16:14:19:17:0.395349:15:4:6:10:13:4:6:8 chr6 150385730 . T G 387.93 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00293717;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.72;QD=15.6738;RBI=0.0047593;REFB=-0.000621071;REVB=0.00374486;RO=53;SAF=30;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199474;STB=0.619902;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000197111;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:56:43:43:0.434343:13:30:27:26:13:30:28:28 chr6 150716696 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00824591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.603;QD=8.6278;RBI=0.0182661;REFB=-0.0116461;REVB=0.0162989;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296417;STB=0.683071;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0273385;OID=.;OPOS=150716696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:14:13:8:3:14:13 chr6 150722187 . T C 457.42 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00974981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.807;QD=14.0745;RBI=0.0144623;REFB=-0.00423699;REVB=-0.0106818;RO=78;SAF=24;SAR=28;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412868;STB=0.523289;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00710913;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:78:52:52:0.4:28:24:33:45:28:24:33:45 chr6 151055189 . C G 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0366952;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9429;QD=22.1878;RBI=0.038753;REFB=-0.00190016;REVB=0.01246;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328483;STB=0.528273;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00323738;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:14:6:6:12:14:6:6:11 chr6 151121915 . G A 431.37 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00700437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.151;QD=15.9767;RBI=0.00756573;REFB=-0.0161569;REVB=-0.0028599;RO=60;SAF=18;SAR=29;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695616;STB=0.54346;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0204967;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:60:47:48:0.444444:29:18:27:33:30:18:27:33 chr6 151161086 . T C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0107706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.861;QD=14.6053;RBI=0.0156341;REFB=-0.00909052;REVB=-0.0113322;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227051;STB=0.628418;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.011526;OID=.;OPOS=151161086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:14:20:18:31:14:20:18:31 chr6 151161116 . G A 277.93 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0381781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7266;QD=13.725;RBI=0.0511129;REFB=-0.0100266;REVB=0.0339847;RO=49;SAF=24;SAR=8;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340426;STB=0.695236;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0171583;OID=.;OPOS=151161116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:8:24:22:27:8:24:22:27 chr6 151161836 . T C 411.05 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0139824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3717;QD=23.8289;RBI=0.0292889;REFB=0.0039493;REVB=0.0257358;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913003;STB=0.550013;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00168821;OID=.;OPOS=151161836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:17:23:20:9:17:23:20:9 chr6 151164764 . C T 417.08 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00981462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.338;QD=17.1992;RBI=0.0146934;REFB=-0.0029877;REVB=-0.0109348;RO=54;SAF=9;SAR=34;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283588;STB=0.660695;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0050687;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:34:9:24:30:34:9:24:30 chr6 151260361 . C T 269.42 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0555628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.743;QD=29.1262;RBI=0.0558472;REFB=-0.0512171;REVB=-0.00562881;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15783;STB=0.586399;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0178462;OID=.;OPOS=151260361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:9:15:11:2:9:15:11:2 chr6 151336739 . C G 514.76 PASS AF=0.394737;AO=60;DP=153;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=0.0256728;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5136;QD=13.5463;RBI=0.0277107;REFB=-0.00232703;REVB=0.0104302;RO=92;SAF=31;SAR=29;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134922;STB=0.57588;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00211166;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:92:92:60:60:0.394737:29:31:59:33:29:31:59:33 chr6 151362895 . CTTG C 83.49 PASS AF=0.326531;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0199296;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=326.315;QD=6.81533;RBI=0.0200228;REFB=-0.00598703;REVB=0.00192891;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32477;STB=0.741962;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0124685;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:14:50:16:49:33:12:4:13:20:83:30:10:4:13:17 chr6 151362942 . T C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0124455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.526;QD=11.4185;RBI=0.0281226;REFB=-0.00877113;REVB=-0.0252188;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213098;STB=0.62296;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0162167;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:18:29:11:15:18:29 chr6 151669875 . A G 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.582;QD=49.3939;RBI=0.0191535;REFB=-0.170309;REVB=-0.0160419;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00200014;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:0:1:16:7:0:1 chr6 151670172 . A C 241.88 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00927705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8196;QD=29.3188;RBI=0.0118432;REFB=0.0177174;REVB=0.0073619;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288087;STB=0.657017;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00959365;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:12:10:0:11:12:10:0:11 chr6 151670897 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.794;QD=59.8558;RBI=0.0390611;REFB=0;REVB=0.0365172;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63052e-05;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr6 151671182 . C T 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00986034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.067;QD=19.7145;RBI=0.0399126;REFB=-0.0291781;REVB=0.0386755;RO=50;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262216;STB=0.514557;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0297277;OID=.;OPOS=151671182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:22:25:28:22:22:25:28:22 chr6 151672802 . A G 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00401594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.856;QD=26.514;RBI=0.0128251;REFB=-0.0229242;REVB=-0.0121802;RO=19;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187528;STB=0.60416;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00979147;OID=.;OPOS=151672802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:19:8:10:9:19:8:10:9 chr6 151672812 . G A 165.4 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0417567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.29;QD=14.3822;RBI=0.0442839;REFB=-0.0217038;REVB=0.0147457;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278906;STB=0.639663;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0369944;OID=.;OPOS=151672812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:7:10:9:19:8:10:9:19 chr6 151674116 . T TGAG 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0244195;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.276;QD=50.6202;RBI=0.0248194;REFB=-0.0330578;REVB=0.00443732;RO=2;SAF=8;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103025;STB=0.555516;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.00109665;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935484:29:31:29:31:2:8:21:2:0:9:2:8:21:2:0 chr6 151674326 . A C 154.68 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0142141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0781;QD=22.916;RBI=0.0404323;REFB=-0.0526259;REVB=0.0378514;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165224;STB=0.592481;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0768166;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:8:3:8:8:8:3 chr6 151674593 . G T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0308053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4052;QD=18.7769;RBI=0.0313244;REFB=0.003269;REVB=-0.00567931;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172145;STB=0.596083;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00312196;OID=.;OPOS=151674593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:8:18:13:13:8:18 chr6 151686905 . C T 297.85 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00941613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7993;QD=15.8853;RBI=0.0152679;REFB=-0.00230442;REVB=-0.0120185;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204041;STB=0.614392;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00147678;OID=.;OPOS=151686905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:16:17:13:29:16:17:13:29 chr6 151766552 . G A 1079.03 PASS AF=0.539683;AO=102;DP=189;FAO=102;FDP=189;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.000986499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.891;QD=22.8367;RBI=0.00573979;REFB=-0.0209615;REVB=0.00565438;RO=87;SAF=43;SAR=59;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016704;STB=0.509118;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0128593;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:87:87:102:102:0.539683:59:43:35:52:59:43:35:52 chr6 151859314 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.174;QD=59.796;RBI=0.023794;REFB=0.00272402;REVB=0.017919;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000164083;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:1:0 chr6 151894505 . T C 1062.17 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8212;QD=59.8408;RBI=0.0723011;REFB=0;REVB=-0.0672587;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102994;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr6 152129077 . T C 982.45 PASS AF=0.488152;AO=102;DP=212;FAO=103;FDP=211;FR=.;FRO=108;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.00775921;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.575;QD=18.6247;RBI=0.0289394;REFB=-0.0112403;REVB=-0.0278798;RO=106;SAF=56;SAR=46;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080402;STB=0.54635;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00953756;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:106:108:102:103:0.488152:46:56:49:57:46:57:50:58 chr6 152201875 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.076;QD=61.6952;RBI=0.0164191;REFB=0;REVB=-0.0106866;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71587e-06;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr6 152265522 . G C 474.12 PASS AF=0.434426;AO=44;DP=112;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0165436;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.266;QD=15.545;RBI=0.0232524;REFB=-0.0200343;REVB=0.0163396;RO=68;SAF=17;SAR=27;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215366;STB=0.582045;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0111395;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:122:68:69:44:53:0.434426:27:17:40:28:30:23:40:29 chr6 152422335 . C T 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.025;QD=59.922;RBI=0.0367885;REFB=0;REVB=0.0334918;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25485e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr6 152423905 . T A 340.82 PASS AF=0.385417;AO=23;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0168964;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=231.542;QD=14.2008;RBI=0.0211479;REFB=-0.00463131;REVB=-0.012718;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517869;STB=0.520478;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00527224;OID=.;OPOS=152423905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:38:56:23:37:0.385417:12:11:20:18:23:14:23:33 chr6 152464839 . A G 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00844901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.106;QD=59.1729;RBI=0.0133807;REFB=0.0657454;REVB=0.0103759;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137144;STB=0.507244;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000144705;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:34:42:0:1:34:42:0:1 chr6 152466674 . T C 118.31 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0160333;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.58;QD=12.1344;RBI=0.0181405;REFB=-0.00999392;REVB=-0.008486;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165748;STB=0.590105;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0231113;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:3:11:16:8:3:11:17:8 chr6 152469188 . C G 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0487618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0761;QD=20.4035;RBI=0.0488493;REFB=0.0101;REVB=-0.00292251;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167969;STB=0.593418;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00805303;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:21:11:15:13:21:11:15:13 chr6 152469331 . C T 255.42 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0133648;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.916;QD=10.7544;RBI=0.0295044;REFB=-0.00680388;REVB=0.0263038;RO=60;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130456;STB=0.597748;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0184354;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:60:64:31:31:0.326316:19:12:30:30:19:12:34:30 chr6 152489294 . T C 505.34 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478365;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.389;QD=59.4512;RBI=0.0558453;REFB=0;REVB=0.028816;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219772;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 152540278 . A C 1747.83 PASS AF=0.952;AO=118;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00652946;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.819;QD=55.9306;RBI=0.00835427;REFB=-0.0587355;REVB=-0.00521153;RO=6;SAF=42;SAR=76;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470585;STB=0.524209;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000268297;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:6:6:118:119:0.952:76:42:5:1:76:43:5:1 chr6 152615200 . G A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00786839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.323;QD=17.9201;RBI=0.00789883;REFB=-0.00413881;REVB=0.00069279;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137679;STB=0.515142;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00516325;OID=.;OPOS=152615200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:16:16:17:16:16:16:18:16 chr6 152647681 . A T 470.2 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00929933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9731;QD=20.6682;RBI=0.00945427;REFB=-0.0303258;REVB=-0.0017046;RO=45;SAF=16;SAR=30;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504038;STB=0.527938;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0299617;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:30:16:18:27:30:16:18:27 chr6 152651759 . C G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00112341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.255;QD=11.2612;RBI=0.00808318;REFB=0.0032158;REVB=0.00800473;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36225;STB=0.711611;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00852571;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:8:22:6:9:8:22 chr6 152651957 . C T 498.54 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0304211;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1596;QD=29.326;RBI=0.0393067;REFB=-0.0159308;REVB=-0.0248912;RO=23;SAF=20;SAR=25;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336475;STB=0.518264;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00836709;OID=.;OPOS=152651957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:25:20:9:14:25:20:9:14 chr6 152652034 . A T 627.86 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0313924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.318;QD=28.8673;RBI=0.0313931;REFB=-0.0307863;REVB=-0.000214222;RO=32;SAF=21;SAR=34;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125245;STB=0.568098;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0138698;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:32:55:55:0.632184:34:21:18:14:34:21:18:14 chr6 152658142 . T C 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0187561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7549;QD=24.0289;RBI=0.061014;REFB=-0.0332813;REVB=-0.0580596;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.574487;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0178177;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:3:6:7:8:3:6 chr6 152665261 . C A 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.000904192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.424;QD=13.9988;RBI=0.0258347;REFB=0.00206311;REVB=-0.0258188;RO=56;SAF=29;SAR=7;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229617;STB=0.63239;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00334539;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:7:29:36:20:7:29:36:20 chr6 152675854 . A G 1033.76 PASS AF=0.577381;AO=97;DP=168;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0108629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.292;QD=24.6133;RBI=0.0108664;REFB=0.00264347;REVB=-0.000275114;RO=70;SAF=43;SAR=54;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440601;STB=0.527117;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0018421;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:70:71:97:97:0.577381:54:43:35:35:54:43:36:35 chr6 152683413 . G T 395.95 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00961875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.483;QD=20.305;RBI=0.0374938;REFB=-0.00145547;REVB=0.036239;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755971;STB=0.541812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00138443;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:23:17:13:25:23:17:13:25 chr6 152694184 . T C 471.23 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0110059;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.22;QD=14.3887;RBI=0.0352723;REFB=0.00286147;REVB=0.0335113;RO=78;SAF=30;SAR=23;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163529;STB=0.592071;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00275906;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:78:78:53:53:0.40458:23:30:32:46:23:30:32:46 chr6 152708310 . G A 2997.8 PASS AF=0.989637;AO=190;DP=194;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0300022;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5075;QD=62.1305;RBI=0.0414143;REFB=0.0192547;REVB=0.0285484;RO=1;SAF=89;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469163;STB=0.504854;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=2.91875e-05;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:193:1:2:190:191:0.989637:101:89:0:1:102:89:0:2 chr6 152772264 . A G 1677.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.848;QD=60.4447;RBI=0.0506334;REFB=0;REVB=0.0253411;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27827e-05;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:60:51:0:0:60:51:0:0 chr6 152776750 . G A 396.58 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0374002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8919;QD=17.8237;RBI=0.0378962;REFB=-0.0203279;REVB=-0.00611113;RO=47;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148922;STB=0.50466;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0215957;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:21:20:23:24:21:20:23:25 chr6 152777819 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.06;QD=58.7817;RBI=0.0192899;REFB=0;REVB=0.0146596;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45729e-05;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr6 153019099 . GAGAT G 330.93 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000286983;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=4;MLLD=303.479;QD=17.6494;RBI=0.00630571;REFB=-0.00120483;REVB=-0.00629917;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646311;STB=0.505718;STBP=0.942;TYPE=del;VARB=0.000930972;OID=.;OPOS=153019100;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:34:77:35:75:40:17:18:19:21:99:39:18:16:18:21 chr6 153296541 . G C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0181628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8831;QD=15.6262;RBI=0.0279461;REFB=-0.00490275;REVB=-0.021239;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158338;STB=0.590816;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0099695;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:17:10:10:9:17:10 chr6 153315695 . C T 636.09 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00998578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.729;QD=18.4373;RBI=0.00998845;REFB=-0.0109636;REVB=-0.000230938;RO=72;SAF=37;SAR=28;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265342;STB=0.51144;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0125247;OID=.;OPOS=153315695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:73:65:65:0.471014:28:37:39:33:28:37:40:33 chr6 153315921 . G A 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0184544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.296;QD=10.8213;RBI=0.0339916;REFB=-0.00923832;REVB=-0.0285459;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184666;STB=0.60897;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0407273;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:6:17:7:5:6:17 chr6 153316326 . A G 572.77 PASS AF=0.5;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00100898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0221;QD=19.4158;RBI=0.00611359;REFB=-0.016774;REVB=0.00602976;RO=58;SAF=23;SAR=36;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701489;STB=0.543663;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.01626;OID=.;OPOS=153316326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:58:59:59:59:0.5:36:23:27:31:36:23:28:31 chr6 153323594 . C T 827.69 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00334863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5023;QD=17.5172;RBI=0.0121164;REFB=-0.0127191;REVB=0.0116445;RO=102;SAF=36;SAR=50;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128019;STB=0.504794;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0214418;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:102:103:86:86:0.455026:50:36:44:58:50:36:44:59 chr6 153323709 . T C 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0621728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.086;QD=13.3402;RBI=0.0630691;REFB=-0.00642354;REVB=-0.0105953;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209543;STB=0.621905;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00692247;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:16:5:13:19:16:5:13:19 chr6 153365100 . A C 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0157192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.603;QD=24.7528;RBI=0.0227784;REFB=-0.0294964;REVB=0.0164852;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262346;STB=0.51437;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0127422;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:20:23:15:15:20:23:15:15 chr6 153741613 . G C 530.5 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0127026;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4684;QD=21.8762;RBI=0.0327096;REFB=-0.00895164;REVB=0.0301423;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161971;STB=0.512615;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00966265;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:46:50:51:0.525773:32:18:17:30:32:19:16:30 chr6 153987576 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.069764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.652;QD=14.7936;RBI=0.0748867;REFB=-0.00344327;REVB=-0.0272215;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173498;STB=0.600384;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00638502;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:12:15:7:11:12:15 chr6 154360797 . A G 2224.29 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00218961;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.657;QD=59.3144;RBI=0.00657407;REFB=-0.0849375;REVB=0.00619871;RO=2;SAF=54;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100114;STB=0.505262;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000260331;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:94:54:0:2:94:54:0:2 chr6 154414446 . A T 2418.86 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.708;QD=60.4714;RBI=0.0290446;REFB=-0.12732;REVB=-0.0198114;RO=1;SAF=77;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576724;STB=0.50303;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-2.88072e-05;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:82:77:0:1:82:77:0:1 chr6 154414563 . A G 1037.08 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.591;QD=59.2617;RBI=0.026258;REFB=0;REVB=0.00958186;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78377e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:37:33:0:0 chr6 154414573 . C T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.865;QD=56.0078;RBI=0.0562248;REFB=-0.119834;REVB=0.0115647;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00186212;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:35:25:0:0:35:25:1:0 chr6 154727408 . T C 281.95 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0223767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.551;QD=17.088;RBI=0.0277256;REFB=-0.0146916;REVB=0.0163705;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223672;STB=0.624145;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0176144;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:28:7:13:18:28:7 chr6 154763401 . G A 1342.93 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197503;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5256;QD=62.4618;RBI=0.0248221;REFB=0;REVB=0.0150354;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58074e-05;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr6 154771277 . A G 908.18 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156818;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4448;QD=56.7614;RBI=0.0170764;REFB=-0.113159;REVB=0.00675906;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019264;STB=0.510201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00113404;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:62:63:0.984375:38:24:1:0:39:24:1:0 chr6 155485554 . G A 443.6 PASS AF=0.361111;AO=51;DP=144;FAO=52;FDP=144;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.00199829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.048;QD=12.3221;RBI=0.0430002;REFB=-0.000817415;REVB=-0.0429537;RO=91;SAF=32;SAR=19;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119381;STB=0.5102;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00102728;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:91:92:51:52:0.361111:19:32:58:33:20:32:58:34 chr6 155561760 . T C 1607.83 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.885;QD=64.313;RBI=0.0658274;REFB=0;REVB=0.0636373;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151901;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:52:45:0:0:54:46:0:0 chr6 155577823 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.748;QD=63.8719;RBI=0.0413789;REFB=0;REVB=0.0386731;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106829;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr6 155578599 . A T 1133.75 PASS AF=0.97619;AO=72;DP=76;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.065188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.1096;QD=53.9881;RBI=0.0652642;REFB=-0.172303;REVB=-0.00315339;RO=4;SAF=30;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850491;STB=0.501779;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00845162;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:84:4:2:72:82:0.97619:42:30:2:2:47:35:1:1 chr6 155578755 . AA AT,GT 715.61 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=48,3;DP=51;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=13,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492063,0.0115394;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=121.792,73.789;QD=56.1259;RBI=0.0154615,0.0126236;REFB=0,0;REVB=-0.0146576,-0.00511833;RO=0;SAF=35,0;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.61818e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000224326,0.0183154;OID=.,.;OPOS=155578756,155578755;OREF=A,AA;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:51:0:0:48,3:48,3:0.941176,0.0588235:13,3:35,0:0:0:13,3:35,0:0:0 chr6 155596901 . T C 1091.47 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489779;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.648;QD=59.8064;RBI=0.0198291;REFB=0;REVB=0.0192147;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08504e-05;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:23:48:0:0:25:48:0:0 chr6 155597147 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00601612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.702;QD=17.7783;RBI=0.00668484;REFB=-0.000564131;REVB=-0.00291436;RO=53;SAF=20;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960149;STB=0.548913;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000441969;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:29:20:27:26:29:20:27:27 chr6 155606325 . C T 1359.06 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.849;QD=62.4856;RBI=0.0114333;REFB=0;REVB=0.010507;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7267e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:42:44:0:0:43:44:0:0 chr6 155750035 . C T 601.03 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000802694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4649;QD=58.6369;RBI=0.0200813;REFB=-0.00403957;REVB=0.0200652;RO=1;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550491;STB=0.529397;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000890118;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:8:32:0:1:8:32:0:1 chr6 157801040 . T A 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381388;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.021;QD=58.9784;RBI=0.0381396;REFB=0;REVB=-0.000257855;RO=0;SAF=6;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10862e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:59:6:0:0:59:6:0:0 chr6 157801186 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.206;QD=54.481;RBI=0.0363749;REFB=-0.0447806;REVB=0.0301126;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000832921;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr6 157801516 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.931;QD=59.8292;RBI=0.0164954;REFB=0;REVB=0.0156236;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39475e-06;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:34:69:0:0:34:69:0:0 chr6 157963743 . G A 373.04 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0202582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.076;QD=20.4404;RBI=0.0214072;REFB=-0.00537575;REVB=-0.00691909;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134325;STB=0.572826;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00522532;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:37:38:0.520548:16:21:14:20:17:21:14:21 chr6 158132992 . G A 345.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0392322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4765;QD=16.6311;RBI=0.0594722;REFB=-0.00395175;REVB=0.0446965;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116071;STB=0.565041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00480418;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:19:18:17:29:19:18:17:29 chr6 158133074 . A AT 145.72 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0380116;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4561;QD=8.32672;RBI=0.0516486;REFB=-0.0124748;REVB=0.0349672;RO=45;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347154;STB=0.6727;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0209762;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385714:26:71:27:70:43:16:11:13:30:99:45:16:10:13:32 chr6 158505088 . A G 441.86 PASS AF=0.6;AO=40;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0190208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.59;QD=25.2494;RBI=0.0216693;REFB=-0.0167952;REVB=0.0103812;RO=28;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110338;STB=0.55735;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00971779;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:28:28:40:42:0.6:17:23:12:16:18:24:12:16 chr6 158509750 . A G 365.49 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0907142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3443;QD=21.4994;RBI=0.0927219;REFB=-0.0357564;REVB=0.0191906;RO=31;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212984;STB=0.518449;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0363392;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:31:36:37:0.544118:20:16:13:18:20:17:13:18 chr6 158517308 . A G 144.12 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0238848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9656;QD=24.0206;RBI=0.035609;REFB=0.0473727;REVB=0.0264106;RO=9;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491712;STB=0.786006;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0286849;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:14:1:4:5:14:1:4:5 chr6 158571501 . G A 227.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0188122;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5945;QD=13.6114;RBI=0.032101;REFB=-0.038804;REVB=-0.026011;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206882;STB=0.618467;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.032607;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:18:9:21:19:18:9:21:19 chr6 158735087 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3948;QD=57.1059;RBI=0.0389981;REFB=0;REVB=0.0153319;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197259;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr6 158735090 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.395;QD=57.1058;RBI=0.0203028;REFB=0;REVB=0.0196585;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02412e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr6 158923434 . G C 1482.87 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4882;QD=63.1009;RBI=0.0280861;REFB=0;REVB=0.00182178;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126751;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:43:51:0:0 chr6 158924088 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000832629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.048;QD=57.1021;RBI=0.0265722;REFB=0;REVB=0.0265591;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86602e-05;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr6 159065758 . C G 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.989;QD=59.8935;RBI=0.0474817;REFB=0.0143957;REVB=-0.0182902;RO=1;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868828;STB=0.504586;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-4.61699e-05;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:54:26:0:1:54:26:0:1 chr6 159178345 . C T 1606.65 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0542809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8347;QD=58.4237;RBI=0.0619737;REFB=-0.169798;REVB=0.0299051;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.504761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0111718;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:1:1:106:109:0.990909:57:49:1:0:57:52:1:0 chr6 159185781 . C T 341.06 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00892726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.9;QD=18.1901;RBI=0.0101214;REFB=-0.0333278;REVB=0.00476933;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185161;STB=0.58662;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0327443;OID=.;OPOS=159185781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:18:18:11:26:18:18:13:26 chr6 159650978 . A G 1859.34 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.368;QD=61.4658;RBI=0.024077;REFB=0;REVB=-0.0225679;RO=0;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07858e-05;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:58:63:0:0:58:63:0:0 chr6 159652931 . G C 753.54 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9736;QD=61.5133;RBI=0.0223404;REFB=-0.0757493;REVB=-0.00402955;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00172106;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:1:0:29:19:1:0 chr6 159654487 . G C,T 933.53 PASS AF=0.0151515,0.969697;AO=3,62;DP=66;FAO=1,64;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=1,26;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166413,0.0654671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.194,86.2744;QD=56.5776;RBI=0.0264211,0.086148;REFB=-0.131053,-0.138399;REVB=-0.0205217,0.0559958;RO=0;SAF=1,26;SAR=2,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51662e-08;STB=0.989913,0.506491;STBP=0.496,0.552;TYPE=snp,snp;VARB=0.0752308,0.00216122;OID=.,.;OPOS=159654487,159654487;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:66:66:0:1:3,62:1,64:0.0151515,0.969697:2,36:1,26:0:0:0,38:1,26:0:1 chr6 159654551 . C G 604.46 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.232516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3241;QD=57.5674;RBI=0.237667;REFB=0;REVB=0.0492175;RO=4;SAF=8;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00538002;OID=.;OPOS=159654551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:4:0:38:42:1:30:8:4:0:30:12:0:0 chr6 159654829 . G A 289.54 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.156837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7672;QD=46.3266;RBI=0.193369;REFB=-0.0803613;REVB=0.113109;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544278;STB=0.529387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0122531;OID=.;OPOS=159654829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:16:7:0:2:16:7:0:2 chr6 159654913 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.608;QD=51.1814;RBI=0.0734356;REFB=0;REVB=0.0734011;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129978;OID=.;OPOS=159654913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr6 159654994 . A C 373.22 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9734;QD=55.2915;RBI=0.00927753;REFB=0;REVB=-0.00507204;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074578;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:10:14:0:0:11:16:0:0 chr6 159655084 . C G 3914.38 PASS AF=0.988372;AO=253;DP=256;FAO=255;FDP=258;FR=.;FRO=3;FSAF=129;FSAR=126;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0158909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4427;QD=60.688;RBI=0.0245536;REFB=-0.0488224;REVB=0.0187178;RO=3;SAF=129;SAR=124;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394488;STB=0.502006;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00144508;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:256:258:3:3:253:255:0.988372:124:129:1:2:126:129:1:2 chr6 159655102 . A G 4122.89 PASS AF=0.989011;AO=213;DP=276;FAO=270;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=131;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259303;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.768;QD=60.4086;RBI=0.0328535;REFB=0;REVB=0.032751;RO=1;SAF=111;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010155;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:276:273:1:0:213:270:0.989011:102:111:1:0:139:131:0:0 chr6 159655103 . T G 157.82 PASS AF=0.166078;AO=43;DP=269;FAO=47;FDP=283;FR=.;FRO=236;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=120;FSRR=116;FWDB=0.00148143;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.965;QD=2.23063;RBI=0.0249892;REFB=-0.033098;REVB=0.0249452;RO=226;SAF=17;SAR=26;SRF=117;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157819;STB=0.551422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.1495;OID=.;OPOS=159655103;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:283:226:236:43:47:0.166078:26:17:117:109:26:21:120:116 chr6 159655326 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.469;QD=46.848;RBI=0.0372877;REFB=0;REVB=0.0240092;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470318;OID=.;OPOS=159655326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 159655383 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.691;QD=56.1913;RBI=0.0494764;REFB=0;REVB=-0.0377138;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4591e-05;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr6 159655402 . A G 497.81 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.722;QD=58.5656;RBI=0.0372104;REFB=0;REVB=0.00427052;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114943;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:23:34:1:12:11:0:0:14:20:0:0 chr6 159672419 . G C 1973.65 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.08;QD=61.1984;RBI=0.0435545;REFB=0.0321287;REVB=0.0104223;RO=1;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629447;STB=0.503311;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000185935;OID=.;OPOS=159672419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:75:53:0:1:75:53:0:1 chr6 159672542 . C T 582.86 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.504;QD=58.2864;RBI=0.0264036;REFB=-0.118804;REVB=0.0206611;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000405288;OID=.;OPOS=159672542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr6 160234625 . G C 1571.65 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135258;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.524;QD=64.1492;RBI=0.0208238;REFB=0;REVB=0.0158329;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201533;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr6 160328620 . C T 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0205663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.925;QD=16.5361;RBI=0.0269528;REFB=0.00245417;REVB=0.0174207;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141979;STB=0.580919;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00267528;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:7:16:10:8:7:16 chr6 160448324 . C G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00458219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2902;QD=21.0081;RBI=0.013815;REFB=0.010614;REVB=-0.013033;RO=24;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661685;STB=0.523102;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00710031;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:19:11:7:17:19:11:8:17 chr6 160453978 . A G 965.37 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203082;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.923;QD=58.5069;RBI=0.0349771;REFB=0;REVB=0.0349181;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102109;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:33:33:0:0 chr6 160464289 . G A 1979.32 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00500203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.892;QD=60.4373;RBI=0.0242441;REFB=-0.101647;REVB=0.0237225;RO=2;SAF=44;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110502;STB=0.505813;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000235261;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:85:44:0:2:85:44:0:2 chr6 160468278 . A G 181.02 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0129673;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.999;QD=10.4936;RBI=0.0355552;REFB=0.00249069;REVB=0.0331063;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670139;STB=0.559226;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00275478;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:46:22:23:0.333333:13:9:21:24:14:9:22:24 chr6 160494409 . A G 746.18 PASS AF=0.641509;AO=69;DP=107;FAO=68;FDP=106;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0217727;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.36;QD=28.1578;RBI=0.0306778;REFB=-0.0317383;REVB=0.0216119;RO=38;SAF=33;SAR=36;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125091;STB=0.565638;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0165917;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:38:38:69:68:0.641509:36:33:11:27:36:32:11:27 chr6 160505199 . C G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.062;QD=58.4183;RBI=0.0429774;REFB=0;REVB=0.0102786;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135444;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr6 160505207 . A G 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0288868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.395;QD=24.4534;RBI=0.0289893;REFB=-0.00939679;REVB=0.00243645;RO=24;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121622;STB=0.56663;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00447269;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:18:18:16:8:18:18:16:8 chr6 160517481 . C T 496.91 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0146811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.572;QD=16.8444;RBI=0.0154273;REFB=-0.00572329;REVB=-0.00474006;RO=64;SAF=23;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120867;STB=0.512424;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00455835;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:64:53:54:0.457627:30:23:27:37:30:24:27:37 chr6 160524773 . T A 171.4 PASS AF=0.59375;AO=15;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0386249;FXX=0.0302939;HRUN=9;LEN=1;MLLD=23.808;QD=21.4254;RBI=0.0579053;REFB=-0.0378931;REVB=0.0431409;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343571;STB=0.662462;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000628817;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:33:32:8:13:15:19:0.59375:2:13:4:4:4:15:6:7 chr6 160526904 . TCAAA T 161.33 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0112045;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.114;QD=17.925;RBI=0.0191587;REFB=-0.000339198;REVB=0.0155407;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.523782;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.000332875;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:17:38:17:36:19:7:10:7:12:99:19:7:10:6:13 chr6 160543123 . T C 520.48 PASS AF=0.361111;AO=20;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.23523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6158;QD=28.9158;RBI=0.23622;REFB=-0.0404695;REVB=0.0216099;RO=22;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599262;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0844368;OID=.;OPOS=160543123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:22:23:20:26:0.361111:18:2:4:18:23:3:5:18 chr6 160551204 . G C 721.89 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=155;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0217034;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.259;QD=18.873;RBI=0.0225086;REFB=0.00754959;REVB=-0.00596628;RO=77;SAF=28;SAR=47;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102047;STB=0.560114;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00603093;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:77:78:75:75:0.490196:47:28:37:40:47:28:38:40 chr6 160560845 . A G 389.56 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0396542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.738;QD=18.7741;RBI=0.0396924;REFB=-0.0185963;REVB=0.00174075;RO=42;SAF=27;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191767;STB=0.61812;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0171228;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:43:39:40:0.481928:12:27:21:21:12:28:21:22 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 144.39 PASS AF=0.338983;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0108759;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=8;MLLD=260.973;QD=9.78902;RBI=0.0127933;REFB=-0.00209188;REVB=0.00673679;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270009;STB=0.631632;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.00500835;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983:18:52:20:59:39:14:6:20:19:99:29:12:6:12:17 chr6 160645832 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.299;QD=60.9783;RBI=0.0377386;REFB=0;REVB=-0.0240102;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284047;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr6 160670282 . A C 3679.25 PASS AF=1;AO=233;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844583;FXX=0.00847422;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.658;QD=62.8932;RBI=0.0238649;REFB=-0.0516697;REVB=0.0223205;RO=2;SAF=89;SAR=144;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104378;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:234:2:0:233:234:1:144:89:0:2:145:89:0:0 chr6 160999692 . C T 489.19 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0176324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.894;QD=21.9863;RBI=0.030887;REFB=-0.00786816;REVB=0.0253595;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698726;STB=0.531632;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00774962;OID=.;OPOS=160999692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:47:47:0.52809:26:21:15:26:26:21:16:26 chr6 161085267 . C T 1436.43 PASS AF=0.96875;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0112102;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.409;QD=59.8511;RBI=0.022112;REFB=-0.115032;REVB=0.0190597;RO=2;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201612;STB=0.515786;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000809577;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:96:2:3:91:93:0.96875:46:45:0:2:46:47:0:3 chr6 161137779 . T C 255.83 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0544797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6284;QD=17.9533;RBI=0.0548208;REFB=-0.0121163;REVB=-0.00610553;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337418;STB=0.525878;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0110328;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:11:17:18:10:11:17:19:10 chr6 161139480 . C T 157.82 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0619648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9989;QD=10.02;RBI=0.064094;REFB=-0.00170518;REVB=-0.0163833;RO=41;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144072;STB=0.551674;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0047528;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:41:42:20:21:0.333333:14:6:17:24:14:7:17:25 chr6 161173946 . T G 3186.37 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113686;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.823;QD=64.0476;RBI=0.0171647;REFB=0;REVB=0.017127;RO=0;SAF=112;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035819;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:197:199:1:85:112:0:0:86:113:0:0 chr6 161469774 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4724;QD=59.0184;RBI=0.0337878;REFB=0;REVB=0.0242534;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747214;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr6 161538250 . G A 2324.35 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.517;QD=59.5988;RBI=0.0267063;REFB=-0.0981407;REVB=0.0254561;RO=2;SAF=92;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478478;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:2:0:154:156:1:62:92:0:2:64:92:0:0 chr6 162137099 . CATCTT C 316.9 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.000307024;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=5;MLLD=320.69;QD=15.2724;RBI=0.0124955;REFB=-0.00691419;REVB=0.0124917;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259377;STB=0.531897;STBP=0.629;TYPE=del;VARB=0.00908998;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421687:34:86:35:83:48:15:20:18:30:99:49:14:20:19:30 chr6 163587146 . C G 1624.94 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261981;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.78;QD=59.6309;RBI=0.0568208;REFB=0;REVB=0.0504209;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80627e-06;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:102:109:1:44:58:0:0:51:58:0:0 chr6 165895824 . T C 411.72 PASS AF=0.4;AO=47;DP=119;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0794363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.49;QD=13.724;RBI=0.0796658;REFB=-0.0112901;REVB=0.00604222;RO=72;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332069;STB=0.52499;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0149055;OID=.;OPOS=165895824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:72:72:47:48:0.4:24:23:33:39:24:24:33:39 chr6 166307718 . T C 1511.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.236;QD=63.6477;RBI=0.0127224;REFB=0;REVB=0.0120491;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50582e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr6 166308090 . AT TC 3432.46 PASS AF=1;AO=215;DP=218;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924969;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.157;QD=62.6933;RBI=0.0544876;REFB=0;REVB=0.0536968;RO=0;SAF=102;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.32308e-05;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:219:0:0:215:219:1:113:102:0:0:117:102:0:0 chr6 166308584 . C A 1212.07 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116669;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.323;QD=61.3707;RBI=0.118059;REFB=0;REVB=-0.018063;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922362;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr6 166308611 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.996;QD=60.0309;RBI=0.0317586;REFB=0;REVB=-0.0120173;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60415e-05;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr6 166308682 . G GAAAT 603.46 PASS AF=0.857143;AO=47;DP=59;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0151773;FXX=0.0819538;HRUN=3;LEN=4;MLLD=312.434;QD=43.1044;RBI=0.0243207;REFB=-0.027295;REVB=0.0190039;RO=8;SAF=28;SAR=19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614687;STB=0.533728;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.00376933;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:47:59:48:56:8:29:19:3:5:46:8:28:19:3:5 chr6 166308924 . G A 1328.24 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.935;QD=61.0686;RBI=0.00392671;REFB=-0.0792794;REVB=-0.00246382;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200824;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:0:0:86:87:1:55:31:0:0:56:31:0:0 chr6 166309167 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.535;QD=53.9108;RBI=0.0387336;REFB=0;REVB=-0.00736191;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198219;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr6 166309245 . A T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00880517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.799;QD=43.6818;RBI=0.0102465;REFB=0.0235783;REVB=0.00524013;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843034;STB=0.504583;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00336536;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:1:1:11:9:1:1 chr6 166309249 . G T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.2573;QD=51.1809;RBI=0.0498705;REFB=0;REVB=0.0227474;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182551;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 166309288 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4679;QD=59.4356;RBI=0.054118;REFB=0;REVB=0.0210297;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801802;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr6 166571157 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00571195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.806;QD=16.6611;RBI=0.0239669;REFB=-0.00385521;REVB=-0.0232763;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073913;STB=0.541637;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00552373;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:15:17:17:11:15:17 chr6 166571164 . T G 284.46 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.034053;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.765;QD=19.9623;RBI=0.0346138;REFB=-0.0110544;REVB=-0.00620511;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069685;STB=0.538815;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0109324;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:12:15:19:11:12:15 chr6 166572005 . T C 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00528613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.631;QD=15.1589;RBI=0.0346491;REFB=-0.00134225;REVB=-0.0342435;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889544;STB=0.559929;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0018303;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:11:5:5:16:11:5:5:17 chr6 166721211 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.074;QD=37.4885;RBI=0.0600106;REFB=0;REVB=0.022879;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698007;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 166721224 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.046;QD=37.4886;RBI=0.0183506;REFB=0;REVB=0.0164397;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26206e-05;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 166736362 . C T 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0135447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.903;QD=22.7688;RBI=0.0216188;REFB=-0.00701833;REVB=0.0168497;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199349;STB=0.60931;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00801461;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:23:21:26:10:23:21:26:10 chr6 166755975 . T C 821.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.719;QD=56.6369;RBI=0.0644856;REFB=0;REVB=-0.000151952;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225279;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:32:22:0:0:33:25:0:0 chr6 166755979 . A C 801.22 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.424;QD=57.2298;RBI=0.00623283;REFB=0;REVB=0.0048537;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43595e-06;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chr6 166778679 . T G 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0878;QD=56.9324;RBI=0.041282;REFB=0;REVB=0.0376204;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136759;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr6 166826255 . G A 107.3 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0252202;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.482;QD=20.4371;RBI=0.0288052;REFB=-0.0265663;REVB=-0.0139169;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155545;STB=0.588097;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0211142;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:2:7:7:5:2:7 chr6 166826304 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0197761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.033;QD=19.018;RBI=0.0389013;REFB=-0.029413;REVB=-0.0334995;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103688;STB=0.558748;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0126719;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:4:10:9:6:4:10 chr6 166889281 . T A 980.57 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169514;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.352;QD=59.4286;RBI=0.04658;REFB=0;REVB=0.0433861;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21763e-05;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr6 166889331 . CAG C 1003.37 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017058;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.583;QD=59.9029;RBI=0.0294896;REFB=0;REVB=0.0240554;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000203484;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:67:67:0:28:39:0:0:5:0:28:39:0:0 chr6 166952264 . G A 905.89 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177807;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7405;QD=58.4443;RBI=0.0189741;REFB=0;REVB=-0.00662292;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003002;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr6 167040463 . A G 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0183383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9121;QD=10.0154;RBI=0.0259518;REFB=0.00341868;REVB=-0.0183631;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011676;STB=0.506843;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0097321;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:12:11:22:25:12:11:22:25 chr6 167271711 . T C 1360.96 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343278;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6113;QD=62.5729;RBI=0.0145481;REFB=0;REVB=0.0141373;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583033;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:43:44:0:0 chr6 167271716 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000453124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.665;QD=62.1623;RBI=0.0161182;REFB=0;REVB=0.0161118;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64489e-05;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr6 167352104 . C A 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00833236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.96;QD=13.495;RBI=0.0121986;REFB=-0.00147749;REVB=0.00890942;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164912;STB=0.601075;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00260844;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:11:18:20:23:11:18:20:24 chr6 167570931 . G A 540.14 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0126209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3948;QD=22.0464;RBI=0.0340786;REFB=-0.0293048;REVB=0.0316554;RO=47;SAF=17;SAR=34;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106374;STB=0.5588;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0380454;OID=.;OPOS=167570931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:34:17:21:26:34:17:21:26 chr6 167571048 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9657;QD=63.7516;RBI=0.0285809;REFB=0;REVB=0.00159071;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114462;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr6 167571430 . A T 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.871;QD=62.7681;RBI=0.0144193;REFB=0;REVB=0.00965282;RO=0;SAF=50;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87238e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:84:50:0:0:84:50:0:0 chr6 167590541 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.832;QD=60.2293;RBI=0.0175046;REFB=0;REVB=0.0137638;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7187e-05;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr6 167590574 . G C 346.03 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.752;QD=53.2346;RBI=0.050482;REFB=0;REVB=-0.0116286;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032089;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:14:10:0:0:15:11:0:0 chr6 167592524 . T C 334.23 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0026335;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.173;QD=16.304;RBI=0.0225816;REFB=-0.0134705;REVB=0.0224276;RO=46;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148017;STB=0.583287;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0144107;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:15:21:20:26:15:21:20:26 chr6 167592576 . G A 403.88 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.056966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8295;QD=19.464;RBI=0.0582967;REFB=-0.0347965;REVB=0.0123847;RO=42;SAF=25;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224538;STB=0.615419;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0280934;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:42:40:41:0.493976:15:25:16:26:16:25:16:26 chr6 167709702 . G A 777.03 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=145;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0102217;FXX=0.00657851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.836;QD=20.5836;RBI=0.0154803;REFB=-0.0199269;REVB=-0.0116257;RO=67;SAF=48;SAR=30;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811115;STB=0.560654;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0153592;OID=.;OPOS=167709702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:67:73:78:78:0.516556:30:48:35:32:30:48:36:37 chr6 167719436 . G A 452.16 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00896717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.692;QD=19.4479;RBI=0.0349788;REFB=-0.0172485;REVB=0.0338099;RO=48;SAF=28;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13582;STB=0.57559;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0240228;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:17:28:23:25:17:28:23:25 chr6 167728774 . TG CA,CG 676.16 PASS AF=0.36,0.64;AO=17,25;DP=47;FAO=18,32;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11,19;FSAR=7,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368342,-0.000920463;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=73.0954,115.73;QD=54.0931;RBI=0.0431611,0.0132135;REFB=0,0;REVB=-0.0430036,-0.0131814;RO=0;SAF=10,18;SAR=7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00344429,0.00436006;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:50:0:0:17,25:18,32:0.36,0.64:7,7:10,18:0:0:7,13:11,19:0:0 chr6 167753691 . C T 815.75 PASS AF=0.50303;AO=83;DP=165;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0122014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6704;QD=19.7757;RBI=0.0122071;REFB=-0.000786308;REVB=-0.000375437;RO=80;SAF=44;SAR=39;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093676;STB=0.545179;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000865625;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:80:82:83:83:0.50303:39:44:34:46:39:44:36:46 chr6 167754018 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00570387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.301;QD=14.5589;RBI=0.0104977;REFB=-0.0168515;REVB=0.00881296;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167473;STB=0.594929;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0211676;OID=.;OPOS=167754018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:14:12:22:13:14:12:22:13 chr6 167754661 . A G 1429.1 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.753;QD=62.1347;RBI=0.0107873;REFB=0;REVB=0.00687516;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50308e-05;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:1:0:85:92:1:44:41:0:1:50:42:0:0 chr6 167754702 . C T 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0110457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6236;QD=14.8155;RBI=0.0123578;REFB=-0.00323709;REVB=-0.00554145;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355752;STB=0.52015;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00706624;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:17:18:24:26:17:18:24:26 chr6 167796280 . C T 859.7 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.841;QD=54.5838;RBI=0.042508;REFB=-0.076107;REVB=0.0402154;RO=2;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557531;STB=0.502954;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00184829;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:25:36:1:1:25:36:1:1 chr6 167796309 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.838;QD=57.3858;RBI=0.0505512;REFB=0;REVB=0.0341377;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53531e-05;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr6 167796319 . T C 829.51 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.46;QD=57.2077;RBI=0.0509313;REFB=0;REVB=0.0398121;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16034e-05;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:28:30:0:0 chr6 168070284 . G T 469.77 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0141419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.942;QD=28.9088;RBI=0.0281121;REFB=-0.03428;REVB=0.024296;RO=22;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135873;STB=0.573854;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0221545;OID=.;OPOS=168070284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:18:25:8:14:18:25:8:14 chr6 168294583 . G A 348.26 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00173078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.176;QD=20.7918;RBI=0.0116077;REFB=-0.0115277;REVB=-0.0114779;RO=26;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349192;STB=0.531628;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.013925;OID=.;OPOS=168294583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:26:31:35:36:0.537313:15:20:16:10:15:21:16:15 chr6 168323664 . A G 1134.68 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2674;QD=60.516;RBI=0.0638095;REFB=0;REVB=-0.0265202;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000801967;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr6 168343838 . T C 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3417;QD=59.8314;RBI=0.0784056;REFB=0;REVB=0.0240156;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521454;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr6 168349011 . C T 586.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734061;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.463;QD=60.1554;RBI=0.00787979;REFB=0;REVB=0.00286471;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987089;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:22:16:0:1:23:16:0:0 chr6 168376866 . T C 116.09 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4823;QD=42.2136;RBI=0.0163105;REFB=0;REVB=0.0158967;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112038;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:10:1:0:0 chr6 168376869 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.78;QD=42.1826;RBI=0.031503;REFB=0;REVB=-0.00287313;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392017;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr6 168376881 . TGG GTT 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.564;QD=35.5759;RBI=0.0128193;REFB=0;REVB=-0.0128193;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000204106;OID=.;OPOS=168376881;OREF=TGG;OALT=GTT;OMAPALT=GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr6 168376892 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9115;QD=33.4277;RBI=0.00400981;REFB=0;REVB=0.00400981;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383086;OID=.;OPOS=168376892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 168457801 . A G 1051.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.631;QD=59.22;RBI=0.0261494;REFB=0;REVB=0.019217;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047398;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:31:40:0:0 chr6 168457966 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.822;QD=63.2858;RBI=0.0412087;REFB=0;REVB=0.00779552;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277096;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr6 168459790 . G T 1598.59 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326589;FXX=0.0181802;HRUN=7;LEN=1;MLLD=61.7631;QD=59.2071;RBI=0.0668816;REFB=0.0294433;REVB=0.0583656;RO=1;SAF=60;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784535;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000366209;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:47:60:1:0:47:60:1:0 chr6 168459792 . G A 1623.68 PASS AF=0.965217;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00624071;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=282.766;QD=56.476;RBI=0.0164978;REFB=-0.0215564;REVB=0.0152719;RO=4;SAF=64;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225972;STB=0.511589;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=2.13027e-05;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:4:4:110:111:0.965217:46:64:1:3:47:64:1:3 chr6 168459845 . G C 2367.18 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.93;QD=61.0885;RBI=0.0297806;REFB=0;REVB=0.027921;RO=0;SAF=86;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68327e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:69:86:0:0:69:86:0:0 chr6 168479604 . G A 1541.18 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.967;QD=59.8515;RBI=0.0292737;REFB=0;REVB=0.0246546;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81421e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:50:52:0:0:50:53:0:0 chr6 168482110 . C T 1234.51 PASS AF=1;AO=66;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.415;QD=60.2199;RBI=0.0788861;REFB=0;REVB=0.0573416;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236208;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:66:82:1:38:28:0:0:52:30:0:0 chr6 168694594 . C T 1785.83 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7169;QD=61.0541;RBI=0.0444358;REFB=0;REVB=0.0119608;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178633;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr6 168695309 . C T 1884.75 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00504491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2004;QD=59.8334;RBI=0.0163522;REFB=-0.0285396;REVB=-0.0155545;RO=1;SAF=78;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605289;STB=0.506328;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000442925;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:46:78:1:0:46:78:2:0 chr6 168695345 . G A 2492.61 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0901;QD=61.546;RBI=0.0537653;REFB=0;REVB=0.0537642;RO=0;SAF=90;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234701;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:72:90:0:0:72:90:0:0 chr6 168708751 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00787349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.319;QD=7.95465;RBI=0.0257676;REFB=-0.0153714;REVB=-0.0245353;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0453749;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:9:10:5:3:9:10 chr6 168708793 . C G 75.01 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00897372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.449;QD=11.1127;RBI=0.0189332;REFB=-0.0279344;REVB=-0.0166715;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756198;STB=0.545363;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0525947;OID=.;OPOS=168708793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:8:9:6:4:8:9 chr6 168708816 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00266958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.805;QD=9.82172;RBI=0.0193908;REFB=-0.0109518;REVB=0.0192062;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157663;STB=0.57818;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0210334;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:21:23:11:11:0.323529:7:4:5:16:7:4:6:17 chr6 168709385 . T C 346.54 PASS AF=0.385321;AO=41;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0210131;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.183;QD=12.7171;RBI=0.0267392;REFB=-0.00731707;REVB=-0.0165359;RO=67;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17078;STB=0.602549;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0128152;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:67:41:42:0.385321:18:23:27:40:18:24:27:40 chr6 169064933 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0192349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.8;QD=15.7005;RBI=0.0254848;REFB=0.00295293;REVB=-0.0167181;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191332;STB=0.599859;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00340961;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:4:11:10:8:4:11:11:8 chr6 169067133 . G A 45.15 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=22;FAO=4;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0191712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.339;QD=8.20896;RBI=0.0494777;REFB=-0.000349459;REVB=0.0456126;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542477;STB=0.849324;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00162199;OID=.;OPOS=169067133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:22:22:13:14:5:4:0.181818:1:4:13:0:1:3:14:0 chr6 170033086 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.61;QD=60.8835;RBI=0.0261923;REFB=0;REVB=0.00518606;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47033e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr6 170059627 . G A 403.6 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.689;QD=55.6688;RBI=0.0805473;REFB=0;REVB=0.0466324;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939439;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr6 170064322 . T C 396.89 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.019099;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6064;QD=21.4533;RBI=0.0192444;REFB=-0.0212857;REVB=-0.00236099;RO=35;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138595;STB=0.572331;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.017846;OID=.;OPOS=170064322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:34:39:40:0.540541:26:13:17:18:27:13:16:18 chr6 170068180 . A G 2102.06 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2307;QD=62.7479;RBI=0.103685;REFB=0;REVB=-0.100122;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000629411;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:64:70:0:0:64:70:0:0 chr6 170070723 . A G 977.16 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.208;QD=59.2219;RBI=0.0761603;REFB=0;REVB=0.0469481;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400722;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:32:25:0:0:32:34:0:0 chr6 170102267 . A G 669.66 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3139;QD=62.2943;RBI=0.0192452;REFB=0;REVB=-0.0167924;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73373e-05;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr6 170103508 . G GT 496.04 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4145;QD=46.1428;RBI=0.0728296;REFB=0;REVB=0.00566187;RO=3;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167197;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00255603;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:43:43:0:20:23:0:0:9:3:19:22:1:2 chr6 170190200 . G A 1934.49 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1446;QD=61.9037;RBI=0.0895602;REFB=0;REVB=0.0645814;RO=0;SAF=42;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397203;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:80:42:0:0:83:42:0:0 chr6 170190659 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.909;QD=53.9111;RBI=0.0527558;REFB=0;REVB=-0.0124347;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051915;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr6 170591923 . T G 1134.31 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.025915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.958;QD=56.7153;RBI=0.0320704;REFB=-0.0421196;REVB=-0.0188925;RO=3;SAF=36;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141655;STB=0.50749;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000277652;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:41:36:2:1:41:36:2:1 chr6 170626943 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7325;QD=57.6748;RBI=0.0509121;REFB=0;REVB=-0.0492434;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013521;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr6 170627586 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1878;QD=47.822;RBI=0.165856;REFB=0;REVB=0.144022;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00870552;OID=.;OPOS=170627586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 170627614 . T C 211.49 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.270061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.049;QD=44.5232;RBI=0.278319;REFB=-0.148937;REVB=0.0672923;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.037484;OID=.;OPOS=170627614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:0:1:11:7:0:1 chr6 170627761 . A G 44.85 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.238465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4687;QD=19.9349;RBI=0.241435;REFB=-0.236265;REVB=-0.0377537;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.66617;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0268776;OID=.;OPOS=170627761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:0:3:3:3:0:3 chr6 170627797 . A G 163.8 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.164797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.926;QD=38.54;RBI=0.166648;REFB=0.00231969;REVB=-0.0247686;RO=2;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129617;STB=0.571332;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0023113;OID=.;OPOS=170627797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:17:17:2:2:15:15:0.882353:6:9:0:2:6:9:0:2 chr6 170628009 . T G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.402;QD=61.6818;RBI=0.0313057;REFB=0;REVB=0.00775725;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131698;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 170845354 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.021;QD=62.0219;RBI=0.0444796;REFB=0;REVB=0.0443672;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340072;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr6 170862300 . G C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.624;QD=59.8331;RBI=0.022879;REFB=0;REVB=0.00960633;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5668e-05;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chr6 170878793 . T C 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.546;QD=63.5233;RBI=0.0207505;REFB=0;REVB=0.0191192;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3719e-05;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:83:59:0:0:83:59:0:0 chr6 170887693 . G C 215.69 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.126;QD=47.9309;RBI=0.041574;REFB=0;REVB=0.0048714;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909154;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:9:8:1:0:9:9:0:0 chr7 228527 . TG GT,T 407.39 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=12,22;DP=39;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201712,0.159741;FXX=0.0749813;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=30.3168,17.1299;QD=44.0421;RBI=0.160524,0.179755;REFB=0.00784592,-0.0599173;REVB=-0.159252,0.0824294;RO=3;SAF=1,6;SAR=11,16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.516484;SSSB=-0.405314,-0.10369;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0257009,0.0311969;OID=.,.;OPOS=228527,228528;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:37:3:0:12,22:3,34:0.0810811,0.918919:11,16:1,6:2:1:2,26:1,8:0:0 chr7 286402 . A G 181.33 PASS AF=0.408163;AO=16;DP=53;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0100672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.256;QD=14.8026;RBI=0.0152054;REFB=0.0101135;REVB=0.0113954;RO=29;SAF=2;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539009;STB=0.781764;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.029323;OID=.;OPOS=286402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:49:29:29:16:20:0.408163:14:2:16:13:17:3:16:13 chr7 470239 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.802;QD=62.161;RBI=0.041794;REFB=0;REVB=-0.0247668;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48372e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:59:26:0:0:59:26:0:0 chr7 470281 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.11;QD=63.872;RBI=0.0132882;REFB=0;REVB=0.0047714;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85195e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr7 470316 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0083;QD=51.1844;RBI=0.035275;REFB=0;REVB=0.0346997;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101044;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr7 552046 . A G 495.03 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0167696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.465;QD=20.6262;RBI=0.0188245;REFB=-0.00628899;REVB=-0.00855229;RO=48;SAF=21;SAR=27;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578393;STB=0.531987;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00379331;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:27:21:18:30:27:21:18:30 chr7 624220 . GT GA,GG 3109.76 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=9,174;DP=220;FAO=10,200;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5,86;FSAR=5,114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086008,0.0382061;FXX=0.0454525;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.053,169.098;QD=59.2335;RBI=0.091444,0.0438511;REFB=0,0;REVB=0.0310585,0.0215224;RO=0;SAF=4,73;SAR=5,101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0331168,-0.000575328;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:9,174:220:10,200:210:0:5,86:5,114:0:0:16:0:4,73:5,101:0:0 chr7 897492 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.021;QD=57.1063;RBI=0.0275382;REFB=0;REVB=0.0237861;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64436e-05;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr7 926827 . T C 941.55 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055408;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.618;QD=58.8468;RBI=0.010243;REFB=0;REVB=0.00861506;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189147;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:31:33:0:0 chr7 940181 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.766;QD=61.5107;RBI=0.0246372;REFB=0.00459457;REVB=0.0241142;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=5.15376e-05;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr7 959692 . G A 1416.91 PASS AF=0.524528;AO=139;DP=264;FAO=139;FDP=265;FR=.;FRO=126;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.00990564;FXX=0.00749036;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.8351;QD=21.3873;RBI=0.00998245;REFB=-0.0101589;REVB=-0.00123601;RO=124;SAF=73;SAR=66;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426461;STB=0.523294;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00793723;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:124:126:139:139:0.524528:66:73:59:65:66:73:60:66 chr7 1481919 . C A 836.98 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836685;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.789;QD=57.7229;RBI=0.0215174;REFB=0;REVB=0.0198241;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2533e-05;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr7 1484571 . CA C,CG,GG 143.84 PASS AF=0,0.923077,0.0769231;AO=2,9,2;DP=13;FAO=0,12,1;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,1;FSAR=0,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118942,-0.0603126,-0.0497713;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=151.222,86.99,64.8682;QD=44.2576;RBI=0.0224864,0.0610495,0.0500245;REFB=0,0,0;REVB=0.022455,0.00945677,0.00502587;RO=0;SAF=0,8,2;SAR=2,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0,-0.00105953,0.0897711;OID=.,.,.;OPOS=1484572,1484572,1484571;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GG;OMAPALT=C,CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:13:13:0:0:2,9,2:0,12,1:0,0.923077,0.0769231:2,1,0:0,8,2:0:0:0,3,0:0,9,1:0:0 chr7 1533513 . A G 2083.68 PASS AF=0.978417;AO=135;DP=140;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00847068;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.015;QD=59.962;RBI=0.00847961;REFB=-0.0345148;REVB=-0.000389213;RO=3;SAF=70;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765801;STB=0.504079;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-9.57669e-06;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:139:3:3:135:136:0.978417:65:70:1:2:65:71:1:2 chr7 1538614 . G A 647.24 PASS AF=1;AO=38;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.683;QD=50.7636;RBI=0.0357117;REFB=0;REVB=0.0324854;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380207;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:38:51:1:15:23:0:0:27:24:0:0 chr7 1542697 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.775;QD=63.869;RBI=0.042451;REFB=0;REVB=0.0378065;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245952;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr7 1542814 . T C 279.97 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3138;QD=50.9039;RBI=0.0709184;REFB=0;REVB=0.023999;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00704996;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:19:22:1:5:14:0:0:5:17:0:0 chr7 1543981 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.473;QD=62.6709;RBI=0.0393773;REFB=0;REVB=-0.00344487;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183756;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr7 1544128 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.755;QD=48.7369;RBI=0.0598228;REFB=0;REVB=0.0285729;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100346;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr7 1586653 . A AGCC 54.48 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574066;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.68;QD=36.317;RBI=0.0621718;REFB=0;REVB=0.0238708;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78221;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000309119;OID=.;OPOS=1586654;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:8:6:6:0:0:6:0:0:4:2:0:5:2:0 chr7 1586662 . T C 88.31 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.684;QD=39.2507;RBI=0.0531411;REFB=0;REVB=0.0456754;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027945;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:7:0:0:0:7:2:0:0 chr7 1588363 . AC A 36.41 PASS AF=0.310345;AO=10;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0693115;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9371;QD=5.02215;RBI=0.12142;REFB=-0.0972164;REVB=-0.0996928;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388745;STB=0.711359;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0994836;OID=.;OPOS=1588364;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:10:30:9:29:20:7:2:10:10:36:19:8:2:9:10 chr7 1588391 . A G 260.04 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333104;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3912;QD=52.0087;RBI=0.061743;REFB=0;REVB=0.0519867;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114172;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr7 1588549 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.867;QD=45.8068;RBI=0.0364197;REFB=0;REVB=-0.00786185;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353957;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr7 1588768 . G A 123.25 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00411999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.958;QD=37.9223;RBI=0.0454932;REFB=-0.119902;REVB=-0.0453062;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00809758;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr7 1594986 . GGC G,GG 602.69 PASS AF=0.985075,0;AO=38,9;DP=68;FAO=66,0;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28,0;FSAR=38,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106068,-0.128659;FXX=0.0147037;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.9475,10.9694;QD=35.9817;RBI=0.129482,0.190885;REFB=-0.0603902,0.0305487;REVB=0.0742642,0.141011;RO=7;SAF=11,5;SAR=27,4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.0947213,-0.0121106;STB=0.508769,0.5;STBP=0.31,1;TYPE=del,del;VARB=0.00174567,0;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985075,0:38,9:68:66,0:67:1:28,0:38,0:1:0:5:7:11,5:27,4:4:3 chr7 1595068 . G A 271.08 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00212511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.269;QD=30.1199;RBI=0.057457;REFB=0.0170606;REVB=0.0574177;RO=11;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108185;STB=0.542219;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00537428;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:11:12:24:24:0.666667:11:13:8:3:11:13:8:4 chr7 1878377 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.977;QD=57.5452;RBI=0.00537762;REFB=0;REVB=-0.00191294;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64712e-06;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr7 1878453 . T A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8416;QD=60.2043;RBI=0.0295898;REFB=0;REVB=0.0273718;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227444;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr7 1886937 . C T 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.954;QD=61.7736;RBI=0.0149242;REFB=0;REVB=-0.0148168;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75446e-05;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr7 1887362 . G A 1325.14 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.013;QD=60.9259;RBI=0.0477647;REFB=-0.0683642;REVB=0.0231668;RO=1;SAF=34;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01373;STB=0.507245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000136171;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:52:34:1:0:52:34:1:0 chr7 1976457 . C T 1733.18 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.472;QD=59.7649;RBI=0.019995;REFB=-0.116426;REVB=0.0190969;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000586255;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:59:56:0:0:59:56:0:1 chr7 2257612 . G A 1482.77 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4343;QD=63.0966;RBI=0.0410217;REFB=0;REVB=0.00683233;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040011;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:57:37:0:0 chr7 2297006 . A G 1614.22 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0111916;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.372;QD=58.17;RBI=0.0133141;REFB=-0.0653766;REVB=-0.00721201;RO=2;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186042;STB=0.509802;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000118467;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:111:2:2:107:109:0.981982:50:57:0:2:50:59:0:2 chr7 2303986 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.377;QD=59.8325;RBI=0.0643425;REFB=0;REVB=0.0543201;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373902;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr7 2314844 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00753197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.205;QD=13.8304;RBI=0.0175477;REFB=-0.00109714;REVB=-0.0158491;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742062;STB=0.542246;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000903954;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:23:16:13:14:23:16 chr7 2405952 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0358467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8348;QD=11.6331;RBI=0.0377887;REFB=-0.00467083;REVB=0.0119582;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.713815;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0148265;OID=.;OPOS=2405952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:8:8:8:2:8:8 chr7 2406619 . CTTTTTTTTG CTTTTGGTTG,CTTTTTGTTG,CTTTTTTGTT,CTTTTTTTG 447.4 PASS AF=0,0.438596,0.0175439,0.54386;AO=2,2,2,19;DP=57;FAO=0,25,1,31;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,1,0;FSAR=0,0,0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135062,0.195575,0.243724,-0.657228;FXX=0.0338926;HRUN=8,8,8,8;LEN=2,1,3,1;MLLD=179.154,175.263,180.569,6.97906;QD=31.3964;RBI=0.135232,0.195694,0.243795,0.68288;REFB=0.00610656,0.00570898,0.00639414,0.00639106;REVB=0.00678085,0.00681501,0.00586599,0.185409;RO=9;SAF=2,2,2,0;SAR=0,0,0,19;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.819737,0.819737,0.819737,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp,del;VARB=0,-0.00174612,0.19472,0.0650033;OID=.,.,.,.;OPOS=2406624,2406625,2406626,2406620;OREF=TT,T,TTG,T;OALT=GG,G,GTT,-;OMAPALT=CTTTTGGTTG,CTTTTTGTTG,CTTTTTTGTT,CTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.438596,0.0175439,0.54386:2,2,2,19:57:0,25,1,31:57:0:0,25,1,0:0,0,0,31:0:0:99:9:2,2,2,0:0,0,0,19:0:9 chr7 2473087 . C T 382.58 PASS AF=0.39823;AO=44;DP=112;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0055773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.722;QD=13.5427;RBI=0.0190419;REFB=-0.0156892;REVB=-0.0182068;RO=68;SAF=22;SAR=22;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142135;STB=0.573202;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.029613;OID=.;OPOS=2473087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:68:68:44:45:0.39823:22:22:43:25:22:23:43:25 chr7 2473130 . G C 391.74 PASS AF=0.428571;AO=37;DP=93;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00318512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.983;QD=15.9894;RBI=0.00765928;REFB=-0.0188418;REVB=0.0069656;RO=55;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166158;STB=0.597645;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0229652;OID=.;OPOS=2473130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:55:56:37:42:0.428571:20:17:34:21:23:19:35:21 chr7 2473559 . A C 384.91 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0638789;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.574;QD=22.9796;RBI=0.064385;REFB=0.0108266;REVB=-0.00805648;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303631;STB=0.660704;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0065009;OID=.;OPOS=2473559;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:29:38:38:0.567164:17:21:5:25:17:21:5:24 chr7 2473723 . A C 68.08 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0500802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0852;QD=11.8399;RBI=0.0579916;REFB=-0.00320737;REVB=0.0292403;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435623;STB=0.756249;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0159772;OID=.;OPOS=2473723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:3:11:3:6:3:11 chr7 2552825 . G A 267.5 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0438964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9291;QD=21.8363;RBI=0.0446782;REFB=0.0258094;REVB=0.00832154;RO=24;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225028;STB=0.627075;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0247117;OID=.;OPOS=2552825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:19:6:11:13:19:6:11:13 chr7 2552881 . A AGATG 159.69 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00807681;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=4;MLLD=204.882;QD=16.8098;RBI=0.0140122;REFB=-0.0449478;REVB=-0.0114502;RO=34;SAF=1;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554886;STB=0.831842;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.060409;OID=.;OPOS=2552882;OREF=-;OALT=GATG;OMAPALT=AGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:17:52:17:38:21:1:16:8:13:99:34:1:16:12:22 chr7 2577919 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0226334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.324;QD=17.8005;RBI=0.0296845;REFB=-0.0191094;REVB=-0.0192068;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048064;STB=0.52737;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.029417;OID=.;OPOS=2577919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:12:12:11:9:12:12 chr7 2578246 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00778949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.608;QD=14.9788;RBI=0.0336058;REFB=-0.0165856;REVB=0.0326906;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0169212;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:6:5:4:6:6:5 chr7 2611878 . T C 332.08 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0204097;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8238;QD=18.4491;RBI=0.04257;REFB=-0.0368693;REVB=0.0373583;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142554;STB=0.572992;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0237252;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:21:14:20:16:21:14:20:17 chr7 2613042 . G C 603.71 PASS AF=0.508197;AO=61;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00341641;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.47;QD=19.7936;RBI=0.0203167;REFB=-0.0342167;REVB=-0.0200273;RO=59;SAF=31;SAR=30;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105488;STB=0.556944;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.02394;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:60:61:62:0.508197:30:31:23:36:30:32:24:36 chr7 2644519 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0073829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.159;QD=14.1389;RBI=0.00763218;REFB=-0.0107836;REVB=-0.00193467;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51953;STB=0.807205;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0101269;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:2:12:8:12:2:12:8:12 chr7 2645526 . G A 676.58 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.019809;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.797;QD=16.8094;RBI=0.0362702;REFB=-0.0233855;REVB=0.030383;RO=80;SAF=27;SAR=46;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196032;STB=0.632991;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0273771;OID=.;OPOS=2645526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:80:88:73:73:0.453416:46:27:46:34:46:27:54:34 chr7 2645552 . A G 690.97 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00282139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9508;QD=19.3279;RBI=0.0184833;REFB=-0.0496879;REVB=-0.0182667;RO=74;SAF=30;SAR=39;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111701;STB=0.561759;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.051273;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:69:69:0.482517:39:30:41:33:39:30:41:33 chr7 2646950 . T G 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0113026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.412;QD=20.485;RBI=0.0270276;REFB=-0.0325989;REVB=0.0245508;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641068;STB=0.536531;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0151798;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:3:8:11:3:3:8 chr7 2649704 . T G 341.11 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00748806;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.474;QD=16.0524;RBI=0.0113073;REFB=-0.00746987;REVB=-0.00847251;RO=48;SAF=11;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209615;STB=0.623218;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00622315;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:36:37:0.435294:25:11:24:24:26:11:24:24 chr7 2653792 . C A 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0110681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.72;QD=12.0498;RBI=0.0644011;REFB=0.00679232;REVB=-0.0634428;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0296803;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr7 2702316 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00399682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.418;QD=17.3211;RBI=0.031051;REFB=-0.0149821;REVB=0.0307927;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.529375;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0133107;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:8:9:8:8:8:10 chr7 2748758 . G C 264.69 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0254117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.317;QD=20.7597;RBI=0.0383733;REFB=0.00972391;REVB=0.0287533;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114944;STB=0.564307;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0188453;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:10:14:19:8:10:14 chr7 2748803 . C T 146.2 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0221903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.639;QD=12.7129;RBI=0.0240528;REFB=-0.0133399;REVB=0.00928059;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268624;STB=0.648467;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0270144;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:12:5:15:13:12:5:15:14 chr7 2752152 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0179984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.641;QD=18.2502;RBI=0.0260609;REFB=-0.0409797;REVB=-0.0188474;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222303;STB=0.618866;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.024616;OID=.;OPOS=2752152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:15:15:0.5:2:13:10:4:2:13:11:4 chr7 2802522 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0149514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.227;QD=16.2715;RBI=0.0157112;REFB=-0.00234127;REVB=-0.00482674;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00357845;OID=.;OPOS=2802522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:9:9:7:8:9:9 chr7 2854010 . G A 399.27 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0300269;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.571;QD=18.1484;RBI=0.0342217;REFB=-0.01536;REVB=-0.0164168;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1019;STB=0.557007;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0129815;OID=.;OPOS=2854010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:47:41:41:0.465909:26:15:22:25:26:15:22:25 chr7 2946461 . T C 139.49 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.053454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.878;QD=15.4992;RBI=0.0543942;REFB=-0.00941001;REVB=-0.0100698;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.543423;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0156541;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:10:5:9:11:10:6:9:11 chr7 2951824 . A G 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00773491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1121;QD=12.0702;RBI=0.017448;REFB=-0.00824481;REVB=-0.0156398;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042007;STB=0.52421;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0123232;OID=.;OPOS=2951824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:22:22:12:14:22:22 chr7 2957005 . T C 225.45 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0106286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.85;QD=18.0359;RBI=0.0129572;REFB=-0.0115008;REVB=-0.00741095;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274035;STB=0.640162;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0237869;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:10:12:7:20:11:12:7:20 chr7 2959172 . G A 512.41 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0298131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5324;QD=21.5751;RBI=0.0303595;REFB=0.000684127;REVB=0.005734;RO=46;SAF=16;SAR=33;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421385;STB=0.523296;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000539944;OID=.;OPOS=2959172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:33:16:17:29:33:16:17:29 chr7 2962293 . C G 1546.64 PASS AF=0.631336;AO=136;DP=216;FAO=137;FDP=217;FR=.;FRO=80;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=15;FSRR=65;FWDB=0.00242599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.356;QD=28.5094;RBI=0.0141886;REFB=-0.00891628;REVB=0.0139796;RO=77;SAF=70;SAR=66;SRF=14;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222855;STB=0.621002;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00481;OID=.;OPOS=2962293;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:77:80:136:137:0.631336:66:70:14:63:66:71:15:65 chr7 2966443 . GGT G,GG,GGA,GGG 298.49 PASS AF=0.26087,0.608696,0,0.130435;AO=3,10,4,5;DP=23;FAO=6,14,0,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0,1;FSAR=6,10,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741232,-0.0075414,-0.00205463,-0.00750594;FXX=0.0416493;HRUN=2,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=145.387,148.859,52.7286,145.894;QD=51.9109;RBI=0.0724024,0.0838254,0.0257644,0.0802366;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0720219,0.0834855,-0.0256823,0.0798848;RO=0;SAF=0,3,0,2;SAR=3,7,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0124261,0.0058886,0,-0.0130239;OID=.,.,.,.;OPOS=2966444,2966445,2966445,2966445;OREF=GT,T,T,T;OALT=-,-,A,G;OMAPALT=G,GG,GGA,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.26087,0.608696,0,0.130435:3,10,4,5:23:6,14,0,3:23:0:0,4,0,1:6,10,0,2:0:0:18:0:0,3,0,2:3,7,4,3:0:0 chr7 3197788 . G C 273.49 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00074105;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.182;QD=16.5753;RBI=0.0118673;REFB=-0.00649454;REVB=0.0118442;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274795;STB=0.653749;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00663748;OID=.;OPOS=3197788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:10:26:13:17:10:26 chr7 4189075 . G C 785.61 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.547;QD=57.1349;RBI=0.0851241;REFB=0;REVB=0.0744555;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130031;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr7 4213877 . T C 304.14 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0132615;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.39;QD=14.6575;RBI=0.016067;REFB=-0.0109285;REVB=0.00907093;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157894;STB=0.528891;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00446933;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:49:34:34:0.409639:15:19:25:21:15:19:25:24 chr7 4213940 . T C 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0286823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.771;QD=12.717;RBI=0.0303296;REFB=-0.00896473;REVB=0.0098596;RO=53;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188832;STB=0.613963;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0186599;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:12:20:24:29:12:20:24:30 chr7 4213975 . A G 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00215333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.749;QD=10.3663;RBI=0.0147731;REFB=0.00155025;REVB=0.0146153;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182639;STB=0.599908;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00179668;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:8:14:20:22:8:14:21:22 chr7 4714912 . C T 1339.51 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4948;QD=62.3029;RBI=0.028065;REFB=0;REVB=0.0278023;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183196;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr7 4780514 . G T 948.28 PASS AF=0.561728;AO=90;DP=161;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=65;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0427781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.623;QD=23.4143;RBI=0.0427802;REFB=-0.0361539;REVB=-0.000423238;RO=70;SAF=64;SAR=26;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645632;STB=0.534583;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0362221;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:70:71:90:91:0.561728:26:64:45:25:26:65:46:25 chr7 4802029 . T G 445.68 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.904;QD=57.5074;RBI=0.0381946;REFB=0;REVB=-0.00442052;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023495;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:16:15:0:0 chr7 4802035 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0124902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.37;QD=15.7844;RBI=0.0139081;REFB=-0.000799052;REVB=-0.00611792;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000923875;OID=.;OPOS=4802035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:9:8:8:6:9:8 chr7 4841470 . T C,G 718.41 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237525,0.000507213;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.434,206.47;QD=56.3461;RBI=0.0109971,0.00959851;REFB=0,0;REVB=0.0107375,0.0095851;RO=0;SAF=16,1;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00201841,0.0530283;OID=.,.;OPOS=4841470,4841470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:33,1:16,1:0:0:33,1:16,1:0:0 chr7 4874250 . G A 603.62 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0157187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.18;QD=23.2161;RBI=0.016223;REFB=-0.00878983;REVB=-0.00401356;RO=45;SAF=39;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714967;STB=0.539157;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00676115;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:20:39:26:19:20:39:26:19 chr7 4874334 . C G 1295.9 PASS AF=0.516529;AO=125;DP=242;FAO=125;FDP=242;FR=.;FRO=117;FSAF=79;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.033999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.846;QD=21.4199;RBI=0.0339999;REFB=-0.0153987;REVB=-0.000241649;RO=115;SAF=79;SAR=46;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153775;STB=0.588659;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130697;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:115:117:125:125:0.516529:46:79:53:62:46:79:53:64 chr7 4900095 . A G 146.94 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0182339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.451;QD=17.2867;RBI=0.0213428;REFB=-0.00760114;REVB=-0.0110923;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.556384;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00789058;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:10:6:5:12:10:6:5:13 chr7 4900341 . G A 268.69 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00375673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.038;QD=19.1919;RBI=0.00506339;REFB=-0.00740866;REVB=-0.00339483;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13222;STB=0.574047;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0088493;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:8:21:16:11:8:21:16:11 chr7 4901385 . A C 218.78 PASS AF=0.5;AO=19;DP=44;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0517725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.613;QD=18.2315;RBI=0.0531289;REFB=-0.030802;REVB=-0.0119286;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129858;STB=0.624902;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0383014;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:24:24:19:24:0.5:12:7:6:18:12:12:6:18 chr7 5096958 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00487169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.985;QD=17.8006;RBI=0.00578974;REFB=-0.016317;REVB=-0.00312854;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0330837;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:12:12:10:10:12:12 chr7 5104275 . G A 185.08 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0047096;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.19;QD=20.0089;RBI=0.00802234;REFB=-0.00960026;REVB=0.00649443;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.538864;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00835258;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:7:11:9:9:8:11:9:9 chr7 5104359 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0409986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.056;QD=14.6654;RBI=0.0541977;REFB=-0.0176608;REVB=-0.0354472;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136602;STB=0.578846;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0277883;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:14:7:7:8:14:7 chr7 5105133 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.179;QD=48.7373;RBI=0.147052;REFB=0;REVB=-0.000287801;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986352;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr7 5105208 . C T 49.35 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.018;QD=28.1972;RBI=0.00762454;REFB=0.00883465;REVB=-0.00762454;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169923;OID=.;OPOS=5105208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr7 5105552 . G T 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0154651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.914;QD=18.3163;RBI=0.0156827;REFB=-0.00498779;REVB=-0.00260351;RO=41;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904491;STB=0.533665;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00384327;OID=.;OPOS=5105552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:43:39:39:0.47561:23:16:13:28:23:16:15:28 chr7 5112035 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0657062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9152;QD=14.7005;RBI=0.0859297;REFB=-0.0235363;REVB=0.0553769;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.670392;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0170968;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:4:11:5:7:4:11 chr7 5112108 . G T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0182548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.668;QD=11.2563;RBI=0.0189221;REFB=-0.0133393;REVB=0.0049806;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.699399;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0218899;OID=.;OPOS=5112108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:7:1:4:7:7:1:4:8 chr7 5112553 . GA CG,GC 211.38 PASS AF=0,0.341463;AO=3,23;DP=82;FAO=0,28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=0,18;FSAR=0,10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.045606,-0.0322178;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=105.754,89.4403;QD=10.3113;RBI=0.0517681,0.0379996;REFB=-0.00778738,-0.0202488;REVB=-0.0244954,-0.020149;RO=45;SAF=0,18;SAR=3,5;SRF=30;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.573219,0.169014;STB=0.5,0.547936;STBP=1,0.533;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00984096,0.0463199;OID=.,.;OPOS=5112553,5112554;OREF=GA,A;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:82:82:45:54:3,23:0,28:0,0.341463:3,5:0,18:30:15:0,10:0,18:31:23 chr7 5161512 . G T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0135644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.358;QD=11.5972;RBI=0.0266887;REFB=-0.00220123;REVB=0.0229846;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292438;STB=0.682645;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00311521;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:5:7:6:14:5:7:6:15 chr7 5161640 . G C 279.26 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00629243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.604;QD=11.7581;RBI=0.0105731;REFB=-0.0046406;REVB=0.00849686;RO=62;SAF=21;SAR=12;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085127;STB=0.549265;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00908268;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:12:21:35:27:12:21:35:27 chr7 5166500 . A G 278.99 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0230485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6844;QD=27.2189;RBI=0.0240662;REFB=-0.0148924;REVB=0.00692431;RO=14;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258235;STB=0.651043;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0115324;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:16:24:25:0.609756:8:16:4:10:9:16:4:12 chr7 5254227 . C G 1952.24 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5158;QD=61.9758;RBI=0.0872662;REFB=0;REVB=0.0596097;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95917e-05;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:57:69:0:0:57:69:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 190.57 PASS AF=0.425926;AO=20;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00632335;FXX=0.114735;HRUN=1;LEN=5;MLLD=220.793;QD=14.1161;RBI=0.0143217;REFB=-0.00511928;REVB=-0.0128501;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495945;STB=0.546885;STBP=0.558;TYPE=del;VARB=0.00794396;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:20:53:23:54:31:10:13:16:15:99:26:11:9:13:13 chr7 5327564 . G A 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0224781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0882;QD=17.5861;RBI=0.0230222;REFB=-0.030561;REVB=-0.00497551;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188937;STB=0.608006;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0277096;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:15:7:14:14:15:7:14:14 chr7 5338714 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0195581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.818;QD=9.11036;RBI=0.0735747;REFB=-0.00871526;REVB=-0.0709276;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0189217;OID=.;OPOS=5338714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:9:7:4:4:9:7 chr7 5346735 . T C 189.99 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.526;QD=47.4964;RBI=0.0400072;REFB=0;REVB=0.022101;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423103;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:8:8:0:0 chr7 5352659 . G T 57.32 PASS AF=0.875;AO=8;DP=13;FAO=7;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.32;QD=28.6576;RBI=0.0446388;REFB=-0.131431;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0433286;OID=.;OPOS=5352659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:8:3:1:8:7:0.875:1:7:3:0:0:7:1:0 chr7 5352949 . G C 262.39 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0113236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.161;QD=17.789;RBI=0.0138445;REFB=-0.0319015;REVB=-0.00796527;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638389;STB=0.542561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0329996;OID=.;OPOS=5352949;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:30:28:29:0.491525:14:14:12:16:14:15:13:17 chr7 5353253 . G T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00230054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.527;QD=26.5702;RBI=0.00230054;REFB=-0.004128;REVB=0;RO=4;SAF=11;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142761;OID=.;OPOS=5353253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:0:11:4:0:0:11:4:0 chr7 5353344 . G A 93.33 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00931491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.511;QD=19.648;RBI=0.0141159;REFB=-0.018412;REVB=0.0106061;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145526;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00762816;OID=.;OPOS=5353344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:4:7:3:4:4:7:4:4 chr7 5396715 . T C 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00160598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7017;QD=20.3316;RBI=0.0308483;REFB=0.0302952;REVB=0.0308065;RO=42;SAF=13;SAR=30;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102983;STB=0.557248;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0291105;OID=.;OPOS=5396715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:30:13:17:25:30:13:17:25 chr7 5410425 . G C 54.77 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0208826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.488;QD=9.12909;RBI=0.0289998;REFB=-0.0175585;REVB=-0.0201223;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455337;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0270745;OID=.;OPOS=5410425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:16:16:7:8:0.333333:6:1:8:8:6:2:8:8 chr7 5427517 . G A 555.53 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273745;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.611;QD=58.4772;RBI=0.0536324;REFB=-0.188846;REVB=0.0461202;RO=0;SAF=32;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854151;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:37:38:1:5:32:0:0:5:33:0:0 chr7 5427720 . A C,G 449.59 PASS AF=0.21875,0.78125;AO=6,25;DP=31;FAO=7,25;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7,15;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187485,-0.00207518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=35.2521,62.7486;QD=56.1991;RBI=0.0229043,0.00364114;REFB=0,0;REVB=0.0131568,-0.00299192;RO=0;SAF=6,15;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0643768,0.00308169;OID=.,.;OPOS=5427720,5427720;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:31:32:0:0:6,25:7,25:0.21875,0.78125:0,10:6,15:0:0:0,10:7,15:0:0 chr7 5434135 . A G 816.99 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0476;QD=57.3324;RBI=0.0434451;REFB=0;REVB=0.007925;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235235;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:23:34:0:0 chr7 5487458 . T C 968.12 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261814;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.341;QD=57.7983;RBI=0.0472612;REFB=0;REVB=0.0393467;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371485;OID=.;OPOS=5487458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:36:27:0:0:37:30:0:0 chr7 5515624 . T G 958.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000483344;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.393;QD=59.007;RBI=0.0235723;REFB=0;REVB=-0.0235674;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81101e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr7 5518331 . A G 175.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9705;QD=46.8123;RBI=0.0697906;REFB=0;REVB=0.0661587;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365895;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr7 5518333 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.894;QD=47.8223;RBI=0.0636374;REFB=0;REVB=0.047408;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130984;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr7 5528883 . G A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00950148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.878;QD=57.3933;RBI=0.0132723;REFB=-0.0794295;REVB=0.00926689;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000219806;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:1:0 chr7 5529758 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.362;QD=39.2068;RBI=0.0254342;REFB=0;REVB=0.00154484;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355758;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 5540769 . A C 1283.22 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7112;QD=61.8417;RBI=0.0041393;REFB=0;REVB=0.00354893;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68617e-05;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr7 5541657 . G A 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6527;QD=63.8683;RBI=0.0687389;REFB=0;REVB=0.0381117;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903059;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr7 5646231 . T C 195.93 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0236578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.108;QD=25.2808;RBI=0.0299976;REFB=-0.0317467;REVB=-0.0184434;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157791;STB=0.58754;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0215477;OID=.;OPOS=5646231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:3:9:10:9:3:9 chr7 5949726 . T C 78.36 PASS AF=0.818182;AO=7;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0610575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.7283;QD=28.4945;RBI=0.0785246;REFB=-0.0599116;REVB=-0.0493772;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555441;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0148677;OID=.;OPOS=5949726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:0:2:7:9:0.818182:6:1:0:0:8:1:0:2 chr7 6026775 . T C 76.85 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00650907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.48;QD=12.8079;RBI=0.00657979;REFB=-0.00605028;REVB=0.000962098;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00564537;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr7 6026988 . G A 366.79 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0465874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.228;QD=24.4528;RBI=0.0466322;REFB=-0.0189622;REVB=0.0020442;RO=24;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407186;STB=0.522334;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0105337;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:17:19:14:10:17:19:14:10 chr7 6063283 . C T 167.79 PASS AF=0.4;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0169903;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.852;QD=14.9142;RBI=0.0170546;REFB=0.00411183;REVB=0.00148035;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763977;STB=0.522363;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0038191;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:27:18:18:0.4:8:10:12:13:8:10:14:13 chr7 6071060 . G A 217.67 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00564927;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.337;QD=12.9955;RBI=0.0159453;REFB=-0.0221849;REVB=-0.0149111;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243019;STB=0.632553;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0257474;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:40:25:27:0.402985:16:9:24:17:18:9:22:18 chr7 6075523 . G A 197.88 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00977491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.298;QD=26.3833;RBI=0.0219939;REFB=-0.00953354;REVB=0.0197024;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293818;STB=0.681447;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0108382;OID=.;OPOS=6075523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:30:10:11:19:19:0.633333:14:5:7:3:14:5:8:3 chr7 6075823 . A T 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0171492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.336;QD=24.2743;RBI=0.0182453;REFB=-0.0134951;REVB=0.00622862;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905901;STB=0.56406;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00804877;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:9:22:12:8:9:22:12:9 chr7 6189780 . T C 318.37 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0746741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4177;QD=18.1925;RBI=0.0778956;REFB=-0.00297017;REVB=-0.0221696;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824093;STB=0.546048;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00106672;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:18:18:20:14:18:18 chr7 6193464 . T G 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0193934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.154;QD=14.1789;RBI=0.0193984;REFB=-0.00848471;REVB=-0.000440383;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153854;STB=0.571699;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0123275;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:53:35:35:0.397727:22:13:12:38:22:13:14:39 chr7 6193521 . G C 337.03 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.646;QD=53.925;RBI=0.040027;REFB=0;REVB=0.0146166;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311199;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:18:7:0:0 chr7 6194274 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.602;QD=58.0611;RBI=0.0260216;REFB=0;REVB=0.0194317;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52459e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr7 6199072 . G C 432.61 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.015514;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.878;QD=25.079;RBI=0.0217315;REFB=-0.0203994;REVB=0.0152176;RO=28;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271716;STB=0.514886;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0153658;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:28:28:41:41:0.594203:22:19:14:14:22:19:14:14 chr7 6202413 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0911375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3266;QD=16.4169;RBI=0.0925662;REFB=0.0237382;REVB=-0.0162005;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183448;STB=0.604261;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0332346;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:3:13:9:5:3:13 chr7 6204999 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.719;QD=56.7066;RBI=0.0476128;REFB=0;REVB=0.0461701;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281517;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr7 6252291 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000737478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.155;QD=16.1065;RBI=0.0163556;REFB=-0.00988785;REVB=-0.016339;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156568;STB=0.590795;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00928112;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:8:14:13:4:8:14 chr7 6370077 . C T 371.62 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0241537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.066;QD=22.8686;RBI=0.0254647;REFB=-0.0204847;REVB=0.00806526;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217791;STB=0.619609;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0111847;OID=.;OPOS=6370077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:21:16:20:8:21:16:20:8 chr7 6370144 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.054;QD=60.6051;RBI=0.0277424;REFB=0;REVB=0.0270845;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.246e-05;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr7 6370194 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5128;QD=56.1911;RBI=0.0792007;REFB=0;REVB=0.0789436;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171705;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 6370305 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4347;QD=52.6122;RBI=0.0737529;REFB=0;REVB=0.0732948;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068964;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr7 6370406 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.46;QD=43.4856;RBI=0.0116593;REFB=0;REVB=-0.0110355;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011375;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 6370575 . C T 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3721;QD=55.5148;RBI=0.0264962;REFB=-0.0753154;REVB=-0.0214367;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00322364;OID=.;OPOS=6370575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr7 6456302 . C T 480.34 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0138268;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7586;QD=18.8369;RBI=0.0562766;REFB=-0.016733;REVB=0.0545516;RO=50;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122125;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:50:51:0.5:24:26:27:23:24:27:27:24 chr7 6461424 . C T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.00404337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.531;QD=18.0095;RBI=0.013951;REFB=-0.00493324;REVB=-0.0133522;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169653;STB=0.593975;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.006813;OID=.;OPOS=6461424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:22:13:8:30:22:13:8:30 chr7 6505901 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0166251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.286;QD=18.4948;RBI=0.0181161;REFB=-0.00358375;REVB=0.00719715;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181926;STB=0.601741;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00416031;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:19:11:17:13:19:11:17:13 chr7 6537821 . G C 442.81 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.0219737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.149;QD=16.2498;RBI=0.025112;REFB=-0.0158568;REVB=-0.012156;RO=59;SAF=15;SAR=34;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410248;STB=0.526069;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0186857;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:34:15:16:43:34:15:16:44 chr7 6566322 . T G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0182045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.728;QD=4.46053;RBI=0.022312;REFB=-0.0215999;REVB=-0.0129005;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422343;STB=0.759236;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0678082;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:4:2:17:7:4:2:17:8 chr7 6579403 . G A 395.79 PASS AF=0.477273;AO=40;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0241925;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.872;QD=17.9904;RBI=0.0265331;REFB=-0.0100038;REVB=0.0108964;RO=47;SAF=20;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308168;STB=0.512453;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00679535;OID=.;OPOS=6579403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:46:40:42:0.477273:20:20:22:25:22:20:23:23 chr7 6591041 . C G 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000754237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.076;QD=13.5518;RBI=0.0233291;REFB=-0.0155077;REVB=0.0233169;RO=35;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272061;STB=0.657003;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.014068;OID=.;OPOS=6591041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:18:6:17:18:18:6:17:18 chr7 6621277 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0206266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6378;QD=11.4257;RBI=0.0206319;REFB=-0.00674764;REVB=0.000466701;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207556;STB=0.6215;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00835554;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:15:6:17:20:15:6:17:20 chr7 6647738 . T C 663.31 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7227;QD=61.7036;RBI=0.012599;REFB=0;REVB=-0.00910155;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85778e-05;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr7 6656830 . G A 455.36 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00367475;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.186;QD=25.2975;RBI=0.00367486;REFB=-0.0149711;REVB=-2.78037e-05;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298728;STB=0.516337;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00916882;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:29:29:43:43:0.597222:18:25:18:11:18:25:18:11 chr7 6656897 . A G 355.91 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0112239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.925;QD=21.9019;RBI=0.0406942;REFB=-0.00227951;REVB=-0.0391157;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815893;STB=0.504502;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00134707;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:14:22:18:11:14:22:18:11 chr7 6713985 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2497;QD=52.7694;RBI=0.0423621;REFB=-0.000231272;REVB=0.0174056;RO=1;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713682;STB=0.538433;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000866163;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:6:22:0:1:6:22:0:1 chr7 7142251 . A C 280.05 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0115598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1932;QD=16.7191;RBI=0.0464946;REFB=0.0144407;REVB=0.0450347;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3038;STB=0.670751;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0160668;OID=.;OPOS=7142251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:10:21:13:23:10:21:13:23 chr7 7283569 . G A 238.0 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00248576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9344;QD=14.209;RBI=0.00459932;REFB=-0.0115362;REVB=0.00386972;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497209;STB=0.528262;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.011588;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:20:19:15:13:20:19 chr7 7283688 . T A 387.24 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00220504;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.543;QD=14.0814;RBI=0.0119269;REFB=-0.0101019;REVB=0.0117213;RO=64;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217782;STB=0.50608;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0154879;OID=.;OPOS=7283688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:65:45:45:0.409091:24:21:30:34:24:21:31:34 chr7 7571094 . G C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.349;QD=59.6795;RBI=0.0204861;REFB=0;REVB=0.0171246;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85908e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr7 7646651 . G T 1250.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142911;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.227;QD=61.7312;RBI=0.0176082;REFB=0;REVB=0.0102865;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35828e-06;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr7 7646687 . A G 1725.62 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.971;QD=60.5482;RBI=0.00826903;REFB=0;REVB=0.00714134;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34236e-06;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:54:58:0:0:55:59:0:0 chr7 8125964 . C T 588.0 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00153873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.144;QD=22.6152;RBI=0.0140593;REFB=-0.0210034;REVB=0.0139749;RO=46;SAF=31;SAR=27;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097837;STB=0.553553;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0184629;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:27:31:19:27:27:31:19:27 chr7 8132252 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00917669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.105;QD=12.12;RBI=0.0121136;REFB=-0.00185339;REVB=-0.00790742;RO=38;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197579;STB=0.615025;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00271734;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:6:17:22:16:6:17:22:16 chr7 8196529 . A T 608.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.767;QD=60.8381;RBI=0.0307026;REFB=0;REVB=-0.0232874;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48078e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr7 8196593 . GAAAG AGAAG,GA 78.3 PASS AF=0,0.22807;AO=2,10;DP=56;FAO=0,13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0310671,0.0146269;FXX=0.0338926;HRUN=1,3;LEN=2,3;MLLD=27.4231,201.903;QD=5.49485;RBI=0.0622599,0.0201172;REFB=0.00605204,-0.00451129;REVB=-0.0539549,0.0138114;RO=38;SAF=0,5;SAR=2,5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.489357,-0.162141;STB=0.5,0.523125;STBP=1,0.86;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0128649;OID=.,.;OPOS=8196593,8196595;OREF=GA,AAG;OALT=AG,-;OMAPALT=AGAAG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:56:57:38:44:2,10:0,13:0,0.22807:2,5:0,5:24:14:0,6:0,7:25:19 chr7 8792148 . T C 1108.56 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0521482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2961;QD=57.5876;RBI=0.0552058;REFB=-0.0506482;REVB=0.0181175;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027017;STB=0.514282;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00185542;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:41:34:2:0:41:34:2:0 chr7 11022564 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0381747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.429;QD=17.4017;RBI=0.0489857;REFB=-0.0223545;REVB=-0.0306969;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148023;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0276399;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:3:10:8:5:3:10 chr7 11581121 . T C 380.21 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0114125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.808;QD=14.91;RBI=0.0226836;REFB=-0.0204183;REVB=-0.0196036;RO=59;SAF=21;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727889;STB=0.540965;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0293858;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:22:21:33:26:22:21:33:26 chr7 12393966 . A G 1066.45 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00301061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1082;QD=58.4354;RBI=0.116887;REFB=0.0605355;REVB=0.116849;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-7.45101e-05;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:38:33:1:0:39:33:1:0 chr7 12393974 . A C 1168.41 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.77;QD=60.6964;RBI=0.0169761;REFB=0;REVB=-0.0101644;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68275e-06;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr7 12394053 . G T 834.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.94;QD=57.5679;RBI=0.026545;REFB=0;REVB=0.00806694;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001341;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr7 12395813 . T C 1122.08 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8525;QD=58.2897;RBI=0.0269124;REFB=-0.0319901;REVB=0.0210022;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126148;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00101873;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:74:76:0.987013:37:37:0:1:38:38:0:1 chr7 12400837 . G A 1120.58 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594216;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.684;QD=60.5718;RBI=0.00729209;REFB=0;REVB=-0.00422674;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64349e-05;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr7 12406989 . C G 1145.87 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138513;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.385;QD=60.3087;RBI=0.0959361;REFB=0;REVB=0.0949309;RO=1;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4928e-06;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:1:0:66:76:1:17:49:0:1:27:49:0:0 chr7 12410112 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.037;QD=61.3364;RBI=0.0260984;REFB=0;REVB=0.0241968;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43975e-05;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr7 12417407 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.378;QD=59.3228;RBI=0.0107156;REFB=0;REVB=0.000278163;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27412e-05;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr7 12419108 . A T 1396.19 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.418;QD=62.7502;RBI=0.0346237;REFB=0;REVB=0.0149844;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124124;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr7 12428550 . G A 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00204775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.238;QD=4.92143;RBI=0.0261589;REFB=-0.00808084;REVB=-0.0260786;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974917;STB=0.585159;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0164748;OID=.;OPOS=12428550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:41:31:33:8:8:0.195122:4:4:13:18:4:4:13:20 chr7 12428582 . C T 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0294948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.577;QD=6.3955;RBI=0.0370684;REFB=-0.00287905;REVB=-0.0224527;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233588;STB=0.631903;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00924299;OID=.;OPOS=12428582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:10:18:4:5:11:18 chr7 12428803 . G A 387.81 PASS AF=0.422018;AO=36;DP=99;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0221626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.919;QD=14.2314;RBI=0.0226616;REFB=-0.0226081;REVB=0.00472968;RO=59;SAF=8;SAR=28;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223304;STB=0.507033;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0268989;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:109:59:63:36:46:0.422018:28:8:23:36:29:17:24:39 chr7 12433347 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00306904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.857;QD=21.2268;RBI=0.00313827;REFB=0.00630723;REVB=-0.000655553;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101506;STB=0.556412;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00638259;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:12:12:11:18:12:12 chr7 12611252 . T C 539.13 PASS AF=0.456693;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.00272181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.327;QD=16.9805;RBI=0.00463084;REFB=-0.0104774;REVB=-0.00374652;RO=69;SAF=23;SAR=34;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119467;STB=0.562098;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0110826;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:69:69:57:58:0.456693:34:23:20:49:35:23:20:49 chr7 12636026 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.358;QD=62.6698;RBI=0.0350214;REFB=0;REVB=0.0174984;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120806;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr7 12728977 . G A 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0290455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7384;QD=12.2752;RBI=0.0542064;REFB=-0.00701666;REVB=-0.0457678;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063212;STB=0.503718;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0125316;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:13:19:10:7:13:19 chr7 12729221 . T C 207.6 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0251332;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.2787;QD=15.0983;RBI=0.0263976;REFB=0.00389198;REVB=-0.00807174;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223684;STB=0.626762;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.014943;OID=.;OPOS=12729221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:20:11:14:10:20:11 chr7 12729269 . C G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0318787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.11;QD=5.01785;RBI=0.0331812;REFB=-0.00333627;REVB=0.00920531;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192232;STB=0.512784;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0208755;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:15:12:3:4:15:12 chr7 12730503 . T G 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0171693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.183;QD=17.8246;RBI=0.0212068;REFB=-0.00365682;REVB=-0.0124477;RO=48;SAF=13;SAR=28;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179589;STB=0.510045;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0034119;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:28:13:16:32:28:13:16:32 chr7 13934358 . A T 169.82 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0667166;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.866;QD=8.70873;RBI=0.068632;REFB=-0.0151011;REVB=-0.0161013;RO=55;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244271;STB=0.644614;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0281832;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:55:55:23:23:0.294872:9:14:22:33:9:14:22:33 chr7 13978809 . T C 229.78 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.000835061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.036;QD=9.10033;RBI=0.00101118;REFB=-0.00628606;REVB=-0.000570226;RO=71;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651656;STB=0.538332;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0154551;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:71:30:30:0.29703:17:13:27:44:17:13:27:44 chr7 14025727 . C T 521.01 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00562958;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.614;QD=25.7289;RBI=0.00568951;REFB=-0.0136637;REVB=-0.000823596;RO=32;SAF=18;SAR=30;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0090858;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:33:48:48:0.592593:30:18:12:20:30:18:13:20 chr7 14025766 . T A 619.32 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0382533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6805;QD=27.2228;RBI=0.0390387;REFB=-0.0145017;REVB=0.00779174;RO=36;SAF=19;SAR=36;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125088;STB=0.506817;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00948489;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:36:19:13:23:36:19:13:23 chr7 14187931 . T C 1970.46 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5584;QD=62.0618;RBI=0.0140579;REFB=0;REVB=-0.00219135;RO=0;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00952e-05;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:53:74:0:0:53:74:0:0 chr7 14188806 . C T 461.29 PASS AF=0.443478;AO=50;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00356061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.24;QD=16.0447;RBI=0.020562;REFB=-0.0146856;REVB=-0.0202514;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558409;STB=0.525067;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.018569;OID=.;OPOS=14188806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:50:51:0.443478:27:23:33:31:27:24:33:31 chr7 14758273 . C T 1431.66 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0438722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.358;QD=56.1435;RBI=0.0450828;REFB=-0.0110345;REVB=0.010377;RO=3;SAF=36;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378949;STB=0.519996;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000100766;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:99:99:0.970588:63:36:3:0:63:36:3:0 chr7 15651770 . C T 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0085353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0222;QD=9.75782;RBI=0.0186441;REFB=-0.0113824;REVB=-0.0165756;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311223;STB=0.691747;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0161342;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:7:5:5:2:7:5 chr7 16129055 . T C 32.28 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.00608237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.529;QD=2.80657;RBI=0.0932543;REFB=0.00354322;REVB=0.0930558;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555543;STB=0.863445;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0109991;OID=.;OPOS=16129055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:4:2:32:7:4:2:33:7 chr7 16129057 . T G 41.33 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=0.0389638;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.74;QD=3.59348;RBI=0.0610232;REFB=0.00398796;REVB=0.0469644;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600629;STB=0.887665;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0186538;OID=.;OPOS=16129057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:40:39:7:7:0.152174:5:2:33:7:5:2:33:6 chr7 16129072 . G A 66.93 PASS AF=0.189655;AO=10;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=7;FWDB=0.00485155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.711;QD=4.61556;RBI=0.0351369;REFB=-0.00692426;REVB=-0.0348003;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=39;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620285;STB=0.883879;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.041606;OID=.;OPOS=16129072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:58:58:46:47:10:11:0.189655:7:3:39:7:8:3:40:7 chr7 16129075 . TAC T 64.0 PASS AF=0.183333;AO=10;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=7;FWDB=-0.0199986;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.879;QD=4.2665;RBI=0.0339626;REFB=-0.00949448;REVB=-0.0274502;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651947;STB=0.888457;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0379915;OID=.;OPOS=16129076;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183333:10:60:11:60:49:3:8:42:7:63:48:3:7:42:6 chr7 16129083 . T C 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=7;FWDB=-0.0113545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.386;QD=11.0014;RBI=0.0408774;REFB=0.000135725;REVB=0.0392688;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=46;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428675;STB=0.74377;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=1.27134e-05;OID=.;OPOS=16129083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:14:14:46:7:14:14:47:7 chr7 16129085 . T G 276.27 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=7;FWDB=-0.00235286;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.821;QD=13.1558;RBI=0.00389355;REFB=-0.000732245;REVB=0.00310222;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=46;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364334;STB=0.6999;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000811941;OID=.;OPOS=16129085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:52:32:32:0.380952:14:18:46:7:14:18:45:7 chr7 16129153 . C T 101.5 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0726254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.786;QD=4.61375;RBI=0.0773697;REFB=-0.0320756;REVB=-0.0266763;RO=68;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064032;STB=0.566129;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0467731;OID=.;OPOS=16129153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:68:71:17:17:0.193182:12:5:23:45:12:5:26:45 chr7 16129165 . T G 872.99 PASS AF=0.835443;AO=66;DP=80;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0291542;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9524;QD=44.2019;RBI=0.032532;REFB=-0.0321323;REVB=0.0144347;RO=13;SAF=21;SAR=45;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373545;STB=0.501991;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0101019;OID=.;OPOS=16129165;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:80:79:13:13:66:66:0.835443:45:21:4:9:45:21:4:9 chr7 16129171 . TA GG,TG 1138.33 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=63,13;DP=77;FAO=65,13;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=20,4;FSAR=45,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751767,0.0801073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.689,56.5439;QD=58.376;RBI=0.0759988,0.0806235;REFB=0,0;REVB=-0.0111485,0.00910878;RO=0;SAF=18,4;SAR=45,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18913e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0022366,0.0165969;OID=.,.;OPOS=16129171,16129172;OREF=TA,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:77:78:0:0:63,13:65,13:0.833333,0.166667:45,9:18,4:0:0:45,9:20,4:0:0 chr7 16129214 . G A 36.47 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.112633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9503;QD=2.6048;RBI=0.16696;REFB=-0.0149348;REVB=-0.123245;RO=47;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229774;STB=0.705192;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.113061;OID=.;OPOS=16129214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:56:47:49:7:7:0.125:6:1:13:34:6:1:15:34 chr7 16655462 . C T 614.82 PASS AF=0.402299;AO=70;DP=174;FAO=70;FDP=174;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.0114933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.026;QD=14.1338;RBI=0.0116556;REFB=-0.00846381;REVB=0.0019384;RO=101;SAF=35;SAR=35;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990996;STB=0.55171;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0127933;OID=.;OPOS=16655462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:101:104:70:70:0.402299:35:35:41:60:35:35:43:61 chr7 16666725 . C T 398.17 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0241478;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.544;QD=18.3068;RBI=0.0290564;REFB=-0.00943994;REVB=-0.0161604;RO=46;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503551;STB=0.528076;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0111338;OID=.;OPOS=16666725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:46:41:41:0.471264:21:20:20:26:21:20:20:26 chr7 16666741 . T G 430.61 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0314298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.269;QD=20.0282;RBI=0.0329153;REFB=0.00212273;REVB=0.00977672;RO=43;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084733;STB=0.547024;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00129546;OID=.;OPOS=16666741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:25:18:22:21:25:18:22:21 chr7 16666759 . G C 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00699241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6388;QD=21.9589;RBI=0.00866051;REFB=-0.00213928;REVB=-0.00510986;RO=30;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426313;STB=0.523547;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00197226;OID=.;OPOS=16666759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:24:13:12:18:24:13:12:18 chr7 16823117 . T G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0113349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.304;QD=10.4362;RBI=0.0291409;REFB=0.00132034;REVB=-0.0268461;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17951;STB=0.615237;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0042758;OID=.;OPOS=16823117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:15:15:0.3125:8:7:20:12:8:7:21:12 chr7 16832382 . T A 312.9 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00405925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.708;QD=11.5889;RBI=0.00405944;REFB=-0.0100092;REVB=3.96162e-05;RO=68;SAF=20;SAR=19;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117101;STB=0.57078;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0208242;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:69:39:39:0.361111:19:20:42:26:19:20:43:26 chr7 16834551 . C A 1926.87 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.857;QD=61.6597;RBI=0.0116844;REFB=0;REVB=-0.0110897;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21733e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:59:64:0:0:61:64:0:0 chr7 16872913 . G A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.24;QD=59.6779;RBI=0.041983;REFB=0;REVB=-0.0380733;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014325;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr7 16899197 . C T 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0271516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.501;QD=14.6975;RBI=0.0271545;REFB=0.00249718;REVB=0.000400729;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409559;STB=0.523779;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00350856;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:8:15:11:5:8:15 chr7 16913394 . A G 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8039;QD=59.8247;RBI=0.0707778;REFB=0;REVB=3.05705e-05;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121677;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 17379110 . G A 1155.35 PASS AF=0.975;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0397228;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.598;QD=57.7675;RBI=0.0484101;REFB=-0.122051;REVB=0.0276701;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510414;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00115548;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:80:0:2:76:78:0.975:46:30:0:0:47:31:0:2 chr7 17379128 . AAT AAA,AA,A 177.23 PASS AF=0,0.047619,0.412698;AO=4,13,21;DP=68;FAO=0,3,26;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=0,0,3;FSAR=0,3,23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.185073,0.146314,-0.0339719;FXX=0.0596926;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=16.9966,10.043,19.4906;QD=11.2529;RBI=0.19291,0.20023,0.0936324;REFB=-0.0631858,-0.17515,-0.116892;REVB=-0.0544267,-0.13669,-0.0872522;RO=28;SAF=0,0,3;SAR=4,13,18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.671475,-0.813577,-0.549964;STB=0.5,0.996594,0.804722;STBP=1,0.074,0.002;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.141496,0.130899;OID=.,.,.;OPOS=17379130,17379130,17379129;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.047619,0.412698:4,13,21:68:0,3,26:63:34:0,0,3:0,3,23:18:16:99:28:0,0,3:4,13,18:18:10 chr7 17831806 . C T 417.19 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0166642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.889;QD=25.2839;RBI=0.0200021;REFB=-0.0161233;REVB=-0.011063;RO=25;SAF=13;SAR=27;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104617;STB=0.562133;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00682629;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:26:40:40:0.606061:27:13:5:20:27:13:5:21 chr7 17833344 . T C 660.53 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00149981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.132;QD=17.1567;RBI=0.00661981;REFB=-0.0148783;REVB=0.00644767;RO=82;SAF=24;SAR=47;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551543;STB=0.535041;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0170178;OID=.;OPOS=17833344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:83:71:71:0.461039:47:24:32:50:47:24:33:50 chr7 17854532 . G T 244.69 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0145289;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.237;QD=15.0577;RBI=0.0220952;REFB=-0.0177835;REVB=-0.0166466;RO=32;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404762;STB=0.548354;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0311605;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:32:37:28:28:0.430769:21:7:7:25:21:7:7:30 chr7 17854540 . C G 327.9 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0457064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7544;QD=20.4936;RBI=0.0457517;REFB=0.00918531;REVB=-0.00203437;RO=30;SAF=6;SAR=28;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118983;STB=0.566432;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0132236;OID=.;OPOS=17854540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:28:6:8:22:28:6:8:22 chr7 18066569 . C A 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.497;QD=62.1604;RBI=0.0189962;REFB=0;REVB=0.00965281;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119525;OID=.;OPOS=18066569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr7 18067479 . ACT A 744.7 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139576;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.158;QD=57.2843;RBI=0.0140348;REFB=0;REVB=0.00147016;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.64948e-05;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:53:52:52:0:18:34:0:0:4:0:18:34:0:0 chr7 18767343 . A G 546.95 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0043339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.733;QD=22.3247;RBI=0.00522169;REFB=-0.00875421;REVB=-0.00291262;RO=47;SAF=27;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533182;STB=0.519223;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00913879;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:46:51:52:0.530612:24:27:22:25:25:27:22:24 chr7 18977653 . G A 385.77 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0278807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4746;QD=15.5868;RBI=0.0374868;REFB=-0.0125817;REVB=0.0250585;RO=58;SAF=14;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222657;STB=0.625946;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0195771;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:27:14:32:26:27:14:32:26 chr7 18993870 . C T 632.17 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.229;QD=61.675;RBI=0.0183831;REFB=0;REVB=0.00862547;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00043e-06;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:29:10:0:0:30:11:0:0 chr7 19760985 . A G 960.9 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.537;QD=58.2361;RBI=0.0585655;REFB=0;REVB=0.0391507;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561213;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr7 20178175 . C T 888.83 PASS AF=1;AO=40;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.606;QD=57.3441;RBI=0.0142006;REFB=0;REVB=0.0141651;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233176;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:40:62:1:19:21:0:0:35:27:0:0 chr7 20180717 . C G 714.3 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.872;QD=54.9458;RBI=0.0572693;REFB=-0.0487146;REVB=0.0435642;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997933;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:1:0:51:52:1:31:20:0:1:32:20:0:0 chr7 20198440 . G A 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.678;QD=61.6714;RBI=0.0137193;REFB=0;REVB=0.0115146;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30082e-06;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr7 20201395 . G C 771.97 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120087;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.382;QD=57.1832;RBI=0.0146017;REFB=0;REVB=-0.0145522;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180444;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr7 20418678 . C T 814.3 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0131246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.853;QD=18.5069;RBI=0.0132248;REFB=-0.0144828;REVB=0.00162486;RO=91;SAF=43;SAR=41;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665979;STB=0.539318;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0152403;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:92:84:84:0.477273:41:43:53:38:41:43:54:38 chr7 20421490 . T C 480.59 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00381901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.693;QD=17.3186;RBI=0.0114963;REFB=-0.0143584;REVB=0.0108434;RO=59;SAF=29;SAR=22;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579915;STB=0.527549;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0180081;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:59:51:52:0.468468:22:29:37:22:22:30:37:22 chr7 20666235 . G C 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0317295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8557;QD=19.6933;RBI=0.039855;REFB=-0.0350961;REVB=0.0241176;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747535;STB=0.542332;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0295421;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:9:13:14:7:9:13 chr7 20683239 . C T 621.33 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0288263;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1061;QD=23.8973;RBI=0.0373421;REFB=-0.0252962;REVB=-0.0237377;RO=44;SAF=23;SAR=37;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110836;STB=0.560586;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0169472;OID=.;OPOS=20683239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:37:23:23:21:37:23:23:21 chr7 20685484 . C A 365.86 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0343691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0148;QD=13.677;RBI=0.0835584;REFB=0.000248823;REVB=-0.0761628;RO=64;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151861;STB=0.585898;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00218681;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:18:25:28:36:18:25:28:36 chr7 20778646 . G A 413.01 PASS AF=0.423423;AO=43;DP=107;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0125094;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.409;QD=14.8833;RBI=0.0179515;REFB=-0.0124333;REVB=-0.0128752;RO=62;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312129;STB=0.551069;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0158486;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:62:64:43:47:0.423423:23:20:27:35:23:24:27:37 chr7 20822196 . A AC 643.61 PASS AF=1;AO=54;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2757;QD=45.1655;RBI=0.161616;REFB=0;REVB=0.0816134;RO=3;SAF=25;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00582394;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:59:57:57:0:26:31:0:0:12:3:25:29:3:0 chr7 20822304 . C CA 220.37 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826318;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1303;QD=44.0746;RBI=0.0972994;REFB=0;REVB=0.0513729;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00928867;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:20:20:0:10:10:0:0:4:1:10:10:0:1 chr7 20824614 . C T 389.98 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00191733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.732;QD=17.527;RBI=0.0183896;REFB=-0.0100441;REVB=-0.0182893;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128005;STB=0.571632;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0255294;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:23:25:16:25:23:25 chr7 20826452 . T G 261.54 PASS AF=0.415385;AO=22;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00986312;FXX=0.0298463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.133;QD=16.0946;RBI=0.0343778;REFB=-0.0504048;REVB=0.0329325;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118842;STB=0.585301;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0280669;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:18:31:22:27:0.415385:9:13:8:10:9:18:16:15 chr7 21553621 . T G 458.17 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0709372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.054;QD=17.7932;RBI=0.0716494;REFB=-0.00229909;REVB=-0.0100774;RO=51;SAF=14;SAR=34;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126378;STB=0.569887;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00222308;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:54:48:49:0.475728:34:14:21:30:34:15:23:31 chr7 21598500 . A G 779.09 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0146863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.773;QD=22.7472;RBI=0.014729;REFB=-0.00508668;REVB=0.00112083;RO=63;SAF=47;SAR=27;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02869;STB=0.515716;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00474834;OID=.;OPOS=21598500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:63:74:74:0.540146:27:47:38:25:27:47:38:25 chr7 21599233 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.311;QD=59.5017;RBI=0.00730461;REFB=0;REVB=-0.00599008;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50432e-06;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr7 21603886 . A G 348.42 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0577763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.128;QD=33.1828;RBI=0.0627267;REFB=-0.0348998;REVB=0.0244242;RO=13;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513131;STB=0.528033;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0128782;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:16:13:7:6:16:13:7:6 chr7 21628237 . C T 2009.17 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489537;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.444;QD=62.3;RBI=0.0490252;REFB=0;REVB=0.00264603;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19862e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:80:49:0:0:80:49:0:0 chr7 21630982 . A G 1263.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.651;QD=61.6139;RBI=0.0923925;REFB=0;REVB=0.0245219;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033087;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:40:42:0:0 chr7 21640405 . A G 1917.22 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00605479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7814;QD=60.864;RBI=0.062594;REFB=0.055997;REVB=0.0623004;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.503496;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000167468;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:71:54:0:0:71:54:0:1 chr7 21641218 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8317;QD=59.434;RBI=0.0438813;REFB=0;REVB=-0.0384893;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109665;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr7 21659645 . T C 561.37 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00569857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2085;QD=20.7916;RBI=0.0256637;REFB=-0.0148916;REVB=0.025023;RO=50;SAF=37;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149703;STB=0.57849;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0122156;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:51:57:57:0.527778:20:37:24:26:20:37:25:26 chr7 21775387 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.001903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.291;QD=15.0176;RBI=0.00695349;REFB=-0.011647;REVB=0.00668802;RO=40;SAF=23;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279834;STB=0.659929;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0132703;OID=.;OPOS=21775387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:7:23:21:19:7:23:21:19 chr7 21775443 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.427;QD=62.022;RBI=0.073068;REFB=0;REVB=0.0119488;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386987;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr7 21856151 . G A 1587.92 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.359;QD=59.9214;RBI=0.030845;REFB=0;REVB=-0.0299453;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65871e-05;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr7 21901566 . T C 577.97 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0297461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.631;QD=24.3357;RBI=0.0313484;REFB=-0.0186828;REVB=0.00989417;RO=41;SAF=21;SAR=32;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943036;STB=0.557515;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0110497;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:32:21:21:20:32:21:22:20 chr7 21924014 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.656;QD=58.239;RBI=0.0239801;REFB=0;REVB=-0.021536;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72573e-05;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr7 21932044 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.878;QD=60.6101;RBI=0.00525612;REFB=0;REVB=-0.00392863;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64881e-05;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 254.99 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00651345;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=300.5;QD=10.9673;RBI=0.00938862;REFB=-0.00939525;REVB=0.00676175;RO=51;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151859;STB=0.640132;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.0183803;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:31:86:31:93:62:11:20:35:27:99:51:11:20:25:26 chr7 21956405 . G A 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00561477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9559;QD=57.9947;RBI=0.0104972;REFB=-0.0290764;REVB=0.00886932;RO=2;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975376;STB=0.505195;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00161635;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:17:27:1:1:17:27:1:1 chr7 22197507 . A G 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0664;QD=61.5342;RBI=0.0348764;REFB=0;REVB=-0.0337469;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035838;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr7 22202117 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.015;QD=61.5363;RBI=0.0188076;REFB=0;REVB=-0.018313;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40395e-05;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr7 22532260 . A G 322.38 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0292639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.921;QD=16.5325;RBI=0.0318911;REFB=-0.000692917;REVB=-0.0126752;RO=42;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473985;STB=0.510632;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000971921;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:34:35:0.448718:13:21:24:18:14:21:25:18 chr7 22533452 . C T 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0325594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.195;QD=5.21361;RBI=0.0349973;REFB=0.00933134;REVB=0.0128335;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485391;STB=0.828709;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0203965;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:7:1:15:16:7:1:15:16 chr7 22787205 . G T 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.943;QD=62.6137;RBI=0.0204579;REFB=0;REVB=-0.00968261;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99499e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr7 23157582 . A G 792.13 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.061431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3142;QD=53.7035;RBI=0.0855369;REFB=-0.124331;REVB=0.0595214;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.502111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00427331;OID=.;OPOS=23157582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:32:25:0:1:32:25:1:1 chr7 23164526 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2862;QD=61.3363;RBI=0.0181099;REFB=0;REVB=0.0180441;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254103;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr7 23164701 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00078805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.062;QD=57.2377;RBI=0.0163652;REFB=0;REVB=0.0163463;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87784e-05;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr7 23286355 . G GT 182.81 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0143242;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6038;QD=12.394;RBI=0.0149817;REFB=-0.0240802;REVB=-0.00438966;RO=32;SAF=22;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277556;STB=0.616731;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.0299361;OID=.;OPOS=23286356;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:27:59:28:59:31:22:6:19:12:99:32:22:5:19:13 chr7 23286525 . T C 303.18 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0171011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.814;QD=14.6112;RBI=0.0172822;REFB=-0.0257178;REVB=0.00249524;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531103;STB=0.530103;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0359855;OID=.;OPOS=23286525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:17:17:22:27:17:17:22:27 chr7 23300255 . C T 547.69 PASS AF=0.425532;AO=55;DP=135;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00547996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1558;QD=15.5372;RBI=0.0684778;REFB=-0.0123405;REVB=0.0682582;RO=80;SAF=22;SAR=33;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145657;STB=0.592889;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0206867;OID=.;OPOS=23300255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:80:81:55:60:0.425532:33:22:43:37:37:23:44:37 chr7 23313171 . T C 395.84 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0218129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.476;QD=14.012;RBI=0.0284891;REFB=0.000817381;REVB=0.0183255;RO=67;SAF=24;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306734;STB=0.517313;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000815617;OID=.;OPOS=23313171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:22:24:33:34:22:24:33:34 chr7 23624887 . G A 749.16 PASS AF=0.506944;AO=71;DP=141;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0154096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.919;QD=20.8099;RBI=0.0238167;REFB=-0.024697;REVB=-0.0181598;RO=69;SAF=41;SAR=30;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895535;STB=0.561858;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.018313;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:69:71:71:73:0.506944:30:41:33:36:30:43:33:38 chr7 23749977 . C A 829.02 PASS AF=0.457447;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=188;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0142449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.345;QD=17.6386;RBI=0.0171557;REFB=-0.00816698;REVB=-0.0095605;RO=100;SAF=55;SAR=31;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120872;STB=0.573194;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0105002;OID=.;OPOS=23749977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:100:102:86:86:0.457447:31:55:52:48:31:55:52:50 chr7 23751736 . A G 361.09 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0124921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.06;QD=15.2037;RBI=0.012694;REFB=-0.0125285;REVB=-0.00225467;RO=56;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10424;STB=0.559038;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0198481;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:24:15:27:29:24:15:27:29 chr7 23757162 . G C 286.85 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0425214;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7072;QD=13.1884;RBI=0.0538431;REFB=-0.01393;REVB=0.0330305;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132561;STB=0.57009;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0358116;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:54:33:33:0.37931:14:19:24:29:14:19:25:29 chr7 24325009 . G A 410.45 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0110804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.151;QD=20.5225;RBI=0.0118511;REFB=-0.00895008;REVB=-0.00420396;RO=38;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732553;STB=0.531047;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00502114;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:26:15:11:27:26:15:12:27 chr7 24329133 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00749652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.824;QD=22.3411;RBI=0.00772455;REFB=-0.0109045;REVB=-0.001863;RO=14;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219339;STB=0.624843;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0108615;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:15:3:5:9:15:3:5:9 chr7 24703298 . G A 1407.02 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000794791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.913;QD=60.517;RBI=0.0461011;REFB=0.0116843;REVB=0.0460943;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106514;STB=0.500355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-5.60524e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:93:1:2:91:91:0.978495:47:44:1:0:47:44:1:1 chr7 24756643 . A G 368.58 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0120975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.435;QD=19.3992;RBI=0.0128045;REFB=0.0017449;REVB=0.00419614;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236637;STB=0.513151;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00159982;OID=.;OPOS=24756643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:19:19:18:20:19:19:18:20 chr7 24756951 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0288363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.36;QD=19.6683;RBI=0.0314024;REFB=-0.0118152;REVB=-0.012433;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292783;STB=0.640819;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0130679;OID=.;OPOS=24756951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:11:8:2:16:11:8:3:16 chr7 24758753 . C T 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0274576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.494;QD=21.4976;RBI=0.0305384;REFB=-0.0127774;REVB=-0.0133668;RO=48;SAF=22;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240378;STB=0.508768;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0118099;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:49:51:51:0.51:29:22:22:26:29:22:22:27 chr7 24758795 . T C 1266.68 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.106003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3219;QD=60.3183;RBI=0.107414;REFB=-0.0889552;REVB=0.0173574;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000390935;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:0:1:48:35:0:1 chr7 24758818 . G T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00393307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.965;QD=19.0768;RBI=0.0242502;REFB=-0.012588;REVB=-0.0239291;RO=39;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115494;STB=0.564423;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0124297;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:25:13:18:21:25:13:18:21 chr7 25181912 . T C 620.06 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00546734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.03;QD=24.5568;RBI=0.00586213;REFB=-0.014;REVB=-0.0021149;RO=41;SAF=22;SAR=37;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138961;STB=0.50358;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00844115;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:42:59:59:0.584158:37:22:16:25:37:22:16:26 chr7 25182405 . G T 764.11 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0317934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8417;QD=20.7922;RBI=0.0322247;REFB=-0.000218212;REVB=-0.00525427;RO=72;SAF=33;SAR=41;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136157;STB=0.503816;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=7.56384e-06;OID=.;OPOS=25182405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:72:73:74:74:0.503401:41:33:32:40:41:33:32:41 chr7 25194665 . G C 643.85 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00552093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.598;QD=19.5105;RBI=0.0722372;REFB=-0.0123589;REVB=0.0720259;RO=67;SAF=49;SAR=16;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158937;STB=0.588307;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.013864;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:16:49:41:26:16:49:41:26 chr7 25198089 . C G 79.01 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00774642;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8374;QD=13.7402;RBI=0.0706882;REFB=0.013122;REVB=-0.0702625;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301146;STB=0.680449;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00844831;OID=.;OPOS=25198089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:7:6:2:8:7:6 chr7 25207963 . G A 414.4 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=53;FWDB=-0.0101366;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9187;QD=15.0692;RBI=0.0143345;REFB=-0.0139609;REVB=0.0101354;RO=64;SAF=7;SAR=40;SRF=10;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146016;STB=0.510889;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0161533;OID=.;OPOS=25207963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:63:47:47:0.427273:40:7:10:54:40:7:10:53 chr7 25207974 . T C 338.43 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=57;FWDB=-0.00294851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5042;QD=12.5342;RBI=0.00499666;REFB=-0.000466302;REVB=-0.00403397;RO=67;SAF=5;SAR=36;SRF=10;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650581;STB=0.537294;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000510912;OID=.;OPOS=25207974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:36:5:10:57:36:5:10:57 chr7 25207994 . G A 331.83 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=58;FWDB=0.0194685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.086;QD=12.6413;RBI=0.0197835;REFB=-0.0174373;REVB=0.00351636;RO=64;SAF=6;SAR=34;SRF=7;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933552;STB=0.555307;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.03528;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:65:40:40:0.380952:34:6:7:57:34:6:7:58 chr7 25267934 . T C 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0196238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6635;QD=21.1269;RBI=0.0208223;REFB=-0.0168926;REVB=0.00696229;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832325;STB=0.546559;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0124898;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:5:16:15:7:5:16 chr7 25267963 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8261;QD=63.5823;RBI=0.0206035;REFB=0;REVB=0.00269618;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026988;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr7 25304395 . A G 591.45 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0315575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.328;QD=24.3896;RBI=0.031965;REFB=-0.010627;REVB=0.00508769;RO=43;SAF=15;SAR=39;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191362;STB=0.605392;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00880002;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:39:15:21:22:39:15:21:22 chr7 26224668 . C T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000266618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.327;QD=12.3034;RBI=0.0266722;REFB=-0.0114556;REVB=-0.0266709;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964227;STB=0.555513;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0206184;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:21:22:11:15:21:22 chr7 26251843 . C T 89.27 PASS AF=0.27451;AO=9;DP=47;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0158504;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.433;QD=7.0017;RBI=0.0203859;REFB=-0.0195277;REVB=0.01282;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623329;STB=0.571333;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0661842;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:51:38:37:9:14:0.27451:6:3:11:27:9:5:10:27 chr7 26252932 . CTGG C 193.09 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0186061;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.876;QD=8.0452;RBI=0.0202864;REFB=-0.00799844;REVB=-0.00808391;RO=71;SAF=10;SAR=16;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150816;STB=0.585299;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.021816;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:26:99:26:96:70:10:16:35:35:99:71:10:16:36:35 chr7 26252959 . T A 122.78 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0125829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.648;QD=5.84659;RBI=0.0128736;REFB=0.0050327;REVB=0.00272038;RO=65;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614158;STB=0.538133;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0184596;OID=.;OPOS=26252959;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:9:10:31:34:9:10:31:34 chr7 26252966 . C T 63.86 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0105569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5655;QD=3.40566;RBI=0.028861;REFB=-0.0021762;REVB=0.0268609;RO=63;SAF=6;SAR=6;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986721;STB=0.506656;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0138387;OID=.;OPOS=26252966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:63:63:12:12:0.16:6:6:31:32:6:6:31:32 chr7 26386122 . T A 355.09 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0135872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.958;QD=16.3261;RBI=0.0139121;REFB=-0.00984025;REVB=0.00298914;RO=48;SAF=13;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579328;STB=0.540253;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0140929;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:38:38:0.436782:25:13:19:29:25:13:20:29 chr7 26778406 . A G 245.54 PASS AF=0.84;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0249724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.868;QD=39.2867;RBI=0.0345468;REFB=-0.0281381;REVB=0.0238718;RO=4;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166568;STB=0.583255;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00222274;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:25:4:4:20:21:0.84:9:11:0:4:10:11:0:4 chr7 27135314 . C T 379.51 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240495;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.154;QD=56.2232;RBI=0.0477944;REFB=0;REVB=0.0413029;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231254;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr7 27169093 . T G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.122;QD=62.7621;RBI=0.0162508;REFB=0;REVB=-0.00314782;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03242e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr7 27210428 . A AG 1371.2 PASS AF=1;AO=69;DP=122;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343857;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1726;QD=47.2829;RBI=0.152128;REFB=0;REVB=0.148191;RO=51;SAF=27;SAR=42;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00246931;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:122:116:116:0:43:73:0:0:25:51:27:42:19:32 chr7 27210430 . T G 239.95 PASS AF=0.305785;AO=36;DP=120;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=0.0268455;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.9777;QD=7.93219;RBI=0.0695672;REFB=-0.0336884;REVB=0.0641788;RO=84;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122319;STB=0.56267;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0784692;OID=.;OPOS=27210430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:84:84:36:37:0.305785:20:16:29:55:21:16:29:55 chr7 27279191 . T G 2172.36 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.203;QD=62.9669;RBI=0.0272157;REFB=0;REVB=0.0212776;RO=0;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27393e-05;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:81:55:0:0:83:55:0:0 chr7 27702390 . C A 2285.5 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.165;QD=63.0482;RBI=0.0577818;REFB=0;REVB=0.0476518;RO=1;SAF=74;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210872;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:145:145:1:0:144:145:1:70:74:1:0:70:75:0:0 chr7 27886171 . A G 338.42 PASS AF=0.473684;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0233538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.868;QD=17.8115;RBI=0.0324103;REFB=-0.0223794;REVB=0.0224728;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964199;STB=0.566921;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0193428;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:40:34:36:0.473684:17:17:24:16:19:17:24:16 chr7 28319007 . T A 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00672558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.412;QD=17.6623;RBI=0.0150644;REFB=0.0104831;REVB=0.0134798;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480367;STB=0.52685;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0134768;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:21:19:20:27:21:19:20:27 chr7 28319234 . A C 285.08 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0284688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7802;QD=21.5157;RBI=0.0623428;REFB=-0.00301447;REVB=0.0554631;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797868;STB=0.532973;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00497729;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:16:14:8:14:16:14:9:14 chr7 28843898 . TGGGC TCGGC,TGGC,TGGCT 617.95 PASS AF=0,0.895522,0;AO=4,44,3;DP=67;FAO=0,60,0;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=0,35,0;FSAR=0,25,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.132414,-0.157999,-0.043256;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=51.4045,18.3078,13.6895;QD=36.8924;RBI=0.134616,0.185263,0.0707793;REFB=-0.0221973,-0.0467515,-0.0252717;REVB=-0.0242496,0.0967414,0.0560235;RO=12;SAF=4,27,0;SAR=0,17,3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0.27422,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.756743,0.147103,-0.569201;STB=0.5,0.516534,0.5;STBP=1,0.444,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.05689,0;OID=.,.,.;OPOS=28843899,28843899,28843901;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=TCGGC,TGGC,TGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.895522,0:4,44,3:67:0,60,0:67:7:0,35,0:0,25,0:3:4:23:12:4,27,0:0,17,3:3:9 chr7 28995800 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.019269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4377;QD=19.3685;RBI=0.025316;REFB=-0.0282604;REVB=0.0164197;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.529353;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00967806;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:2:4:5:5:3:4 chr7 28996557 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0385263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.797;QD=11.1852;RBI=0.0422007;REFB=-0.0105332;REVB=-0.0172228;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32292;STB=0.706846;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0227055;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:5:14:15:18:5:14:15:20 chr7 28996944 . T C 490.72 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.965;QD=56.0826;RBI=0.0250432;REFB=-0.205123;REVB=0.000941407;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00145738;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr7 28997141 . G C 301.76 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.01886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.387;QD=25.1463;RBI=0.0189853;REFB=-0.0234606;REVB=-0.00217713;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20294;STB=0.612475;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0236064;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:7:14:11:16:7:14 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 792.07 PASS AF=0.964912,0.0350877,0;AO=51,2,2;DP=57;FAO=55,2,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2,0;FSAR=36,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033679,-0.0397324,-0.0332331;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=28.2184,6.71401,7.69672;QD=55.5842;RBI=0.0413407,0.0794439,0.111247;REFB=0,0,0;REVB=-0.0412033,-0.0687944,-0.106167;RO=0;SAF=18,2,0;SAR=33,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=8.62909e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00102179,0.0335709,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964912,0.0350877,0:51,2,2:57:55,2,0:57:0:19,2,0:36,0,0:0:0:5:0:18,2,0:33,0,2:0:0 chr7 29186256 . A G 275.43 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0249127;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.265;QD=15.3018;RBI=0.028291;REFB=-0.00423587;REVB=-0.0134068;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234729;STB=0.506771;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00636933;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:17:14:19:21:17:14:19:22 chr7 29186576 . A G 341.48 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0116837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.811;QD=13.3913;RBI=0.0129303;REFB=-0.00912169;REVB=-0.00553924;RO=62;SAF=29;SAR=11;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322668;STB=0.684007;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0110762;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:11:29:27:35:11:29:27:35 chr7 29519929 . A G 430.98 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0126458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4936;QD=17.5909;RBI=0.0141417;REFB=-0.0103291;REVB=-0.00633025;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040596;STB=0.522717;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0170131;OID=.;OPOS=29519929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:23:21:28:26:23:21:28:26 chr7 29552213 . T C 533.47 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0309407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.088;QD=17.0709;RBI=0.0309407;REFB=-0.00724869;REVB=3.06358e-05;RO=68;SAF=39;SAR=18;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205072;STB=0.614588;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0094223;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:18:39:33:35:18:39:33:35 chr7 29605975 . C G 193.8 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0121652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9548;QD=16.8521;RBI=0.0347028;REFB=-0.0234436;REVB=-0.0325007;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.5135;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.041497;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:26:20:20:0.434783:12:8:10:14:12:8:11:15 chr7 29606288 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00376026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.342;QD=15.2931;RBI=0.0186938;REFB=-0.0058623;REVB=0.0183117;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00608349;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr7 29771597 . A C 748.56 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0469407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1493;QD=23.7639;RBI=0.0474955;REFB=-0.0215768;REVB=0.00723856;RO=55;SAF=40;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728814;STB=0.5398;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0160132;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:71:71:0.563492:31:40:26:29:31:40:26:29 chr7 29952207 . C G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0497017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.622;QD=13.5534;RBI=0.049857;REFB=-0.0200645;REVB=0.00393139;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110329;STB=0.556012;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0259349;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:16:11:20:19:16:11:20:20 chr7 29980471 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.033976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1292;QD=15.1109;RBI=0.0374087;REFB=-0.0121171;REVB=-0.0156538;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210213;STB=0.625699;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0114851;OID=.;OPOS=29980471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:13:15:28:10:14:15:28:10 chr7 30065960 . G A 356.66 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0163114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.424;QD=11.4131;RBI=0.017045;REFB=0.000706694;REVB=0.00494663;RO=81;SAF=18;SAR=26;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409022;STB=0.523479;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00111186;OID=.;OPOS=30065960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:81:44:44:0.352:26:18:36:45:26:18:36:45 chr7 30113706 . A G 988.33 PASS AF=0.492386;AO=96;DP=197;FAO=97;FDP=197;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.00165174;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.264;QD=20.0676;RBI=0.0136904;REFB=0.0051233;REVB=-0.0135904;RO=99;SAF=46;SAR=50;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134254;STB=0.507388;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0045569;OID=.;OPOS=30113706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:99:100:96:97:0.492386:50:46:46:53:50:47:47:53 chr7 30174773 . C G 1117.12 PASS AF=0.43956;AO=120;DP=274;FAO=120;FDP=273;FR=.;FRO=153;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=95;FSRR=58;FWDB=0.0171973;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3379;QD=16.368;RBI=0.018939;REFB=0.0132039;REVB=-0.00793327;RO=153;SAF=60;SAR=60;SRF=95;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122296;STB=0.567754;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0175221;OID=.;OPOS=30174773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:153:153:120:120:0.43956:60:60:95:58:60:60:95:58 chr7 30538651 . T C 170.01 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0192196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.7;QD=12.1438;RBI=0.0262808;REFB=0.0110027;REVB=0.0179244;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320513;STB=0.506323;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0146482;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:13:8:12:22:13:8:13:22 chr7 30693145 . CCGGGC CCGG,CGGC 160.07 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=15;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453703,0.226527;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=10.1402,23.247;QD=42.6861;RBI=0.675375,0.255654;REFB=0,0;REVB=-0.673849,-0.11851;RO=4;SAF=0,3;SAR=2,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767801,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0059086;OID=.,.;OPOS=30693149,30693146;OREF=GC,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CCGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,3:15:0,15:15:0:0,9:0,6:0:0:4:4:0,3:2,0:4:0 chr7 30791847 . C T 956.69 PASS AF=0.485294;AO=94;DP=199;FAO=99;FDP=204;FR=.;FRO=105;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0315238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.838;QD=18.7586;RBI=0.0469444;REFB=-0.00975869;REVB=0.0347855;RO=104;SAF=57;SAR=37;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103296;STB=0.563826;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00646042;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:204:104:105:94:99:0.485294:37:57:52:52:38:61:52:53 chr7 30791848 . G A 1041.47 PASS AF=0.509709;AO=104;DP=205;FAO=105;FDP=206;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.012264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.98;QD=20.2226;RBI=0.0223105;REFB=-0.016413;REVB=0.0186374;RO=101;SAF=52;SAR=52;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102345;STB=0.55809;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0102773;OID=.;OPOS=30791848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:101:101:104:105:0.509709:52:52:62:39:53:52:62:39 chr7 30795288 . A G 504.94 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00969173;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.908;QD=16.0298;RBI=0.0107126;REFB=-0.0147341;REVB=-0.00456411;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956786;STB=0.561129;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0133113;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:69:71:55:55:0.436508:25:30:31:38:25:30:31:40 chr7 30795436 . T G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.029519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.269;QD=13.8996;RBI=0.0306916;REFB=-0.00179398;REVB=-0.00840269;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906085;STB=0.551682;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00345535;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:14:20:12:12:14:20 chr7 30825575 . C A 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0122199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.943;QD=17.6943;RBI=0.0130922;REFB=-0.0166195;REVB=0.00469903;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121943;STB=0.568091;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0215671;OID=.;OPOS=30825575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:18:17:24:15:18:17:24:15 chr7 30831082 . C T 468.92 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0504424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5456;QD=18.0352;RBI=0.0504504;REFB=-0.007991;REVB=0.000895997;RO=54;SAF=18;SAR=31;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348931;STB=0.526023;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00820269;OID=.;OPOS=30831082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:54:54:49:50:0.480769:31:18:18:36:31:19:18:36 chr7 30831088 . G A 463.08 PASS AF=0.471698;AO=51;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00625736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2364;QD=17.4746;RBI=0.0517913;REFB=-0.00136768;REVB=0.0514119;RO=55;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007672;STB=0.503935;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00215064;OID=.;OPOS=30831088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:51:50:0.471698:31:20:22:33:30:20:22:34 chr7 30831181 . C T 302.97 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.020466;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.834;QD=17.0684;RBI=0.0278506;REFB=-0.0221119;REVB=-0.0188892;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193393;STB=0.607417;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0287389;OID=.;OPOS=30831181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:8:30:20:13:8:30 chr7 30890161 . G A 609.63 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00562962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.792;QD=16.4764;RBI=0.0127358;REFB=-0.0183917;REVB=0.011424;RO=84;SAF=30;SAR=34;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533336;STB=0.529778;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0232505;OID=.;OPOS=30890161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:84:64:64:0.432432:34:30:35:49:34:30:35:49 chr7 30898697 . G C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0163736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.891;QD=14.6054;RBI=0.0172088;REFB=-0.00678873;REVB=-0.00529603;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385309;STB=0.504663;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00835112;OID=.;OPOS=30898697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:15:19:27:21:15:19:27:22 chr7 30915263 . A G 347.37 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0123811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.851;QD=17.1539;RBI=0.0126274;REFB=-0.00566124;REVB=0.0024817;RO=44;SAF=12;SAR=25;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222276;STB=0.624931;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0100999;OID=.;OPOS=30915263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:25:12:24:20:25:12:24:20 chr7 31377369 . T G 402.13 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00432845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.103;QD=21.7369;RBI=0.0101946;REFB=-0.00468056;REVB=-0.00923007;RO=33;SAF=24;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145155;STB=0.586913;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00368022;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:40:40:0.540541:16:24:14:19:16:24:14:20 chr7 31592733 . C A 361.76 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0136138;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.39;QD=17.6467;RBI=0.0147963;REFB=-0.0300129;REVB=-0.00579616;RO=42;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209888;STB=0.628269;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0288451;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:44:38:38:0.463415:15:23:16:26:15:23:16:28 chr7 31611758 . G T 187.62 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0377497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.241;QD=8.93431;RBI=0.0377562;REFB=-0.00122898;REVB=-0.000701499;RO=59;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136741;STB=0.508096;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00295362;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:12:13:30:29:12:13:30:29 chr7 31617733 . T C 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5076;QD=59.0003;RBI=0.0828213;REFB=0;REVB=-0.03356;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150037;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 31618008 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.024;QD=43.482;RBI=0.0854424;REFB=0;REVB=0.0168265;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141401;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 31682453 . C T 884.3 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7088;QD=57.987;RBI=0.0625965;REFB=0;REVB=0.0331022;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047139;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:40:20:0:0:40:21:0:0 chr7 31683410 . G A 1324.39 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457246;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.65;QD=62.3241;RBI=0.0505882;REFB=0;REVB=0.0216432;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266618;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:39:46:0:0 chr7 31855569 . G A 271.78 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00153469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.764;QD=16.9864;RBI=0.00212876;REFB=0.000825487;REVB=-0.00147524;RO=34;SAF=4;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418163;STB=0.7093;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00235586;OID=.;OPOS=31855569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:28:30:0.46875:24:4:16:18:25:5:16:18 chr7 31855578 . G A 262.28 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.00178183;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.508;QD=17.7817;RBI=0.00609652;REFB=-0.0120626;REVB=0.00583032;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311166;STB=0.662623;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0177136;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:28:29:0.491525:14:14:5:25:15:14:5:25 chr7 31920395 . G A 466.21 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0231046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.714;QD=25.2006;RBI=0.0252021;REFB=-0.0224079;REVB=-0.010066;RO=30;SAF=16;SAR=28;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547916;STB=0.530012;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0197468;OID=.;OPOS=31920395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:28:16:13:17:28:16:13:17 chr7 32209425 . A G 1513.6 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000124952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.046;QD=59.9445;RBI=0.0115965;REFB=0;REVB=0.0115959;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73169e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:43:58:0:0 chr7 32209459 . C T 1678.0 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.664;QD=60.4685;RBI=0.0041027;REFB=0;REVB=-0.00378842;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63418e-06;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:48:62:0:0:48:63:0:0 chr7 32338337 . G A 1577.28 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337899;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4873;QD=58.9636;RBI=0.0460378;REFB=-0.0283497;REVB=0.0312686;RO=1;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692803;STB=0.503545;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000481234;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:104:106:0.990654:68:36:0:1:70:36:0:1 chr7 32526687 . C T 190.68 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00276581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.441;QD=15.2547;RBI=0.0303949;REFB=-0.00711328;REVB=-0.0302688;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841413;STB=0.560914;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00755511;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:8:11:15:15:8:12:15:15 chr7 32529936 . G C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.498;QD=59.0149;RBI=0.108716;REFB=0;REVB=0.00484685;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000962752;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr7 32530105 . G C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0536807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.422;QD=56.0075;RBI=0.054985;REFB=-0.0947593;REVB=0.0119051;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000821587;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:0:1:35:25:0:1 chr7 32530198 . AA TC 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745086;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.349;QD=60.3767;RBI=0.0102341;REFB=0;REVB=0.00701584;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.4134e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:51:23:0:0:51:23:0:0 chr7 32613020 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4019;QD=58.9609;RBI=0.0426547;REFB=0;REVB=0.0325018;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045899;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr7 32623796 . C T 1160.02 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.788;QD=60.2608;RBI=0.0321691;REFB=0;REVB=0.0072092;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85397e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:38:39:0:0 chr7 32908287 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.144;QD=57.2375;RBI=0.0231717;REFB=0;REVB=0.019855;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3149e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr7 32909182 . G A 453.54 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00406294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.348;QD=19.2996;RBI=0.0127801;REFB=-0.00574156;REVB=0.0121171;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376219;STB=0.50839;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00601976;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:49:45:45:0.478723:25:20:19:28:25:20:21:28 chr7 33003171 . G A 351.16 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00607777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.653;QD=23.4108;RBI=0.00613063;REFB=-0.0229457;REVB=0.000803311;RO=25;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149816;STB=0.582045;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0101338;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:20:15:6:19:20:15:6:19 chr7 33385852 . C T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.000865977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.34;QD=19.6922;RBI=0.0343477;REFB=-0.00581329;REVB=-0.0343368;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290716;STB=0.662544;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0101406;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:17:9:17:8:17:9:17:8 chr7 34192762 . G C 818.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.09;QD=57.4234;RBI=0.0623574;REFB=0;REVB=0.0575722;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355844;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr7 34793057 . C T 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0851838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1081;QD=26.371;RBI=0.0965034;REFB=-0.00231219;REVB=0.0453499;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702088;STB=0.538991;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000262557;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:17:7:6:10:17:7:6:10 chr7 34818113 . A T 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0594493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1951;QD=21.2764;RBI=0.0694035;REFB=0.0075721;REVB=-0.0358137;RO=32;SAF=28;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197823;STB=0.598996;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00803372;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:34:39:39:0.534247:11:28:16:16:11:28:18:16 chr7 34851393 . C G 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00334412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.893;QD=18.1631;RBI=0.039788;REFB=-0.00813864;REVB=0.0396472;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127938;STB=0.577185;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00727892;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:17:21:17:24:17:21:17:25 chr7 34874038 . C G 1224.92 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217479;FXX=0.0705799;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.237;QD=62.0212;RBI=0.0218855;REFB=0;REVB=0.00245011;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434348;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:79:0:0:77:79:1:43:34:0:0:44:35:0:0 chr7 34968498 . A T 873.66 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857114;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.843;QD=58.2442;RBI=0.0206248;REFB=0;REVB=0.0187595;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114645;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:61:60:1:31:30:0:0:30:30:0:0 chr7 34979905 . C A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0143346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2454;QD=13.1195;RBI=0.014685;REFB=0.0109222;REVB=0.00318917;RO=38;SAF=6;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376132;STB=0.716799;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0155535;OID=.;OPOS=34979905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:19:6:22:16:19:6:22:16 chr7 35058177 . A G 188.62 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00962424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.907;QD=14.2357;RBI=0.0603001;REFB=-0.017233;REVB=0.0595271;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20631;STB=0.617891;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.023917;OID=.;OPOS=35058177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:12:19:9:13:12:19 chr7 35157390 . G A 241.42 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00167859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.001;QD=12.3805;RBI=0.0217518;REFB=0.00965767;REVB=0.0216869;RO=49;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354087;STB=0.701566;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00836722;OID=.;OPOS=35157390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:11:18:14:35:11:18:14:35 chr7 35293193 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.108;QD=57.8824;RBI=0.0458061;REFB=0;REVB=0.0452706;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39842e-05;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:33:27:0:0 chr7 35709842 . C T 578.09 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0109866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8013;QD=20.1075;RBI=0.0575117;REFB=-0.00916903;REVB=-0.0564525;RO=56;SAF=32;SAR=27;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997526;STB=0.505496;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00681548;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:56:59:59:0.513043:27:32:31:25:27:32:31:25 chr7 35840898 . G C,GC 2006.53 PASS AF=0,1;AO=7,121;DP=138;FAO=0,133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=0,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253285,0.0316129;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=85.2812,105.993;QD=60.3466;RBI=0.0463229,0.0321455;REFB=0,0;REVB=-0.038785,0.00582731;RO=8;SAF=0,45;SAR=7,76;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.787219,-0.0315559;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0804112,0.000873126;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:11:138:133:8:0:7,121:0,133:0,1:7,76:0,45:5:3:0,87:0,46:0:0 chr7 36124231 . G GT 170.24 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=65;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.04356;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4533;QD=10.8088;RBI=0.048485;REFB=-0.00101631;REVB=0.0212913;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193842;STB=0.501741;STBP=0.988;TYPE=ins;VARB=0.00526311;OID=.;OPOS=36124232;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:27:65:29:63:34:11:18:13:21:99:36:11:16:14:22 chr7 36124292 . G A 657.83 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8057;QD=59.8027;RBI=0.0453422;REFB=-0.126767;REVB=-0.028061;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00280667;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:26:17:0:0:26:17:0:1 chr7 36320821 . G A 1896.13 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.572;QD=61.6627;RBI=0.0437032;REFB=0;REVB=0.00784755;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38531e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:72:51:0:0:72:51:0:0 chr7 36338749 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.853;QD=63.4761;RBI=0.0172856;REFB=0;REVB=0.0144892;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04651e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr7 36339269 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2974;QD=56.7051;RBI=0.0352751;REFB=0;REVB=0.00146698;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883578;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr7 36445856 . G A 452.43 PASS AF=0.466667;AO=47;DP=103;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0255138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.616;QD=17.2353;RBI=0.0255235;REFB=-0.0154982;REVB=-0.000703863;RO=56;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212071;STB=0.501375;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0153357;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:56:56:47:49:0.466667:22:25:31:25:22:27:31:25 chr7 36447349 . A ACTT 270.45 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00488071;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.821;QD=16.6427;RBI=0.0144886;REFB=-0.011847;REVB=0.0136417;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024735;STB=0.513895;STBP=0.843;TYPE=ins;VARB=0.0133991;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:30:66:30:65:35:11:19:12:23:99:35:11:19:12:23 chr7 36552729 . A AT 893.44 PASS AF=1;AO=76;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.180537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6419;QD=41.5554;RBI=0.248821;REFB=0;REVB=0.171225;RO=6;SAF=34;SAR=42;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000409581;OID=.;OPOS=36552730;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:85:86:86:0:40:46:0:0:17:6:34:42:2:4 chr7 36552790 . G GT,T 1381.41 PASS AF=1,0;AO=90,8;DP=105;FAO=101,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850668,0.0922034;FXX=0.00980296;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=23.2607,4.33458;QD=54.7095;RBI=0.097973,0.173244;REFB=0,0;REVB=-0.048604,-0.14667;RO=5;SAF=47,0;SAR=43,8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00776404,-0.79802;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000733629,0;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:101:5:0:90,8:101,0:1,0:43,8:47,0:3:2:52,0:49,0:0:0 chr7 36729757 . T C 1249.4 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130922;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.057;QD=61.699;RBI=0.0131184;REFB=0;REVB=-0.00082751;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51926e-05;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr7 36763688 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.785;QD=63.2866;RBI=0.0523734;REFB=0;REVB=0.0279223;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263382;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr7 36894392 . C CT 492.8 PASS AF=0.578947;AO=64;DP=117;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0152421;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0855;QD=17.2913;RBI=0.040969;REFB=-0.0226645;REVB=0.0380281;RO=50;SAF=25;SAR=39;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113409;STB=0.565198;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=0.0184758;OID=.;OPOS=36894393;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:64:117:66:114:48:26:40:12:36:99:50:25:39:13:37 chr7 37209284 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.502;QD=51.1846;RBI=0.0280707;REFB=0;REVB=-0.00508586;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4216e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr7 37355590 . C CT 489.63 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0214;QD=38.4025;RBI=0.0586464;REFB=0;REVB=-0.013299;RO=3;SAF=30;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00180062;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:51:51:0:32:19:0:0:10:3:30:19:2:1 chr7 37780799 . C A 345.82 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.000177193;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.958;QD=11.1554;RBI=0.00260883;REFB=-0.0122466;REVB=-0.00260281;RO=81;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163736;STB=0.593626;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0233578;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:81:43:43:0.346774:22:21:28:53:22:21:28:53 chr7 37907304 . T C 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00740026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.233;QD=17.7599;RBI=0.0150862;REFB=0.00195805;REVB=0.0131465;RO=55;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391393;STB=0.517465;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00235187;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:51:51:0.476636:29:22:26:29:29:22:26:30 chr7 37916455 . A G 385.46 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00158329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.39;QD=15.574;RBI=0.0185985;REFB=0.0110048;REVB=-0.0185309;RO=58;SAF=27;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153503;STB=0.586913;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0108795;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:14:27:30:28:14:27:30:28 chr7 37947164 . G T 2321.15 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0412994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9827;QD=62.7337;RBI=0.0444061;REFB=-0.159114;REVB=-0.0163174;RO=1;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598224;STB=0.503144;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000625789;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:146:147:0.993243:79:67:0:1:79:68:0:1 chr7 37953840 . C T 2216.61 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3799;QD=63.3317;RBI=0.0373285;REFB=0;REVB=0.00707918;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161974;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:80:59:0:0:81:59:0:0 chr7 37961001 . C A 2751.79 PASS AF=0.988889;AO=178;DP=181;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147384;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.71;QD=61.151;RBI=0.0427998;REFB=-0.068101;REVB=0.0401821;RO=2;SAF=69;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865425;STB=0.504545;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000469603;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:181:180:2:2:178:178:0.988889:109:69:0:2:109:69:0:2 chr7 37988589 . C T 328.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00483032;FXX=0.0978155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.813;QD=15.8498;RBI=0.00850301;REFB=-0.00884725;REVB=-0.0069978;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929872;STB=0.5296;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0106237;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:42:48:35:35:0.421687:20:15:22:20:20:15:23:25 chr7 37991129 . C A 1353.72 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584583;FXX=0.0543419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.116;QD=62.2399;RBI=0.0305244;REFB=0;REVB=0.0299594;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283939;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:44:41:0:0:44:43:0:0 chr7 38268395 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00559975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.039;QD=14.3247;RBI=0.0162517;REFB=-0.00414496;REVB=-0.0152565;RO=39;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192878;STB=0.610535;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00680343;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:7:21:23:16:7:21:23:16 chr7 38269668 . G A 314.15 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00151318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.117;QD=17.2134;RBI=0.00165806;REFB=-0.00474938;REVB=-0.000677842;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473393;STB=0.534227;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00536131;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:17:16:17:22:17:17:17:22 chr7 38284794 . C T 88.86 PASS AF=0.24;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0255796;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1592;QD=7.10908;RBI=0.0281198;REFB=0.00870334;REVB=0.0116794;RO=39;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24945;STB=0.647464;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0280965;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:51:50:39:38:12:12:0.24:3:9:22:17:3:9:22:16 chr7 38284804 . T C 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0496977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.816;QD=4.7632;RBI=0.0598017;REFB=-0.000758424;REVB=0.0332622;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14863;STB=0.599772;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0106642;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:3:6:22:18:3:6:22:18 chr7 38284808 . A C 58.54 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0324653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1418;QD=4.87852;RBI=0.0816159;REFB=0.00625921;REVB=-0.074881;RO=38;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113474;STB=0.588034;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0259706;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:38:39:9:9:0.1875:3:6:22:16:3:6:22:17 chr7 38284834 . A G 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00472815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.093;QD=4.63852;RBI=0.0116161;REFB=-0.00137214;REVB=-0.0106103;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221007;STB=0.648315;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00547402;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:3:6:20:21:3:6:20:21 chr7 38284854 . C T 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00974851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.352;QD=4.76321;RBI=0.021374;REFB=-0.00300856;REVB=-0.0190214;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263458;STB=0.675288;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0157701;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:3:6:18:22:3:6:18:22 chr7 38289121 . C T 394.46 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0511464;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7505;QD=12.3268;RBI=0.0511927;REFB=-0.00168131;REVB=0.00217623;RO=81;SAF=16;SAR=31;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108385;STB=0.562006;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00220169;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:81:81:47:47:0.367188:31:16:35:46:31:16:35:46 chr7 38299727 . T C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00577873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.012;QD=7.04949;RBI=0.0314757;REFB=-0.0110155;REVB=0.0309407;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346902;STB=0.550917;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0305531;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:28:30:10:10:0.25:6:4:12:16:6:4:14:16 chr7 38305142 . G C 1197.49 PASS AF=0.493724;AO=122;DP=243;FAO=118;FDP=239;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.000724821;FXX=0.0164602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.688;QD=20.0416;RBI=0.0100402;REFB=-0.00178699;REVB=0.010014;RO=118;SAF=51;SAR=71;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207918;STB=0.502995;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00182349;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:239:118:121:122:118:0.493724:71:51:52:66:67:51:53:68 chr7 38309102 . A C 265.24 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0238079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2788;QD=18.6132;RBI=0.0550211;REFB=-0.024616;REVB=0.0496035;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628746;STB=0.52598;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0281548;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:29:29:0.508772:14:15:12:15:14:15:13:15 chr7 38331271 . C A 281.34 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0162495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.634;QD=14.4278;RBI=0.0287749;REFB=-0.0177466;REVB=0.0237477;RO=43;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14741;STB=0.588607;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0180795;OID=.;OPOS=38331271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:46:31:32:0.410256:22:9:18:25:23:9:19:27 chr7 38331504 . C T 142.56 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0280573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.315;QD=14.256;RBI=0.028068;REFB=-0.00895714;REVB=0.000774553;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200326;STB=0.61749;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0119265;OID=.;OPOS=38331504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:10:14:12:4:10:14 chr7 38357075 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=62.9827;RBI=0.024123;REFB=0;REVB=0.0187624;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233926;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr7 38389410 . G C 227.13 PASS AF=0.285714;AO=32;DP=112;FAO=32;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0336201;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7594;QD=8.11161;RBI=0.034689;REFB=0.00640784;REVB=-0.00854523;RO=79;SAF=18;SAR=14;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221584;STB=0.509044;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0163248;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:79:80:32:32:0.285714:14:18:43:36:14:18:44:36 chr7 38402496 . A G 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0178813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.204;QD=17.7624;RBI=0.017887;REFB=-0.0102416;REVB=0.000454638;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185934;STB=0.603998;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0199527;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:24:15:26:19:24:15:26:19 chr7 38402517 . C T 434.8 PASS AF=0.478261;AO=42;DP=90;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0387325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7807;QD=18.9041;RBI=0.040237;REFB=-0.011439;REVB=0.0109;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147418;STB=0.566899;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0298285;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:48:48:42:44:0.478261:24:18:28:20:24:20:28:20 chr7 38431481 . C A 683.13 PASS AF=0.590909;AO=65;DP=110;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.010111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.3;QD=24.8411;RBI=0.0261585;REFB=-0.00289472;REVB=0.0241254;RO=45;SAF=22;SAR=43;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203192;STB=0.610867;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00275754;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:45:65:65:0.590909:43:22:27:18:43:22:27:18 chr7 38433726 . T G 108.35 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00446634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.716;QD=13.5432;RBI=0.00543674;REFB=-0.0182303;REVB=-0.0031;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782033;STB=0.50458;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0242252;OID=.;OPOS=38433726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:3:16:11:2:3:16 chr7 38467842 . A G 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0177746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7055;QD=19.4059;RBI=0.0287798;REFB=-0.0199442;REVB=0.022635;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242304;STB=0.635202;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.018741;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:20:10:17:11:20:10:17:11 chr7 38467923 . A G 483.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.058;QD=58.5674;RBI=0.0219281;REFB=0;REVB=0.0210091;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325901;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr7 38468463 . C T 463.34 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00877576;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.241;QD=25.741;RBI=0.0134597;REFB=-0.0034397;REVB=0.0102054;RO=28;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950162;STB=0.546993;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00394951;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:43:44:0.611111:21:22:18:10:21:23:18:10 chr7 38468695 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.299;QD=33.4285;RBI=0.0170646;REFB=0;REVB=0.0134647;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9738e-05;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 38469039 . C A 350.18 PASS AF=0.6;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0155286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1041;QD=28.0146;RBI=0.0304151;REFB=-0.0137389;REVB=0.0261523;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046919;STB=0.513615;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0105577;OID=.;OPOS=38469039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:20:30:30:0.6:17:13:7:12:17:13:8:12 chr7 38469407 . CA C,CC 46.23 PASS AF=0.5,0.0714286;AO=10,3;DP=28;FAO=14,2;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12,2;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.193492,0.0857596;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.49413,22.7366;QD=6.60402;RBI=0.274311,0.168866;REFB=-0.074446,-0.0588782;REVB=0.194441,0.145469;RO=13;SAF=8,3;SAR=2,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.367135,0.64472;STB=0.760131,0.995029;STBP=0.014,0.166;TYPE=del,snp;VARB=0.114023,0.105865;OID=.,.;OPOS=38469408,38469408;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0714286:10,3:28:14,2:28:12:12,2:2,0:5:7:38:13:8,3:2,0:6:7 chr7 38725804 . C T 272.18 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0162293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.933;QD=17.2813;RBI=0.0172667;REFB=-0.00210735;REVB=0.00589479;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115342;STB=0.571382;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00215413;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:30:30:0.47619:15:15:20:12:15:15:21:12 chr7 38780883 . C T 2162.55 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00548764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.133;QD=62.2318;RBI=0.00743455;REFB=-0.0147382;REVB=-0.00501581;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.503816;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=5.21908e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:65:73:0:0:65:73:0:1 chr7 38780924 . T C 2828.12 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.43;QD=62.8472;RBI=0.0209938;REFB=0;REVB=0.0169882;RO=0;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52928e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:179:180:1:92:87:0:0:93:87:0:0 chr7 40314165 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.71;QD=60.9784;RBI=0.0776078;REFB=0;REVB=0.0443207;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109265;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr7 40899966 . CG C,CC 695.81 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=8,37;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675081,0.0640517;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.553,248.19;QD=61.8501;RBI=0.0683757,0.0651678;REFB=0,0;REVB=0.0108581,0.0120094;RO=0;SAF=6,19;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0211773,0.00262884;OID=.,.;OPOS=40899967,40899967;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:8,37:45:1,44:45:0:0,25:1,19:0:0:6:0:6,19:2,18:0:0 chr7 42088222 . T C 378.51 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00746142;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7503;QD=19.4109;RBI=0.0121867;REFB=-0.00933498;REVB=0.00963547;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394674;STB=0.512985;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0132875;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:39:38:39:0.5:22:16:15:21:22:17:18:21 chr7 42950640 . C T 1014.99 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458002;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0103;QD=59.705;RBI=0.0469334;REFB=0;REVB=-0.0102508;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400248;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr7 42956943 . G C 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0299052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.67;QD=24.8132;RBI=0.0299504;REFB=-0.00889431;REVB=-0.00164558;RO=25;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015478;STB=0.515505;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00659886;OID=.;OPOS=42956943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:21:18:11:14:21:18:11:15 chr7 42970733 . C T 635.18 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478051;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.031;QD=61.9685;RBI=0.0168215;REFB=0;REVB=0.0161279;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523458;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr7 42976789 . A G 1677.19 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.571;QD=60.4393;RBI=0.0587669;REFB=0;REVB=0.0509456;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173227;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:60:51:0:0:60:51:0:0 chr7 42977091 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.323;QD=57.1771;RBI=0.0209868;REFB=0;REVB=-0.00523196;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230944;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr7 43484218 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00580646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.15;QD=18.8866;RBI=0.0326072;REFB=-0.034132;REVB=-0.032086;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0109127;OID=.;OPOS=43484218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr7 43663423 . G C 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0124746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0251;QD=20.9038;RBI=0.0426805;REFB=-0.0233998;REVB=-0.0408167;RO=35;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114351;STB=0.563298;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0271614;OID=.;OPOS=43663423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:16:23:16:19:16:23:16:19 chr7 43664280 . A G 477.61 PASS AF=0.438017;AO=52;DP=120;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.00954526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.812;QD=15.7886;RBI=0.00973945;REFB=-0.00631647;REVB=-0.00193516;RO=67;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115624;STB=0.562785;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00901773;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:67:68:52:53:0.438017:30:22:21:46:31:22:21:47 chr7 43664625 . G T 250.16 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00918746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.069;QD=20.0129;RBI=0.0155327;REFB=-0.0113571;REVB=-0.0125242;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942901;STB=0.505315;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00878073;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:16:10:9:15:16:10 chr7 43664785 . C T 325.85 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0219485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.54;QD=22.4724;RBI=0.034689;REFB=-0.031468;REVB=-0.0268625;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201369;STB=0.506325;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0177165;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:18:14:11:14:18:15:11:14 chr7 43687206 . G C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0868819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4568;QD=24.03;RBI=0.0879171;REFB=-0.0149805;REVB=-0.0134521;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248592;STB=0.639163;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00696584;OID=.;OPOS=43687206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:2:7:6:9:2:7 chr7 43810764 . G A 411.54 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0127826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.021;QD=18.4962;RBI=0.013803;REFB=-0.0167418;REVB=-0.0052085;RO=47;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907408;STB=0.550538;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0212793;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:21:21:19:28:21:21:19:28 chr7 43846603 . A G 397.77 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0058122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.669;QD=18.0805;RBI=0.00595106;REFB=0.00389625;REVB=-0.00127805;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990841;STB=0.560946;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00451816;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:18:23:21:25:18:23:21:26 chr7 43916128 . C CCT 1210.14 PASS AF=0.987654;AO=77;DP=90;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140034;FXX=0.0470533;HRUN=3;LEN=2;MLLD=296.349;QD=59.7602;RBI=0.014104;REFB=0.0413023;REVB=-0.00168115;RO=10;SAF=37;SAR=40;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474958;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=4.07785e-06;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987654:77:90:80:81:1:37:43:0:1:3:10:37:40:7:3 chr7 43916138 . C G 1324.87 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.443;QD=60.9136;RBI=0.0419398;REFB=-0.0517404;REVB=0.0033222;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000127993;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:0:1:44:42:0:1 chr7 43916727 . T G 145.47 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4392;QD=44.7594;RBI=0.0407991;REFB=0;REVB=0.0380665;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448414;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:5:8:0:0 chr7 43917013 . G A 1722.58 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.199;QD=59.3993;RBI=0.0393496;REFB=-0.043955;REVB=0.00834153;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000361997;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:0:1:113:115:0.991379:68:45:0:0:68:47:0:1 chr7 43917274 . A G 716.2 PASS AF=1;AO=35;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2881;QD=62.2784;RBI=0.0531399;REFB=0;REVB=0.0273572;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229744;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:35:46:1:9:26:0:0:16:30:0:0 chr7 43982482 . A C 2122.13 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.064;QD=62.8778;RBI=0.0289484;REFB=0;REVB=0.0271008;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64627e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:76:59:0:0:76:59:0:0 chr7 44027348 . A G 1491.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.128;QD=63.4754;RBI=0.0353877;REFB=0;REVB=-0.0266156;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035674;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr7 44047066 . T C 712.0 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263763;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.877;QD=54.7695;RBI=0.0322271;REFB=0.0300336;REVB=-0.0185169;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136506;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000524339;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:34:17:0:1:34:17:0:1 chr7 44148553 . A G 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.755;QD=59.9242;RBI=0.0421137;REFB=0;REVB=-0.00163114;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115755;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:67:38:0:0:67:38:0:0 chr7 44149895 . G A 334.24 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.000150972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9668;QD=16.712;RBI=0.0862147;REFB=0.00135111;REVB=0.0862145;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124342;STB=0.562466;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=1.58841e-05;OID=.;OPOS=44149895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:18:18:27:16:18:18:27:17 chr7 44153780 . A G 571.94 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3699;QD=60.2039;RBI=0.151888;REFB=0;REVB=0.138994;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00497039;OID=.;OPOS=44153780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:18:14:0:0:24:14:0:0 chr7 44179449 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0178793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.658;QD=17.542;RBI=0.0181992;REFB=-0.00590683;REVB=-0.00339725;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286222;STB=0.664884;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00450029;OID=.;OPOS=44179449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:4:11:7:9:4:11:7:9 chr7 44180079 . A AG 238.94 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.1896;QD=35.399;RBI=0.143666;REFB=0;REVB=-0.14358;RO=3;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00604795;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:29:27:27:0:10:17:0:0:5:3:10:14:1:2 chr7 44282868 . A G 311.73 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0610531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.01;QD=16.6257;RBI=0.0613784;REFB=-0.00977958;REVB=-0.00631126;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426178;STB=0.509428;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.011613;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:16:18:21:19:16:18:21:20 chr7 44284564 . A G 2662.17 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141879;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.634;QD=62.273;RBI=0.0173344;REFB=0;REVB=0.00995918;RO=0;SAF=77;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54058e-06;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:94:77:0:0:94:77:0:0 chr7 44442296 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.03;QD=60.9786;RBI=0.038106;REFB=0;REVB=0.0331609;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211173;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr7 44579180 . G C 491.24 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00887759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8911;QD=22.3289;RBI=0.0700308;REFB=-0.0139429;REVB=0.0694659;RO=41;SAF=17;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152358;STB=0.584087;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0259439;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:30:17:22:19:30:17:22:19 chr7 44606098 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.751;QD=33.4281;RBI=0.0424819;REFB=0;REVB=0.0395092;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132662;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 44608718 . C T 215.61 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.032607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3533;QD=22.1137;RBI=0.0553951;REFB=-0.00481696;REVB=0.0447817;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238952;STB=0.503872;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00999457;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:13:8:6:11:13:8:7:11 chr7 44612229 . G A 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.014921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.226;QD=17.8246;RBI=0.017505;REFB=-0.0142962;REVB=0.00915361;RO=47;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176923;STB=0.604345;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0170917;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:16:25:20:27:16:25:20:28 chr7 44620836 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.005;QD=50.4135;RBI=0.0157706;REFB=0;REVB=0.0121338;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013455;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 44836314 . A G 1737.64 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177415;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.815;QD=60.9698;RBI=0.00290369;REFB=0;REVB=0.00229866;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137223;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr7 44915936 . A AT 35.97 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0402741;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.28072;QD=3.50943;RBI=0.0898284;REFB=-0.0823441;REVB=-0.080294;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290364;STB=0.505294;STBP=0.983;TYPE=ins;VARB=0.0923372;OID=.;OPOS=44915937;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:14:43:16:41:25:11:5:17:8:35:27:9:5:18:9 chr7 45004063 . T C 1015.7 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.276;QD=58.8813;RBI=0.0245984;REFB=0;REVB=0.0136146;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88376e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:29:38:0:0:30:39:0:0 chr7 45009325 . G A 276.3 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0203373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.366;QD=15.7887;RBI=0.0288325;REFB=-0.00685116;REVB=0.0204379;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041435;STB=0.52335;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0107081;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:16:23:17:14:16:23 chr7 45009341 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1325;QD=60.2043;RBI=0.0158504;REFB=0;REVB=0.0158125;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132483;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr7 45009723 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.392;QD=49.5992;RBI=0.0316223;REFB=0;REVB=-0.00726563;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205103;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 45023503 . T A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00160264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.28;QD=13.2874;RBI=0.0167732;REFB=0.00254648;REVB=-0.0166964;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101542;STB=0.54846;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00506458;OID=.;OPOS=45023503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:15:12:14:26:15:12:15:26 chr7 45113121 . G A 177.05 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0400385;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.184;QD=12.4246;RBI=0.0421983;REFB=-0.0213821;REVB=-0.0133272;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183351;STB=0.616009;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0318439;OID=.;OPOS=45113121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:12:9:21:14:13:9:21:14 chr7 45113170 . G A 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00822989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.014;QD=25.2545;RBI=0.0259829;REFB=0.0186176;REVB=0.024645;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688812;STB=0.538419;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0116754;OID=.;OPOS=45113170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:5:6:8:10:5:6 chr7 45122324 . C A 216.22 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0137824;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.895;QD=16.6321;RBI=0.0139782;REFB=-0.00597577;REVB=-0.00233136;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252775;STB=0.642739;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00645209;OID=.;OPOS=45122324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:18:10:15:9:18:10 chr7 45122464 . A C 116.23 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0273981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.913;QD=11.3397;RBI=0.0274133;REFB=-0.010459;REVB=0.000912815;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311512;STB=0.700882;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0200943;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:11:3:12:14:11:3:13:14 chr7 45122723 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0583828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3869;QD=20.6005;RBI=0.0967665;REFB=-0.0379711;REVB=0.07717;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679889;STB=0.538422;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0400885;OID=.;OPOS=45122723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:7:12:14:6:7:12 chr7 45123090 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00535996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.931;QD=10.3903;RBI=0.0108292;REFB=0.001966;REVB=0.00940967;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00240198;OID=.;OPOS=45123090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr7 45124008 . T C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.028956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.686;QD=28.9135;RBI=0.0340672;REFB=-0.00245746;REVB=0.0179478;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161182;STB=0.588717;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00183744;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:10:5:15:11:10:5 chr7 45124286 . A G 367.58 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00386652;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.495;QD=21.6224;RBI=0.016598;REFB=-0.0161834;REVB=-0.0161413;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876979;STB=0.548361;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00988118;OID=.;OPOS=45124286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:31:37:37:0.544118:20:17:11:20:20:17:11:20 chr7 45124465 . A T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0001609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.009;QD=14.0792;RBI=0.000278687;REFB=-0.00179137;REVB=0.000227546;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488622;STB=0.788951;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00181817;OID=.;OPOS=45124465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:2:10:6:10:2:10:6:10 chr7 45756997 . C G 670.42 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0035769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.979;QD=17.1902;RBI=0.00625871;REFB=-0.00674552;REVB=-0.00513587;RO=83;SAF=28;SAR=44;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10387;STB=0.561207;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00701746;OID=.;OPOS=45756997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:84:72:72:0.461538:44:28:41:42:44:28:42:42 chr7 45762687 . A AAAT 192.78 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=62;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00850976;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=354.917;QD=13.0701;RBI=0.0132133;REFB=0.00162191;REVB=-0.0101082;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234873;STB=0.595156;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=-0.00248141;OID=.;OPOS=45762688;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678:22:62:24:59:35:8:16:17:18:99:38:7:15:20:18 chr7 45764099 . A G 42.02 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0023754;FXX=0.0454339;HRUN=7;LEN=1;MLLD=284.414;QD=8.00474;RBI=0.0195135;REFB=-0.0142025;REVB=-0.0193684;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.618673;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00960015;OID=.;OPOS=45764099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:22:21:10:15:6:6:0.285714:3:3:4:6:3:3:5:10 chr7 45765234 . G T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00653603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2217;QD=19.3436;RBI=0.0175342;REFB=0.00352557;REVB=0.0162705;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28794;STB=0.662476;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00664245;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:5:13:7:11:5:13 chr7 45932669 . A G 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00285872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2948;QD=25.7285;RBI=0.0163751;REFB=-0.00747076;REVB=-0.0161236;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219314;STB=0.622251;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00739178;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:10:9:19:7:10:9 chr7 46732428 . A G 1453.14 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=5.51976e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.56;QD=59.9233;RBI=0.00306689;REFB=-0.143839;REVB=-0.0030664;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506161;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000760058;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:96:97:0:3:93:94:0.969072:50:43:0:0:50:44:2:1 chr7 47323456 . A G 436.23 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.359;QD=56.2883;RBI=0.0519022;REFB=0;REVB=0.0510486;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483198;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:18:13:0:0 chr7 47408029 . A G 2205.97 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189096;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.811;QD=62.5807;RBI=0.0192223;REFB=0;REVB=0.00345275;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718994;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:137:141:1:72:65:0:0:75:66:0:0 chr7 47408443 . C G 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0363698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.209;QD=31.0688;RBI=0.0580428;REFB=-0.0352538;REVB=-0.045235;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26767;STB=0.648467;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00657983;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:5:12:1:5:5:12:1:5 chr7 47408974 . T A 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448826;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.753;QD=57.7379;RBI=0.0464011;REFB=0;REVB=0.0117735;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016057;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr7 47481602 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0144136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.058;QD=20.7545;RBI=0.0672978;REFB=-0.0159108;REVB=-0.0657362;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00952987;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:5:7:9:6:5:7 chr7 47546544 . TGGGA TGG,TGGA,TGGAA 303.91 PASS AF=0,1,0;AO=5,13,12;DP=31;FAO=0,27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518177,0.0215517,-0.0204393;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=15.6237,17.9492,14.5914;QD=45.0236;RBI=0.0519886,0.151606,0.147384;REFB=0,0,0;REVB=-0.0042127,-0.150066,-0.14596;RO=0;SAF=4,7,8;SAR=1,6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.228498,0.00924326,0;OID=.,.,.;OPOS=47546547,47546545,47546547;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TGG,TGGA,TGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,13,12:31:0,27,0:27:0:0,16,0:0,11,0:0:0:3:0:4,7,8:1,6,4:0:0 chr7 47872845 . A G 860.14 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000522424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7863;QD=57.3423;RBI=0.0749074;REFB=0;REVB=0.0749055;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526489;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:37:20:0:0:40:20:0:0 chr7 47913579 . T C 851.21 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.117;QD=57.7092;RBI=0.0193375;REFB=0;REVB=0.00511234;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98083e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:52:59:1:23:29:0:0:24:35:0:0 chr7 47921682 . A T 400.49 PASS AF=0.409639;AO=30;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.016276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.275;QD=19.3007;RBI=0.0341258;REFB=-0.0208653;REVB=0.0299944;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24667;STB=0.591387;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0516786;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:30:34:0.409639:11:19:16:25:15:19:16:25 chr7 47925331 . C G 367.28 PASS AF=0.4875;AO=35;DP=77;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0227776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.685;QD=18.364;RBI=0.022953;REFB=-0.0278613;REVB=0.00283256;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138103;STB=0.538442;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.031433;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:39:41:35:39:0.4875:18:17:19:20:18:21:19:22 chr7 47925525 . G T 401.53 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0142513;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.235;QD=15.4434;RBI=0.0326361;REFB=-0.0239089;REVB=-0.0293601;RO=57;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163509;STB=0.590291;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0294986;OID=.;OPOS=47925525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:21:24:21:36:21:24:22:37 chr7 47968927 . C A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0174347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.366;QD=17.8005;RBI=0.0174393;REFB=-0.0146201;REVB=0.000403775;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.509425;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0201369;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:10:14:12:8:10:14 chr7 47971575 . A G 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00987042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.39;QD=25.7159;RBI=0.0110453;REFB=-0.0315077;REVB=0.00495716;RO=38;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096247;STB=0.55259;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.021962;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:29:24:22:16:29:24:22:16 chr7 47971626 . G A 276.06 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0144006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.012;QD=13.3041;RBI=0.016303;REFB=-0.00305702;REVB=-0.00764283;RO=50;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181941;STB=0.608436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00453056;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:15:17:18:32:15:17:18:33 chr7 48004962 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.747;QD=58.1421;RBI=0.0253735;REFB=0;REVB=0.00367371;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140833;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr7 48086077 . C T 299.14 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00453691;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.37;QD=15.9541;RBI=0.00478804;REFB=0.000552823;REVB=0.00153028;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799238;STB=0.544985;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000647062;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:17:16:17:25:17:16:17:25 chr7 48086161 . T C 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0209431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.97;QD=18.4267;RBI=0.0220477;REFB=-0.00627813;REVB=0.00689133;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638389;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00571131;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:12:16:14:14:12:16 chr7 48089542 . T C 151.59 PASS AF=0.295775;AO=19;DP=68;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0255776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.198;QD=8.54029;RBI=0.0308233;REFB=-0.0237554;REVB=-0.0172007;RO=48;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135285;STB=0.53655;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0330363;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:48:50:19:21:0.295775:12:7:23:25:12:9:24:26 chr7 48089571 . C A 113.89 PASS AF=0.263158;AO=11;DP=60;FAO=15;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0753823;FXX=0.065563;HRUN=7;LEN=1;MLLD=184.743;QD=7.99226;RBI=0.0807424;REFB=-0.00526146;REVB=0.0289283;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306342;STB=0.512179;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00716633;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:28:40:11:15:0.263158:6:5:12:16:8:7:18:22 chr7 48092486 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0405172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.531;QD=11.0192;RBI=0.044038;REFB=-0.0180171;REVB=-0.017254;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0330769;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr7 48285485 . C T 375.89 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00253762;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.735;QD=13.7943;RBI=0.0215438;REFB=-0.0168666;REVB=-0.0213939;RO=64;SAF=25;SAR=19;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720173;STB=0.54551;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.022867;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:65:44:44:0.40367:19:25:32:32:19:25:32:33 chr7 48312674 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.55;QD=59.14;RBI=0.0341267;REFB=0;REVB=-0.00825056;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234761;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr7 48313757 . G A 293.43 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0163152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.325;QD=17.7834;RBI=0.0171249;REFB=-0.00458047;REVB=0.00520352;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00559891;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:34:30:32:0.484848:15:15:17:17:17:15:17:17 chr7 48313881 . T C 205.18 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.000906611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4442;QD=16.4142;RBI=0.030161;REFB=-0.0418612;REVB=-0.0301474;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248079;STB=0.639232;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0293274;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:4:25:14:7:4:25 chr7 48315796 . C A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.37;QD=59.8546;RBI=0.0438428;REFB=0;REVB=0.0360832;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214182;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr7 48317708 . A C 725.0 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0176783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.959;QD=20.5674;RBI=0.0181938;REFB=-0.00751244;REVB=0.00429996;RO=69;SAF=25;SAR=46;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653581;STB=0.533152;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0065007;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:70:71:71:0.503546:46:25:29:40:46:25:29:41 chr7 48318811 . C T 465.68 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.835;QD=58.2095;RBI=0.017962;REFB=0;REVB=-0.00707609;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87083e-05;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr7 48336844 . C T 971.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0924828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9391;QD=58.9016;RBI=0.0925307;REFB=0;REVB=0.00297581;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341158;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr7 48443570 . G A 218.94 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00455738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7797;QD=23.6691;RBI=0.0151745;REFB=-0.00173156;REVB=-0.0144739;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133651;STB=0.575087;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000946039;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:6:10:16:5:6:10 chr7 48450157 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.969;QD=62.9081;RBI=0.014779;REFB=0;REVB=0.00615256;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00007e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr7 48452181 . G T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0047813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5747;QD=18.6444;RBI=0.0209265;REFB=-0.0124991;REVB=0.020373;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185034;STB=0.60673;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0109968;OID=.;OPOS=48452181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:5:8:11:3:5:8 chr7 48506566 . A G 345.63 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.000776526;FXX=0.0254216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.877;QD=12.0218;RBI=0.00220241;REFB=-0.0030068;REVB=-0.00206097;RO=71;SAF=29;SAR=13;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213209;STB=0.615056;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00282938;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:71:73:42:42:0.365217:13:29:36:35:13:29:38:35 chr7 48506642 . A G 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00652641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.93;QD=17.3292;RBI=0.00756388;REFB=-0.00876666;REVB=0.00382339;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109222;STB=0.561192;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0111602;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:16:22:21:24:16:22:21:24 chr7 48545976 . A G 1048.77 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00515687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.207;QD=58.2649;RBI=0.012634;REFB=-0.0690768;REVB=0.0115336;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00348446;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:40:30:1:0:41:30:1:0 chr7 48964322 . G T 646.26 PASS AF=0.542373;AO=61;DP=115;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0114896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.167;QD=21.907;RBI=0.0136165;REFB=-0.00188318;REVB=0.00730732;RO=54;SAF=33;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192906;STB=0.513056;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00171987;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:54:54:61:64:0.542373:28:33:28:26:29:35:28:26 chr7 48964751 . G A 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.014873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.378;QD=14.2704;RBI=0.0190962;REFB=-0.00279484;REVB=-0.0119773;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769306;STB=0.543823;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00390743;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:19:14:12:12:19:14 chr7 48965000 . G A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0223533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.45;QD=26.3157;RBI=0.0223901;REFB=-0.00801243;REVB=0.00128433;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649535;STB=0.536049;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00626255;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:7:7:9:13:7:7 chr7 48965141 . A G 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00534388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2381;QD=6.81261;RBI=0.045843;REFB=0.00914647;REVB=0.0455304;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713947;STB=0.545327;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0175591;OID=.;OPOS=48965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:12:7:3:4:12:7 chr7 50132717 . C G 371.08 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0486262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9643;QD=17.6702;RBI=0.103024;REFB=-0.0377012;REVB=-0.090827;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940845;STB=0.510997;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0415964;OID=.;OPOS=50132717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:20:19:21:23:20:19:21:24 chr7 50173777 . A G 676.96 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00888471;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.183;QD=60.1744;RBI=0.00923234;REFB=-0.0729545;REVB=-0.00250958;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000254587;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:23:21:0:0:23:21:0:1 chr7 50175681 . C T 2159.61 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.967;QD=63.0544;RBI=0.0180273;REFB=0;REVB=0.0164025;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27822e-05;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:74:63:0:0:74:63:0:0 chr7 50435777 . T G 471.04 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0214765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.66;QD=17.7752;RBI=0.0228259;REFB=-0.00946463;REVB=0.00773174;RO=55;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000666609;STB=0.50037;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00998981;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:25:26:28:27:25:26:28:27 chr7 50436033 . A G 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0268629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.308;QD=21.1966;RBI=0.0272105;REFB=0.0070909;REVB=-0.00433599;RO=33;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856233;STB=0.547312;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0061915;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:20:18:19:14:20:18:19:14 chr7 50611735 . T C 1767.54 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0118;QD=60.9496;RBI=0.0458261;REFB=0;REVB=-0.0173726;RO=0;SAF=40;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72125e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:75:40:0:0:76:40:0:0 chr7 50660438 . T C 1475.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762323;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.975;QD=63.4805;RBI=0.0301303;REFB=0;REVB=0.02915;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02676e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr7 50673029 . T C 771.7 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459009;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.539;QD=57.1631;RBI=0.0161294;REFB=0;REVB=0.0154625;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209249;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr7 50742180 . C T 540.65 PASS AF=0.42963;AO=59;DP=136;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00962732;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.823;QD=16.0193;RBI=0.0103347;REFB=-0.0066156;REVB=0.00375782;RO=67;SAF=37;SAR=22;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10387;STB=0.562828;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00852515;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:67:77:59:58:0.42963:22:37:35:32:21:37:41:36 chr7 50742212 . G A 735.29 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0029073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.369;QD=20.2839;RBI=0.00677401;REFB=-0.0150786;REVB=0.00611839;RO=73;SAF=40;SAR=32;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563217;STB=0.503105;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0129091;OID=.;OPOS=50742212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:73:72:72:0.496552:32:40:41:32:32:40:41:32 chr7 51096974 . C T 688.45 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00289164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.942;QD=18.9918;RBI=0.00484251;REFB=-0.0127663;REVB=-0.00388437;RO=76;SAF=28;SAR=41;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149224;STB=0.508262;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0156783;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:41:28:32:44:41:28:32:44 chr7 51097063 . T G 1989.07 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.851;QD=62.1585;RBI=0.00762165;REFB=0;REVB=-0.00158906;RO=0;SAF=47;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38776e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:80:47:0:0:80:48:0:0 chr7 51287470 . A G 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0284999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1655;QD=15.1668;RBI=0.0285101;REFB=-0.00423795;REVB=-0.00076331;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087676;STB=0.549875;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00947224;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:17:13:12:11:17:13 chr7 53103371 . G T 574.64 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0373205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9541;QD=19.6457;RBI=0.0558689;REFB=-0.04177;REVB=0.0415753;RO=58;SAF=33;SAR=26;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884969;STB=0.548735;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0461364;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:26:33:38:20:26:33:38:20 chr7 53103382 . G T 648.85 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.00334937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.857;QD=18.5386;RBI=0.027072;REFB=-0.0287924;REVB=0.026864;RO=73;SAF=39;SAR=27;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052503;STB=0.53192;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0303238;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:74:66:66:0.471429:27:39:47:26:27:39:48:26 chr7 53103554 . C G 743.87 PASS AF=0.456647;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0395955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0821;QD=17.1992;RBI=0.0622272;REFB=-0.00144873;REVB=0.0480044;RO=92;SAF=36;SAR=43;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536752;STB=0.529922;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0022221;OID=.;OPOS=53103554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:92:94:79:79:0.456647:43:36:47:45:43:36:48:46 chr7 53103571 . G A 590.17 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=137;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0493805;FXX=0.0144917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.2593;QD=17.3579;RBI=0.051896;REFB=-0.000534146;REVB=0.0159615;RO=74;SAF=26;SAR=35;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00623333;STB=0.501689;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.000166865;OID=.;OPOS=53103571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:74:74:61:62:0.455882:35:26:32:42:35:27:32:42 chr7 53103673 . C A 287.88 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00244208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.121;QD=15.9933;RBI=0.0109662;REFB=-0.0160843;REVB=0.0106908;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062174;STB=0.529179;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0142152;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:12:20:22:17:12:20:23:17 chr7 53103946 . G C 389.91 PASS AF=0.416667;AO=46;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=-0.0881116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9283;QD=14.4413;RBI=0.100797;REFB=-0.0430092;REVB=0.0489532;RO=62;SAF=13;SAR=33;SRF=12;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119593;STB=0.546932;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0576377;OID=.;OPOS=53103946;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:46:45:0.416667:33:13:12:50:33:12:13:50 chr7 53104078 . G A 566.44 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.00690707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.218;QD=20.0511;RBI=0.00690717;REFB=-0.0165149;REVB=-3.74992e-05;RO=54;SAF=13;SAR=45;SRF=11;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026158;STB=0.517205;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0157057;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:54:55:58:58:0.513274:45:13:11:43:45:13:11:44 chr7 53433863 . G A 265.66 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.038093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.17;QD=18.0109;RBI=0.039949;REFB=-0.0248284;REVB=0.0120353;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508766;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0248249;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:14:14:15:15:14:15:15:15 chr7 53557963 . A G 1343.22 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107246;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.625;QD=62.4756;RBI=0.0304082;REFB=0;REVB=-0.0284542;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72884e-05;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr7 53558015 . G T 1424.99 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.152;QD=62.6368;RBI=0.0238375;REFB=0;REVB=0.0171708;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21112e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:49:41:0:0:50:41:0:0 chr7 54614698 . C CG 778.66 PASS AF=0.981132;AO=76;DP=115;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.13037;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7509;QD=29.3835;RBI=0.24259;REFB=0.0213623;REVB=0.204582;RO=36;SAF=26;SAR=50;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661943;STB=0.503445;STBP=0.751;TYPE=ins;VARB=0.0298779;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981132:76:115:104:106:2:35:69:1:1:6:36:26:50:16:20 chr7 55214348 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.005619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.587;QD=26.3154;RBI=0.0164104;REFB=0.00728042;REVB=-0.0154184;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048372;STB=0.526857;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00573959;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:6:8:14:8:6:8 chr7 55266417 . T C 440.94 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00713569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.343;QD=14.6979;RBI=0.0142097;REFB=0.00432101;REVB=0.0122881;RO=70;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148103;STB=0.50833;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00554357;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:25:25:34:36:25:25:34:36 chr7 55459563 . A G 627.34 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.175;QD=59.7462;RBI=0.0633084;REFB=0;REVB=0.0632829;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798597;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:20:22:0:0 chr7 55499058 . A G 508.42 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00371028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.446;QD=56.4907;RBI=0.0239555;REFB=-0.132099;REVB=0.0236664;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533314;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00174529;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:28:7:0:0:28:7:1:0 chr7 55540707 . G A 272.92 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0225713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.611;QD=45.4867;RBI=0.0228787;REFB=-0.0494475;REVB=0.0037377;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.549954;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00110735;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:0:2:22:22:0.916667:13:9:0:0:13:9:2:0 chr7 55750390 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.847;QD=58.6006;RBI=0.0167279;REFB=0;REVB=-0.0129931;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105372;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr7 56047572 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5544;QD=59.4327;RBI=0.054016;REFB=0;REVB=0.0297205;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143341;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr7 56087409 . G A 31.55 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0270101;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3579;QD=1.82881;RBI=0.0321089;REFB=0.00224181;REVB=0.0173619;RO=62;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693036;STB=0.553499;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0249172;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:69:62:62:7:7:0.101449:4:3:23:39:4:3:23:39 chr7 56088780 . G A 89.76 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0124738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.714;QD=4.85216;RBI=0.0464377;REFB=-0.00278645;REVB=-0.044731;RO=59;SAF=10;SAR=5;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26082;STB=0.666445;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0152823;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:5:10:27:32:5:10:27:32 chr7 56088786 . A T 105.7 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00687565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.154;QD=5.35196;RBI=0.00917179;REFB=-0.00125382;REVB=-0.00607019;RO=62;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318394;STB=0.700362;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00948531;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:5:12:28:34:5:12:28:34 chr7 56088789 . G A 96.75 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00500541;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.039;QD=4.89856;RBI=0.0156788;REFB=0.0014363;REVB=0.0148584;RO=62;SAF=11;SAR=5;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312633;STB=0.692674;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00229901;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:79:79:62:63:16:16:0.202532:5:11:27:35:5:11:28:35 chr7 56088811 . T C 103.2 PASS AF=0.202381;AO=15;DP=82;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00632188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.123;QD=4.91446;RBI=0.00877904;REFB=0.00170522;REVB=-0.00609142;RO=66;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351224;STB=0.657674;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00646195;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:66:67:15:17:0.202381:4:11:30:36:6:11:30:37 chr7 56088825 . T A 114.88 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0103459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.912;QD=5.74402;RBI=0.0135837;REFB=-0.000382317;REVB=0.00880225;RO=62;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197412;STB=0.622792;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00194453;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:7:11:28:34:7:11:28:34 chr7 56088902 . C T 75.13 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0190697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.214;QD=5.09327;RBI=0.0236594;REFB=-0.0186796;REVB=0.0140042;RO=47;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657855;STB=0.542303;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.061763;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:59:59:47:47:12:12:0.20339:6:6:21:26:6:6:21:26 chr7 56088907 . GC CT 69.44 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0101606;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.666;QD=5.91013;RBI=0.0168686;REFB=-0.00341173;REVB=-0.0134652;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281022;STB=0.6168;STBP=0.433;TYPE=mnp;VARB=0.00825879;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:47:33:37:10:10:0.212766:5:5:9:24:5:5:13:24 chr7 56126360 . T C 448.7 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132261;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9879;QD=56.0877;RBI=0.139482;REFB=0;REVB=0.0442969;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368329;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:1:0:30:32:1:9:21:0:1:10:22:0:0 chr7 56136260 . C A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.351;QD=63.1952;RBI=0.0502564;REFB=0;REVB=0.0500682;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76501e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr7 56174115 . A C 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.191;QD=55.4083;RBI=0.0386228;REFB=-0.0521995;REVB=-0.0155758;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241716;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00127444;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:38:19:1:0:38:19:1:0 chr7 56871760 . C T 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.0252329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.409;QD=2.93563;RBI=0.0293774;REFB=-0.00896338;REVB=-0.0150443;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325291;STB=0.718822;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.05613;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:4:3:9:37:4:3:9:37 chr7 56871801 . G A 43.61 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0676855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.596;QD=1.93803;RBI=0.0698463;REFB=-0.00528167;REVB=-0.0172386;RO=76;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321327;STB=0.70176;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0526577;OID=.;OPOS=56871801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:86:90:76:80:10:10:0.111111:4:6:25:51:4:6:29:51 chr7 57257226 . G A 33.47 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.0175275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.106;QD=1.0883;RBI=0.0211143;REFB=0.00543398;REVB=-0.011773;RO=112;SAF=5;SAR=5;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807043;STB=0.560856;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0170756;OID=.;OPOS=57257226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:112:113:10:10:0.0813008:5:5:64:48:5:5:64:49 chr7 57509966 . C A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0297504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.355;QD=7.79809;RBI=0.0307065;REFB=-0.00058654;REVB=0.00760285;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185999;STB=0.511602;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00151654;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:8:15:6:3:8:15 chr7 57528997 . T C 223.76 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.889;QD=49.7232;RBI=0.0249903;REFB=0;REVB=0.0241278;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144231;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:4:12:0:0:6:12:0:0 chr7 57529390 . A AC 177.25 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6555;QD=41.7056;RBI=0.0466675;REFB=0;REVB=-0.0256867;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00157987;OID=.;OPOS=57529391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:10:7:0:0:4:15:2:0:8:7 chr7 57529392 . A C 182.74 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.11431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5835;QD=42.997;RBI=0.141492;REFB=-0.0687569;REVB=-0.0833866;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00648193;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr7 63225803 . T A 718.93 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000688696;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.979;QD=54.2586;RBI=0.0240971;REFB=-0.0215862;REVB=0.0240872;RO=1;SAF=13;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348495;STB=0.518511;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000777033;OID=.;OPOS=63225803;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:53:1:1:52:52:0.981132:39:13:1:0:39:13:1:0 chr7 63225821 . A T 289.63 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0107986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.256;QD=18.9924;RBI=0.0501095;REFB=-0.0222329;REVB=-0.0489322;RO=30;SAF=7;SAR=24;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049811;STB=0.527841;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0302529;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:24:7:8:22:24:7:8:22 chr7 63225842 . A T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8592;QD=60.0296;RBI=0.0238532;REFB=0;REVB=-0.0128947;RO=0;SAF=16;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197869;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:56:16:0:0:56:16:0:0 chr7 63225873 . C T 385.13 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.00943461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.374;QD=20.5403;RBI=0.00947174;REFB=-0.00414862;REVB=0.000837869;RO=36;SAF=8;SAR=31;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530446;STB=0.52927;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00377687;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:31:8:6:30:31:8:6:30 chr7 63225986 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.026;QD=43.486;RBI=0.0241546;REFB=0;REVB=0.00458935;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120517;OID=.;OPOS=63225986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr7 63529956 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0248905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.904;QD=13.5806;RBI=0.0251008;REFB=-0.0113247;REVB=0.00324239;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19644;STB=0.615243;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0163121;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:12:5:13:15:12:5:13:15 chr7 63537849 . G A 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.021298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.283;QD=23.483;RBI=0.021533;REFB=-0.000289768;REVB=0.00317212;RO=33;SAF=14;SAR=29;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337543;STB=0.518561;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000271081;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:29:14:12:21:29:14:12:21 chr7 63565953 . A C 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00665636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.326;QD=52.7021;RBI=0.0234617;REFB=-0.0645264;REVB=0.0224976;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.515619;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00133878;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:31:21:0:1:31:21:0:2 chr7 63566387 . A ATGT,T 785.78 PASS AF=0.830986,0.028169;AO=53,3;DP=72;FAO=59,2;FDP=71;FR=.;FRO=10;FSAF=23,2;FSAR=36,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00806971,-0.020109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=158.914,131.035;QD=44.2692;RBI=0.0165784,0.0210738;REFB=-0.00583199,-0.0531459;REVB=0.0144818,0.00630366;RO=12;SAF=20,3;SAR=33,0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0444377,0.637912;STB=0.531557,0.993382;STBP=0.217,0.322;TYPE=ins,snp;VARB=0.000603685,-0.00619587;OID=.,.;OPOS=63566388,63566387;OREF=-,A;OALT=TGT,T;OMAPALT=ATGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:72:71:12:10:53,3:59,2:0.830986,0.028169:33,0:20,3:6:6:36,0:23,2:6:4 chr7 63568887 . A ATAACT 616.73 PASS AF=0.844828;AO=48;DP=61;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0245519;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=5;MLLD=305.288;QD=42.5333;RBI=0.0245583;REFB=-0.0447883;REVB=0.000559905;RO=10;SAF=25;SAR=23;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155887;STB=0.573741;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.00356892;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.844828:48:61:49:58:9:26:23:9:0:51:10:25:23:10:0 chr7 63570733 . T C 857.14 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296259;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.858;QD=56.2061;RBI=0.030798;REFB=-0.105938;REVB=-0.00841561;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000391152;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:32:28:0:0:32:28:1:0 chr7 63572047 . A G 766.35 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.641;QD=56.7664;RBI=0.217908;REFB=0;REVB=0.217127;RO=0;SAF=51;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443279;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:51:54:1:0:51:0:0:2:52:0:0 chr7 63679733 . A G 645.97 PASS AF=0.606383;AO=54;DP=91;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00447929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.047;QD=27.4883;RBI=0.0309922;REFB=-0.00479485;REVB=0.0306668;RO=37;SAF=24;SAR=30;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031582;STB=0.512008;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00379456;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:37:37:54:57:0.606383:30:24:18:19:31:26:18:19 chr7 63680401 . C T 39.59 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00240606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7976;QD=13.198;RBI=0.042791;REFB=-0.031265;REVB=0.0427233;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0412013;OID=.;OPOS=63680401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:3:3:3:2:3:3:4:2 chr7 63726645 . T C 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00864741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.115;QD=13.956;RBI=0.0337062;REFB=-0.0102383;REVB=0.0325781;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0156338;OID=.;OPOS=63726645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:2:5:2:5:2:5 chr7 63726678 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0280126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3558;QD=14.6525;RBI=0.028363;REFB=-0.0240594;REVB=0.00444462;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505365;STB=0.805371;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0177193;OID=.;OPOS=63726678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:1:4:1:5:1:4 chr7 63796744 . T C 540.12 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0239071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.388;QD=19.4637;RBI=0.0247912;REFB=0.000931501;REVB=0.00656156;RO=55;SAF=23;SAR=33;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023649;STB=0.513062;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000821505;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:33:23:24:31:33:23:24:31 chr7 63808867 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.05033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.146;QD=10.8849;RBI=0.0503312;REFB=-0.0160852;REVB=0.000348498;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480808;STB=0.7992;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00908115;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:7:8:8:1:7:8 chr7 63981563 . A G 191.48 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0273353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2343;QD=22.5274;RBI=0.0523107;REFB=0.0201662;REVB=-0.0446003;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365105;STB=0.520483;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0179176;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:8:7:8:11:8:7 chr7 64168692 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0248755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.18;QD=15.6452;RBI=0.0341462;REFB=0.00410157;REVB=0.0233917;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283124;STB=0.54931;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00596316;OID=.;OPOS=64168692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:16:6:8:19:16:6:10:19 chr7 64169019 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0162462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.231;QD=19.7014;RBI=0.0163289;REFB=-0.0213728;REVB=-0.00164127;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312561;STB=0.699733;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0260734;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:14:3:7:8:14:3:8:8 chr7 64254901 . T C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8427;QD=48.7252;RBI=0.046889;REFB=0;REVB=0.0452175;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142377;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr7 64291333 . T A 1240.89 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00483038;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.298;QD=59.09;RBI=0.00562629;REFB=0.0403007;REVB=-0.00288489;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.502412;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-4.83349e-05;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:1:2:82:82:0.97619:49:33:1:0:49:33:1:1 chr7 64291976 . G A 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0109599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7301;QD=21.5093;RBI=0.084802;REFB=-0.0362419;REVB=-0.0840907;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0308841;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:13:6:9:12:13:6 chr7 64291991 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.649;QD=61.3364;RBI=0.00927342;REFB=0;REVB=0.00779752;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60783e-06;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr7 64312825 . C G 756.04 PASS AF=0.409524;AO=86;DP=208;FAO=86;FDP=210;FR=.;FRO=124;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.00782238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.643;QD=14.4008;RBI=0.0279278;REFB=-0.00739281;REVB=-0.0268099;RO=122;SAF=53;SAR=33;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199552;STB=0.616252;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0076954;OID=.;OPOS=64312825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:122:124:86:86:0.409524:33:53:52:70:33:53:52:72 chr7 64389067 . G A 97.24 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0288161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1777;QD=12.9655;RBI=0.0319511;REFB=-0.0359168;REVB=0.0138024;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0499102;OID=.;OPOS=64389067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:6:12:7:5:6:12 chr7 64438667 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.869;QD=50.4133;RBI=0.036517;REFB=0;REVB=0.0344695;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017774;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 64439613 . T G 629.12 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0335439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.395;QD=45.754;RBI=0.0373245;REFB=0.00434059;REVB=0.0163685;RO=6;SAF=14;SAR=35;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164835;STB=0.588197;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=3.57102e-05;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:35:14:6:0:35:14:6:0 chr7 64439701 . C T 1124.71 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.979;QD=59.9847;RBI=0.0179778;REFB=0;REVB=0.0146572;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041353;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:27:47:0:0:28:47:0:0 chr7 64451656 . G A 1587.14 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2588;QD=64.127;RBI=0.0404572;REFB=0;REVB=0.0263138;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231103;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:61:37:0:0:61:38:0:0 chr7 64451699 . T C 1731.83 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0319776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.575;QD=57.2507;RBI=0.0332609;REFB=0.0433646;REVB=0.0091499;RO=4;SAF=47;SAR=70;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992078;STB=0.505227;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.001637;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:121:4:4:117:117:0.966942:70:47:1:3:70:47:1:3 chr7 64451963 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.028;QD=57.3856;RBI=0.0161947;REFB=0;REVB=0.0135446;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12877e-05;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr7 64453136 . G A 508.37 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.718;QD=58.0997;RBI=0.0279088;REFB=0;REVB=0.0265776;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127005;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:11:24:0:0 chr7 64453615 . T C 769.31 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1654;QD=56.9859;RBI=0.0899625;REFB=0;REVB=0.0803777;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001476;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr7 64483597 . T C 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3367;QD=57.8805;RBI=0.0527762;REFB=0;REVB=0.0205314;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822973;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr7 64866031 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTTC,ATTTTTT,ATTTTTTTT 190.1 PASS AF=0.5,0,0.0178571,0;AO=15,2,11,6;DP=57;FAO=28,0,1,0;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=24,0,0,0;FSAR=4,0,1,0;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0832341,-0.128531,-0.164113,0.165259;FXX=0.0175408;HRUN=8,8,8,8;LEN=2,1,1,1;MLLD=12.7698,161.718,6.92659,5.83325;QD=13.5785;RBI=0.186058,0.131757,0.36503,0.364633;REFB=0.0121542,-0.00631119,0.027304,-0.0380328;REVB=0.166402,0.0289798,0.326058,-0.325033;RO=19;SAF=15,2,4,0;SAR=0,0,7,6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.852073,0.67111,0.189188,-0.651918;STB=0.852376,0.5,0.983331,0.5;STBP=0,1,0.584,1;TYPE=del,snp,del,ins;VARB=0.11742,0,0.099221,0.167282;OID=.,.,.,.;OPOS=64866032,64866038,64866032,64866032;OREF=TT,T,T,-;OALT=-,C,-,T;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTTC,ATTTTTT,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0,0.0178571,0:15,2,11,6:57:28,0,1,0:56:27:24,0,0,0:4,0,1,0:4:23:73:19:15,2,4,0:0,0,7,6:4:15 chr7 65279676 . A T 369.26 PASS AF=0.30303;AO=50;DP=165;FAO=50;FDP=165;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.0140821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.26;QD=8.95164;RBI=0.035122;REFB=-0.0186539;REVB=-0.0321753;RO=114;SAF=26;SAR=24;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601836;STB=0.531633;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0443351;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:114:115:50:50:0.30303:24:26:65:49:24:26:65:50 chr7 65279757 . A T 298.63 PASS AF=0.240602;AO=23;DP=141;FAO=32;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00457812;FXX=0.0699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.486;QD=8.98121;RBI=0.0285248;REFB=-0.00659692;REVB=0.0281551;RO=97;SAF=9;SAR=14;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170831;STB=0.53123;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0215915;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:133:97:92:23:32:0.240602:14:9:51:46:17:15:47:45 chr7 65425894 . A G 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6473;QD=57.3808;RBI=0.0120769;REFB=0;REVB=0.00258626;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32709e-05;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr7 65579838 . A G 310.56 PASS AF=1;AO=13;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.657;QD=54.0103;RBI=0.18819;REFB=0;REVB=0.18132;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133826;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:13:23:1:3:10:0:0:13:10:0:0 chr7 65842543 . C CAT,T 632.63 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=36,6;DP=43;FAO=36,6;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248741,0.0266563;FXX=0.0232504;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=180.221,77.2468;QD=60.2504;RBI=0.0346877,0.0286116;REFB=0,0;REVB=0.0241768,-0.0103956;RO=1;SAF=13,4;SAR=23,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0199188,0.171372;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000491182,-0.0101168;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:43:42:1:0:36,6:36,6:0.857143,0.142857:23,2:13,4:0:1:23,2:13,4:0:0 chr7 65842545 . T C 638.57 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00725191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3876;QD=59.4017;RBI=0.0197227;REFB=-0.0923432;REVB=0.018341;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000373353;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:0:1:25:17:0:1 chr7 65860213 . T TAGAG 753.95 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150302;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.057;QD=61.5466;RBI=0.0162188;REFB=-0.0784897;REVB=-0.00609435;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.00144171;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979592:47:49:48:49:1:17:31:1:0:5:1:17:30:1:0 chr7 65860264 . CCATATG C,CG 493.89 PASS AF=0,1;AO=10,26;DP=38;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403232,0.0418626;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=200.227,222.262;QD=49.3891;RBI=0.0404334,0.0425732;REFB=0,0;REVB=-0.00298424,0.00774603;RO=0;SAF=6,3;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000230774;OID=.,.;OPOS=65860265,65860265;OREF=CATATG,CATAT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,26:38:0,40:40:0:0,10:0,30:0:0:8:0:6,3:4,23:0:0 chr7 66147057 . T C 1260.49 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.449;QD=61.4873;RBI=0.0366803;REFB=0;REVB=0.0343847;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122887;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr7 66147149 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.885;QD=49.3979;RBI=0.0492351;REFB=-0.101977;REVB=0.0384937;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00559769;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr7 66463938 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0177415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.804;QD=17.956;RBI=0.0197448;REFB=-0.00743722;REVB=-0.00866584;RO=17;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55016;STB=0.827038;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0172322;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:15:1:7:10:15:1:7:10 chr7 66774604 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.368;QD=60.0308;RBI=0.0186565;REFB=0;REVB=0.0170828;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45231e-05;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr7 66785634 . T A 90.41 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0203378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2894;QD=7.8615;RBI=0.083945;REFB=-0.00256864;REVB=-0.0814441;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196112;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:17:17:6:6:17:17 chr7 68527448 . C G 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0198692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.389;QD=14.1786;RBI=0.0236005;REFB=-0.0201594;REVB=-0.0127357;RO=53;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102812;STB=0.558605;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.029206;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:23:12:23:30:23:12:23:30 chr7 68527587 . A G 86.85 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00744178;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.65;QD=11.5804;RBI=0.0927595;REFB=-0.00202187;REVB=-0.0924606;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199273;STB=0.606691;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00357665;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:30:18:19:11:11:0.366667:8:3:8:10:8:3:8:11 chr7 68796375 . G A 568.35 PASS AF=0.465116;AO=59;DP=128;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0199168;FXX=0.015266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.467;QD=17.6233;RBI=0.0303331;REFB=-0.00514928;REVB=-0.0228783;RO=69;SAF=36;SAR=23;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184601;STB=0.596241;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00294485;OID=.;OPOS=68796375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:69:59:60:0.465116:23:36:29:40:24:36:29:40 chr7 68796377 . G A 692.15 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.000789433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.167;QD=21.1344;RBI=0.0261101;REFB=-0.0207571;REVB=-0.0260981;RO=63;SAF=28;SAR=40;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15374;STB=0.584508;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0160684;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:40:28:37:26:40:28:37:26 chr7 68796438 . G T 141.23 PASS AF=0.315789;AO=9;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00609689;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.436;QD=14.8667;RBI=0.00708477;REFB=-0.0113302;REVB=0.00360859;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.791214;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0365964;OID=.;OPOS=68796438;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:38:17:22:9:12:0.315789:4:5:5:12:3:9:6:16 chr7 68796768 . A G 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00828292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.948;QD=16.2357;RBI=0.0103307;REFB=0.00853363;REVB=0.00617381;RO=53;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998472;STB=0.55607;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0108238;OID=.;OPOS=68796768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:21:19:20:33:21:19:20:33 chr7 68866256 . G A 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0343521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.202;QD=8.28249;RBI=0.0357792;REFB=0.00155369;REVB=-0.0100041;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906472;STB=0.555466;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00465683;OID=.;OPOS=68866256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:21:11:5:7:21:11 chr7 70597522 . C A 3093.59 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291041;FXX=0.0203035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4722;QD=64.1158;RBI=0.0585648;REFB=0;REVB=0.0508211;RO=0;SAF=81;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171157;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:193:0:0:191:193:1:110:81:0:0:111:82:0:0 chr7 70598059 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.236;QD=33.4285;RBI=0.0639944;REFB=0;REVB=0.0632544;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381696;OID=.;OPOS=70598059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 70885993 . C T 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0128427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.839;QD=19.4004;RBI=0.014449;REFB=-0.0189133;REVB=-0.00662104;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118762;STB=0.566029;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0235671;OID=.;OPOS=70885993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:21:17:22:16:21:17 chr7 71150706 . A T 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0466911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.051;QD=43.0148;RBI=0.0677136;REFB=-0.00984474;REVB=0.0490415;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00332473;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:9:7:0:0:9:7:0:1 chr7 71244690 . AT A 119.76 PASS AF=0.307692;AO=34;DP=105;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=20;FWDB=0.00556307;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5246;QD=4.60609;RBI=0.161669;REFB=-0.0429166;REVB=-0.161574;RO=68;SAF=6;SAR=28;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.334275;SSSB=-0.609665;STB=0.867317;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0373668;OID=.;OPOS=71244691;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:34:105:32:104:72:5:27:52:20:99:68:6:28:50:18 chr7 71248676 . C T 263.56 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0308449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8391;QD=15.2788;RBI=0.0435588;REFB=-0.036607;REVB=-0.0307565;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071675;STB=0.540514;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0450653;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:16:14:21:18:16:14:21:18 chr7 71252189 . A AG 302.84 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.246505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4683;QD=43.2628;RBI=0.2654;REFB=0;REVB=-0.0983478;RO=5;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00585626;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:32:28:28:0:15:13:0:0:6:5:14:11:2:3 chr7 72413487 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0266787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9413;QD=6.01595;RBI=0.027869;REFB=0.00455685;REVB=-0.0080579;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426211;STB=0.784786;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.021807;OID=.;OPOS=72413487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:6:1:10:12:6:1:10:12 chr7 72413494 . G A 35.31 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00358469;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.003;QD=4.55592;RBI=0.0111126;REFB=-0.00664255;REVB=-0.0105185;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457624;STB=0.803524;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0366748;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:24:25:6:6:0.193548:5:1:13:11:5:1:13:12 chr7 72413874 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.058;QD=42.1821;RBI=0.0210494;REFB=0;REVB=-0.0143001;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347163;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 72418963 . T C 612.88 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1777;QD=61.2878;RBI=0.0407551;REFB=0;REVB=-0.0283252;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114694;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr7 72738459 . G T 494.39 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00919422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.27;QD=18.834;RBI=0.0150951;REFB=-0.0152555;REVB=0.011972;RO=53;SAF=17;SAR=35;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088017;STB=0.548835;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0202881;OID=.;OPOS=72738459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:35:17:22:31:35:17:22:31 chr7 72738749 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6651;QD=52.6126;RBI=0.0649284;REFB=0;REVB=0.0317727;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139645;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr7 72738762 . CA TG 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353101;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=118.907;QD=51.1846;RBI=0.0435981;REFB=0;REVB=0.0255732;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000869655;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr7 72891754 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.000350015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.862;QD=14.8342;RBI=0.0136728;REFB=-0.00759825;REVB=0.0136683;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34265;STB=0.692159;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00862628;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:25:5:11:11:25:5 chr7 72984913 . C T 698.88 PASS AF=0.469799;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0096277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.7;QD=18.7619;RBI=0.0111198;REFB=-0.024709;REVB=0.00556386;RO=79;SAF=21;SAR=49;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126075;STB=0.570115;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0281093;OID=.;OPOS=72984913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:79:70:70:0.469799:49:21:33:46:49:21:33:46 chr7 73020301 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000112135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.932;QD=59.8291;RBI=0.00885195;REFB=0;REVB=-0.00885124;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52823e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:62:41:0:0:62:41:0:0 chr7 73097238 . G A 118.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0299408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.939;QD=13.5477;RBI=0.0307267;REFB=-0.00197656;REVB=0.00690502;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980542;STB=0.557295;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00206817;OID=.;OPOS=73097238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:11:10:8:6:11:10 chr7 73097948 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00793914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.603;QD=12.7822;RBI=0.0196496;REFB=0.00962858;REVB=0.0179744;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302009;STB=0.677085;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0108375;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:10:4:6:4:10:4 chr7 73108310 . T C 118.77 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00980389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3911;QD=13.1962;RBI=0.0167394;REFB=-0.0304622;REVB=-0.013568;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980542;STB=0.543937;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.053802;OID=.;OPOS=73108310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:11:10:8:6:11:11 chr7 73151644 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00361386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.996;QD=17.7317;RBI=0.00434496;REFB=-0.0201098;REVB=-0.0024122;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286962;STB=0.501637;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0151491;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:10:9:8:9:10:9 chr7 73246461 . A G 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00601239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.023;QD=14.1699;RBI=0.0128802;REFB=-0.0102816;REVB=0.0113908;RO=51;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104429;STB=0.559405;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0128976;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:20:14:26:25:20:14:26:25 chr7 73246496 . C T 453.5 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0167689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.579;QD=14.9917;RBI=0.0200654;REFB=0.0144666;REVB=0.0110194;RO=70;SAF=21;SAR=30;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106559;STB=0.559898;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0146228;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:51:51:0.421488:30:21:36:34:30:21:36:34 chr7 73246555 . C G 505.24 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.013616;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.21;QD=17.7276;RBI=0.0149478;REFB=-0.0182497;REVB=0.00616774;RO=60;SAF=23;SAR=31;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133344;STB=0.574047;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0225956;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:31:23:34:26:31:23:34:26 chr7 73249165 . T A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00252371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.819;QD=14.7939;RBI=0.0089003;REFB=-0.0221157;REVB=0.008535;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147965;STB=0.584817;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0149539;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:7:20:11:7:7:20 chr7 73249299 . G C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00300575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.777;QD=9.858;RBI=0.0160464;REFB=-0.0155098;REVB=-0.0157624;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152806;STB=0.509211;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0323067;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:13:16:7:6:13:16 chr7 73254812 . T C 259.27 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0103626;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1164;QD=22.5449;RBI=0.0204794;REFB=-0.0221357;REVB=-0.0176641;RO=19;SAF=1;SAR=23;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23324;STB=0.686363;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0403435;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:19:22:24:24:0.521739:23:1:2:17:23:1:3:19 chr7 73279482 . T C 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0355541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.718;QD=19.0155;RBI=0.0376239;REFB=-0.013164;REVB=0.0123071;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573813;STB=0.840309;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0286136;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:13:2:10:3:13:2:11:3 chr7 73280020 . C T 180.73 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.022517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7666;QD=13.902;RBI=0.0728472;REFB=-0.026795;REVB=0.0692799;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416544;STB=0.523969;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0407421;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:13:18:13:8:13:18 chr7 73814749 . G C 2179.54 PASS AF=0.993007;AO=127;DP=129;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.142388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5048;QD=60.9663;RBI=0.142572;REFB=-0.0300262;REVB=-0.00724164;RO=2;SAF=64;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00011588;STB=0.503875;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00678063;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:143:2:1:127:142:0.993007:63:64:1:1:64:78:0:1 chr7 73944185 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0142157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.26;QD=17.6896;RBI=0.0208507;REFB=0.00368919;REVB=-0.0152533;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00455963;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:12:14:11:10:12:14 chr7 73949411 . T C 362.67 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0426076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.146;QD=20.7237;RBI=0.0433353;REFB=-0.00328408;REVB=-0.00790787;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264759;STB=0.63544;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00238037;OID=.;OPOS=73949411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:36:37:0.528571:12:24:12:21:13:24:12:21 chr7 73969541 . A G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00621044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5719;QD=10.4359;RBI=0.0127438;REFB=-0.00867962;REVB=-0.0111281;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297022;STB=0.657934;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0241166;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:15:15:0.3125:8:7:7:25:8:7:8:25 chr7 73969564 . CG GC,TG 61.19 PASS AF=0,0.290323;AO=2,8;DP=32;FAO=0,9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0741723,0.0270859;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=40.644,99.7594;QD=7.8955;RBI=0.132117,0.0540872;REFB=-0.0142779,-0.0207947;REVB=-0.109331,-0.0468164;RO=20;SAF=0,5;SAR=2,3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438113,0.357716;STB=0.5,0.694061;STBP=1,0.222;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0553139;OID=.,.;OPOS=73969564,73969564;OREF=CG,C;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:32:31:20:22:2,8:0,9:0,0.290323:2,3:0,5:6:14:0,4:0,5:6:16 chr7 74193668 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00602674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.275;QD=20.1601;RBI=0.0384295;REFB=-0.0316692;REVB=-0.037954;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129841;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0357766;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:4:10:9:7:4:10 chr7 75051390 . C T 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0150028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.938;QD=14.6474;RBI=0.029712;REFB=-0.00367911;REVB=-0.025646;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00658444;OID=.;OPOS=75051390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:1:4:3:3:1:4 chr7 75130939 . C T 89.36 PASS AF=0.272727;AO=17;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00118039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8585;QD=8.12395;RBI=0.216782;REFB=-0.0173745;REVB=-0.216779;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226781;STB=0.856586;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0188981;OID=.;OPOS=75130939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:44:44:27:32:17:12:0.272727:7:10:10:17:2:10:10:22 chr7 75142389 . CAA CA,C 77.07 PASS AF=0.6,0;AO=20,4;DP=35;FAO=21,0;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.23279,-0.118173;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.20723,14.8572;QD=8.80854;RBI=0.233861,0.118732;REFB=-0.13713,-0.072441;REVB=-0.0223533,-0.0115042;RO=11;SAF=15,4;SAR=5,0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.330127,0.751254;STB=0.596234,0.5;STBP=0.212,1;TYPE=del,del;VARB=0.0479827,0;OID=.,.;OPOS=75142390,75142390;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:20,4:35:21,0:35:14:15,0:6,0:7:7:46:11:15,4:5,0:3:8 chr7 75401418 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00117374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.84;QD=20.543;RBI=0.0144999;REFB=-0.00215103;REVB=0.0144523;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945389;STB=0.55322;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00229487;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:13:12:14:10:13:12 chr7 75441111 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0297556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.389;QD=15.8821;RBI=0.0412676;REFB=-0.0156297;REVB=0.0285941;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0165956;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr7 75442730 . T G 748.86 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0693;QD=63.7329;RBI=0.0950108;REFB=0;REVB=-0.0379257;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460027;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:25:22:0:0 chr7 75513062 . A G 731.75 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199513;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.328;QD=55.2267;RBI=0.0440596;REFB=-0.0328979;REVB=0.0392835;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817063;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:53:1:0:52:53:1:24:28:1:0:24:29:0:0 chr7 75597545 . C G,T 821.34 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=3,55;DP=58;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=3,26;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00072383,-0.026116;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.417,57.0047;QD=56.644;RBI=0.00482536,0.0410032;REFB=0,0;REVB=-0.00477077,0.0316103;RO=0;SAF=3,26;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.40922e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0235885,0.00384381;OID=.,.;OPOS=75597545,75597545;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:58:58:0:0:3,55:3,55:0.0517241,0.948276:0,29:3,26:0:0:0,29:3,26:0:0 chr7 75609677 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=57.6768;RBI=0.0161363;REFB=0;REVB=-0.00729534;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92872e-05;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr7 75614953 . T C 1342.42 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6258;QD=61.7204;RBI=0.0906425;REFB=0;REVB=0.0849159;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914389;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:84:87:1:46:38:0:0:49:38:0:0 chr7 75621827 . A G 648.04 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0056454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.395;QD=57.6039;RBI=0.0080542;REFB=-0.0492865;REVB=-0.00574453;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468927;STB=0.524988;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-6.58792e-05;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:19:24:0:2:19:24:0:2 chr7 75629778 . T C 773.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.487;QD=63.1326;RBI=0.0190377;REFB=0;REVB=0.00790302;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91644e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr7 75630274 . T C 560.95 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000522716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9314;QD=50.9957;RBI=0.0550885;REFB=-0.0572214;REVB=0.055086;RO=4;SAF=29;SAR=10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604073;STB=0.531235;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0313126;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:39:40:0.909091:10:29:4:0:10:30:4:0 chr7 75659815 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.655;QD=63.8873;RBI=0.0126964;REFB=0;REVB=0.0120925;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09202e-05;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr7 75716765 . C T 43.31 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.00113829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.096;QD=1.90376;RBI=0.0110343;REFB=-0.00512616;REVB=-0.0109754;RO=81;SAF=9;SAR=1;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404646;STB=0.822231;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0243026;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:81:81:10:10:0.10989:1:9:51:30:1:9:51:30 chr7 75914934 . G GC 1112.13 PASS AF=1;AO=92;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262576;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1064;QD=43.1895;RBI=0.25082;REFB=0;REVB=0.249441;RO=11;SAF=51;SAR=41;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00343996;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:106:103:103:0:53:50:0:0:20:11:51:41:3:8 chr7 76029673 . G A 178.14 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0362381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8452;QD=10.9626;RBI=0.0460636;REFB=-0.0209162;REVB=0.0284369;RO=41;SAF=17;SAR=6;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105469;STB=0.52039;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0436471;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:6:17:30:11:6:17:30:12 chr7 76029695 . C T 421.25 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0317732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8346;QD=23.4025;RBI=0.0365678;REFB=-0.0284463;REVB=-0.0181016;RO=29;SAF=27;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282132;STB=0.509086;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0227022;OID=.;OPOS=76029695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:31:41:41:0.569444:14:27:19:10:14:27:21:10 chr7 76069811 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.289;QD=64.4154;RBI=0.0370417;REFB=0;REVB=0.0370263;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65937e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr7 76111835 . G A 457.05 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0245725;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.31;QD=17.7493;RBI=0.0257396;REFB=-0.0234767;REVB=-0.00766289;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156679;STB=0.587102;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0234782;OID=.;OPOS=76111835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:49:49:0.475728:29:20:31:23:29:20:31:23 chr7 76112060 . C T 314.19 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.75;QD=52.3649;RBI=0.0385338;REFB=0;REVB=0.0319836;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275614;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr7 76131645 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.204;QD=56.9381;RBI=0.027425;REFB=0;REVB=-0.0271362;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139693;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr7 76131695 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.487;QD=58.2357;RBI=0.00660251;REFB=0;REVB=-0.00395716;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87298e-05;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr7 76140023 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00758282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.488;QD=21.9711;RBI=0.0220824;REFB=-0.0133163;REVB=0.0207396;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592807;STB=0.5333;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0118228;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:9:8:8:12:9:8 chr7 76144455 . A C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.73;QD=64.4122;RBI=0.00341105;REFB=0;REVB=0.00183819;RO=0;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31436e-06;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:41:9:0:0:41:9:0:0 chr7 76144560 . T C,G 369.5 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=25,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789115,0.0281994;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.484,81.7631;QD=54.741;RBI=0.0798548,0.0283127;REFB=0,0;REVB=0.0122382,-0.00253015;RO=0;SAF=7,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00168617,0.0755418;OID=.,.;OPOS=76144560,76144560;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:27:27:0:0:25,2:26,1:0.962963,0.037037:18,1:7,1:0:0:19,0:7,1:0:0 chr7 76240785 . CA C 194.81 PASS AF=0.362319;AO=23;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0101494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.827;QD=11.2935;RBI=0.0108772;REFB=-0.0087868;REVB=-0.00391176;RO=44;SAF=18;SAR=5;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148512;STB=0.529388;STBP=0.749;TYPE=del;VARB=0.00842331;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319:23:68:25:69:44:18:7:30:14:99:44:18:5:30:14 chr7 76240888 . A G 257.58 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=107;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.0233139;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.615;QD=9.71989;RBI=0.0263717;REFB=-0.00513983;REVB=0.0123258;RO=71;SAF=27;SAR=7;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199494;STB=0.6251;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0120458;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:71:72:34:34:0.320755:7:27:47:24:7:27:47:25 chr7 76828953 . C T 285.09 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0126672;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.511;QD=22.8073;RBI=0.0181303;REFB=0.00035316;REVB=-0.0129711;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561095;STB=0.535684;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0012917;OID=.;OPOS=76828953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:18:20:24:24:0.48:15:9:8:10:15:9:9:11 chr7 76885769 . A G 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0957065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2349;QD=8.69834;RBI=0.0957086;REFB=-0.031218;REVB=-0.000634435;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376308;STB=0.726721;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0486345;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:3:11:3:4:3:11 chr7 76891485 . A G 406.91 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0165254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.738;QD=20.0943;RBI=0.0167586;REFB=-0.00454615;REVB=-0.00278632;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560547;STB=0.531065;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00567331;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:21:20:17:23:21:20:17:23 chr7 76984572 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.733;QD=63.8712;RBI=0.0153232;REFB=0;REVB=0.00616257;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130706;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG 186.29 PASS AF=0.386364,0.0681818;AO=10,3;DP=43;FAO=17,3;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8,2;FSAR=9,1;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00793037,0.0256457;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=223.406,87.8057;QD=16.9354;RBI=0.00826843,0.034458;REFB=-0.0256407,-0.00469299;REVB=0.00234014,-0.0230141;RO=24;SAF=7,2;SAR=3,1;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483401,0.437719;STB=0.631437,0.824494;STBP=0.19,0.472;TYPE=del,snp;VARB=0.0316094,-0.0369442;OID=.,.;OPOS=77010683,77010686;OREF=AAAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364,0.0681818:10,3:43:17,3:44:24:8,2:9,1:6:18:99:24:7,2:3,1:6:18 chr7 77033937 . A G 1155.41 PASS AF=0.940476;AO=80;DP=85;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0019677;FXX=0.0117633;HRUN=8;LEN=1;MLLD=319.112;QD=55.0193;RBI=0.017174;REFB=-0.0203034;REVB=-0.0170609;RO=5;SAF=32;SAR=48;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230388;STB=0.512882;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=5.36718e-05;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:85:84:5:5:80:79:0.940476:48:32:3:2:48:31:3:2 chr7 77035392 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.452;QD=60.9783;RBI=0.0308842;REFB=0;REVB=0.0259754;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019595;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr7 77053084 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6506;QD=53.2771;RBI=0.079045;REFB=0;REVB=0.0731301;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129216;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr7 77247821 . G A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6224;QD=62.762;RBI=0.049303;REFB=0;REVB=-0.00799143;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176731;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr7 77256713 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0285825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.051;QD=14.7986;RBI=0.029159;REFB=-0.0136617;REVB=0.00576947;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44335;STB=0.768608;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0106695;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:10:1:5:8:10:1:5:8 chr7 77552127 . G A 941.12 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109808;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.866;QD=58.8201;RBI=0.0134798;REFB=0;REVB=-0.00781845;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116398;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr7 77756580 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.419;QD=57.5449;RBI=0.0260966;REFB=0;REVB=0.023508;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4592e-05;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr7 77756724 . C T 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.948;QD=58.6114;RBI=0.0189817;REFB=-0.0195237;REVB=0.0115506;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000198557;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:1:0:37:36:1:0 chr7 77789403 . A G 260.72 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0137772;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=16.5536;RBI=0.0251562;REFB=-0.0153695;REVB=-0.0210482;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141869;STB=0.568977;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0256642;OID=.;OPOS=77789403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:13:16:23:10:13:16:23:11 chr7 80088041 . G A 527.14 PASS AF=0.5;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00129377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.894;QD=19.1689;RBI=0.0263782;REFB=-0.00923753;REVB=-0.0263464;RO=54;SAF=32;SAR=23;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994784;STB=0.509366;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0111722;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:55:55:55:0.5:23:32:32:22:23:32:33:22 chr7 80374342 . A G 2181.48 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4524;QD=62.328;RBI=0.0103385;REFB=0.00861321;REVB=-0.00898461;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.503816;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000226171;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:139:139:0.992857:74:65:0:0:74:65:1:0 chr7 80374438 . T C 1660.44 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022175;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.63;QD=60.3798;RBI=0.0222625;REFB=0;REVB=-0.00197135;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146448;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:108:110:1:58:50:0:0:59:51:0:0 chr7 80378319 . G C 2403.42 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.269;QD=61.2337;RBI=0.0155832;REFB=0;REVB=-0.0137441;RO=0;SAF=63;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21086e-06;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:92:63:0:0:92:65:0:0 chr7 80387766 . C T 506.77 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0130611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3785;QD=23.0349;RBI=0.0482172;REFB=-0.00271316;REVB=-0.0464145;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241729;STB=0.51329;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00166096;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:25:23:18:22:25:23:18:22 chr7 80418689 . A G 1015.36 PASS AF=0.544944;AO=97;DP=178;FAO=97;FDP=178;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0248138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.274;QD=22.8172;RBI=0.0265596;REFB=-0.00241959;REVB=0.00947037;RO=80;SAF=38;SAR=59;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815214;STB=0.542051;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00187278;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:80:81:97:97:0.544944:59:38:39:41:59:38:39:42 chr7 80466586 . T C 876.99 PASS AF=0.547297;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00786821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.195;QD=23.7024;RBI=0.0104249;REFB=-0.00403026;REVB=0.00683878;RO=67;SAF=42;SAR=39;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916614;STB=0.505009;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00331533;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:67:67:81:81:0.547297:39:42:34:33:39:42:34:33 chr7 80817116 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0193761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.637;QD=19.0589;RBI=0.0293481;REFB=-0.0159882;REVB=0.0220427;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19497;STB=0.591302;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0217048;OID=.;OPOS=80817116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:7:11:8:12:8:11:8:12 chr7 80962963 . A T 940.02 PASS AF=0.435345;AO=100;DP=231;FAO=101;FDP=232;FR=.;FRO=131;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.0035509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.366;QD=16.2073;RBI=0.0141459;REFB=0.00562148;REVB=-0.013693;RO=130;SAF=56;SAR=44;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952796;STB=0.504691;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00783367;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:130:131:100:101:0.435345:44:56:74:56:44:57:75:56 chr7 82453708 . A C 409.07 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00308325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.425;QD=17.981;RBI=0.00364349;REFB=-0.00469152;REVB=-0.00194128;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125994;STB=0.570189;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00751146;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:22:20:17:32:22:20:17:32 chr7 82455895 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0058028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.469;QD=18.8072;RBI=0.0306972;REFB=0.00205091;REVB=0.0301437;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385187;STB=0.52146;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00225643;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:20:16:18:19:20:16:18:19 chr7 82544987 . A G 377.47 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.0147566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.442;QD=16.2354;RBI=0.0183045;REFB=-0.000906506;REVB=-0.0108304;RO=53;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149009;STB=0.583294;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00126522;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:24:16:14:39:24:16:14:39 chr7 82581488 . T TCA,TTCA 349.42 PASS AF=0,0.763158;AO=4,25;DP=39;FAO=0,29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=0,14;FSAR=0,15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0244983,-0.0174742;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=278.896,288.868;QD=36.7809;RBI=0.0248804,0.0175167;REFB=-0.0387415,-0.0354929;REVB=-0.0043438,-0.00121986;RO=10;SAF=1,13;SAR=3,12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282644,0.0104481;STB=0.5,0.509085;STBP=1,0.871;TYPE=ins,ins;VARB=0.000315929,0.0146147;OID=.,.;OPOS=82581489,82581489;OREF=-,-;OALT=CA,TCA;OMAPALT=TCA,TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.763158:4,25:39:0,29:38:9:0,14:0,15:4:5:60:10:1,13:3,12:5:5 chr7 82581859 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00643471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.433;QD=10.3903;RBI=0.00889134;REFB=0.0080539;REVB=0.006136;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0219115;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr7 82582846 . C T 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0102947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.878;QD=24.7805;RBI=0.0244862;REFB=-0.00189161;REVB=0.0222169;RO=27;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499805;STB=0.527368;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00253815;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:19:21:16:11:19:21:16:11 chr7 82764425 . C G 922.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065564;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.244;QD=58.5653;RBI=0.0605276;REFB=0;REVB=0.0601714;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38773e-05;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:35:24:0:0:39:24:0:0 chr7 82784832 . C G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0320996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0512;QD=11.0197;RBI=0.0338634;REFB=-0.0300859;REVB=0.0107861;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0301394;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr7 83023587 . TAC T 714.18 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176968;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.238;QD=57.1344;RBI=0.0742145;REFB=0;REVB=0.0720737;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000186342;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:52:50:50:0:25:25:0:0:4:0:25:24:0:0 chr7 83034754 . T A 1504.84 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.793;QD=59.5976;RBI=0.0248008;REFB=0;REVB=-0.0244768;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27578e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:101:0:0:96:101:1:56:40:0:0:59:42:0:0 chr7 83037751 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0788;QD=62.022;RBI=0.0371936;REFB=0;REVB=0.0339887;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237317;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr7 83590852 . T C 224.63 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00169576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3145;QD=17.618;RBI=0.00742176;REFB=-0.00161011;REVB=0.00722543;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894198;STB=0.505046;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00224004;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:11:16:14:10:11:16 chr7 83606518 . G A 1556.65 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.365;QD=59.8711;RBI=0.0349231;REFB=0;REVB=0.00319622;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94292e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:62:41:0:0:62:42:0:0 chr7 83610726 . C G 555.1 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.0148722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.551;QD=20.0035;RBI=0.049642;REFB=-0.00932591;REVB=0.0473618;RO=54;SAF=29;SAR=28;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173251;STB=0.595146;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0165994;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:28:29:38:16:28:29:38:16 chr7 86468254 . G A 538.87 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00191333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.942;QD=21.7724;RBI=0.00298241;REFB=-0.0123872;REVB=-0.00228778;RO=48;SAF=25;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817319;STB=0.545077;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00917427;OID=.;OPOS=86468254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:26:25:28:20:26:25:28:20 chr7 86577142 . AATT AAT,ATTA,AT 127.39 PASS AF=0,0.06,0.28;AO=6,3,11;DP=51;FAO=0,3,14;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3,11;FSAR=0,0,3;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0381431,-0.0967827,-0.0766315;FXX=0.019604;HRUN=3,3,3;LEN=1,3,2;MLLD=18.8734,176.852,37.9506;QD=10.1909;RBI=0.239368,0.124495,0.213824;REFB=-0.0554171,-0.00410768,-0.0560642;REVB=-0.23631,-0.0783071,-0.199621;RO=27;SAF=0,3,9;SAR=6,0,2;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.643691,0.636357,0.546133;STB=0.5,0.997783,0.831505;STBP=1,0.011,0.009;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0240652,0.170726,0.118117;OID=.,.,.;OPOS=86577144,86577143,86577143;OREF=T,ATT,AT;OALT=-,TTA,-;OMAPALT=AAT,ATTA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.06,0.28:6,3,11:51:0,3,14:50:33:0,3,11:0,0,3:9:24:99:27:0,3,9:6,0,2:9:18 chr7 86800351 . A G 770.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237563;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.941;QD=64.1834;RBI=0.0237744;REFB=0;REVB=0.000927109;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291376;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr7 87138645 . A G 1208.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9938;QD=61.212;RBI=0.030919;REFB=0;REVB=-0.0097275;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138597;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:49:29:0:0:50:29:0:0 chr7 87160618 . A C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.491;QD=60.0304;RBI=0.012607;REFB=0;REVB=0.00719862;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21814e-05;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr7 87179601 . A G 277.38 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00746918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.97;QD=18.492;RBI=0.0166278;REFB=-0.0164065;REVB=-0.0148558;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160171;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:28:30:0.5:15:13:15:15:15:15:15:15 chr7 87229501 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0021;QD=56.9351;RBI=0.0260847;REFB=0;REVB=-0.00988107;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372836;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:43:10:0:0:43:10:0:0 chr7 87774727 . T C 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0109821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.917;QD=15.2438;RBI=0.0147974;REFB=-0.0136125;REVB=-0.00991749;RO=50;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167336;STB=0.594774;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0142075;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:13:23:24:26:13:23:24:26 chr7 87778380 . A T 313.13 PASS AF=0.5;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00601272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.786;QD=18.4192;RBI=0.0255626;REFB=-0.0223139;REVB=0.0248454;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137981;STB=0.579243;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0230058;OID=.;OPOS=87778380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:34:34:30:34:0.5:20:10:16:18:23:11:16:18 chr7 87813635 . C T 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.697;QD=60.7124;RBI=0.0324468;REFB=0;REVB=0.0276615;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00638e-05;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr7 87840263 . T C 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0296556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9389;QD=12.8689;RBI=0.0302882;REFB=0.0160787;REVB=0.00615832;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0272794;OID=.;OPOS=87840263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:6:10:6:5:6:10 chr7 87913361 . C T 171.14 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0234206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3213;QD=10.8661;RBI=0.0269208;REFB=-0.0159263;REVB=-0.0132743;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280493;STB=0.643438;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0432872;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:41:21:22:0.349206:13:8:26:15:13:9:26:15 chr7 88963039 . G A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0775897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.279;QD=11.0987;RBI=0.0814907;REFB=-0.00744263;REVB=-0.0249113;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614395;STB=0.869953;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.025873;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:2:8:1:6:2:8 chr7 88964000 . C T 145.6 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00995864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.561;QD=17.1292;RBI=0.00996069;REFB=-0.0170338;REVB=0.000202083;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577205;STB=0.507803;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0181958;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:10:5:7:11:10:6:7:11 chr7 88964196 . T A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00355531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.711;QD=15.4715;RBI=0.0068605;REFB=0.000734106;REVB=-0.00586738;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169993;STB=0.595802;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00106431;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:20:16:30:19:20:16:30:19 chr7 89797144 . G T 1933.4 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.744;QD=61.3777;RBI=0.0376198;REFB=0;REVB=0.0376013;RO=0;SAF=74;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280175;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:123:126:1:49:74:0:0:52:74:0:0 chr7 89854446 . T G 465.65 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00642486;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.077;QD=17.739;RBI=0.00919717;REFB=0.00532853;REVB=0.00658096;RO=55;SAF=23;SAR=27;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148258;STB=0.58226;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00611808;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:27:23:34:21:27:23:34:21 chr7 89856608 . C T 603.74 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.022181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.024;QD=17.0068;RBI=0.0319464;REFB=0.000326439;REVB=-0.0229908;RO=79;SAF=33;SAR=30;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678706;STB=0.537831;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000652464;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:79:63:63:0.443662:30:33:36:43:30:33:36:43 chr7 89861832 . G A 231.38 PASS AF=0.405797;AO=26;DP=66;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0102826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.718;QD=13.413;RBI=0.0111097;REFB=0.00342443;REVB=0.0042065;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556411;STB=0.520993;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00275659;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:40:41:26:28:0.405797:11:15:21:19:12:16:22:19 chr7 89861890 . G T 338.97 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8492;QD=52.1496;RBI=0.0815257;REFB=0;REVB=0.0506672;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00894439;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:17:8:0:1:18:8:0:0 chr7 89866845 . G T 595.13 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00557888;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.267;QD=15.9767;RBI=0.0207331;REFB=-0.0196207;REVB=-0.0199685;RO=85;SAF=32;SAR=31;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383007;STB=0.517992;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0268883;OID=.;OPOS=89866845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:85:86:63:63:0.422819:31:32:40:45:31:32:41:45 chr7 89867446 . T TCTG 388.87 PASS AF=0.420561;AO=41;DP=116;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00199263;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.172;QD=14.5373;RBI=0.0119552;REFB=-0.0171005;REVB=0.0117879;RO=72;SAF=21;SAR=20;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951032;STB=0.540365;STBP=0.467;TYPE=ins;VARB=0.0233376;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420561:41:116:45:107:62:23:22:36:26:99:72:21:20:43:29 chr7 89881239 . G C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00742878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.29;QD=12.0588;RBI=0.0153575;REFB=0.00388753;REVB=0.0134412;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609611;STB=0.542279;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00574116;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:12:13:19:22:12:13:19:23 chr7 89906609 . C T 430.95 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00307289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.477;QD=14.7335;RBI=0.00977693;REFB=0.00603834;REVB=0.00928147;RO=68;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293241;STB=0.516484;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0084318;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:26:23:30:38:26:23:30:38 chr7 89912301 . G A 659.69 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135219;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.874;QD=61.3666;RBI=0.0161226;REFB=0;REVB=-0.00878049;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347824;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:15:28:0:0 chr7 89933362 . G A 463.47 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0210531;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6213;QD=16.2619;RBI=0.0469641;REFB=-0.00775495;REVB=-0.0419809;RO=62;SAF=31;SAR=20;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230852;STB=0.624397;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0103753;OID=.;OPOS=89933362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:63:51:51:0.447368:20:31:23:39:20:31:24:39 chr7 89938588 . C G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3149;QD=60.3763;RBI=0.0422626;REFB=0;REVB=0.0128612;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503512;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr7 89938680 . C T 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00803718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.115;QD=20.2136;RBI=0.0115137;REFB=-0.00556683;REVB=0.00824435;RO=40;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152829;STB=0.59143;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00363644;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:27:15:21:19:27:15:22:19 chr7 89969831 . A G 519.65 PASS AF=0.478261;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0263414;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.003;QD=18.0746;RBI=0.0276822;REFB=-0.0112861;REVB=-0.00851067;RO=59;SAF=23;SAR=31;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187763;STB=0.602789;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0109669;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:59:60:54:55:0.478261:31:23:37:22:32:23:37:23 chr7 89969878 . A G 465.58 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0240325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5509;QD=17.7362;RBI=0.0251711;REFB=0.00700568;REVB=-0.0074847;RO=54;SAF=19;SAR=31;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248658;STB=0.633318;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00926341;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:55:50:50:0.47619:31:19:35:19:31:19:35:20 chr7 89982132 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00457203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.788;QD=22.1886;RBI=0.0211082;REFB=0.0107565;REVB=-0.0206071;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325798;STB=0.501823;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0145275;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:10:12:13:11:10:12 chr7 89983808 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.266;QD=60.2307;RBI=0.030427;REFB=0;REVB=0.0272313;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31008e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr7 89984409 . A G 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0177044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.98;QD=23.488;RBI=0.0204839;REFB=-0.013912;REVB=0.0103026;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286964;STB=0.51578;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00726375;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:20:14:9:15:20:14:9:15 chr7 90043314 . C T 1269.82 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745249;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.334;QD=61.9424;RBI=0.0212901;REFB=0;REVB=-0.0199432;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07251e-06;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr7 90044945 . G A 1731.09 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.003;QD=60.74;RBI=0.0204489;REFB=0;REVB=0.00180235;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57334e-05;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr7 90236415 . A G 944.8 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0104117;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.085;QD=53.2282;RBI=0.0191342;REFB=-0.194933;REVB=0.0160535;RO=4;SAF=33;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538973;STB=0.528563;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00307819;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:71:4:4:66:67:0.943662:33:33:4:0:34:33:4:0 chr7 90836643 . C T 1347.66 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.438;QD=61.9614;RBI=0.0216466;REFB=0;REVB=0.00897019;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278252;OID=.;OPOS=90836643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:48:37:0:0:49:38:0:0 chr7 90838869 . G C 729.24 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1332;QD=57.1955;RBI=0.0219082;REFB=0;REVB=0.0206019;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251024;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:30:19:0:0:32:19:0:0 chr7 91503228 . C T 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0258163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.252;QD=12.7391;RBI=0.030826;REFB=-0.011472;REVB=0.0168452;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00469602;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr7 91632306 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.1;QD=62.022;RBI=0.0166798;REFB=0;REVB=0.0159367;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32213e-05;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr7 91714911 . C T 1607.8 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0196792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.141;QD=57.9386;RBI=0.0229127;REFB=-0.0261703;REVB=0.0117355;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904086;STB=0.500248;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000577962;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:108:109:0.981982:52:56:0:1:53:56:1:1 chr7 91752493 . A AT 34.87 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.164105;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.75797;QD=5.8111;RBI=0.167807;REFB=-0.0520873;REVB=-0.0350516;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407492;STB=0.713775;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.10409;OID=.;OPOS=91752494;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:25:9:24:15:2:7:8:7:34:15:2:7:9:6 chr7 91763275 . T C 437.26 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0181325;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.598;QD=23.9592;RBI=0.0245585;REFB=-0.0363305;REVB=-0.016563;RO=31;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494845;STB=0.527165;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0241637;OID=.;OPOS=91763275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:31:42:42:0.575342:23:19:16:15:23:19:16:15 chr7 91779242 . G A 227.95 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00827393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.221;QD=13.8154;RBI=0.0102888;REFB=-0.00931967;REVB=-0.0061157;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118762;STB=0.567426;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0133899;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:26:13:12:15:26:13 chr7 91779971 . T G 686.08 PASS AF=0.554622;AO=49;DP=122;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0374955;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4519;QD=23.0615;RBI=0.0390291;REFB=-0.0286923;REVB=-0.0108332;RO=38;SAF=11;SAR=38;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474977;STB=0.529707;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00808867;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:38:53:49:66:0.554622:38:11:7:31:45:21:20:33 chr7 92027906 . C A 441.79 PASS AF=0.735849;AO=38;DP=52;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0179513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.865;QD=33.3425;RBI=0.0188;REFB=-0.0355772;REVB=0.00558498;RO=14;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469265;STB=0.51974;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0152908;OID=.;OPOS=92027906;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:14:14:38:39:0.735849:25:13:6:8:25:14:6:8 chr7 92029302 . G A 439.46 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0351532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3666;QD=15.8365;RBI=0.0351856;REFB=-0.0220456;REVB=0.00150955;RO=62;SAF=17;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19027;STB=0.606706;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0106701;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:32:17:33:29:32:17:33:29 chr7 92131289 . G T 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000724577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.174;QD=59.8449;RBI=0.00857529;REFB=0;REVB=-0.00854462;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43823e-06;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr7 92241633 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.318;QD=56.9383;RBI=0.0137524;REFB=0;REVB=-0.0129885;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20977e-05;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr7 92600509 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.868;QD=62.0219;RBI=0.0599509;REFB=0;REVB=0.0321836;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339301;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr7 92734451 . A G 346.09 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0624166;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2512;QD=19.2271;RBI=0.068635;REFB=-0.0277136;REVB=-0.028547;RO=36;SAF=10;SAR=26;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357349;STB=0.699254;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0231475;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:26:10:24:12:26:10:24:12 chr7 92762681 . A G 640.65 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00441758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5613;QD=26.1488;RBI=0.0237129;REFB=-0.00324838;REVB=-0.0232978;RO=41;SAF=35;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154763;STB=0.584574;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00189051;OID=.;OPOS=92762681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:22:35:17:24:22:35:17:24 chr7 92764982 . C T 309.29 PASS AF=0.416667;AO=31;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0103186;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.11;QD=14.7279;RBI=0.0114392;REFB=-0.00163774;REVB=0.00493798;RO=51;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000692923;STB=0.541439;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00290821;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:51:49:31:35:0.416667:17:14:23:28:21:14:23:26 chr7 92900512 . GTTTT GTTTG,G 258.59 PASS AF=0.73913,0.26087;AO=7,3;DP=25;FAO=17,6;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=12,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276048,-0.107746;FXX=0.079968;HRUN=14,14;LEN=1,4;MLLD=120.977,16.2944;QD=44.9719;RBI=0.0465488,0.136631;REFB=-0.12884,-0.279815;REVB=-0.0374802,-0.084016;RO=0;SAF=1,0;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00441533,0.0473314;OID=.,.;OPOS=92900516,92900513;OREF=T,TTTT;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.73913,0.26087:7,3:25:17,6:23:0:5,1:12,5:0:0:34:0:1,0:6,3:0:0 chr7 92970847 . C T 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0136057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.945;QD=18.2476;RBI=0.0137683;REFB=0.00200683;REVB=-0.00210981;RO=59;SAF=23;SAR=32;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100905;STB=0.555964;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00287173;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:32:23:31:28:32:23:31:28 chr7 93054827 . C CTCTT 469.51 PASS AF=0.412214;AO=40;DP=142;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00260151;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.691;QD=14.3362;RBI=0.0433344;REFB=-0.00221278;REVB=-0.0432562;RO=88;SAF=32;SAR=8;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476643;STB=0.649429;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00284828;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412214:40:142:54:131:77:36:18:32:45:99:88:32:8:36:52 chr7 93055650 . G A 573.02 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0113088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1892;QD=22.6938;RBI=0.0232234;REFB=0.00713094;REVB=0.020284;RO=45;SAF=24;SAR=32;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857096;STB=0.546992;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00509674;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:32:24:24:21:32:24:24:21 chr7 93055753 . A G 750.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212285;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.263;QD=63.9033;RBI=0.0267355;REFB=0;REVB=0.0162523;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18061e-05;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr7 93116299 . A G 193.46 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0166091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.316;QD=17.1967;RBI=0.0183874;REFB=-0.00716463;REVB=0.00788883;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22791;STB=0.6257;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0118182;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:19:20:0.444444:10:9:17:7:11:9:17:8 chr7 93515993 . T G 131.56 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0109888;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=149.017;QD=13.4935;RBI=0.0230705;REFB=0.00277999;REVB=-0.0202853;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174048;STB=0.659795;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00464074;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:24:15:15:0.384615:9:6:10:7:9:6:16:8 chr7 93623458 . A G 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000575999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.274;QD=25.2443;RBI=0.0305321;REFB=0.0057103;REVB=0.0305267;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158147;STB=0.508766;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00363135;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:9:13:16:12:9:13 chr7 94027699 . T C 5787.38 PASS AF=1;AO=366;DP=371;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317501;FXX=0.0107236;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.321;QD=62.7359;RBI=0.0327425;REFB=0.000611105;REVB=0.00800001;RO=4;SAF=172;SAR=194;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56796e-05;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:371:369:4:0:366:369:1:194:172:0:4:197:172:0:0 chr7 94030899 . T C 7860.59 PASS AF=1;AO=496;DP=499;FAO=498;FDP=498;FR=.;FRO=0;FSAF=248;FSAR=250;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136963;FXX=0.00796797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.775;QD=63.1373;RBI=0.0153641;REFB=0;REVB=-0.00696186;RO=0;SAF=247;SAR=249;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5865e-06;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:499:498:0:0:496:498:1:249:247:0:0:250:248:0:0 chr7 94038934 . C T 974.26 PASS AF=0.431535;AO=104;DP=241;FAO=104;FDP=241;FR=.;FRO=137;FSAF=31;FSAR=73;FSRF=62;FSRR=75;FWDB=-0.0148978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0683;QD=16.1703;RBI=0.0216594;REFB=-0.0116449;REVB=-0.0157221;RO=136;SAF=31;SAR=73;SRF=62;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175994;STB=0.596711;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0155427;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:136:137:104:104:0.431535:73:31:62:74:73:31:62:75 chr7 94039032 . C T 595.43 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=167;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0122503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.706;QD=14.2617;RBI=0.0278782;REFB=-0.0116521;REVB=0.0250424;RO=99;SAF=24;SAR=44;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196611;STB=0.610637;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.02814;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:99:99:68:68:0.407186:44:24:53:46:44:24:53:46 chr7 94043239 . C G 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0149205;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=339.666;QD=10.6106;RBI=0.0167949;REFB=-3.64735e-05;REVB=0.00771027;RO=59;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387634;STB=0.723531;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000139107;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:10:19:18:41:10:19:18:41 chr7 94047050 . G T 470.57 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=117;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.021645;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8431;QD=15.9516;RBI=0.0341225;REFB=-0.0493217;REVB=0.0263788;RO=66;SAF=23;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362371;STB=0.506923;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0607625;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:66:66:51:52:0.440678:28:23:30:36:29:23:30:36 chr7 94059895 . TCCCC TCCC,TCCCT 344.47 PASS AF=0.244444,0.533333;AO=10,23;DP=46;FAO=11,24;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=11,17;FSAR=0,7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0109915,-0.018656;FXX=0.0217344;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.9851,275.386;QD=30.6196;RBI=0.0724818,0.0193166;REFB=-0.129805,-0.0185114;REVB=-0.0716436,-0.00500851;RO=11;SAF=10,16;SAR=0,7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.311111,0;SSSB=0.803191,0.155447;STB=0.9987,0.600456;STBP=0,0.081;TYPE=del,snp;VARB=0.148714,0.00792859;OID=.,.;OPOS=94059896,94059899;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCCC,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.244444,0.533333:10,23:46:11,24:45:10:11,17:0,7:4:6:61:11:10,16:0,7:5:6 chr7 94173803 . T C 499.18 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.000755025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.437;QD=13.8661;RBI=0.0024643;REFB=-0.00526398;REVB=0.00234579;RO=88;SAF=24;SAR=32;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160651;STB=0.509088;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00812339;OID=.;OPOS=94173803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:88:88:56:56:0.388889:32:24:39:49:32:24:39:49 chr7 94174854 . T C 2829.87 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105165;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.579;QD=62.5387;RBI=0.0162752;REFB=0;REVB=-0.0124211;RO=0;SAF=87;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03118e-05;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:180:181:1:93:87:0:0:94:87:0:0 chr7 94180691 . T C 186.82 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0179739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2441;QD=19.6657;RBI=0.0292614;REFB=-0.0190467;REVB=-0.0230905;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299517;STB=0.670469;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.02081;OID=.;OPOS=94180691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:11:8:14:5:11:8 chr7 94185888 . G A 524.15 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00347054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.374;QD=21.3937;RBI=0.00777081;REFB=0.00194384;REVB=0.00695276;RO=48;SAF=30;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903837;STB=0.54998;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00274446;OID=.;OPOS=94185888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:20:30:24:24:20:30:24:24 chr7 94186068 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00827231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.635;QD=12.2129;RBI=0.0112252;REFB=-0.00489508;REVB=-0.00758771;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11893;STB=0.570619;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00671394;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:9:4:9:13:9:4:9:13 chr7 94273994 . A G 372.56 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0472881;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3331;QD=17.3285;RBI=0.0473907;REFB=-0.0168893;REVB=-0.00311618;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114368;STB=0.56407;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0166682;OID=.;OPOS=94273994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:26:21:22:17:26:21 chr7 94292807 . CCAACAACAACAACAACAACAA CCAACAACAACAACAACAA,CCAACAACAACAACAACAACTC 172.43 PASS AF=0.5,0.0588235;AO=12,2;DP=40;FAO=17,2;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=1,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.018463,-0.0302077;FXX=0.0555401;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=158.95,126.568;QD=20.286;RBI=0.0446,0.0408473;REFB=-0.010042,-0.0192268;REVB=-0.0405989,-0.0274954;RO=15;SAF=1,0;SAR=11,2;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.132987,-0.427206;STB=0.65944,0.5;STBP=0.738,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00932726,0.0731506;OID=.,.;OPOS=94292808,94292827;OREF=CAA,AA;OALT=-,TC;OMAPALT=CCAACAACAACAACAACAA,CCAACAACAACAACAACAACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0588235:12,2:40:17,2:34:15:1,0:16,2:0:15:99:15:1,0:11,2:2:13 chr7 94294682 . C A 668.18 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0133193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1535;QD=22.8437;RBI=0.0346824;REFB=0.00232687;REVB=0.0320229;RO=52;SAF=28;SAR=37;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724245;STB=0.539632;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00202778;OID=.;OPOS=94294682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:52:65:65:0.555556:37:28:27:25:37:28:27:25 chr7 94294982 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00208004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.673;QD=8.81109;RBI=0.00289731;REFB=0.00187078;REVB=-0.00201689;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00230155;OID=.;OPOS=94294982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr7 94295146 . T C 416.76 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00604721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.399;QD=17.5479;RBI=0.0156199;REFB=-0.0157243;REVB=0.0144019;RO=52;SAF=25;SAR=17;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609133;STB=0.528484;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0152511;OID=.;OPOS=94295146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:52:42:43:0.452632:17:25:34:18:17:26:34:18 chr7 94296769 . T C 168.72 PASS AF=0.315068;AO=22;DP=72;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00696174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.255;QD=9.24503;RBI=0.00766606;REFB=-0.00508788;REVB=-0.00320978;RO=50;SAF=14;SAR=8;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461089;STB=0.50913;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0128694;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:50:22:23:0.315068:8:14:32:18:8:15:32:18 chr7 94296793 . C T 169.27 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00357903;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.281;QD=10.4167;RBI=0.00477229;REFB=0.00262587;REVB=0.00315679;RO=42;SAF=19;SAR=3;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266782;STB=0.673871;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00231229;OID=.;OPOS=94296793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:43:22:22:0.338462:3:19:30:12:3:19:30:13 chr7 94297293 . GTT G,GT 348.01 PASS AF=0.315789,0.684211;AO=12,22;DP=58;FAO=18,39;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=11,18;FSAR=7,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195192,0.375273;FXX=0.0338926;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=11.7995,8.40627;QD=24.4218;RBI=0.225408,0.432222;REFB=0,0;REVB=0.112734,0.214442;RO=19;SAF=7,10;SAR=5,12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0520805,-0.14563;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0188178,0.00649557;OID=.,.;OPOS=94297294,94297294;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.315789,0.684211:12,22:58:18,39:57:0:11,18:7,21:0:0:38:19:7,10:5,12:12:7 chr7 94298237 . TACAG T 348.34 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00282113;FXX=0.0892698;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.216;QD=27.321;RBI=0.0109123;REFB=-0.0099053;REVB=-0.0105414;RO=15;SAF=11;SAR=22;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890608;STB=0.569191;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.00660393;OID=.;OPOS=94298238;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:33:50:33:51:18:11:22:3:15:99:15:11:22:3:12 chr7 94898811 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2217;QD=51.1831;RBI=0.00947188;REFB=0;REVB=0.00694526;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62381e-06;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr7 94924538 . G T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00475404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.575;QD=18.9979;RBI=0.00719474;REFB=0.00177175;REVB=-0.0054003;RO=29;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144897;STB=0.573228;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00202615;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:12:19:13:16:12:19:14:16 chr7 94937446 . T C 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00708406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.247;QD=16.8943;RBI=0.0114666;REFB=-0.00449797;REVB=0.00901665;RO=37;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185709;STB=0.60433;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00916923;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:12:20:16:21:12:20:16:21 chr7 95001555 . C T 749.82 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0689614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.321;QD=22.2168;RBI=0.0692663;REFB=-0.027868;REVB=-0.00649194;RO=62;SAF=44;SAR=28;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825807;STB=0.542044;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0239636;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:63:72:72:0.533333:28:44:32:30:28:44:33:30 chr7 95024046 . A G 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000109541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.672;QD=17.2649;RBI=0.00722362;REFB=-0.00950904;REVB=-0.00722279;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686515;STB=0.545429;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.010143;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:21:15:20:21:21:15:21:21 chr7 95213059 . G A 245.56 PASS AF=0.276923;AO=16;DP=66;FAO=18;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0116523;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.118;QD=15.1114;RBI=0.0175352;REFB=-0.0198596;REVB=0.0131036;RO=32;SAF=13;SAR=3;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193669;STB=0.585208;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0502123;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:36:16:18:0.276923:3:13:22:10:5:13:22:14 chr7 95213953 . A C 349.88 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0175638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.894;QD=17.7155;RBI=0.0220357;REFB=-0.00373856;REVB=0.0133074;RO=41;SAF=11;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26059;STB=0.640965;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00460939;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:26:11:23:18:26:11:23:19 chr7 95216394 . T G 306.89 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.015189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3567;QD=18.0521;RBI=0.0356421;REFB=0.0137533;REVB=0.0322437;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671798;STB=0.537611;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0141291;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:22:11:14:21:22:11:14:21 chr7 95800820 . T C 177.73 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00774183;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.569;QD=12.0492;RBI=0.00938232;REFB=0.00784762;REVB=-0.00530018;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109495;STB=0.503103;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00967556;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:36:37:22:22:0.372881:12:10:16:20:12:10:17:20 chr7 97488569 . A T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.508;QD=60.0306;RBI=0.0121342;REFB=0;REVB=0.00572582;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26223e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr7 97821855 . T C 188.87 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0193744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.2797;QD=15.7389;RBI=0.0201823;REFB=-0.0292706;REVB=-0.00565319;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0156722;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:16:12:12:8:16:12 chr7 97822115 . T A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00875341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.971;QD=12.3074;RBI=0.00884388;REFB=0.00193435;REVB=0.00126173;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193359;STB=0.6115;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00310432;OID=.;OPOS=97822115;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:16:9:22:19:16:9:22:19 chr7 97822210 . G A 153.05 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00976274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.971;QD=8.74583;RBI=0.0135542;REFB=-0.00467493;REVB=0.00940235;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100896;STB=0.566333;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0115738;OID=.;OPOS=97822210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:49:21:21:0.3:10:11:21:27:10:11:21:28 chr7 97823125 . G A 184.87 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0105052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.84;QD=18.4866;RBI=0.0110003;REFB=-0.0187056;REVB=0.00326296;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303562;STB=0.507035;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0158927;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:7:12:12:8:7:12:13:8 chr7 97823629 . A G 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0317447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.121;QD=10.9522;RBI=0.0415743;REFB=-0.00282046;REVB=-0.0268458;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152307;STB=0.588935;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00504845;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:8:17:26:21:8:17:26:21 chr7 97911697 . C A 288.23 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00297021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.802;QD=25.0633;RBI=0.0188826;REFB=-0.0431772;REVB=0.0186476;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185794;STB=0.6024;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0200183;OID=.;OPOS=97911697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:4:16:15:11:4:16 chr7 97922851 . C T 1380.9 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101795;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.108;QD=62.768;RBI=0.030342;REFB=0;REVB=0.0285834;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42501e-07;OID=.;OPOS=97922851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr7 97933601 . C G,T 619.29 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197751,0.0481261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.6205,93.9928;QD=60.4184;RBI=0.021563,0.0502901;REFB=0,0;REVB=-0.00859705,0.0145937;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0804128,0.00135662;OID=.,.;OPOS=97933601,97933601;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:0,16:2,23:0:0:0,16:2,23:0:0 chr7 98258736 . G A 443.86 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0159279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6928;QD=16.2883;RBI=0.0175167;REFB=-0.0104697;REVB=-0.00728943;RO=60;SAF=31;SAR=18;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852101;STB=0.547683;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0112105;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:18:31:33:27:18:31:33:27 chr7 98460824 . C A 892.61 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0907308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8588;QD=54.9297;RBI=0.139079;REFB=-0.0796466;REVB=0.105409;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285993;STB=0.515147;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0241883;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:31:32:2:0:31:32:2:0 chr7 98650051 . G C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0102097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.988;QD=11.4389;RBI=0.0148193;REFB=-0.00272649;REVB=0.0107412;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172139;STB=0.602352;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00427132;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:13:11:8:5:13:11 chr7 98782750 . C T 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.926;QD=60.5447;RBI=0.048944;REFB=0;REVB=-0.0443233;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67509e-05;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr7 99306685 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.685;QD=58.7816;RBI=0.0409023;REFB=0;REVB=-0.00322957;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016615;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr7 99569394 . G A 1515.12 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.076;QD=62.4791;RBI=0.0480447;REFB=0.0149152;REVB=-0.0245128;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-3.53727e-05;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:52:43:0:1:52:44:0:1 chr7 99580907 . C G 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0137686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.659;QD=26.5502;RBI=0.0143871;REFB=-0.00715551;REVB=0.00417298;RO=19;SAF=22;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157429;STB=0.58661;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00589911;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:10:22:9:10:10:22:9:10 chr7 99584266 . AG A,AA 45.38 PASS AF=0.666667,0;AO=2,3;DP=8;FAO=6,0;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0841032,0.0850373;FXX=0.0999001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.833,155;QD=20.1705;RBI=0.0852239,0.0858602;REFB=0.0441777,0.0447704;REVB=-0.0137751,-0.0118591;RO=3;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.352427;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.04609,-0.00596858;OID=.,.;OPOS=99584267,99584267;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:2,3:8:6,0:9:3:2,0:4,0:1:2:16:3:0,1:2,2:0:3 chr7 99654689 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0251449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9252;QD=12.7827;RBI=0.0257438;REFB=-0.0037578;REVB=0.00552067;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00728442;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr7 99662511 . GTAGTTA GT,GTA 297.76 PASS AF=0,0.553571;AO=6,25;DP=57;FAO=0,31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=0,12;FSAR=0,19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00751508,0.0182271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=267.624,273.495;QD=21.2686;RBI=0.0109901,0.0194559;REFB=-0.0088274,-0.0122303;REVB=0.00801914,0.00680467;RO=26;SAF=6,6;SAR=0,19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.716298,-0.199118;STB=0.5,0.506049;STBP=1,0.962;TYPE=del,del;VARB=0.0435777,0.0117066;OID=.,.;OPOS=99662513,99662512;OREF=AGTTA,TAGT;OALT=-,-;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.553571:6,25:57:0,31:56:25:0,12:0,19:10:15:99:26:6,6:0,19:11:15 chr7 99669620 . TCTC T 213.07 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0150058;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.989;QD=12.1751;RBI=0.0271203;REFB=-0.00700251;REVB=-0.0225906;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10874;STB=0.562453;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=0.0131697;OID=.;OPOS=99669621;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:26:72:26:70:44:12:14:16:28:99:44:12:14:16:28 chr7 99693078 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.029116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.297;QD=18.0812;RBI=0.0538696;REFB=0.016429;REVB=0.0453232;RO=47;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864139;STB=0.548363;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00974502;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:27:14:20:27:27:14:20:27 chr7 99696797 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0248968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.881;QD=13.4056;RBI=0.0295377;REFB=-0.00467495;REVB=-0.0158942;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799572;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00735466;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:18:16:11:12:18:16 chr7 99711040 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0703716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8602;QD=24.1897;RBI=0.1087;REFB=0.0439503;REVB=0.0828469;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154316;STB=0.588073;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.022559;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:10:2:2:4:10:2:2:4 chr7 99747130 . G A 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0112338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.449;QD=24.9762;RBI=0.0142519;REFB=-0.012932;REVB=-0.00877029;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160537;STB=0.588181;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00992588;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:13:20:8:13:13:20:8:13 chr7 99751281 . G T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0135006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7477;QD=11.9196;RBI=0.0223587;REFB=0.0144869;REVB=-0.0178226;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.019247;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:2:7:5:2:2:7 chr7 99757612 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.023225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.611;QD=25.6506;RBI=0.0331502;REFB=-0.0238736;REVB=0.0236545;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128754;STB=0.571372;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0183756;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:11:14:7:11:11:14:7:11 chr7 99758136 . T G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00207664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.993;QD=26.8493;RBI=0.00213925;REFB=-0.0391398;REVB=0.000513753;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14036;STB=0.57821;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0201979;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:8:7:5:2:8:7:5:2 chr7 99772298 . A C 957.71 PASS AF=1;AO=54;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.4;QD=58.9362;RBI=0.0555543;REFB=0;REVB=0.0291587;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281025;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:54:65:1:28:26:0:0:29:36:0:0 chr7 99796146 . A C 574.19 PASS AF=0.472441;AO=59;DP=125;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0106041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.638;QD=18.0846;RBI=0.0158386;REFB=-0.0018996;REVB=-0.011765;RO=66;SAF=24;SAR=35;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319124;STB=0.516773;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00156451;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:66:67:59:60:0.472441:35:24:29:37:35:25:30:37 chr7 99799845 . T A 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0074472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.744;QD=18.8897;RBI=0.0235029;REFB=-0.0101983;REVB=-0.0222918;RO=52;SAF=31;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652265;STB=0.536149;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0117516;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:20:31:28:24:20:31:28:24 chr7 99817859 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0353344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4197;QD=22.3411;RBI=0.0576933;REFB=-0.00705624;REVB=-0.0456069;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00672673;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:8:6:8:10:8:6 chr7 99817975 . AG A 68.12 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0118571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8736;QD=17.0293;RBI=0.0119446;REFB=-0.137259;REVB=-0.00144318;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.268396;SSSB=0.327428;STB=0.674571;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.106762;OID=.;OPOS=99817976;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:10:16:10:16:6:9:1:4:2:25:5:9:1:3:2 chr7 99818815 . A ACT 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0116709;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=332.171;QD=17.1614;RBI=0.0121328;REFB=-0.00125545;REVB=-0.00331583;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070185;STB=0.539306;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=0.00120055;OID=.;OPOS=99818816;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449438:40:89:40:89:49:20:20:21:28:99:49:20:20:21:28 chr7 99821685 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0293034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.539;QD=21.4069;RBI=0.0349576;REFB=-0.0191137;REVB=0.0190615;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118306;STB=0.56541;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0154233;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:17:15:16:10:17:15:16:10 chr7 99971313 . T C 623.76 PASS AF=0.456376;AO=65;DP=142;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0291863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.678;QD=16.7451;RBI=0.036614;REFB=-0.0313937;REVB=0.0221076;RO=77;SAF=23;SAR=42;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775424;STB=0.541978;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0484604;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:149:77:81:65:68:0.456376:42:23:33:44:42:26:37:44 chr7 99971834 . A G 851.71 PASS AF=0.478022;AO=87;DP=182;FAO=87;FDP=182;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=0.00705334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.459;QD=18.7188;RBI=0.00723204;REFB=-0.0103964;REVB=-0.00159779;RO=95;SAF=36;SAR=51;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318444;STB=0.501758;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0117483;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:95:95:87:87:0.478022:51:36:39:56:51:36:39:56 chr7 100173033 . G A 71.08 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0364751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0811;QD=17.7697;RBI=0.0883717;REFB=-0.0959063;REVB=0.080493;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970608;STB=0.599799;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0326421;OID=.;OPOS=100173033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:16:16:5:7:9:9:0.5625:6:3:1:4:6:3:1:6 chr7 100175473 . T C 195.4 PASS AF=0.5;AO=12;DP=34;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00419776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.81;QD=19.5399;RBI=0.0265589;REFB=-0.0202809;REVB=0.0262251;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227615;STB=0.674846;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0250934;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:40:19:20:12:20:0.5:4:8:16:3:10:10:17:3 chr7 100230864 . G C 243.19 PASS AF=0.621622;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0653299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4329;QD=26.2903;RBI=0.0654821;REFB=-0.0618667;REVB=0.00446099;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683667;STB=0.518852;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.057469;OID=.;OPOS=100230864;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:14:14:21:23:0.621622:11:10:8:6:11:12:8:6 chr7 100238661 . G A 386.85 PASS AF=0.695652;AO=31;DP=48;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0151043;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.84;QD=33.639;RBI=0.0191385;REFB=-0.0216589;REVB=0.0117534;RO=14;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315951;STB=0.521726;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.007982;OID=.;OPOS=100238661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:14:14:31:32:0.695652:16:15:6:8:16:16:6:8 chr7 100277727 . GGGGCC GG,GGG,GGGC,TCGGGC 336.9 PASS AF=0,0.967742,0,0;AO=7,11,6,2;DP=33;FAO=0,30,0,0;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23,0,0;FSAR=0,7,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.111634,-0.128401,-0.220507,-0.0638083;FXX=0.0312402;HRUN=5,5,5,5;LEN=4,3,2,5;MLLD=14.8903,18.3921,14.1528,136.072;QD=43.471;RBI=0.112732,0.198162,0.223033,0.161028;REFB=-0.104808,-0.17587,-0.116245,-0.0264796;REVB=0.0156997,0.150935,0.0334704,-0.147846;RO=2;SAF=6,11,5,0;SAR=1,0,1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.223089,0.819045,0.209294,-0.639851;STB=0.5,0.53331,0.5,0.5;STBP=1,0.15,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,-0.0111563,0.18618,0;OID=.,.,.,.;OPOS=100277729,100277730,100277730,100277727;OREF=GGCC,GCC,GC,GGGGC;OALT=-,-,-,TCGGG;OMAPALT=GG,GGG,GGGC,TCGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:33:31:2:1:7,11,6,2:0,30,0,0:0,0.967742,0,0:1,0,1,2:6,11,5,0:1:1:0,7,0,0:0,23,0,0:0:1 chr7 100278657 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.771;QD=58.5855;RBI=0.0398269;REFB=0;REVB=0.0387067;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327559;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr7 100279403 . G A 261.54 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00256084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.743;QD=14.7344;RBI=0.0121251;REFB=-0.0169421;REVB=0.0118516;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095795;STB=0.554271;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0178335;OID=.;OPOS=100279403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:18:23:14:16:18:23 chr7 100281768 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0819308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9845;QD=42.1825;RBI=0.0925454;REFB=0;REVB=-0.0430349;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00729981;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 100285020 . C T 451.2 PASS AF=0.523256;AO=28;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0106747;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.427;QD=20.9858;RBI=0.0836418;REFB=-0.0736744;REVB=0.0829578;RO=28;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53702;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.061068;OID=.;OPOS=100285020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:28:37:28:45:0.523256:21:7:7:21:29:16:16:21 chr7 100350763 . T G 66.51 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.000273397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.261;QD=14.0031;RBI=0.0276008;REFB=-0.0280376;REVB=0.0275995;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.538369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0468683;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:19:10:10:6:8:0.421053:4:2:2:8:6:2:2:8 chr7 100361675 . G A 114.26 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0120574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.145;QD=10.1564;RBI=0.0123209;REFB=-0.0155661;REVB=-0.00253424;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280272;STB=0.666444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0212097;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:10:21:6:8:10:21 chr7 100365567 . C T 322.91 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00348575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.562;QD=25.3265;RBI=0.0157707;REFB=-0.00576355;REVB=0.0153807;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105573;STB=0.558043;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00389842;OID=.;OPOS=100365567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:12:8:17:14:12:8 chr7 100365613 . G T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000539675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.962;QD=28.7636;RBI=0.0238446;REFB=0.0330343;REVB=-0.0238385;RO=9;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788921;STB=0.54368;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0036325;OID=.;OPOS=100365613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:8:11:4:5:8:11:4:5 chr7 100366284 . T C 116.01 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0434256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1718;QD=20.1758;RBI=0.111867;REFB=-0.092789;REVB=-0.103095;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207161;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0555964;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:6:10:13:13:0.565217:7:6:5:1:7:6:5:5 chr7 100371358 . G A 324.0 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0101203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.367;QD=28.7997;RBI=0.0334589;REFB=-0.00438716;REVB=0.0318916;RO=17;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689584;STB=0.538025;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0058704;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:9:19:10:7:9:19:10:7 chr7 100371474 . G A 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565534;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.976;QD=57.7114;RBI=0.0326913;REFB=0;REVB=-0.0321984;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254245;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr7 100371476 . T TG 357.6 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012647;FXX=0.0322477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=241.609;QD=47.68;RBI=0.0129697;REFB=0;REVB=-0.00287534;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000233934;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:30:30:0:12:18:0:0:6:0:12:18:0:0 chr7 100373077 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.284;QD=53.2771;RBI=0.010179;REFB=0;REVB=0.00169994;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307813;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr7 100373367 . G C 678.58 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.712;QD=61.6888;RBI=0.0341399;REFB=0;REVB=-0.0135604;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290688;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr7 100377082 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.012496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.881;QD=13.8996;RBI=0.0132357;REFB=-0.0097949;REVB=-0.00436298;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148792;STB=0.585293;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00879018;OID=.;OPOS=100377082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:16:18:16:8:16:18 chr7 100386900 . T C 607.04 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4651;QD=59.2231;RBI=0.0789471;REFB=0;REVB=-0.019345;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00684389;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:16:22:0:0:16:25:0:0 chr7 100391644 . T C 1822.48 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.93;QD=61.2599;RBI=0.0177948;REFB=0;REVB=0.0113947;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50771e-06;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:53:66:0:0:53:66:0:0 chr7 100410597 . G A 61.79 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0465774;FXX=0.105208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.272;QD=14.5396;RBI=0.0515534;REFB=-0.0403512;REVB=0.0220974;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0597756;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:19:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr7 100411278 . T C 127.15 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0135085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0896;QD=11.5588;RBI=0.0155295;REFB=-0.0242753;REVB=0.00766058;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166226;STB=0.599854;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0342737;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:12:3:9:20:12:3:9:20 chr7 100416139 . T C 291.08 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0117469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.887;QD=26.4615;RBI=0.0164948;REFB=-0.0296811;REVB=0.0115797;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404797;STB=0.522371;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00862194;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:16:10:6:12:16:10:6:12 chr7 100416250 . A G 411.26 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00129849;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.865;QD=20.5629;RBI=0.0101081;REFB=-0.00635812;REVB=-0.0100244;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895713;STB=0.54958;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00760991;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:16:23:20:21:16:23 chr7 100424587 . G C 297.76 PASS AF=0.3;AO=17;DP=95;FAO=27;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0425276;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.302;QD=13.2339;RBI=0.0454299;REFB=-0.00410027;REVB=0.0159775;RO=21;SAF=0;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.810577;STB=0.741727;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00938189;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:90:21:36:17:27:0.3:17:0:8:13:23:4:17:19 chr7 100458795 . T C 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000432497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.325;QD=62.2776;RBI=0.0023944;REFB=0;REVB=0.00235502;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41195e-06;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:62:67:0:0:62:67:0:0 chr7 100460331 . G A 835.96 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3228;QD=57.6525;RBI=0.130637;REFB=0;REVB=0.107179;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121085;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:54:58:1:43:11:0:0:47:11:0:0 chr7 100463822 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0494235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.567;QD=7.32782;RBI=0.0545219;REFB=-0.0464736;REVB=0.0230208;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.517198;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0744095;OID=.;OPOS=100463822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:9:11:4:4:10:11 chr7 100468284 . A G 1286.88 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055629;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9094;QD=62.0183;RBI=0.0562347;REFB=0;REVB=0.00823176;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115427;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr7 100482026 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5947;QD=51.9157;RBI=0.0559305;REFB=0;REVB=-0.0392015;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00260381;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr7 100486656 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.779;QD=63.5828;RBI=0.0723333;REFB=0;REVB=-0.00584542;RO=0;SAF=9;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372642;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:38:9:0:0:38:9:0:0 chr7 100490242 . C T 607.48 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0126142;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.984;QD=23.5913;RBI=0.0169043;REFB=-0.0201363;REVB=0.0112534;RO=44;SAF=28;SAR=31;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874599;STB=0.547729;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0103796;OID=.;OPOS=100490242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:44:44:59:59:0.572816:31:28:16:28:31:28:16:28 chr7 100494222 . G GC 1963.65 PASS AF=1;AO=155;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634413;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.33;QD=47.8939;RBI=0.0789798;REFB=0;REVB=0.0470427;RO=4;SAF=83;SAR=72;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000127745;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:155:166:164:164:0:87:77:0:0:36:4:83:72:0:4 chr7 100549573 . G T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0168872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4276;QD=3.02316;RBI=0.0231104;REFB=-0.0113344;REVB=0.015777;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17486;STB=0.624688;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.04542;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:3:5:24:26:3:5:24:26 chr7 100549583 . G A 57.62 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.029722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.384;QD=3.84122;RBI=0.0331344;REFB=-0.00794759;REVB=0.0146456;RO=50;SAF=7;SAR=2;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332074;STB=0.655928;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0398049;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:9:10:0.166667:2:7:26:24:3:7:26:24 chr7 100549592 . TT AA 71.89 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0104271;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.533;QD=4.63834;RBI=0.033302;REFB=0.00124587;REVB=-0.0316276;RO=48;SAF=9;SAR=3;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299999;STB=0.697929;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=-0.00451299;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:61:62:48:50:12:12:0.193548:3:9:25:23:3:9:26:24 chr7 100549650 . A G 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.00115209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.281;QD=13.3342;RBI=0.0327967;REFB=-0.0123197;REVB=0.0327765;RO=53;SAF=23;SAR=10;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766312;STB=0.543547;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0182123;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:10:23:40:13:10:23:40:13 chr7 100549697 . A G 374.01 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0203956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.818;QD=15.5837;RBI=0.0203995;REFB=-0.0168046;REVB=0.000400511;RO=56;SAF=30;SAR=10;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242225;STB=0.513692;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0324422;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:10:30:41:15:10:30:41:15 chr7 100549703 . C T 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=0.0157583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.92;QD=14.8033;RBI=0.0205177;REFB=-0.0169376;REVB=0.0131396;RO=54;SAF=28;SAR=9;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475922;STB=0.527044;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0350594;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:9:28:39:15:9:28:39:15 chr7 100549787 . CA TG 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00385966;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.638;QD=7.81283;RBI=0.00998972;REFB=-0.00656007;REVB=0.00921398;RO=40;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544662;STB=0.533288;STBP=0.794;TYPE=mnp;VARB=0.0217576;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:5:10:25:15:5:10:25:15 chr7 100549884 . C T 34.5 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00551456;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.582;QD=3.83323;RBI=0.0261862;REFB=0.00509147;REVB=-0.0255989;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279893;STB=0.686785;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0305344;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:36:31:30:6:6:0.166667:1:5:20:11:1:5:20:10 chr7 100549894 . T C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00981526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.696;QD=4.55551;RBI=0.0128148;REFB=-0.0165382;REVB=-0.00823888;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307269;STB=0.716662;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0369965;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:1:6:20:10:1:6:20:10 chr7 100549896 . G C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0220501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.571;QD=4.55602;RBI=0.038279;REFB=-0.007205;REVB=-0.0312901;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320262;STB=0.716662;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0137996;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:29:30:7:7:0.189189:1:6:19:10:1:6:20:10 chr7 100549902 . C T 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00552712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.587;QD=5.21419;RBI=0.0189784;REFB=-0.0047106;REVB=-0.0181557;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12098;STB=0.57124;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0200096;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:2:6:20:10:2:6:21:10 chr7 100549914 . G A 51.03 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0172729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.943;QD=5.37179;RBI=0.0173041;REFB=-0.00590394;REVB=-0.00104019;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753156;STB=0.54987;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0234744;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:21:9:2:6:21:9 chr7 100549935 . T G 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0247104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.402;QD=7.47129;RBI=0.0267283;REFB=-0.0176407;REVB=0.010188;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263988;STB=0.660687;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0825677;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:2:9:20:11:2:9:21:11 chr7 100549942 . T C 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0281736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.613;QD=9.89826;RBI=0.0282394;REFB=-0.00986812;REVB=-0.00192644;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227598;STB=0.639316;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.015775;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:3:11:20:12:3:11:20:12 chr7 100549979 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0466897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.103;QD=15.196;RBI=0.0529328;REFB=-0.0145267;REVB=0.0249389;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375777;STB=0.720873;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0192968;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:3:15:14:12:3:15:14:12 chr7 100550032 . C CCCT 143.48 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00175909;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=3;MLLD=254.561;QD=13.9979;RBI=0.0111806;REFB=-0.0135019;REVB=-0.0110413;RO=26;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416347;STB=0.753921;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0247694;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:16:43:16:41:25:13:3:11:14:99:26:13:3:12:14 chr7 100550079 . A C,G 469.9 PASS AF=0.529412,0.470588;AO=17,16;DP=33;FAO=18,16;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,8;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400513,0.0326262;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.667,155.808;QD=55.2821;RBI=0.0549497,0.0774837;REFB=0,0;REVB=0.0376213,0.0702798;RO=0;SAF=14,8;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53656e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.016256,0.00122764;OID=.,.;OPOS=100550079,100550079;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:33:34:0:0:17,16:18,16:0.529412,0.470588:3,8:14,8:0:0:3,8:15,8:0:0 chr7 100550133 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0379897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.631;QD=6.92858;RBI=0.0547601;REFB=-0.0169676;REVB=-0.0394392;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.686886;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0341897;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:6:9:2:4:6:9 chr7 100551461 . C G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0368954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.727;QD=3.64937;RBI=0.0373525;REFB=-0.00262046;REVB=0.00582541;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323276;STB=0.723437;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0101033;OID=.;OPOS=100551461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:19:12:4:2:19:12 chr7 100551565 . AT GC 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.02774;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=252.971;QD=4.4204;RBI=0.0374537;REFB=-0.0113006;REVB=0.0251648;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115535;STB=0.577588;STBP=0.69;TYPE=mnp;VARB=0.043256;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:22:15:4:4:22:15 chr7 100551578 . T G 58.74 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0419536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9319;QD=4.99933;RBI=0.0427175;REFB=-0.0109177;REVB=-0.0080425;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194776;STB=0.627634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0520584;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:23:15:5:4:23:15 chr7 100551626 . T C 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00248861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7895;QD=2.84582;RBI=0.00419067;REFB=-0.00086996;REVB=0.00337173;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219961;STB=0.516083;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00336383;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:4:3:21:26:4:3:21:26 chr7 100551666 . A T 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0302858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.503;QD=3.37602;RBI=0.0303355;REFB=-0.013478;REVB=0.0017348;RO=41;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57478;STB=0.892641;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0529247;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:1:6:14:27:1:6:14:27 chr7 100551687 . T C 49.8 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0108524;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.382;QD=4.15013;RBI=0.014977;REFB=-0.00544044;REVB=-0.0103217;RO=41;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654869;STB=0.920222;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0399559;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:48:41:40:8:8:0.166667:1:7:11:30:1:7:11:29 chr7 100551692 . C T 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0107564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.241;QD=4.00458;RBI=0.0228083;REFB=-0.00490178;REVB=-0.0201126;RO=41;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654869;STB=0.922584;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0201933;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:1:7:11:30:1:7:11:30 chr7 100551719 . C T 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00461609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.921;QD=5.42448;RBI=0.0100954;REFB=-0.00724361;REVB=-0.00897827;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612079;STB=0.899201;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.017704;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:1:9:16:24:1:9:16:24 chr7 100551729 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00409503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.722;QD=6.48208;RBI=0.00416666;REFB=-0.00188469;REVB=-0.000769303;RO=33;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618428;STB=0.894929;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00342615;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:1:9:13:20:1:9:13:20 chr7 100551773 . C A 115.48 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0165144;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.489;QD=9.82801;RBI=0.0434083;REFB=-0.0102148;REVB=-0.0401442;RO=35;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248365;STB=0.66854;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.034609;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:35:33:14:14:0.297872:4:10:18:17:4:10:16:17 chr7 100551778 . G A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0367426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5114;QD=11.0156;RBI=0.0648596;REFB=-0.0180195;REVB=-0.0534485;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176372;STB=0.605901;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0345377;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:16:12:4:10:16:12 chr7 100551793 . G T 153.31 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0513406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5208;QD=13.937;RBI=0.0569574;REFB=1.83646e-05;REVB=0.0246635;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547586;STB=0.553781;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00105187;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:27:16:17:0.386364:5:11:18:10:5:12:17:10 chr7 100551840 . T A 48.28 PASS AF=0.27027;AO=18;DP=45;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00164252;FXX=0.177738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.642;QD=5.21937;RBI=0.0126145;REFB=-0.0282414;REVB=-0.0125071;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078716;STB=0.522682;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0543653;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:45:37:27:27:18:10:0.27027:8:10:17:10:4:6:17:10 chr7 100551842 . CT TC 164.66 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.01731;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.626;QD=14.9689;RBI=0.0196743;REFB=0.0151182;REVB=-0.009351;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11529;STB=0.536043;STBP=0.705;TYPE=mnp;VARB=-0.00257716;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:17:18:0.409091:8:9:16:9:8:10:16:10 chr7 100551849 . A T 195.07 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00679823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.633;QD=17.3399;RBI=0.0192525;REFB=-0.00984541;REVB=-0.0180123;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.528189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0131206;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:19:20:0.444444:9:10:15:9:9:11:15:10 chr7 100552017 . C T 137.42 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0347878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.286;QD=10.9937;RBI=0.0369336;REFB=-0.0130954;REVB=-0.0124054;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375101;STB=0.695434;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00758139;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:34:15:16:0.32:9:6:25:9:9:7:25:9 chr7 100552018 . T G 386.98 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0339394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.139;QD=30.3514;RBI=0.0344273;REFB=-0.0079026;REVB=0.00577541;RO=16;SAF=26;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204157;STB=0.611697;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0342632;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:9:26:7:9:9:26:7:9 chr7 100552020 . C T 386.99 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0141934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.537;QD=30.3517;RBI=0.0194915;REFB=-1.29663e-05;REVB=-0.013359;RO=16;SAF=26;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204157;STB=0.611697;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=6.06955e-06;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:9:26:7:9:9:26:7:9 chr7 100552044 . T G 309.32 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0114021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4512;QD=28.7738;RBI=0.0131035;REFB=-0.0277188;REVB=0.00645717;RO=16;SAF=21;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135932;STB=0.575283;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.019791;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:6:21:10:6:6:21:10:6 chr7 100552094 . G C 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.112993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6514;QD=17.1014;RBI=0.113055;REFB=-0.00357448;REVB=-0.00372835;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180419;STB=0.604239;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000809583;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:8:7:4:10:8:7 chr7 100552117 . G T 152.25 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0101986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.337;QD=21.0006;RBI=0.0115539;REFB=-0.0334488;REVB=-0.00542965;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.612095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.030434;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:7:6:4:12:7:6 chr7 100552135 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.04599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4615;QD=20.1593;RBI=0.0496788;REFB=0.0266496;REVB=0.0187857;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0250896;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:7:7:7:9:7:7 chr7 100552251 . T C 830.44 PASS AF=1;AO=42;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.339;QD=57.2719;RBI=0.125661;REFB=0;REVB=0.0016828;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762276;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:42:58:1:33:9:0:0:34:24:0:0 chr7 100552311 . C T 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0278341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.992;QD=33.6875;RBI=0.0300299;REFB=-0.00231923;REVB=0.011272;RO=14;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137194;STB=0.574236;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00115783;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:24:7:1:13:24:7:1:13 chr7 100552338 . C T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0130575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.812;QD=25.8144;RBI=0.0140742;REFB=-0.0106197;REVB=0.00525217;RO=20;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397723;STB=0.522072;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.010991;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:20:7:6:14:20:7:6:14 chr7 100552358 . C G 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0353458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.261;QD=25.6496;RBI=0.0367457;REFB=-0.0322014;REVB=0.0100458;RO=18;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208103;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025727;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:18:7:5:13:18:7:5:13 chr7 100552371 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00176368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.535;QD=18.8286;RBI=0.00720506;REFB=-0.0191944;REVB=0.00698587;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174114;STB=0.597847;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0157919;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:5:17:12:8:5:17 chr7 100552384 . A G 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0357475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.594;QD=21.0643;RBI=0.0376054;REFB=0.00727957;REVB=0.0116739;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752953;STB=0.542219;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00191512;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:9:15:13:11:9:15 chr7 100552390 . T C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00722604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5681;QD=22.5826;RBI=0.00869054;REFB=0.00838072;REVB=-0.00482803;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10749;STB=0.559954;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00769199;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:9:15:13:13:9:15 chr7 100552412 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00105818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.522;QD=16.5359;RBI=0.0292309;REFB=-0.00426155;REVB=-0.0292118;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106479;STB=0.560909;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00568144;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:9:14:9:9:9:14 chr7 100552435 . TC AT 194.07 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0017299;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.999;QD=16.8758;RBI=0.00743198;REFB=-0.010412;REVB=0.00722784;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244683;STB=0.64985;STBP=0.088;TYPE=mnp;VARB=0.00575293;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:7:13:10:15:7:13:10:16 chr7 100552440 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00398396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.938;QD=17.5879;RBI=0.00661432;REFB=-0.0160028;REVB=0.00527989;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159552;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0183497;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:12:16:9:13:12:16 chr7 100552535 . GT AC 106.62 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0207409;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.377;QD=11.223;RBI=0.0298213;REFB=-0.0130012;REVB=0.0214271;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827774;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=mnp;VARB=0.0241765;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:11:13:8:5:11:14 chr7 100552549 . CT AC 121.06 PASS AF=0.348837;AO=12;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00211509;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=146.325;QD=11.2609;RBI=0.011955;REFB=-0.0082504;REVB=-0.0117664;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014035;STB=0.519205;STBP=0.874;TYPE=mnp;VARB=0.0291682;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:12:15:0.348837:7:5:12:16:9:6:12:16 chr7 100552659 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00016029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.128;QD=12.7379;RBI=0.00318849;REFB=-0.017969;REVB=-0.00318446;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278203;STB=0.677062;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0210747;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:5:3:1:8:5:3:1:9 chr7 100552675 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0225388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.468;QD=15.8819;RBI=0.0392755;REFB=0.00522597;REVB=-0.0321647;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.631356;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00859457;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:1:9:7:3:1:9 chr7 100552711 . T A 41.24 PASS AF=0.368421;AO=10;DP=22;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.031798;FXX=0.136302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.495;QD=8.68302;RBI=0.039429;REFB=-0.0210243;REVB=0.0233139;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0575971;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:22:19:12:12:10:7:0.368421:7:3:5:7:6:1:5:7 chr7 100552713 . AC GT 77.51 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0512876;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.332;QD=13.4796;RBI=0.0518301;REFB=-0.0163393;REVB=0.00747893;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198747;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=mnp;VARB=0.0275021;OID=.;OPOS=100552713;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:7:3:6:6:7:3:6:7 chr7 100552727 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.013233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.392;QD=10.3792;RBI=0.0232121;REFB=-0.00427274;REVB=-0.0190706;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00658775;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:7:9:6:3:7:9 chr7 100552738 . CA TG 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00695343;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.47;QD=10.0752;RBI=0.0198985;REFB=-0.0183652;REVB=0.018644;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283525;STB=0.674535;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.0272314;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:7:7:6:2:7:7 chr7 100552915 . A C 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.032;QD=60.8492;RBI=0.0222457;REFB=0;REVB=-0.0152286;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13341e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr7 100552978 . T C 382.14 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00010736;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.612;QD=14.4203;RBI=0.00597302;REFB=-0.00929131;REVB=-0.00597206;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403718;STB=0.522717;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00822695;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:60:62:44:44:0.415094:21:23:29:31:21:23:30:32 chr7 100552984 . T C 396.5 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.000892503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6007;QD=15.1047;RBI=0.0276711;REFB=-0.0079483;REVB=0.0276567;RO=59;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763983;STB=0.547507;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0101047;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:60:45:45:0.428571:21:24:27:32:21:24:27:33 chr7 100553002 . A G 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0107935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.67;QD=18.2081;RBI=0.0333585;REFB=-0.00908835;REVB=-0.0315641;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928888;STB=0.551811;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0115494;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:22:23:22:31:22:23:22:31 chr7 100607851 . C G 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00118143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.745;QD=7.30291;RBI=0.0058067;REFB=-0.00791384;REVB=-0.00568524;RO=42;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121294;STB=0.574368;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0173124;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:9:6:21:21:9:6:21:21 chr7 100608370 . A C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0167773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.037;QD=19.1554;RBI=0.021648;REFB=-0.0189881;REVB=-0.0136806;RO=23;SAF=3;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32217;STB=0.692092;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0164052;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:17:3:9:14:18:3:9:14 chr7 100608375 . G A 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00839082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.93;QD=17.9397;RBI=0.00844337;REFB=0.000297491;REVB=-0.000940561;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278552;STB=0.661458;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00148449;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:16:3:8:14:16:3:8:14 chr7 100608826 . C G 152.37 PASS AF=0.358491;AO=17;DP=51;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00484044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.889;QD=11.4997;RBI=0.0109621;REFB=-0.0120877;REVB=0.00983552;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170102;STB=0.551048;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0274393;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:34:34:17:19:0.358491:6:11:17:17:8:11:17:17 chr7 100608868 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.035318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.409;QD=12.0206;RBI=0.0375156;REFB=-0.0225892;REVB=0.0126517;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943528;STB=0.555903;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0364952;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:14:11:5:9:14:11 chr7 100608884 . G A 72.99 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0716212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2332;QD=9.12374;RBI=0.0815688;REFB=-0.0165645;REVB=-0.0390367;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113609;STB=0.56948;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0389786;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:11:11:4:6:11:11 chr7 100610069 . C A 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0543765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3425;QD=17.9505;RBI=0.0555669;REFB=0.000297495;REVB=-0.0114403;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823827;STB=0.546066;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00209598;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:9:19:16:11:9:19 chr7 100612898 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0185732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.632;QD=7.96579;RBI=0.0185811;REFB=-0.00266198;REVB=-0.000542319;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511605;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00668696;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:6:4:10:15:6:4:10:16 chr7 100612945 . C T 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.000686176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.445;QD=4.70045;RBI=0.0112842;REFB=-0.00519098;REVB=0.0112634;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105426;STB=0.570055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0263533;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:4:3:10:19:4:3:10:19 chr7 100612952 . G A 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0178792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.684;QD=4.15539;RBI=0.0178914;REFB=-0.00314494;REVB=0.000660066;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155579;STB=0.605723;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0193918;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:10:17:3:3:10:17 chr7 100612955 . A ACTG 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00505115;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=328.27;QD=4.15608;RBI=0.00737756;REFB=-0.00361509;REVB=-0.0053772;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155579;STB=0.605723;STBP=0.615;TYPE=ins;VARB=0.0148117;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:6:33:6:33:27:3:3:10:17:34:27:3:3:10:17 chr7 100612961 . G C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0619342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.264;QD=4.30363;RBI=0.0695817;REFB=0.00430136;REVB=-0.0317137;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185258;STB=0.62461;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0251401;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:9:17:3:3:9:17 chr7 100612969 . A G 34.76 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0226017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.835;QD=4.63532;RBI=0.0273013;REFB=-0.0045558;REVB=-0.0153142;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200237;STB=0.632921;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.041398;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:8:16:3:3:8:16 chr7 100615377 . AC A 83.98 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.225196;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.1294;QD=6.46018;RBI=0.229072;REFB=0.0288937;REVB=0.0419628;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631314;STB=0.521715;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=-0.0412225;OID=.;OPOS=100615378;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:17:52:18:52:34:8:10:14:20:83:32:6:11:13:19 chr7 100615387 . C T 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0566482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3863;QD=9.1487;RBI=0.0596854;REFB=-0.0119798;REVB=-0.018797;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228834;STB=0.513604;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0206822;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:10:8:17:23:10:8:17:23 chr7 100615445 . A G 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0129489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.51;QD=2.67209;RBI=0.0353763;REFB=-0.00157852;REVB=-0.0329212;RO=49;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561439;STB=0.894958;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0108691;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:1:6:17:32:1:6:17:32 chr7 100634476 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0328207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1836;QD=17.3781;RBI=0.0426298;REFB=-0.00219983;REVB=0.0272048;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281505;STB=0.660746;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00614374;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:8:2:6:5:8:2 chr7 100634640 . T G 250.97 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0036619;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.693;QD=16.7311;RBI=0.0154939;REFB=-0.0302848;REVB=0.0150549;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220773;STB=0.633236;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0228519;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:32:28:28:0.466667:19:9:17:14:19:9:18:14 chr7 100635205 . C T 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.010119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.157;QD=16.4753;RBI=0.019497;REFB=-0.010487;REVB=-0.0166655;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372377;STB=0.529995;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0178433;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:12:7:8:16:12:7:8:17 chr7 100635289 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0140073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8259;QD=14.6658;RBI=0.0231418;REFB=-0.0109501;REVB=0.0184211;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0314886;OID=.;OPOS=100635289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:6:15:9:6:6:15 chr7 100635661 . T C 295.75 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0176677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.028;QD=22.3209;RBI=0.0244681;REFB=-0.0272529;REVB=0.0169275;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347989;STB=0.509428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0199469;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:30:30:0.566038:15:15:10:12:15:15:11:12 chr7 100636264 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.829;QD=21.8421;RBI=0.0219269;REFB=-0.0200907;REVB=0.00188105;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00620554;OID=.;OPOS=100636264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr7 100637338 . G C 81.7 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00447663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.69;QD=8.37924;RBI=0.0130008;REFB=-0.0314072;REVB=-0.0122057;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320084;STB=0.715194;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0463795;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:28:28:10:11:0.282051:4:6:9:19:4:7:9:19 chr7 100637465 . C T 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0774677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9764;QD=8.25408;RBI=0.0929564;REFB=-0.0117877;REVB=0.0513775;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0392991;OID=.;OPOS=100637465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:5:7:2:4:5:7 chr7 100638828 . C T 307.99 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00470942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.923;QD=24.1563;RBI=0.00480539;REFB=-0.034885;REVB=0.000955555;RO=21;SAF=22;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102793;STB=0.556922;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0291381;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:8:22:13:8:8:22:13:8 chr7 100638856 . A G 356.07 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0183001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9746;QD=24.5567;RBI=0.0246784;REFB=-0.00619333;REVB=-0.0165569;RO=23;SAF=25;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163466;STB=0.508977;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00506735;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:10:25:16:7:10:25:16:7 chr7 100638887 . A C 212.1 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00585265;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.247;QD=14.1401;RBI=0.00877731;REFB=-0.0045052;REVB=-0.00654122;RO=35;SAF=20;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160559;STB=0.592512;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00465887;OID=.;OPOS=100638887;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:5:20:24:11:5:20:24:11 chr7 100639012 . C T 100.01 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.142813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9198;QD=17.3931;RBI=0.156883;REFB=-0.0232434;REVB=0.0649366;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155766;STB=0.56511;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0261258;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:6:5:7:4:6:6:7:4 chr7 100648029 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.029712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.163;QD=12.7384;RBI=0.0326565;REFB=-0.020104;REVB=-0.0135516;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0333314;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:6:4:4:4:6:4 chr7 100675128 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0398657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.596;QD=15.6193;RBI=0.0533476;REFB=0.0103554;REVB=0.0354498;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309372;STB=0.517789;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00757705;OID=.;OPOS=100675128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:9:16:11:7:9:16 chr7 100675376 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=355.785;QD=47.8224;RBI=0.0148115;REFB=0;REVB=-0.0010957;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29937e-05;OID=.;OPOS=100675376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 100675512 . G A 140.57 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.130711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0027;QD=31.2381;RBI=0.131421;REFB=-0.0132047;REVB=0.0136408;RO=4;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501569;STB=0.787334;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0108679;OID=.;OPOS=100675512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:13:1:3:1:13:1:3:1 chr7 100675713 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0347758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.036;QD=19.0582;RBI=0.0373448;REFB=-9.22013e-05;REVB=-0.0136116;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000297486;OID=.;OPOS=100675713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:10:10:10:9:10:10 chr7 100676409 . C T 180.04 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0242673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.429;QD=23.2314;RBI=0.02531;REFB=5.53637e-05;REVB=0.00718972;RO=13;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333078;STB=0.688297;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000485854;OID=.;OPOS=100676409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:14:4:8:5:14:4:8:5 chr7 100677279 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0236935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1381;QD=11.4394;RBI=0.0272408;REFB=-0.0292168;REVB=-0.0134416;RO=24;SAF=11;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27994;STB=0.670428;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0519661;OID=.;OPOS=100677279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:2:11:16:8:2:11:16:8 chr7 100677333 . C G 141.28 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00332512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.827;QD=13.4548;RBI=0.0525277;REFB=-0.0120652;REVB=0.0524224;RO=26;SAF=14;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309998;STB=0.685996;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.02558;OID=.;OPOS=100677333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:2:14:18:8:2:14:18:8 chr7 100677355 . A C 31.62 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0057986;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4239;QD=2.43232;RBI=0.0761269;REFB=-0.00203928;REVB=-0.0759057;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616414;STB=0.910478;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00571395;OID=.;OPOS=100677355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:5:1:35:11:5:1:34:12 chr7 100677378 . C A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00336278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.344;QD=12.0589;RBI=0.0101762;REFB=-0.000259545;REVB=-0.0096045;RO=42;SAF=21;SAR=4;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458851;STB=0.768773;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000291703;OID=.;OPOS=100677378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:4:21:20:22:4:21:20:22 chr7 100677405 . G A 246.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0246548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.43;QD=11.3448;RBI=0.0258613;REFB=-0.00387509;REVB=-0.00780692;RO=56;SAF=23;SAR=7;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347506;STB=0.698593;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0118223;OID=.;OPOS=100677405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:7:23:27:29:7:23:28:29 chr7 100677409 . G A 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0144887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.333;QD=11.0216;RBI=0.0146259;REFB=-0.00228681;REVB=0.00199857;RO=59;SAF=23;SAR=7;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341772;STB=0.700269;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0130307;OID=.;OPOS=100677409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:7:23:29:30:7:23:29:30 chr7 100677415 . T C 150.53 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0196059;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.039;QD=6.54479;RBI=0.0207512;REFB=0.00175122;REVB=0.00679857;RO=70;SAF=7;SAR=15;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403923;STB=0.735648;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00484694;OID=.;OPOS=100677415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:70:70:22:22:0.23913:15:7:46:24:15:7:45:25 chr7 100677429 . G A 57.41 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0147172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.516;QD=2.49623;RBI=0.0149392;REFB=-0.00700498;REVB=0.00256548;RO=80;SAF=4;SAR=8;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291491;STB=0.703897;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.020805;OID=.;OPOS=100677429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:8:4:46:34:8:4:46:34 chr7 100677455 . G A 776.36 PASS AF=0.628319;AO=71;DP=113;FAO=71;FDP=113;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00374382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.985;QD=27.4817;RBI=0.0143704;REFB=-0.00735775;REVB=0.0138742;RO=42;SAF=39;SAR=32;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176169;STB=0.509545;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00336175;OID=.;OPOS=100677455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:42:42:71:71:0.628319:32:39:22:20:32:39:22:20 chr7 100677457 . G T 143.24 PASS AF=0.208696;AO=24;DP=116;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.035549;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.321;QD=4.98225;RBI=0.0355617;REFB=-0.0013667;REVB=0.000949429;RO=91;SAF=10;SAR=14;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193894;STB=0.620788;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00629336;OID=.;OPOS=100677457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:91:91:24:24:0.208696:14:10:52:39:14:10:52:39 chr7 100677502 . G A 92.99 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.00783146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.747;QD=2.92884;RBI=0.0154145;REFB=-0.00355981;REVB=-0.0132769;RO=108;SAF=13;SAR=6;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268306;STB=0.680607;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.018998;OID=.;OPOS=100677502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:127:108:108:19:19:0.149606:6:13:51:57:6:13:51:57 chr7 100677516 . A G 176.66 PASS AF=0.227642;AO=27;DP=122;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0177644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.124;QD=5.74512;RBI=0.0208348;REFB=-0.0066294;REVB=0.0108864;RO=92;SAF=11;SAR=16;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117131;STB=0.587518;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0199198;OID=.;OPOS=100677516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:92:95:27:28:0.227642:16:11:46:46:17:11:48:47 chr7 100677519 . C T 176.1 PASS AF=0.227642;AO=28;DP=123;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00652347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.288;QD=5.72694;RBI=0.0181834;REFB=-0.0209052;REVB=-0.0169729;RO=94;SAF=11;SAR=17;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148786;STB=0.587518;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0189733;OID=.;OPOS=100677519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:94:95:28:28:0.227642:17:11:48:46:17:11:48:47 chr7 100677523 . A C 339.28 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.00350803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.029;QD=11.5993;RBI=0.021282;REFB=-0.0213067;REVB=-0.0209909;RO=74;SAF=19;SAR=23;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724313;STB=0.500616;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0248921;OID=.;OPOS=100677523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:74:75:42:42:0.358974:23:19:33:41:23:19:34:41 chr7 100677526 . A C 306.69 PASS AF=0.33913;AO=40;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00801576;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.818;QD=10.6674;RBI=0.0133532;REFB=-0.00853837;REVB=-0.0106796;RO=75;SAF=17;SAR=23;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326432;STB=0.509429;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0172583;OID=.;OPOS=100677526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:75:76:40:39:0.33913:23:17:34:41:21:18:34:42 chr7 100677556 . A C 96.13 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.013254;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.243;QD=3.80706;RBI=0.0226274;REFB=-0.00102694;REVB=-0.0183393;RO=85;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133389;STB=0.592957;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00411496;OID=.;OPOS=100677556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:102:101:85:84:17:17:0.168317:8:9:36:49:8:9:35:49 chr7 100677572 . A G 157.53 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0135041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6419;QD=6.42959;RBI=0.0426448;REFB=-0.00612945;REVB=0.0404502;RO=75;SAF=6;SAR=17;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275161;STB=0.670681;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0314598;OID=.;OPOS=100677572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:75:75:23:23:0.234694:17:6:35:40:17:6:35:40 chr7 100677586 . A G 334.24 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00711327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=12.8553;RBI=0.0323749;REFB=-0.0130961;REVB=-0.0315838;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111186;STB=0.567275;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0358455;OID=.;OPOS=100677586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:64:40:40:0.384615:20:20:25:38:20:20:25:39 chr7 100677625 . G A 326.89 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00344797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2893;QD=11.1758;RBI=0.0147501;REFB=0.000635299;REVB=0.0143414;RO=75;SAF=20;SAR=21;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362385;STB=0.516457;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00126767;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:76:41:41:0.350427:21:20:39:36:21:20:39:37 chr7 100677630 . C T 702.19 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0190123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0053;QD=24.2136;RBI=0.0190178;REFB=-0.0205699;REVB=0.000456269;RO=49;SAF=29;SAR=38;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107567;STB=0.558662;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0167062;OID=.;OPOS=100677630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:49:67:67:0.577586:38:29:28:21:38:29:28:21 chr7 100677642 . C T 176.74 PASS AF=0.229508;AO=28;DP=122;FAO=28;FDP=122;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.00562917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.339;QD=5.79472;RBI=0.0404571;REFB=-0.00372468;REVB=0.0400636;RO=92;SAF=18;SAR=10;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155661;STB=0.604241;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00901292;OID=.;OPOS=100677642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:92:94:28:28:0.229508:10:18:48:44:10:18:48:46 chr7 100677645 . C A 261.91 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.0405065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.812;QD=8.51722;RBI=0.0415715;REFB=-0.0130307;REVB=0.00934971;RO=87;SAF=18;SAR=18;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621685;STB=0.536565;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0271969;OID=.;OPOS=100677645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:87:87:36:36:0.292683:18:18:48:39:18:18:48:39 chr7 100677704 . C T 412.0 PASS AF=0.319527;AO=54;DP=169;FAO=54;FDP=169;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=0.0272947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.259;QD=9.75136;RBI=0.0467159;REFB=-0.00927345;REVB=0.0379127;RO=112;SAF=35;SAR=19;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624515;STB=0.535155;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0213538;OID=.;OPOS=100677704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:112:115:54:54:0.319527:19:35:67:45:19:35:69:46 chr7 100677710 . A G 117.3 PASS AF=0.145349;AO=25;DP=173;FAO=25;FDP=172;FR=.;FRO=147;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=94;FSRR=53;FWDB=-0.0192285;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.036;QD=2.72791;RBI=0.0194897;REFB=-0.00166087;REVB=-0.00317999;RO=146;SAF=15;SAR=10;SRF=93;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498408;STB=0.535599;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.01533;OID=.;OPOS=100677710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:146:147:25:25:0.145349:10:15:93:53:10:15:94:53 chr7 100677714 . C T 462.52 PASS AF=0.322404;AO=59;DP=183;FAO=59;FDP=183;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=42;FWDB=-0.00442682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.218;QD=10.1098;RBI=0.00816354;REFB=-0.0133377;REVB=-0.00685905;RO=124;SAF=36;SAR=23;SRF=82;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642626;STB=0.536988;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0190961;OID=.;OPOS=100677714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:124:124:59:59:0.322404:23:36:82:42:23:36:82:42 chr7 100677816 . G A 140.3 PASS AF=0.16092;AO=28;DP=175;FAO=28;FDP=174;FR=.;FRO=146;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=86;FSRR=60;FWDB=0.00260256;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2203;QD=3.2252;RBI=0.0194117;REFB=-0.00320804;REVB=-0.0192364;RO=145;SAF=18;SAR=10;SRF=85;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07632;STB=0.547791;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0172148;OID=.;OPOS=100677816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:145:146:28:28:0.16092:10:18:85:60:10:18:86:60 chr7 100677944 . T C 1118.1 PASS AF=0.688889;AO=93;DP=135;FAO=93;FDP=135;FR=.;FRO=42;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0232231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9574;QD=33.1289;RBI=0.0295907;REFB=0.00526365;REVB=-0.0183384;RO=42;SAF=42;SAR=51;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557737;STB=0.52997;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00251171;OID=.;OPOS=100677944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:42:42:93:93:0.688889:51:42:23:19:51:42:23:19 chr7 100677974 . A G 51.44 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=145;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=71;FWDB=0.0280135;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2945;QD=1.42898;RBI=0.0306424;REFB=0.000239094;REVB=0.0124178;RO=129;SAF=6;SAR=8;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025277;STB=0.523106;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000158621;OID=.;OPOS=100677974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:145:144:129:130:14:14:0.0972222:8:6:58:71:8:6:59:71 chr7 100677988 . T A 80.25 PASS AF=0.130435;AO=17;DP=139;FAO=18;FDP=138;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.00840824;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8246;QD=2.32606;RBI=0.0148014;REFB=-0.000672516;REVB=0.0121812;RO=120;SAF=9;SAR=8;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879131;STB=0.536192;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00824322;OID=.;OPOS=100677988;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:139:138:120:120:17:18:0.130435:8:9:55:65:9:9:55:65 chr7 100677995 . A G 168.18 PASS AF=0.201439;AO=28;DP=140;FAO=28;FDP=139;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.0342388;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5206;QD=4.83982;RBI=0.0351676;REFB=-0.0138946;REVB=-0.00802938;RO=112;SAF=13;SAR=15;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229176;STB=0.511115;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0330392;OID=.;OPOS=100677995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:112:111:28:28:0.201439:15:13:50:62:15:13:50:61 chr7 100678013 . G A 64.96 PASS AF=0.111888;AO=16;DP=143;FAO=16;FDP=143;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.0532912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4237;QD=1.81718;RBI=0.0597888;REFB=-0.00109412;REVB=-0.0271061;RO=126;SAF=8;SAR=8;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777806;STB=0.559367;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00467125;OID=.;OPOS=100678013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:143:143:126:127:16:16:0.111888:8:8:55:71:8:8:55:72 chr7 100678029 . G C 85.34 PASS AF=0.146341;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=105;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.176207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.921;QD=2.77516;RBI=0.186842;REFB=-0.0173328;REVB=-0.0621382;RO=84;SAF=8;SAR=10;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508471;STB=0.513746;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0863142;OID=.;OPOS=100678029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:123:123:84:105:18:18:0.146341:10:8:37:47:10:8:45:60 chr7 100678032 . T C 86.06 PASS AF=0.144;AO=19;DP=125;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.0150636;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.943;QD=2.75394;RBI=0.0456007;REFB=-0.00389609;REVB=-0.0430409;RO=103;SAF=9;SAR=10;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593889;STB=0.520773;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0218126;OID=.;OPOS=100678032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:125:125:103:107:19:18:0.144:10:9:44:59:10:8:45:62 chr7 100678075 . C T 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.00412198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6834;QD=1.88085;RBI=0.00729052;REFB=-0.00559707;REVB=0.00601339;RO=90;SAF=6;SAR=5;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133638;STB=0.598755;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0275969;OID=.;OPOS=100678075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:5:6:39:51:5:6:39:51 chr7 100678086 . T C 1571.83 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284261;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1676;QD=64.1563;RBI=0.0382629;REFB=0;REVB=-0.0256127;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97226e-05;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:50:47:0:0:51:47:0:0 chr7 100678173 . C T 59.42 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0110236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.791;QD=2.7635;RBI=0.0230507;REFB=0.00186804;REVB=0.0202439;RO=74;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16853;STB=0.616667;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00938444;OID=.;OPOS=100678173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:74:74:12:12:0.139535:7:5:41:33:7:5:41:33 chr7 100678372 . T G 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0108411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.812;QD=7.40502;RBI=0.0219033;REFB=-0.00551664;REVB=-0.0190322;RO=46;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808985;STB=0.549184;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0122362;OID=.;OPOS=100678372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:7:10:24:22:7:10:24:22 chr7 100678405 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00174023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.637;QD=5.37734;RBI=0.0100455;REFB=-0.00368815;REVB=0.00989363;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108265;STB=0.571225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0119712;OID=.;OPOS=100678405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:4:3:13:12:4:3:13:12 chr7 100678407 . G A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00171268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.628;QD=4.30362;RBI=0.0209654;REFB=-0.00466656;REVB=-0.0208954;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242818;STB=0.666112;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0240532;OID=.;OPOS=100678407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:14:12:4:2:14:12 chr7 100678421 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.42;QD=56.1915;RBI=0.0201182;REFB=0;REVB=-0.0171158;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0261e-05;OID=.;OPOS=100678421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 100678464 . C T 89.7 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00744044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.059;QD=16.3086;RBI=0.0308669;REFB=-0.00904618;REVB=-0.0299568;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0137186;OID=.;OPOS=100678464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:6:5:4:7:6:5 chr7 100678560 . C A 143.89 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0595918;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6571;QD=14.0382;RBI=0.087212;REFB=-0.00125959;REVB=0.0636768;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359716;STB=0.51218;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00741429;OID=.;OPOS=100678560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:25:15:16:0.390244:7:8:13:13:8:8:12:13 chr7 100678568 . A T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00420136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.087;QD=13.9482;RBI=0.0157783;REFB=0.0105321;REVB=-0.0152086;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505211;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0210886;OID=.;OPOS=100678568;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:14:13:9:8:14:13 chr7 100678610 . A T 152.85 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0334905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2015;QD=11.9885;RBI=0.046407;REFB=-0.00475029;REVB=-0.0321247;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167152;STB=0.509793;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00621129;OID=.;OPOS=100678610;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:17:16:9:9:17:16 chr7 100678616 . G A 137.85 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0528384;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1274;QD=10.8117;RBI=0.105252;REFB=-0.0152099;REVB=-0.0910281;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331751;STB=0.519607;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0229836;OID=.;OPOS=100678616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:17:17:8:9:17:17 chr7 100678622 . G A 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0495268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9919;QD=10.0236;RBI=0.0552491;REFB=0.00639556;REVB=-0.0244858;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461159;STB=0.527243;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0153201;OID=.;OPOS=100678622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:9:9:17:20:9:9:17:20 chr7 100678693 . T C 102.14 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0103954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.574;QD=9.07929;RBI=0.026926;REFB=-0.0130656;REVB=-0.0248384;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309292;STB=0.686198;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0242095;OID=.;OPOS=100678693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:11:21:5:8:11:21 chr7 100678740 . T C 501.02 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.155;QD=58.943;RBI=0.0594087;REFB=0;REVB=-0.0591507;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403244;OID=.;OPOS=100678740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 100678820 . T C 375.38 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3111;QD=55.6116;RBI=0.0227333;REFB=0;REVB=0.000761387;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458241;OID=.;OPOS=100678820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr7 100679136 . T C 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0317229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6337;QD=24.3894;RBI=0.0460995;REFB=-0.0190239;REVB=-0.0334488;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19318;STB=0.607453;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00845691;OID=.;OPOS=100679136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:4:10:9:11:4:10 chr7 100679296 . C T 95.55 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0116705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.808;QD=7.35008;RBI=0.0180306;REFB=-0.00264744;REVB=-0.0137442;RO=39;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556855;STB=0.845621;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00575991;OID=.;OPOS=100679296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:2:11:15:24:2:11:15:24 chr7 100679316 . T A 112.33 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00684146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.221;QD=7.74652;RBI=0.00979251;REFB=-0.0274918;REVB=-0.00700626;RO=41;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423974;STB=0.76239;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.01683;OID=.;OPOS=100679316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:4:12:16:25:4:12:16:26 chr7 100679318 . A C 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00092511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.877;QD=5.82261;RBI=0.00275323;REFB=-0.00214855;REVB=0.00259316;RO=45;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564279;STB=0.85439;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00581373;OID=.;OPOS=100679318;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:2:11:17:28:2:11:17:28 chr7 100679374 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00971164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.225;QD=13.9183;RBI=0.00971281;REFB=-0.0178227;REVB=-0.000151046;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812418;STB=0.546306;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0177672;OID=.;OPOS=100679374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:14:12:20:17:14:12:20:17 chr7 100679388 . A C 91.48 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00267216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7999;QD=5.22751;RBI=0.00302486;REFB=-0.0153133;REVB=-0.00141752;RO=54;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340735;STB=0.721708;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0673192;OID=.;OPOS=100679388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:69:70:54:55:15:15:0.214286:4:11:25:29:4:11:25:30 chr7 100679390 . A G 70.74 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0150108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.441;QD=3.82394;RBI=0.0165746;REFB=-0.00956711;REVB=-0.00702819;RO=60;SAF=11;SAR=2;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491825;STB=0.831005;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0772715;OID=.;OPOS=100679390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:73:74:60:61:13:13:0.175676:2:11:28:32:2:11:28:33 chr7 100679429 . T A 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00136434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.024;QD=3.51292;RBI=0.0189881;REFB=-6.15979e-05;REVB=-0.018939;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527858;STB=0.870148;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000140456;OID=.;OPOS=100679429;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:1:9:27:26:1:9:27:26 chr7 100679671 . C T 43.84 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0178101;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.034;QD=5.48052;RBI=0.0185141;REFB=-0.00785544;REVB=0.00505683;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482389;STB=0.80571;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0166672;OID=.;OPOS=100679671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:7:18:2:5:7:18 chr7 100679674 . C A 54.18 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.018113;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.972;QD=7.47328;RBI=0.0217994;REFB=-0.00530622;REVB=-0.0121298;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34426;STB=0.731193;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0106376;OID=.;OPOS=100679674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:22:21:8:8:0.275862:3:5:7:15:3:5:6:15 chr7 100679681 . G A 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0191914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6051;QD=9.84323;RBI=0.0194801;REFB=0.0111699;REVB=-0.00334165;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372622;STB=0.721128;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0257176;OID=.;OPOS=100679681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:5:15:4:6:5:15 chr7 100679684 . A G 89.96 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0231955;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.148;QD=13.3279;RBI=0.023451;REFB=3.27362e-05;REVB=0.00345202;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361346;STB=0.748034;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.000268314;OID=.;OPOS=100679684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:27:18:16:11:11:0.407407:4:7:5:13:4:7:3:13 chr7 100679694 . C A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0312764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6934;QD=23.3811;RBI=0.0329659;REFB=0.0269376;REVB=-0.0104182;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271093;STB=0.650938;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0162534;OID=.;OPOS=100679694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:3:11:8:11:3:11 chr7 100679752 . T C 400.65 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-2.94753e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.455;QD=42.1733;RBI=0.0101703;REFB=-0.014012;REVB=0.0101702;RO=7;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101318;STB=0.554759;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00209709;OID=.;OPOS=100679752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:13:18:2:5:13:18:2:5 chr7 100679754 . C G 400.41 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0234299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0917;QD=42.1488;RBI=0.0307316;REFB=0.0100374;REVB=0.0198865;RO=7;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101318;STB=0.554759;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00147156;OID=.;OPOS=100679754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:13:18:2:5:13:18:2:5 chr7 100679809 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.154;QD=63.865;RBI=0.0450312;REFB=0;REVB=0.036344;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14748e-05;OID=.;OPOS=100679809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr7 100680132 . G A 143.59 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0240397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.967;QD=13.0536;RBI=0.0247089;REFB=-0.0199538;REVB=0.00571162;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191085;STB=0.608575;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0265154;OID=.;OPOS=100680132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:27:15:17:0.386364:7:8:19:8:8:9:19:8 chr7 100680193 . T C 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00190876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.763;QD=19.5217;RBI=0.00282864;REFB=-0.0187214;REVB=-0.00208754;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191435;STB=0.609591;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0230387;OID=.;OPOS=100680193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:6:6:4:10:6:6 chr7 100680248 . C A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0152617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5503;QD=6.92933;RBI=0.0669905;REFB=-0.0129158;REVB=-0.0652289;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265793;STB=0.666173;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0240539;OID=.;OPOS=100680248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:11:4:3:3:11:4 chr7 100680370 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.226;QD=45.8067;RBI=0.0505838;REFB=0;REVB=0.0440176;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180154;OID=.;OPOS=100680370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr7 100680538 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00586921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5982;QD=19.3688;RBI=0.0189671;REFB=0.0434146;REVB=-0.0180361;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0330207;OID=.;OPOS=100680538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chr7 100680561 . C T 158.01 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00869776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.611;QD=25.2816;RBI=0.0638881;REFB=0.021078;REVB=0.0632932;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00581926;OID=.;OPOS=100680561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:7:9:4:5:7:9:4:5 chr7 100680939 . C A 361.06 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00133375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.473;QD=20.3415;RBI=0.0280364;REFB=-0.0182406;REVB=0.0280046;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159162;STB=0.588143;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.013452;OID=.;OPOS=100680939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:16:21:13:21:16:21:13:21 chr7 100680983 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.653;QD=58.9627;RBI=0.0126691;REFB=0;REVB=0.00436323;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48937e-05;OID=.;OPOS=100680983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr7 100681172 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.083;QD=63.2861;RBI=0.0238136;REFB=0;REVB=0.0105338;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252845;OID=.;OPOS=100681172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr7 100681359 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1287;QD=52.6126;RBI=0.0246701;REFB=0;REVB=0.021258;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266479;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr7 100681762 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.62;QD=57.6802;RBI=0.0465996;REFB=0;REVB=0.0385495;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353005;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr7 100682275 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.317;QD=50.4134;RBI=0.0270905;REFB=0;REVB=0.0259348;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021385;OID=.;OPOS=100682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 100683050 . T G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00307162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.832;QD=21.2675;RBI=0.00817622;REFB=-0.0167545;REVB=-0.00757731;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0164713;OID=.;OPOS=100683050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:8:6:8:9:8:6 chr7 100683864 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00850999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.408;QD=9.19973;RBI=0.0404344;REFB=-0.015173;REVB=-0.0395288;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478256;STB=0.788742;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0408605;OID=.;OPOS=100683864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:3:10:2:5:3:10 chr7 100683993 . C A 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0421976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.453;QD=25.4941;RBI=0.0428121;REFB=-0.0409996;REVB=-0.00722759;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880564;STB=0.549227;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0186278;OID=.;OPOS=100683993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:5:2:6:8:5:2 chr7 100684550 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.010659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9926;QD=10.1698;RBI=0.0279426;REFB=-0.003007;REVB=-0.0258297;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102813;STB=0.561688;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00435317;OID=.;OPOS=100684550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:14:8:5:6:14:8 chr7 100684593 . G A 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00410114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.925;QD=13.662;RBI=0.035318;REFB=-0.0178509;REVB=-0.0350791;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101877;STB=0.55924;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0277767;OID=.;OPOS=100684593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:14:7:6:8:14:7 chr7 100685296 . G A 206.57 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00717757;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7989;QD=22.9521;RBI=0.00719522;REFB=0.00600393;REVB=0.000503631;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264095;STB=0.512109;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00504378;OID=.;OPOS=100685296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:16:20:20:0.555556:7:13:11:6:7:13:10:6 chr7 100686292 . TA T 292.42 PASS AF=0.568627;AO=27;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0210204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.648;QD=22.9351;RBI=0.0231631;REFB=-0.00393337;REVB=0.00973003;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516261;STB=0.512187;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.0033654;OID=.;OPOS=100686293;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568627:27:50:29:51:22:15:14:12:10:99:22:13:14:12:10 chr7 100692190 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00858252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.453;QD=19.1095;RBI=0.00889124;REFB=-0.0151435;REVB=0.00232258;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535329;STB=0.529893;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0204362;OID=.;OPOS=100692190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:10:16:15:12:10:16 chr7 100692680 . T G 1683.25 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000838048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.942;QD=58.5479;RBI=0.00785262;REFB=-0.017005;REVB=0.00780777;RO=2;SAF=56;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500077;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000719031;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:115:2:2:112:113:0.982609:56:56:1:1:56:57:1:1 chr7 100701610 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.889;QD=43.4862;RBI=0.040685;REFB=0;REVB=0.0398384;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278676;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 100731505 . C G 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0346339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3381;QD=11.253;RBI=0.0650848;REFB=-0.0191244;REVB=-0.0551047;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0198372;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:6:6:5:3:6:6 chr7 100731829 . T C 465.47 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00621007;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.672;QD=15.0151;RBI=0.0233618;REFB=-0.0275195;REVB=0.0225213;RO=71;SAF=27;SAR=25;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559157;STB=0.527268;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0328157;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:71:72:52:52:0.419355:25:27:33:38:25:27:34:38 chr7 100732321 . C T 746.5 PASS AF=0.578512;AO=69;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0130489;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.788;QD=24.6777;RBI=0.018915;REFB=-0.0134998;REVB=-0.0136932;RO=51;SAF=33;SAR=36;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829351;STB=0.547854;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0101545;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:69:70:0.578512:36:33:19:32:36:34:19:32 chr7 100853911 . G C 259.23 PASS AF=0.528302;AO=26;DP=51;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00454398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7459;QD=19.5645;RBI=0.0048356;REFB=-0.0168631;REVB=-0.00165385;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189334;STB=0.598035;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0168546;OID=.;OPOS=100853911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:25:26:28:0.528302:10:16:10:15:11:17:10:15 chr7 100861213 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0300764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.311;QD=24.0659;RBI=0.0339106;REFB=-0.00528279;REVB=0.0156633;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133557;STB=0.57438;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00219313;OID=.;OPOS=100861213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:8:2:6:10:8:2 chr7 100861452 . T C 489.85 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0100778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.843;QD=19.5938;RBI=0.0158452;REFB=-0.00664123;REVB=0.0122274;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126192;STB=0.569971;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00770035;OID=.;OPOS=100861452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:24:24:19:33:24:24:19:33 chr7 100875772 . T G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0255425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.291;QD=15.1969;RBI=0.0356525;REFB=-0.000463116;REVB=-0.0248733;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539195;STB=0.531206;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000227276;OID=.;OPOS=100875772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:10:8:7:7:10:8 chr7 101006376 . C T 264.04 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0373576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.546;QD=17.6028;RBI=0.0396085;REFB=-0.0226145;REVB=0.0131622;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289161;STB=0.68218;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0138628;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:20:8:18:13:21:8:19:12 chr7 101006382 . C T 290.69 PASS AF=0.508197;AO=28;DP=58;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.174849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9866;QD=19.0618;RBI=0.208652;REFB=-0.0243845;REVB=0.113858;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344344;STB=0.659893;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0324244;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:30:30:28:31:0.508197:21:7:18:12:22:9:18:12 chr7 101200669 . A AG 1148.17 PASS AF=1;AO=98;DP=111;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680853;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5385;QD=43.3271;RBI=0.0715555;REFB=0;REVB=-0.0220132;RO=11;SAF=61;SAR=37;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00198287;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:111:106:106:0:62:44:0:0:22:11:61:37:6:5 chr7 101892833 . C T 906.01 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7642;QD=56.6255;RBI=0.0407387;REFB=-0.131723;REVB=0.037977;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00369568;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:31:32:0:0:31:32:0:1 chr7 102063527 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.381;QD=50.4134;RBI=0.0368821;REFB=0;REVB=0.022309;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573122;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 102066539 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.265;QD=40.7629;RBI=0.0912913;REFB=0;REVB=0.0841982;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152588;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr7 102087202 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.64;QD=60.3766;RBI=0.0217425;REFB=0;REVB=-0.0216816;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111373;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr7 102111936 . G A 585.59 PASS AF=0.465649;AO=60;DP=130;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0183807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.052;QD=17.8805;RBI=0.0189976;REFB=-0.0136913;REVB=-0.00480198;RO=70;SAF=29;SAR=31;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671607;STB=0.532836;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0142219;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:70:70:60:61:0.465649:31:29:29:41:32:29:29:41 chr7 102119322 . T C 870.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505897;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.622;QD=58.0459;RBI=0.0119364;REFB=0;REVB=0.0108113;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27156e-07;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr7 102147148 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0195933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.938;QD=21.8421;RBI=0.0351705;REFB=-0.0459522;REVB=-0.0292073;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0193029;OID=.;OPOS=102147148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr7 102210320 . G C 51.64 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0244804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.255;QD=5.90164;RBI=0.0275975;REFB=-0.00840833;REVB=-0.012741;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167222;STB=0.609875;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0301042;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:6:2:10:17:6:2:10:17 chr7 102389710 . A T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00101332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.316;QD=19.3431;RBI=0.0611181;REFB=-0.0428596;REVB=-0.0611097;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0331806;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:7:11:8:10:7:11 chr7 102389833 . G C 340.26 PASS AF=0.928571;AO=23;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0156709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.157;QD=48.6088;RBI=0.0163236;REFB=-0.0223587;REVB=0.00456983;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508664;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000742432;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:23:26:0.928571:10:13:0:0:10:16:1:1 chr7 102412901 . T C 31.95 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.00597572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.027;QD=1.1726;RBI=0.0151067;REFB=-0.000836525;REVB=0.0138746;RO=100;SAF=7;SAR=2;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343119;STB=0.780313;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0139387;OID=.;OPOS=102412901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:100:100:9:9:0.0825688:2:7:47:53:2:7:47:53 chr7 102462636 . T C 376.4 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0539608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.882;QD=18.8199;RBI=0.0563714;REFB=-0.0198538;REVB=-0.0163085;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17286;STB=0.58929;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0269107;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:38:39:0.4875:21:17:11:30:22:17:11:30 chr7 102497902 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.000682927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.495;QD=13.486;RBI=0.0324805;REFB=-0.00939371;REVB=0.0324733;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259998;STB=0.650867;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0357703;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:9:2:4:5:9:2 chr7 102553603 . C G 774.41 PASS AF=0.528571;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0290916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2277;QD=22.1261;RBI=0.106226;REFB=0.039512;REVB=0.102165;RO=66;SAF=36;SAR=38;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246367;STB=0.51351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0357219;OID=.;OPOS=102553603;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:66:74:74:0.528571:38:36:34:32:38:36:34:32 chr7 102574920 . G C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0102234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.484;QD=10.1699;RBI=0.0136982;REFB=-0.00495676;REVB=-0.00911715;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248891;STB=0.648395;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00709186;OID=.;OPOS=102574920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:15:7:6:5:15:7 chr7 102574999 . TGAA T 284.93 PASS AF=0.545455;AO=26;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00961366;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.787;QD=20.7219;RBI=0.0270161;REFB=0.0137607;REVB=-0.0252477;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138035;STB=0.557677;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=-0.0137738;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:26:56:30:55:25:13:17:14:11:99:22:11:15:13:9 chr7 102668001 . A C 820.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457211;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.663;QD=57.5718;RBI=0.0134839;REFB=0;REVB=0.0126851;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02093e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr7 102740683 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00410028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.636;QD=52.6961;RBI=0.0357418;REFB=-0.0267444;REVB=-0.0355058;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324327;STB=0.517234;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0024416;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:21:28:2:0:21:28:2:0 chr7 102742144 . C T 298.46 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174538;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.863;QD=54.265;RBI=0.0284996;REFB=0;REVB=0.0225297;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107675;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr7 102743893 . C T 657.7 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3876;QD=59.7908;RBI=0.0487365;REFB=0.0596906;REVB=0.0244966;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000490792;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:0:1:22:21:0:1 chr7 102760511 . A C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0113798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.85;QD=11.0159;RBI=0.0125029;REFB=-0.0168218;REVB=0.00517913;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0265946;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:20:8:6:8:20:8 chr7 102948040 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0141176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.779;QD=15.0176;RBI=0.0278112;REFB=-0.00856985;REVB=-0.0239616;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342287;STB=0.679446;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0131416;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:29:30:0.428571:11:18:11:29:12:18:11:29 chr7 103007949 . A C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000605889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.192;QD=60.5471;RBI=0.00309177;REFB=0;REVB=0.00303182;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38478e-06;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr7 103073964 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0188367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.771;QD=11.1978;RBI=0.0190539;REFB=0.016415;REVB=0.00286907;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408843;STB=0.740373;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0151355;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:6:16:4:8:6:16 chr7 103073979 . G C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0217478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.578;QD=11.8139;RBI=0.0311882;REFB=0.00208175;REVB=-0.0223548;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404072;STB=0.737358;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00813255;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:7:16:4:9:7:16 chr7 103073993 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0302555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.198;QD=12.0238;RBI=0.0385669;REFB=-0.00532803;REVB=-0.0239168;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328087;STB=0.693562;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0117768;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:7:13:4:8:7:13 chr7 103124785 . T C 204.18 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0208603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.728;QD=12.5648;RBI=0.0214271;REFB=0.000664862;REVB=-0.00489567;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348625;STB=0.700841;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000742782;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:18:7:24:16:18:7:24:16 chr7 103124788 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.017414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.469;QD=12.3074;RBI=0.0174282;REFB=-0.00699716;REVB=-0.000702536;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337255;STB=0.694734;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00558287;OID=.;OPOS=103124788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:18:7:24:17:18:7:24:17 chr7 103155705 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00562173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.236;QD=15.7004;RBI=0.00690919;REFB=-0.00667244;REVB=0.00401659;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00958656;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr7 103162607 . G A 427.33 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.00705601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.858;QD=15.5394;RBI=0.0318611;REFB=-0.00928271;REVB=-0.03107;RO=61;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189279;STB=0.609048;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00874116;OID=.;OPOS=103162607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:62:48:48:0.436364:24:24:19:42:24:24:19:43 chr7 103474041 . G C 720.85 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.000946859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.019;QD=20.0236;RBI=0.00886486;REFB=0.00299841;REVB=-0.00881414;RO=72;SAF=27;SAR=44;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124946;STB=0.565898;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00326389;OID=.;OPOS=103474041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:73:71:71:0.493056:44:27:37:35:44:27:37:36 chr7 104263425 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.851;QD=51.9167;RBI=0.0372265;REFB=0;REVB=-0.0339156;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204977;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 104717517 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0225659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9089;QD=10.6687;RBI=0.0374264;REFB=-0.0162973;REVB=-0.0298583;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279572;STB=0.668771;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0386668;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:8:10:3:7:8:10 chr7 104785779 . T G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00714711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.291;QD=17.3782;RBI=0.0173385;REFB=-0.00585236;REVB=0.0157969;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34873;STB=0.699657;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.005999;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:8:2:7:4:8:2 chr7 105245537 . C A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0183327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1002;QD=29.0495;RBI=0.0940514;REFB=-0.0341948;REVB=0.0922474;RO=5;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211852;STB=0.618149;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0165631;OID=.;OPOS=105245537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:5:9:1:4:5:9:1:4 chr7 105621512 . G T 1183.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176991;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.111;QD=60.6981;RBI=0.0367976;REFB=0;REVB=0.0322615;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010812;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:51:24:0:0:51:27:0:0 chr7 105671267 . T C 583.3 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0115725;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.406;QD=25.0883;RBI=0.0115758;REFB=-0.0105784;REVB=-0.00027836;RO=39;SAF=28;SAR=25;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111;STB=0.565632;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00743614;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:39:40:53:53:0.569892:25:28:15:24:25:28:15:25 chr7 105732153 . A G 529.12 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00426859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1899;QD=19.4171;RBI=0.0219249;REFB=-0.0152354;REVB=-0.0215054;RO=54;SAF=31;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123367;STB=0.568119;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0138791;OID=.;OPOS=105732153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:24:31:23:31:24:31:23:31 chr7 105848638 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.02231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.179;QD=10.5422;RBI=0.0300221;REFB=-0.00284262;REVB=-0.0200896;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724174;STB=0.92714;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00508126;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:1:10:4:17:1:10:4:17 chr7 105903904 . T C 1659.13 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.014083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5135;QD=56.7225;RBI=0.0270609;REFB=-0.0433228;REVB=0.0231077;RO=4;SAF=52;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188857;STB=0.509954;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00303335;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:4:4:113:113:0.965812:61:52:3:1:61:52:3:1 chr7 106508978 . A G 2771.38 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.665;QD=62.6301;RBI=0.0538846;REFB=0;REVB=0.0536999;RO=0;SAF=96;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119195;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:81:96:0:0:81:96:0:0 chr7 106508987 . T C 2728.28 PASS AF=1;AO=174;DP=178;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123309;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8906;QD=62.7192;RBI=0.0232745;REFB=0;REVB=0.0197396;RO=0;SAF=92;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19048e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:174:0:0:174:174:1:82:92:0:0:82:92:0:0 chr7 106509331 . C A 267.32 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00705929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.131;QD=20.1748;RBI=0.0515714;REFB=0.00332189;REVB=0.051086;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16577;STB=0.598035;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00259746;OID=.;OPOS=106509331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:27:28:0.528302:16:11:15:10:17:11:15:10 chr7 106509623 . AG AC,A 80.22 PASS AF=0,0.555556;AO=3,10;DP=26;FAO=0,15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1;FSAR=0,14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0302205,0.0147423;FXX=0.0357015;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=90.6982,12.8172;QD=11.8851;RBI=0.0623608,0.0403835;REFB=-0.0127711,-0.164295;REVB=-0.054549,-0.0375964;RO=11;SAF=0,0;SAR=3,10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.367647;SSSB=-0.657411,-0.803191;STB=0.5,0.829927;STBP=1,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0,0.148435;OID=.,.;OPOS=106509624,106509624;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.555556:3,10:26:0,15:27:12:0,1:0,14:6:6:58:11:0,0:3,10:6:5 chr7 106513011 . C T 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00848898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.409;QD=20.9024;RBI=0.0215155;REFB=-0.015864;REVB=-0.01977;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821543;STB=0.545427;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0146579;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:18:10:15:18:18:10 chr7 106524689 . C T 378.21 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00649905;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.803;QD=18.6771;RBI=0.0506125;REFB=-0.0222609;REVB=-0.0501935;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678617;STB=0.542233;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0183885;OID=.;OPOS=106524689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:42:39:39:0.481481:25:14:12:29:25:14:12:30 chr7 106799997 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0108624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.536;QD=15.1655;RBI=0.0629951;REFB=-0.00208877;REVB=0.0620515;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.529372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00356915;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:15:15:0.428571:9:6:8:10:9:6:9:11 chr7 107002806 . A G 500.93 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00672279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9401;QD=19.4537;RBI=0.0100486;REFB=-0.00628207;REVB=0.00746846;RO=50;SAF=22;SAR=30;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104344;STB=0.553027;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00996628;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:51:52:52:0.504854:30:22:27:23:30:22:27:24 chr7 107188719 . G T 302.79 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0294789;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0909;QD=16.8217;RBI=0.0409318;REFB=-2.24046e-05;REVB=-0.0283972;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594432;STB=0.562092;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000807783;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:39:33:33:0.458333:19:14:18:19:19:14:21:18 chr7 107208250 . T C 378.65 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0249741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.668;QD=29.1268;RBI=0.0252703;REFB=-0.0308452;REVB=0.0038576;RO=16;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125472;STB=0.570693;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0116822;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:16:17:34:35:0.673077:13:21:13:3:13:22:14:3 chr7 107315543 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0231058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.354;QD=16.6612;RBI=0.0231684;REFB=0.00620167;REVB=-0.00170239;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068273;STB=0.538434;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0079909;OID=.;OPOS=107315543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:16:16:12:16:16:16 chr7 107414419 . A G 964.26 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.403;QD=57.568;RBI=0.0203182;REFB=-0.0680943;REVB=-0.0095208;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41107e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:39:28:0:0 chr7 107423254 . C T 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0291688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.187;QD=12.2749;RBI=0.0354418;REFB=-0.00665456;REVB=-0.0201322;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216319;STB=0.62578;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0130684;OID=.;OPOS=107423254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:9:23:9:8:9:23 chr7 107559911 . G A 500.96 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00512887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8819;QD=19.4546;RBI=0.0190116;REFB=0.00159382;REVB=-0.0183067;RO=51;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607754;STB=0.533596;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00141745;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:23:29:25:26:23:29:25:26 chr7 107569517 . A G 712.73 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.00563879;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.157;QD=20.5101;RBI=0.00565812;REFB=-0.00919492;REVB=0.000467349;RO=69;SAF=30;SAR=40;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186908;STB=0.602822;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00941688;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:69:69:70:70:0.503597:40:30:44:25:40:30:44:25 chr7 107593989 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.021358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.621;QD=16.9308;RBI=0.0225919;REFB=-0.00916165;REVB=0.00736433;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476506;STB=0.785101;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0156326;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:11:1:5:7:11:1:5:7 chr7 107599806 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0119783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.395;QD=13.5519;RBI=0.0127553;REFB=-0.0104852;REVB=-0.00438402;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044417;STB=0.525403;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0161799;OID=.;OPOS=107599806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:19:16:12:12:19:16 chr7 107671407 . C G 333.32 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0113269;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.711;QD=13.8883;RBI=0.0120108;REFB=-0.00832804;REVB=-0.00399503;RO=58;SAF=12;SAR=25;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452532;STB=0.52181;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0113913;OID=.;OPOS=107671407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:58:59:37:37:0.385417:25:12:21:37:25:12:21:38 chr7 107677984 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00256531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.649;QD=17.2468;RBI=0.0342068;REFB=-0.011227;REVB=-0.0341105;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110904;STB=0.506323;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0148922;OID=.;OPOS=107677984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:10:17:13:8:10:17 chr7 107818851 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.766;QD=62.3509;RBI=0.0329291;REFB=0;REVB=0.0324757;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91684e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr7 107824678 . A G 1501.95 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.143;QD=58.9;RBI=0.0782581;REFB=0;REVB=0.0439788;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465013;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:102:0:0:95:102:1:51:44:0:0:52:50:0:0 chr7 107824889 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.31;QD=48.7371;RBI=0.0878146;REFB=0;REVB=0.0608729;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226871;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr7 107834613 . G C 976.23 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.105477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.348;QD=57.4253;RBI=0.105499;REFB=-0.0409372;REVB=0.00218628;RO=1;SAF=23;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201005;STB=0.510635;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000461729;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:44:23:1:0:44:23:1:0 chr7 107834734 . C T 924.13 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301854;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.22;QD=58.6749;RBI=0.0308711;REFB=0;REVB=0.00647025;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35798e-05;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr7 107838464 . G T 1011.96 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00532268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.623;QD=57.8265;RBI=0.0200298;REFB=-0.037872;REVB=-0.0193097;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000355231;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:1:0:34:35:1:0 chr7 107849908 . G A,T 1000.14 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=64,3;DP=67;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387758,0.00188413;FXX=0.0399947;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.923,168.895;QD=55.5631;RBI=0.00767979,0.00797353;REFB=-0.0209278,0.0287415;REVB=0.00662899,0.00774772;RO=0;SAF=30,2;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000683635,0.0113886;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:67:72:0:0:64,3:69,3:0.958333,0.0416667:34,1:30,2:0:0:38,1:31,2:0:0 chr7 107872816 . G A 270.69 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00672479;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.801;QD=14.2466;RBI=0.0153045;REFB=-0.00950005;REVB=-0.0137479;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997478;STB=0.555426;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0153876;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:45:31:31:0.407895:15:16:18:25:15:16:19:26 chr7 107875170 . T C 749.1 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.032056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.752;QD=51.6622;RBI=0.0329016;REFB=0.00231319;REVB=-0.0074112;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.506327;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000140102;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:1:3:55:55:0.948276:30:25:0:1:30:25:1:2 chr7 108212353 . G A 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0380933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.742;QD=12.789;RBI=0.0391019;REFB=-0.0124436;REVB=0.00882337;RO=45;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122653;STB=0.570501;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0174006;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:18:10:21:24:18:10:21:24 chr7 111367623 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000112949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.373;QD=13.3417;RBI=0.0277878;REFB=-0.00296264;REVB=-0.0277876;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738375;STB=0.542455;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00499701;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:19:13:10:11:19:13 chr7 112722278 . A C 293.25 PASS AF=0.857143;AO=23;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0610871;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=80.9634;QD=41.8934;RBI=0.0635334;REFB=0.0182745;REVB=0.0174603;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.519215;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0027578;OID=.;OPOS=112722278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:28:28:1:4:23:24:0.857143:9:14:1:0:9:15:3:1 chr7 112724417 . A G 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1667;QD=63.281;RBI=0.0507326;REFB=0;REVB=0.0274073;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994131;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr7 112724525 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.353;QD=59.4348;RBI=0.018983;REFB=0;REVB=0.0163185;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47333e-05;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr7 113518434 . C A 78.77 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0360798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0655;QD=15.0039;RBI=0.0420351;REFB=-0.0214696;REVB=-0.0215685;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200531;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0105145;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:11:10:0.47619:5:6:3:7:5:5:4:7 chr7 113518502 . A T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.198;QD=57.2377;RBI=0.0116154;REFB=0;REVB=0.0114102;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36618e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr7 113519718 . TA T,TT 1466.42 PASS AF=0.0319149,0.968085;AO=13,80;DP=95;FAO=3,91;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=3,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245618,0.023562;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.305,267.257;QD=62.401;RBI=0.024562,0.0247473;REFB=0,0;REVB=-0.000105341,0.00756702;RO=0;SAF=4,27;SAR=9,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0310515,0.000511342;OID=.,.;OPOS=113519719,113519719;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0319149,0.968085:13,80:95:3,91:94:0:0,32:3,59:0:0:5:0:4,27:9,53:0:0 chr7 113519796 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5791;QD=59.8555;RBI=0.0239821;REFB=0;REVB=0.00188285;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20215e-05;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr7 114296545 . A C 430.58 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0360682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0311;QD=20.027;RBI=0.0414072;REFB=-0.00658297;REVB=0.0203382;RO=43;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210222;STB=0.51166;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00609659;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:20:23:22:21:20:23:22:21 chr7 114619598 . C A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.411;QD=53.3624;RBI=0.0134096;REFB=0.0655225;REVB=0.00479894;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00169208;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chr7 115578124 . G T 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9504;QD=61.671;RBI=0.0660496;REFB=0;REVB=-0.0200013;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447325;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr7 116165360 . A C 718.99 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.154;QD=62.5206;RBI=0.0384053;REFB=0;REVB=0.0348861;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896631;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr7 116165463 . T C 666.84 PASS AF=0.912281;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.014429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4042;QD=46.7957;RBI=0.014527;REFB=-0.0110496;REVB=0.00168434;RO=5;SAF=37;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104709;STB=0.552218;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0119234;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:57:5:5:51:52:0.912281:14:37:1:4:15:37:1:4 chr7 116364823 . CA C 225.76 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0171446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.483;QD=20.524;RBI=0.0202496;REFB=-0.0260605;REVB=-0.0107755;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807409;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.0287495;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:22:44:22:44:22:11:11:13:9:99:22:11:11:13:9 chr7 116435768 . C T 499.04 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00379124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.748;QD=20.1631;RBI=0.0107675;REFB=-0.00357753;REVB=-0.0100779;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820994;STB=0.545436;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00337393;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:25:24:20:30:25:24:20:30 chr7 116436022 . G A 426.34 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00945035;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.523;QD=17.7643;RBI=0.0429002;REFB=-0.0250258;REVB=0.0418463;RO=56;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131271;STB=0.551509;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0233968;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:96:56:51:45:45:0.46875:23:22:20:36:23:22:20:31 chr7 116436097 . G A 667.49 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00421293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9986;QD=17.0061;RBI=0.0105805;REFB=-0.0060614;REVB=-0.00970558;RO=85;SAF=32;SAR=40;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904512;STB=0.50502;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0081027;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:85:85:72:72:0.458599:40:32:37:48:40:32:37:48 chr7 116437606 . G A 885.5 PASS AF=0.554839;AO=85;DP=154;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0132753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.949;QD=22.8516;RBI=0.0151344;REFB=-0.000494646;REVB=0.00726758;RO=69;SAF=34;SAR=51;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417131;STB=0.51936;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00037977;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:69:69:85:86:0.554839:51:34:31:38:51:35:31:38 chr7 116558716 . G A 233.63 PASS AF=0.325843;AO=28;DP=90;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00467124;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.133;QD=10.5;RBI=0.012759;REFB=-0.00139316;REVB=-0.0118731;RO=60;SAF=16;SAR=12;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643067;STB=0.523756;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00163783;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:60:60:28:29:0.325843:12:16:31:29:13:16:31:29 chr7 116596697 . A G 1677.32 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.528;QD=60.444;RBI=0.0152042;REFB=0;REVB=0.00824584;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0185e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr7 116598735 . A G 1312.26 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.661;QD=59.648;RBI=0.0648717;REFB=-0.0793574;REVB=0.062204;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500796;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00348965;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:0:2:86:86:0.977273:40:46:0:0:40:46:1:1 chr7 116608501 . A G 2015.15 PASS AF=0.547009;AO=192;DP=351;FAO=192;FDP=351;FR=.;FRO=159;FSAF=103;FSAR=89;FSRF=66;FSRR=93;FWDB=-0.00224035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.922;QD=22.9646;RBI=0.00699285;REFB=-0.00373419;REVB=0.00662425;RO=157;SAF=103;SAR=89;SRF=66;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958899;STB=0.554823;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00364553;OID=.;OPOS=116608501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:157:159:192:192:0.547009:89:103:66:91:89:103:66:93 chr7 117024820 . T G 306.89 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00715553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7062;QD=18.0524;RBI=0.0124306;REFB=-0.0289519;REVB=-0.0101646;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06669;STB=0.543802;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.024038;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:17:16:14:20:17:16:14:21 chr7 117120141 . G C 616.12 PASS AF=0.548673;AO=58;DP=110;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00354259;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.703;QD=21.8095;RBI=0.033905;REFB=-0.021161;REVB=0.0337195;RO=51;SAF=27;SAR=31;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137203;STB=0.557504;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0287278;OID=.;OPOS=117120141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:51:51:58:62:0.548673:31:27:32:19:31:31:32:19 chr7 117160988 . A G 394.41 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0280374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.777;QD=28.1721;RBI=0.0307153;REFB=-0.0144681;REVB=-0.0125432;RO=19;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280011;STB=0.515267;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00840753;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:23:14:8:11:23:14:8:11 chr7 117170774 . G A 175.63 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0277728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.55;QD=13.7747;RBI=0.0279278;REFB=0.00184486;REVB=0.00293772;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557524;STB=0.532225;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00178057;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:14:17:12:8:14:17 chr7 117199533 . G A 569.23 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0144129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.746;QD=21.6851;RBI=0.0144255;REFB=-0.00607688;REVB=-0.000602034;RO=48;SAF=29;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419839;STB=0.523038;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00356198;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:28:29:22:26:28:29:22:26 chr7 117235055 . T G 668.65 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00225402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.731;QD=17.596;RBI=0.00288998;REFB=5.15314e-05;REVB=-0.00180869;RO=81;SAF=29;SAR=42;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834016;STB=0.546264;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-6.60624e-05;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:81:71:71:0.467105:42:29:40:41:42:29:40:41 chr7 117304834 . G C 825.19 PASS AF=0.51875;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0128034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.971;QD=20.6298;RBI=0.0128203;REFB=-0.01611;REVB=-0.000658263;RO=77;SAF=40;SAR=43;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670296;STB=0.536764;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0175895;OID=.;OPOS=117304834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:77:77:83:83:0.51875:43:40:43:34:43:40:43:34 chr7 117825681 . A G 380.25 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0292413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0816;QD=14.9116;RBI=0.0325567;REFB=0.0252736;REVB=-0.0143137;RO=58;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13602;STB=0.581357;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0340995;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:43:43:0.421569:18:25:26:32:18:25:26:33 chr7 117865028 . G A 153.42 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0188109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.07;QD=14.9674;RBI=0.0197714;REFB=-0.0090792;REVB=0.00608771;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157534;STB=0.606296;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0111554;OID=.;OPOS=117865028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:9:7:7:17:9:8:7:17 chr7 120427499 . T TA 34.96 PASS AF=0.647059;AO=2;DP=19;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0954359;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.04772;QD=8.2259;RBI=0.289888;REFB=-0.0948817;REVB=-0.273728;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540081;STB=0.650873;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=0.0358163;OID=.;OPOS=120427500;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:2:19:11:17:6:3:8:4:2:26:17:0:2:9:8 chr7 120428799 . C A 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.723;QD=59.9236;RBI=0.021725;REFB=0;REVB=0.0110694;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91696e-05;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr7 120704289 . C T 921.42 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268245;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.864;QD=58.5029;RBI=0.026875;REFB=0;REVB=-0.00164716;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57099e-06;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr7 120740103 . G T 2033.57 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0141251;FXX=0.0147048;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.486;QD=60.7037;RBI=0.0148544;REFB=0.0164602;REVB=-0.00459743;RO=2;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130185;STB=0.506848;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-5.15507e-05;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:134:2:2:132:132:0.985075:72:60:0:2:72:60:0:2 chr7 120764477 . G C 325.95 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0353422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4776;QD=29.6322;RBI=0.0432234;REFB=-0.0232009;REVB=0.0248835;RO=16;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194845;STB=0.607066;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0131298;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:17:11:11:5:17:11:11:5 chr7 120765954 . T C 237.64 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00261624;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.506;QD=19.3992;RBI=0.00263853;REFB=-0.0036273;REVB=0.000342304;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421663;STB=0.523789;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00528675;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:8:18:15:8:8:18 chr7 120773954 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0151986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.5983;QD=18.05;RBI=0.0186636;REFB=-0.0126703;REVB=0.010832;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437433;STB=0.76135;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0129325;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:9:10:0.555556:7:2:6:2:8:2:6:2 chr7 120776097 . C G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00568093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.643;QD=19.7024;RBI=0.00627504;REFB=-0.00279914;REVB=0.00266518;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00268841;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:7:9:11:6:7:9 chr7 120936006 . G A 61.83 PASS AF=0.257143;AO=10;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0547502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.563;QD=7.06673;RBI=0.054941;REFB=-0.00656108;REVB=-0.00457409;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218721;STB=0.723608;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.01188;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:10:9:0.257143:7:3:12:13:7:2:13:13 chr7 120965464 . G GCACC 183.34 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00231334;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=131.706;QD=17.8864;RBI=0.00490901;REFB=-0.025909;REVB=-0.00432976;RO=21;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229001;STB=0.578858;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=0.0349066;OID=.;OPOS=120965465;OREF=-;OALT=CACC;OMAPALT=GCACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:18:41:19:41:22:4:15:7:15:99:21:3:15:7:14 chr7 120969769 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00017605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.57;QD=16.0642;RBI=0.000779609;REFB=-0.00194214;REVB=0.000759472;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163721;STB=0.603416;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00186385;OID=.;OPOS=120969769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:18:8:14:16:18:8:15:16 chr7 120979089 . C T 340.52 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0106231;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6294;QD=17.9222;RBI=0.0107329;REFB=-0.0258521;REVB=-0.00153192;RO=40;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135397;STB=0.57583;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0185388;OID=.;OPOS=120979089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:13:23:20:20:13:23:20:20 chr7 121616250 . G A 1495.68 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00323704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.933;QD=62.3199;RBI=0.00734839;REFB=-0.0916475;REVB=-0.00659701;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000379286;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:53:42:0:1:53:42:0:1 chr7 121653398 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.04457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.424;QD=16.2716;RBI=0.0445745;REFB=0.00462786;REVB=-0.000632417;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133398;STB=0.507682;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00496926;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:5:13:11:4:5:13 chr7 122303321 . C T 405.41 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00604805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.942;QD=25.3381;RBI=0.0242216;REFB=0.00975659;REVB=0.0234543;RO=25;SAF=13;SAR=26;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052402;STB=0.528721;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00814673;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:26:13:10:15:26:13:10:15 chr7 122635024 . C T 261.72 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0333197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.299;QD=17.162;RBI=0.0603997;REFB=-0.0151673;REVB=-0.0503778;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101874;STB=0.505717;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0173737;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:14:18:16:13:14:18 chr7 122757636 . A C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.000879176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.974;QD=22.6;RBI=0.0107194;REFB=-0.0188603;REVB=-0.0106832;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960076;STB=0.553706;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0178395;OID=.;OPOS=122757636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:11:9:13:10:11:9 chr7 122809234 . T C 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0190943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.2;QD=19.8666;RBI=0.0219394;REFB=-0.0185426;REVB=0.0108047;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103024;STB=0.557112;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0162362;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:13:21:18:18:13:21 chr7 123097468 . T C 402.07 PASS AF=0.685185;AO=36;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0249967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7134;QD=29.7832;RBI=0.0249987;REFB=-0.00894265;REVB=-0.000318199;RO=17;SAF=22;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224055;STB=0.508542;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0058138;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:36:37:0.685185:14:22:11:6:14:23:11:6 chr7 123119990 . T C 352.44 PASS AF=0.480519;AO=35;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0126886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.655;QD=18.3085;RBI=0.0131007;REFB=-0.00726161;REVB=0.00325982;RO=40;SAF=8;SAR=27;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147943;STB=0.550057;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00494557;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:35:37:0.480519:27:8:14:26:27:10:14:26 chr7 123152019 . C T 103.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00977267;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.856;QD=17.2595;RBI=0.00977308;REFB=-0.0285282;REVB=8.93801e-05;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0151717;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:13:12:12:12:0.5:6:6:5:8:6:6:5:7 chr7 123152035 . T C 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.009083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.523;QD=17.0988;RBI=0.0286296;REFB=-0.0115794;REVB=-0.0271506;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0116108;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:7:8:6:8:7:8 chr7 123256427 . C T 405.47 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0631884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2387;QD=19.7792;RBI=0.0635134;REFB=0.00445379;REVB=-0.00641753;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169093;STB=0.585324;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00486739;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:24:16:24:17:24:17:24:17 chr7 123269118 . G C 285.78 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0113429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9172;QD=13.1393;RBI=0.0340626;REFB=0.0150584;REVB=0.0321185;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311137;STB=0.510723;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0273557;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:19:14:21:32:19:14:22:32 chr7 123321978 . C A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00114734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.676;QD=18.3009;RBI=0.0105566;REFB=-0.010379;REVB=0.010494;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881007;STB=0.538423;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0115658;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:9:11:10:12:9:11:11:12 chr7 123336804 . G A 304.52 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0220416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.003;QD=14.8548;RBI=0.026424;REFB=-0.00771488;REVB=-0.0145738;RO=48;SAF=7;SAR=27;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269111;STB=0.654298;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0104245;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:27:7:20:28:27:7:20:28 chr7 124116470 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.15;QD=51.9155;RBI=0.0316238;REFB=0;REVB=0.0192799;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115486;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr7 124387374 . A G 167.44 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4592;QD=41.8586;RBI=0.133096;REFB=-0.0845207;REVB=-0.131576;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519974;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=4.51801e-05;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:3:12:0:0:3:12:1:0 chr7 124486980 . T C 1076.39 PASS AF=1;AO=50;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241745;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.255;QD=59.7992;RBI=0.085848;REFB=0;REVB=0.0823739;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515419;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:50:72:1:19:31:0:0:33:39:0:0 chr7 124491951 . T C 2162.78 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00822937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.855;QD=62.2384;RBI=0.0115276;REFB=-0.14407;REVB=-0.00807237;RO=1;SAF=67;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704322;STB=0.503703;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000370031;OID=.;OPOS=124491951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:71:67:1:0:71:67:1:0 chr7 127250907 . T C 805.95 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.675;QD=64.4759;RBI=0.110244;REFB=0;REVB=0.110105;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924177;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr7 127251188 . T G 764.66 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.676;QD=63.7214;RBI=0.0290456;REFB=0;REVB=0.0131209;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6657e-05;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:11:36:0:0:12:36:0:0 chr7 127721507 . T C 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0045942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.869;QD=16.1951;RBI=0.0144279;REFB=-0.00464257;REVB=-0.0136769;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113979;STB=0.564067;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00821157;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:19:17:27:19:19:17:27:19 chr7 127732268 . G A 137.09 PASS AF=0.933333;AO=10;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.6822;QD=36.5581;RBI=0.251962;REFB=-0.00397588;REVB=0.24432;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0322509;OID=.;OPOS=127732268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:2:1:10:14:0.933333:3:7:1:1:7:7:1:0 chr7 128133984 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.422;QD=57.0001;RBI=0.0306691;REFB=0;REVB=-0.0145211;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87697e-05;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr7 128140982 . T C 433.54 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0115474;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.915;QD=17.8778;RBI=0.0115523;REFB=-0.0049399;REVB=0.000337096;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851805;STB=0.552917;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00652191;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:25:19:27:25:25:19:28:25 chr7 128141865 . T C 333.3 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00672195;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.998;QD=13.8876;RBI=0.0137241;REFB=0.0017796;REVB=-0.0119652;RO=60;SAF=24;SAR=12;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982885;STB=0.555525;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00239676;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:59:36:37:0.385417:12:24:35:25:12:25:35:24 chr7 128292036 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1536;QD=42.18;RBI=0.077001;REFB=0;REVB=-0.000862531;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270362;OID=.;OPOS=128292036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr7 128312463 . C G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0354065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1949;QD=13.0886;RBI=0.0488608;REFB=0.0100998;REVB=0.0336713;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198492;STB=0.511613;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0168743;OID=.;OPOS=128312463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:13:14:8:8:13:14 chr7 128315791 . C G 1101.33 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0692268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.498;QD=57.9648;RBI=0.0692272;REFB=-0.0717267;REVB=0.000234096;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165947;STB=0.508472;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00059006;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:1:1:74:75:0.986842:46:28:1:0:46:29:1:0 chr7 128315882 . C A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3986;QD=50.8364;RBI=0.0965966;REFB=-0.0620841;REVB=0.0804031;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00729219;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr7 128317658 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.75;QD=62.6711;RBI=0.00755969;REFB=0;REVB=-0.00661585;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18021e-05;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr7 128323034 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.209;QD=42.1826;RBI=0.00579629;REFB=0;REVB=0.00254708;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164968;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 128359133 . C T 127.33 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0385899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2002;QD=9.26061;RBI=0.0588141;REFB=0.00329983;REVB=0.0443837;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148118;STB=0.596901;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00364946;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:37:38:17:17:0.309091:10:7:20:17:10:7:21:17 chr7 128364895 . A G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=27;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.076521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.775;QD=15.1529;RBI=0.0765969;REFB=-0.0158399;REVB=-0.00340911;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149458;STB=0.573521;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0178981;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:43:27:32:0.426667:16:11:20:16:21:11:20:23 chr7 128371206 . G A 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0216687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.327;QD=12.07;RBI=0.0257785;REFB=-0.00565401;REVB=-0.0139642;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743897;STB=0.542824;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0140505;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:13:13:19:25:13:13:19:25 chr7 128415830 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0353526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.593;QD=10.1734;RBI=0.0399182;REFB=0.0091635;REVB=0.018538;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0164808;OID=.;OPOS=128415830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 122.48 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00608343;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=13;MLLD=441.968;QD=13.9976;RBI=0.0107132;REFB=-0.00582809;REVB=0.0088184;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050373;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=ins;VARB=0.00787544;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:14:36:14:35:21:8:6:13:8:99:21:8:6:13:8 chr7 128455767 . C G 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188962;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.947;QD=50.4977;RBI=0.0189547;REFB=0;REVB=-0.00148827;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69004e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr7 128455916 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0157687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7883;QD=14.6514;RBI=0.0443959;REFB=-0.0196221;REVB=0.0415011;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.617308;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0216585;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:6:2:1:7:6:2 chr7 128478103 . C T 474.93 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0328422;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.834;QD=24.0472;RBI=0.0342331;REFB=-0.0254237;REVB=-0.00965891;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025295;STB=0.507879;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0298617;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:34:45:45:0.56962:23:22:17:18:23:22:16:18 chr7 128480123 . C A 179.98 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0286102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8914;QD=23.2225;RBI=0.105388;REFB=-0.0260121;REVB=0.10143;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144203;STB=0.580558;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0234852;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:4:9:9:9:4:9 chr7 128484816 . A G 908.26 PASS AF=0.568627;AO=87;DP=153;FAO=87;FDP=153;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00251308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.616;QD=23.7454;RBI=0.00264819;REFB=-0.0147001;REVB=0.000835071;RO=66;SAF=45;SAR=42;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974746;STB=0.553045;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00974474;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:66:66:87:87:0.568627:42:45:26:40:42:45:26:40 chr7 128486363 . C T 257.2 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.019931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.125;QD=11.431;RBI=0.0201099;REFB=-0.0137938;REVB=-0.00267658;RO=59;SAF=18;SAR=13;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440855;STB=0.525531;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0252917;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:13:18:32:27:13:18:32:27 chr7 128486446 . C T 341.72 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0342055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.528;QD=13.6687;RBI=0.0345406;REFB=-0.0201272;REVB=-0.00479984;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110935;STB=0.506326;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0242318;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:18:20:32:30:18:20:32:30 chr7 128487866 . T C 391.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.12;QD=55.9664;RBI=0.0282931;REFB=0;REVB=0.027391;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287003;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:5:22:0:0:5:23:0:0 chr7 128491603 . T C 426.93 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00608888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.341;QD=21.894;RBI=0.0170455;REFB=-0.0210241;REVB=-0.0159209;RO=36;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135213;STB=0.507459;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0218144;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:24:18:16:20:24:18:16:20 chr7 128495338 . C T 354.36 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0130551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0929;QD=16.2925;RBI=0.0141923;REFB=-0.0187762;REVB=-0.00556657;RO=49;SAF=26;SAR=12;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803296;STB=0.545307;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0268952;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:12:26:30:19:12:26:30:19 chr7 128544133 . G T 150.18 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0310417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.039;QD=12.2595;RBI=0.0365522;REFB=-0.01711;REVB=0.0192996;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292532;STB=0.517221;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.036934;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:18:14:7:10:18:14 chr7 128550680 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG,GCCC 354.28 PASS AF=1,0,0;AO=27,3,4;DP=39;FAO=37,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111505,-0.0942508,-0.0578337;FXX=0.0512689;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=12.5942,8.64064,8.78801;QD=38.3004;RBI=0.119843,0.140289,0.0622987;REFB=0,0,0;REVB=-0.0439195,-0.103913,-0.0231599;RO=1;SAF=15,2,2;SAR=12,1,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.323529,0,0.323529;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0371713,0.266641,0.166656;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00649547,0,0.0193007;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550681;OREF=C,C,CC;OALT=-,G,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:27,3,4:39:37,0,0:37:0:21,0,0:16,0,0:0:0:3:1:15,2,2:12,1,2:0:1 chr7 128612552 . C T 652.33 PASS AF=0.60396;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0118934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=348.703;QD=25.8348;RBI=0.0151214;REFB=-0.0041814;REVB=0.00933831;RO=40;SAF=34;SAR=27;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167924;STB=0.591275;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00258797;OID=.;OPOS=128612552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:40:40:61:61:0.60396:27:34:13:27:27:34:13:27 chr7 128614990 . G A 509.19 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0125316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9438;QD=19.9684;RBI=0.0177545;REFB=-0.00744514;REVB=0.012577;RO=50;SAF=24;SAR=28;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342297;STB=0.50871;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00750006;OID=.;OPOS=128614990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:49:52:53:0.519608:28:24:25:25:28:25:24:25 chr7 128630227 . C T 803.62 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00720305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.339;QD=55.422;RBI=0.00792727;REFB=-0.169317;REVB=0.00331024;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00164839;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:32:25:0:0:32:25:0:1 chr7 128767410 . A G 1423.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.614;QD=62.5633;RBI=0.0243344;REFB=0;REVB=0.0207721;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027431;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:38:52:0:0:38:53:0:0 chr7 128767490 . T C 1029.66 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134573;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.05;QD=59.6905;RBI=0.0242434;REFB=0;REVB=-0.0201654;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189973;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr7 128767506 . T G 958.33 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761891;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5339;QD=58.9744;RBI=0.0173152;REFB=0;REVB=-0.015549;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238604;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr7 128804780 . C G 371.68 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0471095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5281;QD=25.6333;RBI=0.0479548;REFB=-0.0231062;REVB=-0.00896424;RO=22;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358715;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:18:18:11:11:18:18:11:11 chr7 128846328 . G C 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.48261e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.372;QD=59.9953;RBI=0.025233;REFB=0;REVB=0.0252329;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69264e-05;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr7 129067053 . T C 301.96 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0139297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.78;QD=14.3792;RBI=0.0149895;REFB=-0.0338141;REVB=0.00553612;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247248;STB=0.644637;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0314944;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:14:20:17:32:14:20:17:33 chr7 129098165 . G A 326.93 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00108222;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.621;QD=19.8138;RBI=0.0485129;REFB=0.0068425;REVB=0.0485008;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117722;STB=0.573726;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00656849;OID=.;OPOS=129098165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:13:21:15:16:13:21:15:17 chr7 129142694 . C G 436.69 PASS AF=0.846154;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0439348;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.411;QD=44.7887;RBI=0.0504848;REFB=-0.16889;REVB=0.0248686;RO=7;SAF=11;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308947;STB=0.528284;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0165932;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:40:39:7:6:32:33:0.846154:21:11:3:4:22:11:3:3 chr7 129297332 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.477;QD=63.8717;RBI=0.0340551;REFB=0;REVB=-0.0283763;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30981e-05;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr7 129474470 . G A 390.28 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.00805042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.075;QD=14.4548;RBI=0.0108637;REFB=-0.0137666;REVB=-0.00729453;RO=63;SAF=25;SAR=19;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124393;STB=0.563844;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0165738;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:44:45:0.416667:19:25:43:20:19:26:43:20 chr7 129504866 . C G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0310048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2116;QD=15.577;RBI=0.0388074;REFB=-0.0216187;REVB=0.0233392;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174729;STB=0.599911;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0256377;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:6:18:18:12:6:18:18:12 chr7 129664312 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.556;QD=57.6807;RBI=0.0172024;REFB=0;REVB=0.0127594;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142854;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr7 129813738 . T C 1134.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3773;QD=60.5277;RBI=0.105556;REFB=0;REVB=0.0963753;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851738;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr7 129916515 . T C 1549.02 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.032;QD=63.877;RBI=0.0572075;REFB=0;REVB=0.0544242;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138461;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr7 129962360 . A G 885.87 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.111;QD=58.0901;RBI=0.0419214;REFB=0;REVB=0.0181921;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132742;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr7 129962682 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.583;QD=58.6006;RBI=0.0229159;REFB=0;REVB=0.0189418;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63021e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr7 129984274 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9708;QD=61.3314;RBI=0.0328049;REFB=0;REVB=-0.0317762;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452715;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr7 129986338 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000240948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.006;QD=62.3509;RBI=0.0577622;REFB=0;REVB=0.0577617;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95354e-05;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr7 129989878 . T C 505.87 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317102;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.669;QD=59.5145;RBI=0.0325686;REFB=0;REVB=-0.00742818;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316751;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr7 130002317 . T C 306.24 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0574537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.629;QD=47.1145;RBI=0.0630084;REFB=-0.0989918;REVB=0.0258676;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578777;STB=0.531224;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0070138;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:9:15:2:0:9:15:2:0 chr7 130021488 . G C 2919.04 PASS AF=0.989691;AO=185;DP=194;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0116573;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.7415;QD=60.1865;RBI=0.0244658;REFB=-0.0177482;REVB=-0.02151;RO=8;SAF=89;SAR=96;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182531;STB=0.500323;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000235816;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:194:194:8:2:185:192:0.989691:96:89:2:6:102:90:1:1 chr7 130080812 . T G 2158.59 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.714;QD=62.1177;RBI=0.00639533;REFB=0;REVB=0.00129794;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76314e-05;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:135:139:1:75:60:0:0:75:64:0:0 chr7 130295954 . G C 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0841618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.853;QD=21.8371;RBI=0.0841984;REFB=-0.00141332;REVB=0.00248106;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149175;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.000805783;OID=.;OPOS=130295954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:13:12:11:12:13:12:12:12 chr7 131190696 . T C 556.58 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00797809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.507;QD=17.1254;RBI=0.00801645;REFB=-0.0125723;REVB=0.00078329;RO=71;SAF=31;SAR=28;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318578;STB=0.517739;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.011127;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:28:31:35:36:28:31:35:36 chr7 131193739 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00618814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.615;QD=15.7844;RBI=0.0147233;REFB=-0.001945;REVB=0.0133597;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00275503;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr7 131195712 . G A 402.67 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.0217381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.331;QD=19.8852;RBI=0.0433021;REFB=-0.0104531;REVB=0.0374503;RO=38;SAF=33;SAR=7;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518493;STB=0.540963;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.023445;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:40:40:41:0.506173:7:33:30:8:8:33:30:10 chr7 131195959 . C T 224.75 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0190873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7461;QD=10.8313;RBI=0.031125;REFB=-0.000294025;REVB=-0.0245854;RO=55;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156786;STB=0.591408;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-7.33581e-05;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:18:10:27:28:18:10:27:28 chr7 131812922 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6246;QD=63.5828;RBI=0.0184486;REFB=0;REVB=-0.0115316;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31563e-05;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr7 131814185 . A G 770.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.585;QD=57.0693;RBI=0.0574745;REFB=0;REVB=0.0568416;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96078e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:25:26:0:0:28:26:0:0 chr7 131814529 . G A 176.35 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000751141;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.027;QD=20.7475;RBI=0.0213053;REFB=-0.0148447;REVB=-0.021292;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939211;STB=0.553131;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0147175;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:7:9:12:6:7:9 chr7 131815310 . A G 1339.58 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2678;QD=62.3059;RBI=0.0306156;REFB=0;REVB=-0.0196459;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91415e-05;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr7 131817850 . T C 329.1 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00639468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8069;QD=15.4872;RBI=0.0173187;REFB=-0.0314055;REVB=0.0160949;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802843;STB=0.545311;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0336672;OID=.;OPOS=131817850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:19:17:27:22:19:17:27:22 chr7 131864591 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.833;QD=60.2046;RBI=0.024597;REFB=0;REVB=0.0143742;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16699e-05;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr7 132707171 . C T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00789492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.104;QD=25.3153;RBI=0.0156683;REFB=0.0142077;REVB=-0.0135339;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223232;STB=0.623761;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00686169;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:10:3:11:9:10:3 chr7 132720555 . T C 645.35 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00631317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.787;QD=19.7054;RBI=0.00803547;REFB=-0.0379229;REVB=-0.00497118;RO=63;SAF=33;SAR=32;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855123;STB=0.534326;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0311803;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:66:65:65:0.496183:32:33:38:25:32:33:38:28 chr7 132767617 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.5433e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3692;QD=44.6884;RBI=0.0662747;REFB=0;REVB=-0.0662747;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00330231;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr7 133749164 . G A 920.56 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.644;QD=58.4482;RBI=0.00903166;REFB=0;REVB=0.00584458;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23822e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:29:34:0:0 chr7 133848257 . G T 2292.99 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.394;QD=63.6941;RBI=0.0114463;REFB=0;REVB=0.00834039;RO=0;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60935e-06;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:77:67:0:0:77:67:0:0 chr7 133868507 . C T 2018.1 PASS AF=0.977941;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00292074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.552;QD=59.3559;RBI=0.00960815;REFB=-0.127088;REVB=0.00915346;RO=2;SAF=62;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00086272;STB=0.502944;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000325157;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:2:3:132:133:0.977941:70:62:1:1:71:62:1:2 chr7 133906669 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.863;QD=57.2024;RBI=0.0407933;REFB=0;REVB=0.0393952;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269792;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr7 134225788 . C T 160.67 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.442;QD=45.9064;RBI=0.0467896;REFB=0;REVB=-0.00519647;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373942;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:7:7:0:0 chr7 134225827 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.9;QD=54.5164;RBI=0.0510699;REFB=0;REVB=0.0461055;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748458;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr7 134254179 . C G 687.21 PASS AF=0.57265;AO=64;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0257757;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3937;QD=23.4943;RBI=0.0471435;REFB=-0.0061773;REVB=0.0394731;RO=50;SAF=28;SAR=36;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203638;STB=0.509761;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00415977;OID=.;OPOS=134254179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:64:67:0.57265:36:28:22:28:36:31:22:28 chr7 134261097 . C G 325.72 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00187822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.479;QD=14.8055;RBI=0.0143297;REFB=-0.0280349;REVB=-0.0142061;RO=52;SAF=25;SAR=11;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486858;STB=0.527641;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0325427;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:11:25:34:18:11:25:34:18 chr7 134576441 . T C 946.93 PASS AF=0.970588;AO=67;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0123209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5203;QD=55.7019;RBI=0.0124328;REFB=-0.00984756;REVB=0.00166418;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.513509;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-6.84618e-05;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:67:66:0.970588:37:30:0:1:36:30:0:2 chr7 134701856 . G C 2373.71 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030989;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.986;QD=64.1543;RBI=0.00986976;REFB=0;REVB=-0.00937064;RO=0;SAF=87;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96176e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:148:148:1:61:87:0:0:61:87:0:0 chr7 134719551 . C G 2071.5 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413086;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3939;QD=62.7728;RBI=0.0435297;REFB=0;REVB=0.0433332;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019557;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:60:72:0:0:60:72:0:0 chr7 134849280 . T A 1036.23 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00547252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.855;QD=56.7796;RBI=0.0264162;REFB=-0.0532235;REVB=0.0258432;RO=2;SAF=29;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490053;STB=0.502592;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000877462;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:42:29:1:1:42:29:1:1 chr7 134850465 . C T 955.75 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.837;QD=58.8155;RBI=0.0429088;REFB=0;REVB=0.0415795;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198275;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr7 134850469 . A G 972.32 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.696;QD=58.9282;RBI=0.0187808;REFB=0;REVB=-0.00148082;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12609e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr7 134871775 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.686;QD=58.4179;RBI=0.0205346;REFB=0;REVB=0.0194729;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27599e-05;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr7 134879830 . G A 1066.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443298;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.44;QD=60.0584;RBI=0.0133107;REFB=0;REVB=0.0125508;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447182;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr7 134889141 . G A 699.08 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00744566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0428;QD=54.8296;RBI=0.00933957;REFB=-0.0651797;REVB=0.00563824;RO=1;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268819;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.001439;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:17:33:0:1:17:33:0:1 chr7 135047703 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7715;QD=35.5754;RBI=0.0422036;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370684;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr7 135095270 . A G 2027.19 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.17;QD=62.375;RBI=0.0321474;REFB=0;REVB=0.0176297;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86795e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:74:56:0:0:74:56:0:0 chr7 135279315 . A C 254.22 PASS AF=0.461538;AO=27;DP=63;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0195868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.529;QD=15.6444;RBI=0.0203746;REFB=-0.0173064;REVB=0.00561091;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159763;STB=0.60862;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0156831;OID=.;OPOS=135279315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:35:27:30:0.461538:18:9:17:18:21:9:17:18 chr7 135304273 . G C 1434.51 PASS AF=0.98;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00149306;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.507;QD=57.3803;RBI=0.01071;REFB=-0.0461969;REVB=0.0106054;RO=2;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169338;STB=0.508927;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000648256;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:100:2:2:98:98:0.98:55:43:0:2:55:43:0:2 chr7 135387656 . G A 564.46 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00846102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4493;QD=57.8937;RBI=0.0558743;REFB=-0.0131236;REVB=-0.05523;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000687616;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:39:0:1:38:38:0.974359:17:21:0:0:17:21:1:0 chr7 135392876 . T C 2112.66 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.719;QD=62.5972;RBI=0.0156888;REFB=0;REVB=0.0142323;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65191e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:73:60:0:0:75:60:0:0 chr7 135406176 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.255;QD=58.4197;RBI=0.011561;REFB=0;REVB=-0.00455097;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22849e-06;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr7 135413626 . C T 960.04 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010271;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.975;QD=59.0794;RBI=0.00853869;REFB=0;REVB=0.00847669;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001367;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:17:48:0:0:17:48:0:0 chr7 135645474 . A T 586.11 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=14;FWDB=0.022453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.585;QD=18.034;RBI=0.0227206;REFB=0.0190606;REVB=0.00347701;RO=69;SAF=37;SAR=24;SRF=55;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201728;STB=0.610924;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0137108;OID=.;OPOS=135645474;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:24:37:55:14:24:37:55:14 chr7 136701563 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.819;QD=58.1421;RBI=0.00638005;REFB=0;REVB=0.00118176;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76453e-05;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr7 136703707 . C T 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.226;QD=61.6927;RBI=0.0172524;REFB=0;REVB=0.000558779;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20123e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr7 137074760 . AT GC 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213383;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.263;QD=57.1062;RBI=0.039947;REFB=0;REVB=0.03989;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.41146e-05;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr7 137128830 . T C 2752.37 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6454;QD=62.554;RBI=0.0541685;REFB=0;REVB=0.0469802;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292654;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:93:83:0:0:93:83:0:0 chr7 137561077 . CGTGT C 77.49 PASS AF=1;AO=3;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247238;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=4;MLLD=125.859;QD=38.7436;RBI=0.0474488;REFB=0;REVB=0.0404984;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00247907;OID=.;OPOS=137561078;OREF=GTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:8:8:8:0:4:4:0:0:3:0:3:0:0:0 chr7 137564501 . C G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7384;QD=59.3215;RBI=0.029725;REFB=0;REVB=0.0280068;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269754;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr7 137600690 . C T 2866.0 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2578;QD=62.9891;RBI=0.0193468;REFB=0;REVB=-0.0187194;RO=0;SAF=91;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21077e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:91:91:0:0:91:91:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 968.47 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00389176;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.485;QD=56.9686;RBI=0.015412;REFB=-0.00836369;REVB=0.0149125;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.25;TYPE=del;VARB=5.10726e-05;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985294:65:66:67:68:1:22:45:1:0:3:0:21:44:0:0 chr7 137792268 . G A 474.74 PASS AF=0.479592;AO=45;DP=95;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0136568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.223;QD=19.3772;RBI=0.0180061;REFB=-0.0154329;REVB=0.011735;RO=46;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152753;STB=0.582314;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0115365;OID=.;OPOS=137792268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:46:51:45:47:0.479592:25:20:13:33:27:20:14:37 chr7 137801413 . A C 213.8 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00609467;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.508;QD=14.7447;RBI=0.0180246;REFB=-0.0272191;REVB=0.0169629;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107715;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0297463;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:24:25:0.431034:14:10:13:19:15:10:13:20 chr7 138270657 . G A 341.14 PASS AF=0.48;AO=29;DP=69;FAO=36;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0115245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.214;QD=18.1942;RBI=0.029298;REFB=-0.0189309;REVB=-0.0269362;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119322;STB=0.501307;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0127198;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:28:39:29:36:0.48:19:10:10:18:25:11:12:27 chr7 138281906 . T C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00590164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.915;QD=19.1554;RBI=0.0143252;REFB=-0.00724146;REVB=0.013053;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587138;STB=0.533301;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00847557;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:14:9:7:14:14:9 chr7 138363767 . A G 1675.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.967;QD=60.3724;RBI=0.0871515;REFB=0;REVB=0.0845739;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217676;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:111:0:0:103:111:1:53:50:0:0:59:52:0:0 chr7 138417718 . A G 393.6 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0342191;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3871;QD=16.9288;RBI=0.0367429;REFB=-0.00396148;REVB=0.0133826;RO=52;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504197;STB=0.528288;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0038787;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:52:52:41:41:0.44086:20:21:24:28:20:21:24:28 chr7 138418910 . G A 611.96 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.538;QD=59.7029;RBI=0.0692289;REFB=0;REVB=0.0687117;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111242;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:36:41:1:20:16:0:0:24:17:0:0 chr7 138486096 . G C 443.94 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.792;QD=57.282;RBI=0.0365493;REFB=0;REVB=-0.000626515;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622499;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:22:7:0:0:22:9:0:0 chr7 138561175 . C G 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00729192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0567;QD=57.3922;RBI=0.00729195;REFB=-0.0397539;REVB=2.19946e-05;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0041669;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr7 138583840 . C A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.686;QD=62.6145;RBI=0.011247;REFB=0;REVB=-0.00646104;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70352e-06;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr7 138601662 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0300709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1271;QD=25.8981;RBI=0.0310011;REFB=0.0203164;REVB=-0.0075372;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058703;STB=0.511174;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0141408;OID=.;OPOS=138601662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:18:10:7:13:18:10:7:14 chr7 138740037 . G C 1415.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7499;QD=62.9069;RBI=0.0102409;REFB=0;REVB=-0.00790576;RO=0;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37177e-06;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:60:29:0:0:60:30:0:0 chr7 138761034 . G C 468.07 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00166455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.337;QD=22.8328;RBI=0.00171138;REFB=0.010337;REVB=-0.000397584;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141353;STB=0.577524;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00704155;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:24:21:11:26:24:21:11:26 chr7 138764060 . G A 323.83 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00460423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.221;QD=14.3922;RBI=0.0135742;REFB=-0.00693666;REVB=-0.0127695;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205265;STB=0.621554;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00820881;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:22:14:31:22:22:14:32:22 chr7 138764145 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00521489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.741;QD=9.14904;RBI=0.00559606;REFB=0.000934295;REVB=-0.00202996;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130459;STB=0.577734;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0021532;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:11:7:20:20:11:7:20:20 chr7 138764233 . C T 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00473441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.153;QD=8.86107;RBI=0.00813994;REFB=-0.0109495;REVB=0.00662147;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154589;STB=0.594448;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0322759;OID=.;OPOS=138764233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:8:5:17:16:8:5:17:16 chr7 138822599 . C T 232.2 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0274037;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.907;QD=16.586;RBI=0.0274109;REFB=0.0126529;REVB=-0.000625064;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978313;STB=0.551493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0215747;OID=.;OPOS=138822599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:30:26:26:0.464286:14:12:10:18:14:12:11:19 chr7 138831707 . C T 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00244944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.105;QD=16.9382;RBI=0.0147202;REFB=-0.00545445;REVB=-0.014515;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303854;STB=0.673889;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00923567;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:15:9:13:6:15:9 chr7 139138870 . GT G,GG 97.71 PASS AF=0.109756,0.097561;AO=9,8;DP=83;FAO=9,8;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=3,4;FSAR=6,4;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0135397,-0.0111336;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.289,231.638;QD=4.76641;RBI=0.0136259,0.0113037;REFB=-0.00809669,-0.00668385;REVB=-0.00153015,0.00195356;RO=63;SAF=3,4;SAR=6,4;SRF=27;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120332,0.0847309;STB=0.59027,0.561492;STBP=0.571,0.763;TYPE=del,snp;VARB=0.0130503,0.0594715;OID=.,.;OPOS=139138871,139138871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109756,0.097561:9,8:83:9,8:82:65:3,4:6,4:28:37:34:63:3,4:6,4:27:36 chr7 139138950 . C G 108.77 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.230905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4837;QD=6.49364;RBI=0.255708;REFB=-0.0112215;REVB=-0.109861;RO=44;SAF=1;SAR=16;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486105;STB=0.854045;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0109057;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:44:50:17:17:0.253731:16:1:12:32:16:1:17:33 chr7 139252780 . T C 563.6 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.389;QD=57.8051;RBI=0.0576236;REFB=-0.0133512;REVB=0.038942;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000936411;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr7 139311415 . A G 463.85 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.000696641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.222;QD=14.9628;RBI=0.00647696;REFB=-0.00503782;REVB=-0.00643938;RO=72;SAF=24;SAR=28;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826936;STB=0.546451;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00661278;OID=.;OPOS=139311415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:28:24:39:33:28:24:39:33 chr7 139415775 . G C 839.78 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00748834;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7854;QD=22.8511;RBI=0.0377312;REFB=0.00668669;REVB=0.0369807;RO=67;SAF=42;SAR=37;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042621;STB=0.519496;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00456936;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:67:68:79:79:0.537415:37:42:39:28:37:42:39:29 chr7 139415943 . G A 497.86 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00296379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.989;QD=21.1856;RBI=0.0240797;REFB=-0.00816114;REVB=-0.0238966;RO=46;SAF=27;SAR=20;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219267;STB=0.614127;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00791888;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:47:48:0.510638:20:27:15:31:21:27:15:31 chr7 139653196 . A C 714.41 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0577;QD=60.8012;RBI=0.0436675;REFB=-0.0455395;REVB=-0.0273558;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0015262;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr7 139719829 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0429416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.679;QD=13.7734;RBI=0.0533861;REFB=-0.0130788;REVB=-0.0317191;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24418;STB=0.62263;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0204586;OID=.;OPOS=139719829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:31:20:20:0.392157:13:7:17:12:13:7:17:14 chr7 139724358 . G A 1659.55 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.423;QD=60.3473;RBI=0.0266132;REFB=0;REVB=-0.00243135;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101193;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr7 139724555 . C T 1305.34 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756641;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9298;QD=62.1591;RBI=0.0479137;REFB=0;REVB=0.0473125;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90587e-06;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr7 139727135 . G A 865.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.453;QD=57.6736;RBI=0.0272041;REFB=0;REVB=0.0258308;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86566e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:35:21:0:0:38:22:0:0 chr7 139784641 . A G 1362.3 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00700617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.814;QD=61.2269;RBI=0.0201676;REFB=-0.0447491;REVB=0.0189116;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=8.19815e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:1:0:40:48:1:0 chr7 139785200 . A C 131.89 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.119602;FXX=0.036357;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.1327;QD=9.95419;RBI=0.136428;REFB=-0.0737178;REVB=0.0656363;RO=28;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240863;STB=0.578201;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0410731;OID=.;OPOS=139785200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:28:32:15:15:0.283019:12:3:6:22:12:3:9:23 chr7 140051790 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00884732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.79;QD=20.5425;RBI=0.0121762;REFB=-0.00451125;REVB=0.00836563;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199227;STB=0.611674;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00457574;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:8:17:11:13:8:17 chr7 140258000 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.599;QD=62.3508;RBI=0.0222758;REFB=0;REVB=0.00777534;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54178e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr7 140301731 . G T 742.95 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000816152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.332;QD=53.0679;RBI=0.0288782;REFB=-0.11176;REVB=0.0288667;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192307;STB=0.519993;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00058015;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:24:30:0:1:24:30:0:2 chr7 140774467 . C G 255.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.2645;QD=51.1607;RBI=0.0459046;REFB=0;REVB=0.0148003;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454226;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr7 141176928 . G A 531.51 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.000830231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139;QD=18.3279;RBI=0.00288301;REFB=-0.0194775;REVB=0.00276088;RO=60;SAF=19;SAR=37;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110389;STB=0.561323;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0192009;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:37:19:27:33:37:19:27:33 chr7 141364712 . G A 1936.98 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303591;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5233;QD=61.9834;RBI=0.0387645;REFB=0;REVB=-0.0241041;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5859e-05;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr7 141408695 . T C 470.26 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.00299105;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.017;QD=14.2504;RBI=0.0197873;REFB=-0.021844;REVB=-0.01956;RO=77;SAF=40;SAR=13;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181902;STB=0.606018;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0426144;OID=.;OPOS=141408695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:79:53:53:0.401515:13:40:47:30:13:40:48:31 chr7 141420768 . A G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00605922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.637;QD=15.9138;RBI=0.0452843;REFB=-0.0122385;REVB=0.0448771;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605709;STB=0.534114;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0137303;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:15:22:16:14:15:22 chr7 141464765 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0226222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.883;QD=15.3562;RBI=0.0265211;REFB=0.0087405;REVB=0.0138422;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212053;STB=0.619494;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0153547;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:14:19:16:28:14:19:16:28 chr7 141478308 . T C 140.73 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00132273;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8407;QD=11.9767;RBI=0.0253996;REFB=-0.0263771;REVB=-0.0253651;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190328;STB=0.595629;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0462337;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:33:31:16:16:0.340426:8:8:11:22:8:8:11:20 chr7 141478574 . G C 172.76 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0213343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1246;QD=11.5172;RBI=0.0213568;REFB=-0.0179627;REVB=-0.000979692;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221707;STB=0.63624;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0460506;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:14:8:21:16:14:8:22:16 chr7 141478800 . G A 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.000910373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.731;QD=17.5533;RBI=0.0753936;REFB=-0.0131862;REVB=-0.0753881;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782024;STB=0.543835;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0115263;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:13:23:23:18:13:23:23:18 chr7 141490238 . G T 335.49 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00955053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.172;QD=16.3652;RBI=0.0298293;REFB=-0.00705421;REVB=0.0282591;RO=44;SAF=7;SAR=29;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334883;STB=0.700926;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0106974;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:45:36:37:0.45122:29:7:21:23:30:7:22:23 chr7 141501943 . G C 192.88 PASS AF=0.4;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0676198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9692;QD=12.8583;RBI=0.0712808;REFB=-0.0192295;REVB=0.0225502;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0435735;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:35:36:22:24:0.4:12:10:17:18:12:12:18:18 chr7 141537735 . T G 693.34 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00421163;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.196;QD=17.3336;RBI=0.00502056;REFB=-0.00708878;REVB=-0.0027328;RO=85;SAF=22;SAR=52;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216278;STB=0.623965;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0134452;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:86:74:74:0.4625:52:22:43:42:52:22:44:42 chr7 141538741 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0198503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.372;QD=18.1184;RBI=0.0241696;REFB=-0.00246358;REVB=0.013789;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.592487;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00521022;OID=.;OPOS=141538741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:10:10:12:6:10:10 chr7 141672604 . T C 173.45 PASS AF=0.653846;AO=6;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.158489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2092;QD=26.6846;RBI=0.161146;REFB=-0.149561;REVB=0.0291437;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751961;STB=0.559251;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.126837;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:26:26:5:5:6:17:0.653846:6:0:2:3:6:11:2:3 chr7 141673345 . C G 125.2 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0831379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9628;QD=17.8863;RBI=0.0831722;REFB=-0.037353;REVB=0.00238952;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.581274;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0435217;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:4:9:8:6:4:10:8:6 chr7 141747658 . A G 938.63 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2113;QD=57.7619;RBI=0.0277136;REFB=0;REVB=0.0246081;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126131;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr7 141755358 . T C 444.93 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0130213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.991;QD=17.9769;RBI=0.0169662;REFB=0.000709735;REVB=0.0108764;RO=54;SAF=12;SAR=32;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153121;STB=0.589863;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000610902;OID=.;OPOS=141755358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:44:45:0.454545:32:12:22:32:33:12:22:32 chr7 141759676 . T C 546.4 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00514714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.153;QD=15.7236;RBI=0.0118642;REFB=-0.00943469;REVB=0.0106896;RO=80;SAF=31;SAR=28;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382725;STB=0.521434;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0066317;OID=.;OPOS=141759676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:80:59:59:0.42446:28:31:45:35:28:31:45:35 chr7 141765410 . T C 456.72 PASS AF=0.36129;AO=56;DP=155;FAO=56;FDP=155;FR=.;FRO=99;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.00684686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.3606;QD=11.7863;RBI=0.0300456;REFB=-0.00953086;REVB=-0.029255;RO=99;SAF=16;SAR=40;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125655;STB=0.572007;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0197608;OID=.;OPOS=141765410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:99:99:56:56:0.36129:40:16:38:61:40:16:38:61 chr7 141796131 . G A 741.04 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016272;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.409;QD=57.0029;RBI=0.0192474;REFB=0;REVB=0.0102803;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83603e-06;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr7 141838362 . C G 1352.12 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0208008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.582;QD=58.7879;RBI=0.0269842;REFB=-0.0520159;REVB=-0.0171893;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.504534;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000209551;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:0:3:89:89:0.967391:42:47:0:0:42:47:2:1 chr7 141857846 . A G 2403.42 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.524;QD=61.2337;RBI=0.0220043;REFB=0;REVB=0.0144455;RO=0;SAF=74;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.87047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61364e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:83:74:0:0:83:74:0:0 chr7 141896059 . A G 361.18 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0164905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.29;QD=12.0395;RBI=0.0190225;REFB=-0.0109713;REVB=-0.00948261;RO=76;SAF=19;SAR=25;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162206;STB=0.592509;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0239428;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:25:19:44:32:25:19:44:32 chr7 141898522 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.212;QD=56.1914;RBI=0.018872;REFB=0;REVB=0.0108532;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150854;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 141920120 . G C 79.91 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0594504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6002;QD=16.8229;RBI=0.0759108;REFB=-0.0363763;REVB=0.0472027;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.631334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0245727;OID=.;OPOS=141920120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:2:7:5:5:2:7 chr7 141955128 . C T 310.59 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0169004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.956;QD=23.4408;RBI=0.0491407;REFB=-0.0172562;REVB=0.0461431;RO=22;SAF=7;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212508;STB=0.618099;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0229873;OID=.;OPOS=141955128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:24:7:10:12:24:7:10:12 chr7 141957504 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0104525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.38;QD=9.1886;RBI=0.0105634;REFB=-0.00486241;REVB=-0.00152685;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119597;STB=0.572733;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0133348;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:14:11:6:5:14:11 chr7 142001030 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.026;QD=59.8287;RBI=0.0529647;REFB=0;REVB=0.0478436;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90853e-05;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:48:55:0:0:48:55:0:0 chr7 142013384 . G C 1388.9 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000360877;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.519;QD=63.132;RBI=0.00212467;REFB=0;REVB=-0.0020938;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556347;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:87:88:1:51:36:0:0:51:37:0:0 chr7 142045848 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.705;QD=56.9564;RBI=0.0450222;REFB=0;REVB=0.0226148;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50819e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr7 142045924 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.836;QD=56.1914;RBI=0.0350369;REFB=0;REVB=0.0128511;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520097;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr7 142099484 . G C 79.93 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.151836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7758;QD=4.50325;RBI=0.152943;REFB=-0.0182017;REVB=0.0183655;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308388;STB=0.605223;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0681641;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:71:71:43:57:14:14:0.197183:4:10:20:23:4:10:34:23 chr7 142099512 . T G 47.04 PASS AF=0.125;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0513284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.876;QD=2.35188;RBI=0.0520126;REFB=-0.00594597;REVB=-0.00840907;RO=65;SAF=8;SAR=2;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40088;STB=0.765398;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0349769;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:75:80:65:70:10:10:0.125:2:8:31:34:2:8:36:34 chr7 142099541 . T C 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0162701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.367;QD=1.37032;RBI=0.0172989;REFB=-0.00311842;REVB=-0.00587677;RO=82;SAF=6;SAR=2;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250976;STB=0.705345;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0326269;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:2:6:44:38:2:6:44:38 chr7 142119831 . G A 945.01 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0235897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.587;QD=53.2401;RBI=0.0416204;REFB=-0.0813594;REVB=0.0342897;RO=4;SAF=34;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000793318;STB=0.50042;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00885032;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:33:34:2:2:33:34:2:2 chr7 142124170 . C T 1015.36 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199075;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.39;QD=58.0206;RBI=0.0243624;REFB=0.0302977;REVB=0.0140435;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=5.58575e-05;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:0:1:33:36:0:1 chr7 142124424 . T G 2106.87 PASS AF=0.960265;AO=145;DP=152;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00536843;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.706;QD=55.8112;RBI=0.00706563;REFB=-0.00430471;REVB=0.00459381;RO=7;SAF=59;SAR=86;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019627;STB=0.503826;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000153696;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:152:151:7:6:145:145:0.960265:86:59:3:4:86:59:3:3 chr7 142124492 . C T 32.55 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0025964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.247;QD=1.21665;RBI=0.00660602;REFB=-0.000138423;REVB=-0.0060744;RO=98;SAF=5;SAR=4;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166981;STB=0.513597;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000973229;OID=.;OPOS=142124492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:4:5:53:45:4:5:53:45 chr7 142124539 . C T 100.63 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0145103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.717;QD=4.47225;RBI=0.020858;REFB=-0.0137622;REVB=-0.0149835;RO=72;SAF=11;SAR=6;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666508;STB=0.538415;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0385147;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:73:17:17:0.188889:6:11:43:29:6:11:44:29 chr7 142131832 . C T 59.62 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0123044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.239;QD=5.54592;RBI=0.0125429;REFB=-0.00724239;REVB=0.00243435;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411935;STB=0.769027;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0140198;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:7:2:19:15:7:2:19:15 chr7 142131836 . C G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0797837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.059;QD=5.69577;RBI=0.0801815;REFB=-0.0209949;REVB=-0.00797713;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427303;STB=0.777161;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0234186;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:7:2:19:14:7:2:19:14 chr7 142139348 . C T 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189658;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.792;QD=63.3405;RBI=0.0198665;REFB=0;REVB=0.00591425;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4805e-05;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr7 142139783 . C A,G 785.64 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141154,0.0228929;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=220.175,16.69;QD=62.8508;RBI=0.0150681,0.0244578;REFB=0,0;REVB=0.00527268,0.00860816;RO=0;SAF=26,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000887784,0.0396218;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:21,0:26,3:0:0:21,0:26,3:0:0 chr7 142143804 . A C 1744.24 PASS AF=0.975;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0211708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.301;QD=58.1413;RBI=0.02578;REFB=-0.024874;REVB=-0.0147106;RO=3;SAF=61;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923301;STB=0.504707;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000475389;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:120:3:3:116:117:0.975:55:61:1:2:56:61:1:2 chr7 142149160 . T G 1954.94 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0024126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.136;QD=61.092;RBI=0.0129928;REFB=0.0271521;REVB=0.0127668;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871838;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000475548;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:73:54:1:0:73:54:1:0 chr7 142149349 . A C 747.12 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.524;QD=56.386;RBI=0.0373625;REFB=0;REVB=0.0261398;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791058;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr7 142162001 . A C 2603.11 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.451;QD=61.9787;RBI=0.00507835;REFB=0;REVB=-0.00205563;RO=0;SAF=74;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08863e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:166:168:1:92:74:0:0:92:76:0:0 chr7 142162148 . C T 2335.71 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000341676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.064;QD=61.0644;RBI=0.000514685;REFB=0;REVB=-0.000384914;RO=0;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2104e-06;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:80:73:0:0:80:73:0:0 chr7 142162306 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.895;QD=56.9569;RBI=0.0144835;REFB=0;REVB=-0.0144459;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24361e-05;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr7 142168414 . G C 38.83 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0141279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.743;QD=2.93076;RBI=0.014128;REFB=-0.00374978;REVB=3.02724e-05;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073387;STB=0.552925;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.017835;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:3:4:29:17:3:4:29:17 chr7 142168429 . A G 896.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103841;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.342;QD=58.757;RBI=0.0189024;REFB=0;REVB=0.0188738;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356167;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr7 142168452 . C A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.069;QD=60.2044;RBI=0.0188672;REFB=0;REVB=-0.00360292;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00477e-05;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:24:49:0:0:24:49:0:0 chr7 142168662 . CG TC 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539766;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.23;QD=62.0075;RBI=0.0376812;REFB=0;REVB=0.0372926;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.25378e-05;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr7 142168819 . G A 362.19 PASS AF=0.852941;AO=28;DP=33;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0312966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.293;QD=42.6102;RBI=0.0412117;REFB=-0.0284258;REVB=-0.0268128;RO=4;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167945;STB=0.608618;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00632219;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:34:4:5:28:29:0.852941:9:19:0:4:9:20:0:5 chr7 142168856 . C G 319.84 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00493101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1919;QD=39.9802;RBI=0.0424065;REFB=-0.0553674;REVB=-0.0421188;RO=6;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174622;STB=0.594925;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0244423;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:9:17:1:5:9:17:1:5 chr7 142176378 . A G 1138.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613966;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.041;QD=60.7258;RBI=0.0293073;REFB=0;REVB=0.028657;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7657e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr7 142180704 . G T 363.65 PASS AF=0.248869;AO=55;DP=221;FAO=55;FDP=221;FR=.;FRO=166;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=71;FSRR=95;FWDB=-0.00334568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.65;QD=6.58196;RBI=0.00524121;REFB=-0.00236301;REVB=-0.00403444;RO=165;SAF=24;SAR=31;SRF=71;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773223;STB=0.506615;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00523178;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:165:166:55:55:0.248869:31:24:71:94:31:24:71:95 chr7 142180737 . T A 382.74 PASS AF=0.264151;AO=56;DP=213;FAO=56;FDP=212;FR=.;FRO=156;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=0.02565;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.075;QD=7.22157;RBI=0.027095;REFB=-0.00299782;REVB=-0.00873002;RO=156;SAF=22;SAR=34;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791659;STB=0.547042;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0290666;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:156:156:56:56:0.264151:34:22:71:85:34:22:71:85 chr7 142180770 . T C 416.03 PASS AF=0.305556;AO=55;DP=180;FAO=55;FDP=180;FR=.;FRO=125;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=0.00111228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.316;QD=9.24506;RBI=0.00793618;REFB=-0.00325612;REVB=-0.00785785;RO=125;SAF=20;SAR=35;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104875;STB=0.561159;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00769343;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:125:125:55:55:0.305556:35:20:56:69:35:20:56:69 chr7 142180876 . CA TG 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0113447;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.533;QD=1.68351;RBI=0.0289491;REFB=-0.00511999;REVB=-0.0266336;RO=65;SAF=2;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223755;STB=0.678487;STBP=0.367;TYPE=mnp;VARB=0.0423496;OID=.;OPOS=142180876;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:5:2:31:34:5:2:31:34 chr7 142231701 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.33;QD=59.3228;RBI=0.0201834;REFB=0;REVB=0.0163748;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58288e-05;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr7 142247134 . T C 638.85 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00754984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.863;QD=59.4277;RBI=0.039743;REFB=-0.0852691;REVB=0.0390193;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000589417;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:0:1:17:25:0:1 chr7 142247263 . G A 90.83 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0140836;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.505;QD=7.89858;RBI=0.027638;REFB=-0.0153488;REVB=0.0237804;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172014;STB=0.539615;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0433815;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:46:35:34:11:12:0.26087:8:3:14:21:8:4:13:21 chr7 142247270 . TG CA 91.9 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0113408;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.799;QD=7.82152;RBI=0.0218493;REFB=-0.0333492;REVB=-0.0186756;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127435;STB=0.507923;STBP=0.966;TYPE=mnp;VARB=0.0255058;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:48:47:35:35:12:12:0.255319:8:4:12:23:8:4:12:23 chr7 142247285 . G C 125.42 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0268086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9069;QD=8.95849;RBI=0.0293095;REFB=-0.0187039;REVB=-0.0118467;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110636;STB=0.501083;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0421808;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:39:17:17:0.303571:10:7:16:22:10:7:16:23 chr7 142247288 . T C 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0378851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.884;QD=9.70528;RBI=0.0405255;REFB=-0.0120374;REVB=-0.0143887;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382809;STB=0.522702;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0237526;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:11:7:16:22:11:7:16:22 chr7 142247347 . AT CC 117.71 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0447525;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.1593;QD=9.23216;RBI=0.0549503;REFB=-0.0048232;REVB=-0.0318866;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974757;STB=0.542799;STBP=0.722;TYPE=mnp;VARB=0.00852252;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:36:15:15:0.294118:10:5:14:20:10:5:14:22 chr7 142247380 . T A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0178507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.063;QD=13.5804;RBI=0.0222497;REFB=-0.00415434;REVB=0.0132817;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158385;STB=0.592909;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00749327;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:12:5:12:16:12:5:12:16 chr7 142247396 . A T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0104783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.941;QD=8.89993;RBI=0.0146804;REFB=-0.00275285;REVB=0.010282;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209603;STB=0.644883;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00648092;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:8:3:11:14:8:3:12:14 chr7 142250938 . T G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.793;QD=59.1432;RBI=0.0605065;REFB=0;REVB=0.0244861;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248801;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr7 142250988 . G A 669.46 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9417;QD=60.8598;RBI=0.0124765;REFB=0;REVB=-0.0117042;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21966e-05;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:24:19:0:1:25:19:0:0 chr7 142251132 . G T 557.64 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.819;QD=60.2849;RBI=0.0476909;REFB=0;REVB=0.0234801;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195237;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr7 142326607 . C T 735.65 PASS AF=0.584746;AO=66;DP=117;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00863882;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.544;QD=24.9371;RBI=0.0164621;REFB=-0.021289;REVB=0.0140133;RO=50;SAF=36;SAR=30;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597303;STB=0.537767;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0137647;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:50:49:66:69:0.584746:30:36:31:19:33:36:30:19 chr7 142326783 . A G 210.51 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00484669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.428;QD=26.3142;RBI=0.0049344;REFB=0.00322927;REVB=0.000926216;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.583246;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0014174;OID=.;OPOS=142326783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:6:14:6:6:6:14:6:6 chr7 142326909 . C G 943.19 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196561;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6441;QD=58.9495;RBI=0.0556436;REFB=0;REVB=0.0520562;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504121;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr7 142334648 . A T 349.5 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00551777;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.739;QD=16.8434;RBI=0.0157075;REFB=-0.0113454;REVB=-0.0147064;RO=46;SAF=26;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332965;STB=0.687273;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00956828;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:46:46:37:37:0.445783:11:26:17:29:11:26:17:29 chr7 142334744 . C A 458.0 PASS AF=0.476636;AO=42;DP=98;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0465304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.195;QD=17.1217;RBI=0.0465345;REFB=-0.0141081;REVB=-0.00062302;RO=56;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121828;STB=0.5238;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0161048;OID=.;OPOS=142334744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:107:56:56:42:51:0.476636:23:19:26:30:25:26:26:30 chr7 142373010 . C T 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00158537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.388;QD=14.596;RBI=0.0213517;REFB=-0.0152344;REVB=-0.0212928;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516295;STB=0.529246;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0267479;OID=.;OPOS=142373010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:20:16:21:32:20:16:21:32 chr7 142374072 . C A 236.44 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0220705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5363;QD=11.2589;RBI=0.0311942;REFB=-0.00249118;REVB=0.0220448;RO=54;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138739;STB=0.586147;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00502581;OID=.;OPOS=142374072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:29:29:0.345238:17:12:29:25:17:12:30:25 chr7 142374083 . A G 237.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0173235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.258;QD=11.4324;RBI=0.0173237;REFB=-0.000314814;REVB=8.22524e-05;RO=54;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199226;STB=0.615053;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000419674;OID=.;OPOS=142374083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:17:12:32:22:17:12:32:22 chr7 142378633 . G A 302.21 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00706291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.497;QD=19.4974;RBI=0.0145711;REFB=-0.015302;REVB=0.0127448;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897984;STB=0.549867;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0236666;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:19:11:15:17:19:11 chr7 142378831 . C G 778.6 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.492;QD=56.6258;RBI=0.0215732;REFB=0;REVB=0.0198533;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40627e-05;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:28:27:0:0 chr7 142423562 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7507;QD=61.536;RBI=0.0785827;REFB=0;REVB=0.0739189;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355989;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr7 142458451 . A T 66.15 PASS AF=0.0901288;AO=21;DP=234;FAO=21;FDP=233;FR=.;FRO=212;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=108;FSRR=104;FWDB=-0.0250895;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.574;QD=1.13567;RBI=0.025104;REFB=-0.000844097;REVB=0.000851806;RO=211;SAF=14;SAR=7;SRF=107;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19021;STB=0.645209;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0170782;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:234:233:211:212:21:21:0.0901288:7:14:107:104:7:14:108:104 chr7 142458737 . C G 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0136891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.711;QD=4.70023;RBI=0.0366431;REFB=-0.00604536;REVB=-0.0339901;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211172;STB=0.624653;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0139243;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:36:28:29:7:7:0.194444:4:3:17:11:4:3:17:12 chr7 142458829 . A G 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000814306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.767;QD=5.06449;RBI=0.0238583;REFB=-0.00826517;REVB=-0.0238444;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904079;STB=0.558307;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0319864;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:7:5:23:24:7:5:23:24 chr7 142458837 . A T 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.029894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.462;QD=4.51199;RBI=0.0384527;REFB=-0.0113204;REVB=0.0241859;RO=50;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15222;STB=0.590878;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0476023;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:63:50:51:12:12:0.190476:7:5:27:23:7:5:27:24 chr7 142458841 . AT A 71.34 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00836827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.94;QD=4.60265;RBI=0.0313546;REFB=0.000429185;REVB=-0.0302172;RO=50;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15222;STB=0.598767;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=-0.00719935;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:12:62:12:62:50:5:7:27:23:71:50:5:7:27:23 chr7 142460335 . A G 137.42 PASS AF=0.166667;AO=26;DP=155;FAO=26;FDP=156;FR=.;FRO=130;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=0.00892635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6818;QD=3.52368;RBI=0.0305973;REFB=-0.00472563;REVB=0.0292662;RO=129;SAF=15;SAR=11;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113259;STB=0.576864;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0244906;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:129:130:26:26:0.166667:11:15:63:66:11:15:63:67 chr7 142460369 . G A 108.08 PASS AF=0.144737;AO=22;DP=152;FAO=22;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.0266665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.732;QD=2.8442;RBI=0.0266692;REFB=-0.000295762;REVB=0.000377141;RO=130;SAF=11;SAR=11;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292262;STB=0.519719;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00190854;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:130:130:22:22:0.144737:11:11:62:68:11:11:62:68 chr7 142460394 . T C 65.84 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.0132482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3274;QD=1.881;RBI=0.0502951;REFB=-0.0014068;REVB=-0.0485189;RO=124;SAF=9;SAR=7;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125236;STB=0.590314;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0140378;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:140:124:124:16:16:0.114286:7:9:57:67:7:9:57:67 chr7 142460412 . A C 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0289472;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.295;QD=1.10963;RBI=0.0354203;REFB=-0.000980918;REVB=-0.0204123;RO=104;SAF=5;SAR=4;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827498;STB=0.572961;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0129213;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:113:112:104:103:9:9:0.0803571:4:5:50:54:4:5:49:54 chr7 142479915 . T C 740.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.636;QD=56.9691;RBI=0.0275519;REFB=0;REVB=-0.00296871;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65408e-05;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr7 142479954 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.246;QD=62.1619;RBI=0.016087;REFB=0;REVB=-0.0102704;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62692e-05;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr7 142480002 . C A 1420.64 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150542;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.589;QD=63.1398;RBI=0.0188111;REFB=0;REVB=0.0112795;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11695e-05;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr7 142480067 . C T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00489684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.916;QD=56.0075;RBI=0.012872;REFB=-0.0711912;REVB=0.0119042;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000508027;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:1:0:36:24:1:0 chr7 142498738 . C G 33.44 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0137473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.993;QD=3.18496;RBI=0.0155613;REFB=-0.00122923;REVB=0.00729157;RO=36;SAF=2;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115093;STB=0.644672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0179441;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:36:36:5:6:0.142857:3:2:18:18:4:2:18:18 chr7 142498833 . A T 438.66 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0557729;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1315;QD=14.2652;RBI=0.0603905;REFB=-0.00273754;REVB=0.0231604;RO=69;SAF=23;SAR=27;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338869;STB=0.519731;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00619326;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:73:50:50:0.406504:27:23:34:35:27:23:36:37 chr7 142498837 . C T 451.13 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00154495;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.357;QD=14.6708;RBI=0.00173281;REFB=-0.00832999;REVB=0.000784713;RO=72;SAF=24;SAR=27;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450565;STB=0.525349;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.012663;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:72:72:51:51:0.414634:27:24:37:35:27:24:37:35 chr7 142498897 . A G 525.31 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0101143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.885;QD=15.9185;RBI=0.0198802;REFB=-0.0228463;REVB=-0.017115;RO=75;SAF=26;SAR=31;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514115;STB=0.528775;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.029879;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:31:26:38:37:31:26:38:37 chr7 142499071 . T C 428.95 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0105083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.005;QD=15.7411;RBI=0.0105223;REFB=-0.0264943;REVB=-0.000542653;RO=60;SAF=34;SAR=14;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295778;STB=0.524015;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0213213;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:14:34:41:19:14:34:41:20 chr7 142563253 . T G 925.63 PASS AF=0.47449;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=196;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0200084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1857;QD=18.8905;RBI=0.0217634;REFB=-0.0104684;REVB=0.00856213;RO=101;SAF=44;SAR=49;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580281;STB=0.537037;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00852469;OID=.;OPOS=142563253;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:101:103:93:93:0.47449:49:44:54:47:49:44:56:47 chr7 142565385 . G A 303.29 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0038343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.35;QD=25.8119;RBI=0.031729;REFB=-0.00452028;REVB=0.0314965;RO=19;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147521;STB=0.573655;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00344524;OID=.;OPOS=142565385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:19:8:9:10:19:8:9:11 chr7 142565776 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00659032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.603;QD=16.6272;RBI=0.00921976;REFB=-0.00543895;REVB=-0.00644761;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185092;STB=0.60719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0100697;OID=.;OPOS=142565776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:7:7:4:9:7:7 chr7 142566684 . C CCT 283.65 PASS AF=0.535714;AO=25;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0537281;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=2;MLLD=117.209;QD=20.2609;RBI=0.0537882;REFB=0.00974157;REVB=0.00254296;RO=27;SAF=3;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363704;STB=0.710352;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=-0.0139849;OID=.;OPOS=142566685;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:25:57:30:56:26:3:27:9:17:99:27:3:22:10:17 chr7 142568847 . A G 140.63 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0546737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5784;QD=13.0821;RBI=0.11635;REFB=-0.00484916;REVB=-0.102704;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994351;STB=0.558068;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00662613;OID=.;OPOS=142568847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:16:11:8:8:16:11 chr7 142570217 . C T 460.49 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.020727;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.972;QD=18.0584;RBI=0.0210364;REFB=-0.0144496;REVB=-0.0035946;RO=53;SAF=21;SAR=28;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123781;STB=0.568486;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0135841;OID=.;OPOS=142570217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:53:49:49:0.480392:28:21:16:37:28:21:16:37 chr7 142609749 . C T 489.54 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.00547216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2856;QD=16.7365;RBI=0.0382231;REFB=-0.014177;REVB=-0.0378294;RO=63;SAF=19;SAR=35;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719938;STB=0.53995;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0123624;OID=.;OPOS=142609749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:35:19:18:45:35:19:18:45 chr7 142622714 . G A 851.98 PASS AF=0.524691;AO=84;DP=162;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00341148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4508;QD=21.0365;RBI=0.0121207;REFB=-0.019041;REVB=-0.0116307;RO=77;SAF=31;SAR=53;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429942;STB=0.525724;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.016272;OID=.;OPOS=142622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:77:77:84:85:0.524691:53:31:32:45:54:31:32:45 chr7 142625249 . T C 371.97 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0186853;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.761;QD=16.7176;RBI=0.018703;REFB=-0.0170992;REVB=-0.000812688;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112598;STB=0.563186;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0228417;OID=.;OPOS=142625249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:50:39:39:0.438202:20:19:30:20:20:19:30:20 chr7 142625882 . G A 1345.92 PASS AF=0.549784;AO=127;DP=230;FAO=127;FDP=231;FR=.;FRO=104;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.00243596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.148;QD=23.3059;RBI=0.0129184;REFB=-0.0255114;REVB=0.0126867;RO=103;SAF=70;SAR=57;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125564;STB=0.566117;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0232071;OID=.;OPOS=142625882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:103:104:127:127:0.549784:57:70:41:62:57:70:42:62 chr7 142626549 . C T 237.52 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0231482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.812;QD=20.6539;RBI=0.0371637;REFB=-0.0131158;REVB=0.0290741;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182832;STB=0.60169;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0125332;OID=.;OPOS=142626549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:4:19:15:8:4:19 chr7 142724062 . C T 420.85 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00719084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.416;QD=20.5295;RBI=0.0163321;REFB=0.00809041;REVB=0.0146639;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440361;STB=0.524379;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00914479;OID=.;OPOS=142724062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:22:18:21:21:22:18 chr7 142749737 . C T 299.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.067587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8756;QD=16.164;RBI=0.068864;REFB=-0.02036;REVB=0.0132002;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170301;STB=0.601889;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.025703;OID=.;OPOS=142749737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:33:33:0.445946:14:19:16:24:14:19:16:25 chr7 142749953 . C T 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0025607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.246;QD=20.2057;RBI=0.0271567;REFB=0.00391055;REVB=-0.0270357;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795218;STB=0.545383;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00413223;OID=.;OPOS=142749953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:4:6:9:4:4:6 chr7 142750147 . C T 494.36 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0648374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9092;QD=22.9934;RBI=0.0775298;REFB=-0.0126957;REVB=0.0425088;RO=39;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191419;STB=0.598685;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0124554;OID=.;OPOS=142750147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:39:39:46:47:0.546512:26:20:26:13:26:21:26:13 chr7 142919731 . C A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0157937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8486;QD=16.1065;RBI=0.0158681;REFB=0.017102;REVB=-0.00153456;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16466;STB=0.592929;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0115456;OID=.;OPOS=142919731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:2:20:14:3:2:20 chr7 143016928 . C T 130.82 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.01523;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.535;QD=13.0817;RBI=0.0165397;REFB=0.00401695;REVB=0.00645057;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991377;STB=0.558062;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0068946;OID=.;OPOS=143016928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:7:8:11:14:7:8:11:14 chr7 143017807 . G T 1066.48 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.781;QD=58.4372;RBI=0.0149282;REFB=-0.133001;REVB=-0.000400588;RO=1;SAF=56;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837237;STB=0.504424;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000208364;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:16:56:1:0:16:56:1:0 chr7 143020649 . G A 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00398034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.158;QD=9.26194;RBI=0.0185236;REFB=-0.0132186;REVB=-0.0180909;RO=38;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407728;STB=0.744198;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0275361;OID=.;OPOS=143020649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:4:13:16:22:4:13:16:22 chr7 143020944 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.704;QD=16.1191;RBI=0.00943321;REFB=-0.0215292;REVB=0.00943321;RO=13;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.034408;OID=.;OPOS=143020944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:12:0:0:13:12:0:0:13 chr7 143036337 . C T 323.39 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0049038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.974;QD=19.5996;RBI=0.00490527;REFB=0.00151333;REVB=0.000120011;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160623;STB=0.590857;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00177328;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:32:32:34:0.515152:17:15:9:22:17:17:10:22 chr7 143042837 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0122368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.192;QD=18.0813;RBI=0.0232779;REFB=-0.0107135;REVB=-0.0198021;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102405;STB=0.551853;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0138962;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:47:41:41:0.465909:24:17:24:22:24:17:24:23 chr7 143043240 . C T 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0340751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4651;QD=16.4185;RBI=0.0350918;REFB=-0.00439603;REVB=0.00838611;RO=34;SAF=3;SAR=26;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159089;STB=0.590838;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00237893;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:26:3:6:28:26:3:6:28 chr7 143053260 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.023;QD=63.2867;RBI=0.0254658;REFB=0;REVB=0.0227297;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113296;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr7 143085887 . G A 327.55 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0065062;FXX=0.0487745;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.824;QD=16.7973;RBI=0.011028;REFB=-0.0213387;REVB=-0.00890431;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195892;STB=0.620871;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0224725;OID=.;OPOS=143085887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:15:20:15:26:15:20:15:28 chr7 143088823 . T C,G 385.15 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024949,0.0174547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.846,146.22;QD=55.0219;RBI=0.0368489,0.0271595;REFB=0,0;REVB=0.0271181,0.020808;RO=0;SAF=11,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000576034,0.0551435;OID=.,.;OPOS=143088823,143088823;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:15,1:11,1:0:0:15,1:11,1:0:0 chr7 143088867 . T C 290.06 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.616;QD=52.7386;RBI=0.0626568;REFB=0;REVB=0.062205;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457908;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:14:8:0:0 chr7 143093538 . G A 1548.92 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0058;QD=63.873;RBI=0.0799431;REFB=0;REVB=-0.0793646;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566212;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr7 143097100 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1172;QD=58.142;RBI=0.0452016;REFB=0;REVB=0.0424204;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123539;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 143141475 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6007;QD=59.4289;RBI=0.0527838;REFB=0;REVB=0.0512978;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986121;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr7 143175154 . G A 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0395276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.012;QD=14.6645;RBI=0.0396238;REFB=-0.00958736;REVB=0.00275927;RO=65;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491562;STB=0.527627;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0125302;OID=.;OPOS=143175154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:26:21:26:39:26:21:26:39 chr7 143175345 . C T 762.87 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0187045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.855;QD=22.2735;RBI=0.0200693;REFB=-0.0278919;REVB=0.0072746;RO=62;SAF=39;SAR=34;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692692;STB=0.545115;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0218422;OID=.;OPOS=143175345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:62:64:73:73:0.532847:34:39:28:34:34:39:28:36 chr7 143208968 . A G 1087.4 PASS AF=0.986667;AO=60;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3224;QD=57.9949;RBI=0.044893;REFB=-0.135366;REVB=0.044737;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00311233;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:0:1:60:74:0.986667:18:42:0:0:32:42:1:0 chr7 143270172 . A G 1240.44 PASS AF=0.977528;AO=77;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0490229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.9372;QD=55.7501;RBI=0.0494577;REFB=-0.196902;REVB=-0.00654354;RO=2;SAF=36;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255651;STB=0.51351;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0292443;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:77:87:0.977528:41:36:2:0:51:36:2:0 chr7 143632618 . C T 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.662;QD=60.7144;RBI=0.0242022;REFB=0;REVB=0.0240675;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012284;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr7 143633297 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.136;QD=62.9789;RBI=0.0276704;REFB=0;REVB=-0.00602464;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150262;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr7 143657427 . C T 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0527479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6367;QD=16.5778;RBI=0.0611043;REFB=-0.0196873;REVB=-0.0308446;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381975;STB=0.521442;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0236927;OID=.;OPOS=143657427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:19:13:14:24:19:13:14:24 chr7 143657801 . A G 2015.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.408;QD=62.0083;RBI=0.0464288;REFB=0;REVB=0.00445844;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10444e-05;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:130:0:0:126:130:1:76:50:0:0:76:54:0:0 chr7 143701516 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00385363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.318;QD=23.3815;RBI=0.0195328;REFB=0.00430182;REVB=-0.0191488;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268771;STB=0.651997;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00371232;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:15:4:7:7:15:4:7:7 chr7 143701884 . C T 574.86 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6566;QD=60.5116;RBI=0.0404982;REFB=0;REVB=0.0391558;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100169;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr7 143748364 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.298;QD=60.0308;RBI=0.016311;REFB=0;REVB=0.0127451;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65534e-06;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr7 143771408 . G C 789.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187031;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.208;QD=64.4305;RBI=0.0282836;REFB=0;REVB=0.0212169;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121351;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr7 143771536 . G A 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.696;QD=60.7107;RBI=0.0305919;REFB=0;REVB=0.0286366;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65663e-05;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr7 143771557 . T C 242.51 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00915916;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.135;QD=12.4365;RBI=0.0097068;REFB=0.00397213;REVB=-0.0032143;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165778;STB=0.50953;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00697997;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:17:12:21:28:17:12:21:28 chr7 143771937 . G C 997.53 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.568;QD=57.8277;RBI=0.00964646;REFB=-0.0267251;REVB=-0.00510685;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89257e-05;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:69:1:0:67:69:1:38:29:1:0:39:30:0:0 chr7 143807515 . T G 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0101356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.093;QD=16.8215;RBI=0.0126866;REFB=-0.0207251;REVB=-0.00763018;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719406;STB=0.541137;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0320895;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:14:14:9:12:14:14 chr7 143807518 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00415507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.865;QD=18.1541;RBI=0.0118108;REFB=-0.0111544;REVB=-0.0110557;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497351;STB=0.528275;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0180165;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:13:12:9:12:13:12 chr7 143826603 . G T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0105274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.618;QD=23.598;RBI=0.0134941;REFB=-0.00335509;REVB=0.00844186;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135327;STB=0.563208;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00252563;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:7:13:12:13:8:13 chr7 143826697 . C G 108.05 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00921791;FXX=0.140326;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0201;QD=8.82052;RBI=0.00995754;REFB=-0.0117062;REVB=-0.00376598;RO=33;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104081;STB=0.537263;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0394957;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:49:33:34:14:15:0.306122:10:4:12:21:10:5:13:21 chr7 143826729 . ACTT A 195.16 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0209081;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.349;QD=14.1934;RBI=0.0210743;REFB=-0.00133708;REVB=0.00264148;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126384;STB=0.532742;STBP=0.746;TYPE=del;VARB=0.00190702;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:22:56:23:55:32:6:17:7:25:99:32:5:17:7:25 chr7 143882673 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00564166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1626;QD=10.3902;RBI=0.0291589;REFB=-0.0248122;REVB=-0.0286079;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119123;STB=0.571245;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0369286;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:10:1:1:6:10:1 chr7 143884103 . G A 520.08 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0238595;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.871;QD=22.8605;RBI=0.0245308;REFB=-0.0373307;REVB=-0.00569919;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100933;STB=0.550339;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.034004;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:42:48:49:0.538462:24:24:16:26:25:24:16:26 chr7 144015434 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.63;QD=49.5992;RBI=0.0697935;REFB=0;REVB=0.0215176;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228612;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr7 144015437 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.834;QD=49.5992;RBI=0.0200243;REFB=0;REVB=-0.0112321;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041807;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr7 144060802 . C T 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.73;QD=33.3959;RBI=0.0243336;REFB=0;REVB=-0.024284;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120898;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 144095600 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7185;QD=40.7571;RBI=0.0599439;REFB=0;REVB=0.057772;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464837;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr7 144098990 . C CA 428.5 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.8072;QD=38.9544;RBI=0.157114;REFB=0;REVB=-0.156822;RO=39;SAF=1;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00480245;OID=.;OPOS=144098991;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:44:44:0:23:21:0:0:8:39:1:4:22:17 chr7 144098992 . G A 589.76 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0164967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3808;QD=52.4233;RBI=0.0330977;REFB=-0.138664;REVB=-0.0286935;RO=4;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051209;STB=0.525503;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0134271;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:44:45:4:4:40:41:0.911111:18:22:1:3:19:22:1:3 chr7 147674978 . A G 214.14 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.000465866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.502;QD=14.768;RBI=0.00234368;REFB=-0.00668025;REVB=0.00229692;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190972;STB=0.59992;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00750161;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:25:25:0.431034:15:10:19:13:15:10:19:14 chr7 148106477 . C G 702.03 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067282;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.343;QD=57.3086;RBI=0.0355031;REFB=0;REVB=0.0348597;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111622;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:50:49:1:14:36:0:0:14:35:0:0 chr7 148106490 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.808;QD=57.2377;RBI=0.0212668;REFB=0;REVB=0.0177528;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88765e-05;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr7 148113623 . ATAGTT A 385.19 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124919;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=5;MLLD=293.126;QD=57.0657;RBI=0.0134262;REFB=0;REVB=-0.00492108;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000452769;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:10:17:0:0:4:0:9:17:0:0 chr7 148143136 . A G 3112.93 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2029;QD=61.3384;RBI=0.0331712;REFB=0;REVB=0.0310742;RO=0;SAF=100;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151751;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:201:203:1:101:100:0:0:103:100:0:0 chr7 148481488 . G A 233.97 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0073398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.805;QD=17.0162;RBI=0.0117342;REFB=-0.000454353;REVB=0.00915532;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174526;STB=0.618458;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00037228;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:25:26:0.472727:6:19:17:11:6:20:17:12 chr7 148638572 . G A 426.18 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.034205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0951;QD=14.0885;RBI=0.0355812;REFB=0.0185452;REVB=-0.00979992;RO=72;SAF=20;SAR=29;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112562;STB=0.563561;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0253852;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:72:49:49:0.404959:29:20:37:35:29:20:37:35 chr7 148801091 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=354.789;QD=46.848;RBI=0.00668497;REFB=0;REVB=-0.00396061;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75472e-06;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 148801658 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.794;QD=55.0987;RBI=0.0419978;REFB=0;REVB=-0.0254924;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1293e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr7 148822810 . C T 1324.76 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059111;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.14;QD=62.3418;RBI=0.0607298;REFB=0;REVB=0.0139285;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137786;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr7 148848358 . G A 453.95 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00649789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.056;QD=55.0236;RBI=0.0259572;REFB=-0.13115;REVB=0.0251307;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000944185;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:24:8:0:0:24:8:0:1 chr7 148851213 . G A 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00516166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.921;QD=59.0418;RBI=0.00605217;REFB=-0.0474408;REVB=0.00316006;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-3.75106e-05;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:1:0 chr7 148937136 . C A 372.93 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.033042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.466;QD=20.7184;RBI=0.034392;REFB=-0.0147794;REVB=0.00954158;RO=34;SAF=7;SAR=30;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28166;STB=0.637628;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0124764;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:30:7:15:19:30:8:15:19 chr7 148979649 . G T 393.45 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0110665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.004;QD=15.4295;RBI=0.0110816;REFB=-0.00911047;REVB=0.00057803;RO=58;SAF=16;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124968;STB=0.570338;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0176116;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:28:16:28:30:28:16:28:30 chr7 148991712 . A G 252.0 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00163288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.337;QD=23.9998;RBI=0.0163413;REFB=-0.0239905;REVB=-0.0162595;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252682;STB=0.624896;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0259095;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:8:15:6:12:9:15:6:12 chr7 149112306 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.143;QD=51.1841;RBI=0.0221714;REFB=0;REVB=0.0184057;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316761;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr7 149152770 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.473;QD=58.5878;RBI=0.0222627;REFB=0;REVB=0.00967258;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136008;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr7 149152906 . G A 1540.01 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.605;QD=61.6002;RBI=0.0302201;REFB=-0.107395;REVB=0.0279602;RO=2;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256176;STB=0.513511;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000568781;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:36:62:0:2:36:62:0:2 chr7 149191460 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.014;QD=59.6795;RBI=0.0105297;REFB=0;REVB=-0.00691139;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63696e-06;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr7 149317053 . T C 1605.27 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5434;QD=60.01;RBI=0.0223259;REFB=0;REVB=0.0204376;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138162;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:59:46:0:0:60:47:0:0 chr7 149318375 . C T 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224172;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.894;QD=51.2603;RBI=0.026014;REFB=0;REVB=0.0131984;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63697e-05;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 149318471 . C T 774.01 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7157;QD=55.2863;RBI=0.0897014;REFB=-0.06891;REVB=0.0888468;RO=3;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456038;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:3:0:53:56:1:32:21:0:3:35:21:0:0 chr7 149332825 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.767;QD=57.3858;RBI=0.0286046;REFB=0;REVB=0.025363;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0904e-05;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr7 149332845 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.459;QD=57.1062;RBI=0.00998304;REFB=0;REVB=0.00825229;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49294e-05;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr7 149335542 . C T 1249.92 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00817456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7687;QD=60.2373;RBI=0.0126961;REFB=0.0188891;REVB=-0.00971434;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00122873;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:46:36:1:0:46:36:1:0 chr7 149344105 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.07;QD=48.7373;RBI=0.0896616;REFB=0;REVB=-0.00831945;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227144;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:13:4:0:0 chr7 149426305 . G GC 806.65 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6742;QD=46.7625;RBI=0.147746;REFB=0;REVB=0.122481;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00414084;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:69:69:69:0:30:39:0:0:14:1:29:38:1:0 chr7 149427409 . T G 2049.02 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147837;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7544;QD=62.5655;RBI=0.0516417;REFB=0;REVB=-0.0494804;RO=0;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.62864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317217;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:89:42:0:0:89:42:0:0 chr7 149506211 . G GC 3598.15 PASS AF=1;AO=292;DP=311;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156244;FXX=0.0228006;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1863;QD=47.9753;RBI=0.160213;REFB=0;REVB=0.035437;RO=17;SAF=141;SAR=151;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00114505;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:292:311:300:300:0:146:154:0:0:62:17:141:151:11:6 chr7 149543269 . C T 364.33 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00368125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.905;QD=21.1203;RBI=0.0178202;REFB=-0.00697499;REVB=0.0174358;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172929;STB=0.607115;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0080177;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:32:37:37:0.536232:19:18:21:9:19:18:23:9 chr7 149556587 . G A 258.3 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0515507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4088;QD=13.9622;RBI=0.0516393;REFB=-0.0064761;REVB=0.00302274;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232543;STB=0.631774;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.013361;OID=.;OPOS=149556587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:15:29:13:17:15:29 chr7 150028958 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.645;QD=56.9382;RBI=0.0179156;REFB=0;REVB=0.0151528;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83101e-06;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr7 150034184 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.532;QD=53.9112;RBI=0.0166167;REFB=0;REVB=0.000241758;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36512e-05;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr7 150034378 . A G 743.09 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000861454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.597;QD=59.447;RBI=0.0241533;REFB=0.0387548;REVB=0.024138;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.51785;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000495378;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:26:21:0:2:27:21:0:2 chr7 150035183 . C T 527.02 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0465235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.466;QD=56.9752;RBI=0.0468274;REFB=-0.147411;REVB=0.00532596;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000328767;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:1:0:23:13:1:0 chr7 150035459 . T G 87.74 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8907;QD=38.9941;RBI=0.113312;REFB=0;REVB=0.0838359;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350194;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr7 150035500 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.3915;QD=35.5758;RBI=0.0420605;REFB=0;REVB=-0.00942135;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295322;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr7 150037660 . A G 1013.16 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668572;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.512;QD=59.5977;RBI=0.0668683;REFB=0;REVB=0.00121385;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274393;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:48:20:0:0:48:20:0:0 chr7 150068371 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.572;QD=60.5471;RBI=0.0362917;REFB=0;REVB=0.0140339;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46932e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr7 150068605 . G A 2662.79 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.422;QD=61.9254;RBI=0.146301;REFB=0;REVB=0.0301293;RO=1;SAF=69;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184308;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:172:1:0:167:172:1:98:69:1:0:98:74:0:0 chr7 150068620 . C T 2369.71 PASS AF=0.942197;AO=162;DP=173;FAO=163;FDP=173;FR=.;FRO=10;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0680096;FXX=0.0057468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.9688;QD=54.7909;RBI=0.0699659;REFB=-0.123423;REVB=0.0164293;RO=11;SAF=74;SAR=88;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437687;STB=0.519707;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00692984;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:173:173:11:10:162:163:0.942197:88:74:9:2:88:75:8:2 chr7 150068933 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.096;QD=56.1916;RBI=0.0597978;REFB=0;REVB=0.0139938;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294809;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr7 150070630 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.836;QD=50.4134;RBI=0.0203715;REFB=0;REVB=0.0200553;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277612;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr7 150070663 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.765;QD=50.4121;RBI=0.0195418;REFB=0;REVB=0.019382;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114757;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 150070814 . G A 1400.8 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000120906;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8861;QD=62.9575;RBI=0.00168055;REFB=0;REVB=0.0016762;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012391;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:55:34:0:0:55:34:0:0 chr7 150093701 . A C 1961.59 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174916;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.9;QD=62.2726;RBI=0.0198393;REFB=0;REVB=-0.00936176;RO=0;SAF=75;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78589e-05;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:51:75:0:0:51:75:0:0 chr7 150171165 . G A 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.0109197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.868;QD=21.8145;RBI=0.0252495;REFB=-0.0103132;REVB=0.0227661;RO=35;SAF=18;SAR=23;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341155;STB=0.686485;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112985;OID=.;OPOS=150171165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:23:18:30:5:23:18:30:5 chr7 150217089 . G A 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00273124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.161;QD=28.7723;RBI=0.00537652;REFB=-0.0165996;REVB=-0.00463112;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125662;STB=0.569229;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0100662;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:18:11:10:8:18:11:10:8 chr7 150217248 . A G 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00110204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.542;QD=21.5366;RBI=0.00912048;REFB=-0.0106843;REVB=0.00905365;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516727;STB=0.528484;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00888366;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:26:16:12:25:26:16:12:25 chr7 150218002 . C T 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00395959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.296;QD=15.9781;RBI=0.0133358;REFB=-0.0179434;REVB=0.0127344;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146633;STB=0.576874;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0273993;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:21:11:19:20:21:11:19:21 chr7 150269542 . G T 449.9 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0114929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.885;QD=24.319;RBI=0.0141981;REFB=-0.0151662;REVB=0.00833666;RO=29;SAF=19;SAR=24;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995395;STB=0.5653;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0137641;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:31:43:43:0.581081:24:19:9:20:24:19:9:22 chr7 150327024 . C T 546.42 PASS AF=0.449612;AO=57;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.000950986;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6084;QD=16.9433;RBI=0.00727674;REFB=-0.0461802;REVB=-0.00721433;RO=64;SAF=36;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158618;STB=0.574731;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0730739;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:71:57:58:0.449612:21:36:30:34:21:37:36:35 chr7 150389593 . T C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0231918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.58;QD=9.67049;RBI=0.0232603;REFB=0.000343424;REVB=-0.00178381;RO=36;SAF=11;SAR=5;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632864;STB=0.537995;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.000556123;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:5:11:23:13:5:11:23:13 chr7 150389856 . A G 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00999186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.498;QD=22.881;RBI=0.0528709;REFB=0.00283814;REVB=0.0519182;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187399;STB=0.603438;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00242941;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:23:12:15:11:23:12:15:11 chr7 150500534 . G A 86.25 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0329192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8582;QD=12.3213;RBI=0.033272;REFB=0.00055281;REVB=-0.00483277;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777998;STB=0.530977;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00311436;OID=.;OPOS=150500534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:4:7:9:7:4:7:10:7 chr7 150500729 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000535481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.721;QD=53.9112;RBI=0.0380435;REFB=0;REVB=0.0380398;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277187;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr7 150501516 . A G 343.71 PASS AF=0.401961;AO=37;DP=99;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0548213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.797;QD=13.4787;RBI=0.0548694;REFB=-0.0398739;REVB=0.0022973;RO=58;SAF=12;SAR=25;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197168;STB=0.610801;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0391249;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:58:61:37:41:0.401961:25:12:29:29:28:13:30:31 chr7 150553605 . C T 1096.73 PASS AF=0.506912;AO=109;DP=219;FAO=110;FDP=217;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0277692;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8886;QD=20.2162;RBI=0.0328604;REFB=-0.0305275;REVB=0.0175692;RO=103;SAF=48;SAR=61;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403123;STB=0.533935;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0419411;OID=.;OPOS=150553605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:103:107:109:110:0.506912:61:48:50:53:62:48:54:53 chr7 150555050 . G A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0636661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7871;QD=28.4023;RBI=0.0810427;REFB=0.0368753;REVB=-0.0501453;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.5999;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0229312;OID=.;OPOS=150555050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:15:6:6:5:15:6:6:5 chr7 150556002 . T C 727.49 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00942461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.383;QD=17.7435;RBI=0.0114249;REFB=-0.00109822;REVB=-0.00645799;RO=87;SAF=34;SAR=43;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138066;STB=0.576388;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00109559;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:87:77:77:0.469512:43:34:51:36:43:34:51:36 chr7 150556055 . CG GC 1558.35 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112627;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.662;QD=59.9367;RBI=0.0297237;REFB=0;REVB=0.0275073;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.26675e-05;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr7 150648198 . A G 180.88 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0301489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8735;QD=12.9203;RBI=0.031827;REFB=-0.0449194;REVB=-0.0101981;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391584;STB=0.519982;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0492714;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:27:34:22:22:0.392857:13:9:10:17:13:9:15:19 chr7 150648789 . T C 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0217677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.636;QD=19.4614;RBI=0.021803;REFB=-0.0118799;REVB=0.00123967;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151119;STB=0.504049;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0142978;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:28:19:21:29:28:19:21:30 chr7 150649531 . G A 447.28 PASS AF=0.53012;AO=41;DP=80;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00461667;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.954;QD=21.5556;RBI=0.0808549;REFB=-0.0259298;REVB=0.080723;RO=39;SAF=14;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13536;STB=0.585758;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0209907;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:39:39:41:44:0.53012:27:14:19:20:30:14:19:20 chr7 150649603 . G A 755.36 PASS AF=0.478788;AO=79;DP=165;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.00145126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.006;QD=18.3118;RBI=0.012938;REFB=-0.0155526;REVB=0.0128564;RO=85;SAF=29;SAR=50;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00944412;STB=0.50928;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0175193;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:86:79:79:0.478788:50:29:32:53:50:29:33:53 chr7 150695726 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.197;QD=62.35;RBI=0.011933;REFB=0;REVB=0.00805154;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2679e-06;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr7 150696110 . A AG 946.22 PASS AF=1;AO=26;DP=199;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918366;FXX=0.494873;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.8582;QD=38.2312;RBI=0.0921115;REFB=0;REVB=0.00711155;RO=156;SAF=1;SAR=25;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00195567;OID=.;OPOS=150696111;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:199:99:99:0:0:99:0:0:7:156:1:25:77:79 chr7 150696111 . T C,G 2882.96 PASS AF=0.145078,0.854922;AO=26,153;DP=179;FAO=28,165;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=1,87;FSAR=27,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108073,0.0139344;FXX=0.0153053;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.5085,94.7025;QD=59.7505;RBI=0.0138176,0.0213309;REFB=0,0;REVB=-0.00860975,0.0161506;RO=0;SAF=1,75;SAR=25,78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.08431e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.11739,0.00749531;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:179:193:0:0:26,153:28,165:0.145078,0.854922:25,78:1,75:0:0:27,78:1,87:0:0 chr7 150704077 . GC G,GG 64.22 PASS AF=0.152542,0.0677966;AO=10,4;DP=60;FAO=9,4;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=8,1;FSAR=1,3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0970792,-0.0460196;FXX=0.0166639;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.296,28.6523;QD=4.35383;RBI=0.0972345,0.0878927;REFB=-0.0512087,-0.019283;REVB=0.0054934,0.0748821;RO=43;SAF=9,1;SAR=1,3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.536004,-0.277997;STB=0.860112,0.733503;STBP=0.028,0.389;TYPE=del,snp;VARB=0.0642927,0.101556;OID=.,.;OPOS=150704078,150704078;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152542,0.0677966:10,4:60:9,4:59:46:8,1:1,3:23:23:37:43:9,1:1,3:22:21 chr7 150704250 . C G 309.37 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00821221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6411;QD=16.0711;RBI=0.0387642;REFB=-0.0185959;REVB=-0.0378843;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080762;STB=0.545428;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.024125;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:18:25:17:17:18:25 chr7 150733025 . T A 1157.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115727;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.383;QD=60.9423;RBI=0.0504625;REFB=0;REVB=0.0491176;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310495;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr7 150734380 . T C 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7032;QD=61.6903;RBI=0.0249185;REFB=0;REVB=0.00872981;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196492;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:58:24:0:0:58:24:0:0 chr7 150763655 . T A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.749;QD=59.0174;RBI=0.0571088;REFB=0;REVB=0.0568865;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429901;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr7 150765065 . T C 2894.54 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0207452;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.346;QD=61.9154;RBI=0.0216031;REFB=-0.0887427;REVB=0.00602736;RO=0;SAF=90;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505494;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=9.60228e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:187:0:2:185:185:0.989305:95:90:0:0:95:90:2:0 chr7 150773779 . TGGGGGGGCC TGGGGGCC,TGGGGGCCGG,TGGGGGGCC,TGGGGGGCCG 187.42 PASS AF=0.148936,0.12766,0.255319,0.191489;AO=8,3,15,3;DP=46;FAO=7,6,12,9;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=0,6,4,9;FSAR=7,0,8,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0786232,-0.0363858,-0.150287,-0.0586503;FXX=0.040808;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,4,1,3;MLLD=15.2345,40.2013,7.87272,26.8386;QD=15.9507;RBI=0.155263,0.0492533,0.294398,0.0727327;REFB=-0.0915101,-0.0650222,-0.165718,-0.0914102;REVB=-0.133884,-0.0331958,-0.253149,-0.0430137;RO=3;SAF=0,3,6,3;SAR=8,0,9,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.819744,0,-0.181062,0;STB=0.998143,0.997721,0.610921,0.998383;STBP=0.005,0.025,0.314,0.006;TYPE=del,mnp,del,mnp;VARB=0.053448,0.127827,0.0763627,-0.217178;OID=.,.,.,.;OPOS=150773780,150773785,150773780,150773786;OREF=GG,GGCC,G,GCC;OALT=-,CCGG,-,CCG;OMAPALT=TGGGGGCC,TGGGGGCCGG,TGGGGGGCC,TGGGGGGCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.148936,0.12766,0.255319,0.191489:8,3,15,3:46:7,6,12,9:47:13:0,6,4,9:7,0,8,0:7:6:32:3:0,3,6,3:8,0,9,0:3:0 chr7 150873246 . G A 610.45 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.195;QD=56.7858;RBI=0.0332707;REFB=-0.101812;REVB=0.0291397;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.529397;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00197691;OID=.;OPOS=150873246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:16:25:0:1:16:25:0:2 chr7 150878260 . C G 112.91 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0232541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4135;QD=7.92372;RBI=0.0526935;REFB=-0.0030978;REVB=-0.0472848;RO=41;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183754;STB=0.501112;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00840614;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:9:7:18:23:9:7:18:23 chr7 150916228 . G A 724.17 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0333035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.47;QD=59.1156;RBI=0.0463515;REFB=-0.185133;REVB=0.0322388;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.517234;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00289033;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:1:2:47:47:0.959184:28:19:0:1:28:19:0:2 chr7 150921950 . A G 1595.08 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0684333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.142;QD=58.003;RBI=0.0706914;REFB=-0.0264764;REVB=0.0177245;RO=2;SAF=48;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194049;STB=0.501022;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000276256;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:60:48:1:1:60:48:1:1 chr7 150931268 . C G 1389.41 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4968;QD=61.7516;RBI=0.0513462;REFB=0;REVB=-0.000691014;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520165;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:52:37:0:0:53:37:0:0 chr7 150934013 . CAA CA,C 85.43 PASS AF=0.354839,0.193548;AO=9,3;DP=27;FAO=11,6;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0;FSAR=10,6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0213842,-0.0107545;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.1793,19.6652;QD=11.0231;RBI=0.212386,0.119713;REFB=-0.0211976,-0.0126338;REVB=-0.211306,-0.119229;RO=13;SAF=0,0;SAR=9,3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.811976,-0.699984;STB=0.868794,0.998168;STBP=0.003,0.001;TYPE=del,del;VARB=0.0656063,-0.0532739;OID=.,.;OPOS=150934014,150934014;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839,0.193548:9,3:27:11,6:31:14:1,0:10,6:9:5:31:13:0,0:9,3:9:4 chr7 150934975 . C G 1661.25 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.364;QD=59.3303;RBI=0.0264836;REFB=0.0408898;REVB=-0.00021779;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.000381016;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:110:111:0.991071:57:53:0:0:58:53:0:1 chr7 151049231 . C T 272.21 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0158356;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.026;QD=17.013;RBI=0.0256569;REFB=-0.00493179;REVB=0.0201869;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123787;STB=0.569573;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00445834;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:18:12:18:16:18:12:18:16 chr7 151064064 . C T 455.38 PASS AF=0.55;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0228321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.546;QD=22.7689;RBI=0.0409886;REFB=-0.0197115;REVB=0.0340406;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594413;STB=0.537483;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0149257;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:36:43:44:0.55:22:21:15:21:22:22:15:21 chr7 151074296 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0196072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.068;QD=10.6681;RBI=0.0517234;REFB=-0.0113543;REVB=-0.0478631;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457998;STB=0.72933;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0197484;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:9:10:0.357143:3:6:4:14:4:6:4:14 chr7 151097323 . A G 3877.78 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.067;QD=63.8318;RBI=0.0222009;REFB=0;REVB=-0.0195183;RO=0;SAF=94;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19301e-06;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:243:0:0:243:243:1:149:94:0:0:149:94:0:0 chr7 151106066 . C T 251.59 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00128722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.946;QD=17.0567;RBI=0.0222054;REFB=-0.0155924;REVB=0.022168;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191746;STB=0.608115;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0180757;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:16:15:19:9:16:15 chr7 151133271 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00725108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.758;QD=19.4012;RBI=0.00745422;REFB=-0.00665603;REVB=-0.00172837;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260207;STB=0.514474;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00574912;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:25:13:14:24:25:13:14:24 chr7 151168534 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000328347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.936;QD=56.9383;RBI=0.00175778;REFB=0;REVB=-0.00172684;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60817e-06;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr7 151506376 . AC A,CA 105.54 PASS AF=0.681818,0.0454545;AO=14,2;DP=22;FAO=15,1;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0;FSAR=14,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.022092,-0.025841;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=15.0419,81.4553;QD=19.1887;RBI=0.138912,0.085959;REFB=-0.1226,0.00855075;REVB=-0.137144,-0.0819829;RO=6;SAF=1,0;SAR=13,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.457622,-0.606693;STB=0.766647,0.98873;STBP=0.026,0.485;TYPE=del,mnp;VARB=0.0331405,-0.0150998;OID=.,.;OPOS=151506377,151506376;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:22:22:6:6:14,2:15,1:0.681818,0.0454545:13,2:1,0:3:3:14,1:1,0:3:3 chr7 151597368 . G A 257.32 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0715107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9589;QD=23.3925;RBI=0.0824369;REFB=-0.0690345;REVB=0.041013;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155156;STB=0.586395;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0557644;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:13:7:13:11:13:7 chr7 151680072 . T C 682.63 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.015726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.251;QD=23.3378;RBI=0.0579357;REFB=-0.0511094;REVB=0.0557606;RO=48;SAF=26;SAR=40;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018288;STB=0.525743;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0449815;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:48:51:66:66:0.564103:40:26:20:28:40:26:23:28 chr7 151680175 . C T 454.11 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=-0.00404518;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.783;QD=19.5318;RBI=0.0285549;REFB=-0.0116996;REVB=0.0282669;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199929;STB=0.610025;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0099408;OID=.;OPOS=151680175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:28:17:9:39:28:17:9:39 chr7 151722338 . G A 562.15 PASS AF=0.311966;AO=73;DP=234;FAO=73;FDP=234;FR=.;FRO=161;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=101;FSRR=60;FWDB=0.0103353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.728;QD=9.60931;RBI=0.010369;REFB=-0.00440304;REVB=-0.000835782;RO=161;SAF=36;SAR=37;SRF=101;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159903;STB=0.592079;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00989164;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:161:161:73:73:0.311966:37:36:101:60:37:36:101:60 chr7 151722388 . A G 637.72 PASS AF=0.333333;AO=77;DP=235;FAO=79;FDP=237;FR=.;FRO=158;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=94;FSRR=64;FWDB=-0.00704138;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.35;QD=10.7631;RBI=0.0129086;REFB=-0.0123195;REVB=0.0108189;RO=158;SAF=36;SAR=41;SRF=94;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14838;STB=0.575603;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0147188;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:158:158:77:79:0.333333:41:36:94:64:41:38:94:64 chr7 151873853 . C T 199.45 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0399899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7075;QD=19.9454;RBI=0.0402009;REFB=0.0112434;REVB=-0.00411324;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.608596;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00918237;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:4:16:12:8:4:16 chr7 151874498 . C T 268.03 PASS AF=0.510204;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.005028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.589;QD=21.8796;RBI=0.0602815;REFB=-0.0118047;REVB=0.0600714;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.529593;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0109826;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:24:23:25:0.510204:14:9:10:14:16:9:10:14 chr7 151882657 . T G 35.33 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00382503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7358;QD=1.45682;RBI=0.0619471;REFB=-0.000448717;REVB=0.0618289;RO=88;SAF=4;SAR=5;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689324;STB=0.553874;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00774026;OID=.;OPOS=151882657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:88:88:9:9:0.0927835:5:4:34:54:5:4:34:54 chr7 151927025 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0322676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.32;QD=16.1989;RBI=0.0400626;REFB=-0.0118601;REVB=0.0237448;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0119992;OID=.;OPOS=151927025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr7 151932908 . T C 85.83 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00252479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.124;QD=6.02332;RBI=0.0264913;REFB=-0.00775721;REVB=-0.0263708;RO=43;SAF=11;SAR=2;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495797;STB=0.821316;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0179403;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:43:44:13:13:0.22807:2:11:20:23:2:11:20:24 chr7 151932916 . C G 77.01 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0118759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4509;QD=5.40447;RBI=0.0359796;REFB=-0.0119132;REVB=0.0339632;RO=45;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492496;STB=0.817634;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0466858;OID=.;OPOS=151932916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:2:10:20:25:2:10:20:25 chr7 151945007 . C T 2304.62 PASS AF=0.569519;AO=212;DP=375;FAO=213;FDP=374;FR=.;FRO=161;FSAF=197;FSAR=16;FSRF=155;FSRR=6;FWDB=-0.0074042;FXX=0.00531901;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.098;QD=24.6484;RBI=0.0630568;REFB=-0.0109433;REVB=-0.0626206;RO=160;SAF=196;SAR=16;SRF=155;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143751;STB=0.565116;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00931359;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:374:160:161:212:213:0.569519:16:196:155:5:16:197:155:6 chr7 151945071 . G GT 334.87 PASS AF=0.179454;AO=135;DP=781;FAO=138;FDP=769;FR=.;FRO=631;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=331;FSRR=300;FWDB=0.109642;FXX=0.011568;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5498;QD=1.74185;RBI=0.119768;REFB=0.00982417;REVB=-0.0481976;RO=639;SAF=64;SAR=71;SRF=334;SRR=305;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633103;STB=0.543858;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=-0.0409287;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179454:135:781:138:769:631:65:73:331:300:99:639:64:71:334:305 chr7 151945140 . C T 2457.81 PASS AF=0.57289;AO=224;DP=391;FAO=224;FDP=391;FR=.;FRO=167;FSAF=123;FSAR=101;FSRF=88;FSRR=79;FWDB=-0.0139122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5049;QD=25.1439;RBI=0.0191534;REFB=-0.026841;REVB=-0.0131646;RO=166;SAF=123;SAR=101;SRF=88;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150466;STB=0.509539;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0178211;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:166:167:224:224:0.57289:101:123:88:78:101:123:88:79 chr7 151945167 . G T 1438.98 PASS AF=0.600917;AO=131;DP=218;FAO=131;FDP=218;FR=.;FRO=87;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00207639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.087;QD=26.4034;RBI=0.00720703;REFB=-0.00875974;REVB=-0.00690144;RO=87;SAF=77;SAR=54;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616826;STB=0.533381;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00540342;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:87:87:131:131:0.600917:54:77:44:43:54:77:44:43 chr7 151945204 . G A 440.19 PASS AF=0.45;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0327796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2846;QD=17.6076;RBI=0.0591432;REFB=-0.0197424;REVB=0.0492282;RO=55;SAF=34;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395547;STB=0.708236;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0234539;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:44:45:0.45:10:34:22:33:11:34:22:33 chr7 151962176 . T A 69.5 PASS AF=0.121212;AO=16;DP=133;FAO=16;FDP=132;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.0089148;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.076;QD=2.10611;RBI=0.0311105;REFB=-0.00749171;REVB=-0.0298058;RO=116;SAF=7;SAR=9;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189769;STB=0.513497;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0433576;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:133:132:116:116:16:16:0.121212:9:7:49:67:9:7:49:67 chr7 151970856 . T A 2981.39 PASS AF=0.620283;AO=262;DP=426;FAO=263;FDP=424;FR=.;FRO=161;FSAF=108;FSAR=155;FSRF=77;FSRR=84;FWDB=0.0342671;FXX=0.0116547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.54;QD=28.1263;RBI=0.0361541;REFB=-0.0104174;REVB=0.0115276;RO=160;SAF=107;SAR=155;SRF=76;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480678;STB=0.52627;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00386218;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:424:160:161:262:263:0.620283:155:107:76:84:155:108:77:84 chr7 151970931 . G A 104.99 PASS AF=0.146667;AO=22;DP=151;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.0544321;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1528;QD=2.79972;RBI=0.0652428;REFB=-0.00943614;REVB=-0.035969;RO=129;SAF=5;SAR=17;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312529;STB=0.716523;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0242611;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:129:128:22:22:0.146667:17:5:59:70:17:5:59:69 chr7 152099906 . T A 1137.32 PASS AF=0.669014;AO=95;DP=142;FAO=95;FDP=142;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0231672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.133;QD=32.0372;RBI=0.0233837;REFB=-0.0223525;REVB=0.00317437;RO=47;SAF=48;SAR=47;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490136;STB=0.526373;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0112104;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:47:47:95:95:0.669014:47:48:20:27:47:48:20:27 chr7 152099917 . G A 1075.16 PASS AF=0.654676;AO=91;DP=141;FAO=91;FDP=139;FR=.;FRO=48;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00404097;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.556;QD=30.9398;RBI=0.00742332;REFB=-0.0027971;REVB=0.00622706;RO=49;SAF=46;SAR=45;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498935;STB=0.523466;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0015448;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:49:48:91:91:0.654676:45:46:21:28:45:46:21:27 chr7 152099924 . T C 984.21 PASS AF=0.627737;AO=86;DP=137;FAO=86;FDP=137;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00813008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.87;QD=28.7362;RBI=0.0155076;REFB=-0.00183766;REVB=0.0132055;RO=50;SAF=42;SAR=44;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329418;STB=0.513933;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000956377;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:50:51:86:86:0.627737:44:42:22:28:44:42:23:28 chr7 152290144 . A G 87.23 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00412664;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.182;QD=12.0314;RBI=0.0139783;REFB=-0.014862;REVB=-0.0133553;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642199;STB=0.552534;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0152236;OID=.;OPOS=152290144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:19:18:11:11:0.37931:4:7:11:8:4:7:10:8 chr7 154429560 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00928861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.903;QD=13.9183;RBI=0.0108024;REFB=0.000720179;REVB=-0.00551488;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24613;STB=0.639322;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00128423;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:11:26:12:14:11:26 chr7 154461112 . A G 2314.98 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.8364;QD=62.9928;RBI=0.0523287;REFB=-0.0372646;REVB=0.0161451;RO=0;SAF=75;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000176212;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:0:1:146:146:0.993197:71:75:0:0:71:75:1:0 chr7 154679447 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4317;QD=61.6944;RBI=0.0193117;REFB=0;REVB=-0.00731348;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119882;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr7 154685612 . G T 253.26 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.12101;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2811;QD=48.2397;RBI=0.121771;REFB=-0.139225;REVB=-0.0136001;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.538422;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00802627;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:21:0:1:20:20:0.952381:14:6:0:0:14:6:1:0 chr7 154760369 . A G 38.74 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.217602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0635;QD=11.9193;RBI=0.231477;REFB=-0.0818123;REVB=-0.078938;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.109072;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:13:1:7:6:6:0.461538:4:2:0:1:4:2:4:3 chr7 154862621 . T A 362.45 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0190362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.769;QD=27.8809;RBI=0.0196162;REFB=-0.0130586;REVB=-0.004735;RO=17;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373722;STB=0.508192;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0232626;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:20:14:6:11:20:14:7:11 chr7 154973603 . G A 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.956;QD=56.6922;RBI=0.058879;REFB=0;REVB=0.0586956;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022758;OID=.;OPOS=154973603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 154989982 . G A 657.51 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00753799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.107;QD=59.7741;RBI=0.00806439;REFB=-0.0243424;REVB=-0.00286587;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00132794;OID=.;OPOS=154989982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:29:13:1:0:30:13:1:0 chr7 155150472 . G A 403.29 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0112079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.308;QD=24.818;RBI=0.0116264;REFB=-0.028866;REVB=0.00309158;RO=25;SAF=31;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334663;STB=0.679593;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0075924;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:8:31:10:15:8:31:11:15 chr7 155150560 . A G 247.3 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00364349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5964;QD=13.7387;RBI=0.0215861;REFB=-0.00964799;REVB=-0.0212764;RO=40;SAF=24;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37971;STB=0.742081;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0166833;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:43:29:29:0.402778:5:24:21:19:5:24:21:22 chr7 155150602 . T C 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00179939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.407;QD=13.6198;RBI=0.00239947;REFB=-0.00525556;REVB=-0.00158734;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237636;STB=0.636255;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00692532;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:18:20:8:18:18:20 chr7 155150765 . C T 332.71 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00732587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.589;QD=26.6164;RBI=0.0133743;REFB=-0.0179889;REVB=0.0111895;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164754;STB=0.590909;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0127773;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:16:13:14:7:16:13:14:7 chr7 155151018 . G A 214.19 PASS AF=0.525;AO=18;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0487529;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6411;QD=21.4194;RBI=0.0487804;REFB=-0.0320544;REVB=-0.00163702;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286088;STB=0.679315;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0296998;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:19:18:21:0.525:6:12:19:2:8:13:18:1 chr7 155151194 . G A 569.93 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00280909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9427;QD=22.797;RBI=0.0703661;REFB=-0.0302763;REVB=0.07031;RO=47;SAF=14;SAR=39;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058407;STB=0.532223;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0309654;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:39:14:15:32:39:14:15:32 chr7 155151307 . A G 324.75 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00881995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.131;QD=14.5957;RBI=0.0175399;REFB=-0.0250895;REVB=-0.015161;RO=53;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018358;STB=0.510418;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0413948;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:23:13:20:33:23:13:20:33 chr7 155151367 . G T 235.81 PASS AF=0.388889;AO=29;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0234428;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.011;QD=13.1005;RBI=0.0250611;REFB=-0.00509148;REVB=-0.0088595;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13242;STB=0.576391;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0208065;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:44:29:28:0.388889:10:19:23:20:10:18:23:21 chr7 155151369 . C T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0104387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.596;QD=13.2585;RBI=0.012327;REFB=-0.00680969;REVB=0.00655645;RO=45;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159392;STB=0.591375;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00949216;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:10:19:23:22:10:19:23:22 chr7 155151433 . T C 137.27 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0110445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2464;QD=10.3599;RBI=0.0287719;REFB=-0.0181053;REVB=-0.0265677;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193885;STB=0.577626;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0606197;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:53:53:33:35:9:10:0.188679:5:4:20:13:5:5:21:14 chr7 155151437 . G A 150.34 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0685008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5377;QD=12.2724;RBI=0.0685049;REFB=0.00854409;REVB=0.000747236;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236358;STB=0.653436;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0206398;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:4:13:18:13:4:13:18:14 chr7 155503920 . A T 1262.15 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9535;QD=60.8263;RBI=0.0814821;REFB=0;REVB=0.0175541;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761208;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:1:0:82:83:1:53:29:1:0:53:30:0:0 chr7 155757502 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.87;QD=57.1062;RBI=0.0358693;REFB=0;REVB=-0.00945128;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115811;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr7 156469133 . C G 2908.84 PASS AF=0.989362;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0352117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.52;QD=61.8901;RBI=0.0357439;REFB=-0.0236014;REVB=-0.00614526;RO=0;SAF=60;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503937;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000651841;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:188:0:2:186:186:0.989362:126:60:0:0:126:60:0:2 chr7 156469179 . C T 1914.48 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00551277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.048;QD=60.7773;RBI=0.016262;REFB=-0.105945;REVB=0.0152991;RO=1;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736617;STB=0.503816;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000814302;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:124:125:0.992063:64:60:0:1:65:60:0:1 chr7 156469190 . A G 1705.02 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357701;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.849;QD=60.3546;RBI=0.0555796;REFB=0;REVB=0.0425393;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107248;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:50:60:0:0:53:60:0:0 chr7 156664783 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00876086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.995;QD=17.5599;RBI=0.0269596;REFB=-0.0122245;REVB=-0.0254964;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224476;STB=0.512806;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0162234;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:10:11:9:9:10:11 chr7 156664907 . T A 220.46 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00514665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.906;QD=21.5082;RBI=0.00762728;REFB=-0.000701484;REVB=-0.00562915;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190413;STB=0.601716;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000788088;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:21:22:0.536585:14:7:10:8:14:8:11:8 chr7 156761818 . G A,T 963.93 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=58,6;DP=66;FAO=66,6;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=40,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543988,-0.0113849;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.543,115.631;QD=53.5516;RBI=0.0207793,0.0228513;REFB=0,0;REVB=-0.0200546,-0.0198132;RO=0;SAF=24,3;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.31293e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00276712,0.0762495;OID=.,.;OPOS=156761818,156761818;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:66:72:0:0:58,6:66,6:0.916667,0.0833333:34,3:24,3:0:0:40,3:26,3:0:0 chr7 156761819 . T A 35.91 PASS AF=0.109589;AO=7;DP=72;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00641099;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=71.3188;QD=1.96754;RBI=0.0111566;REFB=-0.00917944;REVB=0.00913066;RO=65;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365629;STB=0.676223;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0226275;OID=.;OPOS=156761819;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:72:73:65:65:7:8:0.109589:6:1:28:37:6:2:28:37 chr7 156762224 . G C 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3223;QD=61.2106;RBI=0.0363959;REFB=0;REVB=0.0362456;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029913;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr7 156762248 . G A 1417.31 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0157654;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.35;QD=59.6763;RBI=0.0164952;REFB=-0.0526487;REVB=-0.00485248;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.504586;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000255037;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:95:1:3:92:92:0.968421:44:48:1:0:44:48:2:1 chr7 156981672 . A G 217.46 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0203428;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.868;QD=13.382;RBI=0.0231486;REFB=-0.0122973;REVB=0.0110466;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175627;STB=0.599926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0181495;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:13:26:13:13:13:26 chr7 157000176 . T C 201.84 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00128044;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.332;QD=9.27983;RBI=0.00689807;REFB=-0.00534424;REVB=-0.00677819;RO=61;SAF=10;SAR=16;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090635;STB=0.553692;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0120013;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:61:61:26:26:0.298851:16:10:28:33:16:10:28:33 chr7 157061474 . T C 623.67 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0243661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.88;QD=25.456;RBI=0.0251629;REFB=0.00392666;REVB=-0.00628235;RO=42;SAF=22;SAR=34;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291128;STB=0.515927;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00289257;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:34:22:18:24:34:22:18:24 chr7 157162035 . T G 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0139025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.434;QD=22.557;RBI=0.0191319;REFB=-0.0109128;REVB=0.0131434;RO=39;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022595;STB=0.512443;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0112075;OID=.;OPOS=157162035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:26:20:18:21:26:20:18:21 chr7 157162068 . T C 477.77 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0015844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.519;QD=22.2218;RBI=0.00769577;REFB=0.00191343;REVB=0.00753091;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102475;STB=0.556427;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00160054;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:22:24:16:24:22:24:16:24 chr7 157414064 . G A 245.01 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0215101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.087;QD=8.44851;RBI=0.0236585;REFB=-0.00490826;REVB=-0.00985075;RO=82;SAF=15;SAR=19;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562266;STB=0.533144;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0176694;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:82:34:34:0.293103:19:15:40:42:19:15:40:42 chr7 157931119 . A G 785.45 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00887188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.232;QD=19.0412;RBI=0.022598;REFB=-0.0175317;REVB=-0.0207837;RO=84;SAF=38;SAR=43;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723973;STB=0.5399;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0210651;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:84:84:81:81:0.490909:43:38:46:38:43:38:46:38 chr7 157931144 . C T 611.89 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0265257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.047;QD=16.1024;RBI=0.044259;REFB=-0.0523582;REVB=0.0354295;RO=83;SAF=32;SAR=35;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401958;STB=0.515814;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.010576;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:85:67:67:0.440789:35:32:43:40:35:32:43:42 chr7 157959620 . C T 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00516937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.246;QD=22.8646;RBI=0.00549568;REFB=-0.0107611;REVB=0.0018655;RO=27;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221284;STB=0.512188;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00713608;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:15:21:15:12:15:21:15:12 chr7 157959636 . G A 982.42 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00622101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.713;QD=56.1383;RBI=0.0453263;REFB=-0.201118;REVB=0.0448974;RO=2;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491107;STB=0.502599;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00148207;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:28:40:1:1:28:40:1:1 chr7 157959879 . C T 473.32 PASS AF=0.521277;AO=30;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.00979046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3836;QD=20.1411;RBI=0.0284979;REFB=-0.00753994;REVB=0.0267634;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152334;STB=0.67127;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103616;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:30:49:0.521277:12:18:33:12:31:18:33:12 chr7 157959895 . C T 440.95 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00836872;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1976;QD=20.2735;RBI=0.0767646;REFB=0.00257685;REVB=0.076307;RO=43;SAF=14;SAR=29;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369291;STB=0.706152;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00248092;OID=.;OPOS=157959895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:43:43:44:0.505747:29:14:32:11:30:14:32:11 chr7 157959911 . A G 1091.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0056;QD=59.009;RBI=0.102525;REFB=0;REVB=0.0994867;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399725;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:60:74:0:0:60:74:1:22:38:0:0:34:40:0:0 chr7 158263331 . T C 145.13 PASS AF=0.308824;AO=18;DP=66;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00693762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4563;QD=8.53689;RBI=0.0253421;REFB=-0.0257445;REVB=0.024374;RO=47;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381954;STB=0.505613;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0397499;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:47:47:18:21:0.308824:9:9:22:25:11:10:22:25 chr7 158263336 . G C 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0211377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.26;QD=9.66866;RBI=0.0211561;REFB=-0.00282583;REVB=-0.000883969;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039402;STB=0.530163;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00601489;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:11:10:19:24:11:10:19:25 chr7 158263344 . T A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0202262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.967;QD=9.88284;RBI=0.0218503;REFB=-0.00355139;REVB=-0.00826679;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662461;STB=0.538885;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00642269;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:11:10:18:25:11:10:18:25 chr7 158384305 . CTGTG C 115.09 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00166234;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=4;MLLD=307.295;QD=8.22052;RBI=0.00431808;REFB=-0.00864256;REVB=0.00398528;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316675;STB=0.689431;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0225766;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:16:57:16:56:40:6:10:26:14:99:40:6:10:26:14 chr7 158524504 . G A 144.92 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0255274;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.598;QD=10.1697;RBI=0.0257266;REFB=-0.015538;REVB=0.00319517;RO=36;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129614;STB=0.583241;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0230015;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:38:19:19:0.333333:14:5:13:23:14:5:14:24 chr7 158526495 . G A 592.18 PASS AF=0.504132;AO=59;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0159417;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2151;QD=19.5763;RBI=0.0221694;REFB=-0.0140224;REVB=-0.015406;RO=60;SAF=14;SAR=45;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260716;STB=0.624764;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0144055;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:59:61:0.504132:45:14:29:31:45:16:29:31 chr7 158526880 . G A 216.13 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0337714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2668;QD=16.0097;RBI=0.0374283;REFB=-0.0320341;REVB=-0.0161359;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607167;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0411208;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:29:24:25:0.462963:14:10:11:15:14:11:14:15 chr7 158528233 . A G 346.04 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0492643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7532;QD=14.4183;RBI=0.0545738;REFB=-0.0126168;REVB=0.0234805;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119308;STB=0.56765;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.017975;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:18:20:24:34:18:20:24:34 chr7 158536267 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0253077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.452;QD=21.13;RBI=0.0409034;REFB=-0.0195867;REVB=-0.0321342;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254163;STB=0.514273;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0184751;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:13:8:9:13:13:8 chr7 158536334 . G A 98.47 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0227839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.644;QD=14.0674;RBI=0.0261735;REFB=-0.0239203;REVB=0.0128821;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.015673;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:7:8:4:8:8:8 chr7 158672476 . C G 328.06 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658704;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.843;QD=54.6773;RBI=0.00682383;REFB=0;REVB=0.001782;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723812;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr7 158672619 . A G 55.38 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0294563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.338;QD=7.14566;RBI=0.0713183;REFB=-0.0178094;REVB=-0.064951;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114205;STB=0.558696;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0285033;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:31:20:22:8:9:0.290323:4:4:8:12:5:4:8:14 chr7 158715219 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2031;QD=59.1406;RBI=0.0612219;REFB=0;REVB=0.0600472;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058701;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr7 158719084 . C T 709.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.064;QD=63.0405;RBI=0.0166713;REFB=0;REVB=0.00823036;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82823e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr7 158827326 . G A 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7883;QD=61.6678;RBI=0.0192794;REFB=0;REVB=-0.0164507;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430874;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr7 158835804 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0235792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.931;QD=12.0206;RBI=0.0236348;REFB=-0.0207668;REVB=0.0016192;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650817;STB=0.538407;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0440105;OID=.;OPOS=158835804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:14:11:7:7:14:11 chr7 158851234 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000297653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.826;QD=56.1916;RBI=0.0342619;REFB=0;REVB=0.0342606;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25638e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr8 280915 . C T 439.56 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.0212411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.325;QD=15.84;RBI=0.0253887;REFB=-0.0173968;REVB=-0.0139068;RO=62;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176278;STB=0.602841;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0172187;OID=.;OPOS=280915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:62:48:49:0.441441:25:23:19:43:25:24:19:43 chr8 363192 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.515;QD=61.0492;RBI=0.0118999;REFB=0;REVB=-0.0111651;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00101e-05;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr8 381344 . C G 258.34 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00459815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1316;QD=13.9643;RBI=0.0397627;REFB=-0.013673;REVB=-0.039496;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403368;STB=0.528632;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0237355;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:17:13:17:26:17:13:17:27 chr8 382957 . T C 231.45 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0224716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.688;QD=12.3442;RBI=0.0238743;REFB=-0.00855187;REVB=-0.00806269;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24588;STB=0.639908;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0172938;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:14:14:13:34:14:14:13:34 chr8 566618 . GA G,GG 93.5 PASS AF=1,0;AO=4,6;DP=13;FAO=9,0;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797874,-0.136289;FXX=0.181653;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.852,139.321;QD=41.5565;RBI=0.125805,0.162657;REFB=0,0;REVB=0.0972669,0.0887847;RO=1;SAF=0,3;SAR=4,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.123249;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00177533,0.0244244;OID=.,.;OPOS=566619,566619;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,6:13:9,0:9:0:3,0:6,0:0:0:3:1:0,3:4,3:0:1 chr8 577101 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0117502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.753;QD=19.4208;RBI=0.0776162;REFB=-0.00183876;REVB=-0.0767216;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947963;STB=0.552789;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0014175;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:11:16:14:15:11:16 chr8 607766 . C G 851.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9245;QD=57.6974;RBI=0.0454219;REFB=0;REVB=0.0112967;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648135;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr8 608018 . C T 747.16 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.793;QD=59.7727;RBI=0.0303651;REFB=-0.0977805;REVB=0.0188355;RO=2;SAF=16;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552325;STB=0.51428;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000799592;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:50:2:1:48:49:0.98:32:16:2:0:32:17:1:0 chr8 608034 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.712;QD=57.1775;RBI=0.0117964;REFB=0;REVB=0.0101836;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71272e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr8 609879 . AT CC 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954707;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.07;QD=62.7621;RBI=0.0175349;REFB=0;REVB=0.014708;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.02887e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr8 618728 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.451;QD=58.2395;RBI=0.035031;REFB=0;REVB=0.0175328;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294113;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr8 943504 . G C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0293867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.667;QD=17.3782;RBI=0.0350839;REFB=-0.00715651;REVB=-0.0191651;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.614278;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0220459;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:1:9:8:3:1:9 chr8 943508 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0109358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.215;QD=18.2493;RBI=0.0375502;REFB=-0.0344803;REVB=0.0359225;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198594;STB=0.611504;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0164996;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:1:11:10:3:1:11 chr8 977316 . A G 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0140233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.065;QD=7.89677;RBI=0.0205478;REFB=-0.0207572;REVB=0.0150187;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298105;STB=0.675723;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0397594;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:3:8:14:15:3:8:15:15 chr8 1616718 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00676762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.024;QD=13.2127;RBI=0.0143951;REFB=-0.0214879;REVB=-0.012705;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749621;STB=0.543937;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0310453;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:11:11:6:8:11:11 chr8 1649960 . G A 670.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3908;QD=62.3265;RBI=0.0438563;REFB=0;REVB=0.0415652;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489878;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr8 1650536 . A AC,C 735.81 PASS AF=0.387755,0.591837;AO=24,21;DP=49;FAO=19,29;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=5,13;FSAR=14,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115445,-0.00180014;FXX=0;HRUN=1,9;LEN=1,1;MLLD=199.184,199.723;QD=60.0659;RBI=0.0152734,0.0102453;REFB=-0.197884,-0.173187;REVB=0.0100001,0.0100859;RO=1;SAF=11,4;SAR=13,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.040273,-0.102024;STB=0.545405,0.518506;STBP=0.186,0.302;TYPE=ins,snp;VARB=0.00783875,-0.00704587;OID=.,.;OPOS=1650537,1650536;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:49:49:1:1:24,21:19,29:0.387755,0.591837:13,17:11,4:1:0:14,16:5,13:1:0 chr8 1651129 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.197;QD=62.3509;RBI=0.0147974;REFB=0;REVB=0.00530053;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89855e-05;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr8 1774291 . A G 180.64 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.013149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.332;QD=16.4217;RBI=0.0146593;REFB=-0.0180324;REVB=0.00648069;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315629;STB=0.680108;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0295525;OID=.;OPOS=1774291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:18:19:0.431818:13:5:14:10:14:5:14:11 chr8 1806229 . A C 1333.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.128;QD=62.0216;RBI=0.0576767;REFB=0;REVB=0.0472427;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104751;OID=.;OPOS=1806229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:86:0:0:78:86:1:46:32:0:0:53:33:0:0 chr8 1857548 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0224601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.276;QD=16.6185;RBI=0.0230635;REFB=-0.0272937;REVB=-0.00524097;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153784;STB=0.586846;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0316552;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:9:19:12:11:9:19 chr8 1876631 . C T 606.15 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00152959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.873;QD=24.7408;RBI=0.00720647;REFB=-0.0192177;REVB=-0.00704228;RO=41;SAF=32;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225108;STB=0.520914;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0146099;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:43:55:55:0.561224:23:32:25:16:23:32:27:16 chr8 1900887 . G A 434.93 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00184103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.025;QD=20.9603;RBI=0.0190444;REFB=-0.0178963;REVB=-0.0189552;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026829;STB=0.514845;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0190487;OID=.;OPOS=1900887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:17:23:26:17:17:23 chr8 1900911 . C T 570.02 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0324141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.572;QD=22.8009;RBI=0.0398836;REFB=-0.0219404;REVB=0.0232385;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277231;STB=0.515263;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.015157;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:31:22:21:26:31:22:21:26 chr8 1905132 . G A 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00120967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.288;QD=20.679;RBI=0.0136362;REFB=-0.00790636;REVB=-0.0135825;RO=45;SAF=32;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158709;STB=0.588195;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00668032;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:14:32:24:21:14:32:24:21 chr8 1906630 . G T 1175.87 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.651;QD=59.5375;RBI=0.0196491;REFB=0.0380093;REVB=0.00110434;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137178;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-3.03589e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:1:0:44:34:1:0 chr8 1953194 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.862;QD=55.6559;RBI=0.0333581;REFB=0;REVB=-0.0210532;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72541e-05;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 1953223 . C T 463.2 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.119;QD=57.8995;RBI=0.0649685;REFB=0;REVB=0.0456338;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070576;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:16:16:0:0 chr8 1953567 . C A 1564.25 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259636;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.183;QD=63.847;RBI=0.0121984;REFB=0;REVB=0.0119189;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315641;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:48:49:0:0:48:50:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGAA 939.68 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=52,4;DP=63;FAO=62,4;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=25,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212133,0.00109244;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=263.96,239.904;QD=56.9505;RBI=0.0324985,0.0313513;REFB=0,0;REVB=0.0324292,0.0313323;RO=0;SAF=32,0;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.00761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00129541,-0.0260467;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CAG,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939394,0.0606061:52,4:63:62,4:66:0:37,0:25,4:0:0:16:0:32,0:20,4:0:0 chr8 1953759 . A T 483.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3674;QD=58.5666;RBI=0.00547861;REFB=0;REVB=0.00343753;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129061;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr8 1954237 . G C 1659.56 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.058;QD=60.3477;RBI=0.00983937;REFB=0;REVB=0.00354763;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38679e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr8 1954587 . G A 475.31 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.781;QD=57.6129;RBI=0.0424677;REFB=0;REVB=0.041961;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177765;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:13:13:0:0:15:18:0:0 chr8 2021421 . G T 1120.38 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482728;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.042;QD=60.561;RBI=0.0495083;REFB=0;REVB=-0.0109912;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427612;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr8 2040337 . T C 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2008;QD=60.254;RBI=0.0307163;REFB=0;REVB=-0.0144747;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183353;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr8 2048811 . A C 1381.44 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.387;QD=61.3975;RBI=0.0222533;REFB=-0.0805588;REVB=0.0197774;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902749;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=4.39423e-05;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:52:37:0:1:52:37:0:1 chr8 2048831 . A G 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0059863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.765;QD=19.1479;RBI=0.0059922;REFB=-0.00212268;REVB=-0.000265927;RO=36;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129496;STB=0.57219;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0024531;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:23:13:18:18:23:13:18:18 chr8 2054066 . A G 457.23 PASS AF=0.511364;AO=46;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0278337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0281;QD=20.7832;RBI=0.106192;REFB=-0.0492256;REVB=0.102479;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554745;STB=0.5102;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0569277;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:43:46:45:0.511364:21:25:22:18:20:25:23:20 chr8 2056569 . C T 182.95 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00415853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1411;QD=13.3055;RBI=0.0193853;REFB=-0.00719368;REVB=0.018934;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165924;STB=0.588152;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00780906;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:15:7:15:17:15:7:15:18 chr8 2057298 . C T 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00652457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3748;QD=16.1563;RBI=0.00752406;REFB=-0.00330929;REVB=0.00374719;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227345;STB=0.512811;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00485912;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:18:9:10:22:18:9:10:22 chr8 2148550 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.775;QD=60.6102;RBI=0.00924255;REFB=0;REVB=0.00236364;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70123e-05;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 236.97 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180048;FXX=0.346021;HRUN=1;LEN=18;MLLD=417.76;QD=55.7564;RBI=0.0287817;REFB=0;REVB=0.0224547;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000196675;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:17:26:17:17:0:6:11:0:0:3:0:6:11:0:0 chr8 2795835 . T C 1087.76 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175559;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.384;QD=60.4311;RBI=0.0176148;REFB=0;REVB=0.00143899;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272432;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr8 2832139 . C G 1996.03 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.356;QD=60.9474;RBI=0.0367355;REFB=-0.040476;REVB=0.0266161;RO=0;SAF=41;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000263205;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:0:1:129:130:0.992366:88:41:0:0:89:41:1:0 chr8 2909992 . G A 1713.58 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.352;QD=60.1256;RBI=0.0158294;REFB=0;REVB=-0.0134079;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32491e-06;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:44:69:0:0:45:69:0:0 chr8 2910020 . A G 1865.18 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00433007;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.033;QD=60.6562;RBI=0.00795224;REFB=-0.0229999;REVB=-0.00666999;RO=1;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102151;STB=0.505375;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000210858;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:46:76:0:1:46:76:0:1 chr8 2965244 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.006;QD=62.022;RBI=0.00785535;REFB=0;REVB=-0.00690853;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14552e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr8 3351192 . C T 343.21 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0134638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.678;QD=18.8062;RBI=0.0185132;REFB=-0.017112;REVB=-0.0127069;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620941;STB=0.534582;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0239715;OID=.;OPOS=3351192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:17:20:17:19:17:20 chr8 3558050 . G A 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.699;QD=61.8671;RBI=0.0278443;REFB=-0.0700828;REVB=0.00372092;RO=1;SAF=27;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172314;STB=0.509089;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00180402;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:65:27:1:0:65:27:1:0 chr8 5768667 . A T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00181637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.034;QD=57.2343;RBI=0.0332103;REFB=-0.0875376;REVB=0.0331605;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00182524;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:40:26:1:0:40:26:1:0 chr8 6272399 . G T 1214.75 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398691;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3539;QD=59.9874;RBI=0.0429777;REFB=-0.0751678;REVB=0.0160479;RO=2;SAF=37;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248992;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00108699;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:2:1:79:80:0.987654:42:37:2:0:42:38:1:0 chr8 6296550 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8148;QD=58.7814;RBI=0.0693292;REFB=0;REVB=0.00894418;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578635;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr8 6299654 . T C 659.14 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.048484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.17;QD=21.6112;RBI=0.0484851;REFB=-0.0147434;REVB=0.000323102;RO=57;SAF=25;SAR=40;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138001;STB=0.575812;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0119106;OID=.;OPOS=6299654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:40:25:31:26:40:25:31:26 chr8 6302183 . G C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0139584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2019;QD=21.3768;RBI=0.027021;REFB=-0.00779811;REVB=-0.0231364;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160305;STB=0.576857;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0171889;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:10:12:8:14:11:12:8:14 chr8 6302418 . A G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.705;QD=52.152;RBI=0.101901;REFB=-0.00868742;REVB=-0.101234;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00106848;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:18:9:0:0:18:9:1:0 chr8 6366574 . A G 1093.44 PASS AF=0.502283;AO=110;DP=219;FAO=110;FDP=219;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.0064843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.155;QD=19.9716;RBI=0.00920689;REFB=-0.0103831;REVB=0.0065361;RO=109;SAF=59;SAR=51;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103403;STB=0.556732;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00924227;OID=.;OPOS=6366574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:109:109:110:110:0.502283:51:59:46:63:51:59:46:63 chr8 6371291 . A G 423.9 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00269271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.964;QD=13.7852;RBI=0.0243289;REFB=-0.00650293;REVB=0.0241794;RO=73;SAF=16;SAR=33;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213352;STB=0.617414;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00977599;OID=.;OPOS=6371291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:74:49:49:0.398374:33:16:38:35:33:16:38:36 chr8 6378763 . C T 161.5 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00217273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.282;QD=10.5898;RBI=0.00311534;REFB=-0.00861085;REVB=0.00223263;RO=40;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278688;STB=0.674417;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0151358;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:16:4:16:24:17:4:16:24 chr8 6389889 . C G 1348.13 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0144764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4016;QD=52.8679;RBI=0.0219652;REFB=-0.129236;REVB=0.0165198;RO=4;SAF=43;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420894;STB=0.533326;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0130775;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:100:102:4:6:96:96:0.941176:53:43:4:0:54:42:6:0 chr8 6474473 . C G 389.18 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00891886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.696;QD=15.1139;RBI=0.0141687;REFB=-0.00692089;REVB=0.0110094;RO=59;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125041;STB=0.501369;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00828559;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:25:18:24:35:26:18:24:35 chr8 6478986 . C T 337.58 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.037207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4119;QD=20.1539;RBI=0.0389105;REFB=-0.0191845;REVB=-0.0113868;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591827;STB=0.532882;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0190814;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:12:23:19:13:12:23:19:13 chr8 6479042 . C T 601.28 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0536043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.163;QD=24.294;RBI=0.0536043;REFB=-0.022417;REVB=4.2836e-05;RO=44;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374736;STB=0.502054;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0186749;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:31:24:19:25:31:24:19:25 chr8 6615663 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.037;QD=58.5874;RBI=0.0158631;REFB=0;REVB=0.0157189;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139655;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr8 6615754 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00322999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.15;QD=15.1962;RBI=0.00518106;REFB=-0.00395103;REVB=-0.00405099;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207586;STB=0.620645;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00601566;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:12:14:13:5:12:14 chr8 6669175 . TTC T,TT 31.38 PASS AF=0,0.333333;AO=2,4;DP=19;FAO=0,7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.121429,0.0749331;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=2,1;MLLD=33.4642,19.1156;QD=5.97654;RBI=0.168009,0.111113;REFB=0.00875486,-0.0227362;REVB=-0.116113,-0.0820431;RO=12;SAF=2,3;SAR=0,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.630414,0.438863;STB=0.5,0.81719;STBP=1,0.052;TYPE=del,del;VARB=0,0.0565594;OID=.,.;OPOS=6669176,6669177;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:2,4:19:0,7:21:14:0,6:0,1:6:8:31:12:2,3:0,1:4:8 chr8 6673377 . CA C 475.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.662;QD=55.8935;RBI=0.0656862;REFB=0;REVB=-0.012879;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000418315;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:34:34:34:0:11:23:0:0:4:1:10:23:1:0 chr8 6735300 . T A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.050985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.794;QD=24.7086;RBI=0.0520305;REFB=-0.0120506;REVB=0.0103778;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248077;STB=0.637412;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00525704;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:13:4:13:10:13:4 chr8 6793540 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.296;QD=61.684;RBI=0.0472003;REFB=0;REVB=-0.0233416;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230615;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr8 6793581 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3294;QD=53.9047;RBI=0.0975738;REFB=0;REVB=0.000919995;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285422;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr8 7154617 . T A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0196753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.189;QD=10.1732;RBI=0.0299052;REFB=-0.0059834;REVB=0.0225212;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426681;STB=0.768236;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00343409;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:5:4:5:1:5:4 chr8 7154912 . T C 628.15 PASS AF=0.382979;AO=72;DP=186;FAO=72;FDP=188;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.072379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1497;QD=13.365;RBI=0.0948866;REFB=-0.0238276;REVB=-0.0613574;RO=114;SAF=29;SAR=43;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135186;STB=0.576558;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0412655;OID=.;OPOS=7154912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:114:116:72:72:0.382979:43:29:60:54:43:29:61:55 chr8 7154917 . A C 511.37 PASS AF=0.360465;AO=63;DP=171;FAO=62;FDP=172;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0327045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2413;QD=11.8922;RBI=0.035593;REFB=-0.0172345;REVB=-0.0140455;RO=107;SAF=22;SAR=41;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217253;STB=0.618046;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0222109;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:107:110:63:62:0.360465:41:22:58:49:40:22:59:51 chr8 7308386 . T C 460.11 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0185017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9437;QD=23.9019;RBI=0.0307977;REFB=-0.0310318;REVB=-0.0246209;RO=33;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364148;STB=0.519991;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0358662;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:26:18:15:18:26:18:15:18 chr8 7308729 . G C 1413.3 PASS AF=0.716049;AO=116;DP=171;FAO=116;FDP=162;FR=.;FRO=46;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0269102;FXX=0.0526285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.795;QD=34.8962;RBI=0.0269561;REFB=-0.00633513;REVB=-0.00157114;RO=45;SAF=67;SAR=49;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120228;STB=0.509075;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00328208;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:162:45:46:116:116:0.716049:49:67:27:18:49:67:28:18 chr8 8098577 . G A 304.18 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.017333;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.233;QD=17.1367;RBI=0.0174463;REFB=-0.000932962;REVB=-0.0019848;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126902;STB=0.56257;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000963498;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:17:16:13:24:17:16:14:24 chr8 8185312 . A T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0171004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.152;QD=17.5879;RBI=0.0300441;REFB=-0.0133052;REVB=-0.0247027;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134353;STB=0.576141;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0149798;OID=.;OPOS=8185312;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:9:19:12:10:9:19 chr8 8234077 . G C 180.41 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=29;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.07698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1203;QD=23.2781;RBI=0.119604;REFB=0.00944028;REVB=0.0915379;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.523783;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00694277;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:13:13:16:18:0.580645:10:6:5:8:12:6:5:8 chr8 8234113 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00871495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.148;QD=13.486;RBI=0.0214106;REFB=-0.0194572;REVB=0.0195567;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356162;STB=0.709231;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0108407;OID=.;OPOS=8234113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:3:8:3:6:3:8 chr8 8234192 . G C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0216085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5294;QD=15.1717;RBI=0.0254197;REFB=-0.0353636;REVB=0.0133879;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239621;STB=0.637242;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0491727;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:17:7:9:8:17:7 chr8 8234218 . CG TA 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00483367;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.365;QD=17.0892;RBI=0.0124911;REFB=-0.0104968;REVB=0.0115179;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118784;STB=0.566864;STBP=0.383;TYPE=mnp;VARB=0.00862353;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:17:11:13:12:17:11 chr8 8234714 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0115734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.073;QD=12.7899;RBI=0.0342319;REFB=-0.000640056;REVB=-0.0322161;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114896;STB=0.603293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000881907;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:23:14:14:0.378378:4:10:11:7:4:10:13:10 chr8 8439879 . A G 249.41 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0065807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.405;QD=33.2543;RBI=0.0437362;REFB=-0.0247872;REVB=-0.0432383;RO=8;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976033;STB=0.553641;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.016219;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:15:7:4:4:15:7:4:4 chr8 8440151 . GC G 69.29 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0811454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0337;QD=17.3228;RBI=0.10834;REFB=-0.0538346;REVB=0.0717839;RO=8;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=8;SSEN=0.375963;SSEP=0;SSSB=0.844818;STB=0.888023;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.063114;OID=.;OPOS=8440152;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:16:9:16:7:8:1:0:7:38:8:8:0:0:8 chr8 8643582 . C G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4589;QD=62.0195;RBI=0.0748698;REFB=0;REVB=0.0655933;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469597;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr8 8654898 . C T 377.1 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0132109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4011;QD=13.9666;RBI=0.034348;REFB=-0.000862614;REVB=-0.0317058;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512602;STB=0.527765;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000475941;OID=.;OPOS=8654898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:60:64:44:44:0.407407:22:22:33:27:22:22:35:29 chr8 8747894 . A G 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2094;QD=62.6111;RBI=0.0399253;REFB=0;REVB=0.0322217;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04717e-05;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr8 8819186 . T A 350.87 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00846504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.592;QD=15.4227;RBI=0.00867178;REFB=-0.00611098;REVB=0.00188228;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139134;STB=0.578659;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00806755;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:23:15:28:25:23:15:28:25 chr8 8860620 . T C 315.98 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0246506;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.984;QD=17.314;RBI=0.0255654;REFB=-0.0416935;REVB=-0.00677769;RO=40;SAF=27;SAR=6;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473252;STB=0.750495;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0562154;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:39:33:34:0.465753:6:27:15:25:7:27:14:25 chr8 8999019 . C T 333.01 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0166764;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8735;QD=16.2445;RBI=0.0475911;REFB=-0.00629733;REVB=0.0445736;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386191;STB=0.527762;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00907422;OID=.;OPOS=8999019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:46:36:36:0.439024:17:19:23:24:17:19:22:24 chr8 8999039 . G T 433.63 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00589916;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.382;QD=23.1267;RBI=0.0171893;REFB=-0.0400016;REVB=-0.0161453;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091946;STB=0.50096;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237011;OID=.;OPOS=8999039;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:33:42:42:0.56:19:23:19:15:19:23:18:15 chr8 9145082 . T C 270.45 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.026104;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.812;QD=16.6429;RBI=0.0311383;REFB=-0.0100399;REVB=0.0169757;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275049;STB=0.654407;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0119552;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:19:11:23:12:19:11:23:12 chr8 9414049 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00796114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.839;QD=16.9795;RBI=0.0108607;REFB=-0.0128762;REVB=-0.00738747;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110497;STB=0.56245;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0170199;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:8:18:17:12:8:18:17:12 chr8 9414159 . G C 217.69 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0152951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.949;QD=22.9143;RBI=0.0948769;REFB=-0.033912;REVB=-0.0936359;RO=13;SAF=19;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214029;STB=0.716722;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0207012;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:13:17:21:21:0.552632:2:19:10:3:2:19:11:6 chr8 9414237 . C T 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0175978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.992;QD=18.3439;RBI=0.0235464;REFB=-0.0126786;REVB=0.0156445;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370643;STB=0.709445;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0130811;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:4:14:6:11:4:14 chr8 9414503 . T C 193.06 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0425735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1218;QD=13.7902;RBI=0.0465049;REFB=-0.00230995;REVB=0.0187137;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31224;STB=0.679835;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00389265;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:17:6:18:15:17:6:18:15 chr8 9415168 . G A 972.31 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.27;QD=58.928;RBI=0.0339023;REFB=0;REVB=-0.00564408;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131317;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:24:41:0:0:24:42:0:0 chr8 9415390 . G A 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.000593034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.867;QD=15.9593;RBI=0.00323781;REFB=-0.00539257;REVB=0.00318304;RO=60;SAF=23;SAR=25;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791175;STB=0.544202;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00699576;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:25:23:24:36:25:23:24:36 chr8 9416258 . G C 308.11 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0062233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.929;QD=20.8891;RBI=0.00810475;REFB=-0.0179132;REVB=0.00519206;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105414;STB=0.505841;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0201755;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:13:14:17:15:13:14 chr8 9564437 . A G 346.24 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00358405;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.804;QD=19.2356;RBI=0.0050634;REFB=-0.00133255;REVB=-0.00357668;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151432;STB=0.584328;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00135999;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:22:14:20:16:22:14:20:16 chr8 9577940 . T C 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.352;QD=63.4758;RBI=0.024902;REFB=0;REVB=0.023489;RO=0;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31947e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:63:31:0:0:63:31:0:0 chr8 9609331 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0305548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.215;QD=19.1804;RBI=0.0572134;REFB=-0.0159712;REVB=-0.0483712;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045895;STB=0.526274;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0115217;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:3:8:10:3:3:8 chr8 9734267 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.775;QD=52.6132;RBI=0.042072;REFB=0;REVB=0.0355515;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118857;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr8 9734284 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.14;QD=48.7367;RBI=0.03797;REFB=0;REVB=0.0163217;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267783;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr8 10211175 . C T 282.72 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0323839;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5514;QD=12.292;RBI=0.0339031;REFB=-0.00132995;REVB=-0.0100352;RO=58;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358995;STB=0.525988;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=9.56821e-05;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:58:59:33:33:0.358696:16:17:28:30:16:17:28:31 chr8 10285825 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.261;QD=48.7373;RBI=0.0225487;REFB=0;REVB=-0.0154753;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00331e-06;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr8 10333799 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0180736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.698;QD=22.5809;RBI=0.0180824;REFB=-0.00167708;REVB=-0.000563814;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353093;STB=0.519967;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000963259;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:2:5:8:4:2:5 chr8 10383226 . C G 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.415;QD=48.6297;RBI=0.0345677;REFB=-0.076229;REVB=-0.0179739;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225693;STB=0.512184;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000483611;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:20:2:0:1:20:2:0:1 chr8 10390452 . C T 1456.67 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261717;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.643;QD=63.3334;RBI=0.0270293;REFB=0;REVB=-0.00675469;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40156e-05;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr8 10396054 . A C 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9058;QD=59.6746;RBI=0.0120985;REFB=0;REVB=-0.00847515;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43815e-06;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr8 10464755 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0333045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.242;QD=21.0132;RBI=0.0785113;REFB=0.00487178;REVB=0.0710973;RO=6;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207895;STB=0.629444;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00599446;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:1:10:6:0:1:10:7:0 chr8 10464885 . T C 613.99 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.304;QD=61.3989;RBI=0.0369655;REFB=0;REVB=0.0287246;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157947;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr8 10465748 . T C 53.22 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188878;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3368;QD=35.4785;RBI=0.0308042;REFB=0;REVB=0.0243341;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00659247;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:4:2:0:0 chr8 10465771 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.226;QD=42.1826;RBI=0.0185162;REFB=0;REVB=0.0104215;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031092;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr8 10465869 . CT CC,C 42.41 PASS AF=0.12,0.24;AO=3,5;DP=25;FAO=3,6;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3,4;FSAR=0,2;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0478326,-0.0933039;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=29.8241,16.8787;QD=6.78548;RBI=0.0722074,0.129452;REFB=-0.0518622,-0.0705945;REVB=-0.0540921,-0.0897343;RO=15;SAF=3,3;SAR=0,2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741484,0.441171;STB=0.997547,0.776992;STBP=0.014,0.133;TYPE=snp,del;VARB=0.0754601,0.116595;OID=.,.;OPOS=10465870,10465870;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.24:3,5:25:3,6:25:16:3,4:0,2:4:12:26:15:3,3:0,2:3:12 chr8 10467160 . G A 598.01 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.0379913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.208;QD=16.4967;RBI=0.0382548;REFB=-0.0159394;REVB=0.00448197;RO=82;SAF=32;SAR=31;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785658;STB=0.543846;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.027658;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:63:63:0.434483:31:32:48:34:31:32:48:34 chr8 10467207 . C A 2141.28 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.478;QD=62.9789;RBI=0.0888272;REFB=0;REVB=0.0624874;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322078;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:67:68:0:0:67:69:0:0 chr8 10467604 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0504238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.681;QD=19.1341;RBI=0.0512974;REFB=-0.0189989;REVB=0.00942639;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0110976;OID=.;OPOS=10467604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr8 10467637 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0254298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1547;QD=11.9531;RBI=0.0283279;REFB=-0.0015514;REVB=0.0124816;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00297363;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:11:11:7:8:0.421053:3:4:7:4:4:4:7:4 chr8 10468172 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000982408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.675;QD=14.1384;RBI=0.00827764;REFB=-0.00367798;REVB=-0.00821914;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822685;STB=0.547759;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00698555;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:13:7:6:8:13:7 chr8 10469030 . G A 211.76 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0155126;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.174;QD=25.6684;RBI=0.0156677;REFB=-0.0290322;REVB=-0.00219878;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121951;STB=0.58528;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0150186;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:10:13:20:20:0.606061:8:12:4:6:8:12:5:8 chr8 10469340 . G A 457.41 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00356374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.136;QD=14.0742;RBI=0.00372628;REFB=-0.0110212;REVB=-0.00108854;RO=77;SAF=18;SAR=34;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929604;STB=0.54941;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0181461;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:78:52:52:0.4:34:18:33:44:34:18:33:45 chr8 10469817 . G A 882.21 PASS AF=0.450237;AO=95;DP=212;FAO=95;FDP=211;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.0195801;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.736;QD=16.7243;RBI=0.0196356;REFB=-0.0126666;REVB=0.0014754;RO=115;SAF=60;SAR=35;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103873;STB=0.560444;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0174056;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:115:116:95:95:0.450237:35:60:61:54:35:60:61:55 chr8 10530218 . C T 650.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.321;QD=61.956;RBI=0.0398896;REFB=0;REVB=0.00669994;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205943;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr8 10548370 . A C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0673521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.23;QD=10.0752;RBI=0.0757646;REFB=-0.0184113;REVB=-0.0346982;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0231643;OID=.;OPOS=10548370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:6:8:4:4:6:8 chr8 10548427 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0876592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.107;QD=9.49167;RBI=0.0928112;REFB=-0.0143452;REVB=-0.0304925;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0442573;OID=.;OPOS=10548427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr8 10555301 . G T 344.65 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0118;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.538;QD=25.53;RBI=0.0168632;REFB=-0.00622082;REVB=0.0120468;RO=20;SAF=27;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123895;STB=0.550126;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00582292;OID=.;OPOS=10555301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:20:33:34:0.62963:6:27:14:6:7:27:14:6 chr8 10557760 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0377229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2644;QD=7.9544;RBI=0.0651678;REFB=-0.00873504;REVB=-0.0531396;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257094;STB=0.666172;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.032111;OID=.;OPOS=10557760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:5:14:7:1:5:14 chr8 10583909 . G C 423.61 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00138281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.115;QD=12.4591;RBI=0.0140833;REFB=-0.0248454;REVB=0.0140153;RO=86;SAF=19;SAR=31;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210536;STB=0.619952;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.044582;OID=.;OPOS=10583909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:86:50:50:0.367647:31:19:49:37:31:19:49:37 chr8 10754511 . C T 2143.43 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00989221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8577;QD=62.1283;RBI=0.0254944;REFB=-0.0449096;REVB=0.023497;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737039;STB=0.503875;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000333391;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:73:64:1:0:73:64:1:0 chr8 10995514 . C G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.022003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1746;QD=12.737;RBI=0.0514688;REFB=0.010541;REVB=0.0465286;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899355;STB=0.552567;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0164752;OID=.;OPOS=10995514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:18:10:7:9:18:10 chr8 11157596 . T G 857.19 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=150;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00395767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.262;QD=22.8584;RBI=0.00409855;REFB=-0.0209028;REVB=0.00106535;RO=69;SAF=34;SAR=46;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703188;STB=0.535416;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0169999;OID=.;OPOS=11157596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:69:70:80:80:0.533333:46:34:35:34:46:34:35:35 chr8 11162496 . A C 494.22 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0480096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.512;QD=17.6508;RBI=0.048907;REFB=-0.0125465;REVB=0.00932601;RO=55;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151983;STB=0.600764;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00734392;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:55:59:53:53:0.473214:30:23:33:22:30:23:37:22 chr8 11179074 . A C 463.43 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0216584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.867;QD=13.4326;RBI=0.0216891;REFB=-0.00975592;REVB=-0.00115341;RO=85;SAF=18;SAR=35;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300132;STB=0.517027;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0165734;OID=.;OPOS=11179074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:85:85:53:53:0.384058:35:18:31:54:35:18:31:54 chr8 11184844 . T C 830.54 PASS AF=0.530612;AO=78;DP=148;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0169313;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.504;QD=22.5996;RBI=0.0172704;REFB=-0.00382282;REVB=-0.00340552;RO=69;SAF=50;SAR=28;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144414;STB=0.57927;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00380874;OID=.;OPOS=11184844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:69:69:78:78:0.530612:28:50:33:36:28:50:33:36 chr8 11184937 . G A 712.71 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00696634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2617;QD=23.9565;RBI=0.00802385;REFB=-0.0374536;REVB=-0.00398149;RO=49;SAF=37;SAR=31;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530603;STB=0.536214;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0205582;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:51:68:68:0.571429:31:37:30:19:31:37:32:19 chr8 11188743 . C T 223.72 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000663757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.894;QD=12.7838;RBI=0.0160827;REFB=-0.00670583;REVB=-0.016069;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473053;STB=0.527136;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0123464;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:12:15:22:21:12:15:22:21 chr8 11188752 . G A 218.43 PASS AF=0.4;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00380589;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.936;QD=13.4419;RBI=0.00381679;REFB=-0.0201595;REVB=-0.000288289;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134419;STB=0.507686;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0428881;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:39:39:26:26:0.4:13:13:19:20:13:13:19:20 chr8 11189316 . G C 443.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3109;QD=57.2616;RBI=0.0868014;REFB=0;REVB=0.0687815;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166701;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr8 11189488 . T C 476.7 PASS AF=0.369427;AO=58;DP=158;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0481581;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.981;QD=12.1453;RBI=0.050446;REFB=-0.00119612;REVB=-0.0150197;RO=98;SAF=29;SAR=29;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113046;STB=0.560489;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00230581;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:98:99:58:58:0.369427:29:29:39:59:29:29:40:59 chr8 11189535 . T C 237.27 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.000954831;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9611;QD=9.88609;RBI=0.0385154;REFB=-0.0268644;REVB=0.0385036;RO=65;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262563;STB=0.646646;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0595846;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:66:30:30:0.3125:13:17:22:43:13:17:23:43 chr8 11204165 . C T 166.09 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0357908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.404;QD=22.1455;RBI=0.040127;REFB=-0.00948648;REVB=0.0181437;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00700327;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:8:5:8:9:8:5 chr8 11204184 . G A 129.12 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0126939;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.342;QD=18.4449;RBI=0.0139394;REFB=0.00797553;REVB=0.00575945;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.574359;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00572826;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:14:14:0.5:5:9:7:7:5:9:7:7 chr8 11301753 . A C 5102.16 PASS AF=1;AO=321;DP=322;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213175;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4925;QD=63.1847;RBI=0.0580251;REFB=0;REVB=0.0539674;RO=0;SAF=170;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39679e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:322:323:0:0:321:323:1:151:170:0:0:152:171:0:0 chr8 11414237 . T C 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5602;QD=63.2781;RBI=0.0139827;REFB=0;REVB=0.0130321;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273842;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr8 11418385 . G A 941.05 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.834;QD=57.0332;RBI=0.0406613;REFB=-0.118457;REVB=0.0321536;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00037716;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:26:39:1:0:26:39:1:0 chr8 11418773 . C T 1431.52 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0579452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.36;QD=56.1381;RBI=0.0610665;REFB=-0.145621;REVB=-0.0192734;RO=3;SAF=42;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013655;STB=0.506939;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00334266;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:102:3:3:98:99:0.970588:56:42:2:1:56:43:2:1 chr8 11421793 . C T 1115.18 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.905;QD=60.2799;RBI=0.0282127;REFB=0;REVB=-0.028071;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46601e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr8 11619261 . T A 1175.81 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345424;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1032;QD=61.0813;RBI=0.0764732;REFB=0;REVB=0.0682273;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304114;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:31:45:0:0:32:45:0:0 chr8 11619334 . C T 392.66 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0219458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4425;QD=17.072;RBI=0.0219627;REFB=-0.0322981;REVB=-0.000862487;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134241;STB=0.575044;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0467948;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:20:21:33:18:20:21:33:18 chr8 11619635 . T A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0370987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.598;QD=20.838;RBI=0.0371439;REFB=0.0084272;REVB=0.00183224;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261101;STB=0.646785;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00422548;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:5:0:3:6:5:0 chr8 11619819 . C A 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00712378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.166;QD=13.9513;RBI=0.0222765;REFB=-0.0151214;REVB=0.0211068;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351206;STB=0.705362;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00325281;OID=.;OPOS=11619819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:1:6:3:4:1:6 chr8 11619986 . C T 188.58 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0260925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.171;QD=29.0116;RBI=0.0303512;REFB=-0.0282558;REVB=0.0155041;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637946;STB=0.535358;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00720695;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:4:4:7:11:4:4 chr8 11620315 . T C 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0131908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.922;QD=22.407;RBI=0.0234072;REFB=-0.0264697;REVB=-0.0193365;RO=37;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257902;STB=0.642183;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0242848;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:29:15:24:13:29:15:24:13 chr8 11620769 . T C 748.73 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0105951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.716;QD=19.4475;RBI=0.018281;REFB=-0.00313854;REVB=0.0148977;RO=77;SAF=48;SAR=29;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212845;STB=0.617228;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0026923;OID=.;OPOS=11620769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:29:48:30:47:29:48:30:47 chr8 11621351 . C G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.96;QD=57.1767;RBI=0.0579881;REFB=0;REVB=0.0563751;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216187;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr8 11621450 . G A 339.04 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0411056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8853;QD=20.5481;RBI=0.0438915;REFB=0.00648109;REVB=0.0153882;RO=30;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587349;STB=0.53844;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00759532;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:21:14:10:20:21:14:10:21 chr8 11637276 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.632;QD=58.6002;RBI=0.0695395;REFB=0;REVB=0.0471931;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487894;OID=.;OPOS=11637276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr8 11643553 . G T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00270648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.623;QD=16.4059;RBI=0.0181491;REFB=-0.0206513;REVB=-0.0179462;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456006;STB=0.525675;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0167849;OID=.;OPOS=11643553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:21:16:12:19:21:16 chr8 11683653 . T C 1472.58 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.532;QD=63.3367;RBI=0.0043061;REFB=0;REVB=0.00114317;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43043e-06;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:60:32:0:0:60:33:0:0 chr8 11689119 . G C 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0669042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0092;QD=14.3367;RBI=0.0682329;REFB=-0.00586018;REVB=-0.0133999;RO=60;SAF=16;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118525;STB=0.562731;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00818677;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:61:43:43:0.413462:27:16:29:31:27:16:29:32 chr8 11701842 . A C 1042.94 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2179;QD=59.5968;RBI=0.0400894;REFB=0;REVB=-0.021917;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00055995;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr8 11702542 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.988;QD=59.6792;RBI=0.0109538;REFB=0;REVB=0.0108913;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93639e-05;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr8 11793447 . T C 1589.85 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.421;QD=59.9943;RBI=0.0671353;REFB=0;REVB=-0.00675703;RO=0;SAF=25;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227229;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:79:25:0:0:79:27:0:0 chr8 11832079 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.381;QD=57.6807;RBI=0.0151976;REFB=0;REVB=-0.0150854;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12375e-05;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr8 11872239 . C A 665.38 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0748516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.835;QD=52.1867;RBI=0.0760373;REFB=-0.0937494;REVB=0.0133758;RO=2;SAF=14;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187886;STB=0.508883;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00213121;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:34:14:1:1:34:15:1:1 chr8 11872314 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.108;QD=42.1818;RBI=0.0362175;REFB=0;REVB=0.0192794;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217752;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr8 11995274 . G A 74.85 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3346;QD=37.4235;RBI=0.0674967;REFB=0;REVB=0.0143821;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00315428;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr8 12285102 . TC CT 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117669;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=390.375;QD=35.5759;RBI=0.0435225;REFB=0;REVB=0.0419016;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000421951;OID=.;OPOS=12285102;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 12285161 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1449;QD=37.4885;RBI=0.0746865;REFB=0;REVB=-0.0671671;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264406;OID=.;OPOS=12285161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 12516729 . T G 683.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00692651;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5298;QD=54.6916;RBI=0.0115141;REFB=-0.133907;REVB=0.00919777;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00205164;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:50:0:1:49:49:0.98:33:16:0:0:33:16:1:0 chr8 12516857 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.378;QD=62.908;RBI=0.026147;REFB=0;REVB=0.0203874;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71877e-05;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:31:59:0:0:31:59:0:0 chr8 12580049 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.179;QD=53.2772;RBI=0.0620663;REFB=0;REVB=-0.005823;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728746;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr8 12809667 . A T 5697.79 PASS AF=0.991848;AO=365;DP=368;FAO=365;FDP=368;FR=.;FRO=3;FSAF=182;FSAR=183;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00223619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.919;QD=61.9325;RBI=0.0191084;REFB=0.0424278;REVB=0.0189771;RO=2;SAF=182;SAR=183;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521438;STB=0.504087;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.000309946;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:368:368:2:3:365:365:0.991848:183:182:2:0:183:182:3:0 chr8 12809691 . A G 1680.8 PASS AF=0.456919;AO=175;DP=383;FAO=175;FDP=383;FR=.;FRO=208;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=101;FSRR=107;FWDB=0.0115742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.965;QD=17.5541;RBI=0.0117954;REFB=-0.0189388;REVB=-0.00227359;RO=207;SAF=87;SAR=88;SRF=100;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137966;STB=0.506281;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.021262;OID=.;OPOS=12809691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:207:208:175:175:0.456919:88:87:100:107:88:87:101:107 chr8 12809700 . G A 5527.2 PASS AF=0.983516;AO=357;DP=366;FAO=358;FDP=364;FR=.;FRO=6;FSAF=180;FSAR=178;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00765232;FXX=0.00546433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.597;QD=60.7384;RBI=0.0306363;REFB=-0.00982894;REVB=0.0296652;RO=5;SAF=180;SAR=177;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00779516;STB=0.502701;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.000256817;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:366:364:5:6:357:358:0.983516:177:180:4:1:178:180:4:2 chr8 12878637 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.954;QD=58.0599;RBI=0.0409474;REFB=0;REVB=-0.0400756;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147233;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr8 12878677 . T C 271.14 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0189794;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.398;QD=14.2703;RBI=0.0333876;REFB=-0.0161533;REVB=0.0274684;RO=45;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212438;STB=0.604247;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0296116;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:30:31:0.407895:21:9:22:23:21:10:22:23 chr8 12878807 . T G 562.93 PASS AF=0.571429;AO=51;DP=90;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00185917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.734;QD=24.7443;RBI=0.00457942;REFB=-0.00521035;REVB=0.00418504;RO=39;SAF=22;SAR=29;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446536;STB=0.527886;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00375712;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:39:39:51:52:0.571429:29:22:19:20:30:22:19:20 chr8 12879062 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00711139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.44;QD=7.71671;RBI=0.0258501;REFB=-0.00299058;REVB=-0.0248527;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305017;STB=0.687152;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00820884;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:6:4:18:9:6:4:18:9 chr8 12879099 . G A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0145707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.689;QD=10.4387;RBI=0.0293634;REFB=-0.00408948;REVB=-0.0254932;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187898;STB=0.612001;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00994704;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:17:10:7:6:17:10 chr8 12879334 . T C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0137771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3052;QD=12.4549;RBI=0.0159197;REFB=0.0100654;REVB=0.00797671;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107991;STB=0.56244;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0148713;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:18:16:12:9:18:16 chr8 12888908 . T G 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.03806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.648;QD=25.4019;RBI=0.0387046;REFB=-0.00613792;REVB=-0.00703434;RO=21;SAF=14;SAR=20;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202207;STB=0.610032;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00451493;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:20:14:3:18:20:14:3:18 chr8 12941709 . C A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.015278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.74;QD=10.2403;RBI=0.0153521;REFB=0.00978094;REVB=-0.001506;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201317;STB=0.51217;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0201242;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:6:13:7:3:6:13 chr8 12943065 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00710474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.059;QD=17.8403;RBI=0.00762432;REFB=-0.0160201;REVB=-0.00276638;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0156112;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:7:7:4:10:7:7 chr8 12957475 . C T 465.1 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0139401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.538;QD=19.5831;RBI=0.0144005;REFB=-0.0102251;REVB=-0.00361216;RO=49;SAF=32;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204601;STB=0.614122;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00898581;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:14:32:24:25:14:32:24:25 chr8 12958025 . C A 121.37 PASS AF=0.565217;AO=9;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0464339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4806;QD=21.1081;RBI=0.0474319;REFB=-0.0403282;REVB=0.0096789;RO=4;SAF=9;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.659716;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0301828;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:4:10:9:13:0.565217:0:9:4:0:2:11:6:4 chr8 13072177 . C T 1391.1 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000171979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.199;QD=62.5214;RBI=0.0195835;REFB=0;REVB=0.0195827;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26418e-05;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:33:54:0:0:35:54:0:0 chr8 13356802 . G A 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9525;QD=56.6967;RBI=0.0202901;REFB=0;REVB=0.0189351;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337419;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr8 13356818 . TT CG 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656459;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=300.076;QD=55.0987;RBI=0.010773;REFB=0;REVB=-0.00854194;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.74659e-05;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr8 13357340 . G C 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0145471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.249;QD=15.1138;RBI=0.0147776;REFB=0.00278245;REVB=0.00260005;RO=59;SAF=26;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330254;STB=0.518577;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00407754;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:18:26:33:26:18:26:33:26 chr8 13424583 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.046;QD=60.2046;RBI=0.0215815;REFB=0;REVB=0.0203476;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79962e-05;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr8 13425353 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.258;QD=57.1773;RBI=0.0486173;REFB=0;REVB=0.0152099;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237078;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr8 15095085 . C G 463.48 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00793338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8806;QD=14.951;RBI=0.019298;REFB=-0.0117137;REVB=0.0175919;RO=70;SAF=33;SAR=19;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267036;STB=0.64939;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0166012;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:72:52:52:0.419355:19:33:26:44:19:33:27:45 chr8 15590860 . GTTTTTTT GTTTTTGT,GTTTTTTG,GTTTTTTGT,GTTTTT,GTTTTTT 493.86 PASS AF=0.631579,0,0,0.210526,0.140351;AO=17,2,7,7,7;DP=57;FAO=36,0,0,12,8;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=13,0,0,6,4;FSAR=23,0,0,6,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00388708,0.00376766,0.00396726,0.0223369,0.0435529;FXX=0.0172384;HRUN=13,13,0,13,13;LEN=1,1,1,2,1;MLLD=216.868,208.59,211.067,6.62613,3.27482;QD=34.6565;RBI=0.0254722,0.027539,0.0295794,0.103274,0.218831;REFB=-0.0152555,-0.0175649,-0.0165808,-0.0352084,-0.0264093;REVB=-0.0251739,-0.0272801,-0.0293122,-0.100829,-0.214453;RO=1;SAF=9,0,2,4,3;SAR=8,2,5,3,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0482085,-0.697199,-0.173072,-0.0971198,-0.124421;STB=0.518508,0.5,0.5,0.538398,0.555418;STBP=0.261,1,1,0.542,0.503;TYPE=snp,snp,ins,del,del;VARB=0.00388718,0,0,0.0310704,-0.0317651;OID=.,.,.,.,.;OPOS=15590866,15590867,15590867,15590861,15590861;OREF=T,T,-,TT,T;OALT=G,G,G,-,-;OMAPALT=GTTTTTGT,GTTTTTTG,GTTTTTTGT,GTTTTT,GTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.631579,0,0,0.210526,0.140351:17,2,7,7,7:57:36,0,0,12,8:57:1:13,0,0,6,4:23,0,0,6,4:1:0:41:1:9,0,2,4,3:8,2,5,3,4:1:0 chr8 15978063 . C T 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00466536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.923;QD=59.447;RBI=0.00895425;REFB=-0.0348548;REVB=0.00764284;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391617;STB=0.520825;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000667822;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:23:25:0:2:23:25:0:2 chr8 16012648 . G C 393.46 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0263016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.819;QD=12.3924;RBI=0.0280038;REFB=0.00272775;REVB=0.00961443;RO=80;SAF=28;SAR=19;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161258;STB=0.591907;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00886447;OID=.;OPOS=16012648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:80:47:47:0.370079:19:28:36:44:19:28:36:44 chr8 16043667 . C T 186.15 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0122011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.77;QD=12.4101;RBI=0.0697238;REFB=-0.004904;REVB=-0.0686479;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120052;STB=0.569517;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00762977;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:7:16:22:15:7:16:22:15 chr8 16043686 . G C 191.07 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00916195;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.705;QD=13.4087;RBI=0.0200361;REFB=-0.0270828;REVB=0.0178187;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212678;STB=0.622923;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0761236;OID=.;OPOS=16043686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:6:17:19:15:6:17:19:15 chr8 16927250 . A C 532.11 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0379354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.032;QD=18.3485;RBI=0.0384859;REFB=-0.0054852;REVB=-0.00648593;RO=60;SAF=32;SAR=24;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204486;STB=0.613099;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.010262;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:24:32:21:39:24:32:21:39 chr8 16939284 . G A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0514633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2627;QD=9.82999;RBI=0.0517901;REFB=-0.00576531;REVB=-0.00580914;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04353;STB=0.526272;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00751461;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:12:14:6:6:12:14 chr8 16939299 . C CA 69.77 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0144474;FXX=0.0526177;HRUN=0;LEN=1;MLLD=228.634;QD=7.75244;RBI=0.0164404;REFB=-0.00226265;REVB=0.00784608;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112421;STB=0.555464;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.00712336;OID=.;OPOS=16939300;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:37:12:36:24:6:6:10:14:69:25:6:6:10:15 chr8 16979116 . A C 502.58 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.00505127;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.772;QD=21.8511;RBI=0.00700167;REFB=0.00368538;REVB=0.00484851;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217776;STB=0.619518;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00331482;OID=.;OPOS=16979116;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:24:24:33:11:24:24:33:11 chr8 17078905 . GTT G,GT 50.69 PASS AF=0,0.7;AO=2,10;DP=20;FAO=0,14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0848857,0.147543;FXX=0.0475964;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=11.9165,7.42101;QD=10.1388;RBI=0.117074,0.20993;REFB=-0.0173021,-0.0306998;REVB=-0.0806266,-0.149338;RO=6;SAF=0,1;SAR=2,9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606693,-0.422407;STB=0.5,0.610938;STBP=1,0.183;TYPE=del,del;VARB=-0.0673068,0.0313492;OID=.,.;OPOS=17078906,17078906;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.7:2,10:20:0,14:20:6:0,3:0,11:3:3:21:6:0,1:2,9:3:3 chr8 17079358 . A G 282.46 PASS AF=0.508197;AO=27;DP=59;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.007941;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.093;QD=18.5217;RBI=0.0211163;REFB=-0.00215282;REVB=0.0195663;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127124;STB=0.588611;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00160765;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:29:30:27:31:0.508197:14:13:10:19:14:17:11:19 chr8 17092164 . G T 1476.62 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416478;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9613;QD=63.5106;RBI=0.0353709;REFB=0;REVB=0.0351249;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427175;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr8 17105226 . T C 194.57 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0179416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7233;QD=10.377;RBI=0.0181703;REFB=-0.0200289;REVB=-0.00287379;RO=50;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185632;STB=0.608607;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0361765;OID=.;OPOS=17105226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:9:16:24:26:9:16:24:26 chr8 17125768 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.086;QD=60.6102;RBI=0.0312865;REFB=0;REVB=-0.00124557;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285368;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr8 17142065 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.038;QD=56.938;RBI=0.0471416;REFB=0;REVB=0.0375633;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124995;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr8 17157259 . G A 1274.37 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247108;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.699;QD=61.4156;RBI=0.0278935;REFB=0;REVB=0.0129392;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5211e-05;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:1:0:82:83:1:40:42:0:1:41:42:0:0 chr8 17230644 . G C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000954708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.126;QD=63.6149;RBI=0.00624251;REFB=0;REVB=-0.00616907;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16156e-06;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr8 17270763 . G C 1114.56 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0777908;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.865;QD=57.8993;RBI=0.079144;REFB=-0.0415289;REVB=0.0145726;RO=0;SAF=15;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508331;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00177384;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:77:0:2:75:75:0.974026:60:15:0:0:59:16:0:2 chr8 17270787 . A C,G 1170.07 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=3,75;DP=78;FAO=2,76;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=1,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107299,0.00697546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.9663,183.839;QD=60.0034;RBI=0.0172551,0.0257748;REFB=0,0;REVB=-0.0135132,-0.024813;RO=0;SAF=1,11;SAR=2,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.116861,-0.000169268;OID=.,.;OPOS=17270787,17270787;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:78:78:0:0:3,75:2,76:0.025641,0.974359:2,64:1,11:0:0:1,65:1,11:0:0 chr8 17270837 . G C 703.14 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00395639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1962;QD=57.3995;RBI=0.00841551;REFB=0.00912922;REVB=0.00742751;RO=3;SAF=2;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165428;STB=0.565885;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00210053;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:3:2:45:47:0.959184:43:2:1:2:44:3:1:1 chr8 17407876 . G A 950.37 PASS AF=0.480583;AO=99;DP=206;FAO=99;FDP=206;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=6.49899e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.599;QD=18.4538;RBI=0.00620248;REFB=-0.0266821;REVB=-0.00620214;RO=107;SAF=35;SAR=64;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207603;STB=0.511452;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0272135;OID=.;OPOS=17407876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:107:107:99:99:0.480583:64:35:40:67:64:35:40:67 chr8 17424920 . T C 415.46 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527469;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.907;QD=57.3045;RBI=0.0211293;REFB=0;REVB=0.0204603;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67227e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr8 17425296 . C T 366.17 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0209453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5115;QD=16.2742;RBI=0.0356531;REFB=-0.0111538;REVB=-0.0288519;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817144;STB=0.54601;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0146322;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:23:16:25:26:23:16:25:26 chr8 17486282 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.567;QD=57.1775;RBI=0.0649703;REFB=0;REVB=-0.0120156;RO=0;SAF=9;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021384;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:42:9:0:0:42:9:0:0 chr8 17500223 . T C 692.04 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0268576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6541;QD=21.1309;RBI=0.030906;REFB=-0.0145661;REVB=-0.0152922;RO=63;SAF=35;SAR=33;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752578;STB=0.541346;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.013268;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:33:35:27:36:33:35:27:36 chr8 17502900 . CTGAT C 192.43 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=54;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0104847;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.393;QD=15.0926;RBI=0.0219069;REFB=0.000270482;REVB=-0.019235;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105581;STB=0.562105;STBP=0.449;TYPE=del;VARB=-0.000554128;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:20:54:22:51:29:9:13:15:14:99:27:9:11:15:12 chr8 17503118 . T C 417.4 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00475325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.792;QD=14.27;RBI=0.0176858;REFB=0.00214353;REVB=-0.0170351;RO=68;SAF=26;SAR=22;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180109;STB=0.505382;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00310332;OID=.;OPOS=17503118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:22:26:38:30:22:26:38:31 chr8 17503125 . C T 1624.1 PASS AF=0.974359;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0769744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3947;QD=55.5249;RBI=0.0818894;REFB=-0.144151;REVB=0.0279431;RO=2;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01861;STB=0.505678;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00741769;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:117:2:3:112:114:0.974359:50:62:0:2:51:63:1:2 chr8 17503205 . G A 443.65 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.000490071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.87;QD=17.2292;RBI=0.0279298;REFB=0.00709161;REVB=-0.0279255;RO=51;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119059;STB=0.544995;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00532821;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:55:48:48:0.466019:23:25:20:31:23:25:24:31 chr8 17503270 . G C 694.53 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0270374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6053;QD=59.1094;RBI=0.0814625;REFB=-0.117644;REVB=0.0768448;RO=1;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136207;STB=0.506846;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00962226;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:44:46:0.978723:34:10:0:1:36:10:0:1 chr8 17503501 . G A 937.74 PASS AF=0.497326;AO=93;DP=186;FAO=93;FDP=187;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0111931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.907;QD=20.0586;RBI=0.0123258;REFB=-0.00607194;REVB=-0.0051613;RO=93;SAF=54;SAR=39;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146666;STB=0.583229;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00454208;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:93:94:93:93:0.497326:39:54:39:54:39:54:39:55 chr8 17541999 . T C 903.1 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160101;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.461;QD=58.2643;RBI=0.0300392;REFB=0;REVB=0.0254171;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2679e-05;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:24:36:0:0:26:36:0:0 chr8 17611564 . T C 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00546853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.844;QD=18.1597;RBI=0.0161121;REFB=-0.00256923;REVB=-0.0151557;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426014;STB=0.523796;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00224032;OID=.;OPOS=17611564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:21:15:18:21:21:15:18:21 chr8 17611886 . G A 1017.02 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00429948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.079;QD=55.727;RBI=0.0155665;REFB=-0.033505;REVB=0.014961;RO=2;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03149;STB=0.516662;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000230402;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:73:2:2:70:71:0.972603:41:29:2:0:42:29:2:0 chr8 17612409 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00336555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.597;QD=11.7419;RBI=0.0210811;REFB=-0.00902179;REVB=0.0208107;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267252;STB=0.653331;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.028227;OID=.;OPOS=17612409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:26:10:11:10:26:10 chr8 17612456 . C T 753.93 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000988195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2177;QD=50.262;RBI=0.00179103;REFB=0.0061243;REVB=-0.00149374;RO=4;SAF=35;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166457;STB=0.508846;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00426977;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:21:35:2:2:21:35:2:2 chr8 17612639 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.351;QD=56.7066;RBI=0.0300015;REFB=0;REVB=0.0299714;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0011e-05;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr8 17612875 . A G 418.24 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.742;QD=55.7656;RBI=0.0989198;REFB=0;REVB=0.0285931;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227212;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr8 17739538 . T C 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.015638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.857;QD=11.8414;RBI=0.0166364;REFB=0.000556675;REVB=-0.00567641;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132839;STB=0.507686;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00136825;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:8:15:25:14:8:15:25:14 chr8 17743020 . G A 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00212814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.97;QD=12.5642;RBI=0.00847839;REFB=-0.00973003;REVB=-0.00820695;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685234;STB=0.503934;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0136143;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:16:12:20:26:16:12:20:26 chr8 17796379 . CAAAC CAAGT 124.9 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0130716;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=2;MLLD=205.977;QD=8.46757;RBI=0.063287;REFB=-0.011652;REVB=-0.0619223;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151826;STB=0.547891;STBP=0.68;TYPE=mnp;VARB=0.0236207;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=CAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:16:61:17:59:41:6:11:12:29:99:23:6:10:12:11 chr8 17814915 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.155;QD=59.5016;RBI=0.00377429;REFB=0;REVB=0.00153764;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38653e-06;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr8 17817553 . G T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00463657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.404;QD=21.0082;RBI=0.0112661;REFB=-0.00592335;REVB=0.0102678;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224719;STB=0.624915;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00445204;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:20:10:15:10:20:10:15:10 chr8 17819572 . C T 482.01 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00243523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.172;QD=20.511;RBI=0.00551834;REFB=-0.0026926;REVB=-0.00495195;RO=47;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262498;OID=.;OPOS=17819572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:19:28:28:19:19:28:28:19 chr8 17820714 . A T 219.66 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.029865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9648;QD=17.5731;RBI=0.0665101;REFB=-0.0209951;REVB=0.0594279;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10549;STB=0.559946;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0285297;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:11:17:11:11:11:17 chr8 17822269 . TAA TA,T 77.4 PASS AF=0.5,0.0588235;AO=11,4;DP=34;FAO=17,2;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=12,2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.202059,0.112526;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.732,17.4227;QD=9.10619;RBI=0.257442,0.142833;REFB=-0.076048,-0.0434811;REVB=-0.159526,-0.0879722;RO=19;SAF=1,0;SAR=10,4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499997,-0.628659;STB=0.515677,0.992425;STBP=0.911,0.343;TYPE=del,del;VARB=0.0595979,-0.0395877;OID=.,.;OPOS=17822270,17822270;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0588235:11,4:34:17,2:34:15:5,0:12,2:4:11:60:19:1,0:10,4:8:11 chr8 17868793 . G C 429.73 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0101463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7848;QD=17.3627;RBI=0.0120599;REFB=-0.00988213;REVB=0.00651865;RO=54;SAF=23;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324417;STB=0.522811;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0148632;OID=.;OPOS=17868793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:21:23:30:24:21:23:31:24 chr8 17885406 . C G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0416;QD=13.9591;RBI=0.0466871;REFB=-0.0468052;REVB=-0.0466871;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0420503;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:7:0:0:7:7:0:0:7 chr8 17918934 . A G 6790.8 PASS AF=1;AO=426;DP=427;FAO=428;FDP=428;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.938;QD=63.4654;RBI=0.0232469;REFB=0;REVB=0.0232;RO=0;SAF=203;SAR=223;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37418e-05;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:427:428:0:0:426:428:1:223:203:0:0:225:203:0:0 chr8 17927294 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0156848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.876;QD=10.8848;RBI=0.0190984;REFB=0.000623239;REVB=0.0108966;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00285982;OID=.;OPOS=17927294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:9:6:6:3:9:6 chr8 17927327 . T C 85.59 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00561245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.625;QD=11.4126;RBI=0.0229719;REFB=0.000233781;REVB=-0.0222758;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332324;STB=0.699627;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0015305;OID=.;OPOS=17927327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:17:19:11:11:0.366667:8:3:10:7:8:3:11:8 chr8 17928811 . C T 514.29 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0225137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.752;QD=18.8731;RBI=0.0454219;REFB=-0.0209947;REVB=0.0394498;RO=55;SAF=34;SAR=20;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210748;STB=0.616657;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0176308;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:20:34:22:33:20:34:22:33 chr8 17930727 . G A 56.82 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00307006;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.143;QD=3.03049;RBI=0.0036407;REFB=-0.000735362;REVB=-0.00195689;RO=63;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271217;STB=0.678174;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00437206;OID=.;OPOS=17930727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:76:75:63:64:11:11:0.146667:4:7:26:37:4:7:27:37 chr8 17930734 . C A 64.82 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0525718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6802;QD=3.55205;RBI=0.0766589;REFB=0.00244577;REVB=-0.0557924;RO=61;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330984;STB=0.718953;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0210722;OID=.;OPOS=17930734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:4:8:24:37:4:8:24:37 chr8 17930772 . C T 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.010082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1811;QD=3.69418;RBI=0.0119999;REFB=0.000450004;REVB=0.00650771;RO=55;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201879;STB=0.633914;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00270743;OID=.;OPOS=17930772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:5:6:21:34:5:6:21:34 chr8 18077007 . G C 871.95 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.298;QD=56.2549;RBI=0.0520752;REFB=-0.0945926;REVB=0.00711582;RO=1;SAF=14;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325181;STB=0.517236;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000336155;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:47:14:1:0:47:14:1:0 chr8 18080644 . A T 666.52 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0156166;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.493;QD=51.271;RBI=0.0168731;REFB=-0.136449;REVB=0.00638934;RO=2;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537235;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000505066;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:28:21:1:1:28:22:1:1 chr8 18080651 . A C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00197377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.097;QD=19.7622;RBI=0.0108633;REFB=-0.0127177;REVB=0.0106825;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035428;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0129157;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:14:11:11:12:14:11 chr8 18080747 . T G 346.8 PASS AF=0.59322;AO=27;DP=60;FAO=35;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0536564;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4197;QD=23.5115;RBI=0.252695;REFB=-0.00947892;REVB=0.246933;RO=19;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187528;STB=0.551228;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0220617;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:19:24:27:35:0.59322:8:19:9:10:16:19:10:14 chr8 18080923 . G A 1301.68 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023855;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.325;QD=61.9845;RBI=0.0371343;REFB=0;REVB=0.0284587;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69035e-05;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:45:37:0:0:46:38:0:0 chr8 18257795 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.028228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.953;QD=14.6981;RBI=0.0360739;REFB=0.01672;REVB=0.0224613;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.027593;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:11:12:11:5:11:12 chr8 18258316 . G A 820.88 PASS AF=1;AO=45;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.996;QD=57.6053;RBI=0.0767564;REFB=0;REVB=0.00983119;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010588;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:45:57:1:32:13:0:0:33:24:0:0 chr8 18258370 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0167863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5806;QD=12.9222;RBI=0.0563064;REFB=-0.00741415;REVB=-0.053746;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775083;STB=0.544515;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=18258370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:13:21:12:10:13:21 chr8 18388177 . T G 782.74 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9786;QD=56.9268;RBI=0.0104656;REFB=0;REVB=-0.00411425;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121983;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:49:55:1:14:35:0:0:20:35:0:0 chr8 18457957 . A G 745.65 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820051;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.1554;QD=48.1061;RBI=0.13147;REFB=-0.103574;REVB=0.131214;RO=4;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316435;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:4:0:47:62:1:28:19:1:3:35:27:0:0 chr8 18729817 . GT AG 837.46 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=68;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0657084;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.043;QD=50.7555;RBI=0.0683636;REFB=-0.108559;REVB=0.0188675;RO=5;SAF=23;SAR=37;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921861;STB=0.549003;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.00186864;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:68:66:5:5:60:61:0.924242:37:23:5:0:38:23:5:0 chr8 18941832 . A C 842.72 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=169;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0189733;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.802;QD=20.0647;RBI=0.0245472;REFB=-0.0231011;REVB=-0.015575;RO=83;SAF=45;SAR=40;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551985;STB=0.524307;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0179446;OID=.;OPOS=18941832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:83:83:85:85:0.505952:40:45:49:34:40:45:48:35 chr8 19316086 . G A 2808.83 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1591;QD=62.7671;RBI=0.0196139;REFB=0;REVB=0.000399474;RO=0;SAF=101;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98054e-05;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:78:101:0:0:78:101:0:0 chr8 19362768 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.079;QD=57.5446;RBI=0.0592434;REFB=0;REVB=0.0522109;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235318;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr8 19362771 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00639401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.519;QD=20.9025;RBI=0.0151419;REFB=-0.0239615;REVB=0.0137257;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378112;STB=0.520945;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0203057;OID=.;OPOS=19362771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:14:14:18:15:14:14 chr8 19677915 . G A 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.988;QD=61.8671;RBI=0.0157533;REFB=-0.0158214;REVB=0.00342392;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000193822;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:50:42:0:0:50:42:1:0 chr8 19824071 . A G 2122.37 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.775;QD=62.8849;RBI=0.00701754;REFB=0;REVB=-0.00666246;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12361e-06;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:64:70:0:0:65:70:0:0 chr8 20036713 . A G 503.11 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00415393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.382;QD=22.6119;RBI=0.0118834;REFB=0.000667573;REVB=0.0111337;RO=41;SAF=20;SAR=28;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656018;STB=0.536048;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000855357;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:28:20:14:27:28:20:14:27 chr8 20038466 . T G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0514148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.945;QD=14.7941;RBI=0.0522534;REFB=0.0116196;REVB=-0.0093239;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396821;STB=0.73365;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00634917;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:15:3:13:14:15:3:13:14 chr8 20068163 . T G 2401.74 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.451;QD=61.1909;RBI=0.0687626;REFB=0;REVB=0.0281538;RO=0;SAF=71;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17256e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:86:71:0:0:86:71:0:0 chr8 20110641 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0286683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.155;QD=20.4403;RBI=0.0390625;REFB=-0.0349365;REVB=0.0265331;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193049;STB=0.606906;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0207813;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:14:19:10:19:14:19:10:19 chr8 21455978 . GT G 71.91 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0276816;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.6819;QD=13.0747;RBI=0.063452;REFB=0.0681423;REVB=0.0570955;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=-0.0810804;STB=0.550952;STBP=0.66;TYPE=del;VARB=-0.0243438;OID=.;OPOS=21455979;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:13:22:14:22:8:11:3:7:1:45:7:10:3:6:1 chr8 21456116 . G A 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00238942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.615;QD=26.3364;RBI=0.0066214;REFB=-0.00236437;REVB=0.00617525;RO=15;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222041;STB=0.624159;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00680687;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:18:5:7:8:18:5:7:8 chr8 21456138 . C T 335.05 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0060379;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.003;QD=32.6873;RBI=0.0212332;REFB=-0.00192559;REVB=0.0203566;RO=13;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136018;STB=0.574614;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00151745;OID=.;OPOS=21456138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:19:9:7:6:19:9:7:6 chr8 21456275 . C T 105.93 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00857091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.123;QD=11.4513;RBI=0.0105022;REFB=-0.0135158;REVB=0.00606927;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256683;STB=0.670428;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0295567;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:10:2:8:16:11:2:8:16 chr8 21640652 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0126595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.844;QD=15.6509;RBI=0.020985;REFB=-0.0144064;REVB=-0.0167364;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117353;STB=0.567485;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0219959;OID=.;OPOS=21640652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:8:13:8:8:8:13 chr8 21827704 . C T 141.87 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0399494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.88;QD=13.8413;RBI=0.0399817;REFB=-0.00343385;REVB=-0.00160799;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708753;STB=0.541349;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00714199;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:11:14:10:6:11:14 chr8 21833965 . C T 292.67 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0342183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.34;QD=27.2255;RBI=0.0343467;REFB=-0.0233;REVB=-0.00296691;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194237;STB=0.606242;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0219902;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:2:15:17:9:2:15 chr8 21846586 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.448;QD=63.8716;RBI=0.0391621;REFB=0;REVB=0.0337514;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245228;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr8 21862551 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4115;QD=50.4131;RBI=0.00853579;REFB=0;REVB=-0.00331176;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105394;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr8 21883031 . C A 237.03 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0240033;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.067;QD=24.9501;RBI=0.0287949;REFB=-0.0102755;REVB=-0.0159056;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197167;STB=0.610669;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00926501;OID=.;OPOS=21883031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:16:16:22:22:0.578947:17:5:7:9:17:5:7:9 chr8 21927460 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.966;QD=61.3364;RBI=0.0292643;REFB=0;REVB=0.00615703;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17697e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr8 21939435 . C T 1451.38 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0776448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2838;QD=59.8509;RBI=0.0953021;REFB=-0.106978;REVB=0.055261;RO=2;SAF=24;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133545;STB=0.510487;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0131336;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:97:2:3:94:94:0.969072:70:24:0:2:70:24:0:3 chr8 21961834 . G A 1120.72 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3864;QD=58.9853;RBI=0.0237547;REFB=-0.0951164;REVB=0.0138826;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00274984;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:1:0:37:38:1:0 chr8 21965113 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.842;QD=55.0945;RBI=0.0165905;REFB=0;REVB=-0.0155208;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243592;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr8 22034501 . CGGGGGC CGGCGGC,CGGGG,CGGGGC,CGGGGG 477.89 PASS AF=0.0151515,0.909091,0,0;AO=3,13,10,11;DP=75;FAO=1,60,0,0;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=0,39,0,0;FSAR=1,21,0,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000253847,0.163032,0.360711,-0.0288412;FXX=0.131562;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=132.456,15.0343,8.39686,7.6771;QD=28.9631;RBI=0.190847,0.16308,0.738098,0.639874;REFB=-0.0275277,-0.183751,-0.165074,-0.169906;REVB=-0.190847,0.00395683,-0.643953,0.639224;RO=11;SAF=0,13,1,11;SAR=3,0,9,0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.555556;SSSB=-0.793296,0.784823,-0.700959,0.765629;STB=0.993343,0.512773,0.5,0.5;STBP=0.233,0.488,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.240914,0.0162375,0,0.0560202;OID=.,.,.,.;OPOS=22034504,22034506,22034502,22034507;OREF=G,GC,G,C;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CGGCGGC,CGGGG,CGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0151515,0.909091,0,0:3,13,10,11:75:1,60,0,0:66:5:0,39,0,0:1,21,0,0:4:1:14:11:0,13,1,11:3,0,9,0:10:1 chr8 22059323 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00916753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.074;QD=13.2127;RBI=0.0153496;REFB=-0.0195723;REVB=0.0123112;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168078;STB=0.598286;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0237288;OID=.;OPOS=22059323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:9:13:6:8:9:13 chr8 22079355 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.065;QD=53.9112;RBI=0.0120703;REFB=0;REVB=-0.00508905;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171704;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr8 22084503 . C T 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000255213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8556;QD=15.6527;RBI=0.00316449;REFB=-0.0214833;REVB=0.00315418;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981343;STB=0.547908;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0295243;OID=.;OPOS=22084503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:16:10:15:16:16:10:15:17 chr8 22105502 . T C 176.83 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.010229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.252;QD=13.3455;RBI=0.0157186;REFB=-0.00502626;REVB=-0.0119349;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142805;STB=0.582739;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0101713;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:6:15:19:13:6:15:19:13 chr8 22262321 . T C 510.75 PASS AF=0.504673;AO=52;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0213608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2002;QD=19.0935;RBI=0.0225282;REFB=0.00784599;REVB=-0.007158;RO=51;SAF=14;SAR=38;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070129;STB=0.53818;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00655902;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:53:52:54:0.504673:38:14:17:34:40:14:17:36 chr8 22262418 . A G 579.14 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0359236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.828;QD=21.6502;RBI=0.0361535;REFB=0.00178039;REVB=-0.0040705;RO=49;SAF=16;SAR=42;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147179;STB=0.581122;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00120955;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:42:16:21:28:42:16:21:28 chr8 22279010 . G GGGA 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0111662;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=205.433;QD=10.1075;RBI=0.0114058;REFB=-0.00756163;REVB=-0.00232558;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146289;STB=0.594507;STBP=0.333;TYPE=ins;VARB=0.0172988;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:64:21:63:42:11:10:16:26:99:43:11:10:17:26 chr8 22428658 . T C 116.18 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2175;QD=42.2486;RBI=0.066249;REFB=0;REVB=-0.0472015;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28229e-05;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr8 22436406 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00952847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.958;QD=12.8614;RBI=0.0147278;REFB=-0.0361123;REVB=0.0112302;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00645067;OID=.;OPOS=22436406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:6:2:2:5:6:2 chr8 22463623 . C T 2389.26 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.527;QD=64.1411;RBI=0.0131254;REFB=0;REVB=0.00626074;RO=0;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54339e-05;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:76:73:0:0:76:73:0:0 chr8 22471824 . G A 1244.07 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.917;QD=61.4353;RBI=0.0460223;REFB=0;REVB=0.0442476;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019933;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:42:39:0:0 chr8 22472255 . C CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT 231.42 PASS AF=1;AO=11;DP=23;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195822;FXX=0.291545;HRUN=0;LEN=22;MLLD=390.583;QD=54.4523;RBI=0.0354529;REFB=0;REVB=0.0295541;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000190695;OID=.;OPOS=22472256;OREF=-;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT;OMAPALT=CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:23:17:17:0:15:2:0:0:3:9:9:2:6:3 chr8 22472256 . G T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0154531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3215;QD=6.02726;RBI=0.0218921;REFB=-0.0120078;REVB=-0.0155069;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293562;STB=0.688114;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0102146;OID=.;OPOS=22472256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:3:6:13:18:3:6:13:18 chr8 22473158 . C T 755.73 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.955;QD=57.0362;RBI=0.0273156;REFB=0;REVB=0.0225;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69005e-05;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:31:20:0:0:33:20:0:0 chr8 22473465 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.485;QD=62.6711;RBI=0.0742635;REFB=0;REVB=0.0429701;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002217;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr8 22473850 . T C 791.3 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8608;QD=56.5211;RBI=0.0355835;REFB=0;REVB=0.0110699;RO=1;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670072;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:1:0:53:56:1:17:36:0:1:19:37:0:0 chr8 22477131 . ACAT A 700.32 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267383;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.992;QD=58.3597;RBI=0.0462836;REFB=-0.123116;REVB=0.0377788;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.523799;STBP=0.168;TYPE=del;VARB=0.00614636;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:45:46:46:48:2:20:26:2:0:9:0:20:25:0:0 chr8 22481449 . A G 4498.01 PASS AF=1;AO=207;DP=287;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131162;FXX=0.00346009;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.888;QD=62.4724;RBI=0.131186;REFB=0;REVB=0.0025007;RO=0;SAF=56;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466752;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:287:288:0:0:207:288:1:151:56:0:0:154:134:0:0 chr8 22482851 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.413;QD=62.9827;RBI=0.0454636;REFB=0;REVB=0.0212227;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176654;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr8 22491980 . G T 1560.33 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.578;QD=59.4411;RBI=0.00940734;REFB=0;REVB=0.00882581;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92767e-05;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:51:53:0:0:52:53:0:0 chr8 22492052 . G A 1200.83 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.837;QD=58.5773;RBI=0.0162105;REFB=-0.0926542;REVB=-0.00214382;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215104;STB=0.511361;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000174745;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:37:43:2:0:37:43:2:0 chr8 22570901 . C T 555.1 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00210333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.29;QD=18.5034;RBI=0.0317794;REFB=-0.014465;REVB=0.0317097;RO=62;SAF=24;SAR=34;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964753;STB=0.55347;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0179902;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:34:24:32:30:34:24:32:30 chr8 22570907 . GT G 328.67 PASS AF=0.465649;AO=56;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.146724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.4921;QD=10.0356;RBI=0.165294;REFB=0.0150387;REVB=-0.0761183;RO=66;SAF=25;SAR=31;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=-0.0816253;STB=0.546033;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=-0.0199264;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465649:56:131:61:131:70:27:34:37:33:99:66:25:31:35:31 chr8 22570935 . T C 784.76 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0159172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8831;QD=19.0245;RBI=0.0468563;REFB=-0.0108973;REVB=0.0440699;RO=84;SAF=37;SAR=44;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947287;STB=0.552206;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0115643;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:84:84:81:81:0.490909:44:37:47:37:44:37:47:37 chr8 22571018 . A G 694.29 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0176332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.932;QD=17.577;RBI=0.0177043;REFB=-0.00861666;REVB=0.0015843;RO=84;SAF=33;SAR=41;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15379;STB=0.585094;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00807451;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:41:33:51:33:41:33:51:33 chr8 22584718 . T C 773.68 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.101799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1159;QD=20.9102;RBI=0.107893;REFB=0.00344164;REVB=-0.0357488;RO=72;SAF=27;SAR=48;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921631;STB=0.547932;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00434021;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:73:75:75:0.506757:48:27:33:39:48:27:33:40 chr8 22785159 . G A 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0220823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.841;QD=19.5772;RBI=0.0222965;REFB=-0.0110751;REVB=0.00308341;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117583;STB=0.565179;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00675065;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:21:10:15:18:21:10 chr8 22864622 . T C 2083.67 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7285;QD=62.6667;RBI=0.0457755;REFB=0;REVB=-0.0191948;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313493;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:61:72:0:0:61:72:0:0 chr8 22886020 . A G 1080.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.564;QD=60.0101;RBI=0.0113028;REFB=0;REVB=0.0111772;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52367e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:31:39:0:0:32:40:0:0 chr8 22900701 . G A 288.8 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00101171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.073;QD=16.2707;RBI=0.00205641;REFB=-0.00853965;REVB=0.00179032;RO=39;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267781;STB=0.651459;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00982418;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:9:23:18:21:9:23:18:21 chr8 22926313 . G A 792.08 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0375436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.562;QD=53.7;RBI=0.0418102;REFB=-0.0786948;REVB=0.0184003;RO=2;SAF=32;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.515146;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000808846;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:25:32:2:0:25:32:2:0 chr8 22960553 . C A 1071.02 PASS AF=0.516746;AO=103;DP=206;FAO=108;FDP=209;FR=.;FRO=101;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0168746;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0902;QD=20.498;RBI=0.0278243;REFB=-0.00210887;REVB=0.0221232;RO=98;SAF=50;SAR=53;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401539;STB=0.507176;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00276519;OID=.;OPOS=22960553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:98:101:103:108:0.516746:53:50:52:46:54:54:52:49 chr8 22960704 . G C 2643.06 PASS AF=0.99422;AO=170;DP=171;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00716822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4513;QD=61.1112;RBI=0.0071697;REFB=-0.115114;REVB=0.00014565;RO=1;SAF=75;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498389;STB=0.502617;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00374109;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:173:1:1:170:172:0.99422:95:75:0:1:95:77:0:1 chr8 22960873 . G C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0165255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.097;QD=19.6924;RBI=0.0165536;REFB=-0.0136228;REVB=0.000965031;RO=25;SAF=20;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583548;STB=0.532761;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0140665;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:6:20:18:7:6:20:18:7 chr8 22961051 . C A 38.0 PASS AF=0.0697674;AO=7;DP=88;FAO=6;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.166863;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.2297;QD=1.76761;RBI=0.197849;REFB=-0.0677889;REVB=0.106305;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733203;STB=0.900037;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0622395;OID=.;OPOS=22961051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:88:86:53:73:7:6:0.0697674:1:6:7:46:1:5:23:50 chr8 22974325 . G A 92.03 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0211713;FXX=0.111049;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.531;QD=23.0085;RBI=0.0546402;REFB=-0.0734801;REVB=0.0503719;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.6918;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0281134;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:16:6:6:7:8:0.5:5:2:4:2:6:2:4:2 chr8 22974450 . T C 101.53 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.541;QD=40.6131;RBI=0.00611285;REFB=0;REVB=-0.00611285;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129758;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr8 22993108 . T C 249.52 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00463706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.746;QD=14.2582;RBI=0.0274098;REFB=-0.00260593;REVB=0.0270147;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090944;STB=0.551688;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00283838;OID=.;OPOS=22993108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:13:16:19:22:13:16:19:22 chr8 23001988 . A G 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.192;QD=58.2332;RBI=0.112989;REFB=0;REVB=-0.112353;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457963;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr8 23021346 . G A 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0092932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.52;QD=21.8964;RBI=0.0104734;REFB=-0.00607373;REVB=-0.00482996;RO=39;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256661;STB=0.51481;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00498164;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:41:46:46:0.528736:25:21:19:20:25:21:20:21 chr8 23049292 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.215;QD=57.1062;RBI=0.0426743;REFB=0;REVB=0.0338939;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136461;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr8 23059324 . C G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0735;QD=57.172;RBI=0.042977;REFB=0;REVB=0.0240553;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154053;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr8 23060256 . T C 1525.64 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.961;QD=59.8291;RBI=0.0105514;REFB=0;REVB=-0.00300736;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1637e-05;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr8 23147564 . G A 719.77 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0790876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1221;QD=48.7982;RBI=0.0917009;REFB=-0.233574;REVB=0.0464136;RO=5;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958069;STB=0.551001;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0236636;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:59:59:5:5:54:54:0.915254:22:32:0:5:22:32:0:5 chr8 23148930 . A G 1942.9 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166876;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.85;QD=62.1729;RBI=0.0167509;REFB=0;REVB=0.0014543;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346209;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:125:0:0:124:125:1:74:50:0:0:74:51:0:0 chr8 23148940 . G A 1994.61 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106748;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.483;QD=62.3315;RBI=0.0137769;REFB=0;REVB=0.00870926;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26217e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:126:128:1:75:51:0:0:75:53:0:0 chr8 23150878 . T G 2041.47 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.235;QD=62.335;RBI=0.0375175;REFB=0;REVB=0.0279721;RO=0;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99206e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:70:60:0:0:71:60:0:0 chr8 23152334 . A G 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.016;QD=62.1615;RBI=0.0237086;REFB=0;REVB=0.00916539;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50066e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr8 23153022 . T C 1590.97 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011312;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.903;QD=60.0366;RBI=0.001887;REFB=0;REVB=0.00151035;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41013e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr8 23154982 . C T 381.9 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104208;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.314;QD=56.5776;RBI=0.0247255;REFB=0;REVB=0.0224222;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000755891;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:3:24:0:0:3:24:0:0 chr8 23154989 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.569;QD=58.1421;RBI=0.0383478;REFB=0;REVB=-0.0380916;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177598;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr8 23155130 . A C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0410687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0815;QD=20.8379;RBI=0.0464187;REFB=-0.0213392;REVB=-0.0216345;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0165077;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr8 23167353 . T G 694.87 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221683;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.352;QD=63.1697;RBI=0.00674152;REFB=0;REVB=-0.00636661;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333609;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr8 23186007 . T C 432.26 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0743482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.028;QD=28.817;RBI=0.0759619;REFB=-0.0192356;REVB=0.0155742;RO=19;SAF=22;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138145;STB=0.566412;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0170392;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:19:20:40:40:0.666667:18:22:6:13:18:22:7:13 chr8 23225745 . C T 52.79 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00737461;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.03;QD=6.21011;RBI=0.0178187;REFB=-0.0154426;REVB=0.016221;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201514;STB=0.620367;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0302629;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:25:26:8:8:0.235294:2:6:15:10:2:6:16:10 chr8 23290451 . C T 741.79 PASS AF=0.546154;AO=69;DP=128;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00793781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.042;QD=22.8242;RBI=0.0122528;REFB=-0.0126003;REVB=0.00933395;RO=57;SAF=30;SAR=39;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104841;STB=0.56236;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0112726;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:57:59:69:71:0.546154:39:30:32:25:41:30:33:26 chr8 23292985 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00724346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.576;QD=19.6963;RBI=0.0127173;REFB=-0.0111363;REVB=-0.0104529;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193394;STB=0.608296;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00825778;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:5:17:12:9:5:17 chr8 23392733 . C T 356.06 PASS AF=0.457831;AO=39;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0203666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4702;QD=17.1593;RBI=0.0285563;REFB=-0.0532241;REVB=0.0200165;RO=42;SAF=10;SAR=29;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888784;STB=0.532471;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0624458;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:45:39:38:0.457831:29:10:14:28:28:10:14:31 chr8 23423758 . G A 375.36 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00532154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.676;QD=13.7748;RBI=0.0263939;REFB=-0.015633;REVB=-0.0258518;RO=65;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098598;STB=0.555624;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0214353;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:23:21:25:40:23:21:25:40 chr8 23428886 . C G 119.49 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0022102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8012;QD=13.6557;RBI=0.00684233;REFB=-0.00105579;REVB=-0.00647552;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504148;STB=0.79952;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00155054;OID=.;OPOS=23428886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:9:12:2:12:9:12 chr8 23432326 . T A 561.67 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392753;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.379;QD=60.7208;RBI=0.0405899;REFB=0;REVB=0.0102465;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135226;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:28:9:0:0 chr8 23432776 . A C 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.817;QD=59.8332;RBI=0.0213483;REFB=0;REVB=0.0197217;RO=0;SAF=32;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24915e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:70:32:0:0:70:32:0:0 chr8 24208847 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.338;QD=61.8521;RBI=0.021662;REFB=0;REVB=0.0186313;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01864e-05;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr8 24211278 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.115;QD=54.5177;RBI=0.0216659;REFB=0;REVB=-0.0109453;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28536e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr8 24211331 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.477;QD=56.1916;RBI=0.0335553;REFB=0;REVB=-0.0314717;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118321;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 957.7 PASS AF=0.8;AO=70;DP=93;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00851531;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=4;MLLD=237.464;QD=42.5644;RBI=0.00853009;REFB=-0.0186766;REVB=-0.000501917;RO=18;SAF=21;SAR=49;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110685;STB=0.556312;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.00408517;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:70:93:72:90:18:22:50:10:8:99:18:21:49:10:8 chr8 24262767 . T A 335.46 PASS AF=0.358974;AO=38;DP=113;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0114307;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.761;QD=11.4688;RBI=0.0141725;REFB=-0.0124944;REVB=0.00837853;RO=74;SAF=27;SAR=11;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148525;STB=0.603175;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.025547;OID=.;OPOS=24262767;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:74:75:38:42:0.358974:11:27:44:30:11:31:45:30 chr8 24774683 . C A 961.23 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8265;QD=56.5427;RBI=0.0404182;REFB=-0.104703;REVB=0.0172358;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00420894;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:38:27:1:0:40:27:1:0 chr8 24810088 . T A 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0517536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0977;QD=15.1649;RBI=0.067714;REFB=-0.0131028;REVB=-0.0436663;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105614;STB=0.549875;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0143162;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:23:23:0.433962:11:12:12:17:11:12:13:17 chr8 24811064 . AGG A,AG 289.26 PASS AF=0,1;AO=9,42;DP=61;FAO=0,57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108212,0.0191215;FXX=0.065563;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=6.93984,6.92982;QD=20.2989;RBI=0.0890445,0.130606;REFB=0,0;REVB=-0.0883846,-0.129198;RO=4;SAF=7,38;SAR=2,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0212429,0.0684709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0193318,-0.008117;OID=.,.;OPOS=24811065,24811065;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,42:61:0,57:57:0:0,50:0,7:0:0:6:4:7,38:2,4:3:1 chr8 25182969 . C T 949.62 PASS AF=0.931507;AO=67;DP=75;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00102261;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.89;QD=52.0339;RBI=0.00255642;REFB=-0.0143687;REVB=0.00234298;RO=5;SAF=29;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438068;STB=0.501854;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.000522865;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:73:5:5:67:68:0.931507:38:29:2:3:39:29:2:3 chr8 25203022 . A G 877.73 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.767;QD=57.5559;RBI=0.00490409;REFB=0;REVB=0.00164598;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157245;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:34:25:0:0:34:27:0:0 chr8 25222165 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.681;QD=58.2396;RBI=0.0324713;REFB=0;REVB=0.0306982;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26056e-05;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr8 25230168 . C T 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9612;QD=62.0053;RBI=0.0709417;REFB=0;REVB=0.0697183;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044019;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr8 25231117 . C CT,T 458.85 PASS AF=0.948718,0.00854701;AO=60,13;DP=120;FAO=111,1;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=55,1;FSAR=56,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0832533,0.0020062;FXX=0.00847386;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=6.84316,17.6448;QD=15.6873;RBI=0.11669,0.0454221;REFB=0.140081,0.0595826;REVB=0.0817644,-0.0453778;RO=37;SAF=37,2;SAR=23,11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0942093,-0.45238;STB=0.504504,0.986861;STBP=0.658,0.509;TYPE=ins,snp;VARB=0.0242556,-0.0754286;OID=.,.;OPOS=25231118,25231117;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:120:117:37:5:60,13:111,1:0.948718,0.00854701:23,11:37,2:18:19:56,0:55,1:3:2 chr8 25234858 . A G 1358.3 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0912401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1695;QD=59.0567;RBI=0.0912584;REFB=-0.208549;REVB=0.00182381;RO=2;SAF=39;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236806;STB=0.518514;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00773345;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:2:3:89:89:0.967391:50:39:2:0:50:39:3:0 chr8 25267622 . A G 312.03 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394737;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.425;QD=54.2656;RBI=0.0599806;REFB=0;REVB=-0.0451608;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945413;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 25280800 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.36;QD=57.1062;RBI=0.0125286;REFB=0;REVB=-0.0044605;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19303e-05;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr8 25323777 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.124;QD=56.938;RBI=0.00678365;REFB=0;REVB=0.000830196;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51693e-06;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr8 26240646 . A G 3230.85 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199505;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.225;QD=61.8344;RBI=0.0313404;REFB=0;REVB=-0.0241702;RO=0;SAF=106;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47035e-06;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:209:0:0:207:209:1:101:106:0:0:101:108:0:0 chr8 26269191 . C T 726.81 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.064026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.524;QD=52.8591;RBI=0.0692976;REFB=-0.086423;REVB=0.0265108;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000646073;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000719753;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:27:26:1:1:27:26:1:1 chr8 26362201 . A T 964.29 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00400465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2432;QD=55.9006;RBI=0.00954029;REFB=0.0459196;REVB=0.00865909;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=1.84856e-05;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:36:31:0:0:36:31:0:2 chr8 26365935 . CTT CTC,C,CT 70.63 PASS AF=0.0714286,0.107143,0.25;AO=2,3,8;DP=28;FAO=2,3,7;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,2;FSAR=2,3,5;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0298629,-0.0305907,-0.0543965;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=193.128,21.0332,11.9596;QD=10.0903;RBI=0.0555243,0.0602424,0.115102;REFB=-0.0172524,-0.0592508,-0.104023;REVB=-0.0468097,-0.0518975,-0.101437;RO=13;SAF=0,0,3;SAR=2,3,5;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.840886,-0.844812,-0.60147;STB=0.998878,0.998941,0.899372;STBP=0.003,0,0.154;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0636328,0.0693676,0.0578333;OID=.,.,.;OPOS=26365937,26365936,26365936;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0714286,0.107143,0.25:2,3,8:28:2,3,7:28:16:0,0,2:2,3,5:16:0:38:13:0,0,3:2,3,5:13:0 chr8 26481771 . T C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1371;QD=59.9954;RBI=0.0225879;REFB=0;REVB=0.0220182;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163197;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr8 26510792 . T C 2112.8 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.604;QD=62.6014;RBI=0.0273425;REFB=0;REVB=0.0199254;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1535e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:131:135:1:64:67:0:0:65:70:0:0 chr8 26628028 . A G 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0266859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.432;QD=22.4371;RBI=0.0268544;REFB=-0.019686;REVB=-0.00300329;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215023;STB=0.511853;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00986125;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:10:23:18:7:10:23:18:7 chr8 26636906 . T A 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00804853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4542;QD=15.1557;RBI=0.0182706;REFB=0.00971116;REVB=-0.0164024;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464912;STB=0.514694;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0145357;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:10:15:20:11:10:15:20:12 chr8 26636925 . T C 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.038496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2693;QD=16.8171;RBI=0.0528829;REFB=0.00571772;REVB=-0.0362582;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15707;STB=0.589309;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0100227;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:19:9:10:11:19:9 chr8 26944733 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.777;QD=58.6001;RBI=0.040989;REFB=0;REVB=-0.0409689;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76533e-05;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr8 27101204 . T A 1995.58 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00335735;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.092;QD=61.4024;RBI=0.00743891;REFB=-0.0388565;REVB=0.00663819;RO=1;SAF=49;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597794;STB=0.503144;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000256137;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:128:129:0.992308:79:49:0:1:79:50:0:1 chr8 27101206 . A C 2010.85 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7043;QD=61.3999;RBI=0.0190045;REFB=-0.0230696;REVB=-0.00659551;RO=1;SAF=50;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590415;STB=0.503105;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000466648;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:80:50:0:1:80:50:0:1 chr8 27255128 . T C 297.04 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0209501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.867;QD=10.7041;RBI=0.0260434;REFB=-0.0136293;REVB=0.0154711;RO=72;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110624;STB=0.567533;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0126643;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:73:38:38:0.342342:19:19:29:43:19:19:29:44 chr8 27255146 . G A 283.87 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0103518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.362;QD=10.1381;RBI=0.0145843;REFB=-0.0166189;REVB=-0.0102734;RO=75;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131006;STB=0.575717;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0328353;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:75:37:37:0.330357:18:19:30:45:18:19:30:45 chr8 27255263 . A G 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0157762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.571;QD=19.1729;RBI=0.0168731;REFB=-0.00546852;REVB=0.00598429;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119678;STB=0.506663;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00532585;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:14:18:19:14:14:18 chr8 27301725 . C G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00298281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.79;QD=24.3828;RBI=0.0435837;REFB=-0.0081061;REVB=0.0434815;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184392;STB=0.601933;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0109743;OID=.;OPOS=27301725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:16:5:12:14:16:5 chr8 27308585 . A C 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0034618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.911;QD=17.791;RBI=0.0740537;REFB=-0.0014245;REVB=-0.0739728;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180095;STB=0.60097;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000916296;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:11:20:15:18:11:20:15:18 chr8 27311703 . T C 295.34 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.000936723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.328;QD=14.9537;RBI=0.017561;REFB=-0.0195157;REVB=-0.017536;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741246;STB=0.54193;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0273578;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:17:16:19:27:17:16:19:27 chr8 27315876 . A G 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0204789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.579;QD=14.8587;RBI=0.0263628;REFB=-0.0140905;REVB=0.0166016;RO=46;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149387;STB=0.584366;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0231909;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:16:17:17:29:16:17:17:29 chr8 27315900 . A G 299.02 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0218473;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.62;QD=15.9478;RBI=0.0225054;REFB=-0.0145928;REVB=0.00540289;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085874;STB=0.548358;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0206364;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:16:17:18:24:16:17:18:24 chr8 27324822 . T C 382.06 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00356239;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.662;QD=16.9805;RBI=0.00843869;REFB=-0.00786133;REVB=-0.00764989;RO=50;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00944179;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:50:40:40:0.444444:28:12:15:35:28:12:15:35 chr8 27373923 . T C 441.38 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.106409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.896;QD=25.2216;RBI=0.107269;REFB=-0.00826472;REVB=0.0135563;RO=28;SAF=25;SAR=17;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297563;STB=0.662178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.010384;OID=.;OPOS=27373923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:17:25:5:23:17:25:5:23 chr8 27396208 . G A 166.62 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0203253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.151;QD=14.811;RBI=0.0207242;REFB=-0.0429341;REVB=0.0040469;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874601;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0587355;OID=.;OPOS=27396208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:27:18:18:0.4:8:10:16:9:8:10:16:11 chr8 27401964 . A C 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0681735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.402;QD=15.2279;RBI=0.0721767;REFB=0.00462859;REVB=0.0237033;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530915;STB=0.530531;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0080316;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:9:19:12:7:9:19 chr8 27462481 . A G 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.069;QD=59.832;RBI=0.020928;REFB=0;REVB=0.0165288;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13664e-05;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr8 27516955 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.384;QD=53.9112;RBI=0.0298137;REFB=0;REVB=0.0064819;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027163;OID=.;OPOS=27516955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr8 27559214 . G A 871.24 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00270608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.474;QD=56.2091;RBI=0.0296153;REFB=-0.0371728;REVB=0.0294914;RO=1;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000257466;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:24:36:0:1:24:37:0:1 chr8 27591164 . C T 972.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.855;QD=57.2123;RBI=0.0417795;REFB=0;REVB=0.0101758;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639545;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:49:15:0:0:53:15:0:0 chr8 27592828 . G A 2368.26 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1014;QD=64.0071;RBI=0.0768029;REFB=0;REVB=0.0751015;RO=0;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415798;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:72:75:0:0:72:76:0:0 chr8 27631179 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.065;QD=55.0981;RBI=0.0374394;REFB=0;REVB=0.0346268;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055471;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr8 27737198 . A G 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0172658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.094;QD=16.418;RBI=0.0179204;REFB=-0.000768686;REVB=0.00479937;RO=58;SAF=21;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111876;STB=0.562474;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000797469;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:27:21:32:26:27:21:32:26 chr8 27767171 . G A 412.41 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0215483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1345;QD=18.7458;RBI=0.0215686;REFB=-0.00304794;REVB=0.000936173;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148147;STB=0.582485;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00252368;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:18:24:19:27:18:24:19:27 chr8 27886903 . C T 433.59 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.033238;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.899;QD=23.1245;RBI=0.0332381;REFB=-0.0177627;REVB=-5.83804e-05;RO=33;SAF=23;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503808;STB=0.527711;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0236218;OID=.;OPOS=27886903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:33:42:42:0.56:19:23:16:17:19:23:16:17 chr8 27915830 . T C 3086.53 PASS AF=0.971564;AO=205;DP=211;FAO=205;FDP=211;FR=.;FRO=6;FSAF=102;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0457749;FXX=0.014018;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.7227;QD=58.5125;RBI=0.047433;REFB=-0.136669;REVB=0.0124315;RO=6;SAF=102;SAR=103;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888926;STB=0.50467;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00354283;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:211:211:6:6:205:205:0.971564:103:102:2:4:103:102:2:4 chr8 27918057 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.689;QD=62.9828;RBI=0.0380528;REFB=0;REVB=0.0229625;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96769e-06;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 27925204 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0134135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.726;QD=17.617;RBI=0.0139954;REFB=-0.00568096;REVB=0.00399368;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.512305;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00573221;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:11:12:14:13:11:13:14:13 chr8 27927849 . C G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4438;QD=62.3433;RBI=0.0271423;REFB=0;REVB=0.025635;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279382;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr8 27931875 . A G 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0118341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.024;QD=14.0511;RBI=0.013293;REFB=0.00231013;REVB=-0.0060545;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179252;STB=0.510199;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00367174;OID=.;OPOS=27931875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:19:19:29:31:19:19:29:31 chr8 28206275 . G C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00559999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.419;QD=22.189;RBI=0.0174872;REFB=-0.00717924;REVB=0.0165664;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297553;STB=0.666528;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00518477;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:7:15:8:16:7:15 chr8 28286174 . T G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000399232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.966;QD=57.883;RBI=0.00730966;REFB=0;REVB=0.00729875;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9956e-05;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr8 28286885 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00545317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.104;QD=16.1192;RBI=0.0363297;REFB=-0.011311;REVB=0.0359181;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0111665;OID=.;OPOS=28286885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:6:7:5:7:6:7 chr8 28304769 . C T 305.13 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0244142;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7619;QD=20.0082;RBI=0.0286052;REFB=-0.00953196;REVB=0.0149064;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277619;STB=0.515409;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0209005;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:29:32:32:0.52459:20:12:10:19:20:12:10:19 chr8 28384712 . A G 693.66 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00989692;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.222;QD=21.1803;RBI=0.0189946;REFB=-0.00723176;REVB=-0.0162125;RO=64;SAF=29;SAR=39;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324801;STB=0.51463;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00690198;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:64:63:68:68:0.519084:39:29:25:39:39:29:25:38 chr8 28651298 . AAA CAC 87.23 PASS AF=1;AO=4;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.249792;HRUN=15;LEN=3;MLLD=181.035;QD=38.7688;RBI=0.0092396;REFB=0;REVB=0.0092396;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00156727;OID=.;OPOS=28651298;OREF=AAA;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:9:0:0:4:9:1:4:0:0:0:9:0:0:0 chr8 28984042 . T C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0332359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.305;QD=15.4184;RBI=0.0332503;REFB=-0.000283005;REVB=-0.000976868;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377106;STB=0.504851;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000395626;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:27:29:0.439394:17:10:15:22:17:12:15:22 chr8 29005093 . A G 502.8 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00621458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8133;QD=22.3466;RBI=0.0249607;REFB=-0.00231282;REVB=-0.0241747;RO=42;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190309;STB=0.604736;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00179508;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:28:20:27:15:28:20:27:15 chr8 29194873 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0857648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7269;QD=9.56962;RBI=0.0858699;REFB=-0.00497339;REVB=-0.00424592;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178816;STB=0.608437;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00802914;OID=.;OPOS=29194873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:5:10:4:4:5:10 chr8 29927300 . C G 996.06 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190755;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.892;QD=59.4664;RBI=0.0273221;REFB=0;REVB=-0.0195607;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230492;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr8 29927321 . A G 850.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.548;QD=57.6735;RBI=0.0395796;REFB=0;REVB=0.0165655;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121956;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr8 29965519 . T C 410.63 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9761;QD=56.6392;RBI=0.0500716;REFB=0;REVB=0.0416674;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171871;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr8 29989564 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.942;QD=58.7795;RBI=0.0855187;REFB=0;REVB=0.0854637;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573665;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:34:28:0:0:37:28:0:0 chr8 29996158 . A G 685.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.915;QD=62.3339;RBI=0.0364659;REFB=0;REVB=0.0270331;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07209e-05;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:23:18:0:0:24:20:0:0 chr8 29996256 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.151;QD=60.2287;RBI=0.0449738;REFB=0;REVB=0.0448818;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274007;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr8 30423886 . C CAG 1375.35 PASS AF=0.90991;AO=101;DP=112;FAO=101;FDP=111;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00595418;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.612;QD=49.5622;RBI=0.0211374;REFB=-0.0592239;REVB=0.0202815;RO=10;SAF=44;SAR=57;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283472;STB=0.514995;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.00455715;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90991:101:112:101:111:10:44:57:6:4:39:10:44:57:6:4 chr8 30501232 . C T 254.26 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00729568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3318;QD=46.2282;RBI=0.00898491;REFB=-0.119142;REVB=-0.00524421;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00240124;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:20:21:0.954545:12:8:0:1:12:9:0:1 chr8 30608976 . C T 857.18 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4738;QD=56.2084;RBI=0.0638857;REFB=-0.101586;REVB=0.0631288;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124876;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:0:0:57:61:1:29:28:0:0:33:28:0:0 chr8 30620840 . G GT,T 543.16 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=53;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330826,-0.0611444;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=14.0972,11.4065;QD=43.4527;RBI=0.0510341,0.0629032;REFB=0,0;REVB=0.038859,-0.0147711;RO=5;SAF=27,1;SAR=16,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0362605,-0.306614;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00128133,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:50:5:0:43,2:50,0:1,0:16,1:27,1:4:1:20,0:30,0:0:0 chr8 30695226 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.766;QD=42.1826;RBI=0.0406108;REFB=0;REVB=-0.00479866;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00250883;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr8 30703636 . TG T 44.55 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.000537877;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.658;QD=2.02495;RBI=0.000654325;REFB=-0.00245808;REVB=0.000372599;RO=77;SAF=1;SAR=9;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464397;STB=0.855164;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.125621;OID=.;OPOS=30703637;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.113636:10:90:10:88:78:1:9:34:44:44:77:1:9:34:43 chr8 30703639 . T G 43.89 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0151282;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.17;QD=1.95082;RBI=0.015691;REFB=-0.00892393;REVB=-0.00416496;RO=80;SAF=1;SAR=9;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466997;STB=0.861876;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.03398;OID=.;OPOS=30703639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:90:80:80:10:10:0.111111:9:1:36:44:9:1:36:44 chr8 30924557 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.715;QD=57.5452;RBI=0.025175;REFB=0;REVB=0.00180659;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3204e-05;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr8 30973957 . G T 430.98 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0244902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.682;QD=17.5908;RBI=0.0247712;REFB=-0.00971414;REVB=0.00371997;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223887;STB=0.512529;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0101698;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:23:21:27:27:23:21:27:27 chr8 30999280 . G T 256.5 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00302978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.767;QD=14.0548;RBI=0.00838503;REFB=-0.00821764;REVB=-0.00781851;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495363;STB=0.531771;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0154844;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:43:43:28:30:0.410959:17:11:15:28:18:12:15:28 chr8 31024638 . C T 370.55 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.000239397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8203;QD=14.8219;RBI=0.0153118;REFB=0.0124386;REVB=-0.01531;RO=60;SAF=12;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173169;STB=0.598633;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0140757;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:28:12:27:33:28:12:27:33 chr8 32453358 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0215145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.479;QD=16.1063;RBI=0.0255747;REFB=-0.0137734;REVB=-0.0138272;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0323015;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr8 32663420 . A G 1378.49 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128978;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.76;QD=62.6587;RBI=0.0163518;REFB=0;REVB=-0.0100512;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73897e-06;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr8 33246538 . A G 338.85 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0174822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.874;QD=17.8342;RBI=0.0175665;REFB=-0.0117314;REVB=0.00171942;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470743;STB=0.526301;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0138085;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:18:18:22:18:18:18:22:18 chr8 33246591 . G C 122.11 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0614617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.009;QD=9.21575;RBI=0.0616594;REFB=-0.00186041;REVB=0.00493328;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509422;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00580613;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:8:8:18:18:8:8:19:18 chr8 33246685 . G A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0357294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5207;QD=7.27141;RBI=0.036017;REFB=-0.00315663;REVB=0.0045424;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162722;STB=0.526257;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0074158;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:4:5:13:11:4:5:13:12 chr8 33313329 . G A 322.07 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0028748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.684;QD=28.006;RBI=0.0247363;REFB=-0.0177932;REVB=-0.0245686;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134817;STB=0.574081;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0123895;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:15:13:5:13:15:13:5:13 chr8 33356074 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.255;QD=57.6807;RBI=0.00755222;REFB=0;REVB=0.00557841;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91162e-06;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr8 33369944 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.003829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8033;QD=48.6259;RBI=0.0230466;REFB=-0.0124766;REVB=-0.0227263;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00277521;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:1:0:13:9:1:0 chr8 33369994 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8119;QD=50.4135;RBI=0.0160013;REFB=0;REVB=0.0111279;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23024e-05;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr8 33416189 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0283184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2668;QD=16.1154;RBI=0.0502806;REFB=-0.00876355;REVB=0.0415477;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107368;STB=0.560924;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00677914;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:15:14:9:15:15:14 chr8 33416222 . C T 223.28 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00889381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5141;QD=19.0028;RBI=0.0363674;REFB=0.00336193;REVB=-0.0352631;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167894;STB=0.585578;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00703343;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:8:14:11:13:8:14:12:13 chr8 33437926 . C T 138.7 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0067936;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.357;QD=11.3225;RBI=0.014401;REFB=-0.000166091;REVB=-0.0126979;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227087;STB=0.513497;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000425593;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:6:10:20:13:6:10:20:13 chr8 33573577 . A G 97.91 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0441065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1352;QD=24.4772;RBI=0.0884122;REFB=-0.124853;REVB=0.0766247;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.545372;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0215732;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:5:5:10:11:0.6875:5:5:3:2:6:5:3:2 chr8 36694394 . C T 412.86 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.00336798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1749;QD=13.6484;RBI=0.027614;REFB=0.00851991;REVB=0.0274078;RO=73;SAF=24;SAR=24;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124448;STB=0.570219;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0170654;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:24:24:45:28:24:24:45:28 chr8 36767024 . T C 333.06 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00247449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.01;QD=14.0235;RBI=0.0140205;REFB=0.00381162;REVB=-0.0138004;RO=58;SAF=11;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195252;STB=0.611702;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00687763;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:26:11:27:31:26:11:27:31 chr8 36788479 . A G 639.86 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0195783;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6689;QD=16.9498;RBI=0.0384966;REFB=-0.00840981;REVB=0.0331463;RO=81;SAF=26;SAR=43;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06861;STB=0.542113;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0107179;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:81:82:69:69:0.456954:43:26:36:45:43:26:37:45 chr8 37635649 . A G 923.31 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200996;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.99;QD=58.623;RBI=0.00260899;REFB=0;REVB=-0.00166339;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54886e-05;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr8 37728017 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00738945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.136;QD=14.1319;RBI=0.0163174;REFB=-0.00115933;REVB=0.0145483;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259095;STB=0.527417;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00230991;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:12:6:11:20:13:6:11:20 chr8 37728019 . T G 162.96 PASS AF=0.36;AO=19;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00994854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0625;QD=13.0369;RBI=0.0106021;REFB=0.0112161;REVB=0.00366494;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471412;STB=0.507454;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0307967;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:19:18:0.36:13:6:11:20:12:6:11:21 chr8 37730368 . G A 345.79 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0282217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.358;QD=19.4809;RBI=0.0328266;REFB=-0.0489078;REVB=0.0167667;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103337;STB=0.505744;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.024022;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:22:14:14:21:22:14:14:21 chr8 37823798 . A G 175.11 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00730371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.135;QD=20.0124;RBI=0.00759032;REFB=-0.0144679;REVB=-0.00206609;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228917;STB=0.628438;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0118104;OID=.;OPOS=37823798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:4:13:9:9:4:13 chr8 37979919 . G C 434.48 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161991;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.446;QD=57.9305;RBI=0.0254161;REFB=0;REVB=-0.0195848;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63806e-05;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr8 37985897 . A G 648.28 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.015861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2624;QD=57.6249;RBI=0.0162261;REFB=-0.0526685;REVB=0.00342265;RO=2;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312927;STB=0.516659;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00351753;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:29:14:0:2:29:14:0:2 chr8 38005835 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.111;QD=58.0611;RBI=0.0266532;REFB=0;REVB=0.0236923;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57342e-05;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr8 38095662 . C T 347.69 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0104275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.463;QD=17.3843;RBI=0.0202146;REFB=-0.00756654;REVB=-0.0173176;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317848;STB=0.517799;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00940061;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:20:23:21:16:20:23 chr8 38125397 . T G 68.79 PASS AF=0.247706;AO=6;DP=58;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0587701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8602;QD=2.52433;RBI=0.0614502;REFB=-0.163548;REVB=-0.0179499;RO=51;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619235;STB=0.675371;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.30391;OID=.;OPOS=38125397;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:109:51:82:6:27:0.247706:0:6:25:26:10:17:32:50 chr8 38369493 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00302202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.884;QD=19.4208;RBI=0.00816047;REFB=-0.00805112;REVB=0.00758028;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15863;STB=0.588176;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0106774;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:15:14:18:9:15:14:18:9 chr8 38369926 . A C 335.84 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00293144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.229;QD=22.3891;RBI=0.00631461;REFB=-0.0104926;REVB=0.00559294;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914965;STB=0.505048;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00598874;OID=.;OPOS=38369926;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:14:20:15:11:14:20:15:11 chr8 38373924 . T G 136.84 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00839724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.758;QD=18.2447;RBI=0.0130161;REFB=-0.0125068;REVB=-0.0099451;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0117874;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:8:7:9:6:8:7 chr8 38458371 . G T 649.23 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0217016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.718;QD=16.3327;RBI=0.0248158;REFB=-0.00459672;REVB=0.0120359;RO=88;SAF=28;SAR=43;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129387;STB=0.572076;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00265337;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:88:71:71:0.446541:43:28:46:42:43:28:46:42 chr8 38458552 . G GTCT 1965.23 PASS AF=1;AO=126;DP=131;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233837;FXX=0.0307669;HRUN=0;LEN=3;MLLD=219.435;QD=62.3881;RBI=0.0261653;REFB=0;REVB=0.0117399;RO=5;SAF=59;SAR=67;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.57768e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:126:131:126:126:0:59:67:0:0:11:5:59:67:3:2 chr8 38458659 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.742;QD=58.9627;RBI=0.0377136;REFB=0;REVB=-0.0132873;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44262e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr8 38677932 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0202377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.129;QD=24.0668;RBI=0.0229476;REFB=-0.019032;REVB=-0.0108179;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973223;STB=0.554389;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0125417;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:3:7:9:7:3:7 chr8 38684853 . T C 528.56 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00201636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.083;QD=17.9172;RBI=0.0295401;REFB=-0.0257715;REVB=-0.0294712;RO=62;SAF=29;SAR=27;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321659;STB=0.517851;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0235376;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:27:29:30:32:27:29:30:32 chr8 38695996 . T C 105.83 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0087606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.732;QD=21.1659;RBI=0.012842;REFB=-0.0165355;REVB=-0.00938983;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292681;STB=0.666389;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0117063;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:2:6:4:8:2:6 chr8 38707452 . A T 231.27 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00906421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6936;QD=12.8482;RBI=0.0107623;REFB=-0.00873397;REVB=0.00580234;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506086;STB=0.530099;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0136167;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:44:28:28:0.388889:12:16:22:20:12:16:23:21 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1360.37 PASS AF=1,0;AO=85,4;DP=93;FAO=93,0;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931927,-0.00793869;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.4807,122.541;QD=58.5106;RBI=0.151688,0.0403656;REFB=0,0;REVB=0.119684,-0.0395773;RO=2;SAF=29,0;SAR=56,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0315482,-0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00357159,0;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:85,4:93:93,0:93:0:32,0:61,0:0:0:7:2:29,0:56,4:2:0 chr8 38835666 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.769;QD=58.5877;RBI=0.0297028;REFB=0;REVB=0.0274181;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.099e-05;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr8 38848850 . C T 660.6 PASS AF=1;AO=33;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.652;QD=61.4507;RBI=0.0647235;REFB=0;REVB=0.0556111;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460906;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:33:43:1:14:19:0:0:20:23:0:0 chr8 38964647 . G A 1438.23 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508797;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.158;QD=63.2189;RBI=0.0514388;REFB=0;REVB=0.00756328;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302599;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr8 38965271 . C T 3653.35 PASS AF=0.953668;AO=247;DP=259;FAO=247;FDP=259;FR=.;FRO=12;FSAF=119;FSAR=128;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0242966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.238;QD=56.4224;RBI=0.0416588;REFB=-0.195343;REVB=0.0338398;RO=1;SAF=119;SAR=128;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398881;STB=0.523998;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000738589;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:259:259:1:12:247:247:0.953668:128:119:1:0:128:119:12:0 chr8 39080632 . C G 2124.61 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00785348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.59;QD=62.0325;RBI=0.0265381;REFB=-0.113103;REVB=-0.0253494;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000311599;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:0:1:136:136:0.992701:64:72:0:0:64:72:1:0 chr8 39311600 . C T 2739.4 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=178;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00184353;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.974;QD=61.9074;RBI=0.0403607;REFB=-0.0303569;REVB=-0.0403186;RO=1;SAF=105;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451216;STB=0.502369;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=3.16714e-05;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:177:1:1:175:176:0.99435:70:105:1:0:71:105:1:0 chr8 39312965 . CA C 2044.84 PASS AF=1;AO=173;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282343;FXX=0.00543449;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.1151;QD=44.6959;RBI=0.0282511;REFB=-0.0486901;REVB=0.000976147;RO=4;SAF=82;SAR=91;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.0226484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00449994;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:173:184:183:183:0:87:96:0:0:30:4:82:91:4:0 chr8 39323387 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0013385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.185;QD=16.8738;RBI=0.0130433;REFB=0.0062043;REVB=-0.0129744;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623481;STB=0.535678;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0100947;OID=.;OPOS=39323387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:12:14:12:8:12:14 chr8 39331010 . G A 146.08 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0300349;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9375;QD=15.7928;RBI=0.0318047;REFB=-0.0161498;REVB=-0.0104617;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0149622;OID=.;OPOS=39331010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:12:9:8:8:12:9 chr8 39331031 . T C 259.1 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0101564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.818;QD=24.1021;RBI=0.0513174;REFB=-0.0104369;REVB=-0.0503023;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997102;STB=0.545416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0100208;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:9:15:9:9:9:15:10:9 chr8 39331043 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00233109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.606;QD=15.2558;RBI=0.0240096;REFB=-0.00415833;REVB=0.0238961;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174312;STB=0.599904;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00773043;OID=.;OPOS=39331043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:20:10:10:10:20:10 chr8 39331093 . T C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.469;QD=62.9778;RBI=0.0325219;REFB=0;REVB=0.0240221;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188995;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr8 39331447 . C T 589.39 PASS AF=0.352657;AO=73;DP=207;FAO=73;FDP=207;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0108609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.122;QD=11.3892;RBI=0.0113371;REFB=-0.00261668;REVB=-0.00325122;RO=130;SAF=41;SAR=32;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869607;STB=0.559247;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00379429;OID=.;OPOS=39331447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:130:134:73:73:0.352657:32:41:63:67:32:41:63:71 chr8 39331451 . CA C 186.64 PASS AF=0.361905;AO=78;DP=211;FAO=76;FDP=210;FR=.;FRO=134;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=0.0600382;FXX=0.00473911;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0281;QD=3.55503;RBI=0.0868044;REFB=-0.0405025;REVB=-0.0626931;RO=110;SAF=39;SAR=39;SRF=54;SRR=56;SSEN=0.419355;SSEP=0;SSSB=0.00949815;STB=0.54053;STBP=0.38;TYPE=del;VARB=-0.00482261;OID=.;OPOS=39331452;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361905:78:211:76:210:134:40:36:62:72:99:110:39:39:54:56 chr8 39840234 . A G 476.89 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00780662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1968;QD=27.6459;RBI=0.00821287;REFB=0.0059815;REVB=0.00255104;RO=25;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399098;STB=0.521729;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00958273;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:22:22:14:11:22:22:14:11 chr8 39842994 . C T 188.43 PASS AF=0.6;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.019205;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.046;QD=25.1246;RBI=0.0227891;REFB=-0.00115993;REVB=0.0122683;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036754;STB=0.511615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000720776;OID=.;OPOS=39842994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:14:12:17:18:0.6:11:6:5:9:11:7:5:7 chr8 39862881 . C T 489.85 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00544953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.789;QD=19.5938;RBI=0.00544956;REFB=-0.0121;REVB=-1.85865e-05;RO=52;SAF=29;SAR=19;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221773;STB=0.62309;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0104411;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:19:29:19:33:19:29:19:33 chr8 39872866 . A C 850.56 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.014;QD=57.6653;RBI=0.0549385;REFB=0;REVB=0.0371212;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82641e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr8 39872935 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.067;QD=57.0007;RBI=0.011506;REFB=0;REVB=-0.000707314;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02456e-05;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr8 39873478 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.907;QD=49.5954;RBI=0.0770203;REFB=0;REVB=-0.0224755;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152148;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr8 40011079 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0562;QD=58.587;RBI=0.0455819;REFB=0;REVB=-0.039173;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195447;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 40012063 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00939435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=385.68;QD=25.711;RBI=0.00992648;REFB=-0.010349;REVB=0.00320642;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169984;STB=0.594902;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00313562;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:1:5:7:6:1:5 chr8 41132742 . A T 397.37 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309684;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.263;QD=56.7677;RBI=0.031841;REFB=0;REVB=-0.00740309;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30488e-05;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:8:20:0:0 chr8 41391704 . A G 2660.86 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3907;QD=61.5227;RBI=0.0225397;REFB=0.0532447;REVB=0.00427351;RO=1;SAF=83;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531821;STB=0.502793;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000270336;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:89:83:0:1:89:83:0:1 chr8 41391748 . C A 500.45 PASS AF=0.411765;AO=52;DP=131;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00290129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.7098;QD=14.719;RBI=0.0159304;REFB=-0.00868354;REVB=0.015664;RO=78;SAF=24;SAR=28;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.8309e-08;STB=0.520249;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0100729;OID=.;OPOS=41391748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:78:80:52:56:0.411765:28:24:36:42:32:24:37:43 chr8 41391761 . A T 470.27 PASS AF=0.462185;AO=50;DP=109;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0851828;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.7225;QD=15.8074;RBI=0.0959099;REFB=-0.0723736;REVB=0.0440749;RO=58;SAF=18;SAR=32;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139721;STB=0.57011;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0409803;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:119:58:64:50:55:0.462185:32:18:29:29:36:19:30:34 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122402;FXX=0;HRUN=1;LEN=14;MLLD=618.628;QD=35.5759;RBI=0.0199858;REFB=0;REVB=-0.015799;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.49814e-05;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:1:6:0:0:4:0:1:6:0:0 chr8 41517958 . A AG 2398.66 PASS AF=1;AO=187;DP=228;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109266;FXX=0.0462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1696;QD=46.576;RBI=0.114538;REFB=0;REVB=-0.03435;RO=34;SAF=89;SAR=98;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00112507;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:187:228:206:206:0:101:105:0:0:44:34:89:98:25:9 chr8 41519462 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.996;QD=63.5829;RBI=0.0328535;REFB=0;REVB=0.0304205;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118443;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr8 41521663 . T C 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0130452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8031;QD=17.923;RBI=0.0186;REFB=-0.0213616;REVB=0.0132583;RO=46;SAF=12;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205831;STB=0.615518;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0265643;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:28:12:23:23:28:12:23:23 chr8 41553928 . C G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00234546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3591;QD=13.4162;RBI=0.00288047;REFB=-0.00875091;REVB=0.00167211;RO=37;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311766;STB=0.679097;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0219045;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:18:7:21:16:18:7:21:16 chr8 41585438 . G A 406.87 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00959187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.042;QD=15.9555;RBI=0.0190428;REFB=-0.0257405;REVB=-0.0164507;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326988;STB=0.518317;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0181183;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:22:23:31:26:22:23:31:26 chr8 41787705 . CTCATT C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227691;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=327.9;QD=53.9112;RBI=0.0232806;REFB=0;REVB=0.00485354;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.58978e-05;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:24:24:0:7:17:0:0:4:0:7:17:0:0 chr8 42013563 . T TATG 633.55 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00710897;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.414;QD=43.6934;RBI=0.00799336;REFB=-0.0294778;REVB=-0.00365463;RO=8;SAF=24;SAR=26;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374267;STB=0.519992;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00386295;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:50:59:50:58:8:24:26:5:3:43:8:24:26:5:3 chr8 42033661 . C T 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-6.58231e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.757;QD=22.6378;RBI=0.000147218;REFB=0.00544463;REVB=-0.000131683;RO=44;SAF=17;SAR=34;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283696;STB=0.511623;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00457116;OID=.;OPOS=42033661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:51:51:0.53125:34:17:16:28:34:17:16:29 chr8 42044954 . G A 1662.47 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346402;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.907;QD=60.4534;RBI=0.0346467;REFB=0;REVB=-0.000670753;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03917e-05;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:65:45:0:0:65:45:0:0 chr8 42177163 . G A 242.77 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0158801;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.842;QD=17.0366;RBI=0.0350856;REFB=-0.0269261;REVB=-0.0312862;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673308;STB=0.52939;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0318174;OID=.;OPOS=42177163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:30:27:27:0.473684:15:12:15:14:15:12:15:15 chr8 42882555 . A ATTTGT 1464.1 PASS AF=0.928571;AO=97;DP=114;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0127744;FXX=0.0260847;HRUN=3;LEN=5;MLLD=311.541;QD=52.2893;RBI=0.0163842;REFB=0.028279;REVB=-0.0102596;RO=9;SAF=60;SAR=37;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293801;STB=0.517127;STBP=0.211;TYPE=ins;VARB=-0.00110712;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:97:114:104:112:8:63:41:3:5:25:9:60:37:4:5 chr8 43054553 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.503;QD=59.1425;RBI=0.0139855;REFB=0;REVB=-0.00108723;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56217e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr8 46951721 . C G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00138605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2297;QD=14.259;RBI=0.0242588;REFB=-0.0165891;REVB=-0.0242192;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102264;STB=0.558169;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0394411;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:17:12:21:20:17:12:21:20 chr8 46951809 . G A 160.47 PASS AF=0.485714;AO=13;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0173796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0358;QD=18.3393;RBI=0.0601664;REFB=-0.0198695;REVB=0.0576016;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410341;STB=0.615242;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0269375;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:18:13:17:0.485714:11:2:8:8:12:5:9:9 chr8 46951813 . G T 120.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.047547;FXX=0.117612;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6859;QD=16.1216;RBI=0.0513811;REFB=-0.0431636;REVB=-0.0194756;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0523094;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:14:17:13:13:0.433333:9:4:7:7:9:4:8:9 chr8 47979781 . G C 523.33 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.010934;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6192;QD=23.5205;RBI=0.0229965;REFB=-0.0057979;REVB=0.0202309;RO=40;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900478;STB=0.549431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00520059;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:49:49:0.550562:24:25:16:24:24:25:16:24 chr8 48102818 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0337807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.997;QD=21.8719;RBI=0.0401738;REFB=0.00254154;REVB=0.0217438;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106725;STB=0.559328;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00256433;OID=.;OPOS=48102818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:12:11:17:11:12:11 chr8 48585975 . T C 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0468008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9557;QD=18.9977;RBI=0.0510668;REFB=-0.0065291;REVB=0.0204329;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044706;STB=0.524904;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00807632;OID=.;OPOS=48585975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:17:13:15:16:17:13 chr8 48649894 . G A 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0233314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.412;QD=21.953;RBI=0.0350369;REFB=-0.0360218;REVB=0.0261387;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201369;STB=0.501113;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0288556;OID=.;OPOS=48649894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:14:18:14:11:14:18:14:11 chr8 48769846 . G A 269.64 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.018313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8898;QD=22.948;RBI=0.0206951;REFB=-0.0198066;REVB=-0.00963952;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137054;STB=0.57627;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0181215;OID=.;OPOS=48769846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:7:15:13:12:7:15 chr8 48805816 . A AG,G 513.81 PASS AF=0.702703,0.297297;AO=21,12;DP=40;FAO=26,11;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470667,-0.016605;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.2796,20.8741;QD=55.5471;RBI=0.114733,0.0253804;REFB=0,0;REVB=-0.114636,-0.0191947;RO=5;SAF=15,0;SAR=6,12;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131556,-0.84835;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0263299,0.0463985;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:40:37:5:0:21,12:26,11:0.702703,0.297297:6,12:15,0:5:0:9,11:17,0:0:0 chr8 48885436 . T A 1121.46 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.331;QD=59.0241;RBI=0.0190994;REFB=-0.131457;REVB=0.00993496;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00043355;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:31:44:0:0:31:44:0:1 chr8 49375958 . T C 392.27 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0023655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.763;QD=17.8303;RBI=0.00241639;REFB=0.00642314;REVB=0.000493314;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505718;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00393185;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:47:40:41:0.465909:24:16:18:27:24:17:19:28 chr8 50242815 . C T 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0501854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3514;QD=23.43;RBI=0.0607219;REFB=-0.0345983;REVB=-0.0341844;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217835;STB=0.62053;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0205422;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:4:16:13:11:4:16 chr8 50242991 . G T 719.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.503;QD=56.4325;RBI=0.0244476;REFB=0;REVB=0.02229;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16077e-06;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr8 51571172 . G A 479.23 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3167;QD=58.0883;RBI=0.0874523;REFB=0;REVB=-0.0208086;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233285;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr8 52321243 . T C 2333.8 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.048;QD=63.9398;RBI=0.0511715;REFB=0;REVB=0.0149261;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2986e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:77:64:0:0:78:68:0:0 chr8 52366200 . G A 1986.79 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.348;QD=62.0873;RBI=0.0235783;REFB=0;REVB=0.00459048;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74863e-05;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:68:60:0:0:68:60:0:0 chr8 52730441 . T C 268.36 PASS AF=0.20354;AO=46;DP=226;FAO=46;FDP=226;FR=.;FRO=180;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=104;FWDB=-0.00463249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.221;QD=4.74971;RBI=0.0346613;REFB=0.0028162;REVB=0.0343503;RO=180;SAF=19;SAR=27;SRF=76;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121103;STB=0.507515;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0128011;OID=.;OPOS=52730441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:180:180:46:46:0.20354:27:19:76:104:27:19:76:104 chr8 52730521 . C T 1504.87 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7724;QD=63.363;RBI=0.0150584;REFB=0;REVB=0.0094572;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35917e-05;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:61:34:0:0 chr8 52730864 . T C 712.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210668;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.596;QD=63.331;RBI=0.0235274;REFB=0;REVB=0.0104752;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111644;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr8 52733050 . T A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0260718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.974;QD=16.4438;RBI=0.0263796;REFB=-0.00778494;REVB=0.00401812;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287478;STB=0.663051;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00960589;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:7:20:9:11:7:20 chr8 52746153 . C T 366.16 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00143032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.875;QD=19.2716;RBI=0.0167819;REFB=-0.00527989;REVB=-0.0167208;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480967;STB=0.526746;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00483122;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:18:20:22:16:18:20 chr8 53084487 . G A 398.43 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00284738;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.831;QD=20.4324;RBI=0.0158036;REFB=-0.0250833;REVB=0.015545;RO=39;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161465;STB=0.59995;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0233512;OID=.;OPOS=53084487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:38:39:40:0.512821:16:23:16:23:16:24:15:23 chr8 53537316 . A G 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0186825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.002;QD=20.5426;RBI=0.0248976;REFB=0.00295383;REVB=0.0164576;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351619;STB=0.519471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00399122;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:19:17:20:19:19:17 chr8 53555069 . A G 451.13 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0275081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4082;QD=16.7085;RBI=0.027667;REFB=-0.00536178;REVB=0.0029601;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432322;STB=0.502979;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00416005;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:58:49:50:0.462963:22:27:30:24:23:27:31:27 chr8 53586706 . A G 1088.28 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484802;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.177;QD=60.4598;RBI=0.0560232;REFB=0;REVB=0.0280762;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191425;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr8 53853160 . T C 272.49 PASS AF=0.363636;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0168225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.235;QD=12.386;RBI=0.0168243;REFB=-0.0260365;REVB=0.000242919;RO=56;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166991;STB=0.582687;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0555409;OID=.;OPOS=53853160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:56:56:31:32:0.363636:19:12:30:26:19:13:30:26 chr8 54155452 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0353886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.298;QD=8.81157;RBI=0.0362826;REFB=-0.0146083;REVB=-0.00800473;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259722;STB=0.660047;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0201363;OID=.;OPOS=54155452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:12:11:7:3:12:11 chr8 54155455 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00671812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9105;QD=8.81164;RBI=0.055865;REFB=0.0350827;REVB=0.0554596;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259722;STB=0.660047;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0677798;OID=.;OPOS=54155455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:12:11:7:3:12:11 chr8 54745538 . C G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3401;QD=60.3761;RBI=0.00708408;REFB=0;REVB=0.00339252;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71593e-05;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr8 55586495 . C T 1749.24 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0787;QD=60.8432;RBI=0.0579871;REFB=0;REVB=0.0129876;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202997;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:70:45:0:0:70:45:0:0 chr8 55632762 . C T 2220.3 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170817;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.728;QD=63.4371;RBI=0.0176101;REFB=0;REVB=-0.0042814;RO=0;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17416e-05;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:61:79:0:0:61:79:0:0 chr8 56651746 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.981;QD=42.1826;RBI=0.0610879;REFB=0;REVB=0.0607463;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106487;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr8 56652048 . CAT C 3348.61 PASS AF=1;AO=210;DP=221;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589149;FXX=0.0315301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.207;QD=62.2998;RBI=0.0373172;REFB=0;REVB=0.0368492;RO=0;SAF=99;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85394e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000106334;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:210:221:215:215:0:101:114:0:0:18:0:99:111:0:0 chr8 56657801 . C T 696.68 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0105045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3076;QD=52.5799;RBI=0.0246304;REFB=0.0303255;REVB=-0.0222781;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.502637;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00659215;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:29:22:1:0:29:22:1:1 chr8 56686224 . T C 1062.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8249;QD=59.8482;RBI=0.0323794;REFB=0;REVB=-0.0251952;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55149e-05;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr8 56821700 . T G 1029.68 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973857;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.859;QD=59.6918;RBI=0.0098054;REFB=0;REVB=0.00114289;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50488e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr8 56821795 . T G 1296.17 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346517;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.149;QD=61.7224;RBI=0.0346607;REFB=0;REVB=0.000787503;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305601;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:38:44:0:0:39:45:0:0 chr8 56821809 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.944;QD=60.5472;RBI=0.00553949;REFB=0;REVB=-0.00307142;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47186e-05;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr8 56821945 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.746;QD=57.1773;RBI=0.0365353;REFB=0;REVB=0.0306644;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372969;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr8 57285647 . T G 337.74 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.013023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9611;QD=15.0107;RBI=0.0334557;REFB=-0.0178996;REVB=0.0308169;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386169;STB=0.521834;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0244787;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:21:16:21:32:21:16:21:32 chr8 57294571 . C G 247.28 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00721386;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.557;QD=21.9807;RBI=0.0396442;REFB=-0.000567837;REVB=0.0389823;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525437;STB=0.514273;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00132989;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:9:14:14:7:9:14:14:8 chr8 57358251 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.434;QD=60.0304;RBI=0.100552;REFB=0;REVB=0.0353032;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052576;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr8 57829649 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.572;QD=33.4285;RBI=0.0375387;REFB=0;REVB=0.00249128;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123175;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr8 59496490 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0016069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.509;QD=18.0871;RBI=0.0017139;REFB=-0.0237606;REVB=-0.000596086;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314253;STB=0.674981;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0235115;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:6:21:11:15:6:21 chr8 59508134 . T C 546.9 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=51;FWDB=0.014436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3395;QD=17.3619;RBI=0.0150354;REFB=-0.00551726;REVB=-0.00420299;RO=68;SAF=21;SAR=37;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122735;STB=0.567894;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00634923;OID=.;OPOS=59508134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:37:21:17:51:37:21:17:51 chr8 59512334 . G A 1120.66 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424629;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.224;QD=60.576;RBI=0.0127348;REFB=0;REVB=0.012006;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252324;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr8 59547804 . C A 554.93 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00722291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.857;QD=22.4215;RBI=0.0226256;REFB=-0.000656875;REVB=0.0214417;RO=47;SAF=19;SAR=33;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738613;STB=0.540746;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000592898;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:33:19:21:26:33:19:21:26 chr8 59571856 . A C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00472265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.901;QD=11.1041;RBI=0.0917673;REFB=-0.0354997;REVB=-0.0916457;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392579;STB=0.737044;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0292742;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:3:7:2:5:3:7 chr8 61488824 . T C 1560.48 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314157;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.621;QD=63.693;RBI=0.0332245;REFB=0;REVB=0.0108131;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06495e-05;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:41:53:0:0:44:54:0:0 chr8 61488859 . A G 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.83;QD=64.2835;RBI=0.0400052;REFB=0;REVB=0.0254745;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377406;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr8 62490978 . T C 423.35 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0061903;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.859;QD=16.7664;RBI=0.0102391;REFB=-0.0293449;REVB=-0.00815591;RO=51;SAF=20;SAR=26;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126248;STB=0.55054;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0154014;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:51:55:46:46:0.455446:26:20:29:22:26:20:29:26 chr8 62491095 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0110328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.533;QD=14.6657;RBI=0.0123183;REFB=-0.00183671;REVB=-0.00547897;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125611;STB=0.572936;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00201161;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:11:10:9:6:11:10 chr8 62491107 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0118914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.798;QD=9.56996;RBI=0.0174412;REFB=-0.0027114;REVB=-0.0127588;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00554556;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr8 62491943 . G A 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0237073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2643;QD=12.0231;RBI=0.0269589;REFB=0.00539913;REVB=0.0128354;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185289;STB=0.610913;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0071079;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:12:8:3:9:12:8 chr8 62491985 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0317284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.788;QD=9.75985;RBI=0.0964897;REFB=-0.0214857;REVB=-0.0911239;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0262673;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr8 62544428 . G T 1283.81 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.027;QD=61.8705;RBI=0.0264353;REFB=0;REVB=-0.011428;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53131e-05;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:48:34:0:0:48:35:0:0 chr8 62595068 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000940937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.763;QD=59.0187;RBI=0.00173885;REFB=0;REVB=0.00146228;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72198e-06;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr8 63161612 . C G 346.2 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0263562;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5945;QD=21.9809;RBI=0.0290765;REFB=-0.0099883;REVB=-0.0122798;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117388;STB=0.503309;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00698145;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:28:35:35:0.555556:14:21:17:12:14:21:17:11 chr8 63942717 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.336;QD=55.0987;RBI=0.0226085;REFB=0;REVB=-0.000343303;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274371;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr8 63978658 . TAA TA,T 361.94 PASS AF=1,0;AO=42,6;DP=52;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.076356,-0.0431962;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=10.7251,8.67566;QD=27.8416;RBI=0.111423,0.0609623;REFB=0.0240065,0.0225092;REVB=-0.0811465,-0.0430174;RO=2;SAF=12,3;SAR=30,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0221354,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0017592,0.00257742;OID=.,.;OPOS=63978659,63978659;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,6:52:52,0:52:0:18,0:34,0:0:0:4:2:12,3:30,3:1:1 chr8 64081921 . C T 246.33 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0255847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.033;QD=15.8925;RBI=0.0280779;REFB=-0.00193696;REVB=-0.0115667;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147235;STB=0.599246;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00262738;OID=.;OPOS=64081921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:34:26:28:0.451613:13:13:22:12:15:13:22:12 chr8 64098729 . A AG 1401.53 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386841;FXX=0.0111099;HRUN=0;LEN=1;MLLD=239.901;QD=62.99;RBI=0.0303488;REFB=0;REVB=0.0301013;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114177;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.73992e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:90:89:89:0:41:48:0:0:7:1:41:47:1:0 chr8 64122225 . GTT GTG,GT 52.94 PASS AF=0.363636,0.454545;AO=3,5;DP=13;FAO=4,5;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2,2;FSAR=2,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023727,0.252714;FXX=0.153728;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=157.404,6.49616;QD=19.2494;RBI=0.034156,0.253536;REFB=-0.00115503,0.0295253;REVB=-0.0245696,0.0203997;RO=1;SAF=1,2;SAR=2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.121807;STB=0.5,0.529293;STBP=1,0.911;TYPE=snp,del;VARB=0.0102933,-0.0315467;OID=.,.;OPOS=64122227,64122226;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.454545:3,5:13:4,5:11:2:2,2:2,3:1:1:23:1:1,2:2,3:0:1 chr8 64147448 . C T 306.27 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0107094;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.982;QD=22.6863;RBI=0.0119202;REFB=-0.023793;REVB=0.00523452;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383599;STB=0.529957;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0183894;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:23:31:31:0.574074:14:17:12:12:14:17:11:12 chr8 65488962 . G A 1210.7 PASS AF=0.964286;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0261732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.429;QD=57.6525;RBI=0.0335151;REFB=-0.131797;REVB=0.0209338;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500505;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00130348;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:84:0:3:80:81:0.964286:26:54:0:0:26:55:2:1 chr8 66516074 . C T 86.81 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0128345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.869;QD=10.2125;RBI=0.0182511;REFB=9.20573e-05;REVB=0.0129761;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256069;STB=0.593048;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00278649;OID=.;OPOS=66516074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:34:18:22:11:11:0.323529:7:4:11:7:7:4:11:11 chr8 67064613 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0763269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9643;QD=10.0338;RBI=0.0817104;REFB=-0.0386479;REVB=0.0291683;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.042017;OID=.;OPOS=67064613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr8 68170030 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0141575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.573;QD=22.3412;RBI=0.0183318;REFB=-0.0115227;REVB=0.0116456;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197662;STB=0.610988;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00984187;OID=.;OPOS=68170030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:5:9:7:11:5:9 chr8 68421768 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.010312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.277;QD=16.1724;RBI=0.0103338;REFB=0.0124019;REVB=0.000671837;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0141378;OID=.;OPOS=68421768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:10:10:10:6:10:10 chr8 68494981 . C CATT 759.69 PASS AF=0.55814;AO=70;DP=131;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0123293;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.797;QD=23.5562;RBI=0.0210231;REFB=0.000510879;REVB=-0.0170282;RO=59;SAF=26;SAR=44;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132364;STB=0.561105;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=-0.000407833;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55814:70:131:72:129:57:27:45:29:28:99:59:26:44:31:28 chr8 68864728 . G A 582.91 PASS AF=0.535088;AO=54;DP=107;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0246145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.785;QD=20.4529;RBI=0.0433545;REFB=-0.0378556;REVB=0.0356895;RO=53;SAF=35;SAR=19;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309008;STB=0.512191;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0391986;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:114:53:53:54:61:0.535088:19:35:36:17:21:40:36:17 chr8 68993013 . AT GC 715.97 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357064;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.176;QD=62.2585;RBI=0.0447439;REFB=0;REVB=0.0269642;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00285882;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chr8 69009268 . C T 551.56 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.00440442;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.969;QD=17.6499;RBI=0.0135268;REFB=-0.00197466;REVB=-0.0127896;RO=67;SAF=25;SAR=33;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875892;STB=0.548573;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00335432;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:33:25:23:44:33:25:23:44 chr8 69012364 . G A 394.79 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00328955;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.635;QD=14.8976;RBI=0.0152316;REFB=-0.00190455;REVB=-0.0148722;RO=63;SAF=21;SAR=24;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231504;STB=0.523437;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00276105;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:63:61:45:45:0.424528:24:21:28:35:24:21:26:35 chr8 69020496 . T C 160.83 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0314782;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8094;QD=10.3764;RBI=0.0315829;REFB=-0.0146404;REVB=-0.00256946;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013121;STB=0.507685;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0144537;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:41:21:21:0.33871:11:10:20:21:11:10:20:21 chr8 69023131 . T A 326.55 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0100682;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.011;QD=17.1867;RBI=0.0130069;REFB=-0.0106961;REVB=-0.00823465;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22774;STB=0.631744;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100578;OID=.;OPOS=69023131;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:35:35:0.460526:17:18:11:29:17:18:11:30 chr8 69046409 . G A 625.57 PASS AF=0.484848;AO=63;DP=131;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0074464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6559;QD=18.9565;RBI=0.0350328;REFB=-0.00852237;REVB=0.0342322;RO=68;SAF=31;SAR=32;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754543;STB=0.537518;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0286378;OID=.;OPOS=69046409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:68:63:64:0.484848:32:31:28:40:33:31:28:40 chr8 69136871 . T A 488.0 PASS AF=0.5;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00746209;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.638;QD=20.3335;RBI=0.0149959;REFB=-0.00529616;REVB=0.0130074;RO=46;SAF=15;SAR=32;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172442;STB=0.598498;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00521576;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:48:47:48:0.5:32:15:23:23:32:16:25:23 chr8 69143589 . A G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00402847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.158;QD=20.8117;RBI=0.0371485;REFB=0.000942988;REVB=0.0369295;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100633;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000899505;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:14:8:11:12:15:8 chr8 69434195 . T C 312.72 PASS AF=0.613636;AO=21;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0426223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.628;QD=28.429;RBI=0.0473744;REFB=-0.0449655;REVB=0.0206804;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300656;STB=0.516982;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0274105;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:21:27:0.613636:11:10:7:9:17:10:7:10 chr8 69699756 . G A 328.18 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0873511;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7636;QD=17.7393;RBI=0.0875768;REFB=-0.0088332;REVB=-0.00628255;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838325;STB=0.546934;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00860531;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:19:20:21:14:19:20 chr8 69730432 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0216533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1233;QD=12.5695;RBI=0.0384909;REFB=-0.0113605;REVB=-0.0318227;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.56242;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0159293;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:26:15:15:0.365854:9:6:6:18:9:6:8:18 chr8 69730488 . G C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00388591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.161;QD=9.99292;RBI=0.013046;REFB=-0.0113839;REVB=-0.0124538;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208764;STB=0.625509;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0195688;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:14:22:13:4:14:22 chr8 70072423 . G A 248.98 PASS AF=0.392405;AO=28;DP=76;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00894591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.166;QD=12.6063;RBI=0.0541155;REFB=-0.0239967;REVB=0.053371;RO=48;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409765;STB=0.724938;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0155352;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:48:48:28:31:0.392405:8:20:16:32:9:22:16:32 chr8 70584628 . T C 505.65 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343924;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7067;QD=59.4883;RBI=0.0390519;REFB=0;REVB=0.0184991;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114622;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr8 70602299 . A G 630.21 PASS AF=0.8;AO=43;DP=67;FAO=52;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00847519;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8184;QD=38.7821;RBI=0.0339422;REFB=-0.0345453;REVB=0.0328671;RO=11;SAF=14;SAR=29;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230031;STB=0.514218;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0169401;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:67:65:11:13:43:52:0.8:29:14:3:8:37:15:3:10 chr8 70602341 . A G 3309.48 PASS AF=0.948498;AO=221;DP=234;FAO=221;FDP=233;FR=.;FRO=12;FSAF=100;FSAR=121;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00636655;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.54;QD=56.815;RBI=0.0284667;REFB=-0.0564273;REVB=0.0277456;RO=12;SAF=100;SAR=121;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117919;STB=0.506199;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00241642;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:234:233:12:12:221:221:0.948498:121:100:4:8:121:100:4:8 chr8 70602526 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0148808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4646;QD=4.81076;RBI=0.0164093;REFB=-0.0100949;REVB=0.00691568;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175337;STB=0.618641;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0388301;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:11:12:4:2:11:12 chr8 70602538 . T A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0152639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.982;QD=16.9319;RBI=0.0153164;REFB=0.0115654;REVB=0.00126691;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214087;STB=0.623086;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0140983;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:4:8:5:7:4:8 chr8 70612637 . C A 270.95 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00649754;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.333;QD=14.0751;RBI=0.00726611;REFB=0.00017376;REVB=-0.00325244;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130807;STB=0.580298;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000221875;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:17:14:26:19:17:14:27:19 chr8 70612692 . G A 49.37 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0255458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0337;QD=4.93737;RBI=0.0556715;REFB=-0.00831551;REVB=0.0494644;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037728;STB=0.524938;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0394653;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:17:15:4:4:17:15 chr8 70835081 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.028;QD=55.6555;RBI=0.0475444;REFB=0;REVB=-0.0457872;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679359;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr8 70964399 . A G 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0208211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.216;QD=30.3962;RBI=0.0210393;REFB=-0.022003;REVB=-0.00302216;RO=16;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212021;STB=0.51162;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0104078;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:8:21:12:4:8:21:12:4 chr8 70967607 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00477601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.004;QD=26.3417;RBI=0.0201969;REFB=0.00179113;REVB=-0.0196241;RO=11;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16279;STB=0.59081;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00262921;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:13:6:6:5:13:6:6:5 chr8 70980738 . T C 428.3 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.004735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7115;QD=22.8425;RBI=0.053536;REFB=-0.00959664;REVB=-0.0533262;RO=33;SAF=29;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314247;STB=0.67303;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00541164;OID=.;OPOS=70980738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:13:29:10:23:13:29:10:23 chr8 72111599 . A G 1171.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.284;QD=60.8695;RBI=0.0451161;REFB=0;REVB=0.0448841;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102416;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr8 72129009 . G A,C 1250.9 PASS AF=0.927711,0.0722892;AO=77,6;DP=83;FAO=77,6;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=47,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626812,0.0128491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.1155,140.873;QD=60.2843;RBI=0.0122753,0.0349252;REFB=0,0;REVB=0.0105544,-0.0324757;RO=0;SAF=30,0;SAR=47,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00287416,0.0816332;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:83:83:0:0:77,6:77,6:0.927711,0.0722892:47,6:30,0:0:0:47,6:30,0:0:0 chr8 72246578 . A G 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0167719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.229;QD=19.6989;RBI=0.0190015;REFB=0.00415779;REVB=0.00893079;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00620683;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:9:7:6:11:9:7 chr8 72755647 . C CT 122.96 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0317264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0731;QD=8.94218;RBI=0.115561;REFB=-0.00592787;REVB=-0.111121;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516038;STB=0.768186;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.000986719;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818:20:55:21:55:34:16:5:11:23:99:34:16:4:11:23 chr8 72914433 . CTTTTT CTTTTC,CTTTTCT,CTT,CTTT 93.95 PASS AF=0.428571,0.0714286,0.285714,0.214286;AO=2,2,3,2;DP=14;FAO=6,1,4,3;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,4,3;FSAR=5,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170935,-0.0161813,-0.0770497,-0.113211;FXX=0.0666222;HRUN=16,0,16,16;LEN=1,1,3,2;MLLD=187.386,190.577,15.6813,13.2321;QD=26.8426;RBI=0.0261489,0.0326655,0.0774628,0.113706;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0197883,0.0283761,0.0079889,0.0106019;RO=0;SAF=0,0,3,2;SAR=2,2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,del,del;VARB=-0.0494081,-0.0619814,0.149251,-0.0120971;OID=.,.,.,.;OPOS=72914438,72914438,72914434,72914434;OREF=T,-,TTT,TT;OALT=C,C,-,-;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.428571,0.0714286,0.285714,0.214286:2,2,3,2:14:6,1,4,3:14:0:1,1,4,3:5,0,0,0:0:0:17:0:0,0,3,2:2,2,0,0:0:0 chr8 72935000 . C A,CTAA 293.85 PASS AF=0.0192308,0.557692;AO=2,28;DP=52;FAO=1,29;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=1,19;FSAR=0,10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0158577,0.00718398;FXX=0.0188644;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=79.8691,201.856;QD=22.6041;RBI=0.020451,0.00993327;REFB=-0.0152197,-0.00594611;REVB=-0.0129143,-0.00686004;RO=21;SAF=2,18;SAR=0,10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.427552,-0.0614777;STB=0.986419,0.512812;STBP=0.501,0.857;TYPE=snp,ins;VARB=0.131241,0.00673742;OID=.,.;OPOS=72935000,72935001;OREF=C,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:52:21:22:2,28:1,29:0.0192308,0.557692:0,10:2,18:15:6:0,10:1,19:15:7 chr8 72935008 . C T 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0118068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.021;QD=13.3336;RBI=0.0135118;REFB=-0.00735753;REVB=0.00657027;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416548;STB=0.523791;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.015712;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:24:15:11:15:24:15 chr8 72935039 . C T 374.35 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00111158;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.4;QD=15.1252;RBI=0.00728013;REFB=-0.0120263;REVB=0.00719477;RO=56;SAF=20;SAR=22;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114541;STB=0.568933;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0175776;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:56:57:42:42:0.424242:22:20:33:23:22:20:34:23 chr8 72935045 . G C 1561.2 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220987;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3917;QD=60.0463;RBI=0.0475854;REFB=0;REVB=0.0421429;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033399;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr8 72942210 . G T 851.25 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.941;QD=57.7119;RBI=0.0401201;REFB=0;REVB=0.0241371;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321621;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:49:59:1:16:33:0:0:26:33:0:0 chr8 72966002 . G A 1207.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4208;QD=61.1593;RBI=0.0551771;REFB=0;REVB=-0.0452163;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100093;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr8 72969254 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAC 152.49 PASS AF=0.408163,0.306122;AO=14,13;DP=50;FAO=20,15;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=10,7;FSAR=10,8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00325973,0.0664354;FXX=0.0576812;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=6.05203,18.998;QD=12.4484;RBI=0.0712762,0.0842453;REFB=0.0178097,-0.00853519;REVB=0.0712016,0.0518036;RO=12;SAF=8,7;SAR=6,6;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.384975,0.378169;STB=0.58815,0.588672;STBP=0.222,0.365;TYPE=del,snp;VARB=0.178698,-0.0896936;OID=.,.;OPOS=72969255,72969263;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.408163,0.306122:14,13:50:20,15:49:14:10,7:10,8:4:10:78:12:8,7:6,6:1:11 chr8 72975801 . T G 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0072815;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.089;QD=54.3576;RBI=0.00815857;REFB=0.00434251;REVB=-0.00367995;RO=2;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01136;STB=0.506022;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-7.9778e-06;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:40:20:1:1:40:20:1:1 chr8 72981327 . A G 2271.58 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905369;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.918;QD=63.0994;RBI=0.0115645;REFB=-0.0756258;REVB=-0.00719503;RO=1;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35092e-05;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:144:1:0:142:144:1:80:62:0:1:81:63:0:0 chr8 73850203 . G A 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00357082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.958;QD=19.1479;RBI=0.00549377;REFB=-0.014812;REVB=0.00417502;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758524;STB=0.54223;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0186282;OID=.;OPOS=73850203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:21:15:18:18:21:15:18:18 chr8 73982161 . A G 175.23 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0587863;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.806;QD=12.0849;RBI=0.0600419;REFB=-0.011705;REVB=0.0122145;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716143;STB=0.552583;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0166694;OID=.;OPOS=73982161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:13:8:16:20:14:8:16:20 chr8 74005131 . A G 3275.29 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936928;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2504;QD=62.0907;RBI=0.0233006;REFB=0;REVB=-0.0213339;RO=0;SAF=77;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16655e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010105;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:211:0:0:209:211:1:132:77:0:0:134:77:0:0 chr8 74005179 . T G 1829.68 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117434;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.886;QD=59.9896;RBI=0.013486;REFB=-0.0653315;REVB=0.00663048;RO=1;SAF=44;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620977;STB=0.503267;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000516924;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:120:121:0.991803:76:44:0:1:76:45:0:1 chr8 74169337 . T C 248.37 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0194131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0048;QD=13.9929;RBI=0.0512857;REFB=0.0500532;REVB=0.0474695;RO=42;SAF=5;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363094;STB=0.710069;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0664147;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:24:5:19:23:24:5:19:23 chr8 74527996 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.699;QD=57.3833;RBI=0.0173846;REFB=0;REVB=-0.00199601;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9078e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr8 74581290 . A AG 1417.59 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372382;FXX=0.0217368;HRUN=0;LEN=1;MLLD=232.163;QD=63.0041;RBI=0.037699;REFB=0;REVB=0.00587617;RO=1;SAF=53;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.14293e-05;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:91:90:90:0:54:36:0:0:7:1:53:36:1:0 chr8 74893880 . C T 184.72 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00511932;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.237;QD=17.5924;RBI=0.0209662;REFB=-0.00957968;REVB=0.0203316;RO=23;SAF=17;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497718;STB=0.791739;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00508503;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:2:17:12:11:2:17:12:11 chr8 74917084 . A G 1189.06 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000719261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8214;QD=60.9775;RBI=0.0238945;REFB=0;REVB=-0.0238837;RO=0;SAF=17;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171605;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:60:17:0:0:61:17:0:0 chr8 75262798 . G C 1194.29 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0388307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5813;QD=59.7145;RBI=0.056806;REFB=-0.0198054;REVB=0.041462;RO=1;SAF=22;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021028;STB=0.511108;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000293311;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:57:22:1:0:57:22:1:0 chr8 75274141 . T G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.016393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.602;QD=13.2307;RBI=0.0276474;REFB=-0.0037688;REVB=0.0222632;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.563266;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00619488;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:13:16:11:6:13:16 chr8 75460784 . T TG 2120.88 PASS AF=0.994382;AO=158;DP=243;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0862644;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3975;QD=47.6601;RBI=0.0941862;REFB=0.0115443;REVB=0.0378088;RO=71;SAF=78;SAR=80;SRF=61;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211702;STB=0.502762;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=-0.000884343;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994382:158:243:177:178:1:90:87:1:0:31:71:78:80:61:10 chr8 75460789 . A AG 2017.13 PASS AF=1;AO=163;DP=177;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223771;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3539;QD=48.0269;RBI=0.027498;REFB=0;REVB=0.0159815;RO=13;SAF=84;SAR=79;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000408118;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:163:177:168:168:0:89:79:0:0:37:13:84:79:7:6 chr8 75614617 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9479;QD=64.1534;RBI=0.0683273;REFB=0;REVB=0.0638527;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109444;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr8 75664694 . CA C 836.77 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377347;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.405;QD=57.7086;RBI=0.0398266;REFB=0;REVB=0.0127379;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.26507e-05;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:58:58:0:28:30:0:0:5:0:25:29:0:0 chr8 77048621 . C A 461.34 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0134563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.962;QD=18.83;RBI=0.0169729;REFB=-0.00467603;REVB=-0.0103444;RO=52;SAF=16;SAR=30;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132879;STB=0.574197;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00466575;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:30:16:25:27:30:16:25:27 chr8 77690563 . T C 850.16 PASS AF=0.548611;AO=79;DP=144;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00642244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.936;QD=23.6156;RBI=0.0107012;REFB=-0.0127707;REVB=-0.00855965;RO=65;SAF=29;SAR=50;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423507;STB=0.523163;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0116656;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:65:65:79:79:0.548611:50:29:27:38:50:29:27:38 chr8 77745635 . G A 1047.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.199;QD=58.9999;RBI=0.0289535;REFB=0;REVB=-0.00830141;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224933;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:43:28:0:0 chr8 77765865 . C T 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00733013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.755;QD=16.4506;RBI=0.00845966;REFB=-0.00885055;REVB=0.00422315;RO=45;SAF=7;SAR=29;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422848;STB=0.739994;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00983283;OID=.;OPOS=77765865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:29:7:26:19:29:7:26:19 chr8 77768390 . T G 605.26 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0317835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.176;QD=20.6926;RBI=0.0328066;REFB=-0.00390127;REVB=0.00812904;RO=56;SAF=30;SAR=31;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18059;STB=0.598957;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00433576;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:31:30:16:40:31:30:16:40 chr8 77778999 . CAT C 134.27 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00972851;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.878;QD=16.7839;RBI=0.0179189;REFB=-0.0164842;REVB=-0.0150481;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864194;STB=0.560899;STBP=0.584;TYPE=del;VARB=0.0101051;OID=.;OPOS=77779000;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:13:34:15:32:17:5:10:4:13:99:17:4:9:4:13 chr8 77895865 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000827322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.631;QD=58.1421;RBI=0.022526;REFB=0;REVB=0.0225108;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66888e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr8 79610710 . A G 1087.71 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875074;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.295;QD=60.4285;RBI=0.01809;REFB=0;REVB=0.0158327;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25443e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:42:30:0:0 chr8 81116920 . G C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0237509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9616;QD=19.1728;RBI=0.0239939;REFB=0.0146129;REVB=-0.00340649;RO=32;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152189;STB=0.508469;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0141989;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:15:18:18:14:15:18:18:14 chr8 81399047 . TGTC T 115.16 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166156;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.364;QD=41.8749;RBI=0.0183221;REFB=0;REVB=0.00772147;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000384336;OID=.;OPOS=81399048;OREF=GTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:11:11:0:8:3:0:0:4:0:8:2:0:0 chr8 82355621 . A G 556.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6979;QD=60.2087;RBI=0.0403722;REFB=0;REVB=-0.0275892;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102775;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr8 82357112 . T C 2224.37 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0050611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.153;QD=61.788;RBI=0.0055755;REFB=-0.0415031;REVB=0.00233911;RO=1;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773136;STB=0.508063;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=4.79352e-05;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:1:2:142:142:0.986111:61:81:0:1:61:81:0:2 chr8 82606416 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00521273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.724;QD=17.6896;RBI=0.0252494;REFB=0.00442106;REVB=0.0247055;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347428;STB=0.529504;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00658799;OID=.;OPOS=82606416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:21:21:0.446809:10:11:14:11:10:11:15:11 chr8 82607949 . A ATGGT 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.000886439;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=326.433;QD=5.00557;RBI=0.00573453;REFB=0.0169841;REVB=-0.0056656;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838438;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=ins;VARB=-0.0244106;OID=.;OPOS=82607950;OREF=-;OALT=TGGT;OMAPALT=ATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:28:6:28:22:2:4:6:16:35:22:2:4:6:16 chr8 82633452 . C G 516.51 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0205912;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.91;QD=19.8658;RBI=0.0286999;REFB=-0.027058;REVB=-0.0199922;RO=45;SAF=33;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15799;STB=0.592638;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0227694;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:45:50:54:54:0.519231:21:33:19:26:21:33:21:29 chr8 82712929 . A C 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0134421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.768;QD=21.1294;RBI=0.0163871;REFB=0.00951372;REVB=-0.00937272;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597035;STB=0.533601;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00736524;OID=.;OPOS=82712929;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:9:12:14:8:9:12 chr8 85833168 . A G 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00095318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.117;QD=58.6472;RBI=0.00747661;REFB=-0.0850409;REVB=0.0074156;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00094654;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr8 85833439 . A G 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.427;QD=61.0777;RBI=0.0215151;REFB=-0.0224906;REVB=-0.00798558;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000203809;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:42:44:0:1:42:45:0:1 chr8 86035668 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00490226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.852;QD=16.0649;RBI=0.00571945;REFB=0.0115341;REVB=0.00294618;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11262;STB=0.564792;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0155185;OID=.;OPOS=86035668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:12:12:7:11:12:12 chr8 86126827 . C CAACATT 957.25 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=75;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000480247;FXX=0.0533262;HRUN=2;LEN=6;MLLD=360.438;QD=53.9295;RBI=0.0134059;REFB=-0.00258311;REVB=0.0133973;RO=4;SAF=27;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650175;STB=0.534472;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.000157763;OID=.;OPOS=86126828;OREF=-;OALT=AACATT;OMAPALT=CAACATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.943662:67:75:67:71:4:27:40:4:0:14:4:27:40:4:0 chr8 87226700 . A G 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00523953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.026;QD=24.4911;RBI=0.031217;REFB=0.000213376;REVB=0.0307742;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289103;STB=0.516114;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000140221;OID=.;OPOS=87226700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:8:7:9:12:8:7 chr8 87229702 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0232608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.808;QD=16.7279;RBI=0.0300784;REFB=-0.0174941;REVB=-0.0190695;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0214847;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:9:10:9:7:9:10 chr8 87229739 . C T 270.57 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0487594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7764;QD=14.4306;RBI=0.0667432;REFB=0.00492767;REVB=-0.045576;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157254;STB=0.588985;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00546803;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:15:16:16:28:15:16:16:28 chr8 87229948 . T A 331.57 PASS AF=0.486111;AO=31;DP=68;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00915041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.537;QD=18.4207;RBI=0.0386454;REFB=-0.016986;REVB=0.0375464;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286567;STB=0.515143;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0176257;OID=.;OPOS=87229948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:37:37:31:35:0.486111:15:16:18:19:19:16:18:19 chr8 87241847 . G A 1121.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017285;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1712;QD=60.643;RBI=0.0239889;REFB=0;REVB=-0.0166341;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97e-05;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr8 87474085 . A G 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00521888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1731;QD=16.5031;RBI=0.0440469;REFB=0.0240329;REVB=0.0437366;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270068;STB=0.515224;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0299771;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:13:17:14:12:13:17 chr8 87479810 . C T 652.62 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00765238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5497;QD=20.7181;RBI=0.00779513;REFB=-0.00421201;REVB=-0.00148497;RO=60;SAF=28;SAR=37;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610042;STB=0.537805;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00386533;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:65:65:0.515873:37:28:30:30:37:28:31:30 chr8 87480890 . C T 394.38 PASS AF=0.403509;AO=47;DP=111;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0122222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7915;QD=13.8379;RBI=0.0164307;REFB=-0.018142;REVB=-0.0109811;RO=64;SAF=23;SAR=24;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155051;STB=0.561377;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0269291;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:64:68:47:46:0.403509:24:23:41:23:23:23:41:27 chr8 87484669 . C T 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00951953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0181;QD=23.0927;RBI=0.0121118;REFB=-0.010274;REVB=0.00748829;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0105351;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr8 87489562 . AAC A 211.15 PASS AF=0.402174;AO=29;DP=87;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0104349;FXX=0.0315756;HRUN=5;LEN=2;MLLD=289.692;QD=9.18032;RBI=0.011349;REFB=-0.00976257;REVB=0.00446243;RO=46;SAF=8;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301311;STB=0.624456;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0142248;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402174:29:87:37:92:55:11:26:27:28:99:46:8:21:25:21 chr8 87497176 . G A 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00118169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.434;QD=15.6249;RBI=0.0362724;REFB=-0.0301046;REVB=-0.0362532;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250274;STB=0.648512;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0262592;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:11:8:5:21:11:8:5:22 chr8 87587121 . CAT C 249.49 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0171557;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.375;QD=11.7408;RBI=0.0178817;REFB=-0.00350094;REVB=-0.00504351;RO=54;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923996;STB=0.559768;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=0.00633409;OID=.;OPOS=87587122;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:30:86:30:85:55:18:12:28:27:99:54:18:12:28:26 chr8 87588198 . T C 508.91 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=0.00336005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5458;QD=15.1914;RBI=0.028264;REFB=0.000397341;REVB=-0.0280635;RO=78;SAF=34;SAR=22;SRF=55;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10972;STB=0.561332;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00100677;OID=.;OPOS=87588198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:78:78:56:56:0.41791:22:34:55:23:22:34:55:23 chr8 87588248 . T C 336.61 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=10;FWDB=-0.036407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9767;QD=14.7961;RBI=0.0776511;REFB=-0.0204962;REVB=-0.0685874;RO=54;SAF=20;SAR=17;SRF=44;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301785;STB=0.668226;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0289012;OID=.;OPOS=87588248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:17:20:44:10:17:20:44:10 chr8 87666251 . T G 625.51 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00187796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.261;QD=25.7942;RBI=0.00236036;REFB=-0.00462185;REVB=0.00142989;RO=40;SAF=29;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326933;STB=0.522995;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00397592;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:41:56:56:0.57732:27:29:19:21:27:29:19:22 chr8 87679303 . A C 1997.18 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00836928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6518;QD=60.5207;RBI=0.0380627;REFB=-0.0184973;REVB=0.0371312;RO=1;SAF=54;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871953;STB=0.501319;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000493776;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:76:54:1:0:76:54:1:1 chr8 88622043 . T G 1026.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.811;QD=59.5017;RBI=0.0203289;REFB=0;REVB=0.0164753;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39099e-05;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr8 89081730 . T C 1100.6 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600212;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.801;QD=60.307;RBI=0.0607374;REFB=0;REVB=-0.00929992;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331249;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr8 90958422 . T C 489.84 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0162559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.805;QD=19.5934;RBI=0.0166118;REFB=-0.00976735;REVB=-0.00342005;RO=52;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227688;STB=0.512653;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0114298;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:27:21:24:28:27:21:24:28 chr8 90967711 . A G 428.8 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.036755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.013;QD=17.1522;RBI=0.0372213;REFB=0.00314004;REVB=-0.0058736;RO=55;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130529;STB=0.568151;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00495175;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:44:44:0.44:19:25:24:31:19:25:25:31 chr8 90990479 . C G 989.52 PASS AF=0.521739;AO=96;DP=184;FAO=96;FDP=184;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.0287185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5336;QD=21.5113;RBI=0.0289019;REFB=0.00308461;REVB=-0.0032508;RO=87;SAF=58;SAR=38;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025591;STB=0.510459;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00308866;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:87:88:96:96:0.521739:38:58:55:32:38:58:55:33 chr8 90995019 . C T 295.01 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0117905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.164;QD=20.3453;RBI=0.018752;REFB=-0.00586491;REVB=-0.0145815;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261801;STB=0.645034;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00463503;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:19:12:19:8:19:12:19:8 chr8 91031074 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0149052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7724;QD=14.7015;RBI=0.0289561;REFB=-0.000198036;REVB=-0.0248253;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208684;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00215843;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:4:11:9:3:4:11 chr8 91940446 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00663026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.895;QD=12.9421;RBI=0.0121177;REFB=-0.00123768;REVB=0.0101428;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115578;STB=0.56748;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00172718;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:9:16:8:7:9:16 chr8 92021036 . C T 198.73 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.020652;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.113;QD=25.6419;RBI=0.025912;REFB=-0.00556338;REVB=0.0156501;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760094;STB=0.542328;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00341454;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:7:5:10:9:7:5 chr8 92083424 . A G 1084.28 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9395;QD=58.6096;RBI=0.0422342;REFB=-0.0693156;REVB=0.0318529;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.509431;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00166486;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:47:26:0:0:47:26:1:0 chr8 92136728 . C T 1679.54 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003742;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.542;QD=60.5239;RBI=0.0169555;REFB=0;REVB=0.0165374;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157115;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr8 92971404 . GTT G,GT 304.41 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=6,26;DP=43;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388182,-0.0695806;FXX=0.0465008;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=12.8417,12.6575;QD=29.6985;RBI=0.111689,0.214039;REFB=0,0;REVB=0.104726,0.202414;RO=7;SAF=5,20;SAR=1,6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.413635,0.167645;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0244511,0.0107032;OID=.,.;OPOS=92971405,92971405;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:6,26:43:1,40:41:0:1,27:0,13:0:0:3:7:5,20:1,6:3:4 chr8 94739345 . A G 277.39 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000416473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.082;QD=16.0804;RBI=0.0149816;REFB=0.00121821;REVB=0.0149758;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996901;STB=0.505614;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00233512;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:16:15:18:20:16:15:18:20 chr8 94744813 . C T 266.0 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0260235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2624;QD=21.2802;RBI=0.0430807;REFB=-0.00904099;REVB=-0.0343325;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412286;STB=0.729887;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00914484;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:17:8:20:5:17:8:20:5 chr8 94745050 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00624881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.111;QD=16.6184;RBI=0.00663737;REFB=-0.00394513;REVB=-0.00223767;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038358;STB=0.531489;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00672418;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:11:12:13:14:11:12:13:15 chr8 94745386 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.042794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9837;QD=10.8848;RBI=0.104097;REFB=-0.00407356;REVB=-0.0948941;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00246792;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:9:6:4:5:9:6 chr8 94752754 . G A 318.46 PASS AF=0.375;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0204704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.539;QD=13.2692;RBI=0.0212803;REFB=-0.00835913;REVB=-0.00581495;RO=60;SAF=16;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192601;STB=0.616376;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00943343;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:35:36:0.375:19:16:38:22:20:16:38:22 chr8 94794620 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.019332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.089;QD=11.6673;RBI=0.0199733;REFB=-0.014157;REVB=0.00502073;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13947;STB=0.581978;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0221678;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:8:18:8:6:8:18 chr8 94934712 . T G 31.95 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=9;FAO=3;FDP=9;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0774285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.4029;QD=14.1984;RBI=0.256762;REFB=-0.00108768;REVB=0.24481;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111102;STB=0.725852;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0326485;OID=.;OPOS=94934712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:2:4:3:3:0.333333:1:2:1:1:1:2:1:3 chr8 94935937 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4914;QD=56.6983;RBI=0.0536373;REFB=0;REVB=0.0505226;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372616;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr8 94936532 . G C 923.22 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130486;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.214;QD=58.6172;RBI=0.0157554;REFB=0;REVB=0.00882981;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8657e-06;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr8 94937975 . TA T 331.79 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0202918;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7006;QD=14.7462;RBI=0.0375406;REFB=0.0107644;REVB=0.0315839;RO=42;SAF=26;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253416;STB=0.508827;STBP=0.857;TYPE=del;VARB=-0.00806124;OID=.;OPOS=94937976;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522222:47:91:47:90:43:26:21:23:20:99:42:26:21:22:20 chr8 95143172 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.901;QD=51.1843;RBI=0.0231625;REFB=0;REVB=0.0230817;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54303e-05;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr8 95143186 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.702;QD=51.1846;RBI=0.0157508;REFB=0;REVB=-0.00491582;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166868;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr8 95158382 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.418;QD=58.7816;RBI=0.0234356;REFB=0;REVB=0.0225337;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9542e-05;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr8 95186382 . G A 396.26 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.025343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.45;QD=17.8093;RBI=0.049819;REFB=-0.000934971;REVB=0.0428914;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280859;STB=0.521849;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00147959;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:48:41:41:0.460674:23:18:22:25:23:18:23:25 chr8 95188850 . T C 1019.06 PASS AF=0.497608;AO=104;DP=209;FAO=104;FDP=209;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.00986247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.493;QD=19.5035;RBI=0.0117814;REFB=0.0033475;REVB=-0.00644469;RO=104;SAF=44;SAR=60;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105594;STB=0.555751;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00314239;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:104:105:104:104:0.497608:60:44:56:48:60:44:56:49 chr8 95419698 . A G 531.29 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00147188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.796;QD=19.6775;RBI=0.0312405;REFB=-0.00553767;REVB=-0.0312058;RO=52;SAF=31;SAR=24;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224686;STB=0.508194;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00546683;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:55:55:0.509259:24:31:28:24:24:31:29:24 chr8 95444400 . T C 155.92 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00162314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.803;QD=10.9419;RBI=0.00819718;REFB=-0.00663648;REVB=0.00803488;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13549;STB=0.57887;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0142271;OID=.;OPOS=95444400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:23:14:10:10:23:14 chr8 95541302 . A G 85.42 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0323053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8223;QD=16.2698;RBI=0.0448272;REFB=-0.0155249;REVB=0.031078;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.568841;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0220292;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:10:11:0.52381:5:5:6:4:6:5:6:4 chr8 95541371 . T A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0152792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.123;QD=12.8689;RBI=0.0233118;REFB=-0.00314652;REVB=0.0176065;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391243;STB=0.740185;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00436139;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:1:10:11:5:1:10:11:5 chr8 95559092 . TT CC,CT 182.47 PASS AF=0.06,0.36;AO=3,18;DP=51;FAO=3,18;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=2,8;FSAR=1,10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00897028,-0.00660629;FXX=0.019604;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=80.8267,171.815;QD=14.5977;RBI=0.0182436,0.0203828;REFB=-0.0015699,-0.0126733;REVB=-0.0158859,-0.0192825;RO=29;SAF=2,8;SAR=1,10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0515801,-0.185438;STB=0.545146,0.60736;STBP=0.912,0.253;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00388697,0.0199414;OID=.,.;OPOS=95559092,95559092;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:50:29:29:3,18:3,18:0.06,0.36:1,10:2,8:18:11:1,10:2,8:18:11 chr8 95680229 . C T 1015.5 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8978;QD=58.8693;RBI=0.0554165;REFB=0;REVB=-0.0237829;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161982;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:31:38:0:0 chr8 95690579 . T C 1306.32 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.392;QD=60.7589;RBI=0.0393473;REFB=0.0974411;REVB=-0.0308169;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000888783;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:82:85:0.988372:42:40:1:0:45:40:1:0 chr8 95877787 . T C 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0106236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.669;QD=15.2438;RBI=0.0131361;REFB=-0.017019;REVB=-0.00772641;RO=50;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196471;STB=0.611049;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0299886;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:14:22:21:29:14:22:21:29 chr8 95888307 . C T 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00787741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.909;QD=16.0417;RBI=0.0476171;REFB=-0.0198913;REVB=-0.046961;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650585;STB=0.537344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0233431;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:14:12:10:9:14:12 chr8 95918288 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.18141e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.869;QD=56.7066;RBI=0.0373953;REFB=0;REVB=0.0373952;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16394e-05;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr8 95938422 . C A 1069.45 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109972;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.344;QD=58.6;RBI=0.0154746;REFB=0.0279189;REVB=0.0108869;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=2.30129e-05;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:1:0:38:34:1:0 chr8 95942244 . G A 766.36 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.685;QD=63.8635;RBI=0.00772793;REFB=0;REVB=0.00501574;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95389e-05;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143512;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.535;QD=56.9383;RBI=0.017314;REFB=0;REVB=-0.00968598;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.26318e-05;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:53:53:53:0:22:31:0:0:4:0:22:31:0:0 chr8 96053782 . GCT G 941.1 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00093467;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.997;QD=58.8186;RBI=0.00278763;REFB=0;REVB=0.00262627;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000515885;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:66:64:64:0:24:40:0:0:5:0:24:39:0:0 chr8 97243720 . G A 367.11 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0237312;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.567;QD=18.588;RBI=0.0490963;REFB=-0.0224205;REVB=-0.04298;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170039;STB=0.504381;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.023747;OID=.;OPOS=97243720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:43:41:38:38:0.481013:21:17:20:23:21:17:18:23 chr8 97614625 . G A 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00210247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.494;QD=10.884;RBI=0.0316899;REFB=-0.0163284;REVB=0.0316201;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750523;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0342662;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:9:6:3:6:9:6 chr8 97622267 . A T 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00513968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.443;QD=21.3877;RBI=0.0197553;REFB=-0.00239981;REVB=0.019075;RO=27;SAF=9;SAR=24;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532915;STB=0.529394;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00242537;OID=.;OPOS=97622267;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:24:9:6:21:24:9:6:21 chr8 98289485 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGG,TGGGGG 1199.81 PASS AF=0,0.118343,0.881657;AO=26,26,65;DP=170;FAO=0,20,149;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,102;FSAR=0,11,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327664,0.0636308,0.090213;FXX=0.00588201;HRUN=5,5,4;LEN=1,2,1;MLLD=9.64871,9.226,11.2868;QD=28.3979;RBI=0.649592,0.0832193,0.805129;REFB=0.0228939,-0.0309964,-0.0672884;REVB=-0.648765,0.0536336,0.800059;RO=25;SAF=3,18,65;SAR=23,8,0;SRF=12;SRR=13;SSEN=0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0.445946;SSSB=-0.456656,0.198564,0.885725;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.000361326,0.0292959;OID=.,.,.;OPOS=98289486,98289490,98289491;OREF=G,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGG,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.118343,0.881657:26,26,65:170:0,20,149:169:0:0,9,102:0,11,47:0:0:19:25:3,18,65:23,8,0:12:13 chr8 98289986 . C T 900.28 PASS AF=0.46798;AO=95;DP=203;FAO=95;FDP=203;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0169226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.264;QD=17.7395;RBI=0.0187012;REFB=-0.0141949;REVB=-0.00795993;RO=105;SAF=34;SAR=61;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108464;STB=0.568719;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0158608;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:105:108:95:95:0.46798:61:34:49:56:61:34:52:56 chr8 98725970 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.026058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.934;QD=10.8848;RBI=0.0266187;REFB=-0.00322711;REVB=0.0054347;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149263;STB=0.588062;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00586606;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:2:13:7:2:2:13 chr8 98731356 . CT AC,C 32.96 PASS AF=0,0.4;AO=3,6;DP=25;FAO=0,10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.183141,-0.141824;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=22.0998,10.8526;QD=5.27295;RBI=0.183291,0.179954;REFB=-0.00790117,-0.0537409;REVB=-0.00740371,-0.110768;RO=11;SAF=3,1;SAR=0,5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.630413,-0.434685;STB=0.5,0.580483;STBP=1,0.515;TYPE=mnp,del;VARB=0.061956,0.0421908;OID=.,.;OPOS=98731356,98731357;OREF=CT,T;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:25:25:11:15:3,6:0,10:0,0.4:0,5:3,1:6:5:0,6:0,4:8:7 chr8 98787922 . C T 710.29 PASS AF=0.4375;AO=77;DP=176;FAO=77;FDP=176;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=0.00289479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.72;QD=16.1429;RBI=0.0244139;REFB=0.00992593;REVB=0.0242416;RO=99;SAF=31;SAR=46;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412913;STB=0.522978;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0119705;OID=.;OPOS=98787922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:99:99:77:77:0.4375:46:31:36:63:46:31:36:63 chr8 98787994 . A G 631.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.001;QD=61.6541;RBI=0.0575729;REFB=0;REVB=0.0180919;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442202;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:33:8:0:0:33:8:0:0 chr8 98788033 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6295;QD=45.8062;RBI=0.0281468;REFB=0;REVB=-0.0161166;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174691;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr8 98827531 . G A 75.38 PASS AF=0.375;AO=7;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0101304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.203;QD=12.5639;RBI=0.03062;REFB=0.00279118;REVB=0.0288957;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474209;STB=0.62712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0039411;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:24:12:14:7:9:0.375:6:1:2:10:8:1:3:11 chr8 98827551 . G C 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0486404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3543;QD=17.3189;RBI=0.0491571;REFB=0.0112896;REVB=-0.0071084;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811502;STB=0.546812;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0161972;OID=.;OPOS=98827551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:14:2:3:15:14:2:3:15 chr8 98943446 . T C 705.81 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949285;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.326;QD=56.4644;RBI=0.025547;REFB=0;REVB=0.0237178;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321285;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:29:19:0:0:31:19:0:0 chr8 98954012 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9743;QD=62.3494;RBI=0.0356861;REFB=0;REVB=-0.0023196;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476707;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr8 98991221 . A G 170.06 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0016094;FXX=0.0545355;HRUN=7;LEN=1;MLLD=141.428;QD=13.0816;RBI=0.00943326;REFB=-0.0131299;REVB=0.00929496;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125274;STB=0.52629;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0209098;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:32:20:20:0.384615:15:5:5:25:15:5:7:25 chr8 99030280 . T C 499.9 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00492958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.259;QD=17.0905;RBI=0.0287161;REFB=-0.0165726;REVB=0.0282898;RO=63;SAF=22;SAR=32;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188536;STB=0.604876;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.022651;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:32:22:38:25:32:22:38:25 chr8 99039774 . C T 733.92 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.0127038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.621;QD=20.1074;RBI=0.0190817;REFB=-0.0165072;REVB=-0.0142381;RO=73;SAF=37;SAR=35;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940861;STB=0.554798;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0170593;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:74:72:72:0.493151:35:37:45:28:35:37:46:28 chr8 99044528 . C T 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0181719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.951;QD=12.941;RBI=0.0201245;REFB=-0.0111694;REVB=0.00864743;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867922;STB=0.550952;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0212344;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:13:12:6:9:13:12 chr8 99045978 . A C 178.92 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0100593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4413;QD=15.2268;RBI=0.0102159;REFB=-0.0073765;REVB=-0.0017817;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121957;STB=0.570064;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.010468;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:10:18:10:9:10:18 chr8 99046376 . G GT 48.71 PASS AF=0.431818;AO=8;DP=47;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.103442;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.64283;QD=4.42851;RBI=0.144531;REFB=-0.134697;REVB=0.10094;RO=37;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536732;STB=0.581689;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=0.173259;OID=.;OPOS=99046377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:8:47:19:44:25:7:12:6:19:46:37:6:2:10:27 chr8 99115144 . A G 825.19 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00377953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.028;QD=54.1107;RBI=0.0150122;REFB=-0.152728;REVB=-0.0145286;RO=1;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119441;STB=0.506648;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00141666;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:58:59:0.967213:39:19:0:1:40:19:1:1 chr8 99205612 . C T 1970.94 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.87;QD=62.0768;RBI=0.0267637;REFB=0;REVB=-0.0205753;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35921e-05;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:72:55:0:0:72:55:0:0 chr8 99208190 . A C 260.26 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0141491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.789;QD=16.7911;RBI=0.0270161;REFB=0.0138269;REVB=0.0230146;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634834;STB=0.53569;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00980342;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:17:16:16:13:17:16 chr8 99441904 . G T 251.31 PASS AF=0.426471;AO=26;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0230096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.188;QD=14.7831;RBI=0.0281142;REFB=-0.0091624;REVB=0.0161544;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18525;STB=0.579969;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0112885;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:36:39:26:29:0.426471:10:16:28:8:12:17:28:11 chr8 100133706 . T G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000729866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.56;QD=16.4438;RBI=0.0184302;REFB=-0.0211193;REVB=-0.0184157;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.031293;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:10:17:10:10:10:17 chr8 100844758 . T C 213.95 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00259246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.383;QD=12.9668;RBI=0.00340809;REFB=-0.0185167;REVB=-0.0022123;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747949;STB=0.53028;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0268016;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:40:25:26:0.393939:12:13:18:22:13:13:18:22 chr8 100975002 . A G 333.37 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.756;QD=47.6239;RBI=0.0329593;REFB=-0.113424;REVB=-0.0199971;RO=2;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142411;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00247732;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:2:2:25:26:0.928571:15:10:1:1:15:11:1:1 chr8 101011612 . G A 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.027119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.774;QD=21.9984;RBI=0.0367344;REFB=0.0298478;REVB=-0.0247786;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309802;STB=0.525589;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0213763;OID=.;OPOS=101011612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:16:13:9:13:16:13:9:14 chr8 101143384 . C G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0116746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7186;QD=16.8984;RBI=0.0189006;REFB=-0.0170693;REVB=0.0148639;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136379;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0151081;OID=.;OPOS=101143384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:3:6:5:5:3:6 chr8 101153024 . G A 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00528103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.175;QD=18.3164;RBI=0.0130716;REFB=0.00583056;REVB=-0.0119573;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309348;STB=0.522716;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00664666;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:21:18:18:24:21:18:18:25 chr8 101154066 . G A 452.17 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00414054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.831;QD=22.057;RBI=0.0164548;REFB=-0.0092779;REVB=-0.0159253;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663659;STB=0.536569;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00676887;OID=.;OPOS=101154066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:22:22:16:22:22:22:16:22 chr8 101157467 . T A 273.92 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00754575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.89;QD=15.2178;RBI=0.00805233;REFB=-0.00635979;REVB=0.002811;RO=41;SAF=9;SAR=22;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431267;STB=0.742707;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156512;OID=.;OPOS=101157467;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:22:9:30:11:22:9:30:11 chr8 101196929 . A G 427.69 PASS AF=0.436364;AO=43;DP=107;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0047076;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.689;QD=15.5524;RBI=0.0280348;REFB=-0.0153989;REVB=0.0276367;RO=63;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638513;STB=0.504346;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0202421;OID=.;OPOS=101196929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:63:62:43:48:0.436364:25:18:26:37:29:19:25:37 chr8 101252680 . T C 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0114309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.761;QD=21.2266;RBI=0.0183062;REFB=-0.0266109;REVB=-0.0142986;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480101;STB=0.52664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0228206;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:11:13:14:15:11:13 chr8 101253184 . G A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00578053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.574;QD=19.1823;RBI=0.0080134;REFB=-0.00262872;REVB=-0.00554978;RO=43;SAF=29;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278357;STB=0.655389;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0033284;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:12:29:18:25:12:29:18:25 chr8 101648164 . C G 725.31 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0366317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.308;QD=29.0125;RBI=0.0371611;REFB=-0.00301409;REVB=0.00625046;RO=38;SAF=30;SAR=32;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625898;STB=0.53397;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00224781;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:32:30:15:23:32:30:15:23 chr8 101661517 . G A 151.15 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.06176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.124;QD=20.153;RBI=0.0626429;REFB=0.00464005;REVB=-0.0104807;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260868;STB=0.64979;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0108032;OID=.;OPOS=101661517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:6:8:13:3:6:8 chr8 101721756 . A C 57.34 PASS AF=0.10274;AO=15;DP=146;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.00655536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.526;QD=1.57087;RBI=0.0177282;REFB=-0.00357978;REVB=-0.0164717;RO=131;SAF=6;SAR=9;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169151;STB=0.625851;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0247407;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:146:146:131:131:15:15:0.10274:9:6:71:60:9:6:71:60 chr8 101721812 . G A 64.8 PASS AF=0.0945274;AO=19;DP=201;FAO=19;FDP=201;FR=.;FRO=182;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=93;FWDB=-0.0151946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.795;QD=1.2895;RBI=0.0229728;REFB=-0.00338308;REVB=0.01723;RO=182;SAF=9;SAR=10;SRF=89;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182325;STB=0.513882;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0290961;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:201:201:182:182:19:19:0.0945274:10:9:89:93:10:9:89:93 chr8 101721817 . T C 66.26 PASS AF=0.0974359;AO=19;DP=195;FAO=19;FDP=195;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=89;FWDB=0.041029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3059;QD=1.35927;RBI=0.0414866;REFB=0.000945818;REVB=0.00614498;RO=176;SAF=9;SAR=10;SRF=87;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246886;STB=0.518619;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00720735;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:195:195:176:176:19:19:0.0974359:10:9:87:89:10:9:87:89 chr8 101721839 . C A 70.78 PASS AF=0.105556;AO=19;DP=182;FAO=19;FDP=180;FR=.;FRO=161;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=87;FWDB=-0.0085958;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.481;QD=1.57279;RBI=0.00879077;REFB=-0.00336678;REVB=-0.00184115;RO=163;SAF=9;SAR=10;SRF=76;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903131;STB=0.512612;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0201224;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:182:180:163:161:19:19:0.105556:10:9:76:87:10:9:74:87 chr8 101721870 . G A 46.12 PASS AF=0.0864198;AO=12;DP=160;FAO=14;FDP=162;FR=.;FRO=148;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.0174155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.151;QD=1.13874;RBI=0.0195506;REFB=-0.00219823;REVB=-0.00888419;RO=148;SAF=6;SAR=6;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.577354;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0259275;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:160:162:148:148:12:14:0.0864198:6:6:72:76:6:8:72:76 chr8 101721899 . C A 37.45 PASS AF=0.0789474;AO=12;DP=152;FAO=12;FDP=152;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0026226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.185;QD=0.985511;RBI=0.0335723;REFB=-0.00353794;REVB=-0.0334697;RO=140;SAF=6;SAR=6;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562183;STB=0.545977;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.026248;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:152:152:140:140:12:12:0.0789474:6:6:63:77:6:6:63:77 chr8 101970394 . T C 129.46 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0309898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.435;QD=12.9459;RBI=0.0315451;REFB=-0.0164159;REVB=0.00589315;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51111;STB=0.7996;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0262973;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:12:3:17:8:12:3:17:8 chr8 102150411 . G A 253.76 PASS AF=0.375;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0126779;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.123;QD=12.688;RBI=0.0129351;REFB=-0.00698379;REVB=0.00256658;RO=51;SAF=8;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234782;STB=0.634914;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0116763;OID=.;OPOS=102150411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:50:29:30:0.375:21:8:24:27:22:8:23:27 chr8 102209357 . A T 1072.97 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0116507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.519;QD=57.2249;RBI=0.0160603;REFB=-0.148616;REVB=-0.0110541;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150135;STB=0.515621;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0012196;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:42:31:1:0:42:31:2:0 chr8 102504974 . C G 238.65 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.851;QD=50.2419;RBI=0.0298042;REFB=0;REVB=0.0286968;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82103e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr8 102555060 . G A 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0571536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.905;QD=18.3467;RBI=0.0571539;REFB=-0.0320397;REVB=-0.000178741;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0123056;OID=.;OPOS=102555060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:8:10:10:7:8:10 chr8 102680127 . C A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.00545331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.462;QD=9.62219;RBI=0.00745016;REFB=0.00348483;REVB=-0.00507605;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346578;STB=0.700344;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0165681;OID=.;OPOS=102680127;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:9:31:9:10:9:31 chr8 103137693 . T C 1035.01 PASS AF=0.419795;AO=119;DP=289;FAO=123;FDP=293;FR=.;FRO=170;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=85;FSRR=85;FWDB=0.0490431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1848;QD=14.1299;RBI=0.0497681;REFB=-0.0362543;REVB=0.00846393;RO=169;SAF=74;SAR=45;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12798;STB=0.580244;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0861524;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:293:169:170:119:123:0.419795:45:74:85:84:45:78:85:85 chr8 103400777 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0077301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2242;QD=14.054;RBI=0.0277077;REFB=0.00724222;REVB=-0.0266076;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146927;STB=0.583825;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0138839;OID=.;OPOS=103400777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:16:19:10:15:16:19 chr8 103572992 . C G 444.92 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060765;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.364;QD=52.3436;RBI=0.0648342;REFB=-0.153034;REVB=0.0226072;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00216635;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:34:1:1:31:33:0.970588:18:13:1:0:18:15:1:0 chr8 103573001 . C G 96.48 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0241337;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.085;QD=11.351;RBI=0.0241716;REFB=-0.00886013;REVB=0.00135402;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220102;STB=0.639198;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0271058;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:19:22:12:12:0.352941:5:7:7:12:5:7:8:14 chr8 103573006 . G A 164.08 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0384702;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.614;QD=18.7516;RBI=0.0445773;REFB=-0.048567;REVB=0.0225206;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125776;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0259886;OID=.;OPOS=103573006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:6:12:9:8:6:12 chr8 103573010 . CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C,TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC 119.81 PASS AF=0.387097,0.0645161;AO=11,2;DP=32;FAO=12,2;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4,2;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0208115,-0.0295364;FXX=0.0605877;HRUN=1,4;LEN=27,28;MLLD=557.234,532.453;QD=15.459;RBI=0.0208116,0.0302555;REFB=-0.0223836,-0.0195177;REVB=5.70625e-05,-0.00655677;RO=15;SAF=4,2;SAR=7,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0324673,0.61514;STB=0.549915,0.995293;STBP=0.684,0.101;TYPE=del,mnp;VARB=0.0289722,0.0126343;OID=.,.;OPOS=103573011,103573010;OREF=TGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG,CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG;OALT=-,TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC;OMAPALT=C,TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:32:31:15:17:11,2:12,2:0.387097,0.0645161:7,0:4,2:5:10:8,0:4,2:7:10 chr8 104081226 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0109867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.481;QD=15.4098;RBI=0.0174101;REFB=-0.00954563;REVB=-0.0135057;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837794;STB=0.54741;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00889973;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:16:18:12:15:16:18 chr8 104343822 . A G 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000235494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.134;QD=55.2225;RBI=0.0086185;REFB=-0.11495;REVB=-0.00861528;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000923619;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr8 104394744 . T C 2584.7 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.307;QD=61.9089;RBI=0.0302879;REFB=0;REVB=0.0302168;RO=0;SAF=61;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36119e-05;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:106:61:0:0:106:61:0:0 chr8 105368408 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0240106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.62;QD=21.971;RBI=0.0339713;REFB=-0.0118538;REVB=0.0240321;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207215;STB=0.615888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0115796;OID=.;OPOS=105368408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:12:5:11:9:12:5 chr8 105478933 . G A 734.18 PASS AF=0.461538;AO=79;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0324211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3514;QD=17.3769;RBI=0.104623;REFB=-0.00911353;REVB=0.0994727;RO=88;SAF=35;SAR=44;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118984;STB=0.554194;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00943784;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:88:91:79:78:0.461538:44:35:50:38:43:35:50:41 chr8 105479149 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.74;QD=37.4879;RBI=0.0155556;REFB=0;REVB=-0.0104066;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57001e-06;OID=.;OPOS=105479149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr8 107710044 . T A 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7318;QD=60.161;RBI=0.0502348;REFB=0;REVB=0.0146584;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041729;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr8 107782335 . G A 868.71 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.202;QD=57.914;RBI=0.0419093;REFB=0;REVB=0.0373415;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153809;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr8 107782395 . G A 757.83 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1021;QD=63.1527;RBI=0.0842509;REFB=0;REVB=0.00660061;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152546;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:18:30:0:0 chr8 109455863 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.551;QD=52.6085;RBI=0.0517366;REFB=0;REVB=0.0482792;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350854;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:18:4:0:0 chr8 110254895 . C A 2625.11 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010524;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.16;QD=62.1329;RBI=0.0106944;REFB=0;REVB=0.00190152;RO=0;SAF=62;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19749e-06;OID=.;OPOS=110254895;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:167:169:1:105:62:0:0:106:63:0:0 chr8 110255492 . CAAAAAAT CAAAAA,CAAAAAT,CAAAAATT 177.76 PASS AF=0.653846,0.153846,0;AO=8,6,3;DP=31;FAO=17,4,0;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=7,3,0;FSAR=10,1,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.226274,-0.283201,-0.0712621;FXX=0.103413;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=19.3586,11.1721,6.97381;QD=27.3483;RBI=0.262834,0.297796,0.0790579;REFB=-0.0126358,-0.00115519,0.0134951;REVB=-0.133724,-0.0920858,0.0342326;RO=6;SAF=0,4,3;SAR=8,2,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.758936,0.396745,0.754726;STB=0.599891,0.855777,0.5;STBP=0.142,0.211,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00266044,0.00931815,0;OID=.,.,.;OPOS=110255498,110255493,110255498;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT,CAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846,0.153846,0:8,6,3:31:17,4,0:26:5:7,3,0:10,1,0:0:5:25:6:0,4,3:8,2,0:1:5 chr8 110301998 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.009;QD=58.5875;RBI=0.0720947;REFB=0;REVB=0.0689675;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781112;OID=.;OPOS=110301998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr8 110302047 . T G 610.42 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0341873;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.004;QD=56.783;RBI=0.0344927;REFB=-0.0923018;REVB=0.00457993;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.50171;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00142589;OID=.;OPOS=110302047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:19:22:0:1:19:22:1:1 chr8 110412519 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4561;QD=60.7161;RBI=0.0684719;REFB=0;REVB=0.0569471;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160062;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:50:25:0:0:51:25:0:0 chr8 110413762 . T C 820.54 PASS AF=0.911765;AO=59;DP=69;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00186762;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.57;QD=48.267;RBI=0.0304316;REFB=-0.0865846;REVB=0.0303742;RO=6;SAF=30;SAR=29;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274794;STB=0.532248;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000779686;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:69:68:6:6:59:62:0.911765:29:30:4:2:29:33:1:5 chr8 110416813 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.163;QD=62.4654;RBI=0.0225372;REFB=0;REVB=-0.0223592;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24116e-05;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:34:53:0:0:34:53:0:0 chr8 110420384 . T C 1078.35 PASS AF=0.973333;AO=70;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00842354;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.965;QD=57.5122;RBI=0.0490233;REFB=-0.0706006;REVB=0.0482942;RO=2;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196944;STB=0.510201;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00310444;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:2:2:70:73:0.973333:47:23:0:2:48:25:0:2 chr8 110420429 . A G 954.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9594;QD=58.7683;RBI=0.0776768;REFB=0;REVB=0.0269756;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951552;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr8 110437384 . A G 754.95 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.245;QD=56.9775;RBI=0.0178901;REFB=0;REVB=0.0177268;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120503;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:26:26:0:1:27:26:0:0 chr8 110455321 . C A 2531.0 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8842;QD=60.988;RBI=0.0152386;REFB=-0.056388;REVB=-0.00241696;RO=1;SAF=75;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630285;STB=0.503311;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000429135;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:90:75:1:0:90:75:1:0 chr8 110460488 . G T 1540.91 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00766548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1281;QD=58.7014;RBI=0.0209206;REFB=-0.098394;REVB=0.0194657;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00146184;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:105:105:0:1:104:104:0.990476:52:52:0:0:52:52:1:0 chr8 110465060 . G C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.898;QD=60.8835;RBI=0.0168236;REFB=0;REVB=-0.0147715;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35992e-05;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr8 110476993 . A G 1120.58 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0772;QD=58.9781;RBI=0.0673115;REFB=0.032362;REVB=0.0556532;RO=1;SAF=19;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242465;STB=0.512817;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000200772;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:56:19:1:0:56:19:1:0 chr8 110489620 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.988;QD=60.7159;RBI=0.030259;REFB=0;REVB=0.0126937;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113857;OID=.;OPOS=110489620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr8 110491840 . C G 542.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151209;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.482;QD=60.3018;RBI=0.0157783;REFB=0;REVB=-0.00450711;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050212;OID=.;OPOS=110491840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr8 110505886 . C T 800.87 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.651;QD=57.205;RBI=0.083248;REFB=0;REVB=0.0749044;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510534;OID=.;OPOS=110505886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chr8 110534512 . G A 1226.72 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0364;QD=61.3359;RBI=0.0196642;REFB=0;REVB=0.0178857;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012529;OID=.;OPOS=110534512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr8 110539186 . G A 2087.46 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017443;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.205;QD=62.7806;RBI=0.0174574;REFB=0;REVB=-0.000709463;RO=0;SAF=74;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54822e-05;OID=.;OPOS=110539186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:59:74:0:0:59:74:0:0 chr8 110542298 . C T 2827.07 PASS AF=0.831418;AO=204;DP=249;FAO=217;FDP=261;FR=.;FRO=44;FSAF=60;FSAR=157;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=0.00571325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8477;QD=43.3267;RBI=0.037597;REFB=-5.58899e-05;REVB=0.0371604;RO=42;SAF=57;SAR=147;SRF=35;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200384;STB=0.61137;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0020642;OID=.;OPOS=110542298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:261:42:44:204:217:0.831418:147:57:35:7:157:60:38:6 chr8 110542337 . T C 4341.35 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000378605;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.318;QD=63.1469;RBI=0.0394817;REFB=0;REVB=0.0394799;RO=0;SAF=98;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4422e-05;OID=.;OPOS=110542337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:275:275:1:177:98:0:0:177:98:0:0 chr8 110542343 . G GA 2989.36 PASS AF=1;AO=243;DP=281;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241237;FXX=0.00359699;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.8361;QD=43.1676;RBI=0.107997;REFB=-0.00149653;REVB=-0.105268;RO=31;SAF=94;SAR=149;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.39794e-05;OID=.;OPOS=110542344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:243:281:277:277:0:102:175:0:0:46:31:94:149:10:21 chr8 110657514 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.119;QD=63.5829;RBI=0.0378024;REFB=0;REVB=0.0266323;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135733;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:33:13:0:0:33:14:0:0 chr8 111946844 . G C 519.82 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7065;QD=59.4079;RBI=0.042404;REFB=0;REVB=0.0413956;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670268;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr8 113241088 . T G 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0190183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.934;QD=57.995;RBI=0.0195296;REFB=-0.0170185;REVB=-0.00443986;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.516659;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.000578235;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:29:15:0:1:29:15:0:2 chr8 113364696 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5237;QD=58.586;RBI=0.0913017;REFB=0;REVB=0.0907203;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218664;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 113516209 . G A 359.15 PASS AF=0.645833;AO=15;DP=50;FAO=31;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00227432;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.128;QD=29.9294;RBI=0.0210994;REFB=0.00510159;REVB=0.0209765;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583331;STB=0.566457;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0034213;OID=.;OPOS=113516209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:15:17:15:31:0.645833:7:8:7:8:23:8:7:10 chr8 113655752 . T C 634.47 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.00894533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.22;QD=15.017;RBI=0.0193379;REFB=-0.00190687;REVB=-0.0171446;RO=98;SAF=37;SAR=34;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310728;STB=0.517386;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00288084;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:98:98:71:71:0.420118:34:37:54:44:34:37:54:44 chr8 114186003 . T C 1840.91 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000871763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.776;QD=61.3638;RBI=0.00213988;REFB=0;REVB=-0.00195426;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30172e-06;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr8 116423424 . T C 718.28 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00405999;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.076;QD=61.13;RBI=0.00653645;REFB=-0.115626;REVB=0.00512266;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-1.20443e-05;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:1:0 chr8 116423490 . A T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.664;QD=64.1539;RBI=0.0600687;REFB=0;REVB=0.0600164;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200769;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 513.52 PASS AF=0.171429,0.828571;AO=13,22;DP=36;FAO=6,29;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=5,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314097,-0.0166204;FXX=0.0277701;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=264.65,267.428;QD=58.6878;RBI=0.00806773,0.0178465;REFB=0,0;REVB=-0.00743119,-0.00650072;RO=0;SAF=1,12;SAR=12,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.013392,-0.0111894;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:35:0:0:13,22:6,29:0.171429,0.828571:12,10:1,12:0:0:5,17:1,12:0:0 chr8 116631783 . T C 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0116167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.549;QD=19.1477;RBI=0.0116849;REFB=-0.0184893;REVB=0.00126044;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258011;STB=0.514346;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.015498;OID=.;OPOS=116631783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:21:15:14:22:21:15:14:22 chr8 116635872 . T TA 1409.97 PASS AF=1;AO=111;DP=120;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486974;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.2885;QD=49.0426;RBI=0.0562499;REFB=0;REVB=-0.0281534;RO=4;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000885673;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:120:115:115:0:55:60:0:0:25:4:53:58:1:3 chr8 117035009 . C T 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.357;QD=62.9075;RBI=0.0139167;REFB=0;REVB=-0.00522259;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13985e-05;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr8 117791733 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.737;QD=57.2026;RBI=0.0137352;REFB=0;REVB=0.0129859;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68074e-05;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr8 117858389 . G A 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.006;QD=60.7455;RBI=0.00843338;REFB=0;REVB=0.00220364;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34454e-05;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr8 118819578 . C T 267.99 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0165963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.856;QD=16.7496;RBI=0.0165976;REFB=-0.00314834;REVB=-0.000207931;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126032;STB=0.541638;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00326732;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:28:30:0.46875:19:9:15:19:19:11:15:19 chr8 119964052 . G C 5355.85 PASS AF=1;AO=335;DP=336;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162735;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.923;QD=63.7602;RBI=0.0348352;REFB=0;REVB=0.0308004;RO=0;SAF=159;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71139e-05;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:336:336:0:0:335:336:1:176:159:0:0:177:159:0:0 chr8 120592406 . T C 820.95 PASS AF=0.464481;AO=85;DP=183;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.005565;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.958;QD=17.9442;RBI=0.00556586;REFB=-0.00137024;REVB=9.79072e-05;RO=97;SAF=39;SAR=46;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248687;STB=0.51665;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00138366;OID=.;OPOS=120592406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:97:98:85:85:0.464481:46:39:47:50:46:39:48:50 chr8 120596023 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.503;QD=55.6561;RBI=0.0159386;REFB=0;REVB=-0.0116098;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00438e-06;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr8 120903471 . C CA 1485.79 PASS AF=1;AO=98;DP=112;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354189;FXX=0.0660315;HRUN=0;LEN=1;MLLD=209.909;QD=60.0318;RBI=0.0509667;REFB=0;REVB=0.0366484;RO=9;SAF=47;SAR=51;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000124236;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:112:99:99:0:47:52:0:0:8:9:47:51:6:3 chr8 121013770 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.182;QD=60.2306;RBI=0.021125;REFB=0;REVB=0.000818462;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06437e-05;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr8 121061879 . G A 472.45 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0210861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.879;QD=16.152;RBI=0.0261415;REFB=-0.00736758;REVB=0.0154516;RO=65;SAF=32;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789998;STB=0.5442;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0109372;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:20:32:35:30:20:32:35:30 chr8 121210069 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00943042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114;QD=18.4268;RBI=0.0107534;REFB=-0.00967091;REVB=0.00516738;RO=28;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355836;STB=0.699337;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0080105;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:20:8:19:9:20:8:19:9 chr8 121215991 . T C 545.64 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0155319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.251;QD=17.1856;RBI=0.0158852;REFB=-0.005063;REVB=-0.00333151;RO=68;SAF=21;SAR=37;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152442;STB=0.589239;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0066523;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:69:58:58:0.456693:37:21:35:33:37:21:36:33 chr8 121228679 . A C 811.54 PASS AF=0.47191;AO=83;DP=178;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.027429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.238;QD=18.2368;RBI=0.0723755;REFB=-0.00608371;REVB=0.0669765;RO=95;SAF=48;SAR=35;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131508;STB=0.565901;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00840094;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:94:83:84:0.47191:35:48:42:53:36:48:42:52 chr8 121256150 . T C 303.98 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0079816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6372;QD=26.4329;RBI=0.106464;REFB=0.00237901;REVB=-0.106164;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506519;STB=0.528032;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00496656;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:11:16:10:9:11:16:10:9 chr8 121259861 . CGG CAG,C,CG 1815.23 PASS AF=0.518987,0.151899,0.329114;AO=77,21,35;DP=159;FAO=82,24,52;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=39,10,32;FSAR=43,14,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167336,-0.040162,-0.0801592;FXX=0.0124992;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=164.876,13.5201,14.2612;QD=45.9553;RBI=0.0177403,0.0401662,0.0802048;REFB=-0.0109615,-0.00439262,-0.0030668;REVB=0.0058912,0.000579021,0.00270452;RO=4;SAF=35,9,18;SAR=42,12,17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0.450091,0.450091;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00427547,-0.021315,0.0027325;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0301935,-0.0453034,-0.0408883;OID=.,.,.;OPOS=121259862,121259862,121259862;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAG,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.518987,0.151899,0.329114:77,21,35:159:82,24,52:158:0:39,10,32:43,14,20:0:0:99:4:35,9,18:42,12,17:2:2 chr8 121383048 . T C 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2662;QD=60.215;RBI=0.0990177;REFB=0;REVB=-0.0165965;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146795;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr8 121457767 . C T 109.79 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0423193;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1786;QD=23.1133;RBI=0.0437227;REFB=-0.00735626;REVB=-0.0109889;RO=7;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418959;STB=0.745235;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00239587;OID=.;OPOS=121457767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:7:7:12:12:0.631579:1:11:4:3:1:11:4:3 chr8 121528385 . T C 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0315127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.617;QD=15.7902;RBI=0.0315748;REFB=-0.0174937;REVB=0.00197889;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07584;STB=0.542829;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0281255;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:19:12:18:21:19:12:18:21 chr8 121530190 . A G 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0025069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.428;QD=18.942;RBI=0.00381507;REFB=-0.0182844;REVB=0.0028758;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116592;STB=0.50649;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.015023;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:18:19:20:18:18:19:20:18 chr8 123964431 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0096132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.03;QD=17.3249;RBI=0.0319688;REFB=-0.00857254;REVB=0.0304892;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106824;STB=0.560915;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0115534;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:14:11:11:9:14:11 chr8 123964953 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0356217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.48;QD=20.0301;RBI=0.037862;REFB=-0.00315612;REVB=-0.0128309;RO=26;SAF=19;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801686;STB=0.545415;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00345628;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:5:19:19:7:5:19:19:7 chr8 123966159 . G C 377.52 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00515909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7117;QD=24.3561;RBI=0.0466151;REFB=-0.0321513;REVB=0.0463287;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539624;STB=0.529601;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.024023;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:18:19:11:14:18:19:11:14 chr8 123985708 . A G 2083.82 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.49;QD=62.6713;RBI=0.0380147;REFB=0;REVB=0.00630563;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43103e-05;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:66:66:0:0:67:66:0:0 chr8 124027628 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0110587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4696;QD=18.9483;RBI=0.0138005;REFB=-0.0133967;REVB=-0.00825582;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795805;STB=0.544471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0212608;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:13:14:12:16:13:14 chr8 124138855 . G A 168.22 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.025133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.265;QD=15.6487;RBI=0.026564;REFB=-0.0144937;REVB=-0.008601;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508225;STB=0.752397;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0273365;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:25:16:18:0.418605:13:3:16:8:14:4:16:9 chr8 124142489 . T C 265.3 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0205402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.127;QD=16.079;RBI=0.0252394;REFB=-0.0248171;REVB=0.0146671;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836795;STB=0.533312;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0347421;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:29:31:0.469697:12:17:17:17:14:17:17:18 chr8 124154697 . G T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.047548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7333;QD=11.1975;RBI=0.0523411;REFB=0.00517731;REVB=-0.0218808;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337572;STB=0.70277;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0172309;OID=.;OPOS=124154697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:12:10:9:3:12:10 chr8 124169554 . G A 375.95 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00347365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.744;QD=14.6001;RBI=0.0277851;REFB=-0.0106467;REVB=-0.0275671;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121677;STB=0.568508;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0159808;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:23:20:35:25:23:20:35:25 chr8 124525483 . C T 625.4 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00197017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.188;QD=25.7897;RBI=0.010837;REFB=-0.00984559;REVB=0.0106564;RO=41;SAF=26;SAR=30;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135148;STB=0.573647;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00607209;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:30:26:12:29:30:26:12:29 chr8 124594546 . T C 127.63 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0243771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.994;QD=23.2057;RBI=0.0330105;REFB=-0.00813403;REVB=0.0222587;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518484;STB=0.538405;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00782409;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:8:8:13:14:0.636364:9:4:3:5:10:4:3:5 chr8 124664130 . C T 318.97 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0328069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.85;QD=15.7518;RBI=0.0644255;REFB=-0.0102647;REVB=-0.0554468;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413019;STB=0.516598;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0141958;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:17:18:25:20:17:18:25:21 chr8 124664167 . T C 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.011714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.726;QD=16.1828;RBI=0.0121078;REFB=-0.00751638;REVB=0.00306271;RO=58;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992989;STB=0.509815;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0107684;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:22:26:32:26:22:26:33:26 chr8 124664792 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0127187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.581;QD=17.8594;RBI=0.0226571;REFB=-0.014556;REVB=-0.0187505;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959186;STB=0.553659;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0159536;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:14:20:18:19:14:20:18:19 chr8 124664873 . AT GC 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00544321;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.628;QD=17.6944;RBI=0.00878859;REFB=-0.00555285;REVB=-0.00690006;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143231;STB=0.573728;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.00593566;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:14:21:17:21:14:21:18:21 chr8 124696867 . C T 460.53 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00858932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.099;QD=14.505;RBI=0.0114576;REFB=-0.0141134;REVB=0.00758289;RO=75;SAF=25;SAR=27;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148167;STB=0.508343;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0234071;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:27:25:35:40:27:25:35:40 chr8 124710729 . C T 182.87 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0138576;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.328;QD=11.4295;RBI=0.020354;REFB=-0.00717317;REVB=0.0149082;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122832;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00908131;OID=.;OPOS=124710729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:16:25:14:9:16:25 chr8 124749610 . C T 1069.59 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.537;QD=59.4215;RBI=0.0553426;REFB=0;REVB=0.000926288;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582075;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:46:25:0:0:47:25:0:0 chr8 124824826 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.355;QD=60.0299;RBI=0.0266809;REFB=0;REVB=-0.0262896;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113871;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr8 124827493 . TC T,TT 234.26 PASS AF=0.297872,0.191489;AO=8,12;DP=44;FAO=14,9;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7,7;FSAR=7,2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00159095,0.000215002;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.345,240.765;QD=19.9368;RBI=0.0676396,0.0640686;REFB=0.00662702,0.00554403;REVB=0.0676209,0.0640682;RO=21;SAF=3,10;SAR=5,2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.42633,0.122294;STB=0.657692,0.528237;STBP=0.161,0.903;TYPE=del,snp;VARB=-0.0338601,0.0225272;OID=.,.;OPOS=124827494,124827494;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872,0.191489:8,12:44:14,9:47:24:7,7:7,2:18:6:80:21:3,10:5,2:16:5 chr8 125035788 . G C 104.91 PASS AF=0.464286;AO=7;DP=30;FAO=13;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0205543;FXX=0.0666445;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.1318;QD=14.9865;RBI=0.268819;REFB=-0.0105158;REVB=-0.268032;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392579;STB=0.568761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0294674;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:10:15:7:13:0.464286:2:5:3:7:8:5:4:11 chr8 125061895 . G A 762.97 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00131569;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.821;QD=20.4825;RBI=0.00132162;REFB=-0.0136072;REVB=-0.000125023;RO=75;SAF=24;SAR=50;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152113;STB=0.584089;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0114639;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:75:75:74:74:0.496644:50:24:36:39:50:24:36:39 chr8 125072426 . T C 207.57 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=50;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0035135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.741;QD=15.3757;RBI=0.0437811;REFB=-0.0213753;REVB=0.0436399;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160258;STB=0.551682;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0275616;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:29:30:20:24:0.444444:10:10:19:10:11:13:19:11 chr8 125076589 . T G 424.73 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0322662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0958;QD=21.5051;RBI=0.0332369;REFB=-0.0339064;REVB=-0.00797396;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334004;STB=0.501844;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0462597;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:16:21:24:18:16:21 chr8 125107201 . G A 478.96 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00244169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.921;QD=15.5758;RBI=0.00896998;REFB=0.00289783;REVB=0.00863126;RO=70;SAF=30;SAR=23;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963573;STB=0.553996;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00286188;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:23:30:33:37:23:30:33:37 chr8 125107207 . C T 455.66 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0136551;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.89;QD=15.1887;RBI=0.0145847;REFB=0.00286742;REVB=0.00512344;RO=67;SAF=28;SAR=23;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724385;STB=0.549;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00841336;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:69:51:51:0.425:23:28:32:35:23:28:32:37 chr8 125463250 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.042;QD=58.2391;RBI=0.0191825;REFB=0;REVB=0.00799449;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39935e-05;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr8 125463544 . T C 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0166098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.226;QD=17.4971;RBI=0.0176071;REFB=-0.0125255;REVB=0.0058418;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287867;STB=0.516121;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.023689;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:15:24:27:19:15:24:27:19 chr8 125465203 . T A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0279525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.754;QD=12.7389;RBI=0.0298378;REFB=-0.0104181;REVB=-0.0104378;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647644;STB=0.538369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00943117;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:2:8:6:2:2:8 chr8 125498547 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000264898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.529;QD=57.1062;RBI=0.0260945;REFB=0;REVB=0.0260931;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90021e-05;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr8 125499363 . G A 520.34 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0059935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.63;QD=20.4057;RBI=0.00857414;REFB=0.00255308;REVB=-0.00613139;RO=49;SAF=19;SAR=34;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649318;STB=0.535841;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00250541;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:34:19:21:28:34:19:21:28 chr8 125528135 . G A 270.04 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0104155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2491;QD=12.0016;RBI=0.0160158;REFB=-0.0163183;REVB=-0.0121665;RO=58;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362854;STB=0.502091;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0284587;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:17:15:27:31:17:15:27:31 chr8 125568623 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00473893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.368;QD=14.6688;RBI=0.0147755;REFB=-0.00674753;REVB=0.0139949;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973269;STB=0.555508;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00894578;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:15:17:15:9:15:17 chr8 125579973 . C T 186.7 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0244897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.415;QD=12.4463;RBI=0.0258805;REFB=-0.0101822;REVB=-0.00836996;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470834;STB=0.520487;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0403296;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:8:15:22:14:8:15:23:14 chr8 125579990 . C T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0131877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.517;QD=12.3034;RBI=0.05828;REFB=0.00498052;REVB=-0.0567684;RO=43;SAF=17;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320382;STB=0.501844;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00909005;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:9:17:28:15:9:17:28:15 chr8 125989698 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00301726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.371;QD=15.6509;RBI=0.0150071;REFB=-0.0241779;REVB=0.0147006;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044353;STB=0.525516;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0266049;OID=.;OPOS=125989698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:7:14:10:6:7:14 chr8 126012245 . A C 334.09 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00311976;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.248;QD=14.067;RBI=0.0248943;REFB=-0.00765095;REVB=-0.0246981;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161003;STB=0.582082;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0109292;OID=.;OPOS=126012245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:52:58:37:37:0.389474:20:17:16:36:20:17:19:39 chr8 126283111 . G T 362.26 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130415;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.004;QD=55.7318;RBI=0.0394237;REFB=0;REVB=0.0372041;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168109;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr8 127565184 . A G 423.18 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0123376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.377;QD=23.8413;RBI=0.0216419;REFB=-0.0144024;REVB=-0.0177807;RO=30;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350186;STB=0.519221;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00931024;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:21:20:16:14:21:20:16:14 chr8 127683774 . G T 181.91 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0125166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.292;QD=14.2678;RBI=0.0234679;REFB=-0.00347316;REVB=-0.0198514;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467362;STB=0.742619;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00632384;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:18:19:0.372549:5:13:8:22:6:13:8:22 chr8 127683850 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.041;QD=61.695;RBI=0.0331652;REFB=0;REVB=0.0121054;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135193;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr8 128428795 . G A 383.26 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0158683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8234;QD=14.6002;RBI=0.0188966;REFB=-0.0214322;REVB=-0.0102605;RO=61;SAF=13;SAR=31;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217533;STB=0.62313;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0278614;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:31:13:30:31:31:13:30:31 chr8 128428823 . G C 286.39 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00266713;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.491;QD=13.1673;RBI=0.00878354;REFB=0.000834631;REVB=-0.00836881;RO=54;SAF=12;SAR=21;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284761;STB=0.662455;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00239675;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:54:33:33:0.37931:21:12:34:20:21:12:34:20 chr8 128429262 . G C 283.94 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0503489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0152;QD=43.6833;RBI=0.0561552;REFB=-0.0380192;REVB=0.0248676;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839258;STB=0.565161;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0116077;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:13:10:2:0:13:10:3:0 chr8 128429315 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.347;QD=39.2067;RBI=0.0238801;REFB=0;REVB=0.014441;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179291;OID=.;OPOS=128429315;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr8 128429510 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0822;QD=51.9166;RBI=0.0182985;REFB=0;REVB=0.00461421;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522204;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr8 128429519 . G A 289.8 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.073;QD=52.6911;RBI=0.019468;REFB=0;REVB=0.00327789;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124256;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr8 128429660 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6726;QD=54.6512;RBI=0.0321508;REFB=-0.0630131;REVB=0.000696258;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00253886;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:25:27:0:0:25:27:0:1 chr8 128429721 . T C 428.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5974;QD=57.1808;RBI=0.0689235;REFB=0;REVB=0.00879829;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118212;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr8 128429732 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.345;QD=51.9151;RBI=0.0453225;REFB=0;REVB=-0.0212251;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221866;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr8 128430478 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.078;QD=35.5759;RBI=0.0532705;REFB=0;REVB=0.0146045;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135349;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr8 128430807 . C A 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0253522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.54;QD=29.2201;RBI=0.0269218;REFB=-0.0149998;REVB=-0.00905796;RO=12;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907561;STB=0.549957;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0172776;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:12:11:4:8:12:11:4:8 chr8 128430872 . A AATG,ATG 333.42 PASS AF=0.896552,0;AO=22,4;DP=30;FAO=26,0;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=10,0;FSAR=16,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00261398,-0.00230391;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,2;MLLD=265.319,252.091;QD=45.9889;RBI=0.00595594,0.0030419;REFB=-0.0910599,-0.0697721;REVB=0.00535166,0.00198625;RO=3;SAF=8,2;SAR=14,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145082,-0.357477;STB=0.565166,0.5;STBP=0.073,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00427071,0;OID=.,.;OPOS=128430873,128430873;OREF=-,-;OALT=ATG,TG;OMAPALT=AATG,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552,0:22,4:30:26,0:29:3:10,0:16,0:3:0:14:3:8,2:14,2:3:0 chr8 129021179 . G A 830.3 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=68;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00303051;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.335;QD=50.3213;RBI=0.00305373;REFB=-0.0340823;REVB=0.000375819;RO=5;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663178;STB=0.5352;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00263044;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:68:66:5:5:60:61:0.924242:33:27:0:5:33:28:0:5 chr8 129022785 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.576;QD=60.9786;RBI=0.0317505;REFB=0;REVB=-0.0290804;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249999;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr8 129022816 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.404;QD=61.684;RBI=0.0271677;REFB=0;REVB=0.018912;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15573e-05;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 129022818 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.098;QD=61.684;RBI=0.0240477;REFB=0;REVB=0.0147779;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69989e-05;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 130760850 . A G 357.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.034;QD=55.0216;RBI=0.0422799;REFB=0;REVB=0.0397896;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467863;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr8 131124559 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.567;QD=57.105;RBI=0.019318;REFB=0;REVB=0.0192312;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50259e-05;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr8 131140180 . G A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0238335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.066;QD=19.5771;RBI=0.0239602;REFB=-0.00653263;REVB=-0.00246095;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191984;STB=0.606871;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0101129;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:12:21:13:18:12:21:13:18 chr8 131921956 . A G 630.81 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0146135;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.715;QD=17.645;RBI=0.0146249;REFB=0.0017406;REVB=0.000577497;RO=74;SAF=32;SAR=33;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851326;STB=0.544814;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00165189;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:74:78:65:65:0.454545:33:32:43:31:32:33:46:32 chr8 132947786 . C T 395.97 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0201249;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.952;QD=20.0492;RBI=0.0211568;REFB=0.00234612;REVB=0.00652653;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045;STB=0.531294;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0018586;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:39:40:40:0.506329:19:21:19:21:19:21:18:21 chr8 132982824 . A G 593.01 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00733341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5649;QD=24.7088;RBI=0.0256545;REFB=0.0143154;REVB=0.024584;RO=42;SAF=13;SAR=41;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140121;STB=0.577154;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00801139;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:41:13:16:26:41:13:16:26 chr8 133047071 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.773;QD=59.6791;RBI=0.0587807;REFB=0;REVB=0.00117095;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148943;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr8 133048619 . T C 849.64 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000280964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.407;QD=53.1025;RBI=0.0109818;REFB=0.00840914;REVB=-0.0109782;RO=3;SAF=42;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360357;STB=0.519123;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-5.3315e-05;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:19:42:1:2:19:42:1:2 chr8 133053309 . T C 594.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.885;QD=60.9452;RBI=0.0188267;REFB=0;REVB=-0.0138468;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39072e-06;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr8 133053318 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.649;QD=61.336;RBI=0.021835;REFB=0;REVB=0.0125746;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2556e-05;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr8 133067315 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00436049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.654;QD=23.6751;RBI=0.00670429;REFB=-0.00353889;REVB=0.00509251;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558936;STB=0.53122;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00323517;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:8:8:9:12:8:8 chr8 133089975 . A G 1444.83 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0199715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.441;QD=57.2212;RBI=0.055648;REFB=-0.0348377;REVB=-0.0519407;RO=2;SAF=36;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256196;STB=0.513511;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00235171;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:63:36:2:0:63:36:2:0 chr8 133101818 . G A 1785.76 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.738;QD=61.0518;RBI=0.0136848;REFB=0;REVB=0.00122416;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55429e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:68:47:0:0:68:49:0:0 chr8 133107830 . T C 1752.99 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524718;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.063;QD=60.9734;RBI=0.0236695;REFB=0;REVB=0.0230806;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76561e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:53:60:0:0:55:60:0:0 chr8 133112392 . G A 353.23 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0296055;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.527;QD=16.2402;RBI=0.0302513;REFB=-0.00675467;REVB=-0.00621747;RO=49;SAF=12;SAR=26;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035405;STB=0.519876;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00826698;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:49:38:38:0.436782:26:12:14:35:26:12:14:35 chr8 133113531 . A T 337.56 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0143451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.6854;QD=20.153;RBI=0.0212431;REFB=-0.0157291;REVB=-0.0156681;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732443;STB=0.524576;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0105042;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:29:32:35:35:0.522388:19:16:13:16:19:16:13:19 chr8 133175736 . T C 210.26 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0312735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1667;QD=15.5751;RBI=0.0322214;REFB=0.00271604;REVB=0.00775788;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408864;STB=0.5232;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00329357;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:15:15:13:11:15:15 chr8 133723166 . A G 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.316;QD=61.2611;RBI=0.0094054;REFB=0;REVB=0.0071997;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24615e-07;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:54:65:0:0 chr8 133859871 . T A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00464525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.604;QD=19.3861;RBI=0.0225145;REFB=0.000652021;REVB=0.0220301;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5111;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.000624975;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:11:9:9:11:11:9:9:12 chr8 133900252 . T G 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00166635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.594;QD=14.0943;RBI=0.0270957;REFB=-0.0125712;REVB=0.0270444;RO=60;SAF=18;SAR=24;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14346;STB=0.585595;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.018092;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:24:18:34:26:24:18:35:26 chr8 133900386 . T C 225.5 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0185311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.017;QD=20.5001;RBI=0.0186084;REFB=-0.0131905;REVB=-0.00169408;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131399;STB=0.574254;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0294472;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:10:12:15:7:10:12 chr8 133909974 . ATGC CGTG,GTGC 158.18 PASS AF=0,0.428571;AO=2,12;DP=42;FAO=0,18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=0,4;FSAR=0,14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0961358,-0.0214935;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=70.6201,66.5605;QD=15.0642;RBI=0.0961564,0.0445927;REFB=-0.0270711,-0.0520797;REVB=0.00199223,0.0390709;RO=19;SAF=2,0;SAR=0,12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550427,-0.786915;STB=0.5,0.703897;STBP=1,0.047;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0587475,0.0937329;OID=.,.;OPOS=133909974,133909974;OREF=ATGC,A;OALT=CGTG,G;OMAPALT=CGTG,GTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:42:19:24:2,12:0,18:0,0.428571:0,12:2,0:8:11:0,14:0,4:13:11 chr8 134107412 . G A 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00566508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.435;QD=17.4082;RBI=0.00677498;REFB=-0.0102074;REVB=-0.0037158;RO=47;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360086;STB=0.524528;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0185253;OID=.;OPOS=134107412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:25:15:16:31:25:15:16:32 chr8 134146933 . CG C 88.79 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0603354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.1558;QD=7.55621;RBI=0.0762904;REFB=-0.0319939;REVB=-0.0466891;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367534;STB=0.693956;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0446847;OID=.;OPOS=134146934;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:16:46:17:47:30:11:6:10:20:88:29:11:5:10:19 chr8 134270656 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0121788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5678;QD=16.1184;RBI=0.0351177;REFB=0.0035648;REVB=-0.0329383;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00238938;OID=.;OPOS=134270656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr8 134314224 . A T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00265471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.475;QD=21.9989;RBI=0.0091527;REFB=-0.0206378;REVB=0.00875925;RO=23;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268797;STB=0.514883;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00880427;OID=.;OPOS=134314224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:11:18:15:8:11:18:15:8 chr8 134474148 . C T 518.38 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00745686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.019;QD=21.3763;RBI=0.0120031;REFB=-0.00825341;REVB=-0.00940577;RO=46;SAF=30;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181242;STB=0.604896;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00611826;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:50:50:0.515464:20:30:18:28:20:30:18:29 chr8 135522364 . A G 458.4 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0453216;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2448;QD=28.6497;RBI=0.0468045;REFB=-0.0401372;REVB=-0.0116883;RO=21;SAF=23;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102049;STB=0.547596;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0298065;OID=.;OPOS=135522364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:21:22:42:42:0.65625:19:23:8:13:19:23:9:13 chr8 135524797 . G T 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0111746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.525;QD=18.0144;RBI=0.0151704;REFB=-0.00615114;REVB=-0.0102601;RO=55;SAF=20;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774179;STB=0.543014;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00658011;OID=.;OPOS=135524797;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:31:20:26:29:31:20:26:29 chr8 135602581 . A G 554.73 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0208143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9982;QD=24.9315;RBI=0.0243627;REFB=-0.01808;REVB=0.0126612;RO=37;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858669;STB=0.501326;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0196718;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:38:51:51:0.573034:24:27:20:17:24:27:20:18 chr8 135612595 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0195226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.311;QD=15.1664;RBI=0.0245945;REFB=-0.00292957;REVB=0.0149585;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203824;STB=0.618879;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00335622;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:11:9:4:11:11:9 chr8 135612745 . A G 656.65 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0143627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.562;QD=23.0402;RBI=0.0190881;REFB=-0.022872;REVB=0.0125725;RO=50;SAF=27;SAR=37;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154194;STB=0.500843;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0188111;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:64:64:0.561404:37:27:21:29:37:27:21:29 chr8 135614705 . A G 211.09 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0227581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3569;QD=12.0622;RBI=0.0500384;REFB=-0.0207007;REVB=-0.0445636;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212364;STB=0.615296;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0332756;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:10:16:18:25:10:16:19:25 chr8 135614972 . A G 361.96 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0198968;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9065;QD=17.6567;RBI=0.0244905;REFB=-0.0116814;REVB=-0.0142794;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174573;STB=0.596967;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0154287;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:11:33:22:16:11:33 chr8 135649848 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0226346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.867;QD=21.1302;RBI=0.0228124;REFB=-0.0131222;REVB=0.00284312;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10206;STB=0.557469;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0133128;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:10:11:14:8:10:11 chr8 136659426 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.545;QD=58.1421;RBI=0.0234351;REFB=0;REVB=0.00274877;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20991e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr8 139143942 . A G 1029.65 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248492;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7129;QD=58.0082;RBI=0.0262523;REFB=-0.0559251;REVB=0.00846755;RO=1;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936246;STB=0.504949;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00500926;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:50:19:0:1:50:20:0:1 chr8 139144914 . G A 967.33 PASS AF=0.680328;AO=82;DP=121;FAO=83;FDP=122;FR=.;FRO=39;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0284009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.179;QD=31.7157;RBI=0.0307529;REFB=-0.0160146;REVB=0.0117955;RO=39;SAF=49;SAR=33;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207224;STB=0.508648;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0124816;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:39:39:82:83:0.680328:33:49:22:17:34:49:22:17 chr8 139164192 . G A 211.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00171901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.796;QD=16.6196;RBI=0.0318824;REFB=-0.00213236;REVB=-0.0318361;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254242;STB=0.516393;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00325695;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:28:23:23:0.45098:13:10:12:14:13:10:13:15 chr8 139164570 . C T 160.79 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00144887;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.025;QD=24.7368;RBI=0.019562;REFB=-0.0108471;REVB=0.0195082;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685942;STB=0.538414;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0112456;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:6:4:8:8:6:4 chr8 139165068 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0135804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.154;QD=16.8229;RBI=0.0331957;REFB=-0.0243802;REVB=0.0302907;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0132647;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr8 139165272 . TG CA,CG 1093.29 PASS AF=0.426667,0.573333;AO=32,43;DP=76;FAO=32,43;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=21,22;FSAR=11,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145596,0.0164868;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=143.774,207.762;QD=58.3087;RBI=0.022646,0.0176165;REFB=0,0;REVB=-0.0173453,0.00620699;RO=0;SAF=21,22;SAR=11,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00507948,-0.0015903;OID=.,.;OPOS=139165272,139165272;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:75:0:0:32,43:32,43:0.426667,0.573333:11,21:21,22:0:0:11,21:21,22:0:0 chr8 139165289 . T C 1102.44 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000653866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9595;QD=58.7966;RBI=0.0315811;REFB=-0.0646495;REVB=0.0315743;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000520633;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:33:41:0:0:33:41:1:0 chr8 139626176 . C G 1307.65 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261725;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8766;QD=62.2688;RBI=0.0263624;REFB=0;REVB=0.00315806;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549206;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr8 139647262 . A G 703.28 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312862;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.807;QD=56.2628;RBI=0.0742174;REFB=0;REVB=0.0673008;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76395e-06;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:42:50:1:18:24:0:0:26:24:0:0 chr8 139672671 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.124;QD=58.4197;RBI=0.0143379;REFB=0;REVB=0.0117181;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115489;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr8 139697478 . T C 5590.25 PASS AF=0.994505;AO=357;DP=365;FAO=362;FDP=364;FR=.;FRO=2;FSAF=163;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0493597;FXX=0.00817416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.272;QD=61.4313;RBI=0.0507572;REFB=-0.124754;REVB=0.0118286;RO=1;SAF=161;SAR=196;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295441;STB=0.5025;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000331863;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:365:364:1:2:357:362:0.994505:196:161:1:0:199:163:0:2 chr8 139712323 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.438;QD=58.234;RBI=0.00815069;REFB=0;REVB=0.00706515;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23759e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr8 139727981 . A G 370.39 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00618336;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1346;QD=17.2275;RBI=0.0103934;REFB=-0.0131491;REVB=0.00835392;RO=47;SAF=7;SAR=32;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14276;STB=0.580717;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0114427;OID=.;OPOS=139727981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:47:39:39:0.453488:32:7:13:34:32:7:13:34 chr8 139736933 . C A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0167911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.232;QD=14.7422;RBI=0.0193026;REFB=-0.00790446;REVB=0.00952095;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245004;STB=0.643382;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0085166;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:13:4:11:14:13:4:11:14 chr8 139749758 . G T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.858;QD=54.8225;RBI=0.0136902;REFB=-0.0362708;REVB=-0.00742107;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000757881;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:1:0:25:25:1:0 chr8 139767379 . C T 391.93 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00589697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.628;QD=13.5148;RBI=0.00662717;REFB=-0.0139558;REVB=-0.00302409;RO=70;SAF=29;SAR=17;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344188;STB=0.519498;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0251678;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:17:29:42:28:17:29:42:28 chr8 139768085 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.973;QD=57.2004;RBI=0.0428564;REFB=0;REVB=0.0173726;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284761;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr8 139824057 . G A 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0461616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.482;QD=16.2672;RBI=0.0487437;REFB=-0.00335611;REVB=0.0156544;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191332;STB=0.610954;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0209679;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:10:8:4:11:10:8 chr8 139838912 . T C 209.28 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00453768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.329;QD=13.7232;RBI=0.0143223;REFB=-0.0100122;REVB=0.0135845;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188784;STB=0.607757;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0180228;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:15:10:21:15:15:10:21:15 chr8 140630990 . A G 715.7 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548777;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7731;QD=63.6173;RBI=0.0675998;REFB=0;REVB=0.0394736;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100177;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr8 140945896 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.731;QD=63.2863;RBI=0.0133918;REFB=0;REVB=-0.0119158;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73987e-05;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr8 141310644 . G A 553.01 PASS AF=0.443609;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0310483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.464;QD=16.632;RBI=0.0311529;REFB=0.0128102;REVB=-0.00255139;RO=73;SAF=36;SAR=22;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332129;STB=0.519152;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0168241;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:74:58:59:0.443609:22:36:43:30:22:37:44:30 chr8 141461062 . G A 299.53 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0305924;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.438;QD=16.1909;RBI=0.0679769;REFB=-0.00865391;REVB=0.0607039;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102487;STB=0.557805;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00935849;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:41:33:33:0.445946:21:12:19:22:21:12:19:22 chr8 141461185 . A G 89.31 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0156485;FXX=0.105235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.027;QD=10.5065;RBI=0.0184699;REFB=-0.00612457;REVB=-0.00981121;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532606;STB=0.834466;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0098623;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:34:34:19:23:11:11:0.323529:2:9:6:13:2:9:7:16 chr8 141461266 . A G 583.43 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0225883;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5317;QD=27.4555;RBI=0.053881;REFB=-0.00239015;REVB=-0.0489176;RO=32;SAF=30;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098226;STB=0.547927;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000120665;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:32:33:52:52:0.611765:22:30:14:18:22:30:15:18 chr8 141559358 . G A 911.83 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00534825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.71;QD=55.2625;RBI=0.0067915;REFB=-0.0395887;REVB=0.00418578;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314596;STB=0.516661;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00190267;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:29:35:0:2:29:35:0:2 chr8 141566311 . C T 1361.86 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261151;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.332;QD=62.6142;RBI=0.0281104;REFB=0;REVB=-0.0104019;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64887e-05;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr8 141568622 . G A 2068.35 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104477;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.058;QD=62.6773;RBI=0.0360828;REFB=0;REVB=-0.0360677;RO=0;SAF=40;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519821;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:92:40:0:0:92:40:0:0 chr8 141679817 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00670141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.947;QD=11.3692;RBI=0.0103832;REFB=-0.00513272;REVB=-0.00793113;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262194;STB=0.65225;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00849353;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:3:16:7:4:3:16 chr8 141774282 . A C 235.24 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0642814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5796;QD=15.6825;RBI=0.0667364;REFB=-0.0116994;REVB=0.0179344;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982234;STB=0.545421;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0161836;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:14:12:12:21:15:12:12:21 chr8 141780818 . T C 158.9 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.015972;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6616;QD=16.2977;RBI=0.0197916;REFB=-0.00682422;REVB=0.0116877;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216683;STB=0.625253;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00582331;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:11:11:5:12:11:11 chr8 141840645 . G A 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0225422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.548;QD=17.222;RBI=0.0230181;REFB=0.00334126;REVB=-0.00465659;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604945;STB=0.5057;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00385142;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:13:19:21:14:13:19:21:15 chr8 142138860 . C G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0948782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6145;QD=13.458;RBI=0.102635;REFB=-0.0317331;REVB=-0.0391413;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1294;STB=0.599886;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.043371;OID=.;OPOS=142138860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:26:16:16:0.380952:6:10:17:6:6:10:20:6 chr8 142146708 . T C 536.53 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.693;QD=59.6149;RBI=0.0201196;REFB=0;REVB=0.0149463;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17588e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:20:16:0:0 chr8 142152442 . A G 295.69 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00952775;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.419;QD=14.9716;RBI=0.0484795;REFB=-0.00769282;REVB=0.0475341;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104773;STB=0.559261;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0129568;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:17:16:27:19:17:16:27:19 chr8 142154291 . G A 526.83 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0299773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0981;QD=21.9512;RBI=0.0343002;REFB=-0.0223922;REVB=0.0166692;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304105;STB=0.501677;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0191336;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:27:23:21:25:27:23:21:25 chr8 142161032 . A C 347.66 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00882409;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.115;QD=16.9589;RBI=0.012823;REFB=-0.023057;REVB=-0.00930401;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557211;STB=0.531275;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.02679;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:37:37:0.45122:21:16:22:23:21:16:22:23 chr8 142161873 . C T 152.72 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0466291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.22;QD=13.5754;RBI=0.0501697;REFB=-0.00791094;REVB=0.0185129;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160764;STB=0.594652;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0390814;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:13:4:10:18:13:4:10:18 chr8 142161888 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00500581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.384;QD=15.1715;RBI=0.00605462;REFB=-0.00142415;REVB=-0.00340592;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218317;STB=0.627424;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00189782;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:10:14:13:4:10:14 chr8 142170884 . C T 746.35 PASS AF=0.441989;AO=79;DP=180;FAO=80;FDP=181;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.0208164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.819;QD=16.4938;RBI=0.0421181;REFB=-0.0210868;REVB=0.0366144;RO=101;SAF=32;SAR=47;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621214;STB=0.530093;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0259606;OID=.;OPOS=142170884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:101:101:79:80:0.441989:47:32:47:54:47:33:47:54 chr8 142185580 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0149352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.372;QD=11.7418;RBI=0.0451829;REFB=0.00257455;REVB=-0.0426431;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912352;STB=0.505295;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00431249;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:22:14:8:13:22:14 chr8 142185718 . T C 128.63 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0435879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4382;QD=12.8634;RBI=0.0457304;REFB=0.00112424;REVB=-0.0138335;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867922;STB=0.550952;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00123866;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:12:13:9:6:12:13 chr8 142200467 . G A 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00462755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.818;QD=22.7045;RBI=0.00904258;REFB=-0.0082958;REVB=0.00776878;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132631;STB=0.57292;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00818266;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:23:20:22:13:23:20:22:13 chr8 142202856 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.383;QD=58.1413;RBI=0.0692796;REFB=0;REVB=0.00872615;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236562;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr8 142202884 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.952;QD=55.0096;RBI=0.0213678;REFB=-0.035393;REVB=0.0104737;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00230897;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:27:32:0.969697:15:12:0:0:15:17:1:0 chr8 142204326 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.017;QD=56.1916;RBI=0.0284314;REFB=0;REVB=0.025997;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9821e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr8 142218119 . G A 451.86 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.129;QD=54.7704;RBI=0.0268242;REFB=-0.024352;REVB=0.00726331;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000529093;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:0:1 chr8 142221361 . C G 373.26 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.659;QD=55.2971;RBI=0.0316663;REFB=0;REVB=0.0180677;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97086e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:11:16:0:0 chr8 142222374 . A G 2550.91 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.43302e-05;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4965;QD=61.8401;RBI=0.0273538;REFB=0;REVB=-0.0273538;RO=0;SAF=87;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102709;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:78:87:0:0:78:87:0:0 chr8 142222445 . T C 3067.79 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426735;FXX=0.0153053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.638;QD=63.5812;RBI=0.0448992;REFB=-0.11018;REVB=0.0139612;RO=1;SAF=93;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141771;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:193:1:0:193:193:1:100:93:0:1:100:93:0:0 chr8 142228809 . T C 754.07 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196448;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3865;QD=62.8388;RBI=0.0327303;REFB=0;REVB=-0.0261793;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319254;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:42:48:1:22:20:0:0:26:22:0:0 chr8 142228909 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0535797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.955;QD=60.1583;RBI=0.0697327;REFB=-0.0235205;REVB=0.0446303;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154053;STB=0.508193;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000760325;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:30:14:0:1:30:14:0:1 chr8 142229891 . A G 3549.25 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.925;QD=62.8186;RBI=0.044779;REFB=0;REVB=0.0267398;RO=0;SAF=97;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98825e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:226:0:0:224:226:1:127:97:0:0:127:99:0:0 chr8 142266691 . A C 1707.09 PASS AF=0.991304;AO=106;DP=109;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0509923;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.62;QD=59.3769;RBI=0.0604269;REFB=-0.0609385;REVB=0.0324221;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000359283;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:115:0:1:106:114:0.991304:46:60:0:0:54:60:0:1 chr8 142367335 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.367;QD=58.1421;RBI=0.0390285;REFB=0;REVB=0.00431789;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410416;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr8 142367400 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.804;QD=60.8526;RBI=0.0194232;REFB=-0.0631631;REVB=0.0131045;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000323846;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:0:1:23:23:0:1 chr8 142367559 . G A 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.125;QD=52.7645;RBI=0.0615085;REFB=-0.0874791;REVB=0.0562312;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00503394;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:1:0:12:16:1:0 chr8 142441642 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.116;QD=59.8394;RBI=0.033647;REFB=0;REVB=0.0210672;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128709;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr8 142446923 . C T 845.16 PASS AF=0.426606;AO=93;DP=220;FAO=93;FDP=218;FR=.;FRO=125;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.00714989;FXX=0.0090905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.116;QD=15.5074;RBI=0.0175348;REFB=-0.0149407;REVB=-0.0160109;RO=125;SAF=55;SAR=38;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911582;STB=0.55087;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0366742;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:125:125:93:93:0.426606:38:55:63:62:38:55:63:62 chr8 142446937 . C T 1365.82 PASS AF=0.56872;AO=119;DP=212;FAO=120;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0142838;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.677;QD=25.8923;RBI=0.0144596;REFB=-0.0367596;REVB=0.00224774;RO=62;SAF=59;SAR=60;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589943;STB=0.518324;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0170028;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:62:80:119:120:0.56872:60:59:25:37:61:59:43:37 chr8 142458053 . A G 224.61 PASS AF=0.183673;AO=17;DP=99;FAO=18;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0106008;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5015;QD=9.16768;RBI=0.0179051;REFB=-0.00264725;REVB=0.0144296;RO=64;SAF=15;SAR=2;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358165;STB=0.670175;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0304931;OID=.;OPOS=142458053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:64:65:17:18:0.183673:2:15:44:20:3:15:44:21 chr8 142459814 . C T 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.536;QD=63.0561;RBI=0.0173644;REFB=0;REVB=0.0040229;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3236e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:74:63:0:0:74:63:0:0 chr8 142488837 . G A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0352284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.492;QD=12.3388;RBI=0.0400138;REFB=-0.00462875;REVB=0.0189754;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276664;STB=0.659441;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00585525;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:16:8:23:16:16:8:23:16 chr8 142489410 . A G 551.45 PASS AF=0.37931;AO=65;DP=172;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0250226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.628;QD=12.6769;RBI=0.0258337;REFB=-0.0101043;REVB=-0.00642261;RO=104;SAF=21;SAR=44;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170934;STB=0.596744;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.014261;OID=.;OPOS=142489410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:104:108:65:66:0.37931:44:21:49:55:44:22:52:56 chr8 142490079 . G A 1276.25 PASS AF=1;AO=52;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975261;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.979;QD=59.3604;RBI=0.102203;REFB=0;REVB=0.0305625;RO=2;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424486;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:2:0:52:86:1:12:40:0:2:36:50:0:0 chr8 142490080 . T A 234.3 PASS AF=0.337209;AO=27;DP=84;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.0241426;FXX=0.0227247;HRUN=7;LEN=1;MLLD=73.2578;QD=10.8978;RBI=0.0468753;REFB=-0.0124326;REVB=0.04018;RO=57;SAF=7;SAR=20;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519823;STB=0.784575;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00863434;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:57:57:27:29:0.337209:20:7:42:15:21:8:42:15 chr8 142490120 . G T 1071.45 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192604;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.429;QD=56.3922;RBI=0.0297425;REFB=-0.188243;REVB=0.0226639;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0057363;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:76:0:1:72:75:0.986842:24:48:0:0:27:48:0:1 chr8 142500352 . C T 369.71 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00437346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.551;QD=22.4069;RBI=0.0280288;REFB=0.00191829;REVB=0.0276855;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434322;STB=0.523917;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00135473;OID=.;OPOS=142500352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:21:16:11:18:21:16:11:18 chr8 142505038 . T C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00928681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.175;QD=16.0643;RBI=0.0167094;REFB=-0.0178348;REVB=-0.013891;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349534;STB=0.519759;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0234668;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:16:10:13:18:16:10:13:18 chr8 142505578 . C A 682.68 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0539055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3275;QD=21.5016;RBI=0.0563718;REFB=-0.00863378;REVB=0.0164919;RO=58;SAF=33;SAR=34;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110759;STB=0.559568;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00858577;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:60:67:67:0.527559:34:33:21:37:34:33:22:38 chr8 142506461 . A G 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0118972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.913;QD=21.43;RBI=0.0234518;REFB=-0.00619887;REVB=-0.0202099;RO=29;SAF=9;SAR=26;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891605;STB=0.54947;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00443261;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:26:9:10:19:26:9:10:19 chr8 142517222 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0139473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.415;QD=15.7004;RBI=0.034218;REFB=-0.00409169;REVB=-0.0312465;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00414341;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr8 142517227 . C T 107.38 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0228778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.831;QD=12.6326;RBI=0.0345762;REFB=0.00379709;REVB=-0.0259253;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324157;STB=0.666405;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00900012;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:14:13:0.382353:10:4:12:8:9:4:12:9 chr8 143599594 . C T 174.54 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.003844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.606;QD=13.4262;RBI=0.00672394;REFB=-0.021219;REVB=0.0055168;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203373;STB=0.62691;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0319894;OID=.;OPOS=143599594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:20:21:0.403846:9:11:11:20:9:12:11:20 chr8 143603418 . G C 1728.81 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0606149;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7623;QD=58.1114;RBI=0.0615972;REFB=-0.0932665;REVB=-0.010957;RO=3;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020787;STB=0.510947;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00178967;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:119:3:3:116:116:0.97479:67:49:0:3:67:49:0:3 chr8 143623372 . C A 648.5 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0144694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.086;QD=21.7982;RBI=0.0211433;REFB=-0.0261343;REVB=-0.0154167;RO=54;SAF=40;SAR=24;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004127;STB=0.505616;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0239831;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:55:64:64:0.537815:24:40:34:20:24:40:35:20 chr8 143623459 . G T 611.3 PASS AF=0.460432;AO=63;DP=138;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0176852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.631;QD=17.5913;RBI=0.017865;REFB=-0.0187604;REVB=-0.00252819;RO=75;SAF=33;SAR=30;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486479;STB=0.522854;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0187846;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:75:75:63:64:0.460432:30:33:43:32:30:34:43:32 chr8 143623978 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.020009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.196;QD=19.1341;RBI=0.0419365;REFB=-0.0531731;REVB=-0.0368552;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0121041;OID=.;OPOS=143623978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr8 143695144 . G A 2277.19 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.461;QD=62.8191;RBI=0.055081;REFB=-0.0760918;REVB=0.0383953;RO=0;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.18654e-08;STB=0.503184;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000222925;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:66:78:0:0:66:78:1:0 chr8 143746050 . C T 1438.93 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206184;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.56;QD=63.2495;RBI=0.0279674;REFB=0;REVB=0.0188959;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103482;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr8 143746069 . T C 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.327;QD=62.7574;RBI=0.0504692;REFB=0;REVB=-0.0149653;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167498;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr8 143746087 . CCA C 796.58 PASS AF=0.902439;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=82;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0058013;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=333.215;QD=38.8574;RBI=0.0058062;REFB=-0.00936389;REVB=0.00023855;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528394;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.000677408;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.902439:74:77:74:82:8:40:34:2:6:14:0:40:34:0:0 chr8 143746416 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.407;QD=45.8068;RBI=0.052416;REFB=0;REVB=0.0213951;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032284;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 143746701 . A G 1067.23 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096265;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.949;QD=60.1256;RBI=0.0137262;REFB=0;REVB=-0.00978464;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318898;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:27:43:0:0:28:43:0:0 chr8 143747271 . C G 2140.06 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000576533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3924;QD=62.943;RBI=0.032734;REFB=0;REVB=0.0327289;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188679;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr8 143761931 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0128362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5938;QD=17.4901;RBI=0.0424489;REFB=0.00249529;REVB=-0.0404616;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245553;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:14:14:15:14:14:14:15:15 chr8 143762807 . G A 1504.2 PASS AF=0.451977;AO=160;DP=355;FAO=160;FDP=354;FR=.;FRO=194;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=122;FSRR=72;FWDB=0.0227186;FXX=0.00281682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3206;QD=16.9966;RBI=0.0228857;REFB=-0.00170558;REVB=-0.00276103;RO=195;SAF=75;SAR=85;SRF=122;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155058;STB=0.587121;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00198936;OID=.;OPOS=143762807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:354:195:194:160:160:0.451977:85:75:122:73:85:75:122:72 chr8 143763490 . T C 137.46 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0114562;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.999;QD=9.99682;RBI=0.0148609;REFB=-0.0299195;REVB=0.00946587;RO=38;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107646;STB=0.552572;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0632402;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:38:37:18:18:0.327273:12:6:16:22:12:6:15:22 chr8 143763547 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0448818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.868;QD=17.23;RBI=0.051694;REFB=-0.0200971;REVB=0.0256494;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325838;STB=0.6918;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0254175;OID=.;OPOS=143763547;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:4:2:6:2:4:2 chr8 143783164 . G A 413.42 PASS AF=0.588235;AO=37;DP=65;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0267148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5459;QD=24.3187;RBI=0.0788813;REFB=0.0186292;REVB=0.0742198;RO=28;SAF=23;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126187;STB=0.545971;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0121537;OID=.;OPOS=143783164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:28:28:37:40:0.588235:14:23:13:15:17:23:13:15 chr8 143784275 . C T 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00156444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.042;QD=30.5505;RBI=0.00187575;REFB=-0.0359816;REVB=-0.00103488;RO=6;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822232;STB=0.571347;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0243204;OID=.;OPOS=143784275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:6:7:18:18:0.72:12:6:3:3:12:6:4:3 chr8 143808951 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0218364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.989;QD=13.5766;RBI=0.0241861;REFB=-0.0199367;REVB=0.0103991;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145442;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0257854;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:9:10:5:8:9:10 chr8 143833850 . G A 4276.25 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740211;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4795;QD=62.6556;RBI=0.0802564;REFB=0;REVB=0.0310154;RO=0;SAF=38;SAR=234;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7745e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327786;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:273:273:0:0:272:273:1:234:38:0:0:234:39:0:0 chr8 143833856 . C T 3814.92 PASS AF=0.958647;AO=255;DP=267;FAO=255;FDP=266;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=221;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0382918;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.085;QD=57.3672;RBI=0.0433511;REFB=-0.044957;REVB=0.0203237;RO=11;SAF=34;SAR=221;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082028;STB=0.50431;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00097493;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:267:266:11:11:255:255:0.958647:221:34:2:9:221:34:2:9 chr8 143922620 . C T 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.8;QD=60.5452;RBI=0.0264905;REFB=0;REVB=0.00708074;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126645;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr8 143956693 . G A 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0158857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.838;QD=5.7034;RBI=0.0344742;REFB=-0.00913838;REVB=-0.030596;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427665;STB=0.771362;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0288805;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:8:2:20:17:8:2:20:18 chr8 143957163 . C G 164.32 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0216393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.611;QD=13.6935;RBI=0.0320513;REFB=-0.00787771;REVB=-0.0236438;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409314;STB=0.514003;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0115639;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:10:8:14:15:10:8:14:16 chr8 143959188 . G T 255.18 PASS AF=0.446154;AO=26;DP=62;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00402851;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.087;QD=15.7034;RBI=0.0203925;REFB=-0.0169347;REVB=0.0199906;RO=36;SAF=21;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39224;STB=0.650866;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0205262;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:36:36:26:29:0.446154:5:21:17:19:8:21:17:19 chr8 143959250 . T C 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.078;QD=61.5316;RBI=0.0161499;REFB=0;REVB=-0.0143342;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184715;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr8 143960597 . G A 158.95 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000275767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7791;QD=19.2672;RBI=0.0278495;REFB=-0.0118514;REVB=0.0278481;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0209288;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:9:7:6:10:10:7:6:10 chr8 143961005 . T C 658.8 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.642;QD=61.2841;RBI=0.0176194;REFB=0;REVB=0.0171179;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146393;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:10:30:0:0:11:32:0:0 chr8 143961102 . C T 142.84 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0247942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.002;QD=10.7801;RBI=0.0309702;REFB=-0.0152636;REVB=-0.018558;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392661;STB=0.532403;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0336757;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:35:18:18:0.339623:11:7:11:20:11:7:12:23 chr8 143994041 . C T 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00583198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.686;QD=20.9311;RBI=0.00838771;REFB=-0.0146287;REVB=0.0060284;RO=55;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000771256;STB=0.500424;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0131618;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:31:30:27:28:31:30:27:28 chr8 143994702 . G T 594.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.579;QD=60.9595;RBI=0.0429838;REFB=0;REVB=0.0383687;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313213;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr8 143995761 . C T 298.79 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0197329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.994;QD=11.8333;RBI=0.0197449;REFB=-0.0181048;REVB=-0.000687427;RO=65;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108274;STB=0.562158;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0316264;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:17:19:28:37:17:19:28:37 chr8 143996539 . T C 471.27 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0431688;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9088;QD=18.3017;RBI=0.0640058;REFB=-0.00815924;REVB=-0.0472567;RO=54;SAF=20;SAR=30;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720098;STB=0.502023;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00683398;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:53:50:50:0.485437:30:20:22:32:30:20:21:32 chr8 143996553 . G A 435.65 PASS AF=0.459184;AO=41;DP=94;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0206773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.601;QD=17.7816;RBI=0.0217682;REFB=-0.0181037;REVB=0.00680492;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260095;STB=0.516122;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0249374;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:53:53:41:45:0.459184:25:16:22:31:25:20:22:31 chr8 143997877 . C G 106.77 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00773801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.368;QD=5.5464;RBI=0.0292105;REFB=-0.0095323;REVB=-0.0281669;RO=60;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274845;STB=0.517221;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0324987;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:10:7:26:34:10:7:26:34 chr8 143999146 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0355316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.628;QD=24.493;RBI=0.0357487;REFB=-0.0250645;REVB=0.00393354;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240871;STB=0.633388;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0173065;OID=.;OPOS=143999146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:3:12:10:11:3:12 chr8 144124609 . T C 70.86 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0177225;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.008;QD=15.7474;RBI=0.0200456;REFB=-0.00373405;REVB=0.00936682;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00382004;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:10:9:9:9:0.5:4:5:7:3:4:5:6:3 chr8 144240314 . G A 372.49 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0174797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=15.684;RBI=0.0280584;REFB=-0.0128492;REVB=-0.0219485;RO=55;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187042;STB=0.518667;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0224298;OID=.;OPOS=144240314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:55:39:40:0.421053:17:22:32:23:18:22:32:23 chr8 144295154 . C T 115.7 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0267646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.377;QD=21.0364;RBI=0.0518385;REFB=-0.0249916;REVB=0.0443947;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791542;STB=0.512176;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0123079;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:3:9:6:3:4:9:6:3 chr8 144295183 . G T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0298884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.233;QD=11.257;RBI=0.0298885;REFB=-0.0440275;REVB=4.07838e-05;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102563;STB=0.562336;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0508072;OID=.;OPOS=144295183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:8:4:2:6:8:4 chr8 144332012 . T C 999.77 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2784;QD=58.8098;RBI=0.032029;REFB=0;REVB=0.0154828;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2808e-05;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr8 144332082 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.18;QD=57.1771;RBI=0.0520112;REFB=0;REVB=0.00140234;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351392;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr8 144333315 . G A 1542.93 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.056;QD=58.2239;RBI=0.0409004;REFB=-0.0594283;REVB=0.0340711;RO=2;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000689431;STB=0.504586;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000804437;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:2:1:104:105:0.990566:50:54:1:1:51:54:1:0 chr8 144333434 . G A 1196.33 PASS AF=0.954023;AO=81;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0893021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.959;QD=55.0035;RBI=0.100178;REFB=-0.116359;REVB=0.0453952;RO=2;SAF=30;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305191;STB=0.529405;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00109628;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:2:4:81:83:0.954023:51:30:2:0:51:32:4:0 chr8 144351631 . CA C,CG 1133.89 PASS AF=0.12987,0.87013;AO=15,57;DP=75;FAO=10,67;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=8,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164815,0.0155245;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.171,207.67;QD=58.9033;RBI=0.0458698,0.0521548;REFB=0,0;REVB=0.0428065,0.0497907;RO=0;SAF=3,15;SAR=12,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.08575e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0385069,-0.00178384;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12987,0.87013:15,57:75:10,67:77:0:2,16:8,51:0:0:25:0:3,15:12,42:0:0 chr8 144357213 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.975;QD=59.4356;RBI=0.00750787;REFB=0;REVB=0.00733325;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07244e-05;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr8 144358381 . G A 101.85 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126284;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.0149;QD=40.7388;RBI=0.0634788;REFB=0;REVB=0.06221;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372746;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr8 144378184 . C G 277.71 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.251;QD=48.2971;RBI=0.0718666;REFB=-0.166696;REVB=0.0628446;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00107946;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:1:1:21:22:0.956522:11:10:1:0:11:11:1:0 chr8 144378868 . A G 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6519;QD=55.0915;RBI=0.0257837;REFB=0;REVB=0.0201703;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104505;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr8 144391924 . CT TC 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440727;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.857;QD=40.7629;RBI=0.0666176;REFB=0;REVB=-0.049955;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.26292e-05;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr8 144391930 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.782;QD=42.1825;RBI=0.0894448;REFB=0;REVB=0.025236;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168496;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr8 144392368 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.193;QD=43.4862;RBI=0.0419835;REFB=0;REVB=-0.00133031;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568695;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr8 144400036 . C T 266.83 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.00778968;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.543;QD=13.3414;RBI=0.0328396;REFB=-0.00187554;REVB=0.0319024;RO=49;SAF=24;SAR=7;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286624;STB=0.516411;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00514364;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:49:49:31:31:0.3875:7:24:37:12:7:24:37:12 chr8 144409934 . C A 2735.82 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=129;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.207;QD=61.8264;RBI=0.0150437;REFB=-0.0427569;REVB=0.0023834;RO=1;SAF=129;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367619;STB=0.50193;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000542587;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:47:129:1:0:47:129:1:0 chr8 144409938 . A AG 2015.33 PASS AF=1;AO=161;DP=175;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7543;QD=48.5622;RBI=0.0487982;REFB=0;REVB=-0.0441214;RO=10;SAF=117;SAR=44;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000557116;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:161:175:166:166:0:121:45:0:0:36:10:117:44:8:2 chr8 144557739 . G A 397.09 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0155892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.22;QD=23.3584;RBI=0.0177769;REFB=-0.0212647;REVB=0.00854384;RO=29;SAF=10;SAR=29;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146628;STB=0.581012;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00960027;OID=.;OPOS=144557739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:29:10:12:17:29:10:12:17 chr8 144620183 . T C 538.16 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7972;QD=59.7953;RBI=0.0499674;REFB=0;REVB=0.0478744;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346706;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr8 144620342 . T C 639.51 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00374703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.571;QD=23.6854;RBI=0.00736076;REFB=-0.0238569;REVB=0.00633566;RO=46;SAF=24;SAR=38;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734837;STB=0.54016;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0236166;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:46:62:62:0.574074:38:24:22:24:38:24:22:24 chr8 144620871 . A G 631.38 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0095104;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.77;QD=17.6608;RBI=0.0196702;REFB=-0.0224428;REVB=-0.0172183;RO=78;SAF=26;SAR=39;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185819;STB=0.60332;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0364822;OID=.;OPOS=144620871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:78:78:65:65:0.454545:39:26:46:32:39:26:46:32 chr8 144621035 . G A 604.48 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0122961;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.742;QD=21.0254;RBI=0.0124237;REFB=-0.00530451;REVB=0.00177626;RO=54;SAF=19;SAR=41;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869101;STB=0.541155;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00485947;OID=.;OPOS=144621035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:54:54:60:61:0.530435:41:19:22:32:41:20:22:32 chr8 144621084 . T G 619.08 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=83;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00188781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.652;QD=29.8353;RBI=0.00188865;REFB=-0.00162782;REVB=-5.62455e-05;RO=29;SAF=23;SAR=31;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800175;STB=0.504338;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000848833;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:29:54:54:0.650602:31:23:12:17:31:23:12:17 chr8 144621091 . A T 572.76 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00601754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.225;QD=28.638;RBI=0.0137659;REFB=-0.00174994;REVB=-0.012381;RO=29;SAF=24;SAR=27;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613636;STB=0.53332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00122855;OID=.;OPOS=144621091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:27:24:11:18:27:24:11:18 chr8 144623574 . T C 939.47 PASS AF=0.433476;AO=101;DP=233;FAO=101;FDP=233;FR=.;FRO=132;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.0349067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.369;QD=16.1282;RBI=0.0519502;REFB=0.00453657;REVB=-0.0384753;RO=132;SAF=63;SAR=38;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159518;STB=0.588869;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00483871;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:132:132:101:101:0.433476:38:63:62:70:38:63:62:70 chr8 144624492 . A G 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.000172952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.89;QD=13.8479;RBI=0.0309905;REFB=0.00585453;REVB=0.03099;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302669;STB=0.679424;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00820203;OID=.;OPOS=144624492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:4:20:9:7:4:21 chr8 144642151 . G GAGGGC 167.1 PASS AF=0.24;AO=23;DP=101;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0315958;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=5;MLLD=205.4;QD=6.68413;RBI=0.0337872;REFB=-0.0306983;REVB=-0.0119698;RO=76;SAF=3;SAR=20;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567653;STB=0.856069;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0657347;OID=.;OPOS=144642152;OREF=-;OALT=AGGGC;OMAPALT=GAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:23:101:24:100:76:3:21:43:33:99:76:3:20:43:33 chr8 144642178 . T C 882.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.235;QD=57.8383;RBI=0.050932;REFB=0;REVB=0.00766143;RO=0;SAF=10;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87135e-05;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:49:10:0:0:49:12:0:0 chr8 144642596 . T C 101.83 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2047;QD=40.7312;RBI=0.108054;REFB=0;REVB=0.00326414;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705213;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr8 144642626 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.858;QD=52.6125;RBI=0.0185937;REFB=0;REVB=0.0092062;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424483;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr8 144643603 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00759432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.793;QD=13.2874;RBI=0.0166061;REFB=-0.00727026;REVB=-0.0147679;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667081;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0101694;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:21:20:13:14:21:20 chr8 144649968 . C T 1508.71 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000800718;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1047;QD=58.5907;RBI=0.0532123;REFB=-0.0360702;REVB=0.0532062;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106609;STB=0.505617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000200299;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:102:102:0.990291:44:58:0:1:44:58:0:1 chr8 144654249 . G A 418.57 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0413459;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.141;QD=16.4147;RBI=0.0413889;REFB=-0.00886998;REVB=0.00188793;RO=56;SAF=32;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271808;STB=0.652414;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0158231;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:56:56:46:46:0.45098:14:32:24:32:14:32:24:32 chr8 144654255 . A G 1532.2 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000735741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.752;QD=58.9306;RBI=0.00308266;REFB=0;REVB=0.00299357;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340437;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:0:0:103:104:1:44:59:0:0:45:59:0:0 chr8 144654594 . G T 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0104431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1835;QD=17.4265;RBI=0.0576941;REFB=0.000692736;REVB=0.0567411;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258861;STB=0.64691;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00151713;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:16:7:11:8:16:7 chr8 144654693 . G C 302.09 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00217445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.909;QD=16.7826;RBI=0.026934;REFB=-0.0323342;REVB=-0.0268461;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073087;STB=0.538438;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0309139;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:39:33:33:0.458333:15:18:23:14:15:18:24:15 chr8 144657152 . C G 321.97 PASS AF=0.522388;AO=36;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00520195;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.595;QD=19.2221;RBI=0.066626;REFB=-0.0231588;REVB=-0.0664226;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411059;STB=0.549066;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0351104;OID=.;OPOS=144657152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:32:36:35:0.522388:12:24:18:11:11:24:19:13 chr8 144657600 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000486791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.55;QD=10.8325;RBI=0.0188223;REFB=-0.0219576;REVB=0.018816;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19934;STB=0.583137;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0329511;OID=.;OPOS=144657600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:41:22:22:0.349206:9:13:15:22:9:13:19:22 chr8 144658711 . G A 443.41 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0323174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7465;QD=25.7049;RBI=0.0338459;REFB=-0.00429087;REVB=-0.0100561;RO=27;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199527;STB=0.510912;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00426473;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:26:16:11:16:26:16:11:16 chr8 144662353 . G A 82.99 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00872921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.135;QD=7.90364;RBI=0.00920378;REFB=-0.0129072;REVB=-0.00291727;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175922;STB=0.624792;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0319916;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:42:42:29:31:11:11:0.261905:5:6:20:9:5:6:22:9 chr8 144671244 . C G 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0222636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.671;QD=24.7735;RBI=0.0225756;REFB=-0.0215917;REVB=0.00374035;RO=32;SAF=7;SAR=38;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15819;STB=0.587397;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0185811;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:38:7:9:23:38:7:9:23 chr8 144671685 . G C 362.02 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.411;QD=51.7174;RBI=0.0713174;REFB=-0.0674881;REVB=0.0656509;RO=1;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102655;STB=0.555511;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00309085;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:4:22:0:1:4:23:0:1 chr8 144671922 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0121017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.066;QD=11.0924;RBI=0.0382442;REFB=0.00230806;REVB=-0.0362791;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369772;STB=0.723349;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.012382;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:1:5:2:3:1:5 chr8 144681714 . G A 803.8 PASS AF=0.464088;AO=81;DP=179;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00340604;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4291;QD=17.7634;RBI=0.0557112;REFB=-0.0388147;REVB=0.055607;RO=97;SAF=30;SAR=51;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853298;STB=0.547434;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.068544;OID=.;OPOS=144681714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:97:97:81:84:0.464088:51:30:44:53:53:31:44:53 chr8 144681777 . G T 764.01 PASS AF=0.510204;AO=73;DP=141;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.030715;FXX=0.0067563;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.2471;QD=20.7895;RBI=0.0339496;REFB=-0.00383889;REVB=-0.0144625;RO=68;SAF=29;SAR=44;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265941;STB=0.501682;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00360908;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:147:68:72:73:75:0.510204:44:29:29:39:44:31:30:42 chr8 144682311 . G C 1211.43 PASS AF=0.544186;AO=117;DP=215;FAO=117;FDP=215;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=35;FSRR=63;FWDB=0.0016748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.803;QD=22.5382;RBI=0.00177075;REFB=-0.000665614;REVB=-0.000574972;RO=98;SAF=48;SAR=69;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463381;STB=0.525238;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000597946;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:98:98:117:117:0.544186:69:48:35:63:69:48:35:63 chr8 144688736 . C G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0184058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.377;QD=21.839;RBI=0.0211207;REFB=-0.0140771;REVB=0.0103591;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124989;STB=0.569977;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0127248;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:14:10:14:11:14:10 chr8 144694890 . G C 195.14 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.010967;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1011;QD=16.2612;RBI=0.0153538;REFB=-0.0102463;REVB=0.0107455;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180969;STB=0.604436;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00564891;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:13:15:14:6:13:15 chr8 144697041 . A G 45.85 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=17;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00603762;FXX=0.222099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.995;QD=13.1003;RBI=0.0249472;REFB=-0.043614;REVB=0.0242056;RO=8;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.730747;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0611193;OID=.;OPOS=144697041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:14:8:8:4:6:0.428571:0:4:3:5:2:4:3:5 chr8 144732363 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1726;QD=61.6838;RBI=0.0514278;REFB=0;REVB=0.0451566;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768179;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr8 144732418 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.793;QD=59.0175;RBI=0.0133907;REFB=0;REVB=-0.0117869;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67445e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr8 144732450 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.73;QD=55.0987;RBI=0.013066;REFB=0;REVB=-0.0127327;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66784e-05;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr8 144733805 . C T 272.46 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.508;QD=51.8961;RBI=0.0520071;REFB=0;REVB=0.0290463;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453787;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr8 144734383 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0497;QD=47.8222;RBI=0.00909969;REFB=0;REVB=-0.00124958;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361402;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr8 144735977 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.131;QD=62.162;RBI=0.0170904;REFB=0;REVB=-0.00247169;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38176e-05;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr8 144776109 . A G 673.94 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583526;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.769;QD=62.6919;RBI=0.023963;REFB=0;REVB=0.0232416;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35787e-05;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr8 144801243 . C T 1348.74 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165668;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.251;QD=60.6176;RBI=0.0328503;REFB=-0.0236869;REVB=0.028367;RO=1;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292274;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:89:1:0:87:89:1:45:42:0:1:47:42:0:0 chr8 144808747 . G A 323.88 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7603;QD=53.9797;RBI=0.181147;REFB=0;REVB=0.0232676;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00593698;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:12:10:0:0:12:12:0:0 chr8 144811338 . C G 721.68 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.889;QD=62.7546;RBI=0.0599762;REFB=0;REVB=0.0351298;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368019;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr8 144885580 . A G 3354.54 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046749;FXX=0.0225215;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0558;QD=61.8349;RBI=0.0550397;REFB=0.00312584;REVB=-0.02905;RO=1;SAF=114;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177325;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:217:1:0:214:217:1:100:114:1:0:103:114:0:0 chr8 144889172 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.724;QD=59.6795;RBI=0.0492615;REFB=0;REVB=0.0277468;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119572;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:43:25:0:0:43:27:0:0 chr8 144890873 . A T 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4137;QD=57.1929;RBI=0.00922846;REFB=0;REVB=0.00922846;RO=0;SAF=0;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8119e-05;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:30:0:0:0:30:0:0:0 chr8 144893084 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.509;QD=57.1775;RBI=0.0573902;REFB=0;REVB=0.0560929;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51411e-05;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr8 144893086 . TG T 71.65 PASS AF=0.4;AO=21;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.107368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8168;QD=5.73226;RBI=0.117937;REFB=-0.090428;REVB=-0.0487968;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142358;STB=0.51998;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=0.0720723;OID=.;OPOS=144893087;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:21:50:20:50:30:10:10:16:14:71:28:9:12:16:12 chr8 144894496 . G A 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.587;QD=59.3165;RBI=0.0465669;REFB=0;REVB=-0.00126513;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131139;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr8 144899206 . C T 773.35 PASS AF=0.493902;AO=66;DP=150;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0310604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.938;QD=18.8622;RBI=0.051238;REFB=-0.0351829;REVB=0.0407504;RO=83;SAF=37;SAR=29;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138319;STB=0.573858;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.032605;OID=.;OPOS=144899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:164:83:83:66:81:0.493902:29:37:35:48:35:46:35:48 chr8 144904690 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1607;QD=61.3285;RBI=0.0193499;REFB=0;REVB=0.0191841;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286286;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr8 144917790 . A G 1483.89 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.278;QD=63.1443;RBI=0.0439225;REFB=0;REVB=0.0208378;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01355e-05;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:58:34:0:0:60:34:0:0 chr8 144940222 . A C 754.72 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=65;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0202013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.527;QD=22.8704;RBI=0.0231755;REFB=-0.027721;REVB=-0.0113585;RO=59;SAF=7;SAR=65;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521764;STB=0.789542;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0179644;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:59:60:72:72:0.545455:65:7:31:28:65:7:31:29 chr8 144940230 . G C 930.22 PASS AF=0.570513;AO=89;DP=156;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=75;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00615045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.596;QD=23.8518;RBI=0.0498273;REFB=-0.0302589;REVB=0.0494463;RO=67;SAF=14;SAR=75;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358862;STB=0.69783;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0262444;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:67:67:89:89:0.570513:75:14:33:34:75:14:33:34 chr8 144940267 . G A 150.7 PASS AF=0.150943;AO=32;DP=213;FAO=32;FDP=212;FR=.;FRO=180;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=120;FWDB=-0.0244006;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.349;QD=2.84331;RBI=0.042544;REFB=-0.00629678;REVB=0.0348511;RO=169;SAF=9;SAR=23;SRF=60;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108506;STB=0.552158;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0485682;OID=.;OPOS=144940267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:169:180:32:32:0.150943:23:9:60:109:23:9:60:120 chr8 144940300 . G A 1803.01 PASS AF=0.630081;AO=155;DP=246;FAO=155;FDP=246;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=115;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0158564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.974;QD=29.3172;RBI=0.0184698;REFB=-0.00400812;REVB=-0.00947148;RO=91;SAF=40;SAR=115;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149394;STB=0.580797;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00180648;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:91:91:155:155:0.630081:115:40:40:51:115:40:40:51 chr8 144941181 . G C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0140768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.859;QD=11.3331;RBI=0.0169719;REFB=-0.0180925;REVB=0.00948094;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787773;STB=0.535161;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.050452;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:13:13:6:8:14:13 chr8 144942123 . C T 622.52 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0337955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5726;QD=21.4663;RBI=0.0405355;REFB=-0.0151126;REVB=-0.0223828;RO=54;SAF=28;SAR=34;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134642;STB=0.573856;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0153544;OID=.;OPOS=144942123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:34:28:33:21:34:28:33:21 chr8 144942903 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.713;QD=53.9112;RBI=0.0306641;REFB=0;REVB=0.0301264;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158354;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 144944161 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.427;QD=62.0211;RBI=0.0106295;REFB=0;REVB=0.00957644;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90282e-05;OID=.;OPOS=144944161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr8 144944176 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.701;QD=60.5101;RBI=0.0320198;REFB=0.037748;REVB=0.0295798;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000181288;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:0:1:24:21:0:1 chr8 144945792 . T C 2013.32 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0590141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.53;QD=61.0098;RBI=0.0725667;REFB=0.00616908;REVB=0.0422288;RO=1;SAF=69;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683828;STB=0.503546;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=8.61445e-05;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:130:131:0.992424:61:69:1:0:61:70:1:0 chr8 144946252 . C T 179.8 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418448;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.947;QD=47.9465;RBI=0.0478116;REFB=0;REVB=0.0231292;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100432;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr8 144946345 . G A 1290.79 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0284919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.821;QD=57.3684;RBI=0.042236;REFB=-0.0460609;REVB=0.0311784;RO=2;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236738;STB=0.502084;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00136125;OID=.;OPOS=144946345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:2:4:86:86:0.955556:39:47:0:2:39:47:2:2 chr8 144946818 . C T 2625.58 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7909;QD=61.4171;RBI=0.116137;REFB=-0.0972726;REVB=0.107849;RO=1;SAF=78;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980776;OID=.;OPOS=144946818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:171:171:1:0:170:171:1:92:78:1:0:92:79:0:0 chr8 145002135 . G A 919.33 PASS AF=0.468599;AO=97;DP=207;FAO=97;FDP=207;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.023067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.8;QD=17.7649;RBI=0.0253691;REFB=-0.0297256;REVB=0.0105595;RO=109;SAF=49;SAR=48;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522307;STB=0.526258;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0296915;OID=.;OPOS=145002135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:109:110:97:97:0.468599:48:49:61:48:48:49:61:49 chr8 145012331 . C T 198.58 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0274932;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.676;QD=16.9007;RBI=0.0279657;REFB=-0.0301704;REVB=0.00511886;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156105;STB=0.548119;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0270093;OID=.;OPOS=145012331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:26:19:19:0.404255:4:15:17:2:4:15:19:7 chr8 145057868 . A G 591.47 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00447853;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8609;QD=20.2211;RBI=0.0246579;REFB=-0.0266455;REVB=-0.0242478;RO=57;SAF=25;SAR=35;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198615;STB=0.510945;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0185809;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:35:25:25:32:35:25:25:32 chr8 145058986 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0112744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.249;QD=10.5421;RBI=0.0233325;REFB=-0.00921893;REVB=-0.0204278;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136395;STB=0.582623;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0196532;OID=.;OPOS=145058986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:8:13:8:3:8:13 chr8 145059425 . T C 238.49 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0113269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.965;QD=27.2561;RBI=0.0115618;REFB=-0.026747;REVB=-0.00231915;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151194;STB=0.508372;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0210685;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:14:8:5:8:14:8:5:8 chr8 145060112 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0277539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.591;QD=19.8254;RBI=0.0277893;REFB=-0.00259111;REVB=0.00140158;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281423;STB=0.647283;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00299189;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:17:10:17:7:17:10:17:8 chr8 145066886 . A G 679.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.35;QD=61.7662;RBI=0.0364553;REFB=0;REVB=-0.0347652;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139237;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr8 145107795 . G A 1395.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.565;QD=62.7232;RBI=0.0291062;REFB=0;REVB=0.00507543;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18098e-05;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr8 145150832 . A G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.687;QD=55.6479;RBI=0.0720607;REFB=0;REVB=0.069009;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089507;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 145160646 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.43;QD=63.872;RBI=0.0320787;REFB=0;REVB=0.0170685;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18738e-05;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr8 145161823 . G A 45.2 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.845;QD=30.1309;RBI=0.0847469;REFB=0;REVB=0.0751489;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180916;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:2:4:0:0 chr8 145161896 . T C 500.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5077;QD=58.8258;RBI=0.171449;REFB=0;REVB=-0.0465758;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025809;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:22:9:0:0:22:12:0:0 chr8 145163414 . C G 1287.31 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1658;QD=60.5792;RBI=0.0605976;REFB=-0.0732006;REVB=0.0594138;RO=0;SAF=66;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38618e-08;STB=0.503759;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00125513;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:18:66:0:0:18:66:1:0 chr8 145163647 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.312;QD=44.6898;RBI=0.0387336;REFB=0;REVB=0.000186621;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533713;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr8 145164847 . A G 342.83 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6996;QD=52.7426;RBI=0.0540263;REFB=0;REVB=-0.053215;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788377;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr8 145168611 . A G 614.29 PASS AF=0.86;AO=41;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0155629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.837;QD=49.143;RBI=0.0216911;REFB=-0.0414077;REVB=0.0151095;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.589701;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000727164;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:0:7:41:43:0.86:15:26:0:0:16:27:0:7 chr8 145170440 . A C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.82;QD=61.3754;RBI=0.0200776;REFB=0;REVB=0.0075339;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4249e-05;OID=.;OPOS=145170440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr8 145170704 . A T 771.38 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339205;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0267;QD=57.139;RBI=0.0480951;REFB=0;REVB=0.034096;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668292;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr8 145223288 . C G,T 380.83 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=2,25;DP=27;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108607,0.0181029;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.336,89.4815;QD=54.4049;RBI=0.0140375,0.0325326;REFB=0,0;REVB=0.00889366,0.0270306;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.124848,0.00239284;OID=.,.;OPOS=145223288,145223288;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:28:0:0:2,25:3,25:0.107143,0.892857:0,14:2,11:0:0:0,14:3,11:0:0 chr8 145578296 . A G 1580.1 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000291644;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.781;QD=57.9853;RBI=0.0350904;REFB=0.0178588;REVB=-0.0350891;RO=2;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220599;STB=0.511626;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000148737;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:2:2:106:107:0.981651:42:64:0:2:42:65:0:2 chr8 145603114 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.846;QD=57.0008;RBI=0.0173296;REFB=0;REVB=-0.003304;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04597e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr8 145618597 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.834;QD=52.6132;RBI=0.0388121;REFB=0;REVB=0.0123792;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155308;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 145623963 . G A 736.48 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123528;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.47;QD=56.6521;RBI=0.132272;REFB=0;REVB=0.0472953;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083136;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:50:52:1:27:23:0:0:29:23:0:0 chr8 145639726 . T C 489.17 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0104087;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1844;QD=16.868;RBI=0.0117136;REFB=-0.0207749;REVB=0.00537275;RO=63;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145943;STB=0.500813;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.025415;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:63:53:53:0.456897:26:27:32:31:26:27:32:31 chr8 145640137 . G A 215.12 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0202334;FXX=0.0624922;HRUN=6;LEN=1;MLLD=80.1401;QD=11.4731;RBI=0.024183;REFB=-0.0222778;REVB=-0.0132448;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390178;STB=0.537697;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0150953;OID=.;OPOS=145640137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:49:25:26:0.346667:15:10:18:31:15:11:18:31 chr8 145640411 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.796;QD=62.6711;RBI=0.00705125;REFB=0;REVB=0.0031316;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65242e-06;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr8 145649327 . T TG 41.14 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0650613;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.8085;QD=4.8403;RBI=0.0772695;REFB=-0.113204;REVB=-0.0416846;RO=27;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447362;STB=0.685302;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=0.153399;OID=.;OPOS=145649328;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:10:38:10:34:24:8:2:14:10:41:27:9:1:17:10 chr8 145661320 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00783197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.651;QD=23.9648;RBI=0.0139752;REFB=-0.0234661;REVB=0.0115744;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196173;STB=0.608306;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0217465;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:15:3:9:14:15:3 chr8 145661675 . G A 182.99 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0502359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3867;QD=25.2402;RBI=0.082632;REFB=0.00873508;REVB=0.0656079;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162757;STB=0.566857;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000812438;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:8:10:8:2:8:10:8:3 chr8 145665516 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0176791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.564;QD=23.8207;RBI=0.0302081;REFB=-0.0122384;REVB=-0.0244945;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952036;STB=0.553143;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0125527;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:8:9:9:13:8:9 chr8 145689915 . G A 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.000207192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.882;QD=17.9774;RBI=0.0239502;REFB=-0.0221671;REVB=0.0239493;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148566;STB=0.508299;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0300451;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:26:19:22:32:26:19:22:32 chr8 145690308 . C T 411.39 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0122234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.752;QD=18.4896;RBI=0.0160176;REFB=-0.0231516;REVB=-0.0103515;RO=47;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302185;STB=0.516846;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0347089;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:21:21:25:22:21:21:25:22 chr8 145690348 . G A 384.23 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0195231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9114;QD=17.8709;RBI=0.0544675;REFB=-0.0137372;REVB=0.0508483;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106861;STB=0.546489;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0210656;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:46:40:40:0.465116:20:20:27:17:20:20:27:19 chr8 145690396 . A C 373.89 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0107466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0948;QD=20.7717;RBI=0.0136584;REFB=-0.0308497;REVB=-0.00842975;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114775;STB=0.569409;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0318724;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:19:19:21:12:19:19:22:12 chr8 145692385 . C T 81.46 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00620675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5684;QD=19.1677;RBI=0.0467272;REFB=-0.0182573;REVB=-0.0463131;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.571284;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0403702;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:6:3:4:3:6:4:4:3 chr8 145693720 . A G 1637.12 PASS AF=0.59761;AO=149;DP=252;FAO=150;FDP=251;FR=.;FRO=101;FSAF=110;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=30;FWDB=-0.00915397;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.144;QD=26.0896;RBI=0.0102026;REFB=-0.0133204;REVB=0.00450541;RO=100;SAF=110;SAR=39;SRF=70;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360282;STB=0.515393;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00788659;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:100:101:149:150:0.59761:39:110:70:30:40:110:71:30 chr8 145723419 . T G 454.48 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.00848335;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3761;QD=19.977;RBI=0.047644;REFB=0.00149903;REVB=-0.0468827;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178708;STB=0.59769;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0019685;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:40:46:45:45:0.494505:26:19:9:31:26:19:11:35 chr8 145724275 . T C 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0039413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.748;QD=16.7442;RBI=0.0258629;REFB=-0.00662025;REVB=-0.0255609;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108629;STB=0.560944;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00933058;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:18:21:21:28:18:21:21:28 chr8 145729727 . C A 695.69 PASS AF=0.57265;AO=66;DP=116;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0306178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.5;QD=23.7842;RBI=0.031121;REFB=-0.0347047;REVB=0.00557353;RO=50;SAF=34;SAR=32;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435104;STB=0.520269;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0294405;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:50:50:66:67:0.57265:32:34:23:27:33:34:23:27 chr8 145737636 . A G 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.028166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5517;QD=17.3893;RBI=0.0317673;REFB=0.00105832;REVB=-0.0146915;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139165;STB=0.577902;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0012971;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:15:20:17:23:15:20:17:23 chr8 145737816 . C T 92.99 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0702831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2945;QD=14.3057;RBI=0.0822193;REFB=-0.0611008;REVB=-0.042665;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126336;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.110356;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:12:14:11:11:0.423077:7:4:6:6:7:4:7:7 chr8 145738767 . CG CC,C 953.29 PASS AF=0,1;AO=3,62;DP=66;FAO=0,67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510548,0.00856536;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.54562,26.3388;QD=56.9128;RBI=0.0590118,0.0543566;REFB=0,0;REVB=-0.0295939,-0.0536775;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.50785e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0674682,-0.00247397;OID=.,.;OPOS=145738768,145738768;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,62:66:0,67:67:0:0,16:0,51:0:0:5:0:0,16:3,46:0:0 chr8 145741702 . C G 118.2 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.157273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.781;QD=12.7785;RBI=0.158962;REFB=0.000733635;REVB=-0.0231148;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510947;STB=0.580535;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00683828;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:23:14:14:0.378378:6:8:10:6:6:8:16:7 chr8 145741765 . G A 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0164701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3334;QD=21.1271;RBI=0.0465398;REFB=-0.0159834;REVB=0.043528;RO=21;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188688;STB=0.607254;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0143122;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:4:18:14:7:4:18:14:7 chr8 145742514 . A G 1419.48 PASS AF=0.422043;AO=157;DP=371;FAO=157;FDP=372;FR=.;FRO=215;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=91;FSRR=124;FWDB=-0.028371;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.064;QD=15.2633;RBI=0.0396002;REFB=-0.00833943;REVB=-0.0276272;RO=213;SAF=71;SAR=86;SRF=91;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261961;STB=0.516952;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0114429;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:372:213:215:157:157:0.422043:86:71:91:122:86:71:91:124 chr8 145742879 . T C 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0568311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5746;QD=21.8354;RBI=0.103949;REFB=-0.016336;REVB=-0.087038;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127161;STB=0.57137;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0208284;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:12:12:16:9:12:12 chr8 145745182 . T C 700.87 PASS AF=0.539062;AO=67;DP=123;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0461018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1944;QD=21.9021;RBI=0.0495499;REFB=-0.0228055;REVB=0.0181607;RO=56;SAF=40;SAR=27;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111814;STB=0.555948;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0193106;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:56:59:67:69:0.539062:27:40:26:30:28:41:28:31 chr8 145747920 . T G 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00316079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.396;QD=8.23034;RBI=0.00786102;REFB=-0.00212891;REVB=-0.00719757;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382392;STB=0.734356;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00603442;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:16:9:7:3:16:9 chr8 145755228 . GGC G,GG,GGG 171.61 PASS AF=1,0,0;AO=3,7,10;DP=26;FAO=18,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978133,-0.459374,-0.639028;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.1922,11.0204,4.04806;QD=38.1348;RBI=0.101757,0.481191,0.66472;REFB=0,0,0;REVB=-0.0280559,0.143249,0.183016;RO=3;SAF=0,2,0;SAR=3,5,10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.305263,0,0;SSEP=0,0.326531,0;SSSB=0,0.202067,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00780563,0,0;OID=.,.,.;OPOS=145755229,145755230,145755230;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:3,7,10:26:18,0,0:18:0:4,0,0:14,0,0:0:0:3:3:0,2,0:3,5,10:0:3 chr8 145947776 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.732;QD=45.7996;RBI=0.0269436;REFB=0;REVB=0.0258593;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187617;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr8 145999616 . CTTT C 902.45 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103445;FXX=0.0649266;HRUN=3;LEN=3;MLLD=174.895;QD=50.1361;RBI=0.0103919;REFB=0;REVB=-0.000991563;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.03024e-05;OID=.;OPOS=145999617;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:74:72:72:0:42:30:0:0:16:0:42:30:0:0 chr8 146010817 . C A,G 829.73 PASS AF=0.919355,0.0645161;AO=58,3;DP=62;FAO=57,4;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23,2;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00198832,-0.0181681;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=195.59,23.287;QD=53.5307;RBI=0.00810291,0.0335552;REFB=-0.0516752,-0.105594;REVB=-0.00785518,0.0282112;RO=1;SAF=23,2;SAR=35,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0132888,0.266641;STB=0.507244,0.599516;STBP=0.533,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000882012,0.0939059;OID=.,.;OPOS=146010817,146010817;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:62:1:1:58,3:57,4:0.919355,0.0645161:35,1:23,2:0:1:34,2:23,2:0:1 chr8 146068594 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.28;QD=53.9084;RBI=0.0480747;REFB=0;REVB=-0.036586;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8213e-05;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr8 146115367 . A G 779.63 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328502;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4627;QD=63.6432;RBI=0.0710797;REFB=0;REVB=-0.0630333;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017073;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:17:32:0:0 chr8 146156247 . C A 305.33 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0029612;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.15;QD=25.9858;RBI=0.0157639;REFB=-0.020402;REVB=0.0154833;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210324;STB=0.617003;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0174817;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:9:11:8:19:9:11 chr8 146171437 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0200798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.924;QD=18.7119;RBI=0.0222786;REFB=-0.0129402;REVB=-0.00965085;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.571785;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.012275;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:7:11:9:9:7:11:9:10 chr8 146202386 . A C 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00275583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.285;QD=19.7008;RBI=0.0192367;REFB=0.00578483;REVB=-0.0190383;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00611457;OID=.;OPOS=146202386;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:8:8:8:9:8:8 chr8 146202422 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0557028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.248;QD=14.7986;RBI=0.0906102;REFB=0.0107468;REVB=-0.0714661;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0207735;OID=.;OPOS=146202422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:8:5:5:6:8:5 chr8 146202846 . T C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000209441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.859;QD=18.2897;RBI=0.014862;REFB=-0.00310656;REVB=0.0148605;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157697;STB=0.588179;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00253256;OID=.;OPOS=146202846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:18:15:20:12:18:15 chr8 146203346 . T G 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0268602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.307;QD=17.5528;RBI=0.0270423;REFB=-0.00966703;REVB=-0.0031325;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122569;STB=0.561925;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0102711;OID=.;OPOS=146203346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:20:16:23:17:20:16:23:18 chr8 146203412 . A G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00317748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.594;QD=15.6036;RBI=0.00420279;REFB=-0.00254725;REVB=-0.00275082;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121389;STB=0.562203;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00271649;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:11:19:19:18:11:19:20:18 chr8 146219931 . C G 361.91 PASS AF=0.4;AO=29;DP=111;FAO=44;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0172573;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.171;QD=13.1604;RBI=0.0212798;REFB=-0.0333989;REVB=-0.0124505;RO=50;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013369;STB=0.574292;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0337296;OID=.;OPOS=146219931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:50:66:29:44:0.4:20:9:15:35:24:20:22:44 chr8 146220446 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0152548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.503;QD=21.9705;RBI=0.0243103;REFB=-0.00150916;REVB=0.0189283;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722218;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00130031;OID=.;OPOS=146220446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:10:7:10:10:10:7 chr8 146221893 . A G 312.76 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0244456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.918;QD=21.9478;RBI=0.0339858;REFB=-0.0103152;REVB=0.0236102;RO=25;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144143;STB=0.580023;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0109398;OID=.;OPOS=146221893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:23:9:11:14:23:9:11:14 chr8 146225112 . C T 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0189294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.776;QD=15.2045;RBI=0.0191942;REFB=-0.0107525;REVB=-0.00317682;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136549;STB=0.576968;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0214482;OID=.;OPOS=146225112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:20:19:20:36:20:19:20:36 chr8 146228390 . C T 600.29 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0133293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.321;QD=26.0995;RBI=0.0163365;REFB=-0.00499385;REVB=0.00944527;RO=38;SAF=19;SAR=35;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351155;STB=0.51919;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00375262;OID=.;OPOS=146228390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:35:19:15:23:35:19:15:23 chr8 146228622 . C A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.016388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.126;QD=19.8251;RBI=0.0165292;REFB=-0.0183734;REVB=-0.00215535;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904365;STB=0.558697;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.010996;OID=.;OPOS=146228622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:13:14:15:9:13:14:16:9 chr8 146228779 . T A 202.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00749604;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2262;QD=20.7944;RBI=0.0206379;REFB=-0.0200966;REVB=0.0192285;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173701;STB=0.509794;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0257894;OID=.;OPOS=146228779;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:12:7:7:13:12:7 chr8 146229161 . T A,G 942.05 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=59,4;DP=64;FAO=60,6;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=30,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319314,-0.0149917;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.382,127.586;QD=57.0939;RBI=0.0320003,0.0151204;REFB=0,0;REVB=0.00209884,0.00196907;RO=0;SAF=29,0;SAR=30,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000226505,0.0971976;OID=.,.;OPOS=146229161,146229161;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:64:66:0:0:59,4:60,6:0.909091,0.0909091:30,4:29,0:0:0:30,6:30,0:0:0 chr8 146229532 . A G 1180.13 PASS AF=0.46595;AO=117;DP=267;FAO=130;FDP=279;FR=.;FRO=149;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=0.00819296;FXX=0.0346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.489;QD=16.9195;RBI=0.00857745;REFB=-0.00956576;REVB=-0.00253931;RO=149;SAF=39;SAR=78;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976467;STB=0.512628;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0184905;OID=.;OPOS=146229532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:279:149:149:117:130:0.46595:78:39:63:86:78:52:63:86 chr8 146230360 . C G 334.32 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00537456;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3186;QD=19.1039;RBI=0.00863839;REFB=-0.0252478;REVB=-0.00676284;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192666;STB=0.598975;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0239961;OID=.;OPOS=146230360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:35:35:35:0.5:16:19:11:23:16:19:12:23 chr8 146231140 . G C 380.94 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.00652063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.215;QD=14.3752;RBI=0.0173769;REFB=-0.00437933;REVB=0.0161071;RO=62;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245131;STB=0.637378;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00379611;OID=.;OPOS=146231140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:20:24:19:43:20:24:19:43 chr9 116800 . C G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0232192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.606;QD=15.8391;RBI=0.0259172;REFB=-0.0218186;REVB=0.0115139;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379034;STB=0.72356;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0201009;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:5:2:6:2:5:2 chr9 116832 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0030257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.032;QD=11.1041;RBI=0.0365319;REFB=-0.00721724;REVB=-0.0364064;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0125889;OID=.;OPOS=116832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr9 118173 . C G 1169.92 PASS AF=0.910112;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0218008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.448;QD=52.5805;RBI=0.0721007;REFB=-0.122814;REVB=0.0687258;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106407;STB=0.516369;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000948478;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:86:89:1:8:81:81:0.910112:37:44:1:0:36:45:3:5 chr9 154795 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.87;QD=60.0303;RBI=0.059521;REFB=0;REVB=0.00314447;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023888;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr9 162405 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.6;QD=55.0985;RBI=0.0468656;REFB=0;REVB=0.042855;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513016;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr9 215269 . A C 666.24 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00517974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.533;QD=28.3505;RBI=0.00602086;REFB=-0.0200667;REVB=-0.00306938;RO=36;SAF=25;SAR=33;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107548;STB=0.558479;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0143607;OID=.;OPOS=215269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:36:58:58:0.617021:33:25:21:15:33:25:21:15 chr9 215534 . C T 604.94 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00131147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.691;QD=24.4421;RBI=0.00940212;REFB=-0.00547092;REVB=0.0093102;RO=44;SAF=27;SAR=28;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441962;STB=0.52422;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00443835;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:28:27:24:20:28:27:24:20 chr9 271638 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0337692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6654;QD=17.423;RBI=0.0431457;REFB=0.0314327;REVB=0.026855;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12032;STB=0.575708;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0304526;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:19:12:17:16:19:12:18:16 chr9 286593 . C A 619.78 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0273419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5337;QD=17.8354;RBI=0.0274709;REFB=-0.00605545;REVB=-0.00265999;RO=75;SAF=16;SAR=48;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201504;STB=0.612728;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00886212;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:48:16:32:43:48:16:32:43 chr9 312104 . G A 267.38 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000391211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.282;QD=14.0726;RBI=0.00534367;REFB=-0.00181468;REVB=0.00532933;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220517;STB=0.625236;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00295143;OID=.;OPOS=312104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:12:19:18:27:12:19:18:27 chr9 421032 . C G 190.63 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0194519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.681;QD=15.2504;RBI=0.0349339;REFB=-0.0220378;REVB=-0.0290172;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150714;STB=0.586126;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0234478;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:12:8:8:22:12:8:8:22 chr9 429719 . T C 1216.89 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00290673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1092;QD=58.6455;RBI=0.0384494;REFB=-0.123234;REVB=0.0383393;RO=2;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236586;STB=0.512497;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000164593;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:39:41:0:2:39:42:0:2 chr9 433978 . A G 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.135;QD=56.2106;RBI=0.0210448;REFB=0.0702634;REVB=0.00475204;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000911777;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr9 441952 . G A 854.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129029;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.175;QD=57.9432;RBI=0.0142596;REFB=0;REVB=0.00607055;RO=1;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518915;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:1:0:59:59:1:39:20:0:1:39:20:0:0 chr9 446506 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00458426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.533;QD=14.2307;RBI=0.00589581;REFB=-0.00671555;REVB=-0.00370743;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956379;STB=0.554414;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0110847;OID=.;OPOS=446506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:20:16:14:12:20:16 chr9 676954 . T C 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00399606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.285;QD=10.5625;RBI=0.00815477;REFB=-0.0178607;REVB=0.00710857;RO=49;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336673;STB=0.519635;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0347892;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:11:14:26:23:11:14:26:23 chr9 712060 . G C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0612053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3789;QD=13.2238;RBI=0.0621814;REFB=-0.00243476;REVB=0.0109741;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239565;OID=.;OPOS=712060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:12:12:18:17:12:12:18:18 chr9 712137 . G C 329.62 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00401835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.287;QD=20.9284;RBI=0.02645;REFB=-0.0108595;REVB=0.026143;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644391;STB=0.542348;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00894172;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:18:15:11:18:18:16:11:18 chr9 712156 . T G 327.96 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.05746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.672;QD=23.0146;RBI=0.0581014;REFB=-0.0404748;REVB=-0.00860903;RO=22;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033459;STB=0.53396;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0172784;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:24:33:33:0.578947:18:15:9:13:18:15:9:15 chr9 712599 . C T 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0103612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.74;QD=19.3427;RBI=0.0203399;REFB=-0.00371238;REVB=-0.017503;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632217;STB=0.535676;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00348716;OID=.;OPOS=712599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:14:4:5:13:14:4 chr9 712674 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0127071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.127;QD=18.154;RBI=0.0148004;REFB=0.00788316;REVB=0.0075882;RO=25;SAF=18;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264724;STB=0.653296;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0190473;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:3:18:17:8:3:18:17:8 chr9 712766 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000235674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.666;QD=17.3255;RBI=0.012354;REFB=-0.012686;REVB=0.0123518;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263634;STB=0.651006;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0238942;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:11:14:6:14:11:14 chr9 730054 . A G 421.75 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0177734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.768;QD=18.1398;RBI=0.0415422;REFB=-0.0111519;REVB=0.0375481;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599981;STB=0.533521;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00883866;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:25:18:24:26:25:18:24:26 chr9 738434 . C T 514.36 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00753467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.15;QD=18.8757;RBI=0.00753481;REFB=-0.0205764;REVB=-4.65121e-05;RO=53;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768456;STB=0.541282;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0151532;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:55:54:54:0.495413:28:26:21:32:28:26:22:33 chr9 740901 . C T 590.05 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00833666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.423;QD=18.5842;RBI=0.0117038;REFB=0.0135599;REVB=0.00821456;RO=66;SAF=26;SAR=35;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413817;STB=0.522928;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0143127;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:35:26:31:35:35:26:31:35 chr9 742342 . A G 514.04 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.988;QD=58.7473;RBI=0.0499434;REFB=0;REVB=-0.00980123;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0781205;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:13:17:0:0:18:17:0:0 chr9 841971 . T A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0120762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.65;QD=15.7005;RBI=0.0175678;REFB=-0.0292386;REVB=0.012759;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14369;STB=0.583219;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0349228;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:9:10:10:5:9:10 chr9 977064 . GC G 32.67 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.145937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.2737;QD=4.6671;RBI=0.171957;REFB=-0.0728367;REVB=-0.0909473;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.333333;SSSB=0.600022;STB=0.896853;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0695808;OID=.;OPOS=977065;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:28:9:28:19:7:2:1:18:32:17:6:3:1:16 chr9 990840 . C T 56.52 PASS AF=0.4;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.039697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.904;QD=11.3048;RBI=0.0538074;REFB=-0.0471346;REVB=0.0363233;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0703051;OID=.;OPOS=990840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:20:11:12:6:8:0.4:5:1:2:9:6:2:3:9 chr9 991114 . A G 335.75 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0666164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6169;QD=22.3834;RBI=0.0697184;REFB=0.0279805;REVB=0.0205648;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765272;STB=0.542144;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0215484;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:19:15:9:17:19:15:9:17 chr9 1056728 . G C 205.26 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00317837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.193;QD=15.2043;RBI=0.0104422;REFB=-0.00773755;REVB=-0.00994678;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213625;STB=0.618805;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0132091;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:23:24:0.444444:10:13:10:19:10:14:11:19 chr9 1056959 . G C 254.67 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00315828;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.71;QD=27.5323;RBI=0.017766;REFB=-0.0187866;REVB=-0.017483;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147582;STB=0.590092;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0167457;OID=.;OPOS=1056959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:15:8:2:11:15:8:2:12 chr9 1057555 . T C 540.74 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0140701;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.665;QD=21.8482;RBI=0.0234217;REFB=-0.010751;REVB=-0.0187245;RO=48;SAF=17;SAR=34;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989242;STB=0.554722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0112641;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:34:17:21:27:34:17:21:27 chr9 2029199 . G A 275.18 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.00354109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.676;QD=13.1036;RBI=0.0292009;REFB=-0.00934341;REVB=-0.0289853;RO=52;SAF=8;SAR=24;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535758;STB=0.530749;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0147004;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:24:8:15:37:24:8:15:37 chr9 2101545 . T A 427.47 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00776772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8681;QD=51.8145;RBI=0.0795948;REFB=-0.0991355;REVB=-0.0792149;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664988;STB=0.535691;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00684088;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:18:13:2:0:18:13:2:0 chr9 2191309 . C G 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0108595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.021;QD=10.3781;RBI=0.01092;REFB=-0.00293757;REVB=0.00114777;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293136;STB=0.672571;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00649496;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:3:13:5:4:3:13 chr9 2717922 . C G 447.14 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.172;QD=57.6954;RBI=0.0501417;REFB=0;REVB=0.0399031;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175786;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr9 2718534 . C G 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.414;QD=58.2256;RBI=0.0325393;REFB=-0.0395857;REVB=-0.0274106;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00384811;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:0:1:34:37:0:1 chr9 2811505 . G A 548.59 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0264986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.291;QD=20.5082;RBI=0.0632773;REFB=-0.0342792;REVB=-0.0574617;RO=50;SAF=24;SAR=32;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751024;STB=0.501362;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0289214;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:51:56:56:0.523364:32:24:21:29:32:24:22:29 chr9 2828765 . C G 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00267169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.594;QD=21.0067;RBI=0.00617459;REFB=-0.0158185;REVB=-0.00556666;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279229;STB=0.515479;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0165725;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:13:17:15:10:13:17:15:10 chr9 4118208 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.682;QD=40.7629;RBI=0.0272735;REFB=0;REVB=-0.00838513;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218261;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr9 4386423 . A G 256.11 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.000628511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7729;QD=17.9724;RBI=0.0285635;REFB=-0.0182014;REVB=-0.0285566;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293516;STB=0.663305;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00771083;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:7:22:12:16:7:22 chr9 4564432 . G A 461.74 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0305997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.453;QD=21.4761;RBI=0.0356231;REFB=-0.0223057;REVB=0.018239;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00966382;STB=0.505338;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0151502;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:29:16:15:26:29:16:15:26 chr9 4583075 . G A 379.89 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0028054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.671;QD=19.2348;RBI=0.0198901;REFB=-0.0289401;REVB=0.0196912;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190994;STB=0.518559;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0157689;OID=.;OPOS=4583075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:15:23:25:15:16:23:25:15 chr9 4622453 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000666127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.661;QD=13.6311;RBI=0.0204592;REFB=0.00131302;REVB=0.0204483;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000631089;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:6:3:2:6:6:3 chr9 4625429 . T C 213.24 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0862027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1134;QD=10.4018;RBI=0.0862373;REFB=-0.00458044;REVB=-0.00244176;RO=55;SAF=12;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115753;STB=0.567518;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00816209;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:15:12:30:25:15:12:30:25 chr9 4629170 . T TAAAA 72.92 PASS AF=0.325;AO=9;DP=42;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00689743;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=4;MLLD=55.795;QD=7.29243;RBI=0.0384734;REFB=-0.0381088;REVB=0.0378501;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108157;STB=0.647766;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.0615865;OID=.;OPOS=4629171;OREF=-;OALT=AAAA;OMAPALT=TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:9:42:13:40:27:4:9:14:13:72:28:4:5:15:13 chr9 4664361 . A T 251.97 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0085203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.512;QD=14.8217;RBI=0.0331643;REFB=-0.00367223;REVB=-0.0320511;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109191;STB=0.552296;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0048053;OID=.;OPOS=4664361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:13:16:25:13:13:16:25:14 chr9 4664829 . T C 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0133926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.453;QD=16.615;RBI=0.0135568;REFB=-0.0104419;REVB=-0.0021036;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142368;STB=0.581444;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0119562;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:13:8:9:8:13:8 chr9 4701865 . C T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0158061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.785;QD=13.7537;RBI=0.0280771;REFB=-0.0272161;REVB=-0.0232054;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264628;STB=0.636506;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0183866;OID=.;OPOS=4701865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:6:16:7:8:7:16 chr9 4711440 . T A 1218.08 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9428;QD=59.4184;RBI=0.0391066;REFB=-0.115177;REVB=-0.00531737;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00155159;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:78:81:0.987805:40:38:0:1:40:41:0:1 chr9 4860300 . A G 544.29 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0352081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7943;QD=31.1024;RBI=0.0944662;REFB=0.0120631;REVB=0.0876598;RO=22;SAF=37;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699075;STB=0.537948;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0038341;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:11:37:15:7:11:37:15:7 chr9 5050706 . C T 1463.04 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293441;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6836;QD=62.2569;RBI=0.0682821;REFB=0;REVB=-0.0616552;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357148;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:90:94:1:45:45:0:0:47:47:0:0 chr9 5081780 . G A 217.67 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.000178177;FXX=0.03529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.984;QD=10.6182;RBI=0.0300534;REFB=-0.0100696;REVB=-0.0300528;RO=54;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213694;STB=0.506844;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00965812;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:15:12:25:29:15:12:25:30 chr9 5092466 . G A 513.58 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00276026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.307;QD=22.0895;RBI=0.00281191;REFB=-0.0173096;REVB=0.000536488;RO=44;SAF=26;SAR=23;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123318;STB=0.567906;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00982412;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:23:26:17:27:23:26:17:27 chr9 5094034 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0132254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.335;QD=16.0341;RBI=0.0136183;REFB=-0.0138164;REVB=-0.00324777;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316554;STB=0.682018;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.019923;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:17:11:14:6:17:11 chr9 5095095 . A C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.015401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.129;QD=17.4901;RBI=0.0287171;REFB=0.00221197;REVB=0.024238;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522636;STB=0.52939;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00244942;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:8:20:20:10:8:20:20:10 chr9 5095167 . A C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0113735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.23;QD=12.3947;RBI=0.0145822;REFB=-0.0218567;REVB=-0.00912608;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251089;STB=0.646858;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0274124;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:16:8:8:6:16:8 chr9 5095191 . T A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00943595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.645;QD=6.78771;RBI=0.0095695;REFB=-0.0219462;REVB=0.00159318;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201057;STB=0.512788;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0425227;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:14:9:3:5:14:9 chr9 5096433 . A G 331.62 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00662295;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.558;QD=15.7914;RBI=0.00854686;REFB=-0.00891085;REVB=0.00540235;RO=48;SAF=26;SAR=10;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160163;STB=0.590856;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0137241;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:10:26:28:20:10:26:28:20 chr9 5098223 . T C 252.52 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00392183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8465;QD=21.0432;RBI=0.0296704;REFB=0.00200334;REVB=-0.02941;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670041;STB=0.545416;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00402262;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:8:15:14:10:8:16:14:10 chr9 5109431 . G A 278.74 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0461079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5717;QD=16.3964;RBI=0.074552;REFB=-0.0058009;REVB=0.0585838;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848967;STB=0.562873;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00771013;OID=.;OPOS=5109431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:37:30:31:0.455882:14:16:17:21:14:17:16:21 chr9 5109485 . G T 131.29 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00196793;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.533;QD=12.8084;RBI=0.00357127;REFB=0.003096;REVB=-0.00298014;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910528;STB=0.536035;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00572592;OID=.;OPOS=5109485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:8:17:9:6:9:17 chr9 5335470 . C T 564.31 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0316626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.469;QD=18.2034;RBI=0.0317738;REFB=-0.00918841;REVB=-0.0026563;RO=65;SAF=23;SAR=36;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205754;STB=0.511402;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0100915;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:36:23:24:41:36:23:24:41 chr9 5557672 . T C 1992.4 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0551299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.653;QD=61.3045;RBI=0.072622;REFB=0.0591322;REVB=-0.0472721;RO=0;SAF=71;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1079e-08;STB=0.504273;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0104519;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:58:71:0:0:58:71:0:1 chr9 5557708 . T C 410.6 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00780776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.371;QD=13.353;RBI=0.0101061;REFB=-0.0105884;REVB=0.00641649;RO=74;SAF=28;SAR=20;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466998;STB=0.531021;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0139385;OID=.;OPOS=5557708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:75:48:48:0.390244:20:28:40:34:20:28:40:35 chr9 5732483 . T C 486.3 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00855729;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.274;QD=14.9632;RBI=0.031976;REFB=-0.00576928;REVB=-0.0308096;RO=76;SAF=23;SAR=31;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104817;STB=0.558936;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00992559;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:76:76:54:54:0.415385:31:23:40:36:31:23:40:36 chr9 5890162 . G T 249.57 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0405064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1897;QD=18.4869;RBI=0.0483217;REFB=-0.0152595;REVB=0.026348;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660356;STB=0.536959;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0171768;OID=.;OPOS=5890162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:15:12:14:13:15:12 chr9 5892525 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00572857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.707;QD=14.8515;RBI=0.0147246;REFB=-0.0157804;REVB=-0.0135646;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778986;STB=0.5045;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0217435;OID=.;OPOS=5892525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:12:17:11:8:12:17 chr9 5909152 . T G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6253;QD=58.7797;RBI=0.0339521;REFB=0;REVB=-0.0060116;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442377;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr9 5968416 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.161;QD=51.1846;RBI=0.0163941;REFB=0;REVB=0.00838631;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138558;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr9 5969249 . A G 755.87 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138968;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.091;QD=57.0466;RBI=0.0260275;REFB=0;REVB=0.022007;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14792e-05;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr9 6007500 . G A 2287.57 PASS AF=0.934911;AO=157;DP=171;FAO=158;FDP=169;FR=.;FRO=11;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0114952;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.856;QD=54.1437;RBI=0.0270629;REFB=0.0111015;REVB=0.0245002;RO=11;SAF=73;SAR=84;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100429;STB=0.505035;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000869932;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:171:169:11:11:157:158:0.934911:84:73:6:5:84:74:6:5 chr9 6253571 . C T 311.77 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=-0.0520207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9802;QD=14.1712;RBI=0.054859;REFB=-0.0157476;REVB=-0.0174172;RO=52;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317211;STB=0.680804;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0261099;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:18:17:10:42:18:17:10:43 chr9 6328947 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.689;QD=53.9111;RBI=0.00813239;REFB=0;REVB=0.000447005;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88698e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr9 6329888 . A G 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.453;QD=59.6752;RBI=0.0242285;REFB=0;REVB=0.0142676;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19469e-05;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr9 6330915 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.35;QD=56.9567;RBI=0.0142298;REFB=0;REVB=0.00517742;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18936e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr9 6468447 . A G 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00978657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.324;QD=18.7925;RBI=0.0107993;REFB=-0.00607038;REVB=0.00456589;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.52172;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00746803;OID=.;OPOS=6468447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:14:13:12:11:14:13 chr9 6469651 . A G 178.65 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.0171112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.434;QD=6.93804;RBI=0.0178763;REFB=-0.00606947;REVB=0.00517386;RO=75;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06816;STB=0.537692;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0155807;OID=.;OPOS=6469651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:75:77:26:26:0.252427:16:10:25:50:16:10:26:51 chr9 6469657 . G GGT 39.23 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=102;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.150447;FXX=0.115777;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.496;QD=1.86829;RBI=0.150883;REFB=-0.0293064;REVB=-0.0114602;RO=79;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422747;STB=0.588097;STBP=0.546;TYPE=ins;VARB=0.140826;OID=.;OPOS=6469658;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:11:102:12:84:72:5:7:23:49:39:79:7:4:22:57 chr9 6469705 . C T 148.11 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=63;FWDB=-0.0285217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2333;QD=6.1714;RBI=0.0334783;REFB=-0.020162;REVB=-0.0175302;RO=74;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285312;STB=0.668996;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.039984;OID=.;OPOS=6469705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:74:22:22:0.229167:15:7:11:63:15:7:11:63 chr9 6469782 . A G 564.48 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0218498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.595;QD=29.7096;RBI=0.0549942;REFB=-0.0754765;REVB=0.0504673;RO=26;SAF=19;SAR=31;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757179;STB=0.540986;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.033847;OID=.;OPOS=6469782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:31:19:7:19:31:19:7:19 chr9 6610326 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0852949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6751;QD=8.69102;RBI=0.0853412;REFB=0.0053154;REVB=-0.0028105;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.666222;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0047586;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:8:9:6:2:8:9 chr9 7046917 . A G 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0224721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9302;QD=19.1473;RBI=0.0239247;REFB=-0.0130135;REVB=0.00820968;RO=36;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178493;STB=0.59947;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.010248;OID=.;OPOS=7046917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:23:13:20:16:23:13:20:16 chr9 7076463 . G A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.943;QD=62.6685;RBI=0.025049;REFB=0;REVB=-0.00189814;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115756;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr9 7103816 . C T 591.44 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.01766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.427;QD=18.7759;RBI=0.0177376;REFB=0.00299198;REVB=0.00165699;RO=64;SAF=31;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798404;STB=0.539888;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00270348;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:65:61:61:0.484127:30:31:27:37:30:31:28:37 chr9 7798435 . C T 682.57 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00056051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.307;QD=62.0516;RBI=0.0124981;REFB=0;REVB=-0.0124856;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79542e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr9 7798518 . G C 1201.59 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8716;QD=60.0793;RBI=0.0830427;REFB=0;REVB=0.0681982;RO=1;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141995;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:33:46:0:1:34:46:0:0 chr9 8389364 . C G 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.847;QD=63.2449;RBI=0.0309226;REFB=0;REVB=-0.00268278;RO=0;SAF=51;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05161e-05;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:88:51:0:0:88:51:0:0 chr9 8454566 . T C 180.73 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0414769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0544;QD=13.9024;RBI=0.0549469;REFB=0.0228051;REVB=0.0360393;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932069;STB=0.553455;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0343904;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:12:19:11:10:12:19 chr9 8518052 . G C 462.72 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0134049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6094;QD=14.807;RBI=0.0207766;REFB=0.00361024;REVB=-0.0158737;RO=73;SAF=27;SAR=25;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442079;STB=0.524844;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0034325;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:73:52:52:0.416:25:27:41:32:25:27:41:32 chr9 8518143 . T C 674.88 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0423658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.88;QD=22.1273;RBI=0.0424675;REFB=-0.00605919;REVB=-0.00293666;RO=55;SAF=38;SAR=28;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862003;STB=0.551536;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00582236;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:56:66:66:0.540984:28:38:26:29:28:38:26:30 chr9 12764879 . C T 1493.36 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.417;QD=57.4371;RBI=0.0311795;REFB=-0.168979;REVB=0.0112637;RO=2;SAF=51;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182405;STB=0.509614;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000402128;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:51:51:2:0:51:51:2:0 chr9 12775889 . A G,T 300.06 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539432,-0.0339563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.5272,117.494;QD=52.184;RBI=0.0542154,0.0340915;REFB=0,0;REVB=-0.00542525,0.00303309;RO=0;SAF=10,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00171452,0.00101268;OID=.,.;OPOS=12775889,12775889;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:11,2:10,0:0:0:11,2:10,0:0:0 chr9 13105959 . T G 1336.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0285;QD=61.459;RBI=0.0154063;REFB=0;REVB=-0.0116643;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176576;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr9 13112116 . A G 2379.89 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.818;QD=60.2504;RBI=0.0291119;REFB=-0.0409044;REVB=0.00397991;RO=1;SAF=68;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537586;STB=0.502793;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000289265;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:1:1:156:157:0.993671:88:68:0:1:89:68:0:1 chr9 14618856 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0087004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.041;QD=19.3853;RBI=0.0329721;REFB=-0.00822267;REVB=0.0318035;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.585871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00584452;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:13:8:11:9:13:8 chr9 14737506 . T G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0471;QD=61.3735;RBI=0.0433648;REFB=0;REVB=0.043242;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357117;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr9 14775853 . A G 1343.73 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0228552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.065;QD=61.0787;RBI=0.026046;REFB=-0.0889526;REVB=0.0124913;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129795;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000369068;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:1:0:51:36:1:0 chr9 14775859 . G A 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0130899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.626;QD=20.5645;RBI=0.0141374;REFB=-0.011152;REVB=-0.00534035;RO=44;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919506;STB=0.550987;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0139192;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:28:17:21:23:28:17:21:23 chr9 14784566 . G C 713.32 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00628536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.377;QD=20.6759;RBI=0.0117673;REFB=0.0027018;REVB=-0.00994807;RO=68;SAF=34;SAR=36;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531734;STB=0.529257;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00323986;OID=.;OPOS=14784566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:36:34:29:39:36:34:29:39 chr9 14801769 . C T 403.41 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0790215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1981;QD=16.8087;RBI=0.0894152;REFB=-0.0288048;REVB=-0.041841;RO=54;SAF=12;SAR=30;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566792;STB=0.531899;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.025552;OID=.;OPOS=14801769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:30:12:18:36:30:12:18:36 chr9 14816829 . G C 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00455406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.096;QD=22.793;RBI=0.0320153;REFB=-0.0369339;REVB=-0.0316897;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250791;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0147003;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:9:12:13:11:9:12 chr9 14824799 . G A 387.8 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0128948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.95;QD=18.4668;RBI=0.0392542;REFB=-0.0172709;REVB=-0.0370758;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654176;STB=0.503648;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0226468;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:17:23:25:19:17:23:25:19 chr9 14846036 . C G 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00651011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.182;QD=14.6607;RBI=0.0187054;REFB=-0.00929924;REVB=0.0175359;RO=62;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659779;STB=0.537091;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0152002;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:24:21:25:37:24:21:25:37 chr9 14859356 . T C 396.46 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0419966;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.612;QD=22.6546;RBI=0.0424585;REFB=-0.00530773;REVB=0.00624608;RO=31;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559989;STB=0.530876;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00339732;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:31:39:39:0.557143:15:24:17:14:15:24:17:14 chr9 15188106 . T C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000183308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.541;QD=59.9372;RBI=0.000715474;REFB=0;REVB=0.000691593;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39066e-06;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr9 15433568 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.007143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2198;QD=9.82149;RBI=0.0555792;REFB=0.00396774;REVB=-0.0551183;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736464;STB=0.5443;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0113172;OID=.;OPOS=15433568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:7:16:7:4:7:16 chr9 15464927 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAC 75.28 PASS AF=0.511111,0.0222222;AO=15,3;DP=46;FAO=23,1;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11,0;FSAR=12,1;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00676055,0.126896;FXX=0.0217344;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.24907,24.7706;QD=6.69149;RBI=0.151811,0.137476;REFB=-0.102298,-0.0467721;REVB=0.15166,0.0528851;RO=21;SAF=7,0;SAR=8,3;SRF=5;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237804,-0.504725;STB=0.592737,0.985811;STBP=0.226,0.503;TYPE=del,snp;VARB=0.124613,-0.00863567;OID=.,.;OPOS=15464928,15464935;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511111,0.0222222:15,3:46:23,1:45:21:11,0:12,1:6:15:68:21:7,0:8,3:5:16 chr9 15591372 . T A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00406965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.309;QD=9.41517;RBI=0.00921898;REFB=-0.00728417;REVB=-0.00827209;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197664;STB=0.620734;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.012258;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:10:4:15:19:10:4:15:19 chr9 15784631 . A G 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0152516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.844;QD=30.8607;RBI=0.0199033;REFB=0.0152376;REVB=0.0127879;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182608;STB=0.599911;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00623834;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:8:1:9:12:8:1 chr9 15922137 . A G 1212.3 PASS AF=0.987654;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.387;QD=59.8667;RBI=0.0400004;REFB=-0.00433844;REVB=0.0320189;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000127769;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:81:80:0.987654:34:47:0:0:33:47:0:1 chr9 16411463 . G T 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0714629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.263;QD=16.7531;RBI=0.0733714;REFB=0.00125823;REVB=-0.0166256;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15568;STB=0.588161;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00397816;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:15:13:15:9:15:13 chr9 16412868 . T G 476.66 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.000235313;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.625;QD=17.8192;RBI=0.00746918;REFB=-0.0034735;REVB=0.00746547;RO=56;SAF=24;SAR=27;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108213;STB=0.559977;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00330572;OID=.;OPOS=16412868;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:27:24:20:36:27:24:20:36 chr9 16413158 . C A 466.91 PASS AF=0.40458;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0036484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.46;QD=14.2567;RBI=0.0084654;REFB=-0.0265024;REVB=-0.00763886;RO=71;SAF=31;SAR=21;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786367;STB=0.528191;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0277263;OID=.;OPOS=16413158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:131:71:78:52:53:0.40458:21:31:37:34:22:31:42:36 chr9 16417431 . G A 1960.09 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.176;QD=61.7351;RBI=0.0201571;REFB=0;REVB=-0.00295915;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43617e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:56:69:0:0:58:69:0:0 chr9 16685538 . CT C,CC 201.03 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,13;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113014,-0.0701186;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.5385,82.2033;QD=47.3022;RBI=0.113371,0.0720718;REFB=0,0;REVB=-0.00898931,-0.016665;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0407297,0.00334981;OID=.,.;OPOS=16685539,16685539;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:3,13:17:1,16:17:0:0,9:1,7:0:0:6:0:3,6:0,7:0:0 chr9 17001122 . C A 1344.9 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6012;QD=60.4449;RBI=0.0366302;REFB=0.00992761;REVB=0.0121615;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000200277;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:1:1:87:88:0.988764:38:49:0:1:39:49:0:1 chr9 17001200 . C A 1899.57 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313835;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.955;QD=61.7746;RBI=0.0179572;REFB=0;REVB=0.0176808;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18698e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:55:68:0:0:55:68:0:0 chr9 17001216 . A C 1862.98 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826041;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.742;QD=61.5862;RBI=0.0213107;REFB=0;REVB=0.0196446;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125187;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:56:65:0:0:56:65:0:0 chr9 17053994 . G A 180.76 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.019025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.774;QD=13.9047;RBI=0.0513808;REFB=-0.0111557;REVB=-0.0477288;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305368;STB=0.688876;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0195071;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:31:21:21:0.403846:8:13:9:20:8:13:9:22 chr9 17054142 . A G 323.45 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.070197;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.68;QD=16.5874;RBI=0.0771349;REFB=-0.0106926;REVB=0.0319715;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334604;STB=0.518786;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0118556;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:20:15:17:26:20:15:17:26 chr9 17135115 . C T 662.21 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0419927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5169;QD=22.0737;RBI=0.0421207;REFB=-0.0231214;REVB=0.00328194;RO=54;SAF=25;SAR=40;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18861;STB=0.599452;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0194256;OID=.;OPOS=17135115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:55:65:65:0.541667:40:25:33:21:40:25:33:22 chr9 17342383 . C T 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088016;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.712;QD=62.3665;RBI=0.0410543;REFB=0;REVB=0.0400997;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141037;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr9 17394536 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.899;QD=45.8067;RBI=0.0650227;REFB=0;REVB=0.0154;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122368;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 17394996 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.306;QD=57.8848;RBI=0.0111475;REFB=0;REVB=0.00967614;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9917e-06;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr9 17409366 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.501;QD=57.3858;RBI=0.00133695;REFB=0;REVB=-0.000470385;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68211e-06;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr9 18651156 . C T 572.74 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00874369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.483;QD=28.637;RBI=0.0292136;REFB=-0.0140133;REVB=0.0278744;RO=29;SAF=15;SAR=36;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165275;STB=0.590127;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0062206;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:36:15:15:14:36:15:15:14 chr9 18651282 . A G 562.95 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00154634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.914;QD=23.9555;RBI=0.00238576;REFB=-0.0163941;REVB=0.00181677;RO=41;SAF=22;SAR=30;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696008;STB=0.5084;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0108467;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:42:52:52:0.553191:30:22:17:24:30:22:17:25 chr9 18681821 . A G 210.49 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0172167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.187;QD=19.135;RBI=0.0177461;REFB=-0.0128394;REVB=0.00430201;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119823;STB=0.567623;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00666987;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:8:15:11:10:8:15 chr9 18775810 . C A 1472.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.379;QD=63.328;RBI=0.103155;REFB=0;REVB=0.00851635;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80937e-05;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:60:33:0:0:60:33:0:0 chr9 18776840 . A C 1026.73 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.987;QD=59.5205;RBI=0.0236538;REFB=0;REVB=-0.0232712;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60142e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr9 18777368 . T C 1035.47 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.841;QD=59.1695;RBI=0.0646699;REFB=0;REVB=-0.0386384;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01691e-05;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:25:42:0:0:26:44:0:0 chr9 18910416 . A AGTT 300.41 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00621525;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.976;QD=13.9727;RBI=0.00682802;REFB=0.0015717;REVB=0.00282711;RO=52;SAF=6;SAR=28;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248492;STB=0.643583;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=-0.00270083;OID=.;OPOS=18910417;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349:34:87:34:86:52:6:28:18:34:99:52:6:28:18:34 chr9 18950787 . G A 1836.19 PASS AF=0.85625;AO=134;DP=159;FAO=137;FDP=160;FR=.;FRO=23;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=23;FSRR=0;FWDB=0.00468179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.409;QD=45.9047;RBI=0.00549018;REFB=-0.0084564;REVB=-0.00286757;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.589134;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00721253;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:0:23:134:137:0.85625:82:52:0:0:84:53:23:0 chr9 18950895 . T C 2239.11 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0226656;FXX=0.0194793;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.576;QD=59.3143;RBI=0.0250639;REFB=-0.0758676;REVB=0.0106989;RO=1;SAF=55;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856893;STB=0.501859;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=9.1547e-05;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:151:1:2:149:149:0.986755:94:55:1:0:94:55:1:1 chr9 19058743 . G C 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0125435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.758;QD=17.7163;RBI=0.0128531;REFB=-0.0175619;REVB=-0.00280401;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595739;STB=0.540961;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0229485;OID=.;OPOS=19058743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:23:14:18:23:23:14:19:23 chr9 19058821 . A G 279.84 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.016637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.519;QD=14.1691;RBI=0.0188436;REFB=0.00104513;REVB=0.0088482;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881637;STB=0.550087;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000648592;OID=.;OPOS=19058821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:15:17:21:26:15:17:21:26 chr9 19060046 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0288895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1036;QD=11.9922;RBI=0.0317955;REFB=-0.00956257;REVB=0.0132798;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140927;STB=0.582689;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0126495;OID=.;OPOS=19060046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:17:16:11:7:17:16 chr9 19063765 . A G 394.57 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00964374;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.373;QD=14.8896;RBI=0.0103876;REFB=-0.00203811;REVB=0.00385999;RO=60;SAF=19;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966804;STB=0.549893;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00266898;OID=.;OPOS=19063765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:61:45:45:0.424528:26:19:31:29:26:19:31:30 chr9 19089643 . T G 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0370787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3;QD=15.1032;RBI=0.0508663;REFB=0.0309573;REVB=0.0348217;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333569;STB=0.518857;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0397613;OID=.;OPOS=19089643;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:19:26:18:15:19:26 chr9 19434980 . C T 464.22 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0179976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.941;QD=16.4324;RBI=0.0362525;REFB=-0.0228771;REVB=0.0314695;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111922;STB=0.570809;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0238375;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:62:51:51:0.451327:28:23:34:26:28:23:36:26 chr9 19492973 . A G 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00418306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.276;QD=14.1788;RBI=0.0314697;REFB=-0.0176095;REVB=-0.0311904;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476382;STB=0.519989;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0246247;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:20:15:20:32:20:15:21:32 chr9 19576949 . T G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.547;QD=59.8331;RBI=0.0484041;REFB=0;REVB=0.040693;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102591;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chr9 19622268 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.35;QD=56.704;RBI=0.0348391;REFB=0;REVB=0.0249075;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35472e-06;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 19786217 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0216101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0104;QD=17.5598;RBI=0.0288266;REFB=0.0366433;REVB=-0.0190781;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236067;STB=0.636198;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0485881;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:4:14:12:9:4:14:12:9 chr9 20354796 . A G 405.6 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00576641;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.046;QD=18.6482;RBI=0.0126075;REFB=-0.0120267;REVB=-0.0112114;RO=45;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732404;STB=0.510927;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0115973;OID=.;OPOS=20354796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:17:24:26:19:17:24:26:20 chr9 20413952 . T C 41.9 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0188436;FXX=0.0116266;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.9176;QD=1.97196;RBI=0.0202716;REFB=-0.0339047;REVB=-0.00747372;RO=55;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507574;STB=0.865727;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.127502;OID=.;OPOS=20413952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:85:85:55:73:8:8:0.0941176:7:1:30:25:7:1:38:35 chr9 20418323 . T C 941.12 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.312;QD=57.0378;RBI=0.0382145;REFB=-0.132852;REVB=0.0291767;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000495643;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:31:34:0:0:31:34:0:1 chr9 20866974 . C G 1193.9 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431551;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4217;QD=61.2256;RBI=0.0692863;REFB=0;REVB=0.0542054;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093843;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr9 20953049 . A G 217.38 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0224448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.419;QD=11.9111;RBI=0.023291;REFB=-0.00694165;REVB=-0.00622091;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834658;STB=0.510541;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0118517;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:11:16:27:18:11:16:28:18 chr9 20988426 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.952;QD=57.8849;RBI=0.0148129;REFB=0;REVB=-0.0131742;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18169e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr9 21029330 . T C 217.16 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0127823;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.371;QD=17.7275;RBI=0.0128067;REFB=-0.0241709;REVB=-0.000789909;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139724;STB=0.579067;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0236338;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:12:14:9:14:12:14 chr9 21187121 . T A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.033841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.98;QD=18.8205;RBI=0.0368612;REFB=-0.0279175;REVB=-0.014613;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00557551;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:5:5:7:5:5:5 chr9 21187311 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.597;QD=62.6145;RBI=0.028785;REFB=0;REVB=-0.00647573;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38993e-05;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:47:40:0:0:48:40:0:0 chr9 21206763 . G T 205.01 PASS AF=0.337662;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0328657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8331;QD=10.6496;RBI=0.0446748;REFB=-0.0187553;REVB=0.0302603;RO=51;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333955;STB=0.507037;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.043916;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:51:51:25:26:0.337662:13:12:23:28:14:12:23:28 chr9 21207000 . C G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00917289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.372;QD=9.37563;RBI=0.018564;REFB=-0.012462;REVB=-0.0161394;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214967;STB=0.626813;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0284551;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:25:16:11:8:25:16 chr9 21207005 . C G 130.29 PASS AF=0.3;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0273723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.602;QD=8.68597;RBI=0.0286732;REFB=-0.0253704;REVB=0.00853886;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118806;STB=0.588138;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0483493;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:17:18:0.3:9:8:24:18:10:8:24:18 chr9 21207031 . T C 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0165673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.528;QD=6.17981;RBI=0.045456;REFB=-0.0108066;REVB=-0.0423294;RO=51;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183426;STB=0.613121;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0219436;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:9:7:30:21:9:7:30:21 chr9 21207037 . A T 103.5 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0139542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.436;QD=6.17896;RBI=0.0265897;REFB=-0.00867109;REVB=-0.0226339;RO=51;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183426;STB=0.613121;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0472855;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:9:7:30:21:9:7:30:21 chr9 21207129 . G A 614.6 PASS AF=0.642857;AO=53;DP=83;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00469511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.111;QD=29.2667;RBI=0.0047039;REFB=-0.0131603;REVB=0.000287339;RO=30;SAF=28;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335931;STB=0.501329;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00688227;OID=.;OPOS=21207129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:30:30:53:54:0.642857:25:28:16:14:25:29:16:14 chr9 21227622 . A C 82.56 PASS AF=0.19697;AO=8;DP=63;FAO=13;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0203384;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3793;QD=5.00333;RBI=0.0324074;REFB=-0.0130783;REVB=0.0252307;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152349;STB=0.523328;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0312602;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:63:66:32:53:8:13:0.19697:3:5:16:16:7:6:26:27 chr9 21227651 . A G 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0148121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.718;QD=2.19412;RBI=0.0159414;REFB=0.000229649;REVB=0.00589325;RO=61;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260422;STB=0.697156;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00123619;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:6:2:28:33:6:2:28:33 chr9 21227942 . G T 538.05 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0177865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8042;QD=24.182;RBI=0.0261142;REFB=-0.00684304;REVB=0.0191204;RO=39;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992602;STB=0.554434;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00571121;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:22:28:17:22:22:28:17:22 chr9 21228040 . C G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00303898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.673;QD=16.0427;RBI=0.0237651;REFB=-0.0106328;REVB=-0.02357;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801459;STB=0.54605;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0170617;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:13:13:8:11:13:13 chr9 21228182 . GC TG 244.34 PASS AF=0.413793;AO=51;DP=119;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00890327;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.81;QD=8.42556;RBI=0.0300476;REFB=-0.0325867;REVB=0.0286982;RO=68;SAF=28;SAR=23;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109612;STB=0.558715;STBP=0.284;TYPE=mnp;VARB=0.0746295;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:68:68:51:48:0.413793:23:28:30:38:22:26:30:38 chr9 21304803 . G A 356.11 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00225633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.694;QD=24.5596;RBI=0.0137034;REFB=-0.0185792;REVB=0.0135163;RO=23;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655168;STB=0.503595;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0144519;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:14:21:14:9:14:21:14:9 chr9 21350620 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0129361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.534;QD=13.7844;RBI=0.016193;REFB=-0.00602994;REVB=-0.00974016;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670602;STB=0.538428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00651051;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:15:18:14:9:15:18 chr9 21409901 . G A 281.76 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00717447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.283;QD=19.432;RBI=0.00718762;REFB=-0.00563611;REVB=0.000434609;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213807;STB=0.60649;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00488569;OID=.;OPOS=21409901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:16:14:6:21:16:14:7:21 chr9 21410117 . ATTCT A 377.22 PASS AF=0.441379;AO=49;DP=138;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00292339;FXX=0.0202689;HRUN=2;LEN=4;MLLD=267.079;QD=10.406;RBI=0.0222713;REFB=-0.00154509;REVB=0.0220786;RO=79;SAF=27;SAR=22;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653332;STB=0.522352;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=0.00186895;OID=.;OPOS=21410118;OREF=TTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441379:49:138:64:145:81:33:31:45:36:99:79:27:22:44:35 chr9 21481483 . G A 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0132758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.468;QD=27.2515;RBI=0.0323861;REFB=-0.0211897;REVB=0.02954;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535822;STB=0.529583;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0105462;OID=.;OPOS=21481483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:13:14:8:10:13:14:8:10 chr9 21481556 . T G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00360437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.088;QD=16.4079;RBI=0.00422566;REFB=0.00281268;REVB=0.00220562;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990281;STB=0.556569;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00309768;OID=.;OPOS=21481556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:18:11:10:11:18:11 chr9 21482181 . C G 2052.87 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370148;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.885;QD=62.683;RBI=0.0371269;REFB=0;REVB=-0.00288261;RO=0;SAF=79;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13813e-05;OID=.;OPOS=21482181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:52:79:0:0:52:79:0:0 chr9 21482238 . AAAT A 1874.76 PASS AF=1;AO=146;DP=158;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148762;FXX=0.0687457;HRUN=3;LEN=3;MLLD=229.752;QD=50.3291;RBI=0.0201757;REFB=0;REVB=0.0136292;RO=0;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00012841;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:158:149:149:0:85:64:0:0:33:0:84:62:0:0 chr9 21699406 . G A 213.92 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0295175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2529;QD=20.8706;RBI=0.0320941;REFB=-0.0123006;REVB=0.0125994;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27628;STB=0.655588;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0400227;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:13:7:14:7:13:7 chr9 21699444 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0426199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8147;QD=24.3826;RBI=0.0491808;REFB=-0.0294795;REVB=0.0245417;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240761;STB=0.624277;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0237761;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:17:9:13:7:17:9:13:8 chr9 21816758 . G A 273.64 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00642278;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.898;QD=12.5811;RBI=0.0122683;REFB=0.00311497;REVB=-0.0104527;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969534;STB=0.555521;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00507526;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:55:32:32:0.367816:17:15:21:34:17:15:21:34 chr9 21968199 . C G 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7489;QD=59.6724;RBI=0.0349382;REFB=0;REVB=-0.0171821;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469031;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr9 22029445 . G A 356.97 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00327998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.975;QD=21.9672;RBI=0.0431111;REFB=0.00318305;REVB=0.0429861;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722172;STB=0.50471;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0021831;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:29:36:36:0.553846:19:17:13:14:19:17:14:15 chr9 22447655 . T A 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0148322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.686;QD=19.6663;RBI=0.0151827;REFB=-0.0199784;REVB=0.0032433;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647068;STB=0.543802;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0186071;OID=.;OPOS=22447655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:19:15:16:15:19:15:17:15 chr9 24545513 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00629968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.794;QD=16.7312;RBI=0.00633387;REFB=-0.00658229;REVB=-0.000657157;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27049;STB=0.651868;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0106358;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:11:20:13:23:11:20:13:23 chr9 24545957 . G C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0177266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.44;QD=16.6319;RBI=0.0178125;REFB=-0.00807473;REVB=-0.00174687;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134842;STB=0.575619;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0103373;OID=.;OPOS=24545957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:16:25:16:18:16:25 chr9 24905556 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.018;QD=58.7817;RBI=0.0143048;REFB=0;REVB=0.00750515;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32734e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr9 24905678 . C A 296.75 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0103485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.032;QD=24.2242;RBI=0.0104664;REFB=0.000727705;REVB=0.00156619;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950376;STB=0.558779;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000679063;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:17:9:10:12:18:9:10:12 chr9 25677953 . T C 58.53 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.067394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4153;QD=14.6331;RBI=0.0680249;REFB=-0.0319014;REVB=-0.00924287;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0478975;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:7:8:8:8:0.5:3:5:6:1:3:5:7:1 chr9 25678640 . T A 390.87 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0563758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.04;QD=17.767;RBI=0.0573593;REFB=-0.0266797;REVB=0.0105764;RO=46;SAF=12;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205831;STB=0.625835;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0271191;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:40:41:0.465909:28:12:23:23:29:12:24:23 chr9 26116150 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.599;QD=51.1846;RBI=0.0399352;REFB=0;REVB=0.0238648;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166602;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr9 26892654 . G A 318.43 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00417254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.113;QD=23.1586;RBI=0.0425467;REFB=-0.0239754;REVB=-0.0423416;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960731;STB=0.558288;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0226546;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:16:15:14:9:17:15:14:9 chr9 26895808 . A G 572.2 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00871048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.254;QD=31.3533;RBI=0.028407;REFB=-0.0145571;REVB=-0.0270386;RO=23;SAF=24;SAR=26;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026398;STB=0.51428;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00896874;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:50:50:0.684932:26:24:10:13:26:24:10:13 chr9 26905109 . A G 996.72 PASS AF=0.448718;AO=105;DP=233;FAO=105;FDP=234;FR=.;FRO=129;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=-0.0160522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8563;QD=17.038;RBI=0.0186558;REFB=0.0143051;REVB=-0.00950615;RO=128;SAF=58;SAR=47;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128882;STB=0.573406;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0167929;OID=.;OPOS=26905109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:128:129:105:105:0.448718:47:58:54:74:47:58:54:75 chr9 26978170 . A G 573.56 PASS AF=0.591398;AO=47;DP=86;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00177474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.879;QD=24.6693;RBI=0.0228835;REFB=-0.0129147;REVB=0.0228146;RO=38;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184498;STB=0.619651;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00863106;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:38:38:47:55:0.591398:28:19:24:14:36:19:24:14 chr9 26978259 . A G 506.48 PASS AF=0.647887;AO=45;DP=70;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00653467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.598;QD=28.5341;RBI=0.00958809;REFB=-0.0218999;REVB=0.00701637;RO=25;SAF=19;SAR=26;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091171;STB=0.552364;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0110466;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:25:45:46:0.647887:26:19:14:11:27:19:14:11 chr9 27168571 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00729976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.344;QD=14.3999;RBI=0.00736818;REFB=0.00458168;REVB=-0.00100176;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610413;STB=0.534761;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00766887;OID=.;OPOS=27168571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:17:17:11:14:17:17 chr9 27183463 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.694;QD=58.1421;RBI=0.0167662;REFB=0;REVB=0.0156564;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53262e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr9 27202870 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0268096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.411;QD=24.0732;RBI=0.0270574;REFB=-0.0220496;REVB=-0.00365348;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161289;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0114656;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:5:2:4:9:5:2 chr9 27328886 . C A 1890.45 PASS AF=1;AO=101;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.939;QD=61.4781;RBI=0.0400384;REFB=0;REVB=0.00385542;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945395;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:101:123:1:56:45:0:0:58:65:0:0 chr9 27328964 . C T 2474.79 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.485;QD=61.4856;RBI=0.0258063;REFB=0;REVB=0.000919877;RO=0;SAF=75;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0037e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:86:75:0:0:86:75:0:0 chr9 27378301 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0124709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.344;QD=24.027;RBI=0.0514669;REFB=-0.0136576;REVB=0.0499331;RO=8;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618727;STB=0.857844;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.019031;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:1:13:2:6:1:13:2:6 chr9 27524731 . A G 906.68 PASS AF=1;AO=57;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4486;QD=58.4955;RBI=0.0678863;REFB=0;REVB=0.046268;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969609;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:57:62:1:34:23:0:0:39:23:0:0 chr9 27949096 . A G 581.69 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0013529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.604;QD=20.5908;RBI=0.00957959;REFB=-0.0114913;REVB=-0.00948358;RO=53;SAF=29;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818253;STB=0.504049;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00841325;OID=.;OPOS=27949096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:53:54:58:59:0.522124:29:29:27:26:29:30:27:27 chr9 32069857 . T G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4723;QD=60.2233;RBI=0.0807143;REFB=0;REVB=-0.0600707;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117867;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr9 32425910 . A G 1145.69 PASS AF=0.560847;AO=106;DP=189;FAO=106;FDP=189;FR=.;FRO=83;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.00847913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.916;QD=24.2474;RBI=0.0187999;REFB=-0.0111221;REVB=-0.0167792;RO=83;SAF=49;SAR=57;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838067;STB=0.545609;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00738042;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:83:83:106:106:0.560847:57:49:47:36:57:49:47:36 chr9 32436014 . A G 1082.26 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.04209e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.951;QD=60.1257;RBI=0.0139267;REFB=0;REVB=0.0139267;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90255e-05;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:68:72:1:24:44:0:0:25:47:0:0 chr9 32450187 . T C 720.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000343985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.013;QD=56.4739;RBI=0.0280686;REFB=0;REVB=0.0280664;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231127;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr9 32450570 . G C 393.44 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0275908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7715;QD=15.4288;RBI=0.0315444;REFB=-0.0282374;REVB=-0.0152903;RO=57;SAF=27;SAR=17;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380286;STB=0.514657;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0302827;OID=.;OPOS=32450570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:44:44:0.431373:17:27:37:20:17:27:37:21 chr9 32459450 . T G 1391.43 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.544;QD=61.8412;RBI=0.0302198;REFB=0;REVB=0.0232249;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68308e-05;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:45:44:0:1:46:44:0:0 chr9 32498291 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.697;QD=60.2305;RBI=0.0324896;REFB=0;REVB=0.0205615;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111216;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr9 32526146 . G A 145.45 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00580542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.005;QD=16.1606;RBI=0.0312269;REFB=-0.0266008;REVB=0.0306825;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671083;STB=0.549939;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0328283;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:7:12:9:7:7:13 chr9 32567716 . C G 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0298511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.243;QD=17.5868;RBI=0.0391615;REFB=-0.021047;REVB=0.0253484;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115537;STB=0.599913;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0270007;OID=.;OPOS=32567716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:28:22:22:0.44:11:11:9:15:11:11:9:19 chr9 32630472 . T C 419.6 PASS AF=0.371212;AO=45;DP=133;FAO=49;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0141852;FXX=0.00751823;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.171;QD=12.715;RBI=0.0542018;REFB=-0.021625;REVB=-0.0523126;RO=65;SAF=28;SAR=17;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759337;STB=0.511009;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0235626;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:65:83:45:49:0.371212:17:28:40:25:21:28:46:37 chr9 32631369 . C T 1170.57 PASS AF=0.485477;AO=117;DP=241;FAO=117;FDP=241;FR=.;FRO=124;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=49;FSRR=75;FWDB=-0.0285547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.466;QD=19.4285;RBI=0.0289455;REFB=-0.013597;REVB=-0.00473985;RO=124;SAF=53;SAR=64;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549069;STB=0.530186;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.014711;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:124:124:117:117:0.485477:64:53:49:75:64:53:49:75 chr9 32785399 . C T 1861.63 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506374;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.727;QD=61.5416;RBI=0.0565304;REFB=0;REVB=-0.0563032;RO=0;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00569e-05;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:74:47:0:0:74:47:0:0 chr9 32785888 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.089;QD=50.4135;RBI=0.00502411;REFB=0;REVB=-0.0015382;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93209e-06;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr9 32786553 . T C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.435;QD=55.6462;RBI=0.00888377;REFB=0;REVB=0.00188096;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76749e-05;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr9 32786586 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.107;QD=56.7066;RBI=0.0183365;REFB=0;REVB=0.00452198;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41313e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 32786653 . G T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.354;QD=59.8394;RBI=0.0196108;REFB=0;REVB=-0.000960399;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73988e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr9 32820257 . C T 1268.13 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179861;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.855;QD=61.8598;RBI=0.0192647;REFB=0;REVB=0.00690126;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27961e-05;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr9 33026572 . T C 972.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1187;QD=58.9563;RBI=0.0152044;REFB=0;REVB=0.00903322;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183989;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr9 33053196 . T C 622.26 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00673405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.276;QD=16.5935;RBI=0.00678576;REFB=0.00821401;REVB=0.000836182;RO=85;SAF=44;SAR=21;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217875;STB=0.622069;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0119756;OID=.;OPOS=33053196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:85:65:65:0.433333:21:44:40:45:21:44:40:45 chr9 33062128 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.428;QD=63.2867;RBI=0.0217049;REFB=0;REVB=-0.000656087;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00619e-05;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr9 33111348 . A G 142.68 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00118351;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.009;QD=13.9201;RBI=0.0105969;REFB=-0.00469939;REVB=0.0105307;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350945;STB=0.51218;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.009362;OID=.;OPOS=33111348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:15:16:0.390244:7:8:12:12:8:8:12:13 chr9 33111561 . GA G 134.24 PASS AF=0.703704;AO=17;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.026954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7263;QD=19.8874;RBI=0.029833;REFB=-0.0555987;REVB=0.0127863;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.330986;SSSB=-0.0664305;STB=0.538422;STBP=0.64;TYPE=del;VARB=0.033158;OID=.;OPOS=33111562;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.703704:17:27:19:27:8:12:7:6:2:26:8:11:6:6:2 chr9 33112573 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0268487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.81;QD=11.1041;RBI=0.0307927;REFB=-0.00465521;REVB=0.0150778;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257384;STB=0.650814;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0091888;OID=.;OPOS=33112573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:1:9:5:2:1:9 chr9 33112623 . A C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0087746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.968;QD=10.3901;RBI=0.0274292;REFB=0.00578839;REVB=0.0259878;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0238301;OID=.;OPOS=33112623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr9 33240225 . G A 429.39 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0144038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.217;QD=15.7573;RBI=0.0144292;REFB=-0.0196161;REVB=0.000856138;RO=61;SAF=12;SAR=35;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2494;STB=0.643915;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0197524;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:47:48:0.440367:35:12:29:32:36:12:29:32 chr9 33352826 . C CAAA 585.23 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215973;FXX=0.0731529;HRUN=0;LEN=3;MLLD=195.604;QD=61.6032;RBI=0.00768406;REFB=0;REVB=-0.0073743;RO=3;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.55883e-05;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:41:38:38:0:19:19:0:0:4:3:19:17:1:2 chr9 33385241 . C A 175.1 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0802367;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8336;QD=13.2154;RBI=0.0806273;REFB=-0.017656;REVB=-0.00792579;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731997;STB=0.533182;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0288382;OID=.;OPOS=33385241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:33:32:21:21:0.396226:11:10:18:15:11:10:17:15 chr9 33395196 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.938;QD=52.6132;RBI=0.031873;REFB=0;REVB=0.0315881;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016872;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr9 33442952 . G A 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00309281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.888;QD=13.7534;RBI=0.0100738;REFB=-0.0165175;REVB=0.0095873;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125503;STB=0.572859;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0254317;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:8:15:8:7:8:15 chr9 33467234 . TC T 82.33 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00250472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5211;QD=10.2915;RBI=0.126747;REFB=-0.0820051;REVB=-0.126722;RO=16;SAF=1;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.552811;STB=0.822958;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0644594;OID=.;OPOS=33467235;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:15:32:15:32:17:1:14:7:10:81:16:1:14:7:9 chr9 33524683 . AG A,AA 1197.42 PASS AF=0.0126582,0.987342;AO=25,54;DP=79;FAO=1,78;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438736,0.0418074;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.888,205.293;QD=60.6289;RBI=0.0567405,0.0581615;REFB=0,0;REVB=0.0359805,0.0404339;RO=0;SAF=17,26;SAR=8,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00503216,0.00126502;OID=.,.;OPOS=33524684,33524684;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0126582,0.987342:25,54:79:1,78:79:0:1,43:0,35:0:0:5:0:17,26:8,28:0:0 chr9 33618358 . A G 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0232985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.408;QD=13.606;RBI=0.0257484;REFB=-0.0106367;REVB=-0.0109619;RO=63;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142638;STB=0.581041;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0136641;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:28:14:29:34:28:14:29:34 chr9 33618460 . A T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0206575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.909;QD=18.483;RBI=0.0237577;REFB=-0.0131363;REVB=0.0117344;RO=21;SAF=2;SAR=17;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251916;STB=0.514271;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0511167;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:17:2:2:19:17:2:2:19 chr9 33618497 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0144888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2135;QD=21.2673;RBI=0.0637326;REFB=-0.0193629;REVB=-0.0620638;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480866;STB=0.526996;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0178864;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:14:3:2:12:14:3:2:12 chr9 33624429 . A C 491.61 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0129921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.228;QD=17.4021;RBI=0.0147968;REFB=-0.0179515;REVB=-0.00708177;RO=57;SAF=29;SAR=24;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149707;STB=0.56898;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0178749;OID=.;OPOS=33624429;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:60:53:53:0.469027:24:29:22:35:24:29:25:35 chr9 33625185 . C T 466.47 PASS AF=0.42623;AO=48;DP=119;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0357558;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.323;QD=15.2941;RBI=0.0359595;REFB=-0.0125305;REVB=0.00382186;RO=71;SAF=29;SAR=19;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747125;STB=0.555058;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.016173;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:71:70:48:52:0.42623:19:29:38:33:19:33:38:32 chr9 33676027 . C A 713.11 PASS AF=0.473333;AO=70;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.0166854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.593;QD=19.0163;RBI=0.0230208;REFB=-0.0100998;REVB=-0.0158605;RO=79;SAF=38;SAR=32;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258649;STB=0.510829;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0121556;OID=.;OPOS=33676027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:79:70:71:0.473333:32:38:45:34:32:39:45:34 chr9 33750845 . G C 346.27 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00694262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.829;QD=32.2107;RBI=0.023731;REFB=-0.0187099;REVB=-0.0226927;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118646;STB=0.506489;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00866667;OID=.;OPOS=33750845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:6:8:16:13:6:8 chr9 33794797 . TGA T 36.96 PASS AF=0.179487;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0219469;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.321;QD=3.79094;RBI=0.0400251;REFB=-0.0126223;REVB=-0.0334715;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10807;STB=0.507441;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0433083;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179487:6:38:7:39:32:4:3:18:14:36:31:4:2:18:13 chr9 33794809 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0288544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.682;QD=4.04931;RBI=0.0294954;REFB=0.00649901;REVB=-0.00611607;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154147;STB=0.510608;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0132336;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:19:15:3:4:19:15 chr9 33794812 . G T 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0252717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.597;QD=4.04949;RBI=0.0285388;REFB=0.000898884;REVB=0.0132591;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154147;STB=0.510608;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00227813;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:19:15:3:4:19:15 chr9 33796777 . A G 34.33 PASS AF=0.0780142;AO=11;DP=141;FAO=11;FDP=141;FR=.;FRO=130;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=-0.0235374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.179;QD=0.973842;RBI=0.0386732;REFB=-0.000382193;REVB=-0.0306856;RO=130;SAF=5;SAR=6;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164282;STB=0.513594;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00805158;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:141:141:130:130:11:11:0.0780142:6:5:61:69:6:5:61:69 chr9 33796785 . C G 38.25 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.0246861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.619;QD=1.21436;RBI=0.0382896;REFB=-0.00320581;REVB=-0.0292693;RO=115;SAF=5;SAR=6;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273871;STB=0.502179;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276785;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:115:115:11:11:0.0873016:6:5:52:63:6:5:52:63 chr9 33796799 . A T 44.37 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0136846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.238;QD=1.62817;RBI=0.0181196;REFB=-0.000347569;REVB=-0.0118765;RO=98;SAF=5;SAR=6;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551156;STB=0.504194;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00237988;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:98:98:11:11:0.100917:6:5:45:53:6:5:45:53 chr9 33797861 . A G 80.11 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=97;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00116566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.816;QD=3.30347;RBI=0.0167674;REFB=0.00235198;REVB=-0.0167268;RO=82;SAF=10;SAR=5;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254282;STB=0.671005;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00886311;OID=.;OPOS=33797861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:97:97:82:82:15:15:0.154639:5:10:38:44:5:10:38:44 chr9 33797881 . G A 116.52 PASS AF=0.193878;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00129184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.189;QD=4.75608;RBI=0.0105415;REFB=0.0013322;REVB=-0.010462;RO=79;SAF=13;SAR=6;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274129;STB=0.675139;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00866101;OID=.;OPOS=33797881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:79:79:19:19:0.193878:6:13:37:42:6:13:37:42 chr9 33797917 . T C 82.21 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00621284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.527;QD=3.61348;RBI=0.0229867;REFB=-0.00338718;REVB=-0.0221312;RO=74;SAF=12;SAR=3;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434573;STB=0.796063;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0348803;OID=.;OPOS=33797917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:74:76:15:15:0.164835:3:12:34:40:3:12:34:42 chr9 33797929 . GGAC CCGG 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.008666;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=160.828;QD=1.80341;RBI=0.0315797;REFB=0.00242507;REVB=-0.0303674;RO=69;SAF=7;SAR=1;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492862;STB=0.87688;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=-0.027151;OID=.;OPOS=33797929;OREF=GGAC;OALT=CCGG;OMAPALT=CCGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:1:7:31:38:1:7:31:38 chr9 33797951 . A C 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.10083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.205;QD=2.04798;RBI=0.101241;REFB=-0.00112469;REVB=-0.00911929;RO=70;SAF=7;SAR=2;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366416;STB=0.77276;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.010787;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:2:7:33:37:2:7:33:37 chr9 33797962 . A G 35.83 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0208459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.734;QD=1.93688;RBI=0.0271731;REFB=-0.00359264;REVB=-0.0174306;RO=65;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322347;STB=0.749376;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0318622;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:2:6:31:34:2:6:31:35 chr9 33797987 . G T 54.02 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0129509;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.935;QD=3.32429;RBI=0.0129957;REFB=-0.0034892;REVB=-0.00107734;RO=53;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43043;STB=0.804275;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.017881;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:66:65:53:55:10:10:0.153846:2:8:24:29:2:8:24:31 chr9 33797999 . A G 35.84 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.017336;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2494;QD=2.42997;RBI=0.0209076;REFB=-0.0103972;REVB=0.0116871;RO=51;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509257;STB=0.875706;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0497209;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:59:51:52:7:7:0.118644:1:6:21:30:1:6:21:31 chr9 33798016 . CA CG,TG 715.62 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=42,4;DP=48;FAO=42,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109509,-0.00642551;FXX=0.041658;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=88.4704,96.8207;QD=62.2279;RBI=0.0402016,0.0191004;REFB=0,0;REVB=0.0386814,-0.0179871;RO=0;SAF=13,3;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.36943e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0030587,0.0249352;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:48:46:0:0:42,4:42,4:0.913043,0.0869565:29,1:13,3:0:0:29,1:13,3:0:0 chr9 33798574 . G A 52.46 PASS AF=0.11215;AO=11;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0123362;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.333;QD=1.96108;RBI=0.0169533;REFB=-0.0010587;REVB=0.011629;RO=96;SAF=4;SAR=7;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185754;STB=0.587723;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00724813;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:96:95:11:12:0.11215:7:4:50:46:7:5:49:46 chr9 33798596 . T C 67.97 PASS AF=0.133333;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00249413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5297;QD=2.58917;RBI=0.0263748;REFB=-0.00110637;REVB=-0.0262566;RO=87;SAF=5;SAR=9;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212872;STB=0.647009;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0109648;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:87:91:14:14:0.133333:9:5:46:41:9:5:48:43 chr9 33917498 . T C 180.4 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0523208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.225;QD=19.5029;RBI=0.0525879;REFB=-0.00779348;REVB=0.00529343;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995299;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0192807;OID=.;OPOS=33917498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:16:17:0.459459:9:7:6:12:9:8:6:12 chr9 33920167 . CAACT C 91.31 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0135497;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=4;MLLD=323.426;QD=7.16147;RBI=0.0227409;REFB=-0.00769868;REVB=0.0182635;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187356;STB=0.519698;STBP=0.834;TYPE=del;VARB=0.0121807;OID=.;OPOS=33920168;OREF=AACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:17:54:17:51:34:8:9:15:19:91:36:8:9:17:19 chr9 33920351 . TCTA T 651.36 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=125;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00103537;FXX=0.053431;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.757;QD=21.0117;RBI=0.00567282;REFB=0.000263676;REVB=-0.00557753;RO=57;SAF=20;SAR=43;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114848;STB=0.546998;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=-0.000241563;OID=.;OPOS=33920352;OREF=CTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:63:125:64:124:60:21:43:25:35:99:57:20:43:25:32 chr9 33927899 . G A 1702.9 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135437;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.725;QD=59.7508;RBI=0.034398;REFB=-0.0940198;REVB=0.0316195;RO=1;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596561;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:114:1:0:113:114:1:54:59:0:1:55:59:0:0 chr9 33935736 . A G 854.18 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.217;QD=56.0119;RBI=0.035754;REFB=-0.0970207;REVB=0.0250515;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000834816;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:58:60:0.983607:38:20:0:1:38:22:0:1 chr9 33941759 . T C 594.65 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00452301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.709;QD=22.2301;RBI=0.00604543;REFB=-0.0141187;REVB=0.00401118;RO=48;SAF=27;SAR=31;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406625;STB=0.526106;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.011877;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:58:59:0.551402:31:27:20:28:31:28:20:28 chr9 33971740 . A G 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0209936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.316;QD=13.3417;RBI=0.0310945;REFB=-0.01371;REVB=0.0229377;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911861;STB=0.562103;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0199176;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:12:9:16:15:12:9:17:15 chr9 34017106 . C T 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00689456;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.132;QD=16.7891;RBI=0.0102521;REFB=-0.000580865;REVB=0.00758751;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235218;STB=0.635595;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00108197;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:11:10:12:5:11:10 chr9 34107505 . C T 339.19 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0308942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.02;QD=17.8523;RBI=0.039581;REFB=0.00196098;REVB=0.0247428;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904897;STB=0.550431;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00199163;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:21:15:13:27:21:15:13:27 chr9 34251943 . G C 392.36 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.0383292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9966;QD=22.4207;RBI=0.0421823;REFB=-0.0181818;REVB=-0.017613;RO=31;SAF=27;SAR=12;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183294;STB=0.599954;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0129559;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:12:27:27:4:12:27:27:4 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTATT 704.95 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=53;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118479,-0.0358584;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=253.511,108.915;QD=56.3957;RBI=0.0118483,0.0358664;REFB=0,0;REVB=-0.000100059,0.000757689;RO=0;SAF=15,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000433839,0;OID=.,.;OPOS=34252467,34252474;OREF=CTAA,AC;OALT=-,TT;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:45,2:53:50,0:50:0:20,0:30,0:0:0:4:0:15,0:30,2:0:0 chr9 34256347 . C T 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0290552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.259;QD=25.2545;RBI=0.0312627;REFB=-0.0166441;REVB=0.011539;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108747;STB=0.560716;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00905323;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:6:5:11:7:6:5 chr9 34256634 . G A 484.25 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0204664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1284;QD=23.6221;RBI=0.0437413;REFB=-0.0364597;REVB=0.0386579;RO=36;SAF=12;SAR=34;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720289;STB=0.539665;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0261462;OID=.;OPOS=34256634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:34:12:12:24:34:12:12:24 chr9 34257979 . C T 229.45 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0158753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.145;QD=14.1201;RBI=0.0184734;REFB=-0.00245661;REVB=-0.00944668;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302594;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0033141;OID=.;OPOS=34257979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:18:20:15:12:18:20 chr9 34370020 . T A 221.31 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0952478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3455;QD=42.1545;RBI=0.143861;REFB=-0.149348;REVB=0.107814;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.50251;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.03712;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:9:10:1:0:9:10:1:1 chr9 34371788 . A T 717.69 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=0.00680664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.674;QD=19.529;RBI=0.00937063;REFB=-0.0313024;REVB=-0.00644037;RO=73;SAF=25;SAR=46;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809919;STB=0.551934;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0318524;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:73:76:71:71:0.482993:46:25:20:53:46:25:20:56 chr9 34372783 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.556;QD=58.2395;RBI=0.0543959;REFB=0;REVB=0.0493654;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123691;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr9 34372873 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.945;QD=57.8848;RBI=0.0207741;REFB=0;REVB=0.0202304;RO=0;SAF=43;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53267e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:17:43:0:0:17:43:0:0 chr9 34382726 . A G 2091.66 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419289;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5992;QD=61.9752;RBI=0.0419632;REFB=-0.0706875;REVB=-0.00169629;RO=1;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693937;STB=0.503649;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000199701;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:134:134:0.992593:68:66:0:1:68:66:0:1 chr9 34397545 . A G 560.81 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=-0.0272746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.956;QD=16.1383;RBI=0.0285129;REFB=0.00424037;REVB=-0.0083114;RO=78;SAF=36;SAR=24;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855563;STB=0.542669;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00421346;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:79:60:60:0.431655:24:36:53:25:24:36:53:26 chr9 34521148 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.85;QD=59.3223;RBI=0.0369456;REFB=0;REVB=0.0326905;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120742;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr9 34723744 . C A 181.16 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0148823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9439;QD=11.3222;RBI=0.0342601;REFB=-0.0250461;REVB=0.0308589;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114322;STB=0.572541;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0350486;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:12:11:15:25:12:11:15:26 chr9 34723935 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0136867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.969;QD=18.8206;RBI=0.0371035;REFB=-0.0275537;REVB=0.0344869;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353535;STB=0.709233;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00980349;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:7:3:1:11:7:3 chr9 34723988 . C A 93.29 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0149348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2223;QD=19.6397;RBI=0.0254867;REFB=-0.0472701;REVB=0.0206525;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292536;STB=0.64333;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0378135;OID=.;OPOS=34723988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:5:5:7:1:5:6:7:1 chr9 34724241 . C A 423.91 PASS AF=0.567568;AO=37;DP=72;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00206304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.163;QD=22.9139;RBI=0.0562401;REFB=-0.026959;REVB=0.0562023;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257385;STB=0.560947;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0170084;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:35:32:37:42:0.567568:18:19:19:16:23:19:19:13 chr9 34725047 . C T 217.14 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0092137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.589;QD=9.2399;RBI=0.0119009;REFB=-0.00300461;REVB=0.00753247;RO=64;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294328;STB=0.507734;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00759027;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:66:28:28:0.297872:16:12:29:35:16:12:29:37 chr9 34725069 . T A 46.99 PASS AF=0.131579;AO=9;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0216074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.023;QD=2.47292;RBI=0.0217303;REFB=-0.0043525;REVB=-0.00230846;RO=66;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167451;STB=0.653529;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0380256;OID=.;OPOS=34725069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:76:76:66:66:9:10:0.131579:6:3:31:35:7:3:31:35 chr9 34725116 . G A 292.53 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0172323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0629;QD=27.2122;RBI=0.0298046;REFB=-0.0270361;REVB=0.0243179;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650637;STB=0.503594;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0386416;OID=.;OPOS=34725116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:9:8:12:14:9:8 chr9 34726182 . A G 724.15 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00480632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.538;QD=54.653;RBI=0.0204375;REFB=-0.115109;REVB=0.0198643;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.43707e-05;OID=.;OPOS=34726182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:0:1:32:20:0:1 chr9 34726418 . T C 279.19 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0285672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4655;QD=11.7552;RBI=0.0351647;REFB=-0.0300317;REVB=-0.0205053;RO=62;SAF=23;SAR=10;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199075;STB=0.615576;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0694817;OID=.;OPOS=34726418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:10:23:33:29:10:23:33:29 chr9 34726524 . G A 906.61 PASS AF=0.511364;AO=90;DP=176;FAO=90;FDP=176;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00691798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.016;QD=20.6049;RBI=0.0120997;REFB=-0.00315284;REVB=0.00992697;RO=85;SAF=42;SAR=48;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701596;STB=0.53516;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00263596;OID=.;OPOS=34726524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:85:86:90:90:0.511364:48:42:33:52:48:42:34:52 chr9 34834494 . C T 555.85 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=167;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00527068;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.525;QD=13.3137;RBI=0.0105143;REFB=-0.0125445;REVB=-0.0090978;RO=102;SAF=34;SAR=31;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461583;STB=0.526056;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0190307;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:102:102:65:65:0.389222:31:34:49:53:31:34:49:53 chr9 34834604 . C T 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.013946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.445;QD=7.83521;RBI=0.0155481;REFB=0.00521097;REVB=-0.00687403;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214682;STB=0.633776;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0395281;OID=.;OPOS=34834604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:6:10:3:4:6:10 chr9 34834880 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.004;QD=39.2068;RBI=0.0564779;REFB=0;REVB=0.0415851;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776228;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr9 34835264 . A G 214.45 PASS AF=0.222973;AO=33;DP=148;FAO=33;FDP=148;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.0481132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.877;QD=5.79586;RBI=0.0484955;REFB=-0.00189557;REVB=-0.0060773;RO=115;SAF=9;SAR=24;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212864;STB=0.632068;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00912703;OID=.;OPOS=34835264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:115:115:33:33:0.222973:24:9:49:66:24:9:49:66 chr9 34835273 . A C 175.34 PASS AF=0.201389;AO=29;DP=144;FAO=29;FDP=144;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.0327805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.852;QD=4.87056;RBI=0.0333863;REFB=-0.00268287;REVB=-0.00633138;RO=114;SAF=8;SAR=21;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23448;STB=0.652064;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00584198;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:114:115:29:29:0.201389:21:8:51:63:21:8:52:63 chr9 34835861 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.936;QD=58.1419;RBI=0.0282412;REFB=0;REVB=0.00875264;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331967;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr9 34978431 . G A 1330.92 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00528067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.771;QD=59.8167;RBI=0.010436;REFB=-0.0786938;REVB=0.0090014;RO=2;SAF=33;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278479;STB=0.514702;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00198381;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:54:33:2:0:54:33:2:0 chr9 35107858 . C T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.649;QD=58.1312;RBI=0.0127803;REFB=0;REVB=0.00355478;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54119e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr9 35480564 . T C 739.66 PASS AF=0.42328;AO=80;DP=189;FAO=80;FDP=189;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.00995922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.946;QD=15.6541;RBI=0.0106743;REFB=-0.0100247;REVB=-0.00384123;RO=109;SAF=52;SAR=28;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108518;STB=0.560769;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0171801;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:109:109:80:80:0.42328:28:52:60:49:28:52:60:49 chr9 35482075 . T C 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0011681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.273;QD=17.9232;RBI=0.00888553;REFB=-0.012318;REVB=-0.00880841;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20923;STB=0.616101;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.013225;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:21:19:12:34:21:19:12:34 chr9 35482149 . C T 517.02 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.00519768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.777;QD=22.4793;RBI=0.0602928;REFB=-0.00419141;REVB=0.0600684;RO=42;SAF=21;SAR=28;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168225;STB=0.596054;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00303141;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:43:49:49:0.532609:28:21:10:32:28:21:10:33 chr9 35546735 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.452;QD=53.2772;RBI=0.0145006;REFB=0;REVB=-0.0142515;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181132;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr9 35559213 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00936843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.245;QD=13.0608;RBI=0.0127461;REFB=-0.00919921;REVB=-0.00864263;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197246;STB=0.607912;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0146456;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:7:19:22:17:7:19:23:17 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCATAGT 79.11 PASS AF=0.047619,0.428571;AO=4,4;DP=21;FAO=1,9;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1,6;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.161113,0.00238031;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,4;MLLD=16.9377,300.717;QD=15.0691;RBI=0.201169,0.0575472;REFB=-0.0572737,-0.0172332;REVB=-0.120463,0.057498;RO=8;SAF=2,4;SAR=2,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567148,0;STB=0.98369,0.599799;STBP=0.59,0.546;TYPE=del,ins;VARB=-0.0262353,0.0212842;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=C,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.047619,0.428571:4,4:21:1,9:21:11:1,6:0,3:9:2:70:8:2,4:2,0:8:0 chr9 35606884 . G A 591.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0583608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.951;QD=24.3899;RBI=0.0590407;REFB=0.00268605;REVB=-0.00893432;RO=43;SAF=18;SAR=36;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752746;STB=0.541338;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00165761;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:36:18:18:25:36:18:18:25 chr9 35618523 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00983981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.827;QD=37.893;RBI=0.0109813;REFB=0.0404962;REVB=-0.00487508;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00063338;OID=.;OPOS=35618523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:1:0:3:9:1:0 chr9 35660990 . A G 657.75 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.742;QD=59.7956;RBI=0.0155302;REFB=-0.0202059;REVB=-0.00866939;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000998512;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:44:43:0.977273:16:28:0:0:16:27:1:0 chr9 35663228 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.477;QD=60.2293;RBI=0.0768996;REFB=0;REVB=0.0767455;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535594;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr9 35674053 . G A 771.45 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.156;QD=55.1039;RBI=0.0219661;REFB=-0.126516;REVB=-0.00675414;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000786078;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:0:1:29:26:0:1 chr9 35704150 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4094;QD=44.6892;RBI=0.177512;REFB=0;REVB=0.0569228;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344295;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr9 35737772 . G A 483.97 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.012259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.291;QD=16.2679;RBI=0.0124067;REFB=-0.0277447;REVB=-0.00190857;RO=66;SAF=22;SAR=31;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933259;STB=0.505213;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0282954;OID=.;OPOS=35737772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:31:22:28:38:31:22:28:38 chr9 35753170 . C A 1029.99 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.987;QD=58.0275;RBI=0.0196469;REFB=0.069529;REVB=0.00881013;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000115057;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:38:31:1:0:38:32:1:0 chr9 35841783 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.485;QD=62.0218;RBI=0.0501949;REFB=0;REVB=0.0139252;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295054;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr9 36066899 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.167;QD=57.0006;RBI=0.0111716;REFB=0;REVB=0.00414092;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3894e-05;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr9 36085307 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.317;QD=61.3363;RBI=0.072183;REFB=0;REVB=0.0262472;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326963;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr9 36087876 . G A 1849.18 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.6;QD=61.13;RBI=0.0664363;REFB=0;REVB=0.00859415;RO=0;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016154;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:119:121:1:70:49:0:0:71:50:0:0 chr9 36169627 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0227861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.739;QD=16.5345;RBI=0.0256377;REFB=-0.0137039;REVB=0.011751;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212567;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0204446;OID=.;OPOS=36169627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:12:11:9:9:12:11 chr9 36607660 . A G 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0444646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.473;QD=8.71562;RBI=0.0618932;REFB=0.00650044;REVB=0.0430542;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216604;STB=0.627971;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0153828;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:9:10:15:29:9:10:15:29 chr9 36674842 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.765;QD=57.1773;RBI=0.0519999;REFB=0;REVB=-0.0403868;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542357;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr9 36840623 . G A 781.39 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.123;QD=63.787;RBI=0.220171;REFB=0;REVB=0.0593078;RO=1;SAF=12;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179638;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:36:12:1:0:36:13:0:0 chr9 37429814 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.333;QD=50.4132;RBI=0.0171364;REFB=0;REVB=-0.000174733;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314449;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC 361.32 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=38;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0104061;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=4;MLLD=278.668;QD=39.0611;RBI=0.0107996;REFB=-0.0220244;REVB=0.0028888;RO=8;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129709;STB=0.565772;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.0026586;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.783784:28:38:29:37:8:17:12:7:1:51:8:16:12:7:1 chr9 37441808 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.912;QD=62.3506;RBI=0.0321473;REFB=0;REVB=-0.0302674;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110447;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr9 37492367 . C T 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00341725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.546;QD=16.7439;RBI=0.0325497;REFB=-0.00668742;REVB=-0.0323698;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275138;STB=0.510493;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00465709;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:39:39:0.443182:23:16:21:27:23:16:21:28 chr9 37492679 . G T 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00146135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.697;QD=13.2232;RBI=0.0136582;REFB=-0.0131666;REVB=-0.0135798;RO=58;SAF=15;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970864;STB=0.555524;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0182174;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:20:15:30:28:20:15:30:28 chr9 37493588 . C T 464.12 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.000666319;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.937;QD=19.139;RBI=0.010603;REFB=-0.00339128;REVB=-0.010582;RO=51;SAF=28;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13236;STB=0.573738;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00424055;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:51:46:46:0.474227:18:28:24:27:18:28:24:27 chr9 37500895 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0129126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6749;QD=14.697;RBI=0.0232406;REFB=-0.00388366;REVB=-0.0193233;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00435877;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:16:14:10:11:16:14 chr9 37501844 . G A 98.61 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00717099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.226;QD=14.0869;RBI=0.011455;REFB=-0.00489237;REVB=-0.00893269;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00885988;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:7:9:5:7:7:9 chr9 37503087 . G A 686.4 PASS AF=0.606061;AO=59;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0110734;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6923;QD=27.7332;RBI=0.0544116;REFB=-0.0221099;REVB=0.053273;RO=40;SAF=18;SAR=41;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119858;STB=0.56062;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0156367;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:39:59:60:0.606061:41:18:18:22:42:18:17:22 chr9 37503124 . G A 1320.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0324;QD=62.1549;RBI=0.0559095;REFB=0;REVB=0.025107;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382434;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr9 37537557 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00714543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8659;QD=16.8219;RBI=0.174378;REFB=-0.0324648;REVB=0.174231;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.646735;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0647071;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:5:0:1:6:5:0 chr9 37707441 . G A 727.23 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000131272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.879;QD=63.2372;RBI=0.00444871;REFB=0;REVB=0.00444677;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81873e-06;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr9 37732367 . G A 289.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0141847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8524;QD=18.9943;RBI=0.020158;REFB=-0.00708212;REVB=-0.0143228;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195478;STB=0.609302;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00823035;OID=.;OPOS=37732367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:10:21:14:16:10:21:14:16 chr9 37740439 . C T 558.09 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00830339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.157;QD=23.0139;RBI=0.0262062;REFB=-0.0154514;REVB=0.024856;RO=45;SAF=27;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443058;STB=0.524366;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.01657;OID=.;OPOS=37740439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:25:27:21:24:25:27:21:24 chr9 37740637 . T C 373.64 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0145634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.631;QD=19.4099;RBI=0.0283473;REFB=-0.0092748;REVB=-0.0243204;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711685;STB=0.531984;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00877679;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:38:39:0.506494:21:17:20:18:21:18:20:18 chr9 37782111 . C T 352.15 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0114454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.815;QD=28.7473;RBI=0.0118225;REFB=0.0175474;REVB=0.00296217;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11579;STB=0.563644;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00736648;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:14:16:7:12:14:16:7:12 chr9 37866739 . ATTTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTTAT 223.79 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=15,2;DP=23;FAO=22,1;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511646,-0.201395;FXX=0.079968;HRUN=8,8;LEN=2,2;MLLD=14.5088,29.9046;QD=38.9204;RBI=0.0530718,0.202367;REFB=-0.141672,-0.101396;REVB=-0.0140997,0.0198111;RO=0;SAF=14,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0161752,0.0465287;OID=.,.;OPOS=37866740,37866747;OREF=TT,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.956522,0.0434783:15,2:23:22,1:23:0:19,1:3,0:0:0:4:0:14,2:1,0:0:0 chr9 37888101 . C T 412.91 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0134515;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.86;QD=21.1749;RBI=0.0285358;REFB=-0.00430859;REVB=0.0251665;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122802;STB=0.500625;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00378443;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:37:41:41:0.525641:21:20:18:20:21:20:18:19 chr9 37974743 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000559234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.969;QD=61.2392;RBI=0.015283;REFB=-0.0766164;REVB=0.0152728;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.504949;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000265565;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:0:1:88:88:0.988764:50:38:0:0:50:38:0:1 chr9 38395940 . T C 796.15 PASS AF=0.780488;AO=59;DP=86;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=-0.0526814;FXX=0.0574647;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8143;QD=38.8368;RBI=0.0566585;REFB=-0.0306163;REVB=-0.0208532;RO=0;SAF=49;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25974e-08;STB=0.687437;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0421815;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:82:0:18:59:64:0.780488:10:49:0:0:15:49:0:18 chr9 38396065 . G T 149.06 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0332608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.319;QD=18.6324;RBI=0.0513297;REFB=-0.0240914;REVB=0.0390955;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0488226;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:7:9:7:9:7:9 chr9 38396502 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.477;QD=58.4195;RBI=0.0364268;REFB=0;REVB=0.00933585;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297778;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr9 38397355 . G C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0187659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.102;QD=14.6525;RBI=0.024321;REFB=-0.00816475;REVB=-0.0154711;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00508713;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr9 38397915 . G A 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0144208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.233;QD=19.0169;RBI=0.027899;REFB=-0.0089501;REVB=0.0238829;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156623;STB=0.588672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0159263;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:4:10:8:7:4:10 chr9 38398150 . G C 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00639186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.287;QD=16.7506;RBI=0.00794982;REFB=-0.00157931;REVB=-0.00472692;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116543;STB=0.565513;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00164304;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:19:20:13:20:19:20 chr9 38398153 . A T 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00547322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.501;QD=20.8122;RBI=0.0133531;REFB=-0.0221124;REVB=0.0121798;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892148;STB=0.541645;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00786139;OID=.;OPOS=38398153;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:38:38:0.527778:19:19:20:13:19:19:20:14 chr9 38528531 . T C 365.07 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.000634639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.432;QD=15.2113;RBI=0.0199113;REFB=-0.00521702;REVB=-0.0199012;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535696;STB=0.523244;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00734018;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:39:40:0.416667:18:21:33:23:18:22:33:23 chr9 38571986 . C G 466.74 PASS AF=0.36;AO=54;DP=150;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00630802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0547;QD=12.4464;RBI=0.00674526;REFB=-0.0114802;REVB=0.002389;RO=96;SAF=34;SAR=20;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182695;STB=0.604367;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0152443;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:96:96:54:54:0.36:20:34:45:51:20:34:45:51 chr9 38588602 . T C 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0127875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.339;QD=16.8727;RBI=0.0536742;REFB=-0.00246885;REVB=0.0521287;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10041;STB=0.557464;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00497977;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:13:13:12:8:13:13 chr9 38595886 . T C 579.69 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0100715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.099;QD=24.6674;RBI=0.0102034;REFB=-0.0072718;REVB=-0.00163509;RO=41;SAF=25;SAR=28;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128512;STB=0.50704;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00721943;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:28:25:20:21:28:25:20:21 chr9 38603140 . A AT 77.35 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0248571;FXX=0.0149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=266.187;QD=4.68793;RBI=0.0249718;REFB=-0.00319036;REVB=0.00239063;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133803;STB=0.586154;STBP=0.499;TYPE=ins;VARB=0.0143293;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19697:13:68:13:66:53:5:8:26:27:77:55:5:8:27:28 chr9 38615698 . C T 585.67 PASS AF=0.512605;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-9.36858e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.305;QD=19.6865;RBI=0.0280579;REFB=-0.00719005;REVB=-0.0280578;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589577;STB=0.528146;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00506652;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:56:58:60:61:0.512605:34:26:28:28:34:27:29:29 chr9 38621344 . G A 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0152768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.949;QD=17.0618;RBI=0.0252668;REFB=-0.0199871;REVB=0.0201254;RO=30;SAF=21;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963359;STB=0.56837;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0197532;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:7:21:20:10:7:21:20:11 chr9 39118196 . C A 159.86 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0671255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8108;QD=39.9646;RBI=0.0689;REFB=-0.0610037;REVB=-0.0155365;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0200642;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:0:1:14:15:0.9375:7:7:0:0:8:7:0:1 chr9 39118205 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.789;QD=48.7354;RBI=0.0741721;REFB=0;REVB=-0.0725891;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484902;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 39118207 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4831;QD=48.7363;RBI=0.0276882;REFB=0;REVB=-0.0267454;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000785091;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 39287976 . C T 607.17 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0167368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.331;QD=44.1576;RBI=0.0194759;REFB=-0.0149111;REVB=0.00995949;RO=7;SAF=8;SAR=40;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153513;STB=0.582487;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00241477;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:7:7:48:48:0.872727:40:8:4:3:40:8:4:3 chr9 40503105 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5273;QD=43.4842;RBI=0.131067;REFB=0;REVB=0.101578;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00687297;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr9 40784183 . A G 1156.74 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.236;QD=60.0904;RBI=0.0555997;REFB=0;REVB=0.00474718;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9222e-07;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:45:28:0:0:47:30:0:0 chr9 43685298 . G T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00679983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9032;QD=17.4895;RBI=0.00819713;REFB=-0.0115189;REVB=0.00457769;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912398;STB=0.551086;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0147994;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:11:19:15:13:11:19 chr9 43818062 . T A 197.14 PASS AF=0.210526;AO=32;DP=153;FAO=32;FDP=152;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.00254154;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.493;QD=5.18779;RBI=0.0071336;REFB=-0.00180492;REVB=0.0066655;RO=120;SAF=20;SAR=12;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150506;STB=0.593586;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0123356;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:120:120:32:32:0.210526:12:20:61:59:12:20:61:59 chr9 43822686 . C A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000647827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.294;QD=18.8207;RBI=0.00327655;REFB=0.000576083;REVB=0.00321186;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.517213;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00053694;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:3:7:8:4:3:7 chr9 43822704 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00172585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.086;QD=17.3781;RBI=0.0221389;REFB=0.00669041;REVB=0.0220716;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00683113;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr9 43822762 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0143338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.47;QD=16.3859;RBI=0.0244343;REFB=0.00568466;REVB=-0.0197883;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00376008;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:1:7:6:3:1:7 chr9 43861081 . T G 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0776801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1845;QD=11.2535;RBI=0.0810716;REFB=-0.0376412;REVB=0.0232036;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399995;STB=0.749249;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0425009;OID=.;OPOS=43861081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:5:7:7:1:5:7 chr9 44850313 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00744113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.968;QD=7.12515;RBI=0.0169355;REFB=-0.00933658;REVB=0.0152132;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194397;STB=0.624625;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0241251;OID=.;OPOS=44850313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:10:8:2:5:10:8 chr9 44869077 . T A 228.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0369258;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.516;QD=16.6125;RBI=0.0943206;REFB=-0.0521604;REVB=-0.0867921;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137164;STB=0.60325;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0576843;OID=.;OPOS=44869077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:26:29:26:26:0.472727:11:15:11:15:11:15:11:18 chr9 44869141 . G C 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.03037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3406;QD=20.0299;RBI=0.0477817;REFB=0.00203992;REVB=0.0368884;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213828;STB=0.61997;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00330741;OID=.;OPOS=44869141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:8:18:11:13:8:18 chr9 66457018 . C T 90.75 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0418783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9793;QD=19.1058;RBI=0.0504587;REFB=-0.0357398;REVB=0.0281477;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097017;STB=0.584277;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0286708;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:2:8:7:1:3:8:7:1 chr9 66457027 . T C 108.13 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0126211;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.7;QD=21.626;RBI=0.0145604;REFB=-0.0154214;REVB=0.00726037;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126759;STB=0.571319;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00966465;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:3:9:7:1:3:9:7:1 chr9 66457051 . G A 122.04 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0144192;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.552;QD=22.1899;RBI=0.0144971;REFB=0.0160801;REVB=-0.00150135;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132648;STB=0.574364;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00845867;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:8:1:3:10:8:1 chr9 66457076 . T C 141.85 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0692595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8739;QD=21.8223;RBI=0.12004;REFB=-0.00533912;REVB=0.0980451;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297228;STB=0.503264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462102;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:25:26:10:11:15:15:0.576923:4:11:7:3:4:11:8:3 chr9 66457161 . A G 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.108503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0346;QD=9.10082;RBI=0.123725;REFB=-0.0189399;REVB=-0.0594559;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383826;STB=0.723608;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0454923;OID=.;OPOS=66457161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:2:7:8:10:2:7:9:10 chr9 66457253 . A G 54.22 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0206882;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.268;QD=19.7175;RBI=0.0531864;REFB=-0.00534173;REVB=-0.0489978;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=8.8627e-05;OID=.;OPOS=66457253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:1:3:2:5:1:3 chr9 66457313 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0401607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.491;QD=16.8228;RBI=0.0498887;REFB=-0.0255263;REVB=0.0295974;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0177265;OID=.;OPOS=66457313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:4:1:5:2:4:1 chr9 66457317 . C T 30.48 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0237299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.908;QD=11.0836;RBI=0.0436399;REFB=-0.0201813;REVB=0.0366242;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533759;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0246426;OID=.;OPOS=66457317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:5:1:4:1:5:1 chr9 66457465 . T G 49.02 PASS AF=0.16;AO=9;DP=51;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0166805;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.766;QD=3.92187;RBI=0.0577642;REFB=-0.00602693;REVB=-0.0553034;RO=42;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151532;STB=0.684294;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0250337;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:51:50:42:42:9:8:0.16:3:6:23:19:2:6:23:19 chr9 66457480 . G A 38.92 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.079402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2891;QD=2.93767;RBI=0.10941;REFB=-8.47644e-05;REVB=0.0752719;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331822;STB=0.750612;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.012986;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:44:46:7:7:0.132075:2:5:19:25:2:5:19:27 chr9 66457562 . C T 31.83 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=-0.011096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.625;QD=0.987072;RBI=0.0189729;REFB=-0.00239513;REVB=-0.0153899;RO=118;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162726;STB=0.633988;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0228436;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:129:118:119:10:10:0.0775194:7:3:52:66:7:3:52:67 chr9 66457588 . T C 132.57 PASS AF=0.201754;AO=22;DP=113;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0446473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.868;QD=4.65162;RBI=0.0467583;REFB=-0.0040693;REVB=-0.0138911;RO=90;SAF=10;SAR=12;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850854;STB=0.541141;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0411943;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:90:91:22:23:0.201754:12:10:35:55:13:10:35:56 chr9 66457594 . AG GA,GG 607.16 PASS AF=0,0.594059;AO=8,56;DP=105;FAO=0,60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=0,25;FSAR=0,35;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00165127,0.00149518;FXX=0.0560695;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=58.9766,231.602;QD=24.0458;RBI=0.0356786,0.0213745;REFB=0.0378954,-0.0437193;REVB=-0.0356404,0.0213221;RO=40;SAF=3,24;SAR=5,32;SRF=14;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0328684,0.0618498;STB=0.5,0.531722;STBP=1,0.466;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0320985;OID=.,.;OPOS=66457594,66457594;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:105:101:40:41:8,56:0,60:0,0.594059:5,32:3,24:14:26:0,35:0,25:14:27 chr9 66457601 . G A 64.32 PASS AF=0.0776699;AO=6;DP=106;FAO=8;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0108108;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.13;QD=2.4977;RBI=0.0367699;REFB=-0.00439778;REVB=-0.0351447;RO=66;SAF=3;SAR=3;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331139;STB=0.563027;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0744886;OID=.;OPOS=66457601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:106:103:66:86:6:8:0.0776699:3:3:35:31:5:3:38:48 chr9 66457605 . C T 154.5 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00983089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.144;QD=5.88568;RBI=0.0129532;REFB=-0.0109646;REVB=-0.00843447;RO=81;SAF=9;SAR=15;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265279;STB=0.516359;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.028216;OID=.;OPOS=66457605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:81:24:24:0.228571:15:9:32:49:15:9:32:49 chr9 66457624 . G A 135.94 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0208002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1747;QD=5.49242;RBI=0.0209119;REFB=-0.00832279;REVB=0.00215838;RO=77;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285414;STB=0.513665;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0475389;OID=.;OPOS=66457624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:78:21:21:0.212121:13:8:31:46:13:8:31:47 chr9 66458146 . C T 72.1 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=156;FAO=18;FDP=162;FR=.;FRO=144;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.0102838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.02;QD=1.78024;RBI=0.0182414;REFB=-0.000447463;REVB=-0.0150663;RO=139;SAF=9;SAR=8;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212342;STB=0.512451;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00503014;OID=.;OPOS=66458146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:156:162:139:144:17:18:0.111111:8:9:76:63:8:10:78:66 chr9 66458150 . C T 192.58 PASS AF=0.202454;AO=32;DP=161;FAO=33;FDP=163;FR=.;FRO=130;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.0163977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.487;QD=4.72583;RBI=0.0260668;REFB=-0.00551497;REVB=0.0202631;RO=124;SAF=19;SAR=13;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120237;STB=0.542423;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0209943;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:124:130:32:33:0.202454:13:19:62:62:14:19:68:62 chr9 66458154 . A AC 84.81 PASS AF=0.186335;AO=28;DP=165;FAO=30;FDP=161;FR=.;FRO=131;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=0.032804;FXX=0.024241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7871;QD=2.10696;RBI=0.0359402;REFB=0.00732807;REVB=0.0146833;RO=136;SAF=18;SAR=10;SRF=69;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176002;STB=0.566706;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=-0.0275336;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186335:28:165:30:161:131:18:12:68:63:84:136:18:10:69:67 chr9 66458175 . C T 55.44 PASS AF=0.0946746;AO=15;DP=165;FAO=16;FDP=169;FR=.;FRO=153;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=77;FWDB=0.0366329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.977;QD=1.31229;RBI=0.0771879;REFB=-0.00377653;REVB=-0.0679412;RO=150;SAF=9;SAR=6;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109629;STB=0.616496;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.036253;OID=.;OPOS=66458175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:165:169:150:153:15:16:0.0946746:6:9:76:74:6:10:76:77 chr9 66458183 . A G 48.34 PASS AF=0.0867052;AO=10;DP=168;FAO=15;FDP=173;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=0.00536779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9912;QD=1.11777;RBI=0.00800806;REFB=0.00167052;REVB=-0.00594271;RO=158;SAF=7;SAR=3;SRF=81;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193145;STB=0.518894;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0117479;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:168:173:158:158:10:15:0.0867052:3:7:81:77:7:8:81:77 chr9 66458195 . TC GA,GC 243.6 PASS AF=0.0467836,0.192982;AO=8,33;DP=170;FAO=8,33;FDP=171;FR=.;FRO=130;FSAF=6,18;FSAR=2,15;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0192891,-0.00910085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.874,82.3193;QD=5.69815;RBI=0.0294259,0.0244275;REFB=-0.00333845,-0.00771853;REVB=-0.0222219,-0.0226689;RO=128;SAF=6,18;SAR=2,15;SRF=60;SRR=68;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280317,0.0976413;STB=0.76531,0.566627;STBP=0.163,0.39;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0206429,0.0215239;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:170:171:128:130:8,33:8,33:0.0467836,0.192982:2,15:6,18:60:68:2,15:6,18:60:70 chr9 66458231 . GC G 663.12 PASS AF=0.705357;AO=70;DP=120;FAO=79;FDP=112;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0466763;FXX=0.074374;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9561;QD=23.6828;RBI=0.0869269;REFB=-0.0382049;REVB=-0.0733321;RO=33;SAF=34;SAR=36;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000514902;STB=0.504875;STBP=0.866;TYPE=del;VARB=0.0150179;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705357:70:120:79:112:33:37:42:16:17:99:33:34:36:16:17 chr9 66458240 . G A 60.25 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0213947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.988;QD=2.04241;RBI=0.027222;REFB=-0.000395608;REVB=-0.0168317;RO=103;SAF=4;SAR=10;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2073;STB=0.655296;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00913603;OID=.;OPOS=66458240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:103:104:14:14:0.118644:10:4:46:57:10:4:47:57 chr9 66458245 . G A 34.97 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.0707871;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8002;QD=1.1853;RBI=0.0721711;REFB=-0.00364091;REVB=-0.0140658;RO=108;SAF=6;SAR=4;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195153;STB=0.663054;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0479328;OID=.;OPOS=66458245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:118:108:108:10:10:0.0847458:4:6:46:62:4:6:45:63 chr9 66499220 . C T 145.76 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0060055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.77;QD=7.28798;RBI=0.00892467;REFB=-0.00554198;REVB=-0.0066018;RO=58;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105263;STB=0.570663;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0146324;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:59:21:21:0.2625:8:13:31:27:8:13:31:28 chr9 66499336 . A C 51.39 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00509579;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.61;QD=3.54386;RBI=0.00732542;REFB=-0.00220268;REVB=-0.00526257;RO=49;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362629;STB=0.752407;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0157443;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:58:49:49:9:9:0.155172:2:7:24:25:2:7:24:25 chr9 66499356 . G A 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00374831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.272;QD=4.30927;RBI=0.0180637;REFB=0.00154246;REVB=-0.0176705;RO=38;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228832;STB=0.658113;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00741741;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:2:6:22:16:2:6:22:16 chr9 66499673 . T C 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0146125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.853;QD=4.2888;RBI=0.016454;REFB=-0.00271804;REVB=-0.0075637;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424863;STB=0.781589;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0224769;OID=.;OPOS=66499673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:2:5:11:21:2:5:11:21 chr9 68415338 . A C 79.89 PASS AF=0.126761;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=142;FR=.;FRO=124;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0421663;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3443;QD=2.25049;RBI=0.0428308;REFB=-0.00431128;REVB=0.00751526;RO=122;SAF=4;SAR=14;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331742;STB=0.741441;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0209304;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:142:122:124:18:18:0.126761:14:4:58:64:14:4:60:64 chr9 68415352 . A G 36.28 PASS AF=0.0827068;AO=11;DP=133;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.00336584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.944;QD=1.09126;RBI=0.0202555;REFB=-0.00243793;REVB=-0.0199738;RO=122;SAF=4;SAR=7;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100911;STB=0.582358;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0410579;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:133:122:122:11:11:0.0827068:7:4:55:67:7:4:55:67 chr9 68415353 . T G 31.82 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.0294332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.866;QD=0.98657;RBI=0.0310188;REFB=-0.000929339;REVB=-0.00979041;RO=119;SAF=2;SAR=8;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304406;STB=0.75945;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00909663;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:129:119:119:10:10:0.0775194:8:2:55:64:8:2:55:64 chr9 68415354 . GC GT,TA 143.0 PASS AF=0.147541,0.0655738;AO=18,8;DP=123;FAO=18,8;FDP=122;FR=.;FRO=96;FSAF=12,3;FSAR=6,5;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=0.0163763,0.00636682;FXX=0.00812942;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=85.8199,164.116;QD=4.68848;RBI=0.0204639,0.0166676;REFB=-0.00460934,-0.00593268;REVB=-0.0122715,-0.0154037;RO=95;SAF=12,3;SAR=6,5;SRF=36;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352296,-0.00459229;STB=0.733093,0.5;STBP=0.04,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0559752,0.0240304;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:123:122:95:96:18,8:18,8:0.147541,0.0655738:6,5:12,3:36:59:6,5:12,3:36:60 chr9 68415366 . A T 38.71 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.014516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.413;QD=1.44702;RBI=0.0172037;REFB=-0.00280972;REVB=0.00923316;RO=90;SAF=2;SAR=8;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319175;STB=0.750484;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0303901;OID=.;OPOS=68415366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:105:107:90:97:10:10:0.0934579:8:2:41:49:8:2:44:53 chr9 68415386 . G A 44.16 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0842826;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2101;QD=2.48807;RBI=0.113327;REFB=-0.0263205;REVB=-0.0757594;RO=64;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470314;STB=0.522244;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.112302;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:73:71:64:62:9:9:0.126761:5:4:26:38:5:4:26:36 chr9 68415387 . GA AT,GT 564.94 PASS AF=0.119403,0.626866;AO=8,41;DP=67;FAO=8,42;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=5,14;FSAR=3,28;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.129421,-0.0659457;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=41.311,127.238;QD=33.7279;RBI=0.131521,0.0724231;REFB=0.0304164,-0.0221496;REVB=-0.0234111,0.0299379;RO=17;SAF=5,14;SAR=3,27;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232376,-0.0416275;STB=0.64321,0.524988;STBP=0.377,0.587;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.037799,0.00982764;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:67:67:17:17:8,41:8,42:0.119403,0.626866:3,27:5,14:7:10:3,28:5,14:7:10 chr9 68415394 . T A 37.27 PASS AF=0.126984;AO=6;DP=62;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00768309;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.432;QD=2.36609;RBI=0.0082465;REFB=0.000293101;REVB=0.0029958;RO=56;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20937;STB=0.755916;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000562616;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:62:63:56:55:6:8:0.126984:3:3:18:38:3:5:17:38 chr9 68415397 . T C 79.39 PASS AF=0.213115;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0262574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.518;QD=5.20607;RBI=0.0355295;REFB=-0.00315491;REVB=-0.0239353;RO=48;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264248;STB=0.689398;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0106097;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:60:61:48:48:12:13:0.213115:6:6:14:34:6:7:14:34 chr9 69002294 . C T 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.02251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=3.73359;RBI=0.0313408;REFB=-0.00765545;REVB=-0.0218069;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446522;STB=0.819151;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0289752;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:6:1:18:19:6:1:18:19 chr9 69002304 . C G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0018438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.683;QD=9.21758;RBI=0.0405524;REFB=-0.0106416;REVB=0.0405105;RO=37;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393024;STB=0.739508;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00513335;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:13:3:18:19:13:3:18:19 chr9 69002317 . T C 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000414199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.378;QD=9.62158;RBI=0.0225207;REFB=-0.013294;REVB=-0.0225169;RO=40;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390922;STB=0.733591;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0165489;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:15:4:21:19:15:4:21:19 chr9 69181624 . A G 40.98 PASS AF=0.192308;AO=5;DP=27;FAO=5;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0391053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5215;QD=6.3043;RBI=0.055887;REFB=-0.00223074;REVB=-0.0399266;RO=16;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167591;STB=0.571123;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0144538;OID=.;OPOS=69181624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:27:26:16:19:5:5:0.192308:1:4:11:5:1:4:14:5 chr9 69256816 . G A 2239.36 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787989;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.335;QD=63.9818;RBI=0.0138205;REFB=0;REVB=-0.011354;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200816;OID=.;OPOS=69256816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:140:0:0:140:140:1:67:73:0:0:67:73:0:0 chr9 70999315 . T C 357.24 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0149861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.763;QD=16.8113;RBI=0.0170462;REFB=-0.00306727;REVB=0.00812351;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161449;STB=0.596009;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00523627;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:38:38:0.447059:16:22:19:27:16:22:19:28 chr9 71396239 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00473909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.104;QD=14.7662;RBI=0.00958387;REFB=-0.0125057;REVB=-0.00833016;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206104;STB=0.628117;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0255929;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:7:18:17:15:7:18:17:16 chr9 71396746 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0121242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.229;QD=10.6346;RBI=0.0148323;REFB=-0.0237763;REVB=-0.00854396;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0350395;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:7:6:4:4:7:6 chr9 71396859 . C G 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00827291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.915;QD=15.6248;RBI=0.0254858;REFB=-0.010853;REVB=0.0241057;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681024;STB=0.53913;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0215751;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:16:11:9:10:16:11 chr9 71397734 . A G 143.86 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0174835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.216;QD=15.143;RBI=0.0181552;REFB=-0.0274893;REVB=0.00489262;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035962;STB=0.520807;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0233828;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:9:13:10:6:9:13 chr9 71628207 . G C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0143187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.505;QD=22.3411;RBI=0.0144494;REFB=-0.00913113;REVB=0.00193959;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25027;STB=0.640258;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00570444;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:4:10:7:11:4:10 chr9 71843023 . C A 703.01 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0441067;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.1306;QD=50.2151;RBI=0.0797974;REFB=-0.13392;REVB=0.0664998;RO=3;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06;STB=0.531903;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00758462;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:56:3:3:52:53:0.946429:22:30:0:3:22:31:0:3 chr9 71986315 . TG CA,CG 1100.07 PASS AF=0.452055,0.547945;AO=46,37;DP=93;FAO=33,40;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25,20;FSAR=8,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148671,0.0182802;FXX=0.22338;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=98.015,97.5242;QD=60.278;RBI=0.0198979,0.0197413;REFB=0,0;REVB=0.0132248,0.00745342;RO=0;SAF=30,17;SAR=16,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.31553e-08,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00447406,0.00530185;OID=.,.;OPOS=71986315,71986315;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:93:73:0:0:46,37:33,40:0.452055,0.547945:16,20:30,17:0:0:8,20:25,20:0:0 chr9 72002911 . T TGTTATA 532.88 PASS AF=0.4;AO=60;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00645318;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=344.248;QD=13.7517;RBI=0.0105766;REFB=0.00491433;REVB=0.00837977;RO=92;SAF=21;SAR=39;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108303;STB=0.55456;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=-0.00749728;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:60:155:62:155:93:22:40:41:52:99:92:21:39:41:51 chr9 72003036 . T C 526.92 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00787712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.669;QD=20.2662;RBI=0.0194257;REFB=0.00188904;REVB=0.017757;RO=50;SAF=26;SAR=28;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16007;STB=0.587908;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00098198;OID=.;OPOS=72003036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:28:26:15:35:28:26:15:35 chr9 72131577 . A C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0227318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.801;QD=16.8738;RBI=0.0266158;REFB=-0.000432923;REVB=-0.0138444;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19953;STB=0.613623;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=6.76847e-05;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:17:9:11:9:17:9 chr9 72373624 . A G 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00057288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.425;QD=63.056;RBI=0.00904994;REFB=0;REVB=-0.00903179;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17794e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:71:66:0:0:71:66:0:0 chr9 72741312 . G A 767.35 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.114;QD=62.6405;RBI=0.0328929;REFB=0;REVB=0.0282738;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149566;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr9 72841360 . A T 1411.46 PASS AF=0.989247;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00313567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9087;QD=60.708;RBI=0.0268004;REFB=-0.051227;REVB=0.0266163;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00113197;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:93:1:1:88:92:0.989247:43:45:1:0:46:46:1:0 chr9 72897434 . G A 1785.7 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4126;QD=61.0497;RBI=0.0308584;REFB=0;REVB=0.0242697;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146974;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:72:44:0:0:72:45:0:0 chr9 73150984 . C T 2150.87 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.902;QD=62.7992;RBI=0.0251453;REFB=0;REVB=0.0250727;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4305e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:134:137:1:66:68:0:0:66:71:0:0 chr9 73151715 . C T 1245.31 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.974;QD=61.4968;RBI=0.0176706;REFB=0;REVB=0.000403017;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29941e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr9 73151970 . C T 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.215;QD=63.0525;RBI=0.0277557;REFB=0;REVB=0.0264221;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1864e-05;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr9 73376414 . G T 911.92 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.764;QD=57.8994;RBI=0.0189947;REFB=0;REVB=0.0173161;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629014;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr9 73391369 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019087;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=306.89;QD=62.022;RBI=0.00441275;REFB=0;REVB=0.0039786;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81522e-06;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr9 73408518 . T G 3410.88 PASS AF=0.986607;AO=221;DP=224;FAO=221;FDP=224;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0503099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.848;QD=60.9086;RBI=0.0503127;REFB=-0.181387;REVB=-0.000527741;RO=3;SAF=110;SAR=111;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012815;STB=0.506726;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000854608;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:224:224:3:3:221:221:0.986607:111:110:3:0:111:110:3:0 chr9 74332970 . G A 872.6 PASS AF=0.517857;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00419799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.649;QD=20.7762;RBI=0.00501436;REFB=-0.00479968;REVB=0.00274238;RO=81;SAF=51;SAR=36;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276086;STB=0.515148;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00452845;OID=.;OPOS=74332970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:81:81:87:87:0.517857:36:51:45:36:36:51:45:36 chr9 74674211 . G A 185.53 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0144336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.424;QD=13.7432;RBI=0.0149957;REFB=-0.00407261;REVB=0.00406734;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141488;STB=0.580576;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00766317;OID=.;OPOS=74674211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:9:23:13:9:9:23 chr9 74834384 . C T 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.010025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.474;QD=9.66901;RBI=0.0101853;REFB=-0.00385785;REVB=0.00179979;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979699;STB=0.54568;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00885507;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:44:21:21:0.323077:10:11:25:16:10:11:26:18 chr9 74846104 . A G 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00388154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.217;QD=18.1038;RBI=0.00945686;REFB=-0.0115459;REVB=-0.00862357;RO=57;SAF=22;SAR=31;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453158;STB=0.525106;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0143281;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:31:22:21:36:31:22:21:36 chr9 74975136 . T C 1589.75 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.813;QD=59.9905;RBI=0.00552538;REFB=0;REVB=0.00529402;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53493e-05;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr9 74979391 . G C 1245.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.731;QD=61.4865;RBI=0.0270914;REFB=0;REVB=0.0262832;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1927e-05;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr9 75540504 . T A 208.27 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0116076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.329;QD=13.6567;RBI=0.02623;REFB=-0.0211306;REVB=0.0235218;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.595993;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0232233;OID=.;OPOS=75540504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:24:25:0.409836:16:8:16:19:17:8:17:19 chr9 75545882 . G A 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00500844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.201;QD=15.3848;RBI=0.0120529;REFB=-0.0037892;REVB=0.010963;RO=60;SAF=25;SAR=21;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923373;STB=0.551688;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00505449;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:21:25:38:22:21:25:38:22 chr9 77257346 . G A 323.03 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00228617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1657;QD=14.3568;RBI=0.0179186;REFB=0.00364079;REVB=-0.0177722;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221694;STB=0.505722;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00644854;OID=.;OPOS=77257346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:15:21:32:21:15:21:32:22 chr9 77376633 . A G 653.2 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0143174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.988;QD=17.5355;RBI=0.0144966;REFB=0.00247281;REVB=0.00227248;RO=82;SAF=36;SAR=31;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235778;STB=0.513117;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00159459;OID=.;OPOS=77376633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:82:82:67:67:0.449664:31:36:46:36:31:36:46:36 chr9 77376647 . T C 664.19 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0144765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.951;QD=17.3644;RBI=0.0211702;REFB=-0.0163854;REVB=0.0154469;RO=82;SAF=36;SAR=35;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403692;STB=0.522382;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0204178;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:82:71:71:0.464052:35:36:45:37:35:36:45:37 chr9 77397519 . T C 306.67 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00226151;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.302;QD=11.6826;RBI=0.00593758;REFB=0.00437894;REVB=-0.00549003;RO=67;SAF=24;SAR=14;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751048;STB=0.543135;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00475919;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:67:67:38:38:0.361905:14:24:38:29:14:24:38:29 chr9 77415000 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00537854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1662;QD=14.0792;RBI=0.0249748;REFB=-0.0304459;REVB=0.0243888;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211339;STB=0.624777;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0429;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:7:9:9:3:7:9 chr9 77415284 . A C 556.6 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00704589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.507;QD=18.7092;RBI=0.00710589;REFB=0.00895532;REVB=0.000921491;RO=61;SAF=31;SAR=27;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115024;STB=0.563615;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0114681;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:27:31:25:36:27:31:25:36 chr9 77416972 . C T 589.54 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0163033;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1537;QD=19.9844;RBI=0.0222498;REFB=0.00895708;REVB=-0.0151412;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071654;STB=0.544805;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00637867;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:59:58:60:60:0.508475:34:26:21:38:34:26:20:38 chr9 77436641 . G A 457.12 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.018935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.25;QD=23.1455;RBI=0.0190668;REFB=-0.0261428;REVB=0.00223811;RO=31;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252503;STB=0.520505;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0150177;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:35:44:44:0.556962:17:27:20:11:17:27:23:12 chr9 77472604 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0197258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.627;QD=9.7598;RBI=0.0276322;REFB=-0.00197741;REVB=0.0193502;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439197;STB=0.776868;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00917392;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:6:6:1:6:6:6 chr9 77502160 . G A 410.94 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0360923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.308;QD=21.0739;RBI=0.0460355;REFB=-0.0076344;REVB=0.0285764;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695868;STB=0.533317;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00968458;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:37:40:41:0.525641:16:24:25:12:16:25:25:12 chr9 77518062 . C G 68.17 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0224478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.001;QD=14.3508;RBI=0.0229604;REFB=-0.0203049;REVB=0.00482471;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.642535;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0210999;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:6:3:6:3:6:4 chr9 77563087 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00815538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.997;QD=16.0338;RBI=0.0166579;REFB=-0.0204478;REVB=-0.014525;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850414;STB=0.548625;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0264641;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:9:19:12:8:9:19 chr9 77684690 . A C 367.1 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00533997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7928;QD=19.0702;RBI=0.0317471;REFB=-0.0246876;REVB=0.0312948;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19791;STB=0.6097;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0315109;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:20:18:27:12:20:18:27:12 chr9 77752510 . C T 684.83 PASS AF=0.406417;AO=75;DP=186;FAO=76;FDP=187;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0251817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3133;QD=14.6487;RBI=0.0252584;REFB=0.00847713;REVB=0.00196715;RO=111;SAF=37;SAR=38;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501289;STB=0.531835;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00866302;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:111:111:75:76:0.406417:38:37:60:51:39:37:60:51 chr9 78773953 . G A 167.34 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0127331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.968;QD=11.7429;RBI=0.0216216;REFB=-0.00292281;REVB=0.0174746;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102039;STB=0.559323;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00551799;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:17:19:13:8:17:19 chr9 78790153 . A G 208.39 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0794543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9562;QD=41.6779;RBI=0.0832189;REFB=-0.0164493;REVB=0.0247467;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338663;STB=0.518498;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000495793;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:12:6:1:1:12:6:1:1 chr9 78790157 . G C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00755977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.206;QD=14.9785;RBI=0.016445;REFB=-0.010477;REVB=0.0146044;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.571292;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.033954;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:3:8:6:4:3:8 chr9 78790162 . G C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0423834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.761;QD=15.2932;RBI=0.0477558;REFB=0.0141957;REVB=-0.022006;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0198966;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:3:6:6:3:3:6 chr9 78790172 . G C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00614973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.273;QD=30.5927;RBI=0.00623086;REFB=-0.0534654;REVB=-0.00100219;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00603347;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:7:3:1:0:7:3:1:1 chr9 78790177 . G C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.516;QD=24.3279;RBI=0.0234399;REFB=0.0428253;REVB=-0.00946954;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00704256;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:1:1:4:3:1:1 chr9 78790182 . G C 43.65 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0666787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4934;QD=21.8266;RBI=0.123893;REFB=-0.022025;REVB=-0.10442;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00301486;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr9 78917045 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGT 55.08 PASS AF=0.22973,0.027027;AO=17,3;DP=74;FAO=17,2;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=5,2;FSAR=12,0;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.205494,-0.132079;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.61075,42.6833;QD=2.97748;RBI=0.258934,0.138087;REFB=-0.108403,-0.0316574;REVB=0.157541,0.0402886;RO=44;SAF=5,3;SAR=12,0;SRF=9;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0.304348,0;SSSB=0.139545,0.667077;STB=0.519977,0.997031;STBP=0.902,0.034;TYPE=del,mnp;VARB=0.121357,-0.00235235;OID=.,.;OPOS=78917046,78917051;OREF=A,AG;OALT=-,GT;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973,0.027027:17,3:74:17,2:74:55:5,2:12,0:15:40:48:44:5,3:12,0:9:35 chr9 78936358 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0184951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.445;QD=17.9557;RBI=0.0250819;REFB=-0.00492535;REVB=0.0169421;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366325;STB=0.712032;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0124659;OID=.;OPOS=78936358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:9:8:13:3:9:8 chr9 78936492 . A G 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0436072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8147;QD=20.5418;RBI=0.0436507;REFB=-0.0245164;REVB=-0.00194966;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919354;STB=0.55156;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0239162;OID=.;OPOS=78936492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:17:8:10:14:17:8 chr9 78937974 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00301238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.054;QD=16.5039;RBI=0.00688075;REFB=-0.0141797;REVB=-0.0061863;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228109;STB=0.637393;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00906688;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:17:9:17:12:17:9:18:12 chr9 78938043 . G A 435.23 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0099304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.044;QD=20.975;RBI=0.0160411;REFB=-0.0265665;REVB=-0.0125978;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253204;STB=0.507325;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0277194;OID=.;OPOS=78938043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:23:20:17:22:23:20:18:22 chr9 78938186 . G C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00290036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.225;QD=17.8005;RBI=0.00670184;REFB=0.00150578;REVB=0.00604174;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188157;STB=0.607367;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00243679;OID=.;OPOS=78938186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:11:13:7:13:11:13 chr9 78942956 . A G 413.71 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0109406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4603;QD=16.3844;RBI=0.039419;REFB=-0.0481441;REVB=0.0378703;RO=55;SAF=27;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910865;STB=0.546538;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0299455;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:56:45:45:0.445545:18:27:28:27:18:27:29:27 chr9 78969059 . C A 586.58 PASS AF=0.658228;AO=46;DP=73;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00438344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.391;QD=29.7002;RBI=0.0482459;REFB=-0.0380438;REVB=0.0480464;RO=26;SAF=34;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1005;STB=0.509087;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0206512;OID=.;OPOS=78969059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:26:27:46:52:0.658228:12:34:16:10:18:34:17:10 chr9 79009106 . A C 1171.78 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0601965;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.557;QD=58.5889;RBI=0.0602302;REFB=-0.0155768;REVB=-0.00201413;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.501628;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000153352;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:44:34:0:1:44:34:1:1 chr9 79118329 . G A 536.3 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0316223;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.437;QD=18.8176;RBI=0.0340324;REFB=-0.0141839;REVB=-0.0125793;RO=57;SAF=23;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906451;STB=0.554866;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0156867;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:58:56:56:0.491228:33:23:29:28:33:23:30:28 chr9 79118631 . AC A 106.44 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0667448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.6221;QD=9.67597;RBI=0.0728019;REFB=-0.0425631;REVB=0.0290732;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167947;STB=0.597587;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=0.0577395;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:18:44:18:44:26:5:13:11:15:99:26:5:13:11:15 chr9 79118661 . A G 178.35 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000499751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.451;QD=14.8628;RBI=0.0087257;REFB=-0.0267228;REVB=0.00871137;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143006;STB=0.583241;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0278301;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:14:5:11:18:14:5:11:18 chr9 79118903 . A C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0926012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9231;QD=17.3764;RBI=0.0931491;REFB=-0.0276089;REVB=0.0100882;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246583;STB=0.514259;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0312623;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:2:8:9:2:2:8 chr9 79119482 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.225;QD=34.6651;RBI=0.0224796;REFB=-0.0140831;REVB=-0.0155649;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.21784e-05;OID=.;OPOS=79119482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:4:5:1:0:4:6:1:0 chr9 79120475 . A T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00176859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.567;QD=8.37123;RBI=0.0130969;REFB=-0.0121927;REVB=0.012977;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392291;STB=0.736459;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0162887;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:20:8:7:4:20:8 chr9 79121085 . G T 2358.49 PASS AF=0.987421;AO=155;DP=158;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0551764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7423;QD=59.333;RBI=0.0591409;REFB=0.0577743;REVB=0.0212889;RO=3;SAF=68;SAR=87;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386538;STB=0.505617;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00043077;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:159:3:2:155:157:0.987421:87:68:1:2:88:69:0:2 chr9 79121756 . G A 317.47 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0156358;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.137;QD=16.4919;RBI=0.0158499;REFB=-0.00125544;REVB=-0.00259597;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14254;STB=0.583536;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00123509;OID=.;OPOS=79121756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:42:34:35:0.454545:18:16:13:27:18:17:14:28 chr9 79121906 . C T 195.0 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0135219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.152;QD=17.3335;RBI=0.0542928;REFB=-0.0151308;REVB=-0.052582;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109375;STB=0.553137;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00751059;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:7:13:13:11:7:13:14:11 chr9 79186729 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0723401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.87;QD=28.537;RBI=0.0779682;REFB=-0.0835396;REVB=0.0290853;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00886308;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr9 79186750 . G T 196.79 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0149382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.844;QD=32.798;RBI=0.03566;REFB=-0.0275134;REVB=0.0323804;RO=5;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395097;STB=0.526288;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00557738;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:24:24:5:5:18:19:0.791667:9:9:3:2:10:9:3:2 chr9 79186765 . C G 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0137346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.443;QD=36.8584;RBI=0.0151964;REFB=-0.0384477;REVB=0.00650303;RO=8;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776838;STB=0.542222;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0148924;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:11:15:6:2:11:15:6:2 chr9 79186781 . T C 429.09 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00379251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8168;QD=35.7577;RBI=0.0222275;REFB=-0.0218123;REVB=0.0219016;RO=14;SAF=21;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065613;STB=0.535693;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0116138;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:13:21:7:7:13:21:7:7 chr9 79186787 . C T 102.67 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0153988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.724;QD=7.08036;RBI=0.0172198;REFB=-0.00632587;REVB=-0.00770696;RO=42;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857023;STB=0.558748;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.023083;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:6:9:28:14:6:9:29:14 chr9 79186820 . A C 817.93 PASS AF=0.755814;AO=65;DP=86;FAO=65;FDP=86;FR=.;FRO=21;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00883686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.363;QD=38.043;RBI=0.00959901;REFB=-0.0238883;REVB=-0.00374845;RO=21;SAF=46;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120228;STB=0.564627;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00902298;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:21:21:65:65:0.755814:19:46:10:11:19:46:10:11 chr9 79186886 . C G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0275779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1654;QD=6.01583;RBI=0.0651133;REFB=-0.0059743;REVB=-0.0589847;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103929;STB=0.567979;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0159432;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:8:14:5:2:8:14 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=86;DP=103;LEN=15;RO=17;SAF=40;SAR=42;SRF=10;SRR=11;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:103:17:86:42:40:10:11 chr9 79318471 . C T 1309.46 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159609;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.322;QD=60.9051;RBI=0.0284022;REFB=-0.0101174;REVB=0.0234933;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00012493;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:49:36:0:1:49:36:0:1 chr9 79318677 . T C 1531.22 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0338093;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.92;QD=57.7819;RBI=0.0402999;REFB=-0.141621;REVB=0.021932;RO=2;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178992;STB=0.509432;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00212163;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:52:52:0:2:52:52:0:2 chr9 79318998 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1895;QD=61.3341;RBI=0.0382932;REFB=0;REVB=0.0362173;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491271;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr9 79320095 . T G 1447.69 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368879;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.014;QD=61.6038;RBI=0.0454097;REFB=0;REVB=-0.0264826;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231766;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:90:94:1:49:41:0:0:49:45:0:0 chr9 79320640 . C T 864.6 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000691249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.156;QD=57.64;RBI=0.0437418;REFB=0;REVB=0.0437364;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142573;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:52:60:1:26:26:0:0:34:26:0:0 chr9 79320847 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.202;QD=59.0187;RBI=0.0335385;REFB=0;REVB=-0.0110791;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96843e-05;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr9 79321276 . T C 766.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.425;QD=63.8603;RBI=0.021014;REFB=0;REVB=0.0207757;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266501;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr9 79322674 . A G 1482.68 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0632981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8894;QD=61.7782;RBI=0.076513;REFB=-0.0874903;REVB=0.0429837;RO=1;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771032;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00155551;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:61:33:0:1:62:33:0:1 chr9 79322720 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00699173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.901;QD=56.827;RBI=0.0119664;REFB=-0.159677;REVB=-0.00971136;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219567;STB=0.511624;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000345287;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:43:21:1:0:43:21:1:0 chr9 79324439 . A G 1305.52 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373543;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.971;QD=62.1678;RBI=0.0376017;REFB=0;REVB=-0.00430709;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90041e-05;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr9 79324955 . C T 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157681;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.883;QD=59.044;RBI=0.0157832;REFB=0;REVB=-0.000691441;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00724e-05;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr9 79325297 . T G 2305.75 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.785;QD=61.0794;RBI=0.0219892;REFB=0;REVB=-0.0119007;RO=0;SAF=79;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10756e-05;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:71:79:0:0:72:79:0:0 chr9 79325615 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4023;QD=62.3492;RBI=0.0124928;REFB=0;REVB=0.0036775;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276049;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr9 79325759 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.609;QD=57.5452;RBI=0.0113742;REFB=0;REVB=-0.00464528;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4135e-05;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr9 79471995 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.735;QD=58.1421;RBI=0.0259057;REFB=0;REVB=-0.0107001;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72993e-05;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr9 79635474 . G A 976.48 PASS AF=0.497409;AO=96;DP=193;FAO=96;FDP=193;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=21;FSRR=76;FWDB=0.00314343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.707;QD=20.238;RBI=0.0121606;REFB=-0.043363;REVB=0.0117473;RO=96;SAF=34;SAR=62;SRF=20;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153058;STB=0.579101;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0193061;OID=.;OPOS=79635474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:96:97:96:96:0.497409:62:34:20:76:62:34:21:76 chr9 79986057 . A G 490.81 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8691;QD=56.0921;RBI=0.0338979;REFB=-0.0565092;REVB=-0.0264648;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00119864;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr9 80250143 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00105945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.995;QD=22.5856;RBI=0.00930553;REFB=-0.0299921;REVB=0.00924502;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0194286;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr9 80335288 . C T 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0214014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.33;QD=27.2302;RBI=0.0369093;REFB=-0.00749828;REVB=-0.0300712;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232821;STB=0.627815;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00322454;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:3:14:13:13:3:14 chr9 80335438 . A C 299.12 PASS AF=0.44;AO=31;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0141565;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.682;QD=15.953;RBI=0.0205726;REFB=-0.039279;REVB=-0.0149274;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307982;STB=0.504287;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0301344;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:42:31:33:0.44:21:10:10:24:23:10:13:29 chr9 80780518 . G C 1767.54 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1972;QD=60.9495;RBI=0.0088046;REFB=0;REVB=-0.00647369;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.814e-06;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr9 82187750 . A G 2235.96 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.759;QD=63.4315;RBI=0.0252951;REFB=0;REVB=-0.00663931;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78325e-05;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:76:65:0:0:76:65:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=51;DP=90;LEN=4;RO=39;SAF=32;SAR=45;SRF=8;SRR=5;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:90:39:51:45:32:8:5 chr9 84231636 . G A 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0196945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.399;QD=19.9923;RBI=0.0460015;REFB=0.0112041;REVB=-0.0415724;RO=23;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255726;STB=0.646259;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00939788;OID=.;OPOS=84231636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:18:4:9:14:18:4:9:14 chr9 84267147 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4952;QD=60.3752;RBI=0.0209249;REFB=0;REVB=0.0166588;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73452e-05;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr9 84268878 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00409224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.903;QD=22.3963;RBI=0.022083;REFB=-0.00187655;REVB=0.0217005;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178711;STB=0.59992;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00302909;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:14:9:15:10:14:9 chr9 84340199 . G A 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0123836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3304;QD=7.271;RBI=0.0130789;REFB=-0.00655403;REVB=-0.00420754;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264784;STB=0.666296;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00889221;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:14:11:6:3:14:11 chr9 84606704 . A C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0206656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.822;QD=13.2875;RBI=0.0207287;REFB=-0.00105793;REVB=-0.00161598;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145112;STB=0.58327;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00155356;OID=.;OPOS=84606704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:18:9:19:22:18:9:19:22 chr9 84607758 . T A 347.9 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0047157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.453;QD=19.8801;RBI=0.00488388;REFB=-0.0274864;REVB=0.00127063;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272884;STB=0.515143;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0246449;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:15:19:19:17:15:19 chr9 85627408 . G A 352.04 PASS AF=0.407767;AO=40;DP=104;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00370635;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.269;QD=13.6716;RBI=0.00721955;REFB=-0.000964048;REVB=-0.00619555;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631832;STB=0.543669;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00121511;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:61:40:42:0.407767:21:19:29:25:21:21:35:26 chr9 86238086 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.002;QD=39.2067;RBI=0.054983;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175926;OID=.;OPOS=86238086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr9 86278817 . C A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.63;QD=63.1954;RBI=0.0339731;REFB=0;REVB=0.0203672;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34361e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr9 86284178 . C A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.084;QD=62.6145;RBI=0.0221135;REFB=0;REVB=0.0220404;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31581e-05;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr9 86327898 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000584655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.158;QD=63.0525;RBI=0.00583181;REFB=0;REVB=0.00580243;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39822e-06;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr9 86607917 . C G 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.56;QD=60.1986;RBI=0.0064454;REFB=0;REVB=-0.00155195;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27574e-05;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr9 86617265 . A G 1039.95 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810533;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.128;QD=57.775;RBI=0.0110781;REFB=-0.095788;REVB=0.00755169;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240741;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:0:71:72:1:39:32:1:0:39:33:0:0 chr9 86617961 . CTTTTTT CATTTTC,CTTT,CTTTT,CTTTTT 128.31 PASS AF=0.368421,0.526316,0.105263,0;AO=2,3,2,2;DP=20;FAO=7,10,2,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,2,0;FSAR=7,3,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171193,0.0913658,0.134269,0.242026;FXX=0.173837;HRUN=17,17,17,17;LEN=6,3,2,1;MLLD=152.123,6.48483,5.23349,2.99365;QD=27.0132;RBI=0.197788,0.618034,0.90891,1.64408;REFB=-0.0145344,-0.0518075,-0.0489871,-0.0327018;REVB=-0.197046,-0.611244,-0.898938,-1.62617;RO=1;SAF=0,3,2,2;SAR=2,0,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.697199,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0.0643169,-0.408457,-0.524361,0.0423076;OID=.,.,.,.;OPOS=86617962,86617962,86617962,86617962;OREF=TTTTTT,TTT,TT,T;OALT=ATTTTC,-,-,-;OMAPALT=CATTTTC,CTTT,CTTTT,CTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.368421,0.526316,0.105263,0:2,3,2,2:20:7,10,2,0:19:0:0,7,2,0:7,3,0,0:0:0:35:1:0,3,2,2:2,0,0,0:1:0 chr9 86618233 . C A,T 430.96 PASS AF=0.875,0.125;AO=27,4;DP=31;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=15,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180279,-0.00282829;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.4339,38.1695;QD=53.8705;RBI=0.0444021,0.0486213;REFB=0,0;REVB=0.0443655,0.0485389;RO=0;SAF=12,0;SAR=15,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00259959,0.0778431;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:31:32:0:0:27,4:28,4:0.875,0.125:15,4:12,0:0:0:15,4:13,0:0:0 chr9 86900369 . T A 368.83 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0147539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.157;QD=16.7648;RBI=0.0152744;REFB=-0.00730215;REVB=-0.00395377;RO=49;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976105;STB=0.546806;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00868088;OID=.;OPOS=86900369;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:49:38:39:0.443182:18:20:21:28:19:20:21:28 chr9 86920236 . T C 404.98 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0112175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.305;QD=17.0517;RBI=0.0128631;REFB=-0.00909714;REVB=0.00629497;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219431;STB=0.614494;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0117399;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:53:53:41:42:0.442105:18:23:18:35:19:23:18:35 chr9 87486974 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.011143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.77;QD=14.0966;RBI=0.0163669;REFB=-0.000457492;REVB=-0.0119879;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00080046;OID=.;OPOS=87486974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:5:9:7:4:5:9 chr9 88636887 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.013526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.0762;QD=17.6891;RBI=0.0505816;REFB=0.0323666;REVB=0.0487395;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144226;STB=0.507929;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0403053;OID=.;OPOS=88636887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:14:7:8:17:14:7:9:17 chr9 88651370 . T C 550.78 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0248827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.77;QD=14.5903;RBI=0.0440245;REFB=-0.0206157;REVB=-0.0363182;RO=89;SAF=37;SAR=25;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853801;STB=0.548013;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0331565;OID=.;OPOS=88651370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:89:62:62:0.410596:25:37:46:43:25:37:46:43 chr9 88692336 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0220885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7385;QD=16.7313;RBI=0.0392474;REFB=0.0216112;REVB=0.0324416;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34236;STB=0.69147;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0243488;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:11:20:10:26:11:20:10:26 chr9 88694179 . G T 586.72 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0912427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5922;QD=60.1767;RBI=0.104192;REFB=0;REVB=0.050307;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135362;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:28:10:0:0:28:11:0:0 chr9 88937851 . ATTT A 194.05 PASS AF=0.47619;AO=24;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0288907;FXX=0;HRUN=7;LEN=3;MLLD=35.2165;QD=12.3209;RBI=0.0625336;REFB=0.00591115;REVB=0.0554597;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296536;STB=0.574396;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=-0.00736455;OID=.;OPOS=88937852;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:24:62:30:63:33:13:17:19:14:99:24:8:16:16:8 chr9 88959938 . C T 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0278028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.766;QD=20.1554;RBI=0.0496543;REFB=-0.0082806;REVB=-0.0411407;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518226;STB=0.532882;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00803986;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:32:35:35:0.522388:12:23:18:12:12:23:19:13 chr9 89772284 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.618;QD=50.4134;RBI=0.0587458;REFB=0;REVB=0.0550607;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059291;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 90265015 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0271887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.2;QD=15.1567;RBI=0.0271949;REFB=-0.0187019;REVB=-0.000582365;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259189;STB=0.514694;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0243571;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:12:20:15:10:12:20 chr9 90322023 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.996;QD=59.5006;RBI=0.0269711;REFB=0;REVB=0.0268073;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9834e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr9 90343780 . A C 682.25 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.186;QD=60.6444;RBI=0.0128194;REFB=-0.0620962;REVB=0.000391877;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125251;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:24:20:1:0:24:21:0:0 chr9 90388539 . T A 991.97 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.279;QD=57.5056;RBI=0.0270048;REFB=-0.0450091;REVB=0.0153314;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000204269;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:34:33:1:0:35:33:1:0 chr9 90396135 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.191;QD=60.0298;RBI=0.0125899;REFB=0;REVB=0.0125447;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34446e-05;OID=.;OPOS=90396135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr9 90500405 . A C 1593.28 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.868;QD=63.7314;RBI=0.0485961;REFB=0;REVB=0.0118483;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113148;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:63:35:0:0:63:37:0:0 chr9 90501448 . C A 1907.72 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461011;FXX=0.0530263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.888;QD=61.0472;RBI=0.0862877;REFB=0;REVB=0.0729401;RO=0;SAF=70;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164726;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:119:125:1:49:70:0:0:50:75:0:0 chr9 90501514 . C G 1166.66 PASS AF=0.481481;AO=117;DP=243;FAO=117;FDP=243;FR=.;FRO=126;FSAF=74;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.0173811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7034;QD=19.2043;RBI=0.0176242;REFB=-0.00985914;REVB=0.00291729;RO=126;SAF=74;SAR=43;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988975;STB=0.554542;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.010326;OID=.;OPOS=90501514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:126:126:117:117:0.481481:43:74:67:59:43:74:67:59 chr9 90502458 . T A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9111;QD=58.6005;RBI=0.0359694;REFB=0;REVB=-0.0142408;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195451;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr9 90502819 . T C 2477.82 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281946;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.857;QD=61.5607;RBI=0.0198485;REFB=0;REVB=0.0196473;RO=0;SAF=80;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51914e-05;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:81:80:0:0:81:80:0:0 chr9 90503007 . A G 250.35 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00846653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.646;QD=14.5131;RBI=0.0132391;REFB=-0.0172714;REVB=-0.010178;RO=40;SAF=22;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193914;STB=0.611029;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0155619;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:7:22:24:16:7:22:24:16 chr9 90503313 . C G 402.41 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00255484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.35;QD=16.5941;RBI=0.0479501;REFB=-0.00317002;REVB=-0.047882;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014867;STB=0.508354;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00222641;OID=.;OPOS=90503313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:20:22:28:27:20:22:28:27 chr9 90503451 . G A 380.85 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0251933;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6624;QD=13.2468;RBI=0.0263608;REFB=-0.00464461;REVB=0.00775823;RO=70;SAF=20;SAR=25;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165808;STB=0.593829;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00741533;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:70:70:45:45:0.391304:25:20:42:28:25:20:42:28 chr9 90534156 . T TTCTTGTCTCCCAGCGTCA 103.03 PASS AF=0.205882;AO=13;DP=101;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.059399;FXX=0.319968;HRUN=3;LEN=18;MLLD=282.899;QD=6.0604;RBI=0.0615837;REFB=-0.0138197;REVB=0.0162576;RO=85;SAF=0;SAR=13;SRF=66;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.790803;STB=0.938874;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0218609;OID=.;OPOS=90534157;OREF=-;OALT=TCTTGTCTCCCAGCGTCA;OMAPALT=TTCTTGTCTCCCAGCGTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:13:101:14:68:54:1:13:36:18:99:85:0:13:66:19 chr9 90534206 . T C 348.48 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0148851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8403;QD=11.6161;RBI=0.0364612;REFB=-0.0148622;REVB=-0.0332844;RO=77;SAF=39;SAR=4;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643378;STB=0.874243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0286138;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:77:43:43:0.358333:4:39:31:46:4:39:31:46 chr9 90588903 . C T 87.11 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0105711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2496;QD=6.22193;RBI=0.014728;REFB=-0.000832235;REVB=0.010255;RO=43;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205191;STB=0.63101;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0044435;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:10:3:16:27:10:3:16:27 chr9 90744786 . T A 234.33 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0341103;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.511;QD=24.0335;RBI=0.0350601;REFB=-0.0205446;REVB=0.00810508;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176727;STB=0.598002;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0187607;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:4:13:12:10:4:13 chr9 90744936 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0124004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.856;QD=3.15723;RBI=0.0126261;REFB=0.00297318;REVB=0.00237667;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777665;STB=0.555379;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0254771;OID=.;OPOS=90744936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:10:26:4:2:10:26 chr9 90746125 . G T 120.1 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00142139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.915;QD=9.41968;RBI=0.0194061;REFB=-0.0166484;REVB=0.019354;RO=36;SAF=13;SAR=2;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338238;STB=0.710603;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0192191;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:2:13:24:12:2:13:24:12 chr9 90747509 . G C 168.18 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00828757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9889;QD=12.9367;RBI=0.0890921;REFB=-0.0102159;REVB=0.0887058;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177997;STB=0.614057;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0371861;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:32:19:20:0.384615:12:7:17:15:13:7:17:15 chr9 91262343 . A ATGG 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0120342;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.363;QD=19.4078;RBI=0.0274144;REFB=0.00359461;REVB=0.0246318;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137004;STB=0.56892;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=-0.0032491;OID=.;OPOS=91262344;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:30:59:30:58:28:15:15:18:10:99:29:15:15:19:10 chr9 91262387 . G A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.02436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4554;QD=18.3355;RBI=0.0487818;REFB=-0.00624292;REVB=-0.0422641;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886509;STB=0.541973;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00474143;OID=.;OPOS=91262387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:18:17:21:15:18:17:21:16 chr9 91262522 . T A 413.66 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0447342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3628;QD=21.7718;RBI=0.0580546;REFB=-0.0244046;REVB=-0.0370025;RO=35;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899681;STB=0.549623;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.021071;OID=.;OPOS=91262522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:19:22:15:20:19:22:15:20 chr9 91618102 . A G 122.63 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.011681;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.426;QD=21.3275;RBI=0.0288687;REFB=-0.00632187;REVB=-0.0263999;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075581;STB=0.591095;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00551056;OID=.;OPOS=91618102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:26:23:13:10:13:13:0.565217:9:4:5:8:9:4:5:5 chr9 91619274 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00078207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.045;QD=12.3287;RBI=0.00431015;REFB=-0.00652755;REVB=0.0042386;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172666;STB=0.60246;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0150544;OID=.;OPOS=91619274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:9:8:7:4:9:8 chr9 91652414 . A T 659.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.137;QD=61.358;RBI=0.0456163;REFB=0;REVB=0.0229163;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648584;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:24:19:0:0 chr9 91656963 . T C 914.95 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00594437;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.43;QD=55.4518;RBI=0.00761171;REFB=-0.0722983;REVB=-0.00475422;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000324214;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:1:1:27:37:1:1 chr9 91978397 . C T 191.36 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00594486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7244;QD=13.6687;RBI=0.00670436;REFB=-0.0150976;REVB=0.00309955;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.674149;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0162346;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:33:23:23:0.410714:19:4:12:19:19:4:13:20 chr9 91978783 . G A 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0145297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.528;QD=20.6463;RBI=0.0181605;REFB=-0.0308186;REVB=0.0108946;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169232;STB=0.593703;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0246898;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:15:22:16:24:15:22 chr9 93641151 . T C 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.208;QD=59.9222;RBI=0.0555945;REFB=0;REVB=-0.00108473;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123677;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:46:59:0:0:46:59:0:0 chr9 94398574 . CCT CC,C 83.46 PASS AF=0.0689655,0.482759;AO=3,10;DP=26;FAO=2,14;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=2,13;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.168182,-0.10566;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=17.025,30.6932;QD=11.5113;RBI=0.202612,0.112674;REFB=-0.0496464,-0.0218938;REVB=0.112989,0.0391345;RO=13;SAF=2,10;SAR=1,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.300774,0.808882;STB=0.995358,0.866014;STBP=0.09,0.005;TYPE=del,del;VARB=0.0696085,0.0254582;OID=.,.;OPOS=94398576,94398575;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0689655,0.482759:3,10:26:2,14:29:13:2,13:0,1:5:8:73:13:2,10:1,0:5:8 chr9 94456643 . G C 251.64 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0050139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.001;QD=20.5419;RBI=0.00601901;REFB=-0.0108015;REVB=-0.00333006;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148715;STB=0.57137;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0320043;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:11:12:9:16:12:12:9:16 chr9 94456714 . C T 174.98 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0123474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.262;QD=20.5856;RBI=0.0159768;REFB=0.00409412;REVB=0.0101391;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155953;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00531549;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:17:18:0.529412:7:10:6:9:8:10:7:9 chr9 94485232 . G A 355.36 PASS AF=0.367521;AO=41;DP=116;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0137138;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.55;QD=12.1489;RBI=0.0186454;REFB=-0.00634576;REVB=0.0126326;RO=74;SAF=21;SAR=20;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108228;STB=0.546822;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0110498;OID=.;OPOS=94485232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:74:74:41:43:0.367521:20:21:45:29:20:23:45:29 chr9 94486321 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0270165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.548;QD=27.2217;RBI=0.0274696;REFB=-0.0188731;REVB=0.00496853;RO=16;SAF=18;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128583;STB=0.571369;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.013898;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:7:18:9:7:7:18:9:7 chr9 94518328 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00335338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.065;QD=13.9456;RBI=0.00871683;REFB=0.00265753;REVB=-0.00804599;RO=46;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20849;STB=0.629351;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00627164;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:48:32:32:0.4:13:19:18:28:13:19:18:30 chr9 94830356 . C T 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0258306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2383;QD=17.7525;RBI=0.035542;REFB=0.00486811;REVB=0.0244134;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00586925;OID=.;OPOS=94830356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:13:14:13:12:13:14 chr9 95219248 . A G 885.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5802;QD=58.0355;RBI=0.0591506;REFB=0;REVB=0.0549632;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847787;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr9 95219597 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.892;QD=57.8849;RBI=0.0427351;REFB=0;REVB=-0.0415714;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159363;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr9 95237024 . CTCA C 230.7 PASS AF=0.95;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068695;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.974;QD=46.1401;RBI=0.0825925;REFB=-0.140212;REVB=-0.0458532;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.00978602;OID=.;OPOS=95237025;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:17:19:19:20:1:7:12:1:0:6:1:5:12:1:0 chr9 95274338 . A G 359.43 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.000500247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.596;QD=17.3218;RBI=0.0075015;REFB=-0.00109976;REVB=0.0074848;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213793;STB=0.619463;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00162768;OID=.;OPOS=95274338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:16:22:16:29:16:22:16:29 chr9 95279985 . C A 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00288103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.842;QD=11.8835;RBI=0.0366072;REFB=-0.0133112;REVB=-0.0364936;RO=46;SAF=19;SAR=8;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914939;STB=0.562594;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0239959;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:47:27:27:0.364865:8:19:29:17:8:19:29:18 chr9 95284873 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00642202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.202;QD=16.5039;RBI=0.00670954;REFB=-0.0168353;REVB=-0.0019431;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270068;STB=0.515224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.015362;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:17:13:12:14:17:13 chr9 95284982 . T G 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.096;QD=60.3495;RBI=0.0308561;REFB=0;REVB=0.0240534;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48602e-05;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr9 95380726 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0507482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.303;QD=19.9757;RBI=0.0518625;REFB=-0.010082;REVB=0.0106926;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181962;STB=0.602988;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0142255;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:11:9:13:7:11:9 chr9 95475352 . G A 36.74 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0141104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.87;QD=7.73548;RBI=0.0222949;REFB=-0.0143014;REVB=-0.0172614;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0397217;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:5:7:2:4:6:7 chr9 95481800 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.047541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.548;QD=15.1566;RBI=0.0493075;REFB=-0.0201295;REVB=0.0130795;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.516299;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0313605;OID=.;OPOS=95481800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:15:17:14:11:15:17 chr9 95780465 . A G 1646.54 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066915;FXX=0.0677909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.92;QD=59.8744;RBI=0.0128025;REFB=0;REVB=0.0109146;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014667;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:54:54:0:0:54:56:0:0 chr9 95780468 . A G 33.86 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=123;FAO=11;FDP=121;FR=.;FRO=110;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0812614;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9379;QD=1.11917;RBI=0.0855654;REFB=-0.0186007;REVB=-0.0267959;RO=112;SAF=2;SAR=8;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327346;STB=0.78892;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.249475;OID=.;OPOS=95780468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:121:112:110:10:11:0.0909091:8:2:54:58:9:2:53:57 chr9 95875454 . G A 54.76 PASS AF=0.112;AO=13;DP=123;FAO=14;FDP=125;FR=.;FRO=111;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=38;FWDB=-0.0308689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.072;QD=1.75219;RBI=0.0319108;REFB=-0.00826896;REVB=-0.0080877;RO=110;SAF=0;SAR=13;SRF=73;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713988;STB=0.949119;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0855873;OID=.;OPOS=95875454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:123:125:110:111:13:14:0.112:13:0:73:37:13:1:73:38 chr9 95887320 . G T 724.32 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.232;QD=54.6653;RBI=0.0549774;REFB=-0.177432;REVB=0.0347667;RO=0;SAF=10;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05342e-08;STB=0.5238;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00273425;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:42:10:0:0:42:10:1:0 chr9 96015256 . C T 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0167872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.854;QD=17.5007;RBI=0.0168829;REFB=-0.0109113;REVB=-0.00179544;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147534;STB=0.508299;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0118587;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:18:8:9:19:18:8:9:19 chr9 96021312 . G A 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=39;FWDB=0.00763845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.489;QD=20.0308;RBI=0.00775839;REFB=-0.0078533;REVB=0.00135893;RO=43;SAF=5;SAR=38;SRF=4;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535462;STB=0.52956;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0128338;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:38:5:4:39:38:5:4:39 chr9 96051521 . A G 508.28 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00383335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.741;QD=56.4758;RBI=0.00421058;REFB=-0.0104169;REVB=-0.00174193;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183486;STB=0.509798;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000120911;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:25:10:0:1:25:10:0:1 chr9 96097747 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.761;QD=63.583;RBI=0.0550498;REFB=0;REVB=0.0367897;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012437;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr9 96209943 . T C 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000356202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.579;QD=6.57183;RBI=0.00241147;REFB=-0.00802983;REVB=-0.00238502;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214621;STB=0.636116;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0346949;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:4:7:17:20:4:7:17:20 chr9 96214928 . G A 180.66 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00898657;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.333;QD=21.8982;RBI=0.0391133;REFB=-0.0209028;REVB=0.0380669;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299001;STB=0.629001;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.017668;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:15:16:18:0.545455:6:10:4:11:8:10:4:11 chr9 96238578 . C T 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000922678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.641;QD=56.9958;RBI=0.0231601;REFB=0;REVB=-0.0231417;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63858e-05;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr9 96327691 . A C 949.07 PASS AF=0.485149;AO=98;DP=202;FAO=98;FDP=202;FR=.;FRO=104;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0559233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9384;QD=18.7935;RBI=0.0602344;REFB=0.0227194;REVB=-0.0223781;RO=103;SAF=61;SAR=37;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148425;STB=0.579616;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0259004;OID=.;OPOS=96327691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:103:104:98:98:0.485149:37:61:48:55:37:61:49:55 chr9 96328303 . T C 769.98 PASS AF=0.642202;AO=70;DP=109;FAO=70;FDP=109;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.0115277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9153;QD=28.2563;RBI=0.0156525;REFB=0.00344025;REVB=-0.0105884;RO=39;SAF=34;SAR=36;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203931;STB=0.60998;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00209276;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:39:39:70:70:0.642202:36:34:31:8:36:34:31:8 chr9 96860179 . G A 192.2 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00474561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.836;QD=16.0162;RBI=0.0274771;REFB=0.00114181;REVB=0.0270642;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192957;STB=0.610998;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.000550302;OID=.;OPOS=96860179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:13:15:7:13:13:15 chr9 97062694 . C T 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0470315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8384;QD=16.6592;RBI=0.0509669;REFB=-0.00204159;REVB=0.0196384;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810446;STB=0.538434;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00207025;OID=.;OPOS=97062694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:32:28:28:0.466667:16:12:15:14:16:12:16:16 chr9 97063303 . GC CG,G 77.17 PASS AF=0.0588235,0.441176;AO=4,10;DP=34;FAO=2,15;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=0,3;FSAR=2,12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0584567,0.180181;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=79.9542,9.91282;QD=9.07849;RBI=0.0615451,0.189144;REFB=-0.018176,-0.0981912;REVB=0.0192514,0.0575376;RO=18;SAF=0,2;SAR=4,8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.609289,-0.18836;STB=0.993223,0.610008;STBP=0.296,0.314;TYPE=mnp,del;VARB=0.236835,0.155311;OID=.,.;OPOS=97063303,97063304;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:34:34:18:17:4,10:2,15:0.0588235,0.441176:4,8:0,2:6:12:2,12:0,3:6:11 chr9 97080944 . GAGA G 225.86 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141597;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.731;QD=50.1901;RBI=0.0379638;REFB=0;REVB=-0.0352243;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000260427;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:18:18:0:4:14:0:0:4:0:4:13:0:0 chr9 97349666 . C G 1093.01 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670154;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.422;QD=59.0817;RBI=0.0467189;REFB=-0.110276;REVB=0.0462357;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490035;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:74:1:0:73:74:1:38:35:0:1:39:35:0:0 chr9 97365720 . T C 782.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.253;QD=56.9301;RBI=0.0328861;REFB=0;REVB=0.0139492;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95384e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:30:25:0:0 chr9 97369149 . C T 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0614;QD=61.6924;RBI=0.0557168;REFB=0;REVB=-0.000259064;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381528;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr9 97369151 . G A 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00470902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.391;QD=22.835;RBI=0.0117262;REFB=-0.00487578;REVB=-0.0107392;RO=37;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130828;STB=0.57186;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00830917;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:22:23:13:24:22:23:13:24 chr9 97686330 . G A 140.24 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0266158;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.813;QD=11.935;RBI=0.0306169;REFB=-0.0199052;REVB=-0.0151325;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129861;STB=0.577159;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0257104;OID=.;OPOS=97686330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:13:18:11:5:13:18 chr9 97768286 . T C 184.07 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00439273;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.294;QD=13.6346;RBI=0.0184582;REFB=-0.0024995;REVB=0.0179278;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618554;STB=0.528899;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0034809;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:32:22:22:0.407407:6:16:21:10:6:16:22:10 chr9 97849090 . A G 148.72 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.020641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.793;QD=18.5902;RBI=0.0342592;REFB=-0.00884818;REVB=-0.0273431;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141648;STB=0.593637;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0101953;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:7:8:11:5:8:8:11:5 chr9 98218474 . G GC 682.32 PASS AF=1;AO=51;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3145;QD=44.7425;RBI=0.134135;REFB=0;REVB=0.0825256;RO=9;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00496521;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:60:61:61:0:31:30:0:0:13:9:29:22:1:8 chr9 98238358 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7667;QD=61.0487;RBI=0.0553983;REFB=0;REVB=-0.0542526;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272029;OID=.;OPOS=98238358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr9 98638288 . A G 554.6 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.010749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.278;QD=15.2993;RBI=0.0198551;REFB=-0.0121471;REVB=0.0166938;RO=85;SAF=27;SAR=33;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092904;STB=0.505217;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00901888;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:85:85:60:60:0.413793:33:27:39:46:33:27:39:46 chr9 98638306 . C T 806.67 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0217463;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.998;QD=22.8842;RBI=0.0270682;REFB=-0.0147529;REVB=-0.0161179;RO=64;SAF=33;SAR=43;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292299;STB=0.519927;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0154563;OID=.;OPOS=98638306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:65:76:76:0.539007:43:33:30:34:43:33:31:34 chr9 98729382 . A C 1572.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.131;QD=59.9194;RBI=0.0661064;REFB=0;REVB=0.011753;RO=0;SAF=37;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291698;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:68:37:0:0:68:37:0:0 chr9 100043849 . G A 548.92 PASS AF=0.410256;AO=63;DP=156;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0549069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4001;QD=14.0748;RBI=0.0569051;REFB=-0.00894186;REVB=-0.0149474;RO=93;SAF=27;SAR=36;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819196;STB=0.537085;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.013294;OID=.;OPOS=100043849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:93:92:63:64:0.410256:36:27:47:46:36:28:46:46 chr9 100053194 . G A 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0280291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.099;QD=12.5923;RBI=0.0369739;REFB=0.00771044;REVB=0.0241131;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269432;STB=0.653745;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00897396;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:17:12:32:16:17:12:32:16 chr9 100087345 . A G 409.39 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2955;QD=56.4679;RBI=0.0336811;REFB=0;REVB=0.0250316;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937536;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr9 100092918 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00680676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.341;QD=21.2676;RBI=0.0212002;REFB=-0.0255488;REVB=0.0200777;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247952;STB=0.641076;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0210501;OID=.;OPOS=100092918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:7:7:13:4:7:7 chr9 100105735 . T C 953.58 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.449;QD=58.6821;RBI=0.0151805;REFB=0;REVB=-0.0151338;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02033e-05;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr9 100105782 . C G 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00184627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.1;QD=20.7238;RBI=0.00439433;REFB=-0.0162252;REVB=-0.00398765;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195637;STB=0.608237;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.014654;OID=.;OPOS=100105782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:15:22:12:21:15:22:12:21 chr9 100133973 . G A 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0595062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.078;QD=22.9888;RBI=0.0604956;REFB=-0.00154273;REVB=-0.010896;RO=32;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140606;STB=0.577145;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00151599;OID=.;OPOS=100133973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:21:20:10:22:21:20:10:22 chr9 100139161 . A G 330.06 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.391;QD=50.7784;RBI=0.091541;REFB=-0.061227;REVB=-0.0604497;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.023972;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr9 100190780 . A G 333.73 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00033627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.614;QD=21.8838;RBI=0.00590604;REFB=0.00495218;REVB=0.00589646;RO=27;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119673;STB=0.565753;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00312549;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:12:22:21:6:12:22:21:6 chr9 100194406 . T C 546.43 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00213642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.051;QD=23.2523;RBI=0.00567599;REFB=-0.00388626;REVB=0.00525857;RO=43;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596914;STB=0.532791;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00341365;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:26:25:18:25:26:25:18:25 chr9 100222737 . TA T 116.5 PASS AF=0.581395;AO=21;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.214817;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6136;QD=10.8374;RBI=0.249603;REFB=-0.102733;REVB=0.127103;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.594022;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.12207;OID=.;OPOS=100222738;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:21:43:25:43:18:14:11:6:12:60:22:11:10:9:13 chr9 100380136 . TCCCC TCCC,TCCCT 114.38 PASS AF=0.333333,0.037037;AO=18,2;DP=54;FAO=18,2;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=17,2;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.121649,0.00356662;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.0819,28.0389;QD=8.47279;RBI=0.121654,0.0134272;REFB=-0.0646444,-0.0521574;REVB=0.00110439,0.0129448;RO=32;SAF=17,2;SAR=1,0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.344136,0;SSSB=0.620637,0.421836;STB=0.882566,0.994224;STBP=0.004,0.18;TYPE=del,snp;VARB=0.101603,0.0150236;OID=.,.;OPOS=100380137,100380140;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCCC,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.037037:18,2:54:18,2:54:34:17,2:1,0:19:15:99:32:17,2:1,0:18:14 chr9 100388197 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.219;QD=64.154;RBI=0.0264822;REFB=0;REVB=0.0243105;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20858e-05;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr9 100616583 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.516;QD=57.68;RBI=0.0379146;REFB=0;REVB=-0.00783062;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231183;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 100617375 . T C 2015.29 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376325;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.603;QD=62.4897;RBI=0.0261937;REFB=0;REVB=0.025922;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65504e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:63:64:0:0:65:64:0:0 chr9 100617479 . G T 1212.28 PASS AF=1;AO=50;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392019;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9286;QD=61.3811;RBI=0.0432242;REFB=0;REVB=-0.0182082;RO=0;SAF=5;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010305;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:50:79:1:45:5:0:0:46:33:0:0 chr9 100617583 . T C 785.59 PASS AF=0.95;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0079038;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.396;QD=52.3725;RBI=0.0311517;REFB=-0.0528587;REVB=-0.0301323;RO=3;SAF=33;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409639;STB=0.521732;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0015567;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:60:3:3:57:57:0.95:24:33:3:0:24:33:3:0 chr9 100672338 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.016;QD=62.02;RBI=0.02292;REFB=0;REVB=0.0189994;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62204e-05;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr9 100745902 . A G 1676.74 PASS AF=0.497024;AO=162;DP=341;FAO=167;FDP=336;FR=.;FRO=169;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=84;FSRR=85;FWDB=0.0316271;FXX=0.0289009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4034;QD=19.9611;RBI=0.032462;REFB=-0.0154632;REVB=0.00731467;RO=162;SAF=90;SAR=72;SRF=82;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453569;STB=0.524164;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0176006;OID=.;OPOS=100745902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:336:162:169:162:167:0.497024:72:90:82:80:76:91:84:85 chr9 100819192 . C T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00976773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8707;QD=27.2315;RBI=0.0484858;REFB=-0.0129145;REVB=0.0474917;RO=17;SAF=19;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730015;STB=0.540449;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00629733;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:7:19:11:6:7:19:11:6 chr9 100823084 . T C 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00247948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.825;QD=19.7385;RBI=0.021354;REFB=-0.00888157;REVB=-0.0212096;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325417;STB=0.51807;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00850786;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:23:21:19:24:23:21 chr9 100843417 . A G 357.63 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=81;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00540716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.222;QD=17.2349;RBI=0.0310161;REFB=-0.0202948;REVB=0.0305411;RO=39;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081357;STB=0.547462;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0145142;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:39:45:36:38:0.457831:22:14:12:27:24:14:13:32 chr9 100854765 . C G 254.95 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=0.0152078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.251;QD=17.8911;RBI=0.0160617;REFB=-0.00564256;REVB=0.00516737;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3402;STB=0.686419;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0160189;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:2:27:17:11:2:27 chr9 100995721 . A G 443.9 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00754354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.552;QD=16.2898;RBI=0.0470467;REFB=-0.00860104;REVB=-0.046438;RO=58;SAF=22;SAR=27;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116285;STB=0.573582;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0126483;OID=.;OPOS=100995721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:60:49:49:0.449541:27:22:33:25:27:22:35:25 chr9 101748234 . G A 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0344173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.076;QD=21.2933;RBI=0.0348124;REFB=-0.0124058;REVB=0.00523014;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160804;STB=0.59992;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0126129;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:15:10:14:10:15:10:15:10 chr9 101767245 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00965796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.344;QD=15.773;RBI=0.0110692;REFB=-0.00785505;REVB=0.00540839;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163776;STB=0.592524;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00800312;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:14:19:11:16:14:19 chr9 101767315 . G A 491.8 PASS AF=0.9;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00672446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.394;QD=49.1796;RBI=0.0569453;REFB=-0.0745625;REVB=0.0565469;RO=4;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043524;STB=0.519763;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00266862;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:40:4:4:34:36:0.9:18:16:1:3:20:16:1:3 chr9 101784438 . A G 1574.54 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309735;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.042;QD=59.9825;RBI=0.0354324;REFB=0;REVB=0.0172075;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85778e-05;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:102:105:1:57:45:0:0:57:48:0:0 chr9 101822220 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0248305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.646;QD=10.5941;RBI=0.024927;REFB=-0.00435254;REVB=-0.00219074;RO=42;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366683;STB=0.7145;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00858409;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:6:16:17:25:6:16:17:25 chr9 101831995 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0256084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5782;QD=15.7;RBI=0.0256091;REFB=-0.0174031;REVB=0.000194101;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202667;STB=0.615856;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0317719;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:14:5:7:8:14:5 chr9 101832264 . TT GT,TG 226.89 PASS AF=0.677419,0.193548;AO=5,4;DP=26;FAO=21,6;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=6,0;FSAR=15,6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00943964,-0.00716701;FXX=0.0605877;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=25.7359,78.7911;QD=29.2765;RBI=0.010087,0.0718257;REFB=-0.00329398,0.00300589;REVB=0.00355538,-0.0714673;RO=1;SAF=2,0;SAR=3,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169284,-0.749895;STB=0.584331,0.997659;STBP=0.102,0.013;TYPE=snp,snp;VARB=0.00944328,0.178296;OID=.,.;OPOS=101832264,101832265;OREF=T,T;OALT=G,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:26:31:1:4:5,4:21,6:0.677419,0.193548:3,4:2,0:1:0:15,6:6,0:3:1 chr9 101890227 . C T 360.69 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00448869;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.14;QD=19.7638;RBI=0.00715708;REFB=0.00452838;REVB=0.00557453;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097031;STB=0.547646;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0047102;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:36:37:37:0.506849:19:18:22:15:19:18:21:15 chr9 101890980 . A G 638.79 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00971746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.994;QD=20.4411;RBI=0.0142798;REFB=-0.00946041;REVB=0.0104635;RO=61;SAF=37;SAR=27;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106155;STB=0.558472;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00678353;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:27:37:28:33:27:37:28:33 chr9 101913699 . G T 569.22 PASS AF=0.371728;AO=51;DP=175;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=87;FWDB=0.0122292;FXX=0.0205118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.375;QD=11.9208;RBI=0.0234539;REFB=-0.00538717;REVB=0.0200133;RO=81;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144104;STB=0.613949;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0101528;OID=.;OPOS=101913699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:191:81:120:51:71:0.371728:26:25:29:52:39:32:33:87 chr9 101947879 . ATGT A 844.47 PASS AF=1;AO=57;DP=62;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020255;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.163;QD=57.252;RBI=0.020263;REFB=0;REVB=-0.000568433;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.36274e-05;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:62:59:59:0:25:34:0:0:5:0:25:32:0:0 chr9 102067887 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.198;QD=47.8224;RBI=0.0211636;REFB=0;REVB=0.0211062;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272264;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr9 102068344 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.925;QD=37.4884;RBI=0.0614798;REFB=0;REVB=-0.0592447;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0056812;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr9 102068770 . T C 1771.28 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.021;QD=60.5564;RBI=0.0324395;REFB=0;REVB=0.0312185;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53878e-05;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:50:65:0:0:51:66:0:0 chr9 102068832 . G A 2979.75 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7342;QD=63.3989;RBI=0.0600832;REFB=0;REVB=0.038738;RO=0;SAF=98;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347928;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:89:98:0:0:90:98:0:0 chr9 102595069 . G A 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00403219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.79;QD=12.724;RBI=0.00409232;REFB=0.000919657;REVB=0.000698924;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270715;STB=0.654549;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00136967;OID=.;OPOS=102595069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:11:25:10:13:11:25 chr9 102607053 . T A 540.12 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00428802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.504;QD=19.4637;RBI=0.00965868;REFB=-0.0156311;REVB=0.00865465;RO=55;SAF=26;SAR=30;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105156;STB=0.558029;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0121427;OID=.;OPOS=102607053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:30:26:32:23:30:26:32:23 chr9 102713580 . G A 1047.78 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100333;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.238;QD=59.8729;RBI=0.0295939;REFB=0;REVB=-0.0278412;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197379;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr9 102732237 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.398;QD=57.6807;RBI=0.0540859;REFB=0;REVB=-0.00149385;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220163;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr9 103054951 . T C 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00010897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.259;QD=32.2487;RBI=0.00252875;REFB=-0.017154;REVB=0.0025264;RO=6;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100709;STB=0.555494;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00549384;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:8:10:2:4:8:10:2:4 chr9 103060386 . T G 1412.24 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2188;QD=62.7664;RBI=0.034973;REFB=0;REVB=0.02516;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966128;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr9 103064530 . G A 519.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.717;QD=59.3675;RBI=0.0284123;REFB=0;REVB=0.0233701;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42671e-05;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr9 104133628 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0183391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.879;QD=14.0792;RBI=0.0328739;REFB=-0.00262898;REVB=0.0272832;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00325621;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:8:8:5:7:8:8 chr9 104302625 . A G 265.2 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0146491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1995;QD=15.5997;RBI=0.0154836;REFB=-0.00840829;REVB=0.00501442;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183111;STB=0.602875;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0140948;OID=.;OPOS=104302625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:12:26:15:15:12:26 chr9 104324545 . G A 349.87 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00950179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.511;QD=15.2117;RBI=0.0114724;REFB=-0.0119334;REVB=0.00642904;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243701;STB=0.637977;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0120969;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:25:13:31:23:25:13:31:23 chr9 104333172 . C T 516.43 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00904308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9135;QD=19.1269;RBI=0.0443224;REFB=-0.0333308;REVB=0.04339;RO=54;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0420304;OID=.;OPOS=104333172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:29:25:25:29:29:25:25:29 chr9 104335586 . T A 818.88 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=156;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0343816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.51;QD=20.9969;RBI=0.0371524;REFB=-0.0161329;REVB=0.0140786;RO=73;SAF=39;SAR=43;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132358;STB=0.575278;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.013921;OID=.;OPOS=104335586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:73:74:82:82:0.525641:43:39:46:27:43:39:47:27 chr9 104335690 . C T 1005.39 PASS AF=0.502564;AO=98;DP=195;FAO=98;FDP=195;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0156651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.539;QD=20.6233;RBI=0.0160493;REFB=-0.0143373;REVB=-0.00349072;RO=97;SAF=47;SAR=51;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329719;STB=0.518107;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0134863;OID=.;OPOS=104335690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:97:97:98:98:0.502564:51:47:43:54:51:47:43:54 chr9 104432873 . T G 1393.72 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.076;QD=62.639;RBI=0.0520127;REFB=0;REVB=0.0182056;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150414;OID=.;OPOS=104432873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:54:34:0:0:55:34:0:0 chr9 104433034 . A G 1306.15 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00839365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.643;QD=60.751;RBI=0.02737;REFB=-0.137896;REVB=0.0260512;RO=1;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902401;STB=0.504761;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000591758;OID=.;OPOS=104433034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:52:33:0:1:52:33:0:1 chr9 104433235 . C T 1124.6 PASS AF=0.950617;AO=76;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00364461;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.493;QD=55.536;RBI=0.0127497;REFB=0.0141574;REVB=0.0122177;RO=4;SAF=46;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393873;STB=0.520403;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000307051;OID=.;OPOS=104433235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:4:4:76:77:0.950617:30:46:4:0:30:47:4:0 chr9 104433347 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.314;QD=49.5967;RBI=0.0343324;REFB=0;REVB=0.0236812;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3204e-05;OID=.;OPOS=104433347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr9 104449294 . G A 1084.16 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00196558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.382;QD=58.6035;RBI=0.0198666;REFB=-0.0445554;REVB=0.0197692;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000424009;OID=.;OPOS=104449294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:49:24:0:0:49:24:1:0 chr9 104499575 . T C 1859.07 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8772;QD=61.4568;RBI=0.0450386;REFB=0;REVB=-0.0420753;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105918;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:60:61:0:0:60:61:0:0 chr9 105018910 . A C 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0165774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.544;QD=21.5094;RBI=0.0166645;REFB=-0.00895885;REVB=0.00170165;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0112561;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:10:9:11:10:10:9 chr9 105763845 . TTTTTG T 212.71 PASS AF=0.391304;AO=32;DP=103;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0164928;FXX=0.0706999;HRUN=6;LEN=5;MLLD=232.031;QD=9.24842;RBI=0.022795;REFB=0.00159563;REVB=0.0157353;RO=58;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143856;STB=0.600672;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=-0.00249362;OID=.;OPOS=105763846;OREF=TTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:32:103:36:92:56:22:14:25:31:99:58:19:13:27:31 chr9 105780618 . G A 740.68 PASS AF=0.402844;AO=86;DP=211;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.0408099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8523;QD=14.0414;RBI=0.0440106;REFB=-0.0157356;REVB=0.0164768;RO=125;SAF=32;SAR=54;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10924;STB=0.569129;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0247563;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:125:126:86:85:0.402844:54:32:59:66:54:31:60:66 chr9 107266596 . T C 681.26 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.012478;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.988;QD=52.4045;RBI=0.013982;REFB=-0.0966732;REVB=0.00630843;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.520825;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000190586;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:49:50:0.961538:22:27:0:0:23:27:0:2 chr9 107266774 . C G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.398;QD=63.8873;RBI=0.0148895;REFB=0;REVB=0.00795552;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41104e-05;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr9 107266844 . A G 1208.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.729;QD=61.1835;RBI=0.0611569;REFB=0;REVB=0.00195628;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151197;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr9 107266943 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.075;QD=61.333;RBI=0.037793;REFB=0;REVB=0.021554;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040462;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr9 107267304 . C T 669.91 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0284227;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8327;QD=21.267;RBI=0.0385585;REFB=-0.00923026;REVB=-0.0260559;RO=59;SAF=35;SAR=31;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479134;STB=0.522381;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00682049;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:60:66:66:0.52381:31:35:28:31:31:35:29:31 chr9 107267352 . T C 658.04 PASS AF=0.458904;AO=68;DP=147;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00556564;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2783;QD=18.0285;RBI=0.0454708;REFB=-0.00282317;REVB=0.0451289;RO=79;SAF=33;SAR=35;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203674;STB=0.50746;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00260563;OID=.;OPOS=107267352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:79:79:68:67:0.458904:35:33:40:39:34:33:40:39 chr9 107298285 . C T 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0226759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.354;QD=17.6621;RBI=0.0428543;REFB=-0.014537;REVB=-0.0363633;RO=47;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188601;STB=0.605452;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0111217;OID=.;OPOS=107298285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:24:16:28:19:24:16:28:19 chr9 107331504 . C A 1304.26 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.533;QD=60.6631;RBI=0.0231494;REFB=-0.0596717;REVB=-0.00634836;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123019;STB=0.506492;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=3.39795e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:86:1:1:84:85:0.988372:46:38:1:0:47:38:1:0 chr9 107360768 . GT G 1431.95 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.176;QD=60.9341;RBI=0.0484097;REFB=0;REVB=-0.00202552;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000278417;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:84:94:94:0:45:49:0:0:8:0:38:44:0:0 chr9 107360826 . A G 1079.83 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.077;QD=59.9906;RBI=0.0332293;REFB=0;REVB=0.0266438;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385129;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr9 107360851 . T C 1302.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.873;QD=62.0017;RBI=0.0399538;REFB=0;REVB=0.0385618;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100355;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr9 107360922 . A G 1403.81 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0704;QD=62.3914;RBI=0.0485816;REFB=0;REVB=0.0481239;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034499;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:55:33:0:0:56:34:0:0 chr9 107361129 . C T 1080.37 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9689;QD=60.0203;RBI=0.0131835;REFB=0;REVB=0.0127326;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136689;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr9 107361439 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=348.016;QD=34.6655;RBI=0.0684549;REFB=-0.0367337;REVB=0.0662396;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00545961;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:1:9:1:0:1:9:1:0 chr9 107361451 . GC AG 96.17 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.781;QD=34.9707;RBI=0.13863;REFB=0;REVB=0.104086;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00960255;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr9 107361460 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1832;QD=42.1782;RBI=0.0846193;REFB=0;REVB=0.0774421;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00741306;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr9 107361490 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.902;QD=39.2067;RBI=0.165757;REFB=0;REVB=0.165702;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00788647;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr9 107361599 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3235;QD=57.2375;RBI=0.0210253;REFB=0;REVB=-0.0204052;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277634;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr9 107361710 . G A 1510.98 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.249;QD=63.6203;RBI=0.00885867;REFB=0;REVB=0.00355939;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40846e-06;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:56:38:0:0:57:38:0:0 chr9 107367008 . T C 1806.51 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.251;QD=60.2171;RBI=0.0151328;REFB=-0.0398112;REVB=0.0150893;RO=1;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904675;STB=0.504761;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000421478;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:52:67:0:1:52:67:0:1 chr9 107367390 . GATGTTA GA,GAT 596.81 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=7,31;DP=40;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239621,0.0414866;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=251.487,275.162;QD=61.2114;RBI=0.0242165,0.045593;REFB=0,0;REVB=0.00350092,0.01891;RO=0;SAF=5,8;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,3.39343e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0135131,-2.37693e-05;OID=.,.;OPOS=107367391,107367393;OREF=ATGTT,GTTA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:7,31:40:1,38:39:0:0,14:1,24:0:0:5:0:5,8:2,23:0:0 chr9 107367431 . A T 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3157;QD=52.6037;RBI=0.00706242;REFB=0;REVB=0.00625103;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188739;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr9 107367612 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00311797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.236;QD=54.7461;RBI=0.0145679;REFB=0.0369683;REVB=0.0142303;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00151787;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr9 107367664 . AGC A,AGT 135.75 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=9,3;DP=13;FAO=10,3;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212829,-0.0620645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.187,65.6126;QD=41.768;RBI=0.0298807,0.0685345;REFB=0,0;REVB=0.0209736,0.0290684;RO=1;SAF=4,0;SAR=5,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0984833,-0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00454612,-0.0336992;OID=.,.;OPOS=107367665,107367666;OREF=GC,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.230769:9,3:13:10,3:13:0:5,0:5,3:0:0:15:1:4,0:5,3:1:0 chr9 107367841 . A T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000768367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.224;QD=62.1622;RBI=0.0118762;REFB=0;REVB=0.0118513;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24578e-05;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr9 107380177 . A G 682.77 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0269177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.887;QD=52.521;RBI=0.0607187;REFB=-0.0153543;REVB=0.0544261;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447671;STB=0.5238;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00139678;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:30:20:2:0:30:20:2:0 chr9 107380215 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.868;QD=58.587;RBI=0.00364679;REFB=0;REVB=-0.00332874;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20278e-06;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr9 107380414 . C A 738.98 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1104;QD=54.739;RBI=0.0720364;REFB=-0.0777811;REVB=0.0656498;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0016886;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:0:1:29:24:0:1 chr9 107456933 . C A,T 553.82 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,36;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700316,-0.0418683;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.8524,93.301;QD=58.2971;RBI=0.0701036,0.0531598;REFB=0,0;REVB=0.00317644,0.0327568;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105284,-0.00347816;OID=.,.;OPOS=107456933,107456933;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:2,36:2,36:0.0526316,0.947368:0,17:2,19:0:0:0,17:2,19:0:0 chr9 107457532 . C T 745.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8594;QD=63.4429;RBI=0.0471946;REFB=0;REVB=-0.0442866;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000723039;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr9 107457725 . G A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.921;QD=58.2364;RBI=0.0212983;REFB=0;REVB=-0.00588382;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11401e-05;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 107510145 . G C 208.57 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00666967;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.8159;QD=19.8638;RBI=0.0338549;REFB=0.0062341;REVB=-0.0331914;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.547899;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00810916;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:21:20:21:0.5:9:11:11:11:9:12:10:11 chr9 107531152 . G C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0354952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.868;QD=16.6186;RBI=0.0424897;REFB=-0.00535764;REVB=-0.0233552;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978278;STB=0.555507;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00940134;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:15:13:13:10:15:13 chr9 107533175 . C G 526.44 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0315499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.101;QD=16.0745;RBI=0.0318453;REFB=1.23059e-05;REVB=-0.00432727;RO=73;SAF=32;SAR=25;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123404;STB=0.572624;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00012735;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:74:57:57:0.435115:25:32:32:41:25:32:32:42 chr9 107562804 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.977;QD=55.0448;RBI=0.0145317;REFB=-0.0949058;REVB=-0.00606902;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000209086;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:31:24:0:0:31:24:0:1 chr9 107586753 . T C 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00889024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.073;QD=15.4997;RBI=0.0239058;REFB=9.93747e-05;REVB=-0.0221912;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589288;STB=0.533251;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.000310836;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:17:23:16:15:17:23 chr9 107588033 . C T 189.72 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00310028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.429;QD=21.0801;RBI=0.00839531;REFB=-0.00609215;REVB=0.0078019;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205323;STB=0.521716;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00470662;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:11:7:7:10:12:7:7:10 chr9 107591272 . G T 433.57 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00815518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.526;QD=15.0806;RBI=0.0154402;REFB=-0.0140099;REVB=-0.0131108;RO=65;SAF=23;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768051;STB=0.500178;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170542;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:66:49:49:0.426087:26:23:31:34:26:23:31:35 chr9 108152199 . G A 867.46 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00573106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.124;QD=53.3819;RBI=0.00786895;REFB=-0.214707;REVB=-0.00539216;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.524582;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00152914;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:1:3:62:62:0.953846:29:33:0:1:29:33:0:3 chr9 108398331 . T G 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0073876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5761;QD=19.3189;RBI=0.0144403;REFB=-0.00136123;REVB=0.0124075;RO=43;SAF=26;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204188;STB=0.618991;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00168426;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:16:26:17:26:16:26:17:27 chr9 108425267 . C T 199.68 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00110367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.206;QD=19.968;RBI=0.0650111;REFB=-0.00589849;REVB=0.0650018;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132146;STB=0.574553;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0054499;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:8:12:9:11:8:12 chr9 108536426 . AT A 95.69 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0654726;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.2309;QD=10.6325;RBI=0.103999;REFB=-0.00941331;REVB=0.0808034;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557722;STB=0.50812;STBP=0.944;TYPE=del;VARB=0.0205213;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:16:37:16:36:20:11:5:14:6:95:19:11:5:14:5 chr9 109622659 . G A 725.22 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=145;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.010084;FXX=0.0137922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.838;QD=20.2859;RBI=0.012439;REFB=-0.0145482;REVB=0.00728285;RO=72;SAF=42;SAR=29;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975565;STB=0.553831;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0116102;OID=.;OPOS=109622659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:72:72:71:71:0.496503:29:42:35:37:29:42:35:37 chr9 110249505 . C T 353.58 PASS AF=0.5;AO=27;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.002681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4052;QD=22.8117;RBI=0.0583038;REFB=-0.0388362;REVB=0.0582421;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345496;STB=0.684727;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0455548;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:27:31:0.5:13:14:2:20:14:17:2:20 chr9 111617650 . G A 672.61 PASS AF=0.559322;AO=63;DP=117;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0165125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.172;QD=22.8003;RBI=0.0478439;REFB=-0.0185472;REVB=0.044904;RO=51;SAF=20;SAR=43;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102692;STB=0.568696;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.007571;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:51:52:63:66:0.559322:43:20:22:29:46:20:23:29 chr9 111618163 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00438927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.785;QD=15.7;RBI=0.00958714;REFB=-0.0203129;REVB=-0.00852335;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0184372;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr9 111618309 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0426719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.036;QD=21.5109;RBI=0.0459882;REFB=0.000655324;REVB=0.0171471;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000930217;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:10:9:12:9:10:9 chr9 111618602 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.731;QD=63.8713;RBI=0.0248138;REFB=0;REVB=-0.0234569;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318074;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr9 111618796 . C T 453.72 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0118918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.309;QD=25.2064;RBI=0.0158882;REFB=-0.0162492;REVB=0.0105367;RO=29;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595285;STB=0.536244;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0109684;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:42:43:0.597222:17:25:15:14:17:26:15:14 chr9 111618926 . A G 477.78 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00366305;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.53;QD=18.0293;RBI=0.0486862;REFB=-0.0143554;REVB=-0.0485482;RO=56;SAF=18;SAR=33;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110413;STB=0.555794;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0188217;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:55:51:51:0.481132:33:18:26:30:33:18:25:30 chr9 111625913 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.455;QD=64.4144;RBI=0.0236308;REFB=0;REVB=0.0181832;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191181;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr9 111641825 . G A 731.48 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473841;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.529;QD=63.6073;RBI=0.00516594;REFB=0;REVB=-0.00205777;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57036e-05;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr9 111651620 . A T 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2106;QD=59.9237;RBI=0.0193871;REFB=0;REVB=-0.0112378;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86558e-05;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr9 111656228 . T A 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.0156772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.592;QD=14.4062;RBI=0.020534;REFB=-0.0118466;REVB=0.0132617;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250665;STB=0.640944;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0134363;OID=.;OPOS=111656228;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:16:16:34:12:16:16:34:12 chr9 111679872 . G A 637.03 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0315159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0069;QD=28.0012;RBI=0.0561327;REFB=-0.00759873;REVB=-0.0464503;RO=35;SAF=30;SAR=26;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555747;STB=0.530233;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00365698;OID=.;OPOS=111679872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:26:30:16:19:26:30:16:19 chr9 111688828 . C T 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0049773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.813;QD=13.7746;RBI=0.00771026;REFB=-0.00865655;REVB=0.00588851;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236259;STB=0.513475;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0114414;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:17:11:17:24:17:11:17:24 chr9 111718134 . AAT AA,A 51.9 PASS AF=0,0.25;AO=7,10;DP=62;FAO=0,15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0592506,-0.00598877;FXX=0.0322529;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.0607,20.2313;QD=3.46007;RBI=0.130005,0.0667701;REFB=-0.0486839,-0.0238618;REVB=-0.115718,-0.066501;RO=35;SAF=1,2;SAR=6,8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.493458,-0.429165;STB=0.5,0.83203;STBP=1,0.008;TYPE=del,del;VARB=-0.0306741,0.0750656;OID=.,.;OPOS=111718136,111718135;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.25:7,10:62:0,15:60:45:0,2:0,13:24:21:48:35:1,2:6,8:19:16 chr9 111754288 . T C 1482.9 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.24;QD=62.4377;RBI=0.0289774;REFB=-0.0427974;REVB=0.0144436;RO=0;SAF=27;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30932e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:95:0:0:93:95:1:66:27:0:0:67:28:0:0 chr9 111781789 . A G 463.83 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0125611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3462;QD=19.3262;RBI=0.0314728;REFB=-0.00472857;REVB=0.0288576;RO=50;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203726;STB=0.511328;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00693311;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:22:24:25:25:22:24:25:25 chr9 111782670 . G A 166.04 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0543336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0771;QD=22.1382;RBI=0.0776599;REFB=-0.0675894;REVB=0.055488;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143851;STB=0.562427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0508651;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:12:13:17:17:0.566667:8:9:4:8:8:9:5:8 chr9 111938926 . C T 452.54 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.013422;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.926;QD=21.5496;RBI=0.0182456;REFB=-0.00906286;REVB=-0.0123592;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027924;STB=0.521729;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00737637;OID=.;OPOS=111938926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:39:40:44:44:0.52381:20:24:20:19:20:24:20:20 chr9 111945049 . T G 1320.52 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.865;QD=62.1421;RBI=0.0644879;REFB=0;REVB=-0.0610336;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301162;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr9 112069477 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.483;QD=53.9108;RBI=0.0380554;REFB=0;REVB=-0.00335926;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323021;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr9 112087048 . G T 70.32 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0268633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.617;QD=10.4179;RBI=0.0282742;REFB=-0.00892729;REVB=0.00882012;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370567;STB=0.711042;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0677932;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:1:16:7:3:1:16 chr9 112629397 . G A,T 601.42 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=34,5;DP=39;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984913,-0.052497;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.939,38.5452;QD=57.278;RBI=0.0292361,0.0529476;REFB=0,0;REVB=0.0275271,-0.00689313;RO=0;SAF=15,3;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40663e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000419702,0.208102;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:39:42:0:0:34,5:39,3:0.928571,0.0714286:19,2:15,3:0:0:22,2:17,1:0:0 chr9 112629858 . A G 829.72 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.478;QD=57.2221;RBI=0.0455901;REFB=0;REVB=0.0419325;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139216;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:37:19:0:0:38:20:0:0 chr9 112705060 . T A 249.59 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0161294;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.323;QD=24.3502;RBI=0.0170987;REFB=-0.0178542;REVB=0.00567521;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772773;STB=0.504307;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0138916;OID=.;OPOS=112705060;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:13:10:8:10:13:10:8:10 chr9 112899361 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.34;QD=57.2377;RBI=0.0302007;REFB=0;REVB=0.0289071;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74452e-05;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr9 112900785 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5518;QD=42.1825;RBI=0.0330706;REFB=0;REVB=0.0274821;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263233;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr9 112931646 . G A 560.62 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253355;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6568;QD=60.6071;RBI=0.0416493;REFB=0;REVB=0.0330571;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56128e-05;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr9 112932329 . G A 1252.05 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862008;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.215;QD=61.8294;RBI=0.011343;REFB=0;REVB=0.00737278;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197668;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:40:41:0:0 chr9 112932540 . GTTTTTTA GGTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTA 87.13 PASS AF=0,0.0344828,0.586207;AO=2,4,9;DP=29;FAO=0,1,17;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1,8;FSAR=0,0,9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.013466,-0.0107882,0.0322017;FXX=0.0333222;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=20.4955,15.0827,9.98736;QD=12.0173;RBI=0.12923,0.0584674,0.0376016;REFB=-0.126729,-0.0298991,-0.159346;REVB=0.128526,-0.0574635,0.0194147;RO=11;SAF=0,2,5;SAR=2,2,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.371429,0.371429;SSSB=-0.523246,0.14919,0.176743;STB=0.5,0.991762,0.542324;STBP=1,0.286,0.602;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.087895,0.122419;OID=.,.,.;OPOS=112932541,112932546,112932541;OREF=T,TA,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0344828,0.586207:2,4,9:29:0,1,17:29:11:0,1,8:0,0,9:4:7:45:11:0,2,5:2,2,4:4:7 chr9 112960869 . A G 1549.25 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.597;QD=63.8865;RBI=0.0266884;REFB=0;REVB=0.00959381;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57135e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:45:52:0:0 chr9 112963504 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.402;QD=59.6794;RBI=0.0114373;REFB=0;REVB=-0.0101195;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72665e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr9 113006420 . A G 1365.24 PASS AF=1;AO=46;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032375;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6303;QD=60.6772;RBI=0.104673;REFB=0;REVB=0.0995404;RO=1;SAF=33;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310498;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:1:0:46:90:1:13:33:1:0:22:68:0:0 chr9 113006421 . T G 437.09 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0174742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.28;QD=18.7996;RBI=0.0269316;REFB=-0.0409877;REVB=0.020493;RO=49;SAF=35;SAR=9;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108734;STB=0.560946;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0039734;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:9:35:35:14:9:35:35:14 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 113.05 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0085182;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=8;MLLD=353.721;QD=6.55345;RBI=0.0170357;REFB=-0.00893665;REVB=-0.0147531;RO=50;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148341;STB=0.521252;STBP=0.841;TYPE=del;VARB=0.0306809;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246377:17:71:17:69:52:7:10:20:32:99:50:7:10:20:30 chr9 113149674 . A G 412.12 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00549889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.535;QD=14.851;RBI=0.00988135;REFB=-0.00761444;REVB=-0.00820995;RO=64;SAF=16;SAR=31;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138768;STB=0.57823;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00839873;OID=.;OPOS=113149674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:31:16:30:34:31:16:30:34 chr9 113166697 . T A 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.667;QD=59.8332;RBI=0.0113134;REFB=0;REVB=0.00693056;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08117e-06;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr9 113168501 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00161299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.377;QD=19.0179;RBI=0.00899108;REFB=-0.0305392;REVB=-0.00884521;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364097;STB=0.711991;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0171272;OID=.;OPOS=113168501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:6:8:13:2:6:8 chr9 113169630 . TG CA,CG 605.45 PASS AF=0.560976,0.439024;AO=23,17;DP=40;FAO=23,18;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9,11;FSAR=14,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326626,0.0388201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.201,107.976;QD=59.0687;RBI=0.0373534,0.0403378;REFB=0,0;REVB=-0.0181227,0.0109605;RO=0;SAF=9,10;SAR=14,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.84921e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000383754,0.0050145;OID=.,.;OPOS=113169630,113169630;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:41:0:0:23,17:23,18:0.560976,0.439024:14,7:9,10:0:0:14,7:9,11:0:0 chr9 113189954 . T G 714.5 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00828801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.159;QD=22.5038;RBI=0.0203133;REFB=-0.0176492;REVB=-0.0185456;RO=58;SAF=38;SAR=31;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170418;STB=0.593186;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0119115;OID=.;OPOS=113189954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:69:69:0.543307:31:38:20:38:31:38:20:38 chr9 113191533 . C T 186.19 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00722835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9195;QD=12.4129;RBI=0.0198513;REFB=-0.00106007;REVB=0.0184885;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267235;STB=0.515405;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00157015;OID=.;OPOS=113191533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:17:20:13:10:17:20 chr9 113208250 . T G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.502;QD=59.1432;RBI=0.0413532;REFB=0;REVB=0.00781857;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71755e-05;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr9 113220820 . C T 437.9 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00375308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.823;QD=21.6245;RBI=0.0170173;REFB=-0.0404357;REVB=0.0165983;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151714;STB=0.508373;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0204868;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:23:20:17:21:23:20:17:21 chr9 113233720 . G A 508.82 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00315267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.531;QD=18.172;RBI=0.00964654;REFB=-0.0108747;REVB=0.00911682;RO=58;SAF=32;SAR=22;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785938;STB=0.543478;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.012997;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:22:32:39:19:22:32:39:19 chr9 113636353 . T A,G 385.02 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218982,0.0264318;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=111.489,212.532;QD=55.0024;RBI=0.0236029,0.0285553;REFB=0,0;REVB=-0.0088071,-0.0108058;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0840341,0.000569345;OID=.,.;OPOS=113636353,113636353;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:2,13:0,13:0:0:2,13:0,13:0:0 chr9 113636393 . TTA T,TTT 62.48 PASS AF=0.5,0.1;AO=6,5;DP=26;FAO=10,2;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=7,2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.23849,0.165785;FXX=0.0475964;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.0295,9.97494;QD=12.4967;RBI=0.257129,0.18124;REFB=0.0232675,0.103445;REVB=-0.0961143,-0.0732357;RO=11;SAF=0,1;SAR=6,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.720817,-0.218963;STB=0.538383,0.993043;STBP=0.736,0.317;TYPE=del,snp;VARB=-0.0391268,0.0467115;OID=.,.;OPOS=113636394,113636395;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.1:6,5:26:10,2:20:8:3,0:7,2:3:5:50:11:0,1:6,4:4:7 chr9 113636486 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.513;QD=56.7066;RBI=0.0544352;REFB=0;REVB=0.0149992;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129094;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr9 113637854 . G A 531.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8219;QD=57.4848;RBI=0.0497155;REFB=-0.0280196;REVB=0.049126;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430503;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr9 114090279 . A G 149.85 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0245777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7757;QD=15.369;RBI=0.0473446;REFB=-0.00154364;REVB=-0.0404654;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385756;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000414623;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:15:15:0.384615:8:7:9:12:8:7:9:13 chr9 114359624 . C A 335.84 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00574472;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.826;QD=16.7918;RBI=0.00688651;REFB=-0.0126147;REVB=-0.00379766;RO=43;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607494;STB=0.5402;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0140207;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:36:36:0.45:17:19:20:23:17:19:20:24 chr9 114366094 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00504847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.439;QD=19.1095;RBI=0.00915862;REFB=-0.012524;REVB=0.00764155;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162503;STB=0.509084;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0177639;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:13:13:14:13:13:13 chr9 114371322 . T A 194.31 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0490652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7009;QD=12.3374;RBI=0.0853572;REFB=0.0041195;REVB=0.069846;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124259;STB=0.57137;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00286206;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:15:24:12:12:15:24 chr9 114371493 . C T 234.96 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00923602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.092;QD=18.7969;RBI=0.0123054;REFB=0.00706547;REVB=0.00813136;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103749;STB=0.558619;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0233375;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:17:10:11:12:17:10 chr9 114411945 . G T 429.2 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00126828;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.94;QD=25.2472;RBI=0.0180123;REFB=0.0188798;REVB=0.0179676;RO=27;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123346;STB=0.567339;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0118511;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:19:22:19:8:19:22:19:8 chr9 114454544 . T C 424.13 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00905378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5458;QD=18.6429;RBI=0.0160239;REFB=0.0182535;REVB=-0.013221;RO=48;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749829;STB=0.541797;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0182035;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:24:19:25:23:24:19:25:23 chr9 114454580 . A G 1305.95 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0309741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.482;QD=60.7418;RBI=0.0360522;REFB=0.0280113;REVB=-0.018449;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000267862;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:84:85:0.988372:44:40:0:0:45:40:0:1 chr9 114456644 . TA T 52.86 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.177087;FXX=0.142789;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.06287;QD=11.7467;RBI=0.200123;REFB=-0.0212606;REVB=0.0932173;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0749101;OID=.;OPOS=114456645;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:10:21:10:18:8:5:5:4:4:28:7:5:5:4:3 chr9 114462322 . A G 635.83 PASS AF=0.533898;AO=61;DP=116;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00938502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.667;QD=21.5537;RBI=0.0147975;REFB=-0.0175857;REVB=0.0114407;RO=55;SAF=24;SAR=37;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383947;STB=0.511329;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0156923;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:55:55:61:63:0.533898:37:24:24:31:37:26:24:31 chr9 114464487 . T C 357.25 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.000936997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.699;QD=16.8118;RBI=0.0143042;REFB=-0.0071922;REVB=0.0142735;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130346;STB=0.573162;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0106491;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:16:22:21:26:16:22:21:26 chr9 114490308 . T C 319.0 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00384274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.813;QD=20.9177;RBI=0.00621895;REFB=0.0182678;REVB=-0.00488964;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962958;STB=0.55316;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00729119;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:20:13:8:20:20:13:8:20 chr9 114803333 . G C 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0157593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.693;QD=17.0672;RBI=0.018975;REFB=-0.0123629;REVB=-0.0105686;RO=46;SAF=13;SAR=25;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202232;STB=0.613634;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0185826;OID=.;OPOS=114803333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:25:13:25:21:25:13:25:21 chr9 114820741 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0166921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8027;QD=24.1063;RBI=0.0178763;REFB=-0.0141534;REVB=-0.00639811;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298626;STB=0.51662;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.010109;OID=.;OPOS=114820741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:11:13:11:8:11:13:11:8 chr9 114904734 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0683182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.549;QD=11.8141;RBI=0.0698502;REFB=0.000821277;REVB=-0.0145491;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100301;STB=0.559713;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000608558;OID=.;OPOS=114904734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:9:14:9:4:9:14 chr9 115095743 . T C 151.48 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0149471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.337;QD=10.0986;RBI=0.0150739;REFB=-0.0143589;REVB=-0.00195073;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187224;STB=0.608596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0269286;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:8:12:30:10:8:12:30:10 chr9 115248746 . C T 1013.53 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00330487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.416;QD=56.3072;RBI=0.0212015;REFB=-0.0347743;REVB=0.0209424;RO=2;SAF=33;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277911;STB=0.514702;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00361594;OID=.;OPOS=115248746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:37:33:2:0:37:33:2:0 chr9 115567184 . T C 1237.1 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0428971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.891;QD=58.9095;RBI=0.0452912;REFB=-0.19019;REVB=0.0145304;RO=2;SAF=36;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255799;STB=0.51351;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00837242;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:46:36:2:0:46:36:2:0 chr9 115580008 . G C 291.32 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0139778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.648;QD=17.1362;RBI=0.0150178;REFB=-0.00110709;REVB=-0.00549144;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464428;STB=0.516564;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00097943;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:17:14:18:18:17:15:18:18 chr9 115600848 . T C 1151.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.17;QD=60.6099;RBI=0.0108865;REFB=0;REVB=0.00361698;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96456e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:45:31:0:0 chr9 115617061 . T C 193.12 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0146988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.801;QD=13.794;RBI=0.0147196;REFB=-0.00555515;REVB=-0.000782971;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281637;STB=0.650862;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00477772;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:33:22:23:0.410714:13:9:22:10:13:10:23:10 chr9 115632898 . G A 779.16 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.00505421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.175;QD=18.4417;RBI=0.01296;REFB=-0.00184984;REVB=0.0119339;RO=88;SAF=39;SAR=42;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793871;STB=0.543803;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00243399;OID=.;OPOS=115632898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:88:88:81:81:0.47929:42:39:35:53:42:39:35:53 chr9 115632969 . A G 2014.61 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.905;QD=61.5148;RBI=0.0552131;REFB=-0.0736709;REVB=0.0418676;RO=1;SAF=36;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748041;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:131:1:0:129:131:1:93:36:1:0:93:38:0:0 chr9 115635641 . C G 610.95 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0171668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.149;QD=18.2372;RBI=0.0171773;REFB=-0.00842639;REVB=-0.000602731;RO=71;SAF=24;SAR=39;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136601;STB=0.575865;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00851293;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:39:24:37:34:39:24:37:34 chr9 115637018 . G A 195.56 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0632405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7533;QD=18.1919;RBI=0.0636934;REFB=-0.0386989;REVB=-0.00758205;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268777;STB=0.651025;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0881726;OID=.;OPOS=115637018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:18:5:10:10:18:5 chr9 115637215 . T C 181.23 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00596045;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3745;QD=12.9453;RBI=0.0310094;REFB=-0.0054943;REVB=-0.0304311;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153382;STB=0.56305;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00841305;OID=.;OPOS=115637215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:34:21:22:0.392857:12:9:20:15:12:10:19:15 chr9 115652881 . G T 400.34 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6946;QD=55.2195;RBI=0.0192857;REFB=0;REVB=0.000344405;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320788;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:23:5:1:0:23:6:0:0 chr9 115759519 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0211179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.053;QD=16.0893;RBI=0.0235688;REFB=0.0063035;REVB=0.0104652;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153063;STB=0.58606;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00519303;OID=.;OPOS=115759519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:17:21:20:30:17:21:20:30 chr9 115818949 . A T 388.0 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00861791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8481;QD=26.7584;RBI=0.0287867;REFB=-0.0269411;REVB=0.0274664;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386233;STB=0.511272;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0245418;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:21:37:37:0.637931:20:17:8:12:20:17:9:12 chr9 115873890 . G C 114.06 PASS AF=0.52;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0104755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.622;QD=18.2489;RBI=0.0106182;REFB=-0.0135358;REVB=-0.00173505;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103751;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0125324;OID=.;OPOS=115873890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:12:12:13:0.52:6:6:8:5:6:7:7:5 chr9 115925104 . C T 588.95 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.00555427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.037;QD=16.8271;RBI=0.0123733;REFB=-0.00319628;REVB=-0.0110566;RO=78;SAF=31;SAR=31;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167039;STB=0.592828;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00294292;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:78:62:62:0.442857:31:31:26:52:31:31:26:52 chr9 115926197 . TG T 258.84 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.0778319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.2872;QD=12.3255;RBI=0.146857;REFB=-0.0403506;REVB=-0.124536;RO=42;SAF=9;SAR=31;SRF=35;SRR=7;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=-0.540463;STB=0.796239;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0343079;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488095:40:84:41:84:43:9:32:35:8:99:42:9:31:35:7 chr9 115928275 . T C 364.55 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00907378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.502;QD=18.4582;RBI=0.0107699;REFB=-0.0246705;REVB=-0.00580156;RO=41;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526063;STB=0.535117;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0305038;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:16:21:21:20:16:22:21:20 chr9 115950156 . G A 301.75 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0116617;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.776;QD=16.5344;RBI=0.0139754;REFB=-0.0136124;REVB=-0.00770166;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144581;STB=0.508301;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0181363;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:33:33:0.452055:17:16:19:19:17:16:20:20 chr9 115950706 . A C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00591351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.887;QD=9.67076;RBI=0.00681119;REFB=-0.00709018;REVB=-0.00337976;RO=36;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514887;STB=0.803227;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0114384;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:4:12:10:26:4:12:10:26 chr9 115983540 . G A 952.66 PASS AF=0.544379;AO=92;DP=169;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00435359;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.31;QD=22.5483;RBI=0.00612824;REFB=-0.00569431;REVB=0.00431296;RO=76;SAF=51;SAR=41;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343901;STB=0.516017;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00414302;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:76:77:92:92:0.544379:41:51:39:37:41:51:40:37 chr9 115985499 . G C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0134999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.701;QD=23.2632;RBI=0.0348875;REFB=0.016321;REVB=-0.0321698;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018252;STB=0.510195;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0131818;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:12:7:8:15:12:7 chr9 116028559 . C A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0067891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.067;QD=19.0583;RBI=0.00788595;REFB=-0.0162772;REVB=-0.00401202;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671228;STB=0.538004;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0231436;OID=.;OPOS=116028559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:8:12:10:9:8:12 chr9 116044998 . A G 246.69 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.279;QD=46.9894;RBI=0.0513457;REFB=-0.175623;REVB=0.0313495;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00141728;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr9 116059567 . G C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0532264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.136;QD=19.6972;RBI=0.0545714;REFB=-0.00542713;REVB=-0.0120411;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.63479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0147033;OID=.;OPOS=116059567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:20:21:0.488372:7:13:9:13:7:14:9:13 chr9 116060124 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2217;QD=62.3501;RBI=0.0196671;REFB=0;REVB=-0.0157522;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363011;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 116060221 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6751;QD=60.9778;RBI=0.085444;REFB=0;REVB=0.0845425;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012524;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr9 116060487 . T C 622.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1934;QD=60.7114;RBI=0.0110828;REFB=0;REVB=0.00960097;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34295e-05;OID=.;OPOS=116060487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:26:13:0:0:26:15:0:0 chr9 116061628 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4258;QD=60.9784;RBI=0.0619347;REFB=0;REVB=0.0601855;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810053;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr9 116061671 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00351944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.277;QD=24.1067;RBI=0.0217765;REFB=-0.021518;REVB=0.0214902;RO=19;SAF=21;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405056;STB=0.730203;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0231505;OID=.;OPOS=116061671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:3:21:10:9:3:21:10:9 chr9 116078520 . T C 377.91 PASS AF=0.542857;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0161418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.853;QD=21.5947;RBI=0.0201554;REFB=-0.0249121;REVB=-0.01207;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202047;STB=0.618983;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0177481;OID=.;OPOS=116078520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:32:32:36:38:0.542857:12:24:14:18:12:26:14:18 chr9 116082647 . C G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00246477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.227;QD=10.9731;RBI=0.0291886;REFB=-0.0133792;REVB=-0.0290843;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559098;STB=0.533289;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0253336;OID=.;OPOS=116082647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:16:15:8:7:16:15 chr9 116132092 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00755997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.008;QD=19.0582;RBI=0.00893818;REFB=0.00247996;REVB=0.00476844;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688944;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00329078;OID=.;OPOS=116132092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:11:9:10:9:11:9 chr9 116132334 . C T 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.01836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.436;QD=14.0541;RBI=0.0482582;REFB=-0.00960193;REVB=0.0446292;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610413;STB=0.543472;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0149251;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:14:11:17:17:14:11:18:17 chr9 116153900 . A G 213.98 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00763473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.761;QD=14.7572;RBI=0.00835967;REFB=-0.0105482;REVB=-0.00340514;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211892;STB=0.628117;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0191032;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:24:25:0.431034:7:17:17:16:7:18:17:16 chr9 116356373 . G C 261.83 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=44;FWDB=0.0117143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.702;QD=12.4679;RBI=0.0132961;REFB=-0.0303411;REVB=0.00628982;RO=53;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176647;STB=0.599943;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0274639;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:22:9:9:44:22:9:9:44 chr9 116356516 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.578;QD=43.486;RBI=0.0509079;REFB=0;REVB=-0.044413;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156961;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr9 116356529 . C G 101.5 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.69;QD=40.5994;RBI=0.0986249;REFB=0;REVB=0.0981939;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336391;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:10:0:0:8:10:1:2:6:0:0:3:7:0:0 chr9 116764283 . C T 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00981441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.169;QD=17.3897;RBI=0.0214012;REFB=-0.00454435;REVB=0.0190181;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126066;STB=0.570714;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0040908;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:20:20:22:13:20:20 chr9 116764883 . C CCT 30.01 PASS AF=0.277778;AO=4;DP=21;FAO=5;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.000514324;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=2;MLLD=136.368;QD=6.66961;RBI=0.00359774;REFB=-0.0426643;REVB=0.00356079;RO=16;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599981;STB=0.533195;STBP=0.989;TYPE=ins;VARB=0.0889025;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:4:21:5:18:13:4:1:10:3:30:16:4:0:12:4 chr9 116770776 . C T 310.1 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0352287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.837;QD=21.3863;RBI=0.0377188;REFB=-0.0152852;REVB=0.0134777;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149319;STB=0.573412;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0189642;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:26:26:30:32:0.551724:9:21:14:12:10:22:14:12 chr9 116770785 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00802729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.118;QD=18.4388;RBI=0.00960001;REFB=-0.00431819;REVB=-0.00526525;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135216;STB=0.575862;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00404935;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:9:20:16:13:9:20:16:13 chr9 116791161 . T C 394.47 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.120694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.515;QD=19.9732;RBI=0.121043;REFB=0.00379889;REVB=-0.0091791;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257857;STB=0.607544;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00688282;OID=.;OPOS=116791161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:39:40:40:0.506329:19:21:8:28:20:20:11:28 chr9 116813001 . T C 780.23 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5005;QD=54.7526;RBI=0.0357089;REFB=-0.0315017;REVB=-0.034125;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00450804;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:34:21:1:0:34:22:1:0 chr9 116931099 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1576;QD=43.4858;RBI=0.0437025;REFB=0;REVB=0.0377023;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268801;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr9 116958216 . C T 1518.07 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103055;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.514;QD=62.601;RBI=0.0143975;REFB=0.0581059;REVB=0.0100541;RO=1;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010198;STB=0.505375;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000184201;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:50:46:1:0:50:46:1:0 chr9 116967438 . A G 629.01 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000621813;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.137;QD=26.2087;RBI=0.00280996;REFB=-0.0489412;REVB=0.00274029;RO=40;SAF=24;SAR=32;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551218;STB=0.53011;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0275358;OID=.;OPOS=116967438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:40:40:56:56:0.583333:32:24:20:20:32:24:20:20 chr9 116968512 . C T 265.93 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00722715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4886;QD=12.0877;RBI=0.0584907;REFB=-0.0194303;REVB=-0.0580425;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947895;STB=0.553791;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0315788;OID=.;OPOS=116968512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:56:32:32:0.363636:17:15:30:24:17:15:31:25 chr9 116980052 . C T 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.040369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7917;QD=16.9918;RBI=0.0443801;REFB=-0.00483507;REVB=0.0184375;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618881;STB=0.534858;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00700368;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:17:10:13:17:17:10:13:17 chr9 116980089 . T C 255.28 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0143804;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.018;QD=21.2732;RBI=0.0167486;REFB=-0.010856;REVB=-0.00858609;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123258;OID=.;OPOS=116980089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:16:7:8:16:16:8:8:16 chr9 117002517 . C T 596.96 PASS AF=0.453237;AO=60;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0249533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.228;QD=17.1786;RBI=0.0256579;REFB=0.0040557;REVB=0.00597141;RO=78;SAF=34;SAR=26;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10647;STB=0.576775;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00650338;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:76:60:63:0.453237:26:34:36:42:26:37:34:42 chr9 117033028 . T C 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00508431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.734;QD=11.2837;RBI=0.0186999;REFB=-0.00794386;REVB=-0.0179954;RO=50;SAF=17;SAR=10;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125056;STB=0.507241;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0229354;OID=.;OPOS=117033028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:10:17:32:18:10:17:32:18 chr9 117044751 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.562;QD=64.1535;RBI=0.0268132;REFB=0;REVB=0.0260895;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7288e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr9 117050998 . G A 972.39 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0014;QD=58.933;RBI=0.0512094;REFB=0;REVB=0.0392228;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254218;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr9 117064345 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.73;QD=60.2306;RBI=0.0226011;REFB=0;REVB=0.00487086;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216945;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr9 117064405 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0273531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6323;QD=13.7528;RBI=0.0282875;REFB=0.000438669;REVB=-0.00721028;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827523;STB=0.548322;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00246416;OID=.;OPOS=117064405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:11:12:9:6:11:12 chr9 117085526 . G A 243.2 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0383345;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.081;QD=14.7394;RBI=0.0388137;REFB=-0.00740667;REVB=-0.00608042;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266812;STB=0.515141;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00977905;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:18:20:14:14:18:20 chr9 117085635 . T C 765.8 PASS AF=0.983051;AO=51;DP=54;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7269;QD=51.9183;RBI=0.13234;REFB=-0.096783;REVB=0.0305858;RO=3;SAF=7;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106605;STB=0.505616;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00630621;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:59:3:1:51:58:0.983051:44:7:2:1:44:14:0:1 chr9 117094203 . GA G 35.79 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0320301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.6016;QD=6.50661;RBI=0.0421125;REFB=-0.0348057;REVB=-0.0273411;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.4375;SSSB=0.0288925;STB=0.562351;STBP=0.697;TYPE=del;VARB=0.0596045;OID=.;OPOS=117094204;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:9:22:8:22:14:3:5:4:10:35:13:3:6:4:9 chr9 117103973 . A G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00657826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.746;QD=16.0715;RBI=0.028164;REFB=-0.0119706;REVB=-0.027385;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641952;STB=0.536191;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0114213;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:17:18:13:16:17:18 chr9 117120333 . G A 704.38 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.026484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0144;QD=21.1844;RBI=0.0340911;REFB=-0.0153719;REVB=0.0214662;RO=62;SAF=30;SAR=39;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098198;STB=0.546636;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0212324;OID=.;OPOS=117120333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:64:69:69:0.518797:39:30:34:28:39:30:34:30 chr9 117136363 . G A 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0145317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.76;QD=23.1585;RBI=0.0187535;REFB=-0.0362777;REVB=-0.0118543;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283866;STB=0.654592;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0166504;OID=.;OPOS=117136363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:18:14:2:21:18:14:2:21 chr9 117138846 . G T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0117638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.095;QD=13.7524;RBI=0.056833;REFB=-0.0223598;REVB=0.0556022;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570906;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0396313;OID=.;OPOS=117138846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:11:12:7:8:11:12 chr9 117165172 . G T 204.41 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00779847;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.119;QD=20.4406;RBI=0.056895;REFB=0.00548836;REVB=0.056358;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00467685;OID=.;OPOS=117165172;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:11:9:10:10:11:9:10:10 chr9 117166338 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000202174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.297;QD=56.1916;RBI=0.0241845;REFB=0;REVB=0.0241836;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94029e-05;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr9 117169033 . A G 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00166253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.643;QD=15.7885;RBI=0.00263065;REFB=-0.00539242;REVB=0.00203871;RO=57;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758022;STB=0.542723;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00649056;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:20:21:25:32:20:21:25:32 chr9 117186677 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.19;QD=57.8849;RBI=0.0223048;REFB=0;REVB=0.0100724;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101691;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr9 117188566 . C G,T 1566.47 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=5,100;DP=105;FAO=6,102;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=3,55;FSAR=3,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104563,-0.0016746;FXX=0.0270246;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.7775,213.899;QD=58.0175;RBI=0.00706789,0.0138228;REFB=0,0;REVB=0.00699011,0.013721;RO=0;SAF=3,55;SAR=2,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0214023,0.000953573;OID=.,.;OPOS=117188566,117188566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:105:108:0:0:5,100:6,102:0.0555556,0.944444:2,45:3,55:0:0:3,47:3,55:0:0 chr9 117241002 . C T 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0505017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.872;QD=24.2935;RBI=0.0505191;REFB=-0.0280422;REVB=-0.00132706;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102746;STB=0.557317;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0201329;OID=.;OPOS=117241002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:5:8:9:10:5:8 chr9 117377843 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.781;QD=63.5827;RBI=0.0249742;REFB=0;REVB=0.0241462;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120579;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr9 117407859 . A C 387.07 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00104141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.083;QD=23.8198;RBI=0.0130187;REFB=-0.0167054;REVB=0.012977;RO=27;SAF=11;SAR=27;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716841;STB=0.539465;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0125456;OID=.;OPOS=117407859;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:27:11:10:17:27:11:10:17 chr9 117428960 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.195;QD=62.3506;RBI=0.0661982;REFB=0;REVB=0.0362327;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634482;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr9 117430524 . G A 561.85 PASS AF=0.416667;AO=52;DP=149;FAO=60;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0582002;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.483;QD=15.607;RBI=0.0586429;REFB=-0.0165406;REVB=0.0071924;RO=69;SAF=38;SAR=14;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23548;STB=0.627758;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0302243;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:144:69:83:52:60:0.416667:14:38:36:33:18:42:41:42 chr9 117430611 . A T 1292.4 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.492;QD=61.5426;RBI=0.0261124;REFB=0;REVB=-0.0257287;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94086e-05;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:29:55:0:0:29:55:0:0 chr9 117433685 . C T 2402.83 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1785;QD=61.2187;RBI=0.0741702;REFB=0;REVB=-0.0731188;RO=0;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373307;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:84:73:0:0:84:73:0:0 chr9 117553249 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.074192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1547;QD=19.8494;RBI=0.075326;REFB=-0.014468;REVB=0.0130214;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265188;STB=0.648603;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0076448;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:2:11:8:7:2:11 chr9 117792583 . C G 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0239373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8661;QD=15.6167;RBI=0.0437903;REFB=-0.00118388;REVB=0.0366688;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852934;STB=0.548148;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00178642;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:17:22:26:28:17:22:26:28 chr9 117804544 . T C 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00316319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.155;QD=14.1657;RBI=0.00389311;REFB=-0.0182811;REVB=0.00226947;RO=63;SAF=15;SAR=29;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243705;STB=0.637711;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0218847;OID=.;OPOS=117804544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:29:15:36:27:29:15:36:27 chr9 117808785 . T A 836.53 PASS AF=0.532051;AO=83;DP=158;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.00822707;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.596;QD=21.4496;RBI=0.0299299;REFB=-0.0110016;REVB=0.028777;RO=73;SAF=46;SAR=37;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078321;STB=0.54282;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00919964;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:73:73:83:83:0.532051:37:46:47:26:37:46:47:26 chr9 117815273 . G A 409.31 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.018088;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.028;QD=20.4653;RBI=0.0181911;REFB=-0.0163137;REVB=-0.00193447;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234468;STB=0.63303;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0061677;OID=.;OPOS=117815273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:40:41:0.5125:17:23:12:27:17:24:12:27 chr9 117835899 . C T 382.85 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00455206;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.513;QD=15.1624;RBI=0.0225557;REFB=-0.0212067;REVB=-0.0220916;RO=58;SAF=26;SAR=17;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143319;STB=0.580697;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0429266;OID=.;OPOS=117835899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:58:58:43:43:0.425743:17:26:27:31:17:26:27:31 chr9 117846499 . C G 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00245863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.369;QD=17.9199;RBI=0.0143158;REFB=-0.00787412;REVB=0.0141031;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184365;STB=0.596093;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0134114;OID=.;OPOS=117846499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:12:20:14:19:12:20:15:19 chr9 117846570 . C T 1501.95 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.902;QD=63.24;RBI=0.0254607;REFB=0;REVB=0.0196137;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253362;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:47:46:0:0:49:46:0:0 chr9 117848197 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.746;QD=58.5878;RBI=0.0269301;REFB=0;REVB=-0.0225523;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45846e-05;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr9 117848394 . T C 707.81 PASS AF=0.978723;AO=39;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0864251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.275;QD=60.2388;RBI=0.0911168;REFB=-0.0533886;REVB=0.0288613;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158949;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00231174;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:39:46:0.978723:29:10:0:1:32:14:0:1 chr9 118163563 . C T 1012.36 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2837;QD=57.8491;RBI=0.0420292;REFB=-0.064871;REVB=0.0360097;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00132953;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr9 118949998 . C T 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0852387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0985;QD=13.4954;RBI=0.0877167;REFB=-0.0240148;REVB=0.0207023;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279976;STB=0.66471;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0337983;OID=.;OPOS=118949998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:11:18:15:28:11:18:15:29 chr9 119106881 . C A 1524.71 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444143;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.305;QD=59.7927;RBI=0.0564034;REFB=0;REVB=0.0347665;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182309;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr9 119158814 . T C 301.04 PASS AF=0.362745;AO=34;DP=99;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.008875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.191;QD=11.8055;RBI=0.0104016;REFB=-0.0121081;REVB=0.00542463;RO=63;SAF=13;SAR=21;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10836;STB=0.583379;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0209102;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:63:65:34:37:0.362745:21:13:30:33:24:13:31:34 chr9 119161253 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0283657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.881;QD=25.7108;RBI=0.0331932;REFB=-0.0071098;REVB=0.0172387;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216875;STB=0.512176;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00253142;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:3:3:6:7:3:3 chr9 119162545 . C A 290.22 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0315632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.897;QD=22.7626;RBI=0.0413656;REFB=-0.0395518;REVB=-0.0267372;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506133;STB=0.533875;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0293833;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:17:11:10:12:18:11:10:12 chr9 119163989 . A G 1251.29 PASS AF=0.465704;AO=129;DP=278;FAO=129;FDP=277;FR=.;FRO=148;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=74;FSRR=74;FWDB=0.0194774;FXX=0.0142344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5304;QD=18.0692;RBI=0.021198;REFB=-0.0137832;REVB=0.00836587;RO=147;SAF=56;SAR=73;SRF=74;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673695;STB=0.535487;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.019394;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:147:148:129:129:0.465704:73:56:74:73:73:56:74:74 chr9 119199820 . C G 152.1 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0544233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7821;QD=13.2263;RBI=0.0592594;REFB=-0.0135854;REVB=-0.0234474;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198097;STB=0.61506;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0238293;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:10:19:8:9:10:19 chr9 119461275 . G A 365.76 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0180244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.702;QD=21.5153;RBI=0.021546;REFB=-0.00967357;REVB=0.0118048;RO=31;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157204;STB=0.50868;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00746937;OID=.;OPOS=119461275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:15:22:19:12:15:22:19:12 chr9 119462112 . C T 785.95 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.428;QD=55.1541;RBI=0.0419439;REFB=-0.0112572;REVB=0.0177579;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000475141;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:33:22:0:0:33:23:0:1 chr9 119495697 . T C 1510.6 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00574;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.332;QD=58.6643;RBI=0.00629047;REFB=0.00838405;REVB=0.00257339;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-9.81076e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:50:52:0:0:50:52:0:1 chr9 119770480 . C T 751.01 PASS AF=0.41791;AO=84;DP=202;FAO=84;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00655561;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.125;QD=14.9455;RBI=0.00657775;REFB=-0.00398413;REVB=-0.000539214;RO=115;SAF=57;SAR=27;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181344;STB=0.597551;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00878141;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:115:117:84:84:0.41791:27:57:59:56:27:57:61:56 chr9 120039299 . T C 2301.37 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.291;QD=63.4861;RBI=0.0306608;REFB=0;REVB=0.0305229;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.231e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:142:145:1:80:62:0:0:82:63:0:0 chr9 120053695 . G A 617.75 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0241316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.865;QD=15.3478;RBI=0.024436;REFB=-0.0205891;REVB=-0.00384507;RO=91;SAF=45;SAR=24;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230861;STB=0.632145;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0342415;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:91:92:69:69:0.428571:24:45:39:52:24:45:39:53 chr9 120053776 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.193;QD=63.8873;RBI=0.0317108;REFB=0;REVB=0.0247346;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32607e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr9 120470358 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.03;QD=57.8839;RBI=0.0487754;REFB=0;REVB=0.000568841;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140688;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr9 123117363 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0224595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.303;QD=21.3768;RBI=0.0250371;REFB=-0.0449649;REVB=-0.0110646;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287468;STB=0.516115;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0274287;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:7:15:15:8:7:15 chr9 123117437 . A C 302.7 PASS AF=0.507692;AO=29;DP=62;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0168922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.783;QD=18.6277;RBI=0.0186724;REFB=-0.0240662;REVB=0.00795673;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167844;STB=0.606837;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0248734;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:32:32:29:33:0.507692:18:11:7:25:19:14:7:25 chr9 123170733 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.388;QD=58.1408;RBI=0.123965;REFB=0;REVB=0.073767;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152941;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr9 123220829 . A G 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00530047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.902;QD=20.3052;RBI=0.0100386;REFB=-0.0219988;REVB=-0.00852519;RO=48;SAF=34;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211267;STB=0.621742;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0307329;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:18:34:20:28:18:34:20:29 chr9 123291036 . C G 344.56 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00404633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.437;QD=16.4078;RBI=0.00837256;REFB=-0.0115552;REVB=0.00732988;RO=45;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568481;STB=0.523797;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0230224;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:47:36:37:0.440476:22:14:20:25:22:15:21:26 chr9 123301346 . T G 351.1 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0196942;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.246;QD=15.2653;RBI=0.0203381;REFB=-0.0090932;REVB=-0.00507692;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134866;STB=0.576048;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00972645;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:54:38:38:0.413043:19:19:34:20:19:19:34:20 chr9 123342259 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.69;QD=57.7124;RBI=0.0474794;REFB=0;REVB=0.034853;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158174;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr9 123342275 . A G 729.4 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.838;QD=57.2075;RBI=0.0355362;REFB=0;REVB=-0.0101758;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119191;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr9 123618971 . A G 277.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00948264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.93;QD=16.0905;RBI=0.01844;REFB=-0.00923221;REVB=-0.0158149;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18387;STB=0.611197;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00938889;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:20:11:20:17:20:11:21:17 chr9 123626311 . C A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.034779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.584;QD=18.0872;RBI=0.0351259;REFB=-0.0182744;REVB=-0.00492444;RO=23;SAF=1;SAR=25;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625852;STB=0.867103;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0200769;OID=.;OPOS=123626311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:27:26:26:0.490566:25:1:9:14:25:1:10:17 chr9 123632045 . A G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0229049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.545;QD=20.563;RBI=0.0295929;REFB=-0.0226806;REVB=-0.0187378;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134872;STB=0.574591;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0194152;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:11:20:17:18:11:20 chr9 123753514 . C A 531.01 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0396713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2353;QD=18.3106;RBI=0.0396994;REFB=-0.00116858;REVB=0.00149171;RO=59;SAF=29;SAR=27;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14959;STB=0.586367;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00143668;OID=.;OPOS=123753514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:27:29:21:38:27:29:21:39 chr9 123769200 . C T 940.93 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0088271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.967;QD=57.0261;RBI=0.0108808;REFB=-0.000642902;REVB=0.00636191;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=1.23743e-05;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:33:32:0:0:33:32:1:0 chr9 123780005 . G A 1974.21 PASS AF=1;AO=124;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069026;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2503;QD=62.18;RBI=0.0163547;REFB=0;REVB=0.0148267;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26697e-05;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:124:127:1:75:49:0:0:78:49:0:0 chr9 123850770 . G A 1384.84 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116977;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.175;QD=61.5485;RBI=0.0143138;REFB=0.00492417;REVB=-0.00824912;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.504503;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-4.82368e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:55:34:0:0:55:34:0:1 chr9 123860689 . C T 908.95 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686279;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.05;QD=58.6417;RBI=0.0196379;REFB=0;REVB=-0.0183997;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76486e-05;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 123917020 . T A 1899.84 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022657;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.175;QD=61.7834;RBI=0.0232348;REFB=0;REVB=0.0051496;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22727e-06;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr9 124043867 . C T 851.67 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.234;QD=57.7404;RBI=0.153967;REFB=0;REVB=0.153576;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392062;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr9 124044995 . C T 565.23 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00583839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.278;QD=53.8316;RBI=0.00611924;REFB=-0.0533396;REVB=-0.00183257;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00350586;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:1:3:39:39:0.928571:19:20:0:1:19:20:1:2 chr9 124046722 . C T 695.76 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.182;QD=60.5009;RBI=0.0214301;REFB=0.0373686;REVB=-0.0144952;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000374476;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:30:15:0:1:30:15:0:1 chr9 124046830 . CT CC,C 448.7 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=2,30;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445954,-0.11661;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.22579,30.1281;QD=56.0868;RBI=0.0537238,0.173066;REFB=0,0;REVB=-0.0299583,-0.127882;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0247008,-0.0079809;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:2,30:32:1,31:32:0:0,15:1,16:0:0:5:0:0,15:2,15:0:0 chr9 124047246 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.076;QD=45.8068;RBI=0.00577253;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29424e-05;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr9 124218133 . C T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.544;QD=60.7147;RBI=0.0178255;REFB=0;REVB=0.0154549;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13113e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr9 124241369 . T G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00423989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.078;QD=12.7851;RBI=0.0189955;REFB=-0.0143206;REVB=-0.0185162;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118199;STB=0.567576;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0274285;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:27:16:13:14:27:16 chr9 124256975 . G T 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00737093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.031;QD=21.0495;RBI=0.0161575;REFB=-0.0134263;REVB=-0.0143782;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674531;STB=0.537293;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00861617;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:18:18:13:18:18:18:13:18 chr9 124257091 . C T 306.0 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0521932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7853;QD=27.2002;RBI=0.0601977;REFB=-0.0416348;REVB=-0.0299938;RO=18;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242338;STB=0.634343;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0300335;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:19:8:11:7:19:8:11:7 chr9 124966449 . C T 228.54 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00810001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7045;QD=14.7442;RBI=0.0820002;REFB=-0.023921;REVB=-0.0815992;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153961;STB=0.587125;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0370898;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:21:14:15:12:21:14 chr9 124976152 . G C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.059762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.429;QD=8.30756;RBI=0.0715011;REFB=-0.0138009;REVB=-0.0392545;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221158;STB=0.631321;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.039054;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:1:17:7:1:1:17 chr9 125133479 . T C 1562.94 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.947;QD=59.5404;RBI=0.0871065;REFB=0;REVB=-0.000202903;RO=0;SAF=22;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202997;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:81:22:0:0:81:24:0:0 chr9 125239253 . T C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000715074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.23;QD=52.7688;RBI=0.00407023;REFB=0.0334226;REVB=-0.00400692;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00058584;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:0:1:18:10:0:1 chr9 125289083 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.020678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.709;QD=17.9558;RBI=0.0209283;REFB=0.00750505;REVB=-0.00322727;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0100298;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:10:7:7:9:10:7 chr9 125289521 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0570117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.4;QD=22.632;RBI=0.0579745;REFB=0.018449;REVB=-0.0105217;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141855;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0188044;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:4:4:9:4:4:4 chr9 125315542 . C T 266.41 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0243883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.555;QD=21.3124;RBI=0.0244766;REFB=-0.000860282;REVB=0.00207709;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907275;STB=0.559761;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00109139;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:12:12:10:15:12:13:10:15 chr9 125315557 . T C 842.05 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226137;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4698;QD=58.0724;RBI=0.0546577;REFB=0;REVB=0.0497603;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877719;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr9 125315778 . G C 563.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143368;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1269;QD=60.9345;RBI=0.0292778;REFB=0;REVB=0.0255274;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300658;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr9 125316033 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.418;QD=61.6811;RBI=0.0423309;REFB=0;REVB=0.0275579;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169354;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr9 125316042 . T C 557.07 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.05;QD=60.2235;RBI=0.0282763;REFB=0;REVB=-0.00453464;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100585;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chr9 125316179 . T G 851.59 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.089;QD=55.8421;RBI=0.0196288;REFB=-0.0820812;REVB=-0.0101246;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00117195;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:1:0:34:26:1:0 chr9 125316350 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4323;QD=60.1634;RBI=0.0310177;REFB=0;REVB=-0.0281819;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017754;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr9 125316455 . C T 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0989855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.276;QD=18.0864;RBI=0.0990393;REFB=-0.0197446;REVB=-0.0032655;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0160095;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:13:13:13:13:13:13:13:14 chr9 125330125 . C G 422.36 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6277;QD=56.3151;RBI=0.0314357;REFB=0;REVB=0.00701067;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285388;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr9 125330184 . A C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0202565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7505;QD=18.8866;RBI=0.020778;REFB=-0.00445124;REVB=0.00462613;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00581693;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr9 125330325 . C G 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0277575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.013;QD=17.541;RBI=0.10435;REFB=-0.0245445;REVB=-0.10059;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414798;STB=0.523777;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.027947;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:6:10:10:5:6:10 chr9 125330678 . T G 2045.04 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.541;QD=62.444;RBI=0.0152433;REFB=0;REVB=0.00106321;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52425e-05;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:63:67:0:0:64:67:0:0 chr9 125330739 . G A 1980.2 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.008678;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1615;QD=61.4015;RBI=0.0139126;REFB=-0.0117863;REVB=-0.0108745;RO=1;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760282;STB=0.503999;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.85792e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:1:1:127:128:0.992248:62:65:0:1:62:66:0:1 chr9 125377087 . A G 363.87 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00372922;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8561;QD=23.4753;RBI=0.00877957;REFB=-0.020836;REVB=-0.0079482;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212048;STB=0.511663;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.014515;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:13:13:19:17:13:13 chr9 125377375 . A G 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0136506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.818;QD=8.08967;RBI=0.0192449;REFB=-0.0181755;REVB=-0.0135657;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268247;STB=0.663998;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0505943;OID=.;OPOS=125377375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:7:15:4:5:7:15 chr9 125377505 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00669536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.456;QD=16.4169;RBI=0.0078573;REFB=-0.0120312;REVB=0.00411208;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.611489;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0136081;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:7:9:5:9:7:9 chr9 125377734 . A G 155.55 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0568796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.704;QD=15.5549;RBI=0.058048;REFB=-0.00810645;REVB=0.0115881;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113674;STB=0.565144;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00459692;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:7:16:10:7:7:16 chr9 125378014 . T G 87.66 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00630748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.471;QD=13.4862;RBI=0.00655928;REFB=0.00392701;REVB=0.00179998;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252639;STB=0.585202;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00597047;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:15:15:10:11:0.423077:8:2:6:9:8:3:6:9 chr9 125390874 . A C 431.37 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0252049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.197;QD=20.0639;RBI=0.0252224;REFB=-0.00916685;REVB=0.000938234;RO=42;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123737;STB=0.558556;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00979096;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:42:43:41:43:0.5:25:16:22:20:25:18:23:20 chr9 125391026 . A C 199.53 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.016192;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.918;QD=13.7607;RBI=0.0293707;REFB=-0.0126169;REVB=0.0245041;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.598452;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0156829;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:34:22:24:0.413793:10:12:24:11:11:13:24:10 chr9 125391127 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00123292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.641;QD=13.2119;RBI=0.028342;REFB=-0.0282189;REVB=-0.0283152;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23878;STB=0.640815;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0330997;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:11:11:4:10:11:11 chr9 125391241 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.021891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.165;QD=14.6657;RBI=0.0235476;REFB=-0.0173479;REVB=-0.00867593;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0234444;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:11:10:7:8:11:10 chr9 125424507 . A C 329.32 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0156768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0445;QD=18.8184;RBI=0.0555084;REFB=-0.0105917;REVB=0.0532487;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514419;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00962764;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:35:34:35:0.5:15:19:19:15:16:19:20:15 chr9 125486968 . G A 2067.74 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.072761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.972;QD=61.7235;RBI=0.0730573;REFB=0.00531258;REVB=-0.00657404;RO=1;SAF=22;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426359;STB=0.502242;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=8.05662e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:111:22:0:1:111:22:0:1 chr9 125512193 . C A 1071.89 PASS AF=1;AO=61;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140964;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4051;QD=60.388;RBI=0.157459;REFB=0;REVB=0.0701612;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258641;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:61:71:1:33:28:0:0:33:38:0:0 chr9 125512575 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.349;QD=51.1846;RBI=0.0326103;REFB=0;REVB=0.0288853;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11897e-05;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr9 125512770 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.138;QD=57.5451;RBI=0.0343233;REFB=0;REVB=0.0343233;RO=0;SAF=0;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034732;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:58:0:0:0:58:0:0:0 chr9 125512788 . G A 1190.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1696;QD=61.0461;RBI=0.0320737;REFB=0;REVB=0.032026;RO=0;SAF=8;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205669;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:68:8:0:0:70:8:0:0 chr9 125512795 . G C 1249.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518062;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.991;QD=61.7152;RBI=0.054523;REFB=0;REVB=-0.0169963;RO=0;SAF=8;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162509;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:73:8:0:0:73:8:0:0 chr9 125512826 . G A 1695.13 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7054;QD=60.5405;RBI=0.0393225;REFB=0;REVB=-0.0276602;RO=0;SAF=27;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09341e-06;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:85:27:0:0:85:27:0:0 chr9 125524836 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.479;QD=56.9993;RBI=0.0193831;REFB=0;REVB=-0.0138037;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50776e-06;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr9 125524934 . CA C 30.25 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0410571;FXX=0.0357015;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.49062;QD=4.48139;RBI=0.112247;REFB=-0.108268;REVB=0.104468;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481452;STB=0.636033;STBP=0.377;TYPE=del;VARB=0.154027;OID=.;OPOS=125524935;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:27:9:27:18:7:2:11:7:30:11:10:1:6:5 chr9 125582173 . C T 324.22 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0173964;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.531;QD=19.3564;RBI=0.0212961;REFB=-0.0347017;REVB=-0.0122838;RO=34;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286115;STB=0.665929;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0528236;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:33:34:34:0.507463:25:9:19:15:25:9:19:14 chr9 125637471 . A T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4315;QD=57.1755;RBI=0.0133304;REFB=0;REVB=0.00795398;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113411;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr9 125637648 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.861;QD=52.6129;RBI=0.0745102;REFB=0;REVB=0.0682255;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120197;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 125652757 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0202677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.5;QD=13.8302;RBI=0.0203116;REFB=-0.00564918;REVB=-0.00133478;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136441;STB=0.57782;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00932224;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:16:11:21:18:16:11:21:18 chr9 125866070 . G C 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00602606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.953;QD=19.5284;RBI=0.0112555;REFB=-0.00728193;REVB=0.00950645;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272045;STB=0.650313;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00359237;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:22:17:29:10:22:17:29:10 chr9 125920376 . G A 341.93 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00354787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9141;QD=30.3933;RBI=0.0356765;REFB=-0.0174606;REVB=-0.0354997;RO=15;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304649;STB=0.503873;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00827369;OID=.;OPOS=125920376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:29:29:0.644444:16:13:6:9:16:13:7:9 chr9 126028395 . C G 734.17 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000212569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.332;QD=61.1808;RBI=0.00366173;REFB=-0.0280678;REVB=0.00365555;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00123129;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:0:1:29:18:0:1 chr9 126125318 . C A 2161.51 PASS AF=0.972222;AO=141;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0105834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3687;QD=60.0419;RBI=0.0159812;REFB=-0.045742;REVB=0.0119745;RO=3;SAF=64;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00481775;STB=0.505801;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00640932;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:144:144:3:4:141:140:0.972222:77:64:1:2:76:64:1:3 chr9 126133547 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.08;QD=52.6115;RBI=0.124974;REFB=0;REVB=0.0248995;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012452;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 126136247 . A G 326.16 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0675232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4942;QD=20.0713;RBI=0.0736279;REFB=-0.0219177;REVB=-0.0293545;RO=31;SAF=26;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250546;STB=0.640168;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0170046;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:8:26:16:15:8:26:16:15 chr9 126144746 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6623;QD=40.7596;RBI=0.0230358;REFB=0;REVB=-0.0198641;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188425;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr9 126219706 . A G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0129002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.849;QD=9.18979;RBI=0.0154536;REFB=-0.00288194;REVB=0.00850873;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343684;STB=0.51019;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00769777;OID=.;OPOS=126219706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:7:7:18:16:7:7:18:17 chr9 126770250 . C G 886.64 PASS AF=0.417004;AO=95;DP=241;FAO=103;FDP=247;FR=.;FRO=144;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=75;FSRR=69;FWDB=0.0115262;FXX=0.0198405;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.857;QD=14.3586;RBI=0.0217685;REFB=-0.00631284;REVB=0.0184665;RO=146;SAF=44;SAR=51;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545286;STB=0.520625;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.009679;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:247:146:144:95:103:0.417004:51:44:75:71:53:50:75:69 chr9 126783433 . G C 387.97 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0152267;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.452;QD=18.2575;RBI=0.0167428;REFB=-0.00184497;REVB=-0.00696192;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629876;STB=0.502971;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00168557;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:45:40:40:0.470588:22:18:21:25:22:18:20:25 chr9 127076271 . A G 110.94 PASS AF=0.341463;AO=11;DP=38;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00644562;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.251;QD=10.8236;RBI=0.0147998;REFB=-0.0362385;REVB=-0.0133225;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991256;STB=0.510623;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0642344;OID=.;OPOS=127076271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:23:27:11:14:0.341463:8:3:8:15:8:6:12:15 chr9 127101924 . C T 1563.2 PASS AF=0.948276;AO=109;DP=115;FAO=110;FDP=116;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0378875;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7742;QD=53.9033;RBI=0.0738292;REFB=-0.0196603;REVB=-0.0633663;RO=4;SAF=57;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152875;STB=0.501414;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00280571;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:115:116:4:6:109:110:0.948276:52:57:3:1:52:58:3:3 chr9 127113732 . C T 1080.33 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000949643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.67;QD=60.0182;RBI=0.00804237;REFB=0;REVB=-0.00798611;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11703e-05;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr9 127214450 . C T 481.29 PASS AF=0.564103;AO=36;DP=80;FAO=44;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00556426;FXX=0.0249969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.528;QD=24.6813;RBI=0.0211065;REFB=-0.0307133;REVB=-0.0203598;RO=20;SAF=11;SAR=25;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428624;STB=0.512085;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.022405;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:20:29:36:44:0.564103:25:11:6:14:30:14:10:19 chr9 127216839 . C T 680.94 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0271298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4869;QD=21.2792;RBI=0.0402282;REFB=0.00516466;REVB=0.0297032;RO=61;SAF=38;SAR=29;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863208;STB=0.504742;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00427766;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:29:38:34:27:29:38:34:27 chr9 127220952 . T C 395.15 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0173742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.443;QD=22.9075;RBI=0.0179091;REFB=-0.0216877;REVB=-0.00434424;RO=30;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690783;STB=0.537984;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0177465;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:20:19:12:18:20:19:12:18 chr9 127228596 . A G 306.41 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.892;QD=53.2891;RBI=0.0653546;REFB=0;REVB=0.0601956;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467608;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr9 127230891 . G A 1448.38 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0315523;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.438;QD=60.9846;RBI=0.0414202;REFB=-0.12919;REVB=-0.0268344;RO=2;SAF=30;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305551;STB=0.516126;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000510754;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:63:30:2:0:63:30:2:0 chr9 127231774 . C G 563.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4329;QD=57.8151;RBI=0.0470359;REFB=-0.153444;REVB=-0.0133417;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00577909;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:17:21:0:0:17:21:1:0 chr9 127262802 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.808;QD=48.7373;RBI=0.0034806;REFB=0;REVB=0.00127956;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14423e-05;OID=.;OPOS=127262802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr9 127369679 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0088071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.724;QD=16.4202;RBI=0.0204778;REFB=-0.0448107;REVB=0.0184871;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120299;STB=0.575112;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0348746;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:16:13:19:14:16:13:20:14 chr9 127563364 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0600852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.795;QD=52.1523;RBI=0.0830683;REFB=-0.0308784;REVB=0.0573594;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00183438;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:20:7:0:0:20:7:1:0 chr9 127566378 . A C,G 598.04 PASS AF=0.075,0.925;AO=3,37;DP=40;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137184,0.00624306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.133,157.926;QD=59.8038;RBI=0.0188733,0.0345998;REFB=0,0;REVB=0.0129618,-0.0340319;RO=0;SAF=3,27;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.67388e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0648971,-0.0174982;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:40:0:0:3,37:3,37:0.075,0.925:0,10:3,27:0:0:0,10:3,27:0:0 chr9 127616537 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00122857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9421;QD=5.95772;RBI=0.0306193;REFB=0.00930594;REVB=-0.0305947;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074592;STB=0.548232;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0307903;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:13:5:2:4:13:5 chr9 127618553 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0167364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.439;QD=21.6129;RBI=0.0288625;REFB=-0.0125171;REVB=0.0235146;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149457;STB=0.584341;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00930383;OID=.;OPOS=127618553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:18:6:9:14:18:6:9:14 chr9 127618776 . A G 297.04 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00828642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3286;QD=49.5064;RBI=0.02725;REFB=-0.0553516;REVB=0.0259595;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00275257;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:0:1:7:16:0:1 chr9 127618839 . C G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7482;QD=62.0177;RBI=0.0101653;REFB=0;REVB=-0.00943837;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44666e-05;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr9 127643456 . T C 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00159887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.088;QD=17.0881;RBI=0.0054416;REFB=-0.00979961;REVB=0.0052014;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145459;STB=0.582314;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0119428;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:8:17:15:13:8:17:15:13 chr9 127661645 . G A 415.42 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0302991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1209;QD=15.2448;RBI=0.0303052;REFB=-0.0276505;REVB=0.00060732;RO=61;SAF=23;SAR=24;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684444;STB=0.542672;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0396356;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:24:23:34:27:24:23:35:27 chr9 127674200 . A C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.855;QD=61.0488;RBI=0.0221133;REFB=0;REVB=0.018383;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77634e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr9 127818276 . C T 326.65 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00776408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.368;QD=26.1316;RBI=0.0077641;REFB=-0.00843564;REVB=-2.01819e-05;RO=21;SAF=6;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211072;STB=0.596539;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00729768;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:28:29:0.58:22:6:9:12:22:7:9:12 chr9 127951863 . G A 255.99 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.048253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8245;QD=22.7545;RBI=0.0591504;REFB=-0.018158;REVB=-0.0342114;RO=21;SAF=20;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208331;STB=0.617867;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0295117;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:4:20:14:7:4:20:14:7 chr9 127962916 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00856498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.726;QD=16.8825;RBI=0.0173383;REFB=-0.0263508;REVB=0.0150751;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264271;STB=0.652752;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0459417;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:9:8:11:4:9:8 chr9 128072273 . G C 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0135465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1012;QD=20.2461;RBI=0.0137815;REFB=-0.0237738;REVB=-0.00253417;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915308;STB=0.550697;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0297404;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:13:20:18:18:13:20 chr9 128074807 . T C 745.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9487;QD=63.4754;RBI=0.0168863;REFB=0;REVB=0.001013;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306789;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr9 128199873 . C T 437.11 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0314017;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2241;QD=18.8006;RBI=0.0333809;REFB=0.00679343;REVB=-0.0113235;RO=48;SAF=15;SAR=29;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350655;STB=0.51534;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0095131;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:49:44:44:0.473118:29:15:18:30:29:15:18:31 chr9 128246786 . G A 397.45 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00361508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.758;QD=20.6466;RBI=0.0359025;REFB=-0.00961792;REVB=-0.03572;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135283;STB=0.507488;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00993668;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:21:19:17:20:21:19:17:20 chr9 128728459 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0223444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.55;QD=12.8689;RBI=0.0229318;REFB=-0.00525649;REVB=0.00515709;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.611425;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00605772;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:14:16:10:11:0.407407:8:2:4:10:9:2:5:11 chr9 129265715 . C G 1095.3 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1738;QD=60.0162;RBI=0.029033;REFB=0;REVB=0.0272811;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346211;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr9 129453229 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.595;QD=59.829;RBI=0.0567627;REFB=0;REVB=0.00958543;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107215;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:48:55:0:0:48:55:0:0 chr9 129455587 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.148;QD=55.6559;RBI=0.0396872;REFB=0;REVB=0.00411662;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177176;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr9 129595667 . C T 314.35 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0367102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2923;QD=17.4641;RBI=0.0402397;REFB=-0.0247826;REVB=0.0164802;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685169;STB=0.53298;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0367489;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:33:35:0.486111:21:12:16:21:22:13:16:21 chr9 129595895 . T C 501.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.908;QD=58.9772;RBI=0.0315831;REFB=0;REVB=0.0215092;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158047;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:24:10:0:0 chr9 129597065 . C T 161.71 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0214689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.147;QD=28.1239;RBI=0.0218512;REFB=0.0248915;REVB=-0.00406991;RO=7;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120742;STB=0.567478;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0186554;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:12:4:3:4:12:4:3:4 chr9 129598644 . TAAA T 240.94 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00769753;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=3;MLLD=287.702;QD=10.9517;RBI=0.0114278;REFB=-0.0029613;REVB=0.00844642;RO=46;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160992;STB=0.614113;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.00457847;OID=.;OPOS=129598645;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443182:38:89:39:88:49:13:26:26:23:99:46:13:25:23:23 chr9 129599706 . A G 297.08 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0232874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.565;QD=30.4696;RBI=0.0246942;REFB=-0.00511639;REVB=0.00821589;RO=13;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769693;STB=0.551144;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00205315;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:13:25:26:0.666667:6:19:11:2:7:19:11:2 chr9 129600132 . TT AA,TA 94.81 PASS AF=0.142857,0.428571;AO=3,9;DP=20;FAO=3,9;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1,5;FSAR=2,4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0192642,-0.0470095;FXX=0;HRUN=16,16;LEN=2,1;MLLD=32.3198,24.0439;QD=18.0588;RBI=0.019698,0.0472985;REFB=-0.0579806,-0.115792;REVB=-0.00411104,-0.00522109;RO=7;SAF=1,5;SAR=2,4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.371415,-0.123424;STB=0.798399,0.615147;STBP=0.423,0.406;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.020876,0.0799062;OID=.,.;OPOS=129600132,129600133;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:20:21:7:9:3,9:3,9:0.142857,0.428571:2,4:1,5:5:2:2,4:1,5:7:2 chr9 129643296 . G T 134.91 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0321729;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2568;QD=24.5286;RBI=0.0503449;REFB=-0.019499;REVB=0.0387236;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141855;STB=0.554715;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0138779;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:8:8:13:14:0.636364:4:9:4:4:5:9:4:4 chr9 129645251 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0112998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.406;QD=18.1943;RBI=0.0118315;REFB=-0.0136935;REVB=-0.00350686;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269931;STB=0.65565;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0156707;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:20:14:25:10:20:14:26:10 chr9 129646733 . TTTTG T,TT 181.65 PASS AF=0,0.315315;AO=11,21;DP=89;FAO=0,35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=0,15;FSAR=0,20;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=0.00635516,0.0227683;FXX=0.0672212;HRUN=6,6;LEN=4,3;MLLD=216.43,220.324;QD=6.54575;RBI=0.00934534,0.0230784;REFB=-0.00195336,9.06136e-05;REVB=-0.00685181,-0.00377063;RO=26;SAF=7,5;SAR=4,16;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.566667,0.566667;SSSB=0.443341,0.00986659;STB=0.5,0.561463;STBP=1,0.4;TYPE=del,del;VARB=-0.000404262,0.00428089;OID=.,.;OPOS=129646734,129646735;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.315315:11,21:89:0,35:111:76:0,15:0,20:26:50:99:26:7,5:4,16:6:20 chr9 129646763 . GTTTTTTTTTTTA GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTG 594.75 PASS AF=0.233766,0.636364;AO=13,15;DP=81;FAO=18,49;FDP=77;FR=.;FRO=10;FSAF=8,20;FSAR=10,29;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.248443,-0.00786412;FXX=0.0374953;HRUN=11,3;LEN=1,1;MLLD=4.40835,136.33;QD=30.896;RBI=0.568494,0.0343882;REFB=-0.0963599,-0.0383884;REVB=-0.511333,0.0334769;RO=9;SAF=7,11;SAR=6,4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147025,0.287707;STB=0.552788,0.519098;STBP=0.478,0.568;TYPE=del,snp;VARB=0.269627,0.0285723;OID=.,.;OPOS=129646764,129646775;OREF=T,A;OALT=-,G;OMAPALT=GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.233766,0.636364:13,15:81:18,49:77:10:8,20:10,29:3:7:65:9:7,11:6,4:3:6 chr9 129752239 . C T 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00813094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.693;QD=19.2739;RBI=0.00979831;REFB=-0.00805998;REVB=0.00546761;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159692;STB=0.582667;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00486681;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:23:14:20:16:23:14:20:17 chr9 129831659 . T A 908.76 PASS AF=0.848101;AO=73;DP=85;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00433569;FXX=0.0705799;HRUN=9;LEN=1;MLLD=221.027;QD=46.0131;RBI=0.00815343;REFB=-0.0764066;REVB=-0.00690508;RO=12;SAF=39;SAR=34;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533565;STB=0.524199;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000532427;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:85:79:12:12:73:67:0.848101:34:39:4:8:34:33:4:8 chr9 129854199 . G A 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00219011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.757;QD=12.7673;RBI=0.0147228;REFB=0.00253787;REVB=0.014559;RO=56;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029712;STB=0.501703;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00337355;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:17:16:27:29:17:16:27:29 chr9 130164993 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0113782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.802;QD=14.2309;RBI=0.0115911;REFB=-0.0322409;REVB=-0.00221098;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639505;STB=0.528945;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0391359;OID=.;OPOS=130164993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:15:11:17:18:15:11:17:19 chr9 130191186 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0305084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9716;QD=15.5688;RBI=0.056929;REFB=-0.013156;REVB=-0.0480641;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874126;STB=0.549261;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0211343;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:12:23:16:12:12:23 chr9 130197414 . A G 520.33 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00697178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.783;QD=16.7848;RBI=0.0590349;REFB=-0.0100722;REVB=-0.0586218;RO=66;SAF=22;SAR=34;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767304;STB=0.543823;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00789318;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:68:56:56:0.451613:34:22:31:35:34:22:32:36 chr9 130206669 . C T 58.87 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0153434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.794;QD=14.7187;RBI=0.0399811;REFB=-0.0131358;REVB=0.0369197;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00634994;OID=.;OPOS=130206669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:3:4:4:4:4:4:4:4 chr9 130219669 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0203956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.384;QD=7.32292;RBI=0.0278666;REFB=-0.00195128;REVB=0.0189887;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413788;STB=0.749374;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00497598;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:12:2:3:3:12:2 chr9 130242166 . A G 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4591;QD=62.4644;RBI=0.0233772;REFB=0;REVB=0.0159713;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247033;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr9 130259618 . A C 696.67 PASS AF=0.962264;AO=52;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0150527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4295;QD=52.579;RBI=0.0201541;REFB=0.0870459;REVB=0.0134016;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129067;STB=0.50928;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0126564;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:52:51:0.962264:36:16:0:1:36:15:1:1 chr9 130267777 . C G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=7.12968e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.243;QD=10.8848;RBI=0.031018;REFB=-0.00960145;REVB=0.0310179;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0248301;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:9:6:6:3:9:6 chr9 130480025 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0333304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.465;QD=13.2122;RBI=0.0344455;REFB=-0.00438637;REVB=0.00869364;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192977;STB=0.613864;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00544386;OID=.;OPOS=130480025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:10:12:10:4:10:12 chr9 130494957 . T C 2385.95 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.361;QD=61.1781;RBI=0.0242267;REFB=0;REVB=0.0154214;RO=0;SAF=57;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40696e-05;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:99:57:0:0:99:57:0:0 chr9 130536717 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.195;QD=63.583;RBI=0.0365267;REFB=0;REVB=0.0341675;RO=0;SAF=8;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26633e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:39:8:0:0:39:8:0:0 chr9 130630639 . A G 1596.82 PASS AF=1;AO=85;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000183809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5022;QD=64.5181;RBI=0.161895;REFB=0;REVB=0.161895;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610583;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:85:99:1:54:31:0:0:67:32:0:0 chr9 130647583 . T C 1264.59 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4171;QD=61.6875;RBI=0.0837087;REFB=0;REVB=-0.0756264;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353741;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr9 130648680 . G A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.811;QD=47.8168;RBI=0.116273;REFB=0;REVB=0.106999;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305392;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 130670310 . A G 191.76 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.966;QD=47.9402;RBI=0.188467;REFB=0;REVB=0.187199;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720581;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:0:14:0:0:1:15:0:0 chr9 130677112 . G A 38.43 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0545228;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.307;QD=5.69345;RBI=0.0626257;REFB=-0.024487;REVB=0.0308098;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117537;STB=0.578677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0695915;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:28:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:12:9:2:4:12:9 chr9 130690412 . G C 923.43 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.989;QD=56.8266;RBI=0.0272438;REFB=-0.0498921;REVB=0.0272196;RO=1;SAF=13;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095401;STB=0.504853;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000984357;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:62:64:0.984615:49:13:0:1:51:13:0:1 chr9 130698029 . G C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0163167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.826;QD=10.9363;RBI=0.0368355;REFB=-0.0199085;REVB=-0.0330245;RO=33;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11611;STB=0.562418;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0518509;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:4:12:22:11:4:12:23:11 chr9 130698043 . A G 781.63 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.442;QD=63.8065;RBI=0.042926;REFB=0;REVB=0.0370991;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248452;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:14:34:0:0:14:35:0:0 chr9 130698845 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.00642169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.024;QD=12.4555;RBI=0.00902493;REFB=-0.00693876;REVB=-0.00634124;RO=34;SAF=3;SAR=18;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908758;STB=0.505258;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0108423;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:18:3:5:29:18:3:5:29 chr9 130703789 . G A 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00374152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.166;QD=18.4879;RBI=0.0665928;REFB=-0.00630649;REVB=0.0664876;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263057;STB=0.650752;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0109451;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:17:5:12:14:17:5:12:14 chr9 130703852 . A AAAC,AAC 142.29 PASS AF=0.823529,0;AO=9,2;DP=19;FAO=14,0;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0418605,-0.0431562;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=256.196,243.153;QD=33.4804;RBI=0.041861,0.0434276;REFB=-0.00821177,-0.0140676;REVB=-0.000196661,-0.00484835;RO=7;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.041038,-0.539624;STB=0.56513,0.5;STBP=0.382,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00283569,0;OID=.,.;OPOS=130703853,130703853;OREF=-,-;OALT=AAC,AC;OMAPALT=AAAC,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529,0:9,2:19:14,0:17:3:4,0:10,0:0:3:15:7:3,0:6,2:2:5 chr9 130707081 . A G 536.44 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0522594;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.73;QD=23.5797;RBI=0.0539808;REFB=-0.0208734;REVB=-0.0135233;RO=41;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429059;STB=0.523569;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0164397;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:41:50:50:0.549451:27:23:21:20:27:23:21:20 chr9 130829039 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000467985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.379;QD=63.8714;RBI=0.0293361;REFB=0;REVB=0.0293323;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179527;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr9 130860866 . T C 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.284;QD=61.0455;RBI=0.0246321;REFB=0;REVB=0.0239341;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85323e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr9 130864676 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.25;QD=57.2025;RBI=0.0380216;REFB=0;REVB=0.0350205;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512211;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr9 130869499 . A T 1252.83 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323916;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2031;QD=61.8684;RBI=0.0230339;REFB=0;REVB=-0.022805;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12377e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr9 130869855 . G A 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00254686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.768;QD=16.2679;RBI=0.00292136;REFB=-0.0325881;REVB=-0.00143103;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124769;STB=0.571338;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0542061;OID=.;OPOS=130869855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:5:13:9:6:5:13 chr9 130869930 . C G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000889975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.914;QD=11.4388;RBI=0.0135416;REFB=-0.00832887;REVB=-0.0135123;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304808;STB=0.689142;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0202622;OID=.;OPOS=130869930;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:4:10:8:1:4:10 chr9 130883511 . C T 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.315;QD=62.8648;RBI=0.0146057;REFB=0;REVB=0.0145652;RO=0;SAF=65;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0636e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:70:65:0:0:70:65:0:0 chr9 130984755 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0493123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.118;QD=20.2741;RBI=0.0506089;REFB=-0.0139755;REVB=0.0113824;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20775;STB=0.616689;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0162307;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:8:16:10:13:8:16 chr9 131027963 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0112144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.083;QD=18.2489;RBI=0.0114761;REFB=-0.00259585;REVB=0.00243693;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234295;STB=0.633942;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00353101;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:4:8:5:8:4:8 chr9 131028226 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0154931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.613;QD=19.5231;RBI=0.0317569;REFB=0.00437915;REVB=-0.0277212;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125358;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00345118;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:5:7:6:8:5:7 chr9 131085373 . G C 727.39 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.926;QD=63.2512;RBI=0.0301393;REFB=0;REVB=-0.0092994;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47019e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr9 131088076 . G A 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0362412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9768;QD=23.4423;RBI=0.0366416;REFB=-0.00357602;REVB=0.00540186;RO=21;SAF=7;SAR=24;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147123;STB=0.597133;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00643682;OID=.;OPOS=131088076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:24:7:8:13:24:7:9:13 chr9 131104952 . A C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0312794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.302;QD=16.6157;RBI=0.0313282;REFB=-0.00173215;REVB=-0.00174765;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00244375;OID=.;OPOS=131104952;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:10:10:8:9:11:10 chr9 131110892 . G A 835.26 PASS AF=0.545455;AO=69;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0302875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.501;QD=23.3639;RBI=0.0314369;REFB=-0.0115087;REVB=0.00842329;RO=54;SAF=26;SAR=43;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873161;STB=0.531907;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00676162;OID=.;OPOS=131110892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:54:65:69:78:0.545455:43:26:26:28:45:33:32:33 chr9 131235321 . A G 342.96 PASS AF=1;AO=14;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.403;QD=54.8742;RBI=0.115233;REFB=0;REVB=0.0253504;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31035e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:14:25:1:13:1:0:0:24:1:0:0 chr9 131346218 . A C 1321.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.208;QD=62.1727;RBI=0.0276346;REFB=0;REVB=0.0275834;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95108e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:35:49:0:0:36:49:0:0 chr9 131360750 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.836;QD=60.8833;RBI=0.0520846;REFB=0;REVB=0.0520371;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08709e-05;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr9 131375701 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.441;QD=59.8392;RBI=0.0218902;REFB=0;REVB=0.0081139;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57872e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr9 131379967 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.979;QD=56.4169;RBI=0.0282473;REFB=-0.0201176;REVB=0.00955474;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=5.79297e-05;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:33:29:0:0:33:29:1:0 chr9 131397479 . G A 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.628;QD=60.255;RBI=0.0098819;REFB=0;REVB=-0.000196329;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20023e-05;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr9 131398636 . C T 629.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.706;QD=61.4557;RBI=0.0109931;REFB=0;REVB=0.0105267;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91372e-05;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:24:17:0:0 chr9 131403096 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.641;QD=56.9377;RBI=0.0143714;REFB=0;REVB=0.00771992;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05069e-05;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 131465167 . A G 874.0 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0738045;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3339;QD=56.3874;RBI=0.0902823;REFB=0.111661;REVB=-0.0519979;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0155464;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:0:1:28:33:0:1 chr9 131479023 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.444;QD=57.5453;RBI=0.024832;REFB=0;REVB=0.0235385;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22597e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:26:32:0:0 chr9 131483551 . T A 389.75 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0105877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.684;QD=18.783;RBI=0.0255629;REFB=-0.00925855;REVB=-0.0232672;RO=38;SAF=31;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283531;STB=0.694396;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126253;OID=.;OPOS=131483551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:38:43:40:40:0.481928:9:31:19:19:9:31:19:24 chr9 131483749 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.83;QD=56.7063;RBI=0.0337408;REFB=0;REVB=0.0173205;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61574e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:3:26:0:0:3:26:0:0 chr9 131492850 . T C 411.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.319;QD=56.7293;RBI=0.0701789;REFB=0;REVB=0.0105147;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120844;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr9 131493421 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAATA,CAAAAATAAT,CCAAAAAAAA 157.81 PASS AF=0.538462,0.346154,0.115385,0;AO=5,2,2,2;DP=27;FAO=14,9,3,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,9,3,0;FSAR=7,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0981522,-0.0587406,-0.0463959,-0.0928781;FXX=0.0370233;HRUN=10,10,10,10;LEN=1,1,4,1;MLLD=12.2447,114.939,120.329,14.9416;QD=24.2788;RBI=0.116765,0.061733,0.0487582,0.10686;REFB=-0.171639,-0.0337047,-0.0185225,-0.162772;REVB=-0.0632465,-0.0189869,-0.0149927,0.0528461;RO=4;SAF=1,2,2,2;SAR=4,0,0,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.268008,0.623114,0.623114,0.623114;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,snp;VARB=0.0569793,-0.0344336,0.0150358,0.161707;OID=.,.,.,.;OPOS=131493422,131493429,131493427,131493422;OREF=A,A,AAAA,A;OALT=-,T,TAAT,C;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAATA,CAAAAATAAT,CCAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.538462,0.346154,0.115385,0:5,2,2,2:27:14,9,3,0:26:0:7,9,3,0:7,0,0,0:0:0:58:4:1,2,2,2:4,0,0,0:2:2 chr9 131565554 . T C 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0230627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.423;QD=13.4971;RBI=0.0231232;REFB=-0.0132102;REVB=0.00167227;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748478;STB=0.549473;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0196432;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:18:13:23:24:18:13:24:24 chr9 131581340 . G T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=14;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00516326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.635;QD=31.0673;RBI=0.00517126;REFB=-0.0144975;REVB=-0.000287508;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816321;STB=0.567491;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00529377;OID=.;OPOS=131581340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:14:17:0.73913:10:4:1:5:10:7:1:5 chr9 131585069 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00510337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.538;QD=10.8849;RBI=0.00559121;REFB=0.00831374;REVB=-0.00228411;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633357;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0162824;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:4:11:7:2:4:11 chr9 131586374 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0672565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3851;QD=18.3006;RBI=0.0715741;REFB=-0.0239143;REVB=0.024483;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143588;STB=0.581316;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0271883;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:8:15:10:10:8:15 chr9 131588652 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6213;QD=49.599;RBI=0.0667094;REFB=0;REVB=-0.056161;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747863;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr9 131588888 . G C 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0130037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1404;QD=24.4927;RBI=0.0285318;REFB=-0.0195035;REVB=0.0253962;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157735;STB=0.588149;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0143779;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:7:8:7:14:7:8 chr9 131670919 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0761341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3465;QD=18.7437;RBI=0.07635;REFB=-0.0284338;REVB=0.00573872;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0107687;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr9 131678501 . CGG CGC,CG 519.28 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=7,24;DP=80;FAO=6,75;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=6,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121698,0.888244;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=179.643,8.55041;QD=25.6435;RBI=0.186429,0.89122;REFB=0.031289,0.000279747;REVB=-0.141228,-0.0727692;RO=42;SAF=0,3;SAR=7,21;SRF=37;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.825351,-0.734179;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.242777,0.0200488;OID=.,.;OPOS=131678503,131678502;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.925926:7,24:80:6,75:81:0:0,41:6,34:0:0:22:42:0,3:7,21:37:5 chr9 131689361 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0217052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.953;QD=21.2931;RBI=0.0217066;REFB=-0.0174936;REVB=0.000241451;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716692;STB=0.540161;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0166919;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:10:15:13:12:10:15 chr9 131702891 . A G 317.21 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0622792;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0356;QD=15.2873;RBI=0.0929365;REFB=-0.0223539;REVB=-0.0689819;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108506;STB=0.572562;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0270141;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:46:48:35:35:0.421687:16:19:20:26:16:19:20:28 chr9 131767668 . A C 103.76 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0795339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1946;QD=10.1226;RBI=0.0985297;REFB=-0.0271272;REVB=-0.058159;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777142;STB=0.546489;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.049542;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:9:19:8:5:9:19 chr9 131771505 . C T 480.59 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00262651;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.528;QD=20.2353;RBI=0.0105442;REFB=-0.0183326;REVB=0.0102119;RO=47;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957818;STB=0.547588;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.02123;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:48:47:47:0.494737:22:25:20:27:22:25:21:27 chr9 131812200 . C T 322.78 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00724087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.92;QD=11.7375;RBI=0.00793589;REFB=-0.0117766;REVB=-0.00324779;RO=69;SAF=18;SAR=22;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153586;STB=0.504585;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0193976;OID=.;OPOS=131812200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:22:18:32:37:22:18:32:38 chr9 131823611 . T C 110.38 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0511299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.836;QD=14.7176;RBI=0.0654677;REFB=-0.0261208;REVB=-0.0408871;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.646244;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0338094;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:5:8:6:10:5:8:6:11 chr9 131832212 . C T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0379304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.862;QD=25.8141;RBI=0.0395828;REFB=-0.00658909;REVB=0.0113172;RO=20;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482618;STB=0.526782;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00553837;OID=.;OPOS=131832212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:19:8:7:13:19:8:7:13 chr9 131860901 . G T 1097.6 PASS AF=0.95;AO=74;DP=79;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0105583;FXX=0.0243873;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.906;QD=54.88;RBI=0.0146038;REFB=-0.113531;REVB=0.0100893;RO=4;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216908;STB=0.511855;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000284691;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:79:80:4:4:74:76:0.95:39:35:1:3:39:37:1:3 chr9 131909736 . C T 1293.56 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165925;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4153;QD=60.1658;RBI=0.166173;REFB=0;REVB=0.00907417;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116333;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:1:0:77:86:1:46:31:1:0:46:40:0:0 chr9 132375432 . C T 592.53 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406839;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.56;QD=60.7722;RBI=0.0429328;REFB=0;REVB=0.013713;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144123;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:40:39:1:23:17:0:0:22:17:0:0 chr9 132377900 . C T 707.57 PASS AF=1;AO=32;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1571;QD=62.8949;RBI=0.185737;REFB=0;REVB=0.184252;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034272;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:32:45:1:16:16:0:0:26:19:0:0 chr9 132402908 . C G 2017.53 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00738897;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5445;QD=61.604;RBI=0.0321615;REFB=-0.109705;REVB=0.0313012;RO=0;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98983e-08;STB=0.503999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000858217;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:0:1:130:130:0.992366:62:68:0:0:62:68:0:1 chr9 132580901 . C G 1253.8 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569638;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7819;QD=61.9163;RBI=0.0615568;REFB=0;REVB=0.0233317;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532258;OID=.;OPOS=132580901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr9 132618578 . T C 665.6 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.804;QD=61.9165;RBI=0.0420463;REFB=0;REVB=-0.0122329;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046241;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:26:14:0:0:26:17:0:0 chr9 132620364 . T C 494.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.776;QD=58.1606;RBI=0.122545;REFB=0;REVB=0.0159461;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417252;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr9 132623293 . C T 403.96 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263571;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.268;QD=53.8608;RBI=0.0891911;REFB=-0.112606;REVB=0.0852077;RO=1;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016949;STB=0.509085;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00520875;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:27:2:0:1:27:2:0:1 chr9 132623868 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2794;QD=61.0488;RBI=0.059009;REFB=0;REVB=0.0581909;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341734;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605074;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=365.593;QD=41.0878;RBI=0.0609542;REFB=0;REVB=0.00736683;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000466598;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:4:5:0:0:4:0:4:5:0:0 chr9 132631680 . T C 905.84 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102619;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.512;QD=58.4412;RBI=0.0264935;REFB=0;REVB=0.0244254;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23092e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 485.64 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=4,31;DP=36;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858205,0.0745281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.864,142.172;QD=57.1339;RBI=0.0860416,0.0750638;REFB=0,0;REVB=-0.00616488,-0.00895189;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0474627,0.00191313;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:4,31:36:1,33:34:0:1,17:0,16:0:0:5:0:4,13:0,18:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 416.64 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=26,4;DP=30;FAO=26,4;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541786,-7.51748e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=145.089,111.149;QD=55.5517;RBI=0.0556752,0.00494592;REFB=0,0;REVB=0.0128222,0.00494534;RO=0;SAF=14,4;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000815408,0.101843;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:30:30:0:0:26,4:26,4:0.866667,0.133333:12,0:14,4:0:0:12,0:14,4:0:0 chr9 132649662 . A G,T 1010.49 PASS AF=0.985294,0.0147059;AO=63,5;DP=68;FAO=67,1;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114872,-0.0304439;FXX=0.0285673;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.668,132.698;QD=59.4405;RBI=0.0272046,0.0528298;REFB=0,0;REVB=0.0246604,0.0431759;RO=0;SAF=25,4;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00657357,-0.00350147;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:68:68:0:0:63,5:67,1:0.985294,0.0147059:38,1:25,4:0:0:38,1:29,0:0:0 chr9 132651363 . G C 46.94 PASS AF=0.75;AO=7;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0252088;FXX=0.110988;HRUN=12;LEN=1;MLLD=265.004;QD=23.4718;RBI=0.0423514;REFB=-0.0113941;REVB=0.0340317;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0030554;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:2:2:7:6:0.75:3:4:2:0:3:3:2:0 chr9 132662786 . C T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6474;QD=55.0894;RBI=0.0849944;REFB=0;REVB=0.0665365;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316859;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 132686186 . A G 851.63 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.98;QD=57.7373;RBI=0.0303345;REFB=0;REVB=0.0302383;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92304e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:39:20:0:0 chr9 132871091 . TAGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC T 80.66 PASS AF=0.22807;AO=11;DP=59;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00376724;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=24;MLLD=481.972;QD=5.66057;RBI=0.0183723;REFB=-0.00288422;REVB=-0.0179819;RO=41;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430483;STB=0.749605;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0141412;OID=.;OPOS=132871092;OREF=AGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807:11:59:13:57:44:10:3:20:24:80:41:9:2:20:21 chr9 132872686 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7007;QD=61.683;RBI=0.0357846;REFB=0;REVB=0.0297625;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673096;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1227.3 PASS AF=0.905263;AO=80;DP=97;FAO=86;FDP=95;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000775189;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=232.807;QD=51.6758;RBI=0.0287699;REFB=-0.03193;REVB=0.0287594;RO=11;SAF=31;SAR=49;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588084;STB=0.523946;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.0025898;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.905263:80:97:86:95:9:36:50:6:3:35:11:31:49:7:4 chr9 132904268 . G A 672.71 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00613462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.798;QD=52.7618;RBI=0.0418934;REFB=-0.221551;REVB=0.0414418;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055249;STB=0.5294;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00198284;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:2:2:49:49:0.960784:16:33:0:2:16:33:0:2 chr9 132904345 . G A 1365.36 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0297815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.496;QD=58.1006;RBI=0.0605035;REFB=-0.0698447;REVB=0.0526663;RO=2;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382572;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:2:4:90:90:0.957447:45:45:2:0:45:45:2:2 chr9 132904442 . G A 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000959035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.808;QD=61.5696;RBI=0.0370045;REFB=0;REVB=0.0369921;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85328e-05;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:71:51:0:0:71:51:0:0 chr9 133048501 . G A 914.36 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.874;QD=57.1472;RBI=0.057324;REFB=0;REVB=0.0192366;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563588;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:62:64:1:24:38:0:1:26:38:0:0 chr9 133282996 . C T 1634.18 PASS AF=0.459677;AO=170;DP=373;FAO=171;FDP=372;FR=.;FRO=201;FSAF=94;FSAR=77;FSRF=92;FSRR=109;FWDB=0.0664008;FXX=0.0132622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.001;QD=17.5718;RBI=0.0691861;REFB=-0.0269528;REVB=-0.0194329;RO=185;SAF=94;SAR=76;SRF=92;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529898;STB=0.549702;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0367926;OID=.;OPOS=133282996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:185:201:170:171:0.459677:76:94:92:93:77:94:92:109 chr9 133284310 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0510165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.607;QD=19.1804;RBI=0.0549439;REFB=0.00265596;REVB=0.0203997;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513492;STB=0.796599;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000403087;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:8:3:11:2:8:3 chr9 133305012 . G A 1212.39 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287462;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.959;QD=61.387;RBI=0.0289477;REFB=0;REVB=-0.00340993;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34215e-05;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr9 133346920 . A G 1695.2 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.599;QD=60.5429;RBI=0.0555448;REFB=0;REVB=-0.012764;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09769e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:61:49:0:0:63:49:0:0 chr9 133553993 . C T 206.52 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0163912;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.457;QD=13.1123;RBI=0.0182951;REFB=-0.0194431;REVB=0.00812653;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124259;STB=0.57137;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0188882;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:9:16:20:18:9:16:20:18 chr9 133556930 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0434592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.055;QD=19.134;RBI=0.0460947;REFB=-0.046877;REVB=0.0153629;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0176329;OID=.;OPOS=133556930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr9 133558282 . A G 1048.77 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.253;QD=58.2653;RBI=0.0202722;REFB=0.0516417;REVB=-0.000449898;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116744;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.38997e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:40:30:0:1:41:30:0:1 chr9 133710804 . T C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00804049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.478;QD=57.8348;RBI=0.023293;REFB=-0.0679095;REVB=0.0218612;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000211236;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:0:1:31:38:0:1 chr9 133710819 . T TC 1449.98 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655588;FXX=0.0104156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.9213;QD=61.0519;RBI=0.0656862;REFB=0;REVB=0.00408923;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00082714;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:96:95:95:0:51:44:0:0:8:0:50:45:0:0 chr9 133761001 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.152;QD=56.7066;RBI=0.0240153;REFB=0;REVB=0.0123264;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101711;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr9 133769083 . CGGGGC CGGG,CGGGC 1087.64 PASS AF=0,1;AO=29,76;DP=143;FAO=0,140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=0,82;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.235954,0.028557;FXX=0.0070917;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.11378,11.7488;QD=31.0754;RBI=0.279422,0.234586;REFB=0.0712466,0.00657311;REVB=0.149673,0.232841;RO=24;SAF=29,39;SAR=0,37;SRF=7;SRR=17;SSEN=0.445946,0.445946;SSEP=0,0;SSSB=0.86935,0.0991619;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00496385;OID=.,.;OPOS=133769087,133769084;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:29,76:143:0,140:140:0:0,82:0,58:0:0:17:24:29,39:0,37:7:17 chr9 133787225 . A G 1774.08 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.111;QD=60.6525;RBI=0.0220599;REFB=0;REVB=0.0187109;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29348e-05;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:64:52:0:0:64:53:0:0 chr9 133884820 . T G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.464;QD=49.5962;RBI=0.0358484;REFB=0;REVB=0.014108;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543568;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 133911598 . A G 1172.19 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.523;QD=60.8928;RBI=0.0388113;REFB=0;REVB=0.0352234;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010246;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:38:36:0:0:40:37:0:0 chr9 133911706 . C T 747.22 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232566;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.352;QD=55.3497;RBI=0.0621623;REFB=-0.0696222;REVB=0.0576479;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862103;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:54:1:0:53:54:1:31:22:0:1:32:22:0:0 chr9 133914570 . G A 462.43 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00163977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.794;QD=18.1347;RBI=0.00361812;REFB=-0.0112785;REVB=0.0032252;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272944;STB=0.5102;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0131714;OID=.;OPOS=133914570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:24:25:25:27:24:25:26:27 chr9 133924451 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00330296;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.283;QD=52.1524;RBI=0.0211058;REFB=-0.0260424;REVB=0.0208457;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000180113;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr9 133927878 . A G 1658.87 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000114892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.533;QD=60.3224;RBI=0.0208611;REFB=0;REVB=0.0208608;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52235e-05;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:47:61:0:0:48:62:0:0 chr9 133928344 . G GT 70.52 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127519;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.8321;QD=35.2619;RBI=0.127849;REFB=0;REVB=0.00919166;RO=10;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.004606;OID=.;OPOS=133928345;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:8:8:0:3:5:0:0:4:10:2:0:2:8 chr9 133928345 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0466007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7197;QD=21.8412;RBI=0.0467168;REFB=-0.0528236;REVB=-0.00329159;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418591;STB=0.749058;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0073463;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:2:0:5:1:2:0 chr9 133936571 . C G 708.07 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.715;QD=52.4496;RBI=0.0553684;REFB=-0.0489731;REVB=0.0539362;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548722;STB=0.502914;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0188102;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:30:22:1:1:30:22:1:1 chr9 133948049 . A G 1658.27 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.507;QD=59.7575;RBI=0.0578448;REFB=0;REVB=0.0410987;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155562;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:111:0:0:103:111:1:57:46:0:0:62:49:0:0 chr9 133962930 . C T 330.01 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0142641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.686;QD=18.3338;RBI=0.0148492;REFB=-0.0236121;REVB=0.00412731;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101438;STB=0.556579;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0291553;OID=.;OPOS=133962930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:16:19:16:21:16:19:16:21 chr9 133986980 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.38;QD=52.6132;RBI=0.0351905;REFB=0;REVB=-0.0351113;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193249;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 133987060 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.297;QD=51.9168;RBI=0.0297399;REFB=0;REVB=0.0143971;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167263;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr9 134003748 . A G 357.1 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0168632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1453;QD=26.9508;RBI=0.0363476;REFB=0.0100467;REVB=-0.0321991;RO=19;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120869;STB=0.566;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00800952;OID=.;OPOS=134003748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:17:17:13:6:17:17:13:6 chr9 134003839 . CT C,TT 126.79 PASS AF=0.58,0;AO=20,2;DP=52;FAO=29,0;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=18,0;FSAR=11,0;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.21006,0.00935758;FXX=0.0384541;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=7.74167,182.1;QD=10.1428;RBI=0.234019,0.013445;REFB=-0.0437785,0.00200742;REVB=0.103149,-0.00965416;RO=26;SAF=10,1;SAR=10,1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.620606,0.5;STBP=0.042,1;TYPE=del,snp;VARB=0.175181,0;OID=.,.;OPOS=134003840,134003839;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:52:50:26:21:20,2:29,0:0.58,0:10,1:10,1:13:13:11,0:18,0:7:14 chr9 134021630 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.824;QD=51.1778;RBI=0.0906946;REFB=0;REVB=0.0240453;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152152;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr9 134133539 . G T 834.4 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.863;QD=57.545;RBI=0.0507626;REFB=0;REVB=0.039479;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113592;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:42:14:0:0:43:15:0:0 chr9 134136515 . A G 1575.13 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337246;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.622;QD=64.2909;RBI=0.0503784;REFB=0;REVB=-0.037425;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85529e-06;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:57:40:0:0:58:40:0:0 chr9 134136677 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.53;QD=62.9829;RBI=0.0214912;REFB=0;REVB=0.00176109;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60471e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr9 134183379 . C T 524.26 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0203687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.471;QD=15.8866;RBI=0.0463178;REFB=-0.0246622;REVB=0.0415987;RO=72;SAF=25;SAR=32;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225038;STB=0.627408;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.029687;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:72:75:57:57:0.431818:32:25:48:24:32:25:50:25 chr9 134183503 . T C 500.97 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0631148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.41;QD=17.1273;RBI=0.0637456;REFB=-0.0222811;REVB=-0.0089455;RO=63;SAF=26;SAR=28;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562422;STB=0.531298;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0441806;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:28:26:34:29:28:26:34:29 chr9 134346315 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=61.6839;RBI=0.0506798;REFB=0;REVB=0.00260587;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412973;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr9 134350323 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.239;QD=54.5174;RBI=0.0290892;REFB=0;REVB=0.00591454;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224579;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr9 134350458 . C T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.327;QD=55.0453;RBI=0.0352289;REFB=-0.0573322;REVB=0.030142;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000328028;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr9 134350647 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.1;QD=56.7066;RBI=0.0170462;REFB=0;REVB=0.0134062;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85507e-06;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr9 134351065 . G T 254.3 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1699;QD=50.8608;RBI=0.0286545;REFB=0;REVB=0.0210689;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535833;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:6:12:0:0:6:14:0:0 chr9 134373770 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4836;QD=48.7365;RBI=0.0795583;REFB=0;REVB=-0.0692023;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106136;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 134385436 . A G 919.86 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.068;QD=58.4037;RBI=0.00285931;REFB=0;REVB=-0.00191283;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15138e-06;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr9 134386744 . T C 519.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.09;QD=59.4034;RBI=0.078654;REFB=0;REVB=0.077882;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338424;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:24:8:0:0:26:9:0:0 chr9 134387488 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.586;QD=62.671;RBI=0.0262529;REFB=0;REVB=0.01111;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34346e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr9 134401335 . C T 643.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0816;QD=61.2708;RBI=0.0578848;REFB=0;REVB=0.0517696;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644877;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr9 134406071 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.57;QD=51.9165;RBI=0.117432;REFB=0;REVB=0.0111553;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010401;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr9 135073877 . C T 452.27 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.011596;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.032;QD=14.7079;RBI=0.0116715;REFB=-0.000146849;REVB=0.00132551;RO=73;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203802;STB=0.610946;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000181549;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:73:72:51:51:0.414634:25:26:23:50:25:26:23:49 chr9 135102254 . C T 2570.95 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00214362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.61;QD=60.4929;RBI=0.00639448;REFB=-0.0993926;REVB=0.00602448;RO=1;SAF=87;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583952;STB=0.506097;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000257317;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:1:2:168:168:0.988235:81:87:0:1:81:87:0:2 chr9 135105964 . A G 673.05 PASS AF=0.960784;AO=38;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00741784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0846;QD=52.7883;RBI=0.041181;REFB=-0.122637;REVB=0.0405074;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5238;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00414451;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:51:0:2:38:49:0.960784:29:9:0:0:29:20:2:0 chr9 135114365 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.532;QD=59.5018;RBI=0.0245443;REFB=0;REVB=-0.0042331;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45976e-05;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr9 135172412 . A G 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0136062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.438;QD=19.0757;RBI=0.0152233;REFB=-0.00214499;REVB=-0.00682789;RO=51;SAF=15;SAR=31;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488887;STB=0.527252;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00282525;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:31:15:19:32:31:15:19:32 chr9 135173685 . T C 207.45 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0105006;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.333;QD=13.1716;RBI=0.0705604;REFB=-0.010456;REVB=-0.0697747;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657736;STB=0.519729;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00666216;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:38:25:25:0.396825:12:13:21:15:12:13:21:17 chr9 135202829 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0598466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.146;QD=14.1957;RBI=0.0600592;REFB=-0.00531568;REVB=-0.00504961;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393032;STB=0.731371;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00416207;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:12:10:12:3:12:10 chr9 135203231 . C T 310.79 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0108952;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5111;QD=12.1879;RBI=0.0158603;REFB=-0.00613571;REVB=0.0115257;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00097574;STB=0.526219;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00677692;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:64:38:38:0.372549:21:17:26:32:21:17:26:38 chr9 135203409 . A C 309.49 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00543138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.728;QD=16.0771;RBI=0.0162997;REFB=-0.0174332;REVB=0.0153681;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878088;STB=0.556381;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.02154;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:14:20:21:21:14:20:21:22 chr9 135203838 . G A 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0159899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.4;QD=13.5149;RBI=0.0165644;REFB=-0.00711635;REVB=-0.00432464;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125549;STB=0.507167;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0119492;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:13:15:22:20:13:15:22:20 chr9 135206460 . A G 37.76 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0355157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.833;QD=9.44064;RBI=0.0355293;REFB=-0.00663816;REVB=0.000983962;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0227707;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:6:4:2:4:6:4 chr9 135263573 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.385;QD=59.1426;RBI=0.00556977;REFB=0;REVB=0.00375205;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94242e-06;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr9 135273607 . C G 539.74 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0456534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.655;QD=22.0303;RBI=0.0473799;REFB=-0.00525461;REVB=0.0126734;RO=47;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436769;STB=0.528115;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00436911;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:50:51:0.520408:28:22:23:24:29:22:23:24 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=60;DP=56;LEN=76;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=4;SRR=1;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:56:0:60:24:27:4:1 chr9 135374764 . G A 458.78 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0120053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.531;QD=23.5269;RBI=0.0136401;REFB=-0.0317274;REVB=0.00647501;RO=34;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595219;STB=0.532695;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0245976;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:24:20:18:16:24:20:18:16 chr9 135374898 . T C 669.98 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.017884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1898;QD=21.4393;RBI=0.0288334;REFB=-0.00599333;REVB=-0.022617;RO=59;SAF=27;SAR=39;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129735;STB=0.507125;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00494804;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:39:27:25:34:39:27:25:34 chr9 135448320 . C A 885.39 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.854;QD=58.0582;RBI=0.0146553;REFB=0;REVB=0.00975876;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33767e-06;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:32:29:0:0 chr9 135470414 . T C 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.291;QD=61.3639;RBI=0.0198432;REFB=0;REVB=0.0185077;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05291e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr9 135554566 . G A 1209.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5788;QD=61.2354;RBI=0.073736;REFB=0;REVB=0.0061263;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778655;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr9 135771331 . GGA G,GG 183.76 PASS AF=0,1;AO=6,9;DP=16;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828567,0.0318322;FXX=0;HRUN=7,3;LEN=2,1;MLLD=18.8646,26.1058;QD=45.939;RBI=0.407675,0.186787;REFB=0,0;REVB=-0.399167,-0.184054;RO=0;SAF=0,7;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00605558,-0.01026;OID=.,.;OPOS=135771332,135771333;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,9:16:0,16:16:0:0,8:0,8:0:0:4:0:0,7:6,2:0:0 chr9 135957117 . G T 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0147287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.02;QD=20.8551;RBI=0.0192968;REFB=-0.00918399;REVB=0.0124673;RO=38;SAF=26;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127753;STB=0.577394;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00776675;OID=.;OPOS=135957117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:16:26:18:20:16:26:18:21 chr9 135957227 . G C 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0427723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3415;QD=18.4242;RBI=0.0429119;REFB=-0.00556291;REVB=-0.00345914;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319793;STB=0.51789;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00737906;OID=.;OPOS=135957227;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:14:14:13:15:14:14 chr9 135961787 . A G 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.052086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3862;QD=17.0885;RBI=0.0539494;REFB=-0.0168189;REVB=-0.0140565;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190708;STB=0.606479;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00957509;OID=.;OPOS=135961787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:6:22:15:10:6:22 chr9 135961796 . C T 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0636703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.61;QD=23.5977;RBI=0.067369;REFB=0.00443064;REVB=0.0220154;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143255;STB=0.579379;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00336032;OID=.;OPOS=135961796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:5:16:15:10:5:16 chr9 135961809 . T C 524.9 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579687;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.145;QD=58.3227;RBI=0.0122184;REFB=0;REVB=-0.0107557;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210479;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:23:13:0:0 chr9 135968511 . C CTG 1022.38 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0147899;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.573;QD=54.527;RBI=0.0150184;REFB=0.01751;REVB=0.00261015;RO=5;SAF=30;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725423;STB=0.531241;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=-0.000374501;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.946667:71:78:71:75:4:30:41:4:0:13:5:30:41:5:0 chr9 135973678 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0108489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.224;QD=8.08944;RBI=0.0626776;REFB=-0.00527907;REVB=0.0617316;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930455;STB=0.558007;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.01869;OID=.;OPOS=135973678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:9:13:6:3:9:13 chr9 135974079 . G C 750.69 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110161;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.989;QD=63.8882;RBI=0.0465039;REFB=0;REVB=0.0451803;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284713;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 135974100 . G A 270.05 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.01423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.897;QD=22.9829;RBI=0.0282597;REFB=-0.000616431;REVB=0.0244156;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927583;STB=0.551741;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000602836;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:9:13:12:13:9:13 chr9 135982088 . A C 374.28 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00368057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.115;QD=18.0373;RBI=0.0206978;REFB=-0.0143096;REVB=-0.0203679;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012471;STB=0.500978;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0214418;OID=.;OPOS=135982088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:24:15:16:27:24:15:17:27 chr9 135983504 . T C 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00466674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.986;QD=12.3035;RBI=0.00507413;REFB=-0.0244996;REVB=-0.00199205;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203742;STB=0.616654;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0451768;OID=.;OPOS=135983504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:12:14:15:28:12:14:15:28 chr9 135985796 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0198882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.424;QD=19.4668;RBI=0.0292175;REFB=-0.00946013;REVB=0.0214037;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112812;STB=0.506377;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0118737;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:9:15:14:8:9:15 chr9 136081283 . C T 223.08 PASS AF=0.228758;AO=34;DP=146;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=0.0030113;FXX=0.0129024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.481;QD=5.83206;RBI=0.0627936;REFB=-0.0128896;REVB=-0.0627214;RO=112;SAF=20;SAR=14;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130046;STB=0.525592;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0265796;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:153:112:118:34:35:0.228758:14:20:67:45:14:21:67:51 chr9 136081289 . T C 264.73 PASS AF=0.25;AO=40;DP=160;FAO=40;FDP=160;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.012535;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.321;QD=6.61821;RBI=0.0183239;REFB=-0.00469837;REVB=-0.0133656;RO=119;SAF=25;SAR=15;SRF=68;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695565;STB=0.545579;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0153864;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:119:120:40:40:0.25:15:25:68:51:15:25:68:52 chr9 136081356 . T G 248.87 PASS AF=0.236364;AO=39;DP=165;FAO=39;FDP=165;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.0197532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.227;QD=6.03308;RBI=0.0237936;REFB=-0.00372984;REVB=-0.0132644;RO=126;SAF=22;SAR=17;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710433;STB=0.543103;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0220408;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:126:126:39:39:0.236364:17:22:64:62:17:22:64:62 chr9 136081362 . G A 227.0 PASS AF=0.229299;AO=36;DP=158;FAO=36;FDP=157;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=-0.0231366;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.371;QD=5.78338;RBI=0.0265921;REFB=-0.000896372;REVB=-0.0131086;RO=121;SAF=21;SAR=15;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799585;STB=0.548845;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0148688;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:121:121:36:36:0.229299:15:21:63:58:15:21:63:58 chr9 136081364 . GC G 96.97 PASS AF=0.223022;AO=31;DP=140;FAO=31;FDP=139;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.00886405;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8558;QD=2.79062;RBI=0.0198382;REFB=0.00912907;REVB=-0.0177478;RO=104;SAF=20;SAR=11;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126877;STB=0.579938;STBP=0.353;TYPE=del;VARB=-0.028368;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223022:31:140:31:139:108:20:11:59:49:96:104:20:11:57:47 chr9 136083580 . T G 1915.73 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.894;QD=61.7977;RBI=0.041979;REFB=0;REVB=0.0270089;RO=0;SAF=45;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104099;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:78:45:0:0:79:45:0:0 chr9 136083638 . C G 96.76 PASS AF=0.15873;AO=19;DP=125;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=74;FWDB=0.00857341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8186;QD=3.07185;RBI=0.0136386;REFB=-0.000439714;REVB=-0.010607;RO=106;SAF=2;SAR=17;SRF=32;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366124;STB=0.685268;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-5.00835e-05;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:125:126:106:106:19:20:0.15873:17:2:32:74:17:3:32:74 chr9 136131289 . C T 187.95 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00506402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.684;QD=10.8958;RBI=0.0283337;REFB=-0.00536359;REVB=-0.0278775;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901704;STB=0.550683;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00992561;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:45:24:24:0.347826:12:12:18:25:12:12:19:26 chr9 136131347 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.013562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.879;QD=14.1875;RBI=0.024644;REFB=-0.00456675;REVB=0.0205767;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198944;STB=0.61267;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.004537;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:14:17:16:29:14:17:16:29 chr9 136131437 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00574281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.72;QD=16.9795;RBI=0.0296634;REFB=0.00489724;REVB=0.0291022;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244055;STB=0.636266;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00522878;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:7:22:13:13:7:22 chr9 136131472 . A T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0296422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.529;QD=21.7464;RBI=0.0296466;REFB=-0.012154;REVB=-0.00050719;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164684;STB=0.592192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00918538;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:7:13:10:12:7:13 chr9 136131651 . G A 772.76 PASS AF=0.557252;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0273566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.039;QD=23.5956;RBI=0.0274889;REFB=-0.0158742;REVB=0.00269302;RO=58;SAF=31;SAR=42;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234033;STB=0.512778;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0126688;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:58:73:73:0.557252:42:31:23:35:42:31:23:35 chr9 136132873 . T C 619.98 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0104975;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.231;QD=17.7138;RBI=0.0135076;REFB=-0.0210541;REVB=-0.00850042;RO=75;SAF=27;SAR=37;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831166;STB=0.542876;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0277354;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:75:76:64:64:0.457143:37:27:38:37:37:27:38:38 chr9 136132908 . T TC 609.46 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0217765;FXX=0.0495827;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.782;QD=21.1988;RBI=0.025127;REFB=-0.00368903;REVB=0.0125358;RO=54;SAF=32;SAR=28;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171221;STB=0.596579;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.00518077;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530435:60:118:61:115:54:33:28:18:36:99:54:32:28:18:36 chr9 136133506 . A G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00145973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.656;QD=18.344;RBI=0.00793734;REFB=-0.00501572;REVB=0.00780196;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150899;STB=0.58636;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00721456;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:8:10:12:5:8:10 chr9 136135237 . AT GC 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0236785;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.836;QD=14.2416;RBI=0.0349899;REFB=-0.0188642;REVB=-0.0257608;RO=31;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236316;STB=0.636233;STBP=0.113;TYPE=mnp;VARB=0.0219541;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:16:6:15:16:16:6:15:16 chr9 136136770 . A C 190.94 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0246175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0044;QD=15.5867;RBI=0.0298916;REFB=-0.0094002;REVB=-0.0169553;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157788;STB=0.602001;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0258878;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:13:7:14:14:13:7:15:14 chr9 136177993 . G A 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00296826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.768;QD=8.25124;RBI=0.00301979;REFB=-0.00440946;REVB=-0.000555503;RO=58;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372223;STB=0.522239;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:13:10:27:31:13:10:27:31 chr9 136219448 . C G 597.06 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0253164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.254;QD=21.1349;RBI=0.0253173;REFB=-0.00452931;REVB=-0.000218742;RO=53;SAF=15;SAR=45;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961861;STB=0.553054;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00409898;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:45:15:18:35:45:15:18:35 chr9 136219594 . G A 355.99 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00687941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.418;QD=16.5579;RBI=0.00887362;REFB=-0.0106636;REVB=0.0056049;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863602;STB=0.553164;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0263403;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:21:17:17:30:21:17:17:31 chr9 136227260 . A G 1540.88 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.499;QD=59.8399;RBI=0.0699588;REFB=0;REVB=0.0615759;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130932;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:54:45:0:0:57:46:0:0 chr9 136237783 . C A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00434389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.746;QD=18.3009;RBI=0.00828981;REFB=-0.0212633;REVB=0.00706057;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.604551;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0233708;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:7:16:10:10:7:16 chr9 136268038 . C T 744.32 PASS AF=0.493671;AO=77;DP=157;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00915439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.611;QD=18.8434;RBI=0.0111621;REFB=-0.0315135;REVB=0.00638664;RO=80;SAF=30;SAR=47;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127249;STB=0.572546;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0347537;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:80:80:77:78:0.493671:47:30:42:38:48:30:42:38 chr9 136268084 . A G 601.08 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=-0.0918896;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.825;QD=15.4123;RBI=0.0921117;REFB=-0.0298636;REVB=-0.00639343;RO=86;SAF=35;SAR=32;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162535;STB=0.585972;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.037762;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:86:89:67:67:0.429487:32:35:31:55:32:35:33:56 chr9 136277480 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.253;QD=64.4145;RBI=0.0320998;REFB=0;REVB=0.0310429;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78182e-05;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr9 136291063 . C T 1492.59 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00332018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.341;QD=58.5331;RBI=0.0398485;REFB=-0.0424986;REVB=0.03971;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.85905e-05;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:48:53:0:1:48:53:0:1 chr9 136295290 . A C 1387.24 PASS AF=0.96875;AO=83;DP=87;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0760925;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.2022;QD=57.8018;RBI=0.120744;REFB=-0.133171;REVB=0.0937498;RO=3;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982618;STB=0.506774;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00534919;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:96:3:3:83:93:0.96875:43:40:1:2:51:42:2:1 chr9 136304497 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.531;QD=62.3466;RBI=0.0134063;REFB=0;REVB=0.0101959;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139877;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr9 136308542 . C T 1481.78 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058101;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.11;QD=58.109;RBI=0.0611336;REFB=-0.0588092;REVB=0.0190156;RO=1;SAF=47;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998653;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000317471;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:102:1:1:100:101:0.990196:53:47:1:0:53:48:1:0 chr9 136328657 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.751;QD=57.7109;RBI=0.0701525;REFB=0;REVB=0.0182247;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158011;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr9 136340200 . T G 1390.21 PASS AF=1;AO=76;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989638;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.112;QD=61.7872;RBI=0.0871349;REFB=0;REVB=0.0865711;RO=2;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129399;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:90:2:0:76:90:1:34:42:0:2:46:44:0:0 chr9 136342228 . C G 980.62 PASS AF=0.461883;AO=103;DP=223;FAO=103;FDP=223;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=0.0251811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9874;QD=17.5896;RBI=0.0276357;REFB=-0.0067417;REVB=0.0113861;RO=119;SAF=40;SAR=63;SRF=47;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673012;STB=0.501877;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00944449;OID=.;OPOS=136342228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:119:120:103:103:0.461883:63:40:47:72:63:40:47:73 chr9 136379890 . A G 714.98 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00363132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.325;QD=60.849;RBI=0.00554007;REFB=-0.00966348;REVB=0.004184;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015416;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000467246;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:30:16:0:1:30:16:0:1 chr9 136412170 . C T 1034.48 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.006;QD=59.1132;RBI=0.011244;REFB=0;REVB=-0.00370778;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90457e-05;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr9 136412236 . A T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.33;QD=61.8526;RBI=0.0493391;REFB=0;REVB=0.0348888;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179667;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr9 136412255 . A C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.546;QD=60.2046;RBI=0.00159027;REFB=0;REVB=-0.00103948;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98896e-07;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr9 136419629 . G A 2263.82 PASS AF=0.986486;AO=144;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204403;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.618;QD=61.1843;RBI=0.0289058;REFB=-0.0407284;REVB=0.0204388;RO=2;SAF=76;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000725768;STB=0.506409;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=7.87106e-05;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:149:148:2:2:144:146:0.986486:68:76:1:1:69:77:2:0 chr9 136444231 . G A 311.62 PASS AF=0.423913;AO=28;DP=83;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.000760412;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.244;QD=13.5489;RBI=0.00788722;REFB=-0.0139467;REVB=0.00785048;RO=52;SAF=19;SAR=9;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693641;STB=0.563605;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0318898;OID=.;OPOS=136444231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:92:52:53:28:39:0.423913:9:19:38:14:15:24:38:15 chr9 136518097 . A G 1683.59 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00043866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.931;QD=60.1281;RBI=0.0136358;REFB=0;REVB=-0.0136288;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41301e-05;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:59:52:0:0:60:52:0:0 chr9 136521632 . C CG 32.21 PASS AF=0.109589;AO=11;DP=75;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00948324;FXX=0.0135117;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.977;QD=1.76509;RBI=0.0108948;REFB=-0.000954961;REVB=-0.00536335;RO=63;SAF=10;SAR=1;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5414;STB=0.844348;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0595362;OID=.;OPOS=136521633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109589:11:75:8:73:65:7:1:34:31:32:63:10:1:32:31 chr9 136532016 . TGGGGC TGGG,TGGGC 203.08 PASS AF=0,1;AO=4,15;DP=30;FAO=0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.18416,0.163034;FXX=0.079968;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.72482,16.1507;QD=35.3179;RBI=0.184316,0.204992;REFB=-0.017554,-0.026269;REVB=-0.00756317,0.124264;RO=8;SAF=4,4;SAR=0,11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.527273,0.527273;SSEP=0,0;SSSB=0.730747,-0.0819456;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0848166,0.0229254;OID=.,.;OPOS=136532020,136532017;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,15:30:0,23:23:0:0,9:0,14:0:0:3:8:4,4:0,11:3:5 chr9 136536679 . G A 250.1 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00332246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.989;QD=16.6734;RBI=0.0196319;REFB=-0.0088216;REVB=0.0193487;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032491;STB=0.510018;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00912958;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:16:11:12:20:17:11:12:20 chr9 136536793 . C G 499.57 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0787577;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.2977;QD=18.333;RBI=0.07886;REFB=0.00547431;REVB=0.00401591;RO=56;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284709;STB=0.515783;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00611349;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:30:23:26:30:30:23:26:30 chr9 136555629 . T C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0303662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.82;QD=16.5776;RBI=0.0304283;REFB=-0.00269443;REVB=-0.00194397;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239712;STB=0.634364;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00412308;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:13:19:13:25:13:19:13:25 chr9 136559460 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0165489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.505;QD=15.6192;RBI=0.0174774;REFB=-0.000458965;REVB=-0.00562064;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00069616;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr9 136561367 . G A 498.42 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0123174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.347;QD=21.6706;RBI=0.0284595;REFB=-0.0152907;REVB=0.0256559;RO=44;SAF=14;SAR=33;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211921;STB=0.620263;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0110059;OID=.;OPOS=136561367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:44:47:48:0.521739:33:14:23:21:34:14:23:21 chr9 136573412 . G A 745.58 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.000495374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.148;QD=20.0154;RBI=0.00274312;REFB=-0.0244006;REVB=-0.00269802;RO=76;SAF=31;SAR=42;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118587;STB=0.565456;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0214294;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:76:73:73:0.489933:42:31:42:34:42:31:42:34 chr9 136628770 . T C 1471.86 PASS AF=1;AO=82;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.327;QD=61.973;RBI=0.032476;REFB=0;REVB=0.0311824;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112446;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:82:95:1:40:42:0:0:46:49:0:0 chr9 136628771 . G C 63.69 PASS AF=0.134021;AO=11;DP=95;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0163148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.8361;QD=2.62657;RBI=0.0317097;REFB=-0.0470763;REVB=-0.0271906;RO=84;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548584;STB=0.533282;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0231021;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:97:84:84:11:13:0.134021:6:5:42:42:6:7:42:42 chr9 136898627 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00350202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4821;QD=15.3788;RBI=0.00492163;REFB=-0.00608684;REVB=-0.00345808;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0182925;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr9 136907005 . G A 385.0 PASS AF=0.44086;AO=36;DP=97;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0191195;FXX=0.0510152;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.9929;QD=16.559;RBI=0.0250812;REFB=-0.0671733;REVB=-0.016233;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198222;STB=0.612086;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0342196;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:93:41:52:36:41:0.44086:19:17:11:30:21:20:15:37 chr9 136913355 . T C 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00164712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.025;QD=20.6412;RBI=0.0252149;REFB=-0.0150905;REVB=0.025161;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482261;STB=0.526666;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0119253;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:25:18:15:26:25:18:15:26 chr9 137271318 . C A 1118.14 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123582;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.022;QD=59.634;RBI=0.0222576;REFB=0;REVB=0.0185116;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124973;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:1:0:74:75:1:37:37:1:0:37:38:0:0 chr9 137293761 . G A 136.84 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.726;QD=39.0973;RBI=0.0436007;REFB=-0.0522714;REVB=0.0323574;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00381826;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:13:14:0:1:12:13:0.928571:3:9:0:0:4:9:1:0 chr9 137330560 . C T 373.89 PASS AF=0.534247;AO=32;DP=68;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0556316;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.355;QD=20.4872;RBI=0.0564999;REFB=-0.0253349;REVB=0.00986779;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275474;STB=0.568563;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0217039;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:35:34:32:39:0.534247:24:8:18:17:25:14:17:17 chr9 137332311 . T G 1989.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.548;QD=62.1772;RBI=0.0428476;REFB=0;REVB=0.0333055;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113449;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr9 137619195 . C T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0239195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.917;QD=11.9168;RBI=0.036542;REFB=-0.00704735;REVB=0.0276256;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330566;STB=0.692127;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0127634;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:6:16:16:21:6:16:16:21 chr9 137630587 . T C 199.39 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0404277;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8157;QD=13.7511;RBI=0.0550405;REFB=0.0136412;REVB=-0.0373504;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126522;STB=0.514694;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0188374;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:34:24:24:0.413793:14:10:15:20:14:10:15:19 chr9 137672012 . C T 428.55 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.00346553;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.821;QD=16.6427;RBI=0.0313727;REFB=-0.0195993;REVB=-0.0311807;RO=56;SAF=15;SAR=32;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124162;STB=0.568835;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0177463;OID=.;OPOS=137672012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:56:56:47:47:0.456311:32:15:12:44:32:15:12:44 chr9 137686906 . C T 1194.28 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.543;QD=59.7141;RBI=0.0341311;REFB=-0.0353729;REVB=0.00158748;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000109477;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:37:42:0:1:37:42:0:1 chr9 137690318 . A G,T 797.95 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148573,0.0877575;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.9853,62.8958;QD=56.9965;RBI=0.0706832,0.119226;REFB=0,0;REVB=0.0691041,0.0807057;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0712126,0.00308054;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:0,42:2,12:0:0:0,42:2,12:0:0 chr9 137735592 . G A 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0268076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.035;QD=19.9068;RBI=0.028522;REFB=-0.0140834;REVB=0.0097394;RO=42;SAF=13;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162843;STB=0.590696;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0077796;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:29:13:20:22:29:13:20:22 chr9 137775212 . G A 1309.13 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0120503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8937;QD=57.544;RBI=0.0509907;REFB=-0.0805533;REVB=0.0495463;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114167;STB=0.52325;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00346043;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:1:4:87:87:0.956044:41:46:0:1:41:46:0:4 chr9 137779091 . G T 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00417705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.518;QD=16.0182;RBI=0.00460345;REFB=0.0152632;REVB=-0.00193494;RO=54;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847694;STB=0.547802;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0204014;OID=.;OPOS=137779091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:16:24:28:26:16:24:28:26 chr9 137801314 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0506213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.126;QD=17.0639;RBI=0.0520636;REFB=0.00964864;REVB=-0.0121695;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345061;STB=0.685789;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0269173;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:9:19:9:21:9:19:10:21 chr9 137801416 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0201962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.365;QD=17.3211;RBI=0.0209611;REFB=-0.0063206;REVB=-0.00561049;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352469;STB=0.702859;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0110178;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:4:12:7:11:4:12:7:11 chr9 137801800 . T C 399.3 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0430977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0961;QD=15.9719;RBI=0.0495175;REFB=0.0132733;REVB=0.0243838;RO=58;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132299;STB=0.507459;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0183725;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:28:14:20:38:28:14:20:38 chr9 137804360 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0148522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9867;QD=14.701;RBI=0.0209448;REFB=-0.0224715;REVB=-0.0147682;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340578;STB=0.713877;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0113318;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:2:9:8:7:2:10:8:7 chr9 137809685 . C A 202.02 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00427368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.258;QD=12.0608;RBI=0.00502296;REFB=-0.0121511;REVB=-0.00263928;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278772;STB=0.507276;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0153316;OID=.;OPOS=137809685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:11:14:24:17:11:14:24:18 chr9 137968919 . G GAA 1454.2 PASS AF=1;AO=85;DP=96;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028025;FXX=0.0212743;HRUN=0;LEN=2;MLLD=259.985;QD=63.226;RBI=0.0280862;REFB=0;REVB=-0.00185328;RO=3;SAF=36;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.54287e-05;OID=.;OPOS=137968920;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:96:92:92:0:41:51:0:0:7:3:36:49:2:1 chr9 137978552 . A G 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.362;QD=59.14;RBI=0.0533268;REFB=0;REVB=-0.00351912;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354635;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr9 137982127 . T C 1607.98 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.805;QD=60.1114;RBI=0.0354144;REFB=0;REVB=0.0328773;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.375e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:68:35:0:0:72:35:0:0 chr9 138236031 . A G 1357.25 PASS AF=0.592593;AO=93;DP=165;FAO=96;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=-0.0131398;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.17;QD=33.5123;RBI=0.013314;REFB=-0.029092;REVB=-0.00214706;RO=39;SAF=44;SAR=49;SRF=3;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2226;STB=0.603396;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0188614;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:39:42:93:96:0.592593:49:44:3:36:50:46:6:36 chr9 138236212 . T G 1707.69 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.079;QD=60.449;RBI=0.0132195;REFB=0;REVB=0.0123234;RO=0;SAF=43;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83665e-06;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:109:113:1:66:43:0:0:69:44:0:0 chr9 138376649 . T C 268.48 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0352749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.221;QD=11.6732;RBI=0.0502774;REFB=-0.00918487;REVB=0.035826;RO=60;SAF=11;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270327;STB=0.656152;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0195339;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:21:11:35:25:21:11:35:25 chr9 138377657 . T C 463.86 PASS AF=0.419355;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00301773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.607;QD=14.9632;RBI=0.0176676;REFB=-0.014954;REVB=-0.017408;RO=69;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078805;STB=0.506232;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.014026;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:69:72:51:52:0.419355:27:24:33:36:28:24:34:38 chr9 138377853 . A G 294.21 PASS AF=0.364583;AO=31;DP=92;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.01358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.891;QD=12.2588;RBI=0.0158197;REFB=-0.0241377;REVB=-0.0081146;RO=60;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740494;STB=0.514278;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0558462;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:60:61:31:35:0.364583:14:17:29:31:17:18:30:31 chr9 138378723 . C T 542.42 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00210156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.88;QD=18.2325;RBI=0.00289548;REFB=-0.0234444;REVB=0.0019918;RO=62;SAF=16;SAR=40;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221073;STB=0.613965;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0188409;OID=.;OPOS=138378723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:62:56:57:0.478992:40:16:31:31:40:17:31:31 chr9 138378856 . A G 292.9 PASS AF=0.352941;AO=35;DP=100;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-4.88819e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.523;QD=11.4863;RBI=0.0246748;REFB=0.000362189;REVB=-0.0246748;RO=65;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181545;STB=0.506893;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00120685;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:65:66:35:36:0.352941:21:14:25:40:22:14:25:41 chr9 138379002 . T G 913.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.591;QD=57.0856;RBI=0.0315585;REFB=0;REVB=0.0149872;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325255;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:27:33:0:0:30:34:0:0 chr9 138391299 . T A 786.12 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8528;QD=57.1727;RBI=0.0843807;REFB=0;REVB=0.0818204;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469016;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:46:55:1:18:28:0:0:27:28:0:0 chr9 138439806 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0531045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5894;QD=13.0883;RBI=0.0643053;REFB=-0.0106114;REVB=-0.036264;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139475;STB=0.581296;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0390527;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:10:17:8:8:10:17 chr9 138439809 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00177167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.65;QD=12.7914;RBI=0.0182264;REFB=-0.00953271;REVB=-0.0181401;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277372;STB=0.661437;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0138636;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:7:16:6:8:7:16 chr9 138440525 . C G 493.75 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0139659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.44;QD=22.965;RBI=0.0154161;REFB=-0.0110433;REVB=0.00652759;RO=37;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626757;STB=0.533846;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.047993;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:39:47:47:0.546512:23:24:16:21:23:24:17:22 chr9 138440527 . T C 541.6 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00387299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.631;QD=24.9013;RBI=0.00515475;REFB=-0.00332982;REVB=-0.00340168;RO=37;SAF=27;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104272;STB=0.557061;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00530447;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:23:27:15:22:23:27:15:22 chr9 138440554 . G C 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0171237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.494;QD=16.9207;RBI=0.0223277;REFB=-0.00970847;REVB=-0.0143285;RO=50;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946164;STB=0.553105;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0140329;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:23:17:26:24:23:17:26:24 chr9 138440562 . C T 378.4 PASS AF=0.434783;AO=38;DP=90;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0480057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7385;QD=16.4521;RBI=0.0576828;REFB=0.00916441;REVB=0.0319806;RO=52;SAF=15;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109658;STB=0.542789;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0100181;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:52:52:38:40:0.434783:23:15:26:26:23:17:26:26 chr9 138440624 . G C 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0525892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2239;QD=17.7619;RBI=0.0567527;REFB=-0.00294259;REVB=-0.0213365;RO=45;SAF=11;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23797;STB=0.633749;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00631693;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:28:11:23:22:28:11:23:22 chr9 138440641 . T C 1026.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.253;QD=59.4938;RBI=0.0278693;REFB=0;REVB=0.00954201;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12283e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr9 138456155 . C A 226.48 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0198774;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.161;QD=20.1318;RBI=0.0199677;REFB=-0.0219575;REVB=-0.00189706;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195671;STB=0.588152;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0223922;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:15:6:11:12:15:7:11:12 chr9 138457209 . C G 243.72 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00396219;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3923;QD=12.6608;RBI=0.0250255;REFB=-0.0121084;REVB=0.0247098;RO=48;SAF=7;SAR=22;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125128;STB=0.572345;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0156397;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:22:7:16:32:22:7:16:32 chr9 138457475 . CT C 198.8 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.17221;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.749;QD=19.3948;RBI=0.172234;REFB=0.0032437;REVB=-0.00286396;RO=23;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271701;STB=0.563313;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=-0.00284158;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:18:43:20:41:21:4:16:6:15:99:23:2:16:6:17 chr9 138458462 . C T 776.14 PASS AF=0.536232;AO=72;DP=136;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0632227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7274;QD=22.4968;RBI=0.067036;REFB=0.00251558;REVB=0.022287;RO=64;SAF=34;SAR=38;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125226;STB=0.567849;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00134232;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:64:64:72:74:0.536232:38:34:21:43:39:35:21:43 chr9 138458570 . C T 1018.44 PASS AF=0.504854;AO=105;DP=206;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=-0.0151029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.74;QD=19.7755;RBI=0.0176371;REFB=-0.00993639;REVB=0.00910868;RO=98;SAF=58;SAR=47;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353139;STB=0.525085;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0107143;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:98:102:105:104:0.504854:47:58:58:40:47:57:61:41 chr9 138515991 . A G 245.96 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00986557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8333;QD=18.2193;RBI=0.0106717;REFB=-0.0109066;REVB=0.00406877;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072571;STB=0.540511;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.012823;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:19:8:10:17:19:8 chr9 138516190 . T C 415.96 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.019259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4891;QD=22.1844;RBI=0.0291325;REFB=-0.00227586;REVB=-0.0218584;RO=34;SAF=11;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190065;STB=0.605327;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00107032;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:30:11:16:18:30:11:16:18 chr9 138518010 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.499;QD=63.4765;RBI=0.0138327;REFB=0;REVB=0.0115393;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29051e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:36:58:0:0:36:58:0:0 chr9 138523332 . C A 1103.08 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.764;QD=59.6261;RBI=0.0362962;REFB=0;REVB=0.0357337;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354016;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:44:25:0:0:48:26:0:0 chr9 138586198 . G A 685.04 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00851377;FXX=0.039992;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.702;QD=57.0868;RBI=0.0102463;REFB=-0.154975;REVB=0.00570112;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262932;STB=0.514012;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000430026;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:20:25:1:2:20:25:1:2 chr9 138586966 . GC AA 1838.87 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318932;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=2;MLLD=177.931;QD=61.2956;RBI=0.0325182;REFB=0;REVB=-0.00634475;RO=0;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.81884e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:119:120:1:48:71:0:0:49:71:0:0 chr9 138590928 . C T 201.33 PASS AF=0.413793;AO=13;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00274841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.424;QD=13.885;RBI=0.0124057;REFB=-0.0240134;REVB=-0.0120974;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332369;STB=0.683051;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0431282;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:34:13:24:0.413793:4:9:18:9:5:19:18:16 chr9 138591266 . A G 602.27 PASS AF=0.440559;AO=61;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0067244;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.688;QD=16.8468;RBI=0.00850536;REFB=-0.0142703;REVB=0.00520804;RO=78;SAF=17;SAR=44;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254235;STB=0.625996;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.016618;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:80:61:63:0.440559:44:17:40:38:44:19:41:39 chr9 138644203 . T C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0067117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9782;QD=15.9138;RBI=0.010356;REFB=-0.00255044;REVB=-0.00788668;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132281;STB=0.507458;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00398779;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:18:19:15:15:18:19 chr9 138669261 . G A 213.01 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00619528;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9465;QD=14.441;RBI=0.0308113;REFB=-0.0273413;REVB=-0.030182;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156024;STB=0.578885;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.042941;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:12:13:12:21:12:13:13:21 chr9 138817000 . T C 262.87 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.654;QD=47.7952;RBI=0.0290829;REFB=-0.0378605;REVB=0.0227154;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00345101;OID=.;OPOS=138817000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr9 138817003 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.976;QD=52.6132;RBI=0.0166605;REFB=0;REVB=0.00931128;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165238;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 138838140 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.756;QD=56.1916;RBI=0.0511595;REFB=0;REVB=0.013325;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321936;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr9 138898893 . C G 1215.74 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239024;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.266;QD=61.5564;RBI=0.0346916;REFB=0;REVB=-0.0251432;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213332;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:49:30:0:0:49:30:0:0 chr9 138899253 . G GCA 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0322941;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.312;QD=14.0438;RBI=0.0383616;REFB=-0.0518194;REVB=0.0207051;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=ins;VARB=0.0285527;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:10:5:9:4:1:4:2:2:22:5:1:4:3:2 chr9 138903671 . A G 193.74 PASS AF=0.423077;AO=23;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0204973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.996;QD=14.9031;RBI=0.0349279;REFB=-0.0309458;REVB=0.0282811;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188429;STB=0.556021;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0531466;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:23:22:0.423077:17:6:8:21:17:5:9:21 chr9 139100667 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0503345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.97;QD=15.2931;RBI=0.0508811;REFB=-0.00348467;REVB=-0.0074379;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00231624;OID=.;OPOS=139100667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chr9 139142710 . G A 335.3 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00083586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.203;QD=53.6478;RBI=0.042312;REFB=0;REVB=0.0423037;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055419;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr9 139142808 . T C 808.41 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.331;QD=53.8937;RBI=0.0967763;REFB=-0.0421742;REVB=0.0932364;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.514701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00375771;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:59:58:0.966667:25:34:1:0:25:33:2:0 chr9 139235481 . TC T 173.53 PASS AF=0.413333;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0743342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.1597;QD=9.25488;RBI=0.0853317;REFB=-0.0123664;REVB=-0.0419037;RO=41;SAF=5;SAR=24;SRF=10;SRR=31;SSEN=0.306569;SSEP=0;SSSB=-0.1166;STB=0.568135;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=0.0158995;OID=.;OPOS=139235482;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413333:29:75:31:75:44:6:25:12:32:99:41:5:24:10:31 chr9 139235526 . C A 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0095414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.973;QD=10.9435;RBI=0.0102338;REFB=-0.0174407;REVB=0.0037004;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180503;STB=0.61843;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0217567;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:15:5:14:22:15:5:15:22 chr9 139243226 . C T 312.8 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0366898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3421;QD=21.9509;RBI=0.0495176;REFB=-0.0369982;REVB=0.0332543;RO=24;SAF=5;SAR=27;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720761;STB=0.534631;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0419538;OID=.;OPOS=139243226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:27:5:5:19:27:5:5:20 chr9 139252495 . G A 3874.26 PASS AF=1;AO=249;DP=251;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609337;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.578;QD=62.2371;RBI=0.0858635;REFB=0;REVB=0.0604949;RO=0;SAF=113;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60676e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:249:0:0:249:249:1:136:113:0:0:136:113:0:0 chr9 139256495 . G T 1488.37 PASS AF=0.58952;AO=137;DP=231;FAO=135;FDP=229;FR=.;FRO=94;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00299531;FXX=0.00865763;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.402;QD=25.9977;RBI=0.01158;REFB=-0.0111573;REVB=0.0111859;RO=88;SAF=55;SAR=82;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142586;STB=0.503178;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00851629;OID=.;OPOS=139256495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:229:88:94:137:135:0.58952:82:55:37:51:80:55:39:55 chr9 139261991 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0294254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6835;QD=10.6683;RBI=0.0721725;REFB=-0.0237665;REVB=-0.0659016;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383311;STB=0.749464;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0368284;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:17:18:10:10:0.357143:2:8:8:9:2:8:8:10 chr9 139265870 . G A 409.14 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0542422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.634;QD=23.3795;RBI=0.0589244;REFB=-0.0186563;REVB=0.0230189;RO=30;SAF=15;SAR=25;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350099;STB=0.519221;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0132663;OID=.;OPOS=139265870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:25:15:10:20:25:15:10:20 chr9 139266405 . G A 748.65 PASS AF=0.544776;AO=70;DP=132;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00141243;FXX=0.0218962;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.525;QD=22.3477;RBI=0.0466069;REFB=0.00259926;REVB=-0.0465855;RO=61;SAF=24;SAR=46;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202006;STB=0.616254;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00325464;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:61:61:70:73:0.544776:46:24:35:26:49:24:35:26 chr9 139266496 . C T 403.82 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00508206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.823;QD=22.1269;RBI=0.032078;REFB=-0.0183413;REVB=0.0316729;RO=33;SAF=13;SAR=27;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260979;STB=0.644137;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0175605;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:27:13:21:12:27:13:21:12 chr9 139270876 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0218405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.008;QD=16.4438;RBI=0.0382732;REFB=-0.0112857;REVB=0.0314298;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173955;STB=0.599898;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0154906;OID=.;OPOS=139270876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:14:13:13:7:14:13 chr9 139272058 . A G 404.14 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0121876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.379;QD=19.4765;RBI=0.0240087;REFB=-0.0210672;REVB=-0.0206853;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540604;STB=0.530021;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0236072;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:20:21:24:18:20:21:24:18 chr9 139272669 . C T 417.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00103423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.367;QD=17.2042;RBI=0.0225274;REFB=-0.00970118;REVB=-0.0225037;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107865;STB=0.560412;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0131925;OID=.;OPOS=139272669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:23:20:31:23:23:20:31:23 chr9 139273288 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0360035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5657;QD=16.4542;RBI=0.0675387;REFB=0.00734026;REVB=-0.0571421;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0142988;OID=.;OPOS=139273288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr9 139273402 . C T 414.98 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345383;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.389;QD=57.2382;RBI=0.063052;REFB=0;REVB=0.0527509;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395743;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr9 139275204 . A C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00559275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.537;QD=17.5588;RBI=0.0388971;REFB=-0.00666808;REVB=-0.038493;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516387;STB=0.52938;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00458826;OID=.;OPOS=139275204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:15:6:6:12:15:6 chr9 139275294 . G C 175.05 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00661965;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.144;QD=18.9247;RBI=0.0134353;REFB=-0.0124173;REVB=-0.0116913;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791356;STB=0.5447;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0133067;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:15:4:5:13:15:4 chr9 139279173 . G A 144.82 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00983543;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.115;QD=14.8528;RBI=0.0193443;REFB=-0.0102206;REVB=-0.0166573;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078021;STB=0.568547;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0109721;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:23:16:16:0.410256:5:11:18:6:5:11:18:5 chr9 139289825 . A G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0142614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.161;QD=20.739;RBI=0.0167025;REFB=-0.0102189;REVB=-0.00869398;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149652;STB=0.584323;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.013522;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:6:10:8:10:6:10 chr9 139301960 . G A 454.3 PASS AF=0.484211;AO=43;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0136506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.245;QD=19.1286;RBI=0.0183577;REFB=-0.0127792;REVB=-0.0122746;RO=48;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135025;STB=0.582369;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0151115;OID=.;OPOS=139301960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:43:46:0.484211:14:29:26:22:14:32:27:22 chr9 139311471 . C T 131.96 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00928136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.035;QD=14.6624;RBI=0.0202538;REFB=-0.0206025;REVB=-0.018002;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152343;STB=0.58812;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0252121;OID=.;OPOS=139311471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:8:13:7:8:8:13 chr9 139316459 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00919417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.038;QD=18.0872;RBI=0.0115485;REFB=-0.0193387;REVB=-0.00698829;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184726;STB=0.603371;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0360982;OID=.;OPOS=139316459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:9:18:12:14:9:18 chr9 139316601 . C T 47.52 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.159578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.3;QD=11.8789;RBI=0.161866;REFB=-0.00798859;REVB=-0.0271222;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0606717;OID=.;OPOS=139316601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:2:6:3:4:3:6 chr9 139343719 . C T 828.71 PASS AF=1;AO=38;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.519;QD=57.1525;RBI=0.155644;REFB=0;REVB=0.0107882;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010384;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:38:58:1:28:10:0:0:29:29:0:0 chr9 139389432 . C T 451.05 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00215944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.907;QD=19.1936;RBI=0.00819055;REFB=-0.0163567;REVB=-0.00790075;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991064;STB=0.505514;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0178016;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:17:28:30:19:17:28:30:19 chr9 139391636 . G A 3149.75 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118851;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.416;QD=61.4586;RBI=0.0124609;REFB=-0.0899345;REVB=0.0037442;RO=1;SAF=88;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60743e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:205:205:1:0:203:205:1:115:88:0:1:115:90:0:0 chr9 139397707 . G A 838.2 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.798;QD=55.8803;RBI=0.10089;REFB=-0.126046;REVB=0.0948351;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00149938;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:29:29:1:0:30:29:1:0 chr9 139407932 . A G 993.84 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109973;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0987;QD=59.3336;RBI=0.0158108;REFB=0;REVB=-0.0113596;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182618;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr9 139418260 . A G 347.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.949;QD=53.5371;RBI=0.0489662;REFB=0;REVB=0.0438334;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022405;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr9 139564668 . G A 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.705;QD=60.4468;RBI=0.0397491;REFB=0;REVB=0.0380546;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00845e-05;OID=.;OPOS=139564668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr9 139616742 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.682;QD=57.2026;RBI=0.0107836;REFB=0;REVB=0.00665415;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92165e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr9 139617626 . G A 35.27 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0583232;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5539;QD=14.1085;RBI=0.117556;REFB=0.0294922;REVB=0.102068;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0196357;OID=.;OPOS=139617626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:1:4:1:4:1:4 chr9 139617662 . T C 43.51 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000941959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3941;QD=5.61424;RBI=0.0305203;REFB=2.22248e-05;REVB=-0.0305058;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657525;STB=0.54335;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00839041;OID=.;OPOS=139617662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:8:16:5:2:8:16 chr9 139634495 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00250208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.781;QD=16.4059;RBI=0.020619;REFB=-0.0152031;REVB=-0.0204666;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721442;STB=0.540515;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0132372;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:17:14:14:23:17:14:14:23 chr9 139635430 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.025292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.761;QD=12.0148;RBI=0.0261197;REFB=-0.0062517;REVB=-0.00652337;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175454;STB=0.60105;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0159206;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:10:24:11:9:10:24 chr9 139649580 . G A 193.88 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0480181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7478;QD=10.7713;RBI=0.0665861;REFB=-0.0330141;REVB=0.04613;RO=47;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125866;STB=0.57335;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0604279;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:16:9:22:25:16:9:22:25 chr9 139650060 . C A 617.99 PASS AF=0.56;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0276648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2082;QD=24.7196;RBI=0.0276759;REFB=-0.00846838;REVB=0.000783597;RO=41;SAF=30;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559458;STB=0.545633;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00612309;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:41:44:56:56:0.56:26:30:19:22:26:30:19:25 chr9 139652338 . C G 644.86 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00168384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9015;QD=21.3176;RBI=0.0102778;REFB=0.0016141;REVB=-0.010139;RO=57;SAF=29;SAR=35;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778643;STB=0.542763;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00173447;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:35:29:31:26:35:29:31:26 chr9 139656670 . T C 657.85 PASS AF=0.583333;AO=62;DP=110;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00685813;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.57;QD=24.3647;RBI=0.00922696;REFB=-0.0214576;REVB=0.00617274;RO=43;SAF=38;SAR=24;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247825;STB=0.50138;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.021167;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:43:45:62:63:0.583333:24:38:25:18:25:38:27:18 chr9 139656706 . A C 1003.62 PASS AF=0.60274;AO=88;DP=146;FAO=88;FDP=146;FR=.;FRO=58;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00403952;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.362;QD=27.4965;RBI=0.00426945;REFB=-0.00292483;REVB=0.00138222;RO=58;SAF=49;SAR=39;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218728;STB=0.511857;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0020774;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:58:58:88:88:0.60274:39:49:34:24:39:49:34:24 chr9 139657834 . G C 283.01 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0151421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.457;QD=14.8954;RBI=0.0177924;REFB=-0.0172721;REVB=-0.00934278;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144446;STB=0.562463;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0305396;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:31:32:0.421053:11:20:33:10:11:21:33:11 chr9 139690840 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0202473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.28;QD=22.7216;RBI=0.0228725;REFB=-0.00473268;REVB=0.0106395;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291936;STB=0.516119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00358155;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:11:12:15:16:11:12 chr9 139693596 . T C 1181.79 PASS AF=0.409938;AO=132;DP=322;FAO=132;FDP=322;FR=.;FRO=190;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=84;FSRR=106;FWDB=-0.0137926;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9252;QD=14.6806;RBI=0.0248432;REFB=-0.0051244;REVB=-0.0206628;RO=189;SAF=52;SAR=80;SRF=84;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549832;STB=0.529384;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00762968;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:189:190:132:132:0.409938:80:52:84:105:80:52:84:106 chr9 139694521 . T G 787.71 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=184;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.00792248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.918;QD=17.0317;RBI=0.0228978;REFB=-0.0177328;REVB=-0.0214835;RO=100;SAF=35;SAR=48;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680887;STB=0.532832;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0279687;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:100:102:83:83:0.448649:48:35:49:51:48:35:49:53 chr9 139694569 . A C 512.16 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0405376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.709;QD=15.6384;RBI=0.041921;REFB=-0.00483905;REVB=-0.0106808;RO=75;SAF=26;SAR=30;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664356;STB=0.537177;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00715498;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:30:26:30:45:30:26:30:45 chr9 139694613 . C A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0327873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.03;QD=13.9117;RBI=0.0355867;REFB=-0.0276153;REVB=-0.013835;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242671;STB=0.513953;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.034488;OID=.;OPOS=139694613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:14:17:12:9:14:17 chr9 139700605 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9887;QD=57.1059;RBI=0.031535;REFB=0;REVB=0.0299155;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406868;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr9 139701108 . A C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3757;QD=62.9796;RBI=0.0741885;REFB=0;REVB=0.00236682;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106666;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr9 139726239 . A G 228.12 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00300243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0405;QD=11.6985;RBI=0.0361293;REFB=-0.00669353;REVB=-0.0360043;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228839;STB=0.520431;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0101852;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:50:28:28:0.358974:16:12:22:27:16:12:23:27 chr9 139732331 . G C 2285.92 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5006;QD=60.1558;RBI=0.0413122;REFB=-0.116513;REVB=0.0187612;RO=0;SAF=95;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502617;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000737392;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:151:151:0.993421:56:95:0:0:56:95:1:0 chr9 139739643 . T C 766.7 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539011;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.491;QD=56.7928;RBI=0.0601704;REFB=0;REVB=0.0267423;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68006e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:51:54:1:31:20:0:0:32:22:0:0 chr9 139749067 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.851;QD=59.6786;RBI=0.037148;REFB=0;REVB=0.0198787;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178276;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr9 139752897 . CCTG C,CCG,CCGG,CG 674.69 PASS AF=0,0,0.509434,0.490566;AO=8,10,21,6;DP=46;FAO=0,0,27,26;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,4,26;FSAR=0,0,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859776,0.0370674,0.0156883,0.0511319;FXX=0.0185151;HRUN=2,1,1,2;LEN=3,1,1,2;MLLD=76.9223,88.6738,92.8118,86.7457;QD=50.9198;RBI=0.0888733,0.0383066,0.033422,0.0511375;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0225015,0.00966464,0.0295112,0.00075994;RO=0;SAF=8,2,5,6;SAR=0,8,16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.23208,0,0,0.23208;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.78933e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0,0,0.0179743,0.00256944;OID=.,.,.,.;OPOS=139752898,139752899,139752899,139752898;OREF=CTG,T,T,CT;OALT=-,-,G,-;OMAPALT=C,CCG,CCGG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.509434,0.490566:8,10,21,6:46:0,0,27,26:53:0:0,0,4,26:0,0,23,0:0:0:99:0:8,2,5,6:0,8,16,0:0:0 chr9 139839904 . T G 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0848406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.493;QD=9.82184;RBI=0.0879631;REFB=0.0016937;REVB=-0.0232289;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043268;STB=0.526267;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00552398;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:7:16:8:3:7:16 chr9 139840543 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2692;QD=50.4121;RBI=0.0637832;REFB=0;REVB=0.0535322;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295546;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 139848688 . C T 2160.02 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.402;QD=63.0664;RBI=0.0181381;REFB=0;REVB=0.00833854;RO=0;SAF=76;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25011e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:60:76:0:0:61:76:0:0 chr9 139848816 . C T 394.28 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0295013;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.118;QD=19.4705;RBI=0.0677772;REFB=-0.0281189;REVB=-0.0610199;RO=36;SAF=15;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037623;STB=0.5466;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0245388;OID=.;OPOS=139848816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:36:41:40:40:0.493827:25:15:15:21:25:15:19:22 chr9 139872048 . A G 2353.44 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172882;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.832;QD=61.1283;RBI=0.0776111;REFB=0;REVB=-0.0775919;RO=0;SAF=94;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166212;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:60:94:0:0:60:94:0:0 chr9 139878317 . C T 251.38 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0443528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.625;QD=20.5204;RBI=0.0498441;REFB=-0.0129473;REVB=0.0227436;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163585;STB=0.59183;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0117067;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:16:9:13:11:16:9 chr9 139878622 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.628;QD=16.199;RBI=0.0118249;REFB=-0.0460991;REVB=-0.0118249;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335565;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr9 139878828 . T C 227.33 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0140355;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.842;QD=20.2072;RBI=0.0197168;REFB=-0.0143066;REVB=0.0138477;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138154;STB=0.577709;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0157028;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:8:15:11:11:8:15 chr9 139879170 . G A 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0190279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9785;QD=9.13183;RBI=0.0751863;REFB=-0.0109056;REVB=0.0727387;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106085;STB=0.50648;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0434577;OID=.;OPOS=139879170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:13:9:4:6:13:9 chr9 139902166 . G A 441.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0109097;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.837;QD=22.0745;RBI=0.0270344;REFB=-0.0261846;REVB=-0.0247353;RO=36;SAF=26;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134122;STB=0.580456;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0270219;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:37:43:43:0.5375:17:26:16:20:17:26:16:21 chr9 139902214 . A G 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4905;QD=62.7595;RBI=0.0585404;REFB=0;REVB=-0.0553915;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182858;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr9 139904037 . A G 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.021045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.079;QD=30.5113;RBI=0.025249;REFB=-0.031307;REVB=0.0139506;RO=15;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412042;STB=0.522597;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0138821;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:15:13:6:9:15:13:6:9 chr9 139906359 . G A 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00100944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.013;QD=12.3036;RBI=0.00102611;REFB=-0.00606941;REVB=0.000184211;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212364;STB=0.622129;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00716232;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:10:16:18:25:10:16:18:25 chr9 139912484 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.54;QD=55.6559;RBI=0.0423053;REFB=0;REVB=0.0259302;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381412;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr9 139913239 . T G 1612.8 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.199;QD=59.1854;RBI=0.0399509;REFB=0;REVB=0.037302;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80412e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:104:109:1:56:48:0:0:60:49:0:0 chr9 139923265 . A G 328.7 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0127484;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.779;QD=17.7678;RBI=0.0144938;REFB=-0.0201982;REVB=0.0068955;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143851;STB=0.586907;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0214475;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:39:35:35:0.472973:21:14:22:18:21:14:22:17 chr9 139926402 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0480904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1782;QD=12.6372;RBI=0.0483341;REFB=0.00872371;REVB=0.0048476;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114735;STB=0.567464;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0175856;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:12:9:7:6:12:9 chr9 139934211 . G C 101.41 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0180129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9392;QD=6.8751;RBI=0.0559752;REFB=-0.0012925;REVB=0.0529977;RO=44;SAF=2;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423149;STB=0.76881;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00839574;OID=.;OPOS=139934211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:13:2:18:26:13:2:18:26 chr9 139935632 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 199.6 PASS AF=0,1;AO=4,15;DP=27;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322609,0.218437;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=168.234,10.8468;QD=26.6132;RBI=0.0637099,0.290833;REFB=0.0327714,-0.0801718;REVB=0.054938,0.192014;RO=8;SAF=0,10;SAR=4,5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.730747,0.0287518;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0272066;OID=.,.;OPOS=139935637,139935633;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:4,15:27:0,30:30:0:0,15:0,15:0:0:3:8:0,10:4,5:5:3 chr9 139937795 . T C 1048.19 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00404277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.592;QD=58.2326;RBI=0.0254681;REFB=-0.0349148;REVB=0.0251452;RO=1;SAF=15;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837114;STB=0.504424;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000274449;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:56:15:0:1:56:15:0:1 chr9 139937799 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.204;QD=59.5009;RBI=0.0429485;REFB=0;REVB=-0.0251869;RO=0;SAF=14;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2439e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:55:14:0:0:55:14:0:0 chr9 139943112 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.782;QD=62.4654;RBI=0.0190269;REFB=0;REVB=0.0112297;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57209e-05;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:43:44:0:0 chr9 139943549 . G A 796.72 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.033378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.271;QD=49.7951;RBI=0.046116;REFB=-0.179526;REVB=0.0318213;RO=2;SAF=27;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336704;STB=0.542359;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00266884;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:64:64:2:5:59:59:0.921875:32:27:2:0:32:27:5:0 chr9 139944736 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.125;QD=63.2864;RBI=0.0477866;REFB=0;REVB=-0.0437542;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176492;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr9 139945363 . G A 651.92 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.048494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9492;QD=54.3264;RBI=0.0563401;REFB=-0.151789;REVB=0.0286799;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.566635;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00866572;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:48:48:0:4:44:44:0.916667:13:31:0:0:13:31:0:4 chr9 139981627 . A G 505.46 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234336;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0016;QD=59.4653;RBI=0.00942615;REFB=0;REVB=0.00913022;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015363;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr9 140002136 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0102967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.73;QD=20.4846;RBI=0.0738147;REFB=-0.012622;REVB=0.073093;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469231;STB=0.770981;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0239398;OID=.;OPOS=140002136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:7:4:12:2:7:4 chr9 140120396 . C T 319.96 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.144;QD=51.1935;RBI=0.214255;REFB=0;REVB=0.0350815;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261409;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:1:0:23:25:1:16:7:1:0:17:8:0:0 chr9 140123132 . C G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3219;QD=57.2;RBI=0.0265304;REFB=0;REVB=-0.0265038;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524348;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr9 140128085 . T C 937.83 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0307925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9228;QD=55.1666;RBI=0.0309783;REFB=-0.0119679;REVB=-0.0033882;RO=2;SAF=41;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871163;STB=0.504891;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0040495;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:68:2:2:64:66:0.970588:23:41:1:1:23:43:1:1 chr9 140128883 . TG TC,T 74.84 PASS AF=0.0555556,0.277778;AO=4,10;DP=36;FAO=2,10;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1,7;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=-0.0238213,0.0209269;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=93.7959,17.7258;QD=8.31557;RBI=0.0338819,0.13458;REFB=-0.00711604,-0.103447;REVB=-0.0240941,-0.132943;RO=20;SAF=1,7;SAR=3,3;SRF=0;SRR=20;SSEN=0,0.415966;SSEP=0,0;SSSB=0.676493,0.682924;STB=0.96084,0.899575;STBP=0.809,0.069;TYPE=snp,del;VARB=0.22185,0.0704075;OID=.,.;OPOS=140128884,140128884;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.277778:4,10:36:2,10:36:24:1,7:1,3:0:24:60:20:1,7:3,3:0:20 chr9 140130606 . A T 1560.22 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000674682;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0187;QD=60.0084;RBI=0.00503146;REFB=0;REVB=-0.00498602;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332171;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr9 140139757 . G A 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007098;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.762;QD=59.8614;RBI=0.100904;REFB=0;REVB=0.100654;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590145;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr9 140147149 . GCCC GCC,GCCG 954.7 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=7,58;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434152,0.0291414;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.3488,40.1148;QD=56.9971;RBI=0.0201036,0.123648;REFB=0,0;REVB=0.0196292,0.120165;RO=0;SAF=2,27;SAR=5,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,-3.07727e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.10636,0.00683981;OID=.,.;OPOS=140147150,140147152;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:7,58:67:1,66:67:0:0,29:1,37:0:0:3:0:2,27:5,31:0:0 chr9 140167022 . G A 1727.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0917665;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.579;QD=60.6066;RBI=0.0929886;REFB=0;REVB=0.0150264;RO=0;SAF=29;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105153;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:83:29:0:0:84:30:0:0 chr9 140176294 . G T 171.54 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00992628;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.389;QD=42.8843;RBI=0.0224226;REFB=-0.0751936;REVB=-0.0201057;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000786879;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:0:1:15:15:0.9375:6:9:0:0:6:9:0:1 chr9 140177040 . A T 1034.09 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0608142;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8834;QD=58.2587;RBI=0.0699052;REFB=-0.174346;REVB=-0.0344727;RO=1;SAF=21;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219749;STB=0.511625;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0042893;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:1:1:69:70:0.985915:48:21:1:0:49:21:1:0 chr9 140195002 . TTA T,TAA 138.04 PASS AF=0.548387,0;AO=10,8;DP=41;FAO=17,0;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10,0;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.00134023,0.154062;FXX=0.0605877;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=20.3065,12.7514;QD=17.811;RBI=0.0860419,0.157127;REFB=-0.073275,0.00392529;REVB=0.0860314,-0.0308823;RO=20;SAF=7,5;SAR=3,3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.466664,0.409998;STB=0.721794,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=del,snp;VARB=0.080987,0;OID=.,.;OPOS=140195003,140195003;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387,0:10,8:41:17,0:31:14:10,0:7,0:1:13:83:20:7,5:3,3:5:15 chr9 140243844 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.877;QD=57.7115;RBI=0.0421707;REFB=0;REVB=0.0130085;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282678;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr9 140247143 . T G 1381.25 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3076;QD=61.389;RBI=0.0335339;REFB=-0.0515303;REVB=0.00791132;RO=1;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160598;STB=0.508473;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00117;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:29:60:0:1:29:60:0:1 chr9 140250818 . C G,T 1114.62 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,72;DP=75;FAO=3,72;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=3,38;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639651,-0.0206999;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.9786,138.887;QD=59.4465;RBI=0.0338901,0.0408983;REFB=0,0;REVB=-0.033281,0.035273;RO=0;SAF=3,38;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0594788,-0.000239927;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:75:0:0:3,72:3,72:0.04,0.96:0,34:3,38:0:0:0,34:3,38:0:0 chr9 140262426 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.763;QD=58.142;RBI=0.0721154;REFB=0;REVB=0.061551;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560097;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr9 140277826 . C T 570.41 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0171704;FXX=0.0125778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.112;QD=14.5326;RBI=0.0180272;REFB=-0.0073723;REVB=-0.00549163;RO=92;SAF=31;SAR=34;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786395;STB=0.544061;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00673241;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:92:92:65:65:0.414013:34:31:37:55:34:31:37:55 chr9 140323350 . C T 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0157059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.457;QD=23.412;RBI=0.0842565;REFB=-0.0192377;REVB=0.0827797;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792084;STB=0.543654;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.016644;OID=.;OPOS=140323350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:23:12:11:14:23:12:11:14 chr9 140327663 . C T 635.69 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00108205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.021;QD=20.0217;RBI=0.00589416;REFB=-0.0244493;REVB=-0.00579399;RO=63;SAF=31;SAR=33;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360082;STB=0.519846;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0283145;OID=.;OPOS=140327663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:33:31:28:35:33:31:28:35 chr9 140330976 . T C 469.11 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00745451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.557;QD=20.3959;RBI=0.0690789;REFB=-0.0265524;REVB=-0.0686755;RO=45;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127611;STB=0.564944;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0154019;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:21:25:18:27:21:25:19:27 chr9 140332478 . A G 693.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372771;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.831;QD=63.0088;RBI=0.0237838;REFB=0;REVB=0.0234899;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18319e-06;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr9 140356422 . G C 594.27 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00738959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.295;QD=19.1701;RBI=0.00780357;REFB=-0.0167287;REVB=-0.00250792;RO=62;SAF=31;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516001;STB=0.524305;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0192508;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:61:61:0.491935:30:31:28:34:30:31:29:34 chr9 140357972 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1678;QD=56.9379;RBI=0.0127786;REFB=0;REVB=-0.00679628;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135236;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:43:10:0:0:43:10:0:0 chr9 140374861 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.855;QD=58.6006;RBI=0.0198827;REFB=0;REVB=0.00532595;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43828e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr9 140392616 . G A 147.56 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0397184;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9207;QD=11.1364;RBI=0.0431441;REFB=-0.00282084;REVB=-0.0168482;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231508;STB=0.616821;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0151839;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:9:9:10:24:10:9:10:24 chr9 140396121 . A G 531.51 PASS AF=0.406667;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0240757;FXX=0.0384591;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.784;QD=14.1737;RBI=0.0243626;REFB=-0.0153182;REVB=0.00372836;RO=87;SAF=14;SAR=47;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243936;STB=0.647129;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0227318;OID=.;OPOS=140396121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:150:87:89:61:61:0.406667:47:14:37:50:47:14:39:50 chr9 140414410 . C T 599.0 PASS AF=0.535714;AO=59;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0222258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.976;QD=21.3929;RBI=0.0281459;REFB=-0.0077725;REVB=0.0172686;RO=52;SAF=31;SAR=28;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184657;STB=0.60374;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0104086;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:59:60:0.535714:28:31:16:36:28:32:16:36 chr9 140435087 . G A 183.4 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0208101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.5177;QD=11.832;RBI=0.0340451;REFB=-0.0162186;REVB=0.0269445;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127757;STB=0.580935;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.029751;OID=.;OPOS=140435087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:39:23:23:0.370968:10:13:16:20:10:13:17:22 chr9 140777306 . C G 364.94 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0568942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5097;QD=16.0413;RBI=0.058415;REFB=-0.0255002;REVB=-0.0132424;RO=51;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425007;STB=0.529264;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0372766;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:20:19:27:24:20:19:28:24 chr9 140786516 . C T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.017351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.417;QD=4.62997;RBI=0.0173638;REFB=-0.00447901;REVB=0.000665555;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148146;STB=0.603066;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0162181;OID=.;OPOS=140786516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:6:18:5:1:6:18 chr9 140786918 . T C 1370.63 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8613;QD=61.6015;RBI=0.0448937;REFB=0;REVB=0.0441431;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788978;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:1:0:88:89:1:38:50:0:1:39:50:0:0 chr9 140866007 . G A 929.34 PASS AF=0.436681;AO=99;DP=228;FAO=100;FDP=229;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=0.0201296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.75;QD=16.2329;RBI=0.0248664;REFB=-0.0177845;REVB=0.0145992;RO=129;SAF=38;SAR=61;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116863;STB=0.567161;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0251675;OID=.;OPOS=140866007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:129:129:99:100:0.436681:61:38:64:65:62:38:64:65 chr9 140878616 . G A 579.43 PASS AF=0.416107;AO=62;DP=149;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0186671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.426;QD=15.5552;RBI=0.0228179;REFB=-0.00950961;REVB=0.0131223;RO=86;SAF=34;SAR=28;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982118;STB=0.551693;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0113127;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:87:62:62:0.416107:28:34:39:47:28:34:40:47 chr9 140881314 . A C 749.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.253;QD=63.7761;RBI=0.0859247;REFB=0;REVB=0.0858833;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156738;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:20:24:0:0:22:25:0:0 chr9 140911670 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.647;QD=64.4154;RBI=0.0230542;REFB=0;REVB=-0.0193698;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192866;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr9 140952690 . G A 280.51 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0398238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.768;QD=11.0004;RBI=0.0423172;REFB=-0.000949217;REVB=0.014311;RO=67;SAF=19;SAR=16;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634407;STB=0.503664;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00324853;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:16:19:36:31:16:19:36:31 chr9 141016262 . T G 2351.13 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.276;QD=63.9763;RBI=0.00444937;REFB=0;REVB=-0.00146159;RO=0;SAF=96;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15554e-06;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:51:96:0:0:51:96:0:0 chr9 141069563 . A G 1026.13 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.363;QD=59.4856;RBI=0.0202933;REFB=0;REVB=0.0189061;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38755e-05;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr9 141069905 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0136068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.24;QD=8.402;RBI=0.0294659;REFB=0.00910536;REVB=0.0261361;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189188;STB=0.615148;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0131241;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:6:15:5:4:6:15 chr9 141070283 . T C 240.22 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0537802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.535;QD=16.5672;RBI=0.0542111;REFB=-0.0222063;REVB=0.00682083;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241713;STB=0.513609;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0244287;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:13:18:15:12:13:18 chr9 141070335 . T G 71.63 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0668491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0318;QD=7.95932;RBI=0.0712524;REFB=-0.00443922;REVB=-0.0246597;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304861;STB=0.692905;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0223291;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:8:2:11:15:8:2:11:15 chr9 141071438 . A G 236.35 PASS AF=0.238095;AO=34;DP=146;FAO=35;FDP=147;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=0.0185965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.983;QD=6.43125;RBI=0.0201343;REFB=-0.00567115;REVB=-0.00771767;RO=112;SAF=16;SAR=18;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419509;STB=0.515107;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0213988;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:112:112:34:35:0.238095:18:16:49:63:19:16:49:63 chr9 141071475 . C G 285.18 PASS AF=0.2625;AO=42;DP=160;FAO=42;FDP=160;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=75;FWDB=0.0746766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5664;QD=7.12949;RBI=0.0747388;REFB=0.00666207;REVB=-0.00304877;RO=118;SAF=18;SAR=24;SRF=43;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824542;STB=0.548961;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0198549;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:118:118:42:42:0.2625:24:18:43:75:24:18:43:75 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 169.77 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0078858;FXX=0.139972;HRUN=2;LEN=12;MLLD=340.809;QD=15.7923;RBI=0.0269387;REFB=-0.0202342;REVB=0.0257586;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540506;STBP=0.591;TYPE=del;VARB=0.0164291;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:23:27:23:43:20:13:10:13:7:99:0:13:10:0:0 chr10 93816 . C T 520.08 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0332663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.976;QD=18.2483;RBI=0.0336035;REFB=-0.00864455;REVB=0.00474822;RO=59;SAF=32;SAR=23;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208769;STB=0.615537;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00522945;OID=.;OPOS=93816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:23:32:21:38:23:32:21:38 chr10 93945 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.306;QD=63.8699;RBI=0.0365337;REFB=0;REVB=0.00224537;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023929;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:19:29:0:0 chr10 94026 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00328255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.385;QD=6.10504;RBI=0.0048686;REFB=0.0036198;REVB=-0.00359557;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259371;STB=0.660683;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0108013;OID=.;OPOS=94026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:5:21:5:3:5:21 chr10 94545 . C T 1482.99 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.066127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.843;QD=61.1544;RBI=0.0682819;REFB=-0.133036;REVB=0.017019;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957941;STB=0.500326;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00180448;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:1:2:95:95:0.979381:46:49:1:0:46:49:1:1 chr10 294953 . A G 255.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5878;QD=51.1578;RBI=0.0176589;REFB=0;REVB=0.0173706;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767566;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr10 323283 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.596;QD=62.6711;RBI=0.0429983;REFB=0;REVB=0.00821829;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123194;OID=.;OPOS=323283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr10 328019 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0265751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.452;QD=11.6341;RBI=0.0323865;REFB=-0.000166181;REVB=-0.0185108;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217976;STB=0.630875;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000472396;OID=.;OPOS=328019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:8:8:3:7:8:8 chr10 373048 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.167;QD=57.8848;RBI=0.0264202;REFB=0;REVB=0.0229542;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267672;OID=.;OPOS=373048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr10 445061 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.643;QD=60.9785;RBI=0.0570685;REFB=0;REVB=0.0530181;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452569;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 459940 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.954;QD=61.3362;RBI=0.0062021;REFB=0;REVB=-2.4369e-05;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02051e-05;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr10 696237 . G A 1391.23 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157221;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.057;QD=60.4883;RBI=0.025631;REFB=-0.122354;REVB=0.0202426;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500973;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-1.74282e-05;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:92:0:2:90:90:0.978261:49:41:0:0:49:41:1:1 chr10 1018585 . T G 612.1 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000951851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.169;QD=25.7725;RBI=0.0176443;REFB=-0.0189434;REVB=-0.0176186;RO=40;SAF=31;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878614;STB=0.548022;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.013655;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:40:55:55:0.578947:24:31:18:22:24:31:18:22 chr10 1046712 . G A 390.69 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00322728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.892;QD=16.2788;RBI=0.0286277;REFB=-0.00959287;REVB=0.0284452;RO=53;SAF=17;SAR=23;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179741;STB=0.581356;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0279971;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:53:55:40:41:0.427083:23:17:32:21:23:18:32:23 chr10 1081882 . T C 453.52 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00901936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.476;QD=19.718;RBI=0.0132422;REFB=0.00482022;REVB=-0.00969572;RO=47;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156866;STB=0.586867;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00673226;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:22:23:16:31:22:23:16:31 chr10 1089616 . T C 739.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0288616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.025;QD=54.7411;RBI=0.0290406;REFB=-0.0149042;REVB=0.00321948;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=4.85866e-05;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:0:1:28:25:0:1 chr10 1142208 . T C 1587.74 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.628;QD=64.151;RBI=0.0847991;REFB=0;REVB=-0.00132748;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159483;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr10 1175894 . A G 1207.15 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7783;QD=61.1216;RBI=0.0499421;REFB=0;REVB=0.0272279;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134507;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr10 1230968 . C T 1031.73 PASS AF=0.453782;AO=107;DP=238;FAO=108;FDP=238;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.0768913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.297;QD=17.3401;RBI=0.077025;REFB=-0.00708461;REVB=0.0045356;RO=131;SAF=37;SAR=70;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140759;STB=0.571695;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00706901;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:131:130:107:108:0.453782:70:37:63:68:70:38:62:68 chr10 3143643 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.465;QD=57.3858;RBI=0.0422049;REFB=0;REVB=0.0325897;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178924;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr10 3150973 . C T 320.67 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0406263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.383;QD=19.1445;RBI=0.0406314;REFB=0.00445076;REVB=0.000643503;RO=32;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151929;STB=0.603418;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00705137;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:32:33:32:34:0.507463:10:22:17:15:10:24:17:16 chr10 3155620 . A G 1877.82 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8792;QD=61.5679;RBI=0.0435901;REFB=0;REVB=-0.00196322;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160367;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr10 3172121 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00156717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.345;QD=27.2322;RBI=0.00422715;REFB=-0.0165774;REVB=-0.00392591;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962503;STB=0.553033;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0178092;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:15:11:5:12:15:11:5:12 chr10 3178815 . G C 299.57 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0104862;FXX=0.0833234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.961;QD=15.562;RBI=0.0341264;REFB=-0.0158559;REVB=-0.0324754;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423231;STB=0.556925;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0225763;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:45:32:32:0.415584:22:10:13:24:22:10:18:27 chr10 3178881 . C T 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0155716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.665;QD=17.3878;RBI=0.0160455;REFB=-0.0061575;REVB=-0.0038706;RO=40;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190037;STB=0.510632;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0264982;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:23:12:13:27:23:12:13:27 chr10 3179703 . C T 412.88 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0119305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3251;QD=13.6491;RBI=0.0143568;REFB=-0.00977698;REVB=0.00798632;RO=73;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953893;STB=0.553929;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00675192;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:22:26:33:40:22:26:33:40 chr10 3179708 . A G 414.33 PASS AF=0.4;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00205657;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.176;QD=13.811;RBI=0.0334012;REFB=-0.0238271;REVB=-0.0333378;RO=58;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992989;STB=0.558148;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0435267;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:58:72:48:48:0.4:22:26:32:26:22:26:32:40 chr10 3180227 . T C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9145;QD=59.9237;RBI=0.0175054;REFB=0;REVB=-0.00245212;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123176;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr10 3180316 . T C 452.43 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0171635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.774;QD=19.671;RBI=0.029122;REFB=-0.018615;REVB=0.0235267;RO=47;SAF=9;SAR=35;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146494;STB=0.585325;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0154474;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:44:45:0.48913:35:9:15:32:36:9:15:32 chr10 3181003 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.402;QD=57.106;RBI=0.0307031;REFB=0;REVB=0.0195351;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191657;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr10 3189380 . C T 756.08 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.34;QD=63.007;RBI=0.0178185;REFB=0;REVB=0.0176405;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171524;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr10 3190265 . A G 791.95 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0626922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7492;QD=53.6917;RBI=0.0748425;REFB=-0.0616027;REVB=0.040879;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.513884;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00269328;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:22:35:1:0:22:35:2:0 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T 220.52 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00421574;FXX=0.0555401;HRUN=6;LEN=13;MLLD=310.929;QD=25.943;RBI=0.00618157;REFB=-0.0176478;REVB=0.00452099;RO=9;SAF=18;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0.292323;STB=0.629517;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.005351;OID=.;OPOS=3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:24:34:24:34:10:17:7:3:7:52:9:18:6:2:7 chr10 3197856 . C G 217.89 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0276916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.721;QD=13.6182;RBI=0.0390858;REFB=-0.00265308;REVB=0.0275841;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149199;STB=0.585299;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00296857;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:16:10:20:18:16:10:20:18 chr10 3200292 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.62;QD=62.021;RBI=0.0210753;REFB=0;REVB=0.0186981;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41428e-05;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr10 3202065 . T C 1473.9 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845406;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.996;QD=63.3935;RBI=0.0640521;REFB=0;REVB=0.0634917;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176292;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:46:45:0:0:48:45:0:0 chr10 3206027 . A G 936.48 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747432;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.3;QD=58.5299;RBI=0.0299701;REFB=0;REVB=0.0290231;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55509e-05;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:33:30:0:1:33:31:0:0 chr10 3208557 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.293;QD=59.8368;RBI=0.0306652;REFB=0;REVB=0.0259651;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166993;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr10 3208567 . T TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG 52.1 PASS AF=0.25;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00499683;FXX=0;HRUN=1;LEN=25;MLLD=433.9;QD=6.51311;RBI=0.0109749;REFB=-0.0239709;REVB=-0.00977142;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259258;STB=0.708474;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=0.0386498;OID=.;OPOS=3208568;OREF=-;OALT=GCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG;OMAPALT=TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:32:8:32:24:3:5:16:8:52:23:3:4:15:8 chr10 3214369 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.16;QD=57.105;RBI=0.0456975;REFB=0;REVB=-0.00156228;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211307;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr10 3821327 . A T 129.58 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0112876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.633;QD=9.59877;RBI=0.0131964;REFB=0.00360093;REVB=-0.00683639;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108951;STB=0.564285;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00757538;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:10:27:11:6:10:27 chr10 4872887 . C A 722.8 PASS AF=0.655914;AO=61;DP=93;FAO=61;FDP=93;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00455177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.686;QD=31.0882;RBI=0.00794065;REFB=0.00378525;REVB=-0.00650655;RO=32;SAF=26;SAR=35;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872822;STB=0.547248;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00111325;OID=.;OPOS=4872887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:32:32:61:61:0.655914:35:26:18:14:35:26:18:14 chr10 4872911 . C T 714.37 PASS AF=0.628571;AO=66;DP=105;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00936662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.572;QD=27.214;RBI=0.0206549;REFB=-0.0144843;REVB=-0.018409;RO=39;SAF=26;SAR=40;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118601;STB=0.564354;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00924362;OID=.;OPOS=4872911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:39:39:66:66:0.628571:40:26:22:17:40:26:22:17 chr10 4875591 . A G 719.75 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0251711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.108;QD=17.0355;RBI=0.0448579;REFB=0.0139131;REVB=-0.0371301;RO=92;SAF=40;SAR=37;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191136;STB=0.510609;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0168376;OID=.;OPOS=4875591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:92:77:77:0.455621:37:40:46:46:37:40:46:46 chr10 4875664 . G A 540.33 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00374122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.558;QD=18.011;RBI=0.00588006;REFB=-0.0130738;REVB=-0.00453634;RO=63;SAF=27;SAR=30;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103843;STB=0.557502;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0307374;OID=.;OPOS=4875664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:30:27:23:40:30:27:23:40 chr10 4881935 . A G 846.67 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=165;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.00894508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.337;QD=20.5253;RBI=0.0161419;REFB=-0.00101973;REVB=0.0134368;RO=80;SAF=51;SAR=34;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229637;STB=0.62587;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000860351;OID=.;OPOS=4881935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:80:80:85:85:0.515152:34:51:27:53:34:51:27:53 chr10 4884642 . T C 650.15 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00785276;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.188;QD=21.8538;RBI=0.0114469;REFB=-0.000186529;REVB=0.00832867;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607376;STB=0.533323;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=9.17733e-05;OID=.;OPOS=4884642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:36:28:28:27:36:28:28:27 chr10 4889662 . T G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0552712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4349;QD=6.54475;RBI=0.0577901;REFB=-0.0126409;REVB=0.0168756;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146666;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0421363;OID=.;OPOS=4889662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:32:22:24:8:8:0.25:3:5:11:11:3:5:11:13 chr10 4889726 . C CA 82.12 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0269702;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.534;QD=8.87766;RBI=0.0327729;REFB=-0.00438975;REVB=-0.018619;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080845;STB=0.504942;STBP=0.978;TYPE=ins;VARB=0.01577;OID=.;OPOS=4889727;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:11:37:11:37:26:5:6:12:14:82:26:5:6:12:14 chr10 5019931 . T G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0113064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.861;QD=18.8286;RBI=0.0182611;REFB=-0.0141303;REVB=-0.0143399;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278132;STB=0.658253;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0272262;OID=.;OPOS=5019931;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:6:14:9:13:6:14:9:13 chr10 5019959 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.000648464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.355;QD=21.971;RBI=0.00276529;REFB=-0.000731023;REVB=0.00268818;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254125;STB=0.641775;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000972908;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:13:4:11:9:13:4 chr10 5042784 . G A 548.22 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00694633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.677;QD=17.5429;RBI=0.011633;REFB=-0.00340383;REVB=0.00933144;RO=67;SAF=35;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094463;STB=0.552561;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00361784;OID=.;OPOS=5042784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:23:35:34:33:23:35:34:33 chr10 5046957 . A T 273.42 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00247632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.092;QD=45.57;RBI=0.0137585;REFB=-0.181776;REVB=0.0135338;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.538427;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00253576;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:10:12:2:0:10:12:2:0 chr10 5120157 . G T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0135059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.202;QD=9.47555;RBI=0.014265;REFB=0.00150476;REVB=-0.00459135;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43424;STB=0.766562;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00513979;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:12:9:8:2:12:9 chr10 5136651 . C G 482.52 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0241455;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.817;QD=15.9509;RBI=0.0247862;REFB=-0.00449856;REVB=-0.00559919;RO=67;SAF=23;SAR=30;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440528;STB=0.529123;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00526858;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:30:23:32:35:30:23:33:35 chr10 5139685 . G A 300.35 PASS AF=0.477612;AO=25;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00294242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.297;QD=17.9313;RBI=0.00390775;REFB=-0.0104988;REVB=0.00257152;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394252;STB=0.518507;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0140909;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:25:32:0.477612:12:13:19:15:13:19:19:15 chr10 5199934 . G C 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0498016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8368;QD=14.2579;RBI=0.0525505;REFB=-0.0244934;REVB=-0.0167736;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253676;STB=0.64979;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0382602;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:3:13:15:9:3:13:15:9 chr10 5202060 . C T 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00776892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.419;QD=6.31062;RBI=0.0285436;REFB=0.0151873;REVB=-0.027466;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443098;STB=0.784462;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0520487;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:2:8:15:19:2:8:15:19 chr10 5202104 . C T 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0288;QD=63.5749;RBI=0.0429021;REFB=0;REVB=-0.0379561;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895172;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr10 5203748 . A G 201.01 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00852226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.881;QD=15.1705;RBI=0.0132258;REFB=-0.00141188;REVB=0.010114;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115483;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00230441;OID=.;OPOS=5203748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:14:16:12:11:14:16 chr10 5244441 . A G 216.99 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00849418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.77;QD=17.7131;RBI=0.0288835;REFB=-0.0188566;REVB=-0.0276062;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132481;STB=0.546832;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0221169;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:21:22:0.44898:14:7:12:14:14:8:12:15 chr10 5246584 . C A 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.02288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.968;QD=15.4185;RBI=0.0247194;REFB=-0.00251211;REVB=-0.00935699;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083942;STB=0.547413;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00370467;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:16:21:14:15:16:21 chr10 5246626 . G A 269.15 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0244729;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.753;QD=21.9717;RBI=0.0280433;REFB=-0.0101739;REVB=0.0136933;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00723666;OID=.;OPOS=5246626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:12:12:13:12:12:12 chr10 5255025 . A G 1244.68 PASS AF=0.880734;AO=90;DP=103;FAO=96;FDP=109;FR=.;FRO=13;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0242966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.368;QD=45.6765;RBI=0.028314;REFB=-0.1456;REVB=0.0145381;RO=6;SAF=51;SAR=39;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478017;STB=0.510084;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00189917;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:103:109:6:13:90:96:0.880734:39:51:1:5:45:51:8:5 chr10 5415954 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0217419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.579;QD=19.6659;RBI=0.0228689;REFB=-0.0196171;REVB=0.00709037;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290205;STB=0.51612;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.017495;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:16:18:18:14:16:18:18:14 chr10 5435918 . G A 1010.49 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2653;QD=57.7421;RBI=0.0193289;REFB=-0.111292;REVB=0.0130194;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178329;STB=0.509431;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00232325;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:43:26:1:0:43:26:1:0 chr10 5436260 . A G 1491.06 PASS AF=1;AO=77;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.462;QD=63.4495;RBI=0.116428;REFB=0;REVB=0.00352346;RO=0;SAF=19;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385063;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:77:94:1:58:19:0:0:60:34:0:0 chr10 5437365 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.705;QD=57.1774;RBI=0.0234907;REFB=0;REVB=-0.0144341;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25775e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr10 5446794 . C T 876.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4703;QD=57.4601;RBI=0.0183591;REFB=0;REVB=0.00253829;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277739;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:31:28:0:0:31:30:0:0 chr10 5471200 . C T 1712.94 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.028;QD=60.6351;RBI=0.0233275;REFB=0;REVB=0.00374399;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118675;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:71:42:0:0:71:42:0:0 chr10 5495218 . T C 936.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.761;QD=58.5008;RBI=0.0210619;REFB=0;REVB=0.020739;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40581e-05;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1584.6 PASS AF=0.990991,0,0;AO=69,54,6;DP=152;FAO=110,0,0;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=42,0,0;FSAR=68,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458504,-0.0474724,-0.0499325;FXX=0.0512777;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=138.798,134.171,121.728;QD=57.1026;RBI=0.153656,0.090746,0.103612;REFB=-0.29609,-0.242431,-0.250121;REVB=0.146656,0.0773383,0.0907862;RO=13;SAF=20,38,4;SAR=49,16,2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0215699,0.187941,0.445571;STB=0.503649,0.5,0.5;STBP=0.514,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00295111,-0.0131942,0;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:152:111:13:1:69,54,6:110,0,0:0.990991,0,0:49,16,2:20,38,4:3:10:68,0,0:42,0,0:0:1 chr10 5567366 . G A 2320.51 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6336;QD=61.0661;RBI=0.0254201;REFB=0;REVB=0.0172234;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140683;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:81:71:0:0:81:71:0:0 chr10 5567695 . G A 1516.15 PASS AF=0.979798;AO=94;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0649832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.5;QD=61.2586;RBI=0.0691269;REFB=0.0654778;REVB=0.0235735;RO=1;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150477;STB=0.507245;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00020193;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:94:97:0.979798:31:63:0:1:34:63:0:1 chr10 5567967 . G T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.612;QD=64.0213;RBI=0.0436101;REFB=0;REVB=0.0148978;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14168e-05;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr10 5673528 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0211472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.907;QD=21.4745;RBI=0.022096;REFB=-0.0124588;REVB=0.0064053;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579039;STB=0.531999;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0105057;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:8:17:19:12:8:17 chr10 5682098 . G A 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0540914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4422;QD=14.0776;RBI=0.0546216;REFB=0.00889562;REVB=-0.00759185;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422461;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00417296;OID=.;OPOS=5682098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:10:6:5:7:10:6 chr10 5684544 . T A 38.03 PASS AF=0.5;AO=6;DP=15;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0470718;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=32.7915;QD=8.45134;RBI=0.0473679;REFB=-0.0128901;REVB=0.005288;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693683;STB=0.588061;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.155624;OID=.;OPOS=5684544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:18:9:9:6:9:0.5:6:0:1:8:7:2:1:8 chr10 5765637 . C T 197.71 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00616799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.682;QD=15.2087;RBI=0.0160338;REFB=0.0154408;REVB=0.0148;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483884;STB=0.511935;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0048459;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:13:9:12:17:13:10:12:17 chr10 5781628 . T G 1245.54 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9628;QD=61.5079;RBI=0.0970746;REFB=0;REVB=-0.0970665;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000850732;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr10 5781969 . A T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.703;QD=59.839;RBI=0.0112977;REFB=0;REVB=0.00295205;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169917;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr10 5788608 . G C 289.78 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.64;QD=52.6877;RBI=0.0680332;REFB=0;REVB=0.0657327;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124721;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 78.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00744551;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=9;MLLD=336.189;QD=11.5868;RBI=0.0132621;REFB=-0.0112494;REVB=-0.0109748;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.578812;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=0.0157566;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:28:12:27:15:8:4:8:7:78:15:8:4:8:7 chr10 5790420 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.922;QD=52.6127;RBI=0.0184639;REFB=0;REVB=0.0159725;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61153e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr10 5790616 . A G 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0314457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.665;QD=16.4193;RBI=0.0359141;REFB=-0.0068282;REVB=0.0173492;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193969;STB=0.609046;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0111803;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:13:21:12:17:13:21 chr10 5804531 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.984;QD=57.3852;RBI=0.016095;REFB=0;REVB=0.0135572;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3395e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr10 5920121 . T C 649.78 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.003;QD=61.8835;RBI=0.0689719;REFB=0;REVB=0.0620872;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367365;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:16:23:0:0:18:24:0:0 chr10 5925971 . C A 524.2 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383555;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.665;QD=59.9084;RBI=0.0557315;REFB=0;REVB=0.0404334;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360072;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 5991116 . G A 253.52 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0267178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.639;QD=17.4842;RBI=0.0528727;REFB=-0.0105644;REVB=0.0456255;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102478;STB=0.537287;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0045998;OID=.;OPOS=5991116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:27:28:0.482759:16:11:15:14:16:12:15:15 chr10 6002368 . T G 530.57 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0244931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.582;QD=20.6047;RBI=0.0339092;REFB=-0.0262405;REVB=0.0234504;RO=49;SAF=27;SAR=27;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970363;STB=0.553379;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0274025;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:27:27:30:19:27:27:30:19 chr10 6191733 . G A 299.99 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0531273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9917;QD=24.4887;RBI=0.0564149;REFB=-0.0121544;REVB=0.0189771;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290223;STB=0.516117;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.013326;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:13:9:12:15:13:9 chr10 6191735 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.06;QD=63.5828;RBI=0.0144695;REFB=0;REVB=0.00119568;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08534e-05;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr10 6392848 . G A 670.64 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.777;QD=62.3855;RBI=0.0462778;REFB=0;REVB=0.0208684;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51443e-05;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr10 6393009 . A G 489.45 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0539;QD=57.5828;RBI=0.0263084;REFB=0;REVB=-0.0174535;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307641;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr10 6393260 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.496;QD=57.6807;RBI=0.0054691;REFB=0;REVB=0.00439685;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22058e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A,GGAGA 279.5 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=16,2;DP=22;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313397,0.00685995;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=115.116,180.613;QD=50.8187;RBI=0.0394596,0.07085;REFB=0,0;REVB=0.0239767,0.0705171;RO=0;SAF=10,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0355573,0.152917;OID=.,.;OPOS=6393707,6393706;OREF=CAGG,ACAGG;OALT=-,GGAGA;OMAPALT=A,GGAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:22:22:0:0:16,2:19,3:0.863636,0.136364:6,2:10,0:0:0:9,3:10,0:0:0 chr10 6527143 . G A 305.52 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.000802595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.468;QD=17.711;RBI=0.0150965;REFB=-0.0116188;REVB=0.0150752;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141292;STB=0.507904;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0169331;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:18:18:17:16:18:18 chr10 7285632 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.884;QD=63.8716;RBI=0.0525306;REFB=0;REVB=0.0174525;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408204;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr10 7605067 . C T 901.78 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0146676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.647;QD=53.8376;RBI=0.0222067;REFB=-0.114921;REVB=0.0166732;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.508164;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00086083;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:1:3:64:64:0.955224:33:31:1:0:33:31:2:1 chr10 7605077 . TC T 1004.6 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6752;QD=50.2299;RBI=0.0424585;REFB=0;REVB=-0.0420782;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000802996;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:80:80:80:0:37:43:0:0:17:0:37:42:0:0 chr10 7605101 . A G 1546.13 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1163;QD=63.7579;RBI=0.0863728;REFB=0;REVB=-0.0295847;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360303;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr10 7618501 . A G 516.41 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=34;FWDB=-0.021477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.531;QD=13.157;RBI=0.0220762;REFB=-0.0113852;REVB=-0.00510876;RO=96;SAF=23;SAR=38;SRF=62;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285867;STB=0.661021;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0165917;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:96:61:61:0.388535:38:23:62:34:38:23:62:34 chr10 7618686 . T G 310.89 PASS AF=0.607843;AO=27;DP=49;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0210113;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.9;QD=24.3832;RBI=0.0215536;REFB=-0.0157291;REVB=-0.00480444;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242295;STB=0.538632;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0138624;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:20:20:27:31:0.607843:14:13:9:11:14:17:9:11 chr10 7679393 . C T 225.91 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0728597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6472;QD=20.5375;RBI=0.0788349;REFB=0.0222809;REVB=-0.0301066;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121921;STB=0.568687;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0224222;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:10:12:9:13:10:12 chr10 7759595 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0138754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.906;QD=15.7005;RBI=0.0189894;REFB=-0.00764007;REVB=-0.0129642;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00800163;OID=.;OPOS=7759595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:7:12:8:7:7:12 chr10 7763661 . A G 1344.3 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.13;QD=61.1047;RBI=0.0356829;REFB=-0.182681;REVB=0.0281986;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957246;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000537267;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:1:0:38:49:1:0 chr10 8006798 . A G 715.12 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.387;QD=53.9716;RBI=0.0465121;REFB=0.0382659;REVB=0.0202124;RO=1;SAF=38;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122334;STB=0.506327;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000618219;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:13:38:1:0:13:39:1:0 chr10 8007559 . GT CC 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326935;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.944;QD=60.2307;RBI=0.0460896;REFB=0;REVB=0.0324867;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000219757;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:32:5:0:0:32:5:0:0 chr10 11299735 . A T 239.94 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00600677;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.935;QD=14.1138;RBI=0.00600723;REFB=-0.0081449;REVB=-7.4389e-05;RO=42;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344647;STB=0.665486;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0103328;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:40:27:28:0.411765:8:19:16:26:9:19:16:24 chr10 11356160 . C T 646.79 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0172235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.372;QD=21.5598;RBI=0.0196503;REFB=-0.00977141;REVB=-0.00945963;RO=55;SAF=36;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454089;STB=0.521046;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00716586;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:64:64:0.533333:28:36:28:27:28:36:29:27 chr10 11373418 . A ATC 670.12 PASS AF=0.642105;AO=58;DP=100;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00768731;FXX=0.0594001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.264;QD=28.2157;RBI=0.0194966;REFB=0.00948819;REVB=-0.0179171;RO=34;SAF=27;SAR=31;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346662;STB=0.510115;STBP=0.812;TYPE=ins;VARB=-0.00287926;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642105:58:100:61:95:34:27:34:16:18:99:34:27:31:16:18 chr10 11373420 . G C 198.77 PASS AF=0.28125;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00975985;FXX=0.0588178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2033;QD=8.2819;RBI=0.0153153;REFB=-0.00808986;REVB=-0.0118028;RO=67;SAF=13;SAR=14;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058658;STB=0.544154;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00447143;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:96:67:69:27:27:0.28125:14:13:29:38:14:13:29:40 chr10 11502634 . A C 100.44 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0775165;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6997;QD=14.8799;RBI=0.121266;REFB=-0.00700882;REVB=-0.093256;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149152;STB=0.588073;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0113648;OID=.;OPOS=11502634;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:11:4:2:10:11:4 chr10 11502640 . A G 118.56 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0694831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1878;QD=13.1735;RBI=0.0712215;REFB=-0.00390621;REVB=-0.0156401;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415998;STB=0.749583;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0115066;OID=.;OPOS=11502640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:12:10:2:12:12:10 chr10 11502653 . TAAA TAA,T,TATA 543.29 PASS AF=0.253333,0.28,0.333333;AO=13,19,19;DP=74;FAO=19,21,25;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=8,16,14;FSAR=11,5,11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.144654,0.0484894,0.0116207;FXX=0.0131562;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=9.04225,25.73,133.283;QD=28.9754;RBI=0.209387,0.0731426,0.06303;REFB=-0.179323,-0.0667809,-0.0382664;REVB=0.151388,0.0547596,0.0619495;RO=15;SAF=4,16,11;SAR=9,3,8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.332251,0.213212,-0.0717531;STB=0.595568,0.526723,0.540951;STBP=0.162,0.726,0.463;TYPE=del,del,snp;VARB=0.205271,0.0610895,0.0285469;OID=.,.,.;OPOS=11502654,11502654,11502655;OREF=A,AAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.253333,0.28,0.333333:13,19,19:74:19,21,25:75:10:8,16,14:11,5,11:7:3:99:15:4,16,11:9,3,8:10:5 chr10 11504313 . C T 740.7 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164126;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7354;QD=56.9772;RBI=0.0214714;REFB=0;REVB=-0.0138437;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448129;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr10 11504752 . T C 1144.65 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00720346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2222;QD=57.9569;RBI=0.0150005;REFB=-0.0611949;REVB=0.0131577;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145596;STB=0.502198;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00161261;OID=.;OPOS=11504752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:45:32:1:0:45:32:1:1 chr10 11505051 . GC G 357.13 PASS AF=0.948718;AO=30;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.008;QD=36.6286;RBI=0.28643;REFB=-0.0435768;REVB=0.285423;RO=9;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=7;SSEN=0.356912;SSEP=0;SSSB=0.0401167;STB=0.514723;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=0.0218709;OID=.;OPOS=11505052;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.948718:30:39:37:39:2:10:27:1:1:3:9:9:21:2:7 chr10 11505175 . A G 102.04 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.603;QD=40.8169;RBI=0.032263;REFB=0;REVB=0.0274984;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156462;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr10 11789382 . G A 954.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5402;QD=58.7192;RBI=0.0428539;REFB=0;REVB=-0.0420927;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567227;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr10 11789405 . G A 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.281;QD=58.5945;RBI=0.0614109;REFB=0;REVB=0.0232714;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292628;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr10 11797436 . T C 724.06 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0590285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5462;QD=54.646;RBI=0.0649627;REFB=-0.0973233;REVB=-0.0271255;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00317404;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:1:0:30:22:1:0 chr10 11797467 . G A 1003.8 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.042;QD=58.1911;RBI=0.0690505;REFB=0;REVB=0.0684017;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409307;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:68:69:1:43:25:0:0:44:25:0:0 chr10 12111090 . T C 1608.15 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0449251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5826;QD=59.0148;RBI=0.0458233;REFB=-0.0159124;REVB=0.00902808;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102068;STB=0.505375;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000622703;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:62:46:1:0:62:46:1:0 chr10 12131081 . T G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.584;QD=59.3227;RBI=0.00575441;REFB=0;REVB=0.00134147;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27275e-05;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr10 12143105 . C G 1026.16 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.976;QD=59.4877;RBI=0.0189267;REFB=0;REVB=-0.0164341;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25652e-05;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr10 12148259 . A C 915.09 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.686;QD=58.1009;RBI=0.0265813;REFB=0;REVB=-0.0264925;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94676e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:26:34:0:0:27:36:0:0 chr10 12148286 . T C 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.821;QD=60.5437;RBI=0.0305876;REFB=0;REVB=0.030092;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75159e-05;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 12149939 . C T 632.69 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.679;QD=61.7257;RBI=0.0211888;REFB=0;REVB=0.00607362;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80157e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:28:13:0:0 chr10 12191933 . C T 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00475475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.21;QD=11.3699;RBI=0.0100941;REFB=-0.00280811;REVB=0.00890414;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298646;STB=0.517307;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00324316;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:21:24:14:11:21:24 chr10 12209752 . T C 228.75 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0575176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.094;QD=13.8637;RBI=0.0588445;REFB=-0.0229629;REVB=0.0124257;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093833;STB=0.572829;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0367985;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:39:27:27:0.409091:14:13:14:22:14:13:14:25 chr10 12212186 . T A 226.12 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0202714;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.738;QD=18.8437;RBI=0.0209782;REFB=-0.00310469;REVB=0.00539948;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367064;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00403072;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:12:14:11:11:12:14 chr10 12292344 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.636;QD=56.7062;RBI=0.0475533;REFB=0;REVB=0.0134323;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573064;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr10 12292454 . A G 176.25 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00514313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0932;QD=14.0998;RBI=0.00514535;REFB=-0.011903;REVB=-0.000151034;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343794;STB=0.574392;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.023832;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:31:19:19:0.38:10:9:3:20:10:9:11:20 chr10 12695177 . A G 266.86 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00953723;FXX=0.0149231;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.85;QD=16.1731;RBI=0.0100378;REFB=-0.037017;REVB=-0.0031303;RO=25;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138679;STB=0.559959;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0401045;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:36:28:30:0.454545:19:9:8:17:19:11:17:19 chr10 12867598 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1789;QD=62.6707;RBI=0.0602294;REFB=0;REVB=0.0469388;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113737;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr10 12940455 . A G 815.3 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.234;QD=56.2275;RBI=0.0300796;REFB=0;REVB=-0.00574055;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103928;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:23:32:0:0:23:35:0:0 chr10 13152400 . T A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00111757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.709;QD=19.9671;RBI=0.00353186;REFB=-0.0116844;REVB=0.00335039;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138409;STB=0.577224;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00920433;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:10:19:13:13:10:19:13:13 chr10 13158262 . C T 74.95 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0131898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.651;QD=10.7071;RBI=0.0181824;REFB=-0.00633119;REVB=0.0125152;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120817;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0062843;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:18:18:9:10:0.357143:5:4:10:8:6:4:10:8 chr10 13166076 . A G 539.41 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.067;QD=55.3238;RBI=0.0141554;REFB=-0.07258;REVB=0.00757879;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00221932;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:39:0:1:36:38:0.974359:22:14:0:0:24:14:0:1 chr10 13206233 . A T 1140.13 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644216;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.793;QD=60.8068;RBI=0.0653228;REFB=0;REVB=0.0108135;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01919e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:76:75:1:44:32:0:0:43:32:0:0 chr10 13337588 . G A 616.95 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110453;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.615;QD=61.6949;RBI=0.013517;REFB=0;REVB=-0.00779169;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110503;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr10 13375906 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.556;QD=59.8559;RBI=0.024953;REFB=0;REVB=-0.0243354;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7868e-05;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr10 13534850 . GA G,GG 707.08 PASS AF=0.152174,0.847826;AO=9,35;DP=44;FAO=7,39;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=6,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029067,-0.0261049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.038,262.876;QD=61.4853;RBI=0.0396511,0.0416311;REFB=0,0;REVB=0.0269688,0.0324297;RO=0;SAF=1,20;SAR=8,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0148853,0.000302288;OID=.,.;OPOS=13534851,13534851;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.152174,0.847826:9,35:44:7,39:46:0:1,20:6,19:0:0:18:0:1,20:8,15:0:0 chr10 13633835 . A G 1498.29 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706482;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9863;QD=59.9315;RBI=0.0724064;REFB=0;REVB=0.0158596;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528895;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:43:56:0:0:44:56:0:0 chr10 13685766 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00278321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.802;QD=13.459;RBI=0.0100047;REFB=-0.00462793;REVB=0.00960977;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155614;STB=0.50908;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00564365;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:11:15:9:7:11:15 chr10 13687890 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0956182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.432;QD=9.47519;RBI=0.0961745;REFB=-0.00237649;REVB=0.0103289;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327763;STB=0.51996;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0115255;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:9:12:6:4:9:12 chr10 14425204 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000181548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9328;QD=60.978;RBI=0.013304;REFB=0;REVB=0.0133028;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172437;OID=.;OPOS=14425204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr10 14705417 . T C 225.13 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0588468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5682;QD=18.7611;RBI=0.064581;REFB=-0.00836658;REVB=-0.0266035;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293765;STB=0.516762;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00663791;OID=.;OPOS=14705417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:20:20:0.416667:9:11:13:12:9:11:13:12 chr10 14816448 . G A 1444.49 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.538;QD=61.4677;RBI=0.0324764;REFB=-0.0219886;REVB=0.0265754;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885968;STB=0.504504;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000332317;OID=.;OPOS=14816448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:1:1:90:93:0.989362:53:37:0:1:55:38:0:1 chr10 14976727 . G C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0210557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3371;QD=12.6358;RBI=0.0272309;REFB=-0.00590419;REVB=0.017268;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984012;STB=0.558049;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0123407;OID=.;OPOS=14976727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:11:10:5:8:11:10 chr10 15008493 . A C 907.51 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.906;QD=56.719;RBI=0.0363982;REFB=-0.138073;REVB=0.0309313;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000290279;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:31:32:0:0:31:32:0:1 chr10 15098897 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0218684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.768;QD=21.2676;RBI=0.0224208;REFB=-0.0257101;REVB=0.00494604;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0207328;OID=.;OPOS=15098897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:5:9:10:7:5:9 chr10 15106441 . A G 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00807352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.609;QD=15.0109;RBI=0.00825636;REFB=-3.77228e-05;REVB=0.00172793;RO=53;SAF=24;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169601;STB=0.59622;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=6.8438e-05;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:13:24:26:27:13:24:26:27 chr10 15130675 . C T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0158071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0633;QD=20.5429;RBI=0.062744;REFB=-0.00305486;REVB=0.0607203;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416838;STB=0.523065;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00230391;OID=.;OPOS=15130675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:22:17:14:22:22:17:14:22 chr10 15145361 . G A 91.43 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0520661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8206;QD=8.5051;RBI=0.0530984;REFB=-0.00919106;REVB=-0.0104188;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173858;STB=0.616667;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0422245;OID=.;OPOS=15145361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:5:7:13:17:5:7:13:18 chr10 15145855 . C G 131.06 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0092633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.489;QD=14.1683;RBI=0.0102095;REFB=-0.00901385;REVB=0.00429237;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339077;STB=0.673874;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0119312;OID=.;OPOS=15145855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:7:7:18:4:7:8:18:4 chr10 15254152 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00432381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.07;QD=7.5263;RBI=0.0133037;REFB=-0.0104022;REVB=-0.0125815;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493834;STB=0.819677;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0222821;OID=.;OPOS=15254152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:1:8:13:11:1:8:13:11 chr10 15255250 . G A 732.55 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0291957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.714;QD=19.9333;RBI=0.0330509;REFB=-0.019818;REVB=0.015491;RO=75;SAF=41;SAR=31;SRF=51;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106167;STB=0.558433;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0187102;OID=.;OPOS=15255250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:31:41:51:24:31:41:51:24 chr10 15573050 . A G 410.62 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00447556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.843;QD=13.3535;RBI=0.0169399;REFB=-0.0151637;REVB=0.016338;RO=74;SAF=30;SAR=18;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116232;STB=0.501084;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0219157;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:75:48:48:0.390244:18:30:47:27:18:30:47:28 chr10 15649710 . G A 390.67 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.0453088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6216;QD=13.3563;RBI=0.0571426;REFB=-0.0103549;REVB=-0.0348194;RO=69;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208866;STB=0.615337;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.015053;OID=.;OPOS=15649710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:71:46:46:0.393162:23:23:21:48:23:23:22:49 chr10 15713667 . C G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00352934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.094;QD=22.5809;RBI=0.00588984;REFB=-0.00815653;REVB=-0.0047153;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986635;STB=0.555469;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00899523;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:9:3:1:6:9:3:1:6 chr10 16547058 . A G 663.98 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00561371;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.478;QD=22.1328;RBI=0.0257768;REFB=-0.0066631;REVB=0.0251581;RO=55;SAF=26;SAR=38;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417822;STB=0.525765;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00581891;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:55:64:65:0.541667:38:26:25:30:39:26:25:30 chr10 16796919 . C A 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00823449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.344;QD=19.8659;RBI=0.0188387;REFB=-0.0119154;REVB=0.0169437;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112877;STB=0.562472;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0105748;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:24:20:15:30:24:20:15:30 chr10 16870912 . G T 719.15 PASS AF=0.490066;AO=73;DP=150;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00345517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.865;QD=19.0503;RBI=0.00618763;REFB=-0.0205827;REVB=0.00513309;RO=77;SAF=32;SAR=41;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274265;STB=0.518137;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0203794;OID=.;OPOS=16870912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:77:77:73:74:0.490066:41:32:36:41:42:32:36:41 chr10 16943371 . G C 1030.68 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023158;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.462;QD=59.7493;RBI=0.0251448;REFB=0;REVB=0.00979631;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9962e-06;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:50:18:0:0:51:18:0:0 chr10 16960683 . T A 613.38 PASS AF=0.485075;AO=54;DP=124;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.0353439;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.163;QD=18.3099;RBI=0.0353544;REFB=-0.0271638;REVB=-0.000858821;RO=70;SAF=22;SAR=32;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248146;STB=0.597006;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0295313;OID=.;OPOS=16960683;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:134:70:69:54:65:0.485075:32:22:46:24:34:31:46:23 chr10 16967401 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.528;QD=57.7124;RBI=0.0247319;REFB=0;REVB=-0.0240232;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121401;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr10 17024503 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.556;QD=61.3756;RBI=0.0149687;REFB=0;REVB=-0.0140223;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29325e-05;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr10 17024615 . A T 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.753;QD=61.8114;RBI=0.0233867;REFB=-0.0593791;REVB=0.0038628;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000463713;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:1:0:22:27:1:0 chr10 17113563 . C T 1528.38 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00787112;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7606;QD=57.6746;RBI=0.0274521;REFB=-0.106808;REVB=0.0262995;RO=2;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153019;STB=0.507935;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000679429;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:103:104:0.981132:61:42:0:2:62:42:0:2 chr10 17127716 . A T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00531759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.023;QD=14.7347;RBI=0.00538991;REFB=-0.0158831;REVB=0.000880021;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175412;STB=0.593677;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0151489;OID=.;OPOS=17127716;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:19:8:16:19:19:8:16:20 chr10 17147521 . G T 1134.19 PASS AF=0.962025;AO=74;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0095251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5788;QD=57.4275;RBI=0.0128759;REFB=-0.0195009;REVB=-0.00866378;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236412;STB=0.511902;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00589697;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:74:76:0.962025:35:39:2:0:35:41:2:0 chr10 17156151 . A G 982.42 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0181346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.547;QD=56.1381;RBI=0.0203031;REFB=-0.0764749;REVB=0.00912984;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504057;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000340725;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:0:2:68:68:0.971429:43:25:0:0:43:25:1:1 chr10 17187634 . G C 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0110753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.147;QD=10.4841;RBI=0.0110762;REFB=0.00497913;REVB=0.000141975;RO=47;SAF=4;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427749;STB=0.753952;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.010812;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:20:4:23:24:20:4:23:24 chr10 17204187 . G A 231.9 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0397288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3295;QD=14.7239;RBI=0.0442594;REFB=0.0102787;REVB=0.0195069;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382511;STB=0.521723;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0199383;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:11:16:20:16:11:16:20:16 chr10 17210822 . A C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00170882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.77;QD=18.645;RBI=0.00298895;REFB=-0.0205784;REVB=0.00245229;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930297;STB=0.553115;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.021447;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:7:6:8:6:7:6 chr10 17216556 . C T 266.53 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0537395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3188;QD=15.9125;RBI=0.127474;REFB=0.0429255;REVB=0.115592;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170563;STB=0.584925;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0378196;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:13:16:14:23:14:16:14:23 chr10 17256343 . TTAAAAAAT TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAATTA,TTTAAAAAT 580.77 PASS AF=0.669811,0.0566038,0,0;AO=30,30,9,22;DP=157;FAO=71,6,0,0;FDP=106;FR=.;FRO=29;FSAF=57,3,0,0;FSAR=14,3,0,0;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0304949,0.0263779,-0.00541075,-0.00594275;FXX=0.24284;HRUN=5,6,6,6;LEN=2,1,3,1;MLLD=17.4635,10.4632,41.7091,10.3598;QD=21.9157;RBI=0.0702391,0.152189,0.0592554,0.0906835;REFB=-0.13896,-0.117714,-0.053704,0.0224557;REVB=-0.063274,-0.149886,-0.0590078,-0.0904885;RO=39;SAF=28,21,0,0;SAR=2,9,9,22;SRF=29;SRR=10;SSEN=0,0.34252,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.420337,-0.0532616,-0.792414,-0.854332;STB=0.548751,0.656671,0.5,0.5;STBP=0.198,0.461,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.16087,0.0884186,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=17256344,17256345,17256349,17256345;OREF=TA,A,AAT,A;OALT=-,-,TTA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAATTA,TTTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.669811,0.0566038,0,0:30,30,9,22:157:71,6,0,0:106:29:57,3,0,0:14,3,0,0:20:9:99:39:28,21,0,0:2,9,9,22:29:10 chr10 17891705 . A G 958.77 PASS AF=0.410646;AO=107;DP=264;FAO=108;FDP=263;FR=.;FRO=155;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=0.0199553;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.015;QD=14.5821;RBI=0.0252363;REFB=-0.00804524;REVB=0.0154485;RO=155;SAF=46;SAR=61;SRF=82;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105124;STB=0.555435;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0136638;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:155:155:107:108:0.410646:61:46:82:73:61:47:82:73 chr10 18122716 . A G 266.44 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0243434;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7429;QD=13.4906;RBI=0.0332699;REFB=-0.00927657;REVB=0.0226778;RO=48;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396946;STB=0.726972;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0144396;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:48:31:31:0.392405:8:23:18:30:8:23:18:30 chr10 18242304 . T C 251.66 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00815427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.879;QD=20.5434;RBI=0.0222886;REFB=-0.00775184;REVB=-0.0207434;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181252;STB=0.510196;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00960591;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:12:13:12:12:12:13 chr10 18242311 . A G 235.67 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00857685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.885;QD=17.4573;RBI=0.0128962;REFB=-0.0505841;REVB=-0.00963067;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254653;STB=0.501432;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0462196;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:13:15:14:12:13:15 chr10 18266989 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00263648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.399;QD=12.7388;RBI=0.0026657;REFB=-0.00132875;REVB=0.00039363;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0013968;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr10 18829981 . A ATGTT 1137.9 PASS AF=0.861386;AO=84;DP=104;FAO=87;FDP=101;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00936963;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=4;MLLD=245.978;QD=45.0655;RBI=0.0112023;REFB=0.00280162;REVB=0.00614024;RO=14;SAF=31;SAR=53;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373875;STB=0.521436;STBP=0.294;TYPE=ins;VARB=-0.000327939;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861386:84:104:87:101:14:31:56:7:7:70:14:31:53:7:7 chr10 18965160 . G A 283.82 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0162305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.538;QD=12.7558;RBI=0.0253487;REFB=-0.00987611;REVB=-0.0194711;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166288;STB=0.595085;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0146036;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:15:18:22:34:15:18:22:34 chr10 19492832 . A C 576.43 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.327;QD=60.6772;RBI=0.0206403;REFB=0;REVB=0.00117507;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07315e-05;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr10 19498278 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.241;QD=57.2346;RBI=0.0186144;REFB=-0.066643;REVB=0.00422621;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000135996;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:66:66:0.985075:44:22:0:0:44:22:1:0 chr10 19620407 . A C 2329.57 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0252;QD=62.5388;RBI=0.0491555;REFB=-0.102559;REVB=0.0478298;RO=0;SAF=78;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00116172;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:149:149:0:1:147:148:0.993289:69:78:0:0:70:78:1:0 chr10 19620439 . A G 2333.92 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.719;QD=60.2303;RBI=0.0373146;REFB=-0.0649735;REVB=0.0323128;RO=0;SAF=86;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=9.8296e-05;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:0:1:154:154:0.993548:68:86:0:0:68:86:0:1 chr10 19636869 . G T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8932;QD=57.6722;RBI=0.0263426;REFB=0;REVB=0.0223238;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131698;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr10 19641035 . T C 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.298;QD=63.1508;RBI=0.0160606;REFB=0;REVB=0.0123252;RO=0;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84018e-05;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:67:71:0:0:67:71:0:0 chr10 19678286 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.62;QD=59.9375;RBI=0.026583;REFB=0;REVB=0.0192536;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0511e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr10 19678497 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.372;QD=60.0303;RBI=0.0353208;REFB=0;REVB=0.00852731;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144172;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr10 19778056 . G A 764.37 PASS AF=0.442623;AO=79;DP=181;FAO=81;FDP=183;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=0.0045949;FXX=0.0161282;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8334;QD=16.7076;RBI=0.00738204;REFB=-0.0239435;REVB=0.00577767;RO=102;SAF=27;SAR=52;SRF=32;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319144;STB=0.526134;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0306985;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:102:102:79:81:0.442623:52:27:32:70:53:28:31:71 chr10 19778072 . A G 2071.03 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00941593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.821;QD=60.9126;RBI=0.00965165;REFB=-0.0839259;REVB=0.00212004;RO=2;SAF=46;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484968;STB=0.502551;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00116168;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:88:46:1:1:88:46:1:1 chr10 19780543 . C T 184.74 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0354356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7648;QD=12.1142;RBI=0.04661;REFB=-0.0166308;REVB=-0.0302789;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845143;STB=0.557093;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0300343;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:10:13:18:19:10:13:18:20 chr10 19884264 . G A 340.19 PASS AF=0.34127;AO=44;DP=128;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.026099;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.426;QD=10.7998;RBI=0.026245;REFB=-0.0188105;REVB=0.0027641;RO=72;SAF=15;SAR=29;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135051;STB=0.655852;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0300331;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:72:83:44:43:0.34127:29:15:33:39:30:13:44:39 chr10 19887292 . T G 840.64 PASS AF=0.526667;AO=77;DP=148;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00518201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.023;QD=22.4171;RBI=0.0194979;REFB=-0.00967517;REVB=0.0187967;RO=71;SAF=30;SAR=47;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117249;STB=0.55577;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00997692;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:71:71:77:79:0.526667:47:30:37:34:47:32:37:34 chr10 19887391 . GTTTTTTTA GTTTTATTA,GTTTTTCTA,GTTTTTT,GTTTTTTA 99.26 PASS AF=0,0.0322581,0.0967742,0.548387;AO=2,2,7,10;DP=47;FAO=0,1,3,17;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=0,0,3,6;FSAR=0,1,0,11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.040666,-0.038493,-0.159315,-0.126692;FXX=0.295387;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,2,1;MLLD=154.446,188.326,18.6385,6.87933;QD=12.8075;RBI=0.0432921,0.0410515,0.196288,0.195458;REFB=-0.00310943,-0.00125587,-0.0770016,-0.14232;REVB=0.0148486,0.014266,0.114663,0.14884;RO=14;SAF=2,0,5,3;SAR=0,2,2,7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.608678,-0.497441,0.37647,-0.0646038;STB=0.5,0.987514,0.996419,0.518845;STBP=1,0.521,0.058,0.826;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0,-0.0021595,0.0443481,0.18744;OID=.,.,.,.;OPOS=19887396,19887397,19887398,19887392;OREF=T,T,TA,T;OALT=A,C,-,-;OMAPALT=GTTTTATTA,GTTTTTCTA,GTTTTTT,GTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0322581,0.0967742,0.548387:2,2,7,10:47:0,1,3,17:31:10:0,0,3,6:0,1,0,11:4:6:34:14:2,0,5,3:0,2,2,7:5:9 chr10 19896830 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.938;QD=64.1539;RBI=0.0138578;REFB=0;REVB=0.00294242;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09179e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr10 20036605 . A AGT 42.79 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000427431;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=114.948;QD=5.03468;RBI=0.0273184;REFB=-0.00629282;REVB=-0.027315;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716071;STB=0.542251;STBP=0.767;TYPE=ins;VARB=0.0250308;OID=.;OPOS=20036606;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:7:43:7:34:27:4:3:14:13:42:35:4:3:22:13 chr10 20357183 . A G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0138378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.587;QD=16.4057;RBI=0.0145803;REFB=0.00212821;REVB=0.00459379;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168717;STB=0.59484;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00172288;OID=.;OPOS=20357183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:15:22:13:18:15:22 chr10 21071191 . G C 263.86 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0139529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.383;QD=20.6946;RBI=0.0177025;REFB=-0.0110002;REVB=0.0108947;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112094;STB=0.553533;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00919598;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:14:12:8:16:15:12:8:16 chr10 21074344 . A G 562.22 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0196936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6366;QD=26.4575;RBI=0.0438086;REFB=-0.0213023;REVB=0.0391325;RO=34;SAF=22;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029155;STB=0.515911;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0276241;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:29:22:16:18:29:22:16:18 chr10 21074455 . T C 752.52 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0128199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.852;QD=20.9034;RBI=0.0263208;REFB=-0.011963;REVB=0.0229878;RO=71;SAF=25;SAR=48;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185502;STB=0.510201;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0104669;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:71:73:73:0.506944:48:25:23:48:48:25:23:48 chr10 21108377 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.273;QD=59.8554;RBI=0.0391018;REFB=0;REVB=-0.0389299;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225398;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr10 21157621 . G T 1713.03 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000449953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.589;QD=60.6383;RBI=0.000477554;REFB=0;REVB=-0.000160001;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85017e-06;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr10 21414892 . C G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0188875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.748;QD=18.9018;RBI=0.0190367;REFB=-0.0149005;REVB=-0.00237896;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166275;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:18:16:16:18:18:16:16:18 chr10 21806993 . CGTTTTTTTA CGTTTTTA,CGTTTTTT,CGTTTTTTA,CGTTTTTTAA,TACGTTTTTT 111.9 PASS AF=0,0.37931,0.310345,0,0;AO=4,7,7,3,2;DP=37;FAO=0,11,9,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=0,3,6,0,0;FSAR=0,8,3,0,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.139855,-0.189403,-0.257585,-0.102898,-0.0171023;FXX=0.0937207;HRUN=7,7,7,7,1;LEN=2,2,1,1,10;MLLD=15.0168,15.3629,8.92129,9.20816,128.137;QD=15.4342;RBI=0.16294,0.242559,0.305012,0.103022,0.0175654;REFB=-0.0804117,-0.163894,-0.145035,0.013754,-0.00190536;REVB=-0.0836068,-0.15153,-0.163346,-0.00505324,-0.00400691;RO=8;SAF=4,2,4,2,0;SAR=0,5,3,1,2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.730747,-0.09181,0.172968,0.296653,-0.55315;STB=0.5,0.589302,0.615121,0.5,0.5;STBP=1,0.434,0.349,1,1;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0.0437848,0.013955,0.0853631,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=21806995,21807001,21806995,21807001,21806993;OREF=TT,TA,T,T,CGTTTTTTTA;OALT=-,-,-,A,TACGTTTTTT;OMAPALT=CGTTTTTA,CGTTTTTT,CGTTTTTTA,CGTTTTTTAA,TACGTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:37:29:8:9:4,7,7,3,2:0,11,9,0,0:0,0.37931,0.310345,0,0:0,5,3,1,2:4,2,4,2,0:3:5:0,8,3,0,0:0,3,6,0,0:4:5 chr10 21950592 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00539788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0056;QD=20.893;RBI=0.0466962;REFB=-0.012445;REVB=0.0463831;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268;STB=0.649755;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0119393;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:0:6:7:3:0:6 chr10 22498749 . A T 1649.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2994;QD=59.9764;RBI=0.0268202;REFB=0;REVB=0.0179975;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199455;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:42:66:0:0:43:67:0:0 chr10 22518451 . G A 39.22 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0475267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.018;QD=7.13058;RBI=0.0937499;REFB=-0.0420252;REVB=-0.0808099;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545304;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0858981;OID=.;OPOS=22518451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:22:10:16:6:6:0.272727:3:3:5:5:3:3:7:9 chr10 22839628 . T C 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00358471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.268;QD=59.1717;RBI=0.0161982;REFB=0.0297775;REVB=-0.0157966;RO=1;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00427833;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:49:27:0:1:49:27:0:1 chr10 22862282 . T C 331.12 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0245931;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.66;QD=21.0235;RBI=0.0313942;REFB=-0.0179396;REVB=-0.0195134;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716827;STB=0.539659;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.011557;OID=.;OPOS=22862282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:17:12:17:17:17:12 chr10 23003226 . A G 559.19 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0077615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.015;QD=20.5206;RBI=0.0422022;REFB=-0.0223709;REVB=-0.0414823;RO=51;SAF=25;SAR=32;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630104;STB=0.501796;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0150751;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:32:25:22:29:32:25:23:29 chr10 23297301 . C T 3231.21 PASS AF=1;AO=207;DP=215;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511236;FXX=0.0416647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.63;QD=62.4389;RBI=0.0141193;REFB=0;REVB=0.0131612;RO=0;SAF=85;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111666;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:207:0:0:207:207:1:122:85:0:0:122:85:0:0 chr10 23408278 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.042;QD=60.0309;RBI=0.0264895;REFB=0;REVB=0.0190517;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62847e-05;OID=.;OPOS=23408278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr10 23556110 . A G 368.66 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0153693;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111;QD=16.9497;RBI=0.0240153;REFB=-0.00536731;REVB=0.0184532;RO=46;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10565;STB=0.549974;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00701595;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:39:39:0.448276:26:13:20:26:26:13:20:28 chr10 23633566 . C A 655.42 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0311449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.937;QD=17.8347;RBI=0.0318423;REFB=-0.0252243;REVB=0.00662773;RO=80;SAF=39;SAR=28;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320782;STB=0.517837;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.032497;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:67:67:0.455782:28:39:44:36:28:39:44:36 chr10 24564653 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0147194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.2;QD=17.3782;RBI=0.0182054;REFB=-0.00865191;REVB=0.0107133;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.567442;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00640806;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:5:5:4:7:5:5 chr10 24721946 . A C 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.034991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2316;QD=9.47417;RBI=0.0579852;REFB=-0.0136313;REVB=-0.0462376;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189567;STB=0.615156;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0421461;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:9:12:4:6:9:12 chr10 24873149 . AAAT AA,A 135.22 PASS AF=0.852941,0;AO=18,3;DP=28;FAO=29,0;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=17,0;FSAR=12,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0424779,-0.10372;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=107.267,108.073;QD=15.9079;RBI=0.0556398,0.108105;REFB=-0.0397104,-0.0364688;REVB=0.0359363,0.0304774;RO=0;SAF=9,1;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.527931,0.5;STBP=0.429,1;TYPE=del,del;VARB=0.0201477,0;OID=.,.;OPOS=24873151,24873150;OREF=AT,AAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941,0:18,3:28:29,0:34:5:17,0:12,0:2:3:29:0:9,1:9,2:0:0 chr10 24873369 . C G 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.367;QD=62.6619;RBI=0.0147497;REFB=0;REVB=0.012619;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96902e-05;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr10 24879281 . A G 1220.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.237;QD=61.0153;RBI=0.0132236;REFB=0;REVB=0.0112437;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34975e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:36:44:0:0 chr10 24908686 . T C 289.46 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0251854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7436;QD=25.7301;RBI=0.0263002;REFB=-0.015291;REVB=-0.00757621;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031099;STB=0.517228;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0114571;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:11:8:12:14:11:8 chr10 24929141 . G A 2420.96 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.779;QD=61.2902;RBI=0.0288676;REFB=0;REVB=0.0286488;RO=0;SAF=69;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23501e-05;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:89:69:0:0:89:69:0:0 chr10 25861632 . C T 1663.36 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162224;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7337;QD=60.486;RBI=0.0277201;REFB=0;REVB=0.0224775;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959503;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr10 25888180 . A G 207.36 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.337;QD=48.791;RBI=0.0365609;REFB=0;REVB=0.0354432;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617006;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr10 26102829 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00382397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.342;QD=7.52632;RBI=0.00635075;REFB=-0.0128095;REVB=0.00507044;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243717;STB=0.652718;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0260794;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:11:13:3:6:11:13 chr10 26355906 . G A 261.12 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00718723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2786;QD=14.3079;RBI=0.0395906;REFB=-0.0133114;REVB=-0.0389328;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259874;STB=0.652;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0129764;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:30:30:0.410959:17:13:29:13:17:13:30:13 chr10 26355992 . A G,T 715.97 PASS AF=0.927273,0.0363636;AO=50,3;DP=55;FAO=51,2;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00809644,-0.0618327;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=92.2796,17.7693;QD=52.0707;RBI=0.00835419,0.0864258;REFB=-0.0793275,-0.118342;REVB=0.00205919,0.0603833;RO=2;SAF=25,1;SAR=25,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0361769,0.272699;STB=0.519223,0.5;STBP=0.267,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000299221,0.0450012;OID=.,.;OPOS=26355992,26355992;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:2:2:50,3:51,2:0.927273,0.0363636:25,2:25,1:0:2:25,2:26,0:0:2 chr10 26357747 . CG CA,TA 658.63 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=24,20;DP=44;FAO=24,20;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6;FSAR=17,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776671,0.0106498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=115.838,138.18;QD=59.8753;RBI=0.0306266,0.0399262;REFB=0,0;REVB=-0.0296255,-0.0384796;RO=0;SAF=7,6;SAR=17,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00761545,0.00555922;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:44:0:0:24,20:24,20:0.545455,0.454545:17,14:7,6:0:0:17,14:7,6:0:0 chr10 26446312 . G A 435.46 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0025027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.772;QD=15.98;RBI=0.00506773;REFB=-0.00187979;REVB=-0.00440663;RO=60;SAF=18;SAR=30;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269752;STB=0.642246;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00243369;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:60:48:49:0.449541:30:18:39:21:30:19:39:21 chr10 26462790 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0658982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.09;QD=24.1062;RBI=0.0664273;REFB=0.00972181;REVB=0.00836787;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122424;STB=0.506817;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0097601;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:9:10:13:11:9:10 chr10 26463130 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.355;QD=59.0187;RBI=0.0357708;REFB=0;REVB=-0.0157188;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313884;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr10 26505822 . G A 526.5 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0637775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0299;QD=20.25;RBI=0.119129;REFB=-0.0356567;REVB=0.100618;RO=50;SAF=26;SAR=27;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976201;STB=0.557671;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0414228;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:50:53:54:0.519231:27:26:19:31:27:27:19:31 chr10 26991067 . CG C 160.09 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7136;QD=45.7392;RBI=0.0512035;REFB=0;REVB=0.00670025;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00389515;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:5:9:0:0:4:0:5:9:0:0 chr10 26993597 . AT A 522.52 PASS AF=1;AO=38;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5045;QD=38.7048;RBI=0.21923;REFB=0;REVB=0.217561;RO=13;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00592443;OID=.;OPOS=26993598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:53:54:54:0:27:27:0:0:9:13:25:13:0:13 chr10 27048038 . GA G 138.24 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0653643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2284;QD=7.78813;RBI=0.0674011;REFB=-0.108954;REVB=0.0164445;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176005;STB=0.59134;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.137116;OID=.;OPOS=27048039;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450704:30:71:32:71:39:12:20:21:18:99:41:11:19:22:19 chr10 27303605 . A T 987.88 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000324111;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9091;QD=58.9781;RBI=0.089643;REFB=0;REVB=0.0896424;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110465;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr10 27317778 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0329866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.288;QD=12.5694;RBI=0.0345147;REFB=0.0015274;REVB=-0.0101563;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248379;STB=0.660551;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00242612;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:4:11:13:12:4:11:13:13 chr10 27317840 . C T 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8551;QD=61.327;RBI=0.066159;REFB=0;REVB=0.0522781;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176149;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr10 27324405 . G A 309.02 PASS AF=0.472973;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0275665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3997;QD=16.7039;RBI=0.0293666;REFB=-0.0211662;REVB=0.0101236;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896339;STB=0.569522;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0367501;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:39:33:35:0.472973:17:16:22:16:19:16:23:16 chr10 27353007 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0409178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.415;QD=16.9315;RBI=0.0600973;REFB=-0.0258787;REVB=-0.0440162;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0129036;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:4:8:9:3:4:8 chr10 27381349 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6135;QD=59.0184;RBI=0.0580195;REFB=0;REVB=0.0523692;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112982;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr10 27389197 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.174;QD=53.2771;RBI=0.0266366;REFB=0;REVB=-0.00696113;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141928;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr10 27400861 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4464;QD=57.1774;RBI=0.00304873;REFB=0;REVB=0.00279308;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3887e-05;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr10 27434483 . G A 1319.18 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.125;QD=61.3573;RBI=0.0242153;REFB=0;REVB=-0.0181634;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51307e-05;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:57:27:0:0:57:29:0:0 chr10 27437964 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0301555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.775;QD=16.4079;RBI=0.0362613;REFB=-0.0117231;REVB=0.0201377;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554376;STB=0.531761;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0145636;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:15:14:9:12:15:14 chr10 27458898 . C A 153.8 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=26;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0158591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.986;QD=21.9709;RBI=0.0636993;REFB=-0.0200136;REVB=0.0616935;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980136;STB=0.531876;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0126011;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:28:12:12:14:16:0.571429:9:5:3:9:11:5:3:9 chr10 27499771 . G A 615.61 PASS AF=0.591398;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0132843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.944;QD=26.4777;RBI=0.0155022;REFB=0.00483033;REVB=0.00799043;RO=37;SAF=32;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398089;STB=0.530962;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00291401;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:38:54:55:0.591398:22:32:20:17:22:33:20:18 chr10 27499804 . T C 573.03 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0130207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.15;QD=22.6942;RBI=0.0133736;REFB=-0.0355675;REVB=-0.00305216;RO=44;SAF=31;SAR=25;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011889;STB=0.500894;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0159092;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:45:56:56:0.554455:25:31:25:19:25:31:25:20 chr10 27499979 . G T 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0709297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6272;QD=9.88489;RBI=0.0748381;REFB=-0.00611646;REVB=0.0238688;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102726;STB=0.560515;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0106051;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:9:10:17:22:9:10:17:22 chr10 27506961 . G A 421.05 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0207769;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.682;QD=17.5438;RBI=0.0212983;REFB=-0.0150761;REVB=0.00468402;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422008;STB=0.517317;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0188394;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:53:42:43:0.447917:22:20:23:30:23:20:23:30 chr10 27538071 . TG CA 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.000311288;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.591;QD=11.0217;RBI=0.0208067;REFB=-0.00126515;REVB=0.0208043;RO=59;SAF=12;SAR=18;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673372;STB=0.539144;STBP=0.628;TYPE=mnp;VARB=0.00298817;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:18:12:27:32:18:12:27:32 chr10 27538204 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0102916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.881;QD=12.12;RBI=0.0161329;REFB=-0.0103521;REVB=-0.0124239;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119775;STB=0.568907;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0160225;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:14:24:12:11:14:24 chr10 27538735 . G A 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0589742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3997;QD=14.1717;RBI=0.0728267;REFB=0.012865;REVB=-0.0427291;RO=46;SAF=24;SAR=8;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404237;STB=0.725345;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0174105;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:8:24:17:29:8:24:18:29 chr10 27538942 . T C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0168191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0484;QD=11.4257;RBI=0.0177202;REFB=0.00752838;REVB=-0.00557892;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220094;STB=0.512808;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0100713;OID=.;OPOS=27538942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:24:13:7:14:24:13 chr10 27539137 . T C 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.000296845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.735;QD=19.903;RBI=0.0141101;REFB=-0.01183;REVB=0.0141069;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115253;STB=0.563939;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00809988;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:9:18:16:14:9:18 chr10 27539166 . G A 201.75 PASS AF=0.526316;AO=17;DP=35;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00174333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.978;QD=21.2372;RBI=0.0330916;REFB=-0.0256294;REVB=0.0330456;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18715;STB=0.54995;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0228301;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:18:18:17:20:0.526316:11:6:10:8:11:9:10:8 chr10 27687225 . A G 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0236353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.995;QD=21.9745;RBI=0.0275642;REFB=0.00635016;REVB=-0.0141829;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210773;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00431056;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:21:22:18:19:21:22:18:19 chr10 27687775 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.681;QD=57.3851;RBI=0.021859;REFB=0;REVB=-0.0184558;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102403;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr10 27687965 . A G 246.95 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.117442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.04;QD=17.9598;RBI=0.117667;REFB=-0.0016394;REVB=0.00726731;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146869;STB=0.582269;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00150806;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:17:11:15:12:17:11 chr10 27687994 . A G 245.13 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0350694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.557;QD=24.5134;RBI=0.0405194;REFB=-0.0309459;REVB=-0.0202967;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726852;STB=0.540446;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0500293;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:9:8:13:10:9:8 chr10 27692205 . G A 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00495743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.474;QD=23.4432;RBI=0.033718;REFB=-0.000286615;REVB=-0.0333516;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055343;STB=0.530387;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000111194;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:22:20:13:19:22:20:13:19 chr10 27692279 . A C,G 853.71 PASS AF=0.508197,0.491803;AO=31,30;DP=61;FAO=31,30;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19,9;FSAR=12,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959895,0.00111953;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.2,202.567;QD=55.9813;RBI=0.0411403,0.0471218;REFB=0,0;REVB=0.0400048,0.0471085;RO=0;SAF=19,9;SAR=12,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000899735,-0.0012686;OID=.,.;OPOS=27692279,27692279;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:61:61:0:0:31,30:31,30:0.508197,0.491803:12,21:19,9:0:0:12,21:19,9:0:0 chr10 28378613 . G A 337.97 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00685559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0679;QD=17.5567;RBI=0.0377377;REFB=-0.0126982;REVB=-0.0371098;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622938;STB=0.542749;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00974436;OID=.;OPOS=28378613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:20:15:15:26:20:16:15:26 chr10 28378758 . T C 1212.99 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245117;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.624;QD=59.9006;RBI=0.0245136;REFB=-0.0672071;REVB=0.000301548;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-7.21168e-05;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:1:0:43:37:1:0 chr10 28731618 . T C 308.54 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0229876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.236;QD=15.8223;RBI=0.025548;REFB=-0.039291;REVB=-0.0111477;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02845;STB=0.505357;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0550576;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:44:33:34:0.435897:19:14:19:23:19:15:19:25 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 850.46 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=57,3;DP=63;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=32,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038201,0.0101755;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.4476,7.80036;QD=54.8681;RBI=0.0624027,0.0226857;REFB=0,0;REVB=-0.0493434,0.0202756;RO=1;SAF=26,0;SAR=31,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0177934,-0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00259419,-0.0661869;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.951613,0.0483871:57,3:63:59,3:62:0:27,0:32,3:0:0:11:1:26,0:31,3:1:0 chr10 28970487 . C T 230.57 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00710021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.08;QD=20.0497;RBI=0.00710023;REFB=-0.00518321;REVB=1.4472e-05;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254509;STB=0.523026;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00434051;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:14:9:8:14:14:9:8:15 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 278.73 PASS AF=0.8,0.2;AO=15,7;DP=25;FAO=20,5;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0972316,-0.132159;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.0533,10.5204;QD=44.5971;RBI=0.0996692,0.135298;REFB=0,0;REVB=0.0219082,0.0289761;RO=1;SAF=9,5;SAR=6,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0699995,0.173072;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00144573,0.0842915;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:15,7:25:20,5:25:0:12,3:8,2:0:0:16:1:9,5:6,2:0:1 chr10 29163413 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.012;QD=58.5878;RBI=0.0164299;REFB=0;REVB=-0.0101428;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108594;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr10 29578084 . A G 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7589;QD=63.2757;RBI=0.0738565;REFB=0;REVB=-0.0619636;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021308;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr10 29599972 . G A 356.94 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0134401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.68;QD=13.5977;RBI=0.0150497;REFB=0.00197611;REVB=0.0067718;RO=63;SAF=29;SAR=13;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268557;STB=0.652527;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00539785;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:13:29:28:35:13:29:28:35 chr10 29606197 . C G 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0223609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.301;QD=13.7412;RBI=0.0244273;REFB=-0.0227384;REVB=-0.00983273;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429721;STB=0.524479;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0309734;OID=.;OPOS=29606197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:19:24:15:14:19:24 chr10 29606270 . A T 156.14 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0365062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.428;QD=9.46286;RBI=0.0438007;REFB=-0.0101098;REVB=-0.0242034;RO=45;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161402;STB=0.595651;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0234519;OID=.;OPOS=29606270;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:14:7:21:24:14:7:21:24 chr10 29746346 . C CTGTT 295.47 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00247215;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.153;QD=17.6398;RBI=0.0264366;REFB=-0.00415082;REVB=0.0263207;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848583;STB=0.547612;STBP=0.467;TYPE=ins;VARB=0.00503185;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477612:32:68:32:67:35:11:21:15:20:99:35:11:21:15:20 chr10 29747417 . C T 184.2 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0141795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.678;QD=12.0787;RBI=0.0141863;REFB=-0.0014966;REVB=-0.000438888;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119775;STB=0.568907;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00321494;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:11:12:24:14:11:12:24:14 chr10 29754609 . T C 298.98 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0147759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.879;QD=16.1612;RBI=0.030006;REFB=0.00340333;REVB=-0.0261158;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594841;STB=0.533426;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0034564;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:26:15:14:19:26:15 chr10 29754644 . T C 192.79 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0112424;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.501;QD=11.8641;RBI=0.0209891;REFB=-0.00793159;REVB=-0.0177244;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727774;STB=0.542133;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0173068;OID=.;OPOS=29754644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:23:18:9:15:23:18 chr10 29754675 . A G 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00941969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.314;QD=24.0846;RBI=0.0177516;REFB=-0.0216021;REVB=0.0150462;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118184;STB=0.572853;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0142842;OID=.;OPOS=29754675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:18:16:14:8:18:16:15:8 chr10 29769589 . C T 577.4 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0290215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.027;QD=29.6103;RBI=0.0291493;REFB=-0.0143423;REVB=-0.00272729;RO=27;SAF=26;SAR=25;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100419;STB=0.554414;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00632433;OID=.;OPOS=29769589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:25:26:18:9:25:26:18:9 chr10 29783885 . A G 390.07 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00638531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.053;QD=21.9757;RBI=0.010968;REFB=-0.0159973;REVB=0.00891763;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892148;STB=0.561928;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.010833;OID=.;OPOS=29783885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:32:38:39:0.549296:19:19:20:13:20:19:20:12 chr10 29784114 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.563;QD=47.8218;RBI=0.0416415;REFB=0;REVB=-0.0188542;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020859;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr10 29812602 . G T 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.01117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.123;QD=22.8349;RBI=0.02316;REFB=-0.00683858;REVB=0.0202883;RO=37;SAF=28;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13651;STB=0.575202;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00562419;OID=.;OPOS=29812602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:17:28:17:20:17:28:17:20 chr10 29821089 . C T 536.03 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.000249879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.631;QD=20.2276;RBI=0.0144647;REFB=-0.023121;REVB=0.0144625;RO=51;SAF=19;SAR=36;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720604;STB=0.503971;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.020803;OID=.;OPOS=29821089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:36:19:18:33:36:19:18:33 chr10 29821523 . T C 239.43 PASS AF=0.490566;AO=27;DP=55;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00458724;FXX=0.0535619;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.464;QD=18.07;RBI=0.00476129;REFB=-0.00752152;REVB=0.00127561;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00568293;OID=.;OPOS=29821523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:27:27:27:26:0.490566:10:17:17:10:9:17:17:10 chr10 29822032 . C T 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8257;QD=51.9047;RBI=0.039671;REFB=0;REVB=0.0213176;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106747;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr10 29822159 . T C 479.83 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.020485;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.604;QD=19.7866;RBI=0.0205177;REFB=-0.0237776;REVB=0.00115772;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108806;STB=0.560472;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0295822;OID=.;OPOS=29822159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:28:19:26:24:28:19:26:24 chr10 29833998 . A G 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0142764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.231;QD=18.4948;RBI=0.0216225;REFB=-0.00208188;REVB=0.0162393;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150035;STB=0.583836;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00216143;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:17:13:18:12:17:13 chr10 29834003 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0222961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.09;QD=18.4984;RBI=0.0247636;REFB=-0.00280594;REVB=0.0107759;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197143;STB=0.610273;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00136406;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:17:10:16:11:17:10 chr10 29839787 . A G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0272798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.41;QD=15.5771;RBI=0.0381925;REFB=-0.0157591;REVB=-0.0267298;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435068;STB=0.514007;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0220387;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:11:13:17:12:11:13:17:13 chr10 29839864 . A C 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0742376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2867;QD=18.3591;RBI=0.0742649;REFB=-0.00512442;REVB=-0.00201356;RO=54;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00546082;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:23:23:27:27:23:23:27:27 chr10 29840038 . A G 406.88 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0130278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.5;QD=15.9562;RBI=0.0136473;REFB=-0.00352372;REVB=-0.00406518;RO=57;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942431;STB=0.55278;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00379129;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:21:24:25:32:21:24:25:32 chr10 29843833 . C T 284.3 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0520507;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8142;QD=17.4954;RBI=0.0557353;REFB=0.0318085;REVB=-0.0199285;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112903;STB=0.55596;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0311858;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:34:31:31:0.476923:17:14:20:15:17:14:19:15 chr10 30588502 . A G 40.36 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0275368;FXX=0.0666222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.951;QD=11.5306;RBI=0.02898;REFB=0.00291027;REVB=-0.00903145;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00810358;OID=.;OPOS=30588502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:4:4:1:5:4:4 chr10 30629226 . G A 364.44 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00105658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.145;QD=23.898;RBI=0.00265205;REFB=-0.00827183;REVB=-0.00243249;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104511;STB=0.557346;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0062951;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:18:18:9:16:18:18:9:16 chr10 30844579 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.76;QD=61.3361;RBI=0.0828924;REFB=0;REVB=0.0748721;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551128;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr10 30901756 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.452;QD=59.8387;RBI=0.00863304;REFB=0;REVB=0.00828214;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13915e-05;OID=.;OPOS=30901756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr10 30918549 . G C 480.65 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=152;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00606157;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.453;QD=12.7324;RBI=0.010672;REFB=0.00172004;REVB=-0.00878345;RO=95;SAF=32;SAR=25;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852234;STB=0.545015;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00274897;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:95:94:57:57:0.377483:25:32:46:49:25:32:46:48 chr10 30918597 . T C 281.21 PASS AF=0.321739;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0125403;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6014;QD=9.78136;RBI=0.0331783;REFB=0.00422858;REVB=-0.0307171;RO=78;SAF=20;SAR=17;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243976;STB=0.501418;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00894513;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:78:78:37:37:0.321739:17:20:42:36:17:20:42:36 chr10 30989188 . G C 1003.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.273;QD=59.0251;RBI=0.0775739;REFB=0;REVB=0.00367798;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108094;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:36:28:0:0:36:32:0:0 chr10 30993448 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6686;QD=59.5014;RBI=0.0407224;REFB=0;REVB=0.00479572;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247945;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr10 31138817 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0148665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.233;QD=18.8207;RBI=0.0158733;REFB=-0.022994;REVB=-0.00556293;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353535;STB=0.709233;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0151988;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:7:3:1:11:7:3 chr10 31146643 . T C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0108918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.523;QD=19.6972;RBI=0.0382748;REFB=-0.00166266;REVB=0.0366923;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103559;STB=0.558444;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00247891;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:13:9:11:10:13:9 chr10 32045045 . A C 411.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.957;QD=56.7209;RBI=0.0197762;REFB=0;REVB=0.00975199;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128273;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr10 32095666 . T C 233.47 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0121342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.083;QD=19.4561;RBI=0.0149648;REFB=-0.0163334;REVB=-0.00875818;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13591;STB=0.563123;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0188502;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:10:12:10:15:11:12:10:15 chr10 32120678 . C T 110.74 PASS AF=0.304348;AO=12;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.10285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2033;QD=9.62943;RBI=0.176935;REFB=0.0121751;REVB=0.143972;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249809;STB=0.63141;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0240076;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:32:12:14:0.304348:6:6:6:16:8:6:8:24 chr10 32128611 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00119293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.19;QD=14.6657;RBI=0.00674909;REFB=-0.0120312;REVB=-0.00664283;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0153458;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:9:12:8:7:9:12 chr10 32141460 . T C 267.68 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0129111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.584;QD=16.2227;RBI=0.0383076;REFB=-0.0204637;REVB=0.0360663;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15903;STB=0.588783;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0191697;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:19:11:8:28:19:11:8:28 chr10 32345710 . G A 2270.82 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00809976;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.424;QD=58.6019;RBI=0.0161375;REFB=0.0134618;REVB=0.0139575;RO=3;SAF=66;SAR=86;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378039;STB=0.501988;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000474452;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:155:3:3:152:152:0.980645:86:66:1:2:86:66:1:2 chr10 32635834 . G A 244.32 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.00898391;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.036;QD=25.0585;RBI=0.0571298;REFB=-0.00994958;REVB=-0.056419;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379429;STB=0.705681;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0192208;OID=.;OPOS=32635834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:14:14:15:0.384615:5:9:13:0:5:10:14:0 chr10 32974969 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.9154;QD=60.6084;RBI=0.0711748;REFB=0;REVB=-0.0211041;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562873;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr10 33018351 . G C 2684.12 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337573;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.284;QD=62.4214;RBI=0.0342402;REFB=0;REVB=0.00573006;RO=0;SAF=66;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54088e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:171:172:1:105:66:0:0:106:66:0:0 chr10 33123824 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.13;QD=62.6711;RBI=0.00656236;REFB=0;REVB=0.00262187;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41902e-05;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr10 33143396 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2655;QD=58.059;RBI=0.0128642;REFB=0;REVB=0.00235031;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82442e-05;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr10 33190285 . G A 95.86 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0196566;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.792;QD=6.84721;RBI=0.0399732;REFB=-0.0114388;REVB=-0.0348062;RO=42;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270032;STB=0.6682;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0396068;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:57:56:42:42:14:14:0.25:10:4:21:21:10:4:21:21 chr10 33190567 . C A 150.46 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.020952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.733;QD=19.4141;RBI=0.0327342;REFB=-0.00533495;REVB=0.0251503;RO=15;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403224;STB=0.740814;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00442717;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:13:2:7:8:14:2:7:8 chr10 33209266 . G T 676.63 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0102024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.419;QD=23.9514;RBI=0.0272739;REFB=-0.0122863;REVB=0.0252938;RO=48;SAF=30;SAR=35;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110683;STB=0.560361;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.010933;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:65:65:0.575221:35:30:29:19:35:30:29:19 chr10 33211227 . T G 244.32 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0233586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.93;QD=13.0301;RBI=0.0323905;REFB=-0.00910041;REVB=0.0224393;RO=46;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24366;STB=0.639249;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0143412;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:11:18:18:28:11:18:18:28 chr10 33214802 . A G 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0106052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.289;QD=11.7806;RBI=0.0263365;REFB=-0.0314658;REVB=-0.0241068;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19371;STB=0.614034;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0486178;OID=.;OPOS=33214802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:12:19:7:9:12:19 chr10 33217110 . G A 432.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00577947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.649;QD=17.8201;RBI=0.030191;REFB=-0.00900245;REVB=-0.0296327;RO=52;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893985;STB=0.55553;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0110972;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:53:44:44:0.453608:26:18:26:26:26:18:27:26 chr10 33466566 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0251118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.2;QD=14.8342;RBI=0.026485;REFB=-0.0073442;REVB=-0.00841748;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558771;STB=0.531886;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0119114;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:12:18:12:10:12:18 chr10 33466843 . T C 225.13 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00319457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2936;QD=27.2885;RBI=0.0131108;REFB=-0.0675276;REVB=-0.0127156;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206966;STB=0.613933;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0408276;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:10:2:10:11:10:2 chr10 33468014 . T C 201.89 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0209185;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.229;QD=16.1516;RBI=0.0214557;REFB=-0.0167256;REVB=-0.00477109;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245854;STB=0.628917;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0160833;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:9:18:9:13:10:18 chr10 33469181 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0109755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.543;QD=17.9407;RBI=0.0322805;REFB=-0.0101804;REVB=0.0303574;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378741;STB=0.714781;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0224467;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:16:6:13:6:16:6 chr10 33495267 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0231386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.573;QD=17.5365;RBI=0.0232399;REFB=-0.0079847;REVB=-0.00216753;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486554;STB=0.538439;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0075709;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:38:34:34:0.472222:20:14:13:23:20:14:13:25 chr10 33502240 . C T 556.55 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0408694;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6831;QD=22.4867;RBI=0.041586;REFB=-0.0224439;REVB=-0.00768676;RO=47;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109492;STB=0.506031;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0304815;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:47:47:52:52:0.525253:27:25:22:25:27:25:22:25 chr10 33510663 . G A 562.87 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0133697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.9;QD=23.952;RBI=0.016769;REFB=-5.99143e-05;REVB=0.0101218;RO=42;SAF=31;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137465;STB=0.575466;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000133014;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:21:31:18:24:21:31:18:24 chr10 33510768 . G A 370.81 PASS AF=0.539474;AO=32;DP=82;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00216265;FXX=0.0843272;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.671;QD=19.5162;RBI=0.0306447;REFB=0.00519588;REVB=0.0305683;RO=34;SAF=30;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636544;STB=0.627187;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0133101;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:76:34:35:32:41:0.539474:2:30:16:18:11:30:17:18 chr10 33552695 . CA CG,TG 1210.37 PASS AF=0.5,0.5;AO=41,41;DP=82;FAO=41,41;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=18,15;FSAR=23,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926006,-0.0146608;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=79.4014,263.029;QD=59.0425;RBI=0.0320224,0.0193208;REFB=0,0;REVB=0.0306543,0.0125838;RO=0;SAF=18,15;SAR=23,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0034847,0.0124123;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:0:0:41,41:41,41:0.5,0.5:23,26:18,15:0:0:23,26:18,15:0:0 chr10 33577361 . G A 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0609;QD=64.152;RBI=0.0639324;REFB=0;REVB=-0.00466116;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411437;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr10 34591402 . C T 263.47 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00207529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7626;QD=19.5166;RBI=0.0315221;REFB=-0.000440708;REVB=0.0314537;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255966;STB=0.642755;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00123534;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:9:17:10:18:9:17 chr10 34620220 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0313457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.549;QD=16.4056;RBI=0.0351628;REFB=-0.00630711;REVB=0.0159332;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684736;STB=0.538437;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00615746;OID=.;OPOS=34620220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:24:13:13:18:24:13 chr10 34630570 . C T 362.31 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0259788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.861;QD=18.5799;RBI=0.0318004;REFB=-0.0126634;REVB=0.0183404;RO=40;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158179;STB=0.578906;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0219047;OID=.;OPOS=34630570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:22:15:23:17:22:16:23:17 chr10 34688287 . G A 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0040841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7589;QD=54.6357;RBI=0.048836;REFB=-0.117995;REVB=-0.0486649;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00280141;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:1:0 chr10 35302705 . C T 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0028693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.582;QD=28.0221;RBI=0.0140463;REFB=-0.0171178;REVB=-0.0137501;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562569;STB=0.531003;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0216771;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:16:13:10:9:16:13:10:9 chr10 35338699 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00456317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.737;QD=18.9979;RBI=0.00485797;REFB=-0.00406244;REVB=0.00166653;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223731;STB=0.625055;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00393107;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:21:10:17:13:21:10:17:13 chr10 35362977 . A G 254.52 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0212897;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.264;QD=20.3619;RBI=0.0273617;REFB=-0.0285181;REVB=-0.0171875;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213204;STB=0.619577;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0394571;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:11:13:8:18:11:13 chr10 35426755 . A G 486.25 PASS AF=0.516484;AO=48;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0182656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.353;QD=21.3735;RBI=0.0182657;REFB=0.00124998;REVB=-7.29801e-05;RO=43;SAF=30;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140254;STB=0.569142;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00153943;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:44:48:47:0.516484:18:30:20:23:18:29:21:23 chr10 35772402 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00904675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.88;QD=12.6375;RBI=0.0311487;REFB=-0.000826951;REVB=-0.0298061;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363044;STB=0.708977;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00176944;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:4:17:6:7:4:17 chr10 35929131 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0242364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.71;QD=19.646;RBI=0.0298628;REFB=0.00502492;REVB=0.0174467;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280231;STB=0.66009;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00208619;OID=.;OPOS=35929131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:2:6:4:7:2:6 chr10 36812362 . C T 493.88 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0171365;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.267;QD=17.6385;RBI=0.0248658;REFB=-0.0063017;REVB=-0.018018;RO=59;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065138;STB=0.536169;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00624164;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:59:59:53:53:0.473214:26:27:26:33:26:27:26:33 chr10 36812879 . A G 751.67 PASS AF=0.478788;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00562908;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.374;QD=18.2224;RBI=0.0182823;REFB=-0.00326019;REVB=0.0173942;RO=86;SAF=36;SAR=43;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209921;STB=0.50116;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00363302;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:86:86:79:79:0.478788:43:36:39:47:43:36:39:47 chr10 37447358 . T G 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00305799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.289;QD=14.8056;RBI=0.00312841;REFB=0.00253235;REVB=0.000660028;RO=55;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13147;STB=0.579024;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00286275;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:18:20:22:33:18:20:22:34 chr10 37488689 . G C 809.72 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=162;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0377792;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.526;QD=20.1172;RBI=0.0396334;REFB=-0.0220237;REVB=-0.0119809;RO=79;SAF=41;SAR=41;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508695;STB=0.527943;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0175938;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:79:79:82:82:0.509317:41:41:35:44:41:41:35:44 chr10 37505159 . G A 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00240746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.537;QD=12.0839;RBI=0.00457069;REFB=-0.0129499;REVB=0.00388527;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265821;STB=0.658325;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0248294;OID=.;OPOS=37505159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:12:4:14:16:12:4:14:16 chr10 37505179 . T C 178.53 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0265529;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.289;QD=13.7333;RBI=0.0284488;REFB=-0.00233885;REVB=-0.0102118;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160047;STB=0.609646;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00335791;OID=.;OPOS=37505179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:31:20:21:0.403846:14:6:14:18:15:6:14:17 chr10 37508450 . A C 343.4 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0100632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.331;QD=24.0985;RBI=0.0139667;REFB=0.0158371;REVB=0.00968506;RO=23;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155612;STB=0.585773;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00769373;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:23:11:12:11:23:11:12:11 chr10 37890955 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0077483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.568;QD=12.0206;RBI=0.0122927;REFB=-0.0151414;REVB=0.00954333;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446099;STB=0.526279;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0263191;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:17:8:5:9:17:8 chr10 37891465 . G T 186.59 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0114313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1789;QD=19.6406;RBI=0.0275758;REFB=0.00304843;REVB=0.0250948;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.002093;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr10 37891576 . G A 215.13 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00820999;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.575;QD=12.6544;RBI=0.0433733;REFB=-0.00118505;REVB=0.0425892;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413396;STB=0.511619;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00240476;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:44:42:26:26:0.382353:15:11:17:27:15:11:17:25 chr10 38403694 . G A 303.68 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00751305;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.243;QD=11.3526;RBI=0.0123887;REFB=-0.00269934;REVB=-0.00985064;RO=65;SAF=17;SAR=21;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497921;STB=0.520049;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0035838;OID=.;OPOS=38403694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:69:38:38:0.35514:21:17:32:33:21:17:33:36 chr10 42941616 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00514991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.258;QD=19.975;RBI=0.0175492;REFB=-0.0394134;REVB=0.0167765;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884614;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0166883;OID=.;OPOS=42941616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:11:9:11:9:11:9 chr10 42965636 . C T 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098044;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8339;QD=58.6152;RBI=0.00985636;REFB=0;REVB=-0.00101074;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108009;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr10 43088919 . T G 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0164732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.149;QD=10.3652;RBI=0.016794;REFB=-0.00761476;REVB=-0.00326673;RO=39;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264942;STB=0.656975;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0200322;OID=.;OPOS=43088919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:5:15:21:18:5:15:21:18 chr10 43089965 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.766;QD=57.3858;RBI=0.0182301;REFB=0;REVB=0.0151541;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109821;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr10 43281089 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.72;QD=59.3227;RBI=0.0256999;REFB=0;REVB=0.0157973;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60832e-05;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr10 43312807 . C T 1883.72 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.028731;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.477;QD=60.7652;RBI=0.0329348;REFB=0.0268326;REVB=0.0161006;RO=1;SAF=55;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085593;STB=0.504504;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-3.85685e-05;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:122:123:0.991935:67:55:1:0:68:55:1:0 chr10 43595968 . A G 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0489162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.256;QD=21.0639;RBI=0.058595;REFB=-0.0445061;REVB=0.032258;RO=41;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352377;STB=0.519472;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0297211;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:24:20:17:24:24:20:17:24 chr10 43600607 . C A 382.43 PASS AF=0.52;AO=34;DP=71;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.104259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9211;QD=20.3964;RBI=0.10444;REFB=-0.032421;REVB=-0.00614033;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439241;STB=0.50826;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0324446;OID=.;OPOS=43600607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:35:36:34:39:0.52:21:13:15:20:21:18:16:20 chr10 43606687 . A G 3356.3 PASS AF=1;AO=213;DP=215;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034311;FXX=0.0353967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.455;QD=61.5835;RBI=0.0343787;REFB=-0.0403641;REVB=0.00215623;RO=0;SAF=91;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118077;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:218:0:0:213:218:1:122:91:0:0:122:96:0:0 chr10 43613843 . G T 603.19 PASS AF=0.417178;AO=66;DP=160;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.0230359;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.874;QD=14.8022;RBI=0.0276681;REFB=-0.0315752;REVB=0.0153255;RO=94;SAF=18;SAR=48;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158479;STB=0.581003;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0482015;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:94:95:66:68:0.417178:48:18:38:56:49:19:38:57 chr10 43623812 . C T 619.34 PASS AF=0.447368;AO=67;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00680254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.801;QD=16.2984;RBI=0.0389009;REFB=-0.0106664;REVB=-0.0383015;RO=84;SAF=39;SAR=28;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230421;STB=0.516278;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0121344;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:67:68:0.447368:28:39:47:37:28:40:47:37 chr10 43624833 . T C 608.16 PASS AF=0.488189;AO=61;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00464947;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.068;QD=19.1548;RBI=0.0109576;REFB=-0.0105144;REVB=0.00992225;RO=65;SAF=28;SAR=33;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311379;STB=0.512601;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0177524;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:65:61:62:0.488189:33:28:32:33:33:29:32:33 chr10 43678796 . C T 269.16 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0177376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6588;QD=12.3752;RBI=0.0257597;REFB=-0.0199785;REVB=0.01868;RO=55;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989225;STB=0.556799;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.035963;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:14:18:26:29:14:18:26:29 chr10 43690189 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.489;QD=60.5472;RBI=0.0106348;REFB=0;REVB=0.0098472;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35242e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr10 43691691 . C T 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0234772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1288;QD=19.6677;RBI=0.0419027;REFB=-0.0137305;REVB=-0.0347082;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1825;STB=0.604276;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0301295;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:4:15:12:7:4:15:12:7 chr10 43837352 . A G 527.4 PASS AF=0.925;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00232409;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.603;QD=52.7403;RBI=0.0217219;REFB=-0.00927646;REVB=0.0215973;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.538441;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=1.06208e-05;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:40:1:3:35:37:0.925:18:17:0:1:18:19:0:3 chr10 43881921 . A G 84.41 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0154676;FXX=0.0951928;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.318;QD=17.7698;RBI=0.0164769;REFB=0.00315183;REVB=-0.00567832;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.521695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00287695;OID=.;OPOS=43881921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:4:4:4:6:5:4 chr10 43883342 . T A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.077;QD=62.6693;RBI=0.0281069;REFB=0;REVB=0.000614682;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185697;OID=.;OPOS=43883342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr10 43912705 . G T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0051637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.431;QD=14.6579;RBI=0.0122169;REFB=-0.0133323;REVB=-0.011072;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.519097;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.012435;OID=.;OPOS=43912705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:17:13:13:0.433333:8:5:5:9:8:5:6:11 chr10 44052903 . A C 234.91 PASS AF=0.447761;AO=23;DP=69;FAO=30;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00324564;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.04;QD=14.0242;RBI=0.0274767;REFB=-0.0132536;REVB=0.0272843;RO=37;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214516;STB=0.512492;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0399453;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:37:37:23:30:0.447761:18:5:14:23:18:12:14:23 chr10 44053013 . G C 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0201128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.65;QD=24.0851;RBI=0.0208337;REFB=-0.0150626;REVB=-0.00543338;RO=23;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187266;STB=0.603216;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00704341;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:23:11:13:10:23:11:13:10 chr10 44053585 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00684078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.082;QD=13.336;RBI=0.0188596;REFB=-0.0154262;REVB=-0.0175752;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530746;STB=0.530993;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0214262;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:14:10:7:8:14:10 chr10 44788299 . C CT 183.25 PASS AF=1;AO=4;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.239;QD=45.8124;RBI=0.0768843;REFB=0;REVB=0.0768843;RO=14;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000337114;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:18:16:16:0:0:16:0:0:4:14:0:4:0:14 chr10 44788300 . C T 92.93 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7261;QD=9.53144;RBI=0.0761487;REFB=-0.164123;REVB=0.0761487;RO=27;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0778428;OID=.;OPOS=44788300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:12:0:0:27:12:0:0:27 chr10 44788758 . G A 537.24 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=150;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00108791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.351;QD=14.2314;RBI=0.00893615;REFB=-0.013622;REVB=-0.00886968;RO=89;SAF=36;SAR=25;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148739;STB=0.580492;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0193744;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:89:90:61:61:0.403974:25:36:40:49:25:36:41:49 chr10 44788826 . C T 786.29 PASS AF=0.512658;AO=78;DP=156;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0226057;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2536;QD=19.9062;RBI=0.0463448;REFB=-0.0182418;REVB=0.0404577;RO=78;SAF=38;SAR=40;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151105;STB=0.587192;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0199561;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:78:77:78:81:0.512658:40:38:51:27:43:38:50:27 chr10 44793355 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0383854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8519;QD=15.6191;RBI=0.0385142;REFB=0.00350613;REVB=0.00314779;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141507;STB=0.581994;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00963656;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:10:15:13:5:10:15 chr10 45430462 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.176;QD=56.9568;RBI=0.0451053;REFB=0;REVB=0.0302874;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221064;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr10 45473317 . C T 541.99 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0226955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.506;QD=16.6765;RBI=0.0298303;REFB=-0.0271391;REVB=0.0193587;RO=70;SAF=25;SAR=33;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246545;STB=0.50027;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0406121;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:72:58:58:0.446154:33:25:30:40:33:25:31:41 chr10 45869748 . C T 731.11 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.00476087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.4;QD=18.052;RBI=0.0683573;REFB=-0.029308;REVB=0.0681913;RO=85;SAF=44;SAR=33;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19434;STB=0.607302;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0290952;OID=.;OPOS=45869748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:77:77:0.475309:33:44:31:54:33:44:31:54 chr10 46965727 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0189912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.596;QD=15.2296;RBI=0.0432777;REFB=-0.00632452;REVB=-0.0388882;RO=28;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23493;STB=0.637235;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0164686;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:15:4:11:17:15:4:11:17 chr10 46967672 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0130398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.984;QD=19.4668;RBI=0.0188104;REFB=-0.00395173;REVB=0.013557;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267738;STB=0.652215;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00692594;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:13:11:16:6:13:11 chr10 46970792 . G C 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0298377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.662;QD=7.62957;RBI=0.0358617;REFB=-0.019695;REVB=-0.019894;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351552;STB=0.721649;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0543843;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:9:11:2:6:9:11 chr10 46998894 . G A 500.42 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00623379;FXX=0.069993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5549;QD=21.5235;RBI=0.0783461;REFB=-0.0502781;REVB=0.0780977;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291873;STB=0.505374;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0353892;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:93:44:45:47:48:0.516129:23:24:21:23:24:24:22:23 chr10 46998995 . C G 337.24 PASS AF=0.355932;AO=41;DP=117;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0177572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.299;QD=11.4317;RBI=0.0361818;REFB=-0.0361853;REVB=0.0315246;RO=75;SAF=20;SAR=21;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539769;STB=0.51863;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0494546;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:75:76:41:42:0.355932:21:20:33:42:22:20:34:42 chr10 46998999 . G A 771.38 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=116;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0308998;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2986;QD=26.8305;RBI=0.04403;REFB=-0.027506;REVB=0.0313662;RO=43;SAF=31;SAR=40;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020088;STB=0.506956;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0276946;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:43:44:71:71:0.617391:40:31:20:23:40:31:20:24 chr10 46999019 . G A 801.95 PASS AF=0.673469;AO=66;DP=98;FAO=66;FDP=98;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00104928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.64;QD=32.7326;RBI=0.0340675;REFB=-0.0368266;REVB=0.0340513;RO=32;SAF=30;SAR=36;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046557;STB=0.525132;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0123165;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:32:32:66:66:0.673469:36:30:17:15:36:30:17:15 chr10 46999030 . C T 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0161296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.441;QD=10.5058;RBI=0.019657;REFB=-0.022839;REVB=0.0112354;RO=57;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302518;STB=0.517634;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0518497;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:14:14:27:30:14:14:27:30 chr10 46999151 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00152196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.828;QD=20.8113;RBI=0.00823304;REFB=0.0103198;REVB=0.00809114;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234593;STB=0.632068;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00927942;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:8:15:9:14:8:15:9:14 chr10 46999178 . A C 257.31 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0124398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.014;QD=23.3918;RBI=0.0125979;REFB=-0.0178497;REVB=-0.00198945;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177488;STB=0.586395;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0124512;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:13:10:13:7:13:11:13:7 chr10 46999189 . CA CG,TG 700.55 PASS AF=0.565217,0.434783;AO=26,22;DP=48;FAO=26,20;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13,14;FSAR=13,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111052,0.0121759;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=90.1345,140.165;QD=60.9177;RBI=0.011199,0.0123964;REFB=0,0;REVB=-0.00144573,-0.00232777;RO=0;SAF=13,16;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00283308,-0.00253977;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:46:0:0:26,22:26,20:0.565217,0.434783:13,6:13,16:0:0:13,6:13,14:0:0 chr10 46999198 . G T 223.12 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0135928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.673;QD=18.9888;RBI=0.02467;REFB=-0.0213982;REVB=-0.0205875;RO=25;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301278;STB=0.678316;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0269807;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:5:16:12:13:5:17:12:13 chr10 46999465 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0096153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.813;QD=17.8396;RBI=0.0163707;REFB=-0.0337302;REVB=0.0132493;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069643;STB=0.539717;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0305056;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:4:10:9:5:4:10 chr10 46999484 . G T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0466925;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.832;QD=12.73;RBI=0.0469745;REFB=-0.00650475;REVB=0.00513957;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225785;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00949565;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:5:7:7:2:5:7 chr10 46999577 . G T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0504891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.548;QD=28.524;RBI=0.115599;REFB=-0.022127;REVB=0.10399;RO=6;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426433;STB=0.523777;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00975016;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:4:11:4:2:4:11:4:2 chr10 46999596 . G A 279.35 PASS AF=0.774194;AO=22;DP=29;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00740163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0733;QD=36.0456;RBI=0.0970345;REFB=-0.0699947;REVB=0.0967518;RO=7;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166102;STB=0.521721;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0263288;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:29:31:7:7:22:24:0.774194:7:15:5:2:9:15:5:2 chr10 46999604 . A G 476.64 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091794;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.995;QD=59.5801;RBI=0.142171;REFB=0;REVB=0.141875;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593664;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:23:32:1:4:19:0:0:13:19:0:0 chr10 46999732 . G A 749.67 PASS AF=0.5;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00258526;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.417;QD=20.539;RBI=0.00296363;REFB=-0.0125815;REVB=0.00144899;RO=72;SAF=32;SAR=41;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018241;STB=0.506941;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0125048;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:72:73:73:73:0.5:41:32:33:39:41:32:33:40 chr10 46999747 . T C 693.55 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=9.11383e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.032;QD=18.0142;RBI=0.00521707;REFB=-0.0216791;REVB=-0.00521628;RO=79;SAF=33;SAR=40;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856299;STB=0.510612;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0176695;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:81:73:73:0.474026:40:33:35:44:40:33:35:46 chr10 46999922 . G T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00878485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.376;QD=25.2766;RBI=0.0175828;REFB=-0.0126851;REVB=0.015231;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263955;STB=0.514691;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00614653;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:4:8:12:7:4:8 chr10 47000004 . T C 538.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4895;QD=59.8151;RBI=0.0267691;REFB=0;REVB=0.00768957;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467212;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr10 47000071 . G A 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00166761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.553;QD=14.1944;RBI=0.0235596;REFB=0.00136717;REVB=-0.0235005;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.599913;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00396591;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:18:14:14:9:18:14 chr10 47000079 . T C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0303935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.85;QD=22.5343;RBI=0.0329168;REFB=-0.031056;REVB=-0.0126393;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144932;STB=0.57995;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0221952;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:9:15:14:18:9:15 chr10 47000146 . C T 351.66 PASS AF=0.608696;AO=25;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00455427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.463;QD=30.5787;RBI=0.00471683;REFB=-0.0983344;REVB=-0.00122763;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276568;STB=0.630047;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0379849;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:46:46:12:13:25:28:0.608696:11:14:1:11:12:16:2:11 chr10 47000188 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.018;QD=55.0981;RBI=0.00910646;REFB=0;REVB=0.00540606;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20209e-05;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr10 47000239 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00844392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.625;QD=24.493;RBI=0.0391991;REFB=-0.00502546;REVB=0.0382789;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176686;STB=0.598332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00454285;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:10:5:12:9:10:5 chr10 47000321 . G A 872.89 PASS AF=0.567376;AO=80;DP=140;FAO=80;FDP=141;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00241305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.89;QD=24.7627;RBI=0.0205856;REFB=-0.012216;REVB=0.0204437;RO=60;SAF=41;SAR=39;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690388;STB=0.54079;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0109372;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:60:61:80:80:0.567376:39:41:36:24:39:41:37:24 chr10 47000366 . C G 1012.77 PASS AF=0.582822;AO=95;DP=162;FAO=95;FDP=163;FR=.;FRO=68;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0357794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3781;QD=24.8533;RBI=0.0550891;REFB=-0.00600032;REVB=0.0418885;RO=66;SAF=54;SAR=41;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527448;STB=0.533734;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00285051;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:66:68:95:95:0.582822:41:54:42:24:41:54:44:24 chr10 47000374 . T C 1020.08 PASS AF=0.59375;AO=94;DP=160;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.00794492;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.702;QD=25.502;RBI=0.0090403;REFB=-0.0131426;REVB=-0.00431337;RO=65;SAF=54;SAR=40;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316927;STB=0.515251;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00905485;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:65:65:94:95:0.59375:40:54:40:25:40:55:40:25 chr10 47000381 . T C 2478.76 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350223;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.961;QD=61.5842;RBI=0.0303918;REFB=0;REVB=0.0301893;RO=0;SAF=100;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49753e-05;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:60:100:0:0:61:100:0:0 chr10 47000426 . T C 2517.09 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6056;QD=61.3925;RBI=0.0554315;REFB=0;REVB=0.0240913;RO=0;SAF=94;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256326;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:155:164:0:0:155:164:1:61:94:0:0:66:98:0:0 chr10 47000487 . G A 725.72 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00505305;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.116;QD=22.1593;RBI=0.0118081;REFB=-0.0175082;REVB=0.0106722;RO=60;SAF=44;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979835;STB=0.558207;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0116821;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:61:70:70:0.534351:26:44:31:29:26:44:31:30 chr10 47000547 . G T 374.41 PASS AF=0.512821;AO=34;DP=72;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00243641;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.034;QD=19.2007;RBI=0.007806;REFB=0.00159562;REVB=0.00741603;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149684;STB=0.616048;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000328639;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:37:38:34:40:0.512821:13:21:17:20:13:27:17:21 chr10 47000728 . T C 451.91 PASS AF=0.480392;AO=46;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00861403;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.067;QD=17.722;RBI=0.0165166;REFB=-0.0238235;REVB=-0.0140924;RO=56;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112486;STB=0.551;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0258601;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:53:46:49:0.480392:21:25:24:32:22:27:24:29 chr10 47000863 . A G 1537.26 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047703;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.06;QD=59.6993;RBI=0.059705;REFB=0;REVB=0.0359042;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182557;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:102:103:1:65:37:0:0:65:38:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1504.15 PASS AF=0.43,0.57;AO=43,54;DP=97;FAO=43,57;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=19,18;FSAR=24,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138705,-0.00923789;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.4611,174.672;QD=60.1662;RBI=0.014664,0.0103372;REFB=0,0;REVB=0.00475832,0.00463891;RO=0;SAF=19,16;SAR=24,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.22487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0116127,0.0195333;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:97:100:0:0:43,54:43,57:0.43,0.57:24,38:19,16:0:0:24,39:19,18:0:0 chr10 47000898 . C T 452.2 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0305722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.896;QD=19.4494;RBI=0.0347534;REFB=-0.0253696;REVB=-0.0165271;RO=47;SAF=12;SAR=33;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209644;STB=0.613061;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0276236;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:33:12:22:25:33:12:22:26 chr10 47001032 . G A 253.92 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.019346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.785;QD=21.61;RBI=0.0269574;REFB=-0.0324863;REVB=-0.0187732;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148545;STB=0.594515;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0313715;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:9:15:10:12:9:15:10:13 chr10 47001098 . C T 157.69 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00111748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.329;QD=11.2632;RBI=0.015668;REFB=-0.014183;REVB=-0.0156281;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172652;STB=0.589199;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0260829;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:10:10:23:12:10:10:23:13 chr10 47001371 . C G 1578.34 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.322;QD=63.7715;RBI=0.0439098;REFB=0;REVB=0.0327587;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01599e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:96:99:1:53:43:0:0:55:44:0:0 chr10 47001409 . G A 402.44 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00263714;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.504;QD=12.1034;RBI=0.0146758;REFB=-0.00227638;REVB=0.0144369;RO=85;SAF=23;SAR=25;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116015;STB=0.566082;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00453442;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:85:85:48:48:0.360902:25:23:32:53:25:23:32:53 chr10 47001485 . A T 456.93 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.00809847;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=12.4334;RBI=0.014203;REFB=-0.00971731;REVB=-0.0116679;RO=94;SAF=21;SAR=32;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937724;STB=0.505351;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0229654;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:94:94:53:53:0.360544:32:21:38:56:32:21:38:56 chr10 47001504 . G T 475.28 PASS AF=0.38;AO=55;DP=149;FAO=57;FDP=150;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.0560511;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.212;QD=12.6742;RBI=0.0564136;REFB=-0.0114927;REVB=0.00638535;RO=94;SAF=18;SAR=37;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806364;STB=0.531357;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0172689;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:94:93:55:57:0.38:37:18:37:57:37:20:37:56 chr10 47001543 . C T 1080.11 PASS AF=0.674074;AO=91;DP=135;FAO=91;FDP=135;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0206952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.745;QD=32.0034;RBI=0.021901;REFB=-0.0155839;REVB=0.00716654;RO=42;SAF=33;SAR=58;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560132;STB=0.539526;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0043441;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:42:44:91:91:0.674074:58:33:19:23:58:33:21:23 chr10 47001786 . A C 272.36 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0075231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.282;QD=17.2928;RBI=0.00762877;REFB=-0.0200541;REVB=-0.00126533;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200941;STB=0.511271;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0175484;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:15:18:17:13:15:18 chr10 47001954 . C T 347.87 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-4.92649e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.122;QD=17.179;RBI=0.032706;REFB=-0.0268615;REVB=-0.032706;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107014;STB=0.52975;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0355901;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:40:44:37:37:0.45679:19:18:19:21:19:18:19:25 chr10 47001984 . G A 1181.19 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226708;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.108;QD=59.8069;RBI=0.0382882;REFB=-0.0882224;REVB=0.0308548;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636576;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr10 47002079 . T C 570.8 PASS AF=0.55102;AO=50;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00845113;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8314;QD=23.298;RBI=0.0618885;REFB=-0.0217105;REVB=0.0613088;RO=44;SAF=20;SAR=30;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279776;STB=0.520087;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0170924;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:50:54:0.55102:30:20:19:25:33:21:19:25 chr10 47002118 . T A 505.21 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00675067;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.435;QD=17.5724;RBI=0.0164505;REFB=-0.0238047;REVB=0.0150015;RO=59;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119779;STB=0.573886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0241358;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:59:61:54:54:0.469565:27:27:22:37:27:27:22:39 chr10 47002127 . T C,G 1692.54 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=108,4;DP=112;FAO=111,3;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=66,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331111,0.023911;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.656,130.149;QD=59.3873;RBI=0.0360232,0.0239786;REFB=0,0;REVB=0.014189,0.001799;RO=0;SAF=43,1;SAR=65,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.75032e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000160377,0.0352734;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:112:114:0:0:108,4:111,3:0.973684,0.0263158:65,3:43,1:0:0:66,2:45,1:0:0 chr10 47002135 . A G 617.31 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0333569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.521;QD=20.7499;RBI=0.060839;REFB=-0.00291168;REVB=-0.0508793;RO=57;SAF=23;SAR=39;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108537;STB=0.559789;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00291168;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:39:23:28:29:39:23:28:29 chr10 47002501 . T A 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0106746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.288;QD=19.5177;RBI=0.0513172;REFB=-0.0211605;REVB=0.0501947;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22462;STB=0.624913;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0151846;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:8:18:12:16:8:18 chr10 47002542 . C A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.94;QD=60.8832;RBI=0.0104125;REFB=0;REVB=0.00915345;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0704e-05;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr10 47002606 . G A 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0287313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5052;QD=19.718;RBI=0.0386234;REFB=-0.0207908;REVB=-0.0258124;RO=47;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243167;STB=0.513507;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0205504;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:27:18:20:27:27:18:20:27 chr10 47002617 . T C 449.76 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.018682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.216;QD=18.9373;RBI=0.0296764;REFB=-0.00631193;REVB=-0.023058;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553166;STB=0.535395;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00395115;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:24:21:20:29:24:21:20:30 chr10 47002724 . G A 349.84 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0147047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2402;QD=17.7136;RBI=0.0228004;REFB=-0.0151523;REVB=0.017425;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270359;STB=0.650863;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0197005;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:14:23:14:28:14:23:14:28 chr10 47002757 . A G 901.83 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0492923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1975;QD=55.497;RBI=0.0520389;REFB=0.118608;REVB=0.0166829;RO=2;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269523;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000777345;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:65:2:1:60:64:0.984615:34:26:0:2:35:29:0:1 chr10 47002792 . T C 154.44 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00651195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.657;QD=9.08442;RBI=0.0219995;REFB=-0.0277302;REVB=-0.0210136;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291144;STB=0.517225;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.037224;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:12:9:19:28:12:9:19:28 chr10 47002911 . A AC 571.14 PASS AF=1;AO=9;DP=74;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.593;QD=33.1094;RBI=0.184056;REFB=-0.00600682;REVB=-0.132204;RO=63;SAF=0;SAR=9;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00209038;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:74:69:69:0:36:33:0:0:11:63:0:9:39:24 chr10 47002917 . T C 836.8 PASS AF=0.9;AO=57;DP=64;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0129989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7902;QD=47.8173;RBI=0.0130662;REFB=0.0194554;REVB=-0.00132457;RO=7;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111414;STB=0.557359;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00186993;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:64:70:7:7:57:63:0.9:26:31:0:7:27:36:0:7 chr10 47002937 . A G 240.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0291277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6562;QD=12.3329;RBI=0.0502757;REFB=-0.00902836;REVB=-0.0409783;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299822;STB=0.517229;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.014481;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:15:14:25:24:15:14:25:24 chr10 47002942 . C G 246.86 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0628155;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5223;QD=13.5267;RBI=0.0770601;REFB=0.00117975;REVB=-0.0446372;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683225;STB=0.51039;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00216096;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:44:29:29:0.39726:14:15:22:20:14:15:22:22 chr10 47003115 . C T 488.1 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0616956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.569;QD=16.8312;RBI=0.0627664;REFB=-0.00309501;REVB=-0.0115444;RO=63;SAF=14;SAR=39;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276175;STB=0.654815;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00424382;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:39:14:33:30:39:14:33:30 chr10 47003177 . A G 240.56 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.001016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.021;QD=12.1803;RBI=0.00540652;REFB=-0.0181294;REVB=-0.0053102;RO=50;SAF=9;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197901;STB=0.614443;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0216921;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:20:9:24:26:20:9:24:26 chr10 47003215 . T C 141.06 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0102638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.149;QD=7.94679;RBI=0.0106039;REFB=0.000617469;REVB=-0.00266426;RO=51;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948314;STB=0.556905;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00144465;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:11:9:27:24:11:9:27:24 chr10 47003229 . C G 110.62 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0264806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.455;QD=6.41267;RBI=0.0265617;REFB=-0.00851047;REVB=0.00207318;RO=51;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965908;STB=0.566931;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0585101;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:52:17:17:0.246377:10:7:25:26:10:7:26:26 chr10 47003250 . C T 103.37 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00433891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.284;QD=6.17125;RBI=0.00838668;REFB=-0.00194831;REVB=0.00717707;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767545;STB=0.555071;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00586144;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:50:51:16:16:0.238806:9:7:25:25:9:7:26:25 chr10 47003615 . C T 636.94 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00179144;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.408;QD=27.6928;RBI=0.0144356;REFB=-0.00843072;REVB=-0.014324;RO=36;SAF=30;SAR=26;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143477;STB=0.50781;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00516991;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:36:36:56:56:0.608696:26:30:20:16:26:30:20:16 chr10 47003896 . C T 371.0 PASS AF=0.5;AO=37;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0222941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.227;QD=19.0256;RBI=0.0223287;REFB=-0.00422447;REVB=-0.00124136;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466771;STB=0.538391;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00659582;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:37:39:0.5:19:18:17:22:19:20:17:22 chr10 47004068 . T C 395.75 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00101562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.318;QD=17.7867;RBI=0.0141023;REFB=-0.0250975;REVB=-0.0140657;RO=47;SAF=27;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168589;STB=0.58961;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0265894;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:48:41:41:0.460674:14:27:23:24:14:27:24:24 chr10 47004182 . G A 898.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00685996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.6744;QD=56.1773;RBI=0.0309798;REFB=-0.0545198;REVB=0.0302108;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000702006;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:1:0 chr10 47004217 . T C 325.32 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0104013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.813;QD=22.4359;RBI=0.0184227;REFB=-0.00597816;REVB=0.0152055;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210163;STB=0.516768;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00452171;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:20:12:10:15:21:12:10:15 chr10 47004355 . C CA 170.15 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=4.54766e-05;FXX=0.0232504;HRUN=0;LEN=1;MLLD=242.055;QD=16.2045;RBI=0.00221509;REFB=-0.0109535;REVB=-0.00221462;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176619;STB=0.508012;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=0.0156443;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:18:44:18:42:24:8:10:11:13:99:26:8:10:12:14 chr10 47004362 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00449527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.602;QD=15.6193;RBI=0.0364529;REFB=-0.010293;REVB=0.0361746;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454262;STB=0.502615;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0105992;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:11:14:10:8:11:14 chr10 47004463 . G A 137.13 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.036974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.381;QD=8.70668;RBI=0.0370388;REFB=-0.00281478;REVB=-0.00219046;RO=44;SAF=3;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356497;STB=0.667821;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00543517;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:44:18:19:0.301587:15:3:18:26:15:4:18:26 chr10 47004633 . CA TG 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0109564;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.659;QD=12.4824;RBI=0.0113367;REFB=-0.00148402;REVB=-0.00291152;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851185;STB=0.54992;STBP=0.768;TYPE=mnp;VARB=0.00250466;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:5:14:8:4:5:14 chr10 47004702 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0130255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0208;QD=11.8142;RBI=0.052204;REFB=0.0104712;REVB=-0.0505529;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290827;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0508319;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:13:10:6:7:13:10 chr10 47004971 . A G 167.45 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00254659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.334;QD=12.8804;RBI=0.015997;REFB=-0.0202327;REVB=0.015793;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142402;STB=0.566864;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0284487;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:32:19:20:0.384615:9:10:21:11:9:11:21:11 chr10 47004994 . A G 96.33 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0201714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.618;QD=12.0418;RBI=0.0235751;REFB=-0.0292167;REVB=-0.0122024;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220102;STB=0.613216;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0407387;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:7:5:12:7:7:5:12:8 chr10 47005224 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00543252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.692;QD=17.8275;RBI=0.03158;REFB=-0.0120136;REVB=-0.0311092;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00996785;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:5:6:6:6:5:6 chr10 47005267 . C T 130.38 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00988721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.317;QD=13.372;RBI=0.0116239;REFB=0.00137557;REVB=0.00611208;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146586;STB=0.596484;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00653869;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:14:9:8:7:15:9 chr10 47005466 . C T 1136.45 PASS AF=0.64;AO=96;DP=150;FAO=96;FDP=150;FR=.;FRO=54;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00669941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.963;QD=30.3052;RBI=0.0288013;REFB=-0.010962;REVB=-0.0280113;RO=51;SAF=58;SAR=38;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367789;STB=0.524995;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00836816;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:51:54:96:96:0.64:38:58:28:23:38:58:29:25 chr10 47005504 . T C 544.01 PASS AF=0.363128;AO=65;DP=177;FAO=65;FDP=179;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=44;FWDB=-0.019097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.845;QD=12.1567;RBI=0.0305429;REFB=-0.0178492;REVB=-0.0238363;RO=112;SAF=37;SAR=28;SRF=69;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537114;STB=0.52932;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0253775;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:112:114:65:65:0.363128:28:37:69:43:28:37:70:44 chr10 47005575 . C T 973.83 PASS AF=0.594771;AO=91;DP=153;FAO=91;FDP=153;FR=.;FRO=62;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00660564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.758;QD=25.4596;RBI=0.0147194;REFB=-0.00977319;REVB=0.013154;RO=62;SAF=49;SAR=42;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288171;STB=0.515637;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0113243;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:62:62:91:91:0.594771:42:49:31:31:42:49:31:31 chr10 47086915 . C T 894.15 PASS AF=0.399225;AO=102;DP=261;FAO=103;FDP=258;FR=.;FRO=155;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=80;FSRR=75;FWDB=-0.00118627;FXX=0.0152666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.51;QD=13.8629;RBI=0.0124709;REFB=-0.00656176;REVB=0.0124144;RO=159;SAF=70;SAR=32;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182744;STB=0.604296;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0192497;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:258:159:155:102:103:0.399225:32:70:84:75:33:70:80:75 chr10 47086978 . G A 995.02 PASS AF=0.425703;AO=106;DP=249;FAO=106;FDP=249;FR=.;FRO=143;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.0232879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.802;QD=15.9843;RBI=0.0244366;REFB=-0.000844603;REVB=0.00740425;RO=142;SAF=59;SAR=47;SRF=75;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294892;STB=0.514571;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00102031;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:142:143:106:106:0.425703:47:59:75:67:47:59:76:67 chr10 47087474 . C T 2300.91 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4546;QD=60.1545;RBI=0.039687;REFB=-0.179755;REVB=0.0377319;RO=1;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598343;STB=0.503144;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00292301;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:79:73:0:1:79:73:0:1 chr10 47087501 . C T 723.49 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0152676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.085;QD=20.3799;RBI=0.015845;REFB=-0.016141;REVB=-0.00423851;RO=71;SAF=29;SAR=42;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215245;STB=0.618463;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0145721;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:71:71:71:0.5:42:29:46:25:42:29:46:25 chr10 47087608 . T C 1873.81 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.27;QD=59.486;RBI=0.0183363;REFB=-0.0361979;REVB=0.0148537;RO=2;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017268;STB=0.504424;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000201976;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:2:1:123:125:0.992063:54:69:0:2:56:69:0:1 chr10 47087680 . C T 1734.43 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197351;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3307;QD=60.8571;RBI=0.0474401;REFB=0;REVB=0.0431403;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39085e-05;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr10 47087731 . C T 1118.49 PASS AF=0.88764;AO=79;DP=89;FAO=79;FDP=89;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0941753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0824;QD=50.2694;RBI=0.095772;REFB=-0.175389;REVB=-0.017415;RO=10;SAF=25;SAR=54;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156694;STB=0.583311;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0196214;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:89:89:10:10:79:79:0.88764:54:25:10:0:54:25:10:0 chr10 47087830 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.755;QD=57.1775;RBI=0.0504351;REFB=0;REVB=-0.00661121;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167294;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr10 47151642 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.6;QD=39.2068;RBI=0.0450713;REFB=0;REVB=0.0396653;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430184;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr10 47416908 . A G 8711.95 PASS AF=0.721649;AO=693;DP=970;FAO=700;FDP=970;FR=.;FRO=270;FSAF=403;FSAR=297;FSRF=119;FSRR=151;FWDB=-0.00228671;FXX=0.00205759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.393;QD=35.9255;RBI=0.0953328;REFB=-0.010386;REVB=0.0953054;RO=270;SAF=403;SAR=290;SRF=119;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751745;STB=0.538008;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0029579;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:970:970:270:270:693:700:0.721649:290:403:119:151:297:403:119:151 chr10 47911590 . GT AG 127.72 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120463;FXX=0.214133;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.048;QD=46.4443;RBI=0.0125415;REFB=0;REVB=-0.00348961;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000348173;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr10 48370595 . G A 336.6 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0491337;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9396;QD=13.2;RBI=0.0530652;REFB=-0.0333928;REVB=0.0200449;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116155;STB=0.578393;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.046486;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:59:62:40:40:0.392157:20:20:23:36:20:20:23:39 chr10 49420008 . T C 229.78 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=-0.0336702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1696;QD=12.4204;RBI=0.0469549;REFB=-0.0118166;REVB=0.0327274;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331135;STB=0.686143;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0225787;OID=.;OPOS=49420008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:38:8:13:15:38:8 chr10 49440168 . C T 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00974329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.51;QD=16.2355;RBI=0.0110185;REFB=-0.00171011;REVB=-0.00514548;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274276;STB=0.509245;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00213683;OID=.;OPOS=49440168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:18:22:30:22:18:22:30:23 chr10 49457202 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0289656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.813;QD=12.8691;RBI=0.0346426;REFB=-0.0105882;REVB=-0.0190027;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168018;STB=0.597307;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0154127;OID=.;OPOS=49457202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:14:7:16:17:14:7:16:17 chr10 49457214 . C T 164.14 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00759633;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.672;QD=12.388;RBI=0.00963338;REFB=-0.00487572;REVB=0.00592434;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150203;STB=0.587337;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0134045;OID=.;OPOS=49457214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:16:17:13:7:16:17 chr10 49459610 . G A 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00313511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.194;QD=11.7613;RBI=0.0126475;REFB=-0.0158333;REVB=0.0122528;RO=57;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165302;STB=0.509548;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.022193;OID=.;OPOS=49459610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:20:11:21:36:20:11:21:36 chr10 49617960 . C T 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0157195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.279;QD=10.8313;RBI=0.0236946;REFB=-0.00329503;REVB=-0.0177294;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117149;STB=0.56785;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00742867;OID=.;OPOS=49617960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:12:14:32:18:12:14:32:18 chr10 49658788 . T C 667.82 PASS AF=0.435294;AO=74;DP=170;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0239605;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7193;QD=15.7134;RBI=0.0989101;REFB=-0.0348254;REVB=-0.095964;RO=92;SAF=39;SAR=35;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026949;STB=0.503506;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0292038;OID=.;OPOS=49658788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:92:96:74:74:0.435294:35:39:46:46:35:39:50:46 chr10 49659083 . GC G,GG 694.21 PASS AF=0.7875,0.2125;AO=49,17;DP=81;FAO=63,17;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51,1;FSAR=12,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666849,0.0481889;FXX=0.0243873;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.0426,20.4719;QD=34.7105;RBI=0.242527,0.219216;REFB=0,0;REVB=0.23318,0.213853;RO=13;SAF=44,1;SAR=5,16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.284638,-0.605217;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0210632,-0.0270444;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7875,0.2125:49,17:81:63,17:80:0:51,1:12,16:0:0:90:13:44,1:5,16:7:6 chr10 49659559 . C T 775.29 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.522;QD=62.0233;RBI=0.0588224;REFB=-0.0484131;REVB=0.0123966;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255377;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:50:1:0:48:50:1:24:24:1:0:24:26:0:0 chr10 49659637 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00859741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.163;QD=12.2128;RBI=0.0565187;REFB=-0.00712352;REVB=-0.0558609;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154159;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00781797;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:7:6:10:11:7:6:11:11 chr10 49667795 . T C 1212.36 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183117;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.491;QD=61.3851;RBI=0.029956;REFB=0;REVB=0.0237074;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5553e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr10 49687800 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=354.205;QD=51.9167;RBI=0.0402302;REFB=0;REVB=0.0192001;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111907;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr10 49998780 . G A 541.86 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0124307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.156;QD=20.8409;RBI=0.0441957;REFB=-0.0144464;REVB=0.0424116;RO=48;SAF=22;SAR=33;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597117;STB=0.536572;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00865828;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:49:55:55:0.528846:33:22:16:32:33:22:16:33 chr10 50004372 . C T 462.71 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.00323708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2736;QD=14.8068;RBI=0.06556;REFB=-0.0014452;REVB=-0.06548;RO=72;SAF=20;SAR=32;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14996;STB=0.580694;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00118276;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:73:52:52:0.416:32:20:38:34:32:20:38:35 chr10 50013402 . T C 934.13 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031702;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.485;QD=58.383;RBI=0.0317578;REFB=0;REVB=-0.00188088;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686613;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr10 50025396 . G A 972.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.241;QD=58.9566;RBI=0.0415783;REFB=0;REVB=-0.00621687;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50379e-05;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr10 50038800 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.676;QD=58.6486;RBI=0.0321611;REFB=-0.0123281;REVB=0.0267346;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000389636;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:0:1:20:20:0:1 chr10 50083111 . T C 1365.7 PASS AF=0.933333;AO=98;DP=105;FAO=98;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0287385;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6947;QD=52.0268;RBI=0.0305239;REFB=-0.0655356;REVB=0.0102862;RO=5;SAF=45;SAR=53;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130173;STB=0.507522;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00417435;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:105:105:5:7:98:98:0.933333:53:45:3:2:53:45:4:3 chr10 50109902 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9547;QD=63.5826;RBI=0.0202738;REFB=0;REVB=0.00318923;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268815;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr10 50121784 . T C 1509.96 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1538;QD=63.5774;RBI=0.0441276;REFB=0;REVB=0.0433875;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187862;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr10 50122181 . C A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.666;QD=59.6792;RBI=0.00731659;REFB=0;REVB=-0.00289217;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01068e-05;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr10 50227785 . T C 1216.49 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.098;QD=60.8247;RBI=0.0450011;REFB=0;REVB=0.024004;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146707;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr10 50339925 . G A 72.91 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0504666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2937;QD=20.8319;RBI=0.111051;REFB=-0.016793;REVB=0.098922;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536388;STB=0.815495;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0111259;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:4:1:8:1:4:1 chr10 50340304 . C A 223.52 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0110664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.419;QD=14.9012;RBI=0.0140464;REFB=-0.0117058;REVB=-0.00865086;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125926;STB=0.571374;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0213374;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:20:14:14:12:20:14 chr10 50341954 . A G 255.69 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0280803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.385;QD=11.1168;RBI=0.039858;REFB=-0.0190384;REVB=-0.028287;RO=59;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159457;STB=0.593711;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0277364;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:61:31:31:0.336957:20:11:29:30:20:11:30:31 chr10 50374819 . T C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000884739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0004;QD=19.1552;RBI=0.0227064;REFB=-0.0226436;REVB=0.0226892;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420279;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0266498;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:12:11:11:10:12:11 chr10 50531604 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8014;QD=59.0174;RBI=0.0237391;REFB=0;REVB=0.00974269;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360252;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr10 50532588 . C G 124.88 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0062072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.424;QD=17.8396;RBI=0.0124373;REFB=-0.0116751;REVB=-0.0107776;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333238;STB=0.673038;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0218647;OID=.;OPOS=50532588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:14:14:12:14:0.5:5:7:3:11:6:8:3:11 chr10 50532683 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0501;QD=36.3479;RBI=0.0288555;REFB=0.00145743;REVB=0.0139714;RO=1;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292301;STB=0.666293;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00220746;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:10:1:1:0:10:1:1:0 chr10 50532812 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0190673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.991;QD=12.1823;RBI=0.0254765;REFB=-0.0140703;REVB=0.0168964;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967205;STB=0.558016;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0168556;OID=.;OPOS=50532812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:11:4:2:8:11:4 chr10 50533463 . T A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0303123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.3;QD=17.4014;RBI=0.0410017;REFB=-0.0198643;REVB=-0.02761;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288901;STB=0.669263;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.018785;OID=.;OPOS=50533463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:8:5:2:11:8:5 chr10 50533617 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7182;QD=47.8216;RBI=0.0612189;REFB=0;REVB=-0.00243379;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130297;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 50534350 . G A 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.012395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2204;QD=18.4806;RBI=0.0126301;REFB=-0.024085;REVB=0.00242593;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272284;STB=0.654385;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0210621;OID=.;OPOS=50534350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:14:7:12:7:14:7 chr10 50534862 . T C 782.52 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=60;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.0150623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.882;QD=20.458;RBI=0.016045;REFB=-0.0111035;REVB=0.00552888;RO=74;SAF=19;SAR=60;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109461;STB=0.560374;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00992875;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:74:74:79:79:0.51634:60:19:25:49:60:19:25:49 chr10 50535186 . C T 641.28 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=32;FWDB=0.0553936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.836;QD=28.8215;RBI=0.0566241;REFB=-0.0240611;REVB=0.0117404;RO=33;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265868;STB=0.642679;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0154752;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:56:56:0.629213:36:20:1:32:36:20:1:32 chr10 50678231 . ATTTTTTG AATTTTTG,ATTTTT,ATTTTTG 275.04 PASS AF=0.0144928,0,0.869565;AO=6,9,20;DP=69;FAO=1,0,60;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=1,0,36;FSAR=0,0,24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.180291,-0.0109308,0.192994;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=18.262,60.6506,7.91925;QD=15.9442;RBI=0.181003,0.0246628,0.286591;REFB=-0.0567467,-0.0213298,-0.128886;REVB=0.0160375,0.0221081,0.211868;RO=29;SAF=1,8,16;SAR=5,1,4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.491525,0.491525;SSSB=-0.43483,0.514082,0.341043;STB=0.991208,0.5,0.527264;STBP=0.288,1,0.221;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00285801,0,0.128372;OID=.,.,.;OPOS=50678232,50678237,50678232;OREF=T,TG,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=AATTTTTG,ATTTTT,ATTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0144928,0,0.869565:6,9,20:69:1,0,60:69:8:1,0,36:0,0,24:3:5:17:29:1,8,16:5,1,4:15:14 chr10 50678317 . C G 429.72 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0106219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.972;QD=16.6882;RBI=0.0116526;REFB=-0.0279561;REVB=0.00479161;RO=55;SAF=17;SAR=30;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202272;STB=0.507792;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0227162;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:30:17:20:35:30:17:21:35 chr10 50678820 . A G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00972957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.629;QD=14.2309;RBI=0.0109495;REFB=-5.73909e-05;REVB=-0.00502269;RO=36;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255939;STB=0.501457;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000105537;OID=.;OPOS=50678820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:18:8:11:25:18:8:11:25 chr10 50681033 . G A 301.15 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0138469;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.155;QD=16.0613;RBI=0.0139671;REFB=-0.00423872;REVB=-0.00182825;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140868;STB=0.585606;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00602303;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:33:34:0.453333:20:13:21:18:21:13:22:19 chr10 50723684 . G A 1419.02 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121076;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.425;QD=62.3746;RBI=0.0129592;REFB=0;REVB=0.00462029;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7444e-05;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:89:91:1:46:43:0:0:46:45:0:0 chr10 50724016 . C T 816.67 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.242;QD=57.31;RBI=0.00250301;REFB=0;REVB=6.05541e-05;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93565e-06;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr10 50732280 . C T 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0311155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.727;QD=22.0715;RBI=0.0767482;REFB=-0.0270377;REVB=0.0701577;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200571;STB=0.610591;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0236987;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:17:14:17:7:17:14:17:7 chr10 50740876 . G C 177.06 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0344376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.012;QD=14.4538;RBI=0.0350135;REFB=0.00319421;REVB=0.00632473;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916266;STB=0.576843;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00665987;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:18:19:0.387755:9:9:17:12:10:9:18:12 chr10 50819182 . T C 366.45 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0100114;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.05;QD=16.1077;RBI=0.0295762;REFB=-0.0178265;REVB=-0.0278303;RO=53;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114301;STB=0.562082;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0239287;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:52:38:39:0.428571:18:20:22:31:19:20:21:31 chr10 50820345 . C A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.902;QD=59.6784;RBI=0.0539834;REFB=0;REVB=0.0130028;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91003e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr10 50820424 . G T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.014851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2191;QD=16.0642;RBI=0.0272647;REFB=-0.0129095;REVB=0.0228651;RO=31;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628721;STB=0.535627;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0110702;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:19:7:10:21:19:7:10:21 chr10 50820693 . G T 452.25 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.01249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.89;QD=19.4518;RBI=0.0124903;REFB=-0.0185927;REVB=-8.09916e-05;RO=48;SAF=33;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221639;STB=0.623929;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0222805;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:12:33:25:23:12:33:25:23 chr10 50822376 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.014626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.243;QD=10.0338;RBI=0.0177886;REFB=-0.0396404;REVB=-0.010125;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0713337;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr10 50856652 . G A 412.73 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000750093;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.168;QD=56.928;RBI=0.02217;REFB=0;REVB=0.0221573;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42027e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 50863147 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.918;QD=62.3146;RBI=0.0047637;REFB=0;REVB=0.00444813;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30644e-06;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:44:41:0:0:44:42:0:0 chr10 50911075 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0111384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.57;QD=19.1785;RBI=0.0369617;REFB=-0.0334037;REVB=-0.0352435;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202754;STB=0.616252;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0196721;OID=.;OPOS=50911075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:5:6:4:9:5:6 chr10 50916484 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.797;QD=63.8719;RBI=0.0268713;REFB=0;REVB=-0.0147071;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59515e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr10 50916542 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.000847447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.581;QD=12.3388;RBI=0.00147863;REFB=-0.0148715;REVB=0.00121168;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237534;STB=0.636253;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0189166;OID=.;OPOS=50916542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:14:25:10:14:14:25 chr10 50942763 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5773;QD=57.2364;RBI=0.0370336;REFB=0;REVB=-0.0338873;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451023;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr10 50960209 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.289;QD=60.9786;RBI=0.035651;REFB=0;REVB=0.0348962;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81596e-05;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr10 51051653 . T C 186.66 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0418485;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.708;QD=13.8263;RBI=0.0454263;REFB=-0.00145601;REVB=-0.0176706;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947294;STB=0.563701;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00340689;OID=.;OPOS=51051653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:32:22:22:0.407407:10:12:15:18:10:12:14:18 chr10 51051663 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00797186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4121;QD=22.3225;RBI=0.0172162;REFB=-0.0333569;REVB=0.0152593;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771863;STB=0.542685;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0190384;OID=.;OPOS=51051663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:13:10:16:14:13:10 chr10 51465552 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.944;QD=51.1846;RBI=0.0111353;REFB=0;REVB=0.00118928;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44497e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr10 51549545 . G C,T 660.19 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=2,38;DP=40;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674754,0.00901071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.905,160.69;QD=61.4128;RBI=0.0311389,0.0508768;REFB=0,0;REVB=-0.030399,0.0500725;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.069115,1.78079e-05;OID=.,.;OPOS=51549545,51549545;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:43:0:0:2,38:1,42:0.0232558,0.976744:2,23:0,15:0:0:1,25:0,17:0:0 chr10 51568378 . T G 501.81 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=107;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0132469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.899;QD=18.5856;RBI=0.0155631;REFB=-0.0197767;REVB=0.00816866;RO=55;SAF=18;SAR=34;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106676;STB=0.551603;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0196281;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:55:52:53:0.490741:34:18:25:30:34:19:25:30 chr10 51623147 . C T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0644263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7018;QD=14.3326;RBI=0.0736099;REFB=0.0214607;REVB=0.0356044;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400842;STB=0.729911;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0153736;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:9:1:5:4:9:1 chr10 51623174 . C A 41.93 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0314452;FXX=0.0832639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.702;QD=15.249;RBI=0.0423511;REFB=-0.0118903;REVB=0.0283692;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354507;STB=0.805371;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0376771;OID=.;OPOS=51623174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:11:11:3:5:6:6:0.545455:5:1:2:1:5:1:4:1 chr10 51623866 . A G 108.78 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.962;QD=36.2586;RBI=0.059033;REFB=-0.0339315;REVB=0.0161869;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00442818;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:7:3:1:0:7:4:1:0 chr10 51631812 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0132579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1627;QD=14.6525;RBI=0.0336636;REFB=-0.0180503;REVB=0.0309429;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0191387;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:1:4:3:3:1:4 chr10 51748684 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0309859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.479;QD=19.4011;RBI=0.0327724;REFB=-0.00274178;REVB=0.0106725;RO=38;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153353;STB=0.585539;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00352015;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:12:26:20:18:12:26:20:18 chr10 51827763 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.512;QD=60.2299;RBI=0.0507997;REFB=0;REVB=0.0383875;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211857;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr10 52002980 . T G 164.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00523192;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.002;QD=12.3852;RBI=0.0170458;REFB=-0.00946745;REVB=0.016223;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202615;STB=0.626741;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0114897;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:33:20:20:0.377358:12:8:20:14:12:8:20:13 chr10 52005153 . A G 367.31 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00193523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.166;QD=19.0809;RBI=0.00195262;REFB=-0.0339587;REVB=0.00026001;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634995;STB=0.547977;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0324658;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:37:38:0.493506:15:22:20:18:15:23:20:19 chr10 52103707 . A G 396.35 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0139265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.266;QD=12.7856;RBI=0.0140251;REFB=-0.0104392;REVB=0.00166021;RO=76;SAF=31;SAR=16;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123299;STB=0.575085;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0189717;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:77:47:47:0.379032:16:31:42:34:16:31:42:35 chr10 54053817 . C T 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.275;QD=59.5368;RBI=0.014025;REFB=0.0550134;REVB=0.000721556;RO=1;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000518213;OID=.;OPOS=54053817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:32:46:0:1:32:46:0:1 chr10 54405572 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.72;QD=58.1416;RBI=0.0162478;REFB=0;REVB=0.012341;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127128;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr10 54528266 . G C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.017945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.412;QD=17.9407;RBI=0.0285832;REFB=-0.00702091;REVB=-0.0222481;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280577;STB=0.658075;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00988113;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:17:5:10:9:17:5 chr10 55568972 . T G 276.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0203274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.247;QD=13.3047;RBI=0.0310519;REFB=-0.0218968;REVB=0.0234738;RO=51;SAF=6;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399039;STB=0.730947;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0420241;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:26:6:26:25:26:6:26:25 chr10 55582674 . C A 272.89 PASS AF=0.648649;AO=15;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0039656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.687;QD=29.5021;RBI=0.181312;REFB=-0.0543259;REVB=0.181268;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121067;STB=0.603685;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0379777;OID=.;OPOS=55582674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:15:24:0.648649:8:7:8:5:16:8:8:5 chr10 55949151 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.181;QD=62.3506;RBI=0.0242749;REFB=0;REVB=-0.0218876;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44487e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr10 55955444 . T G 906.37 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00389665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.624;QD=56.648;RBI=0.0179332;REFB=-0.0986596;REVB=0.0175048;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000507293;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:0:1:33:30:0:1 chr10 56335031 . A G 1041.71 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00611328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8935;QD=56.3087;RBI=0.0563623;REFB=-0.0374633;REVB=0.0560298;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262494;STB=0.513154;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000850476;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:74:2:2:70:72:0.972973:35:35:0:2:37:35:0:2 chr10 56335067 . A G 1351.85 PASS AF=0.941748;AO=98;DP=105;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0220766;FXX=0.0190458;HRUN=11;LEN=1;MLLD=229.281;QD=52.4991;RBI=0.0221432;REFB=-0.0921511;REVB=-0.00171641;RO=3;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093837;STB=0.510006;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000227984;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:103:3:6:98:97:0.941748:49:49:1:2:48:49:2:4 chr10 56345303 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.898;QD=62.0217;RBI=0.0203751;REFB=0;REVB=-0.000839165;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73286e-05;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr10 56345335 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.724;QD=58.2427;RBI=0.0251077;REFB=0.0997883;REVB=-0.00927478;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00215157;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:0:1:24:15:0:1 chr10 56423968 . A C 446.48 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0082902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.245;QD=18.0397;RBI=0.0180911;REFB=-0.015677;REVB=-0.0160798;RO=54;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865842;STB=0.548366;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0200684;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:24:21:30:24:24:21:30:24 chr10 57357632 . G A 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0706428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8594;QD=19.9911;RBI=0.102904;REFB=0.0144957;REVB=-0.0748256;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807409;STB=0.533303;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0235953;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:11:11:9:13:11:11:10:13 chr10 57358664 . C A 215.47 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0260905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.953;QD=13.0589;RBI=0.026302;REFB=-0.00741464;REVB=-0.00332835;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040757;STB=0.523346;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0115237;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:20:20:14:12:20:20 chr10 57358667 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.88;QD=58.9627;RBI=0.0096497;REFB=0;REVB=-0.00371226;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67267e-06;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr10 57359697 . C T 211.59 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000114193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.937;QD=19.6825;RBI=0.0579143;REFB=1.4394e-05;REVB=-0.0579142;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872148;STB=0.539133;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00126164;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:10:11:13:8:10:12 chr10 57359819 . T C 273.23 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0342582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3508;QD=18.5237;RBI=0.0344269;REFB=-0.00695856;REVB=0.0034037;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462645;STB=0.542345;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0122985;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:28:30:0.508475:15:13:12:17:15:15:12:17 chr10 58118630 . T C 1149.77 PASS AF=0.975;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0477997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3958;QD=57.4884;RBI=0.051411;REFB=-0.058901;REVB=0.0189282;RO=1;SAF=29;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160347;STB=0.502673;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000761858;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:80:1:2:75:78:0.975:46:29:1:0:47:31:1:1 chr10 58119856 . G A 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0125989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.911;QD=22.3404;RBI=0.0130397;REFB=0.00258166;REVB=0.00336141;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00350058;OID=.;OPOS=58119856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:10:4:10:8:10:4 chr10 58120988 . C A 396.01 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0331299;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.894;QD=17.0328;RBI=0.034518;REFB=-0.00585039;REVB=-0.00969046;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839594;STB=0.547058;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00703316;OID=.;OPOS=58120988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:52:52:41:41:0.44086:21:20:21:31:21:20:21:31 chr10 59956041 . C T 599.97 PASS AF=0.574468;AO=53;DP=95;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00279375;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7622;QD=25.5306;RBI=0.00759593;REFB=-0.0127371;REVB=0.00706351;RO=40;SAF=26;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741227;STB=0.507884;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0215726;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:40:40:53:54:0.574468:27:26:20:20:28:26:20:20 chr10 61005244 . G C 1069.67 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000783122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2115;QD=57.049;RBI=0.0364896;REFB=-0.067926;REVB=0.0364811;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270097;STB=0.514282;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00229233;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:39:34:2:0:39:34:2:0 chr10 61122268 . T TTA 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602806;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.75;QD=51.1846;RBI=0.0603771;REFB=0;REVB=-0.00341281;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000342001;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:20:20:0:10:10:0:0:4:3:10:10:3:0 chr10 61414011 . G T 1171.0 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.167;QD=60.0512;RBI=0.0436306;REFB=0;REVB=0.0434618;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70147e-05;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:48:28:0:0:49:29:0:0 chr10 61549657 . AT A 644.0 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314807;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8161;QD=47.7034;RBI=0.0395578;REFB=0;REVB=0.0239537;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00129872;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:54:54:0:24:30:0:0:11:0:23:30:0:0 chr10 61551428 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.582;QD=56.1914;RBI=0.00738982;REFB=0;REVB=-0.00605141;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90437e-05;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr10 61552692 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.475;QD=58.4197;RBI=0.0146565;REFB=0;REVB=-0.004939;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04948e-05;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr10 61552774 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8405;QD=43.4861;RBI=0.0473116;REFB=0;REVB=0.0467697;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016066;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr10 61665886 . C A 2390.21 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.542;QD=64.1666;RBI=0.0425032;REFB=0;REVB=0.0267578;RO=0;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51224e-05;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:76:71:0:0:77:72:0:0 chr10 61719159 . C T 604.51 PASS AF=0.477273;AO=58;DP=127;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00840955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.2;QD=18.3184;RBI=0.0115292;REFB=-0.0205637;REVB=0.00788689;RO=69;SAF=34;SAR=24;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781565;STB=0.525416;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.017648;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:69:69:58:63:0.477273:24:34:35:34:28:35:35:34 chr10 61719232 . A AT 1026.12 PASS AF=1;AO=85;DP=92;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9997;QD=46.6419;RBI=0.135683;REFB=0;REVB=-0.0922737;RO=6;SAF=55;SAR=30;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000699793;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:92:88:88:0:55:33:0:0:19:6:55:30:4:2 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC 994.34 PASS AF=0.910256,0.0897436;AO=56,9;DP=80;FAO=71,7;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24,3;FSAR=47,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.083834,0.0257751;FXX=0.0249969;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.7804,9.47762;QD=50.9918;RBI=0.174873,0.0712369;REFB=0,0;REVB=-0.153468,-0.0664104;RO=2;SAF=18,4;SAR=38,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.422397,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0495407,-0.176689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0252421,-0.00431435;OID=.,.;OPOS=61841574,61841577;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.910256,0.0897436:56,9:80:71,7:78:0:24,3:47,4:0:0:25:2:18,4:38,5:2:0 chr10 63172694 . A G 362.88 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0237856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.396;QD=14.0922;RBI=0.035714;REFB=0.0164581;REVB=0.0266409;RO=61;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032369;STB=0.518301;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0123124;OID=.;OPOS=63172694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:24:18:28:33:24:18:28:33 chr10 63422754 . G GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA 2463.28 PASS AF=0,0.81982;AO=73,100;DP=243;FAO=0,182;FDP=222;FR=.;FRO=40;FSAF=0,91;FSAR=0,91;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0159336,0.0103653;FXX=0.0788349;HRUN=5,5;LEN=14,15;MLLD=306.414,317.797;QD=44.3835;RBI=0.0162647,0.0104824;REFB=-0.0304029,-0.0296526;REVB=-0.00326504,-0.00156233;RO=48;SAF=68,16;SAR=5,84;SRF=25;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.544916,-0.309108;STB=0.5,0.504504;STBP=1,0.773;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00815811;OID=.,.;OPOS=63422755,63422755;OREF=-,-;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.81982:73,100:243:0,182:222:40:0,91:0,91:19:21:99:48:68,16:5,84:25:23 chr10 63450379 . G A 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8333;QD=56.9965;RBI=0.0315167;REFB=0;REVB=0.0127148;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222474;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr10 63520698 . T C 1815.76 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00779238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.238;QD=58.5727;RBI=0.00790587;REFB=-0.0571752;REVB=-0.00133478;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.509676;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000188318;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:0:3:121:121:0.975806:76:45:0:0:76:45:0:3 chr10 63958112 . T C 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.636;QD=60.5384;RBI=0.0858658;REFB=0;REVB=0.0400219;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426254;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr10 63995983 . C T 1864.32 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.385;QD=61.1254;RBI=0.00951227;REFB=0;REVB=0.00912089;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152492;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:56:64:0:0:58:64:0:0 chr10 64000878 . T G 399.04 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.664;QD=55.0393;RBI=0.0297841;REFB=0;REVB=0.0196787;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444845;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr10 64110037 . C T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000743886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.338;QD=29.1641;RBI=0.0232976;REFB=0.0537252;REVB=0.0232857;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0125565;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:1:2:7:4:1:2 chr10 64159333 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.824;QD=23.2183;RBI=0.0358942;REFB=-0.023589;REVB=-0.0316037;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00281956;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr10 64415184 . A G 1723.63 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782669;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.181;QD=60.4781;RBI=0.0814642;REFB=-0.0367744;REVB=0.022599;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243131;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr10 64566258 . C T 153.43 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00449247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3581;QD=21.9188;RBI=0.0189842;REFB=0.0311675;REVB=-0.018445;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172863;STB=0.597225;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0264645;OID=.;OPOS=64566258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:8:4:9:7:8:4 chr10 64566572 . T C 147.26 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.028138;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.741;QD=16.3623;RBI=0.0289545;REFB=-0.000661471;REVB=-0.00682754;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325678;STB=0.687266;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00107622;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:13:7:11:5:13:7 chr10 64567364 . C T 964.51 PASS AF=0.547059;AO=93;DP=170;FAO=93;FDP=170;FR=.;FRO=77;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00524952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6092;QD=22.6944;RBI=0.0175533;REFB=-0.0053983;REVB=0.01675;RO=76;SAF=64;SAR=29;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123173;STB=0.565087;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00344423;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:76:77:93:93:0.547059:29:64:42:34:29:64:43:34 chr10 64567938 . C T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00578527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.319;QD=13.2112;RBI=0.0201177;REFB=0.00703019;REVB=0.0192679;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578865;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0120305;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:10:4:7:14:10:4:8:14 chr10 64573312 . T G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0560409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.707;QD=15.2373;RBI=0.0587296;REFB=-0.0194899;REVB=-0.0175665;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108459;STB=0.561459;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0248211;OID=.;OPOS=64573312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:18:18:11:17:18:18 chr10 64573771 . C T 398.35 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464866;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.084;QD=56.9074;RBI=0.0470059;REFB=0;REVB=-0.00696776;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263786;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chr10 64869942 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6986;QD=57.6789;RBI=0.0605475;REFB=0;REVB=0.047531;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123585;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr10 64869973 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0355079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.762;QD=17.8403;RBI=0.0447536;REFB=-0.0329748;REVB=0.0272411;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662356;STB=0.537988;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.037063;OID=.;OPOS=64869973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:8:6:5:9:8:6 chr10 64914016 . T TA 73.0 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0169807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4027;QD=5.12245;RBI=0.0647886;REFB=-0.00780796;REVB=-0.0625238;RO=41;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576136;STB=0.534789;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=0.00569569;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702:16:57:16:57:41:7:9:16:25:72:41:7:9:16:25 chr10 64914518 . CATA C 244.84 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00525272;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.975;QD=17.4884;RBI=0.00963929;REFB=-0.01698;REVB=-0.00808238;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357308;STB=0.502007;STBP=0.981;TYPE=del;VARB=0.0205009;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143:27:57:27:56:29:12:15:13:16:99:29:12:15:13:16 chr10 64927823 . C G 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0277411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.638;QD=16.5255;RBI=0.0307516;REFB=-0.00969251;REVB=0.01327;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133372;STB=0.575162;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.017632;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:11:18:12:13:11:18 chr10 64945364 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.823;QD=59.4342;RBI=0.0230576;REFB=0;REVB=-0.00611718;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98296e-05;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr10 64967445 . A T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.96;QD=60.547;RBI=0.0333155;REFB=0;REVB=0.0280961;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1081e-05;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0412473;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=256.125;QD=20.7529;RBI=0.0477574;REFB=-0.0337969;REVB=-0.0240712;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328828;STB=0.659998;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0275935;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:15:27:15:27:12:8:7:2:10:99:11:8:7:1:10 chr10 64974380 . G C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0065081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7794;QD=21.3768;RBI=0.0216972;REFB=-0.0131396;REVB=-0.0206981;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137196;STB=0.576857;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00676653;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:14:8:12:11:14:8 chr10 64974537 . A T 371.23 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00126512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.858;QD=20.0662;RBI=0.00693389;REFB=-0.0110376;REVB=-0.0068175;RO=36;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698525;STB=0.538779;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0165382;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:15:23:19:17:15:23:19:17 chr10 68040325 . C T 533.31 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.984;QD=59.2564;RBI=0.0456458;REFB=0;REVB=0.0403214;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392364;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:17:14:0:0:20:16:0:0 chr10 68685929 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.115;QD=58.5878;RBI=0.0106085;REFB=0;REVB=0.0105205;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36529e-05;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr10 69676830 . T C 787.27 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00544132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.548;QD=55.2473;RBI=0.00577398;REFB=-0.0745028;REVB=-0.00193155;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.514281;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=7.30657e-05;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:39:17:0:0:39:17:1:0 chr10 69773841 . G A 1540.49 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0761416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.1141;QD=59.825;RBI=0.0774058;REFB=0;REVB=-0.0139325;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353464;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr10 69773913 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.015682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.656;QD=17.2248;RBI=0.0164005;REFB=-0.0151499;REVB=-0.00480125;RO=39;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213442;STB=0.619978;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0207103;OID=.;OPOS=69773913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:23:11:21:18:23:11:21:18 chr10 69917921 . C T 1825.58 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1639;QD=60.3497;RBI=0.0498442;REFB=-0.00973909;REVB=-0.00442056;RO=1;SAF=70;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673742;STB=0.503448;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000151459;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:118:120:0.991736:48:70:1:0:48:72:1:0 chr10 69917925 . T C 1792.55 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.868;QD=59.258;RBI=0.0199289;REFB=-0.0252508;REVB=-0.00852399;RO=2;SAF=72;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344698;STB=0.501815;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000136888;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:47:72:1:1:47:72:1:1 chr10 69926097 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7726;QD=61.6773;RBI=0.038521;REFB=0;REVB=-0.00779385;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255342;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr10 69926334 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.161;QD=62.6703;RBI=0.0286926;REFB=0;REVB=-0.00359029;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28872e-05;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr10 69933921 . G A 750.68 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245786;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.26;QD=63.8878;RBI=0.0257654;REFB=0;REVB=-0.00772951;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34584e-05;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr10 69933969 . G A 801.4 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.246;QD=57.2426;RBI=0.00949732;REFB=0;REVB=-0.006887;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27337e-07;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chr10 69934258 . C G 340.8 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.149;QD=54.5278;RBI=0.0483325;REFB=0;REVB=-0.0113107;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64906e-05;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:21:3:0:0:21:4:0:0 chr10 69948844 . T C 1825.23 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00395194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.146;QD=60.3382;RBI=0.00419303;REFB=-0.101128;REVB=0.00140129;RO=1;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673805;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000358827;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:70:50:0:1:70:50:0:1 chr10 69959242 . C A 2356.73 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000209806;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.082;QD=60.8188;RBI=0.0251459;REFB=0;REVB=0.0251451;RO=0;SAF=90;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.32409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61746e-05;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:154:155:1:64:90:0:0:64:91:0:0 chr10 69991853 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.9;QD=44.6897;RBI=0.0586926;REFB=0;REVB=-0.0481236;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394028;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr10 70051810 . A G 1134.76 PASS AF=0.830189;AO=89;DP=107;FAO=88;FDP=106;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00544543;FXX=0.0185168;HRUN=8;LEN=1;MLLD=252.226;QD=42.8213;RBI=0.00552876;REFB=0.00326365;REVB=0.000956288;RO=18;SAF=31;SAR=58;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522786;STB=0.501432;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00020766;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:107:106:18:18:89:88:0.830189:58:31:6:12:58:30:6:12 chr10 70051928 . A G 2200.38 PASS AF=1;AO=101;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107447;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.7;QD=63.3203;RBI=0.029114;REFB=0;REVB=0.0270587;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95695e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:101:139:1:47:54:0:0:84:55:0:0 chr10 70098431 . T C 452.55 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.000641058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.88;QD=13.4087;RBI=0.0107251;REFB=-0.0120443;REVB=0.0107059;RO=82;SAF=23;SAR=29;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575148;STB=0.528033;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0190068;OID=.;OPOS=70098431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:83:52:52:0.385185:29:23:32:50:29:23:33:50 chr10 70102936 . T A 1476.47 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0740104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8481;QD=62.1672;RBI=0.0745926;REFB=-0.0986078;REVB=-0.0093011;RO=1;SAF=38;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123135;STB=0.506492;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00186349;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:56:38:1:0:56:38:1:0 chr10 70103272 . G C 785.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000269581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0232;QD=64.1461;RBI=0.0461924;REFB=0;REVB=0.0461916;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036886;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr10 70105560 . G A 1063.56 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5436;QD=59.0866;RBI=0.0570187;REFB=0;REVB=0.00343893;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528057;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:41:29:0:0:42:30:0:0 chr10 70166913 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0059;QD=37.4885;RBI=0.0811956;REFB=0;REVB=0.0300633;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00361684;OID=.;OPOS=70166913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr10 70221267 . T C 249.86 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0228564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1651;QD=18.5082;RBI=0.0229318;REFB=-0.0172412;REVB=-0.00185862;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991601;STB=0.555514;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00886653;OID=.;OPOS=70221267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:15:12:15:12:15:12 chr10 70225504 . G T 464.04 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00966105;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9036;QD=19.1355;RBI=0.0120073;REFB=0.0117966;REVB=0.00713016;RO=50;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359674;STB=0.504041;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0138206;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:51:46:46:0.474227:22:24:28:22:22:24:27:24 chr10 70230336 . A C 70.78 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00993139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.367;QD=8.84788;RBI=0.0244114;REFB=-0.0214612;REVB=0.0222998;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326529;STB=0.687177;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.028619;OID=.;OPOS=70230336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:30:32:22:22:8:10:0.3125:4:4:5:17:5:5:5:17 chr10 70332580 . A G 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0160613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.124;QD=15.2628;RBI=0.0206659;REFB=-0.00794839;REVB=0.0130043;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170229;STB=0.598777;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00671141;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:7:9:5:8:7:9 chr10 70332672 . T A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.000331001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.853;QD=22.831;RBI=0.000351485;REFB=-0.0235239;REVB=-0.000118237;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194206;STB=0.608559;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0169421;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:8:2:7:8:8:2 chr10 70332862 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00153155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.341;QD=17.4015;RBI=0.0148824;REFB=-0.00599205;REVB=0.0148034;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469729;STB=0.774171;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0105784;OID=.;OPOS=70332862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:8:5:11:2:8:5 chr10 70405855 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.951;QD=47.822;RBI=0.0505252;REFB=0;REVB=0.0471288;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131657;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 70453298 . TA AT,T 31.76 PASS AF=0.028169,0.169014;AO=3,16;DP=72;FAO=2,12;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=0,6;FSAR=2,6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0190739,0.242341;FXX=0.013887;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=112.216,7.51936;QD=1.78957;RBI=0.0300327,0.242488;REFB=-0.00827499,-0.145167;REVB=-0.023198,-0.0084346;RO=41;SAF=0,5;SAR=3,11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0,0.408163;SSEP=0,0;SSSB=-0.554249,-0.347346;STB=0.995627,0.565111;STBP=0.106,0.631;TYPE=mnp,del;VARB=0.094961,0.17981;OID=.,.;OPOS=70453298,70453299;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:72:71:41:57:3,16:2,12:0.028169,0.169014:3,11:0,5:25:16:2,6:0,6:33:24 chr10 70495544 . T C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0286212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1138;QD=6.10489;RBI=0.0290718;REFB=-0.00763385;REVB=-0.00509874;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270975;STB=0.676948;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0258871;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:12:14:6:2:12:14 chr10 70502288 . G A 163.02 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0157718;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.381;QD=10.6898;RBI=0.0263841;REFB=-0.0044624;REVB=-0.0211512;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216255;STB=0.54688;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00838621;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:35:40:21:21:0.344262:8:13:21:14:8:13:22:18 chr10 70534744 . A C 31.03 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.013123;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4314;QD=8.86434;RBI=0.0143776;REFB=-0.0171468;REVB=0.00587389;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264433;STB=0.666031;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0526648;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:14:9:9:5:5:0.357143:3:2:6:3:3:2:6:3 chr10 70641860 . T C 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0692;QD=58.4141;RBI=0.00654277;REFB=0;REVB=0.00452704;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70352e-05;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr10 70696713 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000293713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.716;QD=62.6711;RBI=0.02341;REFB=0;REVB=0.0234081;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99491e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr10 70700944 . A G 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8257;QD=56.1715;RBI=0.126623;REFB=0;REVB=0.0487314;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387171;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chr10 70748784 . G A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0129308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.384;QD=15.6035;RBI=0.0200619;REFB=-0.00245383;REVB=0.0153387;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923068;STB=0.55213;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00437725;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:20:18:17:13:20:18 chr10 70856852 . G A 291.34 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0278224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.73;QD=16.889;RBI=0.0278343;REFB=-0.015578;REVB=0.000813667;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204208;STB=0.614484;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0151482;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:13:19:14:23:13:19:14:23 chr10 70940191 . C T 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0688001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9033;QD=20.1537;RBI=0.0692459;REFB=0.00457754;REVB=0.00784537;RO=43;SAF=16;SAR=28;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735833;STB=0.536088;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00502802;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:28:16:19:24:28:16:19:25 chr10 70992664 . C T 389.89 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.000250526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.875;QD=16.4164;RBI=0.0354435;REFB=-0.0262943;REVB=0.0354426;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107824;STB=0.566978;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.024449;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:21:19:20:34:21:20:20:34 chr10 71018660 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.388;QD=60.5472;RBI=0.0157313;REFB=0;REVB=0.015346;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92874e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:48:26:0:0:48:27:0:0 chr10 71026510 . C A 885.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2657;QD=58.0473;RBI=0.0452349;REFB=0;REVB=0.0332168;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277027;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr10 71060610 . A G 463.04 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.865;QD=57.8799;RBI=0.0457949;REFB=0;REVB=0.0429069;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608686;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr10 71060621 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0131119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.18;QD=25.2765;RBI=0.0132997;REFB=-0.0150329;REVB=0.00222724;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355744;STB=0.519834;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0150076;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:7:5:7:12:7:5 chr10 71060634 . G A 313.28 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.219;QD=50.1246;RBI=0.0259783;REFB=-0.0418073;REVB=-0.0136507;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0048619;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr10 71098295 . T A 441.38 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00764722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.264;QD=25.2215;RBI=0.0441938;REFB=-0.0160041;REVB=0.0435271;RO=28;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0115885;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:18:24:16:12:18:24:16:12 chr10 71103597 . C G 163.38 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00875948;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.042;QD=19.2216;RBI=0.00958365;REFB=-0.0343128;REVB=0.00388817;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129484;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0273434;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:17:17:17:0.5:7:10:7:9:7:10:7:10 chr10 71142420 . G A 1238.76 PASS AF=1;AO=60;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2578;QD=61.9378;RBI=0.221954;REFB=0;REVB=0.0848038;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277262;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:60:80:1:30:30:0:0:31:49:0:0 chr10 71168685 . A T 903.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.481;QD=58.2756;RBI=0.0381061;REFB=0;REVB=0.0352182;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19896e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:22:39:0:0:23:39:0:0 chr10 71332204 . A G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00608614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.516;QD=16.2726;RBI=0.0127361;REFB=-0.0124338;REVB=0.0111878;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113127;STB=0.506362;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0121482;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:21:11:13:26:21:11:13:26 chr10 71390392 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.096;QD=57.7123;RBI=0.0366146;REFB=0;REVB=0.00698046;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285823;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr10 71392557 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.825;QD=58.1419;RBI=0.0482198;REFB=0;REVB=-0.00403954;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151205;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr10 71392692 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.237;QD=59.5018;RBI=0.0588053;REFB=0;REVB=0.0201346;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07892e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr10 71562437 . G A 217.0 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0115052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.292;QD=18.0836;RBI=0.0154245;REFB=-0.0193051;REVB=0.0102735;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770416;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0257284;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:20:22:0.458333:13:7:11:15:13:9:11:15 chr10 71620403 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.000687915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.196;QD=23.7582;RBI=0.00864737;REFB=-0.0181752;REVB=0.00861996;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27607;STB=0.653728;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0147707;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:7:15:9:17:7:15 chr10 71620436 . A AC 128.44 PASS AF=0.490566;AO=21;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0134268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5485;QD=9.69359;RBI=0.166625;REFB=-0.00776664;REVB=-0.166083;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240673;STB=0.678895;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=-0.00213403;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:21:53:26:53:27:17:9:8:19:99:29:13:8:11:18 chr10 71637832 . A G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00208178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.121;QD=14.4325;RBI=0.018854;REFB=-0.00877559;REVB=-0.0187387;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2173;STB=0.62215;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00890204;OID=.;OPOS=71637832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:17:14:11:33:17:14:11:33 chr10 71640255 . G A 231.33 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0103453;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.877;QD=21.5192;RBI=0.0275429;REFB=-0.0228716;REVB=0.0255262;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597035;STB=0.533601;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0147256;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:12:9:8:14:12:9 chr10 71657272 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.457;QD=57.1062;RBI=0.0231108;REFB=0;REVB=-0.0224012;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13007e-05;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr10 71658512 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.718;QD=56.9565;RBI=0.008912;REFB=0;REVB=-0.000155691;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94206e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr10 71685695 . AG A 34.2 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0328715;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2922;QD=5.70002;RBI=0.0471503;REFB=-0.113245;REVB=-0.0338025;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.355556;SSSB=0.265437;STB=0.654889;STBP=0.362;TYPE=del;VARB=0.165756;OID=.;OPOS=71685696;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:24:9:24:15:3:6:2:13:34:15:3:6:2:13 chr10 71872410 . C T 374.33 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00208157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.191;QD=18.04;RBI=0.00893059;REFB=-0.012269;REVB=0.00868461;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186315;STB=0.51588;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0104023;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:18:21:24:19:18:21:25:19 chr10 71874683 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00765759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.909;QD=13.9115;RBI=0.0154139;REFB=-0.0143136;REVB=-0.0133772;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196666;STB=0.612144;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0148334;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:22:9:10:11:22:9 chr10 71874734 . G A 281.93 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00674539;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3859;QD=16.8315;RBI=0.0168207;REFB=0.000727752;REVB=0.0154089;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137172;STB=0.596272;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000732238;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:36:30:31:0.462687:12:18:27:10:13:18:27:9 chr10 71874784 . C T 593.14 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0198443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0878;QD=24.7141;RBI=0.0312067;REFB=-0.0155134;REVB=-0.0240845;RO=42;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150865;STB=0.58231;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0114491;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:24:30:31:11:24:30:31:11 chr10 71876382 . C T 238.22 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0076011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.455;QD=17.0155;RBI=0.0182512;REFB=-0.0256145;REVB=-0.0165931;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750589;STB=0.553034;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0158416;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:26:27:0.482143:10:16:20:9:11:16:20:9 chr10 71902488 . C G 231.48 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0160646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.675;QD=16.5344;RBI=0.0203601;REFB=-0.0260517;REVB=-0.0125084;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19213;STB=0.615296;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0242595;OID=.;OPOS=71902488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:10:15:12:18:10:16:12:18 chr10 71905569 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0244668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.114;QD=11.2569;RBI=0.0366266;REFB=-0.0290642;REVB=0.0272559;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0694746;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr10 72043389 . T G 781.62 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.428;QD=55.8297;RBI=0.039201;REFB=0;REVB=0.0151673;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777269;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:33:21:0:0:33:23:0:0 chr10 72043460 . T G 515.09 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0841495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5071;QD=58.8671;RBI=0.085224;REFB=0;REVB=0.0134904;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114084;OID=.;OPOS=72043460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr10 72179746 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.311;QD=48.7368;RBI=0.0163533;REFB=0;REVB=-0.000418797;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150467;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr10 72181460 . G T 754.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6975;QD=56.9227;RBI=0.0266047;REFB=0;REVB=-0.0122618;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147639;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr10 72195439 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=20;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=62.9829;RBI=0.0330798;REFB=0;REVB=0.0142721;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198194;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:20:45:1:19:1:0:0:19:26:0:0 chr10 72195717 . G A 119.49 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.031918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.369;QD=13.6563;RBI=0.0333995;REFB=-0.0149788;REVB=-0.0098371;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494203;STB=0.528884;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0137432;OID=.;OPOS=72195717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:11:10:6:8:11:10 chr10 72289701 . G A 128.4 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00153269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.464;QD=12.2289;RBI=0.0546473;REFB=-0.00280236;REVB=-0.0546258;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510671;STB=0.506114;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0052968;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:27:15:15:0.357143:4:11:20:6:4:11:20:7 chr10 72307101 . C T 380.86 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0553427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.357;QD=19.531;RBI=0.0566662;REFB=-0.0151728;REVB=-0.0121755;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510168;STB=0.528288;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0142812;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:25:14:12:27:25:14:12:27 chr10 72324143 . A G 1539.95 PASS AF=0.93913;AO=108;DP=115;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00426766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7213;QD=53.5633;RBI=0.0326365;REFB=0.00202237;REVB=-0.0323562;RO=7;SAF=46;SAR=62;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000311877;STB=0.500165;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00116126;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:115:115:7:7:108:108:0.93913:62:46:3:4:62:46:3:4 chr10 72357857 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000237057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.071;QD=16.5359;RBI=0.00407362;REFB=0.000648924;REVB=-0.00406672;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.567493;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000789349;OID=.;OPOS=72357857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:13:10:10:8:13:10 chr10 72358577 . G A 506.83 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0122087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8297;QD=14.9068;RBI=0.0369117;REFB=0.00248212;REVB=0.0348342;RO=80;SAF=18;SAR=38;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765516;STB=0.543158;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00245438;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:80:80:56:56:0.411765:38:18:31:49:38:18:31:49 chr10 72500763 . T C 237.02 PASS AF=0.26;AO=14;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.081611;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.623;QD=18.9619;RBI=0.0818935;REFB=-0.0100834;REVB=-0.00679522;RO=24;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487366;STB=0.793528;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0147751;OID=.;OPOS=72500763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:14:13:0.26:13:1:8:16:12:1:8:16 chr10 72500863 . C G 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.0229997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.794;QD=19.6553;RBI=0.0231514;REFB=-0.0134258;REVB=-0.00264601;RO=39;SAF=14;SAR=26;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236832;STB=0.633474;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0114586;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:26:14:5:34:26:14:5:35 chr10 72513682 . C T 2537.43 PASS AF=0.982456;AO=167;DP=173;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.150833;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.905;QD=59.3551;RBI=0.153125;REFB=-0.199016;REVB=0.0263926;RO=3;SAF=87;SAR=80;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161249;STB=0.502512;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00180196;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:173:171:3:3:167:168:0.982456:80:87:3:0:80:88:2:1 chr10 72517837 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.052;QD=62.022;RBI=0.026711;REFB=0;REVB=0.0263614;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115702;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr10 72520330 . A G 346.1 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0228626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.668;QD=19.4985;RBI=0.0247261;REFB=-0.0165459;REVB=0.00941723;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126658;STB=0.507038;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0199347;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:17:18:18:18:17:18 chr10 72520567 . A G 155.72 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0310323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7156;QD=15.1924;RBI=0.0712107;REFB=-0.00158596;REVB=-0.0640933;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181668;STB=0.605548;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00129517;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:11:13:12:5:11:13 chr10 72532037 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.702;QD=58.4196;RBI=0.0213007;REFB=0;REVB=0.0202399;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84184e-05;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr10 72537086 . C T 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0982;QD=60.5994;RBI=0.0496334;REFB=0;REVB=0.0135511;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102265;OID=.;OPOS=72537086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr10 72619205 . C T 1899.49 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224412;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.333;QD=61.772;RBI=0.032394;REFB=0;REVB=0.0233617;RO=0;SAF=49;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28016e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:120:123:1:71:49:0:0:74:49:0:0 chr10 72629567 . C T 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0416115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.424;QD=20.0948;RBI=0.0441854;REFB=0.00590357;REVB=0.0148603;RO=40;SAF=13;SAR=28;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129006;STB=0.571769;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00452287;OID=.;OPOS=72629567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:28:13:18:22:28:13:18:22 chr10 72631626 . C T 621.86 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.02522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2708;QD=25.1258;RBI=0.02884;REFB=-0.0101838;REVB=-0.0139891;RO=43;SAF=30;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056052;STB=0.530675;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00821024;OID=.;OPOS=72631626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:26:30:20:23:26:30:20:23 chr10 73044580 . G A 423.63 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.017133;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.182;QD=14.9959;RBI=0.070214;REFB=-0.023092;REVB=-0.0680916;RO=58;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114483;STB=0.537627;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0280351;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:113:58:65:48:48:0.424779:31:17:27:31:31:17:27:38 chr10 73082563 . A G 461.36 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00396647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.491;QD=18.8311;RBI=0.0103394;REFB=-0.0209586;REVB=0.0095483;RO=52;SAF=12;SAR=34;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198812;STB=0.611459;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.016803;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:34:12:23:29:34:12:23:29 chr10 73104056 . A G 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0110594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.494;QD=18.0859;RBI=0.0160209;REFB=-0.0469511;REVB=-0.0115914;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343872;STB=0.529047;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0257355;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:14:12:13:13:14:12:14:13 chr10 73115941 . TG CA 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0182442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.038;QD=23.258;RBI=0.0184226;REFB=-0.00105855;REVB=0.00255805;RO=37;SAF=20;SAR=26;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243253;STB=0.513363;STBP=0.805;TYPE=mnp;VARB=0.00107287;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:26:20:15:22:26:20:15:22 chr10 73121913 . A G 351.65 PASS AF=0.6;AO=28;DP=48;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0495743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.546;QD=28.1316;RBI=0.0503266;REFB=-0.0112776;REVB=-0.00866912;RO=20;SAF=20;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253789;STB=0.646955;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0212151;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:20:20:28:30:0.6:8:20:8:12:8:22:8:12 chr10 73121945 . T C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.841;QD=64.4107;RBI=0.0279726;REFB=0;REVB=0.0184894;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93296e-06;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr10 73270906 . T C 1043.56 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0243805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.759;QD=55.6568;RBI=0.0283588;REFB=0.00762818;REVB=0.014485;RO=3;SAF=34;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147272;STB=0.507793;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=4.13379e-06;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:38:34:2:1:38:34:2:1 chr10 73270982 . G A 198.27 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0240642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.204;QD=44.0593;RBI=0.024143;REFB=-0.120854;REVB=-0.0019486;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00315349;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr10 73405409 . G A 93.69 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0286054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.943;QD=19.7232;RBI=0.0396803;REFB=-0.0906161;REVB=-0.0275001;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175522;STB=0.622427;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0606868;OID=.;OPOS=73405409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:19:7:8:11:11:0.578947:5:6:2:5:5:6:2:6 chr10 73405417 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0320331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.465;QD=18.0504;RBI=0.0322283;REFB=-0.0214532;REVB=-0.00354138;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264286;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0307941;OID=.;OPOS=73405417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:2:6:4:6:2:6 chr10 73434888 . G C 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0240008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7254;QD=28.1928;RBI=0.0304394;REFB=-0.0167552;REVB=-0.0187221;RO=13;SAF=4;SAR=19;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615211;STB=0.534106;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00853027;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:19:4:3:10:19:4:3:10 chr10 73434906 . G A 109.96 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00589539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.794;QD=14.6616;RBI=0.0216722;REFB=-0.0236228;REVB=0.020855;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617278;STB=0.503592;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0245549;OID=.;OPOS=73434906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:4:13:10:3:4:13 chr10 73455201 . T C 215.46 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.054941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.021;QD=13.0584;RBI=0.0563952;REFB=0.00880203;REVB=-0.0127243;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735073;STB=0.551082;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0141106;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:40:25:26:0.393939:16:9:17:23:17:9:17:23 chr10 73455273 . T C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0139709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.754;QD=18.9018;RBI=0.0216892;REFB=-0.0108242;REVB=-0.0165902;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818886;STB=0.545672;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0107849;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:21:13:16:18:21:13:16:18 chr10 73492079 . A G 785.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9954;QD=57.0981;RBI=0.0250335;REFB=0;REVB=0.00467151;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375248;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr10 73501556 . G A 726.86 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599889;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4956;QD=57.0083;RBI=0.0625736;REFB=0;REVB=0.0177985;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648069;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr10 73520632 . A C 1225.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.078;QD=61.274;RBI=0.0453078;REFB=0;REVB=0.0382096;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036512;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr10 73550969 . G A 1934.83 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.406;QD=61.9144;RBI=0.0620682;REFB=0;REVB=0.0390412;RO=0;SAF=79;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189191;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:44:79:0:0:44:81:0:0 chr10 73558886 . G A 539.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.868;QD=58.2833;RBI=0.076759;REFB=0;REVB=0.0747305;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452941;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:12:25:0:0 chr10 73558952 . C T 714.97 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.392;QD=60.8486;RBI=0.0398999;REFB=-0.0561228;REVB=0.0352148;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000319094;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:23:23:0:0:23:23:1:0 chr10 73562744 . G A 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.5243;QD=59.3209;RBI=0.0374702;REFB=0;REVB=-0.0258891;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64662e-06;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr10 73571765 . T C 775.42 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230675;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7884;QD=55.3872;RBI=0.0301909;REFB=-0.0411734;REVB=-0.0194777;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0004054;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:0:1:26:29:0:1 chr10 73574843 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.361;QD=63.2866;RBI=0.028961;REFB=0;REVB=-0.00512742;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218284;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr10 73576307 . C T 255.64 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.275;QD=51.1284;RBI=0.0298379;REFB=0;REVB=0.0230755;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287942;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr10 73585526 . A G 808.63 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0106088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.726;QD=53.9085;RBI=0.0121291;REFB=-0.117842;REVB=-0.00587943;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000543119;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:31:27:0:0:31:27:1:1 chr10 74093670 . A G 199.95 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00200174;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.273;QD=21.6162;RBI=0.00410457;REFB=-0.00942125;REVB=0.00358337;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125965;STB=0.585828;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00684626;OID=.;OPOS=74093670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:17:19:20:0.540541:7:12:8:5:7:13:8:9 chr10 74094840 . C CA 108.87 PASS AF=0.38;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.113698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.9333;QD=8.70994;RBI=0.119706;REFB=-0.0129382;REVB=0.0374479;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905506;STB=0.531002;STBP=0.754;TYPE=ins;VARB=0.0339004;OID=.;OPOS=74094841;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:19:53:19:50:31:7:12:10:21:99:34:7:12:10:24 chr10 74237247 . C CT 205.57 PASS AF=0.468354;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0176207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5895;QD=10.4088;RBI=0.0669447;REFB=0.0117337;REVB=-0.0645841;RO=44;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174814;STB=0.619181;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=-0.0230284;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468354:35:79:37:79:42:13:24:24:18:99:44:13:22:24:20 chr10 74830335 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0214264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.942;QD=21.972;RBI=0.0215605;REFB=-0.0101868;REVB=-0.00240047;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092715;STB=0.505193;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00601242;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:13:8:9:14:13:8 chr10 74834651 . T C 208.0 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00177899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.057;QD=17.7021;RBI=0.0103258;REFB=-0.0458987;REVB=-0.0101714;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21014;STB=0.608857;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0298694;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:23:26:21:21:0.446809:13:8:14:9:13:8:15:11 chr10 74894375 . T C 570.61 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00468629;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.496;QD=17.2911;RBI=0.0369756;REFB=0.00214949;REVB=0.0366775;RO=70;SAF=36;SAR=24;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286222;STB=0.524992;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00219373;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:70:72:60:60:0.454545:24:36:40:30:24:36:40:32 chr10 74896664 . T C 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0165751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9946;QD=24.388;RBI=0.0271552;REFB=0.0138426;REVB=-0.0215097;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370888;STB=0.520689;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0118485;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:7:7:9:11:7:7 chr10 74897816 . C T 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0347793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9372;QD=30.5521;RBI=0.0488713;REFB=-0.024227;REVB=0.0343338;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113625;STB=0.562434;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.012595;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:12:6:1:6:12:6:1:6 chr10 74899134 . C G 314.03 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00978591;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5556;QD=22.0374;RBI=0.0172861;REFB=-0.00888162;REVB=0.0142494;RO=24;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898868;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00941365;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:25:32:32:0.561404:11:21:16:8:11:21:17:8 chr10 74916173 . T A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0185565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.91;QD=11.6341;RBI=0.0185601;REFB=-0.0133221;REVB=-0.000361316;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638345;STB=0.88443;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.011295;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:11:5:9:1:11:5 chr10 74923562 . C T 482.68 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0275005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.132;QD=16.0894;RBI=0.02918;REFB=-0.00506821;REVB=0.00975663;RO=67;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704003;STB=0.503936;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00601365;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:32:21:27:40:32:21:27:40 chr10 74934442 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0144652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.49;QD=18.4982;RBI=0.0217033;REFB=-0.00882552;REVB=-0.0161799;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322667;STB=0.679872;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00756032;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:7:20:10:17:7:20 chr10 74995086 . C T 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0315329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.602;QD=12.1357;RBI=0.0328531;REFB=0.0077566;REVB=-0.00921968;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205044;STB=0.618235;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0112721;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:18:10:26:22:18:10:26:22 chr10 75000739 . G A 109.24 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.79;QD=36.4136;RBI=0.0594066;REFB=-0.00459139;REVB=0.0194294;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00156;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:7:3:0:1:8:3:0:1 chr10 75006804 . A G 85.2 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0131719;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.793;QD=10.3267;RBI=0.0789878;REFB=-0.00989867;REVB=-0.0778818;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239904;STB=0.689226;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0228606;OID=.;OPOS=75006804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:21:22:11:11:0.333333:1:10:17:4:1:10:17:5 chr10 75009107 . T A 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0160954;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.607;QD=16.9234;RBI=0.0266079;REFB=-0.00884164;REVB=0.0211876;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117301;STB=0.56685;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0128739;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:14:5:6:10:14:5 chr10 75035257 . T C 333.1 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.033834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1634;QD=16.4495;RBI=0.0490013;REFB=0.0279889;REVB=0.0354456;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16882;STB=0.578029;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0162207;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:45:45:34:36:0.444444:17:17:15:30:19:17:15:30 chr10 75056863 . A C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00372112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.258;QD=11.4185;RBI=0.0044597;REFB=-0.00309809;REVB=-0.0024581;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054619;STB=0.531621;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00669913;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:14:12:24:23:14:12:24:23 chr10 75095253 . G A 249.85 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0458106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.369;QD=16.6566;RBI=0.0458136;REFB=0.0158117;REVB=-0.000522214;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.627312;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0222801;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:19:13:18:10:19:13 chr10 75148116 . A G 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00372605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.912;QD=10.4168;RBI=0.0260099;REFB=-0.00981328;REVB=-0.0257416;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155404;STB=0.589885;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0158862;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:14:9:12:33:14:9:12:33 chr10 75185582 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0062809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.755;QD=25.2872;RBI=0.0849422;REFB=-0.0171861;REVB=-0.0847097;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237771;STB=0.633335;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00359095;OID=.;OPOS=75185582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:3:6:5:11:3:6 chr10 75289359 . C A 283.07 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0422435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.368;QD=22.6452;RBI=0.0428183;REFB=-0.0119571;REVB=0.00699208;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112393;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:13:12:12:12:13:13:12:12 chr10 75391823 . C A 267.32 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0212688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5459;QD=18.4356;RBI=0.0426678;REFB=-0.0256651;REVB=0.0369889;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031563;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0276688;OID=.;OPOS=75391823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:13:16:17:12:13:16 chr10 75451768 . A G 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0123823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.457;QD=3.4155;RBI=0.0127988;REFB=-0.00234928;REVB=-0.00323848;RO=54;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381495;STB=0.778153;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0100289;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:9:1:17:37:9:1:17:37 chr10 75451811 . C T 30.44 PASS AF=0.0691824;AO=11;DP=159;FAO=11;FDP=159;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=87;FWDB=-0.00259247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.586;QD=0.765809;RBI=0.0184287;REFB=-0.00224304;REVB=-0.0182455;RO=146;SAF=6;SAR=5;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13796;STB=0.622109;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00759276;OID=.;OPOS=75451811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:159:159:146:148:11:11:0.0691824:5:6:61:85:5:6:61:87 chr10 75451820 . C T 44.13 PASS AF=0.0837989;AO=14;DP=182;FAO=15;FDP=179;FR=.;FRO=164;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=93;FWDB=-0.0118588;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.729;QD=0.986187;RBI=0.0136177;REFB=-0.00348214;REVB=-0.00669409;RO=168;SAF=9;SAR=5;SRF=71;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242828;STB=0.707316;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0185484;OID=.;OPOS=75451820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:182:179:168:164:14:15:0.0837989:5:9:71:97:5:10:71:93 chr10 75451826 . A T 55.28 PASS AF=0.0913706;AO=16;DP=197;FAO=18;FDP=197;FR=.;FRO=179;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=100;FWDB=-0.00622312;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.096;QD=1.1224;RBI=0.00798825;REFB=-0.00149872;REVB=0.00500849;RO=173;SAF=11;SAR=5;SRF=78;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269416;STB=0.747679;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00997429;OID=.;OPOS=75451826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:197:197:173:179:16:18:0.0913706:5:11:78:95:5:13:79:100 chr10 75451833 . CA GT 63.97 PASS AF=0.092233;AO=18;DP=206;FAO=19;FDP=206;FR=.;FRO=187;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=84;FSRR=103;FWDB=-0.0103751;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.603;QD=1.24209;RBI=0.0223674;REFB=-0.0024601;REVB=-0.0198155;RO=185;SAF=13;SAR=5;SRF=84;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309994;STB=0.754983;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0118627;OID=.;OPOS=75451833;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:206:206:185:187:18:19:0.092233:5:13:84:101:5:14:84:103 chr10 75451846 . A G 57.69 PASS AF=0.0931373;AO=17;DP=161;FAO=19;FDP=204;FR=.;FRO=185;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=80;FSRR=105;FWDB=-0.0300512;FXX=0.0239223;HRUN=11;LEN=1;MLLD=120.884;QD=1.13116;RBI=0.0329265;REFB=-0.00383278;REVB=0.0134565;RO=140;SAF=13;SAR=4;SRF=35;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572674;STB=0.811101;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0257254;OID=.;OPOS=75451846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:161:204:140:185:17:19:0.0931373:4:13:35:105:4:15:80:105 chr10 75526198 . C T 738.42 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00796945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.803;QD=18.6942;RBI=0.00986506;REFB=-0.00578095;REVB=0.0058144;RO=81;SAF=35;SAR=42;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443729;STB=0.524469;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.006927;OID=.;OPOS=75526198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:81:77:77:0.487342:42:35:33:48:42:35:33:48 chr10 75533448 . A G 877.68 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00125904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0089;QD=54.8548;RBI=0.0135509;REFB=-0.0209473;REVB=-0.0134923;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386671;STB=0.502048;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000450055;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:27:35:1:1:27:35:1:1 chr10 75671581 . GCCCC GCCC,GCCCG 146.5 PASS AF=0.55814,0;AO=21,3;DP=43;FAO=24,0;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=22,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.193631,-0.0975788;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1673,62.6555;QD=13.628;RBI=0.243582,0.10857;REFB=-0.149649,-0.0115476;REVB=-0.147782,-0.0476006;RO=17;SAF=18,3;SAR=3,0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.522504,0.692296;STB=0.854563,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0745288,0;OID=.,.;OPOS=75671582,75671585;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55814,0:21,3:43:24,0:43:19:22,0:2,0:6:13:99:17:18,3:3,0:5:12 chr10 76781905 . GGAA AGAG,G 195.47 PASS AF=0.0540541,0.486486;AO=2,16;DP=37;FAO=2,18;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=2,5;FSAR=0,13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0273899,-0.0352392;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=102.358,168.863;QD=21.1321;RBI=0.0415023,0.0448617;REFB=-0.0511306,-0.0466983;REVB=0.0311807,0.0277627;RO=13;SAF=2,5;SAR=0,11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637912,0.00444403;STB=0.99737,0.564786;STBP=0.021,0.52;TYPE=mnp,del;VARB=0.00553018,0.0343812;OID=.,.;OPOS=76781905,76781906;OREF=GGAA,GAA;OALT=AGAG,-;OMAPALT=AGAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:37:37:13:17:2,16:2,18:0.0540541,0.486486:0,11:2,5:4:9:0,13:2,5:3:14 chr10 76788539 . G T 267.83 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0121984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.847;QD=21.8638;RBI=0.0148691;REFB=-0.0142614;REVB=0.00850228;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037189;STB=0.529581;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0182532;OID=.;OPOS=76788539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:11:13:12:12:11:14:12:12 chr10 76790612 . TG T 229.29 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696344;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5846;QD=39.8767;RBI=0.135425;REFB=0;REVB=0.11615;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.0369221;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00350948;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:23:23:0:9:14:0:0:4:1:9:12:0:1 chr10 76803567 . T G 415.29 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00769296;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.614;QD=19.3157;RBI=0.00769312;REFB=-0.0245955;REVB=-5.01809e-05;RO=44;SAF=29;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167025;STB=0.593215;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0290983;OID=.;OPOS=76803567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:13:29:23:21:13:29:23:21 chr10 76854564 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.864;QD=61.2132;RBI=0.0188195;REFB=0;REVB=0.000450304;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57994e-05;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr10 76855412 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.46;QD=57.7123;RBI=0.0303283;REFB=0;REVB=0.0284709;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57864e-05;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr10 76861680 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.777;QD=62.9825;RBI=0.0395257;REFB=0;REVB=-0.0110406;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189467;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 76867899 . T C 901.71 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0558;QD=56.3566;RBI=0.0151486;REFB=-0.0172616;REVB=-0.0113417;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00437073;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:37:25:0:1:37:26:0:1 chr10 78629795 . C G 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248723;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.844;QD=62.039;RBI=0.0524856;REFB=0;REVB=0.0462181;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22819e-05;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 78944590 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00179053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.703;QD=6.85046;RBI=0.0447037;REFB=-0.00376626;REVB=0.0446678;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176654;STB=0.611428;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00958704;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:14:17:4:6:14:17 chr10 79253623 . G GCC 153.42 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.03443;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=2;MLLD=44.4746;QD=11.5788;RBI=0.0555927;REFB=0.0127191;REVB=0.0436477;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678824;STB=0.528278;STBP=0.713;TYPE=ins;VARB=-0.012262;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45283:23:58:24:53:29:12:12:16:13:99:33:11:12:16:17 chr10 79550544 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9416;QD=57.6805;RBI=0.0449848;REFB=0;REVB=0.0294636;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29162e-05;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr10 79579222 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.516;QD=54.5171;RBI=0.0392506;REFB=0;REVB=0.00551371;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233226;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr10 79581294 . TGG T,TG 41.47 PASS AF=0.15,0.3;AO=3,6;DP=21;FAO=3,6;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2;FSAR=3,4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0596179,0.108891;FXX=0.0475964;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.91,11.9469;QD=8.2932;RBI=0.0663214,0.120788;REFB=-0.0227161,-0.0400377;REVB=-0.0290556,-0.0522723;RO=10;SAF=0,2;SAR=3,4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.71177,-0.357304;STB=0.997147,0.740006;STBP=0.036,0.174;TYPE=del,del;VARB=0.0760257,-0.0249367;OID=.,.;OPOS=79581295,79581295;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.15,0.3:3,6:21:3,6:20:11:0,2:3,4:8:3:25:10:0,2:3,4:7:3 chr10 79584178 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.54;QD=50.4135;RBI=0.032566;REFB=0;REVB=0.0271913;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576847;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 79606441 . A C 956.06 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00144146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.773;QD=57.0784;RBI=0.0101796;REFB=-0.121171;REVB=-0.010077;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000457007;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:31:33:0:1:31:35:0:1 chr10 79616605 . T C 2320.52 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.995;QD=61.0664;RBI=0.0164189;REFB=0;REVB=0.0113687;RO=0;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88517e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:79:73:0:0:79:73:0:0 chr10 79628875 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.471;QD=57.7123;RBI=0.0197166;REFB=0;REVB=0.0170192;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14872e-05;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr10 79760818 . A G 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168459;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.509;QD=57.5729;RBI=0.0168641;REFB=0;REVB=-0.000784273;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7265e-05;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr10 79762028 . G A 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.993;QD=59.5006;RBI=0.0453677;REFB=0;REVB=-0.0445512;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020027;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr10 79793652 . T G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0207909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.669;QD=21.9525;RBI=0.0226659;REFB=-0.00269181;REVB=0.00902663;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793711;STB=0.543832;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00240202;OID=.;OPOS=79793652;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:10:15:16:16:10:15 chr10 79814319 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.912;QD=33.4282;RBI=0.0877843;REFB=0;REVB=0.0874073;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265118;OID=.;OPOS=79814319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr10 80310465 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.033332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.472;QD=11.0197;RBI=0.0334804;REFB=0.0264107;REVB=0.00314907;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0268668;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:5:3:3:3:5:3 chr10 81045207 . T C 473.68 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00697122;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.564;QD=17.5436;RBI=0.0070193;REFB=-0.0163892;REVB=0.000820144;RO=53;SAF=16;SAR=35;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847559;STB=0.572368;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0162516;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:53:57:51:51:0.472222:35:16:21:32:35:16:25:32 chr10 81045280 . T C 731.19 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0241454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9104;QD=19.7619;RBI=0.0268587;REFB=-0.00268562;REVB=0.0117638;RO=76;SAF=22;SAR=50;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145068;STB=0.580408;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0025753;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:50:22:34:42:50:22:34:42 chr10 81053475 . G A 518.57 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5719;QD=56.0613;RBI=0.107205;REFB=-0.107796;REVB=-0.0159449;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00393667;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:35:36:0.972973:13:22:0:1:14:22:0:1 chr10 81145701 . G C 213.45 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0249424;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.407;QD=19.8562;RBI=0.0277116;REFB=-0.0169357;REVB=0.0120751;RO=23;SAF=18;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288549;STB=0.645001;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0175986;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:22:21:21:0.488372:3:18:15:8:3:18:15:7 chr10 81270253 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0807682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=9.44165;RBI=0.0825141;REFB=-0.00227582;REVB=0.0168843;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00636258;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr10 81270319 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0256777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.335;QD=10.0339;RBI=0.0266623;REFB=0.016045;REVB=-0.00717877;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0167207;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr10 81272814 . G C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0015603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.113;QD=5.44272;RBI=0.0100669;REFB=0.000443622;REVB=-0.00994528;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832872;STB=0.555366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00248058;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:8:12:4:2:8:12 chr10 81272881 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0357568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6936;QD=11.0195;RBI=0.0868774;REFB=0.0119971;REVB=0.0791779;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247224;STB=0.646649;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00286676;OID=.;OPOS=81272881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:7:1:2:4:7:1 chr10 81273085 . C T 127.12 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0121955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0218;QD=17.5337;RBI=0.0186303;REFB=-0.0133795;REVB=0.014084;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801107;STB=0.53329;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0219928;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:14:14:15:0.517241:3:11:11:2:4:11:11:3 chr10 81273490 . A C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000390917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.777;QD=25.711;RBI=0.00707104;REFB=-0.0284867;REVB=0.00706022;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671703;STB=0.537756;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00831996;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:3:3:8:5:3:3 chr10 81274334 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.053;QD=37.4885;RBI=0.0291787;REFB=0;REVB=-0.0151493;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123813;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr10 81275154 . G T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0553393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.068;QD=10.3792;RBI=0.0768121;REFB=-0.017475;REVB=0.0532697;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117295;STB=0.571265;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0488224;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:9:7:3:6:9:7 chr10 81275625 . TG T,TT 232.59 PASS AF=0.714286,0;AO=6,14;DP=33;FAO=20,0;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.000833739,-0.00373154;FXX=0.151469;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.47,188.513;QD=33.227;RBI=0.0256002,0.0596511;REFB=0.041614,0.0369036;REVB=-0.0255866,-0.0595343;RO=9;SAF=2,6;SAR=4,8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.318047,-0.164121;STB=0.5999,0.5;STBP=0.111,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0343936,0.0153049;OID=.,.;OPOS=81275626,81275626;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286,0:6,14:33:20,0:28:8:8,0:12,0:6:2:57:9:2,6:4,8:6:3 chr10 81275669 . A C 103.71 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0159029;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=22.8232;QD=11.2114;RBI=0.0687364;REFB=-0.0580316;REVB=-0.0668715;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269488;STB=0.637413;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.075353;OID=.;OPOS=81275669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:21:14:16:0.432432:6:8:4:11:6:10:8:13 chr10 81275738 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0232891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7789;QD=10.4727;RBI=0.025035;REFB=-0.0170152;REVB=0.00918534;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810387;STB=0.54789;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.035501;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:9:8:14:21:9:8:14:21 chr10 81275839 . CA AC,CG 106.37 PASS AF=0,0.309524;AO=2,13;DP=42;FAO=0,13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00145462,-0.0369425;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=69.6297,203.189;QD=10.1308;RBI=0.074701,0.0376788;REFB=-0.0263974,-0.0060166;REVB=-0.0746869,-0.0074126;RO=27;SAF=2,7;SAR=0,6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.49706,0.105416;STB=0.5,0.538402;STBP=1,0.764;TYPE=mnp,snp;VARB=0.245093,0.0197929;OID=.,.;OPOS=81275839,81275840;OREF=CA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:42:27:29:2,13:0,13:0,0.309524:0,6:2,7:12:15:0,6:0,7:14:15 chr10 81275976 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00137317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.413;QD=14.3996;RBI=0.00858639;REFB=0.00302325;REVB=0.00847587;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207623;STB=0.599919;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00480145;OID=.;OPOS=81275976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:24:25:0.423729:8:16:16:18:9:16:16:18 chr10 81317045 . G T 601.45 PASS AF=0.417178;AO=66;DP=162;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.000782644;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.458;QD=14.7595;RBI=0.0184881;REFB=-0.00853952;REVB=0.0184715;RO=95;SAF=26;SAR=40;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151411;STB=0.573273;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0129875;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:95:95:66:68:0.417178:40:26:51:44:40:28:51:44 chr10 81318663 . C G 200.1 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.026104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9936;QD=13.8002;RBI=0.0368487;REFB=-0.0299997;REVB=-0.0260078;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161765;STB=0.618946;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0396651;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:33:34:22:24:0.413793:14:8:17:16:16:8:18:16 chr10 81319423 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.835;QD=60.609;RBI=0.02602;REFB=0;REVB=0.0259796;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001264;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 81319458 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.933;QD=59.8391;RBI=0.0293702;REFB=0;REVB=0.0271171;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117035;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr10 81319483 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.784;QD=58.5874;RBI=0.0166754;REFB=0;REVB=0.00577439;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72504e-05;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr10 81371341 . G T 113.34 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.010101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1707;QD=7.95331;RBI=0.010773;REFB=-0.00342371;REVB=0.00374541;RO=41;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307153;STB=0.648336;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00815128;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:41:41:15:16:0.280702:4:11:20:21:5:11:20:21 chr10 81371698 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00565212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.809;QD=16.1561;RBI=0.00565479;REFB=-0.00839526;REVB=0.000173806;RO=32;SAF=3;SAR=24;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255129;STB=0.64693;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00968033;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:24:3:8:24:24:3:8:24 chr10 81372081 . A G 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0130369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6248;QD=14.7658;RBI=0.0208715;REFB=-0.0182219;REVB=-0.016299;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316481;STB=0.679856;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0320251;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:17:8:21:12:17:8:21:12 chr10 81373777 . C T 946.74 PASS AF=0.565217;AO=87;DP=160;FAO=91;FDP=161;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0223176;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5701;QD=23.5216;RBI=0.135376;REFB=-0.0440342;REVB=0.133524;RO=67;SAF=42;SAR=45;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519594;STB=0.530186;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0226299;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:67:70:87:91:0.565217:45:42:28:39:47:44:29:41 chr10 81701722 . T C 1568.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.422;QD=64.0165;RBI=0.0364487;REFB=0;REVB=-0.00257665;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.1237e-05;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr10 81706324 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2009;QD=62.0214;RBI=0.0268937;REFB=0;REVB=0.00705928;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270163;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr10 81838922 . G A 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000421875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.84;QD=23.0928;RBI=0.0156699;REFB=-0.00959469;REVB=-0.0156642;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.564025;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00697751;OID=.;OPOS=81838922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:6:6:6:11:6:6 chr10 81841692 . G T 727.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.768;QD=57.0383;RBI=0.0315649;REFB=0;REVB=0.0272425;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12939e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:35:16:0:0 chr10 81915136 . T C 906.31 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8928;QD=56.6442;RBI=0.0511512;REFB=-0.113803;REVB=0.0391682;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00232097;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr10 81917708 . A G 818.72 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.369;QD=55.5066;RBI=0.0300921;REFB=-0.0167587;REVB=-0.00581497;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=2.43302e-06;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:1:0 chr10 81926702 . G A 3233.45 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.972;QD=61.8842;RBI=0.0348726;REFB=0;REVB=0.0346692;RO=0;SAF=133;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31515e-05;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:75:133:0:0:75:134:0:0 chr10 82012599 . T C 74.6 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.421;QD=37.2975;RBI=0.131104;REFB=0;REVB=-0.0125997;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145204;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chr10 82012748 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.686;QD=47.8217;RBI=0.0875053;REFB=0;REVB=0.0052295;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204306;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr10 82012954 . A G 502.25 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.004;QD=59.0886;RBI=0.033679;REFB=0;REVB=-0.0149746;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54973e-05;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr10 82012967 . G T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.699;QD=58.5855;RBI=0.0642981;REFB=0;REVB=-3.58062e-05;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237901;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr10 82012991 . C T 113.13 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0115571;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4003;QD=9.83694;RBI=0.0150343;REFB=-0.00789417;REVB=-0.00961587;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259864;STB=0.528261;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0269487;OID=.;OPOS=82012991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:32:13:14:0.304348:6:7:16:15:6:8:17:15 chr10 82013119 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.622;QD=59.9959;RBI=0.0195388;REFB=0;REVB=0.00691997;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95924e-05;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:41:65:0:0:41:65:0:0 chr10 82034842 . A G 1530.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.13;QD=63.7653;RBI=0.110518;REFB=0;REVB=0.102246;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108774;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:50:42:0:0:53:43:0:0 chr10 82034854 . T C 1432.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.173;QD=62.971;RBI=0.0274721;REFB=0;REVB=-0.00491034;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04755e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:49:42:0:0 chr10 82040052 . A G 884.95 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6536;QD=58.0293;RBI=0.0321766;REFB=0;REVB=0.0213758;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349421;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr10 82095968 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.255;QD=63.8719;RBI=0.00533481;REFB=0;REVB=-0.00231302;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67651e-06;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr10 82098185 . CA CAA,C 33.32 PASS AF=0.210526,0;AO=8,5;DP=38;FAO=8,0;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.193235,-0.186774;FXX=0.0256345;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.6371,14.6517;QD=3.50789;RBI=0.193492,0.187153;REFB=-0.0574064,0.057704;REVB=-0.00996017,0.0119019;RO=23;SAF=2,5;SAR=6,0;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.566208,0.597655;STB=0.803006,0.5;STBP=0.105,1;TYPE=ins,del;VARB=0.129,0.00910356;OID=.,.;OPOS=82098186,82098186;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526,0:8,5:38:8,0:38:30:3,0:5,0:24:6:33:23:2,5:6,0:18:5 chr10 82098194 . GTTTTTT AGTTTTT,GTTTTTA,GTTTTT 48.74 PASS AF=0,0.0465116,0.209302;AO=2,3,7;DP=41;FAO=0,2,9;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=0,0,5;FSAR=0,2,4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0653556,-0.00186246,-0.0296253;FXX=0.0227221;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=26.0164,89.825,13.5523;QD=4.53358;RBI=0.105803,0.0480159,0.226214;REFB=0.00129255,-0.00187344,-0.0519107;REVB=-0.0832038,-0.0479797,-0.224266;RO=27;SAF=2,0,3;SAR=0,3,4;SRF=22;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.348485;SSSB=0.365684,-0.724131,-0.462498;STB=0.5,0.997069,0.658784;STBP=1,0.024,0.384;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0580565,0.0310328,0.0504156;OID=.,.,.;OPOS=82098194,82098200,82098195;OREF=GT,T,T;OALT=AG,A,-;OMAPALT=AGTTTTT,GTTTTTA,GTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:39:41:43:27:32:2,3,7:0,2,9:0,0.0465116,0.209302:0,3,4:2,0,3:22:5:0,2,4:0,0,5:24:8 chr10 82192713 . T A 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365391;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.022;QD=59.0418;RBI=0.0645561;REFB=0;REVB=0.0532201;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453267;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr10 82363340 . C A 872.59 PASS AF=0.517857;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.006404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.219;QD=20.7759;RBI=0.019506;REFB=-0.0239427;REVB=-0.0184248;RO=80;SAF=37;SAR=50;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986127;STB=0.551256;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0237775;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:80:81:87:87:0.517857:50:37:43:37:50:37:43:38 chr10 82363404 . A G 1146.3 PASS AF=0.540404;AO=107;DP=198;FAO=107;FDP=198;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0148638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9373;QD=23.1575;RBI=0.0222857;REFB=-0.0251552;REVB=-0.0166049;RO=90;SAF=50;SAR=57;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923173;STB=0.547758;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0178077;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:90:91:107:107:0.540404:57:50:52:38:57:50:52:39 chr10 82369195 . C T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0150889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.167;QD=17.223;RBI=0.0184195;REFB=-0.00337077;REVB=-0.0105642;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263641;STB=0.648194;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00422094;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:10:22:15:21:10:22:15:21 chr10 83637774 . AC A,AG 469.34 PASS AF=0.315789,0.2;AO=30,19;DP=95;FAO=30,19;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=1,14;FSAR=29,5;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0115927,-0.00955305;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.894,107.913;QD=19.7617;RBI=0.0176459,0.0355723;REFB=0.00347561,0.00423628;REVB=-0.0133037,0.0342655;RO=44;SAF=0,15;SAR=30,4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826177,0.45608;STB=0.916787,0.718308;STBP=0,0.03;TYPE=del,snp;VARB=-0.0451415,0.0103698;OID=.,.;OPOS=83637775,83637775;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789,0.2:30,19:95:30,19:95:46:1,14:29,5:20:26:99:44:0,15:30,4:18:26 chr10 84745256 . C T 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0385306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0297;QD=23.8181;RBI=0.0439228;REFB=-0.0237211;REVB=-0.0210857;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385187;STB=0.714097;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0105464;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:3:14:7:15:3:14 chr10 85944516 . G T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.008603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.377;QD=17.1565;RBI=0.00941141;REFB=-0.000270178;REVB=-0.00381614;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168577;STB=0.596104;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000380744;OID=.;OPOS=85944516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:13:7:9:8:13:7 chr10 85960395 . A G 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0140837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9336;QD=21.0067;RBI=0.0380295;REFB=-0.000843342;REVB=0.0353255;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237147;STB=0.634001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00227516;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:10:7:13:6:10:7 chr10 85972043 . A G 205.09 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=0.0268366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2772;QD=14.6495;RBI=0.0414905;REFB=-0.0208467;REVB=0.0316427;RO=32;SAF=23;SAR=1;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39312;STB=0.733775;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0387353;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:1:23:27:5:1:23:27:5 chr10 85974236 . T C 440.96 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0166418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.958;QD=14.6988;RBI=0.022447;REFB=-0.00482646;REVB=-0.0150639;RO=70;SAF=28;SAR=22;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625525;STB=0.535197;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0061836;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:22:28:35:35:22:28:35:35 chr10 85978939 . G A 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000163872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9661;QD=22.375;RBI=0.0362423;REFB=0.0181926;REVB=-0.0362419;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695308;STB=0.538296;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0128771;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:19:16:10:17:19:16:10:17 chr10 85981801 . T G 186.95 PASS AF=0.59375;AO=16;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0210769;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.481;QD=23.3685;RBI=0.028081;REFB=-0.0366107;REVB=0.0185555;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223444;STB=0.597067;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0199805;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:13:16:19:0.59375:11:5:8:6:13:6:7:6 chr10 85981842 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00936311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.648;QD=11.0196;RBI=0.0472421;REFB=-0.0293326;REVB=-0.046305;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.026221;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:4:4:1:5:4:4 chr10 85984423 . C T 358.89 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00192299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.402;QD=25.1851;RBI=0.0136117;REFB=-0.0183341;REVB=-0.0134752;RO=22;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157808;STB=0.586616;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.010441;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:13:22:9:13:13:22:9:13 chr10 85984723 . G A 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-8.09762e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.542;QD=21.3875;RBI=0.00241471;REFB=-0.0134299;REVB=-0.00241335;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195402;STB=0.607935;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0128454;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:14:19:9:18:14:19:9:18 chr10 85993836 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.057;QD=56.9383;RBI=0.0145122;REFB=0;REVB=0.00993616;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25834e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr10 86131003 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.012602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.086;QD=16.1724;RBI=0.0128356;REFB=-0.00985117;REVB=0.00243751;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262309;STB=0.6505;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0102363;OID=.;OPOS=86131003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:7:13:6:10:7:13 chr10 86131059 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0143844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.074;QD=17.3212;RBI=0.0162535;REFB=-0.00624558;REVB=0.00756735;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169121;STB=0.596892;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00962908;OID=.;OPOS=86131059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:8:10:6:10:8:10 chr10 86273249 . T C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0118574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.493;QD=24.2459;RBI=0.0149524;REFB=-0.0263993;REVB=0.00910908;RO=20;SAF=5;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255218;STB=0.643551;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0235452;OID=.;OPOS=86273249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:20:5:9:11:20:5:9:11 chr10 86274871 . C T 2351.0 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.973;QD=63.9728;RBI=0.00993937;REFB=0;REVB=0.00265081;RO=0;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97966e-06;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:76:71:0:0:76:71:0:0 chr10 88126072 . G A 726.76 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.263;QD=63.1962;RBI=0.0679336;REFB=0;REVB=0.0404488;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666411;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr10 88281450 . A C 337.74 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0473504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9768;QD=15.0107;RBI=0.0522641;REFB=-0.0154799;REVB=-0.022124;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160098;STB=0.584332;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0253263;OID=.;OPOS=88281450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:17:20:20:32:17:20:21:32 chr10 88414569 . C T 457.07 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=35;FWDB=0.0218612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2791;QD=23.143;RBI=0.0226903;REFB=-0.029019;REVB=0.00607749;RO=34;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310247;STB=0.669845;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0207676;OID=.;OPOS=88414569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:35:44:44:0.556962:34:10:0:34:34:10:0:35 chr10 88421041 . C T 130.7 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00353305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.147;QD=13.7577;RBI=0.0137676;REFB=-0.0170343;REVB=-0.0133065;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129131;STB=0.550955;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0339842;OID=.;OPOS=88421041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:5:10:17:5:5:10:17:6 chr10 88422116 . C T 1975.01 PASS AF=0.912162;AO=134;DP=148;FAO=135;FDP=148;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=96;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0380394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.26;QD=53.3786;RBI=0.046991;REFB=-0.135479;REVB=0.027589;RO=3;SAF=39;SAR=95;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187725;STB=0.549204;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0063348;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:148:148:3:13:134:135:0.912162:95:39:2:1:96:39:10:3 chr10 88426614 . TC T 166.61 PASS AF=0.396226;AO=43;DP=110;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0457463;FXX=0.0363603;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.3703;QD=6.28732;RBI=0.0844323;REFB=0.00506107;REVB=0.0709653;RO=55;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388854;STB=0.518859;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.0103377;OID=.;OPOS=88426615;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226:43:110:42:106:64:21:21:34:30:99:55:22:21:26:29 chr10 88505700 . T G 247.63 PASS AF=0.489796;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0126158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.473;QD=20.2147;RBI=0.0139537;REFB=-0.00543084;REVB=0.0059622;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313081;STB=0.673342;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00610163;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:25:25:21:24:0.489796:10:11:21:4:12:12:21:4 chr10 88635779 . C A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00957739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9829;QD=18.9993;RBI=0.0856177;REFB=-0.022305;REVB=-0.0850804;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0224121;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:7:10:7:10:7:10 chr10 88683890 . T A 446.26 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=31;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.427;QD=52.5015;RBI=0.0457789;REFB=-0.113812;REVB=-0.00318595;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.510198;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00449655;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:34:1:1:30:33:0.970588:22:8:0:1:24:9:0:1 chr10 88702350 . G C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3263;QD=54.5114;RBI=0.100014;REFB=0;REVB=0.028985;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360682;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 88717140 . T A 1556.85 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.472;QD=62.9032;RBI=0.0219318;REFB=0;REVB=0.0174312;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49887e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:45:52:0:0:47:52:0:0 chr10 88717154 . C T 1444.03 PASS AF=0.980769;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0268733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.37;QD=55.5397;RBI=0.0544606;REFB=-0.0225626;REVB=0.0473686;RO=3;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319465;STB=0.510867;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000234204;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:104:3:2:100:102:0.980769:43:57:0:3:45:57:0:2 chr10 88730106 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9529;QD=51.9163;RBI=0.056;REFB=0;REVB=0.0414924;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243985;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr10 88730177 . A G 206.35 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.172;QD=48.5534;RBI=0.102399;REFB=0;REVB=0.0679412;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236477;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr10 88730312 . T C 580.16 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0218414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5075;QD=55.2531;RBI=0.0249057;REFB=-0.067081;REVB=0.0119685;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.506326;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00516846;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:39:40:0.952381:24:15:1:1:25:15:1:1 chr10 88768253 . A G 854.77 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.613;QD=56.0507;RBI=0.0163766;REFB=-0.00944751;REVB=0.00849676;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000615872;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:0:1:60:60:0.983607:30:30:0:0:30:30:0:1 chr10 88768423 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.806;QD=33.4282;RBI=0.0253334;REFB=0;REVB=-0.0253121;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00088196;OID=.;OPOS=88768423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 88768657 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3013;QD=58.6006;RBI=0.0392088;REFB=0;REVB=0.00828161;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386987;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr10 88782082 . GAA GA,GAG 298.21 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=3,20;DP=23;FAO=3,20;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=3,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961482,-0.0936874;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.0939,54.7278;QD=51.8619;RBI=0.0983544,0.0936946;REFB=0,0;REVB=-0.0207147,-0.00116176;RO=0;SAF=0,10;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0265368,-0.00935512;OID=.,.;OPOS=88782083,88782084;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.869565:3,20:23:3,20:23:0:0,10:3,10:0:0:14:0:0,10:3,10:0:0 chr10 88782151 . C T 95.59 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.656;QD=38.2358;RBI=0.0728628;REFB=0;REVB=0.0561342;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030286;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr10 88820789 . T C 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00731355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.746;QD=15.0996;RBI=0.00864726;REFB=-0.00811392;REVB=-0.00461379;RO=31;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127551;STB=0.572969;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00949761;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:6:18:20:11:6:18:20:11 chr10 88988115 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0557861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.519;QD=24.0303;RBI=0.0557868;REFB=-0.0228844;REVB=0.000269498;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137561;STB=0.521711;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0132783;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:7:9:15:15:0.625:11:4:2:5:11:4:2:7 chr10 88992641 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.47;QD=42.1826;RBI=0.00774873;REFB=0;REVB=0.00430497;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.586e-05;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr10 89267957 . C T 496.05 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0134538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.418;QD=17.8755;RBI=0.0260163;REFB=-0.00637516;REVB=-0.0222675;RO=58;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080955;STB=0.544967;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00726205;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:31:22:29:29:31:22:29:29 chr10 89463480 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.111;QD=57.3858;RBI=0.0595566;REFB=0;REVB=0.0514972;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363282;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr10 89720907 . T G 599.03 PASS AF=0.392045;AO=69;DP=176;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0283269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6103;QD=13.6143;RBI=0.0296693;REFB=0.0171347;REVB=-0.00882342;RO=107;SAF=23;SAR=46;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804006;STB=0.545441;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0262901;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:107:107:69:69:0.392045:46:23:43:64:46:23:43:64 chr10 90345429 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2993;QD=60.0304;RBI=0.0495766;REFB=0;REVB=0.0420189;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142908;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr10 90356598 . A G 1790.61 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733851;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.194;QD=61.2173;RBI=0.00938351;REFB=0;REVB=-0.00584778;RO=0;SAF=27;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38893e-05;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:90:27:0:0:90:27:0:0 chr10 90530660 . C A 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0479216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9811;QD=20.2733;RBI=0.0506057;REFB=0.0117958;REVB=0.0162622;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400635;STB=0.522201;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0164051;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:21:24:22:23:21:24 chr10 90537942 . C T 507.28 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0334387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5736;QD=16.497;RBI=0.0341325;REFB=0.00558631;REVB=0.00684702;RO=68;SAF=31;SAR=24;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163962;STB=0.591397;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00934366;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:68:55:55:0.447154:24:31:27:41:24:31:27:41 chr10 90580144 . C T 444.45 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.000116066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.012;QD=16.461;RBI=0.0490456;REFB=-0.0156883;REVB=-0.0490455;RO=58;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266607;STB=0.5102;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0172925;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:49:49:0.453704:24:25:28:30:24:25:29:30 chr10 90585819 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00501598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.668;QD=7.25929;RBI=0.0343908;REFB=0.00139739;REVB=-0.034023;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204136;STB=0.512795;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00392795;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:15:14:5:5:15:14 chr10 90749256 . G A 1092.87 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.352;QD=56.7722;RBI=0.0402077;REFB=-0.174945;REVB=0.0282268;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.50158;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000854359;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:77:0:2:73:75:0.974026:42:31:0:0:42:33:1:1 chr10 90771829 . T C 601.34 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00364846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1913;QD=58.6672;RBI=0.0492818;REFB=-0.179241;REVB=-0.0491465;RO=1;SAF=11;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00555769;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:29:11:1:0:29:11:1:0 chr10 90966546 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0428714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.972;QD=10.1699;RBI=0.0531102;REFB=-0.0141534;REVB=-0.0313487;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265921;STB=0.656892;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0281992;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:17:5:5:6:17:5 chr10 90966996 . C G 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0457921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0371;QD=22.1881;RBI=0.0462255;REFB=-0.0107602;REVB=0.00631498;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110704;STB=0.561992;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00873861;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:10:12:10:14:10:12 chr10 91007339 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0100918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.417;QD=18.4833;RBI=0.0184754;REFB=-0.00122444;REVB=0.0154756;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214966;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000651643;OID=.;OPOS=91007339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:10:9:9:11:10:9:9:12 chr10 91007360 . T G 184.23 PASS AF=0.487179;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0252901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.324;QD=18.895;RBI=0.0252909;REFB=0.00133856;REVB=-0.000205355;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753757;STB=0.512182;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00121638;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:20:20:16:19:0.487179:10:6:9:11:10:9:9:11 chr10 91066460 . T A 861.08 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.557;QD=57.4052;RBI=0.0156087;REFB=0;REVB=-0.0128823;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55229e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:40:20:0:0 chr10 91066769 . C A 1047.8 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462265;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.218;QD=59.8742;RBI=0.0056386;REFB=0;REVB=-0.00322877;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09996e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr10 91067595 . C G 1767.0 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.244;QD=60.4104;RBI=0.0315467;REFB=0;REVB=-0.010817;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351261;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:117:0:0:108:117:1:60:48:0:0:60:57:0:0 chr10 91099943 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.486;QD=59.0176;RBI=0.0778044;REFB=0;REVB=0.0775228;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311313;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr10 91100068 . C A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0332966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.397;QD=24.4132;RBI=0.0355946;REFB=-0.0171565;REVB=-0.0125822;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202199;STB=0.615162;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0166555;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:2:3:3:8:2:3 chr10 91143529 . T A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.289;QD=59.6775;RBI=0.0192218;REFB=0;REVB=0.0120236;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34416e-05;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr10 91162182 . C T 456.73 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0161107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1478;QD=26.0989;RBI=0.0458625;REFB=-0.0444192;REVB=0.0429397;RO=27;SAF=23;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11575;STB=0.563174;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0314122;OID=.;OPOS=91162182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:20:23:10:17:20:23:10:17 chr10 91162497 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216794;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.616;QD=56.7066;RBI=0.022193;REFB=0;REVB=0.00474674;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39046e-05;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 91162677 . C T 255.67 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00354241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7129;QD=29.2199;RBI=0.00492458;REFB=-0.0500068;REVB=0.00342094;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100496;STB=0.555506;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0207335;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:6:6:15:8:6:6 chr10 91178000 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.099;QD=62.3509;RBI=0.0262043;REFB=0;REVB=0.0048824;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129633;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr10 91179138 . C A,CTA 1205.56 PASS AF=0.952941,0.0235294;AO=2,2;DP=7;FAO=81,2;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=50,2;FSAR=31,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.158903,0.0102853;FXX=0.0116266;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=187.914,41.0638;QD=56.732;RBI=0.159257,0.652508;REFB=-0.142983,-0.186765;REVB=0.0106131,0.652426;RO=2;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509802,0.5;STBP=0.307,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00266942,0.0528643;OID=.,.;OPOS=91179138,91179139;OREF=C,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:7:85:2:2:2,2:81,2:0.952941,0.0235294:0,0:2,2:2:0:31,0:50,2:2:0 chr10 91222287 . A C 1196.42 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504319;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1735;QD=61.3549;RBI=0.0509748;REFB=0;REVB=0.00741953;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565898;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:49:29:0:0 chr10 91352966 . G A 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8126;QD=61.8752;RBI=0.02393;REFB=0;REVB=0.0152711;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42214e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:70:55:0:0:70:55:0:0 chr10 91468925 . C G 537.7 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.453;QD=59.7441;RBI=0.0382934;REFB=0;REVB=0.00853084;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90104e-05;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:22:12:0:0:22:14:0:0 chr10 91487649 . A T 964.46 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0760565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.186;QD=55.9105;RBI=0.0881193;REFB=-0.11646;REVB=0.0445019;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00469133;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:38:29:0:0:38:29:0:2 chr10 91488979 . A T 1803.75 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.736;QD=61.1441;RBI=0.0332769;REFB=0;REVB=0.0326384;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80207e-05;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr10 91498127 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6808;QD=55.0979;RBI=0.0312586;REFB=0;REVB=0.012187;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629101;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 91738556 . C A 1343.66 PASS AF=0.988636;AO=88;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0236628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7404;QD=61.0756;RBI=0.0353287;REFB=-0.0412907;REVB=-0.0262333;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.504586;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000266579;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:88:87:0.988636:33:55:0:0:33:54:1:0 chr10 91923501 . G A 1069.37 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237398;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.081;QD=60.2463;RBI=0.0328513;REFB=0;REVB=0.0227076;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56208e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr10 92456074 . C T 449.02 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0104915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.424;QD=16.944;RBI=0.0194868;REFB=-0.0132585;REVB=0.0164214;RO=57;SAF=24;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155548;STB=0.508667;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0152967;OID=.;OPOS=92456074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:25:24:27:30:25:24:27:30 chr10 92456132 . T C 647.54 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00027693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.681;QD=18.3699;RBI=0.00702933;REFB=-0.0215527;REVB=-0.00702388;RO=75;SAF=32;SAR=34;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559763;STB=0.531025;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0236421;OID=.;OPOS=92456132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:34:32:32:43:34:32:32:43 chr10 92677496 . C T 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00512766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.565;QD=14.2151;RBI=0.00628255;REFB=-0.0127717;REVB=-0.00363009;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919337;STB=0.560378;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0239555;OID=.;OPOS=92677496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:19:11:19:23:19:11:20:23 chr10 93600398 . T C 408.06 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0236998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.212;QD=17.7416;RBI=0.0241379;REFB=-0.0287133;REVB=-0.00457827;RO=49;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362286;STB=0.515097;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0327763;OID=.;OPOS=93600398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:23:19:24:25:23:19:24:26 chr10 93667635 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.487;QD=63.583;RBI=0.0162754;REFB=0;REVB=-0.00337471;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89425e-05;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr10 93841227 . A G 785.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.202;QD=57.1279;RBI=0.0522541;REFB=0;REVB=0.0218778;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262155;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr10 93999850 . A G 91.88 PASS AF=0.25641;AO=5;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0161753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.479;QD=9.42354;RBI=0.0926242;REFB=-0.0155112;REVB=0.0912009;RO=22;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230711;STB=0.613797;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0676693;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:39:22:27:5:10:0.25641:1:4:14:8:3:7:15:12 chr10 93999971 . T G 68.8 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00226305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.749;QD=15.2897;RBI=0.0183442;REFB=-0.0071114;REVB=-0.018204;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.636106;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00968932;OID=.;OPOS=93999971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:8:9:0.5:2:6:8:1:3:6:8:1 chr10 94267389 . T C 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00124596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.405;QD=14.8587;RBI=0.012306;REFB=-0.0106914;REVB=-0.0122427;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176597;STB=0.509994;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0148948;OID=.;OPOS=94267389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:21:12:16:30:21:12:16:30 chr10 94695617 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.506;QD=57.2373;RBI=0.0397989;REFB=0;REVB=0.0378815;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57927e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr10 95072906 . T C 1250.02 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0089425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.75;QD=60.2419;RBI=0.00903527;REFB=-0.136127;REVB=0.00129143;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000423896;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:52:30:0:0:52:30:0:1 chr10 95083039 . C T 550.53 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0040505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.084;QD=20.9725;RBI=0.00962019;REFB=1.34808e-05;REVB=0.00872591;RO=47;SAF=18;SAR=37;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124588;STB=0.506664;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=2.3551e-05;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:49:55:56:0.533333:37:18:16:31:37:19:16:33 chr10 95168634 . A G 478.3 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00575537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2838;QD=16.9308;RBI=0.00604166;REFB=-0.0205344;REVB=-0.00183776;RO=60;SAF=19;SAR=33;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196269;STB=0.605359;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.011676;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:61:52:52:0.460177:33:19:34:26:33:19:34:27 chr10 95216623 . A G 753.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111182;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.381;QD=61.5116;RBI=0.0124956;REFB=-0.0574733;REVB=-0.00570318;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000136566;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:1:0:23:25:1:0 chr10 95237963 . A G 913.68 PASS AF=0.564103;AO=88;DP=157;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=0.0250607;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6854;QD=23.4277;RBI=0.0568247;REFB=-0.0313675;REVB=-0.0510001;RO=66;SAF=36;SAR=52;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752427;STB=0.545946;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0197221;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:66:68:88:88:0.564103:52:36:21:45:52:36:21:47 chr10 95262981 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1152;QD=61.6839;RBI=0.065019;REFB=0;REVB=0.0636809;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824269;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr10 95279506 . A T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.737;QD=59.5015;RBI=0.0177702;REFB=0;REVB=0.0120096;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00868e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr10 95279653 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.583;QD=62.0215;RBI=0.0423539;REFB=0;REVB=0.016768;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535604;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr10 95381773 . T A 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00663639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.701;QD=18.3093;RBI=0.0129975;REFB=-0.00990488;REVB=-0.0111756;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466771;STB=0.518977;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0136266;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:19:18:17:22:19:18:18:22 chr10 95389041 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00456946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.828;QD=19.9735;RBI=0.00521185;REFB=-0.00789759;REVB=-0.00250668;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074305;STB=0.541207;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0112231;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:20:15:19:18:20:15 chr10 95389083 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0091314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.577;QD=15.9155;RBI=0.00942047;REFB=-0.00634589;REVB=0.00231578;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226305;STB=0.627815;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00702278;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:18:10:20:14:18:10:20:14 chr10 95395364 . C G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00311893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.624;QD=6.73536;RBI=0.00368702;REFB=-0.00677653;REVB=0.00196631;RO=35;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571853;STB=0.858075;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0117082;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:2:9:11:24:2:9:11:25 chr10 95433124 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0123036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.128;QD=15.5712;RBI=0.0139588;REFB=-0.00169167;REVB=0.00659314;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00168278;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:3:9:6:5:3:9 chr10 95454681 . G C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00118868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.084;QD=13.8995;RBI=0.00405182;REFB=-0.00917972;REVB=0.00387354;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357347;STB=0.702322;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00877283;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:9:25:9:15:9:25 chr10 95458141 . A G 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0252851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.136;QD=8.32882;RBI=0.0280281;REFB=-0.00796355;REVB=0.0120928;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311179;STB=0.518619;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0137068;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:10:9:23:23:10:9:23:23 chr10 95459817 . C T 1655.58 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0312705;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0043;QD=57.5855;RBI=0.054034;REFB=-0.160444;REVB=0.0440662;RO=2;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158207;STB=0.50366;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00288492;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:115:2:3:112:112:0.973913:59:53:0:2:59:53:1:2 chr10 95552653 . T C 815.37 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0357233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.4061;QD=50.1765;RBI=0.0362489;REFB=-0.151307;REVB=0.00615064;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530854;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0082441;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:0:5:60:60:0.923077:38:22:0:0:38:22:0:5 chr10 95791613 . T C 888.59 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.732;QD=56.4183;RBI=0.018989;REFB=-0.103795;REVB=0.0140681;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000443774;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:34:28:1:0:34:28:1:0 chr10 95791763 . G A 947.85 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000742421;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.903;QD=58.3293;RBI=0.00556538;REFB=0;REVB=0.00551564;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354885;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr10 96039596 . CG C,CC 1028.04 PASS AF=0.0142857,0.985714;AO=12,57;DP=70;FAO=1,69;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112109,0.0090055;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.2729,96.0238;QD=58.7452;RBI=0.0395166,0.11257;REFB=0,0;REVB=-0.0378929,0.112209;RO=0;SAF=0,17;SAR=12,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.57065e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0371724,0.00155859;OID=.,.;OPOS=96039597,96039597;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0142857,0.985714:12,57:70:1,69:70:0:1,17:0,52:0:0:4:0:0,17:12,40:0:0 chr10 96058298 . C T 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0263166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.223;QD=11.9866;RBI=0.0274162;REFB=0.0016942;REVB=0.00768662;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247934;STB=0.514276;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00429955;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:17:12:20:31:17:12:20:31 chr10 96066341 . A G 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000595824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.754;QD=21.9866;RBI=0.00545692;REFB=-0.000832003;REVB=0.00542429;RO=42;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273578;STB=0.515087;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000734844;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:25:22:21:21:25:22:21:21 chr10 96068432 . T C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00349415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.918;QD=24.3902;RBI=0.00477452;REFB=-0.00237692;REVB=0.00325377;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218355;STB=0.512183;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00208894;OID=.;OPOS=96068432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:8:6:8:12:8:6 chr10 96106240 . G C 250.38 PASS AF=0.48;AO=19;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.010371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.345;QD=20.0302;RBI=0.0126136;REFB=-0.00809972;REVB=0.00717955;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221404;STB=0.607047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0170479;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:26:19:24:0.48:14:5:10:11:18:6:11:15 chr10 96163039 . C G 223.79 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0502786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6367;QD=42.6272;RBI=0.0504065;REFB=0.000559283;REVB=0.00358905;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575091;STB=0.531218;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0011164;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:4:15:2:0:4:15:2:0 chr10 96305729 . T C 1187.61 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0219174;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.485;QD=59.3805;RBI=0.0283104;REFB=-0.112576;REVB=0.0179195;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000593193;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:78:79:0.9875:36:42:0:1:37:42:0:1 chr10 96313960 . A C 1309.5 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101914;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.212;QD=60.9068;RBI=0.0168676;REFB=-0.0968257;REVB=0.0134407;RO=1;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869298;STB=0.504586;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=1.32504e-05;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:54:31:0:1:54:31:0:1 chr10 96493058 . C T 238.34 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0146776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9756;QD=16.1583;RBI=0.0366614;REFB=-0.0297091;REVB=-0.033595;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227638;STB=0.629368;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0427377;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:20:7:15:17:20:7:15:17 chr10 96541616 . G A 320.23 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0134599;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.364;QD=19.1182;RBI=0.0327984;REFB=-0.00942272;REVB=-0.0299093;RO=24;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182549;STB=0.563281;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0103199;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:24:31:32:32:0.477612:12:20:20:4:12:20:23:8 chr10 96602622 . C T 597.06 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0125589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.504;QD=21.1349;RBI=0.0140702;REFB=-0.0149634;REVB=0.0063438;RO=52;SAF=35;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556779;STB=0.508318;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0132041;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:53:60:60:0.530973:25:35:30:22:25:35:30:23 chr10 96827178 . T C 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0242317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.604;QD=19.9986;RBI=0.0290517;REFB=-0.0231736;REVB=0.0160258;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101903;STB=0.556488;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0223858;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:11:19:17:16:11:19 chr10 97116219 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1755;QD=63.5814;RBI=0.0236474;REFB=0;REVB=0.022741;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197575;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr10 97127462 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.656;QD=51.1838;RBI=0.0804096;REFB=0;REVB=-0.0263148;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394267;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr10 97141523 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8237;QD=57.2364;RBI=0.0181657;REFB=0;REVB=0.00587448;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147872;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr10 97192324 . A G 2293.2 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.085;QD=63.7001;RBI=0.018149;REFB=0;REVB=0.00388847;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69849e-05;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:72:71:0:0:73:71:0:0 chr10 97447373 . A T 2809.13 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.697;QD=62.7738;RBI=0.0528505;REFB=0;REVB=0.052767;RO=0;SAF=97;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06418e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:82:97:0:0:82:97:0:0 chr10 97626051 . GT G,TG 1477.7 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=23,6;DP=103;FAO=99,6;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=42,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.01776,0.100962;FXX=0.00943307;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.4873,123.647;QD=56.2932;RBI=1.10822,0.122795;REFB=0,0;REVB=0.438539,0.0698947;RO=72;SAF=0,0;SAR=23,6;SRF=56;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.845238,-0.709589;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.031726,0.0332775;OID=.,.;OPOS=97626052,97626051;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:103:105:72:0:23,6:99,6:0.942857,0.0571429:23,6:0,0:56:16:42,6:57,0:0:0 chr10 97628597 . T G 311.99 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00365205;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.352;QD=16.6394;RBI=0.00730783;REFB=-0.00961764;REVB=-0.00632984;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212341;STB=0.501193;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.014682;OID=.;OPOS=97628597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:23:18:15:19:23:18 chr10 97698370 . C T 745.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.201;QD=63.429;RBI=0.045469;REFB=0;REVB=0.00969504;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235931;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr10 97784683 . C T 595.18 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.000928597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.654;QD=20.8836;RBI=0.007995;REFB=-0.00606106;REVB=0.00794089;RO=54;SAF=17;SAR=43;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328176;STB=0.518066;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00559766;OID=.;OPOS=97784683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:43:17:17:37:43:17:17:37 chr10 97818692 . T C 392.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.903;QD=56.0272;RBI=0.032514;REFB=0;REVB=-0.0260936;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347456;OID=.;OPOS=97818692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr10 97918320 . A G 156.13 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0018692;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.057;QD=14.8693;RBI=0.0120393;REFB=0.000412994;REVB=-0.0118933;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441772;STB=0.764394;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0018081;OID=.;OPOS=97918320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:4:13:8:16:4:13:8:17 chr10 97918915 . A C 249.74 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000536011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.197;QD=18.4991;RBI=0.0163696;REFB=-0.00629562;REVB=0.0163609;RO=27;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206167;STB=0.616486;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00742459;OID=.;OPOS=97918915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:21:6:11:16:21:6:11:16 chr10 97920099 . T TC 575.54 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.8319;QD=46.9827;RBI=0.0623183;REFB=0;REVB=0.0457043;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000471478;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:51:49:49:0:19:30:0:0:10:2:19:29:2:0 chr10 97959237 . C A 494.18 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0122939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.005;QD=16.2026;RBI=0.0127377;REFB=0.00244427;REVB=-0.00333293;RO=68;SAF=25;SAR=29;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662693;STB=0.537023;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00345857;OID=.;OPOS=97959237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:29:25:36:32:29:25:36:32 chr10 98078127 . C T 964.01 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0377439;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7222;QD=54.3104;RBI=0.0382753;REFB=-0.0736973;REVB=0.00635604;RO=4;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341533;STB=0.509637;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00204423;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:71:4:3:67:68:0.957746:29:38:1:3:30:38:1:2 chr10 98078239 . A G 1030.11 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3889;QD=58.0341;RBI=0.0468238;REFB=-0.142701;REVB=0.0234657;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00331049;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:1:0:37:33:1:0 chr10 98287261 . G C 368.4 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00152156;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.965;QD=47.535;RBI=0.010776;REFB=0.0870643;REVB=-0.010668;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000754916;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:28:28:0.903226:14:14:1:1:14:14:2:1 chr10 98380277 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.576;QD=57.8839;RBI=0.0288958;REFB=0;REVB=0.0286781;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104866;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr10 98386558 . G A 1395.74 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9191;QD=62.7299;RBI=0.0325603;REFB=0;REVB=0.00286102;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227267;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr10 98469693 . C T 741.76 PASS AF=0.413462;AO=84;DP=208;FAO=86;FDP=208;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.0152515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.464;QD=14.2646;RBI=0.0277666;REFB=-0.00107894;REVB=-0.0232029;RO=123;SAF=49;SAR=35;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590949;STB=0.52198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00165277;OID=.;OPOS=98469693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:123:122:84:86:0.413462:35:49:65:58:37:49:65:57 chr10 98741293 . A G 308.07 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0216448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.287;QD=20.8858;RBI=0.0222457;REFB=-0.0259733;REVB=0.00513539;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101953;STB=0.556459;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0232727;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:16:11:17:15:16:11 chr10 98742021 . C T 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00410595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0744;QD=15.2555;RBI=0.112528;REFB=0.0133307;REVB=0.112453;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737004;STB=0.542331;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.016377;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:20:10:8:12:20:10 chr10 98742605 . C T 293.97 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0114247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.373;QD=20.6295;RBI=0.0114534;REFB=-0.0154172;REVB=-0.000809994;RO=26;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117687;STB=0.549967;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0123604;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:22:8:10:16:22:9:10:16 chr10 98742750 . A C 420.86 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0350901;FXX=0.0384566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1224;QD=22.4456;RBI=0.0385841;REFB=-0.0250175;REVB=0.0160443;RO=34;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114818;STB=0.506326;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.025391;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:34:34:41:41:0.546667:15:26:22:12:15:26:22:12 chr10 98742968 . CAAA C 243.22 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00234147;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=3;MLLD=165.674;QD=13.8985;RBI=0.0114602;REFB=-0.0137855;REVB=-0.0112184;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141163;STB=0.571388;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0129935;OID=.;OPOS=98742969;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:35:70:35:70:35:15:20:20:15:99:34:15:20:20:14 chr10 98808866 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.674;QD=57.1062;RBI=0.00976186;REFB=0;REVB=0.00473955;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.029e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr10 98819317 . A G 690.86 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.388;QD=54.1847;RBI=0.0507459;REFB=-0.0871991;REVB=-0.000391846;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000256349;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:29:20:0:1:30:20:0:1 chr10 98901433 . C T 1713.99 PASS AF=0.814815;AO=132;DP=162;FAO=132;FDP=162;FR=.;FRO=30;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0079036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.127;QD=42.3207;RBI=0.00973879;REFB=-0.0482283;REVB=-0.0056901;RO=30;SAF=57;SAR=75;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070857;STB=0.537629;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00487053;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:30:30:132:132:0.814815:75:57:19:11:75:57:19:11 chr10 98901434 . G A 163.91 PASS AF=0.182927;AO=30;DP=164;FAO=30;FDP=164;FR=.;FRO=134;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=-0.00797866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.66;QD=3.99771;RBI=0.00799273;REFB=-0.00510235;REVB=-0.000474074;RO=134;SAF=19;SAR=11;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262673;STB=0.666558;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0383876;OID=.;OPOS=98901434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:134:134:30:30:0.182927:11:19:57:77:11:19:57:77 chr10 98901438 . TG CA,CG 505.47 PASS AF=0.195122,0.195122;AO=32,31;DP=166;FAO=32,32;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=12,20;FSAR=20,12;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0263045,-0.0179678;FXX=0.0120475;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=144.042,113.56;QD=12.3285;RBI=0.0280072,0.0188303;REFB=-0.00488266,-0.00304482;REVB=-0.00961643,0.00563349;RO=100;SAF=12,20;SAR=20,11;SRF=47;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121564,0.220715;STB=0.573883,0.617797;STBP=0.341,0.145;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0323814,0.00688534;OID=.,.;OPOS=98901438,98901438;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:100:100:32,31:32,32:0.195122,0.195122:20,11:12,20:47:53:20,12:12,20:47:53 chr10 98901460 . T C 1314.22 PASS AF=0.649718;AO=114;DP=176;FAO=115;FDP=177;FR=.;FRO=62;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0462829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.68;QD=29.6998;RBI=0.0575734;REFB=-0.0538541;REVB=0.0342431;RO=57;SAF=50;SAR=64;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439042;STB=0.531272;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.042304;OID=.;OPOS=98901460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:57:62:114:115:0.649718:64:50:29:28:64:51:33:29 chr10 98901463 . T C 40.6 PASS AF=0.0731707;AO=15;DP=205;FAO=15;FDP=205;FR=.;FRO=190;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=108;FWDB=-0.0103782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.661;QD=0.792181;RBI=0.0130192;REFB=-0.00419113;REVB=-0.00786078;RO=189;SAF=3;SAR=12;SRF=81;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273959;STB=0.738786;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0269627;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:205:205:189:190:15:15:0.0731707:12:3:81:108:12:3:82:108 chr10 98901472 . C T 180.08 PASS AF=0.167464;AO=35;DP=210;FAO=35;FDP=209;FR=.;FRO=174;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=85;FSRR=89;FWDB=-0.0561912;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.492;QD=3.44655;RBI=0.0600423;REFB=-0.00441878;REVB=-0.0211571;RO=173;SAF=3;SAR=32;SRF=85;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582102;STB=0.885566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0280834;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:173:174:35:35:0.167464:32:3:85:88:32:3:85:89 chr10 98901475 . T C 99.55 PASS AF=0.117371;AO=25;DP=213;FAO=25;FDP=213;FR=.;FRO=188;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=88;FSRR=100;FWDB=-0.0063596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.695;QD=1.86954;RBI=0.0152802;REFB=-0.0048481;REVB=0.0138939;RO=187;SAF=1;SAR=24;SRF=87;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600178;STB=0.944725;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0752026;OID=.;OPOS=98901475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:187:188:25:25:0.117371:24:1:87:100:24:1:88:100 chr10 98901480 . T C 113.32 PASS AF=0.126168;AO=27;DP=213;FAO=27;FDP=214;FR=.;FRO=187;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=87;FSRR=100;FWDB=-0.00354238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.776;QD=2.11808;RBI=0.0141867;REFB=-0.00670431;REVB=-0.0137374;RO=184;SAF=1;SAR=26;SRF=86;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619617;STB=0.94742;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0272699;OID=.;OPOS=98901480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:184:187:27:27:0.126168:26:1:86:98:26:1:87:100 chr10 98901487 . C T 176.12 PASS AF=0.163551;AO=35;DP=211;FAO=35;FDP=214;FR=.;FRO=179;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=-0.0562901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2288;QD=3.29199;RBI=0.0735525;REFB=-0.0115241;REVB=-0.0473433;RO=175;SAF=3;SAR=32;SRF=82;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565903;STB=0.879373;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0541641;OID=.;OPOS=98901487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:175:179:35:35:0.163551:32:3:82:93:32:3:84:95 chr10 98901493 . TG CA 168.64 PASS AF=0.161765;AO=33;DP=205;FAO=33;FDP=204;FR=.;FRO=171;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=78;FSRR=93;FWDB=-0.0236882;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140;QD=3.3067;RBI=0.0327864;REFB=-0.00635432;REVB=-0.0226674;RO=169;SAF=5;SAR=28;SRF=77;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438204;STB=0.793248;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0392325;OID=.;OPOS=98901493;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:169:171:33:33:0.161765:28:5:77:92:28:5:78:93 chr10 98901498 . C T 106.11 PASS AF=0.123762;AO=25;DP=201;FAO=25;FDP=202;FR=.;FRO=177;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=115;FWDB=-0.0452444;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.713;QD=2.1012;RBI=0.0842313;REFB=-0.00191637;REVB=-0.0710482;RO=173;SAF=19;SAR=6;SRF=60;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487266;STB=0.825267;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0417578;OID=.;OPOS=98901498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:173:177:25:25:0.123762:6:19:60:113:6:19:62:115 chr10 98901503 . C T 100.71 PASS AF=0.120192;AO=24;DP=207;FAO=25;FDP=208;FR=.;FRO=183;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=120;FWDB=-0.0269419;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7514;QD=1.93665;RBI=0.06172;REFB=-0.00398907;REVB=-0.0555291;RO=181;SAF=19;SAR=5;SRF=63;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514619;STB=0.829295;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0178689;OID=.;OPOS=98901503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:181:183:24:25:0.120192:5:19:63:118:6:19:63:120 chr10 98901528 . C T 2367.89 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159617;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.297;QD=61.1069;RBI=0.0160106;REFB=0;REVB=0.00125048;RO=0;SAF=45;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198805;OID=.;OPOS=98901528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:110:45:0:0:110:45:0:0 chr10 99019177 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.675;QD=62.7613;RBI=0.032993;REFB=0;REVB=0.0329135;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43129e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr10 99080246 . CT C 917.43 PASS AF=1;AO=84;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4849;QD=41.2327;RBI=0.0604532;REFB=0;REVB=0.0555822;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00146431;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:89:89:89:0:52:37:0:0:18:0:52:32:0:0 chr10 99080585 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.028703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.449;QD=40.6394;RBI=0.028852;REFB=-0.0155475;REVB=-0.00292868;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.571319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-6.04063e-05;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:1:0:11:3:1:0 chr10 99080871 . G T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=11;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0495764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5983;QD=16.8965;RBI=0.0778418;REFB=0.0142181;REVB=0.0600127;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200183;STB=0.588044;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00615687;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:11:10:0.526316:9:2:3:5:8:2:3:6 chr10 99080981 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8289;QD=39.2067;RBI=0.123511;REFB=0;REVB=-0.0681196;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249765;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr10 99116903 . C T 383.66 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00833557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.478;QD=20.1927;RBI=0.0159842;REFB=-0.00788622;REVB=-0.0136386;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351619;STB=0.525948;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00905952;OID=.;OPOS=99116903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:20:19:19:17:20:19:20:17 chr10 99118382 . T C 578.02 PASS AF=0.557895;AO=51;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0221281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.481;QD=24.3375;RBI=0.0372359;REFB=-0.0258359;REVB=-0.0299476;RO=42;SAF=29;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959531;STB=0.541932;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0163197;OID=.;OPOS=99118382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:51:53:0.557895:22:29:19:23:24:29:19:23 chr10 99125949 . C T 509.55 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0553842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.34;QD=21.0125;RBI=0.056104;REFB=-0.0203754;REVB=0.00895774;RO=48;SAF=21;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493446;STB=0.527262;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0190115;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:28:21:18:30:28:21:18:30 chr10 99126249 . G A 249.91 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0139604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.134;QD=16.6609;RBI=0.0182447;REFB=-0.00876183;REVB=0.0117463;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181094;STB=0.584553;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0133719;OID=.;OPOS=99126249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:27:28:0.466667:19:8:15:17:19:9:15:17 chr10 99130762 . GCCCCG GCCC,GCCCG 52.43 PASS AF=0.5,0;AO=3,4;DP=16;FAO=8,0;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0982721,-0.143563;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.2489,11.1312;QD=13.1081;RBI=0.147659,0.148577;REFB=-0.0810836,-0.134897;REVB=-0.110208,0.0382725;RO=8;SAF=1,4;SAR=2,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103748,0.75998;STB=0.624687,0.5;STBP=0.419,1;TYPE=del,del;VARB=0.0979278,0.0641278;OID=.,.;OPOS=99130766,99130763;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:3,4:16:8,0:16:8:5,0:3,0:3:5:44:8:1,4:2,0:2:6 chr10 99139505 . A T 176.13 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00858046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.166;QD=29.3556;RBI=0.0125635;REFB=-0.00129637;REVB=0.00917694;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817028;STB=0.545399;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00073906;OID=.;OPOS=99139505;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:3:4:12:5:3:4 chr10 99141205 . A G 205.01 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000993695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.501;QD=13.6672;RBI=0.00534059;REFB=-0.0102784;REVB=-0.00524733;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883059;STB=0.559392;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.015616;OID=.;OPOS=99141205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:15:9:16:19:16:9:16:19 chr10 99141484 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0317217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.765;QD=13.5765;RBI=0.0514906;REFB=-0.00638508;REVB=0.0405588;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531461;STB=0.823786;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0189266;OID=.;OPOS=99141484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:12:1:8:11:12:1:8:11 chr10 99155984 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00240956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.068;QD=4.81087;RBI=0.0770609;REFB=-0.00374258;REVB=-0.0770232;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181629;STB=0.620311;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0112077;OID=.;OPOS=99155984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:15:8:3:3:15:8 chr10 99160152 . A G 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00507036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.514;QD=24.315;RBI=0.00963764;REFB=-0.00780702;REVB=-0.00819608;RO=31;SAF=13;SAR=30;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074095;STB=0.540716;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00501003;OID=.;OPOS=99160152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:30:13:12:19:30:13:12:19 chr10 99160965 . A G 1199.51 PASS AF=0.97561;AO=81;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0321013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5398;QD=58.5129;RBI=0.0364732;REFB=-0.0460999;REVB=0.0173149;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.513155;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00241663;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:81:80:0.97561:43:38:1:0:43:37:2:0 chr10 99181008 . G A 161.34 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.042479;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4513;QD=17.9264;RBI=0.089702;REFB=-0.0187209;REVB=-0.0790063;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372062;STB=0.724801;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0154314;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:17:17:0.472222:14:3:10:10:14:3:10:9 chr10 99205686 . A G 269.97 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0115648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.806;QD=17.4175;RBI=0.0138;REFB=-0.0145829;REVB=0.00752962;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438144;STB=0.519987;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0193218;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:32:28:30:0.483871:17:11:14:18:18:12:14:18 chr10 99219885 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00771039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.408;QD=20.563;RBI=0.0206056;REFB=0.000111928;REVB=-0.0191086;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136756;STB=0.575785;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000293462;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:8:17:15:14:8:17 chr10 99220707 . C T 143.98 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0258708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0915;QD=15.1555;RBI=0.0355964;REFB=-0.00940601;REVB=0.0244501;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173115;STB=0.599199;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0115156;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:16:6:7:9:16:6 chr10 99229394 . G A 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0211395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.928;QD=21.6299;RBI=0.0392553;REFB=-0.0129964;REVB=0.0330772;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188806;STB=0.597493;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0115115;OID=.;OPOS=99229394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:21:9:12:11:21:9:12:12 chr10 99240048 . C T 303.2 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0514568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.559;QD=22.0507;RBI=0.0515952;REFB=-0.0187264;REVB=0.00377686;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865051;STB=0.547914;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0150078;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:11:13:20:11:11:13 chr10 99240758 . G C 1990.3 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.909;QD=62.1968;RBI=0.0274057;REFB=0;REVB=0.0197039;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24534e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:66:61:0:0:66:62:0:0 chr10 99332488 . A C 181.09 PASS AF=0.423077;AO=16;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.00278293;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.675;QD=13.93;RBI=0.0387582;REFB=-0.0263172;REVB=0.0386581;RO=23;SAF=16;SAR=0;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.58287;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0393997;OID=.;OPOS=99332488;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:30:16:22:0.423077:0:16:23:0:6:16:25:5 chr10 99337572 . G A 534.83 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=40;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00692232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.72;QD=26.4111;RBI=0.0253219;REFB=-0.0196226;REVB=-0.0243573;RO=32;SAF=40;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298937;STB=0.664818;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00862106;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:9:40:16:16:9:40:16:16 chr10 99498234 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8582;QD=58.6001;RBI=0.0812385;REFB=0;REVB=-0.0795056;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563961;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:20:42:0:0:20:44:0:0 chr10 99504630 . G T 508.29 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00403932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4721;QD=56.4762;RBI=0.0324905;REFB=-0.0858107;REVB=0.0322384;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0104148;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr10 99969568 . A G 226.4 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00378504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.795;QD=17.087;RBI=0.00425475;REFB=0.0084018;REVB=-0.00194328;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061768;STB=0.534856;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00794938;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:15:13:10:15:15:13 chr10 99991408 . A G,T 2031.17 PASS AF=0.954887,0.0451128;AO=127,6;DP=133;FAO=127,6;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75,1;FSAR=52,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111319,-0.00220679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.457,44.2218;QD=61.0877;RBI=0.0156111,0.00472938;REFB=0,0;REVB=0.0109447,-0.00418296;RO=0;SAF=75,1;SAR=52,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00129349,0.148643;OID=.,.;OPOS=99991408,99991408;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:133:133:0:0:127,6:127,6:0.954887,0.0451128:52,5:75,1:0:0:52,5:75,1:0:0 chr10 100017453 . T G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0232093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.274;QD=21.2675;RBI=0.0374436;REFB=-0.0023668;REVB=-0.0293829;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00813096;STB=0.504582;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000895622;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:4:10:12:5:4:10 chr10 100017532 . G A 120.08 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00439265;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1759;QD=12.9817;RBI=0.0276698;REFB=-0.0231006;REVB=-0.0273189;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996092;STB=0.53643;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0339718;OID=.;OPOS=100017532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:23:14:14:0.378378:9:5:6:16:9:5:7:16 chr10 100018844 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3705;QD=61.3754;RBI=0.0303475;REFB=0;REVB=0.0298493;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201227;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr10 100147060 . A G 233.58 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00136004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.842;QD=16.9877;RBI=0.0390053;REFB=-0.00842698;REVB=-0.0389816;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145973;STB=0.523791;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00597475;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:29:26:26:0.472727:15:11:11:16:15:11:11:18 chr10 100148176 . A G 354.29 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0177502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2921;QD=27.7878;RBI=0.0448498;REFB=0.00128385;REVB=0.0411878;RO=17;SAF=5;SAR=28;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151193;STB=0.606227;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=8.61518e-06;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:18:33:33:0.647059:28:5:5:12:28:5:6:12 chr10 100179851 . T C 450.76 PASS AF=0.53012;AO=42;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00762175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.937;QD=21.7233;RBI=0.0139008;REFB=-0.013199;REVB=-0.0116251;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376569;STB=0.501951;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0123899;OID=.;OPOS=100179851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:39:42:44:0.53012:17:25:21:17:19:25:22:17 chr10 100183570 . G C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00601077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.233;QD=25.2766;RBI=0.0112224;REFB=-0.0115871;REVB=-0.00947692;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190875;STB=0.605953;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00725375;OID=.;OPOS=100183570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:3:9:9:10:3:9 chr10 100195130 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00358039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.419;QD=16.5274;RBI=0.0172373;REFB=-0.00774154;REVB=0.0168614;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803453;STB=0.545418;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0117505;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:14:15:15:10:14:15 chr10 100219314 . G A 1411.88 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.634;QD=62.7503;RBI=0.0297933;REFB=0;REVB=0.01424;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30649e-05;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr10 100219374 . T A 994.22 PASS AF=1;AO=53;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119928;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.605;QD=59.3562;RBI=0.0428823;REFB=0;REVB=0.0411711;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287245;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:53:67:1:36:17:0:0:43:24:0:0 chr10 101090428 . T G 981.17 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0320633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8944;QD=56.0669;RBI=0.0386328;REFB=-0.0400066;REVB=-0.0215509;RO=2;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325639;STB=0.517236;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00654656;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:28:40:0:2:28:40:0:2 chr10 101293035 . C A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1934;QD=57.7119;RBI=0.0366686;REFB=0;REVB=0.000415567;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259612;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr10 101295863 . A G 850.78 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.01;QD=57.6799;RBI=0.0308566;REFB=0;REVB=0.0307229;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04864e-05;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:24:34:1:0:24:35:0:0 chr10 101473218 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000601601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9748;QD=58.5876;RBI=0.0198375;REFB=0;REVB=-0.0198284;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407688;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr10 101502968 . A G 614.7 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00288521;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.14;QD=20.8373;RBI=0.0337745;REFB=-0.00602129;REVB=-0.0336511;RO=52;SAF=22;SAR=39;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185204;STB=0.621492;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00631653;OID=.;OPOS=101502968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:56:61:62:0.525424:39:22:30:22:40:22:34:22 chr10 101544447 . A T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.486;QD=63.3366;RBI=0.0302494;REFB=0;REVB=0.00253879;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70368e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr10 101563815 . G A 557.48 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00749683;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1081;QD=17.1533;RBI=0.0453525;REFB=-0.0214432;REVB=-0.0447286;RO=69;SAF=38;SAR=21;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165586;STB=0.600555;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0248864;OID=.;OPOS=101563815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:71:59:59:0.453846:21:38:33:36:21:38:33:38 chr10 101639796 . G A 531.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0126327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.911;QD=15.0657;RBI=0.0145692;REFB=-0.0136847;REVB=0.00725793;RO=81;SAF=36;SAR=22;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196645;STB=0.603812;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0186861;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:83:58:58:0.411348:22:36:35:46:22:36:37:46 chr10 101645498 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00438727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.875;QD=12.8731;RBI=0.0065882;REFB=-0.0103556;REVB=-0.0049149;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955434;STB=0.555497;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0144609;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:14:18:9:10:14:18 chr10 101689378 . G C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00984302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.962;QD=15.1663;RBI=0.0128952;REFB=-0.0132669;REVB=-0.0083307;RO=30;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261758;STB=0.650134;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.016527;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:17:6:15:15:17:6:15:15 chr10 101690050 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.484;QD=53.9112;RBI=0.0101453;REFB=0;REVB=-0.00284269;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218698;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr10 101690379 . A G 359.52 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0404314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6137;QD=17.3261;RBI=0.0405791;REFB=0.0155746;REVB=-0.00345947;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537804;STB=0.530105;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0176601;OID=.;OPOS=101690379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:19:19:25:20:19:19:25:20 chr10 101715899 . G A 273.68 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00266762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.38;QD=10.5261;RBI=0.0337362;REFB=-0.00878512;REVB=-0.0336306;RO=65;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796812;STB=0.553197;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0190847;OID=.;OPOS=101715899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:65:69:35:35:0.336538:18:17:27:38:18:17:28:41 chr10 101716112 . G C 123.8 PASS AF=0.5;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0225164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.05;QD=17.6863;RBI=0.0254302;REFB=-0.00679714;REVB=0.0118197;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139363;OID=.;OPOS=101716112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:11:14:0.5:7:4:6:7:8:6:6:8 chr10 101716484 . G A 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00675175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.734;QD=26.6365;RBI=0.0295631;REFB=-0.0270699;REVB=0.0287817;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117467;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:4:4:8:8:4:4 chr10 101802262 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0467456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.812;QD=21.7452;RBI=0.0490179;REFB=-0.013374;REVB=-0.0147513;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649904;STB=0.536547;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0245518;OID=.;OPOS=101802262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:8:8:8:11:8:8 chr10 101816863 . C T 479.45 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0569314;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2441;QD=16.9716;RBI=0.0579714;REFB=-0.00174979;REVB=-0.0109315;RO=61;SAF=17;SAR=35;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30351;STB=0.669105;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00110066;OID=.;OPOS=101816863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:61:52:52:0.460177:35:17:39:22:35:17:39:22 chr10 101823396 . C T 205.38 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.000872524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.947;QD=14.67;RBI=0.00519887;REFB=-0.00851611;REVB=0.00512513;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285233;STB=0.659883;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0128772;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:6:26:13:11:6:26 chr10 101829514 . C T 165.82 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.000884302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.412;QD=7.99143;RBI=0.0308471;REFB=0.00755977;REVB=-0.0308344;RO=60;SAF=12;SAR=11;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115835;STB=0.569107;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0134743;OID=.;OPOS=101829514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:11:12:37:23:11:12:37:23 chr10 101937969 . A G 83.18 PASS AF=0.625;AO=7;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0415334;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=230.605;QD=20.7954;RBI=0.0420634;REFB=-0.00331762;REVB=0.00665599;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751346;STB=0.674571;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0023089;OID=.;OPOS=101937969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:5:6:7:10:0.625:7:0:1:4:9:1:2:4 chr10 101977883 . C T 301.76 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0279274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6051;QD=25.1466;RBI=0.0292229;REFB=-6.09622e-05;REVB=0.00860452;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156863;STB=0.575981;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000378494;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:15:12:13:7:15:12:13:8 chr10 102006681 . C T 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0114875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.319;QD=19.5774;RBI=0.0238269;REFB=0.000482102;REVB=-0.0208748;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803527;STB=0.54472;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000623858;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:20:13:15:16:20:13:15:16 chr10 102056745 . C T 300.4 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00191067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.652;QD=20.0265;RBI=0.014781;REFB=-0.0273882;REVB=0.014657;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263216;STB=0.514605;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0219054;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:14:14:17:15:14:14 chr10 102107251 . C G 2630.57 PASS AF=0.994286;AO=171;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5061;QD=60.1274;RBI=0.04494;REFB=-0.137891;REVB=0.0410992;RO=0;SAF=81;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00102372;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:175:175:0:1:171:174:0.994286:90:81:0:0:93:81:0:1 chr10 102116311 . A C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.114;QD=59.9375;RBI=0.00129558;REFB=0;REVB=0.000445941;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59171e-06;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr10 102295836 . C G 614.22 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00440859;FXX=0.0135126;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9914;QD=16.8279;RBI=0.0707063;REFB=-0.0199321;REVB=-0.0705687;RO=81;SAF=31;SAR=33;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341831;STB=0.51562;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0244802;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:81:82:64:64:0.438356:33:31:42:39:33:31:42:40 chr10 102309597 . C G 328.67 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00579556;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6643;QD=17.7657;RBI=0.00628404;REFB=-0.0159025;REVB=0.00242913;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157806;STB=0.594415;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.016576;OID=.;OPOS=102309597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:19:15:11:28:19:16:11:28 chr10 102506070 . G C 5497.67 PASS AF=1;AO=287;DP=357;FAO=353;FDP=353;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=128;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.269402;FXX=0.0112042;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.805;QD=62.2966;RBI=0.27223;REFB=0.00210293;REVB=-0.0391385;RO=1;SAF=64;SAR=223;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113629;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:357:353:1:0:287:353:1:223:64:0:1:225:128:0:0 chr10 102734778 . C G 386.28 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0058519;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.969;QD=23.4112;RBI=0.0368911;REFB=-0.00324894;REVB=-0.036424;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307737;STB=0.508073;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00419965;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:16:21:16:12:17:21:16:12 chr10 102743599 . A G 227.85 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0274427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.113;QD=17.5272;RBI=0.0520509;REFB=-0.0298473;REVB=-0.0442289;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10251;STB=0.529387;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0179904;OID=.;OPOS=102743599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:20:26:24:24:0.461538:8:16:11:9:8:16:16:10 chr10 102745062 . G T 567.96 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.029997;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.4347;QD=18.6216;RBI=0.0643329;REFB=0.00668697;REVB=-0.0569113;RO=63;SAF=16;SAR=43;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120926;STB=0.567258;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0144648;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:43:16:24:39:43:16:24:39 chr10 102746503 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00163922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.503;QD=22.1887;RBI=0.0049765;REFB=-0.0102137;REVB=-0.00469878;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259511;STB=0.645042;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0166495;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:15:7:15:9:15:7 chr10 102750623 . T C 171.24 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0002875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.654;QD=9.13273;RBI=0.0150901;REFB=-0.00107392;REVB=0.0150874;RO=52;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879708;STB=0.551881;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00267766;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:12:11:21:31:12:11:21:31 chr10 102750783 . C A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0209206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.991;QD=10.6681;RBI=0.0250783;REFB=-0.00976182;REVB=-0.0138293;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188504;STB=0.610917;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.029431;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:3:15:7:3:3:15 chr10 102766574 . A G 397.09 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.027074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.857;QD=23.358;RBI=0.0283558;REFB=-0.060175;REVB=-0.0084291;RO=29;SAF=10;SAR=29;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195534;STB=0.510758;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0234946;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:29:10:8:21:29:10:8:21 chr10 102770082 . T G 1065.27 PASS AF=0.507042;AO=103;DP=207;FAO=108;FDP=213;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0160734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0791;QD=20.0051;RBI=0.0370263;REFB=-0.0229598;REVB=0.0333555;RO=104;SAF=40;SAR=63;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147941;STB=0.562636;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0226179;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:213:104:105:103:108:0.507042:63:40:57:47:63:45:57:48 chr10 102770327 . A G 227.27 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0181325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.639;QD=11.5071;RBI=0.08305;REFB=-0.0269284;REVB=-0.0810464;RO=51;SAF=21;SAR=7;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186692;STB=0.608939;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0397887;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:7:21:31:20:7:21:31:20 chr10 102824349 . G C 356.41 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0082385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3844;QD=19.2652;RBI=0.0373645;REFB=-0.035293;REVB=0.0364449;RO=36;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851903;STB=0.540519;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0381191;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:17:20:16:20:17:20:17:20 chr10 102827757 . G GT 135.11 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0201201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3504;QD=9.00745;RBI=0.0239503;REFB=-0.0188274;REVB=0.0129923;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073806;STB=0.506574;STBP=0.949;TYPE=ins;VARB=0.0244027;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:24:60:26:60:34:11:15:14:20:99:36:11:13:14:22 chr10 102897305 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00282278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.519;QD=13.9117;RBI=0.013882;REFB=-0.00720259;REVB=-0.0135919;RO=31;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150181;STB=0.587067;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0139978;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:5:16:20:11:5:16:20:11 chr10 102897311 . A G 190.92 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0204623;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.291;QD=14.6863;RBI=0.0251274;REFB=-0.0120215;REVB=0.0145836;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176227;STB=0.60167;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00828339;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:5:17:19:11:5:17:19:11 chr10 102925957 . A G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0181726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.04;QD=9.33497;RBI=0.0183856;REFB=-0.00454123;REVB=0.00279094;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15392;STB=0.593494;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0099724;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:15:16:5:8:15:16 chr10 103124606 . A G 7049.72 PASS AF=0.903346;AO=486;DP=539;FAO=486;FDP=538;FR=.;FRO=52;FSAF=128;FSAR=358;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0195173;FXX=0.00185525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.837;QD=52.4143;RBI=0.0195704;REFB=-0.00445589;REVB=-0.00144148;RO=53;SAF=128;SAR=358;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532081;STB=0.52867;STBP=0;TYPE=snp;VARB=9.80531e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:538:53:52:486:486:0.903346:358:128:26:27:358:128:26:26 chr10 103124647 . A G 7046.93 PASS AF=0.892086;AO=496;DP=556;FAO=496;FDP=556;FR=.;FRO=60;FSAF=128;FSAR=368;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.029671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.698;QD=50.6973;RBI=0.0373262;REFB=-0.0174831;REVB=0.0226468;RO=59;SAF=128;SAR=368;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803473;STB=0.541726;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00227808;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:556:556:59:60:496:496:0.892086:368:128:34:25:368:128:34:26 chr10 103124679 . T C 170.48 PASS AF=0.104082;AO=50;DP=490;FAO=51;FDP=490;FR=.;FRO=439;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=136;FSRR=303;FWDB=-0.00418029;FXX=0.00203662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.698;QD=1.39168;RBI=0.00888601;REFB=-0.00312731;REVB=-0.00784132;RO=438;SAF=14;SAR=36;SRF=136;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447957;STB=0.538297;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0247108;OID=.;OPOS=103124679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:490:438:439:50:51:0.104082:36:14:136:302:37:14:136:303 chr10 103124696 . T C 5384.42 PASS AF=0.895487;AO=375;DP=419;FAO=377;FDP=421;FR=.;FRO=44;FSAF=111;FSAR=266;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0533577;FXX=0.00236961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.155;QD=51.1584;RBI=0.0552897;REFB=-0.00633335;REVB=-0.0144882;RO=43;SAF=110;SAR=265;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606884;STB=0.530772;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000399952;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:421:43:44:375:377:0.895487:265:110:24:19:266:111:24:20 chr10 103124715 . A G 4040.76 PASS AF=0.885449;AO=282;DP=319;FAO=286;FDP=323;FR=.;FRO=37;FSAF=104;FSAR=182;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0528684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.262;QD=50.0404;RBI=0.0543312;REFB=-0.065311;REVB=0.0125221;RO=37;SAF=101;SAR=181;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555946;STB=0.528142;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00628896;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:323:37:37:282:286:0.885449:181:101:22:15:182:104:22:15 chr10 103124726 . A G 3149.85 PASS AF=0.864151;AO=229;DP=265;FAO=229;FDP=265;FR=.;FRO=36;FSAF=93;FSAR=136;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0232861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.213;QD=47.5449;RBI=0.0283957;REFB=-0.0156059;REVB=0.0162503;RO=36;SAF=93;SAR=136;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540539;STB=0.528554;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00162723;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:36:36:229:229:0.864151:136:93:22:14:136:93:22:14 chr10 103124736 . C T 2504.54 PASS AF=0.851351;AO=179;DP=212;FAO=189;FDP=222;FR=.;FRO=33;FSAF=83;FSAR=106;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0124917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.591;QD=45.1269;RBI=0.0382642;REFB=-0.0057028;REVB=0.0361677;RO=33;SAF=83;SAR=96;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597432;STB=0.53404;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00308831;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:222:33:33:179:189:0.851351:96:83:22:11:106:83:22:11 chr10 103124746 . G A 1762.4 PASS AF=0.818182;AO=132;DP=162;FAO=135;FDP=165;FR=.;FRO=30;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00274601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.511;QD=42.7247;RBI=0.0171149;REFB=-0.0164888;REVB=0.0168932;RO=30;SAF=56;SAR=76;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737244;STB=0.535932;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00318559;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:30:30:132:135:0.818182:76:56:19:11:76:59:19:11 chr10 103368654 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00241549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.006;QD=16.6157;RBI=0.00396863;REFB=-0.0319904;REVB=0.00314888;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108793;STB=0.562426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0508283;OID=.;OPOS=103368654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:10:11:7:10:10:11 chr10 103577643 . C T 296.37 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00557541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=324.248;QD=28.9138;RBI=0.00668057;REFB=-0.0199704;REVB=-0.00368033;RO=15;SAF=4;SAR=22;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561054;STB=0.53101;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00937895;OID=.;OPOS=103577643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:22:4:3:12:22:4:3:12 chr10 103825747 . G A 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00381019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.737;QD=29.4446;RBI=0.00389444;REFB=-0.0101527;REVB=0.000805691;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435672;STB=0.523917;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00711501;OID=.;OPOS=103825747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:15:16:11:8:15:16:11:8 chr10 103904763 . TCC TC,T 70.3 PASS AF=0.55102,0;AO=15,6;DP=45;FAO=27,0;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0424046,-0.0239054;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.03579,11.974;QD=5.7389;RBI=0.0790134,0.0444385;REFB=-0.0448977,-0.0231689;REVB=0.0666706,0.0374608;RO=20;SAF=8,5;SAR=7,1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117085,0.276216;STB=0.516117,0.5;STBP=0.801,1;TYPE=del,del;VARB=0.0341625,0.040888;OID=.,.;OPOS=103904764,103904764;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55102,0:15,6:45:27,0:49:22:15,0:12,0:13:9:53:20:8,5:7,1:13:7 chr10 103991381 . G A 1374.54 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0623836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4036;QD=61.0909;RBI=0.0685586;REFB=-0.117364;REVB=0.0284353;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00250336;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:88:89:0.988889:37:51:0:0:37:52:0:1 chr10 104136469 . T C 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00482364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.193;QD=60.5099;RBI=0.0110723;REFB=-0.0235226;REVB=0.00996632;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=4.75791e-05;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr10 104159196 . A G 166.48 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.311;QD=44.3944;RBI=0.051052;REFB=0;REVB=0.026896;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883792;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr10 104160434 . A G 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.055;QD=60.9646;RBI=0.0184559;REFB=0;REVB=0.00709504;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00288e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr10 104229785 . C T 386.35 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0212363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.809;QD=18.1812;RBI=0.0225037;REFB=-0.0122719;REVB=-0.00744576;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157776;STB=0.587624;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0165781;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:13:32:22:18:13:32 chr10 104230437 . C G 110.69 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0294704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.808;QD=26.0452;RBI=0.0295107;REFB=-0.0423953;REVB=0.00154078;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0220649;OID=.;OPOS=104230437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:3:2:5:7:3:2 chr10 104231054 . A G 292.71 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00403181;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.902;QD=19.5137;RBI=0.0443089;REFB=-0.0339279;REVB=-0.0441251;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126254;STB=0.514276;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0316841;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:29:31:31:0.516667:18:13:13:17:18:13:13:16 chr10 104236457 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5434;QD=56.999;RBI=0.0155279;REFB=0;REVB=0.0153967;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229102;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr10 104239100 . T C 371.63 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00656428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.221;QD=22.8697;RBI=0.0168065;REFB=0.00170228;REVB=-0.0154716;RO=27;SAF=11;SAR=26;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325467;STB=0.512309;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0019858;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:28:37:37:0.569231:26:11:9:18:26:11:9:19 chr10 104386934 . T C 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5758;QD=63.2781;RBI=0.0567686;REFB=0;REVB=-0.0178531;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674803;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr10 104389932 . T G 1662.3 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.424;QD=59.9028;RBI=0.0538491;REFB=0;REVB=0.0356283;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425951;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:111:0:0:100:111:1:51:49:0:0:55:56:0:0 chr10 104435746 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.265;QD=59.142;RBI=0.0139869;REFB=0;REVB=0.00939377;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72293e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr10 104436641 . C T 825.79 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.075;QD=55.986;RBI=0.0289362;REFB=-0.0854089;REVB=-0.000666708;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183896;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:59:0:0:57:59:1:32:25:0:0:33:26:0:0 chr10 104596924 . C A 1731.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.937;QD=60.7476;RBI=0.0138541;REFB=0;REVB=0.0109274;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97058e-05;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr10 104596981 . G A 2197.25 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0047166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.535;QD=62.3332;RBI=0.0235075;REFB=-0.0590246;REVB=0.0230295;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.503401;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000267142;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:139:140:0.992908:73:66:0:0:73:67:0:1 chr10 104628234 . T C 2215.65 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.358;QD=62.8553;RBI=0.034787;REFB=0;REVB=0.0342326;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569724;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:141:0:0:132:141:1:64:68:0:0:71:70:0:0 chr10 104661484 . T C 715.69 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00440989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.813;QD=60.9097;RBI=0.00488177;REFB=-0.0520721;REVB=-0.00209394;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-4.95162e-05;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr10 104814162 . T C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0135;QD=59.9955;RBI=0.0225211;REFB=0;REVB=0.0222051;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128472;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr10 104835919 . C T 1588.79 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429155;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.593;QD=59.9544;RBI=0.0557062;REFB=0;REVB=0.0355168;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173879;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr10 104849468 . G A 980.0 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302765;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.146;QD=58.5077;RBI=0.0370046;REFB=0;REVB=0.021276;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154114;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:1:0:66:67:1:26:40:0:1:27:40:0:0 chr10 104851301 . G T 1540.79 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.27;QD=59.2612;RBI=0.0173413;REFB=0;REVB=0.0171254;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222642;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:101:104:1:61:40:0:0:62:42:0:0 chr10 105049105 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.485;QD=61.6952;RBI=0.0238588;REFB=0;REVB=-0.0215209;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93541e-05;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr10 105154089 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.846;QD=61.8525;RBI=0.0316691;REFB=0;REVB=-0.0230047;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288761;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr10 105194086 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.152;QD=53.9085;RBI=0.149368;REFB=0;REVB=-0.0283657;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369448;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 105205302 . A C 769.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7552;QD=56.9966;RBI=0.11739;REFB=0;REVB=0.117385;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132829;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr10 105215016 . A G 978.5 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141818;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.356;QD=59.3028;RBI=0.0435583;REFB=0;REVB=0.0411849;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155351;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:34:32:0:0 chr10 105218252 . A G 2195.52 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.313;QD=63.1805;RBI=0.0466721;REFB=0;REVB=0.00521191;RO=0;SAF=49;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71946e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:89:49:0:0:90:49:0:0 chr10 105218359 . T C 1731.22 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.482;QD=60.7445;RBI=0.0532592;REFB=0;REVB=0.046884;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018595;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr10 105233110 . C T 360.91 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00440565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0232;QD=20.3328;RBI=0.0782441;REFB=-0.0145787;REVB=0.07812;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588861;STB=0.532649;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0162064;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:21:16:17:17:21:16:17:17 chr10 105233174 . T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 90.24 PASS AF=0.227273;AO=12;DP=68;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00196309;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=18;MLLD=406.113;QD=5.46894;RBI=0.0137344;REFB=-0.00194345;REVB=-0.0135933;RO=45;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321483;STB=0.593065;STBP=0.432;TYPE=ins;VARB=0.00814846;OID=.;OPOS=105233175;OREF=-;OALT=GGGGGCTCAGGCACTGCG;OMAPALT=TGGGGGCTCAGGCACTGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:12:68:15:66:51:8:7:21:30:90:45:8:4:18:27 chr10 105344756 . T C 74.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8244;QD=37.1124;RBI=0.205683;REFB=0;REVB=0.0276729;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100334;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:5:3:0:0 chr10 105361816 . T G 129.56 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.686;QD=43.1853;RBI=0.0489871;REFB=0;REVB=0.0340328;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104938;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr10 105362104 . G A 172.46 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00556987;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.3;QD=16.425;RBI=0.0188882;REFB=0.000535093;REVB=0.0180482;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28774;STB=0.655273;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.000384836;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:24:18:18:0.428571:7:11:8:17:7:11:8:16 chr10 105362209 . T C 535.9 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.689;QD=57.9354;RBI=0.0527955;REFB=0;REVB=-0.0327613;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406182;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:15:21:1:0:15:22:0:0 chr10 105363289 . T C 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0250091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.602;QD=5.71715;RBI=0.0495923;REFB=-0.0142148;REVB=0.0428245;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312713;STB=0.705345;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0507561;OID=.;OPOS=105363289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:14:14:6:2:14:14 chr10 105657316 . G C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.599;QD=57.5452;RBI=0.0508684;REFB=0;REVB=0.0305668;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153324;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr10 105659826 . T C 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.307;QD=63.0514;RBI=0.056246;REFB=0;REVB=0.0308933;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160026;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr10 105762538 . C T 266.16 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00282826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.857;QD=24.7594;RBI=0.0172327;REFB=0.00445526;REVB=0.016999;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541937;STB=0.521804;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00455634;OID=.;OPOS=105762538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:11:13:11:7:11:14:11:7 chr10 105796819 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3511;QD=58.131;RBI=0.0556057;REFB=0;REVB=-0.0553904;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108269;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr10 105798872 . T C 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.511;QD=61.5684;RBI=0.022947;REFB=0;REVB=0.0188399;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50741e-05;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:57:65:0:0:57:65:0:0 chr10 105799216 . G T 1211.88 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1561;QD=60.594;RBI=0.0272004;REFB=0;REVB=-0.00342793;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220114;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:73:80:1:33:40:0:0:34:46:0:0 chr10 105801253 . G A 697.1 PASS AF=0.962264;AO=26;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0378809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5808;QD=52.611;RBI=0.118585;REFB=-0.108534;REVB=0.112372;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.50037;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00613342;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:53:0:2:26:51:0.962264:22:4:0:0:25:26:1:1 chr10 105805497 . C T 1282.69 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.512;QD=61.8162;RBI=0.0410081;REFB=0;REVB=0.0394942;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150163;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr10 105810400 . T C 1574.91 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.762;QD=62.9965;RBI=0.0316044;REFB=-0.136425;REVB=0.0163936;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228917;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:100:1:0:99:100:1:49:50:1:0:49:51:0:0 chr10 105811218 . T A 390.84 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0136783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5416;QD=16.6315;RBI=0.0195864;REFB=-0.00619622;REVB=-0.0140189;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191007;STB=0.510724;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00716097;OID=.;OPOS=105811218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:17:24:32:21:17:24:32:21 chr10 105816916 . C T 2457.82 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.277;QD=60.6869;RBI=0.0175626;REFB=-0.0930259;REVB=0.0160968;RO=0;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2997e-08;STB=0.502994;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000430646;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:0:1:160:161:0.993827:82:78:0:0:83:78:0:1 chr10 105819956 . G A 364.79 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0408125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9585;QD=12.4715;RBI=0.0435323;REFB=-0.0183015;REVB=-0.015146;RO=71;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913765;STB=0.501844;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0274385;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:71:73:44:44:0.376068:27:17:28:43:27:17:28:45 chr10 105824333 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0141124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.862;QD=18.4983;RBI=0.0196102;REFB=0.00396315;REVB=-0.0136161;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173314;STB=0.597328;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00348563;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:18:9:14:13:18:9:14:13 chr10 105840422 . T C 412.47 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0137557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.437;QD=17.3672;RBI=0.0187752;REFB=-0.0122916;REVB=0.0127784;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133175;STB=0.579759;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0196101;OID=.;OPOS=105840422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:52:42:43:0.452632:21:21:19:33:21:22:19:33 chr10 105882765 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0275331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.409;QD=19.4666;RBI=0.0282916;REFB=-0.00763078;REVB=-0.00650715;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0110295;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:14:10:13:9:14:10 chr10 106022789 . C A 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00586505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.722;QD=21.4826;RBI=0.00882418;REFB=-0.00498008;REVB=-0.00659297;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545841;STB=0.53018;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00508695;OID=.;OPOS=106022789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:29:16:17:24:29:16:17:24 chr10 106028154 . G A 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00213902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.335;QD=12.724;RBI=0.00303201;REFB=-0.0136077;REVB=-0.00214888;RO=35;SAF=3;SAR=20;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230022;STB=0.629791;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0184213;OID=.;OPOS=106028154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:20:3:9:26:20:3:9:27 chr10 106028157 . G T 189.37 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0345749;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.872;QD=13.0599;RBI=0.0381797;REFB=-0.0141023;REVB=0.0161945;RO=36;SAF=3;SAR=19;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208606;STB=0.60931;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0445956;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:35:22:23:0.396552:19:3:9:27:20:3:8:27 chr10 106039185 . A G 322.83 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0395628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.454;QD=19.2737;RBI=0.0413957;REFB=-0.0275747;REVB=0.0121817;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970846;STB=0.567125;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.035965;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:33:34:34:0.507463:17:17:19:12:17:17:21:12 chr10 106907440 . C T 2293.4 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.367;QD=63.7057;RBI=0.02286;REFB=0;REVB=0.0177197;RO=0;SAF=71;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99521e-06;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:73:71:0:0:73:71:0:0 chr10 107024459 . G A 368.25 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00774109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.624;QD=12.9212;RBI=0.0144769;REFB=-0.00116015;REVB=0.0122334;RO=69;SAF=27;SAR=17;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219068;STB=0.50879;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00186691;OID=.;OPOS=107024459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:17:27:41:28:17:27:42:28 chr10 109221364 . G A 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00687736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.244;QD=54.1317;RBI=0.00699072;REFB=-0.043394;REVB=0.00125383;RO=2;SAF=10;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353429;STB=0.518762;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00234729;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:49:10:1:1:49:10:1:1 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 205.75 PASS AF=0,0.613636;AO=8,18;DP=29;FAO=0,27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=0,10;FSAR=0,17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0376086,-0.00598717;FXX=0.0222173;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=191.334,201.181;QD=18.7045;RBI=0.0441616,0.0222477;REFB=-0.0143179,-0.0117257;REVB=-0.0231481,-0.0214269;RO=0;SAF=8,1;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.516982;STBP=1,0.779;TYPE=del,del;VARB=0.0110746,0.00761986;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.613636:8,18:29:0,27:44:17:0,10:0,17:7:10:99:0:8,1:0,17:0:0 chr10 112266822 . GC AT 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0481995;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.293;QD=58.6486;RBI=0.0481996;REFB=-0.000269373;REVB=6.68448e-05;RO=1;SAF=1;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306838;STB=0.666557;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=-0.00034616;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:39:1:1:0:39:1:1:0 chr10 112271257 . C G 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.048811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.817;QD=21.448;RBI=0.0490888;REFB=-0.00373223;REVB=-0.00521554;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137043;STB=0.57525;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00344107;OID=.;OPOS=112271257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:26:15:8:28:26:15:8:28 chr10 112361870 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1708;QD=61.3743;RBI=0.0645423;REFB=0;REVB=0.0520332;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611398;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr10 112402492 . G C,T 1280.56 PASS AF=0.488372,0.511628;AO=42,44;DP=86;FAO=42,44;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=15,17;FSAR=27,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968983,-0.0100014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.8507,126.936;QD=59.5608;RBI=0.025913,0.0220817;REFB=0,0;REVB=-0.0240332,-0.0196869;RO=0;SAF=15,17;SAR=27,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.13648e-08,5.54734e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00298383,0.0131918;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:86:86:0:0:42,44:42,44:0.488372,0.511628:27,27:15,17:0:0:27,27:15,17:0:0 chr10 112572458 . G C 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00660004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.783;QD=58.9875;RBI=0.0166251;REFB=-0.0166383;REVB=0.0152589;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000219106;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:0:1:34:41:0:1 chr10 112595719 . G C 357.91 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0155166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.531;QD=21.0533;RBI=0.050279;REFB=-0.0076141;REVB=0.0478248;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911885;STB=0.542834;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00848924;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:30:31:35:37:0.544118:16:19:13:17:18:19:13:18 chr10 112641053 . A G 769.7 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00370342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.502;QD=54.9783;RBI=0.0316733;REFB=-0.0554552;REVB=0.031456;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.513509;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000223967;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:18:37:0:1:18:37:0:1 chr10 112839205 . A AG 33.32 PASS AF=0.25;AO=10;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0425268;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.4708;QD=3.70261;RBI=0.0471603;REFB=-0.0111362;REVB=0.0203855;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64396;STB=0.888025;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.176724;OID=.;OPOS=112839206;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:36:9:36:27:1:8:17:10:33:26:1:9:17:9 chr10 112839579 . A G 147.63 PASS AF=0.272727;AO=17;DP=76;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0192563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.941;QD=7.66888;RBI=0.0195538;REFB=8.54868e-05;REVB=-0.00339763;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300576;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:56:17:21:0.272727:10:7:11:27:12:9:24:32 chr10 113912997 . A C 306.36 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00104912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.861;QD=47.1327;RBI=0.0245855;REFB=-0.173576;REVB=-0.0245631;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535685;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00125623;OID=.;OPOS=113912997;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:0:2:24:24:0.923077:13:11:0:0:13:11:0:2 chr10 113913193 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9194;QD=58.9608;RBI=0.00710091;REFB=0;REVB=0.0062883;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88219e-05;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr10 113913222 . T C 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0391185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.338;QD=58.4194;RBI=0.0402453;REFB=-0.00143663;REVB=0.00945674;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000115686;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:42:30:0:1:42:30:0:1 chr10 113917085 . T A 1268.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345028;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.277;QD=61.859;RBI=0.0361925;REFB=0;REVB=0.0109297;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10181e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr10 113940329 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.146;QD=58.2396;RBI=0.0633008;REFB=0;REVB=0.0440543;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321554;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr10 114186624 . G A 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.686;QD=64.0211;RBI=0.0236966;REFB=0;REVB=-0.0210818;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139309;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr10 114925369 . C A 387.2 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=26;FWDB=0.0262689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5722;QD=23.8278;RBI=0.0378822;REFB=-0.0472224;REVB=-0.0272947;RO=27;SAF=3;SAR=35;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122431;STB=0.566532;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0210403;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:35:3:1:26:35:3:1:26 chr10 115334124 . C T 1120.81 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00417892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7434;QD=58.9902;RBI=0.00561631;REFB=-0.143136;REVB=0.00375228;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00127057;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:30:45:0:0:30:45:0:1 chr10 115370254 . A G 1135.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.796;QD=60.5408;RBI=0.0308575;REFB=0;REVB=-0.0252945;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52797e-05;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 115370274 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1561;QD=59.8552;RBI=0.00498826;REFB=0;REVB=-0.00420677;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01572e-05;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr10 115377290 . T C 315.14 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0189843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0238;QD=18.2692;RBI=0.0190786;REFB=-0.0111456;REVB=0.00189486;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120025;STB=0.566971;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0189169;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:19:16:20:14:19:16 chr10 115381747 . G A 801.12 PASS AF=0.515924;AO=81;DP=157;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00554789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.149;QD=20.4107;RBI=0.0126985;REFB=-0.0123363;REVB=-0.0114225;RO=76;SAF=51;SAR=30;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118202;STB=0.564989;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0104669;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:76:76:81:81:0.515924:30:51:38:38:30:51:38:38 chr10 115389356 . G A 43.49 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0353615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7646;QD=5.99889;RBI=0.0438013;REFB=-0.0118517;REVB=0.025848;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326852;STB=0.70167;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0426885;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:4:18:4:3:4:18 chr10 115389366 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.123999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8604;QD=7.79765;RBI=0.136833;REFB=-0.014007;REVB=0.0578583;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163444;STB=0.5998;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0306364;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:5:18:6:3:5:18 chr10 115393929 . G A 545.68 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0123736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.703;QD=21.1915;RBI=0.0258051;REFB=-0.0159517;REVB=-0.022645;RO=48;SAF=28;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959016;STB=0.552678;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.013179;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:27:28:19:29:27:28:19:29 chr10 115405615 . T C 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.615;QD=62.7612;RBI=0.0620669;REFB=0;REVB=-0.013551;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157302;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr10 115405664 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.184;QD=61.3756;RBI=0.0165084;REFB=0;REVB=0.00369601;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00857e-05;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr10 115411614 . A G 892.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3071;QD=57.5797;RBI=0.0262681;REFB=0;REVB=0.0257228;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265484;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr10 115417289 . G A 1495.35 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854819;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.013;QD=63.6319;RBI=0.0129002;REFB=0;REVB=0.00966139;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69703e-05;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr10 115422474 . A G 156.65 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00367058;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.038;QD=10.8036;RBI=0.0189118;REFB=-0.00827442;REVB=0.0185522;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137854;STB=0.564899;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0167963;OID=.;OPOS=115422474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:13:7:9:28:13:7:10:28 chr10 115439530 . G C 543.96 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0226231;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4571;QD=21.1246;RBI=0.0808636;REFB=-0.0146005;REVB=-0.0776346;RO=48;SAF=22;SAR=33;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138958;STB=0.576443;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.010644;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:33:22:27:21:33:22:27:21 chr10 115439569 . C T 759.55 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00628145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.336;QD=23.5518;RBI=0.00639986;REFB=-0.0239518;REVB=0.00122544;RO=55;SAF=31;SAR=41;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339367;STB=0.527122;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0166474;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:55:57:72:72:0.55814:41:31:26:29:41:31:28:29 chr10 115489152 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.518;QD=63.5828;RBI=0.0241696;REFB=0;REVB=-0.0082549;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101379;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr10 115489167 . G A 689.62 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.241;QD=62.6924;RBI=0.0361894;REFB=0;REVB=0.0361626;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113571;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr10 115525175 . T C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0110113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.649;QD=14.0472;RBI=0.0121586;REFB=-0.00719584;REVB=0.00515583;RO=29;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346553;STB=0.70346;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00886315;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:14:4:15:14:14:4:15:14 chr10 115531772 . T C 371.51 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0278812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.891;QD=15.0106;RBI=0.027929;REFB=0.00616871;REVB=0.00163301;RO=58;SAF=15;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116054;STB=0.571392;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00693412;OID=.;OPOS=115531772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:58:59:40:40:0.40404:25:15:28:30:25:15:29:30 chr10 115535599 . T C 394.42 PASS AF=0.612903;AO=36;DP=60;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0321197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.796;QD=25.4466;RBI=0.0380373;REFB=-0.0311071;REVB=0.0203756;RO=24;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109255;STB=0.502731;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0188486;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:24:24:36:38:0.612903:23:13:9:15:24:14:9:15 chr10 115540411 . T C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0115699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.829;QD=18.6756;RBI=0.0131109;REFB=-0.00797988;REVB=0.0061672;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111659;STB=0.562218;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00819996;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:17:15:19:13:17:15:19:13 chr10 115609830 . TTA T,TT 32.97 PASS AF=0.166667,0;AO=11,22;DP=87;FAO=14,0;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.141631,-0.282751;FXX=0.0232531;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=18.3378,9.21831;QD=1.56999;RBI=0.23216,0.411191;REFB=-0.0132429,-0.0124597;REVB=-0.183954,-0.298547;RO=40;SAF=9,14;SAR=2,8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.419204,0.154798;STB=0.78642,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=del,del;VARB=0.0314504,-0.00117558;OID=.,.;OPOS=115609831,115609832;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0:11,22:87:14,0:84:70:12,0:2,0:40:30:31:40:9,14:2,8:20:20 chr10 115609915 . C G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.667;QD=61.8524;RBI=0.0174801;REFB=0;REVB=-0.00775305;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45746e-05;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr10 115644040 . G A 319.65 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0293597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.511;QD=18.5304;RBI=0.0294027;REFB=-0.0125248;REVB=-0.00158912;RO=35;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460628;STB=0.52572;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0132683;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:12:22:21:14:12:22:21:14 chr10 115668149 . A G 718.89 PASS AF=0.614679;AO=67;DP=109;FAO=67;FDP=109;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0102427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9836;QD=26.3814;RBI=0.015906;REFB=-0.00234667;REVB=0.0121691;RO=42;SAF=22;SAR=45;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599905;STB=0.532615;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00208469;OID=.;OPOS=115668149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:42:42:67:67:0.614679:45:22:17:25:45:22:17:25 chr10 115675025 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.138;QD=60.2307;RBI=0.034027;REFB=0;REVB=0.0304014;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64097e-05;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr10 116060387 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.206;QD=51.9167;RBI=0.0246945;REFB=0;REVB=0.0221674;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69248e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 116073696 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.193;QD=59.9373;RBI=0.0263108;REFB=0;REVB=-0.0211925;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85433e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 763.33 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275273;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=191.567;QD=56.5433;RBI=0.0298908;REFB=0;REVB=-0.0116493;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000112143;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:54:54:0:20:34:0:0:4:0:19:32:0:0 chr10 116183816 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0242273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.462;QD=18.8867;RBI=0.0484278;REFB=-0.0354609;REVB=-0.0419319;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0272932;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr10 116307504 . A G 270.23 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00883236;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.408;QD=20.7867;RBI=0.0131288;REFB=-0.00720771;REVB=-0.00971368;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959093;STB=0.561239;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00593109;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:24:28:28:0.538462:13:15:15:8:13:15:16:8 chr10 116335246 . G A 591.24 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0015155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.329;QD=15.6619;RBI=0.014578;REFB=-0.0037216;REVB=0.014499;RO=86;SAF=33;SAR=32;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196799;STB=0.510999;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00537742;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:86:86:65:65:0.430464:32:33:42:44:32:33:42:44 chr10 116931101 . C CTT,T 614.23 PASS AF=0.902439,0.097561;AO=28,8;DP=46;FAO=37,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493407,-0.011949;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=44.3746,198.293;QD=59.925;RBI=0.0172974,0.0162629;REFB=0,0;REVB=-0.0165788,-0.0110319;RO=5;SAF=12,4;SAR=16,4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104493,-0.199671;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00907424,0.0180493;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:46:41:5:0:28,8:37,4:0.902439,0.097561:16,4:12,4:4:1:20,4:17,0:0:0 chr10 117075175 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.697;QD=62.614;RBI=0.049163;REFB=0;REVB=-0.0248604;RO=0;SAF=28;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6735e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:60:28:0:0:60:28:0:0 chr10 117226713 . T C 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0124288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6423;QD=18.6194;RBI=0.0278819;REFB=-0.0104245;REVB=0.0249585;RO=39;SAF=12;SAR=25;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452619;STB=0.525172;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0124767;OID=.;OPOS=117226713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:25:12:11:28:25:12:11:28 chr10 117228688 . C T 555.11 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0114412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.569;QD=18.5038;RBI=0.031124;REFB=-0.0107455;REVB=-0.0289448;RO=61;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415992;STB=0.527607;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.027351;OID=.;OPOS=117228688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:33:25:29:32:33:25:30:32 chr10 117228794 . A G 913.89 PASS AF=0.426724;AO=99;DP=233;FAO=99;FDP=232;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=77;FWDB=0.00177318;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.054;QD=15.7567;RBI=0.00587877;REFB=-0.000565418;REVB=-0.00560497;RO=132;SAF=47;SAR=52;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521156;STB=0.530951;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000752928;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:132:133:99:99:0.426724:52:47:56:76:52:47:56:77 chr10 118231360 . G A 1302.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0097;QD=61.9999;RBI=0.0110107;REFB=0;REVB=0.0108572;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12147e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 1250.5 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=14,68;DP=84;FAO=14,70;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=13,25;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158137,-0.00011733;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.936,220.564;QD=59.5478;RBI=0.0130854,0.0157799;REFB=0,0;REVB=0.0129895,0.0157795;RO=0;SAF=13,23;SAR=1,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0148238,0.00318716;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:14,68:84:14,70:84:0:13,25:1,45:0:0:49:0:13,23:1,45:0:0 chr10 118231366 . A G 63.6 PASS AF=0.160494;AO=14;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.107957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9623;QD=3.14082;RBI=0.108843;REFB=-0.0359205;REVB=-0.0138572;RO=67;SAF=13;SAR=1;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66953;STB=0.93078;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.213334;OID=.;OPOS=118231366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:81:81:67:68:14:13:0.160494:1:13:25:42:1:12:26:42 chr10 118236610 . T A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00857582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.827;QD=17.8403;RBI=0.0185623;REFB=-0.00274614;REVB=0.0164625;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.609216;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00242385;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:8:6:9:5:8:6 chr10 118313265 . T C 429.87 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0163683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.98;QD=17.3683;RBI=0.0183622;REFB=-0.0110813;REVB=0.00832151;RO=54;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310749;STB=0.512815;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0157501;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:19:25:29:25:19:25:30:25 chr10 118363642 . T C 730.34 PASS AF=0.453488;AO=77;DP=171;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.00191111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.477;QD=16.9845;RBI=0.00220234;REFB=0.0110965;REVB=0.0010945;RO=94;SAF=24;SAR=53;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134855;STB=0.577472;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0141581;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:94:94:77:78:0.453488:53:24:41:53:54:24:41:53 chr10 118364967 . G C 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000341581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.74;QD=17.0937;RBI=0.00169838;REFB=-0.0033692;REVB=0.00166367;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486312;STB=0.520436;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00396983;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:51:41:41:0.445652:20:21:27:21:20:21:28:23 chr10 118380511 . A G 239.8 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.797;QD=50.4842;RBI=0.108892;REFB=0;REVB=0.0690103;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148293;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr10 118383463 . A AG 1449.85 PASS AF=1;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162097;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7788;QD=49.9949;RBI=0.175143;REFB=0;REVB=0.0663291;RO=1;SAF=70;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00300855;OID=.;OPOS=118383464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:120:116:116:0:70:46:0:0:25:1:70:46:1:0 chr10 118397884 . A G 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0218153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8746;QD=16.1137;RBI=0.0431648;REFB=-0.00159465;REVB=-0.0372464;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00147792;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:24:24:0.45283:12:12:14:14:12:12:14:15 chr10 118397894 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00238579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.172;QD=16.504;RBI=0.00679493;REFB=-0.00677046;REVB=-0.00636231;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316469;STB=0.517843;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00697592;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:14:16:13:13:14:16 chr10 118397971 . A G 221.02 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0156313;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.789;QD=16.074;RBI=0.0199719;REFB=0.00776404;REVB=0.0124315;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262555;STB=0.507283;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00585096;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:12:13:15:14:12:13:16:14 chr10 118404620 . A G 208.91 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00309092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.222;QD=18.1656;RBI=0.0136775;REFB=-0.00444406;REVB=0.0133236;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258549;STB=0.634023;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00461506;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:12:9:17:7:12:9:17:8 chr10 118616110 . C T 418.04 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0820739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.314;QD=53.9405;RBI=0.1005;REFB=-0.138191;REVB=0.0580004;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509797;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00248001;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:25:5:0:0:25:5:0:1 chr10 118890573 . T C 148.04 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0148137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1905;QD=9.7076;RBI=0.0399985;REFB=-0.0143207;REVB=0.0371542;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114645;STB=0.590077;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0653092;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:41:19:20:0.327869:10:9:15:25:10:10:15:26 chr10 118957027 . A G 909.18 PASS AF=0.491892;AO=91;DP=185;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0159199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.479;QD=19.6579;RBI=0.0172819;REFB=-0.00236955;REVB=0.00672458;RO=93;SAF=46;SAR=45;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691127;STB=0.53507;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00251329;OID=.;OPOS=118957027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:93:94:91:91:0.491892:45:46:54:39:45:46:54:40 chr10 119003564 . T G 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.806;QD=58.118;RBI=0.0363681;REFB=0;REVB=0.0114618;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314679;OID=.;OPOS=119003564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr10 119026566 . T C 1216.21 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102246;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.887;QD=60.0599;RBI=0.0536047;REFB=-0.146573;REVB=0.0526205;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000882602;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:54:26:0:0:54:26:0:1 chr10 119133968 . G C 763.34 PASS AF=0.42268;AO=82;DP=194;FAO=82;FDP=194;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.00385414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.114;QD=15.7389;RBI=0.0133599;REFB=-0.00550174;REVB=-0.0127918;RO=112;SAF=25;SAR=57;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196604;STB=0.6103;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00688862;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:112:112:82:82:0.42268:57:25:54:58:57:25:54:58 chr10 119134058 . T C 614.7 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0276947;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5197;QD=15.0846;RBI=0.0279831;REFB=-0.0191865;REVB=-0.00400671;RO=92;SAF=37;SAR=32;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371191;STB=0.514801;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0259591;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:92:94:69:69:0.423313:32:37:46:46:32:37:48:46 chr10 119134477 . CG C 35.31 PASS AF=0.238095;AO=6;DP=38;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0992616;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9683;QD=3.36331;RBI=0.0995446;REFB=-0.0183587;REVB=-0.00750064;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459088;STB=0.870148;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0543725;OID=.;OPOS=119134478;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:6:38:10:42:32:1:9:17:15:35:31:1:5:17:14 chr10 119768551 . C T 1415.46 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133948;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.995;QD=62.9092;RBI=0.013569;REFB=0;REVB=-0.00216742;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425093;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:31:59:0:0:31:59:0:0 chr10 119774598 . T A 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0211211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4553;QD=16.5268;RBI=0.0507159;REFB=0.0179881;REVB=-0.0461086;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267818;STB=0.515139;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0233907;OID=.;OPOS=119774598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:10:19:17:8:10:19 chr10 120069610 . GTA CAG,GCA 694.68 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,43;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329724,-0.014563;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=116.808,184.974;QD=61.7493;RBI=0.0352296,0.0170054;REFB=0,0;REVB=-0.0124076,-0.00878069;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.65211e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.067287,-0.00158058;OID=.,.;OPOS=120069610,120069611;OREF=GTA,T;OALT=CAG,C;OMAPALT=CAG,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:45:0:0:2,43:2,43:0.0444444,0.955556:0,18:2,25:0:0:0,18:2,25:0:0 chr10 120353910 . T C 740.53 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.897;QD=56.9635;RBI=0.00253471;REFB=0;REVB=0.00162722;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68515e-07;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chr10 120450800 . T A 229.42 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00413725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.178;QD=22.3829;RBI=0.0201393;REFB=-0.00751911;REVB=-0.0197098;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280213;STB=0.515681;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00574902;OID=.;OPOS=120450800;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:8:11:12:10:8:11 chr10 120791060 . A C 444.06 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549804;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.355;QD=59.2085;RBI=0.0585933;REFB=0;REVB=0.0202566;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913984;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 463.86 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501237;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=7;MLLD=275.91;QD=50.1466;RBI=0.0127037;REFB=0;REVB=0.011673;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.56024e-05;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:34:37:37:0:18:19:0:0:8:0:17:17:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 750.94 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00454727;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=3;MLLD=329.926;QD=49.2416;RBI=0.0148289;REFB=0.0133967;REVB=0.0141145;RO=5;SAF=22;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331903;STB=0.517655;STBP=0.377;TYPE=ins;VARB=-0.000604872;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918033:56:62:56:61:5:22:34:3:2:21:5:22:34:3:2 chr10 120792684 . A G 521.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.88;QD=59.5711;RBI=0.0747547;REFB=0;REVB=0.0735626;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298111;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:19:14:0:0:21:14:0:0 chr10 120792703 . C A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000175843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.535;QD=60.5098;RBI=0.00226069;REFB=-0.00414349;REVB=-0.00225384;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.29844e-05;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:25:19:0:1:25:20:0:1 chr10 120820528 . A G 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0604413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9684;QD=50.8356;RBI=0.0639368;REFB=-0.0652342;REVB=0.0208509;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00161347;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:17:8:0:0:17:8:0:1 chr10 120828969 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.331;QD=63.2867;RBI=0.0343477;REFB=0;REVB=0.0299841;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169244;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr10 120896027 . G A 1308.87 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140606;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.916;QD=62.3271;RBI=0.0351115;REFB=0;REVB=-0.0321733;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311381;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr10 120909785 . C T 331.01 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.014879;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.545;QD=17.6541;RBI=0.0254799;REFB=-0.0223009;REVB=-0.0206843;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646667;STB=0.536211;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.023915;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:40:40:35:35:0.466667:16:19:19:21:16:19:19:21 chr10 120917445 . G A 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0199725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.682;QD=7.47123;RBI=0.019985;REFB=-0.0026538;REVB=0.000706348;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19267;STB=0.635254;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0104666;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:3:8:18:13:3:8:18:14 chr10 120919246 . T C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.954;QD=57.1968;RBI=0.0692987;REFB=0;REVB=-0.0148112;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678862;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr10 120920588 . T C 212.42 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0392836;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7917;QD=19.311;RBI=0.0398795;REFB=0.00593009;REVB=-0.00686808;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166352;STB=0.591313;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00547185;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:23:20:21:0.477273:9:11:9:15:10:11:8:15 chr10 120933324 . G A 276.08 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9773;QD=50.1954;RBI=0.00339075;REFB=0;REVB=-0.00339075;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062848;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:20:0:0:0:22:0:0:0 chr10 121196335 . G A 1306.06 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000324166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.632;QD=60.747;RBI=0.0183453;REFB=-0.0565855;REVB=0.0183424;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000372075;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:42:43:0:0:42:43:1:0 chr10 121335210 . G A 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00216981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.291;QD=21.4976;RBI=0.0121021;REFB=-0.0091299;REVB=-0.011906;RO=49;SAF=28;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179202;STB=0.50099;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00845485;OID=.;OPOS=121335210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:23:28:27:22:23:28:27:22 chr10 121579040 . T C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00510934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.103;QD=12.229;RBI=0.011711;REFB=-0.00700848;REVB=-0.0105376;RO=36;SAF=5;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378018;STB=0.720127;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00810859;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:17:5:20:16:17:5:20:16 chr10 121586827 . A G 108.84 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0834642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.888;QD=13.6053;RBI=0.0843433;REFB=-0.00809254;REVB=-0.0121454;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111157;STB=0.526274;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0098245;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:19:12:13:0.40625:10:2:4:13:10:3:5:14 chr10 121588537 . A G 386.8 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.032164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.682;QD=15.7876;RBI=0.0329034;REFB=-0.00867498;REVB=0.0069361;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136564;STB=0.576905;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0145023;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:19:22:23:34:19:22:23:34 chr10 121588554 . T A 362.94 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0323763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9902;QD=14.0948;RBI=0.0323969;REFB=0.00963307;REVB=0.00115598;RO=60;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079979;STB=0.549325;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0146236;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:22:20:24:36:22:20:24:37 chr10 121589402 . T G 285.79 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000258661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1319;QD=13.1398;RBI=0.00210714;REFB=0.00431953;REVB=-0.00209121;RO=54;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766165;STB=0.543784;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00457435;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:16:17:24:30:16:17:24:30 chr10 121602732 . C T 249.14 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0535671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5368;QD=11.8636;RBI=0.0799642;REFB=-0.00180878;REVB=-0.0593704;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810871;STB=0.553362;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00056942;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:18:12:25:28:18:12:26:28 chr10 121618382 . T A 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.02471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0368;QD=18.6311;RBI=0.0474662;REFB=-0.0168496;REVB=-0.0405273;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255143;STB=0.642704;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0396598;OID=.;OPOS=121618382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:2:14:10:6:2:14 chr10 121671651 . T C 618.32 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00139273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.923;QD=16.0602;RBI=0.00260415;REFB=-0.0103667;REVB=-0.00220044;RO=86;SAF=39;SAR=29;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275277;STB=0.515347;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0126306;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:68:68:0.441558:29:39:47:39:29:39:47:39 chr10 121679013 . A G 1896.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.497;QD=61.672;RBI=0.00320128;REFB=0;REVB=-0.0018213;RO=0;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64657e-07;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:69:54:0:0:69:54:0:0 chr10 121685559 . G A 156.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0142605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.056;QD=15.6233;RBI=0.0323881;REFB=-0.00760207;REVB=-0.0290796;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798967;STB=0.545941;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0065931;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:9:14:9:8:9:14 chr10 121693246 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0031065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.56;QD=15.6259;RBI=0.00317348;REFB=-0.00601096;REVB=0.000648564;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209054;STB=0.621274;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0128023;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:12:15:14:5:12:15 chr10 122358342 . G C 784.55 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.382;QD=57.0578;RBI=0.0245193;REFB=0;REVB=0.0118724;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018167;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr10 122358463 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.413;QD=63.1954;RBI=0.0377307;REFB=0;REVB=0.0307223;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92959e-05;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr10 122358657 . A G,T 149.0 PASS AF=0.2,0.733333;AO=2,10;DP=14;FAO=3,11;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00570083,0.0962266;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=113.013,153.199;QD=39.732;RBI=0.0186766,0.097234;REFB=-0.00871192,-0.0113159;REVB=-0.0177853,-0.0139601;RO=1;SAF=0,2;SAR=2,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0526894;STB=0.5,0.52936;STBP=1,0.664;TYPE=snp,snp;VARB=0.0130556,-0.0055228;OID=.,.;OPOS=122358657,122358657;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:14:15:1:1:2,10:3,11:0.2,0.733333:2,8:0,2:0:1:3,8:0,3:0:1 chr10 122359344 . C T 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0404628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.911;QD=21.0137;RBI=0.040558;REFB=-0.00204844;REVB=0.00277665;RO=48;SAF=19;SAR=30;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176047;STB=0.597418;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00191776;OID=.;OPOS=122359344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:30:19:28:20:30:19:28:20 chr10 122624679 . G A 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00601003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.847;QD=22.6378;RBI=0.0278191;REFB=-0.00576251;REVB=-0.0271621;RO=45;SAF=16;SAR=35;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192125;STB=0.510584;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00635108;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:35:16:15:30:35:16:15:30 chr10 122645376 . A T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.104168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.907;QD=16.4166;RBI=0.104801;REFB=-0.0326547;REVB=-0.0115056;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247787;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0283251;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:10:6:9:5:10:6 chr10 122645421 . G A 59.48 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0961619;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2528;QD=12.5228;RBI=0.0972827;REFB=-0.0186886;REVB=-0.0147248;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.71364;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0192493;OID=.;OPOS=122645421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:4:7:7:1:4:7 chr10 122663585 . G A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000626647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.22;QD=15.3562;RBI=0.00226742;REFB=0.011931;REVB=-0.0021791;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023107;STB=0.513056;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0181991;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:23:21:15:18:23:21 chr10 123241699 . GA G 63.88 PASS AF=0.625;AO=11;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00996357;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.26207;QD=10.6463;RBI=0.131813;REFB=-0.0833783;REVB=0.131436;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.548325;STBP=0.609;TYPE=del;VARB=0.0971232;OID=.;OPOS=123241700;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:11:23:15:24:9:5:10:2:7:25:9:3:8:2:7 chr10 123298158 . T C 3202.81 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.698;QD=61.8901;RBI=0.0446741;REFB=0;REVB=0.0436785;RO=0;SAF=112;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85838e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:207:0:0:206:207:1:94:112:0:0:95:112:0:0 chr10 123310871 . A G 319.32 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0114723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3911;QD=13.4449;RBI=0.0115012;REFB=-0.00946345;REVB=-0.000815063;RO=59;SAF=15;SAR=21;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243525;STB=0.63848;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0142802;OID=.;OPOS=123310871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:21:15:38:21:21:15:38:21 chr10 123596254 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8513;QD=51.9162;RBI=0.0719619;REFB=0;REVB=0.0288694;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327067;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 123673339 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.761;QD=57.712;RBI=0.0349893;REFB=0;REVB=0.0293155;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158067;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr10 123733511 . C G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00505186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.07;QD=16.1064;RBI=0.0393379;REFB=-0.00257865;REVB=-0.0390121;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00305391;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:13:9:6:11:13:9 chr10 123843210 . G A 88.96 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3417;QD=27.3714;RBI=0.0167997;REFB=0.0503088;REVB=0.0167997;RO=3;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0162982;OID=.;OPOS=123843210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:10:0:0:3:10:0:0:3 chr10 123843479 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00425618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2173;QD=12.8689;RBI=0.0342364;REFB=-0.000239628;REVB=-0.0339708;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426492;STB=0.755216;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00202418;OID=.;OPOS=123843479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:9:7:9:2:9:7 chr10 123845322 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.46;QD=64.1538;RBI=0.00492043;REFB=0;REVB=0.00312036;RO=0;SAF=42;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99429e-06;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:7:42:0:0:7:42:0:0 chr10 123970530 . T C 262.41 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0204709;FXX=0.0737644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.218;QD=9.28887;RBI=0.0253167;REFB=-0.012436;REVB=-0.0148955;RO=75;SAF=26;SAR=8;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344848;STB=0.698161;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0389592;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:79:34:34:0.300885:8:26:37:38:8:26:40:39 chr10 123970587 . C T 531.96 PASS AF=0.382353;AO=62;DP=171;FAO=65;FDP=170;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0201521;FXX=0.00584761;HRUN=6;LEN=1;MLLD=84.4242;QD=12.5167;RBI=0.0204467;REFB=-0.0100859;REVB=0.00345889;RO=98;SAF=31;SAR=31;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221161;STB=0.505437;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0256115;OID=.;OPOS=123970587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:98:105:62:65:0.382353:31:31:47:51:34:31:51:54 chr10 123976391 . C A 1160.13 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172327;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.571;QD=59.4937;RBI=0.0173651;REFB=-0.0724864;REVB=0.00213978;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122921;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=6.47303e-07;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:39:38:1:0:39:38:1:0 chr10 123996934 . G A 187.04 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0191933;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5833;QD=18.2481;RBI=0.0366197;REFB=0.000518905;REVB=-0.0311869;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231388;STB=0.620028;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00188358;OID=.;OPOS=123996934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:22:19:19:0.463415:7:12:8:13:7:12:9:13 chr10 124036328 . G A 364.58 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00454467;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.19;QD=18.0038;RBI=0.00457482;REFB=-0.0175137;REVB=-0.000524309;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526315;STB=0.523797;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0166276;OID=.;OPOS=124036328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:38:38:0.469136:16:22:22:20:16:22:23:20 chr10 124089036 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.444;QD=58.4197;RBI=0.0275452;REFB=0;REVB=-0.00829875;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76393e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr10 124094467 . T C 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.042138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.647;QD=7.5276;RBI=0.0421515;REFB=-0.00681904;REVB=0.00106663;RO=43;SAF=13;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422849;STB=0.760772;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0368043;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:3:13:21:22:3:13:21:22 chr10 124096035 . T C 479.59 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.649;QD=58.1319;RBI=0.019262;REFB=0;REVB=-0.0131279;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78853e-06;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:7:25:0:0:7:26:0:0 chr10 124096041 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.572;QD=59.8392;RBI=0.0340893;REFB=0;REVB=-0.0201005;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45577e-05;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr10 124096061 . A C 691.54 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.741;QD=61.4705;RBI=0.0201728;REFB=0;REVB=0.0121759;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523121;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:14:31:0:0 chr10 124183732 . T C 3553.35 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5274;QD=62.8911;RBI=0.0304538;REFB=0;REVB=-0.029391;RO=0;SAF=100;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0264e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:225:226:1:125:100:0:0:126:100:0:0 chr10 124189197 . A G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.308;QD=63.5772;RBI=0.0979923;REFB=0;REVB=0.077331;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930985;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr10 124214448 . G T 404.41 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0200685;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.7;QD=19.2578;RBI=0.0201673;REFB=-0.0164406;REVB=-0.00199308;RO=43;SAF=27;SAR=14;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309548;STB=0.517233;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.013742;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:41:41:0.488095:14:27:27:16:14:27:27:16 chr10 124320355 . G A 895.21 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569465;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.158;QD=58.7025;RBI=0.00842259;REFB=0;REVB=0.00620572;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234051;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr10 124330459 . G A 1865.14 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.926;QD=61.1521;RBI=0.0193281;REFB=0;REVB=-0.0189118;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178592;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:56:64:0:0:57:65:0:0 chr10 124331867 . C T 2370.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.497;QD=64.0654;RBI=0.0101407;REFB=0;REVB=-0.00014977;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87425e-06;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:85:63:0:0:85:63:0:0 chr10 124339332 . T C 2254.62 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.825;QD=63.5103;RBI=0.0153225;REFB=0;REVB=0.010832;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71096e-09;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:80:62:0:0:80:62:0:0 chr10 124340406 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.279;QD=60.2307;RBI=0.0156939;REFB=0;REVB=-0.0156939;RO=0;SAF=0;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29481e-05;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:37:0:0:0:37:0:0:0 chr10 124348643 . G A 2205.4 PASS AF=0.973856;AO=148;DP=152;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0276677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.162;QD=57.6574;RBI=0.0277136;REFB=0.013717;REVB=-0.00159528;RO=4;SAF=61;SAR=87;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173784;STB=0.508954;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000139964;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:152:153:4:4:148:149:0.973856:87:61:3:1:87:62:3:1 chr10 124351013 . C T 1989.55 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1638;QD=62.1734;RBI=0.0425968;REFB=0;REVB=-0.00295321;RO=0;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206922;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:56:72:0:0:56:72:0:0 chr10 124351954 . G A 2436.56 PASS AF=0.975904;AO=161;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=108;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.018362;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.157;QD=58.7124;RBI=0.0370858;REFB=-0.00869717;REVB=0.032221;RO=4;SAF=54;SAR=107;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339422;STB=0.517855;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=8.67243e-05;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:166:166:4:4:161:162:0.975904:107:54:4:0:108:54:4:0 chr10 124353100 . C T 1539.05 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0242459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.792;QD=61.5621;RBI=0.0248158;REFB=-0.0416307;REVB=-0.00528766;RO=1;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101995;STB=0.510636;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000280377;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:46:52:0:1:46:52:0:2 chr10 124357536 . T A 2685.08 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3897;QD=62.0827;RBI=0.15862;REFB=0;REVB=-0.0347105;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798547;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:173:0:0:166:173:1:90:76:0:0:91:82:0:0 chr10 124358420 . C G 2312.35 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8617;QD=63.7889;RBI=0.0862799;REFB=0;REVB=0.0420078;RO=0;SAF=54;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436657;OID=.;OPOS=124358420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:91:54:0:0:91:54:0:0 chr10 124358483 . G A 1772.27 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9656;QD=60.5904;RBI=0.05761;REFB=0;REVB=-0.00996506;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264838;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:66:50:0:0:66:51:0:0 chr10 124377608 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.025;QD=62.3146;RBI=0.0324833;REFB=0;REVB=0.00936937;RO=0;SAF=10;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3114e-05;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:76:10:0:0:76:10:0:0 chr10 124377837 . T C 2312.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.851;QD=63.7966;RBI=0.0319994;REFB=0;REVB=0.0318561;RO=0;SAF=67;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89591e-05;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:78:67:0:0:78:67:0:0 chr10 124379794 . G A 2335.04 PASS AF=0.993243;AO=144;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.864;QD=63.1093;RBI=0.0287466;REFB=-0.113644;REVB=-0.0135771;RO=1;SAF=64;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737237;STB=0.503703;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000189172;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:144:147:0.993243:80:64:1:0:80:67:1:0 chr10 124380676 . C A 2518.52 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.332;QD=61.4273;RBI=0.0562289;REFB=0;REVB=0.0407942;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17582e-05;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:164:0:0:158:164:1:80:78:0:0:83:81:0:0 chr10 124402677 . A G 321.31 PASS AF=0.5;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00166549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5811;QD=18.9004;RBI=0.0675348;REFB=-0.0483022;REVB=-0.0675143;RO=32;SAF=24;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195822;STB=0.612407;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0191861;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:34:34:34:0.5:10:24:16:16:10:24:17:17 chr10 124457452 . C T 487.21 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0117557;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.183;QD=17.7168;RBI=0.0155516;REFB=0.00359518;REVB=0.0101811;RO=57;SAF=21;SAR=31;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879409;STB=0.542419;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00592973;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:57:58:52:52:0.472727:31:21:18:39:31:21:19:39 chr10 124457969 . C G 297.17 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00815866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4559;QD=18.2872;RBI=0.0508192;REFB=-0.00750353;REVB=-0.05016;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233758;STB=0.630252;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00726921;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:11:22:13:19:11:22 chr10 124742792 . G A 799.15 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.847;QD=57.0818;RBI=0.042708;REFB=0;REVB=0.0390232;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243416;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:53:56:1:14:39:0:0:16:40:0:0 chr10 124742858 . G A 457.02 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0598946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3035;QD=23.1401;RBI=0.0623031;REFB=-0.0413536;REVB=0.0171557;RO=34;SAF=29;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569798;STB=0.531872;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0281304;OID=.;OPOS=124742858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:35:43:44:0.556962:14:29:25:9:14:30:26:9 chr10 124742895 . G C 1072.48 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.021;QD=57.1989;RBI=0.0206277;REFB=-0.022438;REVB=-0.00120612;RO=1;SAF=50;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201187;STB=0.505687;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000296302;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:23:50:0:1:23:50:1:1 chr10 124800853 . C T 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0603621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.425;QD=58.4197;RBI=0.0639684;REFB=-0.124751;REVB=0.0211748;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000915045;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chr10 124816515 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9941;QD=59.8391;RBI=0.0240117;REFB=0;REVB=0.00644843;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304243;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr10 125426412 . A G 1249.87 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00865326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=60.2349;RBI=0.00945292;REFB=-0.0732063;REVB=0.00380509;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937821;STB=0.504949;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00147761;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:32:50:1:0:32:50:1:0 chr10 125426565 . G C 1556.19 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.425;QD=59.2834;RBI=0.0178593;REFB=0;REVB=0.0173605;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163816;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:62:42:0:0:62:43:0:0 chr10 125449015 . G A 902.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.769;QD=58.2278;RBI=0.0131047;REFB=0;REVB=-0.00184843;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55754e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr10 125450857 . C G 1060.11 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.911;QD=59.7246;RBI=0.068743;REFB=0;REVB=0.0481951;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280059;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:64:71:1:31:33:0:0:34:37:0:0 chr10 125506302 . T C 446.44 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.041;QD=57.6045;RBI=0.00868786;REFB=0;REVB=0.00847528;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86733e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr10 125521533 . G A 301.51 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00561163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.122;QD=25.1261;RBI=0.00561567;REFB=0.0127009;REVB=0.00021316;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429416;STB=0.534858;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00857748;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:12:15:10:10:12:15:10:11 chr10 125521590 . G A 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.016728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.475;QD=19.384;RBI=0.018055;REFB=0.00338028;REVB=-0.00679405;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132146;STB=0.585871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00401152;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:9:11:8:12:9:11:8:13 chr10 125528048 . G A 1441.61 PASS AF=0.491409;AO=143;DP=292;FAO=143;FDP=291;FR=.;FRO=148;FSAF=54;FSAR=89;FSRF=66;FSRR=82;FWDB=0.00468065;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.132;QD=19.8159;RBI=0.00468246;REFB=-0.00832369;REVB=-0.00013005;RO=147;SAF=54;SAR=89;SRF=65;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622758;STB=0.536301;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00864522;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:147:148:143:143:0.491409:89:54:65:82:89:54:66:82 chr10 126089434 . G A 159.45 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.01301;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.491;QD=9.81217;RBI=0.0131353;REFB=-0.0030816;REVB=0.00181015;RO=44;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10324;STB=0.561164;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0124951;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:44:44:21:21:0.323077:15:6:16:28:15:6:16:28 chr10 126172863 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.81;QD=57.1773;RBI=0.0385364;REFB=0;REVB=-0.00328719;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140968;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr10 126517989 . G A 923.34 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199914;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8988;QD=58.625;RBI=0.0200234;REFB=0;REVB=0.00113114;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27395e-05;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr10 126670356 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0139786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.864;QD=12.0238;RBI=0.0223695;REFB=-0.0204131;REVB=-0.017464;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128512;STB=0.576787;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0408953;OID=.;OPOS=126670356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:7:13:9:3:7:13 chr10 126674093 . T C 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0179935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.745;QD=18.4966;RBI=0.0193658;REFB=-0.0284687;REVB=-0.00716019;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218108;STB=0.610276;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0211094;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:13:14:7:19:13:14:8:19 chr10 126674227 . C CT 1471.69 PASS AF=1;AO=135;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167739;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.9308;QD=40.046;RBI=0.0363411;REFB=0;REVB=-0.0322384;RO=8;SAF=68;SAR=67;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000393151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.62951e-05;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:149:147:147:0:75:72:0:0:27:8:68:67:4:4 chr10 126674874 . A G 71.05 PASS AF=0.485714;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.052485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6942;QD=8.11954;RBI=0.189379;REFB=-0.151777;REVB=0.181961;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589174;STB=0.513498;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.172028;OID=.;OPOS=126674874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:18:35:16:18:2:17:0.485714:2:0:10:6:8:9:10:8 chr10 126674876 . A G 111.61 PASS AF=0.558824;AO=6;DP=18;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0243895;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4125;QD=13.1307;RBI=0.0576052;REFB=-0.104192;REVB=0.0521873;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308307;STB=0.555497;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.110033;OID=.;OPOS=126674876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:18:34:11:15:6:19:0.558824:4:2:7:4:10:9:9:6 chr10 126675759 . A AAGAT 371.33 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.021832;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=306.853;QD=13.2617;RBI=0.0229554;REFB=-0.00711049;REVB=-0.0070931;RO=69;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110209;STB=0.568209;STBP=0.279;TYPE=ins;VARB=0.0102889;OID=.;OPOS=126675760;OREF=-;OALT=AGAT;OMAPALT=AAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:44:113:44:112:68:19:25:22:46:99:69:19:25:23:46 chr10 126677239 . GAAGAA G 74.21 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0176842;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=256.268;QD=12.3688;RBI=0.0178875;REFB=-7.07556e-05;REVB=-0.00268946;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426955;STB=0.762192;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=-6.47983e-05;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:24:11:24:13:9:2:5:8:74:13:8:2:5:8 chr10 126683087 . T C 49.44 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=128;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.00887529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.117;QD=1.54485;RBI=0.00988425;REFB=-0.00353367;REVB=0.00435059;RO=115;SAF=1;SAR=12;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476504;STB=0.880869;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0530007;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:128:128:115:115:13:13:0.101562:12:1:48:67:12:1:48:67 chr10 126683123 . A C 60.93 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.0852264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5685;QD=1.84635;RBI=0.0855434;REFB=-0.00422837;REVB=0.00735761;RO=117;SAF=1;SAR=14;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534306;STB=0.905854;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0282256;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:132:132:117:117:15:15:0.113636:14:1:53:64:14:1:53:64 chr10 126683151 . C T 56.7 PASS AF=0.107692;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=130;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0158994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6318;QD=1.74451;RBI=0.0888188;REFB=-0.00514535;REVB=-0.0873842;RO=115;SAF=1;SAR=13;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551146;STB=0.914637;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.056124;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:129:130:115:116:14:14:0.107692:13:1:58:57:13:1:58:58 chr10 126683162 . C T 44.18 PASS AF=0.0952381;AO=12;DP=126;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0189116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.204;QD=1.40259;RBI=0.0295494;REFB=-0.00176988;REVB=-0.022705;RO=114;SAF=1;SAR=11;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522331;STB=0.908383;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0146472;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:126:114:114:12:12:0.0952381:11:1:59:55:11:1:59:55 chr10 126715154 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.829;QD=61.5361;RBI=0.0154838;REFB=0;REVB=0.00170465;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57156e-05;OID=.;OPOS=126715154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr10 126715375 . C T 348.31 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00525124;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.065;QD=22.4718;RBI=0.0356681;REFB=0.00867897;REVB=-0.0352794;RO=25;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305206;STB=0.509144;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00551466;OID=.;OPOS=126715375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:27:35:35:0.564516:11:24:18:7:11:24:19:8 chr10 126715629 . C T 2025.36 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7079;QD=62.3186;RBI=0.0782851;REFB=0;REVB=0.0715787;RO=1;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276803;OID=.;OPOS=126715629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:1:0:129:130:1:63:66:0:1:64:66:0:0 chr10 126727602 . T A 67.28 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.00651253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.763;QD=2.53898;RBI=0.0214318;REFB=0.00053781;REVB=0.0204183;RO=92;SAF=3;SAR=11;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251211;STB=0.680669;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00298892;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:106:106:92:92:14:14:0.132075:11:3:36:56:11:3:36:56 chr10 126727604 . T C 67.98 PASS AF=0.133333;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.046997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6259;QD=2.58987;RBI=0.0476286;REFB=-2.57077e-05;REVB=-0.00773052;RO=91;SAF=3;SAR=11;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25643;STB=0.683923;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00170609;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:91:91:14:14:0.133333:11:3:36:55:11:3:36:55 chr10 126727630 . T G 67.44 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.00766409;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.963;QD=3.10065;RBI=0.0147384;REFB=0.000135817;REVB=0.0125889;RO=74;SAF=3;SAR=10;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178954;STB=0.624792;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000922374;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:89:87:74:74:13:13:0.149425:10:3:26:48:10:3:26:48 chr10 127414308 . G A 258.07 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00278082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.458;QD=18.4339;RBI=0.0266674;REFB=-0.014448;REVB=0.026522;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281687;STB=0.656999;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0103495;OID=.;OPOS=127414308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:8:20:11:17:8:20 chr10 127441439 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0100339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.667;QD=14.6859;RBI=0.0362667;REFB=-0.00537687;REVB=-0.034851;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831517;STB=0.547039;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00668492;OID=.;OPOS=127441439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:16:27:17:14:16:27 chr10 127452054 . G A 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00213639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1816;QD=9.41607;RBI=0.0335345;REFB=-0.012509;REVB=-0.0334664;RO=53;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330402;STB=0.519464;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0394472;OID=.;OPOS=127452054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:12:12:25:28:12:12:25:28 chr10 127455482 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000591024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.382;QD=22.6;RBI=0.0102834;REFB=-0.0130629;REVB=0.0102664;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295472;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0103186;OID=.;OPOS=127455482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:12:8:10:13:12:8 chr10 127462525 . A G 277.32 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00126673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7519;QD=18.4877;RBI=0.00545744;REFB=-0.0445023;REVB=0.0053084;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106386;STB=0.55229;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0458205;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:19:11:14:15:19:11:14:16 chr10 127579186 . C A 266.33 PASS AF=0.215686;AO=43;DP=203;FAO=44;FDP=204;FR=.;FRO=160;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=-0.0185186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.478;QD=5.22219;RBI=0.0193644;REFB=-0.00474848;REVB=-0.00566044;RO=160;SAF=21;SAR=22;SRF=78;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111499;STB=0.509799;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0183823;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:160:160:43:44:0.215686:22:21:78:82:22:22:78:82 chr10 127579210 . T C 233.91 PASS AF=0.190909;AO=42;DP=220;FAO=42;FDP=220;FR=.;FRO=178;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=99;FSRR=79;FWDB=0.0128133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4012;QD=4.25286;RBI=0.0168746;REFB=-0.00176298;REVB=0.0109805;RO=178;SAF=15;SAR=27;SRF=99;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254073;STB=0.659308;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00911612;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:178:178:42:42:0.190909:27:15:99:79:27:15:99:79 chr10 127579238 . G T 61.1 PASS AF=0.0896226;AO=19;DP=211;FAO=19;FDP=212;FR=.;FRO=193;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=99;FSRR=94;FWDB=-0.00826376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.59;QD=1.15289;RBI=0.0205594;REFB=0.000336337;REVB=-0.0188255;RO=192;SAF=11;SAR=8;SRF=98;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808779;STB=0.560376;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00382425;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:211:212:192:193:19:19:0.0896226:8:11:98:94:8:11:99:94 chr10 127585173 . T C 68.41 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0341757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3231;QD=18.2419;RBI=0.034747;REFB=-0.113467;REVB=0.00627493;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392868;STB=0.743518;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0524226;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:1:7:3:3:1:8:3:3 chr10 127585179 . G C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0375137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.581;QD=24.8032;RBI=0.0391887;REFB=0.002378;REVB=0.0113349;RO=4;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359962;STB=0.710001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000927019;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:1:9:2:2:1:9:2:2 chr10 127585240 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0197339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4991;QD=10.0337;RBI=0.0210635;REFB=-0.0130356;REVB=-0.00736512;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0176589;OID=.;OPOS=127585240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:5:2:1:4:5:2 chr10 127585263 . C T 34.15 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0132993;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7879;QD=15.1765;RBI=0.0133006;REFB=-0.0186347;REVB=-0.000184581;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0593547;OID=.;OPOS=127585263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr10 127668431 . A G 329.82 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.023745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.857;QD=15.7058;RBI=0.0239218;REFB=-0.0155054;REVB=0.00290274;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293248;STB=0.662077;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0122234;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:48:35:36:0.428571:20:15:34:13:21:15:34:14 chr10 127677374 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0239603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.663;QD=12.73;RBI=0.0242485;REFB=-0.00323421;REVB=0.003727;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225785;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00320147;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:5:7:7:2:5:7 chr10 127753478 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0104089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.717;QD=12.8369;RBI=0.0179679;REFB=-0.00184924;REVB=0.0146458;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360254;STB=0.707056;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00240802;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:18:7:24:15:18:7:24:15 chr10 127834067 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00827164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.878;QD=16.4267;RBI=0.00917568;REFB=-0.00257608;REVB=-0.00397151;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00229796;OID=.;OPOS=127834067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:6:5:4:6:6:5:4:7 chr10 127834080 . G C 102.47 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00951012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.996;QD=17.821;RBI=0.00981076;REFB=-0.00780221;REVB=0.00241008;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190057;STB=0.608523;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00806817;OID=.;OPOS=127834080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:3:8:6:6:3:8 chr10 127834139 . T G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.774;QD=50.8367;RBI=0.0264777;REFB=0.0865511;REVB=-0.0191467;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000106167;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:18:8:0:0:18:7:1:0 chr10 127834142 . A G 90.01 PASS AF=0.44;AO=12;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.000372593;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.686;QD=14.4011;RBI=0.0153199;REFB=0.00559151;REVB=-0.0153154;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202806;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00775544;OID=.;OPOS=127834142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:25:14:14:12:11:0.44:7:5:3:11:7:4:3:11 chr10 128019025 . C G 350.02 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0267527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2986;QD=13.593;RBI=0.0352428;REFB=-0.0249035;REVB=0.0229423;RO=62;SAF=18;SAR=23;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821218;STB=0.546555;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0238068;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:23:18:32:30:23:18:32:30 chr10 128150096 . G T 317.3 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0418705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7536;QD=13.502;RBI=0.0778194;REFB=-0.0141973;REVB=-0.0655951;RO=58;SAF=13;SAR=23;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294905;STB=0.667737;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0214904;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:23:13:37:21:23:13:37:21 chr10 128192985 . C T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00819882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.824;QD=11.2962;RBI=0.0226448;REFB=-0.00523252;REVB=-0.0211084;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597303;STB=0.535171;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0109381;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:6:12:21:13:6:12:21:13 chr10 128202435 . T C 339.86 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0118149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.412;QD=16.1836;RBI=0.0323118;REFB=-0.0121277;REVB=0.0300743;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204743;STB=0.615321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.013762;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:13:24:21:26:13:24:21:26 chr10 128926013 . A G 524.33 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0113709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.744;QD=17.3333;RBI=0.0123779;REFB=-0.0158268;REVB=0.0048902;RO=65;SAF=23;SAR=33;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501472;STB=0.52791;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0170517;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:33:23:30:35:33:23:30:35 chr10 129242515 . G A 889.53 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120364;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.087;QD=58.33;RBI=0.0183118;REFB=0;REVB=0.0138002;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07062e-05;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr10 129249662 . G A 894.23 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000937131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.974;QD=55.0298;RBI=0.0365452;REFB=-0.195474;REVB=0.0365332;RO=2;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314539;STB=0.516661;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0055827;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:29:34:0:2:29:34:0:2 chr10 129249676 . C T 772.85 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0316528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.768;QD=50.6786;RBI=0.0595136;REFB=-0.0586278;REVB=0.0503981;RO=4;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325591;STB=0.501729;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00252748;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:27:30:2:2:27:30:2:2 chr10 129249693 . G A 804.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.893;QD=55.4791;RBI=0.0460849;REFB=-0.143066;REVB=0.0449566;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00106852;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:30:27:0:0:30:27:1:0 chr10 129249701 . C G 745.09 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8306;QD=56.2333;RBI=0.121769;REFB=0;REVB=0.0672949;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229053;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr10 129249925 . T C 1291.5 PASS AF=0.977011;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000150727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.049;QD=59.3794;RBI=0.0341919;REFB=-0.0445383;REVB=0.0341916;RO=2;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270394;STB=0.513155;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=8.41735e-05;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:87:2:2:82:85:0.977011:34:48:0:2:37:48:0:2 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 227.17 PASS AF=0.826087,0;AO=16,2;DP=22;FAO=19,0;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00370152,0.0386116;FXX=0.148093;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=238.359,62.1956;QD=39.5077;RBI=0.0165526,0.0482911;REFB=-0.0571745,-0.0117447;REVB=-0.0161335,-0.029003;RO=4;SAF=8,2;SAR=8,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0906511,0.569412;STB=0.530774,0.5;STBP=0.572,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00999522,0;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:22:23:4:4:16,2:19,0:0.826087,0:8,0:8,2:3:1:8,0:11,0:3:1 chr10 129534679 . T C 2207.48 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.512;QD=63.0709;RBI=0.0479082;REFB=0;REVB=0.0387922;RO=0;SAF=77;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533733;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:140:0:0:128:140:1:51:77:0:0:60:80:0:0 chr10 129534739 . C G 2149.83 PASS AF=0.993548;AO=144;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9191;QD=55.4795;RBI=0.0773245;REFB=-0.0604123;REVB=0.0554207;RO=3;SAF=77;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514575;STB=0.503184;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00658421;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:155:3:1:144:154:0.993548:67:77:2:1:76:78:1:0 chr10 129534864 . A C 1511.44 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417138;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.187;QD=59.8592;RBI=0.0447304;REFB=0;REVB=0.0161483;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91308e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr10 129763277 . C T 577.92 PASS AF=0.416107;AO=59;DP=147;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.0111408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.729;QD=15.5146;RBI=0.0113002;REFB=-0.00604325;REVB=-0.00189173;RO=87;SAF=33;SAR=26;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176914;STB=0.60044;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0108492;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:87:87:59:62:0.416107:26:33:34:53:27:35:34:53 chr10 129839193 . C T 254.32 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0137077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.251;QD=15.4133;RBI=0.0494285;REFB=-0.0152664;REVB=0.0474897;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083942;STB=0.547413;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0218589;OID=.;OPOS=129839193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:21:16:15:14:21:16 chr10 129845902 . G A 404.74 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00655658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.334;QD=32.379;RBI=0.00715166;REFB=-0.0300377;REVB=0.00285613;RO=17;SAF=20;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158724;STB=0.586744;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00850894;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:13:20:6:11:13:20:6:11 chr10 129845903 . C T 149.42 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0123924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.798;QD=11.9534;RBI=0.0125452;REFB=-0.0126256;REVB=0.00195209;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297299;STB=0.664925;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0414205;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:11:6:20:12:11:6:20:13 chr10 129854414 . A T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.017029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.398;QD=8.81113;RBI=0.0218835;REFB=-0.0128106;REVB=0.013744;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308307;STB=0.691681;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00635249;OID=.;OPOS=129854414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:4:7:2:4:4:7 chr10 129859992 . T C 341.85 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00844168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.483;QD=18.4784;RBI=0.0131943;REFB=0.00197314;REVB=0.0101404;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184645;STB=0.594544;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00314726;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:38:35:36:0.486486:17:18:12:26:18:18:12:26 chr10 129866449 . C G 209.39 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0302001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8448;QD=18.6126;RBI=0.0314246;REFB=-0.0208787;REVB=0.00868661;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238914;STB=0.516114;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.035058;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:24:21:21:0.466667:9:12:12:10:9:12:13:11 chr10 129871690 . A G 388.12 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0388511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3484;QD=26.7668;RBI=0.0791761;REFB=-0.0203902;REVB=-0.0689888;RO=21;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111472;STB=0.506089;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00845202;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:20:17:10:11:20:17:10:11 chr10 129882401 . C T 300.13 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=6;FWDB=0.01208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2284;QD=13.9595;RBI=0.017458;REFB=0.000158389;REVB=-0.0126038;RO=52;SAF=29;SAR=5;SRF=46;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713804;STB=0.540323;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00137802;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:5:29:46:6:5:29:46:6 chr10 129883370 . A G 1006.39 PASS AF=0.481481;AO=104;DP=216;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=0.0257121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2984;QD=18.6369;RBI=0.0439812;REFB=-0.0118101;REVB=-0.0356824;RO=111;SAF=44;SAR=60;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257327;STB=0.516126;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.012449;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:111:112:104:104:0.481481:60:44:44:67:60:44:44:68 chr10 129883933 . C T 225.27 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.000430399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.511;QD=12.1765;RBI=0.00104577;REFB=-0.000825413;REVB=0.000953094;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228816;STB=0.620136;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00172029;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:46:27:28:0.378378:16:11:10:36:17:11:10:36 chr10 129903592 . G A 603.56 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00820243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.166;QD=20.4597;RBI=0.0280515;REFB=-0.00708711;REVB=-0.0268255;RO=57;SAF=16;SAR=45;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586189;STB=0.532348;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00842562;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:57:61:61:0.516949:45:16:18:39:45:16:18:39 chr10 129903802 . A G 519.47 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00137445;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.462;QD=24.7367;RBI=0.00533067;REFB=-0.0103178;REVB=-0.00515043;RO=33;SAF=12;SAR=35;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.586667;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0238267;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:33:36:47:48:0.571429:35:12:15:18:35:13:16:20 chr10 129904560 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00950542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.095;QD=21.1723;RBI=0.0329135;REFB=-0.00770686;REVB=0.031511;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967732;STB=0.555456;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00522016;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:2:6:10:2:2:6 chr10 129906903 . C T 671.13 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00698787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.647;QD=16.4695;RBI=0.00699621;REFB=0.00246508;REVB=0.000341572;RO=88;SAF=25;SAR=48;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.566404;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00245032;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:88:90:73:73:0.447853:48:25:40:48:48:25:41:49 chr10 129917560 . T C 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00878118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4992;QD=13.2649;RBI=0.0137844;REFB=-0.00906943;REVB=0.0106255;RO=47;SAF=7;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241525;STB=0.639446;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0241306;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:23:7:20:27:23:7:20:27 chr10 131761693 . T G 895.03 PASS AF=0.489247;AO=89;DP=186;FAO=91;FDP=186;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.00698776;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.065;QD=19.248;RBI=0.0197705;REFB=-0.0294784;REVB=0.0184944;RO=95;SAF=41;SAR=48;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122397;STB=0.511902;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.028037;OID=.;OPOS=131761693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:95:95:89:91:0.489247:48:41:45:50:50:41:45:50 chr10 131934747 . G C 188.48 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0847286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7703;QD=14.2252;RBI=0.0861161;REFB=-0.0462422;REVB=-0.0153966;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158969;STB=0.599909;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.081029;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:13:17:9:13:13:18 chr10 131959150 . C T 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000682018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.918;QD=28.8062;RBI=0.00191002;REFB=-0.00170972;REVB=-0.0017841;RO=17;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024518;STB=0.513504;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00122876;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:19:9:6:11:19:9:6:11 chr10 131967693 . T A 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00103241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.059;QD=23.3483;RBI=0.00614852;REFB=-0.0154684;REVB=0.00606122;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627876;STB=0.534492;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00852613;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:17:11:18:20:17:11 chr10 132303374 . G C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00655849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.119;QD=26.4611;RBI=0.0127477;REFB=-0.0139698;REVB=-0.0109312;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542855;STB=0.530012;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0136622;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:7:11:14:12:7:11 chr10 132891202 . C A 270.06 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0320154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.556;QD=12.0028;RBI=0.0393455;REFB=-0.00917647;REVB=-0.022871;RO=58;SAF=19;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675749;STB=0.538983;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0243925;OID=.;OPOS=132891202;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:13:19:31:27:13:19:31:27 chr10 133607904 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0366248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.514;QD=16.4268;RBI=0.0371346;REFB=-0.0219508;REVB=0.0061316;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.013436;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:6:5:4:7:6:5 chr10 133607937 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0263644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.447;QD=14.6576;RBI=0.0316913;REFB=-0.0166593;REVB=-0.0175856;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.033013;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:8:9:6:7:8:9 chr10 133607947 . T G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0484636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.717;QD=17.542;RBI=0.0537405;REFB=-0.0182551;REVB=-0.0232234;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147222;STB=0.584302;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0183844;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:7:9:6:9:7:9 chr10 133608210 . A G 393.26 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0325597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.127;QD=21.2571;RBI=0.0359941;REFB=-0.0341544;REVB=-0.0153443;RO=33;SAF=14;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134628;STB=0.585872;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.022874;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:39:40:0.540541:25:14:17:16:26:14:18:16 chr10 133608237 . G A 452.14 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0536217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2762;QD=22.0554;RBI=0.0557734;REFB=-0.0405853;REVB=0.0153421;RO=37;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628245;STB=0.529398;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0307669;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:27:17:17:20:27:17:17:21 chr10 133608291 . TT GG 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0131334;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=116.864;QD=21.5315;RBI=0.0213906;REFB=-0.0151186;REVB=-0.016884;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437035;STB=0.524114;STBP=0.687;TYPE=mnp;VARB=0.0111228;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:22:15:11:20:22:15:11:20 chr10 133608459 . G C 187.32 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0020085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.9;QD=14.6918;RBI=0.00213989;REFB=-0.00898607;REVB=-0.000738271;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554376;STB=0.542332;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0124609;OID=.;OPOS=133608459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:9:12:15:14:9:12:15:15 chr10 133608495 . A T 381.42 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0824918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.08;QD=22.4367;RBI=0.090014;REFB=-0.0263888;REVB=0.0360227;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210919;STB=0.511622;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0212125;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:20:18:15:15:20:18:15:15 chr10 133758869 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00317802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.958;QD=15.0641;RBI=0.00881192;REFB=-0.00597539;REVB=0.00821889;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.507241;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00783845;OID=.;OPOS=133758869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:15:12:14:19:15:12:16:19 chr10 133918372 . G A 648.84 PASS AF=0.373206;AO=78;DP=209;FAO=78;FDP=209;FR=.;FRO=131;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0191081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.015;QD=12.418;RBI=0.0669369;REFB=-0.0246203;REVB=0.0641516;RO=129;SAF=47;SAR=31;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591293;STB=0.538994;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0410493;OID=.;OPOS=133918372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:129:131:78:78:0.373206:31:47:71:58:31:47:71:60 chr10 133948634 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.961;QD=57.2373;RBI=0.0319526;REFB=0;REVB=0.0277252;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130772;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr10 133950642 . T C 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0125527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.959;QD=14.616;RBI=0.0156341;REFB=-0.000866231;REVB=-0.00931958;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123941;STB=0.507037;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00111392;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:14:24:18:10:14:24 chr10 133954011 . C T 643.92 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.0075702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.827;QD=17.8868;RBI=0.00993776;REFB=-0.0146282;REVB=0.00643826;RO=78;SAF=42;SAR=24;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185225;STB=0.510285;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.015147;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:24:42:51:27:24:42:51:27 chr10 133961494 . C T 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0291661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.205;QD=12.8684;RBI=0.031592;REFB=-0.00918311;REVB=0.0121405;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357887;STB=0.520492;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0136576;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:15:16:28:23:15:16:28:23 chr10 133963466 . A G 2393.7 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023533;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5893;QD=61.377;RBI=0.00287493;REFB=0;REVB=0.00165141;RO=0;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001286;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:155:156:1:87:68:0:0:88:68:0:0 chr10 133981682 . G A 657.63 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.997;QD=59.7848;RBI=0.0429954;REFB=-0.0456376;REVB=0.0425849;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00172025;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr10 134013990 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.709;QD=49.5992;RBI=0.0771041;REFB=0;REVB=0.0361033;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708399;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr10 134017295 . A G 827.73 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472325;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3043;QD=57.0848;RBI=0.0486366;REFB=0;REVB=0.0116022;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995678;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:27:31:0:0 chr10 134018867 . G A 765.03 PASS AF=0.532847;AO=71;DP=136;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00217096;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.995;QD=22.3367;RBI=0.00315649;REFB=-0.0243101;REVB=0.00229136;RO=65;SAF=44;SAR=27;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734665;STB=0.53381;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0213104;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:65:64:71:73:0.532847:27:44:35:30:28:45:35:29 chr10 134036193 . A G 717.53 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5327;QD=62.394;RBI=0.0362089;REFB=0;REVB=-0.0336692;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592862;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:30:15:0:0:31:15:0:0 chr10 134161633 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00389412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.752;QD=15.1604;RBI=0.0039783;REFB=0.00875816;REVB=-0.000814062;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0119883;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:7:15:9:7:7:15 chr10 134218259 . C G 757.22 PASS AF=0.632653;AO=57;DP=100;FAO=62;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0529889;FXX=0.019998;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.906;QD=30.9072;RBI=0.0556375;REFB=-0.0359377;REVB=-0.016962;RO=16;SAF=20;SAR=37;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10506;STB=0.521201;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00898332;OID=.;OPOS=134218259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:16:32:57:62:0.632653:37:20:2:14:37:25:11:21 chr10 134218269 . C T 621.46 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00203863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.756;QD=30.3149;RBI=0.00750757;REFB=-0.0332812;REVB=-0.00722549;RO=28;SAF=22;SAR=32;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567957;STB=0.530736;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0167937;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:28:28:54:54:0.658537:32:22:9:19:32:22:9:19 chr10 134218296 . C G 368.8 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.070701;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3049;QD=52.6859;RBI=0.0712665;REFB=-0.0701895;REVB=0.00896013;RO=0;SAF=1;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00129881;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:0:1:27:27:0.964286:26:1:0:0:26:1:0:1 chr10 134218532 . G C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.049525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.869;QD=19.3688;RBI=0.0660489;REFB=-0.0391804;REVB=0.0437005;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0230426;OID=.;OPOS=134218532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:4:3:4:6:4:3 chr10 134219045 . C T 433.35 PASS AF=0.381679;AO=48;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0478845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.884;QD=13.232;RBI=0.0478847;REFB=-0.0259238;REVB=-0.000155415;RO=60;SAF=27;SAR=21;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320154;STB=0.59108;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0275466;OID=.;OPOS=134219045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:81:48:50:0.381679:21:27:14:46:21:29:35:46 chr10 134598628 . A G 1305.51 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294858;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.475;QD=62.1671;RBI=0.0342917;REFB=0;REVB=0.0175072;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7112e-05;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:55:29:0:0:55:29:0:0 chr10 134622408 . T C 785.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6129;QD=64.1454;RBI=0.0156906;REFB=0;REVB=0.0126534;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39271e-05;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr10 134623959 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.409;QD=63.8714;RBI=0.0124349;REFB=0;REVB=0.00321881;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04039e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr10 134624504 . C T 627.76 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0122998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.645;QD=17.3174;RBI=0.0162178;REFB=-0.0133957;REVB=-0.0105703;RO=80;SAF=29;SAR=36;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163471;STB=0.509104;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0127213;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:80:65:65:0.448276:36:29:37:43:36:29:37:43 chr10 134740813 . G A 356.76 PASS AF=0.411765;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0366361;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.419;QD=13.9905;RBI=0.0369283;REFB=-0.00652855;REVB=-0.00463684;RO=61;SAF=27;SAR=13;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116636;STB=0.57996;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0128864;OID=.;OPOS=134740813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:60:40:42:0.411765:13:27:35:26:13:29:34:26 chr10 134777790 . G A 1461.66 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00115654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.877;QD=57.3202;RBI=0.00251038;REFB=-0.0622107;REVB=0.0022281;RO=2;SAF=22;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150291;STB=0.507926;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000230568;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:78:22:1:1:78:22:1:1 chr10 134884516 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.676;QD=57.3858;RBI=0.0266196;REFB=0;REVB=0.0264334;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013157;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr10 134884546 . A G 834.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.7;QD=57.5246;RBI=0.0375587;REFB=0;REVB=0.0172898;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169545;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr10 134884595 . G A 1312.23 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0209747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.966;QD=59.6469;RBI=0.0304045;REFB=-0.179282;REVB=0.0220113;RO=2;SAF=43;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674936;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:43:43:1:1:43:43:1:1 chr10 134884610 . C G 1365.16 PASS AF=0.938144;AO=91;DP=97;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0199359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0107;QD=56.2954;RBI=0.0356767;REFB=0.00850676;REVB=0.029587;RO=5;SAF=44;SAR=47;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508737;STB=0.521626;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00413683;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:97:97:5:6:91:91:0.938144:47:44:5:0:47:44:5:1 chr10 134886558 . G A 296.82 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0128733;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6057;QD=15.2217;RBI=0.0340935;REFB=-0.0562706;REVB=-0.0315697;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080365;STB=0.503653;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.069494;OID=.;OPOS=134886558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:44:45:33:33:0.423077:20:13:17:27:20:13:18:27 chr10 134886618 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.467;QD=62.3509;RBI=0.0274966;REFB=0;REVB=0.0266607;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22144e-05;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr10 134893840 . G A 1063.88 PASS AF=0.549451;AO=99;DP=183;FAO=100;FDP=182;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=0.00624426;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.926;QD=23.382;RBI=0.00634526;REFB=-0.00402513;REVB=-0.00112759;RO=78;SAF=39;SAR=60;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229253;STB=0.615698;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00396169;OID=.;OPOS=134893840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:78:82:99:100:0.549451:60:39:53:25:60:40:54:28 chr10 134902396 . C G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0038077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6924;QD=8.69049;RBI=0.0242867;REFB=0.0220564;REVB=-0.0239863;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203766;STB=0.627564;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0487422;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:7:10:6:2:7:10 chr10 134902398 . C T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.010288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3824;QD=9.916;RBI=0.0192188;REFB=-0.0225573;REVB=0.0162333;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0515359;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:7:10:6:3:7:10 chr10 134942166 . A G 867.0 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=211;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=80;FWDB=-0.0073208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.884;QD=16.4361;RBI=0.00807792;REFB=-0.032242;REVB=0.00341448;RO=117;SAF=39;SAR=55;SRF=37;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103754;STB=0.557426;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.024207;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:117:117:94:94:0.445498:55:39:37:80:55:39:37:80 chr10 134942832 . G A 148.73 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0136979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.657;QD=18.0284;RBI=0.032883;REFB=-0.0107822;REVB=0.0298942;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104939;STB=0.545399;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00920063;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:12:5:6:10:12:5 chr10 134997480 . C T 1047.5 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00630698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2683;QD=58.1942;RBI=0.0304853;REFB=-0.0982746;REVB=-0.0298257;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210058;STB=0.511108;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00100877;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:49:22:1:0:49:22:1:0 chr10 134999602 . G C 1390.86 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.42;QD=62.5104;RBI=0.0349772;REFB=0;REVB=0.010065;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18213e-05;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:47:42:0:0 chr10 135000148 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.534;QD=37.4885;RBI=0.0292324;REFB=0;REVB=0.021813;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090598;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr10 135000159 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7701;QD=35.5758;RBI=0.0529613;REFB=0;REVB=-0.02408;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210634;OID=.;OPOS=135000159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr10 135011215 . G A 213.5 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0017405;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1471;QD=19.8608;RBI=0.0263772;REFB=-0.00319309;REVB=-0.0263197;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633716;STB=0.535681;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00390954;OID=.;OPOS=135011215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:6:16:14:7:6:16 chr10 135012162 . T C 476.26 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.941;QD=57.7289;RBI=0.0402407;REFB=0;REVB=0.00288535;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66469e-05;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:24:9:0:0 chr10 135012652 . T C 1249.18 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784177;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.723;QD=61.688;RBI=0.0849768;REFB=0;REVB=0.0327373;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319218;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr10 135015427 . C A 106.02 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501314;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.011;QD=42.408;RBI=0.0790136;REFB=0;REVB=0.0788544;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114042;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr10 135015667 . C T 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.217;QD=57.3838;RBI=0.0514665;REFB=0;REVB=0.0190506;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027843;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr10 135016089 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.75;QD=59.9376;RBI=0.0893375;REFB=0;REVB=0.00318427;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96031e-05;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr10 135016175 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.645;QD=56.1916;RBI=0.0482193;REFB=0;REVB=0.00485436;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213581;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr10 135051543 . T C 196.52 PASS AF=0.346667;AO=17;DP=77;FAO=26;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00530204;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.015;QD=10.4808;RBI=0.0228728;REFB=-0.0251817;REVB=-0.0222498;RO=45;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217618;STB=0.509547;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0447144;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:45:47:17:26:0.346667:6:11:21:24:14:12:21:26 chr10 135051544 . G C 44.28 PASS AF=0.141026;AO=10;DP=75;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0253464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.7966;QD=2.27071;RBI=0.0516245;REFB=-0.0119059;REVB=-0.0449739;RO=65;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40088;STB=0.89476;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.187;OID=.;OPOS=135051544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:75:78:65:67:10:11:0.141026:8:2:34:31:10:1:35:32 chr10 135051562 . A G 1170.59 PASS AF=1;AO=67;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210005;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1111;QD=60.0305;RBI=0.119241;REFB=0;REVB=0.117377;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290409;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:67:78:1:36:31:0:0:47:31:0:0 chr10 135053765 . GCCCCG GCCC,GCCCG 237.49 PASS AF=0.962963,0;AO=9,7;DP=27;FAO=26,0;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.140997,-0.0194156;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.6037,11.9516;QD=35.1835;RBI=0.143199,0.0867743;REFB=-0.044578,-0.0939003;REVB=-0.0250164,0.0845743;RO=1;SAF=3,7;SAR=6,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0684198,0.794046;STB=0.516117,0.5;STBP=0.538,1;TYPE=del,del;VARB=0.0130469,0.126309;OID=.,.;OPOS=135053769,135053766;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.962963,0:9,7:27:26,0:27:1:11,0:15,0:0:1:3:1:3,7:6,0:0:1 chr10 135061112 . C T 294.63 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0141789;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.51;QD=47.141;RBI=0.0142104;REFB=-0.0539298;REVB=0.000946424;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660323;STB=0.535684;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00176658;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:2:0:10:13:2:0 chr10 135076596 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.401;QD=55.0987;RBI=0.0366993;REFB=0;REVB=0.0289893;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231219;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr10 135082346 . A G 1193.81 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0068643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4689;QD=59.6906;RBI=0.0446175;REFB=-0.0588728;REVB=-0.0440863;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00199826;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:0:1:43:36:0:1 chr10 135084232 . C CAGA 1561.8 PASS AF=0.955752;AO=104;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00697836;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.133;QD=55.285;RBI=0.0244667;REFB=-0.0859261;REVB=0.0234504;RO=7;SAF=42;SAR=62;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381787;STB=0.526877;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.00348228;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.955752:104:113:108:113:5:44:64:5:0:11:7:42:62:5:2 chr10 135084322 . A G 1751.71 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0426309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8052;QD=59.8875;RBI=0.042829;REFB=-0.040414;REVB=0.00411432;RO=1;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629064;STB=0.503311;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000228225;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:75:41:0:1:75:41:0:1 chr10 135085321 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.371;QD=57.6805;RBI=0.0283792;REFB=0;REVB=-0.0101439;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33253e-05;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr10 135085426 . A G 1118.74 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000437777;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.83;QD=60.4725;RBI=0.017471;REFB=0;REVB=-0.0174656;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01273e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr10 135085754 . G A 2403.49 PASS AF=0.976048;AO=161;DP=167;FAO=163;FDP=167;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0100792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.371;QD=57.5687;RBI=0.0145375;REFB=-0.0346205;REVB=0.0104762;RO=2;SAF=43;SAR=118;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799644;STB=0.506945;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000301354;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:167:167:2:4:161:163:0.976048:118:43:0:2:119:44:2:2 chr10 135086380 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.641;QD=33.4285;RBI=0.0516801;REFB=0;REVB=-0.0155113;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854842;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 135087521 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.54;QD=62.6711;RBI=0.025698;REFB=0;REVB=0.0061919;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44055e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr10 135089035 . A G 2216.76 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5878;QD=63.3361;RBI=0.0784583;REFB=0;REVB=0.0758538;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287231;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:72:68:0:0:72:68:0:0 chr10 135097434 . A G 690.69 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136085;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.013;QD=62.7904;RBI=0.032904;REFB=0;REVB=-0.029958;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146242;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr10 135098672 . G A 1044.78 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=59.7015;RBI=0.0668437;REFB=0;REVB=0.0648912;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427755;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:39:29:0:0:41:29:0:0 chr10 135098830 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.442;QD=57.5452;RBI=0.0123843;REFB=0;REVB=0.012223;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22614e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr10 135098845 . C T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00325447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.158;QD=55.2224;RBI=0.04017;REFB=-0.0580853;REVB=0.0400379;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000347466;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr10 135160950 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.4497;QD=55.0969;RBI=0.0466596;REFB=0;REVB=0.0345285;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118558;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr10 135165790 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.362;QD=64.4153;RBI=0.0349984;REFB=0;REVB=-0.00114438;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100244;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr10 135180430 . A G 1840.86 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.359;QD=61.362;RBI=0.0300091;REFB=0;REVB=-0.0298937;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98489e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:74:46:0:0:74:46:0:0 chr10 135182452 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00137046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.314;QD=14.7663;RBI=0.0156356;REFB=-0.00780354;REVB=0.0155754;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111469;STB=0.514511;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0113334;OID=.;OPOS=135182452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:13:12:15:17:13:12:15:18 chr10 135184126 . G A 2048.64 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.668;QD=61.6133;RBI=0.0586144;REFB=-0.0893827;REVB=0.0318395;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.503816;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000249915;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:67:65:0:0:67:65:1:0 chr10 135186806 . A G 722.81 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2751;QD=62.8531;RBI=0.0826092;REFB=0;REVB=0.00899487;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535184;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:30:14:0:0:30:16:0:0 chr10 135204950 . C G 1248.09 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.027132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.949;QD=58.0508;RBI=0.0272094;REFB=-0.157316;REVB=0.00205039;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00162464;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:0:3:83:83:0.965116:42:41:0:0:42:41:2:1 chr10 135205009 . C G 1507.27 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.867;QD=58.5347;RBI=0.0352621;REFB=-0.0569221;REVB=0.00540383;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.506023;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000125379;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:41:61:0:0:41:61:0:1 chr10 135233541 . A G 1768.14 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.168;QD=60.9702;RBI=0.00659284;REFB=0;REVB=0.00643326;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29789e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:53:62:0:0:53:63:0:0 chr10 135271789 . C T 762.89 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.000387816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.087;QD=20.6186;RBI=0.0118184;REFB=-0.0108795;REVB=-0.0118121;RO=73;SAF=47;SAR=27;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180874;STB=0.603208;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0129234;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:74:74:74:0.5:27:47:32:41:27:47:32:42 chr10 135278193 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0346004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.821;QD=10.6346;RBI=0.0350106;REFB=0.00630342;REVB=0.00534301;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377549;STB=0.71791;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0118437;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:1:12:5:3:1:12 chr10 135279810 . T G 300.19 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0108988;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.293;QD=23.0912;RBI=0.0152675;REFB=-0.0335035;REVB=-0.0106917;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138554;STB=0.542822;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0309498;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:16:18:24:25:0.480769:15:9:9:7:15:10:9:9 chr10 135280765 . C T 151.12 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0083019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6357;QD=8.39529;RBI=0.0124405;REFB=-0.00864317;REVB=0.00926519;RO=50;SAF=14;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157073;STB=0.601842;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0146884;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:7:14:27:23:7:14:27:24 chr10 135347397 . T C 884.93 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1196;QD=56.186;RBI=0.0127422;REFB=-0.00083713;REVB=-0.00753295;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-6.15299e-05;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:23:39:0:0:23:39:1:0 chr10 135351362 . T C 754.82 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0324316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.637;QD=54.8958;RBI=0.0336297;REFB=-0.138196;REVB=0.00889657;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000210769;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:36:18:1:0:36:18:1:0 chr10 135368163 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0113207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.141;QD=18.4901;RBI=0.0180436;REFB=0.0117834;REVB=0.0140503;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058874;STB=0.533304;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0142709;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:8:18:14:8:8:18 chr10 135368590 . T C 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0109267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.975;QD=20.8123;RBI=0.0110041;REFB=0.00261736;REVB=0.00130251;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108431;STB=0.55985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00243795;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:21:17:11:23:21:17:11:23 chr10 135369532 . T C 216.63 PASS AF=0.4;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.02544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7014;QD=13.3312;RBI=0.0702765;REFB=-0.0224782;REVB=-0.0655102;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066033;STB=0.554189;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0301395;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:37:39:26:26:0.4:15:11:18:19:15:11:20:19 chr10 135370343 . G A 293.8 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0350219;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7427;QD=14.3314;RBI=0.0370376;REFB=-0.0184268;REVB=0.0120518;RO=51;SAF=14;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15329;STB=0.575712;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0357694;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:51:49:33:33:0.402439:19:14:29:22:19:14:27:22 chr10 135370633 . C T 122.2 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.029001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.513;QD=15.7679;RBI=0.0338871;REFB=-0.00700355;REVB=-0.0175293;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339042;STB=0.698104;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0182432;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:9:8:11:3:9:8 chr10 135370639 . C A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.028066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8477;QD=16.4165;RBI=0.0756787;REFB=-0.00294665;REVB=0.070282;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359682;STB=0.709353;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00544888;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:9:7:11:3:9:7 chr10 135372870 . C G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0154565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.377;QD=13.0367;RBI=0.0178234;REFB=-0.0184114;REVB=-0.00887525;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0324744;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:16:16:9:9:16:16 chr10 135373591 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00130479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.167;QD=19.5232;RBI=0.0125301;REFB=0.00703032;REVB=-0.012462;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00278004;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:6:6:8:6:6:6 chr10 135381390 . G A 54.81 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.037541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9817;QD=9.53274;RBI=0.0937031;REFB=-0.0135313;REVB=0.0858542;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255285;STB=0.658113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0354454;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:8:7:2:6:8:7 chr10 135381443 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00924895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.855;QD=6.92904;RBI=0.0153682;REFB=-0.00173049;REVB=0.0122734;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.763935;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0052138;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:2:4:4:10:2:4:4:11 chr10 135381592 . C G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0106177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.871;QD=22.1439;RBI=0.01063;REFB=-0.0409322;REVB=0.000509368;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216718;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0428785;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:8:5:7:10:8:5 chr10 135381623 . T C 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.423;QD=61.6722;RBI=0.0304004;REFB=0;REVB=-0.0231812;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69698e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr10 135381766 . C T 894.14 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0223585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.764;QD=55.0238;RBI=0.0358107;REFB=0.045434;REVB=0.0279732;RO=2;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255073;STB=0.513154;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000117221;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:36:26:0:2:37:26:0:2 chr10 135381927 . T G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.179;QD=60.9778;RBI=0.0429416;REFB=0;REVB=-0.0405864;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02862e-05;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 135438888 . C T 182.09 PASS AF=0.185393;AO=33;DP=178;FAO=33;FDP=178;FR=.;FRO=145;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=69;FWDB=0.00325456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2681;QD=4.09182;RBI=0.0537701;REFB=-0.0156355;REVB=-0.0536715;RO=144;SAF=13;SAR=20;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162912;STB=0.605996;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0647458;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:144:145:33:33:0.185393:20:13:75:69:20:13:76:69 chr10 135438929 . T G 184.62 PASS AF=0.175258;AO=34;DP=193;FAO=34;FDP=194;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=81;FWDB=-0.0231696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8926;QD=3.80664;RBI=0.023704;REFB=-0.0019597;REVB=0.00500467;RO=158;SAF=14;SAR=20;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978802;STB=0.568072;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00399979;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:158:160:34:34:0.175258:20:14:77:81:20:14:79:81 chr10 135438951 . G A 193.1 PASS AF=0.178571;AO=35;DP=196;FAO=35;FDP=196;FR=.;FRO=161;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=80;FSRR=81;FWDB=-0.0197608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.116;QD=3.94077;RBI=0.0233964;REFB=-0.00225892;REVB=-0.0125259;RO=160;SAF=14;SAR=21;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121443;STB=0.580201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0131007;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:160:161:35:35:0.178571:21:14:79:81:21:14:80:81 chr10 135438955 . C T 193.49 PASS AF=0.179487;AO=35;DP=195;FAO=35;FDP=195;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=80;FSRR=80;FWDB=-0.0011578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.647;QD=3.9691;RBI=0.0197532;REFB=-0.00950124;REVB=-0.0197192;RO=159;SAF=14;SAR=21;SRF=79;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125343;STB=0.582597;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0312522;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:159:160:35:35:0.179487:21:14:79:80:21:14:80:80 chr10 135438967 . C T 204.48 PASS AF=0.188482;AO=36;DP=191;FAO=36;FDP=191;FR=.;FRO=155;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=0.00383744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.05;QD=4.28224;RBI=0.0056338;REFB=-0.00396577;REVB=-0.00412477;RO=155;SAF=14;SAR=22;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990536;STB=0.562725;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0115134;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:155:155:36:36:0.188482:22:14:72:83:22:14:72:83 chr10 135438977 . G A 165.0 PASS AF=0.173913;AO=31;DP=185;FAO=32;FDP=184;FR=.;FRO=152;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.00354652;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.321;QD=3.58695;RBI=0.00711727;REFB=-0.0157137;REVB=-0.00617071;RO=151;SAF=10;SAR=21;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187756;STB=0.605418;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0446098;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:151:152:31:32:0.173913:21:10:70:81:21:11:71:81 chr11 193722 . A G 30.04 PASS AF=0.15;AO=5;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00788112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9407;QD=3.00397;RBI=0.0143399;REFB=-0.00393536;REVB=-0.01198;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.805169;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0123778;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:40:40:31:34:5:6:0.15:3:2:22:9:4:2:25:9 chr11 193863 . T C 916.23 PASS AF=0.740385;AO=77;DP=104;FAO=77;FDP=104;FR=.;FRO=27;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00868727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.564;QD=35.2397;RBI=0.0177331;REFB=-0.00512028;REVB=-0.0154595;RO=27;SAF=42;SAR=35;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779542;STB=0.54173;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00190463;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:27:27:77:77:0.740385:35:42:19:8:35:42:19:8 chr11 193865 . T G 530.58 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00973884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.272;QD=20.6049;RBI=0.0103585;REFB=-0.00798533;REVB=-0.00352891;RO=49;SAF=34;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712009;STB=0.53926;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00696785;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:20:34:27:22:20:34:27:22 chr11 197337 . G A 356.21 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00206118;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.309;QD=15.8316;RBI=0.00853972;REFB=0.00402455;REVB=0.00828725;RO=49;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170145;STB=0.589697;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0047454;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:49:52:38:38:0.422222:16:22:20:29:16:22:22:30 chr11 223796 . A G 197.76 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0251354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.612;QD=14.6488;RBI=0.025302;REFB=-0.011263;REVB=-0.00289822;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282245;STB=0.660243;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0160074;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:21:10:14:9:21:10 chr11 223823 . G A 115.38 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.048939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.831;QD=15.9141;RBI=0.0490688;REFB=-0.0281118;REVB=0.00356597;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548755;STB=0.829284;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0106071;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:12:2:10:4:12:2:11:4 chr11 223832 . C A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0431196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.208;QD=18.2493;RBI=0.0431222;REFB=-0.0176122;REVB=-0.000474664;RO=12;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63028;STB=0.870278;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0428489;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:12:1:8:4:12:1:8:4 chr11 237087 . A G 559.06 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0165416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.502;QD=17.4705;RBI=0.0194233;REFB=-0.0282902;REVB=-0.0101804;RO=68;SAF=34;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074232;STB=0.537645;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0331567;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:69:59:59:0.460938:25:34:34:34:25:34:35:34 chr11 244106 . A G 113.55 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0236264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3326;QD=9.66378;RBI=0.0376607;REFB=-0.00781576;REVB=-0.0293278;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420572;STB=0.743281;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0175867;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:31:33:14:14:0.297872:9:5:23:8:9:5:24:9 chr11 244108 . A G 114.01 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0235656;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.629;QD=9.50115;RBI=0.023664;REFB=-0.0089386;REVB=-0.00215628;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391165;STB=0.732845;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0144216;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:34:34:14:14:0.291667:9:5:24:10:9:5:24:10 chr11 244115 . G A 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0105415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.481;QD=7.8631;RBI=0.0143719;REFB=-0.0147699;REVB=-0.00976874;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371186;STB=0.723815;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0371363;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:7:5:25:9:7:5:25:9 chr11 244129 . C T 124.75 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0545539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3947;QD=10.1833;RBI=0.0667838;REFB=-0.0238568;REVB=-0.038522;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169816;STB=0.60098;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.041679;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:23:11:7:8:23:11 chr11 244141 . G A 101.06 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00650891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.578;QD=8.42145;RBI=0.00951344;REFB=-0.0113816;REVB=-0.00693827;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144769;STB=0.588106;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.039661;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:23:12:6:7:23:12 chr11 244167 . C T 125.79 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0132769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.196;QD=10.4826;RBI=0.0186002;REFB=-0.00296428;REVB=-0.0130265;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269795;STB=0.635446;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0206952;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:30:33:14:15:0.3125:7:7:22:8:8:7:22:11 chr11 244171 . T C 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00662132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.103;QD=8.86107;RBI=0.0256874;REFB=-0.00857318;REVB=-0.0248193;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117568;STB=0.571322;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0188524;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:21:12:6:7:21:12 chr11 244197 . T C 81.56 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00310975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.527;QD=8.36482;RBI=0.0166941;REFB=-0.00223567;REVB=-0.0164019;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819703;STB=0.505041;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00543169;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:18:10:4:7:18:10 chr11 244414 . C T 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0183013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5471;QD=8.61262;RBI=0.0300877;REFB=0.00575089;REVB=-0.0238816;RO=46;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922171;STB=0.549437;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.014587;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:47:20:20:0.298507:14:6:17:29:14:6:17:30 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 63.34 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0126748;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=10;MLLD=339.665;QD=4.69208;RBI=0.0208639;REFB=0.00163122;REVB=0.0165727;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630181;STB=0.551082;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=-0.00766227;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:10:53:10:54:44:4:6:15:29:63:37:4:6:13:24 chr11 284257 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0021253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.061;QD=16.034;RBI=0.00799292;REFB=-0.0202771;REVB=0.00770519;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458884;STB=0.52629;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0319556;OID=.;OPOS=284257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:10:18:12:8:10:18 chr11 284538 . T C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0353381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4768;QD=14.6684;RBI=0.0399827;REFB=-0.0216171;REVB=0.0187038;RO=32;SAF=3;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268399;STB=0.656096;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0352881;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:21:3:9:23:21:3:9:23 chr11 290816 . A G 206.97 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00833039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.235;QD=13.1411;RBI=0.0092333;REFB=-0.021221;REVB=0.00398225;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117758;STB=0.519729;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.025692;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:38:24:25:0.396825:11:13:21:17:12:13:21:17 chr11 290891 . T C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0277326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.448;QD=24.1066;RBI=0.0318518;REFB=-0.003956;REVB=-0.0156665;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119295;STB=0.56661;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00180762;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:10:9:8:16:10:9 chr11 290918 . G A 374.32 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00308104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.97;QD=31.857;RBI=0.00526403;REFB=-0.0311814;REVB=0.00426816;RO=16;SAF=22;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105357;STB=0.557806;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.02599;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:9:22:9:7:9:22:9:7 chr11 293188 . T C 322.11 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0958304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6389;QD=28.0098;RBI=0.100087;REFB=-0.0323154;REVB=-0.0288767;RO=17;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15317;STB=0.575702;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0202289;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:18:28:28:0.608696:9:19:8:9:9:19:9:9 chr11 308290 . T C 586.89 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564015;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3606;QD=60.1938;RBI=0.0608545;REFB=0;REVB=-0.0228504;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158352;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:26:13:0:0 chr11 308314 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.038;QD=59.8375;RBI=0.0389049;REFB=0;REVB=-0.00188053;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022712;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr11 308362 . T TC 387.1 PASS AF=1;AO=4;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103583;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.052;QD=45.5415;RBI=0.104364;REFB=0;REVB=-0.012749;RO=30;SAF=0;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.001656;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:34:34:34:0:10:24:0:0:4:30:0:4:10:20 chr11 308363 . G C 501.0 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.605;QD=58.9409;RBI=0.028538;REFB=0;REVB=-0.00214067;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015099;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr11 308426 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2933;QD=50.4132;RBI=0.0519362;REFB=0;REVB=-0.0193508;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159733;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 314207 . C G 764.95 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589066;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8252;QD=63.7457;RBI=0.0731269;REFB=0;REVB=0.0433308;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187096;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:1:0:46:48:1:17:29:0:1:18:30:0:0 chr11 372157 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0659024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8117;QD=12.7909;RBI=0.070283;REFB=-0.0301302;REVB=-0.0244247;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153269;STB=0.604591;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0466876;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:11:11:5:9:11:12 chr11 372700 . G C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=13;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0359011;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.043;QD=26.4937;RBI=0.0377893;REFB=-0.014432;REVB=-0.011796;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.550399;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0100163;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:7:9:13:17:0.653846:6:7:2:5:7:10:4:5 chr11 379598 . A G 115.68 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0376622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.743;QD=7.23017;RBI=0.043584;REFB=-0.0117116;REVB=-0.0219347;RO=47;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226691;STB=0.513796;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0424005;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:9:8:23:24:9:8:23:24 chr11 396915 . C T 87.94 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0034512;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4752;QD=23.4505;RBI=0.0323508;REFB=-0.0155522;REVB=0.0321662;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483119;STB=0.817409;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00722303;OID=.;OPOS=396915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:4:5:10:10:0.666667:9:1:3:1:9:1:4:1 chr11 400109 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.658;QD=63.2863;RBI=0.0295616;REFB=0;REVB=0.0249628;RO=0;SAF=3;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147408;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:43:3:0:0:43:3:0:0 chr11 403764 . C T 333.16 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0276232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.069;QD=16.4522;RBI=0.0306073;REFB=-0.0140994;REVB=-0.0131821;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821867;STB=0.546176;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0143011;OID=.;OPOS=403764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:25:20:19:17:25:20 chr11 404468 . G A 176.13 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0417985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4946;QD=10.2107;RBI=0.10308;REFB=-0.0177019;REVB=0.0942249;RO=46;SAF=18;SAR=5;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289063;STB=0.671478;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0373463;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:5:18:26:20:5:18:26:20 chr11 406043 . G A 2349.33 PASS AF=1;AO=129;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261573;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.101;QD=60.6279;RBI=0.0281918;REFB=0;REVB=0.0105152;RO=0;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118673;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:129:155:1:50:79:0:0:66:89:0:0 chr11 406473 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6637;QD=35.5744;RBI=0.0563575;REFB=0;REVB=-0.00856438;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255174;OID=.;OPOS=406473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 406954 . G A 79.73 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00303661;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.207;QD=14.4959;RBI=0.0291525;REFB=-0.0161019;REVB=-0.0289939;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167219;STB=0.666261;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0202408;OID=.;OPOS=406954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:11:12:10:10:0.454545:1:9:9:2:1:9:9:3 chr11 428385 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1193;QD=57.2023;RBI=0.0226866;REFB=0;REVB=0.0215281;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380844;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 428489 . T C 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.881;QD=51.9113;RBI=0.0432235;REFB=0;REVB=0.0220674;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430621;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 429659 . C T 386.11 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0126807;FXX=0.077912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9521;QD=21.7525;RBI=0.0126866;REFB=-0.0102675;REVB=0.000389152;RO=26;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.531629;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0157818;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:26:33:38:38:0.535211:21:17:13:13:21:17:17:16 chr11 431834 . A G 832.19 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.419;QD=57.3925;RBI=0.041423;REFB=0;REVB=0.0375082;RO=0;SAF=5;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180458;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:51:5:0:0:52:6:0:0 chr11 433387 . A G 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.166;QD=60.0249;RBI=0.0195223;REFB=0;REVB=0.00163989;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94605e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr11 490036 . G A 487.3 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0288803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.669;QD=18.0482;RBI=0.0312856;REFB=-0.0209648;REVB=-0.0120297;RO=56;SAF=24;SAR=28;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479929;STB=0.526609;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0308858;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:28:24:23:33:28:24:23:33 chr11 494925 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0225463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.399;QD=22.7239;RBI=0.0793147;REFB=-0.033791;REVB=-0.0760427;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221394;STB=0.624168;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00911589;OID=.;OPOS=494925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:6:10:7:13:6:10 chr11 502722 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0456062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2271;QD=11.3693;RBI=0.0542472;REFB=-0.00249353;REVB=0.029374;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.642612;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00462003;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:6:13:5:6:6:13 chr11 549959 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.004;QD=63.2855;RBI=0.0252956;REFB=0;REVB=0.016688;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111968;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 551753 . G A 2850.18 PASS AF=1;AO=178;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182463;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.093;QD=62.9874;RBI=0.0453198;REFB=0;REVB=0.0414844;RO=0;SAF=72;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12944e-05;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:178:181:1:106:72:0:0:109:72:0:0 chr11 554166 . C G 1350.88 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413553;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.988;QD=62.8317;RBI=0.041555;REFB=0;REVB=-0.00406875;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179455;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr11 554214 . G C 918.13 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140809;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3883;QD=58.2936;RBI=0.141104;REFB=0;REVB=0.00912303;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207966;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:32:30:1:0:32:31:0:0 chr11 556521 . C G 953.97 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00582908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2137;QD=54.5127;RBI=0.0783365;REFB=-0.108057;REVB=-0.0781193;RO=2;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363077;STB=0.528293;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00392195;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:25:42:0:2:25:42:0:3 chr11 556857 . G C 1449.79 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.239;QD=63.0344;RBI=0.0666054;REFB=0;REVB=0.0459883;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020405;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:46:44:0:0:47:45:0:0 chr11 557989 . C T 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0675674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2941;QD=17.142;RBI=0.0690765;REFB=-0.0138483;REVB=0.0143601;RO=60;SAF=31;SAR=21;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037482;STB=0.52084;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0188363;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:21:31:38:22:21:31:38:22 chr11 558884 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.306;QD=55.0982;RBI=0.0336763;REFB=0;REVB=0.00857344;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299304;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr11 559016 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.069;QD=48.7373;RBI=0.0452591;REFB=0;REVB=-0.0439145;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359576;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr11 562421 . G A 703.71 PASS AF=0.611111;AO=65;DP=105;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.000816037;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.651;QD=26.0634;RBI=0.0495274;REFB=-0.028903;REVB=-0.0495207;RO=38;SAF=36;SAR=29;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072658;STB=0.551447;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0150722;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:38:42:65:66:0.611111:29:36:17:21:29:37:18:24 chr11 563257 . G A 197.09 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00737408;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.883;QD=12.7151;RBI=0.00738946;REFB=-0.013497;REVB=0.000476531;RO=40;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227888;STB=0.608442;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0155308;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:40:38:24:24:0.387097:19:5:15:25:19:5:13:25 chr11 563649 . C T 157.42 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.103427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.318;QD=16.1456;RBI=0.103533;REFB=-0.0191356;REVB=0.00469434;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619123;STB=0.555492;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.062833;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:10:6:7:15:10:7:7:15 chr11 610277 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7224;QD=63.2866;RBI=0.0355963;REFB=0;REVB=0.00464728;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250492;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 614864 . C T 867.4 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0382647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.09;QD=53.3783;RBI=0.0385416;REFB=-0.0553788;REVB=0.00461122;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262147;STB=0.520541;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000773593;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:2:3:62:62:0.953846:27:35:2:0:27:35:3:0 chr11 616970 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.681;QD=61.3364;RBI=0.015059;REFB=0;REVB=0.0137312;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30619e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr11 617537 . C T 2087.31 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.207;QD=60.9435;RBI=0.0452484;REFB=-0.0888207;REVB=0.019355;RO=1;SAF=50;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941193;STB=0.502026;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00150946;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:85:50:1:0:85:50:1:1 chr11 617967 . C G 1955.29 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0688401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.447;QD=61.1027;RBI=0.0700074;REFB=-0.0833399;REVB=0.0127308;RO=1;SAF=49;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959857;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000126445;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:1:1:127:127:0.992188:78:49:1:0:78:49:1:0 chr11 618998 . G A 256.0 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0195164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.9278;QD=29.2576;RBI=0.0223762;REFB=-0.0196128;REVB=0.0109456;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.816016;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00248036;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:35:35:0:12:22:23:0.657143:19:3:0:0:20:3:11:1 chr11 619789 . T G 102.09 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.84;QD=40.8364;RBI=0.0523006;REFB=0;REVB=0.0382711;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07965e-05;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr11 653968 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0383854;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.576;QD=11.1851;RBI=0.0440263;REFB=-0.013057;REVB=-0.021561;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.542361;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0305945;OID=.;OPOS=653968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:11:8:16:18:11:8:17:18 chr11 691530 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0251994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2875;QD=14.0968;RBI=0.0282386;REFB=0.0168966;REVB=-0.0127441;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448006;STB=0.502614;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0227932;OID=.;OPOS=691530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:11:7:5:8:11:7 chr11 709401 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8179;QD=51.9157;RBI=0.092116;REFB=0;REVB=-0.0545308;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00417319;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 726178 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.205;QD=47.8198;RBI=0.035786;REFB=0;REVB=0.000571476;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471799;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 771034 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.454;QD=59.679;RBI=0.0476777;REFB=0;REVB=-0.000222081;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014352;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr11 772490 . G A 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00963812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0862;QD=21.4976;RBI=0.0195684;REFB=-0.0142275;REVB=0.0170302;RO=49;SAF=17;SAR=34;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725157;STB=0.54013;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0176789;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:34:17:20:29:34:17:20:29 chr11 790762 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00832341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.2151;QD=22.7193;RBI=0.0203845;REFB=0.0124079;REVB=-0.0186078;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011206;STB=0.50632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0121114;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:4:5:8:6:4:5 chr11 802296 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0118037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.903;QD=21.0139;RBI=0.0133495;REFB=-0.0342003;REVB=0.00623544;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124286;STB=0.571292;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0173556;OID=.;OPOS=802296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:4:3:3:8:4:3 chr11 802379 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00357144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5168;QD=19.1804;RBI=0.0706142;REFB=-0.0485249;REVB=-0.0705238;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575094;STB=0.532662;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0378671;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:9:2:3:10:9:2 chr11 804212 . C A 355.23 PASS AF=0.5;AO=32;DP=70;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0321034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.962;QD=19.2017;RBI=0.0652793;REFB=-0.0266229;REVB=0.0568397;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427779;STB=0.554866;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0349904;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:37:37:32:37:0.5:17:15:19:18:22:15:19:18 chr11 822588 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00432745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.741;QD=24.5996;RBI=0.0309304;REFB=-0.0166707;REVB=0.0306262;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116966;STB=0.565158;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0126661;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:9:7:13:9:9:7 chr11 824428 . G T 1146.29 PASS AF=0.566845;AO=105;DP=190;FAO=106;FDP=187;FR=.;FRO=81;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.017355;FXX=0.0260403;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.374;QD=24.5195;RBI=0.0188863;REFB=-0.0123985;REVB=0.0074496;RO=74;SAF=58;SAR=47;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607331;STB=0.51249;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00919791;OID=.;OPOS=824428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:187:74:81:105:106:0.566845:47:58:35:39:48:58:42:39 chr11 824789 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.983;QD=33.4285;RBI=0.106153;REFB=0;REVB=-0.101176;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105586;OID=.;OPOS=824789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 824987 . CTGCA C 88.35 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451669;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=172.091;QD=39.2654;RBI=0.069289;REFB=0;REVB=0.0691416;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00130232;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:9:9:0:1:8:0:0:4:0:1:7:0:0 chr11 828916 . G A 248.06 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00145402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.709;QD=16.2659;RBI=0.0338967;REFB=-0.00804078;REVB=-0.0338655;RO=33;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175258;STB=0.605423;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00928756;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:27:28:0.459016:21:6:12:21:22:6:12:21 chr11 829539 . A G 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.336;QD=63.056;RBI=0.0247884;REFB=0;REVB=0.0125866;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45304e-05;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:76:61:0:0:76:61:0:0 chr11 830487 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.829;QD=56.7004;RBI=0.0415482;REFB=0;REVB=0.0272628;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398598;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr11 830670 . G T 749.46 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795013;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.212;QD=63.7836;RBI=0.0842817;REFB=0;REVB=0.0279813;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306195;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr11 831122 . C T 886.16 PASS AF=0.984127;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.847;QD=56.264;RBI=0.0309197;REFB=-0.0121735;REVB=0.017326;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000138097;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:1:1:57:62:0.984127:27:30:0:1:28:34:0:1 chr11 837582 . G A 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9059;QD=59.141;RBI=0.0475274;REFB=0;REVB=0.0387132;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99801e-05;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr11 840477 . A G 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.626;QD=56.1806;RBI=0.0147045;REFB=0;REVB=0.00621314;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145305;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr11 862652 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5705;QD=57.545;RBI=0.0600934;REFB=0;REVB=-0.0600654;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000699985;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr11 865510 . CA AC 37.28 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=85;FAO=9;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0343601;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=2;MLLD=74.2351;QD=1.77536;RBI=0.0589144;REFB=-0.00221705;REVB=-0.0478569;RO=68;SAF=5;SAR=1;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270744;STB=0.510846;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=0.0588134;OID=.;OPOS=865510;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:84:68:74:6:9:0.107143:1:5:42:26:4:5:42:32 chr11 870446 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0251885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.035;QD=13.7739;RBI=0.0361607;REFB=-0.00502288;REVB=-0.0259449;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212;STB=0.62263;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0092276;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:14:17:7:13:14:17 chr11 900929 . C G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00522814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.502;QD=9.56964;RBI=0.0158763;REFB=0.0087221;REVB=0.0149908;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0179355;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr11 903070 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.588;QD=56.9568;RBI=0.0218567;REFB=0;REVB=0.0147617;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27431e-06;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr11 993907 . C G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0236453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.613;QD=15.1566;RBI=0.0246094;REFB=-0.0334966;REVB=-0.00682069;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0355601;OID=.;OPOS=993907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:18:14:13:12:18:14 chr11 1010694 . C T 163.95 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.019589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2159;QD=11.1149;RBI=0.0302644;REFB=-0.0275872;REVB=-0.0230696;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147466;STB=0.508583;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0528698;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:14:24:13:8:14:24 chr11 1013987 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0546836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0135;QD=15.2559;RBI=0.0665853;REFB=-0.0333006;REVB=-0.0379909;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194944;STB=0.61259;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0683248;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:14:16:7:13:14:16 chr11 1016594 . A G 75.91 PASS AF=0.384615;AO=11;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00577614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.039;QD=11.6792;RBI=0.119529;REFB=-0.0105663;REVB=-0.119389;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140078;STB=0.523762;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0274082;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:13:16:11:10:0.384615:5:6:9:4:4:6:9:7 chr11 1016604 . ACT GGC 75.14 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0101773;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=3;MLLD=135.669;QD=10.0189;RBI=0.0677975;REFB=-0.0134306;REVB=-0.0670292;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13765;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=mnp;VARB=0.0212127;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:19:20:10:10:0.333333:4:6:9:10:4:6:9:11 chr11 1016614 . G T 255.74 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0319784;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8141;QD=21.3118;RBI=0.0324101;REFB=-0.00492378;REVB=0.0052724;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984894;STB=0.571084;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00610653;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:26:24:24:24:0.5:17:7:10:16:17:7:10:14 chr11 1016618 . G C 256.37 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0181525;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.181;QD=17.9909;RBI=0.0191269;REFB=-0.00604558;REVB=-0.00602699;RO=29;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069893;STB=0.539297;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00638367;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:21:7:9:20:21:7:9:20 chr11 1016665 . C T 80.24 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=-0.0107984;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.195;QD=4.16833;RBI=0.0260051;REFB=-0.00955169;REVB=-0.0236571;RO=62;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862689;STB=0.509736;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.047066;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:78:77:62:63:14:14:0.181818:11:3:13:49:11:3:13:50 chr11 1016704 . C A 36.39 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=54;FWDB=-0.0104784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9416;QD=2.02139;RBI=0.0299572;REFB=-0.0128872;REVB=-0.0280649;RO=63;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801954;STB=0.557814;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0896326;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:72:63:64:8:8:0.111111:7:1:10:53:7:1:10:54 chr11 1016713 . T C 51.27 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=53;FWDB=-0.0180054;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.902;QD=2.92982;RBI=0.0230816;REFB=-0.0185402;REVB=-0.0144418;RO=59;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572791;STB=0.537234;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0880833;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:59:60:10:10:0.142857:9:1:6:53:9:1:7:53 chr11 1016724 . A G 64.59 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=53;FWDB=-0.0624647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.959;QD=3.58825;RBI=0.0628436;REFB=-0.00440609;REVB=-0.00689069;RO=59;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122569;STB=0.583212;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0174648;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:72:72:59:60:12:12:0.166667:10:2:7:52:10:2:7:53 chr11 1016776 . C T 216.05 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0538916;FXX=0.203355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.383;QD=18.3874;RBI=0.0554991;REFB=-0.0431962;REVB=-0.0132607;RO=24;SAF=1;SAR=22;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295158;STB=0.671563;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0368849;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:47:24:24:23:23:0.489362:22:1:3:21:22:1:3:21 chr11 1016834 . G A 48.52 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=0.0350819;FXX=0.0526247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6995;QD=2.6958;RBI=0.111114;REFB=-0.00662297;REVB=0.10543;RO=54;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319373;STB=0.702623;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0769196;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:72:54:62:10:10:0.138889:9:1:14:40:9:1:14:48 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 166.43 PASS AF=0,0,0.34375;AO=5,4,20;DP=70;FAO=0,0,22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=0,0,4;FSAR=0,0,18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0232186,-0.00825376,-0.00655346;FXX=0.085702;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=110.604,150.23,92.5803;QD=10.402;RBI=0.0254347,0.0162175,0.0342787;REFB=-0.0136387,-0.0108867,-0.0139463;REVB=-0.0103837,-0.0139601,-0.0336464;RO=34;SAF=1,1,4;SAR=4,3,16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.212392,-0.130795,-0.216091;STB=0.5,0.5,0.619312;STBP=1,1,0.237;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0392602;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:70:64:34:42:5,4,20:0,0,22:0,0,0.34375:4,3,16:1,1,4:12:22:0,0,18:0,0,4:13:29 chr11 1016889 . GG AA,GA 265.08 PASS AF=0.0980392,0.45098;AO=5,23;DP=51;FAO=5,23;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=4,7;FSAR=1,16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00962379,0.0039221;FXX=0.0192271;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=140.242,201.668;QD=20.7902;RBI=0.0158726,0.0144533;REFB=-0.0167872,-0.0245356;REVB=-0.0126223,-0.013911;RO=20;SAF=4,7;SAR=1,16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.455594,-0.0898561;STB=0.820691,0.549312;STBP=0.175,0.539;TYPE=mnp,snp;VARB=0.010459,0.0192704;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:51:20:23:5,23:5,23:0.0980392,0.45098:1,16:4,7:8:12:1,16:4,7:9:14 chr11 1016894 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0279216;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.8;QD=2.56878;RBI=0.0293048;REFB=-0.00519751;REVB=-0.00889674;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391927;STB=0.779701;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0859046;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:51:50:44:44:6:6:0.12:2:4:14:30:2:4:14:30 chr11 1016914 . G T 244.36 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0261543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9415;QD=30.545;RBI=0.0876206;REFB=-0.0398851;REVB=0.083626;RO=10;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193897;STB=0.606838;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0272791;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:10:10:22:22:0.6875:14:8:7:3:14:8:7:3 chr11 1016928 . C G 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0230936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.295;QD=47.1178;RBI=0.027467;REFB=0.00878771;REVB=0.0148702;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770585;STB=0.541632;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000410998;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:11:13:0:2:11:13:0:2 chr11 1016933 . C T 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0061495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.497;QD=27.858;RBI=0.0305967;REFB=-0.052411;REVB=0.0299723;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169637;STB=0.509423;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.025077;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:4:4:8:9:4:4 chr11 1017023 . G A 56.75 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=81;FWDB=0.0279139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.218;QD=2.41493;RBI=0.0524621;REFB=-0.00680164;REVB=-0.0444194;RO=82;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522769;STB=0.806804;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0424171;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:82:82:12:12:0.12766:11:1:1:81:11:1:1:81 chr11 1017036 . G A 87.72 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=79;FWDB=0.0324887;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.935;QD=3.65484;RBI=0.0329756;REFB=-0.009683;REVB=-0.00564568;RO=70;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407745;STB=0.7579;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0511139;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:96:70:80:16:16:0.166667:15:1:1:69:15:1:1:79 chr11 1017069 . G A 246.38 PASS AF=0.271318;AO=35;DP=129;FAO=35;FDP=129;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=89;FWDB=-0.0460117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.274;QD=7.63963;RBI=0.0510251;REFB=-0.0125257;REVB=-0.0220563;RO=94;SAF=2;SAR=33;SRF=5;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230731;STB=0.513677;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0354536;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:94:94:35:35:0.271318:33:2:5:89:33:2:5:89 chr11 1017084 . G A 265.87 PASS AF=0.270073;AO=37;DP=134;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=1;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=93;FWDB=-0.0033225;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.862;QD=7.76257;RBI=0.0336202;REFB=-0.0179843;REVB=-0.0334556;RO=97;SAF=1;SAR=36;SRF=7;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312799;STB=0.690509;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0566676;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:97:100:37:37:0.270073:36:1:7:90:36:1:7:93 chr11 1017110 . C T 347.97 PASS AF=0.302632;AO=51;DP=152;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=100;FWDB=-0.0233776;FXX=0.0440224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.354;QD=9.15717;RBI=0.0255474;REFB=-0.0171999;REVB=0.0103032;RO=98;SAF=6;SAR=45;SRF=6;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184377;STB=0.636318;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0392007;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:98:106:51:46:0.302632:45:6:6:92:40:6:6:100 chr11 1017112 . GT AC,CC 627.78 PASS AF=0.0738255,0.295302;AO=11,43;DP=160;FAO=11,44;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=2,6;FSAR=9,38;FSRF=4;FSRR=72;FWDB=0.0130939,0.00387823;FXX=0.0687457;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=146.237,134.255;QD=16.853;RBI=0.021763,0.0274405;REFB=-0.00977283,-0.0209848;REVB=0.0173833,0.0271651;RO=74;SAF=2,6;SAR=9,37;SRF=4;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.393766,0.241959;STB=0.749741,0.634568;STBP=0.551,0.242;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00899156,0.0330065;OID=.,.;OPOS=1017112,1017112;OREF=GT,GT;OALT=AC,CC;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:160:149:74:76:11,43:11,44:0.0738255,0.295302:9,37:2,6:4:70:9,38:2,6:4:72 chr11 1017135 . G A 103.76 PASS AF=0.129032;AO=24;DP=186;FAO=24;FDP=186;FR=.;FRO=162;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=148;FWDB=-0.016104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.477;QD=2.23146;RBI=0.029897;REFB=-0.00263495;REVB=-0.0251891;RO=160;SAF=2;SAR=22;SRF=13;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868613;STB=0.508663;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0270049;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:160:162:24:24:0.129032:22:2:13:147:22:2:14:148 chr11 1017154 . T G 67.7 PASS AF=0.1;AO=18;DP=190;FAO=19;FDP=190;FR=.;FRO=171;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=157;FWDB=-0.0290505;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.728;QD=1.42533;RBI=0.034961;REFB=-0.00345597;REVB=-0.019451;RO=166;SAF=1;SAR=17;SRF=14;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12703;STB=0.606609;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0328175;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:190:190:166:171:18:19:0.1:17:1:14:152:18:1:14:157 chr11 1017158 . G T 54.11 PASS AF=0.0885417;AO=17;DP=187;FAO=17;FDP=192;FR=.;FRO=175;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=160;FWDB=-0.0196285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1808;QD=1.12732;RBI=0.0201236;REFB=-0.00611377;REVB=0.00443631;RO=170;SAF=1;SAR=16;SRF=15;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121484;STB=0.592467;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0408777;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:187:192:170:175:17:17:0.0885417:16:1:15:155:16:1:15:160 chr11 1017161 . C T 33.25 PASS AF=0.0680628;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=191;FR=.;FRO=178;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=163;FWDB=-0.0160565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.384;QD=0.696382;RBI=0.0384816;REFB=-0.00297003;REVB=-0.0349718;RO=172;SAF=1;SAR=12;SRF=14;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165459;STB=0.523124;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0690927;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:190:191:172:178:13:13:0.0680628:12:1:14:158:12:1:15:163 chr11 1017173 . G A 657.85 PASS AF=0.397849;AO=74;DP=187;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=66;FSRF=8;FSRR=104;FWDB=0.0144139;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.046;QD=14.1474;RBI=0.0148253;REFB=-0.027753;REVB=0.00346864;RO=112;SAF=8;SAR=66;SRF=8;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113128;STB=0.562899;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0439056;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:112:112:74:74:0.397849:66:8:8:104:66:8:8:104 chr11 1017183 . G T 289.74 PASS AF=0.241758;AO=43;DP=182;FAO=44;FDP=182;FR=.;FRO=138;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=125;FWDB=0.056623;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2027;QD=6.3679;RBI=0.056802;REFB=-0.00436696;REVB=0.00450626;RO=139;SAF=3;SAR=40;SRF=14;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127128;STB=0.568423;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0127713;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:139:138:43:44:0.241758:40:3:14:125:41:3:13:125 chr11 1017210 . G A 39.83 PASS AF=0.084507;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=142;FR=.;FRO=130;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=118;FWDB=0.0586356;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4862;QD=1.12203;RBI=0.0667973;REFB=-0.00168146;REVB=0.031996;RO=128;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364188;STB=0.525691;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.030545;OID=.;OPOS=1017210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:143:142:128:130:12:12:0.084507:11:1:12:116:11:1:12:118 chr11 1017220 . T C 1095.61 PASS AF=0.676471;AO=92;DP=136;FAO=92;FDP=136;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=41;FWDB=-0.0168547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.517;QD=32.2238;RBI=0.0171967;REFB=-0.0556757;REVB=-0.00341246;RO=44;SAF=9;SAR=83;SRF=3;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529773;STB=0.528403;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0504964;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:44:44:92:92:0.676471:83:9:3:41:83:9:3:41 chr11 1017231 . A G 828.71 PASS AF=0.65812;AO=67;DP=108;FAO=77;FDP=117;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=37;FWDB=0.0552082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.799;QD=28.3318;RBI=0.0577316;REFB=-0.0409707;REVB=0.0168819;RO=40;SAF=8;SAR=59;SRF=3;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778266;STB=0.536618;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0287196;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:117:40:40:67:77:0.65812:59:8:3:37:68:9:3:37 chr11 1017239 . CG TA 791.88 PASS AF=0.62963;AO=68;DP=111;FAO=68;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=8;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.0306672;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.731;QD=29.3287;RBI=0.0306999;REFB=-0.0223031;REVB=0.00141573;RO=36;SAF=8;SAR=60;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555195;STB=0.529906;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.0112566;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:36:36:68:68:0.62963:60:8:3:33:60:8:3:33 chr11 1017314 . TGGGGT GTGGGT,TGGG,TGGGT,TGGTGT 478.52 PASS AF=0.0208333,0,0.708333,0.270833;AO=2,12,13,13;DP=49;FAO=1,0,34,13;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=1,0,34,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0;FXX=0.020404;HRUN=1,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=90.9934,10.9708,11.2886,131.346;QD=39.8769;RBI=0.0899948,0.192477,0.0662376,0.0542817;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0899948,-0.192477,-0.0662376,-0.0542817;RO=3;SAF=0,0,0,0;SAR=2,12,13,13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.109366,0,-0.0413452,0.0850778;OID=.,.,.,.;OPOS=1017314,1017318,1017315,1017317;OREF=TG,GT,G,G;OALT=GT,-,-,T;OMAPALT=GTGGGT,TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:99:49:48:3:0:2,12,13,13:1,0,34,13:0.0208333,0,0.708333,0.270833:2,12,13,13:0,0,0,0:0:3:1,0,34,13:0,0,0,0:0:0 chr11 1017325 . A C 151.9 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=39;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2665;QD=10.2981;RBI=0.00466156;REFB=-0.0421328;REVB=0.00466156;RO=38;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0941952;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:20:0:0:38:20:0:0:39 chr11 1017337 . TC CA 74.05 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=58;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.278;QD=4.17208;RBI=0.0630217;REFB=-0.00946381;REVB=-0.0630217;RO=57;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0544667;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:71:57:58:13:13:0.183099:13:0:0:57:13:0:0:58 chr11 1017381 . G C 59.04 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=-0.0438179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6069;QD=6.94586;RBI=0.0438728;REFB=-0.00595797;REVB=0.00219491;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281827;STB=0.666402;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0132737;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:34:34:25:25:9:9:0.264706:8:1:1:24:8:1:1:24 chr11 1017384 . G C 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.00244431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.843;QD=9.84274;RBI=0.00569264;REFB=-0.029313;REVB=-0.00514115;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185182;STB=0.608517;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0456158;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:9:1:1:19:9:1:1:19 chr11 1017418 . TGGG TGG,TGGT 110.42 PASS AF=0.153846,0.769231;AO=4,7;DP=14;FAO=2,10;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0854446,0.0666004;FXX=0.0713776;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.0641,28.5763;QD=33.9748;RBI=0.238739,0.0920022;REFB=-0.134561,-0.168878;REVB=-0.222925,0.0634729;RO=0;SAF=0,1;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.526264;STBP=1,0.652;TYPE=del,snp;VARB=0.171485,0.00670951;OID=.,.;OPOS=1017419,1017421;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.769231:4,7:14:2,10:13:1:0,1:2,9:0:1:9:0:0,1:4,6:0:0 chr11 1017440 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.342;QD=6.48195;RBI=0.0247814;REFB=-0.0144689;REVB=-0.0247814;RO=33;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0380449;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:10:0:0:33:10:0:0:33 chr11 1017575 . C T 69.87 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=79;FWDB=0.00806446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.675;QD=2.74018;RBI=0.00912571;REFB=-0.00404732;REVB=-0.00427119;RO=86;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12641;STB=0.585446;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0392743;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:86:88:14:14:0.137255:13:1:9:77:13:1:9:79 chr11 1017773 . G A 134.7 PASS AF=0.188976;AO=23;DP=128;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=70;FWDB=5.95595e-05;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.488;QD=4.24251;RBI=0.0115853;REFB=-0.00946691;REVB=-0.0115852;RO=104;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437443;STB=0.511895;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0445643;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:104:103:23:24:0.188976:15:8:33:71:16:8:33:70 chr11 1017783 . A G 234.51 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=137;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=59;FWDB=0.000849645;FXX=0.153273;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.087;QD=8.08641;RBI=0.0250326;REFB=-0.0038176;REVB=-0.0250181;RO=84;SAF=10;SAR=22;SRF=25;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213049;STB=0.51265;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00992642;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:116:84:84:32:32:0.275862:22:10:25:59:22:10:25:59 chr11 1017793 . T G 51.33 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=84;FWDB=0.0175912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.168;QD=1.42587;RBI=0.0208302;REFB=0.00376987;REVB=-0.0111556;RO=130;SAF=1;SAR=13;SRF=46;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43777;STB=0.862346;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0346039;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:144:144:130:130:14:14:0.0972222:13:1:46:84:13:1:46:84 chr11 1017858 . A G 295.73 PASS AF=0.26875;AO=43;DP=160;FAO=43;FDP=160;FR=.;FRO=117;FSAF=3;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=-0.0321804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4158;QD=7.39334;RBI=0.0347896;REFB=-0.0409279;REVB=-0.0132189;RO=116;SAF=3;SAR=40;SRF=43;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554904;STB=0.843057;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0676791;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:116:117:43:43:0.26875:40:3:43:73:40:3:43:74 chr11 1017883 . C A 191.27 PASS AF=0.20625;AO=30;DP=157;FAO=33;FDP=160;FR=.;FRO=127;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=84;FWDB=-0.039102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.27;QD=4.7818;RBI=0.0392225;REFB=-0.0103957;REVB=0.00307248;RO=125;SAF=2;SAR=28;SRF=43;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524676;STB=0.858176;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.035436;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:125:127:30:33:0.20625:28:2:43:82:31:2:43:84 chr11 1017932 . CA TG 36.94 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=97;FWDB=-0.0488626;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.841;QD=1.11945;RBI=0.0577181;REFB=-0.00314193;REVB=-0.0307218;RO=117;SAF=1;SAR=10;SRF=23;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225655;STB=0.699826;STBP=0.306;TYPE=mnp;VARB=0.0400466;OID=.;OPOS=1017932;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:117:121:11:11:0.0833333:10:1:23:94:10:1:24:97 chr11 1017935 . A G 183.26 PASS AF=0.233333;AO=28;DP=132;FAO=28;FDP=120;FR=.;FRO=92;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=71;FWDB=-0.119048;FXX=0.0909022;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9346;QD=6.1087;RBI=0.121689;REFB=-0.00365476;REVB=-0.0252151;RO=92;SAF=1;SAR=27;SRF=21;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540744;STB=0.858009;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00929105;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:120:92:92:28:28:0.233333:27:1:21:71:27:1:21:71 chr11 1017939 . G C 46.1 PASS AF=0.1;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=90;FWDB=0.0459276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5789;QD=1.53673;RBI=0.0471598;REFB=-0.00355228;REVB=0.0107099;RO=107;SAF=1;SAR=11;SRF=18;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214685;STB=0.673834;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0486323;OID=.;OPOS=1017939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:120:107:108:12:12:0.1:11:1:18:89:11:1:18:90 chr11 1018295 . T C 91.1 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0357599;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7508;QD=21.4353;RBI=0.0554751;REFB=-0.14535;REVB=0.0424113;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267143;STB=0.624814;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0156421;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:18:17:6:6:9:11:0.647059:7:2:0:6:9:2:0:6 chr11 1018374 . T A 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0484;QD=32.2479;RBI=0.0262567;REFB=-0.0259176;REVB=0.0262567;RO=6;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401198;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:18:0:0:6:18:0:0:6 chr11 1018456 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.717;QD=10.1417;RBI=0.0140438;REFB=-0.0132243;REVB=-0.0140438;RO=25;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387277;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:12:0:0:25:12:0:0:25 chr11 1018473 . A T 44.02 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3815;QD=4.63322;RBI=0.0203706;REFB=-0.0270822;REVB=-0.0203706;RO=21;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0625352;OID=.;OPOS=1018473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:38:38:21:31:7:7:0.184211:7:0:0:21:7:0:0:31 chr11 1018483 . C G 82.25 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1931;QD=8.89176;RBI=0.141194;REFB=-0.054229;REVB=-0.141194;RO=25;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.101476;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:11:0:0:25:11:0:0:26 chr11 1018493 . TGGG TGG,TGGT 346.33 PASS AF=0.694444,0.305556;AO=13,11;DP=37;FAO=25,11;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=25,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0270197;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.99131,199.752;QD=38.4815;RBI=0.278598,0.00676707;REFB=0,0;REVB=0.278598,0.00676707;RO=10;SAF=0,0;SAR=13,11;SRF=0;SRR=10;SSEN=0.368421,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.14027,0.0112065;OID=.,.;OPOS=1018494,1018496;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.694444,0.305556:13,11:37:25,11:36:0:0,0:25,11:0:0:83:10:0,0:13,11:0:10 chr11 1018523 . A G 79.39 PASS AF=0.25;AO=10;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0.0595147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9805;QD=7.21747;RBI=0.0855626;REFB=-0.00739782;REVB=-0.0614732;RO=34;SAF=0;SAR=10;SRF=1;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64678;STB=0.811086;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0313675;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:34:33:10:11:0.25:10:0:1:33:10:1:0:33 chr11 1019375 . C T 971.67 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000723146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.452;QD=58.8891;RBI=0.0191033;REFB=0;REVB=-0.0190896;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26812e-05;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:41:25:0:0 chr11 1027811 . C T 319.88 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0549694;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.907;QD=18.2789;RBI=0.0572349;REFB=-0.0344633;REVB=-0.0159437;RO=36;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265682;STB=0.649257;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0251341;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:25:9:19:17:25:9:19:17 chr11 1080576 . G A 257.82 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00650675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.887;QD=18.4158;RBI=0.00825875;REFB=0.000377972;REVB=0.00508616;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331479;STB=0.518554;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000282881;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:12:16:17:11:12:16 chr11 1081074 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0116845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.829;QD=7.34927;RBI=0.0117076;REFB=0.000729719;REVB=-0.000735928;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240329;STB=0.658322;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00230202;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:37:39:13:13:0.25:7:6:10:27:7:6:10:29 chr11 1081112 . G C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.036748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2983;QD=10.1574;RBI=0.0526792;REFB=0.00677536;REVB=-0.0377449;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168163;STB=0.599867;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0193518;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:9:22:8:6:9:22 chr11 1081151 . T C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.112961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8856;QD=6.02653;RBI=0.118367;REFB=-0.00411869;REVB=-0.0353621;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15862;STB=0.5998;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0157875;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:7:24:6:3:7:24 chr11 1081757 . G C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.026441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.003;QD=17.423;RBI=0.0357423;REFB=-0.0066185;REVB=0.0240497;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296616;STB=0.665908;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00821108;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:11:23:11:20:11:23 chr11 1083293 . T C 250.69 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0506192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7611;QD=14.5325;RBI=0.0506361;REFB=-0.00721888;REVB=-0.00130715;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099968;STB=0.56491;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00936133;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:40:28:29:0.42029:16:12:21:19:17:12:21:19 chr11 1084821 . T C 547.12 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00147339;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.92;QD=20.2637;RBI=0.00469;REFB=-0.00303091;REVB=-0.00445255;RO=50;SAF=27;SAR=28;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962229;STB=0.556496;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00223835;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:50:52:55:56:0.518519:28:27:19:31:29:27:19:33 chr11 1087972 . C T 120.42 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00502292;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.338;QD=13.3796;RBI=0.0364197;REFB=-0.00822803;REVB=0.0360717;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167364;STB=0.50979;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.017962;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:16:6:4:10:16:6 chr11 1093710 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6401;QD=35.5751;RBI=0.109924;REFB=0;REVB=0.0952398;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133227;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr11 1094690 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.271;QD=43.016;RBI=0.0406198;REFB=-0.11586;REVB=0.0275972;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00469747;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr11 1094748 . A AC 186.56 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00047108;FXX=0.0714031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.174;QD=28.7018;RBI=0.119128;REFB=-0.0283201;REVB=-0.119128;RO=23;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0064466;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:26:26:0:7:19:0:0:4:23:1:2:8:15 chr11 1094753 . A C 443.7 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7963;QD=57.2516;RBI=0.047664;REFB=0;REVB=-0.00289112;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670556;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chr11 1094762 . C G 116.75 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00566849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.591;QD=11.9742;RBI=0.0106208;REFB=-0.019831;REVB=-0.00898161;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761982;STB=0.504498;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0337933;OID=.;OPOS=1094762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:7:18:10:4:7:18 chr11 1096494 . T C 1859.27 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.531;QD=60.9598;RBI=0.0445072;REFB=0;REVB=0.0299743;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30651e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:122:0:0:115:122:1:59:56:0:0:63:59:0:0 chr11 1101649 . T C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61;QD=56.9518;RBI=0.0439591;REFB=0;REVB=0.0425911;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589798;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr11 1158073 . T C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.946;QD=60.255;RBI=0.00891277;REFB=0;REVB=0.00849434;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79867e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr11 1161315 . T C,G 545.64 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239457,0.0115497;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.1051,170.08;QD=58.9878;RBI=0.0287226,0.0263817;REFB=0,0;REVB=0.0158615,-0.0237192;RO=0;SAF=19,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00107146,0.184571;OID=.,.;OPOS=1161315,1161315;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:16,1:19,1:0:0:16,1:19,1:0:0 chr11 1212877 . A G 139.19 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.0441198;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.699;QD=5.45837;RBI=0.0444964;REFB=-0.0108315;REVB=-0.00577753;RO=76;SAF=5;SAR=17;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512761;STB=0.817315;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0406249;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:76:80:22:22:0.215686:17:5:50:26:17:5:53:27 chr11 1212902 . C G 30.48 PASS AF=0.112676;AO=9;DP=70;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00863556;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5714;QD=1.71707;RBI=0.0849812;REFB=-0.0215507;REVB=-0.0845413;RO=58;SAF=1;SAR=8;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421373;STB=0.791001;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.218807;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:58:63:9:8:0.112676:8:1:23:35:7:1:24:39 chr11 1212921 . C T 74.37 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=-0.00791486;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.233;QD=5.1293;RBI=0.0171595;REFB=-0.00811759;REVB=-0.0152251;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304176;STB=0.691568;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0257207;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:58:45:46:12:12:0.206897:7:5:9:36:7:5:9:37 chr11 1212954 . C A 102.99 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0110073;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.293;QD=7.49035;RBI=0.0331439;REFB=-0.0258384;REVB=0.0312627;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20375;STB=0.629245;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0764103;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:40:15:15:0.272727:11:4:16:22:11:4:17:23 chr11 1212961 . T C 40.23 PASS AF=0.133333;AO=5;DP=58;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0153987;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.396;QD=2.6817;RBI=0.0192261;REFB=-0.0229346;REVB=0.0115119;RO=52;SAF=1;SAR=4;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299283;STB=0.832409;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.12963;OID=.;OPOS=1212961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:58:60:52:52:5:8:0.133333:4:1:24:28:7:1:24:28 chr11 1213047 . T C 34.74 PASS AF=0.2;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.144082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.666;QD=4.63217;RBI=0.182874;REFB=-0.0536064;REVB=-0.11262;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277816;STB=0.533223;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.104764;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:21:24:6:6:0.2:3:3:10:11:3:3:11:13 chr11 1213125 . G A 60.88 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.013267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4406;QD=6.24399;RBI=0.0728199;REFB=-0.0525096;REVB=-0.0716011;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194164;STB=0.659286;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0649104;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:39:25:30:9:9:0.230769:6:3:5:20:6:3:5:25 chr11 1213174 . A G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.00836402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.066;QD=6.57184;RBI=0.0106493;REFB=-0.0135106;REVB=-0.00659176;RO=36;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18367;STB=0.618863;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0386678;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:8:3:6:30:8:3:6:31 chr11 1213177 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0020745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.05;QD=6.73534;RBI=0.0227101;REFB=-0.00861497;REVB=-0.0226151;RO=36;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18367;STB=0.612726;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.028454;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:8:3:6:30:8:3:6:30 chr11 1213204 . C G 82.23 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00572933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.17;QD=5.48178;RBI=0.013582;REFB=-0.00526927;REVB=-0.0123145;RO=47;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143218;STB=0.509077;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0192475;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:9:4:14:33:9:4:14:33 chr11 1250488 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.056;QD=60.7161;RBI=0.0628671;REFB=0;REVB=0.042298;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245383;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr11 1252708 . G C 976.08 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937919;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.998;QD=59.1562;RBI=0.0223882;REFB=0;REVB=0.0203288;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82573e-05;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr11 1253942 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.922;QD=56.9377;RBI=0.0327953;REFB=0;REVB=0.0219085;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216303;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 1253969 . A G 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0347245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.04;QD=7.1185;RBI=0.0360809;REFB=-0.00634881;REVB=-0.00980009;RO=37;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015314;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:37:38:12:12:0.24:6:6:19:18:6:6:19:19 chr11 1253976 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0526711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.074;QD=7.08573;RBI=0.0548766;REFB=-0.00894753;REVB=-0.0154013;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144284;STB=0.578172;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0220825;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:5:6:14:19:5:6:15:19 chr11 1253980 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0116572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.931;QD=7.08569;RBI=0.0183747;REFB=-0.032412;REVB=-0.0142034;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144284;STB=0.578172;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0471443;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:5:6:14:19:5:6:15:19 chr11 1255773 . C T 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0744349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.454;QD=59.1722;RBI=0.0817965;REFB=-0.0123823;REVB=0.0339132;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155115;STB=0.508195;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000559281;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:46:30:1:0:46:30:1:0 chr11 1258217 . T G 95.37 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0394328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.832;QD=3.12689;RBI=0.0460205;REFB=-0.00468029;REVB=-0.0237265;RO=102;SAF=9;SAR=10;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540134;STB=0.531217;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0422609;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:122:122:102:103:19:19:0.155738:10:9:44:58:10:9:45:58 chr11 1258226 . C T 102.99 PASS AF=0.162602;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.00522524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.195;QD=3.3492;RBI=0.00858804;REFB=-0.00679025;REVB=-0.00681552;RO=102;SAF=10;SAR=10;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498045;STB=0.536549;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0291021;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:102:103:20:20:0.162602:10:10:47:55:10:10:47:56 chr11 1258240 . CA TG 96.53 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0196301;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.719;QD=3.2178;RBI=0.0233787;REFB=-0.00835325;REVB=-0.0126974;RO=100;SAF=10;SAR=9;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459618;STB=0.526288;STBP=0.84;TYPE=mnp;VARB=0.0510443;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:120:120:100:101:19:19:0.158333:9:10:49:51:9:10:50:51 chr11 1258283 . G A 124.96 PASS AF=0.191304;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.00443198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.769;QD=4.34658;RBI=0.0183258;REFB=-0.00776425;REVB=-0.0177818;RO=93;SAF=10;SAR=12;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999232;STB=0.506364;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0323453;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:93:93:22:22:0.191304:12:10:43:50:12:10:43:50 chr11 1258286 . C T 125.74 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0226879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.185;QD=4.41209;RBI=0.0326671;REFB=-0.0118128;REVB=-0.0235031;RO=92;SAF=10;SAR=12;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163929;STB=0.510424;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.047291;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:92:92:22:22:0.192982:12:10:43:49:12:10:43:49 chr11 1258295 . A G 128.67 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0194545;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.339;QD=4.63676;RBI=0.0194944;REFB=-0.00654281;REVB=-0.00124732;RO=88;SAF=10;SAR=12;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288948;STB=0.513991;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0404021;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:88:89:22:22:0.198198:12:10:42:46:12:10:42:47 chr11 1264822 . CT C,CC 75.73 PASS AF=1,0;AO=2,6;DP=8;FAO=8,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690507,0.0642088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=296.238,280.471;QD=37.8645;RBI=0.120088,0.12052;REFB=0,0;REVB=-0.0982506,-0.101992;RO=0;SAF=2,0;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-9.99397e-05,0;OID=.,.;OPOS=1264823,1264823;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:2,6:8:8,0:8:0:2,0:6,0:0:0:4:0:2,0:0,6:0:0 chr11 1267325 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2834;QD=35.5741;RBI=0.0608055;REFB=0;REVB=-0.0499171;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00717273;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr11 1268513 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.093;QD=50.4135;RBI=0.0847054;REFB=0;REVB=-0.0154829;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381876;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr11 1268608 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.858;QD=39.2068;RBI=0.0102445;REFB=0;REVB=0.00987468;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103896;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr11 1269186 . C T 289.67 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0208317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5829;QD=18.9947;RBI=0.0323002;REFB=-0.0155343;REVB=0.0246849;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190251;STB=0.605613;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0156562;OID=.;OPOS=1269186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:21:9:16:15:21:9 chr11 1272226 . A C 75.43 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.707;QD=37.716;RBI=0.162922;REFB=0;REVB=0.0126909;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117559;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:4:8:1:4:0:0:0:4:4:0:0 chr11 1272858 . C T 331.78 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.351;QD=53.0853;RBI=0.0452747;REFB=0;REVB=0.0342853;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412552;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 1501670 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6934;QD=63.5827;RBI=0.0373832;REFB=0;REVB=0.0169539;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256701;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 1502097 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.838;QD=63.0525;RBI=0.00608908;REFB=0;REVB=0.00576463;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76391e-06;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr11 1507731 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.251;QD=55.6561;RBI=0.0515002;REFB=0;REVB=0.0457182;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145054;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr11 1652021 . C A 149.98 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-9.421e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.384;QD=19.3516;RBI=0.00343953;REFB=-0.0102465;REVB=-0.00343824;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2482;STB=0.640149;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0178697;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:11:4:9:7:11:4 chr11 1652103 . G C 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0132119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.812;QD=27.3146;RBI=0.0274946;REFB=-0.0220031;REVB=0.0241123;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645196;STB=0.535681;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0110043;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:9:12:8:4:9:12:8:4 chr11 1775245 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0187495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.982;QD=14.0965;RBI=0.0200876;REFB=-0.00166859;REVB=0.00720892;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00330382;OID=.;OPOS=1775245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:4:10:7:4:4:10 chr11 1853107 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.156;QD=53.277;RBI=0.0360228;REFB=0;REVB=0.01727;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544372;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 1855854 . G C 1600.48 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.258;QD=58.7331;RBI=0.080549;REFB=-0.137299;REVB=0.0766383;RO=0;SAF=38;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503545;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00045414;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:0:1:107:108:0.990826:69:38:0:0:70:38:0:1 chr11 1857173 . T C 522.45 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00869198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.776;QD=56.4815;RBI=0.0143598;REFB=-0.11521;REVB=0.0114304;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.519989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000277567;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:24:10:1:0:24:12:1:0 chr11 1857747 . T C 439.43 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00512688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.046;QD=17.4033;RBI=0.0277396;REFB=-0.0107774;REVB=-0.0272617;RO=54;SAF=32;SAR=14;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254072;STB=0.631521;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00916173;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:54:46:47:0.465347:14:32:24:30:15:32:24:30 chr11 1857751 . C G 434.55 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0448054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5396;QD=17.041;RBI=0.0475797;REFB=-0.0144279;REVB=-0.0160095;RO=51;SAF=32;SAR=15;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188987;STB=0.627395;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0146549;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:51:55:47:47:0.460784:15:32:25:26:15:32:25:30 chr11 1857762 . C T 542.05 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0308812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.653;QD=19.711;RBI=0.031585;REFB=-0.0135967;REVB=0.00663038;RO=54;SAF=25;SAR=31;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145752;STB=0.580346;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0107634;OID=.;OPOS=1857762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:31:25:33:21:31:25:33:21 chr11 1858572 . C T 294.35 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.347;QD=49.0576;RBI=0.0523496;REFB=-0.0181423;REVB=0.0381963;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00106313;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:22:23:0.958333:10:12:1:0:10:13:0:1 chr11 1861760 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.051;QD=59.6792;RBI=0.0743836;REFB=0;REVB=0.0366361;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422167;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr11 1874404 . C T 158.84 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0150584;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.537;QD=12.4581;RBI=0.0199467;REFB=-0.0121411;REVB=-0.0130811;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334502;STB=0.693034;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0247885;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:10:22:7:12:10:22 chr11 1887806 . T A,C 787.07 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=54,2;DP=56;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=43,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019379,0.0165758;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.035,114.25;QD=56.2191;RBI=0.0331407,0.0194755;REFB=0,0;REVB=0.0268842,0.0102245;RO=0;SAF=10,0;SAR=44,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000929617,0.0399617;OID=.,.;OPOS=1887806,1887806;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:56:56:0:0:54,2:53,3:0.946429,0.0535714:44,2:10,0:0:0:43,3:10,0:0:0 chr11 1890990 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.635;QD=51.1845;RBI=0.0374247;REFB=0;REVB=0.0359514;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508101;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 1891722 . C T 127.24 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0107603;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5244;QD=11.0639;RBI=0.0728466;REFB=-0.0160065;REVB=-0.0720475;RO=26;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158646;STB=0.659105;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0274821;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:31:15:15:0.326087:3:12:18:8:3:12:19:12 chr11 1902768 . G A 2609.48 PASS AF=0.982759;AO=169;DP=173;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0381477;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.092;QD=59.9881;RBI=0.0576865;REFB=-0.210291;REVB=0.0432722;RO=2;SAF=63;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148665;STB=0.511277;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000704177;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:174:2:3:169:171:0.982759:106:63:2:0:106:65:3:0 chr11 1910707 . T C 72.85 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.169;QD=36.4274;RBI=0.0960484;REFB=0;REVB=0.0912674;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539339;OID=.;OPOS=1910707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr11 1911115 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.014;QD=43.4855;RBI=0.0460853;REFB=0;REVB=0.0130147;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117863;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr11 1993975 . C A 1080.64 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.855;QD=60.0354;RBI=0.054408;REFB=0;REVB=0.0300949;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241438;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr11 2016619 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00967619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.648;QD=16.4266;RBI=0.0101352;REFB=-0.0347291;REVB=0.0030156;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303161;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:6:5:5:6:6:5 chr11 2017017 . A C 330.66 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0275517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2545;QD=23.6186;RBI=0.0355923;REFB=-0.0143019;REVB=-0.0225324;RO=23;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562861;STB=0.531015;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0124222;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:12:21:13:10:12:21:13:10 chr11 2017110 . C G 668.69 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0251112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7571;QD=26.4827;RBI=0.0365015;REFB=0.00407572;REVB=-0.0264913;RO=39;SAF=34;SAR=28;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436814;STB=0.523741;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00359209;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:39:39:62:62:0.613861:28:34:19:20:28:34:19:20 chr11 2017439 . C G 348.96 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0238221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.826;QD=22.8828;RBI=0.0242375;REFB=-0.0135474;REVB=0.00446825;RO=25;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956521;STB=0.543209;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00566588;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:17:18:16:9:17:18:16:10 chr11 2018336 . A T 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0100114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.263;QD=18.0548;RBI=0.0101519;REFB=-0.0171314;REVB=-0.00168316;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131797;STB=0.573433;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0212083;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:23:12:16:17:23:12 chr11 2018449 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.023;QD=16.4266;RBI=0.00777062;REFB=-0.0119068;REVB=-0.00433359;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307182;STB=0.677107;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00823625;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:3:8:4:7:3:8 chr11 2018853 . G A 677.17 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0352115;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.105;QD=18.8103;RBI=0.0352115;REFB=-0.0382121;REVB=-2.96767e-05;RO=70;SAF=37;SAR=31;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120762;STB=0.525634;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0455373;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:70:76:68:68:0.472222:31:37:39:31:31:37:45:31 chr11 2167543 . T G 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0389916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.617;QD=12.0187;RBI=0.0456955;REFB=-0.00423494;REVB=0.0238272;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301213;STB=0.677173;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00816022;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:16:9:9:5:16:9 chr11 2167618 . A G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.035348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7078;QD=11.2147;RBI=0.0508597;REFB=-0.0145163;REVB=-0.0365681;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.552364;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0431932;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:16:17:7:9:16:17 chr11 2168375 . G C 108.23 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00920034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.7045;QD=16.0339;RBI=0.0100602;REFB=-0.0613578;REVB=0.00406951;RO=13;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295575;STB=0.555464;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0198654;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:13:14:12:13:0.481481:11:1:3:10:11:2:3:11 chr11 2181060 . T G 376.03 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.788;QD=55.7081;RBI=0.161491;REFB=0;REVB=0.157255;RO=5;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.872335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793035;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:27:5:0:23:27:1:0:23:0:5:2:25:0:0 chr11 2189828 . TGGGGGC TGG,TGGG,TGGGG,TGGGGC 308.13 PASS AF=0,0.314286,0.628571,0;AO=6,4,13,7;DP=39;FAO=0,11,22,0;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,12,0;FSAR=0,11,10,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.050543,-0.0961644,-0.221157,-0.0115175;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=4,3,2,1;MLLD=21.2741,20.9522,20.5817,10.5872;QD=35.2147;RBI=0.0971396,0.126826,0.221177,0.400189;REFB=-0.069435,-0.0743885,-0.0403933,-0.176146;REVB=-0.0829548,-0.0826876,0.00299967,-0.400023;RO=4;SAF=0,0,12,0;SAR=6,4,1,7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.787851,-0.755207,0.202871,-0.799165;STB=0.5,0.998448,0.538427,0.5;STBP=1,0.005,0.236,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0273396,-0.0520346,0.022118,0.0960736;OID=.,.,.,.;OPOS=2189831,2189832,2189833,2189829;OREF=GGGC,GGC,GC,G;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.314286,0.628571,0:6,4,13,7:39:0,11,22,0:35:2:0,0,12,0:0,11,10,0:2:0:27:4:0,0,12,0:6,4,1,7:3:1 chr11 2190951 . C T 808.69 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0238027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.055;QD=53.9123;RBI=0.0366632;REFB=-0.161543;REVB=0.0278859;RO=1;SAF=10;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097289;STB=0.510201;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00287696;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:48:10:0:1:48:10:0:2 chr11 2291715 . G T 212.64 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.0481402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7463;QD=14.9221;RBI=0.0495395;REFB=-0.0310268;REVB=0.0116914;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156993;STB=0.590999;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.036149;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:32:24:25:0.438596:8:16:24:6:8:17:26:6 chr11 2291982 . T A 227.12 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0256248;FXX=0.116252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5816;QD=23.907;RBI=0.0402781;REFB=-0.0197133;REVB=0.0310756;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720767;STB=0.509795;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0194485;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:15:17:20:21:0.552632:13:7:4:11:14:7:6:11 chr11 2337218 . G A 631.32 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.443;QD=61.592;RBI=0.0718972;REFB=0;REVB=0.0360298;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442769;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr11 2424683 . CA C,CC 767.86 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=32,22;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393827,-0.0634355;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.654,227.271;QD=56.8788;RBI=0.0479043,0.0654555;REFB=0,0;REVB=0.0272732,0.0161357;RO=0;SAF=7,19;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000403556,0.0197501;OID=.,.;OPOS=2424684,2424684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.981481,0.0185185:32,22:54:53,1:54:0:26,0:27,1:0:0:5:0:7,19:25,3:0:0 chr11 2427291 . A C 146.11 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0108027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3297;QD=9.74065;RBI=0.0192858;REFB=-0.0285657;REVB=-0.0159764;RO=36;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542509;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0364991;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:36:40:18:20:0.333333:14:4:8:28:15:5:12:28 chr11 2435946 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.623;QD=44.6894;RBI=0.0568434;REFB=0;REVB=0.0204078;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063092;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr11 2435956 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.679;QD=46.8479;RBI=0.100312;REFB=0;REVB=0.0459532;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801156;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 2439542 . A G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.963;QD=60.3753;RBI=0.00765241;REFB=0;REVB=-0.00459162;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75595e-06;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr11 2439767 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.755;QD=55.6561;RBI=0.0324283;REFB=0;REVB=0.031693;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012658;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 2797237 . G A 707.07 PASS AF=0.557377;AO=65;DP=119;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0245232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.487;QD=23.1826;RBI=0.0247905;REFB=-0.0215124;REVB=0.00363054;RO=54;SAF=20;SAR=45;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109303;STB=0.56639;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0233876;OID=.;OPOS=2797237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:54:54:65:68:0.557377:45:20:23:31:48:20:23:31 chr11 2869712 . G A 743.82 PASS AF=0.456647;AO=79;DP=173;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=64;FWDB=-0.0196211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.614;QD=17.1981;RBI=0.0301774;REFB=-0.0190983;REVB=-0.0229279;RO=94;SAF=31;SAR=48;SRF=30;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767745;STB=0.54249;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0272376;OID=.;OPOS=2869712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:94:94:79:79:0.456647:48:31:30:64:48:31:30:64 chr11 2870108 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00134391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.628;QD=18.9387;RBI=0.0193281;REFB=0.00140968;REVB=0.0192814;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135077;STB=0.575231;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0013251;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:11:18:14:16:11:18 chr11 2924610 . G A 318.43 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0121067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.303;QD=18.1962;RBI=0.0121265;REFB=-0.0063067;REVB=0.000691882;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073316;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:17:17:18:18:17:17:18:18 chr11 2929552 . A G 291.21 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0234867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.765;QD=21.5711;RBI=0.0236781;REFB=-0.00403873;REVB=0.00300473;RO=22;SAF=6;SAR=22;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656933;STB=0.53656;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00309336;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:22:24:28:30:0.555556:22:6:6:16:22:8:8:16 chr11 2999507 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.797;QD=56.9567;RBI=0.00959393;REFB=0;REVB=-0.00520378;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03735e-05;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr11 3028140 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.485;QD=53.2739;RBI=0.0280371;REFB=0;REVB=0.0270487;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287946;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 3061780 . C T 839.01 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238931;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.269;QD=57.8629;RBI=0.0713489;REFB=0;REVB=0.0672294;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521044;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr11 3109403 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.815;QD=55.0987;RBI=0.0310746;REFB=0;REVB=0.0310368;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102752;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 3109408 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.308;QD=55.0986;RBI=0.0367961;REFB=0;REVB=0.0355895;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013838;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 3150391 . C T 89.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.031907;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.717;QD=14.2563;RBI=0.0382559;REFB=-0.0220172;REVB=-0.021106;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325354;STB=0.710721;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0552172;OID=.;OPOS=3150391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:25:11:14:11:11:0.44:3:8:4:7:3:8:5:9 chr11 3244005 . TC GT,T 1233.46 PASS AF=0,1;AO=3,78;DP=83;FAO=0,85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103817,0.0052907;FXX=0.0116266;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=6.49315,23.7332;QD=58.0454;RBI=0.069184,0.137034;REFB=0,0;REVB=-0.0684006,-0.136932;RO=0;SAF=1,39;SAR=2,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00207387;OID=.,.;OPOS=3244005,3244006;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:83:85:0:0:3,78:0,85:0,1:2,39:1,39:0:0:0,43:0,42:0:0 chr11 3249552 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0182353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.729;QD=11.5968;RBI=0.0313876;REFB=-0.0158822;REVB=-0.0255471;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055847;STB=0.533277;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0270319;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:8:13:8:4:8:13 chr11 3249829 . G A 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0183383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.436;QD=15.5562;RBI=0.021531;REFB=-0.0208162;REVB=0.0112823;RO=45;SAF=10;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233631;STB=0.632506;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0241584;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:24:10:23:22:24:10:23:22 chr11 3249984 . C T 408.92 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0093713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.379;QD=22.4063;RBI=0.0155763;REFB=-0.0112621;REVB=-0.0124419;RO=33;SAF=24;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193246;STB=0.591955;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0113846;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:32:40:41:0.561644:16:24:12:21:17:24:12:20 chr11 3381369 . G C 406.54 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0141362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.13;QD=22.5856;RBI=0.0223956;REFB=-0.0237076;REVB=0.0173704;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615874;STB=0.533882;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0157412;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:18:22:20:12:18:22:20:12 chr11 3400237 . G T 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0178644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.329;QD=17.0937;RBI=0.0269342;REFB=-0.0244035;REVB=-0.0201573;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1522;STB=0.585324;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0298575;OID=.;OPOS=3400237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:17:24:22:29:17:24:22:29 chr11 3436490 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.483;QD=57.6719;RBI=0.060464;REFB=0;REVB=0.0603284;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550815;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr11 3436492 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.961;QD=57.68;RBI=0.0658848;REFB=0;REVB=0.0632966;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377204;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr11 3661140 . T C 574.33 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.839;QD=60.4557;RBI=0.0462904;REFB=0;REVB=0.0461155;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159679;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:18:15:0:0:23:15:0:0 chr11 3661172 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0211472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.185;QD=15.7005;RBI=0.0211958;REFB=-0.0168838;REVB=0.00143458;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917711;STB=0.553119;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0196932;OID=.;OPOS=3661172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:8:11:10:5:8:11 chr11 3661585 . A ATGG,G 485.01 PASS AF=0.894737,0.0263158;AO=33,2;DP=38;FAO=34,1;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=13,0;FSAR=21,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.011377,0.00108142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=201.223,128.517;QD=51.0531;RBI=0.0120509,0.0159121;REFB=-0.0527203,-0.00709556;REVB=-0.00397363,-0.0158753;RO=3;SAF=13,0;SAR=20,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0438735,-0.666583;STB=0.524112,0.990053;STBP=0.311,0.474;TYPE=ins,snp;VARB=0.0028761,-0.0604759;OID=.,.;OPOS=3661586,3661585;OREF=-,A;OALT=TGG,G;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:33,2:34,1:0.894737,0.0263158:20,2:13,0:2:1:21,1:13,0:2:1 chr11 3681054 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.016268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.457;QD=17.8005;RBI=0.020232;REFB=-0.0051892;REVB=-0.0120285;RO=24;SAF=1;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473163;STB=0.781961;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00368826;OID=.;OPOS=3681054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:19:1:6:18:19:1:6:18 chr11 3714489 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0119194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.5;QD=17.0893;RBI=0.0123098;REFB=-0.0368911;REVB=-0.00307546;RO=28;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223805;STB=0.599173;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0364215;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:24:25:0.471698:5:19:17:11:6:19:17:11 chr11 3838910 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.272;QD=33.4285;RBI=0.0486663;REFB=0;REVB=-0.0425749;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117742;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 4103524 . A G 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0430298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4777;QD=17.3244;RBI=0.0469676;REFB=0.00197776;REVB=0.0188254;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1182;STB=0.567499;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00235611;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:13:12:12:8:13:12 chr11 4141132 . C A 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00454331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.803;QD=12.3035;RBI=0.00672346;REFB=-0.00136132;REVB=0.00495612;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496267;STB=0.502855;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00231726;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:25:18:11:15:25:18 chr11 4159457 . A G 265.63 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0370319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4447;QD=13.2813;RBI=0.0532884;REFB=-0.00223723;REVB=0.0383183;RO=49;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371602;STB=0.512812;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00279417;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:30:31:0.3875:18:12:18:31:19:12:18:31 chr11 4159466 . G A 275.57 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00626127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.947;QD=15.0994;RBI=0.00799593;REFB=-0.00301465;REVB=-0.00497307;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226765;STB=0.503729;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00480834;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:19:12:15:26:19:12:16:26 chr11 4388905 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0291087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.278;QD=19.9283;RBI=0.0308024;REFB=-0.0197767;REVB=0.0100734;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173541;STB=0.599822;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0182837;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:4:5:9:3:4:5 chr11 4389404 . AG A 170.04 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0874507;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8233;QD=10.4639;RBI=0.134076;REFB=-0.0122011;REVB=0.10163;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265952;STB=0.622953;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0153731;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:29:65:29:65:36:17:12:13:23:99:35:18:11:12:23 chr11 4389587 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00549698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.149;QD=12.73;RBI=0.00558512;REFB=-0.0155464;REVB=0.00098833;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303064;STB=0.682485;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0197477;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:6:6:7:2:6:6 chr11 4411241 . C T 225.35 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0284077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4622;QD=11.1283;RBI=0.0580736;REFB=-0.0196802;REVB=0.0506511;RO=53;SAF=9;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317226;STB=0.683802;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0458249;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:19:9:32:21:19:9:32:21 chr11 4592708 . C CAG 285.33 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=126;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.00154111;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.08;QD=9.20404;RBI=0.00811741;REFB=0.00783948;REVB=-0.00796977;RO=86;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232567;STB=0.635608;STBP=0.061;TYPE=ins;VARB=-0.0127409;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306452:38:126:38:124:86:23:15:35:51:99:86:23:15:35:51 chr11 4608542 . C T 323.02 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00501766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=21.8998;RBI=0.0150223;REFB=-0.0126612;REVB=0.0141595;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427217;STB=0.5236;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00789468;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:17:16:14:12:17:16:14:12 chr11 4615234 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0614219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.83;QD=11.1312;RBI=0.0623479;REFB=-0.0047109;REVB=-0.0107057;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411477;STB=0.744218;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00702364;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:12:5:7:3:12:5 chr11 4615390 . C T 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0073338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.732;QD=60.8507;RBI=0.00952629;REFB=-0.139906;REVB=0.00607993;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00249593;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:1:0 chr11 4615508 . C G 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00359903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3441;QD=6.61475;RBI=0.0196109;REFB=-0.00216745;REVB=-0.0192778;RO=51;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239657;STB=0.514714;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00616464;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:9:8:25:26:9:8:25:26 chr11 4673829 . G A 940.74 PASS AF=0.510989;AO=88;DP=179;FAO=93;FDP=182;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.000256878;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.358;QD=20.6757;RBI=0.0142035;REFB=-0.00457997;REVB=-0.0142012;RO=90;SAF=40;SAR=48;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102772;STB=0.538045;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00474579;OID=.;OPOS=4673829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:90:89:88:93:0.510989:48:40:51:39:48:45:50:39 chr11 4675379 . A G 211.16 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00868429;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.946;QD=11.8962;RBI=0.0126841;REFB=-0.0129292;REVB=0.00924499;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768148;STB=0.535184;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0190721;OID=.;OPOS=4675379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:45:26:26:0.366197:13:13:18:24:13:13:20:25 chr11 4703165 . C A 709.84 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4689;QD=54.6034;RBI=0.030941;REFB=0.0980148;REVB=0.00699034;RO=1;SAF=40;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116298;STB=0.50617;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00554612;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:11:40:1:0:11:40:1:0 chr11 4730985 . C T 370.59 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0224222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7575;QD=21.4837;RBI=0.0500322;REFB=-0.0275504;REVB=0.0447266;RO=31;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141439;STB=0.582045;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0368872;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:31:37:38:0.550725:12:25:16:15:12:26:16:15 chr11 4731180 . G A 420.51 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00619141;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5683;QD=14.5002;RBI=0.0160071;REFB=-0.0218466;REVB=-0.0147612;RO=68;SAF=28;SAR=20;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876476;STB=0.549398;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0276987;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:68:68:48:48:0.413793:20:28:34:34:20:28:34:34 chr11 4731468 . G A 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0214349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.259;QD=20.2137;RBI=0.0214363;REFB=-0.0223177;REVB=0.000248516;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771319;STB=0.542705;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0193422;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:22:20:16:25:22:20:16:25 chr11 4731583 . C T 548.94 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0312124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.873;QD=20.5212;RBI=0.0335634;REFB=0.012344;REVB=0.0123405;RO=51;SAF=35;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136979;STB=0.575512;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00983428;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:21:35:24:27:21:35:24:27 chr11 4928621 . G A 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2348;QD=63.0505;RBI=0.0362597;REFB=0;REVB=0.036147;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194819;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr11 4929061 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6007;QD=58.142;RBI=0.0348717;REFB=0;REVB=0.00403111;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505279;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr11 4945196 . T G 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0728542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4242;QD=23.6749;RBI=0.095798;REFB=0.018267;REVB=0.0622055;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875034;STB=0.548972;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0158125;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:7:9:14:7:7:9 chr11 4945229 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.023925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.271;QD=19.6458;RBI=0.0568208;REFB=-0.0357441;REVB=0.0515383;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0313439;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:3:5:6:5:3:5 chr11 4964753 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.223;QD=60.5458;RBI=0.00714224;REFB=0;REVB=-0.00700442;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57602e-06;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr11 4965301 . G T 956.36 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0856782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7136;QD=57.0964;RBI=0.102839;REFB=-0.0840119;REVB=-0.0568785;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.50704;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0023131;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:31:34:1:0:31:35:1:0 chr11 4967468 . G A 1077.08 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.483;QD=57.4443;RBI=0.032551;REFB=-0.180624;REVB=0.0233901;RO=2;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011601;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:2:0:73:75:1:25:48:0:2:27:48:0:0 chr11 4968198 . C A 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0459694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9639;QD=43.0136;RBI=0.0543407;REFB=-0.018878;REVB=-0.028978;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101073;STB=0.555483;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00207407;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:0:1:4:12:0:1 chr11 4976086 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.632;QD=61.6949;RBI=0.0706808;REFB=0;REVB=0.070374;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331509;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr11 4976554 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.342;QD=61.682;RBI=0.0239306;REFB=0;REVB=-0.0118105;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00665e-05;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr11 4976811 . C A 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0383;QD=53.8967;RBI=0.13727;REFB=0;REVB=-0.1265;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00594354;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 5010905 . A G 305.48 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0048667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.673;QD=17.7088;RBI=0.0123783;REFB=-0.00828034;REVB=0.0113814;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950429;STB=0.505316;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0102415;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:20:16:15:18:20:16 chr11 5011043 . G T 95.69 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0468508;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8958;QD=19.1376;RBI=0.0489293;REFB=0.00986632;REVB=-0.0141094;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15431;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00681993;OID=.;OPOS=5011043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:4:5:8:3:4:5 chr11 5020592 . C T 421.78 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0363641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.547;QD=18.1409;RBI=0.0381091;REFB=-0.0222017;REVB=-0.0114001;RO=48;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041845;STB=0.511942;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0282128;OID=.;OPOS=5020592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:50:43:43:0.462366:19:24:27:21:19:24:29:21 chr11 5079946 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.36;QD=60.6047;RBI=0.00857325;REFB=0;REVB=-0.0011509;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7587e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr11 5080523 . A G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00487652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.628;QD=22.7197;RBI=0.0299749;REFB=-0.0139147;REVB=0.0295756;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395669;STB=0.522355;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0179281;OID=.;OPOS=5080523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:3:6:10:4:3:6 chr11 5080844 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.514;QD=39.2068;RBI=0.0246917;REFB=0;REVB=0.0099691;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068621;OID=.;OPOS=5080844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr11 5141902 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00729384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.824;QD=18.4834;RBI=0.00782963;REFB=-0.00428601;REVB=0.00284657;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43584;STB=0.745396;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0078422;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:17:4:13:6:17:4 chr11 5141980 . A G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00625246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.24;QD=21.1302;RBI=0.0117019;REFB=-0.00835918;REVB=0.00989152;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278503;STB=0.657384;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0144269;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:16:6:12:9:16:6:12:9 chr11 5142134 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0505996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.641;QD=14.0966;RBI=0.0509753;REFB=-0.0115842;REVB=0.00617765;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450003;STB=0.754884;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0180516;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:1:13:5:6:1:13 chr11 5142270 . T G 137.8 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0257051;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.892;QD=10.8076;RBI=0.0342058;REFB=0.0094242;REVB=0.0225673;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357669;STB=0.521172;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0225724;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:13:21:11:6:13:21 chr11 5142549 . T C 94.71 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00737733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.552;QD=6.64642;RBI=0.00769881;REFB=-0.0045297;REVB=0.00220151;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415742;STB=0.525737;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0193556;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:8:6:17:26:8:6:17:26 chr11 5153261 . A G 243.33 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0276597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6502;QD=15.2081;RBI=0.0644765;REFB=-0.0223893;REVB=-0.0582423;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715461;STB=0.540511;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0170905;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:12:16:18:18:12:16:18:18 chr11 5172786 . A G 981.11 PASS AF=1;AO=50;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.436;QD=58.5736;RBI=0.0338599;REFB=0;REVB=0.0307297;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39361e-05;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:50:67:1:25:25:0:0:41:26:0:0 chr11 5221645 . C G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0049723;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.235;QD=12.9421;RBI=0.0165341;REFB=-0.00413636;REVB=-0.0157687;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322089;STB=0.688278;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00521495;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:5:10:9:16:5:10:9:16 chr11 5248243 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00485913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.322;QD=15.1009;RBI=0.0130311;REFB=0.00136503;REVB=-0.0120913;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462107;STB=0.526294;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00216823;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:13:18:15:9:13:18 chr11 5269583 . GTGA AGAG 545.94 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384312;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=4;MLLD=302.166;QD=59.0204;RBI=0.00734726;REFB=0;REVB=0.006262;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00097254;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:21:16:0:0 chr11 5322520 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0106748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.523;QD=22.5346;RBI=0.0189414;REFB=-0.00523878;REVB=-0.0156469;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283014;STB=0.658373;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00242887;OID=.;OPOS=5322520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:7:12:4:11:7:12:4:11 chr11 5322737 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.010613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.657;QD=22.7239;RBI=0.0113251;REFB=0.00561955;REVB=-0.00395259;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130169;STB=0.57296;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00701416;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:9:7:12:8:9:7 chr11 5322776 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00485142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.891;QD=14.9768;RBI=0.0202295;REFB=-0.00505649;REVB=0.0196392;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204937;STB=0.618823;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00537539;OID=.;OPOS=5322776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:3:8:5:5:3:8 chr11 5323071 . C T 793.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000116335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.947;QD=63.4404;RBI=0.00727102;REFB=0;REVB=-0.00727009;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39487e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr11 5364276 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00867733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.707;QD=10.6346;RBI=0.0111645;REFB=0.000525012;REVB=-0.00702504;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266423;STB=0.516089;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.000821489;OID=.;OPOS=5364276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:10:3:2:6:10:3 chr11 5364450 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0546346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.415;QD=24.1892;RBI=0.0552435;REFB=0.0113378;REVB=-0.00818004;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510973;STB=0.528799;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00455281;OID=.;OPOS=5364450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:4:2:5:7:4:2 chr11 5372751 . A C 410.18 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00955874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8983;QD=26.4631;RBI=0.0436918;REFB=-0.000391864;REVB=-0.0426333;RO=23;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587433;STB=0.532094;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.000411607;OID=.;OPOS=5372751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:22:17:12:11:22:17:12:11 chr11 5373006 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00971753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.119;QD=14.2309;RBI=0.00992848;REFB=-0.00190199;REVB=-0.00203575;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063253;STB=0.536054;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00259371;OID=.;OPOS=5373006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:20:16:10:16:20:16 chr11 5373095 . T C 360.55 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0225328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.874;QD=14.2793;RBI=0.024377;REFB=-0.00732309;REVB=0.00930096;RO=60;SAF=28;SAR=13;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284144;STB=0.661012;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0105416;OID=.;OPOS=5373095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:13:28:25:35:13:28:25:35 chr11 5373104 . A G 413.56 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0169765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.609;QD=15.0386;RBI=0.0170849;REFB=-0.0126722;REVB=0.00192075;RO=59;SAF=31;SAR=16;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269615;STB=0.651297;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0186434;OID=.;OPOS=5373104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:59:63:47:47:0.427273:16:31:23:36:16:31:25:38 chr11 5373111 . G A 432.23 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00219689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8751;QD=14.9044;RBI=0.0267224;REFB=-0.00272336;REVB=0.026632;RO=67;SAF=32;SAR=17;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258184;STB=0.645147;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00481195;OID=.;OPOS=5373111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:17:32:27:40:17:32:27:40 chr11 5373114 . G A 378.0 PASS AF=0.382609;AO=43;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0285314;FXX=0.0495827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.806;QD=13.1479;RBI=0.0285806;REFB=-0.0250535;REVB=0.00167576;RO=68;SAF=27;SAR=16;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305891;STB=0.664002;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0194501;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:71:43:44:0.382609:16:27:23:45:16:28:26:45 chr11 5373129 . C T 449.89 PASS AF=0.376812;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=138;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=0.00146804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.873;QD=13.0402;RBI=0.0062006;REFB=-0.00275838;REVB=-0.00602431;RO=84;SAF=31;SAR=21;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256084;STB=0.644014;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00573371;OID=.;OPOS=5373129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:84:86:52:52:0.376812:21:31:30:54:21:31:31:55 chr11 5373170 . C G 491.32 PASS AF=0.346369;AO=58;DP=175;FAO=62;FDP=179;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.00670378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.53;QD=10.9792;RBI=0.00794376;REFB=0.000198118;REVB=0.00426175;RO=117;SAF=32;SAR=26;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182666;STB=0.610611;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000282875;OID=.;OPOS=5373170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:117:117:58:62:0.346369:26:32:46:71:27:35:46:71 chr11 5373242 . T G 500.34 PASS AF=0.377358;AO=60;DP=160;FAO=60;FDP=159;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=0.0227398;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.315;QD=12.5871;RBI=0.0248974;REFB=-0.0111718;REVB=-0.0101381;RO=96;SAF=33;SAR=27;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155372;STB=0.590114;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00548714;OID=.;OPOS=5373242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:96:99:60:60:0.377358:27:33:39:57:27:33:40:59 chr11 5373251 . C T 494.4 PASS AF=0.373333;AO=57;DP=146;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0151239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.659;QD=13.184;RBI=0.0197255;REFB=-0.0437626;REVB=-0.0126635;RO=89;SAF=32;SAR=25;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191618;STB=0.603737;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0237484;OID=.;OPOS=5373251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:89:94:57:56:0.373333:25:32:34:55:24:32:38:56 chr11 5373311 . T C 71.81 PASS AF=0.340426;AO=40;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0132836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6354;QD=3.0556;RBI=0.0603098;REFB=-0.138119;REVB=0.0588287;RO=53;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225319;STB=0.59361;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.267183;OID=.;OPOS=5373311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:94:94:53:62:40:32:0.340426:19:21:29:24:18:14:36:26 chr11 5373334 . A G 317.81 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00144989;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.166;QD=20.1785;RBI=0.00179004;REFB=0.00171845;REVB=0.00104978;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378112;STB=0.50581;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.000620913;OID=.;OPOS=5373334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:30:33:33:0.52381:15:18:14:14:15:18:16:14 chr11 5373562 . C A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00209003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.151;QD=12.9748;RBI=0.00229801;REFB=-0.0102343;REVB=0.000955318;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167999;STB=0.599822;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0169879;OID=.;OPOS=5373562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:7:11:9:3:7:11 chr11 5410934 . T G 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0955125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9831;QD=23.7567;RBI=0.0961559;REFB=-0.00536266;REVB=0.0111043;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189396;STB=0.598068;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00434139;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:19:7:10:11:19:7:10:12 chr11 5411031 . C T 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0594117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1891;QD=15.8788;RBI=0.0594966;REFB=0.0210702;REVB=0.00317646;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0176002;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:2:8:7:3:2:8 chr11 5411239 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.000668752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.445;QD=22.6;RBI=0.0210282;REFB=-0.0187623;REVB=-0.0210176;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15005;STB=0.583603;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0137664;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:6:14:12:11:6:14 chr11 5411395 . C A 446.08 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00220418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.243;QD=18.2074;RBI=0.018985;REFB=-0.0100397;REVB=0.0188566;RO=53;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853354;STB=0.547543;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0126186;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:25:20:19:34:25:20:19:34 chr11 5411398 . T G 462.25 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0032146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9003;QD=18.1275;RBI=0.0197972;REFB=0.00307906;REVB=0.0195344;RO=53;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141796;STB=0.57858;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00448093;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:24:25:19:34:24:25:19:34 chr11 5411579 . GT AC 324.08 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00644354;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.629;QD=14.2452;RBI=0.0285148;REFB=-0.0123941;REVB=-0.0277772;RO=54;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240922;STB=0.640858;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.0135185;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:55:36:36:0.395604:15:21:19:35:15:21:19:36 chr11 5424050 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0143406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0546;QD=12.9223;RBI=0.0208059;REFB=-0.0218412;REVB=0.0150741;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752306;STB=0.543438;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0171128;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:15:7:13:21:15:7:13:21 chr11 5443442 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.851;QD=59.4356;RBI=0.0114077;REFB=0;REVB=0.0110655;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57958e-05;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr11 5443599 . G T 276.66 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00837744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.958;QD=13.3329;RBI=0.0123551;REFB=-0.00261067;REVB=0.00908116;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132071;STB=0.566056;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00412622;OID=.;OPOS=5443599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:14:17:34:17:14:18:34:17 chr11 5443700 . C T 983.76 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.814;QD=56.2148;RBI=0.0128702;REFB=-0.103771;REVB=0.00215044;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.50042;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00122333;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:35:33:1:0:35:33:1:1 chr11 5443739 . T C 982.44 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.985;QD=56.1395;RBI=0.0264885;REFB=-0.0521816;REVB=0.0176149;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341496;STB=0.501703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000215531;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:66:68:0.971429:29:37:1:1:30:38:1:1 chr11 5443867 . C T 357.69 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2441;QD=55.0299;RBI=0.0648296;REFB=0;REVB=0.0421879;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218599;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr11 5443887 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.101;QD=51.9166;RBI=0.0652114;REFB=0;REVB=0.0579449;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072421;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr11 5443893 . G A 199.18 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0109525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5387;QD=44.2627;RBI=0.021331;REFB=-0.137966;REVB=0.0183045;RO=1;SAF=14;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00957368;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:3:14:1:0:3:14:1:0 chr11 5443963 . G A 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1801;QD=39.1887;RBI=0.0452369;REFB=0;REVB=0.000903902;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365485;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 5444061 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.734;QD=60.6098;RBI=0.0118018;REFB=0;REVB=-0.00757812;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29572e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 5444136 . C T 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6908;QD=63.052;RBI=0.0400361;REFB=0;REVB=0.0281399;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15157e-06;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr11 5444353 . T C 650.43 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.191;QD=61.9459;RBI=0.0317233;REFB=0;REVB=0.019365;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581152;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:23:18:0:1:24:18:0:0 chr11 5462085 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0189916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.798;QD=16.884;RBI=0.0208147;REFB=-0.00734823;REVB=-0.0085189;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338505;STB=0.693625;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.014798;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:12:5:10:5:12:5 chr11 5462105 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0239729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.035;QD=11.3693;RBI=0.0239746;REFB=-0.00337908;REVB=-0.000288693;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333332;STB=0.699627;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00610389;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:11:8:8:3:11:8 chr11 5462255 . C G 285.03 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0419476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.066;QD=24.7851;RBI=0.0420047;REFB=-0.00951751;REVB=-0.00218988;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148128;STB=0.576866;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00264858;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:25:27:0.586957:14:11:12:7:15:12:12:7 chr11 5462374 . C T 393.33 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00450286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.759;QD=22.4761;RBI=0.0428139;REFB=-0.0327525;REVB=0.0425765;RO=30;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192163;STB=0.599947;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0274009;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:26:13:17:13:26:13:17:14 chr11 5462702 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0144014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.56;QD=10.8848;RBI=0.014791;REFB=-0.0228059;REVB=0.00337235;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0172963;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:5:10:5:4:5:10 chr11 5475118 . A G 423.75 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000475289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.159;QD=21.1876;RBI=0.015686;REFB=-0.0199611;REVB=0.0156788;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184304;STB=0.510187;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0224319;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:23:19:18:20:23:19:18:20 chr11 5510284 . A G 1406.44 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0464271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.363;QD=60.4922;RBI=0.0469992;REFB=-0.0622531;REVB=0.00731112;RO=2;SAF=33;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604394;STB=0.503189;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000469057;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:58:33:1:1:58:33:1:1 chr11 5510341 . C T 468.15 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.00513108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.888;QD=14.0798;RBI=0.0114714;REFB=-0.00540547;REVB=0.0102599;RO=79;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986595;STB=0.558718;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00884447;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:80:53:53:0.398496:28:25:30:49:28:25:30:50 chr11 5510423 . ATCT A 480.4 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.00345243;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.236;QD=15.4968;RBI=0.00454542;REFB=-0.00488111;REVB=-0.00295662;RO=69;SAF=22;SAR=31;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866602;STB=0.55472;STBP=0.344;TYPE=del;VARB=0.00751412;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427419:53:125:53:124:71:22:31:23:48:99:69:22:31:23:46 chr11 5510497 . T C 1325.27 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2006;QD=60.9321;RBI=0.0432811;REFB=-0.134406;REVB=0.015428;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000608778;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:86:86:0.988506:50:36:0:0:50:36:0:1 chr11 5510626 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.717;QD=59.1429;RBI=0.0188528;REFB=0;REVB=0.015808;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24737e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chr11 5510928 . G A 410.5 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6938;QD=56.6209;RBI=0.106225;REFB=0;REVB=0.100708;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154163;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 5529865 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.729;QD=61.6833;RBI=0.00666309;REFB=0;REVB=0.0062866;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12943e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr11 5536415 . C T 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.027828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.526;QD=22.5348;RBI=0.0288063;REFB=-0.015072;REVB=0.00744326;RO=15;SAF=16;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276178;STB=0.657344;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0112868;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:3:16:9:6:3:16:9:6 chr11 5536537 . A C 1333.67 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0281899;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2244;QD=59.9401;RBI=0.0289152;REFB=-0.0229182;REVB=-0.0064354;RO=2;SAF=53;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017542;STB=0.509257;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00190017;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:86:87:0.977528:33:53:2:0:34:53:2:0 chr11 5536848 . G A 337.24 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0383183;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.403;QD=14.5051;RBI=0.0442585;REFB=0.00143081;REVB=0.0221478;RO=58;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653489;STB=0.507904;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00244771;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:58:56:37:37:0.397849:20:17:27:31:20:17:25:31 chr11 5536852 . A G 528.42 PASS AF=0.576471;AO=47;DP=83;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0121568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.074;QD=24.8666;RBI=0.0154289;REFB=-0.0118649;REVB=0.00950063;RO=35;SAF=20;SAR=27;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241896;STB=0.513863;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00996333;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:35:36:47:49:0.576471:27:20:15:20:27:22:15:21 chr11 5537045 . T G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0306853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.083;QD=25.7315;RBI=0.0312579;REFB=-0.0165282;REVB=0.00595569;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196649;STB=0.608313;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0105283;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:4:15:14:12:4:15 chr11 5537161 . A G 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00623055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.25;QD=22.1925;RBI=0.0369238;REFB=-0.0109233;REVB=-0.0363943;RO=34;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054307;STB=0.529933;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00823111;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:19:22:16:18:19:22:16:18 chr11 5537780 . C A 143.35 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0176268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7222;QD=11.027;RBI=0.0334653;REFB=-0.00998311;REVB=-0.0284469;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916438;STB=0.541439;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0294776;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:10:8:12:21:10:8:13:21 chr11 5565906 . A G 220.25 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0123935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.568;QD=16.0178;RBI=0.0261785;REFB=0.00230888;REVB=0.023059;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908903;STB=0.538431;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00305579;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:9:20:15:10:10:20 chr11 5566030 . A G 286.96 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.695;QD=52.1745;RBI=0.0203913;REFB=0;REVB=0.0188544;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05463e-05;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr11 5566051 . C A 90.74 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0373255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9924;QD=17.2831;RBI=0.0547274;REFB=-0.0419173;REVB=0.0400237;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124659;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0406531;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:8:10:11:11:0.52381:5:6:3:5:5:6:3:7 chr11 5566112 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00103127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.2;QD=11.9536;RBI=0.0238768;REFB=-0.0428454;REVB=-0.0238545;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32983;STB=0.695742;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.062797;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:3:8:3:5:3:8 chr11 5566365 . T C 1310.68 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.371;QD=60.9618;RBI=0.140215;REFB=-0.0759482;REVB=0.139244;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858458;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:86:0:0:85:86:1:35:50:0:0:36:50:0:0 chr11 5566489 . C T 441.26 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00609982;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.055;QD=19.8317;RBI=0.0229052;REFB=-0.0140368;REVB=0.0220781;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943878;STB=0.540383;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.015846;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:45:43:44:0.494382:24:19:23:19:25:19:23:22 chr11 5602275 . A G 267.18 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.000266714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1049;QD=20.1646;RBI=0.00267217;REFB=-0.0295684;REVB=0.00265883;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146125;STB=0.588417;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0217907;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:15:13:7:17:15:13:7:18 chr11 5602438 . T A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.93;QD=63.2834;RBI=0.00728891;REFB=0;REVB=-0.00696934;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83773e-05;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 5602605 . G A 311.08 PASS AF=0.5;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0140454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.244;QD=18.8532;RBI=0.0196519;REFB=-0.0267749;REVB=-0.013745;RO=32;SAF=22;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208955;STB=0.517231;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0315331;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:33:33:0.5:11:22:22:10:11:22:23:10 chr11 5602615 . A G 803.81 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106236;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.481;QD=57.4153;RBI=0.0341356;REFB=0;REVB=0.0324404;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027362;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr11 5602679 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.065;QD=57.175;RBI=0.0505191;REFB=0;REVB=0.00519953;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318957;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr11 5602790 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.826;QD=64.0202;RBI=0.0110033;REFB=0;REVB=0.0105364;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21447e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:1:0:97:98:1:48:49:0:1:49:49:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1397.08 PASS AF=0.135922,0.834951;AO=13,87;DP=101;FAO=14,86;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=11,41;FSAR=3,45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.02829,0.0324727;FXX=0.0190458;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.65,219.414;QD=54.2556;RBI=0.0344489,0.0364877;REFB=0.0494827,0.0541974;REVB=0.0196571,0.0166395;RO=0;SAF=11,41;SAR=2,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.55992,0.517643;STBP=0.528,0.079;TYPE=del,snp;VARB=-0.0241219,0.00035098;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.135922,0.834951:13,87:101:14,86:103:3:11,41:3,45:3:0:57:0:11,41:2,46:0:0 chr11 5602968 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.285;QD=59.8291;RBI=0.0233534;REFB=0;REVB=0.0204049;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44002e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr11 5625784 . A G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00425382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.279;QD=13.4159;RBI=0.0101248;REFB=-0.0157367;REVB=-0.00918784;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840545;STB=0.547908;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0251913;OID=.;OPOS=5625784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:12:25:15:10:12:25 chr11 5625847 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0151364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.218;QD=12.724;RBI=0.0345049;REFB=-0.00878373;REVB=-0.0310077;RO=36;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591701;STB=0.534165;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0127162;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:17:6:11:25:17:6:11:25 chr11 5632212 . G A 3016.61 PASS AF=0.980583;AO=199;DP=204;FAO=202;FDP=206;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00867011;FXX=0.00961492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.864;QD=58.575;RBI=0.0110298;REFB=-0.129789;REVB=0.00681799;RO=5;SAF=95;SAR=104;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150708;STB=0.505345;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000230298;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:204:206:5:4:199:202:0.980583:104:95:4:1:106:96:3:1 chr11 5632525 . C A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00951221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.299;QD=22.3411;RBI=0.0134381;REFB=0.00478843;REVB=0.00949208;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0026229;OID=.;OPOS=5632525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:7:7:8:10:7:7 chr11 5663706 . G C 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0350341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8857;QD=17.6168;RBI=0.0373484;REFB=-0.0102565;REVB=-0.0129426;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107701;STB=0.545418;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0103962;OID=.;OPOS=5663706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:15:9:7:19:15:9:8:19 chr11 5664831 . C A 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.755;QD=63.052;RBI=0.042765;REFB=0;REVB=0.0359549;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1619e-05;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr11 5688940 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.047;QD=57.2021;RBI=0.00804738;REFB=0;REVB=-0.0072587;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49507e-05;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr11 5691191 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.386;QD=53.2772;RBI=0.0269752;REFB=0;REVB=0.0165444;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296644;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 5691214 . AA CA,CG 351.21 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=23,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020875,-0.0132011;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=217.686,91.7702;QD=54.0319;RBI=0.00227388,0.0133951;REFB=0,0;REVB=0.000901601,-0.00227142;RO=0;SAF=15,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000669774,0.00360698;OID=.,.;OPOS=5691214,5691214;OREF=A,AA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:23,2:24,2:0.923077,0.0769231:8,0:15,2:0:0:9,0:15,2:0:0 chr11 5700340 . T C 523.81 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270567;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.2;QD=59.8634;RBI=0.0100382;REFB=0;REVB=0.00966667;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3533e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 5719719 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0191925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.904;QD=12.4553;RBI=0.0602692;REFB=0.000140469;REVB=0.0571317;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158558;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574898;OID=.;OPOS=5719719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:13:8:13:21:13:8:13:21 chr11 5758062 . T C 1640.55 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0885055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3851;QD=57.5632;RBI=0.088507;REFB=-0.213513;REVB=0.000514678;RO=3;SAF=54;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025642;STB=0.508927;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00509967;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:3:2:111:112:0.982456:57:54:3:0:57:55:2:0 chr11 5758118 . A C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.256;QD=61.2133;RBI=0.01573;REFB=0;REVB=0.00459123;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97903e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr11 5758646 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.38;QD=60.8834;RBI=0.0269834;REFB=0;REVB=0.0261001;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63814e-05;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:48:28:0:0:48:29:0:0 chr11 5776287 . C T 2599.02 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700212;FXX=0.0233904;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.322;QD=62.2521;RBI=0.00700936;REFB=0;REVB=0.00031859;RO=0;SAF=79;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128515;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:87:79:0:0:87:80:0:0 chr11 5776470 . T C,G 718.31 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232226,0.0966196;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.727,64.4002;QD=56.3382;RBI=0.026384,0.112106;REFB=0,0;REVB=-0.0125229,0.0568548;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.70321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175507,0.00205275;OID=.,.;OPOS=5776470,5776470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:2,32:0,17:0:0:2,32:0,17:0:0 chr11 5776484 . A T 251.6 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0113129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9058;QD=20.5387;RBI=0.0117038;REFB=-0.0109505;REVB=-0.00299945;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230942;STB=0.635624;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0115649;OID=.;OPOS=5776484;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:5:19:13:11:5:20 chr11 5776623 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000910735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.726;QD=57.0008;RBI=0.0184679;REFB=0;REVB=0.0184455;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04039e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr11 5809308 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.114;QD=61.6836;RBI=0.0362858;REFB=0;REVB=0.020446;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412612;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr11 5809477 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0169959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4885;QD=18.7769;RBI=0.0431624;REFB=-0.000513356;REVB=-0.0396753;RO=26;SAF=3;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415415;STB=0.738308;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-6.43094e-05;OID=.;OPOS=5809477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:23:3:11:15:23:3:11:15 chr11 5809548 . G A 276.1 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00556362;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.317;QD=15.7774;RBI=0.0106708;REFB=-0.0100556;REVB=0.00910555;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180194;STB=0.60122;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00725132;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:13:26:15:16:13:26 chr11 5809673 . C T 666.8 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0190748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6156;QD=24.2474;RBI=0.0397916;REFB=-0.0242062;REVB=0.0349217;RO=46;SAF=38;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565253;STB=0.53084;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0157049;OID=.;OPOS=5809673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:46:64:64:0.581818:26:38:24:22:26:38:24:22 chr11 5809746 . C T 530.29 PASS AF=0.583333;AO=43;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000179051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.883;QD=25.252;RBI=0.0366908;REFB=-0.0101033;REVB=-0.0366903;RO=29;SAF=32;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221241;STB=0.571623;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00706537;OID=.;OPOS=5809746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:35:43:49:0.583333:11:32:14:15:16:33:18:17 chr11 5817841 . C T 682.78 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=75;FWDB=0.00100264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.445;QD=14.4503;RBI=0.00779769;REFB=0.00658009;REVB=0.00773296;RO=113;SAF=36;SAR=40;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148477;STB=0.583077;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0107311;OID=.;OPOS=5817841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:113:113:76:76:0.402116:40:36:38:75:40:36:38:75 chr11 5817896 . G A 508.93 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.00768805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.797;QD=15.192;RBI=0.0079841;REFB=-0.00357989;REVB=0.00215402;RO=78;SAF=19;SAR=37;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00689872;STB=0.503872;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0052868;OID=.;OPOS=5817896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:78:78:56:56:0.41791:37:19:26:52:37:19:26:52 chr11 5841856 . C T 1024.78 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.916;QD=57.734;RBI=0.0235917;REFB=-0.15378;REVB=-0.000277949;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165827;STB=0.506022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00143549;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:41:28:1:0:41:29:0:1 chr11 5842310 . T G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00715073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.302;QD=21.5108;RBI=0.0232941;REFB=-0.0114055;REVB=-0.0221694;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134807;STB=0.575675;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00838936;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:10:5:9:9:10:5 chr11 5842356 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.014745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.402;QD=16.6272;RBI=0.0402946;REFB=0.0042993;REVB=0.0374999;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00204769;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:6:8:6:7:6:8 chr11 5862532 . A C 96.67 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0119225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.403;QD=12.0842;RBI=0.0154307;REFB=-0.00323609;REVB=0.00979587;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00378577;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:10:10:7:5:10:10 chr11 5862653 . T C 214.37 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0176576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.037;QD=12.7982;RBI=0.01821;REFB=-0.00174747;REVB=0.00445108;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267383;STB=0.63626;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00319999;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:9:16:16:25:10:16:16:25 chr11 5862731 . A G 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00352847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.182;QD=19.5868;RBI=0.0609745;REFB=0.00414287;REVB=-0.0608723;RO=46;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144132;STB=0.580085;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00325585;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:18:26:20:26:18:26:20:26 chr11 5862780 . T C 333.73 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0764636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4568;QD=21.8841;RBI=0.0799813;REFB=-0.00428463;REVB=-0.023459;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569592;STB=0.531477;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00136565;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:14:20:14:13:14:20:14:13 chr11 5862845 . A G 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00404399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.295;QD=28.0802;RBI=0.0115731;REFB=-0.0112918;REVB=0.0108435;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477178;STB=0.526295;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00668161;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:10:15:10:5:10:15:10:5 chr11 5862937 . C A 211.85 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0360524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.868;QD=16.6158;RBI=0.0400884;REFB=-0.0203091;REVB=-0.01753;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774274;STB=0.543822;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.029709;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:18:10:10:13:18:10 chr11 5862984 . G C 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.011296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.879;QD=14.3247;RBI=0.0115548;REFB=-0.00838573;REVB=-0.00243167;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115851;STB=0.572589;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00595633;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:15:13:22:16:15:13:23:16 chr11 5863013 . T C 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0113149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.07;QD=15.947;RBI=0.0169079;REFB=-0.014337;REVB=0.0125639;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216625;STB=0.518062;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.015425;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:18:18:22:24:18:18:22:25 chr11 5863113 . G A 336.98 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0148839;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.09;QD=17.0625;RBI=0.0248233;REFB=-0.0102326;REVB=-0.0198663;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654293;STB=0.536703;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0135718;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:43:36:36:0.455696:20:16:22:21:20:16:22:21 chr11 5877979 . T A 260.26 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00642889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.266;QD=18.2638;RBI=0.00656196;REFB=-0.000327424;REVB=-0.0013148;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217399;STB=0.51162;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000433394;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:28:28:29:0.508772:18:10:11:18:18:11:10:18 chr11 5906048 . G A 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4585;QD=59.3162;RBI=0.0447296;REFB=0;REVB=0.0227635;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445121;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr11 5906073 . G T 834.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.38;QD=57.5325;RBI=0.0223303;REFB=0;REVB=-0.0143019;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3177e-05;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr11 5906143 . T C 101.48 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0445758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3707;QD=8.63696;RBI=0.0446191;REFB=-0.00107679;REVB=-0.00196394;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329024;STB=0.700992;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00613403;OID=.;OPOS=5906143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:9:4:20:14:9:4:20:14 chr11 5906192 . A C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000112139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.787;QD=57.7116;RBI=0.0224671;REFB=0;REVB=0.0224668;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80971e-05;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr11 5906203 . T G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0234612;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.872;QD=11.8414;RBI=0.02361;REFB=-0.00207295;REVB=-0.00264629;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2778;STB=0.637273;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00312781;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:39:23:23:0.370968:15:8:22:14:15:8:22:17 chr11 5906205 . G A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0121656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.933;QD=23.8983;RBI=0.0171776;REFB=-0.00611278;REVB=0.0121272;RO=24;SAF=22;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202381;STB=0.618809;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00653445;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:14:22:8:16:14:22:8:17 chr11 5906291 . T C 478.6 PASS AF=0.320388;AO=64;DP=189;FAO=66;FDP=206;FR=.;FRO=140;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=-0.00187576;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=62.1503;QD=9.29326;RBI=0.0121189;REFB=-0.00888391;REVB=-0.0119729;RO=125;SAF=22;SAR=42;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285059;STB=0.653548;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0235325;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:206:125:140:64:66:0.320388:42:22:74:51:44:22:78:62 chr11 5968728 . T C 1320.77 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6911;QD=62.1537;RBI=0.0460855;REFB=0;REVB=0.0390853;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8305e-05;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr11 5969185 . A G 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=0.0130652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8945;QD=11.9316;RBI=0.0158179;REFB=0.00147787;REVB=0.00891665;RO=48;SAF=21;SAR=7;SRF=39;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09726;STB=0.540513;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00210832;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:7:21:39:9:7:21:39:10 chr11 5989415 . C A 290.57 PASS AF=0.516667;AO=23;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00498893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0747;QD=19.3716;RBI=0.119395;REFB=-0.0633426;REVB=0.11929;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719429;STB=0.530706;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0653771;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:23:31:0.516667:11:12:13:16:19:12:13:16 chr11 6007272 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0307191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.165;QD=17.9406;RBI=0.0375592;REFB=-0.00118595;REVB=0.0216108;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971332;STB=0.555495;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00152521;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:9:13:13:6:9:13 chr11 6007396 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00460803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.001;QD=17.0703;RBI=0.0176702;REFB=-0.0131141;REVB=-0.0170588;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499685;STB=0.505007;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0109091;OID=.;OPOS=6007396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:29:31:0.469697:18:11:15:20:18:13:15:20 chr11 6007613 . T G 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00256805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.515;QD=14.8035;RBI=0.0401558;REFB=-0.00157127;REVB=-0.0400736;RO=54;SAF=14;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130234;STB=0.57391;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0025588;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:23:14:27:27:23:14:27:27 chr11 6007680 . A G 281.85 PASS AF=0.4;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0178604;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.74;QD=14.0927;RBI=0.0239479;REFB=-0.0100585;REVB=0.0159533;RO=47;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100692;STB=0.564475;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0125857;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:48:32:32:0.4:20:12:22:25:20:12:23:25 chr11 6007743 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00584452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4509;QD=16.6184;RBI=0.026222;REFB=-0.019497;REVB=0.0255623;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415392;STB=0.52354;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.026386;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:11:17:13:10:11:17 chr11 6007772 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.017592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.986;QD=18.6448;RBI=0.0219831;REFB=-0.00542616;REVB=0.0131825;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374176;STB=0.715643;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0100236;OID=.;OPOS=6007772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:8:5:11:3:8:5 chr11 6007899 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0291304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2995;QD=16.4169;RBI=0.0344145;REFB=-0.0304638;REVB=0.0183242;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.57132;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0206506;OID=.;OPOS=6007899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:5:11:11:3:5:11 chr11 6023889 . TCA ATC,TC 127.32 PASS AF=0,0.578947;AO=6,27;DP=77;FAO=0,44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=0,17;FSAR=0,27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0319422,0.247951;FXX=0.0129853;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=140.039,7.03689;QD=6.70124;RBI=0.0513838,0.248676;REFB=-0.00691792,-0.0927957;REVB=-0.0402491,-0.0189749;RO=33;SAF=0,9;SAR=6,18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0.348485;SSEP=0,0;SSSB=-0.695402,-0.240692;STB=0.5,0.549299;STBP=1,0.322;TYPE=mnp,del;VARB=0.0156071,0.195144;OID=.,.;OPOS=6023889,6023891;OREF=TCA,A;OALT=ATC,-;OMAPALT=ATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:91:77:76:33:32:6,27:0,44:0,0.578947:6,18:0,9:19:14:0,27:0,17:16:16 chr11 6129837 . C T 357.75 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2996;QD=55.0382;RBI=0.0589126;REFB=0;REVB=0.0520559;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221928;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr11 6173364 . T A 727.7 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9584;QD=63.2785;RBI=0.106059;REFB=0;REVB=-0.0996643;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210144;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:23:22:0:1:24:22:0:0 chr11 6221169 . A G 1456.63 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506289;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.792;QD=63.3318;RBI=0.0580785;REFB=0;REVB=0.0284576;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110456;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr11 6221214 . T A,G 1594.77 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=105,4;DP=109;FAO=106,4;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=54,4;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147599,-0.0247507;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.0066,97.9968;QD=56.9559;RBI=0.0191975,0.0256613;REFB=0.0381968,0.0281304;REVB=0.0122755,0.00677534;RO=0;SAF=53,4;SAR=52,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509432,0.996649;STBP=0.249,0.028;TYPE=snp,snp;VARB=0.00152092,0.0507747;OID=.,.;OPOS=6221214,6221214;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:109:112:0:2:105,4:106,4:0.946429,0.0357143:52,0:53,4:0:0:52,0:54,4:0:2 chr11 6231731 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.809;QD=56.1914;RBI=0.0530598;REFB=0;REVB=0.0354144;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458864;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr11 6231857 . AGGGGGC AGGGC,AGGGGC,AGGGGG 123.26 PASS AF=0.217391,0.608696,0.130435;AO=3,7,3;DP=24;FAO=5,14,3;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,4,3;FSAR=5,10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106058,0.182122,0.050358;FXX=0.0416493;HRUN=5,5,4;LEN=2,1,1;MLLD=18.32,10.1723,12.0407;QD=21.4364;RBI=0.111947,0.195058,0.175784;REFB=-0.103698,-0.122412,-0.011992;REVB=0.0358323,0.0698522,0.168417;RO=4;SAF=0,2,3;SAR=3,5,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0.366667;SSEP=0,0,0.552632;SSSB=-0.683038,-0.149414,0.683038;STB=0.996613,0.555473,0.5;STBP=0.075,0.255,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0974027,0.11467,0.129364;OID=.,.,.;OPOS=6231858,6231858,6231863;OREF=GG,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGC,AGGGGC,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.217391,0.608696,0.130435:3,7,3:24:5,14,3:23:1:0,4,3:5,10,0:1:0:20:4:0,2,3:3,5,0:2:2 chr11 6235710 . C T 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0392875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9968;QD=22.3961;RBI=0.0394383;REFB=-0.0237034;REVB=0.00344553;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216381;STB=0.620596;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0320868;OID=.;OPOS=6235710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:16:7:14:11:16:7 chr11 6238960 . C A 41.1 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0137168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3416;QD=16.4393;RBI=0.053311;REFB=-0.0290966;REVB=0.0515161;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0210207;OID=.;OPOS=6238960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:3:3:3:0:3:3:3:1 chr11 6243804 . A G 1190.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.857;QD=61.0382;RBI=0.0218375;REFB=0;REVB=-0.0127732;RO=0;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83275e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:24:54:0:0:24:54:0:0 chr11 6261503 . G T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.000183275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.298;QD=10.4742;RBI=0.0197892;REFB=-0.0230478;REVB=0.0197884;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160444;STB=0.59313;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0340116;OID=.;OPOS=6261503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:12:7:9:28:12:7:9:28 chr11 6340525 . A T 224.71 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00633602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.341;QD=13.0266;RBI=0.0133327;REFB=-0.0095876;REVB=0.011731;RO=42;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152845;STB=0.588166;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0144837;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:20:7:16:26:20:7:16:26 chr11 6340706 . A G 590.68 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00891357;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.287;QD=26.5475;RBI=0.0132786;REFB=-0.0244952;REVB=-0.00984225;RO=37;SAF=34;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182011;STB=0.593591;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0174355;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:37:36:53:53:0.595506:19:34:15:22:19:34:15:21 chr11 6341684 . C G 145.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0995;QD=44.6752;RBI=0.0762391;REFB=0;REVB=0.0747242;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033176;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 6411930 . CCTGGTGCTGGCG C,CCTGGCGCTGGCG 772.34 PASS AF=0.339286,0.660714;AO=18,37;DP=57;FAO=19,37;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=7,13;FSAR=12,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199103,-0.00889292;FXX=0.0175408;HRUN=2,1;LEN=12,1;MLLD=344.529,113.469;QD=55.1669;RBI=0.0199106,0.0125066;REFB=0,0;REVB=-0.000112769,0.00879381;RO=0;SAF=7,14;SAR=11,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.308614,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0259828,0.00501439;OID=.,.;OPOS=6411931,6411935;OREF=CTGGTGCTGGCG,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTGGCGCTGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.339286,0.660714:18,37:57:19,37:56:0:7,13:12,24:0:0:99:0:7,14:11,23:0:0 chr11 6411960 . G T 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0200025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.672;QD=1.45442;RBI=0.0346715;REFB=-0.00455873;REVB=-0.0283198;RO=79;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179582;STB=0.646666;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0651409;OID=.;OPOS=6411960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:6:2:31:48:6:2:31:48 chr11 6549779 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.474;QD=62.9829;RBI=0.00695257;REFB=0;REVB=-0.00331405;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89126e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr11 6549995 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.46;QD=53.9109;RBI=0.0272682;REFB=0;REVB=-0.00788642;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472853;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 6550004 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.342;QD=53.2758;RBI=0.0210449;REFB=0;REVB=-0.0014417;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221319;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 6550309 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.408;QD=57.3858;RBI=0.0206956;REFB=0;REVB=0.00107355;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42069e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr11 6555365 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.337;QD=53.9111;RBI=0.0657405;REFB=0;REVB=0.0172683;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111414;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 6567895 . C A,CTGCCCTACTGCA 470.09 PASS AF=0.0185185,0.740741;AO=2,39;DP=57;FAO=1,40;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=1,15;FSAR=0,25;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0635597,-0.0260872;FXX=0.114735;HRUN=1,1;LEN=1,12;MLLD=75.8863,400.983;QD=34.8216;RBI=0.063564,0.0282621;REFB=-0.0208812,0.0091796;REVB=-0.000738589,-0.0108723;RO=13;SAF=1,15;SAR=1,24;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118967,0;STB=0.991536,0.502511;STBP=0.252,0.979;TYPE=snp,ins;VARB=0.0587386,-0.00418701;OID=.,.;OPOS=6567895,6567896;OREF=C,-;OALT=A,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=A,CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:89:57:54:13:13:2,39:1,40:0.0185185,0.740741:1,24:1,15:5:8:0,25:1,15:5:8 chr11 6579106 . C A 48.19 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00460769;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.1886;QD=12.8514;RBI=0.0555258;REFB=0.011226;REVB=-0.0553342;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0186272;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr11 6585007 . G A 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0350107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.163;QD=15.5741;RBI=0.0350636;REFB=-0.003974;REVB=-0.00192517;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289332;STB=0.664122;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00511005;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:12:19:8:17:12:19 chr11 6588228 . G A 186.84 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00968353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.524;QD=10.6764;RBI=0.0393975;REFB=-0.00789009;REVB=-0.0381889;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168402;STB=0.597798;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0125672;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:11:13:18:28:11:13:18:28 chr11 6622714 . G A 419.07 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00975485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1364;QD=20.196;RBI=0.0131625;REFB=-0.0177641;REVB=0.00883709;RO=41;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164634;STB=0.59143;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0254758;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:27:15:22:19:27:15:22:19 chr11 6630028 . TC T 1041.73 PASS AF=1;AO=93;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928461;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.2285;QD=39.6848;RBI=0.0396851;REFB=-0.0448524;REVB=0.0385837;RO=6;SAF=36;SAR=57;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=0.00650654;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00503127;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:106:105:105:0:41:64:0:0:12:6:36:57:2:4 chr11 6631016 . C T 343.62 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0567599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6956;QD=16.5601;RBI=0.0750171;REFB=-0.0186032;REVB=-0.0490497;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798157;STB=0.501638;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0409387;OID=.;OPOS=6631016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:46:37:37:0.445783:20:17:15:25:20:17:21:25 chr11 6632450 . C T 432.38 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.032512;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.75;QD=22.4614;RBI=0.0342418;REFB=0.0118612;REVB=-0.0107458;RO=33;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898033;STB=0.537616;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00594123;OID=.;OPOS=6632450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:33:35:42:42:0.545455:17:25:16:17:17:25:18:17 chr11 6634149 . C T 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0131943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.678;QD=20.3314;RBI=0.0144976;REFB=0.00178792;REVB=0.00600748;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521633;STB=0.528912;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00218223;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:24:19:21:21:24:19:21:21 chr11 6634189 . G A 324.91 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0535895;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.298;QD=16.6619;RBI=0.0569557;REFB=-0.00485255;REVB=-0.0192904;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369928;STB=0.514278;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00472525;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:17:18:20:22:17:18:21:22 chr11 6638506 . A T 389.83 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00469288;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.629;QD=18.3451;RBI=0.00484367;REFB=-0.0115756;REVB=-0.0011992;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777624;STB=0.551842;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0159899;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:41:45:40:40:0.470588:19:21:25:16:19:21:28:17 chr11 6643976 . C T 354.31 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0161751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.931;QD=21.4733;RBI=0.0198144;REFB=-0.00706861;REVB=0.0114444;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143752;STB=0.579174;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00807161;OID=.;OPOS=6643976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:17:19:21:9:17:19:21:9 chr11 6644600 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0150316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.681;QD=19.3861;RBI=0.015086;REFB=-0.0386503;REVB=0.00127981;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196241;STB=0.5111;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0294145;OID=.;OPOS=6644600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:9:12:11:9:9:12 chr11 6648424 . G A 232.02 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0107483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.199;QD=32.0024;RBI=0.0303369;REFB=-0.0324125;REVB=0.028369;RO=8;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27463;STB=0.651017;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0190857;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:14:7:7:1:14:7:7:1 chr11 6652618 . C T 267.37 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.051292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.046;QD=18.439;RBI=0.0520085;REFB=-0.0159779;REVB=0.00860292;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111322;STB=0.569331;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0158743;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:15:14:10:18:15:14:10:19 chr11 6655433 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00327032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.234;QD=14.6861;RBI=0.00827402;REFB=-0.0170882;REVB=0.00760029;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218879;STB=0.623301;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0158819;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:30:13:16:15:30:13 chr11 6735869 . A G 367.8 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0144113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.62;QD=21.9584;RBI=0.0216838;REFB=-0.00783382;REVB=0.0162018;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151669;STB=0.514843;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0030056;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:21:16:12:17:21:16:12:18 chr11 6736745 . G A 99.11 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00622424;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.354;QD=13.2152;RBI=0.0180871;REFB=-0.022103;REVB=0.0169824;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0174042;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:10:8:7:5:10:8 chr11 6737138 . T C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0010198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.03;QD=18.7958;RBI=0.017117;REFB=0.00143773;REVB=-0.0170866;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00194408;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:14:13:11:12:14:13 chr11 6737258 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=2.4928e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0202;QD=14.1316;RBI=0.00981928;REFB=-0.00479604;REVB=0.00981924;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164409;STB=0.594787;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00392143;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:21:10:9:10:21:10 chr11 6737893 . C T 89.98 PASS AF=0.36;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00152486;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.378;QD=14.3966;RBI=0.0251765;REFB=-0.00913861;REVB=0.0251303;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305792;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0165863;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:28:25:17:14:7:9:0.36:3:4:5:12:4:5:5:9 chr11 6737927 . G A 164.98 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0144749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0106;QD=14.0411;RBI=0.0394174;REFB=0.00329124;REVB=-0.0366634;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916266;STB=0.553133;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00494478;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:12:17:9:9:12:17 chr11 6738291 . C T 275.1 PASS AF=0.43662;AO=33;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0148183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4596;QD=15.4986;RBI=0.0304081;REFB=-0.0177113;REVB=-0.0265532;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268908;STB=0.511229;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.013906;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:33:31:0.43662:20:13:16:22:18:13:16:24 chr11 6738728 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0040744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8102;QD=14.7417;RBI=0.06017;REFB=0.00162152;REVB=-0.0600319;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550525;STB=0.518288;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00467656;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:8:9:14:10:8:9:14:11 chr11 6738952 . G T 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0240062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.663;QD=13.5536;RBI=0.0255836;REFB=0.00376332;REVB=-0.00884432;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16449;STB=0.594067;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0105635;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:10:17:19:21:10:17:19:21 chr11 6739109 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00209593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2934;QD=16.2793;RBI=0.0233373;REFB=-0.00460713;REVB=0.023243;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157469;STB=0.588176;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00492123;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:9:24:16:12:9:24 chr11 6739407 . A G 407.17 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0371745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1321;QD=22.939;RBI=0.0576419;REFB=-0.0106888;REVB=0.0440528;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575479;STB=0.531621;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00931262;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:17:23:20:11:17:23:20:11 chr11 6739551 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000132529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.259;QD=15.2617;RBI=0.0059476;REFB=0.0015656;REVB=0.00594612;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00200683;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr11 6739809 . C T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0178442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2932;QD=19.3674;RBI=0.022254;REFB=-0.0221639;REVB=0.0132976;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0145537;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:8:7:7:9:8:7 chr11 6739814 . C T 448.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.586;QD=57.8066;RBI=0.0739925;REFB=0;REVB=0.0735229;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319628;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:12:19:0:0 chr11 6739822 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0101235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7222;QD=21.743;RBI=0.0154524;REFB=0.0235416;REVB=-0.0116744;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00466521;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:6:5:6:9:6:5 chr11 6739841 . G A 75.11 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0289339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7944;QD=11.1277;RBI=0.0320937;REFB=-0.0248337;REVB=0.0138866;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196337;STB=0.617414;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0431201;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:10:7:6:4:10:7 chr11 6740136 . G A 159.52 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.002983;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.12;QD=16.7919;RBI=0.0327952;REFB=-0.0251801;REVB=0.0326593;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227546;STB=0.513073;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0306977;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:3:14:17:4:3:14:17:4 chr11 6740206 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0155171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.92;QD=14.0966;RBI=0.0289827;REFB=-0.0142089;REVB=-0.0244789;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257402;STB=0.655393;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0156072;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:11:3:1:10:11:3 chr11 6740285 . G A 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00520892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.819;QD=19.5188;RBI=0.00581407;REFB=-0.00497616;REVB=-0.00258274;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127983;STB=0.571378;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00551746;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:11:15:12:16:11:15 chr11 6740308 . C T 258.05 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00813353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.972;QD=19.85;RBI=0.018295;REFB=-0.0167543;REVB=0.0163876;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016234;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.015814;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:14:12:12:13:15:12:12:13 chr11 6740462 . G C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.011179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.852;QD=21.0649;RBI=0.0113881;REFB=-0.0256614;REVB=0.00217223;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321809;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:8:16:16:8:8:16 chr11 6740717 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00757566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.98;QD=13.224;RBI=0.0093718;REFB=0.00519872;REVB=-0.00551724;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153268;STB=0.58816;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00866983;OID=.;OPOS=6740717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:16:8:17:19:16:8:17:19 chr11 6789929 . C A 618.13 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0183211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.907;QD=22.6837;RBI=0.0519847;REFB=-0.00863776;REVB=0.0486492;RO=48;SAF=33;SAR=28;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344267;STB=0.518827;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00530809;OID=.;OPOS=6789929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:28:33:28:20:28:33:28:20 chr11 6790106 . T C 2331.86 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0344;QD=63.8865;RBI=0.0318455;REFB=0;REVB=-0.0184392;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39206e-05;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:75:71:0:0:75:71:0:0 chr11 6806496 . T C 635.71 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0190233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.941;QD=20.0224;RBI=0.0239891;REFB=-0.0172942;REVB=-0.0146149;RO=62;SAF=23;SAR=41;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111973;STB=0.511544;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0147189;OID=.;OPOS=6806496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:63:64:64:0.503937:41:23:23:39:41:23:24:39 chr11 6806827 . G T 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0644236;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9794;QD=11.2644;RBI=0.0667782;REFB=0.00315646;REVB=0.0175763;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750837;STB=0.553518;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00713391;OID=.;OPOS=6806827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:36:20:20:0.357143:10:10:21:16:10:10:21:15 chr11 6807163 . C G 364.0 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00643129;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.326;QD=23.111;RBI=0.00723222;REFB=-0.00321697;REVB=0.00330809;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258313;STB=0.507932;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00260701;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:29:27:35:36:0.571429:18:17:15:14:18:18:13:14 chr11 6807243 . G A 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00204546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.43;QD=30.429;RBI=0.0137314;REFB=-0.0234792;REVB=-0.0135782;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216717;STB=0.620525;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00725543;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:5:10:1:4:5:10:1:4 chr11 6816778 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00499634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.483;QD=17.8275;RBI=0.0192185;REFB=-0.00427418;REVB=0.0185577;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181486;STB=0.604144;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00294315;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:4:7:5:7:4:7 chr11 6891113 . A G 483.63 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0134959;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2932;QD=14.5453;RBI=0.0330451;REFB=-0.00897776;REVB=0.0301635;RO=77;SAF=18;SAR=36;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148414;STB=0.592557;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0138167;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:77:79:54:54:0.406015:36:18:36:41:36:18:38:41 chr11 6891385 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0163538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.513;QD=16.9229;RBI=0.0173594;REFB=-0.00467672;REVB=-0.00582247;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115293;STB=0.545424;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00661095;OID=.;OPOS=6891385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:34:30:30:0.46875:20:10:14:17:20:10:14:20 chr11 6891528 . C G 166.61 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0200239;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5636;QD=12.816;RBI=0.0549608;REFB=0.00244433;REVB=0.0511834;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156614;STB=0.5999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00469657;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:32:20:20:0.384615:8:12:14:17:8:12:14:18 chr11 6891605 . A G 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00242818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9882;QD=13.3333;RBI=0.0124735;REFB=-0.0139534;REVB=-0.0122349;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249925;STB=0.643951;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0202138;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:7:19:20:19:7:19:20:19 chr11 6891758 . A C 264.25 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00745546;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.85;QD=25.7806;RBI=0.0213557;REFB=-0.0176787;REVB=0.020012;RO=17;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146947;STB=0.582017;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0108701;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:6:18:10:7:6:18:10:7 chr11 6898758 . A C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00816756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.648;QD=10.7535;RBI=0.0258164;REFB=-0.00181279;REVB=-0.0244904;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478162;STB=0.80901;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00351444;OID=.;OPOS=6898758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:26:13:13:0.333333:11:2:13:11:11:2:15:11 chr11 6913127 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.689;QD=40.7621;RBI=0.065685;REFB=0;REVB=0.0126159;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384663;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:4:3:0:0:6:4:0:0 chr11 6913244 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.279;QD=57.6767;RBI=0.0577763;REFB=0;REVB=-0.0328471;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63331e-05;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr11 6913290 . A G 158.6 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0566444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.075;QD=17.1455;RBI=0.0567648;REFB=-0.0198905;REVB=0.00369464;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121753;STB=0.569539;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0262674;OID=.;OPOS=6913290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:12:8:9:8:12:8 chr11 6942476 . C A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.017426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2927;QD=10.9406;RBI=0.0202661;REFB=-0.0191086;REVB=0.0103464;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762243;STB=0.545375;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0365195;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:6:14:7:4:6:14 chr11 6942628 . A C 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0111909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.331;QD=13.9657;RBI=0.0168801;REFB=-0.00336966;REVB=-0.0126373;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343069;STB=0.51954;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00618221;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:25:19:12:18:25:19 chr11 6942726 . G C 284.63 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.076662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5445;QD=17.7896;RBI=0.0771402;REFB=-0.00725134;REVB=0.00857591;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014659;STB=0.500504;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00772457;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:31:31:0.484375:16:15:16:16:16:15:16:17 chr11 6942952 . T C 222.41 PASS AF=0.36;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00703868;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.348;QD=11.8618;RBI=0.00975097;REFB=-0.00284822;REVB=-0.00674821;RO=50;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155689;STB=0.564913;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00656285;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:50:48:26:27:0.36:14:12:30:20:14:13:28:20 chr11 6943254 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0124121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.115;QD=18.7953;RBI=0.0398402;REFB=-0.00280664;REVB=-0.0378574;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310157;STB=0.509083;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00249218;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:14:9:11:15:14:9:11:16 chr11 6953858 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=2.72319e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5585;QD=19.9755;RBI=0.0106181;REFB=-0.0245817;REVB=0.010618;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26582;STB=0.656113;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.023621;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:11:9:3:16:11:9:3:17 chr11 6976988 . A T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00439795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.329;QD=19.0583;RBI=0.0292975;REFB=0.0133978;REVB=0.0289655;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954929;STB=0.554396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0105195;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:13:7:5:14:13:7 chr11 6977175 . G C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0343739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0147;QD=16.6157;RBI=0.040046;REFB=0.0166214;REVB=0.0205456;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0193195;OID=.;OPOS=6977175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:21:15:17:0.447368:6:9:9:9:8:9:9:12 chr11 7022038 . A G 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0293584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4768;QD=13.9494;RBI=0.0422959;REFB=0.0143787;REVB=0.0304471;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397132;STB=0.522616;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0207821;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:18:13:21:25:18:13:21:25 chr11 7022160 . A G 1052.58 PASS AF=1;AO=57;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.534;QD=60.1472;RBI=0.0706455;REFB=0;REVB=0.0692202;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043077;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:57:70:1:24:33:0:0:37:33:0:0 chr11 7022531 . A T 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.343;QD=57.8789;RBI=0.0189767;REFB=0;REVB=-0.00950845;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29629e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr11 7022717 . T C 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016863;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.861;QD=57.0097;RBI=0.0323213;REFB=0;REVB=0.0275736;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62144e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr11 7059960 . A C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.403;QD=57.1061;RBI=0.0104835;REFB=0;REVB=-0.0102456;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29878e-05;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr11 7063755 . C T 1579.32 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.261;QD=63.8109;RBI=0.0163068;REFB=0;REVB=0.0109055;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43921e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:49:49:0:0:49:50:0:0 chr11 7071031 . G A 769.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7355;QD=56.9779;RBI=0.00429872;REFB=0;REVB=0.00376485;RO=0;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10498e-05;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:40:14:0:0:40:14:0:0 chr11 7079038 . G A 2230.07 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00638095;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.819;QD=62.3797;RBI=0.00894782;REFB=-0.103506;REVB=-0.00627271;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000120891;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:143:0:1:141:142:0.993007:72:69:0:0:72:70:1:0 chr11 7110363 . G A 729.11 PASS AF=0.472393;AO=77;DP=163;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0110331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.994;QD=17.8923;RBI=0.0176131;REFB=-0.0112607;REVB=-0.0137292;RO=86;SAF=40;SAR=37;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118056;STB=0.565242;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0144473;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:86:77:77:0.472393:37:40:34:52:37:40:34:52 chr11 7324475 . T C 1121.41 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0871279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.989;QD=59.0218;RBI=0.0882589;REFB=-0.00930716;REVB=0.0140842;RO=1;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009557;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000980519;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:73:75:0.986842:49:24:0:1:49:26:0:1 chr11 7439264 . C T 481.99 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00832806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2123;QD=20.5102;RBI=0.01166;REFB=0.00306028;REVB=-0.00816089;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192505;STB=0.510663;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00311925;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:25:22:23:24:25:22:23:24 chr11 7488872 . C T 1933.1 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.091;QD=61.859;RBI=0.0559934;REFB=0;REVB=0.0474287;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364886;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:65:60:0:0:65:60:0:0 chr11 7488927 . A C 1803.68 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1531;QD=61.1416;RBI=0.0807583;REFB=0;REVB=0.0508642;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034729;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:55:63:0:0:55:63:0:0 chr11 7489819 . A C 772.62 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.857;QD=61.8094;RBI=0.0646343;REFB=-0.146278;REVB=0.0184558;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0023942;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:26:23:0:0:26:23:1:0 chr11 7619518 . T C 1959.87 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107885;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.196;QD=62.2181;RBI=0.0407217;REFB=0;REVB=-0.0392666;RO=0;SAF=61;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21942e-05;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:65:61:0:0:65:61:0:0 chr11 7619549 . G A 385.81 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0264987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.607;QD=14.8387;RBI=0.0266016;REFB=-0.00918311;REVB=-0.00233781;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226626;STB=0.62266;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00699619;OID=.;OPOS=7619549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:27:17:36:23:27:17:36:24 chr11 7662732 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0121186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.397;QD=21.511;RBI=0.0146629;REFB=-0.0265861;REVB=-0.00825484;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160443;STB=0.589395;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0241695;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:4:15:13:8:4:15 chr11 7670440 . A G 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.374;QD=63.3355;RBI=0.0318652;REFB=0;REVB=0.00308095;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85457e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr11 7673015 . G A 545.29 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=133;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0012666;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.529;QD=16.524;RBI=0.0107204;REFB=-0.0120794;REVB=0.0106453;RO=74;SAF=24;SAR=34;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101035;STB=0.546381;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0155988;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:74:73:58:59:0.44697:34:24:38:36:34:25:37:36 chr11 7686602 . G GTGTT 174.77 PASS AF=0.392157;AO=18;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00765019;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.564;QD=13.707;RBI=0.0172897;REFB=0.0113379;REVB=-0.0155051;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273899;STB=0.677231;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=-0.0164649;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:18:51:20:51:31:5:15:16:15:99:31:5:13:16:15 chr11 7686674 . T C 1561.73 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8059;QD=58.3824;RBI=0.0348174;REFB=-0.0770194;REVB=0.000123592;RO=1;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735807;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000536022;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:64:41:0:1:64:42:0:1 chr11 7687146 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00193546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.2;QD=10.6974;RBI=0.00604151;REFB=-0.00827697;REVB=-0.0057231;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559098;STB=0.543851;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0144373;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:7:8:15:16:7:8:15:17 chr11 7687715 . T C 1343.68 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00602921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.691;QD=61.0762;RBI=0.0305709;REFB=-0.074957;REVB=0.0299704;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000225442;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:0:1:86:87:0.988636:40:46:0:0:41:46:1:0 chr11 7711207 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.104;QD=59.8554;RBI=0.0289629;REFB=0;REVB=0.00766512;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24492e-05;OID=.;OPOS=7711207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr11 7712523 . G A 787.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402548;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.317;QD=57.2599;RBI=0.0124886;REFB=0;REVB=0.0118221;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96974e-05;OID=.;OPOS=7712523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr11 7712561 . T A 728.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0999;QD=57.1633;RBI=0.0627365;REFB=0;REVB=0.0352682;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114267;OID=.;OPOS=7712561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr11 7713144 . T C 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0397278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9145;QD=16.7268;RBI=0.0435251;REFB=-0.0182745;REVB=0.0177804;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17293;STB=0.598397;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0211429;OID=.;OPOS=7713144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:14:5:7:9:14:5 chr11 7716855 . T A 2305.61 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=158;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=124;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0458035;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4014;QD=58.7418;RBI=0.0895523;REFB=0.0228163;REVB=-0.0769523;RO=2;SAF=124;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117694;STB=0.504197;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00192292;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:157:2:3:154:154:0.980892:30:124:1:1:30:124:2:1 chr11 7721870 . G A 2436.33 PASS AF=0.975904;AO=161;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.045454;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0454;QD=58.7068;RBI=0.0753727;REFB=-0.0753883;REVB=0.0601247;RO=5;SAF=89;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273466;STB=0.504886;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00221309;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:5:4:161:162:0.975904:72:89:3:2:73:89:3:1 chr11 7727886 . C T 336.86 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0267352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.041;QD=15.1396;RBI=0.0274678;REFB=-0.000350836;REVB=-0.00630135;RO=52;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233862;STB=0.631887;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000423265;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:15:22:19:33:15:22:19:33 chr11 7847208 . T C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0257368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.984;QD=24.1068;RBI=0.0257406;REFB=-0.0140503;REVB=0.000445212;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129136;STB=0.571924;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0106706;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:11:8:14:10:11:8 chr11 7847466 . A G 43.93 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.013216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.08;QD=6.05863;RBI=0.0224607;REFB=-0.0167031;REVB=-0.018161;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148013;STB=0.519943;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0524107;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:6:7:0.241379:4:2:10:12:4:3:10:12 chr11 7847472 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0120567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.94;QD=5.44272;RBI=0.0160746;REFB=0.0158588;REVB=0.0106314;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0394091;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:10:10:3:3:10:10 chr11 7871011 . A G 399.78 PASS AF=0.476744;AO=35;DP=83;FAO=41;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00201234;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.786;QD=18.5943;RBI=0.002072;REFB=-0.0123966;REVB=-0.000493668;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646971;STB=0.601088;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0169186;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:34:44:35:41:0.476744:17:18:15:19:18:23:16:28 chr11 7949350 . A G 2045.86 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.017;QD=62.4691;RBI=0.00894712;REFB=0;REVB=0.00831294;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01767e-06;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:66:64:0:0:67:64:0:0 chr11 7949791 . A C 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214369;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.5704;QD=46.951;RBI=0.033027;REFB=-0.0228258;REVB=0.0251245;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.517224;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00169066;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:14:6:0:0:14:6:0:1 chr11 7949860 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.76;QD=57.2026;RBI=0.0251021;REFB=0;REVB=-0.0248735;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40591e-05;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr11 8014479 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.437;QD=57.2004;RBI=0.0514399;REFB=0;REVB=0.0312541;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459039;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 8115699 . T C 1549.47 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577103;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.606;QD=60.1736;RBI=0.0662148;REFB=0;REVB=0.0324642;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5251e-05;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr11 8126992 . T TCTCATGATAC 171.25 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.004169;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=10;MLLD=329.812;QD=9.01311;RBI=0.0265831;REFB=-0.00996432;REVB=-0.0262541;RO=53;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162005;STB=0.596003;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=0.0208043;OID=.;OPOS=8126993;OREF=-;OALT=CTCATGATAC;OMAPALT=TCTCATGATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302632:23:77:23:76:53:14:9:25:28:99:53:14:9:25:28 chr11 8132301 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0690225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.308;QD=12.3948;RBI=0.0715403;REFB=-0.0125943;REVB=0.0188123;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473803;STB=0.526278;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0165268;OID=.;OPOS=8132301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:24:14:14:0.368421:7:7:10:12:7:7:11:13 chr11 8149753 . T G 474.63 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00921127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.709;QD=27.1217;RBI=0.0100156;REFB=-0.0136568;REVB=0.00393244;RO=24;SAF=21;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094083;STB=0.563453;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.007365;OID=.;OPOS=8149753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:26:44:44:0.628571:23:21:8:16:23:21:8:18 chr11 8159857 . C T 519.13 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0203787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.709;QD=16.6123;RBI=0.0208236;REFB=0.00877291;REVB=0.00428138;RO=69;SAF=27;SAR=29;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163468;STB=0.590812;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0101375;OID=.;OPOS=8159857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:69:56:56:0.448:29:27:22:47:29:27:22:47 chr11 8159892 . G T 573.57 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0100944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.395;QD=26.0715;RBI=0.0341639;REFB=-0.00454264;REVB=-0.0326386;RO=36;SAF=17;SAR=35;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160093;STB=0.587652;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00392246;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:35:17:19:17:35:17:19:17 chr11 8174966 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.499;QD=57.3854;RBI=0.0189215;REFB=0;REVB=-0.0188658;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26119e-05;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr11 8251921 . G C 1438.11 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.925;QD=61.8542;RBI=0.0444152;REFB=0.0405266;REVB=0.0429668;RO=1;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839106;STB=0.504424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000120317;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:56:36:0:1:56:36:0:1 chr11 8284856 . G C 250.4 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00989222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.978;QD=20.0316;RBI=0.0203142;REFB=-0.0204742;REVB=-0.0177429;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556567;STB=0.515139;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0217907;OID=.;OPOS=8284856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:8:16:18:7:8:16:18:8 chr11 8435077 . CA TC 466.84 PASS AF=0.49;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00318531;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.923;QD=18.6737;RBI=0.00363765;REFB=-0.00823291;REVB=-0.00175677;RO=51;SAF=19;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185093;STB=0.602664;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0138637;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:51:51:49:49:0.49:30:19:30:21:30:19:30:21 chr11 8486310 . C A 1441.53 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519289;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.787;QD=63.3639;RBI=0.0602746;REFB=0;REVB=0.0306009;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140848;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr11 8646481 . C T 652.95 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0385795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.348;QD=26.1181;RBI=0.0386324;REFB=-0.0217336;REVB=0.00202167;RO=42;SAF=29;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183095;STB=0.509997;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0195587;OID=.;OPOS=8646481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:29:29:20:22:29:29:20:22 chr11 8646670 . T G 280.9 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0292546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7182;QD=14.4052;RBI=0.0891418;REFB=-0.000642169;REVB=-0.0842046;RO=46;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427117;STB=0.524257;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-2.19362e-05;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:14:18:24:22:14:18:24:22 chr11 8646763 . G C 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0123761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.865;QD=24.2027;RBI=0.0167162;REFB=-0.0284011;REVB=0.0112367;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596025;STB=0.533296;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0213312;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:7:5:9:9:7:5 chr11 8669609 . CA C,CT 67.87 PASS AF=0.333333,0.0185185;AO=18,2;DP=54;FAO=18,1;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6,1;FSAR=12,0;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.178149,-0.0305512;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.7003,59.9564;QD=5.02707;RBI=0.184594,0.0784054;REFB=-0.0984176,-0.0199889;REVB=-0.0483487,-0.0722083;RO=33;SAF=6,1;SAR=12,1;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0728302,0.0934245;STB=0.527746,0.992327;STBP=0.807,0.236;TYPE=del,snp;VARB=0.144871,-0.0193299;OID=.,.;OPOS=8669610,8669610;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0185185:18,2:54:18,1:54:35:6,1:12,0:13:22:64:33:6,1:12,1:13:20 chr11 8693405 . G A 1419.47 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00153611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.354;QD=61.7162;RBI=0.00165834;REFB=-0.145288;REVB=-0.00062486;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000581936;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:34:57:0:0:34:57:0:1 chr11 8751889 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00873797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.104;QD=12.9747;RBI=0.050763;REFB=-0.0139085;REVB=0.0500053;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144712;STB=0.604472;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0254337;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:8:4:8:9:8:4:9:9 chr11 8788168 . A T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000309741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.846;QD=57.7124;RBI=0.00784988;REFB=0;REVB=-0.00784377;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49417e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 8788225 . A C 737.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.367;QD=62.7237;RBI=0.0446716;REFB=0;REVB=0.0268117;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83487e-05;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:27:16:0:0:29:18:0:0 chr11 8866808 . C G 210.74 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.013081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1332;QD=19.1577;RBI=0.0131794;REFB=-0.0313477;REVB=-0.0016074;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864829;STB=0.548973;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0275298;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:12:11:12:9:12:11 chr11 8938934 . C T 317.82 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00612869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7572;QD=15.5035;RBI=0.032601;REFB=-0.0256282;REVB=-0.0320197;RO=47;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123315;STB=0.569744;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0448936;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:22:13:23:24:22:13:23:24 chr11 8942942 . C T 1057.87 PASS AF=0.613924;AO=97;DP=158;FAO=97;FDP=158;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00811809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.99;QD=26.7814;RBI=0.00827817;REFB=-0.00349354;REVB=0.0016201;RO=61;SAF=32;SAR=65;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136287;STB=0.573916;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00189674;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:61:61:97:97:0.613924:65:32:31:30:65:32:31:30 chr11 8942999 . G A 2422.41 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.148;QD=61.3269;RBI=0.0474083;REFB=0;REVB=-0.00971851;RO=0;SAF=66;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36296e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:158:0:0:156:158:1:90:66:0:0:90:68:0:0 chr11 8947021 . A G 291.36 PASS AF=1;AO=13;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.291412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1125;QD=52.9745;RBI=0.294556;REFB=0;REVB=-0.0429249;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00848555;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:13:22:1:10:3:0:0:11:11:0:0 chr11 8947179 . G A 208.63 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00613544;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.521;QD=15.1733;RBI=0.00832375;REFB=0.000119891;REVB=-0.00562506;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092918;STB=0.562759;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00165754;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:22:23:0.418182:9:13:15:15:9:14:15:15 chr11 8947283 . G C 277.57 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0277311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6689;QD=20.5606;RBI=0.0566774;REFB=-0.0291618;REVB=0.0494299;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528308;STB=0.529391;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0254575;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:11:18:14:11:11:18:14:11 chr11 8948680 . A T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00893868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3413;QD=17.5011;RBI=0.0108032;REFB=0.000860669;REVB=0.0060671;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904817;STB=0.54274;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000328485;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:16:10:13:14:16:10:13:15 chr11 8959370 . G A 534.09 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00082593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.469;QD=28.8695;RBI=0.0246248;REFB=-0.0252275;REVB=0.024611;RO=26;SAF=28;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079778;STB=0.543361;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0128324;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:20:28:12:14:20:28:12:14 chr11 8959511 . T G 378.23 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.000124976;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.619;QD=44.4982;RBI=0.00339096;REFB=-0.0696089;REVB=-0.00338866;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555519;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00161076;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:34:0:5:29:29:0.852941:20:9:0:0:20:9:0:5 chr11 8959545 . C A 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0418766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.8;QD=20.5976;RBI=0.0461572;REFB=0.00426345;REVB=-0.0194124;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227307;STB=0.512808;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00179871;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:9:10:10:10:9:10 chr11 9005036 . T A 962.64 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198703;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.789;QD=59.2391;RBI=0.00291316;REFB=0;REVB=0.00213031;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143822;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr11 9052423 . A C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.436;QD=60.0301;RBI=0.0745095;REFB=0;REVB=0.0306459;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161131;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr11 9305051 . T C 1134.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9882;QD=60.489;RBI=0.0299457;REFB=0;REVB=0.0126769;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246886;OID=.;OPOS=9305051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr11 9316937 . G A 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.876;QD=57.7107;RBI=0.0553307;REFB=0;REVB=0.0342216;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376824;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr11 9406349 . T C 2258.18 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.917;QD=62.7272;RBI=0.0494641;REFB=-0.0611311;REVB=0.0277172;RO=1;SAF=67;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070446;STB=0.503703;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=5.76158e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:76:67:1:0:76:67:1:0 chr11 9537904 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.562;QD=54.5175;RBI=0.0259653;REFB=0;REVB=0.0240693;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06711e-05;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 9602477 . A G 223.99 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0026941;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.674;QD=33.1839;RBI=0.044333;REFB=-0.0633436;REVB=0.044251;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141672;STB=0.5185;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0218965;OID=.;OPOS=9602477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:8:7:20:20:0.740741:7:13:5:3:7:13:5:2 chr11 9607032 . A G 462.51 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00920421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8525;QD=13.3097;RBI=0.0248361;REFB=0.0107932;REVB=-0.0230676;RO=86;SAF=27;SAR=26;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035641;STB=0.520209;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0169861;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:86:86:53:53:0.381295:26:27:41:45:26:27:41:45 chr11 9754221 . C T 142.87 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00988544;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.864;QD=13.607;RBI=0.0371628;REFB=-0.011502;REVB=0.0358239;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815884;STB=0.54756;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0179584;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:11:15:8:8:11:15 chr11 9769483 . C T 318.65 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00293939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.519;QD=20.8953;RBI=0.0340579;REFB=-0.0287449;REVB=-0.0339308;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298091;STB=0.516519;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0214796;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:20:13:12:16:20:13:12:16 chr11 9769562 . C G 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00369426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.867;QD=16.8918;RBI=0.0214726;REFB=-0.0141551;REVB=-0.0211525;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154253;STB=0.586297;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0119455;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:18:19:16:29:18:19:16:29 chr11 9771886 . TCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACA TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA 75.93 PASS AF=0,0.6;AO=3,4;DP=17;FAO=0,9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0172178,-0.0154517;FXX=0.062461;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=180.333,186.095;QD=20.2485;RBI=0.0460497,0.0575625;REFB=-0.000103621,0.000886824;REVB=-0.0427098,-0.0554499;RO=3;SAF=3,2;SAR=0,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.357477;STB=0.5,0.687155;STBP=1,0.144;TYPE=del,del;VARB=0.016774,-0.00506352;OID=.,.;OPOS=9771908,9771887;OREF=AAAACA,CAAAA;OALT=-,-;OMAPALT=TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:3,4:17:0,9:15:6:0,5:0,4:6:0:35:3:3,2:0,2:3:0 chr11 9800601 . G A 787.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033679;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.708;QD=57.2907;RBI=0.0365249;REFB=0;REVB=-0.0141347;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27258e-05;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr11 9800821 . T C 352.18 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.011427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.443;QD=28.7491;RBI=0.0181223;REFB=0.00566802;REVB=0.0140656;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660177;STB=0.536327;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0113697;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:9:10:13:17:9:10 chr11 10328747 . T TC 467.11 PASS AF=1;AO=41;DP=62;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217364;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4593;QD=33.365;RBI=0.242299;REFB=0.0265849;REVB=-0.10706;RO=14;SAF=10;SAR=31;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0019903;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:62:56:56:0:13:43:0:0:5:14:10:31:7:7 chr11 10521764 . T C 1192.81 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110567;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.127;QD=61.1697;RBI=0.0111088;REFB=0;REVB=-0.00107528;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6004e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:41:37:0:0 chr11 10529822 . A G 141.35 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.015507;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.248;QD=13.7903;RBI=0.0161567;REFB=-0.0275867;REVB=0.0045354;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160884;STB=0.505294;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0253445;OID=.;OPOS=10529822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:10:5:8:17:11:5:8:17 chr11 10555589 . A G 464.99 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00282824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.511;QD=15.1217;RBI=0.0210419;REFB=0.00711474;REVB=0.0208509;RO=71;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756866;STB=0.547564;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0137783;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:71:71:51:52:0.422764:25:26:31:40:25:27:31:40 chr11 10655609 . C T 1400.55 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00636092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1549;QD=61.5628;RBI=0.00830583;REFB=-0.144511;REVB=0.00534093;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00125257;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:50:40:0:0:50:40:0:1 chr11 10655623 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.000432299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.936;QD=18.1942;RBI=0.0131527;REFB=-0.00510046;REVB=0.0131456;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131224;STB=0.572913;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00261478;OID=.;OPOS=10655623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:10:26:20:14:10:26 chr11 10673739 . T C 1087.19 PASS AF=0.365169;AO=129;DP=363;FAO=130;FDP=356;FR=.;FRO=226;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=117;FSRR=109;FWDB=-0.0362714;FXX=0.0219774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.805;QD=12.2157;RBI=0.0386511;REFB=-0.0120281;REVB=-0.0133526;RO=226;SAF=57;SAR=72;SRF=117;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855187;STB=0.550434;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0209853;OID=.;OPOS=10673739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:356:226:226:129:130:0.365169:72:57:117:109:73:57:117:109 chr11 10715069 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00132094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4659;QD=23.0009;RBI=0.0132514;REFB=-0.0121798;REVB=-0.0131854;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103552;STB=0.557337;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00986423;OID=.;OPOS=10715069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:10:12:12:17:10:12 chr11 10715124 . T C 174.87 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00959871;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.751;QD=11.658;RBI=0.0096;REFB=-0.0121543;REVB=0.000157633;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588535;STB=0.541628;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0211895;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:38:22:22:0.366667:13:9:18:21:13:9:18:20 chr11 10786142 . C T 454.46 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0218304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9415;QD=17.4794;RBI=0.0218353;REFB=-0.0130756;REVB=0.000464119;RO=54;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198256;STB=0.511404;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0161878;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:48:49:0.471154:23:25:27:27:23:26:28:27 chr11 10786175 . C T 541.15 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0144986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6191;QD=19.501;RBI=0.0246688;REFB=0.023026;REVB=-0.0199584;RO=55;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241833;STB=0.513352;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0215389;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:29:27:28:27:29:27:28:27 chr11 10800422 . G A 229.08 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0019929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.442;QD=20.3629;RBI=0.0229553;REFB=-0.0025866;REVB=-0.0228686;RO=22;SAF=20;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530581;STB=0.750411;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00228464;OID=.;OPOS=10800422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:22:23:0.511111:2:20:11:11:3:20:11:11 chr11 10822350 . C T 2443.39 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281602;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.13;QD=61.4689;RBI=0.0205144;REFB=0;REVB=0.0203202;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37799e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:76:83:0:0:76:83:0:0 chr11 10823079 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00328041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.366;QD=11.3328;RBI=0.0270004;REFB=-0.00208739;REVB=-0.0268004;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699158;STB=0.541809;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00336648;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:11:3:7:20:11:3:7:20 chr11 10828361 . C A 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.104709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9413;QD=14.685;RBI=0.105789;REFB=0.00349318;REVB=0.0150764;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336869;STB=0.519113;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00207931;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:19:12:18:25:19:12:18:25 chr11 11354346 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.036;QD=60.0308;RBI=0.0228319;REFB=0;REVB=0.0200412;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00413e-05;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:43:29:0:0 chr11 11373508 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0411;QD=62.9822;RBI=0.0539013;REFB=0;REVB=0.0453573;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101694;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr11 11373587 . A G 1358.2 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.9;QD=62.4461;RBI=0.0386973;REFB=0;REVB=0.0217628;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07568e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:49:38:0:0 chr11 11373635 . C T 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5925;QD=62.3196;RBI=0.0306762;REFB=-0.0749338;REVB=-0.000689777;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920763;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00129921;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:51:44:0:1:51:44:0:1 chr11 11373808 . T G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.491;QD=62.6143;RBI=0.0231146;REFB=0;REVB=-0.0210011;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32984e-05;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr11 11373925 . A C 1402.18 PASS AF=1;AO=90;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6478;QD=59.0392;RBI=0.0823227;REFB=0;REVB=-0.0283273;RO=5;SAF=42;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438897;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:95:5:0:90:95:1:48:42:5:0:48:47:0:0 chr11 11373960 . C T 579.57 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0476521;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.827;QD=22.7281;RBI=0.0480536;REFB=-0.0352964;REVB=-0.00619896;RO=45;SAF=23;SAR=34;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123774;STB=0.567826;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0217564;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:45:45:57:57:0.558824:34:23:25:20:34:23:25:20 chr11 11374016 . T A 1522.9 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.712;QD=58.5732;RBI=0.0294626;REFB=-0.0876529;REVB=-0.019586;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000181097;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:102:103:0.990385:54:48:0:0:54:49:1:0 chr11 11374269 . A G 831.44 PASS AF=0.462366;AO=86;DP=186;FAO=86;FDP=186;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0431144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.712;QD=17.8805;RBI=0.0437482;REFB=-0.00560694;REVB=-0.00741961;RO=99;SAF=49;SAR=37;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238712;STB=0.516244;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00630959;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:99:100:86:86:0.462366:37:49:54:45:37:49:54:46 chr11 11374283 . T G 3038.03 PASS AF=0.979798;AO=194;DP=199;FAO=194;FDP=198;FR=.;FRO=4;FSAF=106;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0239011;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.933;QD=61.3743;RBI=0.0252664;REFB=0.0028438;REVB=-0.00819314;RO=4;SAF=106;SAR=88;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02115;STB=0.51111;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-6.24551e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:199:198:4:4:194:194:0.979798:88:106:0:4:88:106:0:4 chr11 11913585 . G T 1339.8 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00268853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.584;QD=57.0127;RBI=0.0166171;REFB=0.0319973;REVB=-0.0163982;RO=4;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139236;STB=0.500861;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.000509824;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:94:94:4:5:89:89:0.946809:52:37:1:3:52:37:2:3 chr11 12225945 . GT G,GG 1542.91 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=18,86;DP=104;FAO=6,99;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=6,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425732,0.0431997;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.051,277.178;QD=58.7774;RBI=0.052889,0.0538363;REFB=0,0;REVB=0.031381,0.0321268;RO=0;SAF=5,44;SAR=13,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0134471,0.00293699;OID=.,.;OPOS=12225946,12225946;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0571429,0.942857:18,86:104:6,99:105:0:0,49:6,50:0:0:8:0:5,44:13,42:0:0 chr11 12229655 . T G 851.82 PASS AF=0.552448;AO=79;DP=143;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0042471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.083;QD=23.8271;RBI=0.0130633;REFB=-0.0217406;REVB=-0.0123536;RO=64;SAF=34;SAR=45;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711353;STB=0.503885;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.01467;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:64:64:79:79:0.552448:45:34:27:37:45:34:27:37 chr11 12246233 . G C 1417.4 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0130748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8484;QD=58.4493;RBI=0.0286025;REFB=-0.00313591;REVB=-0.0254393;RO=4;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207889;STB=0.510976;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000870353;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:4:4:93:93:0.958763:45:48:1:3:45:48:1:3 chr11 12285090 . C T 101.99 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.01585;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.205;QD=11.0255;RBI=0.0238015;REFB=-0.00226784;REVB=0.0177563;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396744;STB=0.759089;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00620455;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:25:24:12:13:0.351351:9:3:15:10:10:3:15:9 chr11 12285297 . A T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0371742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.972;QD=12.0517;RBI=0.0372097;REFB=-0.00092754;REVB=-0.00162506;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1059;STB=0.562372;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000938266;OID=.;OPOS=12285297;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:2:11:7:2:2:11 chr11 12315335 . C A 710.42 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00214793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.318;QD=54.6479;RBI=0.0131141;REFB=-0.109041;REVB=0.012937;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-4.17118e-05;OID=.;OPOS=12315335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:0:1:29:22:0:1 chr11 12315407 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0537;QD=55.6559;RBI=0.101341;REFB=0;REVB=0.0933789;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126625;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr11 12315716 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.282;QD=54.5177;RBI=0.0330277;REFB=0;REVB=0.000810555;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141352;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr11 12315891 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.635;QD=42.1826;RBI=0.028218;REFB=0;REVB=-0.0146114;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47442e-05;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 12315915 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.594;QD=43.4862;RBI=0.035273;REFB=0;REVB=-0.0127894;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141615;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr11 12534707 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.389;QD=63.5827;RBI=0.0191535;REFB=0;REVB=-0.00606945;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14394e-05;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr11 12550368 . TATA T 687.82 PASS AF=0.483221;AO=67;DP=146;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00680864;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.764;QD=18.4649;RBI=0.0069412;REFB=0.00165974;REVB=-0.00135009;RO=73;SAF=21;SAR=46;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155387;STB=0.582722;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=-0.0014869;OID=.;OPOS=12550369;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483221:67:146:72:149:77:23:49:36:41:99:73:21:46:34:39 chr11 12903443 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.814;QD=56.9568;RBI=0.0469862;REFB=0;REVB=0.0108374;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122707;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr11 13398129 . T A 1572.17 PASS AF=0.990741;AO=98;DP=100;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.189;QD=58.2287;RBI=0.0681182;REFB=-0.026518;REVB=0.0669511;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104236;STB=0.505262;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000134584;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:108:1:1:98:107:0.990741:53:45:1:0:60:47:1:0 chr11 13441126 . A G 540.51 PASS AF=0.5;AO=53;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00027126;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.739;QD=19.3038;RBI=0.0191806;REFB=-0.00636812;REVB=0.0191787;RO=54;SAF=26;SAR=27;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592164;STB=0.526759;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00760518;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:54:56:53:56:0.5:27:26:30:24:29:27:30:26 chr11 13443250 . C T 262.84 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00581434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.952;QD=15.0193;RBI=0.0179211;REFB=-0.0333416;REVB=-0.0169516;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569126;STB=0.523976;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0255702;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:16:14:16:23:16:14:17:23 chr11 13929046 . T A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00443342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.305;QD=11.439;RBI=0.0252219;REFB=0.0156098;REVB=-0.0248292;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.685308;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0181262;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:5:9:3:6:5:9 chr11 14101493 . G GC 747.83 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868367;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1139;QD=46.7392;RBI=0.141819;REFB=0;REVB=0.112125;RO=3;SAF=30;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00435387;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:66:64:64:0:31:33:0:0:14:3:30:33:2:1 chr11 14632570 . A C 1033.78 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.661;QD=59.0731;RBI=0.0119376;REFB=0;REVB=-0.00901869;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26218e-07;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:26:44:0:0 chr11 14810762 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.267;QD=59.6795;RBI=0.0025019;REFB=0;REVB=0.000736726;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58924e-06;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr11 14913575 . G A 1640.68 PASS AF=0.489552;AO=164;DP=334;FAO=164;FDP=335;FR=.;FRO=171;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=79;FSRR=92;FWDB=0.0201041;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.366;QD=19.5902;RBI=0.0281328;REFB=-0.0128154;REVB=0.0196794;RO=170;SAF=74;SAR=90;SRF=79;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126099;STB=0.505543;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0129645;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:170:171:164:164:0.489552:90:74:79:91:90:74:79:92 chr11 14991539 . T C 2751.39 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9736;QD=62.5316;RBI=0.0453712;REFB=0;REVB=-0.0303369;RO=0;SAF=91;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248415;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:85:91:0:0:85:91:0:0 chr11 15199957 . T C 843.69 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7131;QD=56.2461;RBI=0.0954062;REFB=0;REVB=0.0374487;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339456;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:55:60:1:31:24:0:0:32:28:0:0 chr11 15992319 . A C 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0238097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.461;QD=12.7851;RBI=0.0238116;REFB=-0.0007278;REVB=0.000300054;RO=43;SAF=6;SAR=21;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226312;STB=0.631266;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00122748;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:21:6:17:26:21:6:17:26 chr11 16007752 . C A 675.29 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0733752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7396;QD=20.7781;RBI=0.0950161;REFB=-0.00463392;REVB=0.0603667;RO=62;SAF=34;SAR=33;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769769;STB=0.545858;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0048885;OID=.;OPOS=16007752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:63:67:67:0.515385:33:34:26:36:33:34:26:37 chr11 16133413 . A G 521.7 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0047367;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.388;QD=23.1868;RBI=0.0108861;REFB=-0.0323456;REVB=0.0098016;RO=41;SAF=27;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172273;STB=0.594569;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0256898;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:41:41:49:49:0.544444:22:27:14:27:22:27:14:27 chr11 16863130 . T C 268.52 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0462312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.172;QD=13.9492;RBI=0.0465735;REFB=-0.00950888;REVB=-0.00563588;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121694;STB=0.563835;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0149054;OID=.;OPOS=16863130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:11:20:24:21:11:20:25:21 chr11 16872822 . C G 345.07 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0314669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8828;QD=14.2295;RBI=0.037671;REFB=-0.0121259;REVB=-0.0207109;RO=59;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163448;STB=0.592625;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0131452;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:18:20:22:37:18:20:22:37 chr11 17035718 . A G 144.69 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7232;QD=44.5208;RBI=0.0367065;REFB=0;REVB=0.0181908;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729905;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr11 17108868 . ACT A 117.51 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00608306;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.328;QD=10.9309;RBI=0.0134754;REFB=-0.00257247;REVB=-0.0120242;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253341;STB=0.664092;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.00714916;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:14:43:14:43:29:4:10:15:14:99:28:4:10:14:14 chr11 17172133 . T C 337.89 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0196804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.051;QD=17.5529;RBI=0.0236148;REFB=-0.0166082;REVB=-0.0130514;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04138;STB=0.51612;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.019892;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:19:16:17:24:20:16:17:24 chr11 17333663 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7047;QD=59.4347;RBI=0.0366745;REFB=0;REVB=0.0189706;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621199;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 17339127 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.218;QD=58.4197;RBI=0.0243448;REFB=0;REVB=0.0166852;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4114e-06;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr11 17351683 . C G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0152174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0169;QD=19.1085;RBI=0.0210475;REFB=-0.020463;REVB=0.0145406;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504538;STB=0.799198;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0182084;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:2:4:1:8:2:4 chr11 17352467 . CAAAAAAAATTACA CAAAAAAAATT,CAAAAAAATTACA 127.32 PASS AF=0.483871,0;AO=8,3;DP=30;FAO=15,0;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.011363,-0.149257;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=275.903,4.85793;QD=16.4286;RBI=0.0227548,0.154975;REFB=0.00418093,0.00327846;REVB=-0.0197145,-0.041706;RO=10;SAF=2,3;SAR=6,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341689,0.622111;STB=0.612621,0.5;STBP=0.287,1;TYPE=del,del;VARB=-0.004196,0;OID=.,.;OPOS=17352478,17352468;OREF=ACA,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAAAAATT,CAAAAAAATTACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871,0:8,3:30:15,0:31:16:7,0:8,0:11:5:99:10:2,3:6,0:6:4 chr11 17408251 . G A 164.21 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0147878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.445;QD=17.2849;RBI=0.0393915;REFB=0.00910521;REVB=0.0365104;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.618047;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00612979;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:20:17:18:0.473684:5:12:9:8:6:12:9:11 chr11 17408404 . C T 311.84 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.000390395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.348;QD=14.1746;RBI=0.000676156;REFB=-0.0103916;REVB=0.000552067;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815673;STB=0.558707;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0147157;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:53:35:35:0.397727:22:13:15:35:22:13:15:38 chr11 17408630 . C T 500.67 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00353019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.839;QD=24.4228;RBI=0.0202407;REFB=-0.0122541;REVB=0.0199305;RO=35;SAF=22;SAR=25;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987277;STB=0.554017;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00598569;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:25:22:12:23:25:22:12:23 chr11 17409572 . T C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0191663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.423;QD=23.7582;RBI=0.0201885;REFB=-0.0257859;REVB=0.0063427;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263791;STB=0.514695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0187881;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:15:11:10:12:15:11:10:12 chr11 17418477 . C A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.01694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0781;QD=17.4228;RBI=0.0263581;REFB=-0.0268476;REVB=0.0201937;RO=34;SAF=8;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278409;STB=0.657035;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0274647;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:23:8:18:16:23:8:18:16 chr11 17427095 . C T 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0148346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.133;QD=21.0938;RBI=0.0151757;REFB=-0.00955118;REVB=-0.00319967;RO=37;SAF=12;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206074;STB=0.614432;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00501402;OID=.;OPOS=17427095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:29:12:19:18:29:12:19:18 chr11 17434284 . G A 222.88 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00789661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3135;QD=13.9298;RBI=0.0361299;REFB=-0.0324556;REVB=-0.0352564;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109435;STB=0.508765;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0452558;OID=.;OPOS=17434284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:36:37:26:27:0.421875:14:12:17:19:15:12:17:20 chr11 17452492 . G A 277.55 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0198126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.723;QD=16.0896;RBI=0.0262279;REFB=-0.00989047;REVB=0.0171861;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169768;STB=0.595289;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0118223;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:13:25:15:16:13:25 chr11 17519742 . C G 297.47 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0240631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1104;QD=13.3694;RBI=0.0337583;REFB=-0.0218527;REVB=0.0236768;RO=55;SAF=25;SAR=9;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387725;STB=0.721829;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0252562;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:9:25:21:34:9:25:21:34 chr11 17542439 . T C,G 1379.86 PASS AF=0.960396,0.019802;AO=83,15;DP=100;FAO=97,2;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=48,1;FSAR=49,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00829471,0.00801952;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.828,147.741;QD=54.6478;RBI=0.0432166,0.0294579;REFB=-0.0182561,-0.0199856;REVB=0.0424132,0.0283453;RO=2;SAF=48,1;SAR=35,14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0193241,-0.440889;STB=0.510202,0.748096;STBP=0.247,0.689;TYPE=snp,snp;VARB=0.00298219,-0.0113879;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:100:101:2:2:83,15:97,2:0.960396,0.019802:35,14:48,1:2:0:49,1:48,1:2:0 chr11 17580653 . G A 481.83 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0416157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7533;QD=16.0608;RBI=0.0416167;REFB=-0.0315408;REVB=0.000287969;RO=67;SAF=26;SAR=27;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727507;STB=0.540627;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0413491;OID=.;OPOS=17580653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:27:26:28:39:27:26:28:39 chr11 17594818 . C T 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0266388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.717;QD=14.6509;RBI=0.0271602;REFB=-0.0165822;REVB=0.00529633;RO=30;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743357;STB=0.521453;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0160706;OID=.;OPOS=17594818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:17:6:8:22:17:6:9:22 chr11 17627613 . G C 835.38 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.25;QD=56.6356;RBI=0.0489481;REFB=0;REVB=0.0443201;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162524;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:17:39:0:0:18:41:0:0 chr11 17667439 . G C 148.66 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0032511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5353;QD=10.8113;RBI=0.0082994;REFB=-0.0252567;REVB=-0.00763612;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272208;STB=0.659985;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0222675;OID=.;OPOS=17667439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:13:6:20:16:13:6:20:16 chr11 17948311 . T C 286.05 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00191144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.692;QD=20.4321;RBI=0.0219971;REFB=-0.00321121;REVB=-0.0219139;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430478;STB=0.502391;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00287006;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:12:14:16:14:12:14 chr11 17981047 . C T 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0065212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.285;QD=25.9903;RBI=0.00813639;REFB=-0.0167687;REVB=-0.00486567;RO=23;SAF=15;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286768;STB=0.515687;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0170746;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:23:15:10:13:23:15:10:13 chr11 18041193 . AAGT A 99.72 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0234102;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.031;QD=11.7321;RBI=0.0239451;REFB=-0.0113508;REVB=0.00503292;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=del;VARB=0.0108184;OID=.;OPOS=18041194;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:15:37:15:34:19:10:5:12:7:99:21:10:5:14:7 chr11 18159169 . A G 1593.09 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205675;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.96;QD=64.3674;RBI=0.0386648;REFB=0;REVB=-0.0327406;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86559e-05;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr11 18159254 . A G 1539.52 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.323;QD=58.6485;RBI=0.0289921;REFB=-0.0297382;REVB=-0.0266295;RO=1;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759284;STB=0.503999;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-4.05591e-05;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:62:42:0:1:62:42:0:1 chr11 18194827 . C G 319.11 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00651129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.328;QD=18.2348;RBI=0.0151211;REFB=-0.00838335;REVB=0.0136473;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796178;STB=0.557755;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00819542;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:33:34:0.485714:17:16:20:15:18:16:21:15 chr11 18194878 . T G 411.03 PASS AF=0.57971;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0373371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8897;QD=23.828;RBI=0.0375479;REFB=-0.00129199;REVB=-0.00397238;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110803;STB=0.564673;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000438732;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:29:39:40:0.57971:23:16:16:13:24:16:16:13 chr11 18194944 . T A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00248119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.072;QD=13.2241;RBI=0.00304;REFB=-0.00311697;REVB=-0.00175649;RO=36;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363247;STB=0.70816;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00925004;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:7:17:13:23:7:17:13:23 chr11 18194964 . A G 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0345181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.263;QD=21.3982;RBI=0.0361374;REFB=-0.0286648;REVB=0.0106963;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197727;STB=0.608961;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0116338;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:20:8:18:16:20:8 chr11 18195051 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.121;QD=58.7795;RBI=0.0431242;REFB=0;REVB=0.0227477;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10411e-05;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr11 18195448 . C T 566.38 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00737308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.339;QD=21.3727;RBI=0.0138363;REFB=-0.00920069;REVB=0.0117082;RO=49;SAF=21;SAR=36;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712295;STB=0.539171;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00905146;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:36:21:22:27:36:21:22:27 chr11 18210480 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.829;QD=37.4885;RBI=0.0571438;REFB=0;REVB=0.0487805;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615012;OID=.;OPOS=18210480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 18210580 . C T 507.16 PASS AF=0.494949;AO=46;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0412771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.753;QD=20.4914;RBI=0.0521134;REFB=-0.0525248;REVB=0.0318121;RO=48;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985462;STB=0.535965;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0475139;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:48:50:46:49:0.494949:26:20:26:22:27:22:26:24 chr11 18210739 . G C 487.57 PASS AF=0.452991;AO=51;DP=115;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0190718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.455;QD=16.669;RBI=0.02152;REFB=-0.0145309;REVB=-0.00996887;RO=63;SAF=17;SAR=34;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195866;STB=0.597047;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0210846;OID=.;OPOS=18210739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:64:51:53:0.452991:34:17:33:30:34:19:34:30 chr11 18231749 . T G 163.95 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0216869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0821;QD=12.8584;RBI=0.0275004;REFB=-0.0377051;REVB=-0.0169101;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128751;STB=0.58238;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0563162;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:10:9:11:20:10:9:11:21 chr11 18231915 . T C 207.3 PASS AF=0.44186;AO=16;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0026244;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.725;QD=19.2841;RBI=0.0191051;REFB=-0.0240751;REVB=-0.018924;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302913;STB=0.633674;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0065724;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:19:16:19:0.44186:9:7:12:3:9:10:15:4 chr11 18253176 . C T 106.19 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0677997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.424;QD=11.7988;RBI=0.0679163;REFB=-0.0119749;REVB=-0.00397749;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224913;STB=0.631394;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0441695;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:6:17:7:6:6:17 chr11 18267027 . C T 1651.43 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0820958;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.759;QD=58.4576;RBI=0.0862376;REFB=-0.0528026;REVB=0.0264046;RO=2;SAF=55;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000151341;STB=0.50008;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000416941;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:56:55:1:1:56:55:1:1 chr11 18267463 . A G 166.96 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0492312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5648;QD=15.178;RBI=0.0493141;REFB=-0.0475167;REVB=-0.00285817;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590993;STB=0.551575;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0337437;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:7:11:16:8:7:11:18:8 chr11 18267471 . A G 221.47 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00786691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.456;QD=22.1471;RBI=0.0108612;REFB=-0.0284576;REVB=-0.00748843;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503607;STB=0.512184;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0140524;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:7:14:11:7:8:14:11:7 chr11 18267478 . G A 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00584692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0566;QD=9.25746;RBI=0.0110959;REFB=-0.0101897;REVB=0.00943045;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.59984;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0465272;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:6:6:17:10:6:6:18:10 chr11 18290859 . C T 78.95 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0847676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.276;QD=28.7094;RBI=0.0867368;REFB=-0.115621;REVB=-0.018377;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12621;STB=0.571279;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00787226;OID=.;OPOS=18290859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:2:6:2:0:3:6:2:0 chr11 18290874 . T C 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.668;QD=34.6629;RBI=0.0803367;REFB=0.0184314;REVB=0.078482;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126911;STB=0.57128;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00133674;OID=.;OPOS=18290874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:0:1:3:7:0:1 chr11 18290880 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.581;QD=42.1826;RBI=0.0250361;REFB=0;REVB=-0.0188038;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19623e-05;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 18291321 . T C 717.94 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0140947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.737;QD=22.974;RBI=0.0183046;REFB=-0.0165424;REVB=0.011679;RO=56;SAF=31;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271083;STB=0.514829;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0116959;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:38:31:27:29:38:31:27:29 chr11 18301129 . AG GA 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00743876;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.191;QD=10.7151;RBI=0.0302508;REFB=-0.0122273;REVB=0.0293219;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289235;STB=0.670741;STBP=0.127;TYPE=mnp;VARB=0.0203701;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:9:20:6:8:9:20 chr11 18320381 . A G 35.85 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00233465;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.953;QD=1.93781;RBI=0.00273621;REFB=0.00278015;REVB=0.00142698;RO=67;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320125;STB=0.749376;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0162468;OID=.;OPOS=18320381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:74:67:66:8:8:0.108108:2:6:32:35:2:6:31:35 chr11 18327684 . G T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.267;QD=55.0889;RBI=0.0191861;REFB=0;REVB=0.0025589;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152009;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr11 18333436 . A T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00164891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.317;QD=14.2309;RBI=0.0124927;REFB=-0.015782;REVB=0.0123834;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230393;STB=0.63899;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0306477;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:9:17:15:20:9:17:15:21 chr11 18388128 . G C 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0577674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.012;QD=7.86312;RBI=0.0597998;REFB=0.000441054;REVB=0.0154579;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203669;STB=0.62665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000351861;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:8:4:17:17:8:4:17:17 chr11 18422487 . C A 440.94 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0208446;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.233;QD=19.3822;RBI=0.0209398;REFB=0.0122485;REVB=-0.00199399;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708411;STB=0.548998;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0144974;OID=.;OPOS=18422487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:47:44:44:0.483516:23:21:18:27:23:21:18:29 chr11 18424451 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.592;QD=61.2131;RBI=0.0305523;REFB=0;REVB=0.0293985;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48181e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr11 18424487 . A G 1066.23 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00297667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.775;QD=58.4237;RBI=0.00580023;REFB=-0.0885343;REVB=0.00497816;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150114;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000397566;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:0:1:31:41:0:1 chr11 18467821 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.651;QD=58.0611;RBI=0.0330972;REFB=0;REVB=0.0189872;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90405e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 18487305 . C G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0055906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.037;QD=20.0306;RBI=0.0111574;REFB=0.0102756;REVB=0.00965576;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179676;STB=0.600603;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00499388;OID=.;OPOS=18487305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:7:19:13:11:7:19 chr11 18633971 . G A 1495.83 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234953;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.236;QD=62.9825;RBI=0.0235007;REFB=0;REVB=0.000507758;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411753;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:93:95:1:52:41:0:0:54:41:0:0 chr11 18735396 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.099;QD=44.6898;RBI=0.0193193;REFB=0;REVB=0.00502745;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145273;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 18735465 . G A 189.01 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0304111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0653;QD=21.0011;RBI=0.0440635;REFB=-0.0216908;REVB=0.0318867;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649904;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0187996;OID=.;OPOS=18735465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:8:11:8:8:8:11:9:8 chr11 18735947 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.842;QD=58.9626;RBI=0.0780231;REFB=0;REVB=0.0151116;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508357;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr11 18737095 . C T 1189.28 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393974;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.355;QD=60.9886;RBI=0.041333;REFB=0;REVB=0.0125005;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294678;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:41:35:0:0:42:36:0:0 chr11 18738281 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.142;QD=60.9782;RBI=0.0268804;REFB=0;REVB=-0.0130201;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95919e-05;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 18764026 . G C 537.19 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0224868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.718;QD=45.7184;RBI=0.0238734;REFB=-0.0429823;REVB=-0.00801763;RO=5;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160468;STB=0.560408;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0027218;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:47:5:8:39:39:0.829787:12:27:0:5:12:27:3:5 chr11 18955744 . C T 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000931432;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.844;QD=14.8789;RBI=0.00804455;REFB=-0.00801608;REVB=0.00799044;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26923;STB=0.658418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0115116;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:8:9:10:3:8:9 chr11 18956194 . T C 521.29 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00363447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.365;QD=21.4966;RBI=0.0104807;REFB=0.000540872;REVB=-0.00983038;RO=47;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172729;STB=0.59522;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000471183;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:22:28:17:30:22:28:17:30 chr11 18956196 . C T 430.27 PASS AF=0.456311;AO=46;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0109846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1206;QD=16.7097;RBI=0.0139397;REFB=-0.0230322;REVB=0.0085823;RO=56;SAF=17;SAR=29;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166268;STB=0.59691;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0196845;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:46:47:0.456311:29:17:30:26:30:17:30:26 chr11 19167850 . A G 500.92 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0200008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8798;QD=19.4532;RBI=0.0328253;REFB=-0.0238498;REVB=-0.0260282;RO=51;SAF=20;SAR=32;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011452;STB=0.506327;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0210273;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:32:20:19:32:32:20:19:32 chr11 19245854 . T C 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000672998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.894;QD=64.0186;RBI=0.00548146;REFB=0;REVB=0.00543999;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43229e-06;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr11 19251826 . G A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00742216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9999;QD=18.9418;RBI=0.0340117;REFB=-0.00946168;REVB=-0.033192;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858343;STB=0.5478;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00981305;OID=.;OPOS=19251826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:21:16:20:18:21:16:20:18 chr11 19612775 . C T 803.34 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.792;QD=55.4029;RBI=0.0280238;REFB=-0.0206204;REVB=-0.00665621;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=8.86981e-05;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:0:1:36:21:0:1 chr11 19799526 . CG C 852.28 PASS AF=0.544304;AO=74;DP=150;FAO=86;FDP=158;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.000256585;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.557;QD=21.5766;RBI=0.00770656;REFB=-0.0251897;REVB=-0.00770228;RO=74;SAF=34;SAR=40;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491545;STB=0.505299;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=0.0225691;OID=.;OPOS=19799527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544304:74:150:86:158:72:44:42:36:36:99:74:34:40:38:36 chr11 19854088 . G A 584.35 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0167434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9559;QD=16.232;RBI=0.0313082;REFB=-0.00370559;REVB=-0.0264549;RO=81;SAF=37;SAR=25;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179159;STB=0.596743;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00483226;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:81:82:62:62:0.430556:25:37:34:47:25:37:35:47 chr11 19955194 . G C 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0139411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.591;QD=15.1115;RBI=0.0141942;REFB=-0.00984456;REVB=0.0026682;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520206;STB=0.529452;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0112406;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:19:19:13:16:19:19 chr11 19955500 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.010858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.094;QD=16.9233;RBI=0.0169353;REFB=-0.0117701;REVB=-0.0129964;RO=40;SAF=26;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279957;STB=0.662959;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.014218;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:33:34:0.459459:7:26:22:18:7:27:22:18 chr11 19970501 . T C 194.39 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0475392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7125;QD=24.2985;RBI=0.0486809;REFB=0.0022576;REVB=-0.010481;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263955;STB=0.507035;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00354625;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:7:12:8:4:7:12:8:5 chr11 19970558 . T C 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8489;QD=62.3453;RBI=0.0216402;REFB=0;REVB=-0.0171448;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219577;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr11 19970579 . C T 1123.95 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279701;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.808;QD=60.7542;RBI=0.0279744;REFB=0;REVB=0.000490347;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88141e-05;OID=.;OPOS=19970579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr11 20044696 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0314437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.224;QD=18.0506;RBI=0.0316768;REFB=0.00873577;REVB=-0.00383607;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.65085;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00792352;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:3:5:3:7:3:5 chr11 20065673 . G T 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00010858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.884;QD=21.2932;RBI=0.000794084;REFB=-0.00271393;REVB=-0.000786626;RO=25;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919294;STB=0.551824;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00275835;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:19:6:8:17:19:6:8:17 chr11 20065779 . C G 47.22 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.030973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0735;QD=11.111;RBI=0.0315649;REFB=-0.0109427;REVB=0.00608396;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0134752;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:5:5:5:2:5:5 chr11 20067064 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.602;QD=60.0308;RBI=0.0689436;REFB=0;REVB=0.0564605;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279027;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr11 20089792 . G C 821.77 PASS AF=0.609756;AO=75;DP=123;FAO=75;FDP=123;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0148779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7964;QD=26.7242;RBI=0.0175247;REFB=-0.0168006;REVB=-0.00926088;RO=48;SAF=29;SAR=46;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688653;STB=0.537397;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0107974;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:48:48:75:75:0.609756:46:29:23:25:46:29:23:25 chr11 20089944 . T C 295.47 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00431125;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.438;QD=17.6398;RBI=0.00891889;REFB=-0.00646467;REVB=-0.00780767;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157525;STB=0.597522;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00709872;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:35:32:32:0.477612:22:10:16:18:22:10:17:18 chr11 20099112 . A T 854.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250055;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.755;QD=57.915;RBI=0.0250978;REFB=0;REVB=-0.00215118;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24283e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr11 20099541 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6919;QD=53.2729;RBI=0.0793322;REFB=0;REVB=-0.00876622;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013804;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr11 20101704 . C T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.705;QD=60.0766;RBI=0.0447174;REFB=0;REVB=0.0366453;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33716e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr11 20101744 . C A 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4066;QD=61.85;RBI=0.0347393;REFB=0;REVB=-0.0180034;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9628e-05;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr11 20104669 . G A 263.47 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00245744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.698;QD=17.5648;RBI=0.0169332;REFB=-0.0104824;REVB=-0.0167539;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124644;STB=0.569894;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00977299;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:17:14:17:12:17:14 chr11 20112417 . A C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00248354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.493;QD=19.9056;RBI=0.0104492;REFB=-0.00675771;REVB=0.0101498;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224906;STB=0.624918;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00491834;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:18:9:18:12:18:9 chr11 20112492 . G A 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.011908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.105;QD=22.4039;RBI=0.0193135;REFB=-0.000449517;REVB=0.0152056;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110468;STB=0.561005;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000355368;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:13:24:15:14:13:24:15:14 chr11 20117232 . T C 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.758;QD=59.9952;RBI=0.038753;REFB=0;REVB=0.0375187;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72494e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:62:44:0:0:62:44:0:0 chr11 20124914 . A C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.351;QD=61.2119;RBI=0.0129003;REFB=0;REVB=-0.0109316;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90809e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr11 20140387 . A G 1371.32 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1355;QD=60.9478;RBI=0.0888385;REFB=0;REVB=0.0060618;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473678;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:1:0:86:90:1:47:39:0:1:51:39:0:0 chr11 20140471 . A G 1264.96 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8101;QD=61.7053;RBI=0.0167451;REFB=0;REVB=0.00899228;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123107;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:43:39:0:0 chr11 20142377 . GTCAC G 173.1 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.010546;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.78;QD=9.35682;RBI=0.015747;REFB=-0.00356736;REVB=0.011694;RO=48;SAF=6;SAR=17;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416517;STB=0.738922;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.00889851;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310811:23:76:23:74:51:6:17:31:20:99:48:6:17:30:18 chr11 20142448 . T C 393.56 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0248793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1032;QD=17.2995;RBI=0.0254734;REFB=0.0200524;REVB=-0.00546963;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359569;STB=0.520141;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0233859;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:22:19:25:25:22:19:25:25 chr11 20178717 . G T 129.35 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.034271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3054;QD=12.9354;RBI=0.0471394;REFB=-0.00778785;REVB=0.0323669;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160884;STB=0.509421;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0126397;OID=.;OPOS=20178717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:8:17:10:5:8:17 chr11 20181661 . GGCCCCCT GCCCCT,GGCCCC,GGCCCCT 99.54 PASS AF=0,0,0.736842;AO=3,2,8;DP=19;FAO=0,0,14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0387558,-0.0248824,-0.0959436;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=14.261,94.8446,15.4519;QD=20.9552;RBI=0.0610847,0.0351067,0.249696;REFB=0.0107328,0.00125552,-0.0478243;REVB=-0.0472158,0.0247658,0.230527;RO=5;SAF=0,2,5;SAR=3,0,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.326531,0,0;SSEP=0,0.375,0.375;SSSB=-0.658479,0.64233,0.151251;STB=0.5,0.5,0.526278;STBP=1,1,0.751;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.0683672;OID=.,.,.;OPOS=20181662,20181667,20181663;OREF=GC,CT,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCCCT,GGCCCC,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.736842:3,2,8:19:0,0,14:19:5:0,0,7:0,0,7:2:3:21:5:0,2,5:3,0,3:2:3 chr11 20404613 . T G 1044.15 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.623;QD=59.6656;RBI=0.0433987;REFB=0;REVB=0.0273269;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71243e-05;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:30:37:0:0:30:40:0:0 chr11 20429454 . T C 1126.28 PASS AF=0.987013;AO=70;DP=71;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000926274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.059;QD=58.5079;RBI=0.021549;REFB=-0.127765;REVB=0.0215291;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000537317;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:77:1:1:70:76:0.987013:33:37:1:0:39:37:1:0 chr11 20529886 . G A 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.388;QD=60.5428;RBI=0.0190586;REFB=0;REVB=-0.0189098;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25055e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr11 20622975 . G A 259.58 PASS AF=0.517857;AO=25;DP=53;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0615238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0679;QD=18.5414;RBI=0.0797671;REFB=-0.0176242;REVB=0.0507702;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.551688;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.019699;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:28:27:25:29:0.517857:15:10:16:12:16:13:15:12 chr11 20623042 . T C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0120095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.057;QD=17.1669;RBI=0.023631;REFB=-0.0229441;REVB=-0.0203518;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217698;STB=0.622667;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0320955;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:9:20:15:17:9:20:15:17 chr11 20623156 . C G 996.35 PASS AF=0.985714;AO=65;DP=66;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7499;QD=56.9343;RBI=0.133187;REFB=-0.149162;REVB=0.131729;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0253327;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:70:1:1:65:69:0.985714:38:27:0:1:42:27:0:1 chr11 20639400 . A G 1313.19 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00374364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0637;QD=59.6902;RBI=0.00620246;REFB=-0.145774;REVB=0.00494527;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00147501;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:0:2:86:86:0.977273:58:28:0:0:58:28:0:2 chr11 20673867 . G A 752.82 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0230526;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.341;QD=22.1417;RBI=0.0264279;REFB=-0.0199356;REVB=0.0129233;RO=61;SAF=40;SAR=32;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175587;STB=0.584392;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0153584;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:61:64:72:72:0.529412:32:40:21:40:32:40:24:40 chr11 20805286 . G A 601.02 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.264;QD=58.6361;RBI=0.017916;REFB=0.0458882;REVB=-0.00416947;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00109326;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:0:1:16:24:0:1 chr11 21305927 . T C 1899.31 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.443;QD=60.7778;RBI=0.0308711;REFB=-0.073503;REVB=0.011698;RO=0;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64592e-08;STB=0.503401;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000179932;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:51:73:0:0:51:73:1:0 chr11 21581805 . C T 516.28 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0206147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6318;QD=19.1216;RBI=0.0362027;REFB=-0.0219574;REVB=0.0297602;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240573;STB=0.509431;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0245016;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:51:53:54:55:0.509259:29:25:25:26:28:27:25:28 chr11 21596579 . G A 228.88 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0478703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4765;QD=16.0621;RBI=0.0605696;REFB=-0.0209695;REVB=-0.0371094;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279734;STB=0.515806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0214021;OID=.;OPOS=21596579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:17:14:11:15:17:14 chr11 22364846 . CTT CTC,C,CT 608.49 PASS AF=0.0746269,0,0.850746;AO=4,8,23;DP=67;FAO=5,0,57;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,24;FSAR=5,0,33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0449608,0.388783,0.765405;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=180.221,10.9068,15.0125;QD=36.3277;RBI=0.106031,0.410022,0.802387;REFB=0.0580073,0.0858976,0.140437;REVB=-0.0960263,-0.130254,-0.240791;RO=28;SAF=0,0,1;SAR=4,8,22;SRF=23;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.76073,-0.82051,-0.789986;STB=0.5,0.5,0.535199;STBP=1,1,0.086;TYPE=snp,del,del;VARB=0.203696,0.0488425,-0.047848;OID=.,.,.;OPOS=22364848,22364847,22364847;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0746269,0,0.850746:4,8,23:67:5,0,57:67:5:0,0,24:5,0,33:0:5:18:28:0,0,1:4,8,22:23:5 chr11 22399468 . T G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0263413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9352;QD=16.165;RBI=0.0371622;REFB=-0.00664595;REVB=-0.0262139;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06429;STB=0.536138;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0079905;OID=.;OPOS=22399468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:15:18:25:16:15:18:25:16 chr11 22401037 . CT C 137.64 PASS AF=0.458716;AO=37;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0943815;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.13932;QD=5.05113;RBI=0.111869;REFB=-0.0263304;REVB=0.060057;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249426;STB=0.595519;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.03634;OID=.;OPOS=22401038;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458716:37:109:50:109:59:24:26:18:41:99:46:19:18:12:34 chr11 22647366 . G A 77.49 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0074681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.505;QD=13.4757;RBI=0.0492499;REFB=-0.017348;REVB=-0.0486804;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0225744;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:11:13:9:10:0.434783:5:4:8:3:5:5:8:5 chr11 22696451 . A G 1230.86 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.935;QD=60.0419;RBI=0.063032;REFB=0;REVB=0.0630138;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243534;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:74:82:1:35:39:0:0:42:40:0:0 chr11 22709973 . C A 2404.34 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00159989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2461;QD=60.4865;RBI=0.0043102;REFB=-0.0511905;REVB=-0.00400227;RO=1;SAF=72;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556455;STB=0.50289;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00103804;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:1:1:157:158:0.993711:85:72:0:1:86:72:0:1 chr11 22834189 . C T 252.51 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0514889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2386;QD=12.6256;RBI=0.0551524;REFB=0.00964006;REVB=-0.0197658;RO=49;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206215;STB=0.611866;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0186547;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:50:30:30:0.375:12:18:20:29:12:18:21:29 chr11 24759855 . G A 715.72 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199573;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5704;QD=57.2579;RBI=0.0257661;REFB=0;REVB=-0.0162972;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157425;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr11 24784862 . A T 826.25 PASS AF=0.433333;AO=90;DP=210;FAO=91;FDP=210;FR=.;FRO=119;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=77;FWDB=0.0254336;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.091;QD=15.7381;RBI=0.0280151;REFB=-0.00846799;REVB=0.0117464;RO=120;SAF=41;SAR=49;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101677;STB=0.562487;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0106585;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:120:119:90:91:0.433333:49:41:43:77:49:42:42:77 chr11 25098938 . G C 769.15 PASS AF=0.561538;AO=70;DP=127;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=47;FWDB=0.0746843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2183;QD=23.6662;RBI=0.074915;REFB=-0.0260797;REVB=0.00587447;RO=57;SAF=12;SAR=58;SRF=10;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576442;STB=0.520656;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0221799;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:57:57:70:73:0.561538:58:12:10:47:58:15:10:47 chr11 26481611 . G A 404.91 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.585;QD=55.8491;RBI=0.0243871;REFB=0;REVB=0.0221299;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284389;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr11 26568966 . A G 677.12 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.022028;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7353;QD=16.928;RBI=0.0437029;REFB=-0.0196006;REVB=-0.0377453;RO=85;SAF=31;SAR=42;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012823;STB=0.50035;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0262299;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:85:87:73:73:0.45625:42:31:35:50:42:31:37:50 chr11 26586801 . G A 695.2 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0045537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.824;QD=21.5567;RBI=0.024961;REFB=0.00297241;REVB=0.0245421;RO=60;SAF=27;SAR=41;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073036;STB=0.542997;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00292532;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:61:68:68:0.527132:41:27:19:41:41:27:19:42 chr11 26587133 . T C 757.51 PASS AF=0.549618;AO=71;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0217518;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.982;QD=23.1302;RBI=0.0261376;REFB=-0.020634;REVB=0.0144926;RO=58;SAF=44;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143682;STB=0.577278;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0203381;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:59:71:72:0.549618:27:44:26:32:27:45:27:32 chr11 26656563 . C T 474.04 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0198028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.666;QD=17.7211;RBI=0.0200179;REFB=-0.00914017;REVB=0.00292668;RO=56;SAF=20;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626475;STB=0.538911;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00744246;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:56:50:51:0.476636:30:20:26:30:31:20:26:30 chr11 26677947 . C T 1408.53 PASS AF=0.970297;AO=96;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0130124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5138;QD=55.7834;RBI=0.0651891;REFB=0.0306997;REVB=-0.0638772;RO=2;SAF=51;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182322;STB=0.503765;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00145762;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:2:3:96:98:0.970297:45:51:2:0:45:53:2:1 chr11 26692733 . T C 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00403063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3458;QD=19.9561;RBI=0.0186992;REFB=0.0204549;REVB=-0.0182596;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431647;STB=0.523801;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0225207;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:27:27:28:23:27:27:28:23 chr11 26692742 . G A 538.8 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0060403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.763;QD=20.5258;RBI=0.0264053;REFB=0.0098671;REVB=-0.0257052;RO=48;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06063;STB=0.523356;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00660986;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:50:55:55:0.52381:28:27:27:21:28:27:27:23 chr11 26694979 . A G 361.78 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0127164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.746;QD=23.3404;RBI=0.0272679;REFB=-0.0175494;REVB=0.0241212;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165237;STB=0.509086;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0131281;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:20:16:11:15:20:16:11:15 chr11 26702664 . C T 1396.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7994;QD=62.758;RBI=0.0190281;REFB=0;REVB=-0.00782226;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164818;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr11 26705310 . A G 200.97 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000120851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.905;QD=15.1673;RBI=0.0307897;REFB=-0.00886378;REVB=-0.0307895;RO=30;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196627;STB=0.612799;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0106774;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:17:6:13:17:17:6:13:17 chr11 26732923 . A G 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00573022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.975;QD=18.0355;RBI=0.0114912;REFB=-0.0191645;REVB=0.00996053;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179427;STB=0.510195;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0215853;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:14:13:11:11:14:13 chr11 26734209 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.764;QD=63.1954;RBI=0.0476782;REFB=0;REVB=0.00845912;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12512e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr11 27018019 . G A 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0237149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.12;QD=17.6867;RBI=0.0268666;REFB=0.000269258;REVB=-0.0126261;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172714;STB=0.608857;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00132649;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:13:8:14:11:13:8:15:11 chr11 27076977 . C T 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.00628263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3106;QD=18.2891;RBI=0.0194313;REFB=-0.00307821;REVB=0.0183876;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246782;STB=0.636287;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.003116;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:6:27:18:14:6:27 chr11 27077118 . C T 1193.83 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013866;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.426;QD=61.2222;RBI=0.0171134;REFB=0;REVB=0.01003;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25781e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr11 27362359 . T G 273.16 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00702182;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.637;QD=23.7531;RBI=0.0140667;REFB=-0.00492919;REVB=-0.0121888;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808921;STB=0.516683;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00542664;OID=.;OPOS=27362359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:25:25:0.543478:14:11:9:11:14:11:10:11 chr11 27388910 . T C 377.04 PASS AF=0.407407;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0167396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.461;QD=13.9643;RBI=0.0200193;REFB=-0.0125046;REVB=-0.0109798;RO=64;SAF=30;SAR=13;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139682;STB=0.567312;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0252925;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:64:43:44:0.407407:13:30:37:27:14:30:37:27 chr11 27390089 . T C 1236.25 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195366;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.86;QD=61.0495;RBI=0.0762476;REFB=0;REVB=-0.0737022;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404475;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:32:48:0:0:33:48:0:0 chr11 27406844 . G A 319.74 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00567723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.77;QD=18.2706;RBI=0.0146022;REFB=-0.0142892;REVB=-0.0134534;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781107;STB=0.543599;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0102055;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:18:16:20:16:18:16:20:16 chr11 27517670 . T C 71.61 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00410221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.551;QD=19.0954;RBI=0.129924;REFB=0.0234764;REVB=0.129859;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0062784;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:3:5:2:4:4:5:2:4 chr11 27518920 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00416555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.452;QD=17.6717;RBI=0.00418733;REFB=0.00774118;REVB=0.00042659;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852725;STB=0.547641;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00788182;OID=.;OPOS=27518920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:21:11:13:17:21:11 chr11 27679012 . T G 442.67 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=72;FAO=40;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0224672;FXX=0.0540468;HRUN=8;LEN=1;MLLD=157.564;QD=25.2956;RBI=0.0345113;REFB=-0.0386061;REVB=0.0261965;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14974;STB=0.536405;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0272727;OID=.;OPOS=27679012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:17:22:24:40:0.571429:17:7:8:9:24:16:11:11 chr11 27679662 . T C 1491.41 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.575;QD=57.3619;RBI=0.0277294;REFB=-0.0914641;REVB=0.0171304;RO=2;SAF=50;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185978;STB=0.509802;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000446773;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:52:50:2:0:52:50:2:0 chr11 27680796 . AGAAGACTTGC A 140.92 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00923325;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=10;MLLD=439.76;QD=7.82882;RBI=0.0096814;REFB=0.00153089;REVB=-0.00291144;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131869;STB=0.583247;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=-0.00407899;OID=.;OPOS=27680797;OREF=GAAGACTTGC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:20:73:20:72:52:6:14:21:31:99:50:6:14:20:30 chr11 27681856 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00903521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.381;QD=11.3695;RBI=0.00932791;REFB=-0.0163932;REVB=0.0023184;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177287;STB=0.606691;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0230811;OID=.;OPOS=27681856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:8:11:8:3:8:11 chr11 28080584 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTC 543.22 PASS AF=1,0;AO=43,7;DP=85;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12007,0.0150882;FXX=0.0235266;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.71983,16.9547;QD=26.1792;RBI=0.268014,0.102762;REFB=0,0;REVB=0.239614,0.101648;RO=18;SAF=3,6;SAR=40,1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0.417163,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.357355,0.579978;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0106017,-0.0239095;OID=.,.;OPOS=28080585,28080590;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:43,7:85:83,0:83:0:27,0:56,0:0:0:3:18:3,6:40,1:6:12 chr11 30255185 . C T 281.81 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00842399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.334;QD=17.3423;RBI=0.0120134;REFB=-0.0138839;REVB=-0.00856489;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174567;STB=0.502616;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0109856;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:12:18:21:13:12:19:21:13 chr11 30432220 . A T 712.37 PASS AF=0.391509;AO=83;DP=212;FAO=83;FDP=212;FR=.;FRO=129;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0877095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3403;QD=13.4409;RBI=0.0879073;REFB=0.00416078;REVB=-0.00589309;RO=128;SAF=39;SAR=44;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577239;STB=0.530113;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00751806;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:128:129:83:83:0.391509:44:39:67:61:44:39:67:62 chr11 30965855 . A T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.773;QD=58.5999;RBI=0.0339406;REFB=0;REVB=-0.0314794;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101587;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr11 31327316 . C T 415.9 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0249909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7812;QD=16.9753;RBI=0.0600019;REFB=-0.0133664;REVB=0.0545498;RO=55;SAF=10;SAR=33;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294663;STB=0.666765;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0271188;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:33:10:27:28:33:10:27:28 chr11 31458730 . T G 330.28 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6691;QD=52.8455;RBI=0.0559109;REFB=0;REVB=-0.0153222;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277012;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr11 32103440 . T G 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00211528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.735;QD=14.4118;RBI=0.0244823;REFB=-0.0213169;REVB=-0.0243908;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226957;STB=0.6303;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0232046;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:20:8:9:9:20:8 chr11 32124978 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0681;QD=57.2375;RBI=0.074449;REFB=0;REVB=0.0536213;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22267e-05;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr11 32125961 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.343;QD=56.7064;RBI=0.00490851;REFB=0;REVB=0.00479865;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2992e-05;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 32449661 . G A 510.6 PASS AF=0.571429;AO=45;DP=81;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00420836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8899;QD=24.3143;RBI=0.0966193;REFB=-0.0522659;REVB=0.0965276;RO=36;SAF=36;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15045;STB=0.545435;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0390207;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:36:36:45:48:0.571429:9:36:24:12:12:36:24:12 chr11 32635958 . T A 528.72 PASS AF=0.544304;AO=34;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00754518;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=221.109;QD=26.7706;RBI=0.016855;REFB=-0.00166193;REVB=0.0150719;RO=19;SAF=22;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268977;STB=0.544187;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.015977;OID=.;OPOS=32635958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:19:22:34:43:0.544304:12:22:13:6:17:26:16:6 chr11 32722315 . A AT 1237.38 PASS AF=1;AO=20;DP=154;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103136;FXX=0.0405378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6865;QD=34.8557;RBI=0.0781251;REFB=0.00683772;REVB=-0.0774413;RO=127;SAF=13;SAR=7;SRF=79;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00221148;OID=.;OPOS=32722316;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:154:142:142:0:86:56:0:0:23:127:13:7:79:48 chr11 32722320 . A T 1408.58 PASS AF=0.79085;AO=113;DP=147;FAO=121;FDP=153;FR=.;FRO=32;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0167747;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.6913;QD=36.8257;RBI=0.0365116;REFB=-0.0682959;REVB=-0.03243;RO=33;SAF=67;SAR=46;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577896;STB=0.503915;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0134284;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:153:33:32:113:121:0.79085:46:67:20:13:47:74:19:13 chr11 32954344 . G A 1365.5 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000741014;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.179;QD=61.371;RBI=0.0175698;REFB=-0.0822693;REVB=0.0175541;RO=1;SAF=27;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172251;STB=0.509089;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000504512;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:61:27:1:0:61:27:1:0 chr11 32956244 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.606;QD=54.5176;RBI=0.0792702;REFB=0;REVB=0.0787443;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152141;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 32956620 . A G 739.47 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.079;QD=56.882;RBI=0.0136192;REFB=0;REVB=-0.00812622;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06991e-05;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr11 33053107 . C T 406.94 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0242989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.477;QD=20.0955;RBI=0.0254784;REFB=-0.00361386;REVB=-0.00766208;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179736;STB=0.592038;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00664515;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:41:41:0.506173:21:20:27:12:21:20:27:13 chr11 33065394 . C T 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0128831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.188;QD=18.3452;RBI=0.0461147;REFB=0.00510022;REVB=-0.0442785;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110583;STB=0.561496;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00484886;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:23:18:15:31:23:18:15:31 chr11 33076191 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.41;QD=56.9383;RBI=0.0503266;REFB=0;REVB=-0.0146372;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227337;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 33078251 . A T 672.02 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00799422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.987;QD=23.3746;RBI=0.0112934;REFB=-0.00306548;REVB=0.00797701;RO=50;SAF=37;SAR=28;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103166;STB=0.556374;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00271745;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:28:37:22:28:28:37:22:28 chr11 33564123 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.664;QD=62.6698;RBI=0.0233776;REFB=0;REVB=0.0197225;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03433e-05;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr11 33565593 . C T 257.16 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0134805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.35;QD=16.0722;RBI=0.0232523;REFB=0.00831658;REVB=0.0189459;RO=35;SAF=22;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155276;STB=0.58817;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0102315;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:7:22:22:13:7:22:22:13 chr11 33581306 . G A 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00861348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5893;QD=8.68636;RBI=0.0117628;REFB=-0.00107675;REVB=0.00801075;RO=52;SAF=5;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222753;STB=0.634196;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00305788;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:17:5:20:32:17:5:20:32 chr11 33604885 . C T 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.022241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.691;QD=16.0925;RBI=0.0222946;REFB=-0.00247886;REVB=-0.00154492;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130512;STB=0.573523;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00411139;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:13:18:17:21:13:18:17:21 chr11 33604960 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0119764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.904;QD=14.9203;RBI=0.0154805;REFB=0.00164897;REVB=0.00980873;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120979;STB=0.513504;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00264907;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:16:12:15:21:16:12:15:22 chr11 33631423 . G A 127.39 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000884584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.862;QD=11.3233;RBI=0.0116083;REFB=-0.00758259;REVB=0.0115745;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122836;STB=0.577683;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0160803;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:15:16:0.355556:7:8:18:10:8:8:18:11 chr11 33640104 . A C 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.781;QD=63.5746;RBI=0.0481619;REFB=0;REVB=0.0267057;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256603;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr11 33667282 . CCG CC,C 177.1 PASS AF=0.4,0.4;AO=9,9;DP=29;FAO=12,12;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=2,12;FSAR=10,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0678979,-0.129861;FXX=0.0322477;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.5495,15.5178;QD=23.6137;RBI=0.0852387,0.129861;REFB=-0.207797,-0.142711;REVB=0.0515318,0.00016576;RO=9;SAF=1,8;SAR=8,1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.372093;SSSB=-0.614015,0.192123;STB=0.713877,0.998506;STBP=0.032,0.04;TYPE=del,del;VARB=0.143654,0.0663103;OID=.,.;OPOS=33667284,33667283;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.4:9,9:29:12,12:30:6:2,12:10,0:4:2:45:9:1,8:8,1:7:2 chr11 33667333 . A C,G 469.26 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=2,31;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674313,0.0311001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.225,110.251;QD=56.8795;RBI=0.0227669,0.0332346;REFB=0,0;REVB=-0.0217454,-0.0117186;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.176926,0.000187967;OID=.,.;OPOS=33667333,33667333;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:33:33:0:0:2,31:1,32:0.030303,0.969697:0,20:2,11:0:0:0,20:1,12:0:0 chr11 33689652 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.012627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.697;QD=22.7947;RBI=0.0433752;REFB=-0.0136795;REVB=0.0414966;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222019;STB=0.622551;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0226951;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:9:15:18:3:9:15:18:3 chr11 33880157 . G GC,GT 62.41 PASS AF=0.257143,0;AO=6,5;DP=41;FAO=9,0;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00974017,-0.106735;FXX=0.0540395;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=155.766,6.13554;QD=7.13266;RBI=0.0166073,0.14873;REFB=-0.000313573,0.0170353;REVB=0.0134511,-0.103578;RO=22;SAF=2,2;SAR=4,3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0949066,-0.0109775;STB=0.645799,0.5;STBP=0.402,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00692526,0.0045366;OID=.,.;OPOS=33880158,33880158;OREF=-,-;OALT=C,T;OMAPALT=GC,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143,0:6,5:41:9,0:35:26:2,0:7,0:10:16:60:22:2,2:4,3:9:13 chr11 33881016 . T C 223.04 PASS AF=0.489796;AO=16;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0451997;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.914;QD=18.2073;RBI=0.0452031;REFB=-0.0534776;REVB=-0.000552989;RO=24;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546435;STB=0.593143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0346022;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:25:16:24:0.489796:14:2:14:10:14:10:15:10 chr11 33886294 . A G 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0351506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.143;QD=11.0214;RBI=0.0352377;REFB=-0.00329328;REVB=0.0024748;RO=59;SAF=10;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260447;STB=0.651413;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00466258;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:20:10:33:26:20:10:33:26 chr11 33903328 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1149;QD=33.4277;RBI=0.0884397;REFB=0;REVB=-0.0877949;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00772611;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 34093349 . AT A 969.75 PASS AF=1;AO=94;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127366;FXX=0.00892777;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.9559;QD=34.9458;RBI=0.171944;REFB=0;REVB=0.11551;RO=6;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.0507093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00129332;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:112:111:111:0:51:60:0:0:18:6:41:53:0:6 chr11 34122369 . G T 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.494;QD=61.8756;RBI=0.00778219;REFB=0;REVB=-0.00759339;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88154e-06;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:68:57:0:0:68:57:0:0 chr11 34152939 . T C 1297.38 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457532;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.973;QD=61.0533;RBI=0.0423811;REFB=-0.0613087;REVB=0.0421334;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951545;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:85:1:0:84:85:1:42:42:0:1:43:42:0:0 chr11 34154641 . C T 240.55 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0175578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5843;QD=43.7357;RBI=0.0285572;REFB=-0.16673;REVB=0.0225219;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00588762;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:13:7:1:0:13:7:1:1 chr11 34501596 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.076;QD=57.3854;RBI=0.0424253;REFB=0;REVB=0.0339839;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022667;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr11 34643955 . G A 427.22 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0254389;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.817;QD=14.123;RBI=0.0255159;REFB=-0.0106325;REVB=-0.00198152;RO=69;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610328;STB=0.544874;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0173752;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:72:49:49:0.404959:27:22:27:42:27:22:27:45 chr11 34668143 . C T 1541.12 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.71;QD=63.5515;RBI=0.0637524;REFB=0;REVB=0.0251018;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119524;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:54:41:0:0:54:43:0:0 chr11 34680634 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.567;QD=57.8847;RBI=0.0352174;REFB=0;REVB=-0.0335674;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1857e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr11 34909926 . T G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.205;QD=61.6953;RBI=0.00852544;REFB=0;REVB=-0.0040777;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16837e-06;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr11 34910397 . C T 979.84 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000187678;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.995;QD=57.6376;RBI=0.022525;REFB=-0.103384;REVB=0.0225242;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116688;STB=0.506171;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000413492;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:40:27:0:1:40:27:0:1 chr11 34918375 . A G 776.07 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163591;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.598;QD=55.4335;RBI=0.0195991;REFB=-0.0275079;REVB=0.0107938;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=7.13861e-05;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:0:1:55:55:0.982143:18:37:0:0:18:37:1:0 chr11 34937813 . G A 1556.41 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.263;QD=59.862;RBI=0.0320602;REFB=0;REVB=0.0140944;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06741e-05;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:62:41:0:0:63:41:0:0 chr11 34937930 . CG CA,TA 635.62 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=38,4;DP=43;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=29,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413021,-0.0291312;FXX=0.0232504;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=101.213,65.6944;QD=60.5352;RBI=0.0447423,0.0327214;REFB=0,0;REVB=0.0172048,0.0149018;RO=0;SAF=9,0;SAR=29,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00300814,-0.01699;OID=.,.;OPOS=34937931,34937930;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:43:42:0:0:38,4:38,4:0.904762,0.0952381:29,4:9,0:0:0:29,4:9,0:0:0 chr11 34938265 . C T 1580.63 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00171945;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.956;QD=54.9785;RBI=0.0117484;REFB=-0.149622;REVB=0.0116218;RO=2;SAF=55;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000156906;STB=0.512656;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000775943;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:116:115:2:5:109:110:0.956522:54:55:1:1:54:56:4:1 chr11 34963416 . T C 1572.86 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248726;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.833;QD=59.9185;RBI=0.0277141;REFB=0;REVB=0.012224;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11019e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:103:105:1:67:36:0:0:68:37:0:0 chr11 34991727 . T C 608.8 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9493;QD=59.3948;RBI=0.0493788;REFB=-0.0564335;REVB=0.00749211;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00530513;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr11 34999745 . C A,G 726.49 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=3,42;DP=46;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,29;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084443,-0.00662398;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.8456,116.359;QD=61.8292;RBI=0.016242,0.0067605;REFB=0,0;REVB=-0.0138743,0.00135176;RO=0;SAF=3,28;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0699499,2.24569e-05;OID=.,.;OPOS=34999745,34999745;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:47:0:0:3,42:3,44:0.0638298,0.93617:0,14:3,28:0:0:0,15:3,29:0:0 chr11 35017205 . G T 1377.0 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.142;QD=62.5908;RBI=0.0211833;REFB=0;REVB=0.00116749;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99897e-05;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr11 35017363 . C A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.565;QD=58.1407;RBI=0.0239838;REFB=0;REVB=0.0180518;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21025e-06;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 35226155 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.895;QD=58.6002;RBI=0.0247791;REFB=0;REVB=0.0169938;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58311e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr11 35229673 . T C 1139.2 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608785;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.765;QD=60.7574;RBI=0.0402882;REFB=0;REVB=0.0398256;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016531;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr11 35274829 . A G 1103.11 PASS AF=0.476596;AO=112;DP=234;FAO=112;FDP=235;FR=.;FRO=123;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=0.0026067;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.588;QD=18.7763;RBI=0.0276073;REFB=-0.0233563;REVB=0.027484;RO=118;SAF=59;SAR=53;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091911;STB=0.507651;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0292407;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:118:123:112:112:0.476596:53:59:61:57:53:59:63:60 chr11 35282334 . T C 172.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0224618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4458;QD=18.6908;RBI=0.0415086;REFB=-0.0109589;REVB=0.034906;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0172542;OID=.;OPOS=35282334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:9:10:11:7:9:10 chr11 35308369 . T C 570.04 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0145801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.499;QD=19.0014;RBI=0.0145878;REFB=-0.0208073;REVB=0.000474907;RO=61;SAF=30;SAR=29;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303803;STB=0.516797;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0227015;OID=.;OPOS=35308369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:29:30:29:32:29:30:29:32 chr11 35327748 . C T 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00479238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.527;QD=19.7145;RBI=0.0116151;REFB=-0.00363742;REVB=0.0105803;RO=50;SAF=29;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111384;STB=0.561938;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00445977;OID=.;OPOS=35327748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:18:29:25:25:18:29:25:25 chr11 36103228 . A G 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0076485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.284;QD=16.7439;RBI=0.0210336;REFB=0.00674616;REVB=0.0195937;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134022;STB=0.575208;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00815679;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:17:22:21:28:17:22:21:28 chr11 36293048 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0197504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.549;QD=20.8719;RBI=0.0475548;REFB=-0.00471665;REVB=0.0432595;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253785;STB=0.514272;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00468034;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:12:8:9:12:12:8 chr11 36422792 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.084;QD=44.6898;RBI=0.0245276;REFB=0;REVB=0.0235276;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013406;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 36472800 . A G 560.82 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0160762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.213;QD=16.1388;RBI=0.0213825;REFB=-0.0155107;REVB=-0.0140984;RO=79;SAF=24;SAR=36;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535102;STB=0.502993;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.019611;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:36:24:32:47:36:24:32:47 chr11 36484208 . T C 1339.69 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.533;QD=62.3113;RBI=0.0547939;REFB=0;REVB=0.0519071;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010312;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr11 36595600 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.593;QD=46.8474;RBI=0.00977671;REFB=0;REVB=0.00900814;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113191;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr11 36597313 . A G 785.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4089;QD=57.0961;RBI=0.0221273;REFB=0;REVB=0.0217269;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308656;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr11 36601170 . G A 1100.89 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191637;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.367;QD=60.3225;RBI=0.0196971;REFB=0;REVB=-0.00455278;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08479e-05;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr11 40137543 . T C 577.37 PASS AF=0.442857;AO=61;DP=139;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0113961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.065;QD=16.4963;RBI=0.0131461;REFB=-0.00756703;REVB=0.00655357;RO=77;SAF=30;SAR=31;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128779;STB=0.578547;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0110655;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:77:78:61:62:0.442857:31:30:28:49:31:31:28:50 chr11 41144553 . C T 3897.07 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391192;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2285;QD=61.8583;RBI=0.0551988;REFB=-0.0336211;REVB=0.0389435;RO=0;SAF=123;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101117;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:252:0:0:252:252:1:129:123:0:0:129:123:0:0 chr11 43876698 . C T 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6767;QD=59.6755;RBI=0.0497728;REFB=0;REVB=-0.0463494;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232245;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr11 43911365 . T C 1061.46 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.667;QD=59.8008;RBI=0.012498;REFB=0;REVB=0.00216533;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32808e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr11 43918833 . G A 1292.05 PASS AF=0.465035;AO=133;DP=286;FAO=133;FDP=286;FR=.;FRO=153;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=82;FSRR=71;FWDB=-0.00224062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.683;QD=18.0706;RBI=0.011617;REFB=-0.0204419;REVB=-0.0113989;RO=150;SAF=52;SAR=81;SRF=81;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145007;STB=0.578621;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0250124;OID=.;OPOS=43918833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:150:153:133:133:0.465035:81:52:81:69:81:52:82:71 chr11 43940644 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.052;QD=60.2046;RBI=0.00613769;REFB=0;REVB=-0.00236628;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61591e-06;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr11 43946967 . A G 1730.97 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.625;QD=60.7359;RBI=0.0255705;REFB=0;REVB=0.0249588;RO=0;SAF=31;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181575;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:83:31:0:0:83:31:0:0 chr11 43947990 . T C 272.86 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00181832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0733;QD=45.4767;RBI=0.0280778;REFB=0.0422659;REVB=0.0280189;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.503813;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00492218;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:12:10:1:0:12:10:1:1 chr11 43963843 . C A 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.049903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.375;QD=30.4284;RBI=0.0512548;REFB=-0.0728525;REVB=0.0116938;RO=5;SAF=14;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370366;STB=0.711496;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0172736;OID=.;OPOS=43963843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:1:14:3:2:1:14:3:2 chr11 43963923 . T C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.105905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.863;QD=32.3518;RBI=0.106846;REFB=-0.0380205;REVB=-0.0141502;RO=2;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.666323;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0514606;OID=.;OPOS=43963923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:2:9:0:2:2:9:0:2 chr11 43963945 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0944476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.184;QD=23.2158;RBI=0.101727;REFB=-0.0433405;REVB=-0.0377888;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0128369;OID=.;OPOS=43963945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr11 43964569 . C T 270.95 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0322164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.621;QD=30.106;RBI=0.124245;REFB=-0.11253;REVB=-0.119995;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0571917;OID=.;OPOS=43964569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:10:14:7:5:10:14:7:5 chr11 44069816 . G A 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00689502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.014;QD=20.5124;RBI=0.0100506;REFB=-0.027886;REVB=0.00731251;RO=47;SAF=16;SAR=31;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234809;STB=0.630258;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0270456;OID=.;OPOS=44069816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:31:16:28:19:31:16:28:19 chr11 44080210 . T C 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0243691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.409;QD=17.4974;RBI=0.032082;REFB=-0.00912024;REVB=0.0208662;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712323;STB=0.539858;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0105813;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:22:20:28:23:22:20:28:23 chr11 44081473 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0292566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.878;QD=14.3246;RBI=0.0299513;REFB=-0.0185519;REVB=0.00641346;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015296;STB=0.520842;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0248389;OID=.;OPOS=44081473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:17:11:14:23:17:11:14:25 chr11 44089352 . G A 726.27 PASS AF=0.584746;AO=67;DP=116;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00222989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.983;QD=24.6192;RBI=0.0192517;REFB=-0.00775395;REVB=0.0191221;RO=49;SAF=30;SAR=37;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486119;STB=0.531589;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0078662;OID=.;OPOS=44089352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:49:49:67:69:0.584746:37:30:25:24:39:30:25:24 chr11 44096238 . G A 366.09 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.52;QD=50.4947;RBI=0.0476474;REFB=-0.0369556;REVB=-0.00287649;RO=1;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206757;STB=0.511103;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00304669;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:27:28:0.965517:22:5:0:1:22:6:0:1 chr11 44104981 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0361277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.117;QD=15.4995;RBI=0.0403769;REFB=-0.0262219;REVB=-0.0180303;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109642;STB=0.558405;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0288307;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:17:14:13:25:17:14:14:26 chr11 44129290 . C A 484.15 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0118398;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.214;QD=14.6712;RBI=0.0128165;REFB=-0.00142741;REVB=-0.00490726;RO=70;SAF=37;SAR=17;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279301;STB=0.651501;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00198113;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:70:78:54:54:0.409091:17:37:29:41:17:37:34:44 chr11 44286566 . G A 435.17 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00911963;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.153;QD=22.9034;RBI=0.0201252;REFB=-0.0311514;REVB=0.0179404;RO=34;SAF=14;SAR=28;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363645;STB=0.519991;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0330172;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:34:42:42:0.552632:28:14:10:24:28:14:10:24 chr11 44297054 . T C 2197.74 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.411;QD=63.2443;RBI=0.00794053;REFB=0;REVB=0.00667707;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72012e-06;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:64:74:0:0:64:75:0:0 chr11 44331309 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5387;QD=53.9093;RBI=0.158153;REFB=0;REVB=0.152905;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519802;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr11 44331509 . C G 724.05 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.894;QD=54.6455;RBI=0.0196547;REFB=0.00787417;REVB=0.00913668;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=3.76055e-05;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:1:0:28:24:1:0 chr11 44636833 . G A 2747.94 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.043;QD=62.4531;RBI=0.0310627;REFB=0;REVB=0.0254926;RO=0;SAF=75;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92413e-05;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:176:0:0:168:176:1:93:75:0:0:94:82:0:0 chr11 44640268 . A G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0392877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.335;QD=10.1853;RBI=0.0407588;REFB=-0.01192;REVB=-0.0108512;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139867;STB=0.502729;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0180873;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:7:8:18:15:7:8:18:16 chr11 44640640 . C G 655.74 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=0.00090007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.566;QD=16.8138;RBI=0.0125581;REFB=-0.00571104;REVB=0.0125258;RO=83;SAF=24;SAR=47;SRF=22;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817749;STB=0.542165;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00666106;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:83:85:71:71:0.455128:47:24:22:61:47:24:23:62 chr11 44924950 . GC G,GG 1850.38 PASS AF=1,0;AO=113,11;DP=125;FAO=125,0;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70,0;FSAR=55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707088,-0.0126596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.96,96.0974;QD=59.2123;RBI=0.0235771,0.0290271;REFB=0,0;REVB=-0.0224918,-0.0261211;RO=1;SAF=66,3;SAR=47,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00714047,-0.127515;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000868233,0.0992182;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:113,11:125:125,0:125:0:70,0:55,0:0:0:9:1:66,3:47,8:1:0 chr11 44940828 . G A 214.62 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0281836;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.261;QD=17.1694;RBI=0.0336152;REFB=-0.00662829;REVB=-0.0183212;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923585;STB=0.541631;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00579765;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:27:23:23:0.46:11:12:11:15:11:12:12:15 chr11 45670395 . C T 512.77 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.038639;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3633;QD=52.5918;RBI=0.0386795;REFB=-0.121878;REVB=0.0017692;RO=2;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583921;STB=0.51964;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0123861;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:40:39:2:3:36:36:0.923077:15:21:0:2:15:21:1:2 chr11 45793218 . G C 1542.01 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0480944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4946;QD=55.0717;RBI=0.0577734;REFB=-0.217126;REVB=0.0320109;RO=5;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385363;STB=0.520321;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00927709;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:112:5:5:107:107:0.955357:59:48:0:5:59:48:0:5 chr11 45848232 . T C 36.62 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=113;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0146517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9239;QD=1.29619;RBI=0.0187072;REFB=-0.00713504;REVB=0.0116313;RO=102;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26159;STB=0.703298;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0620987;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:113:113:102:103:10:10:0.0884956:3:7:48:54:3:7:49:54 chr11 45848271 . A G 48.3 PASS AF=0.115789;AO=10;DP=94;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0118446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.626;QD=2.03361;RBI=0.0211694;REFB=-0.00537302;REVB=-0.0175456;RO=84;SAF=8;SAR=2;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408496;STB=0.739194;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0359625;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:94:95:84:84:10:11:0.115789:2:8:38:46:3:8:38:46 chr11 45848275 . T C 57.22 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00206264;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.125;QD=2.43471;RBI=0.0464392;REFB=-0.00628695;REVB=0.0463934;RO=83;SAF=8;SAR=4;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253847;STB=0.694129;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0282064;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:96:94:83:82:12:12:0.12766:4:8:38:45:4:8:36:46 chr11 45937267 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.922;QD=44.6896;RBI=0.106898;REFB=0;REVB=0.0136281;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295593;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:4:9:0:0 chr11 45975130 . C T 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.214;QD=64.285;RBI=0.0428487;REFB=0;REVB=0.0290943;RO=0;SAF=29;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0826e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31922e-06;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:71:29:0:0:71:29:0:0 chr11 46342081 . TG T 795.03 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0490787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.2848;QD=45.4301;RBI=0.0556756;REFB=-0.0108734;REVB=0.0262878;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125996;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=del;VARB=-0.00139469;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714:66:70:69:70:1:29:40:0:1:9:1:29:37:0:1 chr11 46342259 . A AG 344.35 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2598;QD=40.5121;RBI=0.227178;REFB=-0.0124943;REVB=0.119581;RO=5;SAF=24;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0182125;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:34:34:34:0:27:7:0:0:5:5:24:4:3:2 chr11 46401517 . A G 163.97 PASS AF=0.189189;AO=28;DP=148;FAO=28;FDP=148;FR=.;FRO=120;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0345224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.863;QD=4.43171;RBI=0.0356628;REFB=0.000385291;REVB=-0.00894622;RO=120;SAF=17;SAR=11;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127467;STB=0.580996;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00246168;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:120:120:28:28:0.189189:11:17:61:59:11:17:61:59 chr11 46702920 . T C 1312.95 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109824;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.019;QD=59.6794;RBI=0.014415;REFB=-0.0751381;REVB=-0.00933697;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.500264;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000263854;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:42:44:0:1:42:44:1:1 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 46.99 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00958256;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=12;MLLD=430.201;QD=8.95005;RBI=0.0291896;REFB=-0.000570999;REVB=-0.0275719;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134335;STB=0.585095;STBP=0.751;TYPE=del;VARB=0.000824039;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:22:7:21:14:1:6:3:11:46:14:1:6:3:11 chr11 46745003 . C T 297.48 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00411591;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.966;QD=18.029;RBI=0.00415971;REFB=-0.0124811;REVB=0.000602029;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741578;STB=0.547499;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0165512;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:34:31:32:0.484848:13:18:16:16:14:18:16:18 chr11 46800042 . A G 492.05 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.008544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.089;QD=33.9347;RBI=0.0170579;REFB=-0.0222356;REVB=0.0147639;RO=15;SAF=18;SAR=25;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422938;STB=0.522811;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0103495;OID=.;OPOS=46800042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:43:43:0.741379:25:18:5:10:25:18:5:10 chr11 46801502 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.333;QD=59.0162;RBI=0.0581324;REFB=0;REVB=0.0392467;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04934e-05;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 46879973 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00782774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.594;QD=12.0515;RBI=0.0249075;REFB=-0.0148272;REVB=-0.0236455;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288925;STB=0.517204;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0348307;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:9:4:3:6:9:4 chr11 46879990 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.981;QD=53.2771;RBI=0.0378369;REFB=0;REVB=0.0364799;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172244;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr11 46890165 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.000621288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.271;QD=24.0303;RBI=0.00506843;REFB=-0.00938659;REVB=-0.00503021;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166737;STB=0.593102;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00262652;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:7:2:7:8:7:2 chr11 46890197 . G A 59.04 PASS AF=0.36;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0180065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.06;QD=9.44671;RBI=0.140764;REFB=-0.0259976;REVB=0.139607;RO=15;SAF=7;SAR=0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744308;STB=0.69952;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0182992;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:25:15:16:7:9:0.36:0:7:8:7:2:7:8:8 chr11 46893108 . T C 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0266712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.198;QD=12.4665;RBI=0.0270883;REFB=0.000451952;REVB=-0.00473569;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760974;STB=0.543957;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00104409;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:11:22:12:8:11:22 chr11 46897446 . G A 1036.42 PASS AF=0.495283;AO=105;DP=219;FAO=105;FDP=212;FR=.;FRO=107;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.00280601;FXX=0.031962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.566;QD=19.5551;RBI=0.00543741;REFB=-0.0205204;REVB=0.00465744;RO=107;SAF=54;SAR=51;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10304;STB=0.556591;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0186356;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:212:107:107:105:105:0.495283:51:54:43:64:51:54:43:64 chr11 46898771 . T C 390.57 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0156356;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4197;QD=13.2397;RBI=0.0197043;REFB=-0.00762284;REVB=0.0119911;RO=72;SAF=15;SAR=31;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902335;STB=0.551311;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00893414;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:72:72:46:46:0.389831:31:15:29:43:31:15:29:43 chr11 46914583 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0796;QD=63.5815;RBI=0.0640598;REFB=0;REVB=0.0123734;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618033;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 46914598 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3708;QD=60.9766;RBI=0.0437319;REFB=0;REVB=-0.00614442;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273258;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 46969616 . T C 955.77 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.455;QD=58.8163;RBI=0.0336233;REFB=0;REVB=0.0302253;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05647e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:42:23:0:0 chr11 47188314 . T C 1159.31 PASS AF=0.987179;AO=72;DP=73;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.082;QD=59.4519;RBI=0.056459;REFB=-0.0298382;REVB=0.00878573;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106287;STB=0.505049;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000234672;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:78:1:1:72:77:0.987179:28:44:1:0:28:49:1:0 chr11 47194286 . T C 408.32 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.018272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.028;QD=20.4162;RBI=0.0220855;REFB=-0.0198098;REVB=0.0124058;RO=39;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154034;STB=0.585324;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0306675;OID=.;OPOS=47194286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:17:24:16:23:17:24:16:23 chr11 47196982 . C T 191.44 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0279996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.863;QD=15.6273;RBI=0.0287413;REFB=-0.0206369;REVB=-0.00648709;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123201;STB=0.549949;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0230241;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:12:7:14:15:12:8:14:15 chr11 47238522 . T C 817.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.022;QD=57.3723;RBI=0.0572452;REFB=0;REVB=0.0422443;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331002;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 47266762 . G A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00709096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.912;QD=15.1722;RBI=0.0322008;REFB=-0.00565539;REVB=-0.0314103;RO=24;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269936;STB=0.658612;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00619889;OID=.;OPOS=47266762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:3:14:15:9:3:14:15:9 chr11 47266808 . T G 326.37 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0243055;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.896;QD=22.5084;RBI=0.0243846;REFB=-0.0185047;REVB=0.00196153;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518375;STB=0.52857;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0160485;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:25:33:33:0.568966:14:19:16:9:14:19:16:9 chr11 47267079 . C T 181.76 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0218237;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.288;QD=15.8049;RBI=0.0351486;REFB=-0.0196504;REVB=0.0275527;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535817;STB=0.530774;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0345898;OID=.;OPOS=47267079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:17:10:8:11:17:10 chr11 47269129 . C T 351.23 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.000502749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0899;QD=18.0116;RBI=0.0361348;REFB=0.016675;REVB=0.0361313;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176344;STB=0.590015;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00991132;OID=.;OPOS=47269129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:36:37:0.474359:17:19:14:27:18:19:14:27 chr11 47269159 . T C 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.776;QD=60.2409;RBI=0.0182576;REFB=-0.0129122;REVB=-0.0146916;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-7.92875e-05;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:46:36:1:0:46:36:1:0 chr11 47270255 . C T 1377.97 PASS AF=0.952381;AO=96;DP=102;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0237578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0071;QD=52.4939;RBI=0.0625032;REFB=-0.136147;REVB=-0.0578118;RO=6;SAF=29;SAR=67;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885752;STB=0.535204;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00403283;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:102:105:6:5:96:100:0.952381:67:29:6:0:67:33:5:0 chr11 47282024 . C T 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00736424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7524;QD=11.0822;RBI=0.0271636;REFB=0.00054931;REVB=0.0261463;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182926;STB=0.606318;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000455596;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:13:9:23:17:13:9:23:17 chr11 47306585 . G A 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0217284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.404;QD=26.9539;RBI=0.0271345;REFB=-0.0162984;REVB=0.0162529;RO=19;SAF=23;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211133;STB=0.615762;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00598812;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:11:23:7:12:11:23:7:12 chr11 47331116 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.995;QD=57.5453;RBI=0.0287664;REFB=0;REVB=-0.0221564;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57106e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr11 47346145 . G A 423.15 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0145959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.07;QD=24.5304;RBI=0.0175449;REFB=-0.0227111;REVB=0.00973559;RO=27;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181955;STB=0.592339;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0123928;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:27:28:41:41:0.594203:24:17:18:9:24:17:18:10 chr11 47354787 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.848;QD=58.9627;RBI=0.0220014;REFB=0;REVB=0.0179221;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46807e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr11 47358997 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0184816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.885;QD=26.6375;RBI=0.0201078;REFB=-0.0188046;REVB=0.00792156;RO=8;SAF=14;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260758;STB=0.64793;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0124957;OID=.;OPOS=47358997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:2:14:5:3:2:14:5:3 chr11 47364762 . A G 812.52 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015137;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.109;QD=58.0371;RBI=0.0334506;REFB=0;REVB=0.0298297;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160266;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr11 47380340 . G T 158.6 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.9334;QD=45.3155;RBI=0.17328;REFB=0;REVB=0.17167;RO=1;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630651;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:2:11:0:1:3:11:0:0 chr11 47431728 . A G 565.63 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.053183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7992;QD=49.1851;RBI=0.0616293;REFB=-0.149371;REVB=0.0311406;RO=6;SAF=25;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741235;STB=0.539753;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0219861;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:6:6:40:40:0.869565:15:25:2:4:15:25:2:4 chr11 47434986 . G A 344.44 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0233756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.918;QD=16.5993;RBI=0.0251302;REFB=-0.0434774;REVB=0.00922542;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153662;STB=0.58573;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0482388;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:22:15:12:34:22:15:12:34 chr11 47460306 . A G 350.96 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0984294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0937;QD=23.397;RBI=0.100223;REFB=-0.0382154;REVB=-0.0188759;RO=24;SAF=9;SAR=26;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923882;STB=0.532116;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0243304;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:26:9:4:20:26:9:5:20 chr11 47469439 . A G 532.1 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00640369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.43;QD=15.3122;RBI=0.0104639;REFB=-0.0128167;REVB=-0.00827562;RO=80;SAF=30;SAR=28;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00490342;STB=0.500745;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0201663;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:81:58:58:0.417266:28:30:41:39:28:30:42:39 chr11 47579094 . A G 48.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.946;QD=32.0782;RBI=0.117133;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0380179;OID=.;OPOS=47579094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 47579103 . CCG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256377;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=377.701;QD=35.5759;RBI=0.0256377;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000210019;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 47579119 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.374;QD=59.4356;RBI=0.0295222;REFB=0;REVB=-0.0140822;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86082e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr11 47593945 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.956;QD=58.2396;RBI=0.0452027;REFB=0;REVB=0.0451583;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8102e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr11 47609867 . G A 1517.63 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343614;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.116;QD=62.5826;RBI=0.0404549;REFB=-0.127565;REVB=0.0213516;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.504347;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000428703;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:57:39:0:0:57:39:0:1 chr11 47701528 . C A 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0058903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.439;QD=20.1554;RBI=0.0138947;REFB=0.00193385;REVB=0.0125844;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957787;STB=0.553052;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00184701;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:18:17:12:20:18:17:12:20 chr11 47748509 . T C 1029.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247768;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.221;QD=59.688;RBI=0.0294047;REFB=0;REVB=0.015835;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89236e-05;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr11 47826090 . A C 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0133802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.233;QD=30.8607;RBI=0.0325729;REFB=-0.0392125;REVB=0.0296979;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182608;STB=0.599911;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.014562;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:12:9:1:8:12:9:1:8 chr11 47834592 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.587;QD=59.4356;RBI=0.0262118;REFB=0;REVB=0.0254675;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118156;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr11 47857253 . T C 92.93 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.107907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9493;QD=9.29302;RBI=0.109056;REFB=-0.015374;REVB=-0.0157914;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164556;STB=0.617437;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.026392;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:24:28:12:12:0.3:9:3:9:15:9:3:11:17 chr11 47869855 . C T 1253.49 PASS AF=0.544554;AO=87;DP=210;FAO=110;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=11;FSRR=60;FWDB=0.0456095;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.72;QD=24.8215;RBI=0.048308;REFB=-0.0658159;REVB=0.0159199;RO=64;SAF=34;SAR=53;SRF=13;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160172;STB=0.584081;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0561054;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:202:64:71:87:110:0.544554:53:34:13:51:73:37:11:60 chr11 48118347 . T TA 293.76 PASS AF=0.633333;AO=36;DP=61;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0523865;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3215;QD=19.5836;RBI=0.0555422;REFB=-0.00166647;REVB=-0.018455;RO=23;SAF=24;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261666;STB=0.639269;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.00631368;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.633333:36:61:38:60:22:26:12:7:15:99:23:24:12:7:16 chr11 48145166 . G A 241.47 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.01468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.394;QD=12.3828;RBI=0.0333789;REFB=-0.0107427;REVB=-0.0299774;RO=49;SAF=11;SAR=18;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313583;STB=0.679127;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.022695;OID=.;OPOS=48145166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:18:11:33:16:18:11:33:16 chr11 48145375 . A C 228.21 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0320543;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4521;QD=15.7385;RBI=0.111026;REFB=0.0260337;REVB=0.106298;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261205;STB=0.647408;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0295277;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:10:16:11:21:10:16:11:21 chr11 48146622 . G A 648.82 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0364113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.292;QD=18.5378;RBI=0.0364474;REFB=-0.0104365;REVB=0.00162008;RO=73;SAF=33;SAR=33;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714608;STB=0.535704;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0111708;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:74:66:66:0.471429:33:33:31:42:33:33:32:42 chr11 48190382 . GA G,GT,TT 1100.48 PASS AF=0.0263158,0.934211,0.0394737;AO=10,54,3;DP=76;FAO=2,71,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20,0;FSAR=1,51,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820028,0.00763252,0.00473812;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=181.233,188.381,181.966;QD=57.9201;RBI=0.00979,0.00851979,0.00507587;REFB=0,0,0;REVB=0.00534786,0.00378569,0.00182064;RO=0;SAF=2,16,0;SAR=8,38,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.22487e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0325638,0.000439722,0.0300258;OID=.,.,.;OPOS=48190383,48190383,48190382;OREF=A,A,GA;OALT=-,T,TT;OMAPALT=G,GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:76:76:0:0:10,54,3:2,71,3:0.0263158,0.934211,0.0394737:8,38,3:2,16,0:0:0:1,51,3:1,20,0:0:0 chr11 48190527 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5189;QD=57.1756;RBI=0.00838793;REFB=0;REVB=0.00759075;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90757e-05;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr11 48238421 . T G 2048.83 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.792;QD=61.619;RBI=0.0461263;REFB=-0.0810545;REVB=0.00590156;RO=0;SAF=50;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13233e-08;STB=0.50495;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000433919;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:82:50:0:0:82:50:1:0 chr11 48238549 . G A 915.43 PASS AF=0.594203;AO=82;DP=139;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0408479;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0748;QD=26.5341;RBI=0.0410648;REFB=-0.0274284;REVB=0.00421507;RO=56;SAF=28;SAR=54;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704795;STB=0.538334;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0157944;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:56:56:82:82:0.594203:54:28:24:32:54:28:24:32 chr11 48238880 . C T 314.39 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00749802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.028;QD=17.227;RBI=0.00960338;REFB=-0.0216076;REVB=0.00600038;RO=38;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424641;STB=0.532852;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0278027;OID=.;OPOS=48238880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:34:34:0.465753:12:22:23:15:12:22:23:16 chr11 48239182 . C A 131.37 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0182854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.622;QD=18.7664;RBI=0.0228728;REFB=-0.0108243;REVB=-0.0137408;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279836;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.006431;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:5:9:4:9:6:9:4:9 chr11 48266736 . C G 449.3 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0210436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8265;QD=21.3954;RBI=0.0246824;REFB=-0.0366779;REVB=-0.0128993;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395144;STB=0.502182;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0282708;OID=.;OPOS=48266736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:20:24:22:18:20:24:22:18 chr11 48267589 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7143;QD=46.8475;RBI=0.0501866;REFB=0;REVB=0.0481789;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254638;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 48285842 . A G 1146.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.628;QD=60.3658;RBI=0.0605478;REFB=0;REVB=0.0581744;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6466e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:40:32:0:0:44:32:0:0 chr11 48285856 . C T 124.46 PASS AF=0.24;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00145969;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.788;QD=6.63793;RBI=0.0156084;REFB=-0.0020305;REVB=-0.01554;RO=49;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368994;STB=0.559934;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0139622;OID=.;OPOS=48285856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:57:18:18:0.24:9:9:23:26:9:9:24:33 chr11 48285906 . C T 313.45 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0181087;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.145;QD=16.9432;RBI=0.0194993;REFB=0.00269435;REVB=-0.00723158;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404553;STB=0.522677;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00294606;OID=.;OPOS=48285906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:16:24:19:15:16:24 chr11 48285981 . CCTT C 219.87 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00527213;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=3;MLLD=259.475;QD=13.742;RBI=0.00982882;REFB=-0.0118844;REVB=-0.0082952;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0106721;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:31:62:32:64:32:13:19:13:19:99:29:12:19:10:19 chr11 48286231 . T A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.010419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.465;QD=16.9316;RBI=0.0144101;REFB=0.00296545;REVB=0.00995467;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00273381;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr11 48328644 . C T 322.83 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000623112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.664;QD=19.2734;RBI=0.018323;REFB=0.00543128;REVB=0.0183124;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119754;STB=0.506663;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00620904;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:15:19:18:15:15:19:18:15 chr11 48346513 . T C 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0187672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9527;QD=4.8592;RBI=0.0187719;REFB=-0.0101538;REVB=0.000419974;RO=52;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501225;STB=0.808723;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0205162;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:52:55:14:14:0.202899:3:11:19:33:3:11:21:34 chr11 48346523 . C T 90.89 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0142038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8811;QD=5.0494;RBI=0.0157423;REFB=0.0178068;REVB=-0.00678766;RO=57;SAF=13;SAR=2;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601368;STB=0.87852;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0291476;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:57:57:15:15:0.208333:2:13:21:36:2:13:21:36 chr11 48346535 . G C 88.17 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0884017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.835;QD=4.58001;RBI=0.0895662;REFB=-0.0103278;REVB=-0.0143961;RO=61;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429994;STB=0.776338;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0552293;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:77:61:62:15:15:0.194805:4:11:23:38:4:11:23:39 chr11 48346541 . A T 84.92 PASS AF=0.176471;AO=14;DP=86;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00416514;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8449;QD=3.99646;RBI=0.0428966;REFB=-0.0199388;REVB=-0.042694;RO=67;SAF=11;SAR=3;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467352;STB=0.772453;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0449232;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:85:67:70:14:15:0.176471:3:11:27:40:4:11:27:43 chr11 48346547 . C T 82.96 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.00254484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.75;QD=3.72869;RBI=0.0117914;REFB=-0.00560248;REVB=-0.0115136;RO=74;SAF=12;SAR=3;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531226;STB=0.842564;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00994447;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:74:74:15:15:0.168539:3:12:26:48:3:12:26:48 chr11 48346551 . C A 87.34 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.00503198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.967;QD=3.45908;RBI=0.031989;REFB=-0.0045876;REVB=-0.0315908;RO=85;SAF=12;SAR=4;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450227;STB=0.795008;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0164931;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:85:85:16:16:0.158416:4:12:32:53:4:12:32:53 chr11 48346579 . C A 232.8 PASS AF=0.253623;AO=34;DP=138;FAO=35;FDP=138;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=0.0150884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.322;QD=6.74781;RBI=0.0151334;REFB=-0.00797572;REVB=-0.00116596;RO=103;SAF=20;SAR=14;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245183;STB=0.634072;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0259385;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:103:103:34:35:0.253623:14:20:40:63:15:20:40:63 chr11 48346588 . A C 228.5 PASS AF=0.241135;AO=34;DP=141;FAO=34;FDP=141;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.0112145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.164;QD=6.48221;RBI=0.0120734;REFB=-0.00713435;REVB=-0.00447237;RO=107;SAF=20;SAR=14;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230174;STB=0.638741;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0142361;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:107:107:34:34:0.241135:14:20:43:64:14:20:43:64 chr11 48346604 . T G 295.44 PASS AF=0.260274;AO=38;DP=148;FAO=38;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.0012358;FXX=0.0135126;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.847;QD=8.09435;RBI=0.0286414;REFB=-0.00881311;REVB=-0.0286147;RO=78;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209905;STB=0.664177;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0184273;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:78:104:38:38:0.260274:15:23:33:45:15:23:39:65 chr11 48346615 . G A 271.84 PASS AF=0.253086;AO=41;DP=162;FAO=41;FDP=162;FR=.;FRO=121;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=0.0024298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.066;QD=6.71213;RBI=0.0267859;REFB=-0.000145842;REVB=-0.0266755;RO=120;SAF=27;SAR=14;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361942;STB=0.71699;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-8.4215e-05;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:120:121:41:41:0.253086:14:27:43:77:14:27:43:78 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 140.12 PASS AF=0.23494;AO=36;DP=172;FAO=39;FDP=166;FR=.;FRO=127;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=78;FWDB=-0.00561884;FXX=0.023528;HRUN=5;LEN=9;MLLD=342.493;QD=3.37636;RBI=0.0174168;REFB=-0.00160467;REVB=-0.0164855;RO=123;SAF=20;SAR=16;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186948;STB=0.633844;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.00758513;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23494:36:172:39:166:127:22:17:49:78:99:123:20:16:50:73 chr11 48346681 . G A 348.34 PASS AF=0.255102;AO=50;DP=196;FAO=50;FDP=196;FR=.;FRO=146;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=87;FWDB=0.00401916;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.978;QD=7.10891;RBI=0.0158226;REFB=-0.00493111;REVB=-0.0153036;RO=146;SAF=27;SAR=23;SRF=59;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168506;STB=0.600203;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00818899;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:146:146:50:50:0.255102:23:27:59:87:23:27:59:87 chr11 48346729 . G C 209.03 PASS AF=0.208333;AO=33;DP=166;FAO=35;FDP=168;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=3.67994e-05;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.497;QD=4.97701;RBI=0.00803547;REFB=-0.00344501;REVB=-0.00803539;RO=133;SAF=6;SAR=27;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380151;STB=0.691132;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0138091;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:133:133:33:35:0.208333:27:6:59:74:27:8:59:74 chr11 48346791 . C T 137.75 PASS AF=0.218182;AO=21;DP=108;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00119659;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.592;QD=5.00889;RBI=0.00160344;REFB=-0.00362414;REVB=-0.00106734;RO=86;SAF=5;SAR=16;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383126;STB=0.759773;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0136764;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:86:86:21:24:0.218182:16:5:46:40:19:5:45:41 chr11 48346822 . A C 273.45 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00239081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.713;QD=10.5171;RBI=0.0128313;REFB=-0.00219215;REVB=0.0126066;RO=65;SAF=6;SAR=29;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379075;STB=0.743434;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00431496;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:69:35:35:0.336538:29:6:29:36:29:6:33:36 chr11 48346843 . C T 324.6 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00505458;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.257;QD=14.1132;RBI=0.00790951;REFB=-0.011747;REVB=0.00608371;RO=54;SAF=7;SAR=29;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357495;STB=0.688311;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0123389;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:56:36:36:0.391304:29:7:26:28:29:7:25:31 chr11 48346916 . G C 468.53 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0169258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.19;QD=15.6176;RBI=0.0267275;REFB=-0.00575938;REVB=-0.0206852;RO=68;SAF=20;SAR=32;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287677;STB=0.516123;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00575503;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:32:20:28:40:32:20:28:40 chr11 48346924 . T C 463.82 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0091581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7383;QD=14.9619;RBI=0.028298;REFB=0.0119996;REVB=0.0267751;RO=72;SAF=19;SAR=33;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259545;STB=0.514593;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0148796;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:33:19:28:44:33:19:28:44 chr11 48346932 . G A 471.18 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00957412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.005;QD=14.4979;RBI=0.0135931;REFB=-0.00894509;REVB=-0.00964927;RO=77;SAF=21;SAR=32;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352136;STB=0.519848;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00698475;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:77:53:53:0.407692:32:21:33:44:32:21:33:44 chr11 48346961 . AA TG 530.65 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0184656;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.266;QD=13.9644;RBI=0.0188818;REFB=-0.00536983;REVB=0.00394251;RO=90;SAF=23;SAR=38;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501367;STB=0.525496;STBP=0.638;TYPE=mnp;VARB=0.00833528;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:91:61:61:0.401316:38:23:38:52:38:23:38:53 chr11 48346999 . T G 648.33 PASS AF=0.426036;AO=71;DP=168;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0539926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1947;QD=15.3451;RBI=0.0579943;REFB=-0.017887;REVB=-0.0211693;RO=97;SAF=26;SAR=45;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05048;STB=0.522615;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0214755;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:97:97:71:72:0.426036:45:26:40:57:45:27:40:57 chr11 48347014 . G A 571.97 PASS AF=0.402439;AO=66;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.0305598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.051;QD=13.9505;RBI=0.0306066;REFB=-0.00617097;REVB=0.00169244;RO=97;SAF=25;SAR=41;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298296;STB=0.505676;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0402188;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:98:66:66:0.402439:41:25:37:60:41:25:38:60 chr11 48347023 . C T 564.1 PASS AF=0.40625;AO=62;DP=158;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0103387;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.902;QD=14.1026;RBI=0.0104135;REFB=-0.00697523;REVB=-0.00124586;RO=95;SAF=22;SAR=40;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399858;STB=0.512811;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0104831;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:95:95:62:65:0.40625:40:22:37:58:41:24:37:58 chr11 48347067 . C T 593.5 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0246481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.955;QD=15.9328;RBI=0.024655;REFB=-0.0166306;REVB=-0.00058098;RO=86;SAF=24;SAR=39;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052999;STB=0.529717;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0233401;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:86:63:63:0.422819:39:24:37:49:39:24:37:49 chr11 48347100 . C T 390.61 PASS AF=0.394958;AO=46;DP=118;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0191387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.028;QD=13.1297;RBI=0.025598;REFB=-0.0067353;REVB=0.0169991;RO=72;SAF=19;SAR=27;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647568;STB=0.528632;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0128601;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:72:72:46:47:0.394958:27:19:34:38:27:20:34:38 chr11 48347124 . A G 370.9 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0144154;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5591;QD=14.689;RBI=0.0407563;REFB=0.00149865;REVB=-0.0381218;RO=60;SAF=18;SAR=24;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126849;STB=0.513037;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00307238;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:60:59:42:42:0.415842:24:18:25:35:24:18:24:35 chr11 48347130 . C G 363.33 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0183273;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6937;QD=15.4609;RBI=0.0183274;REFB=-0.00749704;REVB=-7.50149e-05;RO=54;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299376;STB=0.521461;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0104113;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:22:17:22:32:22:17:22:33 chr11 48347140 . T C 754.66 PASS AF=0.704545;AO=62;DP=88;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0362314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.524;QD=34.3026;RBI=0.0424155;REFB=-0.04599;REVB=0.0220536;RO=26;SAF=26;SAR=36;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209482;STB=0.501128;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0210051;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:26:26:62:62:0.704545:36:26:11:15:36:26:11:15 chr11 48347142 . C T 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0257323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.207;QD=13.9776;RBI=0.0294262;REFB=0.000383786;REVB=-0.0142742;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285727;STB=0.51627;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000422657;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:21:14:23:31:21:14:23:31 chr11 48347144 . T C 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.027704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.832;QD=13.7819;RBI=0.0330241;REFB=-0.0070854;REVB=-0.0179744;RO=55;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402019;STB=0.522923;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00695696;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:21:14:24:31:21:14:24:31 chr11 48347267 . T C 203.51 PASS AF=0.214286;AO=33;DP=154;FAO=33;FDP=154;FR=.;FRO=121;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=-0.010725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.466;QD=5.28607;RBI=0.0168772;REFB=0.000553026;REVB=0.0130312;RO=121;SAF=10;SAR=23;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243042;STB=0.651116;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00422255;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:121:121:33:33:0.214286:23:10:59:62:23:10:59:62 chr11 48347306 . G T 173.3 PASS AF=0.192547;AO=27;DP=157;FAO=31;FDP=161;FR=.;FRO=130;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=-0.00940984;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.029;QD=4.30562;RBI=0.0169323;REFB=0.000641833;REVB=0.0140769;RO=129;SAF=9;SAR=18;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202614;STB=0.669612;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00268379;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:129:130:27:31:0.192547:18:9:63:66:22:9:64:66 chr11 48347342 . G A 155.68 PASS AF=0.186207;AO=27;DP=145;FAO=27;FDP=145;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0033617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.507;QD=4.2946;RBI=0.0128528;REFB=-0.00536226;REVB=-0.0124053;RO=118;SAF=9;SAR=18;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246696;STB=0.65729;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0161675;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:118:118:27:27:0.186207:18:9:62:56:18:9:62:56 chr11 48347346 . A T 137.9 PASS AF=0.176056;AO=22;DP=138;FAO=25;FDP=142;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0538731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.497;QD=3.88457;RBI=0.0544366;REFB=-0.0152602;REVB=-0.00781203;RO=115;SAF=8;SAR=14;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201368;STB=0.633377;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0661692;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:115:117:22:25:0.176056:14:8:60:55:16:9:61:56 chr11 48347358 . C T 122.74 PASS AF=0.174242;AO=22;DP=130;FAO=23;FDP=132;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0371996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9842;QD=3.71928;RBI=0.0387723;REFB=0.0245873;REVB=0.0109307;RO=106;SAF=6;SAR=16;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3289;STB=0.689033;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0151892;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:106:109:22:23:0.174242:16:6:56:50:16:7:58:51 chr11 48347363 . C T 105.88 PASS AF=0.166667;AO=20;DP=119;FAO=20;FDP=120;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0454454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.708;QD=3.52925;RBI=0.0481009;REFB=0.00155839;REVB=-0.015761;RO=99;SAF=6;SAR=14;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299438;STB=0.692759;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00512072;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:99:100:20:20:0.166667:14:6:53:46:14:6:53:47 chr11 48347392 . T C 73.5 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00450835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.386;QD=4.08306;RBI=0.01664;REFB=-0.00279688;REVB=0.0160176;RO=58;SAF=4;SAR=9;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245154;STB=0.655384;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0111936;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:58:59:13:13:0.180556:9:4:29:29:9:4:29:30 chr11 48347419 . A G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00807649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4958;QD=7.25971;RBI=0.0389213;REFB=0.0197488;REVB=0.0380741;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105027;STB=0.566336;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0327207;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:11:18:7:3:11:18 chr11 48366958 . T G 294.46 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0177739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.01;QD=13.696;RBI=0.0180241;REFB=-0.00776246;REVB=0.00299282;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09855;STB=0.546484;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00344795;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:33:34:0.395349:17:16:30:22:17:17:30:22 chr11 48366971 . GG CA 283.13 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00283319;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=2;MLLD=292.627;QD=14.7083;RBI=0.0042909;REFB=-0.00575187;REVB=-0.00322256;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126215;STB=0.571385;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=0.00689968;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:28:17:16:16:28:17 chr11 48367050 . T G,TAG 152.47 PASS AF=0.0384615,0.326923;AO=2,16;DP=52;FAO=2,17;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=1,6;FSAR=1,11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0148257,-0.0176313;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=182.455,212.47;QD=11.7286;RBI=0.0149647,0.018242;REFB=-0.00733108,-0.0161244;REVB=0.00203554,-0.00468071;RO=33;SAF=1,6;SAR=1,10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151761,-0.321785;STB=0.655737,0.699776;STBP=0.706,0.055;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0325376,0.0275411;OID=.,.;OPOS=48367050,48367051;OREF=T,-;OALT=G,AG;OMAPALT=G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:52:33:33:2,16:2,17:0.0384615,0.326923:1,10:1,6:22:11:1,11:1,6:22:11 chr11 48367073 . A C 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.000465053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.179;QD=32.1189;RBI=0.00493857;REFB=-0.00930769;REVB=-0.00491663;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142137;STB=0.507789;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00470714;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:12:13:6:5:12:13:6:5 chr11 48367097 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0131541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.544;QD=12.6375;RBI=0.0232737;REFB=-0.00826769;REVB=0.0191998;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26294;STB=0.653114;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0171352;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:15:6:7:6:15:6 chr11 48367155 . T A 34.4 PASS AF=0.2;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0271094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6167;QD=4.586;RBI=0.0473402;REFB=-0.0393829;REVB=-0.0388094;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105497;STB=0.533223;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0622556;OID=.;OPOS=48367155;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:19:24:5:6:0.2:3:2:6:13:3:3:11:13 chr11 48367159 . C T 43.03 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0186767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.622;QD=5.37929;RBI=0.0308413;REFB=-0.00419251;REVB=-0.0245431;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132954;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0138359;OID=.;OPOS=48367159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:3:4:11:13:3:4:11:14 chr11 48367163 . A G 43.2 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=6.53739e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.664;QD=5.57415;RBI=0.0523044;REFB=-0.026429;REVB=-0.0523044;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132954;STB=0.586909;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0632329;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:11:13:3:4:11:13 chr11 48367170 . G A 43.08 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0161517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8663;QD=5.74385;RBI=0.205874;REFB=-0.0419136;REVB=-0.20524;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008787;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0892823;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:19:23:7:7:0.233333:3:4:11:8:3:4:11:12 chr11 48367190 . A T 61.55 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0158893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.626;QD=7.03437;RBI=0.0161218;REFB=-0.00969631;REVB=0.00272802;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284209;STB=0.678851;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0180157;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:11:15:3:6:11:15 chr11 48367195 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00652388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.567;QD=7.96578;RBI=0.0482612;REFB=0.00462144;REVB=0.0478182;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204008;STB=0.626125;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0445948;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:11:15:4:6:11:15 chr11 48367249 . C T 227.65 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00317928;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.122;QD=15.6999;RBI=0.00550295;REFB=-0.00503224;REVB=0.00449162;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367081;STB=0.508124;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00398885;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:32:26:26:0.448276:15:11:13:18:15:11:14:18 chr11 48367252 . G A 238.21 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0134623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9764;QD=16.1497;RBI=0.0138812;REFB=-0.000771866;REVB=0.00338454;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297355;STB=0.516783;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000638167;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:14:18:16:11:14:18 chr11 48367311 . T C 375.97 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0278811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5592;QD=14.6008;RBI=0.0285629;REFB=0.00628592;REVB=-0.00620353;RO=60;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928535;STB=0.5524;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0116034;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:26:17:29:31:26:17:29:31 chr11 48367363 . C T 450.42 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0359322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7379;QD=14.8899;RBI=0.0507961;REFB=-0.0232307;REVB=-0.0359044;RO=69;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122317;STB=0.502593;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0298305;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:70:51:51:0.421488:26:25:33:36:26:25:34:36 chr11 48367387 . C T 319.17 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0143385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5802;QD=12.1589;RBI=0.0234348;REFB=-0.00609257;REVB=-0.0185364;RO=66;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589947;STB=0.533707;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00935072;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:18:21:32:34:18:21:32:34 chr11 48367419 . G A 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0119085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.819;QD=10.3114;RBI=0.0133278;REFB=-0.0026719;REVB=-0.00598499;RO=61;SAF=17;SAR=12;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165966;STB=0.59688;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0042916;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:12:17:27:34:12:17:27:34 chr11 48367424 . C G 197.75 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00967728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.987;QD=9.09211;RBI=0.034189;REFB=-0.00270135;REVB=-0.0327908;RO=60;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214051;STB=0.631479;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00945536;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:61:26:26:0.298851:10:16:26:34:10:16:26:35 chr11 48367455 . G A 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00641614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.694;QD=8.89842;RBI=0.00938149;REFB=0.00283575;REVB=-0.00684438;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212062;STB=0.62574;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00746731;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:8:13:21:27:8:13:21:27 chr11 48367469 . TG CA 102.72 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0234468;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.704;QD=7.08412;RBI=0.0367721;REFB=-0.0214217;REVB=-0.0283272;RO=42;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335869;STB=0.710842;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.0449581;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:5:10:16:26:5:10:16:27 chr11 48367474 . A G 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0184145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.975;QD=7.01168;RBI=0.0283817;REFB=-0.00729712;REVB=-0.0215969;RO=40;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443432;STB=0.775442;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0157497;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:3:10:16:24:3:10:16:24 chr11 48367511 . T G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0287522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.985;QD=5.21518;RBI=0.0289557;REFB=0.00035915;REVB=-0.00342624;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518252;STB=0.842259;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0093576;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:1:5:8:13:1:5:8:13 chr11 48373748 . C G 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00264702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0312;QD=4.09688;RBI=0.0292769;REFB=0.00186095;REVB=-0.029157;RO=45;SAF=1;SAR=9;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.636362;STB=0.910989;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0134171;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:45:48:10:10:0.172414:9:1:29:16:9:1:30:18 chr11 48373770 . T A 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.00881364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.459;QD=2.44622;RBI=0.00973004;REFB=0.000374425;REVB=0.0041223;RO=57;SAF=1;SAR=7;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59337;STB=0.912182;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00419026;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:7:1:38:19:7:1:38:19 chr11 48373797 . C T 36.2 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.00086695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.825;QD=1.9834;RBI=0.00870818;REFB=0.00139186;REVB=0.00866492;RO=65;SAF=3;SAR=5;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348047;STB=0.750263;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0408502;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:5:3:44:21:5:3:44:21 chr11 48373805 . G A 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.00745889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5436;QD=2.13763;RBI=0.0084634;REFB=-0.00516888;REVB=0.00399927;RO=62;SAF=3;SAR=5;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350332;STB=0.749465;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0287203;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:5:3:42:20:5:3:42:20 chr11 48373817 . C T 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=-0.0133769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.435;QD=1.84565;RBI=0.0134034;REFB=-0.00293529;REVB=0.000842029;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344684;STB=0.761649;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0303896;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:61:68:8:8:0.105263:5:3:41:20:5:3:47:21 chr11 48373827 . G A 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=-0.0251265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.197;QD=2.34429;RBI=0.0332488;REFB=-0.00810902;REVB=-0.0217747;RO=70;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311545;STB=0.712152;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0297562;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:5:5:52:18:5:5:52:18 chr11 48373885 . A G 259.69 PASS AF=0.285714;AO=36;DP=126;FAO=36;FDP=126;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.00148679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.172;QD=8.24406;RBI=0.0145996;REFB=-0.0104044;REVB=-0.0145237;RO=90;SAF=14;SAR=22;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962179;STB=0.55693;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0301551;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:90:90:36:36:0.285714:22:14:42:48:22:14:42:48 chr11 48373900 . A G 313.29 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0158135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3396;QD=9.42214;RBI=0.0300869;REFB=-0.0003319;REVB=0.025596;RO=91;SAF=18;SAR=23;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138009;STB=0.504646;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000796274;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:91:92:41:41:0.308271:23:18:41:50:23:18:41:51 chr11 48373936 . A G 314.52 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=116;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.053419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3118;QD=10.8455;RBI=0.0579412;REFB=-0.0164514;REVB=0.0224407;RO=76;SAF=19;SAR=21;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046665;STB=0.52685;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0146246;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:76:40:40:0.344828:21:19:33:43:21:19:33:43 chr11 48373946 . C A 412.39 PASS AF=0.423423;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0220323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.208;QD=14.8609;RBI=0.0220323;REFB=-0.00399631;REVB=2.66253e-05;RO=64;SAF=21;SAR=25;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353718;STB=0.503679;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00490983;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:64:64:46:47:0.423423:25:21:29:35:26:21:29:35 chr11 48373976 . T G 282.39 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0107474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.678;QD=12.4127;RBI=0.0232232;REFB=-0.00882666;REVB=-0.0205867;RO=58;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131306;STB=0.57527;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0169042;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:16:17:23:35:16:17:23:35 chr11 48373986 . A G 252.15 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0402079;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.935;QD=12.3;RBI=0.042156;REFB=0.00658101;REVB=-0.0126672;RO=52;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848537;STB=0.548748;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.018979;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:15:15:22:30:15:15:22:30 chr11 48374000 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTTT,CTTTTTTC 73.3 PASS AF=0,0,0.310811;AO=11,3,19;DP=76;FAO=0,0,23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,11;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0518607,-0.0180131,0.0520363;FXX=0;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,1;MLLD=12.5,106.389,11.7852;QD=3.96222;RBI=0.116351,0.0192065,0.120624;REFB=-0.0658174,0.00260081,0.0663395;REVB=-0.104154,-0.00666451,0.108822;RO=38;SAF=2,1,9;SAR=9,2,10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.418791,-0.164651,-0.0297975;STB=0.5,0.5,0.562007;STBP=1,1,0.472;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.176699,0,0.0114242;OID=.,.,.;OPOS=48374001,48374006,48374001;OREF=T,C,-;OALT=-,T,T;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.310811:11,3,19:76:0,0,23:74:51:0,0,12:0,0,11:22:29:78:38:2,1,9:9,2,10:19:19 chr11 48387275 . T C 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00460283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4781;QD=6.80583;RBI=0.0986308;REFB=0.0144995;REVB=0.0985233;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601152;STB=0.538373;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0338742;OID=.;OPOS=48387275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:2:7:20:7:2:7:20:7 chr11 48387301 . G A 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00981965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.361;QD=4.00499;RBI=0.0100274;REFB=-0.00343623;REVB=0.00203067;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325476;STB=0.724133;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0103293;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:5:3:26:14:5:3:27:14 chr11 48387335 . C A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00572918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.67;QD=5.32585;RBI=0.00791466;REFB=-0.00369894;REVB=-0.00546061;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21774;STB=0.638194;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0113205;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:27:21:8:5:27:21 chr11 48387370 . A G 168.41 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0149147;FXX=0.0769132;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.394;QD=9.35623;RBI=0.0182712;REFB=5.51784e-05;REVB=-0.010554;RO=50;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123092;STB=0.572799;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00398213;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:10:12:22:28:10:12:22:28 chr11 48387424 . G T 328.48 PASS AF=0.373832;AO=39;DP=106;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0107145;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.522;QD=12.2797;RBI=0.0107463;REFB=-0.0046648;REVB=-0.000825964;RO=66;SAF=14;SAR=25;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126541;STB=0.583372;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00473737;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:66:67:39:40:0.373832:25:14:31:35:26:14:32:35 chr11 48387490 . G A 268.84 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0134535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.104;QD=10.5426;RBI=0.030103;REFB=-0.0123764;REVB=-0.0269295;RO=68;SAF=10;SAR=24;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249393;STB=0.645388;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0230468;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:24:10:34:34:24:10:34:34 chr11 48387506 . A G 219.4 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00684366;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1305;QD=9.53913;RBI=0.0361751;REFB=-0.0133831;REVB=-0.0355219;RO=60;SAF=9;SAR=19;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197145;STB=0.629146;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0451834;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:64:28:28:0.304348:19:9:29:31:19:9:32:32 chr11 48387526 . G T 165.18 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0232682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.707;QD=7.86581;RBI=0.0233445;REFB=-0.00838766;REVB=-0.00188691;RO=61;SAF=7;SAR=16;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217712;STB=0.63146;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0287878;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:16:7:29:32:16:7:29:32 chr11 48387535 . T C 97.81 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0187801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.387;QD=5.14764;RBI=0.0214313;REFB=-0.00321943;REVB=0.0103252;RO=60;SAF=4;SAR=12;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308056;STB=0.696924;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00786397;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:12:4:29:31:12:4:29:31 chr11 48387540 . G T 100.07 PASS AF=0.222222;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0435854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.148;QD=5.55916;RBI=0.0493634;REFB=0.00077795;REVB=0.0231745;RO=56;SAF=3;SAR=12;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415381;STB=0.71711;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00151887;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:56:56:15:16:0.222222:12:3:29:27:12:4:29:27 chr11 48387580 . G T 40.69 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=39;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0748999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9781;QD=3.96938;RBI=0.0911881;REFB=-0.0182082;REVB=0.0520123;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403469;STB=0.823429;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0812764;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:39:41:33:34:6:7:0.170732:5:1:16:17:6:1:17:17 chr11 48387582 . C T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0261604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2468;QD=4.16577;RBI=0.035703;REFB=-0.0372223;REVB=-0.0242968;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486928;STB=0.829763;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0440716;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:32:33:7:7:0.175:6:1:17:15:6:1:17:16 chr11 48387584 . A T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0341401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.998;QD=4.166;RBI=0.0370068;REFB=-0.028435;REVB=-0.0142815;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47343;STB=0.829763;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0504967;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:6:1:17:16:6:1:17:16 chr11 48387591 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000463975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.036;QD=3.64924;RBI=0.053779;REFB=-0.0104203;REVB=-0.053777;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404516;STB=0.791031;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0451257;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:5:1:15:16:5:1:15:16 chr11 48387900 . G A 30.37 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=135;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.0290369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5982;QD=0.899781;RBI=0.0505489;REFB=-0.00477205;REVB=-0.0413769;RO=124;SAF=3;SAR=7;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252563;STB=0.708837;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0365148;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:135:124:125:10:10:0.0740741:7:3:66:58:7:3:66:59 chr11 48387919 . G A 43.95 PASS AF=0.0872483;AO=13;DP=149;FAO=13;FDP=149;FR=.;FRO=136;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=-0.00735151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.897;QD=1.17998;RBI=0.0124383;REFB=-0.0027629;REVB=0.0100333;RO=136;SAF=5;SAR=8;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133406;STB=0.605646;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0129907;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:149:149:136:136:13:13:0.0872483:8:5:68:68:8:5:68:68 chr11 48387930 . T C 62.11 PASS AF=0.104575;AO=16;DP=153;FAO=16;FDP=153;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=0.00647313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.964;QD=1.62369;RBI=0.0065024;REFB=-0.00570831;REVB=-0.000616325;RO=137;SAF=7;SAR=9;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448146;STB=0.533292;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0137788;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:153:153:137:137:16:16:0.104575:9:7:65:72:9:7:65:72 chr11 48387946 . G T 101.09 PASS AF=0.14094;AO=21;DP=149;FAO=21;FDP=149;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=-0.00579639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.328;QD=2.71388;RBI=0.00886085;REFB=-0.00263601;REVB=-0.00670197;RO=122;SAF=13;SAR=8;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211187;STB=0.653124;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00700323;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:122:128:21:21:0.14094:8:13:55:67:8:13:56:72 chr11 48387960 . T C 157.36 PASS AF=0.181818;AO=28;DP=154;FAO=28;FDP=154;FR=.;FRO=126;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.00654243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6551;QD=4.08727;RBI=0.03434;REFB=-0.00499414;REVB=-0.033711;RO=125;SAF=13;SAR=15;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041723;STB=0.522902;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.036004;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:125:126:28:28:0.181818:15:13:54:71:15:13:55:71 chr11 48387978 . T A 226.98 PASS AF=0.236111;AO=34;DP=144;FAO=34;FDP=144;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.00909766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.493;QD=6.3051;RBI=0.0117275;REFB=-0.00282358;REVB=0.00740038;RO=110;SAF=16;SAR=18;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317673;STB=0.519298;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00922485;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:110:110:34:34:0.236111:18:16:49:61:18:16:49:61 chr11 48387983 . T C 226.97 PASS AF=0.236111;AO=34;DP=144;FAO=34;FDP=144;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.0297399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8616;QD=6.30477;RBI=0.0305993;REFB=-0.00390149;REVB=0.00720127;RO=108;SAF=16;SAR=18;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329762;STB=0.519298;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0276452;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:108:110:34:34:0.236111:18:16:48:60:18:16:49:61 chr11 48997107 . G A 524.24 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0541255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2283;QD=21.6182;RBI=0.0683979;REFB=-0.0315761;REVB=-0.0418174;RO=47;SAF=22;SAR=28;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994333;STB=0.554891;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0278097;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:28:22:26:21:28:22:26:21 chr11 48997334 . T G 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0132046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.637;QD=13.6985;RBI=0.0141788;REFB=-0.00315345;REVB=0.00516473;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288487;STB=0.668922;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00542645;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:5:13:14:16:5:13:14:16 chr11 48998688 . A G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00341793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.218;QD=20.3971;RBI=0.0092257;REFB=-0.0148422;REVB=0.0085692;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643457;STB=0.535691;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0135183;OID=.;OPOS=48998688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:11:16:16:15:11:16 chr11 49000423 . C G 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00957758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.219;QD=17.0286;RBI=0.0099835;REFB=-0.010413;REVB=-0.00281781;RO=55;SAF=15;SAR=32;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123397;STB=0.569053;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0107653;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:32:15:24:31:32:15:24:31 chr11 49000522 . C T 290.32 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=78;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0703383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0613;QD=14.3367;RBI=0.0727701;REFB=-0.0150665;REVB=0.0186549;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362489;STB=0.51401;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0406839;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:47:48:31:33:0.407407:22:9:15:32:22:11:15:33 chr11 49000558 . G A 208.04 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.140415;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.011;QD=17.3371;RBI=0.140438;REFB=-0.0223166;REVB=0.00253653;RO=25;SAF=1;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47361;STB=0.821487;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0164921;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:20:1:6:19:20:1:8:19 chr11 49059362 . C A 578.71 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.0226266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.711;QD=15.6409;RBI=0.0231407;REFB=-0.00488804;REVB=-0.00485085;RO=86;SAF=31;SAR=31;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157145;STB=0.58781;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00798465;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:31:31:30:56:31:31:30:56 chr11 49075605 . G A 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00281945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.654;QD=20.031;RBI=0.00742913;REFB=-0.0125843;REVB=0.00687333;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643433;STB=0.535639;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0099197;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:19:24:27:16:19:24:27:16 chr11 49076898 . T G 370.1 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0250963;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.404;QD=19.4791;RBI=0.0311412;REFB=-0.0110435;REVB=-0.0184377;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110497;STB=0.556351;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00653109;OID=.;OPOS=49076898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:38:38:38:0.5:23:15:11:28:23:15:11:27 chr11 49079350 . A G 397.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00691372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7753;QD=14.1859;RBI=0.027915;REFB=0.00564974;REVB=-0.0270453;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385326;STB=0.52173;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00986335;OID=.;OPOS=49079350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:22:24:32:34:22:24:32:34 chr11 49080565 . A C 405.24 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00883017;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.366;QD=20.0119;RBI=0.0140047;REFB=-0.0141252;REVB=0.0108701;RO=39;SAF=18;SAR=23;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241895;STB=0.638447;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0252536;OID=.;OPOS=49080565;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:40:41:41:0.506173:23:18:28:11:23:18:29:11 chr11 49172981 . GAC CAG,G 168.32 PASS AF=0.09375,0.46875;AO=2,10;DP=33;FAO=3,15;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=1,11;FSAR=2,4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00172343,-0.0492882;FXX=0.0588062;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=93.8818,117.262;QD=21.0403;RBI=0.00244909,0.0502341;REFB=-0.03686,-0.0643113;REVB=-0.00174006,-0.00970233;RO=12;SAF=1,8;SAR=1,2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0855427,0.393982;STB=0.639054,0.626763;STBP=0.646,0.176;TYPE=mnp,del;VARB=0.12417,0.0558114;OID=.,.;OPOS=49172981,49172982;OREF=GAC,AC;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:33:32:12:14:2,10:3,15:0.09375,0.46875:1,2:1,8:5:7:2,4:1,11:7:7 chr11 49196490 . T C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0539907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.494;QD=7.89733;RBI=0.054125;REFB=0.000231143;REVB=0.00381001;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253056;STB=0.515667;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=6.61745e-05;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:17:13:5:6:17:13 chr11 49207315 . A G 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00569791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.303;QD=8.32844;RBI=0.00733027;REFB=-0.0129431;REVB=0.00461157;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985419;STB=0.558763;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0177674;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:10:9:18:28:10:9:18:28 chr11 49221885 . T A 481.04 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.00451781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.145;QD=12.9139;RBI=0.00476046;REFB=-0.00746084;REVB=-0.00150048;RO=93;SAF=20;SAR=35;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402876;STB=0.527263;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0108874;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:93:94:55:55:0.369128:35:20:37:56:35:20:38:56 chr11 49227620 . A G 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0117461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3353;QD=16.0894;RBI=0.0239757;REFB=0.00985737;REVB=0.0209013;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341537;STB=0.519221;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0150222;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:18:20:28:22:18:20:28:22 chr11 49598178 . G A 559.2 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.032815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.616;QD=20.5211;RBI=0.0331083;REFB=-0.00693398;REVB=0.00439711;RO=52;SAF=27;SAR=30;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163063;STB=0.589413;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00799821;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:30:27:15:37:30:27:15:37 chr11 49598207 . T C 408.37 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.00194736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9341;QD=18.1495;RBI=0.020429;REFB=-0.0221617;REVB=0.020336;RO=48;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240605;STB=0.633448;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0283006;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:20:22:13:35:20:22:13:35 chr11 49598209 . T C 1415.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.644;QD=62.9026;RBI=0.0395192;REFB=0;REVB=0.0335888;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189991;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr11 49830142 . G T 2119.94 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.595;QD=62.3513;RBI=0.0207465;REFB=0;REVB=-0.00278429;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466174;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:136:0:0:132:136:1:75:57:0:0:75:61:0:0 chr11 49973979 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0220145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4847;QD=17.5012;RBI=0.0239527;REFB=0.000957015;REVB=-0.00943882;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187787;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:14:14:13:13:14:14 chr11 49974371 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.323;QD=63.286;RBI=0.0318271;REFB=0;REVB=-0.00152422;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010204;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr11 49974931 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.317;QD=53.2771;RBI=0.0378532;REFB=0;REVB=0.0307983;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324636;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 50003191 . C A 777.51 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=138;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00112164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.616;QD=22.5366;RBI=0.00112341;REFB=0.00120864;REVB=-6.30176e-05;RO=62;SAF=31;SAR=43;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148153;STB=0.588097;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0011414;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:64:74:74:0.536232:43:31:37:25:43:31:39:25 chr11 51411510 . C T 996.3 PASS AF=0.5;AO=85;DP=194;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.0243455;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.23;QD=18.798;RBI=0.0247623;REFB=-0.0100021;REVB=-0.00452422;RO=107;SAF=44;SAR=41;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573769;STB=0.514148;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00926969;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:212:107:106:85:106:0.5:41:44:56:51:53:53:56:50 chr11 51412379 . T C 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0200794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.637;QD=13.3406;RBI=0.0541325;REFB=-0.00594025;REVB=-0.0502707;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206935;STB=0.627786;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00855686;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:21:21:0.396226:8:13:13:18:8:13:13:19 chr11 51515460 . C T 402.85 PASS AF=0.518987;AO=38;DP=75;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0146253;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7581;QD=20.3974;RBI=0.0310345;REFB=-0.0461518;REVB=0.0273723;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593407;STB=0.531138;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0417797;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:37:38:38:41:0.518987:20:18:20:17:21:20:21:17 chr11 51515640 . A G 199.23 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0398658;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.399;QD=9.26642;RBI=0.0401994;REFB=-0.0004388;REVB=0.00516801;RO=60;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737602;STB=0.543445;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00139256;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:60:60:26:26:0.302326:14:12:24:36:14:12:24:36 chr11 51515912 . C T 361.94 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00350321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4602;QD=20.682;RBI=0.0369206;REFB=-0.0292449;REVB=-0.036754;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468521;STB=0.512018;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0270675;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:33:37:37:0.528571:20:17:16:15:20:17:16:17 chr11 51516000 . C T 222.92 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0438129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6533;QD=16.5125;RBI=0.0459612;REFB=-0.0213486;REVB=0.0138873;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278016;STB=0.656767;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0264911;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:10:19:9:16:10:19 chr11 51516036 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.025247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.174;QD=18.8286;RBI=0.0253252;REFB=-0.0167785;REVB=-0.0019883;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38795;STB=0.719411;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0297391;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:6:14:6:16:6:14:6:16 chr11 51516144 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0040325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6619;QD=23.2181;RBI=0.0051705;REFB=0.0156147;REVB=0.00323621;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0194739;OID=.;OPOS=51516144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr11 55111238 . C A 385.25 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0475984;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.874;QD=17.122;RBI=0.0496465;REFB=-0.0164748;REVB=-0.0141127;RO=49;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296653;STB=0.508924;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0183237;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:49:50:40:40:0.444444:25:15:17:32:25:15:18:32 chr11 55111584 . A T 450.52 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0025184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.774;QD=21.712;RBI=0.00881622;REFB=-0.00871451;REVB=0.00844887;RO=39;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445557;STB=0.52456;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00989949;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:26:18:14:25:26:18:14:25 chr11 55135435 . C T 448.31 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00305563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.49;QD=14.1198;RBI=0.0104813;REFB=0.0058849;REVB=-0.010026;RO=75;SAF=20;SAR=31;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108848;STB=0.565739;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0084364;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:76:51:51:0.401575:31:20:37:38:31:20:38:38 chr11 55259387 . C T 507.12 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00908814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8745;QD=17.9511;RBI=0.028775;REFB=-0.00148463;REVB=-0.0273021;RO=58;SAF=27;SAR=27;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145244;STB=0.584041;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00163728;OID=.;OPOS=55259387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:27:27:38:20:27:27:39:20 chr11 55322211 . A G 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0106312;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.891;QD=15.3849;RBI=0.0107442;REFB=-0.00203061;REVB=-0.00155354;RO=59;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119593;STB=0.562115;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00253361;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:60:46:46:0.433962:21:25:25:34:21:25:26:34 chr11 55322298 . C T 506.77 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0170866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9036;QD=23.035;RBI=0.019854;REFB=-0.0301767;REVB=0.0101109;RO=40;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313332;STB=0.517234;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0319003;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:27:21:19:21:27:21:19:21 chr11 55322638 . C T 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0241081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0629;QD=19.1813;RBI=0.0350421;REFB=-0.0116116;REVB=-0.0254312;RO=43;SAF=16;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197251;STB=0.609703;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0106648;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:25:16:26:17:25:16:26:17 chr11 55339652 . C T 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0133108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.059;QD=17.9841;RBI=0.0156498;REFB=0.0131709;REVB=-0.00823036;RO=49;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404387;STB=0.52257;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00966473;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:18:24:30:19:18:24:30:19 chr11 55339798 . C T 336.59 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0424173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2888;QD=14.7954;RBI=0.0514615;REFB=0.000516231;REVB=-0.0291385;RO=53;SAF=23;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196116;STB=0.518138;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.000990706;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:14:23:32:21:14:23:32:22 chr11 55339829 . A G 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00503611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.627;QD=60.9142;RBI=0.0170822;REFB=-0.0163387;REVB=0.016323;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=1.1894e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:34:52:0:0:34:52:1:0 chr11 55340379 . T C 363.92 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0498124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5582;QD=16.3562;RBI=0.0656697;REFB=-0.0223937;REVB=0.042793;RO=50;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990973;STB=0.555528;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0320923;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:22:17:17:33:22:17:17:33 chr11 55406022 . C G,T 575.88 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=37,2;DP=39;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669744,0.0481435;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.588,74.2342;QD=59.0647;RBI=0.0750058,0.0511546;REFB=0,0;REVB=0.0337683,0.0172913;RO=0;SAF=22,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.82408e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00108767,0.163708;OID=.,.;OPOS=55406022,55406022;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:39:39:0:0:37,2:38,1:0.974359,0.025641:15,2:22,0:0:0:16,1:22,0:0:0 chr11 55418693 . T C 435.97 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.805;QD=54.4956;RBI=0.0452107;REFB=-0.15451;REVB=0.0143854;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00115435;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:13:18:0:0:13:18:1:0 chr11 55433040 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.013744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.316;QD=8.89954;RBI=0.0181944;REFB=-0.00467725;REVB=0.0119223;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218675;STB=0.513345;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.015196;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:17:9:4:7:17:9 chr11 55541098 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1384;QD=57.2375;RBI=0.0334487;REFB=0;REVB=-0.0246847;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042205;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr11 55541807 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0354583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.435;QD=13.0885;RBI=0.0354706;REFB=0.000515389;REVB=0.000932563;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740772;STB=0.54323;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.000314062;OID=.;OPOS=55541807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:17:10:7:9:17:10 chr11 55563336 . A T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0060725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.048;QD=9.49164;RBI=0.025991;REFB=-0.0154647;REVB=-0.0252717;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30003;STB=0.682526;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0169144;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:7:11:3:6:7:11 chr11 55563776 . T G 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.709;QD=58.9626;RBI=0.0344176;REFB=0;REVB=0.0162487;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03044e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:24:41:0:0:25:41:0:0 chr11 55587117 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.055;QD=61.336;RBI=0.0140724;REFB=0;REVB=0.0100369;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63061e-06;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr11 55587511 . A G 1273.27 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010708;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.131;QD=60.6318;RBI=0.0113847;REFB=0.00270682;REVB=0.0038666;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=3.9534e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:42:40:1:0:42:41:1:0 chr11 55587914 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0165178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.743;QD=21.8393;RBI=0.0316549;REFB=-0.00576107;REVB=0.0270037;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124989;STB=0.569977;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00924511;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:14:10:14:11:14:10 chr11 55606302 . G T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.359;QD=61.2133;RBI=0.0326572;REFB=0;REVB=0.0168559;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44148e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr11 55606818 . C T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00960507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.782;QD=55.5195;RBI=0.0101749;REFB=-0.128221;REVB=0.00335737;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=6.52763e-05;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:32:33:0.970588:11:21:0:0:11:22:1:0 chr11 55652963 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.723;QD=45.8068;RBI=0.0610614;REFB=0;REVB=0.0139818;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110246;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 55652971 . C A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.275;QD=43.0161;RBI=0.0267246;REFB=-0.0993124;REVB=0.00588832;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00208685;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:9:7:0:0:9:7:0:1 chr11 55653164 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.917;QD=53.9111;RBI=0.0289803;REFB=0;REVB=0.0141071;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42174e-05;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 55656483 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.233;QD=53.2772;RBI=0.00952843;REFB=0;REVB=0.00793502;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39154e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 55681494 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.205;QD=55.0976;RBI=0.0137528;REFB=0;REVB=0.00252286;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124495;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 55681999 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0108553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.824;QD=22.7239;RBI=0.0157666;REFB=-0.00757184;REVB=-0.0114345;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199272;STB=0.611005;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00627197;OID=.;OPOS=55681999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:4:12:10:10:4:12 chr11 55746891 . G A 2768.63 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7001;QD=62.568;RBI=0.00758136;REFB=0;REVB=0.00686275;RO=0;SAF=74;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59016e-06;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:103:74:0:0:103:74:0:0 chr11 55761221 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8209;QD=57.2361;RBI=0.00899089;REFB=0;REVB=0.00342752;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06058e-05;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr11 55761738 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.102;QD=58.2396;RBI=0.00187377;REFB=0;REVB=0.000523271;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28437e-06;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr11 55798152 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.62;QD=62.3509;RBI=0.00441291;REFB=0;REVB=-0.00429152;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57823e-06;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 55872876 . C T 2293.44 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.116;QD=63.7067;RBI=0.0412453;REFB=0;REVB=0.0111269;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1958e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:75:68:0:0:75:69:0:0 chr11 55873024 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.35;QD=60.255;RBI=0.00865327;REFB=0;REVB=0.0044225;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16437e-05;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr11 55873368 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.02;QD=59.1431;RBI=0.00598474;REFB=0;REVB=0.00465024;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6684e-06;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr11 55890257 . C T 2017.41 PASS AF=0.963768;AO=133;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0769141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3401;QD=58.4755;RBI=0.0773137;REFB=-0.0434233;REVB=-0.00785083;RO=5;SAF=66;SAR=67;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346515;STB=0.518245;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00133441;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:138:138:5:5:133:133:0.963768:67:66:5:0:67:66:5:0 chr11 56000403 . C G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.379;QD=62.3145;RBI=0.0217205;REFB=0;REVB=-0.0175438;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31955e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr11 56000600 . G T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0156081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.913;QD=13.9482;RBI=0.0167576;REFB=-0.00948879;REVB=-0.0060996;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110385;STB=0.574382;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0114085;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:8:9:11:15:8:9:11:16 chr11 56020049 . T C 376.06 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0160839;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.789;QD=17.9077;RBI=0.0260028;REFB=-0.000830086;REVB=0.0204317;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753536;STB=0.536567;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00108624;OID=.;OPOS=56020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:45:39:39:0.464286:19:20:20:26:19:20:20:25 chr11 56043604 . A G 1546.31 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.696;QD=63.7652;RBI=0.0428796;REFB=0;REVB=0.00544886;RO=0;SAF=26;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2758e-05;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:68:26:0:0:69:28:0:0 chr11 56043702 . G C 754.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.119;QD=56.9254;RBI=0.0568938;REFB=0;REVB=0.0536129;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187284;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr11 56058197 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.456;QD=61.6953;RBI=0.0305577;REFB=0;REVB=0.0294818;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10784e-05;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr11 56086147 . T G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.331;QD=62.0205;RBI=0.0425385;REFB=0;REVB=0.0305669;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704405;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 56113516 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.729;QD=60.6098;RBI=0.023429;REFB=0;REVB=0.0229242;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102222;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr11 56113575 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.005;QD=59.5008;RBI=0.00736167;REFB=0;REVB=-0.00727617;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18737e-05;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr11 56113593 . C A 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856411;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.607;QD=61.5432;RBI=0.0205189;REFB=0;REVB=-0.0186462;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23807e-05;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:1:0:80:80:1:39:41:0:1:39:41:0:0 chr11 56127746 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.817;QD=63.872;RBI=0.0352016;REFB=0;REVB=0.0351355;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20802e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 56128524 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.229;QD=57.0001;RBI=0.0205422;REFB=0;REVB=0.0186559;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57753e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr11 56143156 . C T 1513.39 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.688;QD=59.9362;RBI=0.0254271;REFB=0;REVB=0.0228358;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75702e-05;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:60:40:0:0:60:41:0:0 chr11 56143158 . A G 1606.34 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.946;QD=64.2536;RBI=0.0437491;REFB=0;REVB=0.031509;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210211;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr11 56143592 . C T 707.16 PASS AF=0.791667;AO=56;DP=72;FAO=57;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0282512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.75;QD=39.2866;RBI=0.0296548;REFB=-0.0303438;REVB=-0.00901541;RO=16;SAF=32;SAR=24;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764969;STB=0.551085;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00716837;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:16:15:56:57:0.791667:24:32:12:4:25:32:12:3 chr11 56143690 . C A 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0534737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.657;QD=9.19048;RBI=0.0569557;REFB=-0.00310194;REVB=-0.0196089;RO=43;SAF=12;SAR=8;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625802;STB=0.52629;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.018003;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:8:12:28:15:8:12:28:16 chr11 56143716 . TG CA 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00615594;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.574;QD=4.11608;RBI=0.00929485;REFB=-0.00142201;REVB=0.0069641;RO=51;SAF=4;SAR=7;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250661;STB=0.665411;STBP=0.262;TYPE=mnp;VARB=0.00737408;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:7:4:29:22:7:4:29:22 chr11 56143723 . T C 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=7.79723e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.139;QD=3.13452;RBI=0.0049354;REFB=0.00221519;REVB=-0.00493478;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792323;STB=0.555432;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0129715;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:5:4:27:26:5:4:27:26 chr11 56143725 . C G 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00681537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.963;QD=2.44617;RBI=0.0300518;REFB=0.00130192;REVB=-0.0292688;RO=57;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524343;STB=0.538366;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0294181;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:4:4:31:26:4:4:31:26 chr11 56184888 . G A 2043.93 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.98;QD=62.41;RBI=0.00599093;REFB=0;REVB=0.00186791;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87045e-06;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:73:57:0:0:73:58:0:0 chr11 56185345 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.252;QD=58.5877;RBI=0.0585509;REFB=0;REVB=0.0577577;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481603;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 56294338 . G A 1411.98 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00220329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.975;QD=60.7303;RBI=0.0144432;REFB=-0.038908;REVB=0.0142742;RO=2;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193374;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000147205;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:93:2:1:90:92:0.989247:48:42:0:2:50:42:0:1 chr11 56309889 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00562604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.367;QD=12.6376;RBI=0.00622068;REFB=-0.00421819;REVB=0.00265415;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.58702;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00655154;OID=.;OPOS=56309889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:10:11:5:8:10:11 chr11 56310222 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1538;QD=54.5148;RBI=0.0428386;REFB=0;REVB=0.0337479;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128945;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 56344993 . C A 1368.84 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.949;QD=62.2199;RBI=0.0168993;REFB=0;REVB=0.0160398;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0713e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:53:30:0:0:58:30:0:0 chr11 56380134 . C G 976.25 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647876;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.241;QD=59.1668;RBI=0.0590376;REFB=0;REVB=0.058681;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068594;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:58:66:1:20:38:0:0:27:39:0:0 chr11 56431216 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.908;QD=62.3145;RBI=0.0294981;REFB=0;REVB=0.0287119;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10314e-05;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr11 56467881 . T C 270.42 PASS AF=0.291339;AO=37;DP=127;FAO=37;FDP=127;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0137292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8285;QD=8.51723;RBI=0.01797;REFB=0.00686857;REVB=0.0115943;RO=90;SAF=20;SAR=17;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355117;STB=0.520911;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0141485;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:90:90:37:37:0.291339:17:20:46:44:17:20:46:44 chr11 56467926 . A G 471.83 PASS AF=0.34104;AO=59;DP=174;FAO=59;FDP=173;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.026667;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.486;QD=10.9092;RBI=0.0269559;REFB=0.00229431;REVB=-0.00393556;RO=114;SAF=27;SAR=32;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487904;STB=0.527981;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00680407;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:114:114:59:59:0.34104:32:27:57:57:32:27:57:57 chr11 56467945 . G T 752.55 PASS AF=0.415385;AO=81;DP=198;FAO=81;FDP=195;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0167541;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.125;QD=15.4369;RBI=0.0171569;REFB=-0.00588702;REVB=-0.00369618;RO=116;SAF=38;SAR=43;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381829;STB=0.502668;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00785101;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:195:116:114:81:81:0.415385:43:38:54:62:43:38:54:60 chr11 56468020 . TG CA 558.59 PASS AF=0.343137;AO=70;DP=204;FAO=70;FDP=204;FR=.;FRO=134;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=-0.0186009;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.762;QD=10.9527;RBI=0.0201694;REFB=-0.00754137;REVB=-0.00779828;RO=131;SAF=23;SAR=47;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190681;STB=0.617304;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.0162144;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:131:134:70:70:0.343137:47:23:64:67:47:23:67:67 chr11 56468044 . T G 2674.96 PASS AF=0.951872;AO=178;DP=188;FAO=178;FDP=187;FR=.;FRO=9;FSAF=76;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00677702;FXX=0.0105815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.788;QD=57.2184;RBI=0.0152428;REFB=-0.0150696;REVB=-0.0136534;RO=4;SAF=76;SAR=102;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182991;STB=0.510097;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=8.33515e-05;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:188:187:4:9:178:178:0.951872:102:76:0:4:102:76:2:7 chr11 56468047 . AC GT 2880.24 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211472;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.205;QD=62.9561;RBI=0.0274586;REFB=0;REVB=0.0175149;RO=0;SAF=79;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000306564;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:182:183:1:103:79:0:0:103:80:0:0 chr11 56468111 . C T 507.68 PASS AF=0.38;AO=56;DP=150;FAO=57;FDP=150;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0181806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.581;QD=13.5382;RBI=0.0186353;REFB=-0.00757915;REVB=-0.00409144;RO=93;SAF=24;SAR=32;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225036;STB=0.507934;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00977124;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:93:93:56:57:0.38:32:24:38:55:33:24:38:55 chr11 56468198 . A G 297.04 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0429592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.767;QD=14.1445;RBI=0.0673167;REFB=-0.0125525;REVB=-0.051827;RO=50;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847959;STB=0.554863;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0209558;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:50:33:34:0.404762:12:21:28:22:12:22:28:22 chr11 56468200 . C T 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0141936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2969;QD=13.9611;RBI=0.027958;REFB=-0.00164666;REVB=0.0240871;RO=52;SAF=23;SAR=11;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114739;STB=0.565534;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00264839;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:11:23:30:22:11:23:30:22 chr11 56468202 . G A 305.53 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00550951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.147;QD=14.2105;RBI=0.0330363;REFB=-0.026563;REVB=0.0325737;RO=51;SAF=23;SAR=11;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101629;STB=0.563839;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0359541;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:34:35:0.406977:11:23:30:21:11:24:30:21 chr11 56468212 . G A 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00469326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.861;QD=15.0112;RBI=0.0206604;REFB=-0.0208028;REVB=-0.0201203;RO=53;SAF=25;SAR=12;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398288;STB=0.522577;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0161579;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:12:25:34:19:12:25:34:19 chr11 56468259 . C T 713.67 PASS AF=0.628866;AO=61;DP=97;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0105201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.113;QD=29.4298;RBI=0.0107972;REFB=-0.0633137;REVB=0.00243071;RO=33;SAF=48;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107857;STB=0.548294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0210401;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:33:36:61:61:0.628866:13:48:22:11:13:48:25:11 chr11 56468368 . C T 276.44 PASS AF=0.261438;AO=40;DP=153;FAO=40;FDP=153;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.00655449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.138;QD=7.22725;RBI=0.0416447;REFB=-0.0151178;REVB=-0.0411257;RO=113;SAF=25;SAR=15;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140856;STB=0.584264;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0306542;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:113:113:40:40:0.261438:15:25:58:55:15:25:58:55 chr11 56468403 . G A 226.42 PASS AF=0.234483;AO=34;DP=145;FAO=34;FDP=145;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00166711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0051;QD=6.24608;RBI=0.00215293;REFB=-0.00198625;REVB=0.00136231;RO=111;SAF=22;SAR=12;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246758;STB=0.650114;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0124829;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:111:111:34:34:0.234483:12:22:50:61:12:22:50:61 chr11 56468416 . G A 167.86 PASS AF=0.202899;AO=28;DP=138;FAO=28;FDP=138;FR=.;FRO=110;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0613921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2629;QD=4.8656;RBI=0.0697448;REFB=-0.0123178;REVB=-0.0330961;RO=110;SAF=13;SAR=15;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358554;STB=0.522427;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0529865;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:110:110:28:28:0.202899:15:13:48:62:15:13:48:62 chr11 56468440 . G T 141.47 PASS AF=0.186567;AO=25;DP=132;FAO=25;FDP=134;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.0990394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5811;QD=4.22312;RBI=0.0990696;REFB=-0.00209578;REVB=-0.0024458;RO=107;SAF=14;SAR=11;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16461;STB=0.596374;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0131199;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:107:109:25:25:0.186567:11:14:46:61:11:14:48:61 chr11 56468448 . AA GT 121.17 PASS AF=0.181818;AO=22;DP=122;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.0277814;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=2;MLLD=134.659;QD=4.00561;RBI=0.0281003;REFB=-0.00450009;REVB=-0.00422184;RO=98;SAF=13;SAR=9;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204259;STB=0.626277;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.0145024;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:98:99:22:22:0.181818:9:13:42:56:9:13:43:56 chr11 56468452 . A C 112.63 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.0594213;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7938;QD=3.72317;RBI=0.0636357;REFB=0.000530111;REVB=-0.0227732;RO=100;SAF=12;SAR=9;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178287;STB=0.615277;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00646653;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:100:100:21:21:0.173554:9:12:43:57:9:12:43:57 chr11 56468493 . A G 171.07 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=116;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0173281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7059;QD=5.89883;RBI=0.0328435;REFB=-0.00184759;REVB=0.0279004;RO=89;SAF=16;SAR=11;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959241;STB=0.558818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00540619;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:89:27:27:0.232759:11:16:46:43:11:16:46:43 chr11 56468554 . A C 278.52 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.0144204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9121;QD=8.43984;RBI=0.0184733;REFB=0.00399307;REVB=-0.0115462;RO=94;SAF=28;SAR=10;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244269;STB=0.645309;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00939987;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:94:94:38:38:0.287879:10:28:52:42:10:28:52:42 chr11 56468560 . TA CG 313.29 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0094651;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.122;QD=9.42221;RBI=0.0117858;REFB=-0.0104421;REVB=-0.00702264;RO=90;SAF=31;SAR=10;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278661;STB=0.665479;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.0233144;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:90:92:41:41:0.308271:10:31:49:41:10:31:50:42 chr11 56468637 . C T 339.16 PASS AF=0.291925;AO=47;DP=161;FAO=47;FDP=161;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.01249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.957;QD=8.42647;RBI=0.0259099;REFB=-0.0300184;REVB=0.0227007;RO=112;SAF=27;SAR=20;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111333;STB=0.571398;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0427452;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:112:114:47:47:0.291925:20:27:54:58:20:27:54:60 chr11 56468646 . C T 356.77 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=166;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.0198876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.239;QD=8.59677;RBI=0.0211494;REFB=-0.000335229;REVB=0.00719587;RO=116;SAF=27;SAR=22;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112856;STB=0.568811;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000733123;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:116:117:49:49:0.295181:22:27:53:63:22:27:53:64 chr11 56468694 . C T 212.5 PASS AF=0.244275;AO=32;DP=131;FAO=32;FDP=131;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.00496182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.277;QD=6.48866;RBI=0.00517153;REFB=0.00275681;REVB=0.00145778;RO=99;SAF=15;SAR=17;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12071;STB=0.572696;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00683966;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:99:99:32:32:0.244275:17:15:37:62:17:15:37:62 chr11 56468699 . T A 207.09 PASS AF=0.252033;AO=31;DP=124;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=-0.00713725;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.976;QD=6.73447;RBI=0.0172039;REFB=-0.0129354;REVB=-0.0156535;RO=91;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194522;STB=0.61072;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.022413;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:91:92:31:31:0.252033:16:15:30:61:16:15:31:61 chr11 56468704 . T C 208.27 PASS AF=0.256198;AO=31;DP=121;FAO=31;FDP=121;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=0.00713276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8027;QD=6.88478;RBI=0.0105607;REFB=-0.0171036;REVB=0.00778798;RO=90;SAF=14;SAR=17;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151404;STB=0.590306;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0340298;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:90:90:31:31:0.256198:17:14:30:60:17:14:30:60 chr11 56468720 . T C 208.01 PASS AF=0.272727;AO=29;DP=109;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=0.00540687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.613;QD=7.56385;RBI=0.00682818;REFB=-0.0108052;REVB=-0.00417011;RO=80;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173409;STB=0.614268;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0259517;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:80:80:29:30:0.272727:16:13:25:55:16:14:25:55 chr11 56508525 . A G 729.52 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.369;QD=59.553;RBI=0.0356776;REFB=-0.120043;REVB=0.0133808;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348091;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00138428;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:2:1:47:48:0.979592:21:26:2:0:21:27:1:0 chr11 56510672 . T C 175.96 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.931;QD=46.9219;RBI=0.0372314;REFB=0;REVB=-0.0323465;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103875;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:6:7:0:0:7:8:0:0 chr11 56756399 . G T 811.52 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0087799;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.308;QD=54.1012;RBI=0.00993008;REFB=-0.0167129;REVB=-0.00463894;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039261;STB=0.520826;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-4.11686e-05;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:2:2:58:58:0.966667:23:35:0:2:23:35:0:2 chr11 56756664 . G A 1374.94 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7171;QD=62.4971;RBI=0.0305702;REFB=0;REVB=-0.0302565;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259382;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:37:49:0:0:37:51:0:0 chr11 56956516 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.414;QD=56.9569;RBI=0.0598739;REFB=0;REVB=-0.0557377;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777835;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr11 57004343 . TG T,TT 389.08 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,24;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179583,0.00280821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=321.604,349.751;QD=55.5823;RBI=0.0618991,0.0645115;REFB=0,0;REVB=0.061873,0.0644504;RO=0;SAF=0,8;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0642799,0.00130623;OID=.,.;OPOS=57004344,57004344;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:3,24:28:1,27:28:0:1,8:0,19:0:0:4:0:0,8:3,16:0:0 chr11 57070055 . C T 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00634884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.233;QD=20.7519;RBI=0.00741229;REFB=-0.00321939;REVB=0.00382548;RO=42;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115598;STB=0.56373;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00483865;OID=.;OPOS=57070055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:26:18:12:30:26:18:12:30 chr11 57077464 . T C 262.57 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000687429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1488;QD=16.158;RBI=0.00159974;REFB=-0.00928789;REVB=0.00144451;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.57138;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0115688;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:10:19:19:16:10:20:19:16 chr11 57081197 . G C 103.38 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0112031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1003;QD=9.84547;RBI=0.0657146;REFB=-0.0141999;REVB=0.0647526;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132665;STB=0.580516;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0303278;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:4:9:17:12:4:9:17:12 chr11 57093934 . GTTC G 138.29 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00091249;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.049;QD=8.78057;RBI=0.00269787;REFB=-0.0170433;REVB=-0.00253887;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313493;STB=0.52379;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.0255498;OID=.;OPOS=57093935;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:24:62:24:63:39:12:12:18:21:99:32:12:12:17:15 chr11 57137371 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0101041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.657;QD=16.7506;RBI=0.0178594;REFB=-0.0176107;REVB=-0.0147263;RO=39;SAF=25;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081251;STB=0.545823;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0254503;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:8:25:27:12:8:25:27:12 chr11 57137424 . C T 274.04 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0717989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8125;QD=15.2242;RBI=0.0722055;REFB=-0.00261909;REVB=0.00765184;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275628;STB=0.503595;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00555351;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:10:21:27:13:10:21:28:13 chr11 57147016 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.814;QD=61.3756;RBI=0.014763;REFB=0;REVB=-0.00764462;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21054e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr11 57148175 . A G 1422.22 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628699;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.723;QD=63.2096;RBI=0.0062892;REFB=0;REVB=-0.000166974;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013448;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr11 57155001 . G A 3116.83 PASS AF=0.994924;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.129;QD=63.286;RBI=0.0373104;REFB=-0.087708;REVB=0.0184182;RO=1;SAF=71;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379504;STB=0.501992;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00028843;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:197:1:1:196:196:0.994924:125:71:0:1:125:71:0:1 chr11 57155288 . T C 3256.74 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020144;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.789;QD=61.7392;RBI=0.0371871;REFB=-0.0325329;REVB=0.0312585;RO=1;SAF=94;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102247;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:1:0:211:211:1:117:94:0:1:117:94:0:0 chr11 57157405 . A G 55.22 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00876289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.824;QD=13.8056;RBI=0.100252;REFB=-0.00141084;REVB=-0.0998688;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46433;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0047701;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:16:8:8:6:6:0.375:5:1:5:3:5:1:5:3 chr11 57268808 . G T 248.22 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00780533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.348;QD=25.4587;RBI=0.0159928;REFB=-0.0343593;REVB=0.0139588;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174738;STB=0.585293;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.035378;OID=.;OPOS=57268808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:22:23:0.589744:10:12:5:11:11:12:5:11 chr11 57313469 . C G 3168.57 PASS AF=0.961373;AO=214;DP=233;FAO=224;FDP=233;FR=.;FRO=9;FSAF=104;FSAR=120;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0200587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5677;QD=54.3961;RBI=0.0807236;REFB=-0.106696;REVB=0.0781917;RO=18;SAF=104;SAR=110;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553838;STB=0.505087;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0254899;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:233:233:18:9:214:224:0.961373:110:104:2:16:120:104:3:6 chr11 57353983 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.373;QD=56.1916;RBI=0.00205211;REFB=0;REVB=-0.00113964;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54513e-06;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 57463500 . T C 613.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7411;QD=61.3207;RBI=0.0752303;REFB=0;REVB=0.0549501;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75153e-05;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 57468129 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.772;QD=60.715;RBI=0.0540124;REFB=0;REVB=0.0206773;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131233;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr11 57509690 . G A 687.43 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00333192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.013;QD=22.1751;RBI=0.00392849;REFB=-0.0209461;REVB=0.00208117;RO=57;SAF=32;SAR=35;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555208;STB=0.530421;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0170463;OID=.;OPOS=57509690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:57:67:67:0.540323:35:32:31:26:35:32:31:26 chr11 57571232 . C T 753.57 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.999;QD=61.5156;RBI=0.0197811;REFB=-0.0167383;REVB=0.0169852;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000203744;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:0:1:30:18:0:1 chr11 57798723 . A G 346.81 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00342011;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.708;QD=19.2673;RBI=0.00348239;REFB=-0.000992533;REVB=0.000655677;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246848;STB=0.63712;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000841238;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:14:22:12:24:14:22:12:24 chr11 57798798 . A T 411.99 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00459103;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.045;QD=20.8601;RBI=0.0218979;REFB=-0.0123346;REVB=-0.0214112;RO=35;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924912;STB=0.521729;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0147294;OID=.;OPOS=57798798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:38:40:41:0.518987:22:18:12:23:23:18:15:23 chr11 57798942 . A G 361.6 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=33;FWDB=0.143689;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.709;QD=20.0886;RBI=0.144185;REFB=-0.00066887;REVB=-0.0119494;RO=34;SAF=6;SAR=31;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190265;STB=0.607546;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000949509;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:31:6:2:32:31:6:2:33 chr11 57799371 . G C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00677637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.045;QD=14.6497;RBI=0.00721193;REFB=-0.00418296;REVB=-0.00246833;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00568301;OID=.;OPOS=57799371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:7:12:8:6:7:12 chr11 57947264 . C G 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0289985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.87;QD=17.4231;RBI=0.0290716;REFB=-0.0258612;REVB=-0.00206132;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094095;STB=0.552598;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0269461;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:22:12:14:17:22:12 chr11 57948952 . G A 380.66 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451406;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.986;QD=56.3943;RBI=0.0463549;REFB=0;REVB=0.0105408;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574589;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr11 57958775 . C T 1066.07 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.339;QD=58.4146;RBI=0.0184404;REFB=-0.0829698;REVB=0.00606309;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000570972;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:32:40:0:1:32:40:0:1 chr11 57958972 . C A 772.62 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0536;QD=61.8095;RBI=0.0237284;REFB=0.00557291;REVB=-0.0168432;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014941;STB=0.507933;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000661713;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:18:31:1:0:18:31:1:0 chr11 57971171 . C T 49.04 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0169301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.269;QD=4.00363;RBI=0.0187882;REFB=-0.0324632;REVB=-0.00814664;RO=37;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30029;STB=0.691801;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0379003;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:49:37:41:8:8:0.163265:6:2:18:19:6:2:19:22 chr11 57971195 . G A 767.94 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.76;QD=63.9947;RBI=0.0668043;REFB=0;REVB=0.0254281;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339892;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:23:25:0:0 chr11 57971201 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.801;QD=63.8708;RBI=0.0401679;REFB=0;REVB=0.0167637;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44933e-05;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr11 57982229 . A G 1067.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136462;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.729;QD=60.1364;RBI=0.0192029;REFB=0;REVB=-0.0135105;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42081e-06;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr11 57982584 . T C 853.43 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5677;QD=55.9629;RBI=0.0236478;REFB=0;REVB=0.0164956;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369811;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:35:26:0:0 chr11 57982620 . A G 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.177;QD=58.237;RBI=0.0221138;REFB=0;REVB=-0.00110909;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56569e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr11 57982726 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.627;QD=60.6102;RBI=0.0326419;REFB=0;REVB=0.0261812;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015571;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 57982763 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.375;QD=57.1998;RBI=0.0435473;REFB=0;REVB=0.0351596;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735233;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr11 57982832 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0952;QD=49.599;RBI=0.114194;REFB=0;REVB=0.101936;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588653;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 57982896 . G T 876.6 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00970755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.033;QD=55.6574;RBI=0.0101764;REFB=-0.0675342;REVB=0.00305332;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-4.59544e-06;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:24:37:1:0:24:38:1:0 chr11 57983194 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.778;QD=62.6667;RBI=0.102259;REFB=0;REVB=0.00385861;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130578;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 57995777 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0108779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.988;QD=23.088;RBI=0.0168293;REFB=-0.0472086;REVB=0.0128412;RO=18;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110635;STB=0.562103;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0128427;OID=.;OPOS=57995777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:6:16:11:7:6:16:11:7 chr11 57996312 . C G 1255.78 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.457;QD=59.7993;RBI=0.0107314;REFB=0;REVB=0.00209863;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326063;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:84:0:0:81:84:1:49:32:0:0:52:32:0:0 chr11 58034543 . C T 374.14 PASS AF=0.4;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0120346;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.622;QD=13.6051;RBI=0.0194822;REFB=-0.00875121;REVB=-0.0153207;RO=65;SAF=24;SAR=20;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232051;STB=0.634088;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0136664;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:66:44:44:0.4:20:24:21:44:20:24:21:45 chr11 58123152 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.157;QD=57.8848;RBI=0.0148935;REFB=0;REVB=0.0132247;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73212e-05;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr11 58125620 . T A,C 1205.52 PASS AF=0.0375,0.9625;AO=3,77;DP=80;FAO=3,77;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=3,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419853,-0.022207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.745,102.874;QD=60.2759;RBI=0.0523444,0.0708079;REFB=0,0;REVB=-0.0521758,-0.0672355;RO=0;SAF=0,33;SAR=3,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.58027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147443,-0.00307682;OID=.,.;OPOS=58125620,58125620;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:80:80:0:0:3,77:3,77:0.0375,0.9625:3,44:0,33:0:0:3,44:0,33:0:0 chr11 58126305 . A T 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.006;QD=50.5681;RBI=0.0142744;REFB=-0.000486792;REVB=-0.00800798;RO=3;SAF=23;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214323;STB=0.511404;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=3.28665e-06;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:26:23:2:1:26:23:2:1 chr11 58126479 . G A 428.63 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00303095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.015;QD=22.2662;RBI=0.0114139;REFB=-0.0180824;REVB=0.0110041;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670518;STB=0.53027;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00506075;OID=.;OPOS=58126479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:22:20:19:15:22:20:19:16 chr11 58170780 . T A 53.86 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0111061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.882;QD=9.79331;RBI=0.0150094;REFB=-0.0310516;REVB=0.0100963;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301111;STB=0.636048;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0410513;OID=.;OPOS=58170780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:22:14:14:7:8:0.363636:3:4:4:10:4:4:4:10 chr11 58190136 . A G 156.44 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00108841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.29;QD=24.0674;RBI=0.0161993;REFB=0.00797924;REVB=0.0161627;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045353;STB=0.514688;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00295959;OID=.;OPOS=58190136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:9:7:4:5:9:7:4:6 chr11 58190415 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00891793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.833;QD=13.9483;RBI=0.0217003;REFB=-0.00632602;REVB=-0.0197831;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226781;STB=0.631428;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00846392;OID=.;OPOS=58190415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:10:17:7:10:10:17 chr11 58207204 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.957;QD=61.5361;RBI=0.0368989;REFB=0;REVB=0.0135427;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78644e-05;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:50:30:0:0:51:30:0:0 chr11 58318619 . C G 404.26 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0104439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.321;QD=17.0216;RBI=0.0340442;REFB=-0.000796438;REVB=-0.0324027;RO=53;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160655;STB=0.590113;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000493597;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:17:25:23:30:17:25:23:30 chr11 58478084 . T C 2287.45 PASS AF=0.979866;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00462807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9883;QD=61.4081;RBI=0.0098165;REFB=-0.0401649;REVB=0.00865705;RO=3;SAF=82;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886362;STB=0.504662;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000653316;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:149:149:3:3:146:146:0.979866:64:82:1:2:64:82:1:2 chr11 58892422 . AC ACA,CA 30.6 PASS AF=0.166667,0.0833333;AO=3,3;DP=28;FAO=4,2;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=2,2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0447783,0.0027941;FXX=0.0768935;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=22.1262,34.3893;QD=5.10077;RBI=0.117871,0.00360488;REFB=-0.0271155,-0.0177091;REVB=0.109034,-0.00227775;RO=21;SAF=2,0;SAR=1,3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107737,-0.617382;STB=0.635733,0.996019;STBP=0.548,0.088;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0903746,0.102405;OID=.,.;OPOS=58892424,58892422;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:28:24:21:18:3,3:4,2:0.166667,0.0833333:1,3:2,0:12:9:2,2:2,0:12:6 chr11 58892558 . C T 203.39 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0176576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.57;QD=21.9875;RBI=0.0227369;REFB=-0.0333394;REVB=0.014324;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228917;STB=0.621507;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.030496;OID=.;OPOS=58892558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:17:18:20:0.540541:9:9:13:4:10:10:13:4 chr11 58894253 . T C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0106376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.48;QD=16.533;RBI=0.0106538;REFB=0.00311226;REVB=0.000587085;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571379;STB=0.532057;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00281316;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:20:15:16:27:20:15:16:27 chr11 58894303 . G T 235.41 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0587721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5952;QD=13.2628;RBI=0.067518;REFB=-0.0235335;REVB=0.0332343;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361541;STB=0.520647;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0291825;OID=.;OPOS=58894303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:17:26:16:12:17:26 chr11 58894368 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.038252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.119;QD=6.26139;RBI=0.0420787;REFB=0.0163605;REVB=-0.0175329;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294231;STB=0.651796;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0955005;OID=.;OPOS=58894368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:4:3:4:16:4:3:5:16 chr11 58919813 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0026517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.686;QD=18.3451;RBI=0.0381586;REFB=0.00517187;REVB=0.0380663;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527849;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00530855;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:10:7:8:9:10:7:9:9 chr11 58940178 . GCCCC GCCC,GCCCG,GGCCC 196.66 PASS AF=0.75,0.15,0.1;AO=10,3,4;DP=22;FAO=15,3,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3,2;FSAR=6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347711,0.00956834,0.0448072;FXX=0.130378;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=15.6177,142.726,9.65366;QD=39.3328;RBI=0.22586,0.0102223,0.209279;REFB=0,0,0;REVB=0.223168,0.00359751,0.204426;RO=3;SAF=9,3,2;SAR=1,0,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.516359,0.767807,0.357477;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0209526,0.0161873,0.119366;OID=.,.,.;OPOS=58940179,58940182,58940179;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.15,0.1:10,3,4:22:15,3,2:20:0:9,3,2:6,0,0:0:0:18:3:9,3,2:1,0,2:0:3 chr11 58940278 . G T 53.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0127098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.367;QD=7.62705;RBI=0.0164939;REFB=0.00964705;REVB=-0.0105124;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0273104;OID=.;OPOS=58940278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:9:11:4:4:9:11 chr11 58973982 . GTA G 374.97 PASS AF=0.6;AO=33;DP=70;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0165531;FXX=0.104462;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.734;QD=24.9977;RBI=0.0234885;REFB=-0.0530862;REVB=0.0166645;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733957;STB=0.523609;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=0.032406;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:33:70:36:60:24:14:22:8:16:99:26:13:20:8:18 chr11 58978940 . C T 401.2 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0128967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0803;QD=16.3753;RBI=0.0264302;REFB=-0.0115814;REVB=-0.0230701;RO=56;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965075;STB=0.554238;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00874483;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:20:22:24:32:20:22:24:32 chr11 58982071 . C T 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00467739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.743;QD=24.7803;RBI=0.0184741;REFB=-0.00870049;REVB=-0.0178721;RO=27;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681079;STB=0.537295;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00557783;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:20:20:16:11:20:20:16:11 chr11 59058590 . C G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000475998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.206;QD=60.7162;RBI=0.0430333;REFB=0;REVB=0.0430307;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9621e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr11 59132798 . G C 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.118;QD=60.7139;RBI=0.044801;REFB=0;REVB=0.0416094;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029387;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr11 59132882 . A G 520.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.24987e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.967;QD=59.4602;RBI=0.0193585;REFB=0;REVB=0.0193584;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77196e-05;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr11 59211188 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.943;QD=55.6053;RBI=0.031631;REFB=0.0229203;REVB=-0.00612967;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000130017;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:22:36:0:0:22:36:0:1 chr11 59211265 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.748;QD=59.4302;RBI=0.0526605;REFB=0;REVB=0.0297697;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356783;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 59224720 . A G 1606.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.918;QD=64.2694;RBI=0.042153;REFB=0;REVB=-0.00815848;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4505e-05;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:49:50:0:0:49:51:0:0 chr11 59271637 . T C 243.76 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0120484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.387;QD=15.235;RBI=0.013234;REFB=-0.0184447;REVB=0.00547491;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119353;STB=0.567708;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0288995;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:17:19:18:10:17:19 chr11 59323951 . G A 2205.59 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00198678;FXX=0.00657851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.299;QD=58.4262;RBI=0.00587809;REFB=-0.03103;REVB=-0.00553214;RO=2;SAF=62;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211081;STB=0.505046;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=1.78719e-05;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:2:3:148:148:0.980132:86:62:1:1:86:62:2:1 chr11 59341915 . A G 44.57 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0137231;FXX=0.0217344;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.4488;QD=3.96221;RBI=0.0515383;REFB=-0.0388626;REVB=0.0496777;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246737;STB=0.629241;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.113088;OID=.;OPOS=59341915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:46:45:31:35:7:7:0.155556:2:5:16:15:2:5:20:15 chr11 59480951 . T C 639.46 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.115;QD=60.9008;RBI=0.029491;REFB=0;REVB=0.0173735;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009061;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:22:18:0:0:23:19:0:0 chr11 59623433 . G A 428.65 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00345956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.685;QD=22.2676;RBI=0.00560248;REFB=-0.00782307;REVB=-0.00440672;RO=35;SAF=12;SAR=30;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183551;STB=0.601609;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00562835;OID=.;OPOS=59623433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:30:12:17:18:30:12:17:18 chr11 59631479 . C T 599.59 PASS AF=0.366492;AO=70;DP=192;FAO=70;FDP=191;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0358015;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2382;QD=12.5568;RBI=0.0444595;REFB=-0.00441874;REVB=-0.026361;RO=120;SAF=21;SAR=49;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235402;STB=0.637029;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00491388;OID=.;OPOS=59631479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:120:121:70:70:0.366492:49:21:60:60:49:21:61:60 chr11 59946302 . C T 288.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.564;QD=52.4623;RBI=0.0110355;REFB=0;REVB=-0.0064304;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13728e-06;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr11 59947252 . C T 1283.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.468;QD=61.8403;RBI=0.0258707;REFB=0;REVB=0.00328356;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100132;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr11 60050125 . A G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00998733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.693;QD=20.563;RBI=0.0163445;REFB=-0.00274583;REVB=-0.0129382;RO=31;SAF=9;SAR=26;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133026;STB=0.574088;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0041419;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:26:9:12:19:26:9:12:19 chr11 60057525 . T C 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=0.00836351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9663;QD=16.9229;RBI=0.0196841;REFB=-0.0226712;REVB=0.017819;RO=40;SAF=22;SAR=12;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202378;STB=0.612186;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0329413;OID=.;OPOS=60057525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:12:22:33:7:12:22:33:7 chr11 60059810 . A G 287.31 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0756621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7846;QD=16.9007;RBI=0.0789802;REFB=-0.0325031;REVB=-0.022652;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306711;STB=0.660848;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0369784;OID=.;OPOS=60059810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:32:32:0.470588:15:17:7:28:15:17:8:28 chr11 60070176 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0285224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.13;QD=14.6506;RBI=0.0352724;REFB=-0.0116887;REVB=0.0207512;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282245;STB=0.660243;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.013031;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:21:10:14:9:21:10 chr11 60073597 . C T 2454.59 PASS AF=0.993827;AO=162;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00283474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0794;QD=60.6071;RBI=0.0188038;REFB=0.0112828;REVB=0.0185889;RO=0;SAF=72;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=6.81263e-05;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:162:161:0.993827:90:72:0:0:89:72:0:1 chr11 60102384 . A G 541.8 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00670424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.5;QD=22.3424;RBI=0.0067154;REFB=0.00901833;REVB=-0.000386932;RO=44;SAF=28;SAR=23;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749284;STB=0.539269;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00709075;OID=.;OPOS=60102384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:46:51:51:0.525773:23:28:28:16:23:28:29:17 chr11 60102396 . A G 587.29 PASS AF=0.54;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0225837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=23.4918;RBI=0.0250097;REFB=-0.0198177;REVB=0.0107452;RO=46;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558672;STB=0.526708;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0205927;OID=.;OPOS=60102396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:46:46:53:54:0.54:23:30:29:17:23:31:29:17 chr11 60102507 . G T 512.79 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0262108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.568;QD=21.5913;RBI=0.0268962;REFB=0.0112379;REVB=0.00603325;RO=45;SAF=31;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103871;STB=0.567245;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0101209;OID=.;OPOS=60102507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:46:48:49:0.515789:17:31:24:21:17:32:24:22 chr11 60103096 . A C 173.02 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0384561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0779;QD=11.3454;RBI=0.0389703;REFB=-0.000145715;REVB=0.00630975;RO=39;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946195;STB=0.529384;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000345918;OID=.;OPOS=60103096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:21:22:0.360656:15:6:14:25:15:7:14:25 chr11 60103112 . T C 138.39 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0394945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.818;QD=11.7783;RBI=0.0394997;REFB=-0.00445991;REVB=0.000641766;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518407;STB=0.530687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00892013;OID=.;OPOS=60103112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:13:18:10:6:13:18 chr11 60152563 . T A 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.567;QD=63.6133;RBI=0.0537916;REFB=0;REVB=0.0441833;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115505;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr11 60152584 . G A 1575.13 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539427;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2005;QD=60.0048;RBI=0.0661187;REFB=0;REVB=-0.0382344;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18508e-05;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:64:41:0:0:64:41:0:0 chr11 60157107 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.533;QD=63.2866;RBI=0.034775;REFB=0;REVB=0.0331456;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91988e-05;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 60157166 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=364.01;QD=57.6807;RBI=0.0350262;REFB=0;REVB=-0.00504401;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71521e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1514.33 PASS AF=1;AO=121;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155724;FXX=0.0314936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.668;QD=49.2464;RBI=0.0265251;REFB=0;REVB=-0.0214728;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.53246e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:121:126:123:123:0:73:50:0:0:27:0:72:49:0:0 chr11 60172087 . C T 214.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.388;QD=47.7618;RBI=0.0676529;REFB=0;REVB=0.0157635;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00569315;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr11 60173360 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.229;QD=55.0987;RBI=0.0293492;REFB=0;REVB=0.0014098;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.992e-05;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 60184277 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.333;QD=59.435;RBI=0.0264224;REFB=0;REVB=0.0224862;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19857e-05;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr11 60202892 . G T 205.75 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0277435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.474;QD=23.5139;RBI=0.0291334;REFB=-0.0207029;REVB=-0.00889142;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287539;STB=0.658094;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0195087;OID=.;OPOS=60202892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:12:8:1:14:12:8:1:14 chr11 60264947 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.371;QD=62.3488;RBI=0.0663408;REFB=0;REVB=0.0612205;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468386;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr11 60265002 . C T 208.43 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=8.74036e-05;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.648;QD=13.4469;RBI=0.0325761;REFB=-0.00456321;REVB=-0.032576;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173543;STB=0.615293;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0040299;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:37:24:25:0.403226:10:14:15:21:10:15:15:22 chr11 60285575 . A G 1841.72 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552234;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.517;QD=61.9067;RBI=0.00837723;REFB=0;REVB=0.00629934;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52385e-05;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:117:119:1:54:63:0:0:56:63:0:0 chr11 60291413 . C T 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0155205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.927;QD=16.45;RBI=0.0156982;REFB=-0.00781151;REVB=0.00235521;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330732;STB=0.684672;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0133585;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:14:22:12:33:14:22:12:33 chr11 60531346 . T G 937.79 PASS AF=1;AO=41;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.314;QD=58.6121;RBI=0.14637;REFB=0;REVB=0.145735;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609345;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:41:64:1:15:26:0:0:33:31:0:0 chr11 60559805 . A G 1227.38 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.119;QD=61.3692;RBI=0.0337554;REFB=0;REVB=0.0300772;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153475;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr11 60610065 . G A 629.22 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.191;QD=57.2013;RBI=0.0296269;REFB=-0.143026;REVB=0.00349893;RO=1;SAF=7;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624128;STB=0.526303;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0013002;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:35:7:1:0:35:7:1:1 chr11 60620585 . A G 483.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.251;QD=58.5601;RBI=0.00754854;REFB=0;REVB=-0.00517162;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8597e-06;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr11 60620590 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2097;QD=59.4348;RBI=0.0391131;REFB=0;REVB=-0.0188571;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111777;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr11 60635091 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00046699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7275;QD=47.8223;RBI=0.00220051;REFB=0;REVB=-0.00215039;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94412e-05;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr11 60637164 . C T 54.75 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.103933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.976;QD=24.3312;RBI=0.106396;REFB=-0.0723679;REVB=0.0227645;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.631145;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00295668;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:1:1:6:1:1:1 chr11 60638461 . C T 550.75 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0136373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.06;QD=21.5982;RBI=0.013677;REFB=-0.00394306;REVB=-0.00104165;RO=47;SAF=21;SAR=33;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17608;STB=0.590518;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00290245;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:47:54:55:0.539216:33:21:28:19:33:22:28:19 chr11 60638470 . A G 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.83;QD=64.2831;RBI=0.00774787;REFB=0;REVB=-0.00207835;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08089e-06;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr11 60666341 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0139918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.569;QD=17.325;RBI=0.0241566;REFB=-0.011726;REVB=0.0196919;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0110666;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:15:10:8:12:15:10 chr11 60673868 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0128413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.307;QD=14.6499;RBI=0.0411524;REFB=-0.038123;REVB=-0.0390975;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067199;STB=0.539114;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0518772;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:11:8:5:9:11:8 chr11 60689445 . T C 1575.11 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.777;QD=58.3376;RBI=0.149392;REFB=0;REVB=0.00694545;RO=0;SAF=11;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102685;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:92:108:0:0:92:108:1:81:11:0:0:81:27:0:0 chr11 60695301 . C A 2369.42 PASS AF=0.969512;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.050097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.141;QD=57.7908;RBI=0.0565041;REFB=-0.10402;REVB=0.0261343;RO=5;SAF=76;SAR=83;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00453002;STB=0.502383;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00129449;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:164:164:5:5:159:159:0.969512:83:76:2:3:83:76:2:3 chr11 60698054 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.0198888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.797;QD=19.3697;RBI=0.0317448;REFB=-0.0450356;REVB=-0.024742;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350348;STB=0.692135;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0364339;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:0:15:12:4:0:15 chr11 60699230 . G A 438.13 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00914173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.896;QD=19.0491;RBI=0.0105888;REFB=-0.024969;REVB=-0.00534331;RO=48;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151534;STB=0.584482;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0284546;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:16:28:23:25:16:28:23:25 chr11 60701136 . C G 564.02 PASS AF=0.508929;AO=55;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00695754;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.221;QD=20.1436;RBI=0.0124241;REFB=-0.0372393;REVB=-0.0102932;RO=39;SAF=33;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106904;STB=0.574853;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0286395;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:39:54:55:57:0.508929:22:33:18:21:22:35:25:29 chr11 60703777 . G A 170.53 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00350302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.809;QD=17.4898;RBI=0.0464403;REFB=-0.0264213;REVB=0.046308;RO=21;SAF=15;SAR=1;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244075;STB=0.523784;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0325079;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:16:18:0.461538:1:15:18:3:3:15:18:3 chr11 60704213 . C T 1265.37 PASS AF=0.594737;AO=113;DP=190;FAO=113;FDP=190;FR=.;FRO=77;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0272943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4095;QD=26.6395;RBI=0.0335396;REFB=-0.0146005;REVB=0.0194917;RO=77;SAF=49;SAR=64;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137674;STB=0.507457;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.012775;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:77:77:113:113:0.594737:64:49:32:45:64:49:32:45 chr11 60705454 . A G 742.16 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228744;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.523;QD=57.0891;RBI=0.0396486;REFB=0;REVB=0.0323847;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487622;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr11 60776103 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00714363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.551;QD=13.9479;RBI=0.0593567;REFB=9.04417e-05;REVB=0.0589253;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16096;STB=0.592493;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00179111;OID=.;OPOS=60776103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:21:6:6:11:21:6 chr11 60776209 . C T 308.29 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0127251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.577;QD=28.0264;RBI=0.0132179;REFB=-0.0197293;REVB=-0.00357582;RO=15;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738885;STB=0.507241;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0121751;OID=.;OPOS=60776209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:17:27:27:0.613636:10:17:11:4:10:17:11:6 chr11 60776306 . CG TC,TG 202.2 PASS AF=0.6,0.3;AO=12,5;DP=20;FAO=12,6;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=4,1;FSAR=8,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0590997,0.0578552;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=71.855,44.637;QD=40.4406;RBI=0.0646853,0.0892786;REFB=-0.0668052,-0.0524737;REVB=0.0262946,0.0679958;RO=2;SAF=4,1;SAR=8,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.179011,-0.413629;STB=0.599828,0.749058;STBP=0.131,0.073;TYPE=mnp,snp;VARB=0.021456,-0.00808282;OID=.,.;OPOS=60776306,60776306;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:20:20:2:2:12,5:12,6:0.6,0.3:8,4:4,1:2:0:8,5:4,1:2:0 chr11 60785352 . A G 966.65 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.299;QD=58.5846;RBI=0.0130046;REFB=0;REVB=0.0109696;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30676e-05;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:24:40:0:0:25:41:0:0 chr11 60785464 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0145383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.15;QD=17.1564;RBI=0.0239398;REFB=-0.00571104;REVB=-0.0190198;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582958;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00459699;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:10:7:9:10:10:7:10:10 chr11 60892606 . A C,G 349.87 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=3,23;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136212,0.0492558;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.427,52.373;QD=53.8255;RBI=0.0344381,0.0754965;REFB=0,0;REVB=-0.0316298,-0.0572154;RO=0;SAF=3,20;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0827927,0.00202835;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:3,23:2,24:0.0769231,0.923077:0,3:3,20:0:0:0,3:2,21:0:0 chr11 60893235 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.572;QD=64.4153;RBI=0.0289364;REFB=0;REVB=-0.00052309;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18636e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr11 60899767 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6738;QD=56.9993;RBI=0.021652;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=54;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154845;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:0:54:0:0:0:54:0:0 chr11 61106892 . G C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0522;QD=60.7154;RBI=0.0495842;REFB=0;REVB=-0.0493346;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486924;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr11 61108974 . G A 294.56 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0937961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1973;QD=49.0928;RBI=0.131211;REFB=-0.0308097;REVB=0.0917536;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00641474;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:13:10:0:0:13:10:0:1 chr11 61112802 . C T 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2787;QD=57.8821;RBI=0.0506344;REFB=0;REVB=0.0237945;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078674;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr11 61165280 . G A 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.118;QD=63.7502;RBI=0.00749117;REFB=0;REVB=-0.00372724;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22589e-05;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr11 61165731 . C CA 265.16 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013586;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=316.523;QD=50.5075;RBI=0.0156021;REFB=0;REVB=0.00767114;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00109577;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:21:21:0:8:13:0:0:4:0:8:12:0:0 chr11 61165741 . G C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.972;QD=46.0582;RBI=0.0264904;REFB=0.0686968;REVB=0.0055571;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000688127;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr11 61166306 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.543;QD=53.2713;RBI=0.0162231;REFB=0;REVB=0.00993025;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515506;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr11 61179285 . G A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.836;QD=60.0288;RBI=0.0133504;REFB=0;REVB=0.0126669;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76518e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr11 61204361 . A C 1523.04 PASS AF=0.990385;AO=104;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0323367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6711;QD=58.5785;RBI=0.0332311;REFB=-0.0744023;REVB=0.00765791;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000973537;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:104:103:0.990385:62:42:0:0:61:42:0:1 chr11 61249383 . C A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.476;QD=59.8549;RBI=0.0336769;REFB=0;REVB=0.0325906;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235334;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr11 61277031 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.924;QD=49.597;RBI=0.111149;REFB=0;REVB=-0.0129354;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927044;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr11 61277698 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.839;QD=57.1768;RBI=0.0562511;REFB=0;REVB=0.0460933;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144673;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 61277775 . A G 1200.03 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.892;QD=60.7608;RBI=0.00404448;REFB=0;REVB=0.000496155;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09624e-05;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:41:38:0:0 chr11 61277885 . G A 1760.0 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.537;QD=59.1598;RBI=0.0302638;REFB=-0.177454;REVB=0.0259986;RO=2;SAF=70;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197775;STB=0.505154;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00031667;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:119:2:1:117:118:0.991597:47:70:0:2:48:70:0:1 chr11 61278246 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3234;QD=62.0214;RBI=0.0596799;REFB=0;REVB=-0.0594402;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621443;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr11 61404161 . G A 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0153438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.993;QD=16.4135;RBI=0.0366185;REFB=-0.0424696;REVB=0.0332488;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.656332;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.052885;OID=.;OPOS=61404161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:9:7:10:4:9:7 chr11 61487690 . G A 373.39 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0391841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5384;QD=17.7805;RBI=0.0407559;REFB=0.00315021;REVB=0.0112093;RO=45;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196732;STB=0.510997;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00206101;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:19:20:24:21:19:20:24:21 chr11 61505168 . G A 481.36 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0154386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.082;QD=15.9127;RBI=0.0160809;REFB=-0.00378237;REVB=-0.00449937;RO=67;SAF=24;SAR=29;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248978;STB=0.518337;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00628286;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:29:24:32:35:29:24:33:35 chr11 61511133 . G A 570.35 PASS AF=0.62963;AO=50;DP=80;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0208545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.488;QD=28.1657;RBI=0.0315125;REFB=-0.0363811;REVB=0.0236247;RO=30;SAF=27;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046194;STB=0.501457;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0155078;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:30:30:50:51:0.62963:23:27:16:14:24:27:16:14 chr11 61513952 . G A 914.75 PASS AF=0.529412;AO=88;DP=168;FAO=90;FDP=170;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00951361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.443;QD=21.5235;RBI=0.0129316;REFB=-0.0152216;REVB=-0.00875882;RO=80;SAF=45;SAR=43;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06413;STB=0.534597;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0118128;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:80:80:88:90:0.529412:43:45:35:45:44:46:35:45 chr11 61534872 . A C 884.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5377;QD=58.0026;RBI=0.0605307;REFB=0;REVB=0.0404906;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364533;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:16:41:0:0:16:45:0:0 chr11 61551356 . T C 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.161;QD=57.7093;RBI=0.0134617;REFB=0;REVB=0.0104127;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105977;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr11 61551805 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00248969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.651;QD=14.6506;RBI=0.0109517;REFB=-0.0263147;REVB=0.010665;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904417;STB=0.563084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.019865;OID=.;OPOS=61551805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:15:8:13:17:15:8:14:17 chr11 61564299 . G T 191.19 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.329;QD=47.7968;RBI=0.07254;REFB=0;REVB=0.0165718;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253586;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 966.31 PASS AF=0.866667,0,0.122222;AO=31,11,6;DP=93;FAO=78,0,11;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=55,0,0;FSAR=23,0,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.452087,0.264731,0.0204266;FXX=0.0217368;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.0259,9.4426,162.066;QD=42.9473;RBI=0.461016,0.305432,0.0207984;REFB=-0.00880725,-0.0637483,0.00146191;REVB=0.0902937,0.152337,-0.00391539;RO=29;SAF=13,10,0;SAR=18,1,6;SRF=26;SRR=3;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.400428,0.0422015,-0.830765;STB=0.510636,0.5,0.5;STBP=0.171,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0130969,0.00405439,0.0894298;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.866667,0,0.122222:31,11,6:93:78,0,11:90:1:55,0,0:23,0,11:0:1:30:29:13,10,0:18,1,6:26:3 chr11 61582708 . T C 600.46 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0188381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4354;QD=58.581;RBI=0.0673532;REFB=-0.0430254;REVB=-0.0646651;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00619505;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:24:16:0:1:24:16:0:1 chr11 61593816 . C T 685.66 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00500996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9588;QD=52.7427;RBI=0.0897842;REFB=-0.179051;REVB=0.0896444;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285;STB=0.50746;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00813832;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:1:1:49:51:0.980769:16:33:0:1:18:33:1:0 chr11 61658800 . C T 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0420924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3221;QD=29.374;RBI=0.0432246;REFB=-0.0196935;REVB=0.00982835;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202028;STB=0.611524;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0055859;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:6:1:9:8:6:1 chr11 61669946 . G A 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0270457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.219;QD=18.2893;RBI=0.0290548;REFB=-0.0033555;REVB=0.0106166;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154427;STB=0.586253;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00346999;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:19:14:19:13:19:14 chr11 61672235 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.104;QD=61.6836;RBI=0.0088059;REFB=0;REVB=-0.00060258;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78151e-05;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr11 61672265 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0131545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.968;QD=8.62781;RBI=0.0187574;REFB=-0.00507341;REVB=0.0133717;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378723;STB=0.728131;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0130065;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:19:8:7:4:19:8 chr11 61675121 . T C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.026167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.706;QD=13.8488;RBI=0.0282225;REFB=-0.00546544;REVB=0.0105735;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168771;STB=0.598066;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0105176;OID=.;OPOS=61675121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:10:15:7:9:10:15 chr11 61719387 . T C 289.23 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9399;QD=52.5865;RBI=0.0741822;REFB=0;REVB=-0.0334259;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103249;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 61722645 . C A 129.92 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000321069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.804;QD=13.3255;RBI=0.0563046;REFB=-0.0053013;REVB=0.0563037;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180005;STB=0.606149;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0171515;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:10:14:11:4:10:14 chr11 61725901 . G A 272.61 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0416294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1522;QD=19.4723;RBI=0.064957;REFB=-0.019314;REVB=0.0498639;RO=26;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205663;STB=0.607585;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0186644;OID=.;OPOS=61725901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:20:9:14:12:20:9:14:13 chr11 61730234 . T C 215.1 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.349;QD=45.2834;RBI=0.0555487;REFB=-0.159245;REVB=0.0521022;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00259649;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr11 61906374 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0412431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.197;QD=16.6272;RBI=0.055016;REFB=0.00513089;REVB=-0.036411;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00378022;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:6:8:6:7:6:8 chr11 61914260 . G A 38.43 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0446468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.704;QD=10.9807;RBI=0.0452449;REFB=-0.0232801;REVB=-0.00733284;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0796779;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr11 62010863 . C T 1914.99 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.967;QD=61.774;RBI=0.00719159;REFB=0;REVB=0.00620503;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28271e-06;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:71:52:0:0:72:52:0:0 chr11 62236219 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0238026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.692;QD=20.4857;RBI=0.0436426;REFB=-0.0138285;REVB=0.0365802;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00602467;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:6:5:8:6:6:5 chr11 62291756 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0162314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.527;QD=17.8274;RBI=0.0674993;REFB=-0.0199963;REVB=0.0655187;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0176723;OID=.;OPOS=62291756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr11 62292882 . G T 1546.17 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4941;QD=61.8467;RBI=0.0675572;REFB=-0.11525;REVB=-0.0456744;RO=2;SAF=44;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179218;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321979;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:100:2:0:97:100:1:53:44:1:1:55:45:0:0 chr11 62293822 . C T 356.39 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0190248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.481;QD=14.2554;RBI=0.0202702;REFB=-0.0132448;REVB=0.0069953;RO=60;SAF=24;SAR=15;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357442;STB=0.516121;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0218881;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:15:24:35:25:15:24:36:25 chr11 62381106 . G C 255.29 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0397;QD=51.0573;RBI=0.233683;REFB=0;REVB=0.21449;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105547;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:6:12:0:0:6:14:0:0 chr11 62383714 . TGAAAA T,TCAAAA 90.53 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,4;DP=14;FAO=1,9;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.209097,-0.112578;FXX=0.28551;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=26.0003,30.7772;QD=36.2102;RBI=0.216288,0.116552;REFB=0,0;REVB=-0.0553086,0.0301762;RO=0;SAF=4,1;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0559538,0.270044;OID=.,.;OPOS=62383715,62383715;OREF=GAAAA,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:4,4:14:1,9:10:0:1,5:0,4:0:0:8:0:4,1:0,3:0:0 chr11 62402393 . G A 362.37 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0305096;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.902;QD=21.0066;RBI=0.0328447;REFB=-0.00769524;REVB=-0.0121632;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202047;STB=0.615699;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.010551;OID=.;OPOS=62402393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:12:24:14:18:12:25:14:18 chr11 62430659 . T A,C 1039.44 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=65,5;DP=71;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=22,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144793,0.00790039;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.037,155.166;QD=58.5598;RBI=0.0156794,0.0180517;REFB=0,0;REVB=0.00601606,-0.0162311;RO=0;SAF=43,1;SAR=22,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00110304,0.0817843;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:71:71:0:0:65,5:66,5:0.929577,0.0704225:22,4:43,1:0:0:22,4:44,1:0:0 chr11 62439569 . G A 1387.52 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00472054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.633;QD=60.3269;RBI=0.0493456;REFB=-0.0232833;REVB=0.0491193;RO=2;SAF=41;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184505;STB=0.500973;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00067599;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:49:41:1:1:49:41:1:1 chr11 62459866 . G A 312.8 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0162898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.087;QD=14.3815;RBI=0.020105;REFB=-0.0128387;REVB=0.0117836;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569872;STB=0.537528;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0152797;OID=.;OPOS=62459866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:18:17:22:29:18:17:22:30 chr11 62519787 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00888938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.349;QD=14.6164;RBI=0.0239505;REFB=-0.015908;REVB=-0.0222397;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203677;STB=0.615304;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0188903;OID=.;OPOS=62519787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:12:16:14:24:12:16:14:24 chr11 62554533 . A T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00548486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.484;QD=12.7387;RBI=0.0483736;REFB=-0.00301554;REVB=-0.0480617;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00444291;OID=.;OPOS=62554533;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:7:3:3:5:7:3 chr11 62563353 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000863317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.314;QD=59.4352;RBI=0.0132531;REFB=0;REVB=0.0132249;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62355e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr11 62609095 . A G 34.42 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00531035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.77;QD=2.22084;RBI=0.00905158;REFB=-0.00246466;REVB=0.00733016;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47076;STB=0.856124;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0150833;OID=.;OPOS=62609095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:1:6:25:30:1:6:25:30 chr11 62609112 . A G 1219.72 PASS AF=0.615819;AO=109;DP=177;FAO=109;FDP=177;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.009163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4355;QD=27.5642;RBI=0.0289854;REFB=0.020905;REVB=-0.027499;RO=67;SAF=43;SAR=66;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624906;STB=0.50103;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0128098;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:67:68:109:109:0.615819:66:43:27:40:66:43:27:41 chr11 62609168 . T C 156.64 PASS AF=0.131206;AO=37;DP=283;FAO=37;FDP=282;FR=.;FRO=245;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=106;FSRR=139;FWDB=0.00165772;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.159;QD=2.22188;RBI=0.00655891;REFB=-0.00198993;REVB=-0.00634596;RO=235;SAF=12;SAR=25;SRF=107;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173203;STB=0.599782;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0127969;OID=.;OPOS=62609168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:235:245:37:37:0.131206:25:12:107:128:25:12:106:139 chr11 62609171 . TATT CTGC 2535.22 PASS AF=0.741697;AO=191;DP=282;FAO=201;FDP=271;FR=.;FRO=70;FSAF=92;FSAR=109;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00638179;FXX=0.0390057;HRUN=1;LEN=4;MLLD=236.082;QD=37.4203;RBI=0.0176408;REFB=-0.0248285;REVB=0.016446;RO=70;SAF=91;SAR=100;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603484;STB=0.526278;STBP=0.153;TYPE=mnp;VARB=0.00640677;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:271:70:70:191:201:0.741697:100:91:25:45:109:92:25:45 chr11 62609212 . G A 61.61 PASS AF=0.0787671;AO=23;DP=292;FAO=23;FDP=292;FR=.;FRO=269;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=116;FSRR=153;FWDB=-0.0348273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1614;QD=0.843945;RBI=0.056112;REFB=-0.000189121;REVB=-0.0439956;RO=268;SAF=12;SAR=11;SRF=116;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101887;STB=0.582868;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000127165;OID=.;OPOS=62609212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:292:292:268:269:23:23:0.0787671:11:12:116:152:11:12:116:153 chr11 62766431 . A T 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0237522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.728;QD=25.5725;RBI=0.0240113;REFB=-0.0208972;REVB=-0.00351742;RO=17;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096536;STB=0.553799;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0124272;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:6:18:11:6:6:18:11:6 chr11 62847453 . T C 239.91 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0137588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7512;QD=14.3231;RBI=0.0155166;REFB=-0.00801518;REVB=0.00717369;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265315;STB=0.649898;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00885763;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:27:12:16:12:27:12 chr11 62848487 . A C 279.31 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0206371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.25;QD=16.6752;RBI=0.0360258;REFB=-0.0204531;REVB=0.0295291;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198176;STB=0.605729;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0189251;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:30:31:0.462687:11:19:15:20:12:19:15:21 chr11 62886319 . G C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0130861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.299;QD=11.5972;RBI=0.0263347;REFB=-0.0100545;REVB=0.0228533;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181383;STB=0.507759;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0275071;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:5:7:12:8:5:7:12:9 chr11 62902172 . A C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.898;QD=64.1538;RBI=0.0610048;REFB=0;REVB=0.0548547;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027875;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr11 62910849 . T C 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0233837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.133;QD=17.984;RBI=0.0241266;REFB=-0.0156191;REVB=-0.00594112;RO=49;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232141;STB=0.512964;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0196164;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:23:19:21:28:23:19:21:28 chr11 62911079 . G C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0216215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.483;QD=18.4946;RBI=0.0256932;REFB=-0.0195713;REVB=-0.0138799;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029828;STB=0.516656;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0166953;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:14:16:15:15:14:16 chr11 63057925 . G A 766.85 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.123;QD=55.7711;RBI=0.0233631;REFB=0;REVB=0.0100552;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253116;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:36:18:1:0:36:19:0:0 chr11 63064823 . T C 1146.0 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0952502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2733;QD=58.0252;RBI=0.0985964;REFB=-0.10206;REVB=0.0254685;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.501499;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00212311;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:77:77:0.974684:43:34:0:0:43:34:1:1 chr11 63072310 . C T 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180962;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.018;QD=61.2209;RBI=0.064996;REFB=0;REVB=-0.062426;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191625;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr11 63129876 . T G 1189.49 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.664;QD=60.9994;RBI=0.0236719;REFB=0;REVB=0.00326628;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48591e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr11 63258416 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.715;QD=61.695;RBI=0.0392888;REFB=0;REVB=0.0370204;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40799e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr11 63313644 . T C 1362.58 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4464;QD=61.2396;RBI=0.0169958;REFB=-0.132167;REVB=0.0122469;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00120823;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:47:41:0:1:47:41:0:1 chr11 63413962 . AAAAT A 931.18 PASS AF=1;AO=70;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195185;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=4;MLLD=269.663;QD=49.6628;RBI=0.0299147;REFB=0;REVB=-0.0226697;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.0837e-05;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:76:75:75:0:34:41:0:0:16:0:32:38:0:0 chr11 63472357 . A C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0299992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0823;QD=19.0581;RBI=0.0378901;REFB=0.00604798;REVB=0.0231454;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.563967;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00971214;OID=.;OPOS=63472357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:13:7:9:10:13:7 chr11 63487386 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.419;QD=56.9382;RBI=0.0233811;REFB=0;REVB=0.0228713;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49275e-05;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr11 63661820 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.188;QD=56.9381;RBI=0.0251254;REFB=0;REVB=0.00681549;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70083e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr11 63681513 . T C 752.23 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0326907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7043;QD=54.708;RBI=0.065602;REFB=-0.154298;REVB=0.0568766;RO=1;SAF=41;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113556;STB=0.506022;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0121432;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:12:41:1:0:13:41:1:0 chr11 63883985 . T C 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.956;QD=60.7122;RBI=0.062049;REFB=0;REVB=-0.00671122;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155482;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 63884027 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.393;QD=57.3854;RBI=0.0368893;REFB=0;REVB=0.0149447;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134967;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 63885305 . C T 206.01 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0488207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.561;QD=31.6935;RBI=0.0603955;REFB=-0.0639719;REVB=0.035555;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477228;STB=0.526288;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0346501;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:3:4:9:10:3:4 chr11 63885632 . A G 613.18 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1041;QD=59.822;RBI=0.0910312;REFB=0;REVB=0.0768903;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023585;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr11 63885704 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3032;QD=57.2023;RBI=0.117975;REFB=0;REVB=0.0206003;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306517;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 63886539 . C T 1138.88 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419481;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.558;QD=60.7402;RBI=0.0429976;REFB=0;REVB=0.00944205;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.735e-05;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr11 63988102 . C T 408.16 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0139833;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.334;QD=17.5554;RBI=0.0151525;REFB=-0.0113351;REVB=0.00583647;RO=52;SAF=25;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169911;STB=0.600361;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.016566;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:52:51:42:42:0.451613:17:25:22:30:17:25:21:30 chr11 63991801 . T C 102.02 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0359937;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.693;QD=15.6949;RBI=0.0364476;REFB=-0.000211379;REVB=0.00573395;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388826;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00020524;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:11:12:0.461538:8:3:9:4:8:4:9:5 chr11 63994692 . T C 563.69 PASS AF=0.447761;AO=56;DP=130;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=55;FWDB=0.0431109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.225;QD=16.8266;RBI=0.0436019;REFB=-0.00483155;REVB=0.0065246;RO=74;SAF=16;SAR=40;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367651;STB=0.549117;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00669255;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:74:74:56:60:0.447761:40:16:19:55:40:20:19:55 chr11 63997329 . A G 1804.08 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.361;QD=61.1553;RBI=0.0332784;REFB=0;REVB=-0.0331923;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54878e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr11 63997338 . T C 1818.99 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123858;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.304;QD=61.1425;RBI=0.0399672;REFB=0;REVB=0.0379996;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71959e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:58:59:0:0:58:61:0:0 chr11 64004692 . C T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0375815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9195;QD=7.27366;RBI=0.0383135;REFB=0.00269249;REVB=-0.0074534;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11118;STB=0.576613;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0113441;OID=.;OPOS=64004692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:4:7:23:9:4:7:24:9 chr11 64011441 . T C 907.32 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109793;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.302;QD=58.5369;RBI=0.110283;REFB=0;REVB=0.01039;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021339;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr11 64012225 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.577;QD=53.2772;RBI=0.0950476;REFB=0;REVB=0.0945528;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010966;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 64012784 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0158844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7879;QD=21.1695;RBI=0.063757;REFB=-0.0387463;REVB=0.0617466;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0238355;OID=.;OPOS=64012784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr11 64014017 . C G 32.08 PASS AF=0.0598291;AO=7;DP=118;FAO=7;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=106;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0151248;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.85;QD=1.09676;RBI=0.0509067;REFB=-0.00729411;REVB=-0.048608;RO=93;SAF=2;SAR=5;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345291;STB=0.764846;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0534951;OID=.;OPOS=64014017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:118:117:93:106:7:7:0.0598291:5:2:58:35:5:2:62:44 chr11 64022459 . A G 1840.24 PASS AF=1;AO=99;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.031;QD=61.3412;RBI=0.0355619;REFB=0;REVB=0.0291636;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23667e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:99:120:1:65:34:0:0:72:48:0:0 chr11 64023971 . G A 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0191606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.264;QD=13.1941;RBI=0.0447689;REFB=-0.00676383;REVB=0.0404614;RO=65;SAF=17;SAR=25;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529535;STB=0.503004;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00977355;OID=.;OPOS=64023971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:25:17:26:39:25:17:26:39 chr11 64026144 . G A 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0226031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3174;QD=15.6235;RBI=0.0366842;REFB=0.000180474;REVB=0.0288934;RO=23;SAF=2;SAR=15;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11917;STB=0.56953;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=8.75658e-06;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:15:2:4:19:15:2:4:19 chr11 64026685 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0383939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.431;QD=16.2717;RBI=0.0384744;REFB=-0.0400986;REVB=0.0024866;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148075;STB=0.585251;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0411749;OID=.;OPOS=64026685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:8:10:6:9:8:10 chr11 64034866 . G A 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0132874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.713;QD=22.9078;RBI=0.0156778;REFB=-0.0388905;REVB=-0.00832098;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081141;STB=0.545411;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0269788;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:8:9:9:12:8:9 chr11 64037592 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0195095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.416;QD=20.2743;RBI=0.0200752;REFB=-0.0110514;REVB=0.00473219;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729128;STB=0.541189;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0133819;OID=.;OPOS=64037592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:15:9:7:16:15:9 chr11 64066859 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.17;QD=33.4285;RBI=0.0449351;REFB=0;REVB=0.0146117;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159259;OID=.;OPOS=64066859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 64068310 . C T 201.5 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0115758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.128;QD=12.0298;RBI=0.0117592;REFB=-0.0232085;REVB=-0.00206874;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773967;STB=0.553333;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0297781;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:42:25:25:0.373134:14:11:14:24:14:11:15:27 chr11 64081445 . G A 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.00989303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.35;QD=14.6646;RBI=0.0104799;REFB=0.00178118;REVB=-0.00345785;RO=65;SAF=20;SAR=27;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224604;STB=0.625976;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00403223;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:27:20:42:23:27:20:42:23 chr11 64083269 . G A 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.019061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.903;QD=2.43209;RBI=0.0249921;REFB=-0.00111152;REVB=0.0161642;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5095;STB=0.868146;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.014285;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:48:52:7:7:0.118644:6:1:28:20:6:1:30:22 chr11 64083290 . G A 37.4 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0299267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9912;QD=2.67152;RBI=0.0339142;REFB=-0.00191467;REVB=0.015955;RO=49;SAF=1;SAR=6;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514691;STB=0.872777;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0147202;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:6:1:29:20:6:1:29:20 chr11 64083318 . G A 30.01 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00650913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.938;QD=2.14356;RBI=0.0117584;REFB=-0.00467099;REVB=0.00979236;RO=50;SAF=1;SAR=5;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525971;STB=0.884346;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0799121;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:5:1:33:17:5:1:33:17 chr11 64083320 . T C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00694678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.177;QD=2.21228;RBI=0.0244219;REFB=-0.0103402;REVB=-0.023413;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521668;STB=0.881275;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.051579;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:5:1:32:17:5:1:32:17 chr11 64084113 . A G 981.6 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.964;QD=58.6029;RBI=0.0241545;REFB=0;REVB=0.0153213;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99713e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr11 64085785 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.251;QD=59.855;RBI=0.0086904;REFB=0;REVB=-0.00698468;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96719e-05;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr11 64107735 . G A 253.76 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0199252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.845;QD=28.1954;RBI=0.0387407;REFB=-0.020043;REVB=-0.0332239;RO=12;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203729;STB=0.507036;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00693008;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:13:22:23:0.638889:5:17:9:3:5:18:10:3 chr11 64109118 . T G 132.73 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00262871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.144;QD=15.1691;RBI=0.0101732;REFB=-0.0112588;REVB=-0.00982769;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00905417;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:11:9:7:8:11:9 chr11 64110668 . G A 508.89 PASS AF=0.342541;AO=62;DP=173;FAO=62;FDP=181;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=0.00192469;FXX=0.0268803;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.66;QD=11.2462;RBI=0.0415551;REFB=-0.0183394;REVB=-0.0415105;RO=102;SAF=37;SAR=25;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318469;STB=0.545192;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0304742;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:181:102:119:62:62:0.342541:25:37:58:44:25:37:63:56 chr11 64110683 . G C 751.06 PASS AF=0.446927;AO=77;DP=176;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0116876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.704;QD=16.7835;RBI=0.0552725;REFB=-0.0222381;REVB=0.0540227;RO=99;SAF=45;SAR=32;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050459;STB=0.522277;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0303652;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:99:99:77:80:0.446927:32:45:53:46:34:46:53:46 chr11 64110805 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0224199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.943;QD=18.251;RBI=0.0240407;REFB=-0.00576569;REVB=0.00867793;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261844;STB=0.646889;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0104715;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:13:2:6:9:13:2 chr11 64111928 . T C 161.35 PASS AF=0.409091;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00498104;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.524;QD=14.6683;RBI=0.00599797;REFB=0.00431761;REVB=-0.00334139;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257591;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0033838;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:16:18:0.409091:9:7:12:14:11:7:12:14 chr11 64116843 . A C,G 573.54 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=35,2;DP=37;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949343,0.0438062;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.4051,22.7187;QD=58.8243;RBI=0.0956319,0.0567934;REFB=0,0;REVB=-0.0115302,-0.0361457;RO=0;SAF=16,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00672019,0.0431303;OID=.,.;OPOS=64116843,64116843;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:37:39:0:0:35,2:37,2:0.948718,0.0512821:19,1:16,1:0:0:21,1:16,1:0:0 chr11 64122853 . G A 397.4 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00809528;FXX=0.0833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.258;QD=14.4511;RBI=0.0138538;REFB=-0.0371762;REVB=-0.0112425;RO=61;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197508;STB=0.529256;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0491284;OID=.;OPOS=64122853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:110:61:65:45:45:0.409091:22:23:30:31:22:23:30:35 chr11 64124515 . T C 254.75 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00412505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.761;QD=17.8768;RBI=0.012864;REFB=-0.0288124;REVB=0.0121847;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963337;STB=0.543829;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0242298;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:13:14:12:17:14:14:12:17 chr11 64124823 . C T 453.32 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0127007;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.707;QD=17.4355;RBI=0.0323139;REFB=-0.0169995;REVB=-0.0297133;RO=55;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400696;STB=0.522296;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.018076;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:55:49:49:0.471154:22:27:28:27:22:27:28:27 chr11 64124940 . T G 335.35 PASS AF=0.393617;AO=32;DP=90;FAO=37;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0207203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.59;QD=14.2703;RBI=0.114556;REFB=0.00630396;REVB=0.112667;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308469;STB=0.56739;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0321621;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:40:56:32:37:0.393617:15:17:20:20:19:18:21:35 chr11 64127744 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0026848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1263;QD=18.1191;RBI=0.0150252;REFB=0.0120791;REVB=0.0147834;RO=20;SAF=16;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490684;STB=0.786499;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0122673;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:2:16:10:10:2:16:10:10 chr11 64359286 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.614;QD=61.3362;RBI=0.0528662;REFB=0;REVB=0.0212676;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013005;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 64360274 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.422;QD=58.2362;RBI=0.0412771;REFB=0;REVB=0.0314164;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020222;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr11 64367325 . A G 2553.2 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.637;QD=61.523;RBI=0.0784448;REFB=0;REVB=0.0455482;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421561;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:155:166:0:0:155:166:1:89:66:0:0:96:70:0:0 chr11 64373738 . GA G 195.67 PASS AF=0.670886;AO=41;DP=84;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.113683;FXX=0.0595167;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.88997;QD=9.90747;RBI=0.11839;REFB=-0.120716;REVB=0.0330508;RO=33;SAF=23;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20657;STB=0.553628;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.118036;OID=.;OPOS=64373739;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.670886:41:84:53:79:26:27:26:9:17:46:33:23:18:10:23 chr11 64418900 . G A 1065.9 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192594;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.893;QD=60.0506;RBI=0.0300955;REFB=0;REVB=0.0231261;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00276e-05;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr11 64453163 . G A 491.09 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00620779;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.091;QD=16.9341;RBI=0.0118064;REFB=-0.0137286;REVB=0.0100426;RO=61;SAF=27;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169505;STB=0.518042;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0145137;OID=.;OPOS=64453163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:63:53:53:0.456897:26:27:30:31:26:27:30:33 chr11 64507680 . A C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5611;QD=52.6114;RBI=0.0303372;REFB=0;REVB=-0.0249605;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132402;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr11 64511050 . G C 1293.47 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.437;QD=59.4698;RBI=0.0544103;REFB=-0.114808;REVB=0.0534139;RO=2;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152773;STB=0.507935;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000828581;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:84:85:0.977011:61:23:0:2:62:23:0:2 chr11 64572018 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.955;QD=60.5472;RBI=0.0339822;REFB=0;REVB=0.00839579;RO=0;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010883;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:54:21:0:0:54:21:0:0 chr11 64572557 . A G 560.84 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222403;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.928;QD=60.631;RBI=0.0639384;REFB=0;REVB=0.0599457;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786559;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 64572602 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.109;QD=63.583;RBI=0.0267076;REFB=0;REVB=-0.00308942;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128129;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr11 64591679 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0058759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.25;QD=19.9759;RBI=0.00617351;REFB=-0.00933312;REVB=0.00189368;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265384;STB=0.64985;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0114605;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:13:7:13:7:13:7 chr11 64597205 . G T 59.36 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0194057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1875;QD=15.8285;RBI=0.0955022;REFB=0.0233867;REVB=0.0935099;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0112517;OID=.;OPOS=64597205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr11 64601933 . T C 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.100773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.833;QD=22.3223;RBI=0.101662;REFB=-0.012552;REVB=-0.0134196;RO=23;SAF=7;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264204;STB=0.647301;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00644596;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:23:7:12:11:23:7:12:11 chr11 64606177 . C T 550.34 PASS AF=0.523364;AO=45;DP=108;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0366703;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.668;QD=20.5733;RBI=0.036679;REFB=-0.040538;REVB=-0.000800503;RO=44;SAF=27;SAR=18;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775485;STB=0.571356;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0285912;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:44:51:45:56:0.523364:18:27:30:14:27:29:34:17 chr11 64621856 . A G 518.98 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.526;QD=59.3124;RBI=0.0745226;REFB=0;REVB=0.0445562;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284427;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:21:12:0:0:22:13:0:0 chr11 64622869 . G C 236.01 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0255595;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.651;QD=15.476;RBI=0.0293901;REFB=-0.00563629;REVB=-0.0145083;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983069;STB=0.555515;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00370076;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:13:21:14:13:13:21 chr11 64645871 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00368808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.497;QD=19.4209;RBI=0.015576;REFB=-0.0196081;REVB=-0.0151331;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927473;STB=0.551688;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0205839;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:12:15:13:16:12:15 chr11 64656757 . G A 184.67 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0627331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4637;QD=26.3816;RBI=0.0889417;REFB=-0.0363033;REVB=0.0630491;RO=10;SAF=15;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416771;STB=0.734997;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0292507;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:3:15:3:7:3:15:3:7 chr11 64677293 . G C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9295;QD=56.1886;RBI=0.0717251;REFB=0;REVB=0.0208774;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107336;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 64680819 . G A 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0126073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.526;QD=13.4053;RBI=0.0151786;REFB=-0.0185276;REVB=0.00845253;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.607164;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0189804;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:16:18:16:7:16:18 chr11 64695360 . G A 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00477523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.093;QD=11.1305;RBI=0.0388736;REFB=-0.0127747;REVB=-0.0385792;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165175;STB=0.596063;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0257429;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:12:9:22:16:12:9:22:16 chr11 64764336 . C T 220.95 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=6.92982e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.2;QD=18.037;RBI=0.0102418;REFB=-0.00910928;REVB=0.0102416;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298275;STB=0.682695;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00608475;OID=.;OPOS=64764336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:17:5:13:13:17:5:14:13 chr11 64789194 . T C 640.77 PASS AF=0.471429;AO=62;DP=136;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0163629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.503;QD=18.3076;RBI=0.0244634;REFB=-0.0215633;REVB=0.0181856;RO=73;SAF=36;SAR=26;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221574;STB=0.518309;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0241964;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:73:74:62:66:0.471429:26:36:44:29:29:37:44:30 chr11 64799998 . T C 351.49 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.000432248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.113;QD=16.1602;RBI=0.0174757;REFB=-0.00685198;REVB=-0.0174703;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198536;STB=0.524029;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00853603;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:37:38:0.436782:17:20:25:23:17:21:25:24 chr11 64807294 . G A 268.6 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0066856;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.314;QD=13.7745;RBI=0.0109643;REFB=-0.0276299;REVB=-0.0086902;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14048;STB=0.579851;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0340972;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:47:47:31:31:0.397436:15:16:18:29:15:16:18:29 chr11 64808647 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.865;QD=35.5759;RBI=0.048997;REFB=0;REVB=0.0302231;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141607;OID=.;OPOS=64808647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr11 64833935 . G A 667.19 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.0222877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.416;QD=17.7917;RBI=0.0233701;REFB=-0.00858327;REVB=-0.00702994;RO=78;SAF=32;SAR=36;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.578214;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00979495;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:78:82:68:68:0.453333:36:32:26:52:36:32:27:55 chr11 64851453 . CT C 397.6 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258128;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6822;QD=46.7769;RBI=0.0269433;REFB=0;REVB=0.00772266;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000639723;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:34:34:0:17:17:0:0:7:0:17:16:0:0 chr11 64852421 . T C 934.98 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0215704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4762;QD=51.9433;RBI=0.0325542;REFB=-0.127598;REVB=0.0243823;RO=5;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311905;STB=0.516535;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0115093;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:67:67:0.930556:38:29:1:4:38:29:1:4 chr11 64855986 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0213165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.869;QD=12.9748;RBI=0.0216528;REFB=-0.00756109;REVB=-0.00380127;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.016157;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:6:12:6:6:6:12 chr11 64856500 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.544;QD=40.7629;RBI=0.0258026;REFB=0;REVB=0.000952745;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539833;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 64878661 . T C 848.78 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2435;QD=57.5446;RBI=0.202432;REFB=0;REVB=0.0103664;RO=0;SAF=7;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194684;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:50:7:0:0:50:9:0:0 chr11 64880090 . G C 175.93 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034631;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0436;QD=46.9141;RBI=0.0824219;REFB=0;REVB=0.0747935;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199943;OID=.;OPOS=64880090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:1:0:13:15:1:7:6:1:0:8:7:0:0 chr11 64882789 . C T 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0179521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5452;QD=18.9381;RBI=0.0396806;REFB=-0.0116149;REVB=0.0353875;RO=29;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144761;STB=0.581076;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.010907;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:9:21:16:13:9:21:16:13 chr11 64884052 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.373;QD=61.5363;RBI=0.0207236;REFB=0;REVB=0.00783283;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45833e-05;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr11 64884275 . C T 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.023556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8922;QD=23.0928;RBI=0.0686906;REFB=0.011193;REVB=0.0645253;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167584;STB=0.594478;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0066229;OID=.;OPOS=64884275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:5:12:6:6:5:12:6:6 chr11 64895202 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.721;QD=63.2868;RBI=0.0129338;REFB=0;REVB=0.0026883;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24116e-05;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr11 64900270 . G T 477.48 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0385365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7864;QD=18.0181;RBI=0.0511188;REFB=-0.010373;REVB=0.0335869;RO=51;SAF=32;SAR=19;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504956;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0127489;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:55:51:51:0.481132:19:32:32:19:19:32:35:20 chr11 64937683 . C T 327.8 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00825669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.159;QD=23.0036;RBI=0.0356245;REFB=-0.0303735;REVB=0.0346545;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598881;STB=0.541376;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0147617;OID=.;OPOS=64937683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:24:33:33:0.578947:16:17:10:13:16:17:10:14 chr11 64948333 . CT GC 37.63 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0752826;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=86.4859;QD=2.28068;RBI=0.0794487;REFB=-0.00590287;REVB=-0.0253895;RO=56;SAF=1;SAR=7;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6163;STB=0.914179;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=0.132434;OID=.;OPOS=64948333;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:67:66:56:58:8:8:0.121212:7:1:39:17:7:1:39:19 chr11 64948336 . G T 60.2 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0933166;FXX=0.0161264;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.4656;QD=3.94735;RBI=0.116253;REFB=-0.0250121;REVB=-0.0693309;RO=35;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683176;STB=0.919068;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0814774;OID=.;OPOS=64948336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:62:61:35:47:9:9:0.147541:8:1:26:9:8:1:32:15 chr11 64972286 . G C 358.73 PASS AF=0.412844;AO=36;DP=102;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00758989;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.34;QD=13.1644;RBI=0.0105405;REFB=-0.0316852;REVB=0.00731403;RO=65;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142476;STB=0.626469;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0522873;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:109:65:64:36:45:0.412844:17:19:26:39:17:28:26:38 chr11 64981472 . G C 1496.1 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0448908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0516;QD=55.9288;RBI=0.0481218;REFB=0.0350866;REVB=0.0173357;RO=4;SAF=42;SAR=61;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675667;STB=0.502317;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00448278;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:4:3:103:104:0.971963:61:42:2:2:61:43:1:2 chr11 64981853 . G T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4347;QD=60.9718;RBI=0.0655546;REFB=0;REVB=0.0649848;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099076;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr11 64990041 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.016;QD=58.1411;RBI=0.0797236;REFB=0;REVB=0.0125347;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522642;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 65000719 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000761784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.487;QD=62.6711;RBI=0.0159829;REFB=0;REVB=0.0159648;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12807e-05;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr11 65004301 . G T 1197.03 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.124;QD=60.6094;RBI=0.099247;REFB=0;REVB=0.080411;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656194;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:37:40:0:0:38:41:0:0 chr11 65004309 . C T 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0340878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.031;QD=14.1875;RBI=0.0340879;REFB=-0.0321682;REVB=-4.47549e-05;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176316;STB=0.600276;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0665476;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:12:19:20:25:12:19:20:25 chr11 65089792 . G C 400.63 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0452964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.5457;QD=53.4177;RBI=0.0469388;REFB=-0.182703;REVB=-0.0123082;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00765452;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr11 65120391 . T C 226.32 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00547531;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=191.341;QD=20.5742;RBI=0.00641484;REFB=-0.0018824;REVB=0.00334233;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287078;STB=0.524865;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00131282;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:8:14:14:7:8:14:15:7 chr11 65144075 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.165;QD=62.3509;RBI=0.0281029;REFB=0;REVB=-0.00270789;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95421e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr11 65161129 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.73;QD=58.599;RBI=0.0336341;REFB=0;REVB=-0.00898843;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104792;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr11 65180883 . A G 1157.35 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213681;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.832;QD=60.9134;RBI=0.0242085;REFB=0;REVB=0.011378;RO=0;SAF=11;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207892;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:65:11:0:0:65:11:0:0 chr11 65347636 . G C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0691;QD=57.104;RBI=0.0714212;REFB=0;REVB=0.0711657;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840271;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr11 65349063 . G A 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.39;QD=38.0149;RBI=0.00821795;REFB=0;REVB=0.00821795;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95843e-05;OID=.;OPOS=65349063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr11 65349756 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.597;QD=48.7373;RBI=0.0418456;REFB=0;REVB=0.0316766;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218757;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 65349849 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0939;QD=33.4284;RBI=0.0617472;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667244;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 65383896 . G C 1859.36 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9661;QD=61.4664;RBI=0.0141013;REFB=0;REVB=-0.013433;RO=0;SAF=74;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68572e-05;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:46:74:0:0:47:74:0:0 chr11 65384727 . C T 1250.1 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.476;QD=60.246;RBI=0.0191625;REFB=-0.0731542;REVB=0.00683267;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=5.10753e-06;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:42:40:1:0:42:40:1:0 chr11 65385606 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.671;QD=62.0078;RBI=0.0356955;REFB=0;REVB=-0.0131715;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58102e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr11 65387012 . C T 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00179678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.146;QD=17.3291;RBI=0.025398;REFB=-0.0330914;REVB=0.0253343;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232084;STB=0.630182;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0314526;OID=.;OPOS=65387012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:25:13:26:19:25:13:26:19 chr11 65405691 . GGGCCC GCC,GCGCGA 191.96 PASS AF=0.45,0.45;AO=6,3;DP=21;FAO=9,9;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8,9;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0988691,0.0449984;FXX=0.130378;HRUN=3,3;LEN=3,5;MLLD=39.6242,88.1635;QD=38.3912;RBI=0.441215,0.0779386;REFB=-0.154113,-0.0500713;REVB=0.429995,0.0636362;RO=5;SAF=6,3;SAR=0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0.25641,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.555441,0.5;STBP=0.64,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0305604,0.0949943;OID=.,.;OPOS=65405692,65405692;OREF=GGC,GGCCC;OALT=-,CGCGA;OMAPALT=GCC,GCGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.45,0.45:6,3:21:9,9:20:2:8,9:1,0:2:0:65:5:6,3:0,0:5:0 chr11 65408708 . G T 217.44 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0176851;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.971;QD=21.7444;RBI=0.0383161;REFB=-0.0163737;REVB=0.0339906;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525558;STB=0.509425;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0153758;OID=.;OPOS=65408708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:19:21:21:0.525:14:7:5:13:14:7:6:13 chr11 65408937 . C T 728.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539445;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4305;QD=57.1565;RBI=0.00755267;REFB=0;REVB=-0.00528608;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118607;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr11 65417610 . A AC 46.3 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0277091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.094;QD=5.29181;RBI=0.0435832;REFB=-0.0613974;REVB=0.0336407;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391398;STB=0.723767;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=0.160795;OID=.;OPOS=65417611;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:38:11:35:24:7:4:7:17:46:28:7:3:10:18 chr11 65421942 . CGGGGC CGG,CGGG,CGGGC,CGGGG 191.58 PASS AF=0.08,0.92,0,0;AO=2,4,2,2;DP=18;FAO=2,23,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0,0;FSAR=2,16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806101,0.100201,0.161924,0.020436;FXX=0;HRUN=4,4,4,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=14.0424,16.017,8.13766,8.49055;QD=30.6531;RBI=0.175789,0.299401,0.247744,0.364402;REFB=-0.0422403,-0.042027,-0.0237005,-0.0261424;REVB=0.156217,0.282136,0.187504,0.363829;RO=5;SAF=0,0,0,0;SAR=2,4,2,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0,0.306452;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.544828,-0.672226,-0.544828,-0.544828;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=-0.0554508,0.0503691,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=65421945,65421946,65421943,65421947;OREF=GGC,GC,G,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=CGG,CGGG,CGGGC,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.08,0.92,0,0:2,4,2,2:18:2,23,0,0:25:0:0,7,0,0:2,16,0,0:0:0:7:5:0,0,0,0:2,4,2,2:1:4 chr11 65423082 . G A 1219.31 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7519;QD=59.4785;RBI=0.0544131;REFB=0.0787089;REVB=-0.0504435;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00353006;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:0:1:79:81:0.987805:38:41:0:0:40:41:1:0 chr11 65546857 . A C 492.67 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00489745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.916;QD=17.4398;RBI=0.0322471;REFB=-0.0326856;REVB=-0.031873;RO=60;SAF=33;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884032;STB=0.549218;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0436286;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:20:33:32:28:20:33:32:28 chr11 65547333 . G A 536.33 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=-0.0112049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.779;QD=15.8912;RBI=0.0117516;REFB=-0.00523687;REVB=0.00354275;RO=75;SAF=29;SAR=29;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237058;STB=0.629588;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00831737;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:77:58:58:0.42963:29:29:20:55:29:29:21:56 chr11 65547455 . C A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00161856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.834;QD=15.773;RBI=0.0207185;REFB=-0.00391802;REVB=-0.0206552;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173062;STB=0.597916;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0039815;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:15:18:10:17:15:18 chr11 65563502 . TA T,TT 222.51 PASS AF=0.454545,0.0454545;AO=8,11;DP=41;FAO=20,2;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10,1;FSAR=10,1;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00885003,-0.00925157;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.81,270.681;QD=20.2284;RBI=0.0320393,0.0296092;REFB=0.00694544,0.00644247;REVB=0.0307928,0.0281268;RO=20;SAF=2,8;SAR=6,3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.486163,0.0361504;STB=0.571359,0.623836;STBP=0.402,0.759;TYPE=del,snp;VARB=-0.0249823,0.024292;OID=.,.;OPOS=65563503,65563503;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.0454545:8,11:41:20,2:44:22:10,1:10,1:14:8:99:20:2,8:6,3:14:6 chr11 65636053 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.245;QD=56.1916;RBI=0.0264802;REFB=0;REVB=-0.00268;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117092;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 65639675 . AC A,CA 374.13 PASS AF=0.840909,0;AO=23,3;DP=42;FAO=37,0;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=11,0;FSAR=26,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.236894,-0.0110291;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=17.336,52.4976;QD=34.0116;RBI=0.272185,0.203988;REFB=0.0225119,0.0813163;REVB=-0.134037,-0.20369;RO=12;SAF=4,0;SAR=19,3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.377643,0;SSSB=-0.277819,-0.637912;STB=0.530105,0.5;STBP=0.401,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0380734,0.0358572;OID=.,.;OPOS=65639676,65639675;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:44:12:7:23,3:37,0:0.840909,0:19,3:4,0:6:6:26,0:11,0:1:6 chr11 65649774 . A G 1026.02 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.835;QD=59.4796;RBI=0.0485078;REFB=0;REVB=0.0193588;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188088;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr11 65655393 . G C 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.947;QD=63.8439;RBI=0.0251418;REFB=0;REVB=0.00854976;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143797;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr11 65664346 . T C 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00679083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.888;QD=23.7577;RBI=0.01055;REFB=-0.0196442;REVB=-0.00807379;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559869;STB=0.531226;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0119807;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:13:9:9:17:13:9 chr11 65684929 . C T 753.62 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00935117;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=350.501;QD=61.5197;RBI=0.0102212;REFB=-0.108143;REVB=-0.00412668;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-2.91091e-05;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:1:0 chr11 65685225 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.157;QD=62.9798;RBI=0.0242321;REFB=0;REVB=-0.0235109;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65124e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr11 65685317 . G A 171.96 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00893116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8525;QD=18.1008;RBI=0.0375701;REFB=-0.0045396;REVB=-0.0364931;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167808;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00695124;OID=.;OPOS=65685317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:8:10:7:12:8:10:7:13 chr11 65685767 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00304995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.507;QD=10.9731;RBI=0.0158552;REFB=-0.00303933;REVB=0.0155591;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.578841;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00423924;OID=.;OPOS=65685767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:16:15:9:6:16:15 chr11 65687242 . C A 112.98 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=5.62994e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0953;QD=17.3816;RBI=0.0634898;REFB=-0.0169925;REVB=0.0634898;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416543;STB=0.740356;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0221384;OID=.;OPOS=65687242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:9:4:10:3:9:4 chr11 65713207 . T C 573.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6529;QD=60.3866;RBI=0.0392016;REFB=0;REVB=-0.01196;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400015;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr11 65715210 . G A 441.02 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.000522959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.552;QD=22.3299;RBI=0.0556222;REFB=-0.0247639;REVB=0.0556198;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116273;STB=0.563872;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0181154;OID=.;OPOS=65715210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:11:25:24:19:11:25 chr11 65727315 . G A 247.91 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0144862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.396;QD=14.166;RBI=0.0172504;REFB=-0.00362411;REVB=0.00936626;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127047;STB=0.514276;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00730415;OID=.;OPOS=65727315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:40:28:30:0.428571:14:14:20:21:15:15:19:21 chr11 65727339 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=18;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.01741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.957;QD=13.7264;RBI=0.0337942;REFB=-0.00261271;REVB=-0.0289644;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143818;STB=0.552443;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0132843;OID=.;OPOS=65727339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:18:25:0.409836:10:8:16:19:16:9:16:20 chr11 65733393 . C T 505.37 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0205304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.918;QD=19.8184;RBI=0.020968;REFB=-0.00651602;REVB=-0.00426162;RO=49;SAF=17;SAR=35;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785179;STB=0.539568;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00939847;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:35:17:20:29:35:17:20:30 chr11 65746136 . G T 359.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.023895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.735;QD=19.9715;RBI=0.0239914;REFB=-0.0209189;REVB=0.00214789;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138463;STB=0.582604;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0198355;OID=.;OPOS=65746136;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:19:18:22:12:19:18:23:12 chr11 65765866 . C G 72.3 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0664815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3308;QD=8.50574;RBI=0.092023;REFB=-0.00620256;REVB=-0.0636274;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14397;STB=0.588064;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0309002;OID=.;OPOS=65765866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:15:9:5:5:15:9 chr11 65766092 . C T 322.36 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0663343;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.1;QD=23.8783;RBI=0.0666764;REFB=-0.0464913;REVB=0.00674502;RO=23;SAF=7;SAR=24;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163146;STB=0.579493;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0281623;OID=.;OPOS=65766092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:22:31:32:0.592593:24:7:9:14:24:8:9:13 chr11 65788072 . C T 137.7 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.279;QD=42.3683;RBI=0.0257419;REFB=0;REVB=0.0188583;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127535;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr11 65793121 . C T 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0262017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.109;QD=20.3971;RBI=0.0262688;REFB=-0.0157335;REVB=0.00187642;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693361;STB=0.538437;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0122145;OID=.;OPOS=65793121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:17:10:14:17:17:10 chr11 65793454 . C T 418.02 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000333416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.516;QD=53.9375;RBI=0.0332576;REFB=-0.0946405;REVB=0.0332559;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000409092;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:10:20:0:0:10:20:0:1 chr11 65809875 . C A 1274.8 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000836316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.964;QD=59.2932;RBI=0.00943246;REFB=-0.107387;REVB=0.00939531;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.512817;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000420053;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:84:84:0.976744:46:38:0:0:46:38:2:0 chr11 65810209 . C T 219.5 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.093;QD=48.7781;RBI=0.158893;REFB=0;REVB=-0.00555815;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173597;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:15:1:0:0:15:3:0:0 chr11 65810749 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.833;QD=62.022;RBI=0.044704;REFB=0;REVB=0.0373767;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217598;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr11 65810869 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00964854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.907;QD=21.3532;RBI=0.013095;REFB=-0.0254518;REVB=-0.00885358;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0187474;OID=.;OPOS=65810869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:5:4:6:7:5:4 chr11 65820673 . A G 1914.94 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.854;QD=61.7721;RBI=0.0492522;REFB=0;REVB=0.0425397;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164261;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:80:44:0:0:80:44:0:0 chr11 65868310 . T A 556.54 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9807;QD=60.1663;RBI=0.105451;REFB=0;REVB=-0.105155;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166265;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr11 65985000 . A C 656.97 PASS AF=0.928571;AO=50;DP=55;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0144672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6364;QD=46.9261;RBI=0.0183108;REFB=-0.060889;REVB=-0.0112243;RO=5;SAF=24;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189114;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:56:5:4:50:52:0.928571:26:24:3:2:26:26:2:2 chr11 66006307 . C T 115.65 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0345249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1491;QD=7.22817;RBI=0.039445;REFB=-0.0140105;REVB=0.0190772;RO=47;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547986;STB=0.533294;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0399471;OID=.;OPOS=66006307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:8:9:27:20:8:9:27:20 chr11 66010633 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.27;QD=57.6779;RBI=0.0312113;REFB=0;REVB=-0.0281351;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60548e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 66035286 . CA C,CG,CT 749.05 PASS AF=1,0,0;AO=48,2,2;DP=53;FAO=53,0,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197657,-0.0222372,0.0273529;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=48.1249,104.79,22.7448;QD=56.5323;RBI=0.063878,0.0942824,0.0433926;REFB=0,0,0;REVB=-0.0607431,-0.0916225,-0.0336859;RO=0;SAF=22,0,1;SAR=26,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.46901e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000245193,0,0;OID=.,.,.;OPOS=66035287,66035287,66035287;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=C,CG,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:48,2,2:53:53,0,0:53:0:23,0,0:30,0,0:0:0:4:0:22,0,1:26,2,1:0:0 chr11 66083129 . T C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00473976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.914;QD=24.1265;RBI=0.0657165;REFB=-0.0292951;REVB=-0.0655454;RO=9;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106481;STB=0.571341;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0164872;OID=.;OPOS=66083129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:9:11:17:17:0.607143:5:12:5:4:5:12:6:5 chr11 66083170 . TGAG T 123.17 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0140093;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.707;QD=16.9893;RBI=0.0482682;REFB=-0.00723872;REVB=0.0461904;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.513494;STBP=0.865;TYPE=del;VARB=0.00919162;OID=.;OPOS=66083171;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:13:29:14:29:15:9:5:10:5:99:14:8:5:10:4 chr11 66083782 . G A 217.75 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0144469;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.655;QD=16.7502;RBI=0.0164249;REFB=-0.0211707;REVB=-0.00781435;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217963;STB=0.503223;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.016243;OID=.;OPOS=66083782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:13:14:13:11:13:15 chr11 66099987 . C T 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0164739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.326;QD=27.2763;RBI=0.0175818;REFB=-0.0235614;REVB=-0.00614233;RO=19;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896017;STB=0.504947;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0204535;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:18:10:7:12:18:10:7:12 chr11 66100152 . T C 903.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3748;QD=58.2682;RBI=0.111099;REFB=0;REVB=0.104634;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721225;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:26:34:0:0:28:34:0:0 chr11 66102088 . G A 221.36 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0163609;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.538;QD=23.9307;RBI=0.0332916;REFB=-0.0322191;REVB=0.0289939;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329905;STB=0.685525;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0377152;OID=.;OPOS=66102088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:10:6:16:5:10:6 chr11 66107674 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.163;QD=60.6102;RBI=0.0165534;REFB=0;REVB=0.0113095;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010453;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr11 66114900 . C T 648.68 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00266893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3073;QD=18.5336;RBI=0.00266897;REFB=-0.0143299;REVB=1.39895e-05;RO=74;SAF=33;SAR=33;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116146;STB=0.564267;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0149859;OID=.;OPOS=66114900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:33:33:28:46:33:33:28:46 chr11 66131149 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.772;QD=53.9112;RBI=0.0113224;REFB=0;REVB=0.000338938;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35597e-05;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr11 66161072 . C T 556.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.537;QD=60.2063;RBI=0.0542397;REFB=0;REVB=0.0042609;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186288;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr11 66206138 . T A 320.64 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0236964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.356;QD=27.2889;RBI=0.0237447;REFB=-0.0265104;REVB=0.00151366;RO=18;SAF=6;SAR=22;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831308;STB=0.502261;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00850855;OID=.;OPOS=66206138;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:19:28:28:0.595745:22:6:4:14:22:6:4:15 chr11 66206169 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0533325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.024;QD=19.0003;RBI=0.0534146;REFB=-0.0207918;REVB=0.00296052;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249533;STB=0.639204;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.026683;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:2:15:11:6:2:15 chr11 66272142 . A G 226.4 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.015434;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.844;QD=19.6872;RBI=0.0199153;REFB=-0.0115364;REVB=-0.0125862;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216178;STB=0.630237;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0180722;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:10:12:7:16:10:12:7:17 chr11 66299152 . A G 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00592095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.604;QD=23.3804;RBI=0.00976329;REFB=-0.0256588;REVB=-0.007763;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308105;STB=0.673347;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.022559;OID=.;OPOS=66299152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:14:5:9:5:14:5:9:5 chr11 66327673 . G A 698.35 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=118;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00899963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.554;QD=23.673;RBI=0.0283276;REFB=-0.0169683;REVB=0.02686;RO=51;SAF=29;SAR=38;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459032;STB=0.525069;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0161791;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:51:67:67:0.567797:38:29:25:26:38:29:25:26 chr11 66328095 . T C 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00166063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.006;QD=30.2187;RBI=0.00445652;REFB=-0.00574964;REVB=-0.00413556;RO=18;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850488;STB=0.546619;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00264726;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:16:15:11:7:16:15:11:7 chr11 66328719 . T C 576.83 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0525196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.963;QD=26.8292;RBI=0.0540687;REFB=-0.0549539;REVB=0.0128498;RO=34;SAF=32;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751411;STB=0.543768;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0326628;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:34:34:51:52:0.604651:19:32:18:16:19:33:18:16 chr11 66329732 . A G 336.17 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.020546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.501;QD=22.411;RBI=0.0211066;REFB=-0.0250321;REVB=0.0048323;RO=26;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157891;STB=0.591386;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0192939;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:26:33:34:0.566667:15:18:9:17:15:19:9:17 chr11 66331458 . A G 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00372762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8856;QD=17.6934;RBI=0.0310766;REFB=0.017679;REVB=-0.0308522;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838325;STB=0.546934;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0236887;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:19:20:21:14:19:20 chr11 66333598 . C T 138.09 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0708248;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9922;QD=11.7525;RBI=0.0715413;REFB=0.00771682;REVB=-0.0100996;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357865;STB=0.714025;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.010397;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:31:15:16:0.340426:10:5:21:11:11:5:20:11 chr11 66335548 . A G 417.62 PASS AF=0.488372;AO=34;DP=78;FAO=42;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0170907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.618;QD=19.4244;RBI=0.0233235;REFB=-0.0432178;REVB=0.0158712;RO=25;SAF=9;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19038;STB=0.593823;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0365186;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:25:42:34:42:0.488372:25:9:12:13:30:12:19:23 chr11 66358126 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0313693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.375;QD=17.8206;RBI=0.0337575;REFB=-0.011448;REVB=0.0124715;RO=53;SAF=13;SAR=31;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187987;STB=0.605605;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0158067;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:31:13:25:28:31:13:25:28 chr11 66472274 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.269;QD=47.8224;RBI=0.0203074;REFB=0;REVB=0.00944925;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92581e-05;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 66613500 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0513425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.44;QD=18.1185;RBI=0.0518903;REFB=-0.0297341;REVB=-0.00752009;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.609567;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.024879;OID=.;OPOS=66613500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:4:16:11:7:4:16 chr11 66837965 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.689;QD=56.9569;RBI=0.0389365;REFB=0;REVB=0.0339171;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76711e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr11 66995603 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.532;QD=55.2224;RBI=0.0165701;REFB=-0.0245732;REVB=0.0010634;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000124638;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:0:1:25:31:0:1 chr11 67050292 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0200506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.589;QD=15.7008;RBI=0.0444943;REFB=-0.022916;REVB=-0.0397204;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538599;STB=0.817773;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0257903;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:3:12:4:14:3:12:4:15 chr11 67053893 . TCCCCCCCG TCCCCCC,TCCCCCCG 35.94 PASS AF=0,0.454545;AO=5,6;DP=24;FAO=0,10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.183476,-0.0252033;FXX=0.0832986;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.3471,8.30769;QD=6.53507;RBI=0.207363,0.0987386;REFB=-0.0159123,-0.133341;REVB=-0.0966235,0.0954679;RO=10;SAF=3,4;SAR=2,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0726992;STB=0.5,0.509415;STBP=1,0.949;TYPE=del,del;VARB=0,0.128878;OID=.,.;OPOS=67053900,67053894;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCCCC,TCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.454545:5,6:24:0,10:22:12:0,6:0,4:7:5:36:10:3,4:2,2:6:4 chr11 67054011 . TAA TA,TAT 173.25 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=19,2;DP=27;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112523,-0.0624483;FXX=0.0370233;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.72182,189.289;QD=26.6533;RBI=0.113795,0.0725323;REFB=-0.169903,-0.0252872;REVB=0.0169684,-0.0368937;RO=4;SAF=6,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122407,0.532453;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.105027,-0.0184343;OID=.,.;OPOS=67054012,67054013;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:19,2:27:24,2:26:0:6,1:18,1:0:0:10:4:6,1:13,1:0:4 chr11 67068859 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0230074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.581;QD=16.0654;RBI=0.0342276;REFB=-0.00232596;REVB=0.0253415;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208569;STB=0.618923;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0048253;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:17:7:9:9:17:7 chr11 67071584 . C G 719.21 PASS AF=0.526316;AO=69;DP=132;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.0446181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.26;QD=21.6303;RBI=0.0607623;REFB=-0.0331997;REVB=-0.0412466;RO=62;SAF=20;SAR=49;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172253;STB=0.509136;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.022275;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:62:63:69:70:0.526316:49:20:19:43:50:20:19:44 chr11 67130122 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00394222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.702;QD=9.56963;RBI=0.012319;REFB=-0.0039359;REVB=-0.0116712;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00951333;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr11 67135006 . A T 209.35 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00359549;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.221;QD=17.8171;RBI=0.0105957;REFB=-0.00455393;REVB=-0.009967;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451959;STB=0.755584;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00253895;OID=.;OPOS=67135006;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:6:20:6:15:6:20 chr11 67160961 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0180932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8925;QD=19.7024;RBI=0.0309082;REFB=-0.0220308;REVB=-0.025059;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.666465;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0175762;OID=.;OPOS=67160961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:10:6:12:5:10:6 chr11 67163628 . A G 231.91 PASS AF=0.479167;AO=18;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0124212;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0648;QD=19.3259;RBI=0.0424403;REFB=-0.00294451;REVB=-0.0405819;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.572454;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00587594;OID=.;OPOS=67163628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:25:18:23:0.479167:10:8:12:12:15:8:12:13 chr11 67171736 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.01294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.041;QD=16.7843;RBI=0.0217143;REFB=0.0124484;REVB=0.0174375;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077904;STB=0.543595;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0119098;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:9:20:25:8:9:20:25:8 chr11 67172911 . C T 443.1 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0263224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.894;QD=19.2652;RBI=0.054037;REFB=-0.0409459;REVB=0.0471925;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156719;STB=0.591024;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0654909;OID=.;OPOS=67172911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:44:45:0.48913:27:17:26:21:28:17:26:21 chr11 67176898 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00660757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.134;QD=18.7769;RBI=0.0261373;REFB=-0.0255338;REVB=0.0252883;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348936;STB=0.519563;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0172223;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:11:15:14:12:11:15:14:12 chr11 67177278 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.094;QD=59.6789;RBI=0.0276826;REFB=0;REVB=0.0273712;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28478e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr11 67191449 . T C 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0317226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.209;QD=19.5284;RBI=0.0332437;REFB=-0.0116169;REVB=-0.00994077;RO=39;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461086;STB=0.525611;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0180796;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:20:19:21:18:20:19:21:18 chr11 67192555 . G A 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.936;QD=59.8281;RBI=0.0564828;REFB=0;REVB=0.0511004;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141443;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr11 67200819 . C T 607.24 PASS AF=0.953488;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0573499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5815;QD=56.4872;RBI=0.0729842;REFB=-0.142446;REVB=0.0451407;RO=2;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334695;STB=0.517849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00556108;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:43:2:2:39:41:0.953488:27:12:0:2:27:14:0:2 chr11 67202156 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511852;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.716;QD=48.7373;RBI=0.0533738;REFB=0;REVB=0.0151273;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252061;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr11 67257037 . C T 1101.81 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264206;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7745;QD=60.3733;RBI=0.00495447;REFB=0;REVB=-0.00419121;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21564e-05;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr11 67257823 . C A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6556;QD=56.1885;RBI=0.0663268;REFB=0;REVB=-0.0165166;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121731;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 67258391 . A G 606.61 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.883;QD=60.6607;RBI=0.0836463;REFB=0;REVB=0.0782607;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679021;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr11 67263767 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.634;QD=54.5177;RBI=0.0396696;REFB=0;REVB=0.0395987;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136254;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr11 67352689 . A G 579.5 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710352;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.513;QD=60.9995;RBI=0.007117;REFB=0;REVB=0.000437744;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28982e-05;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr11 67353970 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2774;QD=59.4344;RBI=0.0194753;REFB=0;REVB=-0.000348268;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270594;OID=.;OPOS=67353970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 67372477 . G T 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.661;QD=54.8823;RBI=0.0224498;REFB=-0.0548195;REVB=0.00834762;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000258248;OID=.;OPOS=67372477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr11 67430762 . T C 1301.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.085;QD=61.989;RBI=0.0545012;REFB=0;REVB=-0.054487;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132259;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr11 67431974 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0183848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.51;QD=18.9419;RBI=0.0232825;REFB=-0.0262156;REVB=0.0142855;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200452;STB=0.601718;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0236132;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:20:17:9:28:20:17:10:28 chr11 67432804 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.647;QD=58.6006;RBI=0.0201283;REFB=0;REVB=-0.000175278;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63767e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:18:46:0:0:18:46:0:0 chr11 67432854 . T C 976.22 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053308;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2502;QD=59.1648;RBI=0.00997097;REFB=0;REVB=0.00842632;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82261e-05;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:18:48:0:0:18:48:0:0 chr11 67433869 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.679;QD=46.9594;RBI=0.062138;REFB=-0.0190965;REVB=0.0398145;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00134162;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:12:8:0:0:12:8:1:0 chr11 67434416 . C A 539.35 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.186;QD=59.9282;RBI=0.0437884;REFB=0;REVB=0.0436539;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194897;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:22:10:0:0:26:10:0:0 chr11 67564197 . T C 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5383;QD=64.144;RBI=0.0537333;REFB=0;REVB=0.0167501;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755803;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr11 67564238 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.638;QD=57.2025;RBI=0.0533813;REFB=0;REVB=0.0226739;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430009;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr11 67564241 . C T 407.56 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.571;QD=54.3418;RBI=0.0758472;REFB=-0.0396749;REVB=-0.00176084;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328588;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:9:20:1:0:9:21:0:0 chr11 67572698 . G T 409.87 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.428;QD=51.2343;RBI=0.0271038;REFB=-0.0552961;REVB=0.0171068;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000734834;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:29:30:0.9375:11:18:2:0:12:18:2:0 chr11 67663113 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.919;QD=39.2068;RBI=0.00987118;REFB=0;REVB=-0.00523024;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87959e-05;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 67663116 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.716;QD=44.6898;RBI=0.0909994;REFB=0;REVB=-0.086614;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000649773;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 677.27 PASS AF=1,0;AO=37,2;DP=46;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955073,0.0179145;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.3273,10.5651;QD=58.8929;RBI=0.153894,0.0179548;REFB=0,0;REVB=0.120671,0.00120214;RO=6;SAF=18,0;SAR=19,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0834045,-0.524163;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00755518,0.0260403;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:6:0:37,2:46,0:1,0:19,2:18,0:1:5:27,0:19,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 827.19 PASS AF=1,0;AO=54,5;DP=61;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127397,-0.136285;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=28.0557,5.32981;QD=55.1461;RBI=0.037047,0.157356;REFB=-0.0334499,-0.0542177;REVB=0.0347877,-0.0786587;RO=2;SAF=11,2;SAR=43,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0214185,0.212944;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00209171,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:60:2:0:54,5:60,0:1,0:43,3:11,2:0:2:47,0:13,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 913.87 PASS AF=1;AO=73;DP=80;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0853725;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.3597;QD=49.3985;RBI=0.104865;REFB=0;REVB=0.0608956;RO=5;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000429384;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:80:74:74:0:27:47:0:0:16:5:26:47:1:4 chr11 67795378 . G GC 227.64 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.3915;QD=47.9241;RBI=0.108097;REFB=0;REVB=0.0590894;RO=5;SAF=2;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00976734;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:23:19:19:0:3:16:0:0:4:5:2:15:2:3 chr11 67814979 . G C 1788.24 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412994;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0421;QD=61.1364;RBI=0.0415598;REFB=0;REVB=-0.00464548;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184565;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:70:47:0:0:70:47:0:0 chr11 67957518 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.474;QD=63.8718;RBI=0.0430471;REFB=0;REVB=-0.00685977;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137747;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr11 68030015 . C T 170.51 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.541;QD=42.6269;RBI=0.19358;REFB=0;REVB=0.0645098;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181362;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:1:0:14:16:1:3:11:1:0:3:13:0:0 chr11 68171013 . T C 1731.21 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000962077;FXX=0.0165276;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.775;QD=58.1919;RBI=0.00938254;REFB=-0.0462399;REVB=0.00933308;RO=1;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759859;STB=0.503349;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=9.27944e-05;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:1:3:116:116:0.97479:62:54:0:1:62:54:1:2 chr11 68192690 . G A 1358.04 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0371001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.94;QD=59.0452;RBI=0.0411396;REFB=-0.0539219;REVB=0.0177778;RO=3;SAF=46;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299022;STB=0.515786;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000480394;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:92:3:3:88:89:0.967391:42:46:3:0:43:46:3:0 chr11 68358106 . CTTTTATTTTG CTTTT,CTTTTG 50.38 PASS AF=0,0.5;AO=2,5;DP=15;FAO=0,7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0116357,-0.000969054;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=6,5;MLLD=141.951,144.566;QD=14.3956;RBI=0.0149339,0.012977;REFB=0.00534737,0.00987399;REVB=0.0093612,0.0129408;RO=7;SAF=0,1;SAR=2,4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.577625,-0.260267;STB=0.5,0.705189;STBP=1,0.254;TYPE=del,del;VARB=0,-0.015618;OID=.,.;OPOS=68358111,68358107;OREF=ATTTTG,TTTTA;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTT,CTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,5:15:0,7:14:7:0,1:0,6:3:4:47:7:0,1:2,4:3:4 chr11 68549340 . A G 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00699089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.925;QD=55.6022;RBI=0.0128047;REFB=-0.0617088;REVB=-0.0107279;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-7.53359e-05;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr11 68777183 . G C,T 653.34 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=3,40;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=3,24;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690011,0.103491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.755,71.5862;QD=60.7758;RBI=0.0220681,0.108041;REFB=0,0;REVB=-0.0209617,0.0310216;RO=0;SAF=3,24;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0840424,0.00607638;OID=.,.;OPOS=68777183,68777183;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:3,40:3,40:0.0697674,0.930233:0,16:3,24:0:0:0,16:3,24:0:0 chr11 68822739 . T C 723.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.394;QD=56.7676;RBI=0.062166;REFB=0;REVB=0.0615072;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70902e-05;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:23:23:0:0:27:24:0:0 chr11 68834968 . T C 673.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982114;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.056;QD=62.6834;RBI=0.0273661;REFB=0;REVB=0.025543;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64458e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr11 69063136 . C T 180.1 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.020332;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.779;QD=15.3273;RBI=0.0322586;REFB=-0.00471234;REVB=0.0250446;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184637;STB=0.613524;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0126496;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:28:19:19:0.404255:9:10:19:8:9:10:20:8 chr11 69063393 . T C 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0288747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.268;QD=13.6988;RBI=0.0345619;REFB=-0.00722794;REVB=-0.0189941;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395261;STB=0.523051;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.013743;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:6:12:19:11:6:12:19:11 chr11 69063510 . G A 105.71 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0334778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.601;QD=12.8138;RBI=0.0345771;REFB=-0.0208493;REVB=0.0086493;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516104;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0293274;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:3:9:15:5:3:10:15:5 chr11 69063728 . G C 178.26 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0243313;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.571;QD=25.4651;RBI=0.0243499;REFB=-0.0454137;REVB=-0.00094931;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526313;STB=0.564438;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.013412;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:27:28:6:8:14:16:0.571429:8:6:2:4:9:7:2:6 chr11 69462910 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.323;QD=64.4153;RBI=0.0247806;REFB=0;REVB=0.00211278;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34941e-05;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 69588020 . C T 333.06 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=9;FWDB=0.00845621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.174;QD=14.0235;RBI=0.0317279;REFB=-0.0113245;REVB=-0.0305802;RO=58;SAF=36;SAR=1;SRF=49;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512309;STB=0.80874;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0166931;OID=.;OPOS=69588020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:1:36:49:9:1:36:49:9 chr11 70007311 . A G 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8023;QD=63.5739;RBI=0.0789328;REFB=0;REVB=-0.0786012;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00099236;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 70007392 . A G 790.23 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428768;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.3;QD=64.5089;RBI=0.042886;REFB=0;REVB=0.000889032;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137961;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:50:49:1:32:18:0:0:31:18:0:0 chr11 70016247 . T TG 1396.79 PASS AF=1;AO=117;DP=134;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.0221;QD=43.3112;RBI=0.124626;REFB=0;REVB=0.0962751;RO=12;SAF=69;SAR=48;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00202758;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:117:134:129:129:0:72:57:0:0:26:12:69:48:6:6 chr11 70794485 . C G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00277651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.401;QD=19.6971;RBI=0.0036351;REFB=-0.0115093;REVB=0.00234627;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199077;STB=0.612793;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0143144;OID=.;OPOS=70794485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:12:10:14:7:12:10 chr11 71146577 . G A 191.0 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0250832;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0547;QD=14.6924;RBI=0.0429534;REFB=-0.024728;REVB=-0.0348688;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.592019;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0283962;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:16:14:7:15:16:14 chr11 71146691 . A G 357.46 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0269595;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.425;QD=16.6262;RBI=0.027531;REFB=-0.0145351;REVB=0.00558057;RO=48;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620947;STB=0.534865;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.018149;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:19:19:27:21:19:19:27:21 chr11 71146837 . C T 498.91 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0260621;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.071;QD=20.788;RBI=0.0511412;REFB=-0.0310279;REVB=-0.0440022;RO=47;SAF=36;SAR=12;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299227;STB=0.662718;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0372794;OID=.;OPOS=71146837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:12:36:21:26:12:36:22:26 chr11 71146952 . G A 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00520378;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=314.584;QD=22.4378;RBI=0.0164644;REFB=-0.0035218;REVB=-0.0156205;RO=30;SAF=27;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130886;STB=0.572398;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00219469;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:11:27:17:13:11:27:17:13 chr11 71152461 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0207906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.718;QD=19.4206;RBI=0.0219307;REFB=-0.0160781;REVB=-0.00697906;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311675;STB=0.67216;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0162348;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:5:22:13:16:5:22 chr11 71155153 . A G 603.75 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00810493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.556;QD=18.8671;RBI=0.0103702;REFB=-0.00857346;REVB=0.0064693;RO=66;SAF=27;SAR=35;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983715;STB=0.554297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0070374;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:35:27:22:44:35:27:22:44 chr11 71155171 . C T 464.2 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00020539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.382;QD=16.4318;RBI=0.000334099;REFB=-0.0194775;REVB=-0.00026351;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129672;STB=0.572112;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0298703;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:28:23:20:42:28:23:20:42 chr11 71169547 . G C 329.92 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0126651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6371;QD=14.1903;RBI=0.0378545;REFB=0.0077754;REVB=-0.0356729;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120315;STB=0.568371;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0135574;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:15:22:27:29:15:22:27:29 chr11 71183474 . C T 405.14 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00766377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9061;QD=19.763;RBI=0.0313948;REFB=-0.0281133;REVB=0.030445;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440157;STB=0.524422;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0381341;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:21:20:18:23:21:20:18:23 chr11 71183477 . C T 419.76 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00249068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0585;QD=20.2295;RBI=0.00806908;REFB=-0.025915;REVB=-0.00767506;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784482;STB=0.542149;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0272787;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:41:41:42:0.506024:21:20:16:24:21:21:17:24 chr11 71184678 . A C 2868.98 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479619;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.246;QD=63.0545;RBI=0.0529183;REFB=0;REVB=0.0223608;RO=0;SAF=85;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12903e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:97:85:0:0:97:85:0:0 chr11 71185479 . T C 395.95 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00394269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.016;QD=20.3053;RBI=0.0162789;REFB=-0.023484;REVB=-0.0157943;RO=36;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134503;STB=0.576574;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00788049;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:26:14:18:18:26:14:19:19 chr11 71185518 . T C 522.95 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0155063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.303;QD=17.1458;RBI=0.0167903;REFB=-0.0119625;REVB=0.00643973;RO=65;SAF=20;SAR=36;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179404;STB=0.59635;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0156449;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:56:56:0.459016:36:20:35:30:36:20:35:31 chr11 71189436 . T C 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00914071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.849;QD=16.4527;RBI=0.00973698;REFB=-0.00202445;REVB=-0.00335502;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242834;STB=0.513644;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00222702;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:19:14:16:24:19:14:16:24 chr11 71238414 . G C 55.91 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00992604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.8391;QD=11.1824;RBI=0.0852543;REFB=-0.0420451;REVB=-0.0846745;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0483065;OID=.;OPOS=71238414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:11:12:8:8:0.4:5:3:5:6:5:3:6:6 chr11 71249386 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.101;QD=50.4134;RBI=0.0680962;REFB=0;REVB=-0.0636692;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210967;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 71249558 . T A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0223431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.253;QD=18.4438;RBI=0.041567;REFB=-0.0654802;REVB=0.0350514;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394734;STB=0.726859;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0213272;OID=.;OPOS=71249558;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:7:2:8:3:7:2 chr11 71260243 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0280217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.354;QD=7.95468;RBI=0.0287358;REFB=-0.00116057;REVB=-0.00636643;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618928;STB=0.518472;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00279356;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:10:8:4:4:10:9 chr11 71260296 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0419421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2359;QD=11.5966;RBI=0.0432466;REFB=-0.00222442;REVB=-0.010542;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164807;STB=0.597828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00578124;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:12:9:7:5:12:9 chr11 71276632 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0324624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.931;QD=13.2053;RBI=0.0327966;REFB=-0.0117147;REVB=0.00467007;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00814763;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:3:3:2:4:3:3 chr11 71277598 . A C 353.6 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=119;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.012771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.289;QD=11.7866;RBI=0.0216483;REFB=-0.00754597;REVB=-0.01748;RO=76;SAF=24;SAR=19;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108827;STB=0.553682;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00999918;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:76:76:43:44:0.366667:19:24:35:41:20:24:35:41 chr11 71277643 . AGGGCCGCT AGGCCGCT,AGGGC 163.88 PASS AF=0,0.423729;AO=6,23;DP=57;FAO=0,25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=0,11;FSAR=0,14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.452641,-0.00786454;FXX=0.0327815;HRUN=3,2;LEN=1,4;MLLD=18.922,306.474;QD=11.1107;RBI=0.453937,0.00993624;REFB=-0.0484809,-0.0111479;REVB=-0.0342891,-0.00607271;RO=23;SAF=4,9;SAR=2,14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.407763,0.0829982;STB=0.5,0.516561;STBP=1,0.84;TYPE=del,del;VARB=0,0.0143765;OID=.,.;OPOS=71277644,71277648;OREF=G,CGCT;OALT=-,-;OMAPALT=AGGCCGCT,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.423729:6,23:57:0,25:59:34:0,11:0,14:14:20:99:23:4,9:2,14:7:16 chr11 71279936 . A C 107.48 PASS AF=0.206897;AO=17;DP=86;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0202705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0019;QD=4.94165;RBI=0.0651911;REFB=-0.00669862;REVB=-0.0619596;RO=69;SAF=6;SAR=11;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213182;STB=0.650993;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0258848;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:69:69:17:18:0.206897:11:6:36:33:12:6:36:33 chr11 71293892 . C A 49.54 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.030257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.235;QD=15.2429;RBI=0.110098;REFB=-0.0404291;REVB=0.105858;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0100399;OID=.;OPOS=71293892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr11 71318195 . G A 68.34 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0482977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2507;QD=14.3871;RBI=0.0486971;REFB=-0.0147483;REVB=-0.00622377;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142989;STB=0.583162;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0112467;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:8:2:3:6:8:2 chr11 71498591 . C G 93.25 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00698818;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8213;QD=9.09782;RBI=0.0153943;REFB=-0.0124067;REVB=-0.0137167;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310764;STB=0.698092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0317431;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:28:29:12:12:0.292683:8:4:17:11:8:4:18:11 chr11 71498601 . G T 103.53 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0254134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.942;QD=9.8603;RBI=0.0282204;REFB=-0.0032647;REVB=0.0122698;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352661;STB=0.71191;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00641155;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:18:11:9:4:18:11 chr11 71498648 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0262472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.831;QD=8.6278;RBI=0.0287946;REFB=-0.0122844;REVB=-0.0118413;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458157;STB=0.784067;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0235255;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:15:12:9:2:15:12 chr11 71498671 . G C 52.13 PASS AF=0.258065;AO=6;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0164763;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.05;QD=6.72685;RBI=0.028652;REFB=-0.0329693;REVB=0.0234407;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245612;STB=0.711313;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0760436;OID=.;OPOS=71498671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:24:23:6:8:0.258065:4:2:13:11:6:2:12:11 chr11 71507261 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00376346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.028;QD=19.4669;RBI=0.0313869;REFB=-0.00469207;REVB=0.0311604;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00328773;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:11:13:11:11:11:13 chr11 71544269 . C T 587.17 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241002;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.611;QD=58.7165;RBI=0.0427341;REFB=-0.0546122;REVB=0.0352899;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000889793;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:25:13:1:0:26:13:1:0 chr11 71548465 . A G 387.81 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0667319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4058;QD=15.9923;RBI=0.071292;REFB=-0.00768464;REVB=-0.025088;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855665;STB=0.548169;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0119181;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:20:21:24:32:20:21:24:32 chr11 71548520 . A T 333.96 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00534244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.099;QD=14.2112;RBI=0.005477;REFB=-0.00663348;REVB=-0.00120663;RO=57;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324223;STB=0.518423;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00932093;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:19:18:26:31:19:18:26:31 chr11 71548544 . A G 220.91 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00722751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.195;QD=12.273;RBI=0.00736847;REFB=-0.00530112;REVB=0.00143439;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805203;STB=0.504631;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0432337;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:14:13:22:23:14:13:22:23 chr11 71707489 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.829;QD=56.9381;RBI=0.0384717;REFB=0;REVB=-0.0108933;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58262e-05;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr11 71708013 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.413;QD=60.2307;RBI=0.0330756;REFB=0;REVB=0.00194134;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06022e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 71714526 . G C 1810.98 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.319;QD=59.3765;RBI=0.0779668;REFB=-0.131424;REVB=0.0751629;RO=2;SAF=74;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202012;STB=0.510637;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00025081;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:46:74:0:2:46:74:0:2 chr11 71808815 . TG T 49.17 PASS AF=0.47619;AO=5;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00194188;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1683;QD=9.36486;RBI=0.0629271;REFB=-0.0648921;REVB=-0.0628971;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0.273973;SSEP=0;SSSB=-0.247279;STB=0.618823;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=0.0834518;OID=.;OPOS=71808816;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:5:22:10:21:11:5:5:8:3:49:11:2:3:7:4 chr11 71941212 . A G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0272832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0801;QD=15.2557;RBI=0.0313826;REFB=0.00284906;REVB=-0.0155079;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22108;STB=0.628072;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00754829;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:15:15:14:6:15:15 chr11 72281818 . A G 288.83 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00528269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.684;QD=21.0058;RBI=0.00551434;REFB=-0.0112467;REVB=-0.00158148;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750427;STB=0.534224;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00503719;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:29:30:0.545455:16:13:9:16:17:13:9:16 chr11 72281884 . C T 340.11 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0155806;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.019;QD=17.6682;RBI=0.0167551;REFB=-0.004057;REVB=0.00616261;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296197;STB=0.508311;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0140303;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:19:16:20:21:19:17:20:21 chr11 72281941 . A G 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0668033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.604;QD=16.6608;RBI=0.0669567;REFB=0.00262566;REVB=0.00452889;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862073;STB=0.504851;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0040991;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:14:18:16:12:14:18 chr11 72287350 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.289;QD=45.8064;RBI=0.0263187;REFB=0;REVB=0.0263187;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227827;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr11 72289291 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.371;QD=58.1421;RBI=0.0582427;REFB=0;REVB=0.0217338;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174741;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr11 72289993 . G A 785.99 PASS AF=0.524476;AO=75;DP=143;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.0355151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1848;QD=21.9858;RBI=0.0496007;REFB=0.0106541;REVB=0.0346253;RO=68;SAF=34;SAR=41;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11508;STB=0.562983;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00861278;OID=.;OPOS=72289993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:68:68:75:75:0.524476:41:34:22:46:41:34:22:46 chr11 72291927 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.292;QD=50.4123;RBI=0.0371779;REFB=0;REVB=0.0123822;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75188e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 72293602 . A G 1195.88 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263684;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.325;QD=61.3271;RBI=0.0439596;REFB=0;REVB=0.0438805;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774292;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr11 72295502 . T C 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.718;QD=61.4669;RBI=0.0205248;REFB=0;REVB=0.0196505;RO=0;SAF=36;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8211e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:85:36:0:0:85:36:0:0 chr11 72295906 . A G 474.5 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347234;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.561;QD=59.3127;RBI=0.0351506;REFB=0;REVB=-0.00546336;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464085;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr11 72363759 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000230032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.781;QD=50.4127;RBI=0.00156006;REFB=0;REVB=-0.00154301;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29756e-05;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 72368986 . T G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.149;QD=55.0893;RBI=0.0531129;REFB=0;REVB=-0.0530653;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353514;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr11 72396990 . G A 424.54 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.016;QD=51.4598;RBI=0.0516568;REFB=-0.149156;REVB=0.0403215;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00158795;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:33:0:1:29:32:0.969697:10:19:0:0:13:19:1:0 chr11 72397200 . C T 190.12 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00287866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.264;QD=21.7282;RBI=0.014273;REFB=-0.0107379;REVB=0.0139797;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209928;STB=0.618056;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0103295;OID=.;OPOS=72397200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:6:10:7:12:6:10 chr11 72408657 . C T 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.241;QD=62.0072;RBI=0.0352016;REFB=0;REVB=-0.0128096;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42834e-05;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:57:27:0:0:57:27:0:0 chr11 72532569 . G T 781.59 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0341317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9342;QD=52.1058;RBI=0.0534491;REFB=-0.0299721;REVB=0.0411318;RO=3;SAF=27;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182043;STB=0.509663;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00606541;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:30:27:2:1:30:27:2:1 chr11 72532621 . T G 823.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.214;QD=56.7643;RBI=0.0384608;REFB=0;REVB=0.0108499;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45388e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:29:29:0:0 chr11 72532708 . C T 742.77 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0171684;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.449;QD=50.3576;RBI=0.0198142;REFB=-0.0997487;REVB=0.00989184;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324832;STB=0.533321;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000775207;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:59:2:4:55:55:0.932203:27:28:2:0:27:28:4:0 chr11 72788698 . T C 334.56 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00119587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.94;QD=27.3111;RBI=0.00217333;REFB=0.000392192;REVB=-0.00181474;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209645;STB=0.61552;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000249492;OID=.;OPOS=72788698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:6:14:12:17:6:14 chr11 72945341 . C T 2085.98 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7328;QD=61.8069;RBI=0.0235582;REFB=-0.13564;REVB=-0.0178946;RO=1;SAF=58;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062138;STB=0.503267;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00148758;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:76:58:0:1:76:58:0:1 chr11 72946020 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0487073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.905;QD=24.5996;RBI=0.0537069;REFB=-0.0249882;REVB=-0.022628;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109725;STB=0.560922;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0251028;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:5:11:12:10:5:11 chr11 72946140 . G C 108.84 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0482059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8206;QD=24.1861;RBI=0.0616815;REFB=-0.0762832;REVB=0.0384813;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.040313;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:3:3:6:6:3:3 chr11 73105534 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0196196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.565;QD=17.1569;RBI=0.0665348;REFB=-0.0295326;REVB=0.0635763;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165217;STB=0.565841;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0233332;OID=.;OPOS=73105534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:20:16:17:0.459459:8:8:11:5:8:9:13:7 chr11 73387057 . TTAAGTA T 786.61 PASS AF=0.985075;AO=61;DP=69;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485878;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=6;MLLD=249.831;QD=46.9618;RBI=0.0499341;REFB=0.0172368;REVB=-0.0115169;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.506171;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=-0.000135237;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985075:61:69:66:67:1:26:40:0:1:9:1:26:35:0:1 chr11 73388874 . GC AA 441.66 PASS AF=0.445455;AO=47;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00475008;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.375;QD=16.0604;RBI=0.00659165;REFB=-0.0202975;REVB=0.00457019;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210204;STB=0.501326;STBP=0.996;TYPE=mnp;VARB=0.0249924;OID=.;OPOS=73388874;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:61:47:49:0.445455:26:21:26:35:28:21:26:35 chr11 73390772 . GAA G,GAG 619.77 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=33,6;DP=39;FAO=36,6;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=21,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249169,-0.0129059;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=42.5794,200.957;QD=59.0254;RBI=0.0430504,0.0312209;REFB=0,0;REVB=-0.0351068,-0.0284285;RO=0;SAF=15,1;SAR=18,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00701443,0.0739376;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:33,6:39:36,6:42:0:15,1:21,5:0:0:33:0:15,1:18,5:0:0 chr11 73441772 . A C 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00512247;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.247;QD=48.8659;RBI=0.00833527;REFB=0.0353724;REVB=0.00657549;RO=3;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398964;STB=0.521458;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00218149;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:17:13:2:1:17:13:2:1 chr11 73978243 . G A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0217417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.841;QD=18.785;RBI=0.0275735;REFB=-0.0132175;REVB=0.0169587;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575969;STB=0.532144;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0105081;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:21:12:14:19:21:12:14:19 chr11 73988167 . C T 461.3 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00634978;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.55;QD=20.9681;RBI=0.0106662;REFB=-0.00111555;REVB=-0.00857016;RO=43;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800359;STB=0.544284;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0012104;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:20:25:20:23:20:25:20:23 chr11 74043707 . AG A,AA 806.14 PASS AF=0.0847458,0.915254;AO=11,44;DP=56;FAO=5,54;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=4,34;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501701,0.100562;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.904,149.186;QD=54.6538;RBI=0.0537129,0.102421;REFB=0,0;REVB=0.0191845,0.0194246;RO=0;SAF=7,27;SAR=4,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.54734e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0124049,0.00139201;OID=.,.;OPOS=74043708,74043708;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0847458,0.915254:11,44:56:5,54:59:0:4,34:1,20:0:0:11:0:7,27:4,17:0:0 chr11 74046975 . C T 1419.69 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.805;QD=61.7255;RBI=0.0192442;REFB=0.0427426;REVB=-0.0152089;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000445754;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:0:1:47:44:0:1 chr11 74049569 . A G 1525.72 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.862;QD=59.8321;RBI=0.0229992;REFB=0;REVB=-0.00261172;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00957e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:38:62:0:0:40:62:0:0 chr11 74053547 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000755909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.583;QD=63.6149;RBI=0.00409709;REFB=0;REVB=-0.00402676;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21845e-06;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr11 74109166 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.023777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.007;QD=19.3436;RBI=0.0303563;REFB=-0.0180443;REVB=-0.0188721;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507894;STB=0.528814;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0153924;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:10:8:7:11:10:8 chr11 74110353 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00685278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.875;QD=11.6341;RBI=0.0403571;REFB=-0.00834839;REVB=0.039771;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568998;STB=0.848246;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.025367;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:9:7:9:1:9:7 chr11 74167409 . T C 166.83 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0481407;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0313;QD=14.5072;RBI=0.0736646;REFB=0.00700173;REVB=-0.0557578;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536154;STB=0.516111;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0105453;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:28:18:18:0.391304:6:12:18:11:6:12:18:10 chr11 74168411 . A G 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0201557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5111;QD=17.4548;RBI=0.0219055;REFB=0.00412691;REVB=0.00857908;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107347;STB=0.560394;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00475514;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:14:15:17:10:14:15 chr11 74203308 . T A 1197.65 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282512;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2457;QD=61.4179;RBI=0.00328413;REFB=0;REVB=0.00167457;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726463;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr11 74204269 . T G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.178;QD=60.3761;RBI=0.04865;REFB=0;REVB=0.041623;RO=0;SAF=13;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194754;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:61:13:0:0:61:13:0:0 chr11 74208029 . C T 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.372;QD=61.6716;RBI=0.0176971;REFB=0;REVB=0.000885382;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87995e-05;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr11 74208214 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.628;QD=52.6128;RBI=0.0279564;REFB=0;REVB=0.00386841;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275606;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 74208592 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5112;QD=58.5873;RBI=0.0598117;REFB=0;REVB=0.0531328;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164171;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr11 74278090 . C T 1872.0 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0152597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.601;QD=58.9607;RBI=0.0246083;REFB=-0.184842;REVB=-0.0193057;RO=1;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664527;STB=0.501091;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000675938;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:1:2:124:125:0.984252:71:53:0:1:71:54:1:1 chr11 74396330 . C T 185.44 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000170496;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.391;QD=12.1602;RBI=0.00473906;REFB=-0.00888804;REVB=-0.00473599;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024903;STB=0.527159;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0129459;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:38:23:23:0.377049:7:16:25:12:7:16:25:13 chr11 74408740 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5515;QD=59.018;RBI=0.0482571;REFB=0;REVB=-0.034587;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61442e-05;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 74413872 . A G 479.19 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0257987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2435;QD=19.9661;RBI=0.0976805;REFB=-0.00127574;REVB=-0.0942121;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361186;STB=0.520028;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.000844435;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:21:26:29:20:21:26:29:20 chr11 74419357 . C T 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8523;QD=54.7474;RBI=0.0343064;REFB=-0.118702;REVB=0.0298985;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0039374;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:0:1:31:22:0:1 chr11 74546905 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.973;QD=63.2868;RBI=0.0448554;REFB=0;REVB=0.0416601;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115248;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr11 74553074 . C T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.693;QD=59.1417;RBI=0.0275879;REFB=0;REVB=0.0079352;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020548;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr11 74553498 . T C 475.03 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0140817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.94;QD=24.3607;RBI=0.0162391;REFB=-0.00685638;REVB=0.00808807;RO=33;SAF=8;SAR=37;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206978;STB=0.614561;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00393325;OID=.;OPOS=74553498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:37:8:12:21:37:8:12:21 chr11 74862391 . A G 383.04 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8879;QD=52.8334;RBI=0.0343461;REFB=-0.142618;REVB=0.0214281;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00436327;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr11 74883577 . G A 95.77 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00836426;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.24;QD=10.0816;RBI=0.0495734;REFB=-0.00281275;REVB=0.0488627;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178695;STB=0.60918;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00421995;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:16:10:3:9:16:10 chr11 74904362 . T C 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.365;QD=61.1579;RBI=0.0229282;REFB=0;REVB=0.0202647;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76578e-06;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chr11 74914427 . G A 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00855829;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.238;QD=19.1081;RBI=0.00862833;REFB=-0.0100671;REVB=-0.0010971;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851252;STB=0.559632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0106022;OID=.;OPOS=74914427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:25:22:22:0.468085:13:9:12:12:13:9:13:12 chr11 74977087 . GGCCC GCC,GC,GGCC,GGC,GG,GGGCC 638.87 PASS AF=0,0,0.0652174,0.891304,0.0434783,0;AO=7,12,7,11,6,2;DP=46;FAO=0,0,3,41,2,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,14,2,0;FSAR=0,0,3,27,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193483,0.0101103,0.00705233,0.00487085,0.00286598,-0.0123129;FXX=0;HRUN=4,4,5,5,5,5;LEN=2,3,1,2,3,1;MLLD=5.8698,14.5225,15.1866,24.6144,17.7648,5.40733;QD=55.5538;RBI=0.166892,0.0103176,0.335452,0.17299,0.116308,0.4965;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=-0.165766,-0.00205757,0.335378,0.172921,0.116273,0.496347;RO=0;SAF=0,1,1,5,6,2;SAR=7,11,6,6,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0.30137,0.30137,0.30137,0;SSSB=0,-3.23983e-08,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,del,snp;VARB=0,0,-0.0924837,0.0165891,0.0296276,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=74977088,74977088,74977089,74977089,74977089,74977089;OREF=GC,GCC,C,CC,CCC,C;OALT=-,-,-,-,-,G;OMAPALT=GCC,GC,GGCC,GGC,GG,GGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.0652174,0.891304,0.0434783,0:7,12,7,11,6,2:46:0,0,3,41,2,0:46:0:0,0,0,14,2,0:0,0,3,27,0,0:0:0:9:0:0,1,1,5,6,2:7,11,6,6,0,0:0:0 chr11 74995350 . C T 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0497817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1719;QD=16.479;RBI=0.0531534;REFB=-0.0132172;REVB=0.0186299;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374646;STB=0.703319;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0191642;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:6:13:7:17:6:13:8:17 chr11 75145952 . A G 851.71 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.152;QD=57.7428;RBI=0.0346706;REFB=0;REVB=0.00253473;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72634e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:18:40:0:0:18:41:0:0 chr11 75152243 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.497;QD=53.2771;RBI=0.0504337;REFB=0;REVB=0.0300743;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440086;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 75160575 . G A 2696.33 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.68742e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.388;QD=62.3428;RBI=0.0354505;REFB=0;REVB=0.0354505;RO=0;SAF=93;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5369e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:79:93:0:0:80:93:0:0 chr11 75277628 . A G 1176.09 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.64;QD=58.8047;RBI=0.142056;REFB=0;REVB=0.105638;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495686;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:39:35:0:0:43:37:0:0 chr11 75277757 . C G 344.79 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.0596932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.548;QD=13.5213;RBI=0.0649373;REFB=-0.017655;REVB=-0.0255651;RO=60;SAF=26;SAR=15;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325335;STB=0.678388;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.048863;OID=.;OPOS=75277757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:61:41:41:0.401961:15:26:19:41:15:26:20:41 chr11 75277992 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0202898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.407;QD=22.9824;RBI=0.0260825;REFB=-0.0235296;REVB=-0.0163897;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105324;STB=0.558623;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0187309;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:15:7:11:14:15:7 chr11 75279846 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0153321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.678;QD=14.5589;RBI=0.015336;REFB=-0.0066552;REVB=0.000350134;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146461;STB=0.582721;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00914219;OID=.;OPOS=75279846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:10:25:15:11:10:25 chr11 75282882 . G A 314.41 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0184963;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.263;QD=16.7683;RBI=0.0189543;REFB=-0.0098824;REVB=-0.0041415;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117928;STB=0.573291;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0104157;OID=.;OPOS=75282882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:33:34:0.453333:16:17:26:15:17:17:26:15 chr11 75298797 . A G 159.7 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0254376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9404;QD=10.3033;RBI=0.0546347;REFB=-0.021068;REVB=0.0483516;RO=41;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998786;STB=0.505613;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0854988;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:20:21:0.33871:14:6:12:29:15:6:12:29 chr11 75852448 . C T 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.015771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.3;QD=15.6173;RBI=0.0157917;REFB=-0.017991;REVB=-0.000809148;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147841;STB=0.500834;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0226306;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:17:26:20:13:17:26 chr11 75946552 . G A 641.55 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000107282;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.274;QD=23.7612;RBI=0.00675155;REFB=-0.00357383;REVB=-0.0067507;RO=45;SAF=29;SAR=32;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450243;STB=0.532248;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00252933;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:61:62:0.574074:32:29:24:21:33:29:25:21 chr11 76207633 . G A 745.44 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.13;QD=56.2594;RBI=0.0142929;REFB=0;REVB=0.0132285;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228865;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr11 76262357 . TTAA T,TA,TTTA 170.13 PASS AF=0.173913,0.282609,0;AO=8,9,2;DP=53;FAO=8,13,0;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=0,5,0;FSAR=8,8,0;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.00854796,-0.0309675,0.0433187;FXX=0.0212721;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=36.3043,28.2262,19.0056;QD=14.7943;RBI=0.07623,0.14093,0.0708057;REFB=-0.0289979,-0.0462729,-0.0167798;REVB=-0.0757493,-0.137486,0.0560083;RO=30;SAF=0,3,0;SAR=8,6,2;SRF=25;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.822919,-0.559069,-0.671472;STB=0.999091,0.775781,0.5;STBP=0,0.037,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0390277,0.0562043,0;OID=.,.,.;OPOS=76262358,76262358,76262359;OREF=TAA,TA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TA,TTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.173913,0.282609,0:8,9,2:53:8,13,0:46:25:0,5,0:8,8,0:21:4:84:30:0,3,0:8,6,2:25:5 chr11 76368553 . A G 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0354215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3565;QD=17.0624;RBI=0.0518083;REFB=-0.0301951;REVB=-0.0378077;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398586;STB=0.522372;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0300212;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:12:19:16:12:12:19 chr11 76370792 . A G 902.55 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.925;QD=58.2288;RBI=0.0224934;REFB=0;REVB=0.0163755;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92411e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:38:24:0:0 chr11 76372052 . A G 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.826;QD=58.2404;RBI=0.0786726;REFB=-0.0366886;REVB=-0.0730397;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00107847;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:12:27:0:0:12:27:0:1 chr11 76372418 . T C 417.79 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00834472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6958;QD=53.9082;RBI=0.00875776;REFB=-0.0375393;REVB=0.00265782;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00162812;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:0:1 chr11 76400254 . T C 723.26 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0244538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2324;QD=23.7133;RBI=0.0263302;REFB=-0.00821547;REVB=-0.00976171;RO=53;SAF=32;SAR=37;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238868;STB=0.513038;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00416612;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:53:69:69:0.565574:37:32:23:30:37:32:23:30 chr11 76405613 . C T 393.78 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0132864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.844;QD=25.4054;RBI=0.0134128;REFB=0.0114251;REVB=0.00183684;RO=24;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887801;STB=0.552604;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0112902;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:17:20:10:14:17:21:10:14 chr11 76415209 . G A 228.98 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0584584;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8433;QD=14.0911;RBI=0.0628684;REFB=-0.0175496;REVB=0.0231312;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256598;STB=0.643472;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0266334;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:38:27:27:0.415385:16:11:24:12:16:11:25:13 chr11 76418737 . A G 522.0 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0894;QD=59.6569;RBI=0.0924251;REFB=0;REVB=0.0576028;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216554;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:16:15:0:0:20:15:0:0 chr11 76507692 . T A 749.31 PASS AF=0.401869;AO=85;DP=211;FAO=86;FDP=214;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.0285895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3032;QD=14.0057;RBI=0.028604;REFB=-0.0161762;REVB=0.000910491;RO=126;SAF=39;SAR=46;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410919;STB=0.521353;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0285017;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:126:128:85:86:0.401869:46:39:53:73:46:40:55:73 chr11 76637651 . G A 1751.59 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215845;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3782;QD=60.9249;RBI=0.0237534;REFB=0;REVB=0.00991616;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238187;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr11 76637680 . G A 1666.92 PASS AF=0.990991;AO=84;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.164;QD=60.0693;RBI=0.194637;REFB=0;REVB=-0.00400691;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610917;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:111:0:0:84:110:0.990991:53:31:0:0:54:56:0:0 chr11 76687399 . A C 1431.7 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.012386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.003;QD=56.145;RBI=0.0124072;REFB=0.0279066;REVB=-0.000724276;RO=3;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256215;STB=0.513511;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-5.9302e-05;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:99:99:0.970588:54:45:0:3:54:45:0:3 chr11 76701606 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.453;QD=57.7109;RBI=0.0261743;REFB=0;REVB=-0.0245709;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24617e-05;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr11 76709795 . G A 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0374027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.441;QD=8.37079;RBI=0.0380301;REFB=-0.00381538;REVB=-0.00687918;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304571;STB=0.691913;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00703802;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:9:2:11:17:9:2:11:17 chr11 76732308 . G A 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.948;QD=58.0578;RBI=0.0149956;REFB=0;REVB=-0.0104714;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92309e-05;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr11 76732949 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.0677;QD=61.3315;RBI=0.0613279;REFB=0;REVB=-0.016144;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392653;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr11 76733024 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.864;QD=54.5174;RBI=0.02819;REFB=0;REVB=0.0256922;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125001;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 76751166 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0580942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1219;QD=21.0155;RBI=0.0615434;REFB=0.00941288;REVB=0.0203139;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.612095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00432552;OID=.;OPOS=76751166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:7:6:4:12:7:6 chr11 76751541 . CT C 500.87 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.6012;QD=50.0874;RBI=0.0402553;REFB=0;REVB=-0.0239896;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00203766;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:40:40:40:0:21:19:0:0:9:0:21:18:0:0 chr11 76751584 . CT C 1004.85 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.52;QD=58.2523;RBI=0.0263814;REFB=0;REVB=-0.0218261;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.61456e-06;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:69:69:69:0:33:36:0:0:6:0:33:35:0:0 chr11 76751603 . CT C 1237.75 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2259;QD=48.5392;RBI=0.0523103;REFB=0;REVB=-0.0522848;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000789877;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:102:102:102:0:53:49:0:0:22:0:52:49:0:0 chr11 76799004 . T C 1053.67 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.489;QD=59.3616;RBI=0.0299897;REFB=0;REVB=0.0275062;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297759;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr11 76814110 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.327;QD=61.0485;RBI=0.0494052;REFB=0;REVB=0.0255802;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7459e-05;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr11 76836864 . G A 3021.9 PASS AF=0.980392;AO=200;DP=206;FAO=200;FDP=204;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0133803;FXX=0.0192298;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.463;QD=59.2529;RBI=0.0156715;REFB=-0.0448014;REVB=0.00815871;RO=4;SAF=88;SAR=112;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720358;STB=0.503783;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000214422;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:206:204:4:4:200:200:0.980392:112:88:1:3:112:88:1:3 chr11 76853783 . T C 210.2 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00457186;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.04;QD=13.7837;RBI=0.00542204;REFB=-0.0197845;REVB=0.0029149;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259189;STB=0.506844;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.015644;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:36:25:25:0.409836:15:10:12:20:15:10:14:22 chr11 76928149 . A G 2599.23 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000210653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.956;QD=61.5202;RBI=0.0064316;REFB=0;REVB=0.00642815;RO=1;SAF=90;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26577e-05;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:1:0:167:169:1:77:90:1:0:78:91:0:0 chr11 76954788 . T TA 488.95 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880465;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6773;QD=45.4838;RBI=0.115792;REFB=0;REVB=-0.0752037;RO=3;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000918499;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:43:43:0:25:18:0:0:9:3:24:17:1:2 chr11 76954812 . T C 598.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147266;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9868;QD=61.3782;RBI=0.0107261;REFB=0;REVB=0.0106245;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511057;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 76954833 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.606;QD=60.9785;RBI=0.0299097;REFB=0;REVB=0.0167524;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91116e-05;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 76979586 . T G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0255302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.241;QD=19.6682;RBI=0.0306384;REFB=-0.0283226;REVB=0.0169387;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23132;STB=0.630007;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0208682;OID=.;OPOS=76979586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:5:14:9:10:5:14 chr11 77033699 . A G 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.846;QD=64.4002;RBI=0.0184671;REFB=0;REVB=-0.0134902;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8298e-06;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr11 77629132 . A AT 97.37 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0473597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5171;QD=15.579;RBI=0.0583899;REFB=0.0112945;REVB=0.0341531;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.624812;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.00102316;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:26:14:25:11:4:10:6:5:71:12:4:10:6:6 chr11 77734209 . T C 307.84 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0001621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.886;QD=15.7868;RBI=0.0350743;REFB=-0.0102138;REVB=-0.0350739;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130754;STB=0.567966;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0245715;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:21:13:22:21:21:13:22:22 chr11 77790653 . T C 836.27 PASS AF=0.41704;AO=93;DP=223;FAO=93;FDP=223;FR=.;FRO=130;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=80;FWDB=-0.0204165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8442;QD=15.0003;RBI=0.073042;REFB=-0.000392901;REVB=-0.0701306;RO=130;SAF=48;SAR=45;SRF=50;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136907;STB=0.576353;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000187166;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:130:130:93:93:0.41704:45:48:50:80:45:48:50:80 chr11 77882393 . T C 418.08 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00652679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.262;QD=16.0799;RBI=0.00663951;REFB=-0.0123917;REVB=0.00121826;RO=57;SAF=25;SAR=21;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531358;STB=0.524116;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0164378;OID=.;OPOS=77882393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:57:46:47:0.451923:21:25:34:23:21:26:34:23 chr11 77909014 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0251757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.591;QD=18.0352;RBI=0.026179;REFB=-0.0278441;REVB=-0.00717813;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.56092;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0368008;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:14:13:13:9:14:13 chr11 77920563 . G T 262.88 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00576808;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.018;QD=17.2378;RBI=0.0157042;REFB=-0.0298676;REVB=0.0146066;RO=32;SAF=7;SAR=22;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403009;STB=0.72711;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0267267;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:22:7:21:11:22:7:21:11 chr11 77920863 . C A 258.9 PASS AF=0.568182;AO=17;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0181588;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.6204;QD=23.5365;RBI=0.0377295;REFB=-0.0117056;REVB=0.0330722;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140571;STB=0.570379;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00508846;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:11:19:17:25:0.568182:6:11:5:6:6:19:12:7 chr11 77920930 . A G 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0127946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.137;QD=22.7182;RBI=0.0572439;REFB=-0.027125;REVB=0.0557958;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199914;STB=0.611368;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0148971;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:8:1:5:9:8:1 chr11 77921527 . G C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0213381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.031;QD=18.0733;RBI=0.0260185;REFB=-0.0133029;REVB=-0.0148878;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194277;STB=0.60795;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0166545;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:8:23:16:14:8:23 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 261.94 PASS AF=0.45,0.0833333;AO=23,10;DP=61;FAO=27,5;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17,5;FSAR=10,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0122148,-0.0372701;FXX=0.0322529;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=306.313,12.7864;QD=17.4625;RBI=0.0216813,0.0696645;REFB=-0.046658,-0.193254;REVB=0.0179131,0.0588565;RO=22;SAF=14,10;SAR=9,0;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=0.359197,0.836327;STB=0.654602,0.998306;STBP=0.027,0.005;TYPE=ins,del;VARB=0.0259152,0.105295;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0.0833333:23,10:61:27,5:60:28:17,5:10,0:9:19:99:22:14,10:9,0:4:18 chr11 77930138 . T C 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0223274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.731;QD=26.3045;RBI=0.0272181;REFB=-0.0302773;REVB=0.0155663;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105084;STB=0.55749;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0105365;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:15:21:9:12:15:21:9:12 chr11 77930345 . T C 476.78 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00840059;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.07;QD=24.45;RBI=0.00951489;REFB=-0.0292614;REVB=0.00446803;RO=33;SAF=17;SAR=28;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857257;STB=0.547048;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0167984;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:33:33:45:45:0.576923:28:17:16:17:28:17:16:17 chr11 77936166 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00250222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.867;QD=16.1723;RBI=0.0190723;REFB=-0.00343654;REVB=0.0189075;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096654;STB=0.555487;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00650095;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:12:8:8:8:12:8 chr11 77937768 . G A 376.08 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0481412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.376;QD=19.0419;RBI=0.0482901;REFB=-0.00800244;REVB=0.00378863;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026555;STB=0.504948;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0055142;OID=.;OPOS=77937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:40:38:39:0.493671:25:13:12:26:25:14:14:26 chr11 77937800 . G A 411.8 PASS AF=0.473118;AO=34;DP=83;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.085909;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.477;QD=17.7118;RBI=0.0865994;REFB=-0.00166878;REVB=-0.0109138;RO=46;SAF=5;SAR=29;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30144;STB=0.540965;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00212998;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:93:46:49:34:44:0.473118:29:5:16:30:30:14:19:30 chr11 78277277 . A G 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0142581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.009;QD=22.0085;RBI=0.018785;REFB=0.00291489;REVB=-0.0122304;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710468;STB=0.53915;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00257846;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:20:18:12:19:20:18:12:19 chr11 78279790 . T G 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00407806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.32;QD=22.5572;RBI=0.0044749;REFB=0.0039857;REVB=-0.00184233;RO=38;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220532;STB=0.61514;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00408943;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:39:46:46:0.541176:19:27:12:26:19:27:13:26 chr11 78290350 . G A 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0291009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.618;QD=10.7146;RBI=0.0306077;REFB=0.000748396;REVB=-0.00948519;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225815;STB=0.513494;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00161892;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:13:16:8:6:13:16 chr11 78498022 . C T 222.03 PASS AF=0.472727;AO=17;DP=57;FAO=26;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0186886;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.57;QD=16.1475;RBI=0.0238579;REFB=-0.0407736;REVB=0.0148303;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350383;STB=0.543876;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0451758;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:31:29:17:26:0.472727:5:12:12:19:14:12:11:18 chr11 81264998 . G T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000648803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.154;QD=58.061;RBI=0.00506958;REFB=0;REVB=0.00502789;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68551e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 82443672 . C G 131.94 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.027826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7103;QD=14.6596;RBI=0.065603;REFB=-0.000588839;REVB=-0.0594092;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271683;STB=0.68724;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00324145;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:11:4:10:9:11:4:12:9 chr11 82443817 . G A 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.01408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0209;QD=19.9043;RBI=0.0143449;REFB=-0.0018406;REVB=0.0027443;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822308;STB=0.545628;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00173079;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:10:18:17:14:10:18 chr11 82443995 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00832347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.674;QD=10.0339;RBI=0.0327533;REFB=-0.027937;REVB=-0.0316781;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0517388;OID=.;OPOS=82443995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr11 82535963 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.228;QD=63.5828;RBI=0.0166282;REFB=0;REVB=0.0127098;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117125;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr11 82625814 . G A 281.01 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0164515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3656;QD=19.3797;RBI=0.0554292;REFB=-0.0226278;REVB=-0.0529315;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309158;STB=0.516118;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0182639;OID=.;OPOS=82625814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:27:28:29:30:0.517241:15:14:14:13:16:14:14:14 chr11 82878197 . T A 185.32 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0166361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.469;QD=15.1282;RBI=0.0166791;REFB=-0.0101701;REVB=-0.0011967;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652559;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0134229;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:19:20:0.408163:7:12:16:12:8:12:16:13 chr11 82879585 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00612328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.064;QD=20.9024;RBI=0.0140277;REFB=0.00520895;REVB=-0.0126206;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106434;STB=0.558847;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00348926;OID=.;OPOS=82879585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:10:18:17:16:10:18 chr11 85195025 . A C 2889.91 PASS AF=0.960784;AO=195;DP=203;FAO=196;FDP=204;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=139;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0053221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.813;QD=56.6648;RBI=0.0283491;REFB=-0.0113272;REVB=-0.027845;RO=8;SAF=57;SAR=138;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515437;STB=0.527136;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00126645;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:203:204:8:8:195:196:0.960784:138:57:7:1:139:57:7:1 chr11 85195075 . T C 3699.43 PASS AF=0.971545;AO=239;DP=246;FAO=239;FDP=246;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=164;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00931534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.162;QD=60.1533;RBI=0.0152266;REFB=0.00506848;REVB=0.0120447;RO=7;SAF=75;SAR=164;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337126;STB=0.517712;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=1.11995e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:246:246:7:7:239:239:0.971545:164:75:6:1:164:75:6:1 chr11 85195154 . A T 3068.32 PASS AF=0.984848;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=122;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0110941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.282;QD=61.9864;RBI=0.0283306;REFB=-0.0657183;REVB=0.026068;RO=3;SAF=73;SAR=122;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191647;STB=0.510066;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00104862;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:198:198:3:3:195:195:0.984848:122:73:3:0:122:73:3:0 chr11 85195185 . T C 1686.87 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191942;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.723;QD=60.7882;RBI=0.0283269;REFB=0;REVB=0.0208326;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08466e-05;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:110:111:1:61:49:0:0:62:49:0:0 chr11 85195190 . CA GG 1469.12 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926672;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.365;QD=63.1881;RBI=0.0471371;REFB=0;REVB=0.0462173;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.75316e-05;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:46:44:0:0:49:44:0:0 chr11 85195226 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.398;QD=59.8391;RBI=0.0276989;REFB=0;REVB=0.0100411;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105994;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 85374993 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.438;QD=59.4356;RBI=0.0498636;REFB=0;REVB=0.00907017;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190058;OID=.;OPOS=85374993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr11 85396346 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.017189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.186;QD=11.2588;RBI=0.0191868;REFB=-0.00059067;REVB=0.00852467;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.709978;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0014018;OID=.;OPOS=85396346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:7:5:6:2:7:5 chr11 85436699 . A G 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.963;QD=62.9045;RBI=0.0209804;REFB=0;REVB=0.0111683;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67305e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr11 85565397 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.339;QD=57.2343;RBI=0.0236776;REFB=0.0772205;REVB=-0.00698653;RO=1;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103857;STB=0.505493;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00105343;OID=.;OPOS=85565397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:45:21:0:1:45:21:0:1 chr11 85669591 . TTTA AATT,TT,TTT 124.29 PASS AF=0.0689655,0.482759,0.103448;AO=2,7,5;DP=31;FAO=2,14,3;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2,4,0;FSAR=0,10,3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0500841,-0.245979,-0.161721;FXX=0.0333222;HRUN=8,8,7;LEN=4,2,1;MLLD=178.409,15.3307,8.33772;QD=17.1431;RBI=0.0544459,0.290188,0.162498;REFB=-0.00404363,-0.0508832,-0.123811;REVB=0.0213526,0.153959,0.0158806;RO=12;SAF=2,2,0;SAR=0,5,5;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.836514,0.482012,0;STB=0.997493,0.603045,0.993778;STBP=0.013,0.367,0.451;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.105755,0.0311659,0.0384518;OID=.,.,.;OPOS=85669591,85669593,85669594;OREF=TTTA,TA,A;OALT=AATT,-,-;OMAPALT=AATT,TT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:31:29:12:10:2,7,5:2,14,3:0.0689655,0.482759,0.103448:0,5,5:2,2,0:0:12:0,10,3:2,4,0:1:9 chr11 85692181 . A C 584.68 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0113186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.144;QD=22.2736;RBI=0.0191091;REFB=0.0198479;REVB=0.0153964;RO=47;SAF=28;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574682;STB=0.531485;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0150003;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:30:28:26:21:30:28:26:21 chr11 85718641 . T C 621.01 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0210683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.438;QD=18.0004;RBI=0.0211714;REFB=-0.0124908;REVB=-0.00208719;RO=74;SAF=25;SAR=39;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552897;STB=0.530727;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.01163;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:39:25:33:41:39:25:33:41 chr11 85725937 . C T 319.66 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.011913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.018;QD=16.1854;RBI=0.0142558;REFB=-0.0161801;REVB=-0.00782988;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682381;STB=0.530077;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0186043;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:17:17:25:19:17:18:25:19 chr11 86098680 . T C 1489.55 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0412932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2462;QD=60.1839;RBI=0.0496745;REFB=-0.00479561;REVB=0.0276122;RO=1;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010422;STB=0.504121;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000869971;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:1:3:96:96:0.969697:51:45:1:0:51:45:1:2 chr11 86175193 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.167;QD=57.2377;RBI=0.00811701;REFB=0;REVB=0.00528399;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29254e-06;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr11 86520632 . G A 506.88 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.000513481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.224;QD=20.48;RBI=0.0124211;REFB=-0.0196587;REVB=-0.0124104;RO=50;SAF=17;SAR=32;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145921;STB=0.58103;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0185448;OID=.;OPOS=86520632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:32:17:25:25:32:17:25:25 chr11 86520752 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0109198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.712;QD=13.9118;RBI=0.0177186;REFB=-0.0232039;REVB=-0.0139537;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127383;STB=0.572945;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0317167;OID=.;OPOS=86520752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:20:11:10:11:20:11 chr11 86660886 . G A 1825.4 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112084;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.434;QD=61.3578;RBI=0.0140649;REFB=0;REVB=-0.0140202;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91998e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr11 87013438 . G A 1237.48 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0202186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.818;QD=58.9278;RBI=0.0228755;REFB=0.0319982;REVB=0.0107004;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165769;STB=0.500875;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000679173;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:44:38:1:1:44:38:1:1 chr11 87029208 . GAAG GAG,GGAC,GTAC 500.34 PASS AF=0.702703,0,0.297297;AO=4,2,8;DP=37;FAO=26,0,11;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,0;FSAR=2,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.577499,0.133117,0.0809631;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,3,3;MLLD=21.9119,44.1176,101.231;QD=54.0903;RBI=0.673787,0.231578,0.244048;REFB=0,0,0;REVB=0.347108,0.189495,0.230226;RO=22;SAF=4,0,0;SAR=0,2,8;SRF=20;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.525743,-0.763428,-0.848481;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0614462,-0.00702445,0.0279354;OID=.,.,.;OPOS=87029209,87029209,87029209;OREF=A,AAG,AAG;OALT=-,GAC,TAC;OMAPALT=GAG,GGAC,GTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.702703,0,0.297297:4,2,8:37:26,0,11:37:0:24,0,0:2,0,11:0:0:72:22:4,0,0:0,2,8:20:2 chr11 87032287 . G C 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00571737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.149;QD=16.2652;RBI=0.011954;REFB=-0.0113382;REVB=-0.0104981;RO=44;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100628;STB=0.556668;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0161619;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:21:14:22:22:21:14:22:22 chr11 88027209 . T C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00171484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.12;QD=13.4162;RBI=0.00876446;REFB=-0.0100351;REVB=0.00859507;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498187;STB=0.528475;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.015525;OID=.;OPOS=88027209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:16:21:13:12:16:21 chr11 88027393 . A C 559.16 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00256908;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.432;QD=17.3383;RBI=0.00867979;REFB=-9.66481e-05;REVB=0.00829087;RO=70;SAF=23;SAR=35;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131152;STB=0.566741;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000116977;OID=.;OPOS=88027393;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:58:59:0.457364:35:23:37:33:35:24:37:33 chr11 88045583 . A G 1249.63 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103495;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8614;QD=61.7101;RBI=0.0342535;REFB=0;REVB=0.0326525;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28675e-05;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr11 88242024 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.3;QD=43.486;RBI=0.0391639;REFB=0;REVB=-0.0374679;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205061;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr11 88645129 . T A 365.23 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0060419;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.747;QD=45.6531;RBI=0.011273;REFB=-0.141539;REVB=0.00951712;RO=3;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680146;STB=0.547586;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00157917;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:32:32:3:4:28:28:0.875:19:9:0:3:19:9:0:4 chr11 89088168 . G A 544.1 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0108028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.569;QD=19.9669;RBI=0.0129512;REFB=0.00536622;REVB=-0.00714367;RO=53;SAF=25;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280512;STB=0.515458;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00506057;OID=.;OPOS=89088168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:31:25:22:31:31:25:22:31 chr11 89133449 . C T 1789.86 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395988;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.613;QD=61.1919;RBI=0.0396114;REFB=0;REVB=0.00100033;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73104e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:62:54:0:0:63:54:0:0 chr11 89224101 . G T 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00374848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.729;QD=15.1536;RBI=0.00488302;REFB=-0.0073389;REVB=0.00312934;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154235;STB=0.587247;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0079701;OID=.;OPOS=89224101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:13:19:19:24:13:19:19:24 chr11 89224131 . T TCTC 223.57 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00722894;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.738;QD=14.9046;RBI=0.0246175;REFB=-0.0138924;REVB=0.0235322;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547171;STB=0.533308;STBP=0.68;TYPE=ins;VARB=0.0207115;OID=.;OPOS=89224132;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:26:64:26:60:34:13:13:15:19:99:38:13:13:17:21 chr11 89531540 . C T 2531.09 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00847915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.754;QD=60.9901;RBI=0.00974011;REFB=-0.0821668;REVB=-0.00479309;RO=1;SAF=96;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493157;STB=0.50259;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-7.24787e-05;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:166:1:1:165:165:0.993976:69:96:1:0:69:96:1:0 chr11 89885501 . C A 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0106352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.92;QD=13.5338;RBI=0.0137802;REFB=-0.00760751;REVB=0.00876272;RO=52;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755076;STB=0.504308;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0113706;OID=.;OPOS=89885501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:15:18:28:24:15:18:28:24 chr11 89896199 . C A 1220.51 PASS AF=0.494118;AO=122;DP=251;FAO=126;FDP=255;FR=.;FRO=129;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=0.0145501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7794;QD=19.1452;RBI=0.0145507;REFB=-0.0323969;REVB=-0.000125374;RO=129;SAF=65;SAR=57;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632055;STB=0.529671;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0341542;OID=.;OPOS=89896199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:255:129:129:122:126:0.494118:57:65:60:69:60:66:60:69 chr11 89935586 . G T 1539.94 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.714;QD=61.5976;RBI=0.0249658;REFB=-0.103955;REVB=0.0225776;RO=2;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210685;STB=0.511109;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00365915;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:44:54:0:2:44:54:0:2 chr11 89939442 . T TA 179.18 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.4425;QD=35.8355;RBI=0.141186;REFB=-0.0226178;REVB=-0.0285708;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00715121;OID=.;OPOS=89939443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:20:20:0:9:11:0:0:3:23:2:1:13:10 chr11 89939448 . G A 250.32 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5348;QD=50.0646;RBI=0.0460126;REFB=0;REVB=-0.045705;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125125;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:11:9:0:0 chr11 89944428 . G C 257.54 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0190267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5473;QD=11.5746;RBI=0.0208139;REFB=-0.0208613;REVB=0.00843836;RO=57;SAF=22;SAR=9;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239983;STB=0.634854;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0536617;OID=.;OPOS=89944428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:58:31:31:0.348315:9:22:29:28:9:22:30:28 chr11 89955872 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0461132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4912;QD=16.8973;RBI=0.0538342;REFB=-0.00921659;REVB=-0.0277794;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0176074;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr11 91545212 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7432;QD=55.0984;RBI=0.098645;REFB=0;REVB=0.0811148;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672705;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr11 92531356 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.737;QD=57.6807;RBI=0.031903;REFB=0;REVB=0.0314829;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78656e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 92532677 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8746;QD=52.6124;RBI=0.112675;REFB=0;REVB=-0.0908223;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000790311;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 92533057 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0307791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.17;QD=11.814;RBI=0.0450067;REFB=-0.00790353;REVB=0.0328367;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399105;STB=0.732918;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0253781;OID=.;OPOS=92533057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:11:2:10:12:11:2:10:13 chr11 92534442 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.089;QD=50.8364;RBI=0.0191259;REFB=-0.0389025;REVB=0.0121511;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000516613;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:13:11:0:1:13:12:0:1 chr11 92590448 . A G 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.814;QD=61.7738;RBI=0.0142272;REFB=0;REVB=0.0140369;RO=0;SAF=74;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11649e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:50:74:0:0:50:74:0:0 chr11 92623877 . G A 232.71 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0141935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.709;QD=10.4587;RBI=0.0149712;REFB=-0.0065766;REVB=0.00476278;RO=60;SAF=13;SAR=16;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192793;STB=0.612014;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0174853;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:16:13:37:23:16:13:37:23 chr11 92625944 . G T 311.85 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0038255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.075;QD=16.6319;RBI=0.00599301;REFB=-0.00621958;REVB=-0.00461321;RO=40;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112892;STB=0.559287;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0078349;OID=.;OPOS=92625944;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:33:34:0.453333:21:12:19:21:21:13:20:21 chr11 92627848 . A G 2161.15 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367354;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.403;QD=63.0993;RBI=0.0399359;REFB=0;REVB=0.0156648;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03193e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:76:60:0:0:76:61:0:0 chr11 92629130 . GT GA,G,TG 30.9 PASS AF=0.0422535,0.0985915,0.028169;AO=3,14,7;DP=72;FAO=3,7,2;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=3,5,2;FSAR=0,2,0;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0458388,-0.148789,-0.12457;FXX=0.0273935;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=131.979,8.82886,20.5961;QD=1.74087;RBI=0.0523245,0.191533,0.142585;REFB=-0.0100697,-0.169831,-0.111358;REVB=-0.0252322,0.12061,0.069375;RO=37;SAF=3,10,7;SAR=0,4,0;SRF=10;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.408163,0;SSSB=0.638884,0.493809,0.764295;STB=0.997004,0.749319,0.995608;STBP=0.045,0.202,0.116;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.231088,0.0530797,0.13909;OID=.,.,.;OPOS=92629131,92629131,92629130;OREF=T,T,GT;OALT=A,-,TG;OMAPALT=GA,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:72:71:37:59:3,14,7:3,7,2:0.0422535,0.0985915,0.028169:0,4,0:3,10,7:10:27:0,2,0:3,5,2:25:34 chr11 92629305 . C T 482.87 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00680765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2595;QD=18.572;RBI=0.0255859;REFB=-0.016284;REVB=0.0246637;RO=53;SAF=18;SAR=33;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183413;STB=0.601822;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0167799;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:33:18:29:24:33:18:29:24 chr11 92629599 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0446726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.961;QD=12.3961;RBI=0.0498323;REFB=-0.000947176;REVB=-0.0220819;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00493933;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr11 93141580 . C A 158.94 PASS AF=0.344262;AO=16;DP=56;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00166265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.932;QD=10.4224;RBI=0.00569598;REFB=-0.0116968;REVB=0.00544792;RO=37;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325316;STB=0.613525;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0234604;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:37:40:16:21:0.344262:12:4:19:18:14:7:20:20 chr11 93211736 . T C 1267.56 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00480022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.672;QD=60.3601;RBI=0.0234447;REFB=-0.116013;REVB=0.022948;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=5.30758e-05;OID=.;OPOS=93211736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:44:38:0:1:44:39:0:1 chr11 93211764 . A G 1320.23 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.522;QD=62.1286;RBI=0.0274728;REFB=0;REVB=0.0273895;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144691;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr11 93212254 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.438;QD=61.0492;RBI=0.0188578;REFB=0;REVB=0.0147153;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63634e-05;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr11 93402096 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.682;QD=54.5148;RBI=0.036112;REFB=0;REVB=-0.000233712;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254548;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 93408831 . G A 985.61 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0308202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.422;QD=54.7559;RBI=0.0320963;REFB=-0.125451;REVB=-0.00896047;RO=2;SAF=38;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242257;STB=0.518513;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00044163;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:72:2:3:68:69:0.958333:30:38:2:0:30:39:3:0 chr11 93425159 . C A 2064.68 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2022;QD=62.5661;RBI=0.0346904;REFB=0;REVB=0.034556;RO=0;SAF=51;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12833e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:81:51:0:0:81:51:0:0 chr11 93462607 . A T 1478.33 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00320761;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1465;QD=58.5475;RBI=0.022691;REFB=-0.00477894;REVB=0.0224631;RO=1;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958321;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000603615;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:49:51:0:1:49:51:0:1 chr11 93464175 . A C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.377;QD=64.151;RBI=0.0486539;REFB=0;REVB=0.0433072;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264124;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 2088.77 PASS AF=0.0377358,0.91195;AO=6,134;DP=162;FAO=6,145;FDP=159;FR=.;FRO=8;FSAF=6,78;FSAR=0,67;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00818321,0.00938266;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=77.8975,198.093;QD=52.5478;RBI=0.014004,0.0220179;REFB=-0.0382853,-0.0658879;REVB=0.0113643,0.0199187;RO=12;SAF=6,71;SAR=0,63;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.682639,-0.0475842;STB=0.99685,0.517772;STBP=0.299,0.058;TYPE=snp,ins;VARB=0.0455404,0.00474365;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:162:159:12:8:6,134:6,145:0.0377358,0.91195:0,63:6,71:10:2:0,67:6,78:7:1 chr11 93517874 . C G 1600.39 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.184;QD=59.8275;RBI=0.0706496;REFB=0;REVB=0.0250812;RO=0;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0631e-05;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:103:107:1:64:39:0:0:66:41:0:0 chr11 93517886 . G C 1421.64 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.611;QD=61.8104;RBI=0.151906;REFB=-0.105225;REVB=0.00937738;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104207;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:92:1:0:91:92:1:57:34:1:0:57:35:0:0 chr11 93797619 . A G 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0389516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5532;QD=61.8111;RBI=0.0645293;REFB=0.0127261;REVB=0.0514471;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000625739;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr11 93845511 . A G 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.346;QD=61.8487;RBI=0.0438376;REFB=0;REVB=0.0278979;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48046e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr11 93862493 . A C 500.59 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0569988;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1728;QD=16.8267;RBI=0.0849283;REFB=0.0110304;REVB=-0.0629598;RO=65;SAF=30;SAR=24;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107076;STB=0.551383;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0173086;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:65:65:54:54:0.453782:24:30:29:36:24:30:30:35 chr11 94231257 . C G 583.74 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0188694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.343;QD=54.3013;RBI=0.0188733;REFB=-0.00636289;REVB=0.00038547;RO=3;SAF=19;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684754;STB=0.536567;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000443517;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:21:19:3:0:21:19:3:0 chr11 94245740 . A G 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000858096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.65;QD=58.4194;RBI=0.0336112;REFB=-0.0776609;REVB=0.0336003;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00518271;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chr11 94261255 . C G 1598.79 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695713;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.846;QD=59.7679;RBI=0.0731474;REFB=0;REVB=0.0225913;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108813;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr11 94320237 . T C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00899017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.871;QD=16.4437;RBI=0.00919331;REFB=-0.0115152;REVB=-0.00192193;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142165;STB=0.581315;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0245674;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:11:16:9:11:11:16 chr11 94326710 . G A 227.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00349007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.629;QD=13.5528;RBI=0.00376932;REFB=0.0122927;REVB=0.00142378;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454568;STB=0.525948;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0145349;OID=.;OPOS=94326710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:14:13:21:19:14:13:21:19 chr11 94337220 . C T 593.14 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00585953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=24.7141;RBI=0.0155041;REFB=-0.018259;REVB=-0.0143542;RO=42;SAF=25;SAR=29;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276822;STB=0.515158;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.01521;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:29:25:18:24:29:25:18:24 chr11 94533373 . C T 718.22 PASS AF=0.38009;AO=84;DP=225;FAO=84;FDP=221;FR=.;FRO=137;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.00643425;FXX=0.0221229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.95;QD=12.9995;RBI=0.00760269;REFB=-0.0126345;REVB=0.00404986;RO=132;SAF=46;SAR=38;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106499;STB=0.513768;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0194267;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:221:132:137:84:84:0.38009:38:46:71:61:38:46:72:65 chr11 94602414 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0297943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.429;QD=17.6415;RBI=0.0360084;REFB=0.00568713;REVB=-0.0202214;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00309433;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:2:5:4:5:2:5 chr11 94699507 . A AT,T 1502.62 PASS AF=1,0;AO=95,4;DP=106;FAO=104,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0890086,0.00184409;FXX=0.0188661;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.5446,247.515;QD=57.7929;RBI=0.0991039,0.00778005;REFB=0,0;REVB=0.043578,-0.00755834;RO=4;SAF=36,4;SAR=59,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0299231,0.687804;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00109367,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:4:0:95,4:104,0:1,0:59,0:36,4:3:1:60,0:44,0:0:0 chr11 94731759 . G A 72.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00815422;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.127;QD=7.82471;RBI=0.00817339;REFB=-0.00769821;REVB=-0.000559488;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312968;STB=0.708401;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.017699;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:28:27:10:10:0.27027:8:2:12:16:8:2:12:15 chr11 94759059 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=371.929;QD=39.2068;RBI=0.0240656;REFB=0;REVB=-0.0145544;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71515e-05;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 94800902 . G GC 1366.68 PASS AF=1;AO=112;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583074;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0353;QD=46.7241;RBI=0.145125;REFB=0;REVB=0.132896;RO=6;SAF=58;SAR=54;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00104979;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:118:117:117:0:58:59:0:0:24:6:58:54:1:5 chr11 94802776 . G C 262.05 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00168119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.791;QD=12.4784;RBI=0.0105502;REFB=0.00296741;REVB=0.0104154;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619072;STB=0.535496;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00368047;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:14:17:32:21:14:17:32:21 chr11 95825374 . T C 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.079477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.995;QD=14.0363;RBI=0.0854995;REFB=-0.13178;REVB=-0.0315211;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0664503;OID=.;OPOS=95825374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:3:4:5:5:0.555556:4:1:2:1:4:1:3:1 chr11 95825383 . C T 114.36 PASS AF=0.866667;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0546571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.745;QD=30.496;RBI=0.209706;REFB=-0.0730934;REVB=0.202458;RO=3;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516359;STB=0.666369;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0252068;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:13:15:3:2:10:13:0.866667:9:1:3:0:11:2:2:0 chr11 95825797 . A G 101.88 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0448399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8714;QD=8.85906;RBI=0.086116;REFB=-0.0145106;REVB=-0.0735211;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098293;STB=0.559908;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0339866;OID=.;OPOS=95825797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:15:18:6:7:15:18 chr11 96125435 . CTT C 278.74 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0657538;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=2;MLLD=47.9785;QD=12.3884;RBI=0.0717537;REFB=0.00204654;REVB=0.0287234;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2531;STB=0.644288;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=-0.00292422;OID=.;OPOS=96125436;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:42:93:42:90:48:22:20:12:36:99:47:22:20:12:35 chr11 96126361 . A G 197.37 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0518997;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7549;QD=18.3599;RBI=0.0534092;REFB=-0.00334286;REVB=-0.0126079;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234446;STB=0.632897;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00510101;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:8:15:8:12:8:15 chr11 97716872 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00191309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.733;QD=10.6682;RBI=0.0182967;REFB=-0.0179445;REVB=-0.0181964;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359331;STB=0.521695;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0247591;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:4:14:8:2:4:14 chr11 99690286 . T G 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0296488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.548;QD=8.04988;RBI=0.0304825;REFB=0.00151051;REVB=0.00708058;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172671;STB=0.603065;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00716349;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:9:9:16:29:9:9:16:29 chr11 99690376 . C T 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0495795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.077;QD=4.56721;RBI=0.0512492;REFB=-0.00463325;REVB=-0.0129752;RO=53;SAF=9;SAR=4;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233981;STB=0.659323;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0135719;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:67:53:54:13:13:0.19403:4:9:27:26:4:9:27:27 chr11 100226883 . T A 465.75 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0209449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.218;QD=16.634;RBI=0.023265;REFB=-0.0120071;REVB=-0.0101278;RO=61;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686622;STB=0.538285;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0131251;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:24:27:28:33:24:27:28:33 chr11 100814570 . A G 2061.19 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405396;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.083;QD=62.4602;RBI=0.00419882;REFB=0;REVB=0.00109339;RO=0;SAF=47;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26151e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:131:132:1:84:47:0:0:84:48:0:0 chr11 100846936 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.303;QD=60.2301;RBI=0.023206;REFB=0;REVB=-0.0055862;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38944e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr11 100847050 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.487;QD=53.2771;RBI=0.00873081;REFB=0;REVB=-0.00730378;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16683e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 100847069 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.372;QD=54.516;RBI=0.0405551;REFB=0;REVB=0.0307443;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170822;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr11 100863096 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.124;QD=57.0008;RBI=0.0268012;REFB=0;REVB=-0.024733;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98223e-05;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 100863354 . C A 1362.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012613;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.757;QD=62.6464;RBI=0.0126145;REFB=0;REVB=0.000194475;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01478e-05;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:42:44:0:0:43:44:0:0 chr11 100864367 . G A 1771.07 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115847;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.251;QD=61.0715;RBI=0.011585;REFB=0;REVB=-8.67934e-05;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43816e-05;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:73:43:0:0:73:43:0:0 chr11 101771248 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.165;QD=56.1915;RBI=0.0238544;REFB=0;REVB=-0.0214751;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157511;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 101815062 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00464053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.402;QD=19.4668;RBI=0.0148875;REFB=0.00172746;REVB=-0.0141457;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327725;STB=0.518502;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00232218;OID=.;OPOS=101815062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:15:9:9:13:15:9 chr11 101826949 . T C 397.75 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284042;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.757;QD=56.8218;RBI=0.0294273;REFB=0;REVB=-0.007692;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53606e-05;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 101832478 . G T 62.15 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7234;QD=35.517;RBI=0.0790137;REFB=0;REVB=0.0630948;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104215;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 101832590 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.933;QD=47.8223;RBI=0.0591447;REFB=0;REVB=-0.0077417;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114351;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr11 101832608 . T C 137.64 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.799;QD=39.3246;RBI=0.0235025;REFB=-0.0661159;REVB=0.0145571;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000678279;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr11 101832670 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7723;QD=49.5878;RBI=0.0381652;REFB=0;REVB=0.0337071;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302319;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 101833644 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.811;QD=57.6806;RBI=0.0162292;REFB=0;REVB=0.0145805;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80428e-06;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr11 101857758 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.857;QD=53.2742;RBI=0.0490762;REFB=0;REVB=-0.0238663;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315879;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr11 102201848 . G A 1344.08 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0400635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.315;QD=61.0944;RBI=0.0400878;REFB=-0.0277202;REVB=-0.00139553;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116972;STB=0.506023;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=5.2019e-05;OID=.;OPOS=102201848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:40:46:0:1:41:46:0:1 chr11 102318937 . T C 199.83 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0112271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.288;QD=13.548;RBI=0.0280103;REFB=-0.0124341;REVB=-0.0256619;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724974;STB=0.541512;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0021866;OID=.;OPOS=102318937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:18:17:10:14:18:17 chr11 102477377 . G T 336.88 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00801008;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7014;QD=17.2761;RBI=0.073909;REFB=-0.0250257;REVB=0.0734736;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556858;STB=0.523626;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.021485;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:35:36:0.461538:17:18:24:18:17:19:24:18 chr11 102477395 . A G 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00954613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.754;QD=16.7309;RBI=0.0102494;REFB=0.000219511;REVB=0.00373121;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377923;STB=0.521222;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000110626;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:20:16:15:16:20:16 chr11 102482504 . T G 265.35 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00923267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.136;QD=14.5399;RBI=0.0159119;REFB=-0.0188728;REVB=0.0129594;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839318;STB=0.541566;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0200766;OID=.;OPOS=102482504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:42:30:31:0.424658:16:14:22:18:17:14:22:20 chr11 102495998 . T G 868.7 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6795;QD=56.9636;RBI=0.0146434;REFB=0;REVB=-0.0138519;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000809372;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:37:22:0:0:38:23:0:0 chr11 102563739 . C T 407.75 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0503549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3696;QD=15.3867;RBI=0.0527079;REFB=-0.0135564;REVB=-0.0155729;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627418;STB=0.534085;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0164098;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:106:54:60:46:46:0.433962:25:21:25:29:25:21:31:29 chr11 102567207 . T A 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0306107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.611;QD=26.954;RBI=0.0314228;REFB=-0.0382282;REVB=0.00709767;RO=19;SAF=21;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165341;STB=0.590497;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0338359;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:13:21:7:12:13:21:7:12 chr11 102576358 . T C 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.397;QD=59.8504;RBI=0.0293524;REFB=0;REVB=-0.0243022;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25543e-05;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr11 102576375 . G A 997.17 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0804;QD=58.6572;RBI=0.00505325;REFB=0;REVB=-0.00414381;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234823;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr11 102576382 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0163414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.056;QD=13.2875;RBI=0.0184123;REFB=-0.0129729;REVB=-0.00848374;RO=41;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381698;STB=0.716829;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0125209;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:9:18:12:29:9:18:12:29 chr11 102587062 . G A 265.14 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0137558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1412;QD=20.7956;RBI=0.0427684;REFB=-0.0119999;REVB=0.0404959;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148059;STB=0.58265;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0131335;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:11:13:10:17:11:13 chr11 102593248 . T C 786.53 PASS AF=0.535211;AO=75;DP=142;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0576415;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8713;QD=22.1558;RBI=0.0674442;REFB=0.00584453;REVB=-0.0350168;RO=67;SAF=44;SAR=31;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766053;STB=0.536344;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00554775;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:67:66:75:76:0.535211:31:44:45:22:31:45:44:22 chr11 102595492 . G A 134.8 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00100854;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.307;QD=12.2543;RBI=0.0233181;REFB=-0.0140853;REVB=-0.0232962;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772636;STB=0.555817;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0172701;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:26:29:15:15:0.340909:8:7:14:12:8:7:16:13 chr11 102651313 . G C 497.5 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0444491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2547;QD=26.5331;RBI=0.0475226;REFB=-0.0193762;REVB=-0.0168131;RO=28;SAF=24;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398642;STB=0.515075;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0202148;OID=.;OPOS=102651313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:29:46:46:0.613333:22:24:13:15:22:24:14:15 chr11 102663458 . C T 437.5 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0248167;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.515;QD=16.3553;RBI=0.0248783;REFB=-0.00158651;REVB=0.00174842;RO=59;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058064;STB=0.532474;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00219391;OID=.;OPOS=102663458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:59:59:48:48:0.448598:20:28:31:28:20:28:31:28 chr11 102666316 . T C 581.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174267;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.051;QD=61.2025;RBI=0.0271204;REFB=0;REVB=0.0207804;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274612;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chr11 102709425 . A G 1508.35 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.646;QD=61.5653;RBI=0.0629059;REFB=-0.115251;REVB=0.0295736;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.503999;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000735827;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:0:1:97:97:0.989796:62:35:0:0:62:35:0:1 chr11 102713465 . A G 1624.41 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.75;QD=60.1634;RBI=0.0130521;REFB=0;REVB=0.00847971;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19622e-06;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:62:45:0:0:63:45:0:0 chr11 102713620 . T C 622.32 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=53;FAO=47;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.075293;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.8562;QD=47.8704;RBI=0.0753657;REFB=-0.17628;REVB=0.00330869;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.509533;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00305268;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:52:1:4:46:47:0.903846:29:17:0:1:30:17:1:3 chr11 102738795 . G T 817.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.309;QD=57.362;RBI=0.0801472;REFB=0;REVB=-0.0375052;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014321;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr11 102953975 . TA T 129.66 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00267089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.0804;QD=11.2746;RBI=0.0787802;REFB=-0.0129528;REVB=-0.0787349;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0.372549;SSEP=0;SSSB=-0.215624;STB=0.622292;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.0102113;OID=.;OPOS=102953976;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:22:46:22:46:24:7:15:13:11:99:24:7:15:13:11 chr11 102988504 . A T 402.54 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00284143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6187;QD=15.6324;RBI=0.0330372;REFB=-0.015449;REVB=0.0329147;RO=58;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265419;STB=0.514876;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0199612;OID=.;OPOS=102988504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:26:19:23:35:26:19:23:35 chr11 103029516 . A G 472.02 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.010297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.494;QD=18.3307;RBI=0.0166235;REFB=-0.0114492;REVB=0.0130504;RO=53;SAF=18;SAR=32;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211177;STB=0.617275;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0118973;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:32:18:31:22:32:18:31:22 chr11 103043987 . C T 805.56 PASS AF=0.329073;AO=102;DP=313;FAO=103;FDP=313;FR=.;FRO=210;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=104;FSRR=106;FWDB=-0.00203748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.475;QD=10.2946;RBI=0.0024733;REFB=-0.00630953;REVB=-0.00140211;RO=210;SAF=45;SAR=57;SRF=104;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637531;STB=0.53277;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0149924;OID=.;OPOS=103043987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:210:210:102:103:0.329073:57:45:104:106:57:46:104:106 chr11 103047007 . C A 1731.28 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0312;QD=60.7466;RBI=0.107284;REFB=0;REVB=-0.0859718;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826688;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr11 103052558 . T C 824.0 PASS AF=0.467033;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.0030086;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.234;QD=18.1098;RBI=0.0121736;REFB=-0.00610588;REVB=-0.011796;RO=96;SAF=36;SAR=49;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136805;STB=0.510751;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00675956;OID=.;OPOS=103052558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:96:97:85:85:0.467033:49:36:42:54:49:36:43:54 chr11 103082590 . G A 2935.03 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.691;QD=63.119;RBI=0.012363;REFB=0;REVB=0.0108611;RO=0;SAF=99;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67351e-06;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:0:0:185:186:1:86:99:0:0:87:99:0:0 chr11 103229027 . T C 298.75 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0407804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.802;QD=23.8999;RBI=0.0409361;REFB=-0.0284451;REVB=0.00356794;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837099;STB=0.553344;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0212509;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:26:27:0.54:11:15:11:12:11:16:11:12 chr11 103274171 . C T 291.82 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00497776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.509;QD=19.4546;RBI=0.0213808;REFB=-0.0103876;REVB=-0.0207933;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173461;STB=0.580733;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0116853;OID=.;OPOS=103274171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:29:31:31:0.516667:19:12:16:11:19:12:16:13 chr11 103274902 . A G 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=7;FWDB=0.00864214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.8;QD=8.61269;RBI=0.00901867;REFB=-0.00479583;REVB=0.00257872;RO=47;SAF=18;SAR=2;SRF=40;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136097;STB=0.582641;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0117225;OID=.;OPOS=103274902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:2:18:40:7:2:18:40:7 chr11 103275034 . G T 1330.56 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5436;QD=61.1753;RBI=0.090709;REFB=0;REVB=0.0902162;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270586;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:77:87:1:42:35:0:0:50:37:0:0 chr11 103278054 . T C 1283.21 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.253;QD=61.8417;RBI=0.0442215;REFB=0;REVB=-0.0402848;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205178;OID=.;OPOS=103278054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr11 103909754 . G C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.012206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.684;QD=25.3612;RBI=0.0283428;REFB=-0.0368884;REVB=0.0255799;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215614;STB=0.62053;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0376701;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:6:2:9:6:6:2 chr11 104758035 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5521;QD=59.4354;RBI=0.00684161;REFB=0;REVB=0.00192087;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94472e-05;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 104761100 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.224;QD=59.8392;RBI=0.0231408;REFB=0;REVB=-0.0132537;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55166e-05;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 104761206 . C T 755.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368473;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7629;QD=57.0439;RBI=0.05326;REFB=0;REVB=-0.0531324;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085821;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr11 104763117 . G A 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212256;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.95;QD=60.0417;RBI=0.0163306;REFB=0;REVB=0.016192;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82352e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr11 104763716 . A G 888.63 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.525;QD=56.4206;RBI=0.0108801;REFB=-0.168327;REVB=0.000953132;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000419638;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:1:0:33:29:1:0 chr11 104768000 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5577;QD=63.8697;RBI=0.0424163;REFB=0;REVB=0.0362752;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014051;OID=.;OPOS=104768000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr11 104768098 . T C 1008.22 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.548;QD=59.3073;RBI=0.0479454;REFB=0;REVB=0.0412532;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267542;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr11 104819327 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.363;QD=61.6953;RBI=0.0233259;REFB=0;REVB=-0.0194974;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27294e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr11 104839222 . A G 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000563216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.426;QD=19.8658;RBI=0.00126488;REFB=-0.00157763;REVB=0.00113257;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772238;STB=0.542834;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00128479;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:20:14:18:18:20:14 chr11 104869708 . G C 540.27 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0304736;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.717;QD=21.3967;RBI=0.0356051;REFB=-0.0291142;REVB=-0.0184143;RO=47;SAF=22;SAR=32;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137576;STB=0.575305;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0209466;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:47:54:54:0.534653:32:22:12:35:32:22:12:35 chr11 104877927 . T C 373.78 PASS AF=0.4;AO=42;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0140522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.133;QD=13.5919;RBI=0.0162882;REFB=0.00343699;REVB=-0.00823651;RO=66;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744025;STB=0.52726;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0072945;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:42:44:0.4:20:22:30:36:22:22:30:36 chr11 105223502 . T C 1175.31 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430413;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0155;QD=61.0553;RBI=0.0577397;REFB=0;REVB=-0.0384879;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855618;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr11 105878844 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00655418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8567;QD=16.6186;RBI=0.0152543;REFB=0.00227647;REVB=-0.0137745;RO=28;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407309;STB=0.731294;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00379976;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:17:6:19:9:17:6:19:9 chr11 106647222 . G A 459.47 PASS AF=0.523256;AO=43;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.031059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8368;QD=21.3706;RBI=0.0316298;REFB=-0.0210155;REVB=-0.00598185;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120285;STB=0.524989;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0261814;OID=.;OPOS=106647222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:41:43:45:0.523256:24:19:18:24:24:21:17:24 chr11 106849400 . G A 791.92 PASS AF=0.603306;AO=73;DP=121;FAO=73;FDP=121;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0187026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.685;QD=26.179;RBI=0.0307644;REFB=-0.00787998;REVB=-0.0244266;RO=47;SAF=34;SAR=39;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477793;STB=0.521881;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00636732;OID=.;OPOS=106849400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:47:48:73:73:0.603306:39:34:25:22:39:34:25:23 chr11 107197640 . T C 505.48 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00563186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.389;QD=17.7363;RBI=0.0277859;REFB=0.000292398;REVB=0.0272091;RO=58;SAF=40;SAR=14;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169677;STB=0.588201;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000241474;OID=.;OPOS=107197640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:60:54:54:0.473684:14:40:34:24:14:40:36:24 chr11 107375559 . G C 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00310713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.901;QD=21.0639;RBI=0.00395303;REFB=-0.00129277;REVB=-0.0024438;RO=41;SAF=16;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694356;STB=0.538444;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00103078;OID=.;OPOS=107375559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:28:16:18:23:28:16:18:23 chr11 107420530 . A G 425.4 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0203377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.538;QD=18.9067;RBI=0.0207968;REFB=-0.00943638;REVB=0.00434574;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390413;STB=0.521729;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0118534;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:22:21:21:26:22:21:21:26 chr11 107535758 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.343;QD=39.2068;RBI=0.0364664;REFB=0;REVB=-0.0340554;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389864;OID=.;OPOS=107535758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 107578721 . C G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.044;QD=61.6785;RBI=0.06929;REFB=0;REVB=-0.00408455;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276074;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr11 107650473 . G A 39.06 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0132831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.508;QD=12.0171;RBI=0.0279384;REFB=-0.007685;REVB=0.0245788;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00954139;OID=.;OPOS=107650473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr11 107677399 . C A,CA 41.13 PASS AF=0,0.470588;AO=2,6;DP=18;FAO=0,8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00250427,0.0883116;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=202.765,13.6711;QD=9.67722;RBI=0.00424054,0.0961594;REFB=-0.0016881,-0.120653;REVB=-0.00342211,-0.0380484;RO=10;SAF=1,2;SAR=1,4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213474,-0.357304;STB=0.5,0.538364;STBP=1,0.794;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.127379;OID=.,.;OPOS=107677399,107677400;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:18:17:10:9:2,6:0,8:0,0.470588:1,4:1,2:7:3:0,3:0,5:5:4 chr11 107799426 . C A 629.15 PASS AF=0.589474;AO=55;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0214345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.07;QD=26.4903;RBI=0.0217369;REFB=-0.0211959;REVB=0.00361306;RO=39;SAF=16;SAR=39;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108163;STB=0.555966;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0181919;OID=.;OPOS=107799426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:55:56:0.589474:39:16:7:32:40:16:7:32 chr11 107917087 . A G 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00615012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9431;QD=16.7816;RBI=0.0150003;REFB=-0.0348366;REVB=-0.0136815;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145058;STB=0.58134;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.03741;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:12:21:14:15:12:21 chr11 108044091 . T A 164.35 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0558269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1584;QD=13.6954;RBI=0.0644671;REFB=-0.0137116;REVB=-0.0322392;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953373;STB=0.555494;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0234913;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:16:14:10:8:16:14 chr11 108183167 . A G 773.46 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.746;QD=55.2471;RBI=0.0435161;REFB=-0.115075;REVB=0.0311909;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102222;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:55:56:1:25:30:0:1:26:30:0:0 chr11 108345515 . G GA 208.52 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0125932;FXX=0.0273935;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.583;QD=11.7479;RBI=0.0195326;REFB=-0.008235;REVB=0.014931;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2338;STB=0.631497;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.0144401;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450704:32:72:32:71:39:20:12:15:24:99:39:20:12:15:24 chr11 108380335 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.487;QD=55.6056;RBI=0.0245257;REFB=-0.0552719;REVB=0.0029419;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000958494;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:1:0:30:28:1:0 chr11 108381247 . C T 1171.99 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.625;QD=60.8827;RBI=0.00637159;REFB=0;REVB=0.00242312;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58499e-06;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:44:33:0:0 chr11 108384207 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.422;QD=62.3509;RBI=0.0292978;REFB=0;REVB=0.0123611;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127382;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr11 108409784 . T A 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000585207;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.356;QD=60.0419;RBI=0.0160146;REFB=0;REVB=0.0160039;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36721e-05;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr11 108464209 . T C 708.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.908;QD=62.9639;RBI=0.0305726;REFB=0;REVB=-0.00479091;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110831;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr11 109036080 . G A 399.07 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0107277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6171;QD=23.8249;RBI=0.0155507;REFB=0.0120665;REVB=0.0112579;RO=27;SAF=11;SAR=28;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167973;STB=0.586853;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0113838;OID=.;OPOS=109036080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:28:11:13:14:28:11:13:15 chr11 109295829 . G A 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00552934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.932;QD=8.12763;RBI=0.00593542;REFB=-0.0170152;REVB=-0.00215769;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312736;STB=0.686921;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0291639;OID=.;OPOS=109295829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:6:23:6:5:6:23 chr11 109296550 . A G 141.68 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0278406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3225;QD=16.1922;RBI=0.0503981;REFB=0.00320735;REVB=-0.0420104;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241819;STB=0.649255;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0053931;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:10:5:11:8:11:5:11:8 chr11 109298127 . T G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00346313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.241;QD=20.7382;RBI=0.00585962;REFB=-0.00369888;REVB=0.00472673;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156805;STB=0.58814;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00442183;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:11:5:9:9:11:5 chr11 111179054 . A G 38.16 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0451192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.878;QD=10.1748;RBI=0.0501333;REFB=-0.0201991;REVB=0.0218542;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503774;STB=0.812863;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0168661;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:6:3:5:1:6:3 chr11 111324146 . A C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0172109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.662;QD=20.3167;RBI=0.0205602;REFB=-0.0292673;REVB=-0.0112475;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249963;STB=0.642691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0201448;OID=.;OPOS=111324146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:15:4:8:10:15:4:8:10 chr11 111324149 . C G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0435027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.789;QD=20.3167;RBI=0.0495618;REFB=-0.0116683;REVB=-0.0237463;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249963;STB=0.642691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0111022;OID=.;OPOS=111324149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:15:4:8:10:15:4:8:10 chr11 111325007 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00295025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.906;QD=11.0197;RBI=0.00302979;REFB=-0.00561351;REVB=0.000689675;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.642419;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00600488;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:2:6:3:3:2:6 chr11 111327213 . G A 357.79 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.952;QD=55.0449;RBI=0.0563946;REFB=0;REVB=0.0208929;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414777;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr11 111368047 . G T 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000421048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.278;QD=57.3715;RBI=0.0100606;REFB=0;REVB=-0.0100518;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26421e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr11 111420364 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.374;QD=62.6142;RBI=0.0390213;REFB=0;REVB=0.0389881;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08235e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 918.51 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=91;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00247305;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=3;MLLD=290.783;QD=41.2814;RBI=0.00250191;REFB=-0.00805843;REVB=0.000378897;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517804;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.000785238;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921348:82:91:82:89:7:40:42:5:2:9:0:40:42:0:0 chr11 111553893 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.756;QD=58.142;RBI=0.0414232;REFB=0;REVB=0.01789;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189416;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 111631612 . G T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00483886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.06;QD=18.0872;RBI=0.0205072;REFB=-0.0159778;REVB=0.0199281;RO=27;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472464;STB=0.768996;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0179801;OID=.;OPOS=111631612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:22:4:16:11:22:4:16:11 chr11 111637020 . T C 1185.89 PASS AF=0.485597;AO=117;DP=243;FAO=118;FDP=243;FR=.;FRO=125;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.00346598;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.324;QD=19.5208;RBI=0.0207873;REFB=-0.0229919;REVB=0.0204963;RO=125;SAF=66;SAR=51;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160587;STB=0.589864;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0251014;OID=.;OPOS=111637020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:125:125:117:118:0.485597:51:66:49:76:51:67:49:76 chr11 111724133 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0112792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9122;QD=20.7547;RBI=0.0165016;REFB=0.0157758;REVB=-0.012045;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.559922;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00865366;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:4:8:8:7:4:8 chr11 111749349 . A T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.649;QD=60.5472;RBI=0.0233691;REFB=0;REVB=0.0198931;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4835e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr11 111848531 . C T 168.61 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=50;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0370677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3075;QD=12.9703;RBI=0.0408628;REFB=-0.0312584;REVB=0.0171975;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15923;STB=0.537152;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0534893;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:32:32:18:20:0.384615:5:13:19:13:7:13:19:13 chr11 111853106 . G GC 425.64 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167687;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.237;QD=39.5948;RBI=0.175605;REFB=-0.041487;REVB=0.0521357;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0157908;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:43:43:43:0:19:24:0:0:7:3:17:23:2:1 chr11 111896324 . C T 285.3 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0151315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.288;QD=15.4214;RBI=0.0225026;REFB=-0.0209299;REVB=0.0166554;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163363;STB=0.592533;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0240698;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:21:21:21:11:21:21 chr11 111908162 . T C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00544838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6356;QD=18.3355;RBI=0.00735157;REFB=-0.0102323;REVB=-0.00493566;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106151;STB=0.559288;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0063635;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:21:14:19:18:21:14:19:18 chr11 111916647 . G A 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0668244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8044;QD=10.4167;RBI=0.0843279;REFB=-0.00942079;REVB=-0.0514363;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620351;STB=0.536296;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.015113;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:14:9:20:25:14:9:20:25 chr11 111953919 . GATTAT GATTA,GAT,GATT 382.01 PASS AF=0.694444,0.0972222,0.208333;AO=28,8,10;DP=73;FAO=50,7,15;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2,5;FSAR=30,5,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.203259,-0.0138331,-0.0120662;FXX=0.0270234;HRUN=9,2,1;LEN=1,3,2;MLLD=5.12891,170.379,175.553;QD=21.2226;RBI=0.209141,0.02168,0.0139788;REFB=0.158539,-0.00193438,-0.00607292;REVB=0.0492506,0.0166934,0.00705786;RO=8;SAF=9,2,4;SAR=19,6,6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0248566,-0.128818,0.0201161;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.127762,-0.0304602,-0.0048497;OID=.,.,.;OPOS=111953924,111953920,111953922;OREF=T,ATT,TA;OALT=-,-,-;OMAPALT=GATTA,GAT,GATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.694444,0.0972222,0.208333:28,8,10:73:50,7,15:72:0:20,2,5:30,5,10:0:0:52:8:9,2,4:19,6,6:3:5 chr11 111956989 . C A 1555.86 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144442;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.653;QD=59.8407;RBI=0.0521118;REFB=0;REVB=0.05007;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145405;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:104:0:0:99:104:1:48:51:0:0:53:51:0:0 chr11 112020916 . T G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0205096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.476;QD=22.6;RBI=0.0206331;REFB=-0.0101471;REVB=-0.00225355;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295472;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00892761;OID=.;OPOS=112020916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:12:8:10:13:12:8 chr11 112040027 . A G 623.51 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0274549;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.285;QD=25.1922;RBI=0.034786;REFB=-0.00498735;REVB=-0.0213611;RO=44;SAF=23;SAR=33;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912052;STB=0.544538;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00365343;OID=.;OPOS=112040027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:44:43:56:56:0.565657:33:23:23:21:33:23:22:21 chr11 112065434 . T C 1079.48 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.988;QD=59.971;RBI=0.0259936;REFB=0;REVB=0.0259514;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05601e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr11 112088499 . A C 2335.37 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723162;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1692;QD=63.9828;RBI=0.061276;REFB=0;REVB=0.0608478;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372039;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:76:70:0:0:76:70:0:0 chr11 112123095 . A G 391.08 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0144864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9307;QD=27.4442;RBI=0.0914774;REFB=0.0213821;REVB=-0.0903231;RO=20;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263819;STB=0.64338;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0126991;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:21:16:17:3:21:16:17:3 chr11 112223299 . G A 490.82 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.09;QD=57.7439;RBI=0.0244579;REFB=0;REVB=-0.0164129;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102928;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:9:24:0:0:9:25:0:0 chr11 112832339 . GCC GC,GCA 450.73 PASS AF=1,0;AO=30,2;DP=32;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051104,0.0457574;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.7125,8.07189;QD=56.3418;RBI=0.117198,0.0797588;REFB=0,0;REVB=-0.105469,-0.0653277;RO=0;SAF=21,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00896369,0.0673597;OID=.,.;OPOS=112832340,112832341;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GC,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:30,2:32:32,0:32:0:22,0:10,0:0:0:4:0:21,1:9,1:0:0 chr11 112832353 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.802;QD=57.2026;RBI=0.0087546;REFB=0;REVB=-0.00750329;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0958e-05;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr11 112832358 . T C 405.84 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.415;QD=54.1123;RBI=0.0184567;REFB=-0.0520899;REVB=-0.0103709;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038647;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:9:20:0:1:10:20:0:0 chr11 113103996 . T G 650.14 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0363061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8162;QD=18.8447;RBI=0.0729482;REFB=-0.0348611;REVB=0.0632717;RO=72;SAF=28;SAR=38;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616018;STB=0.53405;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0543578;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:38:28:26:46:38:28:26:46 chr11 113111501 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0339495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6319;QD=13.5764;RBI=0.0339576;REFB=0.00784886;REVB=-0.0007437;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179646;STB=0.526274;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0124696;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:12:13:0.40625:9:3:5:14:10:3:5:14 chr11 113113515 . G A 294.77 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00675085;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.082;QD=19.9845;RBI=0.0212171;REFB=-0.0299098;REVB=0.0201145;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290587;STB=0.667628;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0193148;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:28:31:31:0.525424:19:12:20:7:19:12:21:7 chr11 113194168 . A C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0210962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.845;QD=21.9446;RBI=0.0354141;REFB=-0.00893519;REVB=0.0284448;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21755;STB=0.621356;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00380089;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:2:10:9:7:2:10 chr11 113266821 . G A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.876;QD=59.8356;RBI=0.055731;REFB=0;REVB=0.0494039;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637074;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 113270015 . G C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.098938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9416;QD=62.0171;RBI=0.100874;REFB=0;REVB=0.0196705;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122207;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr11 113270374 . C T 2239.09 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210697;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.292;QD=63.5202;RBI=0.0975305;REFB=0;REVB=0.0952274;RO=0;SAF=84;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145004;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:57:84:0:0:57:84:0:0 chr11 113270828 . G A 1858.94 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6424;QD=61.4526;RBI=0.0268172;REFB=0;REVB=-0.00425771;RO=0;SAF=44;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00463e-05;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:77:44:0:0:77:44:0:0 chr11 113283477 . A G 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736367;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.227;QD=60.9959;RBI=0.0561234;REFB=0;REVB=0.0556382;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393737;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr11 113561054 . A G 683.98 PASS AF=0.404255;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=188;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0141245;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.545;QD=14.5528;RBI=0.0198059;REFB=-0.00732249;REVB=-0.0138843;RO=111;SAF=26;SAR=50;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140608;STB=0.576902;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00964641;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:111:112:76:76:0.404255:50:26:52:59:50:26:52:60 chr11 113561057 . A G 655.61 PASS AF=0.393617;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=188;FR=.;FRO=114;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.000315016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7394;QD=13.949;RBI=0.010502;REFB=-0.0284948;REVB=-0.0104972;RO=112;SAF=25;SAR=49;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142879;STB=0.581536;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0254914;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:112:114:74:74:0.393617:49:25:52:60:49:25:53:61 chr11 113570405 . T C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0145746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.563;QD=27.4995;RBI=0.0169071;REFB=-0.0431486;REVB=0.00856912;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463518;STB=0.525665;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0100176;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:12:7:3:7:12:7:3:7 chr11 113576932 . A G 251.07 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.041076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4847;QD=20.4957;RBI=0.0477137;REFB=-0.0248065;REVB=0.0242767;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142154;STB=0.595774;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0267526;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:25:22:24:0.489796:13:9:14:11:15:9:14:11 chr11 113670052 . T A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.34;QD=60.9768;RBI=0.00204889;REFB=0;REVB=-0.00165689;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9524e-06;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr11 113679119 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0891197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2372;QD=25.2541;RBI=0.0898131;REFB=0.0055412;REVB=0.0111392;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169342;STB=0.594489;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00652417;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:4:7:7:11:4:7 chr11 113848273 . A T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.107364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.755;QD=15.5705;RBI=0.107719;REFB=0.010745;REVB=-0.00873918;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129418;STB=0.574344;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0215938;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:2:10:8:3:2:10 chr11 113860425 . A G 398.82 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00828419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.471;QD=19.4545;RBI=0.0139164;REFB=-0.00868919;REVB=-0.0111821;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138279;STB=0.512735;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.007897;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:24:16:17:24:25:16:17:24 chr11 114393652 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.61;QD=59.9374;RBI=0.0317225;REFB=0;REVB=0.0305116;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37575e-05;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTCTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 612.76 PASS AF=0.0930233,0.848837,0.0581395;AO=5,18,4;DP=90;FAO=8,73,5;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=8,24,5;FSAR=0,49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115363,-0.330004,-0.272357;FXX=0.0444395;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=126.129,9.15618,12.9253;QD=28.5006;RBI=0.182733,0.793168,0.444461;REFB=0,0,0;REVB=0.141714,0.721257,0.351236;RO=35;SAF=5,6,4;SAR=0,12,0;SRF=1;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.864658,0.481224,0.858914;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.174376,-0.0279216,-0.0799031;OID=.,.,.;OPOS=114393805,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTCTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0930233,0.848837,0.0581395:5,18,4:90:8,73,5:86:0:8,24,5:0,49,0:0:0:27:35:5,6,4:0,12,0:1:34 chr11 114401577 . T C 1760.56 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0193141;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.824;QD=59.1786;RBI=0.01932;REFB=-0.16155;REVB=-0.000479621;RO=1;SAF=42;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629097;STB=0.506578;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000111273;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:119:1:2:117:117:0.983193:75:42:0:1:75:42:0:2 chr11 114421857 . T C 85.37 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00444218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.249;QD=6.5667;RBI=0.00452573;REFB=-0.00495534;REVB=-0.000865604;RO=39;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237872;STB=0.638142;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0199898;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:39:40:12:12:0.230769:7:5:24:15:7:5:24:16 chr11 114421861 . G A 97.57 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0403097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0627;QD=7.65279;RBI=0.0720071;REFB=0.00575258;REVB=0.059667;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225337;STB=0.660527;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00941268;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:50:51:38:38:12:13:0.254902:7:5:23:15:8:5:23:15 chr11 114421895 . G A 64.08 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0131723;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.034;QD=7.53827;RBI=0.0173208;REFB=-0.00886673;REVB=-0.0112474;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361444;STB=0.526257;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00765133;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:35:34:21:25:9:9:0.264706:5:4:10:11:5:4:12:13 chr11 114421909 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.063042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.135;QD=7.79842;RBI=0.0630903;REFB=0.00384315;REVB=0.0024689;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173183;STB=0.608448;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0201662;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:11:12:6:3:11:12 chr11 114421912 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0521699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.762;QD=8.08963;RBI=0.0542219;REFB=-0.0113701;REVB=0.0147755;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137716;STB=0.621944;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.016778;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:20:22:9:9:0.290323:6:3:9:11:6:3:11:11 chr11 114441943 . G A 814.07 PASS AF=0.849315;AO=61;DP=74;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.000851981;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1123;QD=44.6063;RBI=0.0159784;REFB=-0.0697477;REVB=-0.0159556;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.59646;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00404704;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:73:0:11:61:62:0.849315:39:22:0:0:39:23:11:0 chr11 114442103 . A G 301.97 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259224;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.975;QD=54.9028;RBI=0.0264225;REFB=0;REVB=0.00511636;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199704;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 114569054 . A G 1008.11 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6723;QD=59.3005;RBI=0.0443041;REFB=0;REVB=-0.0055086;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234945;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:22:45:0:0:22:46:0:0 chr11 115044850 . C A 74.17 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0171707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.981;QD=10.9886;RBI=0.0213415;REFB=-0.0312814;REVB=-0.0126738;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124271;STB=0.617414;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0482211;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:27:16:17:9:10:0.37037:5:4:9:7:6:4:10:7 chr11 116633825 . C T 689.67 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170237;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.335;QD=58.6956;RBI=0.0414565;REFB=-0.0311854;REVB=0.0378;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.519991;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000136031;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:47:2:2:45:45:0.957447:21:24:2:0:21:24:2:0 chr11 116661826 . T C 1587.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.576;QD=59.9136;RBI=0.0180711;REFB=0;REVB=0.0167171;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47588e-05;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:50:52:0:0:53:53:0:0 chr11 116662579 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.008;QD=58.4184;RBI=0.0036047;REFB=0;REVB=0.00265618;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31435e-07;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr11 116692030 . GTTC G 353.31 PASS AF=0.386503;AO=60;DP=157;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=32;FWDB=-0.00584822;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=3;MLLD=191.464;QD=8.67012;RBI=0.0189815;REFB=-0.00954776;REVB=0.0180581;RO=88;SAF=41;SAR=19;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426157;STB=0.513262;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0150536;OID=.;OPOS=116692031;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386503:60:157:63:163:100:44:19:68:32:99:88:41:19:57:31 chr11 116692334 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00649547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.476;QD=19.6967;RBI=0.0406487;REFB=-0.0235209;REVB=0.0401264;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444439;STB=0.753433;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0401419;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:17:4:14:8:17:4:14:8 chr11 116693464 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.014647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.063;QD=13.9457;RBI=0.0171794;REFB=-0.0205879;REVB=-0.00897766;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100314;STB=0.549969;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0299841;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:16:16:19:28:16:16:20:28 chr11 116701535 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0100133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.123;QD=18.7119;RBI=0.0214802;REFB=-0.0319549;REVB=0.0190035;RO=19;SAF=2;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503461;STB=0.792995;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0183806;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:16:2:10:9:16:2:10:9 chr11 116728842 . G A 197.99 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.000385079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.238;QD=11.1541;RBI=0.00491665;REFB=-0.0114642;REVB=0.00490155;RO=46;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430333;STB=0.52498;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0205124;OID=.;OPOS=116728842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:11:14:24:22:11:14:24:22 chr11 116729013 . T C 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00426237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.306;QD=20.4043;RBI=0.0104824;REFB=-0.0539267;REVB=-0.00957669;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038353;STB=0.521263;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0405013;OID=.;OPOS=116729013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:11:17:18:14:11:17 chr11 116729196 . T C 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0388798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.605;QD=17.9533;RBI=0.039539;REFB=-0.0113925;REVB=-0.00718969;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197941;STB=0.511103;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00993212;OID=.;OPOS=116729196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:12:16:16:11:12:16 chr11 117042377 . G A 1062.77 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.513;QD=59.8745;RBI=0.0286789;REFB=0;REVB=0.00081157;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44101e-05;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:35:36:0:0 chr11 117156552 . T C 346.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132182;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.476;QD=55.3703;RBI=0.0260636;REFB=0;REVB=0.0224631;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135317;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:26:25:1:15:11:0:0:14:11:0:0 chr11 117160347 . A G 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.302;QD=59.4994;RBI=0.0157134;REFB=0;REVB=0.00633746;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73783e-05;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr11 117163824 . C G 1153.27 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7321;QD=60.6986;RBI=0.066392;REFB=0;REVB=0.0660436;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576884;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr11 117225982 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0114941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5143;QD=23.5283;RBI=0.0431488;REFB=-0.0129589;REVB=-0.0415898;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109444;STB=0.560917;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00856346;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:11:4:8:12:11:4 chr11 117252488 . CT C,CC 3640.41 PASS AF=0.0214592,0.978541;AO=50,181;DP=232;FAO=5,228;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=5,155;FSAR=0,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337479,0.0314448;FXX=0.00851028;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.703,264.29;QD=62.4964;RBI=0.0615254,0.054472;REFB=0,0;REVB=0.0514437,0.0444794;RO=0;SAF=32,126;SAR=18,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.05039e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0209831,0.00269947;OID=.,.;OPOS=117252489,117252489;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0214592,0.978541:50,181:232:5,228:233:0:5,155:0,73:0:0:5:0:32,126:18,55:0:0 chr11 117282800 . G T 767.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.031;QD=63.9209;RBI=0.054929;REFB=0;REVB=0.0364252;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589685;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:14:33:0:0:15:33:0:0 chr11 117309989 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0200556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7586;QD=12.7913;RBI=0.032978;REFB=-0.00592745;REVB=-0.0261787;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068991;STB=0.540483;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0157451;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:13:10:7:7:13:10 chr11 117310022 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.006;QD=59.8394;RBI=0.0270223;REFB=0;REVB=-0.0014221;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145775;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr11 117335722 . T C 411.68 PASS AF=0.525;AO=39;DP=77;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0543373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1728;QD=20.5842;RBI=0.0545301;REFB=-0.0469134;REVB=0.00458234;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810252;STB=0.522716;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.057345;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:38:38:39:42:0.525:23:16:19:19:23:19:19:19 chr11 117392110 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00359162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.523;QD=17.84;RBI=0.00945558;REFB=-0.000917564;REVB=-0.0087469;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.612755;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000954542;OID=.;OPOS=117392110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:14:14:14:0.5:6:8:9:3:6:8:11:3 chr11 117403235 . G T 236.63 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0234608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.692;QD=17.528;RBI=0.0243377;REFB=0.00588121;REVB=0.00647415;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276792;STB=0.502913;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00682314;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:15:10:12:16:15:11:12:16 chr11 117693255 . T C 460.75 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0415709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.08;QD=18.8061;RBI=0.0442468;REFB=-0.0227028;REVB=-0.0151538;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351695;STB=0.512929;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0246208;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:52:45:46:0.469388:20:25:27:25:21:25:27:25 chr11 117698762 . G A 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00128811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8715;QD=16.824;RBI=0.0111105;REFB=0.0214541;REVB=0.0110356;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314148;STB=0.506816;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0273458;OID=.;OPOS=117698762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:11:10:12:15:11:10:13:15 chr11 117774146 . C G 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00364997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.169;QD=14.1699;RBI=0.0147272;REFB=-0.00302849;REVB=-0.0142677;RO=51;SAF=20;SAR=14;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132248;STB=0.574738;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0047995;OID=.;OPOS=117774146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:14:20:36:15:14:20:36:15 chr11 117774291 . A C 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00322824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3953;QD=19.6951;RBI=0.0306524;REFB=-0.0538346;REVB=0.0304819;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103559;STB=0.558444;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0280174;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:13:9:11:10:13:9 chr11 117774394 . A G 362.42 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0221914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1159;QD=27.8787;RBI=0.0547573;REFB=-0.033787;REVB=-0.050059;RO=18;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150025;STB=0.508192;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0162084;OID=.;OPOS=117774394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:14:20:11:7:14:20:11:7 chr11 117781435 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0215094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.086;QD=24.1271;RBI=0.0219435;REFB=-0.0244379;REVB=-0.00434325;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192334;STB=0.608161;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0194968;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:5:12:5:6:5:12:5:6 chr11 117789342 . T C 663.86 PASS AF=0.727273;AO=55;DP=76;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0698508;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.073;QD=34.4861;RBI=0.0698824;REFB=-0.0707573;REVB=0.0021016;RO=20;SAF=24;SAR=31;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147561;STB=0.593236;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0305914;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:20:21:55:56:0.727273:31:24:3:17:29:27:3:18 chr11 117789345 . G C 578.93 PASS AF=0.704225;AO=49;DP=70;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0157202;FXX=0.0533262;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0396;QD=32.6157;RBI=0.094193;REFB=-0.084743;REVB=0.092872;RO=21;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213545;STB=0.615982;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0301064;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:21:21:49:50:0.704225:23:26:3:18:23:27:3:18 chr11 117864047 . A G 746.23 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174262;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.781;QD=54.2709;RBI=0.022886;REFB=-0.139982;REVB=0.0148356;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00126329;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:33:20:0:1:34:20:0:1 chr11 117869670 . A G 382.62 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000287767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.832;QD=52.7755;RBI=0.0107596;REFB=-0.0977625;REVB=-0.0107558;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000643461;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:14:14:0:0:14:14:0:1 chr11 117965530 . A G 199.69 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00132679;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3748;QD=29.5841;RBI=0.0552298;REFB=-0.0139742;REVB=0.0552139;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.56072;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0137505;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:8:8:18:19:0.703704:8:10:3:5:8:11:3:5 chr11 117965595 . C T 54.79 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00740228;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2427;QD=6.64075;RBI=0.00741542;REFB=-0.0158497;REVB=0.000441316;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045492;STB=0.529336;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0308948;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:7:18:6:2:7:18 chr11 117982495 . T G 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00542605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.195;QD=58.9879;RBI=0.0324809;REFB=-0.136717;REVB=0.0320244;RO=1;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012289;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00067896;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:38:37:0:1:38:37:0:1 chr11 117988082 . T C 433.69 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00238687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.595;QD=23.4426;RBI=0.0110977;REFB=0.00850028;REVB=0.010838;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922978;STB=0.550682;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00682033;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:22:20:19:13:22:20:19:13 chr11 118074337 . A G 415.05 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220798;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8436;QD=57.2483;RBI=0.00889677;REFB=0;REVB=0.00861843;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405849;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 118081345 . A T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.092;QD=62.4647;RBI=0.0342944;REFB=0;REVB=0.0250831;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19272e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr11 118083664 . A G 1590.71 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0012291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.2935;QD=58.9152;RBI=0.045217;REFB=-0.00810325;REVB=0.0452002;RO=1;SAF=55;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855122;STB=0.504424;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000265425;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:51:55:1:0:51:56:1:0 chr11 118107805 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.588;QD=61.0491;RBI=0.00992403;REFB=0;REVB=0.00704836;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3091e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr11 118110977 . T C 1688.91 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538167;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9857;QD=60.3181;RBI=0.0583319;REFB=0;REVB=-0.0225028;RO=1;SAF=60;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021545;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:1:0:111:112:1:51:60:1:0:51:61:0:0 chr11 118178007 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0984925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.787;QD=14.6526;RBI=0.101137;REFB=0.00574108;REVB=-0.0229751;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0214404;OID=.;OPOS=118178007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr11 118179197 . A G 169.35 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000824447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.435;QD=16.5221;RBI=0.00723651;REFB=-0.0319799;REVB=-0.0071894;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44983;STB=0.76158;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0153145;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:15:3:13:10:15:3:13:10 chr11 118182829 . T A 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0313839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.401;QD=12.0199;RBI=0.0515709;REFB=-0.00816;REVB=0.0409219;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893784;STB=0.538407;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.020933;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:14:14:0.358974:7:7:10:14:7:7:11:14 chr11 118405068 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.799;QD=53.2771;RBI=0.00633254;REFB=0;REVB=-0.000372815;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84497e-05;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 118405305 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.522;QD=51.5086;RBI=0.0535347;REFB=-0.0537387;REVB=0.04869;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00248632;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:26:26:0.962963:10:16:0:0:10:16:1:0 chr11 118405835 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.739;QD=59.4355;RBI=0.0162903;REFB=0;REVB=0.0114399;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63089e-07;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=377.172;QD=35.5759;RBI=0.0336159;REFB=0;REVB=0.0336159;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000321748;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:0:7:0:0:4:0:0:7:0:0 chr11 118430519 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1412;QD=59.8359;RBI=0.0717288;REFB=0;REVB=0.0213608;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862458;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr11 118471423 . T C 1249.95 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0911;QD=60.2386;RBI=0.0601602;REFB=-0.0155243;REVB=-0.0514117;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919621;STB=0.504853;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000134944;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:51:31:0:1:51:31:0:1 chr11 118472354 . C A 1497.39 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044568;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4251;QD=59.8957;RBI=0.0536837;REFB=0;REVB=0.0299272;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263727;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:48:50:0:0:49:51:0:0 chr11 118505676 . GT G 2159.41 PASS AF=1;AO=135;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9572;QD=61.2599;RBI=0.0561335;REFB=0;REVB=-0.0279969;RO=0;SAF=48;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.84146e-05;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:141:141:141:0:48:93:0:0:12:0:48:87:0:0 chr11 118509668 . A G 740.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.704;QD=56.9255;RBI=0.0295025;REFB=0;REVB=-0.0185109;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304098;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:18:34:0:0 chr11 118509676 . G A 233.17 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0209601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.547;QD=15.0433;RBI=0.0486046;REFB=-0.00851482;REVB=-0.0438529;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227763;STB=0.627931;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0139103;OID=.;OPOS=118509676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:26:9:13:14:26:9 chr11 118512363 . G A 336.6 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0284148;FXX=0.0273935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.93;QD=18.9632;RBI=0.0323888;REFB=-0.0185624;REVB=0.0155445;RO=31;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305456;STB=0.703531;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0377313;OID=.;OPOS=118512363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:31:36:34:35:0.492958:23:11:21:10:24:11:26:10 chr11 118516453 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0541316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.817;QD=14.4202;RBI=0.0544345;REFB=-0.00489914;REVB=-0.00573486;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465607;STB=0.534079;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00742947;OID=.;OPOS=118516453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:13:14:17:19:13:14:17:20 chr11 118518751 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0111626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.891;QD=22.3224;RBI=0.0330841;REFB=-0.027204;REVB=0.031144;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356625;STB=0.519732;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0195534;OID=.;OPOS=118518751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:13:17:12:11:13:17:12:11 chr11 118529017 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.187;QD=56.7066;RBI=0.0959599;REFB=0;REVB=0.0869679;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626755;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 118529044 . C CG 380.05 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725085;FXX=0.0302939;HRUN=0;LEN=1;MLLD=203.13;QD=47.5066;RBI=0.0124052;REFB=0;REVB=-0.0100655;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148098;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:32:32:0:11:21:0:0:7:0:10:21:0:0 chr11 118529069 . G C 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.466;QD=60.2194;RBI=0.11439;REFB=0;REVB=0.11438;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023002;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr11 118529078 . GC CC,CT 152.62 PASS AF=0.405405,0;AO=15,20;DP=38;FAO=15,0;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00564387,0.00501795;FXX=0.0263089;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=51.6861,91.2664;QD=16.499;RBI=0.118056,0.00779732;REFB=-0.00182331,0.0192559;REVB=0.117921,0.00596812;RO=0;SAF=5,8;SAR=10,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.54161,0.5;STBP=0.726,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0209403,0;OID=.,.;OPOS=118529078,118529078;OREF=G,GC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:0:20:15,20:15,0:0.405405,0:10,12:5,8:0:0:10,0:5,0:8:12 chr11 118529703 . G A 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0138356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.136;QD=20.1566;RBI=0.0139637;REFB=0.0132532;REVB=-0.0018871;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0175987;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:7:7:9:7:7:7 chr11 118532376 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0106177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.035;QD=16.1192;RBI=0.084292;REFB=-0.0535365;REVB=-0.0836206;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124735;STB=0.571319;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0568231;OID=.;OPOS=118532376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:11:2:3:9:11:2 chr11 118620859 . AAAAT A 78.96 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0276409;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=4;MLLD=251.378;QD=9.57031;RBI=0.0278309;REFB=7.34432e-05;REVB=0.00324646;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604813;STB=0.885672;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.000138977;OID=.;OPOS=118620860;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:11:33:13:33:20:1:12:12:8:78:21:1:10:12:9 chr11 118620907 . TTC T,TTT 34.11 PASS AF=0.194444,0;AO=9,3;DP=44;FAO=7,0;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.102298,-0.0751584;FXX=0.0769034;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=22.1875,17.2006;QD=3.79048;RBI=0.102459,0.12683;REFB=-0.0565299,0.0142315;REVB=0.00572704,0.102162;RO=26;SAF=4,1;SAR=5,2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0.489362,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0721922,-0.0582917;STB=0.640604,0.5;STBP=0.455,1;TYPE=del,snp;VARB=0.14215,0;OID=.,.;OPOS=118620908,118620909;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444,0:9,3:44:7,0:36:29:2,0:5,0:13:16:34:26:4,1:5,2:10:16 chr11 118621825 . G GT 810.95 PASS AF=1;AO=67;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1618;QD=45.0526;RBI=0.139261;REFB=0;REVB=0.13663;RO=5;SAF=37;SAR=30;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00332917;OID=.;OPOS=118621826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:73:72:72:0:39:33:0:0:15:5:37:30:2:3 chr11 118622693 . CTTT C 70.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.017352;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=59.4579;QD=12.8975;RBI=0.0210396;REFB=0.0195005;REVB=0.0118984;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=-0.0211196;OID=.;OPOS=118622694;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:10:22:10:22:12:3:7:7:5:70:11:3:7:7:4 chr11 118622744 . G A 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1571;QD=56.1754;RBI=0.0143282;REFB=0;REVB=0.00734759;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123261;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr11 118744701 . A AAAAG 64.57 PASS AF=1;AO=3;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=4;LEN=4;MLLD=124.02;QD=36.8956;RBI=0.0508931;REFB=0;REVB=0.0508931;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000767728;OID=.;OPOS=118744702;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:8:7:7:0:0:7:0:0:4:4:0:3:0:4 chr11 118757191 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122976;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.966;QD=37.4885;RBI=0.0122976;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07588e-05;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr11 118757201 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.882;QD=39.2067;RBI=0.104763;REFB=0;REVB=0.104508;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845487;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr11 118757219 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.361;QD=46.848;RBI=0.0253677;REFB=0;REVB=0.0205168;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102306;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 118765267 . G C 432.1 PASS AF=0.494382;AO=42;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00130518;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.741;QD=19.4204;RBI=0.010354;REFB=-0.0330509;REVB=-0.0102714;RO=38;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660145;STB=0.50617;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0286958;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:45:42:44:0.494382:24:18:16:22:24:20:21:24 chr11 118767037 . G A 130.31 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=-0.0253089;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.482;QD=12.7136;RBI=0.0519368;REFB=-0.0208807;REVB=-0.045353;RO=26;SAF=13;SAR=2;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151548;STB=0.587201;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0319868;OID=.;OPOS=118767037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:26:15:15:0.365854:2:13:24:2:2:13:24:2 chr11 118769442 . A G 443.18 PASS AF=0.356164;AO=52;DP=145;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.000746886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.343;QD=12.142;RBI=0.0154981;REFB=-0.0065227;REVB=-0.0154801;RO=92;SAF=23;SAR=29;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527258;STB=0.523623;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00929265;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:92:94:52:52:0.356164:29:23:45:47:29:23:45:49 chr11 118771747 . A G 224.41 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0088826;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1024;QD=13.8097;RBI=0.0262384;REFB=-0.0162382;REVB=0.0246891;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250694;STB=0.517866;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0236401;OID=.;OPOS=118771747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:38:26:27:0.415385:17:9:12:25:17:10:13:25 chr11 118772516 . T C 645.91 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0115338;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5875;QD=22.4664;RBI=0.0165725;REFB=-0.0219989;REVB=0.0119003;RO=51;SAF=31;SAR=32;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152609;STB=0.505107;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0112525;OID=.;OPOS=118772516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:51:52:63:63:0.547826:32:31:25:26:32:31:25:27 chr11 118772825 . T C 191.16 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00549134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.45;QD=15.293;RBI=0.0198604;REFB=-0.0126823;REVB=-0.0190861;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971105;STB=0.571652;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0171571;OID=.;OPOS=118772825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:11:8:10:20:11:9:10:20 chr11 118773180 . G A 704.44 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00234656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7977;QD=18.6607;RBI=0.0658406;REFB=-0.000794381;REVB=0.0657988;RO=78;SAF=43;SAR=30;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108278;STB=0.559859;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00143297;OID=.;OPOS=118773180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:30:43:37:41:30:43:37:41 chr11 118828942 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00716241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.907;QD=21.9722;RBI=0.00810181;REFB=-0.00730438;REVB=0.0037867;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892066;STB=0.549856;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00852373;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:7:14:13:10:7:14 chr11 118865465 . C T 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0147702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.015;QD=31.6788;RBI=0.0148453;REFB=0.0114479;REVB=0.00149166;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477228;STB=0.526288;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0023435;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:3:4:9:10:3:4 chr11 118872404 . T C 424.28 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00067743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9431;QD=18.6499;RBI=0.0112965;REFB=-0.00353482;REVB=0.0112761;RO=48;SAF=15;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141549;STB=0.583294;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0052142;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:27:15:24:24:28:15:24:24 chr11 118898435 . AC A 848.09 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.4709;QD=47.7799;RBI=0.121382;REFB=0;REVB=0.108662;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00118904;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:71:71:71:0:28:43:0:0:15:1:28:42:0:1 chr11 118919206 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.063;QD=59.8383;RBI=0.0489568;REFB=0;REVB=0.0332606;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443803;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 118922200 . G A 629.5 PASS AF=0.448276;AO=63;DP=144;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00019565;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.647;QD=17.3655;RBI=0.00536408;REFB=-0.0135514;REVB=0.00536051;RO=81;SAF=25;SAR=38;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367699;STB=0.523274;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0175069;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:81:80:63:65:0.448276:38:25:35:46:40:25:34:46 chr11 118925341 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.092;QD=57.6807;RBI=0.0123492;REFB=0;REVB=0.00580907;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82052e-05;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 118927013 . T TC 615.87 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8813;QD=39.1031;RBI=0.10192;REFB=0;REVB=0.017558;RO=4;SAF=25;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00337698;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:62:63:63:0:30:33:0:0:12:4:25:30:4:0 chr11 118947634 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.226;QD=52.6124;RBI=0.0650609;REFB=0;REVB=-0.036404;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287762;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr11 118962230 . G T 289.08 PASS AF=0.423529;AO=28;DP=77;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0165373;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5351;QD=13.6039;RBI=0.0333623;REFB=-0.0631147;REVB=0.0289752;RO=48;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168626;STB=0.639921;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0760446;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:48:49:28:36:0.423529:16:12:28:20:24:12:28:21 chr11 118967758 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0114612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.521;QD=20.5465;RBI=0.0222005;REFB=-0.00600498;REVB=-0.0190132;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620553;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00632899;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:11:11:12:9:11:11:13:9 chr11 119005088 . C T 714.5 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.123;QD=60.8088;RBI=0.0408564;REFB=-0.053982;REVB=0.0389798;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00190056;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:32:14:0:0:32:14:1:0 chr11 119005132 . C T 218.29 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00968296;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.132;QD=45.9556;RBI=0.00969954;REFB=-0.0984856;REVB=0.000566921;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181456;STB=0.599873;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000652955;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:16:2:1:0:16:2:1:0 chr11 119043656 . C T 1366.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109184;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.368;QD=62.8186;RBI=0.0211369;REFB=0;REVB=0.0180985;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92298e-05;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr11 119052826 . C A 4815.2 PASS AF=1;AO=308;DP=313;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659181;FXX=0.00955384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.747;QD=61.9319;RBI=0.0836562;REFB=0;REVB=0.0515089;RO=2;SAF=150;SAR=158;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599892;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216816;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:313:311:2:0:308:311:1:158:150:0:2:161:150:0:0 chr11 119054488 . C T 193.07 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0316749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.038;QD=16.4316;RBI=0.038561;REFB=-0.0391149;REVB=0.021992;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142165;STB=0.581315;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0489144;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:16:11:11:9:16:11 chr11 119059404 . G A 302.15 PASS AF=0.925926;AO=19;DP=28;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170806;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.988;QD=44.7626;RBI=0.0907928;REFB=-0.0626424;REVB=-0.0891717;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.583261;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00653386;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:27:1:2:19:25:0.925926:4:15:0:1:5:20:0:2 chr11 119060963 . T C 97.05 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00747301;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.182;QD=21.5656;RBI=0.00814177;REFB=-0.0085799;REVB=-0.0032315;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41657;STB=0.74069;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0029751;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:7:7:11:11:0.611111:2:9:2:5:2:9:2:5 chr11 119063908 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0882619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.194;QD=16.1064;RBI=0.0947537;REFB=-0.0146352;REVB=0.034469;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.560437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0178137;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:10:11:11:6:10:12 chr11 119065709 . G C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1046;QD=47.8136;RBI=0.0800926;REFB=-0.0682253;REVB=-0.0710719;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0229363;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:21:21:0.954545:14:7:0:0:14:7:0:1 chr11 119181170 . T C 192.86 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0314527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.869;QD=23.3774;RBI=0.039552;REFB=-0.0128014;REVB=0.023981;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196148;STB=0.608592;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0109945;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:12:2:7:12:12:2 chr11 119206375 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0444642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.295;QD=13.4417;RBI=0.0528769;REFB=-0.0138249;REVB=0.0286165;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.680449;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0176728;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:6:7:8:2:6:7 chr11 119213303 . C T 334.16 PASS AF=0.359649;AO=40;DP=113;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0143703;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.003;QD=11.725;RBI=0.0204667;REFB=-0.010667;REVB=0.0145732;RO=72;SAF=24;SAR=16;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113522;STB=0.559556;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0159908;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:72:73:40:41:0.359649:16:24:36:36:17:24:36:37 chr11 119216231 . A G 304.16 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0110755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.213;QD=17.3803;RBI=0.0111822;REFB=-0.0158998;REVB=0.00154073;RO=37;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161418;STB=0.590808;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0212531;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:10:23:20:17:10:23:20:17 chr11 119229964 . G A 1716.56 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609716;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.594;QD=60.7631;RBI=0.0209235;REFB=0;REVB=0.0200155;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52776e-06;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr11 119244095 . C T 1010.99 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551512;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.032;QD=59.47;RBI=0.0387985;REFB=0;REVB=0.0384045;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03882e-05;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr11 119252199 . T G 4055.55 PASS AF=1;AO=258;DP=258;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.226;QD=62.393;RBI=0.0771482;REFB=0;REVB=0.0456964;RO=0;SAF=136;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2818e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:260:0:0:258:260:1:122:136:0:0:123:137:0:0 chr11 119290034 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013991;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=338.136;QD=56.1916;RBI=0.014749;REFB=0;REVB=-0.00466761;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08952e-05;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:3:25:0:0:3:25:0:0 chr11 119510644 . A C 3896.96 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115747;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4145;QD=61.8564;RBI=0.0153265;REFB=-0.150117;REVB=-0.0152827;RO=0;SAF=151;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109399;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:252:0:0:252:252:1:101:151:0:0:101:151:0:0 chr11 119879425 . T C 1069.46 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00207005;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.097;QD=58.6004;RBI=0.0541911;REFB=-0.0582135;REVB=0.0541516;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.508472;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000626447;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:43:29:1:0:43:29:1:0 chr11 119993897 . CCT C 517.84 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0477129;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=2;MLLD=301.694;QD=39.834;RBI=0.0478992;REFB=-0.0306875;REVB=0.00421999;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521842;STBP=0.374;TYPE=del;VARB=0.00132464;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903846:46:51:47:52:5:18:29:3:2:11:0:17:29:0:0 chr11 119999191 . A G 803.77 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342843;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.938;QD=57.4122;RBI=0.0402026;REFB=0;REVB=0.0209962;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300468;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr11 120040695 . C T 867.29 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0866955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2992;QD=53.3716;RBI=0.10379;REFB=-0.120119;REVB=0.0570643;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269576;STB=0.520541;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0162999;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:64:65:2:3:61:62:0.953846:34:27:0:2:35:27:0:3 chr11 120041110 . T A 1810.41 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869465;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=61.37;RBI=0.01254;REFB=0;REVB=0.00903628;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16517e-05;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr11 120041444 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2458;QD=64.4152;RBI=0.0132843;REFB=0;REVB=-0.0124947;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58006e-05;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr11 120042081 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.536;QD=59.4356;RBI=0.0252421;REFB=0;REVB=-0.00853388;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16683e-05;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr11 120175749 . A G 1385.94 PASS AF=1;AO=79;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.853;QD=62.2896;RBI=0.0460072;REFB=0;REVB=-0.00418952;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268628;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:79:89:1:45:34:0:0:55:34:0:0 chr11 120292570 . T A 892.89 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242199;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.528;QD=57.6056;RBI=0.0318397;REFB=0;REVB=0.0206679;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184216;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr11 120328462 . G A 387.82 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=68;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0503756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1471;QD=22.161;RBI=0.0508313;REFB=0.000852573;REVB=0.00679105;RO=30;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158248;STB=0.578062;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000630184;OID=.;OPOS=120328462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:30:31:37:39:0.557143:22:15:18:12:22:17:19:12 chr11 120355230 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3457;QD=59.5006;RBI=0.016885;REFB=0;REVB=0.016141;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86855e-05;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr11 120745874 . C T 270.74 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0140666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.793;QD=12.1683;RBI=0.0163467;REFB=-0.00599326;REVB=-0.00832741;RO=57;SAF=13;SAR=19;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246868;STB=0.64154;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0118563;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:19:13:36:21:19:13:36:21 chr11 120776001 . G A 1090.05 PASS AF=0.972973;AO=45;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371381;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.436;QD=58.9219;RBI=0.164444;REFB=0.00038472;REVB=0.160196;RO=1;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446822;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000883814;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:74:1:1:45:72:0.972973:10:35:0:1:37:35:0:1 chr11 120823608 . G A 386.26 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0155909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.213;QD=18.1768;RBI=0.0231188;REFB=-0.014025;REVB=0.0170704;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526896;STB=0.529397;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.015318;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:20:20:20:25:20:20:20:25 chr11 120827609 . A G 763.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2095;QD=63.607;RBI=0.101443;REFB=0;REVB=0.0579383;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020087;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr11 120996292 . A G 386.79 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00567057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.14;QD=17.0018;RBI=0.00811916;REFB=-0.0197748;REVB=-0.00581081;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555277;STB=0.531101;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0160939;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:22:19:26:24:22:19:26:24 chr11 120998942 . C T 480.79 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00840941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.067;QD=17.9736;RBI=0.00864687;REFB=-0.00225659;REVB=-0.00201249;RO=54;SAF=20;SAR=31;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136135;STB=0.583909;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00203537;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:55:51:52:0.485981:31:20:29:25:32:20:30:25 chr11 121000784 . T C 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0162966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.734;QD=20.8716;RBI=0.0190338;REFB=-0.0106514;REVB=0.00983399;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245661;STB=0.638959;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00969556;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:15:6:11:9:15:6:11:9 chr11 121032978 . G A 450.86 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012036;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.853;QD=58.1758;RBI=0.0127272;REFB=0;REVB=0.00413733;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06065e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr11 121038810 . C T 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0227583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.497;QD=19.0373;RBI=0.0228366;REFB=-0.0267182;REVB=-0.00189013;RO=45;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427179;STB=0.523798;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.025485;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:15:27:27:18:15:27:27:18 chr11 121177261 . C CT 142.21 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.043355;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5978;QD=10.3425;RBI=0.0500543;REFB=0.00657112;REVB=0.0250155;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239436;STB=0.667553;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=-0.0117465;OID=.;OPOS=121177262;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:22:61:23:55:32:14:9:10:22:99:38:13:9:14:24 chr11 121367626 . T C 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0182803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.324;QD=17.7622;RBI=0.0196657;REFB=-0.0120112;REVB=-0.00725045;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110996;STB=0.562012;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0130047;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:21:18:26:19:21:18:26:19 chr11 121403229 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.299;QD=62.0055;RBI=0.0144798;REFB=0;REVB=0.00191775;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06603e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr11 121437819 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.711;QD=61.336;RBI=0.0297652;REFB=0;REVB=0.0276005;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07668e-05;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 121448090 . T G 315.11 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00205789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.762;QD=25.2088;RBI=0.0122398;REFB=-0.00253796;REVB=-0.0120656;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390745;STB=0.51162;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00239844;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:16:11:10:12:16:12:10:12 chr11 121475922 . T A 1005.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.136;QD=59.1203;RBI=0.0300898;REFB=0;REVB=-0.00529601;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4943e-05;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr11 121491782 . G A 1524.5 PASS AF=0.981132;AO=105;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.495;QD=57.5284;RBI=0.0659468;REFB=-0.119483;REVB=-0.0645531;RO=1;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724579;STB=0.507691;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00272928;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:105:104:0.981132:65:40:0:1:64:40:0:2 chr11 122022927 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00453592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.748;QD=11.2669;RBI=0.0210737;REFB=-0.00631152;REVB=-0.0205798;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229882;STB=0.633672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.01242;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:22:14:12:8:22:14 chr11 122322268 . A C 402.58 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0175952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4317;QD=15.6342;RBI=0.0218217;REFB=-0.00296673;REVB=-0.0129073;RO=58;SAF=12;SAR=33;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206312;STB=0.616464;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00392604;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:33:12:26:32:33:12:26:32 chr11 122430682 . C A 398.84 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00975309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.694;QD=20.9915;RBI=0.00975898;REFB=-0.0219633;REVB=-0.000339116;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116187;STB=0.564188;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0145111;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:19:21:14:22:19:21:14:22 chr11 122665437 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.722;QD=60.0309;RBI=0.0213675;REFB=0;REVB=0.0204703;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15329e-05;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr11 122671963 . T A 1553.21 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.438;QD=62.7559;RBI=0.0302425;REFB=-0.105996;REVB=0.00796071;RO=1;SAF=41;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114277;STB=0.506023;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00105217;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:57:41:1:0:57:41:1:0 chr11 122681534 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00785975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.128;QD=23.8208;RBI=0.0228324;REFB=-0.00628355;REVB=0.0214369;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126138;STB=0.507036;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00337752;OID=.;OPOS=122681534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:8:9:12:10:8:9 chr11 122738261 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.913;QD=62.9829;RBI=0.0240382;REFB=0;REVB=0.00975409;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41193e-05;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr11 122742428 . T G 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687241;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.707;QD=57.1856;RBI=0.0689078;REFB=0;REVB=0.00502792;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623687;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 122805487 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0170883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.175;QD=15.0641;RBI=0.0208862;REFB=-0.0117605;REVB=-0.0120093;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217984;STB=0.623287;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.019711;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:13:22:11:16:13:22 chr11 122928621 . CA C,CG 399.26 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=8,20;DP=30;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831309,0.103961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.472,133.215;QD=55.0699;RBI=0.0831518,0.105519;REFB=0,0;REVB=0.00186313,-0.0180635;RO=0;SAF=8,9;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0197028,-0.00029427;OID=.,.;OPOS=122928622,122928622;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.931034:8,20:30:2,27:29:0:2,15:0,12:0:0:7:0:8,9:0,11:0:0 chr11 122929407 . T G 206.22 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0067122;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.045;QD=12.8889;RBI=0.0067295;REFB=-0.00348941;REVB=0.000482176;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20103;STB=0.606652;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00450273;OID=.;OPOS=122929407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:40:39:25:25:0.390625:18:7:18:22:18:7:17:22 chr11 122929624 . A G 1522.14 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00095702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.045;QD=61.5005;RBI=0.00742139;REFB=-0.0462456;REVB=-0.00735943;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-3.04714e-05;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:53:44:0:0:53:44:0:2 chr11 122930124 . ACAG ACAGCGAGT,GAGT 105.27 PASS AF=0.642857,0.214286;AO=8,3;DP=14;FAO=9,3;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6,3;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00155561,-0.0337944;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=215.474,174.723;QD=30.0774;RBI=0.00264194,0.0357772;REFB=-0.0206539,-0.0216021;REVB=-0.0021354,0.0117452;RO=2;SAF=5,3;SAR=3,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.218484,0.74993;STB=0.624715,0.995982;STBP=0.134,0.058;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00170455,0.00842872;OID=.,.;OPOS=122930128,122930124;OREF=-,ACAG;OALT=CGAGT,GAGT;OMAPALT=ACAGCGAGT,GAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:14:14:2:2:8,3:9,3:0.642857,0.214286:3,0:5,3:0:2:3,0:6,3:0:2 chr11 122943802 . T C 236.52 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00745437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.592;QD=19.71;RBI=0.0388033;REFB=-0.0124141;REVB=0.0380806;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24468;STB=0.642673;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0137005;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:16:16:0.333333:11:5:13:11:11:5:13:11 chr11 122955402 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0201356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.119;QD=20.8719;RBI=0.0214109;REFB=-0.0413826;REVB=-0.00727891;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638654;STB=0.535929;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0365322;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:9:11:10:11:9:11 chr11 123065683 . C T 825.01 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=139;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0477383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9824;QD=23.7412;RBI=0.0534093;REFB=-0.00759638;REVB=0.0239501;RO=62;SAF=36;SAR=41;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066315;STB=0.53619;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00724026;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:62:62:77:77:0.553957:41:36:24:38:41:36:24:38 chr11 123598941 . T C 2142.68 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228754;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.148;QD=63.02;RBI=0.025189;REFB=0;REVB=-0.0250849;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93811e-05;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:79:57:0:0:79:57:0:0 chr11 123676231 . G T 979.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.464;QD=58.4781;RBI=0.0398254;REFB=0;REVB=0.00542414;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368382;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:38:29:0:0 chr11 123753937 . A G 1499.58 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136941;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.677;QD=59.9833;RBI=0.0243712;REFB=0;REVB=0.0201601;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22939e-05;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr11 123754844 . T C 734.26 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.036;QD=61.1882;RBI=0.0365027;REFB=-0.157118;REVB=0.0349722;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00163814;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:21:26:0:1:21:26:0:1 chr11 123777497 . GC AT 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00413467;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.935;QD=17.3255;RBI=0.0200125;REFB=-0.0181037;REVB=0.0195808;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244683;STB=0.63968;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=0.0263525;OID=.;OPOS=123777497;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:10:15:7:13:10:15 chr11 123777536 . G A 261.71 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0114444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4234;QD=17.1615;RBI=0.0183623;REFB=-0.0286405;REVB=-0.0143596;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156619;STB=0.525406;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0365684;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:30:32:29:29:0.47541:14:15:15:15:14:15:15:17 chr11 123777736 . T C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0152974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.937;QD=25.5725;RBI=0.0154116;REFB=0.019599;REVB=0.00187279;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659176;STB=0.536555;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0160048;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:7:10:12:12:7:10 chr11 123777986 . T C 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0147713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.869;QD=16.6315;RBI=0.0154014;REFB=-0.00719653;REVB=0.00436024;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809551;STB=0.552208;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00870172;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:19:15:21:19:19:15:22:19 chr11 123778031 . G A 153.62 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0138243;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.092;QD=10.4147;RBI=0.0152253;REFB=0.00181858;REVB=-0.00637939;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90731e-08;STB=0.524677;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00415536;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:40:39:20:20:0.338983:9:11:22:18:9:11:20:19 chr11 123778173 . T G 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.103187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7067;QD=8.30666;RBI=0.112126;REFB=-0.00625101;REVB=-0.0438724;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.576735;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00649197;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:10:7:4:4:11:7 chr11 123813823 . G A 71.74 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0151101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.887;QD=11.479;RBI=0.0653234;REFB=-0.0338942;REVB=0.0635518;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0368175;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:25:14:15:10:10:0.4:6:4:5:9:6:4:5:10 chr11 123813940 . G C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0065283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.321;QD=13.5771;RBI=0.0598262;REFB=-0.0369125;REVB=-0.059469;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174255;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0291849;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:7:12:8:5:7:12 chr11 123814489 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0214982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.619;QD=14.6971;RBI=0.0302476;REFB=0.00458809;REVB=-0.0212778;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174422;STB=0.599906;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0046877;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:12:18:9:12:12:18 chr11 123886308 . A G 100.13 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0063164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8972;QD=5.56259;RBI=0.034343;REFB=-0.0148851;REVB=-0.0337571;RO=56;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380566;STB=0.739133;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0562625;OID=.;OPOS=123886308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:4:12:25:31:4:12:25:31 chr11 123886320 . A G 57.94 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.022493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.362;QD=3.21915;RBI=0.0243243;REFB=-0.0100686;REVB=-0.00925927;RO=60;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228659;STB=0.648854;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0518364;OID=.;OPOS=123886320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:60:61:11:11:0.152778:4:7:27:33:4:7:28:33 chr11 123886352 . T C 31.22 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0102693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.92;QD=2.40145;RBI=0.026301;REFB=-0.00441242;REVB=-0.0242133;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621912;STB=0.615021;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0463355;OID=.;OPOS=123886352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:38:46:6:6:0.115385:3:3:17:21:3:3:17:29 chr11 123886681 . A G 591.41 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0134544;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3951;QD=22.9672;RBI=0.0230922;REFB=-0.0119915;REVB=0.0187678;RO=45;SAF=27;SAR=31;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708115;STB=0.538708;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00909996;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:45:45:58:58:0.563107:31:27:17:28:31:27:17:28 chr11 123886865 . T A 427.53 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0186533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9869;QD=12.8581;RBI=0.0221478;REFB=-0.0163365;REVB=-0.0119407;RO=83;SAF=31;SAR=19;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614393;STB=0.534972;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0204761;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:83:83:50:50:0.37594:19:31:47:36:19:31:47:36 chr11 123886984 . A G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00807052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.45;QD=16.5645;RBI=0.00918193;REFB=0.00209916;REVB=-0.00437888;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910324;STB=0.550994;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00268717;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:22:16:16:32:22:16:16:32 chr11 123887164 . A C 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00282571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.02;QD=28.0213;RBI=0.0342641;REFB=-0.00476681;REVB=-0.0341474;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141668;STB=0.507807;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00361372;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:15:13:8:10:15:13:8:10 chr11 123887184 . T G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0336664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.196;QD=29.965;RBI=0.0350245;REFB=-0.0200771;REVB=0.00965836;RO=13;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998632;STB=0.50549;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00920334;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:15:10:5:8:15:10:5:8 chr11 123893801 . A G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0290597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.823;QD=1.61376;RBI=0.0314773;REFB=-0.000894614;REVB=0.0120977;RO=73;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172709;STB=0.645443;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00516483;OID=.;OPOS=123893801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:73:74:8:8:0.097561:6:2:28:45:6:2:29:45 chr11 123894119 . A G 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0296344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.684;QD=4.75427;RBI=0.0318613;REFB=-0.00224792;REVB=0.0117023;RO=56;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929723;STB=0.55924;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0130177;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:8:6:20:36:8:6:20:36 chr11 123894136 . A G 98.96 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0305938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.516;QD=5.34927;RBI=0.0396418;REFB=-0.00508524;REVB=0.0252089;RO=58;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973343;STB=0.560902;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0135122;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:58:58:16:16:0.216216:9:7:21:37:9:7:21:37 chr11 123909627 . T C 126.14 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00693466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.994;QD=10.9689;RBI=0.0582905;REFB=-0.0151072;REVB=-0.0578766;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935178;STB=0.578841;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0303985;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:29:31:15:15:0.326087:6:9:15:14:6:9:15:16 chr11 123909637 . G T 113.48 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0111248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.8;QD=9.65757;RBI=0.0507817;REFB=-0.00443612;REVB=-0.0495481;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202992;STB=0.632836;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00858917;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:5:9:15:17:5:9:15:18 chr11 123909695 . G C 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00717774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.73;QD=10.853;RBI=0.0168462;REFB=-0.00974231;REVB=0.0152405;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108458;STB=0.576852;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0169219;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:39:21:21:0.35:11:10:14:23:11:10:14:25 chr11 124095414 . C G 2869.01 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00833912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.316;QD=62.3698;RBI=0.0555176;REFB=-0.0301719;REVB=0.0548877;RO=1;SAF=95;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498541;STB=0.502618;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000775055;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:184:1:1:182:183:0.994565:87:95:1:0:88:95:1:0 chr11 124095525 . T C 1695.12 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.735;QD=60.5398;RBI=0.0255539;REFB=0;REVB=0.0183828;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51745e-05;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:47:65:0:0:47:65:0:0 chr11 124095647 . A C 1514.18 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766955;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4105;QD=63.7551;RBI=0.101456;REFB=0;REVB=0.0664164;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874816;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr11 124096122 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8526;QD=53.9105;RBI=0.0735601;REFB=0;REVB=0.0145458;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255172;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr11 124096195 . G A 221.04 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181496;FXX=0.09995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4497;QD=49.1207;RBI=0.0398093;REFB=0;REVB=0.0354312;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372072;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:18:0:0:16:18:1:10:6:0:0:11:7:0:0 chr11 124096247 . G A 527.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174548;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.426;QD=57.054;RBI=0.0184514;REFB=0.035048;REVB=0.0059821;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=2.79162e-05;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr11 124120821 . T C 1339.34 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6984;QD=62.2948;RBI=0.125515;REFB=0;REVB=0.122853;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509472;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:49:37:0:0 chr11 124252422 . G A 705.63 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.644;QD=62.7226;RBI=0.0156;REFB=0;REVB=0.00982528;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239303;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:41:45:1:21:20:0:0:21:24:0:0 chr11 124252718 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4509;QD=47.822;RBI=0.0507894;REFB=0;REVB=-0.049805;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166588;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 124252750 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.784;QD=43.4854;RBI=0.0246846;REFB=0;REVB=0.0221047;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285316;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr11 124252892 . A G 364.94 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1826;QD=52.1346;RBI=0.0558744;REFB=0.0170125;REVB=0.0445435;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00304058;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr11 124253147 . A G 803.17 PASS AF=0.752941;AO=64;DP=84;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0027357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.722;QD=37.7962;RBI=0.00856709;REFB=-0.0432127;REVB=0.00811856;RO=20;SAF=15;SAR=49;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149615;STB=0.576445;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0139057;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:20:21:64:64:0.752941:49:15:10:10:49:15:10:11 chr11 124253161 . G A 554.0 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0196082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3592;QD=33.0743;RBI=0.0196404;REFB=0.00661331;REVB=-0.00112401;RO=18;SAF=13;SAR=35;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726465;STB=0.533929;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00237347;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:18:19:48:48:0.716418:35:13:7:11:35:13:7:12 chr11 124253170 . G A 452.54 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0065801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.367;QD=30.6804;RBI=0.00791525;REFB=-0.0119328;REVB=-0.00439927;RO=18;SAF=13;SAR=28;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457248;STB=0.524824;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0059639;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:28:13:7:11:28:13:7:11 chr11 124253181 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.694;QD=57.1062;RBI=0.0327679;REFB=0;REVB=0.00339891;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89871e-05;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr11 124266906 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00631942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.242;QD=53.3623;RBI=0.00837291;REFB=-0.0586912;REVB=-0.00549277;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0062989;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr11 124266912 . A G 381.43 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.617;QD=50.8568;RBI=0.0410543;REFB=-0.00542216;REVB=0.0370994;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444442;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000232002;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:2:1:28:29:0.966667:15:13:1:1:15:14:0:1 chr11 124294236 . A G 289.51 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.019503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.182;QD=18.9844;RBI=0.025179;REFB=-0.03881;REVB=-0.0159252;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828672;STB=0.546046;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0300761;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:19:12:9:21:19:12:9:21 chr11 124294349 . C A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0102383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.567;QD=17.3782;RBI=0.0103602;REFB=-0.0159409;REVB=0.00158467;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327076;STB=0.691913;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0166023;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:5:5:9:2:5:5 chr11 124294377 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00622837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.014;QD=17.8275;RBI=0.0172043;REFB=0.00668571;REVB=0.0160373;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253906;STB=0.645157;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0101491;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:8:3:7:5:8:3 chr11 124294703 . T C 64.54 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.000246488;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.257;QD=8.90181;RBI=0.021526;REFB=-0.00478772;REVB=-0.0215246;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364049;STB=0.739278;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0103643;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:21:20:9:9:0.310345:7:2:11:10:7:2:11:9 chr11 124310622 . A G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0294767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.326;QD=12.8598;RBI=0.0352085;REFB=-0.00934315;REVB=0.0192552;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0369372;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr11 124413214 . T G 220.5 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00342578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.829;QD=21.5126;RBI=0.022077;REFB=-0.0025726;REVB=-0.0218096;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221153;STB=0.60274;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00160826;OID=.;OPOS=124413214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:6:15:9:10:7:15:9:10 chr11 124440617 . C T 1134.66 PASS AF=1;AO=67;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.998;QD=60.5149;RBI=0.059956;REFB=0;REVB=0.0265734;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368366;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:67:75:1:46:21:0:0:51:24:0:0 chr11 124493199 . C A 742.41 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00416095;FXX=0.00602373;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.064;QD=17.9979;RBI=0.0238957;REFB=-0.0218582;REVB=-0.0235307;RO=82;SAF=36;SAR=42;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555151;STB=0.543898;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0182634;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:165:82:87:78:78:0.472727:42:36:33:49:42:36:33:54 chr11 124742365 . G A 402.51 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0172718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.236;QD=16.7714;RBI=0.0172847;REFB=-0.0144422;REVB=-0.000668746;RO=54;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274769;STB=0.501542;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0250242;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:25:17:22:32:25:17:22:32 chr11 124747837 . G A 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00158276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.283;QD=15.3077;RBI=0.00829786;REFB=0.0063936;REVB=0.00814551;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782607;STB=0.504422;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0100829;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:22:24:18:16:22:24 chr11 124750447 . CCGGAGT C 94.11 PASS AF=0.52;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00239877;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=6;MLLD=231.681;QD=15.0581;RBI=0.0109781;REFB=-0.0282715;REVB=0.0107128;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270485;STB=0.633942;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=0.0208051;OID=.;OPOS=124750448;OREF=CGGAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:13:27:13:25:12:5:8:8:4:80:11:5:8:8:3 chr11 124766128 . A G 473.91 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00151523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.214;QD=16.3419;RBI=0.0338307;REFB=-0.0127942;REVB=-0.0337967;RO=61;SAF=20;SAR=32;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900985;STB=0.505616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0126394;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:64:52:52:0.448276:32:20:24:37:32:20:24:40 chr11 124766203 . C T 434.57 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00687142;FXX=0.0172399;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.24;QD=15.2482;RBI=0.00687603;REFB=-0.036007;REVB=0.000251897;RO=57;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100986;STB=0.52054;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0380839;OID=.;OPOS=124766203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:114:57:65:48:49:0.429825:30:18:16:41:30:19:23:42 chr11 124767067 . T C 100.47 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.115803;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6604;QD=25.1183;RBI=0.122571;REFB=-0.0541406;REVB=0.0401651;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.576329;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0177846;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:2:3:4:7:2:3 chr11 124767686 . G T 210.21 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=-0.00759693;FXX=0.0967586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.824;QD=15.0153;RBI=0.0242283;REFB=-0.0203924;REVB=-0.0230064;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289805;STB=0.678886;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0319355;OID=.;OPOS=124767686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:56:29:32:24:24:0.428571:11:13:24:5:11:13:27:5 chr11 124789755 . T C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6276;QD=60.8805;RBI=0.00962328;REFB=0;REVB=-0.00672912;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0693e-07;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr11 124793682 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.541;QD=60.9773;RBI=0.0784775;REFB=0;REVB=0.0783386;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592196;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr11 124947149 . G A 769.96 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451614;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.571;QD=64.1635;RBI=0.0473706;REFB=0;REVB=0.0142976;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015074;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr11 124947396 . A G 888.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180462;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.256;QD=58.261;RBI=0.018646;REFB=0;REVB=0.00469138;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5289e-05;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr11 124951311 . T C 1088.74 PASS AF=0.866667;AO=50;DP=91;FAO=78;FDP=90;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0120832;FXX=0.0109878;HRUN=9;LEN=1;MLLD=226.548;QD=48.3884;RBI=0.0211107;REFB=-0.0248619;REVB=-0.0173106;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534875;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00178333;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:90:0:12:50:78:0.866667:14:36:0:0:32:46:4:8 chr11 124955032 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4141;QD=59.0182;RBI=0.0734973;REFB=0;REVB=0.0731603;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754661;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr11 124972208 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.55;QD=64.4151;RBI=0.0140958;REFB=0;REVB=0.0138108;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23111e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 124972518 . A G 1211.73 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9231;QD=59.8385;RBI=0.081206;REFB=-0.0955674;REVB=0.0760439;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00146523;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:1:1:78:80:0.987654:37:41:0:1:39:41:0:1 chr11 124972522 . T C 1222.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000872579;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.43;QD=61.1392;RBI=0.0433358;REFB=0;REVB=0.043327;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19451e-05;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr11 125301192 . AGAG A 60.12 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0159495;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.642;QD=14.1469;RBI=0.0160381;REFB=-0.0187084;REVB=-0.00168386;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.682379;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0265866;OID=.;OPOS=125301193;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:16:8:17:9:7:1:6:3:59:7:6:1:6:1 chr11 125301587 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.337;QD=60.2035;RBI=0.0608115;REFB=0;REVB=-0.0598319;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154616;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:42:31:0:0 chr11 125351472 . A T 96.09 PASS AF=0.295455;AO=11;DP=42;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00442223;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.804;QD=8.73502;RBI=0.0220018;REFB=-0.0264484;REVB=0.0215528;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265126;STB=0.697348;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0880094;OID=.;OPOS=125351472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:42:44:31:31:11:13:0.295455:8:3:15:16:10:3:15:16 chr11 125365285 . T C 243.11 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0100391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.706;QD=20.2589;RBI=0.014288;REFB=-0.0144132;REVB=0.0101667;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151672;STB=0.562232;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0133401;OID=.;OPOS=125365285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:24:23:24:0.5:13:10:15:10:13:11:14:10 chr11 125452300 . A AC 503.93 PASS AF=1;AO=46;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6171;QD=38.0321;RBI=0.100597;REFB=0;REVB=-0.0251782;RO=3;SAF=16;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00291093;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:51:53:53:0:21:32:0:0:9:3:16:30:3:0 chr11 125525195 . A G 2102.6 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381445;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.855;QD=62.7643;RBI=0.00490104;REFB=0;REVB=-0.00307736;RO=0;SAF=70;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11471e-05;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:134:0:0:133:134:1:63:70:0:0:64:70:0:0 chr11 125648503 . G A 923.16 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786419;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.46;QD=58.6134;RBI=0.0787068;REFB=0;REVB=0.00319598;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303437;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr11 125707761 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.058;QD=57.2377;RBI=0.0727781;REFB=0;REVB=0.0609282;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315288;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 125708198 . C T 788.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380858;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.777;QD=64.3591;RBI=0.0413536;REFB=0;REVB=0.016112;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1851e-05;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:20:27:0:0:21:28:0:0 chr11 125763746 . C G 2354.07 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5715;QD=63.1966;RBI=0.0465597;REFB=-0.0704557;REVB=0.0374051;RO=0;SAF=69;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000713168;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:0:1:147:148:0.993289:78:69:0:0:78:70:0:1 chr11 125766044 . C A 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.252;QD=57.3801;RBI=0.0129486;REFB=0;REVB=0.010783;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54239e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr11 125766173 . A C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.406;QD=62.3492;RBI=0.0445531;REFB=0;REVB=0.013522;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250634;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr11 125770425 . A C 1021.89 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00625488;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.924;QD=56.7718;RBI=0.0274292;REFB=-0.143195;REVB=0.0267065;RO=2;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225042;STB=0.511901;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00162318;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:41:29:0:2:41:29:0:2 chr11 125788678 . T C 2389.76 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.49;QD=60.8857;RBI=0.0496909;REFB=0;REVB=0.00875378;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10456e-05;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:80:76:0:0:81:76:0:0 chr11 125830697 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4096;QD=64.415;RBI=0.012443;REFB=0;REVB=0.00892597;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213267;OID=.;OPOS=125830697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 125830970 . A T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.056;QD=59.143;RBI=0.0380407;REFB=0;REVB=0.03574;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012179;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr11 125831701 . G A 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=70;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0525915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6714;QD=57.8332;RBI=0.0579345;REFB=0.0342397;REVB=-0.0243011;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00163666;OID=.;OPOS=125831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:70:69:0.985714:38:32:0:0:37:32:0:1 chr11 125848261 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.981;QD=49.5992;RBI=0.0168884;REFB=0;REVB=0.00276511;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08837e-05;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 125885001 . C A 248.69 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0148412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4894;QD=14.6287;RBI=0.0764007;REFB=-0.018443;REVB=-0.0749454;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263318;STB=0.634349;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0240747;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:39:28:29:0.426471:18:10:24:15:18:11:24:15 chr11 125889526 . C T 510.16 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0124822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1583;QD=23.7285;RBI=0.0333031;REFB=0.00511663;REVB=0.0308754;RO=38;SAF=33;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972929;STB=0.553548;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.003309;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:15:33:22:16:15:33:22:16 chr11 125891269 . C T 364.01 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.000328469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.482;QD=13.482;RBI=0.00529737;REFB=0.00866139;REVB=-0.00528718;RO=65;SAF=17;SAR=26;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389549;STB=0.522078;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0148741;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:26:17:28:37:26:17:28:37 chr11 126045822 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0184598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8;QD=15.6193;RBI=0.0309561;REFB=0.000769163;REVB=-0.0248499;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152329;STB=0.508762;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00263388;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:8:17:12:6:8:17 chr11 126074192 . A G 429.23 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0172684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.5009;QD=19.7347;RBI=0.0240937;REFB=-0.0144445;REVB=-0.0168021;RO=44;SAF=18;SAR=25;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958263;STB=0.553049;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0137591;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:25:18:14:30:25:18:14:30 chr11 126081403 . T C 1288.88 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622484;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.819;QD=62.1146;RBI=0.0108837;REFB=0;REVB=-0.00892786;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68804e-06;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr11 126135973 . C T 527.51 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0340686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.591;QD=20.8916;RBI=0.0343159;REFB=-0.0155595;REVB=-0.00411234;RO=48;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932417;STB=0.551368;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0112312;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:30:23:26:22:30:23:26:22 chr11 126139100 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.177;QD=57.1775;RBI=0.0409534;REFB=0;REVB=0.0358393;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183514;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr11 126139313 . T A 1038.75 PASS AF=0.973684;AO=71;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.057249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4596;QD=54.6708;RBI=0.0774499;REFB=-0.189755;REVB=-0.0521636;RO=3;SAF=39;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034992;STB=0.511625;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0119512;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:3:2:71:74:0.973684:32:39:3:0:32:42:2:0 chr11 126141551 . C T 321.22 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0347051;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3852;QD=18.6215;RBI=0.0351964;REFB=-0.0392034;REVB=-0.00586;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421983;STB=0.523546;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0365675;OID=.;OPOS=126141551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:14:20:19:16:14:20:19:16 chr11 126151545 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000857127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=361.313;QD=16.7551;RBI=0.00839222;REFB=-0.00785412;REVB=0.00834833;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461679;STB=0.526122;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00798858;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:13:15:14:10:13:15 chr11 126162468 . G A 66.77 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0560203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2598;QD=12.7187;RBI=0.10942;REFB=-0.0125171;REVB=-0.0939916;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0426151;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:4:5:8:3:4:5:8:4 chr11 126164157 . C G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0121116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.576;QD=10.885;RBI=0.0129264;REFB=-0.0454702;REVB=-0.00451675;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510522;STB=0.804666;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0355024;OID=.;OPOS=126164157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:11:4:7:2:11:4 chr11 126174038 . C T 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0248396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.197;QD=19.407;RBI=0.0322682;REFB=-0.00855529;REVB=0.0205969;RO=28;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116572;STB=0.506489;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00479033;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:10:20:19:9:10:20:19:9 chr11 126174164 . C T 170.3 PASS AF=0.45;AO=13;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00592164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7367;QD=17.0299;RBI=0.166937;REFB=-0.0329016;REVB=0.166832;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263461;STB=0.701476;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0503205;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:13:18:0.45:8:5:14:8:13:5:14:8 chr11 126176578 . G A 1301.72 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.236;QD=61.9866;RBI=0.0585099;REFB=0;REVB=-0.0562443;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50318e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr11 126201403 . T C 151.93 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0636618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3694;QD=13.5045;RBI=0.0672829;REFB=0.01804;REVB=-0.0217752;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693722;STB=0.540422;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0198862;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:15:13:9:8:15:13 chr11 126228403 . G C 631.05 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0106046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.406;QD=26.8534;RBI=0.010937;REFB=-0.0135706;REVB=-0.002676;RO=37;SAF=25;SAR=31;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103498;STB=0.500384;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00961295;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:38:56:56:0.595745:31:25:16:21:31:25:17:21 chr11 126277216 . C T 292.07 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0229362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.466;QD=15.1726;RBI=0.0236308;REFB=-0.0135498;REVB=0.00568735;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126627;STB=0.564667;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.011201;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:44:33:33:0.428571:15:18:18:25:15:18:19:25 chr11 126278075 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00890507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.193;QD=25.3397;RBI=0.0193383;REFB=-0.0179296;REVB=-0.017166;RO=20;SAF=5;SAR=26;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489602;STB=0.527009;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0121859;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:26:5:4:16:26:5:4:16 chr11 126278203 . T C 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00708046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.929;QD=16.0894;RBI=0.0131088;REFB=-0.0322781;REVB=-0.0110321;RO=50;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121296;STB=0.568147;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0341421;OID=.;OPOS=126278203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:19:19:19:31:19:19:19:31 chr11 126294817 . G A 478.31 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225815;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4921;QD=57.9774;RBI=0.0660562;REFB=-0.01647;REVB=0.0620765;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 126310299 . T C 236.1 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0390761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.098;QD=20.5308;RBI=0.0417117;REFB=-0.030025;REVB=-0.0145921;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207967;STB=0.594955;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0185638;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:16:6:11:12:16:7:11:12 chr11 126858392 . A G 146.54 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0306023;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0672;QD=10.4673;RBI=0.043107;REFB=-0.00142604;REVB=0.0303597;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120814;STB=0.581666;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00402947;OID=.;OPOS=126858392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:37:19:19:0.339286:9:10:24:14:9:10:24:13 chr11 126858406 . A T 132.42 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0286807;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.148;QD=9.99357;RBI=0.0392637;REFB=-0.0188917;REVB=-0.0268153;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252317;STB=0.631433;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0237375;OID=.;OPOS=126858406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:36:17:17:0.320755:9:8:23:10:9:8:24:12 chr11 126870418 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0280817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.94;QD=16.8736;RBI=0.0447868;REFB=-0.0243482;REVB=-0.0348895;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1182;STB=0.578868;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0312662;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:12:8:13:12:12:8:14:12 chr11 126968477 . C T 763.94 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.024761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.273;QD=20.2368;RBI=0.024775;REFB=-0.0105052;REVB=-0.00083088;RO=74;SAF=34;SAR=43;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100331;STB=0.555159;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0120334;OID=.;OPOS=126968477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:74:77:77:0.509934:43:34:41:33:43:34:41:33 chr11 127277853 . G A 1602.87 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307925;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7175;QD=59.3656;RBI=0.072089;REFB=0;REVB=0.0651816;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416733;OID=.;OPOS=127277853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:104:108:1:54:50:0:0:58:50:0:0 chr11 128333503 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7917;QD=59.0186;RBI=0.0487246;REFB=0;REVB=0.0249257;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133081;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 128638216 . TGG CTG,T,TG 610.58 PASS AF=0,0,1;AO=3,16,51;DP=82;FAO=0,0,78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,47;FSAR=0,0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162962,-0.0129207,-0.0289543;FXX=0.0487745;HRUN=1,7,7;LEN=2,2,1;MLLD=10.492,8.95583,9.82525;QD=31.3118;RBI=0.130782,0.144598,0.280068;REFB=0.0571176,0.0713357,0.0507105;REVB=-0.129762,-0.14402,-0.278567;RO=7;SAF=3,7,33;SAR=0,9,18;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.649962,-0.0736045,0.0186065;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.0387631,-0.0090468;OID=.,.,.;OPOS=128638216,128638217,128638217;OREF=TG,GG,G;OALT=CT,-,-;OMAPALT=CTG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:82:78:7:0:3,16,51:0,0,78:0,0,1:0,9,18:3,7,33:4:3:0,0,31:0,0,47:0:0 chr11 128781339 . T C 536.21 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0153009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.987;QD=17.4378;RBI=0.0153831;REFB=0.000372232;REVB=-0.00158786;RO=66;SAF=23;SAR=34;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123586;STB=0.568767;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00041624;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:34:23:35:31:34:23:35:31 chr11 128781978 . T G 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.0237472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5147;QD=15.7796;RBI=0.0249593;REFB=0.00493851;REVB=0.00768369;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336454;STB=0.693215;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00817314;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:24:4:11:12:25:4 chr11 128782002 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00792937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.802;QD=15.6538;RBI=0.00798059;REFB=-0.0283814;REVB=-0.000902721;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245832;STB=0.637833;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0168274;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:24:8:13:13:24:8 chr11 128782012 . C G 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5964;QD=58.2366;RBI=0.029876;REFB=0;REVB=0.0190181;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186089;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr11 128814046 . C T 348.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00414541;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.268;QD=16.5715;RBI=0.00575492;REFB=-0.0112743;REVB=-0.00399183;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147597;STB=0.583019;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0169225;OID=.;OPOS=128814046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:47:37:37:0.440476:15:22:21:26:15:22:21:26 chr11 128868239 . T C 1069.07 PASS AF=0.925926;AO=74;DP=80;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0110157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.644;QD=52.7938;RBI=0.0110431;REFB=-0.00624685;REVB=0.000776707;RO=6;SAF=48;SAR=26;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481652;STB=0.525744;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00118385;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:80:81:6:6:74:75:0.925926:26:48:2:4:26:49:2:4 chr11 129072915 . C G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4638;QD=55.6552;RBI=0.0541143;REFB=0;REVB=-0.0206677;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175898;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 129312660 . C T 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00019992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5172;QD=16.503;RBI=0.000593093;REFB=-0.00263178;REVB=-0.000558383;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591297;STB=0.533308;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0028836;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:18:12:12:14:18:12 chr11 129722553 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0159165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.596;QD=16.5273;RBI=0.0210588;REFB=0.000554294;REVB=0.013789;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12143;STB=0.568723;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.000622756;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:14:15:16:9:14:15 chr11 129729775 . C T 37.38 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0369458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.007;QD=8.79586;RBI=0.0685612;REFB=-0.011974;REVB=-0.0577551;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0527043;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr11 129746707 . G T 767.98 PASS AF=0.625;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.000855467;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.807;QD=27.4277;RBI=0.0239517;REFB=-0.0172452;REVB=0.0239364;RO=42;SAF=40;SAR=30;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120189;STB=0.564969;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0101255;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:42:42:70:70:0.625:30:40:31:11:30:40:31:11 chr11 129754644 . A G 592.04 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.817;QD=59.204;RBI=0.0213492;REFB=0;REVB=-0.0117044;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933023;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:20:18:0:0:20:20:0:0 chr11 129758327 . G A 227.62 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00599628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.453;QD=13.795;RBI=0.00733261;REFB=-0.0113471;REVB=-0.00422041;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26492;STB=0.635664;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0118857;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:10:16:14:25:11:16:14:25 chr11 129775599 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6582;QD=60.9784;RBI=0.0323652;REFB=0;REVB=0.0224658;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01064e-06;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr11 129785615 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.803;QD=59.1432;RBI=0.011837;REFB=0;REVB=0.0100364;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48236e-05;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr11 129801043 . C T 2620.17 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5253;QD=62.0159;RBI=0.0554801;REFB=0;REVB=0.0339589;RO=0;SAF=72;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14291e-05;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:97:72:0:0:97:72:0:0 chr11 129830796 . C T 116.23 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0151931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5627;QD=11.3394;RBI=0.0279493;REFB=0.00115931;REVB=0.0234592;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764117;STB=0.535265;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00122629;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:9:5:11:15:9:5:11:16 chr11 129873028 . C T 649.85 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.0393761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3356;QD=15.4726;RBI=0.0393761;REFB=-0.0320353;REVB=-5.32716e-05;RO=96;SAF=20;SAR=52;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139294;STB=0.578198;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0384255;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:96:96:72:72:0.428571:52:20:38:58:52:20:38:58 chr11 130066335 . C T 199.58 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0240079;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=24.947;RBI=0.0244756;REFB=0.00454617;REVB=0.00476207;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229686;STB=0.636239;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00323067;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:19:19:0.59375:12:7:1:11:12:7:1:12 chr11 130068491 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00748782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.562;QD=16.1722;RBI=0.00819894;REFB=-0.0210568;REVB=-0.00333995;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243716;STB=0.638729;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.02116;OID=.;OPOS=130068491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:5:15:8:8:5:15 chr11 130271678 . T G 249.59 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0211121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.81;QD=18.4883;RBI=0.0331806;REFB=-0.00663494;REVB=0.0255976;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066439;STB=0.537163;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0047029;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:16:11:13:14:16:11 chr11 130281488 . G A 679.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245459;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.746;QD=63.2016;RBI=0.0401964;REFB=0;REVB=0.0318316;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109462;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr11 130297748 . G C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00501448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.848;QD=24.2038;RBI=0.0128389;REFB=-0.0246955;REVB=0.0118191;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238389;STB=0.633989;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0196068;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:7:5:13:5:7:5 chr11 130340962 . A G 735.28 PASS AF=0.529851;AO=70;DP=133;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0121915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.207;QD=21.9486;RBI=0.0142957;REFB=-0.0269414;REVB=-0.00746551;RO=63;SAF=43;SAR=27;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527109;STB=0.524383;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0270931;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:63:63:70:71:0.529851:27:43:35:28:28:43:35:28 chr11 130780225 . C A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3448;QD=56.0079;RBI=0.0742012;REFB=-0.12127;REVB=0.00584562;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00332408;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:25:35:1:0:25:35:1:0 chr11 131531000 . T C 1931.7 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.496;QD=61.324;RBI=0.0216803;REFB=0;REVB=-0.00400511;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46563e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:118:126:0:0:118:126:1:60:58:0:0:65:61:0:0 chr11 131531015 . T G 2124.55 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.498;QD=62.0307;RBI=0.0189233;REFB=0.100042;REVB=-0.00227311;RO=1;SAF=70;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674303;STB=0.503546;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=1.32454e-05;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:66:70:1:0:66:70:1:0 chr11 131531223 . A G 1171.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9212;QD=60.8794;RBI=0.00399396;REFB=0;REVB=0.00265973;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87415e-06;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr11 131531564 . A T 1541.88 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0112825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.831;QD=57.6404;RBI=0.0433802;REFB=-0.0836447;REVB=-0.0418874;RO=2;SAF=50;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000689431;STB=0.500267;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000238331;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:2:2:104:105:0.981308:54:50:1:1:54:51:1:1 chr11 131531720 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.878;QD=57.0006;RBI=0.0158511;REFB=0;REVB=-0.0111427;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31185e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr11 131532540 . C G 213.34 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0148847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.699;QD=18.1567;RBI=0.0269458;REFB=-0.0122784;REVB=0.0224617;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135467;STB=0.585578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.021736;OID=.;OPOS=131532540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:21:22:0.468085:13:8:13:12:14:8:13:12 chr11 132177633 . A C 2032.73 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963466;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.972;QD=62.5457;RBI=0.0145096;REFB=0;REVB=0.010849;RO=0;SAF=48;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021726;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:126:130:1:78:48:0:0:80:50:0:0 chr11 132289761 . G A 358.05 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0639494;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0455;QD=14.1802;RBI=0.0647514;REFB=-0.00391503;REVB=0.0101595;RO=60;SAF=27;SAR=14;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256068;STB=0.64498;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00862543;OID=.;OPOS=132289761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:14:27:25:35:14:27:25:35 chr11 133714522 . G A 214.7 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0252018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6286;QD=20.946;RBI=0.0289035;REFB=-0.0120094;REVB=0.014152;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518501;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0127725;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:14:6:6:14:14:7:6:14 chr11 133814191 . A G 783.6 PASS AF=0.52;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0206892;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.88;QD=20.8959;RBI=0.0214191;REFB=-0.00659843;REVB=-0.00554396;RO=72;SAF=45;SAR=33;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175605;STB=0.596306;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00557052;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:72:72:78:78:0.52:33:45:27:45:33:45:27:45 chr11 133815981 . C G 61.1 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00657834;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.946;QD=6.26704;RBI=0.00734596;REFB=-0.00237981;REVB=0.00326933;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802911;STB=0.593016;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0115806;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:30:30:8:9:0.230769:4:4:17:13:5:4:17:13 chr11 134018656 . T C 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.132;QD=62.463;RBI=0.0275103;REFB=0;REVB=0.0186719;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192598;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr11 134019112 . G T 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0273746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.63;QD=14.0533;RBI=0.0277148;REFB=-0.00816436;REVB=0.00432931;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203737;STB=0.624395;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.013106;OID=.;OPOS=134019112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:19:15:16:9:20:15 chr11 134020938 . T G 832.97 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.0041344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.873;QD=20.3164;RBI=0.0407476;REFB=-0.0174268;REVB=0.0405373;RO=80;SAF=37;SAR=47;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105724;STB=0.557914;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0142434;OID=.;OPOS=134020938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:80:80:84:84:0.512195:47:37:26:54:47:37:26:54 chr11 134021477 . G T 425.4 PASS AF=0.525;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0104562;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.395;QD=21.2701;RBI=0.0252897;REFB=-0.0196004;REVB=-0.0230268;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808502;STB=0.544577;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.019175;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:38:42:42:0.525:17:25:26:12:17:25:26:12 chr11 134022388 . T A 343.61 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00907193;FXX=0.0120467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.0649;QD=16.7614;RBI=0.0321175;REFB=-0.0424076;REVB=-0.0308096;RO=37;SAF=11;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565208;STB=0.529054;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0220073;OID=.;OPOS=134022388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:44:37:38:0.463415:26:11:13:24:26:12:16:28 chr11 134047243 . T C 482.81 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.00190449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9828;QD=14.6307;RBI=0.0169024;REFB=0.0151433;REVB=-0.0167948;RO=77;SAF=26;SAR=28;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179892;STB=0.595891;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0217837;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:78:54:54:0.409091:28:26:24:53:28:26:25:53 chr11 134151975 . G C 1650.62 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.101;QD=60.0225;RBI=0.0524639;REFB=0;REVB=0.0507853;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88813e-05;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:104:110:1:46:58:0:0:52:58:0:0 chr11 134158745 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0345376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.264;QD=9.85714;RBI=0.0351274;REFB=-0.0040562;REVB=-0.00641003;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994615;STB=0.54183;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00547585;OID=.;OPOS=134158745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:41:20:20:0.327869:11:9:21:18:11:9:21:20 chr11 134182375 . G A 1498.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204996;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.766;QD=63.7686;RBI=0.0478753;REFB=0;REVB=0.0432644;RO=0;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00858e-05;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:63:31:0:0:63:31:0:0 chr11 134208765 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0296673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.838;QD=16.4438;RBI=0.0296795;REFB=-0.00106082;REVB=0.000852615;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192674;STB=0.589653;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00201898;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:12:7:15:12:12:8:15:12 chr11 134208908 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0179136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.474;QD=23.3998;RBI=0.0210642;REFB=-0.0048045;REVB=0.0110818;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203264;STB=0.615125;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00227973;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:3:0:3:5:3:0 chr11 134226278 . C T 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0357417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.789;QD=16.9239;RBI=0.0357481;REFB=-0.0149341;REVB=-0.000679269;RO=55;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158882;STB=0.508874;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0161704;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:25:21:26:29:25:21:26:29 chr11 134244123 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.391;QD=58.0611;RBI=0.0280387;REFB=0;REVB=0.020657;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91326e-05;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr11 134249321 . T C 1328.51 PASS AF=1;AO=64;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184173;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.368;QD=61.7912;RBI=0.069906;REFB=0;REVB=0.0674363;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491723;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:86:0:0:64:86:1:23:41:0:0:45:41:0:0 chr12 78795 . C G 68.79 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0339194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8552;QD=15.2864;RBI=0.0402355;REFB=0.00600895;REVB=0.0216419;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0121657;OID=.;OPOS=78795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:5:4:6:3:5:4 chr12 90914 . C T 448.01 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00142211;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.95;QD=14.1104;RBI=0.040594;REFB=-0.0154583;REVB=0.0405691;RO=76;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386752;STB=0.502183;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0277275;OID=.;OPOS=90914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:76:76:51:51:0.401575:28:23:34:42:28:23:34:42 chr12 92920 . C G 59.06 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0838479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.421;QD=2.71556;RBI=0.0840834;REFB=-0.00517336;REVB=-0.00628878;RO=75;SAF=11;SAR=1;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523317;STB=0.880278;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.056352;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:1:11:41:34:1:11:41:34 chr12 235022 . C T 610.54 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00508368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.112;QD=56.7944;RBI=0.0146173;REFB=-0.144334;REVB=0.0137048;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.51999;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000808198;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:17:24:1:0:17:24:2:0 chr12 274647 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00589732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.609;QD=17.7162;RBI=0.00724376;REFB=-0.00673576;REVB=-0.00420638;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100837;STB=0.556289;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00823579;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:19:18:16:26:19:18:16:26 chr12 280349 . C A 866.59 PASS AF=0.508772;AO=87;DP=170;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00913418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9924;QD=20.2712;RBI=0.0096911;REFB=-0.00966453;REVB=0.00323791;RO=83;SAF=40;SAR=47;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732639;STB=0.543124;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00935685;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:83:84:87:87:0.508772:47:40:45:38:47:40:46:38 chr12 284058 . T C 669.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9261;QD=62.2565;RBI=0.089453;REFB=0;REVB=0.00941251;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446294;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:32:7:0:0:33:10:0:0 chr12 311949 . A G 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.030744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5115;QD=19.0774;RBI=0.0496672;REFB=0.000170901;REVB=-0.0390082;RO=31;SAF=9;SAR=23;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626038;STB=0.534745;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000340421;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:23:9:7:24:23:9:7:24 chr12 393500 . TT AA,TA 548.73 PASS AF=0.0677966,0.813559;AO=5,14;DP=58;FAO=4,48;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=2,18;FSAR=2,30;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0800536,-0.146225;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=2,1;MLLD=16.3798,19.5517;QD=37.2022;RBI=0.0817748,0.151456;REFB=-0.0780327,-0.179532;REVB=-0.0166897,-0.0394601;RO=1;SAF=4,5;SAR=1,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0951258,-0.0824047;STB=0.545229,0.507243;STBP=0.91,0.796;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0409209,0.0175605;OID=.,.;OPOS=393500,393501;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:58:59:1:7:5,14:4,48:0.0677966,0.813559:1,9:4,5:1:0:2,30:2,18:3:4 chr12 406292 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.17;QD=62.6146;RBI=0.0155519;REFB=0;REVB=0.0108521;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30193e-07;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr12 427575 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.735;QD=57.0007;RBI=0.0115538;REFB=0;REVB=0.00918672;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02573e-05;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr12 547606 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00668724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.066;QD=13.486;RBI=0.00706254;REFB=0.00283782;REVB=0.00227162;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00118692;OID=.;OPOS=547606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chr12 662448 . T C 2351.95 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.147;QD=61.0896;RBI=0.0217081;REFB=0;REVB=0.0193432;RO=0;SAF=69;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75176e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:85:69:0:0:85:69:0:0 chr12 675173 . G C 123.85 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0646473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.322;QD=8.69144;RBI=0.0706544;REFB=-0.0179405;REVB=-0.0285092;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176304;STB=0.602537;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.057068;OID=.;OPOS=675173;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:37:40:17:17:0.298246:10:7:10:27:10:7:11:29 chr12 862989 . T C 1442.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4712;QD=62.7107;RBI=0.0350523;REFB=0;REVB=-0.0168873;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370282;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:46:45:0:0:46:46:0:0 chr12 863152 . G A 204.46 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0258269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.996;QD=22.7175;RBI=0.0399898;REFB=-0.0164343;REVB=0.0305312;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0104251;OID=.;OPOS=863152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:6:10:10:10:6:10 chr12 890356 . T C 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0108493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.096;QD=9.19081;RBI=0.0167429;REFB=-0.00764264;REVB=0.0127521;RO=44;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269098;STB=0.658384;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0166048;OID=.;OPOS=890356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:12:8:28:16:12:8:28:16 chr12 939302 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.941;QD=48.7373;RBI=0.0210719;REFB=0;REVB=0.0169254;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320013;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr12 960915 . C G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00640242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.793;QD=17.3195;RBI=0.015035;REFB=-0.00417134;REVB=0.0136036;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0116988;OID=.;OPOS=960915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:10:8:8:8:10:8 chr12 968489 . T C 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0192535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.289;QD=23.086;RBI=0.0314616;REFB=-0.031064;REVB=-0.0248824;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185057;STB=0.614762;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00593002;OID=.;OPOS=968489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:18:22:22:0.55:9:13:6:11:9:13:6:12 chr12 974326 . G C 308.74 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0129908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.733;QD=18.4324;RBI=0.0133168;REFB=-0.0284633;REVB=-0.0029286;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698564;STB=0.522199;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0236415;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:34:34:31:33:0.492537:16:15:19:15:16:17:19:15 chr12 974404 . T C 311.28 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126934;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.899;QD=54.1363;RBI=0.128307;REFB=0;REVB=0.0187138;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105487;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:19:2:0:0:18:5:0:0 chr12 987482 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.396;QD=52.6132;RBI=0.0286239;REFB=0;REVB=-0.0232039;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049099;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr12 990912 . A C 266.06 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00206785;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.944;QD=15.2033;RBI=0.00229777;REFB=-0.00574449;REVB=-0.00100186;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664335;STB=0.538362;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00489166;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:40:30:30:0.428571:13:17:19:19:13:17:20:20 chr12 993930 . C T 322.88 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0452477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1203;QD=28.0767;RBI=0.0454105;REFB=-0.0204298;REVB=0.00384228;RO=17;SAF=7;SAR=21;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701156;STB=0.545424;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0156674;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:21:7:3:14:21:7:3:15 chr12 994014 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000618253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.838;QD=9.8217;RBI=0.00134393;REFB=-0.0156345;REVB=0.00119327;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340093;STB=0.710096;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0246626;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:9:2:10:13:9:2:10:13 chr12 994487 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.746;QD=58.7817;RBI=0.0114993;REFB=0;REVB=-0.00763632;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13445e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr12 1017197 . C T 168.43 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.807;QD=44.9143;RBI=0.0452646;REFB=0;REVB=-0.0196921;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509065;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:2:12:0:0:2:13:0:0 chr12 1590013 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00260702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.174;QD=24.0275;RBI=0.0198607;REFB=-0.00585166;REVB=-0.0196889;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139114;STB=0.578826;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0031911;OID=.;OPOS=1590013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:3:11:5:3:3:11:5:3 chr12 1590069 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0293833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5797;QD=16.3854;RBI=0.0340935;REFB=-0.0113365;REVB=-0.0172913;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219741;STB=0.631235;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0320724;OID=.;OPOS=1590069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:6:2:1:8:6:2 chr12 1902766 . T G 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.68;QD=59.2287;RBI=0.0182659;REFB=0.165775;REVB=-0.00874935;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.503759;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000191949;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:66:44:0:0:66:44:0:1 chr12 1995403 . T C 1572.61 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.791;QD=59.909;RBI=0.0501651;REFB=0;REVB=0.0429203;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5429e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:41:64:0:0:41:64:0:0 chr12 2061956 . G A 259.32 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0178541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.933;QD=14.2092;RBI=0.0370704;REFB=-0.0264347;REVB=0.0324876;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545428;STB=0.520534;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0304193;OID=.;OPOS=2061956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:14:15:20:23:15:15:20:23 chr12 2062323 . T TTGC 208.46 PASS AF=0.350649;AO=21;DP=97;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00211478;FXX=0.0609682;HRUN=2;LEN=3;MLLD=144.215;QD=10.8288;RBI=0.00289711;REFB=-0.0742613;REVB=0.00198014;RO=75;SAF=6;SAR=15;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27054;STB=0.521723;STBP=0.773;TYPE=ins;VARB=0.130163;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350649:21:97:27:77:50:11:16:22:28:99:75:6:15:37:38 chr12 2750919 . A G 445.81 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00115815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.102;QD=13.9317;RBI=0.0170796;REFB=-0.008857;REVB=0.0170403;RO=77;SAF=11;SAR=40;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272574;STB=0.655671;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0103909;OID=.;OPOS=2750919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:51:51:0.398438:40:11:33:44:40:11:33:44 chr12 2788879 . G A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0299158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.323;QD=14.8054;RBI=0.0368978;REFB=-0.0200995;REVB=0.0215985;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201954;STB=0.61358;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0260056;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:20:18:16:40:20:18:16:40 chr12 2791130 . C T 230.66 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0167208;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.631;QD=11.9824;RBI=0.0172736;REFB=-0.00220659;REVB=0.0043349;RO=49;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172897;STB=0.600123;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00288639;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:49:28:28:0.363636:9:19:26:23:9:19:26:23 chr12 2791132 . A G 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0249272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.87;QD=12.1825;RBI=0.0270009;REFB=0.00127962;REVB=-0.0103769;RO=50;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154771;STB=0.589353;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00302757;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:10:19:26:24:10:19:26:24 chr12 2791205 . A G 1227.83 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.9;QD=59.894;RBI=0.0254263;REFB=-0.113403;REVB=0.0193872;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000258684;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:36:44:1:0:36:45:1:0 chr12 2801469 . C CT 62.86 PASS AF=0.344828;AO=17;DP=63;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00463701;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3236;QD=4.33538;RBI=0.130218;REFB=0.0162301;REVB=-0.130135;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537999;STB=0.519212;STBP=0.841;TYPE=ins;VARB=-0.0718165;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:17:63:20:58:38:9:11:16:22:62:40:8:9:17:23 chr12 2968458 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8521;QD=57.2008;RBI=0.095661;REFB=0;REVB=-0.0315058;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00263208;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 2973615 . T C 277.7 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00358047;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.748;QD=20.5702;RBI=0.0368938;REFB=-0.00755933;REVB=0.0367197;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185241;STB=0.603021;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00764643;OID=.;OPOS=2973615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:15:10:18:11:15:10 chr12 2996174 . A G 1317.25 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00927992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.332;QD=59.875;RBI=0.0116161;REFB=-0.131411;REVB=0.00698687;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000688556;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:48:38:0:1:48:39:0:1 chr12 2997397 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6475;QD=54.5176;RBI=0.0152786;REFB=0;REVB=0.00661376;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014901;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr12 3046802 . A G 474.29 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.000520861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.219;QD=18.9718;RBI=0.00586411;REFB=-2.00226e-07;REVB=-0.00584093;RO=53;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549738;STB=0.530599;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-1.61081e-05;OID=.;OPOS=3046802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:24:23:29:24:24:23:29:24 chr12 3049698 . T C 124.9 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0047308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.426;QD=17.8422;RBI=0.00807558;REFB=-0.00915523;REVB=0.00654481;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316706;STB=0.678349;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0121922;OID=.;OPOS=3049698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:2:12:7:7:2:12 chr12 3310439 . C T 1047.53 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.72;QD=59.016;RBI=0.0347502;REFB=0;REVB=0.0301235;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330883;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:65:71:1:29:36:0:0:32:39:0:0 chr12 3391032 . T G 493.44 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00356096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.542;QD=25.6332;RBI=0.00876871;REFB=-0.0335662;REVB=-0.00801311;RO=30;SAF=19;SAR=27;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973789;STB=0.502617;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0157943;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:31:46:46:0.597403:27:19:12:18:27:19:13:18 chr12 3392558 . C T 257.35 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00237384;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.51;QD=22.8758;RBI=0.0121592;REFB=-0.0133796;REVB=0.0119252;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10251;STB=0.571367;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0160286;OID=.;OPOS=3392558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:21:24:24:0.533333:16:8:9:11:16:8:10:11 chr12 3409196 . C G 195.49 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0116178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.949;QD=18.6178;RBI=0.0289258;REFB=-0.0212215;REVB=-0.0264901;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.558021;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0204851;OID=.;OPOS=3409196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:7:12:12:10:7:13:12:10 chr12 3409277 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000692299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.95;QD=60.9786;RBI=0.060653;REFB=0;REVB=0.060649;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019807;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr12 3701464 . G A 115.89 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0273711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7152;QD=8.58426;RBI=0.0286213;REFB=-0.0136499;REVB=0.00836672;RO=37;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132461;STB=0.571338;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0412094;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:10:6:18:19:10:6:18:20 chr12 3749874 . T C 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00211277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.886;QD=17.2221;RBI=0.00226774;REFB=-0.00370406;REVB=-0.000823933;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797572;STB=0.553401;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00602274;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:32:32:0.470588:12:20:19:16:12:20:19:17 chr12 3835401 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.035351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.118;QD=24.3281;RBI=0.06413;REFB=0.0518178;REVB=-0.0535067;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0136796;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr12 4412762 . A G 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0248695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.61;QD=28.8522;RBI=0.0250826;REFB=-0.0113741;REVB=-0.00326262;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799324;STB=0.544009;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00666668;OID=.;OPOS=4412762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:7:9:12:15:7:9 chr12 4414126 . G A 215.39 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.025;QD=45.3452;RBI=0.029939;REFB=-0.198519;REVB=0.029939;RO=1;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00647558;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:18:18:0.947368:18:0:0:1:18:0:0:1 chr12 4459032 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.065913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.551;QD=20.5426;RBI=0.0670691;REFB=0.00083369;REVB=0.0123996;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061651;STB=0.53473;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00131866;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:11:14:15:9:11:14 chr12 4462161 . C T 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.000728188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.373;QD=20.3055;RBI=0.00306609;REFB=-0.00181416;REVB=-0.00297836;RO=38;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135841;STB=0.575218;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0020432;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:22:18:23:15:22:18:23:15 chr12 4553332 . A G 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0100072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.359;QD=17.9197;RBI=0.0510246;REFB=-0.007093;REVB=0.0500337;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108502;STB=0.560569;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00721272;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:21:13:16:16:21:13 chr12 4553383 . A G 271.93 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0148187;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.08;QD=23.1433;RBI=0.0288781;REFB=-0.0176537;REVB=0.0247862;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178711;STB=0.610082;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0176253;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:22:25:25:0.531915:15:10:14:9:15:10:14:8 chr12 4554548 . G C 1194.24 PASS AF=0.964286;AO=76;DP=79;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0336209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7023;QD=56.8687;RBI=0.0633308;REFB=-0.118127;REVB=0.0536696;RO=3;SAF=23;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578085;STB=0.527266;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0211909;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:84:3:3:76:81:0.964286:53:23:3:0:55:26:3:0 chr12 4671429 . G T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.964;QD=60.2041;RBI=0.0276483;REFB=0;REVB=0.016369;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109152;OID=.;OPOS=4671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr12 4702173 . C T 186.96 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0100542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3499;QD=10.6835;RBI=0.0525081;REFB=-0.000451887;REVB=0.0515365;RO=46;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214382;STB=0.624896;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00125537;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:15:9:26:20:15:9:26:20 chr12 4705317 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0356214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3048;QD=18.0871;RBI=0.0371098;REFB=-0.0161795;REVB=-0.0104045;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839273;STB=0.547023;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0155108;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:17:10:12:14:17:10 chr12 4714247 . A T 306.7 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00644042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.833;QD=22.7185;RBI=0.0283394;REFB=-0.00785487;REVB=0.0275978;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038338;STB=0.521183;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00476054;OID=.;OPOS=4714247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:19:12:10:13:19:12:10:13 chr12 4716513 . C T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0288532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.174;QD=8.52513;RBI=0.0308681;REFB=-0.0182878;REVB=-0.0109697;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120077;STB=0.507237;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0511706;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:15:24:10:6:15:24 chr12 4716572 . C A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0125185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7733;QD=8.62752;RBI=0.0156822;REFB=-0.00575735;REVB=-0.00944551;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130609;STB=0.580851;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0129097;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:10:17:8:3:10:17 chr12 4735734 . T C 613.67 PASS AF=0.554545;AO=60;DP=108;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0222849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.106;QD=22.3154;RBI=0.0229784;REFB=-0.00574353;REVB=0.00560264;RO=48;SAF=31;SAR=29;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203273;STB=0.511812;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00501086;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:48:49:60:61:0.554545:29:31:26:22:29:32:27:22 chr12 4735737 . A G 554.16 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0375866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0468;QD=19.7913;RBI=0.103821;REFB=-0.0504639;REVB=-0.0967785;RO=40;SAF=27;SAR=22;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21207;STB=0.539693;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00702526;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:40:51:49:49:0.4375:22:27:32:8:22:27:32:19 chr12 4735894 . G A 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0343759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2102;QD=26.5508;RBI=0.0346952;REFB=-0.0185858;REVB=0.00469567;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248672;STB=0.513639;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.010542;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:9:10:18:14:9:10 chr12 4736086 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00951578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4342;QD=18.345;RBI=0.0306357;REFB=0.022934;REVB=0.0291204;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0214671;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:10:8:7:10:10:8 chr12 4736495 . C T 881.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.788;QD=57.7965;RBI=0.0241885;REFB=0;REVB=0.0123911;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76789e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr12 4736631 . A G 1571.46 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6708;QD=62.8584;RBI=0.0186619;REFB=-0.0887915;REVB=-0.0113581;RO=1;SAF=28;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663507;STB=0.503496;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00079964;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:71:28:0:1:71:28:0:1 chr12 4736677 . G C,T 1254.7 PASS AF=0.94186,0.0348837;AO=78,4;DP=82;FAO=81,3;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=25,0;FSAR=56,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0325272,-0.0138742;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.5726,158.292;QD=58.3581;RBI=0.0346908,0.0220001;REFB=-0.0223239,0.0199755;REVB=0.0120596,0.0170737;RO=0;SAF=23,0;SAR=55,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.11101e-08,0;STB=0.50877,0.5;STBP=0.403,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00538756,0.130429;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:86:0:2:78,4:81,3:0.94186,0.0348837:55,4:23,0:0:0:56,3:25,0:0:2 chr12 4736690 . A G 1287.32 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9473;QD=60.5796;RBI=0.0311458;REFB=-0.099877;REVB=0.0230032;RO=1;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823791;STB=0.504347;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00121016;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:57:26:0:1:57:27:0:1 chr12 4737318 . A G 165.42 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00539539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.96;QD=18.9055;RBI=0.0287739;REFB=-0.00594559;REVB=-0.0282636;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277671;STB=0.666455;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00294913;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:17:18:0.514286:3:14:10:7:3:15:10:7 chr12 4737459 . C T 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000267377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.124;QD=15.0642;RBI=0.0112534;REFB=-0.0122353;REVB=-0.0112502;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893996;STB=0.550618;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0139353;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:20:15:14:13:20:15 chr12 4737715 . C T 408.39 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0216235;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.711;QD=17.3783;RBI=0.0247253;REFB=-0.0103737;REVB=0.0119902;RO=54;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103612;STB=0.546196;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0131129;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:54:52:42:42:0.446809:26:16:26:28:26:16:24:28 chr12 4740515 . A T 721.34 PASS AF=0.48;AO=71;DP=149;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00148701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.925;QD=19.2358;RBI=0.00162419;REFB=-0.00571017;REVB=0.000653292;RO=76;SAF=33;SAR=38;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078791;STB=0.545917;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00722688;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:76:78:71:72:0.48:38:33:29:47:38:34:30:48 chr12 4794351 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.509;QD=61.4671;RBI=0.0165732;REFB=0;REVB=0.013269;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54841e-05;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr12 4921228 . T C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0006751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.681;QD=15.1531;RBI=0.00659288;REFB=-0.00852511;REVB=0.00655823;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119169;STB=0.574261;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00964718;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:43:32:32:0.426667:13:19:20:22:13:19:20:23 chr12 4921301 . T C 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0196111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.88;QD=21.2638;RBI=0.0353775;REFB=-0.0213407;REVB=-0.0294444;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128419;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0200366;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:6:8:7:10:6:8 chr12 4921689 . C T 244.18 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0202359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0122;QD=23.2554;RBI=0.0257858;REFB=-0.0314394;REVB=0.0159817;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158497;STB=0.588401;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0260938;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:12:7:13:10:12:7 chr12 4922030 . C G 374.37 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00125456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.743;QD=12.4788;RBI=0.0119963;REFB=-0.0219804;REVB=-0.0119305;RO=75;SAF=25;SAR=20;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155116;STB=0.588197;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0233645;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:75:45:45:0.375:20:25:31:44:20:25:31:44 chr12 4922734 . A G 151.2 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00652586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.051;QD=11.2;RBI=0.0112523;REFB=-0.00649808;REVB=-0.00916668;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239178;STB=0.603059;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.010025;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:35:18:19:0.351852:14:4:14:21:14:5:14:21 chr12 4923049 . T C 411.83 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0164476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4278;QD=27.005;RBI=0.0228106;REFB=0.0421046;REVB=-0.015805;RO=21;SAF=14;SAR=25;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110843;STB=0.553559;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.051602;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:25:14:11:10:25:14:11:11 chr12 4923364 . T C 258.33 PASS AF=0.4;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0198247;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.217;QD=13.7776;RBI=0.0237652;REFB=-0.0107935;REVB=-0.013106;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732988;STB=0.523349;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0118539;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:45:29:30:0.4:21:8:15:30:21:9:15:30 chr12 4923697 . G T 512.27 PASS AF=0.448819;AO=49;DP=119;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0038675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.726;QD=16.1343;RBI=0.0111858;REFB=-0.00996002;REVB=0.0104959;RO=69;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437551;STB=0.530335;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0102084;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:127:69:70:49:57:0.448819:29:20:31:38:34:23:32:38 chr12 5021228 . T C 940.91 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730322;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.385;QD=58.8068;RBI=0.0735635;REFB=0;REVB=0.00882539;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378205;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr12 5021348 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.364;QD=35.5759;RBI=0.034945;REFB=0;REVB=0.0150528;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562688;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr12 5021984 . T A 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.535;QD=55.6438;RBI=0.018863;REFB=0;REVB=0.0144539;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333588;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr12 5022041 . G A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2285;QD=35.5727;RBI=0.102618;REFB=0;REVB=-0.0747188;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0127296;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 5022438 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.207;QD=60.6102;RBI=0.0312381;REFB=0;REVB=-0.000878253;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86923e-05;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr12 5023713 . T C 631.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.704;QD=61.6507;RBI=0.070783;REFB=0;REVB=0.0638093;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421231;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr12 5023959 . A T 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718032;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8111;QD=59.4585;RBI=0.0443464;REFB=0;REVB=0.0437612;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699302;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr12 5025094 . T C 735.33 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.41;QD=61.2775;RBI=0.0429047;REFB=0;REVB=0.0418084;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146489;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:39:48:1:13:26:0:0:21:27:0:0 chr12 5154462 . T C 728.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4719;QD=57.1558;RBI=0.0278898;REFB=0;REVB=-0.00350296;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131968;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr12 5603632 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.305;QD=61.684;RBI=0.0159117;REFB=0;REVB=0.00769733;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81093e-05;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr12 5674754 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00792282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.047;QD=19.9928;RBI=0.0127931;REFB=-0.029112;REVB=0.0100446;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100024;STB=0.5564;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0241884;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:10:13:10:12:10:13 chr12 6030302 . T C 67.67 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00334497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.424;QD=8.20197;RBI=0.0194194;REFB=-0.0175172;REVB=0.0191292;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296728;STB=0.6041;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0392137;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:33:20:23:9:9:0.272727:4:5:16:4:4:5:16:7 chr12 6030405 . A G 200.77 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00788945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0683;QD=11.639;RBI=0.0209808;REFB=-0.0441007;REVB=-0.0194409;RO=41;SAF=19;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272891;STB=0.670442;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0262033;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:44:25:25:0.362319:6:19:22:19:6:19:23:21 chr12 6030437 . A G 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00697253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.425;QD=14.6213;RBI=0.00762012;REFB=-0.00935249;REVB=-0.00307409;RO=47;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306338;STB=0.674588;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0104744;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:9:24:21:26:9:24:21:26 chr12 6054395 . A G 1098.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.128;QD=60.1711;RBI=0.0346038;REFB=0;REVB=0.0339055;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95047e-05;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:49:23:0:0:50:23:0:0 chr12 6091000 . A G 2144.35 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430178;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.635;QD=63.0692;RBI=0.0433411;REFB=0;REVB=0.00528391;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109127;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:68:68:0:0:68:68:0:0 chr12 6105387 . G A 643.04 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000244867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.075;QD=61.2422;RBI=0.00861951;REFB=0;REVB=0.00861603;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07365e-05;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:28:14:0:0 chr12 6127535 . T G 145.16 PASS AF=0.19403;AO=24;DP=132;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.000358386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.811;QD=4.33301;RBI=0.00308703;REFB=-0.00963844;REVB=-0.00306616;RO=107;SAF=6;SAR=18;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346038;STB=0.672762;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0592613;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:107:108:24:26:0.19403:18:6:55:52:18:8:56:52 chr12 6127891 . C A 173.6 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0583921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6591;QD=11.3836;RBI=0.072742;REFB=-0.0119946;REVB=-0.0433793;RO=38;SAF=6;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403807;STB=0.702601;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0188517;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:39:21:22:0.360656:15:6:25:13:15:7:25:14 chr12 6127919 . T G 229.2 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0125935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.005;QD=16.9779;RBI=0.021197;REFB=-0.022985;REVB=0.0170504;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273938;STB=0.659698;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0242012;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:17:8:17:11:18:8:17:11 chr12 6127943 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.777;QD=57.5452;RBI=0.0121943;REFB=0;REVB=-0.00635461;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23667e-06;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr12 6128443 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0894;QD=60.6102;RBI=0.0293494;REFB=0;REVB=0.0281101;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470974;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr12 6143984 . T C 1115.52 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000525149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.462;QD=60.2986;RBI=0.0282583;REFB=0;REVB=0.0282534;RO=0;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24515e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:22:51:0:0:22:52:0:0 chr12 6172202 . T C 2502.27 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590388;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.109;QD=61.7844;RBI=0.0616978;REFB=0;REVB=0.0179176;RO=0;SAF=87;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260546;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:162:0:0:156:162:1:69:87:0:0:69:93:0:0 chr12 6174414 . T G 202.69 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00184112;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.292;QD=15.5918;RBI=0.00743068;REFB=-0.0285102;REVB=0.00719898;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128216;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0278684;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:29:22:23:0.442308:12:10:18:13:13:10:16:13 chr12 6174423 . T A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0254941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.722;QD=17.247;RBI=0.0400557;REFB=-0.0134849;REVB=-0.0308952;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.599103;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0189011;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:15:12:13:8:15:12 chr12 6204902 . CA C 358.69 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209265;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.3914;QD=53.1394;RBI=0.0244837;REFB=0;REVB=0.0127094;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00110386;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:27:27:0:14:13:0:0:4:0:14:13:0:0 chr12 6344600 . C A 343.19 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00293025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.845;QD=16.7408;RBI=0.00300714;REFB=-0.00521595;REVB=-0.000675646;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133762;STB=0.581976;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00570545;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:21:15:13:32:21:16:13:32 chr12 6457062 . T C 383.18 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.041125;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3338;QD=17.2216;RBI=0.0445704;REFB=-0.0107577;REVB=-0.017183;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158309;STB=0.588585;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0224392;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:40:40:0.449438:18:22:19:30:18:22:19:30 chr12 6484709 . T C 1138.98 PASS AF=1;AO=40;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.849;QD=59.1678;RBI=0.139671;REFB=0;REVB=0.0284688;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817033;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:40:77:1:28:12:0:0:28:49:0:0 chr12 6486379 . G A 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0114456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.823;QD=14.61;RBI=0.0166154;REFB=0.0018306;REVB=-0.0120445;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158384;STB=0.594011;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00311481;OID=.;OPOS=6486379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:20:18:35:21:20:18:36:21 chr12 6495275 . C A 922.24 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0435648;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.584;QD=54.2491;RBI=0.0508621;REFB=-0.0124196;REVB=0.02625;RO=3;SAF=24;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263741;STB=0.513978;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000523703;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:68:3:3:65:65:0.955882:41:24:2:1:41:24:2:1 chr12 6500105 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.074;QD=50.4135;RBI=0.042841;REFB=0;REVB=-0.0029876;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405086;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr12 6554628 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0046395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.391;QD=14.0542;RBI=0.0121729;REFB=0.0012308;REVB=0.0112541;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105155;STB=0.559952;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00136289;OID=.;OPOS=6554628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:19:16:14:11:19:16 chr12 6560473 . A G 327.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664744;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.173;QD=54.5663;RBI=0.00670532;REFB=0;REVB=0.000879155;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16855e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 6562753 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8822;QD=62.9828;RBI=0.057144;REFB=0;REVB=0.0100492;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000535893;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr12 6562810 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.674;QD=54.5177;RBI=0.0499945;REFB=0;REVB=0.00522451;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433645;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr12 6572048 . A G 545.07 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5177;QD=57.3755;RBI=0.0408995;REFB=-0.00604961;REVB=0.00631643;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000598055;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:0:1:18:19:0:1 chr12 6618871 . C T 222.04 PASS AF=0.904762;AO=14;DP=16;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5589;QD=42.2933;RBI=0.237016;REFB=-0.0317576;REVB=0.232897;RO=2;SAF=12;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069999;STB=0.533299;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0315572;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:21:2:2:14:19:0.904762:2:12:2:0:5:14:2:0 chr12 6619284 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.216;QD=63.2858;RBI=0.029859;REFB=0;REVB=-0.006445;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58539e-05;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr12 6619402 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.154;QD=59.0111;RBI=0.0152461;REFB=0;REVB=-0.0131177;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97243e-05;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr12 6631169 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8523;QD=53.2772;RBI=0.0837826;REFB=0;REVB=-0.0369838;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086921;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr12 6637845 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.166;QD=62.019;RBI=0.0326196;REFB=0;REVB=0.0313227;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125538;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr12 6639088 . A G 1597.22 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5571;QD=59.709;RBI=0.0655363;REFB=0;REVB=0.0449488;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204116;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:53:52:0:0:54:53:0:0 chr12 6639981 . C G 787.18 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584273;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4484;QD=57.2491;RBI=0.0593325;REFB=0;REVB=0.0103247;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42387e-06;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr12 6643991 . C G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000732245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.374;QD=13.4591;RBI=0.0509828;REFB=-0.00682901;REVB=-0.0509775;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.599867;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0220569;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:16:10:4:12:16:10 chr12 6646320 . T C 1047.89 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00859942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.658;QD=58.2159;RBI=0.0246984;REFB=0.010407;REVB=0.023153;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=4.21032e-05;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:1:0:33:38:1:0 chr12 6647109 . T C 785.69 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.012;QD=64.1381;RBI=0.050066;REFB=0;REVB=0.0186137;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45509e-05;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr12 6711147 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.868;QD=39.2067;RBI=0.0686289;REFB=0;REVB=-0.0102363;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162752;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr12 6747295 . G A 150.05 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0240344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5642;QD=19.3612;RBI=0.143681;REFB=-0.0116674;REVB=-0.141657;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204358;STB=0.511613;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00186959;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:10:5:5:11:10:5 chr12 6835068 . A G 246.3 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0539626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7133;QD=17.9124;RBI=0.0566492;REFB=-0.0175151;REVB=0.0172386;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813535;STB=0.531227;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0169512;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:17:9:12:16:17:10:12:16 chr12 6835081 . G A 224.93 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0241234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.175;QD=19.9935;RBI=0.0270261;REFB=-0.0162217;REVB=0.0121849;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413286;STB=0.513501;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0270003;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:13:9:10:12:13:9:10:13 chr12 6836852 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0262709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2542;QD=6.10492;RBI=0.0349316;REFB=-0.0109759;REVB=-0.023023;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150495;STB=0.599717;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0401522;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:7:1:5:21:7:1:5:21 chr12 6836913 . G T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0191877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.7;QD=10.4723;RBI=0.0282221;REFB=-0.00283474;REVB=-0.0206959;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232835;STB=0.636171;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00445431;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:4:20:8:4:4:20 chr12 6840209 . G A 191.41 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0270843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5487;QD=23.2013;RBI=0.0521975;REFB=-0.032625;REVB=-0.0446208;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229758;STB=0.630386;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0258606;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:5:9:16:3:5:9 chr12 6887020 . T C 334.24 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0150422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.832;QD=16.7119;RBI=0.0150854;REFB=-0.0256076;REVB=0.00114161;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098901;STB=0.555525;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0286659;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:16:20:20:24:16:20:20:24 chr12 6926363 . T C 860.95 PASS AF=1;AO=42;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6596;QD=52.1789;RBI=0.185164;REFB=0;REVB=0.0138073;RO=0;SAF=2;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482981;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:42:66:1:40:2:0:0:41:25:0:0 chr12 6928075 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.746;QD=58.1416;RBI=0.0101824;REFB=0;REVB=0.010005;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1072e-05;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1281.11 PASS AF=0.921569;AO=93;DP=102;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0719356;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=44.6578;QD=50.2395;RBI=0.0802641;REFB=-0.123437;REVB=-0.0356032;RO=8;SAF=47;SAR=46;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382248;STB=0.520429;STBP=0.172;TYPE=mnp;VARB=0.0132107;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:102:102:8:8:93:94:0.921569:46:47:2:6:46:48:2:6 chr12 6932967 . G C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0122151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.87;QD=16.1192;RBI=0.013448;REFB=-0.00972185;REVB=0.00562505;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.66637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00956384;OID=.;OPOS=6932967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:7:6:9:3:7:6 chr12 6933223 . C T 300.41 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=71;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0165028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.954;QD=16.4608;RBI=0.0251889;REFB=-0.0275518;REVB=0.01903;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286567;STB=0.53863;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0277608;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:37:40:31:33:0.452055:15:16:18:19:15:18:19:21 chr12 6933787 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.06;QD=48.7373;RBI=0.00858158;REFB=0;REVB=0.00470682;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27508e-05;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr12 6939850 . A G 1079.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.163;QD=59.9617;RBI=0.0214944;REFB=0;REVB=0.0164813;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29705e-06;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr12 6941021 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0113755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.731;QD=16.9316;RBI=0.0141195;REFB=-0.0106004;REVB=-0.00836412;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102811;STB=0.558732;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0129627;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:2:10:9:3:2:10 chr12 6942823 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.505;QD=62.3506;RBI=0.0537136;REFB=0;REVB=0.0220231;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150489;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr12 6946247 . G T 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00026494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.821;QD=24.2862;RBI=0.0450063;REFB=-0.0356286;REVB=0.0450055;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122196;STB=0.568036;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0178201;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:4:9:10:9:4:9 chr12 6946718 . G A 277.53 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0258108;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.407;QD=15.8588;RBI=0.0260934;REFB=-0.0183733;REVB=-0.00383015;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205527;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0163664;OID=.;OPOS=6946718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:30:31:0.442857:16:14:19:20:17:14:19:20 chr12 6948468 . T C 92.29 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0305886;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.951;QD=16.7798;RBI=0.0594021;REFB=-0.0108114;REVB=-0.050921;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454428;STB=0.761451;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0161252;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:9:2:8:3:9:2 chr12 6950930 . AT A 111.1 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.010967;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.98;QD=10.3349;RBI=0.0131922;REFB=0.0127455;REVB=0.00733195;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=-0.0113116;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:20:44:20:43:23:10:10:12:11:99:23:10:10:12:11 chr12 6954875 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0374067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.325;QD=14.896;RBI=0.0381428;REFB=-0.0128802;REVB=0.00745735;RO=44;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124347;STB=0.507038;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0170319;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:20:12:16:28:20:12:16:28 chr12 6965194 . A G 411.66 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00605789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.473;QD=13.4969;RBI=0.00622776;REFB=-0.00971046;REVB=-0.00144461;RO=74;SAF=15;SAR=33;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109954;STB=0.562473;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0196231;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:48:48:0.393443:33:15:30:44:33:15:30:44 chr12 6976688 . A G 751.88 PASS AF=0.446927;AO=81;DP=180;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00167421;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.627;QD=16.8018;RBI=0.0210758;REFB=-0.0235919;REVB=-0.0210092;RO=99;SAF=42;SAR=39;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832049;STB=0.555542;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0336423;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:99:99:81:80:0.446927:39:42:43:56:38:42:42:57 chr12 7015075 . A C 304.09 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00804633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7233;QD=17.3764;RBI=0.0113617;REFB=-0.00539679;REVB=0.00802148;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233863;STB=0.630561;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00748975;OID=.;OPOS=7015075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:14:19:12:25:14:19:12:25 chr12 7015707 . G T 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.010976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.613;QD=21.3734;RBI=0.0113454;REFB=0.0022041;REVB=-0.00287156;RO=43;SAF=20;SAR=27;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348156;STB=0.525381;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00205191;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:44:47:47:0.516484:27:20:20:23:27:20:21:23 chr12 7016485 . G C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0159176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.489;QD=9.13236;RBI=0.0166819;REFB=0.00167458;REVB=-0.00499139;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212501;STB=0.629375;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00554043;OID=.;OPOS=7016485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:9:13:4:6:9:13 chr12 7021957 . G A 354.57 PASS AF=0.443182;AO=33;DP=83;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0156562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.784;QD=16.1171;RBI=0.0528107;REFB=-0.0453497;REVB=0.0504366;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248733;STB=0.588192;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0591112;OID=.;OPOS=7021957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:49:49:33:39:0.443182:15:18:15:34:21:18:15:34 chr12 7023123 . A G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0156509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1614;QD=15.4094;RBI=0.0191187;REFB=0.0237542;REVB=-0.0109806;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249611;STB=0.640096;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0300713;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:9:25:13:14:9:25 chr12 7026307 . G C 187.87 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.015671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.47;QD=20.3101;RBI=0.0335935;REFB=-0.01841;REVB=0.0297144;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260632;STB=0.644607;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0212831;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:16:2:7:12:16:2 chr12 7045389 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 59.69 PASS AF=0.307692,0.0769231;AO=14,3;DP=39;FAO=12,3;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=2,0;FSAR=10,3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.074217,0.0778194;FXX=0.0249938;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.1718,24.7619;QD=6.12217;RBI=0.0771412,0.0908389;REFB=-0.155226,-0.086332;REVB=-0.0210381,-0.0468599;RO=19;SAF=1,0;SAR=13,3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0.375,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.637174,-0.629797;STB=0.760384,0.996315;STBP=0.042,0.062;TYPE=del,snp;VARB=0.165722,0.0363578;OID=.,.;OPOS=7045390,7045394;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0769231:14,3:39:12,3:39:24:2,0:10,3:12:12:44:19:1,0:13,3:11:8 chr12 7047017 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0228146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.203;QD=15.1011;RBI=0.0228157;REFB=-0.0101734;REVB=0.000224407;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.581326;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0206936;OID=.;OPOS=7047017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:15:16:9:15:15:16 chr12 7052744 . TGC ATG,TGT 211.79 PASS AF=0,0.488372;AO=2,14;DP=43;FAO=0,21;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0055555,0.013803;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=173.548,198.878;QD=19.7017;RBI=0.0451682,0.0410884;REFB=-0.0144487,-0.017632;REVB=-0.0448252,0.0387006;RO=17;SAF=2,9;SAR=0,5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.594792,0.272828;STB=0.5,0.651275;STBP=1,0.06;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0107277;OID=.,.;OPOS=7052744,7052746;OREF=TGC,C;OALT=ATG,T;OMAPALT=ATG,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:43:17:22:2,14:0,21:0,0.488372:0,5:2,9:6:11:0,8:0,13:7:15 chr12 7055860 . T C 831.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.69;QD=57.3668;RBI=0.0304083;REFB=0;REVB=-0.014018;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27134e-05;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:27:31:0:0 chr12 7065635 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.243;QD=63.2868;RBI=0.0256133;REFB=0;REVB=0.0248619;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69453e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 7079215 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.117;QD=63.583;RBI=0.0143139;REFB=0;REVB=0.00205194;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25237e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr12 7080212 . T C,G 522.74 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=32,4;DP=36;FAO=32,4;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957882,0.0281969;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=162.885,17.0995;QD=58.0824;RBI=0.0531249,0.0591168;REFB=0,0;REVB=0.0522541,-0.0519589;RO=0;SAF=12,1;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00164342,0.0954444;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:36:36:0:0:32,4:32,4:0.888889,0.111111:20,3:12,1:0:0:20,3:12,1:0:0 chr12 7170336 . G A 529.77 PASS AF=0.486957;AO=54;DP=113;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00232311;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.801;QD=18.4266;RBI=0.0339596;REFB=-0.00838636;REVB=-0.0338801;RO=54;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215841;STB=0.617111;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0149057;OID=.;OPOS=7170336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:54:59:54:56:0.486957:25:29:16:38:25:31:19:40 chr12 7177499 . C T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0119176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.235;QD=28.1411;RBI=0.0125912;REFB=-0.0128607;REVB=-0.00406324;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230206;STB=0.628405;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00581033;OID=.;OPOS=7177499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:2:5:5:11:2:5 chr12 7241055 . A G 1766.99 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.453;QD=60.9308;RBI=0.0120053;REFB=0;REVB=-0.0100698;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47887e-06;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:52:64:0:0:52:64:0:0 chr12 7241268 . G A 61.52 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0242636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.043;QD=3.03801;RBI=0.0261435;REFB=-0.0331673;REVB=-0.00973452;RO=69;SAF=10;SAR=2;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573714;STB=0.878578;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.183045;OID=.;OPOS=7241268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:2:10:23:46:2:10:23:46 chr12 7241312 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 49.11 PASS AF=0.333333,0.0185185;AO=24,2;DP=55;FAO=18,1;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=17,1;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0465527,-0.0023137;FXX=0.0181785;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.1964,48.871;QD=3.63763;RBI=0.118808,0.0490867;REFB=-0.198579,-0.0423229;REVB=-0.109307,-0.0490321;RO=25;SAF=1,0;SAR=23,2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0.423729,0;SSSB=-0.573022,-0.415184;STB=0.797668,0.985399;STBP=0.044,0.504;TYPE=del,mnp;VARB=0.173869,0.0386596;OID=.,.;OPOS=7241313,7241317;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0185185:24,2:55:18,1:54:35:1,0:17,1:9:26:46:25:1,0:23,2:8:17 chr12 7242204 . C T 356.08 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0947629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0148;QD=16.3716;RBI=0.126946;REFB=0.00538617;REVB=0.0844709;RO=49;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950492;STB=0.543172;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00337685;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:49:37:38:0.436782:23:14:23:26:23:15:23:26 chr12 7242299 . G A 547.58 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0202125;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.932;QD=18.8821;RBI=0.0217442;REFB=-0.0184298;REVB=0.00801662;RO=59;SAF=27;SAR=30;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148134;STB=0.500455;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0169977;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:59:59:57:57:0.491379:30:27:27:32:30:27:28:31 chr12 7249598 . T C 327.64 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0116246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.579;QD=20.4772;RBI=0.0375725;REFB=-0.0121031;REVB=-0.035729;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563312;STB=0.515616;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0100701;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:33:34:0.53125:16:17:13:16:17:17:14:16 chr12 7254669 . A C 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0454078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1547;QD=8.23019;RBI=0.0591759;REFB=-0.0138405;REVB=-0.0379462;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210437;STB=0.628331;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0265676;OID=.;OPOS=7254669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:17:8:5:5:17:8 chr12 7280880 . C G 543.38 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.014432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.447;QD=15.3064;RBI=0.0154202;REFB=-0.00149723;REVB=0.00543125;RO=82;SAF=32;SAR=27;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106821;STB=0.563252;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00274481;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:83:59:59:0.415493:27:32:36:46:27:32:36:47 chr12 7281317 . C T 266.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0569785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.126;QD=21.2876;RBI=0.0606353;REFB=0.0069333;REVB=0.0207386;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359575;STB=0.520178;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00535629;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:12:13:14:11:12:13 chr12 7309199 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0182486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.504;QD=18.0506;RBI=0.0290559;REFB=-0.0137326;REVB=-0.0226105;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0126764;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr12 7309471 . C A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.027103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.923;QD=16.1723;RBI=0.0271352;REFB=-0.00750954;REVB=-0.001322;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192439;STB=0.609251;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0149407;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:4:16:10:6:4:16 chr12 7309473 . G C 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0293502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.587;QD=16.1703;RBI=0.0294398;REFB=-0.00383947;REVB=0.00229505;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192439;STB=0.609251;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00863909;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:4:16:10:6:4:16 chr12 7463241 . A T 784.15 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=179;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0199023;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.611;QD=17.6213;RBI=0.0205439;REFB=-0.0130375;REVB=-0.00509396;RO=94;SAF=28;SAR=54;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139588;STB=0.584057;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.01383;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:94:96:82:82:0.460674:54:28:45:49:54:28:47:49 chr12 7551022 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.866;QD=56.9563;RBI=0.0306083;REFB=0;REVB=0.016815;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74314e-05;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr12 7551050 . A C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.629;QD=58.4189;RBI=0.020815;REFB=0;REVB=0.0189399;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37573e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr12 7585971 . A G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00103823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.215;QD=16.2789;RBI=0.014499;REFB=-0.00965285;REVB=-0.0144618;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145377;STB=0.508191;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0102769;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:16:17:14:14:16:17 chr12 7649484 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1789;QD=57.5449;RBI=0.0666486;REFB=0;REVB=0.0365803;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767583;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr12 7649653 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0215354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.95;QD=14.4906;RBI=0.0222893;REFB=-0.0100603;REVB=0.00574785;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273629;STB=0.656628;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0124151;OID=.;OPOS=7649653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:22:8:10:9:22:8 chr12 7655137 . A G 84.74 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0160799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1098;QD=10.9338;RBI=0.0788118;REFB=-0.00425041;REVB=0.077154;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933329;STB=0.53565;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0107858;OID=.;OPOS=7655137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:5:6:12:7:5:6:12:8 chr12 7655278 . T A 391.52 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00644298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2015;QD=19.3341;RBI=0.00989413;REFB=-0.0164085;REVB=0.00750879;RO=41;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100022;STB=0.555528;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0179043;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:20:20:16:25:20:20:16:25 chr12 7803646 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.612;QD=57.0008;RBI=0.011159;REFB=0;REVB=0.00247617;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59401e-05;OID=.;OPOS=7803646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr12 7805236 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8789;QD=61.3362;RBI=0.0287146;REFB=0;REVB=0.0285082;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305276;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr12 7818444 . C A 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0287055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.689;QD=9.91571;RBI=0.0496116;REFB=0.000641788;REVB=0.0404636;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699593;STB=0.915224;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00265742;OID=.;OPOS=7818444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:14:3:8:1:14:3 chr12 7842932 . C T 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.057018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.1818;QD=24.2737;RBI=0.0653006;REFB=-0.0148295;REVB=-0.0318293;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223275;STB=0.523373;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0128358;OID=.;OPOS=7842932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:18:13:9:11:18:13:10:11 chr12 7917936 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0190714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.702;QD=16.4544;RBI=0.0244754;REFB=-0.0456463;REVB=-0.0153404;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0251077;OID=.;OPOS=7917936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:5:6:0.6:1:4:2:2:1:5:2:2 chr12 7947304 . T C 68.79 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.000416471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.094;QD=15.2876;RBI=0.0264228;REFB=-0.0234309;REVB=0.0264195;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381114;STB=0.713943;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0128614;OID=.;OPOS=7947304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:0:9:6:3:0:9 chr12 7966958 . C T 228.65 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0325083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.928;QD=9.62724;RBI=0.03321;REFB=-0.00319201;REVB=0.00679082;RO=66;SAF=11;SAR=18;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28053;STB=0.664191;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.006795;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:18:11:41:25:18:11:41:25 chr12 8043688 . G C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.576;QD=62.6137;RBI=0.00695903;REFB=0;REVB=0.00132797;RO=0;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25105e-06;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:57:31:0:0:57:31:0:0 chr12 8249050 . C G 708.49 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0676181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0476;QD=54.4993;RBI=0.0699285;REFB=-0.0568273;REVB=0.0178265;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00167162;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:27:23:0:0:27:24:0:1 chr12 8374770 . G A 144.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7359;QD=44.3742;RBI=0.0677258;REFB=0;REVB=0.0509208;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249465;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr12 8374812 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00865231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.441;QD=21.8421;RBI=0.0495843;REFB=-0.0453736;REVB=0.0488236;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00496623;OID=.;OPOS=8374812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr12 8375112 . G T 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=20;FWDB=-0.00309404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.418;QD=2.37182;RBI=0.0104065;REFB=-0.00481021;REVB=0.00993591;RO=76;SAF=4;SAR=7;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442289;STB=0.795038;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0302216;OID=.;OPOS=8375112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:7:4:56:20:7:4:56:20 chr12 8376110 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.814;QD=59.0186;RBI=0.0234897;REFB=0;REVB=-0.00224357;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79541e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr12 8543143 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.984;QD=33.4284;RBI=0.0238677;REFB=0;REVB=-0.00334545;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110861;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 8674253 . T C 294.17 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0110517;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.487;QD=17.8284;RBI=0.0142952;REFB=0.00451861;REVB=0.00906713;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105251;STB=0.511621;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00227652;OID=.;OPOS=8674253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:31:32:0.484848:21:10:10:22:21:11:11:23 chr12 8693333 . G A 400.06 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0913188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1723;QD=53.3411;RBI=0.100208;REFB=-0.0203673;REVB=-0.0412627;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00352773;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr12 8757481 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1214;QD=63.0522;RBI=0.0169452;REFB=0;REVB=-0.0146797;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69705e-05;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr12 8926011 . T C 2307.26 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.804;QD=61.1194;RBI=0.0294257;REFB=0;REVB=0.029374;RO=0;SAF=68;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81447e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:82:68:0:0:83:68:0:0 chr12 9004512 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.454;QD=59.3227;RBI=0.0409371;REFB=0;REVB=0.00185733;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167337;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:37:29:0:0:39:29:0:0 chr12 9004892 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.194;QD=59.4357;RBI=0.0245298;REFB=0;REVB=0.0244275;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158284;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr12 9013755 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4524;QD=61.6836;RBI=0.0340739;REFB=0;REVB=0.0139015;RO=0;SAF=3;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385026;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:38:3:0:0:38:3:0:0 chr12 9016573 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.775;QD=58.4191;RBI=0.0101116;REFB=0;REVB=-0.00988877;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75409e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr12 9020489 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.084;QD=50.4134;RBI=0.0178248;REFB=0;REVB=-0.00419209;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69185e-05;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr12 9020912 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0404732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.487;QD=14.1955;RBI=0.0409341;REFB=0.00401578;REVB=0.00612516;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307812;STB=0.674507;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00923413;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:3:19:9:6:3:19 chr12 9232268 . T C 471.74 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00394974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.814;QD=20.9664;RBI=0.0172194;REFB=-0.0125174;REVB=0.0167603;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177657;STB=0.598044;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.010945;OID=.;OPOS=9232268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:21:25:15:29:21:25:15:29 chr12 9248233 . T C 1824.92 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.942;QD=60.3279;RBI=0.0231617;REFB=-0.115603;REVB=0.0109537;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000508678;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:55:65:0:0:55:65:1:0 chr12 9268473 . A C 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00871438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7123;QD=9.73955;RBI=0.0102143;REFB=-0.00149477;REVB=0.0053283;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055644;STB=0.532757;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0032466;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:13:9:21:25:13:9:21:25 chr12 9305473 . T C 2354.11 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.763;QD=63.1975;RBI=0.0143915;REFB=0.0198054;REVB=0.0101097;RO=1;SAF=77;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613699;STB=0.503225;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.33466e-06;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:71:77:1:0:71:77:1:0 chr12 9307373 . T G 1566.78 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216614;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3766;QD=63.9501;RBI=0.132221;REFB=0;REVB=0.130435;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783596;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:48:46:0:0:51:47:0:0 chr12 9312951 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.994;QD=59.5017;RBI=0.0275398;REFB=0;REVB=0.0204078;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117097;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr12 9317784 . A G 1008.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329653;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.937;QD=57.6113;RBI=0.0463097;REFB=0;REVB=0.032525;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495873;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:36:29:0:0:40:30:0:0 chr12 9345273 . A G 1295.36 PASS AF=1;AO=44;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422119;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.954;QD=58.88;RBI=0.096854;REFB=0;REVB=0.0871714;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968886;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:44:88:1:9:35:0:0:51:37:0:0 chr12 9345274 . C G 456.62 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0281526;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.219;QD=20.071;RBI=0.0450558;REFB=-0.056727;REVB=0.0351776;RO=46;SAF=2;SAR=43;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780007;STB=0.938857;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0128423;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:43:2:36:10:43:2:36:10 chr12 9346792 . G C 888.72 PASS AF=0.972603;AO=51;DP=68;FAO=71;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0053977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7873;QD=48.6971;RBI=0.237901;REFB=-0.392874;REVB=0.23784;RO=5;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104194;STB=0.512192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.07077;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:73:5:2:51:71:0.972603:20:31:0:5:40:31:0:2 chr12 9450357 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.989;QD=42.1826;RBI=0.0470167;REFB=0;REVB=0.0358477;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218034;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr12 9451818 . T C 86.34 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6603;QD=38.3732;RBI=0.0154566;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209991;OID=.;OPOS=9451818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:0:9:0:0 chr12 9571420 . C T 356.32 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.012297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.179;QD=14.2526;RBI=0.0276597;REFB=-0.0182891;REVB=0.0247759;RO=61;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325203;STB=0.518509;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0359372;OID=.;OPOS=9571420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:26:13:22:39:26:13:22:39 chr12 9573130 . C T 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00162771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.904;QD=14.1875;RBI=0.0133359;REFB=-0.0198497;REVB=0.0132362;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504056;STB=0.528696;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0229549;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:11:20:27:18:11:20:27:18 chr12 9573223 . C A 166.03 PASS AF=0.240385;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.00161162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.493;QD=6.38586;RBI=0.0385619;REFB=-0.00528793;REVB=-0.0385283;RO=79;SAF=13;SAR=12;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191865;STB=0.615776;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0303944;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:79:79:25:25:0.240385:12:13:53:26:12:13:53:26 chr12 9573224 . C T 334.25 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00777788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.846;QD=12.8559;RBI=0.0125231;REFB=-0.0158416;REVB=0.00981487;RO=64;SAF=28;SAR=12;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12811;STB=0.573238;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0203793;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:12:28:38:26:12:28:38:26 chr12 9574002 . C T 1200.51 PASS AF=0.987342;AO=71;DP=84;FAO=78;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680899;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.584;QD=60.7855;RBI=0.0549736;REFB=0;REVB=0.0545503;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185773;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:79:0:0:71:78:0.987342:33:38:0:0:41:37:0:0 chr12 9574042 . C A 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00418632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.305;QD=17.4295;RBI=0.00955662;REFB=-0.0268798;REVB=-0.00859091;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579095;STB=0.532415;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0351425;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:22:21:29:24:22:21:29:24 chr12 9578197 . A T 771.32 PASS AF=0.867647;AO=58;DP=68;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.014567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4814;QD=45.3716;RBI=0.0159363;REFB=-0.0118464;REVB=0.00646267;RO=9;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798514;STB=0.542902;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00709773;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:9:9:58:59:0.867647:34:24:1:8:34:25:1:8 chr12 9580280 . A G 92.25 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.00503797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.699;QD=4.19318;RBI=0.0202174;REFB=-0.00333115;REVB=-0.0195796;RO=72;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339424;STB=0.71597;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0192182;OID=.;OPOS=9580280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:72:72:16:16:0.181818:6:10:25:47:6:10:25:47 chr12 9583324 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0385004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.532;QD=25.4667;RBI=0.0448565;REFB=-0.0796438;REVB=0.023018;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154191;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0271078;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:2:1:6:3:2:1 chr12 9584962 . C T 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0414726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5886;QD=38.2042;RBI=0.0804126;REFB=0.0345105;REVB=0.0688928;RO=2;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615517;STB=0.533934;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00102803;OID=.;OPOS=9584962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:4:11:1:1:4:11:1:1 chr12 9597776 . G A 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.211;QD=62.762;RBI=0.0133001;REFB=0;REVB=0.0117302;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14344e-06;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr12 9750669 . A G 1491.32 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.814;QD=63.4605;RBI=0.0309858;REFB=0;REVB=-0.00354798;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58635e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr12 9833524 . C G 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0301685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.695;QD=13.7819;RBI=0.0317935;REFB=0.0311251;REVB=-0.0100344;RO=55;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184138;STB=0.605202;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0244963;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:23:12:28:27:23:12:28:27 chr12 9833628 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00779491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.033;QD=18.3009;RBI=0.0145926;REFB=-0.00440156;REVB=-0.0123362;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113971;STB=0.565149;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00767718;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:8:15:15:5:8:15 chr12 9885707 . A ATAAGT,T 201.08 PASS AF=0.296296,0.037037;AO=23,3;DP=83;FAO=24,3;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15,3;FSAR=9,0;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0145562,5.06753e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=182.792,198.417;QD=9.92961;RBI=0.0209899,0.00226371;REFB=0.00586428,0.00617702;REVB=0.0151225,0.00226315;RO=56;SAF=14,3;SAR=9,0;SRF=33;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0240735,0.413727;STB=0.536882,0.99605;STBP=0.693,0.073;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00786775,-0.00315754;OID=.,.;OPOS=9885708,9885707;OREF=-,A;OALT=TAAGT,T;OMAPALT=ATAAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:56:54:23,3:24,3:0.296296,0.037037:9,0:14,3:33:23:9,0:15,3:31:23 chr12 9905690 . A G 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00971434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.886;QD=17.8766;RBI=0.0213157;REFB=-0.011824;REVB=0.0189734;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.516962;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0113411;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:18:20:24:19:18:20:24:19 chr12 9906143 . GTT G,GT,TGT 661.35 PASS AF=0,0.0909091,0.909091;AO=9,14,23;DP=53;FAO=0,5,50;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22;FSAR=0,5,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.401638,-0.733417,0.169004;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=11.0165,7.26122,24.7006;QD=48.0984;RBI=0.401846,0.73391,0.169156;REFB=-0.131433,-0.124564,-0.0488985;REVB=-0.0129136,-0.0269111,-0.00718911;RO=1;SAF=9,9,0;SAR=0,5,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0.461538,0;SSSB=0.81244,0.0824047,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.177648,-0.00935282;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:53:55:1:0:9,14,23:0,5,50:0,0.0909091,0.909091:0,5,23:9,9,0:0:1:0,5,28:0,0,22:0:0 chr12 9994445 . GTGT G 740.44 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311802;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.392;QD=56.9569;RBI=0.00614547;REFB=0;REVB=0.00529573;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.29426e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:52:52:52:0:24:28:0:0:4:0:24:26:0:0 chr12 10041364 . G A 442.87 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00414016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.64;QD=16.2521;RBI=0.0285808;REFB=-0.0128078;REVB=-0.0282794;RO=59;SAF=31;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922458;STB=0.557008;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0163823;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:18:31:32:27:18:31:32:28 chr12 10136672 . G A 419.63 PASS AF=0.47;AO=36;DP=91;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00991896;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.787;QD=16.7851;RBI=0.0215294;REFB=-0.017715;REVB=0.0191084;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157103;STB=0.500638;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0206432;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:100:46:53:36:47:0.47:19:17:21:25:24:23:26:27 chr12 10137557 . A C 187.57 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0286471;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.203;QD=19.7438;RBI=0.0287482;REFB=-0.000625561;REVB=-0.00240917;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20658;STB=0.579751;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00122044;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:19:18:19:0.5:10:8:3:12:10:9:6:13 chr12 10149851 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.041;QD=59.9241;RBI=0.0206198;REFB=0;REVB=0.00887289;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06675e-05;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr12 10150961 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00881703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2728;QD=19.692;RBI=0.0133769;REFB=0.0137201;REVB=0.0100598;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210156;STB=0.624908;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0117436;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:14:12:17:7:14:12:18:7 chr12 10150974 . A G 652.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.283;QD=62.152;RBI=0.0470999;REFB=0;REVB=0.0244168;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162342;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:15:23:0:0:16:26:0:0 chr12 10151642 . T C 2097.83 PASS AF=0.985507;AO=132;DP=137;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00836558;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4663;QD=60.8066;RBI=0.0803758;REFB=-0.0680183;REVB=0.0799392;RO=0;SAF=52;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00123907;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:138:0:2:132:136:0.985507:80:52:0:0:84:52:0:2 chr12 10163375 . C A 245.9 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0270424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7873;QD=24.5895;RBI=0.0610827;REFB=0.0304316;REVB=-0.0547704;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104181;STB=0.565161;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0242078;OID=.;OPOS=10163375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:10:12:7:10:10:13:7:10 chr12 10163379 . C T 218.43 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000817403;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.409;QD=22.4029;RBI=0.0145302;REFB=0.00564887;REVB=0.0145072;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149696;STB=0.583862;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00852752;OID=.;OPOS=10163379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:7:11:9:12:7:11 chr12 10165469 . A G 1767.56 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.919;QD=60.9505;RBI=0.0257793;REFB=0;REVB=0.0256287;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89945e-05;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:63:52:0:0:63:53:0:0 chr12 10167277 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.503;QD=63.5828;RBI=0.0418139;REFB=0;REVB=0.0383688;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034143;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr12 10206925 . A G 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0206598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.593;QD=25.2062;RBI=0.0217694;REFB=0.0183472;REVB=-0.00686139;RO=32;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292409;STB=0.516007;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0105549;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:17:29:19:13:17:29:19:13 chr12 10215654 . C G 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0394464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.002;QD=17.6866;RBI=0.0776376;REFB=0.000702428;REVB=-0.0668699;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809754;STB=0.546174;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00173423;OID=.;OPOS=10215654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:14:12:8:13:14:12 chr12 10236797 . A G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00595848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.047;QD=13.0537;RBI=0.0132128;REFB=-0.0224699;REVB=0.011793;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259898;STB=0.650443;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0224881;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:6:17:18:17:6:17:18:17 chr12 10236824 . C T 161.92 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.013301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.856;QD=10.6177;RBI=0.013618;REFB=0.000651348;REVB=-0.00292085;RO=40;SAF=17;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505575;STB=0.759184;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000920764;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:3:17:18:22:4:17:18:22 chr12 10236921 . G T 147.19 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0488336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6974;QD=17.3166;RBI=0.0670082;REFB=-0.0274099;REVB=-0.0458843;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266267;STB=0.651987;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0238322;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:6:12:6:10:6:12 chr12 10236942 . C G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0230771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.105;QD=19.646;RBI=0.0230838;REFB=-0.0199341;REVB=0.000558547;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0107297;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr12 10237014 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.11;QD=28.5377;RBI=0.0302679;REFB=-0.0548846;REVB=0.019122;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0053991;OID=.;OPOS=10237014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:6:7:0.875:1:5:1:0:2:5:1:0 chr12 10251445 . C G 252.44 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0182518;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3539;QD=15.2991;RBI=0.18221;REFB=-0.0532877;REVB=-0.181294;RO=13;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315261;STB=0.707819;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0701304;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:13:37:28:29:0.439394:10:18:9:4:10:19:10:27 chr12 10271055 . T C 389.03 PASS AF=0.512821;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0139936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.274;QD=19.9502;RBI=0.0144862;REFB=-0.0171835;REVB=-0.00374559;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28053;STB=0.636297;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0180181;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:38:38:38:40:0.512821:24:14:26:12:24:16:26:12 chr12 10279702 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0373583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.403;QD=18.4834;RBI=0.03786;REFB=-0.0107627;REVB=-0.00614259;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133747;STB=0.575837;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0137413;OID=.;OPOS=10279702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:8:13:9:10:8:13 chr12 10313448 . C G 154.33 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0559416;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5673;QD=13.4196;RBI=0.0574353;REFB=-0.0231349;REVB=-0.0130137;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244741;STB=0.602483;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.025395;OID=.;OPOS=10313448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:29:17:17:0.369565:8:9:19:6:8:9:20:9 chr12 10366515 . C A 243.08 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0330984;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5595;QD=21.1371;RBI=0.0766331;REFB=-0.0106825;REVB=0.0691167;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968126;STB=0.544708;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0169133;OID=.;OPOS=10366515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:23:23:23:0.5:14:9:11:11:14:9:11:12 chr12 10367376 . C T 317.16 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0303092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5326;QD=25.8903;RBI=0.0355199;REFB=-0.0178968;REVB=-0.0185208;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690968;STB=0.505121;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0155869;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:21:28:28:0.571429:13:15:10:9:13:15:11:10 chr12 10462052 . T G 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.224;QD=60.5453;RBI=0.0841156;REFB=0;REVB=0.0270435;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358112;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr12 10525740 . C T 1567.37 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.809;QD=63.9741;RBI=0.0414885;REFB=0;REVB=-0.0356526;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59202e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:49:48:0:0:50:48:0:0 chr12 10532111 . T G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.554;QD=57.6792;RBI=0.0181819;REFB=0;REVB=-0.0165153;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8704e-05;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr12 10532326 . T C 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.39;QD=58.0318;RBI=0.0187992;REFB=-0.0638708;REVB=0.0177964;RO=1;SAF=20;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023049;STB=0.512192;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00144162;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:50:20:1:0:50:20:1:0 chr12 10560957 . T C 245.26 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0145486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.511;QD=13.2572;RBI=0.0217216;REFB=-3.14778e-05;REVB=0.0161297;RO=45;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522716;STB=0.529837;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000179499;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:16:13:18:27:16:13:18:27 chr12 10562025 . C T 639.0 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00203926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.71;QD=25.8183;RBI=0.0343932;REFB=-0.0154191;REVB=-0.0343327;RO=42;SAF=33;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597832;STB=0.503267;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00974493;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:24:33:24:18:24:33:24:18 chr12 10562089 . A C 1882.0 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208817;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.846;QD=61.2032;RBI=0.0262533;REFB=0;REVB=0.015912;RO=1;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89115e-05;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:123:1:0:122:123:1:56:66:0:1:57:66:0:0 chr12 10570965 . C G 1720.77 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230075;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8267;QD=60.9121;RBI=0.0407435;REFB=0;REVB=0.0336257;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166074;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:60:52:0:0:61:52:0:0 chr12 10571042 . A G 1970.81 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5743;QD=62.0727;RBI=0.0432246;REFB=0;REVB=0.0360046;RO=0;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210667;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:76:51:0:0:76:51:0:0 chr12 10571091 . T G 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.707;QD=63.474;RBI=0.021662;REFB=0;REVB=-0.000874958;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65848e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr12 10571106 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.267;QD=63.1953;RBI=0.0529755;REFB=0;REVB=0.00439792;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001725;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:57:35:0:0:57:35:0:0 chr12 10572982 . A G 1773.3 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152233;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0236;QD=61.1482;RBI=0.0315675;REFB=0;REVB=0.0276542;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224572;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr12 10573094 . CA CG,GG 805.53 PASS AF=0.482759,0.517241;AO=28,30;DP=58;FAO=28,30;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=10,14;FSAR=18,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295688,0.0253853;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=246.34,248.281;QD=55.5538;RBI=0.0296494,0.0256675;REFB=0,0;REVB=-0.00218577,-0.00379545;RO=0;SAF=10,14;SAR=18,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00101806,7.62355e-05;OID=.,.;OPOS=10573095,10573094;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:58:0:0:28,30:28,30:0.482759,0.517241:18,16:10,14:0:0:18,16:10,14:0:0 chr12 10587111 . A G 8728.09 PASS AF=0.830311;AO=640;DP=773;FAO=641;FDP=772;FR=.;FRO=131;FSAF=360;FSAR=281;FSRF=79;FSRR=52;FWDB=-0.00908035;FXX=0.00129364;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.223;QD=45.2233;RBI=0.00973324;REFB=0.00589186;REVB=-0.00350475;RO=131;SAF=359;SAR=281;SRF=79;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137824;STB=0.507151;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00114142;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:773:772:131:131:640:641:0.830311:281:359:79:52:281:360:79:52 chr12 10587631 . C T 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00892138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.5;QD=21.9192;RBI=0.0259194;REFB=-0.00304511;REVB=0.0243357;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181781;STB=0.599947;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0025289;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:8:21:18:18:8:21 chr12 10587645 . C T 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0102192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.58;QD=9.89823;RBI=0.0132596;REFB=-0.00169624;REVB=-0.00844893;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118442;STB=0.571326;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00858521;OID=.;OPOS=10587645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:17:15:8:6:17:15 chr12 10588530 . C G 192.42 PASS AF=0.15444;AO=40;DP=262;FAO=40;FDP=259;FR=.;FRO=219;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=118;FSRR=101;FWDB=-0.0264083;FXX=0.0114499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4934;QD=2.97175;RBI=0.0270221;REFB=0.00156085;REVB=0.00572687;RO=222;SAF=18;SAR=22;SRF=118;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104546;STB=0.574684;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0100406;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:259:222:219:40:40:0.15444:22:18:118:104:22:18:118:101 chr12 10588581 . T C 133.34 PASS AF=0.140097;AO=29;DP=207;FAO=29;FDP=207;FR=.;FRO=178;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=-0.00669365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.005;QD=2.57664;RBI=0.00875383;REFB=-0.00793335;REVB=-0.00564133;RO=178;SAF=17;SAR=12;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158799;STB=0.60707;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0421239;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:178:178:29:29:0.140097:12:17:82:96:12:17:82:96 chr12 10603670 . T C 2478.74 PASS AF=0.905263;AO=171;DP=189;FAO=172;FDP=190;FR=.;FRO=18;FSAF=105;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0189606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.542;QD=52.184;RBI=0.0200983;REFB=-0.127357;REVB=0.0066662;RO=18;SAF=105;SAR=66;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103635;STB=0.553944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00118684;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:189:190:18:18:171:172:0.905263:66:105:1:17:67:105:1:17 chr12 10658507 . G A 394.46 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00340207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.929;QD=13.8408;RBI=0.00355863;REFB=-0.00938139;REVB=-0.00104391;RO=68;SAF=21;SAR=25;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184157;STB=0.60373;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0212211;OID=.;OPOS=10658507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:25:21:43:25:25:21:43:25 chr12 10659228 . A T 891.38 PASS AF=0.39313;AO=103;DP=262;FAO=103;FDP=262;FR=.;FRO=159;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=74;FSRR=85;FWDB=-0.00463246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3356;QD=13.6089;RBI=0.00584687;REFB=-0.0226083;REVB=0.00356737;RO=159;SAF=51;SAR=52;SRF=74;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321428;STB=0.518051;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0336933;OID=.;OPOS=10659228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:159:159:103:103:0.39313:52:51:74:85:52:51:74:85 chr12 10659438 . T C 2684.03 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.482;QD=62.0584;RBI=0.0226787;REFB=0;REVB=0.0163866;RO=0;SAF=59;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17994e-07;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:113:59:0:0:114:59:0:0 chr12 10659964 . C G 1340.33 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.911;QD=62.3408;RBI=0.0230188;REFB=0;REVB=0.0211731;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15187e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:45:41:0:0 chr12 10675250 . G C 746.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0325;QD=63.5621;RBI=0.0473123;REFB=0;REVB=0.0155828;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462903;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr12 10675295 . G A 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0191358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7369;QD=24.3897;RBI=0.0762007;REFB=0.00492972;REVB=-0.0737589;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159973;STB=0.50892;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00707721;OID=.;OPOS=10675295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:6:8:11:9:6:8 chr12 10763205 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0322206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.813;QD=18.8206;RBI=0.0332798;REFB=0.0212386;REVB=-0.00832943;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0159284;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:4:6:6:6:4:6 chr12 10763236 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0265;QD=58.1421;RBI=0.0496714;REFB=0;REVB=-0.0434633;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000831925;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr12 10771779 . C T 2558.04 PASS AF=0.428788;AO=275;DP=653;FAO=283;FDP=660;FR=.;FRO=377;FSAF=153;FSAR=130;FSRF=165;FSRR=212;FWDB=0.0243214;FXX=0.0030211;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.487;QD=15.5033;RBI=0.0351242;REFB=0.00533187;REVB=0.0253413;RO=377;SAF=151;SAR=124;SRF=165;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115704;STB=0.55864;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00820369;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:653:660:377:377:275:283:0.428788:124:151:165:212:130:153:165:212 chr12 10782115 . T C 257.14 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0486421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.853;QD=19.4064;RBI=0.05983;REFB=-0.00154772;REVB=-0.0348364;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14747;STB=0.59183;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00166486;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:24:24:0.45283:13:11:15:9:13:11:16:9 chr12 10783729 . A G 690.32 PASS AF=0.578947;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0205501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6283;QD=24.2216;RBI=0.0327301;REFB=-0.0036995;REVB=0.0254745;RO=48;SAF=37;SAR=29;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632541;STB=0.5345;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00274148;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:48:48:66:66:0.578947:29:37:23:25:29:37:23:25 chr12 10856219 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.045455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2707;QD=21.7443;RBI=0.0528987;REFB=-0.0183424;REVB=0.0270577;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.549931;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0112585;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:4:7:11:4:4:7 chr12 10871667 . A G 1222.67 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0446907;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9454;QD=58.9238;RBI=0.0588324;REFB=-0.0696497;REVB=0.0382622;RO=2;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230849;STB=0.512192;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00107208;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:83:2:2:81:81:0.975904:40:41:0:2:40:41:0:2 chr12 10875488 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.137642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.77;QD=7.9546;RBI=0.137758;REFB=-0.0229954;REVB=0.00564621;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257094;STB=0.666172;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0296031;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:5:14:7:1:5:14 chr12 10958658 . T C 865.3 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.138;QD=57.6867;RBI=0.0613377;REFB=0;REVB=0.0604797;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90577e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr12 10959031 . C T 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0040424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.631;QD=15.2438;RBI=0.00850981;REFB=-0.00712413;REVB=0.00748838;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236138;STB=0.638812;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00801001;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:23:13:29:20:23:13:30:20 chr12 10962115 . A G 250.66 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.046129;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3067;QD=16.7106;RBI=0.0509362;REFB=-0.0351103;REVB=-0.0216012;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105681;STB=0.56662;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0400958;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:32:28:28:0.466667:14:14:12:19:14:14:12:20 chr12 10978402 . G A 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151393;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.697;QD=56.7418;RBI=0.0447537;REFB=0;REVB=-0.0421153;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204738;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 10999708 . T C 1437.74 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137159;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.993;QD=63.1975;RBI=0.0414162;REFB=0;REVB=0.0390791;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7234e-05;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:40:50:0:0:41:50:0:0 chr12 10999780 . C T 442.45 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0138422;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.416;QD=18.2455;RBI=0.0138887;REFB=-0.00917771;REVB=0.00113658;RO=51;SAF=34;SAR=10;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154557;STB=0.598773;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0183504;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:52:44:45:0.463918:10:34:33:18:10:35:33:19 chr12 11001963 . ATTTTTTTA ATATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT 68.38 PASS AF=0.125,0.225,0.025;AO=5,8,4;DP=40;FAO=5,9,1;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=0,7,1;FSAR=5,2,0;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.0157173,-0.0306061,-0.0522425;FXX=0.0243843;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=177.849,7.8691,102.141;QD=6.83767;RBI=0.016921,0.0509545,0.0523839;REFB=-0.00324667,-0.0830799,-0.000160596;REVB=0.00626781,-0.0407386,-0.0038461;RO=16;SAF=0,6,4;SAR=5,2,0;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.79279,-0.0967128,0.585341;STB=0.998932,0.623428,0.982782;STBP=0,0.573,0.564;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0409158,0.0295972,-0.0380804;OID=.,.,.;OPOS=11001965,11001964,11001970;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=ATATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.225,0.025:5,8,4:40:5,9,1:40:25:0,7,1:5,2,0:22:3:31:16:0,6,4:5,2,0:13:3 chr12 11061122 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.549;QD=62.671;RBI=0.0257294;REFB=0;REVB=0.00576831;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151189;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr12 11083356 . A G 217.1 PASS AF=0.164122;AO=43;DP=261;FAO=43;FDP=262;FR=.;FRO=219;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=140;FSRR=79;FWDB=-0.0496254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7764;QD=3.31447;RBI=0.051982;REFB=-0.00299622;REVB=-0.0154741;RO=218;SAF=21;SAR=22;SRF=139;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19399;STB=0.625408;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0133644;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:218:219:43:43:0.164122:22:21:139:79:22:21:140:79 chr12 11083677 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.786;QD=59.8393;RBI=0.0139052;REFB=0;REVB=-0.0112308;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59651e-05;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 11091432 . C T 365.11 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.647;QD=52.1581;RBI=0.0119858;REFB=-0.103937;REVB=0.00660691;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000316176;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr12 11138683 . C T 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00342333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.891;QD=62.3194;RBI=0.0302713;REFB=-0.00735514;REVB=0.0300771;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=6.56352e-05;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:52:43:0:1:52:43:0:1 chr12 11138852 . C T 1507.17 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.432;QD=58.531;RBI=0.0182691;REFB=-0.0524294;REVB=-0.00385489;RO=1;SAF=45;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104268;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000865128;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:57:45:1:0:57:45:1:0 chr12 11149629 . C T 122.7 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0497933;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.3099;QD=9.26042;RBI=0.0815477;REFB=-0.035378;REVB=0.0645807;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153002;STB=0.590052;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0751993;OID=.;OPOS=11149629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:35:37:16:16:0.301887:9:7:20:15:9:7:21:16 chr12 11149711 . C A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.306;QD=60.3766;RBI=0.0106625;REFB=0;REVB=-0.0101415;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66064e-05;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr12 11149720 . A G 1157.52 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00334548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.894;QD=59.3599;RBI=0.0203772;REFB=-0.0483748;REVB=-0.0201007;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000108449;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:41:36:0:0:41:36:0:1 chr12 11149769 . T C 1283.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000169132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.679;QD=61.8434;RBI=0.0314553;REFB=0;REVB=0.0314548;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106003;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr12 11150033 . G T 818.94 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165523;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.023;QD=57.4695;RBI=0.0328807;REFB=0;REVB=0.0284106;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689351;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:46:57:1:19:27:0:0:24:33:0:0 chr12 11150046 . G T 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7545;QD=57.1024;RBI=0.0181688;REFB=0;REVB=-0.0178336;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271871;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr12 11150054 . C T 345.36 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000437486;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.148;QD=24.2361;RBI=0.0119723;REFB=-0.034687;REVB=0.0119643;RO=23;SAF=22;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222772;STB=0.622568;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00983384;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:12:22:8:15:12:22:8:15 chr12 11150214 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2463;QD=63.5824;RBI=0.0766826;REFB=0;REVB=-0.0766733;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117096;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr12 11150319 . T C 280.34 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164265;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.859;QD=53.3978;RBI=0.0233753;REFB=0;REVB=0.0166305;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47813e-06;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:21:2:0:21:21:1:15:6:2:0:15:6:0:0 chr12 11174302 . A G 48.31 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00599948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.547;QD=1.97176;RBI=0.010837;REFB=-0.000445685;REVB=-0.00902475;RO=87;SAF=6;SAR=5;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751951;STB=0.555455;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00352453;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:87:87:11:11:0.112245:5:6:42:45:5:6:42:45 chr12 11174327 . C T 93.9 PASS AF=0.152;AO=19;DP=125;FAO=19;FDP=125;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0145055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.142;QD=3.00486;RBI=0.0159814;REFB=0.000317079;REVB=-0.0067078;RO=106;SAF=11;SAR=8;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14684;STB=0.598224;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0016388;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:125:125:106:106:19:19:0.152:8:11:49:57:8:11:49:57 chr12 11174372 . C G 89.72 PASS AF=0.140741;AO=19;DP=135;FAO=19;FDP=135;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.00874639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6853;QD=2.65826;RBI=0.043037;REFB=0.000299704;REVB=-0.0421389;RO=115;SAF=10;SAR=9;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12607;STB=0.5886;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00220283;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:135:135:115:116:19:19:0.140741:9:10:49:66:9:10:49:67 chr12 11174380 . C T 84.55 PASS AF=0.139706;AO=19;DP=137;FAO=19;FDP=136;FR=.;FRO=117;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.0145117;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.26;QD=2.48685;RBI=0.0145119;REFB=-0.00374978;REVB=8.57225e-05;RO=114;SAF=10;SAR=9;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992962;STB=0.570035;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0160389;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:137:136:114:117:19:19:0.139706:9:10:51:63:9:10:52:65 chr12 11174390 . G A 80.04 PASS AF=0.12766;AO=18;DP=141;FAO=18;FDP=141;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0047764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.662;QD=2.27068;RBI=0.0211683;REFB=0.000265309;REVB=-0.0206224;RO=123;SAF=10;SAR=8;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144373;STB=0.600514;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00349996;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:141:141:123:123:18:18:0.12766:8:10:54:69:8:10:54:69 chr12 11174397 . T A 71.79 PASS AF=0.118056;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=144;FR=.;FRO=127;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=0.00517823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.191;QD=1.99408;RBI=0.0140874;REFB=0.00122784;REVB=-0.0131012;RO=125;SAF=9;SAR=8;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904008;STB=0.57065;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0107925;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:142:144:125:127:17:17:0.118056:8:9:57:68:8:9:57:70 chr12 11174416 . A G 72.66 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.00102081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1077;QD=2.06119;RBI=0.0389124;REFB=-0.00164744;REVB=0.038899;RO=124;SAF=9;SAR=8;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958916;STB=0.568027;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0168854;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:124:124:17:17:0.120567:8:9:56:68:8:9:56:68 chr12 11174466 . G A 34.05 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=0.0241694;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1435;QD=1.12562;RBI=0.0241739;REFB=0.0026025;REVB=0.000466819;RO=110;SAF=7;SAR=3;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236622;STB=0.6891;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0489809;OID=.;OPOS=11174466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:122:121:110:111:10:10:0.0826446:3:7:54:56:3:7:55:56 chr12 11174753 . G A 503.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.585;QD=59.1826;RBI=0.053536;REFB=0;REVB=0.0230213;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116475;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:13:18:0:0:13:21:0:0 chr12 11183042 . C G 59.81 PASS AF=0.0851064;AO=20;DP=236;FAO=20;FDP=235;FR=.;FRO=215;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=110;FWDB=0.0156;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4303;QD=1.018;RBI=0.0296349;REFB=-0.000926844;REVB=-0.0251966;RO=215;SAF=5;SAR=15;SRF=105;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283073;STB=0.725043;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00953481;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:236:235:215:215:20:20:0.0851064:15:5:105:110:15:5:105:110 chr12 11183046 . C T 58.52 PASS AF=0.0833333;AO=20;DP=240;FAO=20;FDP=240;FR=.;FRO=220;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=106;FSRR=114;FWDB=-0.0499065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3494;QD=0.975289;RBI=0.0504433;REFB=-0.00217621;REVB=0.00733954;RO=220;SAF=5;SAR=15;SRF=106;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274962;STB=0.720551;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0202851;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:240:240:220:220:20:20:0.0833333:15:5:106:114:15:5:106:114 chr12 11183052 . G A 52.5 PASS AF=0.0785124;AO=18;DP=242;FAO=19;FDP=242;FR=.;FRO=223;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=112;FSRR=111;FWDB=-0.0175073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.477;QD=0.867825;RBI=0.0248065;REFB=-0.00183741;REVB=-0.0175743;RO=222;SAF=4;SAR=14;SRF=111;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315783;STB=0.723579;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0290979;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:242:242:222:223:18:19:0.0785124:14:4:111:111:14:5:112:111 chr12 11183451 . A T 1491.69 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7946;QD=63.4763;RBI=0.0430884;REFB=0;REVB=-0.0130428;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250017;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:48:45:0:0:49:45:0:0 chr12 11183576 . T C 50.12 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00646367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1493;QD=2.78429;RBI=0.0355965;REFB=-0.00668264;REVB=-0.0350048;RO=62;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199289;STB=0.639072;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0388451;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:4:6:27:35:4:6:27:35 chr12 11183642 . A G 90.65 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00882395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6039;QD=3.94148;RBI=0.0171245;REFB=-0.00440424;REVB=-0.014676;RO=76;SAF=9;SAR=7;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952732;STB=0.562422;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.024269;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:76:76:16:16:0.173913:7:9:37:39:7:9:37:39 chr12 11183676 . C T 91.05 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0362641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.989;QD=4.0021;RBI=0.0363678;REFB=-0.00312283;REVB=-0.00274502;RO=75;SAF=7;SAR=9;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370472;STB=0.524241;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0118518;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:75:75:16:16:0.175824:9:7:35:40:9:7:35:40 chr12 11183697 . C A 52.25 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00419376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6313;QD=2.45894;RBI=0.012489;REFB=-0.00573717;REVB=-0.0117638;RO=74;SAF=3;SAR=8;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268831;STB=0.692971;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0325841;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:8:3:36:38:8:3:36:38 chr12 11183708 . T C 48.61 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00237206;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3526;QD=2.55852;RBI=0.00291903;REFB=-0.00126167;REVB=-0.0017012;RO=58;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383743;STB=0.772911;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00543451;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:58:66:10:10:0.131579:8:2:29:29:8:2:33:33 chr12 11183722 . A C 55.74 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.063856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2803;QD=2.93358;RBI=0.0663311;REFB=-0.00244701;REVB=-0.0179507;RO=65;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244503;STB=0.67143;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0192635;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:8:3:30:35:8:3:30:35 chr12 11183752 . T C 47.65 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00929271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.366;QD=2.4435;RBI=0.0315115;REFB=0.00277829;REVB=0.0301102;RO=68;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305176;STB=0.724655;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0315201;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:68:68:10:10:0.128205:8:2:29:39:8:2:29:39 chr12 11183793 . G C 33.03 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0413794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.375;QD=2.03279;RBI=0.0494656;REFB=-0.00358437;REVB=-0.0271035;RO=58;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252253;STB=0.694501;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0366754;OID=.;OPOS=11183793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:5:2:29:29:5:2:29:29 chr12 11183797 . C T 55.39 PASS AF=0.169811;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00664909;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.979;QD=4.18011;RBI=0.0135615;REFB=0.000780117;REVB=0.0118197;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385489;STB=0.770578;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00463184;OID=.;OPOS=11183797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:56:53:47:44:8:9:0.169811:6:2:27:20:7:2:24:20 chr12 11244166 . G C 1097.52 PASS AF=0.938272;AO=75;DP=80;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0116618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.955;QD=54.1988;RBI=0.0168183;REFB=-0.0822896;REVB=0.0121185;RO=5;SAF=43;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321772;STB=0.501333;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00539404;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:81:5:5:75:76:0.938272:32:43:3:2:32:44:3:2 chr12 11244194 . T C 989.79 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.012271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.727;QD=54.9885;RBI=0.012272;REFB=-0.0101061;REVB=0.000155565;RO=3;SAF=41;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591881;STB=0.503133;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0004581;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:28:41:2:1:28:41:2:1 chr12 11244725 . C G 599.13 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0199258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.855;QD=46.9907;RBI=0.0202918;REFB=-0.0458255;REVB=-0.00383623;RO=5;SAF=14;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062349;STB=0.533318;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0101558;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:32:14:3:2:32:14:3:2 chr12 11338613 . CA GG 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270708;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=337.696;QD=53.2772;RBI=0.00485297;REFB=0;REVB=-0.00402778;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.11169e-05;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr12 11338781 . C A 1440.59 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0392309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1089;QD=60.6563;RBI=0.0416315;REFB=0.0257313;REVB=-0.0139327;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111544;STB=0.511625;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000879323;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:42:51:0:1:42:51:0:2 chr12 11338957 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0879878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2375;QD=46.8452;RBI=0.125678;REFB=0;REVB=0.0897396;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74415e-05;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr12 11338983 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.018;QD=42.1826;RBI=0.0554844;REFB=0;REVB=-0.0106531;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235033;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr12 11418954 . A G 1176.27 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602915;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.295;QD=61.1049;RBI=0.00744496;REFB=0;REVB=0.0043677;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82666e-05;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr12 11420375 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.443;QD=33.4281;RBI=0.149713;REFB=0;REVB=0.0735304;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482362;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 11461292 . C G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.701;QD=35.5676;RBI=0.0380982;REFB=0;REVB=0.0341634;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459983;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 11462275 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.211;QD=57.3858;RBI=0.0211505;REFB=0;REVB=-0.0209957;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13841e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 11506211 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.598;QD=33.4285;RBI=0.0740672;REFB=0;REVB=0.0717098;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260051;OID=.;OPOS=11506211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 12022390 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00686446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.456;QD=6.85067;RBI=0.00705763;REFB=0.00390616;REVB=-0.0016399;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29915;STB=0.689273;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0100596;OID=.;OPOS=12022390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:17:14:7:3:17:14 chr12 12044393 . T TTA 129.9 PASS AF=0.169935;AO=22;DP=197;FAO=26;FDP=153;FR=.;FRO=127;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.0120864;FXX=0.0613459;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.657;QD=3.39613;RBI=0.0369006;REFB=-0.00246012;REVB=-0.0348651;RO=173;SAF=19;SAR=3;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484572;STB=0.760905;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00819413;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169935:22:197:26:153:127:21:5:66:61:99:173:19:3:83:90 chr12 12045264 . G T 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.00971782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.476;QD=9.73954;RBI=0.0100291;REFB=-0.0115704;REVB=-0.00247918;RO=46;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120167;STB=0.569834;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0258796;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:16:6:9:37:16:6:9:37 chr12 12230938 . C G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00992919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.091;QD=21.7452;RBI=0.013181;REFB=-0.0120811;REVB=0.00866886;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343481;STB=0.545407;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00482215;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:19:19:0.542857:9:10:8:6:9:10:10:6 chr12 12301898 . C T 902.47 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8638;QD=58.2237;RBI=0.0274502;REFB=0;REVB=0.00979493;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216584;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:45:17:0:0:45:17:0:0 chr12 12496086 . C T 387.19 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00410206;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.863;QD=17.5994;RBI=0.0543115;REFB=-0.0190963;REVB=-0.0541564;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344259;STB=0.513645;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0230058;OID=.;OPOS=12496086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:21:19:24:23:21:19:24:24 chr12 12814818 . C T 1095.75 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791064;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.57;QD=58.44;RBI=0.00841105;REFB=-0.0995795;REVB=-0.00285788;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183351;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:1:0:73:75:1:44:29:1:0:44:31:0:0 chr12 12879254 . T G 365.03 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000941259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0628;QD=52.1468;RBI=0.0556486;REFB=-0.0249348;REVB=-0.0556407;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0227951;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chr12 12941884 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.324;QD=60.7154;RBI=0.0172326;REFB=0;REVB=0.0164194;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41674e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr12 12941956 . A ATCCT 166.26 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00764274;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.511;QD=9.78011;RBI=0.00812297;REFB=-0.00426729;REVB=0.00275157;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10234;STB=0.55927;STBP=0.542;TYPE=ins;VARB=0.0097728;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:22:72:22:68:46:9:13:15:31:99:49:9:13:16:33 chr12 12967127 . C T 2159.42 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6004;QD=63.0489;RBI=0.0544521;REFB=0;REVB=-0.0119411;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034026;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:79:58:0:0:79:58:0:0 chr12 13028652 . CA C,CG 562.54 PASS AF=0.157895,0.842105;AO=8,29;DP=38;FAO=6,32;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6,10;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380658,0.0469181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.03,198.724;QD=59.2143;RBI=0.0380833,0.0473901;REFB=0,0;REVB=0.0011544,0.00667158;RO=0;SAF=8,7;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0453792,0.00791219;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.157895,0.842105:8,29:38:6,32:38:0:6,10:0,22:0:0:11:0:8,7:0,22:0:0 chr12 13061294 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.788;QD=57.2026;RBI=0.00798211;REFB=0;REVB=0.00355411;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00693e-05;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr12 13102605 . G A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00318828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.114;QD=27.2217;RBI=0.0262605;REFB=-0.0189233;REVB=0.0260663;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101759;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:16:8:5:10:16:8:5:10 chr12 13136623 . T C 220.08 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00138467;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7352;QD=23.1666;RBI=0.00896595;REFB=-0.00921756;REVB=-0.00885838;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357462;STB=0.538424;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0204352;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:14:7:6:10:14:7:7:10 chr12 13214537 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.753;QD=63.6145;RBI=0.0425693;REFB=0;REVB=0.00660968;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83112e-05;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr12 13221606 . T C 771.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028994;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0206;QD=64.2593;RBI=0.0290789;REFB=0;REVB=0.00221971;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027712;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 13243647 . A G 308.5 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0256756;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.607;QD=15.6203;RBI=0.0440322;REFB=-0.0187255;REVB=-0.0357715;RO=43;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135836;STB=0.510582;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0275335;OID=.;OPOS=13243647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:45:34:34:0.43038:13:21:26:17:13:21:27:18 chr12 13349823 . C T 629.71 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00216998;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4074;QD=23.7627;RBI=0.00654011;REFB=-0.0160239;REVB=0.00616962;RO=44;SAF=23;SAR=38;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149735;STB=0.586797;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00648327;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:44:45:61:61:0.575472:38:23:25:19:38:23:26:19 chr12 13369196 . C T 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0450985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4395;QD=21.1179;RBI=0.057797;REFB=0.000100361;REVB=-0.0361473;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134986;STB=0.574627;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00165294;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:19:13:21:16:19:13 chr12 13593879 . G A 324.13 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00395137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.166;QD=28.8117;RBI=0.0162922;REFB=-0.0135282;REVB=0.0158057;RO=17;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024518;STB=0.513504;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00711264;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:19:9:6:11:19:9:6:11 chr12 13715954 . G A 335.91 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0442148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.912;QD=19.7593;RBI=0.0596811;REFB=-0.031523;REVB=0.040086;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653112;STB=0.536185;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0235982;OID=.;OPOS=13715954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:13:22:23:10:13:22:23:10 chr12 13715975 . A G 301.52 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0240275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.781;QD=16.7513;RBI=0.0328943;REFB=-0.020261;REVB=-0.0224659;RO=39;SAF=25;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305122;STB=0.677237;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0167978;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:32:33:0.458333:7:25:20:19:7:26:20:19 chr12 13761741 . G A 382.97 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00826334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1938;QD=17.4078;RBI=0.0101971;REFB=0.000405218;REVB=-0.00597485;RO=48;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939163;STB=0.552605;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00122395;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:23:17:25:23:23:17:25:23 chr12 13836561 . T A 314.36 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00867002;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6826;QD=19.3452;RBI=0.0164037;REFB=-0.0147601;REVB=-0.0139253;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139343;STB=0.58398;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00864589;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:31:32:33:33:0.507692:16:17:11:20:16:17:11:21 chr12 13836650 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0160396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.905;QD=14.7663;RBI=0.0160895;REFB=-0.00561603;REVB=0.00126542;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808274;STB=0.538768;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00757353;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:16:9:14:18:16:9:14:19 chr12 14018777 . G C 836.8 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04501;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.031;QD=57.7104;RBI=0.0458762;REFB=0;REVB=0.0088725;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332268;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr12 14278844 . G A 296.91 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.786;QD=49.4846;RBI=0.0284375;REFB=-0.110488;REVB=-0.0252334;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0013454;OID=.;OPOS=14278844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:0:1:14:9:0:1 chr12 14587301 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.505;QD=59.4356;RBI=0.0185703;REFB=0;REVB=0.00569907;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51202e-05;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr12 14688644 . C T 1541.98 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079891;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.287;QD=59.8829;RBI=0.00976357;REFB=0;REVB=-0.00561262;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118057;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr12 14794062 . G A 1171.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4354;QD=60.8717;RBI=0.0245527;REFB=0;REVB=-0.00981067;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116033;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr12 14827463 . AATC A 1018.74 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447927;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=352.838;QD=48.5116;RBI=0.00480414;REFB=0;REVB=-0.00173663;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.73118e-07;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:84:84:84:0:51:33:0:0:18:0:50:32:0:0 chr12 14829893 . A C 4024.27 PASS AF=0.992366;AO=260;DP=263;FAO=260;FDP=262;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0487079;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5;QD=61.4393;RBI=0.0536499;REFB=-0.115926;REVB=0.0224913;RO=2;SAF=132;SAR=128;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000111984;STB=0.500059;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000692949;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:263:262:2:2:260:260:0.992366:128:132:1:1:128:132:1:1 chr12 14926504 . A G 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00148451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.441;QD=17.6719;RBI=0.0133072;REFB=-0.00211454;REVB=-0.0132242;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088111;STB=0.549323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00225583;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:18:14:16:14:18:14 chr12 14929721 . C T 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.012998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7724;QD=12.0192;RBI=0.0694392;REFB=-0.0203418;REVB=-0.0682119;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332725;STB=0.692073;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0153411;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:5:20:7:7:5:20 chr12 14929872 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.384;QD=57.7111;RBI=0.0273317;REFB=0;REVB=0.0164704;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147806;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr12 14976571 . G T 247.44 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0237594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.479;QD=13.7466;RBI=0.052641;REFB=0.0035626;REVB=-0.0469741;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660041;STB=0.537918;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00430438;OID=.;OPOS=14976571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:43:29:29:0.402778:13:16:20:21:13:16:21:22 chr12 15081897 . A C 1181.94 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.586;QD=58.3672;RBI=0.0629361;REFB=-0.0631383;REVB=-0.0583514;RO=2;SAF=46;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201366;STB=0.510636;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0024562;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:33:46:2:0:33:46:2:0 chr12 15095558 . C G 386.73 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.00208635;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.535;QD=20.6254;RBI=0.00451578;REFB=-0.0132589;REVB=-0.00400493;RO=37;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361409;STB=0.694349;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0118145;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:36:39:39:0.52:25:14:29:8:25:14:28:8 chr12 15103605 . A G 1917.64 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.838;QD=60.8775;RBI=0.0324056;REFB=0.000162838;REVB=0.0189472;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000160495;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:59:66:0:0:59:66:0:1 chr12 15669737 . T C 662.23 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0107809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.987;QD=23.6511;RBI=0.0110503;REFB=-0.0171892;REVB=-0.00242512;RO=47;SAF=34;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171117;STB=0.504483;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0137057;OID=.;OPOS=15669737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:48:64:64:0.571429:30:34:26:21:30:34:26:22 chr12 15679120 . C A 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0228764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1909;QD=11.3363;RBI=0.0742998;REFB=-0.0315267;REVB=-0.0706904;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590161;STB=0.534218;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.075248;OID=.;OPOS=15679120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:22:21:13:11:22:21 chr12 15733669 . G A 604.56 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0378844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7831;QD=24.676;RBI=0.0514987;REFB=-0.00877675;REVB=-0.034884;RO=42;SAF=17;SAR=38;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105441;STB=0.553916;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00611506;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:43:55:55:0.561224:38:17:18:24:38:17:18:25 chr12 15776095 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0106612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.726;QD=15.1567;RBI=0.0161483;REFB=-0.0199459;REVB=-0.0121287;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287168;STB=0.516299;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0289813;OID=.;OPOS=15776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:17:15:11:14:17:15 chr12 16189694 . T A 2319.72 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00085358;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.729;QD=60.2524;RBI=0.00774089;REFB=-0.117415;REVB=-0.00769368;RO=0;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64903e-08;STB=0.503649;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000191187;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:154:0:1:153:153:0.993506:85:68:0:0:85:68:1:0 chr12 16347308 . G A 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3342;QD=62.768;RBI=0.0488264;REFB=0;REVB=-0.0430062;RO=0;SAF=59;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28472e-05;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:75:59:0:0:75:59:0:0 chr12 16369828 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.972;QD=60.9786;RBI=0.024454;REFB=0;REVB=0.0236735;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10927e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr12 16397677 . G A 1959.43 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00308964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.664;QD=60.2901;RBI=0.00584883;REFB=0.0573258;REVB=-0.00496618;RO=2;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130162;STB=0.506848;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000127405;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:72:56:0:2:72:56:0:2 chr12 16397734 . C A 1491.58 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6916;QD=63.4716;RBI=0.0473896;REFB=0;REVB=-0.0380079;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3195e-05;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr12 16430284 . G A 787.49 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141963;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.244;QD=57.2723;RBI=0.0212193;REFB=0;REVB=0.015771;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31081e-05;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 57.2 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00475943;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=3;MLLD=64.8452;QD=9.94785;RBI=0.0300498;REFB=-0.0115518;REVB=-0.0296705;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=0.168206;STB=0.599791;STBP=0.498;TYPE=del;VARB=0.0183235;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:9:24:9:23:14:4:5:4:10:57:14:4:5:4:10 chr12 18511315 . T C 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00222295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.126;QD=18.1403;RBI=0.0211443;REFB=-0.000535524;REVB=-0.0210272;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137922;STB=0.50077;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000523654;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:25:18:21:29:25:18:21:29 chr12 19329493 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.242;QD=59.0116;RBI=0.0198201;REFB=0;REVB=0.0175523;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77888e-05;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr12 19598956 . C A 761.0 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6538;QD=56.3702;RBI=0.0374192;REFB=0;REVB=-0.023584;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28189e-05;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:22:32:0:0 chr12 19877449 . A G 1055.64 PASS AF=0.519802;AO=105;DP=202;FAO=105;FDP=202;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0108482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.275;QD=20.9038;RBI=0.0109755;REFB=-0.00554053;REVB=-0.00166702;RO=97;SAF=41;SAR=64;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038768;STB=0.52124;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00427558;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:97:97:105:105:0.519802:64:41:42:55:64:41:42:55 chr12 20522252 . G A 277.67 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0421323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9975;QD=18.5112;RBI=0.0591707;REFB=-0.0312441;REVB=0.0415457;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759857;STB=0.533311;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0302274;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:15:15:17:12:15:15:17:13 chr12 20704503 . CG C 967.61 PASS AF=0.567901;AO=133;DP=243;FAO=138;FDP=243;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=131;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.117007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5264;QD=15.9278;RBI=0.133663;REFB=-0.0330436;REVB=-0.0646158;RO=104;SAF=2;SAR=131;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.795519;STB=0.854309;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0218635;OID=.;OPOS=20704504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567901:133:243:138:243:105:7:131:51:54:99:104:2:131:51:53 chr12 20704509 . T G 971.58 PASS AF=0.463636;AO=102;DP=221;FAO=102;FDP=220;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=100;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.0382621;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.154;QD=17.6652;RBI=0.0391742;REFB=-0.0213478;REVB=-0.0084044;RO=119;SAF=2;SAR=100;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.770632;STB=0.944544;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0704215;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:119:118:102:102:0.463636:100:2:54:65:100:2:54:64 chr12 20766559 . C T 1358.3 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.296;QD=62.4506;RBI=0.0665488;REFB=0;REVB=-0.013177;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7295e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:55:31:0:0:56:31:0:0 chr12 20885931 . A G 785.37 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=133;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00407051;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.595;QD=23.2703;RBI=0.0573282;REFB=-0.0135369;REVB=-0.0571835;RO=59;SAF=35;SAR=39;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097403;STB=0.552791;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0133974;OID=.;OPOS=20885931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:59:61:74:74:0.548148:39:35:35:24:39:35:36:25 chr12 20903757 . T C 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0498929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.514;QD=13.7579;RBI=0.0532939;REFB=-0.0253403;REVB=-0.0187335;RO=53;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125224;STB=0.571386;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0562007;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:20:14:28:25:20:14:28:25 chr12 20905250 . C T 674.08 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00518211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.2;QD=23.6519;RBI=0.00519751;REFB=0.00263349;REVB=0.000399773;RO=48;SAF=27;SAR=38;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147135;STB=0.584589;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00248403;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:48:49:65:65:0.570175:38:27:29:19:38:27:30:19 chr12 20905279 . G T 397.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-5.98584e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.634;QD=14.1859;RBI=0.0108908;REFB=-0.0116846;REVB=0.0108907;RO=65;SAF=26;SAR=20;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154884;STB=0.591325;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0210577;OID=.;OPOS=20905279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:20:26:27:38:20:26:27:39 chr12 21011480 . T G 386.81 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00503714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.369;QD=15.788;RBI=0.0105976;REFB=-0.01052;REVB=0.00932393;RO=57;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395095;STB=0.522318;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0123953;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:28:13:20:37:28:13:20:37 chr12 21011813 . C T 363.45 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.077925;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4971;QD=12.2169;RBI=0.0807246;REFB=0.00349226;REVB=0.0210749;RO=75;SAF=26;SAR=18;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194838;STB=0.602995;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00697648;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:75:75:44:44:0.369748:18:26:31:44:18:26:32:43 chr12 21013948 . C T 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00756328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8601;QD=15.2587;RBI=0.0168595;REFB=-0.0165903;REVB=0.0150678;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135257;STB=0.578821;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0312755;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:9:7:4:9:9:7 chr12 21015760 . G A 611.43 PASS AF=0.415663;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=166;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0120473;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2847;QD=14.7332;RBI=0.0210728;REFB=-0.00720726;REVB=0.0172894;RO=96;SAF=32;SAR=37;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604009;STB=0.530316;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0103519;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:96:97:69:69:0.415663:37:32:39:57:37:32:40:57 chr12 21036411 . A G 470.35 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.0265306;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.517;QD=15.944;RBI=0.0330193;REFB=-0.0250071;REVB=-0.0196572;RO=65;SAF=27;SAR=25;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163922;STB=0.594909;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0171259;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:65:66:52:52:0.440678:25:27:23:42:25:27:23:43 chr12 21054369 . G A 1843.47 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.259;QD=60.4417;RBI=0.0365238;REFB=-0.0674888;REVB=0.0172802;RO=1;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798372;STB=0.504201;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000494895;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:59:62:0:1:59:62:0:1 chr12 21054918 . T C 486.25 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00189019;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.867;QD=19.4501;RBI=0.0140904;REFB=0.00281613;REVB=-0.0139631;RO=50;SAF=30;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739645;STB=0.540967;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00279853;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:50:50:50:50:0.5:20:30:26:24:20:30:26:24 chr12 21176135 . T C 2421.01 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.201;QD=61.2913;RBI=0.0940753;REFB=0;REVB=0.0936484;RO=0;SAF=60;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286833;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:98:60:0:0:98:60:0:0 chr12 21201663 . G A 2994.29 PASS AF=0.995025;AO=190;DP=191;FAO=200;FDP=201;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049014;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.265;QD=59.5879;RBI=0.0754786;REFB=-0.0129832;REVB=0.057399;RO=0;SAF=89;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502463;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00233707;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:201:0:1:190:200:0.995025:101:89:0:0:101:99:0:1 chr12 21329738 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7599;QD=62.6701;RBI=0.118655;REFB=0;REVB=0.0200575;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225329;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr12 21621603 . A G 310.04 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0239834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.788;QD=18.79;RBI=0.0241948;REFB=-0.0217417;REVB=0.00319146;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027484;STB=0.515311;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0215246;OID=.;OPOS=21621603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:18:15:14:19:18:15:14:19 chr12 21623179 . T C 205.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0230461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1188;QD=23.5285;RBI=0.026618;REFB=-0.0058749;REVB=-0.0133191;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291467;STB=0.662728;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00448115;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:11:4:13:7:11:4 chr12 21623969 . A G 290.61 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0240475;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.995;QD=14.0053;RBI=0.0244397;REFB=-0.00578723;REVB=-0.00436047;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121647;STB=0.581043;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00604599;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:16:17:20:30:16:17:19:31 chr12 21654831 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.665;QD=63.583;RBI=0.0584936;REFB=0;REVB=0.0413575;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144255;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr12 21668756 . G C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0150565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4713;QD=12.8606;RBI=0.0327831;REFB=-0.0560987;REVB=-0.0291211;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0583606;OID=.;OPOS=21668756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr12 21712574 . C T 343.42 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0224916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7931;QD=19.0787;RBI=0.0394918;REFB=0.0253992;REVB=0.0324613;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025352;STB=0.514099;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0278677;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:16:20:21:15:16:20:21:15 chr12 21713402 . T C 674.98 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0275302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.802;QD=22.1305;RBI=0.0302936;REFB=0.000821764;REVB=-0.0126408;RO=56;SAF=26;SAR=40;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301366;STB=0.516524;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.000641071;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:56:66:66:0.540984:40:26:24:32:40:26:24:32 chr12 21797029 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.727;QD=56.9554;RBI=0.0538198;REFB=0;REVB=0.0258416;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315246;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr12 22017422 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0007666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.885;QD=54.5177;RBI=0.0112596;REFB=0;REVB=0.0112335;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77803e-05;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr12 22063115 . A G 970.69 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.689;QD=58.8299;RBI=0.0331308;REFB=0;REVB=0.0329425;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.096e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr12 22213786 . C T 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0168625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.135;QD=21.9743;RBI=0.0225435;REFB=0.0017748;REVB=0.0149621;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066339;STB=0.536568;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00150913;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:21:22:16:21:21:22:16:21 chr12 22348500 . A G 1936.31 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.634;QD=60.986;RBI=0.0302082;REFB=0.0178964;REVB=0.00854045;RO=1;SAF=59;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079849;STB=0.504201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=2.825e-06;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:127:1:1:124:126:0.992126:65:59:1:0:67:59:1:0 chr12 22354921 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.541;QD=59.4356;RBI=0.011735;REFB=0;REVB=0.00721871;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43122e-06;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 22478425 . A G 505.3 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00111798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.273;QD=22.71;RBI=0.0037757;REFB=-0.00113734;REVB=0.00360638;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965069;STB=0.547221;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00106596;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:41:47:48:0.539326:21:26:18:23:22:26:18:23 chr12 22602796 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.139317;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3908;QD=18.9485;RBI=0.141815;REFB=-0.00810549;REVB=0.0265011;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127983;STB=0.562455;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.000945382;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:12:16:11:15:12:16:12:15 chr12 22625661 . A G 432.1 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00624336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.336;QD=18.5849;RBI=0.00783528;REFB=-0.00854393;REVB=0.00473414;RO=49;SAF=16;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192201;STB=0.61106;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0111169;OID=.;OPOS=22625661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:27:16:28:21:28:16:28:21 chr12 22841092 . A C 1318.88 PASS AF=0.923077;AO=96;DP=103;FAO=96;FDP=104;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0477608;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.6907;QD=50.7263;RBI=0.0480158;REFB=-0.100913;REVB=-0.00494234;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431417;OID=.;OPOS=22841092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:103:104:2:8:96:96:0.923077:48:48:2:0:48:48:4:4 chr12 24859899 . G A 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.255;QD=58.6114;RBI=0.0213202;REFB=0.0885532;REVB=0.0125731;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=2.7568e-05;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:41:32:0:1:41:32:0:1 chr12 24964383 . T C 560.82 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519856;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.411;QD=60.6296;RBI=0.00547493;REFB=0;REVB=-0.00171752;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96985e-05;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr12 24964523 . C T 733.03 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3226;QD=61.0856;RBI=0.0127863;REFB=-0.0219292;REVB=0.00224409;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000630993;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:26:21:0:0:26:21:0:1 chr12 24968131 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.523;QD=44.6898;RBI=0.0356577;REFB=0;REVB=-0.0148868;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102497;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr12 24968150 . A C 175.65 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.044;QD=46.8408;RBI=0.0290799;REFB=0;REVB=0.0282165;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50342e-05;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:5:10:0:0 chr12 24970708 . G A,T 1400.25 PASS AF=0.939394,0.0505051;AO=92,5;DP=98;FAO=93,5;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=58,4;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00628665,-0.0042776;FXX=0.0294089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.7022,141.597;QD=56.5757;RBI=0.00735517,0.0150049;REFB=-0.0599335,0.00231563;REVB=-0.00381794,0.0143823;RO=1;SAF=57,4;SAR=35,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.013351,0.277405;STB=0.507041,0.66592;STBP=0.259,0.23;TYPE=snp,snp;VARB=0.00844591,0.0422529;OID=.,.;OPOS=24970708,24970708;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:98:99:1:1:92,5:93,5:0.939394,0.0505051:35,1:57,4:0:1:35,1:58,4:0:1 chr12 25054891 . G A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00258412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7575;QD=20.64;RBI=0.0371672;REFB=0.005844;REVB=0.0370773;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102941;STB=0.556972;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0046015;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:13:19:17:19:13:19 chr12 25148755 . C G 981.43 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0129299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.531;QD=51.6541;RBI=0.055072;REFB=-0.0940805;REVB=0.0535327;RO=3;SAF=44;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243674;STB=0.510806;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00535129;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:76:3:6:70:70:0.921053:26:44:1:2:26:44:3:3 chr12 25242595 . C G 1540.78 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000480319;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8388;QD=62.889;RBI=0.0324403;REFB=-0.0410686;REVB=-0.0324367;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.505746;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000210405;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:98:0:1:97:97:0.989796:54:43:0:0:54:43:1:0 chr12 25243115 . G C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00209537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.151;QD=11.1312;RBI=0.0159546;REFB=-0.0266428;REVB=-0.0158164;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417314;STB=0.74037;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0160565;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:2:15:5:5:2:15 chr12 25261735 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.663;QD=39.2068;RBI=0.0392294;REFB=0;REVB=0.0392294;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970175;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr12 25311489 . G T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00445606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.279;QD=14.6497;RBI=0.00910409;REFB=-0.0145784;REVB=-0.00793902;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152333;STB=0.578826;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0173949;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:11:3:6:12:11:3:6:13 chr12 25343516 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00701184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0658;QD=8.89982;RBI=0.0113536;REFB=-0.00849209;REVB=-0.0089296;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116253;STB=0.571296;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0363638;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:12:14:7:4:12:14 chr12 25357574 . CAA C 191.87 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0140094;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.754;QD=14.4805;RBI=0.0264482;REFB=-0.00144151;REVB=0.0224331;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162503;STB=0.509084;STBP=0.965;TYPE=del;VARB=0.00181689;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434:27:53:27:53:26:14:13:13:13:99:26:14:13:13:13 chr12 25357628 . TA T 140.08 PASS AF=0.517241;AO=16;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0205138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.26;QD=19.3212;RBI=0.0209185;REFB=-0.0208295;REVB=0.00409476;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190679;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=0.00573715;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:16:29:15:29:14:5:10:7:7:99:13:5:11:7:6 chr12 25360501 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0113286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.479;QD=19.9758;RBI=0.0113709;REFB=-0.00309891;REVB=0.000979842;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138568;STB=0.578454;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00507329;OID=.;OPOS=25360501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:10:10:13:7:10:10 chr12 25361091 . T C 1940.03 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.049937;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.995;QD=61.1032;RBI=0.0530641;REFB=0.0260652;REVB=0.0179469;RO=1;SAF=78;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979599;STB=0.505154;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-8.32632e-05;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:127:1:1:126:126:0.992126:48:78:0:1:48:78:0:1 chr12 25361142 . A G 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0134149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.052;QD=14.1657;RBI=0.0138319;REFB=-0.000894383;REVB=-0.00337058;RO=63;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154458;STB=0.508716;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00121709;OID=.;OPOS=25361142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:23:21:31:32:23:21:31:32 chr12 25362217 . A G 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00503712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.172;QD=17.7784;RBI=0.00508181;REFB=-0.0105387;REVB=-0.000672447;RO=54;SAF=21;SAR=28;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384571;STB=0.521359;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0113164;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:28:21:21:33:28:21:21:33 chr12 25362465 . G A 385.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.449;QD=55.075;RBI=0.0320218;REFB=0;REVB=0.0273577;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96531e-05;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr12 25362552 . A C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00607538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.26;QD=9.49183;RBI=0.0512286;REFB=0.00994815;REVB=-0.0508671;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0199512;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:11:7:4:5:11:7 chr12 25362777 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0112059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.734;QD=19.5231;RBI=0.0388396;REFB=-0.0277543;REVB=-0.0371879;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0487854;OID=.;OPOS=25362777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:8:4:6:8:8:4 chr12 25368462 . C T 1245.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.17;QD=61.5221;RBI=0.00169732;REFB=0;REVB=-0.000903914;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0318e-07;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr12 25557226 . C T 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.451;QD=54.6358;RBI=0.0145486;REFB=-0.0155986;REVB=-0.0048472;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000223944;OID=.;OPOS=25557226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:1:0:25:26:1:0 chr12 25671759 . T A 1562.35 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012941;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1044;QD=60.0903;RBI=0.063866;REFB=0;REVB=0.0625412;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141444;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr12 25932300 . G A 419.16 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=0.0184005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.196;QD=15.6694;RBI=0.0209833;REFB=-0.0155288;REVB=0.0100857;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298523;STB=0.665825;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0155926;OID=.;OPOS=25932300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:26:21:45:15:26:21:45:15 chr12 25932380 . G C 409.61 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.01436;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.74;QD=19.0514;RBI=0.0160449;REFB=-0.0259841;REVB=-0.00715729;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536054;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0185492;OID=.;OPOS=25932380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:44:42:42:0.488372:22:20:20:22:23:19:23:21 chr12 26217972 . A G 333.69 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00719469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.955;QD=21.8813;RBI=0.0221764;REFB=0.0339223;REVB=-0.0209769;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325901;STB=0.518003;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0270346;OID=.;OPOS=26217972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:15:19:14:13:15:19:14:13 chr12 26491475 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0213623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.159;QD=10.3792;RBI=0.0215354;REFB=-0.00232723;REVB=-0.00272478;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124271;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00509565;OID=.;OPOS=26491475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:9:7:5:4:9:7 chr12 26491838 . G A 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00318674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.816;QD=27.2763;RBI=0.00367309;REFB=0.00523106;REVB=-0.00182654;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235895;STB=0.629597;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00756112;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:13:15:4:15:13:15:4:15 chr12 26809316 . G A 345.15 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0104278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.34;QD=14.233;RBI=0.0220252;REFB=-0.005553;REVB=0.0194003;RO=59;SAF=13;SAR=25;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130386;STB=0.574342;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0113728;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:25:13:27:32:25:13:27:32 chr12 26810777 . T C 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00214208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.887;QD=16.0184;RBI=0.0192551;REFB=-0.0113721;REVB=0.0191356;RO=53;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221267;STB=0.518192;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0140437;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:22:18:25:28:22:18:26:28 chr12 26810816 . T G 191.99 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.022199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.569;QD=9.84552;RBI=0.0272685;REFB=-0.000454489;REVB=0.0158359;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000887637;STB=0.505648;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00200345;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:13:12:25:27:13:12:25:28 chr12 26834804 . T TACTC 453.5 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00848205;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=356.961;QD=14.9917;RBI=0.0143899;REFB=-0.00821669;REVB=0.0116243;RO=70;SAF=28;SAR=23;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212031;STB=0.511912;STBP=0.823;TYPE=ins;VARB=0.0114011;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421488:51:121:51:121:70:28:23:37:33:99:70:28:23:37:33 chr12 27064232 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.429;QD=63.1953;RBI=0.0315879;REFB=0;REVB=0.0181664;RO=0;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38289e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:61:31:0:0:61:31:0:0 chr12 27175640 . A G 953.46 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3441;QD=56.923;RBI=0.103526;REFB=-0.0620479;REVB=-0.0900593;RO=2;SAF=30;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304517;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00107293;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:2:1:65:66:0.985075:35:30:2:0:35:31:1:0 chr12 27234198 . CTTTTG CTTGTG,CTTT,CTTTG 984.75 PASS AF=0.0660377,0,0.933962;AO=7,16,16;DP=108;FAO=7,0,99;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,46;FSAR=0,0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107942,-0.25095,-0.0216603;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=187.152,12.4883,12.3657;QD=37.1605;RBI=0.152157,0.691143,1.11822;REFB=0,0,0;REVB=0.107239,0.643974,1.11801;RO=49;SAF=7,16,16;SAR=0,0,0;SRF=3;SRR=46;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.457831,0.457831;SSSB=0.854181,0.879251,0.879251;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.240807,0,-0.00393025;OID=.,.,.;OPOS=27234201,27234202,27234199;OREF=T,TG,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=CTTGTG,CTTT,CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0660377,0,0.933962:7,16,16:108:7,0,99:106:0:7,0,46:0,0,53:0:0:20:49:7,16,16:0,0,0:3:46 chr12 27470866 . G A 418.65 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617092;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.927;QD=57.7452;RBI=0.0708704;REFB=0;REVB=-0.0706012;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395899;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr12 27627805 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.186;QD=58.9625;RBI=0.0299817;REFB=0;REVB=0.0249653;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50868e-05;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr12 27800746 . G T 2067.55 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014219;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0307;QD=62.653;RBI=0.0176231;REFB=0;REVB=0.0104112;RO=0;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25011e-05;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:77:55:0:0:77:55:0:0 chr12 27844824 . G A 440.86 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0071486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.732;QD=16.0314;RBI=0.021557;REFB=-0.015401;REVB=0.0203372;RO=61;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197218;STB=0.610731;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0200754;OID=.;OPOS=27844824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:34:15:30:31:34:15:30:31 chr12 27849795 . CA CG,TG 499.67 PASS AF=0.542857,0.457143;AO=19,16;DP=35;FAO=19,16;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8,7;FSAR=11,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214278,0.0271989;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=52.9682,186.948;QD=57.1055;RBI=0.0432079,0.0274763;REFB=0,0;REVB=-0.0375203,-0.00389475;RO=0;SAF=8,7;SAR=11,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00815277,0.00142472;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:35:0:0:19,16:19,16:0.542857,0.457143:11,9:8,7:0:0:11,9:8,7:0:0 chr12 27867706 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.976;QD=60.9786;RBI=0.0217588;REFB=0;REVB=0.0204636;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57789e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 27867727 . G A 200.58 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00980238;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.492;QD=19.5689;RBI=0.00995029;REFB=0.00447176;REVB=-0.00170923;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119952;STB=0.568054;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00489704;OID=.;OPOS=27867727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:10:11:13:7:10:11 chr12 27878475 . G A 430.61 PASS AF=0.384615;AO=48;DP=129;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0102554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.58;QD=13.2495;RBI=0.0136888;REFB=-0.00474788;REVB=0.00906698;RO=80;SAF=18;SAR=30;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126781;STB=0.567882;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00787022;OID=.;OPOS=27878475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:80:80:48:50:0.384615:30:18:39:41:31:19:39:41 chr12 27915718 . A T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.020492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.2;QD=18.0094;RBI=0.0224516;REFB=0.00237128;REVB=-0.00917343;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073659;STB=0.546873;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0024422;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:16:19:23:14:16:19:24:14 chr12 27915944 . A G 582.52 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00603323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.485;QD=17.9237;RBI=0.00713472;REFB=-0.010848;REVB=0.00380847;RO=68;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687797;STB=0.537161;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0100922;OID=.;OPOS=27915944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:68:69:60:61:0.469231:31:29:28:40:32:29:28:41 chr12 27916206 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0115083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.778;QD=10.7535;RBI=0.0293301;REFB=0.00601253;REVB=-0.0269781;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298888;STB=0.683288;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0129862;OID=.;OPOS=27916206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:9:17:11:2:9:17 chr12 27916224 . A G 115.64 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0198385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5928;QD=11.013;RBI=0.0244985;REFB=-0.00691256;REVB=-0.014374;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294286;STB=0.68011;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.011135;OID=.;OPOS=27916224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:12:2:9:19:12:2:9:19 chr12 27959201 . G A 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.000633115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.677;QD=14.2153;RBI=0.0029864;REFB=-0.017912;REVB=-0.00291852;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560106;STB=0.531771;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0271846;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:15:28:18:12:15:28 chr12 28122893 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.84;QD=57.8849;RBI=0.0350547;REFB=0;REVB=0.0333815;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25823e-05;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr12 28457618 . A C 2430.83 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379737;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.615;QD=60.7709;RBI=0.0131192;REFB=0;REVB=0.0125576;RO=1;SAF=65;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246581;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:161:160:1:0:159:160:1:94:65:1:0:94:66:0:0 chr12 28605426 . G A 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00471727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.211;QD=15.3988;RBI=0.0191567;REFB=-0.00254522;REVB=-0.0185668;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19477;STB=0.609839;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00452175;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:17:23:22:35:17:23:22:35 chr12 28658350 . C T 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00972102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.265;QD=12.8199;RBI=0.0186903;REFB=-0.00124826;REVB=-0.0159633;RO=58;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213923;STB=0.622097;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0034274;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:15:19:21:37:15:19:21:37 chr12 29604392 . C G 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0128196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.867;QD=23.0067;RBI=0.0241949;REFB=-0.0147685;REVB=-0.0205196;RO=24;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167469;STB=0.592535;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00688726;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:22:11:13:11:22:11:13:11 chr12 29628016 . G A 380.68 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0351039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.777;QD=16.9193;RBI=0.035351;REFB=-0.0051452;REVB=0.00417224;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106839;STB=0.553165;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00535781;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:50:40:40:0.444444:19:21:31:18:19:21:31:19 chr12 29630081 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.544;QD=60.6102;RBI=0.040247;REFB=0;REVB=-0.0041911;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275803;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr12 29639186 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00604961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.081;QD=13.9179;RBI=0.0161214;REFB=-0.0171728;REVB=0.0149432;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136347;STB=0.577611;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0251161;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:15:22:12:14:15:22 chr12 29642573 . A C 177.03 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00538481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9179;QD=13.1134;RBI=0.0318255;REFB=-0.0330808;REVB=0.0313667;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122812;STB=0.581866;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0489347;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:10:11:13:19:10:12:13:19 chr12 29648275 . G A 1969.46 PASS AF=0.956204;AO=131;DP=137;FAO=131;FDP=137;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0219122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.117;QD=57.5025;RBI=0.0247468;REFB=-0.0610461;REVB=0.0115005;RO=2;SAF=66;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141828;STB=0.507465;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00190349;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:137:137:2:6:131:131:0.956204:65:66:2:0:65:66:2:4 chr12 29655637 . C T 1130.16 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5714;QD=60.275;RBI=0.075524;REFB=0;REVB=0.0506785;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814073;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:31:42:0:0:31:44:0:0 chr12 29736480 . A G 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4827;QD=57.1762;RBI=0.0987967;REFB=0;REVB=-0.00661413;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198162;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr12 30781912 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0105507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.481;QD=16.2717;RBI=0.0145332;REFB=0.00557438;REVB=0.00999476;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216322;STB=0.624829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00489294;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:10:8:10:5:10:8 chr12 30782076 . T C 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0233123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.36;QD=9.41878;RBI=0.0234092;REFB=-0.00307025;REVB=0.00212703;RO=36;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259353;STB=0.657897;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00940048;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:11:4:17:19:11:4:17:19 chr12 30783475 . A G 417.31 PASS AF=0.429907;AO=43;DP=104;FAO=46;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0252403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.442;QD=15.6003;RBI=0.0423026;REFB=-0.043415;REVB=-0.0339475;RO=41;SAF=30;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643402;STB=0.563608;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0412151;OID=.;OPOS=30783475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:41:58:43:46:0.429907:13:30:26:15:15:31:33:25 chr12 30823971 . A G 1016.47 PASS AF=0.664122;AO=87;DP=131;FAO=87;FDP=131;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00901914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4505;QD=31.0372;RBI=0.0243435;REFB=0.00436079;REVB=-0.0226111;RO=44;SAF=40;SAR=47;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251792;STB=0.513568;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00235333;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:44:44:87:87:0.664122:47:40:22:22:47:40:22:22 chr12 30868002 . C T 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000289361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.628;QD=20.4177;RBI=0.000296574;REFB=-0.00773346;REVB=-6.50098e-05;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445381;STB=0.524668;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00609488;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:18:21:20:21:18:21 chr12 30877391 . G T 655.38 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0295223;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0916;QD=25.4518;RBI=0.0296013;REFB=0.0121906;REVB=0.00216071;RO=41;SAF=37;SAR=25;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633577;STB=0.534499;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00758702;OID=.;OPOS=30877391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:25:37:21:20:25:37:21:20 chr12 30881809 . T C 547.99 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0159945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.042;QD=23.5696;RBI=0.0172288;REFB=-0.00729462;REVB=0.00640386;RO=42;SAF=24;SAR=27;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942895;STB=0.551704;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00516592;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:27:24:15:27:27:24:15:27 chr12 30888001 . T C 603.25 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.016702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.598;QD=17.2357;RBI=0.0198055;REFB=-0.00432031;REVB=0.0106443;RO=77;SAF=27;SAR=36;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153342;STB=0.585339;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00551509;OID=.;OPOS=30888001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:77:63:63:0.45:36:27:45:32:36:27:45:32 chr12 30948848 . G C 639.87 PASS AF=0.515873;AO=58;DP=121;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0178633;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.699;QD=20.3132;RBI=0.0243034;REFB=-0.0235256;REVB=0.0164791;RO=52;SAF=3;SAR=55;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577845;STB=0.679238;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0280887;OID=.;OPOS=30948848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:52:61:58:65:0.515873:55:3:20:32:56:9:23:38 chr12 31107955 . G A 372.06 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.164;QD=55.1203;RBI=0.0294195;REFB=0;REVB=-0.00459715;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83129e-05;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:17:7:0:0:18:9:0:0 chr12 31135478 . T C 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6249;QD=61.9762;RBI=0.0422921;REFB=0;REVB=-0.0400541;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252325;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:49:77:0:0:49:77:0:0 chr12 31135579 . T C 1380.96 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107433;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.766;QD=62.7711;RBI=0.0120219;REFB=0;REVB=0.00539519;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76086e-05;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr12 31237700 . G A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0111777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.288;QD=12.4661;RBI=0.028129;REFB=-0.00900428;REVB=-0.0258128;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242514;STB=0.641288;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0253801;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:14:6:17:16:14:6:17:16 chr12 31240862 . A T 277.69 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0276525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9262;QD=11.4512;RBI=0.0513416;REFB=-0.0260098;REVB=0.0432585;RO=64;SAF=11;SAR=22;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247054;STB=0.643268;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0566955;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:22:11:35:29:22:11:35:29 chr12 31240925 . A G 574.26 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00880479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.744;QD=16.4073;RBI=0.0246331;REFB=0.00266401;REVB=0.0230057;RO=79;SAF=24;SAR=37;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128587;STB=0.571914;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00322008;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:37:24:41:38:37:24:41:38 chr12 31242399 . T C 446.3 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=142;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.0184844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.615;QD=12.5718;RBI=0.0337023;REFB=-0.0209694;REVB=-0.0281811;RO=90;SAF=25;SAR=27;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107672;STB=0.561262;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.030236;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:90:90:52:52:0.366197:27:25:52:38:27:25:52:38 chr12 31244748 . G A 249.81 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0141031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0567;QD=16.6539;RBI=0.0184285;REFB=-0.0187623;REVB=0.0118622;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136014;STB=0.56662;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0148626;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:14:14:20:11:14:14:20:12 chr12 31249861 . C G 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.00953771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.975;QD=15.1533;RBI=0.0490357;REFB=-0.0276913;REVB=0.0480992;RO=42;SAF=25;SAR=7;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278606;STB=0.511425;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0389128;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:7:25:32:10:7:25:33:10 chr12 31253995 . C T 200.05 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0521752;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.937;QD=15.0984;RBI=0.0522639;REFB=-0.0208568;REVB=-0.00304478;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171728;STB=0.500834;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.01091;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:30:23:23:0.433962:13:10:14:17:13:10:13:17 chr12 31255263 . GGC ACG,AGC 40.3 PASS AF=0,0.14;AO=2,7;DP=52;FAO=0,7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00139229,6.51086e-05;FXX=0.0384541;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=133.714,195.906;QD=3.22363;RBI=0.0281768,0.0179636;REFB=-0.0118384,-0.0118146;REVB=-0.0281424,-0.0179635;RO=41;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.427021,-0.0421978;STB=0.5,0.531701;STBP=1,0.943;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0718642;OID=.,.;OPOS=31255263,31255263;OREF=GGC,G;OALT=ACG,A;OMAPALT=ACG,AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:52:50:41:43:2,7:0,7:0,0.14:0,4:2,3:19:22:0,4:0,3:20:23 chr12 31256905 . T C 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0384542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.399;QD=18.4972;RBI=0.0390798;REFB=-0.0297677;REVB=0.0069642;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675974;STB=0.537787;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0344177;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:10:17:15:12:10:17 chr12 31267744 . A C 76.75 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00832079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.726;QD=3.69864;RBI=0.0190518;REFB=-0.0071136;REVB=0.0171387;RO=69;SAF=9;SAR=5;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189571;STB=0.625905;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0328381;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:5:9:34:35:5:9:34:35 chr12 31282764 . A AT 158.86 PASS AF=1;AO=4;DP=25;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994087;FXX=0.279888;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.618;QD=35.3026;RBI=0.117671;REFB=0;REVB=-0.117251;RO=21;SAF=4;SAR=0;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00439716;OID=.;OPOS=31282765;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:25:18:18:0:7:11:0:0:3:21:4:0:7:14 chr12 31282765 . A T 228.34 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0131573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.385;QD=36.5342;RBI=0.0182929;REFB=-0.00696168;REVB=0.0127089;RO=5;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170137;STB=0.593265;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00519009;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:25:25:5:5:20:20:0.8:13:7:4:1:13:7:4:1 chr12 31282784 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.156;QD=54.5165;RBI=0.0226198;REFB=0;REVB=0.0195556;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75712e-05;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr12 31283446 . T G 383.07 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0117473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.963;QD=20.4303;RBI=0.0274701;REFB=-0.00377129;REVB=0.0248316;RO=36;SAF=28;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466446;STB=0.53001;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00325244;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:36:38:39:0.52:10:28:25:11:10:29:25:11 chr12 31285214 . A G 289.92 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0405298;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.439;QD=25.2102;RBI=0.0446563;REFB=0.0167729;REVB=0.0187488;RO=19;SAF=20;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407759;STB=0.719246;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0105964;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:20:26:26:0.565217:6:20:5:14:6:20:6:14 chr12 31291163 . G A 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0137551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.281;QD=20.0987;RBI=0.0140908;REFB=-0.0103976;REVB=-0.00305761;RO=50;SAF=14;SAR=34;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190153;STB=0.605957;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0103756;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:34:14:24:26:34:14:24:26 chr12 31297836 . T A 52.37 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.01396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4683;QD=6.54615;RBI=0.062189;REFB=0.00424585;REVB=-0.0606019;RO=23;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406071;STB=0.784873;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0165496;OID=.;OPOS=31297836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:1:7:14:9:1:7:14:10 chr12 31297871 . G C 149.77 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00602631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0477;QD=13.6157;RBI=0.0263494;REFB=-0.0291077;REVB=-0.025651;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505211;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0446331;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:14:13:9:8:14:13 chr12 31300891 . C A 681.6 PASS AF=0.55;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00415034;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.896;QD=22.7201;RBI=0.00845271;REFB=-0.0119267;REVB=-0.00736362;RO=56;SAF=38;SAR=28;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189496;STB=0.500775;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00943784;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:56:54:66:66:0.55:28:38:31:25:28:38:31:23 chr12 31303173 . G A 165.35 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00623146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.722;QD=12.969;RBI=0.00639865;REFB=-0.00769509;REVB=-0.00145313;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18238;STB=0.594166;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0187663;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:11:20:9:10:12:20 chr12 31311923 . G C 267.76 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000179995;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6908;QD=15.9854;RBI=0.0171479;REFB=-0.00802374;REVB=-0.017147;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.56712;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0131177;OID=.;OPOS=31311923;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:23:14:15:15:23:14 chr12 31549334 . C T 34.01 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00327389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1493;QD=6.18408;RBI=0.0185552;REFB=-0.0315023;REVB=-0.0182641;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437048;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0620848;OID=.;OPOS=31549334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:22:16:16:5:6:0.272727:2:3:9:7:3:3:9:7 chr12 31648826 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.012287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.249;QD=24.0303;RBI=0.0208482;REFB=-0.0174915;REVB=0.0168427;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132903;STB=0.574487;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0128294;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:6:3:8:7:6:3 chr12 31944475 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0260883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.783;QD=12.7822;RBI=0.0654507;REFB=-0.00185871;REVB=-0.0600266;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00648897;OID=.;OPOS=31944475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:8:6:2:8:8:6 chr12 31944567 . T G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00192456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.464;QD=13.631;RBI=0.00196007;REFB=-0.00923092;REVB=0.000371393;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153362;STB=0.589955;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00920408;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:7:2:3:5:7:2 chr12 32134240 . C T 731.99 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234705;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.406;QD=63.6513;RBI=0.0272509;REFB=0;REVB=0.0138474;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421157;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr12 32134638 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.737;QD=44.6898;RBI=0.0279412;REFB=0;REVB=0.0227856;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0465e-05;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:4:9:0:0 chr12 32134886 . A G 217.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000257193;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.637;QD=21.7031;RBI=0.00501085;REFB=-0.00566289;REVB=-0.00500424;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00347337;OID=.;OPOS=32134886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:21:21:0.525:10:11:8:11:10:11:8:11 chr12 32135441 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.615;QD=55.6561;RBI=0.0306217;REFB=0;REVB=0.0297677;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27858e-05;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr12 32136750 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0150822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.746;QD=10.3793;RBI=0.0174547;REFB=-0.00266898;REVB=-0.00878589;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00445752;OID=.;OPOS=32136750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:6:10:3:6:6:10 chr12 32260876 . G C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00432778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6687;QD=21.3768;RBI=0.0127447;REFB=0.0115509;REVB=-0.0119874;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572308;STB=0.532136;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00814378;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:11:11:13:10:11:11 chr12 32481093 . G C 249.88 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00953898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.487;QD=16.659;RBI=0.0274623;REFB=0.0145745;REVB=0.0257524;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429834;STB=0.524674;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0186014;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:32:27:28:0.466667:16:11:14:17:17:11:14:18 chr12 32481280 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0225191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.229;QD=12.4811;RBI=0.0234136;REFB=-0.000452156;REVB=-0.00640967;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.659433;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00254;OID=.;OPOS=32481280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:5:13:5:7:6:13 chr12 32906929 . A G 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.005355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=357.163;QD=21.3735;RBI=0.00622176;REFB=0.00232607;REVB=-0.0031677;RO=44;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561925;STB=0.503104;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00199983;OID=.;OPOS=32906929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:27:20:19:25:27:20:19:25 chr12 34179426 . C CT 149.25 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.013178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.7334;QD=15.3074;RBI=0.0183366;REFB=0.0162248;REVB=-0.0127504;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510628;STBP=0.925;TYPE=ins;VARB=-0.0173846;OID=.;OPOS=34179427;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:20:40:20:39:19:12:8:11:8:99:20:12:8:12:8 chr12 38710819 . C T 2257.52 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0705;QD=62.7088;RBI=0.0464599;REFB=-0.135011;REVB=0.0363925;RO=1;SAF=79;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737208;STB=0.503875;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00132749;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:64:79:0:1:64:79:0:1 chr12 38712142 . C G 3095.26 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.669;QD=63.8198;RBI=0.0355553;REFB=0;REVB=0.0101232;RO=1;SAF=88;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24602e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:1:0:193:194:1:105:88:0:1:106:88:0:0 chr12 39087609 . G A 340.39 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0427256;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9702;QD=20.6297;RBI=0.0433855;REFB=-0.0295407;REVB=0.00753833;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167181;STB=0.585317;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0245809;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:31:35:35:0.530303:14:21:12:18:14:21:13:18 chr12 39096664 . T A 1574.52 PASS AF=0.493789;AO=150;DP=321;FAO=159;FDP=322;FR=.;FRO=163;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=0.00987561;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.892;QD=19.5593;RBI=0.0107273;REFB=0.0117704;REVB=0.00418885;RO=163;SAF=82;SAR=68;SRF=91;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111055;STB=0.512069;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0103355;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:163:163:150:159:0.493789:68:82:91:72:74:85:91:72 chr12 39233771 . A G 285.82 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00862053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.158;QD=13.1413;RBI=0.0115326;REFB=-0.00255582;REVB=0.00766073;RO=53;SAF=25;SAR=8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385919;STB=0.717302;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00707336;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:8:25:22:31:8:25:23:31 chr12 40085906 . A T 594.22 PASS AF=0.422819;AO=64;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00937238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.373;QD=15.9523;RBI=0.0131844;REFB=-0.0037057;REVB=-0.00927296;RO=85;SAF=31;SAR=33;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261164;STB=0.522279;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00431832;OID=.;OPOS=40085906;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:85:86:64:63:0.422819:33:31:39:46:32:31:39:47 chr12 40152900 . G A 1437.95 PASS AF=0.989247;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.06;QD=61.8475;RBI=0.0383156;REFB=-0.0857808;REVB=0.0364937;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000307066;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:93:92:0.989247:48:45:0:0:47:45:0:1 chr12 40619082 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.077;QD=63.7517;RBI=0.0155904;REFB=0;REVB=-0.0133164;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.05394e-06;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr12 40688695 . T C 2320.52 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.483;QD=61.0662;RBI=0.0235763;REFB=0;REVB=0.0149111;RO=0;SAF=53;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14943e-05;OID=.;OPOS=40688695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:98:53:0:0:99:53:0:0 chr12 40821176 . G A 832.21 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00245321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0688;QD=52.8389;RBI=0.0396454;REFB=-0.0186277;REVB=-0.0395694;RO=2;SAF=29;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314361;STB=0.508732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:31:29:2:0:31:29:2:1 chr12 40821839 . C T 2353.7 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688464;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.055;QD=61.135;RBI=0.0106299;REFB=0;REVB=0.00809922;RO=0;SAF=59;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012468;OID=.;OPOS=40821839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:95:59:0:0:95:59:0:0 chr12 40827579 . C T 770.4 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.057904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3753;QD=55.0286;RBI=0.0711967;REFB=-0.0279749;REVB=-0.0414258;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00396401;OID=.;OPOS=40827579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:1:0:26:29:1:0 chr12 40832126 . C T 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00147788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.28;QD=14.4061;RBI=0.00452806;REFB=-0.0250909;REVB=-0.0042801;RO=46;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220212;STB=0.62453;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0259479;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:14:18:16:30:14:18:16:30 chr12 40832161 . T C 225.93 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00401349;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.02;QD=15.3173;RBI=0.00656565;REFB=-0.0121133;REVB=0.00519612;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747963;STB=0.542341;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0135919;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:14:19:13:13:14:19 chr12 40834376 . C G 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00728086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.757;QD=9.36326;RBI=0.00787683;REFB=-0.0056221;REVB=0.00300559;RO=62;SAF=14;SAR=13;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171322;STB=0.600265;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0102562;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:13:14:41:21:13:14:41:21 chr12 40834955 . C A 723.55 PASS AF=0.388128;AO=83;DP=219;FAO=85;FDP=219;FR=.;FRO=134;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=-0.00967091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.104;QD=13.2156;RBI=0.0121095;REFB=-0.0108765;REVB=-0.00728793;RO=133;SAF=42;SAR=41;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434985;STB=0.533583;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0176105;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:133:134:83:85:0.388128:41:42:62:71:41:44:62:72 chr12 40835734 . C G 565.27 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0143757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4524;QD=16.7488;RBI=0.0144859;REFB=-0.0187705;REVB=-0.00178383;RO=74;SAF=24;SAR=36;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16642;STB=0.589256;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0208398;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:75:60:60:0.444444:36:24:42:32:36:24:42:33 chr12 40837149 . G A 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0173358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.214;QD=10.2904;RBI=0.0173424;REFB=-0.0159005;REVB=-0.000480349;RO=48;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415457;STB=0.741417;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0319372;OID=.;OPOS=40837149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:7:17:16:32:7:17:16:32 chr12 40838216 . T C 485.14 PASS AF=0.449153;AO=52;DP=117;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0220911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.912;QD=16.4455;RBI=0.0308188;REFB=-0.0353237;REVB=0.0214891;RO=65;SAF=32;SAR=20;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634676;STB=0.528391;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0511553;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:65:65:52:53:0.449153:20:32:36:29:21:32:36:29 chr12 40840325 . T C 618.59 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0148016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6562;QD=17.6741;RBI=0.015076;REFB=0.0116393;REVB=0.00286363;RO=76;SAF=30;SAR=34;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860712;STB=0.547776;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0163267;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:34:30:29:47:34:30:29:47 chr12 40857943 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.606;QD=57.5452;RBI=0.016202;REFB=0;REVB=0.0131285;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06748e-06;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr12 41337435 . C T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00223285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.736;QD=16.2725;RBI=0.0365824;REFB=-0.00502511;REVB=-0.0365142;RO=37;SAF=24;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255537;STB=0.661309;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00624434;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:32:32:0.450704:8:24:19:18:8:24:19:20 chr12 41946539 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0258126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.075;QD=21.5108;RBI=0.0351686;REFB=-0.0280984;REVB=-0.0238859;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322852;STB=0.680592;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.01855;OID=.;OPOS=41946539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:3:12:7:11:3:12 chr12 41967677 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.401;QD=59.5017;RBI=0.0643928;REFB=0;REVB=-0.0637938;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209089;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr12 42606229 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.825;QD=60.0306;RBI=0.0345496;REFB=0;REVB=0.0110241;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112219;OID=.;OPOS=42606229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr12 42629550 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.84;QD=58.2396;RBI=0.0306782;REFB=0;REVB=0.0200984;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16147e-05;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr12 42631933 . GCCCCGG GCCC,GCCCG,GCCCGG 588.95 PASS AF=0,1,0;AO=5,19,19;DP=50;FAO=0,50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41,0;FSAR=0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211867,0.273179,0.0863928;FXX=0.019604;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=21.2749,35.519,17.8059;QD=47.1163;RBI=0.212955,0.273209,0.156945;REFB=0,0,0;REVB=-0.0215015,0.00405646,0.131027;RO=6;SAF=5,11,19;SAR=0,8,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.196121,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.00306153,0;OID=.,.,.;OPOS=42631937,42631937,42631934;OREF=CGG,CG,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,19,19:50:0,50,0:50:0:0,41,0:0,9,0:0:0:11:6:5,11,19:0,8,0:6:0 chr12 42636124 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.317;QD=60.9786;RBI=0.0106434;REFB=0;REVB=0.00475411;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45245e-05;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr12 42792751 . C T 652.93 PASS AF=0.572727;AO=64;DP=110;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0117831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.176;QD=23.743;RBI=0.0118754;REFB=-0.00259481;REVB=-0.00147847;RO=46;SAF=37;SAR=27;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110492;STB=0.569539;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00182527;OID=.;OPOS=42792751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:47:64:63:0.572727:27:37:20:26:26:37:20:27 chr12 42839836 . A C 1557.47 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2289;QD=58.2232;RBI=0.0393529;REFB=-0.0944806;REVB=0.0294264;RO=1;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978283;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00106574;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:103:106:0.990654:48:55:0:1:49:57:0:1 chr12 42853084 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.458;QD=61.3362;RBI=0.0483217;REFB=0;REVB=-0.00268142;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446732;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr12 42853520 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.543;QD=63.872;RBI=0.00653515;REFB=0;REVB=0.00373785;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17883e-06;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr12 42854204 . CA C,CG 1142.2 PASS AF=0.294872,0.705128;AO=23,55;DP=78;FAO=23,55;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=17,38;FSAR=6,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186254,0.0185854;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=276.087,290.163;QD=58.5744;RBI=0.0198357,0.030418;REFB=0,0;REVB=0.00682279,0.0240799;RO=0;SAF=17,38;SAR=6,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-2.9951e-08,-3.97918e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00583438,-0.00240236;OID=.,.;OPOS=42854205,42854205;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.294872,0.705128:23,55:78:23,55:78:0:17,38:6,17:0:0:99:0:17,38:6,17:0:0 chr12 42854207 . A G 130.52 PASS AF=0.269231;AO=23;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0078844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.0353;QD=6.69317;RBI=0.0132737;REFB=-0.0748603;REVB=0.0106784;RO=55;SAF=18;SAR=5;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16743;STB=0.714785;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.191191;OID=.;OPOS=42854207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:57:23:21:0.269231:5:18:37:18:3:18:37:20 chr12 42863262 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6639;QD=57.7124;RBI=0.0274921;REFB=0;REVB=0.00938058;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334849;OID=.;OPOS=42863262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr12 43821184 . G A 566.38 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=9.73819e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.816;QD=21.3727;RBI=0.00189823;REFB=-0.00934768;REVB=-0.00189573;RO=49;SAF=26;SAR=31;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113848;STB=0.562499;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00683666;OID=.;OPOS=43821184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:31:26:29:20:31:26:29:20 chr12 43860526 . A G 1303.24 PASS AF=0.988506;AO=79;DP=79;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.416;QD=59.919;RBI=0.0336346;REFB=-0.0725322;REVB=0.0306874;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000287584;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:87:0:1:79:86:0.988506:47:32:0:0:50:36:0:1 chr12 44148259 . T C 699.19 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0275585;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.4542;QD=17.9279;RBI=0.0328321;REFB=0.00242292;REVB=-0.017846;RO=81;SAF=40;SAR=34;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171259;STB=0.591041;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00399162;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:81:82:74:74:0.474359:34:40:29:52:34:40:30:52 chr12 44180295 . G A 637.02 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0242383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.744;QD=23.3767;RBI=0.0284434;REFB=-0.00403189;REVB=-0.0148839;RO=47;SAF=31;SAR=31;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587753;STB=0.5321;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00301417;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:31:31:27:20:31:31:27:20 chr12 45307633 . T C 629.1 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00558966;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.256;QD=17.3546;RBI=0.00704689;REFB=-0.000770609;REVB=-0.0042912;RO=80;SAF=31;SAR=34;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599567;STB=0.53338;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000795174;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:80:80:65:65:0.448276:34:31:43:37:34:31:43:37 chr12 45410075 . A G 591.63 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00809536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.706;QD=20.401;RBI=0.0108769;REFB=-0.0133912;REVB=-0.00726445;RO=56;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324324;STB=0.517851;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00875829;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:29:31:31:25:29:31:31:25 chr12 45417666 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0387978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.059;QD=22.6773;RBI=0.043058;REFB=0.0105548;REVB=-0.0186741;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230959;STB=0.63132;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00853537;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:1:4:4:6:1:4 chr12 46123914 . C T 384.53 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0248973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.025;QD=23.3046;RBI=0.0249062;REFB=-0.0282789;REVB=-0.000666477;RO=28;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17418;STB=0.599412;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0220899;OID=.;OPOS=46123914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:26:11:14:14:27:11:14:14 chr12 46246206 . G T 476.83 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0306955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.095;QD=16.7308;RBI=0.0368301;REFB=-0.00480666;REVB=0.020353;RO=62;SAF=27;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044335;STB=0.524703;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00521935;OID=.;OPOS=46246206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:25:27:35:27:25:27:35:27 chr12 46321514 . A T 260.1 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00501893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.406;QD=18.916;RBI=0.0232114;REFB=0.00337073;REVB=-0.0226623;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141965;STB=0.507931;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00177733;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:12:15:16:12:12:15 chr12 46367939 . G T 267.68 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00300558;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.098;QD=13.5534;RBI=0.012181;REFB=0.000468807;REVB=0.0118044;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178629;STB=0.504116;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00071264;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:48:31:31:0.392405:17:14:20:26:17:14:22:26 chr12 46385815 . C T 568.81 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0458623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5018;QD=18.8037;RBI=0.0489245;REFB=-0.017644;REVB=0.017037;RO=62;SAF=31;SAR=28;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186874;STB=0.603079;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0121061;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:59:59:0.487603:28:31:20:42:28:31:20:42 chr12 46758494 . A G 207.0 PASS AF=0.625;AO=15;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00330995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.136;QD=25.8751;RBI=0.0103483;REFB=-0.00966568;REVB=0.00980471;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801109;STB=0.518849;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00779776;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:12:12:15:20:0.625:6:9:6:6:9:11:6:6 chr12 46759017 . T A 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00815132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.525;QD=15.3796;RBI=0.0102292;REFB=-0.0071787;REVB=0.00617994;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202806;STB=0.616261;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00841246;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:11:3:5:7:11:3 chr12 46761127 . G A 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0219421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.587;QD=21.016;RBI=0.0329017;REFB=-0.0300346;REVB=-0.0245166;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152971;STB=0.586102;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0173052;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:4:9:8:8:4:9 chr12 47168898 . G A 1228.98 PASS AF=0.943182;AO=84;DP=89;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0196778;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.806;QD=55.8627;RBI=0.0352902;REFB=-0.0401879;REVB=0.0292948;RO=5;SAF=46;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157973;STB=0.508123;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00131875;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:88:5:5:84:83:0.943182:38:46:2:3:38:45:2:3 chr12 47186770 . C T 345.53 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0142801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.564;QD=19.7444;RBI=0.0161131;REFB=0.0127385;REVB=0.00746386;RO=32;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124501;STB=0.503343;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0131385;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:34:36:36:0.514286:22:14:12:20:22:14:13:21 chr12 47470223 . T TTACTA 226.6 PASS AF=0.391304;AO=24;DP=76;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0111317;FXX=0.0675584;HRUN=3;LEN=5;MLLD=278.394;QD=13.1361;RBI=0.0199209;REFB=0.00683995;REVB=0.0165205;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102173;STB=0.566616;STBP=0.38;TYPE=ins;VARB=-0.00848028;OID=.;OPOS=47470224;OREF=-;OALT=TACTA;OMAPALT=TTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:24:76:27:69:42:10:17:20:22:99:48:8:16:20:28 chr12 47581629 . T C 1732.17 PASS AF=0.975;AO=111;DP=115;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0449648;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.636;QD=57.7388;RBI=0.0487937;REFB=0.0779155;REVB=0.0189473;RO=3;SAF=60;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231434;STB=0.511809;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000385003;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:120:3:3:111:117:0.975:51:60:3:0:55:62:3:0 chr12 47629368 . G T 1010.59 PASS AF=0.5;AO=103;DP=206;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.00423054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.804;QD=19.623;RBI=0.00669607;REFB=-0.00492225;REVB=-0.00519036;RO=102;SAF=50;SAR=53;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401953;STB=0.519452;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00459899;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:102:103:103:103:0.5:53:50:45:57:53:50:46:57 chr12 47740029 . A G 597.37 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00213677;FXX=0.00740686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.347;QD=17.8319;RBI=0.00766915;REFB=-0.0181261;REVB=-0.00736547;RO=72;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603782;STB=0.533548;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0201182;OID=.;OPOS=47740029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:72:72:62:62:0.462687:34:28:37:35:34:28:37:35 chr12 47740069 . C A 1989.54 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.4;QD=62.1732;RBI=0.0534913;REFB=0;REVB=0.0469699;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13887e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:72:56:0:0:72:56:0:0 chr12 47758032 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.126;QD=45.8068;RBI=0.0155943;REFB=0;REVB=0.0144763;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86083e-05;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr12 48144925 . T C 934.28 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.178;QD=58.3924;RBI=0.0778586;REFB=0;REVB=0.0559149;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115316;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:25:36:0:0:27:37:0:0 chr12 48176792 . C T 771.85 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513495;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9554;QD=57.1737;RBI=0.085205;REFB=0;REVB=0.0679935;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660189;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:37:16:0:0:38:16:0:0 chr12 48176900 . T G 235.07 PASS AF=0.869565;AO=21;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0229123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8657;QD=40.8821;RBI=0.025913;REFB=0.00423549;REVB=-0.0121042;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709089;STB=0.509082;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0016749;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:2:3:21:20:0.869565:12:9:0:2:12:8:1:2 chr12 48177170 . C G 652.78 PASS AF=0.864407;AO=53;DP=61;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00912572;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.483;QD=44.2564;RBI=0.0124394;REFB=-0.132156;REVB=-0.00845344;RO=4;SAF=31;SAR=22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570081;STB=0.53861;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00113282;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:61:59:4:8:53:51:0.864407:22:31:4:0:20:31:7:1 chr12 48177238 . A G 1608.14 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.174;QD=60.1175;RBI=0.0187988;REFB=0;REVB=0.0170845;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99492e-05;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:45:60:0:0:46:61:0:0 chr12 48375568 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.101;QD=62.022;RBI=0.0238944;REFB=0;REVB=-0.00190333;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106518;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr12 48375965 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.372;QD=47.8221;RBI=0.0589429;REFB=0;REVB=0.0317223;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123451;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr12 48376291 . G A 446.74 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.952;QD=57.6437;RBI=0.0470689;REFB=0;REVB=0.0441639;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048077;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr12 48380682 . G A 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00521382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.27;QD=59.3365;RBI=0.0052539;REFB=0.0696838;REVB=-0.000647747;RO=1;SAF=35;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620656;STB=0.503267;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=1.89079e-06;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:76:35:0:1:76:35:0:1 chr12 48389643 . A C 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0300239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1843;QD=20.436;RBI=0.0336266;REFB=-0.0153841;REVB=0.015143;RO=26;SAF=7;SAR=23;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151573;STB=0.583284;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0255413;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:23:7:3:23:23:7:3:23 chr12 48391416 . G T 530.2 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0107988;FXX=0.0444395;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.139;QD=24.6607;RBI=0.0117376;REFB=0.00141029;REVB=0.0045997;RO=34;SAF=20;SAR=29;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114142;STB=0.537833;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00112662;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:34:37:49:49:0.569767:29:20:9:25:29:20:12:25 chr12 48398080 . T A 641.6 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=109;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0104943;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.727;QD=23.7628;RBI=0.037268;REFB=-0.037302;REVB=0.0357599;RO=46;SAF=19;SAR=42;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894766;STB=0.542729;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0298508;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:46:46:61:62:0.574074:42:19:19:27:42:20:19:27 chr12 48413944 . C T 185.52 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.069724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8979;QD=13.7418;RBI=0.0725214;REFB=-0.00815021;REVB=0.019948;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737932;STB=0.571361;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.013233;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:16:6:10:20:16:6:12:20 chr12 48413950 . A C 222.13 PASS AF=0.480769;AO=22;DP=50;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0529492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5352;QD=17.0869;RBI=0.0876219;REFB=-0.0258951;REVB=0.0698139;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174312;STB=0.626265;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0322937;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:27:22:25:0.480769:16:6:12:16:19:6:12:15 chr12 48438140 . CAT C 426.46 PASS AF=0.967742;AO=26;DP=33;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.193947;FXX=0.114253;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.92;QD=55.0274;RBI=0.209728;REFB=-0.263627;REVB=0.0798154;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0101026;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.967742:26:33:30:31:1:14:16:1:0:6:1:13:13:1:0 chr12 48477422 . A G 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000293528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.824;QD=21.8061;RBI=0.0210589;REFB=-0.00333342;REVB=-0.0210569;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172061;STB=0.594862;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00243473;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:26:19:25:15:26:19:25:15 chr12 48479024 . C T 296.91 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00210383;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.643;QD=15.4237;RBI=0.0308959;REFB=-0.000342728;REVB=0.0308242;RO=44;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220557;STB=0.624923;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00106173;OID=.;OPOS=48479024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:44:33:33:0.428571:22:11:24:20:22:11:24:20 chr12 48501161 . A T 336.14 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0149959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.394;QD=15.6343;RBI=0.0229299;REFB=-0.0056203;REVB=-0.0173465;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743889;STB=0.534988;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00518539;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:49:36:37:0.430233:21:15:17:32:22:15:17:32 chr12 48512285 . C A 936.15 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.993;QD=58.5092;RBI=0.0363649;REFB=0;REVB=0.0359767;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4499e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:35:29:0:0 chr12 48512331 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00824437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.352;QD=16.4527;RBI=0.0133711;REFB=-0.028921;REVB=-0.0105269;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984438;STB=0.555128;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0348709;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:20:13:12:28:20:13:12:28 chr12 48525861 . A G 142.88 PASS AF=0.486486;AO=7;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00791092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.758;QD=15.446;RBI=0.0121975;REFB=-0.00935231;REVB=0.00928416;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.639181;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0125528;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:7:18:0.486486:2:5:10:9:13:5:10:9 chr12 48526712 . G A 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00952383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.325;QD=9.29704;RBI=0.00979484;REFB=-0.00252249;REVB=-0.00228813;RO=51;SAF=4;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365324;STB=0.7199;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00841118;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:19:4:22:29:19:4:22:29 chr12 48541757 . A G 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0437082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.57;QD=15.2627;RBI=0.0449145;REFB=-0.0218711;REVB=0.0103398;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0214876;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr12 48542993 . G A 793.75 PASS AF=0.684211;AO=64;DP=95;FAO=65;FDP=95;FR=.;FRO=30;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00295303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.421;QD=33.421;RBI=0.0244252;REFB=-0.0200894;REVB=-0.024246;RO=30;SAF=38;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11589;STB=0.558805;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0104069;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:30:30:64:65:0.684211:26:38:12:18:27:38:12:18 chr12 48578325 . A C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.010684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.476;QD=18.8281;RBI=0.0111148;REFB=-0.0360462;REVB=0.00306465;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295889;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:11:11:10:10:11:11 chr12 48578809 . T C 284.12 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0209038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.338;QD=19.9379;RBI=0.0243609;REFB=0.00770534;REVB=0.0125094;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472987;STB=0.526298;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00843558;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:15:12:15:15:15:12 chr12 48596241 . A G 330.43 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00767924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.529;QD=13.4868;RBI=0.0151136;REFB=0.0026229;REVB=0.0130173;RO=60;SAF=14;SAR=23;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169917;STB=0.592335;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00461783;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:23:14:32:28:23:14:32:29 chr12 48597053 . A G 182.09 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00772285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.972;QD=16.9383;RBI=0.00939315;REFB=-0.00282839;REVB=0.00534685;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153275;STB=0.598399;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0034996;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:18:19:0.44186:7:11:11:13:7:12:11:13 chr12 48723595 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00273182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.326;QD=8.88631;RBI=0.0126658;REFB=-0.0136496;REVB=0.0123677;RO=37;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1518;STB=0.592684;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0342015;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:4:11:23:14:4:11:23:14 chr12 48866585 . A C 436.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00600173;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.767;QD=20.7837;RBI=0.0092571;REFB=0.00100343;REVB=-0.00704791;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415576;STB=0.523006;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00074007;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:20:23:20:21:20:23:20:21 chr12 48866792 . C T 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0369153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.492;QD=19.274;RBI=0.0379597;REFB=-0.00854605;REVB=-0.00884298;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121447;STB=0.567531;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00923405;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:16:21:16:21:16:21:16:21 chr12 48879951 . T G 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.000567859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.337;QD=20.8622;RBI=0.00384073;REFB=-0.00205212;REVB=-0.00379852;RO=43;SAF=25;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22095;STB=0.621838;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00229029;OID=.;OPOS=48879951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:20:25:13:30:20:25:13:30 chr12 48888594 . C T 39.82 PASS AF=0.4;AO=4;DP=10;FAO=4;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0956431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8095;QD=15.9271;RBI=0.131357;REFB=-0.0377477;REVB=0.0900397;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0741899;OID=.;OPOS=48888594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:10:10:4:4:4:4:0.4:3:1:1:3:3:1:1:3 chr12 48888689 . C G 115.34 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0265613;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7104;QD=17.7451;RBI=0.0361143;REFB=-0.0161798;REVB=0.0244692;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200611;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00756058;OID=.;OPOS=48888689;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:5:8:5:8:5:8 chr12 48919556 . A G 1287.37 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.38;QD=60.5819;RBI=0.0248404;REFB=0.0406087;REVB=0.0033478;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000165298;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:47:37:0:1:47:37:0:1 chr12 48919659 . TG CA,CG 280.87 PASS AF=0.409091,0.590909;AO=9,13;DP=22;FAO=9,13;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=7,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178506,0.00581975;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=134.123,141.821;QD=51.0669;RBI=0.0188172,0.00734825;REFB=0,0;REVB=-0.0059536,0.00448634;RO=0;SAF=2,6;SAR=7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0198335,0.0117472;OID=.,.;OPOS=48919659,48919659;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:22:22:0:0:9,13:9,13:0.409091,0.590909:7,7:2,6:0:0:7,7:2,6:0:0 chr12 48919796 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.509;QD=59.4356;RBI=0.00705687;REFB=0;REVB=0.00402899;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64359e-06;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 48920006 . G A 266.42 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0407539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5965;QD=16.3951;RBI=0.0408743;REFB=-0.0517648;REVB=-0.00313484;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286888;STB=0.507687;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0578129;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:14:15:18:17:15:15:18:17 chr12 48954040 . A G 671.76 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.874;QD=62.489;RBI=0.0168019;REFB=0;REVB=-0.00784068;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7988e-05;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:15:28:0:0 chr12 48954225 . G C 93.82 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00886442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8882;QD=10.1422;RBI=0.0299922;REFB=-0.0336163;REVB=-0.0286523;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359925;STB=0.717933;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0560945;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:3:9:11:14:3:9:11:14 chr12 48963021 . T C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0328141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.108;QD=18.807;RBI=0.033077;REFB=-0.0150914;REVB=0.00416177;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116531;STB=0.50649;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.019642;OID=.;OPOS=48963021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:19:17:17:20:19:17:17:20 chr12 49221622 . G A 437.27 PASS AF=0.575342;AO=43;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.000605515;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.206;QD=23.9598;RBI=0.0144201;REFB=-0.0195724;REVB=0.0144074;RO=31;SAF=15;SAR=28;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317949;STB=0.513735;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0134429;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:31:43:42:0.575342:28:15:12:19:27:15:12:19 chr12 49230035 . T G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.075751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.475;QD=11.0207;RBI=0.076059;REFB=0.0118721;REVB=0.00683832;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0150065;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr12 49308284 . A G 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.000302168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9337;QD=13.7385;RBI=0.00601169;REFB=-0.0144883;REVB=0.00600409;RO=51;SAF=10;SAR=23;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3089;STB=0.676362;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.026057;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:23:10:30:21:23:10:30:21 chr12 49312593 . A G 343.99 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0391602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9393;QD=16.3805;RBI=0.0688046;REFB=0.013818;REVB=0.0565734;RO=47;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150825;STB=0.584571;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0157825;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:18:19:17:30:18:19:17:30 chr12 49314862 . C A 386.37 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00979399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5684;QD=15.1517;RBI=0.0118157;REFB=-0.0358154;REVB=0.00660973;RO=57;SAF=17;SAR=26;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453185;STB=0.52645;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0433147;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:43:44:0.431373:26:17:25:32:27:17:25:33 chr12 49314994 . A G 153.42 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00577577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.992;QD=19.7961;RBI=0.00775409;REFB=-0.0169409;REVB=-0.00517362;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370887;STB=0.663832;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.007872;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:14:16:17:0.548387:4:12:5:10:5:12:5:9 chr12 49332092 . G A 471.57 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0159892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.456;QD=23.5785;RBI=0.0178117;REFB=-0.00265494;REVB=0.00784865;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025295;STB=0.501389;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0020031;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:23:22:17:18:23:22:17:18 chr12 49332366 . C T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0186418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.131;QD=11.4391;RBI=0.0388519;REFB=-0.0042097;REVB=-0.0340874;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.62712;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00958742;OID=.;OPOS=49332366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:11:3:1:8:11:3 chr12 49332451 . T TGA 44.47 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0121808;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.471;QD=9.88188;RBI=0.0446816;REFB=-0.0274229;REVB=0.0429893;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180994;STB=0.726721;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=0.0360299;OID=.;OPOS=49332452;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:5:19:7:18:11:3:4:9:2:44:12:3:2:9:3 chr12 49334762 . G C 1144.32 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.101;QD=60.2272;RBI=0.0257814;REFB=0;REVB=0.0165866;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44546e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:43:30:0:0:45:31:0:0 chr12 49359587 . T G 562.3 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.013062;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.356;QD=20.826;RBI=0.0227327;REFB=-0.0276045;REVB=0.0186054;RO=51;SAF=17;SAR=40;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920631;STB=0.550782;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0273033;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:51:51:57:57:0.527778:40:17:20:31:40:17:20:31 chr12 49359989 . G A 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0218146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.627;QD=34.4523;RBI=0.0227858;REFB=-0.0137811;REVB=-0.00658125;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248915;STB=0.63623;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00602427;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:8:12:0:6:8:12:0:6 chr12 49390677 . T C 600.5 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0196796;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.042;QD=16.5655;RBI=0.0196835;REFB=-0.0112324;REVB=0.00038742;RO=82;SAF=37;SAR=26;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647892;STB=0.53622;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0156421;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:63:63:0.434483:26:37:43:39:26:37:43:39 chr12 49424534 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0161752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.672;QD=14.0966;RBI=0.0242884;REFB=-0.00201434;REVB=0.0181188;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00239249;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:6:8:8:3:6:8 chr12 49425978 . T C 229.67 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.012551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.518;QD=11.9311;RBI=0.0163533;REFB=-0.00819576;REVB=-0.0104834;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281293;STB=0.652061;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0110946;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:49:28:28:0.363636:20:8:25:22:20:8:25:24 chr12 49434074 . C A 218.64 PASS AF=0.547619;AO=20;DP=36;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0597637;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.9271;QD=20.8225;RBI=0.0727959;REFB=-0.0540138;REVB=-0.0415637;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249843;STB=0.580578;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0403764;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:42:16:19:20:23:0.547619:10:10:13:3:10:13:14:5 chr12 49444545 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0544117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.891;QD=12.7817;RBI=0.0550979;REFB=-0.039606;REVB=0.00866856;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0566052;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:4:10:7:3:4:10 chr12 49500398 . G A 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0194706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.883;QD=18.6337;RBI=0.0200769;REFB=-0.0124485;REVB=0.00489665;RO=56;SAF=28;SAR=26;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498236;STB=0.527581;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0131537;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:26:28:26:30:26:28:26:30 chr12 49500509 . C T 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00949977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.389;QD=15.5751;RBI=0.00961725;REFB=-0.00481527;REVB=-0.00149858;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513663;STB=0.537773;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00745551;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:13:12:16:14:13:12:17:14 chr12 49522578 . T C 147.14 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00676288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.854;QD=9.97534;RBI=0.0114744;REFB=-0.015239;REVB=-0.00926959;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201418;STB=0.610322;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0118223;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:39:19:20:0.338983:6:13:19:18:7:13:19:20 chr12 49522605 . C T 224.95 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00180276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.43;QD=13.8428;RBI=0.0290728;REFB=-0.0113625;REVB=0.0290169;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134622;STB=0.563093;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0252989;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:11:15:17:21:12:15:17:21 chr12 49579696 . C G 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00482951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.25;QD=16.4527;RBI=0.0204919;REFB=-0.00647238;REVB=0.0199146;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137168;STB=0.577272;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00742952;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:12:21:20:20:12:21:20:20 chr12 49580180 . T C 414.02 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.028068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7104;QD=19.0354;RBI=0.0709076;REFB=-0.00305233;REVB=-0.0651159;RO=44;SAF=9;SAR=33;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225451;STB=0.602908;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00247061;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:33:9:18:26:32:10:18:27 chr12 49667103 . A T 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.275;QD=63.5742;RBI=0.0721438;REFB=0;REVB=0.0114199;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101173;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr12 49937813 . A G 412.9 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0169069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.726;QD=21.4494;RBI=0.0193451;REFB=-0.0105126;REVB=0.00940166;RO=36;SAF=14;SAR=27;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767088;STB=0.504235;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.010727;OID=.;OPOS=49937813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:27:14:12:24:27:14:12:24 chr12 49951232 . T C 141.72 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00562393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1415;QD=13.4971;RBI=0.0114323;REFB=-0.0125731;REVB=-0.00995334;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113019;STB=0.622483;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0103512;OID=.;OPOS=49951232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:16:16:0.380952:6:10:13:12:5:11:13:13 chr12 49952668 . G A 76.92 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0375466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.793;QD=8.79035;RBI=0.0377529;REFB=-0.0206098;REVB=0.00394175;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143943;STB=0.608803;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0386278;OID=.;OPOS=49952668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:34:35:24:24:10:11:0.314286:2:8:17:7:2:9:17:7 chr12 49960551 . C A 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.00171371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.147;QD=15.3052;RBI=0.0342363;REFB=-0.0123758;REVB=-0.0341934;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400717;STB=0.72863;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0267302;OID=.;OPOS=49960551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:11:19:8:30:11:19:8:31 chr12 49993678 . C T 342.9 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00530677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8837;QD=16.1363;RBI=0.0290259;REFB=-0.0105799;REVB=-0.0285367;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344328;STB=0.519379;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0205658;OID=.;OPOS=49993678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:19:18:25:23:19:18:25:23 chr12 50026423 . C T 608.27 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0462302;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.639;QD=27.6485;RBI=0.0465955;REFB=0.00245298;REVB=0.00582346;RO=34;SAF=17;SAR=37;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164251;STB=0.589674;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000554987;OID=.;OPOS=50026423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:37:17:18:16:37:17:18:16 chr12 50037745 . G A 346.27 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00316805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.255;QD=38.4746;RBI=0.0320341;REFB=-0.0136257;REVB=0.0318771;RO=8;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165701;STB=0.590098;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00452388;OID=.;OPOS=50037745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:18:10:6:2:18:10:6:2 chr12 50152193 . G A 416.93 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0299052;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.025;QD=19.392;RBI=0.0300938;REFB=-0.0279581;REVB=0.00336358;RO=44;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856193;STB=0.547596;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0280869;OID=.;OPOS=50152193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:44:42:42:0.488372:23:19:24:20:23:19:24:20 chr12 50158434 . C CT 86.36 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0643915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5483;QD=5.66263;RBI=0.0800811;REFB=-0.0425597;REVB=-0.04761;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824335;STB=0.564657;STBP=0.393;TYPE=ins;VARB=0.00910009;OID=.;OPOS=50158435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623:26:61:27:61:34:9:18:15:19:86:33:9:17:14:19 chr12 50185334 . A G 375.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.782;QD=55.6937;RBI=0.011831;REFB=0;REVB=-0.0101801;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62435e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr12 50189602 . A G 287.72 PASS AF=0.373626;AO=32;DP=89;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.00701029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.756;QD=12.6469;RBI=0.0158859;REFB=-0.00689698;REVB=-0.0142555;RO=57;SAF=7;SAR=25;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068654;STB=0.501246;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0103885;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:57:57:32:34:0.373626:25:7:15:42:25:9:15:42 chr12 50189807 . C A 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2829;QD=62.6676;RBI=0.0633345;REFB=0;REVB=0.0633163;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008446;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr12 50189834 . T G 612.57 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.996;QD=61.2573;RBI=0.0580078;REFB=0;REVB=0.0367278;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02238e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:10:29:0:0:11:29:0:0 chr12 50190653 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00637066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.659;QD=17.0333;RBI=0.00850897;REFB=0.0043586;REVB=-0.00564068;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273901;STB=0.657554;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00941232;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:12:10:13:5:12:10 chr12 50190667 . A T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0255292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.249;QD=20.0175;RBI=0.0258455;REFB=-0.0255522;REVB=0.00403103;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.599886;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0286529;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:9:8:12:6:9:8 chr12 50232169 . A T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0055737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.676;QD=11.9536;RBI=0.0154329;REFB=-0.00884307;REVB=0.0143913;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515529;STB=0.804188;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0105275;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:9:2:6:2:9:2 chr12 50263148 . G A 303.74 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.114331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.227;QD=17.3563;RBI=0.11974;REFB=-0.0282055;REVB=-0.0355847;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167598;STB=0.510216;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0323921;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:37:33:33:0.471429:19:14:12:15:19:14:15:22 chr12 50348078 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.373;QD=60.3767;RBI=0.0479115;REFB=0;REVB=-0.00672621;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40018e-05;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr12 50369305 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.938;QD=57.8844;RBI=0.0377047;REFB=0;REVB=0.0275842;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136706;OID=.;OPOS=50369305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr12 50514025 . C T 181.98 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0133719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6666;QD=16.9287;RBI=0.0198412;REFB=-0.0185482;REVB=0.0146584;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210735;STB=0.620562;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0273463;OID=.;OPOS=50514025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:14:10:12:7:14:10 chr12 50523947 . A G 343.89 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0454877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7752;QD=50.9473;RBI=0.0579397;REFB=0.0296539;REVB=0.0358871;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0366776;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr12 50523964 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.178;QD=56.1914;RBI=0.0670701;REFB=0;REVB=-0.0210061;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527001;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 50529314 . C T 886.9 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413964;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.022;QD=58.157;RBI=0.0413974;REFB=0;REVB=0.000297953;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400344;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr12 50529736 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.476;QD=53.2744;RBI=0.11576;REFB=0;REVB=0.115749;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189571;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr12 50537815 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.819;QD=62.1622;RBI=0.0183599;REFB=0;REVB=0.0174638;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71401e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr12 50616346 . A G 227.42 PASS AF=0.415385;AO=19;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00546105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1177;QD=13.9952;RBI=0.0731793;REFB=0.0232113;REVB=-0.0729752;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17744;STB=0.52939;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0313857;OID=.;OPOS=50616346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:38:19:27:0.415385:10:9:10:22:18:9:11:27 chr12 50650057 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6603;QD=62.3481;RBI=0.0215112;REFB=0;REVB=-0.00380274;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309474;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr12 50727706 . G C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0194605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.919;QD=13.2306;RBI=0.021304;REFB=-0.00258013;REVB=-0.00866907;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402461;STB=0.523532;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00356917;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:13:16:10:7:13:16 chr12 50744119 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0329938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.494;QD=15.6427;RBI=0.0336321;REFB=-0.00183013;REVB=-0.00652122;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986438;STB=0.556467;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00451948;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:9:20:12:8:9:20 chr12 50744171 . T C 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0269523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.495;QD=18.6725;RBI=0.0370347;REFB=-0.000726691;REVB=0.0253997;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1397;STB=0.577627;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00119937;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:12:24:18:17:12:24 chr12 50744753 . T C 258.2 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0214474;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.451;QD=29.508;RBI=0.0240195;REFB=-0.0118392;REVB=0.0108141;RO=12;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926435;STB=0.551078;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00611961;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:12:12:23:23:0.657143:10:13:5:7:10:13:5:7 chr12 50746348 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.629;QD=37.4885;RBI=0.0301179;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013398;OID=.;OPOS=50746348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr12 50749221 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8012;QD=58.5869;RBI=0.0502846;REFB=0;REVB=0.000898308;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113675;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr12 50749227 . T G 409.95 PASS AF=0.909091;AO=32;DP=35;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00359875;FXX=0.0571265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.3;QD=49.691;RBI=0.00416805;REFB=-0.108753;REVB=-0.00210276;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548355;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000859208;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:33:0:3:32:30:0.909091:16:16:0:0:14:16:0:3 chr12 50749294 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0193728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.056;QD=14.2413;RBI=0.039982;REFB=0.0024719;REVB=-0.0349751;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00765805;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:15:16:12:10:15:16 chr12 50749554 . G T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0156823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.524;QD=15.2681;RBI=0.0520282;REFB=-0.0177988;REVB=-0.0496084;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230813;STB=0.513079;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0182875;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:16:17:14:12:16:17 chr12 50754563 . T G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0237664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.364;QD=17.4015;RBI=0.0238856;REFB=0.000614015;REVB=0.00238305;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288901;STB=0.669263;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000381433;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:5:8:11:2:5:8 chr12 50824275 . C G 409.66 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.028895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1207;QD=34.1383;RBI=0.0476497;REFB=-0.0198834;REVB=0.037889;RO=15;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700129;STB=0.503814;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00981304;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:18:15:7:8:18:15:7:8 chr12 50870145 . G A 3021.64 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022712;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.852;QD=63.6134;RBI=0.0231045;REFB=0;REVB=-0.00424076;RO=0;SAF=57;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31368e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:190:190:1:133:57:0:0:133:57:0:0 chr12 51112586 . T C 413.02 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0342244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.558;QD=24.2952;RBI=0.0372393;REFB=-0.0149764;REVB=-0.0146783;RO=28;SAF=26;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19788;STB=0.608706;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00651;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:14:26:11:17:14:26:11:17 chr12 51135275 . T C 769.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9364;QD=56.9877;RBI=0.103884;REFB=0;REVB=0.102791;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151585;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr12 51141883 . A G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00927101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.764;QD=17.2227;RBI=0.0273245;REFB=-0.0198812;REVB=-0.0257037;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725904;STB=0.540594;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0170183;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:12:24:19:13:12:24 chr12 51235317 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.545;QD=58.1418;RBI=0.0377092;REFB=0;REVB=-0.0235332;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298452;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr12 51236931 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.629;QD=37.4885;RBI=0.0334646;REFB=0;REVB=0.0326998;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456305;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 51333744 . G A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0120353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3749;QD=20.599;RBI=0.0231474;REFB=-0.00925508;REVB=-0.0197725;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.537238;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00901325;OID=.;OPOS=51333744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:19:19:20:0.512821:8:11:9:11:9:11:9:10 chr12 51333796 . C CA 65.05 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0543346;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.1518;QD=7.65277;RBI=0.127348;REFB=-0.0295722;REVB=-0.115175;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.611472;STBP=0.348;TYPE=ins;VARB=0.0128136;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:11:35:13:34:21:9:4:11:10:65:22:7:4:12:10 chr12 51380835 . C T 198.67 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00544659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1157;QD=10.0593;RBI=0.0537238;REFB=-0.0168555;REVB=-0.053447;RO=52;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659471;STB=0.531621;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0474538;OID=.;OPOS=51380835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:53:26:26:0.329114:13:13:29:23:13:13:29:24 chr12 51386066 . A G 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0034738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.907;QD=25.4981;RBI=0.0136621;REFB=-0.00112981;REVB=0.013213;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354642;STB=0.519704;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000892181;OID=.;OPOS=51386066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:9:7:9:14:9:7 chr12 51402905 . T G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.653;QD=63.2842;RBI=0.0551819;REFB=0;REVB=0.0516612;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390037;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr12 51431357 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00136133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.808;QD=26.0487;RBI=0.0218628;REFB=-0.00711326;REVB=-0.0218203;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00997409;OID=.;OPOS=51431357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:4:8:3:2:4:8:3:2 chr12 51442944 . G A 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.518;QD=61.1582;RBI=0.014008;REFB=0;REVB=0.0112499;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44203e-06;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:65:53:0:0:65:53:0:0 chr12 51518787 . C G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0127512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.038;QD=25.0397;RBI=0.0140425;REFB=-0.0208091;REVB=-0.005882;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126735;STB=0.507037;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0138512;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:16:10:8:12:16:10:8:12 chr12 51636259 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.964;QD=60.9786;RBI=0.0228283;REFB=0;REVB=-0.0163306;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22205e-07;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr12 51681903 . T C 1862.04 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732801;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.143;QD=61.0505;RBI=0.0187792;REFB=0;REVB=0.0172905;RO=1;SAF=59;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09473e-05;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:1:0:121:122:1:62:59:1:0:62:60:0:0 chr12 51685831 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.202;QD=60.6103;RBI=0.0483051;REFB=0;REVB=0.0311489;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108453;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr12 51696500 . G A 272.78 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0139445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9389;QD=24.2468;RBI=0.0329929;REFB=-0.0229127;REVB=-0.0299013;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264483;STB=0.52686;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0182628;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:11:14:10:9:11:14:10:10 chr12 51707626 . C T 258.69 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0534944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.392;QD=16.4248;RBI=0.0549893;REFB=-0.0110255;REVB=0.0127346;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215521;STB=0.512133;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00974882;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:16:18:16:13:16:18 chr12 51722311 . C T 488.16 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0270122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.018;QD=22.9724;RBI=0.0314507;REFB=-0.0238419;REVB=-0.0161086;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447891;STB=0.52827;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0205688;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:38:46:47:0.552941:29:17:16:22:30:17:16:22 chr12 51723598 . AGGGGGCC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC,AGGGGCCC 227.19 PASS AF=0,1,0,0;AO=4,4,7,2;DP=29;FAO=0,24,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0,0;FSAR=0,14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636174,-0.0182509,0.220937,0.261368;FXX=0.0768935;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=13.5965,17.6755,9.77858,5.72846;QD=37.8647;RBI=0.216001,0.189941,0.316795,0.507894;REFB=0,0,0,0;REVB=0.20642,0.189063,-0.227038,-0.43548;RO=5;SAF=4,3,0,2;SAR=0,1,7,0;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.766476,0.460738,-0.751346,0.705406;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.00572936,0.103983,0;OID=.,.,.,.;OPOS=51723603,51723603,51723599,51723603;OREF=GCC,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC,AGGGGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0,0:4,4,7,2:29:0,24,0,0:24:0:0,10,0,0:0,14,0,0:0:0:3:5:4,3,0,2:0,1,7,0:1:4 chr12 51733734 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.04805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.463;QD=11.9164;RBI=0.0527019;REFB=-0.017302;REVB=-0.0216493;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146328;STB=0.508467;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0385132;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:18:19:11:11:18:19 chr12 51735071 . AG A 218.06 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00381172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=13.8453;RBI=0.00975428;REFB=-0.015724;REVB=-0.00897869;RO=37;SAF=3;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341555;STB=0.651718;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.0282406;OID=.;OPOS=51735072;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:25:63:26:63:37:4:22:12:25:99:37:3:22:12:25 chr12 51737607 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00998262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.775;QD=15.7844;RBI=0.0523541;REFB=-0.0166488;REVB=-0.0513936;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971003;STB=0.50561;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0195691;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:5:12:10:4:5:12 chr12 51740387 . ACTGG A 179.79 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129144;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.557;QD=47.9427;RBI=0.0190523;REFB=0;REVB=0.0140074;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000188968;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:7:0:0 chr12 51740393 . CCATATCCACTT C 179.79 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221259;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=11;MLLD=520.085;QD=47.9427;RBI=0.02216;REFB=0;REVB=0.00122875;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.25762e-05;OID=.;OPOS=51740394;OREF=CATATCCACTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:7:0:0 chr12 51740409 . TA GG 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190722;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.667;QD=47.8224;RBI=0.0358919;REFB=0;REVB=-0.0304052;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.69587e-05;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr12 51901390 . A G 335.77 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0836107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6802;QD=22.3847;RBI=0.0846404;REFB=-0.0188005;REVB=-0.0131623;RO=26;SAF=8;SAR=26;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752212;STB=0.541641;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0184767;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:26:8:8:18:26:8:8:18 chr12 52080965 . C T 985.73 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.010232;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.925;QD=56.3277;RBI=0.013619;REFB=-0.0975045;REVB=0.00898785;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159292;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000240268;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:36:32:1:1:36:32:1:1 chr12 52184271 . T C 75.58 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0187235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.502;QD=11.6282;RBI=0.0204974;REFB=0.000485598;REVB=0.00834101;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000498304;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:9:10:0.384615:5:4:10:6:6:4:10:6 chr12 52200742 . C A 88.59 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0986573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.786;QD=10.4221;RBI=0.101067;REFB=-0.0758866;REVB=-0.0219396;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.139238;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:34:18:22:12:12:0.352941:7:5:7:11:7:5:9:13 chr12 52204246 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.521;QD=58.4195;RBI=0.0035356;REFB=0;REVB=-0.000963177;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23876e-06;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr12 52211942 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.533;QD=60.9783;RBI=0.0225602;REFB=0;REVB=0.0032955;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86597e-05;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr12 52215102 . T G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.761;QD=49.5942;RBI=0.0461763;REFB=0;REVB=0.0262138;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207701;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr12 52284233 . T C 512.39 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.074;QD=58.5593;RBI=0.0545041;REFB=0;REVB=-0.0218722;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114321;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:29:5:0:0:29:6:0:0 chr12 52448157 . G A 747.89 PASS AF=0.598291;AO=69;DP=115;FAO=70;FDP=117;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.017529;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.708;QD=25.5689;RBI=0.026975;REFB=-0.00165441;REVB=-0.0205033;RO=45;SAF=17;SAR=52;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119505;STB=0.560828;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0019937;OID=.;OPOS=52448157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:45:47:69:70:0.598291:52:17:17:28:53:17:17:30 chr12 52471159 . C T 339.23 PASS AF=0.473684;AO=37;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00981394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1014;QD=17.854;RBI=0.0217942;REFB=-0.0161138;REVB=-0.0194595;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15429;STB=0.57583;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0216806;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:37:36:0.473684:24:13:20:19:23:13:20:20 chr12 52564449 . C T 210.98 PASS AF=0.431034;AO=21;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0509736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3045;QD=14.55;RBI=0.131555;REFB=-0.0233933;REVB=0.121278;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242854;STB=0.664304;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0343193;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:35:33:21:25:0.431034:12:9:23:12:15:10:23:10 chr12 52565322 . G T 374.06 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0209349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.55;QD=45.3405;RBI=0.0621348;REFB=-0.174181;REVB=0.0585018;RO=4;SAF=25;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689013;STB=0.537013;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00154339;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:33:4:4:28:29:0.878788:3:25:4:0:4:25:4:0 chr12 52566047 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00237522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.392;QD=15.2928;RBI=0.0146963;REFB=-0.0126519;REVB=-0.0145031;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101784;STB=0.559863;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00892642;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:5:4:3:6:5:4 chr12 52574555 . G A 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.035945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5967;QD=20.8687;RBI=0.0676174;REFB=0.0194108;REVB=0.0572719;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106966;STB=0.560128;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0135576;OID=.;OPOS=52574555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:8:12:10:11:8:12 chr12 52602013 . C T 1858.98 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.723;QD=60.9502;RBI=0.0276275;REFB=0;REVB=0.0155182;RO=1;SAF=55;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75827e-05;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:1:0:121:122:1:66:55:1:0:66:56:0:0 chr12 52631313 . A G 314.78 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0258487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1124;QD=14.8133;RBI=0.0259825;REFB=-0.00486739;REVB=-0.0026333;RO=50;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2486;STB=0.640979;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00583418;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:12:23:21:29:12:23:21:29 chr12 52639302 . G C 168.68 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0357465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2049;QD=12.9753;RBI=0.0437822;REFB=-0.00613723;REVB=-0.0252797;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222855;STB=0.627374;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0079186;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:8:24:11:9:8:24 chr12 52642518 . G A 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0394735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2953;QD=12.8678;RBI=0.0403475;REFB=-0.0112532;REVB=0.00835249;RO=51;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000692923;STB=0.500397;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188539;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:17:14:23:28:17:14:23:28 chr12 52646239 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00823076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.665;QD=17.8006;RBI=0.0254497;REFB=-0.0144897;REVB=-0.0240819;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200688;STB=0.613529;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0136494;OID=.;OPOS=52646239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:17:7:10:10:17:7 chr12 52649887 . T C 505.43 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187657;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.656;QD=59.4627;RBI=0.0187771;REFB=0;REVB=0.000656089;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47119e-05;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr12 52661192 . A G 1171.75 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2088;QD=60.8702;RBI=0.0829057;REFB=0;REVB=-0.0551035;RO=0;SAF=57;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000922087;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:20:57:0:0:20:57:0:0 chr12 52661209 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.353;QD=59.1431;RBI=0.0701523;REFB=0;REVB=0.00384764;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195153;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr12 52661302 . C A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8246;QD=51.9141;RBI=0.0419099;REFB=0;REVB=0.00682659;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162995;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 52681056 . C T 868.36 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.918;QD=56.9415;RBI=0.0414866;REFB=0;REVB=0.0154549;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129985;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr12 52681080 . G A 786.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.009;QD=55.2216;RBI=0.0271127;REFB=0.00359052;REVB=0.00571459;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=8.12749e-05;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:30:26:0:0:30:26:1:0 chr12 52681925 . A C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.771;QD=63.4764;RBI=0.0301676;REFB=0;REVB=0.0170549;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50607e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr12 52773702 . G A 298.08 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0312578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7857;QD=16.1122;RBI=0.031267;REFB=0.000467382;REVB=-0.00075813;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118231;STB=0.566626;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=9.22071e-05;OID=.;OPOS=52773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:13:20:20:21:13:20:20:21 chr12 52774158 . G A 245.23 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0308763;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4263;QD=20.0187;RBI=0.0333942;REFB=-0.0273747;REVB=-0.012721;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528002;STB=0.529581;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0341798;OID=.;OPOS=52774158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:12:12:14:11:12:12 chr12 52774235 . A G 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0368308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6865;QD=20.8894;RBI=0.049853;REFB=-0.0232682;REVB=-0.0335979;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100519;STB=0.545426;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0229323;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:9:17:17:15:10:17 chr12 52774305 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0167815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.192;QD=15.1663;RBI=0.0173771;REFB=-0.0152698;REVB=0.00451026;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0200673;OID=.;OPOS=52774305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:9:11:10:5:9:11 chr12 52774370 . G A 30.4 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.025401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.827;QD=11.055;RBI=0.0352333;REFB=-0.0160429;REVB=0.0244167;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156622;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0661945;OID=.;OPOS=52774370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:6:6:4:5:0.454545:2:2:4:2:3:2:4:2 chr12 52777439 . A G 185.45 PASS AF=0.284091;AO=26;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0971744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9733;QD=8.42974;RBI=0.0976884;REFB=-0.00480167;REVB=0.0100083;RO=62;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241333;STB=0.626021;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00944195;OID=.;OPOS=52777439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:26:25:0.284091:11:15:23:39:11:14:24:39 chr12 52777502 . A G 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0140293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.09;QD=6.9934;RBI=0.0149419;REFB=0.0003726;REVB=-0.00514197;RO=58;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.67281;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00100697;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:7:13:24:34:7:13:24:34 chr12 52777513 . T C 145.15 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0030133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.568;QD=7.16776;RBI=0.0200754;REFB=-0.00295981;REVB=0.0198479;RO=60;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187231;STB=0.613135;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00201684;OID=.;OPOS=52777513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:9:12:25:35:9:12:25:35 chr12 52777578 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0272029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.54;QD=6.57137;RBI=0.0316336;REFB=0.00331777;REVB=0.0161458;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870945;STB=0.555453;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0147378;OID=.;OPOS=52777578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:16:21:7:4:16:21 chr12 52777580 . A C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0201849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.9;QD=6.73532;RBI=0.0222127;REFB=-0.00307115;REVB=-0.00927235;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101466;STB=0.564397;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00572908;OID=.;OPOS=52777580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:7:4:16:20:7:4:16:20 chr12 52778947 . A G 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00820047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.179;QD=21.595;RBI=0.00959938;REFB=-0.00805627;REVB=-0.00499003;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991106;STB=0.554694;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00550462;OID=.;OPOS=52778947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:13:19:18:20:13:19 chr12 52779244 . A G 542.82 PASS AF=0.513274;AO=48;DP=104;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0189411;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.534;QD=19.2149;RBI=0.120972;REFB=-0.0228687;REVB=0.11948;RO=56;SAF=31;SAR=17;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111722;STB=0.505368;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0227011;OID=.;OPOS=52779244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:113:56:55:48:58:0.513274:17:31:30:26:27:31:30:25 chr12 52789509 . T C 232.43 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00748104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.87;QD=23.8393;RBI=0.00758741;REFB=-0.0461545;REVB=0.00126605;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127573;STB=0.578383;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0279458;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:9:12:7:10:9:13:7:10 chr12 52789597 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00897455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.408;QD=19.7024;RBI=0.00949668;REFB=-0.00144798;REVB=0.00310554;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232656;STB=0.631428;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0015901;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:5:11:7:10:5:11 chr12 52789605 . T A 176.17 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0202473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.421;QD=20.7255;RBI=0.0212902;REFB=-0.0102444;REVB=0.00658178;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149652;STB=0.584323;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0164993;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:6:10:8:10:6:10 chr12 52818377 . C T 595.36 PASS AF=0.424051;AO=67;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=-0.000683222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.743;QD=15.0723;RBI=0.0190144;REFB=-0.00823077;REVB=0.0190021;RO=90;SAF=30;SAR=37;SRF=29;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132602;STB=0.576341;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0088791;OID=.;OPOS=52818377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:91:67:67:0.424051:37:30:29:61:37:30:29:62 chr12 52818504 . T G 371.61 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00704232;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.013;QD=19.8191;RBI=0.0257069;REFB=-0.0370372;REVB=-0.0247235;RO=30;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320621;STB=0.572915;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.035072;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:30:37:38:38:0.506667:15:23:17:13:15:23:17:20 chr12 52822258 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00832975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.675;QD=21.7443;RBI=0.00916724;REFB=-0.00962413;REVB=-0.00382798;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058982;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00979016;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:5:6:7:8:5:6 chr12 52825363 . G A 273.91 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0181329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.676;QD=15.2173;RBI=0.0349005;REFB=-0.023009;REVB=-0.0298202;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105199;STB=0.567013;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0229866;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:38:41:31:31:0.430556:13:18:18:20:13:18:19:22 chr12 52827740 . G C 356.76 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00478795;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.789;QD=13.5909;RBI=0.00917823;REFB=-0.0106747;REVB=-0.00783042;RO=61;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335391;STB=0.509532;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0181921;OID=.;OPOS=52827740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:63:42:42:0.4:20:22:30:31:20:22:32:31 chr12 52827818 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00969384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.346;QD=12.0825;RBI=0.0126215;REFB=-0.0111418;REVB=-0.00808288;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162789;STB=0.593499;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0219205;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:12:9:10:25:12:9:10:25 chr12 52841765 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00329258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.453;QD=18.1184;RBI=0.0195647;REFB=-0.00795433;REVB=-0.0192856;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250214;STB=0.642696;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0107232;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:8:12:6:12:8:12 chr12 52843779 . T C 110.71 PASS AF=0.147929;AO=20;DP=165;FAO=25;FDP=169;FR=.;FRO=144;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.00609883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.117;QD=2.62031;RBI=0.00972557;REFB=-0.0122572;REVB=0.00757568;RO=143;SAF=9;SAR=11;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578959;STB=0.551192;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0330486;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:143:144:20:25:0.147929:11:9:71:72:11:14:72:72 chr12 52843783 . T C 92.24 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=172;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=-0.0658507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6161;QD=2.14519;RBI=0.0815008;REFB=-0.0109209;REVB=-0.0480214;RO=150;SAF=14;SAR=8;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179995;STB=0.625417;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0828026;OID=.;OPOS=52843783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:172:172:150:150:22:22:0.127907:8:14:74:76:8:14:74:76 chr12 52845435 . C T 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00971927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.556;QD=11.1266;RBI=0.0397691;REFB=-0.00634441;REVB=-0.0385631;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308584;STB=0.676859;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0107725;OID=.;OPOS=52845435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:4:13:17:16:4:13:18:16 chr12 52845801 . T C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00932687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.604;QD=24.1063;RBI=0.034018;REFB=-0.0462425;REVB=0.0327144;RO=19;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172624;STB=0.566337;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0373954;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:19:4:6:13:19:5:6:13 chr12 52863564 . C T 141.68 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00742883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.732;QD=9.60518;RBI=0.0395379;REFB=-0.0183493;REVB=0.0388337;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121371;STB=0.507179;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0388873;OID=.;OPOS=52863564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:13:6:13:27:13:6:13:27 chr12 52863621 . T G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00300445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.769;QD=12.5628;RBI=0.00709834;REFB=-0.0175898;REVB=-0.00643115;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305491;STB=0.680895;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0223445;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:9:13:10:24:9:13:10:25 chr12 52865443 . T C 96.21 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0391194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9404;QD=6.8719;RBI=0.040562;REFB=-0.0128738;REVB=0.0107211;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145018;STB=0.589162;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0424077;OID=.;OPOS=52865443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:7:7:16:26:7:7:16:26 chr12 52866060 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0148598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.96;QD=15.2375;RBI=0.017142;REFB=-0.0114625;REVB=0.00854603;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117838;STB=0.566619;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0128925;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:15:21:13:15:15:21 chr12 52884735 . A G 527.03 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00616548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.111;QD=21.9594;RBI=0.027716;REFB=-0.00216382;REVB=0.0270215;RO=45;SAF=28;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118248;STB=0.559976;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00311008;OID=.;OPOS=52884735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:22:28:19:26:22:28:20:26 chr12 52886490 . A G 678.53 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00442443;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.43;QD=20.7185;RBI=0.00596527;REFB=-0.0316369;REVB=-0.0040011;RO=62;SAF=34;SAR=33;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358083;STB=0.511624;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.028985;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:64:67:67:0.51145:33:34:34:28:33:34:34:30 chr12 52886911 . T C 220.99 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0167615;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.92;QD=16.0718;RBI=0.0169098;REFB=-0.0398371;REVB=-0.00223444;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223707;STB=0.512637;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0542088;OID=.;OPOS=52886911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:9:21:17:8:9:21 chr12 52938364 . T C 397.7 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00125594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.974;QD=18.0773;RBI=0.0108901;REFB=-0.00718742;REVB=0.0108174;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147776;STB=0.587134;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0074123;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:47:40:41:0.465909:27:13:22:25:28:13:22:25 chr12 52938497 . A C 145.74 PASS AF=0.652174;AO=12;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0633438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.9;QD=25.3458;RBI=0.0643114;REFB=-0.0105835;REVB=0.0111136;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.535666;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0093533;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:23:9:8:12:15:0.652174:6:6:4:5:6:9:4:4 chr12 52939407 . AGAG A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00489513;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.724;QD=18.6371;RBI=0.00676246;REFB=-0.0108614;REVB=-0.00466567;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00987602;OID=.;OPOS=52939408;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:32:16:32:16:6:10:6:10:99:16:6:10:6:10 chr12 52943144 . G A 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0125263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8309;QD=8.52478;RBI=0.0666076;REFB=-0.0114088;REVB=0.0654192;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150738;STB=0.50908;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0292428;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:8:8:19:20:8:8:19:20 chr12 52965173 . T G 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00829613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.801;QD=20.0948;RBI=0.0197272;REFB=-0.00875266;REVB=-0.017898;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548668;STB=0.530425;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00752282;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:21:19:22:19:21:19 chr12 52965722 . T C 331.92 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0147576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.735;QD=18.9669;RBI=0.0245373;REFB=-0.0107379;REVB=-0.0196034;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22316;STB=0.628498;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00941583;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:13:21:13:22:13:22:13:22 chr12 52965761 . C T 1219.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544351;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.01;QD=60.9628;RBI=0.0686162;REFB=0;REVB=0.0417732;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109714;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:39:41:0:0 chr12 52965782 . T C 379.39 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0724077;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8135;QD=18.7355;RBI=0.0791017;REFB=0.00585509;REVB=-0.0318466;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229458;STB=0.609468;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0130713;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:39:42:39:39:0.481481:15:24:14:25:15:24:17:25 chr12 52966390 . A T 356.26 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0193756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.098;QD=19.2571;RBI=0.0194004;REFB=-0.0170586;REVB=0.000979268;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025341;STB=0.514082;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.018735;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:22:15:14:23:22:15:14:23 chr12 52981512 . G A 708.91 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00552673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=23.4352;RBI=0.0294261;REFB=-0.0216335;REVB=-0.0289025;RO=53;SAF=41;SAR=27;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00069694;STB=0.500381;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0162264;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:27:41:32:21:27:41:32:21 chr12 52985293 . A G 512.07 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0153336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3015;QD=19.6952;RBI=0.0345504;REFB=-0.0271752;REVB=-0.0309614;RO=51;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344834;STB=0.519035;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0194918;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:27:26:27:24:27:26:27:24 chr12 52986187 . T C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00692161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.113;QD=10.1573;RBI=0.00693594;REFB=-0.00435116;REVB=0.000445638;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475413;STB=0.765075;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.012478;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:5:9:6:24:5:9:7:24 chr12 52992812 . T C 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00732731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4917;QD=16.8081;RBI=0.0197811;REFB=-0.0144245;REVB=0.018374;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990204;STB=0.555441;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0183407;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:15:27:19:16:15:27 chr12 52994871 . G A 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=9.66364e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.47;QD=22.3337;RBI=0.0215703;REFB=-0.0261906;REVB=0.0215701;RO=35;SAF=17;SAR=26;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122061;STB=0.573951;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0163693;OID=.;OPOS=52994871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:26:17:19:16:26:17:20:16 chr12 53045615 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0178804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.637;QD=16.199;RBI=0.0598401;REFB=-0.076364;REVB=0.0571063;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00931408;OID=.;OPOS=53045615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr12 53045626 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.074;QD=37.4885;RBI=0.0353713;REFB=0;REVB=-0.00855462;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413501;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr12 53085089 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.801;QD=62.3504;RBI=0.0254947;REFB=0;REVB=0.0159749;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128724;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr12 53162528 . G A 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-6.87909e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.046;QD=22.0649;RBI=0.0254608;REFB=-0.0163442;REVB=0.0254607;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197917;STB=0.510911;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.012667;OID=.;OPOS=53162528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:18:14:18:21:18:14 chr12 53162638 . G A 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0279031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.715;QD=15.6391;RBI=0.0321087;REFB=-0.00915019;REVB=0.0158867;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120555;STB=0.568039;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.013869;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:16:22:24:28:16:22:24:28 chr12 53162773 . A G 882.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2354;QD=57.8802;RBI=0.0957942;REFB=0;REVB=-0.0597773;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120157;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr12 53165940 . C T 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00934874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.153;QD=16.4051;RBI=0.0182959;REFB=0.00134227;REVB=-0.0157271;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236486;STB=0.513299;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00397608;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:20:17:15:16:20:17 chr12 53167395 . C T 229.51 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0844698;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6901;QD=13.9098;RBI=0.0915763;REFB=-0.0175606;REVB=-0.0353704;RO=37;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144108;STB=0.571373;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0223951;OID=.;OPOS=53167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:20:7:14:23:20:7:14:25 chr12 53185492 . C T 327.38 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.022644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9138;QD=20.4613;RBI=0.0296595;REFB=-0.0104393;REVB=0.0191556;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13699;STB=0.575824;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00851371;OID=.;OPOS=53185492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:19:11:18:16:19:11 chr12 53186122 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.376;QD=63.2858;RBI=0.0269984;REFB=0;REVB=0.0226398;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155747;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr12 53204614 . C T 831.1 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226882;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.521;QD=55.4066;RBI=0.0227995;REFB=-0.0395607;REVB=0.00224981;RO=1;SAF=15;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304049;STB=0.516123;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000495333;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:58:59:0.983333:43:15:1:0:44:15:1:0 chr12 53217701 . C A 688.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.454;QD=62.5834;RBI=0.0228973;REFB=0;REVB=-0.0218365;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95583e-05;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:33:10:0:0:34:10:0:0 chr12 53227803 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7223;QD=49.597;RBI=0.0711264;REFB=0;REVB=-0.0173087;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106832;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:14:18:1:14:0:0:0:16:2:0:0 chr12 53242440 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.537;QD=58.2392;RBI=0.0320258;REFB=0;REVB=0.0312342;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119835;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr12 53294381 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.145;QD=39.2068;RBI=0.0090076;REFB=0;REVB=-0.00855514;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174693;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr12 53343461 . A AC 207.38 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.94989;QD=28.6037;RBI=0.141236;REFB=0;REVB=0.125665;RO=8;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.005907;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:31:29:29:0:16:13:0:0:5:8:12:11:6:2 chr12 53433089 . C A 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.94;QD=59.8652;RBI=0.0348644;REFB=0;REVB=0.0229375;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112392;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr12 53433486 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.743;QD=57.7124;RBI=0.0129485;REFB=0;REVB=-0.0106929;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31927e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr12 53434774 . G A 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00523441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.587;QD=17.5749;RBI=0.0058269;REFB=0.00354854;REVB=-0.00256001;RO=54;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154474;STB=0.508596;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00416052;OID=.;OPOS=53434774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:23:25:29:25:23:25:29:25 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 381.47 PASS AF=0.75;AO=40;DP=52;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00541258;FXX=0.0967586;HRUN=2;LEN=11;MLLD=330.852;QD=27.2478;RBI=0.0195792;REFB=-0.0481976;REVB=0.0188162;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.601798;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.017829;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:40:52:42:56:14:35:7:8:6:63:0:33:7:0:0 chr12 53604572 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00620074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.712;QD=14.139;RBI=0.0226922;REFB=-0.00665201;REVB=0.0218286;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453628;STB=0.537331;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00809098;OID=.;OPOS=53604572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:5:9:13:6:5:9:14:6 chr12 53607263 . AG A,GA 207.65 PASS AF=0.527778,0.277778;AO=15,7;DP=36;FAO=19,10;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=17,0;FSAR=2,10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.078368,-0.0223959;FXX=0.0526177;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.3166,105.551;QD=23.0718;RBI=0.248082,0.0963496;REFB=-0.076231,-0.0126151;REVB=-0.235378,-0.0937105;RO=8;SAF=14,0;SAR=1,7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.425426,-0.787219;STB=0.669075,0.998466;STBP=0.048,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.134371,-0.024863;OID=.,.;OPOS=53607264,53607263;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:36:36:8:7:15,7:19,10:0.527778,0.277778:1,7:14,0:5:3:2,10:17,0:4:3 chr12 53647373 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0091856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.058;QD=17.8005;RBI=0.0509477;REFB=-0.0116628;REVB=-0.0501128;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124752;STB=0.571354;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.012086;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:14:10:6:14:14:10 chr12 53662624 . C A 993.87 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022683;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.702;QD=59.3352;RBI=0.0310632;REFB=0;REVB=-0.0212227;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43182e-07;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr12 53670545 . C A 1496.12 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277192;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.8951;QD=63.6649;RBI=0.0617919;REFB=0;REVB=0.0552258;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579978;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:41:52:0:0:42:52:0:0 chr12 53681883 . A T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.705;QD=62.0166;RBI=0.0247221;REFB=0;REVB=-0.00981295;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07138e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr12 53682326 . G A 2135.23 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5053;QD=61.0067;RBI=0.152868;REFB=-0.0330061;REVB=0.143014;RO=1;SAF=83;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569398;STB=0.502994;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00134775;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:140:140:1:1:138:139:0.992857:55:83:1:0:56:83:1:0 chr12 53682986 . C T 222.06 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0079501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.424;QD=14.5611;RBI=0.00797786;REFB=-0.0218951;REVB=-0.000664991;RO=34;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188192;STB=0.599921;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0298442;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:26:26:0.42623:17:9:18:16:17:9:18:17 chr12 53686703 . G A 743.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6228;QD=61.9911;RBI=0.0803782;REFB=0;REVB=0.0619293;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351893;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:28:20:0:0 chr12 53693532 . AA GC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.377;QD=47.8224;RBI=0.00536727;REFB=0;REVB=0.00536727;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.46473e-05;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr12 53700848 . C T 1844.35 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227651;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3597;QD=61.4784;RBI=0.0469986;REFB=0;REVB=0.0411172;RO=0;SAF=74;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184624;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:46:74:0:0:46:74:0:0 chr12 53700860 . A G 1807.21 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00370528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.611;QD=60.2405;RBI=0.0150102;REFB=-0.114146;REVB=0.0145456;RO=1;SAF=75;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629163;STB=0.503311;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000351884;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:44:75:1:0:44:75:1:0 chr12 53703021 . G A 477.27 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1907;QD=56.1497;RBI=0.12393;REFB=-0.0804457;REVB=0.102161;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159454;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:11:22:0:1:12:22:0:0 chr12 53722098 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.71;QD=56.9569;RBI=0.0234594;REFB=0;REVB=-0.0231977;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89429e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr12 53722128 . G A 638.39 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0844213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3511;QD=59.3854;RBI=0.11792;REFB=-0.0208592;REVB=0.0823298;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00318212;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr12 54067544 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.711;QD=33.4285;RBI=0.0553681;REFB=0;REVB=0.022393;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520944;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 54105074 . T C 960.05 PASS AF=0.607143;AO=85;DP=140;FAO=85;FDP=140;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0158243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.459;QD=27.43;RBI=0.0180615;REFB=-0.0274807;REVB=0.008707;RO=54;SAF=46;SAR=39;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372451;STB=0.523351;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0143513;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:54:55:85:85:0.607143:39:46:32:22:39:46:33:22 chr12 54109733 . A G 646.47 PASS AF=0.373737;AO=74;DP=198;FAO=74;FDP=198;FR=.;FRO=124;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=86;FWDB=-0.0274564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9309;QD=13.06;RBI=0.0288651;REFB=-0.0202886;REVB=0.00890727;RO=124;SAF=32;SAR=42;SRF=38;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145874;STB=0.582128;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0306213;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:124:124:74:74:0.373737:42:32:38:86:42:32:38:86 chr12 54115875 . C T 311.03 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0593219;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.652;QD=28.2751;RBI=0.06128;REFB=-0.0218988;REVB=0.0153674;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174533;STB=0.595602;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0154425;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:16:11:3:14:16:11:3:14 chr12 54117972 . G A 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0285416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6389;QD=26.0486;RBI=0.0364243;REFB=0.0128623;REVB=-0.0226299;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167444;STB=0.592461;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00863489;OID=.;OPOS=54117972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:11:1:0:5:11:1:0:5 chr12 54117981 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0173781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.331;QD=25.711;RBI=0.0241379;REFB=-0.0301182;REVB=0.0167523;RO=6;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136658;STB=0.50768;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.022685;OID=.;OPOS=54117981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:11:2:1:5:11:2:1:5 chr12 54340077 . G A 1182.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.436;QD=60.6636;RBI=0.012167;REFB=0;REVB=0.000962671;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458826;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:43:32:0:0:45:33:0:0 chr12 54367061 . T G 688.13 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.062;QD=62.5577;RBI=0.0233967;REFB=0;REVB=0.0202562;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64824e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr12 54369667 . T TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG 215.65 PASS AF=0.73913,0.0869565;AO=11,3;DP=28;FAO=17,2;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00107564,-0.0171788;FXX=0.11534;HRUN=1,2;LEN=18,6;MLLD=520.483,225.824;QD=37.5051;RBI=0.0270959,0.0298698;REFB=-0.0250224,-0.0325848;REVB=0.0270745,0.0244354;RO=5;SAF=0,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.794084;STB=0.5,0.996649;STBP=1,0.03;TYPE=ins,ins;VARB=0.00640592,-0.00039212;OID=.,.;OPOS=54369668,54369668;OREF=-,-;OALT=GCCCCACTACTTTAGGGG,TAGGGG;OMAPALT=TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913,0.0869565:11,3:28:17,2:23:4:0,2:17,0:0:4:24:5:0,3:11,0:0:5 chr12 54385599 . C T 316.89 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0180287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.258;QD=17.8529;RBI=0.0184007;REFB=-0.0136136;REVB=-0.00368114;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333196;STB=0.518653;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0160396;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:24:10:12:25:24:10:12:25 chr12 54496166 . G T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.037969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6007;QD=19.9759;RBI=0.0382044;REFB=-0.00748534;REVB=-0.00423425;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10013;STB=0.556759;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00979373;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:8:12:14:6:8:12 chr12 54799450 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.752;QD=55.6555;RBI=0.0107918;REFB=0;REVB=-0.00609503;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04731e-06;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr12 54905815 . C G 896.48 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.832;QD=56.9192;RBI=0.014686;REFB=0;REVB=0.00725834;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645521;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:35:28:0:0 chr12 54970454 . T C 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6359;QD=61.8503;RBI=0.0136634;REFB=0;REVB=0.00916026;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115568;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr12 54972992 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.972;QD=62.0218;RBI=0.0394481;REFB=0;REVB=0.0333927;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416409;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr12 54973623 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.115;QD=59.3224;RBI=0.0372882;REFB=0;REVB=-0.0307268;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125513;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr12 54974803 . C T 655.23 PASS AF=0.524194;AO=64;DP=123;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.020706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.402;QD=21.1365;RBI=0.0219337;REFB=-0.000552933;REVB=0.00723538;RO=58;SAF=26;SAR=38;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974147;STB=0.552919;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00045262;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:58:59:64:65:0.524194:38:26:30:28:38:27:31:28 chr12 54975837 . T C 2004.96 PASS AF=0.985507;AO=130;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.170315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5457;QD=58.1148;RBI=0.170536;REFB=-0.136739;REVB=-0.0086921;RO=8;SAF=36;SAR=94;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946519;STB=0.511626;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00942579;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:8:2:130:136:0.985507:94:36:8:0:94:42:2:0 chr12 55248357 . G T 633.0 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0358911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.055;QD=27.2259;RBI=0.0365136;REFB=0.00030379;REVB=-0.00671363;RO=37;SAF=30;SAR=26;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103704;STB=0.5564;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.000356948;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:26:30:25:12:26:30:25:12 chr12 55250612 . A G 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000392703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.226;QD=62.9073;RBI=0.00666937;REFB=0;REVB=-0.0066578;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32899e-05;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr12 55344024 . G A 1659.48 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.893;QD=60.3448;RBI=0.0748671;REFB=0;REVB=0.0736115;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250963;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr12 55344133 . C G 2439.84 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00455894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.28;QD=60.6173;RBI=0.00960412;REFB=-0.0410353;REVB=0.00845312;RO=1;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606121;STB=0.503184;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000638253;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:78:82:0:1:78:82:0:1 chr12 55355033 . C T 2446.4 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3322;QD=61.1599;RBI=0.07169;REFB=0;REVB=-0.0150922;RO=0;SAF=54;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390408;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:105:54:0:0:105:55:0:0 chr12 55368245 . G A 3099.45 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040316;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.754;QD=61.3752;RBI=0.0105401;REFB=0.0169378;REVB=0.00973858;RO=1;SAF=85;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30684e-05;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:202:202:1:117:85:1:0:117:85:0:0 chr12 55421250 . C T 234.42 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0151547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.784;QD=13.0233;RBI=0.0153962;REFB=-0.00089727;REVB=0.00271627;RO=44;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302533;STB=0.671095;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00116746;OID=.;OPOS=55421250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:13:15:11:33:13:15:11:33 chr12 55421299 . C A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0124061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6885;QD=14.3995;RBI=0.0253073;REFB=0.00138893;REVB=0.0220578;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218663;STB=0.62314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00161403;OID=.;OPOS=55421299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:8:26:14:11:8:26 chr12 55688267 . G A 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0042775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.681;QD=20.1558;RBI=0.0157928;REFB=-0.00215244;REVB=-0.0152024;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954892;STB=0.553036;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00155575;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:8:17:16:12:8:17 chr12 55714772 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.8;QD=63.2862;RBI=0.0242511;REFB=0;REVB=0.00101271;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131269;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 55714876 . C G 817.73 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3888;QD=57.3845;RBI=0.01606;REFB=0;REVB=-0.000110826;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189185;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:37:20:0:0 chr12 55715119 . G A 832.74 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.397;QD=57.4305;RBI=0.0284641;REFB=0;REVB=0.0145779;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135601;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr12 55794976 . A G 1117.2 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000226235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.687;QD=57.2922;RBI=0.00636022;REFB=-0.179923;REVB=0.00635619;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111331;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000513053;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:1:1:75:77:0.987179:33:42:1:0:33:44:1:0 chr12 55806238 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.888;QD=60.0309;RBI=0.023045;REFB=0;REVB=0.0134819;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57719e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr12 55807293 . A G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0226597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.532;QD=28.6845;RBI=0.0904933;REFB=-0.0143436;REVB=0.0876103;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429214;STB=0.749315;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0135834;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:2:0:8:1:2:0 chr12 55808469 . C G 1151.13 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.096;QD=59.0325;RBI=0.0306075;REFB=-0.136874;REVB=-0.0280947;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0016305;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:40:36:0:0:40:37:1:0 chr12 55820121 . C T 1120.62 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00877799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0505;QD=55.339;RBI=0.0107062;REFB=-0.0102145;REVB=0.00612935;RO=4;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204175;STB=0.5108;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00387838;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:4:4:77:77:0.950617:41:36:1:3:41:36:1:3 chr12 55863224 . C G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1114;QD=59.5015;RBI=0.01089;REFB=0;REVB=0.00274075;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92971e-05;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr12 55863381 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8416;QD=58.1386;RBI=0.0103217;REFB=0;REVB=-0.00668043;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71612e-05;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr12 55886294 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4199;QD=55.0985;RBI=0.0577251;REFB=0;REVB=-0.0467918;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149697;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 55886486 . G GA 617.21 PASS AF=1;AO=11;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784382;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1642;QD=45.7193;RBI=0.123202;REFB=0;REVB=-0.0950056;RO=44;SAF=1;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000287174;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:55:54:54:0:26:28:0:0:11:44:1:10:26:18 chr12 55886489 . T A 512.56 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0356753;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.3996;QD=37.9677;RBI=0.0627082;REFB=-0.191181;REVB=-0.0515712;RO=11;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184752;STB=0.599269;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0341474;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:54:11:11:43:43:0.796296:18:25:1:10:18:25:1:10 chr12 55945119 . A G 888.14 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.117;QD=58.2384;RBI=0.016105;REFB=0;REVB=-0.00136746;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51855e-05;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:53:61:1:24:29:0:0:24:37:0:0 chr12 55945258 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.006104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.038;QD=11.0197;RBI=0.0510369;REFB=-0.0172655;REVB=-0.0506706;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0254509;OID=.;OPOS=55945258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:2:6:2:4:2:6 chr12 55945856 . A G 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0668509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.084;QD=16.5265;RBI=0.0670606;REFB=-0.0172351;REVB=0.00529934;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262555;STB=0.501482;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0193108;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:14:15:13:12:14:15 chr12 56089357 . C T 1771.68 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.064122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.388;QD=59.0561;RBI=0.0655938;REFB=-0.086795;REVB=0.0138172;RO=2;SAF=43;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124965;STB=0.506578;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=3.40135e-05;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:75:43:0:2:75:43:0:2 chr12 56113115 . A T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0125116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.411;QD=21.0649;RBI=0.0246836;REFB=-0.0064202;REVB=-0.0212777;RO=21;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.64273;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0115421;OID=.;OPOS=56113115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:24:24:24:0.5:18:6:9:12:18:6:12:12 chr12 56117700 . C G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0117383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4839;QD=14.2588;RBI=0.0150083;REFB=-0.0108572;REVB=-0.00935203;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409371;STB=0.523274;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0116212;OID=.;OPOS=56117700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:16:13:20:21:16:13:20:21 chr12 56224732 . G C 100.45 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00636766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0574;QD=16.0723;RBI=0.0248288;REFB=0.00472763;REVB=0.0239983;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457869;STB=0.768733;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00361664;OID=.;OPOS=56224732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:5:8:2:10:5:8 chr12 56236531 . A G 2272.82 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2755;QD=60.2071;RBI=0.102209;REFB=-0.0497699;REVB=0.0837702;RO=1;SAF=94;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921257;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:146:151:1:0:144:151:1:50:94:0:1:56:95:0:0 chr12 56295734 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.087;QD=42.1789;RBI=0.0473687;REFB=0;REVB=0.0457286;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521321;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr12 56330572 . G A 278.59 PASS AF=0.316239;AO=36;DP=116;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=-0.00025031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.006;QD=9.52441;RBI=0.0176138;REFB=-0.00140165;REVB=0.017612;RO=79;SAF=6;SAR=30;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214804;STB=0.640409;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00307827;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:79:80:36:37:0.316239:30:6:23:56:31:6:24:56 chr12 56335107 . A G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0336189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.553;QD=9.25821;RBI=0.0359435;REFB=-0.00977023;REVB=0.0127162;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273809;STB=0.666389;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0119763;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:8:4:16:12:8:4:16:12 chr12 56348028 . G A 407.88 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0119089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.35;QD=25.8974;RBI=0.0186448;REFB=-0.0218441;REVB=-0.014346;RO=24;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.556252;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0102182;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:22:17:14:10:22:17:14:10 chr12 56351277 . G A 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00450064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.793;QD=16.0185;RBI=0.00903372;REFB=-0.0214011;REVB=-0.00783277;RO=54;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122257;STB=0.568931;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0264612;OID=.;OPOS=56351277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:24:16:28:26:24:16:28:26 chr12 56351346 . G A 452.22 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00304193;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.582;QD=24.4443;RBI=0.0116842;REFB=-0.000925637;REVB=-0.0112812;RO=30;SAF=26;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804885;STB=0.551744;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000946213;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:17:26:15:15:17:26:15:16 chr12 56360968 . C A 30.42 PASS AF=0.0879121;AO=9;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0930464;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.1829;QD=1.3373;RBI=0.105342;REFB=-0.0271211;REVB=-0.0493885;RO=62;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34564;STB=0.669831;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.185466;OID=.;OPOS=56360968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:91:91:62:83:9:8:0.0879121:3:6:23:39:3:5:36:47 chr12 56388479 . A G 89.34 PASS AF=0.13;AO=26;DP=202;FAO=26;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=174;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=83;FWDB=-0.0582715;FXX=0.0291248;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.3458;QD=1.78674;RBI=0.115865;REFB=-0.0173334;REVB=-0.100145;RO=118;SAF=22;SAR=4;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525865;STB=0.767223;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.129629;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:202:200:118:174:26:26:0.13:4:22:52:66:5:21:91:83 chr12 56398454 . G C 974.15 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114631;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9304;QD=59.0395;RBI=0.0363469;REFB=0;REVB=0.034492;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121303;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:18:48:0:0:18:48:0:0 chr12 56420725 . TG T 459.79 PASS AF=0.901408;AO=27;DP=72;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.024269;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9741;QD=25.9035;RBI=0.0562592;REFB=-0.0588351;REVB=0.0507555;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170033;STB=0.515256;STBP=0.49;TYPE=del;VARB=0.0635662;OID=.;OPOS=56420726;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901408:27:72:64:71:7:36:28:5:2:8:13:13:14:10:3 chr12 56435929 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9455;QD=60.6098;RBI=0.0436223;REFB=0;REVB=0.0303006;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740411;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr12 56494991 . G A 283.55 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0339631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7751;QD=19.8985;RBI=0.0695422;REFB=-0.0374034;REVB=0.0606847;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421417;STB=0.523389;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0374791;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:21:9:7:20:21:9:7:20 chr12 56635179 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC 61.44 PASS AF=0.368421,0.157895;AO=8,2;DP=20;FAO=7,3;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2,2;FSAR=5,1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.174323,0.16012;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.7406,21.4527;QD=12.9357;RBI=0.184771,0.17011;REFB=-0.0906281,-0.0646138;REVB=0.0612505,0.0574387;RO=9;SAF=3,1;SAR=5,1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524931,-0.681849;STB=0.84542,0.845157;STBP=0.044,0.818;TYPE=del,mnp;VARB=0.0775456,0.18334;OID=.,.;OPOS=56635180,56635184;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.157895:8,2:20:7,3:19:9:2,2:5,1:9:0:44:9:3,1:5,1:9:0 chr12 56647911 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2188;QD=61.3363;RBI=0.0245719;REFB=0;REVB=0.0241324;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033185;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 56649601 . A G 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.46;QD=62.6714;RBI=0.0618213;REFB=0;REVB=0.0473009;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51489e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:55:78:0:0:55:78:0:0 chr12 56711371 . C T 378.81 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00579604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.067;QD=13.0624;RBI=0.013737;REFB=-0.00878488;REVB=-0.0124543;RO=71;SAF=23;SAR=22;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717857;STB=0.540689;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0118813;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:45:45:0.387931:22:23:41:30:22:23:41:30 chr12 56722060 . T G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5742;QD=64.4145;RBI=0.0331623;REFB=0;REVB=0.030483;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376246;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr12 56755652 . C T 166.4 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0013559;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.472;QD=14.1615;RBI=0.00994096;REFB=-0.00366937;REVB=0.00984806;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270009;STB=0.656967;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00409886;OID=.;OPOS=56755652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:12:17:6:12:12:17 chr12 56814653 . G A 205.6 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0133593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8173;QD=10.9651;RBI=0.0238261;REFB=-0.0207251;REVB=-0.0197285;RO=48;SAF=18;SAR=8;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495985;STB=0.51706;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0249541;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:8:18:35:13:8:18:35:14 chr12 56815922 . C T 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.007245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.2;QD=57.0306;RBI=0.0155136;REFB=0.0250074;REVB=0.0137179;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000772274;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:36:29:0:1:36:29:0:1 chr12 56822378 . T A 410.35 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.745;QD=56.5998;RBI=0.0575011;REFB=0;REVB=0.0568553;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584067;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr12 56825311 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.074;QD=46.848;RBI=0.0190842;REFB=0;REVB=0.0190574;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339569;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr12 56862886 . T C,G 678.46 PASS AF=0.96,0.02;AO=46,3;DP=50;FAO=48,1;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00824676,-0.0156452;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.7928,53.6359;QD=54.2765;RBI=0.0446751,0.0248667;REFB=-0.0805025,-0.0316256;REVB=-0.0439073,-0.0193283;RO=0;SAF=20,2;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50943,0.5;STBP=0.522,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00148539,0.0245076;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:1:46,3:48,1:0.96,0.02:26,1:20,2:0:0:26,1:22,0:0:1 chr12 56956213 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.712;QD=63.8683;RBI=0.0275367;REFB=0;REVB=0.0104026;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307879;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr12 57032162 . G T 337.97 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0403325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.796;QD=19.3126;RBI=0.0403382;REFB=-0.0023557;REVB=0.000682283;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126586;STB=0.513506;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00272802;OID=.;OPOS=57032162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:35:36:0.514286:17:18:17:17:17:19:17:17 chr12 57106660 . A T 754.53 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00461091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.637;QD=61.5946;RBI=0.0103863;REFB=-0.140828;REVB=-0.0093067;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00150951;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr12 57108203 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.193;QD=60.5471;RBI=0.0337903;REFB=0;REVB=-0.0159127;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91016e-05;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr12 57109792 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000548193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.149;QD=60.9784;RBI=0.0167241;REFB=0;REVB=0.0167151;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90842e-05;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 57109931 . A T 65.02 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068717;FXX=0.221976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.936;QD=37.1566;RBI=0.0720649;REFB=0;REVB=0.0217099;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00608831;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:0:0:5:7:1:2:3:0:0:4:3:0:0 chr12 57112637 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.314;QD=30.7903;RBI=0.143251;REFB=0.0920246;REVB=0.14284;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00670875;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr12 57114100 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.559;QD=53.2772;RBI=0.0184626;REFB=0;REVB=-0.0135824;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25043e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr12 57114307 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.753;QD=58.1421;RBI=0.0127681;REFB=0;REVB=0.00618899;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92287e-05;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr12 57133140 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2943;QD=55.6556;RBI=0.0566739;REFB=0;REVB=0.0484554;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199375;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr12 57137828 . T A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.37;QD=59.8392;RBI=0.0224105;REFB=0;REVB=-0.00669338;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95934e-05;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 57255195 . T C 1145.13 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3898;QD=57.9814;RBI=0.0556773;REFB=-0.100057;REVB=0.0443828;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50332;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00252649;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:0:2:77:77:0.974684:48:29:0:0:48:29:1:1 chr12 57392679 . T C 168.49 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00352575;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.777;QD=14.651;RBI=0.0395276;REFB=-0.00167178;REVB=0.0393701;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486658;STB=0.778349;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00648292;OID=.;OPOS=57392679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:27:28:18:18:0.391304:15:3:16:11:15:3:16:12 chr12 57485169 . A G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00814565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.877;QD=14.3348;RBI=0.0298899;REFB=0.00449087;REVB=-0.0287585;RO=26;SAF=15;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407545;STB=0.743453;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0097515;OID=.;OPOS=57485169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:2:15:16:10:2:15:16:10 chr12 57567762 . C T 166.06 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0337677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.01;QD=22.1413;RBI=0.039134;REFB=-0.04079;REVB=0.0197791;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140495;STB=0.562427;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0243056;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:9:7:8:5:9:8:8:5 chr12 57585144 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00774095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.498;QD=21.0138;RBI=0.0153271;REFB=-0.0281103;REVB=0.0132286;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0096365;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr12 57589659 . C T 388.94 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.002264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.476;QD=18.7443;RBI=0.0228698;REFB=-0.0268135;REVB=0.0227575;RO=43;SAF=10;SAR=30;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251849;STB=0.641304;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0232295;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:30:10:21:22:30:10:21:22 chr12 57589783 . CA C,CC 612.86 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=8,33;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206927,0.171184;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.4156,44.091;QD=59.7916;RBI=0.0346596,0.171305;REFB=0,0;REVB=0.0278047,0.00643156;RO=0;SAF=8,12;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00569126,0.0055699;OID=.,.;OPOS=57589784,57589784;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:8,33:41:1,40:41:0:1,19:0,21:0:0:4:0:8,12:0,21:0:0 chr12 57590797 . C T 1033.49 PASS AF=0.547486;AO=94;DP=175;FAO=98;FDP=179;FR=.;FRO=81;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00990694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.544;QD=23.0946;RBI=0.0182929;REFB=-0.0199188;REVB=0.0153781;RO=79;SAF=57;SAR=37;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751272;STB=0.533901;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.017859;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:79:81:94:98:0.547486:37:57:41:38:40:58:42:39 chr12 57590869 . T C 3391.97 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111445;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.985;QD=62.238;RBI=0.026051;REFB=-0.0494724;REVB=-0.0235469;RO=1;SAF=120;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130103;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:218:1:0:217:218:1:97:120:0:1:97:121:0:0 chr12 57593101 . G A 281.44 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00633076;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.045;QD=13.8981;RBI=0.0309537;REFB=-0.00861105;REVB=-0.0302994;RO=46;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307356;STB=0.692977;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0200459;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:49:32:32:0.395062:9:23:20:26:9:23:20:29 chr12 57619209 . C G 88.74 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0199097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9052;QD=27.3038;RBI=0.0310703;REFB=-0.124206;REVB=-0.023853;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244374;STB=0.639689;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0429554;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:13:3:3:10:10:0.769231:2:8:1:2:2:8:1:2 chr12 57619362 . G A 405.43 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00835907;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.661;QD=15.0159;RBI=0.0178352;REFB=-0.00728598;REVB=0.015755;RO=62;SAF=32;SAR=14;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376164;STB=0.711021;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00930431;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:62:62:46:46:0.425926:14:32:20:42:14:32:20:42 chr12 57620254 . G A 440.77 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0140021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7665;QD=14.6922;RBI=0.0184546;REFB=-0.0109702;REVB=0.0120214;RO=70;SAF=23;SAR=27;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415714;STB=0.523386;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0164509;OID=.;OPOS=57620254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:27:23:35:35:27:23:35:35 chr12 57625545 . C T 528.87 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.100243;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.515;QD=16.273;RBI=0.101879;REFB=-0.0283918;REVB=-0.0181816;RO=72;SAF=22;SAR=35;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116464;STB=0.561683;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0290547;OID=.;OPOS=57625545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:72:73:57:57:0.438462:35:22:36:36:35:22:36:37 chr12 57627076 . AGGGGGGC AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGCC 356.01 PASS AF=0,1,0;AO=10,21,5;DP=46;FAO=0,42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.51395,0.125447,0.638961;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=7.57506,10.9944,5.34972;QD=33.9055;RBI=0.526213,0.194998,0.639892;REFB=0,0,0;REVB=0.112941,0.14929,0.0345064;RO=7;SAF=10,2,3;SAR=0,19,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.509804,0.509804,0;SSSB=0.835678,-0.0593339,0.413035;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0105425,0;OID=.,.,.;OPOS=57627082,57627077,57627082;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:10,21,5:46:0,42,0:42:0:0,14,0:0,28,0:0:0:3:7:10,2,3:0,19,2:1:6 chr12 57649840 . C T 557.67 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.339;QD=60.2882;RBI=0.0312961;REFB=0;REVB=0.00513474;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3116e-05;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:18:19:0:0 chr12 57674250 . A C 33.73 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0594335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.442;QD=2.81046;RBI=0.0646049;REFB=-0.00944078;REVB=-0.0253271;RO=38;SAF=6;SAR=0;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.663155;STB=0.822532;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.202353;OID=.;OPOS=57674250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:48:38:41:6:7:0.145833:0:6:18:20:1:6:21:20 chr12 57848708 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5308;QD=55.6556;RBI=0.0579631;REFB=0;REVB=-0.0471034;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343634;OID=.;OPOS=57848708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr12 57859431 . G A 265.4 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00246485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.984;QD=13.6102;RBI=0.0455803;REFB=-0.00912953;REVB=-0.0455136;RO=47;SAF=22;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182003;STB=0.604325;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0286324;OID=.;OPOS=57859431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:9:22:26:21:9:22:26:21 chr12 57865321 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00893159;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=322.247;QD=21.0076;RBI=0.0100256;REFB=0.00198315;REVB=0.00455409;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026009;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174283;OID=.;OPOS=57865321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:8:9:10:9:8:9 chr12 57865821 . G C 156.17 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00551759;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3015;QD=12.0131;RBI=0.0096278;REFB=-0.0214245;REVB=0.00788991;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142402;STB=0.590073;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0154181;OID=.;OPOS=57865821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:33:19:19:0.365385:9:10:21:11:9:10:22:11 chr12 57869582 . T C 60.56 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00755381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0437;QD=8.97205;RBI=0.0153687;REFB=-0.0185625;REVB=-0.0133841;RO=18;SAF=8;SAR=0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.768838;STB=0.845286;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0434896;OID=.;OPOS=57869582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:26:27:18:18:8:9:0.333333:0:8:8:10:1:8:8:10 chr12 57870155 . A C 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00389653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.609;QD=12.834;RBI=0.0358484;REFB=-0.0190623;REVB=-0.035636;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295626;STB=0.501694;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0345125;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:16:14:23:26:16:14:23:26 chr12 57873498 . T G 304.0 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0582976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5045;QD=11.9216;RBI=0.109755;REFB=-0.00017939;REVB=-0.0929925;RO=64;SAF=15;SAR=22;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364889;STB=0.516649;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000372642;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:65:37:37:0.362745:22:15:28:36:22:15:28:37 chr12 57911160 . G A 408.66 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00669457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6258;QD=20.6914;RBI=0.0137429;REFB=-0.00451228;REVB=0.0120021;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182995;STB=0.605085;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00302271;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:21:19:26:12:22:19:26:12 chr12 57926791 . T G 445.88 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00343021;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.613;QD=13.8257;RBI=0.0263605;REFB=-0.00309379;REVB=-0.0261364;RO=77;SAF=23;SAR=28;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017755;STB=0.514228;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00483795;OID=.;OPOS=57926791;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:77:78:51:51:0.395349:28:23:36:41:28:23:37:41 chr12 57927805 . TG T 147.46 PASS AF=0.5;AO=49;DP=119;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00410826;FXX=0.025208;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.86005;QD=5.08495;RBI=0.0978572;REFB=-0.126322;REVB=-0.097771;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370782;STB=0.543398;STBP=0.361;TYPE=del;VARB=0.115932;OID=.;OPOS=57927806;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:49:119:58:116:58:25:33:30:28:99:49:22:27:24:25 chr12 57958313 . A G 1302.13 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.055;QD=62.0063;RBI=0.023009;REFB=0;REVB=0.0128795;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9728e-05;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr12 57985204 . C T 1558.23 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256701;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.554;QD=59.9321;RBI=0.0268565;REFB=0;REVB=0.00789399;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12557e-05;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:63:41:0:0:63:41:0:0 chr12 57994743 . T G 1539.88 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6435;QD=59.8012;RBI=0.0661631;REFB=0;REVB=-0.0618194;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000577558;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr12 57995089 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.502;QD=56.9383;RBI=0.0155734;REFB=0;REVB=0.0125095;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08336e-06;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr12 58002599 . C T 454.55 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9917;QD=55.0965;RBI=0.0676447;REFB=-0.11486;REVB=0.0448409;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00371617;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:0:1:32:32:0.969697:21:11:0:0:21:11:0:1 chr12 58010163 . A G 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000504633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.227;QD=62.4623;RBI=0.0108119;REFB=0;REVB=-0.0108001;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27279e-05;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr12 58015619 . C T 377.7 PASS AF=0.370968;AO=44;DP=122;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0135131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.058;QD=12.1838;RBI=0.0992939;REFB=-0.0145476;REVB=0.09837;RO=78;SAF=15;SAR=29;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264893;STB=0.644757;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0363566;OID=.;OPOS=58015619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:78:78:44:46:0.370968:29:15:45:33:30:16:45:33 chr12 58017701 . T G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.192;QD=64.1529;RBI=0.0241821;REFB=0;REVB=0.0225298;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128116;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr12 58019472 . T G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0371;QD=59.8363;RBI=0.0952313;REFB=0;REVB=-0.0394056;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00232849;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr12 58026108 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0225635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2948;QD=26.3384;RBI=0.0361553;REFB=-0.00371294;REVB=-0.0282506;RO=15;SAF=2;SAR=21;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941121;STB=0.552582;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000735346;OID=.;OPOS=58026108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:21:2:2:13:21:2:2:13 chr12 58131887 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0277935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.148;QD=9.76019;RBI=0.0301413;REFB=-0.0177688;REVB=-0.0116627;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0351263;OID=.;OPOS=58131887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr12 58174306 . T C 1116.81 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550564;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.418;QD=59.5634;RBI=0.00559867;REFB=0;REVB=0.00101638;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156747;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:72:75:1:45:27:0:0:47:28:0:0 chr12 58176614 . T C 537.91 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0953727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0338;QD=59.7676;RBI=0.121886;REFB=0;REVB=-0.0758955;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0034908;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 58204283 . T C 995.86 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0756425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.459;QD=57.7308;RBI=0.0756445;REFB=-0.138047;REVB=0.00055762;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000781512;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:39:29:0:0:39:29:0:1 chr12 58220841 . C T 34.04 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00980305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.474;QD=1.72343;RBI=0.0152946;REFB=0.00274846;REVB=-0.0117399;RO=70;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241318;STB=0.687628;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0158794;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:70:71:8:8:0.101266:5:3:41:29:5:3:42:29 chr12 58220844 . C T 35.06 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0706994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6162;QD=1.84543;RBI=0.0880513;REFB=0.0162252;REVB=0.0524846;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278217;STB=0.707069;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.114646;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:5:3:42:26:5:3:42:26 chr12 58335515 . GGCC GC,G,GGC 310.94 PASS AF=0.869565,0,0;AO=15,9,11;DP=46;FAO=40,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=27,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.037045,-0.0211796,-0.173913;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,3,1;MLLD=19.669,17.9043,11.0061;QD=27.0382;RBI=0.0405916,0.0324015,0.192768;REFB=-0.206221,-0.123882,-0.138827;REVB=0.0165935,0.0245209,0.0831503;RO=10;SAF=5,9,10;SAR=10,0,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.594203,0.594203,0;SSEP=0,0,0.509542;SSSB=-0.196568,0.778897,0.430006;STB=0.501237,0.5,0.5;STBP=0.958,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0585944,0.00751763,0.0198367;OID=.,.,.;OPOS=58335516,58335516,58335517;OREF=GC,GCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565,0,0:15,9,11:46:40,0,0:46:6:27,0,0:13,0,0:4:2:13:10:5,9,10:10,0,1:6:4 chr12 58335626 . A T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.247;QD=59.924;RBI=0.0221776;REFB=0;REVB=0.0215109;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37412e-05;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:40:65:0:0:40:65:0:0 chr12 58350631 . C T 1955.4 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175671;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2035;QD=62.0762;RBI=0.0176058;REFB=0;REVB=0.00116702;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2107e-05;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:72:54:0:0:72:54:0:0 chr12 60127556 . C T 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.103669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0656;QD=24.8626;RBI=0.118416;REFB=-0.0145464;REVB=0.0572271;RO=24;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108883;STB=0.513416;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0131993;OID=.;OPOS=60127556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:25:38:38:0.603175:18:20:13:11:18:20:14:11 chr12 60127590 . A T 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.013491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.056;QD=13.6612;RBI=0.0196719;REFB=-0.000604361;REVB=-0.014317;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266846;STB=0.65565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000822353;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:13:8:9:5:13:8 chr12 60161941 . G GA 70.04 PASS AF=0.369565;AO=19;DP=49;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.12364;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6834;QD=6.0904;RBI=0.128531;REFB=-0.0226722;REVB=0.0351187;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100654;STB=0.666473;STBP=0.099;TYPE=ins;VARB=0.0481645;OID=.;OPOS=60161942;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:19:49:17:46:29:6:11:18:11:70:28:9:10:16:12 chr12 60173356 . A T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0449841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.533;QD=27.2322;RBI=0.0458697;REFB=-0.0122888;REVB=0.00897006;RO=17;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313819;STB=0.517308;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0103046;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:19:7:4:13:19:7:4:13 chr12 60735645 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.122;QD=60.2046;RBI=0.0286021;REFB=0;REVB=0.0261411;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38183e-05;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr12 62104219 . A C 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0245073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2536;QD=17.5669;RBI=0.033732;REFB=-0.00561727;REVB=0.0231785;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137143;STB=0.584417;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00682164;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:16:13:18:12:16:13:19:12 chr12 62114671 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.447;QD=59.4329;RBI=0.0179233;REFB=0;REVB=0.00847662;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015437;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 62778065 . A G 820.84 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9793;QD=55.6503;RBI=0.0375783;REFB=-0.0563789;REVB=0.0272119;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00137222;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr12 62810961 . AG A,AA 1964.05 PASS AF=1,0;AO=56,64;DP=120;FAO=127,0;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428715,-0.0412661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.363,232.84;QD=61.8599;RBI=0.055979,0.0594583;REFB=0,0;REVB=-0.0359955,-0.0428066;RO=0;SAF=27,29;SAR=29,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00049301,0;OID=.,.;OPOS=62810962,62810962;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:56,64:120:127,0:127:0:61,0:66,0:0:0:11:0:27,29:29,35:0:0 chr12 62959137 . A G 337.39 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00534036;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.69;QD=19.8466;RBI=0.00707159;REFB=-0.00273024;REVB=0.00463551;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507828;STB=0.528206;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00276319;OID=.;OPOS=62959137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:19:16:17:16:19:16:17:16 chr12 63359168 . G A 620.99 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00143909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.842;QD=17.9998;RBI=0.00610925;REFB=-0.0108172;REVB=0.00593734;RO=74;SAF=30;SAR=34;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692606;STB=0.53845;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0133428;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:34:30:40:34:34:30:40:34 chr12 63359409 . C A 157.78 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00105595;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.892;QD=11.2702;RBI=0.0893711;REFB=-0.00319664;REVB=-0.0893648;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30024;STB=0.681641;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00344468;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:36:20:20:0.357143:7:13:13:22:7:13:13:23 chr12 63541279 . A T 347.51 PASS AF=0.360656;AO=43;DP=121;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0179492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5002;QD=11.3937;RBI=0.032461;REFB=-0.0138896;REVB=-0.027047;RO=69;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778217;STB=0.503758;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0486441;OID=.;OPOS=63541279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:78:43:44:0.360656:24:19:30:39:24:20:35:43 chr12 63544209 . A G 578.69 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0255709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5016;QD=17.0202;RBI=0.026318;REFB=-0.00825148;REVB=-0.00622633;RO=75;SAF=38;SAR=23;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105123;STB=0.558665;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0138573;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:23:38:39:36:23:38:39:36 chr12 63954304 . T C 584.15 PASS AF=0.427586;AO=44;DP=146;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0112809;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.731;QD=16.1144;RBI=0.0201374;REFB=-0.0106052;REVB=-0.0166809;RO=77;SAF=11;SAR=33;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283721;STB=0.508143;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0198573;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:77:83:44:62:0.427586:33:11:37:40:33:29:40:43 chr12 64472803 . A T 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5987;QD=62.6117;RBI=0.0108019;REFB=0;REVB=0.00681974;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012092;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr12 64587633 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.649;QD=60.2305;RBI=0.0249794;REFB=0;REVB=0.00778915;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85128e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr12 64609562 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.018;QD=57.7124;RBI=0.0392259;REFB=0;REVB=0.0230239;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137294;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr12 64669090 . C A 3648.22 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1309;QD=63.1727;RBI=0.0635857;REFB=0;REVB=-0.0556638;RO=0;SAF=109;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026518;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:231:231:1:122:109:0:0:122:109:0:0 chr12 64712511 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.322;QD=56.9382;RBI=0.0149823;REFB=0;REVB=0.00452433;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43275e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 587.38 PASS AF=0.854545;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.010355;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.174;QD=42.7186;RBI=0.0528805;REFB=-0.0302571;REVB=0.0518567;RO=8;SAF=30;SAR=17;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390924;STB=0.502091;STBP=0.972;TYPE=ins;VARB=0.00271873;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854545:47:55:47:55:8:30:17:5:3:45:8:30:17:5:3 chr12 64746833 . C T 185.71 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0184329;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.132;QD=17.6862;RBI=0.0184742;REFB=0.000387554;REVB=0.00123527;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15049;STB=0.586026;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000405091;OID=.;OPOS=64746833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:11:12:7:12:11:12 chr12 64749600 . A G 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00428579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.744;QD=18.7852;RBI=0.0142128;REFB=-0.00925761;REVB=0.0135513;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109393;STB=0.560849;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00740994;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:12:21:17:16:12:21 chr12 64838922 . G T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0716868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.699;QD=11.5972;RBI=0.0717373;REFB=-0.00505724;REVB=0.00269042;RO=21;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14615;STB=0.584784;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00810289;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:11:1:1:20:11:1:1:20 chr12 64875787 . T A 313.08 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0333709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.695;QD=19.5674;RBI=0.0339593;REFB=-0.0133603;REVB=0.00629391;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109536;STB=0.56087;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.014843;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:13:18:15:18:13:18 chr12 64895830 . GTA G 169.05 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0133141;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.868;QD=13.0036;RBI=0.0158823;REFB=0.00230065;REVB=0.00865914;RO=33;SAF=16;SAR=1;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.655171;STB=0.71405;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=-0.00295372;OID=.;OPOS=64895831;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:17:53:20:52:32:16:4:16:16:99:33:16:1:16:17 chr12 65108160 . G C 995.24 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190474;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.087;QD=59.4175;RBI=0.0282561;REFB=0;REVB=0.0208711;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07948e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr12 65146532 . C T 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.101;QD=62.6125;RBI=0.0457831;REFB=0;REVB=-0.00306789;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016007;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr12 65150485 . C T 758.88 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0355894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6471;QD=53.2549;RBI=0.0499572;REFB=-0.130713;REVB=0.0350587;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.517851;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0054961;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:27:28:0:0:27:28:0:2 chr12 65264387 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00377273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.895;QD=14.7015;RBI=0.00399869;REFB=-0.0287954;REVB=0.00132516;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0328679;OID=.;OPOS=65264387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:8:7:6:6:8:7 chr12 65514266 . T C 754.44 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8928;QD=52.9434;RBI=0.0762261;REFB=-0.0577587;REVB=0.00345705;RO=3;SAF=27;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130506;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:3:0:54:57:1:27:27:3:0:27:30:0:0 chr12 66358347 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.81;QD=60.3763;RBI=0.0490321;REFB=0;REVB=-0.0105126;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309803;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr12 66359752 . C A 757.82 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.727;QD=63.1516;RBI=0.0181209;REFB=0;REVB=-0.00486768;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647879;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr12 66532493 . A G 976.64 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00662166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.729;QD=57.4496;RBI=0.0498545;REFB=-0.110581;REVB=0.0494128;RO=1;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171796;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000507766;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:27:40:0:1:27:40:0:1 chr12 66546100 . A G 338.98 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.829;QD=54.2374;RBI=0.0863121;REFB=0;REVB=-0.0807274;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043724;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr12 66712428 . C T 302.38 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0126064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2466;QD=19.5086;RBI=0.0470398;REFB=-0.0561302;REVB=-0.0453191;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332922;STB=0.518507;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0199084;OID=.;OPOS=66712428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:18:12:14:18:18:12 chr12 66725160 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.954;QD=63.1952;RBI=0.0132671;REFB=0;REVB=-0.00840081;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78951e-06;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr12 66731864 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.275;QD=56.7065;RBI=0.063665;REFB=0;REVB=0.057893;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495613;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr12 66739539 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.593;QD=58.2358;RBI=0.0147065;REFB=0;REVB=0.011887;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126548;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 66786091 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=12;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.175;QD=53.9111;RBI=0.079001;REFB=0;REVB=0.00938776;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911186;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:12:24:1:12:0:0:0:12:12:0:0 chr12 66814487 . C A 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.012699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.615;QD=11.5131;RBI=0.0269315;REFB=-0.0039255;REVB=0.0237496;RO=56;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754486;STB=0.543653;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00824885;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:17:13:28:28:17:13:28:28 chr12 66826411 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000717967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.719;QD=18.0506;RBI=0.00341134;REFB=-0.0149793;REVB=-0.00333493;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0282928;OID=.;OPOS=66826411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr12 67706466 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0573259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5199;QD=28.8522;RBI=0.0648738;REFB=-0.000346131;REVB=-0.0303701;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478956;STB=0.526392;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00121178;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:17:10:7:9:17:10:7:9 chr12 68045403 . G A 759.99 PASS AF=0.465116;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=0.0213234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.881;QD=17.6741;RBI=0.0216029;REFB=0.00524088;REVB=-0.00346376;RO=92;SAF=34;SAR=46;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110782;STB=0.56116;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00632612;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:92:80:80:0.465116:46:34:29:63:46:34:29:63 chr12 68052178 . G T 214.51 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0014355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.438;QD=15.0535;RBI=0.00354677;REFB=-0.0103767;REVB=-0.00324329;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320754;STB=0.69456;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.013149;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:9:16:9:21:9:16:9:23 chr12 68595787 . A G 203.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00589688;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.848;QD=21.4697;RBI=0.00652843;REFB=0.00576746;REVB=-0.00280129;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199125;STB=0.624877;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00499278;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:18:20:20:0.526316:12:8:12:7:12:8:12:6 chr12 68646548 . A G 223.5 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0439412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7424;QD=14.9003;RBI=0.0694993;REFB=-0.0032851;REVB=0.0538453;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154913;STB=0.58772;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00662601;OID=.;OPOS=68646548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:13:21:12:14:13:21 chr12 68707287 . G A 255.16 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00834045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.21;QD=13.085;RBI=0.041665;REFB=-0.00571719;REVB=-0.0408217;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711251;STB=0.54128;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00989762;OID=.;OPOS=68707287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:46:48:30:30:0.384615:13:17:23:23:13:17:24:24 chr12 68708761 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.157;QD=60.0309;RBI=0.0319516;REFB=0;REVB=0.0114881;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70551e-05;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr12 68720335 . C T 150.99 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0273427;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.011;QD=18.8739;RBI=0.0273815;REFB=0.00533397;REVB=-0.00145806;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.531457;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00616707;OID=.;OPOS=68720335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:7:9:7:8:7:9:8:8 chr12 68720627 . G A 2771.27 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.701;QD=62.6276;RBI=0.0116218;REFB=0;REVB=-5.01166e-05;RO=0;SAF=70;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0572e-06;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:176:177:1:106:70:0:0:106:71:0:0 chr12 68724951 . G T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.609;QD=62.9081;RBI=0.0305082;REFB=0;REVB=0.0293726;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16998e-05;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr12 69082805 . G A 656.8 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0341471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3125;QD=48.6517;RBI=0.038268;REFB=-0.0170928;REVB=0.0172747;RO=4;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192885;STB=0.510265;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00447558;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:31:19:1:3:31:19:1:3 chr12 69115698 . G A 1733.52 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0753359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5552;QD=59.7766;RBI=0.0854258;REFB=-0.133284;REVB=-0.0402749;RO=1;SAF=40;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629028;STB=0.503311;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0019355;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:75:40:0:1:75:40:0:1 chr12 69186904 . G A 536.14 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0203205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.861;QD=54.9883;RBI=0.0204724;REFB=-0.0920937;REVB=-0.00248889;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00280311;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:2:36:37:0.948718:22:14:0:2:23:14:0:2 chr12 69187427 . T A,G 383.19 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=24,3;DP=27;FAO=24,4;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=15,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152823,0.0136331;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.839,188.05;QD=54.7419;RBI=0.0184975,0.0321837;REFB=0,0;REVB=-0.0104216,-0.0291536;RO=0;SAF=9,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00368076,0.132623;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:28:0:0:24,3:24,4:0.857143,0.142857:15,3:9,0:0:0:15,4:9,0:0:0 chr12 69187584 . AG AGA,GA 746.45 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=50,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941431,-0.00334772;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=106.519,91.4708;QD=54.287;RBI=0.0772153,0.0309536;REFB=0,0;REVB=0.0766392,0.0307721;RO=2;SAF=29,2;SAR=21,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00593352,0.639851;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000400317,-0.0176311;OID=.,.;OPOS=69187586,69187584;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:55:2:0:50,2:53,2:0.963636,0.0363636:21,0:29,2:1:1:23,0:30,2:0:0 chr12 69645864 . A G 65.72 PASS AF=0.310345;AO=5;DP=26;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0253476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.219;QD=9.06512;RBI=0.0259114;REFB=-0.00997624;REVB=-0.00537573;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613336;STB=0.868648;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0149378;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:29:16:20:5:9:0.310345:2:3:1:15:2:7:3:17 chr12 69794856 . G A 226.75 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0810908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2203;QD=15.6381;RBI=0.0963128;REFB=-0.00331674;REVB=0.0519657;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145273;STB=0.58148;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00899735;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:7:25:17:9:7:25 chr12 69967862 . G A 732.95 PASS AF=0.478528;AO=77;DP=162;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0184201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.179;QD=17.9866;RBI=0.0456018;REFB=-0.0282877;REVB=-0.041716;RO=84;SAF=33;SAR=44;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680428;STB=0.537496;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0268004;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:84:85:77:78:0.478528:44:33:42:42:45:33:42:43 chr12 69971500 . C T 42.17 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0101569;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.925;QD=12.9748;RBI=0.0274209;REFB=-0.00544027;REVB=-0.0254704;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.756614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0156528;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:3:4:1:5:3:4 chr12 69971713 . C T 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00126428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.146;QD=20.7921;RBI=0.007185;REFB=-0.0305751;REVB=-0.0070729;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281751;STB=0.515597;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0280201;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:27:20:21:25:27:20:21:25 chr12 69972381 . G A 511.72 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2484;QD=58.4821;RBI=0.0174701;REFB=0;REVB=0.0102914;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82737e-05;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr12 69973192 . CA C 141.54 PASS AF=0.435484;AO=24;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00273894;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.662;QD=9.13156;RBI=0.145458;REFB=-0.0200759;REVB=-0.145432;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20693;STB=0.629534;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0169431;OID=.;OPOS=69973193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435484:24:63:27:62:35:10:17:21:14:99:32:10:14:20:12 chr12 69986788 . A G 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0110285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.776;QD=21.7158;RBI=0.0122608;REFB=-0.00964544;REVB=-0.00535721;RO=39;SAF=26;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132742;STB=0.573285;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00934622;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:18:26:17:22:18:26:17:22 chr12 70091432 . T C 743.34 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139648;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.284;QD=57.1796;RBI=0.062416;REFB=0;REVB=0.0608337;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274585;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 70190408 . A C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0316896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8107;QD=15.2678;RBI=0.0381279;REFB=0.0121268;REVB=0.0212015;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230813;STB=0.513079;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0131368;OID=.;OPOS=70190408;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:16:17:14:12:16:17 chr12 70321450 . C T 193.48 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031519;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.447;QD=48.3703;RBI=0.0317594;REFB=0;REVB=0.00390049;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574642;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:12:16:1:7:5:0:0:9:7:0:0 chr12 70330087 . A G 885.48 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.831;QD=58.0639;RBI=0.0247751;REFB=0;REVB=0.00854314;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78008e-05;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:20:40:0:0:20:41:0:0 chr12 70351684 . C A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00519222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.763;QD=16.9316;RBI=0.00706349;REFB=0.0143584;REVB=-0.00478892;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3641;STB=0.713877;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00737746;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:6:6:10:2:6:6 chr12 70352021 . C T 358.5 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.00848942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.471;QD=15.4194;RBI=0.0106267;REFB=-0.00551783;REVB=0.00639197;RO=52;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343153;STB=0.679529;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00767095;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:54:38:39:0.419355:17:21:11:41:18:21:12:42 chr12 70715490 . C A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0283465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1771;QD=17.1562;RBI=0.0324168;REFB=-0.0431762;REVB=0.0157264;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164156;STB=0.593118;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.051212;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:15:5:7:10:15:5 chr12 70912510 . C T 1753.84 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.054;QD=59.9602;RBI=0.0280046;REFB=-0.0705066;REVB=0.0278497;RO=1;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362887;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:117:1:0:115:117:1:49:66:0:1:51:66:0:0 chr12 70928616 . G A 257.06 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0215595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.702;QD=16.0662;RBI=0.0277157;REFB=-0.00614107;REVB=-0.0174169;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316883;STB=0.677707;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0125276;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:10:25:11:18:10:25 chr12 70928724 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.58;QD=56.9566;RBI=0.00959608;REFB=0;REVB=0.0031812;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88861e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 70990054 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.005329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.792;QD=16.884;RBI=0.0110372;REFB=-0.00316075;REVB=-0.00966544;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458804;STB=0.526281;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00283824;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:6:11:9:6:6:11 chr12 71002865 . T A 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00128316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.467;QD=13.1014;RBI=0.00362271;REFB=9.27325e-05;REVB=-0.00338785;RO=63;SAF=15;SAR=25;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195472;STB=0.611191;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000203575;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:25:15:35:28:25:15:35:28 chr12 71002893 . C T 429.49 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00490174;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2899;QD=14.4365;RBI=0.0197618;REFB=-0.0110279;REVB=0.0191442;RO=71;SAF=18;SAR=31;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150262;STB=0.588571;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0149731;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:71:70:49:49:0.411765:31:18:36:35:31:18:36:34 chr12 71003524 . CTT C 304.7 PASS AF=0.53012;AO=38;DP=80;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00493957;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=2;MLLD=291.663;QD=14.6843;RBI=0.00495949;REFB=-0.0198271;REVB=-0.00044404;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504661;STBP=0.949;TYPE=del;VARB=0.0169456;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53012:38:80:44:83:39:23:21:20:19:99:38:20:18:20:18 chr12 71029733 . C T 1490.72 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3632;QD=63.435;RBI=0.0310702;REFB=0;REVB=-0.00650051;RO=0;SAF=28;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333462;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:66:28:0:0:66:28:0:0 chr12 71054946 . C A 1571.74 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307473;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9768;QD=64.1527;RBI=0.0335036;REFB=0;REVB=-0.0133076;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06579e-05;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr12 71139664 . T C 1291.61 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368045;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.558;QD=60.7816;RBI=0.0370218;REFB=0;REVB=0.0368384;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471344;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:46:37:0:0:48:37:0:0 chr12 71947062 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00841054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.701;QD=13.8994;RBI=0.0127224;REFB=-0.00157605;REVB=0.00954576;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562209;STB=0.532137;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00235915;OID=.;OPOS=71947062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:10:14:18:16:10:14:18:16 chr12 71960208 . G A,T 956.11 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=62,4;DP=66;FAO=62,4;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21,3;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177399,0.00270622;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.647,111.737;QD=57.9457;RBI=0.0103404,0.00290846;REFB=0,0;REVB=-0.0101871,0.0010656;RO=0;SAF=21,3;SAR=41,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-2.99858e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00662656,0.0511568;OID=.,.;OPOS=71960208,71960208;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:66:66:0:0:62,4:62,4:0.939394,0.0606061:41,1:21,3:0:0:41,1:21,3:0:0 chr12 72071045 . A G 913.86 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118852;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.235;QD=57.1163;RBI=0.0119878;REFB=-0.264771;REVB=-0.00156505;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000103459;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:64:0:1:63:63:0.984375:25:38:0:0:25:38:0:1 chr12 72307616 . A G 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0929;QD=50.8313;RBI=0.0481426;REFB=-0.125165;REVB=-0.0459926;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00560367;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr12 72372862 . A G 670.33 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.768;QD=62.3566;RBI=0.0138591;REFB=0;REVB=0.0115397;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16264e-05;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:29:14:0:0 chr12 72416235 . A T 1708.78 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.724;QD=60.488;RBI=0.0200406;REFB=0;REVB=0.0194968;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06219e-05;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:109:113:1:63:46:0:0:67:46:0:0 chr12 73058186 . G A 2438.89 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.054;QD=61.3557;RBI=0.0229421;REFB=0;REVB=-0.00217976;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64018e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:80:78:0:0:80:79:0:0 chr12 74851233 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.62;QD=51.1846;RBI=0.0180752;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157159;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:0:20:0:0:0:20:0:0 chr12 74932159 . G C 243.98 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0104277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.118;QD=17.1215;RBI=0.0121143;REFB=-0.0239239;REVB=-0.00616611;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179592;STB=0.600962;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0250127;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:12:18:11:16:12:18 chr12 74932327 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0209463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.638;QD=18.4438;RBI=0.0212985;REFB=0.000533581;REVB=0.00385728;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249998;STB=0.642612;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000275527;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:7:2:6:5:7:2 chr12 74932565 . T C 1239.77 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00103847;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6388;QD=60.4765;RBI=0.015819;REFB=-0.090414;REVB=-0.0157849;RO=1;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014132;STB=0.507461;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00121432;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:1:1:81:81:0.987805:33:48:0:1:33:48:0:1 chr12 74933166 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.812;QD=63.0525;RBI=0.0162299;REFB=0;REVB=0.0051932;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18138e-05;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr12 74933341 . GCAGT G 629.55 PASS AF=0.570093;AO=57;DP=106;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00274851;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.669;QD=23.5344;RBI=0.0188666;REFB=-0.0385407;REVB=0.0186653;RO=46;SAF=23;SAR=34;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150233;STB=0.591686;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.0224747;OID=.;OPOS=74933342;OREF=CAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.570093:57:106:61:107:46:23:38:27:19:99:46:23:34:27:19 chr12 74934634 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.089;QD=57.1062;RBI=0.0251981;REFB=0;REVB=0.0221339;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18513e-05;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr12 74934637 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.45;QD=57.1061;RBI=0.0211252;REFB=0;REVB=0.0133206;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76106e-05;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 92.32 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0144709;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=8;MLLD=243.097;QD=15.3872;RBI=0.0190344;REFB=-0.00271677;REVB=-0.0123654;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.587485;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.00167848;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:11:24:11:24:13:3:8:2:11:92:11:3:8:2:9 chr12 75760742 . G A 652.85 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=146;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00608306;FXX=0.0402658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.3709;QD=18.2616;RBI=0.0249695;REFB=-0.0185877;REVB=-0.0242172;RO=76;SAF=27;SAR=38;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958278;STB=0.55165;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0217874;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:143:76:77:65:66:0.461538:38:27:39:37:38:28:40:37 chr12 75785100 . C T 163.24 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.031729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1929;QD=13.0594;RBI=0.0579119;REFB=-0.00248047;REVB=0.0484464;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143344;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00771758;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:9:8:11:21:9:9:11:21 chr12 75796803 . T TA 386.83 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00241626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7727;QD=17.9923;RBI=0.0832937;REFB=0.0209452;REVB=-0.0832587;RO=34;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12272;STB=0.560105;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=-0.0190084;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.593023:51:86:51:86:35:26:25:23:12:99:34:26:25:23:11 chr12 75816814 . G GACA 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0200635;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.214;QD=14.6213;RBI=0.02594;REFB=-0.00295088;REVB=-0.0164421;RO=50;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.571384;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.00417311;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4125:33:84:33:80:47:11:22:21:26:99:50:11:22:23:27 chr12 75824460 . T C 483.52 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0109883;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.813;QD=20.7965;RBI=0.0128704;REFB=0.00128441;REVB=-0.00670092;RO=43;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335214;STB=0.526552;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.001341;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:46:47:47:0.505376:19:28:24:19:19:28:25:21 chr12 75893381 . CAA C 226.02 PASS AF=0.408602;AO=36;DP=92;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0103362;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=44.7116;QD=9.72148;RBI=0.0413069;REFB=-0.0244764;REVB=-0.0399928;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552652;STB=0.51751;STBP=0.8;TYPE=del;VARB=0.0361824;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408602:36:92:38:93:55:21:17:32:23:99:51:20:16:31:20 chr12 75893388 . T A 1369.38 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00217728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.73;QD=60.1923;RBI=0.0205415;REFB=-0.0299642;REVB=0.0204258;RO=2;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242264;STB=0.501378;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000598402;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:39:49:1:1:39:50:1:1 chr12 75893399 . T G 271.34 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0404566;FXX=0.0365809;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.656;QD=13.7388;RBI=0.0421082;REFB=-0.0139712;REVB=-0.0116777;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616243;STB=0.567085;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0312915;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:43:48:31:31:0.392405:17:14:22:21:17:14:27:21 chr12 75893404 . C A 1153.55 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.551;QD=60.713;RBI=0.0258955;REFB=0;REVB=0.00462985;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6355e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:34:42:0:0 chr12 75893478 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAG 283.53 PASS AF=0.444444,0.555556;AO=8,3;DP=37;FAO=16,20;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=15,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.698258,-0.0642805;FXX=0.0270197;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=4.08506,224.31;QD=31.5031;RBI=0.699048,0.0656547;REFB=-0.0275635,-0.0496855;REVB=-0.033232,0.0133624;RO=4;SAF=1,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196883,0.782218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00196375,0.0201786;OID=.,.;OPOS=75893479,75893486;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.444444,0.555556:8,3:37:16,20:36:0:1,10:15,10:0:0:99:4:1,3:7,0:0:4 chr12 75900382 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.46;QD=8.81079;RBI=0.00822846;REFB=0.00234305;REVB=-0.00822846;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0123917;OID=.;OPOS=75900382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:6:0:0:11:6:0:0:11 chr12 75900588 . A G 429.82 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.000216048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.711;QD=14.5702;RBI=0.0148553;REFB=0.00483747;REVB=-0.0148537;RO=68;SAF=25;SAR=24;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655982;STB=0.540711;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00627763;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:49:49:0.415254:24:25:39:29:24:25:40:29 chr12 76351726 . C G 159.74 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0221933;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4995;QD=10.142;RBI=0.0297598;REFB=-0.016894;REVB=0.0198268;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150109;STB=0.580816;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.035578;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:42:21:21:0.333333:13:8:21:20:13:8:21:21 chr12 76422999 . T C 181.67 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0111013;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.891;QD=15.797;RBI=0.0135755;REFB=-0.00546389;REVB=-0.00781372;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999497;STB=0.557543;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00766678;OID=.;OPOS=76422999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:14:13:11:8:14:13 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 494.87 PASS AF=0.0588235,0.852941,0.0882353;AO=5,24,3;DP=37;FAO=2,29,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15,2;FSAR=0,14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488287,0.0865745,0.0597916;FXX=0.128172;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=182.659,142.14,77.0079;QD=58.2197;RBI=0.0605131,0.094673,0.0614022;REFB=0,0,0;REVB=0.0357434,0.0383124,-0.0139713;RO=0;SAF=3,13,2;SAR=2,11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.111526,0.00080433,0.0483005;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:37:34:0:0:5,24,3:2,29,3:0.0588235,0.852941,0.0882353:2,11,1:3,13,2:0:0:0,14,1:2,15,2:0:0 chr12 76425476 . G A 642.15 PASS AF=0.418079;AO=73;DP=175;FAO=74;FDP=177;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=0.0266272;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.4399;QD=14.5118;RBI=0.110766;REFB=-0.0173739;REVB=0.107518;RO=99;SAF=34;SAR=39;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106725;STB=0.547695;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0280749;OID=.;OPOS=76425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:99:103:73:74:0.418079:39:34:36:63:40:34:39:64 chr12 76425793 . ACGGGGGCGCGGAGG A 80.99 PASS AF=0.75;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0248391;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=14;MLLD=315.658;QD=26.9959;RBI=0.0287367;REFB=-0.0381011;REVB=0.0144505;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.011353;OID=.;OPOS=76425794;OREF=CGGGGGCGCGGAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:8:14:9:12:3:4:5:0:3:17:2:3:5:0:2 chr12 76426626 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00241865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.883;QD=12.5697;RBI=0.021895;REFB=0.00927398;REVB=0.021761;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51111;STB=0.807288;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0116105;OID=.;OPOS=76426626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:3:12:8:17:3:12:8:18 chr12 76427103 . GAC G 429.91 PASS AF=0.464646;AO=43;DP=101;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0191608;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.129;QD=17.37;RBI=0.019162;REFB=-0.00389269;REVB=-0.000214316;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206783;STB=0.616676;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.00318617;OID=.;OPOS=76427104;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464646:43:101:46:99:53:22:24:37:16:99:53:21:22:37:16 chr12 76427479 . T C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0535216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.208;QD=26.4135;RBI=0.0535672;REFB=0.00298657;REVB=0.00221083;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893381;STB=0.504947;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.001563;OID=.;OPOS=76427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:15:10:7:10:15:10:7:10 chr12 76427547 . C CTTAAT 296.32 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162751;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=5;MLLD=284.899;QD=53.8755;RBI=0.0174295;REFB=0;REVB=-0.00623778;RO=6;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.16835e-05;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:27:22:22:0:16:6:0:0:4:6:14:6:3:3 chr12 76449900 . T C 494.66 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00642437;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.4606;QD=56.5325;RBI=0.0271463;REFB=0.0704541;REVB=-0.0263752;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00520087;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr12 76453966 . G A 391.71 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0133792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.322;QD=19.344;RBI=0.0207251;REFB=-0.00667416;REVB=-0.0158281;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456621;STB=0.519764;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00522032;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:23:17:19:21:23:17:19:22 chr12 76709606 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.229;QD=57.2377;RBI=0.0201319;REFB=0;REVB=0.0188893;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53651e-05;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr12 76709610 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.888;QD=58.7817;RBI=0.0202162;REFB=0;REVB=0.00764246;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93503e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:19:46:0:0:19:46:0:0 chr12 76747084 . TTTT GTTG,GTTT 286.85 PASS AF=0.485714,0.457143;AO=3,3;DP=42;FAO=17,16;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9,10;FSAR=8,6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156416,0.0434084;FXX=0.285656;HRUN=16,16;LEN=4,1;MLLD=97.7514,44.3157;QD=32.7831;RBI=0.0244227,0.0531105;REFB=0.01005,-0.0411699;REVB=-0.0187565,-0.0306013;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503102,0.514687;STBP=0.878,0.774;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0338922,-0.00128765;OID=.,.;OPOS=76747084,76747084;OREF=TTTT,T;OALT=GTTG,G;OMAPALT=GTTG,GTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:35:0:2:3,3:17,16:0.485714,0.457143:3,2:0,1:0:0:8,6:9,10:1:1 chr12 76879838 . T C 302.56 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0461741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.448;QD=12.2246;RBI=0.0464572;REFB=-0.0114003;REVB=-0.00512061;RO=64;SAF=11;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201386;STB=0.616445;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0165055;OID=.;OPOS=76879838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:24:11:31:33:24:11:31:33 chr12 77417509 . G T 771.69 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385149;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.265;QD=57.1624;RBI=0.0394393;REFB=0;REVB=-0.00848883;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61986e-05;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 77423619 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0190958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.749;QD=13.5766;RBI=0.0437662;REFB=-0.0127264;REVB=-0.0393806;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180198;STB=0.606048;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0177461;OID=.;OPOS=77423619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:9:10:9:4:9:10 chr12 77438436 . T C 469.09 PASS AF=0.289474;AO=31;DP=115;FAO=33;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00132232;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7379;QD=16.4592;RBI=0.04614;REFB=-0.020149;REVB=0.046121;RO=52;SAF=22;SAR=9;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282507;STB=0.640538;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00685655;OID=.;OPOS=77438436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:52:54:31:33:0.289474:9:22:24:28:11:22:24:30 chr12 77449790 . A G 1840.91 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.987;QD=61.3638;RBI=0.00736071;REFB=0;REVB=-0.00318248;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30299e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:68:51:0:0:69:51:0:0 chr12 78225374 . A G 919.47 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9737;QD=58.3792;RBI=0.0121993;REFB=0;REVB=0.00279726;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012009;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr12 78598891 . G A 810.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.686;QD=56.8988;RBI=0.0159293;REFB=0;REVB=0.00853414;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79752e-05;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr12 79611374 . C T 527.53 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00835391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.261;QD=20.8923;RBI=0.0188143;REFB=-0.0114764;REVB=0.0168579;RO=48;SAF=33;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264661;STB=0.645572;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00820844;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:20:33:15:33:20:33:15:33 chr12 79685913 . C A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00185554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.743;QD=8.51159;RBI=0.0134839;REFB=0.00819068;REVB=-0.0133556;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208064;STB=0.627655;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0125481;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:10:14:4:6:10:14 chr12 79918717 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00194479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2379;QD=23.9;RBI=0.0373474;REFB=0.016577;REVB=0.0372968;RO=23;SAF=21;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35625;STB=0.69984;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0158633;OID=.;OPOS=79918717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:6:21:9:14:6:21:9:14 chr12 80014907 . A T 1267.26 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0030941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.471;QD=60.3457;RBI=0.0140377;REFB=0.0961094;REVB=-0.0136924;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00123805;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:44:39:0:1:44:39:0:1 chr12 80699475 . G T 625.64 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=149;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0117606;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.134;QD=16.9092;RBI=0.0121165;REFB=-0.00250134;REVB=-0.00291519;RO=83;SAF=21;SAR=44;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108104;STB=0.56049;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00314452;OID=.;OPOS=80699475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:83:83:65:65:0.439189:44:21:35:48:44:21:35:48 chr12 80712420 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.591;QD=63.0525;RBI=0.0144631;REFB=0;REVB=0.0135127;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27345e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr12 80735771 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0223086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.938;QD=15.6426;RBI=0.0226809;REFB=-0.00912058;REVB=0.00409256;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121904;STB=0.570177;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0164056;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:15:14:12:8:15:14 chr12 80737521 . C T 517.62 PASS AF=0.563218;AO=47;DP=90;FAO=49;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0312959;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.847;QD=23.7985;RBI=0.0334852;REFB=-0.0483333;REVB=-0.011909;RO=26;SAF=25;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962416;STB=0.512352;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0220637;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:26:38:47:49:0.563218:22:25:10:16:22:27:22:16 chr12 80747209 . C G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0355954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1383;QD=15.6536;RBI=0.0451848;REFB=4.43149e-05;REVB=0.0278323;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107586;STB=0.553782;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000251839;OID=.;OPOS=80747209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:9:17:17:14:9:17:18:14 chr12 80747242 . A G 522.94 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744137;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3882;QD=59.7642;RBI=0.0835386;REFB=0;REVB=0.0379645;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216027;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 80750659 . G A 191.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0343271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3256;QD=13.4066;RBI=0.0494442;REFB=0.0101185;REVB=-0.0355862;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11407;STB=0.565293;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0317928;OID=.;OPOS=80750659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:20:14:12:11:20:14 chr12 80752660 . A G 1228.75 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248669;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.846;QD=61.4376;RBI=0.0254732;REFB=0;REVB=-0.00552448;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4875e-05;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr12 80761411 . G T 337.64 PASS AF=0.455696;AO=37;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0481657;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9979;QD=17.0957;RBI=0.0571383;REFB=0.0100767;REVB=0.0307384;RO=43;SAF=9;SAR=28;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288947;STB=0.65948;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00898938;OID=.;OPOS=80761411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:43:37:36:0.455696:28:9:22:21:27:9:22:21 chr12 80761430 . G A 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000386161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.638;QD=61.8513;RBI=0.0191131;REFB=0;REVB=-0.0191092;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17905e-05;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr12 80761465 . G A 1181.95 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00658964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0573;QD=58.3681;RBI=0.04754;REFB=-0.126458;REVB=-0.0470811;RO=2;SAF=34;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270302;STB=0.514282;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00137043;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:45:34:2:0:45:34:2:0 chr12 80765800 . A G 346.56 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00830887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.425;QD=17.114;RBI=0.00946635;REFB=0.000522197;REVB=0.00453592;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231261;STB=0.512953;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00057878;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:21:16:18:26:21:16:18:26 chr12 80771813 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.231;QD=61.3755;RBI=0.00438583;REFB=0;REVB=0.000121512;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70247e-06;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr12 80816492 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4846;QD=64.1538;RBI=0.057086;REFB=0;REVB=-0.0561963;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835702;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 80818876 . A G 2465.61 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0584548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6063;QD=60.1369;RBI=0.0616987;REFB=0.0389326;REVB=0.0197426;RO=1;SAF=74;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537681;STB=0.502793;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000247624;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:164:164:1:1:162:163:0.993902:88:74:0:1:89:74:0:1 chr12 80828843 . A G 526.93 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0077497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.878;QD=20.2665;RBI=0.00785465;REFB=-0.00856705;REVB=0.00127975;RO=50;SAF=20;SAR=34;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817174;STB=0.545099;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00786199;OID=.;OPOS=80828843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:34:20:23:27:34:20:23:27 chr12 80889829 . T A 588.28 PASS AF=0.43662;AO=61;DP=141;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.000701612;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.516;QD=16.5712;RBI=0.00634426;REFB=-0.0149813;REVB=-0.00630535;RO=80;SAF=23;SAR=38;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064042;STB=0.529513;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0243562;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:80:80:61:62:0.43662:38:23:35:45:38:24:35:45 chr12 80899901 . C A 251.9 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00657712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.474;QD=23.4327;RBI=0.019622;REFB=-0.023244;REVB=0.0184868;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00510715;STB=0.508765;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0200328;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:18:19:22:24:0.55814:16:6:5:13:16:8:6:13 chr12 80900397 . C G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0431784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1606;QD=16.7315;RBI=0.0461658;REFB=-0.00433748;REVB=-0.0163371;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118256;STB=0.56627;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00371271;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:13:23:16:15:13:23 chr12 81329536 . A C 1170.77 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8081;QD=60.8194;RBI=0.12711;REFB=0;REVB=0.114092;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435053;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:29:46:0:0:29:48:0:0 chr12 81696487 . G A 435.69 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00552077;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.596;QD=17.2551;RBI=0.00704182;REFB=-0.014624;REVB=0.0043713;RO=54;SAF=23;SAR=24;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811771;STB=0.545206;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0203846;OID=.;OPOS=81696487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:54:47:47:0.465347:24:23:31:23:24:23:31:23 chr12 81762534 . T C 361.57 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.012927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.288;QD=10.7932;RBI=0.0217193;REFB=0.00395205;REVB=0.0174534;RO=88;SAF=22;SAR=23;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025803;STB=0.511106;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0100876;OID=.;OPOS=81762534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:88:89:45:45:0.335821:23:22:45:43:23:22:45:44 chr12 81769581 . C T 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0230763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6874;QD=11.4183;RBI=0.0308054;REFB=-0.00523094;REVB=-0.0204073;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164961;STB=0.509547;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00870725;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:12:14:26:21:12:14:26:21 chr12 81833745 . G T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0155557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.9;QD=14.4733;RBI=0.0161959;REFB=0.00248353;REVB=-0.00450855;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179902;STB=0.601769;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00289807;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:14:16:15:27:14:16:15:27 chr12 82783668 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.498;QD=59.0186;RBI=0.046581;REFB=0;REVB=-0.0278232;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378787;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr12 82792786 . GC G,GA 386.82 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=6,22;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305371,0.0330251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.219,163.693;QD=55.2594;RBI=0.0311321,0.0343301;REFB=0,0;REVB=0.00605722,0.00937547;RO=0;SAF=4,10;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0145022,0.00283927;OID=.,.;OPOS=82792787,82792787;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:6,22:28:1,27:28:0:0,14:1,13:0:0:5:0:4,10:2,12:0:0 chr12 83415719 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7469;QD=59.8383;RBI=0.0941267;REFB=0;REVB=-0.0785599;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235415;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:18:13:0:0:22:14:0:0 chr12 88440676 . G C 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.694;QD=63.193;RBI=0.00916496;REFB=0;REVB=0.00861427;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40073e-05;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr12 88505078 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1513;QD=59.839;RBI=0.0175709;REFB=0;REVB=0.00907605;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483656;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 88532978 . T A 100.85 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0570767;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.5717;QD=13.4464;RBI=0.0627655;REFB=-0.0301882;REVB=-0.0261107;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650881;STB=0.791647;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.125793;OID=.;OPOS=88532978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:30:14:17:11:13:0.433333:1:10:4:10:3:10:4:13 chr12 88547277 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.925;QD=63.2844;RBI=0.0659195;REFB=0;REVB=0.064847;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477798;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr12 89743223 . G A 1779.13 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310858;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.576;QD=61.3494;RBI=0.0331479;REFB=0;REVB=0.011509;RO=0;SAF=27;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015201;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:88:27:0:0:89:27:0:0 chr12 89745477 . C A 654.47 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0305802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.638;QD=26.1789;RBI=0.0389341;REFB=-0.00132933;REVB=-0.024098;RO=42;SAF=34;SAR=24;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228312;STB=0.624448;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00103749;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:24:34:12:30:24:34:12:30 chr12 89853408 . G A 124.23 PASS AF=0.276923;AO=16;DP=68;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0166406;FXX=0.0844951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.492;QD=7.64497;RBI=0.0663053;REFB=-0.0138124;REVB=0.0641832;RO=49;SAF=13;SAR=3;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497549;STB=0.703086;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.02577;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:49:47:16:18:0.276923:3:13:20:29:5:13:21:26 chr12 89917518 . A G 214.64 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0632637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.755;QD=14.8025;RBI=0.0654467;REFB=-0.00742253;REVB=-0.0167624;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23622;STB=0.628117;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00731482;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:18:7:16:16:18:7:16:17 chr12 91348786 . G T 929.02 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00260584;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.263;QD=50.9053;RBI=0.0077707;REFB=-0.104126;REVB=-0.00732074;RO=6;SAF=41;SAR=26;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894172;STB=0.504744;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000953103;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:73:73:6:6:67:67:0.917808:26:41:4:2:26:41:4:2 chr12 91449990 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.492;QD=55.6543;RBI=0.047486;REFB=0;REVB=-0.00517822;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179645;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr12 92818786 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.734;QD=55.6561;RBI=0.0242385;REFB=0;REVB=-0.0215743;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18598e-05;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr12 92819139 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6487;QD=51.9165;RBI=0.0295148;REFB=0;REVB=0.00614824;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553144;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr12 92819466 . C T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00379074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.908;QD=16.3815;RBI=0.00464294;REFB=0.00607777;REVB=0.00268089;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505499;STB=0.528386;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00620154;OID=.;OPOS=92819466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:16:21:29:18:16:21:29:18 chr12 92821860 . CT C 604.72 PASS AF=0.468085;AO=65;DP=145;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0169101;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.089;QD=17.1552;RBI=0.0210551;REFB=-0.00456078;REVB=0.0125445;RO=75;SAF=42;SAR=23;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190481;STB=0.592564;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.00829501;OID=.;OPOS=92821861;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085:65:145:66:141:75:42:24:35:40:99:75:42:23:34:41 chr12 93102295 . G A 1728.8 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.526;QD=60.6597;RBI=0.036931;REFB=0;REVB=-0.0324823;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194993;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:53:60:0:0:53:61:0:0 chr12 93147907 . A T 1990.39 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.467;QD=62.1998;RBI=0.0811407;REFB=0;REVB=0.0397488;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293668;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:71:56:0:0:71:57:0:0 chr12 93150102 . T C 704.62 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.649;QD=62.6324;RBI=0.0287023;REFB=0;REVB=0.0248995;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171467;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr12 93155535 . G A 1573.14 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226237;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.165;QD=64.2098;RBI=0.0391596;REFB=0;REVB=0.0319631;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154398;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr12 93166538 . A G 1207.4 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00640442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.451;QD=55.5124;RBI=0.0230857;REFB=-0.158072;REVB=0.0221796;RO=3;SAF=36;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378368;STB=0.520946;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000718461;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:87:3:5:82:82:0.942529:46:36:3:0:46:36:4:1 chr12 93166927 . TTA T,TAA 69.88 PASS AF=0.387097,0;AO=8,17;DP=49;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.21364,-0.226026;FXX=0.0312402;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=14.7586,11.4659;QD=9.0162;RBI=0.225943,0.254534;REFB=-0.094917,0.0367578;REVB=-0.0735396,0.117047;RO=16;SAF=2,15;SAR=6,2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.228754,0.498991;STB=0.55804,0.5;STBP=0.666,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0954319,0.0221433;OID=.,.;OPOS=93166928,93166928;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0:8,17:49:12,0:31:19:4,0:8,0:8:11:70:16:2,15:6,2:7:9 chr12 93196422 . T G 409.93 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0223885;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=267.557;QD=51.2411;RBI=0.0229978;REFB=0.059353;REVB=-0.00525863;RO=2;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216314;STB=0.51162;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000253712;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:10:20:1:1:10:20:1:1 chr12 93202801 . C T 1540.04 PASS AF=1;AO=85;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.091;QD=59.8074;RBI=0.0791083;REFB=0;REVB=0.0790972;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687404;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:85:103:1:32:53:0:0:50:53:0:0 chr12 93692934 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.042;QD=62.9829;RBI=0.0145681;REFB=0;REVB=0.013015;RO=0;SAF=4;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99686e-05;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:41:4:0:0:41:4:0:0 chr12 93968337 . AG A,AT 211.44 PASS AF=0.403226,0.016129;AO=24,4;DP=65;FAO=25,1;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9,0;FSAR=16,1;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00588909,0.00447398;FXX=0.0461467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.879,168.717;QD=13.6413;RBI=0.0113757,0.00601362;REFB=-0.0115533,-0.0133838;REVB=-0.00973272,-0.00401834;RO=36;SAF=9,0;SAR=15,4;SRF=10;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112654,-0.505489;STB=0.554211,0.985787;STBP=0.531,0.51;TYPE=del,snp;VARB=0.0156129,0.0435086;OID=.,.;OPOS=93968338,93968338;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226,0.016129:24,4:65:25,1:62:36:9,0:16,1:10:26:99:36:9,0:15,4:10:26 chr12 94243853 . C T 892.49 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.547;QD=56.6661;RBI=0.0636379;REFB=0;REVB=0.0571448;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010475;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:56:63:1:28:28:0:0:33:30:0:0 chr12 94543506 . C CT,T 1671.11 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=14,98;DP=112;FAO=2,110;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=1,54;FSAR=1,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515092,0.113831;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=35.9836,56.2172;QD=59.6826;RBI=0.0579475,0.115966;REFB=0,0;REVB=-0.0265465,0.022149;RO=0;SAF=6,48;SAR=8,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.35849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0155746,0.00448488;OID=.,.;OPOS=94543507,94543506;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:112:112:0:0:14,98:2,110:0.0178571,0.982143:8,50:6,48:0:0:1,56:1,54:0:0 chr12 94645255 . A G 547.99 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00589341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.031;QD=19.0605;RBI=0.00820579;REFB=-0.00203774;REVB=-0.00570988;RO=56;SAF=26;SAR=30;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176531;STB=0.599362;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00231888;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:58:56:57:0.495652:30:26:37:19:31:26:38:20 chr12 94671743 . G C 1510.8 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.333;QD=63.6126;RBI=0.0231194;REFB=0;REVB=0.022652;RO=0;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54503e-05;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:91:95:1:62:29:0:0:66:29:0:0 chr12 94673277 . G A 989.8 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00418656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.263;QD=54.9889;RBI=0.0146249;REFB=0.0182708;REVB=-0.0140129;RO=3;SAF=35;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388071;STB=0.520542;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00116163;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:34:35:3:0:34:35:3:0 chr12 94673509 . GC G 219.95 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.3872;QD=38.2529;RBI=0.0555472;REFB=0;REVB=-0.0521772;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.365854;SSSB=-0.0542216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000681431;OID=.;OPOS=94673510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:23:23:0:9:14:0:0:4:1:8:13:1:0 chr12 94769758 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.845;QD=62.1623;RBI=0.00607587;REFB=0;REVB=-0.00234477;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45834e-06;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:55:30:0:0:55:30:0:0 chr12 94909496 . G T 134.3 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00556404;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.206;QD=15.3489;RBI=0.0129191;REFB=0.000654418;REVB=0.0116596;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17989;STB=0.603639;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000786259;OID=.;OPOS=94909496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:13:7:8:7:13:7 chr12 94955603 . C T 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00920703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.633;QD=27.8849;RBI=0.021096;REFB=-0.00960666;REVB=0.0189808;RO=18;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538181;STB=0.529394;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00593847;OID=.;OPOS=94955603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:18:16:10:8:18:16:10:8 chr12 94955644 . G T 200.75 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0545928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.33;QD=11.8085;RBI=0.0545929;REFB=-0.0253639;REVB=0.000114604;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419039;STB=0.524184;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0488625;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:19:24:13:12:19:24 chr12 94972290 . C T 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5763;QD=60.5965;RBI=0.137418;REFB=0;REVB=0.076483;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354824;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr12 94975799 . G A 885.76 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600133;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.448;QD=58.0826;RBI=0.0534379;REFB=0;REVB=0.0530998;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118443;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:30:31:0:0 chr12 94976084 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.058;QD=61.5363;RBI=0.00674728;REFB=0;REVB=0.0039563;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77422e-05;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr12 94976159 . T C 870.96 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.789;QD=56.1912;RBI=0.0261428;REFB=-0.0835178;REVB=-0.00139116;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000773507;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr12 95500727 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8638;QD=52.612;RBI=0.0405264;REFB=0;REVB=0.024601;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131915;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr12 95694394 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0246497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.528;QD=20.3972;RBI=0.0248134;REFB=0.00628221;REVB=0.00284517;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449392;STB=0.524984;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00562922;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:21:10:10:17:21:10:10:17 chr12 95927762 . T C 1516.09 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0543592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3172;QD=61.2561;RBI=0.0560849;REFB=-0.0661587;REVB=0.0138059;RO=2;SAF=46;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201713;STB=0.510636;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00133124;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:51:46:2:0:51:46:2:0 chr12 96052721 . G A 234.09 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0560945;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.172;QD=17.34;RBI=0.0654696;REFB=-0.0242488;REVB=0.033759;RO=28;SAF=21;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481276;STB=0.742562;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0170715;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:25:26:0.481481:4:21:11:17:5:21:11:17 chr12 96284650 . A G 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00984153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.491;QD=20.0719;RBI=0.0197083;REFB=-0.00857878;REVB=-0.0170752;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723797;STB=0.540123;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00590563;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:18:16:12:19:18:16:12:19 chr12 96288860 . T C 923.9 PASS AF=0.52;AO=91;DP=175;FAO=91;FDP=175;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0603584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.457;QD=21.1178;RBI=0.061195;REFB=-0.0108831;REVB=0.0100845;RO=84;SAF=41;SAR=50;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226136;STB=0.512396;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00824455;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:84:84:91:91:0.52:50:41:40:44:50:41:40:44 chr12 96346594 . T C 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0236881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1995;QD=18.6735;RBI=0.0321911;REFB=0.0100899;REVB=0.0217978;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636119;STB=0.535377;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00980027;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:11:21:23:9:11:21:23:9 chr12 96374563 . T C 849.66 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0055747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.699;QD=53.1037;RBI=0.00986654;REFB=-0.0751215;REVB=-0.00814072;RO=3;SAF=22;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029055;STB=0.515413;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000325189;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:39:22:2:1:39:22:2:1 chr12 96374614 . C T 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.445;QD=62.659;RBI=0.0424269;REFB=0;REVB=0.0224064;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47742e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr12 96384249 . T C 259.0 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0143291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.175;QD=19.1849;RBI=0.0461975;REFB=-0.0161864;REVB=-0.0439191;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119287;STB=0.5576;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0263984;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:23:26:27:28:0.518519:12:15:16:7:13:15:17:9 chr12 96387621 . A G 409.92 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00470264;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7771;QD=20.7556;RBI=0.0326839;REFB=0.0251201;REVB=0.0323438;RO=39;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427355;STB=0.516846;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0234246;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:39:38:41:41:0.518987:23:18:19:20:23:18:18:20 chr12 96387765 . T A 481.49 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0111401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2339;QD=18.5189;RBI=0.0132976;REFB=-0.006489;REVB=0.00726129;RO=52;SAF=21;SAR=30;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150779;STB=0.588201;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00521907;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:30:21:30:22:30:21:31:22 chr12 96429882 . GTTTTTTGT GTTTTTGT,GTTTTTTG 212.03 PASS AF=0,0.744681;AO=6,23;DP=49;FAO=0,35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=0,21;FSAR=0,14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0538848,-0.0300668;FXX=0.040808;HRUN=6,5;LEN=1,1;MLLD=11.9264,14.2063;QD=18.0449;RBI=0.221422,0.176108;REFB=0.00139173,-0.0274734;REVB=-0.214765,0.173522;RO=11;SAF=0,16;SAR=6,7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.301653,0;SSSB=-0.75317,0.0994286;STB=0.5,0.526301;STBP=1,0.572;TYPE=del,del;VARB=0,0.0727664;OID=.,.;OPOS=96429883,96429890;OREF=T,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTTGT,GTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.744681:6,23:49:0,35:47:12:0,21:0,14:6:6:37:11:0,16:6,7:6:5 chr12 96661610 . TAAAAG T 70.79 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0158789;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=281.956;QD=8.84883;RBI=0.0182874;REFB=0.00418286;REVB=0.00907136;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539816;STB=0.813823;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=-0.00773603;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:12:32:12:32:20:9:3:4:16:70:20:9:3:4:16 chr12 96673764 . T C 284.01 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00915886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3086;QD=36.6466;RBI=0.0179555;REFB=-0.0574559;REVB=0.0154439;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123791;STB=0.567511;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.020733;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:10:14:2:5:10:14:2:5 chr12 96697149 . C T 303.02 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0431817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8852;QD=17.8245;RBI=0.0602406;REFB=-0.000134697;REVB=0.0420033;RO=35;SAF=25;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176022;STB=0.599064;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000705531;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:8:25:21:14:8:25:21:14 chr12 96821251 . A T 1096.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5093;QD=60.0731;RBI=0.0888597;REFB=0;REVB=0.0471881;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109619;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr12 96900801 . G T 240.97 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00087792;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.06;QD=14.3863;RBI=0.00462564;REFB=-0.00824855;REVB=-0.00454156;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278591;STB=0.658607;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00851021;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:39:28:28:0.41791:19:9:23:16:19:9:23:16 chr12 96992494 . C T 1264.38 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.729;QD=61.6772;RBI=0.0264023;REFB=0;REVB=0.0260294;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60423e-05;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr12 97020673 . T C 516.93 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0197381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.268;QD=14.7695;RBI=0.0235072;REFB=-0.000692359;REVB=-0.0127671;RO=83;SAF=25;SAR=32;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332818;STB=0.518737;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00114349;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:83:57:57:0.407143:32:25:39:44:32:25:39:44 chr12 97023937 . A C 187.06 PASS AF=0.342857;AO=22;DP=68;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0486212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2;QD=10.6891;RBI=0.113282;REFB=-0.0304694;REVB=0.102317;RO=46;SAF=6;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32257;STB=0.671458;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0580291;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:46:46:22:24:0.342857:16:6:25:21:17:7:25:21 chr12 97098549 . T C 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3195;QD=58.4174;RBI=0.0306366;REFB=0;REVB=0.00934989;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321055;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:34:29:0:0 chr12 97102578 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00990957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5077;QD=39.3171;RBI=0.0389565;REFB=-0.0139916;REVB=-0.0376751;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0163689;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr12 97114231 . G A 632.83 PASS AF=0.746479;AO=52;DP=70;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.072533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.946;QD=35.6525;RBI=0.0766829;REFB=-0.0411102;REVB=0.0248841;RO=18;SAF=19;SAR=33;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951131;STB=0.546943;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0160103;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:18:18:52:53:0.746479:33:19:10:8:33:20:10:8 chr12 97136218 . T C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00714007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.268;QD=13.5515;RBI=0.0156616;REFB=0.003345;REVB=-0.0139393;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177308;STB=0.600523;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00988262;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:26:9:10:14:26:9 chr12 97136239 . G A 918.59 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000520534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.435;QD=58.323;RBI=0.0157547;REFB=0;REVB=-0.0157461;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99239e-05;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:20:42:0:0:20:43:0:0 chr12 97254620 . G A 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.532;QD=62.1778;RBI=0.020758;REFB=0;REVB=0.0198578;RO=0;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56424e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:56:72:0:0:56:72:0:0 chr12 98115538 . A T 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2103;QD=44.6773;RBI=0.0447392;REFB=0;REVB=0.0419401;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001889;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr12 98332904 . TCA T 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00642959;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.677;QD=16.2691;RBI=0.00660489;REFB=-0.0100137;REVB=0.0015116;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307626;STB=0.697433;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=0.0108697;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:15:33:15:33:18:9:6:4:14:99:16:9:6:4:12 chr12 98849314 . A T 615.6 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0011171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.556;QD=26.4773;RBI=0.0132769;REFB=-0.00454792;REVB=-0.0132299;RO=38;SAF=38;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940319;STB=0.551432;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00396372;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:17:38:22:16:17:38:22:16 chr12 98897267 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0177424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8651;QD=16.755;RBI=0.0296024;REFB=0.0046539;REVB=0.0236962;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397674;STB=0.522489;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00455205;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:14:14:11:13:14:14 chr12 98940228 . A AT 104.65 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.086801;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4371;QD=13.0811;RBI=0.118805;REFB=-0.0707199;REVB=0.0811185;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=ins;VARB=0.0845962;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:34:16:32:16:9:7:7:9:97:18:9:7:8:10 chr12 99477625 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.315;QD=60.3749;RBI=0.0329847;REFB=0;REVB=-0.0325227;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254225;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr12 99640428 . T C 1646.0 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241289;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.053;QD=60.4038;RBI=0.00413619;REFB=0;REVB=0.00335947;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21101e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:61:47:0:0:61:48:0:0 chr12 99640557 . T C 981.19 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335009;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.168;QD=59.466;RBI=0.0365054;REFB=0;REVB=0.0145029;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116906;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr12 100813976 . A C 491.02 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00891086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5202;QD=17.2289;RBI=0.0338774;REFB=-0.0153214;REVB=-0.0326845;RO=61;SAF=32;SAR=21;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216588;STB=0.620395;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0183514;OID=.;OPOS=100813976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:21:32:23:38:21:32:23:38 chr12 100887101 . G T 188.29 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0148024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.307;QD=20.3561;RBI=0.0212118;REFB=-0.00412451;REVB=0.015193;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209274;STB=0.617856;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00286504;OID=.;OPOS=100887101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:6:12:8:11:6:12 chr12 100899427 . C T 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00344884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.383;QD=12.5666;RBI=0.0080089;REFB=-0.00495425;REVB=-0.00722827;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336924;STB=0.700841;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0134471;OID=.;OPOS=100899427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:18:7:23:16:18:7:24:16 chr12 101017445 . T C 1533.98 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0245133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.907;QD=62.6115;RBI=0.0336046;REFB=-0.0938783;REVB=0.0229863;RO=1;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012991;STB=0.506848;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000261907;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:36:61:0:1:36:61:0:1 chr12 101336201 . G C 553.01 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0156502;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.786;QD=16.5077;RBI=0.0170164;REFB=-0.0125644;REVB=-0.00668041;RO=70;SAF=22;SAR=37;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425914;STB=0.539345;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0172492;OID=.;OPOS=101336201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:75:59:59:0.440299:37:22:29:41:37:22:33:42 chr12 101520689 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00170961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6722;QD=11.1851;RBI=0.0117118;REFB=0.00263007;REVB=-0.0115864;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257513;STB=0.65114;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00340022;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:19:16:13:6:19:16 chr12 101522078 . C G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0187392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4776;QD=13.6198;RBI=0.0187536;REFB=-0.0153416;REVB=0.000734659;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425102;STB=0.524253;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0192377;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:16:22:14:12:16:22 chr12 101552075 . G A 1226.86 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7854;QD=61.3432;RBI=0.050968;REFB=0;REVB=0.0306482;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74209e-05;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr12 101560328 . C A 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0271323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5101;QD=17.4212;RBI=0.0291698;REFB=0.00898449;REVB=-0.0107105;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255253;STB=0.505513;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0111396;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:17:14:14:19:17:14:15:19 chr12 101561940 . A T 186.23 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00601518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.671;QD=12.4156;RBI=0.0295545;REFB=-0.0127197;REVB=0.0289358;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113082;STB=0.565161;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0126525;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:20:17:13:10:20:17 chr12 101587518 . C T 178.1 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0055976;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.106;QD=14.5387;RBI=0.0266627;REFB=0.000453992;REVB=-0.0260685;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.602511;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00096055;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:16:14:12:7:16:14 chr12 101683929 . C T 414.96 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581762;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.532;QD=57.2354;RBI=0.00585535;REFB=0;REVB=0.000663585;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5537e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:24:29:1:10:14:0:0:11:18:0:0 chr12 101732670 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.693;QD=48.7373;RBI=0.00875065;REFB=0;REVB=0.00107046;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128661;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr12 101750814 . T A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.726;QD=59.1427;RBI=0.0248919;REFB=0;REVB=-0.024119;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07465e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr12 101755809 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000591785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.072;QD=57.2377;RBI=0.0177853;REFB=0;REVB=0.0177755;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25373e-05;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr12 101866174 . C A 901.42 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4735;QD=58.1563;RBI=0.0249001;REFB=0;REVB=-0.0247089;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210481;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr12 102064118 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8862;QD=60.0301;RBI=0.0202593;REFB=0;REVB=0.0130138;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01139e-05;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:45:25:0:0:45:27:0:0 chr12 102069077 . A G 176.62 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00802785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.041;QD=14.1296;RBI=0.0100172;REFB=-0.000586291;REVB=-0.00599144;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376815;STB=0.71757;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00156397;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:13:6:21:10:13:6:21:10 chr12 102079395 . G A 295.81 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0116835;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.863;QD=15.1695;RBI=0.0117037;REFB=-0.0062567;REVB=-0.000686808;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803146;STB=0.545427;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00960536;OID=.;OPOS=102079395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:45:33:33:0.423077:15:18:21:24:15:18:21:24 chr12 102079418 . G A 1065.72 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179287;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.461;QD=60.0408;RBI=0.0368252;REFB=0;REVB=0.0321661;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024363;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr12 102108301 . T C 418.86 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0108826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3573;QD=13.1925;RBI=0.0445335;REFB=-0.0478318;REVB=-0.0431833;RO=76;SAF=19;SAR=30;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191452;STB=0.600928;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0767001;OID=.;OPOS=102108301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:76:78:49:49:0.385827:30:19:43:33:30:19:43:35 chr12 102108345 . T C 735.26 PASS AF=0.503497;AO=61;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00790932;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=43.0405;QD=20.5667;RBI=0.00947157;REFB=0.00793599;REVB=-0.00521087;RO=39;SAF=30;SAR=31;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095526;STB=0.538451;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00802038;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:39:71:61:72:0.503497:31:30:14:25:36:36:30:41 chr12 102117581 . T C 390.88 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0319342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2853;QD=16.633;RBI=0.0338881;REFB=0.0221978;REVB=0.0113409;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05417;STB=0.530372;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0276932;OID=.;OPOS=102117581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:25:16:18:35:25:16:18:35 chr12 102117589 . C T 1530.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.735;QD=63.7735;RBI=0.0264822;REFB=0;REVB=-0.0263126;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4275e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:61:35:0:0 chr12 102158763 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.949;QD=62.0207;RBI=0.0270922;REFB=0;REVB=-0.0264133;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4565e-05;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr12 102173654 . T C 979.89 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0603737;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.527;QD=57.6407;RBI=0.0618477;REFB=-0.112288;REVB=0.0134225;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00251956;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:0:1:39:28:0:1 chr12 102224436 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0139894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.408;QD=19.0179;RBI=0.0163557;REFB=-0.0294576;REVB=0.00847388;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156623;STB=0.588672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0212032;OID=.;OPOS=102224436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:4:10:8:7:4:10 chr12 102279193 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7261;QD=57.1773;RBI=0.011471;REFB=0;REVB=0.00507207;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55165e-05;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:14:37:0:0:14:37:0:0 chr12 102315359 . G T 522.32 PASS AF=1;AO=22;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187501;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.385;QD=59.6935;RBI=0.0681095;REFB=0;REVB=0.0654777;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339108;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:35:0:0:22:35:1:12:10:0:0:24:11:0:0 chr12 102321583 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7616;QD=58.0595;RBI=0.0583959;REFB=0;REVB=0.0583499;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676412;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr12 102455729 . G A 411.08 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0311323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.898;QD=23.8308;RBI=0.0324442;REFB=-0.000839036;REVB=0.00913272;RO=29;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130115;STB=0.571393;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000510075;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:22:18:18:11:22:18:18:11 chr12 102517753 . T C 253.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0256394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.509;QD=18.1239;RBI=0.0273503;REFB=-0.02229;REVB=-0.00952162;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126903;STB=0.55641;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0141595;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:27:28:0.5:18:9:13:15:18:10:13:15 chr12 102517804 . G A 177.37 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0284731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.045;QD=21.4994;RBI=0.0333094;REFB=-0.00506766;REVB=-0.0172859;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273237;STB=0.653299;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00655336;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:4:11:7:11:4:11 chr12 102545563 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0113826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.354;QD=17.0891;RBI=0.0121413;REFB=-0.0160232;REVB=0.00422484;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218855;STB=0.622661;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0275418;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:8:20:12:13:8:20 chr12 102576340 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0213192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6188;QD=14.0791;RBI=0.027278;REFB=-0.0269905;REVB=-0.0170172;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0231108;OID=.;OPOS=102576340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:9:7:7:5:9:7 chr12 102611371 . T G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0270448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3164;QD=19;RBI=0.0334706;REFB=0.00531399;REVB=-0.0197195;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00503018;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:10:7:10:7:10:7 chr12 103237468 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.632;QD=59.5017;RBI=0.0505751;REFB=0;REVB=-0.050448;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22071e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr12 103246700 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.464;QD=60.6103;RBI=0.0690126;REFB=0;REVB=0.045805;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295517;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr12 103670917 . A G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.044545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.937;QD=22.7946;RBI=0.0467099;REFB=0.00381087;REVB=0.0140557;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655076;STB=0.536555;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00428952;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:8:13:13:11:8:13 chr12 103872172 . T G 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.000368654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.811;QD=21.9186;RBI=0.0254965;REFB=-0.00305112;REVB=0.0254938;RO=29;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364024;STB=0.520091;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00286232;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:19:17:15:14:19:17:15:14 chr12 104100617 . C T 1243.42 PASS AF=0.553488;AO=119;DP=215;FAO=119;FDP=215;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=77;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.010098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.772;QD=23.1334;RBI=0.0225285;REFB=-0.0254816;REVB=-0.0201386;RO=96;SAF=42;SAR=77;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143509;STB=0.578272;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0174073;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:96:96:119:119:0.553488:77:42:50:46:77:42:50:46 chr12 104136316 . C T 598.8 PASS AF=0.434483;AO=62;DP=148;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0151122;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.676;QD=16.5185;RBI=0.0205109;REFB=-0.0211104;REVB=0.0138678;RO=81;SAF=26;SAR=36;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515019;STB=0.527579;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.028787;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:145:81:82:62:63:0.434483:36:26:30:51:37:26:30:52 chr12 104153004 . C G 373.46 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0341666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.678;QD=20.4635;RBI=0.0358616;REFB=-0.0200455;REVB=0.0108949;RO=35;SAF=25;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183694;STB=0.5004;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150878;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:35:37:38:0.520548:12:25:23:12:13:25:23:12 chr12 104155075 . T C 406.89 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00518962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.641;QD=15.9564;RBI=0.00668264;REFB=-0.00971318;REVB=-0.00421016;RO=57;SAF=30;SAR=15;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112738;STB=0.563351;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0193731;OID=.;OPOS=104155075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:15:30:32:25:15:30:32:25 chr12 104171742 . C T 348.27 PASS AF=0.59322;AO=33;DP=57;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0112572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.873;QD=23.6114;RBI=0.0482017;REFB=-0.0365921;REVB=0.0468687;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842852;STB=0.533838;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0217151;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:24:24:33:35:0.59322:17:16:9:15:19:16:9:15 chr12 104186946 . G T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0156299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.478;QD=18.6447;RBI=0.0156916;REFB=-0.00792396;REVB=0.00138998;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00329575;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:13:14:14:0.518519:6:8:7:4:6:8:7:6 chr12 104186995 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00836529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3301;QD=14.6656;RBI=0.0220217;REFB=0.00677114;REVB=-0.020371;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218022;STB=0.626207;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0144245;OID=.;OPOS=104186995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:13:8:9:6:13:8 chr12 104187707 . G A 549.72 PASS AF=0.653333;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.00517338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.211;QD=29.3183;RBI=0.0279543;REFB=-0.0307893;REVB=0.0274714;RO=26;SAF=30;SAR=18;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160005;STB=0.583098;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0201468;OID=.;OPOS=104187707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:26:26:48:49:0.653333:18:30:22:4:18:31:22:4 chr12 104235300 . C G 1725.34 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.035219;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0122;QD=57.9945;RBI=0.0406837;REFB=-0.103176;REVB=-0.0203663;RO=1;SAF=89;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530693;STB=0.515757;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.012356;OID=.;OPOS=104235300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:119:1:3:116:116:0.97479:27:89:1:0:26:90:1:2 chr12 104254932 . G A 673.83 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100675;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6537;QD=62.6814;RBI=0.0193678;REFB=0;REVB=0.0165456;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153214;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr12 104254975 . C G 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160416;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.412;QD=57.0096;RBI=0.0523805;REFB=0;REVB=0.0498636;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426438;OID=.;OPOS=104254975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr12 104260208 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.483;QD=60.9786;RBI=0.0257416;REFB=0;REVB=0.003379;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32362e-05;OID=.;OPOS=104260208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 104309383 . C T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=58.7795;RBI=0.0356008;REFB=0;REVB=0.0355268;RO=0;SAF=49;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142868;OID=.;OPOS=104309383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:16:49:0:0:16:49:0:0 chr12 104327979 . C T 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.123;QD=60.4127;RBI=0.0207729;REFB=0.0302595;REVB=-0.00582383;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00010007;OID=.;OPOS=104327979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:0:1:43:40:0:1 chr12 104341187 . TGAA T 116.2 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518042;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.783;QD=42.2554;RBI=0.0494507;REFB=0;REVB=0.0491786;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00129725;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:4:7:0:0:3:0:4:6:0:0 chr12 104366815 . G A 204.83 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4924;QD=48.1943;RBI=0.0697776;REFB=0;REVB=-0.00362326;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243722;OID=.;OPOS=104366815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr12 104380734 . G A 651.1 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0189644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.031;QD=54.2583;RBI=0.0271527;REFB=-0.0329019;REVB=-0.0194324;RO=4;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123276;STB=0.506576;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00596436;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:30:14:1:3:30:14:1:3 chr12 104413436 . C T 2312.6 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.706;QD=63.796;RBI=0.0195195;REFB=0;REVB=0.0193856;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83543e-05;OID=.;OPOS=104413436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:71:74:0:0:71:74:0:0 chr12 104512832 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0132155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5916;QD=21.6126;RBI=0.0279077;REFB=0.015401;REVB=-0.0245803;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957053;STB=0.5538;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0218493;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:10:13:16:8:10:13 chr12 104645363 . G A 516.87 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00989393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.88;QD=30.8578;RBI=0.0230759;REFB=-0.00934702;REVB=0.0208472;RO=21;SAF=27;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120044;STB=0.565047;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00391198;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:19:27:8:13:19:27:8:13 chr12 104645405 . T C 387.44 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0279266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.812;QD=23.8424;RBI=0.0296217;REFB=-0.0356412;REVB=-0.00987655;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196092;STB=0.516836;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0258997;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:27:37:38:0.584615:21:16:11:16:21:17:11:16 chr12 104698582 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0112605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.959;QD=15.5715;RBI=0.0121005;REFB=-0.00760432;REVB=-0.00442972;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00784525;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr12 104698910 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00993832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3979;QD=17.4544;RBI=0.048436;REFB=0.0129781;REVB=0.0474055;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094273;STB=0.552807;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0124923;OID=.;OPOS=104698910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:19:10:12:15:19:10 chr12 105245665 . T C 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0825741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.778;QD=15.6252;RBI=0.0827028;REFB=0.00784988;REVB=0.00461176;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812567;STB=0.546552;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00331187;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:8:19:12:7:8:19 chr12 105433523 . T A 219.15 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00172393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.949;QD=13.9144;RBI=0.01218;REFB=-0.0088688;REVB=-0.0120574;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812418;STB=0.546306;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0141217;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:17:20:12:14:17:20 chr12 105434467 . C T 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0136644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.999;QD=17.5745;RBI=0.0179012;REFB=0.00651306;REVB=-0.0115645;RO=49;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118684;STB=0.566633;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0101493;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:28:13:21:28:28:13:21:28 chr12 105440719 . C T 711.58 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00523657;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.371;QD=17.0438;RBI=0.00862414;REFB=-0.00499331;REVB=-0.00685232;RO=89;SAF=50;SAR=26;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21866;STB=0.627581;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0120165;OID=.;OPOS=105440719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:91:76:76:0.45509:26:50:39:50:26:50:39:52 chr12 105546172 . G A 2011.82 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000354842;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.394;QD=62.382;RBI=0.00571808;REFB=0;REVB=0.00570706;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85548e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:70:59:0:0:70:59:0:0 chr12 105561664 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.736;QD=61.3348;RBI=0.0058572;REFB=0;REVB=-0.000691439;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27326e-05;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr12 105562788 . T C 606.36 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.018749;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.643;QD=20.212;RBI=0.0188406;REFB=-0.0104632;REVB=0.00185564;RO=59;SAF=33;SAR=28;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139496;STB=0.50769;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00759477;OID=.;OPOS=105562788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:120:59:59:61:61:0.508333:28:33:31:28:28:33:31:28 chr12 105567068 . T A 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.336;QD=60.7123;RBI=0.0244075;REFB=0;REVB=-0.0132235;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83814e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr12 105567070 . T A 1135.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.894;QD=60.5781;RBI=0.0414344;REFB=0;REVB=0.0147377;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18864e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:32:43:0:0 chr12 105567087 . T TA 906.57 PASS AF=1;AO=10;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416025;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4123;QD=46.4908;RBI=0.0527967;REFB=0;REVB=-0.0325072;RO=70;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0011797;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:80:78:78:0:44:34:0:0:17:70:7:3:38:32 chr12 105567089 . T A 930.91 PASS AF=0.886076;AO=69;DP=78;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0155385;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.3195;QD=47.1345;RBI=0.0401198;REFB=-0.113835;REVB=0.0369885;RO=9;SAF=37;SAR=32;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529478;STB=0.528569;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0129232;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:78:79:9:9:69:70:0.886076:32:37:7:2:33:37:7:2 chr12 105567135 . T C 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0357549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3681;QD=13.2637;RBI=0.04493;REFB=-0.0129992;REVB=0.0272083;RO=43;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276303;STB=0.501579;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0237128;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:11:17:26:17:11:17:26:17 chr12 105568122 . G A 3193.06 PASS AF=0.981221;AO=208;DP=218;FAO=209;FDP=213;FR=.;FRO=4;FSAF=106;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0387848;FXX=0.0318167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5375;QD=59.9635;RBI=0.0391315;REFB=-0.104124;REVB=0.0051971;RO=2;SAF=105;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089863;STB=0.504561;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000480994;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:218:213:2:4:208:209:0.981221:103:105:2:0:103:106:3:1 chr12 105568176 . G A 2603.09 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.422;QD=61.9784;RBI=0.00460543;REFB=0;REVB=-0.00410197;RO=0;SAF=78;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30361e-06;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:90:78:0:0:90:78:0:0 chr12 106633569 . C T 340.48 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0526999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8355;QD=18.159;RBI=0.0534973;REFB=-0.0114543;REVB=0.00920251;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100538;STB=0.547645;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.013005;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:19:16:22:17:19:17:22:17 chr12 106647842 . C T 108.47 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0108265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6399;QD=16.0702;RBI=0.0109246;REFB=-0.0036971;REVB=-0.00146078;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145413;STB=0.568868;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00411135;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:3:9:12:2:3:10:12:2 chr12 106704974 . G A 487.79 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0780073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.506;QD=24.3897;RBI=0.0782741;REFB=-0.0121963;REVB=-0.00645787;RO=34;SAF=17;SAR=29;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106007;STB=0.505811;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00760329;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:29:17:13:21:29:17:13:21 chr12 106838340 . T C 879.46 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7247;QD=56.7391;RBI=0.0354695;REFB=0;REVB=0.0289673;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298399;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:24:37:0:0:25:37:0:0 chr12 106893863 . G T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.431;QD=59.1432;RBI=0.0351013;REFB=0;REVB=-0.00977301;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07406e-05;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr12 106893930 . A T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.007;QD=58.7816;RBI=0.0228409;REFB=0;REVB=0.0227358;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77933e-05;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr12 106903321 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.013819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.574;QD=16.0289;RBI=0.0166188;REFB=-0.00702155;REVB=0.00923149;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151699;STB=0.586136;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00835044;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:14:16:17:8:14:16 chr12 107083059 . C T 168.47 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0156396;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.986;QD=10.3673;RBI=0.0158227;REFB=-0.00469008;REVB=0.0023999;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906788;STB=0.553024;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0088768;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:23:20:12:10:23:20 chr12 107395106 . A G 345.23 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180775;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8291;QD=55.2374;RBI=0.0746014;REFB=0;REVB=0.072378;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211846;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr12 107937768 . G A 154.25 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0259345;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6147;QD=19.2806;RBI=0.026258;REFB=-0.0245314;REVB=-0.0041089;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403733;STB=0.689557;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.017912;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:16:17:0.53125:3:13:6:9:4:13:6:9 chr12 108618630 . C T 531.57 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0365391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.317;QD=18.3299;RBI=0.0437906;REFB=-0.00883689;REVB=0.0241352;RO=59;SAF=28;SAR=28;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00916341;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:28:28:30:29:28:28:30:30 chr12 108620883 . G C 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0191644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.44;QD=16.6323;RBI=0.0245782;REFB=-0.0139442;REVB=-0.0153887;RO=46;SAF=11;SAR=26;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105202;STB=0.559314;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0270288;OID=.;OPOS=108620883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:26:11:18:28:26:11:18:28 chr12 108643553 . C T 297.08 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00559281;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.335;QD=24.7568;RBI=0.0172117;REFB=-0.00567348;REVB=0.0162776;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258925;STB=0.629534;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00946484;OID=.;OPOS=108643553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:17:9:14:7:17:10:14:7 chr12 108913377 . GTTTTAAAAA GTTT,GTTTAA,GTTTAAAA,GTTTAAAAA,GTTTAAAAAA 190.99 PASS AF=0.185185,0.407407,0.148148,0,0;AO=6,4,4,4,2;DP=33;FAO=5,11,4,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=4,5,0,0,0;FSAR=1,6,4,0,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.110306,-0.188736,-0.342787,-0.0103778,0.335605;FXX=0.128991;HRUN=4,4,4,4,4;LEN=6,4,2,1,1;MLLD=19.1531,17.699,15.1975,13.7679,12.5999;QD=28.2947;RBI=0.143779,0.237129,0.413711,0.0482179,0.380552;REFB=-0.276588,-0.421477,-0.581413,0.123112,0.725733;REVB=0.0922218,0.143558,0.231634,0.0470878,-0.179414;RO=0;SAF=6,3,0,1,2;SAR=0,1,4,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0,-4.86674e-08,0;STB=0.7397,0.510186,0.996362,0.5,0.5;STBP=0.21,0.943,0.099,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=0.126136,0.0670955,-0.0241433,0.01289,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=108913381,108913381,108913381,108913378,108913381;OREF=TAAAAA,TAAA,TA,T,T;OALT=-,-,-,-,A;OMAPALT=GTTT,GTTTAA,GTTTAAAA,GTTTAAAAA,GTTTAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.185185,0.407407,0.148148,0,0:6,4,4,4,2:33:5,11,4,0,0:27:7:4,5,0,0,0:1,6,4,0,0:3:4:18:0:6,3,0,1,2:0,1,4,3,0:0:0 chr12 108918146 . C T 2105.62 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.058;QD=61.93;RBI=0.0176721;REFB=-0.09371;REVB=-0.0102727;RO=0;SAF=51;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504854;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000119041;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:84:51:0:0:84:51:1:0 chr12 108923950 . A G 397.27 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646534;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.752;QD=56.7528;RBI=0.0493824;REFB=0;REVB=0.0489573;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307791;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr12 108954823 . C T 740.6 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1457;QD=56.969;RBI=0.0302729;REFB=0;REVB=0.0250836;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527652;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:1:0:50:52:1:23:27:0:1:25:27:0:0 chr12 108954862 . G C 299.28 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0077721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0251;QD=24.4307;RBI=0.0150213;REFB=-0.0381631;REVB=-0.0128543;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120169;STB=0.558098;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0285937;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:12:14:15:7:12:15:15:7 chr12 108955106 . C CT 322.33 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.2423;QD=46.0478;RBI=0.0658712;REFB=0;REVB=0.00482891;RO=5;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0027006;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:33:28:28:0:5:23:0:0:6:5:5:23:3:2 chr12 108985945 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3108;QD=33.4259;RBI=0.069737;REFB=0;REVB=0.0295767;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00355621;OID=.;OPOS=108985945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr12 108986112 . G C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0249493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.789;QD=12.2166;RBI=0.0309158;REFB=-0.0130136;REVB=0.018257;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254632;STB=0.651354;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0185498;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:11:4:13:14:11:4:13:14 chr12 109017898 . C T 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00746873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.747;QD=14.7425;RBI=0.0561586;REFB=-0.00846393;REVB=0.0556598;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.571341;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0166013;OID=.;OPOS=109017898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:10:15:12:5:10:15 chr12 109182049 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.193;QD=59.8308;RBI=0.00543952;REFB=0;REVB=0.000472482;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84964e-05;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr12 109186093 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00951693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.122;QD=18.4387;RBI=0.0218987;REFB=-0.0313519;REVB=-0.0197226;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153798;STB=0.585741;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0113879;OID=.;OPOS=109186093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:10:19:14:15:10:19 chr12 109219903 . C G 429.7 PASS AF=0.415254;AO=48;DP=117;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00398182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.938;QD=14.5662;RBI=0.0105617;REFB=-0.0102507;REVB=0.00978237;RO=69;SAF=25;SAR=23;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619187;STB=0.528908;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.021237;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:69:69:48:49:0.415254:23:25:40:29:23:26:40:29 chr12 109511256 . T C 988.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.405;QD=59.0086;RBI=0.0294621;REFB=0;REVB=0.0151774;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110042;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:27:38:0:0:29:38:0:0 chr12 109577735 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0131962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.244;QD=18.9387;RBI=0.0143727;REFB=-0.0169355;REVB=-0.00569513;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759857;STB=0.542345;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0145042;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:17:12:15:15:17:12 chr12 109605730 . C T 466.59 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00571911;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.104;QD=22.2188;RBI=0.00597882;REFB=-0.00387129;REVB=0.001743;RO=39;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117741;STB=0.506491;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00308321;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:39:45:45:0.535714:26:19:17:22:26:19:17:22 chr12 109617865 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.475;QD=62.6711;RBI=0.0342079;REFB=0;REVB=0.000431313;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71751e-05;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr12 109623516 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00208141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.095;QD=12.2129;RBI=0.0337247;REFB=0.00834569;REVB=-0.0336604;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377984;STB=0.717667;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00834864;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:4:18:6:7:4:18 chr12 109629457 . C T 428.01 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0159278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6306;QD=13.2716;RBI=0.0163185;REFB=-0.0183979;REVB=0.00354919;RO=78;SAF=30;SAR=20;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163235;STB=0.588749;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0365736;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:79:50:50:0.387597:20:30:35:43:20:30:36:43 chr12 109675029 . T C 1323.85 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333464;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.019;QD=62.299;RBI=0.0083094;REFB=0;REVB=0.00761093;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32916e-05;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr12 109693982 . C T 143.56 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.031019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.809;QD=19.1418;RBI=0.0310197;REFB=-0.0167868;REVB=-0.00021305;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017174;STB=0.518495;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0173429;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:2:13:12:2:2:14:12:2 chr12 109696838 . G A 1938.18 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284524;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.576;QD=62.0216;RBI=0.028515;REFB=0;REVB=-0.00188925;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08609e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chr12 109717697 . A G 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00406514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2585;QD=14.6983;RBI=0.0262848;REFB=-0.018992;REVB=0.0259685;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.028494;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:14:16:11:10:14:16 chr12 109895809 . C T 444.91 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00747479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.021;QD=17.9763;RBI=0.00976126;REFB=0.00683301;REVB=-0.00627771;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253292;STB=0.514151;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00452619;OID=.;OPOS=109895809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:22:23:29:25:22:23:29:25 chr12 110226379 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00530412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8771;QD=14.7347;RBI=0.0570408;REFB=-0.00571547;REVB=-0.0567936;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00586546;OID=.;OPOS=110226379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:16:20:15:12:16:20 chr12 110240838 . T G 283.1 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.078;QD=49.2345;RBI=0.0435883;REFB=-0.0889735;REVB=0.0089478;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250604;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:23:23:1:0:22:23:1:14:8:0:1:15:8:0:0 chr12 110290073 . G A 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0107379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.475;QD=16.5317;RBI=0.0116698;REFB=0.00381692;REVB=0.00456963;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235552;STB=0.622506;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00690392;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:14:8:11:7:14:9 chr12 110368201 . G A 336.03 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.02003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.077;QD=16.8016;RBI=0.0204519;REFB=-0.00234251;REVB=0.00413267;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154741;STB=0.519763;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00244302;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:44:36:36:0.45:20:16:18:24:20:16:18:26 chr12 111375170 . A G 1912.06 PASS AF=0.942029;AO=129;DP=139;FAO=130;FDP=138;FR=.;FRO=8;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0669797;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.486;QD=55.4221;RBI=0.0811436;REFB=-0.0748138;REVB=-0.045804;RO=7;SAF=56;SAR=73;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557845;STB=0.51775;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0217061;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:139:138:7:8:129:130:0.942029:73:56:7:0:72:58:6:2 chr12 111375172 . C T 2027.78 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0792709;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.556;QD=60.0824;RBI=0.0792727;REFB=-0.127578;REVB=-0.000533364;RO=2;SAF=61;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153264;STB=0.511998;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000940547;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:135:2:3:132:132:0.977778:71:61:2:0:71:61:3:0 chr12 111747963 . C T 709.02 PASS AF=0.979167;AO=40;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0033976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.78;QD=59.0852;RBI=0.0101976;REFB=-0.0109981;REVB=-0.00961495;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.11295e-05;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:48:0:1:40:47:0.979167:18:22:0:0:23:24:1:0 chr12 111760251 . G C 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4238;QD=59.6793;RBI=0.0597522;REFB=0;REVB=-0.049728;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144143;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr12 111785586 . T C 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00909997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.367;QD=28.0476;RBI=0.0535964;REFB=-0.00464631;REVB=0.0528182;RO=16;SAF=20;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184688;STB=0.510196;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00259263;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:6:20:12:4:6:20:12:4 chr12 111786082 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.13;QD=44.6897;RBI=0.085543;REFB=0;REVB=0.077404;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018694;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr12 111786676 . G A 57.21 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.112134;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.974;QD=13.4619;RBI=0.117302;REFB=-0.0361177;REVB=0.0344344;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521118;STB=0.799356;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.018653;OID=.;OPOS=111786676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:17:9:9:6:6:0.352941:3:3:0:9:3:3:0:9 chr12 111786892 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.71;QD=60.3762;RBI=0.00877363;REFB=0;REVB=0.00503665;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09531e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr12 111798553 . A G 1939.86 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0272354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.928;QD=60.1506;RBI=0.0279717;REFB=-0.00638831;REVB=-0.00637582;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.507461;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000273643;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:0:2:127:127:0.984496:61:66:0:0:61:66:2:0 chr12 111884608 . T C 731.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000922661;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.608;QD=63.6333;RBI=0.011263;REFB=0;REVB=-0.0112251;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348416;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr12 111886967 . T A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000875554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.162;QD=20.3419;RBI=0.00289684;REFB=-0.00960606;REVB=-0.00276136;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110889;STB=0.561424;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00972405;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:20:14:20:17:20:14 chr12 111993712 . C T 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0630835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=11.0821;RBI=0.0630835;REFB=-0.00380941;REVB=8.02645e-05;RO=40;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161199;STB=0.594504;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0151117;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:16:6:16:24:16:6:16:24 chr12 112191641 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0102126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.997;QD=26.3143;RBI=0.0699661;REFB=-0.0240024;REVB=0.0692168;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818896;STB=0.545413;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0184546;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:12:10:8:6:12:10:8:6 chr12 112194727 . C T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00918624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.591;QD=16.6238;RBI=0.0268912;REFB=-0.00920123;REVB=-0.0252735;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954316;STB=0.55483;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0271531;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:5:9:7:6:5:9 chr12 112374519 . CAA CA,CAC,TAC 208.77 PASS AF=0.727273,0,0.272727;AO=3,2,2;DP=22;FAO=16,0,6;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=2,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.617991,0.111272,0.0591269;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,3;MLLD=14.9515,97.2978,150.183;QD=37.9585;RBI=0.753158,0.134186,0.217367;REFB=-0.0155006,-0.0173877,-0.0865829;REVB=0.430504,0.0749957,0.209171;RO=13;SAF=3,0,0;SAR=0,2,2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.53842,-0.72547,-0.72547;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0944775,0.0605497,0.0679427;OID=.,.,.;OPOS=112374520,112374521,112374519;OREF=A,A,CAA;OALT=-,C,TAC;OMAPALT=CA,CAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:34:22:22:13:0:3,2,2:16,0,6:0.727273,0,0.272727:0,2,2:3,0,0:11:2:2,0,6:14,0,0:0:0 chr12 112460147 . T G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0217064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.252;QD=18.6419;RBI=0.037425;REFB=-0.012868;REVB=-0.0304871;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924322;STB=0.548857;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0117235;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:26:25:25:0.490196:13:12:9:15:13:12:10:16 chr12 112460749 . A G 614.8 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0147337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.353;QD=18.7726;RBI=0.015104;REFB=0.00264659;REVB=-0.0033239;RO=68;SAF=36;SAR=27;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108644;STB=0.560156;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00303184;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:27:36:31:37:27:36:31:37 chr12 112477055 . T C 140.1 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0215719;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.026;QD=12.7359;RBI=0.0244216;REFB=-0.00872783;REVB=-0.0114485;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290975;STB=0.532217;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.016136;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:10:5:10:18:11:5:10:18 chr12 112577990 . T C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.757;QD=30.593;RBI=0.0248386;REFB=0.0100759;REVB=-0.00345465;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292783;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:1:1:5:5:1:1 chr12 112667675 . T G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0146726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.915;QD=18.3008;RBI=0.0153204;REFB=-0.0337982;REVB=0.00440806;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.538423;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0338553;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:12:11:11:9:12:11 chr12 112703732 . A C 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00230973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.008;QD=17.067;RBI=0.0133073;REFB=0.000384422;REVB=0.0131053;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186124;STB=0.510438;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000323423;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:15:23:27:19:15:23:27:19 chr12 112704961 . A G 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0222338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.121;QD=12.969;RBI=0.024121;REFB=-0.0023509;REVB=-0.00935322;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00330593;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr12 112705013 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0506055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6318;QD=10.8845;RBI=0.0514329;REFB=0.000490238;REVB=0.00918842;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295642;STB=0.675319;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00396645;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:4:11:4:5:4:11 chr12 113312971 . G T 772.36 PASS AF=0.479042;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=70;FWDB=0.0214111;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.969;QD=18.4996;RBI=0.0215083;REFB=-0.0228652;REVB=-0.00204261;RO=85;SAF=24;SAR=56;SRF=17;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117554;STB=0.568405;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.027302;OID=.;OPOS=113312971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:85:87:80:80:0.479042:56:24:17:68:56:24:17:70 chr12 113313470 . C T 1237.79 PASS AF=0.472325;AO=128;DP=272;FAO=128;FDP=271;FR=.;FRO=143;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=0.0138493;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.916;QD=18.27;RBI=0.0490795;REFB=1.82945e-05;REVB=0.0470849;RO=144;SAF=53;SAR=75;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836;STB=0.547822;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000338738;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:144:143:128:128:0.472325:75:53:72:72:75:53:72:71 chr12 113319600 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.891;QD=58.2396;RBI=0.0186031;REFB=0;REVB=0.0158025;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135681;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 113325629 . T C 1275.5 PASS AF=0.976744;AO=71;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249213;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.749;QD=59.3257;RBI=0.0250551;REFB=0.0363929;REVB=-0.00258627;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.509257;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000860506;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:86:0:2:71:84:0.976744:50:21:0:0:53:31:0:2 chr12 113348870 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.029161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9042;QD=15.9153;RBI=0.0300867;REFB=0.00187156;REVB=0.0074057;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172122;STB=0.596708;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0019954;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:11:23:14:14:11:23 chr12 113357193 . G A 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3363;QD=43.4733;RBI=0.0500084;REFB=0;REVB=-0.00416977;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0034353;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr12 113357202 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00475971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.294;QD=14.6539;RBI=0.0121559;REFB=-0.0143057;REVB=-0.0111853;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0362416;OID=.;OPOS=113357202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr12 113357209 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.798;QD=48.7372;RBI=0.0132375;REFB=0;REVB=-0.0030504;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183345;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 113357237 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3089;QD=58.1416;RBI=0.0586926;REFB=0;REVB=-0.0586643;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000818284;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr12 113357442 . G A 1320.83 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9649;QD=62.1565;RBI=0.0986315;REFB=0;REVB=0.065996;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118951;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr12 113369715 . TA T 952.11 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.63;QD=58.5913;RBI=0.0162073;REFB=0;REVB=0.00519247;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.50656e-05;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:65:65:65:0:37:28:0:0:5:0:37:27:0:0 chr12 113369759 . G C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9606;QD=55.4102;RBI=0.0171681;REFB=-0.0353515;REVB=-0.0140383;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00070718;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:0:1:26:31:0:1 chr12 113376388 . G A 1040.86 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1173;QD=59.4776;RBI=0.10174;REFB=0;REVB=0.0835761;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168561;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:1:0:68:70:1:39:29:0:1:40:30:0:0 chr12 113376452 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.158;QD=57.6807;RBI=0.0384898;REFB=0;REVB=0.0361495;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221014;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 113386950 . T C 888.58 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023998;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.101;QD=58.2676;RBI=0.0241652;REFB=0;REVB=-0.00283834;RO=0;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91058e-06;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:47:14:0:0:47:14:0:0 chr12 113398919 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.243;QD=60.9778;RBI=0.0332034;REFB=0;REVB=-0.0164703;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75311e-05;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr12 113425154 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.27;QD=49.5992;RBI=0.027748;REFB=0;REVB=0.00295143;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61602e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr12 113435450 . A T 1624.13 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.251;QD=60.1531;RBI=0.0231319;REFB=0;REVB=0.0184619;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25704e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:46:61:0:0:47:61:0:0 chr12 113448288 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.635;QD=60.3767;RBI=0.00984346;REFB=0;REVB=0.00792909;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25553e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr12 113553481 . C T 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0275007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.928;QD=18.7758;RBI=0.0293517;REFB=-0.0204471;REVB=0.0102583;RO=26;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121805;STB=0.568607;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0159297;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:19:7:10:16:19:7:10:16 chr12 113565889 . G A 198.3 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0226083;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.684;QD=24.7875;RBI=0.0353622;REFB=-0.0243227;REVB=0.027191;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208364;STB=0.615274;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0121704;OID=.;OPOS=113565889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:2:11:11:8:2:11 chr12 113589799 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000274354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.134;QD=17.247;RBI=0.00186855;REFB=-0.00623693;REVB=0.0018483;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793939;STB=0.54541;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00647712;OID=.;OPOS=113589799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:11:16:14:7:11:16 chr12 113610294 . G A 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00354993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.223;QD=16.8932;RBI=0.0517503;REFB=-0.007953;REVB=0.0516284;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098595;STB=0.55552;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0102189;OID=.;OPOS=113610294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:22:10:15:22:22:10:15:22 chr12 113623241 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00820126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.036;QD=11.9536;RBI=0.0100983;REFB=-0.00510894;REVB=0.00589192;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409453;STB=0.736382;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00676321;OID=.;OPOS=113623241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:1:10:4:4:1:10 chr12 113638348 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00278558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.024;QD=25.3609;RBI=0.0129238;REFB=-0.0179747;REVB=0.01262;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468104;STB=0.52628;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00626562;OID=.;OPOS=113638348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:2:6:12:3:2:6 chr12 113645916 . C T 573.09 PASS AF=0.48;AO=58;DP=123;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00700521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.885;QD=18.3389;RBI=0.0122268;REFB=-0.019216;REVB=0.010021;RO=65;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146339;STB=0.50202;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0214606;OID=.;OPOS=113645916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:65:65:58:60:0.48:33:25:29:36:33:27:29:36 chr12 113664624 . A C 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0134637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.931;QD=23.4084;RBI=0.0231157;REFB=-0.00930074;REVB=0.01879;RO=31;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999359;STB=0.505492;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00471978;OID=.;OPOS=113664624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:18:23:17:14:18:23:17:14 chr12 113737736 . AG A 352.84 PASS AF=1;AO=23;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197742;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2556;QD=34.4235;RBI=0.282951;REFB=0;REVB=0.202385;RO=9;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.226804;SSSB=-0.0932609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0160694;OID=.;OPOS=113737737;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:43:41:41:0:25:16:0:0:7:9:14:9:7:2 chr12 113758166 . G A 141.43 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0220049;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.097;QD=12.8574;RBI=0.0230755;REFB=-0.00512115;REVB=-0.00694727;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172923;STB=0.600474;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00925952;OID=.;OPOS=113758166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:20:8:7:9:20:8 chr12 113796566 . A C 417.75 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141948;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.872;QD=57.6206;RBI=0.0424403;REFB=0;REVB=0.0424166;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111528;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:30:29:1:14:16:0:0:14:15:0:0 chr12 114261053 . G A 968.39 PASS AF=0.461883;AO=103;DP=223;FAO=103;FDP=223;FR=.;FRO=120;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=0.00654118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.306;QD=17.3703;RBI=0.0126102;REFB=-0.0203978;REVB=-0.010781;RO=119;SAF=59;SAR=44;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139664;STB=0.574994;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0237518;OID=.;OPOS=114261053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:119:120:103:103:0.461883:44:59:51:68:44:59:52:68 chr12 114362483 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343;QD=59.0187;RBI=0.0114739;REFB=0;REVB=0.00162561;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44507e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 114377885 . G C 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.578;QD=64.0207;RBI=0.0125836;REFB=0;REVB=0.0113607;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01374e-05;OID=.;OPOS=114377885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr12 114377899 . G C 1474.64 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00561229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.842;QD=60.1894;RBI=0.036781;REFB=-0.124421;REVB=0.0363503;RO=3;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105908;STB=0.500213;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000534788;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:98:3:2:95:96:0.979592:46:49:1:2:47:49:1:1 chr12 114793240 . C T 123.11 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00399546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.782;QD=16.4146;RBI=0.0133968;REFB=0.000640074;REVB=-0.0127871;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406961;STB=0.740408;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00104728;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:4:9:4:12:4:10:4:12 chr12 114793297 . T C 166.61 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0385293;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.513;QD=15.8674;RBI=0.0481346;REFB=-0.031874;REVB=-0.0288519;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905827;STB=0.571351;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0254376;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:24:17:18:0.428571:9:8:10:16:9:9:9:15 chr12 114942966 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00102779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.396;QD=19.646;RBI=0.0182613;REFB=-0.0199904;REVB=-0.0182323;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383323;STB=0.726749;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0105965;OID=.;OPOS=114942966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:10:1:3:5:10:1:3:5 chr12 116155595 . G A 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00917046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.102;QD=20.6389;RBI=0.0790573;REFB=0.00624042;REVB=0.0785236;RO=55;SAF=29;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092307;STB=0.505078;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00454661;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:31:29:26:29:31:29:26:29 chr12 116408538 . A G 509.51 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0195951;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.424;QD=18.0356;RBI=0.0203863;REFB=-0.00584127;REVB=0.00562427;RO=59;SAF=21;SAR=33;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329048;STB=0.518241;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00643235;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:59:59:54:54:0.477876:33:21:21:38:33:21:21:38 chr12 116446445 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0260975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.25;QD=20.1561;RBI=0.0308011;REFB=-0.00272892;REVB=-0.0163594;RO=25;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305624;STB=0.671891;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00194003;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:22:6:13:12:22:6:13:12 chr12 116586414 . CTATA C 513.69 PASS AF=0.745763;AO=32;DP=61;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0640399;FXX=0.106045;HRUN=1;LEN=4;MLLD=126.932;QD=34.8261;RBI=0.168203;REFB=-0.182599;REVB=0.155536;RO=10;SAF=5;SAR=27;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109267;STB=0.568388;STBP=0.134;TYPE=del;VARB=0.057424;OID=.;OPOS=116586415;OREF=TATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.745763:32:61:44:59:15:11:33:7:8:99:10:5:27:3:7 chr12 117217141 . T C 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00558554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.18;QD=16.0334;RBI=0.00899107;REFB=-0.0254342;REVB=0.00704564;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0362777;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:14:14:10:10:14:14 chr12 117289603 . A G 192.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0569108;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4772;QD=25.6139;RBI=0.0966184;REFB=0.0492562;REVB=-0.0780786;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.673197;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0553378;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:30:10:11:14:14:0.466667:10:4:5:5:11:3:6:5 chr12 117289613 . G C 104.29 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00802121;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.921;QD=9.93254;RBI=0.00835934;REFB=-0.00451569;REVB=0.00235344;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191067;STB=0.615207;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00829893;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:13:16:5:8:13:16 chr12 117290182 . T TTTCCCC 169.4 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00227453;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=6;MLLD=330.193;QD=21.8577;RBI=0.0152888;REFB=-0.000974391;REVB=0.0151187;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15776;STB=0.570643;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.000881707;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:16:34:17:31:14:4:13:5:9:99:16:3:13:5:11 chr12 117383320 . G A 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3471;QD=59.136;RBI=0.0202463;REFB=0;REVB=0.0202188;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.755e-05;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr12 117465857 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.256;QD=63.0525;RBI=0.0252151;REFB=0;REVB=0.00770952;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11709e-05;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr12 117593387 . G A 1292.13 PASS AF=0.52766;AO=124;DP=231;FAO=124;FDP=235;FR=.;FRO=111;FSAF=78;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.00355912;FXX=0.00423711;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.305;QD=21.9937;RBI=0.0152258;REFB=-0.02634;REVB=-0.014804;RO=104;SAF=78;SAR=46;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710414;STB=0.543762;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0125222;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:235:104:111:124:124:0.52766:46:78:57:47:46:78:60:51 chr12 117593391 . A G 1347.76 PASS AF=0.533333;AO=128;DP=240;FAO=128;FDP=240;FR=.;FRO=112;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.0259033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.136;QD=22.4627;RBI=0.0312195;REFB=0.00486382;REVB=-0.0174263;RO=112;SAF=78;SAR=50;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572831;STB=0.531287;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00748923;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:112:112:128:128:0.533333:50:78:61:51:50:78:61:51 chr12 117669914 . G A 138.99 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0337763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4564;QD=12.9292;RBI=0.0337763;REFB=0.000783775;REVB=-1.60458e-05;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110484;STB=0.565132;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000290053;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:12:4:9:18:12:4:9:18 chr12 117685270 . G A 961.54 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911956;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.525;QD=59.172;RBI=0.016657;REFB=0;REVB=0.0139387;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48627e-05;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr12 117693817 . G A 642.91 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0956886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5672;QD=52.4824;RBI=0.097052;REFB=-0.217575;REVB=0.0162105;RO=3;SAF=15;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851164;STB=0.528862;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0243651;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:49:49:3:5:44:44:0.897959:29:15:3:0:29:15:3:2 chr12 117701714 . A G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00128473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.538;QD=17.379;RBI=0.00382431;REFB=-0.00644865;REVB=-0.00360205;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337856;STB=0.518931;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00932247;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:17:20:19:14:17:20 chr12 117890947 . T C 1248.57 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050223;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.819;QD=61.6577;RBI=0.0102411;REFB=0;REVB=0.00892508;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250831;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:43:38:0:0 chr12 117894232 . C A 391.66 PASS AF=0.418182;AO=43;DP=107;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00184308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.401;QD=14.2421;RBI=0.00932486;REFB=-0.000383923;REVB=-0.0091409;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053407;STB=0.52173;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000597717;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:64:64:43:46:0.418182:20:23:31:33:22:24:31:33 chr12 118020115 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0193353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.9;QD=17.2886;RBI=0.0215311;REFB=-0.0172046;REVB=0.00947299;RO=33;SAF=24;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203443;STB=0.6153;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0208991;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:6:24:21:12:6:24:21:12 chr12 118199286 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.227;QD=55.0984;RBI=0.0357739;REFB=0;REVB=0.00949023;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220297;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr12 118467553 . A G,T 783.0 PASS AF=0.94,0.06;AO=43,7;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000773539,-0.0071479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.949,56.6895;QD=62.6398;RBI=0.00651622,0.0154473;REFB=0,0;REVB=0.00647015,0.0136941;RO=0;SAF=16,7;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000368843,0.234722;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:0:0:43,7:47,3:0.94,0.06:27,0:16,7:0:0:27,0:20,3:0:0 chr12 118473054 . T C,G 751.78 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201333,0.0145577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.668,221.132;QD=62.6486;RBI=0.0201339,0.0155709;REFB=0,0;REVB=-0.000160535,0.0055251;RO=0;SAF=23,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000960293,0.0062985;OID=.,.;OPOS=118473054,118473054;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:23,1:23,1:0:0:23,1:23,1:0:0 chr12 118506186 . A T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0158439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.211;QD=19.9928;RBI=0.0161257;REFB=-0.00509443;REVB=0.00300148;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172067;STB=0.588152;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00654569;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:7:15:11:11:7:15:12:11 chr12 118520170 . G A 758.67 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.709;QD=61.9325;RBI=0.00978833;REFB=-0.0938696;REVB=0.00960374;RO=1;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351652;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:1:0:48:49:1:35:13:0:1:36:13:0:0 chr12 118582458 . C T 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00455404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.507;QD=19.1894;RBI=0.00547812;REFB=-0.0299716;REVB=0.00304475;RO=49;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182863;STB=0.510171;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.03546;OID=.;OPOS=118582458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:22:23:26:23:22:23:26:23 chr12 118682751 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.071;QD=56.9567;RBI=0.0549493;REFB=0;REVB=-0.0168432;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640707;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr12 118828755 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.017317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.049;QD=13.5055;RBI=0.022548;REFB=0.000927563;REVB=-0.0144407;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502686;STB=0.806686;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00162973;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:11:1:7:10:11:1:7:10 chr12 118855405 . A G 551.34 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0009593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.872;QD=24.2349;RBI=0.0127723;REFB=-0.0117984;REVB=0.0127363;RO=40;SAF=25;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052347;STB=0.52869;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00707897;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:26:25:17:23:26:25:17:23 chr12 119431750 . G T 295.78 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00543673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.274;QD=22.3228;RBI=0.0136838;REFB=-0.00487864;REVB=0.0125574;RO=22;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515385;STB=0.519732;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00369994;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:17:13:11:11:17:13:11:12 chr12 119588962 . G A 800.78 PASS AF=0.706522;AO=65;DP=92;FAO=65;FDP=92;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00189212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4427;QD=34.8167;RBI=0.00639135;REFB=-0.00579422;REVB=0.00610485;RO=27;SAF=35;SAR=30;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111482;STB=0.559982;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00313701;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:27:27:65:65:0.706522:30:35:9:18:30:35:9:18 chr12 119617324 . GCCCCG GCCC,GCCCG 75.52 PASS AF=0.8125,0;AO=6,6;DP=19;FAO=13,0;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.255162,-0.0652561;FXX=0.0587889;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=14.8599,8.04176;QD=18.8799;RBI=0.271283,0.0808975;REFB=-0.0701178,-0.0670181;REVB=-0.092122,0.0478126;RO=5;SAF=5,6;SAR=1,0;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.505365,0.795839;STB=0.799398,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,del;VARB=0.0658772,0;OID=.,.;OPOS=119617328,119617325;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125,0:6,6:19:13,0:16:3:12,0:1,0:0:3:18:5:5,6:1,0:1:4 chr12 119871387 . A G 1080.35 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1837;QD=60.0196;RBI=0.0128953;REFB=0;REVB=0.012169;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8021e-05;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr12 120067561 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.206;QD=63.8862;RBI=0.0148291;REFB=0;REVB=0.0134439;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91867e-05;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr12 120171995 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8331;QD=58.239;RBI=0.0618629;REFB=0;REVB=-0.0333266;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106775;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr12 120189879 . A G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.804;QD=62.0183;RBI=0.0260679;REFB=0;REVB=0.0163205;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146148;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr12 120189888 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.964;QD=61.3334;RBI=0.044313;REFB=0;REVB=0.0438388;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403461;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr12 120457035 . A G 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3912;QD=59.4955;RBI=0.0260415;REFB=0;REVB=-0.0183173;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360398;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr12 120575549 . A C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.193;QD=59.8558;RBI=0.0316013;REFB=0;REVB=0.008624;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134377;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr12 120589064 . G C 1385.66 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0311779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9416;QD=60.246;RBI=0.0329784;REFB=-0.0381184;REVB=0.0107475;RO=2;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157953;STB=0.508331;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000881344;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:59:31:0:2:59:31:0:2 chr12 120589160 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.761;QD=56.9382;RBI=0.0246563;REFB=0;REVB=0.0145012;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54616e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 120591143 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.968;QD=63.2868;RBI=0.0210451;REFB=0;REVB=0.014077;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02293e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr12 120594295 . CG C,CTG 31.14 PASS AF=0.4375,0;AO=6,2;DP=16;FAO=7,0;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.116809,-0.0397053;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=17.3933,147.548;QD=7.78524;RBI=0.117243,0.0537409;REFB=-0.07976,0.000520456;REVB=0.0100831,-0.0362157;RO=7;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.215036,-0.621371;STB=0.5997,0.5;STBP=0.56,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0963852,0;OID=.,.;OPOS=120594296,120594296;OREF=G,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:6,2:16:7,0:16:9:2,0:5,0:4:5:31:7:2,0:4,2:4:3 chr12 120608031 . A G 921.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.739;QD=58.4809;RBI=0.0385784;REFB=0;REVB=0.0182549;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9856e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:22:39:0:0:22:41:0:0 chr12 120636549 . C A 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8602;QD=57.5371;RBI=0.0410924;REFB=0;REVB=-0.0395947;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311234;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr12 120661977 . T C 289.26 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.541;QD=52.5928;RBI=0.0834236;REFB=0;REVB=0.0828571;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583546;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:8:14:0:0 chr12 120882217 . G T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0190012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.616;QD=7.27375;RBI=0.0190496;REFB=0.00526112;REVB=0.00135697;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535134;STB=0.823045;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0121256;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:8:3:25:8:8:3:25:8 chr12 120882264 . AAAG A 54.3 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.023146;FXX=0.0238039;HRUN=7;LEN=3;MLLD=207.641;QD=5.29782;RBI=0.0234882;REFB=0.013053;REVB=0.00399488;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373763;STB=0.736417;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=-0.0186797;OID=.;OPOS=120882265;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:10:46:11:41:30:3:8:18:12:54:34:3:7:21:13 chr12 120884328 . C T 388.68 PASS AF=0.727273;AO=31;DP=43;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00665919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5034;QD=35.3343;RBI=0.0495561;REFB=-0.0153882;REVB=0.0491067;RO=12;SAF=22;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264097;STB=0.506575;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00819588;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:12:12:31:32:0.727273:9:22:8:4:10:22:8:4 chr12 120934407 . C T 317.48 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0203741;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.7122;QD=18.1414;RBI=0.0695134;REFB=-0.0419551;REVB=0.0664605;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788144;STB=0.558789;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0458138;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:32:36:34:34:0.485714:19:15:17:15:19:15:20:16 chr12 120934624 . A C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00281977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.931;QD=14.17;RBI=0.0338339;REFB=-0.052746;REVB=0.0337162;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0538736;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:7:5:5:5:7:5 chr12 120966921 . A G 87.21 PASS AF=0.44;AO=8;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0681603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.543;QD=13.9535;RBI=0.0684387;REFB=-0.00752206;REVB=-0.00616638;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0240908;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:25:14:14:8:11:0.44:4:4:5:9:5:6:5:9 chr12 121017171 . A G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.818;QD=62.4649;RBI=0.0262932;REFB=0;REVB=0.0100024;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001243;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr12 121093655 . C T 88.35 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0586777;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8008;QD=13.0889;RBI=0.0723064;REFB=-0.0227375;REVB=0.042251;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487679;STB=0.528872;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.073126;OID=.;OPOS=121093655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:11:5:3:8:11:5 chr12 121431504 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0341232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2111;QD=13.4417;RBI=0.042771;REFB=-0.0166437;REVB=0.0257871;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0259097;OID=.;OPOS=121431504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:9:4:3:7:9:4 chr12 121434355 . TGGGGGCCC TGCGGGCCC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCCC 162.42 PASS AF=0.6,0.0666667,0.333333,0;AO=2,2,2,2;DP=16;FAO=9,1,5,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,5,0;FSAR=9,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197049,3.23389e-05,0.01523,0.223829;FXX=0.062461;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,4,3,1;MLLD=93.379,33.0059,24.879,13.4818;QD=43.311;RBI=0.150051,0.181304,0.235008,0.224619;REFB=0,0,0,0;REVB=0.148752,-0.181304,-0.234514,0.0188182;RO=0;SAF=0,2,2,0;SAR=2,0,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.00245006,0.0594141,-0.0629259,0;OID=.,.,.,.;OPOS=121434357,121434360,121434360,121434356;OREF=G,GCCC,GCC,G;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=TGCGGGCCC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.6,0.0666667,0.333333,0:2,2,2,2:16:9,1,5,0:15:0:0,1,5,0:9,0,0,0:0:0:24:0:0,2,2,0:2,0,0,2:0:0 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 328.22 PASS AF=0.717949,0.025641;AO=25,4;DP=45;FAO=28,1;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=20,1;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0232466,-0.023162;FXX=0.0930016;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=146.155,111.13;QD=33.6635;RBI=0.0350115,0.0455996;REFB=-0.0147072,0.0144556;REVB=0.0261802,0.0392791;RO=15;SAF=18,4;SAR=7,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0699087,0.59478;STB=0.528282,0.983977;STBP=0.643,0.548;TYPE=ins,snp;VARB=0.00866644,0.0435878;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:39:15:10:25,4:28,1:0.717949,0.025641:7,0:18,4:12:3:8,0:20,1:8:2 chr12 121435427 . G A 104.57 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.005081;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.198;QD=18.186;RBI=0.0198992;REFB=-0.019533;REVB=0.0192395;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253613;STB=0.642657;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0180295;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:10:1:4:8:10:1 chr12 121435475 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0317477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.035;QD=19.5234;RBI=0.0379979;REFB=-0.0192585;REVB=0.0208788;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.692073;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0222085;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:12:14:14:0.538462:7:7:9:1:7:7:11:1 chr12 121435587 . G T 262.46 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00506917;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.665;QD=23.8597;RBI=0.0729285;REFB=-0.0186213;REVB=0.0727521;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614792;STB=0.531223;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0176172;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:17:24:0.545455:12:5:7:13:17:7:7:13 chr12 121437221 . T C 1531.35 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0246805;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.287;QD=56.7167;RBI=0.0275965;REFB=-0.0320531;REVB=0.0123467;RO=3;SAF=46;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122093;STB=0.506437;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00279192;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:3:3:105:105:0.972222:59:46:2:1:59:46:2:1 chr12 121437382 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.568;QD=40.763;RBI=0.0159899;REFB=0;REVB=0.0159899;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125626;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr12 121442064 . G A 281.55 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.01623;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.383;QD=16.8092;RBI=0.0205519;REFB=0.00356969;REVB=0.0126082;RO=36;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109566;STB=0.544402;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00476238;OID=.;OPOS=121442064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:30:31:0.462687:22:8:13:23:22:9:13:23 chr12 121454257 . T A 290.7 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0720324;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6559;QD=18.7549;RBI=0.0720683;REFB=0.00616129;REVB=0.00227472;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741451;STB=0.532204;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00475248;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:14:16:14:17:15:16:14:17 chr12 121458400 . C T 281.52 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00413182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.474;QD=17.0619;RBI=0.0121899;REFB=-0.00536279;REVB=-0.0114682;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408203;STB=0.522921;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00910053;OID=.;OPOS=121458400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:20:15:12:19:20:15 chr12 121471337 . G A 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00237669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.747;QD=18.1913;RBI=0.0150305;REFB=-0.00916937;REVB=0.0148414;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158533;STB=0.588694;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0127422;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:26:14:23:22:26:14:23:22 chr12 121600253 . T C 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0270717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2235;QD=10.3805;RBI=0.0345044;REFB=-0.0120738;REVB=-0.0213933;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15766;STB=0.592493;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0150124;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:9:9:13:23:9:9:13:23 chr12 121615131 . C G 1620.99 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346938;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7044;QD=60.0366;RBI=0.0353274;REFB=0;REVB=-0.00666059;RO=1;SAF=35;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202785;OID=.;OPOS=121615131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:1:0:107:108:1:72:35:1:0:72:36:0:0 chr12 121622239 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.876;QD=62.0219;RBI=0.0308374;REFB=0;REVB=0.0255993;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52496e-05;OID=.;OPOS=121622239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr12 121622419 . G T 398.44 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3419;QD=51.4109;RBI=0.116462;REFB=-0.181686;REVB=0.111918;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226931;OID=.;OPOS=121622419;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:2:0:29:31:1:12:17:0:2:14:17:0:0 chr12 121622520 . AC CT,TC 607.09 PASS AF=0.047619,0.928571;AO=2,39;DP=42;FAO=2,39;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,24;FSAR=2,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00189469,0.00756288;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=166.953,190.702;QD=57.8181;RBI=0.0167582,0.0197593;REFB=0.00114815,-0.0303407;REVB=0.0166507,0.0182547;RO=1;SAF=0,24;SAR=2,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0191347;STB=0.993266,0.510199;STBP=0.232,0.52;TYPE=mnp,snp;VARB=0.128968,-0.00409352;OID=.,.;OPOS=121622520,121622520;OREF=AC,A;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:1:1:2,39:2,39:0.047619,0.928571:2,15:0,24:1:0:2,15:0,24:1:0 chr12 121660787 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00194692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1194;QD=24.7081;RBI=0.00835629;REFB=0.0168574;REVB=0.00812632;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027687;STB=0.515405;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0105049;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:8:9:13:10:8:9 chr12 121666646 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00776151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.583;QD=17.1563;RBI=0.0108256;REFB=0.00206392;REVB=0.00754664;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.555489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00237401;OID=.;OPOS=121666646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:9:11:11:6:9:11 chr12 121691096 . G A 94.67 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00406887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.603;QD=10.8193;RBI=0.00414103;REFB=-0.00296496;REVB=-0.000769711;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238515;STB=0.514262;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00464279;OID=.;OPOS=121691096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:11:12:6:6:11:12 chr12 121840634 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0385501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.335;QD=12.329;RBI=0.0386259;REFB=-0.00168804;REVB=0.0024178;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0036103;OID=.;OPOS=121840634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:7:10:7:4:7:10 chr12 121853164 . T C 171.12 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00742203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9508;QD=17.5504;RBI=0.065169;REFB=-0.0150637;REVB=0.0647449;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264876;STB=0.648421;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0226509;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:18:3:7:11:18:3 chr12 121870922 . G A 241.46 PASS AF=0.6;AO=17;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0383173;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5352;QD=27.5956;RBI=0.204312;REFB=-0.0612933;REVB=0.200687;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.55314;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0491675;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:13:17:21:0.6:10:7:6:7:14:7:6:7 chr12 121871006 . A C 210.68 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0345069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.586;QD=26.3349;RBI=0.0345387;REFB=-0.0121682;REVB=-0.00148211;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124111;STB=0.50689;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00234025;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:32:12:12:20:20:0.625:13:7:4:8:13:7:4:8 chr12 121878659 . C T 565.92 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.020568;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.881;QD=19.8567;RBI=0.0219213;REFB=-0.00445629;REVB=0.00758293;RO=57;SAF=20;SAR=38;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402592;STB=0.525683;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00484225;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:56:58:58:0.508772:38:20:22:35:38:20:22:34 chr12 121880520 . G A 515.08 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0251787;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.881;QD=18.9021;RBI=0.0305765;REFB=-0.0135252;REVB=0.017348;RO=53;SAF=22;SAR=32;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104032;STB=0.513432;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0125675;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:53:55:54:54:0.495413:32:22:21:32:32:22:21:34 chr12 121881848 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0106663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.965;QD=18.7119;RBI=0.0107258;REFB=-0.0114877;REVB=-0.00112876;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00683446;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr12 122042844 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000728998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6873;QD=59.0088;RBI=0.0622936;REFB=0;REVB=0.0622893;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118229;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr12 122079441 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0182986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.317;QD=25.4671;RBI=0.019308;REFB=0.0187089;REVB=-0.00616125;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00744801;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chr12 122079668 . A G 134.83 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0101876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4856;QD=16.8541;RBI=0.0351231;REFB=-0.00413408;REVB=-0.0336131;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205028;STB=0.594918;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0030106;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:6:11:7:8:6:11 chr12 122186268 . C T 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0198905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6932;QD=15.9141;RBI=0.0554468;REFB=0.0108445;REVB=0.0517563;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00581108;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:6:9:8:5:6:9 chr12 122186317 . G A 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0579062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6649;QD=12.2113;RBI=0.0608569;REFB=0.0132;REVB=0.01872;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764642;STB=0.544956;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0111515;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:7:15:8:5:7:15 chr12 122234089 . T A 776.61 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764799;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4055;QD=64.7174;RBI=0.078094;REFB=0;REVB=0.0157958;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182326;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr12 122243905 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.645;QD=60.883;RBI=0.0574034;REFB=0;REVB=0.0196326;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63051e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr12 122248582 . C G 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.03168e-08;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=373.229;QD=49.6934;RBI=0.0139676;REFB=0;REVB=0.0139676;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07027e-05;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:17:0:0:0:17:0:0:0 chr12 122261456 . G A 732.46 PASS AF=0.48125;AO=73;DP=162;FAO=77;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0212689;FXX=0.0123449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.457;QD=18.3114;RBI=0.0224717;REFB=-0.0649526;REVB=-0.00725339;RO=63;SAF=29;SAR=44;SRF=13;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176296;STB=0.502702;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0500651;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:63:83:73:77:0.48125:44:29:13:50:46:31:33:50 chr12 122265739 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00387468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.413;QD=14.9479;RBI=0.0233359;REFB=-0.0142441;REVB=0.0230119;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233693;STB=0.63214;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0208643;OID=.;OPOS=122265739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:26:16:19:12:26:16 chr12 122295335 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9974;QD=62.3491;RBI=0.0386251;REFB=0;REVB=-0.000290862;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371358;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr12 122326812 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.935;QD=54.517;RBI=0.034953;REFB=0;REVB=-0.0231805;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108419;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr12 122353789 . A AG 34.17 PASS AF=0.367347;AO=8;DP=51;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0862613;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.76393;QD=2.78922;RBI=0.244837;REFB=-0.120178;REVB=-0.229137;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246785;STB=0.581518;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=0.116986;OID=.;OPOS=122353790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:8:51:18:49:31:7:11:16:15:34:43:5:3:18:25 chr12 122353796 . A G 113.28 PASS AF=0.3;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0813834;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.3182;QD=9.06225;RBI=0.0836509;REFB=-0.034403;REVB=-0.0193447;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339053;STB=0.772729;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.059421;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:50:29:35:14:15:0.3:11:3:14:15:12:3:20:15 chr12 122355716 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.325;QD=64.415;RBI=0.024899;REFB=0;REVB=-0.00191848;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22701e-05;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr12 122369762 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0408156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6515;QD=13.314;RBI=0.0415746;REFB=0.00270966;REVB=-0.0079081;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203854;STB=0.616916;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00875129;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:20:13:13:9:20:13 chr12 122372176 . C T 245.22 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0106674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.137;QD=15.5697;RBI=0.0240093;REFB=-0.00597309;REVB=0.0215094;RO=35;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143382;STB=0.581335;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0089632;OID=.;OPOS=122372176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:9:19:19:16:9:19:19:16 chr12 122372183 . G A 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00505989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6209;QD=17.7906;RBI=0.0218082;REFB=-0.00522547;REVB=0.0212131;RO=33;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159519;STB=0.589573;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00616912;OID=.;OPOS=122372183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:10:21:17:16:10:21:17:16 chr12 122386948 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00112449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.725;QD=19.3861;RBI=0.00525226;REFB=-0.00741488;REVB=-0.00513048;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00500653;OID=.;OPOS=122386948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:12:9:10:10:12:9 chr12 122396395 . C T 455.31 PASS AF=0.403101;AO=51;DP=128;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00168471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.451;QD=14.1182;RBI=0.00858938;REFB=-0.00533668;REVB=0.00842254;RO=77;SAF=24;SAR=27;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244426;STB=0.507607;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00741444;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:77:77:51:52:0.403101:27:24:38:39:27:25:38:39 chr12 122405912 . G T 143.37 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0631961;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3394;QD=13.9872;RBI=0.0840124;REFB=0.0111475;REVB=-0.0553564;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208797;STB=0.632417;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0229498;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:25:16:16:0.390244:11:5:13:13:11:5:13:12 chr12 122468687 . C T 127.97 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.013414;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.167;QD=18.9582;RBI=0.023386;REFB=-0.010983;REVB=-0.0191564;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00876389;OID=.;OPOS=122468687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:6:7:8:6:6:7 chr12 122497001 . T C 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0041897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.749;QD=62.0197;RBI=0.013394;REFB=0.0614153;REVB=0.0127219;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=6.34264e-06;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:0:1:40:53:0:1 chr12 122623000 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.599;QD=54.5177;RBI=0.0200586;REFB=0;REVB=0.0149977;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112108;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr12 122626842 . G A 1483.09 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0015387;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6763;QD=58.1606;RBI=0.0156561;REFB=0.0670318;REVB=0.0155803;RO=1;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958321;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-6.8385e-05;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:100:101:0.990196:49:51:0:1:50:51:0:1 chr12 122627371 . G A 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.403;QD=63.3342;RBI=0.0117082;REFB=0;REVB=-0.00704796;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27443e-05;OID=.;OPOS=122627371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr12 122628219 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.6;QD=59.6795;RBI=0.0157132;REFB=0;REVB=0.00472437;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63145e-05;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr12 122628516 . A T 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0315328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3687;QD=57.8329;RBI=0.0371043;REFB=-0.0527872;REVB=0.0195554;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00114103;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:0:1:39:30:0:1 chr12 122657271 . G C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0193382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.516;QD=16.4266;RBI=0.0196709;REFB=-0.0124178;REVB=0.0036029;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119431;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.015964;OID=.;OPOS=122657271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:6:5:6:4:6:5:7:4 chr12 122674032 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.788;QD=59.8392;RBI=0.00950726;REFB=0;REVB=0.0028973;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116983;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr12 122674758 . G A 1102.04 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154454;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0399;QD=60.3855;RBI=0.0158718;REFB=0;REVB=0.0036539;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149466;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr12 122691738 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.748;QD=59.8394;RBI=0.080817;REFB=0;REVB=0.0572531;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586736;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 122812503 . G C 83.58 PASS AF=0.625;AO=4;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0302087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.514;QD=20.8941;RBI=0.0434733;REFB=-0.0456216;REVB=-0.0312629;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320004;STB=0.749373;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0265164;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:4:10:0.625:1:3:2:3:1:9:3:3 chr12 122989235 . A C 895.83 PASS AF=0.450704;AO=89;DP=206;FAO=96;FDP=213;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=-7.85797e-06;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9766;QD=16.823;RBI=0.108414;REFB=-0.00440706;REVB=0.108414;RO=117;SAF=41;SAR=48;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130994;STB=0.588904;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.015138;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:213:117:117:89:96:0.450704:48:41:69:48:55:41:69:48 chr12 123087442 . A G 363.02 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.283;QD=53.7813;RBI=0.119988;REFB=0;REVB=0.00700159;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756242;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:19:27:1:15:4:0:0:15:12:0:0 chr12 123105143 . C T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000298542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.531;QD=22.583;RBI=0.000523357;REFB=0.00303762;REVB=0.000429855;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137598;STB=0.576864;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00422657;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:10:14:11:15:10:14 chr12 123185864 . A G 156.25 PASS AF=0.1875;AO=27;DP=144;FAO=27;FDP=144;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.00287869;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.983;QD=4.34018;RBI=0.0532226;REFB=-0.00155761;REVB=-0.0531447;RO=116;SAF=14;SAR=13;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126434;STB=0.511571;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00686905;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:116:117:27:27:0.1875:13:14:59:57:13:14:59:58 chr12 123185962 . T G 35.18 PASS AF=0.0745342;AO=12;DP=160;FAO=12;FDP=161;FR=.;FRO=149;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=84;FWDB=-0.0167394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9816;QD=0.874042;RBI=0.0172643;REFB=0.00481544;REVB=-0.00422472;RO=147;SAF=5;SAR=7;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211352;STB=0.518488;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0636552;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:160:161:147:149:12:12:0.0745342:7:5:64:83:7:5:65:84 chr12 123200247 . G C 1625.83 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.002;QD=59.121;RBI=0.025417;REFB=-0.0611527;REVB=-0.0214442;RO=1;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117188;STB=0.506172;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00018541;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:40:69:0:1:40:69:0:1 chr12 123200693 . A G 113.02 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0110041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6582;QD=10.2746;RBI=0.071036;REFB=-0.0107659;REVB=-0.0701786;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193054;STB=0.615223;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0262565;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:12:18:6:8:12:18 chr12 123200768 . T G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00245567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.384;QD=15.1533;RBI=0.00661908;REFB=0.00342601;REVB=-0.0061467;RO=43;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044849;STB=0.502536;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00493222;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:14:18:24:19:14:18:24:19 chr12 123200937 . T G 326.53 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0169429;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9366;QD=29.0244;RBI=0.0197278;REFB=-0.0151678;REVB=-0.0101058;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135472;STB=0.507457;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0130657;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:11:17:10:7:11:17:10:7 chr12 123253852 . T C 123.86 PASS AF=0.156863;AO=24;DP=153;FAO=24;FDP=153;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=48;FWDB=0.0143833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3983;QD=3.23806;RBI=0.0704565;REFB=-0.00738544;REVB=0.0689727;RO=125;SAF=20;SAR=4;SRF=80;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308649;STB=0.720012;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0169272;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:125:129:24:24:0.156863:4:20:80:45:4:20:81:48 chr12 123253856 . C CAT,T 1947.25 PASS AF=0.668712,0.233129;AO=104,38;DP=163;FAO=109,38;FDP=163;FR=.;FRO=16;FSAF=72,26;FSAR=37,12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.016256,-0.0349624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=160.183,66.5761;QD=47.7853;RBI=0.0167678,0.0872626;REFB=-0.0526249,0.0163434;REVB=-0.00411084,-0.0799525;RO=17;SAF=70,26;SAR=34,12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0425297,0.0976562;STB=0.522576,0.560312;STBP=0.205,0.211;TYPE=ins,snp;VARB=0.0150957,0.0310201;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:163:163:17:16:104,38:109,38:0.668712,0.233129:34,12:70,26:9:8:37,12:72,26:8:8 chr12 123333065 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5688;QD=56.956;RBI=0.0573529;REFB=0;REVB=0.0531631;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593281;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr12 123339931 . GC G,GG 184.88 PASS AF=0.371429,0.371429;AO=12,12;DP=36;FAO=13,13;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=9,0;FSAR=4,13;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.200868,-0.0610941;FXX=0.0540395;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.3169,21.679;QD=21.1293;RBI=0.202066,0.0819906;REFB=-0.117233,-0.0628097;REVB=0.021967,0.0546806;RO=10;SAF=10,0;SAR=2,12;SRF=1;SRR=9;SSEN=0.513514,0;SSEP=0,0;SSSB=0.58125,-0.78088;STB=0.692011,0.998589;STBP=0.057,0.06;TYPE=del,snp;VARB=0.124553,0.00345576;OID=.,.;OPOS=123339932,123339932;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.371429,0.371429:12,12:36:13,13:35:9:9,0:4,13:2:7:67:10:10,0:2,12:1:9 chr12 123340453 . G GC 214.61 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0098;QD=47.6917;RBI=0.0814038;REFB=0;REVB=0.0773613;RO=3;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00384964;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:19:18:18:0:12:6:0:0:4:3:9:6:2:1 chr12 123345736 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.495;QD=55.6561;RBI=0.0167668;REFB=0;REVB=0.0163218;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42418e-05;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr12 123432001 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0688946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.774;QD=14.262;RBI=0.0725685;REFB=0.00234681;REVB=-0.0227973;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.590788;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00414939;OID=.;OPOS=123432001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:12:4:8:15:12:4:9:15 chr12 123460823 . A G 1470.88 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.292;QD=61.9316;RBI=0.0661071;REFB=0.0330185;REVB=0.0611463;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=2.25173e-05;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:93:94:0.989474:47:46:0:0:48:46:1:0 chr12 123469647 . G T 1625.1 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.702;QD=60.1889;RBI=0.0123897;REFB=0;REVB=0.0123343;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67161e-06;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:63:44:0:0:64:44:0:0 chr12 123645803 . G A 1642.57 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.851;QD=60.2777;RBI=0.0392914;REFB=0;REVB=0.00719863;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65277e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:50:58:0:0:50:59:0:0 chr12 123664514 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.481;QD=56.1916;RBI=0.0231539;REFB=0;REVB=0.0228137;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121273;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 123665695 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.063041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.223;QD=55.5195;RBI=0.06362;REFB=-0.0248893;REVB=0.00856387;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000563946;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:1:0:22:11:1:0 chr12 123746357 . C G 654.56 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531098;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5755;QD=62.339;RBI=0.0553746;REFB=0;REVB=-0.015675;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119069;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr12 123789056 . T G 701.28 PASS AF=0.625;AO=65;DP=104;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00963775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.475;QD=26.9723;RBI=0.0316935;REFB=-0.0213414;REVB=0.0301926;RO=37;SAF=30;SAR=35;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238284;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:37:39:65:65:0.625:35:30:17:20:35:30:18:21 chr12 123794104 . G T 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0153501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.804;QD=13.4148;RBI=0.0159311;REFB=-0.0019433;REVB=0.00426334;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635555;STB=0.536394;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00164587;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:17:20:15:10:17:20 chr12 123799938 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00759752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7621;QD=18.6423;RBI=0.0149492;REFB=0.0218303;REVB=-0.0128746;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202661;STB=0.615272;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0258708;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:11:13:7:14:11:13 chr12 123799974 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.507;QD=61.3359;RBI=0.0573286;REFB=0;REVB=0.0367236;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042181;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr12 123810873 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0301322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.575;QD=18.6449;RBI=0.0305364;REFB=0.00236381;REVB=-0.00495242;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.66642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00369677;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:8:5:10:4:8:5 chr12 123879666 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00716608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.849;QD=17.588;RBI=0.0103255;REFB=-0.00251237;REVB=0.00743399;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702579;STB=0.539964;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00347866;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:16:12:11:11:16:12 chr12 123879668 . G C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0272739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.192;QD=18.036;RBI=0.0273449;REFB=-0.00389629;REVB=-0.00196923;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314148;STB=0.530585;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00163054;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:10:11:15:12:11:11:15:12 chr12 123879768 . AA CG 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00269506;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.167;QD=10.0752;RBI=0.0194212;REFB=0.0133379;REVB=0.0192333;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=mnp;VARB=-0.016955;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr12 123889486 . G C 58.0 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0123569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.545;QD=2.1284;RBI=0.0669932;REFB=-0.00550921;REVB=-0.0658437;RO=94;SAF=7;SAR=6;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600208;STB=0.552033;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0356432;OID=.;OPOS=123889486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:107:109:94:96:13:13:0.119266:6:7:46:48:6:7:46:50 chr12 123889492 . A C 85.66 PASS AF=0.151786;AO=17;DP=113;FAO=17;FDP=112;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0192981;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.641;QD=3.05917;RBI=0.0193699;REFB=-0.00740753;REVB=0.00166558;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919317;STB=0.570741;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0190779;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:113:112:95:95:17:17:0.151786:10:7:46:49:10:7:47:48 chr12 123892095 . T C 111.92 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0311448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.508;QD=5.20542;RBI=0.0313498;REFB=-0.0011703;REVB=0.00357927;RO=68;SAF=6;SAR=12;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123662;STB=0.578423;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00794633;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:68:18:18:0.209302:12:6:29:39:12:6:29:39 chr12 123892186 . T C 139.08 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-5.66769e-05;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.146;QD=10.3021;RBI=0.00221888;REFB=-0.0111226;REVB=0.00221816;RO=37;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088613;STB=0.540495;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0205893;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:37:36:18:18:0.333333:12:6:15:22:12:6:14:22 chr12 123892235 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0210011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.527;QD=8.30736;RBI=0.0242037;REFB=0.00636711;REVB=-0.0120323;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163863;STB=0.510178;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0654116;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:7:11:5:3:7:11 chr12 123892590 . C T 229.06 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0284486;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.158;QD=11.5979;RBI=0.0292313;REFB=-0.0105541;REVB=-0.00671942;RO=51;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132299;STB=0.576829;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0210233;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:19:9:22:29:19:9:22:29 chr12 123892628 . T C 237.96 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0371173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9623;QD=11.6077;RBI=0.0466787;REFB=-0.0161049;REVB=-0.0283056;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508774;STB=0.529391;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0306356;OID=.;OPOS=123892628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:15:14:28:25:15:14:28:25 chr12 123892824 . C T 181.29 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00945323;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.54;QD=40.286;RBI=0.0155754;REFB=-0.0578552;REVB=0.0123786;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.553121;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.000977045;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:18:1:2:16:16:0.888889:13:3:1:0:13:3:1:1 chr12 123893830 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.000507419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.012;QD=18.7115;RBI=0.00420571;REFB=-0.00475039;REVB=0.00417499;RO=19;SAF=2;SAR=16;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185965;STB=0.607458;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00970514;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:16:2:4:15:16:2:4:15 chr12 123983163 . C A 145.67 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0111063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.199;QD=16.1859;RBI=0.0133224;REFB=-0.00698647;REVB=0.0073577;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.628859;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00770691;OID=.;OPOS=123983163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:15:16:0.444444:11:4:8:11:12:4:9:11 chr12 124008073 . A G 1387.43 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0023589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.442;QD=60.3232;RBI=0.0132292;REFB=-0.137713;REVB=-0.0130172;RO=2;SAF=38;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242893;STB=0.512818;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000185163;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:52:38:2:0:52:38:2:0 chr12 124069213 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7602;QD=55.0959;RBI=0.0289947;REFB=0;REVB=-0.00666527;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558314;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 124090453 . A G 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000294347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.535;QD=58.7315;RBI=0.000770848;REFB=-0.0243283;REVB=0.000712437;RO=1;SAF=31;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637073;STB=0.503355;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000610645;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:74:31:0:1:74:31:0:1 chr12 124097766 . A G 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0320643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.381;QD=26.3387;RBI=0.0322093;REFB=0.00298905;REVB=0.00305277;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403141;STB=0.522368;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00557896;OID=.;OPOS=124097766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:6:9:15:8:6:9 chr12 124101269 . C T 300.21 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0122505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.751;QD=16.4499;RBI=0.0154101;REFB=-0.016674;REVB=-0.00934868;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585114;STB=0.532869;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0230269;OID=.;OPOS=124101269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:17:23:17:16:17:23 chr12 124101347 . G C 362.04 PASS AF=0.645833;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0247288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.004;QD=30.1703;RBI=0.0249295;REFB=0.00706985;REVB=-0.00315705;RO=17;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757798;STB=0.535496;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00107517;OID=.;OPOS=124101347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:17:30:31:0.645833:16:14:6:11:17:14:6:11 chr12 124144395 . A G 442.86 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00311063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.974;QD=22.7107;RBI=0.00445024;REFB=0.00203043;REVB=0.00318254;RO=34;SAF=18;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300702;STB=0.52189;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00120107;OID=.;OPOS=124144395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:35:43:43:0.551282:25:18:13:21:25:18:13:22 chr12 124144572 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TTCTTTTTTTTT 124.99 PASS AF=0,0.828571,0.171429,0;AO=4,17,2,2;DP=37;FAO=0,29,6,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0,0;FSAR=0,11,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747457,0.168464,0.0904374,0.0362852;FXX=0.0789266;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,1,3;MLLD=7.51288,5.0931,16.9166,22.4032;QD=14.284;RBI=0.240931,0.468374,0.254349,0.0612227;REFB=0.159781,0.122138,0.101372,0.114966;REVB=-0.229043,-0.437028,-0.237728,-0.0493114;RO=5;SAF=2,12,0,0;SAR=2,5,2,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0874326,0.0511849,-0.64233,-0.64233;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.00730626,0.0286282,-0.181143,0.048627;OID=.,.,.,.;OPOS=124144573,124144573,124144583,124144572;OREF=TT,T,T,CTT;OALT=-,-,A,TTC;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TTCTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:21:37:35:5:0:4,17,2,2:0,29,6,0:0,0.828571,0.171429,0:2,5,2,2:2,12,0,0:3:2:0,11,6,0:0,18,0,0:0:0 chr12 124179417 . T C 256.84 PASS AF=0.545455;AO=22;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0177832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.488;QD=23.3494;RBI=0.0179739;REFB=-0.00551889;REVB=0.00261117;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202833;STB=0.586395;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0034625;OID=.;OPOS=124179417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:20:20:22:24:0.545455:13:9:13:7:13:11:13:7 chr12 124181049 . C T 711.05 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0107379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0129;QD=18.1158;RBI=0.0435825;REFB=-0.0089789;REVB=0.042239;RO=82;SAF=35;SAR=40;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108289;STB=0.559744;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00995705;OID=.;OPOS=124181049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:82:75:75:0.477707:40:35:29:53:40:35:29:53 chr12 124209332 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.01709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.23;QD=16.4265;RBI=0.0172318;REFB=-0.0157671;REVB=-0.00220659;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.560337;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0162666;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:2:9:8:3:2:9 chr12 124210782 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=0.00886462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.885;QD=9.53621;RBI=0.0298872;REFB=-0.00150153;REVB=0.0285423;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32577;STB=0.695407;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0045483;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:4:8:23:3:4:8:24:3 chr12 124229429 . T C 657.99 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0398093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.441;QD=23.0875;RBI=0.0400705;REFB=-0.0103957;REVB=-0.00456816;RO=50;SAF=19;SAR=45;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589323;STB=0.532279;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00816006;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:64:64:0.561404:45:19:18:32:45:19:18:32 chr12 124243707 . T C 171.24 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0566705;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.068;QD=10.8726;RBI=0.0566893;REFB=-0.00621582;REVB=0.00145955;RO=39;SAF=6;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281163;STB=0.68068;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00816063;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:16:6:20:19:16:6:22:19 chr12 124265687 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.4;QD=57.7075;RBI=0.0190209;REFB=0;REVB=0.0114454;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19726e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr12 124267703 . T C 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.852;QD=63.1942;RBI=0.0389441;REFB=0;REVB=0.0371508;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106341;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr12 124274474 . A G 1747.82 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865264;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.534;QD=61.3272;RBI=0.0199917;REFB=0;REVB=0.0180222;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38686e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chr12 124824721 . C T 74.43 PASS AF=0.24;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00933666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.4864;QD=11.9085;RBI=0.0297249;REFB=-0.0105328;REVB=-0.0282204;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489794;STB=0.845038;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0468883;OID=.;OPOS=124824721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:27:25:17:15:6:6:0.24:1:5:7:10:1:5:5:10 chr12 124826462 . C T 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0105676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6335;QD=17.9902;RBI=0.0107538;REFB=-0.0192718;REVB=-0.00199279;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124366;STB=0.576419;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0242396;OID=.;OPOS=124826462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:14:15:19:10:14:15:20:10 chr12 124829234 . C T 1087.92 PASS AF=0.516432;AO=106;DP=212;FAO=110;FDP=213;FR=.;FRO=103;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.00440857;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.887;QD=20.4304;RBI=0.0284587;REFB=-0.0133137;REVB=0.0281151;RO=102;SAF=53;SAR=53;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701629;STB=0.535561;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0171229;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:102:103:106:110:0.516432:53:53:59:43:54:56:60:43 chr12 124829255 . A G 793.1 PASS AF=0.485549;AO=64;DP=177;FAO=84;FDP=173;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0115977;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.013;QD=18.3375;RBI=0.0116111;REFB=-0.0197649;REVB=-0.00055892;RO=87;SAF=14;SAR=50;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367672;STB=0.569903;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0196446;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:173:87:89:64:84:0.485549:50:14:47:40:50:34:48:41 chr12 124856618 . A G 707.03 PASS AF=0.492958;AO=69;DP=141;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0394895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.027;QD=19.9162;RBI=0.0416664;REFB=-0.0252509;REVB=0.0132916;RO=70;SAF=31;SAR=38;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725299;STB=0.543185;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0250767;OID=.;OPOS=124856618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:70:72:69:70:0.492958:38:31:37:33:39:31:38:34 chr12 124887096 . T C 32.38 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.178097;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.196;QD=11.7729;RBI=0.216926;REFB=-0.00292952;REVB=-0.123849;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596316;STB=0.873803;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00352267;OID=.;OPOS=124887096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:11:11:5:6:5:5:0.454545:1:4:0:5:1:4:0:6 chr12 124968349 . T C 388.5 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0925;QD=53.5858;RBI=0.0654453;REFB=-0.0188507;REVB=0.0653749;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481319;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:14:15:0:0 chr12 125270773 . A G 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.307;QD=59.9242;RBI=0.0524734;REFB=0;REVB=0.0492265;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91136e-05;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:64:41:0:0:64:41:0:0 chr12 125284748 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.381;QD=55.0939;RBI=0.0119705;REFB=0;REVB=0.0100748;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47022e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr12 125298877 . G A 394.0 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=102;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=5.44512e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.957;QD=15.3009;RBI=0.0273712;REFB=-0.00317141;REVB=0.0273712;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953493;STB=0.553889;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00456656;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:58:44:45:0.436893:25:19:30:27:26:19:30:28 chr12 125324553 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.581;QD=33.4285;RBI=0.0062516;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87849e-05;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 125386076 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.563;QD=51.1842;RBI=0.0145751;REFB=0;REVB=0.0136319;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295857;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr12 125386091 . A G 56.2 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0393105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3682;QD=11.2392;RBI=0.110462;REFB=-0.0109008;REVB=-0.103231;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.670319;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00718165;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:9:12:8:8:0.4:3:5:4:5:3:5:4:8 chr12 125386114 . T A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0127978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.212;QD=14.7989;RBI=0.0369454;REFB=-0.00350857;REVB=-0.034658;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388826;STB=0.726859;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00182294;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:4:9:3:8:4:9 chr12 125397750 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9272;QD=59.434;RBI=0.0377778;REFB=0;REVB=-0.0275095;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20026e-05;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr12 125398500 . G A 48.76 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0778333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.804;QD=15.0026;RBI=0.0808942;REFB=-0.0393293;REVB=0.0220419;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0219089;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:6:6:7:0.538462:1:5:3:4:2:5:3:3 chr12 125398517 . G A 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0332597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.918;QD=12.7319;RBI=0.0336933;REFB=-0.00845219;REVB=-0.00538758;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153362;STB=0.609128;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0140807;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:3:5:7:2:3:5:8:2 chr12 125398733 . C T 194.91 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0375378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9369;QD=24.3642;RBI=0.0375501;REFB=-0.0349327;REVB=0.000957862;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161584;STB=0.571352;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0161701;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:12:6:7:6:12:7:7:6 chr12 125399068 . C T 258.58 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0596572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2406;QD=16.4175;RBI=0.0607046;REFB=-0.0292484;REVB=0.0112278;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399695;STB=0.522487;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0350313;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:15:19:15:14:15:19 chr12 125399150 . G A 495.49 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0156438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6845;QD=16.3797;RBI=0.0547574;REFB=-0.0386261;REVB=-0.0524752;RO=67;SAF=32;SAR=22;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129714;STB=0.572459;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0388064;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:22:32:31:36:22:32:31:36 chr12 125399286 . C T 376.83 PASS AF=0.5;AO=33;DP=73;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0591207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.787;QD=18.8414;RBI=0.0850195;REFB=-0.0390312;REVB=0.0610987;RO=38;SAF=10;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272917;STB=0.644662;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0398075;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:38:40:33:40:0.5:23:10:22:16:28:12:23:17 chr12 125399734 . ATTTTT ATTTT,ATTTTG 52.66 PASS AF=0.407407,0;AO=9,2;DP=27;FAO=11,0;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2,0;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0772072,-0.0373094;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.9573,18.3003;QD=7.80103;RBI=0.138457,0.103823;REFB=-0.0895925,-0.0899039;REVB=-0.114932,-0.0968881;RO=13;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.403072,-0.513867;STB=0.611425,0.5;STBP=0.43,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0949586,0.11924;OID=.,.;OPOS=125399735,125399739;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=ATTTT,ATTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0:9,2:27:11,0:27:16:2,0:9,0:5:11:51:13:1,0:8,2:5:8 chr12 125424184 . G C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0206607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1604;QD=13.336;RBI=0.0626486;REFB=-0.0151024;REVB=-0.0591437;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106613;STB=0.562416;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0222232;OID=.;OPOS=125424184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:12:12:9:6:12:12 chr12 125424510 . T A 247.39 PASS AF=0.459016;AO=25;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0155844;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.528;QD=16.222;RBI=0.0156557;REFB=0.00890331;REVB=-0.00149214;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278959;STB=0.553361;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00779634;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:33:25:28:0.459016:12:13:22:5:12:16:22:11 chr12 125434580 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.008;QD=64.4154;RBI=0.071264;REFB=0;REVB=0.0669329;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158527;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr12 125434716 . G A 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00768141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.278;QD=17.5539;RBI=0.025449;REFB=-0.0290091;REVB=-0.0242621;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259906;STB=0.514533;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0271894;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:15:21:25:16:15:21:25:16 chr12 125437019 . T C 889.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523663;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7069;QD=58.2983;RBI=0.0609817;REFB=0;REVB=0.0312497;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3429e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:31:30:0:0 chr12 125438516 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.121;QD=58.9617;RBI=0.0214382;REFB=0;REVB=-0.00347052;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5209e-05;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:42:24:0:0 chr12 125438523 . C T 990.99 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3786;QD=59.1633;RBI=0.0748768;REFB=0;REVB=0.0579609;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495785;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:42:25:0:0 chr12 125448960 . C T 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0135676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.907;QD=26.5702;RBI=0.0149541;REFB=-0.0262131;REVB=-0.00628845;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445999;STB=0.524674;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0175188;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:9:11:17:11:9:11 chr12 125467158 . C T 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0219762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.431;QD=17.8245;RBI=0.0222454;REFB=-0.00340984;REVB=-0.00345001;RO=48;SAF=14;SAR=27;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274331;STB=0.65339;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00608088;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:27:14:30:18:27:14:30:18 chr12 125562809 . G A 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.263;QD=57.2345;RBI=0.0294071;REFB=0;REVB=-0.0292;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07395e-05;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr12 125834395 . T C 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.000675592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1185;QD=17.8;RBI=0.0244654;REFB=0.00527782;REVB=0.0244561;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436773;STB=0.754074;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00359693;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:14:6:18:5:14:6:19:5 chr12 126068417 . T C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.744;QD=60.0765;RBI=0.027511;REFB=0;REVB=0.00933038;RO=0;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16649e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:43:64:0:0:43:64:0:0 chr12 126139164 . G A 286.65 PASS AF=0.366667;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0018651;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.292;QD=12.7399;RBI=0.0575603;REFB=-0.011088;REVB=-0.0575301;RO=61;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295334;STB=0.636281;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0185525;OID=.;OPOS=126139164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:61:57:32:33:0.366667:11:21:24:37:12:21:24:33 chr12 126139525 . G A 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0139435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.499;QD=26.5496;RBI=0.0182556;REFB=-0.0242498;REVB=0.0117833;RO=19;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25413;STB=0.638219;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00598804;OID=.;OPOS=126139525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:17:15:2:17:17:15:2:17 chr12 126141879 . ACCCG ACCCGTG,ACCGC,ACCG,ACC 129.02 PASS AF=0.4,0,0,0.3;AO=5,2,3,4;DP=22;FAO=8,0,0,6;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0,0,3;FSAR=7,0,0,3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.072714,-0.0860357,-0.289955,-0.213731;FXX=0.0908678;HRUN=1,3,3,3;LEN=2,2,1,2;MLLD=44.0703,73.8533,9.82121,91.4103;QD=25.8042;RBI=0.0925166,0.194493,0.386792,0.232294;REFB=-0.233861,-0.127514,-0.312214,-0.190297;REVB=0.0572013,-0.174428,-0.255996,-0.0909903;RO=1;SAF=0,0,2,3;SAR=5,2,1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.560811,0.560811;SSSB=-0.767767,-0.697199,-0.163246,-0.119989;STB=0.736128,0.5,0.5,0.5;STBP=0.123,1,1,1;TYPE=ins,mnp,del,del;VARB=0.212549,0,0,0.1019;OID=.,.,.,.;OPOS=126141883,126141882,126141880,126141882;OREF=-,CG,C,CG;OALT=GT,GC,-,-;OMAPALT=ACCCGTG,ACCGC,ACCG,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.4,0,0,0.3:5,2,3,4:22:8,0,0,6:20:6:1,0,0,3:7,0,0,3:3:3:47:1:0,0,2,3:5,2,1,1:1:0 chr12 127068865 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.686;QD=51.9154;RBI=0.0138155;REFB=0;REVB=0.0135638;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141805;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr12 127068892 . C T 507.35 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.393;QD=56.3717;RBI=0.0283807;REFB=-0.00300881;REVB=-0.0247096;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00034897;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:0:1:22:13:0:1 chr12 127650467 . G C 4876.22 PASS AF=0.958333;AO=319;DP=335;FAO=322;FDP=336;FR=.;FRO=14;FSAF=160;FSAR=162;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0222303;FXX=0.00591698;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9429;QD=58.0502;RBI=0.0234073;REFB=0.00813601;REVB=-0.00732909;RO=13;SAF=158;SAR=161;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251847;STB=0.500129;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000206665;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:335:336:13:14:319:322:0.958333:161:158:6:7:162:160:7:7 chr12 127650471 . AT GG 5463.9 PASS AF=0.967742;AO=317;DP=372;FAO=360;FDP=372;FR=.;FRO=12;FSAF=195;FSAR=165;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0527721;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.284;QD=58.7516;RBI=0.0528364;REFB=-0.0353751;REVB=0.00260586;RO=12;SAF=154;SAR=163;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000987164;STB=0.501353;STBP=0.8;TYPE=mnp;VARB=0.00150223;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:372:372:12:12:317:360:0.967742:163:154:6:6:165:195:6:6 chr12 127650538 . A G 13500.2 PASS AF=0.971047;AO=868;DP=895;FAO=872;FDP=898;FR=.;FRO=26;FSAF=410;FSAR=462;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00506695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.561;QD=60.1346;RBI=0.0421045;REFB=-0.0148063;REVB=-0.0417985;RO=25;SAF=408;SAR=460;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267877;STB=0.501983;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0009093;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:895:898:25:26:868:872:0.971047:460:408:13:12:462:410:14:12 chr12 127650583 . T G 12051.5 PASS AF=0.975093;AO=781;DP=804;FAO=783;FDP=803;FR=.;FRO=20;FSAF=384;FSAR=399;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0386008;FXX=0.00124377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5441;QD=60.0322;RBI=0.040067;REFB=-0.041556;REVB=0.0107398;RO=21;SAF=384;SAR=397;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315529;STB=0.502253;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00241353;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:804:803:21:20:781:783:0.975093:397:384:9:12:399:384:8:12 chr12 127650599 . A G 9780.07 PASS AF=0.975347;AO=584;DP=601;FAO=633;FDP=649;FR=.;FRO=16;FSAF=308;FSAR=325;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.021361;FXX=0.00153844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.031;QD=60.2778;RBI=0.0222862;REFB=-0.032127;REVB=0.00635479;RO=14;SAF=268;SAR=316;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779632;STB=0.501211;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000581959;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:601:649:14:16:584:633:0.975347:316:268:4:10:325:308:7:9 chr12 127650616 . G A 949.71 PASS AF=0.244898;AO=144;DP=582;FAO=144;FDP=588;FR=.;FRO=444;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=187;FSRR=257;FWDB=-0.0448295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.534;QD=6.46062;RBI=0.0464829;REFB=-0.00155306;REVB=-0.0122872;RO=437;SAF=74;SAR=70;SRF=181;SRR=256;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126067;STB=0.569784;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00453823;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:588:437:444:144:144:0.244898:70:74:181:256:70:74:187:257 chr12 127650639 . A G 5731.65 PASS AF=0.969838;AO=286;DP=424;FAO=418;FDP=431;FR=.;FRO=13;FSAF=179;FSAR=239;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.037384;FXX=0.00231476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.878;QD=53.194;RBI=0.0483019;REFB=-0.0768756;REVB=0.0305861;RO=6;SAF=170;SAR=116;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105799;STB=0.501025;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00553093;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:424:431:6:13:286:418:0.969838:116:170:2:4:239:179:6:7 chr12 127650662 . T C 2007.44 PASS AF=0.970588;AO=128;DP=132;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00383262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.252;QD=59.0423;RBI=0.020159;REFB=0.0120161;REVB=0.0197913;RO=4;SAF=43;SAR=85;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105392;STB=0.505188;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000250505;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:136:4:4:128:132:0.970588:85:43:2:2:87:45:2:2 chr12 127650669 . A G 664.42 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00588488;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.031;QD=49.2162;RBI=0.021636;REFB=-0.0192758;REVB=0.0208203;RO=4;SAF=14;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372478;STB=0.519848;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00153488;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:54:4:4:50:50:0.925926:36:14:2:2:36:14:2:2 chr12 127650675 . G C 137.98 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.014268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.35;QD=29.0483;RBI=0.0163361;REFB=-0.0159767;REVB=0.0079556;RO=5;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100787;STB=0.50561;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00880362;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:11:3:1:4:11:3:1:4 chr12 127650883 . G T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00295899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.976;QD=30.7904;RBI=0.00805038;REFB=0.0230754;REVB=0.00748686;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.000985896;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:0:1:2:6:0:1 chr12 127650890 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00388064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.765;QD=34.6656;RBI=0.0360038;REFB=-0.0552135;REVB=-0.035794;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.004122;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr12 127650927 . TA T,TT 220.44 PASS AF=0.75,0.2;AO=15,4;DP=20;FAO=15,4;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13,2;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0424856,0.00301999;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.0947,23.0761;QD=44.0884;RBI=0.0557265,0.0199193;REFB=0.0460191,0.0339622;REVB=-0.0360612,-0.0196891;RO=1;SAF=13,2;SAR=2,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180145,0.166656;STB=0.599849,0.599516;STBP=0.092,0.523;TYPE=del,snp;VARB=-0.00127096,-0.0673382;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.2:15,4:20:15,4:20:1:13,2:2,2:0:1:21:1:13,2:2,2:0:1 chr12 128899673 . A G 387.34 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00746463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7994;QD=22.1338;RBI=0.00765909;REFB=-0.0187526;REVB=0.00171494;RO=31;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698623;STB=0.545001;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00655709;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:24:14:9:22:24:15:9:22 chr12 128900005 . G A 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00960194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.124;QD=28.1931;RBI=0.0111205;REFB=-0.0178226;REVB=0.00560973;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16688;STB=0.592509;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0079037;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:16:7:7:6:16:7:7:6 chr12 129153986 . G A 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.024151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.902;QD=14.6011;RBI=0.0241641;REFB=-0.0106917;REVB=0.000797409;RO=55;SAF=12;SAR=25;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670755;STB=0.538139;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0144908;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:25:12:21:34:25:12:21:34 chr12 129181810 . A G 2476.12 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.514;QD=60.7636;RBI=0.018415;REFB=-0.0188133;REVB=0.00820316;RO=1;SAF=87;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543825;STB=0.502857;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=9.46022e-05;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:75:87:1:0:75:87:1:0 chr12 129181834 . A G 2980.2 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3863;QD=63.4085;RBI=0.0393751;REFB=0;REVB=0.0158283;RO=0;SAF=97;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19267e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:187:188:1:90:97:0:0:91:97:0:0 chr12 129189941 . G A 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00706024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.772;QD=26.4935;RBI=0.0101814;REFB=-0.0142648;REVB=0.00733574;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121332;STB=0.567489;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00661582;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:6:3:9:8:6:3 chr12 129190021 . A G 365.22 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0596515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3162;QD=48.6964;RBI=0.0638197;REFB=-0.0617543;REVB=0.022686;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.541637;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0306866;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:27:28:0.933333:10:17:0:2:11:17:0:2 chr12 129190474 . G A 1015.92 PASS AF=0.602564;AO=94;DP=159;FAO=94;FDP=156;FR=.;FRO=62;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.010294;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.895;QD=26.0491;RBI=0.0152134;REFB=-0.00774612;REVB=-0.0112019;RO=60;SAF=56;SAR=38;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944361;STB=0.551751;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00482211;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:156:60:62:94:94:0.602564:38:56:28:32:38:56:29:33 chr12 129278864 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05852;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.9621;QD=44.6834;RBI=0.0984862;REFB=0;REVB=-0.0792145;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00712141;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr12 129298735 . C G 1697.96 PASS AF=0.908397;AO=114;DP=125;FAO=119;FDP=131;FR=.;FRO=12;FSAF=106;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.133105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5703;QD=51.846;RBI=0.133158;REFB=-0.126935;REVB=-0.00377818;RO=11;SAF=101;SAR=13;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272741;STB=0.531489;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0572343;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:125:131:11:12:114:119:0.908397:13:101:9:2:13:106:9:3 chr12 129298799 . T C 511.62 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0266025;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.738;QD=37.898;RBI=0.0296364;REFB=-0.0408706;REVB=-0.0130622;RO=12;SAF=21;SAR=22;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629921;STB=0.544021;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.010037;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:54:12:11:43:43:0.796296:22:21:4:8:22:21:3:8 chr12 129298848 . G A 1563.23 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.160423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0232;QD=57.8975;RBI=0.176375;REFB=-0.18118;REVB=0.0732972;RO=2;SAF=22;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154646;STB=0.502958;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00751516;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:108:2:1:106:107:0.990741:84:22:1:1:84:23:0:1 chr12 129299385 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.542;QD=63.2867;RBI=0.0249718;REFB=0;REVB=0.0163603;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27611e-06;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr12 129360498 . G A 724.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1926;QD=56.8087;RBI=0.140916;REFB=0;REVB=0.140875;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245375;OID=.;OPOS=129360498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:13:35:0:0:16:35:0:0 chr12 129431952 . C T 321.75 PASS AF=0.375;AO=40;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.014731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4017;QD=12.3751;RBI=0.0270444;REFB=-0.0183723;REVB=-0.0226803;RO=64;SAF=17;SAR=23;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984875;STB=0.545071;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0348823;OID=.;OPOS=129431952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:40:39:0.375:23:17:33:31:22:17:33:32 chr12 129559557 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00399101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.641;QD=9.99323;RBI=0.0133471;REFB=-0.00451081;REVB=-0.0127365;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441854;STB=0.526284;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00974927;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:14:22:11:6:14:22 chr12 129566406 . C T 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0203984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.931;QD=20.441;RBI=0.022467;REFB=-0.0251189;REVB=0.00941661;RO=35;SAF=28;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167224;STB=0.593168;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0249058;OID=.;OPOS=129566406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:10:28:20:15:10:28:20:15 chr12 130647709 . G C 1182.53 PASS AF=0.395833;AO=133;DP=336;FAO=133;FDP=336;FR=.;FRO=203;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=87;FSRR=116;FWDB=0.00724399;FXX=0.00591698;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.803;QD=14.0777;RBI=0.0126811;REFB=-0.0304991;REVB=-0.0104084;RO=203;SAF=58;SAR=75;SRF=87;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824996;STB=0.504623;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0494554;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:203:203:133:133:0.395833:75:58:87:116:75:58:87:116 chr12 130649543 . C G 954.85 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.934;QD=58.7601;RBI=0.028293;REFB=0;REVB=0.0107073;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140735;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr12 130650016 . G C 141.75 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0248098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.93;QD=8.09999;RBI=0.0253978;REFB=-0.0117675;REVB=0.00543365;RO=49;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605861;STB=0.528543;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0341898;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:50:20:20:0.285714:10:10:22:27:10:10:23:27 chr12 130650041 . G A 488.15 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00277874;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.08;QD=33.0946;RBI=0.0104857;REFB=-0.0106751;REVB=0.0101108;RO=16;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416258;STB=0.522498;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00266363;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:25:18:8:8:25:18:8:8 chr12 130650180 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00961867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.11;QD=11.8411;RBI=0.0118129;REFB=-0.00626247;REVB=0.00685754;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101406;STB=0.558815;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0112396;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:17:22:15:8:17:22 chr12 130841638 . G A 163.23 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00177393;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.84;QD=19.204;RBI=0.0110109;REFB=-0.00252644;REVB=0.010867;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574449;STB=0.531561;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00247977;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:16:17:0.5:10:6:7:9:11:6:7:10 chr12 130847389 . A G 1012.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224481;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.622;QD=59.5427;RBI=0.0307369;REFB=0;REVB=0.0209962;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224752;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:45:23:0:0 chr12 130912757 . C T 501.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1438;QD=58.9737;RBI=0.0271943;REFB=0;REVB=-0.0173266;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797834;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr12 130935796 . C G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0161825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.826;QD=18.6205;RBI=0.0182154;REFB=-0.01365;REVB=-0.00836219;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875159;STB=0.542792;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0129792;OID=.;OPOS=130935796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:15:22:19:19:15:22:20:19 chr12 130941150 . G C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00769334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.501;QD=12.9423;RBI=0.0101367;REFB=-0.0106476;REVB=0.00660034;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146645;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:10:15:9:6:10:15 chr12 131275484 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.65;QD=58.7816;RBI=0.00944688;REFB=0;REVB=0.00524457;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11258e-06;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr12 131276448 . G T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.095;QD=64.1538;RBI=0.0440151;REFB=0;REVB=0.0416206;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8582e-05;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr12 131296908 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.499;QD=44.6898;RBI=0.0296976;REFB=0;REVB=-0.0223097;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75325e-06;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr12 131299974 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.586;QD=59.8554;RBI=0.0187796;REFB=0;REVB=-0.0159389;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91302e-05;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr12 131306314 . C G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8329;QD=60.0298;RBI=0.0400705;REFB=0;REVB=0.031539;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049496;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr12 131466562 . T C 1011.58 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171966;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.178;QD=59.5047;RBI=0.0344551;REFB=0;REVB=0.0298569;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208461;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr12 131590404 . G A 315.83 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0136525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.942;QD=15.0396;RBI=0.0222798;REFB=-0.013489;REVB=-0.0176067;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124966;STB=0.576879;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0229174;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:35:35:0.416667:21:14:25:23:21:14:26:23 chr12 131620588 . A G 1083.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710818;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.921;QD=60.2112;RBI=0.125129;REFB=0;REVB=0.102979;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147283;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr12 131622690 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0515141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.616;QD=13.0912;RBI=0.0903842;REFB=-0.0236934;REVB=-0.0742671;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0486401;OID=.;OPOS=131622690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:11:9:6:7:11:9 chr12 131622735 . T C 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00818752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.419;QD=25.3675;RBI=0.0258115;REFB=-0.0344346;REVB=0.0244785;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171335;STB=0.509528;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0191524;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:7:7:10:11:7:7 chr12 131623730 . A C 1121.14 PASS AF=0.467213;AO=113;DP=242;FAO=114;FDP=244;FR=.;FRO=130;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.0115879;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.817;QD=18.3793;RBI=0.0180811;REFB=-0.00252156;REVB=0.0138797;RO=127;SAF=54;SAR=59;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522295;STB=0.502952;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00255204;OID=.;OPOS=131623730;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:127:130:113:114:0.467213:59:54:60:67:59:55:62:68 chr12 132237848 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.238;QD=52.6127;RBI=0.0829891;REFB=0;REVB=-0.00943558;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711773;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr12 132271113 . T C 1827.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587786;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.514;QD=61.4282;RBI=0.0110856;REFB=0;REVB=0.00939905;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388683;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr12 132285934 . G A 341.79 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0246369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4765;QD=30.3816;RBI=0.0280114;REFB=0.0137944;REVB=0.0133291;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00296699;STB=0.501628;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00684334;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:11:18:10:6:11:18:10:6 chr12 132325239 . G A 1933.58 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.236;QD=61.8744;RBI=0.0186577;REFB=0;REVB=0.0184956;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26227e-05;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr12 132396603 . C T 3148.28 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514598;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.819;QD=63.6016;RBI=0.0614731;REFB=-0.11156;REVB=0.0336278;RO=1;SAF=87;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332643;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:198:1:0:197:198:1:110:87:1:0:110:88:0:0 chr12 132400653 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0154928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.024;QD=13.5054;RBI=0.0159166;REFB=-0.0364326;REVB=-0.00364843;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882068;STB=0.551639;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0372717;OID=.;OPOS=132400653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:10:7:6:6:10:7 chr12 132402020 . T C 1894.94 PASS AF=0.928571;AO=119;DP=131;FAO=130;FDP=140;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0290181;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8499;QD=54.1412;RBI=0.0450335;REFB=-0.0118285;REVB=0.0344379;RO=10;SAF=46;SAR=73;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448563;STB=0.528405;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0116473;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:131:140:10:10:119:130:0.928571:73:46:1:9:83:47:0:10 chr12 132402021 . T C 32.53 PASS AF=0.080292;AO=9;DP=139;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=80;FWDB=-0.0172697;FXX=0.0283668;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.529;QD=0.949787;RBI=0.0219268;REFB=-0.0010773;REVB=-0.0135109;RO=127;SAF=0;SAR=9;SRF=44;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487355;STB=0.838539;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.149788;OID=.;OPOS=132402021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:139:137:127:126:9:11:0.080292:9:0:44:83:10:1:46:80 chr12 132403161 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.048;QD=58.7816;RBI=0.0433745;REFB=0;REVB=0.00485945;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51964e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr12 132406666 . G C 670.06 PASS AF=0.38806;AO=78;DP=202;FAO=78;FDP=201;FR=.;FRO=123;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0228851;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5413;QD=13.3345;RBI=0.0345359;REFB=-0.0276975;REVB=-0.025865;RO=122;SAF=39;SAR=39;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621434;STB=0.537304;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0399505;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:122:123:78:78:0.38806:39:39:54:68:39:39:54:69 chr12 132626668 . T C 198.75 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00512173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.65;QD=19.3902;RBI=0.0265105;REFB=-0.00955637;REVB=0.0260111;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175954;STB=0.582002;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0141251;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:5:15:11:8:5:15:13:8 chr12 132635521 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00019229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.222;QD=17.9561;RBI=0.0300828;REFB=-0.0262313;REVB=-0.0300822;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51218;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0236681;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:6:10:10:6:6:10:11:6 chr12 132682481 . T G 2338.59 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020071;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.043;QD=61.1396;RBI=0.0387457;REFB=0;REVB=0.0331419;RO=0;SAF=63;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25576e-05;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:89:63:0:0:90:63:0:0 chr12 132682484 . A G 2321.07 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.641;QD=61.0807;RBI=0.0375187;REFB=0;REVB=0.0230021;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43165e-05;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:87:64:0:0:88:64:0:0 chr12 132688137 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.73;QD=56.9569;RBI=0.0134818;REFB=0;REVB=-0.00773682;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28232e-05;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr12 133181399 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0341468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.678;QD=24.293;RBI=0.0346962;REFB=-0.00145222;REVB=-0.00614971;RO=13;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168217;STB=0.594489;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00056962;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:14:5:6:7:14:5:6:7 chr12 133182818 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00671547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.327;QD=19.4667;RBI=0.00971624;REFB=-0.0204743;REVB=0.00702194;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19783;STB=0.611664;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0180036;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:9:15:9:13:9:15 chr12 133196596 . T C 147.66 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00345158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.576;QD=17.8984;RBI=0.0526971;REFB=-0.0114886;REVB=0.0525839;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364105;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00884786;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:7:8:9:8:7:9:9:8 chr12 133201947 . T C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0218377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.446;QD=21.7464;RBI=0.0225352;REFB=0.00891088;REVB=0.00556309;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289242;STB=0.660882;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0133752;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:4:16:10:12:4:16 chr12 133202004 . C T 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0243976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.946;QD=15.7008;RBI=0.0270824;REFB=-0.0284201;REVB=0.0117564;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183537;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0234551;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:8:7:5:13:8:7:6:13 chr12 133208979 . T C 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0230882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.09;QD=17.3696;RBI=0.025755;REFB=-0.00760659;REVB=-0.011413;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844122;STB=0.541026;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00815816;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:20:24:34:20:20:24:34:21 chr12 133219831 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00669466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.602;QD=19.0767;RBI=0.0129038;REFB=-0.00245579;REVB=-0.0110313;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821288;STB=0.545679;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00197485;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:17:22:18:20:17:22 chr12 133236000 . C T 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.00974943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.998;QD=8.14835;RBI=0.010195;REFB=-0.0104428;REVB=0.0029809;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374831;STB=0.719738;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.035408;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:8:11:12:35:8:11:12:35 chr12 133306559 . G A 573.38 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0105356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.136;QD=26.0629;RBI=0.0166664;REFB=-0.0157956;REVB=-0.012914;RO=36;SAF=28;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910718;STB=0.549719;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0126571;OID=.;OPOS=133306559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:24:28:15:21:24:28:15:21 chr12 133306589 . C T 207.19 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=88;FAO=29;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0125573;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.934;QD=9.5259;RBI=0.0399902;REFB=-0.00331375;REVB=-0.0379675;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00719949;STB=0.649856;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00677952;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:58:9:29:0.333333:4:5:32:25:19:10:33:25 chr12 133306590 . G T 140.47 PASS AF=0.233333;AO=16;DP=83;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00210319;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.41;QD=6.2433;RBI=0.00494954;REFB=-0.00340284;REVB=-0.00448046;RO=67;SAF=2;SAR=14;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567065;STB=0.795141;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.016169;OID=.;OPOS=133306590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:90:67:69:16:21:0.233333:14:2:38:29:17:4:39:30 chr12 133318406 . G T 408.62 PASS AF=0.518987;AO=42;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00712455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2516;QD=20.6895;RBI=0.0435237;REFB=-0.00144188;REVB=-0.0429367;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138973;STB=0.566779;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000874255;OID=.;OPOS=133318406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:42:41:0.518987:17:25:16:21:17:24:17:21 chr12 133331537 . G A 406.96 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0204908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.805;QD=20.0969;RBI=0.0209;REFB=-0.0291068;REVB=-0.00411562;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784482;STB=0.543457;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0260678;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:21:20:16:24:21:20:16:24 chr12 133357412 . T C 613.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7262;QD=61.3468;RBI=0.0547814;REFB=0;REVB=0.0317356;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252157;OID=.;OPOS=133357412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr12 133363006 . G A 1084.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224388;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.502;QD=60.2444;RBI=0.0434148;REFB=0;REVB=0.0371664;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68583e-05;OID=.;OPOS=133363006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr12 133363376 . G T 686.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.341;QD=62.4135;RBI=0.0624451;REFB=0;REVB=0.0143432;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197958;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:19:22:0:0:19:25:0:0 chr12 133411987 . G C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.316;QD=62.9081;RBI=0.0284129;REFB=0;REVB=-0.0165859;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88184e-06;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr12 133417982 . T TAA 476.06 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823608;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=2;MLLD=36.6404;QD=50.1119;RBI=0.0832708;REFB=0;REVB=-0.012277;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000739706;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:40:38:38:0:15:23:0:0:8:2:11:22:2:0 chr12 133428242 . G A 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6292;QD=64.1492;RBI=0.159548;REFB=0;REVB=0.150043;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170868;OID=.;OPOS=133428242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr12 133433173 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8752;QD=62.9758;RBI=0.103083;REFB=0;REVB=-0.0992793;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203862;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr12 133634450 . A C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000625361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.63;QD=58.5856;RBI=0.0151892;REFB=0;REVB=0.0151763;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39876e-05;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr12 133664124 . G A 79.78 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0704517;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.819;QD=13.2963;RBI=0.0704553;REFB=-0.00755926;REVB=-0.000712978;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0152581;OID=.;OPOS=133664124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:24:13:14:9:10:0.416667:5:4:5:8:5:5:6:8 chr12 133682655 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.804;QD=47.8224;RBI=0.0297717;REFB=0;REVB=-0.0217024;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41632e-06;OID=.;OPOS=133682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr12 133683261 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.931;QD=59.8393;RBI=0.0300185;REFB=0;REVB=0.0299455;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101192;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr12 133683280 . AA TA,TT 618.0 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=39,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017395,0.001803;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=33.5254,13.5705;QD=57.4887;RBI=0.0150351,0.00456921;REFB=-0.0329842,-0.0352149;REVB=0.0149341,0.00419843;RO=2;SAF=24,2;SAR=15,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0111001,0.639851;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0131484,0.140182;OID=.,.;OPOS=133683280,133683280;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:43:2:0:39,2:41,2:0.953488,0.0465116:15,0:24,2:1:1:16,0:25,2:0:0 chr12 133683628 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.231;QD=62.0219;RBI=0.0173297;REFB=0;REVB=-0.0168828;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145065;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr12 133683750 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.473;QD=51.1846;RBI=0.0226241;REFB=0;REVB=0.022404;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35311e-05;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr12 133697130 . CA GG 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000116209;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.524;QD=61.0492;RBI=0.00156807;REFB=0;REVB=-0.00156376;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.19724e-06;OID=.;OPOS=133697130;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr12 133698537 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.513;QD=48.7372;RBI=0.0421771;REFB=0;REVB=0.00874131;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682428;OID=.;OPOS=133698537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr12 133768553 . A T 1045.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.31;QD=59.7171;RBI=0.0448358;REFB=0;REVB=0.0406069;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86822e-05;OID=.;OPOS=133768553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:41:27:0:0:42:28:0:0 chr12 133770096 . G A 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0116936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.244;QD=15.7376;RBI=0.0134289;REFB=-0.0104018;REVB=-0.00660276;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141093;STB=0.570776;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0125818;OID=.;OPOS=133770096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:15:14:22:13:15:14:22:14 chr12 133780851 . G C 179.79 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475352;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6042;QD=47.9427;RBI=0.0479984;REFB=0;REVB=0.00665188;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182272;OID=.;OPOS=133780851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr12 133781231 . GA G 518.45 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723975;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0601;QD=47.132;RBI=0.0777947;REFB=0;REVB=0.0284715;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00327406;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:45:44:44:0:25:19:0:0:9:0:25:19:0:0 chr12 133781428 . A C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.445;QD=63.3368;RBI=0.0101091;REFB=0;REVB=-0.00992226;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30373e-05;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr12 133781605 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.049;QD=57.3932;RBI=0.0341359;REFB=0.0782913;REVB=0.000104931;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00119458;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:0:1:21:16:0:1 chr12 133795960 . A G 697.77 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0333651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.98;QD=29.0739;RBI=0.033772;REFB=-0.0135412;REVB=0.0052268;RO=36;SAF=19;SAR=41;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117942;STB=0.564198;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00842813;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:36:60:60:0.625:41:19:17:19:41:19:17:19 chr12 133803551 . G C 323.97 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0142677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.936;QD=28.1713;RBI=0.0148238;REFB=-0.0483139;REVB=0.0040224;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22263;STB=0.621498;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0319562;OID=.;OPOS=133803551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:11:17:16:2:11:17:16:2 chr12 133808129 . C T 408.42 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0169855;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.851;QD=24.3833;RBI=0.0214674;REFB=-0.015868;REVB=0.0131279;RO=25;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512559;STB=0.502617;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00888492;OID=.;OPOS=133808129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:25:27:39:40:0.597015:19:20:13:12:19:21:14:13 chr12 133810703 . G C 346.0 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0694894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4743;QD=14.4165;RBI=0.0736537;REFB=-0.00955127;REVB=-0.0244148;RO=58;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120255;STB=0.568071;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0140629;OID=.;OPOS=133810703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:20:18:21:37:20:18:21:37 chr13 19600126 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.477;QD=51.182;RBI=0.0219379;REFB=0;REVB=-0.0217019;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110267;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr13 19600200 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.376;QD=51.1843;RBI=0.0565488;REFB=0;REVB=-0.0562517;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00096034;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr13 19600475 . C A 1437.76 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188477;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5848;QD=63.1982;RBI=0.020445;REFB=0;REVB=0.0079224;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196964;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr13 19999913 . G A 523.77 PASS AF=0.844444;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.034885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.945;QD=46.5575;RBI=0.0368919;REFB=-0.0362951;REVB=0.0120022;RO=7;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490272;STB=0.524679;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00794552;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:7:7:37:38:0.844444:27:10:1:6:28:10:1:6 chr13 19999968 . T C 617.59 PASS AF=0.877551;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.12339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0099;QD=50.4157;RBI=0.123551;REFB=0.0200534;REVB=-0.00630978;RO=6;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803047;STB=0.542838;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000939223;OID=.;OPOS=19999968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:6:6:42:43:0.877551:32:10:0:6:32:11:0:6 chr13 20000630 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.831;QD=60.2271;RBI=0.0311023;REFB=0;REVB=-0.0309361;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64123e-05;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr13 20038584 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.338;QD=62.9821;RBI=0.0110404;REFB=0;REVB=0.00216836;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50458e-05;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr13 20066994 . T C 50.71 PASS AF=0.104;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0196629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.2873;QD=1.62273;RBI=0.020312;REFB=0.00142374;REVB=-0.00509406;RO=111;SAF=8;SAR=5;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216356;STB=0.663219;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0164003;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:111:112:13:13:0.104:5:8:48:63:5:8:48:64 chr13 20067011 . AG A,CG 1208.87 PASS AF=0.844262,0.139344;AO=31,13;DP=119;FAO=103,17;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=40,9;FSAR=63,8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.3095,-0.0392441;FXX=0.00812942;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=13.7767,183.575;QD=39.6351;RBI=0.905378,0.0395234;REFB=0.0211838,0.00483488;REVB=0.850834,-0.00469023;RO=65;SAF=31,6;SAR=0,7;SRF=2;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0.570681,0;SSSB=0.897052,0.675943;STB=0.512193,0.549942;STBP=0.115,0.239;TYPE=del,snp;VARB=0.0721554,0.045921;OID=.,.;OPOS=20067012,20067011;OREF=G,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:76:119:122:65:2:31,13:103,17:0.844262,0.139344:0,7:31,6:2:63:63,8:40,9:2:0 chr13 20224193 . GAAAAAAATG GAAAAAATG,GAAAAAATGA 37.18 PASS AF=0.275862,0.0689655;AO=7,2;DP=29;FAO=8,2;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4,2;FSAR=4,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.109725,0.0460797;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=9.69207,26.6628;QD=5.12874;RBI=0.171795,0.116192;REFB=-0.0601285,-0.0158368;REVB=0.13219,0.106664;RO=16;SAF=3,2;SAR=4,0;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0613202,0.589174;STB=0.592369,0.995738;STBP=0.515,0.1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0537304,0.0433578;OID=.,.;OPOS=20224194,20224200;OREF=A,ATG;OALT=-,TGA;OMAPALT=GAAAAAATG,GAAAAAATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0.0689655:7,2:29:8,2:29:19:4,2:4,0:7:12:29:16:3,2:4,0:6:10 chr13 20277413 . T C 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0379625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.826;QD=9.54707;RBI=0.0491464;REFB=-0.0251338;REVB=-0.0312123;RO=47;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751916;STB=0.544403;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0482552;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:8:14:27:20:8:14:27:20 chr13 20398669 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3834;QD=56.705;RBI=0.0695888;REFB=0;REVB=0.0298852;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234549;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr13 20398742 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.664;QD=55.0985;RBI=0.0213813;REFB=0;REVB=-0.0035754;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259822;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr13 20660421 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00236325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.096;QD=22.5345;RBI=0.00614769;REFB=-0.000681291;REVB=-0.00567531;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111614;STB=0.562436;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000408224;OID=.;OPOS=20660421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:10:5:9:10:10:5 chr13 20716411 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00791037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.105;QD=11.439;RBI=0.0417661;REFB=-0.0146693;REVB=0.0410102;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177174;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0477769;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:15:9:7:6:15:9 chr13 20716533 . G T 689.68 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.165373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4427;QD=54.0921;RBI=0.178582;REFB=-0.165839;REVB=0.0674031;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00908603;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:0:1:47:50:0.980392:26:21:0:0:28:22:0:1 chr13 21063524 . A G 290.92 PASS AF=0.586957;AO=22;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00398496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.226;QD=25.2973;RBI=0.0292691;REFB=-0.0144614;REVB=0.0289966;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504408;STB=0.558778;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.011042;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:22:27:0.586957:14:8:8:11:19:8:8:11 chr13 21205192 . G A 1024.55 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.707;QD=59.3943;RBI=0.0314192;REFB=0;REVB=0.0227767;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022307;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr13 21356650 . T A 3521.76 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028455;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.823;QD=62.8886;RBI=0.034817;REFB=0;REVB=-0.0200634;RO=0;SAF=102;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82017e-05;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:224:0:0:224:224:1:122:102:0:0:122:102:0:0 chr13 21383364 . T C 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00290759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.142;QD=18.9989;RBI=0.0485312;REFB=0.00236808;REVB=0.048444;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210219;STB=0.619575;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000811442;OID=.;OPOS=21383364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:7:10:6:11:7:10 chr13 21562832 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.343;QD=57.8246;RBI=0.0327303;REFB=-0.00830773;REVB=0.0139204;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0002677;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:1:0:25:13:1:0 chr13 21562948 . G A 248.38 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0121755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.048;QD=25.475;RBI=0.0124021;REFB=-0.050003;REVB=-0.00236009;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708253;STB=0.503934;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0238909;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:5:11:16:7:5:11 chr13 21612791 . G A 352.39 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0101274;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.897;QD=20.4285;RBI=0.0102157;REFB=-0.00753967;REVB=-0.00133969;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192706;STB=0.606487;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00714109;OID=.;OPOS=21612791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:10:23:17:19:10:23 chr13 21620085 . T C 662.97 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0107657;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.913;QD=49.1088;RBI=0.0110596;REFB=-0.147431;REVB=0.00253253;RO=4;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616753;STB=0.530793;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000268028;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:54:4:4:49:50:0.925926:17:32:1:3:18:32:1:3 chr13 21714920 . G A 700.67 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.24;QD=53.898;RBI=0.0370886;REFB=-0.122958;REVB=0.0350001;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229535;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000755247;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:20:30:0:1:21:30:0:1 chr13 21720956 . C T 868.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.069;QD=57.872;RBI=0.0397285;REFB=0;REVB=-0.0169686;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560461;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr13 21732094 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.906;QD=57.1771;RBI=0.0129354;REFB=0;REVB=-0.0128588;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48153e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr13 21751528 . A AC 401.97 PASS AF=1;AO=38;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5666;QD=34.2101;RBI=0.168491;REFB=0;REVB=0.131168;RO=7;SAF=15;SAR=23;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000360948;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:50:47:47:0:19:28:0:0:9:7:15:23:3:4 chr13 21752154 . G A 428.2 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.27;QD=57.0931;RBI=0.0555429;REFB=0;REVB=-0.0474401;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112196;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr13 21949267 . T C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0131968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.07;QD=13.5777;RBI=0.0138572;REFB=0.00014425;REVB=-0.00422696;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247318;STB=0.644331;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000209525;OID=.;OPOS=21949267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:7:12:5:8:7:12 chr13 22275394 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.101;QD=62.3145;RBI=0.026655;REFB=0;REVB=0.0247932;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78078e-05;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr13 22275583 . G A 1072.44 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151617;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.898;QD=60.4193;RBI=0.0270117;REFB=0;REVB=-0.0223552;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695166;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr13 22364716 . G A 197.12 PASS AF=0.378788;AO=23;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0296333;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0207;QD=11.9467;RBI=0.0427937;REFB=-0.0551014;REVB=0.0308734;RO=31;SAF=20;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434693;STB=0.695479;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.051132;OID=.;OPOS=22364716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:41:23:25:0.378788:3:20:17:14:5:20:22:19 chr13 23251016 . CT C 455.75 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.3752;QD=45.5745;RBI=0.109971;REFB=0;REVB=-0.038872;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0044333;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:40:40:0:16:24:0:0:8:0:15:23:0:0 chr13 23253313 . T C 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0162109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.391;QD=19.498;RBI=0.0431057;REFB=-0.00783082;REVB=0.0399413;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537841;STB=0.52994;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00775779;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:13:19:16:14:13:19:16:14 chr13 23824783 . T G 1625.78 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00068604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.434;QD=59.1193;RBI=0.0134534;REFB=-0.0599482;REVB=0.0134359;RO=1;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078464;STB=0.504131;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000357921;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:60:49:0:1:60:49:0:1 chr13 23898509 . T C 515.94 PASS AF=0.404255;AO=56;DP=140;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00457175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.366;QD=14.6366;RBI=0.00537459;REFB=-0.0205581;REVB=-0.00282584;RO=82;SAF=22;SAR=34;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10225;STB=0.558342;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0325716;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:82:84:56:57:0.404255:34:22:40:42:34:23:42:42 chr13 23898664 . A G 993.63 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323616;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.172;QD=59.3212;RBI=0.0324963;REFB=0;REVB=-0.00295608;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91022e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr13 23905799 . A T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00575736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.054;QD=23.8204;RBI=0.00597833;REFB=0.00547931;REVB=0.00161036;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00215817;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00394653;OID=.;OPOS=23905799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:7:10:13:9:7:10 chr13 23906983 . G C 432.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0203894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.391;QD=17.8201;RBI=0.022321;REFB=0.00694798;REVB=0.00908306;RO=53;SAF=25;SAR=19;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166978;STB=0.593257;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0099011;OID=.;OPOS=23906983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:19:25:21:32:19:25:21:32 chr13 23907677 . C T 1235.16 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012376;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.094;QD=60.2515;RBI=0.0471155;REFB=-0.129345;REVB=0.045461;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=5.67982e-06;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:38:43:0:0:38:43:1:0 chr13 23908034 . A G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00217154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.759;QD=12.5795;RBI=0.0254886;REFB=-0.00460504;REVB=0.0253959;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115461;STB=0.567821;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00643932;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:16:15:10:7:16:15 chr13 23910100 . TAA ATA,TA,T 184.38 PASS AF=0,0.577778,0;AO=2,15,5;DP=44;FAO=0,26,0;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=0,16,0;FSAR=0,10,0;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0127259,0.0702984,0.0384069;FXX=0.0217344;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=13.3038,13.7147,17.7896;QD=16.3895;RBI=0.0807791,0.220054,0.110415;REFB=0.0568443,0.0520357,0.0293613;REVB=-0.0797704,-0.208523,-0.10352;RO=21;SAF=2,12,0;SAR=0,3,5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.679093,0.579924,-0.601873;STB=0.5,0.705737,0.5;STBP=1,0.005,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.0569282,0.0422737;OID=.,.,.;OPOS=23910100,23910101,23910101;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:45:21:19:2,15,5:0,26,0:0,0.577778,0:0,3,5:2,12,0:4:17:0,10,0:0,16,0:2:17 chr13 23929095 . T C 225.13 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0434538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3609;QD=15.2632;RBI=0.0497537;REFB=-0.0217587;REVB=0.0242321;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968786;STB=0.50549;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0249197;OID=.;OPOS=23929095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:20:13:10:16:20:13 chr13 23930055 . A T 520.26 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00360155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.611;QD=20.4023;RBI=0.0183112;REFB=-0.00939799;REVB=0.0179535;RO=44;SAF=24;SAR=28;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441744;STB=0.541745;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00847014;OID=.;OPOS=23930055;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:44:49:52:53:0.519608:28:24:18:26:29:24:18:31 chr13 24167505 . T A 319.32 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00495508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.192;QD=13.4449;RBI=0.0233414;REFB=-0.0151397;REVB=-0.0228094;RO=59;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182026;STB=0.60412;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0250729;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:13:23:28:31:13:23:28:31 chr13 24234517 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1274;QD=57.545;RBI=0.0264467;REFB=0;REVB=0.0111861;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296467;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr13 24243200 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.474;QD=60.9785;RBI=0.0787821;REFB=0;REVB=0.0195715;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617464;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr13 24411772 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.069;QD=63.1954;RBI=0.0235825;REFB=0;REVB=0.0227813;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28209e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr13 24465743 . A G 562.89 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169151;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.302;QD=60.8533;RBI=0.0076753;REFB=0;REVB=-0.00748659;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122837;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr13 24471039 . T G 541.12 PASS AF=0.335025;AO=66;DP=197;FAO=66;FDP=197;FR=.;FRO=131;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=79;FWDB=-0.0064197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.063;QD=10.9873;RBI=0.0187537;REFB=-0.00235806;REVB=-0.0176206;RO=130;SAF=24;SAR=42;SRF=51;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353711;STB=0.523615;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00588115;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:130:131:66:66:0.335025:42:24:51:79:42:24:52:79 chr13 24471048 . C T 593.64 PASS AF=0.35533;AO=70;DP=196;FAO=70;FDP=197;FR=.;FRO=127;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=76;FWDB=-0.0199031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.426;QD=12.0536;RBI=0.0210962;REFB=-0.00505805;REVB=-0.00699391;RO=126;SAF=27;SAR=43;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131835;STB=0.510732;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00353169;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:126:127:70:70:0.35533:43:27:50:76:43:27:51:76 chr13 24797383 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0630407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2271;QD=25.5725;RBI=0.0800592;REFB=0.00302097;REVB=0.0493492;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659176;STB=0.536555;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00103082;OID=.;OPOS=24797383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:7:10:12:12:7:10 chr13 24876752 . T C 188.99 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0122294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.404;QD=20.9991;RBI=0.0221382;REFB=-0.0338335;REVB=0.0184538;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.666481;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0455466;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:14:5:10:7:14:5:10:7 chr13 24895559 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5432;QD=33.4273;RBI=0.00564795;REFB=0;REVB=0.00525633;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702702;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr13 24895684 . A G 1213.67 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201784;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5894;QD=61.4515;RBI=0.0359572;REFB=0;REVB=0.0297616;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179145;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr13 25000617 . C G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.077;QD=59.323;RBI=0.015739;REFB=0;REVB=-0.0146641;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79414e-05;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr13 25008588 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.881;QD=63.1953;RBI=0.0196319;REFB=0;REVB=0.0111026;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104673;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:40:51:0:0:41:51:0:0 chr13 25008630 . A G 1713.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.509;QD=60.6445;RBI=0.0401738;REFB=0;REVB=0.0385544;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33182e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr13 25008903 . G T 297.25 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.922;QD=49.542;RBI=0.0423807;REFB=-0.105004;REVB=-0.00268809;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00190861;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:0:1:14:9:0:1 chr13 25009099 . A C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.683;QD=64.1523;RBI=0.0296807;REFB=0;REVB=-0.0294688;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015274;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr13 25009297 . G T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021769;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.099;QD=57.237;RBI=0.0334874;REFB=0;REVB=0.0254463;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77671e-05;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr13 25009441 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.424;QD=59.6795;RBI=0.0345772;REFB=0;REVB=0.0301627;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101663;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr13 25009485 . C G 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.064524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7417;QD=60.157;RBI=0.0645775;REFB=-0.050842;REVB=0.0026277;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00924474;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:0:1:16:28:0:1 chr13 25016008 . C T 1476.48 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00650637;FXX=0.0504999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.184;QD=62.8289;RBI=0.00717853;REFB=0.0660585;REVB=0.00303288;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114219;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-7.74392e-05;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:92:93:0.989362:51:41:1:0:51:42:1:0 chr13 25016092 . C T 739.9 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1838;QD=56.915;RBI=0.0519544;REFB=0;REVB=0.0272551;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224686;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr13 25016762 . G A 103.47 PASS AF=0.172727;AO=18;DP=109;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0133606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.743;QD=3.76269;RBI=0.0193751;REFB=0.00160972;REVB=0.0140318;RO=90;SAF=9;SAR=9;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987624;STB=0.537533;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00872546;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:90:91:18:19:0.172727:9:9:38:52:10:9:39:52 chr13 25020863 . G A 660.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.957;QD=61.4266;RBI=0.0145236;REFB=0;REVB=-0.0022501;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75018e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:16:27:0:0 chr13 25020906 . TGGGG TGGG,TGGGA 452.01 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=8,21;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347683,0.0428942;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=21.1645,25.9218;QD=51.6588;RBI=0.0917952,0.0892117;REFB=0,0;REVB=-0.084956,-0.0782228;RO=0;SAF=7,11;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.108199,0.015838;OID=.,.;OPOS=25020907,25020910;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0857143,0.914286:8,21:35:3,32:35:0:2,21:1,11:0:0:12:0:7,11:1,10:0:0 chr13 25021200 . A C 262.58 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350645;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.863;QD=50.0144;RBI=0.0361073;REFB=0;REVB=0.00861481;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023298;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:1:0:19:21:1:14:5:1:0:15:6:0:0 chr13 25021211 . C T 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0601722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.538;QD=42.7089;RBI=0.0616822;REFB=-0.0579893;REVB=0.0135646;RO=2;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613239;STB=0.533299;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0101466;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:14:5:0:2:14:5:0:2 chr13 25021245 . A G 326.59 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0312762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4859;QD=36.288;RBI=0.0748664;REFB=-0.0870726;REVB=-0.0680204;RO=9;SAF=10;SAR=17;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183205;STB=0.50997;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0282228;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:17:10:3:6:17:10:3:6 chr13 25021263 . T C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0146327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.072;QD=6.02724;RBI=0.0180896;REFB=-0.0100468;REVB=-0.0106357;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286425;STB=0.518477;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0365765;OID=.;OPOS=25021263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:11:20:6:3:11:20 chr13 25021323 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000191262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.778;QD=5.78797;RBI=0.017591;REFB=0.000152312;REVB=0.01759;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993443;STB=0.564179;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000508936;OID=.;OPOS=25021323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:8:15:4:3:8:15 chr13 25027744 . A G 1278.97 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.877;QD=61.6371;RBI=0.0699293;REFB=0;REVB=0.0613378;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428944;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:36:46:0:0:37:46:0:0 chr13 25029218 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5997;QD=59.5001;RBI=0.0402825;REFB=0;REVB=-0.00164942;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402837;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr13 25265103 . A G 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0191788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.647;QD=24.3823;RBI=0.0192152;REFB=-0.00470964;REVB=-0.00118171;RO=25;SAF=28;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373291;STB=0.705765;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00456301;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:9:28:7:18:9:28:7:18 chr13 25265139 . T C 532.2 PASS AF=0.628205;AO=48;DP=77;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0436196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.602;QD=27.2924;RBI=0.0573106;REFB=-0.00775847;REVB=-0.0371731;RO=29;SAF=32;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251377;STB=0.638652;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00659563;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:29:29:48:49:0.628205:16:32:9:20:16:33:9:20 chr13 25266932 . C A 44.79 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00355279;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.626;QD=14.9313;RBI=0.00719077;REFB=0.0223532;REVB=-0.00625178;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633322;STB=0.873904;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00385448;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:12:6:6:6:6:0.5:5:1:6:0:5:1:6:0 chr13 25356053 . T C 734.19 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9815;QD=61.1823;RBI=0.0275604;REFB=-0.0937608;REVB=0.0268459;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00116377;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:30:17:0:0:30:17:1:0 chr13 25367324 . TC AT 772.33 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0342103;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.38;QD=53.2642;RBI=0.0342693;REFB=-0.047477;REVB=0.00201038;RO=2;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.511901;STBP=0.423;TYPE=mnp;VARB=0.00205392;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:55:56:0.965517:40:15:0:2:41:15:0:2 chr13 25419176 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.826;QD=58.2384;RBI=0.0467694;REFB=0;REVB=0.0443034;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228484;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr13 25424583 . T C 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.077;QD=16.0924;RBI=0.0465131;REFB=-0.010978;REVB=0.00110323;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829694;STB=0.546637;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0149201;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:17:14:14:24:17:14:14:24 chr13 25428002 . C A 377.77 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539374;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1663;QD=55.9659;RBI=0.102775;REFB=0;REVB=0.0874841;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376212;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:16:9:0:0:17:10:0:0 chr13 25453420 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.29;QD=58.0611;RBI=0.0192589;REFB=0;REVB=0.0101017;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3884e-05;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr13 25460428 . A G 827.91 PASS AF=1;AO=55;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.051;QD=55.1941;RBI=0.00549898;REFB=0.00131092;REVB=-0.00324083;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299471;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:55:60:1:22:33:0:0:27:33:0:0 chr13 25480145 . G A 414.36 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337718;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.504;QD=57.1526;RBI=0.0362397;REFB=0;REVB=-0.0131445;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154913;OID=.;OPOS=25480145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr13 25487103 . T A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.54;QD=61.6951;RBI=0.0232942;REFB=0;REVB=-0.0150756;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106219;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr13 25670907 . C A 31.33 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=131;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.00899405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.747;QD=0.956575;RBI=0.0145454;REFB=0.000132419;REVB=-0.0114313;RO=121;SAF=4;SAR=6;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105919;STB=0.588779;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00196275;OID=.;OPOS=25670907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:131:131:121:121:10:10:0.0763359:6:4:60:61:6:4:60:61 chr13 25670919 . A G 35.51 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.00634558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.2;QD=1.04454;RBI=0.0084855;REFB=-0.000213382;REVB=-0.00563359;RO=125;SAF=4;SAR=7;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158104;STB=0.629294;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0022828;OID=.;OPOS=25670919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:125:125:11:11:0.0808824:7:4:63:62:7:4:63:62 chr13 25671210 . C T 31.33 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=131;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.00691461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.606;QD=0.956535;RBI=0.0138871;REFB=0.00123351;REVB=0.0120432;RO=121;SAF=8;SAR=2;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303551;STB=0.760105;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00479065;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:131:131:121:121:10:10:0.0763359:2:8:65:56:2:8:65:56 chr13 25671214 . T G 31.55 PASS AF=0.0769231;AO=10;DP=131;FAO=10;FDP=130;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=-0.0108967;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3922;QD=0.970658;RBI=0.0623489;REFB=-0.00621917;REVB=-0.0613893;RO=120;SAF=8;SAR=2;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300257;STB=0.756929;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0538412;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:131:130:120:120:10:10:0.0769231:2:8:65:55:2:8:65:55 chr13 25671271 . A G 80.79 PASS AF=0.104762;AO=21;DP=209;FAO=22;FDP=210;FR=.;FRO=188;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=92;FSRR=96;FWDB=-0.000568231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.89;QD=1.53884;RBI=0.02301;REFB=-0.00298859;REVB=-0.023003;RO=188;SAF=12;SAR=9;SRF=92;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989511;STB=0.590827;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.028883;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:209:210:188:188:21:22:0.104762:9:12:92:96:9:13:92:96 chr13 25671274 . C T 76.11 PASS AF=0.0995475;AO=22;DP=221;FAO=22;FDP=221;FR=.;FRO=199;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=96;FSRR=103;FWDB=-0.00414797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.566;QD=1.3776;RBI=0.0141486;REFB=0.000231674;REVB=-0.0135269;RO=197;SAF=13;SAR=9;SRF=94;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137014;STB=0.597368;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00480086;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:221:221:197:199:22:22:0.0995475:9:13:94:103:9:13:96:103 chr13 25671292 . C T 83.46 PASS AF=0.101266;AO=24;DP=237;FAO=24;FDP=237;FR=.;FRO=213;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=100;FSRR=113;FWDB=-0.0107738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.385;QD=1.40864;RBI=0.0602947;REFB=-0.0026955;REVB=-0.0593243;RO=211;SAF=14;SAR=10;SRF=100;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1324;STB=0.601593;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0354634;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:237:237:211:213:24:24:0.101266:10:14:100:111:10:14:100:113 chr13 25671320 . A G 69.79 PASS AF=0.0890688;AO=24;DP=248;FAO=22;FDP=247;FR=.;FRO=225;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=104;FSRR=121;FWDB=-0.00948975;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3794;QD=1.13017;RBI=0.0815152;REFB=-0.0100183;REVB=-0.0809609;RO=220;SAF=14;SAR=10;SRF=103;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138222;STB=0.61601;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.114884;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:248:247:220:225:24:22:0.0890688:10:14:103:117:9:13:104:121 chr13 25671369 . G T 77.75 PASS AF=0.0978723;AO=23;DP=235;FAO=23;FDP=235;FR=.;FRO=212;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=106;FSRR=106;FWDB=-0.0233799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7292;QD=1.32345;RBI=0.0311286;REFB=-0.00163164;REVB=-0.0205517;RO=210;SAF=13;SAR=10;SRF=106;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072986;STB=0.558881;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0137059;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:235:235:210:212:23:23:0.0978723:10:13:106:104:10:13:106:106 chr13 25671398 . C T 38.94 PASS AF=0.0707547;AO=15;DP=212;FAO=15;FDP=212;FR=.;FRO=197;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=105;FWDB=-0.010132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.902;QD=0.73465;RBI=0.0124023;REFB=-0.00208782;REVB=0.00715258;RO=197;SAF=8;SAR=7;SRF=92;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725721;STB=0.561322;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0248659;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:212:212:197:197:15:15:0.0707547:7:8:92:105:7:8:92:105 chr13 25825889 . T C 555.48 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0282997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5539;QD=18.5159;RBI=0.0283561;REFB=-0.000350521;REVB=-0.0017873;RO=62;SAF=22;SAR=35;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124759;STB=0.562844;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000545411;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:62:62:57:58:0.483333:35:22:32:30:35:23:32:30 chr13 25831888 . T C 350.48 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.022127;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.86;QD=15.0742;RBI=0.0603851;REFB=-0.00928041;REVB=-0.056185;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164739;STB=0.515109;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0144073;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:55:38:38:0.408602:17:21:29:22:17:21:29:26 chr13 25876011 . G A 792.7 PASS AF=0.573643;AO=74;DP=129;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0294144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.508;QD=24.5798;RBI=0.0302456;REFB=-0.0144759;REVB=0.00704188;RO=55;SAF=28;SAR=46;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122987;STB=0.506701;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0100648;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:55:55:74:74:0.573643:46:28:20:35:46:28:20:35 chr13 26273385 . G C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8813;QD=59.3224;RBI=0.0432926;REFB=0;REVB=-0.0320225;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84575e-05;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr13 26787452 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.035474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.024;QD=14.6575;RBI=0.0375726;REFB=-0.0211244;REVB=0.0123813;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.689341;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.028113;OID=.;OPOS=26787452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:9:8:10:3:9:8 chr13 26789638 . T C 506.22 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00677408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3621;QD=23.0101;RBI=0.0648561;REFB=-0.0342213;REVB=0.0645014;RO=39;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161795;STB=0.5943;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0613144;OID=.;OPOS=26789638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:40:48:48:0.545455:28:20:24:15:28:20:25:15 chr13 26793644 . T C 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.011374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.42;QD=22.4377;RBI=0.0274402;REFB=-0.00129168;REVB=-0.0249719;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477374;STB=0.526302;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000929601;OID=.;OPOS=26793644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:20:18:16:14:20:18:16:14 chr13 26978250 . C T 525.88 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00503526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.696;QD=18.7813;RBI=0.0577339;REFB=-0.0240039;REVB=0.0575139;RO=57;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486488;STB=0.526921;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0161931;OID=.;OPOS=26978250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:27:28:26:31:27:28:26:31 chr13 27976692 . C T 399.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505727;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.253;QD=57.1401;RBI=0.0514151;REFB=0;REVB=0.00926885;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301108;OID=.;OPOS=27976692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr13 28009920 . G C 229.71 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00517672;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.489;QD=15.842;RBI=0.00537425;REFB=-0.0115655;REVB=-0.00144367;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120714;STB=0.588573;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0184588;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:32:26:26:0.448276:9:17:16:14:9:17:16:16 chr13 28121707 . G A 619.34 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0285237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.835;QD=27.2239;RBI=0.0286014;REFB=-0.00985192;REVB=-0.00210667;RO=36;SAF=24;SAR=31;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145659;STB=0.507934;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00454751;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:31:24:15:21:31:24:15:21 chr13 28143229 . A G 323.87 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0371844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3962;QD=17.0459;RBI=0.0470491;REFB=-0.0339546;REVB=-0.028826;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11637;STB=0.555857;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0381853;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:41:34:35:0.460526:19:15:23:18:19:16:23:18 chr13 28239940 . G C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0172981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.345;QD=9.93184;RBI=0.0173702;REFB=0.00220404;REVB=-0.00158074;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173587;STB=0.611993;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00697274;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:8:7:21:13:8:7:22:13 chr13 28239970 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0212927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.487;QD=7.67879;RBI=0.0244378;REFB=-0.000793766;REVB=0.0119927;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224394;STB=0.63806;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00178741;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:20:11:6:5:20:11 chr13 28537242 . A C 600.72 PASS AF=0.875;AO=43;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0197614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3652;QD=50.0603;RBI=0.0316485;REFB=-0.0127468;REVB=-0.0247207;RO=5;SAF=26;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401911;STB=0.531235;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0198516;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:5:6:43:42:0.875:17:26:4:1:17:25:5:1 chr13 28537317 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.004;QD=60.6061;RBI=0.101996;REFB=0;REVB=0.0958493;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737476;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr13 28542961 . C G 73.72 PASS AF=0.75;AO=6;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0146347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7355;QD=24.574;RBI=0.0632815;REFB=-0.0726686;REVB=0.061566;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0439307;OID=.;OPOS=28542961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:6:9:0.75:3:3:2:1:6:3:2:1 chr13 28562605 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.128;QD=57.0006;RBI=0.0433005;REFB=0;REVB=-0.0385328;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78292e-05;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr13 28610183 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.868;QD=56.9383;RBI=0.0095772;REFB=0;REVB=0.0089345;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22682e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr13 28624294 . G A 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0420059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.842;QD=62.9;RBI=0.0420506;REFB=0.0179562;REVB=-0.0019399;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921056;STB=0.504853;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000113408;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:48:51:1:0:48:51:1:0 chr13 28636084 . G A 1106.02 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140974;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.195;QD=59.7849;RBI=0.0175664;REFB=0;REVB=0.0104805;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00616e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:39:35:0:0 chr13 28835527 . T C,TC 1918.42 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=6,118;DP=132;FAO=2,124;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=2,71;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003771,0.0097644;FXX=0.0156238;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=248.246,272.941;QD=60.9023;RBI=0.00952309,0.0114207;REFB=0,0;REVB=-0.00874465,-0.00592355;RO=6;SAF=5,67;SAR=1,51;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.345446,0.00633136;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0175051,-0.000639411;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:132:126:6:0:6,118:2,124:0.015873,0.984127:1,51:5,67:3:3:0,53:2,71:0:0 chr13 28869147 . G C,GGATATAAAC 623.79 PASS AF=0.0384615,0.903846;AO=2,43;DP=52;FAO=2,47;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=2,27;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0411155,-0.0050353;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,9;MLLD=167.653,209.964;QD=47.9835;RBI=0.0430411,0.00531585;REFB=-0.0136067,0.00534157;REVB=0.0127297,-0.00170412;RO=5;SAF=2,24;SAR=0,19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.64233,0.0311076;STB=0.995982,0.534869;STBP=0.062,0.07;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00502184,-0.00248221;OID=.,.;OPOS=28869147,28869148;OREF=G,-;OALT=C,GATATAAAC;OMAPALT=C,GGATATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:52:52:5:3:2,43:2,47:0.0384615,0.903846:0,19:2,24:2:3:0,20:2,27:0:3 chr13 28883061 . G A 271.37 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376763;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.046;QD=51.6902;RBI=0.0416977;REFB=0;REVB=0.0178661;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170159;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr13 28893642 . A G 1044.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.06;QD=59.6749;RBI=0.0438358;REFB=0;REVB=0.0430301;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12982e-05;OID=.;OPOS=28893642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr13 28970917 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9479;QD=39.2044;RBI=0.145292;REFB=0;REVB=0.143453;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118191;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr13 29274977 . T TA 88.35 PASS AF=0.369565;AO=15;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0893535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9854;QD=7.68269;RBI=0.101176;REFB=0.0380218;REVB=-0.0474608;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241101;STB=0.558073;STBP=0.568;TYPE=ins;VARB=-0.0835214;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:15:46:17:46:29:8:9:11:18:88:29:6:9:11:18 chr13 29275102 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.218;QD=60.9782;RBI=0.0403526;REFB=0;REVB=-0.0397647;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154358;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr13 29275129 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00331788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.944;QD=13.3357;RBI=0.00741071;REFB=-0.00640189;REVB=-0.00662649;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084933;STB=0.549931;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0207932;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:8:16:11:4:8:16 chr13 29600415 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00203053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.694;QD=19.421;RBI=0.00471848;REFB=-0.016372;REVB=0.00425923;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024212;STB=0.513504;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0111662;OID=.;OPOS=29600415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:19:10:10:17:19:10:10:17 chr13 29898768 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.733;QD=55.0979;RBI=0.0361742;REFB=0;REVB=-0.0358997;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209529;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr13 30084173 . G A 1513.26 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172371;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.944;QD=63.7163;RBI=0.0214832;REFB=0;REVB=-0.0128223;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162109;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr13 30087778 . T A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.497;QD=63.5824;RBI=0.0300783;REFB=0;REVB=0.00943716;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011734;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr13 30091714 . G A 1425.68 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.55;QD=62.6675;RBI=0.0271934;REFB=0;REVB=0.0124674;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13774e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:44:46:0:0:45:46:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 2695.23 PASS AF=0.994152,0,0.00584795;AO=33,36,99;DP=172;FAO=170,0,1;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=71,0,0;FSAR=99,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171484,0.113794,0.0985384;FXX=0.00581362;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=205.47,196.985,186.097;QD=63.0463;RBI=0.19064,0.143437,0.143935;REFB=0,0,0;REVB=-0.0832876,-0.0873225,-0.104917;RO=0;SAF=32,36,2;SAR=1,0,97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,6.74145e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000518516,0,0.00108156;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994152,0,0.00584795:33,36,99:172:170,0,1:171:0:71,0,0:99,0,1:0:0:4:0:32,36,2:1,0,97:0:0 chr13 30107067 . G C 2053.73 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.751;QD=62.2342;RBI=0.0193917;REFB=0;REVB=0.0192907;RO=0;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15489e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8382e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:77:53:0:0:78:54:0:0 chr13 30339125 . CTT C,CT 92.63 PASS AF=0,1;AO=6,11;DP=22;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095235,-0.0157687;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.20692,6.72546;QD=16.8421;RBI=0.0850219,0.149556;REFB=0.00681854,0.00801483;REVB=-0.0844868,-0.148722;RO=5;SAF=2,7;SAR=4,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0553146,0.134614;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0981818,0.0552202;OID=.,.;OPOS=30339126,30339126;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:6,11:22:0,22:22:0:0,11:0,11:0:0:5:5:2,7:4,4:2:3 chr13 30339472 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00701684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9991;QD=16.0719;RBI=0.0133395;REFB=0.0128152;REVB=-0.0113449;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683792;STB=0.538436;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0211568;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:24:11:11:18:24:11 chr13 30777855 . T C 811.87 PASS AF=0.515723;AO=81;DP=158;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0256404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9141;QD=20.4243;RBI=0.0262246;REFB=-0.00528761;REVB=0.00550436;RO=77;SAF=44;SAR=37;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211629;STB=0.508316;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00728555;OID=.;OPOS=30777855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:77:77:81:82:0.515723:37:44:40:37:38:44:40:37 chr13 30781111 . C A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00147256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.243;QD=18.4898;RBI=0.00614882;REFB=-0.010707;REVB=0.00596989;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879897;STB=0.549954;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0144039;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:13:13:13:9:13:13 chr13 31036642 . C G 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.183;QD=57.1705;RBI=0.0405191;REFB=0;REVB=0.0394972;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247523;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr13 31036681 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.822;QD=61.3363;RBI=0.0114316;REFB=0;REVB=-0.0112533;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78941e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr13 31211972 . GC G 41.27 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=43;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.119425;FXX=0.0681663;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3823;QD=4.02643;RBI=0.121864;REFB=-0.0621543;REVB=0.0242565;RO=27;SAF=1;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.339286;SSSB=-0.618539;STB=0.795244;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.116448;OID=.;OPOS=31211973;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:12:43:13:41:28:2:11:15:13:41:27:1:11:15:12 chr13 31287979 . G GTA 224.72 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=67;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00057576;FXX=0.101678;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.792;QD=16.9599;RBI=0.0540659;REFB=-0.0470655;REVB=0.0540628;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255935;STB=0.64115;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0324067;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698:23:67:25:53:28:13:12:7:21:99:43:11:12:11:32 chr13 31287981 . G A 85.15 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0169941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9128;QD=5.08347;RBI=0.0215896;REFB=-0.0016949;REVB=-0.0133159;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778545;STB=0.549926;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00487562;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:10:4:18:35:10:4:18:35 chr13 31821240 . C T 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0155539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7573;QD=24.2685;RBI=0.0204657;REFB=-0.00842302;REVB=0.0133011;RO=22;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11;STB=0.560403;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00993256;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:16:17:8:14:16:17:8:14 chr13 31821992 . T C 1176.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207852;FXX=0.0249969;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.623;QD=60.3483;RBI=0.0220922;REFB=0;REVB=0.00748598;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042484;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:1:0:76:78:1:37:39:1:0:37:41:0:0 chr13 31891746 . G A 245.16 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0307982;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0083;QD=15.5658;RBI=0.0396139;REFB=-0.0281534;REVB=-0.0249144;RO=36;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175558;STB=0.605981;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0503962;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:35:28:28:0.444444:20:8:16:20:20:8:16:19 chr13 31905557 . C T 665.16 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.402;QD=55.4296;RBI=0.171726;REFB=0;REVB=0.116517;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0404862;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr13 32335880 . G A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0184216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3489;QD=13.7266;RBI=0.0642549;REFB=0.00158535;REVB=-0.0615575;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133913;STB=0.584027;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00532254;OID=.;OPOS=32335880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:14:11:20:15:14:11:21:15 chr13 32360547 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.831;QD=58.4197;RBI=0.0063686;REFB=0;REVB=-0.00495645;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04878e-06;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr13 32376718 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.226;QD=56.7057;RBI=0.0126066;REFB=0;REVB=0.000152055;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015292;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr13 32660137 . T G 426.7 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00282868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.571;QD=19.1776;RBI=0.00284434;REFB=0.00581139;REVB=0.000298057;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189807;STB=0.510562;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00553083;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:27:16:18:28:27:16:18:28 chr13 32676114 . A G 535.67 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.002708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.055;QD=49.8294;RBI=0.00305391;REFB=-0.193367;REVB=-0.00141176;RO=4;SAF=19;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444653;STB=0.534865;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00235404;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:42:43:4:5:38:38:0.883721:19:19:3:1:19:19:4:1 chr13 32776153 . T C 164.43 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0379941;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8773;QD=11.1478;RBI=0.0415682;REFB=0.0117764;REVB=0.016863;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205894;STB=0.621235;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0220529;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:16:5:15:23:16:5:15:23 chr13 32776616 . T A 374.23 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00543521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.745;QD=18.0352;RBI=0.010239;REFB=-0.0143552;REVB=0.00867726;RO=44;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327255;STB=0.524038;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0259492;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:38:39:0.46988:16:22:24:20:16:23:24:20 chr13 32832149 . T C 343.01 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00400858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.827;QD=16.1415;RBI=0.0136922;REFB=-0.00343363;REVB=0.0130923;RO=48;SAF=9;SAR=28;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632918;STB=0.535754;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00496046;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:28:9:14:34:28:9:14:34 chr13 32885654 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00946695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1409;QD=16.0424;RBI=0.00967036;REFB=-0.0300957;REVB=-0.00197302;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1184;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0184086;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:12:14:8:11:12:14 chr13 32885658 . G A 142.05 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00293465;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.495;QD=13.2139;RBI=0.0235307;REFB=-0.00886512;REVB=0.023347;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174988;STB=0.5916;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0174789;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:27:16:16:0.372093:6:10:12:14:6:10:13:14 chr13 32912299 . T C 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0245136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5259;QD=14.8334;RBI=0.0369023;REFB=0.00190843;REVB=0.0275837;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904587;STB=0.551555;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.000568424;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:19:11:10:12:19:11 chr13 32913055 . A G 1901.6 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1675;QD=60.8513;RBI=0.0497992;REFB=-0.105982;REVB=0.0497334;RO=1;SAF=72;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224896;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:125:125:1:0:124:125:1:52:72:1:0:52:73:0:0 chr13 32915005 . G C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7374;QD=58.9626;RBI=0.0437107;REFB=0;REVB=-0.0119607;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250428;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr13 32929387 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.214;QD=46.848;RBI=0.0108375;REFB=0;REVB=0.000253751;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021866;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr13 32954039 . C G 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00309365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4197;QD=14.1707;RBI=0.00508224;REFB=0.00215947;REVB=0.00403218;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00213125;OID=.;OPOS=32954039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:8:4:7:3:8:4 chr13 32976640 . TTTG T 244.68 PASS AF=0.412371;AO=38;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.016796;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=3;MLLD=238.026;QD=10.0899;RBI=0.0199996;REFB=-0.01177;REVB=-0.0108572;RO=58;SAF=11;SAR=27;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109505;STB=0.528483;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=0.00694014;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412371:38:97:40:97:57:13:27:21:36:99:58:11:27:22:36 chr13 32976645 . T A 375.66 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00288022;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.423;QD=15.6526;RBI=0.0108736;REFB=-0.00353762;REVB=-0.0104852;RO=57;SAF=13;SAR=27;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302514;STB=0.509429;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00549278;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:56:40:40:0.416667:27:13:20:37:27:13:19:37 chr13 32976648 . G C 377.53 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00557553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1961;QD=16.238;RBI=0.0204432;REFB=-0.000561184;REVB=-0.0196682;RO=53;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285655;STB=0.521413;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000336132;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:39:40:0.430108:26:13:19:34:27:13:19:34 chr13 33232435 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0285111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.71;QD=16.4798;RBI=0.0296563;REFB=-0.00836955;REVB=-0.00816154;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270549;STB=0.680108;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0120247;OID=.;OPOS=33232435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:14:5:12:11:14:5:14:11 chr13 33315206 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00176826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.169;QD=12.7823;RBI=0.015076;REFB=-0.00432366;REVB=-0.0149719;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.621953;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00872634;OID=.;OPOS=33315206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:10:10:0.416667:2:8:8:4:2:8:9:5 chr13 33590851 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.671;QD=59.1432;RBI=0.0576984;REFB=0;REVB=-0.0574483;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158361;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr13 33635463 . T C 1702.3 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.683;QD=60.2584;RBI=0.0672207;REFB=0;REVB=0.00957606;RO=0;SAF=30;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805931;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:82:30:0:0:82:31:0:0 chr13 33635835 . T C 976.13 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203223;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.73;QD=59.1595;RBI=0.0235287;REFB=0;REVB=-0.0118577;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61608e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr13 33700374 . T G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0112562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.799;QD=17.7318;RBI=0.0154387;REFB=-0.00442742;REVB=0.0105666;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165154;STB=0.594481;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00292378;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:10:9:11:6:10:9 chr13 33703656 . T C 438.75 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0383906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.314;QD=15.5308;RBI=0.038745;REFB=-0.0209564;REVB=0.00522863;RO=62;SAF=26;SAR=23;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178276;STB=0.518161;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.024469;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:62:64:49:49:0.433628:23:26:34:28:23:26:36:28 chr13 33704065 . T C 35.34 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0576374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7383;QD=5.43692;RBI=0.0601245;REFB=-0.0105002;REVB=-0.017114;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276216;STB=0.688931;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.026689;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:13:7:1:5:13:7 chr13 34013847 . G C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00401233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.775;QD=10.6984;RBI=0.0201418;REFB=0.00491245;REVB=-0.0197381;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257496;STB=0.650983;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.01349;OID=.;OPOS=34013847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:24:8:7:8:24:8 chr13 34404912 . A G 475.06 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0026279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.043;QD=17.7593;RBI=0.010293;REFB=-0.00584903;REVB=0.00995188;RO=56;SAF=15;SAR=35;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269064;STB=0.640187;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0077832;OID=.;OPOS=34404912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:50:51:0.476636:35:15:32:24:35:16:32:24 chr13 34674900 . C T 1896.38 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.725;QD=61.6709;RBI=0.0285133;REFB=0;REVB=0.00120131;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33308e-05;OID=.;OPOS=34674900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:72:50:0:0:73:50:0:0 chr13 36225929 . T C 365.88 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0172127;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=236.617;QD=18.763;RBI=0.0178113;REFB=-0.002499;REVB=-0.00457856;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138767;STB=0.577041;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00199304;OID=.;OPOS=36225929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:18:20:27:13:18:20:27:13 chr13 36229873 . C T 634.67 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00320453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.687;QD=23.0788;RBI=0.00842188;REFB=-0.00618895;REVB=-0.00778839;RO=47;SAF=30;SAR=32;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461683;STB=0.529402;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00522559;OID=.;OPOS=36229873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:48:62:62:0.563636:32:30:20:27:32:30:20:28 chr13 36246436 . T C 427.68 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0028523;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.891;QD=12.7665;RBI=0.00730737;REFB=-0.00465768;REVB=-0.0067277;RO=85;SAF=24;SAR=26;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627704;STB=0.539876;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0075931;OID=.;OPOS=36246436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:85:84:50:50:0.373134:26:24:36:49:26:24:35:49 chr13 36385031 . G T 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00836944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.735;QD=17.5924;RBI=0.016248;REFB=-0.00271772;REVB=-0.0139266;RO=54;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040596;STB=0.522717;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00278423;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:21:23:26:28:21:23:26:28 chr13 36402426 . A G 555.1 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00212902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.997;QD=22.4281;RBI=0.00249382;REFB=-0.0293196;REVB=-0.00129863;RO=47;SAF=23;SAR=29;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408583;STB=0.522514;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0171458;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:29:23:23:24:29:23:23:24 chr13 36639771 . A C 315.47 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0380224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7051;QD=15.0223;RBI=0.0745043;REFB=-0.0113969;REVB=0.0640717;RO=49;SAF=6;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276624;STB=0.658988;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0241872;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:29:6:18:31:29:6:18:31 chr13 36744910 . C T 447.66 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0611589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.109;QD=26.726;RBI=0.0622379;REFB=-0.00130326;REVB=-0.011539;RO=24;SAF=14;SAR=28;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175163;STB=0.604116;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=8.98806e-05;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:25:42:42:0.626866:28:14:14:10:28:14:15:10 chr13 36855375 . C T 260.9 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0430069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8997;QD=14.6987;RBI=0.0432363;REFB=0.00575627;REVB=0.0044472;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178239;STB=0.600864;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00715946;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:25:16:17:13:25:16 chr13 36855405 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0130902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.481;QD=17.9427;RBI=0.0159058;REFB=-0.000858452;REVB=-0.00903559;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176081;STB=0.598671;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00125067;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:17:12:17:11:17:12 chr13 36857639 . T C 399.34 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00977053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.859;QD=15.9737;RBI=0.0124198;REFB=-0.0185333;REVB=0.00766733;RO=58;SAF=30;SAR=12;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716723;STB=0.540521;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0310201;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:12:30:38:20:12:30:38:20 chr13 36877978 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00133232;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=212.576;QD=14.6506;RBI=0.0270747;REFB=-0.0141134;REVB=-0.0270419;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380893;STB=0.52172;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.016339;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:15:16:11:12:15:16 chr13 36886469 . T C 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.010247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.804;QD=12.5664;RBI=0.0121581;REFB=-0.0242837;REVB=0.00654358;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276655;STB=0.515911;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.035876;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:17:23:15:10:17:23 chr13 37269835 . G A 1458.99 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257394;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.816;QD=63.4345;RBI=0.0390028;REFB=0;REVB=0.0293037;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118732;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr13 37271163 . C A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.013187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0229;QD=20.0168;RBI=0.0184478;REFB=0.00815986;REVB=0.0129006;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122757;STB=0.569501;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00725575;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:9:8:11:7:9:8 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA,GCACACACACACACATAAAT 164.05 PASS AF=0.857143,0,0.142857;AO=9,2,2;DP=17;FAO=12,0,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,0;FSAR=8,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415027,0.0462101,-0.0107733;FXX=0.124922;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,3;MLLD=120.193,93.2541,74.6276;QD=46.8722;RBI=0.0415223,0.0477741,0.0115515;REFB=0,0,0;REVB=-0.00127693,0.0121243,-0.00416815;RO=0;SAF=3,1,0;SAR=6,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00680325,0,0.0264506;OID=.,.,.;OPOS=37271429,37271445,37271443;OREF=CA,CAT,CAC;OALT=-,TAA,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA,GCACACACACACACATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.857143,0,0.142857:9,2,2:17:12,0,2:14:0:4,0,0:8,0,2:0:0:11:0:3,1,0:6,1,2:0:0 chr13 37372429 . T C 392.3 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0121795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6255;QD=50.6193;RBI=0.102248;REFB=-0.018683;REVB=0.10152;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517006;STB=0.527759;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0258054;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:12:17:2:0:12:17:2:0 chr13 37393672 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 64.85 PASS AF=0.407407,0;AO=14,3;DP=27;FAO=11,0;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.211843,-0.259244;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.5996,11.0707;QD=9.60712;RBI=0.269009,0.274559;REFB=-0.152423,-0.146567;REVB=-0.165797,-0.090417;RO=8;SAF=10,3;SAR=4,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.259019,0;STB=0.567454,0.5;STBP=0.654,1;TYPE=del,del;VARB=0.154397,0.0689622;OID=.,.;OPOS=37393677,37393673;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0:14,3:27:11,0:27:16:8,0:3,0:13:3:59:8:10,3:4,0:8:0 chr13 37580139 . G A 316.68 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00883723;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.001;QD=12.7952;RBI=0.0115025;REFB=-0.0161244;REVB=0.00736286;RO=61;SAF=13;SAR=24;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260257;STB=0.643953;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0228014;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:62:37:37:0.373737:24:13:36:25:24:13:36:26 chr13 37583831 . G A 181.22 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0561248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.204;QD=13.1793;RBI=0.0588174;REFB=-0.00841156;REVB=-0.0175924;RO=29;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139298;STB=0.512749;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0117924;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:33:22:22:0.4:17:5:4:25:17:5:8:25 chr13 37600333 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAC,ATTTTAT 41.22 PASS AF=0.285714,0.047619,0.0238095;AO=13,2,2;DP=43;FAO=12,2,1;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10,2,1;FSAR=2,0,0;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.185005,-0.0747702,-0.147186;FXX=0.0232504;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,2;MLLD=9.30947,23.8391,139.524;QD=3.92552;RBI=0.187856,0.0763831,0.147191;REFB=-0.190109,-0.107491,-0.0226725;REVB=-0.0326052,-0.0156141,0.00119539;RO=22;SAF=12,2,2;SAR=1,0,0;SRF=3;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.760799,0.7208,0.7208;STB=0.839779,0.996227,0.992941;STBP=0.008,0.059,0.255;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.18579,0.192929,-0.0552644;OID=.,.,.;OPOS=37600334,37600338,37600338;OREF=T,TA,TA;OALT=-,AC,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAC,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.047619,0.0238095:13,2,2:43:12,2,1:42:27:10,2,1:2,0,0:9:18:28:22:12,2,2:1,0,0:3:19 chr13 37625601 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.519;QD=55.0987;RBI=0.0530443;REFB=0;REVB=0.0139219;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229741;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr13 37679268 . G T 372.2 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0266674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.978;QD=31.0167;RBI=0.0289521;REFB=-0.0119207;REVB=-0.0112727;RO=17;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143756;STB=0.578464;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00290267;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:14:17:13:4:14:17:13:4 chr13 37679535 . G C 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0153869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.886;QD=16.8919;RBI=0.0215435;REFB=-0.0120591;REVB=-0.0150787;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058894;STB=0.533004;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0146484;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:18:27:20:17:18:27 chr13 37679729 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00348962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.115;QD=21.5102;RBI=0.00439047;REFB=-0.0670339;REVB=0.00266437;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329041;STB=0.518501;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.034704;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:7:12:14:7:7:12 chr13 37679776 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0268122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.15;QD=13.486;RBI=0.0392524;REFB=-0.000269649;REVB=0.0286681;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.599799;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000649759;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:2:9:6:3:2:9 chr13 38924083 . A T 2382.87 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2011;QD=63.9698;RBI=0.0240503;REFB=0;REVB=0.0055267;RO=0;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243037;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:149:0:0:145:149:1:77:68:0:0:79:70:0:0 chr13 38924263 . T C 1747.8 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.046588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1456;QD=57.7785;RBI=0.0474571;REFB=-0.0591712;REVB=-0.00904055;RO=3;SAF=51;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00495222;STB=0.501205;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0016433;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:121:3:2:117:119:0.983471:66:51:1:2:68:51:1:1 chr13 38932210 . T A 36.75 PASS AF=0.0789474;AO=11;DP=151;FAO=12;FDP=152;FR=.;FRO=140;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=108;FSRR=32;FWDB=-0.00171262;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=203.084;QD=0.967123;RBI=0.052471;REFB=-0.000361781;REVB=0.052443;RO=135;SAF=3;SAR=8;SRF=108;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563461;STB=0.889958;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00975191;OID=.;OPOS=38932210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:151:152:135:140:11:12:0.0789474:8:3:108:27:9:3:108:32 chr13 39262057 . G A 1465.85 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000730034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.349;QD=61.7202;RBI=0.00219954;REFB=-0.0293546;REVB=-0.00207486;RO=1;SAF=30;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155393;STB=0.508195;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000296061;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:63:30:1:0:64:30:1:0 chr13 39263713 . GT G,GC 399.4 PASS AF=0.586207,0.413793;AO=10,19;DP=31;FAO=17,12;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5;FSAR=9,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207137,-0.022479;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.0749,47.9492;QD=55.0891;RBI=0.0279272,0.10184;REFB=0,0;REVB=-0.0187316,-0.0993278;RO=0;SAF=8,5;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000166099,0.0783629;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.586207,0.413793:10,19:31:17,12:29:0:8,5:9,7:0:0:38:0:8,5:2,14:0:0 chr13 39264690 . T C 187.4 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.013041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.78;QD=12.7049;RBI=0.0135575;REFB=-0.0145098;REVB=-0.00370638;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146089;STB=0.584129;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0202514;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:14:9:19:17:14:9:19:17 chr13 39343822 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000344638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.213;QD=19.7627;RBI=0.04511;REFB=0.00481776;REVB=0.0451087;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112004;STB=0.563123;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00293468;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:15:10:12:11:15:10 chr13 39430313 . A AT 1028.45 PASS AF=1;AO=19;DP=121;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677543;FXX=0.0578465;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.15;QD=36.086;RBI=0.0757312;REFB=0;REVB=0.0338315;RO=102;SAF=2;SAR=17;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.25074e-05;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:121:114:114:0:65:49:0:0:23:102:2:17:63:39 chr13 39430314 . C G,T 1721.66 PASS AF=0.138211,0.837398;AO=17,103;DP=123;FAO=17,103;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=0,65;FSAR=17,38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00182948,0.00316433;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=57.7264,210.669;QD=55.989;RBI=0.00461113,0.0142881;REFB=0.214763,0.0643065;REVB=-0.00423268,0.0139333;RO=3;SAF=0,65;SAR=17,38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.849982,-0.00205278;STB=0.998931,0.501082;STBP=0.003,0.944;TYPE=snp,snp;VARB=0.0590359,0.000620417;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:123:123:3:3:17,103:17,103:0.138211,0.837398:17,38:0,65:2:1:17,38:0,65:2:1 chr13 39584373 . G C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0213967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0751;QD=13.0887;RBI=0.0273115;REFB=-0.00234674;REVB=0.0169735;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595853;STB=0.53484;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00558538;OID=.;OPOS=39584373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:12:15:8:8:12:15 chr13 39603498 . G A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0396741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0639;QD=13.5745;RBI=0.0455297;REFB=0.0268697;REVB=0.0223363;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355378;STB=0.531744;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0422474;OID=.;OPOS=39603498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:9:4:5:13:9:4:5:14 chr13 40229891 . G A 267.49 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0118554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.327;QD=13.7174;RBI=0.0311035;REFB=-0.024815;REVB=0.0287554;RO=46;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439733;STB=0.516232;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0434286;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:12:19:30:16:12:19:30:17 chr13 40229957 . T A 501.32 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.0146065;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.718;QD=15.5448;RBI=0.0146908;REFB=-0.0155064;REVB=-0.00157103;RO=71;SAF=35;SAR=20;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438397;STB=0.507642;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0185824;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:71:74:55:55:0.426357:20:35:48:23:20:35:48:26 chr13 40230229 . C T 369.04 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0283085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.148;QD=12.9489;RBI=0.0287058;REFB=-0.0272643;REVB=0.00475939;RO=69;SAF=31;SAR=13;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270669;STB=0.658675;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0116709;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:13:31:32:37:13:31:32:38 chr13 40230294 . T C 773.84 PASS AF=0.40553;AO=88;DP=217;FAO=88;FDP=217;FR=.;FRO=129;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=78;FWDB=0.00675842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.635;QD=14.2643;RBI=0.0132203;REFB=-0.0121544;REVB=-0.0113622;RO=128;SAF=55;SAR=33;SRF=50;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246315;STB=0.635708;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0246672;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:128:129:88:88:0.40553:33:55:50:78:33:55:51:78 chr13 40238175 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.000786593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.123;QD=11.8453;RBI=0.00635614;REFB=-0.00858133;REVB=-0.00630728;RO=44;SAF=9;SAR=17;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311707;STB=0.684909;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00932185;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:17:9:28:16:17:9:29:16 chr13 41133080 . A G 201.94 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00637351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.268;QD=24.4779;RBI=0.00646609;REFB=-0.00131376;REVB=-0.00109028;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691896;STB=0.538424;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000384851;OID=.;OPOS=41133080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:4:9:12:8:4:9 chr13 41382711 . A T 281.87 PASS AF=0.634146;AO=24;DP=39;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0137295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.559;QD=27.4997;RBI=0.0138564;REFB=0.00813538;REVB=-0.00187099;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109758;STB=0.546524;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00515489;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:15:15:24:26:0.634146:10:14:11:4:10:16:11:4 chr13 41515286 . T A 696.83 PASS AF=0.429379;AO=76;DP=178;FAO=76;FDP=177;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00515648;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.582;QD=15.7475;RBI=0.00634828;REFB=-0.000790471;REVB=0.00370289;RO=100;SAF=50;SAR=26;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127014;STB=0.574421;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00119717;OID=.;OPOS=41515286;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:100:101:76:76:0.429379:26:50:54:46:26:50:54:47 chr13 41517985 . A G 551.34 PASS AF=0.56044;AO=49;DP=89;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.00612965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=24.2349;RBI=0.03064;REFB=-0.0110406;REVB=0.0300206;RO=40;SAF=32;SAR=17;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114809;STB=0.563853;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00605527;OID=.;OPOS=41517985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:40:40:49:51:0.56044:17:32:31:9:18:33:31:9 chr13 41533052 . T C 199.23 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0639104;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.436;QD=15.0361;RBI=0.065486;REFB=-0.00512513;REVB=-0.0142785;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534768;STB=0.530361;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00648287;OID=.;OPOS=41533052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:9:21:15:8:9:21 chr13 41705495 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.858;QD=58.0611;RBI=0.0392862;REFB=0;REVB=0.0379077;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16522e-05;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr13 41706800 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.185;QD=57.5444;RBI=0.0175951;REFB=0;REVB=0.0124137;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86612e-05;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr13 41834744 . C T 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.000527026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.166;QD=18.0714;RBI=0.00786689;REFB=-0.0217178;REVB=0.00784921;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601557;STB=0.525949;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0411117;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:13:17:15:15:13:17:16:15 chr13 41902939 . T C 924.05 PASS AF=0.984615;AO=40;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8531;QD=56.8649;RBI=0.050919;REFB=0.0230859;REVB=-0.0132612;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-6.02151e-05;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:40:64:0.984615:16:24:0:0:21:43:0:1 chr13 42032572 . T C 553.22 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0171973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.576;QD=19.7579;RBI=0.0204772;REFB=-0.0184419;REVB=-0.0111161;RO=54;SAF=35;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119509;STB=0.570809;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0232675;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:55:57:57:0.508929:22:35:26:28:22:35:26:29 chr13 42381889 . T C 152.56 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0151269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.89;QD=10.3432;RBI=0.0227037;REFB=-0.0083085;REVB=0.0169303;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309598;STB=0.687422;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0218635;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:39:20:20:0.338983:13:7:24:14:13:7:25:14 chr13 42793479 . G A 721.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2618;QD=56.5606;RBI=0.0186788;REFB=0;REVB=0.0168365;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132557;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:20:29:0:0:22:29:0:0 chr13 42803341 . T C 3005.05 PASS AF=0.989637;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0301448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9816;QD=62.2808;RBI=0.0306205;REFB=0.0191856;REVB=0.00537616;RO=2;SAF=99;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102383;STB=0.505376;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000307645;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:193:2:2:191:191:0.989637:92:99:0:2:92:99:0:2 chr13 43463388 . TA AT,T 45.51 PASS AF=0,0.285714;AO=3,11;DP=64;FAO=0,18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=0,6;FSAR=0,12;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=-0.0359014,-0.11906;FXX=0.0596926;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=16.7872,10.5005;QD=2.88965;RBI=0.0982166,0.138558;REFB=-0.0590129,-0.0989335;REVB=-0.0914199,-0.0708737;RO=40;SAF=0,4;SAR=3,7;SRF=4;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.375752,0.429568;STB=0.5,0.615272;STBP=1,0.302;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.140875;OID=.,.;OPOS=43463388,43463389;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:64:63:40:45:3,11:0,18:0,0.285714:3,7:0,4:4:36:0,12:0,6:9:36 chr13 43469157 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.099;QD=59.6791;RBI=0.0525173;REFB=0;REVB=-0.0441164;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55533e-05;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr13 43469211 . G A 1316.29 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100452;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.204;QD=61.9432;RBI=0.0112406;REFB=0;REVB=0.00504431;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61202e-05;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:41:44:0:0 chr13 43788158 . G A 868.58 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.359;QD=57.9053;RBI=0.0232079;REFB=0;REVB=0.000749357;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65893e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr13 44455493 . T A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00640805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4874;QD=12.9223;RBI=0.0293174;REFB=-0.0072141;REVB=-0.0286085;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109607;STB=0.562858;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0127523;OID=.;OPOS=44455493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:12:22:12:10:12:22 chr13 45554013 . A G 430.96 PASS AF=0.602941;AO=42;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0295305;FXX=0.0144907;HRUN=7;LEN=1;MLLD=288.051;QD=25.3508;RBI=0.0303667;REFB=-0.0069372;REVB=-0.00707739;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271534;STB=0.507134;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00456773;OID=.;OPOS=45554013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:26:27:42:41:0.602941:26:16:10:16:25:16:11:16 chr13 45563464 . G C 1028.72 PASS AF=0.507317;AO=104;DP=205;FAO=104;FDP=205;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0020175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.271;QD=20.0726;RBI=0.0218487;REFB=-0.0185239;REVB=0.0217554;RO=101;SAF=47;SAR=57;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418788;STB=0.522963;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0170315;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:101:101:104:104:0.507317:57:47:41:60:57:47:41:60 chr13 45697437 . C G 274.23 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0120649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.92;QD=24.93;RBI=0.0120659;REFB=-0.00188024;REVB=0.000150146;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338527;STB=0.518832;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00123268;OID=.;OPOS=45697437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:18:7:6:13:18:7:6:13 chr13 46067593 . G A 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.057977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4133;QD=55.2186;RBI=0.0648341;REFB=0.00885704;REVB=0.0290194;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122487;STB=0.506491;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000582718;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:38:18:0:1:38:18:0:1 chr13 46077381 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.052;QD=50.4135;RBI=0.0136463;REFB=0;REVB=-0.0114134;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78418e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr13 46103935 . A G 772.59 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187996;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.208;QD=57.2287;RBI=0.0839104;REFB=0;REVB=0.0817773;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781589;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr13 46108853 . TG CA 1543.82 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240737;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.922;QD=59.9543;RBI=0.0173813;REFB=0;REVB=-0.0172138;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.41632e-06;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr13 46115731 . C A 1609.95 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442156;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0374;QD=59.0806;RBI=0.0808832;REFB=-0.119665;REVB=0.0677279;RO=1;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840107;STB=0.504424;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00237511;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:108:108:0.990826:56:52:0:1:56:52:0:1 chr13 46137837 . T C 2771.83 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194725;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.599;QD=62.2882;RBI=0.0355397;REFB=0;REVB=0.0297303;RO=0;SAF=91;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.40078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34073e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:179:178:0:0:177:178:1:86:91:0:0:87:91:0:0 chr13 46541673 . T A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00143583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.104;QD=15.6539;RBI=0.0168917;REFB=-0.0118823;REVB=-0.0168305;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13588;STB=0.576864;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0141061;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:18:14:15:11:18:14 chr13 46549568 . TCCCG TCC,TCCG 31.36 PASS AF=0,0.272727;AO=12,5;DP=44;FAO=0,12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=0,11;FSAR=0,1;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.164593,-0.160771;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=71.4174,12.4816;QD=2.85066;RBI=0.169692,0.167304;REFB=-0.0321875,-0.154905;REVB=-0.0412865,-0.0462943;RO=26;SAF=12,5;SAR=0,0;SRF=18;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.751281,0.606103;STB=0.5,0.709234;STBP=1,0.203;TYPE=del,del;VARB=0,0.154698;OID=.,.;OPOS=46549571,46549569;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCC,TCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.272727:12,5:44:0,12:44:32:0,11:0,1:25:7:32:26:12,5:0,0:18:8 chr13 46562935 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00122197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.738;QD=16.0718;RBI=0.00279168;REFB=-0.00515962;REVB=-0.00251003;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125757;STB=0.570915;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00549375;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:16:19:12:17:16:19 chr13 46629944 . A G 297.87 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.028629;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.319;QD=17.5216;RBI=0.0346359;REFB=0.0116915;REVB=0.0194943;RO=33;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198729;STB=0.510115;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0106326;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:33:36:32:32:0.470588:21:11:12:21:21:11:13:23 chr13 46641466 . A G 361.67 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00652274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.126;QD=19.2889;RBI=0.00804282;REFB=-0.00442574;REVB=-0.00470541;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17476;STB=0.601656;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00387637;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:37:38:0.506667:17:20:27:10:18:20:27:10 chr13 46641481 . T C 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00459869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.954;QD=19.4012;RBI=0.0192705;REFB=-0.0184728;REVB=0.0187138;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168476;STB=0.593221;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0121964;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:18:20:27:11:18:20:27:11 chr13 46648094 . C T 274.28 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00537512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.548;QD=12.9073;RBI=0.0218254;REFB=0.00672056;REVB=0.0211532;RO=53;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989357;STB=0.556665;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0112579;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:18:14:28:25:18:14:28:25 chr13 46656669 . A G 855.31 PASS AF=0.556338;AO=79;DP=142;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0158276;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.898;QD=24.0933;RBI=0.023888;REFB=-0.00357347;REVB=-0.017892;RO=63;SAF=37;SAR=42;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063897;STB=0.503488;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00273584;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:63:63:79:79:0.556338:42:37:30:33:42:37:30:33 chr13 46700642 . G T 840.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.424;QD=56.9998;RBI=0.0710218;REFB=0;REVB=0.0707388;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48868e-05;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:21:34:0:0:24:35:0:0 chr13 46708291 . T C 812.61 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00718359;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.311;QD=54.1737;RBI=0.0170575;REFB=-0.22047;REVB=0.0154711;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000767644;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:60:0:2:58:58:0.966667:28:30:0:0:28:30:0:2 chr13 46801970 . A G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0146323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.264;QD=18.6422;RBI=0.0163211;REFB=-0.0147215;REVB=-0.00723019;RO=23;SAF=2;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513638;STB=0.81061;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0285805;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:19:2:11:12:19:2:12:12 chr13 46802177 . A G 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0225606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.304;QD=17.0584;RBI=0.0254394;REFB=-0.0099458;REVB=0.011755;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311588;STB=0.501747;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00953869;OID=.;OPOS=46802177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:19:14:16:22:19:14:16:22 chr13 46946157 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.235;QD=58.239;RBI=0.0349189;REFB=0;REVB=0.0334032;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00393e-05;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr13 46948548 . G A 572.59 PASS AF=0.977273;AO=38;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.538;QD=52.0536;RBI=0.0273201;REFB=-0.0903657;REVB=0.00988953;RO=5;SAF=16;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125997;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00289704;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:44:5:1:38:43:0.977273:22:16:5:0:22:21:1:0 chr13 46948660 . A G 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.034728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.11;QD=4.50875;RBI=0.0355166;REFB=-0.00249211;REVB=0.00744269;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390639;STB=0.526257;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00760031;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:5:4:20:22:5:4:20:22 chr13 47127813 . C T 116.74 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00916834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7785;QD=10.377;RBI=0.0117239;REFB=0.00113628;REVB=0.00730697;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185179;STB=0.611489;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0043199;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:15:16:5:9:15:16 chr13 47260054 . T C 825.63 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0112748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2556;QD=54.1397;RBI=0.0331966;REFB=-0.159662;REVB=-0.0312233;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.500278;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00694649;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:29:30:1:1:29:30:1:1 chr13 47273458 . G C 1504.97 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621322;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.548;QD=64.0412;RBI=0.0186896;REFB=0;REVB=-0.0176266;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337935;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr13 47279454 . A G 1529.63 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.457;QD=63.7347;RBI=0.00718787;REFB=0;REVB=-0.000116141;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08157e-05;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr13 47308109 . A G 3143.58 PASS AF=1;AO=203;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.293;QD=61.0405;RBI=0.0228412;REFB=0;REVB=0.0186653;RO=0;SAF=89;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34697e-05;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:206:206:0:0:203:206:1:114:89:0:0:117:89:0:0 chr13 47315984 . T C 1299.23 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.797;QD=61.1404;RBI=0.0569871;REFB=0;REVB=-0.0082524;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205116;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:44:39:0:0:44:41:0:0 chr13 47354101 . C T 298.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0328739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8101;QD=18.6745;RBI=0.0463917;REFB=-0.0158111;REVB=0.0327337;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283245;STB=0.5158;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0189031;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:17:15:14:18:17:15 chr13 47469940 . G A 1574.31 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580579;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.089;QD=59.9737;RBI=0.0168487;REFB=0;REVB=0.0158168;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96917e-06;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr13 47470824 . C T 230.25 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2586;QD=46.0494;RBI=0.0491259;REFB=-0.0704051;REVB=0.0353076;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00745826;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:2:1:18:19:0.95:8:10:1:1:8:11:0:1 chr13 48033224 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9689;QD=62.3504;RBI=0.0258476;REFB=0;REVB=0.00688013;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320103;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr13 48547467 . A T 211.86 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00151369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5058;QD=16.6167;RBI=0.0221292;REFB=0.00489955;REVB=-0.0220774;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673758;STB=0.521258;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00884881;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:14:8:12:16:14:9:12:16 chr13 48619855 . C T 628.68 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0276203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3159;QD=19.051;RBI=0.0286639;REFB=-0.00394896;REVB=0.00766443;RO=67;SAF=43;SAR=21;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254283;STB=0.637535;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00783523;OID=.;OPOS=48619855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:68:64:64:0.484848:21:43:27:40:21:43:28:40 chr13 48835277 . A G 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0478938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.848;QD=19.2738;RBI=0.0479446;REFB=0.00642895;REVB=0.00220658;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192547;STB=0.60688;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00469971;OID=.;OPOS=48835277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:16:21:13:24:16:21:13:24 chr13 49107241 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.637;QD=62.6706;RBI=0.0544335;REFB=0;REVB=-0.0109488;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389827;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr13 49840024 . A G 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7859;QD=58.7766;RBI=0.0243083;REFB=0;REVB=0.0190475;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378221;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr13 49951142 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0119573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.839;QD=11.0158;RBI=0.0140562;REFB=-0.00539559;REVB=0.00738924;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201432;STB=0.618887;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00835779;OID=.;OPOS=49951142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:9:19:7:7:9:19 chr13 49951193 . T C 68.67 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0212221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6743;QD=5.84462;RBI=0.0212817;REFB=0.00243579;REVB=-0.00159098;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151132;STB=0.59556;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0106279;OID=.;OPOS=49951193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:32:37:10:10:0.212766:5:5:12:20:5:5:14:23 chr13 50008301 . A G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0281673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.467;QD=19.1562;RBI=0.0282655;REFB=0.00704038;REVB=0.00235368;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789497;STB=0.54462;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00928746;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:9:14:11:10:9:14 chr13 50038209 . C T 580.32 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=168;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0178492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5361;QD=13.8172;RBI=0.044246;REFB=-0.0127175;REVB=-0.0404859;RO=101;SAF=32;SAR=35;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292027;STB=0.51644;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0175012;OID=.;OPOS=50038209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:101:101:67:67:0.39881:35:32:51:50:35:32:51:50 chr13 50057097 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0235067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0565;QD=17.5599;RBI=0.0391708;REFB=-0.0136718;REVB=-0.0313335;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107884;STB=0.561337;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0123735;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:14:7:8:10:14:7 chr13 50080847 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0117572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.568;QD=12.7369;RBI=0.0412516;REFB=0.000618148;REVB=-0.0395407;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632847;STB=0.536992;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00195616;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:19:9:6:10:19:9 chr13 50123649 . G A 354.47 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0101623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7544;QD=18.9049;RBI=0.0819333;REFB=-0.015173;REVB=0.0813006;RO=38;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925774;STB=0.505152;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0112495;OID=.;OPOS=50123649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:13:24:25:13:13:24:25:13 chr13 50123688 . G T 318.99 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000390812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.021;QD=20.9174;RBI=0.0168345;REFB=-0.0106427;REVB=0.0168299;RO=26;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489742;STB=0.503224;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00758313;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:33:33:0.540984:12:21:18:8:12:21:18:10 chr13 50126382 . G A 93.3 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0543085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3899;QD=19.6421;RBI=0.101688;REFB=-0.00905913;REVB=0.0859708;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0100637;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr13 50134099 . T C 352.05 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0150222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.024;QD=28.7385;RBI=0.0267741;REFB=-0.0403603;REVB=-0.0221627;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106635;STB=0.550987;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0364965;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:19:29:30:0.612245:15:14:12:7:15:15:12:7 chr13 50134150 . A G 217.78 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00917013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0337;QD=22.924;RBI=0.0260344;REFB=-0.0186516;REVB=-0.0243659;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127573;STB=0.57136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0193683;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:10:7:12:9:10:7 chr13 50141362 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0361864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.175;QD=14.6981;RBI=0.0477961;REFB=-0.016213;REVB=-0.0312253;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110852;STB=0.563563;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0186141;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:4:19:12:4:4:19 chr13 50204880 . G A 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00657306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.896;QD=23.8983;RBI=0.0220648;REFB=0.0003005;REVB=-0.021063;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824948;STB=0.504501;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000533026;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:27:27:0.54:15:12:10:12:15:12:10:13 chr13 50207885 . G A 720.02 PASS AF=0.576271;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.017555;FXX=0.0247913;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1873;QD=24.4075;RBI=0.0706793;REFB=-0.023411;REVB=-0.0684644;RO=48;SAF=36;SAR=32;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382026;STB=0.520952;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.018954;OID=.;OPOS=50207885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:48:50:68:68:0.576271:32:36:23:25:32:36:24:26 chr13 50273603 . A G 412.75 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0323974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.608;QD=27.0654;RBI=0.0324141;REFB=-0.0175578;REVB=-0.00103932;RO=22;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207732;STB=0.613577;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00624739;OID=.;OPOS=50273603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:26:13:14:8:26:13:14:8 chr13 50273816 . T C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00615013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.121;QD=12.9139;RBI=0.00813804;REFB=-0.00139263;REVB=-0.0053295;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119715;STB=0.500687;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217431;OID=.;OPOS=50273816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:20:17:11:13:20:17 chr13 50275515 . C T 595.17 PASS AF=0.526316;AO=59;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00519679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.717;QD=20.8831;RBI=0.00868783;REFB=-0.0147139;REVB=-0.00696217;RO=54;SAF=32;SAR=27;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278029;STB=0.519428;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0126914;OID=.;OPOS=50275515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:59:60:0.526316:27:32:31:23:28:32:31:23 chr13 50296115 . C T 513.18 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3563;QD=58.6488;RBI=0.0122773;REFB=0;REVB=0.00949691;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129329;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:17:18:0:0 chr13 50464969 . G A 361.05 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0168773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0868;QD=20.3407;RBI=0.0218023;REFB=-0.0117643;REVB=-0.013802;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392166;STB=0.521727;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0103462;OID=.;OPOS=50464969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:19:18:15:19:19:18:15:19 chr13 50466911 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0528055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.944;QD=15.8821;RBI=0.0631176;REFB=-0.00934699;REVB=-0.0345747;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.599808;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00713269;OID=.;OPOS=50466911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:5:5:2:7:5:5:3:7 chr13 50587718 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.549;QD=35.5676;RBI=0.044422;REFB=0;REVB=0.0308881;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220983;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr13 50588492 . T C 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0547842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4357;QD=33.9174;RBI=0.0548495;REFB=-0.130814;REVB=-0.00267632;RO=4;SAF=14;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114284;STB=0.562429;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0279492;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:2:14:4:0:2:14:4:0 chr13 50588494 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.614;QD=53.277;RBI=0.0606542;REFB=0;REVB=0.0118883;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128197;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr13 50588496 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3149;QD=56.1913;RBI=0.0561044;REFB=0;REVB=-0.020154;RO=0;SAF=26;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556871;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:2:26:0:0:2:26:0:0 chr13 50590423 . G C 108.01 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.057313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.749;QD=13.0916;RBI=0.0573293;REFB=-0.0057315;REVB=-0.00136747;RO=20;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429038;STB=0.763107;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0253859;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:1:12:14:6:1:12:14:6 chr13 50591480 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.285;QD=56.7059;RBI=0.0519757;REFB=0;REVB=0.0511259;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728762;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr13 50656582 . T A 655.95 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00413311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.961;QD=22.8156;RBI=0.0155779;REFB=-0.0225426;REVB=0.0150196;RO=51;SAF=28;SAR=36;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906575;STB=0.549603;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0143426;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:36:28:28:23:36:28:28:23 chr13 50656611 . G T 489.02 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0108743;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6789;QD=14.9319;RBI=0.0115635;REFB=-0.0364838;REVB=-0.00393249;RO=76;SAF=27;SAR=27;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410528;STB=0.526708;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.03336;OID=.;OPOS=50656611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:76:77:54:54:0.412214:27:27:35:41:27:27:35:42 chr13 50678837 . C T 306.94 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000279564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.133;QD=21.9241;RBI=0.00363525;REFB=-0.0244386;REVB=-0.00362448;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114737;STB=0.540976;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0166185;OID=.;OPOS=50678837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:12:20:11:12:13:19:12:12 chr13 51387124 . A G 396.45 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.000215224;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6579;QD=15.103;RBI=0.009472;REFB=-0.000965142;REVB=-0.00946955;RO=61;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867549;STB=0.544359;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00272081;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:60:45:45:0.428571:22:23:26:35:22:23:26:34 chr13 51594741 . T G 248.07 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0203633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3892;QD=13.9758;RBI=0.0224937;REFB=-0.0106356;REVB=-0.00955535;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247662;STB=0.635751;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0183747;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:42:28:29:0.408451:13:15:11:27:14:15:12:30 chr13 51603768 . T C 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0309496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.474;QD=28.9922;RBI=0.0315926;REFB=0.00448682;REVB=0.00634184;RO=14;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958234;STB=0.552873;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00239432;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:16:9:7:7:16:9:7:7 chr13 52313195 . C T 298.78 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=50;FWDB=0.00806606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.786;QD=11.833;RBI=0.0198314;REFB=-0.0110876;REVB=-0.0181169;RO=65;SAF=10;SAR=26;SRF=15;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681844;STB=0.538986;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0261667;OID=.;OPOS=52313195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:26:10:15:50:26:10:15:50 chr13 52515354 . A G 1009.69 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.09;QD=59.3937;RBI=0.0367316;REFB=0;REVB=0.0234109;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158521;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:61:68:1:44:17:0:0:50:18:0:0 chr13 52515982 . A AAC 794.96 PASS AF=0.882353;AO=58;DP=71;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00118183;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=2;MLLD=259.67;QD=46.7621;RBI=0.0052731;REFB=-0.00286459;REVB=-0.00513896;RO=11;SAF=32;SAR=26;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110283;STB=0.549983;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.000366278;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:58:71:60:68:8:33:27:1:7:38:11:32:26:2:9 chr13 52523808 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.825;QD=59.4357;RBI=0.0283682;REFB=0;REVB=0.0190477;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012501;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr13 52524488 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9748;QD=57.1002;RBI=0.0226007;REFB=0;REVB=-0.0161704;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410425;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chr13 52544805 . C G 1659.57 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6339;QD=60.3482;RBI=0.0211264;REFB=0;REVB=-0.0102445;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165048;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:55:55:0:0 chr13 52548140 . A C 1326.47 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903884;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3067;QD=62.4222;RBI=0.015435;REFB=0;REVB=-0.0125116;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145293;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:37:46:0:0:39:46:0:0 chr13 52603194 . G T 1609.41 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084758;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.649;QD=60.1649;RBI=0.0143514;REFB=0;REVB=0.0115811;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41802e-06;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr13 52603775 . C T 253.82 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.143;QD=50.7646;RBI=0.0103923;REFB=0;REVB=-0.00616068;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214794;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:7:13:0:0 chr13 52605675 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.38;QD=37.4885;RBI=0.036488;REFB=0;REVB=-0.00681637;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452253;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr13 52607169 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.021;QD=54.5173;RBI=0.0270107;REFB=0;REVB=0.0228363;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174899;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr13 52718050 . C CT 233.7 PASS AF=0.945455;AO=37;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0888899;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.86297;QD=16.9967;RBI=0.154745;REFB=-0.0532542;REVB=-0.126668;RO=16;SAF=23;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704112;STB=0.50502;STBP=0.814;TYPE=ins;VARB=0.0454357;OID=.;OPOS=52718051;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945455:37:56:52:55:3:30:22:2:1:5:16:23:14:8:8 chr13 52971893 . G A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0618;QD=59.8309;RBI=0.0145228;REFB=0;REVB=0.0137282;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181095;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr13 53035783 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3785;QD=52.6131;RBI=0.0331837;REFB=0;REVB=-0.030776;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134249;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr13 53035925 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.179;QD=53.2768;RBI=0.00760136;REFB=0;REVB=-0.000392109;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39502e-05;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr13 53050479 . G A 820.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036942;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.639;QD=57.5684;RBI=0.00588564;REFB=0;REVB=-0.00458188;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15396e-06;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr13 53420546 . C T 524.34 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0956826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0932;QD=24.1074;RBI=0.0968314;REFB=-0.0224355;REVB=0.0148712;RO=36;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193897;STB=0.521238;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.025065;OID=.;OPOS=53420546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:36:38:49:49:0.563218:23:26:20:16:23:26:22:16 chr13 53422553 . A G 338.57 PASS AF=0.514286;AO=27;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0378127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3502;QD=19.3468;RBI=0.0703475;REFB=-0.0132285;REVB=-0.0593209;RO=30;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363779;STB=0.698584;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0111669;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:34:27:36:0.514286:20:7:19:11:26:10:23:11 chr13 53602970 . A G 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0483013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.407;QD=18.0344;RBI=0.0486156;REFB=-0.00379031;REVB=-0.00551873;RO=44;SAF=27;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116159;STB=0.50649;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00334291;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:12:27:30:14:12:27:30:14 chr13 53608632 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.181;QD=57.1537;RBI=0.0213333;REFB=0;REVB=-0.0189266;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65162e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:33:20:0:0:33:22:0:0 chr13 55748673 . T C 1788.86 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668424;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3025;QD=61.1575;RBI=0.0272277;REFB=0;REVB=0.0263945;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103405;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:66:51:0:0:66:51:0:0 chr13 60385058 . C CTAT 53.43 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0151381;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.223;QD=5.93674;RBI=0.0151688;REFB=-0.00651223;REVB=-0.000964882;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278652;STB=0.681336;STBP=0.261;TYPE=ins;VARB=0.0116573;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:8:39:8:36:28:6:2:15:13:53:30:6:2:16:14 chr13 61986918 . C A 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0109427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.592;QD=18.6396;RBI=0.0413397;REFB=-0.01007;REVB=-0.0398651;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275867;STB=0.656566;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0108233;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:15:9:14:7:15:9 chr13 62232195 . A ATGATCCC 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0228965;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=267.227;QD=12.1824;RBI=0.0230407;REFB=-0.00233284;REVB=-0.00257402;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.580483;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.00431405;OID=.;OPOS=62232196;OREF=-;OALT=TGATCCC;OMAPALT=ATGATCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:25:10:25:15:6:4:7:8:76:15:6:4:7:8 chr13 64415157 . AGGGT AGGTG 35.67 PASS AF=0.28;AO=5;DP=27;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0786077;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=2;MLLD=24.886;QD=5.70719;RBI=0.0790696;REFB=-0.105175;REVB=0.00853437;RO=16;SAF=0;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642913;STB=0.654033;STBP=0.486;TYPE=mnp;VARB=0.193634;OID=.;OPOS=64415160;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=AGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:5:27:7:25:18:1:6:5:13:31:16:0:5:4:12 chr13 69267981 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.000274128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.882;QD=17.4276;RBI=0.00139386;REFB=-0.0200724;REVB=0.00136664;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283396;STB=0.501616;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0242731;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:5:14:17:6:5:14:17:6 chr13 72131164 . A G 411.55 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0287663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5825;QD=18.4965;RBI=0.0648284;REFB=-0.00193753;REVB=0.0580966;RO=47;SAF=14;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128109;STB=0.575963;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00178794;OID=.;OPOS=72131164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:47:41:42:0.47191:27:14:22:25:28:14:22:25 chr13 73280182 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.134;QD=53.9112;RBI=0.0146595;REFB=0;REVB=-0.00873074;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75845e-05;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr13 73301655 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000286541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=363.145;QD=57.5452;RBI=0.0115788;REFB=0;REVB=0.0115753;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39563e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr13 73301728 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.482;QD=56.1916;RBI=0.00540513;REFB=0;REVB=-0.00484307;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115649;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr13 73302261 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.106282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.288;QD=12.0144;RBI=0.106686;REFB=0.00110025;REVB=0.00927697;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228982;STB=0.633719;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00126347;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:17:17:14:6:17:17 chr13 73329358 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000144213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.759;QD=21.9721;RBI=0.00711303;REFB=-0.010582;REVB=-0.00711157;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0131342;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:8:13:13:10:8:13 chr13 73333763 . G A 374.54 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00912525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.92;QD=16.109;RBI=0.0101099;REFB=-0.00989452;REVB=0.00435194;RO=53;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492506;STB=0.536346;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0183777;OID=.;OPOS=73333763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:53:39:40:0.430108:24:15:18:35:24:16:18:35 chr13 73343039 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0274749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.637;QD=27.2218;RBI=0.0283047;REFB=-0.0080629;REVB=-0.0068033;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581605;STB=0.532138;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00913522;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:12:13:7:9:12:13:7:9 chr13 73350079 . T C 616.24 PASS AF=0.43871;AO=67;DP=153;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.00274152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8312;QD=15.9029;RBI=0.00963577;REFB=-0.0228216;REVB=-0.00923754;RO=85;SAF=32;SAR=35;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664431;STB=0.532101;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0222602;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:85:87:67:68:0.43871:35:32:35:50:36:32:36:51 chr13 73650111 . AC A,AA 365.81 PASS AF=0.555556,0.444444;AO=10,18;DP=28;FAO=15,12;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12,10;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117905,-0.0121495;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.089,239.716;QD=54.1936;RBI=0.0232811,0.0264845;REFB=0,0;REVB=-0.0200747,-0.0235334;RO=0;SAF=8,13;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00995429,0.00433627;OID=.,.;OPOS=73650112,73650112;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.555556,0.444444:10,18:28:15,12:27:0:12,10:3,2:0:0:23:0:8,13:2,5:0:0 chr13 73650117 . G A 391.72 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.17;QD=55.9597;RBI=0.0425068;REFB=0;REVB=0.00975613;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151736;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr13 74339104 . G T 240.77 PASS AF=0.528302;AO=22;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0188945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.742;QD=18.1711;RBI=0.0254546;REFB=0.0134039;REVB=0.0170567;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21385;STB=0.52306;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0173279;OID=.;OPOS=74339104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:25:22:28:0.528302:17:5:9:12:17:11:11:14 chr13 74518210 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0324299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.563;QD=16.1184;RBI=0.0344371;REFB=-0.0190926;REVB=-0.0115851;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341381;STB=0.701369;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0189708;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:6:7:10:2:6:7 chr13 74988714 . C T 1784.47 PASS AF=0.504225;AO=179;DP=356;FAO=179;FDP=355;FR=.;FRO=176;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.0158029;FXX=0.00280891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.175;QD=20.1067;RBI=0.0312399;REFB=-0.0444237;REVB=-0.0269481;RO=169;SAF=84;SAR=95;SRF=92;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666999;STB=0.52932;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0456082;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:169:176:179:179:0.504225:95:84:92:77:95:84:93:83 chr13 75814018 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.718;QD=50.4135;RBI=0.0275705;REFB=0;REVB=0.0229472;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94695e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr13 75814384 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.131;QD=64.4154;RBI=0.0368885;REFB=0;REVB=-0.0330491;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407372;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr13 75884216 . C T 207.32 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0140879;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.463;QD=8.72938;RBI=0.0289238;REFB=-0.0143005;REVB=-0.025261;RO=68;SAF=10;SAR=17;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153701;STB=0.509145;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.035884;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:68:27:27:0.284211:17:10:26:42:17:10:26:42 chr13 75936519 . C G 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.042;QD=59.0424;RBI=0.0152322;REFB=0.00163186;REVB=-0.000564226;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-2.44768e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:15:26:0:1:15:26:0:1 chr13 76055602 . G A 222.43 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0202603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.038;QD=18.93;RBI=0.024557;REFB=-0.00191452;REVB=0.0138769;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103525;STB=0.553144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00238917;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:25:22:22:0.468085:11:11:8:13:11:11:10:15 chr13 76055820 . G C 439.13 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.100751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6339;QD=17.0537;RBI=0.102284;REFB=-0.00703335;REVB=-0.0176429;RO=55;SAF=38;SAR=10;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154071;STB=0.58651;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00592;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:10:38:37:18:10:38:37:18 chr13 76124151 . C T 440.25 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0238321;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.194;QD=15.7232;RBI=0.109282;REFB=-0.0239132;REVB=-0.106651;RO=62;SAF=19;SAR=30;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130303;STB=0.577746;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0287186;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:63:49:49:0.4375:30:19:32:30:30:19:33:30 chr13 76143572 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0160565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3434;QD=10.6444;RBI=0.0310696;REFB=0.012091;REVB=-0.0265991;RO=38;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031633;STB=0.531566;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0269986;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:7:12:23:15:7:13:23:15 chr13 76378459 . T C 1785.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.398;QD=61.0546;RBI=0.0197787;REFB=0;REVB=0.0135869;RO=0;SAF=69;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20216e-05;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:48:69:0:0:48:69:0:0 chr13 76382100 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0159571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.981;QD=16.616;RBI=0.0293949;REFB=-0.00654024;REVB=0.0246867;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262442;STB=0.63288;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00900116;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:5:15:8:9:6:15 chr13 76409436 . A G 797.9 PASS AF=0.522876;AO=80;DP=153;FAO=80;FDP=153;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0087168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2709;QD=20.86;RBI=0.0126334;REFB=-0.00404804;REVB=0.00914439;RO=72;SAF=37;SAR=43;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324898;STB=0.521207;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00467463;OID=.;OPOS=76409436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:73:80:80:0.522876:43:37:36:36:43:37:37:36 chr13 76423248 . T C 834.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0724;QD=57.5573;RBI=0.0478139;REFB=0;REVB=0.0387754;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052886;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:25:33:0:0 chr13 76445316 . C T 458.71 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0317611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8886;QD=18.3482;RBI=0.0365095;REFB=0.00772579;REVB=-0.0180049;RO=54;SAF=28;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894568;STB=0.549978;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.010166;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:18:28:28:26:18:28:28:26 chr13 76457183 . T C 747.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.308;QD=55.3944;RBI=0.0167676;REFB=0;REVB=0.00996464;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75992e-05;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:21:28:0:0:24:30:0:0 chr13 76709108 . G A 802.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.339;QD=57.3095;RBI=0.0606517;REFB=0;REVB=0.0532516;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125614;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:14:40:0:0:16:40:0:0 chr13 76709223 . C A 1815.37 PASS AF=0.991736;AO=70;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5553;QD=60.0121;RBI=0.0717215;REFB=0.0112077;REVB=0.0705111;RO=0;SAF=69;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69562e-08;STB=0.50505;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000303061;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:70:120:0.991736:1:69:0:0:49:71:0:1 chr13 77527764 . T A 572.46 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.000235302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=364.91;QD=22.0177;RBI=0.000773385;REFB=0.000925047;REVB=0.00073672;RO=47;SAF=30;SAR=27;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575812;STB=0.531557;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000769452;OID=.;OPOS=77527764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:27:30:28:19:27:30:28:19 chr13 77566090 . C T 169.64 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0392111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.461;QD=33.9281;RBI=0.0488587;REFB=-0.0751954;REVB=0.029149;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153443;OID=.;OPOS=77566090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:8:8:2:2:8:8:2:2 chr13 77566158 . A G 119.57 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0204176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.386;QD=8.85733;RBI=0.0217166;REFB=-0.0273995;REVB=-0.0073983;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862132;STB=0.573983;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0580668;OID=.;OPOS=77566158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:15:16:0.296296:7:8:23:15:8:8:23:15 chr13 77574983 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00280445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.351;QD=15.6537;RBI=0.00477873;REFB=-0.00615582;REVB=-0.00386928;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158392;STB=0.589406;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00887947;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:20:12:14:12:20:12 chr13 77575137 . A G 378.85 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00697143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.902;QD=29.1422;RBI=0.0312864;REFB=-0.0111567;REVB=0.0304998;RO=17;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131774;STB=0.571701;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.021219;OID=.;OPOS=77575137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:18:17:12:5:18:17:12:5 chr13 77632470 . C T 438.21 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00124006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.808;QD=12.8886;RBI=0.0123858;REFB=0.00237474;REVB=-0.0123235;RO=83;SAF=20;SAR=31;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239924;STB=0.642296;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00409724;OID=.;OPOS=77632470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:85:51:51:0.375:31:20:51:32:31:20:53:32 chr13 77751892 . C T 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00293441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.823;QD=56.3505;RBI=0.004875;REFB=-0.00354953;REVB=0.00389292;RO=2;SAF=36;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255372;STB=0.51351;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=2.62641e-05;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:33:36:2:0:33:36:2:0 chr13 77759465 . T C 218.98 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.034291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.68;QD=16.5265;RBI=0.0372056;REFB=-0.0208165;REVB=0.0144356;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2354;STB=0.634113;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0245356;OID=.;OPOS=77759465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:23:23:0.433962:16:7:15:13:16:7:15:13 chr13 78146301 . C T 1457.4 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0683616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1078;QD=62.0169;RBI=0.0816985;REFB=0.00169031;REVB=-0.0447363;RO=1;SAF=36;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129867;STB=0.506848;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=4.92903e-05;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:57:36:1:0:57:36:1:0 chr13 78192207 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.199;QD=53.2772;RBI=0.0326428;REFB=0;REVB=0.0226157;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278219;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr13 78216873 . A G 1258.63 PASS AF=0.977011;AO=82;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.417;QD=57.8678;RBI=0.0237705;REFB=-0.12988;REVB=0.018082;RO=5;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218294;STB=0.503019;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00174624;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:5:2:82:85:0.977011:50:32:1:4:53:32:1:1 chr13 78338016 . A G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00991824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.957;QD=16.279;RBI=0.0252557;REFB=-0.0173039;REVB=0.0232266;RO=33;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454828;STB=0.525673;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0155933;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:19:9:12:21:19:9:12:21 chr13 78477674 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.688;QD=58.238;RBI=0.0323571;REFB=0;REVB=-0.028629;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02508e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr13 78521666 . C G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00822229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.86;QD=12.724;RBI=0.0217825;REFB=-0.00332025;REVB=-0.0201711;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.60647;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00471013;OID=.;OPOS=78521666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:12:11:11:24:12:11:11:25 chr13 78521890 . C A 79.26 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.134155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.087;QD=15.8519;RBI=0.134917;REFB=-0.0318826;REVB=-0.0143158;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0295808;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr13 79174091 . T A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.389;QD=60.7157;RBI=0.0252102;REFB=0;REVB=0.0152606;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06207e-05;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr13 79188534 . T A 1576.64 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.897;QD=59.496;RBI=0.0174922;REFB=0;REVB=0.00691604;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46744e-05;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:42:61:0:0:44:62:0:0 chr13 79194750 . TGA T 934.37 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762404;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.485;QD=58.3983;RBI=0.00768599;REFB=0;REVB=-0.000973857;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.88926e-05;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:63:64:64:0:24:40:0:0:5:0:23:38:0:0 chr13 79940811 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00175948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.386;QD=14.9787;RBI=0.0155674;REFB=-0.0188775;REVB=-0.0154677;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515122;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0127948;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:2:8:8:2:2:8:9:2 chr13 80910786 . C A 499.57 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0389189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4644;QD=54.007;RBI=0.0417613;REFB=-0.0868146;REVB=-0.0151437;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424896;STB=0.522714;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00310444;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:0:2:21:14:0:2 chr13 80910851 . A C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00631944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.802;QD=23.2362;RBI=0.00663509;REFB=0.0153555;REVB=-0.00202214;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129189;STB=0.507238;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0137446;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:7:6:8:10:7:6 chr13 80911525 . G A 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00468616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.345;QD=17.4547;RBI=0.0132752;REFB=-0.0222168;REVB=-0.0124206;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161364;STB=0.590485;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0201949;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:11:18:12:15:11:18 chr13 84452418 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0165858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.419;QD=19.2766;RBI=0.0167586;REFB=-0.00523099;REVB=0.00240037;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935225;STB=0.552099;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00392368;OID=.;OPOS=84452418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:13:21:17:16:13:21:17:16 chr13 86367009 . C A 417.16 PASS AF=0.494253;AO=39;DP=83;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.000230311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.058;QD=19.1797;RBI=0.0116532;REFB=-0.00765806;REVB=0.0116509;RO=44;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086382;STB=0.554073;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0053777;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:44:44:39:43:0.494253:16:23:22:22:17:26:22:22 chr13 86367973 . CT C,TC 91.17 PASS AF=0.736842,0;AO=9,2;DP=18;FAO=14,0;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0535235,0.0323661;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.4812,11.036;QD=19.1936;RBI=0.0898887,0.0865753;REFB=-0.0370293,-0.0512329;REVB=-0.0722164,-0.0802977;RO=5;SAF=5,0;SAR=4,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0964512,-0.589598;STB=0.526278,0.5;STBP=0.751,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00637448,0.141978;OID=.,.;OPOS=86367974,86367973;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:19:5:5:9,2:14,0:0.736842,0:4,2:5,0:2:3:7,0:7,0:2:3 chr13 86369120 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0180053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.054;QD=23.7582;RBI=0.0199977;REFB=-0.012577;REVB=-0.00870167;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655371;STB=0.524253;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00925678;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:14:12:8:13:14:12:9:13 chr13 88331241 . T A,TTGTA 44.89 PASS AF=0,0.304348;AO=3,7;DP=26;FAO=0,7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0170453,0.00015042;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=47.4152,274.674;QD=7.80635;RBI=0.0172962,0.00978981;REFB=0.0299826,0.00169193;REVB=-0.00293496,-0.00978866;RO=16;SAF=3,2;SAR=0,5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.575361,-0.369678;STB=0.5,0.731059;STBP=1,0.193;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00189031;OID=.,.;OPOS=88331241,88331242;OREF=T,-;OALT=A,TGTA;OMAPALT=A,TTGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:26:23:16:16:3,7:0,7:0,0.304348:0,5:3,2:10:6:0,5:0,2:10:6 chr13 91434105 . G C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0107585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.821;QD=21.7465;RBI=0.0238;REFB=-0.0171565;REVB=-0.0212295;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904321;STB=0.550616;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0175826;OID=.;OPOS=91434105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:13:7:10:12:13:7 chr13 92345579 . C T 502.48 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0192632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.547;QD=15.8262;RBI=0.0340743;REFB=-0.0219409;REVB=-0.0281067;RO=72;SAF=28;SAR=27;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061248;STB=0.534258;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0248107;OID=.;OPOS=92345579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:55:55:0.433071:27:28:41:31:27:28:41:31 chr13 95034749 . G A 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0307961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1165;QD=18.6404;RBI=0.0321215;REFB=-0.0160403;REVB=-0.00913179;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225906;STB=0.626445;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0210584;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:18:8:14:11:18:8 chr13 95034763 . G A 298.54 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0266595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.215;QD=23.8833;RBI=0.0273565;REFB=-0.0187448;REVB=-0.00613603;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236614;STB=0.632227;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0179298;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:8:19:10:13:8:19:10:13 chr13 95264598 . A G 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00230108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.976;QD=17.4084;RBI=0.00702408;REFB=-0.0095156;REVB=0.00663647;RO=48;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908523;STB=0.5507;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0126939;OID=.;OPOS=95264598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:24:16:15:33:24:16:15:33 chr13 95264604 . C T 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.514;QD=62.3137;RBI=0.0271673;REFB=0;REVB=0.0206888;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94785e-05;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr13 95279505 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.181;QD=55.6561;RBI=0.0101156;REFB=0;REVB=-0.000668367;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76239e-06;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr13 95280923 . A T 1771.47 PASS AF=0.991736;AO=115;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.257;QD=58.561;RBI=0.095293;REFB=-0.147223;REVB=0.063225;RO=3;SAF=64;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217367;STB=0.503649;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00683238;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:3:1:115:120:0.991736:51:64:3:0:52:68:1:0 chr13 95364046 . C G 627.17 PASS AF=0.426829;AO=70;DP=164;FAO=70;FDP=164;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0137136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.696;QD=15.2967;RBI=0.0139666;REFB=-0.0131014;REVB=-0.002646;RO=94;SAF=39;SAR=31;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12372;STB=0.569126;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0172582;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:94:94:70:70:0.426829:31:39:41:53:31:39:41:53 chr13 95673518 . T C 2255.96 PASS AF=0.973154;AO=144;DP=148;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00461153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.207;QD=60.5627;RBI=0.00893633;REFB=-0.0307729;REVB=0.00765453;RO=4;SAF=65;SAR=79;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.507966;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000644433;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:149:4:4:144:145:0.973154:79:65:3:1:79:66:3:1 chr13 95673938 . TA T,TG 1395.03 PASS AF=0.322581,0.677419;AO=30,63;DP=93;FAO=30,63;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=19,27;FSAR=11,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221503,0.00819214;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.918,143.137;QD=60.0015;RBI=0.0458491,0.0394029;REFB=0,0;REVB=0.0401435,0.0385419;RO=0;SAF=19,27;SAR=11,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.31521e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00148233,-0.00152018;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.322581,0.677419:30,63:93:30,63:93:0:19,27:11,36:0:0:99:0:19,27:11,36:0:0 chr13 95714976 . C T 1003.77 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.033;QD=59.0453;RBI=0.00436331;REFB=0;REVB=-9.21438e-05;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22893e-05;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:27:41:0:0 chr13 95726541 . A G 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.469;QD=61.692;RBI=0.0664061;REFB=0;REVB=0.0635373;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105162;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr13 95727780 . T C 989.89 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2046;QD=59.098;RBI=0.0259911;REFB=0;REVB=-0.0173149;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320752;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr13 95847194 . A G 170.65 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0308965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.887;QD=12.4112;RBI=0.0309198;REFB=-0.00555309;REVB=-0.00119823;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231922;STB=0.632573;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.010786;OID=.;OPOS=95847194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:9:25:11:10:9:25 chr13 95858978 . T C 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0117853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.283;QD=6.20621;RBI=0.0120675;REFB=-0.00935422;REVB=-0.00259438;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106226;STB=0.568031;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0258094;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:14:16:4:5:14:16 chr13 95858996 . T C 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000692613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.958;QD=6.8072;RBI=0.0218071;REFB=-0.00242006;REVB=-0.0217961;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199261;STB=0.609518;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00739315;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:4:5:10:16:4:5:11:16 chr13 95861804 . A G 952.62 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.306;QD=58.6228;RBI=0.0473347;REFB=0;REVB=0.0190936;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250082;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr13 95863008 . C A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00874313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.086;QD=18.4388;RBI=0.016068;REFB=-0.00432188;REVB=-0.013481;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308283;STB=0.517229;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00382697;OID=.;OPOS=95863008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:14:15:14:15:14:15 chr13 95988412 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0115048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.056;QD=17.321;RBI=0.0144711;REFB=-0.01452;REVB=-0.00877785;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021362;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0163774;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:10:6:6:11:10:6:6:12 chr13 96540141 . T C 4991.58 PASS AF=0.987692;AO=319;DP=324;FAO=321;FDP=325;FR=.;FRO=4;FSAF=157;FSAR=164;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0067368;FXX=0.00611602;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6373;QD=61.4348;RBI=0.00855259;REFB=-0.025403;REVB=0.005269;RO=4;SAF=157;SAR=162;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572181;STB=0.502944;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000830878;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:324:325:4:4:319:321:0.987692:162:157:1:3:164:157:1:3 chr13 96540143 . T C 5126.26 PASS AF=1;AO=323;DP=324;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000800776;FXX=0.00914606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.166;QD=63.0925;RBI=0.0329268;REFB=-0.0165596;REVB=0.032917;RO=1;SAF=158;SAR=165;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40618e-06;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:324:325:1:0:323:325:1:165:158:1:0:167:158:0:0 chr13 96601679 . C T 1734.84 PASS AF=0.991379;AO=110;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335052;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.524;QD=59.822;RBI=0.0338516;REFB=0;REVB=0.00483064;RO=0;SAF=41;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0172141;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:116:0:0:110:115:0.991379:69:41:0:0:70:45:0:0 chr13 96624836 . A G 768.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396487;FXX=0.086192;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.804;QD=58.001;RBI=0.0399432;REFB=0;REVB=0.00484105;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399967;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr13 96638636 . A C 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.031;QD=60.8497;RBI=0.00625327;REFB=0;REVB=-0.0015146;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32939e-06;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr13 97484830 . A G 622.26 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0163423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.731;QD=16.5936;RBI=0.0178609;REFB=-0.00721141;REVB=-0.00720713;RO=85;SAF=35;SAR=30;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21027;STB=0.616987;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00798698;OID=.;OPOS=97484830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:85:65:65:0.433333:30:35:28:57:30:35:28:57 chr13 97489434 . T A 380.14 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0122147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.581;QD=17.0849;RBI=0.0283364;REFB=-0.0344434;REVB=0.0255686;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022826;STB=0.519383;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0335264;OID=.;OPOS=97489434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:49:39:40:0.449438:20:19:25:24:21:19:25:24 chr13 97489457 . G A 317.59 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00134208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.192;QD=19.2481;RBI=0.00241408;REFB=0.0135828;REVB=0.00200664;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012643;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0131468;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:33:34:0.515152:18:15:15:17:18:16:15:17 chr13 98045158 . A G 528.69 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00566147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3368;QD=16.3935;RBI=0.0365694;REFB=-0.012801;REVB=0.0361285;RO=71;SAF=20;SAR=37;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188062;STB=0.601758;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0170805;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:72:57:57:0.44186:37:20:38:33:37:20:38:34 chr13 98829176 . T C 874.94 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457764;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.716;QD=56.4475;RBI=0.0458161;REFB=-0.0160165;REVB=-0.0019078;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.512191;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=6.0653e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:41:20:0:0:41:20:1:0 chr13 98896776 . C T 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000425285;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.005;QD=58.0826;RBI=0.0272894;REFB=0;REVB=0.027286;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3063e-05;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr13 99088006 . G A 147.85 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0318379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5758;QD=9.38706;RBI=0.0320126;REFB=-0.0150817;REVB=0.00334054;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150711;STB=0.588889;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0451011;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:25:18:11:9:25:18 chr13 99088113 . C T 170.74 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0169215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.787;QD=17.0742;RBI=0.0358411;REFB=-0.0297821;REVB=0.031595;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131602;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0540052;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:7:10:10:12:8:10:10:12 chr13 99100547 . T C 328.8 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00868103;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.665;QD=13.0217;RBI=0.015143;REFB=-0.00486558;REVB=-0.0124076;RO=63;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128399;STB=0.577424;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00866101;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:63:62:39:39:0.386139:26:13:28:35:26:13:28:34 chr13 99102477 . GC G 167.31 PASS AF=0.328571;AO=44;DP=143;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0361092;FXX=0.0209776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2716;QD=4.78025;RBI=0.0486403;REFB=-0.0428835;REVB=0.0325885;RO=91;SAF=28;SAR=16;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0.377358;SSSB=0.241494;STB=0.622169;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0552684;OID=.;OPOS=99102478;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328571:44:143:46:140:94:28:18:40:54:99:91:28:16:39:52 chr13 99102607 . C T 164.21 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0704571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1964;QD=11.1329;RBI=0.0710216;REFB=-0.0154209;REVB=0.00893628;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958943;STB=0.535681;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0339221;OID=.;OPOS=99102607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:38:21:21:0.355932:11:10:14:22:11:10:16:22 chr13 99112680 . C T 338.68 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0308888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9549;QD=50.1756;RBI=0.0459276;REFB=-0.032316;REVB=0.0339886;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00647783;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:10:15:1:0:10:16:1:0 chr13 99324248 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.206;QD=37.4885;RBI=0.0378355;REFB=0;REVB=0.0181204;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171747;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr13 99373505 . G C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0200736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.112;QD=8.30759;RBI=0.0519372;REFB=-0.021967;REVB=-0.0479012;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0366598;OID=.;OPOS=99373505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:10:8:5:3:10:8 chr13 99376181 . C T 345.84 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0015318;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.024;QD=19.2135;RBI=0.0399349;REFB=-0.00218084;REVB=0.0399056;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110972;STB=0.569086;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00297342;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:36:36:36:0.5:19:17:22:15:19:17:22:14 chr13 99447005 . T C 1572.45 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0248441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1372;QD=62.8978;RBI=0.0257361;REFB=-0.137693;REVB=0.00671704;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921056;STB=0.504853;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00197025;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:51:48:0:1:51:48:0:1 chr13 99448441 . T A 101.41 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00531292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.422;QD=16.9023;RBI=0.00534497;REFB=0.00331656;REVB=0.00058445;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.588084;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00506464;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:6:6:8:4:6:6 chr13 99540395 . A G 44.56 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=4.83097e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1199;QD=7.42672;RBI=0.00139333;REFB=-0.00336795;REVB=0.00139249;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0316675;OID=.;OPOS=99540395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:8:9:2:5:8:9 chr13 99853443 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5755;QD=57.2024;RBI=0.0930307;REFB=0;REVB=-0.0331541;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968083;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr13 99857984 . T C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0193164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8718;QD=11.6204;RBI=0.106115;REFB=0.00108939;REVB=0.104342;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30024;STB=0.674248;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000814844;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:13:7:22:13:13:7:22:13 chr13 100004108 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0143217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.956;QD=15.9167;RBI=0.0148071;REFB=0.0150055;REVB=0.00376013;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.012398;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:9:6:8:5:9:6 chr13 100188585 . A T 118.36 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0485034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.238;QD=12.7954;RBI=0.0513821;REFB=0.00369038;REVB=0.0169569;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159853;STB=0.637465;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00646329;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:23:14:14:0.378378:11:3:7:14:11:3:9:14 chr13 100436131 . CAT AAC,C 1114.81 PASS AF=0.04,0.96;AO=4,67;DP=73;FAO=3,72;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=3,36;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300316,0.0147009;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=166.42,194.357;QD=59.4565;RBI=0.0310917,0.0168354;REFB=0,0;REVB=-0.00804949,-0.0082046;RO=0;SAF=3,35;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,4.62221e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0083495,8.2455e-06;OID=.,.;OPOS=100436131,100436132;OREF=CAT,AT;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:75:0:0:4,67:3,72:0.04,0.96:1,32:3,35:0:0:0,36:3,36:0:0 chr13 100436228 . G C 447.52 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00841894;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7402;QD=18.2661;RBI=0.0138416;REFB=-0.0193474;REVB=-0.0109868;RO=52;SAF=30;SAR=15;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273525;STB=0.648209;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0214818;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:15:30:20:32:15:30:21:32 chr13 100517195 . CTGTGTGTGTGTGTG CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTA,CTTGTGTGTGTGTG 722.64 PASS AF=0.886792,0.0943396,0.0188679;AO=33,6,7;DP=51;FAO=47,5,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=33,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340699,0.0225691,-0.00133514;FXX=0.0535619;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=148.214,76.8921,137.867;QD=54.539;RBI=0.0201062,0.0243874,0.01988;REFB=0,0,0;REVB=-0.0198155,-0.00924022,-0.0198351;RO=0;SAF=10,1,0;SAR=23,5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00117115,0.0473158,0.00456093;OID=.,.,.;OPOS=100517196,100517209,100517197;OREF=TG,G,G;OALT=-,A,-;OMAPALT=CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTA,CTTGTGTGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.886792,0.0943396,0.0188679:33,6,7:51:47,5,1:53:0:14,0,0:33,5,1:0:0:27:0:10,1,0:23,5,7:0:0 chr13 100518580 . A G 461.25 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0140839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.241;QD=16.0434;RBI=0.0244416;REFB=0.00328734;REVB=-0.0199758;RO=64;SAF=19;SAR=32;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175994;STB=0.598506;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00311316;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:32:19:35:29:32:19:35:29 chr13 100518634 . C T 524.09 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0338101;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.348;QD=19.9653;RBI=0.0466367;REFB=-0.0102793;REVB=-0.0321226;RO=51;SAF=24;SAR=30;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750245;STB=0.541386;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00967856;OID=.;OPOS=100518634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:30:24:27:24:30:24:27:24 chr13 100537232 . T C 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0153729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.885;QD=22.884;RBI=0.0154754;REFB=-0.0204;REVB=-0.00177777;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473604;STB=0.526053;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.011817;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:17:12:18:20:17:12 chr13 100945533 . G A 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.697;QD=60.3739;RBI=0.0116778;REFB=0;REVB=-0.00822162;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93734e-07;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr13 101287340 . C T 356.69 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.000744498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.31;QD=16.7855;RBI=0.0152543;REFB=-0.016351;REVB=-0.0152361;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187447;STB=0.610498;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0146277;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:20:17:13:34:20:18:13:34 chr13 101287365 . T C 1306.97 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161607;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.114;QD=62.2366;RBI=0.00398491;REFB=0;REVB=0.00364251;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18366e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr13 101287404 . G A 463.19 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000857977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.94;QD=21.7971;RBI=0.0082592;REFB=-0.00670194;REVB=-0.00821451;RO=39;SAF=14;SAR=31;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182353;STB=0.607793;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00895682;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:31:14:20:19:31:14:21:19 chr13 101289969 . C T 241.76 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0160567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2346;QD=12.5591;RBI=0.0172408;REFB=-0.0167596;REVB=-0.00627895;RO=48;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108961;STB=0.552596;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0284059;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:28:29:0.376623:16:12:16:32:17:12:16:32 chr13 101308681 . C A 253.16 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00661248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.626;QD=15.1141;RBI=0.0224559;REFB=-0.000897269;REVB=0.0214602;RO=38;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123941;STB=0.506574;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00152233;OID=.;OPOS=101308681;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:10:18:24:14:11:18:24:14 chr13 101318287 . C T 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0451395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1682;QD=10.1034;RBI=0.0454705;REFB=-0.00487809;REVB=0.005476;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287356;STB=0.516875;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0112362;OID=.;OPOS=101318287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:17:23:11:9:17:23 chr13 101322622 . G C 210.3 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0350304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.745;QD=16.4938;RBI=0.0393835;REFB=-0.00633114;REVB=0.0179981;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232604;STB=0.631381;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00652533;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:19:9:13:10:19:9 chr13 101735211 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00314231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.268;QD=24.4932;RBI=0.00640969;REFB=-0.0203029;REVB=0.00558659;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426112;STB=0.523786;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.011492;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:5:10:15:6:5:10 chr13 101736075 . A G 414.09 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.037267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5141;QD=21.7942;RBI=0.0938291;REFB=-0.0286238;REVB=-0.0861108;RO=35;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186752;STB=0.510304;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.023876;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:19:22:18:17:19:22:18:17 chr13 101795317 . A C 603.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031618;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3472;QD=61.8975;RBI=0.0353226;REFB=0;REVB=0.0351808;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247031;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr13 101795422 . A G 1097.68 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.445;QD=60.1467;RBI=0.0437515;REFB=0;REVB=-0.000818999;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010027;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr13 102220193 . G T 990.93 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.368;QD=59.1602;RBI=0.0426937;REFB=0;REVB=0.0287075;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109229;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr13 102431351 . G C 945.03 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00994457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.961;QD=53.2412;RBI=0.0109196;REFB=-0.0288555;REVB=0.00451031;RO=4;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184021;STB=0.50975;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00148786;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:39:28:1:3:39:28:1:3 chr13 103346806 . C G 190.53 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0224613;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.246;QD=23.8165;RBI=0.0230126;REFB=-0.0552805;REVB=-0.00500689;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137618;STB=0.560911;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0194829;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:33:32:8:14:18:18:0.5625:12:6:1:7:12:6:3:11 chr13 103384824 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.118;QD=60.2306;RBI=0.0126866;REFB=0;REVB=0.000393364;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54126e-05;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr13 103385014 . TA T,TG 1184.17 PASS AF=0.0126582,0.987342;AO=19,60;DP=79;FAO=1,78;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379899,0.00918161;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149,169.266;QD=59.9577;RBI=0.0241938,0.054727;REFB=0,0;REVB=0.0238937,0.0539513;RO=0;SAF=1,33;SAR=18,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.7886e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0234337,0.00346789;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0126582,0.987342:19,60:79:1,78:79:0:1,33:0,45:0:0:5:0:1,33:18,27:0:0 chr13 103385299 . A C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00980888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.824;QD=54.6369;RBI=0.0157923;REFB=-0.0606099;REVB=0.0123767;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000398241;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr13 103385798 . T C 1062.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.591;QD=59.8347;RBI=0.0224819;REFB=0;REVB=0.0210385;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129439;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr13 103386116 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.623;QD=56.1916;RBI=0.046282;REFB=0;REVB=0.0205427;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317177;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr13 103386283 . A G 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.713;QD=63.7065;RBI=0.0126069;REFB=0;REVB=0.0109215;RO=0;SAF=64;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65767e-06;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:80:64:0:0:80:64:0:0 chr13 103388220 . A G 837.5 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492443;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.208;QD=57.7583;RBI=0.00903972;REFB=0;REVB=0.00758066;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013708;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr13 103391634 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4676;QD=58.585;RBI=0.0582745;REFB=0;REVB=-0.032947;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214228;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr13 103392069 . G T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00763062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.382;QD=15.1664;RBI=0.00767818;REFB=-0.00332751;REVB=-0.000853226;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131025;STB=0.575658;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00360743;OID=.;OPOS=103392069;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:8:12:7:8:8:12 chr13 103394003 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.347;QD=41.8668;RBI=0.0551005;REFB=0.072569;REVB=-0.000487105;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0017487;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr13 103394613 . T G 87.81 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.187999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.958;QD=39.0247;RBI=0.188588;REFB=0;REVB=0.0148927;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012132;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr13 103394716 . T C 702.36 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.369;QD=53.008;RBI=0.147102;REFB=-0.153452;REVB=0.14579;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475208;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:53:0:0:47:53:1:19:28:0:0:25:28:0:0 chr13 103395819 . C T 1365.89 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00534825;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.787;QD=61.3883;RBI=0.0141282;REFB=-0.102054;REVB=0.0130768;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938395;STB=0.504949;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000438852;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:50:38:0:1:50:38:0:1 chr13 103396716 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.078;QD=58.4197;RBI=0.00892561;REFB=0;REVB=0.00866636;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1516e-05;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr13 103397583 . C G 1358.61 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000664224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4048;QD=62.4648;RBI=0.0299301;REFB=0;REVB=-0.0299227;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024238;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:36:50:1:0:36:51:0:0 chr13 103400083 . G A 1193.8 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186984;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4199;QD=61.2203;RBI=0.0218081;REFB=0;REVB=-0.0112232;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18886e-05;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr13 103400729 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.732;QD=56.9478;RBI=0.0396212;REFB=0.0126737;REVB=0.00915585;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=5.77554e-05;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr13 103402522 . C T 939.06 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.765;QD=57.7885;RBI=0.0221117;REFB=0;REVB=0.0156325;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294892;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:63:65:1:34:29:1:0:34:31:0:0 chr13 103410782 . T C 510.35 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159893;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2803;QD=60.0407;RBI=0.0293926;REFB=0;REVB=0.024663;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974111;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr13 103410914 . A T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.948;QD=58.2396;RBI=0.0251723;REFB=0;REVB=0.00632185;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67819e-05;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr13 103527849 . G C 854.66 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00194124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.388;QD=56.0431;RBI=0.0172394;REFB=-0.0290001;REVB=0.0171297;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=1.27174e-05;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:32:27:1:0:33:27:1:0 chr13 103527930 . G C 871.18 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00213557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.523;QD=56.2049;RBI=0.053315;REFB=-0.0906049;REVB=0.0532722;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000564767;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:0:1:27:34:0:1 chr13 103528002 . G C 194.61 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00218765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4823;QD=12.3563;RBI=0.0268157;REFB=-0.00693323;REVB=-0.0267263;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859619;STB=0.549496;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.013678;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:13:11:21:18:13:11:21:18 chr13 103528337 . G A 413.97 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00203825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.311;QD=16.5589;RBI=0.00429331;REFB=0.00466913;REVB=0.00377863;RO=57;SAF=15;SAR=28;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114738;STB=0.564652;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00362291;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:28:15:26:31:28:15:26:31 chr13 106119446 . G A 1054.89 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2646;QD=59.4302;RBI=0.0407175;REFB=0;REVB=-0.00636976;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429553;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:35:33:0:0:38:33:0:0 chr13 107144320 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.001;QD=58.6004;RBI=0.0242395;REFB=0;REVB=0.0230702;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77456e-05;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr13 107145463 . G C 2273.13 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.564;QD=63.584;RBI=0.0225157;REFB=0;REVB=0.00439558;RO=0;SAF=67;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38478e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:75:67:0:0:75:68:0:0 chr13 108518444 . G A 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014022;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.405;QD=61.543;RBI=0.0193058;REFB=0;REVB=-0.0192548;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53242e-05;OID=.;OPOS=108518444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr13 108863591 . G A 620.9 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.499;QD=60.5756;RBI=0.00967876;REFB=0;REVB=0.00204942;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172638;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr13 108863609 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4116;QD=59.8376;RBI=0.01989;REFB=0;REVB=-0.00144812;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292018;OID=.;OPOS=108863609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr13 108882748 . AC ACTG,TG 485.45 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=28,5;DP=34;FAO=29,5;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553865,-0.0167253;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,2;MLLD=237.538,146.525;QD=57.1112;RBI=0.00575497,0.0172431;REFB=0,0;REVB=0.00156302,-0.0041941;RO=0;SAF=9,4;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00352396,0.0400225;OID=.,.;OPOS=108882750,108882748;OREF=-,AC;OALT=TG,TG;OMAPALT=ACTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:34:34:0:0:28,5:29,5:0.852941,0.147059:19,1:9,4:0:0:20,1:9,4:0:0 chr13 108884210 . G GAAT 2380.72 PASS AF=0.858537;AO=174;DP=209;FAO=176;FDP=205;FR=.;FRO=29;FSAF=87;FSAR=89;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00256299;FXX=0.0191378;HRUN=2;LEN=3;MLLD=299.113;QD=46.4531;RBI=0.0115509;REFB=-0.017367;REVB=-0.011263;RO=29;SAF=86;SAR=88;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248348;STB=0.512995;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=0.00274824;OID=.;OPOS=108884211;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.858537:174:209:176:205:29:87:89:17:12:99:29:86:88:17:12 chr13 108884465 . A AC,C 968.28 PASS AF=0.484848,0.515152;AO=36,32;DP=72;FAO=32,34;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=7,16;FSAR=25,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136555,0.0174663;FXX=0.0704126;HRUN=2,9;LEN=1,1;MLLD=249.577,250.755;QD=58.6838;RBI=0.0136612,0.0174769;REFB=0,0;REVB=-0.000392899,-0.000606817;RO=1;SAF=9,12;SAR=27,20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0170248,0.0227759;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00544331,-0.0102682;OID=.,.;OPOS=108884466,108884465;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:79:72:66:1:0:36,32:32,34:0.484848,0.515152:27,20:9,12:0:1:25,18:7,16:0:0 chr13 108885678 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.795;QD=47.8224;RBI=0.0127776;REFB=0;REVB=-0.000606014;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67121e-05;OID=.;OPOS=108885678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr13 108885837 . ATTCT A 626.97 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112453;FXX=0.107124;HRUN=2;LEN=4;MLLD=220.388;QD=50.1579;RBI=0.0138582;REFB=0;REVB=-0.0080989;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000421337;OID=.;OPOS=108885838;OREF=TTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:50:50:0:22:28:0:0:11:0:22:28:0:0 chr13 109661359 . C G 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00157226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.622;QD=13.3416;RBI=0.00309935;REFB=-0.00556741;REVB=-0.00267095;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171895;STB=0.598837;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0109007;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:13:19:9:12:13:19 chr13 109717928 . A C,G 203.16 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227127,-0.0326182;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.198,160.956;QD=47.8029;RBI=0.0319058,0.0468784;REFB=0,0;REVB=0.0224078,0.0336696;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0112802,9.69722e-05;OID=.,.;OPOS=109717928,109717928;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:2,8:0,7:0:0:2,8:0,7:0:0 chr13 109779906 . C T 623.65 PASS AF=0.589474;AO=50;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0677841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3391;QD=26.2589;RBI=0.140277;REFB=-0.0385663;REVB=-0.122813;RO=28;SAF=33;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383367;STB=0.565766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.020175;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:28:38:50:56:0.589474:17:33:17:11:22:34:17:21 chr13 109793474 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.592;QD=63.5784;RBI=0.0832639;REFB=0;REVB=-0.0759803;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176615;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr13 109793720 . A C 2331.84 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385972;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.399;QD=60.9632;RBI=0.0411926;REFB=0;REVB=0.0143905;RO=0;SAF=47;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9518e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:104:47:0:0:104:49:0:0 chr13 110408608 . C T 294.5 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00959933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.291;QD=15.1024;RBI=0.00975526;REFB=-0.000649855;REVB=-0.00173724;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154336;STB=0.587476;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000782652;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:21:12:23:22:21:12:23:22 chr13 110435953 . A G 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0281915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.215;QD=5.99314;RBI=0.0644767;REFB=-0.000709242;REVB=-0.057987;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28442;STB=0.680334;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00278832;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:23:13:6:4:23:13 chr13 110436232 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0955557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.429;QD=19.3695;RBI=0.0955943;REFB=-0.0195383;REVB=-0.00271428;RO=15;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304636;STB=0.66652;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0159601;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:15:1:0:15:15:1:0:15 chr13 110807679 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0204331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.145;QD=16.1065;RBI=0.0308325;REFB=-0.0105115;REVB=0.0230897;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0194158;OID=.;OPOS=110807679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:11:11:8:9:11:11 chr13 110813709 . G A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0196426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.227;QD=20.6401;RBI=0.0197094;REFB=-0.0210736;REVB=-0.00162069;RO=32;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225797;STB=0.625136;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0149793;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:23:13:20:12:23:13:20:12 chr13 110818598 . T G 396.15 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.000809835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.828;QD=15.0912;RBI=0.00953605;REFB=-0.011088;REVB=0.0095016;RO=59;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136398;STB=0.576889;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0170296;OID=.;OPOS=110818598;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:60:44:45:0.428571:18:26:27:32:18:27:28:32 chr13 110819586 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00612753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.96;QD=9.93985;RBI=0.0181369;REFB=-0.0153677;REVB=0.0170705;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11463;STB=0.567104;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0265292;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:18:27:11:11:18:27 chr13 110827574 . T A 360.79 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0145551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.605;QD=14.2887;RBI=0.0161164;REFB=-0.00867818;REVB=-0.00692016;RO=60;SAF=16;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117357;STB=0.56647;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0114153;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:25:16:30:30:25:16:30:30 chr13 110827580 . C T 371.02 PASS AF=0.4;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0159536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.158;QD=14.8407;RBI=0.0271247;REFB=-0.0188276;REVB=-0.0219369;RO=58;SAF=15;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151633;STB=0.586691;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0304548;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:58:60:40:40:0.4:25:15:30:28:25:15:31:29 chr13 110833702 . C T 284.24 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0109415;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.76;QD=17.4916;RBI=0.0129483;REFB=-0.0189796;REVB=-0.00692402;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713472;STB=0.523794;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0210627;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:31:31:0.476923:15:16:14:18:15:16:16:18 chr13 110839550 . T G 1510.18 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3251;QD=59.8091;RBI=0.0826313;REFB=0;REVB=0.00485287;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031095;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:101:0:0:94:101:1:42:52:0:0:43:58:0:0 chr13 110843985 . T C 715.12 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.066;QD=60.861;RBI=0.017407;REFB=-0.0543496;REVB=-0.00105561;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.515145;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000255484;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:29:16:0:0:30:16:1:0 chr13 110857823 . C T 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.000493605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.275;QD=11.2835;RBI=0.00275614;REFB=-0.0164994;REVB=0.00271158;RO=50;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170157;STB=0.598752;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0312961;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:10:17:24:26:10:17:24:26 chr13 110857895 . A G 184.99 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00208073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.836;QD=12.1307;RBI=0.0380874;REFB=-0.00563714;REVB=-0.0380306;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040102;STB=0.524474;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00604458;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:38:23:23:0.377049:13:10:17:19:13:10:18:20 chr13 110859069 . G C 447.87 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00469563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0049;QD=16.9009;RBI=0.0123029;REFB=-0.0406367;REVB=0.0113715;RO=56;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860388;STB=0.552824;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0203145;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:49:49:0.462264:28:21:29:27:28:21:30:27 chr13 110861785 . C G 311.86 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00540884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.657;QD=16.6323;RBI=0.00643864;REFB=-0.025369;REVB=-0.00349293;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016785;STB=0.509428;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0462538;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:21:20:16:18:21:20 chr13 110863974 . CAAAAT C 105.91 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00557254;FXX=0.139502;HRUN=4;LEN=5;MLLD=213.906;QD=11.4498;RBI=0.027929;REFB=-0.00566639;REVB=-0.0273674;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747001;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.00840074;OID=.;OPOS=110863975;OREF=AAAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:16:37:16:37:21:8:8:13:8:99:19:8:8:11:8 chr13 111077197 . G A 2299.27 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225555;FXX=0.0192295;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.112;QD=60.1117;RBI=0.0333925;REFB=-0.127623;REVB=0.0246233;RO=1;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598343;STB=0.503144;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000170815;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:153:1:1:152:152:0.993464:79:73:0:1:79:73:0:1 chr13 111098226 . C T 313.11 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00604554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.727;QD=18.4183;RBI=0.0185604;REFB=-0.0103849;REVB=-0.0175482;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124973;STB=0.544789;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00854858;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:33:34:0.5:13:20:16:18:14:20:17:17 chr13 111102042 . G A 587.17 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0176566;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.767;QD=28.6423;RBI=0.0186526;REFB=-0.0092505;REVB=0.00601368;RO=30;SAF=22;SAR=30;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391653;STB=0.521268;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00498281;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:52:52:0.634146:30:22:11:19:30:22:11:19 chr13 111102126 . C T 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0294047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.229;QD=32.2104;RBI=0.032096;REFB=0.0290439;REVB=0.0128652;RO=14;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888012;STB=0.548414;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0144449;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:19:10:3:11:19:10:3:11 chr13 111134858 . T C 251.14 PASS AF=0.402597;AO=26;DP=72;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00395559;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.818;QD=13.046;RBI=0.0150306;REFB=-0.0110299;REVB=0.0145008;RO=45;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210372;STB=0.535691;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0146916;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:45:46:26:31:0.402597:8:18:23:22:13:18:24:22 chr13 111143624 . G A 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00590103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.005;QD=24.4533;RBI=0.0198509;REFB=-0.0076761;REVB=0.0189535;RO=24;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00624069;OID=.;OPOS=111143624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:18:18:12:12:18:18:12:12 chr13 111145633 . C T 257.94 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0451174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3866;QD=16.9142;RBI=0.0458355;REFB=-0.018441;REVB=0.00808202;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00676195;STB=0.512752;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0181064;OID=.;OPOS=111145633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:32:27:29:0.47541:15:12:14:18:17:12:14:18 chr13 111154058 . T A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.575;QD=57.3856;RBI=0.0194084;REFB=0;REVB=0.0017519;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0969e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr13 111154061 . T C 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322933;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.605;QD=57.7365;RBI=0.0328978;REFB=0;REVB=0.0062776;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165001;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr13 111155773 . T C 408.18 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00681914;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.404;QD=20.6675;RBI=0.012474;REFB=-0.0136642;REVB=0.0104451;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216806;STB=0.534749;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00828158;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:38:40:41:0.518987:17:23:21:14:18:23:24:14 chr13 111156499 . C T 2133.01 PASS AF=0.992754;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.122403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4976;QD=61.8263;RBI=0.131105;REFB=-0.0526608;REVB=0.0469703;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.503355;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00468449;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:138:0:1:131:137:0.992754:72:59:0:0:74:63:0:1 chr13 111158874 . A G 294.09 PASS AF=0.438356;AO=24;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0565479;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3254;QD=16.1147;RBI=0.0576119;REFB=0.010624;REVB=0.0110213;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1738;STB=0.514722;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00723739;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:41:24:32:0.438356:18:6:13:20:18:14:19:22 chr13 111176393 . A G 919.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.439;QD=57.4663;RBI=0.0321959;REFB=0;REVB=-0.0244887;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582434;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:34:28:0:0:36:28:0:0 chr13 111279817 . A G 587.52 PASS AF=0.630952;AO=52;DP=83;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0188265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.768;QD=27.9773;RBI=0.0300043;REFB=-0.0101517;REVB=0.0233629;RO=31;SAF=29;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646857;STB=0.506615;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00762325;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:31:31:52:53:0.630952:23:29:17:14:23:30:17:14 chr13 111290967 . T C 351.96 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00211274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.433;QD=18.2835;RBI=0.0154945;REFB=-0.0108405;REVB=0.0153497;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211889;STB=0.618403;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00791193;OID=.;OPOS=111290967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:24:13:23:17:24:13:23:17 chr13 111291044 . T C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00455218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.194;QD=17.9428;RBI=0.0141555;REFB=-0.012069;REVB=-0.0134036;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210789;STB=0.618235;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.011997;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:17:12:18:10:17:12 chr13 111298392 . A G 746.83 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.448;QD=63.5599;RBI=0.0286582;REFB=0;REVB=0.0120024;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169853;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:41:47:1:20:21:0:0:26:21:0:0 chr13 111315405 . G A 279.51 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0377741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6223;QD=48.6107;RBI=0.0382847;REFB=-0.0959349;REVB=0.00623201;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00278555;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:7:14:1:0:7:15:1:0 chr13 111319754 . T C 1108.6 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00901188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.679;QD=57.5894;RBI=0.0111225;REFB=-0.0490873;REVB=-0.00651885;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010633;STB=0.511108;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000820249;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:31:44:1:0:31:44:2:0 chr13 111350281 . C T 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0747177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6527;QD=37.4175;RBI=0.074718;REFB=0.00436934;REVB=-0.000212502;RO=4;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125282;STB=0.568647;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00182302;OID=.;OPOS=111350281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:7:12:1:3:7:12:1:3 chr13 111368164 . T G 371.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269718;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.966;QD=54.9683;RBI=0.0279405;REFB=0;REVB=0.00729343;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223204;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chr13 111531885 . C A 1035.56 PASS AF=1;AO=52;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.529;QD=59.1747;RBI=0.10933;REFB=0;REVB=0.0158282;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128811;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:52:70:1:36:16:0:0:45:25:0:0 chr13 111806245 . A G 299.14 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0118033;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.936;QD=20.9924;RBI=0.0145738;REFB=-0.017961;REVB=0.00854851;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358317;STB=0.519843;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0115468;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:12:19:17:9:12:19:17:9 chr13 111870037 . T C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0122442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.053;QD=19.6972;RBI=0.0159002;REFB=-0.010826;REVB=-0.0101437;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0129083;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:10:12:10:11:10:12 chr13 111947404 . T C 563.0 PASS AF=0.437956;AO=59;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0120843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.772;QD=16.438;RBI=0.0239685;REFB=0.00259252;REVB=0.0206993;RO=76;SAF=28;SAR=31;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108093;STB=0.558602;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00182062;OID=.;OPOS=111947404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:77:59:60:0.437956:31:28:28:48:32:28:28:49 chr13 111980537 . C T 454.48 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0138847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.181;QD=13.6685;RBI=0.0175798;REFB=-0.00799145;REVB=0.0107826;RO=81;SAF=29;SAR=23;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291378;STB=0.51649;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0180193;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:81:52:52:0.390977:23:29:43:38:23:29:43:38 chr13 112725172 . C A 50.11 PASS AF=0.225806;AO=5;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0.0312402;HRUN=9;LEN=1;MLLD=19.7996;QD=6.46622;RBI=0.170719;REFB=-0.0710031;REVB=0.170719;RO=10;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.130975;OID=.;OPOS=112725172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:31:31:10:23:5:7:0.225806:5:0:0:10:7:0:0:23 chr13 112725791 . G A 147.2 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0673286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.007;QD=14.3605;RBI=0.0847882;REFB=0.0146802;REVB=-0.0515355;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.576279;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0203148;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:15:17:0.414634:9:6:13:11:10:7:13:11 chr13 113052388 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00287669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.546;QD=17.5685;RBI=0.00301972;REFB=-2.04269e-05;REVB=-0.000918342;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128955;STB=0.572387;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=3.35735e-05;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:11:18:15:16:11:18:15:16 chr13 113053470 . T A 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0180433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.888;QD=20.404;RBI=0.0198666;REFB=-0.00857772;REVB=-0.00831393;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300254;STB=0.516656;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00851196;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:16:16:15:13:16:16:15:13 chr13 113479820 . A G 1495.06 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017655;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0096;QD=63.6196;RBI=0.00304007;REFB=0;REVB=0.00247488;RO=0;SAF=32;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68995e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:62:32:0:0:62:32:0:0 chr13 113508839 . G C 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0374437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.115;QD=18.4818;RBI=0.0396076;REFB=0.00684494;REVB=0.0129125;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030383;STB=0.517224;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0095668;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:14:5:5:16:14:5:5:16 chr13 113530199 . G A 510.42 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.016376;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.764;QD=23.7406;RBI=0.0283021;REFB=-0.0120551;REVB=0.0230832;RO=38;SAF=18;SAR=29;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010088;STB=0.500506;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0100258;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:47:48:0.55814:29:18:15:23:29:19:15:23 chr13 113536132 . T C 604.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252788;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.37;QD=62.0366;RBI=0.0338383;REFB=0;REVB=-0.0224947;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498511;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr13 113729414 . C T 1188.05 PASS AF=0.52968;AO=116;DP=219;FAO=116;FDP=219;FR=.;FRO=103;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.000658111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.86;QD=21.6996;RBI=0.00437848;REFB=-0.031418;REVB=0.00432874;RO=100;SAF=56;SAR=60;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876369;STB=0.549185;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0240719;OID=.;OPOS=113729414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:100:103:116:116:0.52968:60:56:38:62:60:56:39:64 chr13 113739226 . T C 486.06 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0190616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.861;QD=15.0715;RBI=0.0201283;REFB=-0.0238869;REVB=-0.00646569;RO=75;SAF=26;SAR=28;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506894;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0349904;OID=.;OPOS=113739226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:75:54:54:0.418605:28:26:37:38:28:26:37:38 chr13 113747124 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.497;QD=61.8521;RBI=0.00578339;REFB=0;REVB=0.00544822;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08735e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr13 113747135 . T C 1116.46 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1752;QD=60.3491;RBI=0.0167794;REFB=0;REVB=-0.00733908;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015141;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr13 113747271 . G C 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0663359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.348;QD=14.6848;RBI=0.0714728;REFB=-0.00738129;REVB=0.0266067;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176172;STB=0.599935;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00836247;OID=.;OPOS=113747271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:19:12:24:19:19:12:24:19 chr13 113748872 . G A 438.32 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00306502;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.037;QD=16.8584;RBI=0.0303156;REFB=0.00042428;REVB=-0.0301603;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117933;STB=0.560678;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000668324;OID=.;OPOS=113748872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:56:48:48:0.461538:26:22:32:23:26:22:32:24 chr13 113770068 . C T 442.93 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0106966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.011;QD=16.2543;RBI=0.0132556;REFB=-0.00736434;REVB=0.007829;RO=59;SAF=18;SAR=31;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409524;STB=0.519131;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00954475;OID=.;OPOS=113770068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:31:18:24:35:31:18:24:36 chr13 113773159 . G A 525.38 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0189444;FXX=0.0277752;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.648;QD=20.0145;RBI=0.0259573;REFB=-0.0180248;REVB=-0.0177451;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112675;STB=0.5706;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0120665;OID=.;OPOS=113773159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:49:51:54:54:0.514286:26:28:19:30:26:28:19:32 chr13 113792754 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.322;QD=63.5811;RBI=0.0244236;REFB=0;REVB=0.0119762;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94041e-06;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr13 113801737 . C T 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.013823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.216;QD=17.3292;RBI=0.022436;REFB=0.00186467;REVB=0.017672;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718853;STB=0.540209;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00268517;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:18:20:27:18:18:20:27:18 chr13 113812962 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0214625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.795;QD=20.5426;RBI=0.0731394;REFB=-0.020021;REVB=0.0699195;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556567;STB=0.531225;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0246373;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:7:18:16:8:7:18 chr13 113818900 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3282;QD=61.5356;RBI=0.0422464;REFB=0;REVB=0.0323456;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428784;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr13 113839788 . CAGA C 211.53 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0113795;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.817;QD=14.102;RBI=0.0123045;REFB=0.0041486;REVB=-0.00468048;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641949;STB=0.536589;STBP=0.652;TYPE=del;VARB=-0.00552048;OID=.;OPOS=113839789;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:25:61:25:60:35:13:12:16:19:99:35:13:12:16:19 chr13 113965176 . C A 348.72 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.036;QD=48.0989;RBI=0.0367856;REFB=-0.0184469;REVB=0.0345855;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515722;STB=0.527758;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000781706;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:26:27:0.931034:17:9:0:2:17:10:0:2 chr13 113973832 . C T 189.57 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0560672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0645;QD=11.8482;RBI=0.0561865;REFB=-0.00853142;REVB=0.0036604;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03649;STB=0.521035;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0261177;OID=.;OPOS=113973832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:23:17:11:13:23:17 chr13 113975768 . T C 155.86 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0326363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6516;QD=10.9375;RBI=0.035306;REFB=-0.0210057;REVB=-0.0134679;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406994;STB=0.523786;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0400315;OID=.;OPOS=113975768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:11:9:18:19:11:9:18:19 chr13 113975894 . C T 80.53 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00354094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7404;QD=14.0045;RBI=0.0478973;REFB=-0.0367248;REVB=0.0477662;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.564402;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0334615;OID=.;OPOS=113975894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:23:13:12:10:11:0.478261:4:6:8:5:5:6:8:4 chr13 113979972 . A ACACT,T 146.05 PASS AF=0.323077,0;AO=17,8;DP=72;FAO=21,0;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8,0;FSAR=13,0;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0086531,-0.032609;FXX=0.0298463;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=244.062,56.5233;QD=8.98767;RBI=0.0135013,0.0574777;REFB=-0.0072002,-0.00928932;REVB=0.0103638,-0.0473322;RO=46;SAF=7,2;SAR=10,6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157859,-0.355426;STB=0.596944,0.5;STBP=0.3,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0134583,0;OID=.,.;OPOS=113979973,113979972;OREF=-,A;OALT=CACT,T;OMAPALT=ACACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:65:46:44:17,8:21,0:0.323077,0:10,6:7,2:25:21:13,0:8,0:23:21 chr13 114078592 . C T 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0152048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.549;QD=19.587;RBI=0.0157751;REFB=-0.0234752;REVB=0.00420337;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419687;STB=0.523316;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0190676;OID=.;OPOS=114078592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:23:23:24:20:23:23 chr13 114098849 . G A 824.48 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00319185;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.953;QD=21.277;RBI=0.00537477;REFB=-0.00472217;REVB=0.00432438;RO=73;SAF=42;SAR=40;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399018;STB=0.521857;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0045365;OID=.;OPOS=114098849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:73:82:82:0.529032:40:42:34:39:40:42:34:39 chr13 114112389 . T C 72.85 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0153632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.443;QD=8.57051;RBI=0.033747;REFB=-0.00605633;REVB=-0.0300472;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165793;STB=0.590719;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0147454;OID=.;OPOS=114112389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:23:24:10:10:0.294118:3:7:13:10:3:7:14:10 chr13 114156093 . C T 264.12 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00129198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0383;QD=12.8839;RBI=0.0207468;REFB=-0.0114365;REVB=0.0207065;RO=51;SAF=10;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290485;STB=0.666558;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0148407;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:21:10:30:21:21:10:30:21 chr13 114175004 . C T 386.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00716188;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.844;QD=20.3513;RBI=0.00760974;REFB=-0.0334317;REVB=0.00257207;RO=37;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138886;STB=0.576961;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0261905;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:22:17:22:15:22:17:22:15 chr13 114277541 . C T 409.75 PASS AF=0.446809;AO=43;DP=96;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00460557;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.655;QD=17.4361;RBI=0.0490282;REFB=0.00738459;REVB=0.0488114;RO=52;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427737;STB=0.521366;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00758123;OID=.;OPOS=114277541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:52:52:43:42:0.446809:25:18:24:28:25:17:23:29 chr13 114288413 . G A 463.88 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00778214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.596;QD=21.8294;RBI=0.0281173;REFB=-0.00772874;REVB=-0.0270189;RO=39;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260797;STB=0.519738;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00487307;OID=.;OPOS=114288413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:24:21:17:22:24:21:17:23 chr13 114309226 . G A 727.46 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0206483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.903;QD=29.3924;RBI=0.0369302;REFB=-0.00956803;REVB=-0.0306185;RO=37;SAF=43;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077365;STB=0.54207;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00661201;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:37:62:62:0.626263:19:43:22:15:19:43:22:15 chr13 114312354 . T G 1016.69 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178645;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.068;QD=59.8054;RBI=0.0201368;REFB=0;REVB=0.00929245;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69957e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:67:68:1:46:21:0:0:47:21:0:0 chr13 114453605 . C CTGTGTGCACG,CTGTGTGTGCACG 215.44 PASS AF=0.441176,0.205882;AO=14,6;DP=35;FAO=15,7;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0;FSAR=14,7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0852209,-0.0746162;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=10,12;MLLD=252.145,212.897;QD=25.3454;RBI=0.0867738,0.0755698;REFB=-0.00139715,-0.00456623;REVB=0.0163429,0.0119669;RO=14;SAF=0,0;SAR=14,6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.799433,-0.692291;STB=0.636142,0.997427;STBP=0.35,0.162;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00755047,0.0234269;OID=.,.;OPOS=114453606,114453606;OREF=-,-;OALT=TGTGTGCACG,TGTGTGTGCACG;OMAPALT=CTGTGTGCACG,CTGTGTGTGCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0.205882:14,6:35:15,7:34:12:1,0:14,7:2:10:99:14:0,0:14,6:4:10 chr13 114453873 . G C 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5744;QD=43.471;RBI=0.0322369;REFB=0;REVB=0.00971136;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219093;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr13 114453912 . C T 239.39 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.906;QD=50.3979;RBI=0.0477111;REFB=0;REVB=0.0456227;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038075;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr13 114541079 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0260721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.21;QD=7.25972;RBI=0.0407593;REFB=-0.00337279;REVB=0.03133;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347441;STB=0.521696;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0124399;OID=.;OPOS=114541079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:8:21:7:3:8:21 chr13 114545925 . A G 507.62 PASS AF=0.38961;AO=59;DP=155;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=0.0245883;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.264;QD=13.1848;RBI=0.0258926;REFB=-0.0266226;REVB=-0.0081144;RO=89;SAF=15;SAR=44;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162253;STB=0.583304;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.037164;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:89:94:59:60:0.38961:44:15:34:55:45:15:34:60 chr13 114747187 . G C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8375;QD=60.6084;RBI=0.0129596;REFB=0;REVB=0.0118274;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63293e-05;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr13 114780764 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.987;QD=59.1431;RBI=0.0260651;REFB=0;REVB=-0.00552638;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01519e-05;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr13 115067363 . G C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00583118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.492;QD=29.9652;RBI=0.0109026;REFB=-0.00949185;REVB=0.00921215;RO=13;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220436;STB=0.622061;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00434084;OID=.;OPOS=115067363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:19:6:7:6:19:6:7:6 chr13 115091936 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0530307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5103;QD=16.8243;RBI=0.0547396;REFB=-0.000530467;REVB=0.0135707;RO=28;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275009;STB=0.660372;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.000318314;OID=.;OPOS=115091936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:18:3:9:19:18:3:9:19 chr14 19378030 . T A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5831;QD=23.2183;RBI=0.0475282;REFB=0.0217147;REVB=-0.0438782;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0164322;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr14 19686757 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.229;QD=35.5759;RBI=0.00670171;REFB=0;REVB=0.00485182;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93271e-06;OID=.;OPOS=19686757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr14 19686792 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.125;QD=23.2183;RBI=0.00811138;REFB=-0.00633738;REVB=-0.00811138;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875755;OID=.;OPOS=19686792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr14 20181502 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00424545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0821;QD=17.0992;RBI=0.0188638;REFB=-0.0177398;REVB=-0.0183799;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294556;STB=0.669851;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00966538;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:6:9:4:10:6:9 chr14 20216298 . T C 1376.57 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3002;QD=62.5712;RBI=0.029624;REFB=0;REVB=0.028067;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324625;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr14 20295723 . T A 463.3 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0175369;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.666;QD=24.0677;RBI=0.0231965;REFB=-0.00899343;REVB=-0.0151834;RO=31;SAF=13;SAR=31;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106542;STB=0.562849;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00631281;OID=.;OPOS=20295723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:33:44:44:0.571429:31:13:13:18:31:13:14:19 chr14 20295763 . C T 216.24 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.000127705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.949;QD=10.949;RBI=0.0113084;REFB=-0.0285327;REVB=-0.0113077;RO=52;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364006;STB=0.714783;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0102302;OID=.;OPOS=20295763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:52:52:26:27:0.341772:11:15:13:39:11:16:13:39 chr14 20295778 . CC AG 247.4 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.00586604;FXX=0.0384566;HRUN=6;LEN=2;MLLD=275.464;QD=13.1949;RBI=0.00843743;REFB=-0.00386409;REVB=-0.00606463;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322077;STB=0.686212;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.00462141;OID=.;OPOS=20295778;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:46:28:29:0.386667:12:16:9:28:13:16:11:35 chr14 20295834 . T C 494.32 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0162548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.941;QD=17.6541;RBI=0.0234364;REFB=-0.00284711;REVB=0.0168833;RO=59;SAF=24;SAR=29;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044282;STB=0.524581;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00340723;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:29:24:24:35:29:24:24:35 chr14 20296004 . C T 739.13 PASS AF=0.478528;AO=73;DP=160;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0355183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6781;QD=18.1381;RBI=0.0438092;REFB=-0.0213285;REVB=-0.0256457;RO=84;SAF=39;SAR=34;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129787;STB=0.514291;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0218602;OID=.;OPOS=20296004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:84:85:73:78:0.478528:34:39:46:38:37:41:47:38 chr14 20296010 . G C 718.71 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00584349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9123;QD=16.9108;RBI=0.013161;REFB=-0.0192549;REVB=-0.0117926;RO=93;SAF=42;SAR=35;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502109;STB=0.52789;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0200718;OID=.;OPOS=20296010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:77:77:0.452941:35:42:46:47:35:42:46:47 chr14 20345346 . A T 421.28 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00191034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9482;QD=13.9266;RBI=0.00591533;REFB=-0.0150265;REVB=-0.00559837;RO=67;SAF=19;SAR=30;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481376;STB=0.534951;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0296696;OID=.;OPOS=20345346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:72:49:49:0.404959:30:19:29:38:30:19:32:40 chr14 20404091 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.971;QD=56.7048;RBI=0.0230283;REFB=0;REVB=-0.00680534;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207442;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr14 20404614 . C A 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0094081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.727;QD=17.2649;RBI=0.0095451;REFB=-0.00650461;REVB=0.00161144;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226392;STB=0.626902;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00746898;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:23:13:25:17:23:13:25:17 chr14 20404735 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.873;QD=59.0186;RBI=0.015236;REFB=0;REVB=0.00709715;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37248e-05;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr14 20443872 . C G 247.42 PASS AF=0.446154;AO=25;DP=61;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00797686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.299;QD=15.2258;RBI=0.0145089;REFB=-0.00640112;REVB=-0.0121193;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204465;STB=0.559281;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00779742;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:36:36:25:29:0.446154:16:9:20:16:16:13:20:16 chr14 20443943 . A G 210.12 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0228167;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.516;QD=13.7786;RBI=0.0275653;REFB=0.00583639;REVB=0.0154676;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285025;STB=0.501627;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00961823;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:10:26:18:7:10:26 chr14 20444193 . A C 513.95 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0123551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5952;QD=17.4222;RBI=0.0243063;REFB=0.00283211;REVB=-0.020932;RO=63;SAF=23;SAR=32;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412273;STB=0.522933;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00410393;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:32:23:29:34:32:23:29:34 chr14 20444490 . C T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0111448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.401;QD=17.8004;RBI=0.0117532;REFB=0.00367414;REVB=-0.00373247;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127152;STB=0.572326;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00932317;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:10:14:9:11:10:14 chr14 20444588 . T C 111.07 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0748362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4242;QD=15.3204;RBI=0.101217;REFB=0.0165632;REVB=-0.0681493;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.020155;OID=.;OPOS=20444588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:9:3:8:8:9:4:8:8 chr14 20444776 . A G 461.89 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0650277;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1182;QD=17.2668;RBI=0.0660707;REFB=0.00211892;REVB=0.0116936;RO=57;SAF=20;SAR=30;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187689;STB=0.604436;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00128595;OID=.;OPOS=20444776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:30:20:34:23:30:20:34:23 chr14 20470737 . G A 379.27 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00278265;FXX=0.0106372;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.651;QD=16.3128;RBI=0.00397058;REFB=0.000769748;REVB=0.00283238;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637208;STB=0.541042;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00102769;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:53:40:40:0.430108:21:19:28:24:21:19:29:24 chr14 20470852 . CTT C,CT 465.01 PASS AF=0,1;AO=13,62;DP=91;FAO=0,90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112809,0.224839;FXX=0.0425487;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.0362,7.87321;QD=20.6672;RBI=0.113947,0.226705;REFB=0.0917909,0.0699923;REVB=-0.0160616,-0.0290295;RO=12;SAF=1,13;SAR=12,49;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.488972,-0.0893472;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00375616;OID=.,.;OPOS=20470853,20470853;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:13,62:91:0,90:90:0:0,21:0,69:0:0:7:12:1,13:12,49:5:7 chr14 20470903 . T C 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.00196159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.982;QD=12.6705;RBI=0.00198915;REFB=0.000250214;REVB=0.000329972;RO=52;SAF=7;SAR=24;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367889;STB=0.521159;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000413849;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:24:7:13:39:24:7:13:39 chr14 20471001 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0238049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.562;QD=14.6506;RBI=0.0255072;REFB=-0.00378969;REVB=-0.00916211;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251956;STB=0.643301;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00832437;OID=.;OPOS=20471001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:11:20:9:14:11:20 chr14 20482471 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000916768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.964;QD=49.5992;RBI=0.0203879;REFB=0;REVB=0.0203673;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145937;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr14 20528359 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1042;QD=51.9162;RBI=0.0371925;REFB=0;REVB=-0.036655;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000981134;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr14 20665790 . T A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00303384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.817;QD=6.8072;RBI=0.0260306;REFB=-0.000756826;REVB=-0.0258532;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440137;STB=0.527888;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00184783;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:14:13:4:5:14:13 chr14 20665840 . G A 60.03 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.038039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0999;QD=5.85706;RBI=0.0669482;REFB=-0.0145916;REVB=-0.0550917;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307017;STB=0.505482;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0477669;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:41:31:32:9:9:0.219512:4:5:18:13:4:5:18:14 chr14 20665887 . G C 104.17 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00936811;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2302;QD=9.69008;RBI=0.034196;REFB=-0.0157819;REVB=-0.0328878;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.549923;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0351066;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:31:30:13:13:0.302326:7:6:17:14:7:6:16:14 chr14 20697600 . T G 1510.49 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1084;QD=63.5994;RBI=0.0291285;REFB=0;REVB=-0.00977147;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029283;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr14 20757383 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604459;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.86;QD=42.1825;RBI=0.0645394;REFB=0;REVB=-0.0226193;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000604057;OID=.;OPOS=20757383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr14 20770036 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.383;QD=60.5464;RBI=0.0147981;REFB=0;REVB=-0.0137174;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60785e-05;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr14 20784431 . G A 1003.82 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.731;QD=59.0481;RBI=0.0135977;REFB=0;REVB=0.00620613;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07197e-05;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr14 20784718 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1492;QD=43.4848;RBI=0.0503204;REFB=0;REVB=-0.0146502;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00355919;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr14 20811442 . C T 2082.3 PASS AF=0.945205;AO=121;DP=145;FAO=138;FDP=146;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00923073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.87;QD=57.0492;RBI=0.0151105;REFB=-0.0660446;REVB=0.0119633;RO=1;SAF=44;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613003;STB=0.503726;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000528611;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:145:146:1:8:121:138:0.945205:77:44:0:1:77:61:3:5 chr14 20815013 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.902;QD=58.1421;RBI=0.0327188;REFB=0;REVB=0.00855056;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51995e-05;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr14 20837701 . G C 789.53 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122096;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.086;QD=55.4058;RBI=0.0139877;REFB=-0.0193496;REVB=0.00682523;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-9.78791e-06;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:35:21:0:0:35:21:1:0 chr14 20841707 . C T 601.76 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00267729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.124;QD=58.7078;RBI=0.0484195;REFB=-0.0721415;REVB=0.0483455;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.508193;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000512382;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:9:30:0:0:10:30:1:0 chr14 20847202 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00995404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.858;QD=16.7844;RBI=0.0129625;REFB=-0.00474097;REVB=-0.00830326;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294801;STB=0.665107;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0122081;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:10:23:11:18:10:23 chr14 20852029 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.393;QD=60.6091;RBI=0.0245778;REFB=0;REVB=0.00769211;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30083e-05;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr14 20852770 . G T 799.02 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340747;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.195;QD=55.1051;RBI=0.0478824;REFB=-0.0684426;REVB=0.0336398;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000395225;OID=.;OPOS=20852770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:32:23:0:1:34:23:0:1 chr14 20852817 . G A 718.51 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507982;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9668;QD=61.1501;RBI=0.0552949;REFB=0.0234096;REVB=-0.021842;RO=1;SAF=13;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.51851;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000282445;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:33:13:1:0:33:13:1:0 chr14 20854734 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.593;QD=60.8835;RBI=0.00783938;REFB=0;REVB=-0.00116352;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09062e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr14 20872881 . G T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0199099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.004;QD=11.5972;RBI=0.0262815;REFB=-0.00567702;REVB=0.0171555;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187816;STB=0.609594;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00896539;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:4:17:8:4:4:17 chr14 20897064 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0119344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.869;QD=8.81106;RBI=0.0691926;REFB=-0.0218618;REVB=-0.0681556;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.047515;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:6:5:4:2:6:5 chr14 20898308 . C T 284.02 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0138677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.44;QD=36.6471;RBI=0.0139694;REFB=-0.0391782;REVB=-0.0016818;RO=7;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435871;STB=0.523789;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0124421;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:16:8:3:4:16:8:3:4 chr14 20916958 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.000558026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.107;QD=13.091;RBI=0.00650928;REFB=-0.0131467;REVB=-0.00648532;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154302;STB=0.589615;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0153304;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:15:5:5:8:15:5 chr14 20920250 . T C 346.57 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0149965;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.668;QD=24.7551;RBI=0.0156882;REFB=-0.00581039;REVB=0.00460699;RO=22;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11039;STB=0.560475;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00623933;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:22:34:34:0.607143:16:18:15:7:16:18:15:7 chr14 20925154 . T G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0363851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.287;QD=9.91652;RBI=0.050172;REFB=-0.0128896;REVB=-0.034545;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589112;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.03448;OID=.;OPOS=20925154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:8:8:4:5:9:8 chr14 20928359 . C A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0151909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.087;QD=21.12;RBI=0.0213897;REFB=-0.00189577;REVB=-0.0150584;RO=32;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544001;STB=0.530104;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00187736;OID=.;OPOS=20928359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:15:22:17:15:15:22:17:15 chr14 21052249 . G A 549.09 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0124244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.641;QD=26.4619;RBI=0.014763;REFB=-0.0142224;REVB=0.00797365;RO=33;SAF=20;SAR=30;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409936;STB=0.522379;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0272729;OID=.;OPOS=21052249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:30:20:15:18:30:20:15:18 chr14 21052259 . T C 299.55 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0252755;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.605;QD=13.6157;RBI=0.0275033;REFB=-0.00941234;REVB=0.0108436;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255354;STB=0.514555;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0143354;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:54:54:34:34:0.386364:20:14:21:33:20:14:21:33 chr14 21081642 . T C 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00781383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6401;QD=15.0059;RBI=0.00999303;REFB=-0.00435107;REVB=-0.00622934;RO=56;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946718;STB=0.548782;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00678498;OID=.;OPOS=21081642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:23:16:28:28:23:16:28:29 chr14 21081996 . C T 1573.51 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0417787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.091;QD=58.8226;RBI=0.0462491;REFB=-0.124684;REVB=0.0198375;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825396;STB=0.504347;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000544179;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:0:1:57:49:0:1 chr14 21082032 . T G 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00738853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.221;QD=15.7534;RBI=0.00878852;REFB=-0.00366979;REVB=-0.00475896;RO=45;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177465;STB=0.605851;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00379992;OID=.;OPOS=21082032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:14:21:19:26:14:21:19:27 chr14 21099400 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00240566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.575;QD=17.0949;RBI=0.00270838;REFB=-0.0242346;REVB=-0.00124423;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136759;STB=0.57623;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0283982;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:11:30:21:14:11:30 chr14 21101155 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0151636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.913;QD=15.7383;RBI=0.017626;REFB=-0.0111024;REVB=-0.00898556;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984594;STB=0.555518;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0107296;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:15:21:14:15:15:21 chr14 21109141 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.1;QD=60.2303;RBI=0.064656;REFB=0;REVB=0.0632235;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412372;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr14 21109170 . T A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.214;QD=61.511;RBI=0.0204761;REFB=-0.0979898;REVB=0.000355569;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00451567;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:0:1:20:28:0:1 chr14 21149930 . T C 1231.27 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.951;QD=60.062;RBI=0.0283905;REFB=0.0341252;REVB=0.0171055;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.507245;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=8.96837e-05;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:47:34:0:0:47:34:1:0 chr14 21151479 . G GT 586.02 PASS AF=0.415966;AO=97;DP=246;FAO=99;FDP=238;FR=.;FRO=139;FSAF=66;FSAR=33;FSRF=89;FSRR=50;FWDB=-0.012396;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0078;QD=9.84907;RBI=0.0124355;REFB=0.00778903;REVB=0.000990216;RO=147;SAF=64;SAR=33;SRF=96;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802125;STB=0.51713;STBP=0.645;TYPE=ins;VARB=-0.0116194;OID=.;OPOS=21151480;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415966:97:246:99:238:139:66:33:89:50:99:147:64:33:96:51 chr14 21151483 . T G 1518.39 PASS AF=0.579832;AO=138;DP=238;FAO=138;FDP=238;FR=.;FRO=100;FSAF=88;FSAR=50;FSRF=66;FSRR=34;FWDB=0.0441292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2347;QD=25.5192;RBI=0.0442275;REFB=-0.0170336;REVB=-0.00294737;RO=100;SAF=88;SAR=50;SRF=66;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188296;STB=0.510203;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0140199;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:100:100:138:138:0.579832:50:88:66:34:50:88:66:34 chr14 21151523 . C A 648.67 PASS AF=0.397849;AO=72;DP=187;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=0.0401743;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.273;QD=13.95;RBI=0.0402387;REFB=-0.0104626;REVB=0.00227702;RO=111;SAF=46;SAR=26;SRF=68;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303317;STB=0.526969;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0144698;OID=.;OPOS=21151523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:111:112:72:74:0.397849:26:46:68:43:26:48:68:44 chr14 21152163 . C T 184.34 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0186743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.457;QD=17.9839;RBI=0.0565236;REFB=-0.0174739;REVB=0.0533497;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383201;STB=0.686443;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0267389;OID=.;OPOS=21152163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:14:4:13:9:14:5:13:9 chr14 21152167 . G C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0021421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.297;QD=20.5462;RBI=0.0118824;REFB=-0.0025054;REVB=0.0116878;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260497;STB=0.634027;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00627783;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:9:13:6:15:9:13:7:15 chr14 21152249 . GT AG 183.72 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0615961;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.127;QD=17.0901;RBI=0.0623363;REFB=-0.032558;REVB=0.00957794;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.586113;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=0.0373449;OID=.;OPOS=21152249;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:24:19:19:0.44186:13:6:10:13:13:6:11:13 chr14 21152253 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00227603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.124;QD=17.3255;RBI=0.0183532;REFB=-0.0217906;REVB=0.0182116;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929098;STB=0.553137;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0165239;OID=.;OPOS=21152253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:11:14:13:7:11:14 chr14 21167576 . A T 320.86 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00779699;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5763;QD=21.0403;RBI=0.0536666;REFB=-0.0339409;REVB=-0.0530972;RO=28;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451957;STB=0.524985;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0469366;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:22:11:8:20:22:11:8:20 chr14 21168055 . T C 1290.16 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.76;QD=61.4361;RBI=0.0148046;REFB=0;REVB=0.0114509;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018543;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:46:38:0:0 chr14 21168084 . C T 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1334;QD=58.954;RBI=0.0237529;REFB=0;REVB=-0.0216738;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133082;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr14 21215923 . G T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00308918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.094;QD=12.4027;RBI=0.00391741;REFB=-0.00733024;REVB=-0.00240896;RO=29;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3072;STB=0.683952;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00825789;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:3:13:17:12:3:13:17:12 chr14 21215997 . C T 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0231133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.611;QD=23.6162;RBI=0.0301481;REFB=-0.016843;REVB=-0.0193567;RO=23;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161348;STB=0.588186;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00509238;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:12:21:19:4:12:21:19:4 chr14 21216499 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.106;QD=60.9783;RBI=0.0332649;REFB=0;REVB=0.0229289;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259458;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:20:9:0:0:30:9:0:0 chr14 21238318 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.586;QD=54.5144;RBI=0.080134;REFB=0;REVB=0.080103;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757083;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr14 21238798 . T C 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0151409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.146;QD=8.8984;RBI=0.0157707;REFB=-0.0121678;REVB=0.00441221;RO=48;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209968;STB=0.512454;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0245003;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:11:10:22:26:11:10:22:26 chr14 21250366 . T C 1431.46 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00617797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.416;QD=56.1358;RBI=0.0147966;REFB=0.0144402;REVB=-0.0134451;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104236;STB=0.503596;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-3.88739e-05;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:102:1:3:98:99:0.970588:53:45:1:0:54:45:1:2 chr14 21360216 . C G 148.85 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00820725;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.916;QD=13.5318;RBI=0.0494998;REFB=-0.0178624;REVB=0.0488146;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01619;STB=0.543427;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0312042;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:27:15:17:0.386364:8:7:13:14:10:7:13:14 chr14 21424365 . A G 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00974705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.295;QD=17.7162;RBI=0.0214626;REFB=-0.0114014;REVB=0.0191216;RO=41;SAF=22;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558737;STB=0.525636;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0135209;OID=.;OPOS=21424365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:15:22:22:19:15:22:23:19 chr14 21467913 . T G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.347;QD=58.6005;RBI=0.0601067;REFB=0;REVB=0.0496911;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397264;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr14 21469151 . T C 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0261036;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.348;QD=24.2942;RBI=0.0340503;REFB=-0.0244051;REVB=-0.0218639;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124967;STB=0.547896;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00834183;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:8:11:9:3:8:11:9:4 chr14 21486137 . G C 1295.85 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9919;QD=61.7073;RBI=0.0362517;REFB=0;REVB=-0.0258532;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408799;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:44:36:0:0:45:39:0:0 chr14 21486387 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0125421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.747;QD=20.893;RBI=0.015239;REFB=-0.00641111;REVB=0.00865575;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00718056;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr14 21486590 . C T 477.57 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00222248;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.522;QD=28.9438;RBI=0.0112131;REFB=-0.00969972;REVB=0.0109906;RO=21;SAF=16;SAR=27;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571684;STB=0.507134;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00605125;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:21:23:43:43:0.651515:27:16:8:13:27:16:9:14 chr14 21500121 . G T 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00164488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.982;QD=25.4018;RBI=0.0183995;REFB=-0.00091717;REVB=-0.0183259;RO=21;SAF=23;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304561;STB=0.516678;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000487714;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:11:23:15:6:11:23:15:6 chr14 21500541 . T TA 130.07 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0809759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2012;QD=14.4523;RBI=0.0827213;REFB=0.0463997;REVB=-0.0169029;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744928;STB=0.535677;STBP=0.69;TYPE=ins;VARB=-0.0442142;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:19:37:20:36:16:5:15:5:11:97:18:5:14:6:12 chr14 21501095 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00532965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.52;QD=7.62898;RBI=0.0563578;REFB=0.00708126;REVB=0.0561052;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162054;STB=0.599771;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0143629;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:15:5:3:5:15:5 chr14 21501195 . G A 138.25 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00249618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.695;QD=12.022;RBI=0.0330697;REFB=-0.00934892;REVB=0.0329753;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374191;STB=0.540932;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0183435;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:8:7:15:15:9:7:15:15 chr14 21502345 . A G 417.86 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0466148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1662;QD=19.8981;RBI=0.0486824;REFB=-0.0268183;REVB=0.014037;RO=42;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219787;STB=0.512189;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0261023;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:24:18:17:25:24:18:17:25 chr14 21511458 . G C 343.87 PASS AF=0.962963;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0444943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3073;QD=50.943;RBI=0.0558537;REFB=-0.177599;REVB=0.0337623;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.015787;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:0:1:23:26:0.962963:5:18:0:0:8:18:1:0 chr14 21511497 . C T 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.967;QD=62.0111;RBI=0.0195287;REFB=0;REVB=0.0026429;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133023;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr14 21511789 . G A 220.77 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0330247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3241;QD=18.0224;RBI=0.0380872;REFB=-0.00333637;REVB=0.0189736;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334213;STB=0.67669;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0121772;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:9:13:6:20:9:13:7:20 chr14 21526079 . C T 251.16 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0160463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.027;QD=41.8604;RBI=0.0204804;REFB=-0.0529437;REVB=0.0127265;RO=3;SAF=14;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180147;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:7:14:2:1:7:14:2:1 chr14 21542753 . G A 775.27 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.019892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.119;QD=53.4665;RBI=0.0341374;REFB=-0.0299851;REVB=0.027743;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219211;STB=0.504586;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00031731;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:21:35:0:1:21:35:1:1 chr14 21549814 . G A 198.75 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0046474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.043;QD=19.3904;RBI=0.0183448;REFB=-0.0206185;REVB=-0.0177464;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660691;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0213888;OID=.;OPOS=21549814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:21:20:20:0.487805:11:9:10:9:11:9:10:11 chr14 21549893 . G C 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0129982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.127;QD=19.6667;RBI=0.0211964;REFB=-0.025145;REVB=0.0167432;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214957;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:8:11:11:8:8:11 chr14 21550499 . G T 732.51 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=0.00722543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2285;QD=18.199;RBI=0.00864196;REFB=-0.0166415;REVB=0.00474096;RO=82;SAF=24;SAR=53;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189668;STB=0.520084;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0201102;OID=.;OPOS=21550499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:84:77:77:0.478261:53:24:27:55:53:24:29:55 chr14 21551058 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0140007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.361;QD=15.2679;RBI=0.0415019;REFB=-0.0128046;REVB=0.039069;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694423;STB=0.503934;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0153802;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:15:18:14:12:15:18 chr14 21551069 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0127541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.448;QD=15.1566;RBI=0.0148162;REFB=-0.0279557;REVB=-0.00754005;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.516299;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0341578;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:15:17:14:11:15:17 chr14 21553004 . C T 346.19 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0856142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0566;QD=19.5039;RBI=0.0857441;REFB=-0.0227124;REVB=-0.00471759;RO=35;SAF=9;SAR=27;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213996;STB=0.619763;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0141769;OID=.;OPOS=21553004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:27:9:16:19:27:9:16:19 chr14 21553057 . T C 210.11 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0269975;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.634;QD=15.5637;RBI=0.0270637;REFB=-0.014955;REVB=-0.00189248;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236379;STB=0.635702;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0131019;OID=.;OPOS=21553057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:12:18:19:5:12:18 chr14 21557021 . G A 158.64 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0134244;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.854;QD=16.2708;RBI=0.0167077;REFB=-0.000653498;REVB=0.00994652;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000752071;OID=.;OPOS=21557021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:22:17:17:0.435897:11:6:9:11:11:6:11:11 chr14 21562560 . T C 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0254577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2012;QD=19.9905;RBI=0.0296349;REFB=0.0278952;REVB=0.0151701;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581448;STB=0.532757;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0274961;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:9:14:12:10:9:14 chr14 21570273 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0336773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.228;QD=17.9407;RBI=0.0359466;REFB=-0.0155981;REVB=-0.0125696;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.518305;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0166517;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:7:11:12:10:8:11:12:10 chr14 21570614 . A C 260.36 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00582473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.248;QD=12.11;RBI=0.00735614;REFB=0.000831541;REVB=-0.00449281;RO=55;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176611;STB=0.601744;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00110239;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:19:12:30:25:19:12:30:25 chr14 21623489 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.547;QD=58.5877;RBI=0.0169194;REFB=0;REVB=0.00577694;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0936e-05;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 21623836 . G A 325.6 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00835114;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5521;QD=19.7335;RBI=0.0160302;REFB=-0.0241826;REVB=-0.013683;RO=30;SAF=24;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271552;STB=0.666566;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0335725;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:30:32:34:34:0.515152:10:24:12:18:10:24:12:20 chr14 21624197 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.036;QD=40.7629;RBI=0.0415127;REFB=0;REVB=-0.0158386;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019128;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr14 21770730 . A G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0047169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.327;QD=18.2899;RBI=0.0133608;REFB=-0.0264222;REVB=-0.0125005;RO=33;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135006;STB=0.575586;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0201194;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:21:11:16:17:21:11:16:17 chr14 21785790 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1144;QD=57.1986;RBI=0.0452515;REFB=0;REVB=-0.0294832;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111751;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 21792811 . G A 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0110521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9246;QD=9.26159;RBI=0.0324544;REFB=-0.0171124;REVB=-0.0305146;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132921;STB=0.579305;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0227021;OID=.;OPOS=21792811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:18:20:7:10:18:20 chr14 21796784 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.403;QD=33.4283;RBI=0.0422141;REFB=0;REVB=0.0241906;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316635;OID=.;OPOS=21796784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 21829129 . C G 663.89 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00425512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.367;QD=23.924;RBI=0.0145474;REFB=0.00130497;REVB=-0.0139112;RO=47;SAF=25;SAR=39;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282371;STB=0.515414;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00158597;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:64:64:0.576577:39:25:20:27:39:25:20:27 chr14 21831052 . T C 144.87 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0133573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.186;QD=10.1662;RBI=0.0168339;REFB=-0.0120557;REVB=-0.010245;RO=38;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364069;STB=0.717008;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0391467;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:15:4:19:19:15:4:19:19 chr14 21841569 . G A 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0348919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1979;QD=11.9915;RBI=0.0360707;REFB=0.00352167;REVB=-0.00914633;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330332;STB=0.691625;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0115752;OID=.;OPOS=21841569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:7:11:10:23:7:11:10:23 chr14 21871653 . C T 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0155443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9958;QD=13.9655;RBI=0.0471882;REFB=-0.0317432;REVB=-0.0445544;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134592;STB=0.57687;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0363263;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:10:20:24:20:10:20:24:20 chr14 21899631 . C T 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0518996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.008;QD=18.0543;RBI=0.0519704;REFB=0.00325507;REVB=-0.00271139;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339564;STB=0.501897;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00253857;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:23:21:25:27:23:21:25:27 chr14 21945452 . C G 306.18 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0917512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3858;QD=15.3091;RBI=0.0974835;REFB=-0.0249573;REVB=-0.0329356;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510023;STB=0.523795;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0363324;OID=.;OPOS=21945452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:22:12:18:27:22:12:18:28 chr14 21960816 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00281015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.546;QD=14.7406;RBI=0.0117905;REFB=-0.0156679;REVB=-0.0114507;RO=41;SAF=21;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252632;STB=0.643817;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0195834;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:9:21:19:22:9:21:19:22 chr14 21960969 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00714414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.79;QD=10.4742;RBI=0.00881286;REFB=-0.00533986;REVB=-0.00516022;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152597;STB=0.596916;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00881885;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:22:37:19:19:0.339286:9:10:8:14:9:10:14:23 chr14 21967916 . A G 163.02 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00261537;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.246;QD=17.6234;RBI=0.0033574;REFB=-0.000175354;REVB=0.00210523;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274563;STB=0.670846;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000550858;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:12:5:11:8:12:5:12:8 chr14 21991626 . C G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0590324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.486;QD=18.2492;RBI=0.0607269;REFB=-0.00092438;REVB=0.0142453;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23066;STB=0.634379;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000550907;OID=.;OPOS=21991626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:4:8:11:2:4:8 chr14 21993498 . G A 121.53 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0567312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5476;QD=15.1908;RBI=0.0992151;REFB=-0.00504193;REVB=0.0813953;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253924;STB=0.514685;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0143895;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:6:12:9:5:6:12 chr14 22090594 . C G 585.49 PASS AF=0.386364;AO=68;DP=176;FAO=68;FDP=176;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.016456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.26;QD=13.3065;RBI=0.0243709;REFB=-0.00632621;REVB=-0.0179761;RO=108;SAF=29;SAR=39;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604331;STB=0.534146;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00776676;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:108:108:68:68:0.386364:39:29:52:56:39:29:52:56 chr14 22102374 . T C 185.02 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.158;QD=46.2558;RBI=0.0243053;REFB=0;REVB=0.0242571;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345994;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:6:10:0:0 chr14 22102439 . C G 174.4 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.838;QD=46.5073;RBI=0.0380451;REFB=0;REVB=-0.011518;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833394;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr14 22102592 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.695;QD=39.2068;RBI=0.0434291;REFB=0;REVB=0.0313878;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129383;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr14 22102612 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0645;QD=40.7613;RBI=0.0482974;REFB=0;REVB=0.0463004;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214574;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr14 22102745 . C A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0357568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.56;QD=6.52661;RBI=0.0370956;REFB=-0.00909822;REVB=-0.00987566;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357767;STB=0.728523;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0450441;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:8:12:2:5:8:12 chr14 22111660 . C T 577.76 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0279783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.585;QD=18.4882;RBI=0.0307148;REFB=-0.00905077;REVB=0.0126734;RO=65;SAF=25;SAR=35;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863974;STB=0.547892;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0108792;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:35:25:33:32:35:25:33:32 chr14 22133648 . G A 284.6 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8267;QD=17.7875;RBI=0.0296625;REFB=-0.0187608;REVB=0.00192443;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144039;STB=0.580593;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0240138;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:18:13:19:14:18:13:19:14 chr14 22133997 . A G 494.55 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00824693;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.667;QD=22.4795;RBI=0.00851331;REFB=0.0012647;REVB=0.00211297;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276084;STB=0.515205;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000909847;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:17:24:26:21:17:24 chr14 22236756 . G C 238.62 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.041638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1161;QD=11.7839;RBI=0.0513431;REFB=-0.027198;REVB=0.0300398;RO=52;SAF=8;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305649;STB=0.677292;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0442518;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:21:8:28:24:21:8:28:24 chr14 22237070 . C T 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0144971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.604;QD=15.3247;RBI=0.0147092;REFB=-0.0186653;REVB=-0.00248928;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707331;STB=0.539788;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.024976;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:20:23:27:31:20:23:27:31 chr14 22237127 . C T 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00727019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.7;QD=60.4127;RBI=0.0131629;REFB=-0.0518367;REVB=0.010973;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000136718;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:44:39:0:1:44:39:0:1 chr14 22309847 . T C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.000438651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.703;QD=12.3465;RBI=0.0167587;REFB=-0.00149055;REVB=-0.016753;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369305;STB=0.521251;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00268337;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:17:11:20:27:17:11:20:27 chr14 22309948 . T C 227.43 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0154906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6968;QD=13.7835;RBI=0.0301292;REFB=-0.0132694;REVB=-0.025842;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212386;STB=0.621724;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.021321;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:8:19:20:19:8:19:20:19 chr14 22314985 . T C 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00644082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.702;QD=11.9867;RBI=0.00655811;REFB=0.00271312;REVB=0.00123477;RO=50;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857368;STB=0.558188;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00372262;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:20:9:19:31:20:9:20:31 chr14 22315212 . A G 363.21 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00917835;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.406;QD=13.3289;RBI=0.010778;REFB=-0.0212797;REVB=-0.00564998;RO=66;SAF=23;SAR=20;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276712;STB=0.515678;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0287175;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:66:66:43:43:0.394495:20:23:37:29:20:23:37:29 chr14 22315394 . T C 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0208074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.201;QD=1.93767;RBI=0.0402008;REFB=-0.00407778;REVB=-0.034397;RO=80;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105088;STB=0.578317;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0311276;OID=.;OPOS=22315394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:4:6:41:39:4:6:41:39 chr14 22337393 . G A 1519.54 PASS AF=0.972222;AO=95;DP=98;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0925164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3468;QD=56.2792;RBI=0.102169;REFB=-0.140508;REVB=0.0433498;RO=3;SAF=47;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293045;STB=0.513041;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.013186;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:108:3:3:95:105:0.972222:48:47:3:0:49:56:3:0 chr14 22356491 . G T 221.56 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.000481858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4826;QD=12.4823;RBI=0.0306645;REFB=-0.0234215;REVB=0.0306607;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161498;STB=0.6172;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.034811;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:27:27:0.380282:12:15:16:24:12:15:16:28 chr14 22356551 . T C 255.21 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0141225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6419;QD=15.7053;RBI=0.0147661;REFB=-0.00452991;REVB=0.00431193;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252118;STB=0.642086;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00538984;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:13:23:11:18:13:23 chr14 22362971 . A G 628.22 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0364787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2575;QD=19.1823;RBI=0.0401045;REFB=-0.0159936;REVB=-0.0166636;RO=66;SAF=30;SAR=34;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287666;STB=0.512191;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0275118;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:67:64:64:0.48855:34:30:33:33:34:30:33:34 chr14 22386449 . C T 904.22 PASS AF=0.486631;AO=90;DP=186;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0147145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.21;QD=19.3416;RBI=0.0149784;REFB=0.00358188;REVB=0.00279904;RO=93;SAF=37;SAR=53;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382818;STB=0.516336;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00357836;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:93:96:90:91:0.486631:53:37:42:51:54:37:42:54 chr14 22392304 . G A 296.63 PASS AF=0.4;AO=30;DP=81;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0532926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2484;QD=13.959;RBI=0.0537797;REFB=-0.0062308;REVB=0.00722218;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163579;STB=0.582476;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0109672;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:51:51:30:34:0.4:12:18:23:28:14:20:23:28 chr14 22392366 . C T 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.000767109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.369;QD=17.8768;RBI=0.00424112;REFB=-0.00197184;REVB=0.00417116;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193164;STB=0.602323;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00246454;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:14:24:18:24:14:24:19:24 chr14 22392626 . A C 477.9 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00018307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8431;QD=19.9124;RBI=0.0541921;REFB=-0.0250465;REVB=-0.0541918;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285712;STB=0.511106;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0262092;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:46:49:47:47:0.489583:25:22:23:23:25:22:24:25 chr14 22392703 . G C 573.13 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00275286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.788;QD=23.3931;RBI=0.00360808;REFB=-0.00480823;REVB=-0.00233238;RO=45;SAF=21;SAR=32;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079349;STB=0.543642;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00381003;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:32:21:22:23:32:21:22:23 chr14 22476278 . C T 823.23 PASS AF=0.589147;AO=75;DP=128;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0197453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.877;QD=25.5266;RBI=0.0308181;REFB=-0.0243287;REVB=0.0236618;RO=53;SAF=31;SAR=44;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598623;STB=0.5347;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00851129;OID=.;OPOS=22476278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:53:53:75:76:0.589147:44:31:26:27:45:31:26:27 chr14 22509188 . T C 880.48 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00812491;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4213;QD=55.0299;RBI=0.00881463;REFB=-0.0132689;REVB=0.00341812;RO=2;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557531;STB=0.503137;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000762878;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:36:25:1:1:37:25:1:1 chr14 22555013 . T C 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00762033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2038;QD=22.7181;RBI=0.01415;REFB=-0.0132269;REVB=-0.0119228;RO=23;SAF=23;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453605;STB=0.525098;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0090107;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:8:23:16:7:8:23:16:7 chr14 22600863 . G A 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.543;QD=62.9081;RBI=0.0136677;REFB=0;REVB=0.00193725;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04573e-05;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr14 22616547 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.597;QD=57.3847;RBI=0.0267802;REFB=0;REVB=-0.0106145;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53604e-05;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr14 22631678 . C T 746.96 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.541;QD=63.5708;RBI=0.0210696;REFB=0;REVB=0.0200939;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95087e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr14 22636784 . A C 653.68 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0147269;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.031;QD=47.5402;RBI=0.015184;REFB=-0.145458;REVB=0.00369757;RO=5;SAF=29;SAR=21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313309;STB=0.516697;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00112548;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:55:55:5:5:50:50:0.909091:21:29:2:3:21:29:2:3 chr14 22636874 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4036;QD=56.7005;RBI=0.0714761;REFB=0;REVB=0.048842;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152313;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr14 22670458 . C T 1572.94 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3214;QD=59.9213;RBI=0.0272827;REFB=0;REVB=-0.0272071;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170142;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr14 22670975 . G A 330.39 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.13884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.439;QD=50.8289;RBI=0.140235;REFB=-0.0732023;REVB=-0.0197292;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.529388;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00794276;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:1:0:17:8:1:0 chr14 22671141 . C T 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0108373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8833;QD=18.289;RBI=0.0314706;REFB=-0.0195092;REVB=-0.0295458;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157697;STB=0.588179;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0189246;OID=.;OPOS=22671141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:12:20:15:18:12:20:15:18 chr14 22690209 . A C 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6313;QD=57.8783;RBI=0.0821392;REFB=0;REVB=0.029204;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132085;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr14 22695084 . C T 556.87 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8873;QD=60.2017;RBI=0.0939739;REFB=0;REVB=0.0825059;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715749;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr14 22739862 . A T 210.7 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.038923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6002;QD=14.047;RBI=0.0414514;REFB=-0.0210834;REVB=-0.0142555;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470914;STB=0.52686;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0251684;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:11:14:18:17:11:14:18:17 chr14 22740245 . A G 184.58 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00837546;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.796;QD=17.5793;RBI=0.00837655;REFB=0.00140528;REVB=-0.000135034;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349629;STB=0.519979;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00226571;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:8:15:13:6:8:15 chr14 22740270 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0149947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.152;QD=15.6257;RBI=0.0159857;REFB=0.00349786;REVB=-0.00554084;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165428;STB=0.59622;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00329273;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:9:18:15:4:9:18 chr14 22887459 . CG C 187.58 PASS AF=0.484848;AO=29;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0855637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5257;QD=11.3683;RBI=0.0872767;REFB=0.00478741;REVB=0.0172068;RO=32;SAF=7;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.185878;STB=0.624915;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.00699099;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:29:65:32:66:34:7:25:14:20:99:32:7:22:13:19 chr14 22891883 . G C 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0100789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.727;QD=16.4416;RBI=0.0103168;REFB=0.00937122;REVB=0.00220266;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833138;STB=0.547778;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0151873;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:14:13:8:12:14:13 chr14 22942890 . G T 1552.59 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018608;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.752;QD=64.0243;RBI=0.00866469;REFB=0;REVB=0.00846252;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74772e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:49:48:0:0 chr14 22947903 . C T 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.253;QD=58.5975;RBI=0.0100182;REFB=0;REVB=-0.00913651;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80188e-05;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr14 22964880 . A C 560.95 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101134;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.261;QD=60.6428;RBI=0.106837;REFB=0;REVB=0.0344406;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813775;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr14 22972783 . AC A 1442.53 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501229;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.9628;QD=49.3171;RBI=0.118287;REFB=0;REVB=-0.107143;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00182173;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:117:117:117:0:66:51:0:0:26:0:64:50:0:0 chr14 22978335 . C T 2337.98 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158424;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7001;QD=61.1236;RBI=0.0712553;REFB=0;REVB=0.0712377;RO=0;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022237;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:85:68:0:0:85:68:0:0 chr14 22984586 . A C 1459.82 PASS AF=1;AO=83;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160593;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.565;QD=55.6121;RBI=0.0310831;REFB=0;REVB=0.0266131;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852159;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:83:105:1:29:54:0:0:51:54:0:0 chr14 22988972 . G C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=376.305;QD=61.5363;RBI=0.0154993;REFB=0;REVB=-0.00939002;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47424e-06;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:55:25:0:0:56:25:0:0 chr14 22993278 . A AG 802.66 PASS AF=0.986842;AO=70;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235559;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7315;QD=42.2452;RBI=0.0393718;REFB=-0.0210455;REVB=0.0315477;RO=6;SAF=31;SAR=39;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584567;STB=0.506327;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.0006821;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986842:70:77:75:76:1:36:39:0:1:10:6:31:39:5:1 chr14 22994636 . C T 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00796073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.776;QD=14.8588;RBI=0.0172102;REFB=-0.00739161;REVB=-0.0152583;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912949;STB=0.551693;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00954733;OID=.;OPOS=22994636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:15:18:21:25:15:18:21:25 chr14 22997524 . A G 2151.58 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515859;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4685;QD=62.3647;RBI=0.0525368;REFB=0;REVB=-0.00995025;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281497;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:138:0:0:137:138:1:78:59:0:0:78:60:0:0 chr14 22998590 . AG A 995.67 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.0389;QD=47.4127;RBI=0.0151587;REFB=0;REVB=-0.000414255;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00026967;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:84:84:84:0:47:37:0:0:18:0:47:37:0:0 chr14 22998619 . AC A 825.54 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551675;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.3344;QD=47.8577;RBI=0.0675638;REFB=0;REVB=-0.0390053;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00172065;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:69:69:69:0:40:29:0:0:15:0:40:27:0:0 chr14 23000062 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.587;QD=58.6003;RBI=0.0683406;REFB=0;REVB=0.0234903;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310022;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr14 23025932 . A T 2609.01 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038346;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.402;QD=62.1192;RBI=0.0540928;REFB=0;REVB=0.0381526;RO=0;SAF=71;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55756e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:167:168:1:96:71:0:0:97:71:0:0 chr14 23044002 . G T 214.04 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0132557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.417;QD=14.7617;RBI=0.0140192;REFB=-0.00540541;REVB=-0.00456333;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217717;STB=0.623855;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0131378;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:19:14:16:9:19:14 chr14 23081223 . T C 282.83 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0899191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0205;QD=17.4051;RBI=0.0936451;REFB=-0.0266515;REVB=0.0261526;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202033;STB=0.630779;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0415931;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:34:30:31:0.476923:14:16:10:22:14:17:10:24 chr14 23235808 . G A 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.454;QD=60.645;RBI=0.013056;REFB=0;REVB=-0.00749569;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55692e-06;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr14 23236524 . C T 888.85 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.246;QD=56.4349;RBI=0.0271053;REFB=-0.126424;REVB=-0.00562325;RO=1;SAF=47;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993967;STB=0.505261;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000198293;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:14:47:1:0:15:47:1:0 chr14 23240328 . T A 391.92 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0190649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2221;QD=13.5143;RBI=0.0383629;REFB=-0.00453632;REVB=-0.0332902;RO=70;SAF=21;SAR=25;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919037;STB=0.551998;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00745735;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:25:21:38:32:25:21:38:32 chr14 23240713 . T TAGC 104.5 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0197562;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.078;QD=11.6112;RBI=0.023213;REFB=-0.0224687;REVB=-0.0121875;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635357;STB=0.536029;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.0409699;OID=.;OPOS=23240714;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:12:41:13:36:23:4:9:6:17:99:28:4:8:8:20 chr14 23242828 . T C 545.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7918;QD=59.0255;RBI=0.0266749;REFB=0;REVB=-0.0179599;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115804;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr14 23248112 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.010213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.696;QD=12.8732;RBI=0.0172921;REFB=-0.00621222;REVB=0.0139539;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360509;STB=0.708876;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00457259;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:21:11:13:6:21:11 chr14 23282110 . A G 305.8 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.338;QD=53.1833;RBI=0.0540516;REFB=0;REVB=0.0313416;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373144;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr14 23282449 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.852;QD=61.3364;RBI=0.0147739;REFB=0;REVB=0.0145199;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3367e-05;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr14 23299135 . G T 1657.92 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.35;QD=60.2882;RBI=0.0329294;REFB=0;REVB=0.0257561;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22705e-06;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:48:62:0:0:48:62:0:0 chr14 23299286 . T C 808.07 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819427;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.717;QD=56.7068;RBI=0.00957849;REFB=-0.0462383;REVB=-0.00495998;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101271;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr14 23303641 . A C 737.65 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059381;FXX=0.0350816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.456;QD=53.6471;RBI=0.0381894;REFB=0;REVB=0.0377249;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900336;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:49:55:1:24:25:0:0:30:25:0:0 chr14 23306047 . C CT 538.89 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976121;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.841;QD=56.7249;RBI=0.113798;REFB=0;REVB=-0.0584969;RO=34;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0041134;OID=.;OPOS=23306048;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:39:38:38:0:4:34:0:0:4:34:0:4:5:29 chr14 23306048 . C T 381.68 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00448469;FXX=0.0256345;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.107;QD=40.1767;RBI=0.0111841;REFB=-0.128863;REVB=0.0102455;RO=6;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096296;STB=0.566627;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00163395;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:6:8:30:30:0.789474:26:4:0:6:26:4:0:8 chr14 23312554 . C G 269.22 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00443535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.517;QD=16.5675;RBI=0.0532296;REFB=-0.00865738;REVB=-0.0530445;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182833;STB=0.510281;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00869566;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:14:16:18:17:14:16:18:17 chr14 23312923 . T C 201.45 PASS AF=0.40678;AO=17;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0546697;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7088;QD=13.6574;RBI=0.0548001;REFB=-0.0282405;REVB=-0.00377849;RO=29;SAF=1;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543753;STB=0.643362;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0405198;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:35:17:24:0.40678:16:1:10:19:19:5:14:21 chr14 23321900 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.15;QD=60.2304;RBI=0.0264327;REFB=0;REVB=0.0215248;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186979;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr14 23354066 . G C 171.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0130972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1783;QD=17.5607;RBI=0.0142867;REFB=-0.0297013;REVB=-0.00570722;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0334162;OID=.;OPOS=23354066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:7:14:12:6:7:14 chr14 23374435 . G A 620.48 PASS AF=0.679487;AO=45;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00619681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.567;QD=31.8197;RBI=0.0155496;REFB=-0.0266794;REVB=0.0142615;RO=24;SAF=19;SAR=26;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364402;STB=0.519487;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0215424;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:24:45:53:0.679487:26:19:10:14:34:19:10:14 chr14 23374862 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000302359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.423;QD=23.5284;RBI=0.00816255;REFB=-0.014633;REVB=-0.00815695;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640112;STB=0.535781;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0121987;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:7:8:9:11:7:8 chr14 23398902 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00731934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.247;QD=20.0176;RBI=0.0612539;REFB=-0.00864093;REVB=0.0608151;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.597378;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0147538;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:11:6:10:8:11:6 chr14 23398990 . T G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0145314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.417;QD=20.3167;RBI=0.0174792;REFB=-0.00333406;REVB=-0.00971389;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359949;STB=0.70392;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00228089;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:12:6:14:5:12:6 chr14 23426182 . C A 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00968754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.93;QD=14.0739;RBI=0.0178923;REFB=-0.02455;REVB=-0.0150428;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0665662;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:8:8:6:6:8:8 chr14 23441179 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00330928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.2;QD=17.1002;RBI=0.0374081;REFB=0.00298644;REVB=-0.0372614;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.517217;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00387553;OID=.;OPOS=23441179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:7:8:7:7:7:8 chr14 23467664 . G A 338.06 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00376191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5752;QD=28.7709;RBI=0.0604784;REFB=-0.0239149;REVB=0.0603613;RO=18;SAF=24;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579489;STB=0.531997;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.016028;OID=.;OPOS=23467664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:5:24:14:4:5:24:14:4 chr14 23549379 . C G 648.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.167;QD=61.733;RBI=0.0353204;REFB=0;REVB=0.0351072;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46155e-05;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:15:23:0:0:18:24:0:0 chr14 23549737 . T A 453.0 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00319111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.299;QD=19.9119;RBI=0.00863651;REFB=-0.0149365;REVB=-0.00802534;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318274;STB=0.517663;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0144449;OID=.;OPOS=23549737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:19:26:25:21:19:26:25:21 chr14 23567774 . T A 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.702;QD=63.8644;RBI=0.0235604;REFB=0;REVB=-0.0235062;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53064e-05;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr14 23569106 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.409;QD=60.1583;RBI=0.0310165;REFB=-0.0450876;REVB=0.000251099;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.517233;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00343092;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:30:14:1:0:30:14:1:0 chr14 23571671 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.244;QD=63.5829;RBI=0.023569;REFB=0;REVB=0.00159414;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14197e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr14 23574095 . GGCA G 31.83 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0407633;FXX=0.117578;HRUN=2;LEN=3;MLLD=190.257;QD=8.48715;RBI=0.0421904;REFB=-0.0241923;REVB=-0.0108805;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0873796;OID=.;OPOS=23574096;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:3:7:5:15:10:2:3:4:6:31:0:0:3:0:0 chr14 23598952 . A G 187.9 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0104036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.505;QD=10.8927;RBI=0.0135101;REFB=-0.0255204;REVB=-0.00861904;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136143;STB=0.604308;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0397828;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:45:23:24:0.347826:14:9:22:21:15:9:24:21 chr14 23598976 . G A 226.44 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0274254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0261;QD=13.5189;RBI=0.0611311;REFB=-0.0150887;REVB=0.0546339;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176632;STB=0.594067;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0507495;OID=.;OPOS=23598976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:17:10:21:18:17:10:21:19 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT 167.94 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=7,6;DP=17;FAO=8,6;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.176367;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=102.982,161.333;QD=47.9836;RBI=0.0202574,0.00385983;REFB=0,0;REVB=0.0202574,0.00385983;RO=0;SAF=0,0;SAR=7,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0199255,0.0237776;OID=.,.;OPOS=23744801,23744823;OREF=CAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.428571:7,6:17:8,6:14:0:0,0:8,6:0:0:43:0:0,0:7,6:0:0 chr14 23745533 . C T 338.01 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0245974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6408;QD=20.4857;RBI=0.0288679;REFB=-0.0453845;REVB=-0.0151103;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169707;STB=0.600801;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.023777;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:20:15:19:11:20:15:20:11 chr14 23777099 . G A 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0145485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.171;QD=22.8646;RBI=0.056433;REFB=-0.0346597;REVB=0.0545255;RO=27;SAF=26;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23672;STB=0.630991;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0204661;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:10:26:12:15:10:26:12:15 chr14 23777374 . A G 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.978;QD=59.9221;RBI=0.00928903;REFB=0;REVB=-0.00483493;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07183e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr14 23780569 . TTA T,TT,TTT 127.86 PASS AF=0.666667,0.125,0;AO=10,4,3;DP=27;FAO=16,3,0;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8,2,0;FSAR=8,1,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0361535,0.00403326,0.0380516;FXX=0.142806;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=14.1371,7.85683,6.93601;QD=21.3098;RBI=0.0498262,0.0807376,0.132646;REFB=-0.0566581,-0.182363,-0.15369;REVB=-0.0342866,0.0806368,0.127071;RO=7;SAF=4,3,0;SAR=6,1,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.391304,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.123877,0.198753,-0.684179;STB=0.52378,0.545144,0.5;STBP=0.743,0.926,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.059732,0.244652,0;OID=.,.,.;OPOS=23780570,23780571,23780571;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.125,0:10,4,3:27:16,3,0:24:5:8,2,0:8,1,0:3:2:18:7:4,3,0:6,1,3:4:3 chr14 23821361 . G A 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0123332;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.998;QD=18.8878;RBI=0.0132407;REFB=-0.00497767;REVB=-0.00481756;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141787;STB=0.559836;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00288276;OID=.;OPOS=23821361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:1:7:3:1:1:7:4:1 chr14 23844979 . C A 571.57 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.000582171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.379;QD=23.0935;RBI=0.00799438;REFB=-0.0302446;REVB=-0.00797315;RO=46;SAF=32;SAR=21;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179805;STB=0.598893;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0224761;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:21:32:18:28:21:32:18:28 chr14 23845244 . G A 542.23 PASS AF=0.617284;AO=48;DP=80;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0023066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4038;QD=26.7765;RBI=0.00296749;REFB=-0.00569517;REVB=0.00186697;RO=31;SAF=15;SAR=33;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749717;STB=0.550236;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00573861;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:31:31:48:50:0.617284:33:15:7:24:33:17:7:24 chr14 23848311 . C T 728.37 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056817;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.942;QD=57.1269;RBI=0.0568196;REFB=0;REVB=-0.000550343;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156339;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr14 23855569 . A G 1246.23 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.393;QD=61.5421;RBI=0.0298288;REFB=0;REVB=0.00845877;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146991;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:31:49:0:0:31:50:0:0 chr14 23859610 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0182747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6122;QD=10.4721;RBI=0.029129;REFB=0.00511702;REVB=0.0226834;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212154;STB=0.628802;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00715825;OID=.;OPOS=23859610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:10:14:9:3:10:14 chr14 23861811 . A G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0149288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.076;QD=15.3769;RBI=0.0197072;REFB=-0.0114565;REVB=0.0128649;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0119956;OID=.;OPOS=23861811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr14 23866189 . G A 275.06 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0166193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.855;QD=15.4963;RBI=0.0169599;REFB=0.00232152;REVB=0.00338193;RO=40;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125132;STB=0.570838;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00305095;OID=.;OPOS=23866189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:20:11:19:21:20:11:19:21 chr14 23892888 . A G 290.86 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.0412774;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0111;QD=14.0174;RBI=0.112946;REFB=-0.0204158;REVB=-0.105133;RO=49;SAF=22;SAR=11;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109568;STB=0.551372;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0280427;OID=.;OPOS=23892888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:11:22:37:12:11:22:37:13 chr14 23944505 . G A 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00342439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.455;QD=8.96059;RBI=0.018952;REFB=-0.00523734;REVB=0.0186401;RO=39;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188195;STB=0.511265;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0121984;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:12:5:12:27:12:5:12:27 chr14 23944514 . C A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0145807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.679;QD=7.71956;RBI=0.0376658;REFB=-0.00308973;REVB=-0.0347292;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902732;STB=0.555473;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00952019;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:8:5:12:26:8:5:12:26 chr14 23947374 . G A 436.55 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0110806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.509;QD=18.5765;RBI=0.0112968;REFB=0.00830221;REVB=-0.00219948;RO=49;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883025;STB=0.536569;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.011501;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:50:43:44:0.468085:18:25:24:25:19:25:25:25 chr14 24028906 . GGC G,GG,GGG 451.0 PASS AF=0,1,0;AO=11,26,6;DP=62;FAO=0,58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,0;FSAR=0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472734,-0.0729528,-0.123214;FXX=0.0333278;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=7.07621,11.0692,6.80149;QD=31.1034;RBI=0.236503,0.17172,0.410361;REFB=0.0626914,0.0259655,-0.0214408;REVB=-0.23173,0.155453,0.391427;RO=9;SAF=0,21,5;SAR=11,5,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.814804,0.168197,0.33738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00309236,0;OID=.,.,.;OPOS=24028907,24028908,24028908;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:11,26,6:62:0,58,0:58:0:0,36,0:0,22,0:0:0:4:9:0,21,5:11,5,1:5:4 chr14 24037295 . A G 84.97 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0209451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.105;QD=10.964;RBI=0.0422556;REFB=-0.0444015;REVB=-0.0366993;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.561292;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00826746;OID=.;OPOS=24037295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:13:20:11:11:0.354839:6:5:7:6:6:5:11:9 chr14 24261219 . T C 1525.59 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2513;QD=59.8271;RBI=0.0956241;REFB=0;REVB=0.0946212;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078619;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr14 24261273 . G C 396.61 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0147876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.684;QD=17.8251;RBI=0.0148764;REFB=-0.011362;REVB=0.00162236;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123164;STB=0.568875;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0101811;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:24:17:26:22:24:17:26:22 chr14 24261275 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.624;QD=62.4653;RBI=0.0528179;REFB=0;REVB=-0.0523933;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123916;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr14 24261340 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3585;QD=57.1762;RBI=0.081799;REFB=0;REVB=-0.0150915;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595419;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr14 24458162 . G C 1381.49 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2105;QD=61.3996;RBI=0.0432494;REFB=-0.0848586;REVB=-0.0400642;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104146;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00099312;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:45:43:0:1:46:43:0:1 chr14 24458211 . A T 1769.55 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164159;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.266;QD=61.019;RBI=0.0192355;REFB=0;REVB=0.010026;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78987e-05;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:113:116:1:63:50:0:0:64:52:0:0 chr14 24505722 . C G 1693.74 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.29;QD=60.4908;RBI=0.0200634;REFB=0;REVB=0.00604134;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76906e-05;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:48:62:0:0:48:64:0:0 chr14 24507003 . A C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6738;QD=57.1059;RBI=0.0514074;REFB=0;REVB=0.00682032;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512357;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr14 24527220 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.301;QD=60.9744;RBI=0.0339527;REFB=0;REVB=0.0290303;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447957;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr14 24529209 . C T 886.42 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.475;QD=55.401;RBI=0.0377228;REFB=0.0259892;REVB=0.00291388;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000675604;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:28:34:1:0:28:35:0:1 chr14 24529260 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.319;QD=56.9565;RBI=0.0363613;REFB=0;REVB=0.0351469;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101154;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr14 24529890 . A G 542.38 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351737;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.002;QD=60.2641;RBI=0.0362195;REFB=0;REVB=0.00864076;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104449;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:33:3:0:0:33:3:0:0 chr14 24543808 . G C 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0399911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.747;QD=19.9753;RBI=0.04;REFB=-0.0028391;REVB=0.000841491;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206463;STB=0.617521;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00342047;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:5:15:11:9:5:15:11:9 chr14 24545375 . C T 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0393802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8994;QD=15.8783;RBI=0.05219;REFB=-0.0495428;REVB=0.034249;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0497407;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:2:8:7:3:2:8 chr14 24567498 . A C 1840.68 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8175;QD=61.3561;RBI=0.073285;REFB=0;REVB=-0.0725151;RO=0;SAF=66;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347963;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:54:66:0:0:54:66:0:0 chr14 24569008 . CTT C 79.81 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00999729;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=50.876;QD=10.6407;RBI=0.0106266;REFB=0.00808455;REVB=-0.00360274;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412202;STB=0.745987;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=-0.0105291;OID=.;OPOS=24569009;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:12:30:13:30:17:9:4:4:13:79:17:8:4:4:13 chr14 24579527 . A G 197.37 PASS AF=0.421053;AO=19;DP=52;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=33;FSRR=0;FWDB=0.0121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.517;QD=13.8506;RBI=0.0121;REFB=-0.0465843;REVB=0;RO=31;SAF=19;SAR=0;SRF=31;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0680968;OID=.;OPOS=24579527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:31:33:19:24:0.421053:0:19:31:0:0:24:33:0 chr14 24587639 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.816;QD=59.3223;RBI=0.0190347;REFB=0;REVB=0.00968088;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15711e-05;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr14 24587667 . C T 1038.03 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.199;QD=59.3158;RBI=0.0406375;REFB=0;REVB=-0.021453;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33879e-05;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr14 24612645 . C T 305.2 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0916101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.462;QD=12.7166;RBI=0.0917765;REFB=-0.0103725;REVB=-0.00552364;RO=58;SAF=14;SAR=21;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147486;STB=0.56958;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.015659;OID=.;OPOS=24612645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:61:35:35:0.364583:21:14:31:27:21:14:31:30 chr14 24614361 . T G 1393.84 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.893;QD=62.6444;RBI=0.0473344;REFB=0;REVB=0.0386935;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196627;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:46:43:0:0 chr14 24615435 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.47;QD=63.1949;RBI=0.0236596;REFB=0;REVB=-0.0158712;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59524e-06;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr14 24617238 . C T 232.56 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00558962;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.155;QD=14.5352;RBI=0.0324494;REFB=-0.0116356;REVB=0.0319643;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261806;STB=0.514888;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0155193;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:16:21:16:11:16:21 chr14 24629744 . G A 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0146077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.45;QD=12.2918;RBI=0.0164243;REFB=-0.00500996;REVB=-0.0075082;RO=53;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280685;STB=0.521989;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0122644;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:16:15:27:26:16:15:28:26 chr14 24641838 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0083445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.948;QD=11.257;RBI=0.0115934;REFB=-0.00712643;REVB=0.00804831;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703698;STB=0.912181;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00292084;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:11:1:7:1:11:1 chr14 24642348 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00653847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.763;QD=18.1538;RBI=0.057666;REFB=-0.00854713;REVB=0.0572942;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258183;STB=0.646917;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0130529;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:15:10:14:7:15:10 chr14 24646406 . G A,GGAA 559.08 PASS AF=0.0652174,0.826087;AO=6,36;DP=48;FAO=3,38;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=3,10;FSAR=0,28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0262662,-0.0327044;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=60.127,258.829;QD=48.616;RBI=0.0461342,0.0356277;REFB=-0.0668606,-0.0740756;REVB=0.037927,0.0141336;RO=6;SAF=5,10;SAR=1,26;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.202122,-0.120964;STB=0.9941,0.574739;STBP=0.329,0.022;TYPE=snp,ins;VARB=0.0266516,0.00693964;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:48:46:6:5:6,36:3,38:0.0652174,0.826087:1,26:5,10:4:2:0,28:3,10:4:1 chr14 24647814 . T C 754.5 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.724;QD=56.9432;RBI=0.074368;REFB=0;REVB=0.0302573;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338805;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:20:31:0:0:21:32:0:0 chr14 24652882 . A G 293.38 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0217782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6;QD=14.8548;RBI=0.0224108;REFB=-0.0047654;REVB=0.00528715;RO=45;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134538;STB=0.584692;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0098276;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:10:23:26:19:10:23:26:20 chr14 24653523 . G C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.011151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.068;QD=19.3688;RBI=0.0225227;REFB=-0.00639771;REVB=0.0195685;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222514;STB=0.627655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00567894;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:5:2:6:4:5:2 chr14 24653954 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0010046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.881;QD=17.9406;RBI=0.0183962;REFB=-0.00799784;REVB=0.0183688;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410769;STB=0.728448;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0166822;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:2:20:9:10:2:20 chr14 24653965 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0227529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.739;QD=24.5996;RBI=0.0249089;REFB=0.00495373;REVB=0.0101371;RO=16;SAF=2;SAR=20;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564029;STB=0.821555;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00216521;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:20:2:10:6:20:2:10:6 chr14 24654489 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.776;QD=64.1529;RBI=0.00737465;REFB=0;REVB=0.00235961;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82566e-05;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr14 24657407 . T G 941.28 PASS AF=1;AO=42;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.885;QD=58.83;RBI=0.135697;REFB=0;REVB=0.129117;RO=0;SAF=38;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128776;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:42:64:1:4:38:0:0:19:45:0:0 chr14 24682767 . C T 694.07 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.029085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9676;QD=23.1357;RBI=0.0342337;REFB=-0.02453;REVB=0.0180557;RO=52;SAF=19;SAR=48;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946664;STB=0.548798;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0283649;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:53:67:67:0.558333:48:19:20:32:48:19:20:33 chr14 24702789 . C T 455.14 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0207972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.205;QD=18.0252;RBI=0.021217;REFB=-0.00659518;REVB=0.0041997;RO=53;SAF=32;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138846;STB=0.577432;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00782098;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:16:32:28:25:16:32:28:25 chr14 24728294 . G T 236.03 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000898688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.821;QD=20.0875;RBI=0.0165116;REFB=-0.00567449;REVB=-0.0164871;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321163;STB=0.680427;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0111987;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:17:7:15:8:17:7 chr14 24731043 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00499366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.065;QD=13.5518;RBI=0.00667514;REFB=-0.00844874;REVB=0.00442954;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272497;STB=0.656625;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0108397;OID=.;OPOS=24731043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:17:7:19:16:17:7:19:16 chr14 24771256 . T C 514.94 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00857447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.974;QD=14.5052;RBI=0.017418;REFB=-0.00518394;REVB=0.0151614;RO=85;SAF=29;SAR=28;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654902;STB=0.536892;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00758606;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:85:85:57:57:0.401408:28:29:38:47:28:29:38:47 chr14 24784911 . T C 272.78 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0332684;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.493;QD=12.3991;RBI=0.0389145;REFB=-0.013708;REVB=0.0201879;RO=57;SAF=12;SAR=20;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226272;STB=0.624922;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0328027;OID=.;OPOS=24784911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:57:56:32:32:0.363636:20:12:33:24:20:12:32:24 chr14 24785993 . GGGGCGTGGAGGGCGTGGA GGGGCGTGGA,GGGGCGTGGAGGGCGTGG 324.24 PASS AF=0.367647,0.147059;AO=22,10;DP=75;FAO=25,10;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=5,4;FSAR=20,6;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0197664,-0.0403382;FXX=0.0933209;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=160.18,233.159;QD=19.0729;RBI=0.0230558,0.0405876;REFB=-0.0332489,-0.00556448;REVB=0.0118684,-0.00449309;RO=28;SAF=4,4;SAR=18,6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.349776,0;SSSB=-0.558432,-0.399939;STB=0.79976,0.736436;STBP=0,0.127;TYPE=del,del;VARB=0.021166,0.0424435;OID=.,.;OPOS=24785994,24786011;OREF=GGGCGTGGA,A;OALT=-,-;OMAPALT=GGGGCGTGGA,GGGGCGTGGAGGGCGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367647,0.147059:22,10:75:25,10:68:33:5,4:20,6:24:9:99:28:4,4:18,6:21:7 chr14 24786013 . G A 45.48 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0229529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.072;QD=2.16594;RBI=0.0300614;REFB=-0.00973438;REVB=-0.0194128;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104814;STB=0.565086;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0435051;OID=.;OPOS=24786013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:82:84:72:74:10:10:0.119048:6:4:35:37:6:4:35:39 chr14 24786293 . T G 576.82 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0167885;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.056;QD=51.2728;RBI=0.0180502;REFB=-0.00876076;REVB=-0.00662996;RO=0;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.602093;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00148658;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:47:45:0:5:40:40:0.888889:35:5:0:0:35:5:3:2 chr14 24786976 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.413;QD=57.1773;RBI=0.0106119;REFB=0;REVB=-0.00859103;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.722e-05;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr14 24793600 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.466;QD=48.7327;RBI=0.0456523;REFB=0;REVB=-0.0128537;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346443;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr14 24795495 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0459184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.259;QD=20.7545;RBI=0.0464843;REFB=-0.0130464;REVB=-0.00723137;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262026;STB=0.514832;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00911846;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:6:6:7:8:6:6 chr14 24802018 . G A 317.79 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00878939;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.763;QD=20.1769;RBI=0.0491041;REFB=-0.00562982;REVB=0.0483111;RO=26;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451637;STB=0.517636;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00611775;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:30:33:33:0.52381:22:11:10:16:22:11:11:19 chr14 24839165 . C T 380.04 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0129498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1056;QD=14.9037;RBI=0.0880106;REFB=-0.0241252;REVB=-0.0870527;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159788;STB=0.589691;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0237221;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:21:22:21:38:21:22:21:38 chr14 24846757 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000187504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.581;QD=57.2021;RBI=0.00696277;REFB=0;REVB=0.00696025;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32842e-05;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr14 24868622 . GGC G,GG,GGG 435.6 PASS AF=0.920635,0,0;AO=9,8,13;DP=57;FAO=58,0,0;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=24,0,0;FSAR=34,0,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0257037,0.254448,0.242724;FXX=0.0307645;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=16.3395,8.18399,6.15601;QD=27.6573;RBI=0.217889,0.394578,0.255015;REFB=-0.190087,-0.21426,-0.0391911;REVB=0.216368,0.301575,0.0782163;RO=24;SAF=1,1,0;SAR=8,7,13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0.509542,0,0;SSEP=0,0.468085,0;SSSB=-0.554197,-0.529007,-0.80228;STB=0.517588,0.5,0.5;STBP=0.382,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.012511,0.0743227,0;OID=.,.,.;OPOS=24868623,24868624,24868624;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.920635,0,0:9,8,13:57:58,0,0:63:5:24,0,0:34,0,0:1:4:16:24:1,1,0:8,7,13:13:11 chr14 24877699 . A G 292.75 PASS AF=0.4125;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0339023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.801;QD=14.6377;RBI=0.0339327;REFB=-0.0249506;REVB=-0.00143513;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976202;STB=0.540067;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0389366;OID=.;OPOS=24877699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:47:31:33:0.4125:15:16:19:26:16:17:21:26 chr14 24888335 . T C 612.58 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=48;FWDB=-0.00794133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8019;QD=21.6844;RBI=0.0409928;REFB=0.0256868;REVB=-0.0402163;RO=52;SAF=9;SAR=52;SRF=4;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130773;STB=0.571045;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0208027;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:52:9:4:48:52:9:4:48 chr14 24898556 . G C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0137936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.882;QD=16.8248;RBI=0.0339737;REFB=-0.0217908;REVB=0.0310475;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949451;STB=0.554212;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0304455;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:12:16:10:11:12:16 chr14 24898558 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0241116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.839;QD=24.5166;RBI=0.0261706;REFB=-0.0172474;REVB=-0.0101751;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100073;STB=0.545421;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0103012;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:15:12:12:9:15:12:12:10 chr14 24901249 . A C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0133049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.731;QD=15.5715;RBI=0.0477623;REFB=-0.0130141;REVB=0.0458718;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402998;STB=0.730964;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0108312;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:10:2:7:4:10:2 chr14 24901276 . G T 68.62 PASS AF=1;AO=3;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248123;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.3124;QD=34.3124;RBI=0.260809;REFB=0;REVB=-0.0803509;RO=1;SAF=3;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211282;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:1:0:3:8:1:0:3:1:0:2:6:0:0 chr14 24909362 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.788;QD=58.9627;RBI=0.00995802;REFB=0;REVB=0.00823957;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32237e-05;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr14 24909475 . C G 471.88 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0250928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.983;QD=49.672;RBI=0.0714359;REFB=-0.0825963;REVB=-0.0668838;RO=3;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121284;STB=0.531498;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00106057;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:38:3:3:34:35:0.921053:10:24:0:3:11:24:1:2 chr14 24909731 . C T 856.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061144;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4161;QD=58.0755;RBI=0.0683057;REFB=0;REVB=0.0304481;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713361;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr14 24910210 . C A 2133.97 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108365;FXX=0.0217376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.473;QD=63.2286;RBI=0.0122582;REFB=0;REVB=0.00573025;RO=0;SAF=46;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91929e-05;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:135:0:0:135:135:1:89:46:0:0:89:46:0:0 chr14 24910973 . TT GA 740.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198164;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.972;QD=56.982;RBI=0.0632762;REFB=0;REVB=0.0600932;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000303712;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:33:19:0:0 chr14 24970942 . A G 629.1 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00626393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1458;QD=57.1909;RBI=0.0157595;REFB=0.0288947;REVB=0.0144611;RO=2;SAF=15;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585501;STB=0.531235;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00742024;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:27:15:2:0:27:15:2:0 chr14 24975435 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.45;QD=40.7629;RBI=0.0406766;REFB=0;REVB=-0.0141796;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476308;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr14 25101218 . TGC CTG,TCG,TG 40.65 PASS AF=0,0.0693069,0.0891089;AO=5,7,17;DP=103;FAO=0,7,9;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=0,0,4;FSAR=0,7,5;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.119598,-0.0279417,-0.159363;FXX=0.0194156;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,1;MLLD=29.5817,130.933,11.7678;QD=1.61008;RBI=0.126839,0.0549656,0.187227;REFB=-0.0614594,-0.00253213,-0.115702;REVB=-0.042243,-0.0473337,-0.0982721;RO=62;SAF=0,0,11;SAR=5,7,6;SRF=37;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.591867,-0.656907,0.0666913;STB=0.5,0.998698,0.627634;STBP=1,0.001,0.461;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.0783557,0.124964;OID=.,.,.;OPOS=25101218,25101219,25101220;OREF=TGC,GC,C;OALT=CTG,CG,-;OMAPALT=CTG,TCG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:14:103:101:62:85:5,7,17:0,7,9:0,0.0693069,0.0891089:5,7,6:0,0,11:37:25:0,7,5:0,0,4:50:35 chr14 25102160 . C T 1245.65 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2803;QD=61.5136;RBI=0.0693633;REFB=0;REVB=0.0681656;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374455;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:44:37:0:0 chr14 30045978 . C T 446.11 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.0158998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.342;QD=18.2084;RBI=0.0201866;REFB=-0.00163;REVB=0.0124377;RO=52;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195084;STB=0.600897;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00141107;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:25:20:13:39:25:20:14:39 chr14 31059969 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8446;QD=62.671;RBI=0.0267857;REFB=0;REVB=-0.0202636;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1221e-05;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr14 31099738 . A G 1072.15 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0321157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.055;QD=57.1812;RBI=0.0322732;REFB=-0.0739078;REVB=-0.00318381;RO=2;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788676;STB=0.50417;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00943363;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:47:26:1:1:47:26:1:1 chr14 31108977 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.969;QD=59.6795;RBI=0.0187694;REFB=0;REVB=0.0177794;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98138e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr14 31355096 . C G 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00954225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.453;QD=18.008;RBI=0.0206156;REFB=-0.00949933;REVB=-0.0182742;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185154;STB=0.602785;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0142245;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:20:17:11:30:20:17:11:30 chr14 31359847 . T A 815.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.849;QD=57.216;RBI=0.0270231;REFB=0;REVB=0.0263712;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215652;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:33:24:0:0 chr14 31381351 . T C 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00540605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.994;QD=15.0402;RBI=0.00799778;REFB=-0.0186019;REVB=-0.00589398;RO=49;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103556;STB=0.558343;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0337207;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:21:14:15:34:21:14:15:34 chr14 31582380 . A G 972.58 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2473;QD=58.9442;RBI=0.0910063;REFB=0;REVB=0.0868457;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114804;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr14 31819047 . C T 325.72 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.000955127;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.533;QD=20.3577;RBI=0.0262175;REFB=-0.00720683;REVB=0.0262001;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165909;STB=0.584553;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00652544;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:15:18:22:8:15:19:22:8 chr14 31819913 . A G 161.3 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0434644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2938;QD=28.0515;RBI=0.0488515;REFB=-0.0662863;REVB=0.0223006;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309522;STB=0.51722;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0306465;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:10:6:3:4:10:6:3:4 chr14 31864485 . G C 598.31 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0230177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.377;QD=19.779;RBI=0.0237403;REFB=-0.0152025;REVB=0.00581275;RO=60;SAF=27;SAR=34;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518937;STB=0.528632;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0137683;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:34:27:30:30:34:27:30:30 chr14 31917203 . T C 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0172681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.37;QD=17.7536;RBI=0.0208047;REFB=-0.00104128;REVB=0.0116039;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00150913;OID=.;OPOS=31917203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:14:13:10:15:14:13 chr14 31952257 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0147576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.64;QD=16.1065;RBI=0.0147691;REFB=0.0101924;REVB=0.000581834;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428787;STB=0.524662;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0122376;OID=.;OPOS=31952257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:10:12:10:7:10:12 chr14 31952754 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00509721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.125;QD=11.257;RBI=0.00512091;REFB=-0.00844406;REVB=-0.000492064;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00895636;OID=.;OPOS=31952754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:8:4:3:5:8:4 chr14 32071665 . G A 1084.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237027;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.126;QD=60.2741;RBI=0.0252438;REFB=0;REVB=-0.00868515;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364544;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr14 32414145 . C A 689.14 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00809728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.154;QD=53.0105;RBI=0.0159669;REFB=-0.0965173;REVB=0.0137614;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000897026;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:20:30:0:0:21:30:0:1 chr14 32419330 . AC A,AT 847.46 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=6,54;DP=60;FAO=5,55;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=5,28;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012477,0.0192761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.451,157.892;QD=56.4973;RBI=0.0260996,0.0327525;REFB=0,0;REVB=0.0229241,0.0264794;RO=0;SAF=6,27;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0190801,-0.000497324;OID=.,.;OPOS=32419331,32419331;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:6,54:60:5,55:60:0:5,28:0,27:0:0:17:0:6,27:0,27:0:0 chr14 32960254 . G A 637.62 PASS AF=0.512;AO=63;DP=124;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0250007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7385;QD=20.4038;RBI=0.0294782;REFB=-0.00830924;REVB=0.0156182;RO=61;SAF=22;SAR=41;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232814;STB=0.630493;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00713899;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:61:63:64:0.512:41:22:37:24:42:22:37:24 chr14 33015014 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1926;QD=37.4885;RBI=0.00912462;REFB=0;REVB=-0.00195114;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000604769;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 33046388 . A G 923.24 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000517412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.932;QD=56.8147;RBI=0.0196955;REFB=-0.114404;REVB=0.0196887;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000367039;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:42:22:0:0:42:22:1:0 chr14 33293122 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00958516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.509;QD=20.5465;RBI=0.0130014;REFB=-0.00451408;REVB=-0.00878412;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040868;STB=0.522992;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00470237;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:13:9:10:12:13:9 chr14 33293531 . T A 362.64 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0132655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.222;QD=20.7223;RBI=0.0135123;REFB=-0.00846436;REVB=-0.00257106;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783326;STB=0.512018;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0119494;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:17:20:17:15:17:20:17:16 chr14 33294042 . G A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0247754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.575;QD=10.3799;RBI=0.0248554;REFB=0.00519295;REVB=-0.00199327;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247687;STB=0.645591;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0105727;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:11:7:22:14:11:7:22:14 chr14 33408504 . GA G 74.11 PASS AF=0.508772;AO=21;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0652823;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.87901;QD=5.20085;RBI=0.261526;REFB=-0.0748257;REVB=0.253247;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319255;STB=0.600434;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.108048;OID=.;OPOS=33408505;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508772:21:57:29:57:28:13:16:7:21:66:29:10:11:5:24 chr14 34047414 . T C 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7612;QD=35.5545;RBI=0.0377922;REFB=0;REVB=0.0376654;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302658;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 34393602 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6025;QD=51.9166;RBI=0.0453276;REFB=0;REVB=0.00680981;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000946075;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr14 34394733 . C T 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0181147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.18;QD=15.5745;RBI=0.0217881;REFB=0.0024209;REVB=0.012107;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17031;STB=0.596866;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00359763;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:15:16:17:8:15:16 chr14 34395148 . GA G,GG 354.78 PASS AF=0.486842,0;AO=35,4;DP=78;FAO=37,0;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=9,0;FSAR=28,0;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00429423,0.0050277;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=295.764,290.205;QD=18.6725;RBI=0.020876,0.0186033;REFB=-0.00959313,-0.00723566;REVB=0.0204296,0.017911;RO=39;SAF=9,0;SAR=26,4;SRF=14;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116884,-0.51908;STB=0.574444,0.5;STBP=0.263,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00749639,0;OID=.,.;OPOS=34395149,34395149;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486842,0:35,4:78:37,0:76:39:9,0:28,0:14:25:99:39:9,0:26,4:14:25 chr14 35062312 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.823;QD=60.2307;RBI=0.00869857;REFB=0;REVB=-0.0080188;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88133e-06;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr14 35591174 . T C 1640.45 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00439205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5224;QD=59.1153;RBI=0.00440565;REFB=0.039544;REVB=0.000345954;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904204;STB=0.504761;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0025919;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:58:52:1:0:58:52:1:0 chr14 35592538 . C G 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6994;QD=63.8712;RBI=0.0464884;REFB=0;REVB=0.0231038;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256279;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr14 35761675 . C G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.845;QD=57.7113;RBI=0.0402123;REFB=0;REVB=0.0373659;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119359;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr14 36003547 . GGCCCCA GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGCCCAG 358.05 PASS AF=0,0,1,0;AO=16,5,10,2;DP=38;FAO=0,0,36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11,0;FSAR=0,0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871243,-0.0242672,-0.0514158,0.204464;FXX=0.0270197;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,2;MLLD=7.96095,114.521,12.7889,5.09043;QD=39.783;RBI=0.323622,0.0348643,0.108518,0.227365;REFB=0.00193693,-0.0207977,-0.0251889,-0.0759005;REVB=-0.311674,-0.0250324,0.095564,0.0994465;RO=1;SAF=0,5,5,0;SAR=16,0,5,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.5,0,0,0;SSEP=0,0.533333,0.533333,0;SSSB=0,0.767767,0.0811734,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,0,0.00125213,0.0159593;OID=.,.,.,.;OPOS=36003548,36003552,36003549,36003552;OREF=GC,CA,C,CA;OALT=-,-,-,AG;OMAPALT=GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:16,5,10,2:38:0,0,36,0:36:0:0,0,11,0:0,0,25,0:0:0:3:1:0,5,5,0:16,0,5,2:0:1 chr14 36004075 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.545;QD=53.9111;RBI=0.0325389;REFB=0;REVB=0.0208063;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417368;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr14 36005659 . T C 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.024816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0859;QD=18.2471;RBI=0.0271175;REFB=0.00408722;REVB=-0.0109328;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.636198;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00368398;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:3:12:8:7:3:12 chr14 36153177 . T C 1629.53 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0143006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.129;QD=58.1974;RBI=0.0317546;REFB=-0.121326;REVB=0.0283522;RO=2;SAF=51;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182502;STB=0.509614;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000553385;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:59:51:2:0:59:51:2:0 chr14 36191030 . A G 290.08 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0133967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.5;QD=11.8402;RBI=0.0220374;REFB=-0.00798117;REVB=0.0174978;RO=64;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915234;STB=0.552697;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0154432;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:18:16:25:39:18:16:25:39 chr14 36400983 . T G 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.021043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.463;QD=18.4446;RBI=0.0210656;REFB=-0.0120511;REVB=0.000975212;RO=52;SAF=20;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351695;STB=0.519622;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0121942;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:25:20:25:27:25:20:25:27 chr14 36789729 . T G 522.52 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00288964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.644;QD=21.1118;RBI=0.00849114;REFB=-0.00518849;REVB=-0.00798432;RO=49;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284739;STB=0.648364;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00276502;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:49:49:50:0.505051:34:15:30:19:34:16:30:19 chr14 36789775 . A T 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0350399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.947;QD=19.5205;RBI=0.0355308;REFB=-0.00663945;REVB=0.00588546;RO=26;SAF=4;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467354;STB=0.764881;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00501473;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:24:4:15:11:24:4:15:11 chr14 36789795 . G A 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0090572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.215;QD=20.7368;RBI=0.028595;REFB=0.0229009;REVB=0.0271227;RO=16;SAF=1;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69417;STB=0.902101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00817945;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:17:1:11:5:17:1:11:5 chr14 36840650 . A T 366.02 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00828547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.3;QD=21.5304;RBI=0.00833107;REFB=-0.0113195;REVB=-0.000870449;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033415;STB=0.518449;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0100687;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:17:20:18:13:17:20:18:13 chr14 36947081 . C T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0370219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.893;QD=18.3353;RBI=0.037088;REFB=-0.00944949;REVB=-0.00221258;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491867;STB=0.527431;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.012405;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:21:16:17:18:21:16 chr14 37063123 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.345;QD=56.1912;RBI=0.02862;REFB=0;REVB=0.0225192;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41823e-05;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 37063294 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.655;QD=62.3507;RBI=0.0412927;REFB=0;REVB=0.0406043;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10906e-05;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr14 37135752 . C T 571.66 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0124595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.099;QD=25.6924;RBI=0.0125443;REFB=-0.00886623;REVB=-0.00145695;RO=36;SAF=22;SAR=30;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479582;STB=0.519138;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0349075;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:37:52:52:0.58427:30:22:13:23:30:22:14:23 chr14 37135753 . G C 334.11 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0057247;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.644;QD=15.0163;RBI=0.0177645;REFB=-0.0107658;REVB=0.0168168;RO=53;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601208;STB=0.527374;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00518121;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:52:36:37:0.41573:23:13:22:31:23:14:22:30 chr14 37203697 . G A 664.15 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00174271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4184;QD=27.9641;RBI=0.00786607;REFB=-0.0213807;REVB=-0.00767059;RO=36;SAF=34;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814178;STB=0.549983;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0152411;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:37:58:58:0.610526:24:34:17:19:24:34:17:20 chr14 37344229 . A AG 514.04 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023549;FXX=0.0263089;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.475;QD=55.572;RBI=0.0104506;REFB=0;REVB=0.0101818;RO=7;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000183938;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:39:37:37:0:13:24:0:0:4:7:12:17:1:6 chr14 37641880 . C A 167.78 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0939496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5702;QD=23.1413;RBI=0.0994999;REFB=-0.0238533;REVB=-0.0327674;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161227;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0185555;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:16:17:0.586207:9:7:5:7:9:8:5:7 chr14 38061742 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00501939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.103;QD=16.4202;RBI=0.0187073;REFB=-0.0281077;REVB=-0.0180213;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836795;STB=0.547137;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0341559;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:17:17:12:17:17:17 chr14 38260034 . T C 673.52 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0172642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.696;QD=20.2561;RBI=0.0188887;REFB=-0.0123093;REVB=0.00766351;RO=66;SAF=31;SAR=36;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155469;STB=0.585536;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0116521;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:66:67:67:0.503759:36:31:42:24:36:31:42:24 chr14 38725285 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.679;QD=56.7061;RBI=0.0631177;REFB=0;REVB=0.0566227;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935895;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 39517925 . T C 165.69 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0109079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.743;QD=14.4075;RBI=0.0167498;REFB=-0.00102546;REVB=-0.0127112;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150511;STB=0.586863;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00190751;OID=.;OPOS=39517925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:10:18:9:9:10:18 chr14 39556185 . G C 1556.47 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6469;QD=58.7347;RBI=0.107472;REFB=-0.106717;REVB=-0.0219017;RO=1;SAF=50;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093969;STB=0.50495;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00147619;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:55:50:1:0:55:50:1:0 chr14 39644498 . G A 325.77 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00378589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.181;QD=24.5866;RBI=0.00500565;REFB=-0.018949;REVB=-0.00327469;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130483;STB=0.57172;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00964999;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:14:18:8:13:14:18:8:13 chr14 39651193 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0134625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.383;QD=12.229;RBI=0.0135068;REFB=0.00165598;REVB=0.00109413;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287839;STB=0.666513;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00342491;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:15:21:7:15:15:21 chr14 39703324 . A G 1313.31 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0217367;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.497;QD=57.7278;RBI=0.0241333;REFB=-0.0153948;REVB=-0.0104849;RO=4;SAF=35;SAR=52;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132095;STB=0.506978;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000305524;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:52:35:1:3:52:35:1:3 chr14 39716201 . A G 273.26 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0314911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.904;QD=12.7095;RBI=0.0352652;REFB=0.00399935;REVB=0.0158728;RO=54;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040546;STB=0.523241;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00536768;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:16:16:25:29:16:16:25:29 chr14 39722023 . G C 267.67 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00448048;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0313;QD=27.4534;RBI=0.00448136;REFB=-0.010231;REVB=8.89512e-05;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582899;STB=0.503223;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00622499;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:7:8:13:11:7:8 chr14 39736680 . T C 959.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215133;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.506;QD=59.0195;RBI=0.0289638;REFB=0;REVB=0.0193928;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84664e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr14 39777676 . G C 1843.99 PASS AF=0.510029;AO=177;DP=347;FAO=178;FDP=349;FR=.;FRO=171;FSAF=74;FSAR=104;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=-0.027753;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.406;QD=21.1346;RBI=0.0278122;REFB=-0.0155103;REVB=-0.00181409;RO=167;SAF=74;SAR=103;SRF=71;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064462;STB=0.508556;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0170344;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:349:167:171:177:178:0.510029:103:74:71:96:104:74:74:97 chr14 39784012 . A G 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.109383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.34;QD=7.76104;RBI=0.10975;REFB=0.000384898;REVB=-0.00896068;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00364955;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr14 39784014 . A G 110.82 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0184874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6031;QD=26.074;RBI=0.0288755;REFB=-0.0833815;REVB=0.0221813;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29784;STB=0.666405;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.024734;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:0:5:5:7:0:5 chr14 39818028 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.576;QD=63.7516;RBI=0.026126;REFB=0;REVB=0.023462;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56578e-05;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:51:44:0:0:51:45:0:0 chr14 39819734 . T G 1839.4 PASS AF=0.984127;AO=122;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0234969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.872;QD=58.3935;RBI=0.0306067;REFB=-0.154597;REVB=0.0196129;RO=3;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266153;STB=0.501041;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000634858;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:126:3:2:122:124:0.984127:52:70:0:3:54:70:1:1 chr14 39868646 . C A 375.36 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.514;QD=55.609;RBI=0.0781659;REFB=0;REVB=-0.008699;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359253;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:13:14:0:0 chr14 39871004 . C G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0492693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.773;QD=25.3152;RBI=0.0508136;REFB=-0.0491709;REVB=-0.0124319;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128847;STB=0.57136;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0121571;OID=.;OPOS=39871004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:3:10:12:8:3:10 chr14 42360633 . T C 427.85 PASS AF=0.467391;AO=41;DP=95;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00463883;FXX=0.0515411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.189;QD=18.602;RBI=0.0345228;REFB=-0.00847652;REVB=0.0342097;RO=54;SAF=14;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129774;STB=0.559817;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0141413;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:54:49:41:43:0.467391:27:14:25:29:29:14:21:28 chr14 42998026 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.59;QD=56.0116;RBI=0.0118873;REFB=0.0187554;REVB=0.00474124;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.000203487;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr14 44975511 . G A 67.82 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0162046;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.782;QD=12.3301;RBI=0.0254885;REFB=-0.00259491;REVB=-0.0196742;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0147764;OID=.;OPOS=44975511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:7:6:5:4:7:6 chr14 45369648 . CTGTT C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0125111;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.372;QD=18.7964;RBI=0.0170774;REFB=-0.0146974;REVB=-0.0116237;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450092;STB=0.533305;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=0.0179917;OID=.;OPOS=45369649;OREF=TGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:23:50:23:50:27:14:9:18:9:99:26:14:9:17:9 chr14 45400736 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=9.14702e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.955;QD=13.774;RBI=0.0136399;REFB=0.000376071;REVB=-0.0136396;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121954;STB=0.507035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.000933061;OID=.;OPOS=45400736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:9:22:14:6:9:22 chr14 47309496 . G T 280.83 PASS AF=0.449275;AO=27;DP=65;FAO=31;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.010176;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.833;QD=16.2799;RBI=0.0355249;REFB=-0.0114273;REVB=0.0340363;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.526743;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0120397;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:24:38:27:31:0.449275:11:16:10:14:14:17:19:19 chr14 47311063 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00159362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.618;QD=17.0589;RBI=0.00404624;REFB=-0.00844194;REVB=0.0037192;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224828;STB=0.512612;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00965511;OID=.;OPOS=47311063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:19:14:17:21:19:14:17:21 chr14 47341131 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000225959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.522;QD=46.8479;RBI=0.046031;REFB=0;REVB=-0.0460305;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000759934;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 47426637 . C A 706.48 PASS AF=0.551181;AO=66;DP=124;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0164166;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.889;QD=22.2513;RBI=0.0790534;REFB=-0.00217716;REVB=0.0773301;RO=58;SAF=37;SAR=29;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081331;STB=0.538935;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00242807;OID=.;OPOS=47426637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:58:57:66:70:0.551181:29:37:27:31:32:38:26:31 chr14 47429642 . TGT GTG,TGTG 189.33 PASS AF=0,0.48;AO=2,20;DP=55;FAO=0,24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=0,8;FSAR=0,16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0964478,0.16733;FXX=0.0908926;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=21.2264,18.6057;QD=15.1463;RBI=0.0980675,0.180817;REFB=0.0452538,0.0284787;REVB=-0.0177499,0.0685243;RO=25;SAF=0,6;SAR=2,14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.402785,0.0234464;STB=0.5,0.53843;STBP=1,0.643;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.0171268;OID=.,.;OPOS=47429642,47429645;OREF=TGT,-;OALT=GTG,G;OMAPALT=GTG,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:50:25:26:2,20:0,24:0,0.48:2,14:0,6:7:18:0,16:0,8:7:19 chr14 47528470 . T C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6562;QD=58.7789;RBI=0.0372903;REFB=0;REVB=0.0364802;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178982;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr14 47528551 . T A 756.28 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000682318;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.726;QD=57.0775;RBI=0.0215828;REFB=0;REVB=0.021572;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09076e-05;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr14 48143852 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00986398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.067;QD=19.1095;RBI=0.0216382;REFB=-0.0114154;REVB=-0.0192591;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825649;STB=0.546196;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0119963;OID=.;OPOS=48143852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:13:13:16:11:13:13 chr14 48810512 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0267799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.765;QD=17.4231;RBI=0.0309521;REFB=0.00199886;REVB=-0.0155199;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124125;STB=0.506954;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00282371;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:18:16:15:16:18:16 chr14 50019391 . A C 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00842217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.237;QD=12.8698;RBI=0.0103174;REFB=-0.0253802;REVB=-0.00595947;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0423306;OID=.;OPOS=50019391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr14 50019417 . G C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0170453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.075;QD=13.5766;RBI=0.0322327;REFB=-0.00213192;REVB=-0.027357;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00181712;OID=.;OPOS=50019417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:8:10:8:5:8:11 chr14 50044392 . T C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0266975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.629;QD=18.9387;RBI=0.0368695;REFB=-0.00171402;REVB=0.0254284;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598126;STB=0.52487;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00237697;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:14:16:13:15:14:16:14:15 chr14 50058984 . A G 99.38 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000982218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.177;QD=26.5025;RBI=0.08916;REFB=-0.0242848;REVB=0.0891546;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215993;STB=0.512173;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00835343;OID=.;OPOS=50058984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:2:2:5:6:2:2 chr14 50065359 . C G 238.1 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0468702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4879;QD=9.81844;RBI=0.0490993;REFB=-0.0182107;REVB=-0.0146261;RO=67;SAF=18;SAR=12;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110329;STB=0.56481;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0523285;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:67:30:30:0.309278:12:18:34:33:12:18:34:33 chr14 50065717 . G C 743.34 PASS AF=0.63;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00356614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.804;QD=29.7336;RBI=0.00971134;REFB=-0.0267525;REVB=0.00903287;RO=37;SAF=42;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738786;STB=0.540133;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0173133;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:37:37:63:63:0.63:21:42:21:16:21:42:21:16 chr14 50068299 . C G 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00296137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2653;QD=18.3164;RBI=0.00571158;REFB=0.00135682;REVB=0.00488389;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334137;STB=0.518654;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00138289;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:24:15:18:25:24:15:18:25 chr14 50092471 . T C 133.94 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00458818;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.059;QD=17.859;RBI=0.00484131;REFB=-0.00585186;REVB=-0.00154496;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326879;STB=0.692071;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0126441;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:8:6:12:3:9:6:12:3 chr14 50100386 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0120063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.068;QD=12.9747;RBI=0.0127797;REFB=-0.0111142;REVB=0.00437818;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.010337;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:10:8:7:5:10:8 chr14 50101370 . G A 563.79 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.041114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.311;QD=21.0762;RBI=0.0418614;REFB=-0.0191319;REVB=-0.0078749;RO=49;SAF=24;SAR=33;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467643;STB=0.529521;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0187258;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:49:50:57:57:0.53271:33:24:18:31:33:24:18:32 chr14 50101682 . C G 443.82 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00413502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.325;QD=17.7526;RBI=0.0182925;REFB=-0.0139161;REVB=-0.017819;RO=55;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598113;STB=0.503345;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0174203;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:24:21:26:29:24:21:26:29 chr14 50195679 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.746;QD=64.0209;RBI=0.0303123;REFB=0;REVB=0.0242869;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39499e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr14 50251369 . A G 1230.85 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046713;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.558;QD=61.5424;RBI=0.0113175;REFB=0;REVB=0.0103085;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29556e-05;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr14 50298962 . T A 672.4 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0096562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.76;QD=52.737;RBI=0.0100014;REFB=-0.0815409;REVB=0.00260505;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361667;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000732945;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:24:25:2:0:24:25:2:0 chr14 50320391 . A G 95.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.685;QD=38.3201;RBI=0.0810937;REFB=0;REVB=0.0789477;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00758983;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr14 50477643 . G C 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101029;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.928;QD=61.7014;RBI=0.0139175;REFB=0;REVB=-0.00957223;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54063e-07;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr14 50535374 . C A 260.23 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00657525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.893;QD=16.7888;RBI=0.0208792;REFB=0.00141697;REVB=-0.0198168;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1617;STB=0.59728;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00130305;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:15:14:21:11:15:14:22:11 chr14 50575408 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.038519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8573;QD=25.2542;RBI=0.0393156;REFB=-0.0162304;REVB=-0.00787401;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057364;STB=0.532125;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00938841;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:3:7:13:4:3:7 chr14 50575411 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.142;QD=55.6557;RBI=0.0156742;REFB=0;REVB=-0.0136131;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47824e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr14 50583083 . G T 149.87 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00218236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5437;QD=19.3381;RBI=0.0320792;REFB=-0.0234443;REVB=-0.0320048;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224986;STB=0.640149;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0106836;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:7:9:4:10:7:9:4:11 chr14 50616878 . G A 466.13 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00785493;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.616;QD=17.7575;RBI=0.0221981;REFB=-0.00757173;REVB=-0.0207619;RO=52;SAF=26;SAR=24;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170158;STB=0.503815;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00499419;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:55:50:50:0.47619:24:26:28:24:24:26:29:26 chr14 50623657 . G A 1725.54 PASS AF=0.916667;AO=120;DP=132;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0124191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1499;QD=52.2891;RBI=0.034972;REFB=-0.0656167;REVB=-0.0326926;RO=12;SAF=54;SAR=66;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348945;STB=0.523009;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00415128;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:12:11:120:121:0.916667:66:54:3:9:66:55:2:9 chr14 50623669 . G A 107.57 PASS AF=0.160305;AO=21;DP=131;FAO=21;FDP=131;FR=.;FRO=110;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0474221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.71;QD=3.28448;RBI=0.0545589;REFB=-0.00491326;REVB=-0.0269782;RO=110;SAF=3;SAR=18;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445747;STB=0.802709;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.040076;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:110:110:21:21:0.160305:18:3:50:60:18:3:50:60 chr14 50623679 . G A 975.81 PASS AF=0.773585;AO=81;DP=106;FAO=82;FDP=106;FR=.;FRO=24;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0309686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4613;QD=36.8231;RBI=0.0368149;REFB=-0.094753;REVB=0.0199069;RO=25;SAF=35;SAR=46;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690959;STB=0.531554;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0326673;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:25:24:81:82:0.773585:46:35:7:18:47:35:7:17 chr14 50623683 . A G 922.61 PASS AF=0.724771;AO=78;DP=109;FAO=79;FDP=109;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0164376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3344;QD=33.8571;RBI=0.0452359;REFB=-0.0547783;REVB=0.0421437;RO=31;SAF=37;SAR=41;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637286;STB=0.528193;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0172062;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:31:30:78:79:0.724771:41:37:11:20:42:37:11:19 chr14 50704331 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.046;QD=53.9112;RBI=0.0265892;REFB=0;REVB=0.024982;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288513;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr14 50704359 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0541628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.413;QD=14.096;RBI=0.0791256;REFB=0.00458344;REVB=0.0576823;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166702;STB=0.596848;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00551854;OID=.;OPOS=50704359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:4:10:6:5:4:10 chr14 50713679 . T G 293.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203575;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.837;QD=53.3399;RBI=0.0206792;REFB=0;REVB=-0.00363303;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013289;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 50769717 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5806;QD=57.1988;RBI=0.08254;REFB=0;REVB=-0.0452342;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535134;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr14 50778816 . A C 836.9 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00891125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.368;QD=55.7931;RBI=0.0165996;REFB=-0.161551;REVB=0.0140048;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.505745;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000451979;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:16:43:0:0:16:43:1:0 chr14 50786004 . A G 114.68 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0759186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.7495;QD=41.7008;RBI=0.136032;REFB=0;REVB=0.112876;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584864;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:6:5:0:0 chr14 50788213 . C T 1030.11 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00558663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.528;QD=58.0343;RBI=0.00683181;REFB=-0.103268;REVB=0.00393232;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-3.21686e-06;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:37:33:0:0:37:33:0:1 chr14 50798743 . G A 639.61 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00539345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.22;QD=55.6179;RBI=0.0298324;REFB=-0.0250691;REVB=0.0293408;RO=3;SAF=16;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080218;STB=0.542837;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0136869;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:42:43:0.934783:26:16:3:0:27:16:3:0 chr14 50799126 . G C 1122.63 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417609;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1701;QD=60.6826;RBI=0.0418431;REFB=0;REVB=0.00262155;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810088;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr14 50802727 . A C 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.719;QD=57.3832;RBI=0.0224166;REFB=0;REVB=0.0212035;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95115e-05;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr14 50802840 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.692;QD=62.9825;RBI=0.0173109;REFB=0;REVB=0.00701755;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76243e-05;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr14 50824839 . G A 739.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.015;QD=62.9183;RBI=0.0168101;REFB=0;REVB=0.0145413;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107474;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr14 50935150 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.158;QD=57.8849;RBI=0.0111007;REFB=0;REVB=0.0109774;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67942e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr14 51057727 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.655;QD=61.5362;RBI=0.0266728;REFB=0;REVB=0.0258047;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62545e-05;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr14 51202311 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.879;QD=59.0186;RBI=0.0199051;REFB=0;REVB=-0.00591182;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01636e-05;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr14 51223789 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.571;QD=62.9829;RBI=0.00911231;REFB=0;REVB=-0.0057057;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26528e-06;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr14 51224374 . T G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.85;QD=63.286;RBI=0.0355825;REFB=0;REVB=0.0140159;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144459;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr14 51224658 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.672;QD=55.6561;RBI=0.0492908;REFB=0;REVB=-0.00182407;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312302;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr14 51225132 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.211;QD=62.6711;RBI=0.0335156;REFB=0;REVB=0.0124998;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110819;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr14 51237701 . A G 1129.74 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.133619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.86;QD=57.9353;RBI=0.134179;REFB=-0.138097;REVB=0.0122468;RO=2;SAF=27;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764349;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00269952;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:2:1:76:77:0.987179:49:27:1:1:49:28:0:1 chr14 51239067 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3939;QD=58.0608;RBI=0.0286452;REFB=0;REVB=0.0280363;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191589;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr14 51324884 . A G 221.53 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0190617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.571;QD=20.607;RBI=0.0220365;REFB=0.00673537;REVB=0.0110571;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00915887;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:21:22:0.511628:12:9:10:11:12:10:10:11 chr14 51370852 . C G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0058412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.578;QD=10.343;RBI=0.00915662;REFB=-0.0074625;REVB=-0.00705152;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445314;STB=0.526042;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0177346;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:25:16:9:12:25:16 chr14 51446216 . T G 1956.13 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371936;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4805;QD=62.0995;RBI=0.0449145;REFB=0;REVB=-0.0251783;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50743e-05;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr14 51716188 . T G 786.96 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0620715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.804;QD=55.225;RBI=0.0624037;REFB=-0.0676615;REVB=0.00643055;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000384352;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:0:1:30:26:0:1 chr14 51716467 . G A 803.88 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345868;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.051;QD=57.4197;RBI=0.03504;REFB=0;REVB=0.00561748;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024996;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr14 52174876 . C T 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0148226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.902;QD=21.7717;RBI=0.0167565;REFB=-0.00618223;REVB=0.00781483;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592186;OID=.;OPOS=52174876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:24:24:22:22:24:24:22:22 chr14 52384093 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000418534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.374;QD=62.6706;RBI=0.00778348;REFB=0;REVB=0.00777222;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73534e-05;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr14 52418587 . T C 155.82 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00229609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0673;QD=10.935;RBI=0.0108957;REFB=-0.0166438;REVB=-0.010651;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975724;STB=0.557085;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0381591;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:19:18:8:12:19:18 chr14 52418617 . C T 122.6 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0231008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.941;QD=8.45496;RBI=0.0232633;REFB=-0.0148073;REVB=0.00274522;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517776;STB=0.505086;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0350672;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:41:17:17:0.293103:8:9:21:19:8:9:22:19 chr14 52418636 . G T 113.79 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.025836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8554;QD=7.98511;RBI=0.0591815;REFB=-0.0103649;REVB=0.0532442;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163972;STB=0.582854;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0253354;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:41:16:16:0.280702:6:10:19:20:6:10:21:20 chr14 52478315 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00984125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.324;QD=15.1658;RBI=0.0115949;REFB=-0.0102049;REVB=-0.00613116;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216143;STB=0.512305;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.012251;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:15:15:12:11:15:15 chr14 52496387 . C A 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179028;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.171;QD=61.2208;RBI=0.0257004;REFB=0;REVB=0.0184392;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20501e-07;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr14 52496407 . C T 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.87;QD=60.1993;RBI=0.0110733;REFB=0;REVB=-0.00760957;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30519e-06;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr14 52507429 . A G 1051.37 PASS AF=0.490826;AO=107;DP=220;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=0.00120817;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.832;QD=19.2912;RBI=0.0213946;REFB=-0.0252549;REVB=-0.0213605;RO=113;SAF=41;SAR=66;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113809;STB=0.512357;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0205936;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:113:111:107:107:0.490826:66:41:42:71:66:41:40:71 chr14 52520368 . C T 1083.87 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343863;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.979;QD=60.2149;RBI=0.0838538;REFB=0;REVB=0.076479;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268087;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:31:41:0:0 chr14 52520853 . A G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.373;QD=59.8652;RBI=0.0276169;REFB=0;REVB=0.00408608;RO=0;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08472e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:67:37:0:0:67:37:0:0 chr14 52535648 . G T 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.789;QD=57.2352;RBI=0.023479;REFB=0;REVB=0.0207925;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05165e-05;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr14 52536512 . T C 1210.75 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000216092;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3572;QD=61.3038;RBI=0.00770987;REFB=0;REVB=0.00770684;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02255e-05;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr14 52734669 . TG T 52.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0321948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9028;QD=9.09236;RBI=0.0544381;REFB=-0.078716;REVB=0.0438976;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.34965;SSEP=0;SSSB=-0.538234;STB=0.8268;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.11047;OID=.;OPOS=52734670;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:23:10:23:13:1:9:7:6:52:13:1:9:7:6 chr14 52741950 . A G 314.11 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0116621;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=146.996;QD=19.9436;RBI=0.0127309;REFB=-0.00667081;REVB=-0.00510589;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639571;STB=0.530594;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00481406;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:30:33:33:0.52381:13:20:19:9:13:20:20:10 chr14 52906081 . T G 383.31 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00203071;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.588;QD=17.2273;RBI=0.0158121;REFB=0.00347068;REVB=-0.0156812;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552657;STB=0.503097;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00454744;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:26:23:19:21:26:23 chr14 52907353 . C T 448.62 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0201815;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.49;QD=18.3111;RBI=0.0281285;REFB=-0.0135238;REVB=-0.0195938;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309081;STB=0.529399;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.018864;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:53:45:45:0.459184:27:18:22:29:27:18:24:29 chr14 53098902 . G A 540.12 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00091565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.743;QD=19.4636;RBI=0.00184921;REFB=-0.002035;REVB=-0.0016066;RO=55;SAF=33;SAR=23;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402719;STB=0.522247;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00271081;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:23:33:30:25:23:33:30:25 chr14 53124807 . C T 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0350352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.385;QD=4.92224;RBI=0.0362011;REFB=-0.00405135;REVB=-0.00911344;RO=33;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347945;STB=0.742632;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.011969;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:7:1:11:22:7:1:11:22 chr14 53130507 . T C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0108539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.498;QD=19.6924;RBI=0.0136638;REFB=-0.00231136;REVB=-0.00830016;RO=25;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.616999;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00200609;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:7:19:13:12:7:19:13:12 chr14 53324335 . T TTA 32.68 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.249814;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=2;MLLD=23.7893;QD=1.79054;RBI=0.261814;REFB=-0.00442499;REVB=-0.0783578;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495531;STB=0.898787;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.0448255;OID=.;OPOS=53324336;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109589:8:74:8:73:65:1:7:40:25:32:58:1:7:31:27 chr14 53345378 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.014;QD=57.2021;RBI=0.0749322;REFB=0;REVB=0.0286252;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971233;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr14 53360081 . CT C,TT 40.01 PASS AF=0.285714,0;AO=11,3;DP=42;FAO=12,0;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.184281,0.0129498;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.59885,176.881;QD=3.8106;RBI=0.235828,0.0398911;REFB=-0.0261046,-0.000557618;REVB=0.147157,-0.0377306;RO=25;SAF=3,0;SAR=8,3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.294273,-0.577457;STB=0.670749,0.5;STBP=0.195,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0392393,0;OID=.,.;OPOS=53360082,53360081;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:25:30:11,3:12,0:0.285714,0:8,3:3,0:13:12:9,0:3,0:14:16 chr14 53529669 . A T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.235;QD=58.419;RBI=0.00936073;REFB=0;REVB=0.00216719;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32055e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr14 53619463 . G A 754.45 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.754;QD=54.8689;RBI=0.0631206;REFB=0.232679;REVB=0.0448956;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0030308;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 584.5 PASS AF=0.107692,0.692308;AO=7,40;DP=66;FAO=7,45;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=7,26;FSAR=0,19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00932349,-0.0325988;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=91.61,186.127;QD=35.9691;RBI=0.0203252,0.0439953;REFB=-0.0388671,-0.079379;REVB=0.0180607,0.029545;RO=14;SAF=7,25;SAR=0,15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.76724,0.0976968;STB=0.998286,0.543745;STBP=0.002,0.276;TYPE=snp,ins;VARB=0.0948622,0.0381832;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:83:66:65:14:13:7,40:7,45:0.107692,0.692308:0,15:7,25:6:8:0,19:7,26:5:8 chr14 53619544 . G A 1527.99 PASS AF=0.931034;AO=104;DP=111;FAO=108;FDP=116;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0636192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.51;QD=52.6894;RBI=0.0674992;REFB=-0.0872006;REVB=0.0225554;RO=2;SAF=46;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201817;STB=0.537729;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00492528;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:111:116:2:8:104:108:0.931034:58:46:2:0:59:49:8:0 chr14 54417522 . A G 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0177763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.73;QD=16.8811;RBI=0.0184008;REFB=-0.0141204;REVB=-0.00475311;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219798;STB=0.625355;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0194029;OID=.;OPOS=54417522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:5:12:7:8:5:12 chr14 54875276 . C A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.455;QD=60.6051;RBI=0.0457947;REFB=0;REVB=0.0439854;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266679;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 54875514 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.053;QD=56.1914;RBI=0.0434274;REFB=0;REVB=-0.0156383;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263913;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 54950631 . G T 338.79 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000467054;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9838;QD=22.5858;RBI=0.0326462;REFB=-0.0144608;REVB=-0.0326429;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209876;STB=0.615931;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00933893;OID=.;OPOS=54950631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:16:10:22:12:16:10 chr14 54996872 . G A 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0046781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.584;QD=19.147;RBI=0.00824046;REFB=-0.00377759;REVB=0.00678384;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782801;STB=0.543455;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0047199;OID=.;OPOS=54996872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:21:15:12:24:21:15:12:24 chr14 55221543 . T C 285.14 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0273192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2453;QD=10.9669;RBI=0.0741219;REFB=-0.0117512;REVB=0.0689036;RO=67;SAF=16;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545556;STB=0.526867;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0236174;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:67:68:36:36:0.346154:20:16:33:34:20:16:33:35 chr14 55255673 . C T 510.02 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.0223487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.488;QD=17.0008;RBI=0.0291138;REFB=-0.0238879;REVB=-0.0186587;RO=63;SAF=23;SAR=31;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109543;STB=0.553847;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0329277;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:63:65:54:55:0.458333:31:23:20:43:32:23:21:44 chr14 55308770 . C A 1982.27 PASS AF=0.963235;AO=131;DP=136;FAO=131;FDP=136;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0481869;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6803;QD=58.3019;RBI=0.0502335;REFB=0.05008;REVB=0.0141926;RO=3;SAF=69;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824492;STB=0.504382;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00393223;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:136:3:5:131:131:0.963235:62:69:1:2:63:68:2:3 chr14 55344901 . C T 202.35 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0074294;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.197;QD=16.1883;RBI=0.00759362;REFB=-0.0189887;REVB=-0.0015707;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905762;STB=0.525524;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0278361;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:14:14:12:10:14:14 chr14 55820187 . G T 114.92 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0105581;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.865;QD=8.2084;RBI=0.0152903;REFB=0.00403163;REVB=-0.0110597;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198408;STB=0.639355;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00790032;OID=.;OPOS=55820187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:40:16:16:0.285714:11:5:18:20:11:5:20:20 chr14 55864130 . A G 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00703397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.842;QD=17.2649;RBI=0.0124358;REFB=-0.00524532;REVB=-0.0102553;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803897;STB=0.504502;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00588535;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:22:14:16:26:22:14:16:26 chr14 55907172 . C G 805.15 PASS AF=0.388186;AO=92;DP=238;FAO=92;FDP=237;FR=.;FRO=145;FSAF=74;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=-0.0186633;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3092;QD=13.589;RBI=0.0702012;REFB=-0.00618212;REVB=-0.0676748;RO=144;SAF=74;SAR=18;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341127;STB=0.696828;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013548;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:144:145:92:92:0.388186:18:74:78:66:18:74:78:67 chr14 56958247 . C T 1140.82 PASS AF=0.95122;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0164197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7757;QD=55.6496;RBI=0.0254419;REFB=-0.0147857;REVB=-0.0194341;RO=4;SAF=35;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05107;STB=0.526309;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00777435;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:82:4:4:77:78:0.95122:42:35:4:0:42:36:4:0 chr14 57052511 . G T 2393.0 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142027;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.169;QD=64.2417;RBI=0.0312392;REFB=0;REVB=-0.0278239;RO=0;SAF=85;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54858e-05;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:63:85:0:0:63:86:0:0 chr14 57101682 . A G 1510.73 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.645;QD=63.6095;RBI=0.0528522;REFB=0;REVB=0.0249291;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56116e-05;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr14 57866623 . A G,T 1014.69 PASS AF=0.931507,0.0410959;AO=68,3;DP=73;FAO=68,3;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=25,1;FSAR=43,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0288763,-0.072767;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=103.623,28.2418;QD=55.5996;RBI=0.0296215,0.0737893;REFB=0.00542114,0.0110168;REVB=0.00660258,0.0122402;RO=1;SAF=25,1;SAR=43,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0108664,0.163246;STB=0.51136,0.665762;STBP=0.302,0.686;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00402699,0.051233;OID=.,.;OPOS=57866623,57866623;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:73:1:2:68,3:68,3:0.931507,0.0410959:43,2:25,1:0:1:43,2:25,1:0:2 chr14 57876265 . G A 2162.54 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00156278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4454;QD=62.2315;RBI=0.0333921;REFB=-0.0344064;REVB=-0.0333555;RO=1;SAF=71;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664936;STB=0.503496;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=8.75049e-05;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:67:71:1:0:67:71:1:0 chr14 57876575 . T C 1520.57 PASS AF=0.989691;AO=33;DP=94;FAO=96;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0837716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2879;QD=62.704;RBI=0.224847;REFB=-0.0823012;REVB=0.208658;RO=1;SAF=31;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148398;STB=0.505746;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00362984;OID=.;OPOS=57876575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:97:1:1:33:96:0.989691:2:31:1:0:53:43:1:0 chr14 57938124 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2733;QD=62.0207;RBI=0.0341422;REFB=0;REVB=-0.0177066;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863889;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr14 57938260 . T C 771.33 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1703;QD=55.0951;RBI=0.0252796;REFB=-0.118104;REVB=-0.0089747;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00143892;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:0:1:55:55:0.982143:32:23:0:0:32:23:1:0 chr14 57945689 . G A 800.47 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.039;QD=57.1764;RBI=0.0136234;REFB=0;REVB=0.00693557;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18817e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr14 57948380 . T C 956.63 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.732;QD=58.8694;RBI=0.0617616;REFB=0;REVB=0.0249598;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155468;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:34:27:0:0:37:28:0:0 chr14 57957664 . T A 1737.7 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0148996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.377;QD=58.9052;RBI=0.0284258;REFB=0.0288144;REVB=-0.0242079;RO=2;SAF=65;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197031;STB=0.501037;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000125016;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:51:65:1:1:51:65:1:1 chr14 58304280 . G A 483.98 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0517606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.248;QD=14.7779;RBI=0.0587464;REFB=-0.0253993;REVB=-0.0277845;RO=77;SAF=30;SAR=24;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078566;STB=0.544201;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0329415;OID=.;OPOS=58304280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:24:30:37:40:24:30:37:40 chr14 58563694 . G C 147.26 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0438922;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9881;QD=24.5432;RBI=0.0482097;REFB=-0.0269841;REVB=0.0199412;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996717;STB=0.555487;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0196165;OID=.;OPOS=58563694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:12:3:1:8:12:3:1:8 chr14 58605790 . G A 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0116518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.218;QD=16.7138;RBI=0.0137205;REFB=-0.00151502;REVB=-0.00724485;RO=43;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156986;STB=0.515291;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00188328;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:17:19:22:21:17:19:22:22 chr14 58669651 . TAAAAAAAAAT TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAT 114.19 PASS AF=0.40625,0;AO=9,8;DP=34;FAO=13,0;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.015477,-0.147025;FXX=0.0856898;HRUN=1,9;LEN=1,1;MLLD=234.809,5.29561;QD=14.2741;RBI=0.0182766,0.234686;REFB=-0.0167636,-0.106093;REVB=0.00972095,-0.182923;RO=10;SAF=4,1;SAR=5,7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.040409,-0.3708;STB=0.531744,0.5;STBP=0.837,1;TYPE=del,del;VARB=0.0281889,0.0164837;OID=.,.;OPOS=58669661,58669652;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625,0:9,8:34:13,0:32:19:4,0:9,0:5:14:99:10:4,1:5,7:4:6 chr14 58706609 . C T 540.38 PASS AF=0.475;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00135511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.528;QD=18.0127;RBI=0.00997379;REFB=-0.000585031;REVB=-0.0098813;RO=62;SAF=27;SAR=30;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360759;STB=0.515413;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000601985;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:62:63:57:57:0.475:30:27:27:35:30:27:28:35 chr14 58766617 . A G 261.11 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.067887;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9157;QD=11.7354;RBI=0.0692716;REFB=0.000795794;REVB=-0.0137807;RO=56;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127658;STB=0.587811;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-4.06073e-05;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:58:31:31:0.348315:21:10:24:32:21:10:26:32 chr14 58831142 . A G 94.72 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0191455;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.212;QD=10.8249;RBI=0.0282327;REFB=-0.00788299;REVB=-0.0207493;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233847;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0145887;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:4:8:10:12:4:8:10:13 chr14 58838668 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0234515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.491;QD=15.2294;RBI=0.0242119;REFB=-0.0111202;REVB=-0.00602009;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294733;STB=0.517027;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0333364;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:20:8:5:14:20:8 chr14 58838701 . C T 117.85 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.043954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.344;QD=11.4971;RBI=0.0450859;REFB=-0.0184052;REVB=-0.0100388;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252295;STB=0.659076;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0436471;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:26:27:13:14:0.341463:2:11:18:8:2:12:19:8 chr14 58839339 . A C 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000168503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.569;QD=55.0456;RBI=0.000990975;REFB=0.0537442;REVB=0.000976544;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-1.79248e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:0:1:29:26:0:1 chr14 58917454 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.626;QD=62.3144;RBI=0.00868529;REFB=0;REVB=-0.00168454;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03931e-05;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr14 58937416 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5691;QD=60.7156;RBI=0.0276856;REFB=0;REVB=-0.027393;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289654;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr14 58953746 . C G 1043.77 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.67;QD=59.6438;RBI=0.0458138;REFB=0;REVB=-0.045111;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000557915;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:28:41:0:1:29:41:0:0 chr14 58958923 . A G 363.24 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00111844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.121;QD=18.1619;RBI=0.0138497;REFB=-0.0148026;REVB=0.0138045;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324054;STB=0.523797;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0158244;OID=.;OPOS=58958923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:20:18:18:23:20:18:18:24 chr14 59010649 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0268135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.065;QD=8.62748;RBI=0.0283058;REFB=0.0143592;REVB=-0.00906935;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739862;STB=0.545372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0195202;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:13:14:5:6:13:14 chr14 59112732 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0194059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.24;QD=14.9786;RBI=0.0479571;REFB=-0.00373351;REVB=0.0438554;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255248;STB=0.64533;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00504636;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:10:1:3:7:10:1 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 223.13 PASS AF=0.376812,0.0144928;AO=26,3;DP=73;FAO=26,1;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=7,0;FSAR=19,1;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0492353,-0.0203164;FXX=0.028165;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=269.286,56.3984;QD=12.9348;RBI=0.0492376,0.0307623;REFB=-0.0126182,-0.0029964;REVB=0.000470762,0.0230989;RO=40;SAF=7,0;SAR=19,3;SRF=12;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0403558,-0.43094;STB=0.530702,0.986401;STBP=0.72,0.49;TYPE=del,snp;VARB=0.015328,0.0373739;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376812,0.0144928:26,3:73:26,1:69:42:7,0:19,1:13:29:99:40:7,0:19,3:12:28 chr14 59797235 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0205005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.076;QD=21.511;RBI=0.0294031;REFB=-0.0011005;REVB=-0.0210778;RO=19;SAF=18;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424077;STB=0.742586;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00152066;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:3:18:9:10:3:18:9:10 chr14 59835972 . A C 68.83 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00477337;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=255.39;QD=15.2954;RBI=0.00490507;REFB=0.0145355;REVB=0.00112904;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.011511;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:6:3:6:3:6:3 chr14 60004844 . C T 463.3 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0542682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6284;QD=52.948;RBI=0.0679268;REFB=-0.0255245;REVB=-0.0408535;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716814;STB=0.538438;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00319349;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:2:0:21:12:2:0 chr14 60031996 . G A 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000380149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.003;QD=61.8756;RBI=0.00084547;REFB=0;REVB=-0.000755186;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39482e-07;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr14 60043422 . A G 1999.09 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.612;QD=61.5105;RBI=0.0482188;REFB=0;REVB=0.0106931;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386868;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:130:0:0:128:130:1:74:54:0:0:75:55:0:0 chr14 60063472 . A G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.945;QD=62.465;RBI=0.0484281;REFB=0;REVB=0.0335542;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047868;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr14 60574539 . A G 725.97 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0423446;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6685;QD=54.7903;RBI=0.0468288;REFB=-0.0167217;REVB=0.0199968;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000123246;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:1:0:21:31:1:0 chr14 60575240 . T C 208.49 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00959836;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9344;QD=17.3739;RBI=0.0104999;REFB=-0.000974899;REVB=0.0042566;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377276;STB=0.718079;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0015982;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:17:4:14:13:17:4:14:13 chr14 60575512 . G A 54.14 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0279107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5678;QD=3.93737;RBI=0.0281797;REFB=-0.00663091;REVB=-0.00388394;RO=46;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677082;STB=0.932598;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0200518;OID=.;OPOS=60575512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:8:1:34:12:8:1:34:12 chr14 60575869 . A G 621.11 PASS AF=0.496063;AO=62;DP=126;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.010631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.153;QD=19.5625;RBI=0.0110425;REFB=-0.0106632;REVB=-0.00298632;RO=63;SAF=32;SAR=30;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108653;STB=0.559003;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00901223;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:63:64:62:63:0.496063:30:32:25:38:31:32:25:39 chr14 60576637 . A T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00957545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.127;QD=13.7412;RBI=0.0138247;REFB=-0.0122493;REVB=-0.00997155;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968843;STB=0.51139;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0164817;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:17:12:17:25:17:12:17:26 chr14 60576750 . T G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0084936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.518;QD=12.7914;RBI=0.0248297;REFB=-0.00415718;REVB=0.0233318;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219817;STB=0.630057;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00760235;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:11:12:10:4:11:12 chr14 60576951 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0225113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.659;QD=18.4388;RBI=0.0294924;REFB=-0.00886915;REVB=0.0190538;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985918;STB=0.555234;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00843801;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:13:16:19:10:13:16 chr14 60577712 . A G 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0181613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.441;QD=16.35;RBI=0.018929;REFB=-0.0100923;REVB=0.00533606;RO=42;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371002;STB=0.520893;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0122189;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:23:11:15:27:23:11:15:27 chr14 60577873 . C G 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-3.04953e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5649;QD=24.3241;RBI=0.0681396;REFB=0.0326807;REVB=0.0681396;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.631145;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00426955;OID=.;OPOS=60577873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:1:1:1:6:1:1 chr14 60581863 . G A 305.97 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0148434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.304;QD=17.7373;RBI=0.0152305;REFB=-0.0134165;REVB=-0.00341179;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268335;STB=0.656157;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00758433;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:33:33:0.478261:12:21:12:23:12:21:12:24 chr14 60581935 . C T 1437.79 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197376;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.6;QD=63.1994;RBI=0.0199038;REFB=0;REVB=-0.00256716;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12329e-05;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr14 60582053 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00432958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.039;QD=12.942;RBI=0.00529786;REFB=0.000177483;REVB=-0.00305321;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345493;STB=0.70558;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00026498;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:12:3:12:13:12:3:12:13 chr14 60585131 . A G 517.72 PASS AF=0.5;AO=49;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.000266041;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.6834;QD=17.8525;RBI=0.00296435;REFB=-0.0542436;REVB=-0.00295238;RO=49;SAF=20;SAR=29;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218989;STB=0.610845;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0238497;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:58:49:58:0.5:29:20:32:17:31:27:40:18 chr14 60591199 . A T 650.28 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00585493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2392;QD=22.0435;RBI=0.0366079;REFB=-0.0210345;REVB=0.0361367;RO=54;SAF=23;SAR=41;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910987;STB=0.550012;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0180857;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:41:23:25:29:41:23:25:29 chr14 60591829 . T C 403.67 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00788864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.742;QD=14.9506;RBI=0.0111495;REFB=-0.00594534;REVB=-0.00787913;RO=62;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551009;STB=0.53096;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00632494;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:24:22:33:29:24:22:33:29 chr14 60591887 . G A 370.88 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00522834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.676;QD=13.2455;RBI=0.00557028;REFB=0.000571031;REVB=-0.00192159;RO=68;SAF=23;SAR=21;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229807;STB=0.513023;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.000992628;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:21:23:37:31:21:23:37:31 chr14 60601308 . G A 355.67 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0173864;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.14;QD=22.9467;RBI=0.0180867;REFB=0.000417247;REVB=0.00498392;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012433;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:26:35:36:0.580645:17:18:14:13:18:18:13:13 chr14 60611585 . T C 239.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00712749;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.725;QD=11.8458;RBI=0.00745798;REFB=0.00505579;REVB=0.00219554;RO=53;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127119;STB=0.566882;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00832893;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:53:52:29:29:0.358025:11:18:27:26:11:18:27:25 chr14 60611648 . C T 392.61 PASS AF=0.386555;AO=44;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00804995;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.697;QD=13.1968;RBI=0.0161518;REFB=-0.00391327;REVB=0.0140028;RO=74;SAF=29;SAR=15;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195634;STB=0.608974;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00670637;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:74:73:44:46:0.386555:15:29:36:38:16:30:35:38 chr14 60611675 . G A 357.6 PASS AF=0.352;AO=43;DP=126;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0168172;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.368;QD=11.4432;RBI=0.0204043;REFB=-0.000544387;REVB=-0.0115549;RO=81;SAF=27;SAR=16;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168858;STB=0.602327;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00185609;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:81:81:43:44:0.352:16:27:39:42:16:28:39:42 chr14 60616042 . C T 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0138261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.287;QD=21.1195;RBI=0.0175507;REFB=0.00207876;REVB=-0.0108105;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11223;STB=0.562028;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00229517;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:19:13:20:17:19:13 chr14 60743759 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0119669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.745;QD=19.4209;RBI=0.0253643;REFB=-0.00720562;REVB=0.0223638;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246844;STB=0.637151;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0103378;OID=.;OPOS=60743759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:19:8:17:12:19:8 chr14 60864583 . G T 713.11 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00637582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.319;QD=19.0164;RBI=0.0110984;REFB=-0.000456526;REVB=0.0090842;RO=79;SAF=28;SAR=43;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04787;STB=0.526523;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000559745;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:79:71:71:0.473333:43:28:35:44:43:28:35:44 chr14 60900113 . C T 591.21 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00521418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.66;QD=17.1366;RBI=0.00725505;REFB=-0.00296471;REVB=0.00504461;RO=75;SAF=29;SAR=33;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406933;STB=0.525898;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00340251;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:76:62:62:0.449275:33:29:32:43:33:29:32:44 chr14 60903757 . G A 171.98 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0127383;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.147;QD=17.198;RBI=0.0155532;REFB=0.00729523;REVB=-0.00892392;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210182;STB=0.596381;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.010829;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:18:18:0.45:12:6:12:10:12:6:11:11 chr14 60923783 . C T 237.07 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00830612;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6508;QD=15.8043;RBI=0.0236079;REFB=0.00883986;REVB=0.0220984;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192231;STB=0.608509;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0220399;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:11:16:13:20:11:16:13:20 chr14 60976537 . C A 817.6 PASS AF=0.506098;AO=83;DP=164;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.00997153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.916;QD=19.9414;RBI=0.0153069;REFB=-0.0349993;REVB=-0.0116133;RO=79;SAF=36;SAR=47;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197844;STB=0.517709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0339579;OID=.;OPOS=60976537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:81:83:83:0.506098:47:36:36:43:47:36:38:43 chr14 61013237 . G T 185.14 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0124772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.287;QD=13.7144;RBI=0.0246997;REFB=-0.0102097;REVB=0.0213166;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284736;STB=0.50724;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.013542;OID=.;OPOS=61013237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:16:5:7:25:17:5:7:25 chr14 61124940 . A G 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00433871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.68;QD=10.8937;RBI=0.00499249;REFB=-0.0105562;REVB=0.00246992;RO=45;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275012;STB=0.66006;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0162918;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:8:16:19:26:8:16:19:26 chr14 61176485 . T C 241.25 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0337273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.582;QD=22.4419;RBI=0.0338427;REFB=-0.00713499;REVB=0.00279218;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330111;STB=0.683444;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0111768;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:4:16:9:14:4:16 chr14 61180657 . T G 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00989809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.971;QD=20.1535;RBI=0.0197765;REFB=-0.0174884;REVB=-0.0171213;RO=44;SAF=25;SAR=19;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242236;STB=0.633816;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0294069;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:19:25:13:31:19:25:13:31 chr14 61180693 . T A 347.06 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.000167375;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.402;QD=14.4608;RBI=0.0123768;REFB=-0.0100727;REVB=-0.0123757;RO=57;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291983;STB=0.669441;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0120462;OID=.;OPOS=61180693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:58:38:38:0.395833:14:24:20:37:14:24:20:38 chr14 61441484 . C T 571.06 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.00324568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.866;QD=15.9737;RBI=0.00804025;REFB=-0.00469355;REVB=-0.00735603;RO=82;SAF=26;SAR=35;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250205;STB=0.513999;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00641604;OID=.;OPOS=61441484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:82:61:61:0.426573:35:26:33:49:35:26:33:49 chr14 61445967 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000180675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.117;QD=58.2396;RBI=0.0161092;REFB=0;REVB=-0.0161082;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80284e-05;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr14 61449328 . T A 626.05 PASS AF=0.447368;AO=67;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=-0.00390708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.849;QD=16.4749;RBI=0.00708848;REFB=-0.0058445;REVB=-0.00591449;RO=84;SAF=22;SAR=45;SRF=26;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215057;STB=0.517922;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00798056;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:67:68:0.447368:45:22:26:58:45:23:26:58 chr14 61509924 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00410417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.783;QD=17.2646;RBI=0.00732201;REFB=-0.0133161;REVB=-0.00606363;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648231;STB=0.542833;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0145216;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:35:36:0.461538:19:16:22:20:20:16:22:20 chr14 61747644 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0375081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.947;QD=10.0339;RBI=0.0378295;REFB=-0.00625348;REVB=0.00492048;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0166823;OID=.;OPOS=61747644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr14 61924239 . G A 236.46 PASS AF=0.442623;AO=28;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0071493;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.693;QD=15.5053;RBI=0.0103522;REFB=-0.013389;REVB=0.007487;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347599;STB=0.531112;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0170173;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:28:27:0.442623:13:15:17:17:12:15:17:17 chr14 61924241 . A C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000801266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.843;QD=15.064;RBI=0.0284791;REFB=-0.00856804;REVB=0.0284679;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421879;STB=0.502391;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0174518;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:18:17:13:14:18:17 chr14 61997226 . C T 700.56 PASS AF=0.507353;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0109424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.545;QD=20.6046;RBI=0.0114876;REFB=-0.00150039;REVB=-0.00349707;RO=67;SAF=32;SAR=36;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332475;STB=0.514391;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00116733;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:67:67:68:69:0.507353:36:32:34:33:36:33:34:33 chr14 62037421 . C T 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.99;QD=59.4959;RBI=0.0396115;REFB=0;REVB=0.00682098;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154357;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr14 62213848 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00540724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.12;QD=19.0767;RBI=0.00655846;REFB=0.00426556;REVB=0.0037115;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100939;STB=0.505615;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00485895;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:16:23:22:16:16:23 chr14 62462766 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.06;QD=57.5452;RBI=0.0187698;REFB=0;REVB=-0.00318157;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18779e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr14 62463129 . G T 940.7 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183533;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.681;QD=58.794;RBI=0.0183862;REFB=0;REVB=0.00109863;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39898e-05;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr14 62463214 . C T 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.022;QD=56.6885;RBI=0.00407013;REFB=0;REVB=0.00211499;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98493e-05;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr14 63174616 . T C 1664.51 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0203206;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7008;QD=58.4038;RBI=0.100504;REFB=-0.0243181;REVB=-0.0984287;RO=1;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724901;STB=0.507574;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000580978;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:65:47:0:1:65:47:0:2 chr14 63174960 . C T 310.45 PASS AF=0.441558;AO=31;DP=75;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0238849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.609;QD=16.1272;RBI=0.0240366;REFB=-0.0202704;REVB=0.00269613;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043167;STB=0.548752;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0182474;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:43:43:31:34:0.441558:15:16:24:19:18:16:24:19 chr14 63784407 . A AG,G 931.0 PASS AF=1,0;AO=40,26;DP=71;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748965,0.017344;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.1681,5.73862;QD=52.4509;RBI=0.108927,0.415351;REFB=0,0;REVB=-0.079092,-0.414989;RO=5;SAF=34,0;SAR=6,26;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.159888,-0.863862;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000152881,0;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:5:0:40,26:71,0:1,0:6,26:34,0:2:3:35,0:36,0:0:0 chr14 63841403 . TTTTG T,TT 267.68 PASS AF=0.84375,0;AO=11,9;DP=30;FAO=27,0;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=14,0;FSAR=13,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00315838,0.00350744;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=265.096,261.547;QD=33.4599;RBI=0.0224846,0.0322633;REFB=0.0266411,0.0256164;REVB=-0.0222617,-0.0320721;RO=5;SAF=10,4;SAR=1,5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.338888,-0.0964512;STB=0.544154,0.5;STBP=0.288,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00754929,-0.00229248;OID=.,.;OPOS=63841404,63841405;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375,0:11,9:30:27,0:32:5:14,0:13,0:4:1:21:5:10,4:1,5:3:2 chr14 63842235 . T C 178.7 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0178375;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.591;QD=14.5879;RBI=0.0181429;REFB=0.00340064;REVB=-0.0033146;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157432;STB=0.59897;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00306459;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:30:19:19:0.387755:13:6:12:14:13:6:14:16 chr14 64423187 . C A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00308831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.576;QD=18.4898;RBI=0.0250731;REFB=-0.0237471;REVB=0.0248821;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08007;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0245341;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:14:12:12:10:14:12 chr14 64491695 . T C 1189.63 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031452;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.703;QD=60.2346;RBI=0.0342951;REFB=0;REVB=0.0341506;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018473;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:36:40:0:0:39:40:0:0 chr14 64494278 . C T 1404.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.458;QD=62.4105;RBI=0.0276978;REFB=0;REVB=-0.0273451;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27571e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr14 64496749 . C T 717.0 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.666;QD=62.3479;RBI=0.0351858;REFB=0;REVB=0.0310451;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791157;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr14 64497930 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.396;QD=55.0984;RBI=0.0341416;REFB=0;REVB=0.0123113;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171407;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr14 64498037 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.793;QD=59.4355;RBI=0.0274933;REFB=0;REVB=0.0242392;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137483;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr14 64519035 . A G 263.48 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00951367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.834;QD=47.905;RBI=0.0127356;REFB=-0.0704342;REVB=-0.0084667;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000866536;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:12:9:0:0:12:9:0:1 chr14 64522674 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.05;QD=55.656;RBI=0.0309003;REFB=0;REVB=0.00153014;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649371;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr14 64522843 . A G 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2225;QD=60.5401;RBI=0.11213;REFB=0;REVB=0.111074;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899126;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr14 64551688 . C T 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.235;QD=63.1935;RBI=0.0363995;REFB=0;REVB=0.0230932;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015355;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr14 64561812 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0225615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.026;QD=17.1674;RBI=0.038216;REFB=0.00987537;REVB=-0.0308454;RO=32;SAF=7;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185878;STB=0.605149;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0071432;OID=.;OPOS=64561812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:22:7:13:19:22:7:13:19 chr14 64612845 . C T 340.57 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0143398;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.276;QD=17.9245;RBI=0.0143847;REFB=-0.00239115;REVB=0.00113505;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917888;STB=0.55749;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00243858;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:40:36:36:0.473684:15:21:20:21:15:21:19:21 chr14 64612858 . C A 340.4 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00617391;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.264;QD=17.2357;RBI=0.00913213;REFB=-0.0055399;REVB=-0.00672894;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126303;STB=0.56472;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00577801;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:42:43:36:36:0.455696:15:21:19:23:15:21:20:23 chr14 64637147 . C A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00159061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3773;QD=12.8686;RBI=0.0443803;REFB=-0.022855;REVB=0.0443518;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262258;STB=0.652904;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0354108;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:16:5:15:18:16:5:15:18 chr14 64640665 . C G 1421.91 PASS AF=0.482993;AO=141;DP=293;FAO=142;FDP=294;FR=.;FRO=152;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=69;FSRR=83;FWDB=-0.0939369;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6234;QD=19.3458;RBI=0.0945494;REFB=-0.00875255;REVB=-0.010745;RO=140;SAF=75;SAR=66;SRF=58;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106599;STB=0.541968;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00873533;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:140:152:141:142:0.482993:66:75:58:82:66:76:69:83 chr14 64656855 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00924208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.414;QD=21.8716;RBI=0.0165197;REFB=-0.0174736;REVB=-0.0136925;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762207;STB=0.542342;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.021024;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:11:12:12:16:11:12 chr14 64657684 . C A 571.87 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0196261;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.623;QD=25.4166;RBI=0.0198402;REFB=-0.0212862;REVB=0.00290689;RO=36;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145934;STB=0.566641;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0142743;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:36:38:52:52:0.577778:26:26:25:11:26:26:25:13 chr14 64686125 . G T 56.85 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0136871;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.577;QD=10.3369;RBI=0.014593;REFB=-0.0240848;REVB=0.0050615;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748347;STB=0.531174;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0299846;OID=.;OPOS=64686125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:15:14:8:8:0.363636:2:6:12:3:2:6:11:3 chr14 64882380 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.162;QD=60.6103;RBI=0.027999;REFB=0;REVB=0.0211425;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45692e-05;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr14 64935720 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.223;QD=43.4861;RBI=0.0397369;REFB=0;REVB=0.0359312;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661276;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr14 64988279 . A G 119.03 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00899612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.752;QD=9.33592;RBI=0.0184275;REFB=-0.0130291;REVB=-0.0160824;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169816;STB=0.615856;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0281177;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:36:15:15:0.294118:8:7:11:23:8:7:11:25 chr14 64988924 . T C 323.63 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0557657;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.587;QD=16.3864;RBI=0.0560661;REFB=-0.0313282;REVB=0.00579654;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10958;STB=0.561609;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0455636;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:16:19:19:25:16:19:19:25 chr14 65008251 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.723;QD=56.9566;RBI=0.0166749;REFB=0;REVB=-0.0164176;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72758e-05;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr14 65016702 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.389;QD=61.684;RBI=0.00390312;REFB=0;REVB=-0.000927481;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76891e-06;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:10:30:0:0:10:31:0:0 chr14 65031534 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0054624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.022;QD=16.1716;RBI=0.00583523;REFB=-0.0140318;REVB=0.00205234;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222029;STB=0.628859;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00946876;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:9:11:12:4:9:11 chr14 65197791 . C A 247.83 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00513685;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.454;QD=15.7353;RBI=0.0201178;REFB=-0.0267331;REVB=-0.0194509;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133746;STB=0.574919;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0315651;OID=.;OPOS=65197791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:27:28:0.444444:13:14:13:21:13:15:14:21 chr14 65216120 . C T 503.95 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0149941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.52;QD=17.5286;RBI=0.0150237;REFB=-0.0200307;REVB=-0.000943031;RO=60;SAF=34;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157748;STB=0.592339;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0251542;OID=.;OPOS=65216120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:20:34:28:32:20:34:28:33 chr14 65241228 . A G 492.48 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0173905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.737;QD=17.4328;RBI=0.0332081;REFB=-0.019243;REVB=-0.0282904;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070741;STB=0.539296;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0320863;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:27:26:25:35:27:26:25:35 chr14 65242044 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00128482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.374;QD=24.9292;RBI=0.0168157;REFB=-0.0109126;REVB=-0.0167665;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128834;STB=0.571373;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0166138;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:6:13:13:12:6:13 chr14 65245956 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.031875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.752;QD=14.6525;RBI=0.0390712;REFB=-0.0189887;REVB=0.0225951;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0192694;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr14 65245962 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0189153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.962;QD=14.6526;RBI=0.0214167;REFB=0.00490735;REVB=0.0100444;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00201326;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr14 65246623 . T C 247.46 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0284169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9053;QD=16.2271;RBI=0.0573464;REFB=-0.00104878;REVB=-0.0498105;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163776;STB=0.599224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000442653;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:16:11:19:14:17:11:19:14 chr14 65249052 . C G 566.35 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0325059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.308;QD=24.6238;RBI=0.0378592;REFB=-0.0349474;REVB=-0.0194084;RO=40;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202346;STB=0.610611;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.032953;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:29:23:28:12:29:23:28:12 chr14 65253232 . T C 490.93 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0351894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0354;QD=19.8357;RBI=0.0358467;REFB=0.0160499;REVB=-0.00683291;RO=51;SAF=25;SAR=23;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812546;STB=0.545051;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0218428;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:23:25:31:20:23:25:31:20 chr14 65412748 . G C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00535869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.896;QD=19.3697;RBI=0.00900673;REFB=-0.00751552;REVB=-0.00723917;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00724391;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:4:10:8:8:4:11 chr14 65417070 . C A 448.27 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.06947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.573;QD=20.6102;RBI=0.0703792;REFB=-0.00616281;REVB=0.0112757;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505363;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00599227;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:44:45:0.517241:22:22:21:21:22:23:21:21 chr14 65419293 . A G 227.8 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00648123;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6581;QD=20.7095;RBI=0.00664192;REFB=0.043067;REVB=0.00145214;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246411;STB=0.626606;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0418758;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:22:22:22:0.5:16:6:12:11:16:6:11:11 chr14 65520040 . CG C 87.16 PASS AF=0.761905;AO=12;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.157111;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.2741;QD=16.6027;RBI=0.208363;REFB=-0.0988996;REVB=0.136862;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177776;STB=0.516109;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=0.0952074;OID=.;OPOS=65520041;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:12:21:16:21:5:4:12:1:4:19:8:4:8:1:7 chr14 65878909 . C T 191.07 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00117818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.426;QD=16.6151;RBI=0.00574483;REFB=-0.0269679;REVB=-0.00562272;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236049;STB=0.5135;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0372546;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:15:11:8:12:15:11 chr14 66028446 . A G 728.42 PASS AF=0.861538;AO=56;DP=66;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.011985;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.557;QD=44.8255;RBI=0.0129538;REFB=-0.00888494;REVB=0.0049152;RO=3;SAF=13;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971207;STB=0.628522;STBP=0;TYPE=snp;VARB=4.83536e-05;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:3:9:56:56:0.861538:43:13:3:0:43:13:9:0 chr14 66479652 . G T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0142134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.438;QD=14.9479;RBI=0.0143818;REFB=-0.00525913;REVB=0.00219458;RO=42;SAF=5;SAR=26;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010004;STB=0.505669;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00663987;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:26:5:7:35:26:5:7:35 chr14 66479768 . A C 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0417934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.518;QD=16.0408;RBI=0.0443652;REFB=-0.00291172;REVB=-0.0148855;RO=61;SAF=24;SAR=25;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631843;STB=0.535302;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00368713;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:25:24:26:35:25:24:26:35 chr14 66479771 . G A 429.1 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0537699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0763;QD=15.7467;RBI=0.0601488;REFB=-0.0166382;REVB=0.0269569;RO=60;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457011;STB=0.520513;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0204436;OID=.;OPOS=66479771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:61:48:48:0.440367:25:23:26:34:25:23:27:34 chr14 66974474 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.407;QD=53.2771;RBI=0.147738;REFB=0;REVB=0.0211784;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115023;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr14 67147816 . T C 538.1 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.575;QD=59.7889;RBI=0.0382337;REFB=0;REVB=0.0272839;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010467;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr14 67671701 . C T 186.36 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0218822;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0871;QD=26.6235;RBI=0.0570935;REFB=-0.0113723;REVB=0.0527337;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179039;STB=0.599886;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0101613;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:10:10:18:18:0.642857:12:6:6:4:12:6:6:4 chr14 67769177 . A C 568.09 PASS AF=0.36612;AO=67;DP=180;FAO=67;FDP=183;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=0.000960876;FXX=0.0108102;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.837;QD=12.4172;RBI=0.0352319;REFB=-0.0111954;REVB=-0.0352188;RO=113;SAF=36;SAR=31;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104689;STB=0.567047;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0162764;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:113:116:67:67:0.36612:31:36:50:63:31:36:50:66 chr14 67800316 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.0302034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.99;QD=14.9204;RBI=0.0333443;REFB=-0.00264046;REVB=0.014128;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432922;STB=0.742114;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00640646;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:18:10:30:7:18:10:30:7 chr14 67800815 . G A 241.57 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0482985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5101;QD=21.9611;RBI=0.0564933;REFB=-0.022121;REVB=0.0293045;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.587551;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0204002;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:11:10:15:8:11:10 chr14 67878717 . A G 361.54 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0127768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8137;QD=13.2676;RBI=0.055553;REFB=-0.044048;REVB=-0.0540637;RO=66;SAF=9;SAR=34;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17496;STB=0.600177;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0845256;OID=.;OPOS=67878717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:34:9:22:44:34:9:22:44 chr14 68041061 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0220779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.257;QD=14.6657;RBI=0.0316594;REFB=-0.00250296;REVB=-0.022691;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00341616;OID=.;OPOS=68041061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:10:11:8:7:10:11 chr14 68042255 . A G 280.14 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0147659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6279;QD=16.7248;RBI=0.0160473;REFB=-0.0134444;REVB=0.00628351;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156417;STB=0.58784;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0155983;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:15:21:13:18:15:21 chr14 68042574 . A G 502.13 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0382461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7432;QD=22.0715;RBI=0.0398348;REFB=-0.0407593;REVB=0.0111376;RO=43;SAF=21;SAR=27;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181576;STB=0.599959;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0450676;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:27:21:28:15:27:21:28:15 chr14 68045935 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.38;QD=61.375;RBI=0.0842148;REFB=0;REVB=0.0212173;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247948;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr14 68053802 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7141;QD=61.3289;RBI=0.0398956;REFB=0;REVB=-0.016625;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168093;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr14 68053977 . A C 1569.47 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1389;QD=62.7788;RBI=0.0449056;REFB=-0.113658;REVB=0.032447;RO=1;SAF=35;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133588;STB=0.507041;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00584347;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:64:35:1:0:64:35:1:0 chr14 68055613 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.437;QD=64.1538;RBI=0.0215236;REFB=0;REVB=-0.0205948;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48723e-05;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr14 68213744 . G A 670.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.131;QD=62.3277;RBI=0.019626;REFB=0;REVB=0.0100408;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35941e-05;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 68214788 . T C 180.43 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00496352;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.4;QD=17.6032;RBI=0.00534674;REFB=-0.0144207;REVB=0.00198775;RO=22;SAF=16;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365627;STB=0.71207;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0134585;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:3:16:12:10:3:16:12:10 chr14 68218165 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0160873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.401;QD=24.3901;RBI=0.0198854;REFB=-0.0207017;REVB=-0.0116887;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105524;STB=0.558765;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0108118;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:9:5:10:10:9:5 chr14 68228266 . C T 269.63 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0272347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.709;QD=22.4688;RBI=0.0403526;REFB=0.0170272;REVB=0.0297759;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130581;STB=0.580367;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.020885;OID=.;OPOS=68228266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:24:25:0.520833:11:13:9:14:11:14:9:14 chr14 68234539 . T C 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0108524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.32;QD=16.6328;RBI=0.0135415;REFB=-0.0133622;REVB=-0.00809913;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125257;STB=0.57028;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0214205;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:20:17:27:19:20:17:27:19 chr14 68251991 . G A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.016385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.139;QD=18.4948;RBI=0.0413389;REFB=-0.0190987;REVB=0.0379531;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044011;STB=0.516881;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0162138;OID=.;OPOS=68251991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:13:17:15:14:13:17:16:14 chr14 68264867 . A G 101.97 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.952;QD=40.7874;RBI=0.095356;REFB=0;REVB=0.0457203;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220327;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:7:10:1:6:1:0:0:8:2:0:0 chr14 68274548 . G A 601.68 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0102671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.227;QD=16.9486;RBI=0.0294581;REFB=-0.0165853;REVB=-0.027611;RO=78;SAF=36;SAR=27;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203412;STB=0.508194;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0234945;OID=.;OPOS=68274548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:79:63:63:0.443662:27:36:43:35:27:36:44:35 chr14 68616597 . G A 198.49 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0574584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9381;QD=44.108;RBI=0.0595744;REFB=-0.140465;REVB=-0.0157366;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0086796;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:0:1:12:5:0:1 chr14 68935789 . T C 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325914;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2219;QD=62.4705;RBI=0.0144654;REFB=0;REVB=-0.0140935;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42544e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr14 69012355 . C G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.901;QD=61.0481;RBI=0.0434192;REFB=0;REVB=0.0121032;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64058e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr14 69117512 . T C 190.94 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0231416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0246;QD=11.5719;RBI=0.0253091;REFB=0.00664786;REVB=-0.0102476;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671356;STB=0.513584;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00742345;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:42:23:24:0.363636:6:17:29:13:7:17:29:13 chr14 69257858 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.605;QD=64.4154;RBI=0.0137801;REFB=0;REVB=-0.00512003;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20122e-05;OID=.;OPOS=69257858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr14 69262441 . A G 1061.57 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0218528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.791;QD=55.8723;RBI=0.0225529;REFB=-0.0973407;REVB=-0.00557572;RO=3;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035886;STB=0.518982;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00134823;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:38:35:0:3:38:35:0:3 chr14 69263074 . G A 296.55 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=4.4075e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5726;QD=49.4252;RBI=0.00180333;REFB=-0.0817458;REVB=-0.00180279;RO=1;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102305;STB=0.555504;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00406014;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:19:4:1:0:19:4:1:0 chr14 69521400 . C T 589.85 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0342119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.319;QD=20.1658;RBI=0.0353753;REFB=0.0141045;REVB=0.00899743;RO=55;SAF=23;SAR=37;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112104;STB=0.562716;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0135258;OID=.;OPOS=69521400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:57:60:60:0.512821:37:23:28:27:37:23:29:28 chr14 69695792 . G A 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3865;QD=56.9317;RBI=0.0207039;REFB=0;REVB=0.0199908;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256102;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr14 69703158 . A G 2603.15 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.182;QD=61.9798;RBI=0.026885;REFB=0;REVB=-0.0245478;RO=0;SAF=70;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44229e-05;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:97:70:0:0:97:71:0:0 chr14 69704553 . G T 1333.8 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698256;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.417;QD=61.3243;RBI=0.036104;REFB=-0.0459434;REVB=0.0354223;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208029;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:87:1:0:86:87:1:45:41:0:1:46:41:0:0 chr14 69818854 . C T 650.56 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0106028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.834;QD=27.9812;RBI=0.022585;REFB=0.00539666;REVB=0.0199415;RO=36;SAF=33;SAR=24;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320152;STB=0.501742;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00310934;OID=.;OPOS=69818854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:24:33:21:15:24:33:21:15 chr14 69966850 . G A 161.87 PASS AF=0.414634;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.021451;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.12;QD=15.792;RBI=0.0231098;REFB=-0.0147163;REVB=0.00859754;RO=25;SAF=1;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571871;STB=0.853815;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0169707;OID=.;OPOS=69966850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:25:24:14:17:0.414634:13:1:11:14:16:1:10:14 chr14 70037611 . A T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.418;QD=61.8526;RBI=0.0187966;REFB=0;REVB=0.018355;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21614e-05;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr14 70038786 . A G 770.37 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366291;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8499;QD=57.0641;RBI=0.036653;REFB=0;REVB=0.00132474;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295812;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:42:12:0:0:42:12:0:0 chr14 70180778 . C G 1102.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108371;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.844;QD=60.4015;RBI=0.0290449;REFB=0;REVB=0.0290247;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13069e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr14 70634087 . A G 1822.77 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.025;QD=60.2569;RBI=0.0211831;REFB=-0.0480327;REVB=-0.0180537;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-7.85405e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:57:63:0:0:57:63:0:1 chr14 70712880 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.64;QD=43.4862;RBI=0.0197521;REFB=0;REVB=0.0160077;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86106e-05;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 70713586 . T G 1422.6 PASS AF=0.94;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00913213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.321;QD=56.9039;RBI=0.00976849;REFB=-0.11232;REVB=-0.00346809;RO=6;SAF=46;SAR=48;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177297;STB=0.509368;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00229636;OID=.;OPOS=70713586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:100:100:6:6:94:94:0.94:48:46:2:4:48:46:2:4 chr14 70713720 . AATC A 1560.64 PASS AF=0.977273;AO=124;DP=135;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0045068;FXX=0.0294096;HRUN=3;LEN=3;MLLD=314.266;QD=47.2921;RBI=0.0203014;REFB=-0.0225966;REVB=0.0197949;RO=3;SAF=68;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972862;STB=0.505172;STBP=0.454;TYPE=del;VARB=2.05173e-05;OID=.;OPOS=70713721;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977273:124:135:129:132:3:72:57:1:2:11:3:68:56:1:2 chr14 70827773 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7831;QD=62.0055;RBI=0.0187475;REFB=0;REVB=-0.00151203;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121444;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr14 70839389 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=311.447;QD=58.5878;RBI=0.015407;REFB=0;REVB=-0.00817524;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1417e-05;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:2:25:0:0:7:26:0:0 chr14 70924249 . A G 784.28 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.726;QD=64.023;RBI=0.0257388;REFB=0;REVB=0.025456;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114385;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:28:18:0:0:31:18:0:0 chr14 70924462 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00677719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.661;QD=18.1185;RBI=0.00916325;REFB=-0.00949245;REVB=-0.00616725;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.592487;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00681353;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:10:10:12:6:10:10 chr14 70924501 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.153;QD=59.0187;RBI=0.0197761;REFB=0;REVB=0.00469342;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014581;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 70924566 . CA GT 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882215;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.34;QD=53.9632;RBI=0.0245457;REFB=0;REVB=0.0229055;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000269018;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr14 70924852 . A C 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0106337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7194;QD=6.06099;RBI=0.0364089;REFB=-0.0179549;REVB=-0.0348215;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339633;STB=0.713926;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0571925;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:4:7:14:26:4:7:14:26 chr14 70924955 . A C 365.74 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.011916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.521;QD=13.6724;RBI=0.0333935;REFB=-0.0173288;REVB=0.0311951;RO=64;SAF=18;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103248;STB=0.558448;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0278167;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:25:18:33:31:25:18:33:31 chr14 70925257 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.295;QD=37.4885;RBI=0.0363442;REFB=0;REVB=0.0134814;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758517;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr14 70925665 . G A 154.69 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0030985;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.34;QD=12.3753;RBI=0.0267809;REFB=0.00102442;REVB=-0.026601;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527664;STB=0.530772;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00222858;OID=.;OPOS=70925665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:11:21:11:7:11:21 chr14 70925818 . T C 73.17 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.375;QD=36.5835;RBI=0.164424;REFB=0;REVB=0.00607186;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307759;OID=.;OPOS=70925818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chr14 70991650 . A C 192.71 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0199957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7979;QD=40.5712;RBI=0.195526;REFB=-0.0846947;REVB=0.194501;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.531215;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0217897;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:19:0:2:17:17:0.894737:2:15:0:0:2:15:2:0 chr14 71109153 . C G 743.16 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.308;QD=59.4529;RBI=0.0396244;REFB=-0.116977;REVB=0.0260063;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313349;STB=0.516122;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00165963;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:47:48:0.96:29:18:0:2:30:18:0:2 chr14 71139279 . G T 695.24 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0140554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.192;QD=21.5578;RBI=0.0141543;REFB=-0.0143348;REVB=0.00167032;RO=60;SAF=21;SAR=47;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078186;STB=0.501467;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0121301;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:61:68:68:0.527132:47:21:19:41:47:21:19:42 chr14 71199452 . G A 189.99 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.00568473;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.397;QD=13.3326;RBI=0.0150094;REFB=-0.0140392;REVB=-0.0138912;RO=27;SAF=18;SAR=5;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235471;STB=0.537352;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0206359;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:34:23:23:0.403509:5:18:25:2:5:18:28:6 chr14 71204973 . C T 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0228556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.535;QD=24.2743;RBI=0.0238606;REFB=-0.023022;REVB=0.00685225;RO=20;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840407;STB=0.55304;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0163544;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:11:20:15:5:11:20:16:5 chr14 71374702 . G A 3085.49 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179825;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3789;QD=61.4027;RBI=0.0528472;REFB=0;REVB=0.0496936;RO=0;SAF=106;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594645;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:201:0:0:199:201:1:93:106:0:0:93:108:0:0 chr14 71444642 . C T 187.61 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0173526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.3;QD=14.7142;RBI=0.020038;REFB=-0.0366252;REVB=0.0100205;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29331;STB=0.67376;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0191227;OID=.;OPOS=71444642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:21:8:12:9:22:8 chr14 71577480 . G A 257.75 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0368662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.599;QD=19.827;RBI=0.0370466;REFB=-0.0135106;REVB=0.0036512;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195774;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123278;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:14:13:11:13:14:13:12:13 chr14 71577898 . C G 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0191448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7854;QD=15.6447;RBI=0.0242328;REFB=-0.0278993;REVB=0.014856;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515473;STB=0.529385;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0282591;OID=.;OPOS=71577898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:13:16:11:11:13:16 chr14 71915415 . T G,TGTG 387.43 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,24;DP=29;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082794,-0.00707459;FXX=0.0344709;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=50.2151,250.999;QD=55.3471;RBI=0.0853525,0.00846374;REFB=0,0;REVB=-0.0207413,0.00464598;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0298694,0.00413351;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:28:0:0:3,24:2,26:0.0714286,0.928571:1,15:2,9:0:0:0,17:2,9:0:0 chr14 72055468 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.678;QD=57.5451;RBI=0.0232473;REFB=0;REVB=0.0226682;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88655e-05;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr14 72117156 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0363;QD=57.7086;RBI=0.0412381;REFB=0;REVB=0.028742;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7193e-06;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr14 73014061 . T C 137.05 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=55;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0475066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8244;QD=9.61719;RBI=0.0481958;REFB=-0.0101868;REVB=-0.00812118;RO=37;SAF=4;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39555;STB=0.715677;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0338832;OID=.;OPOS=73014061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:37:38:17:19:0.333333:13:4:21:16:14:5:22:16 chr14 73029383 . G A 509.88 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00784524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.981;QD=16.8554;RBI=0.0204735;REFB=-0.00361238;REVB=-0.0189107;RO=66;SAF=16;SAR=39;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161962;STB=0.590676;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00615156;OID=.;OPOS=73029383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:39:16:29:37:39:16:29:37 chr14 73079291 . G GA,GAA 442.09 PASS AF=0,1;AO=8,28;DP=38;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.237723,0.132732;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=24.9302,39.403;QD=49.1211;RBI=0.330737,0.175975;REFB=0,0;REVB=0.229945,0.115539;RO=2;SAF=3,10;SAR=5,18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218484,-0.0843372;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0228163,0.00911856;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,28:38:0,36:36:0:0,13:0,23:0:0:8:2:3,10:5,18:2:0 chr14 73240486 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.495;QD=42.1826;RBI=0.0664357;REFB=0;REVB=-0.0583165;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180106;OID=.;OPOS=73240486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr14 73358945 . A C 2357.87 PASS AF=0.99359;AO=156;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124556;FXX=0.0126574;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.585;QD=60.4583;RBI=0.0129541;REFB=-0.0441026;REVB=-0.00355885;RO=0;SAF=67;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53803e-08;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000871448;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:156:0:1:156:155:0.99359:89:67:0:0:89:66:1:0 chr14 73360819 . T TTGTC 605.51 PASS AF=0.830508;AO=48;DP=60;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00286912;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=4;MLLD=314.135;QD=41.0513;RBI=0.0248657;REFB=-0.0269335;REVB=0.0246996;RO=10;SAF=9;SAR=39;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656964;STB=0.504585;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.00482911;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.830508:48:60:49:59:10:9:40:2:8:58:10:9:39:2:8 chr14 73404752 . G C 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0104557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.683;QD=17.0335;RBI=0.0112503;REFB=-0.00908027;REVB=-0.00415309;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194092;STB=0.610988;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00858357;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:9:13:7:11:9:13 chr14 73422259 . C G 554.81 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00886285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.811;QD=24.9355;RBI=0.032464;REFB=-0.00170331;REVB=-0.0312307;RO=38;SAF=21;SAR=30;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151147;STB=0.582749;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.001469;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:30:21:23:15:30:21:23:15 chr14 73425462 . G A 316.04 PASS AF=0.56;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00465089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.108;QD=25.2835;RBI=0.00465091;REFB=-0.0383371;REVB=-1.21143e-05;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155694;STB=0.575231;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0172933;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:22:28:28:0.56:15:13:14:7:15:13:14:8 chr14 73429744 . GC CG,G 258.54 PASS AF=0,0.938776;AO=3,21;DP=46;FAO=0,46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=0,24;FSAR=0,22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0518126,-0.0966789;FXX=0.019996;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=43.2156,9.26111;QD=21.1052;RBI=0.071636,0.279058;REFB=0.0249417,-0.171463;REVB=-0.0494689,0.261776;RO=16;SAF=3,15;SAR=0,6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687676,0.321132;STB=0.5,0.508893;STBP=1,0.736;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.154386;OID=.,.;OPOS=73429744,73429745;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:46:49:16:3:3,21:0,46:0,0.938776:0,6:3,15:5:11:0,22:0,24:2:1 chr14 73440864 . C T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.02287e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.256;QD=63.2843;RBI=0.0521339;REFB=0;REVB=0.0521339;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161784;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr14 73448583 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0291675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6599;QD=12.6373;RBI=0.0301016;REFB=-0.0122948;REVB=-0.00744077;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209371;STB=0.639588;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0148307;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:9:4:10:10:9:4:11:10 chr14 73459917 . C T 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.69;QD=60.255;RBI=0.0306946;REFB=0;REVB=0.0284902;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52057e-05;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr14 73465003 . A G 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.003;QD=55.0447;RBI=0.0264559;REFB=0.0248417;REVB=0.00384145;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=7.90548e-05;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr14 73581011 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00495558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.602;QD=21.9446;RBI=0.0166903;REFB=-0.016716;REVB=0.0159376;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281484;STB=0.659786;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00829158;OID=.;OPOS=73581011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:5:7:4:12:5:7 chr14 73716774 . G A 447.7 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00924012;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1824;QD=21.0682;RBI=0.0299597;REFB=-0.0185072;REVB=0.0284991;RO=40;SAF=14;SAR=30;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290562;STB=0.655666;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0249827;OID=.;OPOS=73716774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:30:14:26:14:30:14:26:15 chr14 73727509 . T G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0160587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.725;QD=14.6583;RBI=0.0200666;REFB=-0.0150125;REVB=0.0120327;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864194;STB=0.549927;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0137093;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:4:13:9:4:4:13 chr14 73735366 . C T 469.77 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0143415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.54;QD=23.1983;RBI=0.0207968;REFB=-0.0141638;REVB=0.0150608;RO=35;SAF=17;SAR=28;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134575;STB=0.568497;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00622627;OID=.;OPOS=73735366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:36:45:45:0.555556:28:17:19:16:28:17:19:17 chr14 73957772 . A G 448.0 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7075;QD=57.8065;RBI=0.167022;REFB=0;REVB=0.15311;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00615084;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:12:14:0:0:17:14:0:0 chr14 73958375 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.825;QD=56.9383;RBI=0.00862636;REFB=0;REVB=-0.00180757;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48339e-05;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr14 73958812 . T C 887.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.715;QD=57.2345;RBI=0.0396749;REFB=0;REVB=0.0354089;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19171e-05;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:28:34:0:0 chr14 73963383 . T C 1338.59 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.232;QD=62.2601;RBI=0.0330245;REFB=0;REVB=0.0327749;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34875e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:83:86:1:42:41:0:0:44:42:0:0 chr14 73969610 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.372;QD=64.1538;RBI=0.0272649;REFB=0;REVB=-0.00509011;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71815e-05;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr14 73989859 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.481;QD=60.7161;RBI=0.0173851;REFB=0;REVB=-0.0129153;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31883e-06;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr14 74058832 . C T 435.79 PASS AF=0.96875;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.412;QD=54.4737;RBI=0.04464;REFB=0.318013;REVB=0.00788706;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.007132;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:25:31:0.96875:14:11:0:0:14:17:1:0 chr14 74061968 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.039;QD=61.336;RBI=0.0373392;REFB=0;REVB=0.0155556;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141238;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr14 74083846 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.838;QD=63.2855;RBI=0.034596;REFB=0;REVB=0.0244487;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295379;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr14 74168625 . G A 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0011171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.031;QD=9.46754;RBI=0.00449928;REFB=-0.00690888;REVB=0.00435839;RO=48;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079155;STB=0.561989;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0128397;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:48:50:23:23:0.315068:14:9:22:26:14:9:24:26 chr14 74196686 . T C 378.76 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0280634;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.987;QD=16.2907;RBI=0.0280822;REFB=-0.0166036;REVB=-0.00102606;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006621;STB=0.508881;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0179043;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:53:40:40:0.430108:19:21:28:26:19:21:27:26 chr14 74196844 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00934476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.507;QD=18.9665;RBI=0.00968953;REFB=-0.00161414;REVB=0.00256171;RO=25;SAF=3;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227558;STB=0.631092;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00137469;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:19:3:7:18:19:3:7:18 chr14 74203983 . T G 163.42 PASS AF=0.35;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00642131;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.094;QD=10.8946;RBI=0.0155016;REFB=-0.0101939;REVB=-0.0141091;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384509;STB=0.529384;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0184083;OID=.;OPOS=74203983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:39:21:21:0.35:12:9:15:23:12:9:15:24 chr14 74206481 . T C 199.63 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00463251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9612;QD=19.9627;RBI=0.0352159;REFB=-0.00579353;REVB=-0.0349099;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442434;STB=0.524975;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0073309;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:9:11:10:10:9:11 chr14 74324807 . G A 263.4 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0606866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6226;QD=17.5597;RBI=0.0608147;REFB=0.00968578;REVB=-0.00394579;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22143;STB=0.624326;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00863059;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:10:19:13:18:10:19:13:18 chr14 74340797 . A T 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00379973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7982;QD=10.5625;RBI=0.00943362;REFB=-0.00651115;REVB=0.00863453;RO=49;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345484;STB=0.699849;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0208882;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:9:16:16:33:9:16:16:33 chr14 74404756 . T C 141.41 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0470613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.823;QD=21.7555;RBI=0.0475718;REFB=-0.00732218;REVB=-0.00695022;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149138;STB=0.543983;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00421896;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:9:11:15:15:0.576923:7:8:5:4:7:8:7:4 chr14 74489735 . G A 1573.45 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0212093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.995;QD=58.8205;RBI=0.0252373;REFB=-0.00431301;REVB=0.013678;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978482;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=7.27675e-05;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:58:48:1:0:58:48:1:0 chr14 74514674 . A T 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.152;QD=60.8825;RBI=0.0303818;REFB=0;REVB=-0.0188373;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37873e-06;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr14 74522352 . G A 540.67 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.00714926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.966;QD=16.5091;RBI=0.0134041;REFB=-0.000311788;REVB=-0.0113383;RO=72;SAF=37;SAR=21;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260007;STB=0.641401;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000424829;OID=.;OPOS=74522352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:73:58:58:0.442748:21:37:27:45:21:37:28:45 chr14 74523998 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0161445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.812;QD=17.7162;RBI=0.0214061;REFB=0.00100016;REVB=0.0140561;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195159;STB=0.608267;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000638792;OID=.;OPOS=74523998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:21:16:10:32:21:16:10:32 chr14 74539323 . AAC A,AA,AAA 373.46 PASS AF=0.0714286,0.928571,0;AO=5,13,19;DP=38;FAO=2,26,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14,0;FSAR=1,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587062,0.00284823,0.000953944;FXX=0.0344709;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=208.705,210.326,206.08;QD=53.3519;RBI=0.0694624,0.0691242,0.0671555;REFB=0,0,0;REVB=-0.0692139,-0.0690655,-0.0671488;RO=1;SAF=4,8,8;SAR=1,5,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0951258,-0.0533084,-0.0540538;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000628276,-0.00393344,-0.0237085;OID=.,.,.;OPOS=74539324,74539325,74539325;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571,0:5,13,19:38:2,26,0:28:0:1,14,0:1,12,0:0:0:16:1:4,8,8:1,5,11:1:0 chr14 74759006 . C T 385.22 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0431047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.411;QD=23.3468;RBI=0.0483432;REFB=0.0129759;REVB=-0.0218872;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170345;STB=0.593602;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00473688;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:22:16:18:10:22:16:18:10 chr14 74759301 . G T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00209099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.479;QD=9.56883;RBI=0.0806989;REFB=-0.0020472;REVB=0.0806718;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00943386;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:8:7:4:4:8:7 chr14 74759477 . C T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0309383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6722;QD=16.1951;RBI=0.0342769;REFB=-0.00439337;REVB=0.0147556;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182236;STB=0.505491;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00568879;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:46:36:36:0.439024:20:16:19:22:20:16:20:26 chr14 74766352 . A G 492.2 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0213939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2778;QD=22.63;RBI=0.0221433;REFB=-0.0217218;REVB=0.00571183;RO=40;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533171;STB=0.533319;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0130494;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:27:19:19:21:28:19:19:21 chr14 74876181 . T G 638.84 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00218674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2552;QD=16.2762;RBI=0.0520689;REFB=-0.0213351;REVB=-0.052023;RO=87;SAF=35;SAR=35;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400451;STB=0.522287;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0296982;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:87:87:70:70:0.44586:35:35:40:47:35:35:40:47 chr14 74991855 . A G 89.46 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00729658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.468;QD=15.5576;RBI=0.0221576;REFB=-0.0209312;REVB=0.0209218;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0207207;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr14 74994011 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0113855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.604;QD=15.2925;RBI=0.0114349;REFB=-0.0437176;REVB=-0.00106163;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0579963;OID=.;OPOS=74994011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chr14 75019002 . C T 2790.22 PASS AF=1;AO=143;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.311;QD=62.7015;RBI=0.0333902;REFB=0;REVB=0.0323415;RO=0;SAF=54;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61848e-05;OID=.;OPOS=75019002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:143:178:1:89:54:0:0:123:55:0:0 chr14 75022271 . G T 920.21 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7032;QD=58.426;RBI=0.0632558;REFB=0;REVB=-0.0129818;RO=0;SAF=55;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501976;OID=.;OPOS=75022271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:7:55:0:0:7:56:0:0 chr14 75129825 . CA C 31.84 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.065762;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.1393;QD=5.30638;RBI=0.143708;REFB=-0.0442623;REVB=0.127779;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403073;STB=0.777058;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=0.0674652;OID=.;OPOS=75129826;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:7:24:7:24:17:5:2:5:12:31:15:5:2:5:10 chr14 75179734 . C G 437.98 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0971209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1079;QD=19.0426;RBI=0.0972409;REFB=0.00493199;REVB=-0.00482905;RO=48;SAF=15;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970139;STB=0.554115;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00412839;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:29:15:21:27:29:15:21:27 chr14 75200809 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00287157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.561;QD=21.2931;RBI=0.00289868;REFB=0.00346996;REVB=0.000395486;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280236;STB=0.656133;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00302194;OID=.;OPOS=75200809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:11:14:6:19:11:14:6:19 chr14 75279395 . T A 907.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264584;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.516;QD=58.5235;RBI=0.0365268;REFB=0;REVB=0.0251826;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240577;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr14 75279461 . G A 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0138542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.594;QD=12.4135;RBI=0.0250467;REFB=0.00428828;REVB=-0.0208662;RO=58;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122468;STB=0.507038;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00538906;OID=.;OPOS=75279461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:18:15:27:31:18:15:27:31 chr14 75359670 . G A 402.5 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0194958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.824;QD=19.3975;RBI=0.0195136;REFB=-0.0076492;REVB=0.000833203;RO=41;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631763;STB=0.533565;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00589455;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:42:40:41:0.493976:26:14:17:24:26:15:18:24 chr14 75373245 . A G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00161271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.815;QD=12.785;RBI=0.0540929;REFB=-0.0123944;REVB=-0.0540689;RO=43;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333506;STB=0.691505;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0200412;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:8:19:17:26:8:19:17:26 chr14 75373475 . T C 287.52 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0129751;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.955;QD=18.2553;RBI=0.0130119;REFB=-0.00022471;REVB=-0.000976974;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101816;STB=0.55671;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=4.7992e-05;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:10:22:18:13:10:22 chr14 75386576 . G A 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0316679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.462;QD=18.9038;RBI=0.0388133;REFB=-0.0332591;REVB=0.0224414;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289156;STB=0.659923;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0379843;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:22:17:31:10:22:17:31:10 chr14 75388183 . C T 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.037783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.592;QD=19.7;RBI=0.0382234;REFB=-0.0113565;REVB=0.00578577;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0138379;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:8:8:8:9:8:8 chr14 75412908 . A G 1270.31 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481403;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.957;QD=61.9662;RBI=0.025744;REFB=0;REVB=-0.0252899;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112562;OID=.;OPOS=75412908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:49:33:0:0 chr14 75483812 . T C 1629.5 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0152629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.084;QD=58.1964;RBI=0.0376183;REFB=-0.054981;REVB=0.0343829;RO=1;SAF=46;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102074;STB=0.501326;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00138253;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:109:110:0.982143:63:46:1:0:63:47:1:1 chr14 75513534 . G A 730.15 PASS AF=0.659574;AO=61;DP=93;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0111193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.278;QD=31.0704;RBI=0.0134084;REFB=-0.0139122;REVB=-0.0074931;RO=32;SAF=27;SAR=34;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764701;STB=0.543464;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00774755;OID=.;OPOS=75513534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:32:32:61:62:0.659574:34:27:18:14:35:27:18:14 chr14 75513883 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.273;QD=58.7808;RBI=0.0516438;REFB=0;REVB=0.0479229;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267546;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr14 75537381 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0043993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.727;QD=8.06781;RBI=0.00985498;REFB=0.00269934;REVB=-0.00881854;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092208;STB=0.505694;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00593177;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:7:5:14:19:7:5:14:19 chr14 75538217 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1616;QD=43.4846;RBI=0.024002;REFB=0;REVB=-0.0143846;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193296;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr14 75544470 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.115;QD=51.9167;RBI=0.0190718;REFB=0;REVB=-0.0090638;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2236e-05;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 75574087 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.784;QD=57.7119;RBI=0.0272569;REFB=0;REVB=0.0259401;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7818e-05;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr14 75590822 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.574;QD=60.5467;RBI=0.0465629;REFB=0;REVB=0.00797215;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294773;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr14 75600697 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.279;QD=57.2026;RBI=0.0127712;REFB=0;REVB=-0.00620622;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16557e-05;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr14 75745753 . CCGGG CCGGC,CCGG,CGG 1135.66 PASS AF=0,1,0;AO=6,50,18;DP=108;FAO=0,106,0;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46,0;FSAR=0,60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.240657,-0.149315,-0.0977788;FXX=0.0185168;HRUN=4,4,2;LEN=1,1,2;MLLD=116.092,14.8986,8.36865;QD=42.8551;RBI=0.243404,0.238747,0.127965;REFB=0,0,0;REVB=-0.0364659,0.186294,-0.0825485;RO=11;SAF=6,20,0;SAR=0,30,18;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.827439,0.111223,-0.816398;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.000742683,0;OID=.,.,.;OPOS=75745757,75745755,75745754;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCGGC,CCGG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,50,18:108:0,106,0:106:0:0,46,0:0,60,0:0:0:6:11:6,20,0:0,30,18:1:10 chr14 75758885 . A G,T 790.22 PASS AF=0.96,0.04;AO=47,2;DP=49;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383905,-0.00192577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.8807,48.4468;QD=63.2174;RBI=0.0384307,0.0142287;REFB=0,0;REVB=-0.00175657,-0.0140978;RO=0;SAF=28,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00100913,0.169164;OID=.,.;OPOS=75758885,75758885;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:50:0:0:47,2:48,2:0.96,0.04:19,0:28,2:0:0:20,0:28,2:0:0 chr14 75937022 . G A 136.78 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00654816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.76;QD=18.2369;RBI=0.0116253;REFB=-0.0178679;REVB=-0.00960572;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175824;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:14:15:0.5:5:9:9:5:5:10:10:5 chr14 76045362 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.113;QD=61.684;RBI=0.0106096;REFB=0;REVB=0.00875229;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62446e-06;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr14 76045858 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.927;QD=51.1846;RBI=0.0237575;REFB=0;REVB=0.0212561;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259459;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 76045963 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0701;QD=51.9156;RBI=0.0461046;REFB=0;REVB=-0.0190313;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146032;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 76156609 . C T 866.33 PASS AF=0.983871;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.606;QD=55.8925;RBI=0.118272;REFB=0.0573645;REVB=0.117779;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000193988;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:62:1:1:55:61:0.983871:27:28:1:0:30:31:1:0 chr14 76175565 . C A 848.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115999;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.006;QD=56.5773;RBI=0.0201346;REFB=0;REVB=-0.0164574;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05281e-06;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr14 76175594 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.501;QD=56.9569;RBI=0.0382579;REFB=0;REVB=0.0276815;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118537;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr14 76224153 . T A 1342.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000101333;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.115;QD=62.4334;RBI=0.0907623;REFB=0;REVB=0.0907622;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166882;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr14 76368544 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.332;QD=57.5452;RBI=0.0417204;REFB=0;REVB=0.0380047;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94416e-05;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr14 76619167 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000426033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.99;QD=57.2025;RBI=0.0181672;REFB=0;REVB=0.0181622;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01625e-05;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr14 76638358 . A G 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0197267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.934;QD=12.1101;RBI=0.0299471;REFB=-0.0101433;REVB=-0.0225319;RO=55;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271564;STB=0.656648;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0157426;OID=.;OPOS=76638358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:10:21:24:31:10:21:24:31 chr14 76662446 . C T 1116.57 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.69;QD=60.3554;RBI=0.00867111;REFB=0;REVB=-0.00762891;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09322e-05;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr14 76777257 . C T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00243267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1923;QD=32.3498;RBI=0.0333623;REFB=-0.00501105;REVB=0.0332735;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221917;STB=0.624759;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00211661;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:8:3:2:0:8:3:2:0 chr14 76905777 . C A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0103112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.827;QD=13.8303;RBI=0.0224259;REFB=-0.00732472;REVB=-0.0199149;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459943;STB=0.533607;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0107346;OID=.;OPOS=76905777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:13:14:18:20:13:14:18:21 chr14 76957887 . T C 1530.02 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2597;QD=63.7509;RBI=0.00839833;REFB=0;REVB=-0.00214842;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52787e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:46:50:0:0 chr14 77236380 . C T 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.981;QD=62.0197;RBI=0.0397395;REFB=-0.0142308;REVB=0.0310078;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000310651;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:51:42:0:0:51:42:1:0 chr14 77239567 . A G 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0010599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.39;QD=21.0496;RBI=0.00247555;REFB=-0.00367961;REVB=0.00223718;RO=31;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233556;STB=0.512928;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00342717;OID=.;OPOS=77239567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:13:23:19:12:13:23:19:12 chr14 77245286 . C T 819.04 PASS AF=0.425234;AO=91;DP=214;FAO=91;FDP=214;FR=.;FRO=123;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.0153456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0123;QD=15.3092;RBI=0.0157775;REFB=-0.0258963;REVB=-0.00366633;RO=122;SAF=37;SAR=54;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720663;STB=0.538122;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0382989;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:122:123:91:91:0.425234:54:37:58:64:54:37:58:65 chr14 77269788 . A C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0054687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.128;QD=18.6423;RBI=0.00769484;REFB=-0.0154195;REVB=0.0054133;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292336;STB=0.666502;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0178203;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:14:10:15:6:14:10 chr14 77293072 . C A 133.96 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000743745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.228;QD=26.7918;RBI=0.0134238;REFB=-0.0504459;REVB=0.0134032;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216875;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0247453;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:7:6:3:3:8:6:3:3 chr14 77294703 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0224054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.312;QD=14.702;RBI=0.0240644;REFB=-0.0185103;REVB=-0.00878049;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153102;STB=0.5881;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0169537;OID=.;OPOS=77294703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:12:3:4:8:12:3 chr14 77294876 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00437849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.962;QD=16.6614;RBI=0.041248;REFB=-0.0144659;REVB=0.0410149;RO=32;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423939;STB=0.523793;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0139835;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:20:8:8:24:20:8:8:24 chr14 77294950 . C T 442.02 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00586369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8162;QD=31.0188;RBI=0.0275933;REFB=0.0595091;REVB=0.0269631;RO=17;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581527;STB=0.53154;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0202085;OID=.;OPOS=77294950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:17:23:8:9:17:23:8:9 chr14 77297673 . C T 446.82 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00526949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3325;QD=21.0267;RBI=0.0602567;REFB=-0.0369037;REVB=0.0600258;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117086;STB=0.563637;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0474977;OID=.;OPOS=77297673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:43:44:0.517647:23:20:24:16:23:21:25:16 chr14 77332367 . C T 1161.15 PASS AF=0.951807;AO=71;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0132879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.203;QD=55.9592;RBI=0.0234413;REFB=-0.097019;REVB=0.0193113;RO=0;SAF=17;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64951e-08;STB=0.517853;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0012495;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:0:4:71:79:0.951807:54:17:0:0:54:25:0:4 chr14 77336521 . G A 467.88 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0279131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.643;QD=49.2505;RBI=0.0282308;REFB=-0.0885049;REVB=0.00422348;RO=3;SAF=18;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717646;STB=0.549971;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00530393;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:3:4:34:34:0.894737:16:18:3:0:16:18:4:0 chr14 77492891 . G A 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00116216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.12;QD=16.6863;RBI=0.00266601;REFB=-0.00556837;REVB=0.00239938;RO=51;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13041;STB=0.573296;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00797327;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:16:24:24:27:16:24:24:27 chr14 77494484 . G C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0342806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.228;QD=14.2618;RBI=0.036353;REFB=-0.0256618;REVB=-0.0120988;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465822;STB=0.526994;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0332296;OID=.;OPOS=77494484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:8:16:10:6:8:16 chr14 77494557 . C T 436.38 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-9.64248e-05;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3639;QD=18.769;RBI=0.0572547;REFB=-0.0237983;REVB=0.0572546;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142521;STB=0.571952;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0237703;OID=.;OPOS=77494557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:43:44:0.473118:19:24:20:29:20:24:20:29 chr14 77494682 . G A 530.73 PASS AF=0.520408;AO=49;DP=96;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0539524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2042;QD=21.6626;RBI=0.0998499;REFB=-0.010121;REVB=0.0840187;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115814;STB=0.510609;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0126666;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:47:47:49:51:0.520408:23:26:25:22:25:26:25:22 chr14 77691753 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00907419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.211;QD=7.04803;RBI=0.0104738;REFB=-0.00545884;REVB=0.00523069;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295682;STB=0.685043;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0140334;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:14:8:5:3:14:8 chr14 77697967 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.357;QD=59.1428;RBI=0.0199978;REFB=0;REVB=-0.00797485;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43921e-05;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr14 77703057 . A G 286.46 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.518;QD=52.0843;RBI=0.0291413;REFB=0;REVB=0.00991252;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145274;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr14 77723259 . G C 265.38 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00402106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.734;QD=27.2182;RBI=0.00506221;REFB=-0.0332352;REVB=0.00307523;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695422;STB=0.53843;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0146109;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:12:12:9:6:12:12:9:6 chr14 77745193 . A C 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0274777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.432;QD=58.4208;RBI=0.053043;REFB=-0.107158;REVB=-0.045371;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171927;STB=0.509088;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000729389;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:45:27:1:0:45:27:1:0 chr14 77746112 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0523594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6799;QD=16.1205;RBI=0.0531238;REFB=-0.0171467;REVB=-0.00897931;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245037;STB=0.66637;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0379955;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:3:9:6:6:3:9:6:7 chr14 77746812 . T C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0528272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.706;QD=15.4189;RBI=0.0587228;REFB=-0.0083168;REVB=0.0256448;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063165;STB=0.535692;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0125549;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:21:21:14:18:21:21 chr14 77751925 . C T 1163.4 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9726;QD=60.4362;RBI=0.0828548;REFB=0;REVB=0.0664393;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103426;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:42:35:0:0 chr14 77786863 . C A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0410847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.556;QD=16.5356;RBI=0.0411079;REFB=-0.0259169;REVB=-0.00138105;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279934;STB=0.658378;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0216187;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:5:18:9:9:5:18 chr14 77793207 . G A 446.14 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00526919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.441;QD=20.7505;RBI=0.0223106;REFB=-0.0060419;REVB=0.0216795;RO=42;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192575;STB=0.501066;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00454726;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:20:24:23:19:20:24:23:19 chr14 77794283 . T C 2159.66 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8376;QD=63.0557;RBI=0.0448002;REFB=0;REVB=-0.0273992;RO=0;SAF=77;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95559e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:60:77:0:0:60:77:0:0 chr14 77796641 . G A 307.42 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0203789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9609;QD=13.3663;RBI=0.0516179;REFB=0.000263831;REVB=0.0474247;RO=56;SAF=11;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940122;STB=0.561174;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000883947;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:24:11:22:34:24:11:23:34 chr14 77926011 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0981947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0275;QD=57.1041;RBI=0.107752;REFB=0;REVB=-0.0443666;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017199;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr14 77928525 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.409;QD=58.9627;RBI=0.0259297;REFB=0;REVB=0.0029859;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157145;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr14 77935520 . G A 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.074308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.893;QD=59.356;RBI=0.0747654;REFB=-0.0892439;REVB=0.00825778;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000886212;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:45:32:0:0:45:32:1:0 chr14 77951124 . C T 906.05 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190764;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.134;QD=58.4551;RBI=0.019077;REFB=0;REVB=0.000152608;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07434e-05;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr14 77976325 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.264;QD=59.4347;RBI=0.0651958;REFB=0;REVB=-0.0636514;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202789;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr14 77987958 . C A 714.97 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00380607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.677;QD=60.8488;RBI=0.00601206;REFB=-0.108401;REVB=-0.00465389;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00101892;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:30:15:0:1:30:16:0:1 chr14 78028803 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.292;QD=60.9786;RBI=0.0379569;REFB=0;REVB=0.0244801;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261177;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr14 78174473 . A C 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9559;QD=62.9072;RBI=0.0291459;REFB=0;REVB=-0.0210275;RO=0;SAF=22;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26819e-06;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:68:22:0:0:68:22:0:0 chr14 78184566 . C A 324.23 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00356377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.652;QD=20.918;RBI=0.0036653;REFB=-0.00706395;REVB=0.000856693;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337403;STB=0.524257;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00468316;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:19:14:13:15:20:14:13:15 chr14 78197365 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0108783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.015;QD=15.9168;RBI=0.011775;REFB=-0.0251485;REVB=0.004507;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0210067;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr14 78287414 . T C 523.07 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00557555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.021;QD=26.4846;RBI=0.0115801;REFB=-0.0210931;REVB=-0.0101495;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705751;STB=0.538446;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0113536;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:28:20:10:21:28:20:10:21 chr14 78366967 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0252246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.184;QD=12.3964;RBI=0.158311;REFB=0.00295433;REVB=-0.156289;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0267663;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr14 78710044 . G A 349.67 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0165103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.346;QD=27.9737;RBI=0.047737;REFB=-0.0259922;REVB=0.044791;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160428;STB=0.58802;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0213546;OID=.;OPOS=78710044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:14:16:15:5:14:16:15:5 chr14 79454519 . G C 518.46 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0389301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3364;QD=18.0333;RBI=0.0390954;REFB=-0.0162569;REVB=0.003592;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398734;STB=0.522116;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0107453;OID=.;OPOS=79454519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:28:27:32:28:28:27:32:28 chr14 80669580 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.474;QD=59.5017;RBI=0.0375155;REFB=0;REVB=0.0263246;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131389;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr14 80963383 . A AGC 1280.77 PASS AF=0.976744;AO=79;DP=101;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0216192;FXX=0.0652103;HRUN=0;LEN=2;MLLD=301.309;QD=59.5707;RBI=0.0239955;REFB=-0.0401958;REVB=-0.0104112;RO=17;SAF=40;SAR=39;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468237;STB=0.511361;STBP=0.228;TYPE=ins;VARB=0.000262439;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.976744:79:101:84:86:2:41:43:0:2:4:17:40:39:11:6 chr14 81251255 . T C 217.64 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0157476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.222;QD=22.9096;RBI=0.0160989;REFB=-0.0158353;REVB=0.00334483;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0141267;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:9:8:10:11:9:8 chr14 81360958 . C T 84.9 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00173381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.109;QD=24.2577;RBI=0.0149546;REFB=-0.0283504;REVB=-0.0148538;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212429;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0244156;OID=.;OPOS=81360958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:14:4:4:9:10:0.714286:7:2:1:3:7:3:1:3 chr14 81562998 . T C 460.85 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0278617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5744;QD=17.2282;RBI=0.0281817;REFB=0.00853647;REVB=0.00423477;RO=56;SAF=25;SAR=25;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135979;STB=0.570066;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00690716;OID=.;OPOS=81562998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:25:25:20:36:25:25:21:36 chr14 81610583 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5856;QD=57.6806;RBI=0.0386235;REFB=0;REVB=0.0203592;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123902;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 81737076 . A C 1556.38 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2551;QD=59.8607;RBI=0.0537961;REFB=0;REVB=0.0448141;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455243;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr14 81744736 . A G 1008.34 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.755;QD=59.3142;RBI=0.0688676;REFB=0;REVB=0.0688563;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070998;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:31:35:0:0:32:36:0:0 chr14 85995032 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0160571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.824;QD=16.5273;RBI=0.0177052;REFB=-0.00301414;REVB=-0.00745949;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205896;STB=0.511619;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00305651;OID=.;OPOS=85995032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:11:18:15:10:11:18 chr14 86088056 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.852;QD=57.8849;RBI=0.0233165;REFB=0;REVB=-0.00281785;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61207e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr14 86088125 . G A 162.46 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00762683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.449;QD=19.6921;RBI=0.0100794;REFB=-0.0188761;REVB=-0.00658989;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0216812;OID=.;OPOS=86088125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr14 86089253 . C T 293.22 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0327835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.221;QD=12.4774;RBI=0.0335326;REFB=-0.00218027;REVB=-0.0070485;RO=60;SAF=13;SAR=21;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018547;STB=0.510646;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0032349;OID=.;OPOS=86089253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:21:13:22:38:21:13:22:38 chr14 86091242 . C T 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00303946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.084;QD=22.4802;RBI=0.00473722;REFB=-0.00114314;REVB=0.00363358;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491549;STB=0.527072;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000900334;OID=.;OPOS=86091242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:14:17:19:20:14:17 chr14 86091415 . G A 659.93 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6238;QD=59.994;RBI=0.0593018;REFB=-0.140363;REVB=-0.0583786;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00239987;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:0:1:43:43:0.977273:24:19:0:0:24:19:0:1 chr14 86091910 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00452662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165;QD=13.486;RBI=0.00461955;REFB=-0.00671397;REVB=0.000921927;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0133409;OID=.;OPOS=86091910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr14 86092246 . A G 1183.48 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00443585;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4127;QD=59.9232;RBI=0.0493275;REFB=-0.0435975;REVB=0.0491276;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00163919;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:79:0:1:78:78:0.987342:46:32:0:0:46:32:0:1 chr14 86093344 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.113;QD=58.6001;RBI=0.033043;REFB=0;REVB=0.0318059;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148358;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr14 86093378 . C T 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00512826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.219;QD=21.9192;RBI=0.0149159;REFB=-0.0122014;REVB=0.0140066;RO=29;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114363;STB=0.563105;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00588023;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:20:16:17:12:20:16:17:12 chr14 86093385 . T C 280.21 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0248578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.018;QD=16.7292;RBI=0.0261212;REFB=0.00486294;REVB=0.00802526;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130478;STB=0.573312;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00676035;OID=.;OPOS=86093385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:16:20:13:18:16:20 chr14 86093422 . G T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00118627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.802;QD=18.1915;RBI=0.00401125;REFB=0.00937103;REVB=0.00383183;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790903;STB=0.544147;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00979162;OID=.;OPOS=86093422;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:18:22:21:24:18:22:21:24 chr14 86093921 . T TAC 35.39 PASS AF=0.352941;AO=3;DP=22;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00141071;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.839;QD=8.32688;RBI=0.0826041;REFB=-0.00889733;REVB=0.082592;RO=19;SAF=0;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.675248;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=ins;VARB=0.0479335;OID=.;OPOS=86093922;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:3:22:6:17:11:3:3:7:4:35:19:0:3:13:6 chr14 86093969 . C T 190.63 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00767126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.27;QD=21.1813;RBI=0.00882515;REFB=-0.0127347;REVB=0.00436292;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573328;STB=0.521716;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0132442;OID=.;OPOS=86093969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:12:7:6:10:12:7:7:10 chr14 86094035 . G A 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0313585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.356;QD=13.0134;RBI=0.0351314;REFB=0.00704898;REVB=0.0158385;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410768;STB=0.523786;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0100441;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:14:18:12:8:14:18 chr14 86094573 . C T 527.06 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000353193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.141;QD=21.9607;RBI=0.00973211;REFB=-0.00537042;REVB=0.0097257;RO=46;SAF=28;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145277;STB=0.508014;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00576062;OID=.;OPOS=86094573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:22:28:25:21:22:28:25:21 chr14 88400449 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.658;QD=63.5829;RBI=0.0323594;REFB=0;REVB=0.0284006;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326224;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr14 88400486 . A G,T 662.95 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=40,3;DP=43;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000753451,-0.0140815;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.121,66.1639;QD=61.6697;RBI=0.0455512,0.0353679;REFB=0,0;REVB=-0.0455449,-0.0324438;RO=0;SAF=19,2;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17587e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0124613,0.0799773;OID=.,.;OPOS=88400486,88400486;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:0:0:40,3:42,1:0.976744,0.0232558:21,1:19,2:0:0:21,1:21,0:0:0 chr14 88401213 . T C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2521;QD=56.9545;RBI=0.0860157;REFB=0;REVB=0.0789312;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582301;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr14 88407875 . T A 1415.57 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.145;QD=62.9142;RBI=0.0361819;REFB=0;REVB=0.00618227;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76715e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:45:43:0:0:45:45:0:0 chr14 88411947 . T C 2018.13 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308911;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.012;QD=61.6224;RBI=0.0323022;REFB=0.0248877;REVB=0.00944292;RO=1;SAF=72;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655515;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=1.67028e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:1:1:129:130:0.992366:57:72:1:0:58:72:1:0 chr14 88431898 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0246663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.969;QD=16.5351;RBI=0.035084;REFB=0.00618446;REVB=-0.0249491;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526057;STB=0.530268;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00941358;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:6:17:14:4:6:17 chr14 88431969 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0190808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.422;QD=11.4393;RBI=0.0210518;REFB=-0.00037095;REVB=-0.00889394;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000253143;OID=.;OPOS=88431969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:5:9:6:3:5:9 chr14 88453422 . AGGA AAGA,AG,AGA,AGAA 405.55 PASS AF=0.0789474,0,0.921053,0;AO=2,8,17,15;DP=46;FAO=3,0,35,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10,0;FSAR=3,0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123094,-0.010718,0.0423821,-0.00184128;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=6.51015,12.5646,14.7141,10.8854;QD=42.6898;RBI=0.145844,0.0807685,0.145761,0.0623906;REFB=0.0167939,-0.0108399,-0.0145988,-0.0193504;REVB=-0.078219,-0.0800542,-0.139464,-0.0623634;RO=1;SAF=0,2,3,5;SAR=2,6,14,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.174483,-0.129916,-0.0826301;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.033579,-0.140742,0.0123968,-0.076465;OID=.,.,.,.;OPOS=88453423,88453424,88453423,88453424;OREF=G,GA,G,G;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=AAGA,AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0789474,0,0.921053,0:2,8,17,15:46:3,0,35,0:38:0:0,0,10,0:3,0,25,0:0:0:9:1:0,2,3,5:2,6,14,10:1:0 chr14 88477413 . C T 1438.22 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0403897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6505;QD=61.859;RBI=0.0404326;REFB=0.0887662;REVB=-0.00186093;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957612;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000268586;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:49:42:0:1:50:42:0:1 chr14 88651826 . A AAC,C 332.22 PASS AF=0.530303,0;AO=21,4;DP=102;FAO=35,0;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=25,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0564241,0.0160528;FXX=0.0571347;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=113.853,84.8732;QD=20.1345;RBI=0.0575086,0.0234254;REFB=-0.0828416,-0.0796774;REVB=0.0111158,0.0170604;RO=63;SAF=19,3;SAR=2,1;SRF=20;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.68984,0.401758;STB=0.64806,0.5;STBP=0.017,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0697598,0;OID=.,.;OPOS=88651827,88651826;OREF=-,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:66:63:31:21,4:35,0:0.530303,0:2,1:19,3:20:43:10,0:25,0:13:18 chr14 88652389 . C T 1099.92 PASS AF=0.474576;AO=112;DP=236;FAO=112;FDP=236;FR=.;FRO=124;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.00806467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.711;QD=18.6428;RBI=0.0301263;REFB=-0.0271794;REVB=-0.0290268;RO=124;SAF=67;SAR=45;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409868;STB=0.522617;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0248447;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:124:124:112:112:0.474576:45:67:69:55:45:67:69:55 chr14 88693725 . G C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0290932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9987;QD=12.1198;RBI=0.0310252;REFB=-0.00910114;REVB=-0.0107773;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275621;STB=0.659651;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0258647;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:7:16:17:21:7:16:17:21 chr14 88792816 . T G 1249.41 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037871;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.218;QD=61.699;RBI=0.00857945;REFB=0;REVB=0.00769837;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42993e-05;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr14 88852279 . TG T,TT 1192.93 PASS AF=1,0;AO=76,3;DP=82;FAO=82,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501168,-0.00750265;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=27.0168,5.63465;QD=58.1916;RBI=0.0686352,0.028811;REFB=0,0;REVB=-0.0468944,-0.027817;RO=0;SAF=52,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.16397e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00170206,0.00499615;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:76,3:82:82,0:82:0:53,0:29,0:0:0:7:0:52,0:24,3:0:0 chr14 88862529 . G A 600.08 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7322;QD=60.0082;RBI=0.0694607;REFB=0;REVB=-0.0614189;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277218;OID=.;OPOS=88862529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:19:20:1:0:19:21:0:0 chr14 88935925 . A G 2547.86 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.442;QD=61.7662;RBI=0.0127218;REFB=0;REVB=0.000651726;RO=0;SAF=88;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60587e-06;OID=.;OPOS=88935925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:77:88:0:0:77:88:0:0 chr14 88938652 . A G 1825.52 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.02;QD=60.3479;RBI=0.0354019;REFB=-0.0521479;REVB=0.0291443;RO=1;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693438;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000212936;OID=.;OPOS=88938652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:68:51:0:1:68:52:0:1 chr14 88945903 . G A 69.77 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00605385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.222;QD=17.4435;RBI=0.0320464;REFB=-0.0232437;REVB=0.0314694;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0671854;OID=.;OPOS=88945903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr14 88946622 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.421;QD=42.1772;RBI=0.113114;REFB=0;REVB=0.1121;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00765306;OID=.;OPOS=88946622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 89037483 . T A 200.8 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.047706;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=55.2048;QD=14.3429;RBI=0.0491767;REFB=-0.0326557;REVB=0.0119369;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413258;STB=0.733993;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0149743;OID=.;OPOS=89037483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:30:31:23:25:0.446429:16:7:22:8:18:7:22:9 chr14 89088266 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.317;QD=47.8224;RBI=0.0429098;REFB=0;REVB=0.0399384;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557896;OID=.;OPOS=89088266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr14 89094243 . G C 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6957;QD=62.6702;RBI=0.00742303;REFB=0;REVB=0.00735431;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111585;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr14 89205265 . T C 1519.74 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00140096;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0999;QD=62.6697;RBI=0.0331947;REFB=0.0308006;REVB=-0.0331652;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903306;STB=0.504761;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00144131;OID=.;OPOS=89205265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:52:44:0:1:52:44:0:1 chr14 89306550 . T C 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.528;QD=63.0525;RBI=0.0187034;REFB=0;REVB=-0.0140545;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62546e-06;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr14 89306572 . T G 891.53 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.885;QD=56.6052;RBI=0.0257369;REFB=-0.084929;REVB=0.0143595;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056125;OID=.;OPOS=89306572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr14 89343992 . G A 1110.66 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.673;QD=60.0358;RBI=0.0113859;REFB=0;REVB=0.0042074;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7327e-05;OID=.;OPOS=89343992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:26:46:0:0:26:48:0:0 chr14 89445481 . C T 1147.13 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141194;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.01;QD=59.5913;RBI=0.0375972;REFB=0.00253358;REVB=0.0348452;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00134073;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:1:0:41:35:1:0 chr14 89750819 . A G 254.25 PASS AF=0.432836;AO=30;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00516827;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.442;QD=15.179;RBI=0.0170073;REFB=-0.0167286;REVB=0.016203;RO=38;SAF=21;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018422;STB=0.527619;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0228345;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:30:29:0.432836:9:21:26:12:8:21:26:12 chr14 89867978 . T C 1511.58 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00927202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.074;QD=57.5841;RBI=0.00987676;REFB=-0.10349;REVB=0.00340292;RO=2;SAF=43;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306389;STB=0.505746;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00166282;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:2:1:103:104:0.990476:60:43:1:1:61:43:1:0 chr14 90095445 . T C 542.95 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221638;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.403;QD=60.3277;RBI=0.0226043;REFB=0;REVB=-0.00444068;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047522;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr14 90178913 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.832;QD=51.1846;RBI=0.0327288;REFB=0;REVB=0.0226277;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473716;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr14 90178934 . C T 327.72 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223512;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.713;QD=54.6204;RBI=0.0176684;REFB=0;REVB=-0.0175264;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132553;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr14 90341494 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00851955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0846;QD=12.5457;RBI=0.0464222;REFB=-0.00211912;REVB=-0.0456337;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193209;STB=0.611561;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00202628;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:18:8:20:22:18:8:20:22 chr14 90390968 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.761;QD=43.4862;RBI=0.0369052;REFB=0;REVB=0.032898;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210576;OID=.;OPOS=90390968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 90398907 . G A 1509.24 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.392;QD=59.7719;RBI=0.0087247;REFB=0;REVB=-0.00570797;RO=0;SAF=29;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0826e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62236e-06;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:71:29:0:0:71:30:0:0 chr14 90650624 . A C 299.32 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00715189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0359;QD=23.9456;RBI=0.00784315;REFB=-0.0236124;REVB=-0.00321953;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447282;STB=0.524869;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0172199;OID=.;OPOS=90650624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:9:14:15:12:9:14 chr14 90730071 . C T 1494.52 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217688;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.875;QD=63.5966;RBI=0.0419891;REFB=0;REVB=0.0359055;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239039;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:55:39:0:0 chr14 90770380 . T TGTCTGGCTGTGC 215.14 PASS AF=0.283019;AO=28;DP=127;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0265516;FXX=0.158718;HRUN=1;LEN=12;MLLD=277.698;QD=8.11845;RBI=0.0271265;REFB=-0.0124858;REVB=-0.00555514;RO=90;SAF=15;SAR=13;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249912;STB=0.542685;STBP=0.592;TYPE=ins;VARB=0.0287862;OID=.;OPOS=90770381;OREF=-;OALT=GTCTGGCTGTGC;OMAPALT=TGTCTGGCTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:28:127:30:106:76:16:14:36:40:99:90:15:13:50:40 chr14 90871316 . A T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0337621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0661;QD=13.0885;RBI=0.0338796;REFB=0.00172821;REVB=-0.00281966;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929258;STB=0.554075;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00256398;OID=.;OPOS=90871316;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:8:19:10:6:8:19 chr14 91123575 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.764;QD=53.2771;RBI=0.0470004;REFB=0;REVB=-0.0465213;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533065;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr14 91161862 . C T 2302.24 PASS AF=0.408293;AO=255;DP=625;FAO=256;FDP=627;FR=.;FRO=371;FSAF=122;FSAR=134;FSRF=191;FSRR=180;FWDB=-0.00712598;FXX=0.00159233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.779;QD=14.6873;RBI=0.00789364;REFB=-0.01401;REVB=-0.00339557;RO=369;SAF=122;SAR=133;SRF=191;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415777;STB=0.52264;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0190258;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:625:627:369:371:255:256:0.408293:133:122:191:178:134:122:191:180 chr14 91165572 . G A 1171.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146;QD=60.8563;RBI=0.0143341;REFB=0;REVB=0.0123867;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41147e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:51:25:0:0:52:25:0:0 chr14 91316481 . A G 264.03 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0152856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6152;QD=15.3063;RBI=0.0196875;REFB=-0.011552;REVB=-0.0124076;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122525;STB=0.569185;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0151559;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:14:16:16:23:14:16:16:23 chr14 91316521 . T C 265.33 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00842097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.526;QD=17.9882;RBI=0.00858724;REFB=-0.00777457;REVB=0.00168167;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145697;STB=0.561278;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00711446;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:28:29:0.491525:11:17:13:16:12:17:14:16 chr14 91413794 . G A 544.19 PASS AF=0.40411;AO=60;DP=147;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.00490948;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8773;QD=14.9093;RBI=0.0149549;REFB=-0.0084565;REVB=0.0141261;RO=84;SAF=41;SAR=19;SRF=25;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39049;STB=0.707094;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102802;OID=.;OPOS=91413794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:84:87:60:59:0.40411:19:41:25:59:19:40:28:59 chr14 91671124 . G A 197.99 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0375928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7744;QD=11.1545;RBI=0.0635178;REFB=0.00513523;REVB=0.0511985;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894001;STB=0.557778;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00711931;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:13:12:18:27:13:12:18:28 chr14 91700846 . G A 491.1 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0192197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=19.8422;RBI=0.106201;REFB=-0.00973856;REVB=0.104447;RO=51;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310374;STB=0.517234;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0073426;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:27:21:24:27:27:21:24:27 chr14 91717214 . C T 381.0 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00480312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.158;QD=14.3772;RBI=0.00771822;REFB=-0.00480699;REVB=0.0060416;RO=62;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903064;STB=0.550875;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00853471;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:21:23:27:35:21:23:27:35 chr14 91739081 . A G 415.0 PASS AF=0.389313;AO=45;DP=125;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00864588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.467;QD=12.6719;RBI=0.0414458;REFB=-0.01535;REVB=0.040534;RO=78;SAF=39;SAR=6;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417452;STB=0.637468;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0245375;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:78:80:45:51:0.389313:6:39:46:32:12:39:46:34 chr14 91751788 . TCCCCCT TCCCC,TCCCCT 129.81 PASS AF=0,0.613636;AO=7,19;DP=45;FAO=0,27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=0,16;FSAR=0,11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0160266,0.0034216;FXX=0.0222173;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=146.184,11.9715;QD=11.8011;RBI=0.016128,0.0466671;REFB=0.00452297,0.0066842;REVB=0.00180583,0.0465415;RO=17;SAF=7,9;SAR=0,10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804201,0.204108;STB=0.5,0.614273;STBP=1,0.057;TYPE=del,del;VARB=0,0.0376917;OID=.,.;OPOS=91751793,91751789;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.613636:7,19:45:0,27:44:17:0,16:0,11:5:12:68:17:7,9:0,10:4:13 chr14 91773494 . G A 414.24 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00247927;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.069;QD=18.829;RBI=0.00841947;REFB=-0.0247405;REVB=0.00804616;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149085;STB=0.508302;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0263924;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:18:24:27:19:18:24:27:19 chr14 91773568 . T C 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.018239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.273;QD=17.331;RBI=0.0191111;REFB=0.00335167;REVB=0.00570699;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023134;STB=0.512953;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00394548;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:28:22:19:22:28:22 chr14 91883499 . G A 761.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.415;QD=63.4871;RBI=0.055218;REFB=0;REVB=0.0123228;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244457;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:38:10:0:0:38:10:0:0 chr14 91942087 . AG A 355.16 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151232;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.078;QD=54.6405;RBI=0.016283;REFB=0;REVB=-0.0060355;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00064912;OID=.;OPOS=91942088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:27:26:26:0:14:12:0:0:4:0:13:12:0:0 chr14 92040793 . C G 2320.12 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.98562e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7632;QD=61.0558;RBI=0.0236848;REFB=0;REVB=0.0236847;RO=0;SAF=86;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86443e-05;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:65:86:0:0:65:87:0:0 chr14 92084004 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0906;QD=62.9828;RBI=0.0149398;REFB=0;REVB=0.0045354;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136474;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr14 92088016 . G A 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.766;QD=61.3724;RBI=0.0331128;REFB=0;REVB=-0.0311344;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88691e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr14 92181404 . C CA 602.3 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825195;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.8234;QD=45.4566;RBI=0.0831792;REFB=0;REVB=0.0104552;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00728827;OID=.;OPOS=92181405;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:53:53:0:23:30:0:0:4:47:5:1:18:29 chr14 92181405 . G A 600.37 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0129589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.932;QD=45.3111;RBI=0.0130121;REFB=-0.0306863;REVB=0.00117603;RO=6;SAF=18;SAR=29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098409;STB=0.552587;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00174728;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:29:18:5:1:29:18:5:1 chr14 92249126 . G A 1791.65 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.333;QD=60.2234;RBI=0.0320377;REFB=0;REVB=0.026152;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661968;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:119:0:0:110:119:1:62:48:0:0:65:54:0:0 chr14 92251587 . A G 630.74 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00898415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.304;QD=19.4073;RBI=0.0131746;REFB=-0.005691;REVB=-0.00963616;RO=64;SAF=39;SAR=25;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440976;STB=0.533571;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00611405;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:64:66:64:64:0.492308:25:39:36:28:25:39:36:30 chr14 92268615 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.988;QD=57.8849;RBI=0.0353516;REFB=0;REVB=0.0104316;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167881;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr14 92344300 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0249318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5456;QD=27.3836;RBI=0.029587;REFB=0.0430414;REVB=0.015931;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0116425;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:2:1:7:3:2:1 chr14 92347680 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0544579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5897;QD=19.8256;RBI=0.0678343;REFB=0.0221194;REVB=0.0404454;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095988;STB=0.505356;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.015343;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:9:16:17:10:9:16 chr14 92441066 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00417702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.568;QD=11.8449;RBI=0.0110594;REFB=-0.00635882;REVB=-0.0102402;RO=45;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299651;STB=0.672596;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00975806;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:9:17:17:28:9:17:17:28 chr14 92530513 . C T 249.81 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00199515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.971;QD=16.654;RBI=0.0114066;REFB=-0.0107951;REVB=0.0112308;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862073;STB=0.504851;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0100467;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:14:18:16:12:14:18 chr14 92537223 . G T 288.44 PASS AF=0.34;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0173596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2906;QD=11.5376;RBI=0.0479734;REFB=-0.0149037;REVB=0.0447223;RO=64;SAF=12;SAR=22;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118662;STB=0.570328;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0329259;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:64:66:34:34:0.34:22:12:29:35:22:12:30:36 chr14 92537354 . C G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0191908;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.283;QD=13.5151;RBI=0.0196132;REFB=-0.0111486;REVB=0.00404838;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0179383;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:42:28:28:0.4:14:14:19:19:14:14:20:22 chr14 92537379 . T C 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0388253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.666;QD=9.37468;RBI=0.0445928;REFB=-0.0192245;REVB=-0.0219343;RO=38;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437519;STB=0.736593;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0474209;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:38:41:19:19:0.316667:5:14:13:25:5:14:16:25 chr14 92537387 . TT GC 59.03 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00578509;FXX=0.039208;HRUN=4;LEN=2;MLLD=203.358;QD=4.81859;RBI=0.0229332;REFB=-0.00766765;REVB=-0.0221915;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495846;STB=0.822877;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.058959;OID=.;OPOS=92537387;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:49:40:40:9:9:0.183673:2:7:14:26:2:7:14:26 chr14 92537940 . CA AC,CAA,C 73.29 PASS AF=0,0,0.380952;AO=3,7,23;DP=67;FAO=0,0,24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00216785,-0.220023,0.22084;FXX=0.0596926;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=78.0032,10.3992,8.34126;QD=4.65314;RBI=0.136536,0.237985,0.239806;REFB=0.00574374,0.0338347,-0.0320097;REVB=-0.136519,0.0907022,-0.09347;RO=19;SAF=1,7,3;SAR=2,0,20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.209932,0.732551,-0.437427;STB=0.5,0.5,0.821293;STBP=1,1,0;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0,0.0194395,0.189994;OID=.,.,.;OPOS=92537940,92537941,92537941;OREF=CA,-,A;OALT=AC,A,-;OMAPALT=AC,CAA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:79:67:63:19:39:3,7,23:0,0,24:0,0,0.380952:2,0,20:1,7,3:10:9:0,0,21:0,0,3:22:17 chr14 92548785 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0366012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6105;QD=17.0702;RBI=0.0368713;REFB=-0.0109776;REVB=0.00445493;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233451;STB=0.631078;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0157807;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:11:20:14:21:11:20:14:21 chr14 92549586 . G A 365.6 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0182562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.656;QD=21.506;RBI=0.023035;REFB=-0.00967189;REVB=0.0140471;RO=31;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110883;STB=0.56588;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0131391;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:36:37:0.544118:15:21:14:17:15:22:14:17 chr14 92559678 . G C 368.62 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.047428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.618;QD=19.401;RBI=0.0474284;REFB=-0.00617212;REVB=0.000182369;RO=38;SAF=10;SAR=27;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133026;STB=0.578469;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00568634;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:27:10:15:23:28:10:15:23 chr14 92588002 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.339;QD=50.4133;RBI=0.052938;REFB=0;REVB=0.0120833;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837134;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr14 92792255 . G A 771.38 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291294;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4012;QD=57.1396;RBI=0.0292343;REFB=0;REVB=0.00247403;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301326;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr14 92909073 . T C 962.87 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890758;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.493;QD=58.3556;RBI=0.100412;REFB=0;REVB=0.100016;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098254;OID=.;OPOS=92909073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:28:36:0:0:30:36:0:0 chr14 92920371 . C T 2354.1 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.872;QD=63.1974;RBI=0.0298941;REFB=0.0303454;REVB=0.0177141;RO=1;SAF=66;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583576;STB=0.503067;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.03472e-05;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:147:148:0.993289:81:66:0:1:81:67:0:1 chr14 92959216 . G A 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00779864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.573;QD=15.1108;RBI=0.0159297;REFB=-0.0112821;REVB=-0.0138902;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142316;STB=0.580257;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0264361;OID=.;OPOS=92959216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:13:25:15:14:13:25 chr14 93118198 . C T 140.11 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0269567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.467;QD=20.7572;RBI=0.0364141;REFB=-0.0146663;REVB=0.0244811;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753894;STB=0.531209;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0121545;OID=.;OPOS=93118198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:10:12:15:15:0.555556:9:6:3:7:9:6:4:8 chr14 93118669 . G A 143.33 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0142062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.89;QD=17.3735;RBI=0.0294903;REFB=0.016627;REVB=0.025843;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833065;STB=0.556889;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00648505;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:5:11:9:6:5:11:10:7 chr14 93118674 . G A 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00231104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.091;QD=18.6385;RBI=0.0139342;REFB=-0.0222454;REVB=-0.0137413;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151806;STB=0.564438;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0127226;OID=.;OPOS=93118674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:7:9:11:4:7:9:11:5 chr14 93178191 . A G 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.492;QD=62.0052;RBI=0.0275246;REFB=0;REVB=0.00693563;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144831;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr14 93183718 . C T 889.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1053;QD=56.4866;RBI=0.00629005;REFB=-0.123838;REVB=0.00110021;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294072;OID=.;OPOS=93183718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:63:1:0:61:63:1:25:36:1:0:25:38:0:0 chr14 93199080 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.05;QD=62.0172;RBI=0.0179185;REFB=0;REVB=-0.013182;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37157e-06;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr14 93276654 . T C 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0235297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.939;QD=4.85454;RBI=0.0266021;REFB=0.00164142;REVB=-0.0124106;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855974;STB=0.557213;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00574588;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:14:14:4:3:14:14 chr14 93398031 . G C 190.71 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0219952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.082;QD=15.2565;RBI=0.0230013;REFB=-0.022133;REVB=-0.00672826;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314876;STB=0.677674;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0308452;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:5:25:11:9:5:25 chr14 93399169 . G A 728.39 PASS AF=0.48;AO=71;DP=149;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00785216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8398;QD=19.4238;RBI=0.0852212;REFB=-0.00520372;REVB=0.0848587;RO=78;SAF=37;SAR=34;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286188;STB=0.519475;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00652871;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:78:78:71:72:0.48:34:37:43:35:35:37:43:35 chr14 93401178 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.099;QD=47.8223;RBI=0.0604165;REFB=0;REVB=0.00853574;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220797;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr14 93407062 . A G 285.24 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00631459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.789;QD=15.4185;RBI=0.00872475;REFB=-0.0185934;REVB=-0.00602056;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315685;STB=0.517846;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0305973;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:20:12:17:25:20:12:17:25 chr14 93407134 . C T 250.54 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.013749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7723;QD=14.5243;RBI=0.0189158;REFB=-0.00422436;REVB=-0.0129912;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237726;STB=0.634487;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00718153;OID=.;OPOS=93407134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:14:26:12:17:14:26 chr14 93407301 . C A 516.74 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00321367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.509;QD=27.9319;RBI=0.016416;REFB=-0.00391452;REVB=0.0160984;RO=27;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146622;STB=0.579726;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00249038;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:26:21:18:9:26:21:18:9 chr14 93693831 . C T 363.17 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=56;FWDB=0.0112551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6204;QD=12.3109;RBI=0.0637452;REFB=-0.00827459;REVB=0.0627437;RO=74;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286039;STB=0.660951;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0139419;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:22:22:18:56:22:22:18:56 chr14 93943998 . G A 495.67 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00449562;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.66;QD=16.2514;RBI=0.0350793;REFB=-0.00903492;REVB=-0.03479;RO=67;SAF=19;SAR=35;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145202;STB=0.58588;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0154119;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:68:54:54:0.442623:35:19:33:34:35:19:34:34 chr14 93994954 . G A 580.42 PASS AF=0.416107;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.00455771;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0712;QD=15.5816;RBI=0.0115205;REFB=0.00212226;REVB=-0.0105806;RO=86;SAF=25;SAR=37;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984917;STB=0.550317;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00271605;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:86:87:62:62:0.416107:37:25:27:59:37:25:28:59 chr14 94007075 . C T 279.24 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0122237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.835;QD=11.7573;RBI=0.0125109;REFB=-0.00176386;REVB=-0.00266509;RO=62;SAF=11;SAR=22;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159646;STB=0.592535;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00418135;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:22:11:29:33:22:11:29:33 chr14 94245652 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0160403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.159;QD=12.0157;RBI=0.028021;REFB=-0.0136784;REVB=-0.0229757;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00719945;OID=.;OPOS=94245652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr14 94391699 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.068;QD=58.1419;RBI=0.0300186;REFB=0;REVB=-0.0094593;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124047;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr14 94395314 . TGGGGGCA TGGGGCA,TGGGGCAG,TGGGGCCA 163.8 PASS AF=0.407407,0.203704,0;AO=11,6,2;DP=54;FAO=22,11,0;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=5,11,0;FSAR=17,0,0;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.195535,0.052064,-0.12744;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=9.37285,95.4217,24.1054;QD=12.1337;RBI=0.21811,0.0572548,0.13031;REFB=-0.214112,-0.0218166,-0.10958;REVB=-0.0966319,-0.0238212,-0.0272017;RO=17;SAF=2,6,2;SAR=9,0,0;SRF=2;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0.423729,0,0;SSSB=0.122387,0.826431,0.745913;STB=0.526293,0.999148,0.5;STBP=0.822,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.198403,0.123587,0;OID=.,.,.;OPOS=94395315,94395319,94395319;OREF=G,GCA,G;OALT=-,CAG,C;OMAPALT=TGGGGCA,TGGGGCAG,TGGGGCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.203704,0:11,6,2:54:22,11,0:54:21:5,11,0:17,0,0:4:17:96:17:2,6,2:9,0,0:2:15 chr14 94405871 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.9;QD=37.4885;RBI=0.0266839;REFB=0;REVB=0.026216;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190452;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 94410275 . CA C 220.51 PASS AF=0.372881;AO=43;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.056962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.4398;QD=7.47487;RBI=0.119958;REFB=0.0585961;REVB=0.105572;RO=71;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850019;STB=0.557274;STBP=0.355;TYPE=del;VARB=-0.0845005;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372881:43:118:44:118:74:20:24:27:47:99:71:19:24:26:45 chr14 94417421 . G A 2532.4 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147657;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.334;QD=61.7658;RBI=0.029041;REFB=0;REVB=0.0250071;RO=0;SAF=71;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77946e-05;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:93:71:0:0:93:71:0:0 chr14 94417541 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.447;QD=60.976;RBI=0.0236847;REFB=0;REVB=0.017171;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267801;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr14 94417586 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.879;QD=57.6798;RBI=0.0655513;REFB=0;REVB=0.0521763;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119411;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr14 94467549 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.492;QD=63.2868;RBI=0.0285489;REFB=0;REVB=0.0279133;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65157e-05;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr14 94564035 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3489;QD=62.9815;RBI=0.0080674;REFB=0;REVB=0.00419063;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89204e-05;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr14 94756450 . T A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00235168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.067;QD=56.2117;RBI=0.0110809;REFB=0.0330621;REVB=0.0108285;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=3.21108e-05;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:24:37:0:0:24:37:1:0 chr14 94756750 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.671;QD=63.1948;RBI=0.025672;REFB=0;REVB=-0.00253351;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50632e-05;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr14 94756794 . T C 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.503;QD=61.0458;RBI=0.0270983;REFB=0;REVB=0.0146389;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329162;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr14 94776221 . A C 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.657;QD=63.7972;RBI=0.024221;REFB=0;REVB=0.0236734;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75182e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:85:60:0:0:85:60:0:0 chr14 94847285 . A G 455.71 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=147;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=-0.0235532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.51;QD=12.4003;RBI=0.0280134;REFB=-0.00912637;REVB=-0.0151655;RO=93;SAF=20;SAR=33;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400486;STB=0.518042;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0150007;OID=.;OPOS=94847285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:93:94:53:53:0.360544:33:20:32:61:33:20:33:61 chr14 94912799 . G A 616.18 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00570417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.394;QD=18.9595;RBI=0.0188968;REFB=-0.0148568;REVB=0.0180153;RO=67;SAF=31;SAR=32;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273843;STB=0.515147;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0169908;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:32:31:31:36:32:31:31:36 chr14 94912896 . T G 474.79 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0327353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.076;QD=21.5812;RBI=0.0332189;REFB=0.0010976;REVB=-0.00564757;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289959;STB=0.510381;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00131091;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:24:22:21:20:24:22:21:21 chr14 94929541 . G A 322.8 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00309341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.558;QD=11.7381;RBI=0.0410228;REFB=-0.00985549;REVB=-0.040906;RO=69;SAF=24;SAR=16;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232483;STB=0.509429;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0141845;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:16:24:40:29:16:24:41:29 chr14 94931105 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00792238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.255;QD=13.7477;RBI=0.00978941;REFB=0.00955961;REVB=-0.00575052;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108098;STB=0.501741;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0122552;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:18:13:9:13:19:13 chr14 94933709 . C T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.01022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.673;QD=7.79846;RBI=0.0102215;REFB=-0.00641237;REVB=0.000172772;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482003;STB=0.798019;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0200563;OID=.;OPOS=94933709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:8:15:2:7:8:15 chr14 95029852 . G T 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0622906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2847;QD=11.6165;RBI=0.074371;REFB=-4.10204e-05;REVB=0.0406317;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119253;STB=0.569647;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00070142;OID=.;OPOS=95029852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:8:11:16:18:8:11:16:18 chr14 95080803 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4951;QD=35.5747;RBI=0.0517312;REFB=0;REVB=-0.00562994;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474512;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr14 95090124 . CAA C 183.54 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0184904;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=40.7581;QD=12.6577;RBI=0.0229903;REFB=-0.00706746;REVB=-0.0136624;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223314;STB=0.622554;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0087347;OID=.;OPOS=95090125;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465517:27:58:27:58:31:15:12:10:21:99:29:15:12:9:20 chr14 95555205 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6032;QD=58.6003;RBI=0.0441688;REFB=0;REVB=0.0413375;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280102;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr14 95786115 . C T 572.78 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0208709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.116;QD=26.0356;RBI=0.0210126;REFB=-0.0175815;REVB=-0.00243576;RO=36;SAF=31;SAR=21;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176026;STB=0.596117;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0175705;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:21:31:13:23:21:31:13:23 chr14 95903307 . TAGA T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0267557;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.036;QD=19.7636;RBI=0.0499045;REFB=-0.00286882;REVB=-0.042126;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258384;STB=0.643683;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.00440277;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514706:35:68:35:68:33:12:23:21:12:99:31:12:23:20:11 chr14 95906023 . G A 166.18 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.066521;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.98;QD=11.4605;RBI=0.0682632;REFB=-0.0146036;REVB=0.0153238;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662365;STB=0.551733;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0215688;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:37:21:21:0.362069:13:8:12:20:13:8:17:20 chr14 95906321 . G A 738.08 PASS AF=0.399061;AO=85;DP=213;FAO=85;FDP=213;FR=.;FRO=128;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=99;FWDB=-0.00654751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.499;QD=13.8606;RBI=0.00818576;REFB=-0.0130862;REVB=0.00491291;RO=128;SAF=31;SAR=54;SRF=29;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169101;STB=0.594117;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0194874;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:128:128:85:85:0.399061:54:31:29:99:54:31:29:99 chr14 95910933 . T C 115.16 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0244856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8643;QD=10.7126;RBI=0.025141;REFB=-0.00294071;REVB=0.00570312;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225815;STB=0.513494;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00863605;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:13:16:8:6:13:16 chr14 95918625 . T C 258.32 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0149864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.449;QD=13.9634;RBI=0.0233665;REFB=-0.00312004;REVB=-0.0179276;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849193;STB=0.548238;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00434404;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:17:27:16:14:17:27 chr14 95921741 . C T 368.81 PASS AF=0.631579;AO=34;DP=55;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0169186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.134;QD=25.8815;RBI=0.0177697;REFB=-0.0194043;REVB=-0.00543357;RO=21;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176919;STB=0.581351;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0147467;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:21:21:34:36:0.631579:20:14:14:7:20:16:14:7 chr14 95923670 . A C 219.89 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0349256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.376;QD=17.9506;RBI=0.0351087;REFB=-0.0139118;REVB=0.00358036;RO=27;SAF=3;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242;STB=0.593314;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0166515;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:18:3:8:19:18:4:8:19 chr14 95983975 . G A 470.56 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00697694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.961;QD=26.1421;RBI=0.0197127;REFB=-0.0173226;REVB=-0.0184367;RO=28;SAF=15;SAR=28;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887733;STB=0.541314;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0118123;OID=.;OPOS=95983975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:28:43:44:0.611111:28:15:13:15:28:16:13:15 chr14 95999709 . G C 298.3 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0214227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4247;QD=29.83;RBI=0.0303189;REFB=-0.0469856;REVB=-0.0214547;RO=14;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091089;STB=0.549962;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0164672;OID=.;OPOS=95999709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:15:11:4:10:15:11:4:10 chr14 95999820 . T C 465.05 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00641882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.032;QD=19.5813;RBI=0.0159918;REFB=-0.00910986;REVB=-0.014647;RO=48;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391516;STB=0.526978;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00676446;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:46:46:0.484211:22:24:23:25:22:24:23:26 chr14 96129955 . A C 59.25 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00685726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0991;QD=15.801;RBI=0.0132475;REFB=-0.106811;REVB=-0.0113347;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0876918;OID=.;OPOS=96129955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr14 96131432 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2828;QD=62.3507;RBI=0.0279882;REFB=0;REVB=0.00100789;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390731;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr14 96136794 . A G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0105601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.113;QD=9.4951;RBI=0.0216812;REFB=-0.00879542;REVB=-0.0189357;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289569;STB=0.674818;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0285742;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:9:15:4:7:9:15 chr14 96157187 . G A 341.62 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0240949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.694;QD=23.5602;RBI=0.0256083;REFB=-0.00326708;REVB=0.00867286;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205521;STB=0.599945;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00304427;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:24:34:34:0.586207:19:15:4:19:19:15:5:19 chr14 96157679 . T A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00523058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.609;QD=11.4258;RBI=0.0115478;REFB=-0.00502379;REVB=0.0102952;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281721;STB=0.516392;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00999599;OID=.;OPOS=96157679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:22:15:8:13:22:15 chr14 96556914 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.524;QD=61.5363;RBI=0.0473872;REFB=0;REVB=0.0368419;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168707;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr14 96557121 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.095;QD=63.2866;RBI=0.0305397;REFB=0;REVB=-0.0237308;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39422e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr14 96557873 . G T 157.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00337615;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.903;QD=10.8503;RBI=0.00567212;REFB=-0.0101199;REVB=-0.00455791;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372801;STB=0.536806;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0233989;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:38:20:20:0.344828:11:9:15:21:11:9:15:23 chr14 96558235 . T C 133.67 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=0.0496918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.87;QD=9.38007;RBI=0.0577004;REFB=-0.0165998;REVB=0.0293269;RO=39;SAF=13;SAR=5;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154963;STB=0.590461;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0397251;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:5:13:32:7:5:13:32:7 chr14 96558595 . C T 237.1 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000685765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.86;QD=19.7585;RBI=0.0162742;REFB=-0.00940276;REVB=-0.0162597;RO=25;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281955;STB=0.661532;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0184508;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:19:4:10:15:19:4:10:15 chr14 96558694 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0203536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.942;QD=22.3224;RBI=0.0227392;REFB=-0.0155025;REVB=-0.0101392;RO=23;SAF=5;SAR=25;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676908;STB=0.537608;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0148302;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:25:5:5:18:25:5:5:18 chr14 96558881 . C G 1047.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345499;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.602;QD=59.8507;RBI=0.0035293;REFB=0;REVB=0.000720413;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08008e-06;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr14 96559250 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00705094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.108;QD=20.3167;RBI=0.00802869;REFB=-0.00451204;REVB=-0.0038398;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130094;STB=0.573061;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00454058;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:13:5:8:11:13:5 chr14 96559459 . C A 367.26 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0172908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.168;QD=19.0783;RBI=0.0183634;REFB=-0.0152519;REVB=0.0061841;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034301;STB=0.519074;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0152748;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:21:17:16:23:21:17:16:23 chr14 96559723 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00346591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.193;QD=17.0704;RBI=0.00791395;REFB=-0.0148652;REVB=-0.00711464;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14366;STB=0.580593;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0107156;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:20:15:18:13:20:15 chr14 96559732 . G C 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.016981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3762;QD=16.9227;RBI=0.0172634;REFB=-0.0349114;REVB=0.00310994;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173058;STB=0.597043;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0317158;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:13:21:13:17:13:21 chr14 96559791 . C T 171.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0208319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.98;QD=17.5612;RBI=0.024044;REFB=-0.00536339;REVB=0.0120062;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172961;STB=0.598743;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00897174;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:12:9:11:7:12:9 chr14 96560083 . A T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00292732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.139;QD=20.543;RBI=0.00350094;REFB=-0.00939381;REVB=-0.00192026;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17649;STB=0.597512;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00699242;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:18:21:12:24:18:21:12:24 chr14 96560092 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00930695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9496;QD=19.2741;RBI=0.0163266;REFB=0.00340394;REVB=-0.0134141;RO=37;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203369;STB=0.613434;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00311893;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:25:12:20:17:25:12:20:17 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 683.44 PASS AF=0.700935;AO=64;DP=84;FAO=75;FDP=107;FR=.;FRO=32;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0235462;FXX=0.0854628;HRUN=4;LEN=9;MLLD=266.532;QD=25.5491;RBI=0.044806;REFB=-0.0394595;REVB=0.0381202;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.51361;STBP=0.673;TYPE=del;VARB=0.0121371;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.700935:64:84:75:107:32:46:29:21:11:99:0:39:25:0:0 chr14 96707457 . A G 187.94 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0142417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8578;QD=20.3173;RBI=0.0577444;REFB=-0.0121524;REVB=-0.0559607;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359949;STB=0.70392;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00600013;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:6:12:5:14:6:12 chr14 96708582 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0308278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.347;QD=22.6786;RBI=0.053967;REFB=-0.0361053;REVB=0.0442954;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0218762;OID=.;OPOS=96708582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:3:2:5:5:3:2 chr14 96708667 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.039495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.525;QD=12.2166;RBI=0.0427296;REFB=-0.00639168;REVB=-0.0163084;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873334;STB=0.551653;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00774441;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:16:11:5:10:16:11 chr14 96708782 . A T 461.36 PASS AF=0.517241;AO=43;DP=85;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00676705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.474;QD=21.2122;RBI=0.0140085;REFB=-0.0217414;REVB=0.0122656;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307419;STB=0.526055;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0206912;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:42:42:43:45:0.517241:25:18:19:23:27:18:19:23 chr14 96709359 . A AC 186.71 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0233878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6705;QD=15.8898;RBI=0.0420917;REFB=-0.0357252;REVB=0.034996;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065659;STB=0.548138;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.0418322;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574468:26:49:27:47:20:11:16:6:14:99:23:11:15:8:15 chr14 96710381 . T G 563.01 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0249754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.759;QD=21.0472;RBI=0.0268735;REFB=-0.0146333;REVB=-0.00992044;RO=50;SAF=32;SAR=25;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184208;STB=0.510126;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0123453;OID=.;OPOS=96710381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:25:32:27:23:25:32:27:23 chr14 96730142 . A G 740.84 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00261486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.858;QD=21.0168;RBI=0.0327896;REFB=-0.00768403;REVB=-0.0326852;RO=68;SAF=35;SAR=37;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039783;STB=0.525166;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00497442;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:68:69:72:72:0.510638:37:35:30:38:37:35:30:39 chr14 96751010 . T C 557.5 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0214273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.005;QD=28.2279;RBI=0.0217637;REFB=-0.0307848;REVB=-0.00381183;RO=27;SAF=20;SAR=30;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241119;STB=0.618044;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0124513;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:29:50:50:0.632911:30:20:21:6:30:20:21:8 chr14 96751968 . TAAAAAAT TAAAAATA 71.4 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=51;FAO=8;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0186534;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=56.594;QD=5.49211;RBI=0.0886159;REFB=-0.0368769;REVB=-0.0866304;RO=26;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580596;STB=0.649046;STBP=0.533;TYPE=mnp;VARB=0.0912781;OID=.;OPOS=96751974;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:6:51:8:52:35:7:1:27:8:40:26:6:0:25:1 chr14 96771959 . A G 451.75 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0513633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.45;QD=16.1341;RBI=0.0518357;REFB=-0.00264511;REVB=0.00698246;RO=62;SAF=17;SAR=33;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242075;STB=0.635483;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00259596;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:33:17:36:26:33:17:36:26 chr14 96777946 . C T 497.16 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0174366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.141;QD=23.6741;RBI=0.0174701;REFB=-0.0162747;REVB=0.00108154;RO=36;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328259;STB=0.508127;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0135058;OID=.;OPOS=96777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:25:22:17:19:25:22:18:19 chr14 96781912 . T C 458.65 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.048352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0707;QD=16.987;RBI=0.0489334;REFB=-0.00342544;REVB=-0.00752073;RO=58;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446373;STB=0.524877;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00467116;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:29:21:27:31:29:21:27:31 chr14 96784105 . T C 546.89 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00117718;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.043;QD=17.0902;RBI=0.0102057;REFB=-0.0150425;REVB=-0.0101376;RO=72;SAF=35;SAR=23;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131813;STB=0.580766;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0169539;OID=.;OPOS=96784105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:72:70:58:58:0.453125:23:35:34:38:23:35:32:38 chr14 96922752 . C G 1102.18 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132931;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.145;QD=60.3935;RBI=0.0541519;REFB=0;REVB=0.052495;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06253e-05;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr14 97104758 . A G 1415.41 PASS AF=0.98913;AO=75;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00463738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.455;QD=61.5397;RBI=0.127034;REFB=0.00378549;REVB=0.126949;RO=1;SAF=58;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270134;STB=0.508195;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000208302;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:1:1:75:91:0.98913:17:58:0:1:30:61:0:1 chr14 97321689 . C T 1413.85 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.014246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8609;QD=59.5304;RBI=0.0157171;REFB=-0.0930212;REVB=0.0066392;RO=3;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256071;STB=0.513511;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00263498;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:92:92:0.968421:54:38:0:3:54:38:0:3 chr14 98112541 . T G 1059.12 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=181;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.012103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.193;QD=23.406;RBI=0.012352;REFB=-0.00984934;REVB=0.00246769;RO=81;SAF=52;SAR=48;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112403;STB=0.561221;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00918565;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:81:81:100:100:0.552486:48:52:31:50:48:52:31:50 chr14 98435696 . T C 2793.1 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624194;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.402;QD=62.7663;RBI=0.0505872;REFB=0;REVB=0.0502007;RO=0;SAF=81;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.37985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05405e-05;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:178:0:0:178:178:1:97:81:0:0:97:81:0:0 chr14 98435723 . T G 909.09 PASS AF=0.467005;AO=92;DP=197;FAO=92;FDP=197;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.0113412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.435;QD=18.4587;RBI=0.0235592;REFB=-0.00519031;REVB=-0.0206498;RO=105;SAF=53;SAR=39;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151013;STB=0.58349;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00641892;OID=.;OPOS=98435723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:105:105:92:92:0.467005:39:53:44:61:39:53:44:61 chr14 98444369 . T C 1300.64 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928969;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.55;QD=61.9354;RBI=0.0187097;REFB=0;REVB=0.0162406;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132463;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr14 98817896 . T C 1495.62 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1717;QD=62.3177;RBI=0.0277313;REFB=-0.0717094;REVB=-0.0254307;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000928386;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:46:49:0:1:46:49:0:1 chr14 99642360 . C G 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0160022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3699;QD=46.3199;RBI=0.0280246;REFB=-0.0494163;REVB=0.0230066;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0129104;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:1:1:12:11:1:1 chr14 99876505 . A G 238.86 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.094;QD=50.2868;RBI=0.162463;REFB=0;REVB=0.16245;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143865;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:0:16:0:0:2:17:0:0 chr14 100049433 . C G 119.51 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00376784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3347;QD=13.6584;RBI=0.00887251;REFB=-0.0321311;REVB=-0.00803274;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154706;STB=0.589622;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0573203;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:15:6:6:8:15:6 chr14 100141689 . T C 758.37 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0062396;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.401;QD=61.9077;RBI=0.00634369;REFB=-0.0461945;REVB=-0.00114447;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00129202;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr14 100189287 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0236238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.249;QD=19.077;RBI=0.0242342;REFB=-0.0153989;REVB=0.00540499;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597812;STB=0.53327;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0157254;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:19:20:17:21:19:20 chr14 100375707 . C T 543.3 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00608345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.986;QD=15.3041;RBI=0.0246406;REFB=0.000827565;REVB=0.0238778;RO=83;SAF=35;SAR=24;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.565719;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00106314;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:59:59:0.415493:24:35:40:43:24:35:40:43 chr14 100380948 . T C 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00328587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.018;QD=22.482;RBI=0.00596646;REFB=-0.0129957;REVB=0.00498014;RO=38;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147267;STB=0.581255;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00927143;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:29:16:20:18:29:16:20:18 chr14 100411737 . C A 146.29 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0550418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4615;QD=16.7193;RBI=0.0622025;REFB=0.000657898;REVB=0.0289751;RO=19;SAF=14;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401873;STB=0.736486;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00194862;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:2:14:11:8:2:14:11:8 chr14 100411767 . C T 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0518323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.524;QD=10.8216;RBI=0.0519995;REFB=-0.0118788;REVB=-0.0041661;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378991;STB=0.716044;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.051074;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:22:23:12:12:0.342857:3:9:9:13:3:9:10:13 chr14 100411771 . T G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0328985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.767;QD=7.96581;RBI=0.0347799;REFB=0.0002893;REVB=0.0112842;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282484;STB=0.675777;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00205855;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:12:14:3:7:12:14 chr14 100411774 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.182;QD=59.018;RBI=0.0279213;REFB=0;REVB=0.00131462;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145677;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr14 100615665 . T C 2235.69 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.167;QD=63.4239;RBI=0.0270987;REFB=0;REVB=0.0228309;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21063e-05;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:74:67:0:0:74:67:0:0 chr14 100625902 . C T 779.71 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5244;QD=55.6934;RBI=0.0415091;REFB=0;REVB=0.0407982;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37193e-05;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:31:24:1:0:31:25:0:0 chr14 100728642 . TGA ATG,TG 55.21 PASS AF=0,0.48;AO=2,7;DP=26;FAO=0,12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0943055,0.188756;FXX=0.0384468;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=22.8864,10.4622;QD=8.83337;RBI=0.107073,0.200254;REFB=-0.0661869,-0.100584;REVB=0.0507061,0.0668792;RO=15;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583083,-0.185114;STB=0.5,0.519967;STBP=1,0.864;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.136484;OID=.,.;OPOS=100728642,100728644;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:26:25:15:13:2,7:0,12:0,0.48:2,4:0,3:9:6:0,6:0,6:7:6 chr14 100758854 . CG C 40.85 PASS AF=0.5;AO=6;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0081103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2643;QD=10.2115;RBI=0.168088;REFB=-0.110614;REVB=-0.167892;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.105745;OID=.;OPOS=100758855;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:16:8:16:8:3:5:2:6:39:8:3:3:2:6 chr14 100759046 . C A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0310822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.554;QD=6.54488;RBI=0.0385173;REFB=-0.0203404;REVB=-0.0227482;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048886;STB=0.531172;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0571517;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:11:13:4:4:11:13 chr14 100759277 . C T 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0129609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.568;QD=19.3419;RBI=0.0173735;REFB=-0.0242249;REVB=-0.0115696;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564181;STB=0.531155;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0293851;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:32:31:28:37:32:31:28:37 chr14 100792482 . C A 942.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451454;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.812;QD=58.9094;RBI=0.052934;REFB=0;REVB=0.0276388;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016593;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr14 100808845 . G A 1007.97 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.143;QD=59.2921;RBI=0.0530561;REFB=0;REVB=0.0414323;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205918;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr14 100832391 . T C 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.695;QD=58.5947;RBI=0.0480559;REFB=0;REVB=0.0200356;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197794;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr14 100847523 . T C 548.96 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00940358;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.316;QD=57.7855;RBI=0.0457536;REFB=-0.0440273;REVB=0.0447769;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0027676;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:0:1:25:12:0:1 chr14 100996312 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.867;QD=57.1062;RBI=0.0222251;REFB=0;REVB=-0.0162398;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58814e-06;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr14 101005215 . T C 743.14 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395021;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.305;QD=57.165;RBI=0.0837307;REFB=0;REVB=0.073827;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305078;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:47:52:1:30:17:0:0:35:17:0:0 chr14 101005236 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.448;QD=61.684;RBI=0.011808;REFB=0;REVB=0.00685917;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81838e-05;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr14 101138230 . A C 141.0 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0912032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0445;QD=7.9439;RBI=0.120906;REFB=-0.00344885;REVB=0.0793735;RO=51;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102548;STB=0.561785;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.015209;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:13:7:22:29:13:7:22:29 chr14 101198417 . A G 1841.04 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.504;QD=61.368;RBI=0.019766;REFB=0;REVB=0.0150936;RO=0;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9705e-06;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:70:49:0:0:71:49:0:0 chr14 101200645 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0068106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.815;QD=48.626;RBI=0.0265904;REFB=-0.00979978;REVB=0.0257034;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000295851;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr14 101301038 . C G 311.54 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.10631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4821;QD=16.6156;RBI=0.107018;REFB=-0.0172688;REVB=0.0122926;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021866;STB=0.512285;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0236025;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:19:22:19:15:19:22 chr14 101348584 . C G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00284662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.819;QD=11.9168;RBI=0.0260121;REFB=-0.00316152;REVB=0.0258558;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192045;STB=0.61164;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0102828;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:15:7:18:19:15:7:18:19 chr14 101349017 . A G 423.08 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0107897;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.817;QD=13.431;RBI=0.0160786;REFB=-0.00620868;REVB=0.0119208;RO=75;SAF=23;SAR=26;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541019;STB=0.538496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0100098;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:75:77:49:49:0.388889:26:23:39:36:26:23:41:36 chr14 101350298 . T C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0176878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7348;QD=20.8917;RBI=0.0322941;REFB=0.0166193;REVB=0.0270194;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246617;STB=0.636093;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.01485;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:14:18:7:20:14:18:7:20 chr14 101507727 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.256;QD=57.545;RBI=0.0275351;REFB=0;REVB=0.027006;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08423e-05;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr14 101522556 . T C 1877.79 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.571;QD=61.5669;RBI=0.00848255;REFB=0;REVB=0.00759296;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55963e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:67:54:0:0:67:55:0:0 chr14 102431074 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0895217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3901;QD=16.3858;RBI=0.0898053;REFB=-0.00966194;REVB=-0.00713201;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0139144;OID=.;OPOS=102431074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:2:6:4:5:2:6 chr14 102446161 . G A 454.64 PASS AF=0.485149;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0123687;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1975;QD=18.0057;RBI=0.0501924;REFB=-0.0198378;REVB=-0.0486445;RO=53;SAF=17;SAR=30;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14511;STB=0.569044;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0271016;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:52:47:49:0.485149:30:17:27:26:30:19:27:25 chr14 102453876 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00464059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.224;QD=12.6376;RBI=0.0278317;REFB=-0.0133938;REVB=0.027442;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371884;STB=0.72415;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0314872;OID=.;OPOS=102453876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:9:12:11:2:9:12 chr14 102483120 . A G 378.21 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0381953;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.246;QD=18.6771;RBI=0.0383553;REFB=-0.0207921;REVB=0.00349957;RO=42;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220368;STB=0.512289;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0192573;OID=.;OPOS=102483120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:39:39:0.481481:25:14:16:26:25:14:16:26 chr14 102514227 . T C 191.44 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0310216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.387;QD=16.6466;RBI=0.0311073;REFB=-0.0281946;REVB=-0.00230674;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625797;STB=0.537574;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.035061;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:26:18:20:0.434783:8:10:16:10:9:11:16:10 chr14 102548151 . A G 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00653509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.777;QD=10.2987;RBI=0.00799577;REFB=-0.00302065;REVB=-0.00460704;RO=53;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619;STB=0.536249;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00685232;OID=.;OPOS=102548151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:17:9:21:32:17:9:21:32 chr14 102568367 . T A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0111802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.157;QD=19.577;RBI=0.0111997;REFB=-0.00958148;REVB=-0.000660229;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552866;STB=0.530729;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0104595;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:16:17:14:17:16:17:14:17 chr14 102675350 . G C 621.01 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0202616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.493;QD=18.0004;RBI=0.0210357;REFB=-0.0101454;REVB=-0.00565403;RO=73;SAF=23;SAR=41;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801355;STB=0.549004;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0107815;OID=.;OPOS=102675350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:74:64:64:0.463768:41:23:32:41:41:23:33:41 chr14 102676266 . C T 36.85 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0269213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.926;QD=11.3374;RBI=0.0269213;REFB=-0.0273985;REVB=0;RO=7;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0694234;OID=.;OPOS=102676266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:13:7:7:5:6:0.461538:0:5:7:0:0:6:7:0 chr14 102689619 . C T 545.59 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0181122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.494;QD=17.1838;RBI=0.0199231;REFB=-0.00190358;REVB=0.00829942;RO=69;SAF=38;SAR=20;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937646;STB=0.552307;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00362214;OID=.;OPOS=102689619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:20:38:39:30:20:38:39:30 chr14 102689926 . AATA AA,AAGT 160.2 PASS AF=0.444444,0.0277778;AO=17,2;DP=38;FAO=16,1;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6,0;FSAR=10,1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00138218,0.00743871;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=262.505,73.4377;QD=17.7997;RBI=0.00504409,0.0293082;REFB=-0.00660794,-0.00058344;REVB=-0.00485102,0.0283485;RO=18;SAF=6,0;SAR=11,2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.08752,-0.499987;STB=0.526283,0.988244;STBP=0.821,0.487;TYPE=del,mnp;VARB=0.0042578,0.0199171;OID=.,.;OPOS=102689927,102689928;OREF=AT,TA;OALT=-,GT;OMAPALT=AA,AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.0277778:17,2:38:16,1:36:19:6,0:10,1:8:11:99:18:6,0:11,2:8:10 chr14 102692657 . T C 446.74 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.000696979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.439;QD=12.5842;RBI=0.0162427;REFB=-0.0156684;REVB=-0.0162278;RO=88;SAF=25;SAR=27;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337955;STB=0.51219;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0285287;OID=.;OPOS=102692657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:88:90:52:52:0.366197:27:25:45:43:27:25:45:45 chr14 102695693 . T C 39.78 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0577698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.336;QD=13.2586;RBI=0.0602615;REFB=-0.0186095;REVB=0.0171493;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224408;OID=.;OPOS=102695693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:3:2:3:3:3:3:3:3 chr14 102700117 . G C 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0239536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.368;QD=15.2245;RBI=0.0325801;REFB=-0.0173311;REVB=-0.0220836;RO=52;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993651;STB=0.556311;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0302264;OID=.;OPOS=102700117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:24:13:23:29:24:13:23:29 chr14 102783423 . T G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.039715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9348;QD=17.4009;RBI=0.0872971;REFB=-0.00933586;REVB=-0.0777399;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398011;OID=.;OPOS=102783423;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:11:2:2:11:11:2 chr14 102792386 . T C 491.81 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0114344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.28;QD=18.5588;RBI=0.0150202;REFB=-0.0111917;REVB=0.00973973;RO=54;SAF=26;SAR=26;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102275;STB=0.556582;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0117949;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:26:26:33:21:26:26:33:21 chr14 102792631 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00975563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.657;QD=20.2097;RBI=0.0142643;REFB=-0.015656;REVB=-0.0104066;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243221;STB=0.639766;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.017159;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:5:5:10:3:5:5 chr14 102808214 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0170037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.612;QD=19.3688;RBI=0.0172408;REFB=0.00400347;REVB=-0.00284906;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00294095;OID=.;OPOS=102808214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:2:5:6:4:2:5 chr14 102815042 . C T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000888477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.862;QD=15.6537;RBI=0.00765431;REFB=-0.0200146;REVB=-0.00760257;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128322;STB=0.572504;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0275278;OID=.;OPOS=102815042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:19:13:14:12:19:13 chr14 102894593 . G A 650.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2151;QD=61.9845;RBI=0.0507051;REFB=0;REVB=-0.0330823;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3624e-05;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr14 102901201 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.345;QD=47.822;RBI=0.0390743;REFB=0;REVB=0.0375394;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410899;OID=.;OPOS=102901201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr14 103161736 . A AG,G 1011.57 PASS AF=1,0;AO=64,6;DP=70;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036481,0.000335083;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.9396,3.88823;QD=57.8037;RBI=0.114232,0.185371;REFB=0,0;REVB=-0.108251,-0.185371;RO=0;SAF=29,0;SAR=35,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00147308,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:64,6:70,0:1,0:35,6:29,0:0:0:41,0:29,0:0:0 chr14 103193028 . G A 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0137736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0112;QD=15.6163;RBI=0.0179305;REFB=-0.0271422;REVB=-0.0114801;RO=53;SAF=24;SAR=15;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124818;STB=0.513882;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0344738;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:15:24:32:21:15:24:32:22 chr14 103370114 . CG C 160.82 PASS AF=0.969697;AO=23;DP=35;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.120945;FXX=0.0571265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.26453;QD=19.4934;RBI=0.143962;REFB=-0.0343452;REVB=0.0780848;RO=8;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768785;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=0.00376292;OID=.;OPOS=103370115;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697:23:35:32:33:1:14:18:0:1:6:8:8:15:4:4 chr14 103440473 . G C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0198556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.214;QD=21.9719;RBI=0.021791;REFB=-0.0165651;REVB=0.00897776;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791788;STB=0.54434;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0122597;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:9:12:11:12:9:12 chr14 103566904 . G A 1589.18 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364636;FXX=0.0454504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.776;QD=60.5403;RBI=0.0578543;REFB=0;REVB=0.0577393;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116948;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:105:0:0:108:105:1:47:61:0:0:44:61:0:0 chr14 103568729 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1703;QD=35.5758;RBI=0.0662151;REFB=0;REVB=-0.0509671;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0085372;OID=.;OPOS=103568729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 103576395 . G A 2906.71 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067215;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5369;QD=63.1895;RBI=0.0269856;REFB=0;REVB=0.0261351;RO=0;SAF=66;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57857e-06;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:184:184:1:118:66:0:0:118:66:0:0 chr14 103576443 . TC CG 2054.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164059;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.739;QD=62.7202;RBI=0.0178234;REFB=0;REVB=0.00696561;RO=0;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.37409e-05;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:83:48:0:0:83:48:0:0 chr14 103576775 . C T 852.87 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0175908;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.977;QD=54.1503;RBI=0.0369379;REFB=0.018687;REVB=0.0324804;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.516661;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.000456144;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:1:2:60:61:0.968254:28:32:0:1:29:32:0:2 chr14 103808153 . A G 310.85 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0142137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.769;QD=12.3109;RBI=0.0215756;REFB=-0.00754199;REVB=0.016232;RO=64;SAF=24;SAR=13;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135423;STB=0.577784;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0104872;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:13:24:34:30:13:24:34:30 chr14 103808199 . T TAAAC 789.17 PASS AF=0.824324;AO=58;DP=77;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.025822;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=4;MLLD=258.528;QD=42.6576;RBI=0.0309315;REFB=-0.000290747;REVB=-0.0170289;RO=15;SAF=29;SAR=29;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115219;STB=0.543251;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=1.8202e-05;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.824324:58:77:61:74:13:32:29:10:3:72:15:29:29:12:3 chr14 103808307 . G GT 150.15 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0495851;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.1417;QD=13.65;RBI=0.083707;REFB=-0.0153205;REVB=-0.0674402;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249549;STB=0.640894;STBP=0.09;TYPE=ins;VARB=0.00825915;OID=.;OPOS=103808308;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:22:45:22:44:22:7:15:13:9:99:22:7:15:13:9 chr14 103808472 . C T 197.78 PASS AF=0.857143;AO=19;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.01245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7199;QD=37.6714;RBI=0.0141877;REFB=-0.0152735;REVB=-0.00680358;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.540937;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.022438;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:19:18:0.857143:8:11:1:1:7:11:1:2 chr14 103809312 . T C 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0323376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1606;QD=21.5089;RBI=0.0374643;REFB=-0.00139453;REVB=0.018917;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189201;STB=0.605948;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000590142;OID=.;OPOS=103809312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:4:11:9:9:4:11 chr14 103809458 . G A 370.16 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0405218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5838;QD=30.217;RBI=0.068648;REFB=0.00229834;REVB=-0.0554124;RO=18;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077012;STB=0.542345;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00177644;OID=.;OPOS=103809458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:22:9:7:11:22:9:7:11 chr14 103852725 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.185;QD=59.6794;RBI=0.0288165;REFB=0;REVB=-0.0188276;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74624e-06;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr14 103934488 . T C 1495.23 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00990895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.266;QD=56.4238;RBI=0.00991538;REFB=-0.153675;REVB=0.000357019;RO=2;SAF=38;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507821;STB=0.501082;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00040725;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:2:3:103:103:0.971698:65:38:1:1:65:38:1:2 chr14 103969909 . A G 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.039803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.193;QD=16.5067;RBI=0.0496461;REFB=-0.00838237;REVB=-0.0296725;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130357;STB=0.573296;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0126792;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:23:27:16:23:23:27 chr14 103986255 . C T 1611.7 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547939;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.142;QD=60.2504;RBI=0.0644891;REFB=0;REVB=0.0340069;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145039;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:107:0:0:98:107:1:43:55:0:0:46:61:0:0 chr14 103988180 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4217;QD=33.4284;RBI=0.0728726;REFB=0;REVB=0.0689634;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0080811;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 103996396 . G A 1043.59 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0106383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.16;QD=55.658;RBI=0.0147328;REFB=-0.0895944;REVB=0.0101921;RO=3;SAF=37;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115593;STB=0.506116;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000897365;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:35:37:2:1:35:37:2:1 chr14 104001517 . G A 373.32 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00587285;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.574;QD=28.1753;RBI=0.0145972;REFB=-0.0250201;REVB=-0.0133637;RO=18;SAF=24;SAR=11;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1119;STB=0.560752;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0124054;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:11:24:15:3:11:24:15:3 chr14 104025893 . T C 1085.97 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0144137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.686;QD=56.414;RBI=0.0163768;REFB=-0.145337;REVB=-0.00777476;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.516125;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00142712;OID=.;OPOS=104025893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:74:75:0.974026:30:44:0:0:30:45:0:2 chr14 104028270 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.713;QD=58.6006;RBI=0.0265392;REFB=0;REVB=0.026441;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76887e-05;OID=.;OPOS=104028270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr14 104029449 . G A 256.01 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3884;QD=51.2015;RBI=0.033281;REFB=0;REVB=0.0120785;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797882;OID=.;OPOS=104029449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:17:3:0:0 chr14 104167075 . C T 1404.11 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=93;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0714096;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6356;QD=61.7189;RBI=0.0723257;REFB=-0.139277;REVB=0.0114747;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00117695;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:91:0:1:89:90:0.989011:51:38:0:0:52:38:0:1 chr14 104167545 . G A 520.16 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1077;QD=59.4464;RBI=0.0302936;REFB=0;REVB=0.0248689;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411928;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr14 104178186 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0353;QD=60.9779;RBI=0.0243539;REFB=0;REVB=-0.00458046;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205459;OID=.;OPOS=104178186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 542.08 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000847662;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=12;MLLD=508.946;QD=60.231;RBI=0.00504746;REFB=0;REVB=0.00497577;RO=3;SAF=17;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.09729e-06;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:42:36:36:0:17:19:0:0:4:3:17:19:3:0 chr14 104194196 . C G 2944.1 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062574;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.696;QD=63.3141;RBI=0.0159197;REFB=0;REVB=0.0146384;RO=0;SAF=97;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7918e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:186:186:1:89:97:0:0:89:97:0:0 chr14 104199356 . C T 846.13 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0828;QD=56.4089;RBI=0.0182317;REFB=0;REVB=0.0144164;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03488e-05;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr14 104394850 . C T 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.538;QD=61.4663;RBI=0.046494;REFB=0;REVB=0.045177;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120874;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr14 104429453 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.358;QD=62.0076;RBI=0.039486;REFB=0;REVB=0.0319215;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92481e-05;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr14 104436931 . C T 867.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.667;QD=57.8115;RBI=0.0118672;REFB=0;REVB=-0.0108512;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73422e-05;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr14 104452640 . G A 686.11 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0316539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.186;QD=58.3927;RBI=0.0319298;REFB=-0.0214858;REVB=-0.00418831;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00136382;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:0:1:20:25:1:1 chr14 104465037 . T C 1463.26 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0487191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7376;QD=60.9692;RBI=0.0919009;REFB=0.14955;REVB=0.0779245;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210617;STB=0.511109;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0156671;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:50:44:2:0:50:44:2:0 chr14 104480201 . C A 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.88;QD=62.908;RBI=0.0303576;REFB=0;REVB=0.0133699;RO=0;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125327;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:60:30:0:0:60:30:0:0 chr14 104481083 . T C 1065.86 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018123;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.873;QD=60.0486;RBI=0.0884641;REFB=0;REVB=0.0884455;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221617;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr14 104497543 . C T 1149.19 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00457126;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1193;QD=58.187;RBI=0.0403464;REFB=-0.150469;REVB=0.0400866;RO=2;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236442;STB=0.511902;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00570367;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:79:2:2:75:77:0.974684:39:36:0:2:41:36:0:2 chr14 104559623 . T C 2018.13 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.815;QD=62.0962;RBI=0.0476773;REFB=0;REVB=0.0465423;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132159;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:127:130:1:60:67:0:0:61:69:0:0 chr14 104641792 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00260643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.319;QD=21.1198;RBI=0.0118292;REFB=-0.0103402;REVB=-0.0115385;RO=32;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734135;STB=0.500406;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100379;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:15:22:19:13:15:22:19:13 chr14 104642341 . A G 408.37 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=69;FWDB=-0.0284414;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.287;QD=12.8619;RBI=0.0289774;REFB=-0.00983788;REVB=-0.00554796;RO=79;SAF=10;SAR=38;SRF=10;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151072;STB=0.584668;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0211064;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:79:79:48:48:0.377953:38:10:10:69:38:10:10:69 chr14 104643421 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00977607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.832;QD=10.1734;RBI=0.0200017;REFB=-0.0299205;REVB=0.0174498;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887268;STB=0.555357;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0331459;OID=.;OPOS=104643421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:2:7:5:1:2:7 chr14 104643721 . C A 255.88 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0243487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.035;QD=13.4671;RBI=0.0263111;REFB=-0.0227417;REVB=-0.00997063;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14983;STB=0.58531;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0329713;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:14:16:18:28:14:16:18:28 chr14 104643859 . A G 103.94 PASS AF=0.371429;AO=10;DP=32;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0380079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.687;QD=11.8787;RBI=0.0453253;REFB=-0.0204802;REVB=0.0246937;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544725;STB=0.861591;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0293881;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:22:22:10:13:0.371429:9:1:11:11:12:1:11:11 chr14 104644099 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0312725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.179;QD=19.18;RBI=0.0463661;REFB=-0.0183775;REVB=-0.0342322;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173433;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:6:5:6:7:6:5 chr14 104646326 . A C 173.47 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00783169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.338;QD=11.5648;RBI=0.0192192;REFB=-0.00813003;REVB=-0.0175511;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120584;STB=0.58326;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0144701;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:11:10:14:24:11:11:14:24 chr14 104646771 . T C 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0404751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.986;QD=14.8342;RBI=0.0649554;REFB=-0.0169465;REVB=-0.0508033;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.609276;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0191099;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:12:18:9:13:12:18 chr14 104647224 . C T 401.85 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0398866;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3727;QD=18.476;RBI=0.0400869;REFB=-0.0173191;REVB=-0.004002;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219621;STB=0.525761;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0212874;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:48:46:41:41:0.471264:23:18:20:28:23:18:18:28 chr14 104941016 . G A 465.57 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.045795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.2716;QD=53.2077;RBI=0.0960968;REFB=-0.119143;REVB=0.0844832;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.523795;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0117512;OID=.;OPOS=104941016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:0:2:33:33:0.942857:13:20:0:0:13:20:2:0 chr14 105054934 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.879;QD=47.8224;RBI=0.0787163;REFB=0;REVB=0.0784447;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583228;OID=.;OPOS=105054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 766.52 PASS AF=0.794872;AO=59;DP=66;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0243861;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=9;MLLD=281.903;QD=39.3089;RBI=0.0370174;REFB=-0.0448259;REVB=0.0278498;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.54528;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.011491;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794872:59:66:62:78:16:40:22:7:9:99:0:38:21:0:0 chr14 105167807 . C T 1475.96 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00859596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.301;QD=62.1458;RBI=0.0208316;REFB=-0.146192;REVB=0.0189754;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505375;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000242433;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:48:46:0:0:48:46:1:0 chr14 105173831 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.513;QD=63.583;RBI=0.0228494;REFB=0;REVB=0.00331155;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65991e-05;OID=.;OPOS=105173831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr14 105177351 . CAG C,CG 1985.29 PASS AF=0,1;AO=13,111;DP=128;FAO=0,129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=0,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018958,0.0345335;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.1768,77.0148;QD=61.5595;RBI=0.0645005,0.0389802;REFB=0,0;REVB=-0.0616515,-0.0180802;RO=0;SAF=7,40;SAR=6,71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.69294e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0331649,0.00449981;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:13,111:128:0,129:129:0:0,49:0,80:0:0:11:0:7,40:6,71:0:0 chr14 105179194 . T C 1525.73 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.437;QD=59.8327;RBI=0.00365782;REFB=0;REVB=-0.00211411;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03106e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:63:38:0:0:64:38:0:0 chr14 105180565 . T C 1514.65 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8352;QD=59.3979;RBI=0.0232834;REFB=0;REVB=-0.0211848;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57868e-05;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:102:0:0:97:102:1:54:43:0:0:56:46:0:0 chr14 105180706 . A C 724.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.805;QD=56.8459;RBI=0.0250936;REFB=0;REVB=0.0245572;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10222e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:28:21:0:0:29:22:0:0 chr14 105267579 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.289;QD=40.7627;RBI=0.0995993;REFB=0;REVB=-0.0933793;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016136;OID=.;OPOS=105267579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr14 105268104 . G A 85.65 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7103;QD=38.0688;RBI=0.0225155;REFB=0;REVB=0.00318609;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519052;OID=.;OPOS=105268104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr14 105268228 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000225335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.446;QD=56.1869;RBI=0.0173009;REFB=0;REVB=0.0172995;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128551;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr14 105269779 . T C 823.79 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00267109;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.856;QD=55.8504;RBI=0.0101735;REFB=-0.10705;REVB=0.0098166;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000100466;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:0:1:58:58:0.983051:35:23:0:0:35:23:0:1 chr14 105270893 . G A 151.13 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.013578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.6;QD=8.39631;RBI=0.0157369;REFB=-0.0145014;REVB=0.00795536;RO=51;SAF=7;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257892;STB=0.654058;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0465138;OID=.;OPOS=105270893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:14:7:28:23:14:7:28:23 chr14 105361934 . T C 308.59 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0356306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.658;QD=28.7057;RBI=0.0362987;REFB=-0.024696;REVB=-0.00693214;RO=14;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271012;STB=0.625759;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0108071;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:16:26:27:0.627907:11:15:2:12:11:16:4:12 chr14 105393556 . G C 864.58 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0606784;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.223;QD=54.8939;RBI=0.0623021;REFB=-0.0248502;REVB=0.0141309;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348075;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0011437;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:2:2:61:61:0.968254:27:34:1:1:27:34:1:1 chr14 105408987 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0266071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.876;QD=18.7956;RBI=0.0275728;REFB=-0.0102815;REVB=0.00723334;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935086;STB=0.505296;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0268502;OID=.;OPOS=105408987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:12:15:13:10:12:15 chr14 105415352 . G C 541.62 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=139;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00793789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.48;QD=15.4748;RBI=0.0162483;REFB=-0.0256665;REVB=-0.0141774;RO=81;SAF=23;SAR=35;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512587;STB=0.53272;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0279729;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:81:81:58:59:0.421429:35:23:36:45:36:23:36:45 chr14 105418303 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0685955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9995;QD=19.4399;RBI=0.0694506;REFB=0.0197467;REVB=0.0108648;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173995;STB=0.596903;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0167412;OID=.;OPOS=105418303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:19:12:17:12:19:12:17:12 chr14 105461067 . C T 238.55 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0166424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.856;QD=16.4514;RBI=0.0177379;REFB=-0.0243995;REVB=-0.00613707;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155198;STB=0.501278;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0136948;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:31:26:27:0.465517:13:13:16:15:13:14:16:15 chr14 105478102 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00496792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.076;QD=14.904;RBI=0.00503653;REFB=-0.00737295;REVB=-0.000828493;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775006;STB=0.544007;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0124542;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:17:17:11:15:17:17 chr14 105707609 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0785299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.984;QD=21.7446;RBI=0.0790215;REFB=-0.0167263;REVB=0.00880015;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115419;STB=0.564886;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0297255;OID=.;OPOS=105707609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:9:7:11:8:9:7 chr14 105722726 . T C 279.36 PASS AF=0.55102;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0371436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.249;QD=22.8049;RBI=0.0376821;REFB=-0.0301532;REVB=-0.00634817;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218993;STB=0.600588;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0334744;OID=.;OPOS=105722726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:21:22:24:27:0.55102:6:18:11:10:8:19:11:11 chr14 105833679 . A G 508.49 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00991975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0171;QD=23.3788;RBI=0.0407863;REFB=-0.0214168;REVB=-0.0395616;RO=39;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654105;STB=0.535939;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0258734;OID=.;OPOS=105833679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:26:22:21:18:26:22:21:18 chr14 105843179 . C G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0101853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.186;QD=12.0148;RBI=0.0168104;REFB=-0.00256132;REVB=-0.0133734;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459067;STB=0.526691;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00389555;OID=.;OPOS=105843179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:15:19:12:8:15:19 chr14 105846503 . T C 332.16 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0379202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.141;QD=13.8398;RBI=0.0379958;REFB=-0.0212281;REVB=-0.0023956;RO=58;SAF=13;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109483;STB=0.558107;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0316229;OID=.;OPOS=105846503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:24:13:26:32:24:13:26:33 chr14 105848891 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0154651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.786;QD=13.9481;RBI=0.0236243;REFB=-0.00574585;REVB=-0.0178588;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613818;STB=0.535774;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.010761;OID=.;OPOS=105848891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:11:16:11:6:11:16 chr14 105865710 . G A 404.27 PASS AF=0.506173;AO=38;DP=78;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0380799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.761;QD=19.9638;RBI=0.0387573;REFB=-0.0190285;REVB=0.00721428;RO=40;SAF=4;SAR=34;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26442;STB=0.56332;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.017092;OID=.;OPOS=105865710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:40:40:38:41:0.506173:34:4:10:30:34:7:10:30 chr14 105916420 . C T 1066.09 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.931;QD=58.4161;RBI=0.0283502;REFB=0.00381999;REVB=0.0256627;RO=1;SAF=46;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101718;STB=0.505375;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000112315;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:26:46:1:0:26:46:1:0 chr14 105930406 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0113275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.009;QD=16.2365;RBI=0.0338961;REFB=-0.0107528;REVB=0.0319474;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506246;STB=0.536635;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0145257;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:17:13:17:18:17:13:18:18 chr14 105935824 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.152;QD=62.3503;RBI=0.041953;REFB=0;REVB=0.0280554;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10963e-05;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 105953595 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.588;QD=49.5992;RBI=0.045108;REFB=0;REVB=0.0244324;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212506;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr14 105962234 . T C 1098.48 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.748;QD=60.1905;RBI=0.0433742;REFB=0;REVB=-0.02966;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81902e-06;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr14 105962369 . A G 1268.3 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123876;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.062;QD=61.8682;RBI=0.0138577;REFB=0;REVB=0.00621155;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74345e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr14 105995534 . G A 57.8 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0133665;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0367;QD=11.0088;RBI=0.0664772;REFB=-0.0077255;REVB=0.0651195;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00575343;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:7:5:4:4:7:6 chr14 106053491 . C T 273.28 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0421115;FXX=0.0908816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4347;QD=36.4373;RBI=0.0435406;REFB=-0.0477997;REVB=0.0110638;RO=6;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119283;STB=0.545151;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0193457;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:33:30:6:7:23:23:0.766667:12:11:1:5:12:11:2:5 chr14 106053559 . A G 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0754588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5928;QD=10.1682;RBI=0.0916124;REFB=-0.0329799;REVB=-0.0519499;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0508919;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr14 106053975 . G A 364.31 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0263059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1937;QD=18.4458;RBI=0.0307909;REFB=-0.0208596;REVB=0.0160025;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532275;STB=0.52964;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0131925;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:15:26:22:16:15:26 chr14 106054428 . C G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0277434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.133;QD=6.78769;RBI=0.049085;REFB=-0.0127497;REVB=-0.0404925;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189669;STB=0.622313;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0506004;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:9:14:6:2:9:14 chr14 106054456 . A G 174.43 PASS AF=0.392157;AO=18;DP=49;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0470972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3062;QD=13.6811;RBI=0.0472521;REFB=-0.024933;REVB=0.00382362;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146771;STB=0.548971;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0205278;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:31:31:18:20:0.392157:8:10:13:18:10:10:13:18 chr14 106054568 . A G 717.32 PASS AF=0.483221;AO=71;DP=148;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00133631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.627;QD=19.2569;RBI=0.00310848;REFB=-0.0365712;REVB=0.00280658;RO=77;SAF=31;SAR=40;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783152;STB=0.546243;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0277993;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:77:77:71:72:0.483221:40:31:40:37:41:31:40:37 chr14 106066454 . T C 1231.67 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.655;QD=60.0816;RBI=0.025728;REFB=0.00658007;REVB=0.0228816;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-5.66951e-05;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:48:33:0:0:48:33:0:1 chr14 106066690 . A C 58.36 PASS AF=0.5;AO=6;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0148858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.348;QD=14.5909;RBI=0.0257147;REFB=-0.0130454;REVB=0.0209681;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0214818;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:16:16:8:8:6:8:0.5:5:1:3:5:6:2:3:5 chr14 106067298 . T C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000372751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.242;QD=28.9132;RBI=0.0437895;REFB=0.0110894;REVB=0.043788;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342387;STB=0.501885;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00564764;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:14:12:7:8:14:12:7:8 chr14 106067958 . C T 883.53 PASS AF=0.530488;AO=87;DP=166;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00267606;FXX=0.0120475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.315;QD=21.5495;RBI=0.0135082;REFB=-0.0188306;REVB=-0.0132405;RO=76;SAF=31;SAR=56;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139006;STB=0.579658;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0140752;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:76:77:87:87:0.530488:56:31:39:37:56:31:40:37 chr14 106090846 . T C 706.71 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=114;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00665975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.956;QD=24.7969;RBI=0.0113338;REFB=0.00199449;REVB=-0.00917071;RO=47;SAF=29;SAR=38;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056345;STB=0.503068;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00129956;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:47:47:67:67:0.587719:38:29:20:27:38:29:20:27 chr14 106090927 . G T 3202.91 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.96;QD=61.5943;RBI=0.0227897;REFB=0;REVB=-0.00221317;RO=0;SAF=116;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01492e-06;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:208:0:0:204:208:1:88:116:0:0:92:116:0:0 chr14 106091329 . G C 552.18 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00700117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7645;QD=18.1041;RBI=0.0260643;REFB=-0.0179746;REVB=-0.0251064;RO=64;SAF=25;SAR=33;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124301;STB=0.568942;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0245905;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:33:25:36:28:33:25:36:28 chr14 106091504 . A G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00289601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.23;QD=28.0163;RBI=0.0138141;REFB=-0.00878181;REVB=-0.0135072;RO=20;SAF=10;SAR=20;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699815;STB=0.538437;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0062336;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:20:10:5:15:20:10:5:15 chr14 106091555 . C T 187.92 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00786042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.742;QD=20.316;RBI=0.0126725;REFB=-0.0124998;REVB=0.00994012;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121635;STB=0.573298;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0316551;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:18:17:19:0.513514:12:5:6:8:14:5:7:11 chr14 106091697 . T C 53.76 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0387845;FXX=0.10202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.268;QD=4.88692;RBI=0.0455787;REFB=-0.0038478;REVB=-0.0239412;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232552;STB=0.674535;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0247366;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:48:44:33:36:8:8:0.181818:2:6:19:14:2:6:20:16 chr14 106091743 . CA C 105.79 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00066753;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.37;QD=10.0756;RBI=0.0130062;REFB=-0.0112305;REVB=-0.012989;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840086;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.0250083;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524:13:43:13:42:29:7:6:14:15:99:28:7:6:13:15 chr14 106092152 . G A 436.9 PASS AF=0.352941;AO=53;DP=152;FAO=54;FDP=153;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0104602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.994;QD=11.4223;RBI=0.0117628;REFB=-0.0126368;REVB=-0.00538034;RO=97;SAF=31;SAR=22;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13705;STB=0.570848;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0252771;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:97:99:53:54:0.352941:22:31:45:52:23:31:46:53 chr14 106092383 . C G 409.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7202;QD=56.4305;RBI=0.027174;REFB=0;REVB=-0.0189336;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04988e-05;OID=.;OPOS=106092383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr14 106109573 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00929996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.13;QD=18.6418;RBI=0.0204316;REFB=-0.0116261;REVB=0.0181924;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892074;STB=0.549961;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.009135;OID=.;OPOS=106109573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:18:8:10:15:18:8 chr14 106109752 . A C 2027.24 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.228;QD=62.3766;RBI=0.0368833;REFB=0;REVB=0.0017928;RO=0;SAF=81;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30641e-05;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:49:81:0:0:49:81:0:0 chr14 106110057 . G A 962.4 PASS AF=0.447368;AO=102;DP=230;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.034363;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9795;QD=16.8841;RBI=0.0352654;REFB=-0.00198908;REVB=0.00792671;RO=128;SAF=46;SAR=56;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216051;STB=0.508087;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00320977;OID=.;OPOS=106110057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:128:126:102:102:0.447368:56:46:55:73:56:46:55:71 chr14 106110137 . C T 885.78 PASS AF=0.540373;AO=86;DP=160;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00399305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.876;QD=22.0069;RBI=0.0335545;REFB=-0.004579;REVB=0.0333161;RO=74;SAF=44;SAR=42;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440857;STB=0.526535;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00352073;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:74:74:86:87:0.540373:42:44:34:40:42:45:34:40 chr14 106110914 . G T 755.9 PASS AF=0.496815;AO=78;DP=158;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00556675;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.474;QD=19.2586;RBI=0.0058719;REFB=-0.0188697;REVB=0.00186829;RO=76;SAF=35;SAR=43;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104901;STB=0.554417;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0205418;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:76:79:78:78:0.496815:43:35:43:33:43:35:44:35 chr14 106110966 . C T 520.35 PASS AF=0.410072;AO=56;DP=141;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.03865;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.176;QD=14.974;RBI=0.0448871;REFB=-0.00569627;REVB=-0.022826;RO=82;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244903;STB=0.630633;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0105967;OID=.;OPOS=106110966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:82:82:56:57:0.410072:23:33:29:53:24:33:29:53 chr14 106173790 . A G 385.34 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0461373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4835;QD=26.1248;RBI=0.0470994;REFB=-0.0124543;REVB=0.00947109;RO=22;SAF=21;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228865;STB=0.624822;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0109832;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:16:21:5:17:16:21:5:17 chr14 106174261 . C G 470.09 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0266294;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.161;QD=25.4104;RBI=0.0328709;REFB=-0.0134849;REVB=-0.0192709;RO=30;SAF=14;SAR=30;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288025;STB=0.645502;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00828796;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:30:30:44:44:0.594595:30:14:21:9:30:14:20:10 chr14 106188230 . C T 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0609689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.562;QD=7.81068;RBI=0.0609715;REFB=0.00421486;REVB=-0.000562805;RO=49;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120259;STB=0.572802;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0114839;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:13:6:20:29:13:6:20:29 chr14 106204113 . C T 654.0 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00909354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.961;QD=19.2354;RBI=0.0098772;REFB=-0.00960869;REVB=0.00385572;RO=67;SAF=26;SAR=40;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920912;STB=0.541024;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00827916;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:70:66:66:0.485294:40:26:33:34:40:26:33:37 chr14 106207843 . T C 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0364765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.472;QD=56.3505;RBI=0.0370383;REFB=-0.0169268;REVB=0.00642681;RO=2;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000385837;STB=0.500204;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000618033;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:35:34:1:1:35:34:1:1 chr14 106208338 . C T 1435.41 PASS AF=0.578947;AO=132;DP=228;FAO=132;FDP=228;FR=.;FRO=96;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=0.0211098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.064;QD=25.1826;RBI=0.0249931;REFB=-0.0218453;REVB=-0.0133804;RO=96;SAF=56;SAR=76;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602595;STB=0.503267;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0165767;OID=.;OPOS=106208338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:96:96:132:132:0.578947:76:56:40:56:76:56:40:56 chr14 106209119 . T C 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0255011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.939;QD=13.7259;RBI=0.0298269;REFB=-0.0116338;REVB=0.0154705;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192356;STB=0.608633;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0198678;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:14:18:36:13:14:18:36:13 chr14 106209340 . T C 1010.44 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235143;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.503;QD=59.4375;RBI=0.0474592;REFB=0;REVB=0.0412244;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102516;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr14 106235611 . A T 38.15 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0161116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.515;QD=1.77431;RBI=0.0251387;REFB=-0.0115183;REVB=-0.0192969;RO=75;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263922;STB=0.520787;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0585916;OID=.;OPOS=106235611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:86:75:77:9:9:0.104651:5:4:35:40:5:4:36:41 chr14 106237624 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.076244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.178;QD=23.5283;RBI=0.0776647;REFB=-0.00940039;REVB=0.0147868;RO=15;SAF=2;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447557;STB=0.756688;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0027866;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:18:2:7:8:18:2:7:8 chr14 106237642 . T G 339.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.363;QD=54.3362;RBI=0.015531;REFB=0;REVB=0.0072206;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22972e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr14 106303846 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.186;QD=63.8709;RBI=0.0377398;REFB=0;REVB=0.0340337;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149653;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr14 106307418 . G A 966.03 PASS AF=0.472222;AO=101;DP=216;FAO=102;FDP=216;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.000979751;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.71;QD=17.8895;RBI=0.00823866;REFB=-0.00171089;REVB=0.0081802;RO=113;SAF=43;SAR=58;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092764;STB=0.555677;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00171941;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:113:114:101:102:0.472222:58:43:59:54:59:43:60:54 chr14 106311204 . GCC GC,G 150.07 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=11,4;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349428,0.0184744;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.0089,12.87;QD=28.5842;RBI=0.189073,0.114109;REFB=9.32468e-05,0.000118308;REVB=0.185816,0.112604;RO=4;SAF=8,4;SAR=3,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.290445,0.290445;SSEP=0,0;SSSB=-0.0136379,0.687804;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00296953,0.00766656;OID=.,.;OPOS=106311205,106311205;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:11,4:21:18,3:21:0:13,3:5,0:0:0:7:4:8,4:3,0:3:1 chr14 106321590 . C A 1812.61 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00473629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.282;QD=59.4299;RBI=0.0422833;REFB=-0.0595946;REVB=0.0420172;RO=2;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016095;STB=0.508332;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000254425;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:122:2:2:119:120:0.983607:58:61:0:2:59:61:0:2 chr14 106321663 . T C 477.5 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00875761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.562;QD=17.5227;RBI=0.00876123;REFB=-0.00351579;REVB=0.00025189;RO=57;SAF=15;SAR=36;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327106;STB=0.684367;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00196936;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:57:51:52:0.477064:36:15:36:21:37:15:36:21 chr14 106321913 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0256059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.201;QD=20.0176;RBI=0.0662199;REFB=-0.0220021;REVB=0.0610689;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430229;STB=0.746817;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0183486;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:10:7:15:3:10:7 chr14 106324349 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.859;QD=49.598;RBI=0.196973;REFB=0;REVB=0.020111;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349512;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr14 106329435 . T G 228.22 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.044414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0425;QD=13.8313;RBI=0.0449396;REFB=0.00435389;REVB=0.00685351;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136441;STB=0.57782;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00521417;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:16:11:21:18:16:11:21:18 chr14 106329451 . GTA ACC 218.87 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.017606;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.801;QD=15.6337;RBI=0.0186424;REFB=-0.0141013;REVB=-0.00612913;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.589029;STBP=0.259;TYPE=mnp;VARB=0.0167032;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:16:15:16:9:16:15 chr14 106347371 . T A 13704.6 PASS AF=0.991071;AO=856;DP=873;FAO=888;FDP=896;FR=.;FRO=8;FSAF=390;FSAR=498;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.042611;FXX=0.0153844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.58;QD=61.1813;RBI=0.0467294;REFB=-0.0790065;REVB=0.0191818;RO=9;SAF=363;SAR=493;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410962;STB=0.501715;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000395071;OID=.;OPOS=106347371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:873:896:9:8:856:888:0.991071:493:363:2:7:498:390:2:6 chr14 106347420 . T C 11612.2 PASS AF=1;AO=729;DP=730;FAO=729;FDP=729;FR=.;FRO=0;FSAF=303;FSAR=426;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217012;FXX=0.00273594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1923;QD=63.7159;RBI=0.0610811;REFB=-0.109283;REVB=0.0570961;RO=1;SAF=303;SAR=426;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371401;OID=.;OPOS=106347420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:57:730:729:1:0:729:729:1:426:303:0:1:426:303:0:0 chr14 106354418 . G A 2771.44 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.204;QD=62.6314;RBI=0.0474364;REFB=0;REVB=0.0189578;RO=0;SAF=87;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04442e-05;OID=.;OPOS=106354418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:176:177:1:89:87:0:0:90:87:0:0 chr14 106354450 . A G 1512.93 PASS AF=0.938053;AO=105;DP=118;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.014101;FXX=0.0423693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.725;QD=53.5549;RBI=0.0344692;REFB=0.00717658;REVB=0.0314529;RO=7;SAF=51;SAR=54;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270504;STB=0.514445;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000562906;OID=.;OPOS=106354450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:118:113:7:7:105:106:0.938053:54:51:5:2:55:51:5:2 chr14 106357527 . G C 819.15 PASS AF=0.351064;AO=99;DP=273;FAO=99;FDP=282;FR=.;FRO=183;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=125;FWDB=-0.0699528;FXX=0.00704201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9128;QD=11.6191;RBI=0.0816763;REFB=-0.0130092;REVB=-0.042162;RO=174;SAF=43;SAR=56;SRF=53;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152727;STB=0.57912;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0267933;OID=.;OPOS=106357527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:282:174:183:99:99:0.351064:56:43:53:121:56:43:58:125 chr14 106359388 . A G 495.42 PASS AF=0.350575;AO=61;DP=174;FAO=61;FDP=174;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00666841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.027;QD=11.389;RBI=0.0105104;REFB=-0.0164544;REVB=0.00812412;RO=112;SAF=22;SAR=39;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049666;STB=0.532092;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.013048;OID=.;OPOS=106359388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:112:113:61:61:0.350575:39:22:45:67:39:22:46:67 chr14 106361515 . C T 191.99 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00310127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.812;QD=11.8146;RBI=0.0181357;REFB=-0.013841;REVB=-0.0178685;RO=41;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122602;STB=0.571366;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00979149;OID=.;OPOS=106361515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:18:6:14:27:18:6:14:27 chr14 106366544 . G A 391.25 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=83;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00976778;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.777;QD=17.389;RBI=0.0296214;REFB=-0.0232066;REVB=-0.0279646;RO=44;SAF=28;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160773;STB=0.605916;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.03116;OID=.;OPOS=106366544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:90:44:49:39:41:0.455556:11:28:25:19:12:29:26:23 chr14 106368526 . C T 504.17 PASS AF=0.159639;AO=101;DP=662;FAO=106;FDP=664;FR=.;FRO=558;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=235;FSRR=323;FWDB=0.0559197;FXX=0.00598793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3549;QD=3.03718;RBI=0.0663743;REFB=-0.00811706;REVB=0.0357566;RO=561;SAF=53;SAR=48;SRF=239;SRR=322;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12796;STB=0.604725;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0416158;OID=.;OPOS=106368526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:662:664:561:558:101:106:0.159639:48:53:239:322:48:58:235:323 chr14 106368542 . T C 451.84 PASS AF=0.161458;AO=89;DP=568;FAO=93;FDP=576;FR=.;FRO=483;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=201;FSRR=282;FWDB=-0.00871595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.067;QD=3.13776;RBI=0.0468396;REFB=-0.0116036;REVB=-0.0460215;RO=477;SAF=47;SAR=42;SRF=199;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143723;STB=0.600874;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0214206;OID=.;OPOS=106368542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:576:477:483:89:93:0.161458:42:47:199:278:43:50:201:282 chr14 106368544 . G C 469.5 PASS AF=0.169429;AO=92;DP=548;FAO=92;FDP=543;FR=.;FRO=451;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=187;FSRR=264;FWDB=-0.00477916;FXX=0.00912392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.576;QD=3.45853;RBI=0.0202703;REFB=-0.00450249;REVB=-0.0196989;RO=453;SAF=50;SAR=42;SRF=189;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163377;STB=0.605822;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0167523;OID=.;OPOS=106368544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:543:453:451:92:92:0.169429:42:50:189:264:42:50:187:264 chr14 106368551 . A G 433.51 PASS AF=0.168959;AO=86;DP=508;FAO=86;FDP=509;FR=.;FRO=423;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=173;FSRR=250;FWDB=0.000201408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.455;QD=3.40677;RBI=0.00177309;REFB=0.00439935;REVB=0.00176161;RO=421;SAF=44;SAR=42;SRF=171;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137391;STB=0.584991;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0157358;OID=.;OPOS=106368551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:509:421:423:86:86:0.168959:42:44:171:250:42:44:173:250 chr14 106369433 . T C 795.7 PASS AF=0.530612;AO=71;DP=141;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00450783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.259;QD=21.6516;RBI=0.0176122;REFB=-0.0201463;REVB=-0.0170255;RO=67;SAF=35;SAR=36;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918298;STB=0.532366;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0122738;OID=.;OPOS=106369433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:147:67:69:71:78:0.530612:36:35:40:27:37:41:41:28 chr14 106370370 . C T 689.24 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00782693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.376;QD=20.7289;RBI=0.00910068;REFB=-0.000868661;REVB=0.00464343;RO=62;SAF=33;SAR=35;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029294;STB=0.519161;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000819349;OID=.;OPOS=106370370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:65:68:68:0.511278:35:33:28:34:35:33:29:36 chr14 106370603 . G C 817.2 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1423;QD=57.3476;RBI=0.0608231;REFB=0;REVB=0.0407286;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12507e-05;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr14 106373085 . TT CC 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0140807;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.248;QD=13.7269;RBI=0.0184689;REFB=0.00256477;REVB=-0.0119513;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140212;STB=0.508015;STBP=0.92;TYPE=mnp;VARB=-0.00336659;OID=.;OPOS=106373085;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:9:27:19:6:9:27 chr14 106382687 . C T 265.2 PASS AF=0.321101;AO=34;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=0.00848043;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.298;QD=9.73209;RBI=0.0174461;REFB=-0.0132124;REVB=-0.0152463;RO=74;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739136;STB=0.556596;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0337329;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:34:35:0.321101:23:11:20:54:23:12:20:54 chr14 106385332 . G C 2090.29 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0358;QD=62.3969;RBI=0.0594622;REFB=0;REVB=-0.0540613;RO=0;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41615e-05;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:132:134:1:62:70:0:0:64:70:0:0 chr14 106386996 . T C 589.34 PASS AF=0.404762;AO=66;DP=160;FAO=68;FDP=168;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0462532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6478;QD=14.0318;RBI=0.0534373;REFB=-0.00964818;REVB=-0.0267616;RO=94;SAF=32;SAR=34;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714578;STB=0.553057;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0155462;OID=.;OPOS=106386996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:168:94:100:66:68:0.404762:34:32:52:42:36:32:56:44 chr14 106436780 . A G 344.62 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135608;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9704;QD=55.1398;RBI=0.0370218;REFB=0;REVB=0.0344488;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917694;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr14 106452690 . G A 68.03 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0176002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4333;QD=14.3225;RBI=0.0286904;REFB=-0.0230997;REVB=-0.0226577;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.064296;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:4:5:6:3:4:6 chr14 106452766 . T A 184.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0234715;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.377;QD=14.4618;RBI=0.0347386;REFB=-0.0359437;REVB=-0.0256097;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256009;STB=0.645036;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.031681;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:7:23:11:10:7:23 chr14 106452817 . A G 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0419724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.476;QD=23.8984;RBI=0.043632;REFB=-0.0217697;REVB=-0.0119192;RO=25;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182001;STB=0.60013;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0131233;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:23:13:15:10:23:13:15:10 chr14 106471268 . A G 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030145;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0464;QD=62.0395;RBI=0.0356246;REFB=0;REVB=0.0189839;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449216;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr14 106471273 . C T 576.57 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.039374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4369;QD=52.4157;RBI=0.041433;REFB=-0.0324618;REVB=0.0128988;RO=4;SAF=18;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051209;STB=0.527384;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0169479;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:22:18:3:1:22:18:3:1 chr14 106471353 . C T 1418.75 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213389;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1633;QD=63.0557;RBI=0.00861863;REFB=0;REVB=0.00835029;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3659e-05;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:1:0:90:90:1:47:43:1:0:47:43:0:0 chr14 106471388 . C A 1333.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.015;QD=62.0283;RBI=0.0155718;REFB=0;REVB=0.00931457;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5541e-05;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr14 106471528 . C A 364.98 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6752;QD=52.1395;RBI=0.0611349;REFB=0.00689444;REVB=-0.023581;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000550093;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:1:0:10:17:1:0 chr14 106471534 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5524;QD=52.6121;RBI=0.102959;REFB=0;REVB=-0.0771304;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00457565;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr14 106471547 . A G 223.53 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9471;QD=49.6738;RBI=0.116432;REFB=0;REVB=0.11524;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198171;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:5:13:0:0 chr14 106471652 . CAA CA,CAC 530.22 PASS AF=0.604167,0.395833;AO=9,14;DP=48;FAO=29,19;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=4,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.656061,0.0984378;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.6975,178.83;QD=44.1852;RBI=0.708659,0.152734;REFB=0,0;REVB=0.267921,0.116781;RO=20;SAF=6,0;SAR=3,14;SRF=19;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.449517,-0.871955;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0380503,0.0185342;OID=.,.;OPOS=106471653,106471654;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.604167,0.395833:9,14:48:29,19:48:0:25,0:4,19:0:0:99:20:6,0:3,14:19:1 chr14 106471685 . G A 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0256237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.714;QD=20.7233;RBI=0.0271407;REFB=-0.0203048;REVB=0.00894696;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986919;STB=0.560408;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0232787;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:20:17:11:21:20:17:11:22 chr14 106471689 . A C 279.12 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00960104;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.395;QD=16.4191;RBI=0.0238353;REFB=-0.00704593;REVB=-0.021816;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106351;STB=0.55996;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0147735;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:17:20:20:11:17:20 chr14 106478334 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.537;QD=33.4285;RBI=0.0331598;REFB=0;REVB=0.0316421;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077018;OID=.;OPOS=106478334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 106478354 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.655;QD=35.5758;RBI=0.0379076;REFB=0;REVB=0.0343475;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172409;OID=.;OPOS=106478354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 106478401 . G A 296.43 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000989099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.73;QD=49.4056;RBI=0.0292068;REFB=-0.172765;REVB=0.02919;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00153525;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chr14 106478513 . C G 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00391065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.074;QD=22.3819;RBI=0.00411717;REFB=-0.0150062;REVB=-0.00128757;RO=28;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266804;STB=0.514698;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00923182;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:22:14:10:18:22:14:10:18 chr14 106478531 . G A 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0204891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.56;QD=14.9202;RBI=0.0211951;REFB=0.00373963;REVB=-0.00542494;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332645;STB=0.501885;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.004453;OID=.;OPOS=106478531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:12:25:19:9:12:25 chr14 106478560 . T G 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0184714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1108;QD=12.7237;RBI=0.01962;REFB=-0.00370966;REVB=0.00661434;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503781;STB=0.528901;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00556663;OID=.;OPOS=106478560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:11:25:15:8:11:25 chr14 106478563 . G C 197.9 PASS AF=0.425926;AO=24;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0484382;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5233;QD=14.6589;RBI=0.0491378;REFB=-0.0464234;REVB=0.00826257;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023736;STB=0.504421;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0646122;OID=.;OPOS=106478563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:24:23:0.425926:16:8:11:20:15:8:11:20 chr14 106494269 . T C 1364.86 PASS AF=1;AO=72;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224827;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7941;QD=62.7522;RBI=0.225727;REFB=0;REVB=-0.0201355;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248054;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:72:87:1:40:32:0:0:41:46:0:0 chr14 106518418 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0327308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.2;QD=21.0154;RBI=0.0349143;REFB=-0.0148303;REVB=-0.0121534;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444403;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128787;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:4:9:11:5:4:9 chr14 106518848 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0636355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.681;QD=22.7196;RBI=0.0644665;REFB=-0.00851276;REVB=0.010318;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011206;STB=0.50632;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00471829;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:5:4:6:8:5:4 chr14 106573311 . C T 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00167968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.337;QD=10.1864;RBI=0.0103983;REFB=-0.0242112;REVB=-0.0102617;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165649;STB=0.599863;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0374996;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:10:5:16:18:10:5:16:18 chr14 106573354 . A G 98.24 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0296779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4619;QD=6.33838;RBI=0.0414388;REFB=0.00313817;REVB=0.0289205;RO=47;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145631;STB=0.590784;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00576538;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:10:5:21:26:10:5:21:26 chr14 106573357 . GT TA 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0229223;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=62.3759;QD=6.50687;RBI=0.0235806;REFB=0.012047;REVB=0.00553289;RO=46;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130719;STB=0.581284;STBP=0.542;TYPE=mnp;VARB=-0.0364877;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:10:5:20:26:10:5:20:26 chr14 106573364 . C T 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0117905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.039;QD=6.17977;RBI=0.0124619;REFB=-0.00699249;REVB=0.00403516;RO=46;SAF=4;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27409;STB=0.673227;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0179866;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:46:48:15:15:0.238095:11:4:22:24:11:4:23:25 chr14 106586290 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00673788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.601;QD=10.8531;RBI=0.00989043;REFB=-0.00865045;REVB=-0.00724027;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739725;STB=0.54309;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0119814;OID=.;OPOS=106586290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:11:10:16:23:11:10:16:23 chr14 106622076 . G A 242.17 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000964616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.401;QD=16.994;RBI=0.0115925;REFB=-0.016075;REVB=-0.0115523;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170017;STB=0.5877;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0148575;OID=.;OPOS=106622076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:27:27:0.473684:17:10:16:13:17:10:16:14 chr14 106622284 . G T 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.017065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0106;QD=17.5396;RBI=0.0174312;REFB=-0.0381717;REVB=0.00355449;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329554;STB=0.693027;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0361998;OID=.;OPOS=106622284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:2:13:10:6:2:13:10:6 chr14 106667592 . G A 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0172446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.466;QD=27.3902;RBI=0.0252844;REFB=-0.027628;REVB=0.0184912;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111446;STB=0.561979;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0146705;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:14:6:5:6:14:6:5:6 chr14 106780597 . C T 37.21 PASS AF=0.0794702;AO=12;DP=150;FAO=12;FDP=151;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=-0.00171459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.597;QD=0.985606;RBI=0.0781083;REFB=-0.00377384;REVB=-0.0780895;RO=137;SAF=4;SAR=8;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215675;STB=0.669322;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0332153;OID=.;OPOS=106780597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:150:151:137:139:12:12:0.0794702:8:4:72:65:8:4:72:67 chr14 106780634 . G A 456.16 PASS AF=0.349693;AO=57;DP=163;FAO=57;FDP=163;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0173617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.136;QD=11.194;RBI=0.0175158;REFB=-0.00702031;REVB=0.00231797;RO=106;SAF=32;SAR=25;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123164;STB=0.570422;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0136722;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:106:106:57:57:0.349693:25:32:48:58:25:32:48:58 chr14 106780647 . A G 42.32 PASS AF=0.083871;AO=13;DP=154;FAO=13;FDP=155;FR=.;FRO=142;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=-0.0355163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.243;QD=1.092;RBI=0.036063;REFB=-0.00103008;REVB=-0.00625519;RO=141;SAF=4;SAR=9;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218024;STB=0.678115;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0132863;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:154:155:141:142:13:13:0.083871:9:4:70:71:9:4:71:71 chr14 106780803 . C G 37.96 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.000367789;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3955;QD=2.76064;RBI=0.0232806;REFB=-0.0183609;REVB=-0.0232777;RO=48;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344826;STB=0.749319;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.137276;OID=.;OPOS=106780803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:55:48:48:7:7:0.127273:2:5:20:28:2:5:20:28 chr14 106780816 . CA C,CC 916.81 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=11,52;DP=63;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978938,0.113932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.396,231.63;QD=58.21;RBI=0.0983086,0.114396;REFB=0,0;REVB=0.00902109,0.0102998;RO=0;SAF=8,18;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.19096e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00394338,6.01503e-05;OID=.,.;OPOS=106780817,106780817;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015873,0.984127:11,52:63:1,62:63:0:0,26:1,36:0:0:3:0:8,18:3,34:0:0 chr14 106780956 . AG A 136.39 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00410169;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4831;QD=6.99458;RBI=0.0380036;REFB=0.0118623;REVB=0.0377816;RO=52;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233685;STB=0.513616;STBP=0.897;TYPE=del;VARB=-0.0221633;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:26:79:26:78:52:10:16:19:33:99:52:10:16:19:33 chr14 106791006 . C T 822.08 PASS AF=0.643478;AO=72;DP=114;FAO=74;FDP=115;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0125022;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.726;QD=28.5941;RBI=0.0153443;REFB=-0.0187807;REVB=-0.00889628;RO=42;SAF=38;SAR=34;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189304;STB=0.505299;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0103421;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:42:41:72:74:0.643478:34:38:21:21:35:39:21:20 chr14 106791117 . G A 138.9 PASS AF=0.132231;AO=32;DP=242;FAO=32;FDP=242;FR=.;FRO=210;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=102;FWDB=-0.0475993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.385;QD=2.29581;RBI=0.0476338;REFB=-9.39664e-05;REVB=0.00181363;RO=209;SAF=18;SAR=14;SRF=108;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582867;STB=0.54203;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=7.70196e-05;OID=.;OPOS=106791117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:209:210:32:32:0.132231:14:18:108:101:14:18:108:102 chr14 106791119 . A G 994.91 PASS AF=0.441176;AO=105;DP=240;FAO=105;FDP=238;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=0.0125247;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.09;QD=16.7211;RBI=0.0208781;REFB=-0.00442366;REVB=-0.0167041;RO=132;SAF=53;SAR=52;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025634;STB=0.51625;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00443547;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:132:133:105:105:0.441176:52:53:70:62:52:53:71:62 chr14 106791131 . A G 584.84 PASS AF=0.315126;AO=75;DP=239;FAO=75;FDP=238;FR=.;FRO=163;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=89;FSRR=74;FWDB=-0.00805409;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.512;QD=9.82917;RBI=0.00894875;REFB=-0.00433178;REVB=-0.00390022;RO=162;SAF=35;SAR=40;SRF=89;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977075;STB=0.554176;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0123971;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:162:163:75:75:0.315126:40:35:89:73:40:35:89:74 chr14 106791200 . GC AG 701.56 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0139177;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.969;QD=18.961;RBI=0.0148793;REFB=-0.0178892;REVB=-0.0052621;RO=78;SAF=40;SAR=30;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318488;STB=0.517642;STBP=0.678;TYPE=mnp;VARB=0.0194089;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:78:78:70:70:0.472973:30:40:42:36:30:40:42:36 chr14 106805212 . C G 418.39 PASS AF=0.413793;AO=46;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0561365;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8698;QD=14.4273;RBI=0.0609957;REFB=-0.0485475;REVB=0.0238572;RO=70;SAF=15;SAR=31;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148995;STB=0.571452;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0452705;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:68:46:48:0.413793:31:15:32:38:31:17:32:36 chr14 106805236 . C T 586.52 PASS AF=0.388571;AO=68;DP=175;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.000102803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.925;QD=13.4062;RBI=0.0402237;REFB=-0.0247336;REVB=-0.0402235;RO=103;SAF=23;SAR=45;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584745;STB=0.542255;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0399708;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:103:107:68:68:0.388571:45:23:40:63:45:23:43:64 chr14 106805278 . A G 1174.04 PASS AF=0.449275;AO=124;DP=277;FAO=124;FDP=276;FR=.;FRO=152;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=53;FSRR=99;FWDB=0.00534019;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.154;QD=17.0151;RBI=0.0076711;REFB=0.00314814;REVB=-0.00550709;RO=151;SAF=50;SAR=74;SRF=51;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685814;STB=0.531583;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00235408;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:276:151:152:124:124:0.449275:74:50:51:100:74:50:53:99 chr14 106805299 . A G 90.3 PASS AF=0.0837563;AO=33;DP=394;FAO=33;FDP=394;FR=.;FRO=361;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=138;FSRR=223;FWDB=-0.00511372;FXX=0.00253158;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.763;QD=0.91679;RBI=0.0051226;REFB=-5.32096e-05;REVB=0.000301563;RO=360;SAF=17;SAR=16;SRF=137;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159468;STB=0.620899;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000441539;OID=.;OPOS=106805299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:394:394:360:361:33:33:0.0837563:16:17:137:223:16:17:138:223 chr14 106805341 . G A 185.62 PASS AF=0.116009;AO=50;DP=431;FAO=50;FDP=431;FR=.;FRO=381;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=144;FSRR=237;FWDB=-0.0327372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.05;QD=1.72266;RBI=0.0342842;REFB=-0.00112876;REVB=0.0101824;RO=379;SAF=29;SAR=21;SRF=143;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251817;STB=0.67308;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0193213;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:431:379:381:50:50:0.116009:21:29:143:236:21:29:144:237 chr14 106805343 . A G 186.36 PASS AF=0.11655;AO=50;DP=428;FAO=50;FDP=429;FR=.;FRO=379;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=145;FSRR=234;FWDB=-0.0267185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.364;QD=1.73763;RBI=0.0292223;REFB=0.000702816;REVB=-0.011835;RO=378;SAF=29;SAR=21;SRF=144;SRR=234;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247368;STB=0.669228;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.005513;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:429:378:379:50:50:0.11655:21:29:144:234:21:29:145:234 chr14 106805380 . GT GG,TG 1776.61 PASS AF=0.382682,0.139665;AO=132,50;DP=360;FAO=137,50;FDP=358;FR=.;FRO=171;FSAF=44,27;FSAR=93,23;FSRF=64;FSRR=107;FWDB=0.0230089,-0.0748251;FXX=0.0055554;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=295.075,40.2513;QD=19.8503;RBI=0.0231984,0.0762687;REFB=-0.00955827,-0.0201965;REVB=0.00295935,0.0147688;RO=169;SAF=41,27;SAR=91,23;SRF=63;SRR=106;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0710721,0.211042;STB=0.533003,0.626402;STBP=0.318,0.045;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0110167,0.0246235;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:358:169:171:132,50:137,50:0.382682,0.139665:91,23:41,27:63:106:93,23:44,27:64:107 chr14 106805386 . G C 245.41 PASS AF=0.150289;AO=52;DP=346;FAO=52;FDP=346;FR=.;FRO=294;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=103;FSRR=191;FWDB=0.00406869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9155;QD=2.83708;RBI=0.0626339;REFB=0.00373926;REVB=0.0625016;RO=293;SAF=27;SAR=25;SRF=103;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217834;STB=0.642098;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.02256;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:293:294:52:52:0.150289:25:27:103:190:25:27:103:191 chr14 106805395 . G A 944.96 PASS AF=0.352761;AO=115;DP=326;FAO=115;FDP=326;FR=.;FRO=211;FSAF=40;FSAR=75;FSRF=87;FSRR=124;FWDB=-0.0371594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.187;QD=11.5946;RBI=0.0372023;REFB=-0.00690269;REVB=-0.00178552;RO=210;SAF=40;SAR=75;SRF=86;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751908;STB=0.544745;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0239254;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:210:211:115:115:0.352761:75:40:86:124:75:40:87:124 chr14 106805402 . T G 307.89 PASS AF=0.183871;AO=57;DP=309;FAO=57;FDP=310;FR=.;FRO=253;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=96;FSRR=157;FWDB=-0.0292745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.624;QD=3.97277;RBI=0.0293054;REFB=-0.000777573;REVB=-0.00134463;RO=252;SAF=29;SAR=28;SRF=96;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166166;STB=0.605154;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00294892;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:310:252:253:57:57:0.183871:28:29:96:156:28:29:96:157 chr14 106805408 . C T 881.58 PASS AF=0.354098;AO=108;DP=303;FAO=108;FDP=305;FR=.;FRO=197;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=86;FSRR=111;FWDB=0.0112494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.618;QD=11.5617;RBI=0.0133256;REFB=-0.0133476;REVB=0.00714303;RO=194;SAF=37;SAR=71;SRF=85;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114808;STB=0.564609;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0166937;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:305:194:197:108:108:0.354098:71:37:85:109:71:37:86:111 chr14 106805439 . TA CG,TG 3767.39 PASS AF=0.19685,0.80315;AO=51,201;DP=255;FAO=50,204;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=21,75;FSAR=29,129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937001,-0.00263619;FXX=0.00392141;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=67.0268,135.362;QD=59.3289;RBI=0.00948628,0.0106729;REFB=0,0;REVB=-0.00148067,0.0103422;RO=0;SAF=21,73;SAR=30,128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.53024e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0100273,0.00196401;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:255:254:0:0:51,201:50,204:0.19685,0.80315:30,128:21,73:0:0:29,129:21,75:0:0 chr14 106805481 . G A 64.46 PASS AF=0.12;AO=15;DP=126;FAO=15;FDP=125;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=0.00095721;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.964;QD=2.06285;RBI=0.0254087;REFB=-0.00434786;REVB=-0.0253907;RO=110;SAF=6;SAR=9;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234711;STB=0.516756;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0479315;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:126:125:110:110:15:15:0.12:9:6:42:68:9:6:42:68 chr14 106805485 . C G 60.25 PASS AF=0.116667;AO=14;DP=120;FAO=14;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=-0.00233376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1233;QD=2.00843;RBI=0.0308846;REFB=-0.00111498;REVB=-0.0307963;RO=106;SAF=5;SAR=9;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178905;STB=0.501293;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113429;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:120:120:106:106:14:14:0.116667:9:5:38:68:9:5:38:68 chr14 106805508 . G A 1481.91 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00685934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.7293;QD=57.5497;RBI=0.0190451;REFB=-0.1039;REVB=0.0177669;RO=2;SAF=44;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210733;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00100254;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:2:1:101:102:0.990291:57:44:2:0:57:45:1:0 chr14 106845487 . C G 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00951053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.736;QD=19.2113;RBI=0.0111405;REFB=0.000549697;REVB=-0.00580183;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471875;STB=0.520629;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.000472659;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:23:16:18:21:23:16:18:22 chr14 106866565 . C A 722.54 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=124;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0209829;FXX=0.023254;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.393;QD=22.9379;RBI=0.0210613;REFB=-0.0501129;REVB=-0.00181614;RO=54;SAF=32;SAR=37;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911785;STB=0.543198;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.029305;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:54:56:69:70:0.555556:37:32:19:35:37:33:21:35 chr14 106877550 . GA G,GC,GG 699.7 PASS AF=0,0.956522,0.0434783;AO=6,38,2;DP=47;FAO=0,44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,2;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120101,0.00712105,0.0232454;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=53.6648,69.0519,38.4728;QD=60.8433;RBI=0.0489925,0.128971,0.0438336;REFB=0,0,0;REVB=0.0474977,0.128775,0.0371623;RO=1;SAF=0,16,2;SAR=6,22,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.782178,-0.0283818,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,4.62585e-05,0.029962;OID=.,.,.;OPOS=106877551,106877551,106877551;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.956522,0.0434783:6,38,2:47:0,44,2:46:0:0,16,2:0,28,0:0:0:9:1:0,16,2:6,22,0:1:0 chr14 106877591 . G C 31.12 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.042959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7368;QD=2.349;RBI=0.0834502;REFB=0.00183181;REVB=0.0715434;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365222;STB=0.766669;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00965041;OID=.;OPOS=106877591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:16:31:2:4:16:31 chr14 106926328 . A C 525.0 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0455773;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4989;QD=21.2121;RBI=0.0503181;REFB=0.000429978;REVB=0.0213219;RO=49;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037877;STB=0.526392;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00154355;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:49:49:50:0.505051:28:21:19:30:28:22:19:30 chr14 106926362 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0029513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.055;QD=21.0642;RBI=0.00922653;REFB=-0.00322223;REVB=0.00874178;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167268;STB=0.585949;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0023622;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:20:24:14:26:20:24:15:26 chr14 106926388 . T C 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0114514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.454;QD=21.2774;RBI=0.0176411;REFB=-0.00892467;REVB=-0.0134192;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184037;STB=0.601348;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00848792;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:19:20:10:24:19:20:10:24 chr14 106926456 . A C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0135575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.273;QD=19.3686;RBI=0.0341085;REFB=-0.0611479;REVB=0.0312983;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199204;STB=0.613586;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0164929;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:7:8:5:11:7:8 chr14 106926649 . C A 206.88 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0521705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.432;QD=21.7764;RBI=0.0521952;REFB=-0.0125112;REVB=-0.00160397;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300258;STB=0.667328;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00475554;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:13:4:13:8:13:4 chr14 106963101 . C T 302.64 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00766758;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.777;QD=13.9145;RBI=0.00812831;REFB=-0.00385223;REVB=-0.0026977;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.515492;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00538188;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:47:53:34:34:0.390805:21:13:14:33:21:13:19:34 chr14 106993886 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0226284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.11;QD=5.01789;RBI=0.0279878;REFB=0.00328574;REVB=-0.0164705;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417836;STB=0.786946;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0111564;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:6:1:12:15:6:1:12:15 chr14 106993945 . T C 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.010829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.647;QD=6.39538;RBI=0.0122975;REFB=-0.0106019;REVB=-0.00582775;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22256;STB=0.642535;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0166061;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:6:3:15:14:6:3:15:14 chr14 106994009 . GCT TTC 91.57 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0165968;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.977;QD=11.8153;RBI=0.0178845;REFB=-0.0181681;REVB=0.00666353;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532606;STB=0.761475;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.0301678;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:31:31:19:19:11:12:0.387097:9:2:13:6:9:3:13:6 chr14 106994015 . G A 107.53 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00383338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.176;QD=14.8317;RBI=0.00570164;REFB=-0.0383089;REVB=-0.00422066;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489301;STB=0.755176;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0226677;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:15:16:11:12:0.413793:8:3:12:3:8:4:13:3 chr14 106994063 . C T 118.57 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=21;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0213523;FXX=0.0869187;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.397;QD=22.5846;RBI=0.0273579;REFB=0.00134207;REVB=0.0171037;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808542;STB=0.649772;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00207577;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:21:3:8:11:12:0.571429:6:5:2:1:6:6:7:1 chr14 107013129 . A C 130.61 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00905712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6035;QD=22.7155;RBI=0.0206003;REFB=-0.0442662;REVB=-0.0185024;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162078;STB=0.565126;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0252987;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:7:7:2:6:7:7:3:6 chr14 107013201 . G T 65.5 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00442886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.079;QD=11.9083;RBI=0.0156626;REFB=-0.0180457;REVB=-0.0150234;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0220667;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:11:13:8:9:0.409091:5:3:5:6:5:4:7:6 chr14 107034920 . C T 60.27 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0190461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.767;QD=2.0429;RBI=0.0221655;REFB=0.000770527;REVB=-0.0113381;RO=103;SAF=4;SAR=10;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229218;STB=0.670634;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00757053;OID=.;OPOS=107034920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:103:104:14:14:0.118644:10:4:48:55:10:4:49:55 chr14 107034967 . T C 182.0 PASS AF=0.315789;AO=23;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0480725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0513;QD=9.57878;RBI=0.0505392;REFB=-0.00792054;REVB=-0.0155961;RO=52;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151059;STB=0.599916;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0134196;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:23:24:0.315789:14:9:27:25:15:9:27:25 chr14 107035020 . C T 176.52 PASS AF=0.282353;AO=23;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00952864;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2067;QD=8.30666;RBI=0.0242124;REFB=-0.00835794;REVB=-0.0222585;RO=62;SAF=9;SAR=14;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227291;STB=0.622724;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0262338;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:61:23:24:0.282353:14:9:36:26:14:10:36:25 chr14 107035140 . G C 82.57 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0404669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3078;QD=3.66966;RBI=0.0784876;REFB=-0.00435831;REVB=0.0672513;RO=75;SAF=8;SAR=7;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137715;STB=0.590246;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0235377;OID=.;OPOS=107035140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:75:75:15:15:0.166667:7:8:48:27:7:8:48:27 chr14 107035142 . G A 82.07 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=-0.00408417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8604;QD=3.60768;RBI=0.0411047;REFB=-0.00285553;REVB=0.0409013;RO=76;SAF=8;SAR=7;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161716;STB=0.605837;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0135769;OID=.;OPOS=107035142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:7:8:50:26:7:8:50:26 chr14 107035182 . T G 31.82 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00444311;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.54;QD=1.8715;RBI=0.0322936;REFB=0.0022902;REVB=-0.0319865;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255723;STB=0.695854;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0354844;OID=.;OPOS=107035182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:68:60:61:7:7:0.102941:4:3:39:21:4:3:40:21 chr14 107048702 . G A 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00777217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.519;QD=8.71546;RBI=0.0473971;REFB=-0.0209553;REVB=-0.0467556;RO=43;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148142;STB=0.577624;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0473251;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:44:19:19:0.301587:9:10:28:15:9:10:28:16 chr14 107048749 . C G 167.67 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0184899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.877;QD=8.38333;RBI=0.022751;REFB=-0.00518812;REVB=-0.0132565;RO=56;SAF=15;SAR=8;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351238;STB=0.516;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0164666;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:57:23:23:0.2875:8:15:35:21:8:15:36:21 chr14 107048767 . G T 156.17 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00878834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.694;QD=7.61823;RBI=0.00959969;REFB=-0.0106275;REVB=0.00386253;RO=60;SAF=13;SAR=9;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114407;STB=0.50689;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0304861;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:9:13:36:24:9:13:36:24 chr14 107048885 . C T 95.83 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.087487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.719;QD=22.5475;RBI=0.0880517;REFB=-0.0136102;REVB=-0.00995584;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0133494;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr14 107078567 . T C 298.47 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0292693;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.046;QD=18.3676;RBI=0.035238;REFB=0.00118148;REVB=-0.0196219;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.508766;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00152063;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:15:18:18:14:15:18 chr14 107078790 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.193;QD=55.8052;RBI=0.035413;REFB=0.0308776;REVB=0.0194365;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.89793e-05;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:0:1:32:27:0:1 chr14 107083286 . A G 51.86 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.000940209;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.223;QD=3.00664;RBI=0.0335915;REFB=-0.00262697;REVB=-0.0335784;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514876;STB=0.879308;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0174174;OID=.;OPOS=107083286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:69:60:59:10:10:0.144928:9:1:29:31:9:1:30:29 chr14 107083424 . T C 858.62 PASS AF=0.360129;AO=99;DP=300;FAO=112;FDP=311;FR=.;FRO=199;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=71;FSRR=128;FWDB=0.00467089;FXX=0.00638957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.064;QD=11.0433;RBI=0.00470469;REFB=-0.0132889;REVB=0.000562947;RO=179;SAF=41;SAR=58;SRF=65;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060407;STB=0.569818;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0246475;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:311:179:199:99:112:0.360129:58:41:65:114:60:52:71:128 chr14 107083633 . T C 990.4 PASS AF=0.569697;AO=94;DP=165;FAO=94;FDP=165;FR=.;FRO=71;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0254539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5668;QD=24.0097;RBI=0.0388677;REFB=-0.00788592;REVB=-0.0293734;RO=69;SAF=50;SAR=44;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643115;STB=0.534924;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00550503;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:69:71:94:94:0.569697:44:50:31:38:44:50:32:39 chr14 107095326 . C T 1345.88 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.502;QD=61.1762;RBI=0.0482072;REFB=-0.0894578;REVB=-0.00864586;RO=1;SAF=32;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479394;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:1:0:87:88:1:55:32:1:0:55:33:0:0 chr14 107113763 . A G 147.33 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00175898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.213;QD=11.3327;RBI=0.0192088;REFB=0.00364274;REVB=0.0191281;RO=34;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265631;STB=0.669427;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00515039;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:34:17:18:0.346154:14:3:12:22:15:3:12:22 chr14 107113780 . G A 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.025786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.366;QD=8.89862;RBI=0.027597;REFB=-0.000900575;REVB=0.00983255;RO=48;SAF=4;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297467;STB=0.679808;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00200223;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:17:4:19:29:17:4:19:29 chr14 107113785 . C T 160.69 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0510746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.822;QD=8.68618;RBI=0.0514938;REFB=-0.0147182;REVB=-0.00655714;RO=52;SAF=5;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222753;STB=0.634196;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0514342;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:17:5:20:32:17:5:20:32 chr14 107113846 . A T 253.54 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0342439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.659;QD=9.84628;RBI=0.0595555;REFB=-0.00124294;REVB=-0.0487259;RO=69;SAF=9;SAR=24;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139945;STB=0.578462;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00359514;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:70:33:33:0.320388:24:9:26:43:24:9:26:44 chr14 107113851 . C T 165.5 PASS AF=0.247525;AO=22;DP=100;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=0.00477191;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.965;QD=6.5545;RBI=0.00951033;REFB=-0.0132644;REVB=-0.0082265;RO=77;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913472;STB=0.607504;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0531294;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:77:76:22:25:0.247525:14:8:23:54:14:11:23:53 chr14 107113855 . A G 248.25 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.00904976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.647;QD=9.457;RBI=0.0150374;REFB=-0.0138782;REVB=0.0120094;RO=71;SAF=9;SAR=24;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109441;STB=0.571383;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0149241;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:72:33:33:0.314286:24:9:25:46:24:9:26:46 chr14 107113858 . A G 250.57 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0230367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.497;QD=9.63725;RBI=0.0235266;REFB=-0.00445698;REVB=0.00477585;RO=69;SAF=9;SAR=24;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121792;STB=0.574901;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00812726;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:69:71:33:33:0.317308:24:9:25:44:24:9:26:45 chr14 107113968 . C A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000626723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.265;QD=8.23037;RBI=0.000939325;REFB=-0.0304354;REVB=-0.000699679;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787474;STB=0.548919;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0539054;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:9:16:7:3:9:16 chr14 107114193 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0115714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.05;QD=24.1062;RBI=0.0116092;REFB=-0.0190982;REVB=-0.000935224;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161318;STB=0.590087;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0266112;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:9:10:8:16:9:10 chr14 107131063 . A G 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00923305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.292;QD=2.35121;RBI=0.0236909;REFB=0.000955561;REVB=-0.0218176;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111797;STB=0.58637;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0137588;OID=.;OPOS=107131063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:27:20:2:4:27:20 chr14 107131410 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00440906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8546;QD=11.8143;RBI=0.0193101;REFB=-0.00213879;REVB=-0.0188;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290827;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00187753;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:13:10:6:7:13:10 chr14 107170005 . T C 392.41 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00891581;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.672;QD=27.5377;RBI=0.0176076;REFB=-0.0384923;REVB=-0.0151834;RO=20;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147108;STB=0.508028;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0144732;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:20:20:37:37:0.649123:23:14:8:12:23:14:8:12 chr14 107170055 . G A 160.97 PASS AF=0.338462;AO=20;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0117219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7452;QD=9.90594;RBI=0.0316871;REFB=-0.0258446;REVB=-0.0294392;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120172;STB=0.541813;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0703374;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:43:20:22:0.338462:11:9:15:28:13:9:15:28 chr14 107170062 . A G 144.04 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0063199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9901;QD=8.5993;RBI=0.0221023;REFB=-0.048222;REVB=-0.0211795;RO=47;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806532;STB=0.547898;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.103677;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:11:9:18:29:11:9:18:29 chr14 107170077 . C T 126.73 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0345101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2837;QD=8.04624;RBI=0.0814297;REFB=-0.0132241;REVB=-0.0737554;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425963;STB=0.532339;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0285001;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:45:18:18:0.285714:10:8:18:26:10:8:18:27 chr14 107170219 . C G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00981979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.456;QD=13.8497;RBI=0.0245797;REFB=-0.0122591;REVB=0.0225329;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234134;STB=0.636194;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0215362;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:15:10:10:6:15:10 chr14 107178832 . A G 2412.64 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00444084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7616;QD=59.9413;RBI=0.0271001;REFB=-0.062652;REVB=-0.0267338;RO=2;SAF=77;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121963;STB=0.503184;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00085731;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:161:161:2:1:159:160:0.993789:82:77:2:0:82:78:1:0 chr14 107178965 . A C 576.86 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00472469;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.871;QD=18.3131;RBI=0.00944779;REFB=-0.0141766;REVB=0.00818157;RO=66;SAF=24;SAR=36;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818901;STB=0.545439;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.014;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:66:66:60:60:0.47619:36:24:32:34:36:24:32:34 chr14 107179268 . A G 325.91 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00196603;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.413;QD=14.3255;RBI=0.00288852;REFB=-0.00791278;REVB=0.00211619;RO=54;SAF=9;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254086;STB=0.652083;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0099656;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:27:9:25:29:27:9:26:29 chr14 107211211 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0173383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.573;QD=18.2512;RBI=0.0238054;REFB=-0.00919181;REVB=0.0163119;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342688;STB=0.69812;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00508542;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:8:7:12:3:8:7 chr15 20462603 . G T 503.45 PASS AF=0.526882;AO=48;DP=92;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00651417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.573;QD=21.6538;RBI=0.0185346;REFB=0.0038469;REVB=0.0173522;RO=44;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111857;STB=0.565249;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00335081;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:44:44:48:49:0.526882:29:19:23:21:30:19:23:21 chr15 20462613 . G C 48.31 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0100718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.141;QD=1.97173;RBI=0.0103044;REFB=0.00185397;REVB=-0.0021768;RO=87;SAF=4;SAR=7;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104494;STB=0.577591;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0220197;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:87:87:11:11:0.112245:7:4:39:48:7:4:39:48 chr15 20476906 . T C 101.49 PASS AF=0.124352;AO=24;DP=193;FAO=24;FDP=193;FR=.;FRO=169;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=98;FSRR=71;FWDB=0.00411285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.851;QD=2.10349;RBI=0.0128753;REFB=-0.00323136;REVB=0.0122007;RO=168;SAF=10;SAR=14;SRF=98;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206509;STB=0.640023;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0312201;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:168:169:24:24:0.124352:14:10:98:70:14:10:98:71 chr15 20588705 . C A 383.92 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00953528;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1315;QD=14.6253;RBI=0.0150077;REFB=-0.0137656;REVB=0.0115892;RO=61;SAF=21;SAR=23;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14971;STB=0.584121;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.019894;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:61:44:44:0.419048:23:21:38:23:23:21:38:23 chr15 20645751 . G A 51.04 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=63;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0115055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.867;QD=3.1411;RBI=0.0124881;REFB=-0.00647032;REVB=-0.00485556;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327162;STB=0.630526;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0360078;OID=.;OPOS=20645751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:63:65:55:55:8:10:0.153846:3:5:19:36:5:5:19:36 chr15 20645827 . A G 71.45 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=52;FWDB=0.00595772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.204;QD=3.76053;RBI=0.0195554;REFB=-0.00983304;REVB=-0.0186258;RO=57;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328675;STB=0.570453;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0619461;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:57:63:13:13:0.171053:10:3:5:52:10:3:11:52 chr15 20874846 . G A 422.02 PASS AF=0.192308;AO=75;DP=390;FAO=75;FDP=390;FR=.;FRO=315;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=139;FSRR=176;FWDB=-0.0164785;FXX=0.00255748;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.551;QD=4.32845;RBI=0.0167833;REFB=0.00200274;REVB=0.00318423;RO=313;SAF=38;SAR=37;SRF=139;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810682;STB=0.552742;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00829867;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:313:315:75:75:0.192308:37:38:139:174:37:38:139:176 chr15 20874897 . A G 4344.19 PASS AF=0.771363;AO=332;DP=431;FAO=334;FDP=433;FR=.;FRO=99;FSAF=156;FSAR=178;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.0216454;FXX=0.00230409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.74;QD=40.1311;RBI=0.0218994;REFB=-0.0188085;REVB=0.00332571;RO=99;SAF=154;SAR=178;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845077;STB=0.505198;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00517952;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:433:99:99:332:334:0.771363:178:154:44:55:178:156:44:55 chr15 20874927 . T A 775.17 PASS AF=0.279012;AO=103;DP=405;FAO=113;FDP=405;FR=.;FRO=292;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=135;FSRR=157;FWDB=-0.00628716;FXX=0.0264417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.984;QD=7.65604;RBI=0.0194812;REFB=-0.000697699;REVB=0.0184388;RO=287;SAF=38;SAR=65;SRF=136;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134325;STB=0.581328;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00195826;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:287:292:103:113:0.279012:65:38:136:151:73:40:135:157 chr15 20876452 . G A 122.49 PASS AF=0.132701;AO=28;DP=212;FAO=28;FDP=211;FR=.;FRO=183;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=110;FSRR=73;FWDB=0.019483;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.525;QD=2.32205;RBI=0.0248698;REFB=-0.00424397;REVB=-0.0154569;RO=183;SAF=10;SAR=18;SRF=110;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301383;STB=0.703446;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.029781;OID=.;OPOS=20876452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:183:183:28:28:0.132701:18:10:110:73:18:10:110:73 chr15 20876515 . A G 1874.11 PASS AF=0.648221;AO=164;DP=255;FAO=164;FDP=253;FR=.;FRO=89;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0205157;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.053;QD=29.6302;RBI=0.0280665;REFB=-0.0282192;REVB=0.0191529;RO=89;SAF=91;SAR=73;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911689;STB=0.549007;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0162326;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:253:89:89:164:164:0.648221:73:91:37:52:73:91:37:52 chr15 20876539 . T A 273.82 PASS AF=0.190661;AO=49;DP=257;FAO=49;FDP=257;FR=.;FRO=208;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=102;FSRR=106;FWDB=0.0137072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.706;QD=4.26177;RBI=0.0166948;REFB=1.04209e-06;REVB=-0.00953041;RO=206;SAF=24;SAR=25;SRF=101;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638837;STB=0.500476;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-4.6028e-06;OID=.;OPOS=20876539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:206:208:49:49:0.190661:25:24:101:105:25:24:102:106 chr15 22368855 . T C 483.23 PASS AF=0.322751;AO=61;DP=189;FAO=61;FDP=189;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=0.000543553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.452;QD=10.2271;RBI=0.000689475;REFB=0.000443655;REVB=0.000424176;RO=128;SAF=35;SAR=26;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780163;STB=0.545042;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000878195;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:128:128:61:61:0.322751:26:35:65:63:26:35:65:63 chr15 22368862 . G A 2567.61 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6982;QD=61.1336;RBI=0.0449787;REFB=-0.0723384;REVB=-0.0295375;RO=2;SAF=85;SAR=81;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110646;STB=0.50289;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000475376;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:2:1:166:167:0.994048:81:85:2:0:81:86:1:0 chr15 22368905 . G A 894.67 PASS AF=0.678261;AO=78;DP=115;FAO=78;FDP=115;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0144974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.067;QD=31.119;RBI=0.0220069;REFB=-0.0150628;REVB=0.0165569;RO=37;SAF=41;SAR=37;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576853;STB=0.531053;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00700188;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:37:37:78:78:0.678261:37:41:23:14:37:41:23:14 chr15 22368957 . C T 363.56 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0427499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.207;QD=12.3241;RBI=0.0514129;REFB=-0.0120759;REVB=0.028561;RO=73;SAF=30;SAR=14;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126779;STB=0.577853;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0223241;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:74:44:44:0.372881:14:30:42:31:14:30:42:32 chr15 22369132 . G A 194.92 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0186668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.924;QD=6.96125;RBI=0.0190116;REFB=-0.00527589;REVB=0.00360443;RO=83;SAF=13;SAR=16;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217425;STB=0.629835;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.011446;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:16:13:52:31:16:13:52:31 chr15 22369179 . A T 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00347917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.971;QD=8.24517;RBI=0.0103524;REFB=-0.0153716;REVB=-0.00975024;RO=44;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317068;STB=0.518991;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0464491;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:7:11:28:16:7:11:28:16 chr15 22369248 . T C 851.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.74;QD=57.7074;RBI=0.0338184;REFB=0;REVB=0.0279485;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109487;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:37:22:0:0 chr15 22369290 . A G 603.51 PASS AF=0.545455;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00588064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.643;QD=21.9459;RBI=0.032678;REFB=-0.0378652;REVB=0.0321445;RO=50;SAF=34;SAR=25;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179634;STB=0.60087;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0295935;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:50:50:59:60:0.545455:25:34:18:32:25:35:18:32 chr15 22369426 . G A 1298.76 PASS AF=0.587379;AO=121;DP=206;FAO=121;FDP=206;FR=.;FRO=85;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00309658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.564;QD=25.2187;RBI=0.00672732;REFB=-0.00217638;REVB=-0.00597227;RO=85;SAF=62;SAR=59;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488818;STB=0.526485;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00143851;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:85:85:121:121:0.587379:59:62:49:36:59:62:49:36 chr15 22382551 . G A 456.43 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0182834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.778;QD=13.9367;RBI=0.0204248;REFB=-0.0206583;REVB=0.00910429;RO=79;SAF=18;SAR=34;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136784;STB=0.577486;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0355444;OID=.;OPOS=22382551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:34:18:37:42:34:18:37:42 chr15 22382739 . A G 1157.62 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00466102;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.303;QD=59.365;RBI=0.0128541;REFB=-0.0780872;REVB=0.0119793;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122921;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000126997;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:0:1:38:39:0:1 chr15 22383066 . A G 2159.66 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.981;QD=63.0558;RBI=0.0199048;REFB=0;REVB=0.0150554;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13382e-05;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:71:66:0:0:71:66:0:0 chr15 22383189 . G A 1950.42 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.817;QD=61.9182;RBI=0.0267669;REFB=0;REVB=0.00839016;RO=0;SAF=61;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5792e-05;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:65:61:0:0:65:61:0:0 chr15 22383292 . T C 357.97 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0264669;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5564;QD=10.0837;RBI=0.0266306;REFB=-0.00421631;REVB=0.00294802;RO=93;SAF=23;SAR=22;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942608;STB=0.54623;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00946387;OID=.;OPOS=22383292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:93:97:45:45:0.316901:22:23:40:53:22:23:43:54 chr15 22383482 . GA G 504.19 PASS AF=0.681818;AO=44;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00116049;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.046;QD=30.5571;RBI=0.0155335;REFB=-0.00913395;REVB=0.0154901;RO=21;SAF=15;SAR=29;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144735;STB=0.571798;STBP=0.097;TYPE=del;VARB=0.0036883;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:44:66:45:66:21:16:29:12:9:99:21:15:29:12:9 chr15 22413700 . A G 1527.29 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.385;QD=59.312;RBI=0.00275178;REFB=0;REVB=0.00159891;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06288e-05;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr15 22413825 . C T 1784.71 PASS AF=0.628458;AO=159;DP=254;FAO=159;FDP=253;FR=.;FRO=94;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.00963112;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.191;QD=28.2168;RBI=0.0610614;REFB=-0.0196538;REVB=-0.0602971;RO=94;SAF=77;SAR=82;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111821;STB=0.506023;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0112467;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:94:94:159:159:0.628458:82:77:44:50:82:77:44:50 chr15 22440297 . A G 141.67 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0101111;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.74;QD=12.0573;RBI=0.0413865;REFB=-0.0206422;REVB=0.0401324;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203358;STB=0.607451;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0210582;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:32:31:16:16:0.340426:4:12:19:13:4:12:19:12 chr15 22440322 . A G 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00107426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.189;QD=10.4728;RBI=0.00902945;REFB=-0.0181585;REVB=0.00896532;RO=35;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16742;STB=0.599877;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0359276;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:5:12:20:15:5:12:20:15 chr15 22440816 . A G 264.85 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0129254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.749;QD=10.9218;RBI=0.0190335;REFB=-0.00821763;REVB=-0.0139716;RO=65;SAF=11;SAR=21;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159595;STB=0.593081;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0221986;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:32:32:0.329897:21:11:31:34:21:11:31:34 chr15 22448406 . G A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0147767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.382;QD=10.3801;RBI=0.0172883;REFB=-0.0180415;REVB=-0.00897395;RO=36;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729812;STB=0.542811;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.041089;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:12:6:10:26:12:6:10:26 chr15 22448752 . C T 192.53 PASS AF=0.222222;AO=30;DP=136;FAO=30;FDP=135;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=0.00216254;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.429;QD=5.70461;RBI=0.00850997;REFB=-0.00169188;REVB=0.00823061;RO=104;SAF=12;SAR=18;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209212;STB=0.631493;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00968535;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:104:105:30:30:0.222222:18:12:59:45:18:12:60:45 chr15 22840279 . G T 96.11 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00558073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.065;QD=12.0137;RBI=0.0353866;REFB=0.00297565;REVB=-0.0349437;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115455;STB=0.593599;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00512666;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:7:13:6:6:7:13 chr15 22873784 . C T 300.12 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00663474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.812;QD=13.9589;RBI=0.00663656;REFB=-0.00383464;REVB=-0.000155386;RO=52;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147399;STB=0.583404;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0038985;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:19:15:16:36:19:15:16:36 chr15 22926229 . G A 393.09 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0192297;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.633;QD=19.4117;RBI=0.0193543;REFB=-0.0218112;REVB=0.0021927;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116758;STB=0.50649;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0211638;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:21:19:20:21:21:19:20:21 chr15 22960868 . G C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0408034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.777;QD=18.1184;RBI=0.0408497;REFB=-0.0123711;REVB=0.00194449;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138116;STB=0.57823;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0131273;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:6:14:10:8:6:14 chr15 23006358 . CT C 56.54 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.136769;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9049;QD=11.904;RBI=0.149085;REFB=-0.136322;REVB=-0.0593329;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.301724;SSSB=0;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.114873;OID=.;OPOS=23006359;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:9:20:10:19:9:4:6:4:5:52:9:4:5:4:5 chr15 23006364 . GAA CAG,GA 30.91 PASS AF=0.0769231,0.230769;AO=2,8;DP=26;FAO=2,6;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=2,4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0207012,-0.12122;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=127.969,12.7331;QD=4.75512;RBI=0.0562638,0.28475;REFB=-0.0188433,-0.104561;REVB=-0.0523171,-0.257659;RO=14;SAF=0,3;SAR=2,5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0.326087;SSEP=0,0;SSSB=-0.644719,-0.343095;STB=0.996019,0.736115;STBP=0.088,0.227;TYPE=mnp,del;VARB=0.0765488,0.087851;OID=.,.;OPOS=23006364,23006365;OREF=GAA,A;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:26:26:14:18:2,8:2,6:0.0769231,0.230769:2,5:0,3:10:4:2,4:0,2:12:6 chr15 23052632 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.217;QD=59.6775;RBI=0.0442311;REFB=0;REVB=0.0144952;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146508;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr15 23059394 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4636;QD=59.0181;RBI=0.00399455;REFB=0;REVB=0.000884151;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04039e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr15 23098401 . C T 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.527;QD=58.6477;RBI=0.057774;REFB=-0.0207646;REVB=0.0469272;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000510694;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr15 23098449 . C T 937.08 PASS AF=0.833333;AO=70;DP=85;FAO=70;FDP=84;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00985589;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.586;QD=44.623;RBI=0.0218091;REFB=-0.00794113;REVB=0.019455;RO=11;SAF=38;SAR=32;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476431;STB=0.5048;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00203933;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:84:11:14:70:70:0.833333:32:38:8:3:32:38:8:6 chr15 23158339 . G C 955.92 PASS AF=0.560976;AO=92;DP=162;FAO=92;FDP=164;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0657462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2993;QD=23.3151;RBI=0.0800884;REFB=-0.0411673;REVB=-0.0457338;RO=70;SAF=43;SAR=49;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598917;STB=0.526526;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0319494;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:70:72:92:92:0.560976:49:43:38:32:49:43:38:34 chr15 23259835 . C T 195.39 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390665;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.635;QD=48.8473;RBI=0.0184919;REFB=0;REVB=-0.0180745;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477201;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr15 23261950 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6366;QD=48.7348;RBI=0.0491349;REFB=0;REVB=0.0140684;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145593;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 23326356 . G C 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.021183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.431;QD=11.4912;RBI=0.0254359;REFB=-0.00738911;REVB=0.0140807;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181055;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:22:10:5:11:22:10 chr15 23686598 . T C 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3833;QD=47.8006;RBI=0.0567976;REFB=0;REVB=0.053759;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264487;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr15 23686673 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.471;QD=51.1785;RBI=0.270482;REFB=0;REVB=0.270217;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00488747;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:2:17:0:0:2:18:0:0 chr15 23687214 . C G 1568.41 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7443;QD=64.0168;RBI=0.0324856;REFB=0;REVB=-0.0276957;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2486e-05;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:61:37:0:0:61:37:0:0 chr15 23688944 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4697;QD=59.8551;RBI=0.0146402;REFB=0;REVB=0.00674741;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93247e-05;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr15 23889033 . G T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.645;QD=56.1824;RBI=0.0430473;REFB=0;REVB=-0.00565001;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128333;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr15 23931507 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000491536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.443;QD=16.0426;RBI=0.00657544;REFB=-0.00112037;REVB=0.00655705;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.61278;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00127268;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:6:13:13:12:6:13:13:13 chr15 24921771 . G C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0115764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.106;QD=16.5272;RBI=0.0167958;REFB=0.0121556;REVB=-0.012169;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632598;STB=0.535686;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.014738;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:12:17:13:12:12:17 chr15 24922230 . C G 211.68 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0108421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.296;QD=19.6915;RBI=0.021486;REFB=-0.00760559;REVB=-0.0185499;RO=22;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344984;STB=0.698806;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00646278;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:18:3:9:13:18:3:9:13 chr15 24923390 . C T 186.5 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.000653227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4001;QD=20.1624;RBI=0.0926796;REFB=-0.039232;REVB=0.0926773;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152434;STB=0.551674;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0443696;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:17:18:20:0.540541:10:8:5:13:12:8:5:12 chr15 25307562 . A G 782.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.523;QD=56.8901;RBI=0.028362;REFB=0;REVB=0.0135501;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015242;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr15 25330550 . T A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.021834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.216;QD=15.4188;RBI=0.0221741;REFB=-0.0132319;REVB=0.00386872;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063165;STB=0.535692;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0190721;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:21:21:14:18:21:21 chr15 25438493 . A G 705.2 PASS AF=0.552846;AO=68;DP=123;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0396682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1506;QD=22.9334;RBI=0.048958;REFB=-0.0234282;REVB=-0.0286936;RO=55;SAF=36;SAR=32;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581488;STB=0.531783;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0264982;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:55:68:68:0.552846:32:36:33:22:32:36:33:22 chr15 25924539 . T C 958.97 PASS AF=0.438298;AO=95;DP=228;FAO=103;FDP=235;FR=.;FRO=132;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=80;FWDB=-0.00250257;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6561;QD=16.3228;RBI=0.0404135;REFB=-0.0100859;REVB=0.040336;RO=132;SAF=45;SAR=50;SRF=52;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837699;STB=0.530109;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0135512;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:235:132:132:95:103:0.438298:50:45:52:80:57:46:52:80 chr15 25925094 . C G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00705876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.991;QD=11.0198;RBI=0.0143853;REFB=-0.00948587;REVB=-0.0125344;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0137127;OID=.;OPOS=25925094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr15 25926038 . G A 598.21 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0025461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.648;QD=15.7425;RBI=0.0186818;REFB=-0.0105902;REVB=0.0185075;RO=85;SAF=38;SAR=28;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129104;STB=0.503267;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0142484;OID=.;OPOS=25926038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:86:66:66:0.434211:28:38:50:35:28:38:50:36 chr15 25926179 . C T 286.66 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=124;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.000632788;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.349;QD=9.32238;RBI=0.00738467;REFB=-0.0117408;REVB=0.00735751;RO=85;SAF=20;SAR=18;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935449;STB=0.554579;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0307489;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:85:85:38:38:0.308943:18:20:38:47:18:20:38:47 chr15 25926186 . G A 1611.43 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120352;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.775;QD=59.1352;RBI=0.0195885;REFB=-0.0879251;REVB=0.0154553;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978547;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000309407;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:107:108:0.990826:59:48:1:0:60:48:1:0 chr15 25953198 . C T 307.79 PASS AF=0.37;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00681846;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.936;QD=12.3116;RBI=0.0152869;REFB=-0.00769548;REVB=0.013682;RO=55;SAF=18;SAR=18;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243759;STB=0.593062;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0110601;OID=.;OPOS=25953198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:63:36:37:0.37:18:18:40:15:19:18:40:23 chr15 25961964 . A G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.301;QD=60.3749;RBI=0.0172842;REFB=0;REVB=0.0164733;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17389e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr15 26260621 . C T 398.36 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0041066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.881;QD=23.7826;RBI=0.00446331;REFB=-0.0442251;REVB=0.00174842;RO=27;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136613;STB=0.582459;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0345024;OID=.;OPOS=26260621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:28:39:39:0.58209:23:16:16:11:23:16:17:11 chr15 26327466 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0115699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.304;QD=21.0648;RBI=0.0336147;REFB=-0.000557532;REVB=-0.0315608;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806712;STB=0.545416;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000428661;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:10:14:16:8:10:14 chr15 27128254 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.013421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.075;QD=8.40199;RBI=0.015446;REFB=-0.0161478;REVB=-0.00764566;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216493;STB=0.636033;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0398601;OID=.;OPOS=27128254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:13:8:2:7:13:8 chr15 27182357 . T C 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0106462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.235;QD=22.4378;RBI=0.0171974;REFB=-0.00371206;REVB=0.0135059;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112903;STB=0.56227;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00246913;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:16:14:23:15:16:14 chr15 27184435 . C T 421.98 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0605597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.375;QD=22.2096;RBI=0.0615706;REFB=-0.00394386;REVB=0.0111115;RO=35;SAF=26;SAR=15;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287109;STB=0.666589;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01672;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:34:41:42:0.552632:15:26:10:25:15:27:9:25 chr15 27184482 . C T 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00857722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.404;QD=19.9051;RBI=0.0197785;REFB=-0.0134751;REVB=-0.0178219;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34668;STB=0.699122;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0205673;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:10:21:7:20:10:21:7:21 chr15 27184517 . G A 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0148528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.334;QD=21.9971;RBI=0.0304285;REFB=-0.00932781;REVB=-0.0265572;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16704;STB=0.602338;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0036726;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:11:18:9:13:11:18:9:14 chr15 27188459 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00779468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.075;QD=22.3968;RBI=0.0315645;REFB=-0.0344827;REVB=0.0305869;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209108;STB=0.600601;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0275092;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:8:16:10:13:9:16:10:13 chr15 28096538 . A G 1503.04 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0882335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5962;QD=56.1885;RBI=0.0882823;REFB=-0.197067;REVB=-0.00293562;RO=4;SAF=46;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382578;STB=0.508619;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0102547;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:4:2:103:105:0.981308:57:46:2:2:57:48:0:2 chr15 28197037 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.909;QD=56.9383;RBI=0.0257314;REFB=0;REVB=0.0207294;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222719;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr15 28231793 . T C 1366.17 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0030516;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.351;QD=61.401;RBI=0.0160859;REFB=0.0157097;REVB=0.0157938;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=3.80994e-05;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:51:37:0:0:51:37:0:1 chr15 28362459 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.448;QD=61.6819;RBI=0.0181293;REFB=0;REVB=0.0146474;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30147e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr15 28412872 . G A 360.74 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00319172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.68;QD=17.597;RBI=0.0278275;REFB=-0.0159027;REVB=-0.0276438;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623844;STB=0.534865;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0151377;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:18:20:26:18:18:20:26:18 chr15 28414665 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.571;QD=62.1621;RBI=0.0434815;REFB=0;REVB=0.0401636;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221816;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr15 28419659 . G A 254.56 PASS AF=0.207729;AO=43;DP=208;FAO=43;FDP=207;FR=.;FRO=164;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=93;FWDB=0.00915989;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0225;QD=4.91911;RBI=0.0109538;REFB=0.0015396;REVB=-0.00600689;RO=163;SAF=19;SAR=24;SRF=71;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815394;STB=0.507184;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00650341;OID=.;OPOS=28419659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:163:164:43:43:0.207729:24:19:71:92:24:19:71:93 chr15 28419695 . T C 188.31 PASS AF=0.183784;AO=34;DP=185;FAO=34;FDP=185;FR=.;FRO=151;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.0292147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.158;QD=4.07161;RBI=0.0302715;REFB=-0.00701369;REVB=-0.00792866;RO=150;SAF=13;SAR=21;SRF=65;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676875;STB=0.546235;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0339421;OID=.;OPOS=28419695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:150:151:34:34:0.183784:21:13:65:85:21:13:66:85 chr15 28419746 . G A 389.58 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0179924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=13.2062;RBI=0.0201682;REFB=-0.0132752;REVB=-0.00911211;RO=71;SAF=17;SAR=29;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135814;STB=0.573352;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0236228;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:72:46:46:0.389831:29:17:35:36:29:17:35:37 chr15 28422609 . C T 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00157755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.413;QD=19.0775;RBI=0.0166919;REFB=-0.0100717;REVB=0.0166172;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130518;STB=0.572881;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0086651;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:21:11:15:16:21:11:15:16 chr15 28517436 . T C 403.34 PASS AF=0.298343;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.00334639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.992;QD=8.91356;RBI=0.0114027;REFB=-0.0055462;REVB=-0.0109007;RO=122;SAF=28;SAR=26;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253577;STB=0.510234;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0104383;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:122:127:54:54:0.298343:26:28:63:59:26:28:64:63 chr15 29033856 . G C 127.1 PASS AF=0.722222;AO=11;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.06144;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3061;QD=28.2445;RBI=0.0621881;REFB=-0.0196015;REVB=0.00961723;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24643;STB=0.64263;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00609273;OID=.;OPOS=29033856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:18:4:5:11:13:0.722222:3:8:1:3:4:9:1:4 chr15 29033885 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0011913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.666;QD=16.4544;RBI=0.0122306;REFB=-0.0273501;REVB=-0.0121724;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.699437;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0137838;OID=.;OPOS=29033885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:0:4:3:3:0:4 chr15 29034047 . G T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0018911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.465;QD=19.9285;RBI=0.0122568;REFB=-0.0401103;REVB=-0.01211;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152892;STB=0.586078;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0317042;OID=.;OPOS=29034047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:8:1:3:9:8:1 chr15 29034098 . A AG 109.74 PASS AF=0.525641;AO=32;DP=81;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.115835;FXX=0.0249969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.26896;QD=5.62746;RBI=0.154447;REFB=-0.0785877;REVB=0.102159;RO=42;SAF=25;SAR=7;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606941;STB=0.573787;STBP=0.268;TYPE=ins;VARB=0.12671;OID=.;OPOS=29034099;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525641:32:81:41:78:37:28:13:30:7:85:42:25:7:31:11 chr15 29394009 . C T 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0157992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.684;QD=13.2874;RBI=0.0204156;REFB=-0.010714;REVB=-0.0129299;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843064;STB=0.540953;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0163298;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:15:12:21:19:15:12:21:20 chr15 29410238 . A G 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00534437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.332;QD=20.8426;RBI=0.00732826;REFB=-0.0113217;REVB=-0.0050141;RO=53;SAF=44;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232689;STB=0.628744;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00785651;OID=.;OPOS=29410238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:15:44:27:26:15:44:27:26 chr15 29415560 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000915162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.618;QD=25.2873;RBI=0.0174498;REFB=-0.0200409;REVB=0.0174258;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189362;STB=0.605927;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0162296;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:3:6:6:10:3:6 chr15 29415698 . A G 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.376;QD=63.7498;RBI=0.0386294;REFB=0;REVB=0.0309506;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126661;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr15 29418520 . C T 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00772686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8049;QD=16.5719;RBI=0.0324276;REFB=-0.0082596;REVB=-0.0314935;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556409;STB=0.538436;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00624418;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:15:15:19:15:15:15:20:15 chr15 29418573 . AT GC 181.36 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00832728;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.159;QD=15.7705;RBI=0.0167615;REFB=-0.0111057;REVB=-0.0145466;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671446;STB=0.522365;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.0181234;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:7:12:18:8:7:12:18:9 chr15 29544656 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.423;QD=59.8394;RBI=0.0470479;REFB=0;REVB=0.0438033;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366518;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr15 30008856 . C A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.622;QD=59.6795;RBI=0.0277296;REFB=0;REVB=0.0276529;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30153e-05;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr15 30008889 . G A 334.52 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00974004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.708;QD=16.7258;RBI=0.0127901;REFB=-0.000664776;REVB=-0.00828971;RO=43;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11579;STB=0.565179;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00234782;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:34:34:0.425:19:15:24:19:19:15:24:19 chr15 30664453 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4068;QD=57.6795;RBI=0.0585429;REFB=0;REVB=0.058169;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114532;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr15 30665280 . TCA T 42.38 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00709445;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=347.019;QD=18.8362;RBI=0.0240792;REFB=0.0027876;REVB=-0.0230103;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=-0.00149887;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:5:9:6:9:3:2:4:2:1:15:3:1:4:2:1 chr15 30965961 . A G 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00890844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.31;QD=5.37936;RBI=0.0130831;REFB=0.00254893;REVB=0.0095816;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237272;STB=0.653058;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0148976;OID=.;OPOS=30965961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:4:7:19:24:4:7:19:24 chr15 31197564 . G A 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.012;QD=62.9756;RBI=0.0220728;REFB=0;REVB=0.00160989;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355983;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr15 31222820 . T C 715.96 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00167632;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6262;QD=22.55;RBI=0.0420522;REFB=-0.0116403;REVB=0.0420188;RO=58;SAF=28;SAR=41;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686846;STB=0.537546;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00982526;OID=.;OPOS=31222820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:58:58:69:69:0.543307:41:28:19:39:41:28:19:39 chr15 31229420 . T C 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6784;QD=59.8281;RBI=0.0481318;REFB=0;REVB=0.00637404;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030241;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr15 31231190 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000800141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.182;QD=51.1844;RBI=0.0540576;REFB=0;REVB=-0.0540517;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614377;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr15 31233934 . T A 153.86 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00724436;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4351;QD=13.0944;RBI=0.0189652;REFB=-0.00925557;REVB=0.0175271;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138011;STB=0.588732;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0122594;OID=.;OPOS=31233934;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:10:19:9:8:10:20 chr15 31267147 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.054;QD=57.1063;RBI=0.00324726;REFB=0;REVB=-0.00191448;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.85759e-06;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr15 31330280 . A G 2077.21 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793665;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.521;QD=62.9456;RBI=0.00805683;REFB=0;REVB=0.00138638;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124349;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:74:58:0:0:74:58:0:0 chr15 31342744 . C T 981.42 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.762;QD=58.5924;RBI=0.031597;REFB=0;REVB=0.0123681;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866449;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr15 31362352 . C T 789.0 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.874;QD=57.3817;RBI=0.0634079;REFB=0;REVB=0.0300563;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288452;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:44:55:1:27:17:0:0:28:27:0:0 chr15 31369123 . A G 1499.08 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449593;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7209;QD=62.4618;RBI=0.0478678;REFB=-0.0963375;REVB=0.0164314;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000828558;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:45:50:0:0:45:50:0:1 chr15 31669122 . G A 219.75 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0101654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.634;QD=17.5799;RBI=0.0106131;REFB=-0.00528486;REVB=0.00304993;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171408;STB=0.596931;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00712095;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:8:20:12:10:8:20 chr15 31793930 . A G 365.06 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00360084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.298;QD=16.0466;RBI=0.0122641;REFB=-0.00931275;REVB=0.0117236;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269648;STB=0.507324;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0130825;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:38:39:0.428571:20:18:26:26:20:19:26:26 chr15 31942001 . G A 257.09 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.000416035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.766;QD=13.8966;RBI=0.0274857;REFB=-0.0204539;REVB=-0.0274825;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.621545;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0219813;OID=.;OPOS=31942001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:30:30:0.405405:15:15:13:30:15:15:13:31 chr15 33010412 . G A 267.39 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000746887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3082;QD=21.8276;RBI=0.0218952;REFB=-0.00517025;REVB=0.0218825;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560467;STB=0.53147;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00372875;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:18:7:8:16:18:7:8:16 chr15 33010736 . G A 83.48 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0483906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.606;QD=20.8695;RBI=0.0489263;REFB=-0.0201006;REVB=0.00722028;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348751;STB=0.699599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0146574;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:1:5:3:7:1:5 chr15 33023670 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0168423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4832;QD=11.7804;RBI=0.067204;REFB=-0.000182919;REVB=0.0650593;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206245;STB=0.51218;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00257308;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:18:13:7:9:18:13 chr15 33023685 . A C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00304717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5834;QD=13.2239;RBI=0.0196231;REFB=-0.005307;REVB=-0.0193851;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177403;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:18:18:12:12:18:18 chr15 33023951 . T C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0241844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.593;QD=10.7923;RBI=0.0299116;REFB=-0.0264024;REVB=-0.0176016;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112393;STB=0.565966;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0608692;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:21:14:9:9:21:14 chr15 33023985 . A G 102.26 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0431482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5562;QD=9.08929;RBI=0.127266;REFB=-0.00129474;REVB=0.119729;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172087;STB=0.604649;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00315955;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:32:13:13:0.288889:8:5:16:14:8:5:17:15 chr15 33024455 . T G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0011965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.07;QD=15.6194;RBI=0.00669233;REFB=-0.00667682;REVB=-0.00658451;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324969;STB=0.685592;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0149444;OID=.;OPOS=33024455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:7:18:7:11:7:18 chr15 33025627 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00803061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.486;QD=12.737;RBI=0.0157125;REFB=-0.00729044;REVB=-0.0135052;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049575;STB=0.529034;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0144401;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:11:17:9:7:11:17 chr15 33025979 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0554513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3177;QD=16.1055;RBI=0.0631512;REFB=-0.0132321;REVB=0.0302196;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152282;STB=0.587057;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0159166;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:7:15:9:8:7:15 chr15 33026667 . A T 135.11 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.014974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8195;QD=16.8884;RBI=0.0398213;REFB=-0.00985477;REVB=0.0368987;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0116921;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:10:7:6:9:10:7 chr15 33091079 . A G 402.69 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0247908;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.456;QD=21.1944;RBI=0.0437062;REFB=-0.00314339;REVB=-0.0359951;RO=35;SAF=13;SAR=27;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438528;STB=0.519221;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00302015;OID=.;OPOS=33091079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:36:40:40:0.526316:27:13:13:22:27:13:13:23 chr15 33191023 . A G 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0014876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.482;QD=19.8664;RBI=0.00148809;REFB=0.0046311;REVB=-3.84126e-05;RO=45;SAF=15;SAR=29;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142031;STB=0.579024;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00445903;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:29:15:22:23:29:15:22:23 chr15 33262980 . TTTGTC T,TT 132.33 PASS AF=0.0185185,0.388889;AO=8,14;DP=53;FAO=1,21;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=1,8;FSAR=0,13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00548952,0.0106092;FXX=0.0181785;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=255.864,260.967;QD=9.80229;RBI=0.00567877,0.0106361;REFB=-0.00465447,-0.00240406;REVB=-0.00145381,0.000756794;RO=30;SAF=8,1;SAR=0,13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0.224719,0.224719;SSSB=0.742055,-0.572862;STB=0.991055,0.535546;STBP=0.256,0.714;TYPE=del,del;VARB=0.0331884,0.000863894;OID=.,.;OPOS=33262981,33262982;OREF=TTGTC,TGTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0185185,0.388889:8,14:53:1,21:54:32:1,8:0,13:14:18:99:30:8,1:0,13:13:17 chr15 33359574 . C A 871.96 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3137;QD=56.2555;RBI=0.108913;REFB=-0.183674;REVB=0.0201914;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0084677;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:62:1:1:57:61:0.983871:28:29:1:0:28:33:1:0 chr15 33445983 . G A 122.09 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0851343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.624;QD=18.7836;RBI=0.0886832;REFB=-0.0628255;REVB=-0.0248366;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111715;STB=0.526277;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0314124;OID=.;OPOS=33445983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:10:3:4:8:10:4:4:8 chr15 33446258 . G A 1227.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.869;QD=61.3694;RBI=0.0729653;REFB=0;REVB=0.0092275;RO=0;SAF=18;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240888;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:62:18:0:0:62:18:0:0 chr15 33446311 . G C 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00723425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.221;QD=56.9802;RBI=0.0232564;REFB=-0.0299994;REVB=0.0221026;RO=2;SAF=14;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245023;STB=0.512968;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000415805;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:58:14:1:1:58:14:1:1 chr15 33840414 . A G 480.82 PASS AF=0.481481;AO=48;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0584708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1383;QD=17.8082;RBI=0.166893;REFB=-0.0730845;REVB=-0.156315;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202561;STB=0.54204;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0472512;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:42:55:48:52:0.481481:24:24:31:11:26:26:32:23 chr15 33872177 . C T 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00440951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.197;QD=14.1932;RBI=0.0451467;REFB=0.00108056;REVB=0.0449309;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23825;STB=0.638118;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00218037;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:14:8:9:6:14:8 chr15 33905410 . A G 345.26 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0180484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.125;QD=21.9211;RBI=0.0296465;REFB=0.00603309;REVB=-0.0235196;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345065;STB=0.512813;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00470894;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:18:16:12:16:19:16:12:16 chr15 33954652 . C T 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.027363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.979;QD=13.7244;RBI=0.0345997;REFB=-0.0111907;REVB=0.0211756;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481271;STB=0.527454;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0178003;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:18:12:20:25:18:12:20:25 chr15 34014753 . T C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0288419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2199;QD=12.3465;RBI=0.0370592;REFB=0.00268247;REVB=-0.0232707;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112763;STB=0.564839;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00540197;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:16:12:25:22:16:12:25:22 chr15 34014913 . C T 162.64 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00928591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.59;QD=13.2769;RBI=0.0186069;REFB=-0.0130002;REVB=0.0161241;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113664;STB=0.579619;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0205454;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:31:17:18:0.367347:6:11:17:14:6:12:17:14 chr15 34015013 . G A 231.44 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0280259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7702;QD=30.8592;RBI=0.0300938;REFB=-0.0499627;REVB=-0.0109627;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14;STB=0.576852;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0379974;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:11:10:2:7:11:10:2:7 chr15 34016274 . G A 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.196;QD=55.606;RBI=0.0234337;REFB=-0.0870451;REVB=0.019996;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00028659;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr15 34113536 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.835;QD=58.4196;RBI=0.0418607;REFB=0;REVB=-0.00573765;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261072;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr15 34158529 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00062877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1885;QD=59.8393;RBI=0.0387787;REFB=0;REVB=-0.0387736;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000708642;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr15 34168116 . C G 754.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190494;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.018;QD=64.2013;RBI=0.0585627;REFB=0;REVB=0.0553779;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573667;OID=.;OPOS=34168116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr15 34356988 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.787;QD=54.6368;RBI=0.0446334;REFB=-0.0261876;REVB=0.0319623;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000956148;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:0:1:19:32:0:1 chr15 34357259 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.639;QD=57.1775;RBI=0.0158587;REFB=0;REVB=0.00596691;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25447e-05;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr15 34522985 . C G 1328.15 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036913;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.29;QD=62.5011;RBI=0.0518146;REFB=0;REVB=0.0363618;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885505;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:50:34:0:0:50:35:0:0 chr15 34524995 . G T 1454.92 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000724143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.396;QD=62.5771;RBI=0.00671596;REFB=0;REVB=-0.00667681;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12207e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:38:53:0:0:39:54:0:0 chr15 34525035 . T C 1062.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6161;QD=59.8354;RBI=0.0183424;REFB=0;REVB=-0.0180316;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191002;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr15 34528948 . G A 858.52 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0544166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8781;QD=54.5094;RBI=0.0801923;REFB=-0.0695406;REVB=0.0589037;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.517851;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0225556;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:27:34:0:1:27:34:0:2 chr15 34640218 . C T 912.25 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.1829;QD=52.884;RBI=0.0455575;REFB=-0.182135;REVB=0.0304527;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.510749;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00239773;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:69:1:3:65:66:0.956522:28:37:1:0:28:38:1:2 chr15 34640378 . T C,G 361.92 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=22,3;DP=27;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372894,0.037643;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.295,106.815;QD=53.6179;RBI=0.0388123,0.0382748;REFB=0,0;REVB=0.0107654,-0.00692605;RO=0;SAF=2,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.80459e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00138768,0.0312284;OID=.,.;OPOS=34640378,34640378;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:27:27:0:0:22,3:24,3:0.888889,0.111111:20,2:2,1:0:0:22,2:2,1:0:0 chr15 34648935 . G T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0350317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.714;QD=20.2096;RBI=0.0354272;REFB=-0.021613;REVB=-0.00527915;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0169873;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:4:6:8:5:4:6 chr15 34649631 . G A 689.44 PASS AF=0.567797;AO=66;DP=118;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0236619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.462;QD=23.3707;RBI=0.0444806;REFB=-0.0338938;REVB=0.0376648;RO=51;SAF=23;SAR=43;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270091;STB=0.641749;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0167181;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:51:66:67:0.567797:43:23:35:16:43:24:35:16 chr15 34657828 . G T 385.34 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0591605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.793;QD=23.3539;RBI=0.0592328;REFB=-0.0185624;REVB=-0.00292612;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166295;STB=0.601214;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0133328;OID=.;OPOS=34657828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:27:28:37:38:0.575758:19:18:19:8:20:18:20:8 chr15 35045057 . G A 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00662257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.677;QD=22.8012;RBI=0.0139747;REFB=-0.0175411;REVB=0.0123059;RO=47;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715779;STB=0.539375;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.01638;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:26:27:20:27:26:27:20:27 chr15 35045312 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.011435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.395;QD=11.2568;RBI=0.0241261;REFB=-0.00644745;REVB=-0.0212441;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0081502;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr15 35086935 . G A 575.35 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0611824;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4396;QD=23.7258;RBI=0.0723076;REFB=-0.0579316;REVB=0.0385371;RO=44;SAF=30;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018027;STB=0.50099;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0516768;OID=.;OPOS=35086935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:23:30:25:19:23:30:25:19 chr15 35149008 . C T 1312.26 PASS AF=0.92233;AO=95;DP=103;FAO=95;FDP=103;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00872861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.668;QD=50.9615;RBI=0.0146992;REFB=0.00296223;REVB=0.011827;RO=7;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395781;STB=0.515174;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000336171;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:103:103:7:8:95:95:0.92233:53:42:1:6:53:42:2:6 chr15 35230934 . A ATAGT,T 489.04 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=30,4;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836107,0.00350896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=186.837,54.5788;QD=57.5345;RBI=0.0296333,0.0203465;REFB=0,0;REVB=-0.0284293,0.0200416;RO=0;SAF=15,4;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00122919,0.0164319;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:34:34:0:0:30,4:31,3:0.911765,0.0882353:15,0:15,4:0:0:15,0:16,3:0:0 chr15 35256624 . C G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.987;QD=58.0573;RBI=0.0148582;REFB=0;REVB=-0.0109086;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20302e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr15 35665765 . G C 248.26 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.010884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7103;QD=9.45742;RBI=0.023047;REFB=-0.0050844;REVB=-0.0203151;RO=72;SAF=13;SAR=20;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141964;STB=0.58304;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0102024;OID=.;OPOS=35665765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:72:33:33:0.314286:20:13:37:35:20:13:37:35 chr15 36946303 . C G 1847.81 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0261568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.842;QD=59.6067;RBI=0.0361795;REFB=-0.0299106;REVB=0.0249955;RO=0;SAF=42;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511626;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000110108;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:0:2:122:122:0.983871:80:42:0:0:80:42:2:0 chr15 37343040 . C G 142.56 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00561502;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.974;QD=9.66493;RBI=0.043783;REFB=-0.0123727;REVB=-0.0434214;RO=37;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131894;STB=0.602719;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0337304;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:40:19:19:0.322034:15:4:11:26:15:4:13:27 chr15 38233869 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000568647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.243;QD=58.7817;RBI=0.00707838;REFB=0;REVB=0.00705551;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66733e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr15 38614525 . G A 678.21 PASS AF=0.55;AO=65;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00290604;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.752;QD=22.6069;RBI=0.00291209;REFB=0.013585;REVB=-0.000187665;RO=55;SAF=24;SAR=41;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591559;STB=0.529782;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0111262;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:54:65:66:0.55:41:24:24:31:42:24:23:31 chr15 38643574 . T C 289.46 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00885291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.473;QD=25.7297;RBI=0.0130675;REFB=-0.0152719;REVB=0.00961169;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290631;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0099795;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:8:11:16:10:8:11 chr15 38645589 . A C 364.07 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00101554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2583;QD=15.8293;RBI=0.00930153;REFB=0.00438937;REVB=0.00924592;RO=53;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721107;STB=0.540707;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00466119;OID=.;OPOS=38645589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:24:15:24:29:24:15:24:29 chr15 38857631 . C G 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00860608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.716;QD=23.5741;RBI=0.0149626;REFB=0.013709;REVB=-0.0122399;RO=35;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145924;STB=0.580075;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0136687;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:25:20:22:13:25:20:22:13 chr15 39545032 . T G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.496;QD=63.1954;RBI=0.012545;REFB=0;REVB=0.00951328;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25563e-05;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr15 39545268 . G A 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.078;QD=63.8571;RBI=0.0282671;REFB=0;REVB=0.028131;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152461;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 39546114 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2954;QD=56.9377;RBI=0.0231927;REFB=0;REVB=-0.0174843;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283848;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr15 40099769 . T C 268.93 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0304928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3419;QD=15.8192;RBI=0.0857942;REFB=0.0107017;REVB=-0.0801925;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165012;STB=0.61283;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0138745;OID=.;OPOS=40099769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:37:29:31:0.455882:17:12:22:16:19:12:22:15 chr15 40215061 . A C 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00681801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.166;QD=8.71547;RBI=0.0253621;REFB=0.00175128;REVB=0.0244285;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763628;STB=0.545407;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00350105;OID=.;OPOS=40215061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:10:9:18:26:10:9:18:26 chr15 40226415 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 164.67 PASS AF=0,1;AO=3,11;DP=23;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871312,0.103427;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.2612,8.245;QD=24.3949;RBI=0.217594,0.104037;REFB=0,0;REVB=-0.199387,0.0112505;RO=6;SAF=2,11;SAR=1,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.502076,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0128711;OID=.,.;OPOS=40226420,40226416;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,11:23:0,27:27:0:0,24:0,3:0:0:3:6:2,11:1,0:6:0 chr15 40226495 . T C 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0038558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.015;QD=62.9;RBI=0.00728837;REFB=0.0117909;REVB=0.00618491;RO=1;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117106;STB=0.506172;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=1.13876e-05;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:40:59:0:1:40:59:0:1 chr15 40259848 . A C 479.53 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.000782248;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.997;QD=19.7742;RBI=0.00485665;REFB=-0.00317321;REVB=0.00479324;RO=47;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797341;STB=0.545684;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00408995;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:47:50:47:47:0.484536:27:20:16:31:27:20:17:33 chr15 40265799 . A G 187.9 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0378002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7648;QD=10.8928;RBI=0.0815055;REFB=-0.00589861;REVB=-0.0722101;RO=45;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101472;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:16:8:15:30:16:8:15:30 chr15 40327290 . A G 1400.06 PASS AF=0.429395;AO=147;DP=344;FAO=149;FDP=347;FR=.;FRO=198;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=94;FSRR=104;FWDB=0.001917;FXX=0.00573049;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.868;QD=16.139;RBI=0.00341039;REFB=-0.0107708;REVB=-0.00282062;RO=194;SAF=74;SAR=73;SRF=92;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298754;STB=0.520143;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0155402;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:347:194:198:147:149:0.429395:73:74:92:102:73:76:94:104 chr15 40327301 . G A 1444.48 PASS AF=0.454819;AO=151;DP=332;FAO=151;FDP=332;FR=.;FRO=181;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=-0.00741823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1205;QD=17.4034;RBI=0.0200658;REFB=0.000911113;REVB=-0.0186442;RO=180;SAF=80;SAR=71;SRF=88;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402994;STB=0.520785;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00110278;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:180:181:151:151:0.454819:71:80:88:92:71:80:89:92 chr15 40328575 . G C 512.57 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.000333489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.647;QD=21.5819;RBI=0.0121561;REFB=-0.0455477;REVB=0.0121515;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073218;STB=0.540357;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0488763;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:28:21:16:30:28:21:16:30 chr15 40330564 . C T 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.042259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6202;QD=15.1935;RBI=0.0778692;REFB=-0.000945722;REVB=-0.0654048;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273127;STB=0.656048;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00446516;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:4:14:7:7:4:14 chr15 40383347 . T C 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.683;QD=57.1008;RBI=0.0193274;REFB=0;REVB=0.0177516;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04158e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr15 40383779 . A C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00165739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.067;QD=16.1192;RBI=0.0117186;REFB=0.00990761;REVB=-0.0116008;RO=13;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516542;STB=0.809866;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0088583;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:1:11:7:6:1:11:7:6 chr15 40426913 . C A 275.1 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.339;QD=15.4985;RBI=0.0125699;REFB=-0.00482013;REVB=-0.00793339;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847769;STB=0.556585;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00506786;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:20:11:17:22:20:11:18:22 chr15 40494661 . TAA TA,T 33.6 PASS AF=0.157895,0.105263;AO=7,4;DP=39;FAO=6,4;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1,0;FSAR=5,4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.109314,0.0588004;FXX=0.0256345;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=19.8992,31.7097;QD=3.53632;RBI=0.220955,0.115281;REFB=-0.0247266,-0.0141261;REVB=-0.192019,-0.0991576;RO=27;SAF=1,0;SAR=6,4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.640527,-0.720194;STB=0.88877,0.998128;STBP=0.109,0.003;TYPE=del,del;VARB=-0.0240143,0.0471851;OID=.,.;OPOS=40494662,40494662;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895,0.105263:7,4:39:6,4:38:28:1,0:5,4:20:8:17:27:1,0:6,4:20:7 chr15 40558087 . G A 790.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.844;QD=55.4502;RBI=0.0534061;REFB=0;REVB=0.0253774;RO=0;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147145;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:40:14:0:0:40:17:0:0 chr15 40573675 . G T 1807.03 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100818;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.148;QD=61.2553;RBI=0.0355258;REFB=0;REVB=0.0340653;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22126e-05;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:61:56:0:0:62:56:0:0 chr15 40573716 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.885;QD=60.6462;RBI=0.0135682;REFB=0;REVB=-0.0117736;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42818e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chr15 40581543 . T C 1132.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.135;QD=60.4056;RBI=0.0246421;REFB=0;REVB=0.00946337;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135413;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:49:24:0:0:49:26:0:0 chr15 40583876 . T G 222.97 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9196;QD=49.5484;RBI=0.0954238;REFB=0;REVB=0.0952575;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210869;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr15 40589002 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.68;QD=59.5009;RBI=0.00945812;REFB=0;REVB=-0.00673443;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16e-08;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr15 40590134 . G A 378.05 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00781251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.189;QD=52.1444;RBI=0.0230234;REFB=-0.028373;REVB=-0.0216574;RO=1;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102756;STB=0.54542;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000187108;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:4:23:0:1:5:23:0:1 chr15 40633138 . A T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.77;QD=61.3755;RBI=0.0356816;REFB=0;REVB=0.00936764;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211036;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr15 40655873 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00410399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.585;QD=18.7441;RBI=0.0819339;REFB=-0.0203712;REVB=-0.0818311;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00692111;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr15 40656141 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0283841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.413;QD=20.4561;RBI=0.0286386;REFB=-0.0178185;REVB=-0.00380886;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332704;STB=0.689557;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0214708;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:9:6:13:4:9:6 chr15 40662501 . G A 315.63 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00921605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.171;QD=17.535;RBI=0.04068;REFB=-0.0472151;REVB=0.0396223;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959186;STB=0.56102;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0626792;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:20:14:19:18:20:14:20:18 chr15 40710723 . G A 1320.78 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0467;QD=62.1545;RBI=0.0923877;REFB=0;REVB=0.0493561;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110175;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:42:42:1:0:42:43:0:0 chr15 40751555 . C A 473.67 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5803;QD=57.4149;RBI=0.0591762;REFB=0;REVB=0.0208971;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323334;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr15 40763563 . G C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0119415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.178;QD=20.836;RBI=0.0537558;REFB=-0.0472674;REVB=-0.0524127;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275108;STB=0.659987;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0332356;OID=.;OPOS=40763563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:3:2:7:2:3:2 chr15 40845952 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.035;QD=59.4354;RBI=0.0161523;REFB=0;REVB=0.011294;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00315e-06;OID=.;OPOS=40845952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr15 40855210 . T A 418.09 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000582745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.489;QD=53.9469;RBI=0.000614664;REFB=-0.0966177;REVB=0.000195498;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000304605;OID=.;OPOS=40855210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr15 40856989 . C T 219.22 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.015406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.813;QD=39.8587;RBI=0.0154255;REFB=-0.0516246;REVB=0.000776076;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130434;STB=0.599891;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000746791;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:22:2:3:18:19:0.863636:12:6:2:0:13:6:3:0 chr15 40862064 . C T 1041.62 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0224022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0061;QD=55.5531;RBI=0.0326816;REFB=-0.0768172;REVB=0.0237956;RO=3;SAF=25;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263892;STB=0.513969;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0213263;OID=.;OPOS=40862064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:47:25:2:1:47:25:2:1 chr15 40898643 . G C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.79;QD=62.6691;RBI=0.0327837;REFB=0;REVB=0.00801964;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247312;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr15 40903684 . A G 2353.5 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141849;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.894;QD=60.3461;RBI=0.0370176;REFB=-0.0325931;REVB=-0.0341919;RO=1;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598381;STB=0.503144;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-3.83193e-05;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:154:155:0.99359:79:75:0:1:79:76:0:1 chr15 40913840 . G T 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.581;QD=59.8648;RBI=0.0094349;REFB=0;REVB=-0.00155912;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07716e-05;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr15 40915190 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.104;QD=39.2052;RBI=0.039175;REFB=0;REVB=-0.0174007;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244447;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 40916237 . A G 572.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1883;QD=60.2655;RBI=0.0227831;REFB=0;REVB=-0.00750247;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506816;OID=.;OPOS=40916237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 41105926 . T G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000737963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.753;QD=19.0164;RBI=0.0234059;REFB=-0.0243413;REVB=-0.0233943;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0225546;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:8:6:8:7:8:6 chr15 41148199 . C T 426.93 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.081;QD=56.9245;RBI=0.0647575;REFB=0;REVB=0.0639776;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537821;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr15 41149161 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.126;QD=52.6132;RBI=0.0129912;REFB=0;REVB=0.0108412;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37027e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr15 41245676 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0132046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.495;QD=19.1093;RBI=0.0162634;REFB=-0.0106713;REVB=0.00949409;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120425;STB=0.567516;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00974511;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:12:14:18:9:12:14 chr15 41271718 . C T 1981.41 PASS AF=0.992308;AO=125;DP=125;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00212972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.025;QD=60.9665;RBI=0.0242801;REFB=-0.145018;REVB=0.0241865;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000640742;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:130:0:1:125:129:0.992308:63:62:0:0:64:65:1:0 chr15 41313210 . GGC G,GG 364.69 PASS AF=0,0.810345;AO=7,33;DP=62;FAO=0,47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=0,27;FSAR=0,20;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.116624,-0.0646031;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=10.9912,14.5234;QD=25.1513;RBI=0.224753,0.0692359;REFB=-0.0530581,-0.15398;REVB=-0.192127,0.0249009;RO=18;SAF=2,21;SAR=5,12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0.475325,0;SSEP=0.309218,0.445161;SSSB=0.186904,0.298655;STB=0.5,0.557498;STBP=1,0.094;TYPE=del,del;VARB=0,0.0674563;OID=.,.;OPOS=41313211,41313212;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.810345:7,33:62:0,47:58:11:0,27:0,20:3:8:17:18:2,21:5,12:3:15 chr15 41476209 . T C 769.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.587;QD=57.0304;RBI=0.0269417;REFB=0;REVB=-0.014866;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014796;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr15 41476465 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00616694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.775;QD=16.1562;RBI=0.0141595;REFB=0.00234728;REVB=0.012746;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373568;STB=0.521057;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00341825;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:13:19:15:12:13:19 chr15 41483682 . A G 283.78 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00820717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4079;QD=14.9356;RBI=0.0607424;REFB=-0.00356132;REVB=0.0601854;RO=43;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361476;STB=0.707427;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0025203;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:12:20:11:32:12:20:11:33 chr15 41484287 . C A 74.1 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0288035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=374.967;QD=10.2205;RBI=0.0299482;REFB=-0.0133085;REVB=0.00820073;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18252;STB=0.684939;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0257201;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:16:19:9:10:0.344828:6:3:8:8:7:3:11:8 chr15 41508037 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0315742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6659;QD=16.5354;RBI=0.0360641;REFB=-0.00665872;REVB=0.0174268;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203;STB=0.526731;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0102062;OID=.;OPOS=41508037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:9:13:11:7:10:13 chr15 41509288 . T A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0148186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.058;QD=15.1966;RBI=0.0150208;REFB=0.00881147;REVB=-0.00245618;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892394;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0113471;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:10:8:5:9:10:8 chr15 41564393 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0282799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.794;QD=20.8978;RBI=0.0283666;REFB=-0.00950179;REVB=-0.00221603;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220925;STB=0.624737;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00687749;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:0:4:6:2:0:4 chr15 41574051 . C T 264.38 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0218996;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6888;QD=15.1074;RBI=0.0245294;REFB=-0.0208295;REVB=-0.0110498;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211683;STB=0.613561;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0314096;OID=.;OPOS=41574051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:31:30:0.428571:19:12:24:16:18:12:24:16 chr15 41634587 . AC GA 167.84 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0176757;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.499;QD=12.9104;RBI=0.02187;REFB=-0.0112126;REVB=0.0128789;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166896;STB=0.596061;STBP=0.292;TYPE=mnp;VARB=0.0119526;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:21:11:10:10:21:11 chr15 41679717 . C T 462.36 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0104393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9374;QD=24.3348;RBI=0.0195714;REFB=-0.0183575;REVB=-0.0165548;RO=32;SAF=21;SAR=23;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127863;STB=0.569933;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0111705;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:23:21:10:22:23:21:10:22 chr15 41815516 . G C 1161.72 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.982;QD=60.3491;RBI=0.0364209;REFB=0;REVB=0.00901206;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42272e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:32:44:0:0:33:44:0:0 chr15 41819716 . C T 1676.89 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5694;QD=60.4285;RBI=0.0371818;REFB=0;REVB=0.0114034;RO=0;SAF=71;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177047;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:40:71:0:0:40:71:0:0 chr15 41821752 . T C 670.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9457;QD=62.3818;RBI=0.00897899;REFB=0;REVB=0.0057568;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116495;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:28:15:0:0 chr15 41829230 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0105638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.91;QD=17.4276;RBI=0.0215279;REFB=-0.00615026;REVB=-0.0187578;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15049;STB=0.586026;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00760434;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:11:12:7:12:11:12 chr15 41857303 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0390365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.026;QD=12.0205;RBI=0.0403124;REFB=-0.0125911;REVB=-0.0100617;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650817;STB=0.538407;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0166391;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:14:11:7:7:14:11 chr15 41991315 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.053;QD=59.4356;RBI=0.0448258;REFB=0;REVB=0.0438918;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481892;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr15 42026764 . C T 1989.39 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.044;QD=62.1684;RBI=0.0333358;REFB=0;REVB=0.0215617;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57054e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:73:54:0:0:73:55:0:0 chr15 42041712 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.65;QD=47.8224;RBI=0.037557;REFB=0;REVB=0.0163375;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339755;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 42103822 . C T 537.48 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0116703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.387;QD=17.6222;RBI=0.0131477;REFB=-0.00681663;REVB=-0.00605528;RO=64;SAF=21;SAR=36;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129305;STB=0.56834;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0054278;OID=.;OPOS=42103822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:65:57:57:0.467213:36:21:32:32:36:21:32:33 chr15 42105918 . C G 833.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.137;QD=57.4835;RBI=0.0213832;REFB=0;REVB=0.0209788;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3897e-05;OID=.;OPOS=42105918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr15 42109223 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0115057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.008;QD=8.62781;RBI=0.0172985;REFB=0.00166315;REVB=-0.0129173;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426234;STB=0.765433;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00700397;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:14:13:9:2:14:13 chr15 42119900 . T C 312.77 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.0053392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5981;QD=21.9488;RBI=0.0394194;REFB=0.00466781;REVB=-0.0390562;RO=25;SAF=9;SAR=23;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173092;STB=0.594661;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00433925;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:23:9:3:22:23:9:3:22 chr15 42134097 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0183533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.342;QD=28.2832;RBI=0.0351121;REFB=-0.020422;REVB=0.0299335;RO=12;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592502;STB=0.532757;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0110537;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:13:9:6:6:13:9:6:6 chr15 42135988 . C T 3388.41 PASS AF=1;AO=215;DP=223;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283689;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.3;QD=61.6074;RBI=0.0512187;REFB=0;REVB=0.0426446;RO=3;SAF=114;SAR=101;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0723e-05;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:223:220:3:0:215:220:1:101:114:3:0:101:119:0:0 chr15 42138321 . A G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.062;QD=50.4046;RBI=0.0427717;REFB=0;REVB=-0.0372329;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61547e-05;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr15 42138456 . G A 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00698596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4497;QD=16.3813;RBI=0.0200204;REFB=0.007532;REVB=0.018762;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099241;STB=0.555812;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.010953;OID=.;OPOS=42138456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:16:21:22:25:16:21:22:25 chr15 42139642 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0421502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.335;QD=26.3058;RBI=0.0424463;REFB=-0.0507195;REVB=0.00500448;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254344;STB=0.638193;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0112431;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:17:4:0:13:17:4:0:13 chr15 42143533 . T G 141.88 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0611247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6995;QD=9.61919;RBI=0.0647273;REFB=-0.00163499;REVB=0.021293;RO=38;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152019;STB=0.591143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00262117;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:40:19:19:0.322034:12:7:19:19:12:7:20:20 chr15 42145936 . G C 441.18 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.0406547;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6605;QD=16.0428;RBI=0.0948872;REFB=-0.0204969;REVB=0.0857367;RO=59;SAF=18;SAR=31;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143638;STB=0.564797;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.02704;OID=.;OPOS=42145936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:59:61:49:49:0.445455:31:18:14:45:31:18:16:45 chr15 42149472 . T C 740.81 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0149851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.417;QD=21.0159;RBI=0.0204003;REFB=-0.00827919;REVB=0.0138426;RO=68;SAF=36;SAR=36;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519769;STB=0.531906;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00802319;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:68:69:72:72:0.510638:36:36:30:38:36:36:30:39 chr15 42149506 . G C 1809.5 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00945765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.47;QD=58.8454;RBI=0.017748;REFB=-0.0188722;REVB=0.0150181;RO=3;SAF=42;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000848363;STB=0.502737;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00012563;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:3:2:120:121:0.98374:78:42:1:2:79:42:1:1 chr15 42149596 . C G 598.51 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0432008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.1217;QD=18.1368;RBI=0.0490388;REFB=-0.0164897;REVB=-0.0232055;RO=67;SAF=18;SAR=44;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584859;STB=0.549983;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0221059;OID=.;OPOS=42149596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:70:62:62:0.469697:44:18:23:44:44:18:26:44 chr15 42154738 . G A 875.79 PASS AF=0.524096;AO=87;DP=166;FAO=87;FDP=166;FR=.;FRO=79;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=0.0639465;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2865;QD=21.1033;RBI=0.0672462;REFB=-0.0214506;REVB=0.0208062;RO=76;SAF=53;SAR=34;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561632;STB=0.524763;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0186139;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:76:79:87:87:0.524096:34:53:51:25:34:53:52:27 chr15 42159290 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00388621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.611;QD=24.3825;RBI=0.012907;REFB=0.00490715;REVB=-0.012308;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369017;STB=0.520532;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00433348;OID=.;OPOS=42159290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:9:12:16:10:9:12 chr15 42166500 . C T 826.51 PASS AF=0.502994;AO=84;DP=167;FAO=84;FDP=167;FR=.;FRO=83;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0152335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.036;QD=19.7967;RBI=0.0191657;REFB=-0.0193146;REVB=-0.0116303;RO=81;SAF=58;SAR=26;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199411;STB=0.610965;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0259179;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:81:83:84:84:0.502994:26:58:39:42:26:58:40:43 chr15 42168400 . C T 270.45 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0726828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.117;QD=18.0299;RBI=0.0728063;REFB=-0.0185086;REVB=-0.00424005;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910966;STB=0.556779;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0147977;OID=.;OPOS=42168400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:20:9:12:18:21:9:12:18 chr15 42171462 . C T 765.57 PASS AF=0.47619;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00094011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.312;QD=18.2279;RBI=0.00476518;REFB=-0.0127493;REVB=0.00467153;RO=84;SAF=56;SAR=24;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200583;STB=0.624967;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0126635;OID=.;OPOS=42171462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:88:80:80:0.47619:24:56:42:42:24:56:42:46 chr15 42171537 . A G 3035.71 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.277;QD=63.575;RBI=0.0678843;REFB=0;REVB=0.0528855;RO=0;SAF=119;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89239e-05;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:191:0:0:188:191:1:69:119:0:0:71:120:0:0 chr15 42178153 . T C 574.72 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0112567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.73;QD=23.6997;RBI=0.0138907;REFB=-0.0192092;REVB=0.00813876;RO=44;SAF=26;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486011;STB=0.526675;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0207387;OID=.;OPOS=42178153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:27:26:19:25:27:26:19:25 chr15 42178155 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.926;QD=64.1539;RBI=0.0322012;REFB=0;REVB=0.0252438;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196726;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr15 42211486 . A G 481.94 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00880801;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.051;QD=15.9319;RBI=0.095494;REFB=0.00156029;REVB=-0.0950869;RO=66;SAF=26;SAR=27;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144692;STB=0.571224;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00267791;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:66:68:53:53:0.438017:27:26:42:24:27:26:42:26 chr15 42287578 . G A 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0323862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1777;QD=19.8661;RBI=0.0357701;REFB=0.0249545;REVB=0.0151866;RO=45;SAF=16;SAR=28;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986457;STB=0.554522;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.01272;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:28:16:12:33:28:16:12:33 chr15 42371752 . A T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.355;QD=62.6702;RBI=0.0484924;REFB=0;REVB=0.017009;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279452;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr15 42373810 . G C 3253.97 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218905;FXX=0.00934536;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.744;QD=61.3957;RBI=0.0488913;REFB=-0.0662156;REVB=0.0437168;RO=2;SAF=95;SAR=116;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153332;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:212:2:0:211:212:1:116:95:0:2:117:95:0:0 chr15 42377744 . C G 958.02 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00736155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.012;QD=57.1954;RBI=0.0326577;REFB=-0.0924946;REVB=0.0318172;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000635;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:33:32:0:0:33:33:1:0 chr15 42433802 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.424;QD=64.0207;RBI=0.0194433;REFB=0;REVB=-0.00778564;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52691e-05;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr15 42434837 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.17;QD=58.5876;RBI=0.0534274;REFB=0;REVB=0.0530468;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274081;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr15 42438093 . C T 431.34 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00256471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.569;QD=25.7518;RBI=0.00528187;REFB=-0.0158685;REVB=0.0046174;RO=26;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107514;STB=0.558838;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00882249;OID=.;OPOS=42438093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:25:16:14:12:25:16:14:12 chr15 42439376 . G A 425.13 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0608563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.907;QD=18.8948;RBI=0.0611827;REFB=0.030295;REVB=0.00631177;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249229;STB=0.648373;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00745282;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:47:43:43:0.477778:16:27:16:29:16:27:16:31 chr15 42442823 . G C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0167458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.126;QD=21.2932;RBI=0.0175044;REFB=-0.0130885;REVB=0.00509723;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116745;OID=.;OPOS=42442823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:11:14:14:11:11:14 chr15 42445554 . G T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.011791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.401;QD=12.5793;RBI=0.0214373;REFB=0.00435348;REVB=0.0179033;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184513;STB=0.608146;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00839562;OID=.;OPOS=42445554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:13:18:7:10:13:18 chr15 42453963 . T C 334.33 PASS AF=0.507246;AO=36;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.036489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2272;QD=19.3812;RBI=0.0423633;REFB=0.0062219;REVB=0.0215222;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416184;STB=0.507932;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00762595;OID=.;OPOS=42453963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:36:35:0.507246:17:19:19:14:16:19:19:15 chr15 42459034 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0196908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.875;QD=19.4666;RBI=0.0197158;REFB=-0.00417198;REVB=0.000991791;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154286;STB=0.58688;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00538244;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:8:16:11:11:8:16 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 276.43 PASS AF=0,0.954545,0.0454545;AO=4,14,6;DP=28;FAO=0,21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295892,0.0664559,0.0781626;FXX=0.0434594;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=215.012,219.2,214.4;QD=50.2594;RBI=0.0319053,0.0674182,0.0788268;REFB=0,0,0;REVB=0.0119342,0.0113501,0.0102118;RO=4;SAF=4,4,1;SAR=0,10,5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.687804,-0.204045,-0.443891;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0125323,0.00454854,-0.0802397;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.954545,0.0454545:4,14,6:28:0,21,1:22:0:0,10,0:0,11,1:0:0:7:4:4,4,1:0,10,5:3:1 chr15 42568547 . C G 766.3 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.704;QD=54.7359;RBI=0.0374552;REFB=-0.103332;REVB=0.0246809;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000341009;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:30:24:0:0:30:25:0:1 chr15 42570718 . A G 395.59 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0014615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.292;QD=30.4298;RBI=0.0213874;REFB=-0.0296054;REVB=0.0213374;RO=15;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301756;STB=0.508561;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0153534;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:16:36:36:0.692308:19:17:7:8:19:17:8:8 chr15 42575956 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0264596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.617;QD=12.7369;RBI=0.030548;REFB=-0.0170136;REVB=0.0152667;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606935;STB=0.535669;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0369387;OID=.;OPOS=42575956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:12:16:10:6:12:16 chr15 42575963 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.092;QD=62.3507;RBI=0.0660172;REFB=0;REVB=0.0628632;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324636;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr15 42579948 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.794;QD=60.0305;RBI=0.0356967;REFB=0;REVB=0.0221474;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89533e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr15 42579984 . G A 288.9 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00508553;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.223;QD=18.6385;RBI=0.00723256;REFB=0.00262231;REVB=0.0051427;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11609;STB=0.564812;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00242538;OID=.;OPOS=42579984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:18:13:17:14:18:13:17:14 chr15 42643529 . T C 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0099521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=344.609;QD=16.2652;RBI=0.0101809;REFB=-0.00457218;REVB=-0.00214605;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815118;STB=0.545822;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00445063;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:18:17:25:19:18:17:25:19 chr15 42643538 . A G 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0105003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.542;QD=16.1951;RBI=0.0106384;REFB=-0.0139018;REVB=0.00170876;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867366;STB=0.548754;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.012539;OID=.;OPOS=42643538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:18:18:27:19:18:18:27:19 chr15 42681199 . G A 582.35 PASS AF=0.671053;AO=51;DP=76;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0288764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.886;QD=30.6498;RBI=0.0308305;REFB=-0.0190276;REVB=-0.0108015;RO=25;SAF=24;SAR=27;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300453;STB=0.516273;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00392818;OID=.;OPOS=42681199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:25:51:51:0.671053:27:24:13:12:27:24:13:12 chr15 42694286 . AC A 120.55 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0340652;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.044;QD=13.3949;RBI=0.0340652;REFB=-0.00463411;REVB=-3.93167e-07;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377212;STB=0.723341;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0148694;OID=.;OPOS=42694287;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:14:36:14:36:22:3:11:12:10:99:22:3:11:12:10 chr15 42729508 . G A 459.03 PASS AF=0.370629;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00755412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.138;QD=12.8399;RBI=0.0126993;REFB=-0.00322977;REVB=0.0102082;RO=90;SAF=32;SAR=21;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673992;STB=0.538384;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00831704;OID=.;OPOS=42729508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:90:90:53:53:0.370629:21:32:49:41:21:32:49:41 chr15 42740369 . C T 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0147305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.568;QD=19.6082;RBI=0.0190206;REFB=-0.000575358;REVB=0.0120331;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337705;STB=0.518762;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000771976;OID=.;OPOS=42740369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:24:18:20:23:24:18:20:23 chr15 42740784 . G A 313.4 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00368004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1414;QD=16.9405;RBI=0.0177154;REFB=-0.0148585;REVB=0.0173289;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115567;STB=0.564611;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0164124;OID=.;OPOS=42740784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:15:19:27:13:15:19:27:13 chr15 42742464 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0147848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.265;QD=17.3255;RBI=0.0188315;REFB=-0.00787348;REVB=0.0116634;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00838657;OID=.;OPOS=42742464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:10:15:11:9:10:15 chr15 42983521 . A T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0173119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.144;QD=26.0487;RBI=0.0184853;REFB=-0.00489703;REVB=0.00648107;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00631114;OID=.;OPOS=42983521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:2:3:8:4:2:3 chr15 43531411 . G C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00206475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.93;QD=13.336;RBI=0.0100424;REFB=-0.00308517;REVB=0.00982786;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144363;STB=0.591725;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00279213;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:10:5:5:18:10:5:5:19 chr15 43545728 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00823735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.389;QD=28.0161;RBI=0.00841788;REFB=0.00553375;REVB=-0.00173403;RO=19;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05586;STB=0.54584;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0045147;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:9:21:12:7:9:21:12:8 chr15 43552360 . G A 356.63 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00691776;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.644;QD=19.0202;RBI=0.0152786;REFB=-0.0245423;REVB=0.0136228;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965545;STB=0.505373;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.013324;OID=.;OPOS=43552360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:23:14:14:24:23:14:14:24 chr15 43571390 . C G 467.53 PASS AF=0.494624;AO=47;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.042199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1001;QD=20.1089;RBI=0.0422837;REFB=-0.0126788;REVB=-0.00267486;RO=46;SAF=17;SAR=30;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100969;STB=0.563996;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0161186;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:47:46:0.494624:30:17:12:34:29:17:12:35 chr15 43579566 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0158306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.495;QD=15.1663;RBI=0.043261;REFB=-0.0200309;REVB=0.0402605;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196548;STB=0.615215;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0203057;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:3:12:13:7:3:12:13:7 chr15 43621947 . A G 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.157;QD=63.7972;RBI=0.0299871;REFB=0;REVB=0.0270339;RO=0;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0465e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:76:69:0:0:76:69:0:0 chr15 43632549 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.561;QD=59.501;RBI=0.00747078;REFB=0;REVB=0.00289711;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79072e-06;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr15 43635247 . A G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00613879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.588;QD=11.2146;RBI=0.0191834;REFB=0.00269487;REVB=0.0181746;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1743;STB=0.611954;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00567461;OID=.;OPOS=43635247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:19:13:9:7:20:13 chr15 43650384 . G A 326.36 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221624;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.837;QD=54.3933;RBI=0.0319102;REFB=0;REVB=0.0229584;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103833;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:16:8:0:0 chr15 43661802 . T C 680.17 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00080556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.186;QD=60.4595;RBI=0.00690315;REFB=-0.117765;REVB=-0.00685599;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261537;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:45:1:0:43:45:1:23:20:0:1:24:21:0:0 chr15 43690300 . T C 447.95 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0105437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.88;QD=23.8906;RBI=0.028465;REFB=-0.0140652;REVB=0.0264403;RO=31;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143773;STB=0.514918;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00945952;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:32:43:43:0.573333:23:20:15:16:23:20:16:16 chr15 43724646 . T G 483.57 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0191344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.131;QD=19.1512;RBI=0.0191578;REFB=-0.0109311;REVB=-0.000946858;RO=51;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200286;STB=0.505374;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00991114;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:49:50:0.49505:27:22:24:27:27:23:24:27 chr15 43748304 . A G 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0212425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.169;QD=20.4041;RBI=0.021298;REFB=0.0113103;REVB=0.00153738;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197804;STB=0.609663;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0119125;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:13:19:10:18:13:19:10:18 chr15 43762196 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0108935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.919;QD=13.7739;RBI=0.0239868;REFB=-0.00235503;REVB=-0.0213705;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195814;STB=0.611395;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00582053;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:25:6:7:13:25:6 chr15 43767774 . G C 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.034023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8285;QD=21.6293;RBI=0.0482945;REFB=-0.0131428;REVB=-0.0342753;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729967;STB=0.540513;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0106566;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:10:20:14:10:10:20:14:10 chr15 43816917 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.024063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.157;QD=29.0928;RBI=0.0340195;REFB=-0.00192027;REVB=-0.0240478;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513833;STB=0.543343;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00103296;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:10:14:6:6:10:14:6:7 chr15 43817406 . T C 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0128988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.319;QD=17.0322;RBI=0.0279495;REFB=-0.00726827;REVB=-0.0247951;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251204;STB=0.643905;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0110045;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:13:9:12:6:13:9 chr15 43818052 . G A 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0574725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6047;QD=11.0862;RBI=0.0601446;REFB=-0.0179573;REVB=-0.0177282;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.026373;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr15 44038899 . C T 1743.27 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0239748;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.367;QD=58.109;RBI=0.0268908;REFB=-0.0375526;REVB=0.0121788;RO=3;SAF=58;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239286;STB=0.512603;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000279466;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:59:58:3:0:59:58:3:0 chr15 44061802 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.157;QD=58.0582;RBI=0.023235;REFB=0;REVB=0.0226201;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62738e-05;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr15 44120559 . T G 728.09 PASS AF=1;AO=39;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246829;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.001;QD=54.9504;RBI=0.0295026;REFB=0;REVB=0.0161604;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294393;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:39:53:1:18:21:0:0:32:21:0:0 chr15 44912608 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAC 113.27 PASS AF=0.446154,0.0461538;AO=23,3;DP=66;FAO=29,3;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=17,3;FSAR=12,0;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0570852,-0.0302264;FXX=0.0151492;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.69268,210.506;QD=6.97021;RBI=0.195838,0.0353452;REFB=-0.117017,-0.0110697;REVB=0.187334,0.0183207;RO=31;SAF=16,3;SAR=7,0;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.314402,0.593368;STB=0.554518,0.9965;STBP=0.419,0.086;TYPE=del,snp;VARB=0.167251,0.0115852;OID=.,.;OPOS=44912609,44912615;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154,0.0461538:23,3:66:29,3:65:33:17,3:12,0:16:17:86:31:16,3:7,0:12:19 chr15 44943757 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.683;QD=63.8719;RBI=0.00818836;REFB=0;REVB=-0.000629402;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22815e-05;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr15 44966389 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7876;QD=47.8214;RBI=0.012634;REFB=0;REVB=-0.00137569;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211863;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr15 45047134 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0092084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.287;QD=14.6498;RBI=0.0343321;REFB=-0.010791;REVB=-0.0330741;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236955;STB=0.636183;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0114033;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:5:14:7:7:5:14 chr15 45047573 . C T 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.108557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.689;QD=13.8475;RBI=0.109145;REFB=0.00518938;REVB=-0.011317;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173892;STB=0.589948;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0112662;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:6:10:11:13:6:10:12:13 chr15 45392075 . G A 1244.12 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.625;QD=59.9578;RBI=0.105231;REFB=0;REVB=0.0662262;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247749;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:47:33:0:0:48:35:0:0 chr15 45400358 . C G 508.41 PASS AF=0.972222;AO=23;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00203098;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.31;QD=56.4894;RBI=0.0208413;REFB=-0.115841;REVB=0.0207421;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000648144;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:23:35:0.972222:7:16:0:0:10:25:1:0 chr15 45404066 . G A 2307.63 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.028598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.855;QD=58.0535;RBI=0.028632;REFB=-0.0517591;REVB=0.0013958;RO=2;SAF=70;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133963;STB=0.513887;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000389848;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:2:4:155:155:0.974843:85:70:2:0:85:70:4:0 chr15 45407980 . G A 133.58 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00640563;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.538;QD=14.8417;RBI=0.068201;REFB=-0.0200354;REVB=-0.0678995;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247256;STB=0.642158;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.026105;OID=.;OPOS=45407980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:6:15:7:8:6:15 chr15 45408414 . C G 544.94 PASS AF=1;AO=26;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5199;QD=60.5493;RBI=0.222365;REFB=0;REVB=0.221711;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498707;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:26:36:1:8:18:0:0:18:18:0:0 chr15 45408933 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.76;QD=58.061;RBI=0.0422254;REFB=0;REVB=0.0242317;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6228e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr15 45412946 . C A 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00049229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.011;QD=8.56716;RBI=0.0126697;REFB=-0.0120715;REVB=0.0126601;RO=37;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166671;STB=0.510189;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0320114;OID=.;OPOS=45412946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:10:4:11:26:10:4:11:26 chr15 45444133 . T C 747.6 PASS AF=0.621622;AO=67;DP=109;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=55;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0157252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.778;QD=26.9405;RBI=0.0169041;REFB=-0.0377475;REVB=-0.00620212;RO=42;SAF=53;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240883;STB=0.634285;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0230916;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:42:42:67:69:0.621622:14:53:22:20:14:55:22:20 chr15 45444518 . A G 357.13 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=52;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0282856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.824;QD=26.9531;RBI=0.0287867;REFB=-0.00547495;REVB=0.00534768;RO=18;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128383;STB=0.584245;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00304191;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:18:19:33:34:0.641509:12:21:8:10:12:22:8:11 chr15 45446156 . C T 194.94 PASS AF=0.396825;AO=22;DP=60;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00256431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7011;QD=12.3772;RBI=0.0199409;REFB=-0.0111456;REVB=0.0197754;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107795;STB=0.584353;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.018125;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:38:38:22:25:0.396825:15:7:9:29:16:9:9:29 chr15 45453032 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0107176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.769;QD=21.5109;RBI=0.0119681;REFB=-0.0409303;REVB=-0.00532626;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0355956;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr15 45457458 . G T 502.82 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.059505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8592;QD=15.9626;RBI=0.0640975;REFB=-0.00323136;REVB=0.0238254;RO=71;SAF=15;SAR=40;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201417;STB=0.613333;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00381639;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:40:15:32:39:40:15:32:39 chr15 45457519 . T G 661.95 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.00373003;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8188;QD=24.071;RBI=0.013797;REFB=-0.0428706;REVB=0.0132832;RO=43;SAF=19;SAR=45;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804489;STB=0.541127;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0481985;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:43:46:64:64:0.581818:45:19:9:34:45:19:10:36 chr15 45459971 . C G 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00308427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.011;QD=17.6622;RBI=0.0289553;REFB=-0.0166945;REVB=0.0287905;RO=46;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228786;STB=0.506915;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0166602;OID=.;OPOS=45459971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:46:47:40:40:0.45977:14:26:30:16:14:26:30:17 chr15 45467540 . C G 737.43 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.417;QD=62.7597;RBI=0.0699266;REFB=0;REVB=0.0187664;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr15 45491082 . G A 365.95 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0142814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.462;QD=18.7665;RBI=0.0951197;REFB=-0.0195297;REVB=0.0940415;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679788;STB=0.537796;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0230286;OID=.;OPOS=45491082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:14:26:22:16:14:26 chr15 45545478 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0272418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.468;QD=8.3708;RBI=0.029743;REFB=-0.00562516;REVB=-0.0119385;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458157;STB=0.776111;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0223495;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:9:2:15:12:9:2:15:13 chr15 45554267 . C A 613.25 PASS AF=0.496;AO=61;DP=124;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0108831;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.775;QD=19.6241;RBI=0.0108831;REFB=-0.00260734;REVB=-1.94281e-05;RO=63;SAF=22;SAR=39;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114517;STB=0.503105;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00296022;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:63:61:62:0.496:39:22:22:41:40:22:22:41 chr15 45653707 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0145237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.391;QD=16.9415;RBI=0.01905;REFB=-0.00426605;REVB=-0.0123273;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00447143;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:15:9:9:10:15:9 chr15 45654327 . A G 518.7 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0375195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.708;QD=15.0348;RBI=0.0495521;REFB=0.00515702;REVB=0.0323682;RO=79;SAF=35;SAR=22;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165357;STB=0.600169;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00659334;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:79:81:57:57:0.413043:22:35:36:43:22:35:36:45 chr15 45661678 . T A 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0180977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.146;QD=14.5541;RBI=0.0203105;REFB=-0.00629532;REVB=0.00921905;RO=64;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198447;STB=0.511168;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00668981;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:25:21:28:36:25:21:28:36 chr15 45695290 . C T 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0394462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.344;QD=21.012;RBI=0.0430661;REFB=-0.0478722;REVB=0.0172826;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184829;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0175559;OID=.;OPOS=45695290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:6:5:1:5:6:5:2:5 chr15 45695695 . G A 1180.08 PASS AF=0.568421;AO=107;DP=190;FAO=108;FDP=190;FR=.;FRO=82;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0342262;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.534;QD=24.8437;RBI=0.0745623;REFB=-0.032188;REVB=0.0662427;RO=78;SAF=66;SAR=41;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632521;STB=0.527941;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0175738;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:78:82:107:108:0.568421:41:66:42:36:42:66:45:37 chr15 45777344 . T C 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0172159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3027;QD=18.0862;RBI=0.0970205;REFB=0.011576;REVB=-0.0954808;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506844;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0140539;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:8:18:18:8:8:18:19:8 chr15 45779810 . G A 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.039588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.258;QD=8.52681;RBI=0.0410784;REFB=0.000268765;REVB=-0.0109648;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131858;STB=0.578246;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00102829;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:11:12:23:33:11:12:23:33 chr15 48052595 . A C 624.38 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00215349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.764;QD=21.7175;RBI=0.00278193;REFB=0.0105346;REVB=-0.00176114;RO=53;SAF=35;SAR=27;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217934;STB=0.61926;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00802667;OID=.;OPOS=48052595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:27:35:16:37:27:35:16:37 chr15 48056219 . A G 388.87 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.03134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2316;QD=13.8882;RBI=0.0314201;REFB=-0.0108524;REVB=-0.00224168;RO=66;SAF=22;SAR=23;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682313;STB=0.544624;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0158628;OID=.;OPOS=48056219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:45:46:0.410714:23:22:28:38:23:23:28:38 chr15 48060823 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0268543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.12;QD=18.0814;RBI=0.0286176;REFB=-0.0117295;REVB=0.00989002;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827698;STB=0.546187;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0139126;OID=.;OPOS=48060823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:20:21:20:27:20:21:20:27 chr15 48063076 . T C 583.63 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.000424952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.857;QD=20.844;RBI=0.0184728;REFB=-0.0150441;REVB=-0.018468;RO=53;SAF=25;SAR=34;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255154;STB=0.514034;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0137818;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:34:25:24:29:34:25:24:29 chr15 48426484 . A G 840.12 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119879;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.722;QD=57.939;RBI=0.0205593;REFB=0;REVB=-0.0167025;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42744e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr15 48441554 . T C 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0233381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.089;QD=20.2397;RBI=0.0234508;REFB=-0.00978268;REVB=-0.00229695;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874709;STB=0.548512;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0182031;OID=.;OPOS=48441554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:27:20:25:23:27:20:25:23 chr15 48443699 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.891;QD=58.2395;RBI=0.0150633;REFB=0;REVB=-0.0139909;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020541;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr15 48460927 . C T 1539.65 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.93;QD=59.7923;RBI=0.107481;REFB=0;REVB=-0.0247569;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270932;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:66:37:0:0:66:37:0:0 chr15 48495508 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00564874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.547;QD=13.224;RBI=0.0239775;REFB=-0.000172547;REVB=0.0233026;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103791;STB=0.566612;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000379021;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:12:12:21:14:12:12:22:14 chr15 48527142 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTC 470.42 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=31,9;DP=93;FAO=80,12;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36,11;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.301054,0.0392071;FXX=0.0107515;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.51782,9.64276;QD=20.4531;RBI=0.699705,0.296337;REFB=0.161439,0.0536679;REVB=0.631627,0.293732;RO=26;SAF=13,9;SAR=18,0;SRF=2;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.309772,0.857644;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0236087,-0.0300466;OID=.,.;OPOS=48527143,48527149;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:31,9:93:80,12:92:0:36,11:44,1:0:0:33:26:13,9:18,0:2:24 chr15 48539587 . T C 211.05 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0121185;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.909;QD=11.7252;RBI=0.025361;REFB=0.000654748;REVB=0.0222783;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096205;STB=0.555513;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000811791;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:46:46:26:26:0.361111:13:13:27:19:13:13:27:19 chr15 48580713 . T C 618.03 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.645;QD=58.8603;RBI=0.0342176;REFB=-0.0906105;REVB=0.00362386;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.521728;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000315219;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:42:0:1:40:41:0.97619:29:11:0:0:30:11:1:0 chr15 48595192 . G T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.102383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0011;QD=11.4396;RBI=0.106904;REFB=-0.0157278;REVB=-0.0307587;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111091;STB=0.565515;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0347524;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:7:17:8:5:7:17 chr15 48701029 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.546;QD=60.9786;RBI=0.013332;REFB=0;REVB=0.0130976;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81918e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr15 48702457 . C A 1167.43 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139333;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.262;QD=59.8685;RBI=0.0153051;REFB=-0.120337;REVB=0.00633323;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104021;STB=0.505493;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-5.93959e-05;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:78:1:1:77:77:0.987179:45:32:0:1:45:32:0:1 chr15 48779506 . T C 510.95 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0135373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.205;QD=21.2895;RBI=0.0455792;REFB=-0.0259199;REVB=-0.0435224;RO=46;SAF=28;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555319;STB=0.509087;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0233841;OID=.;OPOS=48779506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:21:28:26:20:21:28:26:21 chr15 48807637 . C T 1434.29 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3743;QD=63.0458;RBI=0.0203652;REFB=0;REVB=0.00621678;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146206;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr15 49054772 . C A 1433.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.675;QD=63.0046;RBI=0.0354769;REFB=0;REVB=0.0279292;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28801e-05;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:50:41:0:0 chr15 49090175 . G A 183.71 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0137111;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8533;QD=12.4549;RBI=0.0227937;REFB=-0.0133207;REVB=0.0182088;RO=37;SAF=3;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531662;STB=0.820201;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0338602;OID=.;OPOS=49090175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:36:22:23:0.389831:19:3:21:16:20:3:21:15 chr15 49288160 . A G 816.98 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.171;QD=57.3321;RBI=0.0720947;REFB=0;REVB=0.0245488;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000605474;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr15 49325289 . A C 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00154383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.53;QD=21.9744;RBI=0.00289534;REFB=-0.013881;REVB=0.0024494;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055511;STB=0.524103;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0120087;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:21:22:16:20:21:22:17:20 chr15 49491143 . G A 391.58 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0178437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.104;QD=22.0611;RBI=0.0433026;REFB=-0.012592;REVB=0.0394553;RO=32;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074578;STB=0.541155;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0139658;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:23:16:16:16:23:16:16:16 chr15 49716845 . T C 240.1 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0141451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.845;QD=16.5586;RBI=0.027223;REFB=0.0037923;REVB=0.0232595;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.56785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00655605;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:14:17:18:9:14:17 chr15 49935628 . C G 356.27 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0162532;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6222;QD=18.5076;RBI=0.0210867;REFB=-0.0228658;REVB=0.0134344;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103393;STB=0.510509;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0228621;OID=.;OPOS=49935628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:40:37:37:0.480519:22:15:15:21:22:15:17:23 chr15 50152583 . G T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.672;QD=59.9241;RBI=0.00527172;REFB=0;REVB=0.00111361;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41668e-06;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr15 50279662 . T C 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0369968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.458;QD=20.1535;RBI=0.0456011;REFB=0.00296454;REVB=-0.0266589;RO=44;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409838;STB=0.522717;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00215625;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:22:22:24:20:22:22:24:20 chr15 50311135 . C A 500.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.323;QD=58.9315;RBI=0.0609646;REFB=0;REVB=-0.0339744;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191521;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 50311148 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.331;QD=57.3932;RBI=0.0255167;REFB=-0.0495847;REVB=-0.0217748;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000345429;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr15 50474766 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.389;QD=57.1771;RBI=0.0215677;REFB=0;REVB=0.0158761;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07629e-05;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr15 50773755 . G A 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.687;QD=57.3808;RBI=0.00867333;REFB=0;REVB=0.00700602;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00385e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr15 50853015 . G A 437.88 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00694131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2257;QD=21.6237;RBI=0.0130979;REFB=0.00165954;REVB=0.0111074;RO=38;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573367;STB=0.531631;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.002638;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:22:21:16:22:22:21:16:22 chr15 50867082 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5901;QD=60.9783;RBI=0.00857351;REFB=0;REVB=-0.00246742;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98354e-05;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:15:19:0:0:16:23:0:0 chr15 50981098 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.55;QD=62.6648;RBI=0.0254669;REFB=0;REVB=-0.0148081;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00824e-05;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr15 51217361 . T C 1205.53 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000587151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.801;QD=61.0397;RBI=0.0012587;REFB=0;REVB=-0.00111336;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92334e-07;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:28:47:0:0:30:49:0:0 chr15 51294832 . G A 1606.49 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3545;QD=64.2596;RBI=0.0630798;REFB=0;REVB=-0.0622805;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291668;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr15 51397262 . C T 508.48 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0117485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=16.6716;RBI=0.031686;REFB=-0.00152737;REVB=-0.0294274;RO=67;SAF=20;SAR=35;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718729;STB=0.540143;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00235773;OID=.;OPOS=51397262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:35:20:29:38:35:20:29:38 chr15 51502844 . A C 328.49 PASS AF=0.292517;AO=44;DP=145;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0329612;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.638;QD=8.93841;RBI=0.0467966;REFB=-0.0374412;REVB=0.0332187;RO=101;SAF=22;SAR=22;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112432;STB=0.569233;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0885196;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:101:104:44:43:0.292517:22:22:41:60:21:22:43:61 chr15 51502986 . G A 770.75 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=175;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00227037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.749;QD=17.6171;RBI=0.0240027;REFB=-0.00919177;REVB=0.0238951;RO=94;SAF=39;SAR=42;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797044;STB=0.544138;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00654857;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:94:94:81:81:0.462857:42:39:53:41:42:39:53:41 chr15 51503881 . T A 359.07 PASS AF=0.580645;AO=30;DP=57;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.010804;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.784;QD=23.166;RBI=0.0255212;REFB=-0.0347735;REVB=-0.0231216;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119903;STB=0.51541;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0403513;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:26:26:30:36:0.580645:20:10:9:17:26:10:8:18 chr15 51503897 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0275574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.376;QD=23.8371;RBI=0.0287228;REFB=-0.00843509;REVB=-0.0080986;RO=22;SAF=10;SAR=22;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487919;STB=0.502687;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00440376;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:22:10:7:15:22:10:7:15 chr15 51529112 . T C 419.95 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0103548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5759;QD=14.6069;RBI=0.018234;REFB=-0.00522008;REVB=0.0150085;RO=67;SAF=18;SAR=30;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109582;STB=0.561772;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00834263;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:30:18:32:35:30:18:32:35 chr15 51675625 . C T 1590.43 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.944;QD=58.9048;RBI=0.0324303;REFB=0.0116083;REVB=-0.0230749;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939812;STB=0.50495;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-2.0192e-05;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:50:57:0:1:50:57:0:1 chr15 51689772 . G A 1039.13 PASS AF=0.465517;AO=106;DP=230;FAO=108;FDP=232;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=29;FSRR=95;FWDB=0.0297602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.179;QD=17.9161;RBI=0.0299716;REFB=-0.00704086;REVB=-0.00355348;RO=123;SAF=43;SAR=63;SRF=29;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178693;STB=0.599572;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00970889;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:123:124:106:108:0.465517:63:43:29:94:64:44:29:95 chr15 51698867 . T C 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00994941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.486;QD=12.0244;RBI=0.0647632;REFB=-0.0279113;REVB=-0.0639943;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323227;STB=0.687231;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.056071;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:16:4:6:6:16:4 chr15 51698922 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00597784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.447;QD=18.4385;RBI=0.00610084;REFB=-0.00811842;REVB=-0.00121888;RO=29;SAF=6;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298165;STB=0.668476;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0100301;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:23:6:14:15:23:6:14:15 chr15 51783820 . T C 557.75 PASS AF=0.423611;AO=57;DP=140;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=0.0306596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5125;QD=15.4931;RBI=0.0317663;REFB=-0.0245144;REVB=0.00831165;RO=78;SAF=9;SAR=48;SRF=19;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145667;STB=0.560762;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0304659;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:78:83:57:61:0.423611:48:9:19:59:48:13:24:59 chr15 51791559 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0126429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3169;QD=23.382;RBI=0.0259816;REFB=-0.00126144;REVB=-0.0226981;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089129;STB=0.549788;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000567749;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:5:9:10:9:5:9 chr15 51795172 . G A 348.22 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000652344;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.067;QD=16.7816;RBI=0.00997601;REFB=-0.00299507;REVB=0.00995465;RO=45;SAF=11;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236615;STB=0.644104;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00259617;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:46:36:37:0.445783:25:11:24:21:26:11:25:21 chr15 51868373 . A G 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0121153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.457;QD=29.8325;RBI=0.0208315;REFB=-0.0090296;REVB=0.0169461;RO=9;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158282;STB=0.587695;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00231331;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:14:6:5:4:14:6:5:4 chr15 51914662 . G A 1432.39 PASS AF=0.441261;AO=148;DP=337;FAO=154;FDP=349;FR=.;FRO=195;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=86;FSRR=109;FWDB=0.0191278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.0009;QD=16.417;RBI=0.0634525;REFB=-0.0371666;REVB=0.0605008;RO=188;SAF=81;SAR=67;SRF=83;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10658;STB=0.547352;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0397811;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:349:188:195:148:154:0.441261:67:81:83:105:73:81:86:109 chr15 51914716 . T C 1160.36 PASS AF=0.441281;AO=112;DP=274;FAO=124;FDP=281;FR=.;FRO=157;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.0357932;FXX=0.0174819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.272;QD=16.5176;RBI=0.0368211;REFB=-0.0239638;REVB=-0.00863956;RO=161;SAF=48;SAR=64;SRF=70;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00668069;STB=0.531128;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0323726;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:281:161:157:112:124:0.441281:64:48:70:91:65:59:66:91 chr15 52357437 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0016497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0831;QD=23.236;RBI=0.0148809;REFB=0.00309278;REVB=-0.0147891;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270493;STB=0.652332;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00276945;OID=.;OPOS=52357437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:8:5:13:5:8:5 chr15 52539673 . C T 417.77 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0108642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9454;QD=22.5819;RBI=0.0409411;REFB=0.0291544;REVB=0.0394733;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319759;STB=0.517599;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0234183;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:22:19:14:19:22:19:14:19 chr15 52556429 . A G 854.36 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400259;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.719;QD=57.9227;RBI=0.0138642;REFB=0;REVB=0.0132738;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81196e-05;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr15 52570093 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000634106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.66;QD=9.57006;RBI=0.0146714;REFB=-0.00108373;REVB=-0.0146577;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178816;STB=0.608437;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00197303;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:10:5:4:4:10:5 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 684.17 PASS AF=1;AO=37;DP=62;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124564;FXX=0.122424;HRUN=3;LEN=9;MLLD=294.927;QD=63.6439;RBI=0.012851;REFB=0;REVB=0.00315994;RO=18;SAF=12;SAR=25;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000197217;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:62:43:43:0:15:28:0:0:3:18:12:25:9:9 chr15 52611451 . A G 882.04 PASS AF=0.454545;AO=95;DP=209;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.0123372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.969;QD=16.8811;RBI=0.0184813;REFB=-0.0227593;REVB=-0.0137605;RO=113;SAF=37;SAR=58;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715279;STB=0.537588;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.024671;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:113:114:95:95:0.454545:58:37:52:61:58:37:52:62 chr15 52667552 . G A 1044.57 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.691;QD=59.6896;RBI=0.031377;REFB=0;REVB=-0.00743525;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35387e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:41:29:0:0 chr15 52689526 . T C 1311.95 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0481307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2479;QD=59.6341;RBI=0.0486763;REFB=-0.0708862;REVB=0.00726746;RO=2;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01933;STB=0.510202;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00130242;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:48:38:0:2:48:38:0:2 chr15 52689631 . T G 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2288;QD=61.6904;RBI=0.0825471;REFB=0;REVB=-0.061021;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111164;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr15 52901283 . TT CC 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0103184;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.9669;QD=12.724;RBI=0.0315652;REFB=-0.00585545;REVB=0.029831;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270715;STB=0.654549;STBP=0.06;TYPE=mnp;VARB=0.00826086;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:11:25:10:13:11:25 chr15 52901638 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0198452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.039;QD=20.4858;RBI=0.0281365;REFB=-0.00752479;REVB=-0.0199457;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00715154;OID=.;OPOS=52901638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:6:5:8:6:6:5 chr15 52901914 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0697548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7832;QD=21.2648;RBI=0.0706832;REFB=-0.0248276;REVB=-0.0114186;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192818;STB=0.609258;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0235272;OID=.;OPOS=52901914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:8:10:15:5:8:10 chr15 52901977 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0119769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.804;QD=14.9786;RBI=0.0119808;REFB=0.00262878;REVB=0.000306192;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.679246;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00257062;OID=.;OPOS=52901977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:7:4:7:3:7:4 chr15 53994493 . A G 1228.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.777;QD=61.4231;RBI=0.0520645;REFB=0;REVB=0.0388624;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158125;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:39:39:0:0:41:39:0:0 chr15 54008795 . T C 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0387157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9853;QD=17.6623;RBI=0.0513569;REFB=-0.0062225;REVB=0.0337436;RO=47;SAF=25;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174338;STB=0.597618;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00727004;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:15:25:21:26:15:25:21:26 chr15 54008845 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.126;QD=63.8872;RBI=0.0556584;REFB=0;REVB=-0.00411479;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208814;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr15 54306925 . G A 862.59 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021911;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6225;QD=57.5061;RBI=0.0222314;REFB=0;REVB=-0.00376037;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402092;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr15 54841874 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00368948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.873;QD=12.0207;RBI=0.00668759;REFB=0.00232414;REVB=-0.00557778;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130458;STB=0.51877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00416645;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:10:14:8:6:10:15 chr15 54847677 . C T 501.75 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0164413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.63;QD=22.0548;RBI=0.0164656;REFB=-0.0229212;REVB=0.000895492;RO=43;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121828;STB=0.567191;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0253304;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:28:20:24:19:28:20:24:19 chr15 54919047 . A G 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.016498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3077;QD=15.3849;RBI=0.0322931;REFB=0.0109682;REVB=0.0277608;RO=60;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672828;STB=0.53772;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0168002;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:23:23:26:34:23:23:26:34 chr15 55619796 . T C 370.06 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0101691;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.576;QD=19.4767;RBI=0.0107036;REFB=0.00595098;REVB=0.00334011;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711685;STB=0.539562;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00807171;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:17:21:18:20:17:21:18:20 chr15 55632859 . G T 1457.28 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5944;QD=62.0121;RBI=0.0449208;REFB=-0.0686314;REVB=-0.0409757;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000763753;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:50:43:0:1:50:43:0:1 chr15 55653031 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00608165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3412;QD=7.7624;RBI=0.00830574;REFB=-0.00341933;REVB=0.00565676;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602659;STB=0.871919;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0109288;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:10:3:5:1:10:3 chr15 55681641 . C T 133.28 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0163012;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1292;QD=20.5046;RBI=0.02222;REFB=-0.0874401;REVB=0.0150995;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150655;STB=0.606586;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0115688;OID=.;OPOS=55681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:5:9:5:6:5:9:5:7 chr15 55722872 . G C 154.13 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0127183;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.739;QD=13.7007;RBI=0.0138701;REFB=0.00329316;REVB=0.0055339;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.571347;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00976501;OID=.;OPOS=55722872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:10:18:9:8:10:18 chr15 55759193 . T C 99.34 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0122709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.967;QD=18.0617;RBI=0.0567202;REFB=0.003825;REVB=-0.055377;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00257777;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:4:6:7:5:4:6 chr15 55759334 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTC 40.54 PASS AF=0.473684,0.105263;AO=9,2;DP=20;FAO=9,2;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7,2;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0755508,0.0637897;FXX=0.049975;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.94098,24.9841;QD=8.53541;RBI=0.0928746,0.068718;REFB=-0.130764,-0.0875279;REVB=-0.0540164,0.0255548;RO=8;SAF=7,2;SAR=2,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123876,0.490468;STB=0.571284,0.990954;STBP=0.688,0.498;TYPE=del,snp;VARB=0.119991,0.0457475;OID=.,.;OPOS=55759335,55759341;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0.105263:9,2:20:9,2:19:8:7,2:2,0:7:1:29:8:7,2:2,0:7:1 chr15 56120962 . T C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0265557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.153;QD=21.6115;RBI=0.0266287;REFB=-0.00444927;REVB=-0.00197039;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189612;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00619154;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:11:12:12:12:11:12 chr15 56122741 . A C 331.42 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00100471;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.554;QD=18.4125;RBI=0.00805907;REFB=-0.00685965;REVB=-0.0079962;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176506;STB=0.59837;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00499403;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:15:20:14:23:15:20:14:23 chr15 56139153 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.162;QD=63.8689;RBI=0.0941343;REFB=0;REVB=0.0925278;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479665;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 56152729 . T C 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00529148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.259;QD=16.9883;RBI=0.0056179;REFB=-0.0091223;REVB=0.00188706;RO=48;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131741;STB=0.573675;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00853016;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:20:19:17:31:20:19:17:31 chr15 56152872 . C T 516.37 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.012112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.889;QD=19.1247;RBI=0.030373;REFB=-0.00070523;REVB=-0.0278535;RO=53;SAF=36;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132354;STB=0.578917;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000504737;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:54:54:54:0.5:18:36:28:25:18:36:28:26 chr15 56207811 . T G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0118112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.934;QD=13.6198;RBI=0.0125528;REFB=-0.00679598;REVB=-0.00425059;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134622;STB=0.576864;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00832527;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:11:15:17:21:11:15:17:21 chr15 56207983 . C T 243.06 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0119571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.709;QD=10.5677;RBI=0.0172697;REFB=0.00302285;REVB=0.0124607;RO=62;SAF=11;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139125;STB=0.581288;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00558909;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:19:11:30:32:19:11:30:32 chr15 56208535 . G A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0155085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.455;QD=14.4198;RBI=0.0291152;REFB=-0.00416382;REVB=-0.0246411;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952154;STB=0.554335;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00734133;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:19:8:14:23:19:8:14:23 chr15 56322148 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1524;QD=42.1826;RBI=0.030694;REFB=0;REVB=0.0302567;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117656;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 56322156 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0657;QD=39.2067;RBI=0.0584609;REFB=0;REVB=-0.0181206;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00496115;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 56386577 . T G 1249.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589355;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.195;QD=61.7007;RBI=0.0589386;REFB=0;REVB=0.000610375;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93461e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr15 56387142 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00152573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.948;QD=22.5341;RBI=0.00820979;REFB=-0.0273008;REVB=-0.00806677;RO=24;SAF=9;SAR=23;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727022;STB=0.539976;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0252509;OID=.;OPOS=56387142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:23:9:5:19:23:9:5:19 chr15 56387931 . C T 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1117;QD=59.3211;RBI=0.0248355;REFB=0;REVB=-0.0140401;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78427e-05;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr15 56721264 . G A 655.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.644;QD=60.985;RBI=0.0195951;REFB=0;REVB=-0.00352879;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153291;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr15 56923714 . G A 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.06524e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.235;QD=59.1384;RBI=0.0074785;REFB=0;REVB=-0.00747844;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38815e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr15 56946980 . T G 409.73 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00160324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.306;QD=20.7458;RBI=0.0411318;REFB=-0.0223902;REVB=0.0411005;RO=38;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976865;STB=0.554121;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0230884;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:25:16:19:19:25:16:19:19 chr15 56959028 . C T 351.38 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0155493;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.452;QD=13.0142;RBI=0.0178101;REFB=-0.00473369;REVB=-0.0086844;RO=66;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281767;STB=0.505778;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0104255;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:66:66:42:42:0.388889:27:15:22:44:27:15:23:43 chr15 56968865 . C T 221.3 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=58;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00322014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.964;QD=13.8311;RBI=0.0162811;REFB=-0.0644199;REVB=0.0159595;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137611;STB=0.506844;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0829191;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:36:36:22:28:0.4375:12:10:21:15:12:16:21:15 chr15 57731335 . A C 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2102;QD=61.3221;RBI=0.0128906;REFB=0;REVB=0.012472;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08808e-05;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr15 57731573 . C T 192.36 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0429092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7134;QD=16.0298;RBI=0.0959903;REFB=0.00115765;REVB=0.0858658;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.538423;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00294903;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:13:15:12:8:13:15 chr15 57731728 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.81289e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.268;QD=57.3858;RBI=0.0157225;REFB=0;REVB=0.0157223;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66273e-05;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr15 57918090 . A G 1360.96 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00526976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9503;QD=61.1669;RBI=0.0566388;REFB=0.0441995;REVB=0.0563931;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000942228;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:45:43:0:0:45:43:1:0 chr15 57925836 . C T 755.68 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116574;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6663;QD=57.0326;RBI=0.0525008;REFB=0;REVB=0.0511903;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490792;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr15 57967219 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.514;QD=62.0082;RBI=0.00706969;REFB=0;REVB=0.00232025;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34304e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr15 58256127 . C T 361.42 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0127681;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.388;QD=13.1427;RBI=0.0225034;REFB=-0.00479608;REVB=-0.0185305;RO=67;SAF=19;SAR=24;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118233;STB=0.567057;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00590434;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:67:43:43:0.390909:24:19:37:30:24:19:37:30 chr15 58444720 . A T 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.699;QD=60.4469;RBI=0.0267749;REFB=0;REVB=0.0153376;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4198e-06;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr15 58471368 . C T 1594.33 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.99;QD=59.601;RBI=0.0452511;REFB=0;REVB=0.0435568;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71485e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:107:0:0:98:107:1:50:48:0:0:57:50:0:0 chr15 58476281 . A G 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.583;QD=58.2346;RBI=0.0116281;REFB=0;REVB=0.0111099;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73448e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr15 58834741 . G T 353.76 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0286252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.007;QD=18.6188;RBI=0.031565;REFB=-0.00602544;REVB=0.0133022;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030898;STB=0.517232;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00590395;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:23:14:16:23:23:14:16:23 chr15 58837957 . A G 310.86 PASS AF=0.357798;AO=37;DP=108;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-3.82003e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.38;QD=11.4076;RBI=0.000489799;REFB=-0.00554303;REVB=0.000488307;RO=70;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800741;STB=0.56115;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.011228;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:70:70:37:39:0.357798:18:19:31:39:18:21:31:39 chr15 58838010 . A G 557.33 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0116591;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.079;QD=17.1486;RBI=0.0147055;REFB=-0.00324107;REVB=-0.00896208;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383334;STB=0.520821;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00208333;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:71:59:59:0.453846:31:28:30:28:31:28:31:40 chr15 58838011 . T G 37.32 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0065366;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.074;QD=1.1482;RBI=0.091711;REFB=-0.0321421;REVB=-0.0914778;RO=107;SAF=2;SAR=9;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407508;STB=0.788452;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.179312;OID=.;OPOS=58838011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:118:130:107:119:11:11:0.0846154:9:2:57:50:9:2:57:62 chr15 58838038 . C G 386.87 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.000985066;FXX=0.0239981;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.096;QD=12.6841;RBI=0.00401653;REFB=-0.0101853;REVB=-0.00389386;RO=76;SAF=22;SAR=24;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033948;STB=0.519305;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0151422;OID=.;OPOS=58838038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:76:46:46:0.377049:24:22:34:42:24:22:34:42 chr15 58853079 . C A 745.75 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.455;QD=63.4682;RBI=0.0453106;REFB=0;REVB=0.0426383;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140329;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:14:32:0:0:15:32:0:0 chr15 58853109 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.565;QD=61.6809;RBI=0.0458935;REFB=0;REVB=0.0351232;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214821;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr15 58857378 . A G 222.83 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0128733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.409;QD=14.8551;RBI=0.0143167;REFB=-0.00805743;REVB=-0.0062647;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313875;STB=0.683279;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00982745;OID=.;OPOS=58857378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:9:16:11:23:9:17:11:23 chr15 58983318 . G C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0130933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.117;QD=12.1431;RBI=0.0283823;REFB=0.00539749;REVB=0.0251817;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650009;STB=0.537776;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00813355;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:21:12:8:11:21:12 chr15 58983425 . G C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0105892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.471;QD=21.4067;RBI=0.0162139;REFB=-0.00431519;REVB=-0.0122784;RO=26;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104649;STB=0.557999;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00355959;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:12:20:13:13:12:20:13:13 chr15 58983588 . T A 657.04 PASS AF=0.633333;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0226816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.725;QD=29.2017;RBI=0.0497457;REFB=-0.00713836;REVB=-0.044274;RO=33;SAF=34;SAR=23;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281463;STB=0.51527;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00377102;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:33:57:57:0.633333:23:34:21:12:23:34:21:12 chr15 58985164 . T G 289.76 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0611341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4623;QD=21.0733;RBI=0.109129;REFB=-0.0497256;REVB=0.0903978;RO=23;SAF=21;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630996;STB=0.874994;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.065897;OID=.;OPOS=58985164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:23:22:24:0.436364:1:21:13:10:1:23:13:10 chr15 59147037 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.175;QD=53.9112;RBI=0.0563622;REFB=0;REVB=0.0534289;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705242;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr15 59147413 . T A 549.64 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00334123;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.999;QD=57.8563;RBI=0.00383843;REFB=-0.042558;REVB=-0.00188939;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=3.79815e-05;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:1:0:23:14:1:0 chr15 59323048 . C G 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00656316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.306;QD=9.33489;RBI=0.0195052;REFB=-0.00253295;REVB=0.0183678;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303687;STB=0.501842;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104116;OID=.;OPOS=59323048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:12:19:8:5:12:19 chr15 59347929 . C A 327.62 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=-0.0558004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.279;QD=12.2476;RBI=0.0562166;REFB=0.00459026;REVB=-0.00682775;RO=67;SAF=28;SAR=12;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425553;STB=0.741357;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00871588;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:12:28:20:47:12:28:20:47 chr15 59368167 . G A 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0104978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.857;QD=22.4725;RBI=0.0245406;REFB=-0.00746875;REVB=0.0221819;RO=43;SAF=28;SAR=21;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148964;STB=0.58201;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.006801;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:21:28:17:26:21:28:17:26 chr15 59415715 . G C 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00116695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.143;QD=25.6502;RBI=0.0217652;REFB=-0.0310373;REVB=0.0217339;RO=18;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228513;STB=0.62708;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0126235;OID=.;OPOS=59415715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:17:8:11:7:17:8:11:7 chr15 59499179 . G A 1318.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.593;QD=62.0353;RBI=0.0547581;REFB=0;REVB=0.0281016;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176924;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:55:28:0:0:56:29:0:0 chr15 59499228 . C T 1521.15 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00801941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.214;QD=61.4608;RBI=0.00802016;REFB=-0.0921819;REVB=0.00010926;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.502292;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00024161;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:59:38:0:0:59:38:1:1 chr15 59499274 . C A 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.423;QD=62.9081;RBI=0.00744454;REFB=0;REVB=0.00644936;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14649e-06;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chr15 59500116 . T C 785.68 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8064;QD=57.1404;RBI=0.0446796;REFB=0;REVB=0.0419783;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361589;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr15 59510189 . G A 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0104386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.223;QD=17.4971;RBI=0.0159443;REFB=-0.00853644;REVB=0.0120522;RO=46;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624014;STB=0.534936;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0100894;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:17:22:23:23:17:22:23:23 chr15 59682428 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00698096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.754;QD=15.2375;RBI=0.0127061;REFB=-0.0105055;REVB=-0.0106166;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509084;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0122962;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:12:15:20:16:12:16:20:16 chr15 59682486 . G GT 163.98 PASS AF=0.52;AO=23;DP=55;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0207887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.41;QD=13.118;RBI=0.0228098;REFB=-0.0406832;REVB=-0.00938716;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16315;STB=0.596257;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=0.0345832;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:23:55:26:50:24:15:11:9:15:99:30:13:10:12:18 chr15 59682493 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000997518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.774;QD=19.2749;RBI=0.0232316;REFB=-0.00469806;REVB=-0.0232102;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218565;STB=0.62376;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00931884;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:15:11:15:8:15:11 chr15 59784493 . C T 1172.65 PASS AF=0.920455;AO=81;DP=88;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0080325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.583;QD=53.3024;RBI=0.00818293;REFB=-0.00512059;REVB=-0.00156182;RO=7;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06548;STB=0.534645;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000376757;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:88:88:7:7:81:81:0.920455:47:34:0:7:47:34:0:7 chr15 59911421 . A T 338.35 PASS AF=0.630435;AO=22;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.024829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.601;QD=29.4219;RBI=0.0420451;REFB=-0.0424558;REVB=0.033931;RO=12;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265994;STB=0.58084;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0276636;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:12:17:22:29:0.630435:9:13:2:10:16:13:4:13 chr15 59911892 . G T 531.2 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.000745865;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.717;QD=16.4712;RBI=0.0124186;REFB=-0.0100055;REVB=-0.0123962;RO=73;SAF=25;SAR=32;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136986;STB=0.51115;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0128094;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:73:72:57:57:0.44186:32:25:33:40:32:25:33:39 chr15 59911970 . A C 858.63 PASS AF=0.564286;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=140;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0162286;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4975;QD=24.5322;RBI=0.0225482;REFB=-0.00604033;REVB=0.0156542;RO=61;SAF=45;SAR=34;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364673;STB=0.519892;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00393033;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:61:61:79:79:0.564286:34:45:32:29:34:45:32:29 chr15 59912253 . A C 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0443391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5699;QD=18.6395;RBI=0.0726287;REFB=-0.0299617;REVB=0.0575237;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14845;STB=0.583261;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0429812;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:4:20:15:6:4:20 chr15 59912625 . G A 424.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.846;QD=56.5563;RBI=0.0531806;REFB=0;REVB=0.0490927;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829381;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:14:16:0:0 chr15 59931372 . GAAAGTAAAGTAAAGTA GAAAGTAAAGTA,GAAAGTAAAGTAAATTC 242.64 PASS AF=0.465517,0;AO=28,4;DP=67;FAO=27,0;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0;FSAR=23,0;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0222282,-0.0112232;FXX=0.0645057;HRUN=3,1;LEN=5,3;MLLD=137.31,241.478;QD=16.7338;RBI=0.036832,0.0183094;REFB=-0.00817467,-0.0032957;REVB=-0.0293683,-0.0144663;RO=28;SAF=4,0;SAR=24,4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.391774,-0.600963;STB=0.686406,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0111246,0;OID=.,.;OPOS=59931373,59931386;OREF=AAAGT,GTA;OALT=-,TTC;OMAPALT=GAAAGTAAAGTA,GAAAGTAAAGTAAATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465517,0:28,4:67:27,0:58:31:4,0:23,0:12:19:99:28:4,0:24,4:13:15 chr15 59963488 . A G 137.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0232592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.834;QD=11.4894;RBI=0.0333408;REFB=-0.0071416;REVB=0.0238877;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731445;STB=0.543423;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0161463;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:14:18:10:6:14:18 chr15 59981590 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00499285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.042;QD=23.22;RBI=0.00501682;REFB=0.148554;REVB=-0.000489845;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00543955;OID=.;OPOS=59981590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr15 60298221 . C A 454.85 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0262008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.6534;QD=50.5388;RBI=0.0262925;REFB=-0.0514753;REVB=0.00219421;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665844;STB=0.523546;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00562754;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:36:36:2:3:33:33:0.916667:20:13:2:0:20:13:2:1 chr15 60666686 . C T 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.038046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.697;QD=22.0763;RBI=0.0434127;REFB=-0.00516622;REVB=-0.0209085;RO=43;SAF=24;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.54943;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00295064;OID=.;OPOS=60666686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:24:24:17:26:24:24:17:26 chr15 60678298 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.454;QD=48.7373;RBI=0.0629712;REFB=0;REVB=-0.00656592;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10231e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr15 60690089 . A G 52.97 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.000979161;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6826;QD=17.6582;RBI=0.063721;REFB=0.00291014;REVB=0.0637134;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429216;STB=0.777056;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00214713;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:4:5:7:7:0.583333:2:5:0:4:2:5:0:5 chr15 60715800 . T G 215.47 PASS AF=0.5;AO=18;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0012922;FXX=0.0181785;HRUN=7;LEN=1;MLLD=65.251;QD=15.9607;RBI=0.0810122;REFB=-0.10713;REVB=0.0810019;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.595668;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0226802;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:27:18:27:0.5:5:13:13:5:6:21:17:10 chr15 60724118 . C G 182.23 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000924241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.637;QD=16.9513;RBI=0.0373992;REFB=0.0139765;REVB=-0.0373878;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710901;STB=0.544507;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0236889;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:24:19:19:0.44186:8:11:12:9:8:11:12:12 chr15 60734697 . A G 68.96 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000697155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.473;QD=17.2402;RBI=0.000739318;REFB=-0.0066555;REVB=-0.000246101;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467623;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:4:4:4:3:4:5:4:3 chr15 60789798 . G T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.472;QD=58.9625;RBI=0.0070115;REFB=0;REVB=0.00663023;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89897e-05;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr15 62202482 . C T 2439.39 PASS AF=0.580729;AO=221;DP=381;FAO=223;FDP=384;FR=.;FRO=161;FSAF=108;FSAR=115;FSRF=99;FSRR=62;FWDB=0.00738579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.635;QD=25.4103;RBI=0.00865038;REFB=0.00331556;REVB=-0.00450326;RO=155;SAF=108;SAR=113;SRF=94;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897102;STB=0.554619;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00160054;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:384:155:161:221:223:0.580729:113:108:94:61:115:108:99:62 chr15 62212781 . T C 547.65 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0114807;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.026;QD=18.4084;RBI=0.0128499;REFB=-0.0330906;REVB=-0.00577177;RO=49;SAF=20;SAR=36;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213349;STB=0.522652;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0223246;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:49:61:56:57:0.478992:36:20:7:42:37:20:19:42 chr15 62254989 . T C 717.1 PASS AF=0.411458;AO=79;DP=192;FAO=79;FDP=192;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.0310011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9411;QD=14.9395;RBI=0.0335257;REFB=1.17568e-05;REVB=0.0127636;RO=110;SAF=39;SAR=40;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658355;STB=0.501121;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000495344;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:110:113:79:79:0.411458:40:39:55:55:40:39:56:57 chr15 62259637 . C T 682.26 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0358851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.604;QD=47.8776;RBI=0.0390361;REFB=-0.0131345;REVB=-0.0153648;RO=5;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023973;STB=0.512756;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0163266;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:5:5:52:52:0.912281:35:17:1:4:35:17:1:4 chr15 62299603 . T G 336.33 PASS AF=0.41573;AO=29;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.139007;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.1965;QD=15.1159;RBI=0.139042;REFB=-0.000358362;REVB=0.00311528;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432063;STB=0.578906;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000803075;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:52:29:37:0.41573:13:16:22:15:17:20:35:17 chr15 62316035 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000766195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.34;QD=18.4834;RBI=0.0125614;REFB=0.0127889;REVB=-0.012538;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864484;STB=0.549021;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0093138;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:13:8:9:10:13:8 chr15 62456258 . C G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00324994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.554;QD=13.5055;RBI=0.00788073;REFB=-0.0141663;REVB=-0.0071794;RO=17;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614484;STB=0.869775;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0164193;OID=.;OPOS=62456258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:1:11:7:10:1:11:7:10 chr15 62539781 . A G 654.88 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234875;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.747;QD=62.3699;RBI=0.0122059;REFB=0;REVB=0.0119778;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74206e-05;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr15 62990971 . C T 311.46 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0823229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8622;QD=19.1665;RBI=0.0863166;REFB=-0.0174528;REVB=-0.025952;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738714;STB=0.541038;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0174293;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:11:21:19:14:11:21 chr15 63009804 . C T 424.33 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.749;QD=56.5766;RBI=0.0330292;REFB=0;REVB=0.0168514;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326033;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr15 63047778 . C T 673.99 PASS AF=0.59596;AO=57;DP=98;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.037777;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0661;QD=27.232;RBI=0.0487301;REFB=-0.0225171;REVB=0.0307818;RO=40;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576319;STB=0.530448;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0140989;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:40:40:57:59:0.59596:30:27:22:18:31:28:22:18 chr15 63047793 . C T 358.04 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0424269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.498;QD=14.7647;RBI=0.0479695;REFB=-0.00842566;REVB=-0.0223837;RO=58;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159792;STB=0.590643;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0120203;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:15:24:27:31:15:24:27:31 chr15 63341073 . C A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0153547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.863;QD=20.8119;RBI=0.0176191;REFB=-0.0183925;REVB=0.00864083;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170047;STB=0.60169;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0140494;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:8:15:18:4:8:15:19:4 chr15 63351840 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3951;QD=50.4116;RBI=0.0309759;REFB=0;REVB=0.0009407;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103519;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=58;DP=98;LEN=5;RO=40;SAF=25;SAR=36;SRF=18;SRR=19;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:98:40:58:36:25:18:19 chr15 63433766 . G A 865.82 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801087;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5055;QD=57.7215;RBI=0.0824755;REFB=0;REVB=-0.0196163;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070215;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 108.7 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00641933;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=6;MLLD=297.918;QD=8.52533;RBI=0.0143893;REFB=0.0107635;REVB=0.012878;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750195;STB=0.536045;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=-0.0149262;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549:18:51:19:51:32:10:9:15:17:99:28:9:9:12:16 chr15 63548787 . G A 223.01 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0185852;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.512;QD=19.8231;RBI=0.0504764;REFB=-0.0237794;REVB=-0.0469303;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0264397;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:16:16:0.355556:9:7:9:10:9:7:9:10 chr15 64215375 . G C 833.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8275;QD=57.516;RBI=0.0699802;REFB=0;REVB=0.0310147;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094264;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr15 64385851 . T C 424.14 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5595;QD=56.5525;RBI=0.0676688;REFB=0;REVB=-0.0117786;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018814;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:22:8:0:0 chr15 64418397 . G A 565.77 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6526;QD=59.5547;RBI=0.0214004;REFB=0;REVB=0.0164053;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270181;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:29:38:1:19:10:0:0:22:16:0:0 chr15 64418398 . C A 60.8 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0235817;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.3918;QD=6.39977;RBI=0.0370451;REFB=-0.0155958;REVB=0.02857;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370676;STB=0.732853;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0026853;OID=.;OPOS=64418398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:10:19:3:6:10:19 chr15 64430607 . T C 223.15 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.145;QD=49.5883;RBI=0.0949796;REFB=0;REVB=0.0360803;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108989;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:12:18:1:4:8:0:0:7:11:0:0 chr15 64634884 . C A 499.29 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0300164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.702;QD=55.4771;RBI=0.0390953;REFB=0.0406855;REVB=-0.0250492;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000958452;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:15:19:1:0:16:19:1:0 chr15 64710752 . A ACAGGTG 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00343301;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=419.794;QD=14.6054;RBI=0.0155794;REFB=-0.0108723;REVB=-0.0151965;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440281;STB=0.52495;STBP=0.712;TYPE=ins;VARB=0.0162414;OID=.;OPOS=64710753;OREF=-;OALT=CAGGTG;OMAPALT=ACAGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639:34:83:34:83:49:16:18:21:28:99:49:16:18:21:28 chr15 64737225 . G A 542.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149668;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.29;QD=60.2821;RBI=0.0149957;REFB=0;REVB=0.000930517;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209157;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr15 64792532 . G T 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0108586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.567;QD=22.1268;RBI=0.0159629;REFB=-0.00269094;REVB=-0.0117007;RO=32;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271093;STB=0.520285;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00144019;OID=.;OPOS=64792532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:25:15:11:21:25:15:11:22 chr15 64792896 . G A 1537.15 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00048379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.511;QD=63.3875;RBI=0.010044;REFB=0;REVB=-0.0100323;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87227e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:54:42:0:0:55:42:0:0 chr15 64793617 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.719;QD=57.7121;RBI=0.0525331;REFB=0;REVB=0.00902549;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153664;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr15 64915106 . C T 801.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5872;QD=57.2292;RBI=0.0571873;REFB=0;REVB=0.0432205;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877672;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chr15 64972922 . CG C 36.41 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0403491;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.004;QD=6.33261;RBI=0.297122;REFB=-0.0193129;REVB=-0.294369;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627332;STB=0.612662;STBP=0.55;TYPE=del;VARB=-0.0346968;OID=.;OPOS=64972923;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:24:8:23:15:6:2:13:2:36:13:7:1:11:2 chr15 65041622 . C A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.315;QD=51.1817;RBI=0.0748742;REFB=0;REVB=0.0742153;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168486;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr15 65108479 . T C 282.16 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.082245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9532;QD=22.5724;RBI=0.0835285;REFB=-0.0137375;REVB=0.0145866;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359575;STB=0.501547;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112471;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:24:25:26:0.52:11:14:13:12:12:14:13:11 chr15 65153690 . G A 605.18 PASS AF=0.654321;AO=52;DP=80;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0196891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.732;QD=29.8855;RBI=0.0210559;REFB=-0.00945907;REVB=0.00746274;RO=28;SAF=25;SAR=27;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103489;STB=0.558596;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00463942;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:28:28:52:53:0.654321:27:25:9:19:27:26:9:19 chr15 65157482 . C T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00404023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.081;QD=16.6239;RBI=0.00450668;REFB=-0.0264703;REVB=0.00199667;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0370602;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:8:6:5:8:8:6 chr15 65158396 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00412259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.068;QD=15.1012;RBI=0.0331618;REFB=-0.00940546;REVB=-0.0329045;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757961;STB=0.527755;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0133167;OID=.;OPOS=65158396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:8:16:22:8:8:16:22:9 chr15 65159420 . AAGG AAG,A 70.23 PASS AF=0.363636,0.272727;AO=5,5;DP=22;FAO=8,6;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5,0;FSAR=3,6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0560047,-0.0713653;FXX=0;HRUN=8,3;LEN=1,3;MLLD=7.39927,30.2954;QD=12.7694;RBI=0.126323,0.101939;REFB=-0.148454,-0.0693551;REVB=-0.113229,-0.072791;RO=7;SAF=4,0;SAR=1,5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404236,-0.826071;STB=0.721819,0.998569;STBP=0.169,0;TYPE=del,del;VARB=0.0736767,0.0194253;OID=.,.;OPOS=65159422,65159421;OREF=G,AGG;OALT=-,-;OMAPALT=AAG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.272727:5,5:22:8,6:22:8:5,0:3,6:8:0:22:7:4,0:1,5:7:0 chr15 65235776 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0143226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1462;QD=11.9196;RBI=0.0144483;REFB=-0.00151093;REVB=-0.00190181;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45597;STB=0.781686;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0039112;OID=.;OPOS=65235776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:5:4:6:1:5:4 chr15 65236875 . T C 422.11 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00313555;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.415;QD=17.962;RBI=0.0155158;REFB=-0.0155759;REVB=0.0151957;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190533;STB=0.605923;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0164795;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:51:43:43:0.457447:22:21:15:36:22:21:15:36 chr15 65294903 . A G 129.98 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0147832;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=313.629;QD=17.9289;RBI=0.015875;REFB=-0.00423867;REVB=0.00578559;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383323;STB=0.634379;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0037035;OID=.;OPOS=65294903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:29:29:8:12:11:13:0.448276:10:1:3:5:11:2:4:8 chr15 65347405 . G A 189.87 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.010202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.668;QD=11.3356;RBI=0.0124151;REFB=-0.0147467;REVB=-0.00707492;RO=43;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284884;STB=0.516526;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0370696;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:10:14:24:19:10:14:24:19 chr15 65369951 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.187;QD=43.4861;RBI=0.0128854;REFB=0;REVB=0.00605341;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176157;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr15 65370353 . T C 1843.33 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9707;QD=60.4369;RBI=0.0476642;REFB=-0.0622321;REVB=0.0178288;RO=0;SAF=41;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20281e-08;STB=0.503105;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000508816;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:80:41:0:0:80:41:0:1 chr15 65449169 . C T 1227.62 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.25;QD=61.3808;RBI=0.0319284;REFB=0;REVB=0.0313072;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78111e-05;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:46:33:0:0:46:34:0:0 chr15 65489128 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.472;QD=62.9829;RBI=0.0492877;REFB=0;REVB=0.0246159;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145067;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr15 65489688 . T C 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.303;QD=59.4461;RBI=0.0511607;REFB=0.0169035;REVB=-0.0495794;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303353;STB=0.516122;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000104657;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:18:30:2:0:18:30:2:0 chr15 65490901 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.293;QD=58.4197;RBI=0.0312463;REFB=0;REVB=-0.0295129;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62951e-05;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr15 65620156 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.68;QD=62.3498;RBI=0.0699561;REFB=0;REVB=0.0205277;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371162;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr15 65621441 . C A 445.08 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.98;QD=57.4302;RBI=0.109881;REFB=0;REVB=0.109736;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791811;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr15 65621857 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.253;QD=57.8843;RBI=0.0490311;REFB=0;REVB=0.0358739;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15626e-05;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr15 65667724 . A G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0179731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.115;QD=21.1302;RBI=0.0322439;REFB=-0.000592835;REVB=0.0267701;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103525;STB=0.558087;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.000666657;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:13:8:11:11:13:8 chr15 65676617 . T C 136.82 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.002735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.65;QD=18.2429;RBI=0.013694;REFB=-0.0258453;REVB=-0.0134181;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414277;STB=0.753262;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0369396;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:3:12:5:9:3:12:5:10 chr15 65676726 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00195479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.115;QD=9.8217;RBI=0.0287765;REFB=-0.0153281;REVB=-0.0287101;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192138;STB=0.511607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0380844;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:15:8:4:7:15:8 chr15 65916527 . A T 525.12 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00285024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.502;QD=18.9233;RBI=0.00779005;REFB=-0.00268666;REVB=0.0072499;RO=56;SAF=30;SAR=25;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107374;STB=0.559244;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0032726;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:25:30:37:19:25:30:37:19 chr15 65994733 . C T 384.81 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00240671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.186;QD=14.1216;RBI=0.0157587;REFB=-0.00173659;REVB=0.0155738;RO=64;SAF=23;SAR=21;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916535;STB=0.557848;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00327036;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:44:45:0.412844:21:23:39:25:22:23:39:25 chr15 66011630 . A G 658.78 PASS AF=0.591837;AO=56;DP=96;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00764281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.457;QD=26.8892;RBI=0.0293393;REFB=-0.0246231;REVB=0.0283264;RO=40;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165699;STB=0.594874;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0156886;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:40:40:56:58:0.591837:29:27:28:12:31:27:28:12 chr15 66023799 . G T 115.41 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0763437;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3639;QD=19.2344;RBI=0.124637;REFB=-0.0531934;REVB=0.0985193;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.574349;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0450726;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:11:11:12:13:0.541667:4:8:6:5:4:9:6:5 chr15 66257408 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5116;QD=56.9995;RBI=0.0781836;REFB=0;REVB=0.05465;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06975e-05;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr15 66274690 . T C 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00661269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.344;QD=54.6362;RBI=0.00903014;REFB=-0.0162531;REVB=0.00614944;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00028988;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:1:0:32:19:1:0 chr15 66274754 . G A 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00103438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.008;QD=22.7048;RBI=0.0379278;REFB=-0.00921822;REVB=0.0379137;RO=35;SAF=9;SAR=34;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384844;STB=0.713501;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00955605;OID=.;OPOS=66274754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:34:9:22:13:34:9:22:13 chr15 66411441 . C T 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.146;QD=63.0519;RBI=0.0419858;REFB=0;REVB=0.0416205;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86063e-05;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr15 66612965 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.953;QD=57.8849;RBI=0.0159946;REFB=0;REVB=0.00372615;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08304e-05;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr15 66640619 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.202;QD=57.2021;RBI=0.0285062;REFB=0;REVB=-0.00490371;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02371e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr15 66644521 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.006;QD=48.7373;RBI=0.0172048;REFB=0;REVB=-0.0159803;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73187e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 66821250 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.029;QD=59.1432;RBI=0.0146478;REFB=0;REVB=0.0146125;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0761e-05;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr15 67073549 . C T 333.75 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.04264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.485;QD=17.1153;RBI=0.0476125;REFB=-0.0181761;REVB=0.0211845;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831608;STB=0.553238;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.01963;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:35:36:0.461538:18:17:24:18:19:17:24:18 chr15 67234251 . A G 1286.9 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245181;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.683;QD=62.0192;RBI=0.0254797;REFB=0;REVB=0.00693376;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82781e-07;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:37:45:0:0:38:45:0:0 chr15 67457335 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.406;QD=57.5452;RBI=0.0295376;REFB=0;REVB=0.0288173;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3055e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr15 67486775 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.173;QD=56.1882;RBI=0.0532218;REFB=0;REVB=0.0420258;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649932;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr15 67486846 . AT AC,GC 283.39 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=20,2;DP=22;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016361,0.00696559;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=134.051,79.6696;QD=51.526;RBI=0.0163615,0.00806998;REFB=0,0;REVB=0.000124633,0.00407493;RO=0;SAF=5,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00123965,0.10851;OID=.,.;OPOS=67486847,67486846;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:20,2:20,2:0.909091,0.0909091:15,2:5,0:0:0:15,2:5,0:0:0 chr15 67494304 . T G 1346.97 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.157;QD=61.9298;RBI=0.0236682;REFB=0;REVB=-0.00582027;RO=0;SAF=26;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96642e-06;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:60:26:0:0:61:26:0:0 chr15 67692502 . T C 2143.44 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.893;QD=62.1286;RBI=0.0296603;REFB=-0.00878338;REVB=-0.00109986;RO=1;SAF=58;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812575;STB=0.504273;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=3.67555e-05;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:136:137:0.992754:78:58:1:0:79:58:1:0 chr15 67768151 . G C 1415.43 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.156;QD=62.9081;RBI=0.0227279;REFB=0;REVB=0.022703;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07018e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:47:43:0:0 chr15 67951150 . G T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.019931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.166;QD=12.5793;RBI=0.0339837;REFB=-0.00734607;REVB=-0.0275254;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500547;STB=0.529377;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0118717;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:16:15:9:8:16:15 chr15 68114499 . G A 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.015495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.886;QD=29.0287;RBI=0.0157601;REFB=-0.0250771;REVB=0.0028783;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166128;STB=0.610987;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0169707;OID=.;OPOS=68114499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:7:8:18:18:0.692308:7:11:2:5:7:11:2:6 chr15 68117300 . T A 398.95 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0033019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.993;QD=20.9972;RBI=0.0177476;REFB=0.00417635;REVB=-0.0174377;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121056;STB=0.574287;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00286111;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:25:15:18:17:25:15:19:17 chr15 68583175 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.966;QD=61.5363;RBI=0.0216444;REFB=0;REVB=0.0162186;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79791e-05;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr15 68603625 . C T 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.355;QD=60.5817;RBI=0.0347008;REFB=-0.114177;REVB=0.0154168;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00220196;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:37:47:1:0:37:47:1:0 chr15 68605169 . G A 849.6 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0336906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.405;QD=53.0998;RBI=0.0374766;REFB=-0.0107113;REVB=0.0164144;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294805;STB=0.50743;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000491274;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:31:30:0:2:31:30:1:2 chr15 68609647 . G T 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0171608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.248;QD=32.2106;RBI=0.0484612;REFB=-0.0231798;REVB=0.045321;RO=14;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798519;STB=0.543595;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00900464;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:17:12:4:10:17:12:4:10 chr15 68612556 . T C 589.9 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0193593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.035;QD=20.1674;RBI=0.0213914;REFB=-0.0156063;REVB=-0.00909988;RO=57;SAF=35;SAR=25;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203719;STB=0.612093;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0170632;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:25:35:20:37:25:35:20:37 chr15 68624290 . G A 397.89 PASS AF=0.42;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0348646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.595;QD=15.9157;RBI=0.0355389;REFB=-0.0121577;REVB=0.00688965;RO=58;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10651;STB=0.57404;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0137768;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:58:58:40:42:0.42:23:17:19:39:23:19:19:39 chr15 68624396 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.512;QD=59.8391;RBI=0.0255116;REFB=0;REVB=0.0159051;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81457e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr15 68628143 . C T 2196.41 PASS AF=0.961538;AO=150;DP=156;FAO=150;FDP=156;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0270791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.877;QD=56.3181;RBI=0.0271913;REFB=-0.0795187;REVB=0.00246788;RO=4;SAF=65;SAR=85;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.522056;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000701279;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:156:156:4:6:150:150:0.961538:85:65:4:0:85:65:6:0 chr15 68649587 . G A 1139.58 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236801;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.367;QD=60.7779;RBI=0.0260908;REFB=0;REVB=-0.0109537;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026315;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr15 69018375 . C A 1083.85 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187811;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.201;QD=60.214;RBI=0.0249143;REFB=0;REVB=0.0163705;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33058e-05;OID=.;OPOS=69018375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr15 69325581 . C T 1065.71 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600104;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0958;QD=60.0399;RBI=0.0681016;REFB=0;REVB=0.032196;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902318;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr15 69327825 . C T 1156.33 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834628;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.722;QD=60.8593;RBI=0.0379556;REFB=0;REVB=0.0370265;RO=0;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129516;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:22:54:0:0:22:54:0:0 chr15 69328226 . C T 504.23 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0467746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2231;QD=25.2117;RBI=0.0473251;REFB=0.00664355;REVB=0.00719751;RO=33;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808622;STB=0.504423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00276759;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:28:19:13:20:28:19:13:20 chr15 69542968 . G A 471.31 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1205;QD=57.1282;RBI=0.0597013;REFB=0;REVB=0.0511996;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551213;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr15 69561518 . G A 143.71 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.762;QD=44.2194;RBI=0.0741863;REFB=0;REVB=0.0251564;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931324;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:5:7:1:0:5:8:0:0 chr15 69652451 . G A 550.89 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0116289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.193;QD=17.9151;RBI=0.0120373;REFB=0.00175129;REVB=0.00310898;RO=65;SAF=17;SAR=41;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146752;STB=0.581806;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00183778;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:41:17:28:37:41:17:28:37 chr15 69683945 . C G 234.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0221904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4428;QD=18.7913;RBI=0.0267467;REFB=-0.0541695;REVB=0.0149324;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09777;STB=0.555506;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0687255;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:8:15:15:12:8:15:15:12 chr15 69684050 . C T 333.68 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0597858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7702;QD=21.8808;RBI=0.0606129;REFB=-0.0308409;REVB=-0.00997914;RO=27;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196173;STB=0.608812;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0125785;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:24:10:14:13:24:10:14:13 chr15 69697756 . G A 804.13 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597824;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.142;QD=57.4375;RBI=0.00621258;REFB=0;REVB=-0.00169022;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91526e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr15 69709748 . C A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0134536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.809;QD=16.7315;RBI=0.0187116;REFB=-0.00892067;REVB=-0.0130049;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294736;STB=0.665294;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0118153;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:20:11:24:12:20:11:24:12 chr15 69728949 . A G 645.21 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=163;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00334632;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.13;QD=15.931;RBI=0.00793578;REFB=0.0012729;REVB=0.00719575;RO=91;SAF=32;SAR=39;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033837;STB=0.518853;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00192797;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:91:91:71:71:0.438272:39:32:38:53:39:32:38:53 chr15 69732736 . C T 324.82 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0158197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.727;QD=17.096;RBI=0.0335528;REFB=0.00219251;REVB=0.0295893;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920561;STB=0.551694;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00228267;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:13:22:22:19:13:22:22:19 chr15 69740350 . A G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00826357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5043;QD=14.9477;RBI=0.0190068;REFB=-0.0158111;REVB=0.0171164;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256383;STB=0.644817;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0235494;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:12:19:15:27:12:19:15:27 chr15 70341337 . A G 115.12 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00922151;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5702;QD=11.8067;RBI=0.0624909;REFB=0.000921434;REVB=0.0618068;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239511;STB=0.609591;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00239028;OID=.;OPOS=70341337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:12:14:0.358974:3:9:14:11:4:10:14:11 chr15 70347362 . C A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0187992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=9.44487;RBI=0.0188418;REFB=-0.00541567;REVB=0.00126612;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0060348;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr15 70347816 . A AG 129.03 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0174864;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.31;QD=19.8501;RBI=0.0272767;REFB=-0.0169663;REVB=0.0209343;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249743;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=ins;VARB=0.0188887;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:14:27:14:26:12:5:9:5:7:99:13:5:9:5:8 chr15 70350607 . C T 357.32 PASS AF=0.410526;AO=36;DP=97;FAO=39;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0349392;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4096;QD=15.0452;RBI=0.243246;REFB=-0.0410148;REVB=-0.240723;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159984;STB=0.522716;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0661655;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:33:56:36:39:0.410526:15:21:25:8:18:21:28:28 chr15 70351788 . T C 761.16 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.626;QD=56.3822;RBI=0.0438162;REFB=0;REVB=-0.00866733;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303214;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:23:28:0:0:23:31:0:0 chr15 70352968 . C G 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0128897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6527;QD=18.0342;RBI=0.0560872;REFB=-0.0296958;REVB=0.054586;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463131;STB=0.526292;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0199331;OID=.;OPOS=70352968;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:11:16:12:10:11:16 chr15 70353075 . C A 221.94 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00717586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.801;QD=19.2991;RBI=0.020253;REFB=-0.0161738;REVB=-0.0189392;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0278057;OID=.;OPOS=70353075;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:11:13:11:11:11:13 chr15 70368432 . T C 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0232466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9459;QD=24.2026;RBI=0.0761803;REFB=0.0301019;REVB=-0.0725467;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817516;STB=0.54575;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0271035;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:6:6:11:7:6:6 chr15 70371777 . C G 222.79 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0176452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3679;QD=18.9608;RBI=0.0828641;REFB=0.0291523;REVB=-0.0809636;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304579;STB=0.690807;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0358788;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:25:22:22:0.468085:15:7:15:8:15:7:17:8 chr15 71184278 . G T 871.96 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507892;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6419;QD=58.1304;RBI=0.0618867;REFB=0;REVB=0.0353613;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105314;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr15 71184495 . A G 1134.02 PASS AF=0.852941;AO=87;DP=103;FAO=87;FDP=102;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0447685;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.882;QD=44.4714;RBI=0.0492555;REFB=-0.0318999;REVB=0.0205398;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.557364;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00090295;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:103:102:0:15:87:87:0.852941:51:36:0:0:51:36:12:3 chr15 71276480 . GCAA G 463.19 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352063;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.077;QD=57.8989;RBI=0.0226402;REFB=0;REVB=0.0223648;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.39464e-05;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:32:32:0:17:15:0:0:4:0:17:14:0:0 chr15 71305175 . G T 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0163162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.09;QD=12.5665;RBI=0.0186517;REFB=-0.00354764;REVB=-0.00903703;RO=40;SAF=18;SAR=7;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457943;STB=0.76126;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00452128;OID=.;OPOS=71305175;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:7:18:11:29:7:18:11:29 chr15 71953045 . G A 1121.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.404;QD=59.0399;RBI=0.0439945;REFB=-0.0812063;REVB=0.024006;RO=1;SAF=25;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185474;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000373666;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:50:25:1:0:50:25:1:0 chr15 72070075 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.393;QD=58.1415;RBI=0.0187183;REFB=0;REVB=-0.0170268;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186667;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr15 72104364 . A G 488.53 PASS AF=0.373418;AO=58;DP=157;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.0161297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.842;QD=12.3678;RBI=0.0177412;REFB=-0.0211561;REVB=-0.00738797;RO=95;SAF=22;SAR=36;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127122;STB=0.500573;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0331894;OID=.;OPOS=72104364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:95:99:58:59:0.373418:36:22:35:60:37:22:37:62 chr15 72104433 . T C 155.52 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.0858279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4695;QD=10.1982;RBI=0.0886974;REFB=-0.0382129;REVB=-0.0223785;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254466;STB=0.645049;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0324742;OID=.;OPOS=72104433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:40:20:21:0.344262:15:5:4:34:15:6:5:35 chr15 72105928 . AC A 1093.05 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.232;QD=45.5437;RBI=0.0542469;REFB=0;REVB=-0.0535367;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000818248;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:95:96:96:0:36:60:0:0:20:0:34:59:0:0 chr15 72172883 . G C 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.019302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.711;QD=20.9367;RBI=0.0247847;REFB=-0.00991637;REVB=-0.0155472;RO=29;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170996;STB=0.594967;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0107849;OID=.;OPOS=72172883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:23:11:15:14:23:11:15:14 chr15 72191266 . C T 494.52 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0314948;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5033;QD=18.8388;RBI=0.0740205;REFB=0.000819266;REVB=0.0669859;RO=54;SAF=32;SAR=20;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272194;STB=0.655114;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000368803;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:54:53:52:52:0.495238:20:32:17:37:20:32:16:37 chr15 72432583 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.086;QD=63.583;RBI=0.0117821;REFB=0;REVB=-0.00593147;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55981e-05;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr15 72433182 . C T 221.43 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00501963;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.193;QD=14.286;RBI=0.0136211;REFB=-0.00683671;REVB=-0.0126625;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235409;STB=0.633155;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00819398;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:11:25:12:14:11:25 chr15 72545857 . T C 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0324584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5325;QD=15.4177;RBI=0.0335622;REFB=-0.00706074;REVB=0.0085365;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933666;STB=0.552596;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00552329;OID=.;OPOS=72545857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:17:12:12:25:17:12:12:25 chr15 72637795 . T C 786.46 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.48;QD=56.1759;RBI=0.0363995;REFB=0;REVB=0.0248973;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219696;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:28:28:0:0 chr15 72638892 . T C 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110803;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.675;QD=57.737;RBI=0.0112165;REFB=0;REVB=-0.00174287;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91773e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr15 72700069 . G A 200.74 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0115345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6343;QD=20.5886;RBI=0.0518687;REFB=-0.0242668;REVB=-0.0505699;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.562597;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0200012;OID=.;OPOS=72700069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:8:11:9:11:8:11 chr15 72879653 . A ATTG 592.88 PASS AF=0.803279;AO=47;DP=62;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0152118;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.424;QD=38.8773;RBI=0.0188633;REFB=0.0399868;REVB=-0.0111546;RO=13;SAF=23;SAR=24;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174578;STB=0.58734;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=-0.00462397;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.803279:47:62:49:61:12:23:26:11:1:72:13:23:24:12:1 chr15 72904223 . C T 250.75 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0119372;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.68;QD=25.7175;RBI=0.0283094;REFB=0.000260681;REVB=0.0256695;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621324;STB=0.534491;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-7.50015e-05;OID=.;OPOS=72904223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:9:7:12:11:9:7 chr15 72987588 . G T 754.48 PASS AF=0.981818;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.107356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2879;QD=54.871;RBI=0.107425;REFB=0.0691187;REVB=-0.00384542;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00703807;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:55:54:0.981818:32:23:0:0:32:22:1:0 chr15 73002035 . G A 805.06 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.496;QD=64.4051;RBI=0.0244721;REFB=0;REVB=0.0198126;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242284;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr15 73023937 . T C 1730.76 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8913;QD=60.7285;RBI=0.0255659;REFB=0;REVB=0.0046307;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111851;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr15 73045189 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0318906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.722;QD=11.3693;RBI=0.0333032;REFB=0.00269623;REVB=0.00959655;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00378782;OID=.;OPOS=73045189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:10:9:7:4:10:9 chr15 73052840 . T C 167.86 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0236247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9589;QD=15.6151;RBI=0.0239469;REFB=-0.0281793;REVB=0.00391527;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0398746;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:13:12:10:8:13:12 chr15 73052845 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0431383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.021;QD=13.8494;RBI=0.0432271;REFB=0.00404589;REVB=-0.00276811;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0117755;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:13:12:8:8:13:12 chr15 73067234 . T C 711.89 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671866;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.251;QD=63.2791;RBI=0.0690234;REFB=0;REVB=0.0686956;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206397;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr15 73541513 . A G 258.25 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0235524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.3298;QD=13.9595;RBI=0.0349505;REFB=-0.0145858;REVB=0.0258229;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248646;STB=0.650696;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0188978;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:44:30:30:0.405405:12:18:14:26:12:18:15:29 chr15 73545732 . T C 416.71 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000458194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.06;QD=53.7694;RBI=0.0128346;REFB=-0.0189997;REVB=0.0128264;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=8.64363e-05;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:17:12:1:0:17:13:1:0 chr15 73564881 . C T 244.03 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00252472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.964;QD=18.7711;RBI=0.00778733;REFB=-0.015411;REVB=0.0073667;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941937;STB=0.56014;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.013651;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:15:11:8:17:15:11:8:18 chr15 73614114 . T C 592.24 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.285;QD=60.7421;RBI=0.0341202;REFB=0;REVB=0.0298527;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78677e-05;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:29:9:0:0:30:9:0:0 chr15 73614834 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.509;QD=40.7623;RBI=0.0370301;REFB=0;REVB=-0.000464998;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000920366;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr15 74244278 . C G 247.43 PASS AF=0.457627;AO=19;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00315271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.041;QD=16.7751;RBI=0.0129626;REFB=-0.0552049;REVB=0.0125734;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05314;STB=0.534386;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0708296;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:19:27:0.457627:14:5:7:24:22:5:7:24 chr15 74244344 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0116038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.54;QD=18.8286;RBI=0.0117242;REFB=-0.00683801;REVB=0.00167582;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267569;STB=0.515137;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00785167;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:16:4:4:18:16:4:4:18 chr15 74275676 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0196507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.823;QD=25.4671;RBI=0.0296914;REFB=-0.0221416;REVB=0.0222582;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204298;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0109237;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:0:3:5:4:0:3 chr15 74277795 . T C 878.25 PASS AF=0.481081;AO=89;DP=185;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0179546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.019;QD=18.9893;RBI=0.0227343;REFB=-0.0136808;REVB=-0.0139457;RO=96;SAF=38;SAR=51;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101033;STB=0.505575;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0143428;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:96:96:89:89:0.481081:51:38:42:54:51:38:42:54 chr15 74328116 . A G 260.54 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0609575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8922;QD=24.8128;RBI=0.06583;REFB=-0.0400501;REVB=-0.0248551;RO=16;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081814;STB=0.526294;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0150914;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:18:24:24:0.571429:16:8:7:9:16:8:7:11 chr15 74328206 . G C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.122121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.457;QD=21.1726;RBI=0.122165;REFB=-0.010509;REVB=-0.00328008;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677961;STB=0.538399;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0099778;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:2:6:8:4:2:6 chr15 74368293 . A G 365.35 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00177464;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8383;QD=15.8846;RBI=0.0560351;REFB=0.0150133;REVB=-0.056007;RO=52;SAF=7;SAR=32;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211784;STB=0.617296;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0158808;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:53:39:39:0.423913:32:7:17:35:32:7:17:36 chr15 74368297 . C G 399.21 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.0137933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2563;QD=15.9685;RBI=0.0267022;REFB=0.00309642;REVB=0.0228638;RO=58;SAF=7;SAR=35;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1965;STB=0.612185;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00714743;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:35:7:17:41:35:7:17:41 chr15 74467856 . G A 149.29 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0168085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.902;QD=18.6609;RBI=0.0353215;REFB=-0.0123647;REVB=-0.0310658;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280067;STB=0.659796;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00551603;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:6:10:5:11:6:10 chr15 74473739 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0177122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.583;QD=11.3237;RBI=0.0385588;REFB=-0.0247403;REVB=-0.03425;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475654;STB=0.50276;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.050774;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:18:23:13:10:18:23 chr15 74500080 . G C 688.13 PASS AF=0.540323;AO=65;DP=122;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0161331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.845;QD=22.1978;RBI=0.0215798;REFB=-0.0397959;REVB=0.0143322;RO=57;SAF=35;SAR=30;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114495;STB=0.561267;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0283114;OID=.;OPOS=74500080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:57:57:65:67:0.540323:30:35:23:34:31:36:23:34 chr15 74536400 . TAAG T 199.46 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0285385;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.85;QD=13.0795;RBI=0.044986;REFB=-0.00692879;REVB=-0.0347749;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16153;STB=0.590162;STBP=0.21;TYPE=del;VARB=0.00854854;OID=.;OPOS=74536401;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541:29:61:29:61:32:13:16:9:23:99:32:13:16:9:23 chr15 74565181 . G A 464.84 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00968578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.613;QD=22.1352;RBI=0.010423;REFB=-0.0109088;REVB=-0.00385032;RO=38;SAF=17;SAR=28;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126627;STB=0.564548;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.005388;OID=.;OPOS=74565181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:28:17:20:18:28:17:20:19 chr15 74622678 . G A 119.08 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.019225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.517;QD=13.6088;RBI=0.0220231;REFB=-0.0256342;REVB=0.0107432;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214111;STB=0.626744;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0352616;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:13:8:3:11:13:8 chr15 74703929 . T C 325.69 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0453563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8694;QD=15.1484;RBI=0.0568758;REFB=0.000441767;REVB=0.034317;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176688;STB=0.605711;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00117546;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:50:35:36:0.418605:15:20:20:30:15:21:20:30 chr15 74710593 . C T 128.1 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0105318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.29;QD=20.4961;RBI=0.0106127;REFB=-0.00618467;REVB=-0.00130768;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0038186;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:4:7:8:6:4:7 chr15 74749015 . A G 579.25 PASS AF=0.55814;AO=35;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0697221;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=111.134;QD=26.9417;RBI=0.081493;REFB=0.00980736;REVB=-0.0421894;RO=15;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246503;STB=0.582725;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0162679;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:86:86:15:24:35:48:0.55814:18:17:14:1:26:22:17:7 chr15 74783370 . C T 414.81 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00645046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3951;QD=36.0706;RBI=0.0253002;REFB=-0.00684587;REVB=0.0244641;RO=13;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999693;STB=0.554344;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00351027;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:19:14:8:5:19:14:8:5 chr15 74836316 . A G 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0408584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.138;QD=11.917;RBI=0.0428178;REFB=-0.0168705;REVB=-0.0128046;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0311148;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr15 74889163 . C T 362.89 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0618168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3572;QD=18.1443;RBI=0.0672291;REFB=-0.0073737;REVB=0.0264279;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636891;STB=0.535504;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00727642;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:21:17:16:26:21:17:16:26 chr15 74908132 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0386009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.342;QD=19.1341;RBI=0.0386009;REFB=-0.0333202;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155546;OID=.;OPOS=74908132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr15 75131661 . A G 217.12 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0319929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.569;QD=24.1239;RBI=0.0394714;REFB=-0.00116441;REVB=0.0231181;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640112;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00210157;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:9:11:7:8:10:11:7:8 chr15 75183789 . A C 242.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0480762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.834;QD=14.9219;RBI=0.0488208;REFB=-0.0621465;REVB=0.00849382;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226866;STB=0.618811;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0429084;OID=.;OPOS=75183789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:15:13:25:11:15:13:25:12 chr15 75305040 . A G 216.76 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0334008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.746;QD=13.3388;RBI=0.0349171;REFB=-0.00729655;REVB=0.010178;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107951;STB=0.549835;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00775128;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:16:10:11:27:16:10:12:27 chr15 75312715 . C G 57.35 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00967855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.229;QD=12.7439;RBI=0.0396162;REFB=0.00327321;REVB=-0.0384157;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00466412;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:5:4:4:4:5:5 chr15 75336729 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.724;QD=61.5357;RBI=0.0216379;REFB=0;REVB=-0.0170325;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09848e-05;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr15 75498548 . A G 769.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.873;QD=56.9844;RBI=0.0472036;REFB=0;REVB=0.0285224;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123716;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:35:18:0:0:36:18:0:0 chr15 75499602 . C A 792.11 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811985;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4885;QD=55.5863;RBI=0.0890476;REFB=0;REVB=0.0365551;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177225;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:53:57:1:38:15:0:0:38:19:0:0 chr15 75499619 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.086;QD=56.9383;RBI=0.0170304;REFB=0;REVB=0.00550556;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58674e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr15 75499861 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7998;QD=60.6074;RBI=0.0154359;REFB=0;REVB=-0.00592079;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206802;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr15 75503147 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.343;QD=59.1431;RBI=0.00807499;REFB=0;REVB=0.00796712;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14945e-05;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr15 75631681 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0251435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.265;QD=19.3861;RBI=0.0276832;REFB=-0.0154975;REVB=-0.0115829;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110866;STB=0.56244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0231933;OID=.;OPOS=75631681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:6:15:12:8:6:15 chr15 75632360 . C A 295.62 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0442408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.509;QD=17.916;RBI=0.0467425;REFB=0.00676875;REVB=0.0150869;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108502;STB=0.560569;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0057454;OID=.;OPOS=75632360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:21:13:16:16:21:13 chr15 75650836 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0151388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.975;QD=16.9796;RBI=0.0179473;REFB=-0.000959284;REVB=0.0096396;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807452;STB=0.54542;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00105745;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:17:12:13:13:17:12 chr15 75759565 . T C 271.27 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0203911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.375;QD=23.589;RBI=0.0257287;REFB=-0.0203984;REVB=-0.0156898;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191181;STB=0.606136;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0157502;OID=.;OPOS=75759565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:15:6:13:12:15:6 chr15 75932129 . G T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0307748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.775;QD=14.7941;RBI=0.0309231;REFB=-0.0112091;REVB=0.00302529;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161983;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:15:12:8:10:15:12 chr15 75950756 . C G 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00438786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.691;QD=16.5725;RBI=0.0138204;REFB=-0.012421;REVB=-0.0131054;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286903;STB=0.516118;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0141679;OID=.;OPOS=75950756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:13:22:18:12:13:22 chr15 75970070 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0407209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.437;QD=9.76019;RBI=0.0412616;REFB=-0.021379;REVB=0.00665783;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0521591;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:7:5:2:5:7:5 chr15 75971505 . T C 42.19 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00923926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.942;QD=7.33823;RBI=0.0346625;REFB=-0.0200724;REVB=0.0334085;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207018;STB=0.679574;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0541974;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:23:16:16:6:7:0.304348:2:4:13:3:3:4:13:3 chr15 75971676 . G T 268.66 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0585515;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.799;QD=13.7776;RBI=0.0605832;REFB=-0.00121457;REVB=-0.0155579;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177697;STB=0.510115;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00202061;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:47:47:31:31:0.397436:22:9:13:34:22:9:13:34 chr15 75977920 . A G 594.23 PASS AF=0.426752;AO=66;DP=156;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00479625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.469;QD=15.1396;RBI=0.0105111;REFB=-0.000813418;REVB=-0.00935297;RO=88;SAF=35;SAR=31;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155581;STB=0.506289;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00122641;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:88:90:66:67:0.426752:31:35:48:40:32:35:48:42 chr15 75979782 . G T 334.56 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0166888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.453;QD=12.8678;RBI=0.0171744;REFB=-0.0249539;REVB=0.00405517;RO=61;SAF=29;SAR=11;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283016;STB=0.650077;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0520536;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:64:40:40:0.384615:11:29:29:32:11:29:32:32 chr15 75980112 . A G 257.99 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0136609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.938;QD=11.5952;RBI=0.0168788;REFB=-0.0130738;REVB=-0.00991334;RO=58;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158608;STB=0.591184;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0194477;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:16:15:20:38:16:15:20:38 chr15 75981507 . A G 213.87 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00914767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.18;QD=16.4516;RBI=0.014291;REFB=-0.0231765;REVB=-0.0109797;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350656;STB=0.574765;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0469141;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:28:22:23:0.442308:13:9:7:12:13:10:16:12 chr15 75981979 . GC G 53.62 PASS AF=0.235294;AO=33;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0973133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0661;QD=1.80222;RBI=0.121267;REFB=-0.0743427;REVB=-0.0723597;RO=85;SAF=27;SAR=6;SRF=47;SRR=38;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=0.377106;STB=0.887379;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.154068;OID=.;OPOS=75981980;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:33:119:28:119:91:26:2:48:43:53:85:27:6:47:38 chr15 76030483 . AG A 40.18 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0108953;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.296;QD=6.18223;RBI=0.0406063;REFB=-0.0894314;REVB=-0.0391173;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0.423077;SSEP=0;SSSB=0.0750523;STB=0.552523;STBP=0.735;TYPE=del;VARB=0.0848984;OID=.;OPOS=76030484;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:9:27:10:26:16:7:3:10:6:40:15:6:3:9:6 chr15 76030993 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0619325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.433;QD=21.0139;RBI=0.0619521;REFB=-0.0124252;REVB=0.00156065;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251894;STB=0.639799;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00502461;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:0:7:9:2:0:7 chr15 76031008 . C T 67.62 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0407673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5448;QD=13.5242;RBI=0.0408873;REFB=-0.0673193;REVB=-0.0031312;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166059;STB=0.666221;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0345435;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:9:9:0.45:8:1:2:8:8:1:3:8 chr15 76067987 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0612748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0531;QD=21.0153;RBI=0.0676201;REFB=-0.0305786;REVB=-0.0285986;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304034;STB=0.666512;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0245833;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:0:13:13:3:0:13 chr15 76073218 . C A 716.18 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00293505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.778;QD=22.736;RBI=0.0146117;REFB=-0.0234891;REVB=-0.0143139;RO=57;SAF=26;SAR=43;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197472;STB=0.60813;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0174678;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:57:69:69:0.547619:43:26:35:22:43:26:35:22 chr15 76074518 . T G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.011923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.338;QD=4.16605;RBI=0.036352;REFB=-0.00284235;REVB=-0.0343411;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815598;STB=0.555401;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00969436;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:12:21:4:3:12:21 chr15 76191802 . G A 1232.55 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1042;QD=60.8666;RBI=0.0418618;REFB=0;REVB=-0.0123252;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160596;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:1:0:80:81:1:36:44:1:0:36:45:0:0 chr15 76496232 . G A 349.42 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0889446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8071;QD=26.8781;RBI=0.0895848;REFB=-0.0209917;REVB=0.0106908;RO=18;SAF=9;SAR=24;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129997;STB=0.564275;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0300792;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:19:33:33:0.634615:24:9:8:10:24:9:8:11 chr15 76496977 . G C 1492.08 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.549;QD=63.4926;RBI=0.0351919;REFB=0;REVB=-0.0124781;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0397e-05;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chr15 76497328 . T TTTGA 34.04 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00111653;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=281.855;QD=7.16684;RBI=0.0073647;REFB=-0.00535595;REVB=0.00727957;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265676;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.0162331;OID=.;OPOS=76497329;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:5:20:6:19:13:4:2:4:9:34:14:3:2:5:9 chr15 76603679 . G C 113.32 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0271866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5223;QD=6.86784;RBI=0.0370133;REFB=-0.0228891;REVB=-0.0251171;RO=49;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331945;STB=0.70517;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.064987;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:4:13:25:24:4:13:25:24 chr15 76630303 . T C 3447.25 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423576;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.373;QD=62.6773;RBI=0.0460875;REFB=0;REVB=0.0181628;RO=0;SAF=79;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8039e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61136e-05;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:220:0:0:220:220:1:141:79:0:0:141:79:0:0 chr15 76634680 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00106518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.402;QD=12.8732;RBI=0.00123612;REFB=0.000680717;REVB=0.000627197;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392367;STB=0.522798;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.000845099;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:18:14:9:10:18:14 chr15 76673716 . T C 461.86 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0028024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.118;QD=21.4817;RBI=0.00503376;REFB=-0.0176173;REVB=0.00418155;RO=40;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284853;STB=0.510104;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0152678;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:24:21:20:20:24:21:20:21 chr15 76726465 . G T 611.08 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0505853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2861;QD=15.7699;RBI=0.0513298;REFB=-0.0245461;REVB=-0.00871018;RO=84;SAF=27;SAR=41;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323975;STB=0.523055;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0220372;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:84:87:68:68:0.43871:41:27:36:48:41:27:38:49 chr15 77176158 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0268978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.808;QD=9.11028;RBI=0.0283668;REFB=-0.0164714;REVB=0.00901046;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137746;STB=0.584891;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0355204;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:8:8:3:5:8:8 chr15 77176200 . A T 43.87 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0334058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.139;QD=9.74994;RBI=0.0501881;REFB=-0.00383618;REVB=-0.0374553;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148611;STB=0.594243;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00846071;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:18:11:11:5:5:0.277778:2:3:8:3:2:3:8:3 chr15 77324880 . A G 1427.84 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000504361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.753;QD=62.0798;RBI=0.0257057;REFB=0;REVB=0.0257008;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22597e-05;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:92:0:0:85:92:1:46:39:0:0:50:42:0:0 chr15 77344793 . T A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.56;QD=58.7817;RBI=0.0366778;REFB=0;REVB=-0.00256264;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77281e-05;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr15 77404160 . G C 129.48 PASS AF=0.8125;AO=11;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0591816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2714;QD=32.3691;RBI=0.059839;REFB=-0.146056;REVB=0.00884551;RO=2;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998761;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.022611;OID=.;OPOS=77404160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:2:3:11:13:0.8125:3:8:2:0:3:10:3:0 chr15 77450964 . C T 699.79 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0177248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.4966;QD=17.1728;RBI=0.0208914;REFB=0.00871697;REVB=0.0110581;RO=87;SAF=33;SAR=42;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640295;STB=0.5326;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.012238;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:87:88:75:75:0.460123:42:33:44:43:42:33:44:44 chr15 77907145 . G A 443.47 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00563091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.79;QD=25.7084;RBI=0.00749655;REFB=-0.00774795;REVB=0.00494885;RO=27;SAF=16;SAR=26;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948534;STB=0.5517;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00828137;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:26:16:7:20:26:16:7:20 chr15 77907535 . C G 1589.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.357;QD=59.9914;RBI=0.0126738;REFB=0;REVB=-0.00933254;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27704e-06;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr15 77907775 . T C 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.744;QD=55.0455;RBI=0.0203704;REFB=-0.0313337;REVB=0.00106923;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-3.58531e-06;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr15 77907784 . G A 865.38 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.47;QD=57.6921;RBI=0.0379445;REFB=0;REVB=-0.00763478;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591223;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:56:60:1:32:24:0:0:32:28:0:0 chr15 77938731 . A AGTCCTGCCTCCCAG 164.51 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00283806;FXX=0.0302939;HRUN=0;LEN=14;MLLD=452.148;QD=20.5637;RBI=0.00758189;REFB=0.00652444;REVB=-0.00703068;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917792;STB=0.515677;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=-0.00564461;OID=.;OPOS=77938732;OREF=-;OALT=GTCCTGCCTCCCAG;OMAPALT=AGTCCTGCCTCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:14:32:17:32:15:12:5:11:4:99:15:9:5:11:4 chr15 78207558 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.975;QD=53.2769;RBI=0.0272034;REFB=0;REVB=0.026247;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178946;OID=.;OPOS=78207558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr15 78207625 . A G 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.628;QD=56.6954;RBI=0.038356;REFB=0;REVB=-0.0249989;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598624;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr15 78208021 . T C 212.47 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.016997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4792;QD=10.2397;RBI=0.0919146;REFB=-0.0202156;REVB=-0.0903294;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613546;STB=0.535816;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0455088;OID=.;OPOS=78208021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:13:14:32:24:13:14:32:24 chr15 78208236 . A G 47.65 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.019902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.311;QD=2.4435;RBI=0.0267077;REFB=-0.00652948;REVB=-0.0178105;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774244;STB=0.549638;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0633272;OID=.;OPOS=78208236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:67:68:10:10:0.128205:6:4:31:36:6:4:31:37 chr15 78208239 . T C 47.63 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.023896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.056;QD=2.4427;RBI=0.0252406;REFB=-0.00276993;REVB=-0.00812822;RO=68;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690928;STB=0.549638;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.045072;OID=.;OPOS=78208239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:68:68:10:10:0.128205:6:4:31:37:6:4:31:37 chr15 78208833 . C T 165.89 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00585369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.831;QD=10.7022;RBI=0.00590055;REFB=0.00309053;REVB=0.000742134;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1777;STB=0.624169;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0115716;OID=.;OPOS=78208833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:40:21:22:0.354839:10:11:15:26:10:12:14:26 chr15 78208880 . G A 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9337;QD=57.2297;RBI=0.0609921;REFB=0;REVB=0.060932;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521427;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr15 78209131 . T C 63.68 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0382225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3637;QD=9.09746;RBI=0.0681054;REFB=0.00479784;REVB=0.0563683;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495182;STB=0.800885;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0128241;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:6:13:2:7:6:13 chr15 78209435 . CC CT,TT 425.8 PASS AF=0.852941,0.0882353;AO=28,3;DP=33;FAO=29,3;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19,3;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000172642,0.00311715;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=198.57,171.303;QD=50.0942;RBI=0.00540534,0.00575481;REFB=-0.0422593,0.0115616;REVB=-0.00540259,0.00483748;RO=1;SAF=18,3;SAR=10,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0442673,0.727144;STB=0.510995,0.994603;STBP=0.785,0.221;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00160299,0.0683879;OID=.,.;OPOS=78209436,78209435;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:33:34:1:2:28,3:29,3:0.852941,0.0882353:10,0:18,3:0:1:10,0:19,3:1:1 chr15 78211345 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.594;QD=49.5992;RBI=0.0227852;REFB=0;REVB=-0.0210025;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148671;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr15 78211411 . GCCTCCTGCTCTCGGAGCATCT G 32.23 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0550672;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=21;MLLD=463.59;QD=2.74286;RBI=0.0573373;REFB=-0.0141242;REVB=-0.0159742;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.204673;STB=0.703216;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=0.0616111;OID=.;OPOS=78211412;OREF=CCTCCTGCTCTCGGAGCATCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489:8:48:9:47:38:2:7:17:21:32:35:2:6:14:21 chr15 78211471 . C T 353.48 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00140733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.784;QD=14.5766;RBI=0.0129402;REFB=-0.0243142;REVB=0.0128634;RO=58;SAF=6;SAR=32;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481792;STB=0.754391;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0467201;OID=.;OPOS=78211471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:58:38:39:0.402062:32:6:32:26:32:7:32:26 chr15 78211598 . C T 278.72 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00968843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.505;QD=16.3952;RBI=0.0210087;REFB=-0.0147722;REVB=0.0186414;RO=37;SAF=8;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320225;STB=0.681184;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0199988;OID=.;OPOS=78211598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:23:8:21:16:23:8:21:16 chr15 78234455 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0159705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.736;QD=9.19977;RBI=0.0219897;REFB=-0.019608;REVB=-0.0151159;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413297;STB=0.762764;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0273995;OID=.;OPOS=78234455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:7:6:1:6:7:6 chr15 78234461 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0180342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.061;QD=12.7816;RBI=0.0254095;REFB=-0.0217453;REVB=0.0179;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209438;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0238531;OID=.;OPOS=78234461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:7:7:3:7:7:7 chr15 78234477 . A G 178.14 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0100177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5624;QD=21.5931;RBI=0.0532844;REFB=-0.0340368;REVB=0.0523342;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.536544;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0280424;OID=.;OPOS=78234477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:15:16:18:0.545455:9:7:7:6:11:7:7:8 chr15 78276594 . AC CA 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00791942;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=181.381;QD=17.0619;RBI=0.0136844;REFB=-0.0107221;REVB=0.01116;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307161;STB=0.525406;STBP=0.739;TYPE=mnp;VARB=0.0100589;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:14:14:14:16:14:14:14:17 chr15 78276660 . A G 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.865;QD=55.2205;RBI=0.0171262;REFB=-0.0313005;REVB=-0.00233072;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=9.75672e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:33:23:0:0:33:23:1:0 chr15 78369815 . G A 250.47 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0124905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.512;QD=14.5197;RBI=0.0244667;REFB=-0.0169674;REVB=0.0210382;RO=40;SAF=7;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294823;STB=0.668794;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0317613;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:22:7:20:20:22:7:20:20 chr15 78403004 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.687;QD=56.9566;RBI=0.0522299;REFB=0;REVB=0.0287935;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225864;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr15 78458638 . C T 199.5 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.000400087;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.007;QD=15.346;RBI=0.0179514;REFB=-0.0265395;REVB=-0.0179469;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301614;STB=0.526089;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0272326;OID=.;OPOS=78458638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:22:23:0.442308:15:7:10:19:16:7:10:19 chr15 78466006 . G A 331.33 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0118474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.675;QD=11.7286;RBI=0.0118719;REFB=-0.00642395;REVB=-0.000761596;RO=72;SAF=14;SAR=27;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226796;STB=0.630054;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0118949;OID=.;OPOS=78466006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:27:14:39:33:27:14:39:33 chr15 78466127 . T C 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0285181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.405;QD=8.12724;RBI=0.0329865;REFB=-0.0175111;REVB=-0.0165778;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240501;STB=0.514825;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0236132;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:10:19:7:4:10:19 chr15 78565478 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0121995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.642;QD=15.6454;RBI=0.0214971;REFB=-0.0208572;REVB=-0.0177002;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01677;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0278143;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:11:18:14:8:11:18 chr15 78587910 . A G 2010.55 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.485;QD=61.3908;RBI=0.01731;REFB=0.00504862;REVB=0.0133934;RO=1;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812366;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-3.72e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:58:72:0:1:58:72:0:1 chr15 78632830 . C G 527.49 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.024154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9794;QD=17.7309;RBI=0.0324763;REFB=-0.0293796;REVB=-0.0217092;RO=63;SAF=40;SAR=15;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18695;STB=0.607262;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.032623;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:63:55:56:0.470588:15:40:35:28:15:41:35:28 chr15 78633595 . T G 237.59 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.019308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.98;QD=19.7995;RBI=0.0201165;REFB=-0.0140671;REVB=0.00564554;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167894;STB=0.613282;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0155583;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:22:23:0.479167:14:8:13:11:15:8:14:11 chr15 78758677 . G C 1015.89 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762592;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.675;QD=59.7584;RBI=0.0087498;REFB=0;REVB=0.00429002;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131779;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr15 78780104 . T C 710.57 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211009;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.803;QD=63.1621;RBI=0.0213547;REFB=0;REVB=-0.00328306;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58235e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr15 78789676 . T C 162.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0264141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.942;QD=19.6984;RBI=0.0277061;REFB=-0.00833207;REVB=0.00836214;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429402;STB=0.741995;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0160001;OID=.;OPOS=78789676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:3:13:5:12:3:13 chr15 78841220 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.744;QD=60.2283;RBI=0.0177558;REFB=0;REVB=-0.0154299;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72816e-05;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr15 78873119 . C T 594.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0565;QD=60.9656;RBI=0.0419299;REFB=0;REVB=0.015062;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467666;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr15 78887709 . G GTCTC 1373.14 PASS AF=0.938776;AO=90;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0283017;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.938;QD=56.0465;RBI=0.0358967;REFB=-0.0811281;REVB=0.0220814;RO=6;SAF=48;SAR=42;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357167;STB=0.517933;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.00316566;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938776:90:98:92:98:6:50:42:5:1:18:6:48:42:5:1 chr15 78909452 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00664425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.966;QD=41.8678;RBI=0.00989228;REFB=0.00275943;REVB=-0.00732879;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000487589;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:11:4:0:0:11:4:0:1 chr15 78917399 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.533;QD=64.154;RBI=0.00747376;REFB=0;REVB=0.00580246;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27204e-06;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr15 79058572 . T G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.573;QD=43.4839;RBI=0.036421;REFB=0;REVB=0.0281371;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771369;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr15 79058923 . G A 283.45 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0188627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.881;QD=43.6071;RBI=0.0249637;REFB=-0.131183;REVB=-0.0163518;RO=3;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605472;STB=0.532843;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0034198;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:9:14:1:2:9:14:1:2 chr15 79058974 . G A 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0256954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.147;QD=4.50499;RBI=0.0266692;REFB=0.00236962;REVB=-0.00714096;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329673;STB=0.703794;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00520158;OID=.;OPOS=79058974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:11:11:0.186441:4:7:17:30:4:7:18:30 chr15 79083120 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9543;QD=42.1826;RBI=0.0788401;REFB=0;REVB=-0.0606357;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00698209;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr15 79089007 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0678;QD=57.8839;RBI=0.0318345;REFB=0;REVB=0.0109557;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033616;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr15 79185898 . C A 62.08 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00413231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1376;QD=7.5252;RBI=0.040519;REFB=-0.0077156;REVB=-0.0403077;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173183;STB=0.595526;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0161791;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:12:11:3:6:13:11 chr15 79189580 . C CTT,T 84.07 PASS AF=0.333333,0;AO=6,4;DP=42;FAO=10,0;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0470924,0.00226958;FXX=0.249938;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=32.1433,240.518;QD=11.2099;RBI=0.049931,0.00286777;REFB=-0.0124857,-0.00575646;REVB=-0.0165956,-0.00175303;RO=28;SAF=5,3;SAR=1,1;SRF=22;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0910079,-0.0567672;STB=0.555452,0.5;STBP=0.773,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0187136,0;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:42:30:28:20:6,4:10,0:0.333333,0:1,1:5,3:22:6:2,0:8,0:17:3 chr15 79189583 . C T 32.32 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.00513072;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.283;QD=3.07853;RBI=0.0196525;REFB=-0.00335457;REVB=0.018971;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141103;STB=0.687131;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0210091;OID=.;OPOS=79189583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:42:33:34:7:8:0.190476:1:6:26:7:3:5:28:6 chr15 79217690 . G C 540.42 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2371;QD=56.8859;RBI=0.0315744;REFB=-0.0728434;REVB=0.0154408;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00233341;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:1:0:15:22:1:0 chr15 79224747 . C T 333.17 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0320607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.853;QD=19.3143;RBI=0.0356162;REFB=0.00192794;REVB=-0.0155121;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131434;STB=0.564786;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00206704;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:16:18:13:21:17:18:13:21 chr15 79231518 . A G 244.18 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00109241;FXX=0.0338926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.129;QD=17.1356;RBI=0.0111768;REFB=-0.00330108;REVB=0.0111233;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259998;STB=0.634174;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00334962;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:27:30:27:27:0.473684:16:11:19:8:16:11:20:10 chr15 79237247 . C G 545.65 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00689644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.008;QD=21.1904;RBI=0.0126804;REFB=-0.00161969;REVB=-0.0106411;RO=48;SAF=24;SAR=31;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000978665;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141265;OID=.;OPOS=79237247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:31:24:21:27:31:24:21:27 chr15 79237324 . C A 295.63 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00997334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2337;QD=20.3884;RBI=0.0109127;REFB=-0.0378749;REVB=0.00442942;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276244;STB=0.66069;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0336631;OID=.;OPOS=79237324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:11:20:8:18:11:20:8:19 chr15 79277247 . A C 2213.99 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168314;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.147;QD=63.2568;RBI=0.0193424;REFB=0;REVB=0.00953053;RO=0;SAF=57;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97878e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:81:57:0:0:83:57:0:0 chr15 79298523 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.938;QD=60.8829;RBI=0.0209989;REFB=0;REVB=0.0130574;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06386e-05;OID=.;OPOS=79298523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr15 79586361 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00418876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.028;QD=46.0582;RBI=0.012746;REFB=-0.0607406;REVB=0.0120381;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00324988;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:12:7:0:0:12:7:0:1 chr15 79587964 . C A 291.18 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0103333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.208;QD=26.4705;RBI=0.0160218;REFB=0.00628018;REVB=0.0122442;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259981;STB=0.514377;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00487041;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:7:11:15:11:7:11 chr15 79588710 . C T 313.13 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0071126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.281;QD=21.974;RBI=0.0285079;REFB=-0.0185523;REVB=-0.0276064;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646982;STB=0.526299;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0142636;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:25:32:32:0.561404:16:16:14:10:16:16:14:11 chr15 79589174 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.881;QD=46.848;RBI=0.0172481;REFB=0;REVB=0.0170421;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67229e-05;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr15 79590208 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.187;QD=54.5175;RBI=0.0147399;REFB=0;REVB=0.012686;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011223;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr15 79606137 . G A 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000696163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.508;QD=55.4107;RBI=0.0171543;REFB=-0.016754;REVB=0.0171402;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=5.08268e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr15 79614418 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.821;QD=60.0766;RBI=0.0185051;REFB=0;REVB=0.0155221;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44665e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr15 79675301 . T C 225.79 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0319824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5563;QD=20.5265;RBI=0.0931673;REFB=0.00976747;REVB=-0.0875058;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161331;STB=0.590826;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.03364;OID=.;OPOS=79675301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:13:9:13:9:13:9 chr15 79750127 . A G 196.74 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0399212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.431;QD=21.2694;RBI=0.040409;REFB=-0.00430476;REVB=0.00625983;RO=17;SAF=16;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545843;STB=0.772442;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00461491;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:3:16:4:13:4:16:4:13 chr15 79750307 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00507338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.962;QD=13.4559;RBI=0.00544785;REFB=0.00173678;REVB=-0.00198492;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00565172;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr15 79760728 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0283078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.456;QD=10.4723;RBI=0.0325055;REFB=-0.0106546;REVB=-0.0159774;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046246;STB=0.527732;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0208803;OID=.;OPOS=79760728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:11:13:6:6:11:13 chr15 79762525 . A C 286.75 PASS AF=0.516667;AO=23;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.038893;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=103.403;QD=19.1169;RBI=0.0396146;REFB=-0.00730635;REVB=-0.00752663;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.515142;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00612939;OID=.;OPOS=79762525;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:29:23:31:0.516667:13:10:9:10:14:17:15:14 chr15 79764056 . GTT G,GT,TGT,TTT 222.53 PASS AF=0.125,0.515625,0.078125,0.21875;AO=8,13,3,4;DP=56;FAO=8,33,5,14;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=1,8,0,10;FSAR=7,25,5,4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0128184,-0.031443,0.0160055,0.0131756;FXX=0.0724533;HRUN=11,11,1,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=8.71918,4.84774,15.2603,124.115;QD=13.9078;RBI=0.0329868,0.0589701,0.0530553,0.0181975;REFB=-0.0346725,-0.03541,-0.0578229,-0.00505267;REVB=-0.0303944,-0.049888,-0.0505834,-0.012552;RO=14;SAF=1,2,0,4;SAR=7,11,3,0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0407015,0.0192974,-0.528022,0.792716;STB=0.61088,0.537015,0.5,0.666419;STBP=0.688,0.32,1,0.027;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.107227,0.121192,-0.207413,0.0229401;OID=.,.,.,.;OPOS=79764057,79764057,79764056,79764056;OREF=TT,T,GT,G;OALT=-,-,TG,T;OMAPALT=G,GT,TGT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:87:56:64:14:4:8,13,3,4:8,33,5,14:0.125,0.515625,0.078125,0.21875:7,11,3,0:1,2,0,4:2:12:7,25,5,4:1,8,0,10:0:4 chr15 80215146 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0336927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2553;QD=11.9536;RBI=0.0406444;REFB=0.0395691;REVB=0.0227326;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215402;STB=0.626586;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0444285;OID=.;OPOS=80215146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:2:9:5:3:2:9 chr15 80215300 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00168435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.769;QD=13.5054;RBI=0.00270023;REFB=-0.00966376;REVB=0.0021105;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449392;STB=0.526273;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0113126;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:5:12:8:4:5:12 chr15 80216015 . C A 619.79 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0210143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9926;QD=17.8357;RBI=0.0213075;REFB=-0.00960733;REVB=-0.00352233;RO=75;SAF=30;SAR=34;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203101;STB=0.501128;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0137961;OID=.;OPOS=80216015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:34:30:35:40:34:30:35:40 chr15 80216199 . G A 236.8 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00449538;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.704;QD=19.3304;RBI=0.0170171;REFB=-0.0253568;REVB=0.0164126;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253869;STB=0.62376;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0256799;OID=.;OPOS=80216199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:22:23:0.469388:15:7:15:11:15:8:15:11 chr15 80216532 . A T 473.92 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0144356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.312;QD=23.996;RBI=0.0144866;REFB=-0.00745326;REVB=0.00121477;RO=34;SAF=7;SAR=37;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656654;STB=0.538989;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0063507;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:34:44:45:0.56962:37:7:7:27:38:7:7:27 chr15 80217100 . A G 472.11 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0148396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2103;QD=16.1405;RBI=0.0235503;REFB=-0.0185704;REVB=0.0182866;RO=64;SAF=25;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344315;STB=0.523488;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.02377;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:65:52:52:0.444444:27:25:33:31:27:25:34:31 chr15 80259964 . C T 61.7 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0546203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4422;QD=7.25924;RBI=0.0994683;REFB=-0.0253799;REVB=-0.0831297;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27261;STB=0.668445;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0664464;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:8:17:4:5:8:17 chr15 80260014 . T C 53.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.104709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0465;QD=7.62744;RBI=0.104724;REFB=-0.00240529;REVB=0.00182955;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272686;STB=0.642529;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.016801;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:4:4:5:14:4:4:6:14 chr15 80263217 . C T 213.46 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000359171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.193;QD=12.7439;RBI=0.0175881;REFB=-0.0162421;REVB=0.0175844;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650482;STB=0.537285;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0382894;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:18:23:13:13:18:23 chr15 80263345 . A C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0112111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.886;QD=12.8732;RBI=0.0150874;REFB=0.0108715;REVB=0.0100965;RO=30;SAF=2;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455922;STB=0.779454;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0198935;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:17:2:12:18:17:2:13:19 chr15 80452172 . G C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0591252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.857;QD=27.2772;RBI=0.0597962;REFB=-0.00660019;REVB=0.00893293;RO=19;SAF=6;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27672;STB=0.654154;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00422411;OID=.;OPOS=80452172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:22:6:10:9:22:6:10:9 chr15 81212521 . T C 603.1 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0791788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.265;QD=21.9308;RBI=0.0803525;REFB=-0.00487922;REVB=-0.0136835;RO=47;SAF=27;SAR=33;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198836;STB=0.504594;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0064335;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:47:50:60:60:0.545455:33:27:20:27:33:27:22:28 chr15 81212608 . G A 597.15 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036306;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.892;QD=61.2459;RBI=0.0105949;REFB=0;REVB=-0.00995344;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131552;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr15 81475223 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00829776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.705;QD=20.7548;RBI=0.0111655;REFB=-0.00966578;REVB=0.00747104;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395277;STB=0.522358;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.006624;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:7:5:7:8:7:5 chr15 81578139 . C T 597.24 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00973706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.752;QD=17.962;RBI=0.0217318;REFB=-0.0114072;REVB=-0.0194284;RO=71;SAF=28;SAR=34;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133943;STB=0.574301;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0122339;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:34:28:42:29:34:28:42:29 chr15 81582868 . G A 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.038;QD=64.1526;RBI=0.018667;REFB=0;REVB=0.0119964;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32545e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr15 81584925 . C T 227.27 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00556128;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.285;QD=18.1816;RBI=0.0259643;REFB=-0.00687184;REVB=0.0253617;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153553;STB=0.586661;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00911889;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:9:15:12:14:9:15:12:14 chr15 81600995 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.092;QD=60.2042;RBI=0.0220635;REFB=0;REVB=-0.00399104;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07704e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:51:22:0:0:51:22:0:0 chr15 81611792 . C A 190.72 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00749048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.853;QD=17.741;RBI=0.00976697;REFB=-0.0159855;REVB=0.00626788;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159409;STB=0.588696;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0222341;OID=.;OPOS=81611792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:19:20:0.465116:11:8:13:9:12:8:13:10 chr15 81624768 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00675687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.67;QD=18.1541;RBI=0.0185765;REFB=-0.0116486;REVB=0.017304;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151504;STB=0.585695;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0128214;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:8:17:11:10:8:17 chr15 81625385 . C T 249.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00298305;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.504;QD=16.3446;RBI=0.0113598;REFB=-0.0250704;REVB=-0.0109611;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231533;STB=0.630267;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0246402;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:12:21:11:17:12:21 chr15 81628942 . A C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00437078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9603;QD=16.0424;RBI=0.0113886;REFB=-0.0223959;REVB=-0.0105165;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387217;STB=0.719789;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0169283;OID=.;OPOS=81628942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:6:20:7:12:6:20 chr15 81636267 . C T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00306452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.441;QD=23.1636;RBI=0.0141685;REFB=-0.0113286;REVB=0.0138332;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971993;STB=0.554099;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00961397;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:15:8:12:14:15:8 chr15 81637284 . G A 692.32 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00746386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.895;QD=17.4168;RBI=0.00821013;REFB=-0.010135;REVB=-0.00342009;RO=85;SAF=40;SAR=34;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107917;STB=0.505981;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0116433;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:34:40:45:40:34:40:45:40 chr15 82384094 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00253977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.437;QD=17.9407;RBI=0.019425;REFB=-0.0175623;REVB=0.0192583;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287215;STB=0.664621;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0204913;OID=.;OPOS=82384094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:12:10:14:5:12:10 chr15 82444437 . A G 237.6 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00296185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.608;QD=13.7737;RBI=0.00402074;REFB=-0.0182341;REVB=-0.00271916;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190839;STB=0.50052;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.016927;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:27:28:0.405797:13:14:22:19:13:15:22:19 chr15 82512429 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3755;QD=58.4193;RBI=0.0417841;REFB=0;REVB=0.041746;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246895;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr15 82555242 . A G 213.38 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=58;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0358939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.567;QD=13.5479;RBI=0.0543475;REFB=-0.0352358;REVB=0.0408079;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109495;STB=0.544302;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0643966;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:36:36:22:27:0.428571:12:10:16:20:17:10:16:20 chr15 82558034 . G C 223.94 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0131817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.104;QD=14.9294;RBI=0.0154272;REFB=-0.00601479;REVB=-0.00801515;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906125;STB=0.56052;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00753736;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:11:14:16:18:11:15:16:18 chr15 82563991 . C T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0270721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.681;QD=19.3146;RBI=0.0363502;REFB=-0.00645772;REVB=-0.0242577;RO=47;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675504;STB=0.537508;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00572286;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:24:20:18:29:24:20:18:29 chr15 82574879 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00197718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.53;QD=17.8402;RBI=0.0174644;REFB=-0.00358729;REVB=0.0173522;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221621;STB=0.624843;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00298153;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:2:12:9:5:2:12 chr15 82636963 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5858;QD=35.5754;RBI=0.0165628;REFB=0;REVB=0.0155794;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090444;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr15 82637061 . C T 137.68 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0925464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.932;QD=39.3377;RBI=0.131555;REFB=-0.0815748;REVB=0.093498;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00655685;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:1:0:6:7:1:0 chr15 82637079 . C T 95.41 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0582814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.845;QD=34.6945;RBI=0.0591316;REFB=-0.121816;REVB=0.0099913;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00449993;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr15 83215251 . T C 175.34 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.709;QD=46.758;RBI=0.0154864;REFB=0;REVB=-0.00711648;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38363e-05;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr15 83224696 . C T 1573.27 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156086;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.013;QD=64.215;RBI=0.0282905;REFB=0;REVB=0.0235949;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95516e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr15 83297138 . C T 939.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.955;QD=58.7054;RBI=0.0532726;REFB=0;REVB=0.0520071;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117171;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:26:35:0:0:28:36:0:0 chr15 83680287 . A G 939.3 PASS AF=0.464789;AO=99;DP=210;FAO=99;FDP=213;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.00835741;FXX=0.00930189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.816;QD=17.6395;RBI=0.0200013;REFB=-0.0203783;REVB=-0.0181715;RO=111;SAF=28;SAR=71;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205783;STB=0.618143;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0360811;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:213:111:114:99:99:0.464789:71:28:53:58:71:28:55:59 chr15 84488636 . A G 1176.77 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429249;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.659;QD=61.1311;RBI=0.0445303;REFB=0;REVB=-0.0118491;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4107e-05;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr15 84493651 . T C 2324.47 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0757177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.85;QD=62.8234;RBI=0.0816371;REFB=-0.0674375;REVB=-0.0305196;RO=1;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655983;STB=0.503448;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000708396;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:72:75:0:1:72:75:0:1 chr15 84651290 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.615;QD=57.2023;RBI=0.061087;REFB=0;REVB=0.0272145;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65936e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr15 84909385 . G A 563.67 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0547769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3033;QD=57.8123;RBI=0.0584917;REFB=0.0121419;REVB=0.0205129;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000832611;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr15 84958367 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.153;QD=63.2865;RBI=0.0172193;REFB=0;REVB=0.0150722;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13644e-05;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr15 85149771 . G T 1066.62 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2036;QD=58.4449;RBI=0.0540688;REFB=-0.076626;REVB=0.0425518;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00175607;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:37:35:0:0:37:35:0:1 chr15 85163998 . G C 766.23 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.311;QD=63.8522;RBI=0.0261254;REFB=0;REVB=0.0156766;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75308e-05;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:28:17:0:0:30:18:0:0 chr15 85188994 . T C 632.62 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.857;QD=61.7191;RBI=0.0581172;REFB=0;REVB=0.0175473;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464155;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr15 85198362 . G T 304.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000919746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.018;QD=52.9119;RBI=0.00513248;REFB=0;REVB=-0.00504939;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70859e-05;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr15 85333953 . A G 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0013205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.775;QD=57.6364;RBI=0.0164583;REFB=0.00421519;REVB=0.0164052;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=1.30031e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:1:0:30:38:1:0 chr15 85360101 . T C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.579;QD=59.937;RBI=0.0332745;REFB=0;REVB=-0.00156007;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104623;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr15 85383839 . G A 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.555;QD=61.3747;RBI=0.0240355;REFB=0;REVB=0.0164796;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5628e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr15 85401259 . C T 1675.1 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9329;QD=59.2956;RBI=0.0806204;REFB=-0.112538;REVB=0.0778826;RO=1;SAF=52;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904314;STB=0.504761;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00126226;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:60:52:1:0:60:52:1:0 chr15 85401419 . T C 1644.57 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173033;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.442;QD=60.3513;RBI=0.0273664;REFB=0;REVB=0.0212018;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27123e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:104:109:1:57:47:0:0:62:47:0:0 chr15 85402610 . G A 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0134809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0546;QD=17.5735;RBI=0.0135354;REFB=0.00147009;REVB=-0.00121255;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140741;STB=0.578569;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00318086;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:20:21:18:31:20:21:18:31 chr15 85411941 . A G 1079.79 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0422317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.359;QD=56.0932;RBI=0.0426755;REFB=-0.0676416;REVB=0.00613901;RO=3;SAF=28;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224266;STB=0.511866;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00120623;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:46:28:2:1:46:28:2:1 chr15 85467275 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.61;QD=64.1534;RBI=0.0374777;REFB=0;REVB=0.0371472;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270108;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr15 85476441 . G A 472.98 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.402;QD=57.3312;RBI=0.0733125;REFB=0;REVB=0.0341871;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010781;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:27:5:0:0:27:6:0:0 chr15 85478410 . A G 657.0 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00370525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8123;QD=55.9153;RBI=0.0333813;REFB=0.00506893;REVB=0.033175;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493711;STB=0.538444;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0049474;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:44:44:0.93617:26:18:2:0:26:18:3:0 chr15 85478696 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.77812e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4375;QD=60.3761;RBI=0.00627853;REFB=0;REVB=0.00627805;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14025e-05;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr15 85607670 . G T 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.000790194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2115;QD=8.68629;RBI=0.0185843;REFB=0.000436005;REVB=-0.0185675;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107927;STB=0.563853;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0018394;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:12:10:19:33:12:10:19:33 chr15 86087309 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0152004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.463;QD=14.6975;RBI=0.0216079;REFB=-0.00491818;REVB=-0.0153575;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744285;STB=0.542815;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00803854;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:12:18:14:7:12:18 chr15 86122654 . T C 101.79 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.478;QD=40.7175;RBI=0.00582725;REFB=0;REVB=0.00160767;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85669e-05;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr15 86122779 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.089;QD=59.8393;RBI=0.0486728;REFB=0;REVB=0.00601622;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215319;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr15 86122916 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.817;QD=64.4154;RBI=0.0434732;REFB=0;REVB=0.0263475;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011442;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr15 86123019 . C T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.385;QD=53.2687;RBI=0.0421714;REFB=0;REVB=0.0337646;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526773;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr15 86123833 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.452;QD=59.8394;RBI=0.0299308;REFB=0;REVB=0.00603711;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63565e-05;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr15 86123924 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.831;QD=57.1763;RBI=0.0174116;REFB=0;REVB=0.0108565;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59003e-05;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr15 86123988 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4732;QD=57.1768;RBI=0.0292318;REFB=0;REVB=-0.0291897;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316728;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr15 86124182 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0149752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.264;QD=25.3678;RBI=0.0196918;REFB=0.000579913;REVB=0.0127872;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191618;STB=0.605965;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000526511;OID=.;OPOS=86124182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:3:11:11:10:3:11 chr15 86124419 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.264;QD=63.8715;RBI=0.0197012;REFB=0;REVB=0.0182716;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45591e-05;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr15 86124483 . C G 742.71 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.034446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2097;QD=53.0507;RBI=0.0827562;REFB=-0.196786;REVB=-0.0752467;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378168;STB=0.502007;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.008682;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:30:24:1:1:30:24:1:1 chr15 86124555 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.703;QD=57.7124;RBI=0.0411704;REFB=0;REVB=0.00167171;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010936;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr15 86124616 . A G 453.27 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00711279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.732;QD=19.7075;RBI=0.00722128;REFB=-0.0119418;REVB=0.00124704;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955527;STB=0.545612;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0138875;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:44:45:0.48913:18:26:23:24:19:26:23:24 chr15 86124946 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.339;QD=54.5177;RBI=0.0329452;REFB=0;REVB=0.00525219;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115687;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 86124968 . G A 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322074;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.519;QD=58.614;RBI=0.0531922;REFB=0;REVB=0.0423332;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246044;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 86125031 . G A 1145.21 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00782131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.851;QD=57.9852;RBI=0.0175948;REFB=-0.166325;REVB=0.0157608;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.511361;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000500911;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:0:2:77:77:0.974684:34:43:0:0:34:43:2:0 chr15 86125247 . G A 162.68 PASS AF=0.280488;AO=21;DP=80;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0519695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2192;QD=7.93552;RBI=0.0522915;REFB=-0.0174925;REVB=0.00579459;RO=59;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358565;STB=0.514881;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0476298;OID=.;OPOS=86125247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:59:59:21:23:0.280488:9:12:32:27:11:12:32:27 chr15 86273754 . C A 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.040843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9596;QD=16.7848;RBI=0.046533;REFB=0.0204659;REVB=0.0222972;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102916;STB=0.557939;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0208805;OID=.;OPOS=86273754;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:17:16:11:18:17:16 chr15 86287910 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0193486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.649;QD=18.8287;RBI=0.0272515;REFB=-0.0333584;REVB=-0.0191905;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10207;STB=0.558021;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0394877;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:7:13:12:10:7:13:12:10 chr15 86288518 . G C 794.33 PASS AF=1;AO=45;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326736;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6225;QD=56.738;RBI=0.0539975;REFB=0;REVB=-0.0429903;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0255858;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:45:56:1:28:17:0:0:29:27:0:0 chr15 86292324 . G C 1280.9 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.989;QD=60.9951;RBI=0.0184967;REFB=0;REVB=0.0128949;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496365;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:42:40:0:0:44:40:0:0 chr15 86313048 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.054;QD=62.3507;RBI=0.0331455;REFB=0;REVB=0.0138505;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181657;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr15 86800209 . C T 678.16 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0136511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.659;QD=19.2386;RBI=0.0157158;REFB=-0.0216807;REVB=0.00778669;RO=71;SAF=27;SAR=41;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378425;STB=0.522117;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0273783;OID=.;OPOS=86800209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:73:68:68:0.48227:41:27:31:40:41:27:32:41 chr15 86806029 . C T 647.53 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00394256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2399;QD=18.3697;RBI=0.00880719;REFB=-0.00548796;REVB=-0.00787545;RO=75;SAF=30;SAR=36;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117044;STB=0.506492;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00623583;OID=.;OPOS=86806029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:36:30:35:40:36:30:35:40 chr15 86807761 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.071;QD=62.6711;RBI=0.013827;REFB=0;REVB=0.0112066;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98939e-05;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr15 86814866 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5186;QD=59.3215;RBI=0.0576101;REFB=0;REVB=0.0456499;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521007;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr15 86822926 . A G 634.95 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0208497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.713;QD=27.6065;RBI=0.0215445;REFB=-0.0244118;REVB=-0.00542727;RO=36;SAF=30;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572929;STB=0.503119;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0154565;OID=.;OPOS=86822926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:36:56:56:0.608696:26:30:19:17:26:30:19:17 chr15 86940622 . T C 706.12 PASS AF=0.503597;AO=69;DP=138;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.00708722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.488;QD=20.3199;RBI=0.00779836;REFB=-0.0212186;REVB=-0.00325356;RO=69;SAF=41;SAR=28;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233787;STB=0.623571;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0194186;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:69:69:69:70:0.503597:28:41:23:46:29:41:23:46 chr15 86940673 . C T 836.5 PASS AF=0.543046;AO=82;DP=152;FAO=82;FDP=151;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0337246;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8536;QD=22.159;RBI=0.0504214;REFB=0.00149769;REVB=-0.0374829;RO=70;SAF=39;SAR=43;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100644;STB=0.552144;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00222543;OID=.;OPOS=86940673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:70:69:82:82:0.543046:43:39:25:45:43:39:25:44 chr15 87217613 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0464187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.995;QD=25.2554;RBI=0.0491071;REFB=-0.0133181;REVB=0.0160254;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125498;STB=0.570092;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00760021;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:4:6:7:10:4:6 chr15 87531281 . A C 1507.52 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0412768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8115;QD=58.5443;RBI=0.041691;REFB=-0.117627;REVB=0.00586221;RO=1;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070297;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00136247;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:67:35:0:1:67:35:0:1 chr15 88476365 . G A 464.14 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00661982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.889;QD=24.7539;RBI=0.0212626;REFB=-0.0076046;REVB=-0.0202059;RO=31;SAF=25;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397598;STB=0.521783;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00526249;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:19:25:16:15:19:25:16:15 chr15 88679785 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.261;QD=62.3146;RBI=0.0243313;REFB=0;REVB=0.023361;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6537e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr15 89169858 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0021954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.45;QD=10.1699;RBI=0.0452956;REFB=0.00229077;REVB=0.0452424;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210035;STB=0.624792;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00237888;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:6:16:6:5:6:16 chr15 89172558 . G C 285.56 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00376917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.354;QD=15.4356;RBI=0.00590593;REFB=-0.00945603;REVB=-0.0045468;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108261;STB=0.560939;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0100146;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:14:28:18:14:14:28 chr15 89173657 . A T 150.24 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00604345;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.175;QD=10.5434;RBI=0.0119425;REFB=0.000349783;REVB=0.0103005;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121441;STB=0.565466;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000310111;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:37:19:20:0.350877:9:10:21:12:9:11:24:13 chr15 89173732 . T C 1539.47 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4232;QD=58.6463;RBI=0.0371402;REFB=-0.118289;REVB=-0.0251207;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00125876;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:51:53:0:0:51:53:1:0 chr15 89174748 . G C 317.23 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0107851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.457;QD=25.8966;RBI=0.0485523;REFB=0.00195374;REVB=0.0473393;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812113;STB=0.56136;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-2.28134e-05;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:27:28:0.571429:15:12:11:9:16:12:12:9 chr15 89193497 . A T 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.038943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2161;QD=9.60041;RBI=0.0421776;REFB=-0.0068831;REVB=0.0161984;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243933;STB=0.514524;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0152436;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:16:21:10:7:16:21 chr15 89195178 . G C 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0196483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.966;QD=22.4725;RBI=0.020327;REFB=0.00330422;REVB=0.00520895;RO=43;SAF=25;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120843;STB=0.500666;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00269096;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:24:25:22:21:24:25:22:21 chr15 89195245 . C T 368.94 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0150988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7082;QD=27.3288;RBI=0.0557586;REFB=-0.036228;REVB=0.0536754;RO=19;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225668;STB=0.621937;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0197361;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:12:23:18:1:12:23:18:1 chr15 89195526 . A G 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0127856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.313;QD=17.6719;RBI=0.0216807;REFB=-0.0207287;REVB=-0.0175094;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064936;STB=0.536399;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0148584;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:18:12:15:17:18:12:15:17 chr15 89391160 . C A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00636206;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.516;QD=57.2345;RBI=0.0101449;REFB=0.0379818;REVB=-0.00790206;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-1.34739e-06;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:31:35:0:1:31:35:0:1 chr15 89392745 . T C 2846.72 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0268;QD=62.9109;RBI=0.0101863;REFB=0;REVB=-0.00674575;RO=0;SAF=61;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06535e-06;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:180:181:1:119:61:0:0:120:61:0:0 chr15 89398330 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.052;QD=54.5177;RBI=0.0322519;REFB=0;REVB=-0.0027076;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169283;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr15 89398553 . C A 740.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.677;QD=56.996;RBI=0.0156755;REFB=0;REVB=0.0150739;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24613e-05;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:20:32:0:0 chr15 89401109 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.04;QD=60.5458;RBI=0.00558738;REFB=0;REVB=0.001588;RO=0;SAF=78;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67216e-06;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:34:78:0:0:34:78:0:0 chr15 89401615 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.476;QD=57.2023;RBI=0.0130982;REFB=0;REVB=-0.00945134;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28632e-06;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr15 89402051 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.478;QD=50.4135;RBI=0.0122649;REFB=0;REVB=-0.000653848;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58103e-05;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr15 89402239 . T C 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0848029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.888;QD=18.4837;RBI=0.0868157;REFB=-0.00281317;REVB=0.0185856;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.551127;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0019152;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:12:9:10:9:12:9 chr15 89739259 . G C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.222;QD=56.9976;RBI=0.0173788;REFB=0;REVB=0.00828798;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118953;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr15 89740616 . G A,T 1156.18 PASS AF=0.948052,0.0519481;AO=71,4;DP=77;FAO=73,4;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=40,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211006,0.0132249;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.3292,34.1352;QD=60.0612;RBI=0.0211897,0.0227953;REFB=0,0;REVB=-0.00194097,-0.0185668;RO=0;SAF=33,1;SAR=38,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.011562,0.133156;OID=.,.;OPOS=89740616,89740616;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:77:77:0:0:71,4:73,4:0.948052,0.0519481:38,3:33,1:0:0:40,3:33,1:0:0 chr15 89744476 . G T 1660.96 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.841;QD=59.8543;RBI=0.0661613;REFB=0;REVB=0.012896;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56401e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:111:0:0:102:111:1:58:44:0:0:62:49:0:0 chr15 89838236 . G A 1398.15 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1662;QD=61.457;RBI=0.0368878;REFB=0;REVB=0.0220229;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136859;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:91:0:0:89:91:1:49:40:0:0:51:40:0:0 chr15 89858602 . T C 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00479988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=28.0214;RBI=0.01319;REFB=0.0291456;REVB=-0.0122856;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15811;STB=0.586896;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0118427;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:5:13:14:14:5:13 chr15 89878377 . A T 1931.68 PASS AF=0.976923;AO=124;DP=131;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0296787;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.294;QD=59.4364;RBI=0.0298714;REFB=-0.0206545;REVB=-0.00338679;RO=3;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231596;STB=0.511626;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000261355;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:130:3:3:124:127:0.976923:60:64:0:3:63:64:0:3 chr15 90126121 . C T 236.11 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00422458;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.005;QD=17.4896;RBI=0.0172779;REFB=-0.00594898;REVB=0.0167535;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775618;STB=0.529389;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00601562;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:28:26:26:0.481481:8:18:16:10:8:18:18:10 chr15 90128966 . C T 739.71 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.172;QD=24.2528;RBI=0.0222095;REFB=-0.00387252;REVB=-0.0197873;RO=52;SAF=31;SAR=39;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600042;STB=0.532727;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00369167;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:70:70:0.57377:39:31:27:25:39:31:27:25 chr15 90138670 . C T 1062.92 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.598;QD=59.8828;RBI=0.00773626;REFB=0;REVB=-0.00750968;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09754e-05;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:39:32:0:0 chr15 90168108 . C T 1022.0 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.778;QD=59.2463;RBI=0.0431851;REFB=0;REVB=0.00402847;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261805;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr15 90168693 . T A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000523434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.272;QD=18.6419;RBI=0.00372035;REFB=-0.0224748;REVB=-0.00368334;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316539;STB=0.678541;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0186611;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:18:7:16:10:18:7:16:10 chr15 90170237 . C T 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0237835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.82;QD=11.1566;RBI=0.0248725;REFB=-0.00295724;REVB=-0.00727944;RO=45;SAF=6;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389931;STB=0.733141;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00483512;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:46:25:25:0.352113:19:6:26:19:19:6:27:19 chr15 90174789 . C T 999.18 PASS AF=0.598639;AO=88;DP=146;FAO=88;FDP=147;FR=.;FRO=59;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0470332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0455;QD=27.1885;RBI=0.0506725;REFB=0.0132038;REVB=0.0188568;RO=58;SAF=53;SAR=35;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253097;STB=0.517856;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00940316;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:58:59:88:88:0.598639:35:53:33:25:35:53:33:26 chr15 90174824 . C T 751.06 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00069889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.834;QD=20.719;RBI=0.0105988;REFB=-0.0306288;REVB=0.0105757;RO=66;SAF=37;SAR=36;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334259;STB=0.538015;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0209941;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:66:72:73:73:0.503448:36:37:36:30:36:37:42:30 chr15 90176073 . C A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0538984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.102;QD=16.923;RBI=0.0541081;REFB=-0.0136861;REVB=-0.00475947;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164288;STB=0.596639;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0189165;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:19:11:7:26:19:11:7:27 chr15 90176432 . T G 1951.7 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.194;QD=61.9587;RBI=0.0233867;REFB=0;REVB=-0.00263244;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40101e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:73:52:0:0:73:53:0:0 chr15 90191827 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.096;QD=51.1846;RBI=0.0323218;REFB=0;REVB=-0.0187374;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788111;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr15 90195967 . C G 2029.5 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1469;QD=61.5;RBI=0.0862592;REFB=-0.0552884;REVB=-0.0850056;RO=0;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93893e-08;STB=0.504132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000549273;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:71:60:0:0:71:60:1:0 chr15 90196008 . C T 512.68 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00713067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.984;QD=20.3042;RBI=0.00768268;REFB=-0.0045066;REVB=0.00285956;RO=49;SAF=21;SAR=31;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130518;STB=0.57206;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00832233;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:31:21:27:22:31:21:27:22 chr15 90210257 . G A 931.53 PASS AF=0.481865;AO=92;DP=193;FAO=93;FDP=193;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.000490564;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.931;QD=19.3064;RBI=0.0263968;REFB=-0.012072;REVB=0.0263923;RO=101;SAF=45;SAR=47;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602287;STB=0.527986;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0129424;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:101:100:92:93:0.481865:47:45:43:58:48:45:43:57 chr15 90213229 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.681;QD=56.938;RBI=0.0365734;REFB=0;REVB=-0.00969701;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85428e-05;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr15 90334240 . A G 667.94 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0132981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.702;QD=19.502;RBI=0.0135028;REFB=-0.0078486;REVB=0.0023421;RO=70;SAF=30;SAR=37;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314241;STB=0.517351;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00944268;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:37:30:29:41:37:30:29:41 chr15 90335534 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0219012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.97;QD=14.6539;RBI=0.0468373;REFB=-0.00583766;REVB=0.0414014;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507765;STB=0.806804;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00917919;OID=.;OPOS=90335534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:5:3:7:1:5:3 chr15 90335788 . C T 235.24 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0307085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.402;QD=25.4317;RBI=0.031057;REFB=0.0117681;REVB=-0.00463938;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175918;STB=0.597899;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0133326;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:14:8:9:6:14:8:9:6 chr15 90344352 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0194181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.777;QD=12.9748;RBI=0.0411158;REFB=-0.00789437;REVB=-0.0362415;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228726;STB=0.633127;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0138295;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:13:5:6:6:13:5 chr15 90623052 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.456;QD=62.6711;RBI=0.018787;REFB=0;REVB=0.0161075;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19826e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr15 90628537 . G A 117.72 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0298317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.568;QD=12.3913;RBI=0.045087;REFB=-0.00700754;REVB=0.0338069;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242189;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0166544;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:10:14:5:9:10:14 chr15 90673809 . G C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00878735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.167;QD=9.10002;RBI=0.0119906;REFB=-0.00119538;REVB=-0.0081583;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.599771;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00244543;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:10:9:3:6:10:9 chr15 90709545 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00742893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3198;QD=16.1064;RBI=0.0198103;REFB=0.00823904;REVB=0.0183646;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192683;STB=0.610978;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.012202;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:10:12:6:11:10:12 chr15 90764219 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.803;QD=56.9383;RBI=0.013195;REFB=0;REVB=0.00313329;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06734e-05;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 796.78 PASS AF=0.807018,0,0.192982;AO=13,21,22;DP=56;FAO=46,0,11;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,3;FSAR=21,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282404,0.0256697,0.0108785;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=109.719,93.0569,103.546;QD=55.9142;RBI=0.0284421,0.0261624,0.0109129;REFB=0,0,0;REVB=-0.0033814,0.00505368,0.000865503;RO=0;SAF=0,19,9;SAR=13,2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.98875e-08,5.2029e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00243456,0,0.0212152;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.807018,0,0.192982:13,21,22:56:46,0,11:57:0:25,0,3:21,0,8:0:0:37:0:0,19,9:13,2,13:0:0 chr15 90772200 . G A 834.79 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.514;QD=57.5719;RBI=0.0337066;REFB=0;REVB=0.0331475;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04091e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:23:35:0:0 chr15 90772831 . C T 753.28 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7181;QD=61.4923;RBI=0.0500659;REFB=-0.0514238;REVB=0.0434296;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0261188;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr15 90774259 . G C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.905;QD=55.5196;RBI=0.0335491;REFB=-0.159164;REVB=-0.00399225;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00313575;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:1:0 chr15 90774447 . TAGAG T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036087;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.117;QD=55.6561;RBI=0.0593776;REFB=0;REVB=0.0471533;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000361562;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:27:27:0:13:14:0:0:4:0:13:14:0:0 chr15 90784207 . A G 2119.31 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.371;QD=62.3326;RBI=0.0664341;REFB=0;REVB=0.0591479;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51644e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:136:0:0:128:136:1:62:66:0:0:69:67:0:0 chr15 90784250 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.161;QD=59.8292;RBI=0.0198733;REFB=0;REVB=0.0182351;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02663e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:57:46:0:0:57:46:0:0 chr15 90794102 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.503;QD=51.1846;RBI=0.0560109;REFB=0;REVB=0.0396359;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79332e-07;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr15 90794757 . T G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.147;QD=55.655;RBI=0.0418737;REFB=0;REVB=0.0295568;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365407;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr15 90794845 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.883;QD=53.2772;RBI=0.0754339;REFB=0;REVB=0.00418802;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106679;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr15 90796558 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.82;QD=63.583;RBI=0.0379617;REFB=0;REVB=-0.0331212;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527322;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr15 90800408 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0501;QD=64.4148;RBI=0.0298423;REFB=0;REVB=0.0290507;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209317;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr15 90800449 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.302;QD=63.5829;RBI=0.0270696;REFB=0;REVB=-0.0252936;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033611;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr15 90806375 . C T 95.16 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0147323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.245;QD=11.1959;RBI=0.0152729;REFB=-0.00657485;REVB=-0.00402718;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401094;STB=0.726884;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00813207;OID=.;OPOS=90806375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:19:22:12:12:0.352941:9:3:12:7:9:3:13:9 chr15 90809633 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.045;QD=52.6132;RBI=0.0586654;REFB=0;REVB=0.0210174;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156496;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 90818400 . A T 502.21 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.733;QD=59.084;RBI=0.0449073;REFB=0;REVB=0.0448525;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107436;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:21:8:0:0:25:9:0:0 chr15 90818641 . G C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0141404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.846;QD=19.3697;RBI=0.0461967;REFB=-0.0293512;REVB=0.0439794;RO=14;SAF=1;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616212;STB=0.859286;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0186158;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:15:16:0.516129:14:1:8:6:15:1:8:7 chr15 90818827 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.897;QD=44.6864;RBI=0.0182464;REFB=0;REVB=0.00909299;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305479;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr15 90819131 . TC T,TT 439.83 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=5,26;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494361,0.0451834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.329,212.066;QD=56.7527;RBI=0.0559821,0.0556122;REFB=0,0;REVB=-0.0262691,-0.0324219;RO=0;SAF=3,12;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0352784,0.00118288;OID=.,.;OPOS=90819132,90819132;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:5,26:31:1,30:31:0:0,15:1,15:0:0:6:0:3,12:2,14:0:0 chr15 90819641 . A C 903.11 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0851;QD=58.2654;RBI=0.0284688;REFB=0;REVB=-0.00192517;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167061;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:26:36:0:0 chr15 90819876 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1346;QD=51.1844;RBI=0.0287275;REFB=0;REVB=0.0256107;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125532;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr15 90820063 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.594;QD=48.7372;RBI=0.0325767;REFB=0;REVB=-0.00669454;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325788;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 90820721 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.51;QD=58.1418;RBI=0.0275272;REFB=0;REVB=-0.0200583;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148422;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr15 90892293 . C T 543.26 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0398609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3431;QD=18.4155;RBI=0.0512914;REFB=0.000285761;REVB=0.0322787;RO=61;SAF=18;SAR=39;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190761;STB=0.606051;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000492488;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:39:18:31:30:39:18:31:30 chr15 90903311 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00517068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.181;QD=19.9758;RBI=0.0458596;REFB=-0.0219896;REVB=0.0455672;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944556;STB=0.55314;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0189071;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:14:6:8:12:14:6 chr15 91083353 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00164092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.768;QD=23.263;RBI=0.0117084;REFB=-0.0227083;REVB=0.0115928;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371334;STB=0.502073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0163431;OID=.;OPOS=91083353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:10:9:11:12:10:9 chr15 91424574 . G C 2823.77 PASS AF=0.822394;AO=120;DP=260;FAO=213;FDP=259;FR=.;FRO=46;FSAF=89;FSAR=124;FSRF=46;FSRR=0;FWDB=0.00933401;FXX=0.00384601;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.626;QD=43.6103;RBI=0.0192385;REFB=0.00886554;REVB=0.0168225;RO=0;SAF=3;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7406e-08;STB=0.602669;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00243398;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:0:46:120:213:0.822394:117:3:0:0:124:89:46:0 chr15 91428521 . CT C 1270.27 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.649;QD=61.218;RBI=0.0185789;REFB=0;REVB=-0.00777268;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000258378;OID=.;OPOS=91428522;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:83:83:83:0:29:54:0:0:7:0:27:54:0:0 chr15 91430436 . T C 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000613867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.545;QD=62.3147;RBI=0.0272758;REFB=0;REVB=0.0272689;RO=0;SAF=27;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17116e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:59:27:0:0:59:27:0:0 chr15 91449654 . T C 414.26 PASS AF=0.368421;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=133;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0192314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.649;QD=12.4591;RBI=0.0213133;REFB=-0.0108139;REVB=0.00918746;RO=84;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086522;STB=0.549276;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0151671;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:84:84:49:49:0.368421:23:26:38:46:23:26:38:46 chr15 91449702 . A T 306.21 PASS AF=0.342105;AO=38;DP=113;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0253215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.439;QD=10.7442;RBI=0.0256161;REFB=-0.00525598;REVB=-0.00387352;RO=75;SAF=21;SAR=17;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682298;STB=0.529714;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0102503;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:75:75:38:39:0.342105:17:21:37:38:18:21:37:38 chr15 91452595 . A G 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000757415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.24;QD=56.9258;RBI=0.00335706;REFB=0;REVB=-0.0032705;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39232e-06;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr15 91474236 . T C 1140.07 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348619;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.937;QD=59.2246;RBI=0.0216453;REFB=-0.0469136;REVB=0.0213628;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206113;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:77:0:0:74:77:1:40:34:0:0:42:35:0:0 chr15 91474738 . G C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.637;QD=62.1623;RBI=0.0183973;REFB=0;REVB=0.0163847;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36171e-05;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr15 91478544 . A C 563.17 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0371375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8262;QD=57.7609;RBI=0.0371894;REFB=0.039589;REVB=0.00196364;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00660244;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:1:0:14:24:1:0 chr15 91492877 . C T 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00569383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.497;QD=18.2992;RBI=0.014971;REFB=-0.0161379;REVB=0.0138459;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.617458;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0181671;OID=.;OPOS=91492877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:12:10:13:7:13:10 chr15 91499986 . G T 273.51 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00121251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.788;QD=21.0394;RBI=0.00681949;REFB=-0.00817736;REVB=-0.00671083;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901339;STB=0.549965;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0089349;OID=.;OPOS=91499986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:17:7:11:17:17:7 chr15 91509592 . T C 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0626181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9334;QD=60.5092;RBI=0.0641866;REFB=-0.0169272;REVB=0.0141029;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00287225;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr15 91517479 . G A 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0172399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8669;QD=12.7893;RBI=0.0173161;REFB=-0.00761966;REVB=-0.0016227;RO=45;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192735;STB=0.610698;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0145828;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:18:10:24:21:18:10:24:21 chr15 91524841 . G T 1246.6 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.875;QD=61.5607;RBI=0.0205476;REFB=0;REVB=0.0189888;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20806e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:38:41:0:0:40:41:0:0 chr15 91525197 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0114761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.845;QD=16.0424;RBI=0.0150139;REFB=0.00320933;REVB=-0.00968073;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.599893;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0031528;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:14:12:12:7:14:12 chr15 91543761 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.751;QD=53.2766;RBI=0.0194916;REFB=0;REVB=0.0172397;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230787;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr15 91548601 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0126047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.967;QD=18.7766;RBI=0.0126776;REFB=-0.0135593;REVB=0.00135785;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204116;STB=0.61395;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0172967;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:18:8:14:12:18:8 chr15 91836683 . T C 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00293077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.286;QD=59.7162;RBI=0.0368478;REFB=0.00124186;REVB=0.036731;RO=1;SAF=26;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178571;STB=0.509432;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=5.93786e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:53:26:1:0:53:26:1:0 chr15 92638193 . G A 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0125053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.944;QD=16.7689;RBI=0.0160474;REFB=-0.0213187;REVB=-0.0100566;RO=55;SAF=17;SAR=26;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186467;STB=0.609419;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0269187;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:56:43:43:0.434343:26:17:32:23:26:17:33:23 chr15 92647645 . G C 795.62 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.601;QD=63.6493;RBI=0.0421192;REFB=0;REVB=-6.24644e-05;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34775e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:34:13:0:0:36:14:0:0 chr15 92987938 . C G 1023.75 PASS AF=0.439024;AO=107;DP=246;FAO=108;FDP=246;FR=.;FRO=138;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=-0.105697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.4275;QD=16.6464;RBI=0.105712;REFB=-0.0075616;REVB=-0.00175783;RO=135;SAF=54;SAR=53;SRF=75;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511731;STB=0.52845;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0152922;OID=.;OPOS=92987938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:135:138:107:108:0.439024:53:54:75:60:54:54:76:62 chr15 93015427 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00813084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5834;QD=20.156;RBI=0.042084;REFB=0.0245029;REVB=-0.0412911;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508017;STB=0.528282;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0226399;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:14:11:14:14:14:11 chr15 93198671 . A G 1288.61 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0927284;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5226;QD=62.1019;RBI=0.0968342;REFB=0;REVB=0.0278981;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18826e-05;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 927.03 PASS AF=0.892308,0.107692;AO=52,9;DP=65;FAO=58,7;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18,6;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624821,-0.0227718;FXX=0.0298463;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=256.214,90.2252;QD=57.0482;RBI=0.0271923,0.0227733;REFB=0,0;REVB=0.0264647,-0.000265071;RO=0;SAF=12,8;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00361409,0.0111336;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.892308,0.107692:52,9:65:58,7:65:0:18,6:40,1:0:0:33:0:12,8:40,1:0:0 chr15 93447631 . T G 459.55 PASS AF=0.511364;AO=33;DP=79;FAO=45;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0244807;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.6;QD=20.8885;RBI=0.0261678;REFB=-0.0241259;REVB=-0.00924395;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734722;STB=0.525885;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0271408;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:88:29:37:33:45:0.511364:23:10:11:18:28:17:16:21 chr15 93510603 . A G 982.46 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.245;QD=56.1408;RBI=0.0174181;REFB=-0.161123;REVB=0.00673344;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.515147;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000433979;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:36:32:1:0:36:32:2:0 chr15 93521604 . A G 1216.42 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000662101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.563;QD=56.5776;RBI=0.0161416;REFB=0.0152598;REVB=-0.016128;RO=4;SAF=44;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323461;STB=0.50171;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.000114669;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:38:44:2:2:38:44:2:2 chr15 93536197 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0127054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.818;QD=19.3436;RBI=0.0321724;REFB=-0.0120939;REVB=-0.0295573;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522875;STB=0.529573;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0112273;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:6:12:11:7:6:12 chr15 93567864 . A C 491.55 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=0.0211307;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.367;QD=19.8606;RBI=0.0211734;REFB=-0.00480125;REVB=0.00134443;RO=49;SAF=4;SAR=46;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273457;STB=0.654396;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00629752;OID=.;OPOS=93567864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:49:50:50:0.505051:46:4:10:39:46:4:10:39 chr15 93568466 . A AGGG 36.17 PASS AF=0.269231;AO=5;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0305846;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=46.1292;QD=5.56493;RBI=0.209303;REFB=-0.00927647;REVB=0.207056;RO=17;SAF=5;SAR=0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62142;STB=0.642386;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=0.029851;OID=.;OPOS=93568467;OREF=-;OALT=GGG;OMAPALT=AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:5:26:7:26:19:6:1:14:5:36:17:5:0:14:3 chr15 93570241 . T C 2660.49 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285172;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.644;QD=61.8718;RBI=0.0039977;REFB=-0.0818037;REVB=0.00280166;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12885e-05;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:172:0:0:171:172:1:88:83:0:0:88:84:0:0 chr15 93588264 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1517;QD=40.7619;RBI=0.0257307;REFB=0;REVB=-0.0223765;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338213;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr15 93588336 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.423;QD=57.545;RBI=0.0105025;REFB=0;REVB=-0.00153309;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19923e-05;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr15 93609460 . A T 1302.99 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305616;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.216;QD=62.047;RBI=0.0472754;REFB=0;REVB=-0.0471765;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169388;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:35:48:0:0:36:48:0:0 chr15 93616933 . C G 2162.98 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330537;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.469;QD=63.1527;RBI=0.0474979;REFB=0;REVB=0.0341102;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122063;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:72:65:0:0:72:65:0:0 chr15 93616975 . A G 1405.63 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.957;QD=62.4723;RBI=0.0270075;REFB=0;REVB=0.017208;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97124e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:85:90:1:60:25:0:0:60:30:0:0 chr15 93750256 . G T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.88;QD=64.1538;RBI=0.0111915;REFB=0;REVB=-0.00955977;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23614e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr15 94304132 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0142265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.841;QD=13.784;RBI=0.0174945;REFB=-0.0281886;REVB=-0.0101815;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108324;STB=0.561746;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0343153;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:22:11:10:13:22:11 chr15 94304189 . T C 382.53 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00700589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.886;QD=19.3686;RBI=0.0138122;REFB=-0.0328513;REVB=0.0119035;RO=39;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989877;STB=0.505492;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0235562;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:23:17:17:22:23:17:17:22 chr15 94841691 . G A 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.00442345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.956;QD=23.0874;RBI=0.00741801;REFB=-0.0119688;REVB=-0.00595482;RO=34;SAF=2;SAR=41;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305092;STB=0.672028;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00421789;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:41:2:5:29:41:2:5:29 chr15 94884108 . G C 618.74 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0117953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9618;QD=16.3904;RBI=0.0125844;REFB=-0.00516055;REVB=0.00438622;RO=84;SAF=30;SAR=37;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642323;STB=0.535796;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0100179;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:37:30:43:41:37:30:43:41 chr15 94945704 . A G 199.93 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0534364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.43;QD=11.5902;RBI=0.0547989;REFB=-0.0106493;REVB=-0.0121437;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812859;STB=0.560046;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0190793;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:44:24:25:0.362319:12:12:23:17:12:13:27:17 chr15 94945719 . G T 226.93 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00436922;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.644;QD=13.3486;RBI=0.0203422;REFB=-0.00915633;REVB=-0.0198674;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123037;STB=0.570125;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.017618;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:26:15:13:14:26:15 chr15 96289064 . T A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8276;QD=59.8549;RBI=0.0342186;REFB=0;REVB=0.0332081;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283588;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr15 98015489 . A G 740.68 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447985;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9556;QD=56.9756;RBI=0.0275968;REFB=0;REVB=0.0272308;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46133e-05;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr15 98301844 . GC G,GT 257.58 PASS AF=0.05,0.95;AO=8,11;DP=19;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385013,0.0394174;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.965,121.702;QD=51.5155;RBI=0.0446862,0.0776316;REFB=0,0;REVB=0.0226828,0.06688;RO=0;SAF=3,11;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00877611,0.00801176;OID=.,.;OPOS=98301845,98301845;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:8,11:19:1,19:20:0:0,14:1,5:0:0:6:0:3,11:5,0:0:0 chr15 98513845 . T C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00470816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.042;QD=17.423;RBI=0.00483827;REFB=-0.0148338;REVB=0.00111447;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103397;STB=0.557962;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0227827;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:18:16:18:13:18:16 chr15 98995081 . A G 1127.2 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356274;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.039;QD=60.93;RBI=0.0377543;REFB=0;REVB=0.012493;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390277;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr15 99023968 . T G 617.53 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.9;QD=58.8122;RBI=0.0334074;REFB=-0.106895;REVB=0.00404863;RO=2;SAF=26;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146324;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000659559;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:2:1:40:41:0.97619:14:26:1:1:14:27:0:1 chr15 99465473 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.073;QD=59.8657;RBI=0.0555573;REFB=0;REVB=0.0539499;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.069e-05;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr15 99503199 . GGT G 230.44 PASS AF=0.884615;AO=18;DP=22;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0326068;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=196.956;QD=35.4519;RBI=0.0595053;REFB=-0.0616234;REVB=0.0497762;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55168;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=0.0167906;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:18:22:23:26:3:10:13:0:3:11:0:10:8:0:0 chr15 99504437 . C T 648.59 PASS AF=0.468085;AO=65;DP=140;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.005476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.454;QD=18.3997;RBI=0.00547724;REFB=-0.010255;REVB=-0.000116571;RO=74;SAF=33;SAR=32;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851326;STB=0.546085;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00817767;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:74:75:65:66:0.468085:32:33:31:43:33:33:31:44 chr15 99504671 . C T 309.4 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00990455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8756;QD=18.7516;RBI=0.0630055;REFB=0.00301078;REVB=0.0622222;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150352;STB=0.576697;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000721851;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:13:20:14:18:13:20:15:18 chr15 99511793 . C G 402.43 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00566356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.082;QD=15.6283;RBI=0.00733303;REFB=-0.0148031;REVB=-0.00465805;RO=57;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702329;STB=0.509087;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0182577;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:58:45:45:0.436893:24:21:27:30:24:21:28:30 chr15 99511804 . A AC 172.96 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=87;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0148002;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.3825;QD=8.33522;RBI=0.0703987;REFB=-0.00857792;REVB=0.0688253;RO=55;SAF=19;SAR=11;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102333;STB=0.569986;STBP=0.361;TYPE=ins;VARB=0.0155615;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373494:30:87:31:83:52:20:11:28:24:99:55:19:11:30:25 chr15 99646107 . A AG 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.126;QD=47.8224;RBI=0.0567324;REFB=0;REVB=0.0455231;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000943833;OID=.;OPOS=99646108;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:16:16:0:10:6:0:0:4:1:10:6:1:0 chr15 99653800 . T C 270.56 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.021181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.049;QD=14.43;RBI=0.08474;REFB=-0.0171585;REVB=0.0820501;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131813;STB=0.507484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0175001;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:25:19:13:18:25:19 chr15 99670414 . C T 105.07 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00343818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.848;QD=14.0088;RBI=0.00953974;REFB=-0.00639075;REVB=0.00889862;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498174;STB=0.549927;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00985643;OID=.;OPOS=99670414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:11:13:0.433333:8:3:4:13:9:4:4:13 chr15 99670989 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00630631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.377;QD=24.3828;RBI=0.00681338;REFB=-0.0585638;REVB=0.00257926;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655371;STB=0.536396;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0449789;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:8:13:14:12:8:13 chr15 99671760 . T C 703.49 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0275111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.11;QD=22.6932;RBI=0.0555244;REFB=-0.0046153;REVB=-0.0482297;RO=56;SAF=24;SAR=44;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127112;STB=0.5697;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0051759;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:44:24:28:28:44:24:28:28 chr15 99672373 . A G 357.95 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0216552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.493;QD=12.7839;RBI=0.0217201;REFB=-0.014277;REVB=-0.00167777;RO=69;SAF=15;SAR=28;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159767;STB=0.509087;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0278788;OID=.;OPOS=99672373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:28:15:25:44:28:15:25:44 chr15 99672722 . A G 162.2 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.005694;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.615;QD=19.6604;RBI=0.0273053;REFB=-0.00414592;REVB=0.0267051;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120505;STB=0.60924;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00288996;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:16:17:0.515152:5:11:9:7:5:12:8:8 chr15 99677707 . G A 138.75 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0314297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.649;QD=26.4276;RBI=0.060534;REFB=-0.0486055;REVB=0.0517353;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424322;STB=0.509541;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0246743;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:21:7:6:14:15:0.714286:7:7:3:4:8:7:3:3 chr15 99715352 . A G 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.000316547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.094;QD=20.855;RBI=0.0189064;REFB=-0.00226994;REVB=-0.0189038;RO=39;SAF=11;SAR=31;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.659494;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00228599;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:31:11:22:17:31:11:22:17 chr15 99826004 . GAAAAAAA GAAAAAAT,GAAAAA 288.91 PASS AF=0.516129,0.258065;AO=12,12;DP=61;FAO=32,16;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=15,8;FSAR=17,8;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0430177,-0.126462;FXX=0.0312451;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.92847,11.4106;QD=18.6394;RBI=0.188027,0.130531;REFB=-0.121679,-0.0962837;REVB=0.18304,0.0323376;RO=11;SAF=7,8;SAR=5,4;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.467682,0.514915;STB=0.623197,0.69979;STBP=0.023,0.05;TYPE=snp,del;VARB=0.0736014,0.113243;OID=.,.;OPOS=99826011,99826005;OREF=A,AA;OALT=T,-;OMAPALT=GAAAAAAT,GAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.516129,0.258065:12,12:61:32,16:62:14:15,8:17,8:1:13:54:11:7,8:5,4:0:11 chr15 100230790 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0123507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.849;QD=11.1311;RBI=0.0318093;REFB=0.00246595;REVB=0.0293137;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00592635;OID=.;OPOS=100230790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:3:14:7:3:3:14 chr15 100246936 . T C 784.87 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.008;QD=57.0816;RBI=0.0330631;REFB=0;REVB=-0.00329431;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021274;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr15 100246942 . G A 786.54 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000615884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.133;QD=55.1956;RBI=0.0118133;REFB=0.0524826;REVB=-0.0117973;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000267139;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:24:31:0:0:24:32:1:0 chr15 100252805 . G T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0133167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.28;QD=20.8913;RBI=0.0162567;REFB=-0.0188345;REVB=0.00932441;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0068091;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:4:2:6:4:4:2 chr15 100256618 . A C 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0292514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.478;QD=28.8058;RBI=0.0537725;REFB=-0.0077784;REVB=-0.0451203;RO=17;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264473;STB=0.646149;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00749564;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:20:8:11:6:20:8:11:6 chr15 100257795 . CC CCCAGCTGTTG,TG 81.6 PASS AF=0.209302,0.0697674;AO=12,3;DP=44;FAO=9,3;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6,3;FSAR=3,0;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00288546,-0.0319022;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=9,2;MLLD=202.842,253.235;QD=7.59023;RBI=0.0408827,0.0430538;REFB=-0.00727854,-0.00586553;REVB=-0.0407808,-0.0289117;RO=28;SAF=9,3;SAR=3,0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190871,0.514972;STB=0.545351,0.995714;STBP=0.805,0.13;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0449161,0.0703977;OID=.,.;OPOS=100257797,100257795;OREF=-,CC;OALT=CAGCTGTTG,TG;OMAPALT=CCCAGCTGTTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:44:43:28:31:12,3:9,3:0.209302,0.0697674:3,0:9,3:17:11:3,0:6,3:19:12 chr15 100269680 . G C 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.000424458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.761;QD=16.1648;RBI=0.00135054;REFB=-0.0124425;REVB=0.0012821;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32337;STB=0.680815;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0184138;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:20:13:30:11:20:13:30:11 chr15 100269796 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.64;QD=59.4355;RBI=0.010681;REFB=0;REVB=0.00244997;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42394e-05;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr15 100513117 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00990015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.377;QD=17.5599;RBI=0.0103046;REFB=-0.00744007;REVB=0.00285865;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560012;STB=0.53188;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0125651;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:7:14:11:7:7:14 chr15 100514417 . CC TG 1121.05 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209876;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.638;QD=60.5972;RBI=0.00349213;REFB=0;REVB=-0.00279109;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000111147;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr15 100514614 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.575;QD=57.1059;RBI=0.0392877;REFB=0;REVB=0.0205507;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147322;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr15 100636586 . G A 226.02 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0379014;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2122;QD=12.9153;RBI=0.0411596;REFB=-0.0279285;REVB=0.0160497;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676718;STB=0.53876;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0439193;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:18:25:14:13:18:25 chr15 100672237 . T G 500.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.898;QD=57.1441;RBI=0.00321338;REFB=0;REVB=0.000363191;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337407;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:15:20:0:0 chr15 100794363 . C T 130.68 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0258812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8007;QD=13.7554;RBI=0.0706122;REFB=-0.0117636;REVB=0.0656982;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.519409;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0313196;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:12:10:7:8:13:10 chr15 100801698 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00465823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.796;QD=13.6198;RBI=0.0100955;REFB=-0.0102711;REVB=0.00895655;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425102;STB=0.524253;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.011564;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:22:16:12:14:22:16 chr15 100821467 . G A 2706.56 PASS AF=0.988827;AO=173;DP=175;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238132;FXX=0.0271724;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.382;QD=60.4818;RBI=0.026963;REFB=-0.216144;REVB=0.0126465;RO=2;SAF=85;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000188731;STB=0.500032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00212897;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:175:179:2:2:173:177:0.988827:88:85:1:1:88:89:1:1 chr15 100821576 . G A 1619.1 PASS AF=0.990991;AO=106;DP=107;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.247;QD=58.3459;RBI=0.0212915;REFB=-0.156619;REVB=0.0105783;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000401689;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:111:0:1:106:110:0.990991:56:50:0:0:57:53:0:1 chr15 100942962 . T C 416.88 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.502;QD=55.5835;RBI=0.182585;REFB=0;REVB=0.00614563;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800941;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:17:11:0:0:17:13:0:0 chr15 101041896 . T C 281.72 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000935732;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.74;QD=21.2621;RBI=0.0150439;REFB=-0.00666281;REVB=0.0150148;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233376;STB=0.629445;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00455484;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:8:16:11:18:8:16 chr15 101109818 . G A 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0131935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.127;QD=21.9988;RBI=0.0471714;REFB=-0.0211332;REVB=0.0452887;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771368;STB=0.542827;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0196631;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:10:13:19:10:10:13 chr15 101110096 . T C 400.19 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00878753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.623;QD=18.6133;RBI=0.0155343;REFB=-0.00957252;REVB=0.0128099;RO=45;SAF=14;SAR=27;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373448;STB=0.520836;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00309199;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:27:14:17:28:27:14:17:28 chr15 101113862 . C T 2512.43 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00403983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.791;QD=60.9073;RBI=0.0146491;REFB=-0.0771836;REVB=0.0140811;RO=1;SAF=57;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827487;STB=0.504347;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000733931;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:107:57:1:0:107:57:1:0 chr15 101324430 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0242252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.093;QD=21.5459;RBI=0.0262009;REFB=-0.0212495;REVB=-0.00998125;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195175;STB=0.612063;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0165469;OID=.;OPOS=101324430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:2:12:7:3:2:12:7:3 chr15 101324497 . A T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00921696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9267;QD=19.0005;RBI=0.011754;REFB=0.020282;REVB=-0.00729417;RO=17;SAF=16;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395735;STB=0.733578;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0165301;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:1:16:13:4:1:16:13:4 chr15 101562793 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.499;QD=51.1841;RBI=0.0403083;REFB=0;REVB=-0.0133886;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000780638;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr15 101591923 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.882;QD=60.3759;RBI=0.0161447;REFB=0;REVB=0.0151196;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84575e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr15 101595257 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00356408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.842;QD=18.5415;RBI=0.00413748;REFB=-0.0139686;REVB=0.00210144;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247591;STB=0.637895;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0144083;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:21:13:23:12:21:13:23:12 chr15 101606145 . C T 225.44 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0744783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.295;QD=17.0141;RBI=0.0753776;REFB=-0.0225518;REVB=-0.011609;RO=28;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133919;STB=0.526487;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0375646;OID=.;OPOS=101606145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:28:23:25:0.471698:18:5:9:19:18:7:9:19 chr15 101606261 . C T 87.01 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00745344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.477;QD=12.8901;RBI=0.0143812;REFB=-0.00398578;REVB=0.012299;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545373;STB=0.832592;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00327424;OID=.;OPOS=101606261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:16:16:11:11:0.407407:10:1:8:8:10:1:8:8 chr15 101606889 . GC AA 499.45 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.000965807;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=2;MLLD=307.553;QD=21.2534;RBI=0.0187934;REFB=-0.00982198;REVB=0.0187686;RO=44;SAF=18;SAR=30;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169953;STB=0.604795;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=0.0101678;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:44:46:48:48:0.510638:30:18:25:19:30:18:27:19 chr15 101607450 . T C 290.89 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00770384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.004;QD=21.9542;RBI=0.0103842;REFB=-0.0093572;REVB=-0.00696296;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912466;STB=0.505047;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00513909;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:11:12:16:14:11:12 chr15 101607513 . T C 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00248802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.561;QD=13.119;RBI=0.0245878;REFB=-0.00603913;REVB=-0.0244616;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665745;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00851451;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:18:20:13:12:18:20 chr15 101607535 . C G 304.36 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0766331;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0602;QD=23.871;RBI=0.0770451;REFB=-0.0152065;REVB=0.00795751;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713279;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00786201;OID=.;OPOS=101607535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:11:10:14:16:11:10 chr15 101717680 . G T 422.33 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00143495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.217;QD=20.8558;RBI=0.00546869;REFB=-0.0243149;REVB=-0.00527707;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506675;STB=0.528049;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0186526;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:17:25:21:18:17:25:21:18 chr15 101872186 . A G 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00779469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.921;QD=17.2323;RBI=0.0284567;REFB=-0.000131738;REVB=-0.0273684;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487503;STB=0.527158;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-1.72962e-05;OID=.;OPOS=101872186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:26:22:28:27:26:22:28:27 chr15 101910550 . G A 1290.6 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.734;QD=61.457;RBI=0.0431568;REFB=0;REVB=-0.00757163;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88276e-05;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:84:0:0:77:84:1:38:39:0:0:39:45:0:0 chr15 101924546 . C T 469.74 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0203314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.948;QD=23.1969;RBI=0.0399738;REFB=-0.0180792;REVB=0.0344171;RO=36;SAF=25;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228022;STB=0.512529;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0139847;OID=.;OPOS=101924546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:20:25:21:15:20:25:21:15 chr15 102192548 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.112;QD=52.6132;RBI=0.0461633;REFB=0;REVB=0.0187985;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591857;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr15 102223771 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00713233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.754;QD=13.0228;RBI=0.00752054;REFB=-0.000773276;REVB=-0.00238503;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135834;STB=0.569396;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00109018;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:14:14:16:27:14:14:17:27 chr15 102224341 . G A 411.69 PASS AF=0.45;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00991643;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.966;QD=16.4677;RBI=0.035479;REFB=-0.00712957;REVB=-0.034065;RO=55;SAF=30;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.581523;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00800038;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:55:55:45:45:0.45:15:30:29:26:15:30:29:26 chr16 103517 . A C 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.92;QD=60.1978;RBI=0.0141852;REFB=0;REVB=-0.0101325;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15546e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr16 108585 . T C 315.36 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0244243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.197;QD=22.5256;RBI=0.0290176;REFB=-0.0219053;REVB=-0.0156678;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173289;STB=0.557679;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0243581;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:22:30:31:0.553571:14:16:5:13:14:17:9:13 chr16 113883 . G GCC 481.62 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229276;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.8195;QD=46.9869;RBI=0.0868868;REFB=0;REVB=0.0838072;RO=3;SAF=25;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000506779;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:41:41:0:26:15:0:0:9:3:25:15:3:0 chr16 113886 . GC G 429.29 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205972;FXX=0.0476077;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.2966;QD=42.9292;RBI=0.0388237;REFB=0;REVB=-0.0329095;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00034062;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:40:40:0:26:14:0:0:8:1:25:13:1:0 chr16 138772 . A AG 1002.25 PASS AF=1;AO=83;DP=104;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.278985;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.5237;QD=40.0901;RBI=0.284887;REFB=0;REVB=-0.0576877;RO=20;SAF=38;SAR=45;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00317037;OID=.;OPOS=138773;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:104:100:100:0:54:46:0:0:20:20:38:45:19:1 chr16 336660 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.767;QD=56.1915;RBI=0.0307159;REFB=0;REVB=0.0251624;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13123e-05;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr16 396264 . A G 339.28 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00330681;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.312;QD=17.625;RBI=0.00595296;REFB=-0.0145829;REVB=-0.00495002;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13034;STB=0.572824;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0148393;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:16:25:17:19:16:25 chr16 419092 . A G 265.11 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00176874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.816;QD=17.9733;RBI=0.00530093;REFB=-0.00973447;REVB=0.00499714;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206189;STB=0.609419;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0126975;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:8:21:15:14:8:21:16:14 chr16 456416 . T G 755.76 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.677;QD=61.6947;RBI=0.0195458;REFB=0;REVB=0.0181902;RO=0;SAF=35;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00536775;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:41:49:1:6:35:0:0:12:37:0:0 chr16 570557 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00648874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.584;QD=11.4398;RBI=0.0271334;REFB=-0.00715512;REVB=-0.0263462;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00738888;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:6:8:4:5:6:8 chr16 601632 . T C 927.45 PASS AF=0.480198;AO=96;DP=201;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.0313065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6666;QD=18.3654;RBI=0.0474731;REFB=-0.0168381;REVB=-0.0356874;RO=104;SAF=46;SAR=50;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648928;STB=0.535215;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0188675;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:104:105:96:97:0.480198:50:46:57:47:50:47:58:47 chr16 602313 . C A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0311547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0944;QD=28.0163;RBI=0.0311549;REFB=-0.0215516;REVB=-0.000108631;RO=20;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918233;STB=0.55069;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.011567;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:10:20:11:9:10:20:11:9 chr16 615040 . G A 86.82 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0197428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.508;QD=24.8048;RBI=0.0226594;REFB=-0.0469643;REVB=-0.0111207;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0210646;OID=.;OPOS=615040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:3:1:4:6:3:1 chr16 622565 . A G 218.08 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.0499268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3339;QD=15.5768;RBI=0.0944576;REFB=-0.00265851;REVB=-0.0801844;RO=31;SAF=23;SAR=2;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138762;STB=0.57976;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00400254;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:2:23:27:4:2:23:27:4 chr16 624114 . A G 38.34 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.021156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5803;QD=10.2229;RBI=0.0479255;REFB=-0.0339873;REVB=-0.0430033;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0369243;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr16 624713 . C T 637.02 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-9.53334e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.229;QD=23.3769;RBI=0.00768551;REFB=-0.0104368;REVB=0.00768492;RO=47;SAF=13;SAR=49;SRF=8;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485526;STB=0.526453;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00748846;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:49:13:8:39:49:13:8:39 chr16 632073 . C T 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.013606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.235;QD=12.5643;RBI=0.0155025;REFB=-0.00780271;REVB=-0.00742994;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942366;STB=0.554016;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00618902;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:14:14:27:19:14:14:27:19 chr16 632115 . G A 248.33 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.019662;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.12;QD=11.2877;RBI=0.0240627;REFB=-0.0245565;REVB=-0.0138715;RO=48;SAF=12;SAR=18;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280911;STB=0.653235;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0372543;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:48:58:30:30:0.340909:18:12:32:16:18:12:37:21 chr16 632138 . C T 389.26 PASS AF=0.427083;AO=39;DP=94;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0097099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.826;QD=16.219;RBI=0.0112337;REFB=-0.024129;REVB=-0.00564928;RO=55;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178167;STB=0.610034;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0243554;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:55:55:39:41:0.427083:25:14:29:26:27:14:29:26 chr16 632180 . G C 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0097925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.705;QD=14.0942;RBI=0.00979333;REFB=-0.0115069;REVB=-0.000127151;RO=61;SAF=7;SAR=35;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383141;STB=0.720045;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132773;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:35:7:28:33:35:7:28:33 chr16 632198 . T A 304.18 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-2.70913e-05;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.436;QD=13.3706;RBI=0.00549182;REFB=-0.00376828;REVB=-0.00549175;RO=57;SAF=2;SAR=32;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634383;STB=0.876426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101103;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:57:57:34:34:0.373626:32:2:26:31:32:2:26:31 chr16 632225 . T C 278.88 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0268199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3266;QD=13.9438;RBI=0.0280787;REFB=-0.0251082;REVB=-0.00831289;RO=48;SAF=3;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521052;STB=0.805318;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0302265;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:29:3:21:27:29:3:21:27 chr16 632230 . CG C,CC 245.27 PASS AF=0.363636,0.025974;AO=27,4;DP=78;FAO=28,2;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=2,0;FSAR=26,2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0038233,-0.0250734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.292,230.15;QD=12.7415;RBI=0.00931208,0.0261928;REFB=-0.00822938,-0.00631917;REVB=0.00849101,0.00757545;RO=46;SAF=1,1;SAR=26,3;SRF=19;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.674094,-0.183279;STB=0.834553,0.993944;STBP=0,0.203;TYPE=del,snp;VARB=0.0121907,0.0131922;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.025974:27,4:78:28,2:77:47:2,0:26,2:19:28:99:46:1,1:26,3:19:27 chr16 632233 . T C 229.64 PASS AF=0.363636;AO=25;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0409655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8531;QD=11.9293;RBI=0.0409726;REFB=-0.0135053;REVB=-0.000764833;RO=50;SAF=1;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656463;STB=0.829481;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0123694;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:49:25:28:0.363636:24:1:20:30:26:2:19:30 chr16 633125 . T C 975.26 PASS AF=0.519126;AO=95;DP=183;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0111098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.732;QD=21.3172;RBI=0.0214604;REFB=-0.026235;REVB=0.0183609;RO=87;SAF=51;SAR=44;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084325;STB=0.548452;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0268536;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:87:88:95:95:0.519126:44:51:55:32:44:51:56:32 chr16 633353 . TG CA 622.84 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0249812;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.366;QD=14.7418;RBI=0.0256481;REFB=-0.0177104;REVB=-0.0058109;RO=95;SAF=26;SAR=44;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130551;STB=0.586134;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=0.0223785;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:95:99:70:70:0.414201:44:26:47:48:44:26:51:48 chr16 633674 . TGGGGGCG TGGGGCG,TGTGGGGC 69.62 PASS AF=0.148936,0.106383;AO=21,4;DP=108;FAO=14,10;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=3,0;FSAR=11,10;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0618147,0.0027368;FXX=0.0784237;HRUN=5,5;LEN=1,6;MLLD=12.1552,164.598;QD=2.96252;RBI=0.181522,0.0994941;REFB=-0.139712,-0.0195459;REVB=-0.170672,-0.0994564;RO=59;SAF=3,0;SAR=18,4;SRF=43;SRR=16;SSEN=0.357143,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.65774,-0.63209;STB=0.829762,0.999126;STBP=0.011,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.103537,0.261643;OID=.,.;OPOS=633675,633676;OREF=G,GGGGCG;OALT=-,TGGGGC;OMAPALT=TGGGGCG,TGTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148936,0.106383:21,4:108:14,10:94:70:3,0:11,10:45:25:25:59:3,0:18,4:43:16 chr16 633764 . G A 489.83 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=-0.0214337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.303;QD=19.5933;RBI=0.0220736;REFB=-0.00560651;REVB=-0.00527646;RO=52;SAF=11;SAR=37;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237087;STB=0.513152;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00965366;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:37:11:11:41:37:11:11:41 chr16 678843 . C T 675.59 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.035317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.764;QD=18.8976;RBI=0.0410046;REFB=-0.0357376;REVB=-0.0208347;RO=74;SAF=35;SAR=33;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265708;STB=0.511208;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0421335;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:75:68:68:0.475524:33:35:36:38:33:35:37:38 chr16 679814 . T C 3306.01 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2387;QD=62.0847;RBI=0.0391016;REFB=0;REVB=0.0381124;RO=1;SAF=69;SAR=142;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180002;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:213:1:0:211:213:1:142:69:1:0:142:71:0:0 chr16 679987 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0123489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.36;QD=13.5054;RBI=0.0234541;REFB=-0.0348295;REVB=0.0199398;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195748;STB=0.613324;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0221092;OID=.;OPOS=679987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:13:4:5:7:13:4 chr16 681280 . G T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0108552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.556;QD=13.5054;RBI=0.0217403;REFB=-0.0182632;REVB=-0.0188363;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235861;STB=0.633969;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0355322;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:16:1:2:10:16:1 chr16 701656 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00452906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.466;QD=16.4436;RBI=0.0139481;REFB=-0.0282889;REVB=-0.0131923;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418209;STB=0.510578;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0346473;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:9:17:13:7:9:18 chr16 705844 . T C 435.91 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0028274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2055;QD=26.8251;RBI=0.0425361;REFB=-0.012676;REVB=-0.042442;RO=24;SAF=15;SAR=26;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665289;STB=0.50363;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0077898;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:26:15:9:15:26:15:9:15 chr16 705920 . G C 293.44 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0231223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3056;QD=19.8945;RBI=0.036193;REFB=-0.0210899;REVB=0.027844;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681327;STB=0.537914;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0184908;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:13:15:19:12:13:15 chr16 706010 . C CA 87.15 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.026325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.5541;QD=15.1574;RBI=0.0520794;REFB=-0.0270231;REVB=0.0449361;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=ins;VARB=0.029021;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:12:25:12:23:11:5:7:6:5:76:13:5:7:7:6 chr16 708275 . C A 554.99 PASS AF=0.513514;AO=55;DP=109;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.123409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2463;QD=19.9996;RBI=0.126818;REFB=0.0235414;REVB=0.0292061;RO=54;SAF=29;SAR=26;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741838;STB=0.539759;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0197966;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:54:54:55:57:0.513514:26:29:24:30:27:30:24:30 chr16 709001 . C A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.038993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.786;QD=19.0179;RBI=0.0398781;REFB=-0.0162407;REVB=-0.00835502;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208427;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0150145;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:10:4:8:7:10:4 chr16 711712 . C T 552.57 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0584672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.941;QD=14.4463;RBI=0.0653266;REFB=-0.070774;REVB=0.0291403;RO=90;SAF=36;SAR=27;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109994;STB=0.561778;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0698729;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:90:90:63:63:0.411765:27:36:42:48:27:36:42:48 chr16 711905 . A G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0109614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.418;QD=18.4894;RBI=0.0525811;REFB=-0.00570399;REVB=-0.0514259;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511632;STB=0.529043;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00779469;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:12:14:13:9:12:14 chr16 712867 . A G 283.14 PASS AF=0.476923;AO=32;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00193425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.365;QD=17.4242;RBI=0.00368281;REFB=-0.0259817;REVB=-0.00313396;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709409;STB=0.525407;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0285277;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:32:31:0.476923:18:14:17:16:17:14:17:17 chr16 715990 . G A 379.76 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0283359;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5191;QD=17.8712;RBI=0.0311692;REFB=-0.0364288;REVB=0.0129845;RO=42;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511981;STB=0.511573;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0603838;OID=.;OPOS=715990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:85:42:46:39:39:0.458824:27:12:11:31:27:12:15:31 chr16 717523 . G T 446.75 PASS AF=0.626866;AO=40;DP=65;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0131559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.924;QD=26.6718;RBI=0.027292;REFB=-0.0231423;REVB=0.0239118;RO=25;SAF=20;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985405;STB=0.543613;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0141012;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:25:25:40:42:0.626866:20:20:9:16:22:20:9:16 chr16 718514 . C G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0327087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.915;QD=18.7771;RBI=0.0388103;REFB=-0.0274013;REVB=-0.0208897;RO=25;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207796;STB=0.629034;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.033325;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:19:7:12:13:19:7:13:13 chr16 720986 . G A 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0367643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.323;QD=30.8603;RBI=0.0489379;REFB=-0.0266321;REVB=0.0323002;RO=9;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432989;STB=0.523787;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0145549;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:6:15:7:2:6:15:7:2 chr16 722331 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0160947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.851;QD=11.6341;RBI=0.0162628;REFB=-0.019679;REVB=-0.00233241;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252639;STB=0.63969;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0175074;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:8:2:6:9:8:2:6:10 chr16 722548 . A G 95.65 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0286292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.272;QD=11.594;RBI=0.029898;REFB=-0.0104814;REVB=0.00861715;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262708;STB=0.654926;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0124221;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:14:7:7:5:14:7 chr16 735921 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0105179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1299;QD=13.4857;RBI=0.0336733;REFB=0.0348368;REVB=0.0319885;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0597988;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:7:4:4:5:7:4 chr16 740404 . C G 199.78 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0221373;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1559;QD=19.0266;RBI=0.0441289;REFB=-0.0362087;REVB=0.0381746;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302529;STB=0.671193;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0424741;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:15:7:13:7:15:7 chr16 746884 . A C 974.52 PASS AF=0.440678;AO=99;DP=233;FAO=104;FDP=236;FR=.;FRO=132;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=81;FSRR=51;FWDB=-0.0288225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.067;QD=16.5173;RBI=0.0664815;REFB=-0.0355766;REVB=0.0599088;RO=132;SAF=49;SAR=50;SRF=81;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121782;STB=0.573988;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0429595;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:236:132:132:99:104:0.440678:50:49:81:51:54:50:81:51 chr16 746914 . G A 984.54 PASS AF=0.428571;AO=105;DP=244;FAO=105;FDP=245;FR=.;FRO=140;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=65;FWDB=-0.0256211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.442;QD=16.0741;RBI=0.0258954;REFB=-0.0112358;REVB=-0.00375863;RO=139;SAF=41;SAR=64;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15409;STB=0.583953;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0123387;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:139:140:105:105:0.428571:64:41:75:64:64:41:75:65 chr16 772061 . C T 1739.3 PASS AF=0.945312;AO=119;DP=128;FAO=121;FDP=128;FR=.;FRO=7;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0138773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.872;QD=54.3532;RBI=0.0145548;REFB=0.0056237;REVB=0.00438888;RO=6;SAF=60;SAR=59;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030721;STB=0.50368;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-5.36742e-05;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:128:128:6:7:119:121:0.945312:59:60:1:5:61:60:3:4 chr16 772141 . G C 1680.72 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00395849;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.581;QD=59.4946;RBI=0.0189471;REFB=-0.0497672;REVB=0.0185289;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000504721;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:0:1:111:112:0.99115:56:55:0:0:57:55:0:1 chr16 773291 . GC G 74.99 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.234128;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.39289;QD=19.9974;RBI=0.235471;REFB=-0.0664135;REVB=-0.0251167;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0278453;OID=.;OPOS=773292;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:15:15:15:0:5:10:0:0:4:2:4:8:1:1 chr16 773341 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.196;QD=53.9112;RBI=0.0221928;REFB=0;REVB=0.0221132;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352992;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 774520 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0148;QD=43.4861;RBI=0.0940092;REFB=0;REVB=0.0473856;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457351;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr16 774692 . A G 1453.33 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8895;QD=63.1883;RBI=0.0285396;REFB=0;REVB=0.00701078;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233531;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr16 778024 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.336;QD=60.2024;RBI=0.0639946;REFB=0;REVB=-0.00304959;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162021;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:49:24:0:0:49:24:0:0 chr16 778820 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2308;QD=58.9627;RBI=0.00342992;REFB=0;REVB=0.00324381;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87881e-05;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr16 781633 . G A 585.98 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213612;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.671;QD=58.5981;RBI=0.0419727;REFB=-0.104072;REVB=0.0361304;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00153981;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:38:39:0.975:22:16:0:0:23:16:0:1 chr16 784765 . C T 199.63 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.178703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2623;QD=44.3622;RBI=0.179832;REFB=-0.160603;REVB=0.020121;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0245231;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr16 813650 . G A 1328.72 PASS AF=0.458194;AO=135;DP=297;FAO=137;FDP=299;FR=.;FRO=162;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=-0.0205837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.855;QD=17.7756;RBI=0.0224877;REFB=-0.00797184;REVB=0.00905594;RO=135;SAF=53;SAR=82;SRF=48;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357246;STB=0.523998;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00689539;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:299:135:162:135:137:0.458194:82:53:48:87:82:55:72:90 chr16 818559 . A G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0304426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.77;QD=16.9413;RBI=0.0335624;REFB=-0.0388022;REVB=-0.0141309;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196135;STB=0.511224;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0514939;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:16:8:6:13:16:8 chr16 818802 . G A 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0199204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.6;QD=12.0838;RBI=0.0325701;REFB=-0.0171963;REVB=-0.0257679;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140886;STB=0.583228;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0373964;OID=.;OPOS=818802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:15:15:10:6:15:15 chr16 820143 . T C 72.9 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0300336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.072;QD=20.8283;RBI=0.0300635;REFB=-0.0284531;REVB=-0.00133939;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0274586;OID=.;OPOS=820143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr16 820622 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0400342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5952;QD=25.4671;RBI=0.120747;REFB=0.0144972;REVB=0.113917;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00291132;OID=.;OPOS=820622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:1:2:5:4:1:2 chr16 820888 . T C 749.94 PASS AF=0.38756;AO=64;DP=211;FAO=81;FDP=209;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0128148;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.348;QD=14.3529;RBI=0.0198898;REFB=-0.0199767;REVB=-0.0152113;RO=122;SAF=55;SAR=9;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491966;STB=0.613354;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0325693;OID=.;OPOS=820888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:122:122:64:81:0.38756:9:55:61:61:26:55:61:61 chr16 820944 . T A 833.07 PASS AF=0.409692;AO=93;DP=227;FAO=93;FDP=227;FR=.;FRO=134;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=0.00176198;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.657;QD=14.6796;RBI=0.00283869;REFB=-0.0170538;REVB=0.00222567;RO=127;SAF=51;SAR=42;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126933;STB=0.563602;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0248024;OID=.;OPOS=820944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:127:134:93:93:0.409692:42:51:54:73:42:51:59:75 chr16 835298 . C T 267.25 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0245018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.895;QD=18.431;RBI=0.0383383;REFB=-0.0305457;REVB=0.029487;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215798;STB=0.620606;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0198855;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:11:18:11:18:11:18:11:18 chr16 839084 . A C 221.06 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0226103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.739;QD=32.749;RBI=0.0267152;REFB=-0.0169521;REVB=0.0142293;RO=7;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139813;STB=0.507685;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00743399;OID=.;OPOS=839084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:8:12:4:3:8:12:4:3 chr16 839262 . A G 3055.25 PASS AF=0.995;AO=190;DP=190;FAO=199;FDP=200;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.112764;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.794;QD=61.105;RBI=0.112766;REFB=-0.100937;REVB=0.000654669;RO=0;SAF=94;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68785e-08;STB=0.502415;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00122794;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:190:200:0:1:190:199:0.995:96:94:0:0:96:103:1:0 chr16 839996 . T C 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0695203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7097;QD=12.5782;RBI=0.0940192;REFB=0.0028502;REVB=-0.0632972;RO=29;SAF=2;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471989;STB=0.772809;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0105245;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:15:2:13:16:15:2:13:18 chr16 840014 . A C 129.48 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0193852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.393;QD=9.59111;RBI=0.021887;REFB=-0.00371049;REVB=-0.0101615;RO=37;SAF=2;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494085;STB=0.802397;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00806295;OID=.;OPOS=840014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:15:2:17:20:15:2:17:20 chr16 840378 . A G 233.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0110812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8841;QD=16.98;RBI=0.0111395;REFB=0.00163947;REVB=-0.00113877;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183615;STB=0.60325;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00144934;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:15:11:18:11:15:11:18:11 chr16 840409 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00432007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.856;QD=17.7532;RBI=0.0314737;REFB=-0.00296357;REVB=-0.0311758;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177543;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00426381;OID=.;OPOS=840409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:16:11:15:10:16:11 chr16 842450 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0351024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.098;QD=20.5425;RBI=0.0624158;REFB=-0.000998942;REVB=0.0516096;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946569;STB=0.55303;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00165111;OID=.;OPOS=842450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:18:7:9:15:18:7 chr16 847743 . C T 240.98 PASS AF=0.5;AO=16;DP=48;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0175906;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.651;QD=19.2784;RBI=0.018721;REFB=-0.0267508;REVB=-0.0064069;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1295;STB=0.650476;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0242831;OID=.;OPOS=847743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:25:16:25:0.5:9:7:13:10:18:7:14:11 chr16 855517 . GGCAGCT G 59.24 PASS AF=0.37037;AO=8;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00109342;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=320.895;QD=8.77648;RBI=0.00165455;REFB=-0.0106515;REVB=0.00124176;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135949;STB=0.592414;STBP=0.461;TYPE=del;VARB=0.0175418;OID=.;OPOS=855518;OREF=GCAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:8:26:10:27:17:5:5:6:11:59:16:4:4:6:10 chr16 855676 . A G 380.06 PASS AF=0.535211;AO=30;DP=73;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0267963;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.352;QD=21.412;RBI=0.0273757;REFB=-0.010668;REVB=-0.00560208;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736355;STB=0.560828;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0096003;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:30:33:30:38:0.535211:21:9:7:23:23:15:9:24 chr16 855717 . C G 320.82 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0328908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.89;QD=21.3877;RBI=0.033984;REFB=-0.00637093;REVB=0.00855027;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113351;STB=0.568487;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00713921;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:17:15:9:18:17:16:9:18 chr16 863336 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000784303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.195;QD=12.5695;RBI=0.00734759;REFB=-0.0124214;REVB=-0.00730561;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270961;STB=0.660551;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0147826;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:13:13:11:4:13:13 chr16 863498 . G C 694.59 PASS AF=0.558333;AO=66;DP=119;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00185922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.651;QD=23.1529;RBI=0.0019141;REFB=-0.00891915;REVB=-0.000455062;RO=52;SAF=32;SAR=34;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10502;STB=0.549054;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00669454;OID=.;OPOS=863498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:52:53:66:67:0.558333:34:32:32:20:34:33:32:21 chr16 904551 . G C 498.88 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0235839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.776;QD=24.3354;RBI=0.028944;REFB=-0.0232401;REVB=0.0167795;RO=35;SAF=28;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648846;STB=0.535585;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0186313;OID=.;OPOS=904551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:19:28:18:17:19:28:18:17 chr16 960992 . G A 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0103367;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.74;QD=10.6984;RBI=0.0110584;REFB=-0.00199912;REVB=0.00392961;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196019;STB=0.617486;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00361836;OID=.;OPOS=960992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:16:16:5:10:16:16 chr16 984113 . C A 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0519753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.432;QD=18.4839;RBI=0.0533282;REFB=-0.0425619;REVB=-0.0119358;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114238;STB=0.565146;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0416893;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:9:12:13:6:9:12 chr16 1034834 . T C 1227.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9058;QD=61.3711;RBI=0.031143;REFB=0;REVB=-0.0310819;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179743;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr16 1115495 . T C 266.21 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0586905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9846;QD=27.3038;RBI=0.0596248;REFB=-0.130432;REVB=-0.0105134;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047535;STB=0.522659;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0481843;OID=.;OPOS=1115495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:15:24:24:0.615385:11:13:8:5:11:13:9:6 chr16 1116169 . A G 181.89 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0185775;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.174;QD=11.3679;RBI=0.0253211;REFB=-0.0262157;REVB=0.0172057;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728415;STB=0.549752;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0393029;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:41:23:23:0.359375:13:10:21:21:13:10:21:20 chr16 1116213 . G A 159.75 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00996086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4524;QD=26.6255;RBI=0.0134182;REFB=-0.0240292;REVB=0.00899053;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074712;STB=0.541615;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0257841;OID=.;OPOS=1116213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:3:5:8:8:3:5 chr16 1116445 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.559;QD=51.1785;RBI=0.107705;REFB=0;REVB=0.0952671;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119971;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:11:6:0:0:12:8:0:0 chr16 1129504 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0301842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.619;QD=21.3529;RBI=0.0375667;REFB=-0.00749104;REVB=-0.0223645;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406607;STB=0.729391;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00936917;OID=.;OPOS=1129504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:1:8:4:9:1:8 chr16 1129872 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0489919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.265;QD=34.6654;RBI=0.110797;REFB=-0.0454457;REVB=0.0993773;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0129422;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:7:3:0:0:7:3:1:0 chr16 1129912 . A G 74.32 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.067;QD=37.1606;RBI=0.0614459;REFB=0;REVB=0.0589716;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173404;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:5:3:0:0 chr16 1131181 . C T 1989.64 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.235;QD=62.1762;RBI=0.0590763;REFB=0;REVB=-0.00704427;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50296e-05;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:55:73:0:0:55:73:0:0 chr16 1131393 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.952;QD=53.277;RBI=0.0593194;REFB=0;REVB=0.0495544;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103162;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 1252369 . C T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00966653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.798;QD=56.2125;RBI=0.0837847;REFB=0.0137748;REVB=0.0832252;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=8.81685e-05;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:0:1:28:33:0:1 chr16 1260481 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.924;QD=59.0178;RBI=0.0321838;REFB=0;REVB=-0.00718493;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129578;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr16 1261219 . A G 272.57 PASS AF=0.367816;AO=30;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.000492657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.941;QD=12.5318;RBI=0.0369289;REFB=-0.0147088;REVB=-0.0369256;RO=53;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109765;STB=0.551692;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0303697;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:55:30:32:0.367816:14:16:23:30:16:16:23:32 chr16 1261222 . A G 272.07 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0162696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7583;QD=12.5091;RBI=0.0217131;REFB=-0.014721;REVB=-0.0143792;RO=55;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901679;STB=0.551692;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0251434;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:16:16:23:32:16:16:23:32 chr16 1261282 . T C 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00619918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.074;QD=56.5627;RBI=0.00989445;REFB=0.0215589;REVB=-0.0077117;RO=2;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632021;STB=0.503344;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-9.95893e-06;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:43:27:1:1:43:27:1:1 chr16 1268494 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0132455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.934;QD=14.0467;RBI=0.0138428;REFB=-0.00396483;REVB=-0.00402222;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386588;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0153784;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:10:8:13:14:10:8:15:14 chr16 1268542 . G A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.04156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0257;QD=24.2027;RBI=0.0451937;REFB=-0.00255398;REVB=-0.017755;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00258307;OID=.;OPOS=1268542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:6:6:12:6:6:6 chr16 1269003 . A G 127.26 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.011061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.505;QD=12.1203;RBI=0.0286026;REFB=-0.022029;REVB=-0.0263773;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333644;STB=0.761192;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0479684;OID=.;OPOS=1269003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:42:42:25:26:8:9:0.214286:1:7:17:8:1:8:17:9 chr16 1269029 . T C 225.81 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0443572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.994;QD=20.5279;RBI=0.0449739;REFB=-0.0249379;REVB=-0.00742232;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413286;STB=0.523284;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0278513;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:12:10:9:13:12:10 chr16 1270055 . T C 875.87 PASS AF=0.454545;AO=94;DP=209;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.0247722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5845;QD=16.763;RBI=0.0383579;REFB=-0.0169103;REVB=-0.029286;RO=114;SAF=56;SAR=38;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172622;STB=0.597681;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.019809;OID=.;OPOS=1270055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:114:114:94:95:0.454545:38:56:48:66:38:57:48:66 chr16 1270162 . G A 631.17 PASS AF=0.692308;AO=54;DP=78;FAO=54;FDP=78;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0475985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4793;QD=32.3676;RBI=0.0706389;REFB=-0.0687326;REVB=0.0521943;RO=24;SAF=18;SAR=36;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0362882;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:24:54:54:0.692308:36:18:8:16:36:18:8:16 chr16 1270349 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.973;QD=48.7372;RBI=0.0410682;REFB=0;REVB=0.0205214;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008397;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 1270495 . GC CG,G 60.77 PASS AF=0,0.434783;AO=2,18;DP=47;FAO=0,20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=0,13;FSAR=0,7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0725506,-0.0875853;FXX=0.079984;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=45.3465,7.26401;QD=5.28449;RBI=0.0736219,0.0927414;REFB=-0.0347897,-0.183171;REVB=-0.0125135,0.0304921;RO=23;SAF=2,12;SAR=0,6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483597,0.149685;STB=0.5,0.544141;STBP=1,0.651;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.14633;OID=.,.;OPOS=1270495,1270496;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:47:46:23:26:2,18:0,20:0,0.434783:0,6:2,12:12:11:0,7:0,13:15:11 chr16 1271890 . G T 108.56 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00758046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4593;QD=13.5699;RBI=0.111462;REFB=-0.0260032;REVB=0.111204;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296918;STB=0.672643;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.035018;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:13:6:8:5:13:6 chr16 1272038 . G A 277.4 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184892;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6559;QD=52.8381;RBI=0.0242777;REFB=0;REVB=0.0157339;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110301;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr16 1272722 . C T 437.34 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0212651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.012;QD=18.8101;RBI=0.0376755;REFB=-0.00486358;REVB=0.0311004;RO=48;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103224;STB=0.562869;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00498316;OID=.;OPOS=1272722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:44:44:0.473118:19:25:22:26:19:25:22:27 chr16 1272865 . G A 1260.24 PASS AF=0.579487;AO=112;DP=197;FAO=113;FDP=195;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.00532348;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.739;QD=25.851;RBI=0.00533051;REFB=-0.00616086;REVB=0.000273605;RO=84;SAF=45;SAR=67;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153425;STB=0.579425;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00368857;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:84:82:112:113:0.579487:67:45:50:34:68:45:48:34 chr16 1273444 . G T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00464678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.955;QD=8.52511;RBI=0.0253809;REFB=-0.00915761;REVB=0.0249519;RO=39;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155832;STB=0.594472;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0184994;OID=.;OPOS=1273444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:11:5:17:22:11:5:17:22 chr16 1278744 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.13;QD=45.8067;RBI=0.0470046;REFB=0;REVB=0.0308203;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294441;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr16 1278767 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.256;QD=39.2068;RBI=0.037583;REFB=0;REVB=0.00772833;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504471;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 1279574 . C G 118.89 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.812;QD=33.9677;RBI=0.0316213;REFB=-0.103632;REVB=0.0225786;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471732;STB=0.526271;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0190035;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:1:1:8:4:1:1 chr16 1279584 . T C 240.42 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00711562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8335;QD=43.7125;RBI=0.00751636;REFB=-0.12902;REVB=0.00242148;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843034;STB=0.504583;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0254324;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:1:1:11:9:1:1 chr16 1279704 . A G 286.77 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0148337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3304;QD=31.0018;RBI=0.0154161;REFB=0.0121968;REVB=-0.00419752;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323709;STB=0.676341;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00290588;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:11:14:0:12:11:14:0:12 chr16 1279710 . G A 291.81 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0423333;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.137;QD=32.4228;RBI=0.0423442;REFB=0.0130648;REVB=0.000962508;RO=11;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288536;STB=0.657028;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00630654;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:36:11:11:24:25:0.694444:12:12:0:11:12:13:0:11 chr16 1279714 . A G 316.55 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0200198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.326;QD=38.3701;RBI=0.0201094;REFB=-0.0216266;REVB=0.00189558;RO=7;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208152;STB=0.612819;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00502854;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:12:14:0:7:12:14:0:7 chr16 1279717 . C T 316.58 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.046222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.544;QD=38.373;RBI=0.046923;REFB=-0.034159;REVB=0.00808039;RO=7;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208152;STB=0.612819;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00875031;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:12:14:0:7:12:14:0:7 chr16 1279732 . C A 238.95 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0412698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.96;QD=35.3998;RBI=0.0434835;REFB=-0.0275585;REVB=0.0136974;RO=6;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185074;STB=0.601326;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0368994;OID=.;OPOS=1279732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:8:13:1:5:8:13:1:5 chr16 1291160 . G T 35.36 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0271901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.621;QD=5.43943;RBI=0.0913817;REFB=-0.00510742;REVB=0.0872428;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193723;STB=0.615021;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0622863;OID=.;OPOS=1291160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:18:20:6:6:0.230769:3:3:12:6:3:3:13:7 chr16 1291175 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0179362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.89;QD=4.0177;RBI=0.0682936;REFB=-0.0105431;REVB=0.0658961;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199693;OID=.;OPOS=1291175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:14:14:3:3:14:14 chr16 1291178 . T C 33.86 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0289654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.322;QD=3.76169;RBI=0.0513479;REFB=-0.016823;REVB=-0.0423983;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659999;STB=0.527686;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.093843;OID=.;OPOS=1291178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:27:30:6:6:0.166667:3:3:12:15:3:3:14:16 chr16 1291182 . C T 33.9 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00557013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.111;QD=3.76617;RBI=0.0431916;REFB=-0.0250597;REVB=-0.042831;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204699;STB=0.527686;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0145206;OID=.;OPOS=1291182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:29:30:6:6:0.166667:3:3:14:15:3:3:14:16 chr16 1291188 . C T 376.75 PASS AF=0.833333;AO=26;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0394404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0869;QD=41.8615;RBI=0.0682508;REFB=-0.031187;REVB=0.0557013;RO=5;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412932;STB=0.505572;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00925108;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:5:6:26:30:0.833333:12:14:2:3:16:14:3:3 chr16 1291597 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.714;QD=58.1421;RBI=0.0462279;REFB=0;REVB=0.0422414;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198551;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 1306355 . T C 115.82 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.358;QD=42.1158;RBI=0.0802949;REFB=0;REVB=0.0506806;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245564;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr16 1306671 . G A 754.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.236;QD=56.9669;RBI=0.0332516;REFB=0;REVB=0.0222076;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020625;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr16 1306681 . G A 788.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036119;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.115;QD=57.3141;RBI=0.0425576;REFB=0;REVB=0.0225071;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110769;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr16 1306897 . A C 56.35 PASS AF=0.148649;AO=10;DP=76;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00586392;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.372;QD=3.0461;RBI=0.00739555;REFB=-0.00399272;REVB=-0.00450651;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184559;STB=0.531961;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0236219;OID=.;OPOS=1306897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:76:74:66:63:10:11:0.148649:5:5:32:34:5:6:32:31 chr16 1306918 . C T 66.18 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00187842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.159;QD=2.97436;RBI=0.0169157;REFB=-0.00212716;REVB=-0.0168111;RO=76;SAF=6;SAR=7;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161968;STB=0.610092;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0378589;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:7:6:45:31:7:6:45:31 chr16 1306921 . G A 67.29 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0134277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.039;QD=3.12999;RBI=0.0216225;REFB=-0.00345716;REVB=-0.0169478;RO=72;SAF=6;SAR=7;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151341;STB=0.60692;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0248792;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:86:72:73:13:13:0.151163:7:6:42:30:7:6:43:30 chr16 1306927 . C T 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00789809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.404;QD=2.57997;RBI=0.0203134;REFB=-0.00173669;REVB=0.0187151;RO=78;SAF=6;SAR=6;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111227;STB=0.577651;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00750118;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:78:78:12:12:0.133333:6:6:46:32:6:6:46:32 chr16 1306971 . A G 51.25 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.00684944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.557;QD=2.32968;RBI=0.0387432;REFB=-0.004154;REVB=-0.0381329;RO=77;SAF=4;SAR=7;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323632;STB=0.725655;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0446687;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:7:4:49:28:7:4:49:28 chr16 1306973 . A G 51.25 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0269014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.999;QD=2.32972;RBI=0.0603228;REFB=-0.0121224;REVB=-0.0539922;RO=77;SAF=4;SAR=7;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323632;STB=0.725655;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0848109;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:7:4:49:28:7:4:49:28 chr16 1306986 . C T 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00736076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1968;QD=2.25222;RBI=0.0244438;REFB=0.000491498;REVB=0.0233092;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267818;STB=0.689789;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00241102;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:6:4:45:27:6:4:45:27 chr16 1311332 . GA G,GG 1123.05 PASS AF=1,0;AO=19,54;DP=73;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0986167,-0.161747;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.032,184.707;QD=61.537;RBI=0.0995717,0.166246;REFB=0,0;REVB=-0.0137577,-0.038415;RO=0;SAF=1,37;SAR=18,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.08382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000322335,0;OID=.,.;OPOS=1311333,1311333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,54:73:73,0:73:0:38,0:35,0:0:0:6:0:1,37:18,17:0:0 chr16 1312546 . T A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.942;QD=59.143;RBI=0.0255528;REFB=0;REVB=0.0197799;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83783e-06;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr16 1312826 . A G 1770.76 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218785;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.019;QD=61.0608;RBI=0.0258241;REFB=0;REVB=0.0137192;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39092e-05;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr16 1370597 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.728;QD=64.1539;RBI=0.0407665;REFB=0;REVB=0.0284775;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134855;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr16 1370614 . C G 562.18 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.419;QD=59.1766;RBI=0.121668;REFB=0;REVB=0.121236;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683965;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr16 1370630 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1188;QD=56.6984;RBI=0.0712885;REFB=0;REVB=0.0304076;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390825;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr16 1374818 . A G 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.729;QD=60.9594;RBI=0.00958785;REFB=0;REVB=-0.00457707;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55835e-06;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr16 1374951 . C G 163.03 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00873775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.287;QD=11.0525;RBI=0.0319141;REFB=-0.0184897;REVB=0.0306947;RO=38;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44816;STB=0.729502;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0173966;OID=.;OPOS=1374951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:38:20:21:0.355932:4:16:16:22:5:16:16:22 chr16 1389153 . C A 1200.47 PASS AF=0.942529;AO=81;DP=86;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00867234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2283;QD=55.1941;RBI=0.067115;REFB=-0.230531;REVB=0.0665523;RO=5;SAF=38;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762961;STB=0.503665;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00980211;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:86:87:5:5:81:82:0.942529:43:38:2:3:44:38:2:3 chr16 1391871 . C G 461.77 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0191018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.447;QD=21.4775;RBI=0.0221759;REFB=-0.00611831;REVB=0.0112645;RO=39;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135378;STB=0.507243;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00585911;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:45:45:0.523256:27:18:15:24:27:18:17:24 chr16 1393020 . G A 181.99 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00727458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.335;QD=16.5444;RBI=0.0178694;REFB=-0.0132747;REVB=0.0163217;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733128;STB=0.553134;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0167869;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:6:12:15:10:6:13:15:10 chr16 1394507 . A C 1506.56 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.656;QD=59.0807;RBI=0.0376156;REFB=0;REVB=0.0300078;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12899e-05;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:96:102:1:49:47:0:0:54:48:0:0 chr16 1397815 . C T 94.1 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0124776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.196;QD=20.9114;RBI=0.0138497;REFB=-0.044381;REVB=-0.00601021;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00245441;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr16 1419947 . A G 415.12 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062599;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.514;QD=57.2579;RBI=0.00869336;REFB=0;REVB=-0.00603226;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79606e-06;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 1433766 . T C 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.924;QD=61.26;RBI=0.0429817;REFB=0;REVB=-0.0259704;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04629e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr16 1447278 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.005;QD=62.6708;RBI=0.0873226;REFB=0;REVB=0.0835289;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400901;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr16 1479250 . C T 732.09 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00396708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.484;QD=21.5321;RBI=0.011201;REFB=-0.00687974;REVB=0.010475;RO=65;SAF=25;SAR=46;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100729;STB=0.555418;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00544986;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:65:71:71:0.522059:46:25:30:35:46:25:30:35 chr16 1484392 . G C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.506;QD=59.1417;RBI=0.0551392;REFB=0;REVB=0.0549522;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187904;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr16 1484473 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.358;QD=59.8559;RBI=0.013601;REFB=0;REVB=-0.0132913;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87948e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr16 1503879 . T A 478.42 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0138676;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.404;QD=13.7674;RBI=0.0273146;REFB=-0.00529261;REVB=-0.0235325;RO=85;SAF=28;SAR=26;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114429;STB=0.564588;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00927928;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:85:85:54:54:0.388489:26:28:53:32:26:28:53:32 chr16 1536372 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0151874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.164;QD=19.3687;RBI=0.017324;REFB=-0.00672091;REVB=-0.0083346;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318367;STB=0.681477;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0101249;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:1:6:4:6:1:6 chr16 1536380 . G T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0203787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.811;QD=9.44486;RBI=0.0250036;REFB=0.00170703;REVB=0.0144874;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000852468;OID=.;OPOS=1536380;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:6:4:5:1:6:4 chr16 1536499 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00931539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.756;QD=11.6334;RBI=0.0374521;REFB=-0.0096729;REVB=0.0362751;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0127112;OID=.;OPOS=1536499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr16 1536535 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6899;QD=52.6118;RBI=0.0852287;REFB=0;REVB=-0.0122544;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249966;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr16 1537455 . T C 194.39 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570481;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.162;QD=48.5963;RBI=0.0643086;REFB=0;REVB=0.0296835;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034012;OID=.;OPOS=1537455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:13:16:1:6:7:0:0:6:10:0:0 chr16 1537458 . G T 46.79 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0397418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.718;QD=10.3976;RBI=0.0488768;REFB=-0.0189204;REVB=0.0284522;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0345831;OID=.;OPOS=1537458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:8:3:4:3:8:3 chr16 1537601 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0424275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.106;QD=6.92899;RBI=0.0554209;REFB=-0.0197451;REVB=-0.0356565;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0431159;OID=.;OPOS=1537601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chr16 1537839 . G A 1643.12 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.476;QD=59.2114;RBI=0.0561247;REFB=0.0396342;REVB=0.0396502;RO=1;SAF=59;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797874;STB=0.504201;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-1.66899e-05;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:51:59:1:0:51:59:1:0 chr16 1538363 . C A 1731.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.971;QD=60.7476;RBI=0.0436972;REFB=0;REVB=0.0303237;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89534e-05;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:49:65:0:0:49:65:0:0 chr16 1538433 . A G 1207.59 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0234821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2614;QD=57.5042;RBI=0.084121;REFB=-0.185797;REVB=0.080777;RO=3;SAF=48;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180726;STB=0.509552;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00753447;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:33:48:1:2:33:48:1:2 chr16 1538464 . C T 905.97 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0020758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.217;QD=56.6233;RBI=0.0154075;REFB=0.128531;REVB=0.015267;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000264522;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:1:0:31:32:1:0 chr16 1544301 . GA CG 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139549;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.955;QD=57.1775;RBI=0.014972;REFB=0;REVB=0.00542431;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.24349e-05;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr16 1559838 . T C 1048.92 PASS AF=0.642857;AO=89;DP=139;FAO=90;FDP=140;FR=.;FRO=50;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0091263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.199;QD=29.9692;RBI=0.0150398;REFB=-0.0222782;REVB=0.0119544;RO=50;SAF=48;SAR=41;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000451816;STB=0.502392;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0122622;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:50:50:89:90:0.642857:41:48:27:23:42:48:27:23 chr16 1574863 . G A 534.06 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0321342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.242;QD=28.8681;RBI=0.0331822;REFB=-0.0245684;REVB=-0.00827362;RO=26;SAF=30;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841314;STB=0.545755;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0137534;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:18:30:13:13:18:30:13:13 chr16 1591962 . G A 671.96 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00892837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.668;QD=26.8784;RBI=0.0111722;REFB=-0.0222501;REVB=0.00671581;RO=41;SAF=37;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523364;STB=0.528562;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0182467;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:22:37:23:18:22:37:23:18 chr16 1608082 . A G 449.2 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0136668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.081;QD=21.3905;RBI=0.0147535;REFB=-0.00318023;REVB=-0.00555724;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00717986;STB=0.508797;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00260669;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:40:43:44:0.52381:24:19:18:22:25:19:18:22 chr16 1614097 . A G 593.94 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0242894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.09;QD=19.3151;RBI=0.0261436;REFB=-0.00795907;REVB=-0.00967025;RO=62;SAF=37;SAR=24;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185798;STB=0.602636;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0116409;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:24:37:25:37:24:37:25:37 chr16 1814440 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.388;QD=54.5169;RBI=0.0415014;REFB=0;REVB=0.0359071;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033825;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 1818503 . G C 409.85 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00416419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.59;QD=51.2315;RBI=0.065879;REFB=-0.0790898;REVB=0.0657473;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506489;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00286546;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:0:2:30:30:0.9375:12:18:0:0:12:18:1:1 chr16 1820992 . T A 444.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.664;QD=57.4072;RBI=0.0213877;REFB=0;REVB=0.0207448;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99843e-05;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr16 1877494 . T C 341.13 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.962;QD=54.5811;RBI=0.078768;REFB=0;REVB=0.0615053;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829542;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr16 1877558 . G A 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4099;QD=57.6636;RBI=0.0488485;REFB=0;REVB=0.0474608;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884705;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 1878031 . GC AT 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516718;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.381;QD=57.3858;RBI=0.0209478;REFB=0;REVB=0.0203006;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.35218e-05;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr16 1878067 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.603;QD=55.0987;RBI=0.0278711;REFB=0;REVB=0.0228108;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296191;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr16 1878492 . G A 969.15 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00909363;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.372;QD=56.1828;RBI=0.0128329;REFB=-0.145704;REVB=0.00905478;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178273;STB=0.518513;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000442172;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:69:1:2:67:67:0.971014:41:26:1:0:41:26:2:0 chr16 1878521 . C G 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0489831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.792;QD=60.8523;RBI=0.0631505;REFB=-0.162737;REVB=0.0398579;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.515145;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00215284;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:30:16:0:0:30:16:1:0 chr16 1878597 . T C 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4066;QD=60.5964;RBI=0.0605029;REFB=0;REVB=0.0441251;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19609e-05;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr16 1878641 . A C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.84;QD=55.6499;RBI=0.0958412;REFB=0;REVB=0.0945982;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188955;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 1894912 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5746;QD=53.2768;RBI=0.0886898;REFB=0;REVB=-0.00765415;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00318503;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr16 1894961 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.341;QD=53.277;RBI=0.0169799;REFB=0;REVB=-2.70306e-06;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104744;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr16 1961674 . G C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.826;QD=57.8816;RBI=0.0347626;REFB=0;REVB=0.032189;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103346;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr16 1962046 . CG TA 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000558046;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.318;QD=55.6561;RBI=0.063733;REFB=0;REVB=0.0637306;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000808021;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 1962132 . G A 180.84 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0267542;FXX=0.0526039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=84.5557;QD=40.1868;RBI=0.0361606;REFB=0.0883294;REVB=0.0243269;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.571338;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00125613;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:6:10:0:1:6:10:0:2 chr16 1990994 . T C 267.17 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0112808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.31;QD=18.4258;RBI=0.012001;REFB=-0.00270058;REVB=0.00409479;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935263;STB=0.55231;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00200581;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:15:14:17:12:15:14 chr16 1997206 . C T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0108868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.33;QD=18.1752;RBI=0.0127398;REFB=-0.0094602;REVB=-0.00661675;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156537;STB=0.587343;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00930602;OID=.;OPOS=1997206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:14:17:12:20:14:17:12:20 chr16 2002997 . C T 305.72 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0918232;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.397;QD=17.4699;RBI=0.0925654;REFB=0.0117463;REVB=-0.0116988;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425288;STB=0.531231;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0130493;OID=.;OPOS=2002997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:37:33:33:0.471429:18:15:18:18:18:15:19:18 chr16 2009697 . C T 1015.92 PASS AF=0.469298;AO=104;DP=225;FAO=107;FDP=228;FR=.;FRO=121;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.0307444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6354;QD=17.8232;RBI=0.0870713;REFB=0.00234641;REVB=0.0814629;RO=119;SAF=49;SAR=55;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758901;STB=0.511411;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00121509;OID=.;OPOS=2009697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:119:121:104:107:0.469298:55:49:57:62:58:49:58:63 chr16 2014283 . A G 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.779;QD=46.9558;RBI=0.0681074;REFB=0.0172568;REVB=0.0638039;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529382;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000279849;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:20:20:0.952381:8:12:0:0:8:12:0:1 chr16 2024131 . T C 56.37 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00523768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7869;QD=13.2627;RBI=0.0451061;REFB=-0.0356615;REVB=-0.044801;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347138;STB=0.660682;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0303155;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:9:9:5:8:0.470588:2:3:8:1:3:5:8:1 chr16 2028402 . A C 658.23 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.000505122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5949;QD=26.8666;RBI=0.00154337;REFB=-0.0384818;REVB=0.00145837;RO=39;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727408;STB=0.533887;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0258212;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:40:58:58:0.591837:28:30:24:15:28:30:24:16 chr16 2035868 . C T 331.41 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0243605;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.927;QD=15.0643;RBI=0.0243876;REFB=-0.0166384;REVB=0.00114798;RO=51;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958625;STB=0.536177;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0251346;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:51:35:37:0.420455:19:16:28:23:19:18:28:23 chr16 2048826 . C G 154.98 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0202288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.145;QD=22.9593;RBI=0.0385905;REFB=-0.0238994;REVB=0.0328637;RO=11;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365336;STB=0.709828;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00867372;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:14:2:5:6:14:2:5:6 chr16 2049640 . A G 379.37 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0016095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2203;QD=19.2085;RBI=0.0542682;REFB=-0.010551;REVB=-0.0542443;RO=40;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177976;STB=0.599149;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0117148;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:25:14:22:18:25:14:22:18 chr16 2070164 . C T 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0459592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5683;QD=32.7569;RBI=0.0819078;REFB=-0.0259538;REVB=-0.0677986;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102149;STB=0.505612;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0122982;OID=.;OPOS=2070164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:11:9:3:4:11:9:3:4 chr16 2070568 . A C 379.38 PASS AF=0.355556;AO=42;DP=129;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0084663;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4202;QD=11.241;RBI=0.0136685;REFB=-0.0427835;REVB=-0.0107308;RO=83;SAF=4;SAR=38;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551882;STB=0.704989;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0685095;OID=.;OPOS=2070568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:83:87:42:48:0.355556:38:4:38:45:39:9:39:48 chr16 2087562 . G A 224.96 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0326235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.044;QD=15.2518;RBI=0.0329692;REFB=-0.00201111;REVB=-0.00476222;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992697;STB=0.512456;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00210222;OID=.;OPOS=2087562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:16:10:12:20:16:10:12:21 chr16 2160494 . C T 259.78 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00817023;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.001;QD=23.6159;RBI=0.0108424;REFB=-0.00188162;REVB=-0.0071278;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113741;STB=0.535684;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00168708;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:20:24:24:0.545455:15:9:7:11:15:9:9:11 chr16 2257105 . C G 526.77 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0162196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.669;QD=20.2602;RBI=0.0249792;REFB=-0.0230244;REVB=-0.018997;RO=49;SAF=24;SAR=30;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049913;STB=0.521731;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0182938;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:50:54:54:0.519231:30:24:19:30:30:24:20:30 chr16 2260567 . C T 1542.02 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274794;FXX=0.045041;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.805;QD=58.1895;RBI=0.0483954;REFB=-0.110111;REVB=0.0398372;RO=1;SAF=39;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120095;STB=0.506172;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000681335;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:102:105:0.990566:63:39:1:0:65:40:1:0 chr16 2260612 . T C 1135.75 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.442;QD=60.5736;RBI=0.034917;REFB=0;REVB=0.0323943;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53914e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:41:32:0:0:42:33:0:0 chr16 2263516 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7654;QD=40.7629;RBI=0.08489;REFB=0;REVB=0.00512192;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564704;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 2282256 . G A 500.53 PASS AF=1;AO=20;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8578;QD=57.204;RBI=0.218137;REFB=0;REVB=0.215229;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196535;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:20:35:1:12:8:0:0:18:17:0:0 chr16 2285357 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.676;QD=63.583;RBI=0.00495819;REFB=0;REVB=0.00474492;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71761e-06;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr16 2331430 . A G 573.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.602;QD=60.4117;RBI=0.0099205;REFB=0;REVB=0.00638821;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73934e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:23:15:0:0 chr16 2367336 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0214041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.029;QD=18.4437;RBI=0.0234938;REFB=-0.0283487;REVB=-0.00968625;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0299842;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr16 2652890 . CTG C 268.96 PASS AF=0.34;AO=33;DP=105;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0102887;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.761;QD=10.7583;RBI=0.0110627;REFB=-0.00509999;REVB=-0.00406536;RO=67;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428838;STB=0.529982;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=0.0101585;OID=.;OPOS=2652891;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:33:105:34:100:66:17:17:30:36:99:67:16:17:30:37 chr16 2812890 . A G 487.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110027;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.045;QD=59.0452;RBI=0.0121435;REFB=0;REVB=0.00513857;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65363e-05;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr16 2812939 . C A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2157;QD=53.2742;RBI=0.0981322;REFB=0;REVB=0.0389103;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385692;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr16 2814162 . G A 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00448287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.341;QD=47.8797;RBI=0.0288071;REFB=0.0597935;REVB=-0.0284562;RO=2;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183661;STB=0.599911;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000896699;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:4:21:0:2:4:21:0:2 chr16 2815237 . A C 673.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171235;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.092;QD=62.6914;RBI=0.0604331;REFB=0;REVB=0.0579564;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385488;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 2818161 . T C 1304.9 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262084;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0712;QD=62.1383;RBI=0.0299168;REFB=0;REVB=-0.0144268;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254064;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr16 2818704 . T G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.783;QD=60.3767;RBI=0.0407666;REFB=0;REVB=0.0404698;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147956;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr16 2819886 . A C 44.98 PASS AF=0.21875;AO=9;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0184;QD=5.62301;RBI=0.0402418;REFB=-0.111407;REVB=-0.0402418;RO=21;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.25655;OID=.;OPOS=2819886;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:32:21:25:9:7:0.21875:9:0:0:21:7:0:0:25 chr16 2821573 . C T 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00602257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.196;QD=19.2742;RBI=0.0375594;REFB=-0.0164667;REVB=-0.0370734;RO=26;SAF=20;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317886;STB=0.683571;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0179494;OID=.;OPOS=2821573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:3:20:17:9:3:20:17:9 chr16 2821988 . TC T 482.16 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3165;QD=45.9197;RBI=0.052027;REFB=0;REVB=-0.0401166;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.228917;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0024173;OID=.;OPOS=2821989;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:42:42:0:23:19:0:0:9:0:20:14:0:0 chr16 2867450 . G C 130.63 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9483;QD=43.5427;RBI=0.149116;REFB=0;REVB=0.1198;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00745415;OID=.;OPOS=2867450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:6:3:0:0:9:3:0:0 chr16 2868694 . G C 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00830053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4115;QD=17.6718;RBI=0.117288;REFB=-0.0171043;REVB=-0.116994;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307651;STB=0.51723;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0141814;OID=.;OPOS=2868694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:16:16:14:16:16:16 chr16 2871555 . G A 354.3 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00310251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194;QD=27.7884;RBI=0.0082065;REFB=-0.000649076;REVB=0.00759744;RO=18;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241419;STB=0.631503;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000594069;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:18:15:15:3:18:15:15:3 chr16 2891212 . G A 236.02 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0484427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8088;QD=15.7343;RBI=0.0542735;REFB=-0.0314542;REVB=0.0244728;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135458;STB=0.555514;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0378147;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:33:26:27:0.45:15:11:19:15:15:12:18:15 chr16 2902974 . CAGAGGT C 43.69 PASS AF=0.259259;AO=5;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0103368;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=301.103;QD=6.47259;RBI=0.0105453;REFB=-0.0158275;REVB=0.00208659;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192305;STB=0.749167;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0356034;OID=.;OPOS=2902975;OREF=AGAGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:5:27:7:27:20:1:6:8:12:43:15:1:4:5:10 chr16 3017582 . G T 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0405448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.385;QD=38.2053;RBI=0.0612106;REFB=-0.0477674;REVB=0.0458569;RO=2;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221381;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00169416;OID=.;OPOS=3017582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:6:9:1:1:6:9:1:1 chr16 3017852 . G A 493.75 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.00986045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.308;QD=20.361;RBI=0.0174919;REFB=-0.0063551;REVB=-0.0144478;RO=49;SAF=29;SAR=19;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12862;STB=0.570938;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00505762;OID=.;OPOS=3017852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:19:29:36:13:19:29:36:13 chr16 3065596 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0203834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.468;QD=16.2714;RBI=0.0214154;REFB=-0.00723687;REVB=-0.0065679;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287626;STB=0.610954;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00915871;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:14:15:0.454545:11:3:8:9:11:4:8:10 chr16 3065924 . G A 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0231753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.391;QD=17.4971;RBI=0.0262361;REFB=-0.002;REVB=-0.012298;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135692;STB=0.57572;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00491187;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:20:19:16:30:20:19:16:30 chr16 3119167 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.017337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6989;QD=9.83021;RBI=0.0174058;REFB=0.00178577;REVB=-0.00154646;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131094;STB=0.578819;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0048695;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:10:16:6:6:10:16 chr16 3119304 . A G 148.19 PASS AF=0.377778;AO=15;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0111915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.834;QD=13.172;RBI=0.0111986;REFB=-0.00535582;REVB=0.000399292;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175881;STB=0.571347;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0133907;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:15:17:0.377778:8:7:8:18:9:8:10:18 chr16 3132197 . A G 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00840786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9799;QD=16.8095;RBI=0.0123315;REFB=-0.0153329;REVB=-0.00902072;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121728;STB=0.568382;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0198302;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:21:14:22:20:21:14:22:20 chr16 3140616 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00394701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.738;QD=11.2566;RBI=0.0053458;REFB=0.00469557;REVB=-0.00360536;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00854617;OID=.;OPOS=3140616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:6:6:6:2:6:6 chr16 3202980 . G T 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00482664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.405;QD=17.3896;RBI=0.00648924;REFB=0.00744137;REVB=-0.00433748;RO=40;SAF=10;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22193;STB=0.624925;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0103816;OID=.;OPOS=3202980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:25:10:20:20:25:10:20:20 chr16 3207446 . G A 1120.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246527;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.219;QD=60.5566;RBI=0.0253826;REFB=0;REVB=0.00604361;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39897e-05;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr16 3208911 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0053966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.287;QD=12.8675;RBI=0.0307612;REFB=-0.0117821;REVB=-0.0302842;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0223854;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr16 3208914 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0194762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.74;QD=12.8689;RBI=0.0439041;REFB=-0.0155847;REVB=-0.0393478;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121912;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0153863;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:6:5:5:10:6:5:5:11 chr16 3230588 . G A 61.68 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00638085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.227;QD=9.48941;RBI=0.0152223;REFB=-0.0139215;REVB=-0.0138204;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.631281;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.024804;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:25:26:17:17:8:9:0.346154:5:3:9:8:6:3:9:8 chr16 3234217 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0152928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.316;QD=6.25134;RBI=0.0329208;REFB=-0.0107453;REVB=0.0291532;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161893;STB=0.605698;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0255415;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:8:9:4:2:8:9 chr16 3241975 . G T 318.48 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00948349;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.214;QD=23.1619;RBI=0.0347132;REFB=-0.0171619;REVB=-0.0333927;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259067;STB=0.514277;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0130913;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:15:17:13:10:15:17:13:10 chr16 3243904 . G A 295.69 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0118678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.124;QD=15.3603;RBI=0.0373219;REFB=-0.0196722;REVB=-0.0353848;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461028;STB=0.526051;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0235487;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:22:22:15:18:22:22 chr16 3243922 . C A 338.67 PASS AF=0.435294;AO=25;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0258978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9649;QD=15.9376;RBI=0.0330113;REFB=-0.0274815;REVB=-0.0204706;RO=46;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186144;STB=0.522947;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0349434;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:48:25:37:0.435294:17:8:22:24:17:20:24:24 chr16 3243942 . T C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0228618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.04;QD=17.7373;RBI=0.0230369;REFB=0.00392913;REVB=0.00283508;RO=48;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227657;STB=0.502074;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00483523;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:20:22:24:24:20:22:26:24 chr16 3243951 . C T 385.78 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0663023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1637;QD=16.7732;RBI=0.0682612;REFB=-0.00376371;REVB=0.0162357;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683356;STB=0.523041;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00762736;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:51:39:41:0.445652:21:18:27:24:21:20:27:24 chr16 3254470 . T C 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00511969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9949;QD=10.6972;RBI=0.0550102;REFB=-0.0218472;REVB=-0.0547715;RO=32;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404827;STB=0.741254;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.042492;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:4:11:12:20:4:11:12:20 chr16 3254972 . T C 323.08 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=-0.00610093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.118;QD=17.004;RBI=0.032346;REFB=-0.0235859;REVB=-0.0317654;RO=41;SAF=13;SAR=22;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222633;STB=0.623225;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0153575;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:22:13:7:34:22:13:7:34 chr16 3266071 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.036701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4294;QD=18.9663;RBI=0.0499823;REFB=-0.0362804;REVB=-0.0339303;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364213;STB=0.520642;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0425517;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:10:15:14:8:10:15 chr16 3293888 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00235112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.9;QD=10.8848;RBI=0.0257005;REFB=-0.0104494;REVB=0.0255927;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0255;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:8:7:6:3:8:7 chr16 3293921 . AAT ATT,TTC 130.19 PASS AF=0.333333,0;AO=11,2;DP=48;FAO=16,0;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5,0;FSAR=11,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0545007,0.0278833;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=34.4295,49.1565;QD=10.849;RBI=0.0711815,0.0418371;REFB=0.00454699,0.000277917;REVB=0.0457874,0.0311908;RO=25;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423874,-0.490704;STB=0.650345,0.5;STBP=0.161,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000983384,0;OID=.,.;OPOS=3293922,3293921;OREF=A,AAT;OALT=T,TTC;OMAPALT=ATT,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:32:11,2:16,0:0.333333,0:9,2:2,0:13:12:11,0:5,0:17:15 chr16 3297073 . A G 283.76 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0186405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.162;QD=23.1636;RBI=0.0222956;REFB=-0.0216767;REVB=0.0122322;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173191;STB=0.596084;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0202215;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:14:12:6:17:14:12:6:17 chr16 3297175 . T C 442.72 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0200107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8156;QD=22.7034;RBI=0.0291878;REFB=-0.0114284;REVB=-0.0212485;RO=35;SAF=16;SAR=27;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188015;STB=0.603577;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00859989;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:27:16:21:14:27:16:21:14 chr16 3297181 . C T 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00619041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6549;QD=22.1929;RBI=0.00712435;REFB=0.0166972;REVB=-0.00352636;RO=34;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208646;STB=0.615224;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.01842;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:27:14:20:14:27:14:20:14 chr16 3299749 . G A 227.07 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0129457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.979;QD=15.6598;RBI=0.0176817;REFB=-0.0137965;REVB=0.0120437;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304601;STB=0.517228;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0118916;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:17:15:13:13:17:15 chr16 3304158 . C T 237.88 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0245292;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.311;QD=25.7172;RBI=0.0563652;REFB=0.0203943;REVB=0.0507479;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048372;STB=0.544001;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0104546;OID=.;OPOS=3304158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:15:22:22:0.594595:8:14:8:6:8:14:8:7 chr16 3406386 . GCC GC,GGC,GTG 533.57 PASS AF=0.0277778,0.972222,0;AO=6,27,2;DP=37;FAO=1,35,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768808,0.00502754,-0.00516609;FXX=0.0270197;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=22.2215,44.43,88.9758;QD=59.2859;RBI=0.592244,0.0571745,0.27336;REFB=0,0,0;REVB=-0.587233,-0.056953,-0.273311;RO=0;SAF=0,24,0;SAR=6,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.6,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0675042,-8.51518e-06,0;OID=.,.,.;OPOS=3406387,3406387,3406387;OREF=C,C,CC;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GC,GGC,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222,0:6,27,2:37:1,35,0:36:0:1,24,0:0,11,0:0:0:4:0:0,24,0:6,3,2:0:0 chr16 3419934 . G T 410.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.92;QD=56.5618;RBI=0.0387624;REFB=0;REVB=0.0273348;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154683;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:7:21:0:0:7:22:0:0 chr16 3533577 . C G 997.42 PASS AF=1;AO=46;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9956;QD=59.5472;RBI=0.238379;REFB=0;REVB=0.1999;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398324;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:46:67:1:21:25:0:0:36:31:0:0 chr16 3534892 . G A 542.23 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844202;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.139;QD=60.2478;RBI=0.0873199;REFB=0;REVB=0.0223156;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224869;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr16 3535116 . T C 2162.71 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.70644e-05;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2342;QD=62.6873;RBI=0.02862;REFB=0;REVB=-0.0286199;RO=0;SAF=94;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64216e-05;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:136:138:1:42:94:0:0:43:95:0:0 chr16 3535540 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.16;QD=60.9784;RBI=0.0554136;REFB=0;REVB=0.0462819;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227938;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr16 3536872 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.31;QD=58.1414;RBI=0.0633993;REFB=0;REVB=0.0324587;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356871;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chr16 3586230 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0281097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.649;QD=15.1663;RBI=0.0291935;REFB=-0.0117682;REVB=-0.00788065;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328658;STB=0.693618;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0200794;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:8:15:9:20:8:15:9:21 chr16 3602227 . AG A 567.97 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.179198;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.4894;QD=46.365;RBI=0.225035;REFB=0;REVB=-0.136121;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00899402;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:49:49:49:0:18:31:0:0:10:0:18:28:0:0 chr16 3613150 . A G 186.24 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.402;QD=46.5601;RBI=0.0174146;REFB=0;REVB=0.0109115;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582437;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:5:11:0:0 chr16 3613892 . GGC G 41.02 PASS AF=0.171429;AO=14;DP=110;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=61;FWDB=-0.0334481;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.6705;QD=1.5628;RBI=0.0940437;REFB=-0.0358733;REVB=-0.0878945;RO=90;SAF=9;SAR=5;SRF=29;SRR=61;SSEN=0.472222;SSEP=0;SSSB=0.384331;STB=0.814522;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.129471;OID=.;OPOS=3613893;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:14:110:18:105:87:13:5:26:61:41:90:9:5:29:61 chr16 3639139 . A G 906.11 PASS AF=0.553459;AO=88;DP=159;FAO=88;FDP=159;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.013041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.694;QD=22.7952;RBI=0.0146834;REFB=-0.0222162;REVB=-0.00674804;RO=71;SAF=43;SAR=45;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310841;STB=0.516956;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00752159;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:71:71:88:88:0.553459:45:43:32:39:45:43:32:39 chr16 3640743 . G C 715.2 PASS AF=0.421622;AO=78;DP=185;FAO=78;FDP=185;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=68;FWDB=0.00454374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.419;QD=15.4637;RBI=0.00537442;REFB=-0.0171754;REVB=-0.00287032;RO=107;SAF=34;SAR=44;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076063;STB=0.542439;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0115795;OID=.;OPOS=3640743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:107:107:78:78:0.421622:44:34:39:68:44:34:39:68 chr16 3724465 . G C 594.01 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0076883;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8547;QD=15.6317;RBI=0.0330465;REFB=-0.000600802;REVB=0.0321397;RO=85;SAF=31;SAR=35;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036533;STB=0.523736;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00242077;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:86:66:66:0.434211:35:31:43:42:35:31:44:42 chr16 3795292 . G T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.55;QD=56.1822;RBI=0.00615887;REFB=0;REVB=-0.00503042;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68183e-06;OID=.;OPOS=3795292;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 3795363 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.868;QD=52.6132;RBI=0.0230833;REFB=0;REVB=0.00609366;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252202;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr16 3820667 . C T 407.82 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482417;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8959;QD=54.3753;RBI=0.104414;REFB=-0.140021;REVB=0.0926015;RO=1;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00803924;OID=.;OPOS=3820667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:30:1:1:29:29:0.966667:8:21:0:1:8:21:0:1 chr16 4013098 . CATATATATATATATATATATATATATATATAT C 167.76 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696501;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=32;MLLD=917.185;QD=47.9303;RBI=0.0775224;REFB=0;REVB=0.034038;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000179251;OID=.;OPOS=4013099;OREF=ATATATATATATATATATATATATATATATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:15:14:14:0:7:7:0:0:3:0:7:6:0:0 chr16 4013467 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0100572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.887;QD=19.941;RBI=0.011961;REFB=-0.0150202;REVB=0.00647436;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147463;STB=0.508192;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0131828;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:15:14:16:16:15:14 chr16 4015313 . A G 267.62 PASS AF=0.531915;AO=20;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0134334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.659;QD=22.7758;RBI=0.022958;REFB=-0.0342601;REVB=0.0186176;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211188;STB=0.593836;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0247019;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:20:25:0.531915:10:10:6:16:12:13:7:15 chr16 4015316 . A G 231.88 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0764231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3144;QD=21.0795;RBI=0.076908;REFB=0.00022325;REVB=0.0086225;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250697;STB=0.641123;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00228306;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:21:21:0.477273:8:13:7:14:8:13:7:14 chr16 4016676 . A G 315.88 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0109372;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.296;QD=19.7423;RBI=0.0194802;REFB=-0.0151508;REVB=0.01612;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271533;STB=0.650237;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0155516;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:23:8:19:14:23:8 chr16 4027605 . C T 697.89 PASS AF=0.980392;AO=51;DP=53;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140652;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.573;QD=54.7362;RBI=0.041454;REFB=-0.101242;REVB=0.038995;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0018936;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:51:0:1:51:50:0.980392:21:30:0:0:20:30:0:1 chr16 4164364 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0661727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6947;QD=9.49156;RBI=0.0972846;REFB=-0.00595818;REVB=-0.0713125;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219477;STB=0.636033;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000642414;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:7:11:7:2:7:11 chr16 4165432 . T C,G 449.33 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=29,2;DP=32;FAO=29,3;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135148,0.0178796;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.4293,205.021;QD=56.1667;RBI=0.0264204,0.0327552;REFB=0,0;REVB=0.0227021,-0.027445;RO=0;SAF=7,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00309751,0.0158637;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:32:32:0:0:29,2:29,3:0.90625,0.09375:22,0:7,2:0:0:22,0:7,3:0:0 chr16 4242028 . A T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0152238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.491;QD=27.3145;RBI=0.0244305;REFB=-0.0241757;REVB=-0.0191072;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101923;STB=0.556468;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0191074;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:7:5:12:9:7:5 chr16 4242093 . C T 426.33 PASS AF=0.693878;AO=33;DP=48;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0996619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1444;QD=34.8021;RBI=0.109814;REFB=-0.0411576;REVB=-0.0461157;RO=15;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633075;STB=0.537875;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0162117;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:15:15:33:34:0.693878:19:14:8:7:20:14:8:7 chr16 4242172 . AT A 69.17 PASS AF=0.378378;AO=25;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0606335;FXX=0.038956;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.79463;QD=3.73865;RBI=0.0745281;REFB=-0.0393639;REVB=-0.0433361;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.328767;SSSB=-0.252684;STB=0.616933;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=-0.0487366;OID=.;OPOS=4242173;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:25:74:28:74:46:8:20:21:25:69:40:7:18:20:20 chr16 4245693 . A G 422.22 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00159042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.648;QD=20.8504;RBI=0.024382;REFB=-0.0126657;REVB=0.0243301;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135939;STB=0.58021;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0139025;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:21:21:25:13:21:21:26:13 chr16 4257281 . A C 37.8 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0382018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.533;QD=9.44988;RBI=0.0442721;REFB=-0.00154264;REVB=-0.0223751;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0115346;OID=.;OPOS=4257281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:8:10:6:6:0.375:4:2:3:5:4:2:3:7 chr16 4257286 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0191196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.407;QD=10.1734;RBI=0.0247294;REFB=-0.0134127;REVB=0.0156839;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186033;OID=.;OPOS=4257286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:3:6:4:2:3:6 chr16 4257686 . A G 157.95 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0544949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.423;QD=12.3885;RBI=0.0545646;REFB=-0.0110648;REVB=-0.00275811;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594835;STB=0.819996;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0208233;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:17:19:0.372549:14:3:23:8:15:4:24:8 chr16 4257729 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0432435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.486;QD=14.2617;RBI=0.0436021;REFB=-0.0114776;REVB=0.0055806;RO=24;SAF=2;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622146;STB=0.863165;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0145183;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:14:2:17:7:14:2:17:7 chr16 4258005 . C G 117.49 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0246988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.755;QD=15.6656;RBI=0.0257765;REFB=-0.0220978;REVB=0.00737528;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.555473;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0375606;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:10:3:6:10:10:4:6:10 chr16 4307646 . A G 1348.67 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.03;QD=59.941;RBI=0.078031;REFB=-0.0409076;REVB=0.0771805;RO=2;SAF=43;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000478637;STB=0.500253;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00478531;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:88:88:0.977778:45:43:1:1:45:43:1:1 chr16 4310468 . C G 2044.68 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.721;QD=61.0353;RBI=0.0575827;REFB=-0.0530681;REVB=0.0424611;RO=2;SAF=69;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000765697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383658;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:134:2:0:131:134:1:62:69:1:1:64:70:0:0 chr16 4386814 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000936717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.27;QD=59.8558;RBI=0.0182968;REFB=0;REVB=0.0182728;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16009e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr16 4414987 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0113608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0282;QD=19.5229;RBI=0.0364797;REFB=-0.0555877;REVB=0.0346656;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129875;STB=0.574513;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0119869;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:8:4:3:11:8:4 chr16 4431202 . A G 909.54 PASS AF=0.539394;AO=89;DP=165;FAO=89;FDP=165;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0419499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.083;QD=22.0495;RBI=0.0419565;REFB=-0.012702;REVB=0.000743408;RO=76;SAF=38;SAR=51;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399449;STB=0.521842;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00824026;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:76:76:89:89:0.539394:51:38:36:40:51:38:36:40 chr16 4432029 . A C 159.1 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=-0.0213812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.661;QD=10.1014;RBI=0.0293129;REFB=-0.00889663;REVB=-0.0200521;RO=42;SAF=3;SAR=18;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151055;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:18:3:6:36:18:3:6:36 chr16 4445327 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00854216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.786;QD=18.9656;RBI=0.0178049;REFB=-0.0106426;REVB=-0.0156219;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615519;STB=0.534852;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0143305;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:13:12:12:10:13:12 chr16 4476089 . T C 288.69 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0273723;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.996;QD=13.5852;RBI=0.0309495;REFB=-0.0190143;REVB=-0.0144441;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779833;STB=0.544457;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0243316;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:52:52:33:33:0.388235:17:16:29:23:17:16:29:23 chr16 4484396 . A T 53.18 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00785087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2703;QD=8.86408;RBI=0.0226583;REFB=0.0142652;REVB=0.0212547;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0232853;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:12:4:2:6:12:4 chr16 4496973 . T A 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00626507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.982;QD=12.4289;RBI=0.00626791;REFB=-0.00438105;REVB=-0.000188669;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158806;STB=0.58471;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0101128;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:17:13:29:21:17:13:29:22 chr16 4511926 . G A 246.61 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00249162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.921;QD=15.9104;RBI=0.00463614;REFB=-0.0151869;REVB=0.00390968;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029623;STB=0.523154;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0142638;OID=.;OPOS=4511926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:17:11:12:21:17:11:12:22 chr16 4625274 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00604268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.131;QD=9.11039;RBI=0.0358733;REFB=0.00119245;REVB=-0.0353607;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458431;STB=0.779333;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00592554;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:11:5:6:2:11:5 chr16 4708959 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.021521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.246;QD=18.767;RBI=0.027887;REFB=-0.00288738;REVB=-0.017735;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242138;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr16 4721468 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0113164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.373;QD=13.9118;RBI=0.0147145;REFB=0.00114746;REVB=0.00940507;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206935;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00145165;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:13:18:8:13:13:18 chr16 4736316 . C T 536.71 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.000594575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9039;QD=17.5972;RBI=0.0133719;REFB=-0.00880009;REVB=-0.0133587;RO=65;SAF=30;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122512;STB=0.511133;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00998958;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:65:65:56:57:0.467213:26:30:34:31:26:31:34:31 chr16 4748825 . C T 70.84 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0572602;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7213;QD=7.45681;RBI=0.0863433;REFB=-0.020662;REVB=-0.0646254;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102398;STB=0.552528;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0750721;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:38:29:28:10:10:0.263158:5:5:12:17:5:5:12:16 chr16 4751045 . C T 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0831555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.158;QD=9.11156;RBI=0.0869981;REFB=-0.00679614;REVB=-0.0255702;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0124045;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:5:11:6:2:5:11 chr16 4752134 . A G 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00829287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.818;QD=18.478;RBI=0.0408516;REFB=-0.0188835;REVB=-0.0400011;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256032;STB=0.514278;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.013136;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:19:19:17:19:19:19 chr16 4787935 . G C 154.91 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0816707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3114;QD=22.9502;RBI=0.082726;REFB=-0.036251;REVB=0.0131717;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194788;STB=0.608569;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.035287;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:2:9:9:7:2:9 chr16 4790273 . G A 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0399904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8003;QD=19.0783;RBI=0.0745299;REFB=0.00245513;REVB=0.0628926;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712517;STB=0.539658;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-9.13763e-05;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:13:18:16:16:13:18 chr16 4794873 . C T 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00493079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.647;QD=20.9039;RBI=0.0103634;REFB=-0.0193029;REVB=-0.0091152;RO=34;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106444;STB=0.551841;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0161089;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:18:21:14:20:18:21:15:20 chr16 4796393 . A G 358.48 PASS AF=0.5;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000216328;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.308;QD=19.3772;RBI=0.049565;REFB=-0.0220306;REVB=0.0495645;RO=37;SAF=24;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452459;STB=0.514686;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0191703;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:36:37:0.5:12:24:23:14:13:24:23:14 chr16 4796399 . C T 365.75 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0390048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7342;QD=18.7564;RBI=0.0460545;REFB=-0.015252;REVB=0.0244876;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649096;STB=0.503616;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0171018;OID=.;OPOS=4796399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:14:24:25:15:14:24:25:15 chr16 4797457 . C T 723.94 PASS AF=0.5;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00709061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3997;QD=20.3925;RBI=0.0872544;REFB=-0.00797928;REVB=-0.0869658;RO=69;SAF=36;SAR=35;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257606;STB=0.521112;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00516212;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:69:71:71:71:0.5:35:36:33:36:35:36:33:38 chr16 4797482 . T A 798.61 PASS AF=0.509317;AO=80;DP=160;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.000717038;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.876;QD=19.8411;RBI=0.00145909;REFB=-0.00925877;REVB=-0.00127075;RO=79;SAF=36;SAR=44;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510739;STB=0.533244;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0112311;OID=.;OPOS=4797482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:79:79:80:82:0.509317:44:36:40:39:46:36:40:39 chr16 4802386 . G T 548.52 PASS AF=0.437037;AO=56;DP=132;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0856904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7147;QD=16.2524;RBI=0.087047;REFB=-0.0199306;REVB=0.0153077;RO=76;SAF=14;SAR=42;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297528;STB=0.636487;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0261593;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:76:76:56:59:0.437037:42:14:39:37:42:17:39:37 chr16 4802675 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0229517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.657;QD=17.089;RBI=0.0233089;REFB=-0.0195543;REVB=0.00406538;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290611;STB=0.501638;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0139969;OID=.;OPOS=4802675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:16:9:10:18:16:9:10:18 chr16 4815602 . T C 43.99 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00755329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1622;QD=6.51711;RBI=0.0876711;REFB=-0.0051561;REVB=0.0873451;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308427;STB=0.693379;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0340531;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:14:6:4:3:14:6 chr16 4815608 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.584;QD=55.652;RBI=0.0260733;REFB=0;REVB=-0.0246434;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058314;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr16 4852188 . G C 733.61 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00237271;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0442;QD=19.1794;RBI=0.112117;REFB=-0.0310505;REVB=-0.112092;RO=74;SAF=29;SAR=47;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168738;STB=0.58388;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0291323;OID=.;OPOS=4852188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:74:77:76:76:0.496732:47:29:42:32:47:29:42:35 chr16 4861709 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.329;QD=57.0008;RBI=0.0324318;REFB=0;REVB=0.0308962;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98245e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr16 4933938 . TG CC,TC 298.86 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=3,16;DP=23;FAO=3,20;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501492,0.0705485;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=127.478,159.125;QD=51.976;RBI=0.0510537,0.0727157;REFB=0,0;REVB=0.00956762,0.0176205;RO=0;SAF=3,9;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0401605,-0.00253503;OID=.,.;OPOS=4933938,4933939;OREF=TG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:23:23:0:0:3,16:3,20:0.130435,0.869565:0,7:3,9:0:0:0,7:3,13:0:0 chr16 4934549 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0413019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.807;QD=16.8224;RBI=0.0619549;REFB=-0.0717165;REVB=-0.0461796;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0718241;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr16 4934564 . C G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.037;QD=44.6824;RBI=0.0909663;REFB=0;REVB=0.00406525;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162951;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr16 4938160 . T G 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.385;QD=58.8011;RBI=0.0470506;REFB=-0.0334735;REVB=-0.0329398;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=3.31607e-07;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:41:33:0:0:41:33:0:1 chr16 4940809 . A G 2110.53 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9601;QD=62.5343;RBI=0.0574688;REFB=0;REVB=-0.0561873;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189907;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:67:66:0:0:68:67:0:0 chr16 4942099 . C T 1106.56 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012076;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.291;QD=59.0168;RBI=0.0130735;REFB=0.0447862;REVB=0.00500879;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=7.18721e-05;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:43:31:0:1:43:31:0:1 chr16 4944518 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.204;QD=56.1913;RBI=0.0171441;REFB=0;REVB=0.012831;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60569e-06;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr16 5064917 . C T 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0798;QD=56.9955;RBI=0.0901294;REFB=0;REVB=0.0380341;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895547;OID=.;OPOS=5064917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr16 5074952 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.822;QD=57.6807;RBI=0.0171907;REFB=0;REVB=0.0163171;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93506e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr16 5075542 . G A 579.78 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0169588;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.615;QD=24.4119;RBI=0.0180232;REFB=0.00170824;REVB=-0.0061018;RO=42;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129856;STB=0.571175;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00111266;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:42:53:53:0.557895:30:23:25:17:30:23:25:17 chr16 5075633 . G A 285.03 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0602301;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9381;QD=17.0168;RBI=0.0662193;REFB=-0.0111995;REVB=-0.0275197;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238597;STB=0.645666;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00897754;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:35:31:32:0.477612:12:19:13:23:12:20:12:23 chr16 5097947 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.886;QD=58.1421;RBI=0.0768669;REFB=0;REVB=0.0589786;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145358;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 5106184 . C T 1191.37 PASS AF=0.922222;AO=77;DP=88;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00676383;FXX=0.0322546;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.4162;QD=52.9498;RBI=0.0103208;REFB=-0.119458;REVB=-0.00779548;RO=7;SAF=33;SAR=44;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904313;STB=0.544293;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00291167;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:88:90:7:7:77:83:0.922222:44:33:7:0:47:36:7:0 chr16 5128817 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0102306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.125;QD=16.2362;RBI=0.0169693;REFB=-0.031269;REVB=-0.0135385;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651105;STB=0.527477;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0445242;OID=.;OPOS=5128817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:15:14:15:21:16:14:15:21 chr16 5132636 . C T 240.38 PASS AF=0.509804;AO=23;DP=49;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00687524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.632;QD=18.8535;RBI=0.0068753;REFB=-0.0140475;REVB=-2.90679e-05;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297841;STB=0.608002;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0119451;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:25:25:23:26:0.509804:17:6:14:11:17:9:14:11 chr16 5139186 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000797907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.395;QD=8.69141;RBI=0.000982107;REFB=-0.00593158;REVB=0.000572608;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323425;STB=0.701598;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0123665;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:9:8:6:2:9:8 chr16 5139217 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.412;QD=51.1846;RBI=0.0161055;REFB=0;REVB=0.0157016;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9915e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 5649140 . T A,TTAGGAAA 390.18 PASS AF=0,1;AO=3,24;DP=44;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668033,0.0370664;FXX=0.128991;HRUN=1,1;LEN=1,7;MLLD=71.7396,288.414;QD=57.8045;RBI=0.0712426,0.0503095;REFB=0,0;REVB=0.0247553,0.0340165;RO=16;SAF=0,12;SAR=3,12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.715613,-0.181102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000147553;OID=.,.;OPOS=5649140,5649141;OREF=T,-;OALT=A,TAGGAAA;OMAPALT=A,TTAGGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:44:27:16:0:3,24:0,27:0,1:3,12:0,12:12:4:0,15:0,12:0:0 chr16 6533549 . C A 225.12 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0345841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.185;QD=21.9631;RBI=0.0348339;REFB=-0.0531441;REVB=-0.00416461;RO=19;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425352;STB=0.717289;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0160606;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:19:20:22:0.536585:15:5:14:5:16:6:14:5 chr16 6923966 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4508;QD=58.6;RBI=0.0295069;REFB=0;REVB=0.029069;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357368;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr16 7102036 . CT CC,C 301.37 PASS AF=0.0410959,0.452055;AO=4,29;DP=71;FAO=3,33;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=1,18;FSAR=2,15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0395029,-0.0439008;FXX=0.0135117;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.2306,23.6083;QD=16.5132;RBI=0.0665748,0.0544154;REFB=-0.000781494,0.0411104;REVB=0.0535885,0.032152;RO=36;SAF=1,18;SAR=3,11;SRF=11;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.074193,0.302463;STB=0.509372,0.615317;STBP=0.954,0.072;TYPE=snp,del;VARB=0.0056353,-0.0419911;OID=.,.;OPOS=7102037,7102037;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0410959,0.452055:4,29:71:3,33:73:37:1,18:2,15:12:25:99:36:1,18:3,11:11:25 chr16 7629839 . GA G 67.46 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0456282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5036;QD=10.3786;RBI=0.109841;REFB=-0.167556;REVB=-0.0999153;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.363718;SSSB=0.207446;STB=0.618013;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.121724;OID=.;OPOS=7629840;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:26:13:26:13:6:7:3:10:65:13:6:7:3:10 chr16 7760884 . T A,G 775.41 PASS AF=0.0350877,0.947368;AO=2,53;DP=57;FAO=2,54;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=2,20;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0614183,0.00797758;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.0713,115.763;QD=54.4144;RBI=0.0707953,0.0108559;REFB=-0.113327,-0.129363;REVB=0.0352103,-0.00736265;RO=1;SAF=2,19;SAR=0,34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0241485;STB=0.993266,0.507244;STBP=0.227,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=0.0371642,0.000658538;OID=.,.;OPOS=7760884,7760884;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:57:1:1:2,53:2,54:0.0350877,0.947368:0,34:2,19:1:0:0,34:2,20:0:1 chr16 7761529 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.781;QD=58.5871;RBI=0.032644;REFB=0;REVB=0.0250179;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157357;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr16 8728953 . C T 1880.47 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.385;QD=60.6604;RBI=0.0286964;REFB=-0.0842592;REVB=0.00255473;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000253755;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:63:60:0:0:63:60:0:1 chr16 8729124 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0794;QD=56.9991;RBI=0.0392344;REFB=0;REVB=0.0257859;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517377;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr16 8736028 . T C 2238.4 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0140727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6845;QD=59.2953;RBI=0.0558822;REFB=-0.0756084;REVB=-0.0540813;RO=1;SAF=55;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503344;STB=0.501859;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000876897;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:151:1:2:149:149:0.986755:94:55:0:1:94:55:1:1 chr16 8738427 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.89;QD=64.1536;RBI=0.0226384;REFB=0;REVB=0.0214901;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24685e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr16 8738499 . G A 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.159;QD=63.8674;RBI=0.0818238;REFB=0;REVB=0.0266393;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573841;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr16 8738579 . A G 373.06 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.084;QD=51.4564;RBI=0.0439201;REFB=-0.0434185;REVB=0.0380891;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00323407;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:27:28:0.965517:16:11:0:0:17:11:1:0 chr16 8739954 . G A,T 1274.47 PASS AF=0.895349,0.0930233;AO=77,8;DP=87;FAO=77,8;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38,0;FSAR=39,8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155605,-0.0035849;FXX=0.0227247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.977,223.189;QD=59.2777;RBI=0.0157555,0.00388018;REFB=-0.0263319,-0.0427586;REVB=-0.00247066,0.00148469;RO=1;SAF=38,0;SAR=39,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0119811,0;STB=0.506327,0.5;STBP=0.523,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00777648,0.0169884;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:87:86:1:1:77,8:77,8:0.895349,0.0930233:39,8:38,0:0:1:39,8:38,0:0:1 chr16 8740015 . A C 1301.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1121;QD=61.9948;RBI=0.0368104;REFB=0;REVB=0.0120275;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191807;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr16 8740418 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0562;QD=64.4143;RBI=0.0601397;REFB=0;REVB=-0.0527777;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000839938;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr16 8740503 . G A 689.48 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.159;QD=62.6801;RBI=0.0434832;REFB=0;REVB=0.0215255;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35637e-05;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:23:21:0:0 chr16 8839954 . A G 281.01 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00679796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.792;QD=21.208;RBI=0.0072771;REFB=-0.0219295;REVB=0.00259693;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959976;STB=0.553156;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0254351;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:8:16:16:13:8:16 chr16 8841960 . T C 510.87 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0291793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.903;QD=18.4099;RBI=0.0343495;REFB=-0.0226611;REVB=0.0181233;RO=57;SAF=18;SAR=35;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149032;STB=0.574945;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0243351;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:57:53:54:0.486486:35:18:28:29:35:19:28:29 chr16 8868776 . C A 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.050353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.28;QD=16.0185;RBI=0.050443;REFB=-0.00897843;REVB=-0.00301149;RO=54;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142068;STB=0.579656;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.013927;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:22:18:17:37:22:18:17:37 chr16 8875763 . T C 227.38 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0271111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.708;QD=21.6556;RBI=0.0352391;REFB=-0.0166507;REVB=-0.0225118;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679889;STB=0.57136;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0155445;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:20:20:22:0.52381:6:14:12:7:6:16:12:8 chr16 8877854 . C G 396.52 PASS AF=0.622951;AO=37;DP=60;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00686943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.177;QD=26.0015;RBI=0.00694971;REFB=-0.0144899;REVB=-0.00105328;RO=23;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854271;STB=0.550748;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0127066;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:23:37:38:0.622951:19:18:14:9:20:18:14:9 chr16 8904954 . C T 381.72 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0269613;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.852;QD=18.6206;RBI=0.0495212;REFB=-0.0238516;REVB=-0.0415384;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529223;STB=0.503175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0273431;OID=.;OPOS=8904954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:21:17:19:24:22:17:19:24 chr16 8952248 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.304;QD=59.1432;RBI=0.00486516;REFB=0;REVB=0.000581019;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70737e-06;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr16 8953081 . C G 457.37 PASS AF=0.351852;AO=57;DP=162;FAO=57;FDP=162;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.0185388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.796;QD=11.2931;RBI=0.022168;REFB=-0.0178657;REVB=-0.0121545;RO=105;SAF=25;SAR=32;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139252;STB=0.579532;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0334608;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:105:105:57:57:0.351852:32:25:59:46:32:25:59:46 chr16 8979046 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.216;QD=60.3762;RBI=0.0175811;REFB=0;REVB=-0.0156876;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55253e-05;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr16 9030444 . C G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2008;QD=57.7094;RBI=0.0368943;REFB=0;REVB=0.0356618;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240411;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr16 9693953 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.729;QD=55.6561;RBI=0.0281623;REFB=0;REVB=0.0198355;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102165;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 9693997 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.437;QD=51.1844;RBI=0.0620948;REFB=0;REVB=0.060468;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623834;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr16 9857779 . G T 729.05 PASS AF=0.542636;AO=68;DP=128;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00855592;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.222;QD=22.6061;RBI=0.0149927;REFB=-0.0214695;REVB=0.0123117;RO=59;SAF=29;SAR=39;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557911;STB=0.522432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0119843;OID=.;OPOS=9857779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:59:59:68:70:0.542636:39:29:29:30:39:31:29:30 chr16 10315838 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0503886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0357;QD=15.3788;RBI=0.0504184;REFB=-0.00355049;REVB=0.001733;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000980939;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr16 10524656 . GGACG GGA,GG 326.28 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,20;DP=27;FAO=3,21;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235076,-0.0195448;FXX=0.11107;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=202.239,219.719;QD=54.3804;RBI=0.0581485,0.0530161;REFB=0,0;REVB=0.0531849,0.0492819;RO=0;SAF=0,12;SAR=4,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00957199,-0.00167589;OID=.,.;OPOS=10524659,10524657;OREF=CG,GAC;OALT=-,-;OMAPALT=GGA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:4,20:27:3,21:24:0:0,12:3,9:0:0:16:0:0,12:4,8:0:0 chr16 10574796 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00421979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.456;QD=16.417;RBI=0.0106092;REFB=-0.000319959;REVB=-0.00973394;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000456034;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr16 10574813 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00406773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.841;QD=14.0792;RBI=0.00547497;REFB=-0.0136988;REVB=-0.00366454;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0219681;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:9:7:8:4:9:7 chr16 10575824 . C A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0383532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7616;QD=14.649;RBI=0.0521029;REFB=-0.0142683;REVB=0.0352667;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.018759;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:9:10:7:7:9:10 chr16 10631912 . C T 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0157057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.591;QD=14.6668;RBI=0.0169075;REFB=-0.0086686;REVB=-0.00626056;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795645;STB=0.545416;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0115412;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:16:8:13:19:16:8:13:19 chr16 10769958 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.0169761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.419;QD=17.8516;RBI=0.0170743;REFB=-0.0153354;REVB=-0.00182812;RO=40;SAF=26;SAR=10;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129316;STB=0.571669;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0210788;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:10:26:33:7:10:26:33:7 chr16 10775855 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.01806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.206;QD=10.3903;RBI=0.018347;REFB=-0.0158505;REVB=0.0032327;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00842903;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:4:7:2:5:4:7 chr16 10788406 . G T 283.77 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0143584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.172;QD=23.165;RBI=0.0143584;REFB=-0.0102999;REVB=1.09411e-05;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106116;STB=0.548552;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00969326;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:14:12:13:9:14:12:13:10 chr16 10995933 . A G 766.87 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.975;QD=63.9058;RBI=0.0453465;REFB=0;REVB=0.0353446;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172654;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr16 11000993 . GCCCCG GCCC,GCCCG 193.0 PASS AF=0.814815,0;AO=12,5;DP=30;FAO=22,0;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=11,0;FSAR=11,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.16796,0.11783;FXX=0.0357015;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.0413,12.3008;QD=28.5925;RBI=0.195058,0.289353;REFB=-0.143247,-0.12753;REVB=0.0991811,0.264275;RO=10;SAF=3,5;SAR=9,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.22735,0.725473;STB=0.518502,0.5;STBP=0.753,1;TYPE=del,del;VARB=0.0396068,0;OID=.,.;OPOS=11000997,11000994;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815,0:12,5:30:22,0:27:5:11,0:11,0:3:2:17:10:3,5:9,0:5:5 chr16 11001743 . G A 173.29 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0188568;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.479;QD=16.5037;RBI=0.0197739;REFB=-0.00702279;REVB=0.00595246;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280656;STB=0.516111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0122719;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:14:10:8:10:14:10 chr16 11002133 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.845;QD=57.2371;RBI=0.00968486;REFB=0;REVB=-0.00710536;RO=0;SAF=10;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04999e-05;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:46:10:0:0:46:10:0:0 chr16 11002904 . G A 1069.0 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.333;QD=58.5752;RBI=0.0373374;REFB=-0.110133;REVB=0.0340577;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111627;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr16 11002927 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.084;QD=62.9081;RBI=0.0248199;REFB=0;REVB=0.0246748;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59931e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr16 11023208 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.021723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.594;QD=13.6996;RBI=0.0241989;REFB=-0.0290846;REVB=0.0106629;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0319305;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:10:20:12:6:10:20 chr16 11361895 . C G 1493.49 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00218684;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.743;QD=57.442;RBI=0.00375358;REFB=0.03329;REVB=-0.00305076;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509614;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-8.96016e-06;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:0:2:102:102:0.980769:51:51:0:0:51:51:2:0 chr16 11362729 . G A 940.64 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382445;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.389;QD=58.7901;RBI=0.041029;REFB=0;REVB=0.0148573;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079559;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr16 11367143 . G A 678.01 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.083;QD=60.2675;RBI=0.0460831;REFB=-0.0757835;REVB=0.0101922;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000281455;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:22:22:0:0:22:22:1:0 chr16 11367154 . C T 229.0 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0133679;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.179;QD=21.3023;RBI=0.0237742;REFB=-0.0150165;REVB=0.0196599;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336828;STB=0.688361;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0215039;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:16:5:14:8:16:5 chr16 11374866 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8567;QD=58.4194;RBI=0.0285074;REFB=0;REVB=0.0060282;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308572;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr16 11387117 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.309;QD=63.7519;RBI=0.0058863;REFB=0;REVB=0.00578554;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08123e-06;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:61:35:0:0:61:35:0:0 chr16 11387129 . C A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.467;QD=63.1954;RBI=0.00880939;REFB=0;REVB=0.00859044;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2453e-05;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr16 11540712 . T C 959.9 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.171;QD=59.0708;RBI=0.106967;REFB=0;REVB=0.0423955;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041178;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:55:65:1:36:19:0:0:36:29:0:0 chr16 11540760 . C T 317.26 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0194525;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.752;QD=29.5124;RBI=0.0263027;REFB=-0.00826156;REVB=0.017704;RO=14;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842153;STB=0.573657;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00710433;OID=.;OPOS=11540760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:14:16:27:27:0.627907:17:10:7:7:17:10:9:7 chr16 11541896 . G A 776.24 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00527682;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1385;QD=55.4455;RBI=0.00665299;REFB=-0.17272;REVB=0.00405184;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0048817;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr16 11542894 . C T 324.15 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0245179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.484;QD=11.8955;RBI=0.0248965;REFB=-0.0153978;REVB=-0.00432526;RO=69;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278152;STB=0.657949;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0385112;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:69:40:40:0.366972:17:23:22:47:17:23:22:47 chr16 11553883 . C G 1492.31 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.812;QD=58.522;RBI=0.0390504;REFB=-0.0871234;REVB=0.00585281;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000211122;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:51:50:0:1:51:50:0:1 chr16 11556121 . A G 1499.82 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170515;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.014;QD=63.8221;RBI=0.0305574;REFB=0;REVB=0.0253575;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373889;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr16 11769948 . C T 292.99 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.009;QD=46.8778;RBI=0.103615;REFB=-0.070725;REVB=0.0108097;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660323;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00923903;OID=.;OPOS=11769948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:2:1:23:24:0.96:13:10:0:2:14:10:0:1 chr16 11769963 . C T 483.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.485;QD=58.6603;RBI=0.0708315;REFB=0;REVB=0.0601581;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130602;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:16:14:0:0:19:14:0:0 chr16 11770777 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.028;QD=62.3508;RBI=0.00726308;REFB=0;REVB=-0.00661542;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17409e-05;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr16 11771094 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0052;QD=56.7045;RBI=0.0404161;REFB=0;REVB=-0.0393438;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700707;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr16 11771353 . C A 735.9 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00704059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.042;QD=61.3249;RBI=0.0132063;REFB=-0.0972409;REVB=0.011173;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000810906;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:1:47:47:0.979167:18:29:0:0:18:29:0:1 chr16 11771471 . T C 223.71 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.015288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.731;QD=14.9141;RBI=0.0159139;REFB=-0.00364953;REVB=-0.00441939;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956162;STB=0.571374;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00474457;OID=.;OPOS=11771471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:25:26:0.433333:12:13:14:19:12:14:14:20 chr16 11771706 . C T 459.29 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00555753;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9313;QD=23.255;RBI=0.0188996;REFB=-0.0113285;REVB=-0.018064;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207172;STB=0.511392;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0101072;OID=.;OPOS=11771706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:16:19:25:19:16:19 chr16 11772600 . T A,TTCTGA 454.44 PASS AF=0.15625,0.84375;AO=5,25;DP=38;FAO=5,27;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=5,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000575588,0.00302078;FXX=0.0302939;HRUN=6,6;LEN=1,5;MLLD=54.2663,272.108;QD=56.8052;RBI=0.0348349,0.0185304;REFB=0,0;REVB=-0.0348301,-0.0182825;RO=7;SAF=0,18;SAR=5,7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.703663,0.195097;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0480692,0.00100245;OID=.,.;OPOS=11772600,11772601;OREF=T,-;OALT=A,TCTGA;OMAPALT=A,TTCTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:38:32:7:0:5,25:5,27:0.15625,0.84375:5,7:0,18:2:5:5,9:0,18:0:0 chr16 11773662 . C G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.88;QD=55.6547;RBI=0.00863428;REFB=0;REVB=0.00825203;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84547e-05;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 11844655 . C A 47.39 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0640869;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.5027;QD=9.47829;RBI=0.0654792;REFB=-0.0116823;REVB=0.0134311;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.666222;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0312083;OID=.;OPOS=11844655;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:14:13:7:7:0.35:3:4:5:9:3:4:4:9 chr16 11940390 . T C 204.63 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00277282;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.735;QD=20.9875;RBI=0.00283365;REFB=-0.0105085;REVB=0.000583962;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187932;STB=0.615275;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00645531;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:10:10:5:13:10:10:5:14 chr16 11969724 . G C 290.13 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00522234;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.255;QD=16.3451;RBI=0.00669071;REFB=-0.00689189;REVB=-0.00418243;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195529;STB=0.610284;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00646343;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:21:11:21:18:21:11:21:18 chr16 12027474 . CAT C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867068;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.763;QD=43.4862;RBI=0.0868367;REFB=0;REVB=-0.00474844;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000461984;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:2:10:0:0:4:0:2:10:0:0 chr16 12031448 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8539;QD=37.4885;RBI=0.0788576;REFB=0;REVB=-0.0424203;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176011;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 12060163 . A G 1120.79 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.145;QD=58.9887;RBI=0.0355428;REFB=-0.00852909;REVB=0.0295921;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000129797;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:73:75:0.986842:37:36:1:0:38:37:1:0 chr16 12621176 . C G 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0450398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.772;QD=18.0075;RBI=0.0469295;REFB=-0.00940902;REVB=-0.0131832;RO=41;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182468;STB=0.510199;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0143826;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:25:12:14:27:25:12:14:27 chr16 12662487 . C G 480.61 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.093472;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.61;QD=25.2954;RBI=0.0943708;REFB=-0.0263926;REVB=0.0129938;RO=31;SAF=17;SAR=28;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106386;STB=0.558282;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.014678;OID=.;OPOS=12662487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:31:31:45:45:0.592105:28:17:16:15:28:17:16:15 chr16 12666984 . T A 892.02 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02753;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1134;QD=56.6363;RBI=0.0370374;REFB=-0.120381;REVB=0.0247765;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00610873;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:1:0:35:27:1:0 chr16 12897578 . G T 1403.61 PASS AF=0.492958;AO=139;DP=283;FAO=140;FDP=284;FR=.;FRO=144;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=59;FSRR=85;FWDB=-0.000539121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.648;QD=19.7692;RBI=0.0346974;REFB=-0.00252041;REVB=0.0346932;RO=141;SAF=68;SAR=71;SRF=56;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847585;STB=0.542206;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0014356;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:141:144:139:140:0.492958:71:68:56:85:71:69:59:85 chr16 13002359 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.69;QD=61.3756;RBI=0.0236014;REFB=0;REVB=0.0160362;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77265e-06;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr16 14041958 . T C 149.66 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0569479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=18.7075;RBI=0.0605645;REFB=-0.0247357;REVB=0.0206153;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147222;STB=0.595118;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0220171;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:9:6:9:7:10:6:9:7 chr16 14304175 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6417;QD=53.2765;RBI=0.0644353;REFB=0;REVB=0.0298771;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113541;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr16 14311035 . T C 866.5 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.171;QD=57.7666;RBI=0.0330897;REFB=0;REVB=0.0118796;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145725;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:32:28:0:0 chr16 14356373 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1919;QD=54.6366;RBI=0.0346663;REFB=0.0510494;REVB=0.0115409;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00117526;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr16 14356920 . A C 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00303874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.811;QD=52.6963;RBI=0.00307108;REFB=-0.0882869;REVB=0.000444507;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391734;STB=0.520825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000599969;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:26:23:2:0:26:23:2:0 chr16 14359205 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.951;QD=42.1826;RBI=0.0214488;REFB=0;REVB=-0.017968;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12504e-05;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 14359233 . T A 340.54 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3701;QD=54.487;RBI=0.0298961;REFB=0;REVB=0.0278172;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101872;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr16 14369420 . T TC 313.08 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172211;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9206;QD=44.7253;RBI=0.087437;REFB=0;REVB=0.0857243;RO=4;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00345358;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:30:28:28:0:12:16:0:0:6:4:10:16:2:2 chr16 15082865 . C T 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00838842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9222;QD=10.4733;RBI=0.0589673;REFB=-0.0244911;REVB=0.0583677;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134253;STB=0.578864;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0533707;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:11:8:20:17:11:8:20:17 chr16 15083131 . A T 40.17 PASS AF=0.137255;AO=6;DP=50;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00632349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.85;QD=3.15058;RBI=0.0303271;REFB=-0.00117634;REVB=0.0296605;RO=44;SAF=6;SAR=0;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635685;STB=0.830319;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00760623;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:51:44:44:6:7:0.137255:0:6:22:22:1:6:22:22 chr16 15098047 . C G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000502288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.886;QD=11.4396;RBI=0.00888799;REFB=-0.0117902;REVB=-0.00887379;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824663;STB=0.549218;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0208232;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:15:9:4:9:15:9 chr16 15111218 . C T 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0239574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6699;QD=16.8791;RBI=0.0589855;REFB=0.023251;REVB=-0.0539012;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.044821;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:7:10:9:6:7:10 chr16 15116625 . G T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.011663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.703;QD=10.1406;RBI=0.0137817;REFB=-0.0212316;REVB=-0.00734224;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777142;STB=0.546489;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0304084;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:9:19:8:5:9:19 chr16 15129970 . A G 415.44 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00101096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.286;QD=27.6958;RBI=0.0100127;REFB=-0.0355762;REVB=-0.00996157;RO=20;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548195;STB=0.519641;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0118688;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:17:22:13:7:17:22:13:8 chr16 15131962 . A G 133.64 PASS AF=0.222222;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00653815;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3313;QD=5.93964;RBI=0.0713418;REFB=-0.00383906;REVB=-0.0710416;RO=65;SAF=5;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334543;STB=0.686549;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0138618;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:65:70:20:20:0.222222:15:5:33:32:15:5:33:37 chr16 15131974 . G T 141.26 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0235699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9656;QD=6.42067;RBI=0.0236724;REFB=7.66313e-05;REVB=0.00220029;RO=67;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1038;STB=0.563898;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0013288;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:13:8:31:36:13:8:31:36 chr16 15133889 . T G 488.09 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0206263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.975;QD=13.8466;RBI=0.022477;REFB=-0.0189619;REVB=0.0089316;RO=86;SAF=31;SAR=24;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690191;STB=0.539046;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0290677;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:86:55:55:0.390071:24:31:43:43:24:31:43:43 chr16 15178499 . G A 88.41 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0137884;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.865;QD=4.53396;RBI=0.0194341;REFB=-0.0100623;REVB=-0.0136954;RO=65;SAF=5;SAR=10;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274702;STB=0.688828;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0366652;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:80:78:65:63:15:15:0.192308:10:5:36:29:10:5:36:27 chr16 15221957 . T C 95.5 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0125598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.752;QD=7.34617;RBI=0.0853669;REFB=-0.00945989;REVB=-0.0844379;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394563;STB=0.739029;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0453015;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:37:39:13:13:0.25:9:4:24:13:9:4:25:14 chr16 15248798 . A G 42.04 PASS AF=0.150943;AO=5;DP=50;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00857558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.521;QD=3.17273;RBI=0.040977;REFB=-0.00512235;REVB=-0.0400696;RO=45;SAF=4;SAR=1;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156765;STB=0.559443;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0402907;OID=.;OPOS=15248798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:50:53:45:45:5:8:0.150943:1:4:31:14:3:5:31:14 chr16 15689721 . A G 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.036784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.69;QD=17.6885;RBI=0.0381063;REFB=-0.0109971;REVB=-0.00995106;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639117;STB=0.536199;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0112068;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:21:5:5:16:21:5 chr16 15781054 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.727;QD=61.3363;RBI=0.00962281;REFB=0;REVB=0.00732683;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85446e-06;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr16 15842023 . G A 147.97 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00473409;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.248;QD=16.9107;RBI=0.0169839;REFB=-0.0224877;REVB=-0.0163108;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457626;STB=0.526283;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0241065;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:8:11:10:6:8:11 chr16 15843899 . G A 405.96 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00141809;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=359.315;QD=54.1284;RBI=0.0108718;REFB=-0.132991;REVB=0.0107789;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000449172;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:3:26:0:0:3:26:1:0 chr16 15850204 . A G 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0296096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.582;QD=6.66154;RBI=0.034783;REFB=-0.010518;REVB=-0.0182518;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154938;STB=0.589287;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0288232;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:7:3:13:18:7:3:13:19 chr16 15917197 . G A 407.74 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0244965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9669;QD=25.8882;RBI=0.0349596;REFB=-0.0134685;REVB=0.0249418;RO=24;SAF=11;SAR=28;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171271;STB=0.594045;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00859793;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:28:11:12:12:28:11:12:12 chr16 15971028 . C G 905.79 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159059;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1806;QD=58.4381;RBI=0.038149;REFB=0;REVB=0.0346749;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209767;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr16 15973654 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.327;QD=57.1775;RBI=0.0393483;REFB=0;REVB=0.0360398;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111618;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr16 16162019 . T C 1550.14 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9179;QD=59.6208;RBI=0.0868725;REFB=0;REVB=0.0783391;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814711;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:50:53:0:0:51:53:0:0 chr16 16177275 . G A 919.98 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.741;QD=58.4112;RBI=0.0278251;REFB=0;REVB=-0.00159706;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105633;OID=.;OPOS=16177275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr16 16271357 . T C 1175.78 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018415;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.045;QD=61.0794;RBI=0.0184274;REFB=0;REVB=-0.000674717;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012784;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr16 16272670 . T C 1214.38 PASS AF=0.9875;AO=59;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1421;QD=60.719;RBI=0.0786643;REFB=0;REVB=0.065755;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177544;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:0:59:79:0.9875:35:24:0:0:55:24:0:0 chr16 16291904 . C T 508.37 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0247445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3951;QD=20.7498;RBI=0.0576463;REFB=0.00318748;REVB=0.0520654;RO=49;SAF=32;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242334;STB=0.634276;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00192764;OID=.;OPOS=16291904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:17:32:19:30:17:32:19:30 chr16 16291971 . C T 844.88 PASS AF=0.512048;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=166;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.070434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.548;QD=20.3586;RBI=0.0759912;REFB=-0.0220224;REVB=0.0285256;RO=81;SAF=42;SAR=43;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661739;STB=0.536314;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0131503;OID=.;OPOS=16291971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:81:85:85:0.512048:43:42:34:47:43:42:34:47 chr16 16291983 . A G 819.83 PASS AF=0.506098;AO=81;DP=164;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.00113378;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.247;QD=19.9959;RBI=0.00485495;REFB=-0.00819593;REVB=-0.00472071;RO=82;SAF=41;SAR=40;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835832;STB=0.542796;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00778097;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:82:81:81:83:0.506098:40:41:34:48:42:41:33:48 chr16 17196433 . G C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0504276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.663;QD=12.3289;RBI=0.0550276;REFB=-0.0125346;REVB=-0.0220248;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15055;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0158042;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:13:4:4:7:13:4 chr16 17196622 . T TTC 80.75 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0226941;FXX=0.0454339;HRUN=8;LEN=2;MLLD=249.065;QD=15.3818;RBI=0.0226952;REFB=0.00448601;REVB=0.000219185;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542617;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=-0.00708406;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:21:10:21:11:2:8:6:5:80:12:1:8:7:5 chr16 18823379 . T C 1327.03 PASS AF=0.906542;AO=96;DP=107;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0176149;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.731;QD=49.6087;RBI=0.0176158;REFB=-0.129065;REVB=-0.000180312;RO=2;SAF=56;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331458;STB=0.508422;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000792603;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:107:107:2:10:96:97:0.906542:40:56:1:1:40:57:5:5 chr16 18847416 . G A 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0136475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9136;QD=21.0938;RBI=0.0227847;REFB=-0.00225795;REVB=0.0182453;RO=37;SAF=14;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840065;STB=0.546535;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00199472;OID=.;OPOS=18847416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:27:14:16:21:27:14:16:21 chr16 18861335 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0120832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2151;QD=16.5274;RBI=0.0618955;REFB=-0.00276246;REVB=0.0607047;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00325529;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:10:19:16:9:10:19 chr16 18908268 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00269407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.351;QD=8.8111;RBI=0.0410059;REFB=0.0013001;REVB=-0.0409173;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359862;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00671715;OID=.;OPOS=18908268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:5:6:5:1:5:6 chr16 19067933 . G A 607.8 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0258032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.335;QD=23.6038;RBI=0.0315846;REFB=-0.00879847;REVB=-0.0182148;RO=42;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104614;STB=0.566349;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0115612;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:44:59:59:0.572816:32:27:25:17:32:27:27:17 chr16 19079037 . G A 110.44 PASS AF=0.541667;AO=8;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0324027;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.342;QD=18.4069;RBI=0.0356198;REFB=-0.0196291;REVB=0.0147931;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578384;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0195498;OID=.;OPOS=19079037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:8:11:8:13:0.541667:5:3:3:5:10:3:4:7 chr16 19080184 . C T 190.69 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0252939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.666;QD=9.53469;RBI=0.0463546;REFB=-0.012618;REVB=-0.0388454;RO=55;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107594;STB=0.563401;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0405534;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:15:10:27:28:15:10:27:28 chr16 19080227 . C CTG,G 679.1 PASS AF=0.901961,0.0784314;AO=43,2;DP=52;FAO=46,4;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18,3;FSAR=28,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365457,0.00812521;FXX=0.0192271;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=281.719,57.043;QD=53.2629;RBI=0.0417208,0.00875716;REFB=0.0710022,0.0245953;REVB=-0.0201255,0.00326633;RO=4;SAF=17,1;SAR=26,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0582965,-0.237547;STB=0.513508,0.571096;STBP=0.283,0.672;TYPE=ins,snp;VARB=0.000610858,0.0876074;OID=.,.;OPOS=19080228,19080227;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:52:51:4:1:43,2:46,4:0.901961,0.0784314:26,1:17,1:3:1:28,1:18,3:1:0 chr16 19085298 . C T 532.09 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00454618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.843;QD=15.3118;RBI=0.011869;REFB=-0.00288617;REVB=-0.0109638;RO=80;SAF=28;SAR=30;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209753;STB=0.515161;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00353683;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:81:58:58:0.417266:30:28:37:43:30:28:37:44 chr16 19089562 . C G 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0394697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.748;QD=20.5121;RBI=0.0394797;REFB=-0.0022835;REVB=0.000885309;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002389;OID=.;OPOS=19089562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:25:22:22:25:25:22:22:25 chr16 19128048 . G A 122.96 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00471584;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.899;QD=8.33644;RBI=0.0375642;REFB=-0.00280929;REVB=-0.037267;RO=42;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187346;STB=0.612517;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00419407;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:7:10:18:24:7:10:18:24 chr16 19128436 . G A 381.47 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00150709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9609;QD=22.774;RBI=0.0541797;REFB=-0.0297667;REVB=0.0541588;RO=28;SAF=11;SAR=26;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116069;STB=0.561957;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0356562;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:29:37:38:0.567164:26:11:12:16:27:11:12:17 chr16 19128995 . C A 499.78 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00539509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.616;QD=18.3404;RBI=0.048919;REFB=-0.00481638;REVB=-0.0486206;RO=56;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526844;STB=0.523718;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00562157;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:56:52:53:0.486239:28:24:29:27:28:25:29:27 chr16 19129513 . GT AC 115.42 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0296865;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.305;QD=8.24453;RBI=0.0301661;REFB=-0.00447727;REVB=-0.00535729;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416539;STB=0.538788;STBP=0.737;TYPE=mnp;VARB=0.0118932;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:40:16:16:0.285714:10:6:13:25:10:6:13:27 chr16 19130011 . T G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.023668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.665;QD=17.402;RBI=0.0257908;REFB=0.00292358;REVB=0.0102465;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136804;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00203387;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:4:9:7:6:4:9 chr16 19131105 . G A 165.71 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.050711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6892;QD=14.4091;RBI=0.083102;REFB=-0.0110236;REVB=0.0658357;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275997;STB=0.663058;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0296072;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:15:3:10:18:15:3:10:18 chr16 19132780 . T C 386.55 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0500976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.855;QD=18.1904;RBI=0.0504388;REFB=-0.00975135;REVB=0.0058565;RO=45;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032553;STB=0.518191;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0110423;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:27:13:16:29:27:13:16:29 chr16 19297219 . T G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5433;QD=63.5813;RBI=0.0325269;REFB=0;REVB=-0.0211753;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000672459;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr16 19310092 . T C 220.28 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0162047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.228;QD=14.6851;RBI=0.0191192;REFB=-0.0320001;REVB=-0.0101466;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452201;STB=0.505151;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0376203;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:25:26:0.433333:11:14:17:16:12:14:18:16 chr16 19509938 . G GCA 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0116869;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.732;QD=13.8095;RBI=0.0129181;REFB=-0.0121574;REVB=-0.00550396;RO=57;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254338;STB=0.643952;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0216428;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:36:93:36:93:57:20:16:18:39:99:57:20:16:18:39 chr16 19514483 . C T 408.44 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0133269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.248;QD=20.4221;RBI=0.0227382;REFB=-0.0408977;REVB=-0.0184233;RO=39;SAF=14;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797546;STB=0.504417;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0275185;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:27:14:13:26:27:14:13:26 chr16 19547747 . C G 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0351408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9054;QD=12.7788;RBI=0.0365191;REFB=-0.0325635;REVB=-0.00993855;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0479761;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr16 19548116 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.029756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.461;QD=10.8237;RBI=0.0297675;REFB=-0.00360706;REVB=-0.000829953;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177397;STB=0.51062;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00858991;OID=.;OPOS=19548116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:15:8:4:8:15:8 chr16 19548290 . G A 858.65 PASS AF=0.51497;AO=86;DP=167;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0173519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.535;QD=20.5664;RBI=0.0210552;REFB=-0.0105155;REVB=0.0119261;RO=81;SAF=42;SAR=44;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607953;STB=0.533344;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00839965;OID=.;OPOS=19548290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:81:81:86:86:0.51497:44:42:34:47:44:42:34:47 chr16 19548740 . A G 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00455776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9616;QD=14.4879;RBI=0.0568233;REFB=-0.00718295;REVB=-0.0566402;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371699;STB=0.712908;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0128535;OID=.;OPOS=19548740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:22:8:12:7:22:8 chr16 19680546 . T C 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0178871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.607;QD=15.9135;RBI=0.0287938;REFB=0.00208572;REVB=0.022564;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259259;STB=0.514622;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00298465;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:17:13:17:20:17:13:17:20 chr16 19800213 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0223145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.94;QD=15.6538;RBI=0.0224121;REFB=-0.0077216;REVB=-0.00209005;RO=32;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30684;STB=0.676765;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00922191;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:22:4:12:20:22:4:12:20 chr16 19868687 . G C 1266.38 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0298775;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.174;QD=56.2836;RBI=0.0299274;REFB=-0.0483488;REVB=-0.00172749;RO=5;SAF=41;SAR=44;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333701;STB=0.517643;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00199678;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:91:90:5:5:85:85:0.944444:44:41:4:1:44:41:4:1 chr16 20043330 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.703;QD=63.5827;RBI=0.0247135;REFB=0;REVB=0.0163487;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024757;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr16 20334679 . C T 2353.62 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132709;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.435;QD=64.0441;RBI=0.027806;REFB=0;REVB=0.0244348;RO=0;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137604;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:75:72:0:0:75:72:0:0 chr16 20441053 . C G 1419.47 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.19;QD=61.7161;RBI=0.0180222;REFB=-0.0667936;REVB=0.000640105;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106514;STB=0.505617;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00010341;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:1:0:47:44:1:0 chr16 20441084 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.264;QD=59.8558;RBI=0.0379772;REFB=0;REVB=0.0338181;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91218e-05;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr16 20471450 . G A 573.89 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.801;QD=58.8604;RBI=0.0641822;REFB=0;REVB=0.0618111;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189414;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:18:17:0:0:20:19:0:0 chr16 20476852 . T C 1084.6 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00867723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.64;QD=54.9163;RBI=0.00874235;REFB=-0.041086;REVB=-0.00106506;RO=4;SAF=48;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417757;STB=0.522228;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00251821;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:4:4:74:75:0.949367:26:48:1:3:26:49:1:3 chr16 20488696 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.357;QD=40.7629;RBI=0.0220477;REFB=0;REVB=-0.0164679;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421736;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 20570661 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.719;QD=33.4286;RBI=0.0277116;REFB=0;REVB=-0.0241852;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255575;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 20576048 . C A 575.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.189;QD=60.5378;RBI=0.0287587;REFB=0;REVB=-0.0115172;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85242e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr16 20635418 . C T 363.37 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0359054;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8505;QD=17.9442;RBI=0.104865;REFB=-0.0215399;REVB=0.098526;RO=44;SAF=26;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29029;STB=0.656831;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0370679;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:43:38:38:0.469136:12:26:17:27:12:26:17:26 chr16 20636814 . G A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0171787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.681;QD=16.4797;RBI=0.0267946;REFB=-0.00863339;REVB=-0.0205632;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106659;STB=0.571354;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0172576;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:10:9:14:10:10:9:15:10 chr16 20638576 . A T 1566.28 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874721;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1163;QD=59.6678;RBI=0.0970725;REFB=0;REVB=0.0420915;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223721;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:55:47:0:0:55:50:0:0 chr16 20648702 . G A 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00287901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.872;QD=9.18379;RBI=0.0037936;REFB=-0.00847685;REVB=-0.00247037;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649951;STB=0.538427;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0186254;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:12:10:25:24:12:10:25:24 chr16 20748331 . C A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6128;QD=60.2042;RBI=0.0485743;REFB=0;REVB=0.046484;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472453;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:51:22:0:0:51:22:0:0 chr16 20753123 . T C 2030.86 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104362;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.738;QD=62.488;RBI=0.0178859;REFB=0;REVB=0.0145255;RO=0;SAF=54;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190332;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:76:54:0:0:76:54:0:0 chr16 20796387 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0846;QD=58.4196;RBI=0.0144194;REFB=0;REVB=-0.007469;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24993e-05;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr16 20809283 . C A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.163;QD=62.1619;RBI=0.017273;REFB=0;REVB=-0.0146383;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95799e-05;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr16 20811681 . C T 815.75 PASS AF=1;AO=46;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655826;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.867;QD=57.2456;RBI=0.10522;REFB=0;REVB=0.105016;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433906;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:46:57:1:22:24:0:0:30:27:0:0 chr16 20817757 . G C 1045.24 PASS AF=0.394137;AO=119;DP=305;FAO=121;FDP=307;FR=.;FRO=186;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=94;FSRR=92;FWDB=-0.000190268;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9028;QD=13.6187;RBI=0.00486931;REFB=-0.009077;REVB=0.00486559;RO=186;SAF=53;SAR=66;SRF=94;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653782;STB=0.541019;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0154247;OID=.;OPOS=20817757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:307:186:186:119:121:0.394137:66:53:94:92:68:53:94:92 chr16 20855309 . A G 1646.87 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0354653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9479;QD=58.2963;RBI=0.0391693;REFB=-0.0488559;REVB=0.0166266;RO=2;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172567;STB=0.509089;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00337581;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:54:57:0:2:54:57:0:2 chr16 20873767 . T G 505.62 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243075;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.845;QD=59.4842;RBI=0.00244739;REFB=0;REVB=0.000284933;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245311;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr16 20959918 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.771;QD=58.9627;RBI=0.0197133;REFB=0;REVB=0.0195353;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3027e-05;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr16 20966273 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00975904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.267;QD=54.6509;RBI=0.0856358;REFB=-0.0844608;REVB=0.0850779;RO=1;SAF=40;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116329;STB=0.50617;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00333056;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:12:40:1:0:12:40:1:0 chr16 20966362 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1302;QD=61.6781;RBI=0.0553697;REFB=0;REVB=0.0546774;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899285;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr16 20975069 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.046;QD=57.5451;RBI=0.0271106;REFB=0;REVB=-0.0270668;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03711e-05;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr16 20975303 . A G 911.6 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0197206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.035;QD=55.2485;RBI=0.0226697;REFB=-0.0472367;REVB=0.0111809;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.513154;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000748779;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:66:1:2:63:64:0.969697:27:36:1:0:27:37:2:0 chr16 20975522 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.551;QD=52.6132;RBI=0.0355908;REFB=0;REVB=0.0333927;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199996;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 20976360 . T G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.909;QD=62.6623;RBI=0.0531075;REFB=0;REVB=-0.0287555;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80455e-05;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:11:33:0:0:11:33:0:0 chr16 20981162 . T C 1479.84 PASS AF=0.989474;AO=95;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00546705;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.268;QD=62.3089;RBI=0.0360044;REFB=-0.0256581;REVB=0.0355869;RO=1;SAF=57;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824724;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000576008;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:95:94:0.989474:38:57:1:0:37:57:1:0 chr16 21008690 . T C 1301.08 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0203544;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.562;QD=58.4754;RBI=0.0212888;REFB=-0.188675;REVB=-0.0062382;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000557117;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:0:3:86:86:0.966292:51:35:0:0:51:35:0:3 chr16 21045369 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000851866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6704;QD=61.6833;RBI=0.0307675;REFB=0;REVB=-0.0307557;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049364;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr16 21190853 . A C 852.91 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0195819;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.688;QD=53.3066;RBI=0.027147;REFB=-0.0283156;REVB=0.0188018;RO=3;SAF=14;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909852;STB=0.54837;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00456201;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:3:3:61:61:0.953125:47:14:3:0:47:14:3:0 chr16 21217061 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.005899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5003;QD=15.5768;RBI=0.0232762;REFB=-0.0253016;REVB=-0.0225163;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0282445;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:15:15:15:9:15:15 chr16 21222672 . C A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00395577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.649;QD=17.791;RBI=0.00408021;REFB=-0.00853248;REVB=0.000999997;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612004;STB=0.534266;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00848083;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:17:16:13:18:17:16 chr16 21222941 . C A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00964683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.408;QD=10.4742;RBI=0.0102908;REFB=-0.00278427;REVB=-0.00358305;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902526;STB=0.546169;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00505993;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:13:6:14:22:13:6:14:23 chr16 21272591 . G C 451.42 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00438794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6764;QD=17.1971;RBI=0.0581256;REFB=0.0209035;REVB=0.0579598;RO=56;SAF=29;SAR=20;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189651;STB=0.605526;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0184085;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:20:29:22:34:20:29:22:34 chr16 21531133 . C G 111.9 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0178666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1945;QD=5.26568;RBI=0.0236076;REFB=-0.00494072;REVB=-0.0154305;RO=67;SAF=14;SAR=4;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295806;STB=0.689324;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0170501;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:67:18:18:0.211765:4:14:38:29:4:14:38:29 chr16 21531154 . G C 183.98 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=105;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.0226765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.68;QD=7.00878;RBI=0.0257851;REFB=-0.0104781;REVB=-0.0122739;RO=78;SAF=13;SAR=14;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212511;STB=0.626923;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0260997;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:78:78:27:27:0.257143:14:13:51:27:14:13:51:27 chr16 21531457 . T C 130.95 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0265828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8566;QD=7.48259;RBI=0.0889092;REFB=-0.0163662;REVB=-0.0848422;RO=51;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072787;STB=0.543757;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0410623;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:12:7:16:35:12:7:16:35 chr16 21531473 . G A 110.21 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0656555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1822;QD=6.2092;RBI=0.0658996;REFB=-0.00651712;REVB=-0.005667;RO=54;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197609;STB=0.620442;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0189863;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:9:8:17:37:9:8:17:37 chr16 21531494 . T C 1375.65 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.852;QD=62.5297;RBI=0.0778356;REFB=0;REVB=0.0393178;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129598;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:56:31:0:0:56:32:0:0 chr16 21531609 . C T 458.92 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0315197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.744;QD=36.7134;RBI=0.0377514;REFB=-0.0218962;REVB=0.0207768;RO=13;SAF=9;SAR=27;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368466;STB=0.538439;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00834629;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:14:36:36:0.72:27:9:4:9:27:9:5:9 chr16 21658389 . G A 623.67 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230131;FXX=0.0697512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8166;QD=62.3674;RBI=0.024197;REFB=0;REVB=0.00747633;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434348;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 21690559 . G A 631.56 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6621;QD=57.4142;RBI=0.125049;REFB=0;REVB=0.102627;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336879;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:37:44:1:19:18:0:0:26:18:0:0 chr16 21747633 . A C 66.51 PASS AF=0.149425;AO=12;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00534397;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.274;QD=3.05772;RBI=0.00787992;REFB=-0.00135913;REVB=0.00579095;RO=75;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124468;STB=0.611722;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00978666;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:75:74:12:13:0.149425:6:6:30:45:6:7:30:44 chr16 21747639 . G T 73.27 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.000435308;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4764;QD=3.15145;RBI=0.0422597;REFB=-0.0134891;REVB=-0.0422575;RO=79;SAF=7;SAR=7;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103329;STB=0.569795;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.018751;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:94:93:79:79:14:14:0.150538:7:7:33:46:7:7:33:46 chr16 21747662 . G A 110.08 PASS AF=0.178571;AO=20;DP=112;FAO=20;FDP=112;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.0160211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.075;QD=3.93134;RBI=0.0251855;REFB=-0.00384038;REVB=-0.0194328;RO=91;SAF=9;SAR=11;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418284;STB=0.530822;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0135979;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:91:92:20:20:0.178571:11:9:38:53:11:9:38:54 chr16 22137603 . G A 232.79 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000860596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.6;QD=16.0543;RBI=0.00895695;REFB=-0.0064517;REVB=0.00891551;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950512;STB=0.552827;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00757492;OID=.;OPOS=22137603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:26:27:0.465517:13:13:18:12:14:13:18:13 chr16 22144318 . C T 725.23 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2561;QD=61.7212;RBI=0.0593591;REFB=0;REVB=0.033883;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107524;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:25:21:1:0:25:22:0:0 chr16 22155629 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.896;QD=57.2376;RBI=0.0686859;REFB=0;REVB=0.0228392;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270895;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr16 22161136 . T C 570.02 PASS AF=1;AO=25;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113;QD=60.0017;RBI=0.162025;REFB=0;REVB=0.0572716;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258106;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:25:38:1:20:5:0:0:20:18:0:0 chr16 22178256 . G A 744.65 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178483;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8871;QD=53.189;RBI=0.0341101;REFB=-0.150565;REVB=0.0290678;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313873;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00381335;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:2:2:53:54:0.964286:29:24:0:2:29:25:0:2 chr16 22261980 . C T 366.53 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0380614;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.837;QD=26.6564;RBI=0.0593898;REFB=-0.0393901;REVB=-0.0455903;RO=19;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486762;STB=0.539493;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0214033;OID=.;OPOS=22261980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:19:20:34:35:0.636364:19:15:7:12:19:16:7:13 chr16 22262514 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.736;QD=57.2025;RBI=0.0743868;REFB=0;REVB=0.00278268;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436303;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 22269867 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.291;QD=59.3211;RBI=0.0314212;REFB=0;REVB=0.0273409;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32711e-05;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr16 22357850 . C CAG 869.49 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820091;FXX=0.0322529;HRUN=0;LEN=2;MLLD=226.295;QD=57.9661;RBI=0.0229944;REFB=0;REVB=0.0214822;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.1856e-05;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:63:60:60:0:27:33:0:0:5:2:24:32:1:1 chr16 22826339 . A G 355.38 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0358413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.65;QD=12.4696;RBI=0.037077;REFB=-0.00996409;REVB=-0.00949228;RO=70;SAF=13;SAR=30;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182299;STB=0.600752;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0138401;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:71:43:43:0.377193:30:13:32:38:30:13:32:39 chr16 23072833 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.409;QD=63.0525;RBI=0.0229756;REFB=0;REVB=0.00832789;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17711e-05;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr16 23073531 . C G 529.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7766;QD=58.8681;RBI=0.082739;REFB=0;REVB=0.0822638;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223335;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:13:23:0:0 chr16 23098422 . A G 2267.24 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177529;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6194;QD=63.4194;RBI=0.0353788;REFB=0;REVB=-0.0306022;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123509;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:142:143:1:69:73:0:0:70:73:0:0 chr16 23099058 . G A 157.07 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0316683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.214;QD=16.1094;RBI=0.0323365;REFB=0.00278554;REVB=0.00654004;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104869;STB=0.560437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0051858;OID=.;OPOS=23099058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:10:12:11:6:10:12 chr16 23200761 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.654;QD=58.4196;RBI=0.0145727;REFB=0;REVB=-0.0129645;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12833e-05;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr16 23200848 . T C 1590.44 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5429;QD=63.6175;RBI=0.0510409;REFB=0;REVB=-0.0106261;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529473;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:41:58:0:0:41:59:0:0 chr16 23360199 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.879;QD=51.9167;RBI=0.0755108;REFB=0;REVB=0.010583;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226028;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr16 23477997 . CCA C 101.97 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00584754;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.681;QD=12.36;RBI=0.0173551;REFB=-0.0133897;REVB=-0.0163403;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628588;STB=0.534838;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.0151085;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:13:35:15:33:18:10:5:13:5:99:18:10:3:13:5 chr16 23489711 . C G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00476489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.556;QD=16.7276;RBI=0.0297444;REFB=0.00497607;REVB=0.0293603;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119416;STB=0.568183;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00654954;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:13:6:7:9:13:6 chr16 23546561 . G C 108.66 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00666665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4861;QD=13.5824;RBI=0.00677649;REFB=-0.00946977;REVB=-0.00121519;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145442;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0211683;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:9:10:5:8:9:10 chr16 23563501 . C T 972.07 PASS AF=0.534091;AO=94;DP=177;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=69;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=0.00382888;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.786;QD=22.0925;RBI=0.0201285;REFB=-0.0191667;REVB=0.019761;RO=82;SAF=25;SAR=69;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788059;STB=0.543217;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0209534;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:82:82:94:94:0.534091:69:25:28:54:69:25:28:54 chr16 23582153 . G A 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00363962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.732;QD=27.2642;RBI=0.0537287;REFB=0.0118688;REVB=-0.0536053;RO=13;SAF=16;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200612;STB=0.611657;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00500884;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:6:16:6:7:6:16:6:7 chr16 23582355 . GTTTTTTTTTT GTGTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTC 141.66 PASS AF=0,0.826087,0.130435;AO=2,14,2;DP=49;FAO=0,38,6;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=0,14,1;FSAR=0,24,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181045,0.289788,0.26107;FXX=0.061212;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,1;MLLD=199.917,5.85766,13.7486;QD=12.3186;RBI=0.0320346,0.325768,0.282073;REFB=0.00270352,-0.0816945,-0.102014;REVB=-0.0264281,0.148822,0.106808;RO=18;SAF=0,3,1;SAR=2,11,1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.521726,-0.319221,0;STB=0.5,0.533316,0.749058;STBP=1,0.126,0.073;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0196264,0.0857942,0.211948;OID=.,.,.;OPOS=23582357,23582356,23582365;OREF=T,T,T;OALT=G,-,C;OMAPALT=GTGTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.826087,0.130435:2,14,2:49:0,38,6:46:2:0,14,1:0,24,5:2:0:25:18:0,3,1:2,11,1:9:9 chr16 23585061 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00616526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.108;QD=61.8139;RBI=0.0149285;REFB=-0.0333404;REVB=0.0135959;RO=1;SAF=6;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108221;STB=0.505745;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00255893;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:43:6:0:1:43:6:0:1 chr16 23607504 . G C 229.88 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00886592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8901;QD=22.4277;RBI=0.0180319;REFB=-0.0145778;REVB=-0.0157017;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.565553;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.017348;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:12:10:6:12:12:10:6:13 chr16 23646191 . T C 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00545122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4207;QD=10.0157;RBI=0.0574005;REFB=-0.0199046;REVB=0.057141;RO=47;SAF=7;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312151;STB=0.683256;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0279056;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:16:7:27:20:16:7:27:20 chr16 23677006 . A G 1362.38 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142943;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.265;QD=62.6384;RBI=0.0158248;REFB=0;REVB=-0.0157601;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29843e-05;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:45:42:0:0 chr16 23701538 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.172;QD=58.586;RBI=0.019429;REFB=0;REVB=-0.00280178;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019359;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr16 23711925 . C G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.896;QD=61.0485;RBI=0.0101438;REFB=0;REVB=-0.00573293;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03255e-06;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr16 24166130 . T C 275.31 PASS AF=0.484375;AO=29;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000490943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.48;QD=17.207;RBI=0.00427754;REFB=-0.0156527;REVB=-0.00424928;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177461;STB=0.589573;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0152323;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:29:31:0.484375:9:20:17:16:10:21:17:16 chr16 24570862 . C G 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00706618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.364;QD=17.9198;RBI=0.0174303;REFB=0.00234981;REVB=0.0159337;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219599;STB=0.622584;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00432219;OID=.;OPOS=24570862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:12:22:13:19:12:22 chr16 24788434 . C A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00579935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.833;QD=27.2778;RBI=0.0112143;REFB=-0.020644;REVB=0.00959833;RO=18;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248346;STB=0.649239;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00686548;OID=.;OPOS=24788434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:20:8:11:7:20:8:12:7 chr16 24788645 . T A 286.33 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0167253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.468;QD=24.3684;RBI=0.0172909;REFB=-0.00947918;REVB=-0.00438619;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252104;STB=0.538422;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0190026;OID=.;OPOS=24788645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:18:19:0.404255:13:5:6:14:12:7:6:14 chr16 24801737 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0396235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.626;QD=4.81155;RBI=0.0482234;REFB=-0.00751226;REVB=-0.0274859;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270373;STB=0.68122;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0135567;OID=.;OPOS=24801737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:13:10:4:2:13:10 chr16 24802325 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.022877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.268;QD=17.8275;RBI=0.0228804;REFB=-0.00917948;REVB=-0.000391626;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494616;STB=0.794549;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00844868;OID=.;OPOS=24802325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:5:6:11:1:5:6 chr16 24902194 . T C 2413.07 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129212;FXX=0.00617246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.666;QD=59.9521;RBI=0.0171311;REFB=-0.126262;REVB=0.0112479;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=4.39462e-05;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:162:161:0:1:159:160:0.993789:78:81:0:0:79:81:1:0 chr16 25043277 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2811;QD=59.4356;RBI=0.0486398;REFB=0;REVB=0.0427754;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708364;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr16 25137289 . G C 483.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.811;QD=58.6623;RBI=0.0161336;REFB=0;REVB=0.00400675;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09259e-05;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr16 25137385 . G A 356.38 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0231746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.389;QD=14.2554;RBI=0.0233055;REFB=-0.00463847;REVB=-0.00246657;RO=61;SAF=17;SAR=22;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147255;STB=0.583631;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0154072;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:22:17:35:26:22:17:35:26 chr16 25137449 . A T 579.14 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00905753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.116;QD=21.6502;RBI=0.0153734;REFB=-0.00128688;REVB=-0.0124219;RO=49;SAF=28;SAR=30;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282487;STB=0.515499;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00112072;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:30:28:22:27:30:28:22:27 chr16 25239805 . G C 825.42 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00172656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5155;QD=54.1257;RBI=0.053593;REFB=-0.0546909;REVB=0.0535652;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277382;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0123665;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:33:26:0:2:33:26:0:2 chr16 25255506 . C T 760.06 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.958;QD=56.3007;RBI=0.0307552;REFB=0;REVB=0.0288822;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332752;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:28:23:0:0:31:23:0:0 chr16 25258035 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.294;QD=51.1842;RBI=0.01935;REFB=0;REVB=-0.0166219;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73306e-05;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr16 25263278 . G A 1055.36 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7218;QD=59.4568;RBI=0.0182968;REFB=0;REVB=-0.0166916;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244098;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:42:29:0:0 chr16 25268368 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.321;QD=35.5759;RBI=0.0418771;REFB=0;REVB=0.0202273;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051979;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 27226106 . G A 295.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0113063;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.824;QD=20.0407;RBI=0.0118403;REFB=-0.00653465;REVB=0.00351591;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159501;STB=0.588843;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00480641;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:20:11:15:13:20:11:15:13 chr16 27356203 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.927;QD=64.415;RBI=0.0282721;REFB=0;REVB=0.0228289;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023988;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr16 27371158 . C T 885.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1756;QD=58.0465;RBI=0.0742638;REFB=0;REVB=-0.0196702;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675119;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr16 27373930 . TG T 34.3 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0450075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5773;QD=9.14746;RBI=0.130545;REFB=-0.114296;REVB=0.122541;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.478673;SSSB=0.373885;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=0.11628;OID=.;OPOS=27373931;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:6:15:7:15:8:6:1:4:4:32:8:5:1:4:4 chr16 27772901 . G A 843.49 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.554;QD=54.4188;RBI=0.0244217;REFB=-0.0757259;REVB=0.00789862;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.517851;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000324265;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:60:60:0.967742:33:27:1:0:33:27:2:0 chr16 27974487 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0226033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7648;QD=20.16;RBI=0.0865466;REFB=0.0115489;REVB=-0.0835429;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715741;STB=0.526283;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0188871;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:6:10:7:6:6:10:8:6 chr16 28009709 . G T 248.5 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0197006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.792;QD=14.0002;RBI=0.0239772;REFB=-0.0177875;REVB=-0.0136673;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180724;STB=0.59414;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0283636;OID=.;OPOS=28009709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:14:15:14:27:14:15:15:27 chr16 28123226 . G A 807.81 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.0028696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.129;QD=19.0072;RBI=0.00647931;REFB=0.00518731;REVB=-0.0058092;RO=87;SAF=26;SAR=57;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281491;STB=0.655516;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00327577;OID=.;OPOS=28123226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:87:87:83:83:0.488235:57:26:53:34:57:26:53:34 chr16 28354077 . G A 102.81 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0314069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4534;QD=6.04775;RBI=0.0315634;REFB=-0.0133041;REVB=-0.00313947;RO=52;SAF=12;SAR=4;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39678e-08;STB=0.5;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0667376;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:4:12:39:13:4:12:39:13 chr16 28506872 . A G 39.01 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0235429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2737;QD=12.0031;RBI=0.192673;REFB=-0.0254147;REVB=-0.191229;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00706221;OID=.;OPOS=28506872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr16 28508048 . A G 52.89 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.023092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0671;QD=21.1555;RBI=0.0460528;REFB=-0.00906153;REVB=0.039845;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00592768;OID=.;OPOS=28508048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr16 28508447 . A G 294.17 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0243494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.948;QD=28.0159;RBI=0.0243754;REFB=-0.00871926;REVB=-0.00112627;RO=16;SAF=19;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136606;STB=0.575696;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00451371;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:7:19:9:7:7:19:9:7 chr16 28508593 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00657849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.116;QD=12.0154;RBI=0.0224253;REFB=-0.00722274;REVB=0.0214387;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505451;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00262364;OID=.;OPOS=28508593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:5:2:5:1:5:2 chr16 28508716 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.874;QD=57.1998;RBI=0.0462337;REFB=0;REVB=0.0399512;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106087;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 28602991 . A G 141.85 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0633861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.878;QD=11.1253;RBI=0.0634386;REFB=-0.011274;REVB=-0.00257999;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163291;STB=0.597578;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0155844;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:13:4:12:22:13:4:12:22 chr16 28603393 . T C 424.23 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0168095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1676;QD=51.4223;RBI=0.0321004;REFB=0.00927499;REVB=-0.0273473;RO=2;SAF=6;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13229;STB=0.562457;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00294006;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:30:31:0.939394:24:6:2:0:24:7:2:0 chr16 28617485 . C T 1324.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550998;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.938;QD=62.3485;RBI=0.039106;REFB=0;REVB=-0.0387159;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95344e-05;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:41:44:0:0 chr16 28617507 . C T 146.96 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00774049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.701;QD=5.65225;RBI=0.0235431;REFB=-0.0068843;REVB=-0.0222343;RO=80;SAF=14;SAR=9;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152771;STB=0.599409;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0347756;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:81:23:23:0.221154:9:14:39:41:9:14:39:42 chr16 28617552 . C G 162.3 PASS AF=0.230088;AO=25;DP=110;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00089888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.54;QD=5.74502;RBI=0.00266531;REFB=-0.00503362;REVB=0.00250917;RO=83;SAF=14;SAR=11;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827357;STB=0.551591;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0161122;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:83:87:25:26:0.230088:11:14:41:42:12:14:41:46 chr16 28619911 . T C 89.93 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.00580815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.603;QD=3.82676;RBI=0.0246053;REFB=-0.00126206;REVB=-0.0239099;RO=77;SAF=9;SAR=7;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062139;STB=0.534018;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00378366;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:93:94:77:78:16:16:0.170213:7:9:47:30:7:9:47:31 chr16 28619920 . A G 96.83 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.02937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.225;QD=3.87305;RBI=0.0294755;REFB=-0.00650951;REVB=0.00249103;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779691;STB=0.55101;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0235575;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:83:83:17:17:0.17:8:9:49:34:8:9:49:34 chr16 28620120 . C T 381.11 PASS AF=0.262911;AO=56;DP=213;FAO=56;FDP=213;FR=.;FRO=157;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=-0.0182942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8544;QD=7.15704;RBI=0.0363116;REFB=0.00202368;REVB=-0.0313665;RO=157;SAF=22;SAR=34;SRF=76;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115011;STB=0.568382;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00364949;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:157:157:56:56:0.262911:34:22:76:81:34:22:76:81 chr16 28621311 . T C 528.45 PASS AF=0.470588;AO=54;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0338199;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.35;QD=17.763;RBI=0.0339559;REFB=-0.0289311;REVB=0.00303536;RO=62;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796546;STB=0.556533;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0254096;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:63:54:56:0.470588:26:28:27:35:26:30:27:36 chr16 28649787 . G A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0191501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.896;QD=30.8213;RBI=0.0301276;REFB=-0.000899151;REVB=-0.0232583;RO=3;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177598;STB=0.599822;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000221842;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:9:3:2:1:9:3:2:1 chr16 28836751 . G A 218.64 PASS AF=0.4;AO=27;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0277793;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.788;QD=13.4545;RBI=0.0288375;REFB=-0.0040435;REVB=0.00774011;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044551;STB=0.515428;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00506187;OID=.;OPOS=28836751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:27:26:0.4:12:15:20:19:12:14:20:19 chr16 28842311 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.351;QD=59.0187;RBI=0.0175902;REFB=0;REVB=0.0175255;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02207e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr16 28846866 . G A 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000893699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0059;QD=15.8384;RBI=0.0945047;REFB=-0.00887714;REVB=0.0945005;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.59976;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0136355;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:2:5:4:4:2:5 chr16 28898793 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000911253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.531;QD=21.5108;RBI=0.00713704;REFB=-0.0361241;REVB=-0.00707862;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181936;STB=0.603324;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0182207;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:4:14:9:6:4:14:9:6 chr16 28909622 . G A 191.13 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000670042;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.733;QD=13.4124;RBI=0.00727892;REFB=-0.0191961;REVB=-0.00724801;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100107;STB=0.565293;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0167476;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:11:12:14:19:11:12:14:20 chr16 28915527 . G A 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0209165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.343;QD=15.1569;RBI=0.0215661;REFB=-0.0145894;REVB=0.00525313;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118934;STB=0.571806;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0117152;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:17:8:13:17:17:8:14:18 chr16 28944321 . G A 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00782336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.94;QD=17.2001;RBI=0.00782574;REFB=-0.0113579;REVB=0.000193053;RO=56;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415951;STB=0.523151;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0136391;OID=.;OPOS=28944321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:25:24:25:31:25:24:25:31 chr16 28944396 . C G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0336825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3718;QD=16.8824;RBI=0.0385568;REFB=-0.0629045;REVB=-0.0187647;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121036;STB=0.569527;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0626395;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:9:8:9:6:9:8 chr16 28995757 . C A 726.9 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124778;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.492;QD=59.3384;RBI=0.01718;REFB=-0.0369073;REVB=-0.0118093;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024107;STB=0.504049;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000827499;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:49:1:2:47:47:0.959184:19:28:0:1:19:28:1:1 chr16 29057392 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.001;QD=43.4858;RBI=0.019897;REFB=0;REVB=-0.00445676;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319078;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 29063626 . C A 73.77 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0493664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1022;QD=11.8037;RBI=0.0527145;REFB=-0.0297376;REVB=0.0184873;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409094;STB=0.524224;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0539628;OID=.;OPOS=29063626;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:11:4:3:7:11:4 chr16 29124421 . T C 455.94 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.020418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.658;QD=15.3256;RBI=0.0225524;REFB=-0.00922087;REVB=0.0095768;RO=68;SAF=29;SAR=22;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173571;STB=0.597216;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0160646;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:22:29:27:41:22:29:27:41 chr16 29580611 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8529;QD=52.6128;RBI=0.067195;REFB=0;REVB=-0.0319189;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026901;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr16 29675326 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00392272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.953;QD=16.0652;RBI=0.0163248;REFB=0.00378822;REVB=0.0158465;RO=24;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.666455;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00302785;OID=.;OPOS=29675326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:15:3:9:15:15:3:9:15 chr16 29675928 . C T 291.38 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00897951;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.754;QD=40.1908;RBI=0.0297412;REFB=-0.0371708;REVB=0.0283533;RO=5;SAF=18;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611655;STB=0.533305;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00292389;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:30:29:5:5:24:24:0.827586:6:18:3:2:6:18:3:2 chr16 29679989 . A G 611.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216005;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.373;QD=61.1674;RBI=0.0221958;REFB=0;REVB=-0.00510611;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023736;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:15:25:0:0 chr16 29680256 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.767;QD=45.8068;RBI=0.0261113;REFB=0;REVB=0.0110689;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016003;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr16 29680389 . A C 496.59 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.00765256;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.366;QD=16.1491;RBI=0.00808493;REFB=-0.0100864;REVB=0.00260852;RO=69;SAF=36;SAR=18;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109558;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:69:69:54:54:0.439024:18:36:46:23:18:36:46:23 chr16 29706275 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0105367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.697;QD=21.7444;RBI=0.0127545;REFB=-0.0011907;REVB=-0.00718711;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261199;STB=0.646282;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00122505;OID=.;OPOS=29706275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:2:9:7:8:2:9 chr16 29708350 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000612656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5893;QD=58.7798;RBI=0.04019;REFB=0;REVB=-0.0401853;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452397;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr16 29790864 . G A 1227.27 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.381;QD=61.3637;RBI=0.0535316;REFB=0;REVB=0.053013;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437612;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr16 29791561 . T G 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9057;QD=62.9073;RBI=0.0407604;REFB=0;REVB=-0.0349271;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451328;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr16 29791721 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2534;QD=54.5171;RBI=0.0113874;REFB=0;REVB=0.00855048;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427648;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 29814234 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.929;QD=61.0492;RBI=0.0138813;REFB=0;REVB=0.0135779;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17402e-05;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr16 29821744 . G A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.55;QD=60.3758;RBI=0.00862999;REFB=0;REVB=0.00469549;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25685e-05;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr16 29825126 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.556;QD=60.0309;RBI=0.0353987;REFB=0;REVB=-0.0313105;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5853e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr16 29826538 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.651;QD=33.4285;RBI=0.0173674;REFB=0;REVB=0.0022016;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245763;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:3:1:0:0:4:2:0:0 chr16 29876150 . CAA CA,C 285.56 PASS AF=1,0;AO=36,8;DP=59;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0825251,-0.0466877;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.02222,8.26785;QD=19.3601;RBI=0.145872,0.0788857;REFB=0.095974,0.0768926;REVB=0.120284,0.0635863;RO=11;SAF=20,4;SAR=16,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0832537,0.131886;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0204395,0.0373729;OID=.,.;OPOS=29876151,29876151;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,8:59:59,0:59:0:32,0:27,0:0:0:3:11:20,4:16,4:4:7 chr16 29908433 . C G 297.5 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.066805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9747;QD=16.0813;RBI=0.092954;REFB=-0.0245503;REVB=-0.0646339;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316173;STB=0.532;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0239047;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:41:33:33:0.445946:18:15:19:20:18:15:21:20 chr16 30081367 . G T 1176.6 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.925;QD=59.5746;RBI=0.0413749;REFB=-0.120889;REVB=0.0394985;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000622291;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:0:1:78:78:0.987342:43:35:0:0:43:35:1:0 chr16 30097630 . C T 435.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.301;QD=56.2301;RBI=0.112067;REFB=0;REVB=0.109963;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635926;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr16 30119525 . C A 569.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.355;QD=59.9209;RBI=0.0239459;REFB=0;REVB=-0.0131872;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40009e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:28:9:0:0:29:9:0:0 chr16 30198151 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.167;QD=48.7373;RBI=0.016671;REFB=0;REVB=-0.00177282;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03076e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr16 30393660 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.624;QD=61.3364;RBI=0.0125393;REFB=0;REVB=-0.00576731;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83436e-06;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr16 30408765 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.747;QD=61.6839;RBI=0.0564952;REFB=0;REVB=-0.0207251;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246481;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr16 30518041 . G C 144.09 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0242667;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.192;QD=14.4085;RBI=0.0245408;REFB=-0.00193576;REVB=0.00365758;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118024;STB=0.568876;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0033221;OID=.;OPOS=30518041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:10:14:11:5:10:14 chr16 30528978 . C T 488.75 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0366607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.807;QD=33.1354;RBI=0.0370388;REFB=-0.0517288;REVB=-0.00527902;RO=15;SAF=27;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113008;STB=0.553707;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0178411;OID=.;OPOS=30528978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:16:43:43:0.728814:16:27:6:9:16:27:7:9 chr16 30536672 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0540698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.875;QD=20.3167;RBI=0.0543891;REFB=-0.0318883;REVB=0.00588469;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173386;STB=0.509794;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0156092;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:6:12:13:6:6:12 chr16 30615965 . AGGGGT AGGGT,AGGGTG 70.43 PASS AF=0.340909,0.0227273;AO=15,2;DP=44;FAO=15,1;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4,0;FSAR=11,1;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0240013,-0.0268708;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=17.7927,234.621;QD=6.4029;RBI=0.256946,0.0515756;REFB=-0.103527,-0.00969001;REVB=-0.255823,-0.0440228;RO=23;SAF=3,1;SAR=12,1;SRF=22;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.683179,-0.655885;STB=0.822355,0.99588;STBP=0.007,0.085;TYPE=del,mnp;VARB=0.029816,0.0394356;OID=.,.;OPOS=30615966,30615969;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGT,AGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909,0.0227273:15,2:44:15,1:44:28:4,0:11,1:23:5:67:23:3,1:12,1:22:1 chr16 30666367 . C T 233.52 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0304786;FXX=0.058812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.042;QD=19.4596;RBI=0.0404476;REFB=-0.0144413;REVB=-0.0265906;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671389;STB=0.545418;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0230683;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:23:24:24:24:0.5:15:9:7:16:15:9:7:17 chr16 30724070 . G T 1320.44 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2684;QD=62.1385;RBI=0.0526907;REFB=0;REVB=-0.0135535;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443327;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr16 30734962 . CC CA,TA 250.8 PASS AF=0.9,0.1;AO=18,2;DP=20;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315711,0.030175;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=285.339,132.847;QD=50.1593;RBI=0.0319948,0.0317784;REFB=0,0;REVB=-0.00518986,-0.00996669;RO=0;SAF=10,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00232541,0.0304286;OID=.,.;OPOS=30734963,30734962;OREF=C,CC;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:20:20:0:0:18,2:18,2:0.9,0.1:8,2:10,0:0:0:8,2:10,0:0:0 chr16 30762640 . C T 467.98 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0302121;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.889;QD=49.2614;RBI=0.0302344;REFB=-0.168077;REVB=-0.00116141;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518702;STB=0.552601;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00216111;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:2:4:34:34:0.894737:17:17:2:0:17:17:4:0 chr16 30772004 . GAA G 99.17 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0736378;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=2;MLLD=38.8674;QD=14.6918;RBI=0.100879;REFB=0.0117818;REVB=-0.068949;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23066;STB=0.677122;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=-0.0155478;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:13:28:14:27:13:2:12:5:8:88:12:2:11:4:8 chr16 30779716 . A G 2339.18 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397631;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.743;QD=60.7578;RBI=0.0566013;REFB=0;REVB=0.0402816;RO=0;SAF=51;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53143e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:149:154:1:98:51:0:0:101:53:0:0 chr16 30780828 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.395;QD=57.2026;RBI=0.0152571;REFB=0;REVB=-0.00458641;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69353e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 30886643 . T C 100.66 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0204513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2219;QD=7.59673;RBI=0.0441065;REFB=-0.0230638;REVB=-0.0390785;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218068;STB=0.633954;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0306337;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:9:5:21:18:9:5:21:18 chr16 30936081 . G A 786.13 PASS AF=0.451613;AO=84;DP=186;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0735161;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0359;QD=16.9061;RBI=0.0736979;REFB=-0.00481363;REVB=0.00517355;RO=102;SAF=48;SAR=36;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14762;STB=0.58191;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0058105;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:102:102:84:84:0.451613:36:48:43:59:36:48:43:59 chr16 30958829 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0190378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.391;QD=19.1085;RBI=0.0207513;REFB=-0.0265437;REVB=-0.00825694;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0170869;OID=.;OPOS=30958829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:3:3:5:4:3:3 chr16 30964940 . A G 901.29 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0797686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0883;QD=53.8083;RBI=0.080083;REFB=-0.12488;REVB=0.0070891;RO=3;SAF=30;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167643;STB=0.508884;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.023283;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:34:30:2:1:34:30:2:1 chr16 30997429 . G T 1034.31 PASS AF=0.409253;AO=114;DP=280;FAO=115;FDP=281;FR=.;FRO=166;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=91;FSRR=75;FWDB=0.00933029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.734;QD=14.7233;RBI=0.011426;REFB=-0.0188404;REVB=-0.00659538;RO=166;SAF=59;SAR=55;SRF=91;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325713;STB=0.515676;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0290178;OID=.;OPOS=30997429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:166:166:114:115:0.409253:55:59:91:75:55:60:91:75 chr16 30999462 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0337247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6978;QD=18.4385;RBI=0.0338233;REFB=-0.010996;REVB=-0.00258016;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00730677;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:13:16:16:13:13:16 chr16 31075175 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0079543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.326;QD=13.3417;RBI=0.0422078;REFB=0.0132147;REVB=0.0414515;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576337;STB=0.533182;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0189366;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:15:17:10:11:15:17 chr16 31075708 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.809;QD=51.9156;RBI=0.0128921;REFB=0;REVB=0.00549152;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157241;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr16 31088347 . G A 550.31 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0352846;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2253;QD=23.4172;RBI=0.0510268;REFB=-0.0403924;REVB=0.036861;RO=43;SAF=23;SAR=28;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1083;STB=0.55951;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0299962;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:43:51:51:0.542553:28:23:25:18:28:23:25:18 chr16 31088625 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0261945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.228;QD=15.2625;RBI=0.0270805;REFB=-0.0192162;REVB=-0.00687054;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199351;STB=0.631378;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0275085;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:8:5:9:6:8:5:10:6 chr16 31090407 . G C 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0105544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.432;QD=22.9027;RBI=0.0109151;REFB=-0.0173145;REVB=0.00278259;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157187;STB=0.586171;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.017349;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:24:22:11:27:24:22:11:27 chr16 31092075 . G A 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00859986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.049;QD=11.8803;RBI=0.0110788;REFB=-0.00632275;REVB=0.00698445;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896757;STB=0.524967;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00881416;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:15:15:0.348837:7:8:16:10:7:8:16:12 chr16 31093892 . A G 954.29 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.964;QD=58.7255;RBI=0.0928549;REFB=0;REVB=0.090386;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444021;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr16 31093954 . C T 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0271278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.932;QD=14.0942;RBI=0.0271524;REFB=-0.00384455;REVB=0.00115474;RO=61;SAF=27;SAR=15;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588535;STB=0.533317;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00562903;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:15:27:36:25:15:27:36:25 chr16 31096164 . G C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00682636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.574;QD=21.7425;RBI=0.0190561;REFB=-0.00397163;REVB=0.0177914;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00301513;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:7:4:9:6:7:4 chr16 31099011 . T C 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0151096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.759;QD=19.1534;RBI=0.0215811;REFB=-0.0118215;REVB=0.0154092;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357615;STB=0.69983;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0120841;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:19:4:12:9:19:4 chr16 31102321 . C T 457.17 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00836814;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8336;QD=25.3981;RBI=0.0136254;REFB=-0.0234703;REVB=-0.0107529;RO=28;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341287;STB=0.511622;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0306133;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:28:29:43:43:0.597222:22:21:15:13:22:21:15:14 chr16 31121793 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0113075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.251;QD=21.0139;RBI=0.0155235;REFB=-0.0212231;REVB=-0.0106358;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119385;STB=0.567454;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0167065;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:6:1:3:8:6:1 chr16 31141826 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.821;QD=48.7371;RBI=0.0501416;REFB=0;REVB=0.0499899;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111423;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr16 31141880 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.736;QD=49.5992;RBI=0.0301013;REFB=0;REVB=0.0288427;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290411;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 31153105 . A G 777.79 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.375;QD=56.5665;RBI=0.034499;REFB=0;REVB=-0.0180887;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222361;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr16 31193942 . C A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0102867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.078;QD=16.9316;RBI=0.010424;REFB=-0.0154754;REVB=0.00168652;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214087;STB=0.623086;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0095448;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:4:8:5:7:4:8 chr16 31195279 . C T 324.17 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0198084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.822;QD=28.8153;RBI=0.0445156;REFB=-0.0519383;REVB=0.0398657;RO=16;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105986;STB=0.568672;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0352651;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:17:28:28:0.622222:15:13:10:6:15:13:11:6 chr16 31230463 . C T 316.95 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00814021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.903;QD=27.5612;RBI=0.0229724;REFB=-0.0245515;REVB=0.0214818;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976214;STB=0.558781;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0185978;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:17:10:9:9:18:10:9:9 chr16 31336719 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.000348484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.334;QD=15.172;RBI=0.0136044;REFB=-0.00498711;REVB=-0.0136;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172067;STB=0.600727;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00995519;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:14:3:7:17:14:3:7:17 chr16 31374535 . C G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0148864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.332;QD=27.1541;RBI=0.0313047;REFB=-0.0288548;REVB=0.0275387;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526313;STB=0.52937;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00533163;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:4:2:6:8:4:2 chr16 31422429 . T C 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0113152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.984;QD=18.0549;RBI=0.0140304;REFB=0.00629141;REVB=0.00829576;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509464;STB=0.528438;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00563944;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:18:15:14:21:18:15:14:21 chr16 31724836 . T C 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0208398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5994;QD=53.4964;RBI=0.059032;REFB=0.00548321;REVB=-0.0552312;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00629517;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:18:16:2:0:18:16:2:0 chr16 31765220 . G A 929.95 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8078;QD=58.1216;RBI=0.123501;REFB=0;REVB=0.119015;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102615;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:26:36:0:0:28:36:0:0 chr16 31926619 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.957;QD=52.6132;RBI=0.0413973;REFB=0;REVB=-0.0147606;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63267e-05;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chr16 32077537 . G T 440.04 PASS AF=0.346667;AO=52;DP=150;FAO=52;FDP=150;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=27;FWDB=-0.00155088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.069;QD=11.7345;RBI=0.00302932;REFB=-0.0043944;REVB=0.00260221;RO=96;SAF=26;SAR=26;SRF=69;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250385;STB=0.646615;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00999029;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:96:98:52:52:0.346667:26:26:69:27:26:26:71:27 chr16 32077580 . A G 385.09 PASS AF=0.31677;AO=51;DP=161;FAO=51;FDP=161;FR=.;FRO=110;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=35;FWDB=0.0121379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9591;QD=9.56753;RBI=0.0121529;REFB=-0.0227005;REVB=0.000603087;RO=109;SAF=28;SAR=23;SRF=74;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158047;STB=0.593254;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.042321;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:109:110:51:51:0.31677:23:28:74:35:23:28:75:35 chr16 32077650 . G T 369.34 PASS AF=0.415842;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0163959;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.842;QD=14.6272;RBI=0.0165408;REFB=0.000187623;REVB=0.00218518;RO=59;SAF=21;SAR=19;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126906;STB=0.570852;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000307591;OID=.;OPOS=32077650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:40:42:0.415842:19:21:38:21:20:22:38:21 chr16 33629700 . G A 233.14 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0104279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.142;QD=7.97072;RBI=0.0184992;REFB=-0.0137219;REVB=-0.01528;RO=82;SAF=14;SAR=19;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918585;STB=0.554711;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0360442;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:82:84:33:33:0.282051:19:14:41:41:19:14:42:42 chr16 33629846 . T A 208.37 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00828517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.645;QD=11.4174;RBI=0.012359;REFB=-0.00391435;REVB=0.00917061;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267317;STB=0.647192;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00953277;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:16:10:29:17:16:10:29:18 chr16 33629950 . G T 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=16;FWDB=-0.0119068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.162;QD=12.3758;RBI=0.012717;REFB=-0.00166103;REVB=-0.00446669;RO=65;SAF=13;SAR=26;SRF=49;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43771;STB=0.746873;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0035372;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:26:13:49:16:26:13:49:16 chr16 33629973 . G A 327.07 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0432049;FXX=0.0594001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.781;QD=13.7712;RBI=0.0656254;REFB=-0.0467762;REVB=-0.0493967;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=39;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446244;STB=0.687406;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0482614;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:95:44:58:37:37:0.389474:22:15:39:5:22:15:42:16 chr16 33630022 . A T 264.31 PASS AF=0.3;AO=35;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0058309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.178;QD=8.81029;RBI=0.00923276;REFB=-0.0092648;REVB=-0.00715852;RO=84;SAF=20;SAR=15;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433506;STB=0.514011;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0199758;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:84:84:35:36:0.3:15:20:45:39:16:20:45:39 chr16 33961238 . C A 35.67 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.046763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.432;QD=1.50201;RBI=0.0468777;REFB=-0.00600665;REVB=-0.00327668;RO=85;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122714;STB=0.592381;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0294613;OID=.;OPOS=33961238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:85:86:9:9:0.0947368:6:3:37:48:6:3:37:49 chr16 33961249 . CC TG 58.72 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0174164;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.933;QD=2.60971;RBI=0.0311936;REFB=-0.00607794;REVB=0.0258788;RO=78;SAF=4;SAR=8;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132012;STB=0.593589;STBP=0.514;TYPE=mnp;VARB=0.0321116;OID=.;OPOS=33961249;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:93:90:78:78:12:12:0.133333:8:4:34:44:8:4:34:44 chr16 33961317 . G A 139.01 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0161825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.693;QD=12.0874;RBI=0.0176711;REFB=-0.029916;REVB=0.00709886;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264308;STB=0.515605;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0250306;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:11:5:10:20:11:5:10:20 chr16 33961327 . G T 97.3 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00672777;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.601;QD=11.1203;RBI=0.0372713;REFB=-0.0237472;REVB=-0.036659;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16764;STB=0.60897;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0406828;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:6:16:7:5:6:17 chr16 33961352 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0206166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.604;QD=6.26147;RBI=0.0223172;REFB=-0.0103284;REVB=-0.00854486;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572052;STB=0.536739;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0344944;OID=.;OPOS=33961352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:8:13:4:3:8:13 chr16 33961370 . A C 93.19 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.100834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.044;QD=20.709;RBI=0.100983;REFB=-0.0278624;REVB=0.00549562;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109864;STB=0.533274;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0191371;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:6:7:10:11:0.611111:7:3:1:5:7:4:2:5 chr16 33961386 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.050588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0917;QD=26.6018;RBI=0.0702197;REFB=-0.118148;REVB=-0.0486998;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.599759;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.025006;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:0:2:4:4:0:2 chr16 33961400 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.158;QD=26.0262;RBI=0.0271801;REFB=0.0182048;REVB=0.0158059;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00174406;OID=.;OPOS=33961400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr16 33962412 . A C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.437;QD=24.328;RBI=0.0573579;REFB=0.000700794;REVB=0.0526141;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00114256;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr16 33962416 . G A,C 102.96 PASS AF=0.692308,0.153846;AO=9,2;DP=13;FAO=9,2;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6,0;FSAR=3,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00845037,-0.00812641;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=176.956,27.1881;QD=31.6789;RBI=0.0463771,0.022683;REFB=-0.000749138,-0.00571557;REVB=0.0456007,0.0211773;RO=2;SAF=6,0;SAR=3,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12691,-0.727176;STB=0.571279,0.994977;STBP=0.399,0.131;TYPE=snp,snp;VARB=0.00993314,0.0236011;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:13:13:2:2:9,2:9,2:0.692308,0.153846:3,2:6,0:2:0:3,2:6,0:2:0 chr16 33962422 . C A 61.68 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0117163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7058;QD=18.9788;RBI=0.0491349;REFB=-0.0615126;REVB=0.0477176;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788369;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0718563;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:12:13:4:5:8:8:0.615385:3:5:3:1:3:5:4:1 chr16 33962434 . CG C,CA 163.87 PASS AF=0.157895,0.684211;AO=4,14;DP=22;FAO=3,13;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=1,8;FSAR=2,5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000916465,0.0117438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.246,69.1629;QD=34.4987;RBI=0.0404147,0.0352455;REFB=-0.0135278,-0.0894718;REVB=-0.0404043,0.0332315;RO=3;SAF=2,10;SAR=2,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.357477,-0.118465;STB=0.798389,0.578833;STBP=0.342,0.256;TYPE=del,snp;VARB=0.0488602,0.0134731;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.157895,0.684211:4,14:22:3,13:19:3:1,8:2,5:3:0:17:3:2,10:2,4:3:0 chr16 33962500 . T G 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0115555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.701;QD=3.13448;RBI=0.0294071;REFB=-6.88126e-05;REVB=0.0270416;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151039;STB=0.606498;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000643684;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:3:6:29:24:3:6:29:24 chr16 33962542 . T A 78.03 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0401622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7481;QD=3.90159;RBI=0.0416675;REFB=-0.00180278;REVB=-0.0110983;RO=66;SAF=9;SAR=5;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234606;STB=0.654037;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00631782;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:5:9:30:36:5:9:30:36 chr16 33962560 . AGG ACA,ACG 723.5 PASS AF=0.641975,0.0493827;AO=52,4;DP=81;FAO=52,4;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=21,3;FSAR=31,1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00738054,-0.00626291;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=187.443,111.621;QD=35.7284;RBI=0.0087107,0.0063954;REFB=-0.0498997,-0.0523596;REVB=-0.00462644,0.00129504;RO=12;SAF=21,3;SAR=31,1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0879168,0.582086;STB=0.536435,0.844775;STBP=0.273,0.254;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00566402,-0.00974347;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=ACA,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641975,0.0493827:52,4:81:52,4:81:13:21,3:31,1:3:10:81:12:21,3:31,1:2:10 chr16 33962570 . G A 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0128407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.896;QD=20.8551;RBI=0.0133604;REFB=-0.00199062;REVB=0.00368998;RO=39;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183123;STB=0.601375;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00107158;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:26:16:23:16:26:16:23:16 chr16 33962582 . C T 60.51 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.000588116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.998;QD=2.91631;RBI=0.0273759;REFB=-0.00294176;REVB=-0.0273696;RO=71;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436401;STB=0.53007;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0180392;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:71:71:12:12:0.144578:6:6:33:38:6:6:33:38 chr16 33962611 . T G 40.67 PASS AF=0.126984;AO=7;DP=62;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0307328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9246;QD=2.58193;RBI=0.034673;REFB=-0.0110134;REVB=-0.0160533;RO=55;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398229;STB=0.691801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0667842;OID=.;OPOS=33962611;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:62:63:55:55:7:8:0.126984:6:1:25:30:6:2:25:30 chr16 33962619 . G A 228.68 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00607959;FXX=0.0769083;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.085;QD=19.0563;RBI=0.00613459;REFB=-0.00517149;REVB=0.00081966;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163314;STB=0.599911;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00317482;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:22:24:24:24:0.5:18:6:9:13:18:6:10:14 chr16 33962641 . G T 197.97 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0122961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5629;QD=18.8541;RBI=0.013288;REFB=0.00109737;REVB=0.00503745;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259733;STB=0.648489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00389256;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:11:11:15:5:11:11 chr16 33962682 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.013648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.139;QD=15.7005;RBI=0.0214822;REFB=-0.0276875;REVB=0.0165897;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285111;STB=0.685439;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0335618;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:12:3:8:10:12:3:9:10 chr16 33962697 . C T 72.42 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00705999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.846;QD=8.52003;RBI=0.00810831;REFB=0.00749824;REVB=0.00398763;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265878;STB=0.656368;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0166418;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:8:2:9:14:8:2:9:15 chr16 33962709 . C G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.083702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.398;QD=11.5972;RBI=0.0839977;REFB=-0.00737822;REVB=-0.00704211;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320451;STB=0.713877;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00722898;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:10:2:8:12:10:2:9:12 chr16 33962757 . T G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00812784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.96;QD=5.44273;RBI=0.0420241;REFB=-0.0194138;REVB=-0.0412306;RO=20;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591769;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.035348;OID=.;OPOS=33962757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:20:20:5:6:0.230769:3:2:9:11:4:2:9:11 chr16 33962770 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0336575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.664;QD=5.95778;RBI=0.0446691;REFB=-0.00638493;REVB=0.0293683;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690318;STB=0.5453;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0153327;OID=.;OPOS=33962770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:7:11:4:2:7:11 chr16 33962891 . A T 116.47 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0178796;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.619;QD=18.6345;RBI=0.0454543;REFB=-0.00553696;REVB=0.0417901;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262554;STB=0.65192;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00659426;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:10:3:6:6:10:3:6:6 chr16 33962907 . AGGA TGGG 120.23 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00193487;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=4;MLLD=208.736;QD=15.5139;RBI=0.00841382;REFB=-0.0119491;REVB=0.00818833;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302407;STB=0.678928;STBP=0.137;TYPE=mnp;VARB=0.0133241;OID=.;OPOS=33962907;OREF=AGGA;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:17:17:12:12:0.387097:9:3:9:8:9:3:9:8 chr16 33962923 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00158959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.06;QD=12.737;RBI=0.00461762;REFB=-0.00048142;REVB=0.00433539;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274361;STB=0.674767;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00148274;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:16:16:0.363636:12:4:13:14:12:4:14:14 chr16 33962930 . G T 141.88 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00065742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.307;QD=11.1277;RBI=0.00944093;REFB=-0.0014892;REVB=0.00941801;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295802;STB=0.676859;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00510527;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:13:4:16:18:13:4:16:18 chr16 33962960 . T C 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0328693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.909;QD=3.33224;RBI=0.0330491;REFB=-0.000729857;REVB=-0.00344296;RO=51;SAF=1;SAR=8;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441807;STB=0.821591;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00621723;OID=.;OPOS=33962960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:8:1:21:30:8:1:21:30 chr16 33962978 . AT GC 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.021607;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.856;QD=4.85921;RBI=0.0232576;REFB=0.000951702;REVB=-0.0086053;RO=54;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276946;STB=0.6754;STBP=0.172;TYPE=mnp;VARB=-0.00364777;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:54:55:14:14:0.202899:11:3:22:32:11:3:22:33 chr16 33962996 . T C 566.97 PASS AF=0.666667;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00289552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.882;QD=30.2382;RBI=0.0120991;REFB=-0.0123558;REVB=0.0117476;RO=23;SAF=16;SAR=34;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153746;STB=0.57256;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00355086;OID=.;OPOS=33962996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:23:25:50:50:0.666667:34:16:13:10:34:16:13:12 chr16 33963000 . T C 618.39 PASS AF=0.688312;AO=51;DP=76;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00780651;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.88;QD=32.1241;RBI=0.0383306;REFB=-0.0181862;REVB=0.0375273;RO=25;SAF=19;SAR=32;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931659;STB=0.546663;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00435807;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:25:24:51:53:0.688312:32:19:13:12:34:19:12:12 chr16 33963002 . G A 446.92 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0149514;FXX=0.141008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4394;QD=26.682;RBI=0.0216279;REFB=0.00274963;REVB=0.0156276;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128581;STB=0.56891;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00962049;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:67:32:22:24:25:0.373134:15:9:16:16:15:10:12:10 chr16 33963004 . G A 51.54 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00792303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.346;QD=2.36977;RBI=0.0390998;REFB=-0.00317947;REVB=-0.0382887;RO=76;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567202;STB=0.540763;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0824199;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:7:4:31:45:7:4:31:45 chr16 33963015 . T C 1213.94 PASS AF=0.671141;AO=100;DP=149;FAO=100;FDP=149;FR=.;FRO=49;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00955903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.644;QD=32.589;RBI=0.00956942;REFB=-0.00415682;REVB=0.000445959;RO=49;SAF=53;SAR=47;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619827;STB=0.533336;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00112369;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:49:49:100:100:0.671141:47:53:21:28:47:53:21:28 chr16 33963020 . C A 1923.95 PASS AF=0.778947;AO=115;DP=190;FAO=148;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0818191;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.787;QD=40.5043;RBI=0.0820445;REFB=-0.0283241;REVB=0.00607716;RO=42;SAF=37;SAR=78;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981895;STB=0.507494;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0159321;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:42:42:115:148:0.778947:78:37:21:21:79:69:21:21 chr16 33963024 . A C 56.59 PASS AF=0.0780669;AO=21;DP=274;FAO=21;FDP=269;FR=.;FRO=248;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=114;FSRR=134;FWDB=-0.0297792;FXX=0.0182475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7277;QD=0.841513;RBI=0.0427334;REFB=-0.000541438;REVB=0.0306488;RO=253;SAF=8;SAR=13;SRF=114;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804533;STB=0.57415;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00590714;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:274:269:253:248:21:21:0.0780669:13:8:114:139:13:8:114:134 chr16 33963046 . T C 7772.63 PASS AF=0.902192;AO=528;DP=588;FAO=535;FDP=593;FR=.;FRO=58;FSAF=270;FSAR=265;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0130437;FXX=0.00503347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.294;QD=52.4292;RBI=0.0333365;REFB=-0.0139675;REVB=0.0306787;RO=58;SAF=269;SAR=259;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147598;STB=0.507202;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0026147;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:588:593:58:58:528:535:0.902192:259:269:25:33:265:270:25:33 chr16 33963086 . A G 9895.37 PASS AF=0.945245;AO=659;DP=694;FAO=656;FDP=694;FR=.;FRO=38;FSAF=318;FSAR=338;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0195162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0176;QD=57.0339;RBI=0.0200213;REFB=-0.0316349;REVB=-0.0044685;RO=34;SAF=320;SAR=339;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966689;STB=0.504935;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00459757;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:694:694:34:38:659:656:0.945245:339:320:13:21:338:318:15:23 chr16 33963106 . T C 10549.3 PASS AF=0.97974;AO=674;DP=693;FAO=677;FDP=691;FR=.;FRO=14;FSAF=324;FSAR=353;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0249614;FXX=0.00288596;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.731;QD=61.0668;RBI=0.0265953;REFB=-0.0729016;REVB=0.00917819;RO=12;SAF=323;SAR=351;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00626934;STB=0.503333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00067006;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:693:691:12:14:674:677:0.97974:351:323:8:4:353:324:9:5 chr16 33963108 . A G 9909.23 PASS AF=0.949275;AO=650;DP=687;FAO=655;FDP=690;FR=.;FRO=35;FSAF=318;FSAR=337;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00524823;FXX=0.00289013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.361;QD=57.4448;RBI=0.00530702;REFB=-0.00389469;REVB=-0.000787756;RO=35;SAF=315;SAR=335;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825173;STB=0.504341;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000300732;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:687:690:35:35:650:655:0.949275:335:315:14:21:337:318:14:21 chr16 33963175 . C G 10185.2 PASS AF=1;AO=653;DP=674;FAO=658;FDP=658;FR=.;FRO=0;FSAF=322;FSAR=336;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189685;FXX=0.0294981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.658;QD=61.9162;RBI=0.0261346;REFB=0.00366852;REVB=-0.0179781;RO=16;SAF=318;SAR=335;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3498e-07;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:674:658:16:0:653:658:1:335:318:3:13:336:322:0:0 chr16 33963202 . A G 7357.42 PASS AF=0.991543;AO=467;DP=472;FAO=469;FDP=473;FR=.;FRO=4;FSAF=220;FSAR=249;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00759632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.274;QD=62.2192;RBI=0.0188341;REFB=-0.0350576;REVB=0.0172342;RO=4;SAF=219;SAR=248;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000505381;STB=0.500262;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000148786;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:472:473:4:4:467:469:0.991543:248:219:2:2:249:220:2:2 chr16 33963210 . AT GC 5637.53 PASS AF=0.989071;AO=362;DP=370;FAO=362;FDP=366;FR=.;FRO=4;FSAF=156;FSAR=206;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00539085;FXX=0.0108105;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.096;QD=61.6123;RBI=0.013104;REFB=-0.0123612;REVB=0.0119438;RO=4;SAF=156;SAR=206;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146779;STB=0.500769;STBP=0.822;TYPE=mnp;VARB=0.000127753;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:370:366:4:4:362:362:0.989071:206:156:2:2:206:156:2:2 chr16 33963224 . T C 4414.26 PASS AF=0.972696;AO=277;DP=291;FAO=285;FDP=293;FR=.;FRO=8;FSAF=124;FSAR=161;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00831439;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.404;QD=60.263;RBI=0.0198701;REFB=-0.0015457;REVB=0.0180469;RO=8;SAF=120;SAR=157;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031713;STB=0.501669;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=8.99249e-05;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:291:293:8:8:277:285:0.972696:157:120:3:5:161:124:3:5 chr16 33963248 . T C 3191.84 PASS AF=0.968037;AO=212;DP=219;FAO=212;FDP=219;FR=.;FRO=7;FSAF=98;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00452368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.133;QD=58.2984;RBI=0.00742602;REFB=0.000663047;REVB=0.00588915;RO=7;SAF=98;SAR=114;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108117;STB=0.50568;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=2.47268e-07;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:219:219:7:7:212:212:0.968037:114:98:2:5:114:98:2:5 chr16 33963279 . T C 2930.34 PASS AF=0.926941;AO=207;DP=219;FAO=203;FDP=219;FR=.;FRO=16;FSAF=85;FSAR=118;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0298339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1151;QD=53.5222;RBI=0.0737958;REFB=-0.0119078;REVB=0.0674964;RO=10;SAF=88;SAR=119;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245447;STB=0.524658;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0046386;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:219:219:10:16:207:203:0.926941:119:88:7:3:118:85:12:4 chr16 33963283 . C CGG 2286.08 PASS AF=0.974874;AO=170;DP=222;FAO=194;FDP=199;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.108939;FXX=0.0613179;HRUN=2;LEN=2;MLLD=35.8255;QD=45.9513;RBI=0.138157;REFB=-0.0667097;REVB=0.0849677;RO=25;SAF=72;SAR=98;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023867;STB=0.506085;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.00130391;OID=.;OPOS=33963284;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.974874:170:222:194:199:5:85:109:1:4:14:25:72:98:13:12 chr16 33963289 . A G 2936.94 PASS AF=0.956731;AO=196;DP=210;FAO=199;FDP=208;FR=.;FRO=9;FSAF=91;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00474793;FXX=0.0234731;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.826;QD=56.4796;RBI=0.0280373;REFB=-0.0125797;REVB=0.0276324;RO=8;SAF=88;SAR=108;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150237;STB=0.510263;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000317448;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:210:208:8:9:196:199:0.956731:108:88:2:6:108:91:2:7 chr16 33963329 . T C 2660.16 PASS AF=0.925373;AO=185;DP=200;FAO=186;FDP=201;FR=.;FRO=15;FSAF=100;FSAR=86;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.000798152;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4649;QD=52.9386;RBI=0.0375379;REFB=-0.0119355;REVB=0.0375295;RO=15;SAF=99;SAR=86;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383012;STB=0.520272;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00200364;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:200:201:15:15:185:186:0.925373:86:99:4:11:86:100:4:11 chr16 33963332 . A G 2766.85 PASS AF=0.945274;AO=190;DP=201;FAO=190;FDP=201;FR=.;FRO=11;FSAF=102;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00813837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0398;QD=55.0617;RBI=0.0252321;REFB=0.00161947;REVB=0.0238836;RO=11;SAF=102;SAR=88;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027558;STB=0.5145;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-1.79047e-05;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:201:201:11:11:190:190:0.945274:88:102:3:8:88:102:3:8 chr16 33963395 . AT TC 1748.51 PASS AF=0.83125;AO=110;DP=166;FAO=133;FDP=160;FR=.;FRO=27;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0160602;FXX=0.0361424;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.169;QD=43.7126;RBI=0.0534394;REFB=-0.0316236;REVB=0.050969;RO=27;SAF=65;SAR=45;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693239;STB=0.52267;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0055809;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:160:27:27:110:133:0.83125:45:65:11:16:61:72:11:16 chr16 33963424 . A G 1039.47 PASS AF=0.676923;AO=75;DP=119;FAO=88;FDP=130;FR=.;FRO=42;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.011309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.491;QD=31.9837;RBI=0.0295363;REFB=-0.0196198;REVB=0.0272855;RO=42;SAF=41;SAR=34;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109745;STB=0.576495;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00331658;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:130:42:42:75:88:0.676923:34:41:16:26:34:54:16:26 chr16 33963427 . T C 942.97 PASS AF=0.669492;AO=72;DP=136;FAO=79;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00665804;FXX=0.132343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.114;QD=31.965;RBI=0.0100627;REFB=-0.0196498;REVB=0.0075451;RO=35;SAF=46;SAR=26;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183584;STB=0.59699;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00273173;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:118:35:36:72:79:0.669492:26:46:12:23:27:52:13:23 chr16 33963437 . T C 1364.97 PASS AF=0.721519;AO=114;DP=158;FAO=114;FDP=158;FR=.;FRO=44;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00662869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.657;QD=34.5562;RBI=0.00791975;REFB=-0.00759284;REVB=0.00433393;RO=42;SAF=66;SAR=48;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646204;STB=0.541463;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0119726;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:42:44:114:114:0.721519:48:66:19:23:48:66:19:25 chr16 33963445 . A G 1508.63 PASS AF=0.75;AO=121;DP=163;FAO=123;FDP=164;FR=.;FRO=41;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0104745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2837;QD=36.7959;RBI=0.0112433;REFB=0.0288027;REVB=-0.0040861;RO=40;SAF=68;SAR=53;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525711;STB=0.530711;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.010685;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:40:41:121:123:0.75:53:68:18:22:54:69:18:23 chr16 33963468 . A G 66.27 PASS AF=0.103448;AO=18;DP=174;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=77;FWDB=-0.0121877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.444;QD=1.52347;RBI=0.0131211;REFB=-0.00225441;REVB=0.00486033;RO=155;SAF=12;SAR=6;SRF=79;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192197;STB=0.64575;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0243485;OID=.;OPOS=33963468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:174:174:155:156:18:18:0.103448:6:12:79:76:6:12:79:77 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 975.26 PASS AF=0.431655,0.208633;AO=59,29;DP=140;FAO=60,29;FDP=139;FR=.;FRO=50;FSAF=26,15;FSAR=34,14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0136155,0.0425351;FXX=0.00714235;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=198.924,121.807;QD=28.0651;RBI=0.0214386,0.046794;REFB=0.00690761,0.00222701;REVB=0.0165599,0.0195049;RO=46;SAF=25,15;SAR=34,14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0443379,0.0417312;STB=0.503082,0.548747;STBP=0.947,0.542;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000697906,-0.00160715;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:46:50:59,29:60,29:0.431655,0.208633:34,14:25,15:22:24:34,14:26,15:22:28 chr16 33963490 . T C 543.24 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0176368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0848;QD=15.3025;RBI=0.0448812;REFB=0.028157;REVB=0.0412707;RO=83;SAF=26;SAR=33;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093229;STB=0.55235;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.040221;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:59:59:0.415493:33:26:44:39:33:26:44:39 chr16 33963528 . T C 591.62 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00867869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.538;QD=20.4006;RBI=0.0153075;REFB=-0.0045013;REVB=0.0126095;RO=56;SAF=30;SAR=30;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469721;STB=0.525853;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00383521;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:30:30:31:25:30:30:31:25 chr16 33963560 . C A 48.04 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.00326755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.442;QD=1.94105;RBI=0.0175904;REFB=-0.00172798;REVB=-0.0172843;RO=87;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346192;STB=0.521529;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0109758;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:87:88:11:11:0.111111:4:7:53:34:4:7:54:34 chr16 33963563 . G C 351.77 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0107358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.463;QD=15.634;RBI=0.0107423;REFB=0.00789818;REVB=0.000373739;RO=52;SAF=18;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172754;STB=0.588844;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00938464;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:37:38:0.422222:19:18:34:18:19:19:34:18 chr16 33963571 . T C 363.26 PASS AF=0.475;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0011563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.735;QD=18.1631;RBI=0.0148445;REFB=0.00514145;REVB=0.0147994;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239784;STB=0.624937;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00575703;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:37:38:0.475:20:17:30:12:20:18:30:12 chr16 33963588 . G A 55.29 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0159924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.053;QD=2.87197;RBI=0.0277092;REFB=-0.00425587;REVB=-0.0226283;RO=66;SAF=7;SAR=4;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588716;STB=0.541071;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0280227;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:4:7:39:27:4:7:39:27 chr16 33963591 . T C 63.11 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00239279;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.791;QD=4.0073;RBI=0.0232069;REFB=0.0003632;REVB=-0.0230832;RO=54;SAF=6;SAR=5;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156619;STB=0.575089;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00294178;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:66:63:54:52:11:11:0.174603:5:6:36:18:5:6:33:19 chr16 33963595 . A G 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0112378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.313;QD=13.5518;RBI=0.02931;REFB=0.00120786;REVB=0.02707;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144336;STB=0.582025;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000651106;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:25:10:10:14:25:10 chr16 33963597 . C T 181.04 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00840988;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.807;QD=12.9312;RBI=0.0102298;REFB=-0.0166412;REVB=-0.00582436;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647526;STB=0.503728;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0145062;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:7:15:23:11:7:15:23:11 chr16 33963599 . T C 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.041984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4295;QD=3.43983;RBI=0.0483329;REFB=-0.00872249;REVB=-0.0239461;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365914;STB=0.777627;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0338627;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:49:50:9:9:0.152542:1:8:33:16:1:8:33:17 chr16 33963605 . T C 298.51 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0257708;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.009;QD=18.3698;RBI=0.0283641;REFB=-0.0070705;REVB=-0.0118485;RO=33;SAF=26;SAR=6;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11587;STB=0.565174;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00562667;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:6:26:24:9:6:26:24:9 chr16 33963624 . T C 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.00132861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.441;QD=6.47707;RBI=0.00166005;REFB=-0.00200481;REVB=-0.00099526;RO=51;SAF=16;SAR=1;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466231;STB=0.815821;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00350491;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:52:17:17:0.246377:1:16:38:13:1:16:38:14 chr16 33963636 . AA GG 128.39 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.000780095;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=2;MLLD=271.431;QD=6.84722;RBI=0.013692;REFB=-0.00426662;REVB=-0.0136697;RO=57;SAF=18;SAR=1;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532975;STB=0.840167;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.00900849;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:57:56:19:19:0.253333:1:18:40:17:1:18:40:16 chr16 33963643 . CAA C,TAA 57.66 PASS AF=0.116883,0.038961;AO=9,3;DP=75;FAO=9,3;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=5,2;FSAR=4,1;FSRF=54;FSRR=11;FWDB=-0.0151229,-0.0174013;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=43.9613,233.716;QD=2.99549;RBI=0.0693783,0.0189719;REFB=-0.00746158,-0.00433421;REVB=-0.0677101,-0.00755845;RO=62;SAF=5,2;SAR=4,1;SRF=52;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.406525,-0.221155;STB=0.758444,0.699014;STBP=0.199,0.783;TYPE=del,snp;VARB=0.0283502,0.0323334;OID=.,.;OPOS=33963644,33963643;OREF=AA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:75:77:62:65:9,3:9,3:0.116883,0.038961:4,1:5,2:52:10:4,1:5,2:54:11 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 83.55 PASS AF=0.28125;AO=16;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.000234263;FXX=0.0588149;HRUN=3;LEN=8;MLLD=318.009;QD=5.22202;RBI=0.038534;REFB=-0.000878847;REVB=-0.0385333;RO=38;SAF=15;SAR=1;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535445;STB=0.868775;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.00178857;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:16:64:18:64:46:17:1:29:17:83:38:15:1:25:13 chr16 33963678 . C T 643.67 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00108746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.199;QD=34.7929;RBI=0.00109053;REFB=-0.0170889;REVB=8.18599e-05;RO=17;SAF=36;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121952;STB=0.549001;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00527981;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:20:54:54:0.72973:18:36:7:10:18:36:10:10 chr16 33963708 . GT AC 132.0 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00581962;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.927;QD=7.54259;RBI=0.0159813;REFB=-0.00207116;REVB=-0.014884;RO=51;SAF=18;SAR=1;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688661;STB=0.92666;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0085295;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:51:51:19:19:0.271429:1:18:23:28:1:18:23:28 chr16 33963722 . C G 212.13 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.011319;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.361;QD=12.1217;RBI=0.0301632;REFB=-0.01023;REVB=-0.0279589;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262694;STB=0.65;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0255898;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:14:12:31:13:14:12:31:13 chr16 33963732 . AG CA,CG 236.9 PASS AF=0.056338,0.352113;AO=4,25;DP=72;FAO=4,25;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=2,10;FSAR=2,15;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0316274,-0.0133859;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=124.319,122.973;QD=13.3463;RBI=0.0339383,0.0210663;REFB=-0.00416759,-0.00246215;REVB=0.0123091,0.0162667;RO=42;SAF=2,10;SAR=2,15;SRF=30;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.242892,-0.331951;STB=0.694826,0.689515;STBP=0.518,0.022;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0235964,-8.21654e-05;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:71:42:42:4,25:4,25:0.056338,0.352113:2,15:2,10:30:12:2,15:2,10:30:12 chr16 33963737 . GC AT 424.04 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00878204;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.631;QD=22.3182;RBI=0.0151594;REFB=-0.00364733;REVB=-0.0123565;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284972;STB=0.648564;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.00474544;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:33:33:0.434211:18:15:25:7:18:15:25:8 chr16 33963758 . T C 113.86 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0168308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.695;QD=5.55393;RBI=0.0343331;REFB=-0.00254779;REVB=-0.0299246;RO=63;SAF=16;SAR=2;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574736;STB=0.861838;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00891441;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:64:18:18:0.219512:2:16:29:34:2:16:30:34 chr16 33963769 . C A 615.1 PASS AF=0.819672;AO=50;DP=61;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00674231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=336.68;QD=40.3345;RBI=0.00674277;REFB=-0.0168879;REVB=7.90449e-05;RO=11;SAF=22;SAR=28;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261736;STB=0.514013;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00391397;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:11:11:50:50:0.819672:28:22:4:7:28:22:4:7 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 445.06 PASS AF=0.244898,0.55102;AO=11,27;DP=70;FAO=12,27;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=3,5;FSAR=9,22;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0151887,-0.0227821;FXX=0.328722;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.3054,30.3273;QD=36.3317;RBI=0.0189285,0.0391391;REFB=-0.0612871,-0.0108796;REVB=-0.0112957,0.0318253;RO=10;SAF=2,5;SAR=9,22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.243156,-0.156065;STB=0.583186,0.58573;STBP=0.452,0.155;TYPE=del,snp;VARB=0.0269219,0.00136173;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.244898,0.55102:11,27:70:12,27:49:10:3,5:9,22:4:6:85:10:2,5:9,22:4:6 chr16 33963783 . G C,T 1310.36 PASS AF=0.394737,0.491228;AO=45,56;DP=114;FAO=45,56;FDP=114;FR=.;FRO=13;FSAF=6,22;FSAR=39,34;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00551542,0.0102352;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=136.434,156.545;QD=45.9775;RBI=0.00637196,0.0118682;REFB=-0.00760307,-0.00349732;REVB=0.00319093,-0.00600789;RO=13;SAF=6,22;SAR=39,34;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190344,0.00304324;STB=0.603324,0.501628;STBP=0.043,0.971;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0031932,0.00652609;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:114:13:13:45,56:45,56:0.394737,0.491228:39,34:6,22:5:8:39,34:6,22:5:8 chr16 33963788 . A C 63.59 PASS AF=0.108108;AO=16;DP=148;FAO=16;FDP=148;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=107;FWDB=0.0107382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.855;QD=1.71856;RBI=0.0127199;REFB=-0.000549227;REVB=-0.00681817;RO=132;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354435;STB=0.737965;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00579644;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:148:148:132:132:16:16:0.108108:9:7:25:107:9:7:25:107 chr16 33963809 . G C 2309.63 PASS AF=0.854922;AO=164;DP=194;FAO=165;FDP=193;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=140;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0465891;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.121;QD=47.868;RBI=0.103618;REFB=-0.033773;REVB=0.0925534;RO=28;SAF=25;SAR=139;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116672;STB=0.562178;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00558078;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:28:28:164:165:0.854922:139:25:11:17:140:25:11:17 chr16 33963816 . TG GA 1829.08 PASS AF=0.684444;AO=153;DP=225;FAO=154;FDP=225;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=126;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00436147;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.009;QD=32.5169;RBI=0.0209795;REFB=-0.00160576;REVB=-0.0205211;RO=71;SAF=28;SAR=125;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160332;STB=0.586944;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00131543;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:71:71:153:154:0.684444:125:28:26:45:126:28:26:45 chr16 33963822 . A G 2830.43 PASS AF=0.765734;AO=218;DP=286;FAO=219;FDP=286;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=170;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00908132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.22;QD=39.5864;RBI=0.0280853;REFB=-0.00836748;REVB=-0.0265766;RO=67;SAF=49;SAR=169;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973963;STB=0.552206;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00279085;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:67:67:218:219:0.765734:169:49:26:41:170:49:26:41 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 4508.53 PASS AF=0.79602,0.0522388;AO=314,21;DP=406;FAO=320,21;FDP=402;FR=.;FRO=61;FSAF=105,21;FSAR=215,0;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00300851,-0.00771013;FXX=0.00495037;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=206.618,108.013;QD=44.861;RBI=0.00834253,0.0232098;REFB=0.00239742,0.0057132;REVB=-0.00778117,-0.0218917;RO=64;SAF=103,21;SAR=211,0;SRF=23;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0113377,0.812765;STB=0.508828,0.999489;STBP=0.444,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0012401,0.0201665;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:402:64:61:314,21:320,21:0.79602,0.0522388:211,0:103,21:23:41:215,0:105,21:23:38 chr16 33963855 . T C 7721.1 PASS AF=0.887439;AO=544;DP=613;FAO=544;FDP=613;FR=.;FRO=69;FSAF=211;FSAR=333;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0273645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4368;QD=50.3824;RBI=0.0306016;REFB=-0.026979;REVB=0.0136983;RO=68;SAF=211;SAR=333;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122626;STB=0.501311;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00208095;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:613:68:69:544:544:0.887439:333:211:26:42:333:211:26:43 chr16 33963875 . A G 12199.9 PASS AF=0.9825;AO=775;DP=789;FAO=786;FDP=800;FR=.;FRO=14;FSAF=321;FSAR=465;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0225824;FXX=0.00124842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0514;QD=60.9993;RBI=0.0972817;REFB=0.0150055;REVB=-0.0946243;RO=14;SAF=317;SAR=458;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000684644;STB=0.500365;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.000335894;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:789:800:14:14:775:786:0.9825:458:317:6:8:465:321:6:8 chr16 33963881 . C G 11152.1 PASS AF=0.911483;AO=759;DP=840;FAO=762;FDP=836;FR=.;FRO=74;FSAF=305;FSAR=457;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00261152;FXX=0.00594523;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.687;QD=53.3592;RBI=0.0403221;REFB=-0.00474986;REVB=-0.0402374;RO=74;SAF=304;SAR=455;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798069;STB=0.504204;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.000265602;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:840:836:74:74:759:762:0.911483:455:304:33:41:457:305:33:41 chr16 33963912 . T C 14872.1 PASS AF=0.95428;AO=978;DP=1028;FAO=981;FDP=1028;FR=.;FRO=47;FSAF=409;FSAR=572;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0145232;FXX=0.00194173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.303;QD=57.8682;RBI=0.0212894;REFB=-0.0418722;REVB=0.0155665;RO=46;SAF=409;SAR=569;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910166;STB=0.505397;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00258987;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:1028:1028:46:47:978:981:0.95428:569:409:24:22:572:409:25:22 chr16 33963961 . C G 16829.8 PASS AF=0.957686;AO=1108;DP=1162;FAO=1109;FDP=1158;FR=.;FRO=49;FSAF=458;FSAR=651;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0351955;FXX=0.00344231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.219;QD=58.1339;RBI=0.0352346;REFB=-0.0323718;REVB=-0.00165946;RO=43;SAF=457;SAR=651;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728427;STB=0.506011;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00114336;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:1162:1158:43:49:1108:1109:0.957686:651:457:22:21:651:458:27:22 chr16 33963975 . A G 14957.4 PASS AF=0.924908;AO=1008;DP=1091;FAO=1010;FDP=1092;FR=.;FRO=82;FSAF=437;FSAR=573;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0138338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.082;QD=54.7891;RBI=0.014894;REFB=-0.00819267;REVB=0.00551881;RO=82;SAF=437;SAR=571;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790804;STB=0.504212;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000463548;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1091:1092:82:82:1008:1010:0.924908:571:437:40:42:573:437:40:42 chr16 33963991 . A G 14921.7 PASS AF=0.958944;AO=979;DP=1026;FAO=981;FDP=1023;FR=.;FRO=42;FSAF=434;FSAR=547;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0138457;FXX=0.0038948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.749;QD=58.3449;RBI=0.0150842;REFB=-0.0217177;REVB=-0.00598587;RO=43;SAF=433;SAR=546;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941405;STB=0.505362;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000976024;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:1026:1023:43:42:979:981:0.958944:546:433:24:19:547:434:24:18 chr16 33964017 . A G 11953.0 PASS AF=0.94269;AO=781;DP=830;FAO=806;FDP=855;FR=.;FRO=49;FSAF=355;FSAR=451;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0303602;FXX=0.0023337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4898;QD=55.9204;RBI=0.0370554;REFB=-0.0340056;REVB=0.0212452;RO=46;SAF=342;SAR=439;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183475;STB=0.507601;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00158695;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:830:855:46:49:781:806:0.94269:439:342:28:18:451:355:28:21 chr16 33964062 . C T 149.41 PASS AF=0.100656;AO=46;DP=457;FAO=46;FDP=457;FR=.;FRO=411;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=126;FSRR=285;FWDB=-0.0727312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.189;QD=1.3077;RBI=0.0728396;REFB=-0.0135048;REVB=0.00397208;RO=411;SAF=21;SAR=25;SRF=126;SRR=285;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195627;STB=0.639121;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0638865;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:411:411:46:46:0.100656:25:21:126:285:25:21:126:285 chr16 33964064 . TG CC,CG 4337.99 PASS AF=0.037123,0.74942;AO=16,323;DP=432;FAO=16,323;FDP=431;FR=.;FRO=92;FSAF=2,88;FSAR=14,235;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.024927,0.0507337;FXX=0.00231476;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=71.2474,101.034;QD=40.2598;RBI=0.02612,0.0526749;REFB=-0.039582,-0.053706;REVB=0.00780379,0.0141681;RO=91;SAF=2,88;SAR=14,235;SRF=46;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.508037,-0.11476;STB=0.852764,0.562845;STBP=0.001,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.024917,0.00947952;OID=.,.;OPOS=33964064,33964064;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:432:431:91:92:16,323:16,323:0.037123,0.74942:14,235:2,88:46:45:14,235:2,88:47:45 chr16 33964070 . AG GC 3922.2 PASS AF=0.769424;AO=305;DP=399;FAO=307;FDP=399;FR=.;FRO=92;FSAF=89;FSAR=218;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00645616;FXX=0.00498741;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.637;QD=39.3203;RBI=0.0202983;REFB=-0.0641455;REVB=0.0192442;RO=92;SAF=88;SAR=217;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111985;STB=0.558812;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0168843;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:399:92:92:305:307:0.769424:217:88:47:45:218:89:47:45 chr16 33964082 . T C 3463.51 PASS AF=0.758333;AO=271;DP=363;FAO=273;FDP=360;FR=.;FRO=87;FSAF=89;FSAR=184;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.00990101;FXX=0.00826424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.242;QD=38.4834;RBI=0.0101957;REFB=0.00107284;REVB=0.00243347;RO=85;SAF=87;SAR=184;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747787;STB=0.538857;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000459756;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:360:85:87:271:273:0.758333:184:87:40:45:184:89:41:46 chr16 33964091 . T C 4633.09 PASS AF=0.938272;AO=238;DP=330;FAO=304;FDP=324;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=110;FSAR=194;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.107427;FXX=0.00613478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.491;QD=57.1987;RBI=0.107651;REFB=-0.0669686;REVB=0.00693987;RO=14;SAF=38;SAR=200;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764296;STB=0.509934;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00798154;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:330:324:14:14:238:304:0.938272:200:38:8:6:194:110:8:6 chr16 33964108 . G C 2252.84 PASS AF=0.707224;AO=185;DP=258;FAO=186;FDP=263;FR=.;FRO=77;FSAF=72;FSAR=114;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.01569;FXX=0.00754688;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.309;QD=34.2637;RBI=0.0239256;REFB=-0.0424791;REVB=0.0180627;RO=73;SAF=72;SAR=113;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272155;STB=0.524537;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00737995;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:263:73:77:185:186:0.707224:113:72:32:41:114:72:36:41 chr16 33964119 . A G 115.14 PASS AF=0.127962;AO=27;DP=211;FAO=27;FDP=211;FR=.;FRO=184;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=79;FSRR=105;FWDB=-0.00735924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.82;QD=2.18277;RBI=0.00865237;REFB=-0.00276159;REVB=-0.00455028;RO=184;SAF=11;SAR=16;SRF=79;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283443;STB=0.519653;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0161431;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:184:184:27:27:0.127962:16:11:79:105:16:11:79:105 chr16 33964134 . G C 683.26 PASS AF=0.507463;AO=66;DP=133;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0374685;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.145;QD=20.3958;RBI=0.0418959;REFB=-0.00350479;REVB=0.0187451;RO=66;SAF=32;SAR=34;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096664;STB=0.559684;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0128325;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:66:66:68:0.507463:34:32:25:41:34:34:25:41 chr16 33964143 . T C 561.27 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.030795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9559;QD=17.8182;RBI=0.0899102;REFB=-0.0320446;REVB=-0.0844719;RO=67;SAF=27;SAR=31;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274255;STB=0.506341;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.028117;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:67:67:58:59:0.468254:31:27:31:36:31:28:31:36 chr16 33964153 . G T 131.79 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0113699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.217;QD=4.46734;RBI=0.0199491;REFB=-0.00274737;REVB=-0.0163918;RO=94;SAF=11;SAR=12;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014097;STB=0.513263;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0109086;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:94:95:23:23:0.194915:12:11:46:48:12:11:47:48 chr16 33964154 . C T 131.71 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=118;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.0210323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.195;QD=4.46468;RBI=0.0213321;REFB=-0.00857051;REVB=-0.00356379;RO=89;SAF=8;SAR=15;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255302;STB=0.644318;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0221202;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:89:95:23:23:0.194915:15:8:49:40:15:8:50:45 chr16 33964168 . G A 142.17 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00353767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.667;QD=5.57538;RBI=0.00493803;REFB=-0.00739598;REVB=-0.00344516;RO=79;SAF=9;SAR=13;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21505;STB=0.628181;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0247175;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:80:22:22:0.215686:13:9:46:33:13:9:46:34 chr16 33964170 . C A 36.7 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00163444;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.741;QD=2.03868;RBI=0.0231115;REFB=-0.00210117;REVB=-0.0230536;RO=64;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268569;STB=0.705345;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0254636;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:75:72:64:64:8:8:0.111111:6:2:30:34:6:2:30:34 chr16 33964186 . A T 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00834371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.089;QD=2.31437;RBI=0.0126807;REFB=0.00104236;REVB=-0.00954896;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295138;STB=0.720361;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00624238;OID=.;OPOS=33964186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:6:2:29:30:6:2:29:30 chr16 33964196 . T C 207.45 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0102495;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.245;QD=13.1717;RBI=0.0137586;REFB=-0.00451877;REVB=0.00917863;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348277;STB=0.527896;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00628725;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:38:25:25:0.396825:12:13:19:20:12:13:18:20 chr16 33964202 . C T 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00121692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.369;QD=24.2685;RBI=0.0154491;REFB=0.0023562;REVB=-0.0154011;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218366;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:12:10:15:18:12:10 chr16 33964204 . T G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0204263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.243;QD=6.01483;RBI=0.0208468;REFB=-0.00346872;REVB=0.00416609;RO=44;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862217;STB=0.505426;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0143235;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:6:7:24:20:6:7:24:20 chr16 33964233 . CC TA,TC 139.7 PASS AF=0.104167,0.25;AO=5,12;DP=47;FAO=5,12;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4,6;FSAR=1,6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0198308,-0.025661;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=221.322,181.827;QD=11.6419;RBI=0.0199671,0.0286767;REFB=-0.0027182,-0.00440745;REVB=0.00232913,0.0128011;RO=30;SAF=4,6;SAR=1,6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.362071,0;STB=0.760799,0.511609;STBP=0.278,0.945;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00154567,0.015693;OID=.,.;OPOS=33964233,33964233;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:47:48:30:31:5,12:5,12:0.104167,0.25:1,6:4,6:15:15:1,6:4,6:16:15 chr16 33964238 . T G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00715937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.119;QD=12.5793;RBI=0.0285902;REFB=0.00296983;REVB=-0.0276793;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970616;STB=0.547208;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0132152;OID=.;OPOS=33964238;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:17:17:0.354167:7:10:15:15:7:10:16:15 chr16 33964243 . A G 101.16 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0102294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.571;QD=8.42984;RBI=0.0319885;REFB=-0.00568646;REVB=-0.0303088;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513372;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00731217;OID=.;OPOS=33964243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:35:35:12:13:0.270833:6:6:19:16:6:7:19:16 chr16 33964276 . A G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0496557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.449;QD=10.436;RBI=0.0496559;REFB=-0.0146684;REVB=0.000140025;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640785;STB=0.53841;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0141879;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:18:15:6:9:18:15 chr16 33964293 . G A 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0123625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.019;QD=8.86107;RBI=0.0287812;REFB=-0.00677947;REVB=-0.0259909;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826728;STB=0.505043;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0126103;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:18:15:6:7:18:15 chr16 33965449 . G C 111.18 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0115143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4065;QD=4.04293;RBI=0.0123057;REFB=-0.0115523;REVB=-0.0043418;RO=89;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165428;STB=0.608987;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0520095;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:89:90:20:20:0.181818:10:10:33:56:10:10:33:57 chr16 33965456 . T C 238.81 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00116882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0072;QD=8.6056;RBI=0.0093875;REFB=-0.0130084;REVB=-0.00931446;RO=78;SAF=12;SAR=21;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429066;STB=0.52529;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0313009;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:78:33:33:0.297297:21:12:31:47:21:12:31:47 chr16 33965459 . C T 137.35 PASS AF=0.207207;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.00664347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9453;QD=4.94936;RBI=0.00762969;REFB=0.00126051;REVB=-0.00375187;RO=88;SAF=10;SAR=13;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781826;STB=0.548788;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00451745;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:88:88:23:23:0.207207:13:10:33:55:13:10:33:55 chr16 33965460 . G A 31.36 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.0365217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0408;QD=1.13019;RBI=0.0540954;REFB=-0.00133245;REVB=-0.0399058;RO=102;SAF=1;SAR=8;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382983;STB=0.834096;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0179245;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:111:102:102:9:9:0.0810811:8:1:42:60:8:1:42:60 chr16 33965487 . C T 44.82 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0119485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.991;QD=1.65987;RBI=0.0166728;REFB=-0.00565326;REVB=0.0116282;RO=97;SAF=9;SAR=2;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471755;STB=0.848472;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0295057;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:97:97:11:11:0.101852:2:9:39:58:2:9:39:58 chr16 33965505 . C T 57.28 PASS AF=0.112;AO=14;DP=125;FAO=14;FDP=125;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=0.00961373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.206;QD=1.83296;RBI=0.0157715;REFB=-0.000536527;REVB=0.0125026;RO=111;SAF=2;SAR=12;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462742;STB=0.842349;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00429717;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:125:125:111:111:14:14:0.112:12:2:57:54:12:2:57:54 chr16 33965507 . G C 418.89 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.00774617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.136;QD=13.0902;RBI=0.0438142;REFB=-0.0132844;REVB=-0.0431241;RO=77;SAF=32;SAR=17;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320732;STB=0.680779;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0362654;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:79:49:49:0.382812:17:32:27:50:17:32:28:51 chr16 33965533 . A C 536.47 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0135425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8289;QD=18.9902;RBI=0.0226543;REFB=-0.00179089;REVB=-0.0181609;RO=57;SAF=34;SAR=22;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291574;STB=0.660648;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000470342;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:22:34:16:41:22:34:16:41 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 509.86 PASS AF=0.40367,0.100917;AO=44,11;DP=112;FAO=44,11;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=26,7;FSAR=18,4;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.038174,0.0345964;FXX=0.0180164;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=110.809,106.076;QD=18.7104;RBI=0.0484986,0.0408906;REFB=-0.0575949,-0.0437238;REVB=-0.0299142,-0.0217975;RO=38;SAF=26,7;SAR=18,4;SRF=15;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164827,0.288307;STB=0.667496,0.773369;STBP=0.008,0.089;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00906605,0.0263965;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40367,0.100917:44,11:112:44,11:109:54:26,7:18,4:15:39:99:38:26,7:18,4:15:23 chr16 33965539 . G GC 131.69 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=110;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0195182;FXX=0.121484;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4035;QD=5.60396;RBI=0.0531491;REFB=-0.0679312;REVB=0.0494355;RO=76;SAF=24;SAR=8;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518951;STB=0.759626;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.113227;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351064:32:110:33:94:61:24:9:19:42:99:76:24:8:22:54 chr16 33965542 . C T 44.4 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.00953797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.49;QD=1.62936;RBI=0.0324576;REFB=0.000364545;REVB=-0.0310246;RO=96;SAF=2;SAR=9;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369207;STB=0.779241;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0136154;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:96:98:11:11:0.100917:9:2:46:50:9:2:46:52 chr16 33965560 . TT AC,AT 471.16 PASS AF=0.336634,0.168317;AO=34,17;DP=101;FAO=34,17;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=25,6;FSAR=9,11;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0139477,-0.00243897;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=245.087,266.534;QD=18.6597;RBI=0.0139478,0.00277614;REFB=-0.00759868,-0.00799751;REVB=-3.77344e-05,0.00132604;RO=50;SAF=25,6;SAR=9,11;SRF=12;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.495415,0.161789;STB=0.779024,0.597457;STBP=0,0.41;TYPE=mnp,snp;VARB=0.012875,0.014357;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:34,17:34,17:0.336634,0.168317:9,11:25,6:12:38:9,11:25,6:12:38 chr16 34682251 . G T 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0447937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8698;QD=15.9727;RBI=0.0456743;REFB=0.00562603;REVB=0.00892564;RO=58;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035443;STB=0.51999;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00704248;OID=.;OPOS=34682251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:26:16:24:34:26:16:24:34 chr16 34984203 . G A 133.18 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00720924;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4492;QD=12.6834;RBI=0.0273029;REFB=-0.0108011;REVB=0.0263339;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179463;STB=0.506114;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0165594;OID=.;OPOS=34984203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:27:15:15:0.357143:11:4:7:18:11:4:7:20 chr16 46565019 . T G 994.55 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00234981;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.739;QD=57.6552;RBI=0.00238027;REFB=-0.0455198;REVB=0.000379559;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=3.08273e-05;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:41:27:1:0:41:27:1:0 chr16 46590024 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5514;QD=57.1761;RBI=0.0159652;REFB=0;REVB=-0.0155393;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252225;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr16 46642286 . G A 138.32 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00323181;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3997;QD=22.1307;RBI=0.0581892;REFB=-0.0388378;REVB=-0.0580994;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32335;STB=0.692052;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00454114;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:25:25:9:10:11:11:0.44:3:8:9:0:3:8:10:0 chr16 46655210 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.26;QD=60.0307;RBI=0.0230231;REFB=0;REVB=0.0191705;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47451e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr16 46696284 . G A 959.92 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187256;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.518;QD=59.0718;RBI=0.0246301;REFB=0;REVB=-0.0159999;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120259;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr16 46773999 . C A 216.05 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0612019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3719;QD=15.1613;RBI=0.0614968;REFB=0.00316911;REVB=0.00601527;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128786;STB=0.523925;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00563495;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:32:25:25:0.438596:12:13:16:14:12:13:18:14 chr16 47271876 . T C 213.15 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00717858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.304;QD=17.4002;RBI=0.0214552;REFB=-0.00655204;REVB=0.0202186;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.607448;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0106627;OID=.;OPOS=47271876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:13:8:15:12:14:8:15:12 chr16 47697618 . A G 794.54 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0124037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.216;QD=21.0474;RBI=0.0132062;REFB=-0.00928547;REVB=0.00453347;RO=71;SAF=37;SAR=42;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153157;STB=0.51146;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0107126;OID=.;OPOS=47697618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:71:72:79:79:0.523179:42:37:32:39:42:37:32:40 chr16 48122582 . G A 631.04 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00252936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8561;QD=17.7758;RBI=0.0234807;REFB=-0.0148191;REVB=-0.0233441;RO=77;SAF=22;SAR=43;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120611;STB=0.567209;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.016737;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:43:22:35:42:43:22:35:42 chr16 48258198 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00617882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.72;QD=18.2512;RBI=0.0125108;REFB=-0.00500032;REVB=0.0108786;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231787;STB=0.631413;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00782952;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:4:11:7:8:4:11 chr16 49525238 . C T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0145296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.632;QD=17.8002;RBI=0.0152904;REFB=-0.0173679;REVB=-0.00476323;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573397;STB=0.532677;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0127909;OID=.;OPOS=49525238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:11:13:12:8:11:13 chr16 50059279 . C A 421.3 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0186235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.345;QD=49.5647;RBI=0.0237438;REFB=-0.22119;REVB=0.0147286;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513299;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00194658;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:0:3:31:31:0.911765:16:15:0:0:16:15:1:2 chr16 50069312 . C G,T 710.12 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=43,2;DP=45;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143367,0.0111664;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.735,169.448;QD=61.7499;RBI=0.0431998,0.012936;REFB=0,0;REVB=-0.0407514,0.0065309;RO=0;SAF=21,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00249566,0.0322218;OID=.,.;OPOS=50069312,50069312;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:46:0:0:43,2:44,2:0.956522,0.0434783:22,0:21,2:0:0:22,0:22,2:0:0 chr16 50069772 . A G 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.701;QD=62.0068;RBI=0.0255305;REFB=0;REVB=-0.0248527;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83903e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr16 50071010 . TC AG,TCTTTAG 247.24 PASS AF=0.09375,0.65625;AO=2,17;DP=32;FAO=3,21;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=0,7;FSAR=3,14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0307398,0.0588526;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,5;MLLD=234.717,263.17;QD=30.9049;RBI=0.0311865,0.0601029;REFB=0.0199069,-0.00732154;REVB=-0.00525966,-0.0121954;RO=10;SAF=0,4;SAR=2,13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612877,-0.27777;STB=0.995768,0.549951;STBP=0.149,0.458;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0210758,0.00418316;OID=.,.;OPOS=50071010,50071012;OREF=TC,-;OALT=AG,TTTAG;OMAPALT=AG,TCTTTAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:32:32:10:8:2,17:3,21:0.09375,0.65625:2,13:0,4:6:4:3,14:0,7:4:4 chr16 50106594 . T C 1867.06 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.055243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.842;QD=59.7459;RBI=0.0647233;REFB=-0.134693;REVB=-0.0337242;RO=1;SAF=35;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133787;STB=0.513887;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0023554;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:1:2:123:123:0.984:88:35:1:0:88:35:2:0 chr16 50263762 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.971;QD=55.6558;RBI=0.0204844;REFB=0;REVB=-0.00838339;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014726;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 50265818 . C T 52.31 PASS AF=0.25;AO=9;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00890389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4081;QD=6.53881;RBI=0.013884;REFB=-0.0081999;REVB=0.010653;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391836;STB=0.594997;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0231048;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:9:8:0.25:5:4:11:12:5:3:12:12 chr16 50324561 . C T 190.23 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.057956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.048;QD=21.7402;RBI=0.0580061;REFB=-0.0343879;REVB=-0.00241027;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160953;STB=0.59081;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0271045;OID=.;OPOS=50324561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:8:8:13:6:8:8 chr16 50326661 . A G 1825.0 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.701;QD=60.3305;RBI=0.0473051;REFB=-0.0799208;REVB=0.0283397;RO=1;SAF=61;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772339;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000218623;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:58:61:1:0:59:61:1:0 chr16 50328665 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.00263493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.813;QD=17.289;RBI=0.0177319;REFB=-0.0120354;REVB=-0.017535;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306688;STB=0.669467;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0166385;OID=.;OPOS=50328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:16:14:5:28:16:14:5:28 chr16 50349289 . C T 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.021643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.562;QD=16.7505;RBI=0.0216686;REFB=-0.0114851;REVB=-0.00105386;RO=39;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36339;STB=0.704536;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0103699;OID=.;OPOS=50349289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:9:24:14:25:9:24:14:25 chr16 50368663 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0124589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.855;QD=24.0665;RBI=0.0165647;REFB=-0.00589764;REVB=-0.0109163;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00423654;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:4:6:7:9:4:6 chr16 50383988 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0303038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.039;QD=8.25462;RBI=0.0311513;REFB=0.00399457;REVB=-0.00721666;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0157773;OID=.;OPOS=50383988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:7:5:2:4:7:5 chr16 50642201 . G C 989.32 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0162;QD=59.064;RBI=0.0460296;REFB=0;REVB=-0.00520546;RO=0;SAF=13;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363134;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:54:13:0:0:54:13:0:0 chr16 51171175 . C T 1970.78 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000452452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0216;QD=62.0718;RBI=0.0244141;REFB=0;REVB=-0.0244099;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100656;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr16 51173559 . G A 154.92 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0105242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0162;QD=12.3936;RBI=0.0401097;REFB=-0.000908802;REVB=0.0387044;RO=31;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319924;STB=0.69976;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00654591;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:14:4:15:16:14:4:16:16 chr16 51705448 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.365;QD=62.6706;RBI=0.0108673;REFB=0;REVB=0.00427763;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 251.59 PASS AF=0.361446;AO=26;DP=88;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0046844;FXX=0.0568117;HRUN=3;LEN=5;MLLD=284.334;QD=12.1248;RBI=0.00519435;REFB=0.00718917;REVB=0.00224448;RO=54;SAF=11;SAR=15;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234818;STB=0.598662;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=-0.0121347;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361446:26:88:30:83:53:14:16:33:20:99:54:11:15:34:20 chr16 52473263 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0584636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.006;QD=12.3961;RBI=0.0586014;REFB=-0.000675299;REVB=-0.00401664;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550385;OID=.;OPOS=52473263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr16 53283966 . G A 223.66 PASS AF=0.5;AO=18;DP=40;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0151064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.564;QD=20.3323;RBI=0.0174933;REFB=-0.0197202;REVB=0.00882113;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981228;STB=0.547782;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0222731;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:22:22:18:22:0.5:10:8:10:12:14:8:10:12 chr16 53325691 . G A 244.65 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0166808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.393;QD=24.4648;RBI=0.0255632;REFB=-0.0145975;REVB=-0.0193708;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20477;STB=0.613637;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.011185;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:12:5:13:10:12:5 chr16 53326860 . G A 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0446536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.668;QD=15.7713;RBI=0.0484237;REFB=-0.0169153;REVB=-0.0187325;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113241;STB=0.571903;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0258603;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:15:12:18:14:15:12:19:14 chr16 53341748 . T G 301.73 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0237143;FXX=0.0722804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9188;QD=15.6741;RBI=0.0242804;REFB=-0.0174963;REVB=-0.00521242;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192642;STB=0.599002;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0365325;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:38:44:31:33:0.428571:16:15:11:27:16:17:15:29 chr16 53358439 . A G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00554546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3859;QD=18.1534;RBI=0.0177436;REFB=-0.0307042;REVB=0.0168548;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587823;STB=0.533445;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.025208;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:14:11:8:13:14:11 chr16 53371463 . A G 125.82 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0668607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2579;QD=18.6399;RBI=0.0867438;REFB=-0.0108778;REVB=-0.0552642;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370519;STB=0.716054;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00940264;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:6:7:12:2:6:7 chr16 53477212 . C G 1572.49 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0046696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.173;QD=62.8994;RBI=0.042587;REFB=0.0817499;REVB=0.0423302;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00012244;OID=.;OPOS=53477212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:46:53:0:1:46:53:0:1 chr16 53682949 . C T 850.36 PASS AF=0.47541;AO=87;DP=183;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0268099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0126;QD=18.587;RBI=0.033209;REFB=0.00726364;REVB=-0.0195976;RO=96;SAF=47;SAR=40;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481867;STB=0.526621;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00865835;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:96:96:87:87:0.47541:40:47:47:49:40:47:47:49 chr16 53945351 . G A 325.09 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0366168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3259;QD=14.6107;RBI=0.0366285;REFB=-0.00449748;REVB=-0.000929108;RO=53;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443675;STB=0.51057;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0110462;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:53:35:36:0.404494:25:10:17:36:25:11:17:36 chr16 54018828 . T C 340.15 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0172092;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.11;QD=11.6289;RBI=0.0172969;REFB=-0.0103298;REVB=0.00173953;RO=74;SAF=16;SAR=26;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278523;STB=0.654604;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0135642;OID=.;OPOS=54018828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:74:75:42:42:0.358974:26:16:47:27:26:16:47:28 chr16 54279640 . G T 260.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00101754;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.218;QD=20.455;RBI=0.0221348;REFB=-0.0203155;REVB=-0.0221114;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795018;STB=0.544346;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0211035;OID=.;OPOS=54279640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:12:12:11:16:12:12 chr16 54279687 . G C 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0148324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.788;QD=17.7515;RBI=0.0152433;REFB=-0.0169783;REVB=-0.00351558;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069568;STB=0.539139;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00916959;OID=.;OPOS=54279687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:12:15:12:13:12:15 chr16 54279693 . A G 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0263155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.239;QD=17.6166;RBI=0.0291575;REFB=-0.0178266;REVB=-0.0125562;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520842;STB=0.529387;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0202913;OID=.;OPOS=54279693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:12:15:12:12:12:15 chr16 55519607 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.306;QD=62.0082;RBI=0.0119084;REFB=0;REVB=0.00997224;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57297e-05;OID=.;OPOS=55519607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr16 55523705 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.974;QD=62.1623;RBI=0.0205317;REFB=0;REVB=0.0169509;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67156e-05;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr16 55527113 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.159;QD=53.2759;RBI=0.0389684;REFB=0;REVB=0.0152539;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393166;OID=.;OPOS=55527113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 55562466 . G A 1099.72 PASS AF=0.493333;AO=111;DP=225;FAO=111;FDP=225;FR=.;FRO=114;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0190733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.948;QD=19.5506;RBI=0.0196402;REFB=-0.0102035;REVB=-0.00468459;RO=114;SAF=58;SAR=53;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459657;STB=0.502527;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0118969;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:114:111:111:0.493333:53:58:59:55:53:58:59:55 chr16 55571563 . G A 126.22 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00905889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.156;QD=9.70897;RBI=0.0102419;REFB=-0.00901366;REVB=-0.00477847;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425847;STB=0.514688;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00980478;OID=.;OPOS=55571563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:36:16:16:0.307692:7:9:19:15:7:9:21:15 chr16 55601388 . A G 369.98 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0127541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.798;QD=19.7325;RBI=0.0138254;REFB=-0.0361096;REVB=-0.00533625;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854211;STB=0.547359;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0288661;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:23:14:18:20:23:14 chr16 55608587 . G A 498.02 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0232444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.304;QD=15.2068;RBI=0.0298254;REFB=-0.000948283;REVB=0.0186883;RO=76;SAF=22;SAR=33;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050355;STB=0.528292;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00144589;OID=.;OPOS=55608587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:76:55:55:0.419847:33:22:34:42:33:22:34:42 chr16 55806409 . T C 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000710341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1691;QD=58.5961;RBI=0.02396;REFB=0;REVB=0.0239495;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131203;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr16 55862691 . G A 121.64 PASS AF=0.163121;AO=23;DP=144;FAO=23;FDP=141;FR=.;FRO=118;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0198579;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.442;QD=3.4509;RBI=0.0329696;REFB=-0.00339012;REVB=-0.0263183;RO=120;SAF=7;SAR=16;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254114;STB=0.67406;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0269315;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:120:118:23:23:0.163121:16:7:60:60:16:7:60:58 chr16 55862717 . T C 119.35 PASS AF=0.14881;AO=25;DP=167;FAO=25;FDP=168;FR=.;FRO=143;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=0.00143642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.59;QD=2.84158;RBI=0.0216952;REFB=0.000766784;REVB=-0.0216476;RO=140;SAF=9;SAR=16;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205816;STB=0.639888;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00781236;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:140:143:25:25:0.14881:16:9:73:67:16:9:75:68 chr16 55862720 . T C 117.72 PASS AF=0.146199;AO=25;DP=171;FAO=25;FDP=171;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=0.0064432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.493;QD=2.75378;RBI=0.0104929;REFB=-0.00483851;REVB=0.00828173;RO=146;SAF=9;SAR=16;SRF=77;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212488;STB=0.642576;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0209434;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:146:146:25:25:0.146199:16:9:77:69:16:9:77:69 chr16 55862762 . C G 112.12 PASS AF=0.136612;AO=23;DP=189;FAO=25;FDP=183;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=-0.00305223;FXX=0.0518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.048;QD=2.45064;RBI=0.0040518;REFB=-0.00323416;REVB=-0.00266477;RO=163;SAF=8;SAR=15;SRF=77;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158897;STB=0.653137;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0205528;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:183:163:158:23:25:0.136612:15:8:77:86:17:8:78:80 chr16 55862791 . T C 102.61 PASS AF=0.125654;AO=24;DP=191;FAO=24;FDP=191;FR=.;FRO=167;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=91;FWDB=-0.00299594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.669;QD=2.14891;RBI=0.00962032;REFB=-0.00565766;REVB=-0.00914193;RO=167;SAF=10;SAR=14;SRF=76;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048853;STB=0.534133;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0307849;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:167:167:24:24:0.125654:14:10:76:91:14:10:76:91 chr16 55862824 . C T 63.91 PASS AF=0.103659;AO=17;DP=164;FAO=17;FDP=164;FR=.;FRO=147;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=82;FWDB=0.036897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6992;QD=1.55868;RBI=0.0372617;REFB=0.000361577;REVB=-0.00520103;RO=147;SAF=9;SAR=8;SRF=65;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105119;STB=0.577656;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00293261;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:164:164:147:147:17:17:0.103659:8:9:65:82:8:9:65:82 chr16 55862836 . G A 39.14 PASS AF=0.0849673;AO=10;DP=150;FAO=13;FDP=153;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=-0.00767576;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.296;QD=1.02331;RBI=0.00767842;REFB=-0.00508044;REVB=-0.000202008;RO=139;SAF=3;SAR=7;SRF=56;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116837;STB=0.550383;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0493306;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:150:153:139:140:10:13:0.0849673:7:3:56:83:7:6:57:83 chr16 55866894 . T TA 713.39 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538783;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=302.396;QD=63.412;RBI=0.00860778;REFB=0;REVB=-0.00671305;RO=3;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.38028e-07;OID=.;OPOS=55866895;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:45:45:0:22:23:0:0:4:3:20:23:2:1 chr16 55883618 . T C 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.273;QD=64.1519;RBI=0.0148325;REFB=0;REVB=-0.00339045;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02473e-05;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr16 55905636 . A G 1227.21 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0072;QD=61.3603;RBI=0.0086986;REFB=0;REVB=0.00839551;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06896e-05;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:27:53:0:0:27:53:0:0 chr16 56228066 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.272;QD=56.9382;RBI=0.0734792;REFB=0;REVB=-0.00298185;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110743;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:43:53:1:17:26:0:0:26:27:0:0 chr16 56368689 . C T 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0114347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.094;QD=22.835;RBI=0.0281941;REFB=-0.00554157;REVB=0.0257712;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605623;STB=0.533319;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00478748;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:24:21:20:17:24:21:20:17 chr16 56379496 . G A 117.77 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0968323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.774;QD=12.3972;RBI=0.0994195;REFB=-0.00729634;REVB=0.022533;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156866;STB=0.593081;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00957698;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:10:14:10:4:10:14 chr16 56395610 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.001;QD=63.8717;RBI=0.0605855;REFB=0;REVB=0.0568091;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236416;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr16 56396486 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00863216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.767;QD=12.8974;RBI=0.00877524;REFB=-0.0136004;REVB=-0.00157821;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408493;STB=0.523901;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0258472;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:13:17:9:8:13:17 chr16 56401352 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0135524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.781;QD=14.1389;RBI=0.0137835;REFB=-0.00996224;REVB=-0.0025135;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.666405;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0157805;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:9:11:11:3:9:11 chr16 56485554 . C G 325.01 PASS AF=0.58;AO=31;DP=47;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0807008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0657;QD=26.0006;RBI=0.106266;REFB=-0.0693782;REVB=-0.0691368;RO=16;SAF=22;SAR=9;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188596;STB=0.530077;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0421919;OID=.;OPOS=56485554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:16:21:31:29:0.58:9:22:15:1:7:22:17:4 chr16 56500132 . C T 460.32 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.19468;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4347;QD=13.6391;RBI=0.195205;REFB=-0.0670022;REVB=-0.0143183;RO=51;SAF=23;SAR=30;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129223;STB=0.569647;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.100102;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:51:82:53:53:0.392593:30:23:15:36:30:23:45:37 chr16 56500141 . A G 913.74 PASS AF=0.59854;AO=82;DP=137;FAO=82;FDP=137;FR=.;FRO=55;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0294568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.932;QD=26.6784;RBI=0.0348343;REFB=-0.00501185;REVB=0.0185937;RO=55;SAF=45;SAR=37;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698185;STB=0.537903;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00310561;OID=.;OPOS=56500141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:55:55:82:82:0.59854:37:45:25:30:37:45:25:30 chr16 56500176 . T A 400.52 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0296771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3848;QD=13.3507;RBI=0.0419026;REFB=-0.015191;REVB=-0.0295819;RO=73;SAF=22;SAR=25;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855795;STB=0.548458;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0188556;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:73:47:47:0.391667:25:22:40:33:25:22:40:33 chr16 56510299 . A C 727.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2562;QD=63.2192;RBI=0.039152;REFB=0;REVB=0.00930983;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643128;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr16 56545175 . T C 200.87 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00407883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.433;QD=20.602;RBI=0.0154572;REFB=-0.00634885;REVB=0.0149093;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018852;STB=0.510628;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00629696;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:11:8:8:12:11:8 chr16 56548501 . C T 590.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.798;QD=60.5266;RBI=0.0443097;REFB=0;REVB=0.0385796;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045665;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:17:22:0:0 chr16 56601720 . A G 998.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795139;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.947;QD=59.6183;RBI=0.0796999;REFB=0;REVB=0.00544161;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16142e-05;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr16 56601722 . T C 946.21 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0436172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.869;QD=55.6593;RBI=0.0448842;REFB=0.0228835;REVB=0.0105895;RO=2;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205369;STB=0.510866;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000413304;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:45:21:0:2:45:21:0:2 chr16 56667282 . C A 225.8 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00471835;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.265;QD=17.0417;RBI=0.0282454;REFB=-0.0152549;REVB=-0.0278485;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.548154;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.023645;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:28:25:25:0.471698:12:13:13:16:12:13:12:16 chr16 56673828 . A G 313.89 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00374221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.957;QD=26.714;RBI=0.0290819;REFB=-0.0298085;REVB=-0.0288401;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0210528;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:9:10:14:14:9:10 chr16 56686471 . G T 470.5 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0102233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.16;QD=23.5249;RBI=0.0136234;REFB=-0.00396217;REVB=0.00900453;RO=35;SAF=25;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101124;STB=0.555531;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0453907;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:20:25:15:20:20:25:15:20 chr16 56701294 . T A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00807926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.45;QD=11.0198;RBI=0.0152758;REFB=-0.00178606;REVB=0.0129644;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00145745;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:4:4:4:2:4:4 chr16 56709728 . GA CG 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293937;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=167.875;QD=33.4285;RBI=0.0287346;REFB=0;REVB=0.0285839;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000662138;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr16 56855496 . C G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.323;QD=60.6065;RBI=0.0770719;REFB=0;REVB=0.0762848;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561836;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr16 56868700 . A G 919.91 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3951;QD=58.407;RBI=0.0224408;REFB=0;REVB=0.00777087;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6688e-05;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr16 56873495 . C T 386.43 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.0411471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.144;QD=11.4497;RBI=0.0461101;REFB=0.00112877;REVB=-0.0208101;RO=84;SAF=19;SAR=28;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212266;STB=0.634333;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00220074;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:88:47:47:0.348148:28:19:50:34:28:19:54:34 chr16 56901065 . A G 378.29 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000373691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.038;QD=19.6513;RBI=0.0160002;REFB=-0.0258523;REVB=0.0159958;RO=38;SAF=30;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238251;STB=0.615699;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0205159;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:38:38:39:0.506494:8:30:22:16:9:30:22:16 chr16 56904587 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3316;QD=61.3357;RBI=0.0587329;REFB=0;REVB=-0.037181;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146719;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr16 56966011 . G A 1283.27 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0139616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.172;QD=58.3305;RBI=0.0502583;REFB=-0.00258284;REVB=0.0482802;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.518068;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=8.23428e-05;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:88:0:3:85:85:0.965909:40:45:0:0:40:45:0:3 chr16 56966071 . T G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00334411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.477;QD=16.6611;RBI=0.0245989;REFB=-0.0272429;REVB=-0.0243706;RO=32;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121586;STB=0.567856;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0343284;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:20:8:6:26:20:8:6:26 chr16 57016092 . G A 230.7 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0120837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1986;QD=17.7458;RBI=0.0417419;REFB=-0.03233;REVB=0.0399546;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10189;STB=0.557231;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0412566;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:10:17:13:12:10:17 chr16 57060340 . T C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6445;QD=56.7001;RBI=0.0762527;REFB=0;REVB=-0.0191678;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196887;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr16 57060353 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.545;QD=55.6561;RBI=0.0176282;REFB=0;REVB=0.00992987;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198846;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr16 57068106 . AC GT 755.94 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956637;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.3;QD=57.0519;RBI=0.0416925;REFB=0;REVB=0.0405802;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.45141e-05;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr16 57071114 . A G 675.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789083;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.48;QD=62.8029;RBI=0.0108827;REFB=0;REVB=-0.00749449;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628241;OID=.;OPOS=57071114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr16 57073683 . G C 834.26 PASS AF=1;AO=47;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.763;QD=57.535;RBI=0.0294644;REFB=0;REVB=-0.0275612;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74367e-05;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:47:58:1:27:20:0:0:29:29:0:0 chr16 57095775 . C T 104.25 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0272697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.456;QD=19.8576;RBI=0.0425726;REFB=-0.0845715;REVB=0.0326923;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.52377;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0504071;OID=.;OPOS=57095775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:5:6:5:4:6:6:5:4 chr16 57096110 . T C 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.021132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.732;QD=22.8669;RBI=0.0220613;REFB=-0.00432082;REVB=-0.00633572;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318208;STB=0.51752;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00371619;OID=.;OPOS=57096110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:14:14:20:17:14:14 chr16 57101340 . T C 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0132957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.183;QD=4.41849;RBI=0.0143168;REFB=0.00147154;REVB=0.00531003;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143115;STB=0.596741;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0078233;OID=.;OPOS=57101340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:14:17:3:4:14:17 chr16 57101373 . A G 42.03 PASS AF=0.2;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0175442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.938;QD=4.80313;RBI=0.0444764;REFB=-0.0177351;REVB=-0.04087;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355248;STB=0.666223;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0560418;OID=.;OPOS=57101373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:28:28:6:7:0.2:2:4:10:18:3:4:10:18 chr16 57111232 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00111946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.727;QD=19.3435;RBI=0.0290556;REFB=-0.0118931;REVB=0.029034;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202772;STB=0.615253;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0173094;OID=.;OPOS=57111232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:10:8:12:6:10:8 chr16 57392733 . A C,G 474.26 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605878,0.0757552;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.0493,54.5161;QD=57.4856;RBI=0.0613751,0.0877658;REFB=0,0;REVB=0.00979875,-0.0443168;RO=0;SAF=14,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00257823,0.0874085;OID=.,.;OPOS=57392733,57392733;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:17,0:14,2:0:0:17,0:14,2:0:0 chr16 57499902 . T C 695.73 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.109086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4755;QD=60.4987;RBI=0.138551;REFB=0.0921935;REVB=0.0854206;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00884871;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:24:21:0:0:24:21:1:0 chr16 57503213 . C T 1555.08 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014968;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.911;QD=59.8108;RBI=0.0186365;REFB=0;REVB=0.011103;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861361;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:55:49:0:0 chr16 57698931 . A G 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0241413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7152;QD=10.4739;RBI=0.0308568;REFB=-0.015035;REVB=0.0192182;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106;STB=0.562433;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0280741;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:7:12:20:17:7:12:20:17 chr16 57702274 . G T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00494161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.456;QD=20.563;RBI=0.0128114;REFB=-0.0211419;REVB=-0.01182;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120173;STB=0.566882;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0209665;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:11:18:12:13:11:18:12:13 chr16 57722328 . C T 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0210561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7155;QD=16.8724;RBI=0.055385;REFB=0.0105744;REVB=0.0512264;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406778;STB=0.733095;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00817115;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:17:9:15:5:17:9 chr16 57735900 . G C 308.42 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000673235;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.848;QD=16.6715;RBI=0.0033558;REFB=-0.0079961;REVB=-0.00328757;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614186;STB=0.518448;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0112709;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:33:34:0.459459:14:19:20:19:15:19:21:19 chr16 57738822 . A C 233.57 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00583028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1295;QD=24.5868;RBI=0.010141;REFB=0.00375648;REVB=-0.00829743;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958506;STB=0.553145;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00185043;OID=.;OPOS=57738822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:8:14:12:4:8:14:12:4 chr16 57756643 . C T 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0101786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.456;QD=22.9114;RBI=0.0115498;REFB=-0.0185018;REVB=-0.00545851;RO=29;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974507;STB=0.501133;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0161961;OID=.;OPOS=57756643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:17:22:16:13:17:22:17:13 chr16 57762401 . T C 533.42 PASS AF=0.52381;AO=53;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00313508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.939;QD=20.3209;RBI=0.00437363;REFB=-0.009951;REVB=0.00304957;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600548;STB=0.523356;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0103582;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:53:55:0.52381:25:28:23:27:27:28:23:27 chr16 57937856 . G C 1709.98 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3221;QD=60.5304;RBI=0.0813438;REFB=0;REVB=0.0331527;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659004;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr16 57950057 . G A 569.73 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.019247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5952;QD=22.7893;RBI=0.0193853;REFB=-0.0163726;REVB=-0.0023108;RO=47;SAF=37;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210648;STB=0.61637;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0171301;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:16:37:22:25:16:37:22:25 chr16 57996932 . G A 84.74 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0409379;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.566;QD=10.2721;RBI=0.0561348;REFB=-0.0100533;REVB=0.0384084;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328926;STB=0.691913;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0264338;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:21:22:11:11:0.333333:9:2:9:12:9:2:9:13 chr16 57996960 . C T 365.62 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.433;QD=54.1663;RBI=0.0863975;REFB=0;REVB=0.0258069;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941254;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:19:8:0:0 chr16 58019396 . G A 632.58 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.127233;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.858;QD=26.0859;RBI=0.127721;REFB=-0.0102449;REVB=0.0111579;RO=41;SAF=3;SAR=53;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257792;STB=0.643661;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00703143;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:41:41:56:56:0.57732:53:3:6:35:53:3:6:35 chr16 58030634 . C T 241.62 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00619862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.585;QD=18.5861;RBI=0.00684715;REFB=-0.0199716;REVB=0.00290872;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151259;STB=0.589582;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0195167;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:26:25:26:0.5:18:7:10:13:19:7:11:15 chr16 58079165 . G A 210.31 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.000349127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.436;QD=25.4924;RBI=0.0104911;REFB=-0.0189678;REVB=0.0104853;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33831;STB=0.697493;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0110586;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:13:20:20:0.606061:12:8:11:1:12:8:12:1 chr16 58080009 . C T 242.82 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.124866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7142;QD=22.5883;RBI=0.159259;REFB=-0.0110863;REVB=0.0988534;RO=20;SAF=4;SAR=19;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366097;STB=0.52053;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0169091;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:19:4:4:16:19:4:4:16 chr16 58191966 . C T 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5012;QD=57.1696;RBI=0.0724338;REFB=0;REVB=0.0676167;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411561;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr16 58318604 . T C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0332581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.071;QD=15.7383;RBI=0.034178;REFB=-0.0100934;REVB=-0.00787617;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192184;STB=0.608347;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0153164;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:14:22:12:17:14:22 chr16 58327646 . A G 1190.26 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6697;QD=61.039;RBI=0.0246749;REFB=0;REVB=0.0228474;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57869e-05;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr16 58540531 . A G 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0260375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.717;QD=17.8596;RBI=0.0261706;REFB=0.00236647;REVB=0.00263646;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389691;STB=0.535191;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00267072;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:37:34:34:0.478873:17:17:19:16:17:17:21:16 chr16 58542901 . G A 370.87 PASS AF=0.448276;AO=36;DP=84;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0504376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0454;QD=17.0516;RBI=0.0961425;REFB=-0.0140705;REVB=0.08185;RO=48;SAF=24;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069186;STB=0.537795;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0100778;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:48:48:36:39:0.448276:12:24:29:19:13:26:29:19 chr16 58545426 . A G 2389.72 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.779;QD=64.1536;RBI=0.0178415;REFB=0;REVB=0.00804124;RO=0;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14364e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:76:73:0:0:76:73:0:0 chr16 58549932 . T C 340.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.833;QD=54.4785;RBI=0.0226026;REFB=0;REVB=0.0129142;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388007;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr16 58552921 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.427;QD=58.2395;RBI=0.0225569;REFB=0;REVB=0.0142037;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67167e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr16 58575489 . G A 424.54 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0374581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.547;QD=21.4957;RBI=0.0374659;REFB=-0.0130812;REVB=0.000764986;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456755;STB=0.52524;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00890643;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:26:16:16:21:26:16:16:21 chr16 58577421 . C T 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280602;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.508;QD=58.6152;RBI=0.0335232;REFB=0;REVB=0.0183419;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112672;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr16 58579274 . C T 691.57 PASS AF=0.443787;AO=72;DP=166;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0135133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.783;QD=16.3686;RBI=0.0189505;REFB=-0.0234347;REVB=0.0132859;RO=94;SAF=35;SAR=37;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787707;STB=0.531819;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0270859;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:94:94:72:75:0.443787:37:35:53:41:37:38:53:41 chr16 58587737 . C T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0179343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.585;QD=13.9476;RBI=0.0509116;REFB=-0.00616128;REVB=0.0476482;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688185;STB=0.511614;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00843744;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:27:17:17:0.386364:6:11:14:10:6:11:17:10 chr16 58743454 . A C 346.51 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00347646;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.453;QD=19.2503;RBI=0.00647431;REFB=-0.00755233;REVB=0.00546177;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169161;STB=0.582776;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00955664;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:35:36:34:36:0.5:15:19:13:22:16:20:14:22 chr16 58750604 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0432985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2077;QD=12.8607;RBI=0.0892242;REFB=0.0287418;REVB=0.0780141;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0291214;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:7:1:1:6:7:1 chr16 58757668 . A C 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0257964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.462;QD=21.3987;RBI=0.0267152;REFB=-0.00460908;REVB=0.00694593;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438448;STB=0.524257;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00297098;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:20:14:13:15:20:14:13:15 chr16 58757683 . A G 395.96 PASS AF=0.512821;AO=38;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000366633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.489;QD=20.3055;RBI=0.00353593;REFB=0.0158735;REVB=0.00351688;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237658;STB=0.513507;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0118837;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:38:40:0.512821:20:18:17:21:21:19:17:21 chr16 58766287 . A C 550.41 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0108229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.178;QD=21.5847;RBI=0.0153766;REFB=-0.00165602;REVB=0.0109227;RO=47;SAF=35;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127833;STB=0.570344;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00136439;OID=.;OPOS=58766287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:20:35:23:24:20:35:23:24 chr16 61687701 . C T 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0208615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4455;QD=20.4043;RBI=0.0217553;REFB=-0.00991337;REVB=-0.00617183;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693877;STB=0.538438;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00568097;OID=.;OPOS=61687701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:14:18:18:10:14:18:18:10 chr16 61777330 . C A 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0146518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.76;QD=24.2743;RBI=0.0146959;REFB=-0.0253836;REVB=-0.00113711;RO=21;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856869;STB=0.547294;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0150336;OID=.;OPOS=61777330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:21:10:9:12:21:10:9:12 chr16 64980818 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.778;QD=60.8835;RBI=0.008573;REFB=0;REVB=0.00663742;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50802e-05;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr16 65016087 . A C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4155;QD=61.8521;RBI=0.0177611;REFB=0;REVB=0.0104306;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021018;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:57:26:0:0:57:26:0:0 chr16 65022234 . C T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0103443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.217;QD=12.5461;RBI=0.010471;REFB=-0.0198048;REVB=0.00162394;RO=42;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193209;STB=0.611561;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0279525;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:8:18:22:20:8:18:22:20 chr16 66420885 . C T 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.471;QD=62.7619;RBI=0.0108013;REFB=0;REVB=-0.0101572;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52894e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr16 66432423 . TC CT 506.82 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154161;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.604;QD=57.9227;RBI=0.0227516;REFB=0;REVB=0.0167325;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000414819;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr16 66519419 . G A 398.97 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00334672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.72;QD=20.9981;RBI=0.00503308;REFB=-0.0112836;REVB=0.00375916;RO=36;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786844;STB=0.547802;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0114495;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:39:40:0.526316:13:26:21:15:13:27:21:15 chr16 66583994 . G C 209.5 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0121051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.14;QD=9.97632;RBI=0.0128026;REFB=-0.00808887;REVB=0.00416803;RO=55;SAF=13;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108371;STB=0.506615;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0141502;OID=.;OPOS=66583994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:57:27:27:0.321429:14:13:27:28:14:13:28:29 chr16 66584002 . T C 258.26 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.058704;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2596;QD=11.4781;RBI=0.0848426;REFB=-0.0104294;REVB=-0.0612545;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114417;STB=0.505018;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0161358;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:57:59:31:31:0.344444:16:15:27:30:16:15:29:30 chr16 66600479 . G A 169.06 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0879269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.789;QD=15.7265;RBI=0.0892777;REFB=-0.0213444;REVB=-0.0154713;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193225;STB=0.599888;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0327785;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:7:11:10:14:7:11:11:14 chr16 66613525 . G A 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00504653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.981;QD=11.1305;RBI=0.0225028;REFB=-0.0113513;REVB=-0.0219297;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200223;STB=0.615894;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0194424;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:13:25:10:11:13:25 chr16 66614008 . T C 500.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5817;QD=58.9008;RBI=0.0579941;REFB=0;REVB=-0.00448855;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111422;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr16 66765067 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.183;QD=60.0309;RBI=0.0344693;REFB=0;REVB=0.0318211;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34713e-05;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr16 66792714 . T C 171.93 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354487;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2196;QD=42.9823;RBI=0.0372442;REFB=0.0188961;REVB=-0.0114243;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000642653;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:0:1:15:15:0.9375:8:7:0:0:8:7:0:1 chr16 66812797 . C T 1006.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.062;QD=59.2062;RBI=0.059373;REFB=0;REVB=0.0164312;RO=0;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301918;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:18:49:0:0:19:49:0:0 chr16 66919929 . G C 257.83 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000165101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.269;QD=23.4393;RBI=0.00193286;REFB=0.00787106;REVB=-0.00192579;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277624;STB=0.515491;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00611164;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:11:9:10:14:11:9 chr16 66920510 . A G 132.93 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0248804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.431;QD=15.1922;RBI=0.0309356;REFB=-0.00122628;REVB=-0.0183841;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0020841;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:20:15:15:0.428571:6:9:11:7:6:9:11:9 chr16 66920949 . G A 245.12 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0246284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4068;QD=15.5634;RBI=0.0368591;REFB=-0.0203587;REVB=-0.0274233;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143247;STB=0.587241;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00980105;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:14:14:12:22:14:14:12:23 chr16 66948130 . G A 459.5 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.010898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.73;QD=21.3722;RBI=0.0267229;REFB=-0.026272;REVB=-0.0243998;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304706;STB=0.511106;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0330267;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:41:44:45:0.523256:21:23:20:21:22:23:20:21 chr16 67006838 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00820179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.338;QD=12.9751;RBI=0.0471226;REFB=-0.0203677;REVB=-0.0464034;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0373569;OID=.;OPOS=67006838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:12:6:6:6:12:6 chr16 67181999 . A G 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0104844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.501;QD=21.4748;RBI=0.0164705;REFB=-0.000204109;REVB=0.0127025;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775414;STB=0.542833;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000232262;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:19:17:17:13:19:17:17:13 chr16 67195842 . T C 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0140485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.325;QD=13.4912;RBI=0.0747448;REFB=-0.0113795;REVB=-0.0734127;RO=46;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152798;STB=0.587243;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0168666;OID=.;OPOS=67195842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:12:18:21:25:12:18:21:25 chr16 67218651 . G A 572.56 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.019562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7651;QD=21.0114;RBI=0.0858058;REFB=-0.016057;REVB=0.0835461;RO=51;SAF=28;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271125;STB=0.514897;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0170799;OID=.;OPOS=67218651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:30:28:23:28:30:28:23:28 chr16 67233266 . A C 806.2 PASS AF=0.614754;AO=75;DP=111;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0101409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2823;QD=26.4328;RBI=0.0897741;REFB=-0.0473205;REVB=-0.0891995;RO=36;SAF=27;SAR=48;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155981;STB=0.544055;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0281828;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:122:36:47:75:75:0.614754:48:27:22:14:48:27:22:25 chr16 67381484 . G T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00289751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9933;QD=12.0233;RBI=0.0702708;REFB=0.018644;REVB=0.070211;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189795;STB=0.610941;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0295448;OID=.;OPOS=67381484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:5:15:7:5:5:15 chr16 67691668 . A G 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0461239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.765;QD=16.8234;RBI=0.04614;REFB=-0.00934631;REVB=0.00121799;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496812;STB=0.528428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0143268;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:12:16:13:8:12:16 chr16 68025801 . G C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6242;QD=58.0583;RBI=0.0469067;REFB=0;REVB=0.0119859;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611395;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr16 68026874 . C T 338.03 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0115743;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.821;QD=17.3347;RBI=0.0161915;REFB=-0.0110405;REVB=0.0113225;RO=41;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174967;STB=0.520894;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0119524;OID=.;OPOS=68026874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:42:36:36:0.461538:26:10:12:29:26:10:13:29 chr16 68057096 . T C 732.79 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172634;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2163;QD=56.3685;RBI=0.0326703;REFB=0;REVB=0.0277367;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291775;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr16 68100461 . C T 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8513;QD=57.4309;RBI=0.048353;REFB=-0.0973775;REVB=-0.00460147;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00926699;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr16 68265182 . T G 308.29 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00981651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2435;QD=16.8928;RBI=0.0300192;REFB=-0.0328593;REVB=0.0283688;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763253;STB=0.534227;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0592463;OID=.;OPOS=68265182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:17:16:22:17:17:17:22:17 chr16 68389772 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0167343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.25;QD=5.95769;RBI=0.0315456;REFB=-0.0130526;REVB=-0.0267412;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135013;STB=0.5997;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0363079;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:4:13:4:2:4:14 chr16 68394582 . G A 88.81 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0321823;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.226;QD=14.8014;RBI=0.0394261;REFB=-0.0195787;REVB=0.0227755;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168645;STB=0.586311;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0250526;OID=.;OPOS=68394582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:24:14:13:10:11:0.458333:4:6:6:8:5:6:5:8 chr16 68398924 . C T 189.82 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0196204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.754;QD=12.0518;RBI=0.030582;REFB=-0.0161673;REVB=-0.0234584;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107876;STB=0.57137;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0200067;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:39:23:24:0.380952:12:11:14:23:12:12:15:24 chr16 68569440 . T G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.554;QD=55.6555;RBI=0.0330995;REFB=0;REVB=-0.0245294;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38499e-05;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 68569459 . T C 358.83 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162963;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.164;QD=55.2046;RBI=0.0376974;REFB=0;REVB=0.033993;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510959;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr16 68598007 . A G 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00597181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8251;QD=56.4824;RBI=0.0227675;REFB=0.0935673;REVB=0.0219704;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0168617;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr16 68713730 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.641;QD=57.1771;RBI=0.0186225;REFB=0;REVB=0.018499;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80319e-05;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr16 68713823 . C A 958.63 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8972;QD=57.2314;RBI=0.0621174;REFB=-0.0108125;REVB=-0.00535613;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125996;STB=0.506665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00272295;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:29:37:1:0:29:37:1:0 chr16 68721470 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.25;QD=59.4355;RBI=0.0257424;REFB=0;REVB=0.0114632;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162191;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr16 68721533 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.421;QD=59.8387;RBI=0.0269159;REFB=0;REVB=0.022282;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166463;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr16 68725783 . G A 199.54 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0255866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5447;QD=19.4671;RBI=0.0869587;REFB=-0.0385463;REVB=0.0831093;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327634;STB=0.660857;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0394424;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:21:20:20:0.487805:7:13:5:14:7:13:7:14 chr16 68729785 . C A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0363302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.619;QD=25.6505;RBI=0.0393894;REFB=-0.0259239;REVB=-0.0152198;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11158;STB=0.561749;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0078592;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:13:12:6:12:13:12:6:12 chr16 68732049 . A C 232.27 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0121955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.048;QD=23.8224;RBI=0.0129375;REFB=-0.0400349;REVB=-0.00431828;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176194;STB=0.598835;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0190006;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:8:9:16:6:8:9 chr16 68771372 . C T 54.56 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167414;FXX=0.142653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.919;QD=36.376;RBI=0.0216165;REFB=0;REVB=0.0136747;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114713;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 68776416 . G A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0375749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.078;QD=32.822;RBI=0.0375891;REFB=-0.0267911;REVB=0.00103222;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.666218;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00145902;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:1:0:8:1:1:0 chr16 68857441 . T C 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0144231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.774;QD=19.6663;RBI=0.0360094;REFB=0.00124593;REVB=0.0329947;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160893;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000669868;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:16:18:17:15:16:18:17:15 chr16 68869449 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.382;QD=50.4135;RBI=0.0470792;REFB=0;REVB=-0.0159641;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52469e-05;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr16 69008037 . C T 841.2 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.578;QD=57.0307;RBI=0.00987056;REFB=0;REVB=0.0092275;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199864;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:29:28:0:0:31:28:0:0 chr16 69143577 . A G 708.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4684;QD=62.9749;RBI=0.0446652;REFB=0;REVB=0.0353735;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554592;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr16 69458591 . C T 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0848632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.833;QD=8.22995;RBI=0.0868627;REFB=0.0122736;REVB=-0.0185297;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360961;STB=0.726777;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0240687;OID=.;OPOS=69458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:8:2:12:13:8:2:12:13 chr16 69499731 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00163351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7146;QD=20.2742;RBI=0.0343296;REFB=-0.0212394;REVB=-0.0342908;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281747;STB=0.658095;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0120267;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:7:17:9:14:7:17 chr16 69704121 . AC ACTG,TG 407.58 PASS AF=1,0;AO=24,2;DP=30;FAO=29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523196,0.0403461;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,2;MLLD=217.356,128.419;QD=56.2176;RBI=0.0531727,0.0526841;REFB=0,0;REVB=0.00948612,0.0338792;RO=3;SAF=8,1;SAR=16,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0747184,-0.142842;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00704968,0;OID=.,.;OPOS=69704123,69704121;OREF=-,AC;OALT=TG,TG;OMAPALT=ACTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:3:0:24,2:29,0:1,0:16,1:8,1:2:1:19,0:10,0:0:0 chr16 69704204 . CT C 121.46 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123506;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.2449;QD=28.5781;RBI=0.123513;REFB=0.119016;REVB=0.00128958;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00846303;OID=.;OPOS=69704205;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:16:17:17:17:0:6:11:0:0:3:0:6:10:0:0 chr16 69733460 . G A 1555.58 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1971;QD=59.8299;RBI=0.0326036;REFB=0;REVB=0.0237802;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184027;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:62:40:0:0:63:41:0:0 chr16 69733665 . T G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.000721846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.812;QD=12.6375;RBI=0.0117988;REFB=0.000401455;REVB=-0.0117767;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274105;STB=0.516105;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00135941;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:6:15:9:4:6:15 chr16 69735271 . T A 1892.85 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.337;QD=61.5562;RBI=0.0534516;REFB=0;REVB=-0.00254138;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06137e-05;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:119:123:1:69:50:0:0:70:53:0:0 chr16 69736851 . G A 117.86 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0422878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7839;QD=14.2866;RBI=0.0938448;REFB=-0.00521542;REVB=-0.083777;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345886;STB=0.672041;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00694686;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:8:5:14:5:8:6:14:5 chr16 69745145 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00412189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.178;QD=17.4276;RBI=0.020434;REFB=-0.0145039;REVB=-0.020014;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207579;STB=0.618918;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0111992;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:11:12:6:13:11:12 chr16 69963355 . G A 400.59 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.085;QD=55.2535;RBI=0.0302907;REFB=0;REVB=-0.0033422;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614603;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:8:21:0:0 chr16 69963403 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0107387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.574;QD=14.7014;RBI=0.0182539;REFB=0.00832435;REVB=-0.0147609;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208684;STB=0.512175;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0123244;OID=.;OPOS=69963403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:11:4:3:9:11:4 chr16 69967897 . T C 785.72 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.553;QD=57.143;RBI=0.021135;REFB=0;REVB=-0.0112676;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13465e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:37:18:0:0 chr16 69970329 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.369;QD=56.7064;RBI=0.0217608;REFB=0;REVB=0.0167595;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66295e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 69988373 . T C 814.72 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.041449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7513;QD=54.3145;RBI=0.0415252;REFB=-0.110241;REVB=0.00251405;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294628;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00413025;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:2:1:58:59:0.983333:31:27:0:2:32:27:0:1 chr16 69988472 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0197338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.463;QD=7.2714;RBI=0.0269602;REFB=-0.00492244;REVB=-0.0183692;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115677;STB=0.571284;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.015591;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:4:21:7:2:4:21 chr16 70010589 . T C 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00133926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.694;QD=13.9775;RBI=0.0198666;REFB=-0.0236957;REVB=0.0198214;RO=52;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127617;STB=0.58162;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.02644;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:54:35:35:0.393258:18:17:19:33:18:17:19:35 chr16 70010610 . C T 342.59 PASS AF=0.38;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0326994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.996;QD=13.7035;RBI=0.0378411;REFB=-0.00753325;REVB=-0.0190446;RO=61;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696016;STB=0.543986;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0112042;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:62:38:38:0.38:20:18:25:36:20:18:25:37 chr16 70016573 . G A 2030.04 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.261;QD=61.5163;RBI=0.0235943;REFB=-0.0830984;REVB=0.020282;RO=1;SAF=75;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629529;STB=0.503311;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000294681;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:56:75:1:0:56:75:1:0 chr16 70064261 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.042542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7342;QD=12.3961;RBI=0.0459816;REFB=-0.0385484;REVB=-0.0174496;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0277202;OID=.;OPOS=70064261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr16 70164334 . A G 219.08 PASS AF=0.268908;AO=31;DP=118;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00368689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.986;QD=7.36397;RBI=0.017749;REFB=-0.00871707;REVB=-0.0173619;RO=87;SAF=18;SAR=13;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162048;STB=0.605789;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0209815;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:87:87:31:32:0.268908:13:18:39:48:13:19:39:48 chr16 70165914 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0274568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7277;QD=5.78792;RBI=0.0507465;REFB=-0.0157533;REVB=0.0426771;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.59968;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0558635;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:18:5:1:6:18:5 chr16 70180088 . A T 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0041773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.701;QD=22.9114;RBI=0.0213818;REFB=-0.00704534;REVB=0.0209698;RO=30;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364383;STB=0.520049;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00519066;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:20:19:16:14:20:19:16:14 chr16 70182375 . T C 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0319536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9381;QD=2.19414;RBI=0.0546667;REFB=-0.00996098;REVB=-0.0443556;RO=61;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343031;STB=0.754763;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0430342;OID=.;OPOS=70182375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:6:2:33:28:6:2:33:28 chr16 70182390 . T G 37.85 PASS AF=0.115942;AO=9;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00845517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.518;QD=2.19431;RBI=0.0276734;REFB=0.000685965;REVB=0.0263501;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390493;STB=0.743911;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00660923;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:57:61:9:8:0.115942:7:2:31:26:6:2:32:29 chr16 70190401 . C T 37.47 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00754682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.122;QD=9.36853;RBI=0.0269213;REFB=-0.00920194;REVB=-0.0258418;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0170504;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr16 70191029 . T G 1325.63 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166798;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.11;QD=62.3825;RBI=0.0181314;REFB=0;REVB=-0.00710863;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21905e-07;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:30:55:0:0:30:55:0:0 chr16 70191118 . A G 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0183422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.365;QD=5.32582;RBI=0.0185564;REFB=-0.0125761;REVB=-0.00281092;RO=48;SAF=8;SAR=5;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12732;STB=0.579995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0641807;OID=.;OPOS=70191118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:5:8:34:14:5:8:34:14 chr16 70191161 . C T 310.82 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0177148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9138;QD=12.3095;RBI=0.0179384;REFB=-0.00454016;REVB=0.00282373;RO=64;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907133;STB=0.551755;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00904108;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:22:15:21:43:22:15:21:43 chr16 70191333 . T C 655.44 PASS AF=0.674699;AO=56;DP=83;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0108452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.329;QD=31.5875;RBI=0.0155738;REFB=-0.0386518;REVB=0.011177;RO=27;SAF=20;SAR=36;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793196;STB=0.542946;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0172174;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:27:27:56:56:0.674699:36:20:13:14:36:20:13:14 chr16 70191566 . A G 268.92 PASS AF=0.313043;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.0368156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7408;QD=9.35379;RBI=0.0405295;REFB=0.000959412;REVB=0.0169486;RO=77;SAF=8;SAR=28;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188212;STB=0.624021;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00180807;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:79:36:36:0.313043:28:8:27:50:28:8:29:50 chr16 70287177 . A G 322.89 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5376;QD=53.8148;RBI=0.13125;REFB=0;REVB=-0.0677785;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00523329;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr16 70303580 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00164932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.865;QD=18.7118;RBI=0.0142764;REFB=0.00229066;REVB=-0.0141808;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.515135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00285174;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:10:9:8:10:10:9 chr16 70500084 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00883274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.47;QD=16.0644;RBI=0.00936714;REFB=-0.0101072;REVB=0.00311867;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169123;STB=0.594972;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0136317;OID=.;OPOS=70500084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:14:12:9:22:14:12:9:22 chr16 70506907 . T C 264.91 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0164669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.779;QD=16.8194;RBI=0.0201392;REFB=-0.0216904;REVB=0.0115945;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777995;STB=0.558815;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0206156;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:33:28:30:0.47619:13:15:15:18:13:17:15:18 chr16 70512510 . C A 151.18 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0190018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6049;QD=24.1892;RBI=0.0262864;REFB=-0.0526605;REVB=-0.0181633;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276204;STB=0.653632;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0645683;OID=.;OPOS=70512510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:8:8:10:11:0.44:1:9:8:0:2:9:8:0 chr16 70515355 . C T 163.39 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0406443;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.879;QD=19.2228;RBI=0.0412202;REFB=-0.0194481;REVB=-0.00686592;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465597;STB=0.764394;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.019024;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:13:4:13:4:13:4:13:4 chr16 70546234 . G A 240.92 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0168674;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.208;QD=27.5335;RBI=0.0168677;REFB=-0.0107481;REVB=-0.000102543;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236363;STB=0.616329;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0048324;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:13:22:22:0.628571:15:7:9:5:15:7:8:5 chr16 70548297 . G A 1317.39 PASS AF=1;AO=68;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709596;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3257;QD=61.9947;RBI=0.166812;REFB=0;REVB=0.166661;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295401;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:68:85:1:20:48:0:0:37:48:0:0 chr16 70569215 . A T 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0102229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.005;QD=20.4176;RBI=0.0102478;REFB=-0.00705617;REVB=-0.00071391;RO=39;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110998;STB=0.561596;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00710036;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:26:15:19:20:26:15:19:20 chr16 70602221 . C T 437.49 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.018523;FXX=0.048539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4094;QD=17.8567;RBI=0.0300962;REFB=-0.0250642;REVB=-0.0237209;RO=56;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350685;STB=0.540453;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0244034;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:56:51:46:47:0.479592:23:23:26:30:24:23:21:30 chr16 70680850 . C G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3119;QD=46.8361;RBI=0.0296954;REFB=0;REVB=0.00315667;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880326;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr16 70680894 . TCCC GTCC,TCCG,TCC 193.3 PASS AF=0,0,0.9;AO=2,4,9;DP=17;FAO=0,0,18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.116526,-0.0549605,-0.0540491;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=17.0753,10.3694,20.2728;QD=38.6602;RBI=0.11883,0.0584481,0.148284;REFB=0.031006,-0.0586075,-0.110511;REVB=0.0232871,0.0198877,0.138083;RO=2;SAF=2,0,5;SAR=0,4,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.727176,0,0.176689;STB=0.5,0.5,0.549945;STBP=1,1,0.242;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0,0.0226724;OID=.,.,.;OPOS=70680894,70680897,70680895;OREF=TC,C,C;OALT=GT,G,-;OMAPALT=GTCC,TCCG,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:8:17:20:2:2:2,4,9:0,0,18:0,0,0.9:0,4,4:2,0,5:0:2:0,0,9:0,0,9:0:2 chr16 70690989 . G C 999.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.928;QD=58.7936;RBI=0.0267953;REFB=0;REVB=0.0171942;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131984;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:43:24:0:1:44:24:0:0 chr16 70796515 . G A 1523.13 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.875;QD=58.5818;RBI=0.014369;REFB=-0.0185378;REVB=0.00202333;RO=1;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771574;STB=0.504064;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=1.72268e-05;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:61:42:0:1:61:42:0:1 chr16 70818759 . A G 2123.75 PASS AF=1;AO=118;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.798;QD=62.4633;RBI=0.0636152;REFB=0;REVB=0.0611797;RO=0;SAF=48;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388743;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:118:136:1:70:48:0:0:85:51:0:0 chr16 70884524 . C G 301.32 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00400674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.073;QD=11.1599;RBI=0.00710201;REFB=-0.00881841;REVB=-0.00586384;RO=70;SAF=12;SAR=26;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874414;STB=0.550461;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.012635;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:26:12:27:43:26:12:27:43 chr16 70884534 . T A 278.95 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0499407;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.213;QD=11.3858;RBI=0.0503143;REFB=-0.00148657;REVB=0.00612006;RO=65;SAF=12;SAR=21;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625604;STB=0.536323;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00238911;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:65:65:33:33:0.336735:21:12:27:38:21:12:27:38 chr16 70886630 . C T 176.0 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0105627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.215;QD=10.2029;RBI=0.0109722;REFB=-0.00869888;REVB=-0.00296977;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144993;STB=0.514788;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0287997;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:13:10:19:26:13:10:19:27 chr16 70889147 . A G 799.05 PASS AF=0.446809;AO=84;DP=187;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.00553115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.809;QD=17.001;RBI=0.00956304;REFB=-0.00578094;REVB=-0.00780115;RO=103;SAF=43;SAR=41;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263774;STB=0.504055;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00835542;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:103:104:84:84:0.446809:41:43:53:50:41:43:54:50 chr16 70894024 . C T 576.01 PASS AF=0.264151;AO=82;DP=315;FAO=84;FDP=318;FR=.;FRO=234;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=95;FSRR=139;FWDB=0.00315683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.181;QD=7.24541;RBI=0.00463314;REFB=-0.00392151;REVB=0.00339122;RO=232;SAF=42;SAR=40;SRF=94;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133566;STB=0.569166;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0101627;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:318:232:234:82:84:0.264151:40:42:94:138:42:42:95:139 chr16 70894087 . T C 279.0 PASS AF=0.194332;AO=48;DP=247;FAO=48;FDP=247;FR=.;FRO=199;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=89;FSRR=110;FWDB=0.00436776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.784;QD=4.51814;RBI=0.0158962;REFB=-0.000908883;REVB=0.0152844;RO=198;SAF=26;SAR=22;SRF=88;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124724;STB=0.575615;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00361019;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:198:199:48:48:0.194332:22:26:88:110:22:26:89:110 chr16 70896015 . GA G 419.45 PASS AF=0.458333;AO=62;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.115112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.9595;QD=11.6514;RBI=0.11681;REFB=-0.0178661;REVB=-0.0198426;RO=76;SAF=32;SAR=30;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549187;STB=0.537205;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.0169709;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:62:144:66:144:78:35:31:36:42:99:76:32:30:35:41 chr16 70896033 . C T 133.01 PASS AF=0.163399;AO=24;DP=151;FAO=25;FDP=153;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=-0.0225576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.056;QD=3.47736;RBI=0.0228386;REFB=-0.00458635;REVB=0.00357128;RO=125;SAF=12;SAR=12;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152986;STB=0.503662;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0291707;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:125:128:24:25:0.163399:12:12:61:64:13:12:62:66 chr16 70896118 . A G 553.07 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00773352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6644;QD=14.4593;RBI=0.0173173;REFB=-0.00851359;REVB=0.0154946;RO=90;SAF=26;SAR=37;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102649;STB=0.505765;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00723142;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:90:90:63:63:0.411765:37:26:38:52:37:26:38:52 chr16 70896122 . A C 223.77 PASS AF=0.228188;AO=32;DP=146;FAO=34;FDP=149;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=-0.0231183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9267;QD=6.00716;RBI=0.030435;REFB=-0.0159366;REVB=0.0197947;RO=114;SAF=16;SAR=16;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111505;STB=0.548179;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0439781;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:114:115:32:34:0.228188:16:16:47:67:18:16:47:68 chr16 70897039 . C G 639.12 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00322867;FXX=0.0143875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.586;QD=18.6603;RBI=0.0151904;REFB=-0.0126776;REVB=0.0148434;RO=72;SAF=39;SAR=26;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834082;STB=0.546254;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0137597;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:26:39:37:35:26:39:37:35 chr16 70902559 . C T 975.81 PASS AF=0.435146;AO=104;DP=239;FAO=104;FDP=239;FR=.;FRO=135;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=-0.00439845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.472;QD=16.3315;RBI=0.00448591;REFB=-0.00968114;REVB=0.00088149;RO=135;SAF=50;SAR=54;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533484;STB=0.529661;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0163462;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:135:135:104:104:0.435146:54:50:72:63:54:50:72:63 chr16 70902568 . C T 864.68 PASS AF=0.426009;AO=95;DP=223;FAO=95;FDP=223;FR=.;FRO=128;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.00939541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.371;QD=15.5099;RBI=0.00952443;REFB=0.00360338;REVB=-0.00156236;RO=128;SAF=44;SAR=51;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700651;STB=0.539063;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00569788;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:128:128:95:95:0.426009:51:44:68:60:51:44:68:60 chr16 70902683 . G A 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0352188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.171;QD=12.0191;RBI=0.0366891;REFB=0.00581697;REVB=0.0102821;RO=25;SAF=1;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642119;STB=0.889753;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00313414;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:13:1:14:11:13:1:14:11 chr16 70908239 . G A 127.4 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00950415;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.985;QD=4.54983;RBI=0.035683;REFB=-0.00193488;REVB=-0.034394;RO=91;SAF=11;SAR=11;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104879;STB=0.562444;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00626393;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:91:90:22:22:0.196429:11:11:38:53:11:11:38:52 chr16 70908736 . A G 339.64 PASS AF=0.514286;AO=33;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.000782398;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.062;QD=19.4077;RBI=0.00286388;REFB=0.00225611;REVB=-0.00275493;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835656;STB=0.540961;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00211566;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:33:36:0.514286:13:20:17:16:14:22:18:16 chr16 70913386 . G A 529.22 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.009939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.797;QD=14.9075;RBI=0.0131372;REFB=-0.0139666;REVB=-0.00859083;RO=84;SAF=33;SAR=25;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15932;STB=0.58954;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0222685;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:84:58:58:0.408451:25:33:35:49:25:33:35:49 chr16 70917855 . A G 739.51 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0238853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.821;QD=18.8409;RBI=0.0279676;REFB=-0.0125241;REVB=-0.0145493;RO=78;SAF=36;SAR=41;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549931;STB=0.50898;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0133287;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:80:77:77:0.490446:41:36:36:42:41:36:36:44 chr16 70917931 . C G 694.96 PASS AF=0.48951;AO=61;DP=135;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0223696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.014;QD=19.4394;RBI=0.0314903;REFB=-0.0171864;REVB=0.022164;RO=73;SAF=31;SAR=30;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683205;STB=0.509675;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0177473;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:143:73:73:61:70:0.48951:30:31:32:41:38:32:32:41 chr16 70926334 . G C 218.01 PASS AF=0.175966;AO=41;DP=233;FAO=41;FDP=233;FR=.;FRO=192;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=95;FSRR=97;FWDB=-0.00236659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.603;QD=3.74264;RBI=0.00749713;REFB=-0.00451804;REVB=0.0071138;RO=192;SAF=22;SAR=19;SRF=95;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538959;STB=0.534433;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0213771;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:192:192:41:41:0.175966:19:22:95:97:19:22:95:97 chr16 70934994 . C T 134.09 PASS AF=0.207547;AO=21;DP=104;FAO=22;FDP=106;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00695214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9799;QD=5.05991;RBI=0.0297802;REFB=-0.0100423;REVB=0.0289573;RO=83;SAF=9;SAR=12;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245458;STB=0.503549;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0413101;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:83:84:21:22:0.207547:12:9:34:49:13:9:34:50 chr16 70942688 . A C 755.9 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0159108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.272;QD=17.2777;RBI=0.0180576;REFB=-0.0117433;REVB=-0.00853967;RO=95;SAF=33;SAR=47;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199296;STB=0.501105;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0210424;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:95:80:80:0.457143:47:33:39:56:47:33:39:56 chr16 70954513 . T C 325.88 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00477096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5496;QD=14.9831;RBI=0.0409465;REFB=-0.0250356;REVB=-0.0406676;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117348;STB=0.566437;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0345012;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:21:15:27:24:21:15:27:24 chr16 70954571 . CT TA 256.36 PASS AF=0.38961;AO=28;DP=75;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00940187;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.986;QD=13.3174;RBI=0.0268891;REFB=-0.00685602;REVB=0.0251919;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225229;STB=0.628978;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.00887546;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:46:47:28:30:0.38961:15:13:31:15:16:14:32:15 chr16 70954606 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0234914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.729;QD=13.7273;RBI=0.027467;REFB=-0.0134904;REVB=0.0142335;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203268;STB=0.615692;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.018234;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:23:13:14:11:23:13 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT G,GGCGCTCCTTCTCCAG 42.38 PASS AF=0.2,0.08;AO=5,2;DP=25;FAO=5,2;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4,1;FSAR=1,1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0264485,-0.0288937;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=15,2;MLLD=267.059,238.747;QD=6.78105;RBI=0.028229,0.0298614;REFB=-0.00805737,-0.0129066;REVB=-0.00986666,-0.00754035;RO=15;SAF=4,1;SAR=1,1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267058,-0.10165;STB=0.635761,0.648643;STBP=0.584,0.715;TYPE=del,mnp;VARB=0.0310479,0.0276434;OID=.,.;OPOS=70954704,70954717;OREF=GCGCTCCTTCTCCGT,GT;OALT=-,AG;OMAPALT=G,GGCGCTCCTTCTCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.08:5,2:25:5,2:25:18:4,1:1,1:12:6:29:15:4,1:1,1:9:6 chr16 70954774 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0220887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.575;QD=14.6654;RBI=0.100256;REFB=-0.0172869;REVB=-0.0977926;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151309;STB=0.588114;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0268955;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:11:10:5:10:11:10 chr16 70954809 . C A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000328711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.862;QD=18.1541;RBI=0.00448228;REFB=-0.0026004;REVB=0.00447021;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878716;STB=0.549952;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0032161;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:12:13:9:12:12:13 chr16 70954915 . G T 1287.48 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.457;QD=60.5871;RBI=0.0174148;REFB=-0.122382;REVB=-0.00562064;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000131069;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:44:40:0:1:44:40:0:1 chr16 70954945 . T A 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0341661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.542;QD=14.6054;RBI=0.0390119;REFB=-0.00635633;REVB=-0.0188308;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135515;STB=0.576961;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0102814;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:21:13:25:24:21:13:25:24 chr16 70972595 . T C 461.28 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0311077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1251;QD=18.8277;RBI=0.0360744;REFB=-0.00501065;REVB=0.0182667;RO=52;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301161;STB=0.516765;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00530785;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:26:20:21:31:26:20:21:31 chr16 70972620 . G C 411.55 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00778068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.336;QD=18.4965;RBI=0.0144386;REFB=-0.0216129;REVB=-0.0121628;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203247;STB=0.501133;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0249219;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:26:16:18:29:26:16:18:29 chr16 70975565 . T C 370.93 PASS AF=0.288136;AO=51;DP=177;FAO=51;FDP=177;FR=.;FRO=126;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.00938344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.088;QD=8.38267;RBI=0.00940886;REFB=-0.00695679;REVB=-0.000691168;RO=126;SAF=33;SAR=18;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210007;STB=0.623433;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0132728;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:126:126:51:51:0.288136:18:33:60:66:18:33:60:66 chr16 70975667 . T C 760.78 PASS AF=0.528986;AO=72;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00736821;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.546;QD=22.0516;RBI=0.00750542;REFB=-0.0103061;REVB=-0.00142857;RO=64;SAF=38;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104499;STB=0.506061;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0078399;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:64:65:72:73:0.528986:34:38:33:31:35:38:33:32 chr16 70986480 . G A 918.19 PASS AF=0.468599;AO=96;DP=206;FAO=97;FDP=207;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=80;FWDB=0.0295013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5431;QD=17.7428;RBI=0.0342104;REFB=0.00387663;REVB=-0.0173212;RO=110;SAF=34;SAR=62;SRF=30;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887104;STB=0.546651;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00429921;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:110:110:96:97:0.468599:62:34:30:80:63:34:30:80 chr16 70989299 . C T 876.1 PASS AF=0.537037;AO=86;DP=161;FAO=87;FDP=162;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.00666634;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.451;QD=21.632;RBI=0.0344219;REFB=-0.00508706;REVB=0.0337703;RO=74;SAF=40;SAR=46;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637688;STB=0.534876;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00509744;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:74:75:86:87:0.537037:46:40:40:34:46:41:41:34 chr16 70989335 . G A 957.34 PASS AF=0.531073;AO=93;DP=174;FAO=94;FDP=177;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0123489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.109;QD=21.6349;RBI=0.0191294;REFB=-0.0171469;REVB=-0.0146095;RO=81;SAF=44;SAR=49;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101434;STB=0.557807;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0123262;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:81:83:93:94:0.531073:49:44:48:33:49:45:50:33 chr16 70993566 . A G 1890.03 PASS AF=0.709091;AO=156;DP=220;FAO=156;FDP=220;FR=.;FRO=64;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0107867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9975;QD=34.3641;RBI=0.0113555;REFB=-0.00507217;REVB=0.003549;RO=64;SAF=73;SAR=83;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768654;STB=0.541089;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0017344;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:64:64:156:156:0.709091:83:73:39:25:83:73:39:25 chr16 71008169 . T C 487.18 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.00477724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.121;QD=13.7235;RBI=0.0106745;REFB=-0.00528547;REVB=-0.00954578;RO=87;SAF=26;SAR=29;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642967;STB=0.536346;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00815986;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:29:26:36:51:29:26:36:51 chr16 71012855 . T C 483.97 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00198941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.824;QD=16.2678;RBI=0.00252611;REFB=-0.000650123;REVB=-0.00155676;RO=66;SAF=29;SAR=24;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134792;STB=0.507527;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000722508;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:24:29:37:29:24:29:37:29 chr16 71025245 . C T 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00680749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.558;QD=12.8955;RBI=0.0105489;REFB=-0.00162195;REVB=-0.00805841;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364265;STB=0.529991;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00337997;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:10:7:11:18:10:7:11:19 chr16 71026076 . C G 244.27 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0120894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7751;QD=11.6317;RBI=0.0214815;REFB=-0.0219857;REVB=0.0177567;RO=54;SAF=9;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262229;STB=0.634055;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0214983;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:54:54:29:30:0.357143:20:9:29:25:20:10:29:25 chr16 71026098 . C T 166.96 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.030876;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.996;QD=10.6004;RBI=0.0314326;REFB=-0.0204118;REVB=-0.00588899;RO=36;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304853;STB=0.69087;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0191205;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:36:41:21:22:0.349206:17:4:15:21:17:5:20:21 chr16 71054178 . T C 762.04 PASS AF=0.445055;AO=80;DP=181;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.00378849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.55;QD=16.7481;RBI=0.00385036;REFB=-0.00429416;REVB=-0.000687455;RO=100;SAF=44;SAR=36;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501479;STB=0.526796;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00661998;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:100:101:80:81:0.445055:36:44:50:50:37:44:50:51 chr16 71061495 . A G 1138.16 PASS AF=0.46875;AO=119;DP=256;FAO=120;FDP=256;FR=.;FRO=136;FSAF=73;FSAR=47;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=-0.00200696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.881;QD=17.7837;RBI=0.013715;REFB=-0.0192795;REVB=-0.0135674;RO=137;SAF=73;SAR=46;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805692;STB=0.539209;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0156502;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:137:136:119:120:0.46875:46:73:73:64:47:73:73:63 chr16 71094434 . G A 623.53 PASS AF=0.23185;AO=101;DP=429;FAO=99;FDP=427;FR=.;FRO=328;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=152;FSRR=176;FWDB=0.00438875;FXX=0.0046619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0879;QD=5.84101;RBI=0.0320399;REFB=-0.00194578;REVB=0.0317379;RO=317;SAF=38;SAR=63;SRF=147;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113874;STB=0.562718;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00531747;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:427:317:328:101:99:0.23185:63:38:147:170:61:38:152:176 chr16 71098649 . T C 615.86 PASS AF=0.404624;AO=70;DP=173;FAO=70;FDP=173;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.017095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0278;QD=14.2396;RBI=0.0210646;REFB=-0.00760576;REVB=-0.0123076;RO=101;SAF=29;SAR=41;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547267;STB=0.525545;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00973418;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:101:103:70:70:0.404624:41:29:47:54:41:29:47:56 chr16 71101200 . T C 198.21 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=0.00624269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.135;QD=9.21897;RBI=0.0186261;REFB=0.000181257;REVB=-0.0175488;RO=59;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171685;STB=0.603887;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000379636;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:60:26:26:0.302326:16:10:15:44:16:10:15:45 chr16 71101270 . C T 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00756426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.499;QD=20.2747;RBI=0.0247075;REFB=0.00703048;REVB=0.0235211;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220351;STB=0.512203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0082503;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:15:30:29:16:15:30 chr16 71103269 . T C 1402.77 PASS AF=0.432584;AO=153;DP=355;FAO=154;FDP=356;FR=.;FRO=202;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=81;FSRR=121;FWDB=0.0148977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.989;QD=15.7614;RBI=0.022522;REFB=-0.0101625;REVB=-0.0168908;RO=197;SAF=71;SAR=82;SRF=80;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594543;STB=0.53446;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0132796;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:356:197:202:153:154:0.432584:82:71:80:117:83:71:81:121 chr16 71109904 . C A 672.68 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=0.0195844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.353;QD=18.4297;RBI=0.0195898;REFB=-0.0154656;REVB=-0.000457305;RO=77;SAF=30;SAR=38;SRF=21;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168071;STB=0.587965;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0183073;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:78:68:68:0.465753:38:30:21:56:38:30:22:56 chr16 71113780 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0157404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.651;QD=19.1477;RBI=0.0181478;REFB=-0.0089202;REVB=-0.00903219;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025352;STB=0.514099;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00780501;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:16:20:21:15:16:20:21:15 chr16 71122408 . C T 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0246985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6128;QD=21.2775;RBI=0.026066;REFB=0.00981872;REVB=-0.00833185;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388327;STB=0.521453;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00756994;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:15:19:20:19:15:19 chr16 71163579 . C T 221.31 PASS AF=0.321839;AO=27;DP=86;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00164942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.266;QD=10.1753;RBI=0.0387054;REFB=-0.00535562;REVB=0.0386703;RO=59;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710387;STB=0.528715;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0109988;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:59:59:27:28:0.321839:13:14:27:32:14:14:27:32 chr16 71163606 . C T 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00175591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.219;QD=10.5058;RBI=0.022374;REFB=-0.0114839;REVB=-0.022305;RO=57;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117365;STB=0.506844;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0274277;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:16:12:25:32:16:12:25:32 chr16 71163693 . A G 393.85 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000248362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.334;QD=25.4095;RBI=0.00480218;REFB=-0.0166488;REVB=-0.00479575;RO=24;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13503;STB=0.573971;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0119726;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:23:15:14:10:23:15:14:10 chr16 71237702 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000607344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.072;QD=58.142;RBI=0.00949107;REFB=0;REVB=-0.00947162;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61524e-05;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr16 71264523 . T A 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2023;QD=60.6035;RBI=0.0221677;REFB=0;REVB=-0.0136118;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73347e-05;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr16 71264561 . A G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423245;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.686;QD=59.8621;RBI=0.0445842;REFB=0;REVB=-0.014014;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232996;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:30:5:0:0:30:5:0:0 chr16 71316812 . A G 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0168813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.87;QD=22.6428;RBI=0.0171232;REFB=-0.0108787;REVB=0.00286814;RO=32;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717655;STB=0.528165;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00733013;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:34:42:42:0.552632:26:16:15:17:26:16:15:19 chr16 71318577 . T C 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00983638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.362;QD=14.2305;RBI=0.0134241;REFB=-0.00545723;REVB=0.00913519;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120106;STB=0.568474;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00412476;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:18:18:16:10:18:18 chr16 71319458 . CA C 82.25 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0603653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3799;QD=14.3044;RBI=0.164028;REFB=-0.0959418;REVB=0.152516;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.391304;SSEP=0;SSSB=-0.275703;STB=0.659716;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=0.103956;OID=.;OPOS=71319459;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:13:23:13:23:10:2:11:4:6:48:10:2:11:4:6 chr16 71319539 . C T 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0126134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.687;QD=14.0793;RBI=0.021304;REFB=-0.0014811;REVB=0.0171687;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284721;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00226008;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:6:10:4:8:6:10 chr16 71319646 . G A 1288.32 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640704;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9474;QD=62.0877;RBI=0.054753;REFB=0;REVB=0.0543769;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285853;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr16 71487206 . T C 376.66 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0382321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3242;QD=18.6004;RBI=0.0445377;REFB=0.014408;REVB=-0.0228454;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847022;STB=0.547242;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.017197;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:23:16:21:21:23:16:21:21 chr16 71509588 . G A 225.34 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00385041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6766;QD=15.2774;RBI=0.00583398;REFB=-0.0207121;REVB=0.00438288;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105935;STB=0.551865;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0268729;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:11:15:15:17:11:15:16:17 chr16 71509633 . AG AC,GA 126.75 PASS AF=0.326087,0;AO=14,2;DP=46;FAO=15,0;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0049516,0.0211707;FXX=0.0212721;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=187.134,69.1328;QD=11.022;RBI=0.0961572,0.0885903;REFB=-0.00711382,-0.0355057;REVB=-0.0960296,-0.0860235;RO=24;SAF=4,0;SAR=10,2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201609,-0.470037;STB=0.570835,0.5;STBP=0.535,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.016074,0;OID=.,.;OPOS=71509634,71509633;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:31:14,2:15,0:0.326087,0:10,2:4,0:11:13:11,0:4,0:11:20 chr16 71509685 . C G 106.07 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00542856;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.939;QD=10.879;RBI=0.00814321;REFB=-0.00726449;REVB=-0.00606981;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190822;STB=0.624792;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0143279;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:27:26:13:13:0.333333:10:3:10:17:10:3:10:16 chr16 71660310 . G A 265.01 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0621612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1253;QD=15.5891;RBI=0.0621988;REFB=-0.0225328;REVB=0.00216242;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938856;STB=0.553155;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0305369;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:10:20:22:16:10:20:22:16 chr16 71668634 . T G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00499402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.607;QD=10.0339;RBI=0.00501304;REFB=0.00766679;REVB=0.000436285;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0152667;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr16 71674882 . C G 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00861136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.026;QD=19.1777;RBI=0.0831382;REFB=-0.0137824;REVB=-0.082691;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00755385;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:5:6:6:7:5:6 chr16 71678932 . T C 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00958122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9638;QD=18.4974;RBI=0.0293891;REFB=0.00759328;REVB=-0.0277834;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721968;STB=0.54051;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0113995;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:18:9:11:16:18:9:11:16 chr16 71679057 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.931;QD=57.6807;RBI=0.00664073;REFB=0;REVB=-0.00637818;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7968e-05;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr16 71682796 . T C 127.35 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0334308;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2406;QD=11.0736;RBI=0.036252;REFB=-0.00847132;REVB=-0.014021;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810639;STB=0.562414;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0126433;OID=.;OPOS=71682796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:31:15:15:0.326087:10:5:12:18:10:5:13:18 chr16 71712786 . A G 413.98 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00885248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.965;QD=21.7885;RBI=0.010586;REFB=-0.00602649;REVB=0.00580494;RO=35;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256187;STB=0.514132;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00576539;OID=.;OPOS=71712786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:20:21:19:16:20:21:19:16 chr16 71773190 . G T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0163728;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=140.602;QD=12.3948;RBI=0.0183611;REFB=0.0044004;REVB=0.00831024;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187211;STB=0.608556;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00507705;OID=.;OPOS=71773190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:5:19:9:5:5:19 chr16 71800384 . T A 227.38 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00465064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.169;QD=15.6811;RBI=0.00882206;REFB=-0.00775955;REVB=0.00749668;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23819;STB=0.678533;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00954261;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:58:26:32:26:26:0.448276:10:16:9:17:10:16:9:23 chr16 71886530 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.536;QD=58.5878;RBI=0.0301734;REFB=0;REVB=-0.0225233;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04537e-06;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr16 71887381 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0115093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.401;QD=17.1565;RBI=0.0465876;REFB=-0.0191455;REVB=-0.0451435;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802794;STB=0.546162;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0237815;OID=.;OPOS=71887381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:4:13:14:6:4:13:14:6 chr16 71889173 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.963;QD=61.2132;RBI=0.0240486;REFB=0;REVB=0.0147267;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35988e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr16 71890489 . C G 817.12 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00851112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.805;QD=22.6977;RBI=0.00961377;REFB=-0.00763572;REVB=0.00447049;RO=66;SAF=48;SAR=29;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055445;STB=0.527465;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00671214;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:67:77:77:0.534722:29:48:37:29:29:48:38:29 chr16 71950450 . C T 726.15 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0415547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4974;QD=20.7471;RBI=0.0416575;REFB=0.00542327;REVB=0.00292511;RO=69;SAF=22;SAR=49;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15037;STB=0.583052;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00475646;OID=.;OPOS=71950450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:49:22:32:37:49:22:32:37 chr16 71956511 . AATGCCCATGCCCATGCCC AATGCCCATGCCC,AATGCCCATGCCCATGCCT 145.4 PASS AF=0.322581,0.193548;AO=11,2;DP=32;FAO=10,6;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3,5;FSAR=7,1;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00954359,0.0574128;FXX=0.0312402;HRUN=1,3;LEN=6,1;MLLD=150.868,97.5688;QD=18.7611;RBI=0.0114252,0.0574279;REFB=-0.00953413,-0.0161254;REVB=0.00628134,-0.00131793;RO=13;SAF=5,1;SAR=6,1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216462,0.300105;STB=0.575618,0.889351;STBP=0.637,0.064;TYPE=del,snp;VARB=0.00346931,0.0123835;OID=.,.;OPOS=71956512,71956529;OREF=ATGCCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=AATGCCCATGCCC,AATGCCCATGCCCATGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581,0.193548:11,2:32:10,6:31:15:3,5:7,1:3:12:81:13:5,1:6,1:3:10 chr16 71981414 . C CTTTG 1030.02 PASS AF=0.901235;AO=69;DP=84;FAO=73;FDP=81;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0202969;FXX=0.03571;HRUN=3;LEN=4;MLLD=276.888;QD=50.8652;RBI=0.0212607;REFB=-0.034096;REVB=0.00632878;RO=9;SAF=35;SAR=34;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346357;STB=0.511672;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=0.00211462;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901235:69:84:73:81:8:37:36:5:3:32:9:35:34:6:3 chr16 71983772 . G C 247.97 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00830503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.148;QD=13.9703;RBI=0.0134188;REFB=-0.0127099;REVB=0.0105399;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262666;STB=0.544873;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0201594;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:42:29:29:0.408451:11:18:8:18:11:18:23:19 chr16 71986946 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9577;QD=64.4147;RBI=0.0219479;REFB=0;REVB=-0.0209268;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029536;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr16 71986995 . G A 448.99 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127865;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.439;QD=57.9346;RBI=0.0138956;REFB=0;REVB=0.00544011;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59366e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:14:15:0:0:16:15:0:0 chr16 71988106 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.561;QD=62.1621;RBI=0.009524;REFB=0;REVB=-0.00128979;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01648e-05;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr16 72001110 . G A 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00669433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.423;QD=19.1729;RBI=0.0218697;REFB=-0.0145436;REVB=0.0208199;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384011;STB=0.712748;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0126362;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:22:11:25:7:22:11:25:7 chr16 72003952 . G C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00453889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.617;QD=16.0925;RBI=0.00461291;REFB=-0.00183384;REVB=-0.000823047;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112751;STB=0.563595;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00221874;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:19:12:19:19:19:12:19:19 chr16 72007232 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0155312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.726;QD=14.3247;RBI=0.0155316;REFB=-0.0079991;REVB=-0.000112012;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18091;STB=0.601508;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0126904;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:19:9:7:32:19:9:7:32 chr16 72011181 . G T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00397844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.368;QD=11.2612;RBI=0.0223313;REFB=-0.0138922;REVB=-0.0219741;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746519;STB=0.54432;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0210297;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:8:7:16:14:8:7:16:14 chr16 72011193 . A C 134.48 PASS AF=0.346154;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00955814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.808;QD=10.3444;RBI=0.00960155;REFB=-0.0405517;REVB=0.000911959;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127383;STB=0.53644;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0274615;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:33:34:16:18:0.346154:6:10:17:16:8:10:17:17 chr16 72011261 . A G 366.16 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0295764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3178;QD=16.274;RBI=0.0299521;REFB=-0.0147562;REVB=0.0047291;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128137;STB=0.50171;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0171273;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:19:20:25:25:19:20:26:25 chr16 72012201 . C T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0446595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.999;QD=16.8123;RBI=0.045061;REFB=-0.0136823;REVB=-0.0060021;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140631;STB=0.578777;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.022213;OID=.;OPOS=72012201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:18:29:18:20:18:29 chr16 72013797 . G C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00616245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.915;QD=21.9722;RBI=0.0254915;REFB=-0.00211115;REVB=0.0247355;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114911;STB=0.564459;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00174278;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:10:11:9:14:10:11 chr16 72020294 . G A 164.94 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0452597;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.072;QD=13.4643;RBI=0.0847851;REFB=-0.017117;REVB=-0.0716942;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314731;STB=0.666455;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0536709;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:28:31:18:18:0.367347:15:3:11:17:15:3:11:20 chr16 72020323 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0138047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.923;QD=13.8496;RBI=0.0185257;REFB=-0.0158303;REVB=-0.0123543;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838992;STB=0.549231;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0215067;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:13:3:6:19:13:3:6:19 chr16 72032231 . T A 392.11 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0194861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.771;QD=22.0907;RBI=0.0234707;REFB=-0.0197403;REVB=0.0130831;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185637;STB=0.500734;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123394;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:32:32:37:39:0.549296:20:17:14:18:22:17:14:18 chr16 72042682 . A C 435.69 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=67;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00402148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.783;QD=24.5461;RBI=0.00404158;REFB=-0.0158486;REVB=0.000402534;RO=26;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108726;STB=0.535253;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0115424;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:26:29:41:42:0.591549:17:24:19:7:18:24:19:10 chr16 72110948 . C G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.134041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.655;QD=16.7845;RBI=0.134601;REFB=-0.0272885;REVB=0.0122667;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148507;STB=0.583368;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0358982;OID=.;OPOS=72110948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:13:20:13:16:13:20 chr16 72130203 . C G 562.98 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00876434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1875;QD=23.9564;RBI=0.00984072;REFB=-0.0235829;REVB=-0.00447506;RO=42;SAF=30;SAR=22;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153139;STB=0.5084;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0124089;OID=.;OPOS=72130203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:22:30:25:17:22:30:25:17 chr16 72130815 . C A 384.96 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.001821;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.879;QD=22.9824;RBI=0.00678022;REFB=-0.0121044;REVB=0.0065311;RO=29;SAF=11;SAR=27;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823094;STB=0.54543;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0138409;OID=.;OPOS=72130815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:29:38:38:0.567164:27:11:11:18:27:11:11:18 chr16 72135014 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0188667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.078;QD=17.0703;RBI=0.0201296;REFB=0.00424545;REVB=-0.00701769;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527004;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00446097;OID=.;OPOS=72135014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:19:16:14:17:19:16 chr16 72137561 . G A 361.02 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0140347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.584;QD=20.3393;RBI=0.0260928;REFB=-0.00671802;REVB=0.0219969;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335605;STB=0.510103;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00732959;OID=.;OPOS=72137561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:21:16:13:20:21:16:14:20 chr16 72139184 . C A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0339826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.223;QD=19.1823;RBI=0.0362201;REFB=-0.0299701;REVB=-0.0125332;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967329;STB=0.501472;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0287008;OID=.;OPOS=72139184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:23:18:18:24:23:18:19:24 chr16 72156842 . T G 139.95 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0045504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.972;QD=20.7336;RBI=0.0259406;REFB=-0.0227017;REVB=-0.0255384;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713586;STB=0.540485;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0245925;OID=.;OPOS=72156842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:5:7:10:5:5:7 chr16 72818965 . T TA 916.42 PASS AF=1;AO=78;DP=96;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629305;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.983;QD=41.1874;RBI=0.10725;REFB=0;REVB=0.107065;RO=15;SAF=46;SAR=32;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00225064;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:96:89:89:0:51:38:0:0:18:15:46:32:7:8 chr16 72827758 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.57312e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.771;QD=63.2868;RBI=0.0134664;REFB=0;REVB=0.0134661;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76231e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr16 72828403 . A G 415.55 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9922;QD=53.6197;RBI=0.0233472;REFB=0.0289209;REVB=0.00525662;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00330431;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:18:11:1:0:19:11:1:0 chr16 72829630 . A G 771.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885683;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.693;QD=57.1274;RBI=0.0966967;REFB=0;REVB=0.0388062;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070972;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr16 72831652 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.446;QD=59.4349;RBI=0.0897469;REFB=0;REVB=0.0139431;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978812;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr16 72832135 . T A 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000101623;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.413;QD=59.158;RBI=0.018013;REFB=0;REVB=0.0180127;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61042e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr16 72991660 . C G 739.99 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.854;QD=56.9222;RBI=0.0321863;REFB=0;REVB=0.0320368;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166265;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr16 72991715 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.422;QD=48.7373;RBI=0.0689017;REFB=0;REVB=0.0527012;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101506;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr16 73143402 . C CAGA 154.74 PASS AF=0.367347;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0171459;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.776;QD=12.6319;RBI=0.0185649;REFB=-0.0046099;REVB=-0.0071186;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731445;STB=0.579619;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=0.00789925;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:16:49:18:49:31:12:6:17:14:99:32:10:6:18:14 chr16 73512204 . AGC GTA 526.73 PASS AF=1;AO=3;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165559;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=94.7003;QD=56.9432;RBI=0.277414;REFB=0;REVB=0.222595;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00365579;OID=.;OPOS=73512204;OREF=AGC;OALT=GTA;OMAPALT=GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:3:37:1:0:3:0:0:18:19:0:0 chr16 74366531 . A C 43.14 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00673267;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.577;QD=3.67126;RBI=0.0172034;REFB=-0.00175254;REVB=-0.0158312;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14824;STB=0.622413;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00744958;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:47:47:38:40:7:7:0.148936:4:3:21:17:4:3:23:17 chr16 74394671 . T C 139.36 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0391157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.116;QD=6.05909;RBI=0.0451367;REFB=-0.00508849;REVB=-0.022523;RO=71;SAF=8;SAR=13;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242215;STB=0.649198;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0174116;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:71:71:21:21:0.228261:13:8:41:30:13:8:41:30 chr16 74425314 . G A 71.01 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=11;FWDB=-0.00535303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.916;QD=3.6887;RBI=0.0877835;REFB=-0.00883496;REVB=0.0876202;RO=64;SAF=9;SAR=4;SRF=53;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232009;STB=0.647333;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0507669;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:64:64:13:13:0.168831:4:9:53:11:4:9:53:11 chr16 74425358 . G A 665.03 PASS AF=0.472222;AO=65;DP=142;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=13;FWDB=-0.00436052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.959;QD=18.4729;RBI=0.00514089;REFB=-0.00206903;REVB=-0.00272298;RO=76;SAF=50;SAR=15;SRF=63;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862761;STB=0.567504;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00325486;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:76:76:65:68:0.472222:15:50:63:13:18:50:63:13 chr16 74425548 . A G 1680.66 PASS AF=0.76;AO=133;DP=178;FAO=133;FDP=175;FR=.;FRO=42;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.022959;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0503;QD=38.4151;RBI=0.0310638;REFB=-0.0366993;REVB=0.0209247;RO=42;SAF=79;SAR=54;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759959;STB=0.54052;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0108303;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:42:42:133:133:0.76:54:79:18:24:54:79:18:24 chr16 74425569 . C T 569.42 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0252402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.597;QD=13.721;RBI=0.0284558;REFB=-0.0170865;REVB=-0.0131402;RO=98;SAF=34;SAR=32;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525805;STB=0.503105;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0316042;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:98:100:66:66:0.39759:32:34:50:48:32:34:51:49 chr16 74425620 . T C 36.57 PASS AF=0.0738636;AO=13;DP=175;FAO=13;FDP=176;FR=.;FRO=163;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=112;FWDB=-0.0288479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.502;QD=0.83105;RBI=0.0297156;REFB=-0.000984277;REVB=0.00712851;RO=159;SAF=6;SAR=7;SRF=50;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174681;STB=0.641314;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0164879;OID=.;OPOS=74425620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:175:176:159:163:13:13:0.0738636:7:6:50:109:7:6:51:112 chr16 74425621 . CCCTCTTCCACCCTCT C 47.65 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=150;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=82;FWDB=-0.0142503;FXX=0.107375;HRUN=3;LEN=15;MLLD=395.75;QD=1.43305;RBI=0.0289302;REFB=-0.00995022;REVB=-0.0251771;RO=122;SAF=9;SAR=11;SRF=39;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173199;STB=0.655306;STBP=0.204;TYPE=del;VARB=0.0598897;OID=.;OPOS=74425622;OREF=CCTCTTCCACCCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150376:20:150:20:133:113:9:11:31:82:47:122:9:11:39:83 chr16 74425702 . GG AA 275.22 PASS AF=0.214286;AO=31;DP=220;FAO=51;FDP=238;FR=.;FRO=187;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=84;FSRR=103;FWDB=0.00319555;FXX=0.0205753;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.698;QD=4.62562;RBI=0.0181515;REFB=-0.00942284;REVB=0.017868;RO=182;SAF=21;SAR=10;SRF=80;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299727;STB=0.532253;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=0.0267731;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:238:182:187:31:51:0.214286:10:21:80:102:26:25:84:103 chr16 74425732 . G T 383.27 PASS AF=0.253333;AO=56;DP=227;FAO=57;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=168;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=82;FSRR=86;FWDB=-0.0173414;FXX=0.00881018;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.479;QD=6.81366;RBI=0.0793599;REFB=-0.0223331;REVB=-0.077442;RO=124;SAF=25;SAR=31;SRF=79;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22386;STB=0.537169;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0633108;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:124:168:56:57:0.253333:31:25:79:45:32:25:82:86 chr16 74425769 . C T 419.58 PASS AF=0.291667;AO=56;DP=192;FAO=56;FDP=192;FR=.;FRO=136;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=0.00449082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0247;QD=8.74134;RBI=0.0233191;REFB=-0.0131041;REVB=0.0228826;RO=135;SAF=25;SAR=31;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104884;STB=0.563823;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.041367;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:135:136:56:56:0.291667:31:25:72:63:31:25:73:63 chr16 74425787 . G T 410.66 PASS AF=0.33125;AO=53;DP=160;FAO=53;FDP=160;FR=.;FRO=107;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.000181729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.621;QD=10.2665;RBI=0.000910283;REFB=-0.0109983;REVB=-0.000891958;RO=107;SAF=24;SAR=29;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156795;STB=0.590142;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.015002;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:107:107:53:53:0.33125:29:24:63:44:29:24:63:44 chr16 74425793 . T C 389.12 PASS AF=0.338028;AO=48;DP=142;FAO=48;FDP=142;FR=.;FRO=94;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.00817069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.354;QD=10.9612;RBI=0.0140349;REFB=-0.0221631;REVB=-0.0114113;RO=94;SAF=19;SAR=29;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180928;STB=0.604123;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0307936;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:94:94:48:48:0.338028:29:19:52:42:29:19:52:42 chr16 74425795 . G A 401.76 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0215107;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2662;QD=12.0831;RBI=0.0218244;REFB=-0.0392266;REVB=-0.0036873;RO=80;SAF=19;SAR=29;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169802;STB=0.614857;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0120842;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:85:48:48:0.360902:29:19:44:36:29:19:49:36 chr16 74425826 . G A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0261644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.232;QD=12.0588;RBI=0.0261685;REFB=-0.011584;REVB=-0.000465451;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150725;STB=0.586631;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0192039;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:13:12:26:16:13:12:26:16 chr16 74537591 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.227;QD=63.8719;RBI=0.0173167;REFB=0;REVB=0.0121948;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7796e-05;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr16 74664743 . T C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=53;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5432;QD=56.2116;RBI=0.0288182;REFB=0.0250004;REVB=0.0268252;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000182672;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:53:61:0.983871:25:28:0:0:33:28:1:0 chr16 74664810 . A T 817.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4805;QD=57.3733;RBI=0.0589942;REFB=0;REVB=0.02675;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805763;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr16 74670458 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000558758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=62.3508;RBI=0.00152857;REFB=0;REVB=-0.00142279;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39099e-06;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 74695079 . G T 1508.06 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.857;QD=63.4973;RBI=0.0200838;REFB=0;REVB=0.0183723;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50841e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:58:36:0:0:59:36:0:0 chr16 74750405 . G A 232.64 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0112978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.031;QD=17.2327;RBI=0.0245734;REFB=-0.0319847;REVB=-0.0218223;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16906;STB=0.595632;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0342842;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:19:7:12:16:19:7:12:16 chr16 74760199 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0142111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.371;QD=27.2218;RBI=0.0170538;REFB=-0.0173264;REVB=0.00942731;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311855;STB=0.517227;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00904168;OID=.;OPOS=74760199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:9:15:10:5:9:15:10:5 chr16 75203269 . A C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00130511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.565;QD=14.0975;RBI=0.00480585;REFB=-0.00578201;REVB=0.00462524;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376723;STB=0.71668;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00580218;OID=.;OPOS=75203269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:4:14:5:8:4:14 chr16 75238103 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5501;QD=60.376;RBI=0.0601111;REFB=0;REVB=0.0230444;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763335;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr16 75258617 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858155;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.197;QD=59.0181;RBI=0.0280564;REFB=0;REVB=-0.0267118;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79931e-05;OID=.;OPOS=75258617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr16 75269267 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.289;QD=63.5811;RBI=0.0351826;REFB=0;REVB=0.0078331;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193415;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr16 75269534 . C T 505.39 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302742;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.331;QD=59.4576;RBI=0.0381256;REFB=0;REVB=0.0231741;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207911;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr16 75271146 . CCG CC,C 228.62 PASS AF=0.320611,0.145038;AO=32,18;DP=137;FAO=42,19;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=4,16;FSAR=38,3;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00367953,-0.10419;FXX=0.0150365;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.9837,18.9925;QD=6.98088;RBI=0.155815,0.18021;REFB=-0.134519,-0.0562932;REVB=-0.155771,-0.147038;RO=68;SAF=1,14;SAR=31,4;SRF=29;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.70204,0.440171;STB=0.784118,0.850506;STBP=0,0;TYPE=del,del;VARB=0.14934,0.157425;OID=.,.;OPOS=75271148,75271147;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320611,0.145038:32,18:137:42,19:131:70:4,16:38,3:27:43:99:68:1,14:31,4:29:39 chr16 75327916 . A G 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0644808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.121;QD=20.4382;RBI=0.0664664;REFB=0.00127588;REVB=0.0161247;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239195;STB=0.513266;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00151339;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:15:18:15:14:15:18:15:14 chr16 75563294 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0124761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.821;QD=14.9786;RBI=0.0176536;REFB=-0.00705264;REVB=0.0124898;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266665;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0109037;OID=.;OPOS=75563294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:6:4:7:3:6:5 chr16 75563732 . C T 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0060629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.881;QD=8.46408;RBI=0.0120771;REFB=-0.00738219;REVB=0.010445;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550594;STB=0.542657;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0221397;OID=.;OPOS=75563732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:8:7:19:18:8:7:20:18 chr16 75565284 . G A 160.6 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.709;QD=45.8843;RBI=0.0378811;REFB=0;REVB=0.0270283;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662744;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr16 75565420 . A G 594.37 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.593;QD=60.9605;RBI=0.0330499;REFB=0;REVB=-0.0134997;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11174e-05;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:13:22:0:0:17:22:0:0 chr16 75574030 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.342;QD=57.7122;RBI=0.0385545;REFB=0;REVB=-0.0021959;RO=0;SAF=11;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125255;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:48:11:0:0:48:11:0:0 chr16 75590092 . G C 538.52 PASS AF=0.525773;AO=48;DP=93;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0163134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6302;QD=22.2068;RBI=0.0386821;REFB=-0.0650932;REVB=0.0350739;RO=45;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837117;STB=0.523355;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0577289;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:45:46:48:51:0.525773:20:28:22:23:23:28:23:23 chr16 75590113 . C G 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0342199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.96;QD=19.1892;RBI=0.0358941;REFB=-0.0319345;REVB=-0.0108344;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390689;STB=0.521729;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.03697;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:23:22:26:23:23:22:26:23 chr16 75646576 . G T 2159.64 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.651;QD=63.0552;RBI=0.0068549;REFB=0;REVB=0.0062813;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79563e-06;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:63:72:0:0:63:74:0:0 chr16 75646685 . G T 490.19 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.03551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7289;QD=56.0217;RBI=0.0397567;REFB=-0.112703;REVB=-0.0178784;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00322852;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr16 75728368 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3864;QD=57.3854;RBI=0.0212774;REFB=0;REVB=0.00727672;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18317e-05;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr16 75734021 . C T 392.77 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=103;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00815364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.2;QD=14.9626;RBI=0.013858;REFB=0.00445993;REVB=0.0112055;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206405;STB=0.519075;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00561194;OID=.;OPOS=75734021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:59:60:43:45:0.428571:21:22:29:30:21:24:30:30 chr16 76311602 . G GT 487.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.6911;QD=49.9955;RBI=0.117218;REFB=0;REVB=0.103596;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00171865;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:39:39:39:0:18:21:0:0:8:0:18:21:0:0 chr16 76321560 . G A 1015.87 PASS AF=0.518519;AO=98;DP=189;FAO=98;FDP=189;FR=.;FRO=91;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00953344;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3417;QD=21.4999;RBI=0.046203;REFB=-0.0324411;REVB=-0.0452088;RO=90;SAF=55;SAR=43;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539103;STB=0.532348;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.018431;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:90:91:98:98:0.518519:43:55:45:45:43:55:45:46 chr16 76486581 . A G 645.08 PASS AF=0.561404;AO=62;DP=113;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00184676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.894;QD=22.6345;RBI=0.0057312;REFB=-0.00614834;REVB=0.0054255;RO=47;SAF=20;SAR=42;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12464;STB=0.553576;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00645596;OID=.;OPOS=76486581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:47:50:62:64:0.561404:42:20:22:25:43:21:22:28 chr16 76532583 . A G 1225.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.587;QD=61.2922;RBI=0.0169608;REFB=0;REVB=-0.015302;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88209e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:54:25:0:0:54:26:0:0 chr16 76587202 . T G 1544.12 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128342;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7241;QD=59.9658;RBI=0.086193;REFB=0;REVB=-0.0852321;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347854;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr16 76587331 . T C 2385.94 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.662;QD=61.1779;RBI=0.0513383;REFB=0;REVB=-0.00232024;RO=0;SAF=70;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70518e-05;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:86:70:0:0:86:70:0:0 chr16 77228629 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1662;QD=55.6556;RBI=0.0627482;REFB=0;REVB=-0.0596798;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201136;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 77228866 . T C 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.915;QD=60.025;RBI=0.0910401;REFB=0;REVB=0.0181969;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150645;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr16 77228953 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0184399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5432;QD=21.2675;RBI=0.0682091;REFB=-0.0171586;REVB=0.0656693;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150576;STB=0.58452;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0255472;OID=.;OPOS=77228953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:10:4:8:9:10:4 chr16 77233338 . C T 5298.55 PASS AF=1;AO=334;DP=336;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216344;FXX=0.00890181;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.484;QD=63.4556;RBI=0.0245731;REFB=-0.0376342;REVB=0.011653;RO=1;SAF=116;SAR=218;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71248e-05;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:336:334:1:0:334:334:1:218:116:1:0:218:116:0:0 chr16 77233394 . A G 3574.3 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427904;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.532;QD=62.7071;RBI=0.0532818;REFB=-0.0758228;REVB=0.0317479;RO=1;SAF=76;SAR=152;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50881e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:229:228:1:0:228:228:1:152:76:1:0:152:76:0:0 chr16 77353973 . G T 885.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.743;QD=58.047;RBI=0.0463696;REFB=0;REVB=0.0364501;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388119;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr16 77359919 . A T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.937;QD=61.3754;RBI=0.0150765;REFB=0;REVB=0.00533347;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08946e-05;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr16 77389956 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.395;QD=59.3226;RBI=0.0142048;REFB=0;REVB=0.00347931;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40936e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr16 77401545 . A G 2302.18 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.28;QD=60.5837;RBI=0.0227591;REFB=0;REVB=0.00570096;RO=0;SAF=85;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63925e-05;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:0:0:150:152:1:65:85:0:0:67:85:0:0 chr16 77769369 . C T 3189.63 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385954;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.908;QD=61.6354;RBI=0.0465823;REFB=-0.0511932;REVB=0.0260827;RO=1;SAF=94;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21132e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:207:1:0:207:207:1:113:94:1:0:113:94:0:0 chr16 77769834 . G A 403.67 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00105083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.53;QD=14.9506;RBI=0.0132395;REFB=-0.0108139;REVB=-0.0131977;RO=62;SAF=31;SAR=15;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294576;STB=0.665649;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0160259;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:15:31:24:38:15:31:24:38 chr16 77775672 . A G 311.78 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00923646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8949;QD=16.6282;RBI=0.0199107;REFB=-0.0257493;REVB=-0.0176387;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021866;STB=0.512285;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0309528;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:22:19:15:19:22:19 chr16 78013123 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.405;QD=58.5998;RBI=0.00333184;REFB=0;REVB=-0.00295211;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38094e-06;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr16 78063000 . T C 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.585;QD=54.8827;RBI=0.0495021;REFB=-0.0072221;REVB=0.0221972;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000509876;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:0:1:31:23:0:1 chr16 78063064 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2095;QD=53.2767;RBI=0.0530811;REFB=0;REVB=0.0502196;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196187;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr16 78065139 . A G 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00495019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.371;QD=58.227;RBI=0.00529143;REFB=0.0729984;REVB=0.00186943;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108712;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000125802;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:28:43:1:0:28:43:1:0 chr16 78312497 . C A 195.6 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00106884;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.966;QD=17.0088;RBI=0.0260837;REFB=-0.00375598;REVB=0.0260618;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815356;STB=0.537574;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00307785;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:26:20:20:0.434783:11:9:10:17:11:9:10:16 chr16 78420775 . G A 154.97 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00321315;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.866;QD=9.11602;RBI=0.0194435;REFB=-0.0132637;REVB=-0.0191762;RO=47;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139942;STB=0.583252;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0227863;OID=.;OPOS=78420775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:47:21:21:0.308824:14:7:21:26:14:7:21:26 chr16 78458915 . C G 729.09 PASS AF=0.472393;AO=76;DP=161;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.00169139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.681;QD=17.8917;RBI=0.00598513;REFB=-0.0189692;REVB=-0.00574116;RO=85;SAF=33;SAR=43;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127319;STB=0.575779;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0209753;OID=.;OPOS=78458915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:85:86:76:77:0.472393:43:33:26:59:43:34:26:60 chr16 78466437 . C G 538.93 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=0.00301868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.233;QD=14.1825;RBI=0.0110792;REFB=0.0135841;REVB=-0.0106601;RO=90;SAF=26;SAR=36;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233776;STB=0.631011;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0226685;OID=.;OPOS=78466437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:90:62:62:0.407895:36:26:58:32:36:26:58:32 chr16 78586531 . T C 1720.53 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4617;QD=58.8215;RBI=0.0141456;REFB=-0.183577;REVB=-0.00293077;RO=1;SAF=56;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840467;STB=0.500223;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00319312;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:1:2:115:115:0.982906:59:56:1:0:59:56:1:1 chr16 79245786 . A G 348.67 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0298756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.735;QD=17.4334;RBI=0.0301718;REFB=-0.0180329;REVB=0.00421734;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118682;STB=0.573367;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0182145;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:23:14:21:21:23:14:22:21 chr16 79245930 . G C 285.78 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.0044588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.338;QD=13.1394;RBI=0.00514031;REFB=-0.00745022;REVB=-0.0025577;RO=54;SAF=19;SAR=14;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146598;STB=0.583285;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0126403;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:14:19:38:16:14:19:38:16 chr16 79245956 . C G 292.53 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00777565;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.902;QD=14.4457;RBI=0.0329568;REFB=-0.0104128;REVB=0.0320264;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904872;STB=0.556042;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.018325;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:48:33:33:0.407407:14:19:31:16:14:19:32:16 chr16 79245961 . T C 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0092049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.131;QD=14.1674;RBI=0.00922246;REFB=-0.00408206;REVB=0.000568953;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115768;STB=0.565572;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00382211;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:15:18:32:17:15:18:32:17 chr16 79629481 . A G 579.31 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00682095;FXX=0.0143875;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.308;QD=16.9142;RBI=0.00897602;REFB=0.0030033;REVB=-0.00583468;RO=76;SAF=28;SAR=33;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011678;STB=0.50651;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00368972;OID=.;OPOS=79629481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:76:76:61:61:0.445255:33:28:34:42:33:28:34:42 chr16 79633805 . TGCC T 575.65 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818457;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.794;QD=60.5946;RBI=0.0957257;REFB=0;REVB=0.0496457;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000467546;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:42:38:38:0:14:24:0:0:3:0:12:21:0:0 chr16 79634579 . A C 281.67 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0189171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6896;QD=19.4256;RBI=0.0504928;REFB=-0.0129172;REVB=0.0468152;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175508;STB=0.603382;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0126612;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:14:15:20:8:15:15:20:8 chr16 80718879 . A G 344.28 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00018936;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.387;QD=21.5178;RBI=0.0105165;REFB=-0.00806382;REVB=0.0105148;RO=29;SAF=8;SAR=27;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189116;STB=0.605316;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00504319;OID=.;OPOS=80718879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:29:35:35:0.546875:27:8:12:17:27:8:12:17 chr16 81010073 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0266817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.726;QD=11.4396;RBI=0.0266878;REFB=-0.000347054;REVB=0.000573014;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281763;STB=0.669574;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00039846;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:10:3:11:13:10:3:11:13 chr16 81050965 . A T 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.783;QD=59.8537;RBI=0.0273311;REFB=0;REVB=0.0272738;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22181e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr16 81061827 . G A 310.44 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0517177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3387;QD=11.2887;RBI=0.0597377;REFB=0.00307361;REVB=0.0298978;RO=71;SAF=20;SAR=19;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069727;STB=0.540017;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00659943;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:19:20:32:39:19:20:32:39 chr16 81062171 . C T 112.53 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0196414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.5;QD=9.57685;RBI=0.0223231;REFB=0.000366293;REVB=0.0106083;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159342;STB=0.595613;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00102877;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:21:12:7:7:21:12 chr16 81077664 . G A 160.53 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0297256;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.734;QD=15.2885;RBI=0.0297449;REFB=-0.0010702;REVB=-0.00107258;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222905;STB=0.619913;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00592527;OID=.;OPOS=81077664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:12:5:12:12:12:5:12:13 chr16 81077915 . T C 256.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.695;QD=51.2423;RBI=0.0752864;REFB=0;REVB=-0.0021272;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639622;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr16 81095363 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.151;QD=44.6898;RBI=0.0563134;REFB=0;REVB=0.0507659;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624683;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr16 81142257 . T C 171.34 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00105204;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2179;QD=18.0354;RBI=0.0204749;REFB=-0.0469494;REVB=-0.0204478;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206746;STB=0.618047;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0322209;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:11:9:12:6:11:9 chr16 81145807 . C G 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00781196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1093;QD=62.6129;RBI=0.0228714;REFB=-0.0766469;REVB=-0.0214959;RO=0;SAF=31;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00076287;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:66:31:0:0:66:31:0:1 chr16 81151122 . A C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4748;QD=60.547;RBI=0.00443456;REFB=0;REVB=-0.0016179;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16845e-05;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr16 81157324 . G A 657.7 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00677232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9061;QD=59.7905;RBI=0.0414943;REFB=-0.0677286;REVB=0.0409379;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00916821;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:1:0:27:16:1:0 chr16 81157385 . G T 155.76 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0657753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0078;QD=15.5762;RBI=0.118018;REFB=-0.0342378;REVB=0.0979889;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16174;STB=0.592375;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0447359;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:6:17:10:7:6:17 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 47.09 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00567794;FXX=0;HRUN=1;LEN=22;MLLD=454.348;QD=2.51166;RBI=0.00580559;REFB=-0.0067289;REVB=-0.00121071;RO=65;SAF=5;SAR=3;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026889;STB=0.62643;STBP=0.435;TYPE=ins;VARB=0.0343301;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:8:75:10:75:65:5:5:42:23:47:65:5:3:42:23 chr16 81161552 . C T 129.82 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0259196;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.472;QD=8.65493;RBI=0.0284088;REFB=-0.00944288;REVB=0.0116291;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371584;STB=0.721975;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0160544;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:42:42:18:18:0.3:13:5:25:17:13:5:25:17 chr16 81161569 . T G 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00853526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.991;QD=8.96032;RBI=0.0280742;REFB=-0.0100363;REVB=-0.0267453;RO=38;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357829;STB=0.70564;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0322174;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:39:17:17:0.303571:12:5:23:15:12:5:23:16 chr16 81161571 . T C 135.86 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0451402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.104;QD=9.7042;RBI=0.0453665;REFB=-0.0115089;REVB=0.00452517;RO=38;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357829;STB=0.721975;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0238728;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:38:17:18:0.321429:12:5:23:15:13:5:23:15 chr16 81161578 . G A 144.9 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0145823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.903;QD=10.1685;RBI=0.0169744;REFB=-0.00675517;REVB=0.00868835;RO=38;SAF=5;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365151;STB=0.715677;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0170045;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:14:5:22:16:14:5:22:16 chr16 81161608 . T C 52.52 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00495395;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.228;QD=6.00222;RBI=0.0113571;REFB=-0.0141659;REVB=0.0102197;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426708;STB=0.51425;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.041544;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:35:28:27:8:8:0.228571:4:4:15:13:4:4:14:13 chr16 81173136 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.561;QD=57.8848;RBI=0.0141823;REFB=0;REVB=0.00339938;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013616;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr16 81175103 . G A 2162.43 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1753;QD=62.2283;RBI=0.0613237;REFB=-0.118417;REVB=0.0365729;RO=0;SAF=51;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74599e-08;STB=0.502857;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00130537;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:87:51:0:0:87:51:0:1 chr16 81180995 . T C 1568.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.127;QD=64.0178;RBI=0.0193973;REFB=0;REVB=-0.0188335;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75462e-05;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr16 81181066 . G A 1269.44 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264359;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.993;QD=56.4194;RBI=0.010453;REFB=0;REVB=0.0101132;RO=0;SAF=53;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206324;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:90:0:0:73:90:1:20:53:0:0:36:54:0:0 chr16 81181783 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.871;QD=62.9828;RBI=0.02308;REFB=0;REVB=0.0218295;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222477;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr16 81181869 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.391;QD=60.7162;RBI=0.0104085;REFB=0;REVB=-0.00604662;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38592e-06;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr16 81185412 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.343;QD=58.5864;RBI=0.0176432;REFB=0;REVB=-0.00350584;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52616e-05;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr16 81185416 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.937;QD=58.1419;RBI=0.0336767;REFB=0;REVB=-0.00517967;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251252;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr16 81185419 . G C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.653;QD=58.5835;RBI=0.0154918;REFB=0;REVB=-0.00987811;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126026;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr16 81190598 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.893;QD=59.3226;RBI=0.0260299;REFB=0;REVB=-0.0138527;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19232e-05;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr16 81190601 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.503;QD=59.5002;RBI=0.0572936;REFB=0;REVB=0.0336689;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85422e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr16 81194382 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.444;QD=61.8524;RBI=0.0237581;REFB=0;REVB=0.0167909;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83731e-05;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr16 81199520 . T C 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2883;QD=63.5749;RBI=0.0567175;REFB=0;REVB=-0.0251094;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109362;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr16 81199538 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6391;QD=60.2303;RBI=0.0601179;REFB=0;REVB=0.0327411;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158168;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr16 81199544 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.94;QD=59.0184;RBI=0.0360942;REFB=0;REVB=0.0192603;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195087;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr16 81199554 . CA TG 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874125;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.554;QD=57.6807;RBI=0.0875387;REFB=0;REVB=0.00469943;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000550076;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr16 81208175 . C T 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.601;QD=56.3577;RBI=0.0125874;REFB=-0.0149262;REVB=-0.00528357;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183934;STB=0.519221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000185559;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:25:15:0:1:25:15:0:2 chr16 81208203 . G T 1101.89 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171331;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.544;QD=60.3777;RBI=0.0221448;REFB=0;REVB=-0.0140304;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40905e-06;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr16 81208515 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.912;QD=56.7065;RBI=0.0157001;REFB=0;REVB=0.0152248;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112788;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr16 81209207 . T C 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.455;QD=51.8992;RBI=0.0513726;REFB=0;REVB=0.000850527;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546776;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr16 81213378 . A G 538.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.82;QD=59.8473;RBI=0.0552042;REFB=0;REVB=0.0527429;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011887;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr16 81232275 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.85;QD=47.821;RBI=0.043837;REFB=0;REVB=0.016055;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057762;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 81232564 . T G 2045.93 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6199;QD=62.4711;RBI=0.0274371;REFB=0;REVB=-0.0268861;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46996e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:79:52:0:0:79:52:0:0 chr16 81241098 . C T 820.65 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.097;QD=56.5967;RBI=0.0129208;REFB=0;REVB=0.0114707;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76284e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:1:0:56:58:1:33:23:1:0:34:24:0:0 chr16 81241100 . G C 762.03 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00818336;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.231;QD=53.4754;RBI=0.00825027;REFB=0.0188118;REVB=0.00104859;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.503648;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-9.21448e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:1:2:55:55:0.964912:33:22:1:0:33:22:1:1 chr16 81242102 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.107;QD=63.2858;RBI=0.088249;REFB=0;REVB=-0.085326;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000474467;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr16 81242194 . T C 762.77 PASS AF=0.965517;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0379708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.614;QD=52.6047;RBI=0.0416932;REFB=-0.0104011;REVB=0.0172204;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000700841;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:58:2:2:53:56:0.965517:25:28:0:2:25:31:0:2 chr16 81248745 . A G 2488.64 PASS AF=0.976331;AO=165;DP=169;FAO=165;FDP=169;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0246656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.624;QD=58.9026;RBI=0.0247329;REFB=-0.00340864;REVB=0.00182369;RO=0;SAF=81;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10315e-08;STB=0.506132;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=4.3776e-05;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:169:169:0:4:165:165:0.976331:84:81:0:0:84:81:3:1 chr16 81249954 . T A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.456;QD=58.9627;RBI=0.0316764;REFB=0;REVB=0.00730035;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04946e-05;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr16 81253745 . C G 1348.43 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304678;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.676;QD=61.9968;RBI=0.0424687;REFB=0;REVB=0.0295856;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100481;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:40:47:0:0 chr16 81253759 . A G 1171.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0193;QD=60.8675;RBI=0.00370162;REFB=0;REVB=0.000610162;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84796e-05;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr16 81253917 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.071;QD=58.1407;RBI=0.00684424;REFB=0;REVB=0.00622246;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70806e-05;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 81279120 . T C 160.76 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0146963;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.744;QD=11.6918;RBI=0.0690329;REFB=-0.00897027;REVB=-0.0674504;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282298;STB=0.678373;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0134536;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:4:16:20:14:4:16:20:15 chr16 81295902 . T C 97.93 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.027676;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.192;QD=12.2411;RBI=0.0298795;REFB=-0.00389419;REVB=0.0112618;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185289;STB=0.610913;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00532577;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:8:12:9:3:8:12 chr16 81413521 . GTT GTG,G,GT 1314.29 PASS AF=0.518987,0.335443,0.120253;AO=45,23,20;DP=166;FAO=82,53,19;FDP=158;FR=.;FRO=4;FSAF=54,23,14;FSAR=28,30,5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00700023,-0.0540788,-0.110847;FXX=0.0595203;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=218.264,8.4153,5.45915;QD=33.2731;RBI=0.0307519,0.202098,0.334707;REFB=-0.00786603,-0.00841363,-0.0191397;REVB=-0.0299445,-0.194728,-0.315819;RO=10;SAF=29,10,18;SAR=16,13,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0877808,0.019569,0.469167;STB=0.508154,0.504709,0.550506;STBP=0.589,0.837,0.397;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.00644185,0.122975,0.125366;OID=.,.,.;OPOS=81413523,81413522,81413522;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTG,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.518987,0.335443,0.120253:45,23,20:166:82,53,19:158:4:54,23,14:28,30,5:2:2:99:10:29,10,18:16,13,2:4:6 chr16 81497952 . A G 788.97 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140368;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.082;QD=64.4053;RBI=0.0306338;REFB=0;REVB=0.0272286;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85226e-05;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:27:22:0:0 chr16 81819768 . T C 1193.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461195;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=61.2193;RBI=0.0219224;REFB=0;REVB=0.0214318;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67903e-05;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr16 81892708 . T A 105.85 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0225381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.199;QD=21.1703;RBI=0.0410916;REFB=-0.0300454;REVB=0.0343591;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573375;STB=0.555456;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0211899;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:10:12:0.6:2:8:6:2:2:10:6:2 chr16 81902079 . T C 854.51 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258397;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2478;QD=57.9327;RBI=0.0285686;REFB=0;REVB=0.0121851;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08855e-05;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr16 81902139 . G C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1458;QD=59.679;RBI=0.0192428;REFB=0;REVB=0.0143066;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249623;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr16 81929488 . C T 2461.04 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267995;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.702;QD=60.3936;RBI=0.0309969;REFB=-0.0867141;REVB=0.0155753;RO=1;SAF=90;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525787;STB=0.502732;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000228895;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:163:1:1:161:162:0.993865:71:90:1:0:71:91:1:0 chr16 81941319 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.831;QD=59.0187;RBI=0.0404772;REFB=0;REVB=0.0382114;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206687;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr16 81971403 . T C 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0241326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.703;QD=19.4983;RBI=0.0288237;REFB=-0.0245874;REVB=0.0157613;RO=28;SAF=24;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178947;STB=0.622559;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0316116;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:30:32:32:0.516129:8:24:16:12:8:24:16:14 chr16 81995543 . G T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0357711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.959;QD=16.898;RBI=0.0381801;REFB=-0.0281745;REVB=0.0133472;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323222;STB=0.683891;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0178557;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:8:1:5:5:8:1 chr16 82182354 . G A 328.44 PASS AF=0.435294;AO=35;DP=83;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000400961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.619;QD=15.4557;RBI=0.00405434;REFB=0.0014879;REVB=-0.00403447;RO=47;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406454;STB=0.526674;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00191181;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:47:48:35:37:0.435294:15:20:25:22:16:21:25:23 chr16 82185112 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0310414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.471;QD=19.1804;RBI=0.0389368;REFB=-0.00846591;REVB=-0.0235054;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513374;STB=0.529366;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00365478;OID=.;OPOS=82185112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:4:7:9:4:4:7 chr16 82203705 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.628;QD=54.5177;RBI=0.0289441;REFB=0;REVB=0.0201948;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001702;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr16 82203711 . G T 394.34 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0465;QD=54.3917;RBI=0.128092;REFB=0;REVB=0.104155;RO=1;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00578114;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:20:8:0:1:21:8:0:0 chr16 82203742 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.278;QD=55.656;RBI=0.0229104;REFB=0;REVB=-0.0228736;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312396;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr16 82203758 . C T 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6148;QD=53.2652;RBI=0.0680995;REFB=0;REVB=0.0676513;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228935;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr16 82203768 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.067;QD=51.1846;RBI=0.0829055;REFB=0;REVB=0.006834;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570962;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr16 82487931 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0053007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.8;QD=16.7314;RBI=0.0239697;REFB=4.5058e-06;REVB=-0.0233762;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130478;STB=0.573312;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-6.87177e-05;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:16:20:13:18:16:20 chr16 82673047 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.573;QD=56.9383;RBI=0.0264712;REFB=0;REVB=0.0102263;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52851e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr16 82903030 . A C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0597769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8074;QD=47.8137;RBI=0.0597802;REFB=-0.0891299;REVB=0.000627407;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00937903;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr16 83065664 . G A 1688.03 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.808;QD=60.2869;RBI=0.0405803;REFB=0;REVB=0.0324512;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123541;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:60:50:0:0:61:51:0:0 chr16 83205106 . T A 44.54 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00795256;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.779;QD=6.14318;RBI=0.0104745;REFB=-0.00713501;REVB=0.00681702;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.519943;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0180403;OID=.;OPOS=83205106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:23:22:7:7:0.241379:3:4:12:11:3:4:12:10 chr16 83205185 . G T 51.57 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0211982;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.554;QD=5.28952;RBI=0.021762;REFB=-0.00246306;REVB=0.00492116;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295319;STB=0.675589;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00728497;OID=.;OPOS=83205185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:39:29:31:8:8:0.205128:2:6:15:14:2:6:17:14 chr16 83214480 . C A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0127251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.445;QD=13.661;RBI=0.0272984;REFB=-0.0064327;REVB=0.0241511;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122488;STB=0.571329;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00880305;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:8:13:7:7:8:13 chr16 83817019 . A G 334.53 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.834;QD=53.5245;RBI=0.022042;REFB=0;REVB=0.0181198;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186369;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:25:0:0:19:25:1:8:11:0:0:9:16:0:0 chr16 83983071 . C T 976.16 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107606;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.291;QD=59.1613;RBI=0.0567769;REFB=0;REVB=0.0557478;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016847;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr16 83984776 . A C 1189.97 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0161595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5775;QD=57.3481;RBI=0.0167127;REFB=0.0474546;REVB=-0.00426421;RO=2;SAF=21;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429697;STB=0.518528;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00167435;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:83:83:2:3:80:80:0.963855:59:21:2:0:59:21:2:1 chr16 83984844 . A C 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.674;QD=63.1954;RBI=0.0236488;REFB=0;REVB=0.023309;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55143e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:61:30:0:0:61:31:0:0 chr16 83984850 . C G 1495.96 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00634046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.998;QD=62.3318;RBI=0.0145712;REFB=-0.0604731;REVB=0.0131194;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000121847;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:94:95:0.989583:61:33:0:0:61:34:0:1 chr16 84067004 . C G,T 684.47 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,41;DP=44;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829237,0.0155595;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.357,170.358;QD=60.8421;RBI=0.0145843,0.0372698;REFB=0,0;REVB=0.0119975,0.0338665;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.244587,0.000191628;OID=.,.;OPOS=84067004,84067004;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:44:45:0:0:2,41:3,42:0.0666667,0.933333:0,25:2,16:0:0:0,26:3,16:0:0 chr16 84070500 . C G 523.76 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200421;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.316;QD=59.8585;RBI=0.0231927;REFB=0;REVB=-0.0116712;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93837e-05;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr16 84157193 . A T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0126877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.439;QD=14.65;RBI=0.0333556;REFB=-0.00171162;REVB=0.0308483;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317097;STB=0.683291;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00280825;OID=.;OPOS=84157193;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:6:13:5:9:6:13 chr16 84158248 . G C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0182437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.052;QD=16.5777;RBI=0.0350539;REFB=-0.00308835;REVB=-0.0299323;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185709;STB=0.597764;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00266904;OID=.;OPOS=84158248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:20:12:21:16:20:12:21:17 chr16 84203612 . A G 99.19 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0399884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9648;QD=14.6949;RBI=0.0892711;REFB=-0.0231447;REVB=-0.0798139;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152525;STB=0.588097;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0236618;OID=.;OPOS=84203612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:11:4:5:7:11:4 chr16 84203730 . G C 40.05 PASS AF=0.318182;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.00828365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4385;QD=7.28117;RBI=0.0245052;REFB=-0.0490942;REVB=0.0230626;RO=15;SAF=5;SAR=0;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612181;STB=0.624713;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.250069;OID=.;OPOS=84203730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:22:15:15:5:7:0.318182:0:5:14:1:1:6:14:1 chr16 84208335 . G T 406.66 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.000295133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6481;QD=20.0819;RBI=0.0399618;REFB=0.00731055;REVB=0.0399607;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148572;STB=0.582069;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00652583;OID=.;OPOS=84208335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:12:28:22:19:12:28 chr16 84209634 . C G 299.31 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00974618;FXX=0.0483793;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.339;QD=20.2922;RBI=0.010255;REFB=0.00190328;REVB=0.00319014;RO=27;SAF=5;SAR=26;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178699;STB=0.617911;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00134872;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:31:31:0.525424:26:5:8:19:26:5:9:19 chr16 84209738 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0125516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3398;QD=13.4854;RBI=0.0445176;REFB=0.00178665;REVB=-0.0427115;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00609231;OID=.;OPOS=84209738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr16 84209816 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00257376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.901;QD=10.0339;RBI=0.0272156;REFB=0.0359698;REVB=0.0270937;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0118451;OID=.;OPOS=84209816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr16 84212571 . C A 95.61 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0162002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.033;QD=11.2478;RBI=0.0592694;REFB=-0.010219;REVB=0.0570124;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408266;STB=0.745032;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0295946;OID=.;OPOS=84212571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:7:5:17:4:7:5:18:4 chr16 84213114 . C T 318.43 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0177438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.18;QD=23.1583;RBI=0.0255271;REFB=-0.0289115;REVB=-0.0183519;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542452;STB=0.52217;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.021709;OID=.;OPOS=84213114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:31:32:0.581818:17:14:12:11:17:15:12:11 chr16 84213434 . A T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.025198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.022;QD=22.3411;RBI=0.0277416;REFB=-0.0301726;REVB=0.0116042;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170469;STB=0.610988;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0197627;OID=.;OPOS=84213434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:7:11:5:8:7:11:5:9 chr16 84215390 . T C 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0120127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.419;QD=24.7086;RBI=0.0369061;REFB=-0.0174705;REVB=0.0348964;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726852;STB=0.540446;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.013219;OID=.;OPOS=84215390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:8:9:10:13:8:9 chr16 84217062 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.061;QD=59.8393;RBI=0.0331809;REFB=0;REVB=0.0240718;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186535;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr16 84229559 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0116449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.102;QD=14.3349;RBI=0.0229999;REFB=0.00879403;REVB=-0.0198341;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05285;STB=0.53069;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0109634;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:12:14:10:7:12:14 chr16 84230376 . T C 215.12 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.0504342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.109;QD=21.512;RBI=0.0505069;REFB=-0.0155017;REVB=-0.0027095;RO=19;SAF=4;SAR=17;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221929;STB=0.622127;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0134773;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:17:4:1:18:17:4:1:18 chr16 84256103 . C T 116.05 PASS AF=0.3;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0123324;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.033;QD=9.28427;RBI=0.0126915;REFB=-0.00407341;REVB=-0.00299785;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311538;STB=0.692071;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0101273;OID=.;OPOS=84256103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:34:35:15:15:0.3:9:6:23:11:9:6:24:11 chr16 84270381 . G A 1970.67 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2834;QD=62.0684;RBI=0.0546273;REFB=0;REVB=0.0436573;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28728e-05;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chr16 84402275 . G C 713.38 PASS AF=0.480769;AO=42;DP=151;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00200341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.973;QD=18.2917;RBI=0.017426;REFB=-0.0154948;REVB=-0.0173105;RO=58;SAF=10;SAR=32;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233395;STB=0.512079;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0173047;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:156:58:81:42:75:0.480769:32:10:25:33:36:39:44:37 chr16 84438505 . C T 189.01 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00226523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4661;QD=21.0015;RBI=0.0872871;REFB=-0.00229473;REVB=-0.0872577;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893329;STB=0.550405;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000604321;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:8:9:12:7:8:9 chr16 84438512 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0547;QD=60.2285;RBI=0.0338757;REFB=0;REVB=-0.0336737;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200357;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr16 84438674 . C A 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-1.67246e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.994;QD=11.9317;RBI=0.00573364;REFB=-0.0169886;REVB=0.00573364;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230812;STB=0.513299;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0255611;OID=.;OPOS=84438674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:16:12:20:29:16:12:20:29 chr16 84444349 . A C 885.41 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.13;QD=58.0598;RBI=0.0210645;REFB=0;REVB=0.0186377;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51299e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:26:33:0:0:26:35:0:0 chr16 84476200 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.351;QD=60.2305;RBI=0.0750678;REFB=0;REVB=0.0188814;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327037;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr16 84485573 . C A 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5233;QD=58.4124;RBI=0.0523184;REFB=0;REVB=0.0520897;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370295;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr16 84493144 . CA GA,GG 720.25 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=50,2;DP=52;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034301,0.000272569;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=234.959,111.681;QD=56.4902;RBI=0.0187943,0.0115055;REFB=0,0;REVB=0.0184786,-0.0115023;RO=0;SAF=23,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000237274,-0.0287251;OID=.,.;OPOS=84493144,84493144;OREF=C,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:51:0:0:50,2:50,1:0.980392,0.0196078:27,2:23,0:0:0:27,1:23,0:0:0 chr16 84494020 . G T 723.99 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00886656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.751;QD=59.1014;RBI=0.00907612;REFB=-0.103735;REVB=0.00193907;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.522718;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000696443;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:26:21:1:0:26:21:2:0 chr16 84494275 . C T 386.05 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0275933;FXX=0.054787;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.115;QD=22.3799;RBI=0.0276143;REFB=-0.00426037;REVB=-0.00107832;RO=29;SAF=11;SAR=27;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196783;STB=0.626277;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00317095;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:29:31:38:38:0.550725:27:11:15:14:27:11:17:14 chr16 84516309 . G A 1263.76 PASS AF=1;AO=69;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2403;QD=60.9043;RBI=0.0434633;REFB=0;REVB=0.000346627;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000994088;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:69:83:1:38:31:0:0:37:46:0:0 chr16 84516310 . T A 102.79 PASS AF=0.204819;AO=16;DP=82;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0308606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.614;QD=4.95381;RBI=0.041194;REFB=-0.0607963;REVB=-0.0272868;RO=66;SAF=15;SAR=1;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650346;STB=0.92735;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0188515;OID=.;OPOS=84516310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:66:66:16:17:0.204819:1:15:30:36:1:16:30:36 chr16 84520323 . GGT G,GG,GGC 233.07 PASS AF=0,0.789474,0.210526;AO=2,4,8;DP=19;FAO=0,15,4;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,4;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113363,-0.109561,-0.108072;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=35.9858,50.2811,49.2763;QD=49.0663;RBI=0.327688,0.1178,0.47459;REFB=0,0,0;REVB=-0.307454,-0.0432787,-0.462121;RO=0;SAF=2,4,7;SAR=0,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.487805,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.78849e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0497219,-0.0103532,0.0979265;OID=.,.,.;OPOS=84520324,84520325,84520325;OREF=GT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GG,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.789474,0.210526:2,4,8:19:0,15,4:19:0:0,9,4:0,6,0:0:0:16:0:2,4,7:0,0,1:0:0 chr16 84520396 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.158;QD=61.3361;RBI=0.017181;REFB=0;REVB=-0.0170816;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010903;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr16 84520537 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=59.5015;RBI=0.022223;REFB=0;REVB=-0.0217335;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113288;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr16 84522897 . G C 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3071;QD=62.3414;RBI=0.0229806;REFB=0;REVB=-0.0059585;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192984;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr16 84778685 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0109372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.358;QD=19.9928;RBI=0.0111648;REFB=0.00759925;REVB=-0.00224273;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308939;STB=0.652033;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00413541;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:15:6:14:9:15:7:14:9 chr16 84778690 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000520375;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.693;QD=18.3009;RBI=0.0124799;REFB=-0.00355468;REVB=0.0124691;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211808;STB=0.606792;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00420137;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:9:11:7:15:9:11:8:15 chr16 84778694 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0246077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.108;QD=18.4834;RBI=0.0246462;REFB=-0.000764991;REVB=-0.00137825;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265909;STB=0.650234;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00208557;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:6:15:8:11:6:15 chr16 84778697 . G C 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0290627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5553;QD=19.0572;RBI=0.0296742;REFB=-0.00278638;REVB=-0.0059933;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291133;STB=0.663879;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00210758;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:5:15:8:11:5:15 chr16 84796603 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0374893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7548;QD=18.1539;RBI=0.0375796;REFB=-0.00785473;REVB=-0.00260302;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125597;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00681823;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:11:14:9:12:11:14 chr16 84808824 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.265;QD=60.9786;RBI=0.0110768;REFB=0;REVB=-0.00813536;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66716e-05;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 84879464 . A G 865.72 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0107375;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.161;QD=18.8199;RBI=0.0108793;REFB=-0.0188525;REVB=-0.00175094;RO=96;SAF=33;SAR=55;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131332;STB=0.572609;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.015787;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:96:96:88:88:0.478261:55:33:49:47:55:33:49:47 chr16 84883102 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.109062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.369;QD=18.9482;RBI=0.109089;REFB=-0.0099842;REVB=0.00239095;RO=26;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235641;STB=0.642352;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00671962;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:20:8:14:12:20:8:15:12 chr16 84906098 . C G 748.68 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=182;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0234543;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.754;QD=16.4546;RBI=0.024478;REFB=-0.0109683;REVB=-0.00700496;RO=101;SAF=32;SAR=48;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368966;STB=0.518177;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00875917;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:101:102:80:80:0.43956:48:32:44:57:48:32:44:58 chr16 84922859 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.104;QD=58.2394;RBI=0.0785385;REFB=0;REVB=0.0405407;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465527;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr16 84942638 . T G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00199898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.295;QD=18.7955;RBI=0.00259791;REFB=-0.00915621;REVB=0.00165928;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735483;STB=0.541631;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0133087;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:15:12:12:11:15:12 chr16 85009463 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.537;QD=64.1524;RBI=0.00752201;REFB=0;REVB=-0.00304868;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60913e-05;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr16 85009970 . A G 1381.56 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000974151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.705;QD=62.0928;RBI=0.0151429;REFB=0;REVB=0.0151116;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60679e-05;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:37:50:0:0:38:51:0:0 chr16 85015541 . G A 216.88 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00152789;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.677;QD=15.2197;RBI=0.00291984;REFB=-0.00948353;REVB=-0.00248817;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596718;STB=0.533871;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0114363;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:16:16:11:14:16:16 chr16 85112002 . T G 400.2 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0129363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4654;QD=18.6138;RBI=0.0144985;REFB=0.0113263;REVB=-0.00654659;RO=45;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639142;STB=0.535696;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0123941;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:28:13:17:28:28:13:17:28 chr16 85694809 . G C 52.67 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.135272;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.8788;QD=3.51161;RBI=0.155647;REFB=-0.0509635;REVB=0.0769902;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167378;STB=0.636116;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.202297;OID=.;OPOS=85694809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:56:60:36:49:11:11:0.183333:7:4:18:18:7:4:26:23 chr16 85694811 . C G 38.53 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0199957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2619;QD=2.44665;RBI=0.0947184;REFB=-0.0127351;REVB=-0.0925837;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198362;STB=0.592172;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0380479;OID=.;OPOS=85694811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:63:63:48:53:10:10:0.15873:6:4:27:21:6:4:27:26 chr16 85706047 . A C 1305.94 PASS AF=0.926316;AO=87;DP=94;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0416022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5518;QD=54.9868;RBI=0.0436586;REFB=-0.142506;REVB=0.0132411;RO=3;SAF=26;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259344;STB=0.523938;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00782738;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:94:95:3:7:87:88:0.926316:61:26:1:2:62:26:4:3 chr16 85711860 . C T 480.31 PASS AF=0.441667;AO=47;DP=114;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=52;FWDB=0.0318232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.961;QD=16.0103;RBI=0.0327355;REFB=-0.0145306;REVB=0.00767427;RO=67;SAF=18;SAR=29;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185821;STB=0.614155;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0238322;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:67:67:47:53:0.441667:29:18:15:52:31:22:15:52 chr16 85813231 . A C 740.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.527;QD=56.9797;RBI=0.0304263;REFB=0;REVB=-0.0190485;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590713;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:32:20:0:0 chr16 85814899 . T TAGTC 704.68 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000520094;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.542;QD=51.2496;RBI=0.0115615;REFB=-0.0382975;REVB=0.0115498;RO=3;SAF=32;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438616;STB=0.502957;STBP=0.914;TYPE=ins;VARB=0.00184361;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945455:51:56:52:55:3:32:20:2:1:12:3:32:19:2:1 chr16 85838653 . T C 1695.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.73;QD=60.5446;RBI=0.0354931;REFB=0;REVB=0.023185;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72129e-05;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:69:42:0:0:70:42:0:0 chr16 85839211 . G C 983.44 PASS AF=1;AO=54;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837867;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.567;QD=59.6021;RBI=0.110329;REFB=0;REVB=0.11001;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414601;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:54:66:1:37:17:0:0:49:17:0:0 chr16 86069722 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2178;QD=58.5875;RBI=0.040115;REFB=0;REVB=-0.0241722;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120442;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr16 86547496 . C T 321.21 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0128804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4633;QD=16.2639;RBI=0.018182;REFB=0.0287452;REVB=-0.0128328;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707498;STB=0.539883;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.036541;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:23:12:18:26:23:12:18:26 chr16 86564671 . G T 95.52 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00239444;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4542;QD=10.6132;RBI=0.0467506;REFB=-0.0110419;REVB=-0.0466892;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.583194;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0188607;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:11:13:5:7:11:13 chr16 86565826 . C G 578.49 PASS AF=0.564356;AO=56;DP=100;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0560062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3296;QD=22.9106;RBI=0.0747442;REFB=-0.00766288;REVB=-0.0494975;RO=42;SAF=35;SAR=21;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351889;STB=0.520895;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00481009;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:42:44:56:57:0.564356:21:35:28:14:22:35:29:15 chr16 86565882 . G C 601.05 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00291296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.713;QD=21.6593;RBI=0.00307545;REFB=-0.0112798;REVB=-0.000986426;RO=50;SAF=37;SAR=23;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205701;STB=0.505251;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00919398;OID=.;OPOS=86565882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:51:60:60:0.540541:23:37:32:18:23:37:32:19 chr16 86588993 . T C 497.44 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0196619;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0197;QD=19.1325;RBI=0.0339077;REFB=-0.0122832;REVB=-0.0276251;RO=52;SAF=21;SAR=31;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364054;STB=0.520116;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0143535;OID=.;OPOS=86588993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:31:21:19:33:31:21:19:33 chr16 86614583 . C T 111.07 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00829362;FXX=0.0908678;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.533;QD=22.2139;RBI=0.0159417;REFB=-0.0373823;REVB=0.0136145;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14113;STB=0.617437;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0363717;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:20:7:8:12:12:0.6:9:3:3:4:9:3:4:4 chr16 87344867 . G A 227.28 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0164275;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2147;QD=18.1821;RBI=0.0436816;REFB=0.00429693;REVB=-0.0404749;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177156;STB=0.509992;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0108504;OID=.;OPOS=87344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:7:17:18:8:7:17:18:8 chr16 87350773 . C A 400.59 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.011817;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.366;QD=15.5568;RBI=0.0131206;REFB=-0.0277369;REVB=-0.00570166;RO=55;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084439;STB=0.530013;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0479292;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:58:45:45:0.436893:24:21:21:34:24:21:24:34 chr16 87417621 . G A 525.31 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0110157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.384;QD=15.9184;RBI=0.0194143;REFB=0.00708027;REVB=0.0159866;RO=71;SAF=20;SAR=37;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254228;STB=0.655939;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00649862;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:75:57:57:0.431818:37:20:43:28:37:20:47:28 chr16 87436720 . G T 542.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179142;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.82;QD=60.2507;RBI=0.018126;REFB=0;REVB=-0.00276298;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145395;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:37:36:1:16:21:0:0:15:21:0:0 chr16 87436764 . A G 738.56 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504686;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.741;QD=56.8121;RBI=0.0519829;REFB=0;REVB=-0.0124553;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85778e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr16 87445270 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0299179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.184;QD=20.0721;RBI=0.0331268;REFB=-0.0230933;REVB=-0.0142234;RO=30;SAF=9;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278322;STB=0.663615;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0220127;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:25:9:17:13:25:9:18:13 chr16 87445839 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0181309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.019;QD=18.6418;RBI=0.0192392;REFB=-0.0045494;REVB=-0.00643588;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156036;STB=0.508765;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00393593;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:11:15:14:11:11:15 chr16 87446053 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00174494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.3;QD=25.7316;RBI=0.0141966;REFB=-0.000439422;REVB=0.014089;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178583;STB=0.599524;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00044418;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:9:10:19:7:9:10 chr16 87446368 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0114059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.18;QD=17.0892;RBI=0.0114843;REFB=-0.0130455;REVB=-0.00134007;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184807;STB=0.60358;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0117483;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:20:8:12:13:20:8 chr16 87678144 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0223938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.509;QD=11.3693;RBI=0.0241904;REFB=-0.00564634;REVB=0.00914849;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469569;STB=0.776676;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0104626;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:14:5:8:3:14:5 chr16 87723838 . T C 840.34 PASS AF=0.478022;AO=79;DP=174;FAO=87;FDP=182;FR=.;FRO=95;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.000489289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.034;QD=18.469;RBI=0.0199654;REFB=-0.00802246;REVB=0.0199594;RO=93;SAF=53;SAR=26;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735876;STB=0.531243;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0093229;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:182:93:95:79:87:0.478022:26:53:56:37:30:57:57:38 chr16 87729334 . C CA 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0161341;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=306.452;QD=21.5108;RBI=0.0190236;REFB=-0.0123911;REVB=0.010079;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146151;STB=0.599891;STBP=0.241;TYPE=ins;VARB=0.0112953;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:18:36:18:33:15:8:10:10:5:99:18:8:10:11:7 chr16 87729699 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0569511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6863;QD=23.0877;RBI=0.0642157;REFB=-0.0262209;REVB=0.0296686;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820253;STB=0.504583;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.019398;OID=.;OPOS=87729699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:8:10:12:10:8:10 chr16 87729743 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0383234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.466;QD=20.2097;RBI=0.0394001;REFB=-0.0244902;REVB=0.00914785;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159197;STB=0.571322;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0118198;OID=.;OPOS=87729743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:12:13:0.565217:6:6:7:3:6:7:7:3 chr16 87735527 . G A 562.98 PASS AF=0.518182;AO=55;DP=112;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00220006;FXX=0.0265463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.108;QD=20.4721;RBI=0.00245689;REFB=-0.0237434;REVB=-0.00109363;RO=51;SAF=23;SAR=32;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809264;STB=0.560962;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0200777;OID=.;OPOS=87735527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:51:53:55:57:0.518182:32:23:26:25:34:23:28:25 chr16 87737628 . C G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00430387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.63;QD=15.1962;RBI=0.0154674;REFB=-0.024391;REVB=0.0148566;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989897;STB=0.557312;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0290762;OID=.;OPOS=87737628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:11:15:12:6:11:15 chr16 87738853 . T C 1079.02 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.008;QD=59.9454;RBI=0.0450826;REFB=0;REVB=-0.00193345;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141369;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:39:31:0:0:39:33:0:0 chr16 87741662 . C A 113.71 PASS AF=0.52;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.109955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.071;QD=18.1934;RBI=0.109958;REFB=-0.032639;REVB=0.000863515;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0255543;OID=.;OPOS=87741662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:12:13:0.52:6:6:5:7:7:6:5:7 chr16 87788864 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.01396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.047;QD=14.4326;RBI=0.0150441;REFB=-0.0180616;REVB=0.00560736;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695531;STB=0.534048;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0233151;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:20:11:18:25:20:11:18:26 chr16 87866138 . G C 87.46 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0302419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9421;QD=8.74629;RBI=0.0583;REFB=0.00315054;REVB=-0.0498429;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114833;STB=0.590748;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0108554;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:40:28:28:11:12:0.3:8:3:10:18:9:3:10:18 chr16 88017809 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0131276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2939;QD=15.1966;RBI=0.0832762;REFB=0.00604011;REVB=0.082235;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266693;STB=0.6533;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00536368;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:17:9:11:7:17:9 chr16 88052161 . C A 2027.16 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000742549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.748;QD=62.3742;RBI=0.0159507;REFB=0;REVB=0.0159335;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28054e-05;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr16 88061150 . C T 301.39 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0100225;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7001;QD=21.5277;RBI=0.0130762;REFB=0.0305172;REVB=0.0083985;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579039;STB=0.531999;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0168115;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:8:17:19:12:8:17 chr16 88105725 . G A 1845.01 PASS AF=0.934307;AO=123;DP=135;FAO=128;FDP=137;FR=.;FRO=9;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0158645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.047;QD=53.869;RBI=0.0164972;REFB=-0.114478;REVB=0.00452489;RO=5;SAF=69;SAR=54;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331852;STB=0.529028;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00218615;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:135:137:5:9:123:128:0.934307:54:69:5:0:55:73:9:0 chr16 88123598 . C G 754.07 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4714;QD=56.9109;RBI=0.058532;REFB=0;REVB=-0.00531481;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424991;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr16 88123697 . C A 262.95 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3599;QD=47.8086;RBI=0.0459898;REFB=0.00752442;REVB=0.0333845;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00154298;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr16 88124525 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=5;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0011646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.33;QD=15.2588;RBI=0.028879;REFB=-0.0611063;REVB=-0.0288555;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0402267;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:5:7:0.538462:3:2:4:1:3:4:5:1 chr16 88134285 . A G 980.68 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.142574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0749;QD=56.851;RBI=0.171584;REFB=-0.0414179;REVB=-0.0954667;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00135129;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:36:31:0:1:36:32:0:1 chr16 88494947 . T C 998.64 PASS AF=1;AO=47;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2365;QD=58.7437;RBI=0.202114;REFB=0;REVB=-0.162286;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167534;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:47:68:1:29:18:0:0:38:30:0:0 chr16 88494976 . A C 1337.87 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.823;QD=60.1291;RBI=0.0493633;REFB=-0.101697;REVB=0.0360536;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000276657;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:89:0:1:84:88:0.988764:49:35:0:0:52:36:0:1 chr16 88495654 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8258;QD=57.6803;RBI=0.0370362;REFB=0;REVB=-0.00925761;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385446;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr16 88496008 . T C 301.1 PASS AF=0.376344;AO=30;DP=90;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0119133;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.607;QD=12.9506;RBI=0.0119298;REFB=-0.0267238;REVB=0.000627135;RO=59;SAF=1;SAR=29;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677612;STB=0.675426;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0531174;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:59:58:30:35:0.376344:29:1:23:36:29:6:22:36 chr16 88497400 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.473;QD=35.5759;RBI=0.0248875;REFB=0;REVB=0.0240568;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250842;OID=.;OPOS=88497400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr16 88497446 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.403;QD=40.7622;RBI=0.00694258;REFB=0;REVB=0.0067949;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45085e-05;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 88498221 . C T 313.41 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-6.17309e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.847;QD=50.1451;RBI=0.0289298;REFB=-0.146724;REVB=0.0289298;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-4.77223e-05;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:12:12:0:0:12:12:1:0 chr16 88498297 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1174;QD=39.2041;RBI=0.195879;REFB=0;REVB=-0.0321142;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00665046;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr16 88499539 . C G 2346.1 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=162;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00236035;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.014;QD=58.2883;RBI=0.0153763;REFB=-0.0715067;REVB=0.0151941;RO=0;SAF=74;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.87047e-08;STB=0.50552;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000187076;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:161:0:4:157:157:0.975155:83:74:0:0:83:74:1:3 chr16 88502482 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.181;QD=61.3359;RBI=0.0220977;REFB=0;REVB=0.00281101;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60881e-05;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr16 88502505 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.95;QD=56.7047;RBI=0.0229381;REFB=0;REVB=0.0174674;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462054;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr16 88504206 . G T 553.38 PASS AF=0.5;AO=60;DP=117;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0202395;FXX=0.0256388;HRUN=8;LEN=1;MLLD=233.965;QD=19.4168;RBI=0.0226857;REFB=-0.00978769;REVB=0.0102472;RO=57;SAF=28;SAR=32;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119721;STB=0.55413;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00929199;OID=.;OPOS=88504206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:57:57:60:57:0.5:32:28:19:38:32:25:19:38 chr16 88504849 . T TC 99.71 PASS AF=0.316456;AO=11;DP=107;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.00433747;FXX=0.247595;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.0565;QD=5.04878;RBI=0.0292338;REFB=-0.00165044;REVB=-0.0289102;RO=92;SAF=1;SAR=10;SRF=64;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643198;STB=0.781665;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.038601;OID=.;OPOS=88504850;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316456:11:107:25:79:54:7:18:39:15:99:92:1:10:64:28 chr16 88504850 . G C 312.54 PASS AF=0.371429;AO=36;DP=100;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0059213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4614;QD=11.9064;RBI=0.0115491;REFB=-0.0288007;REVB=0.00991569;RO=62;SAF=22;SAR=14;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400028;STB=0.526986;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.041357;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:105:62:66:36:39:0.371429:14:22:40:22:17:22:40:26 chr16 88504868 . A G 1547.21 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289905;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.959;QD=58.9415;RBI=0.0297801;REFB=-0.0782069;REVB=-0.00681197;RO=1;SAF=39;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120112;STB=0.506328;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00153879;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:65:39:1:0:65:39:1:0 chr16 88505635 . A C,G 559.14 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,34;DP=38;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250402,0.0439654;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.214,67.371;QD=58.8569;RBI=0.0308151,0.0457348;REFB=0,0;REVB=-0.0179599,-0.0125982;RO=0;SAF=0,21;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.148348,0.00141989;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:38:38:0:0:4,34:4,34:0.105263,0.894737:4,13:0,21:0:0:4,13:0,21:0:0 chr16 88505734 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.455;QD=45.8058;RBI=0.0217002;REFB=0;REVB=0.00833972;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637516;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 88535341 . G A 2074.54 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000438473;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.645;QD=61.0159;RBI=0.0119418;REFB=-0.0577472;REVB=0.0119338;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.506756;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=8.12788e-05;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:136:0:2:134:134:0.985294:73:61:0:0:73:61:0:2 chr16 88535407 . C G 1419.37 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.145719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2336;QD=61.7116;RBI=0.147029;REFB=-0.144891;REVB=-0.0195858;RO=1;SAF=35;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133499;STB=0.507041;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00307684;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:56:35:1:0:56:35:1:0 chr16 88552370 . A G 653.33 PASS AF=0.431138;AO=71;DP=166;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.00546635;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.34;QD=15.6487;RBI=0.00639823;REFB=-0.0146352;REVB=-0.0033251;RO=95;SAF=34;SAR=37;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10225;STB=0.552683;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0183577;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:95:95:71:72:0.431138:37:34:55:40:37:35:55:40 chr16 88594567 . C T 948.02 PASS AF=1;AO=59;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0622;QD=57.4554;RBI=0.237331;REFB=0;REVB=0.0192392;RO=5;SAF=22;SAR=37;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286142;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:5:0:59:66:1:37:22:5:0:37:29:0:0 chr16 88599023 . A G 2541.23 PASS AF=0.994012;AO=159;DP=159;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.556;QD=60.8678;RBI=0.0368684;REFB=0.0777103;REVB=0.0050653;RO=0;SAF=64;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47089e-08;STB=0.50259;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=8.28551e-06;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:167:0:1:159:166:0.994012:95:64:0:0:96:70:0:1 chr16 88644005 . A G 544.07 PASS AF=0.926829;AO=39;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0425714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0496;QD=53.0798;RBI=0.0462215;REFB=-0.175067;REVB=-0.0180028;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353302;STB=0.516162;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0168011;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:41:2:3:39:38:0.926829:18:21:1:1:17:21:1:2 chr16 88713236 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.297;QD=60.9786;RBI=0.00905419;REFB=0;REVB=-0.00846292;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75845e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr16 88713501 . A G 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0126247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.711;QD=19.2113;RBI=0.0187921;REFB=-0.0137835;REVB=-0.0139198;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130216;STB=0.507243;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0125168;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:17:22:22:18:17:22:22:18 chr16 88717386 . T C 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00897531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.461;QD=58.529;RBI=0.0144556;REFB=0.0504279;REVB=0.0113317;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825052;STB=0.504273;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000420397;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:57:43:0:1:58:43:0:1 chr16 88724347 . G T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0302458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.605;QD=18.9669;RBI=0.0419128;REFB=-0.0243791;REVB=-0.0290151;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150844;STB=0.585578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0339457;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:13:12:14:8:13:12 chr16 88778615 . G A 519.16 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0124174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.037;QD=16.6131;RBI=0.0312327;REFB=-0.0218516;REVB=-0.0286581;RO=69;SAF=29;SAR=27;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470209;STB=0.526216;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0229737;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:69:56:56:0.448:27:29:39:30:27:29:39:30 chr16 88779739 . A G 533.16 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00871343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.743;QD=18.5448;RBI=0.0282357;REFB=-0.0108187;REVB=-0.0268576;RO=58;SAF=30;SAR=26;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158697;STB=0.591465;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0105435;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:59:56:56:0.486957:26:30:21:37:26:30:21:38 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 83.44 PASS AF=0.32,0.16;AO=6,2;DP=26;FAO=8,4;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2,3;FSAR=6,1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0117526,0.125619;FXX=0.0384468;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=203.21,64.8995;QD=13.351;RBI=0.0141442,0.126698;REFB=-0.0170901,-0.0503129;REVB=-0.0078699,-0.0165036;RO=12;SAF=0,1;SAR=6,1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.682639,0.391215;STB=0.516089,0.844775;STBP=0.983,0.254;TYPE=del,mnp;VARB=0.046533,0.173604;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.16:6,2:26:8,4:25:13:2,3:6,1:3:10:59:12:0,1:6,1:2:10 chr16 88781040 . A G 222.1 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0282725;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.525;QD=9.98207;RBI=0.0379648;REFB=-0.0116929;REVB=-0.0253376;RO=61;SAF=16;SAR=12;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167042;STB=0.509797;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0295497;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:12:16:34:27:12:16:34:27 chr16 88781125 . T C 160.37 PASS AF=0.363636;AO=21;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0517605;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9375;QD=11.6631;RBI=0.0534931;REFB=-0.0364707;REVB=-0.0135039;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230708;STB=0.631438;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0383052;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:21:20:0.363636:16:5:14:19:15:5:15:20 chr16 88782676 . A G 359.59 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.000186297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.458;QD=19.9773;RBI=0.0113827;REFB=-0.0102169;REVB=-0.0113812;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121401;STB=0.531898;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0106179;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:35:36:37:0.513889:15:21:23:9:15:22:23:12 chr16 88783449 . C G 169.42 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0312217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7698;QD=16.5288;RBI=0.0540899;REFB=-0.0133453;REVB=0.0441692;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18715;STB=0.586108;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0187614;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:23:17:18:0.439024:11:6:10:8:12:6:11:12 chr16 88783521 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0330842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1183;QD=20.5464;RBI=0.0363374;REFB=0.00730685;REVB=0.015028;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228841;STB=0.619453;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00790502;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:15:7:12:9:15:7:12:10 chr16 88786904 . G A 274.97 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0817183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4311;QD=15.4914;RBI=0.0897987;REFB=-0.0154845;REVB=0.0372282;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327667;STB=0.683821;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0246198;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:12:19:11:29:12:19:11:29 chr16 88787704 . G C 568.99 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.00696257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.79;QD=15.6961;RBI=0.0138626;REFB=-0.015951;REVB=0.0119873;RO=84;SAF=25;SAR=36;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214103;STB=0.619818;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0162179;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:61:61:0.42069:36:25:52:32:36:25:52:32 chr16 88791914 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0524577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.668;QD=16.1723;RBI=0.052804;REFB=-0.0318043;REVB=0.00603819;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0414913;OID=.;OPOS=88791914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:13:7:5:11:13:7 chr16 88792047 . A G 279.83 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0530014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3991;QD=14.1688;RBI=0.13781;REFB=-0.0143029;REVB=-0.12721;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142623;STB=0.59978;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0166315;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:42:47:32:32:0.405063:13:19:19:23:13:19:20:27 chr16 88792097 . A G 194.07 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0117428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.778;QD=13.8621;RBI=0.0122239;REFB=-0.00633271;REVB=0.00339566;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372825;STB=0.673773;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00749388;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:32:22:24:0.428571:7:15:10:22:9:15:10:22 chr16 88799116 . G A 244.74 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0278502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.325;QD=17.4817;RBI=0.0278593;REFB=-0.012751;REVB=0.00071248;RO=29;SAF=6;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136751;STB=0.554607;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0104391;OID=.;OPOS=88799116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:20:6:10:19:20:7:10:19 chr16 88803124 . T C 607.5 PASS AF=0.512397;AO=60;DP=120;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0125434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.608;QD=20.0826;RBI=0.0248931;REFB=-0.0238553;REVB=0.0215019;RO=58;SAF=19;SAR=41;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128078;STB=0.562916;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175102;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:58:59:60:62:0.512397:41:19:26:32:42:20:26:33 chr16 88803982 . C G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0634488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1984;QD=14.7423;RBI=0.099207;REFB=-0.0295809;REVB=0.0762645;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231386;STB=0.633456;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0429127;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:16:9:10:7:16:9 chr16 88804734 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.291;QD=55.6559;RBI=0.0599595;REFB=0;REVB=0.0397048;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109252;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 88804924 . TC T 424.17 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.825;QD=42.4168;RBI=0.139652;REFB=0;REVB=0.0769467;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00800131;OID=.;OPOS=88804925;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:40:40:0:22:18:0:0:8:1:20:18:1:0 chr16 88808743 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.979;QD=63.5823;RBI=0.0358162;REFB=0;REVB=0.0347818;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48313e-05;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr16 88809368 . G T 359.58 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0315013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.828;QD=17.123;RBI=0.0328898;REFB=-0.00959703;REVB=-0.00945547;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013973;STB=0.514422;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0111454;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:46:38:38:0.452381:18:20:22:21:18:20:23:23 chr16 88809434 . A G 496.81 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.000573843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.181;QD=16.5603;RBI=0.0521;REFB=-0.03302;REVB=-0.0520968;RO=66;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025115;STB=0.514013;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0422793;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:30:24:31:35:30:24:31:35 chr16 88809480 . A G 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0427338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.04;QD=16.0052;RBI=0.0511762;REFB=-0.0276386;REVB=-0.0281572;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467706;STB=0.526301;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0315822;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:21:14:16:29:21:14:16:29 chr16 88809686 . T C 403.43 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0268282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2037;QD=16.8097;RBI=0.0331495;REFB=-0.0180476;REVB=-0.0194715;RO=54;SAF=28;SAR=14;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410306;STB=0.523066;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.037037;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:14:28:34:20:14:28:34:20 chr16 88809773 . G C 1575.8 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421224;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.019;QD=64.3182;RBI=0.0564338;REFB=0;REVB=0.0375563;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24283e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:96:98:1:52:44:0:0:52:46:0:0 chr16 88809893 . GG AC 227.81 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00406878;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=2;MLLD=274.696;QD=20.7101;RBI=0.0065693;REFB=-0.0110341;REVB=0.00515758;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.545413;STBP=0.57;TYPE=mnp;VARB=0.0112128;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:10:12:10:12:10:12:10:12 chr16 88872145 . T C 1098.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6129;QD=60.1674;RBI=0.00230107;REFB=0;REVB=0.00103234;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48529e-05;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr16 88872229 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.657;QD=59.3229;RBI=0.0162227;REFB=0;REVB=0.0102415;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06764e-06;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr16 88872511 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.413;QD=56.9568;RBI=0.0519983;REFB=0;REVB=0.0149325;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340012;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr16 88874632 . C G 3971.34 PASS AF=0.992278;AO=255;DP=257;FAO=257;FDP=259;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00156126;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.747;QD=61.3334;RBI=0.0071639;REFB=-0.116845;REVB=-0.0069917;RO=0;SAF=112;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503472;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000177434;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:257:259:0:2:255:257:0.992278:143:112:0:0:143:114:0:2 chr16 88884466 . C T 641.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5587;QD=59.7055;RBI=0.0662638;REFB=-0.146266;REVB=0.0552884;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102576;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:1:0:42:43:1:18:24:1:0:18:25:0:0 chr16 88902183 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.182;QD=64.1531;RBI=0.0549736;REFB=0;REVB=0.0411039;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276188;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr16 88902596 . C G 277.43 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0161373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.754;QD=20.9379;RBI=0.0166016;REFB=-0.0224865;REVB=-0.00389891;RO=23;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242984;STB=0.514968;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0192958;OID=.;OPOS=88902596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:24:28:29:0.54717:19:9:8:15:19:10:9:15 chr16 88921634 . C G 263.89 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0152167;FXX=0.0444346;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.918;QD=24.5477;RBI=0.0260117;REFB=-0.0154352;REVB=0.0210965;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218775;STB=0.621318;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0156094;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:14:5:13:11:14:5 chr16 89167140 . G C 283.66 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0242055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.786;QD=17.7284;RBI=0.0854257;REFB=-0.0444145;REVB=0.0819246;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768321;STB=0.549866;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0507125;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:17:13:17:16:18:13:17:16 chr16 89167386 . C T 179.02 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0471723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4199;QD=10.8495;RBI=0.0631231;REFB=0.00453262;REVB=-0.041944;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184617;STB=0.510743;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0118314;OID=.;OPOS=89167386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:13:10:18:25:13:10:18:25 chr16 89180765 . A T 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.01501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.502;QD=18.0721;RBI=0.0234337;REFB=-0.012106;REVB=-0.0179955;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218983;STB=0.622095;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0124353;OID=.;OPOS=89180765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:10:21:13:17:10:21 chr16 89180883 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0276506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.275;QD=15.9155;RBI=0.0326968;REFB=-0.0152751;REVB=-0.0174506;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439328;STB=0.524844;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0202311;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:20:8:11:23:20:8:11:23 chr16 89211662 . C G 258.09 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.00580426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.164;QD=11.5994;RBI=0.00612961;REFB=-0.0196868;REVB=0.00197044;RO=57;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791159;STB=0.549326;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0328469;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:58:31:31:0.348315:21:10:15:42:21:10:15:43 chr16 89217507 . C T 152.16 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.00362788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.987;QD=13.2309;RBI=0.00867474;REFB=-0.000290532;REVB=-0.00787969;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347657;STB=0.699046;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000362405;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:6:23:8:9:6:23 chr16 89234723 . A G 634.5 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=-0.00869802;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.843;QD=16.5883;RBI=0.0119813;REFB=-0.011865;REVB=-0.00823996;RO=83;SAF=22;SAR=47;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346554;STB=0.695132;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00967075;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:83:84:69:69:0.45098:47:22:56:27:47:22:57:27 chr16 89234760 . A G 692.48 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.00981268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.309;QD=16.4875;RBI=0.013539;REFB=-0.0114592;REVB=0.00932827;RO=93;SAF=25;SAR=50;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289906;STB=0.661311;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0140144;OID=.;OPOS=89234760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:93:93:75:75:0.446429:50:25:58:35:50:25:58:35 chr16 89235184 . T G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.00312767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.894;QD=12.1199;RBI=0.007141;REFB=-0.017326;REVB=0.00641962;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12755;STB=0.572895;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0293042;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:16:7:8:30:16:7:8:30 chr16 89235258 . C A 403.22 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0151932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.587;QD=24.8135;RBI=0.0158117;REFB=-0.0217287;REVB=-0.00437905;RO=26;SAF=25;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163736;STB=0.589863;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0131582;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:14:25:11:15:14:25:11:15 chr16 89238215 . C T 579.14 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00441279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.728;QD=21.6502;RBI=0.0200245;REFB=-0.0188477;REVB=0.0195322;RO=48;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10654;STB=0.554088;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.014683;OID=.;OPOS=89238215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:49:58:58:0.542056:34:24:26:22:34:24:26:23 chr16 89238228 . G A 467.72 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.016471;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.535;QD=16.8546;RBI=0.0183395;REFB=-0.0252329;REVB=0.00806491;RO=60;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526872;STB=0.529338;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0314141;OID=.;OPOS=89238228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:60:51:51:0.459459:27:24:25:35:27:24:25:35 chr16 89245887 . CGGG CGG,CGGT 463.03 PASS AF=0.3,0.485714;AO=19,31;DP=70;FAO=21,34;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=1,19;FSAR=20,15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0421284,-0.00749713;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.2384,49.8353;QD=26.459;RBI=0.0451251,0.0310915;REFB=-0.20116,-0.0761254;REVB=0.0161699,0.030174;RO=14;SAF=0,16;SAR=19,15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.851207,-0.072549;STB=0.884463,0.512813;STBP=0,0.797;TYPE=del,snp;VARB=0.161402,0.0101744;OID=.,.;OPOS=89245888,89245890;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGG,CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.485714:19,31:70:21,34:70:15:1,19:20,15:9:6:99:14:0,16:19,15:9:5 chr16 89246670 . T C 760.92 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.954;QD=56.3644;RBI=0.00691279;REFB=0;REVB=0.00136592;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013838;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr16 89251776 . G A 348.74 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00969561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.544;QD=19.9281;RBI=0.010445;REFB=-0.0199746;REVB=-0.00388506;RO=32;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593055;STB=0.542471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.023884;OID=.;OPOS=89251776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:34:35:36:0.514286:25:10:11:21:25:11:13:21 chr16 89251798 . C T 334.61 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.145967;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.67;QD=21.9415;RBI=0.14679;REFB=0.00525049;REVB=-0.0155199;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130904;STB=0.577735;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00213376;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:27:34:34:0.557377:21:13:6:20:21:13:6:21 chr16 89251851 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4813;QD=63.5821;RBI=0.0479117;REFB=0;REVB=0.0286419;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137055;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr16 89259993 . A G 1970.56 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5889;QD=62.0649;RBI=0.0308698;REFB=0;REVB=-0.00933524;RO=0;SAF=47;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18483e-05;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:80:47:0:0:80:47:0:0 chr16 89262646 . G A 384.64 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0138471;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9609;QD=17.6847;RBI=0.0800807;REFB=-0.0335908;REVB=-0.0788744;RO=43;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309483;STB=0.550062;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0399752;OID=.;OPOS=89262646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:43:47:40:40:0.45977:21:19:19:24:21:19:18:29 chr16 89265087 . A G 659.36 PASS AF=0.597938;AO=56;DP=94;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0620976;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1497;QD=27.1902;RBI=0.0768578;REFB=-0.0343941;REVB=-0.045288;RO=38;SAF=34;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419075;STB=0.534509;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0210787;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:38:39:56:58:0.597938:22:34:21:17:22:36:21:18 chr16 89265101 . C T 620.06 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00247657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.438;QD=24.557;RBI=0.0165528;REFB=-0.0201907;REVB=-0.0163665;RO=41;SAF=37;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899385;STB=0.554917;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0125296;OID=.;OPOS=89265101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:41:42:59:59:0.584158:22:37:21:20:22:37:21:21 chr16 89265466 . AC CG,GC 611.21 PASS AF=0.146341,0.853659;AO=6,35;DP=41;FAO=6,35;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525877,0.0276103;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=80.4839,107.051;QD=59.6298;RBI=0.0530132,0.0293275;REFB=0,0;REVB=0.0067034,0.00988821;RO=0;SAF=6,7;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0328576,0.0361364;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:41:41:0:0:6,35:6,35:0.146341,0.853659:0,28:6,7:0:0:0,28:6,7:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 605.37 PASS AF=0.893617;AO=40;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0236757;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=4;MLLD=316.165;QD=51.5204;RBI=0.024083;REFB=0.0187943;REVB=0.00441046;RO=5;SAF=16;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428105;STB=0.521366;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=-0.00188103;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.893617:40:47:42:47:5:17:25:3:2:25:5:16:24:3:2 chr16 89291951 . C T 572.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.203;QD=60.2375;RBI=0.00746013;REFB=0;REVB=-0.00629385;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42949e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr16 89293271 . A C 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00274371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.01;QD=16.7689;RBI=0.00678189;REFB=-0.00679518;REVB=-0.0062021;RO=56;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504021;STB=0.528271;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00974264;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:24:19:22:34:24:19:22:34 chr16 89293614 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.855;QD=63.583;RBI=0.0208951;REFB=0;REVB=-0.0072486;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16483e-05;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr16 89294184 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.077;QD=62.67;RBI=0.0219281;REFB=0;REVB=-0.00125997;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126889;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr16 89294381 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4718;QD=47.8218;RBI=0.0481451;REFB=0;REVB=-0.0237118;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734622;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 89294439 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000680766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.973;QD=39.2068;RBI=0.0221008;REFB=0;REVB=-0.0220903;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670732;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr16 89294511 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.114;QD=56.7066;RBI=0.0240437;REFB=0;REVB=0.0229015;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133336;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr16 89294595 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00569383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.594;QD=21.0653;RBI=0.0392087;REFB=-0.0159845;REVB=0.038793;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11363;STB=0.545416;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.012521;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:7:16:14:10:8:16:14:10 chr16 89294697 . C T 670.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2298;QD=62.333;RBI=0.0755382;REFB=0;REVB=0.0753247;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593754;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr16 89299200 . C A 223.43 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.557;QD=49.6505;RBI=0.051036;REFB=0;REVB=-0.013199;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397876;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:5:13:0:0 chr16 89299227 . C T 238.29 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.945;QD=50.1665;RBI=0.0730692;REFB=0;REVB=0.0138155;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123648;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr16 89299280 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.795;QD=46.8469;RBI=0.138417;REFB=0;REVB=0.0893696;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458897;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr16 89300015 . A G 43.31 PASS AF=0.75;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0651032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2393;QD=21.6564;RBI=0.080185;REFB=-0.0603018;REVB=0.0468103;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210252;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0206873;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:8:2:2:4:6:0.75:1:3:2:0:2:4:2:0 chr16 89300147 . A G 145.46 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2775;QD=44.7555;RBI=0.0726219;REFB=0;REVB=0.0630786;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307663;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:6:5:0:0:8:5:0:0 chr16 89300182 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0269405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.08;QD=10.3902;RBI=0.125091;REFB=-0.0448138;REVB=0.122155;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0613495;OID=.;OPOS=89300182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr16 89350178 . G A 130.3 PASS AF=0.3;AO=17;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0331605;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.903;QD=8.68681;RBI=0.0332428;REFB=-0.000932534;REVB=0.00233852;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982053;STB=0.580067;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00245395;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:17:18:0.3:10:7:14:28:10:8:14:28 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1252.31 PASS AF=0.111111,0.866667;AO=10,73;DP=90;FAO=10,78;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=1,45;FSAR=9,33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00221124,0.00101993;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=76.9017,243.81;QD=55.6583;RBI=0.0127063,0.00529495;REFB=-0.0104929,-0.0628804;REVB=-0.0125124,0.00519579;RO=4;SAF=1,42;SAR=9,31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.573304,-0.0429431;STB=0.749372,0.510867;STBP=0.014,0.261;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00223909,0.000677472;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:90:90:4:2:10,73:10,78:0.111111,0.866667:9,31:1,42:4:0:9,33:1,45:2:0 chr16 89590243 . G A 1458.87 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173923;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.929;QD=63.4291;RBI=0.0220133;REFB=0;REVB=-0.0134941;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96506e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr16 89613123 . A G 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0352225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1328;QD=11.5768;RBI=0.0355296;REFB=-0.00828294;REVB=0.00466162;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125295;STB=0.572186;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0125098;OID=.;OPOS=89613123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:13:27:13:10:13:27 chr16 89615453 . A C 731.43 PASS AF=0.483221;AO=71;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0155409;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.821;QD=19.6358;RBI=0.0198984;REFB=-0.0253196;REVB=0.0124269;RO=76;SAF=29;SAR=42;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171569;STB=0.593963;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0210632;OID=.;OPOS=89615453;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:77:71:72:0.483221:42:29:45:31:43:29:45:32 chr16 89620328 . G A 555.32 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0127401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.6;QD=27.7658;RBI=0.0128018;REFB=-0.0244678;REVB=-0.00125522;RO=30;SAF=23;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185185;STB=0.510077;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0259013;OID=.;OPOS=89620328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:27:23:13:17:27:23:13:17 chr16 89627460 . T G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0099262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.647;QD=11.8415;RBI=0.0227904;REFB=-0.00167131;REVB=-0.0205152;RO=39;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137932;STB=0.58071;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0042045;OID=.;OPOS=89627460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:19:4:10:29:19:4:10:29 chr16 89627671 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00579976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.553;QD=25.2443;RBI=0.00684668;REFB=-0.027393;REVB=-0.00363866;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158147;STB=0.508766;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0206443;OID=.;OPOS=89627671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:9:13:16:12:9:13 chr16 89652183 . A G 38.38 PASS AF=0.101124;AO=6;DP=87;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=-0.0175604;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.188;QD=1.725;RBI=0.0201127;REFB=-0.00949289;REVB=0.00980576;RO=80;SAF=4;SAR=2;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02495;STB=0.616072;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0987289;OID=.;OPOS=89652183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:87:89:80:80:6:9:0.101124:2:4:55:25:2:7:54:26 chr16 89652191 . C T 58.22 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.00030129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.376;QD=2.58777;RBI=0.0349077;REFB=-0.00659613;REVB=-0.0349064;RO=71;SAF=7;SAR=5;SRF=51;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183978;STB=0.576051;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.044295;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:71:78:12:12:0.133333:5:7:51:20:5:7:52:26 chr16 89653999 . TTGAG T 191.22 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0476172;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=271.685;QD=12.5387;RBI=0.0483532;REFB=-0.0296105;REVB=-0.00840466;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218541;STB=0.625333;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0305125;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541:28:61:29:61:32:12:17:21:11:99:32:11:17:20:12 chr16 89662990 . T C 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9978;QD=59.1391;RBI=0.0304555;REFB=0;REVB=-0.0158825;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445584;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr16 89712374 . A C 538.72 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821736;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.264;QD=59.858;RBI=0.0704724;REFB=0;REVB=0.0699917;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668173;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr16 89712380 . G A 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.803;QD=60.2245;RBI=0.0426619;REFB=0;REVB=-0.0341595;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17408e-05;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr16 89713563 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.122;QD=61.6951;RBI=0.0345986;REFB=0;REVB=0.0105609;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96516e-05;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr16 89724312 . GC G,GG 312.07 PASS AF=0.25,0.75;AO=9,15;DP=25;FAO=6,18;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285082,0.0313584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.175,87.8717;QD=52.011;RBI=0.0286641,0.0469538;REFB=0,0;REVB=-0.00298614,0.0349472;RO=1;SAF=3,8;SAR=6,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126211,-0.0536101;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0223946,0.0218985;OID=.,.;OPOS=89724313,89724313;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:9,15:25:6,18:24:0:1,10:5,8:0:0:29:1:3,8:6,7:1:0 chr16 89760652 . C G,T 1031.02 PASS AF=0.0416667,0.944444;AO=3,68;DP=72;FAO=3,68;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=2,43;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291787,0.00943646;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.2433,141.107;QD=57.2791;RBI=0.0291942,0.0102632;REFB=-0.0406554,-0.0565152;REVB=-0.000949342,0.0040357;RO=0;SAF=2,43;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665547,0.509801;STBP=0.558,0.279;TYPE=snp,snp;VARB=0.0749462,0.000299404;OID=.,.;OPOS=89760652,89760652;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:72:0:1:3,68:3,68:0.0416667,0.944444:1,25:2,43:0:0:1,25:2,43:0:1 chr16 89760712 . G A 849.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.186;QD=57.6163;RBI=0.0406075;REFB=0;REVB=0.0356099;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60925e-05;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr16 89763214 . T C 1135.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910739;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.55;QD=59.771;RBI=0.0170132;REFB=0;REVB=0.0143702;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669076;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:70:76:1:35:35:0:0:38:38:0:0 chr16 89778932 . TG GT,T 47.03 PASS AF=0.0555556,0.25;AO=5,24;DP=71;FAO=4,18;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=0,5;FSAR=4,13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0162566,0.132793;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=73.7365,7.34191;QD=2.61266;RBI=0.0638164,0.243775;REFB=-0.0232011,-0.182421;REVB=-0.0617111,-0.204432;RO=39;SAF=0,5;SAR=5,19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711058,-0.534606;STB=0.997785,0.733615;STBP=0.008,0.031;TYPE=mnp,del;VARB=0.018705,0.161985;OID=.,.;OPOS=89778932,89778933;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:71:72:39:50:5,24:4,18:0.0555556,0.25:5,19:0,5:28:11:4,13:0,5:30:20 chr16 89782989 . A G 569.71 PASS AF=1;AO=30;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1748;QD=59.9697;RBI=0.190786;REFB=0;REVB=0.190478;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190297;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:30:38:1:15:15:0:0:23:15:0:0 chr16 89783187 . C T 850.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0117;QD=57.6317;RBI=0.0392229;REFB=0;REVB=0.0385289;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375533;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr16 89784365 . C G 40.24 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0325862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.207;QD=14.6337;RBI=0.0328792;REFB=-0.00981273;REVB=0.00437992;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00980165;OID=.;OPOS=89784365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr16 89784398 . C G 74.84 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.636;QD=37.4188;RBI=0.182614;REFB=0;REVB=0.179266;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201875;OID=.;OPOS=89784398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 89789898 . T C,G 1687.23 PASS AF=0.948276,0.0431034;AO=109,4;DP=114;FAO=110,5;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=62,5;FSAR=48,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233712,0.00734611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.2835,180.175;QD=58.1805;RBI=0.023389,0.00928013;REFB=-0.0427916,-0.0173693;REVB=0.000913781,0.00567058;RO=1;SAF=62,4;SAR=47,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00759541,0;STB=0.503999,0.5;STBP=0.504,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00165447,0.100342;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:114:116:1:1:109,4:110,5:0.948276,0.0431034:47,0:62,4:1:0:48,0:62,5:1:0 chr16 89806347 . A T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.521;QD=55.0443;RBI=0.0382553;REFB=-0.0778136;REVB=-0.00557971;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000435925;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:26:29:0:0:26:29:0:1 chr16 89836323 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.284;QD=60.6103;RBI=0.0428593;REFB=0;REVB=0.0427754;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140172;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr16 89845194 . A G 471.74 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.181;QD=55.4984;RBI=0.0419452;REFB=-0.0362963;REVB=-0.00303226;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000909421;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:0:1:18:15:0:1 chr16 89849480 . C T 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0010613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.535;QD=12.5685;RBI=0.0267634;REFB=-0.00695565;REVB=-0.0267423;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605125;STB=0.535666;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0171996;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:16:10:5:10:16:10 chr16 89866043 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1894;QD=62.0214;RBI=0.0327112;REFB=0;REVB=0.0157605;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767006;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr16 89986154 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.428;QD=51.5081;RBI=0.0563829;REFB=0.00353487;REVB=0.0254932;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000603226;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:8:18:0:0:8:18:1:0 chr16 90037828 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.904;QD=59.0182;RBI=0.0204458;REFB=0;REVB=0.0168503;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243407;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr16 90038786 . C A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.464;QD=59.8553;RBI=0.022473;REFB=0;REVB=0.00265149;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04551e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr16 90095484 . C T 1450.33 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00924158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.174;QD=55.2507;RBI=0.0383903;REFB=-0.194597;REVB=0.0372613;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998727;STB=0.501326;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000896993;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:1:4:101:101:0.961905:54:47:1:0:54:47:2:2 chr16 90096052 . CCTT C,GCTC 855.45 PASS AF=1,0;AO=55,3;DP=61;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303854,-0.0297774;FXX=0.0327815;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=251.269,138.307;QD=57.9964;RBI=0.00352296,0.03242;REFB=0,0;REVB=0.00178284,-0.0128205;RO=0;SAF=9,2;SAR=46,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10453e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=2.8821e-05,0;OID=.,.;OPOS=90096053,90096052;OREF=CTT,CCTT;OALT=-,GCTC;OMAPALT=C,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:55,3:59,0:1,0:46,1:9,2:0:0:49,0:10,0:0:0 chr16 90096298 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.233;QD=35.5757;RBI=0.0489753;REFB=0;REVB=-0.00684978;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126491;OID=.;OPOS=90096298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 90097748 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.908;QD=49.5955;RBI=0.0782116;REFB=0;REVB=0.0764557;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102083;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr16 90109711 . A G 335.16 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5324;QD=51.5627;RBI=0.102974;REFB=-0.0647312;REVB=-0.0824329;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626565;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr16 90110027 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.775;QD=54.5173;RBI=0.0244565;REFB=0;REVB=0.0176425;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019541;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr16 90110284 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.137;QD=55.0981;RBI=0.0495253;REFB=0;REVB=0.0161773;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410065;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 90110289 . C A 320.2 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8263;QD=53.3669;RBI=0.111202;REFB=0;REVB=0.100808;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211547;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:24:0:0:21:24:1:12:9:0:0:15:9:0:0 chr16 90130136 . C T 944.76 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.701;QD=58.139;RBI=0.0214434;REFB=0;REVB=-0.00714212;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320772;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:25:38:0:0:25:40:0:0 chr16 90160238 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.479;QD=30.7899;RBI=0.0757396;REFB=-0.0226726;REVB=0.0723917;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0178429;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr16 90160246 . G A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000299332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.696;QD=32.8205;RBI=0.0322001;REFB=-0.020615;REVB=0.0321987;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00655839;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:1:0:4:5:1:0 chr16 90160793 . G C 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.045202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1935;QD=32.9746;RBI=0.0454597;REFB=0.0207174;REVB=0.0048336;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918578;STB=0.550504;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00767482;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:1:4:10:7:1:4 chr16 90160953 . T C 357.54 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.773;QD=55.0059;RBI=0.066118;REFB=0;REVB=0.0480168;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398398;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:12:14:0:0 chr16 90161034 . C A 256.71 PASS AF=0.422535;AO=26;DP=67;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0187659;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.151;QD=14.4624;RBI=0.0187771;REFB=-0.013596;REVB=-0.000649843;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194052;STB=0.586248;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0207563;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:40:41:26:30:0.422535:9:17:19:21:11:19:20:21 chr16 90161065 . A T 263.81 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0330162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5795;QD=12.7139;RBI=0.0728108;REFB=-0.016781;REVB=-0.0648949;RO=49;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212958;STB=0.639535;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0349523;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:49:52:31:31:0.373494:11:20:22:27:11:20:22:30 chr16 90161231 . T C 62.66 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0361831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.854;QD=7.59561;RBI=0.065859;REFB=0.00608879;REVB=-0.055029;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162722;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.024817;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:11:13:5:4:11:13 chr16 90161578 . G A 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0145723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2502;QD=8.69012;RBI=0.0387359;REFB=-0.0481712;REVB=0.0358903;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292508;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0330905;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:11:6:5:3:11:6 chr16 90161585 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0257689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.531;QD=8.69139;RBI=0.0354209;REFB=-0.0106435;REVB=-0.0243024;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292508;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0149799;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:11:6:5:3:11:6 chr16 90161590 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0343716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.794;QD=8.30707;RBI=0.0380571;REFB=-0.00426104;REVB=-0.016338;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259036;STB=0.659986;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00966317;OID=.;OPOS=90161590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:11:7:5:3:11:7 chr16 90161592 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0173303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.747;QD=8.30751;RBI=0.0297906;REFB=0.00504912;REVB=-0.0242309;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259036;STB=0.659986;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0158514;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:11:7:5:3:11:7 chr16 90232893 . C A 1205.07 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.262245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9572;QD=60.2535;RBI=0.281405;REFB=0;REVB=0.102059;RO=3;SAF=31;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032479;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:3:0:75:80:1:44:31:3:0:44:36:0:0 chr17 6115 . G C 1452.58 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.874;QD=63.1558;RBI=0.0325478;REFB=0;REVB=0.0286192;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72888e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr17 6157 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.644;QD=58.4193;RBI=0.024124;REFB=0;REVB=0.00248488;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42572e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr17 181474 . T C 2121.32 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.341;QD=62.854;RBI=0.0263336;REFB=0;REVB=0.0229621;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28413e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:66:69:0:0:66:69:0:0 chr17 182894 . T G 38.5 PASS AF=0.126984;AO=7;DP=59;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.104278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0232;QD=2.44433;RBI=0.111574;REFB=-0.048023;REVB=-0.0396848;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940414;STB=0.650451;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.164364;OID=.;OPOS=182894;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:59:63:51:55:7:8:0.126984:3:4:33:18:4:4:37:18 chr17 182956 . T G 57.79 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0688986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9629;QD=13.597;RBI=0.0733495;REFB=-0.0441795;REVB=-0.0251622;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0501818;OID=.;OPOS=182956;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr17 182990 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.395;QD=35.575;RBI=0.0343242;REFB=0;REVB=0.01814;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332573;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 263145 . C T 395.44 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0110975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3934;QD=30.4183;RBI=0.026097;REFB=-0.034692;REVB=0.0236199;RO=16;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150367;STB=0.581454;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00815716;OID=.;OPOS=263145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:36:36:0.692308:16:20:13:3:16:20:13:3 chr17 526907 . G T 1225.65 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.481;QD=61.2824;RBI=0.0260968;REFB=0;REVB=0.0159038;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43584e-05;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr17 648186 . G A 728.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.005;QD=57.1661;RBI=0.0150127;REFB=0;REVB=0.0038728;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155272;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr17 648498 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.31;QD=49.5992;RBI=0.0552171;REFB=0;REVB=0.0526288;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118097;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr17 649547 . G C 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8636;QD=53.3675;RBI=0.0872835;REFB=-0.0255628;REVB=0.085531;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00260057;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chr17 649935 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.177;QD=51.1845;RBI=0.0256486;REFB=0;REVB=0.000451261;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598106;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 694997 . C A 549.84 PASS AF=0.716418;AO=44;DP=63;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0187432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.78;QD=32.826;RBI=0.0325961;REFB=-0.0297434;REVB=0.0266682;RO=19;SAF=22;SAR=22;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146522;STB=0.501557;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00890306;OID=.;OPOS=694997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:19:19:44:48:0.716418:22:22:9:10:25:23:9:10 chr17 704017 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7853;QD=62.3487;RBI=0.0645269;REFB=0;REVB=0.0257515;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526836;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:7:36:0:0:7:36:0:0 chr17 767307 . AG A 55.19 PASS AF=0.458333;AO=6;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0604159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.4531;QD=9.19766;RBI=0.0888656;REFB=-0.132574;REVB=-0.0651692;RO=13;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.745917;STB=0.729264;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.140365;OID=.;OPOS=767308;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:6:23:11:24:13:2:9:7:6:52:13:0:6:7:6 chr17 800106 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.887;QD=9.44175;RBI=0.00241;REFB=0.00147937;REVB=0.00241;RO=10;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00682227;OID=.;OPOS=800106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:6:0:0:10:6:0:0:10 chr17 800125 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0240984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.244;QD=22.5856;RBI=0.028679;REFB=-0.0223235;REVB=0.0155483;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310631;STB=0.681408;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00822796;OID=.;OPOS=800125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:10:1:2:4:10:1:2:4 chr17 925764 . A G 2255.0 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.361;QD=63.5211;RBI=0.0178054;REFB=0;REVB=-0.00314252;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37194e-05;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:71:71:0:0:71:71:0:0 chr17 970413 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.508;QD=39.2068;RBI=0.0141969;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50356e-05;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr17 1183354 . T C 545.18 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1604;QD=57.3877;RBI=0.0195791;REFB=-0.0574544;REVB=0.0165232;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00483589;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr17 1183464 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.471;QD=60.0306;RBI=0.0218447;REFB=0;REVB=-0.0179442;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56984e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr17 1209747 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000199629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.809;QD=40.7629;RBI=0.0346772;REFB=0;REVB=0.0346767;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122014;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 1209772 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.249;QD=44.6898;RBI=0.0287089;REFB=0;REVB=0.00105196;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533245;OID=.;OPOS=1209772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr17 1359363 . T G 597.43 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00199311;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.201;QD=22.127;RBI=0.00411736;REFB=-0.0187747;REVB=-0.0036028;RO=42;SAF=21;SAR=38;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390796;STB=0.50446;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0140618;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:42:49:59:59:0.546296:38:21:13:29:38:21:17:32 chr17 1370542 . C A 388.82 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0177082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6227;QD=16.201;RBI=0.036286;REFB=0.00632876;REVB=0.0316717;RO=55;SAF=16;SAR=25;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141198;STB=0.579559;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00754948;OID=.;OPOS=1370542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:25:16:29:26:25:16:29:26 chr17 1371123 . T C 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0239764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0646;QD=11.829;RBI=0.0260832;REFB=-0.0312761;REVB=0.0102695;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35761;STB=0.712982;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0525057;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:7:11:3:8:7:11 chr17 1373518 . T C 100.07 PASS AF=0.288136;AO=13;DP=55;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0340454;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.66;QD=6.78471;RBI=0.0354322;REFB=-0.0173838;REVB=-0.00981579;RO=42;SAF=11;SAR=2;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377326;STB=0.587865;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0837075;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:42:42:13:17:0.288136:2:11:25:17:5:12:25:17 chr17 1377943 . A G 67.94 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.109421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.69;QD=14.3024;RBI=0.109666;REFB=-0.00402952;REVB=0.0073198;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.529346;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00114419;OID=.;OPOS=1377943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:10:9:9:0.473684:4:5:5:3:4:5:5:5 chr17 1384065 . CA C,CG 1093.94 PASS AF=0.0135135,0.986486;AO=15,57;DP=75;FAO=1,73;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156,0.0295492;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.149,119.074;QD=59.132;RBI=0.0240638,0.0356728;REFB=0,0;REVB=-0.0240132,-0.0199849;RO=0;SAF=14,21;SAR=1,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0273027,0.00100314;OID=.,.;OPOS=1384066,1384066;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0135135,0.986486:15,57:75:1,73:74:0:0,36:1,37:0:0:3:0:14,21:1,36:0:0 chr17 1384067 . C G 101.74 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.01772;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=95.0632;QD=5.28502;RBI=0.0480195;REFB=-0.0248713;REVB=-0.0446304;RO=60;SAF=16;SAR=1;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.707894;STB=0.942084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00940917;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:1:16:22:38:1:16:22:38 chr17 1388290 . A AC 44.76 PASS AF=0.193182;AO=19;DP=92;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.025653;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8285;QD=2.03461;RBI=0.0491947;REFB=-0.0473453;REVB=-0.0419766;RO=72;SAF=17;SAR=2;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427172;STB=0.875697;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.125428;OID=.;OPOS=1388291;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193182:19:92:17:88:71:16:1:45:26:44:72:17:2:47:25 chr17 1424948 . A G 965.92 PASS AF=0.907895;AO=72;DP=79;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00980199;FXX=0.0379699;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.927;QD=50.8378;RBI=0.0153261;REFB=0.0106312;REVB=0.0117818;RO=7;SAF=33;SAR=39;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291117;STB=0.514015;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.000353107;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:76:7:7:72:69:0.907895:39:33:2:5:39:30:2:5 chr17 1489088 . C G 727.03 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.924;QD=63.2203;RBI=0.0473475;REFB=0;REVB=-0.0215997;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99029e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr17 1516480 . T C 960.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102627;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.929;QD=59.102;RBI=0.104089;REFB=0;REVB=0.0173867;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278207;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:38:24:0:0:38:27:0:0 chr17 1538546 . C T 2256.45 PASS AF=0.986301;AO=141;DP=148;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00593388;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.54;QD=61.8206;RBI=0.0195416;REFB=-0.0624327;REVB=0.0186189;RO=2;SAF=50;SAR=91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186357;STB=0.509258;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000104217;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:146:2:2:141:144:0.986301:91:50:2:0:91:53:2:0 chr17 1538628 . C G 2026.87 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.13;QD=62.3652;RBI=0.00459505;REFB=0;REVB=0.00446603;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21446e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr17 1542153 . G A 610.42 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00391538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2741;QD=56.7834;RBI=0.0291134;REFB=-0.0500491;REVB=0.028849;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152821;STB=0.508152;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0174095;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:27:14:1:1:27:14:1:1 chr17 1542190 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.746;QD=56.7063;RBI=0.026067;REFB=0;REVB=0.019781;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243629;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr17 1629969 . C T 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0425851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.521;QD=21.5084;RBI=0.043475;REFB=-0.0116808;REVB=0.00875131;RO=15;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224707;STB=0.629454;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0114577;OID=.;OPOS=1629969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:17:1:2:13:17:1:2:13 chr17 1630208 . C T 263.6 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0502173;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.81;QD=19.5256;RBI=0.0526253;REFB=-0.021412;REVB=0.015737;RO=26;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141658;STB=0.579485;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0126776;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:21:7:10:16:21:7:10:16 chr17 1630395 . T C 274.07 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000955016;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9902;QD=21.4957;RBI=0.0196834;REFB=-0.0112908;REVB=-0.0196602;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360531;STB=0.509797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0188167;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:22:23:28:28:0.54902:14:14:10:12:14:14:11:12 chr17 1630584 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0113343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.213;QD=17.542;RBI=0.0196527;REFB=-0.0117913;REVB=-0.0160549;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264526;STB=0.515131;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00883942;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:9:7:7:8:9:7 chr17 1636934 . A G 419.18 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00268137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.176;QD=15.6702;RBI=0.0199251;REFB=-0.033295;REVB=-0.0197438;RO=60;SAF=28;SAR=19;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442477;STB=0.502478;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0492896;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:19:28:36:24:19:28:36:24 chr17 1637074 . A G 1377.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8094;QD=62.6103;RBI=0.104376;REFB=0;REVB=-0.104327;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000589741;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr17 1637302 . A G 1381.26 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463235;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0089;QD=62.7844;RBI=0.00693845;REFB=0;REVB=-0.0051656;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242204;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr17 1639458 . A G 1281.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7665;QD=61.7364;RBI=0.0365571;REFB=0;REVB=0.0285267;RO=0;SAF=24;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246685;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:59:24:0:0:59:24:0:0 chr17 1640709 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0258462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.086;QD=20.4858;RBI=0.0404897;REFB=-0.000617026;REVB=-0.0311672;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158579;STB=0.588673;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000531302;OID=.;OPOS=1640709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:10:1:3:11:10:1 chr17 1648294 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00282274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.924;QD=9.83025;RBI=0.00685807;REFB=0.00328912;REVB=0.00625022;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137779;STB=0.583194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00782141;OID=.;OPOS=1648294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:12:14:5:7:12:14 chr17 1673276 . C T 484.24 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0110711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3904;QD=23.6214;RBI=0.0432499;REFB=-0.0216291;REVB=0.0418089;RO=35;SAF=11;SAR=35;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767809;STB=0.545783;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0216241;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:35:11:6:29:35:11:6:30 chr17 1674429 . T C 246.9 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00787116;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.911;QD=19.3645;RBI=0.0150802;REFB=-0.00453008;REVB=0.012863;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255395;STB=0.514275;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00614507;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:17:9:8:17:17:9:8:17 chr17 1680002 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.806;QD=58.5877;RBI=0.0178919;REFB=0;REVB=0.0164932;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275144;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 1686410 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.404;QD=63.2859;RBI=0.0365641;REFB=0;REVB=0.0010549;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130195;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr17 1690752 . G A 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0194004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4779;QD=17.8575;RBI=0.0416108;REFB=-0.00443341;REVB=0.0368115;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612382;STB=0.503423;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00510056;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:20:14:15:22:20:14:15:22 chr17 1704296 . C A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0445667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5546;QD=21.9435;RBI=0.0446089;REFB=-0.0179109;REVB=-0.00193846;RO=12;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677681;STB=0.538411;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0124415;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:14:2:2:10:14:2:2:10 chr17 1731268 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0139796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.551;QD=21.9721;RBI=0.01422;REFB=-0.0149917;REVB=-0.00260328;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154712;STB=0.58675;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0161371;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:12:9:14:9:12:9 chr17 1733399 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.016736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.175;QD=8.08942;RBI=0.0946841;REFB=0.00188761;REVB=-0.0931933;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168149;STB=0.590701;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0149888;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:6:3:10:11:6:3:10:12 chr17 1795180 . T C 249.51 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0165689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.551;QD=14.8959;RBI=0.0216786;REFB=-0.00390566;REVB=0.0139797;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204346;STB=0.503595;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00488178;OID=.;OPOS=1795180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:38:27:29:0.432836:18:9:12:26:20:9:12:26 chr17 1801144 . C T 430.32 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00640639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.173;QD=13.2406;RBI=0.0139823;REFB=-0.0033052;REVB=-0.0124284;RO=80;SAF=19;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106014;STB=0.560217;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00621773;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:31:19:38:42:31:19:38:42 chr17 1838107 . G A 282.9 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00188152;FXX=0.0574647;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.805;QD=13.7998;RBI=0.0187682;REFB=-0.0161002;REVB=-0.0186737;RO=45;SAF=22;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222767;STB=0.596977;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0256542;OID=.;OPOS=1838107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:82:45:50:31:32:0.390244:9:22:23:22:10:22:27:23 chr17 1839674 . G C 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=73;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0287568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6434;QD=58.4196;RBI=0.0333678;REFB=0.0327088;REVB=0.0169249;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000848976;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:73:72:0.986301:38:35:0:0:37:35:0:1 chr17 1840468 . C T 919.56 PASS AF=0.58042;AO=83;DP=143;FAO=83;FDP=143;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00391681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.944;QD=25.722;RBI=0.0187164;REFB=-0.0155334;REVB=0.018302;RO=60;SAF=41;SAR=42;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431925;STB=0.523491;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00995947;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:60:60:83:83:0.58042:42:41:33:27:42:41:33:27 chr17 1943888 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.508;QD=63.2867;RBI=0.030576;REFB=0;REVB=0.0300522;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87286e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 1961358 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0160932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.6;QD=15.1962;RBI=0.018011;REFB=-0.0013155;REVB=0.00808732;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358245;STB=0.705662;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00350362;OID=.;OPOS=1961358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:18:8:12:6:18:8 chr17 1962682 . CA C 613.64 PASS AF=0.442982;AO=97;DP=231;FAO=101;FDP=228;FR=.;FRO=127;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.080314;FXX=0.0172406;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.1729;QD=10.7655;RBI=0.0803321;REFB=0.013606;REVB=-0.00170674;RO=127;SAF=46;SAR=51;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179255;STB=0.504846;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=-0.0160147;OID=.;OPOS=1962683;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442982:97:231:101:228:127:47:54:58:69:99:127:46:51:58:69 chr17 2091765 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.705;QD=59.8654;RBI=0.0332177;REFB=0;REVB=0.0106477;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106288;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr17 2186100 . C T 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00101978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.066;QD=18.2367;RBI=0.00163547;REFB=-0.0145386;REVB=-0.0012786;RO=48;SAF=14;SAR=28;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189624;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:28:14:16:32:28:14:16:32 chr17 2203167 . T G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0155076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8933;QD=15.4096;RBI=0.0384834;REFB=-0.0205269;REVB=-0.0352205;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12111;STB=0.568576;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0228454;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:16:18:11:16:16:18 chr17 2227883 . A C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0133619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.823;QD=16.6319;RBI=0.0175587;REFB=-0.00464872;REVB=0.0113916;RO=41;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539387;STB=0.530368;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00616384;OID=.;OPOS=2227883;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:24:10:14:27:24:10:14:27 chr17 2238152 . T C 334.08 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00810985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5166;QD=19.3669;RBI=0.013814;REFB=0.0111683;REVB=-0.0111829;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110353;STB=0.552159;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0112967;OID=.;OPOS=2238152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:19:16:11:22:19:16:12:22 chr17 2265058 . C A 188.27 PASS AF=0.487805;AO=16;DP=37;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00620377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.768;QD=18.3682;RBI=0.00896481;REFB=-0.0189164;REVB=0.00647156;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062308;STB=0.547437;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0173692;OID=.;OPOS=2265058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:21:21:16:20:0.487805:10:6:8:13:14:6:8:13 chr17 2266799 . G A 344.16 PASS AF=0.387755;AO=36;DP=96;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0375256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7737;QD=14.0476;RBI=0.083364;REFB=-0.0315845;REVB=0.0744405;RO=60;SAF=13;SAR=23;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191219;STB=0.602565;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.060406;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:60:60:36:38:0.387755:23:13:32:28:24:14:32:28 chr17 2266812 . T C 359.32 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0245414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.569;QD=12.9485;RBI=0.0248533;REFB=-0.012038;REVB=0.0039252;RO=65;SAF=14;SAR=29;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153822;STB=0.603315;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0162935;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:68:43:43:0.387387:29:14:30:35:29:14:33:35 chr17 2268311 . G A 810.68 PASS AF=0.576923;AO=74;DP=129;FAO=75;FDP=130;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00359025;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.197;QD=24.944;RBI=0.00655226;REFB=-0.0264782;REVB=0.00548108;RO=54;SAF=32;SAR=42;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239901;STB=0.519795;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0185391;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:54:55:74:75:0.576923:42:32:25:29:43:32:26:29 chr17 2274558 . G A 476.79 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0301375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8197;QD=19.4607;RBI=0.0325518;REFB=-0.0178722;REVB=0.0123024;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112103;STB=0.562257;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0284988;OID=.;OPOS=2274558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:25:22:30:21:25:22:30:21 chr17 2275734 . C G 1455.79 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0515008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7395;QD=61.9485;RBI=0.0525057;REFB=-0.0479632;REVB=0.0102232;RO=1;SAF=30;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155393;STB=0.508195;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000117154;OID=.;OPOS=2275734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:63:30:1:0:63:30:1:0 chr17 2289611 . GA G,GG 92.51 PASS AF=0.318182,0.181818;AO=6,4;DP=22;FAO=7,4;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4,1;FSAR=3,3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0170928,0.0106862;FXX=0.0832986;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.247,217.557;QD=16.8198;RBI=0.0274687,0.0269204;REFB=-0.0236106,-0.0245474;REVB=0.0215027,0.0247085;RO=12;SAF=4,1;SAR=2,3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.181968,-0.288654;STB=0.571224,0.665779;STBP=0.703,0.515;TYPE=del,snp;VARB=0.0338031,-0.00901393;OID=.,.;OPOS=2289612,2289612;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.181818:6,4:22:7,4:22:11:4,1:3,3:5:6:57:12:4,1:2,3:6:6 chr17 2297571 . G A,GCA 262.31 PASS AF=0.30303,0.454545;AO=10,11;DP=36;FAO=10,15;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=5,7;FSAR=5,8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0442012,0.0709202;FXX=0.108079;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.7293,56.1269;QD=31.7949;RBI=0.0504075,0.107163;REFB=-0.035837,-0.10796;REVB=0.0242316,-0.0803386;RO=13;SAF=5,3;SAR=5,8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.339259,-0.500944;STB=0.6109,0.597574;STBP=0.345,0.251;TYPE=snp,ins;VARB=0.0780694,0.148096;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:36:33:13:8:10,11:10,15:0.30303,0.454545:5,8:5,3:11:2:5,8:5,7:6:2 chr17 2298615 . T C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0131786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1127;QD=28.5242;RBI=0.0131786;REFB=0.0349804;REVB=0;RO=6;SAF=15;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0148494;OID=.;OPOS=2298615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:0:15:6:0:0:15:6:0 chr17 2318550 . G C 149.06 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00241381;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0077;QD=14.9058;RBI=0.0499127;REFB=-0.00647159;REVB=-0.0498543;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149081;STB=0.563723;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00854185;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:23:16:17:0.425:10:6:11:10:10:7:12:11 chr17 2588722 . TAA T 284.64 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0015957;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.973;QD=21.4821;RBI=0.00579857;REFB=-0.0138266;REVB=-0.00557468;RO=18;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232423;STB=0.638311;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.00805259;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641509:33:53:34:53:19:12:22:14:5:99:18:12:21:13:5 chr17 2595964 . G A 208.71 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00916957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.597;QD=18.149;RBI=0.0186146;REFB=-0.019996;REVB=0.0161994;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27626;STB=0.657738;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0226925;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:14:11:15:6:14:11 chr17 2600186 . G A 966.33 PASS AF=0.52809;AO=94;DP=178;FAO=94;FDP=178;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0214749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0981;QD=21.7152;RBI=0.0251008;REFB=-0.0176159;REVB=0.0129954;RO=83;SAF=35;SAR=59;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553582;STB=0.533795;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0178458;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:83:84:94:94:0.52809:59:35:36:47:59:35:37:47 chr17 2606715 . G A 1233.29 PASS AF=0.614525;AO=110;DP=179;FAO=110;FDP=179;FR=.;FRO=69;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00799463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.091;QD=27.5596;RBI=0.00851128;REFB=-0.0132854;REVB=-0.00292021;RO=69;SAF=49;SAR=61;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181988;STB=0.509836;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00739716;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:69:69:110:110:0.614525:61:49:29:40:61:49:29:40 chr17 2868935 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0102579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.553;QD=16.0653;RBI=0.0271923;REFB=-0.0170057;REVB=-0.0251832;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280656;STB=0.516111;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0206995;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:10:14:10:8:10:14 chr17 2883588 . C A 203.06 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0172436;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1098;QD=13.7666;RBI=0.0376636;REFB=0.000676967;REVB=0.0334844;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400969;STB=0.728721;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000279478;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:17:7:24:11:17:7:24:11 chr17 2884545 . A G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00914212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.74;QD=13.0291;RBI=0.0139333;REFB=-0.0031451;REVB=0.0105146;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194135;STB=0.610318;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00413577;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:15:14:14:32:15:14:14:32 chr17 2929392 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00870014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.66;QD=17.8005;RBI=0.0117774;REFB=-0.0101961;REVB=0.00793824;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205404;STB=0.616479;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0137124;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:16:8:11:9:16:8 chr17 2929674 . T C 538.89 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0188477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.933;QD=20.5291;RBI=0.0188842;REFB=-0.00869298;REVB=-0.0011735;RO=50;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381308;STB=0.521001;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.006288;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:24:31:26:24:24:31:26:24 chr17 2930339 . G A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00730352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.465;QD=16.8738;RBI=0.00748027;REFB=-0.0254701;REVB=0.00161652;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247383;STB=0.642054;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0330492;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:14:12:14:6:14:12 chr17 2940720 . C A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.102936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.916;QD=11.8143;RBI=0.104881;REFB=-0.00465479;REVB=0.0201046;RO=23;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364397;STB=0.521704;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00998533;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:12:1:2:21:12:1:2:21 chr17 2940759 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.808;QD=58.2396;RBI=0.0189473;REFB=0;REVB=-0.00952281;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12302e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr17 3100827 . T C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00454307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.629;QD=16.6178;RBI=0.00956375;REFB=-0.00142047;REVB=0.00841581;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611655;STB=0.503469;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00226343;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:12:16:13:10:12:16 chr17 3101076 . G C 941.05 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00664046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.246;QD=57.0331;RBI=0.0215167;REFB=-0.0434071;REVB=0.0204664;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=9.40068e-05;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:41:24:0:1:41:24:0:1 chr17 3101578 . G T 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0446977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.919;QD=16.9208;RBI=0.0459615;REFB=-0.0120734;REVB=-0.010704;RO=50;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074827;STB=0.541926;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0175701;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:21:19:20:30:21:19:20:30 chr17 3101691 . G T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0232833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.413;QD=12.7823;RBI=0.0258267;REFB=-0.0122248;REVB=-0.0111762;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0173998;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:5:9:6:4:5:9 chr17 3119008 . T C 1008.45 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2409;QD=59.3207;RBI=0.0129378;REFB=0;REVB=-0.0112482;RO=1;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187239;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:66:68:1:19:47:0:1:21:47:0:0 chr17 3195087 . G A 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0229936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.721;QD=13.3676;RBI=0.0233279;REFB=-0.0184454;REVB=-0.00393519;RO=55;SAF=24;SAR=10;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189129;STB=0.608629;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0348413;OID=.;OPOS=3195087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:10:24:30:25:10:24:30:25 chr17 3195503 . C T 1415.86 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.96;QD=62.9269;RBI=0.0178781;REFB=0;REVB=0.0178251;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32206e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr17 3300934 . A T 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.23;QD=59.1728;RBI=0.0368504;REFB=-0.0433245;REVB=-0.00630565;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.508472;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000934755;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:74:76:0.987013:29:45:0:0:29:47:0:1 chr17 3337057 . A G 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00396087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6652;QD=17.3261;RBI=0.0223623;REFB=-0.0135602;REVB=-0.0220087;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1182;STB=0.567499;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00917909;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:12:13:8:12:12:13 chr17 3343519 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0188142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9266;QD=14.7347;RBI=0.0397105;REFB=-0.008492;REVB=-0.0349708;RO=36;SAF=21;SAR=6;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457993;STB=0.760671;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00610413;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:6:21:12:24:6:21:12:24 chr17 3343534 . C T 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0285881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.737;QD=22.8811;RBI=0.0398792;REFB=-0.000330684;REVB=0.0278042;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312831;STB=0.678866;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000167718;OID=.;OPOS=3343534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:23:12:19:6:23:12:20:6 chr17 3352294 . A G 172.05 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000567904;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.238;QD=12.5129;RBI=0.00405256;REFB=-0.00641966;REVB=0.00401257;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509164;STB=0.529384;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00973308;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:13:21:12:9:13:21 chr17 3352331 . C T 278.87 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00408479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.912;QD=16.4042;RBI=0.00421292;REFB=0.0119075;REVB=0.00103112;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068451;STB=0.530786;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0113116;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:15:16:16:20:15:16:17:20 chr17 3352438 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0382273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.014;QD=17.4275;RBI=0.0414851;REFB=-0.00119393;REVB=0.0161149;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159409;STB=0.601884;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000744906;OID=.;OPOS=3352438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:8:11:9:13:8:11:9:14 chr17 3416555 . C A 220.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0407584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3052;QD=18.0332;RBI=0.041425;REFB=0.0158174;REVB=0.0074017;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238047;STB=0.635711;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0064826;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:15:12:15:7:15:12 chr17 3422032 . G A 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.156;QD=60.0767;RBI=0.0220892;REFB=0;REVB=0.02196;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51444e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr17 3422073 . C T 530.54 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00619109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9178;QD=20.6034;RBI=0.018554;REFB=-0.0214241;REVB=-0.0174906;RO=49;SAF=30;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921294;STB=0.550737;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0191528;OID=.;OPOS=3422073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:24:30:22:27:24:30:22:27 chr17 3436080 . C T 286.3 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0287279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5712;QD=24.3661;RBI=0.0381165;REFB=-0.0160138;REVB=0.0250514;RO=21;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294904;STB=0.6643;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0166222;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:8:18:7:14:8:18:7:14 chr17 3445901 . T G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0215629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.923;QD=14.4002;RBI=0.0221976;REFB=-0.010132;REVB=0.0052701;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146134;STB=0.583382;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0122471;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:17:17:16:9:17:17 chr17 3446885 . T C 200.2 PASS AF=0.461538;AO=21;DP=50;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00953615;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.926;QD=15.3996;RBI=0.0146802;REFB=-0.0194602;REVB=-0.0111611;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159149;STB=0.569248;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0284038;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:28:21:24:0.461538:14:7:14:15:15:9:14:14 chr17 3458072 . T C 793.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.147;QD=63.4939;RBI=0.0117468;REFB=0;REVB=0.00743533;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146923;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr17 3475490 . C T 279.39 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0725645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5439;QD=18.9418;RBI=0.0840837;REFB=-0.0315182;REVB=-0.0424789;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190724;STB=0.510631;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0293056;OID=.;OPOS=3475490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:18:12:11:18:18:12:11:18 chr17 3476990 . G A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0311701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.872;QD=27.2216;RBI=0.0314548;REFB=-0.0425017;REVB=0.0042225;RO=15;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179552;STB=0.599911;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0397562;OID=.;OPOS=3476990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:18:6:7:8:18:6:7:8 chr17 3477101 . G A 199.6 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.046071;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.754;QD=14.0071;RBI=0.046082;REFB=-0.0205725;REVB=-0.00100576;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737873;STB=0.519924;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0283033;OID=.;OPOS=3477101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:23:24:0.421053:12:11:13:19:13:11:14:19 chr17 3480910 . A G 145.18 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0853149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.657;QD=15.2824;RBI=0.085768;REFB=-0.0123053;REVB=-0.00880442;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395726;STB=0.729436;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0173111;OID=.;OPOS=3480910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:8:14:4:12:8:14 chr17 3486702 . G A 56.61 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=26;FAO=8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0122643;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.768;QD=8.08716;RBI=0.0132485;REFB=-0.00528032;REVB=0.00501094;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114336;STB=0.555414;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0126043;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:26:28:16:20:5:8:0.285714:2:3:8:8:5:3:9:11 chr17 3493200 . C G 597.97 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0250852;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.564;QD=22.565;RBI=0.0264131;REFB=-0.0145522;REVB=0.00826952;RO=46;SAF=24;SAR=35;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128697;STB=0.50116;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0142758;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:46:47:59:59:0.556604:35:24:18:28:35:24:19:28 chr17 3514028 . G C 276.53 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349282;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.145;QD=52.6724;RBI=0.0478823;REFB=0;REVB=0.0327527;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57472e-05;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 3553526 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0169406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6376;QD=12.8684;RBI=0.0531244;REFB=-0.0328653;REVB=-0.050351;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0429849;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:6:10:5:6:6:10 chr17 3561396 . C T 652.92 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=84;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0048935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.341;QD=31.0913;RBI=0.0189608;REFB=-0.0167989;REVB=0.0183185;RO=28;SAF=20;SAR=36;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471514;STB=0.525538;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0106334;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:28:28:56:56:0.666667:36:20:12:16:36:20:12:16 chr17 3563963 . C G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0221036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.592;QD=13.899;RBI=0.0365975;REFB=-0.0168209;REVB=-0.0291687;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573698;STB=0.532684;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0221044;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:11:23:15:9:11:23 chr17 3564400 . TT AG,TG 766.01 PASS AF=0.46,0.54;AO=23,27;DP=50;FAO=23,27;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=9,20;FSAR=14,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210176,0.01461;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=76.5986,103.26;QD=61.2804;RBI=0.0356964,0.0188233;REFB=0,0;REVB=0.028853,0.0118686;RO=0;SAF=9,20;SAR=14,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.84921e-08,4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0130634,0.0179036;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:50:0:0:23,27:23,27:0.46,0.54:14,7:9,20:0:0:14,7:9,20:0:0 chr17 3568012 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0233804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.82;QD=12.5631;RBI=0.0234606;REFB=-0.00747291;REVB=-0.00193808;RO=35;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122992;STB=0.571361;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0095101;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:16:6:13:22:16:6:13:22 chr17 3582954 . C T 602.4 PASS AF=0.580645;AO=55;DP=95;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0265586;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.069;QD=25.9096;RBI=0.0266306;REFB=-0.0327513;REVB=-0.00195753;RO=40;SAF=20;SAR=35;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050247;STB=0.51776;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0229507;OID=.;OPOS=3582954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:40:39:55:54:0.580645:35:20:17:23:34:20:16:23 chr17 3594276 . TG T 115.51 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0240061;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1021;QD=8.25055;RBI=0.116332;REFB=0.0217994;REVB=-0.113828;RO=30;SAF=3;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361376;STB=0.728255;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=-0.0419588;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429:24:57:25:56:31:3:22:12:19:99:30:3:21:11:19 chr17 3627473 . C T 126.55 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.169499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.901;QD=29.776;RBI=0.172148;REFB=-0.0694176;REVB=0.0300848;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506274;STB=0.528258;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0229439;OID=.;OPOS=3627473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:8:5:2:2:8:5:2:2 chr17 3627840 . G A 274.53 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0212914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.708;QD=19.9661;RBI=0.0246611;REFB=-0.0231682;REVB=0.0124437;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250911;STB=0.646528;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0135459;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:12:17:7:18:12:17:7:19 chr17 3628212 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0407862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.618;QD=14.698;RBI=0.0439843;REFB=-0.0180582;REVB=-0.0164653;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297626;STB=0.51722;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0263209;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:8:15:10:6:8:15 chr17 3628362 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0318008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.628;QD=18.0507;RBI=0.0359767;REFB=-0.0407132;REVB=-0.0168235;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.035879;OID=.;OPOS=3628362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:4:4:5:5:4:4 chr17 3629698 . A G 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0116976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.543;QD=18.0145;RBI=0.0171272;REFB=-0.0139391;REVB=0.0125102;RO=54;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444565;STB=0.519992;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0179247;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:27:24:28:26:27:24:28:27 chr17 3629848 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0187262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.179;QD=15.6998;RBI=0.0231266;REFB=-0.0143868;REVB=-0.0135709;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0206934;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr17 3629867 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00154322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.209;QD=11.1312;RBI=0.0370414;REFB=-0.0217006;REVB=-0.0370093;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0412648;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:8:9:5:5:8:9 chr17 3632836 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00625949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.818;QD=14.3347;RBI=0.00958659;REFB=-0.0148563;REVB=0.00726095;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228353;STB=0.633267;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0149397;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:13:13:12:5:13:13 chr17 3649214 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8658;QD=63.2848;RBI=0.00624312;REFB=0;REVB=0.00612574;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86539e-05;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr17 3657159 . C T 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0131271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.068;QD=16.4727;RBI=0.0134222;REFB=0.00157113;REVB=0.00279934;RO=58;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244185;STB=0.502702;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00451593;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:49:49:0.453704:28:21:25:33:28:21:25:34 chr17 3657175 . T C 456.07 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0134347;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.809;QD=16.5842;RBI=0.0150635;REFB=-0.00126265;REVB=0.00681294;RO=59;SAF=20;SAR=30;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238519;STB=0.518789;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00129806;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:59:60:50:50:0.454545:30:20:25:34:30:20:26:34 chr17 3775848 . T C 549.4 PASS AF=0.53271;AO=51;DP=101;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.015256;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.454;QD=20.5385;RBI=0.0183731;REFB=-0.0321672;REVB=0.0102383;RO=50;SAF=31;SAR=20;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690083;STB=0.532994;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0281005;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:50:50:51:57:0.53271:20:31:34:16:22:35:34:16 chr17 3775916 . T C 568.36 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.0268457;FXX=0.0736765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1838;QD=25.8346;RBI=0.0273897;REFB=-0.00418088;REVB=-0.0054321;RO=35;SAF=28;SAR=23;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239526;STB=0.613574;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00275143;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:35:37:51:51:0.579545:23:28:30:5:23:28:30:7 chr17 3818788 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.571;QD=62.6711;RBI=0.0254122;REFB=0;REVB=0.0102604;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59012e-05;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr17 3818830 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6993;QD=59.0181;RBI=0.0721692;REFB=0;REVB=0.0179334;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947109;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr17 3819002 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.459;QD=61.6839;RBI=0.0339499;REFB=0;REVB=0.0303475;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65426e-05;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:34:41:1:14:20:0:0:19:22:0:0 chr17 3828086 . C G 907.27 PASS AF=0.881579;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0518353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1391;QD=47.7509;RBI=0.079288;REFB=-0.141876;REVB=0.0599973;RO=5;SAF=19;SAR=48;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799929;STB=0.581923;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0191316;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:72:76:5:9:67:67:0.881579:48:19:4:1:48:19:8:1 chr17 3828702 . T C 785.36 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.274;QD=57.1171;RBI=0.0459404;REFB=0;REVB=0.00127355;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254901;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:26:25:0:0:26:29:0:0 chr17 4088291 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.29;QD=56.9381;RBI=0.0132257;REFB=0;REVB=0.0116258;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25741e-05;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr17 4352539 . C T 449.65 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00130747;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.877;QD=16.059;RBI=0.00251933;REFB=-0.00783323;REVB=-0.00215349;RO=62;SAF=18;SAR=31;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183464;STB=0.597762;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00891793;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:62:49:50:0.446429:31:18:34:28:32:18:33:29 chr17 4446457 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.539;QD=57.8849;RBI=0.0139953;REFB=0;REVB=-0.00013552;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25675e-05;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr17 4455500 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.721;QD=62.1623;RBI=0.0077873;REFB=0;REVB=-0.00231067;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81809e-06;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr17 4457580 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8783;QD=55.6548;RBI=0.0603659;REFB=0;REVB=-0.0165244;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185284;OID=.;OPOS=4457580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 4461748 . G A 288.51 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.074;QD=48.0855;RBI=0.0469659;REFB=0;REVB=0.0210689;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428036;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:9:11:0:0:9:15:0:0 chr17 4463023 . G A 2058.9 PASS AF=0.90184;AO=147;DP=165;FAO=147;FDP=163;FR=.;FRO=16;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0286848;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.114;QD=50.525;RBI=0.0395014;REFB=-0.0181445;REVB=0.0271578;RO=15;SAF=61;SAR=86;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920585;STB=0.545771;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000244931;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:165:163:15:16:147:147:0.90184:86:61:14:1:86:61:14:2 chr17 4495740 . G A 240.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00223729;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.308;QD=21.8816;RBI=0.0684121;REFB=-0.0212923;REVB=0.0683755;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217096;STB=0.634534;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0304139;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:16:7:11:9:16:7:12:9 chr17 4497160 . T C 579.5 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313026;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.691;QD=60.9995;RBI=0.0036923;REFB=0;REVB=-0.00195821;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77772e-05;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 4511522 . CT C 38.22 PASS AF=0.288462;AO=17;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0741388;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2989;QD=2.93973;RBI=0.079289;REFB=-0.060759;REVB=0.0281101;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393359;STB=0.733022;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.0681709;OID=.;OPOS=4511523;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:17:52:15:52:37:11:4:15:22:38:32:12:5:11:21 chr17 4545581 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.366;QD=49.599;RBI=0.183624;REFB=0;REVB=0.0134709;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134854;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 4575283 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.338;QD=59.8394;RBI=0.0201208;REFB=0;REVB=0.0166654;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90503e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 4620497 . C T 676.72 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0913569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6217;QD=60.153;RBI=0.0915529;REFB=-0.0476018;REVB=0.00598838;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00764813;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:1:0:16:28:1:0 chr17 4637886 . G A 304.13 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0129946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.162;QD=12.5416;RBI=0.015228;REFB=-0.00783255;REVB=0.00793937;RO=62;SAF=23;SAR=12;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147013;STB=0.508448;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0100325;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:12:23:40:22:12:23:40:22 chr17 4638484 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0102657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.788;QD=15.1567;RBI=0.0104614;REFB=-0.013656;REVB=-0.00201423;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214684;STB=0.640464;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0132817;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:8:17:14:16:8:17:14:18 chr17 4638563 . G A 586.29 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00654227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.179;QD=26.0574;RBI=0.0213551;REFB=-0.000444204;REVB=-0.0203283;RO=36;SAF=39;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281202;STB=0.660348;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000400657;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:37:53:53:0.588889:14:39:14:22:14:39:14:23 chr17 4638737 . A G 211.22 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0140419;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.368;QD=24.8493;RBI=0.0799061;REFB=-0.0137666;REVB=-0.0786626;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332026;STB=0.5185;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00364818;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:9:5:8:12:9:5 chr17 4641755 . C T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0162812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.989;QD=17.064;RBI=0.0165555;REFB=-0.00136906;REVB=0.00300084;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171215;STB=0.596086;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00155077;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:12:19:12:16:12:19 chr17 4645324 . T C 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0421214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1212;QD=14.8586;RBI=0.0511827;REFB=-0.00337337;REVB=-0.0290768;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046859;STB=0.526543;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00627314;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:23:23:18:15:23:23 chr17 4686366 . C A 508.39 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0528997;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3676;QD=16.5332;RBI=0.0631606;REFB=-0.00793976;REVB=-0.0345092;RO=69;SAF=27;SAR=28;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162732;STB=0.505025;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0100857;OID=.;OPOS=4686366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:69:68:55:55:0.447154:28:27:35:34:28:27:34:34 chr17 4693054 . G A 191.37 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0166199;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.945;QD=13.4294;RBI=0.0181479;REFB=-0.0207277;REVB=-0.00728869;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538882;STB=0.547904;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.021546;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:34:23:23:0.403509:11:12:15:17:11:12:15:19 chr17 4693170 . T C 426.35 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.99;QD=56.8466;RBI=0.0374839;REFB=0;REVB=-0.00718508;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370638;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:22:5:0:0:22:8:0:0 chr17 4700993 . C G 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00236545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.619;QD=18.1168;RBI=0.0140711;REFB=0.0152156;REVB=-0.0138709;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673223;STB=0.538418;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0210203;OID=.;OPOS=4700993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:8:12:12:6:8:12 chr17 4701019 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00788602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.549;QD=18.9661;RBI=0.0359403;REFB=-0.00391325;REVB=-0.0350645;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199506;STB=0.61339;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.014983;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:13:12:15:7:13:12 chr17 4712395 . A T 55.42 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0851844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.93;QD=17.0525;RBI=0.0925581;REFB=-0.024587;REVB=0.0362025;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260045;STB=0.646763;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0130512;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:0:5:6:2:0:5 chr17 4712617 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0142259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.952;QD=9.47553;RBI=0.0331854;REFB=0.007775;REVB=-0.0299815;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221961;STB=0.513487;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.016062;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:8:13:6:4:8:13 chr17 4718776 . G A 263.94 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0372446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8487;QD=18.2027;RBI=0.0476915;REFB=-0.0306778;REVB=0.0297879;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172696;STB=0.595712;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.028608;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:6:23:18:11:6:23 chr17 4796271 . C T 144.85 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0138396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.323;QD=10.1648;RBI=0.032548;REFB=-0.0280103;REVB=-0.029459;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13975;STB=0.588695;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0333275;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:10:9:13:24:10:9:13:25 chr17 4796274 . T C 817.7 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3259;QD=57.3827;RBI=0.0301133;REFB=0;REVB=0.0115488;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181235;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr17 4796286 . C T 768.24 PASS AF=0.90625;AO=56;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0111211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.255;QD=48.0151;RBI=0.0235015;REFB=-0.210149;REVB=0.0207037;RO=6;SAF=22;SAR=34;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203155;STB=0.511941;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00230611;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:64:64:6:6:56:58:0.90625:34:22:3:3:36:22:3:3 chr17 4797305 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0135275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.887;QD=18.4129;RBI=0.0149631;REFB=-0.00239299;REVB=-0.00639556;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226297;STB=0.625927;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00331187;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:11:23:14:19:11:23 chr17 4801163 . C A 193.37 PASS AF=0.425;AO=13;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.167;QD=19.3369;RBI=0.00771963;REFB=-0.0033741;REVB=-0.00771963;RO=20;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00969224;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:13:17:0.425:13:0:0:20:17:0:0:20 chr17 4801273 . T C,TCTC 127.46 PASS AF=0.0434783,0.652174;AO=2,11;DP=30;FAO=1,15;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=0,3;FSAR=1,12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00387046,0.000302716;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=55.9333,197.826;QD=22.1674;RBI=0.00686175,0.000311881;REFB=-0.0335537,-0.0234955;REVB=-0.00566596,-7.50515e-05;RO=17;SAF=0,0;SAR=2,11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.456158,-0.765695;STB=0.985273,0.540484;STBP=0.528,0.668;TYPE=snp,ins;VARB=0.0365718,0.0134708;OID=.,.;OPOS=4801273,4801274;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:30:23:17:7:2,11:1,15:0.0434783,0.652174:2,11:0,0:5:12:1,12:0,3:2:5 chr17 4801286 . C T 147.64 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=223.737;QD=36.9095;RBI=0.000782659;REFB=-0.0276331;REVB=0.000782659;RO=2;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132018;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:14:0:0:2:14:0:0:2 chr17 4801288 . A C 69.09 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.145955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.23;QD=16.2566;RBI=0.148808;REFB=-0.0167296;REVB=0.0289978;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251249;STB=0.639784;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0164572;OID=.;OPOS=4801288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:0:7:9:1:0:7 chr17 4836973 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0321631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.922;QD=13.4558;RBI=0.0358197;REFB=-0.00777812;REVB=0.0157668;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00632162;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr17 4849284 . G A 472.31 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0840124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7986;QD=26.6088;RBI=0.117825;REFB=-0.0512067;REVB=0.0826121;RO=27;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112487;STB=0.561469;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0346161;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:28:16:14:13:28:16:14:13 chr17 4856376 . A G 260.56 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0471417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6356;QD=24.8155;RBI=0.0508212;REFB=-0.0260334;REVB=-0.0189858;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12867;STB=0.57137;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0359612;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:12:6:12:12:12:6 chr17 4863410 . A G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00966877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0762;QD=8.81111;RBI=0.0165746;REFB=-0.00787481;REVB=0.0134623;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28045;STB=0.670265;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0187989;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:8:15:4:6:8:15 chr17 4875566 . T C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0148362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.246;QD=20.2094;RBI=0.0149672;REFB=-0.00240414;REVB=-0.00197565;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316108;STB=0.681516;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00262858;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:3:10:4:6:3:10:4:6 chr17 4883045 . C T 147.52 PASS AF=0.551724;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0273343;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.612;QD=20.3477;RBI=0.0292928;REFB=-0.0106681;REVB=0.0105312;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00963306;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:14:16:0.551724:8:6:5:7:10:6:5:8 chr17 4890932 . C A 191.25 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0208135;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4054;QD=18.2138;RBI=0.0224501;REFB=-0.025366;REVB=-0.00841466;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299078;STB=0.67087;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.081126;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:12:10:15:5:12:10 chr17 4890939 . AC A,ACC,ACCC,CC 128.39 PASS AF=0,0.153846,0.410256,0.0512821;AO=4,13,9,3;DP=40;FAO=0,6,16,2;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=0,0,7,0;FSAR=0,6,9,2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.294521,0.307692,0.164612,0.148197;FXX=0.0249938;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=8.22017,7.63233,13.1853,60.6034;QD=13.1683;RBI=0.330896,0.344391,0.183336,0.148301;REFB=0.147621,-0.148963,-0.0800291,-0.0601978;REVB=-0.15083,0.154696,0.0807162,0.00556161;RO=8;SAF=2,6,2,1;SAR=2,7,7,2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.127513,0.0589614,-0.157762,-0.047266;STB=0.5,0.997939,0.5465,0.994743;STBP=1,0.008,0.603,0.173;TYPE=del,ins,ins,snp;VARB=0.0393207,-0.0999259,0.0597316,0.0685339;OID=.,.,.,.;OPOS=4890940,4890940,4890940,4890939;OREF=C,-,-,A;OALT=-,C,CC,C;OMAPALT=A,ACC,ACCC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:62:40:39:8:15:4,13,9,3:0,6,16,2:0,0.153846,0.410256,0.0512821:2,7,7,2:2,6,2,1:3:5:0,6,9,2:0,0,7,0:8:7 chr17 4926882 . A G 832.63 PASS AF=0.43128;AO=91;DP=219;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=-0.0103378;FXX=0.0409072;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.232;QD=15.7845;RBI=0.0125783;REFB=-0.0119858;REVB=0.00716549;RO=120;SAF=57;SAR=34;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115522;STB=0.564463;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0203515;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:211:120:120:91:91:0.43128:34:57:62:58:34:57:62:58 chr17 4936898 . C T 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0171874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.631;QD=16.4139;RBI=0.0275289;REFB=-0.0136065;REVB=-0.0215042;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0290846;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:9:7:6:8:9:7 chr17 4937575 . T C 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.023539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.212;QD=29.779;RBI=0.0659902;REFB=-0.0461762;REVB=0.0616492;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506274;STB=0.528258;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0270857;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:5:8:2:2:5:8:2:2 chr17 4996915 . AC A 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.137;QD=45.7872;RBI=0.0806698;REFB=0;REVB=0.0390379;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00181072;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:5:9:0:0:4:0:5:9:0:0 chr17 4997039 . G C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00713054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2298;QD=17.5599;RBI=0.025864;REFB=0.014639;REVB=0.0248616;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156776;STB=0.588693;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0169533;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:16:5:7:11:16:5 chr17 4997433 . G A 300.46 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0141135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.489;QD=19.0768;RBI=0.0213944;REFB=-0.0499408;REVB=0.0160789;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712517;STB=0.539658;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0512154;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:13:18:16:16:13:18 chr17 4997787 . A G 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.161;QD=63.8622;RBI=0.0208318;REFB=0;REVB=0.00999997;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1106e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr17 4998030 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4011;QD=46.8477;RBI=0.00284076;REFB=0;REVB=0.00173083;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86178e-05;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr17 4998586 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.599;QD=42.1827;RBI=0.0769034;REFB=0;REVB=0.0541744;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173829;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 4998852 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.391;QD=55.0986;RBI=0.0106722;REFB=0;REVB=-0.00942722;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95225e-05;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr17 5036210 . TC GT 39.86 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0297338;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.918;QD=1.96822;RBI=0.0395482;REFB=-0.00688404;REVB=-0.026076;RO=72;SAF=8;SAR=1;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562886;STB=0.908265;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0363237;OID=.;OPOS=5036210;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:81:72:72:9:9:0.111111:1:8:28:44:1:8:28:44 chr17 5036214 . C T 45.65 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0296806;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.314;QD=2.17364;RBI=0.0342762;REFB=-0.000955491;REVB=-0.0171441;RO=73;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59008;STB=0.91881;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0164958;OID=.;OPOS=5036214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:73:74:10:10:0.119048:1:9:28:45:1:9:28:46 chr17 5036224 . C G 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.000467622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.509;QD=3.24061;RBI=0.0182206;REFB=-0.00414607;REVB=-0.0182146;RO=69;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395432;STB=0.749643;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0279945;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:69:71:13:13:0.154762:4:9:25:44:4:9:27:44 chr17 5036274 . C A 87.22 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0154446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.543;QD=4.41633;RBI=0.0169909;REFB=-0.00079683;REVB=-0.007082;RO=64;SAF=11;SAR=4;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368963;STB=0.737939;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00449491;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:64:64:15:15:0.189873:4:11:28:36:4:11:28:36 chr17 5036281 . G C 88.2 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0341861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.587;QD=4.58183;RBI=0.0399634;REFB=0.000275655;REVB=-0.0206976;RO=62;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387482;STB=0.747975;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00137416;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:62:62:15:15:0.194805:4:11:26:36:4:11:26:36 chr17 5037281 . T C 281.19 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0474195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4035;QD=21.2221;RBI=0.0479971;REFB=-0.00447921;REVB=0.00742367;RO=24;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885111;STB=0.548929;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00250731;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:19:10:6:18:19:10:6:18 chr17 5042422 . G A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0200083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154;QD=16.4804;RBI=0.0455447;REFB=-0.0173416;REVB=-0.0409144;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0161231;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:12:13:11:8:12:13 chr17 5042894 . T C 1975.53 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000987395;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.936;QD=62.2215;RBI=0.0088788;REFB=0;REVB=-0.00882372;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30788e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chr17 5044794 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0171072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.585;QD=19.6972;RBI=0.017906;REFB=9.75627e-05;REVB=0.00528848;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-2.69125e-05;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:12:10:11:10:12:10 chr17 5071261 . G A 346.33 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0277129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.215;QD=16.8941;RBI=0.0306252;REFB=-0.00618595;REVB=-0.0130345;RO=43;SAF=13;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.578867;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0092698;OID=.;OPOS=5071261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:45:37:37:0.45122:24:13:20:23:24:13:22:23 chr17 5074195 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0196244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.978;QD=23.0884;RBI=0.0196308;REFB=0.0100168;REVB=-0.000499992;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744335;STB=0.541628;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00893057;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:9:9:9:13:9:9 chr17 5084763 . G A 729.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3356;QD=57.2103;RBI=0.0235689;REFB=0;REVB=-0.000586929;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223202;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:38:12:0:0:38:13:0:0 chr17 5085857 . C T 401.74 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0207483;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.638;QD=25.9185;RBI=0.020749;REFB=-0.018793;REVB=-0.000175314;RO=21;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192886;STB=0.615949;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000166146;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:21:22:36:36:0.580645:25:11:12:9:25:11:13:9 chr17 5126674 . A G 177.54 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0190973;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.982;QD=18.2096;RBI=0.0333154;REFB=-0.0164637;REVB=0.0272985;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0141439;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr17 5280440 . T C 770.11 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143918;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1806;QD=64.1754;RBI=0.0507423;REFB=0;REVB=0.0486586;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678321;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr17 5284698 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.708;QD=55.6561;RBI=0.0293667;REFB=0;REVB=0.0185371;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131022;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 5284719 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.534;QD=56.191;RBI=0.00752301;REFB=0;REVB=0.00270399;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47089e-05;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 5284770 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.899;QD=55.6561;RBI=0.0323188;REFB=0;REVB=0.019848;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117577;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 5287297 . AG A 483.44 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.6971;QD=46.0416;RBI=0.186979;REFB=0;REVB=-0.169551;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00903242;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:42:42:42:0:20:22:0:0:9:0:19:20:0:0 chr17 5288760 . A G 774.28 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.159;QD=56.311;RBI=0.104572;REFB=0;REVB=0.039915;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642948;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:25:30:0:0 chr17 5288769 . CA C 756.85 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.822;QD=56.0626;RBI=0.0609431;REFB=0;REVB=0.022462;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000225998;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:54:54:54:0:29:25:0:0:4:0:29:25:0:0 chr17 5288794 . G C 820.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351979;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7825;QD=57.5741;RBI=0.0402056;REFB=0;REVB=-0.0194318;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111737;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr17 5289580 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.957;QD=57.3851;RBI=0.00794828;REFB=0;REVB=-0.00589909;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19575e-05;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr17 5290033 . T C 783.74 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.442;QD=63.9785;RBI=0.0937132;REFB=0;REVB=0.0833479;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559647;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:16:32:0:0:16:33:0:0 chr17 5290703 . G A 850.59 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.952;QD=57.6673;RBI=0.0416692;REFB=0;REVB=-0.0353473;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98167e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr17 5294976 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.632;QD=59.4355;RBI=0.055833;REFB=0;REVB=-0.0524956;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50498e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr17 5308377 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.814;QD=57.0008;RBI=0.0117509;REFB=0;REVB=0.0114112;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34631e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 5326089 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.888;QD=59.4356;RBI=0.0502915;REFB=0;REVB=0.0499936;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193719;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 5326145 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.488;QD=59.4356;RBI=0.0295721;REFB=0;REVB=-0.00678647;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131648;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr17 5326162 . G A 450.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563721;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.009;QD=58.1898;RBI=0.0114087;REFB=0;REVB=-0.00991873;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430763;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr17 5328633 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.792;QD=49.5991;RBI=0.0178208;REFB=0;REVB=0.017449;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44486e-05;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr17 5334850 . G A 561.08 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586385;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9549;QD=60.6572;RBI=0.0351049;REFB=0;REVB=-0.0346117;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000857032;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 5334873 . GA G,GG 745.07 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=45,2;DP=48;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435947,-0.0463872;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=29.4916,7.11681;QD=60.8221;RBI=0.0449573,0.1027;REFB=0,0;REVB=-0.0109842,0.0916269;RO=0;SAF=24,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00246252,-0.0383166;OID=.,.;OPOS=5334874,5334874;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959184,0.0408163:45,2:48:47,2:49:0:24,2:23,0:0:0:8:0:24,2:21,0:0:0 chr17 5347576 . G A 1249.91 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112;QD=60.2364;RBI=0.053746;REFB=-0.0565176;REVB=0.0440161;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000809584;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:47:35:1:0:47:35:1:0 chr17 5356913 . C T 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0109029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.656;QD=17.5575;RBI=0.0112263;REFB=-0.0147333;REVB=-0.0026751;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389249;STB=0.52223;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0225576;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:9:12:11:7:9:12 chr17 5393461 . T C 375.71 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0327094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0239;QD=19.2674;RBI=0.0349091;REFB=-0.0272951;REVB=0.0121958;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713605;STB=0.551155;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0284387;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:39:37:39:0.5:18:19:17:22:18:21:17:22 chr17 5393603 . C T 186.98 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00443315;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.331;QD=18.698;RBI=0.00958584;REFB=-0.0103948;REVB=0.00849915;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382695;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00981583;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:8:13:11:8:8:13 chr17 5393784 . T TTTAA 269.05 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0156572;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=4;MLLD=257.533;QD=15.8262;RBI=0.0157099;REFB=0.00276246;REVB=0.0012865;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151126;STB=0.571381;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=-0.00333103;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:29:70:30:68:38:18:12:18:20:99:40:18:11:19:21 chr17 5404011 . T C 524.08 PASS AF=0.524752;AO=51;DP=99;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0328253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.236;QD=20.7555;RBI=0.0348576;REFB=-0.00986281;REVB=0.0117284;RO=48;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13857;STB=0.583427;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00771314;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:48:48:51:53:0.524752:25:26:32:16:27:26:32:16 chr17 5418107 . G A 469.78 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0166637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.045;QD=23.1989;RBI=0.0282873;REFB=-0.0215228;REVB=0.022858;RO=33;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436214;STB=0.504937;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0145292;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:36:45:45:0.555556:23:22:18:15:23:22:18:18 chr17 5418799 . G A 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00705001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.979;QD=24.315;RBI=0.0305053;REFB=-0.0323444;REVB=-0.0296795;RO=31;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505324;STB=0.527675;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0199989;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:18:25:20:11:18:25:20:11 chr17 5424886 . G A 231.24 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0346458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1356;QD=12.3328;RBI=0.0570105;REFB=-0.000400616;REVB=0.0452755;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149926;STB=0.585599;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00288206;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:16:12:14:33:16:12:14:33 chr17 5425077 . T C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0110865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.151;QD=11.6207;RBI=0.0521419;REFB=-0.0107957;REVB=-0.0509497;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16279;STB=0.594502;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0124659;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:9:11:14:21:9:11:14:21 chr17 5436194 . GGC G 124.95 PASS AF=0.479167;AO=20;DP=55;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0341906;FXX=0.058812;HRUN=4;LEN=2;MLLD=23.3483;QD=10.4121;RBI=0.114472;REFB=-0.0544922;REVB=-0.109246;RO=30;SAF=19;SAR=1;SRF=6;SRR=24;SSEN=0.611111;SSEP=0;SSSB=0.780227;STB=0.890536;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0822872;OID=.;OPOS=5436195;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167:20:55:23:48:25:21:2:6:19:99:30:19:1:6:24 chr17 5440197 . T C 227.12 PASS AF=0.35;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00603279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.842;QD=11.3561;RBI=0.00897571;REFB=-0.00522589;REVB=-0.00664596;RO=51;SAF=10;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316904;STB=0.676451;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0159848;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:51:52:28:28:0.35:18:10:33:18:18:10:33:19 chr17 5487164 . C G 571.9 PASS AF=0.407407;AO=65;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0165715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5212;QD=14.1209;RBI=0.0410634;REFB=-0.0060646;REVB=0.0375711;RO=97;SAF=38;SAR=27;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745847;STB=0.532969;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00900086;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:97:96:65:66:0.407407:27:38:50:47:28:38:50:46 chr17 5991344 . C T 795.86 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00642413;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.544;QD=53.0572;RBI=0.0301142;REFB=-0.156593;REVB=0.029421;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324978;STB=0.516661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00201403;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:2:2:57:58:0.966667:28:29:0:2:29:29:0:2 chr17 6014176 . A G 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0277267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.327;QD=21.2877;RBI=0.0294609;REFB=-0.0197948;REVB=0.00995853;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109164;STB=0.560244;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00909535;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:15:24:21:22:15:24 chr17 6329917 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00149783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.077;QD=24.8187;RBI=0.0150523;REFB=-0.018833;REVB=0.0149776;RO=18;SAF=20;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247509;STB=0.639403;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0115389;OID=.;OPOS=6329917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:4:20:11:7:4:20:11:7 chr17 6330068 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.776;QD=62.3509;RBI=0.0289709;REFB=0;REVB=0.0110699;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106431;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr17 6331803 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9281;QD=61.3342;RBI=0.0350107;REFB=0;REVB=0.0294669;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017955;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr17 6337247 . C G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0230964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1705;QD=21.6125;RBI=0.0497702;REFB=-0.0108751;REVB=0.0440866;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196628;STB=0.616929;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00788582;OID=.;OPOS=6337247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:12:11:6:17:12:12:6:17 chr17 6353679 . A C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0279811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.987;QD=54.0129;RBI=0.0281764;REFB=0.0383959;REVB=-0.00331167;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00175865;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:14:20:0:2:14:21:0:2 chr17 6364753 . A G 1484.22 PASS AF=1;AO=74;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569764;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.902;QD=59.9684;RBI=0.0569923;REFB=0;REVB=-0.00134459;RO=0;SAF=16;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130007;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:74:99:1:58:16:0:0:61:38:0:0 chr17 6381939 . G A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.0246508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.274;QD=16.8734;RBI=0.0251807;REFB=-0.0143412;REVB=-0.00513885;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355687;STB=0.698469;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0198807;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:23:3:9:11:23:3 chr17 6483046 . T C 421.78 PASS AF=0.462366;AO=41;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00349749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.553;QD=18.1409;RBI=0.0162187;REFB=-0.00199355;REVB=-0.0158371;RO=48;SAF=12;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155684;STB=0.593036;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00289638;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:50:41:43:0.462366:29:12:21:27:30:13:23:27 chr17 6493198 . T C 919.45 PASS AF=0.443946;AO=95;DP=220;FAO=99;FDP=223;FR=.;FRO=124;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=76;FSRR=48;FWDB=0.0139146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.195;QD=16.4924;RBI=0.0141532;REFB=-0.00296976;REVB=0.00258749;RO=124;SAF=37;SAR=58;SRF=76;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225834;STB=0.620926;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00433287;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:124:124:95:99:0.443946:58:37:76:48:60:39:76:48 chr17 6511781 . A G 438.15 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0034325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.469;QD=19.0498;RBI=0.00519573;REFB=0.00152335;REVB=0.00390045;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222661;STB=0.623838;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00139356;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:17:27:18:30:17:27:18:30 chr17 6513329 . G A 538.26 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0153623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.482;QD=24.1915;RBI=0.0370911;REFB=-0.0303346;REVB=-0.0337601;RO=38;SAF=33;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247122;STB=0.521473;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.023151;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:50:50:0.561798:17:33:24:14:17:33:24:15 chr17 6515387 . A G 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0239427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.834;QD=18.9077;RBI=0.0239489;REFB=-0.00197987;REVB=0.0005452;RO=46;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172674;STB=0.600569;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00231784;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:20:23:16:30:20:23:16:31 chr17 6515454 . C T 303.07 PASS AF=0.507937;AO=27;DP=58;FAO=32;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00693043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.806;QD=19.2424;RBI=0.0100135;REFB=-0.0141685;REVB=-0.00722764;RO=24;SAF=21;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277525;STB=0.634356;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.01011;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:24:31:27:32:0.507937:6:21:12:12:11:21:12:19 chr17 6524298 . T A 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00177376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.25;QD=17.9536;RBI=0.00660261;REFB=-0.00454894;REVB=-0.0063599;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998522;STB=0.556197;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0040347;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:11:17:19:8:11:17 chr17 6531648 . A G 757.53 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0456615;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.616;QD=20.0669;RBI=0.046305;REFB=-0.000875203;REVB=0.00769254;RO=77;SAF=40;SAR=37;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035488;STB=0.530298;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000687637;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:77:74:77:77:0.509934:37:40:43:34:37:40:43:31 chr17 6538355 . G A 613.5 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0106443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4053;QD=18.591;RBI=0.0238877;REFB=-0.00961538;REVB=0.0213851;RO=69;SAF=23;SAR=40;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111124;STB=0.561665;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0110071;OID=.;OPOS=6538355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:40:23:33:36:40:23:33:36 chr17 6546259 . T C 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00914789;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.114;QD=17.331;RBI=0.0101476;REFB=-0.00326267;REVB=0.00439193;RO=50;SAF=17;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161888;STB=0.590646;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00401157;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:24:17:29:21:24:17:29:21 chr17 6556538 . G C 324.95 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0286995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.96;QD=15.8513;RBI=0.0313671;REFB=-0.0155139;REVB=0.0126583;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036254;STB=0.512188;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0246401;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:35:36:0.439024:17:18:22:24:18:18:22:24 chr17 6556541 . A T 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00355499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.581;QD=15.7059;RBI=0.0120984;REFB=-0.00499188;REVB=0.0115643;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210991;STB=0.511898;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00761691;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:18:18:23:25:18:18:23:25 chr17 6558768 . C T 84.77 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0596484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0609;QD=10.9382;RBI=0.0597487;REFB=-0.0154401;REVB=-0.00346092;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419953;STB=0.740418;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0205183;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:18:2:5:6:18:2 chr17 6662320 . G T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0462797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.627;QD=15.2594;RBI=0.0462905;REFB=-0.0152958;REVB=0.000997416;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00973342;OID=.;OPOS=6662320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:1:5:6:1:1:5 chr17 6663894 . GC AG,GG 759.07 PASS AF=0.472727,0.527273;AO=26,29;DP=55;FAO=26,29;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14,11;FSAR=12,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147741,-0.00189574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.327,122.562;QD=55.2047;RBI=0.0326317,0.0122072;REFB=0,0;REVB=0.0290956,0.0120591;RO=0;SAF=14,11;SAR=12,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0155558,0.0144529;OID=.,.;OPOS=6663894,6663895;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:55:0:0:26,29:26,29:0.472727,0.527273:12,18:14,11:0:0:12,18:14,11:0:0 chr17 6683215 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00302794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.412;QD=15.5712;RBI=0.102825;REFB=-0.0125036;REVB=-0.10278;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094561;STB=0.555448;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00856203;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:9:3:2:9:9:3 chr17 6690161 . C T 427.34 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0230391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2944;QD=15.5397;RBI=0.0236179;REFB=-0.000823166;REVB=0.00519625;RO=62;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14291;STB=0.5798;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00119416;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:25:23:21:41:25:23:21:41 chr17 6704121 . C T 562.32 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0127264;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.937;QD=23.43;RBI=0.0301931;REFB=0.00976922;REVB=0.0273799;RO=44;SAF=27;SAR=24;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820105;STB=0.548781;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00728757;OID=.;OPOS=6704121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:51:52:0.541667:24:27:19:25:24:28:19:25 chr17 6716242 . G A 152.21 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0295309;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.902;QD=10.1473;RBI=0.0300455;REFB=-0.0309665;REVB=-0.00553684;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166358;STB=0.602996;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0545808;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:40:20:20:0.333333:11:9:12:27:11:9:12:28 chr17 6733672 . T C 567.13 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0110457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4462;QD=18.5943;RBI=0.011055;REFB=-0.0167105;REVB=-0.000453033;RO=62;SAF=27;SAR=32;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942219;STB=0.501399;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.017605;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:63:59:59:0.483607:32:27:29:33:32:27:29:34 chr17 6904934 . A G 693.68 PASS AF=0.870968;AO=53;DP=64;FAO=54;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0283968;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.202;QD=44.7532;RBI=0.0288988;REFB=-0.00203541;REVB=0.00536307;RO=8;SAF=22;SAR=31;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144101;STB=0.576894;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000372463;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:64:62:8:8:53:54:0.870968:31:22:8:0:32:22:8:0 chr17 6919093 . T C 305.35 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.437;QD=53.105;RBI=0.0485558;REFB=0;REVB=0.0249325;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100014;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 6928018 . TC AG,TCCAG 169.28 PASS AF=0.0555556,0.888889;AO=6,6;DP=17;FAO=1,16;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8;FSAR=1,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0520477,0.0892329;FXX=0.0526039;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=254.192,127.637;QD=37.6176;RBI=0.149894,0.196781;REFB=0.00221038,-0.119391;REVB=0.140568,0.175386;RO=1;SAF=0,5;SAR=6,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782178,-0.0789211;STB=0.989913,0.529375;STBP=0.496,0.493;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0365072,0.0124183;OID=.,.;OPOS=6928018,6928020;OREF=TC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:7:17:18:1:1:6,6:1,16:0.0555556,0.888889:6,1:0,5:1:0:1,8:0,8:1:0 chr17 6929924 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.825;QD=60.2046;RBI=0.0209119;REFB=0;REVB=-0.000200419;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14554e-05;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr17 6942111 . G T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.020803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.088;QD=23.442;RBI=0.0219607;REFB=-0.0280159;REVB=0.00703597;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067373;STB=0.537105;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0196562;OID=.;OPOS=6942111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:14:8:14:17:14:8 chr17 6981331 . C T 416.0 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00667976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.107;QD=22.1866;RBI=0.0175415;REFB=-0.0158172;REVB=0.0162198;RO=34;SAF=11;SAR=30;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214625;STB=0.618951;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0221392;OID=.;OPOS=6981331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:30:11:17:17:30:11:17:17 chr17 7011129 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0214041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6773;QD=9.44323;RBI=0.0215044;REFB=-0.00450296;REVB=0.00207461;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303669;STB=0.693701;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0101928;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:6:4:1:5:6:4 chr17 7012073 . G T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0291067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4034;QD=32.9736;RBI=0.0626002;REFB=-0.00745127;REVB=-0.0554219;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477925;STB=0.526285;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00146075;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:4:1:5:12:4:1 chr17 7012077 . C T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00795832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.322;QD=32.9752;RBI=0.0260103;REFB=-0.0139936;REVB=0.0247629;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477925;STB=0.526285;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0150308;OID=.;OPOS=7012077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:4:1:5:12:4:1 chr17 7012079 . C T 181.33 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0217902;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.489;QD=32.9683;RBI=0.0921425;REFB=-0.017117;REVB=0.0895289;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477925;STB=0.526285;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0662908;OID=.;OPOS=7012079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:4:1:5:12:4:1 chr17 7077608 . C G 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0676681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3355;QD=19.6992;RBI=0.0694988;REFB=-0.0181823;REVB=-0.0158466;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270936;STB=0.651009;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.013583;OID=.;OPOS=7077608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:14:2:7:10:14:2 chr17 7099811 . G A 334.83 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00713666;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.651;QD=24.3516;RBI=0.00939286;REFB=-0.0137615;REVB=0.00610687;RO=22;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144813;STB=0.579661;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00693941;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:13:20:9:13:13:20:9:13 chr17 7123240 . T C,TGGGCGTGCAGGACGC 253.65 PASS AF=0.118421,0.289474;AO=10,19;DP=78;FAO=9,22;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=1,7;FSAR=8,15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0642786,-0.0236959;FXX=0.0129853;HRUN=1,3;LEN=1,15;MLLD=158.542,340.114;QD=13.35;RBI=0.0679767,0.0247585;REFB=-0.0173036,-0.0102169;REVB=0.0221157,0.00717563;RO=44;SAF=1,7;SAR=9,12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.574142,-0.208017;STB=0.880486,0.661919;STBP=0.026,0.073;TYPE=snp,ins;VARB=0.0252153,0.010979;OID=.,.;OPOS=7123240,7123241;OREF=T,-;OALT=C,GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=C,TGGGCGTGCAGGACGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:78:76:44:45:10,19:9,22:0.118421,0.289474:9,12:1,7:24:20:8,15:1,7:25:20 chr17 7127718 . T C 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.588;QD=61.8511;RBI=0.0152941;REFB=0;REVB=0.0104727;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35339e-05;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr17 7129839 . A AC 134.21 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488791;FXX=0.130378;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.644;QD=26.8427;RBI=0.0662028;REFB=0;REVB=0.0446502;RO=21;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00570433;OID=.;OPOS=7129840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:20:20:0:12:8:0:0:3:21:3:0:12:9 chr17 7129840 . T C,G 273.32 PASS AF=0.869565,0.0869565;AO=20,2;DP=23;FAO=20,2;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11,2;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00754694,-0.0173124;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=165.969,114.953;QD=47.5343;RBI=0.0388417,0.0269524;REFB=-0.00778541,0.0159804;REVB=0.0381015,0.020657;RO=1;SAF=11,2;SAR=9,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0400637,0;STB=0.521717,0.5;STBP=0.536,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000948118,0.140373;OID=.,.;OPOS=7129840,7129840;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:23:1:1:20,2:20,2:0.869565,0.0869565:9,0:11,2:1:0:9,0:11,2:1:0 chr17 7132556 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.086;QD=57.2365;RBI=0.0643751;REFB=0;REVB=-0.0108044;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100549;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chr17 7133162 . G A 3323.91 PASS AF=0.986364;AO=216;DP=220;FAO=217;FDP=220;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0109978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.411;QD=60.4347;RBI=0.0225072;REFB=-0.0182088;REVB=0.0196373;RO=2;SAF=82;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114766;STB=0.508981;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000170639;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:220:220:2:3:216:217:0.986364:134:82:2:0:135:82:3:0 chr17 7133609 . G A 824.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.526;QD=56.8686;RBI=0.137169;REFB=0;REVB=0.121968;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232332;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:27:27:0:0:31:27:0:0 chr17 7134129 . A G 734.22 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4863;QD=61.1852;RBI=0.0271035;REFB=0.0572648;REVB=-0.0137755;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253996;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00820513;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:18:28:0:1:19:28:0:1 chr17 7154534 . G A 885.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.3;QD=58.0879;RBI=0.0197914;REFB=0;REVB=0.0159626;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75852e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:27:34:0:0 chr17 7155861 . G A 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0238039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.122;QD=38.7571;RBI=0.0355544;REFB=0.00516256;REVB=0.02641;RO=10;SAF=12;SAR=20;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116701;STB=0.506325;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0015118;OID=.;OPOS=7155861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:20:12:4:6:20:12:4:6 chr17 7163723 . A C 213.1 PASS AF=0.423729;AO=18;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0111085;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.942;QD=14.4476;RBI=0.0244485;REFB=-0.000359782;REVB=-0.0217792;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265565;STB=0.584838;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000299558;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:18:25:0.423729:11:7:14:20:11:14:14:20 chr17 7163739 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.622;QD=57.3858;RBI=0.0101842;REFB=0;REVB=0.00853932;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72403e-05;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr17 7185788 . T C 1188.03 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.802;QD=60.9245;RBI=0.0857626;REFB=0;REVB=0.0133488;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50268e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:78:0:0:73:78:1:47:26:0:0:50:28:0:0 chr17 7187123 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.207;QD=61.3358;RBI=0.0521215;REFB=0;REVB=0.0254695;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446605;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr17 7190435 . T G 62.84 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19125;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=31.1863;QD=31.4202;RBI=0.200209;REFB=0;REVB=0.0592216;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232011;OID=.;OPOS=7190435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:8:1:0:6:8:1:4:2:1:0:5:3:0:0 chr17 7190438 . T C 45.1 PASS AF=0.75;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.002992;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=295.322;QD=22.5491;RBI=0.00312135;REFB=0.00281628;REVB=-0.00088926;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00137564;OID=.;OPOS=7190438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:7:8:1:2:6:6:0.75:4:2:1:0:4:2:1:1 chr17 7192091 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.217;QD=59.8658;RBI=0.0457379;REFB=0;REVB=0.0154548;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51212e-05;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr17 7213560 . C G 137.67 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0311365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.18;QD=18.9884;RBI=0.0429673;REFB=-0.0234141;REVB=-0.0296092;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319546;STB=0.681579;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0411828;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:4:10:5:10:4:10 chr17 7213694 . C A 789.46 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609929;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.286;QD=64.4456;RBI=0.00746403;REFB=0;REVB=-0.00430237;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01221e-05;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr17 7217463 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.91;QD=62.3507;RBI=0.0257579;REFB=0;REVB=0.0046254;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106229;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr17 7219230 . A G 487.07 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743381;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7059;QD=59.0386;RBI=0.0885855;REFB=0;REVB=-0.0481792;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416623;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr17 7221385 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.318;QD=62.3509;RBI=0.0256165;REFB=0;REVB=0.0252099;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31868e-05;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr17 7224921 . C G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00159046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.969;QD=10.9406;RBI=0.00922638;REFB=-0.0314785;REVB=0.00908827;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0385185;OID=.;OPOS=7224921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:9:11:7:4:9:11 chr17 7230845 . G T 39.56 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000859619;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.652;QD=13.1872;RBI=0.0137102;REFB=-0.0314957;REVB=-0.0136832;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0306825;OID=.;OPOS=7230845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:5:5:5:7:0.583333:1:4:3:2:3:4:3:2 chr17 7286266 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00339316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.675;QD=8.30759;RBI=0.0070713;REFB=-0.0241015;REVB=-0.00620401;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372986;STB=0.726764;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.05176;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:5:13:3:5:5:13 chr17 7286326 . T A 216.84 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0113846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.059;QD=29.9092;RBI=0.0270851;REFB=-0.0102768;REVB=0.0245763;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21421;STB=0.622095;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00579967;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:19:20:0.689655:13:6:6:3:14:6:6:3 chr17 7292107 . G A 270.92 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0139029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.026;QD=20.8403;RBI=0.0237974;REFB=-0.0166255;REVB=0.0193139;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345638;STB=0.519217;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0175972;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:11:13:14:14:11:13 chr17 7293715 . C T 352.88 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0178746;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2655;QD=18.0966;RBI=0.0186857;REFB=-0.0222412;REVB=0.00544558;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124094;STB=0.500693;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.036797;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:20:21:19:18:20:21 chr17 7297452 . A G 244.37 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=-0.0123847;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.79;QD=12.8618;RBI=0.0134255;REFB=-0.0145594;REVB=0.00518289;RO=48;SAF=18;SAR=11;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156937;STB=0.599937;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0160443;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:47:29:29:0.381579:11:18:36:12:11:18:36:11 chr17 7307018 . AAAG A 122.38 PASS AF=0.375;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0306412;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=315.908;QD=8.74114;RBI=0.0309166;REFB=-0.00107961;REVB=-0.00411749;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=-0.180062;STB=0.629492;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.00186342;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:20:56:21:56:35:4:17:12:23:99:34:4:16:11:23 chr17 7318396 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.313;QD=57.0004;RBI=0.0164443;REFB=0;REVB=0.016283;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147214;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr17 7322245 . A G 403.21 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.013;QD=55.6146;RBI=0.0517755;REFB=0;REVB=0.0246908;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174444;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr17 7386055 . C T 1716.55 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.322;QD=59.7061;RBI=0.0266157;REFB=-0.100793;REVB=0.0201372;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.50495;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00021744;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:0:1:114:114:0.991304:64:50:0:0:64:50:1:0 chr17 7386279 . TG CA 740.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164167;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.743;QD=54.8821;RBI=0.0199536;REFB=-0.0171824;REVB=0.011342;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=mnp;VARB=0.000308461;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:1:0:20:33:1:0 chr17 7400137 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.206;QD=60.2307;RBI=0.0565498;REFB=0;REVB=0.0553668;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642562;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr17 7402600 . T C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.121;QD=57.6705;RBI=0.0373785;REFB=0;REVB=0.0341352;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036054;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr17 7404107 . T C 1434.01 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.622;QD=63.0332;RBI=0.0469143;REFB=0;REVB=0.0434564;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179457;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr17 7404991 . T C 1175.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414633;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4573;QD=61.0897;RBI=0.0418458;REFB=0;REVB=-0.00564497;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420471;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr17 7407047 . G T 207.19 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0127917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.452;QD=9.10705;RBI=0.012792;REFB=0.00263492;REVB=8.35044e-05;RO=64;SAF=12;SAR=15;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836948;STB=0.504947;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00790454;OID=.;OPOS=7407047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:15:12:28:36:15:12:28:36 chr17 7412403 . T C 1516.21 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.84;QD=62.5241;RBI=0.0350863;REFB=-0.0170064;REVB=-0.0332293;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128799;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:1:0:96:97:1:52:44:0:1:53:44:0:0 chr17 7416683 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.989;QD=39.2045;RBI=0.0691794;REFB=0;REVB=-0.00944442;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143635;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr17 7460517 . G C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00430932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.89;QD=13.6997;RBI=0.0324785;REFB=-0.015389;REVB=-0.0321913;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161359;STB=0.593203;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0116066;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:9:21:10:8:9:21 chr17 7460559 . T G 746.91 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.438;QD=63.5664;RBI=0.0393235;REFB=0;REVB=0.0226009;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166166;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr17 7462555 . G A 536.44 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00352844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.056;QD=23.8418;RBI=0.00396531;REFB=-0.0316798;REVB=0.00180935;RO=39;SAF=17;SAR=33;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391184;STB=0.529143;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0290556;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:50:50:0.555556:33:17:15:24:33:17:16:24 chr17 7462969 . A G 193.19 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0374791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9055;QD=16.7993;RBI=0.0442829;REFB=-0.034537;REVB=-0.0235859;RO=26;SAF=16;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311763;STB=0.68065;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0604355;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:4:16:14:12:4:16:14:12 chr17 7470285 . CAAA CAA,CAAG 1494.69 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=100,4;DP=106;FAO=102,3;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=58,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183506,0.0035886;FXX=0.00943307;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=27.3832,5.80594;QD=56.9407;RBI=0.0225993,0.0209089;REFB=0,0;REVB=0.0131902,0.0205987;RO=0;SAF=44,1;SAR=56,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.24719e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00125645,0.0251772;OID=.,.;OPOS=7470286,7470288;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.971429,0.0285714:100,4:106:102,3:105:0:44,1:58,2:0:0:5:0:44,1:56,3:0:0 chr17 7477938 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.757;QD=63.5822;RBI=0.0587414;REFB=0;REVB=0.0585026;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224654;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr17 7478498 . G A 280.38 PASS AF=0.423077;AO=30;DP=72;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00195641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2141;QD=14.3783;RBI=0.0297182;REFB=-0.0325794;REVB=-0.0296538;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236333;STB=0.591593;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0437665;OID=.;OPOS=7478498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:42:45:30:33:0.423077:17:13:28:14:17:16:29:16 chr17 7479892 . C T 635.0 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0060577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.106;QD=27.6085;RBI=0.00873675;REFB=-0.0203452;REVB=0.00629564;RO=36;SAF=27;SAR=29;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527153;STB=0.528694;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0103906;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:36:56:56:0.608696:29:27:20:16:29:27:20:16 chr17 7482125 . A G 291.04 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0209802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7307;QD=26.4577;RBI=0.0380106;REFB=-0.0148169;REVB=-0.031696;RO=18;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779282;STB=0.543199;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0063361;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:17:9:8:10:17:9:8:10 chr17 7557419 . A G 233.21 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0498706;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.645;QD=16.6577;RBI=0.0532454;REFB=-0.0235549;REVB=0.0186547;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103152;STB=0.568915;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.016314;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:10:15:21:9:11:15:21:9 chr17 7572314 . G T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00487692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.885;QD=17.1002;RBI=0.00819609;REFB=-0.0173381;REVB=-0.00658722;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188032;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0141488;OID=.;OPOS=7572314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:4:10:7:7:4:11 chr17 7578115 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.029;QD=52.6132;RBI=0.0270179;REFB=0;REVB=0.0166623;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99179e-05;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr17 7579472 . G C 480.08 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139178;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.183;QD=58.192;RBI=0.016739;REFB=0;REVB=-0.00930006;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11785e-05;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:15:11:0:0:22:11:0:0 chr17 7579801 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.353;QD=35.5758;RBI=0.0193435;REFB=0;REVB=0.0193017;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140118;OID=.;OPOS=7579801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr17 7592168 . CG C 52.11 PASS AF=0.625;AO=6;DP=14;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.265731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.0265;QD=13.0282;RBI=0.271757;REFB=-0.0403645;REVB=0.0569104;RO=7;SAF=0;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787422;STB=0.705427;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.157845;OID=.;OPOS=7592169;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:6:14:10:16:6:2:8:4:2:23:7:0:6:5:2 chr17 7613765 . G A 228.78 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00817203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.517;QD=16.0549;RBI=0.00828527;REFB=-0.00623184;REVB=-0.00136517;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120866;STB=0.568283;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00963887;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:14:17:11:15:14:17 chr17 7614366 . C T 347.22 PASS AF=0.4;AO=36;DP=96;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00604193;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.086;QD=13.8889;RBI=0.0129255;REFB=-0.0187939;REVB=0.0114264;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797096;STB=0.545295;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0306608;OID=.;OPOS=7614366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:60:60:36:40:0.4:19:17:24:36:21:19:24:36 chr17 7614601 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00813674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.23;QD=9.93221;RBI=0.0167427;REFB=-0.00812926;REVB=-0.0146326;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112693;STB=0.56748;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0168046;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:8:7:13:22:8:7:13:22 chr17 7640532 . C T 319.38 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0163071;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1807;QD=12.6488;RBI=0.0366115;REFB=0.00680083;REVB=0.0327793;RO=62;SAF=15;SAR=23;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20131;STB=0.609927;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00984277;OID=.;OPOS=7640532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:62:63:38:38:0.376238:23:15:36:26:23:15:36:27 chr17 7673605 . A G 435.12 PASS AF=0.575342;AO=39;DP=70;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0129125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.665;QD=23.8423;RBI=0.0162884;REFB=-0.0137881;REVB=0.00992866;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955259;STB=0.54425;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00941865;OID=.;OPOS=7673605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:31:31:39:42:0.575342:18:21:13:18:20:22:13:18 chr17 7673928 . C G 409.05 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0333096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.026;QD=23.0453;RBI=0.033532;REFB=-0.0105972;REVB=0.00385515;RO=31;SAF=18;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13018;STB=0.571394;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0149388;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:22:18:9:22:22:18:9:22 chr17 7681412 . C G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0010938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9003;QD=17.49;RBI=0.00504828;REFB=-0.00049977;REVB=-0.00492836;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423586;STB=0.523792;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000454588;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:12:18:18:10:12:18 chr17 7701104 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00223684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.515;QD=11.2612;RBI=0.00229797;REFB=-0.0117952;REVB=0.000526511;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963427;STB=0.571331;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0242423;OID=.;OPOS=7701104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:10:5:12:17:10:5:13:17 chr17 7750232 . T C 288.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.188;QD=52.4463;RBI=0.0760586;REFB=0;REVB=0.0760289;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299449;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr17 7751388 . C A 787.47 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638996;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.326;QD=57.2706;RBI=0.00917756;REFB=0;REVB=0.00658756;RO=0;SAF=9;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07343e-05;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:56:55:1:47:9:0:0:46:9:0:0 chr17 7751751 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.588;QD=51.1846;RBI=0.00968893;REFB=0;REVB=-0.000633981;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110675;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 7760704 . A G 1741.39 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632499;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.502;QD=60.5701;RBI=0.063263;REFB=0;REVB=-0.00128974;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111884;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:68:45:0:0:68:47:0:0 chr17 7843053 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.709;QD=51.1846;RBI=0.0411109;REFB=0;REVB=0.0396287;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511287;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 7847955 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5856;QD=58.1419;RBI=0.0372669;REFB=0;REVB=0.0270106;RO=0;SAF=1;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118002;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:31:1:0:0:31:1:0:0 chr17 7849087 . C G 1733.57 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2661;QD=59.7783;RBI=0.0239685;REFB=-0.0972013;REVB=0.00217914;RO=0;SAF=34;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000904787;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:81:34:0:0:81:34:0:1 chr17 7906519 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0757;QD=42.1824;RBI=0.0525266;REFB=0;REVB=0.0171273;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394403;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr17 7979986 . GCC GC,G 338.43 PASS AF=1,0;AO=39,7;DP=69;FAO=67,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189316,0.0984948;FXX=0.0289813;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.17041,8.38174;QD=20.2048;RBI=0.261512,0.134636;REFB=0.0152569,0.025493;REVB=0.180411,0.0917911;RO=17;SAF=17,3;SAR=22,4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0527566,-0.112877;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00768703,-0.00151293;OID=.,.;OPOS=7979987,7979987;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:39,7:69:67,0:67:0:32,0:35,0:0:0:6:17:17,3:22,4:9:8 chr17 7999957 . G A 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3446;QD=60.6028;RBI=0.040553;REFB=0;REVB=0.000268003;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676906;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr17 8022065 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00814876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.493;QD=16.0653;RBI=0.0108158;REFB=-0.0187395;REVB=-0.00711189;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153275;STB=0.588136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.015836;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:11:13:7:11:11:13 chr17 8023057 . A C 140.35 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0787375;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.249;QD=14.3953;RBI=0.0787397;REFB=-0.0537695;REVB=-0.000593327;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238671;STB=0.639862;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0535894;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:10:9:4:15:9:10:5:15 chr17 8023059 . A C 212.77 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00608308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.918;QD=21.2769;RBI=0.00612311;REFB=-0.00809464;REVB=0.000698978;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263761;STB=0.646929;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00735609;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:4:15:10:11:4:15 chr17 8023061 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0137068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.903;QD=21.5105;RBI=0.0179032;REFB=-0.0230835;REVB=0.0115173;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292847;STB=0.646929;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0096041;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:10:11:3:15:10:11:4:15 chr17 8023143 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0184963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.293;QD=16.9794;RBI=0.0310172;REFB=0.00262799;REVB=0.0248989;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338295;STB=0.519069;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.012905;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:17:9:11:18:17:9:11:18 chr17 8024237 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4504;QD=57.3845;RBI=0.049011;REFB=0;REVB=-0.0468613;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513212;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr17 8026364 . C T 1651.01 PASS AF=0.523333;AO=156;DP=299;FAO=157;FDP=300;FR=.;FRO=143;FSAF=89;FSAR=68;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0118571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.908;QD=22.0134;RBI=0.0131485;REFB=-0.038547;REVB=-0.00568273;RO=141;SAF=89;SAR=67;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834716;STB=0.547125;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0438207;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:141:143:156:157:0.523333:67:89:67:74:68:89:67:76 chr17 8045707 . GCC GC,GCT 319.13 PASS AF=1,0;AO=21,2;DP=35;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211049,-0.0327956;FXX=0.0285633;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.746,204.234;QD=37.545;RBI=0.212599,0.0807558;REFB=0,0;REVB=-0.0256268,-0.0737966;RO=9;SAF=15,0;SAR=6,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100478,-0.602534;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0101203,0;OID=.,.;OPOS=8045708,8045709;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:21,2:35:34,0:34:0:22,0:12,0:0:0:3:9:15,0:6,2:5:4 chr17 8062583 . A G 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00274079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.692;QD=14.1875;RBI=0.00659043;REFB=0.00235271;REVB=-0.00599348;RO=45;SAF=21;SAR=10;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638805;STB=0.5364;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00395588;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:10:21:28:17:10:21:28:17 chr17 8064083 . T G 239.24 PASS AF=0.320755;AO=25;DP=98;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=60;FSRR=12;FWDB=0.00572139;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.326;QD=9.02774;RBI=0.00704911;REFB=-0.00704729;REVB=-0.00411772;RO=62;SAF=25;SAR=0;SRF=55;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.740485;STB=0.7087;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0209635;OID=.;OPOS=8064083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:62:72:25:34:0.320755:0:25:55:7:2:32:60:12 chr17 8076778 . C T 91.33 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.013179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.107;QD=8.496;RBI=0.0379102;REFB=0.00231457;REVB=0.0355457;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041764;STB=0.525649;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00808575;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:17:14:5:7:17:14 chr17 8076802 . T A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00128248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7458;QD=9.65111;RBI=0.0210083;REFB=-0.0051728;REVB=-0.0209692;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12362;STB=0.574364;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0114106;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:20:13:7:7:20:13 chr17 8079029 . G C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.035612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5504;QD=21.7438;RBI=0.0385301;REFB=-0.00900572;REVB=0.014709;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110469;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0098418;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:6:5:9:6:6:5 chr17 8108331 . A G 155.62 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00729609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.112;QD=15.1828;RBI=0.0196846;REFB=-0.0245134;REVB=-0.0182825;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48472;STB=0.753818;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0305245;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:24:17:17:0.414634:5:12:4:18:5:12:6:18 chr17 8108339 . G A 154.63 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00892922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0164;QD=15.0859;RBI=0.0295565;REFB=-0.0153715;REVB=-0.0281755;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453643;STB=0.753818;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0609751;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:24:16:17:0.414634:5:11:5:18:5:12:6:18 chr17 8130341 . G A 291.54 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0102675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.485;QD=33.319;RBI=0.0111882;REFB=-0.00479179;REVB=0.00444451;RO=10;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129634;STB=0.5707;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00234469;OID=.;OPOS=8130341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:14:11:2:8:14:11:2:8 chr17 8135061 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.338;QD=55.0983;RBI=0.0247163;REFB=0;REVB=0.0138058;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300238;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 8141707 . T C 623.54 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214644;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.028;QD=59.3845;RBI=0.0225778;REFB=-0.126804;REVB=-0.00700259;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00189261;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr17 8157310 . C T 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0019249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.85;QD=18.294;RBI=0.00236826;REFB=-0.0124275;REVB=0.00137965;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196635;STB=0.614026;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0133603;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:25:19:32:18:25:19:33:18 chr17 8192922 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0498355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.516;QD=16.4544;RBI=0.0504193;REFB=-0.0404401;REVB=0.00765051;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.642482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0154621;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:0:4:5:1:0:4 chr17 8216468 . T C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0243111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.801;QD=23.2362;RBI=0.0254371;REFB=-0.0182563;REVB=-0.00748451;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279326;STB=0.655972;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0109882;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:3:10:7:11:3:10 chr17 8249116 . C T 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00862117;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.885;QD=20.8996;RBI=0.0155644;REFB=-0.000638691;REVB=0.0129587;RO=24;SAF=5;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228887;STB=0.628803;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000719149;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:23:5:9:15:23:5:9:15 chr17 8296383 . C T 129.97 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0411716;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8175;QD=19.2544;RBI=0.0457383;REFB=-0.0314219;REVB=-0.019922;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0442054;OID=.;OPOS=8296383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:8:5:5:9:8:5 chr17 8296440 . G A 133.88 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00885321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.291;QD=25.4999;RBI=0.032852;REFB=-0.0279265;REVB=0.0316366;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012687;OID=.;OPOS=8296440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:4:3:6:8:4:3 chr17 8339283 . C T 346.72 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00804707;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.784;QD=21.6699;RBI=0.0163598;REFB=-0.0494668;REVB=-0.0142438;RO=28;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119956;STB=0.572053;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0393081;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:20:15:8:20:20:15:8:21 chr17 8339307 . G A 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.053007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.729;QD=54.8094;RBI=0.0778323;REFB=0.0177364;REVB=0.0569924;RO=2;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931961;STB=0.504938;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000216405;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:40:22:1:1:40:22:1:1 chr17 8378932 . A G 522.81 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0080872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8094;QD=21.1235;RBI=0.0236356;REFB=0.00428427;REVB=0.022209;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632334;STB=0.534964;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00145694;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:27:23:26:23:27:23:26:23 chr17 8383894 . A G 348.39 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.751;QD=53.5981;RBI=0.0936968;REFB=0;REVB=0.0847877;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252206;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr17 8402669 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0791338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.744;QD=15.2618;RBI=0.0792192;REFB=0.00280131;REVB=-0.00367654;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534704;STB=0.503101;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.000616392;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:5:11:9:4:5:11 chr17 8416901 . C T 195.55 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0982501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6673;QD=13.0367;RBI=0.103663;REFB=-0.0434067;REVB=0.0330603;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2778;STB=0.64038;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0317973;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:15:8:22:14:15:9:22:14 chr17 8424270 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.968;QD=63.8713;RBI=0.034518;REFB=0;REVB=0.033066;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165781;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 8450357 . C A 303.46 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00290913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.717;QD=22.0699;RBI=0.0053582;REFB=-0.0173632;REVB=-0.0044997;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.561364;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0107952;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:9:15:15:16:9:15 chr17 8647931 . G C 240.37 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0172753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8069;QD=28.2792;RBI=0.0239247;REFB=-0.0288787;REVB=0.0165517;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291635;STB=0.516114;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.022399;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:6:6:10:12:6:6 chr17 8701799 . G T 268.85 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00259888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.791;QD=19.5526;RBI=0.0105539;REFB=-0.0301781;REVB=-0.010229;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264191;STB=0.64594;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0229081;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:27:29:0.527273:10:17:8:17:11:18:8:18 chr17 8706736 . G T 78.08 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.023303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.607;QD=10.7695;RBI=0.0276354;REFB=-0.00531396;REVB=-0.0148556;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136016;OID=.;OPOS=8706736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:17:18:9:9:0.310345:5:4:8:9:5:4:8:10 chr17 8725214 . A AG 314.28 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126102;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6055;QD=44.8968;RBI=0.132245;REFB=0;REVB=0.0398369;RO=6;SAF=6;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00885659;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:32:28:28:0:8:20:0:0:6:6:6:19:5:1 chr17 9066248 . C T 344.98 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0136571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.891;QD=16.6253;RBI=0.0393947;REFB=-0.00489535;REVB=0.0369517;RO=46;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152245;STB=0.585715;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.009399;OID=.;OPOS=9066248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:24:13:23:23:24:13:23:23 chr17 9066254 . T C 305.29 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0142487;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.07;QD=14.8923;RBI=0.0210311;REFB=-0.0095785;REVB=-0.0154687;RO=48;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135885;STB=0.577165;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.012892;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:22:12:23:25:22:12:23:25 chr17 9395231 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0156352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.151;QD=16.6272;RBI=0.0159884;REFB=-0.00802675;REVB=-0.00334191;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00766916;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:4:10:8:5:4:10 chr17 9471711 . T G 481.54 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.322;QD=53.5039;RBI=0.0149911;REFB=-0.0304302;REVB=-0.00820885;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666239;STB=0.535693;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000158116;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:21:13:2:0:21:13:2:0 chr17 9479098 . C A 929.33 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0150021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.329;QD=55.4825;RBI=0.0553993;REFB=-0.112062;REVB=0.0533294;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269769;STB=0.514281;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000715402;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:34:31:0:2:34:31:0:2 chr17 9515777 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9321;QD=57.0005;RBI=0.00273246;REFB=0;REVB=-0.00169097;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25286e-06;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr17 9549441 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0251432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.436;QD=20.8717;RBI=0.0261815;REFB=-0.00520243;REVB=-0.00729999;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150015;STB=0.584217;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00498752;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:7:13:10:11:7:13 chr17 9586165 . C T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.821;QD=52.7697;RBI=0.061706;REFB=0.0127431;REVB=0.0562802;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000155985;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:1:0:9:19:1:0 chr17 9604928 . G T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.01367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.335;QD=14.3334;RBI=0.0213272;REFB=-0.0193918;REVB=-0.0163701;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0148936;OID=.;OPOS=9604928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:4:5:6:3:5:5 chr17 9676134 . G A 152.51 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00639311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.505;QD=8.71492;RBI=0.00913338;REFB=-0.0095823;REVB=0.00652279;RO=47;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224351;STB=0.632307;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0373979;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:21:21:0.3:13:8:27:20:13:8:28:21 chr17 9676148 . C T 163.46 PASS AF=0.309859;AO=21;DP=70;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0146683;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.512;QD=9.20903;RBI=0.0215659;REFB=-0.0129954;REVB=-0.0158091;RO=48;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235097;STB=0.611082;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0224273;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:48:49:21:22:0.309859:13:8:28:20:13:9:28:21 chr17 9712255 . G A 757.15 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531408;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.246;QD=57.1435;RBI=0.033873;REFB=0;REVB=0.0334536;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51306e-05;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr17 9725101 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0465767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.484;QD=15.2297;RBI=0.0472359;REFB=-0.0190014;REVB=0.00786394;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652559;STB=0.537696;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0305992;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:12:16:12:7:12:16 chr17 9725338 . G A 330.42 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0191799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.832;QD=13.4865;RBI=0.0425203;REFB=-0.0171606;REVB=0.0379487;RO=61;SAF=14;SAR=23;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545089;STB=0.531161;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0218405;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:23:14:26:35:23:14:26:35 chr17 9725347 . A G 284.17 PASS AF=0.373626;AO=32;DP=89;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0236207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.615;QD=12.4912;RBI=0.0236224;REFB=-0.00935779;REVB=-0.000280357;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121758;STB=0.558847;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0254291;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:56:57:32:34:0.373626:20:12:27:29:21:13:27:30 chr17 9764531 . A G 402.49 PASS AF=0.363636;AO=47;DP=131;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.00717726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.014;QD=12.1965;RBI=0.00721783;REFB=0.00737913;REVB=-0.000764169;RO=84;SAF=24;SAR=23;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147779;STB=0.501897;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0111429;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:84:84:47:48:0.363636:23:24:44:40:23:25:44:40 chr17 9769199 . T C 258.48 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0431981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4903;QD=20.6783;RBI=0.0660551;REFB=0.00218674;REVB=0.049972;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160681;STB=0.520178;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00054283;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:25:23:25:0.5:12:11:12:13:14:11:12:13 chr17 10216510 . G A 696.91 PASS AF=0.431818;AO=75;DP=177;FAO=76;FDP=176;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.00630245;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.914;QD=15.8389;RBI=0.019623;REFB=-0.026107;REVB=0.0185833;RO=100;SAF=45;SAR=30;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174119;STB=0.592081;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0345326;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:100:100:75:76:0.431818:30:45:43:57:31:45:43:57 chr17 10219113 . C T 383.7 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0411229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3052;QD=17.6412;RBI=0.0411378;REFB=-0.0128558;REVB=-0.00110622;RO=47;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123958;STB=0.569338;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0189201;OID=.;OPOS=10219113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:17:23:21:26:17:23:21:26 chr17 10223714 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.722;QD=57.1747;RBI=0.0669006;REFB=0;REVB=0.0646207;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307997;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr17 10231417 . C T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0165532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.96;QD=15.2371;RBI=0.0174526;REFB=-0.00327094;REVB=0.0055305;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442867;STB=0.525107;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00480013;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:19:9:13:23:19:9:13:23 chr17 10236465 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.016034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.867;QD=19.7626;RBI=0.0170032;REFB=-0.00586482;REVB=-0.00565858;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138051;STB=0.578242;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00661429;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:16:7:11:14:16:7:11:14 chr17 10243717 . G A 409.67 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0424912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9074;QD=20.7428;RBI=0.0492455;REFB=-0.00169311;REVB=-0.0248922;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318703;STB=0.517638;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00150534;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:19:22:19:19:19:22:19:19 chr17 10302192 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.010172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.845;QD=15.5772;RBI=0.0112423;REFB=-0.0102843;REVB=0.00478746;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157594;STB=0.589547;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0218352;OID=.;OPOS=10302192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:16:14:15:9:16:14 chr17 10309612 . T C 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0057373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.641;QD=16.9232;RBI=0.0228807;REFB=-0.00633761;REVB=-0.0221497;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170741;STB=0.596001;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0102013;OID=.;OPOS=10309612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:21:19:22:12:21:19 chr17 10310061 . C T 240.07 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00427475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.009;QD=20.4319;RBI=0.0475314;REFB=-0.0302795;REVB=0.0473388;RO=24;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118677;STB=0.566273;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0224927;OID=.;OPOS=10310061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:6:17:20:4:6:17:20:4 chr17 10312472 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0167552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7927;QD=20.8931;RBI=0.0316848;REFB=0.00870818;REVB=0.0268921;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00185362;OID=.;OPOS=10312472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr17 10318635 . CA C,CG 1521.96 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=14,90;DP=105;FAO=14,91;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=14,32;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140417,0.0210492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.779,173.515;QD=57.9793;RBI=0.0267929,0.0287976;REFB=0,0;REVB=0.0228186,0.0196528;RO=0;SAF=14,31;SAR=0,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0327084,0.0030216;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:14,90:105:14,91:105:0:14,32:0,59:0:0:46:0:14,31:0,59:0:0 chr17 10346781 . T C 1538.37 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0663403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.889;QD=61.5346;RBI=0.0680465;REFB=-0.0351548;REVB=0.0151426;RO=2;SAF=22;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123186;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0011217;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:76:22:0:2:76:22:0:2 chr17 10348354 . T C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00884517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.635;QD=18.998;RBI=0.0513341;REFB=-0.000698858;REVB=-0.0505663;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289608;STB=0.507931;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00034027;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:15:16:14:15:15:16:15:15 chr17 10355371 . C T 501.44 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.582;QD=58.9928;RBI=0.121648;REFB=0;REVB=0.121543;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023703;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr17 10355763 . T C 1749.41 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.308;QD=60.849;RBI=0.0234758;REFB=0;REVB=0.0197004;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74827e-05;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:52:63:0:0:52:63:0:0 chr17 10357915 . G A 219.73 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00462933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.554;QD=17.5781;RBI=0.00637699;REFB=-0.00939366;REVB=0.00438581;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391584;STB=0.530391;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.027798;OID=.;OPOS=10357915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:17:10:9:13:18:10 chr17 10363410 . A G 3314.28 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254225;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.934;QD=62.24;RBI=0.0332357;REFB=0;REVB=0.0214081;RO=0;SAF=86;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85689e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:213:0:0:210:213:1:124:86:0:0:124:89:0:0 chr17 10415840 . A G 711.2 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.07;QD=54.7076;RBI=0.0178997;REFB=-0.0648556;REVB=0.00238298;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000477045;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr17 10417429 . G A 492.87 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00557919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.487;QD=14.4961;RBI=0.00581411;REFB=-0.0102568;REVB=-0.00163601;RO=80;SAF=36;SAR=19;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102962;STB=0.555091;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0123151;OID=.;OPOS=10417429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:80:81:55:55:0.404412:19:36:45:35:19:36:46:35 chr17 10427924 . G A 277.65 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0180381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.327;QD=16.0955;RBI=0.0230815;REFB=-0.0150704;REVB=0.0144008;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123995;STB=0.569788;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0158177;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:16:22:14:17:16:22 chr17 10432319 . G A 109.76 PASS AF=0.197802;AO=17;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0431254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.817;QD=4.82465;RBI=0.0460564;REFB=-0.00516758;REVB=0.0161678;RO=73;SAF=1;SAR=16;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.664137;STB=0.935263;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0148687;OID=.;OPOS=10432319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:17:18:0.197802:16:1:41:32:17:1:41:32 chr17 10438464 . G A 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00390412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.925;QD=13.95;RBI=0.00655531;REFB=-0.00640771;REVB=0.00526593;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048115;STB=0.521887;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0094315;OID=.;OPOS=10438464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:14:19:26:23:14:19:27:23 chr17 10448769 . A T 554.18 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.00916149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.799;QD=16.7934;RBI=0.0406734;REFB=0.00110091;REVB=-0.0396281;RO=72;SAF=29;SAR=30;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115409;STB=0.567434;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00198483;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:73:59:59:0.44697:30:29:27:45:30:29:27:46 chr17 10450816 . T C 2143.27 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.495;QD=62.1238;RBI=0.0261049;REFB=-0.112417;REVB=-0.0204498;RO=1;SAF=61;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772981;STB=0.504065;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000211509;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:76:61:1:0:76:61:1:0 chr17 10536018 . G A 498.2 PASS AF=0.494949;AO=45;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.015363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.688;QD=20.1292;RBI=0.0437495;REFB=-0.0294897;REVB=0.0409634;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192436;STB=0.586059;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0408746;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:49:50:45:49:0.494949:24:21:33:16:24:25:34:16 chr17 10541515 . C T 693.55 PASS AF=0.627451;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0300831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4796;QD=27.1981;RBI=0.0317747;REFB=-0.0406096;REVB=0.0102293;RO=38;SAF=28;SAR=36;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433276;STB=0.523507;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0195179;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:64:64:0.627451:36:28:19:19:36:28:19:19 chr17 10541741 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00287149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0162;QD=11.0192;RBI=0.0407374;REFB=-0.0338691;REVB=-0.0406361;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361323;STB=0.713701;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0439625;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:1:7:3:3:1:7 chr17 10542471 . T G 170.5 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00912717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.227;QD=8.97391;RBI=0.0238351;REFB=-0.000212542;REVB=-0.0220183;RO=53;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524195;STB=0.531008;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000154408;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:23:23:0.302632:12:11:23:30:12:11:23:30 chr17 10542765 . A G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00093541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.936;QD=11.336;RBI=0.00158559;REFB=0.00266388;REVB=0.00128028;RO=43;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769658;STB=0.544709;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00707333;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:15:9:19:24:15:9:19:24 chr17 10542886 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.015181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.642;QD=16.4202;RBI=0.0152899;REFB=-0.00723979;REVB=0.00182111;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125492;STB=0.570437;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00878445;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:12:22:15:14:12:22 chr17 10543463 . T C 671.96 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0274427;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.677;QD=18.161;RBI=0.0298124;REFB=-0.0183886;REVB=0.011648;RO=82;SAF=21;SAR=47;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127969;STB=0.562481;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0323744;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:82:80:68:68:0.459459:47:21:35:47:47:21:33:47 chr17 10544416 . G T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0359884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3985;QD=15.1662;RBI=0.0360164;REFB=-0.020717;REVB=0.00141891;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189276;STB=0.608012;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0317019;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:16:14:15:8:16:14 chr17 10614442 . A G 238.12 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0685768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.889;QD=20.2659;RBI=0.076676;REFB=0.0173456;REVB=-0.034299;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175897;STB=0.598375;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0172875;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:6:18:13:10:6:18 chr17 10617803 . G T 117.04 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0170113;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.078;QD=18.0056;RBI=0.0174306;REFB=-0.00565103;REVB=0.00380007;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00587149;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr17 11511457 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.153;QD=59.0187;RBI=0.0227775;REFB=0;REVB=0.0111634;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37746e-05;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 11523082 . A G 845.57 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000646495;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.531;QD=57.3265;RBI=0.0027822;REFB=0;REVB=0.00270605;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94464e-06;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr17 11583089 . T C 1361.97 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158882;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.4;QD=62.6192;RBI=0.0255646;REFB=0;REVB=0.0200278;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59412e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr17 11648332 . C T 1137.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4921;QD=59.8875;RBI=0.0476296;REFB=0;REVB=-0.00241878;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532176;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:45:31:0:0 chr17 11651057 . A G 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0125516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.498;QD=14.6963;RBI=0.013948;REFB=-0.0186974;REVB=-0.00608316;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286432;STB=0.679808;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0168736;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:17:4:12:17:17:4:13:17 chr17 11786951 . T C 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00194187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.026;QD=13.9111;RBI=0.00872033;REFB=-0.0123736;REVB=-0.00850137;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737477;STB=0.533301;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0209146;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:9:12:15:15:9:12:16:15 chr17 11787936 . A G 211.68 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.015989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.703;QD=19.6911;RBI=0.0185412;REFB=-0.0106324;REVB=0.00938762;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300579;STB=0.672132;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0119581;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:17:4:10:12:17:4:10:12 chr17 12656111 . T C 211.24 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00440559;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.376;QD=13.6287;RBI=0.00678841;REFB=-0.00479892;REVB=-0.00516462;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808274;STB=0.545665;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0104207;OID=.;OPOS=12656111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:32:37:25:25:0.403226:16:9:14:18:16:9:16:21 chr17 12820646 . G C 1117.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7545;QD=60.4118;RBI=0.0497646;REFB=0;REVB=0.0216344;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664353;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:25:48:0:0:25:49:0:0 chr17 14005439 . G A 533.49 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.000415474;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4336;QD=22.9459;RBI=0.0385929;REFB=-0.00932187;REVB=0.0385906;RO=43;SAF=31;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190081;STB=0.604639;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0057424;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:19:31:17:26:19:31:17:26 chr17 14095309 . A G,T 1503.89 PASS AF=0.951456,0.0485437;AO=99,4;DP=103;FAO=98,5;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37,5;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268115,-6.96674e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.494,156.945;QD=58.4035;RBI=0.0274002,0.00394964;REFB=0,0;REVB=-0.00564938,0.00394903;RO=0;SAF=38,4;SAR=61,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.5137e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.23542e-05,0.049127;OID=.,.;OPOS=14095309,14095309;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:103:103:0:0:99,4:98,5:0.951456,0.0485437:61,0:38,4:0:0:61,0:37,5:0:0 chr17 14111176 . C A 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0139305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.503;QD=57.2;RBI=0.0139371;REFB=0.0465745;REVB=0.000431165;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000212789;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:28:14:0:0:28:14:1:1 chr17 14139891 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.674;QD=37.4885;RBI=0.0292491;REFB=0;REVB=0.0268846;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744093;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 14140080 . C T 233.5 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00826954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.276;QD=16.9816;RBI=0.0217496;REFB=-0.012484;REVB=-0.0201162;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201006;STB=0.618826;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00973651;OID=.;OPOS=14140080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:14:12:7:21:14:12:7:22 chr17 14140103 . A G 820.64 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193384;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5548;QD=57.5885;RBI=0.0326721;REFB=0;REVB=0.0263342;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285221;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr17 14248423 . T C 129.55 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8972;QD=43.1825;RBI=0.0381633;REFB=0;REVB=0.0278988;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17614e-05;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:10:2:0:0 chr17 14249167 . C T 695.84 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0087125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.954;QD=54.5757;RBI=0.0313508;REFB=0.0318001;REVB=0.0301159;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00169254;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:50:50:0.980392:16:34:0:0:15:35:0:1 chr17 15207364 . T G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00854165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.114;QD=13.2308;RBI=0.00924467;REFB=-0.00539412;REVB=-0.00353613;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417327;STB=0.740131;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00663173;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:7:22:6:11:7:22 chr17 15217437 . C G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0189645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9148;QD=17.3251;RBI=0.0190403;REFB=0.0205265;REVB=-0.00169633;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1182;STB=0.567499;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.024838;OID=.;OPOS=15217437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:13:12:12:8:13:12 chr17 15234895 . C T 75.21 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0248074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.155;QD=11.1419;RBI=0.0287054;REFB=-0.00217819;REVB=-0.0144428;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349124;STB=0.703363;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00370785;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:3:14:5:5:3:14 chr17 15234899 . C T 142.67 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0399837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7288;QD=22.8265;RBI=0.060829;REFB=0.00382703;REVB=0.0458419;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376142;STB=0.716191;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0020744;OID=.;OPOS=15234899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:13:2:5:5:13:2:5:5 chr17 15311975 . G A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194471;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3057;QD=53.9633;RBI=0.0314182;REFB=0;REVB=-0.0246762;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136273;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 15341183 . A C 1712.96 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3825;QD=60.6359;RBI=0.0505284;REFB=0;REVB=0.0319875;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226422;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:61:52:0:0:61:52:0:0 chr17 15343524 . C CCTT 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.118;QD=44.0922;RBI=0.00595459;REFB=0.107957;REVB=0.00595459;RO=2;SAF=0;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.847189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00267468;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:17:19:17:18:1:0:17:0:1:6:2:0:17:1:1 chr17 15443734 . A G 102.99 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00693504;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.028;QD=20.5972;RBI=0.0141533;REFB=0.0135122;REVB=-0.0123378;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.538399;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00668053;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:20:8:8:11:12:0.6:8:3:2:6:8:4:2:6 chr17 15443742 . C G 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0453638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.69;QD=16.413;RBI=0.0497698;REFB=-0.0101596;REVB=0.0204733;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.656332;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00696207;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:9:7:10:4:9:7 chr17 15457054 . A G 401.49 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0306603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6651;QD=13.4955;RBI=0.040919;REFB=-0.0147856;REVB=-0.0270982;RO=70;SAF=26;SAR=21;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504709;STB=0.527089;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0254214;OID=.;OPOS=15457054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:72:47:47:0.394958:21:26:42:28:21:26:43:29 chr17 15477417 . A G 165.7 PASS AF=0.548387;AO=13;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00118243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.918;QD=21.3804;RBI=0.081637;REFB=-0.0280112;REVB=0.0816285;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169167;STB=0.519062;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0207583;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:13:17:0.548387:5:8:6:8:9:8:6:8 chr17 15492426 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5839;QD=35.5759;RBI=0.0503356;REFB=0;REVB=-0.0418478;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00524833;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr17 15496730 . A G 462.57 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00946217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2669;QD=19.075;RBI=0.0107573;REFB=-0.0177661;REVB=0.00511733;RO=51;SAF=31;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200788;STB=0.61208;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0192416;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:15:31:24:27:15:31:24:27 chr17 15498181 . A G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0266403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.073;QD=9.21743;RBI=0.0284414;REFB=-0.0117556;REVB=0.00996041;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381859;STB=0.522863;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0319745;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:22:15:7:9:22:15 chr17 15510888 . G A 604.87 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0036763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.123;QD=17.4062;RBI=0.0132434;REFB=-0.0112407;REVB=-0.012723;RO=76;SAF=29;SAR=34;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261556;STB=0.514556;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0134519;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:34:29:37:39:34:29:37:39 chr17 15510988 . T C 383.04 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0398411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.723;QD=17.4111;RBI=0.0404629;REFB=-0.00968606;REVB=0.00706647;RO=48;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159773;STB=0.589759;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0107181;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:27:13:23:25:27:13:23:25 chr17 15611495 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.161;QD=62.0082;RBI=0.0330505;REFB=0;REVB=0.0315598;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89185e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr17 15620481 . C T 695.77 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.149;QD=60.5018;RBI=0.0291511;REFB=0.120082;REVB=0.0145939;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00199608;OID=.;OPOS=15620481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:1:0:19:26:1:0 chr17 15644506 . C T 341.44 PASS AF=0.430233;AO=34;DP=83;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00604758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.324;QD=15.8807;RBI=0.0158657;REFB=-0.00722878;REVB=0.0146679;RO=48;SAF=21;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805963;STB=0.538143;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00892171;OID=.;OPOS=15644506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:48:49:34:37:0.430233:13:21:30:18:16:21:31:18 chr17 15645289 . G A 300.53 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0480169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7757;QD=21.4667;RBI=0.0553156;REFB=-0.0375728;REVB=0.0274626;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082001;STB=0.545425;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0303506;OID=.;OPOS=15645289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:18:13:13:12:18:13:13:12 chr17 15690281 . C T 229.01 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0324322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1001;QD=14.5404;RBI=0.0372984;REFB=-0.0431595;REVB=0.0184208;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257484;STB=0.651818;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0770137;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:13:13:27:9:14:13:27:9 chr17 15690793 . T C 489.98 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=-0.025266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.351;QD=14.1001;RBI=0.025274;REFB=0.00123124;REVB=-0.000637266;RO=83;SAF=21;SAR=34;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650563;STB=0.531485;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00169565;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:84:55:55:0.395683:34:21:27:56:34:21:28:56 chr17 16068287 . A T 44.39 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00741717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.377;QD=1.62911;RBI=0.0190041;REFB=-0.00144154;REVB=-0.0174969;RO=92;SAF=7;SAR=4;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100553;STB=0.588173;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0337659;OID=.;OPOS=16068287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:92:98:11:11:0.100917:4:7:51:41:4:7:53:45 chr17 16068340 . C T 538.12 PASS AF=0.338308;AO=63;DP=196;FAO=68;FDP=201;FR=.;FRO=133;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=0.00926976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.991;QD=10.7088;RBI=0.010312;REFB=-0.0162327;REVB=0.00451771;RO=129;SAF=26;SAR=37;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160423;STB=0.585798;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0215135;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:201:129:133:63:68:0.338308:37:26:71:58:40:28:72:61 chr17 16068343 . G A 538.43 PASS AF=0.331731;AO=69;DP=207;FAO=69;FDP=208;FR=.;FRO=139;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=78;FSRR=61;FWDB=-0.00334814;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.794;QD=10.3544;RBI=0.0537566;REFB=-0.0176334;REVB=-0.0536522;RO=136;SAF=29;SAR=40;SRF=75;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151454;STB=0.593675;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0307626;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:136:139:69:69:0.331731:40:29:75:61:40:29:78:61 chr17 16068362 . C T 732.75 PASS AF=0.372294;AO=86;DP=232;FAO=86;FDP=231;FR=.;FRO=145;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=-0.00719104;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.435;QD=12.6883;RBI=0.015958;REFB=-0.00624472;REVB=-0.014246;RO=145;SAF=33;SAR=53;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150204;STB=0.585077;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00869547;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:145:145:86:86:0.372294:53:33:75:70:53:33:75:70 chr17 16068377 . C G 774.62 PASS AF=0.367347;AO=89;DP=246;FAO=90;FDP=245;FR=.;FRO=155;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.00419152;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.767;QD=12.6468;RBI=0.00903726;REFB=0.000110976;REVB=0.00800645;RO=151;SAF=37;SAR=52;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134526;STB=0.582929;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000167271;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:151:155:89:90:0.367347:52:37:81:70:53:37:84:71 chr17 16068383 . G A 855.74 PASS AF=0.393443;AO=94;DP=243;FAO=96;FDP=244;FR=.;FRO=148;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=78;FSRR=70;FWDB=-0.00842719;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.745;QD=14.0285;RBI=0.0174777;REFB=-0.00309636;REVB=0.0153119;RO=148;SAF=40;SAR=54;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110646;STB=0.567294;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00479218;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:148:148:94:96:0.393443:54:40:78:70:56:40:78:70 chr17 16068396 . G A 971.37 PASS AF=0.426295;AO=108;DP=252;FAO=107;FDP=251;FR=.;FRO=144;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=69;FWDB=0.00321299;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.2;QD=15.4799;RBI=0.00508674;REFB=0.00250633;REVB=-0.00394355;RO=140;SAF=48;SAR=60;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855577;STB=0.541519;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00585869;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:140:144:108:107:0.426295:60:48:74:66:59:48:75:69 chr17 16068463 . C T 95.47 PASS AF=0.115385;AO=24;DP=208;FAO=24;FDP=208;FR=.;FRO=184;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=88;FSRR=96;FWDB=-0.0144904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.952;QD=1.83594;RBI=0.0187434;REFB=-0.00339118;REVB=-0.0118889;RO=184;SAF=9;SAR=15;SRF=88;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129632;STB=0.592831;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0244544;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:208:208:184:184:24:24:0.115385:15:9:88:96:15:9:88:96 chr17 16735618 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.419;QD=58.5998;RBI=0.0378343;REFB=0;REVB=0.0238638;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77597e-05;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr17 16746358 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.167;QD=59.432;RBI=0.022039;REFB=0;REVB=-0.00232178;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24019e-05;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 16842912 . A G 324.65 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0111251;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.216;QD=19.3819;RBI=0.021443;REFB=-0.0231331;REVB=-0.0183313;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197381;STB=0.609692;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.020276;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:14:20:12:21:14:20:12:21 chr17 16855878 . C T 223.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432501;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.9164;QD=49.6608;RBI=0.0609586;REFB=0;REVB=-0.0429579;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66764e-06;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr17 16875349 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0404266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.172;QD=14.169;RBI=0.041347;REFB=-0.0419701;REVB=0.00867529;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393982;STB=0.734184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.026536;OID=.;OPOS=16875349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:7:5:8:2:7:5 chr17 16892265 . G A 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0363821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8643;QD=15.8124;RBI=0.0480062;REFB=-0.00755837;REVB=-0.03132;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302246;STB=0.670035;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00877917;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:22:12:29:15:22:12:29:15 chr17 16892273 . A G 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0159428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3451;QD=15.6155;RBI=0.033674;REFB=0.00326793;REVB=0.0296608;RO=43;SAF=11;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336697;STB=0.689542;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00329078;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:22:11:29:14:22:11:29:14 chr17 17046024 . C A 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0737;QD=58.1325;RBI=0.0761016;REFB=0;REVB=-0.0474918;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245295;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr17 17062241 . C G 5074.08 PASS AF=0.947514;AO=344;DP=364;FAO=343;FDP=362;FR=.;FRO=19;FSAF=125;FSAR=218;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00622902;FXX=0.00549435;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.034;QD=56.0672;RBI=0.00633553;REFB=-0.0471856;REVB=-0.0011568;RO=18;SAF=126;SAR=218;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359199;STB=0.517938;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000572454;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:364:362:18:19:344:343:0.947514:218:126:13:5:218:125:13:6 chr17 17067467 . T C 573.82 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0189477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.713;QD=17.9318;RBI=0.0415138;REFB=0.00672157;REVB=-0.0369375;RO=68;SAF=31;SAR=29;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861653;STB=0.547801;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0106739;OID=.;OPOS=17067467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:29:31:29:39:29:31:29:39 chr17 17069105 . G A 626.97 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.215;QD=58.3232;RBI=0.0265358;REFB=-0.0433448;REVB=0.0133159;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00040425;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:22:19:0:1:23:19:0:1 chr17 17070856 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9801;QD=51.9152;RBI=0.0982121;REFB=0;REVB=0.0807799;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439764;OID=.;OPOS=17070856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr17 17168164 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.274;QD=63.2868;RBI=0.0305499;REFB=0;REVB=0.00679969;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81058e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr17 17179481 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.694;QD=57.1058;RBI=0.0625085;REFB=0;REVB=-0.00226386;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229456;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr17 17326604 . CA TG 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00129249;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.219;QD=14.6506;RBI=0.00154201;REFB=-0.0218683;REVB=-0.000840985;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952689;STB=0.554408;STBP=0.561;TYPE=mnp;VARB=0.0262891;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:16:15:9:14:16:15 chr17 17363784 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.952;QD=61.684;RBI=0.0228753;REFB=0;REVB=0.0202651;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124483;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr17 17397818 . G C 1155.64 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.851;QD=60.0333;RBI=0.0397186;REFB=0;REVB=0.0276525;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548993;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:45:30:0:0:45:32:0:0 chr17 17397982 . T C 1412.74 PASS AF=0.926606;AO=101;DP=110;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0634463;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.09;QD=51.8436;RBI=0.0634509;REFB=-0.0867688;REVB=0.000764946;RO=8;SAF=45;SAR=56;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452981;STB=0.523928;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00211276;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:110:109:8:8:101:101:0.926606:56:45:1:7:56:45:1:7 chr17 17409560 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3631;QD=57.1769;RBI=0.0303091;REFB=0;REVB=0.025647;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117631;OID=.;OPOS=17409560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr17 17682484 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.776;QD=62.6711;RBI=0.0302717;REFB=0;REVB=-0.00388163;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64353e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr17 17696531 . G C 741.04 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1966;QD=54.8915;RBI=0.101454;REFB=0;REVB=0.101259;RO=2;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221329;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:2:0:52:54:1:21:31:0:2:23:31:0:0 chr17 17696755 . C A 1445.34 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312827;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.554;QD=62.165;RBI=0.0556257;REFB=-0.0162004;REVB=-0.0459957;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126395;STB=0.506665;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=2.53806e-05;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:1:0:55:37:1:0 chr17 17715101 . G A 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.348;QD=58.9597;RBI=0.00912477;REFB=0;REVB=0.00418037;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59118e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr17 17896089 . TC T,TT 922.51 PASS AF=0.985294,0.0147059;AO=54,3;DP=63;FAO=67,1;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=65,1;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.183061,0.102375;FXX=0.0144907;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.8699,4.85456;QD=54.2653;RBI=0.185501,0.384994;REFB=0,0;REVB=-0.0299848,-0.371133;RO=0;SAF=54,1;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00678935,-0.0128742;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.985294,0.0147059:54,3:63:67,1:68:0:65,1:2,0:0:0:3:0:54,1:0,2:0:0 chr17 17896205 . C T 1555.2 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.648;QD=62.2082;RBI=0.0402578;REFB=-0.00874354;REVB=0.0360942;RO=2;SAF=32;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028718;STB=0.507461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000237899;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:2:1:98:99:0.99:66:32:2:0:66:33:1:0 chr17 18003671 . T G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.533;QD=62.0191;RBI=0.023531;REFB=0;REVB=0.00781368;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2065e-05;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr17 18023897 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.966;QD=33.4285;RBI=0.0920606;REFB=0;REVB=0.0895291;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245848;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr17 18024266 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.108;QD=42.1826;RBI=0.0278896;REFB=0;REVB=0.0265807;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003002;OID=.;OPOS=18024266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr17 18025140 . C A 274.44 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.020531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.9568;QD=19.9592;RBI=0.0338019;REFB=-0.0222313;REVB=0.0268524;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798218;STB=0.5444;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00827267;OID=.;OPOS=18025140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:15:14:15:11:15:14:15:11 chr17 18041507 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2052;QD=58.7806;RBI=0.0344518;REFB=0;REVB=0.0148014;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329862;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr17 18046898 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8605;QD=46.848;RBI=0.109263;REFB=0;REVB=0.102982;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062052;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr17 18047189 . G A 905.39 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242873;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.46;QD=58.4124;RBI=0.029131;REFB=0;REVB=0.0160855;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61093e-05;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr17 18052867 . T C 640.01 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0704545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9833;QD=59.5355;RBI=0.0761807;REFB=-0.0400503;REVB=0.0289769;RO=0;SAF=37;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43317e-08;STB=0.545431;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.003535;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:1:42:42:0.976744:5:37:0:0:5:37:0:1 chr17 18077175 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.836;QD=62.7617;RBI=0.0149413;REFB=0;REVB=-0.00108321;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25384e-05;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr17 18087299 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.371;QD=56.7066;RBI=0.0454357;REFB=0;REVB=0.0294516;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333067;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr17 18137141 . A G 347.83 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00392189;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.136;QD=11.4041;RBI=0.00607392;REFB=-0.0138144;REVB=-0.00463803;RO=79;SAF=26;SAR=17;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554509;STB=0.53185;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0278593;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:79:79:43:43:0.352459:17:26:44:35:17:26:44:35 chr17 18155401 . G A 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0392808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.996;QD=10.2904;RBI=0.0396409;REFB=-0.0229598;REVB=-0.00533074;RO=48;SAF=9;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302025;STB=0.675535;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0402169;OID=.;OPOS=18155401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:15:9:31:17:15:9:31:17 chr17 18167397 . G T 278.19 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00850543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3543;QD=33.7203;RBI=0.0476618;REFB=-0.0339199;REVB=0.0468968;RO=9;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158125;STB=0.586395;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0124884;OID=.;OPOS=18167397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:13:11:7:2:13:11:7:2 chr17 18167505 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6279;QD=58.2376;RBI=0.06344;REFB=0;REVB=0.0587222;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897702;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr17 18167684 . G A 339.43 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0145873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.748;QD=17.8645;RBI=0.0149981;REFB=-0.0189562;REVB=-0.00348622;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10161;STB=0.550462;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0195847;OID=.;OPOS=18167684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:22:13:11:29:23:13:11:29 chr17 18219835 . T C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0162635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.986;QD=28.9132;RBI=0.0235138;REFB=-0.0426478;REVB=-0.0169823;RO=14;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343283;STB=0.679776;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0155249;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:26:26:0.634146:19:7:11:3:19:7:11:4 chr17 18220770 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8823;QD=54.5177;RBI=0.0373138;REFB=0;REVB=-0.0323341;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000987484;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 18221010 . A G 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0328222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.806;QD=15.8343;RBI=0.0349532;REFB=-0.00622408;REVB=0.0120178;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.666221;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00118039;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:4:3:6:2:4:3 chr17 18221250 . A G 474.81 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0145337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.951;QD=24.3493;RBI=0.0149512;REFB=0.00150555;REVB=-0.00350851;RO=33;SAF=15;SAR=29;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166905;STB=0.594551;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.000944587;OID=.;OPOS=18221250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:33:44:45:0.576923:29:15:18:15:30:15:18:15 chr17 18230380 . T C,G 907.92 PASS AF=0.46875,0.53125;AO=30,34;DP=64;FAO=30,34;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=7,17;FSAR=23,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277041,-0.0390424;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.429,102.026;QD=56.7449;RBI=0.0321896,0.0444681;REFB=0,0;REVB=0.0163906,0.0212863;RO=0;SAF=7,17;SAR=23,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00914824,-0.0140529;OID=.,.;OPOS=18230380,18230380;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:64:0:0:30,34:30,34:0.46875,0.53125:23,17:7,17:0:0:23,17:7,17:0:0 chr17 18256979 . C T 201.95 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0252857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4919;QD=12.0567;RBI=0.0664203;REFB=-0.00864491;REVB=0.0614189;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160797;STB=0.59274;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0100824;OID=.;OPOS=18256979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:10:15:19:23:10:15:19:23 chr17 18284262 . G A 199.49 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0116422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.635;QD=15.6459;RBI=0.0188456;REFB=-0.0137781;REVB=0.0148194;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140021;STB=0.580195;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0191921;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:16:13:7:15:16:13 chr17 18291544 . A G 314.8 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.00187997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.923;QD=10.7624;RBI=0.0234274;REFB=-0.000984365;REVB=0.0233518;RO=75;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680021;STB=0.535945;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00137898;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:77:40:40:0.34188:25:15:24:51:25:15:25:52 chr17 18291559 . T C 288.52 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=0.0191193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.454;QD=9.69826;RBI=0.0195314;REFB=-0.029264;REVB=-0.00399107;RO=80;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152954;STB=0.581578;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0418037;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:80:81:38:38:0.319328:23:15:22:58:23:15:23:58 chr17 18333027 . G A 93.71 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00435546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.148;QD=9.61131;RBI=0.021863;REFB=-0.00125056;REVB=-0.0214247;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342033;STB=0.741567;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000631899;OID=.;OPOS=18333027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:39:23:27:12:12:0.307692:4:8:8:15:4:8:8:19 chr17 18333915 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.946;QD=36.3483;RBI=0.0230088;REFB=-0.00507282;REVB=0.00495847;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000397824;OID=.;OPOS=18333915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr17 18380154 . A G 332.19 PASS AF=0.26087;AO=48;DP=184;FAO=48;FDP=184;FR=.;FRO=136;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=-0.00319435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.695;QD=7.22149;RBI=0.030632;REFB=-0.0100916;REVB=-0.030465;RO=135;SAF=27;SAR=21;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992723;STB=0.502761;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0308958;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:135:136:48:48:0.26087:21:27:77:58:21:27:77:59 chr17 18387192 . G A 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00290753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.154;QD=5.46136;RBI=0.0383668;REFB=-0.0107997;REVB=-0.0382565;RO=49;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377531;STB=0.531206;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0261334;OID=.;OPOS=18387192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:64:49:50:14:14:0.21875:7:7:23:26:7:7:23:27 chr17 18390993 . C T 132.18 PASS AF=0.25;AO=19;DP=78;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0206917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6975;QD=6.60909;RBI=0.021957;REFB=-0.00920943;REVB=0.00734587;RO=57;SAF=2;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482096;STB=0.803199;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0342348;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:57:60:19:20:0.25:17:2:23:34:18:2:23:37 chr17 18391003 . G A 181.98 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0140004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1009;QD=7.74395;RBI=0.0396331;REFB=-0.00536839;REVB=-0.0370779;RO=69;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115957;STB=0.570238;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0126547;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:18:7:25:44:18:7:25:44 chr17 18528623 . A G 1255.96 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0637101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5984;QD=59.104;RBI=0.0865133;REFB=-0.0485008;REVB=-0.0585284;RO=3;SAF=42;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326272;STB=0.511361;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00776582;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:3:2:82:83:0.976471:40:42:3:0:40:43:2:0 chr17 18542519 . T G 191.72 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00820684;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1362;QD=29.4949;RBI=0.0129645;REFB=-0.00921687;REVB=0.0100363;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823445;STB=0.561337;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000975309;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:26:7:8:18:18:0.692308:8:10:5:2:8:10:6:2 chr17 18610134 . T G 1445.67 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.096587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6481;QD=60.8701;RBI=0.0969595;REFB=-0.186959;REVB=-0.00849124;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.513511;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00399423;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:0:2:93:93:0.978947:57:36:0:0:57:36:2:0 chr17 18647625 . T A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.973;QD=37.4855;RBI=0.0281345;REFB=0;REVB=0.000165884;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377773;OID=.;OPOS=18647625;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 18653070 . G A 270.74 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00788925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4925;QD=16.9215;RBI=0.021879;REFB=-0.000454757;REVB=0.0204071;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224547;STB=0.625435;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000946843;OID=.;OPOS=18653070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:24:10:16:14:24:10 chr17 18653145 . C G 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0425061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.377;QD=3.45963;RBI=0.0425738;REFB=0.00193169;REVB=0.00239967;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882849;STB=0.563192;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0150412;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:2:5:26:14:2:5:26:14 chr17 18670067 . A C 520.4 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0200038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2127;QD=16.7869;RBI=0.0340533;REFB=-0.0116709;REVB=-0.0275585;RO=66;SAF=39;SAR=17;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668223;STB=0.549098;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00835889;OID=.;OPOS=18670067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:68:56:56:0.451613:17:39:42:24:17:39:42:26 chr17 18684642 . G T 244.47 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0614531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7174;QD=30.5587;RBI=0.0738604;REFB=-0.0453135;REVB=-0.0409739;RO=10;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171021;STB=0.594423;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0443212;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:7:15:4:6:7:15:4:6 chr17 18694277 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.409;QD=56.9383;RBI=0.0301647;REFB=0;REVB=-0.00384148;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35126e-05;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr17 18702220 . T C 2257.47 PASS AF=0.973154;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00957437;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4371;QD=60.6033;RBI=0.0204754;REFB=-0.128431;REVB=0.018099;RO=3;SAF=62;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016876;STB=0.504876;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00327583;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:148:149:3:4:145:145:0.973154:83:62:0:3:83:62:1:3 chr17 18709578 . A G 64.32 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0243698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.695;QD=23.3902;RBI=0.0245243;REFB=-0.0172943;REVB=0.00274927;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00637838;OID=.;OPOS=18709578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:1:2:6:2:1:2 chr17 18775900 . A G 327.62 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.040317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3092;QD=22.9909;RBI=0.0432464;REFB=-0.0214661;REVB=0.0156458;RO=24;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292623;STB=0.516119;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0175491;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:18:15:10:14:18:15:10:14 chr17 18855611 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0633342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.17;QD=5.95779;RBI=0.0636772;REFB=-0.000716557;REVB=0.00660045;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128081;STB=0.583063;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00440388;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:11:7:3:3:11:7 chr17 18874685 . C CGGT,T 222.65 PASS AF=0.337838,0.0405405;AO=22,3;DP=76;FAO=25,3;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=11,2;FSAR=14,1;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00733011,0.00516952;FXX=0.038956;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=239.562,82.2065;QD=12.0352;RBI=0.0188071,0.0125028;REFB=0.00714092,-0.00402221;REVB=-0.0173198,-0.011384;RO=45;SAF=10,2;SAR=12,1;SRF=22;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0394103,0.167276;STB=0.52498,0.674519;STBP=0.773,0.573;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0127419,0.00256799;OID=.,.;OPOS=18874686,18874685;OREF=-,C;OALT=GGT,T;OMAPALT=CGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:45:46:22,3:25,3:0.337838,0.0405405:12,1:10,2:22:23:14,1:11,2:22:24 chr17 18874720 . C G 321.52 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.05435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5961;QD=13.9792;RBI=0.103371;REFB=-0.0208421;REVB=0.0879295;RO=56;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297313;STB=0.516919;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0333904;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:17:19:28:28:17:19:28:28 chr17 18881272 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0462352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.319;QD=7.27163;RBI=0.046774;REFB=-0.00654529;REVB=-0.00707888;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330945;STB=0.69189;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0196571;OID=.;OPOS=18881272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:6:3:15:9:6:3:15:10 chr17 18907029 . A G 1317.84 PASS AF=0.988372;AO=81;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.955;QD=61.295;RBI=0.0304921;REFB=0;REVB=-0.00279439;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848738;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:0:81:85:0.988372:44:37:0:0:44:41:0:0 chr17 18918396 . G C 280.78 PASS AF=0.625;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0400064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3624;QD=28.0777;RBI=0.0746423;REFB=0.00596596;REVB=0.0630155;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394239;STB=0.510113;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00305784;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:15:25:25:0.625:11:14:7:7:11:14:8:7 chr17 18923124 . G A 755.31 PASS AF=0.532847;AO=72;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00183252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.331;QD=22.0529;RBI=0.0392174;REFB=-0.00544709;REVB=0.0391745;RO=63;SAF=50;SAR=22;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145065;STB=0.578328;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00340306;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:64:72:73:0.532847:22:50:34:29:23:50:34:30 chr17 19232078 . T C 1513.06 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.541;QD=59.9232;RBI=0.0652515;REFB=0;REVB=-0.0650777;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186724;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr17 19316255 . C T 1307.03 PASS AF=0.515873;AO=130;DP=252;FAO=130;FDP=252;FR=.;FRO=122;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.00680319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.278;QD=20.7466;RBI=0.00692599;REFB=-0.0232989;REVB=-0.00129847;RO=120;SAF=66;SAR=64;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652336;STB=0.539394;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0261894;OID=.;OPOS=19316255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:120:122:130:130:0.515873:64:66:52:68:64:66:52:70 chr17 19319015 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00506314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.995;QD=8.25557;RBI=0.00928648;REFB=0.000363321;REVB=0.00778481;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000749904;OID=.;OPOS=19319015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:2:10:5:1:2:10 chr17 19411482 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00183746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.612;QD=15.9168;RBI=0.00818274;REFB=-0.0165725;REVB=-0.00797377;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367163;STB=0.713936;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0148194;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:6:9:3:10:6:9 chr17 19578873 . A T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.815;QD=62.7621;RBI=0.0183593;REFB=0;REVB=-0.0179791;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26201e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:55:34:0:0:55:34:0:0 chr17 19595585 . C T 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0133388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3661;QD=8.2534;RBI=0.0781577;REFB=0.00277462;REVB=0.0770111;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000947945;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:5:7:3:3:5:7 chr17 19608773 . G A 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0319809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.06;QD=23.1109;RBI=0.0400816;REFB=-0.0342134;REVB=0.0241611;RO=41;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554001;STB=0.503046;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.025554;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:29:20:17:24:29:20:17:24 chr17 19617236 . G T 321.37 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00571296;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.585;QD=21.0736;RBI=0.00806602;REFB=-0.0274823;REVB=0.0056941;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118329;STB=0.55316;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0151046;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:28:33:33:0.540984:20:13:7:20:20:13:8:20 chr17 19642952 . G C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0135231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.412;QD=23.5284;RBI=0.0334989;REFB=-0.00669623;REVB=-0.0306481;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103819;STB=0.558081;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00424009;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:7:8:8:12:7:8 chr17 19644472 . A T 281.01 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00967729;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.631;QD=14.2283;RBI=0.0136589;REFB=-0.00668392;REVB=-0.0096393;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118413;STB=0.577339;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0117052;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:47:32:32:0.405063:17:15:16:29:17:15:16:31 chr17 19645938 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.438;QD=63.8719;RBI=0.0440044;REFB=0;REVB=-0.0275912;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08504e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr17 19678475 . G A 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.107;QD=58.1175;RBI=0.0244215;REFB=0;REVB=0.021264;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10522e-05;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr17 19687216 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0254731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.874;QD=16.1724;RBI=0.0257745;REFB=-0.00977361;REVB=0.00393046;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217118;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0161873;OID=.;OPOS=19687216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:8:12:6:10:8:12 chr17 19713740 . C T 2121.3 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83;QD=62.8533;RBI=0.041261;REFB=0;REVB=-0.01623;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69604e-05;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr17 19729495 . T C 1227.28 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02981;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.698;QD=61.3639;RBI=0.0709649;REFB=0;REVB=0.0644002;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254468;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:43:36:0:0:44:36:0:0 chr17 20107773 . T C 941.1 PASS AF=0.984848;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00183633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9371;QD=57.0365;RBI=0.0159;REFB=-0.107706;REVB=-0.0157936;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00159584;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:66:65:0.984848:29:37:0:0:28:37:0:1 chr17 20108239 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.906;QD=62.9829;RBI=0.0331175;REFB=0;REVB=0.0240438;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97249e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr17 20108608 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0124713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.58;QD=20.7548;RBI=0.0302208;REFB=-0.017265;REVB=-0.0275276;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0202805;OID=.;OPOS=20108608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:5:7:9:6:5:7 chr17 20109189 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8346;QD=57.5452;RBI=0.0443906;REFB=0;REVB=0.0441081;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302025;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr17 20163529 . A G 734.41 PASS AF=1;AO=34;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.423;QD=62.5034;RBI=0.144816;REFB=0;REVB=0.0212111;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326019;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:34:47:1:20:14:0:0:20:27:0:0 chr17 20227530 . C A 185.17 PASS AF=0.487179;AO=15;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0465497;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.47;QD=18.9916;RBI=0.0482982;REFB=-0.0104928;REVB=-0.0128779;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277964;STB=0.566325;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0105358;OID=.;OPOS=20227530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:20:15:19:0.487179:11:4:11:10:11:8:11:9 chr17 20244264 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.33;QD=47.8224;RBI=0.0410996;REFB=0;REVB=0.040808;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383711;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr17 20268754 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.632;QD=34.6638;RBI=0.0570193;REFB=-0.058462;REVB=0.0430505;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00708256;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr17 20361493 . T C 118.36 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0103452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.934;QD=12.7959;RBI=0.0746433;REFB=0.0059746;REVB=-0.073923;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181298;STB=0.607872;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0157143;OID=.;OPOS=20361493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:8:15:11:3:8:15 chr17 20370735 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1964;QD=53.2764;RBI=0.0615977;REFB=0;REVB=-0.0564083;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392411;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr17 20370767 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000123611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.921;QD=51.1846;RBI=0.000644396;REFB=0;REVB=-0.000632429;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25093e-06;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr17 20370796 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.699;QD=49.5992;RBI=0.0278877;REFB=0;REVB=-0.0278476;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327459;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr17 20370806 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.538;QD=47.8219;RBI=0.0155148;REFB=0;REVB=0.011558;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96315e-05;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr17 20769862 . T A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0126143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.819;QD=15.626;RBI=0.0290639;REFB=-0.00464376;REVB=-0.0261837;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198847;STB=0.615243;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00998378;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:12:11:5:12:12:11 chr17 20769866 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0587263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1137;QD=16.5353;RBI=0.0589167;REFB=0.0429957;REVB=0.00473267;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149685;STB=0.586108;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0611297;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:12:11:6:12:12:11 chr17 20769896 . G T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00679118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.343;QD=12.083;RBI=0.0295675;REFB=-0.0121956;REVB=-0.028777;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289163;STB=0.668283;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0148489;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:6:15:16:19:6:15:16:19 chr17 20769899 . G T 177.74 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0104856;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.811;QD=12.2576;RBI=0.0325686;REFB=-0.00635401;REVB=-0.0308345;RO=36;SAF=17;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378018;STB=0.720127;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0110004;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:5:17:16:20:5:17:16:20 chr17 20769904 . G A 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000746733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8461;QD=12.7239;RBI=0.0169507;REFB=0.0159418;REVB=-0.0169343;RO=36;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329143;STB=0.690452;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0264389;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:6:17:16:20:6:17:16:20 chr17 20769954 . T G 207.7 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0168448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.402;QD=13.4;RBI=0.0336331;REFB=-0.0190212;REVB=-0.0291108;RO=37;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387903;STB=0.729727;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0361105;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:5:19:17:20:5:20:17:20 chr17 20769964 . C A 164.11 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0564287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7994;QD=11.1258;RBI=0.0843735;REFB=0.00101554;REVB=-0.0627271;RO=38;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343092;STB=0.70155;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00222626;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:5:16:18:20:5:16:18:20 chr17 20769968 . G A 177.24 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0193913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.705;QD=13.3767;RBI=0.0210485;REFB=-0.0234186;REVB=-0.0081863;RO=32;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350188;STB=0.710213;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0229441;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:5:15:14:18:5:16:14:18 chr17 20769995 . C T 125.58 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0547132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7447;QD=11.9603;RBI=0.0548407;REFB=-0.0213303;REVB=0.00373841;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327536;STB=0.694083;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0646595;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:12:15:4:11:12:15 chr17 20770002 . CC AG 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000332948;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.379;QD=10.4723;RBI=0.000338661;REFB=-0.0166826;REVB=6.19412e-05;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378726;STB=0.728181;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.0444759;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:3:9:10:14:3:9:10:14 chr17 20796694 . A G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.024845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.413;QD=12.5665;RBI=0.0260972;REFB=-0.00884922;REVB=0.00798685;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048122;STB=0.527653;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0147052;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:19:21:12:13:19:21 chr17 20798992 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0189456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.026;QD=25.4983;RBI=0.0254923;REFB=0.00695974;REVB=0.0170563;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09458;STB=0.552527;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0045863;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:7:9:10:13:7:9 chr17 20799119 . A G 284.92 PASS AF=0.35;AO=32;DP=98;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.00370253;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.444;QD=11.3966;RBI=0.0165322;REFB=-0.0266131;REVB=0.0161122;RO=66;SAF=16;SAR=16;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176281;STB=0.603695;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0444512;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:66:65:32:35:0.35:16:16:43:23:18:17:42:23 chr17 20903068 . C A 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0119332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=18.7765;RBI=0.017986;REFB=-0.00759508;REVB=0.0134572;RO=26;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228793;STB=0.629034;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00948185;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:19:7:13:13:19:7:13:13 chr17 20924523 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0114723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.085;QD=16.4079;RBI=0.0258392;REFB=-0.0102153;REVB=-0.0231527;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159149;STB=0.59146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0127302;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:14:15:14:7:14:15 chr17 21094350 . A C 370.38 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0244597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.185;QD=11.9479;RBI=0.0299019;REFB=-0.0162864;REVB=-0.0172;RO=79;SAF=20;SAR=25;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447349;STB=0.525536;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0392636;OID=.;OPOS=21094350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:79:45:45:0.362903:25:20:32:47:25:20:32:47 chr17 21132915 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.413;QD=44.6898;RBI=0.0506601;REFB=0;REVB=0.0108433;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128986;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr17 21144074 . G A 1116.08 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000839396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.912;QD=56.5103;RBI=0.0201293;REFB=-0.0472606;REVB=0.0201118;RO=3;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158913;STB=0.508404;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000370362;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:34:42:1:2:34:42:1:2 chr17 21144155 . C G 144.99 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4907;QD=44.6112;RBI=0.0348129;REFB=0;REVB=0.0348129;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496675;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr17 21144352 . G A 712.05 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.573;QD=61.9178;RBI=0.036741;REFB=0;REVB=0.00833824;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754905;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:21:25:0:0 chr17 21194769 . C T 163.7 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00309255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8672;QD=13.3633;RBI=0.00743892;REFB=0.00882823;REVB=-0.00676562;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078536;STB=0.504582;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.016138;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:17:14:8:10:17:14 chr17 21194771 . A T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0371975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6943;QD=13.6996;RBI=0.0373784;REFB=-0.0125498;REVB=-0.00367364;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486333;STB=0.528271;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0163089;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:18:12:8:10:18:12 chr17 21194785 . T C 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0117907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.225;QD=13.368;RBI=0.0120301;REFB=0.00496751;REVB=-0.00238814;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635434;STB=0.536996;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0162976;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:19:12:8:10:19:12 chr17 21194820 . G A 192.97 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.087;QD=14.8441;RBI=0.0271922;REFB=-0.00967695;REVB=-0.00223715;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156875;STB=0.599908;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00963685;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:8:14:14:15:8:14:14:16 chr17 21194843 . T C 250.11 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0336841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.87;QD=23.2663;RBI=0.0363913;REFB=-0.0244794;REVB=-0.0137734;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141042;STB=0.571924;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0387608;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:19:22:24:0.55814:9:13:8:11:10:14:8:11 chr17 21194852 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-7.43349e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.398;QD=22.6;RBI=0.00494885;REFB=-0.00716506;REVB=0.0049483;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546664;STB=0.530586;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00332374;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:10:10:10:13:10:10 chr17 21194859 . G A 268.15 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0587794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4491;QD=21.8898;RBI=0.0599847;REFB=-0.00650275;REVB=0.0119644;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074191;STB=0.550448;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00875892;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:12:12:10:14:12:13:10:14 chr17 21199022 . A T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0142111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.303;QD=9.49526;RBI=0.019847;REFB=0.00378246;REVB=-0.0138546;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15701;STB=0.595568;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00679712;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:12:12:4:7:12:12 chr17 21199037 . G A 36.26 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0191838;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4463;QD=5.57864;RBI=0.0824534;REFB=-0.0187798;REVB=-0.0801907;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377555;STB=0.756616;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0636532;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:11:9:1:5:11:9 chr17 21199390 . C T 239.91 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00544591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1375;QD=14.3232;RBI=0.0177583;REFB=0.0171969;REVB=-0.0169026;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149377;STB=0.564057;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.022767;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:39:27:28:0.41791:16:11:22:18:16:12:21:18 chr17 21199403 . C T 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000160046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.028;QD=14.5316;RBI=0.0526594;REFB=-0.0108647;REVB=-0.0526592;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562829;STB=0.524459;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0132448;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:15:14:21:18:15:14:21:19 chr17 21201719 . T C 396.45 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0428092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5441;QD=14.8205;RBI=0.0474858;REFB=-0.0324692;REVB=-0.0205493;RO=60;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522803;STB=0.526763;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0411066;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:60:61:45:46:0.429907:27:18:27:33:27:19:28:33 chr17 21202191 . C A 224.44 PASS AF=0.35443;AO=26;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0755356;FXX=0.0124984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.3931;QD=11.3638;RBI=0.08793;REFB=-0.0286805;REVB=0.0450118;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129395;STB=0.577306;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0492589;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:51:26:28:0.35443:16:10:10:27:16:12:16:35 chr17 21202237 . G C 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0232614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.735;QD=18.1593;RBI=0.0382116;REFB=-0.0274209;REVB=-0.0303156;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208256;STB=0.615325;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0250821;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:20:16:9:30:20:16:9:30 chr17 21203893 . T C 492.39 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0167018;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.06;QD=22.3814;RBI=0.0208655;REFB=-0.00357297;REVB=0.0125068;RO=41;SAF=15;SAR=32;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132463;STB=0.573203;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00312359;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:41:41:47:47:0.534091:32:15:19:22:32:15:19:22 chr17 21203934 . G A 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0143189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.781;QD=21.1906;RBI=0.0175691;REFB=-0.00159205;REVB=0.0101805;RO=38;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585945;STB=0.532427;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00113783;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:27:15:16:22:27:15:16:22 chr17 21203949 . C T 391.55 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00699902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8201;QD=22.0594;RBI=0.0141637;REFB=-0.0282834;REVB=-0.0123136;RO=31;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754537;STB=0.536064;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0287064;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:26:13:13:18:26:13:13:19 chr17 21204187 . G T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0157763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.079;QD=17.4231;RBI=0.0158448;REFB=-0.0202063;REVB=0.00147092;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153991;STB=0.586152;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0212356;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:13:21:14:17:13:21 chr17 21204192 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.000371689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.103;QD=15.7383;RBI=0.0291011;REFB=-0.00109953;REVB=-0.0290988;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497927;STB=0.51336;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00100309;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:16:13:17:17:16:13:17:19 chr17 21204210 . C T 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00196227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8044;QD=15.7529;RBI=0.0293975;REFB=-0.00691348;REVB=0.029332;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10178;STB=0.557321;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0111155;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:17:18:19:27:17:18:19:27 chr17 21204257 . G A 417.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0213019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.168;QD=17.204;RBI=0.032157;REFB=-0.0147452;REVB=0.0240894;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437043;STB=0.524484;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0127178;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:22:21:24:30:22:21:24:30 chr17 21204266 . T C 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0139859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.992;QD=15.2019;RBI=0.0322024;REFB=-0.00637419;REVB=-0.0290067;RO=57;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10046;STB=0.561194;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00854791;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:57:58:40:40:0.408163:20:20:23:34:20:20:23:35 chr17 21204308 . G T 253.51 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0402891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.246;QD=12.8357;RBI=0.0416357;REFB=0.00344269;REVB=0.0105032;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295626;STB=0.501694;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00388025;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:16:14:23:26:16:14:23:26 chr17 21205460 . C T 186.57 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.014603;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.35;QD=18.6572;RBI=0.0465686;REFB=-0.0357482;REVB=0.0442197;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180343;STB=0.601572;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0264798;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:8:11:16:5:8:11:16:5 chr17 21206556 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.0462467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.909;QD=14.4323;RBI=0.0476691;REFB=0.00337571;REVB=0.0115579;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204029;STB=0.618406;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00348747;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:20:11:8:35:20:11:8:36 chr17 21207813 . T G 129.94 PASS AF=0.158537;AO=26;DP=164;FAO=26;FDP=164;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=80;FWDB=-0.0590054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1377;QD=3.16923;RBI=0.0591024;REFB=0.00529178;REVB=0.00338536;RO=138;SAF=4;SAR=22;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396689;STB=0.769517;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0245985;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:138:138:26:26:0.158537:22:4:58:80:22:4:58:80 chr17 21207835 . G A 143.45 PASS AF=0.170886;AO=27;DP=158;FAO=27;FDP=158;FR=.;FRO=131;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=80;FWDB=0.0370797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5964;QD=3.63166;RBI=0.060001;REFB=0.00132489;REVB=-0.0471722;RO=131;SAF=4;SAR=23;SRF=51;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379012;STB=0.754106;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00481769;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:131:131:27:27:0.170886:23:4:51:80:23:4:51:80 chr17 21207844 . C T 694.28 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=59;FWDB=0.0021253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.763;QD=17.5768;RBI=0.00750321;REFB=-0.0176126;REVB=-0.00719592;RO=84;SAF=31;SAR=43;SRF=25;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122635;STB=0.567666;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0156193;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:43:31:25:59:43:31:25:59 chr17 21208413 . C T 128.48 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0229228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.879;QD=6.94464;RBI=0.0247734;REFB=-0.00290616;REVB=-0.00939509;RO=55;SAF=8;SAR=11;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279567;STB=0.668342;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00833689;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:11:8:36:19:11:8:36:19 chr17 21208449 . G T 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00439339;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.577;QD=5.06451;RBI=0.0133605;REFB=-0.00261005;REVB=-0.0126175;RO=47;SAF=4;SAR=8;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433222;STB=0.770444;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.014228;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:8:4:33:14:8:4:33:14 chr17 21215483 . C T 462.25 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=142;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00729558;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.904;QD=13.1136;RBI=0.00790526;REFB=-0.00775342;REVB=0.00304428;RO=88;SAF=20;SAR=33;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125284;STB=0.571284;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0129032;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:88:88:53:53:0.375887:33:20:43:45:33:20:43:45 chr17 21215537 . C A 380.9 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=128;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.000841056;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.022;QD=11.903;RBI=0.00208794;REFB=-0.00616787;REVB=-0.00191106;RO=81;SAF=19;SAR=27;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497942;STB=0.53288;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0114289;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:82:46:46:0.359375:27:19:37:44:27:19:38:44 chr17 21215552 . C T 410.91 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00500678;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.232;QD=13.3628;RBI=0.00703833;REFB=-0.00456205;REVB=0.00494674;RO=75;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334402;STB=0.518926;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0084532;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:75:75:48:48:0.390244:28:20:29:46:28:20:29:46 chr17 21215557 . G A 437.65 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00220176;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.962;QD=14.1177;RBI=0.00240653;REFB=0.000220955;REVB=-0.000971401;RO=73;SAF=20;SAR=30;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300512;STB=0.505049;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000407315;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:74:50:50:0.403226:30:20:29:44:30:20:29:45 chr17 21216788 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00678914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.88;QD=11.2612;RBI=0.0277802;REFB=0.00257898;REVB=0.0269378;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295138;STB=0.68724;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00284618;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:4:11:14:15:4:11:14:16 chr17 21216846 . G C 60.48 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0378368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1723;QD=6.20341;RBI=0.0381948;REFB=-0.0133295;REVB=-0.00521709;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268251;STB=0.517203;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0412902;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:16:14:4:5:16:14 chr17 21217513 . G A 356.42 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0187358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7605;QD=14.2569;RBI=0.024482;REFB=-0.00298175;REVB=-0.0157588;RO=61;SAF=12;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209469;STB=0.619608;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00504934;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:27:12:30:31:27:12:30:31 chr17 21217547 . T C 315.18 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00292902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.663;QD=12.6074;RBI=0.00307916;REFB=-0.00267101;REVB=-0.000949763;RO=61;SAF=16;SAR=20;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105939;STB=0.555525;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00804767;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:64:36:36:0.36:20:16:33:28:20:16:34:30 chr17 21217586 . G T 362.03 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.012723;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.85;QD=14.0595;RBI=0.0135319;REFB=-0.00154214;REVB=-0.00460855;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832573;STB=0.547463;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00189316;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:61:42:42:0.407767:18:24:29:30:18:24:30:31 chr17 21217595 . GC G,GG 403.36 PASS AF=0.230769,0.211538;AO=15,31;DP=106;FAO=24,22;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=13,12;FSAR=11,10;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0168531,-0.0137632;FXX=0.0188661;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.338,190.124;QD=15.5138;RBI=0.0499071,0.0551571;REFB=-0.0247548,-0.0209057;REVB=-0.0469755,-0.0534123;RO=53;SAF=13,12;SAR=2,19;SRF=30;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.447416,-0.196479;STB=0.529507,0.533;STBP=0.78,0.749;TYPE=del,snp;VARB=-0.000147979,0.0500709;OID=.,.;OPOS=21217596,21217596;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0.211538:15,31:106:24,22:104:58:13,12:11,10:29:29:96:53:13,12:2,19:30:23 chr17 21217660 . C T 385.1 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00361041;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.48;QD=13.7535;RBI=0.0160009;REFB=-0.00956934;REVB=0.0155883;RO=67;SAF=25;SAR=20;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446893;STB=0.525241;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0162017;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:67:67:45:45:0.401786:20:25:40:27:20:25:40:27 chr17 21217690 . C T 389.96 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0270372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6583;QD=16.4192;RBI=0.0405561;REFB=-0.0277668;REVB=0.0302289;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11144;STB=0.566978;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0408916;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:20:21:33:20:20:21:34:20 chr17 21217727 . T C 224.71 PASS AF=0.337349;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0640659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.336;QD=10.8292;RBI=0.0640704;REFB=-0.0075549;REVB=0.000757247;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188433;STB=0.711556;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0156371;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:36:55:27:28:0.337349:17:10:20:16:18:10:38:17 chr17 21217749 . G C 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00365117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0071;QD=14.5326;RBI=0.0174854;REFB=-0.0315252;REVB=-0.0170999;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248533;STB=0.640854;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0254684;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:18:11:25:15:18:11:25:15 chr17 21318663 . G A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00329952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.872;QD=10.1572;RBI=0.00896843;REFB=-0.00672899;REVB=0.00833942;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244568;STB=0.645764;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.022262;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:11:20:6:8:11:20 chr17 21318671 . G A 32.29 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0136305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0801;QD=2.80799;RBI=0.0139038;REFB=-0.00307432;REVB=0.00274338;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126083;STB=0.584326;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0558615;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:4:2:17:22:4:2:17:23 chr17 21318698 . C T 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00220795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8959;QD=12.4665;RBI=0.0120897;REFB=-0.00322331;REVB=0.0118864;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150203;STB=0.587337;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00530329;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:16:17:13:7:16:17 chr17 21318770 . G A 249.56 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0167417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.928;QD=14.2605;RBI=0.0318824;REFB=-0.0113845;REVB=-0.0271331;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248138;STB=0.640486;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0112515;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:12:17:14:27:12:17:14:27 chr17 21318773 . G A 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0257774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.643;QD=13.0222;RBI=0.0351056;REFB=-0.0277337;REVB=0.0238313;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256012;STB=0.646097;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0174539;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:11:17:16:28:11:17:16:28 chr17 21318782 . G A 157.02 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00681755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3186;QD=8.15661;RBI=0.00837132;REFB=-0.0206762;REVB=0.00485798;RO=55;SAF=4;SAR=18;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464346;STB=0.78034;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0408459;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:18:4:30:25:18:4:30:25 chr17 21318867 . G A 114.96 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0728704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.412;QD=4.55296;RBI=0.0749107;REFB=0.00548365;REVB=0.0173643;RO=82;SAF=2;SAR=17;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577979;STB=0.876259;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.01102;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:82:82:19:19:0.188119:17:2:44:38:17:2:44:38 chr17 21318897 . G C 579.14 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0112536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.685;QD=21.65;RBI=0.0336249;REFB=-0.0202717;REVB=-0.0316858;RO=49;SAF=32;SAR=26;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169603;STB=0.59294;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0225047;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:26:32:17:32:26:32:17:32 chr17 21318912 . C A 79.57 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00548812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.343;QD=2.89338;RBI=0.00663263;REFB=-0.00320111;REVB=-0.00372455;RO=94;SAF=2;SAR=14;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51825;STB=0.857702;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0220499;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:94:94:16:16:0.145455:14:2:49:45:14:2:49:45 chr17 21318918 . G A 62.84 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0119373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8505;QD=2.2244;RBI=0.018954;REFB=0.000256037;REVB=0.0147226;RO=99;SAF=2;SAR=12;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481161;STB=0.845444;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00026874;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:99:99:14:14:0.123894:12:2:52:47:12:2:52:47 chr17 21318948 . C T 56.77 PASS AF=0.125;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0427098;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7838;QD=2.36542;RBI=0.0509465;REFB=-0.00672222;REVB=-0.0277744;RO=87;SAF=4;SAR=8;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250382;STB=0.666389;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0650263;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:99:96:87:84:12:12:0.125:8:4:47:40:8:4:44:40 chr17 21318951 . CA CG,TG 698.34 PASS AF=0.53125,0.114583;AO=51,12;DP=97;FAO=51,11;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=28,4;FSAR=23,7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0357618,-0.0249815;FXX=0.0103082;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.1283,160.967;QD=29.0974;RBI=0.0358432,0.0250447;REFB=0.000334215,-0.000648536;REVB=-0.00241408,-0.00177836;RO=33;SAF=28,4;SAR=23,8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0464337,-0.185697;STB=0.531469,0.583179;STBP=0.5,0.539;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00247293,0.00250153;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:33:34:51,12:51,11:0.53125,0.114583:23,8:28,4:16:17:23,7:28,4:16:18 chr17 21318969 . C T 73.0 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0222801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.854;QD=3.13974;RBI=0.0290107;REFB=-0.00211806;REVB=-0.01858;RO=79;SAF=5;SAR=9;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142185;STB=0.597015;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0181399;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:79:79:14:14:0.150538:9:5:37:42:9:5:37:42 chr17 21318981 . C T 73.0 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0153361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.236;QD=3.13968;RBI=0.0191448;REFB=-0.00723805;REVB=-0.0114597;RO=78;SAF=5;SAR=9;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102341;STB=0.575889;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0506919;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:78:79:14:14:0.150538:9:5:34:44:9:5:35:44 chr17 21319007 . GG AC,GC 448.92 PASS AF=0.395349,0.139535;AO=34,11;DP=87;FAO=34,12;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=13,4;FSAR=21,8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00952275,-0.0195915;FXX=0.0114929;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=221.597,206.359;QD=20.8803;RBI=0.0119333,0.0195919;REFB=-0.0105158,-0.0146084;REVB=0.00719179,0.000120431;RO=40;SAF=13,4;SAR=21,7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.067635,-0.109206;STB=0.537994,0.594432;STBP=0.565,0.478;TYPE=mnp,snp;VARB=0.015183,0.00267163;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:34,11:34,12:0.395349,0.139535:21,7:13,4:18:22:21,8:13,4:18:22 chr17 21319069 . G A 121.47 PASS AF=0.181818;AO=22;DP=123;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.0254947;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0948;QD=4.01547;RBI=0.0282637;REFB=-0.00496307;REVB=0.0122006;RO=101;SAF=8;SAR=14;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305245;STB=0.526376;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0243151;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:101:99:22:22:0.181818:14:8:39:62:14:8:39:60 chr17 21319079 . C A 135.62 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=0.0046189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9147;QD=4.27156;RBI=0.0064909;REFB=-0.0195541;REVB=-0.00456043;RO=103;SAF=8;SAR=16;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758343;STB=0.54853;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0730409;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:103:103:24:24:0.188976:16:8:40:63:16:8:40:63 chr17 21319087 . G A 128.77 PASS AF=0.186992;AO=23;DP=122;FAO=23;FDP=123;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.00788469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.315;QD=4.18752;RBI=0.0175816;REFB=-0.0022403;REVB=0.0157144;RO=99;SAF=8;SAR=15;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493237;STB=0.536906;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00967681;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:99:100:23:23:0.186992:15:8:38:61:15:8:39:61 chr17 21319110 . G A 112.44 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=0.00612868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7825;QD=3.71692;RBI=0.00656732;REFB=-0.00376918;REVB=-0.00235986;RO=100;SAF=6;SAR=15;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939244;STB=0.561583;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0114824;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:100:100:21:21:0.173554:15:6:35:65:15:6:35:65 chr17 21319121 . C T 493.04 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=55;FWDB=-0.0267434;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1755;QD=15.9046;RBI=0.0384627;REFB=-0.000644371;REVB=-0.0276436;RO=70;SAF=26;SAR=28;SRF=15;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275951;STB=0.652702;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0010545;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:70:70:54:54:0.435484:28:26:15:55:28:26:15:55 chr17 21319171 . G A 140.48 PASS AF=0.201681;AO=24;DP=118;FAO=24;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=0.00762844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0346;QD=4.72205;RBI=0.00971025;REFB=-0.00888934;REVB=0.00600799;RO=94;SAF=11;SAR=13;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111701;STB=0.573103;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0339621;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:94:95:24:24:0.201681:13:11:35:59:13:11:35:60 chr17 21319208 . C T 168.68 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0107605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.788;QD=6.88506;RBI=0.0107913;REFB=-0.00987755;REVB=-0.000813854;RO=72;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207963;STB=0.612156;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0142014;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:74:24:24:0.244898:12:12:24:48:12:12:26:48 chr17 21319230 . G C 250.75 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0416211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.912;QD=12.2318;RBI=0.0416677;REFB=-0.0295078;REVB=-0.00197065;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190727;STB=0.610094;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0298745;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:20:10:26:26:20:10:26:26 chr17 21319251 . C T 82.96 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00716132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.599;QD=3.72851;RBI=0.00766797;REFB=-0.0020436;REVB=-0.00274103;RO=73;SAF=10;SAR=5;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330016;STB=0.709877;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00820895;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:89:73:74:15:15:0.168539:5:10:29:44:5:10:30:44 chr17 21319272 . C T 93.21 PASS AF=0.163462;AO=17;DP=104;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.015359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.82;QD=3.58493;RBI=0.024376;REFB=-0.00772614;REVB=-0.0189286;RO=86;SAF=12;SAR=5;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239095;STB=0.655392;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.054404;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:104:86:87:17:17:0.163462:5:12:45:41:5:12:46:41 chr17 21319285 . C T 126.43 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0466896;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9289;QD=4.47533;RBI=0.0580322;REFB=-0.0126676;REVB=0.0344647;RO=92;SAF=15;SAR=7;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196797;STB=0.621188;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0551756;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:92:91:22:22:0.19469:7:15:49:43:7:15:49:42 chr17 21319302 . T C 748.3 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0128303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1743;QD=23.7555;RBI=0.0174173;REFB=-0.0224408;REVB=-0.011779;RO=55;SAF=37;SAR=34;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195013;STB=0.510645;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0280275;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:71:71:0.563492:34:37:30:25:34:37:30:25 chr17 21319311 . C T 133.71 PASS AF=0.183206;AO=24;DP=131;FAO=24;FDP=131;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0241689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.459;QD=4.08287;RBI=0.0253355;REFB=-0.00217765;REVB=0.00759947;RO=107;SAF=16;SAR=8;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199158;STB=0.628163;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0106485;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:107:107:24:24:0.183206:8:16:55:52:8:16:55:52 chr17 21319369 . G A 132.26 PASS AF=0.161491;AO=26;DP=161;FAO=26;FDP=161;FR=.;FRO=135;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.00670732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.52;QD=3.28607;RBI=0.00914608;REFB=-0.00618982;REVB=0.00621794;RO=135;SAF=19;SAR=7;SRF=69;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2907;STB=0.692308;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0338284;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:135:135:26:26:0.161491:7:19:69:66:7:19:69:66 chr17 21319392 . G A 138.93 PASS AF=0.165644;AO=27;DP=163;FAO=27;FDP=163;FR=.;FRO=136;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=-0.00541489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.615;QD=3.40931;RBI=0.00636403;REFB=-0.00571217;REVB=-0.00334363;RO=136;SAF=20;SAR=7;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325776;STB=0.713787;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0427774;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:136:136:27:27:0.165644:7:20:67:69:7:20:67:69 chr17 21319399 . A G 496.77 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=-0.00721473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.318;QD=12.3421;RBI=0.019937;REFB=-0.00586798;REVB=-0.0185858;RO=101;SAF=25;SAR=35;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19447;STB=0.61022;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00728723;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:101:101:60:60:0.372671:35:25:60:41:35:25:60:41 chr17 21319407 . C T 127.82 PASS AF=0.159236;AO=25;DP=157;FAO=25;FDP=157;FR=.;FRO=132;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=0.0353301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.743;QD=3.25646;RBI=0.0720657;REFB=0.000305027;REVB=-0.0628113;RO=132;SAF=19;SAR=6;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367309;STB=0.74315;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000606703;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:132:132:25:25:0.159236:6:19:63:69:6:19:63:69 chr17 21319436 . G A 92.99 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.013768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.381;QD=2.92884;RBI=0.0137683;REFB=-6.77084e-05;REVB=8.99286e-05;RO=107;SAF=14;SAR=5;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352361;STB=0.73353;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000149307;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:127:107:108:19:19:0.149606:5:14:49:58:5:14:50:58 chr17 21319439 . T G 92.69 PASS AF=0.148438;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0214291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.734;QD=2.89648;RBI=0.0239028;REFB=-0.0078081;REVB=-0.0105894;RO=108;SAF=14;SAR=5;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346853;STB=0.736593;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0259043;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:128:108:109:19:19:0.148438:5:14:50:58:5:14:50:59 chr17 21319452 . G A 97.59 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0225185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.24;QD=3.30814;RBI=0.0229996;REFB=0.000968591;REVB=0.00467949;RO=98;SAF=14;SAR=5;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374119;STB=0.743109;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00734911;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:98:99:19:19:0.161017:5:14:43:55:5:14:44:55 chr17 21319465 . T C 85.46 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.014676;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0334;QD=3.31869;RBI=0.0535378;REFB=-0.0056991;REVB=-0.051487;RO=88;SAF=13;SAR=3;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474358;STB=0.820822;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0317375;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:104:103:88:87:16:16:0.15534:3:13:38:50:3:13:37:50 chr17 21319470 . T C 68.65 PASS AF=0.134615;AO=14;DP=104;FAO=14;FDP=104;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00774565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7957;QD=2.64053;RBI=0.0282875;REFB=-0.00389378;REVB=-0.0272064;RO=90;SAF=12;SAR=2;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537749;STB=0.870206;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0229439;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:104:104:90:90:14:14:0.134615:2:12:37:53:2:12:37:53 chr17 21319473 . G A 301.84 PASS AF=0.35;AO=34;DP=99;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0135181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.788;QD=12.0737;RBI=0.0170528;REFB=-0.00811854;REVB=0.010395;RO=65;SAF=11;SAR=23;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281686;STB=0.668116;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0145068;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:65:65:34:35:0.35:23:11:37:28:24:11:37:28 chr17 21319488 . C T 69.3 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00671278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.763;QD=2.69114;RBI=0.0259593;REFB=-0.000856185;REVB=-0.0250764;RO=89;SAF=11;SAR=3;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436834;STB=0.801201;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00660471;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:89:89:14:14:0.135922:3:11:38:51:3:11:38:51 chr17 21319519 . G C 131.13 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0177493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.104;QD=4.4076;RBI=0.0233478;REFB=-0.00697626;REVB=-0.0151686;RO=96;SAF=13;SAR=10;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135195;STB=0.585682;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0399838;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:96:23:23:0.193277:10:13:44:52:10:13:44:52 chr17 21319523 . C T 116.26 PASS AF=0.182609;AO=21;DP=115;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0229724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.428;QD=4.04379;RBI=0.0268405;REFB=-0.000786156;REVB=-0.0138811;RO=94;SAF=11;SAR=10;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976097;STB=0.562647;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00504811;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:94:94:21:21:0.182609:10:11:42:52:10:11:42:52 chr17 21319527 . C T 121.65 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00670449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.38;QD=4.05488;RBI=0.0103506;REFB=-0.00175748;REVB=-0.00788569;RO=98;SAF=12;SAR=10;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109336;STB=0.570072;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00791451;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:98:98:22:22:0.183333:10:12:45:53:10:12:45:53 chr17 21319543 . G A 206.08 PASS AF=0.248;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=125;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00374838;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.429;QD=6.59466;RBI=0.0180475;REFB=-0.0104933;REVB=-0.0176539;RO=94;SAF=20;SAR=11;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158289;STB=0.595999;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0309522;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:94:94:31:31:0.248:11:20:49:45:11:20:49:45 chr17 21319560 . G T 343.74 PASS AF=0.307692;AO=44;DP=144;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00479239;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5474;QD=9.61521;RBI=0.0484512;REFB=0.0140049;REVB=0.0482136;RO=100;SAF=24;SAR=20;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896828;STB=0.555812;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0338426;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:100:99:44:44:0.307692:20:24:47:53:20:24:46:53 chr17 21319650 . CGAG C 353.17 PASS AF=0.259067;AO=47;DP=192;FAO=50;FDP=193;FR=.;FRO=143;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.00614096;FXX=0.039799;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.068;QD=7.31967;RBI=0.0120134;REFB=-0.00368749;REVB=-0.0103252;RO=138;SAF=18;SAR=29;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156519;STB=0.557087;STBP=0.335;TYPE=del;VARB=0.0120318;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259067:47:192:50:193:143:21:29:71:72:99:138:18:29:70:68 chr17 21319682 . C T 357.62 PASS AF=0.258883;AO=51;DP=197;FAO=51;FDP=197;FR=.;FRO=146;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=75;FWDB=-0.00387913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9403;QD=7.2614;RBI=0.0114993;REFB=-0.00485947;REVB=-0.0108252;RO=145;SAF=22;SAR=29;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643439;STB=0.541007;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0122299;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:145:146:51:51:0.258883:29:22:70:75:29:22:71:75 chr17 21319716 . G A 268.64 PASS AF=0.244048;AO=41;DP=170;FAO=41;FDP=168;FR=.;FRO=127;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=0.000914042;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.805;QD=6.39626;RBI=0.00862424;REFB=-0.00805553;REVB=0.00857567;RO=121;SAF=19;SAR=22;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019899;STB=0.50685;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00831497;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:121:127:41:41:0.244048:22:19:58:63:22:19:60:67 chr17 21319728 . T C 208.42 PASS AF=0.210843;AO=35;DP=166;FAO=35;FDP=166;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0346126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.924;QD=5.02221;RBI=0.0349983;REFB=-0.0165162;REVB=-0.0051813;RO=130;SAF=14;SAR=21;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601879;STB=0.540717;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0539696;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:130:131:35:35:0.210843:21:14:58:72:21:14:59:72 chr17 21319743 . A G 193.72 PASS AF=0.204969;AO=33;DP=163;FAO=33;FDP=161;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=-0.0120283;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.416;QD=4.81281;RBI=0.0213242;REFB=-0.00580692;REVB=-0.017608;RO=130;SAF=13;SAR=20;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117225;STB=0.578999;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0200239;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:130:128:33:33:0.204969:20:13:63:67:20:13:63:65 chr17 21319767 . C T 607.01 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00626564;FXX=0.222207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.165;QD=21.679;RBI=0.00922504;REFB=-0.0231177;REVB=-0.00677075;RO=54;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616901;STB=0.533981;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0118779;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:112:54:54:58:58:0.517857:32:26:28:26:32:26:28:26 chr17 21319785 . C T 515.94 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0106249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.484;QD=14.6367;RBI=0.0150384;REFB=-0.00875735;REVB=-0.0106426;RO=84;SAF=26;SAR=31;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840997;STB=0.54736;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0122338;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:84:84:57:57:0.404255:31:26:45:39:31:26:45:39 chr17 21319786 . G A 207.73 PASS AF=0.228571;AO=32;DP=140;FAO=32;FDP=140;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0586787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.318;QD=5.93518;RBI=0.06108;REFB=0.00486711;REVB=0.0169581;RO=108;SAF=15;SAR=17;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394094;STB=0.524114;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0194159;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:108:108:32:32:0.228571:17:15:54:54:17:15:54:54 chr17 21319845 . C T 235.84 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0353781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.686;QD=8.27495;RBI=0.0375151;REFB=-0.0165617;REVB=0.012481;RO=80;SAF=16;SAR=17;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331647;STB=0.515142;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0244296;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:81:33:33:0.289474:17:16:41:39:17:16:41:40 chr17 21319860 . C A,T 661.16 PASS AF=0.321839,0.356322;AO=27,31;DP=86;FAO=28,31;FDP=87;FR=.;FRO=28;FSAF=13,14;FSAR=15,17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00182943,0.00184014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.473,52.0614;QD=30.3979;RBI=0.00811462,0.045435;REFB=-0.0177244,-0.0198559;REVB=-0.00790572,0.0453977;RO=27;SAF=13,14;SAR=14,17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0989762,-0.117814;STB=0.571016,0.573402;STBP=0.331,0.234;TYPE=snp,snp;VARB=0.0328745,0.0385045;OID=.,.;OPOS=21319860,21319860;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:86:87:27:28:27,31:28,31:0.321839,0.356322:14,17:13,14:16:11:15,17:13,14:17:11 chr17 21319868 . G T 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00492742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.4;QD=10.5058;RBI=0.00525783;REFB=-0.00900602;REVB=0.00183448;RO=52;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401337;STB=0.5181;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0271549;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:57:28:28:0.329412:15:13:26:26:15:13:28:29 chr17 21319908 . C T 138.91 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.033852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.112;QD=7.50879;RBI=0.0346312;REFB=-0.00650794;REVB=-0.00730477;RO=54;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104889;STB=0.563279;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.056094;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:54:20:20:0.27027:9:11:25:29:9:11:25:29 chr17 21319943 . A G 159.54 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0130161;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.699;QD=11.603;RBI=0.0162686;REFB=-0.00535946;REVB=-0.00975948;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232343;STB=0.608582;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00831176;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:36:35:20:20:0.363636:14:6:18:18:14:6:16:19 chr17 21319955 . G A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0657457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.656;QD=11.7806;RBI=0.0658563;REFB=-0.0206203;REVB=0.00381459;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518407;STB=0.530687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0295789;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:13:18:10:6:13:18 chr17 21319989 . C T 105.56 PASS AF=0.5;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0487881;FXX=0.290229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.027;QD=19.1933;RBI=0.0487896;REFB=-0.0268534;REVB=-0.000383385;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373023;STB=0.719552;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00143227;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:22:11:11:11:11:0.5:9:2:6:5:9:2:6:5 chr17 21319993 . T C 203.97 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00273563;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.189;QD=29.138;RBI=0.00785818;REFB=-0.0203973;REVB=0.00736664;RO=9;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187339;STB=0.570058;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0127951;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:18:19:0.678571:13:5:5:4:14:5:4:5 chr17 21320008 . C T 52.85 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00469804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.226;QD=7.28977;RBI=0.0227592;REFB=-0.00343572;REVB=-0.0222691;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.504576;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214441;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:8:13:5:3:8:13 chr17 21320012 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0238769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.605;QD=8.30758;RBI=0.0239685;REFB=-0.00386614;REVB=0.002093;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00429383;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:8:10:5:3:8:10 chr17 21320025 . C T 43.41 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0287949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.623;QD=5.60085;RBI=0.0297104;REFB=-0.00951878;REVB=-0.00731847;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237416;STB=0.672566;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0248113;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:5:2:11:12:5:2:12:12 chr17 21320041 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0123953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.129;QD=14.1956;RBI=0.014383;REFB=-0.00378663;REVB=-0.00729582;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177503;STB=0.603631;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00641782;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:11:11:10:5:11:11 chr17 21320102 . C A 97.34 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0110314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.379;QD=6.18013;RBI=0.0110314;REFB=-0.00683983;REVB=2.19077e-05;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275243;STB=0.680756;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0303846;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:46:48:15:15:0.238095:6:9:17:29:6:9:17:31 chr17 21320114 . T G 96.95 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0421342;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0192;QD=6.05922;RBI=0.0894556;REFB=-0.00261125;REVB=-0.0789114;RO=49;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327296;STB=0.700355;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0071267;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:66:64:49:49:15:15:0.234375:6:9:16:33:6:9:16:33 chr17 21320197 . G C 316.57 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00191536;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.541;QD=12.4144;RBI=0.0102553;REFB=-0.0062113;REVB=-0.0100748;RO=64;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524114;STB=0.529899;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00709495;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:22:16:24:40:22:16:24:40 chr17 21320210 . C T 297.39 PASS AF=0.339286;AO=37;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0245303;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.833;QD=10.621;RBI=0.0267749;REFB=-0.00276189;REVB=-0.0107311;RO=73;SAF=16;SAR=21;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228358;STB=0.50095;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00233645;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:74:37:38:0.339286:21:16:33:40:21:17:33:41 chr17 21320212 . A G 783.31 PASS AF=0.615385;AO=71;DP=116;FAO=72;FDP=117;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00168642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.204;QD=26.7798;RBI=0.00199662;REFB=-0.0142165;REVB=-0.00106886;RO=45;SAF=35;SAR=36;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665413;STB=0.538451;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00914292;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:45:45:71:72:0.615385:36:35:18:27:36:36:18:27 chr17 21320252 . G T 330.82 PASS AF=0.333333;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00194315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.754;QD=10.5021;RBI=0.00434674;REFB=-0.00660852;REVB=0.00388823;RO=83;SAF=26;SAR=16;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772215;STB=0.541221;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0130647;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:83:84:42:42:0.333333:16:26:46:37:16:26:47:37 chr17 21320263 . T C 245.74 PASS AF=0.267176;AO=35;DP=132;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=0.00281965;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.522;QD=7.50342;RBI=0.0286547;REFB=-0.0169279;REVB=-0.0285156;RO=97;SAF=22;SAR=13;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789183;STB=0.542689;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.042665;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:97:96:35:35:0.267176:13:22:55:42:13:22:55:41 chr17 21320279 . C T 381.0 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.0111144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9862;QD=10.6574;RBI=0.0979025;REFB=-0.00391756;REVB=-0.0972696;RO=93;SAF=30;SAR=17;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444031;STB=0.539075;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00689794;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:93:96:47:47:0.328671:17:30:56:37:17:30:56:40 chr17 21320350 . G A 281.61 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=114;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00619361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.602;QD=9.88105;RBI=0.0166611;REFB=0.00407093;REVB=-0.0154671;RO=77;SAF=21;SAR=16;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564007;STB=0.532773;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00905231;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:77:37:37:0.324561:16:21:40:37:16:21:40:37 chr17 21320365 . T C 246.26 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0297426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9581;QD=9.29278;RBI=0.0386034;REFB=0.00779537;REVB=-0.024609;RO=73;SAF=21;SAR=12;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202563;STB=0.618645;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.029689;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:73:33:33:0.311321:12:21:34:39:12:21:34:39 chr17 21320787 . G A 605.48 PASS AF=0.379679;AO=70;DP=187;FAO=71;FDP=187;FR=.;FRO=116;FSAF=14;FSAR=57;FSRF=16;FSRR=100;FWDB=-0.0219535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.922;QD=12.9514;RBI=0.0301801;REFB=-0.0115025;REVB=-0.0207095;RO=116;SAF=14;SAR=56;SRF=16;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11638;STB=0.56242;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0180559;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:116:116:70:71:0.379679:56:14:16:100:57:14:16:100 chr17 21320796 . C T 1014.86 PASS AF=0.541899;AO=97;DP=180;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=81;FSRF=8;FSRR=74;FWDB=-0.00275475;FXX=0.00555525;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.134;QD=22.6784;RBI=0.010134;REFB=0.000562487;REVB=-0.00975236;RO=82;SAF=16;SAR=81;SRF=8;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111755;STB=0.560567;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000580543;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:82:82:97:97:0.541899:81:16:8:74:81:16:8:74 chr17 21320798 . G C 698.22 PASS AF=0.55;AO=98;DP=179;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=81;FSRF=9;FSRR=72;FWDB=0.0570777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.296;QD=15.516;RBI=0.0627696;REFB=-0.0397864;REVB=0.0261182;RO=81;SAF=17;SAR=81;SRF=9;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969638;STB=0.557366;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.122772;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:81:81:98:99:0.55:81:17:9:72:81:18:9:72 chr17 21320980 . C G 870.29 PASS AF=0.56338;AO=80;DP=142;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0155394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.324;QD=24.5151;RBI=0.0180622;REFB=-0.0249954;REVB=-0.00920698;RO=62;SAF=39;SAR=41;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806653;STB=0.543951;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0142576;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:62:62:80:80:0.56338:41:39:24:38:41:39:24:38 chr17 21320991 . C T 230.46 PASS AF=0.272727;AO=33;DP=122;FAO=33;FDP=121;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.0193079;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.362;QD=7.61835;RBI=0.0224223;REFB=-0.00528182;REVB=0.0114001;RO=88;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185169;STB=0.609498;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0184391;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:88:88:33:33:0.272727:16:17:32:56:16:17:32:56 chr17 21320993 . G T 636.38 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0380228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.944;QD=21.7566;RBI=0.0399372;REFB=-0.0123923;REVB=0.0122166;RO=54;SAF=26;SAR=37;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114496;STB=0.506281;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0107309;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:37:26:23:31:37:26:23:31 chr17 21321005 . C A 118.55 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0391187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4488;QD=5.09891;RBI=0.0391806;REFB=-0.00965382;REVB=0.00220187;RO=74;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139686;STB=0.58754;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0445433;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:10:9:27:47:10:9:27:47 chr17 21321016 . T C 369.45 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0367028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.869;QD=19.7042;RBI=0.0370336;REFB=-0.017074;REVB=0.00493943;RO=35;SAF=10;SAR=28;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140552;STB=0.56849;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0113925;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:28:10:14:21:28:10:14:23 chr17 21321028 . CC TG 252.54 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0488556;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=255.921;QD=21.0449;RBI=0.0488556;REFB=-0.00283291;REVB=5.30086e-05;RO=23;SAF=2;SAR=17;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.666455;STBP=0.149;TYPE=mnp;VARB=0.00270594;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:19:19:0.395833:17:2:6:17:17:2:6:17 chr17 21322972 . GT CC 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=6.87208e-08;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.758;QD=5.21424;RBI=0.00616978;REFB=0.00367344;REVB=0.00616978;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103706;STB=0.589527;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=-0.0115033;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:29:31:8:8:0.205128:4:4:17:12:4:4:19:12 chr17 21323001 . C T 59.16 PASS AF=0.2;AO=7;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.039097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.316;QD=5.25881;RBI=0.0391559;REFB=-0.00307891;REVB=-0.00214744;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150496;STB=0.588042;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00681118;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:27:36:7:9:0.2:4:3:15:12:5:4:20:16 chr17 21323049 . C T 96.8 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0338087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.2;QD=4.96392;RBI=0.0352375;REFB=-0.00454972;REVB=-0.0099324;RO=62;SAF=6;SAR=10;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19653;STB=0.624844;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0227108;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:10:6:33:29:10:6:33:29 chr17 21323096 . G A 314.66 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0126196;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.101;QD=11.6542;RBI=0.0153584;REFB=-0.0140435;REVB=-0.00875353;RO=58;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224665;STB=0.529229;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.021812;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:69:39:39:0.361111:18:21:30:28:18:21:34:35 chr17 21323107 . A G 188.2 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=111;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0171215;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.475;QD=6.78207;RBI=0.0174792;REFB=-0.00468122;REVB=-0.00351774;RO=77;SAF=15;SAR=13;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398883;STB=0.522228;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00803386;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:83:28:28:0.252252:13:15:41:36:13:15:42:41 chr17 21323119 . T C 39.39 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.00176803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.042;QD=1.50072;RBI=0.0109454;REFB=-0.00522226;REVB=-0.0108016;RO=95;SAF=6;SAR=4;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12237;STB=0.595229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0376846;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:95:95:10:10:0.0952381:4:6:47:48:4:6:47:48 chr17 21323136 . G A 41.92 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0160467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.09;QD=1.74673;RBI=0.0312009;REFB=-0.00412395;REVB=-0.0267582;RO=86;SAF=5;SAR=5;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274741;STB=0.520792;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0614787;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:86:86:10:10:0.104167:5:5:45:41:5:5:45:41 chr17 22023528 . G C 501.98 PASS AF=0.539326;AO=46;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00805365;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.158;QD=22.5608;RBI=0.0088525;REFB=0.00438837;REVB=-0.00367498;RO=42;SAF=20;SAR=26;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218304;STB=0.622357;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00284983;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:41:46:48:0.539326:26:20:29:13:27:21:29:12 chr17 22023591 . T C 630.49 PASS AF=0.595745;AO=55;DP=93;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00700218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.196;QD=26.8292;RBI=0.0094223;REFB=-0.0213464;REVB=0.0063047;RO=38;SAF=17;SAR=38;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1758;STB=0.598222;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0129903;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:38:55:56:0.595745:38:17:20:18:39:17:20:18 chr17 25628820 . T C 789.24 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028984;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.961;QD=64.4276;RBI=0.029148;REFB=0;REVB=-0.00308753;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65437e-05;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr17 25909816 . C T 226.17 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0644807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1669;QD=20.5612;RBI=0.0692268;REFB=-0.0736164;REVB=-0.025191;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152274;STB=0.584548;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0445043;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:18:4:2:20:18:4:2:20 chr17 25932609 . C T 1086.92 PASS AF=0.576271;AO=96;DP=172;FAO=102;FDP=177;FR=.;FRO=75;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.076805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.187;QD=24.5632;RBI=0.0785829;REFB=-0.0208522;REVB=0.0166211;RO=73;SAF=51;SAR=45;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792952;STB=0.545587;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0116056;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:177:73:75:96:102:0.576271:45:51:46:27:49:53:47:28 chr17 25958304 . G A 339.21 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00807487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.564;QD=17.8533;RBI=0.0170131;REFB=-0.0237123;REVB=-0.0149748;RO=40;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130238;STB=0.572876;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0239614;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:14:22:19:21:14:22:19:21 chr17 25970633 . G A 452.16 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00769582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.293;QD=22.0563;RBI=0.0109541;REFB=-0.0127347;REVB=0.00779525;RO=37;SAF=19;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454875;STB=0.530169;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0125076;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:25:19:14:23:25:19:14:24 chr17 26089867 . T C 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00673288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.996;QD=16.384;RBI=0.0587897;REFB=-0.00816925;REVB=-0.0584029;RO=56;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598738;STB=0.533495;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0102284;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:22:23:32:24:22:23:32:24 chr17 26092631 . A G 543.35 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.0131425;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.639;QD=22.4061;RBI=0.0165992;REFB=-0.00928941;REVB=-0.0101394;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270899;STB=0.648117;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00752193;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:46:51:51:0.525773:26:25:37:9:26:25:37:9 chr17 26654991 . A C 344.38 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00374087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.619;QD=21.8652;RBI=0.00408016;REFB=0.00510127;REVB=-0.001629;RO=28;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13916;STB=0.576879;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00555647;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:21:14:16:12:21:14:16:12 chr17 26672360 . G GC 254.68 PASS AF=1;AO=20;DP=28;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256308;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8514;QD=44.2928;RBI=0.0260537;REFB=0;REVB=-0.00467501;RO=8;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000748478;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:28:23:23:0:8:15:0:0:5:8:8:12:0:8 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 33.64 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00866366;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=332.452;QD=3.44984;RBI=0.00946723;REFB=-0.000694341;REVB=-0.00381699;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469703;STB=0.824984;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.00200105;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:6:39:6:39:33:1:5:18:15:33:32:1:5:18:14 chr17 26674151 . CTG C 41.37 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0146994;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.996;QD=3.93971;RBI=0.0189212;REFB=-0.00245124;REVB=-0.0119137;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356195;STB=0.732682;STBP=0.207;TYPE=del;VARB=0.0101262;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:7:42:7:42:35:2:5:20:15:41:34:2:5:20:14 chr17 26676135 . C T 453.72 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00689505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6399;QD=25.2064;RBI=0.00690139;REFB=0.00512281;REVB=0.000295774;RO=29;SAF=17;SAR=26;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941769;STB=0.551392;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00382486;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:26:17:8:21:26:17:8:21 chr17 26684390 . G GC 160.17 PASS AF=0.9375;AO=12;DP=20;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.189171;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9359;QD=40.0412;RBI=0.193919;REFB=-0.0754233;REVB=0.0426484;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.0340426;OID=.;OPOS=26684391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:12:20:15:16:1:7:8:0:1:5:8:4:8:4:4 chr17 26684394 . T G 156.23 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0277769;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3459;QD=41.6624;RBI=0.0301884;REFB=-0.0189428;REVB=-0.011823;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000129855;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:1:0:8:6:1:0 chr17 26686416 . G A 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0121106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.745;QD=12.9513;RBI=0.0122879;REFB=-0.0166319;REVB=-0.00208006;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132435;STB=0.507582;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.020114;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:17:16:26:29:17:16:26:29 chr17 26691916 . T C 192.86 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0410248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.691;QD=14.8352;RBI=0.0476445;REFB=-0.0164855;REVB=-0.0242274;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254883;STB=0.63624;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0217152;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:8:14:11:18:8:14:12:18 chr17 26694483 . A G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00602136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.204;QD=14.6859;RBI=0.0131747;REFB=-0.00665469;REVB=-0.0117181;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342195;STB=0.693034;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0102021;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:11:20:13:30:11:20:13:30 chr17 26694861 . G A 340.64 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0131227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1038;QD=20.9624;RBI=0.0144607;REFB=0.00381019;REVB=0.00607519;RO=30;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495316;STB=0.527457;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00122925;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:24:11:11:19:24:11:11:19 chr17 26699367 . G GC 269.11 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.2008;QD=44.8511;RBI=0.0711151;REFB=0;REVB=-0.0710801;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00387785;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:24:24:24:0:16:8:0:0:5:0:16:8:0:0 chr17 26708300 . T C 1268.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.517;QD=60.4121;RBI=0.021817;REFB=0.04299;REVB=0.00480506;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=8.21634e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:46:37:0:1:46:37:0:1 chr17 26708302 . G T 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.935;QD=60.2416;RBI=0.0308208;REFB=-0.00192426;REVB=0.015971;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=6.08957e-05;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:0:1:45:37:0:1 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1361.66 PASS AF=1;AO=53;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.274604;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=2;MLLD=53.5159;QD=63.3331;RBI=0.294734;REFB=0;REVB=-0.107055;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00145587;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:87:86:86:0:42:44:0:0:7:0:11:42:0:0 chr17 26727721 . GA G 1004.05 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0554;QD=47.2496;RBI=0.0760448;REFB=0;REVB=-0.0600193;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00162453;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:84:85:85:0:43:42:0:0:18:0:43:39:0:0 chr17 26817537 . G A 349.26 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0115957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.437;QD=20.2469;RBI=0.0476366;REFB=-0.0201116;REVB=-0.0462038;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260782;STB=0.634774;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0108317;OID=.;OPOS=26817537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:17:19:7:25:17:19:8:25 chr17 26824156 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.526;QD=52.6132;RBI=0.0336928;REFB=0;REVB=-0.006149;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010995;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr17 26851602 . C T 543.47 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0190883;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.587;QD=24.9873;RBI=0.0198009;REFB=-0.0121979;REVB=-0.00526416;RO=33;SAF=30;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512114;STB=0.502391;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00664209;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:33:37:50:50:0.574713:20:30:22:11:20:30:22:15 chr17 26857788 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0222797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5354;QD=23.088;RBI=0.0289303;REFB=-0.0208263;REVB=-0.0184547;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0192306;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:8:10:13:9:8:10 chr17 26864302 . G C 708.86 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319201;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.286;QD=63.0097;RBI=0.033358;REFB=0;REVB=-0.00968814;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02375e-05;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr17 27009749 . C T 193.25 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00624134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.77;QD=10.0388;RBI=0.00820392;REFB=0.000894264;REVB=0.00532448;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895396;STB=0.565166;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00312974;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:52:52:24:25:0.324675:12:12:22:30:12:13:22:30 chr17 27075423 . C T 346.61 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0195002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.804;QD=22.3622;RBI=0.0204017;REFB=-0.00659722;REVB=0.00599742;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108577;STB=0.550388;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00489707;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:17:18:17:9:17:18:17:10 chr17 27185827 . C T 183.84 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0234946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.827;QD=17.9356;RBI=0.0244382;REFB=-0.00206658;REVB=-0.00672532;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321382;STB=0.518305;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00349141;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:10:12:11:8:10:12 chr17 27207453 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.222;QD=64.1536;RBI=0.0281729;REFB=0;REVB=0.0151087;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293043;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr17 27228118 . C T 361.97 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0278378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.272;QD=17.8749;RBI=0.0346096;REFB=-0.0333375;REVB=0.0205641;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193696;STB=0.5935;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0327518;OID=.;OPOS=27228118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:43:38:38:0.469136:18:20:13:28:18:20:15:28 chr17 27422053 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.26;QD=56.0102;RBI=0.136957;REFB=-0.0556679;REVB=0.0194658;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0012492;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chr17 27424316 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00297515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.383;QD=17.3212;RBI=0.0170817;REFB=-0.00188532;REVB=0.0168206;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221667;STB=0.512696;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00271463;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:6:12:11:5:6:12 chr17 27438469 . G A 562.9 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.028575;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.9719;QD=53.6099;RBI=0.0418342;REFB=-0.00639154;REVB=0.0305543;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.50922;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000112713;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:0:3:39:39:0.928571:18:21:0:0:18:21:2:1 chr17 27441077 . C G 720.6 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.551;QD=62.6609;RBI=0.0690265;REFB=0;REVB=0.0547655;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426388;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:40:46:1:20:20:0:0:23:23:0:0 chr17 27580756 . C T 188.84 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0139156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.633;QD=14.2517;RBI=0.0168517;REFB=-0.0255347;REVB=-0.00950464;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.528276;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0323375;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:31:20:22:0.415094:10:10:14:11:11:11:14:17 chr17 27588806 . C A 219.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0489934;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5359;QD=18.323;RBI=0.0498273;REFB=-0.0343196;REVB=-0.00907779;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169702;STB=0.58326;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0374903;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:11:11:8:17:11:11:9:17 chr17 27588980 . CAG C 91.4 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00560632;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.151;QD=17.4087;RBI=0.019579;REFB=0.00341944;REVB=-0.0187592;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.588087;STBP=0.46;TYPE=del;VARB=-0.00300512;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:10:21:11:21:10:4:7:2:8:78:10:4:6:2:8 chr17 27835138 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0267884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.781;QD=24.4133;RBI=0.0301263;REFB=-0.0261282;REVB=0.0137833;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240587;STB=0.636115;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0101486;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:4:1:7:4:4:1 chr17 27889578 . T C 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.148;QD=60.6462;RBI=0.0256838;REFB=0;REVB=0.0176073;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23999e-05;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:47:66:0:0:47:66:0:0 chr17 27889986 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.485;QD=62.6647;RBI=0.0180695;REFB=0;REVB=0.0158524;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100867;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr17 27901975 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.709;QD=56.1909;RBI=0.0863872;REFB=0;REVB=-0.0836685;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00094676;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 27903280 . AGGGGGGC AGGGGG,AGGGGGC 325.53 PASS AF=0,1;AO=21,17;DP=58;FAO=0,55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133215,0.289973;FXX=0.017854;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=8.78271,9.53377;QD=23.675;RBI=0.256723,0.295114;REFB=0.0263084,-0.0075093;REVB=-0.219455,-0.054841;RO=15;SAF=16,8;SAR=5,9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.54717,0.54717;SSSB=0.150879,-0.106919;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00564354;OID=.,.;OPOS=27903286,27903281;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:21,17:58:0,55:55:0:0,31:0,24:0:0:4:15:16,8:5,9:9:6 chr17 27904711 . G A 488.75 PASS AF=0.633803;AO=44;DP=69;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0072233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6958;QD=27.5354;RBI=0.0311355;REFB=-0.0139891;REVB=0.0302861;RO=25;SAF=21;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248745;STB=0.516061;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00583434;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:25:26:44:45:0.633803:23:21:11:14:24:21:11:15 chr17 28268800 . A C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0441215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4872;QD=12.0827;RBI=0.0453135;REFB=-0.0155628;REVB=-0.0103249;RO=35;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175082;STB=0.602406;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0220239;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:5:16:22:13:5:16:22:13 chr17 28296327 . T G 149.04 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.120742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8926;QD=18.6301;RBI=0.122094;REFB=-0.00866086;REVB=-0.0181205;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138606;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:7:9:9:7:7:9 chr17 28320248 . T A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.741;QD=63.2868;RBI=0.0106503;REFB=0;REVB=0.0104642;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14083e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 28381141 . C G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00891905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.81;QD=21.6305;RBI=0.0134931;REFB=0.00327682;REVB=0.010125;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060143;STB=0.533311;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00246988;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:13:11:16:14:13:11 chr17 28407876 . T G 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0174048;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8808;QD=18.0141;RBI=0.0325392;REFB=-0.0278045;REVB=0.0274931;RO=53;SAF=29;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549762;STB=0.540625;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0284202;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:53:55:51:51:0.481132:22:29:27:26:22:29:27:28 chr17 28444183 . A C 900.01 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.101;QD=58.065;RBI=0.00390994;REFB=0;REVB=-0.00202448;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32664e-05;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr17 28511978 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.279;QD=45.8068;RBI=0.0453479;REFB=0;REVB=0.0448151;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399622;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr17 28530193 . T G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.020463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5472;QD=17.6437;RBI=0.0250213;REFB=-0.0208329;REVB=-0.014399;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0160676;OID=.;OPOS=28530193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr17 28794020 . A G 1492.47 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6528;QD=58.5282;RBI=0.0336916;REFB=-0.12965;REVB=0.0185126;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00182336;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:58:43:0:0:58:43:1:0 chr17 28853530 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.274;QD=54.5177;RBI=0.0717771;REFB=0;REVB=0.0244302;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416401;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 28900708 . G T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00483571;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.94;QD=27.1542;RBI=0.0157242;REFB=-0.00194852;REVB=0.0149622;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816321;STB=0.545392;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000785212;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:10:4:1:5:10:4:1:5 chr17 29486152 . G A 1088.16 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.357;QD=58.8197;RBI=0.033737;REFB=-0.0402002;REVB=-0.00171931;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626734;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:74:0:0:72:74:1:36:36:0:0:36:38:0:0 chr17 29496819 . C T 230.13 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9926;QD=46.0253;RBI=0.0272086;REFB=0.0364801;REVB=0.0140661;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00225319;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr17 29508775 . G A 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141699;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.385;QD=57.0096;RBI=0.0145508;REFB=0;REVB=-0.00330724;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29968e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr17 29646032 . G A 515.45 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=-0.00405975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=17.6222;RBI=0.00455682;REFB=0.00167584;REVB=-0.00206954;RO=62;SAF=18;SAR=37;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774328;STB=0.542863;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00339574;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:37:18:16:46:37:18:16:46 chr17 29705947 . T C 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00797245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.515;QD=20.0165;RBI=0.00856467;REFB=-0.0180769;REVB=-0.00312949;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877505;STB=0.549435;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0142971;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:5:12:11:7:5:12 chr17 29855661 . G A 254.87 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0123016;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.973;QD=17.2793;RBI=0.0332293;REFB=-0.0357108;REVB=-0.0308684;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204994;STB=0.615117;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0411296;OID=.;OPOS=29855661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:11:17:12:19:11:17:12:19 chr17 29859016 . G A 183.77 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00560301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4236;QD=17.9292;RBI=0.0189206;REFB=-0.00860393;REVB=-0.018072;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304272;STB=0.673391;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0129657;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:8:14:6:13:8:14 chr17 29859506 . G T 738.97 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0461219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.988;QD=54.7382;RBI=0.11537;REFB=-0.130374;REVB=0.10575;RO=0;SAF=42;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00345584;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:11:42:0:0:11:42:1:0 chr17 29890870 . C G 671.86 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0254124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.946;QD=52.695;RBI=0.0316278;REFB=0.00622327;REVB=-0.0188289;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447542;STB=0.5238;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000577773;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:2:0:29:20:2:0 chr17 30183857 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.847;QD=59.4355;RBI=0.0515681;REFB=0;REVB=0.00450254;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288852;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr17 30222002 . T C 777.91 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.326;QD=63.5027;RBI=0.00989413;REFB=0;REVB=-0.0062924;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66708e-05;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr17 30293147 . TCCTTT CATTTC,TCC,TCCTT 66.72 PASS AF=0.545455,0.0909091,0.363636;AO=2,2,2;DP=10;FAO=6,1,4;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,3;FSAR=6,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232902,0.0748575,0.172843;FXX=0.0832639;HRUN=3,14,14;LEN=6,3,1;MLLD=205.17,6.52464,3.24711;QD=24.2615;RBI=0.142901,0.326192,0.870735;REFB=0,0,0;REVB=-0.14099,-0.317487,-0.853408;RO=1;SAF=0,1,2;SAR=2,1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.25849,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.00381661,0.263689,-0.195635;OID=.,.,.;OPOS=30293147,30293150,30293150;OREF=TCCTTT,TTT,T;OALT=CATTTC,-,-;OMAPALT=CATTTC,TCC,TCCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:10:11:1:0:2,2,2:6,1,4:0.545455,0.0909091,0.363636:2,1,0:0,1,2:1:0:6,0,1:0,1,3:0:0 chr17 30372739 . C T 212.49 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00876018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.835;QD=10.2407;RBI=0.0301066;REFB=-0.00218542;REVB=-0.028804;RO=52;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644381;STB=0.560454;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00466834;OID=.;OPOS=30372739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:52:56:27:27:0.325301:13:14:24:28:13:14:24:32 chr17 30535247 . C T 385.39 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00707211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.368;QD=23.3571;RBI=0.00977076;REFB=0.000799396;REVB=0.00674189;RO=27;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464512;STB=0.533963;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000624035;OID=.;OPOS=30535247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:16:22:14:13:16:22:14:14 chr17 30625205 . G A 549.12 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0020952;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.672;QD=17.4325;RBI=0.00447653;REFB=-0.0149096;REVB=-0.00395594;RO=68;SAF=29;SAR=29;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428022;STB=0.523801;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0174194;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:68:58:58:0.460317:29:29:37:31:29:29:37:31 chr17 31318933 . A ACTG 108.59 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=39;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000617331;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.373;QD=12.0658;RBI=0.0213351;REFB=-0.0214098;REVB=0.0213261;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181336;STB=0.64263;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.0367679;OID=.;OPOS=31318934;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:11:39:13:36:23:4:9:12:11:99:27:4:7:14:13 chr17 31618732 . A G 306.1 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.963;QD=53.2342;RBI=0.0293747;REFB=0;REVB=-0.0289007;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030305;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 32483237 . A G 242.51 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0027218;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.57;QD=12.4362;RBI=0.0119669;REFB=-0.0030464;REVB=0.0116533;RO=49;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293146;STB=0.667705;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00497208;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:49:29:29:0.371795:11:18:17:32:11:18:17:32 chr17 32483270 . C G 273.38 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.113163;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3251;QD=12.5691;RBI=0.116146;REFB=-0.00712075;REVB=0.0261536;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42753;STB=0.634616;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0098667;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:55:32:32:0.367816:14:18:5:36:14:18:19:36 chr17 32904586 . C T 1419.23 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00795292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7489;QD=61.7057;RBI=0.0250532;REFB=-0.0584611;REVB=-0.0237574;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00458385;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:48:43:0:1:48:43:0:1 chr17 32953258 . G A 274.51 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0163112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6056;QD=19.9646;RBI=0.0702806;REFB=-0.00695657;REVB=0.0683616;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322623;STB=0.678714;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00913564;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:11:18:6:20:11:18:6:20 chr17 33269648 . C G 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00336677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.632;QD=11.2669;RBI=0.014984;REFB=-0.0146024;REVB=-0.0146009;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811725;STB=0.547397;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0244255;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:17:19:12:8:17:19 chr17 33288363 . C T 985.94 PASS AF=0.426829;AO=105;DP=245;FAO=105;FDP=246;FR=.;FRO=141;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=53;FSRR=88;FWDB=-0.0187177;FXX=0.0120477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.636;QD=16.0316;RBI=0.0258704;REFB=-0.00832618;REVB=-0.0178584;RO=140;SAF=40;SAR=65;SRF=52;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103905;STB=0.503082;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00961608;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:140:141:105:105:0.426829:65:40:52:88:65:40:53:88 chr17 33288882 . T G 1250.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030801;FXX=0.0470533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.857;QD=61.7518;RBI=0.0368191;REFB=0;REVB=0.0201728;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333792;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:47:34:0:0 chr17 33289937 . A T 376.66 PASS AF=0.450549;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0216319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=16.5566;RBI=0.0221957;REFB=-0.00615572;REVB=0.00497058;RO=48;SAF=26;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191916;STB=0.576139;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0138443;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:48:50:39:41:0.450549:13:26:23:25:15:26:25:25 chr17 33448818 . T C 724.01 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.245;QD=54.6423;RBI=0.0526274;REFB=0.0699883;REVB=-0.0442543;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0023287;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:36:16:1:0:36:16:1:0 chr17 33454415 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.017;QD=57.2026;RBI=0.0409834;REFB=0;REVB=0.0200458;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165355;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 33464864 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6535;QD=57.3854;RBI=0.0506898;REFB=0;REVB=0.0424421;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172223;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr17 33469279 . G C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0163;QD=60.6031;RBI=0.0578909;REFB=0;REVB=-0.0247728;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142041;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 33477242 . G A 272.44 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00415704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1551;QD=24.2168;RBI=0.0476345;REFB=-0.00330633;REVB=0.0474527;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815005;STB=0.553149;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00493286;OID=.;OPOS=33477242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:12:12:12:8:13:12:12:8 chr17 33520663 . C T 645.12 PASS AF=0.52;AO=62;DP=122;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0290829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.344;QD=20.6437;RBI=0.0370237;REFB=-0.0326309;REVB=0.0229114;RO=60;SAF=37;SAR=25;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102743;STB=0.54154;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0246593;OID=.;OPOS=33520663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:60:60:62:65:0.52:25:37:29:31:28:37:29:31 chr17 33679943 . C T 640.18 PASS AF=0.512;AO=63;DP=124;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0386278;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.17;QD=20.4858;RBI=0.0420395;REFB=-0.00384575;REVB=-0.0165894;RO=59;SAF=28;SAR=35;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861775;STB=0.550636;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00242868;OID=.;OPOS=33679943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:59:61:63:64:0.512:35:28:32:27:36:28:33:28 chr17 33680507 . G T 52.69 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182146;FXX=0.221976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.98;QD=30.1066;RBI=0.0353297;REFB=-0.0640196;REVB=0.0302723;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502096;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0165203;OID=.;OPOS=33680507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:7:3:1:6:6:0.857143:5:1:3:0:5:1:1:0 chr17 33680807 . G A 56.63 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00915802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.048;QD=11.3263;RBI=0.0438791;REFB=-0.00109842;REVB=-0.0429128;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477608;STB=0.78504;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00310791;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:9:3:6:2:9:3 chr17 33680840 . T C 601.3 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1954;QD=58.6635;RBI=0.0173115;REFB=-0.157878;REVB=-0.00062808;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00582993;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:15:25:0:1:15:25:0:1 chr17 33689926 . T C 2046.52 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0693082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3888;QD=61.5494;RBI=0.0717076;REFB=0.0247257;REVB=-0.0183945;RO=1;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812436;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00375054;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:58:74:0:1:58:74:0:1 chr17 33690466 . C A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000766228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.77;QD=15.7844;RBI=0.0164582;REFB=-0.0162037;REVB=0.0164404;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.578829;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0212629;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:7:10:10:4:7:10 chr17 33749546 . A G 181.05 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0238379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.92;QD=16.4592;RBI=0.0252882;REFB=-0.00958262;REVB=0.0084409;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073141;STB=0.535943;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0178506;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:11:8:8:15:11:8:9:16 chr17 33768199 . G A 521.69 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=-0.00935542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.605;QD=16.9654;RBI=0.0178968;REFB=-0.0156244;REVB=0.0152569;RO=67;SAF=29;SAR=27;SRF=48;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196991;STB=0.609105;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.023495;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:27:29:48:19:27:29:48:19 chr17 33768334 . T G 177.91 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00313468;FXX=0.0285673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.506;QD=10.4652;RBI=0.00922464;REFB=-0.0100983;REVB=-0.0086757;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164253;STB=0.527004;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0158734;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:41:44:23:24:0.352941:11:12:22:19:11:13:22:22 chr17 33768354 . C T 732.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0175;QD=55.2497;RBI=0.124724;REFB=0;REVB=0.124488;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00525972;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:1:0:51:53:1:27:24:0:1:29:24:0:0 chr17 33768383 . T A 344.0 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00393588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.596;QD=31.273;RBI=0.00428701;REFB=-0.00763294;REVB=-0.00169921;RO=15;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108127;STB=0.559398;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0073549;OID=.;OPOS=33768383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:20:9:7:8:20:9:7:8 chr17 33769034 . G A 47.97 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00273236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6269;QD=3.04542;RBI=0.0265791;REFB=0.00674525;REVB=-0.0264383;RO=54;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506591;STB=0.86399;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0253919;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:8:1:27:27:8:1:27:27 chr17 33772550 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00753322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.236;QD=22.0719;RBI=0.0085952;REFB=0.00241695;REVB=0.00413861;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279185;STB=0.515429;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00161527;OID=.;OPOS=33772550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:17:14:10:14:17:14:10:14 chr17 33802156 . T G 1951.69 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.918;QD=61.9584;RBI=0.0237533;REFB=0;REVB=0.0227633;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07766e-05;OID=.;OPOS=33802156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:55:71:0:0:55:71:0:0 chr17 33805150 . T C 1587.68 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1468;QD=64.1488;RBI=0.0362826;REFB=0;REVB=0.0334508;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152744;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:58:41:0:0:58:41:0:0 chr17 33805180 . G C 1413.81 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.961;QD=62.8358;RBI=0.0394661;REFB=0;REVB=0.033311;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238605;OID=.;OPOS=33805180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:52:37:0:0:52:38:0:0 chr17 33806332 . C T 602.6 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0086666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4993;QD=21.9128;RBI=0.00991189;REFB=-0.0113356;REVB=0.00480995;RO=50;SAF=33;SAR=27;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251922;STB=0.513808;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00948856;OID=.;OPOS=33806332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:27:33:29:21:27:33:29:21 chr17 33806812 . C T 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0244525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.554;QD=24.8405;RBI=0.0264226;REFB=0.000213269;REVB=-0.0100114;RO=35;SAF=18;SAR=30;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266071;STB=0.514557;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000232624;OID=.;OPOS=33806812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:30:18:12:23:30:18:12:23 chr17 33806841 . AG A 325.94 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.000652646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.001;QD=15.3382;RBI=0.00250729;REFB=-0.0112412;REVB=-0.00242086;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124633;STB=0.507038;STBP=0.922;TYPE=del;VARB=0.0204157;OID=.;OPOS=33806842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423529:36:85:36:85:49:15:21:21:28:99:49:15:21:21:28 chr17 33875262 . T A 357.7 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0068755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.768;QD=20.7359;RBI=0.00697493;REFB=-0.0154284;REVB=-0.00117351;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238799;STB=0.607115;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0153606;OID=.;OPOS=33875262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:32:34:37:0.536232:15:19:9:23:18:19:9:23 chr17 33901965 . C G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00473508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.837;QD=13.2307;RBI=0.0457263;REFB=-0.00403357;REVB=0.0454804;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961007;STB=0.505611;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00568047;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:19:10:6:11:19:10 chr17 34050934 . C T 476.73 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00563631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7546;QD=19.4581;RBI=0.0289872;REFB=-0.00116178;REVB=0.0284339;RO=51;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635196;STB=0.535334;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00148849;OID=.;OPOS=34050934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:28:19:24:27:28:19:24:27 chr17 34069578 . C T 168.55 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0602737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.957;QD=15.6792;RBI=0.0607645;REFB=-0.0166443;REVB=-0.00770778;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11529;STB=0.581307;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0238499;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:9:8:9:16:9:9:9:16 chr17 34070289 . C T 168.16 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0498422;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1008;QD=10.3486;RBI=0.0535733;REFB=-0.0164167;REVB=0.0196431;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282857;STB=0.671081;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0131783;OID=.;OPOS=34070289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:14:8:26:16:14:8:27:16 chr17 34070299 . G A 188.82 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00836999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.861;QD=11.1073;RBI=0.0309031;REFB=-0.00743906;REVB=0.0297481;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2625;STB=0.652049;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0141773;OID=.;OPOS=34070299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:15:9:27:17:15:9:27:17 chr17 34072555 . G A 493.86 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.014308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.459;QD=14.6328;RBI=0.015396;REFB=0.00578638;REVB=-0.00568483;RO=80;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121511;STB=0.500684;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0078132;OID=.;OPOS=34072555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:31:24:35:45:31:24:35:45 chr17 34073301 . C T 659.28 PASS AF=0.380711;AO=73;DP=195;FAO=75;FDP=197;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00238578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.265;QD=13.3864;RBI=0.00277277;REFB=-0.00108512;REVB=-0.00141291;RO=111;SAF=34;SAR=39;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05122;STB=0.547799;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00151522;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:111:122:73:75:0.380711:39:34:57:54:39:36:68:54 chr17 34077232 . G A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0149886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.447;QD=13.7265;RBI=0.05585;REFB=-0.0100499;REVB=0.0538011;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.568008;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0174652;OID=.;OPOS=34077232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:20:16:14:11:20:16 chr17 34079822 . C T 37.32 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0873131;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0699;QD=5.74229;RBI=0.0979729;REFB=0.0261157;REVB=0.0444421;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329408;STB=0.72495;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0326642;OID=.;OPOS=34079822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:12:8:1:5:12:8 chr17 34091078 . C G 708.94 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.018522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5192;QD=23.436;RBI=0.0568908;REFB=-0.0413334;REVB=-0.0537912;RO=53;SAF=26;SAR=42;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863832;STB=0.547067;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0259597;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:42:26:15:38:42:26:15:38 chr17 34091523 . CGA C 714.29 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0362161;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.731;QD=19.1756;RBI=0.036841;REFB=-0.023548;REVB=-0.0067567;RO=76;SAF=39;SAR=32;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406342;STB=0.521466;STBP=0.635;TYPE=del;VARB=0.0328781;OID=.;OPOS=34091524;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47651:71:149:71:149:78:39:32:46:32:99:76:39:32:45:31 chr17 34093597 . T C 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0233107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.309;QD=19.577;RBI=0.0240323;REFB=-0.0303094;REVB=-0.00584476;RO=31;SAF=9;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206228;STB=0.615311;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0216101;OID=.;OPOS=34093597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:24:9:15:16:24:9:15:16 chr17 34093663 . G A 302.52 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0337955;FXX=0.038956;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.302;QD=16.3527;RBI=0.0382685;REFB=-0.0178957;REVB=0.0179538;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191237;STB=0.614818;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0364925;OID=.;OPOS=34093663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:38:41:32:33:0.445946:19:13:23:15:19:14:26:15 chr17 34093681 . G A 445.7 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0512357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.701;QD=20.4918;RBI=0.0691871;REFB=0.00304122;REVB=0.0464948;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113311;STB=0.562699;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000712043;OID=.;OPOS=34093681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:23:21:26:17:23:21:26:17 chr17 34100348 . C CA 309.3 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00578932;FXX=0.0166639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=257.514;QD=20.9697;RBI=0.00855565;REFB=-0.00913114;REVB=0.00629944;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100204;STB=0.556459;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.00799511;OID=.;OPOS=34100349;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542373:32:61:32:59:27:15:17:16:11:99:29:15:17:17:12 chr17 34100350 . G C,GC 764.42 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=32,22;DP=58;FAO=32,24;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15,14;FSAR=17,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591678,-0.0177874;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=247.732,244.098;QD=54.6015;RBI=0.0178052,0.0292177;REFB=0,0;REVB=0.0167933,0.0231793;RO=3;SAF=15,13;SAR=17,9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0217288,0.0581212;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00882192,0.00888098;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:56:3:0:32,22:32,24:0.571429,0.428571:17,9:15,13:1:2:17,10:15,14:0:0 chr17 34171827 . C T 144.19 PASS AF=0.75;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0116661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.58;QD=28.8374;RBI=0.0227846;REFB=-0.0808199;REVB=-0.0195715;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181062;STB=0.608563;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0377083;OID=.;OPOS=34171827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:4:5:14:15:0.75:8:6:0:4:9:6:0:5 chr17 34182341 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00206147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.439;QD=16.5275;RBI=0.0231902;REFB=-0.0147802;REVB=0.0230984;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302481;STB=0.517074;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0181704;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:13:16:13:12:13:16 chr17 34195739 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0417143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.525;QD=15.6508;RBI=0.0493459;REFB=-0.00713879;REVB=-0.0263617;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570481;STB=0.532831;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0144829;OID=.;OPOS=34195739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:13:8:7:9:13:8 chr17 34215825 . T C 413.68 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00816653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.624;QD=16.3833;RBI=0.0122054;REFB=-0.00218338;REVB=-0.00907078;RO=56;SAF=14;SAR=31;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344974;STB=0.693031;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00238663;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:31:14:37:19:31:14:37:19 chr17 34216624 . G C 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00869247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8117;QD=14.0775;RBI=0.0768333;REFB=-0.00535479;REVB=0.07634;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.013893;OID=.;OPOS=34216624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:9:7:8:4:9:7 chr17 34257637 . T C 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00702181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.385;QD=23.488;RBI=0.0268464;REFB=-0.0121046;REVB=0.0259119;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120124;OID=.;OPOS=34257637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:17:17:12:12:17:17:12:12 chr17 34264859 . A G 1529.91 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.098;QD=63.7462;RBI=0.0440787;REFB=0;REVB=0.0108041;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47205e-05;OID=.;OPOS=34264859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:54:39:0:0:57:39:0:0 chr17 34328461 . A G 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00620652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.941;QD=21.9526;RBI=0.0152616;REFB=-0.0106934;REVB=-0.0139426;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353366;STB=0.694653;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0055304;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:21:11:20:5:21:11:20:5 chr17 34340284 . C T 557.11 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00637244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.456;QD=21.4274;RBI=0.00779572;REFB=-0.0177178;REVB=-0.00449057;RO=48;SAF=25;SAR=31;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611966;STB=0.533578;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0129556;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:31:25:18:30:31:25:18:30 chr17 34431287 . G T 1724.43 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.487;QD=59.9803;RBI=0.0185623;REFB=0;REVB=0.0103459;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012676;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:110:115:1:65:45:0:0:66:49:0:0 chr17 34431961 . T C 105.17 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0508328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.014;QD=32.3591;RBI=0.0609758;REFB=-0.0163735;REVB=-0.033676;RO=2;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253844;STB=0.644841;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00645556;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:1:10:1:1:1:10:1:1 chr17 34539815 . G C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.525;QD=61.3339;RBI=0.0482256;REFB=0;REVB=0.0480266;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007374;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr17 34863343 . G A 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.029148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.249;QD=28.8058;RBI=0.0291494;REFB=-0.0222235;REVB=-0.000284051;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773327;STB=0.542506;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0145376;OID=.;OPOS=34863343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:6:11:15:13:6:11 chr17 34871721 . T C 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.139;QD=54.634;RBI=0.0403285;REFB=-0.0519586;REVB=0.0339439;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00166956;OID=.;OPOS=34871721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:1:0:31:20:1:0 chr17 34893326 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.512;QD=57.5451;RBI=0.0435405;REFB=0;REVB=0.0432152;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166147;OID=.;OPOS=34893326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr17 34958598 . G C 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.114;QD=62.6713;RBI=0.0272347;REFB=0;REVB=0.0243854;RO=0;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92049e-05;OID=.;OPOS=34958598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:57:76:0:0:57:76:0:0 chr17 35478362 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.05;QD=56.9378;RBI=0.0291975;REFB=0;REVB=0.0288696;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150178;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr17 35609866 . C T 786.72 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.461;QD=64.2216;RBI=0.0313586;REFB=0;REVB=0.0217452;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76862e-05;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:32:17:0:0 chr17 35696803 . AG A,AA 530.11 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=5,31;DP=36;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011562,-0.0118257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.358,216.429;QD=58.9012;RBI=0.0334547,0.0406014;REFB=0,0;REVB=0.0313933,0.038841;RO=0;SAF=1,13;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0106197,0.00180268;OID=.,.;OPOS=35696804,35696804;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:5,31:36:1,35:36:0:1,13:0,22:0:0:6:0:1,13:4,18:0:0 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 380.7 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=19,8;DP=28;FAO=20,8;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817601,0.00608012;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=177.36,80.1874;QD=54.3863;RBI=0.0871232,0.0123151;REFB=0,0;REVB=0.0300954,0.0107095;RO=0;SAF=3,7;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000754635,0.00956687;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.285714:19,8:28:20,8:28:0:4,7:16,1:0:0:53:0:3,7:16,1:0:0 chr17 35743010 . C G 885.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5331;QD=58.0605;RBI=0.0458153;REFB=0;REVB=0.0119726;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260442;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:33:28:0:0 chr17 35771468 . C T 582.32 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0501655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3902;QD=58.2317;RBI=0.0769226;REFB=-0.00850493;REVB=0.0583139;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000438452;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr17 35873399 . TA T 1232.94 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6274;QD=49.3175;RBI=0.00244566;REFB=0;REVB=0.001001;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.67659e-05;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:100:100:100:0:44:56:0:0:22:0:44:54:0:0 chr17 35902225 . C G 1009.05 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.739;QD=57.6601;RBI=0.209621;REFB=0;REVB=-0.00285293;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012099;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:62:70:1:37:25:0:0:37:33:0:0 chr17 35937637 . T C 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00338457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.874;QD=14.9204;RBI=0.0322384;REFB=-0.00553794;REVB=-0.0320602;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131544;STB=0.507457;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00707907;OID=.;OPOS=35937637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:15:22:17:11:15:22 chr17 35984410 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0229467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.016;QD=22.9085;RBI=0.0323563;REFB=-0.0217132;REVB=0.0228119;RO=16;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374483;STB=0.531219;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0136082;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:17:4:3:13:17:4:4:13 chr17 35988672 . C T 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0327488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7261;QD=9.93913;RBI=0.0361746;REFB=0.0133674;REVB=0.0153661;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336832;STB=0.696166;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0250966;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:14:8:30:15:14:8:30:15 chr17 35995638 . T A 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0154282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.716;QD=15.3939;RBI=0.020873;REFB=-0.00788579;REVB=0.0140589;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903686;STB=0.551075;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0112953;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:23:18:31:28:23:18:31:28 chr17 36003359 . A G 269.59 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0242494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.467;QD=14.189;RBI=0.0289773;REFB=-0.00865583;REVB=-0.0158635;RO=45;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121694;STB=0.569349;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0219957;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:20:11:21:24:20:11:21:24 chr17 36353761 . C T 184.9 PASS AF=0.206897;AO=30;DP=145;FAO=30;FDP=145;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.0231169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.851;QD=5.1008;RBI=0.0236095;REFB=0.00100018;REVB=-0.00479768;RO=115;SAF=11;SAR=19;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078966;STB=0.549364;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00326021;OID=.;OPOS=36353761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:115:115:30:30:0.206897:19:11:49:66:19:11:49:66 chr17 36358847 . T A 3491.35 PASS AF=0.850993;AO=257;DP=300;FAO=257;FDP=302;FR=.;FRO=45;FSAF=125;FSAR=132;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00768632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8077;QD=46.243;RBI=0.0226829;REFB=0.00528757;REVB=0.0213409;RO=43;SAF=125;SAR=132;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184188;STB=0.506255;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.000767717;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:43:45:257:257:0.850993:132:125:18:25:132:125:20:25 chr17 36365172 . C T 69.17 PASS AF=0.123077;AO=16;DP=130;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0319883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.612;QD=2.12837;RBI=0.0342379;REFB=0.000416273;REVB=-0.0122058;RO=113;SAF=6;SAR=10;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181602;STB=0.63202;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00293796;OID=.;OPOS=36365172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:130:130:113:114:16:16:0.123077:10:6:59:54:10:6:60:54 chr17 36387082 . C T 41.78 PASS AF=0.0956522;AO=11;DP=115;FAO=11;FDP=115;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.064527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5312;QD=1.45326;RBI=0.0665268;REFB=-0.00257349;REVB=0.0161891;RO=103;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771528;STB=0.556187;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0659092;OID=.;OPOS=36387082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:115:115:103:104:11:11:0.0956522:7:4:44:59:7:4:44:60 chr17 36617210 . A G 3027.82 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.124;QD=63.4098;RBI=0.00768189;REFB=0;REVB=0.00548808;RO=0;SAF=118;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03918e-05;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:0:0:190:191:1:72:118:0:0:73:118:0:0 chr17 36623133 . AC A 33.64 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0193167;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.159;QD=3.63623;RBI=0.156525;REFB=0.0234691;REVB=-0.155328;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308479;STB=0.712342;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=-0.142357;OID=.;OPOS=36623134;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:9:36:10:37:27:1:9:7:20:33:22:1:8:6:16 chr17 36635721 . C T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.141;QD=57.1752;RBI=0.0605071;REFB=0;REVB=0.0600574;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406964;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr17 36636059 . C CG 55.35 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.267671;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.8988;QD=27.6756;RBI=0.267671;REFB=0;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0611079;OID=.;OPOS=36636060;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:8:8:0:8:0:0:0:3:2:6:0:2:0 chr17 36646386 . A G 2809.18 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.516;QD=62.775;RBI=0.0545182;REFB=0;REVB=0.0545018;RO=0;SAF=76;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.40016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75204e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:103:76:0:0:103:76:0:0 chr17 36699322 . A G 500.61 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.039;QD=58.8953;RBI=0.162889;REFB=0;REVB=0.162876;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120228;OID=.;OPOS=36699322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:11:21:0:0:13:21:0:0 chr17 36704829 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.555;QD=57.883;RBI=0.0330127;REFB=0;REVB=0.0261187;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110171;OID=.;OPOS=36704829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr17 36861983 . T C 519.12 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0781184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8047;QD=59.3282;RBI=0.0787898;REFB=0;REVB=0.0102641;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107158;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr17 36906480 . G A 710.16 PASS AF=0.931034;AO=52;DP=57;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.195142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3186;QD=48.9763;RBI=0.201442;REFB=-0.052166;REVB=0.049984;RO=5;SAF=16;SAR=36;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126585;STB=0.549981;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00816507;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:58:5:4:52:54:0.931034:36:16:5:0:36:18:4:0 chr17 36909061 . A G 712.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.011;QD=61.9727;RBI=0.0307854;REFB=0;REVB=0.0084126;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244495;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:16:27:0:0:18:28:0:0 chr17 36922839 . C G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00355689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.969;QD=17.7534;RBI=0.0155299;REFB=0.0110011;REVB=-0.0151171;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104607;STB=0.558576;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0168298;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:20:7:9:16:20:7 chr17 36926731 . T G 183.43 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0415289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5653;QD=11.8339;RBI=0.0429258;REFB=-0.0224837;REVB=0.0108614;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970709;STB=0.505613;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0344718;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:12:11:19:20:12:11:19:20 chr17 36926767 . G A 165.08 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0284248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.585;QD=11.3847;RBI=0.0326886;REFB=-0.00900941;REVB=0.0161424;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306013;STB=0.506573;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0120543;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:37:20:21:0.362069:10:10:19:17:10:11:19:18 chr17 36990036 . GC G 216.0 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.268863;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.9986;QD=12.169;RBI=0.285945;REFB=0.046325;REVB=-0.0973525;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=-0.10322;STB=0.60307;STBP=0.099;TYPE=del;VARB=-0.068526;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464789:32:72:33:71:38:12:21:21:17:99:33:12:20:16:17 chr17 37017938 . G A 278.72 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0296836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4998;QD=18.8959;RBI=0.0303867;REFB=-0.0219212;REVB=-0.00649885;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239909;STB=0.625342;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0218608;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:26:29:30:30:0.508475:19:11:17:9:19:11:18:11 chr17 37017969 . T G 242.21 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0186926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1976;QD=14.9052;RBI=0.0206038;REFB=-0.00113904;REVB=-0.00866608;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12298;STB=0.569782;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00194914;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:19:18:17:11:19:18 chr17 37054772 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0467212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.981;QD=21.0082;RBI=0.0474897;REFB=-0.0164078;REVB=0.00850864;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945984;STB=0.552596;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.013702;OID=.;OPOS=37054772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:10:20:14:11:10:20:14:11 chr17 37054884 . A G 180.9 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0297346;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.207;QD=15.7304;RBI=0.0422897;REFB=-0.0112754;REVB=0.030071;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130074;STB=0.583249;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0316605;OID=.;OPOS=37054884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:17:9:9:10:18:9 chr17 37055041 . CTGT C 159.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00669842;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.052;QD=15.2165;RBI=0.0130181;REFB=-0.00828888;REVB=-0.0111625;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428787;STB=0.505611;STBP=0.958;TYPE=del;VARB=0.0203039;OID=.;OPOS=37055042;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:17:45:17:42:25:8:9:12:13:99:22:7:10:10:12 chr17 37055077 . G A 119.1 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0193897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.884;QD=14.0117;RBI=0.0202765;REFB=-0.0256576;REVB=-0.00593088;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0450477;OID=.;OPOS=37055077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:20:20:12:14:0.411765:7:5:10:10:7:7:10:10 chr17 37070658 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0464621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3132;QD=23.7581;RBI=0.0820872;REFB=-0.00792155;REVB=-0.0676725;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059747;STB=0.533307;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00512867;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:10:16:12:10:10:16:12:10 chr17 37076331 . G A 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0064386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.419;QD=21.5129;RBI=0.0398245;REFB=-0.0473623;REVB=-0.0393006;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16938;STB=0.595635;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0340789;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:7:8:6:12:7:8 chr17 37101380 . T C 911.77 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.128;QD=55.2587;RBI=0.0272442;REFB=0.00805664;REVB=0.0168892;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262242;STB=0.513885;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=7.15396e-06;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:0:2:35:29:0:2 chr17 37349710 . C G 910.06 PASS AF=0.480198;AO=90;DP=197;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=81;FSRF=33;FSRR=72;FWDB=0.0190816;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.344;QD=18.0209;RBI=0.0319382;REFB=-0.0312839;REVB=0.0256113;RO=104;SAF=15;SAR=75;SRF=32;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205723;STB=0.618486;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.039539;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:202:104:105:90:97:0.480198:75:15:32:72:81:16:33:72 chr17 37898543 . T C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.913;QD=64.4096;RBI=0.0700867;REFB=0;REVB=0.0447331;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18099e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:12:38:0:0:12:38:0:0 chr17 38077351 . TA T 34.56 PASS AF=0.305556;AO=12;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0308952;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4887;QD=3.8398;RBI=0.0484534;REFB=-0.0595327;REVB=-0.0373258;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218669;STB=0.792977;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.100931;OID=.;OPOS=38077352;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:12:37:11:36:25:1:10:9:16:34:23:2:10:7:16 chr17 38121993 . G A 1760.64 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581624;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3955;QD=58.6881;RBI=0.0115966;REFB=-0.0640799;REVB=0.0100326;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00575636;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:114:120:0:0:114:120:1:65:49:0:0:71:49:0:0 chr17 38122680 . G T 388.06 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0146889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.152;QD=26.7627;RBI=0.0185354;REFB=-0.0283183;REVB=0.0113048;RO=21;SAF=13;SAR=24;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213535;STB=0.511669;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0169924;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:24:13:8:13:24:13:8:13 chr17 38122686 . G A 349.26 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0157139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1001;QD=25.4004;RBI=0.0865001;REFB=0.00392001;REVB=0.0850608;RO=21;SAF=11;SAR=23;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448048;STB=0.524595;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00127044;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:23:11:8:13:23:11:8:13 chr17 38131187 . C A 989.58 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.183;QD=59.0793;RBI=0.0615067;REFB=0;REVB=0.0505342;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091686;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:64:67:1:33:31:0:0:36:31:0:0 chr17 38239012 . T C 162.28 PASS AF=0.5;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00719495;FXX=0;HRUN=26;LEN=1;MLLD=43.8509;QD=18.0309;RBI=0.0348716;REFB=-0.0494484;REVB=-0.0341213;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180671;STB=0.594959;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00376597;OID=.;OPOS=38239012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:36:14:18:17:18:0.5:5:12:7:7:5:13:10:8 chr17 38246286 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0307247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.56;QD=12.0242;RBI=0.031361;REFB=-0.00855109;REVB=-0.00628512;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353834;STB=0.699766;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0226393;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:1:19:9:3:1:19 chr17 38273561 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000170594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.782;QD=9.10001;RBI=0.0151306;REFB=-0.0058131;REVB=0.0151297;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0110304;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr17 38350583 . G A 83.53 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0222594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.155;QD=20.8821;RBI=0.0785329;REFB=-0.0419876;REVB=0.0753123;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296836;STB=0.674571;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0346073;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:2:4:9:1:2:4 chr17 38457151 . G A 1010.44 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0566084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.262;QD=56.1355;RBI=0.0651136;REFB=-0.0115125;REVB=0.0321756;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236208;STB=0.512192;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000715396;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:72:2:2:68:70:0.972222:39:29:0:2:40:30:0:2 chr17 38640744 . C T 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0191219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.187;QD=23.3811;RBI=0.0214801;REFB=-0.00643185;REVB=0.009785;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39929;STB=0.726997;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00736327;OID=.;OPOS=38640744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:8:6:16:3:8:6 chr17 38645125 . A G 499.69 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0474909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8439;QD=18.3372;RBI=0.0605597;REFB=-0.0272331;REVB=-0.0375778;RO=55;SAF=16;SAR=37;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837118;STB=0.543022;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0243997;OID=.;OPOS=38645125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:37:16:21:34:37:16:21:35 chr17 38787037 . A G 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0351379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.378;QD=16.1124;RBI=0.0368077;REFB=-0.0204726;REVB=0.0109604;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0239649;OID=.;OPOS=38787037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:17:12:12:12:17:12 chr17 38855772 . T C 204.99 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00600645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.41;QD=10.6487;RBI=0.0062007;REFB=-0.0221828;REVB=-0.0015399;RO=51;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353368;STB=0.703489;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0382413;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:10:16:15:36:10:16:15:36 chr17 38857446 . C A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00345246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.061;QD=18.3453;RBI=0.0119962;REFB=-0.0078521;REVB=0.0114887;RO=46;SAF=26;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474324;STB=0.526491;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0102266;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:15:26:27:19:15:26:27:19 chr17 38858134 . CA C 319.75 PASS AF=0.485714;AO=35;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=0;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=36;FWDB=0;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.133;QD=18.2716;RBI=0.00168473;REFB=0.00627961;REVB=0.00168473;RO=36;SAF=0;SAR=35;SRF=0;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00577364;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:35:71:34:70:36:0:34:0:36:99:36:0:35:0:36 chr17 38911212 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.501;QD=59.8394;RBI=0.0251893;REFB=0;REVB=-0.0251506;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311641;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr17 38911363 . G A 843.27 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.08;QD=57.1706;RBI=0.0228222;REFB=0;REVB=0.0215262;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149294;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:33:26:0:0 chr17 38935812 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.861;QD=61.8519;RBI=0.0123921;REFB=0;REVB=-0.00413818;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9996e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:57:26:0:0:57:26:0:0 chr17 38936659 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.124;QD=61.049;RBI=0.0198485;REFB=0;REVB=0.00241844;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23557e-05;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr17 38955961 . G A 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0280824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.906;QD=8.80863;RBI=0.0287171;REFB=-0.00724048;REVB=-0.00600439;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0144498;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:12:11:5:5:12:11 chr17 38978536 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.367;QD=42.1826;RBI=0.00417993;REFB=0;REVB=0.000189473;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73112e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 38990834 . G C 1069.43 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.186;QD=59.4127;RBI=0.0473186;REFB=0;REVB=0.0288695;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845465;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:62:72:1:27:35:0:0:30:42:0:0 chr17 38991003 . T C 913.21 PASS AF=0.546012;AO=89;DP=163;FAO=89;FDP=163;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.000142272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.396;QD=22.41;RBI=0.011767;REFB=-0.0135789;REVB=0.0117661;RO=72;SAF=32;SAR=57;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737189;STB=0.535203;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0112717;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:72:74:89:89:0.546012:57:32:32:40:57:32:32:42 chr17 38991032 . T A 915.45 PASS AF=0.549383;AO=89;DP=162;FAO=89;FDP=162;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0292312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5215;QD=22.6037;RBI=0.0325836;REFB=-0.0191254;REVB=0.0143953;RO=73;SAF=31;SAR=58;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091285;STB=0.549914;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0154379;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:73:73:89:89:0.549383:58:31:33:40:58:31:33:40 chr17 39081713 . A G 1958.14 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.58;QD=61.6736;RBI=0.0208774;REFB=0;REVB=0.0170285;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025561;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:71:55:0:0:72:55:0:0 chr17 39084504 . T C 786.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.128;QD=57.2232;RBI=0.0737477;REFB=0;REVB=0.067609;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317737;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:32:19:0:0:36:19:0:0 chr17 39135205 . A G 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0113037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.965;QD=18.9474;RBI=0.0160267;REFB=-0.0265184;REVB=0.0113614;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813953;STB=0.545422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0266216;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:16:11:14:14:16:11 chr17 39135207 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0028038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.937;QD=18.9486;RBI=0.00298015;REFB=-0.0269101;REVB=0.00100994;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996706;STB=0.545422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0158177;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:14:14:16:10:14:14:16:11 chr17 39137297 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00582881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.851;QD=12.4824;RBI=0.0174665;REFB=-0.00514033;REVB=0.0164652;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00507611;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:12:7:4:8:12:7 chr17 39150167 . G A 186.72 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00997175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.514;QD=19.6548;RBI=0.0281552;REFB=-0.0161155;REVB=0.0263302;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113406;STB=0.563695;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0101536;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:6:13:15:4:6:13:15:4 chr17 39150284 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0263107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.313;QD=14.42;RBI=0.0584313;REFB=-0.00179662;REVB=-0.0521725;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510428;STB=0.528946;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00295935;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:12:25:17:10:12:25 chr17 39150357 . A G 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0157493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.37;QD=22.8806;RBI=0.0205948;REFB=-0.0115719;REVB=-0.0132706;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647629;STB=0.535581;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0128;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:23:12:7:19:23:12:7:19 chr17 39156027 . G A 279.59 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0171902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.471;QD=14.7153;RBI=0.0219791;REFB=-0.00956357;REVB=0.0136958;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242454;STB=0.63717;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0109798;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:12:20:17:27:12:20:17:27 chr17 39186031 . C T 315.73 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0184914;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.432;QD=17.0663;RBI=0.018703;REFB=-0.00862622;REVB=-0.00280514;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170741;STB=0.596001;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0110575;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:21:19:22:12:21:19 chr17 39186168 . A C 271.4 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.013677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.971;QD=23.6;RBI=0.0363745;REFB=-0.00443626;REVB=-0.0337053;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358603;STB=0.519984;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00548612;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:11:10:13:12:11:10 chr17 39186220 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00625622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.918;QD=18.0353;RBI=0.0252432;REFB=-0.00964898;REVB=0.0244556;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0110411;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:12:15:12:10:12:15 chr17 39190758 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0208275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.4;QD=13.6609;RBI=0.0409792;REFB=0.00423222;REVB=-0.0352918;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578074;STB=0.515673;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0083657;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:13:14:0.4:8:5:7:14:9:5:7:14 chr17 39190953 . GG CA 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0127538;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=250.133;QD=15.2931;RBI=0.0127949;REFB=-0.0225391;REVB=0.00102514;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400241;STB=0.736288;STBP=0.074;TYPE=mnp;VARB=0.0332948;OID=.;OPOS=39190953;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:3:6:2:7:3:6 chr17 39197176 . G A 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.116736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.983;QD=14.6559;RBI=0.117413;REFB=-0.0302126;REVB=0.0125959;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0443909;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:8:9:7:6:8:9 chr17 39197499 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0217576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.968;QD=10.3903;RBI=0.0224225;REFB=-0.0426898;REVB=-0.0054199;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666173;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0773677;OID=.;OPOS=39197499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:5:6:2:5:5:6 chr17 39203455 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00636694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.803;QD=26.0262;RBI=0.0207549;REFB=-0.0683165;REVB=-0.0197541;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00984454;OID=.;OPOS=39203455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr17 39203490 . G C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00592192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3717;QD=26.6375;RBI=0.0157868;REFB=-0.0116672;REVB=0.014634;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377081;STB=0.521026;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00848115;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:4:4:7:9:4:4 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 127.79 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00330224;FXX=0.128172;HRUN=1;LEN=13;MLLD=318.695;QD=15.0344;RBI=0.0383316;REFB=-0.0345375;REVB=-0.0381891;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195583;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=0.0427361;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:37:14:34:20:9:5:8:12:99:18:9:5:8:10 chr17 39216302 . T TG 153.98 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0929619;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3731;QD=10.4392;RBI=0.100458;REFB=-0.0454107;REVB=-0.0380772;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545155;STB=0.521057;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=0.0342087;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:26:60:27:59:32:15:12:19:13:99:32:14:12:19:13 chr17 39296226 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0360621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5307;QD=19.8494;RBI=0.0798334;REFB=-0.0321449;REVB=0.0712242;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349022;STB=0.697418;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0177754;OID=.;OPOS=39296226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:3:10:5:10:3:10 chr17 39324333 . T A 78.87 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0269086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.643;QD=8.30224;RBI=0.042261;REFB=-0.0316732;REVB=-0.0325872;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364363;STB=0.755711;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0259783;OID=.;OPOS=39324333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:38:38:26:27:11:11:0.289474:10:1:7:19:10:1:8:19 chr17 39334456 . G A 753.27 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9344;QD=61.4917;RBI=0.0546755;REFB=-0.0324291;REVB=0.0440643;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.01715;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr17 39340707 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.761;QD=56.1916;RBI=0.0603929;REFB=0;REVB=0.0346484;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404044;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 39341158 . G A 594.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.301;QD=60.9707;RBI=0.0449654;REFB=0;REVB=-0.0362174;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029578;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:13:26:0:0 chr17 39341266 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2688;QD=49.5985;RBI=0.0299204;REFB=0;REVB=-0.0185472;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810681;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr17 39341294 . T A 130.49 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.314;QD=43.4969;RBI=0.0537583;REFB=0;REVB=0.0287228;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103607;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8:12:1:4:4:0:0:5:7:0:0 chr17 39341473 . G C 556.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1936;QD=60.2057;RBI=0.0101445;REFB=0;REVB=0.00860091;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8741e-05;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 39346518 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.643;QD=49.5992;RBI=0.0319864;REFB=0;REVB=0.0304861;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287406;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 39382942 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.859;QD=11.0198;RBI=0.0115791;REFB=-0.0274392;REVB=0.0115791;RO=8;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113908;OID=.;OPOS=39382942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:6:0:0:8:6:0:0:8 chr17 39383335 . C G 278.35 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0413721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.255;QD=27.1563;RBI=0.0415138;REFB=-0.042099;REVB=0.00342713;RO=16;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925917;STB=0.551062;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0276473;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:14:11:5:11:14:11:5:11 chr17 39388811 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.08;QD=11.0925;RBI=0.011262;REFB=-0.0126925;REVB=-0.011262;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173953;OID=.;OPOS=39388811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr17 39388852 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2793;QD=35.5759;RBI=0.00466256;REFB=0;REVB=0.00466256;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431141;OID=.;OPOS=39388852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 39394674 . A G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00064818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.066;QD=10.4362;RBI=0.00878719;REFB=-0.00133865;REVB=0.00876325;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139867;STB=0.508369;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00337273;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:18:15:7:8:18:15 chr17 39394729 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0875376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8172;QD=12.0517;RBI=0.0926947;REFB=0.00284576;REVB=0.0304873;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00337607;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:6:7:5:4:6:7 chr17 39406409 . C A 737.93 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00662267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5764;QD=20.6413;RBI=0.0366633;REFB=-0.0362102;REVB=0.0360602;RO=71;SAF=36;SAR=36;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444456;STB=0.524469;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0434499;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:71:71:72:72:0.503497:36:36:39:32:36:36:39:32 chr17 39406447 . A G 625.51 PASS AF=0.442177;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00706498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.154;QD=17.0206;RBI=0.0312969;REFB=-0.0098162;REVB=-0.030489;RO=82;SAF=32;SAR=33;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564636;STB=0.531469;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0122186;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:82:82:65:65:0.442177:33:32:45:37:33:32:45:37 chr17 39406567 . C A 482.58 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00256497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.329;QD=16.0861;RBI=0.00633456;REFB=-0.00352715;REVB=0.00579202;RO=67;SAF=34;SAR=19;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12395;STB=0.569431;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00337616;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:19:34:35:32:19:34:35:32 chr17 39406589 . A G 1788.99 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015675;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.944;QD=61.162;RBI=0.0156971;REFB=0;REVB=0.00083199;RO=0;SAF=76;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4881e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:41:76:0:0:41:76:0:0 chr17 39406673 . T G 657.95 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0200819;FXX=0.0144917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.072;QD=19.3514;RBI=0.0220237;REFB=-0.024893;REVB=-0.00904209;RO=68;SAF=35;SAR=31;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127516;STB=0.513885;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0205808;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:68:70:66:66:0.485294:31:35:37:31:31:35:39:31 chr17 39412372 . G C 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0273215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.911;QD=23.4431;RBI=0.0282038;REFB=-0.00479611;REVB=-0.00699917;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110969;STB=0.560947;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00619016;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:19:23:13:19:19:23:13:19 chr17 39422677 . C T 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.214;QD=59.8518;RBI=0.0406611;REFB=0;REVB=-0.00537024;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138452;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr17 39432562 . A T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0291712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.874;QD=17.3214;RBI=0.0293983;REFB=-0.0317782;REVB=0.0036474;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10988;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0217871;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:18:16:16:0.470588:8:8:10:6:8:8:10:8 chr17 39458476 . A T 346.08 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0142574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.788;QD=14.42;RBI=0.0291238;REFB=-0.0042573;REVB=-0.0253953;RO=58;SAF=23;SAR=15;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1138;STB=0.564698;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00735218;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:15:23:29:29:15:23:29:29 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0127041;FXX=0;HRUN=1;LEN=13;MLLD=369.204;QD=16.0764;RBI=0.0205832;REFB=-0.0109432;REVB=-0.0161949;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652261;STB=0.542348;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.0127339;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441558:34:80:34:77:43:16:18:17:26:99:42:16:18:17:25 chr17 39458765 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00978448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.888;QD=8.30758;RBI=0.025747;REFB=-0.00240929;REVB=0.0238153;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241269;STB=0.651767;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00437841;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:10:8:2:6:10:8 chr17 39458893 . G A 393.09 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0283098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.285;QD=19.6543;RBI=0.0363103;REFB=-0.0183186;REVB=-0.0227375;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079891;STB=0.549975;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0201106;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:40:40:0.5:20:20:23:16:20:20:24:16 chr17 39464046 . G C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00167255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.739;QD=19.6461;RBI=0.0248392;REFB=-0.0569917;REVB=0.0247828;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124286;STB=0.551626;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0240952;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:7:8:11:11:0.578947:3:8:4:3:3:8:5:3 chr17 39464487 . G C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0149625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.584;QD=17.9198;RBI=0.0169026;REFB=0.00896307;REVB=0.00786252;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245691;STB=0.636285;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00529168;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:8:26:16:16:8:26 chr17 39464736 . C G 120.82 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0812557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9214;QD=15.1019;RBI=0.0813407;REFB=-0.0161347;REVB=0.00371829;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07888;STB=0.545392;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0156386;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:14:4:4:10:14:4 chr17 39465094 . C T 112.17 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00410528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1523;QD=16.6178;RBI=0.0534456;REFB=-0.0312789;REVB=0.0532877;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510189;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0215007;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:1:12:12:1:1:12:13:1 chr17 39465389 . T A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00133793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.297;QD=11.9192;RBI=0.00729031;REFB=-0.0219722;REVB=0.00716648;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0273856;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr17 39471778 . C T 43.63 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0622517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.498;QD=21.8139;RBI=0.0625025;REFB=-0.0605314;REVB=0.00559357;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0151803;OID=.;OPOS=39471778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr17 39471929 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0204945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.09;QD=14.6525;RBI=0.0228693;REFB=-0.0167494;REVB=-0.0101479;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290708;STB=0.666254;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0152864;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:0:5:5:1:0:5 chr17 39503163 . G A 220.23 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0194702;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6388;QD=20.9739;RBI=0.0265135;REFB=-0.0208114;REVB=-0.0179966;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391039;STB=0.714067;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0214638;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:20:22:22:0.52381:4:18:8:11:4:18:9:11 chr17 39534307 . C G 342.55 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.002774;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.468;QD=16.3119;RBI=0.0277596;REFB=-0.010319;REVB=-0.0276206;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245534;STB=0.64237;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0169057;OID=.;OPOS=39534307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:47:36:37:0.440476:18:18:31:10:18:19:36:11 chr17 39535859 . A G 1038.03 PASS AF=0.538043;AO=99;DP=184;FAO=99;FDP=184;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00632467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.93;QD=22.5659;RBI=0.0065611;REFB=-0.00251015;REVB=-0.00174544;RO=83;SAF=50;SAR=49;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394373;STB=0.526772;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0019973;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:83:85:99:99:0.538043:49:50:38:45:49:50:38:47 chr17 39578424 . G T 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0484834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.004;QD=29.6346;RBI=0.0494221;REFB=-0.0299089;REVB=0.00958656;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128023;STB=0.507037;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0140547;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:18:10:6:10:18:10:6:10 chr17 39579059 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00949985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.706;QD=6.90585;RBI=0.0287232;REFB=-0.000580173;REVB=0.0271067;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23876;STB=0.652069;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00273087;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:16:19:8:3:16:19 chr17 39579112 . G A 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0505252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3842;QD=8.46427;RBI=0.0574321;REFB=-0.00636906;REVB=0.0273067;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140005;STB=0.585678;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0137442;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:11:4:14:24:11:4:14:24 chr17 39580559 . T A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0024726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.884;QD=20.342;RBI=0.0232604;REFB=-0.0157788;REVB=-0.0231286;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108666;STB=0.560353;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0151003;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:24:13:16:18:24:13:16:18 chr17 39580562 . T C 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00336323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.777;QD=18.5406;RBI=0.0129597;REFB=-0.016982;REVB=0.0125157;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705493;STB=0.539392;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0294039;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:21:13:16:19:21:13:16:19 chr17 39580660 . T C 113.27 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0114481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.568;QD=17.4257;RBI=0.0116532;REFB=-0.000309316;REVB=0.00217669;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244212;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:4:9:9:4:4:9 chr17 39593768 . A G 1135.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.452;QD=60.5729;RBI=0.0137767;REFB=0;REVB=0.0119677;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20321e-05;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:44:31:0:0 chr17 39595484 . G A 50.14 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=111;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0241468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.196;QD=1.80687;RBI=0.0478042;REFB=-0.00246631;REVB=0.0412574;RO=99;SAF=1;SAR=11;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524139;STB=0.899445;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0402448;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:111:111:99:99:12:12:0.108108:11:1:49:50:11:1:49:50 chr17 39616430 . G T 289.04 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0256599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.2293;QD=25.6925;RBI=0.0556718;REFB=-0.0261555;REVB=0.0494056;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359317;STB=0.539762;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0184811;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:14:12:7:10:14:12:7:12 chr17 39619093 . GT AC 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000882061;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.708;QD=22.8646;RBI=0.0203655;REFB=-0.0294416;REVB=0.0203463;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865746;STB=0.547677;STBP=0.419;TYPE=mnp;VARB=0.0167766;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:20:16:15:12:20:16:15:12 chr17 39619193 . C T 419.39 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.023394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.874;QD=17.6585;RBI=0.0245351;REFB=-0.0114247;REVB=0.00739556;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100199;STB=0.560947;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0166336;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:20:23:22:29:20:23:22:30 chr17 39619219 . G A 470.8 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0232039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.569;QD=20.6945;RBI=0.0236145;REFB=-0.0148864;REVB=0.00438449;RO=45;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12062;STB=0.559783;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0132203;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:45:45:46:0.505495:26:19:25:20:26:20:25:20 chr17 39622068 . G T 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.2359;QD=60.6448;RBI=0.0228561;REFB=0;REVB=-0.011724;RO=0;SAF=40;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118575;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:73:40:0:0:73:40:0:0 chr17 39623363 . T C 508.14 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0102892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.379;QD=26.0584;RBI=0.0107493;REFB=-0.0203254;REVB=0.00311101;RO=31;SAF=27;SAR=20;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178561;STB=0.596976;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0158015;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:20:27:25:6:20:27:25:6 chr17 39624240 . G C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00991106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.56;QD=17.247;RBI=0.0182311;REFB=-0.00861073;REVB=-0.0153017;RO=27;SAF=17;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377276;STB=0.718079;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0050037;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:4:17:13:14:4:17:13:14 chr17 39624326 . G C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0182049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.605;QD=13.7531;RBI=0.0201364;REFB=-0.0110157;REVB=-0.00860563;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196948;STB=0.615836;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.018438;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:13:10:4:11:13:10 chr17 39633317 . A G 355.69 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0924;QD=54.7215;RBI=0.046123;REFB=0;REVB=0.0432744;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122091;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:23:26:1:10:13:0:0:13:13:0:0 chr17 39633349 . G C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0455271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.374;QD=19.8494;RBI=0.0458754;REFB=-0.0182228;REVB=0.00564202;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294963;STB=0.666455;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0129299;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:3:10:6:9:3:10 chr17 39633354 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.010469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.361;QD=17.0999;RBI=0.0330572;REFB=0.0127404;REVB=-0.0313557;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294556;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0170435;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:9:6:10:4:9:6 chr17 39634625 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0220511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.156;QD=23.4331;RBI=0.0222123;REFB=-0.044708;REVB=0.00267152;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188764;STB=0.605176;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0413111;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:13:7:14:10:13:7 chr17 39637244 . A G 243.01 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=70;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00726232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.91;QD=13.5004;RBI=0.0435192;REFB=-0.0363587;REVB=0.042909;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322712;STB=0.503353;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0521932;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:43:43:27:29:0.402778:13:14:21:22:15:14:21:22 chr17 39643646 . G A 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0135259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.038;QD=33.3758;RBI=0.013676;REFB=-0.0434304;REVB=0.00202018;RO=6;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350888;STB=0.519293;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0153146;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:11:8:3:3:11:8:3:3 chr17 39646021 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.32;QD=57.6807;RBI=0.0641371;REFB=0;REVB=0.0344664;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434585;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr17 39659194 . T C 1011.71 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269938;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.499;QD=59.5121;RBI=0.027109;REFB=0;REVB=0.00249664;RO=0;SAF=53;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176581;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:15:53:0:0:15:53:0:0 chr17 39659913 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8417;QD=63.2848;RBI=0.043939;REFB=0;REVB=0.0121772;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726296;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 39670912 . G C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1204;QD=57.1721;RBI=0.0171553;REFB=0;REVB=-0.0153521;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100552;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr17 39674641 . T C 1380.14 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00376903;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.742;QD=59.3609;RBI=0.0151311;REFB=-0.030669;REVB=0.0146542;RO=3;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265584;STB=0.514016;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000669442;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:52:38:0:3:52:38:0:3 chr17 39681475 . A G 717.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561689;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.441;QD=57.4089;RBI=0.063339;REFB=0;REVB=0.0292727;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425052;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr17 39723532 . TG TA,T 53.98 PASS AF=0.0555556,0.25;AO=2,10;DP=36;FAO=2,9;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=0,1;FSAR=2,8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0164844,0.000536498;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=183.473,20.7575;QD=5.99821;RBI=0.017846,0.0650886;REFB=-0.00883071,-0.0662269;REVB=0.00683694,-0.0650864;RO=24;SAF=0,1;SAR=2,9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0.738462;SSEP=0,0;SSSB=-0.570887,-0.648824;STB=0.99595,0.888025;STBP=0.086,0.015;TYPE=snp,del;VARB=-0.0877389,0.138526;OID=.,.;OPOS=39723533,39723533;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.25:2,10:36:2,9:36:25:0,1:2,8:16:9:42:24:0,1:2,9:16:8 chr17 39723990 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6126;QD=43.4851;RBI=0.0788684;REFB=0;REVB=0.0363046;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169358;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 39727816 . T G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2978;QD=52.6104;RBI=0.0919106;REFB=0;REVB=0.0712632;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173604;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr17 39742718 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.644;QD=58.9624;RBI=0.00616019;REFB=0;REVB=0.00592388;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70516e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr17 39742894 . G A 194.86 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.628;QD=45.8496;RBI=0.0352474;REFB=0;REVB=0.00534204;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098959;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:11:4:0:0:12:5:0:0 chr17 39742898 . GC AT 205.02 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720075;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.775;QD=48.2392;RBI=0.0940033;REFB=0;REVB=0.0604281;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00136532;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:11:4:0:0:12:5:0:0 chr17 39743081 . G A 1054.6 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00534068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.501;QD=57.0056;RBI=0.0355632;REFB=-0.197211;REVB=0.0351599;RO=2;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225107;STB=0.511901;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00174509;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:41:31:0:2:41:31:0:2 chr17 39766504 . A G 356.72 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.0431;QD=54.8799;RBI=0.14057;REFB=0;REVB=-0.0298565;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026346;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:17:26:1:10:7:0:0:12:14:0:0 chr17 39767744 . A G 189.61 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0204;QD=47.4022;RBI=0.0383471;REFB=0;REVB=-0.0230908;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000961971;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:8:8:0:0 chr17 39871700 . G A 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351149;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.783;QD=63.8829;RBI=0.0355915;REFB=0;REVB=-0.00580506;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249938;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr17 39874267 . T A 1269.93 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182051;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.885;QD=61.9478;RBI=0.0212398;REFB=0;REVB=0.010941;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43117e-05;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr17 39874283 . T A 1190.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5746;QD=61.0412;RBI=0.031321;REFB=0;REVB=-0.0307247;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327894;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGG 360.68 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=25,3;DP=28;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878395,-0.0483955;FXX=0.0714031;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=302.821,55.2225;QD=55.4893;RBI=0.019979,0.0745259;REFB=0,0;REVB=-0.0179445,-0.0566743;RO=0;SAF=19,2;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00117538,0.0524519;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:25,3:28:24,2:26:0:18,1:6,1:0:0:11:0:19,2:6,1:0:0 chr17 39880340 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.872;QD=49.599;RBI=0.00519135;REFB=0;REVB=-0.00456541;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09303e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:6:12:0:0 chr17 39880545 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.685;QD=58.4187;RBI=0.0567011;REFB=0;REVB=0.00612036;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103256;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr17 39880573 . G A 602.84 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266716;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.625;QD=61.8299;RBI=0.0267556;REFB=0;REVB=0.00211895;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115426;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr17 39881289 . G C 641.18 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380928;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.655;QD=59.6448;RBI=0.0676839;REFB=-0.040855;REVB=0.0559468;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212436;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:2:0:41:43:1:27:14:0:2:29:14:0:0 chr17 39883595 . T C 91.68 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0188631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.085;QD=11.8299;RBI=0.0210811;REFB=-0.00626935;REVB=-0.00941255;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792561;STB=0.54992;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.010479;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:30:31:17:19:11:12:0.387097:7:4:5:12:8:4:5:14 chr17 39883672 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0218181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.196;QD=25.4983;RBI=0.0303797;REFB=-0.0267061;REVB=0.02114;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140018;STB=0.57771;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0198105;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:13:10:10:6:13:10:10:6 chr17 39884065 . C A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00213999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.561;QD=22.7194;RBI=0.0245289;REFB=-0.0290181;REVB=-0.0244354;RO=9;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468103;STB=0.526279;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0171147;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:2:12:8:1:2:12:8:1 chr17 39884091 . G C,T 461.73 PASS AF=0.911765,0.0588235;AO=31,2;DP=34;FAO=31,2;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00853333,0.0370076;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=269.2,25.7398;QD=54.3213;RBI=0.0138901,0.0419908;REFB=-0.0304404,-0.008426;REVB=0.0109598,-0.0198411;RO=0;SAF=15,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.515142,0.5;STBP=0.517,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00427409,0.0101316;OID=.,.;OPOS=39884091,39884091;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:1:31,2:31,2:0.911765,0.0588235:16,2:15,0:0:0:16,2:15,0:0:1 chr17 39884583 . G A 1230.74 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620005;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4989;QD=61.5368;RBI=0.102693;REFB=0;REVB=0.0818647;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110216;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:81:80:1:49:32:0:0:48:32:0:0 chr17 39890715 . A T 1351.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.831;QD=62.1552;RBI=0.0264789;REFB=0;REVB=0.02223;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58158e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:43:44:0:0 chr17 39914003 . C A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0300296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.055;QD=18.6164;RBI=0.0316228;REFB=-0.0169922;REVB=-0.00991097;RO=45;SAF=11;SAR=30;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308992;STB=0.673047;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0156929;OID=.;OPOS=39914003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:30:11:26:19:30:11:26:19 chr17 39925925 . A G 314.28 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0285807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.576;QD=17.2206;RBI=0.0349049;REFB=-0.0101602;REVB=-0.0200375;RO=38;SAF=27;SAR=7;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507875;STB=0.78943;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0319096;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:7:27:10:28:7:27:10:29 chr17 39959189 . C G 408.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.52;QD=56.3625;RBI=0.00787955;REFB=0;REVB=-0.00490604;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98144e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:17:10:0:0:17:12:0:0 chr17 39967442 . T C 245.44 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00245358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.314;QD=23.9455;RBI=0.00420708;REFB=-0.0111842;REVB=0.00341752;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118842;STB=0.553145;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00781858;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:13:9:10:8:13:10:10:8 chr17 39974642 . A G 225.46 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0141354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.979;QD=10.9979;RBI=0.0287421;REFB=0.00279572;REVB=-0.0250259;RO=53;SAF=18;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112773;STB=0.572674;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00675141;OID=.;OPOS=39974642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:10:18:29:24:10:18:29:25 chr17 39983808 . G C 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0319805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0448;QD=17.0935;RBI=0.0362182;REFB=0.00666791;REVB=-0.0170001;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991545;STB=0.555529;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0117872;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:20:21:21:30:20:21:21:30 chr17 39983820 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00421564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.514;QD=15.4716;RBI=0.0140874;REFB=-0.00508479;REVB=-0.0134419;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659173;STB=0.537175;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00619651;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:19:17:20:29:19:17:20:29 chr17 39983849 . G C 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0256851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1895;QD=16.7505;RBI=0.0256874;REFB=-0.00408672;REVB=-0.000343319;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972114;STB=0.55449;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0057719;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:15:24:17:16:15:24 chr17 39987130 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3496;QD=58.2375;RBI=0.017782;REFB=0;REVB=0.0116778;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82889e-05;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 234.85 PASS AF=0.394366;AO=26;DP=75;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.000229433;FXX=0.013887;HRUN=0;LEN=4;MLLD=318.834;QD=13.2308;RBI=0.000809777;REFB=-0.00661634;REVB=-0.000776594;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103791;STB=0.52482;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.00909945;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394366:26:75:28:71:43:10:18:17:26:99:46:9:17:20:26 chr17 39998141 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0337941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.112;QD=9.13236;RBI=0.0374946;REFB=-0.00411791;REVB=-0.0162419;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275029;STB=0.674573;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0171761;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:9:1:5:17:9:1:5:17 chr17 40010979 . G A 207.56 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00722423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.328;QD=15.095;RBI=0.0160635;REFB=-0.00131838;REVB=-0.0143474;RO=31;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584794;STB=0.533305;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00164292;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:8:16:19:12:8:16:19:12 chr17 40048613 . A G 1291.41 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185326;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.442;QD=62.2365;RBI=0.0266916;REFB=0;REVB=0.019209;RO=0;SAF=23;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30735e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:60:23:0:0:60:23:0:0 chr17 40094835 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0267212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.837;QD=15.2679;RBI=0.0281922;REFB=-0.0156936;REVB=-0.00898747;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17194;STB=0.60822;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0222128;OID=.;OPOS=40094835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:17:8:6:27:17:9:6:27 chr17 40113485 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0605558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1762;QD=9.76013;RBI=0.067889;REFB=0.00533051;REVB=0.0306905;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.011695;OID=.;OPOS=40113485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:7:5:2:5:7:5 chr17 40120771 . T G 30.96 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0142612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8696;QD=12.3822;RBI=0.0734752;REFB=-0.0128921;REVB=0.0720779;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0266119;OID=.;OPOS=40120771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr17 40125864 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0133957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.295;QD=14.1702;RBI=0.0152065;REFB=-0.0157423;REVB=0.00719678;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243833;STB=0.642579;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0133071;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:8:4:6:4:8:4 chr17 40126133 . G A 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0154406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.666;QD=16.4179;RBI=0.0425481;REFB=-0.0115853;REVB=-0.0396476;RO=58;SAF=27;SAR=21;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936435;STB=0.552163;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0161419;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:21:27:38:20:21:27:38:20 chr17 40142302 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.000392445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.355;QD=17.9202;RBI=0.0186413;REFB=0.00257154;REVB=0.0186371;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296196;STB=0.664727;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00158686;OID=.;OPOS=40142302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:9:25:13:19:9:25 chr17 40146970 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0381322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2714;QD=11.1976;RBI=0.0434287;REFB=0.00727;REVB=-0.0207844;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492868;STB=0.529363;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0135049;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:12:10:6:6:12:10 chr17 40173851 . A C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00519592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.225;QD=14.0792;RBI=0.00790607;REFB=-0.00241584;REVB=-0.00595889;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.633918;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00601835;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:7:9:4:8:7:9 chr17 40322252 . T C 439.02 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0169532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0842;QD=21.9511;RBI=0.046728;REFB=-0.024978;REVB=-0.0435442;RO=37;SAF=8;SAR=34;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454478;STB=0.75428;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0229114;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:37:42:43:0.5375:34:8:25:12:35:8:25:12 chr17 40689455 . T C 724.17 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.131317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6203;QD=54.6544;RBI=0.135049;REFB=-0.106647;REVB=0.0315289;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00102579;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:1:0:21:31:1:0 chr17 40696233 . C G 581.88 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.11961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.1975;QD=54.1284;RBI=0.130302;REFB=-0.162537;REVB=0.0516904;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302369;STB=0.545431;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0147263;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:1:3:40:40:0.930233:25:15:1:0:25:15:3:0 chr17 40699291 . G A 556.73 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.356;QD=60.1866;RBI=0.0828529;REFB=0;REVB=0.0827127;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475268;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr17 40699332 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.366;QD=63.8685;RBI=0.0166204;REFB=0;REVB=0.0144755;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41439e-05;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr17 40705100 . C T 180.47 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00831493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.193;QD=16.0417;RBI=0.014312;REFB=-0.0165317;REVB=0.0116489;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189915;STB=0.603143;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0193757;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:17:19:0.422222:9:8:17:9:10:9:17:9 chr17 40706906 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00922703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.846;QD=12.8607;RBI=0.0234287;REFB=-0.0104164;REVB=0.0215353;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0079365;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:6:2:4:3:6:2 chr17 40714804 . C A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0164935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2341;QD=18.2488;RBI=0.0362355;REFB=-0.00360549;REVB=-0.0322642;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022323;STB=0.512801;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00706572;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:3:9:10:3:3:9 chr17 40716235 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00910741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.021;QD=10.0339;RBI=0.0343229;REFB=-0.0182488;REVB=-0.0330925;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0247351;OID=.;OPOS=40716235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:5:2:1:4:5:2 chr17 40716520 . A G 502.24 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00405632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.318;QD=22.0764;RBI=0.0149567;REFB=-0.00278505;REVB=-0.0143962;RO=43;SAF=14;SAR=33;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200397;STB=0.613792;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00232073;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:47:48:0.527473:33:14:22:21:34:14:22:21 chr17 40722029 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00832969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.58;QD=16.4077;RBI=0.0170901;REFB=0.00101773;REVB=0.0149227;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163188;STB=0.592731;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00212227;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:21:8:9:12:21:8 chr17 40725379 . A T 127.83 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0209515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.388;QD=6.81775;RBI=0.0212125;REFB=-0.0113684;REVB=0.00331733;RO=56;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321813;STB=0.519642;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0300576;OID=.;OPOS=40725379;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:10:9:28:28:10:9:28:28 chr17 40731597 . T A 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.837;QD=63.3358;RBI=0.0239217;REFB=0;REVB=-0.0140912;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78084e-05;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr17 40766546 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.949;QD=43.4862;RBI=0.0314983;REFB=0;REVB=0.0145631;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225798;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 40811919 . A G 357.59 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9102;QD=55.0132;RBI=0.0397434;REFB=0;REVB=0.0329021;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244235;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr17 40818451 . G A 466.96 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0175609;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.965;QD=53.367;RBI=0.0389211;REFB=0.0042486;REVB=0.0347342;RO=2;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030063;STB=0.516119;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.65133e-05;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:24:9:1:1:24:9:1:1 chr17 40818699 . A G 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00027873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.096;QD=60.7107;RBI=0.0370926;REFB=0;REVB=0.0370915;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111799;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr17 40835922 . A C 3316.76 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677516;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3484;QD=62.2867;RBI=0.00686114;REFB=0;REVB=-0.00108282;RO=0;SAF=78;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102024;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:0:0:212:213:1:134:78:0:0:134:79:0:0 chr17 40849573 . G A 270.63 PASS AF=0.555556;AO=22;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0266037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.726;QD=24.0555;RBI=0.0358203;REFB=-0.0301283;REVB=0.0239862;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170322;STB=0.597098;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0250369;OID=.;OPOS=40849573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:20:20:22:25:0.555556:11:11:6:14:12:13:6:14 chr17 40854534 . G GT 242.44 PASS AF=0.538462;AO=30;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0825068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8553;QD=14.9195;RBI=0.0866744;REFB=-0.0277448;REVB=0.0265534;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136721;STB=0.550454;STBP=0.396;TYPE=ins;VARB=0.0260173;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:30:65:35:65:30:16:19:17:13:99:35:15:15:18:17 chr17 40911775 . CA C 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0177188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.981;QD=14.6628;RBI=0.0258705;REFB=-0.0151561;REVB=-0.0188501;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.522358;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.0215139;OID=.;OPOS=40911776;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:36:15:36:21:7:8:9:12:99:19:7:8:9:10 chr17 40926695 . A T 613.22 PASS AF=0.525424;AO=59;DP=114;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00145634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.448;QD=20.7869;RBI=0.0256765;REFB=-0.0132443;REVB=0.0256352;RO=55;SAF=31;SAR=28;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030257;STB=0.531531;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0116091;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:55:56:59:62:0.525424:28:31:27:28:28:34:27:29 chr17 40931054 . T C 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00921825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.652;QD=30.648;RBI=0.0164569;REFB=-0.028088;REVB=0.0136328;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326009;STB=0.517878;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0263364;OID=.;OPOS=40931054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:16:11:5:9:16:11:5:9 chr17 40939460 . C T 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0119321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.27;QD=14.7943;RBI=0.0166659;REFB=-0.0167778;REVB=-0.0116352;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152668;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0178452;OID=.;OPOS=40939460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:11:16:8:10:11:16 chr17 40957849 . G A 389.58 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.018385;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3392;QD=15.9013;RBI=0.0183977;REFB=-0.0209068;REVB=-0.000682952;RO=57;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648425;STB=0.536568;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0312459;OID=.;OPOS=40957849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:22:19:30:27:22:19:30:27 chr17 40962700 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0232284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.977;QD=17.1565;RBI=0.0248482;REFB=-0.00679865;REVB=0.00882467;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209548;STB=0.620541;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00854736;OID=.;OPOS=40962700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:10:10:12:5:10:10 chr17 41003835 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=6.47997e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.581;QD=14.6579;RBI=0.0103367;REFB=-0.00873576;REVB=0.0103365;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.689341;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0137725;OID=.;OPOS=41003835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:9:8:10:3:9:8 chr17 41004278 . G C 523.33 PASS AF=0.504587;AO=50;DP=105;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00268014;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.955;QD=19.2046;RBI=0.0036488;REFB=-0.017548;REVB=-0.00247601;RO=48;SAF=28;SAR=22;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198878;STB=0.613098;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.018446;OID=.;OPOS=41004278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:48:54:50:55:0.504587:22:28:16:32:22:33:20:34 chr17 41008357 . A G 953.93 PASS AF=0.450893;AO=101;DP=227;FAO=101;FDP=224;FR=.;FRO=123;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=-0.00880447;FXX=0.0132153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.721;QD=17.0344;RBI=0.0108726;REFB=-0.00588936;REVB=0.00637923;RO=126;SAF=61;SAR=40;SRF=49;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213829;STB=0.612449;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00675702;OID=.;OPOS=41008357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:224:126:123:101:101:0.450893:40:61:49:77:40:61:49:74 chr17 41019794 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0198401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.088;QD=16.2717;RBI=0.0239391;REFB=0.0196095;REVB=0.0133958;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.013818;OID=.;OPOS=41019794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:8:10:9:6:8:10 chr17 41020634 . T TA 246.7 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0578842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2839;QD=15.9163;RBI=0.059404;REFB=-0.0283123;REVB=-0.0133511;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115181;STB=0.571388;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.025973;OID=.;OPOS=41020635;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564516:35:63:35:62:27:20:15:11:16:99:28:20:15:12:16 chr17 41021023 . G C 306.34 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0180863;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.63;QD=26.6386;RBI=0.0230965;REFB=-0.000794938;REVB=0.0143643;RO=19;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226079;STB=0.625553;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000666611;OID=.;OPOS=41021023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:19:8:11:8:19:8:11:8 chr17 41116234 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7137;QD=56.9556;RBI=0.025821;REFB=0;REVB=-0.000363388;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352461;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 41121211 . CGGGGGGG CGGGGAGA,GGGGGGAG 589.71 PASS AF=0.711111,0.288889;AO=2,2;DP=44;FAO=32,13;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=21,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392405,7.10102e-05;FXX=0.0217344;HRUN=7,1;LEN=3,7;MLLD=163.561,140.177;QD=52.419;RBI=0.0490169,0.035959;REFB=0,0;REVB=0.0293741,0.035959;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00568567,0.0253803;OID=.,.;OPOS=41121216,41121211;OREF=GGG,CGGGGGG;OALT=AGA,GGGGGGA;OMAPALT=CGGGGAGA,GGGGGGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:94:44:45:0:0:2,2:32,13:0.711111,0.288889:1,0:1,2:0:0:21,9:11,4:0:0 chr17 41133071 . T C 694.89 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031569;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.234;QD=63.1715;RBI=0.0324033;REFB=0;REVB=0.00730577;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65437e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr17 41165493 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.585;QD=57.5445;RBI=0.0357236;REFB=0;REVB=-0.00781402;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49477e-05;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr17 41165618 . C T 437.44 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=0.0219515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9279;QD=14.2257;RBI=0.0242573;REFB=-0.0432769;REVB=-0.0103221;RO=73;SAF=12;SAR=38;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942443;STB=0.505317;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0552738;OID=.;OPOS=41165618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:38:12:18:55:38:12:18:55 chr17 41165878 . C T 437.7 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214131;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3864;QD=58.3601;RBI=0.0514372;REFB=0;REVB=0.0467682;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174461;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 41174025 . A C 147.07 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0345546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5704;QD=17.3024;RBI=0.0721759;REFB=-0.000356532;REVB=-0.0633667;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259537;STB=0.649799;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00396633;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:4:12:9:9:4:12:9:9 chr17 41196408 . G A 168.08 PASS AF=0.4;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00739136;FXX=0.0217344;HRUN=7;LEN=1;MLLD=153.984;QD=14.9408;RBI=0.0511828;REFB=-0.00593192;REVB=-0.0506463;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315629;STB=0.712978;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00664419;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:24:27:18:18:0.4:5:13:10:14:5:13:10:17 chr17 41223094 . T C 699.68 PASS AF=0.619048;AO=62;DP=103;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0162424;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.143;QD=26.6544;RBI=0.0239799;REFB=-0.0299756;REVB=0.0176414;RO=40;SAF=24;SAR=38;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083917;STB=0.532806;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0184247;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:40:40:62:65:0.619048:38:24:20:20:38:27:20:20 chr17 41234470 . A G 505.41 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0476692;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0072;QD=22.4626;RBI=0.0476918;REFB=-0.0119585;REVB=0.00146717;RO=43;SAF=15;SAR=33;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182812;STB=0.605609;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0111912;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:43:42:48:48:0.533333:33:15:22:21:33:15:22:20 chr17 41244000 . T C 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0195624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.273;QD=16.3496;RBI=0.0327048;REFB=-0.00912551;REVB=0.0262091;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133993;STB=0.575383;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0121796;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:23:19:20:14:23:19 chr17 41244435 . T C 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0306784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0143;QD=18.6388;RBI=0.04207;REFB=-0.0208104;REVB=-0.0287876;RO=26;SAF=5;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358131;STB=0.703524;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0248125;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:20:5:14:12:20:5:14:12 chr17 41244936 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0189102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.811;QD=18.483;RBI=0.0210121;REFB=-0.0223182;REVB=0.00916035;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.551127;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.015882;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:12:9:10:9:12:9 chr17 41245237 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0304122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6043;QD=15.626;RBI=0.0734414;REFB=0.0161057;REVB=0.0668486;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689115;STB=0.539469;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.012541;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:7:20:13:6:7:20 chr17 41245466 . G A 235.67 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00261222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1867;QD=11.0904;RBI=0.0425294;REFB=-0.00230594;REVB=-0.0424491;RO=56;SAF=8;SAR=20;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418402;STB=0.74687;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00379227;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:56:56:28:29:0.341176:20:8:37:19:21:8:37:19 chr17 41291953 . C G 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00492948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9565;QD=24.5993;RBI=0.0250033;REFB=-0.0315934;REVB=-0.0245126;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286311;STB=0.657765;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0228073;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:14:2:11:11:14:2 chr17 41330024 . T C 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0191137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4031;QD=18.8952;RBI=0.0352452;REFB=-0.01368;REVB=-0.0296123;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971549;STB=0.554066;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.010855;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:22:19:25:19:22:19:25:19 chr17 41331460 . G A 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00961191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.565;QD=27.3905;RBI=0.0109849;REFB=-0.0164857;REVB=0.00531773;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360297;STB=0.51998;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00826506;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:5:6:12:8:5:6 chr17 41332804 . T C 519.64 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0452;QD=59.3876;RBI=0.040381;REFB=0;REVB=-0.0400893;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698861;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 41361960 . A G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0351847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.632;QD=15.2557;RBI=0.0353087;REFB=-0.00326833;REVB=-0.00295685;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694126;STB=0.53996;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0054136;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:13:17:10:10:13:17 chr17 41362272 . C G 226.48 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00717693;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5355;QD=15.3545;RBI=0.0103819;REFB=0.00576962;REVB=-0.00750171;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856398;STB=0.555514;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0122618;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:14:12:12:20:14:12:12:21 chr17 41445410 . A T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00773187;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=275.336;QD=25.4671;RBI=0.0201513;REFB=0.016257;REVB=-0.0186089;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00265122;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:0:3:3:6:0:3 chr17 41454935 . T C 69.18 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0207258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.592;QD=15.3736;RBI=0.0275143;REFB=-0.0124262;REVB=-0.0180963;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372859;STB=0.713877;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0551545;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:1:8:4:5:1:8 chr17 41843979 . C G 603.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1733;QD=60.3977;RBI=0.118797;REFB=0;REVB=-0.0677177;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689358;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:28:9:0:0:28:12:0:0 chr17 41846508 . A G 1051.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.195;QD=59.239;RBI=0.16404;REFB=0;REVB=0.163694;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343065;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:65:71:1:27:38:0:0:33:38:0:0 chr17 41959808 . T C 4638.23 PASS AF=0.983333;AO=294;DP=299;FAO=295;FDP=300;FR=.;FRO=5;FSAF=131;FSAR=164;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00416211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.372;QD=61.843;RBI=0.0229279;REFB=-0.153642;REVB=-0.022547;RO=5;SAF=130;SAR=164;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179846;STB=0.509363;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-2.26572e-05;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:299:300:5:5:294:295:0.983333:164:130:5:0:164:131:5:0 chr17 41960343 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.163;QD=53.2772;RBI=0.029913;REFB=0;REVB=-0.0238591;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022329;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 41960633 . CG GC 2250.48 PASS AF=1;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124797;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.933;QD=63.8433;RBI=0.0127343;REFB=0;REVB=-0.00253352;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.54746e-05;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:141:0:0:141:141:1:74:67:0:0:74:67:0:0 chr17 41961451 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.223;QD=53.911;RBI=0.0159528;REFB=0;REVB=-0.0136668;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61841e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 41986909 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000544624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.265;QD=20.1601;RBI=0.0141761;REFB=0.0141151;REVB=-0.0141656;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0108983;OID=.;OPOS=41986909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:6:8:8:8:6:8 chr17 41994794 . C T 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.908;QD=57.1692;RBI=0.0282794;REFB=0;REVB=0.0186826;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141738;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr17 42030743 . G C 1381.04 PASS AF=0.942857;AO=97;DP=102;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.046495;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2449;QD=52.6109;RBI=0.0836633;REFB=-0.184102;REVB=0.069554;RO=5;SAF=63;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503586;STB=0.502469;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0125417;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:102:105:5:6:97:99:0.942857:34:63:3:2:37:62:4:2 chr17 42152103 . G A 554.66 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0596575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.658;QD=55.4661;RBI=0.0609597;REFB=0.0352364;REVB=0.0125323;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492505;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0029612;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:18:20:0:2:18:20:0:2 chr17 42164885 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.495;QD=45.8066;RBI=0.0744045;REFB=0;REVB=-0.0539274;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29181e-05;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr17 42213347 . G A 1154.16 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.301;QD=60.7453;RBI=0.017523;REFB=0;REVB=0.0126012;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81495e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:43:30:0:0:46:30:0:0 chr17 42225547 . A C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.439;QD=55.6497;RBI=0.0736944;REFB=0;REVB=0.0441196;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867992;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 42248346 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.585;QD=63.583;RBI=0.0276263;REFB=0;REVB=-0.00145981;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252941;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr17 42254527 . T G 629.73 PASS AF=1;AO=33;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201565;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.069;QD=61.4375;RBI=0.0243354;REFB=0;REVB=-0.0136355;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31034e-05;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:33:41:1:16:17:0:0:20:21:0:0 chr17 42254528 . C G 79.8 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=43;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00968923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.8105;QD=7.09354;RBI=0.0293473;REFB=-0.0167597;REVB=0.0277017;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102751;STB=0.556349;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00350739;OID=.;OPOS=42254528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:45:34:34:9:11:0.244444:5:4:18:16:6:5:18:16 chr17 42255097 . TT CC,CT 527.49 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000226651,0.00233737;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=69.6792,190.446;QD=58.6105;RBI=0.0223195,0.0171941;REFB=0,0;REVB=-0.0223184,-0.0170345;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0262235,0.00174635;OID=.,.;OPOS=42255097,42255097;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:1,21:1,13:0:0:1,21:1,13:0:0 chr17 42270291 . A G 992.68 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181693;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.525;QD=59.2645;RBI=0.0338149;REFB=0;REVB=0.0285189;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017763;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr17 42270828 . TGGGGC TGGG,TGGGC 135.07 PASS AF=0.226415,0.396226;AO=14,13;DP=52;FAO=12,21;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=10,7;FSAR=2,14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.228531,0.0238372;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=14.664,8.8908;QD=10.1941;RBI=0.290158,0.163858;REFB=-0.0632888,-0.185184;REVB=-0.178787,-0.162115;RO=17;SAF=10,3;SAR=4,10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.555556,0.555556;SSEP=0,0;SSSB=0.0748824,-0.41818;STB=0.694073,0.633204;STBP=0.143,0.115;TYPE=del,del;VARB=-0.0432714,0.144074;OID=.,.;OPOS=42270832,42270829;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.226415,0.396226:14,13:52:12,21:53:20:10,7:2,14:12:8:57:17:10,3:4,10:11:6 chr17 42287519 . C T 825.28 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0282497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3689;QD=54.1168;RBI=0.031106;REFB=-0.0667351;REVB=0.0130206;RO=2;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714644;STB=0.503789;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00756894;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:23:36:1:1:23:36:1:1 chr17 42288439 . CG C 51.68 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0124792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.7875;QD=12.919;RBI=0.0661402;REFB=-0.112727;REVB=0.0649522;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.44;SSEP=0;SSSB=-0.474609;STB=0.802824;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.103337;OID=.;OPOS=42288440;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:9:16:10:16:6:1:9:4:2:37:7:1:8:4:3 chr17 42392622 . T C 2639.8 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.557;QD=62.113;RBI=0.0166105;REFB=0;REVB=0.0148921;RO=0;SAF=80;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00579e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:89:80:0:0:89:81:0:0 chr17 42398052 . A G 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223643;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.311;QD=43.7057;RBI=0.0284667;REFB=0;REVB=-0.0176122;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75421e-05;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 42398756 . C CA 90.24 PASS AF=1;AO=3;DP=21;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120009;FXX=0.29985;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.601;QD=25.7826;RBI=0.122365;REFB=0;REVB=0.0239008;RO=18;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00319239;OID=.;OPOS=42398757;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:21:14:14:0:1:13:0:0:3:18:3:0:5:13 chr17 42398757 . C A,G 250.05 PASS AF=0.85,0.15;AO=17,3;DP=20;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441952,0.0537189;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=186.387,17.6811;QD=50.0095;RBI=0.0486072,0.0543238;REFB=0,0;REVB=0.0484059,-0.00808396;RO=0;SAF=4,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00173509,0.00316839;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:20:0:0:17,3:17,3:0.85,0.15:13,0:4,3:0:0:13,0:4,3:0:0 chr17 42475983 . G C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00796863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.696;QD=55.0447;RBI=0.00846003;REFB=-0.00529982;REVB=-0.00284131;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=8.7327e-05;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:0:1:33:22:0:1 chr17 42477189 . A G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0369946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.756;QD=25.4294;RBI=0.0369973;REFB=-0.0435127;REVB=-0.000442372;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430007;STB=0.523908;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0115196;OID=.;OPOS=42477189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:9:13:8:7:9:13:8:7 chr17 42852604 . G T 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0093205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8618;QD=17.8766;RBI=0.0154335;REFB=-0.0319594;REVB=0.0123012;RO=43;SAF=27;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36723;STB=0.705313;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0303763;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:11:27:14:29:11:27:14:29 chr17 42852610 . T C 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00837182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.901;QD=17.497;RBI=0.0374464;REFB=-0.0105228;REVB=-0.0364985;RO=46;SAF=27;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315816;STB=0.676972;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0085947;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:12:27:17:29:12:27:17:29 chr17 42854610 . T C 191.42 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00933344;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2089;QD=13.4331;RBI=0.0199655;REFB=-0.0113148;REVB=0.0176495;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198853;STB=0.624901;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00802567;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:13:10:8:24:13:10:8:26 chr17 42855554 . T C 270.43 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00266098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.158;QD=16.9021;RBI=0.00365156;REFB=-0.0270969;REVB=-0.00250062;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734824;STB=0.548824;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0354906;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:16:14:18:15:16:14:19:15 chr17 42857430 . G A 377.59 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00453262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.32;QD=16.4171;RBI=0.00918304;REFB=-0.0175171;REVB=0.00798647;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444521;STB=0.524988;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0162895;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:25:27:19:21:25:27 chr17 42857517 . C T 142.13 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00777787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.958;QD=11.1473;RBI=0.023831;REFB=-0.0132143;REVB=0.022526;RO=34;SAF=14;SAR=2;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34278;STB=0.638253;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0371573;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:34:16:17:0.333333:2:14:23:11:3:14:23:11 chr17 42880753 . C T 167.25 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0198776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6622;QD=23.0693;RBI=0.0244412;REFB=0.0266492;REVB=0.0142216;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372458;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0132127;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:5:7:10:7:5:7 chr17 42925559 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00303059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.79;QD=13.9482;RBI=0.0165984;REFB=-0.000360054;REVB=0.0163194;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352677;STB=0.520524;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000697548;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:15:12:7:10:15:12 chr17 42929861 . G A 423.72 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000822443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.686;QD=21.454;RBI=0.00368046;REFB=-0.00892226;REVB=0.00358739;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142305;STB=0.507856;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.008352;OID=.;OPOS=42929861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:20:22:20:17:20:22:20:17 chr17 42961009 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00588873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.475;QD=14.7942;RBI=0.0230073;REFB=0.0121287;REVB=-0.0222409;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190232;STB=0.609637;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0215042;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:10:17:8:10:10:17 chr17 42979670 . C A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.000421981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.362;QD=21.8719;RBI=0.00389013;REFB=-0.0132714;REVB=0.00386717;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194994;STB=0.60777;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00798599;OID=.;OPOS=42979670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:17:6:14:14:17:6 chr17 42981234 . TGGGGG TGGGG,TGGGGGAGT 294.73 PASS AF=0.109589,0.410959;AO=9,21;DP=75;FAO=8,30;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=8,13;FSAR=0,17;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0734506,-0.00575644;FXX=0.0266631;HRUN=5,0;LEN=1,3;MLLD=12.7298,290.964;QD=16.1496;RBI=0.13265,0.0159004;REFB=-0.0917175,-0.0159423;REVB=0.110458,0.0148218;RO=31;SAF=9,12;SAR=0,9;SRF=6;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.478673,0;SSSB=0.821426,0.381731;STB=0.999128,0.632353;STBP=0,0.085;TYPE=del,ins;VARB=0.104965,0.0286487;OID=.,.;OPOS=42981235,42981240;OREF=G,-;OALT=-,AGT;OMAPALT=TGGGG,TGGGGGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.109589,0.410959:9,21:75:8,30:73:35:8,13:0,17:7:28:99:31:9,12:0,9:6:25 chr17 42981499 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00894991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.416;QD=12.8575;RBI=0.0151152;REFB=-0.0176762;REVB=-0.0121807;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0415426;OID=.;OPOS=42981499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr17 42981654 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000447173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.071;QD=16.5359;RBI=0.00844172;REFB=-0.0113381;REVB=0.00842986;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231808;STB=0.633182;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0128871;OID=.;OPOS=42981654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:13:10:12:6:13:10 chr17 42982288 . A G 239.36 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0100892;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.046;QD=18.0649;RBI=0.0184535;REFB=-0.0167224;REVB=0.0154512;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123968;STB=0.569679;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0254501;OID=.;OPOS=42982288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:13:14:10:16:13:14 chr17 42982729 . G A 169.22 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0197418;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.376;QD=16.5088;RBI=0.0220413;REFB=-0.00144787;REVB=0.00980213;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898175;STB=0.561971;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00254664;OID=.;OPOS=42982729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:13:4:7:16:14:4:7:16 chr17 42984687 . G C 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00150708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.895;QD=22.482;RBI=0.00185471;REFB=-0.0153003;REVB=0.00108104;RO=38;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496084;STB=0.527319;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0133128;OID=.;OPOS=42984687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:24:21:20:18:24:21:20:18 chr17 42987524 . T C 492.61 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.000630282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.566;QD=17.4374;RBI=0.00664105;REFB=-0.0224123;REVB=0.00661108;RO=60;SAF=25;SAR=28;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368471;STB=0.520476;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0228233;OID=.;OPOS=42987524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:28:25:26:34:28:25:26:34 chr17 43175906 . C T 339.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0213679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1761;QD=15.4432;RBI=0.0253338;REFB=-0.00746228;REVB=-0.0136094;RO=51;SAF=11;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172753;STB=0.59805;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0177444;OID=.;OPOS=43175906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:26:11:23:28:26:11:23:28 chr17 43181287 . A G 799.42 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.32;QD=57.1014;RBI=0.0492792;REFB=0;REVB=0.0491021;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04931e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr17 43183028 . G A 1477.95 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00569395;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.03;QD=58.5327;RBI=0.0104931;REFB=-0.0056729;REVB=0.00881384;RO=1;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886705;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-6.45315e-05;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:53:47:0:1:53:47:0:1 chr17 43183108 . G A 660.85 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00782819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.114;QD=21.8462;RBI=0.01127;REFB=-0.000418216;REVB=0.0081076;RO=56;SAF=24;SAR=41;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438918;STB=0.524039;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00039926;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:41:24:18:38:41:24:18:38 chr17 43189567 . C T 69.97 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0364214;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.824;QD=9.65105;RBI=0.0387567;REFB=-0.0236845;REVB=-0.01325;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236225;STB=0.587603;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0777318;OID=.;OPOS=43189567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:29:29:20:19:9:10:0.344828:2:7:12:8:3:7:11:8 chr17 43192548 . GT GTC,TC 360.05 PASS AF=1,0;AO=19,7;DP=28;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789548,0.0131484;FXX=0.0370233;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=28.6872,4.82916;QD=55.3927;RBI=0.107365,0.176579;REFB=0,0;REVB=0.0727562,-0.176089;RO=2;SAF=9,0;SAR=10,7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0834716,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000297334,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:26:2:0:19,7:26,0:1,0:10,7:9,0:0:2:17,0:9,0:0:0 chr17 43192821 . A G 48.95 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0288162;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.617;QD=11.5166;RBI=0.0324159;REFB=-0.0209837;REVB=-0.0148465;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0455448;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:9:10:7:7:0.411765:3:4:6:3:3:4:6:4 chr17 43195663 . A G 393.13 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00337296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.602;QD=17.0926;RBI=0.00532947;REFB=-0.00251259;REVB=-0.0041263;RO=50;SAF=17;SAR=24;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142786;STB=0.574737;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00312575;OID=.;OPOS=43195663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:24:17:28:22:24:17:28:23 chr17 43195699 . G A 482.94 PASS AF=0.445378;AO=51;DP=117;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0512234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.986;QD=16.2333;RBI=0.051538;REFB=-0.0093291;REVB=0.00568605;RO=66;SAF=17;SAR=34;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160819;STB=0.573006;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00936502;OID=.;OPOS=43195699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:66:66:51:53:0.445378:34:17:32:34:34:19:32:34 chr17 43227766 . T TTTGG 455.26 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401546;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=4;MLLD=241.42;QD=56.908;RBI=0.0515695;REFB=0;REVB=-0.0323578;RO=3;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.85088e-06;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:32:32:0:11:21:0:0:3:3:10:19:1:2 chr17 43229299 . A C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0125626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.639;QD=16.3859;RBI=0.0170025;REFB=-0.0132589;REVB=-0.0114571;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00743216;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr17 43318778 . GC CG 521.9 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.010638;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=228.562;QD=50.9169;RBI=0.0164383;REFB=-0.063136;REVB=0.0125319;RO=3;SAF=26;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510354;STB=0.505544;STBP=0.862;TYPE=mnp;VARB=0.000893306;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:3:4:37:37:0.902439:11:26:3:0:11:26:3:1 chr17 43340936 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00436744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.289;QD=16.728;RBI=0.032427;REFB=-0.00705361;REVB=0.0321315;RO=17;SAF=1;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58764;STB=0.87242;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0304472;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:19:16:16:0.457143:15:1:8:9:15:1:10:9 chr17 43342141 . G C 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.012565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.879;QD=14.2151;RBI=0.0150034;REFB=-0.00971703;REVB=-0.00819897;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120432;STB=0.506845;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0102751;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:21:22:15:15:21:22 chr17 43351039 . C G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0124587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.428;QD=25.0397;RBI=0.015701;REFB=-0.013186;REVB=-0.00955526;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929875;STB=0.551684;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0100818;OID=.;OPOS=43351039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:10:10:10:16:10:10 chr17 43364293 . C CG 402.68 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6056;QD=47.3746;RBI=0.102878;REFB=0;REVB=-0.0856617;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0011452;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:34:34:34:0:15:19:0:0:7:0:15:18:0:0 chr17 43923180 . G A 871.65 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458969;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.265;QD=58.1099;RBI=0.0478555;REFB=0;REVB=0.0135508;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185151;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr17 43923898 . A G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6907;QD=52.5999;RBI=0.0156564;REFB=0;REVB=-0.00799814;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67979e-05;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr17 43924412 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000858792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.553;QD=63.6149;RBI=0.00215746;REFB=0;REVB=0.00197917;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7249e-06;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr17 44061025 . C T 592.38 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.000288986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.062;QD=17.2957;RBI=0.0116662;REFB=-0.0159525;REVB=0.0116627;RO=74;SAF=31;SAR=31;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528765;STB=0.532836;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0190183;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:75:62:62:0.452555:31:31:41:33:31:31:42:33 chr17 44067382 . T C 221.64 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0887195;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6177;QD=23.3306;RBI=0.0903165;REFB=-0.0208962;REVB=-0.0169093;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393613;STB=0.721264;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0185051;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:16:5:12:5:16:5:12:5 chr17 44077044 . T C 102.0 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.426;QD=40.8009;RBI=0.0999871;REFB=0;REVB=0.0172547;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317213;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:9:1:0:0 chr17 44117135 . C T 286.93 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00791667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.324;QD=11.3637;RBI=0.0592761;REFB=-0.0182912;REVB=-0.058745;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132982;STB=0.669154;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0219137;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:66:35:35:0.346535:13:22:23:23:13:22:24:42 chr17 44144993 . C G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.648;QD=59.0161;RBI=0.0405822;REFB=0;REVB=0.0392141;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213437;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr17 44248499 . G C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0175582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.533;QD=11.3358;RBI=0.0285308;REFB=0.00675987;REVB=-0.0224881;RO=43;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188844;STB=0.610521;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0100153;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:18:6:17:26:18:6:17:26 chr17 44950122 . T C 71.8 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0534426;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.38;QD=16.8936;RBI=0.0557595;REFB=0.0162795;REVB=-0.0159062;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00689464;OID=.;OPOS=44950122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr17 44998563 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.928;QD=64.1536;RBI=0.0169056;REFB=0;REVB=-0.0037682;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144694;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr17 45000547 . G C 2335.52 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469764;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1881;QD=61.0594;RBI=0.0471055;REFB=0;REVB=0.0034852;RO=0;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257805;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:85:68:0:0:85:68:0:0 chr17 45214527 . TA CA,CT 35.55 PASS AF=0.222222,0.111111;AO=4,2;DP=18;FAO=4,2;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3,1;FSAR=1,1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00823036,-0.000229014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.264,214.111;QD=7.8993;RBI=0.035215,0.0125195;REFB=-0.0166949,-0.00658641;REVB=0.0342398,0.0125174;RO=12;SAF=3,1;SAR=1,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.205016,-0.0855427;STB=0.642093,0.570733;STBP=0.509,0.88;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0609963,0.0099859;OID=.,.;OPOS=45214527,45214527;OREF=T,TA;OALT=C,CT;OMAPALT=CA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:18:18:12:12:4,2:4,2:0.222222,0.111111:1,1:3,1:7:5:1,1:3,1:7:5 chr17 45214558 . G A 35.18 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00512751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5048;QD=6.1186;RBI=0.0674288;REFB=-0.00918493;REVB=-0.0672336;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013936;STB=0.562286;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0546601;OID=.;OPOS=45214558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:17:17:5:6:0.26087:2:3:10:7:2:4:10:7 chr17 45234298 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00494552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8403;QD=10.1733;RBI=0.0316106;REFB=0.0287974;REVB=-0.0312213;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887268;STB=0.555357;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.016344;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:2:7:5:1:2:7 chr17 45234343 . T G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0235569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=344.407;QD=7.62905;RBI=0.0235578;REFB=0.000493539;REVB=-0.000203029;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454775;STB=0.794592;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00117751;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:9:11:7:1:9:11 chr17 45234360 . A C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.028656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.254;QD=6.54486;RBI=0.0424452;REFB=-0.00435655;REVB=0.0313118;RO=24;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465288;STB=0.806805;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0088249;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:7:1:11:13:7:1:11:13 chr17 45234403 . TT GG 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0132145;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.715;QD=4.92228;RBI=0.0190098;REFB=0.00102238;REVB=-0.0136656;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329976;STB=0.720948;STBP=0.192;TYPE=mnp;VARB=-0.00455301;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:6:2:17:16:6:2:17:16 chr17 45234406 . CA C 39.64 PASS AF=0.162791;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0350867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.944;QD=3.68704;RBI=0.0399351;REFB=-0.00613074;REVB=-0.0190718;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559828;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.0224244;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:6:43:7:43:36:4:3:18:18:39:36:3:3:18:18 chr17 45234417 . A G 41.49 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00470486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.196;QD=4.04798;RBI=0.00531484;REFB=-0.0101424;REVB=-0.0024722;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509848;STB=0.53511;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.059209;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:18:16:3:4:18:16 chr17 45234420 . T G 60.73 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0348108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7337;QD=6.39315;RBI=0.0407721;REFB=-0.00288593;REVB=0.0212266;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062786;STB=0.523757;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0128948;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:17:11:4:5:17:12 chr17 45249316 . T C 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0279903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.899;QD=2.91677;RBI=0.0284567;REFB=-0.000759249;REVB=0.005131;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29541;STB=0.713607;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00563997;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:23:16:4:2:23:16 chr17 45249330 . T G 31.37 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.025046;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.647;QD=2.36779;RBI=0.0250525;REFB=0.00340261;REVB=0.000567217;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204145;STB=0.674422;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0222172;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:55:53:49:47:6:6:0.113208:4:2:25:24:4:2:25:22 chr17 45266522 . T C 143.11 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0161607;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7035;QD=11.449;RBI=0.0679962;REFB=-0.0153775;REVB=-0.0660479;RO=34;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331195;STB=0.705957;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0360171;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:33:17:17:0.34:14:3:14:20:14:3:14:19 chr17 45266535 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00583552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.954;QD=11.1851;RBI=0.0392866;REFB=-0.0027626;REVB=-0.0388508;RO=35;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256046;STB=0.651997;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00994507;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:15:4:14:21:15:4:14:21 chr17 45266571 . T A 167.59 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0119374;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.385;QD=14.2633;RBI=0.0292128;REFB=-0.00718718;REVB=0.0266625;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552467;STB=0.549239;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0653377;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:29:18:18:0.382979:13:5:9:19:13:5:10:19 chr17 45364540 . T C 315.62 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.013664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.351;QD=17.5344;RBI=0.0137051;REFB=-0.0207452;REVB=0.00106029;RO=38;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144157;STB=0.580871;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0303932;OID=.;OPOS=45364540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:22:12:19:19:22:12:19:19 chr17 45368337 . A C 568.67 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.026193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.965;QD=17.2326;RBI=0.0272334;REFB=-0.00735622;REVB=-0.00745521;RO=69;SAF=26;SAR=34;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850348;STB=0.532666;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0111004;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:72:60:60:0.454545:34:26:24:45:34:26:27:45 chr17 45388586 . T A 392.17 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0094957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.318;QD=13.7604;RBI=0.00954005;REFB=-0.0169205;REVB=-0.000918891;RO=68;SAF=25;SAR=21;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107697;STB=0.56081;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0295594;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:21:25:30:38:21:25:30:38 chr17 45421563 . G A 377.84 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0149896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3008;QD=18.8921;RBI=0.0153167;REFB=0.0103013;REVB=0.00314831;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289389;STB=0.516121;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00988393;OID=.;OPOS=45421563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:15:24:24:17:15:24:24:17 chr17 45451894 . G A 825.19 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=139;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.047025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.591;QD=23.7465;RBI=0.0492569;REFB=0.00168253;REVB=-0.0146591;RO=60;SAF=35;SAR=42;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307556;STB=0.515869;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00190785;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:60:62:77:77:0.553957:42:35:25:35:42:35:26:36 chr17 45468842 . A T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00217208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.443;QD=22.9824;RBI=0.00301022;REFB=0.00460236;REVB=0.0020841;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572308;STB=0.547787;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0036142;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:22:23:25:0.531915:10:13:11:11:10:15:11:11 chr17 45468871 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0264183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6573;QD=16.755;RBI=0.0318443;REFB=-0.00362419;REVB=-0.0177802;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397674;STB=0.522489;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00335473;OID=.;OPOS=45468871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:14:14:11:13:14:14 chr17 45490251 . C T 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0351975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8505;QD=17.388;RBI=0.0428336;REFB=0.000149111;REVB=-0.0244101;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195692;STB=0.601753;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00104979;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:35:35:0.466667:19:16:26:13:19:16:26:14 chr17 45569814 . GAG GA,GG,GGG 431.06 PASS AF=0.272727,0.0227273,0.522727;AO=12,6,18;DP=47;FAO=12,1,23;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=12,0,13;FSAR=0,1,10;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0346926,0.00840213,0.00848592;FXX=0.0638162;HRUN=3,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=16.2531,201.918,212.043;QD=39.1876;RBI=0.0799629,0.0184943,0.0197725;REFB=0.0598925,-0.0217892,-0.0217049;REVB=-0.072045,0.0164755,0.0178589;RO=8;SAF=12,5,8;SAR=0,1,10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0.460204,0,0;SSEP=0.485036,0,0;SSSB=0.857136,0.680342,0.260535;STB=0.998999,0.5,0.642739;STBP=0,1,0.018;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0727215,-0.036516,0.0348888;OID=.,.,.;OPOS=45569816,45569815,45569815;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.272727,0.0227273,0.522727:12,6,18:47:12,1,23:44:8:12,0,13:0,1,10:0:8:99:8:12,5,8:0,1,10:0:8 chr17 45669359 . T G 131.19 PASS AF=0.141414;AO=28;DP=198;FAO=28;FDP=198;FR=.;FRO=170;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=96;FSRR=74;FWDB=-0.0454242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.419;QD=2.65028;RBI=0.0508086;REFB=-0.00595337;REVB=-0.0227631;RO=170;SAF=16;SAR=12;SRF=96;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870675;STB=0.505878;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0335803;OID=.;OPOS=45669359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:170:170:28:28:0.141414:12:16:96:74:12:16:96:74 chr17 45700384 . C CCTA 555.49 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00932323;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=233.749;QD=36.4253;RBI=0.0123063;REFB=-0.0352892;REVB=-0.00803256;RO=15;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130657;STB=0.579799;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0102014;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.770492:47:62:47:61:14:24:23:12:2:90:15:24:23:12:3 chr17 45700388 . A C 72.71 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0019749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.296;QD=4.76795;RBI=0.00796997;REFB=-0.00385017;REVB=0.00772141;RO=49;SAF=10;SAR=2;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453311;STB=0.798285;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0856902;OID=.;OPOS=45700388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:2:10:24:25:2:10:24:25 chr17 45700408 . C G 168.16 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00160562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.477;QD=15.6427;RBI=0.0213239;REFB=-0.0184267;REVB=-0.0212634;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0259268;OID=.;OPOS=45700408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:8:10:11:13:8:10:12:13 chr17 45760349 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.922;QD=63.872;RBI=0.0244262;REFB=0;REVB=0.00585777;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76412e-05;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr17 45760429 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.487;QD=54.5177;RBI=0.0388746;REFB=0;REVB=-0.00388526;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153846;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr17 45760433 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.023;QD=54.5177;RBI=0.0162852;REFB=0;REVB=0.0136111;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87033e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr17 45822611 . A T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.0100716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3787;QD=13.1192;RBI=0.0427321;REFB=0.00174639;REVB=0.0415283;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288386;STB=0.661863;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00148343;OID=.;OPOS=45822611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:15:10:6:32:15:10:6:32 chr17 45885687 . A G 1479.41 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914042;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.442;QD=63.6307;RBI=0.0195139;REFB=0;REVB=0.0172408;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08137e-06;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr17 45915788 . T C 664.02 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.874;QD=61.769;RBI=0.0595572;REFB=0;REVB=0.0198354;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351674;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:19:21:0:0:19:24:0:0 chr17 45924189 . TTAAG T 509.64 PASS AF=0.461988;AO=78;DP=172;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0082289;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=315.308;QD=11.9215;RBI=0.010239;REFB=-0.00881284;REVB=-0.00609274;RO=90;SAF=27;SAR=51;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101098;STB=0.539885;STBP=0.382;TYPE=del;VARB=0.0104878;OID=.;OPOS=45924190;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461988:78:172:79:171:92:28:51:39:53:99:90:27:51:40:50 chr17 45994044 . C G,T 759.26 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,51;DP=53;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280205,0.0128638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=17.9798,72.6656;QD=56.2412;RBI=0.0741619,0.120354;REFB=0,0;REVB=-0.0686647,0.119665;RO=0;SAF=0,36;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.746e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0314815,0.00326007;OID=.,.;OPOS=45994044,45994044;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:54:0:0:2,51:1,53:0.0185185,0.981481:2,15:0,36:0:0:1,17:0,36:0:0 chr17 45994094 . T C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.751;QD=63.3364;RBI=0.0402179;REFB=0;REVB=-0.0328671;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239798;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr17 45994115 . GGCC GC,G,GGC 695.51 PASS AF=0.0412371,0.226804,0.731959;AO=33,12,12;DP=94;FAO=4,22,71;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8,45;FSAR=0,14,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.183473,-0.0316152,0.218528;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,3,1;MLLD=11.716,18.9128,9.85298;QD=28.6809;RBI=0.352945,0.231671,0.560315;REFB=0,0,0;REVB=0.301509,0.229504,0.515944;RO=29;SAF=29,5,6;SAR=4,7,6;SRF=8;SRR=21;SSEN=0.435374,0.435374,0.360215;SSEP=0,0,0.466357;SSSB=0.588146,0.176168,0.264446;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0702278,0.0131067,0.0053121;OID=.,.,.;OPOS=45994116,45994116,45994117;OREF=GC,GCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0412371,0.226804,0.731959:33,12,12:94:4,22,71:97:0:4,8,45:0,14,26:0:0:58:29:29,5,6:4,7,6:8:21 chr17 45994154 . G A 940.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114989;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.75;QD=58.7586;RBI=0.115566;REFB=0;REVB=0.0115407;RO=0;SAF=12;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037623;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:52:12:0:0:52:12:0:0 chr17 46002744 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.762;QD=56.9383;RBI=0.0310988;REFB=0;REVB=0.0128885;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8228e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr17 46005792 . A ACT 835.43 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00435448;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.103;QD=53.043;RBI=0.0182739;REFB=-0.0680331;REVB=-0.0177475;RO=3;SAF=33;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105896;STB=0.505616;STBP=0.744;TYPE=ins;VARB=0.00410934;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:60:63:60:63:3:33:27:2:1:10:3:33:27:2:1 chr17 46026156 . A G 481.45 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00410651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.196;QD=53.4948;RBI=0.0134823;REFB=-0.0331663;REVB=-0.0128417;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000361164;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:18:16:2:0:18:16:2:0 chr17 46029962 . ACTCT A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179575;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=327.44;QD=57.8849;RBI=0.0191494;REFB=0;REVB=-0.00665018;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.83348e-05;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:60:60:60:0:28:32:0:0:5:0:28:32:0:0 chr17 46059071 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.66;QD=59.4356;RBI=0.00161167;REFB=0;REVB=0.000910475;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40297e-06;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 46262171 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.167;QD=64.2853;RBI=0.00890883;REFB=0;REVB=0.00848321;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93918e-06;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:47:52:0:0:47:53:0:0 chr17 46266849 . G A 223.38 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0078043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.709;QD=12.7643;RBI=0.00830548;REFB=-0.000498597;REVB=0.00284147;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167816;STB=0.596516;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000426134;OID=.;OPOS=46266849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:43:26:27:0.385714:14:12:13:29:14:13:14:29 chr17 46607021 . T C 2380.55 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00973707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5739;QD=60.267;RBI=0.0312029;REFB=0.0211521;REVB=0.0296447;RO=1;SAF=70;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674819;STB=0.503546;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00122949;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:87:70:1:0:87:70:1:0 chr17 46620469 . GAAAAAATC GAAAAATC,GAAAATACT 415.98 PASS AF=0.787879,0.212121;AO=15,3;DP=70;FAO=52,14;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=14,14;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.197349,-0.0663301;FXX=0.0571347;HRUN=6,6;LEN=1,4;MLLD=7.17275,197.162;QD=25.211;RBI=0.711695,0.103155;REFB=0,0;REVB=0.683787,0.0790021;RO=32;SAF=1,3;SAR=14,0;SRF=7;SRR=25;SSEN=0.371429,0;SSEP=0.348428,0;SSSB=-0.384356,0.68838;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0716964,-0.175235;OID=.,.;OPOS=46620470,46620474;OREF=A,AATC;OALT=-,TACT;OMAPALT=GAAAAATC,GAAAATACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.787879,0.212121:15,3:70:52,14:66:0:14,14:38,0:0:0:68:32:1,3:14,0:7:25 chr17 46626811 . G GGACA 181.57 PASS AF=0.73913;AO=18;DP=24;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0216357;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=4;MLLD=396.467;QD=31.5771;RBI=0.0217357;REFB=-0.0147673;REVB=-0.00208326;RO=6;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182989;STB=0.599895;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.00534866;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:18:24:17:23:6:5:12:0:6:36:6:6:12:0:6 chr17 46629593 . G T 981.7 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0126361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.641;QD=51.6685;RBI=0.0405466;REFB=-0.108502;REVB=0.0385273;RO=2;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214826;STB=0.523149;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00147838;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:76:76:2:6:70:70:0.921053:43:27:0:2:43:27:4:2 chr17 46670520 . T C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00919004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.13;QD=57.8351;RBI=0.022286;REFB=-0.00944084;REVB=-0.020303;RO=1;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209994;STB=0.511108;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=8.94813e-05;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:22:47:0:1:22:47:0:1 chr17 46688089 . GC G 42.41 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.240186;FXX=0.0789266;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.3091;QD=4.84644;RBI=0.254132;REFB=-0.108447;REVB=-0.0830314;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.547465;STBP=0.671;TYPE=del;VARB=0.1458;OID=.;OPOS=46688090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:15:37:15:35:20:7:8:11:9:42:16:7:8:8:8 chr17 46688256 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3192;QD=59.8366;RBI=0.0512986;REFB=0;REVB=0.0247902;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932149;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr17 46842983 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.637;QD=56.1915;RBI=0.0148618;REFB=0;REVB=-0.00112583;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017758;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr17 46881748 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.826;QD=58.5878;RBI=0.0173348;REFB=0;REVB=0.00712292;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43636e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 46923384 . G A 1287.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233796;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.824;QD=62.0331;RBI=0.0360816;REFB=0;REVB=-0.0274823;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254629;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr17 46926615 . G A 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2272;QD=57.5426;RBI=0.0842506;REFB=0;REVB=0.0756722;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439125;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:13:45:0:0:13:45:0:0 chr17 46934007 . A C 357.53 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.463;QD=55.0047;RBI=0.0541863;REFB=0;REVB=0.0329383;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831583;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr17 46970836 . A G 777.16 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.954;QD=56.5207;RBI=0.0551674;REFB=0;REVB=0.0495596;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200716;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:30:21:0:0:34:21:0:0 chr17 46971140 . G A 306.21 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.458;QD=53.2531;RBI=0.0626287;REFB=0;REVB=-0.0351044;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513954;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 370.91 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190404;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.471;QD=54.9495;RBI=0.0230336;REFB=0;REVB=-0.0129619;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000197787;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:27:27:0:11:16:0:0:4:0:10:15:0:0 chr17 47000251 . C T 1680.32 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308415;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.516;QD=60.5522;RBI=0.0308461;REFB=0;REVB=0.000531018;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65723e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:64:47:0:0:64:47:0:0 chr17 47014675 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.696;QD=57.6806;RBI=0.0135116;REFB=0;REVB=-0.00605251;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125273;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 47026836 . G C 394.42 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.09;QD=54.4026;RBI=0.0743316;REFB=0;REVB=0.0736684;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748645;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:10:18:0:1:11:18:0:0 chr17 47039132 . T C 683.76 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321516;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.103;QD=62.16;RBI=0.0326221;REFB=0;REVB=0.0055203;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152064;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:17:27:0:0 chr17 47128247 . C T 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000808544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.527;QD=23.574;RBI=0.0388314;REFB=-0.0150585;REVB=-0.038823;RO=35;SAF=26;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141573;STB=0.577743;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00904298;OID=.;OPOS=47128247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:19:26:14:21:19:26:14:21 chr17 47128722 . GC G 182.82 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222163;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8305;QD=30.4707;RBI=0.253727;REFB=0;REVB=-0.122562;RO=1;SAF=1;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.423729;SSEP=0;SSSB=-0.296964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00417547;OID=.;OPOS=47128723;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:21:24:24:0:2:22:0:0:4:1:1:14:1:0 chr17 47210429 . A G 486.0 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0296103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6823;QD=24;RBI=0.0930719;REFB=-0.0358785;REVB=-0.0882361;RO=35;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508353;STB=0.527885;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0221031;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:22:24:16:19:22:24:16:19 chr17 47210506 . C A 353.56 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0090388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.869;QD=23.9704;RBI=0.00932909;REFB=-0.0330229;REVB=-0.00230912;RO=23;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260047;STB=0.507038;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00664054;OID=.;OPOS=47210506;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:21:14:10:13:21:14:10:14 chr17 47241604 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.675;QD=59.8389;RBI=0.0234804;REFB=0;REVB=0.0208295;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011936;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr17 47297297 . T C 1498.62 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153619;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.866;QD=62.4426;RBI=0.0154784;REFB=0.00366039;REVB=-0.00189623;RO=1;SAF=66;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713151;STB=0.503759;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-2.32259e-05;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:1:1:95:95:0.989583:29:66:1:0:29:66:1:0 chr17 47300823 . G A 163.86 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00201357;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.63;QD=29.7929;RBI=0.0989161;REFB=0.00598264;REVB=0.0988956;RO=6;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18245;STB=0.59989;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00192752;OID=.;OPOS=47300823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:4:12:6:0:4:12:6:0 chr17 47587819 . C T 441.82 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0170373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.389;QD=19.857;RBI=0.0171958;REFB=-0.0126534;REVB=0.00232988;RO=45;SAF=12;SAR=32;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183636;STB=0.510199;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0153562;OID=.;OPOS=47587819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:32:12:13:32:32:12:13:32 chr17 47888852 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.917;QD=52.6127;RBI=0.130855;REFB=0;REVB=0.125829;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255264;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr17 47903381 . C T 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0220574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.069;QD=17.4329;RBI=0.0245154;REFB=0.0126409;REVB=-0.0106994;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116633;STB=0.565241;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0150844;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:17:20:18:25:17:20:18:25 chr17 48067439 . G A 464.13 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0105036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7475;QD=53.0437;RBI=0.0203787;REFB=0.0145109;REVB=0.0174633;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.535692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.000349353;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:3:2:32:33:0.942857:20:12:3:0:20:13:2:0 chr17 48067953 . T C 1434.7 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00102841;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.155;QD=61.7077;RBI=0.0216934;REFB=0.0256322;REVB=0.0216691;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000184723;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:42:50:0:0:42:50:0:1 chr17 48070878 . C T 555.37 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00247276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.898;QD=16.9578;RBI=0.00785697;REFB=-0.00234996;REVB=-0.0074577;RO=72;SAF=31;SAR=28;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387796;STB=0.521608;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00291306;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:72:59:59:0.450382:28:31:35:37:28:31:35:37 chr17 48149386 . C T 230.63 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.032339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3731;QD=14.4141;RBI=0.0463961;REFB=-0.021876;REVB=0.0332684;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962579;STB=0.514888;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0387505;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:16:11:15:21:16:11:16:21 chr17 48151353 . T C 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0542097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.867;QD=15.9134;RBI=0.0548182;REFB=-0.0127391;REVB=-0.00814515;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396924;STB=0.522373;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00675463;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:17:20:15:15:17:20 chr17 48155425 . G A 506.27 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0243905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1778;QD=25.6337;RBI=0.0378885;REFB=-0.0280679;REVB=-0.0289938;RO=32;SAF=28;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470357;STB=0.525681;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0177179;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:19:28:21:11:19:28:21:11 chr17 48166980 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00627653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.159;QD=22.6001;RBI=0.0111598;REFB=-0.00109465;REVB=0.00922748;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928144;STB=0.551681;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000835673;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:15:5:8:15:15:5 chr17 48174908 . C T 570.33 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.000220895;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.462;QD=18.8537;RBI=0.029666;REFB=-0.022761;REVB=0.0296652;RO=62;SAF=26;SAR=33;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488042;STB=0.5027;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0317562;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:62:62:59:59:0.487603:33:26:27:35:33:26:27:35 chr17 48211533 . T G 144.12 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.253;QD=44.3449;RBI=0.00967584;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.829e-05;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:0:12:0:0:0:13:0:0 chr17 48226811 . C T 775.36 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0481986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.874;QD=53.4731;RBI=0.0485588;REFB=-0.030801;REVB=0.00590391;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.501237;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000963174;OID=.;OPOS=48226811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:26:30:0:1:26:30:1:1 chr17 48258140 . T C 905.57 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194099;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.046;QD=58.4238;RBI=0.0207896;REFB=0;REVB=0.00744745;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88166e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr17 48258321 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000773151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.806;QD=56.7065;RBI=0.0180365;REFB=0;REVB=0.0180199;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77997e-05;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr17 48265495 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.859;QD=52.6132;RBI=0.0282667;REFB=0;REVB=0.0280472;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60339e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr17 48267291 . G C 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.353;QD=46.9577;RBI=0.0618954;REFB=0.000732907;REVB=0.0571178;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000913464;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr17 48268223 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.416;QD=62.6711;RBI=0.0183687;REFB=0;REVB=0.009171;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59545e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr17 48276971 . G C 1477.27 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163576;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.197;QD=58.5059;RBI=0.0226996;REFB=-0.0500453;REVB=0.0157385;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000729902;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:99:100:0.990099:56:43:0:0:57:43:0:1 chr17 48356260 . G C 361.55 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00598679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.106;QD=20.3689;RBI=0.00598691;REFB=-0.0171137;REVB=-3.91053e-05;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380532;STB=0.516845;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.021703;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:30:34:36:37:0.521127:14:22:17:13:14:23:20:14 chr17 48598785 . G A 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684664;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.708;QD=62.4701;RBI=0.0693682;REFB=0;REVB=0.0111488;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194431;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr17 48599450 . A T 379.93 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232796;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.929;QD=56.2856;RBI=0.00847018;REFB=0;REVB=-0.00814399;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368405;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr17 48603503 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.912;QD=59.4356;RBI=0.0610869;REFB=0;REVB=-0.00141402;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326844;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr17 48606537 . C G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7269;QD=57.1981;RBI=0.0575552;REFB=0;REVB=0.0159019;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000921942;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 48607614 . G A 330.54 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.124;QD=50.8522;RBI=0.0323315;REFB=-0.0917032;REVB=0.0106771;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000546004;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr17 48608717 . T C 1358.44 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.414;QD=62.4568;RBI=0.0209325;REFB=0;REVB=0.0050735;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60799e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:44:43:0:0 chr17 48610272 . G C 2191.07 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.998;QD=62.6021;RBI=0.0537699;REFB=0;REVB=0.05134;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10071e-05;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:140:0:0:128:140:1:55:73:0:0:66:74:0:0 chr17 48613837 . A G 2143.52 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.598;QD=62.1309;RBI=0.0329939;REFB=-0.0567408;REVB=0.00411832;RO=1;SAF=58;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812604;STB=0.504273;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000296098;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:79:58:1:0:79:58:1:0 chr17 48619272 . G A 133.47 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000634138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.855;QD=25.4233;RBI=0.0319408;REFB=-0.025869;REVB=0.0319345;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.605901;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00958082;OID=.;OPOS=48619272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:9:4:4:3:10:4:4:3 chr17 48619290 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00855435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.578;QD=22.8299;RBI=0.0276173;REFB=-0.0416805;REVB=0.0262591;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324202;STB=0.68336;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0219357;OID=.;OPOS=48619290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:7:3:11:4:7:3 chr17 48625469 . CA C,CC 308.6 PASS AF=0.804878,0.195122;AO=14,10;DP=39;FAO=33,8;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214337,0.139752;FXX=0.0238039;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.86682,10.054;QD=30.1071;RBI=0.439076,0.245706;REFB=0,0;REVB=0.383207,0.202091;RO=13;SAF=11,4;SAR=3,6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.377953,0;SSEP=0,0;SSSB=0.254209,-0.133539;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0662664,-0.110587;OID=.,.;OPOS=48625470,48625470;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.804878,0.195122:14,10:39:33,8:41:0:21,4:12,4:0:0:28:13:11,4:3,6:7:6 chr17 48625928 . C G 289.46 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-6.91534e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9298;QD=25.7301;RBI=0.0174981;REFB=-0.00796512;REVB=-0.017498;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702482;STB=0.538977;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00732745;OID=.;OPOS=48625928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:10:9:10:16:10:9 chr17 48629370 . G A 878.45 PASS AF=0.505747;AO=88;DP=174;FAO=88;FDP=174;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0211749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.271;QD=20.1942;RBI=0.0217161;REFB=0.000178083;REVB=-0.00481807;RO=86;SAF=46;SAR=42;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000476338;STB=0.500262;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101597;OID=.;OPOS=48629370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:86:86:88:88:0.505747:42:46:45:41:42:46:45:41 chr17 48629458 . A G 1679.26 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0470877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0702;QD=59.4427;RBI=0.0955613;REFB=0.0329957;REVB=-0.0831547;RO=1;SAF=63;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747729;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0032403;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:49:63:1:0:49:63:1:0 chr17 48653354 . C A 632.32 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0556226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.99;QD=53.8145;RBI=0.0586838;REFB=-0.0435003;REVB=0.0187062;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543458;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00161423;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:0:4:43:43:0.914894:21:22:0:0:21:22:0:4 chr17 48687258 . A AC 36.0 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0290115;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.6836;QD=4.11413;RBI=0.0447368;REFB=-0.0155878;REVB=-0.0340546;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654966;STB=0.903925;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=-0.0302825;OID=.;OPOS=48687259;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:8:36:9:35:26:1:8:18:8:35:26:1:7:19:7 chr17 48712705 . G A 885.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.719;QD=58.0446;RBI=0.0418407;REFB=0;REVB=0.0163365;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283008;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:39:22:0:0 chr17 48712711 . C G 890.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.839;QD=56.5421;RBI=0.0334581;REFB=-0.022619;REVB=0.0291564;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000314419;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:39:23:0:0:39:23:0:1 chr17 48917333 . C T 299.29 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0134773;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.892;QD=23.0223;RBI=0.0135039;REFB=-0.00438379;REVB=0.000847409;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103646;STB=0.566622;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0023919;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:22:30:30:0.576923:17:13:13:10:17:13:13:9 chr17 48940422 . T C 196.69 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0158381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.627;QD=18.2969;RBI=0.0158599;REFB=-0.0388142;REVB=0.000832115;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0461215;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:11:12:10:10:11:12 chr17 49350802 . A C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.384;QD=59.5018;RBI=0.00875731;REFB=0;REVB=-0.00353567;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19041e-06;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr17 49713300 . G A 453.6 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0267407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.962;QD=14.9951;RBI=0.0278065;REFB=-0.0142926;REVB=0.00762472;RO=68;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110366;STB=0.568894;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0199005;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:70:51:51:0.421488:26:25:26:42:26:25:26:44 chr17 51063068 . A G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.020034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.308;QD=6.73534;RBI=0.0278269;REFB=-0.0075781;REVB=0.0193127;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330435;STB=0.502088;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020069;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:4:7:23:13:4:7:23:13 chr17 51901084 . A G 496.74 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010997;FXX=0.0833102;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.005;QD=60.2108;RBI=0.0239694;REFB=0;REVB=-0.0212978;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501763;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr17 51901385 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.705;QD=63.3368;RBI=0.0186976;REFB=0;REVB=0.0180225;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16467e-05;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr17 51901643 . C T 819.7 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00871684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.749;QD=55.5728;RBI=0.0306895;REFB=0.00119352;REVB=0.0294255;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.515146;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000139587;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:42:16:1:0:42:16:1:0 chr17 51901703 . C G 594.11 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.532;QD=60.9344;RBI=0.0225992;REFB=0;REVB=0.0059956;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65832e-05;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr17 51902252 . C T 1213.17 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581205;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.812;QD=61.4262;RBI=0.0393575;REFB=0;REVB=0.038926;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5519e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr17 51902492 . A AAAT 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142487;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=310.558;QD=42.1826;RBI=0.0173301;REFB=0;REVB=-0.00986441;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00012883;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:15:11:11:0:4:7:0:0:4:4:4:7:3:1 chr17 53038654 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.885;QD=58.5862;RBI=0.0532794;REFB=0;REVB=0.0505185;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101911;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr17 53238728 . G A 2745.27 PASS AF=0.962963;AO=182;DP=188;FAO=182;FDP=189;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0600237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6504;QD=58.1009;RBI=0.0954413;REFB=-0.17022;REVB=0.0742037;RO=1;SAF=92;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514702;STB=0.503053;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00726585;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:188:189:1:7:182:182:0.962963:90:92:1:0:89:93:3:4 chr17 53400110 . T C 723.8 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00668532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.231;QD=22.1009;RBI=0.0290813;REFB=-0.017547;REVB=0.0283025;RO=61;SAF=27;SAR=43;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188442;STB=0.603347;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0154656;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:43:27:37:24:43:27:37:24 chr17 53400918 . GT G 391.61 PASS AF=0.591398;AO=54;DP=94;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0745231;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.8708;QD=16.8435;RBI=0.104427;REFB=-0.109798;REVB=-0.0731524;RO=37;SAF=31;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025429;STB=0.504564;STBP=0.91;TYPE=del;VARB=0.0723255;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591398:54:94:55:93:38:31:24:21:17:99:37:31:23:20:17 chr17 53471028 . T A 34.64 PASS AF=0.133333;AO=9;DP=61;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00292168;FXX=0.0476115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5841;QD=2.3092;RBI=0.0379515;REFB=-0.00477958;REVB=-0.0378389;RO=51;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625089;STB=0.906528;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0768907;OID=.;OPOS=53471028;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:60:51:52:9:8:0.133333:8:1:34:17:7:1:34:18 chr17 53471105 . T G 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00490561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.157;QD=59.0187;RBI=0.0100744;REFB=0.0697671;REVB=-0.00879937;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703255;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-1.01535e-05;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:67:41:0:1:67:41:0:1 chr17 53485186 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5353;QD=42.1825;RBI=0.0630826;REFB=0;REVB=0.0424414;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243751;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr17 53851228 . C T 1370.03 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4774;QD=60.8903;RBI=0.0446268;REFB=0.0231992;REVB=0.0342003;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00029944;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:0:1:88:89:0.988889:50:38:0:0:50:39:1:0 chr17 54450038 . C A 538.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.301;QD=59.8642;RBI=0.0567893;REFB=0;REVB=0.0559549;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163906;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr17 54450134 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.639;QD=61.3359;RBI=0.0151185;REFB=0;REVB=0.0126567;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98365e-05;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr17 54534634 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.966;QD=59.0186;RBI=0.0595575;REFB=0;REVB=-0.0566141;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452106;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 54921494 . A C 1153.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.946;QD=60.6932;RBI=0.0157067;REFB=0;REVB=-0.00496934;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73047e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:53:22:0:0:54:22:0:0 chr17 54978794 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.611;QD=59.6795;RBI=0.0386754;REFB=0;REVB=0.0162355;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9839e-05;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr17 55027850 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.757;QD=60.2305;RBI=0.00208579;REFB=0;REVB=0.000885898;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15785e-05;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr17 55182811 . CT C 713.34 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.8657;QD=49.1955;RBI=0.146763;REFB=0;REVB=0.0775178;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00473428;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:57:58:58:0:31:27:0:0:13:0:30:27:0:0 chr17 55183203 . T C 470.68 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418784;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.504;QD=58.8348;RBI=0.0452697;REFB=0;REVB=0.0171914;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310609;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr17 55183716 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.433;QD=57.2354;RBI=0.0152704;REFB=0;REVB=0.0151643;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17431e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr17 55822171 . T C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0167947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.81;QD=10.7925;RBI=0.0215281;REFB=-0.0197887;REVB=-0.0134684;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786777;STB=0.546384;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0347981;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:19:16:7:11:19:16 chr17 55822214 . T A 216.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000163396;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2386;QD=12.3554;RBI=0.00353722;REFB=-0.00817344;REVB=-0.00353344;RO=41;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172016;STB=0.59074;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00354954;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:44:26:26:0.371429:15:11:24:17:15:11:25:19 chr17 55822467 . G A 569.88 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0345347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6654;QD=25.3279;RBI=0.0348418;REFB=0.010083;REVB=0.0046162;RO=38;SAF=26;SAR=26;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162909;STB=0.588856;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00755425;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:26:26:11:27:26:26:11:27 chr17 55944771 . C A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0181186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.141;QD=24.0668;RBI=0.0182647;REFB=-0.0159976;REVB=-0.00230535;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269162;STB=0.65197;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0119321;OID=.;OPOS=55944771;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:4:12:4:6:4:12:4:6 chr17 55950195 . G A 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0108836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.676;QD=15.202;RBI=0.0149154;REFB=-0.00607613;REVB=0.0101989;RO=58;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307853;STB=0.501741;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0079852;OID=.;OPOS=55950195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:27:13:19:39:27:13:19:39 chr17 56049969 . T G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00543062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.635;QD=15.6431;RBI=0.0083225;REFB=0.0143455;REVB=-0.00630653;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.55097;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0146113;OID=.;OPOS=56049969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:29:20:20:0.408163:10:10:10:17:10:10:12:17 chr17 56247101 . C A 422.91 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0139693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.258;QD=13.6424;RBI=0.0294869;REFB=-0.0072173;REVB=0.025968;RO=75;SAF=23;SAR=26;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153162;STB=0.586432;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0133677;OID=.;OPOS=56247101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:75:49:49:0.395161:26:23:46:29:26:23:46:29 chr17 56435885 . G T 410.89 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1741;QD=56.6739;RBI=0.144365;REFB=0;REVB=0.144361;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016355;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:18:11:0:0 chr17 56436044 . C T 383.03 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=2.92452e-05;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.427;QD=22.5312;RBI=0.0584345;REFB=-0.00262715;REVB=0.0584345;RO=30;SAF=29;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10012;STB=0.555413;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00152827;OID=.;OPOS=56436044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:30:38:38:0.558824:9:29:20:10:9:29:20:10 chr17 56448297 . C T 326.08 PASS AF=0.521739;AO=21;DP=66;FAO=36;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0103871;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3968;QD=18.9029;RBI=0.0130849;REFB=-0.0481261;REVB=-0.00795757;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138491;STB=0.548469;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0473913;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:32:32:21:36:0.521739:5:16:21:11:16:20:21:11 chr17 56492800 . T C 1120.33 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110201;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.263;QD=60.5586;RBI=0.0110223;REFB=0;REVB=-0.000221389;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88157e-05;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr17 56544280 . T G 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1223;QD=59.4241;RBI=0.0301217;REFB=-0.0313739;REVB=0.0172741;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00757033;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr17 56581234 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0892583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.413;QD=19.1728;RBI=0.0895316;REFB=-0.0115747;REVB=-0.00698945;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152189;STB=0.508469;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0129417;OID=.;OPOS=56581234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:14:18:18:15:14:18 chr17 56584205 . A C 554.47 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.764;QD=59.943;RBI=0.0324888;REFB=0;REVB=0.032275;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101032;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:23:11:0:0:24:13:0:0 chr17 56585872 . G C 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.482;QD=63.0507;RBI=0.0233475;REFB=0;REVB=0.0224189;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05636e-05;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr17 56598439 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.251;QD=59.8291;RBI=0.0190031;REFB=0;REVB=0.0189688;RO=0;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67098e-05;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:64:39:0:0:64:39:0:0 chr17 56621286 . G T 761.12 PASS AF=0.842857;AO=59;DP=70;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.014489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3892;QD=43.4927;RBI=0.0409407;REFB=-0.0822272;REVB=0.0382911;RO=7;SAF=30;SAR=29;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159225;STB=0.52011;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0142873;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:7:11:59:59:0.842857:29:30:3:4:29:30:7:4 chr17 56621359 . T C 1182.81 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420855;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.071;QD=60.6569;RBI=0.0946069;REFB=0;REVB=0.0945133;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441628;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:70:78:1:35:35:0:0:43:35:0:0 chr17 56636854 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.084;QD=63.872;RBI=0.0166986;REFB=0;REVB=0.0102488;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23883e-05;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1041.42 PASS AF=1,0;AO=59,9;DP=74;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000626503,0.0408591;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.7677,14.8739;QD=57.0639;RBI=0.00515372,0.144487;REFB=0,0;REVB=0.0051155,-0.13859;RO=0;SAF=43,0;SAR=16,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.74604e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-1.32749e-05,0;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:59,9:74:73,0:73:0:46,0:27,0:0:0:6:0:43,0:16,9:0:0 chr17 57287454 . A G 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00384079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.172;QD=17.9839;RBI=0.010761;REFB=-0.0085958;REVB=-0.0100523;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983127;STB=0.505492;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0110143;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:21:21:24:25:21:21:24:25 chr17 57290383 . G A 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0167741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.449;QD=13.3409;RBI=0.0173466;REFB=-0.0140884;REVB=0.00441966;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407358;STB=0.523443;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0271617;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:14:18:11:10:14:18 chr17 57477235 . T G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.837;QD=46.846;RBI=0.11246;REFB=0;REVB=4.31753e-05;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336643;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 57477616 . G A 1467.19 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.571;QD=63.1051;RBI=0.0294059;REFB=0;REVB=0.0198533;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18178e-05;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:42:49:0:0:42:51:0:0 chr17 57478276 . T A 1933.57 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.367;QD=61.8742;RBI=0.0221679;REFB=0;REVB=0.0175176;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53699e-05;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr17 58013557 . CT C 41.76 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0994991;FXX=0.0652032;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.16716;QD=3.88419;RBI=0.118343;REFB=-0.0909756;REVB=0.0640699;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103918;STB=0.566575;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.116049;OID=.;OPOS=58013558;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:15:46:15:43:28:5:10:12:16:41:26:5:10:11:15 chr17 58034638 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00709643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.05;QD=21.0082;RBI=0.0123708;REFB=0.00685821;REVB=0.0101329;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141523;STB=0.578076;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00373057;OID=.;OPOS=58034638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:18:12:6:19:18:12:6:19 chr17 58034700 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0472447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5432;QD=9.83026;RBI=0.0503791;REFB=0.0235693;REVB=0.0174925;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227887;STB=0.640759;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0174137;OID=.;OPOS=58034700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:8:18:10:2:8:18 chr17 58091705 . C T 539.64 PASS AF=0.439394;AO=56;DP=131;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0614413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.497;QD=16.3527;RBI=0.0655885;REFB=-0.00487188;REVB=0.0229525;RO=73;SAF=30;SAR=26;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111947;STB=0.547429;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00425186;OID=.;OPOS=58091705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:73:74:56:58:0.439394:26:30:31:42:28:30:32:42 chr17 58149652 . T C 171.23 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00153029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.143;QD=12.4532;RBI=0.0398794;REFB=0.00373958;REVB=0.03985;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509175;STB=0.503469;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0128946;OID=.;OPOS=58149652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:31:34:20:21:0.381818:10:10:17:14:10:11:18:16 chr17 58235439 . C A 63.28 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0556844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.07;QD=8.72894;RBI=0.0557734;REFB=-0.00345171;REVB=0.00314842;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43678;STB=0.753701;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00932396;OID=.;OPOS=58235439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:2:18:5:4:2:18 chr17 58263012 . C T 320.88 PASS AF=0.5;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0675247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.602;QD=18.8751;RBI=0.0685362;REFB=-0.0371163;REVB=0.0117315;RO=32;SAF=6;SAR=28;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24226;STB=0.660271;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0295082;OID=.;OPOS=58263012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:34:34:34:0.5:28:6:12:20:28:6:14:20 chr17 58786625 . A G 1840.89 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1463;QD=61.3631;RBI=0.0658071;REFB=0;REVB=0.0619409;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510269;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr17 58824567 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9546;QD=57.1061;RBI=0.0869832;REFB=0;REVB=0.0586992;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172839;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr17 59477903 . C A 100.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0175781;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.96;QD=14.361;RBI=0.0214051;REFB=-0.010115;REVB=0.0122142;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339089;STB=0.697354;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00941686;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:11:5:8:4:11:5 chr17 59482169 . C G 161.8 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0517807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.616;QD=20.2255;RBI=0.0882246;REFB=-0.0438021;REVB=0.0714307;RO=12;SAF=16;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.648452;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0666872;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:14:18:18:0.5625:2:16:9:3:2:16:10:4 chr17 59482173 . G A 171.81 PASS AF=0.439024;AO=19;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0274651;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.285;QD=16.7619;RBI=0.0295235;REFB=-0.0177471;REVB=-0.010831;RO=23;SAF=16;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390599;STB=0.787491;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00978913;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:19:18:0.439024:3:16:12:11:2:16:12:11 chr17 59482300 . G C 509.37 PASS AF=0.396226;AO=57;DP=153;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.032247;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7984;QD=12.8143;RBI=0.048418;REFB=-0.00462313;REVB=0.036117;RO=96;SAF=36;SAR=21;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137547;STB=0.56728;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00936432;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:159:96:96:57:63:0.396226:21:36:49:47:24:39:49:47 chr17 59485555 . C T 174.18 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0142774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.984;QD=19.3533;RBI=0.0256478;REFB=-0.0295375;REVB=0.0213065;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327536;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260537;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:11:7:6:11:11:7:7:11 chr17 59490235 . C T 51.84 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00841858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.193;QD=9.01479;RBI=0.0100789;REFB=-0.0100411;REVB=0.00554176;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185114;STB=0.644803;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0336724;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:22:23:15:15:7:8:0.347826:3:4:6:9:3:5:6:9 chr17 59533868 . G C 1342.57 PASS AF=0.47079;AO=138;DP=290;FAO=137;FDP=291;FR=.;FRO=154;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=-0.0466457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5862;QD=18.4545;RBI=0.058194;REFB=-0.0304061;REVB=0.0347954;RO=151;SAF=59;SAR=79;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220129;STB=0.50936;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0352363;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:151:154:138:137:0.47079:79:59:68:83:78:59:69:85 chr17 59534987 . T G 174.07 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0305412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.593;QD=21.0996;RBI=0.0342584;REFB=-0.0213267;REVB=-0.01552;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.510193;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0193357;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:7:8:10:8:7:8 chr17 59667953 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00391856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.063;QD=15.4716;RBI=0.00772572;REFB=-0.00676675;REVB=0.0066582;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387829;STB=0.521898;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0106577;OID=.;OPOS=59667953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:17:19:24:25:17:19:24:25 chr17 59668021 . G C 239.95 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0012722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.672;QD=14.3254;RBI=0.00302137;REFB=-0.0265826;REVB=0.00274047;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497209;STB=0.528262;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0146349;OID=.;OPOS=59668021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:19:20:13:15:19:20 chr17 59668352 . C T 502.31 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00305134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0622;QD=17.3209;RBI=0.00404285;REFB=-0.00599978;REVB=0.00265216;RO=62;SAF=32;SAR=22;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166427;STB=0.592558;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0146804;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:22:32:26:36:22:32:26:36 chr17 59760174 . G A 617.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525195;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.559;QD=61.7025;RBI=0.00636238;REFB=0;REVB=0.00359123;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75181e-05;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:41:40:1:21:20:0:0:21:19:0:0 chr17 59760996 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.158;QD=60.6031;RBI=0.0757083;REFB=0;REVB=0.0558919;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759653;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr17 59763114 . A T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1228;QD=60.9764;RBI=0.0575985;REFB=0;REVB=0.0416943;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162335;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr17 59763347 . A G 1147.85 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.215;QD=60.413;RBI=0.00698547;REFB=0;REVB=-9.04449e-05;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05317e-05;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:48:27:0:0:48:28:0:0 chr17 59763465 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000774786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.662;QD=58.7797;RBI=0.0439408;REFB=0;REVB=0.043934;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193853;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr17 59955426 . T G 888.61 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00294636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.076;QD=56.4197;RBI=0.00852426;REFB=-0.0886575;REVB=-0.00799888;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000240034;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:1:0:36:26:1:0 chr17 60040329 . C T 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00902031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.963;QD=54.6514;RBI=0.0093161;REFB=-0.016329;REVB=0.0023289;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000467465;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr17 60043884 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.754;QD=60.9787;RBI=0.00559286;REFB=0;REVB=0.0040629;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82747e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 60043929 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.57;QD=63.8719;RBI=0.0183755;REFB=0;REVB=-0.0117101;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07543e-06;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr17 60083208 . G T 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0883243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8833;QD=53.3599;RBI=0.0904109;REFB=-0.0189557;REVB=0.0193116;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=9.93447e-05;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:0:1:21:8:0:1 chr17 60348325 . G A 556.2 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.0103432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5459;QD=13.4023;RBI=0.0125366;REFB=0.000476668;REVB=0.00708403;RO=101;SAF=32;SAR=33;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504976;STB=0.528475;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000607443;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:101:65:65:0.391566:33:32:45:56:33:32:45:56 chr17 60351156 . C G 838.41 PASS AF=0.446078;AO=91;DP=204;FAO=91;FDP=204;FR=.;FRO=113;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.0228765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.784;QD=16.4393;RBI=0.0385031;REFB=-0.0184066;REVB=-0.0309702;RO=113;SAF=54;SAR=37;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045753;STB=0.525426;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0236642;OID=.;OPOS=60351156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:113:113:91:91:0.446078:37:54:62:51:37:54:62:51 chr17 60351457 . G A 564.92 PASS AF=0.34;AO=68;DP=200;FAO=68;FDP=200;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=-0.0243987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.704;QD=11.2983;RBI=0.0262331;REFB=-0.00917179;REVB=-0.00963721;RO=132;SAF=30;SAR=38;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940524;STB=0.553871;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0202308;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:132:132:68:68:0.34:38:30:69:63:38:30:69:63 chr17 60493386 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.162;QD=42.1785;RBI=0.0715212;REFB=0;REVB=-0.0141188;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136427;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 60503892 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000940537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.166;QD=45.8068;RBI=0.021578;REFB=0;REVB=0.0215575;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295931;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 60683503 . A G 1572.93 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.031;QD=59.9211;RBI=0.0241303;REFB=0;REVB=0.0197761;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26518e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:64:41:0:0:64:41:0:0 chr17 60753904 . A C 1054.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.979;QD=58.5562;RBI=0.0256234;REFB=0;REVB=0.0170398;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167212;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:42:28:0:0:42:30:0:0 chr17 60758273 . G C 1352.97 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4047;QD=62.2054;RBI=0.0299913;REFB=0;REVB=-0.0277428;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304157;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr17 60766224 . A G 1677.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.46;QD=60.4414;RBI=0.0129409;REFB=0;REVB=-0.0102223;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61431e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr17 60767015 . G A 771.93 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0683992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6086;QD=55.1381;RBI=0.151047;REFB=-0.0454679;REVB=0.134672;RO=1;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119302;STB=0.506022;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00158524;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:53:55:0.982143:39:14:0:1:41:14:0:1 chr17 60769803 . A G 1155.96 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.81;QD=58.5296;RBI=0.0237867;REFB=-0.0943818;REVB=-0.00845229;RO=2;SAF=25;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363592;STB=0.509432;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000425073;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:52:25:2:0:52:26:1:0 chr17 60824224 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.041695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.429;QD=14.1957;RBI=0.0509045;REFB=-0.0202928;REVB=-0.0292027;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328361;STB=0.687734;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.026939;OID=.;OPOS=60824224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:16:7:20:12:16:7:20:12 chr17 61559923 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.55;QD=57.8844;RBI=0.0313579;REFB=0;REVB=0.0266448;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07209e-05;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr17 61562309 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.517;QD=55.098;RBI=0.00483675;REFB=0;REVB=0.00379265;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81015e-06;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr17 61562774 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.007;QD=57.202;RBI=0.0555784;REFB=0;REVB=-0.0233104;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242629;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 61564052 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.227;QD=62.6709;RBI=0.0576738;REFB=0;REVB=0.0562153;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337198;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr17 61566031 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.66393e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.736;QD=61.6952;RBI=0.0659828;REFB=0;REVB=0.0659828;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126437;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr17 61573761 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7994;QD=49.599;RBI=0.152542;REFB=0;REVB=-0.0154214;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00400731;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr17 61805747 . G A 379.89 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019928;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.16;QD=56.2806;RBI=0.0259026;REFB=0;REVB=0.0165474;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199352;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 61838259 . G A 279.35 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00696555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3916;QD=48.583;RBI=0.0153891;REFB=0.140734;REVB=-0.0137225;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00605775;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:1:0:7:15:1:0 chr17 61869883 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0318148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.064;QD=14.6505;RBI=0.0337519;REFB=0.0104377;REVB=-0.0112698;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389248;STB=0.522165;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.013765;OID=.;OPOS=61869883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:11:20:14:9:11:20 chr17 61901197 . T A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.125;QD=64.1535;RBI=0.0244449;REFB=0;REVB=0.0149793;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220505;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr17 61903445 . G C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.628;QD=63.8873;RBI=0.0166335;REFB=0;REVB=0.00633623;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58446e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr17 61906846 . T C 761.06 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.851;QD=56.3749;RBI=0.0180799;REFB=0;REVB=0.0176869;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25075e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr17 61908271 . C T 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.833;QD=62.0071;RBI=0.0225387;REFB=0;REVB=0.0222404;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09795e-05;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:29:55:0:0:29:55:0:0 chr17 61908556 . C T 920.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.641;QD=58.4421;RBI=0.0148252;REFB=0;REVB=0.0137231;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73695e-05;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:27:36:0:0 chr17 61910167 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.765;QD=57.1775;RBI=0.036518;REFB=0;REVB=0.0140146;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24912e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr17 62041068 . T C 2456.82 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.538;QD=61.4206;RBI=0.0655547;REFB=0;REVB=0.0623354;RO=0;SAF=76;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149393;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:84:76:0:0:84:76:0:0 chr17 62079286 . G A 768.5 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388119;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.579;QD=56.9257;RBI=0.0406683;REFB=0;REVB=0.012147;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr17 62121480 . T C 625.22 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128907;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.09;QD=59.5443;RBI=0.054038;REFB=-0.168313;REVB=0.052478;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00141272;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:0:1:41:41:0.97619:17:24:0:0:17:24:1:0 chr17 62125272 . A G 1396.18 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.997;QD=62.7496;RBI=0.0241821;REFB=0;REVB=0.0225779;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71895e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr17 62141455 . A G 1508.14 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0470938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.268;QD=57.453;RBI=0.0537011;REFB=-0.0639737;REVB=0.0258067;RO=2;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145963;STB=0.507691;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00195167;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:64:39:0:2:64:39:0:2 chr17 62476429 . G A 785.6 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0187336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9905;QD=20.0152;RBI=0.0229315;REFB=-0.0221219;REVB=-0.0132252;RO=77;SAF=42;SAR=38;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108908;STB=0.559807;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0219802;OID=.;OPOS=62476429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:77:77:80:80:0.509554:38:42:31:46:38:42:31:46 chr17 62479028 . T TA 111.89 PASS AF=0.44186;AO=15;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.108072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.912;QD=10.4088;RBI=0.165024;REFB=0.0014267;REVB=-0.124712;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322089;STB=0.612474;STBP=0.206;TYPE=ins;VARB=-0.0250719;OID=.;OPOS=62479029;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:15:44:19:43:24:11:8:9:15:99:25:10:5:9:16 chr17 62492582 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0298975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.26;QD=16.5359;RBI=0.0312511;REFB=-0.00173762;REVB=-0.00909784;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213918;STB=0.622506;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00167694;OID=.;OPOS=62492582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:14:9:11:7:14:9 chr17 62501856 . C G 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0807297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.178;QD=24.5995;RBI=0.0834968;REFB=-0.00975359;REVB=-0.0213176;RO=16;SAF=4;SAR=18;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765037;STB=0.542336;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0100473;OID=.;OPOS=62501856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:18:4:2:14:18:4:2:14 chr17 62501928 . C G 76.4 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00883108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9132;QD=12.2235;RBI=0.0385215;REFB=0.0179723;REVB=0.0374955;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376273;STB=0.726777;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0230389;OID=.;OPOS=62501928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:8:7:8:2:8:7 chr17 62522313 . G A 107.34 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00954601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.044;QD=12.628;RBI=0.0284654;REFB=-0.0095125;REVB=0.026817;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303663;STB=0.614335;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0173719;OID=.;OPOS=62522313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:10:2:8:13:10:3:8:13 chr17 62782689 . T C 1459.88 PASS AF=0.959596;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00240057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4603;QD=58.985;RBI=0.0325233;REFB=-0.0297208;REVB=0.0324346;RO=4;SAF=40;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450812;STB=0.523804;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0129783;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:99:4:4:94:95:0.959596:54:40:4:0:55:40:4:0 chr17 62788579 . A T 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00119743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.955;QD=20.6412;RBI=0.0268312;REFB=-0.0103744;REVB=-0.0268044;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146975;STB=0.581357;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00971588;OID=.;OPOS=62788579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:25:18:24:17:25:18:24:17 chr17 62950493 . G C 1022.32 PASS AF=0.469027;AO=106;DP=226;FAO=106;FDP=226;FR=.;FRO=120;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=71;FWDB=-0.00388633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.508;QD=18.0942;RBI=0.00399181;REFB=-0.00539535;REVB=-0.000911558;RO=119;SAF=46;SAR=60;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299801;STB=0.513898;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00647182;OID=.;OPOS=62950493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:119:120:106:106:0.469027:60:46:48:71:60:46:49:71 chr17 63533087 . C G 648.12 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0111137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.636;QD=20.0966;RBI=0.0161074;REFB=0.000340611;REVB=-0.0116591;RO=64;SAF=24;SAR=41;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020531;STB=0.511323;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000374188;OID=.;OPOS=63533087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:41:24:25:39:41:24:25:39 chr17 63533768 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00216163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.771;QD=17.3213;RBI=0.0333595;REFB=-0.0100477;REVB=0.0332894;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416401;STB=0.52378;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0104669;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:12:6:6:10:12:6 chr17 63533789 . T C 196.43 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0238766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.796;QD=18.2722;RBI=0.035726;REFB=0.00275267;REVB=0.0265755;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222193;STB=0.581316;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0033541;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:23:18:20:0.465116:8:10:15:4:10:10:15:8 chr17 63534250 . T C 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00897607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.293;QD=14.6956;RBI=0.019341;REFB=-0.0155879;REVB=0.0171319;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109992;STB=0.563318;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0307631;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:7:14:17:13:7:14:17:13 chr17 63554591 . G A 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0195699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.658;QD=19.522;RBI=0.0695604;REFB=0.0171287;REVB=0.0667508;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361458;STB=0.520519;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00989184;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:3:9:10:4:3:9 chr17 63822357 . T C 51.98 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0489333;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.798;QD=5.61915;RBI=0.104757;REFB=-0.0344178;REVB=-0.0926259;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453414;STB=0.775841;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0608305;OID=.;OPOS=63822357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:37:30:29:8:8:0.216216:3:5:7:23:3:5:7:22 chr17 64023642 . A G 2093.34 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170704;FXX=0.0220572;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.566;QD=62.9577;RBI=0.0172749;REFB=0;REVB=-0.00265018;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29436e-05;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:133:0:0:133:133:1:67:66:0:0:67:66:0:0 chr17 64026031 . T A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00894337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.208;QD=20.563;RBI=0.0137065;REFB=-0.00197885;REVB=0.0103868;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128852;STB=0.571388;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00134908;OID=.;OPOS=64026031;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:20:15:18:13:20:15:18:13 chr17 64208230 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.476;QD=59.1431;RBI=0.00903253;REFB=0;REVB=-0.00853867;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89991e-06;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr17 64210757 . C A,T 746.19 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167919,-0.0178428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.9729,26.3267;QD=62.1821;RBI=0.0204691,0.0319745;REFB=0,0;REVB=-0.0204001,0.0265331;RO=0;SAF=25,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00526154,0.223384;OID=.,.;OPOS=64210757,64210757;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:21,1:25,1:0:0:21,1:25,1:0:0 chr17 64783081 . G A 1549.21 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0864;QD=63.885;RBI=0.013054;REFB=0;REVB=-0.00313194;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105208;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:61:35:0:0:62:35:0:0 chr17 64801021 . A G 493.12 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0447034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3918;QD=51.9068;RBI=0.0484622;REFB=-0.182013;REVB=0.0187133;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.527853;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0077677;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:1:3:34:35:0.921053:12:22:1:0:12:23:1:2 chr17 64880788 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00884359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.774;QD=23.6751;RBI=0.0167586;REFB=0.00499509;REVB=0.0142352;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426487;STB=0.523787;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00807271;OID=.;OPOS=64880788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:10:6:9:12:10:6 chr17 64881075 . A G 277.21 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0474456;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0213;QD=13.3594;RBI=0.0566909;REFB=-0.0176222;REVB=-0.0310286;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972344;STB=0.561102;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0401776;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:51:32:32:0.385542:17:15:28:22:17:15:29:22 chr17 65027740 . G C 123.93 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.799;QD=38.1333;RBI=0.0244011;REFB=-0.163904;REVB=0.0185546;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128042;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00166239;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:0:1:3:9:0:1 chr17 65066879 . A G 921.62 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015297;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.883;QD=57.6009;RBI=0.0155092;REFB=0;REVB=0.00255656;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158242;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr17 65104666 . T G 1553.21 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.755;QD=62.7561;RBI=0.0368329;REFB=-0.0416308;REVB=0.0136434;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00022258;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:47:51:0:0:47:51:1:0 chr17 65104743 . G A 1491.08 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.648;QD=63.4501;RBI=0.0508567;REFB=0;REVB=0.0297419;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141478;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:52:41:0:0:53:41:0:0 chr17 65404916 . AAG A 167.38 PASS AF=0.534884;AO=24;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00767917;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=2;MLLD=33.8481;QD=15.5701;RBI=0.0459343;REFB=-0.0421061;REVB=-0.0452879;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867009;STB=0.524568;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.0430556;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:24:44:23:43:20:7:16:7:13:99:18:7:17:7:11 chr17 65574283 . A G 969.81 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0146979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.47;QD=54.6372;RBI=0.0237843;REFB=-0.107412;REVB=0.0186993;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.523803;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00139366;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:1:3:68:68:0.957746:38:30:1:0:38:30:3:0 chr17 65717525 . T C 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0262339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.695;QD=13.4153;RBI=0.026287;REFB=-0.0136281;REVB=0.00166874;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172747;STB=0.502956;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0180339;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:17:8:11:25:17:8:12:25 chr17 65739627 . A G 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0346281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.148;QD=17.2461;RBI=0.0364664;REFB=0.00351908;REVB=-0.0114321;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976478;STB=0.555504;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00661443;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:18:9:9:12:18:9 chr17 65978851 . T G 681.34 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138494;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5347;QD=60.5635;RBI=0.0139325;REFB=-0.112959;REVB=0.00151891;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000544213;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:0:1:20:24:0:1 chr17 65988049 . T C 512.38 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00266532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.539;QD=21.574;RBI=0.00793586;REFB=-0.0362557;REVB=-0.00747489;RO=46;SAF=26;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121691;STB=0.567124;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0462082;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:23:26:18:28:23:26:18:28 chr17 65989048 . T C 393.71 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00803804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9899;QD=50.8015;RBI=0.0228318;REFB=-0.20513;REVB=0.0213701;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.011679;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:0:2:14:15:0:2 chr17 66016006 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0163086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.091;QD=19.44;RBI=0.0205025;REFB=-0.000443551;REVB=-0.0124252;RO=29;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859205;STB=0.547914;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.000285979;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:11:20:16:13:11:20:16:13 chr17 66016096 . C T 312.14 PASS AF=0.596154;AO=29;DP=50;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0762829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.224;QD=24.0108;RBI=0.0774146;REFB=-0.0224193;REVB=0.0131889;RO=21;SAF=18;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148616;STB=0.575708;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0173314;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:21:29:31:0.596154:11:18:9:12:12:19:9:12 chr17 66039350 . A G 800.57 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00456995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.386;QD=23.8976;RBI=0.00602524;REFB=-0.000538616;REVB=-0.0039267;RO=59;SAF=26;SAR=49;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231375;STB=0.512638;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000652847;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:59:59:75:75:0.559701:49:26:22:37:49:26:22:37 chr17 66246416 . A G 1138.67 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.722;QD=59.1514;RBI=0.0232276;REFB=-0.110436;REVB=-0.00812721;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000252783;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr17 66253095 . T A 253.08 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.102;QD=19.1005;RBI=0.0532713;REFB=-0.00424363;REVB=0.0153893;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366064;STB=0.531456;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00387845;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:16:10:9:17:16:11:9:17 chr17 66264567 . TTA T 832.48 PASS AF=0.640244;AO=95;DP=119;FAO=105;FDP=164;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0495179;FXX=0.127653;HRUN=2;LEN=2;MLLD=100.361;QD=20.3045;RBI=0.0590819;REFB=-0.0797666;REVB=0.0322281;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541293;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=0.0795025;OID=.;OPOS=66264568;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.640244:95:119:105:164:59:45:60:32:27:99:0:41:54:0:0 chr17 66267691 . A T 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0680054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.305;QD=13.6194;RBI=0.0680062;REFB=0.0107984;REVB=-0.000336997;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187022;STB=0.501231;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0179702;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:15:11:15:22:15:11:16:22 chr17 66364749 . T C 149.79 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0180459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2828;QD=11.9832;RBI=0.021842;REFB=-0.00507824;REVB=-0.0123052;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125642;STB=0.5368;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0153347;OID=.;OPOS=66364749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:16:17:0.34:11:5:10:23:11:6:10:23 chr17 66364804 . T C 232.41 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0100695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.639;QD=12.5629;RBI=0.0157912;REFB=-0.00820608;REVB=-0.0121642;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112073;STB=0.548042;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0148214;OID=.;OPOS=66364804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:46:28:28:0.378378:19:9:18:25:19:9:18:28 chr17 66390978 . C T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0185618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.825;QD=15.4185;RBI=0.0190163;REFB=-0.0117362;REVB=-0.00413258;RO=37;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160017;STB=0.590844;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0147621;OID=.;OPOS=66390978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:9:20:20:17:9:20:20:17 chr17 66391232 . A G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0524241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3276;QD=16.1648;RBI=0.0538502;REFB=0.00692356;REVB=0.0123109;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508651;STB=0.528624;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0186975;OID=.;OPOS=66391232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:17:16:22:19:17:16:22:19 chr17 66449122 . G A 347.53 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=102;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0135202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.13;QD=13.3665;RBI=0.0142542;REFB=-0.00343516;REVB=0.0045152;RO=62;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159324;STB=0.585324;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00458508;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:62:63:40:41:0.394231:16:24:28:34:17:24:28:35 chr17 66533655 . A G 273.54 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0172162;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.939;QD=23.7865;RBI=0.0338666;REFB=-0.0129227;REVB=-0.0291641;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163068;STB=0.509084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0131851;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:8:13:15:10:8:13 chr17 66536749 . C T 281.42 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0199123;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.883;QD=17.0559;RBI=0.0199898;REFB=-0.00746079;REVB=-0.0017587;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.575174;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0132126;OID=.;OPOS=66536749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:12:23:16:15:12:23 chr17 66872802 . G C 1697.75 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431735;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5566;QD=60.6339;RBI=0.0432265;REFB=0;REVB=0.00214102;RO=0;SAF=44;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544648;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:68:44:0:0:68:44:0:0 chr17 66904001 . A C 523.71 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00226092;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=23.2759;RBI=0.0148088;REFB=-0.00214664;REVB=0.0146352;RO=40;SAF=31;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153263;STB=0.579406;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00280377;OID=.;OPOS=66904001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:40:41:49:49:0.544444:18:31:18:22:18:31:19:22 chr17 66928434 . C T 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00311368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7386;QD=13.4048;RBI=0.00627229;REFB=-0.00670472;REVB=0.00544487;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145083;STB=0.58326;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0108305;OID=.;OPOS=66928434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:18:16:14:9:18:16 chr17 66985992 . T G 164.7 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00132654;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.892;QD=9.54763;RBI=0.0152338;REFB=-0.00133382;REVB=0.0151759;RO=47;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124759;STB=0.573702;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00263174;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:8:14:25:22:8:14:25:22 chr17 67028260 . T C 434.95 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00854716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0817;QD=16.4132;RBI=0.00861914;REFB=-0.00175371;REVB=0.00111154;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747111;STB=0.53227;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00200558;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:56:58:48:48:0.45283:22:26:26:30:22:26:28:30 chr17 67031457 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.289;QD=57.0007;RBI=0.023423;REFB=0;REVB=0.00564299;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209794;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 67101718 . C T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0518127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.089;QD=56.8271;RBI=0.0531168;REFB=0.00862982;REVB=0.0116982;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000301732;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr17 67260926 . A G 719.34 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.014221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.691;QD=19.0553;RBI=0.080614;REFB=-0.00769169;REVB=0.0793497;RO=77;SAF=40;SAR=34;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750313;STB=0.50414;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0105938;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:34:40:41:36:34:40:41:36 chr17 67267317 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0013904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.151;QD=7.12516;RBI=0.00809329;REFB=-0.00101511;REVB=-0.00797296;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633268;STB=0.540421;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00134815;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:12:6:2:5:12:6 chr17 67273882 . C A 1572.92 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211759;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.789;QD=63.5523;RBI=0.00391357;REFB=0;REVB=0.00329118;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377141;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:54:44:0:0:54:45:0:0 chr17 67513003 . C A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00967332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.401;QD=9.14897;RBI=0.0414871;REFB=0.00181324;REVB=-0.0403436;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728722;STB=0.543429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00448134;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:7:11:22:18:7:11:22:18 chr17 67513055 . A G 105.5 PASS AF=0.269231;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0123841;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.499;QD=8.11512;RBI=0.0140526;REFB=0.000646818;REVB=0.00664148;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3491;STB=0.606587;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00246756;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:38:13:14:0.269231:4:9:12:19:5:9:19:19 chr17 67982157 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.306;QD=57.1062;RBI=0.025246;REFB=0;REVB=0.00210212;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78289e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr17 70645032 . G A 190.71 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00274479;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.014;QD=11.3856;RBI=0.0198458;REFB=-0.0155167;REVB=-0.0196551;RO=43;SAF=18;SAR=6;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417034;STB=0.524251;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0325261;OID=.;OPOS=70645032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:24:24:0.358209:6:18:31:12:6:18:31:12 chr17 70660158 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8476;QD=60.0307;RBI=0.0512714;REFB=0;REVB=0.0502936;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338698;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr17 70943990 . T C 520.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.25;QD=59.5017;RBI=0.0466629;REFB=0;REVB=0.0398976;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420289;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:25:10:0:0 chr17 71192663 . G A 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0914095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.829;QD=48.7283;RBI=0.0914229;REFB=0;REVB=0.00156573;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00356895;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 71192873 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6316;QD=43.4815;RBI=0.0550382;REFB=0;REVB=0.0219839;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288395;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 71196809 . A G 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.011;QD=60.5454;RBI=0.0238857;REFB=0;REVB=0.0228691;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18472e-05;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:59:53:0:0:59:53:0:0 chr17 71197748 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000230721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.999;QD=58.1399;RBI=0.100403;REFB=0;REVB=0.100403;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204936;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 71205854 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0146;QD=53.9098;RBI=0.0674088;REFB=0;REVB=-0.0559808;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262417;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr17 71232687 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.993;QD=51.1846;RBI=0.0591277;REFB=0;REVB=0.0422784;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354384;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 71232804 . C A 825.24 PASS AF=0.967213;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.372;QD=54.114;RBI=0.0267806;REFB=0.0713222;REVB=0.00598571;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505134;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00765718;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:0:2:60:59:0.967213:22:38:0:0:21:38:1:1 chr17 71232807 . T C 864.95 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.032;QD=55.803;RBI=0.0388063;REFB=-0.0928626;REVB=-0.0369512;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011949;STB=0.506327;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000448542;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:21:39:1:0:22:39:1:0 chr17 71232881 . G C 958.65 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419543;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5648;QD=58.9939;RBI=0.0163813;REFB=0;REVB=-0.0158349;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677785;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr17 71233130 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.915;QD=56.1914;RBI=0.0729956;REFB=0;REVB=0.0126849;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828519;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr17 71238433 . G A 2370.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.89;QD=64.0651;RBI=0.028741;REFB=0;REVB=0.0287107;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96083e-05;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:79:69:0:0:79:69:0:0 chr17 71239215 . AA TT 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608307;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.373;QD=59.0442;RBI=0.0544701;REFB=0;REVB=0.0541293;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.15372e-05;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr17 71239224 . T G 57.64 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=26;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00559253;FXX=0.0768935;HRUN=24;LEN=1;MLLD=147.18;QD=9.60678;RBI=0.00564252;REFB=0.00524654;REVB=-0.000749418;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475038;STB=0.906527;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00101228;OID=.;OPOS=71239224;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:24:15:16:10:8:0.333333:7:3:12:3:7:1:13:3 chr17 71239234 . T G 31.02 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00808565;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=188.714;QD=12.406;RBI=0.0151338;REFB=0.0374295;REVB=-0.0127927;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00788059;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr17 71244630 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.272;QD=60.3762;RBI=0.0423122;REFB=0;REVB=0.0269044;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14175e-05;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr17 71248845 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00033725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.986;QD=18.9137;RBI=0.0165837;REFB=-0.00544421;REVB=-0.0165803;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388376;STB=0.716922;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00624109;OID=.;OPOS=71248845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:8:21:8:20:8:21:8:20 chr17 71365314 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.425;QD=58.239;RBI=0.0193186;REFB=0;REVB=0.0186182;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28137e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr17 71390366 . C A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.222;QD=54.4809;RBI=0.0153657;REFB=-0.0400829;REVB=-0.00188423;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000447139;OID=.;OPOS=71390366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr17 71398170 . G C 1012.03 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8026;QD=57.8304;RBI=0.0761354;REFB=0.0418489;REVB=0.0741153;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00020735;OID=.;OPOS=71398170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:40:29:1:0:40:29:1:0 chr17 71429894 . CG C 196.46 PASS AF=0.83871;AO=23;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0869412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2064;QD=25.3497;RBI=0.158429;REFB=-0.0642931;REVB=0.132442;RO=7;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397727;STB=0.554414;STBP=0.189;TYPE=del;VARB=0.0321773;OID=.;OPOS=71429895;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.83871:23:31:26:31:5:12:14:4:1:14:7:11:12:4:3 chr17 71503636 . T C 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0396629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.1;QD=21.4825;RBI=0.0397572;REFB=-0.00459379;REVB=0.00273608;RO=39;SAF=25;SAR=20;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206495;STB=0.600979;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00511389;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:45:45:0.523256:20:25:12:27:20:25:14:27 chr17 71746427 . G A 249.3 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0509261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.974;QD=20.3513;RBI=0.0520168;REFB=0.0165221;REVB=0.0105963;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919354;STB=0.55156;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00840711;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:8:17:14:10:8:17 chr17 71746435 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0103879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.902;QD=17.0892;RBI=0.0263413;REFB=-0.00234758;REVB=-0.0242065;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797411;STB=0.544856;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00195165;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:10:18:14:11:10:18 chr17 71746479 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1938;QD=61.2132;RBI=0.0309929;REFB=0;REVB=0.0224955;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356451;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr17 71746508 . T C 1159.83 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.086;QD=60.2511;RBI=0.0146203;REFB=0;REVB=0.0125303;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067209;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:40:34:0:0:43:34:0:0 chr17 71746560 . G A 272.74 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00499345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0941;QD=14.9448;RBI=0.0349617;REFB=-0.0221632;REVB=-0.0346033;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128546;STB=0.572965;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0207306;OID=.;OPOS=71746560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:20:22:20:11:20:22 chr17 71746796 . A G 341.23 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0174946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1024;QD=20.999;RBI=0.0245304;REFB=-0.0139325;REVB=0.0171953;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774939;STB=0.550454;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0118883;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:19:16:16:13:19:16:17:13 chr17 71747278 . G C 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00438113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.595;QD=18.4686;RBI=0.0174887;REFB=-0.00156409;REVB=-0.016931;RO=58;SAF=29;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388437;STB=0.521506;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0013327;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:26:29:33:25:26:29:33:25 chr17 71747284 . G A 508.99 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.014922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6642;QD=19.3901;RBI=0.0311135;REFB=-0.00906128;REVB=0.0273017;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814981;STB=0.504503;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0137391;OID=.;OPOS=71747284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:25:28:27:25:25:28:27:25 chr17 71747323 . T C 246.58 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000339011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.737;QD=13.5114;RBI=0.0114083;REFB=-0.0144648;REVB=-0.0114033;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019362;STB=0.510041;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0210221;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:44:29:29:0.39726:13:16:20:15:13:16:25:19 chr17 71747336 . G A 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0167426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4041;QD=15.616;RBI=0.0181899;REFB=-0.0190952;REVB=-0.00711046;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133064;STB=0.567527;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0314341;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:17:16:26:16:17:16:26:17 chr17 71747394 . C T 301.25 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00383296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2485;QD=16.736;RBI=0.0491508;REFB=-0.0173888;REVB=0.0490011;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140868;STB=0.579168;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00685499;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:20:13:21:18:20:13:21:18 chr17 71747397 . G A 305.5 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0202126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6497;QD=17.7102;RBI=0.0284416;REFB=-0.000749911;REVB=0.0200093;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172757;STB=0.602088;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000548418;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:20:12:20:16:21:12:20:16 chr17 71752005 . C T 300.05 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0212367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.532;QD=19.0508;RBI=0.0219303;REFB=-0.0257455;REVB=0.00547179;RO=30;SAF=22;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312343;STB=0.685389;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0308909;OID=.;OPOS=71752005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:31:32:0.507937:9:22:11:19:9:23:11:20 chr17 71752500 . C CT 1568.24 PASS AF=1;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147086;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=184.238;QD=59.7425;RBI=0.0257961;REFB=0;REVB=0.021192;RO=3;SAF=49;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.57337e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:108:105:105:0:50:55:0:0:9:3:49:55:3:0 chr17 71819962 . C T 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0362405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.905;QD=15.0666;RBI=0.0363722;REFB=-0.0187368;REVB=0.00309186;RO=47;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136137;STB=0.576961;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0219215;OID=.;OPOS=71819962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:19:15:27:20:19:15:27:20 chr17 72209858 . A G 1859.35 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.519;QD=61.4661;RBI=0.0268592;REFB=0;REVB=-4.46972e-05;RO=0;SAF=38;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15203e-05;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:83:38:0:0:83:38:0:0 chr17 72308319 . G A 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7058;QD=55.6047;RBI=0.0288337;REFB=-0.0769695;REVB=0.0166952;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00155557;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:1:0:32:26:1:0 chr17 72346855 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0136085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.135;QD=14.1389;RBI=0.01507;REFB=-0.0185753;REVB=0.00647425;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148346;STB=0.599859;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.018228;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:11:8:8:6:12:8 chr17 72349040 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0118978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.327;QD=14.4;RBI=0.0314373;REFB=-0.0270878;REVB=0.0290989;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394162;STB=0.513857;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0327527;OID=.;OPOS=72349040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:16:9:12:21:16:9:13:21 chr17 72349067 . C T 261.91 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0114611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7664;QD=23.8096;RBI=0.069114;REFB=-0.062446;REVB=0.0681571;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788682;STB=0.528762;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0456318;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:19:24:25:0.568182:16:8:5:15:17:8:5:14 chr17 72350402 . G A 480.91 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0183213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6492;QD=22.9004;RBI=0.0219612;REFB=-0.037626;REVB=0.0121088;RO=38;SAF=12;SAR=34;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286113;STB=0.658241;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0245218;OID=.;OPOS=72350402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:34:12:22:16:34:12:22:16 chr17 72350412 . G A 268.37 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0286114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.045;QD=13.9411;RBI=0.0286805;REFB=-0.0196129;REVB=-0.00199072;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319913;STB=0.679895;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0178242;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:11:35:14:17:11:35 chr17 72351024 . T C 83.38 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0278924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.441;QD=11.1178;RBI=0.0279439;REFB=-0.0252738;REVB=-0.00169559;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0301655;OID=.;OPOS=72351024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:30:19:19:10:11:0.366667:4:6:8:11:4:7:8:11 chr17 72351406 . C T 788.08 PASS AF=0.458101;AO=81;DP=179;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.00795649;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.431;QD=17.6108;RBI=0.0132306;REFB=-0.0246051;REVB=0.0105708;RO=82;SAF=24;SAR=57;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179722;STB=0.576956;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0377634;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:82:97:81:82:0.458101:57:24:39:43:57:25:42:55 chr17 72351761 . A G 1572.28 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.278;QD=59.3313;RBI=0.0248663;REFB=0;REVB=0.0163639;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88528e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:106:0:0:100:106:1:55:45:0:0:58:48:0:0 chr17 72353745 . G T 64.33 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.892;QD=23.3928;RBI=0.0321448;REFB=0.0276065;REVB=0.0321448;RO=3;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00302039;OID=.;OPOS=72353745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:8:0:0:3:8:0:0:3 chr17 72366695 . C A 739.17 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.81;QD=54.7529;RBI=0.0396654;REFB=0.0346927;REVB=-0.0290596;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.002336;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:0:1:23:30:0:1 chr17 72368550 . T C 420.85 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0149094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.624;QD=20.5293;RBI=0.0151381;REFB=-0.0203921;REVB=0.0026213;RO=39;SAF=15;SAR=27;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125101;STB=0.558797;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0152053;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:27:15:9:30:27:15:10:30 chr17 72439700 . T G 255.96 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.573;QD=51.1921;RBI=0.0310474;REFB=0;REVB=0.00259019;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2154e-05;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr17 72439773 . AGGGGGC AGGG,AGGGC,AGGGGC,AGGGGCC 690.16 PASS AF=0,1,0,0;AO=7,22,16,2;DP=55;FAO=0,55,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0,0;FSAR=0,32,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743097,0.0141651,0.0293334,0.221741;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=15.3932,23.486,16.4135,5.70469;QD=50.1932;RBI=0.157471,0.150381,0.299249,0.247488;REFB=0,0,0,0;REVB=0.138835,0.149712,0.297808,0.109915;RO=0;SAF=6,9,2,2;SAR=1,13,14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.414179,0.414179,0.414179,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,5.2029e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.00723483,0.0115198,0;OID=.,.,.,.;OPOS=72439777,72439774,72439774,72439778;OREF=GGC,GG,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:7,22,16,2:55:0,55,0,0:55:0:0,23,0,0:0,32,0,0:0:0:4:0:6,9,2,2:1,13,14,0:0:0 chr17 72439808 . TG T 1090.69 PASS AF=1;AO=86;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6313;QD=45.9237;RBI=0.166418;REFB=0;REVB=-0.050692;RO=0;SAF=23;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00244337;OID=.;OPOS=72439809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:95:95:95:0:32:63:0:0:20:0:23:63:0:0 chr17 72469958 . A G 2451.87 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0404;QD=61.2969;RBI=0.0143266;REFB=0;REVB=0.0123469;RO=0;SAF=68;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27807e-05;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:159:160:1:91:68:0:0:91:69:0:0 chr17 72519798 . C T 636.37 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046977;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7647;QD=62.0847;RBI=0.0247767;REFB=0;REVB=0.0243273;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517141;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr17 72521897 . G A 817.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.216;QD=57.3737;RBI=0.0767606;REFB=0;REVB=-0.0698974;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010481;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr17 72588326 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.119;QD=57.0008;RBI=0.029787;REFB=0;REVB=0.0269448;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90461e-05;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr17 72589178 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCT 174.28 PASS AF=1,0;AO=17,2;DP=27;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.270854,0.064305;FXX=0.0370233;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.66083,19.186;QD=26.8123;RBI=0.281706,0.0927455;REFB=0.063472,0.0568543;REVB=0.0774346,0.0668327;RO=6;SAF=6,2;SAR=11,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0.33042,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0739473,0.606693;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0333102,-0.0444197;OID=.,.;OPOS=72589179,72589184;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:17,2:27:26,0:26:0:12,0:14,0:0:0:4:6:6,2:11,0:3:3 chr17 72589196 . T C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.741;QD=50.8358;RBI=0.0343901;REFB=-0.00905537;REVB=-0.0119428;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000104288;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:10:15:0:0:10:15:0:1 chr17 72589264 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.85;QD=55.6561;RBI=0.00284994;REFB=0;REVB=-0.000136396;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5051e-06;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 72590267 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.591;QD=57.1752;RBI=0.0321248;REFB=0;REVB=0.00904964;RO=0;SAF=11;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64397e-05;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:40:11:0:0:40:11:0:0 chr17 72613589 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.574;QD=55.656;RBI=0.0526648;REFB=0;REVB=-0.00368075;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164212;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 72615293 . C T 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9657;QD=58.5733;RBI=0.0975054;REFB=0;REVB=-0.0163607;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173895;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr17 72691928 . T C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.4072;QD=62.3119;RBI=0.0192318;REFB=0;REVB=-0.0191954;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94088e-05;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr17 72700943 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0976;QD=50.4134;RBI=0.0259035;REFB=0;REVB=-0.0097048;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113109;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 72744798 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.412;QD=55.0987;RBI=0.0820011;REFB=0;REVB=0.0429137;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554281;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr17 72773794 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.988;QD=61.6839;RBI=0.00828245;REFB=0;REVB=0.0016498;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88977e-05;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 72784932 . G A 711.88 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206919;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.829;QD=63.2778;RBI=0.0250277;REFB=0;REVB=0.0140794;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166912;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr17 72838649 . C A 3444.87 PASS AF=0.991071;AO=222;DP=224;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=147;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00649522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.57;QD=61.5155;RBI=0.0231607;REFB=-0.0487616;REVB=0.0222313;RO=2;SAF=75;SAR=147;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307996;STB=0.501616;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=4.69953e-05;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:224:2:2:222:222:0.991071:147:75:1:1:147:75:1:1 chr17 72851133 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.51;QD=51.9147;RBI=0.0436839;REFB=0;REVB=-0.00658193;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453961;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr17 72860253 . A G 463.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0168304;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.55;QD=16.2708;RBI=0.0201663;REFB=-0.00869316;REVB=0.0111093;RO=64;SAF=20;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124836;STB=0.565192;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00885005;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:64:63:51:51:0.447368:31:20:33:31:31:20:32:31 chr17 72862593 . C T 863.36 PASS AF=0.541401;AO=85;DP=157;FAO=85;FDP=157;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00656943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.137;QD=21.9963;RBI=0.00726503;REFB=-0.0163684;REVB=0.00310212;RO=70;SAF=45;SAR=40;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361658;STB=0.526231;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0165879;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:70:72:85:85:0.541401:40:45:34:36:40:45:34:38 chr17 72863030 . T C 132.1 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0152636;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.373;QD=13.9057;RBI=0.0173096;REFB=-0.0299987;REVB=-0.00816369;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879261;STB=0.550955;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0664764;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:6:17:10:5:6:17 chr17 72869078 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0563179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.827;QD=21.8421;RBI=0.0564443;REFB=-0.0241652;REVB=0.00377577;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00458541;OID=.;OPOS=72869078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr17 72889676 . G C 301.25 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=132;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=28;FWDB=-0.053829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8869;QD=9.12866;RBI=0.0668356;REFB=-0.0632407;REVB=0.0396161;RO=92;SAF=2;SAR=38;SRF=64;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.768981;STB=0.949775;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0419181;OID=.;OPOS=72889676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:92:92:40:40:0.30303:38:2:64:28:38:2:64:28 chr17 72889685 . G A 332.24 PASS AF=0.336;AO=41;DP=124;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0580486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9568;QD=10.6315;RBI=0.0843757;REFB=-0.0391528;REVB=-0.0612341;RO=68;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302529;STB=0.613942;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0211203;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:68:83:41:42:0.336:18:23:19:49:18:24:33:50 chr17 72889696 . A G 379.17 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=49;FWDB=0.0175521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0049;QD=16.6669;RBI=0.0345362;REFB=-0.0248034;REVB=-0.0297434;RO=49;SAF=27;SAR=13;SRF=2;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568397;STB=0.816065;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0556612;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:49:51:40:40:0.43956:13:27:2:47:13:27:2:49 chr17 72927123 . G T 689.13 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228056;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.656;QD=55.1303;RBI=0.0290514;REFB=0;REVB=0.0179969;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359763;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:36:12:0:0:36:14:0:0 chr17 72937605 . G A 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0264497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.953;QD=17.8595;RBI=0.0282254;REFB=-0.0163911;REVB=-0.00985335;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257044;STB=0.51438;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0143988;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:23:14:12:22:23:14 chr17 72937851 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4438;QD=64.1527;RBI=0.0210364;REFB=0;REVB=0.0199774;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012818;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr17 72938100 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.536;QD=60.6101;RBI=0.025449;REFB=0;REVB=0.0160276;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132363;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr17 72939446 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.555;QD=40.7608;RBI=0.0101625;REFB=0;REVB=0.0083067;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017047;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 72943126 . G A 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0189954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.572;QD=16.1737;RBI=0.0396754;REFB=-0.0498684;REVB=-0.0348326;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236638;STB=0.549939;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0362299;OID=.;OPOS=72943126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:17:20:16:16:0.444444:9:7:7:10:9:7:7:13 chr17 72948369 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1311;QD=63.2865;RBI=0.0761966;REFB=0;REVB=0.0758712;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823962;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr17 72952017 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.617;QD=57.5435;RBI=0.0188446;REFB=0;REVB=0.00302238;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35978e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr17 72956124 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0103448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.408;QD=26.6163;RBI=0.0103843;REFB=-0.0154795;REVB=0.000905064;RO=21;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530726;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0124392;OID=.;OPOS=72956124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:21:8:7:14:21:8:7:14 chr17 73037868 . C G 181.69 PASS AF=0.6;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0168633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.327;QD=24.2247;RBI=0.0183646;REFB=-0.0216258;REVB=0.00727232;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560445;STB=0.545405;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0124055;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:30:11:12:18:18:0.6:10:8:4:7:10:8:4:8 chr17 73038746 . T C 536.0 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0085911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.075;QD=23.8222;RBI=0.013901;REFB=-0.00277262;REVB=-0.0109285;RO=39;SAF=26;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128276;STB=0.575192;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00178237;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:50:50:0.555556:24:26:14:25:24:26:14:26 chr17 73059820 . C G 328.33 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.00537413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.523;QD=15.0957;RBI=0.0111264;REFB=-0.0140634;REVB=0.00974245;RO=51;SAF=9;SAR=27;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673847;STB=0.503815;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0188589;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:27:9:13:38:27:9:13:38 chr17 73060073 . T C 206.94 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0315043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.985;QD=16.8929;RBI=0.0331293;REFB=-0.00759505;REVB=0.0102482;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219852;STB=0.609284;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00532933;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:28:19:21:0.428571:13:6:4:23:15:6:4:24 chr17 73060111 . G A 241.24 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0114695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.69;QD=21.9306;RBI=0.0124346;REFB=-0.0214662;REVB=-0.0048031;RO=21;SAF=2;SAR=20;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119832;STB=0.512809;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0206161;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:20:2:3:18:20:3:3:18 chr17 73085975 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0234161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.884;QD=10.4362;RBI=0.0248694;REFB=-0.00431571;REVB=-0.00837703;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233421;STB=0.639163;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0113681;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:13:20:6:9:13:20 chr17 73089524 . G A 299.32 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0395637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7738;QD=17.1041;RBI=0.0605354;REFB=-0.00302228;REVB=0.0458176;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916732;STB=0.557824;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00796111;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:17:16:21:15:17:16:22:15 chr17 73089706 . G A 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0302594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6128;QD=15.5678;RBI=0.104927;REFB=-0.0402398;REVB=0.100469;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0454905;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr17 73089717 . C T 92.16 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00288419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4701;QD=18.4322;RBI=0.00654992;REFB=0.007246;REVB=-0.00588073;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00648081;OID=.;OPOS=73089717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr17 73089852 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0289827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2383;QD=13.631;RBI=0.0290137;REFB=0.00868084;REVB=0.00134003;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0132663;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:7:8:0.470588:3:4:4:4:4:4:4:5 chr17 73110279 . C T 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.002941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.845;QD=16.9208;RBI=0.0251482;REFB=-0.0117568;REVB=0.0249757;RO=48;SAF=13;SAR=27;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312432;STB=0.674912;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0166827;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:50:40:40:0.444444:27:13:31:17:27:13:32:18 chr17 73127217 . G C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.001;QD=58.5828;RBI=0.0486431;REFB=0;REVB=0.0484964;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010868;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr17 73221439 . C T 1272.34 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279306;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.945;QD=60.5878;RBI=0.0296545;REFB=-0.12555;REVB=0.00996324;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000394992;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:0:1:45:38:0:1 chr17 73222847 . C T 733.53 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024907;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.343;QD=63.7855;RBI=0.0378521;REFB=0;REVB=0.028503;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115114;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr17 73222865 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.899;QD=60.2307;RBI=0.0373752;REFB=0;REVB=0.036395;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134907;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr17 73230856 . C T 2276.21 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.904;QD=62.3619;RBI=0.0235065;REFB=-0.107257;REVB=0.0154655;RO=0;SAF=52;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000462303;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:144:145:0.993151:92:52:0:0:93:52:0:1 chr17 73230906 . TTTTC T 492.53 PASS AF=0.514925;AO=64;DP=137;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00612574;FXX=0.0359686;HRUN=4;LEN=4;MLLD=243.813;QD=14.7023;RBI=0.0110558;REFB=-0.00675487;REVB=-0.0092036;RO=65;SAF=30;SAR=34;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918907;STB=0.567507;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.00677716;OID=.;OPOS=73230907;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514925:64:137:69:134:65:34:35:23:42:99:65:30:34:24:41 chr17 73257986 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.052;QD=35.5759;RBI=0.050588;REFB=0;REVB=0.0441486;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495127;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 73258479 . C T 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00762132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.236;QD=53.6846;RBI=0.0235041;REFB=-0.0214909;REVB=0.0222342;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516834;STB=0.502741;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000752822;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:33:24:1:1:33:24:1:1 chr17 73269530 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3993;QD=56.9368;RBI=0.0313336;REFB=0;REVB=-0.0251665;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01633e-05;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr17 73269676 . C T 868.23 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839991;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5844;QD=57.882;RBI=0.00953546;REFB=0;REVB=0.00451293;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124066;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr17 73279624 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.015;QD=61.684;RBI=0.0439826;REFB=0;REVB=-0.00866902;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7848e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr17 73315368 . C T 746.41 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0122254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.523;QD=48.9452;RBI=0.0297993;REFB=0.0433296;REVB=0.027176;RO=5;SAF=41;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991652;STB=0.552855;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00549079;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:5:5:56:56:0.918033:15:41:1:4:15:41:1:4 chr17 73402246 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5302;QD=33.4285;RBI=0.0281418;REFB=0;REVB=0.0280702;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290248;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 73488794 . C T 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0347153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.919;QD=18.6315;RBI=0.0348524;REFB=0.00762692;REVB=-0.00308884;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00633393;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:10:6:5:11:10:6 chr17 73495692 . C G 190.86 PASS AF=0.337209;AO=22;DP=78;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0324932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1488;QD=8.87717;RBI=0.0469187;REFB=-0.0143554;REVB=-0.033846;RO=56;SAF=4;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314425;STB=0.51688;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0298855;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:56:57:22:29:0.337209:18:4:22:34:18:11:23:34 chr17 73498483 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0184584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.711;QD=19.7024;RBI=0.0184686;REFB=-0.0164985;REVB=-0.000615288;RO=16;SAF=1;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570078;STB=0.836067;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0306117;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:16:1:7:9:16:1:7:9 chr17 73498623 . A G 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0150414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.842;QD=15.4177;RBI=0.136971;REFB=-0.0132061;REVB=-0.136143;RO=37;SAF=23;SAR=6;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894471;STB=0.550861;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0152386;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:6:23:27:10:6:23:27:10 chr17 73518203 . G C 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0136739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.49;QD=21.3877;RBI=0.0145853;REFB=-0.0294619;REVB=-0.00507491;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167598;STB=0.509273;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0241694;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:14:19:15:12:14:19:15:12 chr17 73518284 . G C 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.019323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.231;QD=22.1879;RBI=0.0312854;REFB=-0.0233053;REVB=0.0246048;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743882;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0222886;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:12:10:13:11:12:10 chr17 73519413 . C T 210.32 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0184897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9228;QD=15.579;RBI=0.0707471;REFB=-0.0165635;REVB=0.0682883;RO=28;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223805;STB=0.65503;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0346109;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:30:24:24:0.444444:19:5:11:17:19:5:13:17 chr17 73552185 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0138147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.363;QD=20.7546;RBI=0.0701541;REFB=-0.0332222;REVB=0.0687805;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144746;STB=0.581979;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0318975;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:5:7:6:9:5:7 chr17 73587784 . A G 464.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00602115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.944;QD=22.1391;RBI=0.00859203;REFB=-0.00870946;REVB=-0.00612933;RO=39;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389193;STB=0.521453;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00648307;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:24:21:20:19:24:21:20:19 chr17 73590830 . T G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.258;QD=58.7816;RBI=0.0519529;REFB=0;REVB=0.00979535;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27281e-05;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr17 73609139 . C T 526.81 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302258;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.615;QD=60.2073;RBI=0.0523794;REFB=0;REVB=0.0427785;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57006e-05;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 73611823 . T C 659.4 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0290014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.416;QD=19.9817;RBI=0.031077;REFB=-0.0274636;REVB=-0.011167;RO=64;SAF=25;SAR=41;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303679;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:66:66:66:0.5:41:25:23:41:41:25:25:41 chr17 73612642 . A AT 238.16 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276939;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4238;QD=43.3016;RBI=0.101784;REFB=0;REVB=0.0979445;RO=2;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00948021;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:22:22:0:15:7:0:0:4:2:13:7:2:0 chr17 73613975 . G A 722.77 PASS AF=0.452941;AO=76;DP=172;FAO=77;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.00514634;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.282;QD=17.0064;RBI=0.00618209;REFB=-0.00526474;REVB=0.00342539;RO=60;SAF=32;SAR=44;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183839;STB=0.505153;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00498159;OID=.;OPOS=73613975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:60:93:76:77:0.452941:44:32:39:21:44:33:39:54 chr17 73615962 . T C 222.97 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0494889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7231;QD=10.4926;RBI=0.0714455;REFB=-0.00350852;REVB=-0.0515297;RO=57;SAF=16;SAR=12;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929206;STB=0.553969;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00730636;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:12:16:37:20:12:16:37:20 chr17 73615983 . G A 294.93 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00199095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5357;QD=13.1078;RBI=0.0572403;REFB=-0.0117563;REVB=0.0572056;RO=55;SAF=22;SAR=12;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529767;STB=0.521727;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0153338;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:12:22:38:17:12:22:38:18 chr17 73616088 . T C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0249631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.564;QD=15.7383;RBI=0.0335701;REFB=-0.00878723;REVB=-0.0224454;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509486;STB=0.528765;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0100788;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:18:18:13:16:18:18 chr17 73616853 . G C 189.57 PASS AF=0.575758;AO=16;DP=30;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0407145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.901;QD=22.9784;RBI=0.0407384;REFB=-0.0116921;REVB=0.00139595;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374144;STB=0.645227;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00792835;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:14:14:16:19:0.575758:13:3:8:6:14:5:8:6 chr17 73616864 . C A 203.91 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0210782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.622;QD=22.6563;RBI=0.0422086;REFB=-0.02487;REVB=0.0365688;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221985;STB=0.62487;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.020268;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:9:7:14:6:9:7 chr17 73616920 . A G 256.84 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00570378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.085;QD=23.8922;RBI=0.0112703;REFB=-0.0217532;REVB=-0.00972043;RO=18;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211594;STB=0.634806;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0373702;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:23:24:0.55814:15:8:11:7:16:8:12:7 chr17 73617104 . A C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0164649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.934;QD=11.257;RBI=0.0381509;REFB=-0.00166493;REVB=-0.034415;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017188;OID=.;OPOS=73617104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:4:4:5:6:4:4:6:6 chr17 73619920 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00636085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.993;QD=9.44572;RBI=0.0152579;REFB=-0.00203356;REVB=0.0138688;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00433077;OID=.;OPOS=73619920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:3:3:5:4:3:3:6:4 chr17 73625286 . G A 652.08 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00778322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.285;QD=17.3887;RBI=0.00923099;REFB=-0.0189195;REVB=0.00496312;RO=83;SAF=45;SAR=22;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149744;STB=0.583644;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0264313;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:83:67:67:0.446667:22:45:44:39:22:45:44:39 chr17 73625430 . G A 239.4 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0244209;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1927;QD=16.2307;RBI=0.0292357;REFB=-0.0110338;REVB=0.0160732;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640388;STB=0.53625;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0081652;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:20:7:10:22:20:7:10:22 chr17 73625478 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.259;QD=61.0491;RBI=0.0322764;REFB=0;REVB=0.00466221;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61497e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr17 73627565 . A G 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4962;QD=60.5461;RBI=0.0413397;REFB=0;REVB=-0.010565;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292589;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr17 73687495 . G A 269.36 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.034072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.87;QD=18.9028;RBI=0.0393594;REFB=-0.0307117;REVB=-0.0197043;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141965;STB=0.509797;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0304163;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:28:29:0.508772:12:16:15:12:13:16:16:12 chr17 73698557 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5858;QD=57.8839;RBI=0.0250924;REFB=0;REVB=0.0180283;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021928;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr17 73753503 . T C 508.95 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.628;QD=58.166;RBI=0.00833892;REFB=0;REVB=-0.00328327;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75673e-07;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr17 73812909 . A G 4146.85 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9845;QD=62.594;RBI=0.117114;REFB=0;REVB=0.105297;RO=0;SAF=104;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.99658e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132556;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:240:265:0:0:240:265:1:136:104:0:0:158:107:0:0 chr17 73816026 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.045;QD=44.6897;RBI=0.0162932;REFB=0;REVB=-0.0119216;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97573e-05;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr17 73949540 . G C 784.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1586;QD=57.0328;RBI=0.0423662;REFB=0;REVB=-0.0382925;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199371;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:37:18:0:0 chr17 73997474 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.175;QD=53.2771;RBI=0.0263741;REFB=0;REVB=-0.00539452;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06e-05;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 74014628 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7674;QD=61.6951;RBI=0.0206832;REFB=0;REVB=-0.00493357;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21375e-05;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr17 74014668 . T C 938.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.928;QD=58.6556;RBI=0.0405539;REFB=0;REVB=0.0380456;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015754;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:26:36:0:0:27:37:0:0 chr17 74017554 . G T 103.47 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0100953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.151;QD=3.76241;RBI=0.0259204;REFB=0.000244875;REVB=0.0238737;RO=91;SAF=8;SAR=11;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451415;STB=0.502944;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.000835607;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:91:91:19:19:0.172727:11:8:38:53:11:8:38:53 chr17 74017573 . C G 89.07 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=119;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0267572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.34;QD=2.99398;RBI=0.0268681;REFB=-0.00896431;REVB=-0.00243813;RO=100;SAF=7;SAR=11;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277411;STB=0.515105;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0472049;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:119:119:100:101:18:18:0.151261:11:7:41:59:11:7:41:60 chr17 74017594 . A G 90.85 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0568506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1937;QD=3.13276;RBI=0.0689807;REFB=-0.0020075;REVB=-0.0390685;RO=96;SAF=7;SAR=11;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919834;STB=0.516981;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00686458;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:96:98:18:18:0.155172:11:7:38:58:11:7:40:58 chr17 74066447 . T A 288.4 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00233539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.7;QD=21.3626;RBI=0.0043079;REFB=0.00403624;REVB=-0.00361993;RO=24;SAF=6;SAR=23;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291316;STB=0.640661;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00325082;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:29:30:0.555556:23:6:12:12:23:7:12:12 chr17 74076415 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00986894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8013;QD=22.7197;RBI=0.0434189;REFB=-0.0382904;REVB=0.0422824;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811842;STB=0.504581;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252774;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:3:11:7:2:3:11:7:2 chr17 74076642 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0263943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.802;QD=20.2096;RBI=0.0264125;REFB=-0.0164144;REVB=0.000980933;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238661;STB=0.635555;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0120677;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:3:7:5:8:3:7 chr17 74275160 . C T 220.18 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00401486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.74;QD=17.6147;RBI=0.00564432;REFB=-0.00165661;REVB=-0.00396727;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032956;OID=.;OPOS=74275160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:11:11:13:14:11:11:14:14 chr17 74286082 . C T 151.79 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.023589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.846;QD=20.2382;RBI=0.0249581;REFB=-0.00888419;REVB=0.00815247;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.562418;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00965006;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:14:14:14:16:0.533333:12:2:5:9:12:4:5:9 chr17 74286106 . C T 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.017972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.522;QD=20.5442;RBI=0.0181716;REFB=0.000500906;REVB=-0.0026856;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131399;STB=0.574254;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00126566;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:10:12:15:7:10:12 chr17 74287204 . C G 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0306884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9901;QD=28.048;RBI=0.0307376;REFB=-0.02635;REVB=-0.0017395;RO=16;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266401;STB=0.514695;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0176127;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:12:14:8:8:12:14:8:8 chr17 74287389 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0180327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.797;QD=17.5599;RBI=0.0195993;REFB=-0.00187272;REVB=0.0076781;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750124;STB=0.542809;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00280001;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:11:10:10:8:11:10 chr17 74287594 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0217496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9616;QD=17.6174;RBI=0.0354824;REFB=0.00548514;REVB=-0.028035;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202869;STB=0.613175;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0029496;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:5:22:15:9:5:22 chr17 74289500 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0239574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.18;QD=10.0752;RBI=0.0948748;REFB=0.00297589;REVB=0.0918002;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.599781;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00545907;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:12:2:2:6:12:2 chr17 74289839 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.01514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.317;QD=21.3769;RBI=0.0379969;REFB=0.000965341;REVB=0.0348503;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143918;STB=0.581123;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000645838;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:10:12:16:7:10:12 chr17 74289875 . C T 242.77 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.063971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6953;QD=14.9399;RBI=0.068661;REFB=-0.0115417;REVB=0.0249408;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148608;STB=0.584553;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0159247;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:17:20:19:9:17:20 chr17 74289908 . A G 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0107338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.749;QD=19.9068;RBI=0.0111769;REFB=-0.00908469;REVB=-0.00311586;RO=42;SAF=13;SAR=29;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959739;STB=0.553409;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00692808;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:29:13:17:25:29:13:17:25 chr17 74290097 . T A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00245629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.192;QD=23.6753;RBI=0.0142119;REFB=-0.0251828;REVB=0.013998;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11484;STB=0.564042;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0122057;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:10:6:11:10:10:6 chr17 74307737 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0258126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.757;QD=16.1724;RBI=0.0259397;REFB=0.00272274;REVB=0.00256503;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268942;STB=0.656041;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0032803;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:10:10:12:4:10:10 chr17 74383475 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00416335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.614;QD=19.3853;RBI=0.0104394;REFB=-0.00817364;REVB=-0.00957331;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00875464;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:12:9:10:10:12:9 chr17 74387284 . C T 545.65 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00391413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.76;QD=21.1904;RBI=0.00392901;REFB=-0.0304126;REVB=-0.000341633;RO=48;SAF=22;SAR=33;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865088;STB=0.547602;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0278226;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:33:22:24:24:33:22:24:24 chr17 74467017 . G C 650.49 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.952;QD=60.5105;RBI=0.0358384;REFB=0;REVB=0.00236516;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490314;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:16:25:0:0:17:26:0:0 chr17 74475024 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.584;QD=53.9102;RBI=0.100789;REFB=0;REVB=0.0886952;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689025;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr17 74475975 . C A 1222.1 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.629;QD=61.1052;RBI=0.104496;REFB=0;REVB=0.0956432;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198081;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:40:35:0:0:44:36:0:0 chr17 74477579 . T G 221.96 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0424283;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7265;QD=16.1428;RBI=0.0434841;REFB=-0.0105504;REVB=-0.00952389;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725478;STB=0.540951;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0118372;OID=.;OPOS=74477579;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:11:19:14:11:11:19 chr17 74541129 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=-0.0232015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1451;QD=10.2403;RBI=0.0232015;REFB=0.0154511;REVB=0;RO=19;SAF=10;SAR=0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0318346;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:0:10:19:0:0:10:19:0 chr17 74652491 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0483924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.609;QD=18.4835;RBI=0.0523332;REFB=0.00150622;REVB=0.0199233;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425862;STB=0.753909;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000518821;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:15:4:13:7:15:4:14:7 chr17 74652501 . AT TA 116.66 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0239591;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.737;QD=14.1405;RBI=0.0881461;REFB=-0.0329636;REVB=0.0848274;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483787;STB=0.78973;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0513817;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:18:15:15:0.454545:12:3:12:5:12:3:13:5 chr17 74732507 . A G 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222473;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.496;QD=57.1424;RBI=0.024664;REFB=0;REVB=-0.0106477;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202151;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr17 74733099 . G A 4432.33 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450042;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.502;QD=63.0937;RBI=0.0582989;REFB=-0.0173359;REVB=0.0370591;RO=1;SAF=109;SAR=172;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68322e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:282:281:1:0:281:281:1:172:109:1:0:172:109:0:0 chr17 74846671 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.333;QD=55.6558;RBI=0.050653;REFB=0;REVB=-0.0182242;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359413;OID=.;OPOS=74846671;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 74857676 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.77;QD=61.0492;RBI=0.029861;REFB=0;REVB=0.00665209;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79489e-05;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr17 74898653 . G A 432.13 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00769942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.272;QD=17.8199;RBI=0.00791624;REFB=-0.00254742;REVB=0.00184005;RO=53;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390386;STB=0.521812;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00272281;OID=.;OPOS=74898653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:20:24:31:22:20:24:31:22 chr17 74922706 . C T 567.62 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0425539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4369;QD=18.459;RBI=0.0739902;REFB=0.0421702;REVB=0.0605286;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=8;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308577;STB=0.620327;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0153646;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:49:56:51:52:0.422764:25:26:8:41:26:26:15:41 chr17 74928758 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0218251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.603;QD=8.50797;RBI=0.0376796;REFB=-0.00643169;REVB=-0.0307151;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190754;STB=0.616667;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0174541;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:13:18:5:7:13:18 chr17 74936576 . G A 271.67 PASS AF=0.458333;AO=24;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0141529;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9339;QD=15.093;RBI=0.0154501;REFB=-0.023934;REVB=0.00619693;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214924;STB=0.659631;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0425517;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:35:24:33:0.458333:14:10:7:25:14:19:9:26 chr17 74942478 . C T 1589.98 PASS AF=0.948276;AO=110;DP=116;FAO=110;FDP=116;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0450467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.428;QD=54.8268;RBI=0.0466857;REFB=-0.259371;REVB=0.0122618;RO=3;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220669;STB=0.503838;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00132583;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:116:116:3:6:110:110:0.948276:63:47:0:3:63:47:3:3 chr17 75085434 . G A 2277.55 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844505;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.818;QD=63.7078;RBI=0.0129896;REFB=0;REVB=0.00986964;RO=0;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39131e-05;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:76:67:0:0:76:67:0:0 chr17 75158213 . T G 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00327192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.203;QD=14.963;RBI=0.0109074;REFB=-0.0215136;REVB=-0.0104051;RO=65;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107691;STB=0.560431;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0301364;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:23:25:27:38:23:25:27:38 chr17 75158261 . C G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0262142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6836;QD=15.6536;RBI=0.0271422;REFB=-0.0341792;REVB=0.00703687;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18585;STB=0.605397;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0299617;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:15:17:9:17:15:17 chr17 75190846 . A C 729.54 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.852;QD=63.4382;RBI=0.104985;REFB=0;REVB=0.10158;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445319;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:19:24:0:0:21:25:0:0 chr17 75190962 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0120871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.481;QD=16.1064;RBI=0.0157186;REFB=-0.031203;REVB=-0.0100486;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733111;STB=0.542119;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0255823;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:12:10:9:8:12:10 chr17 75303298 . T C 902.54 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.116;QD=58.2281;RBI=0.0331214;REFB=0;REVB=0.0110236;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48816e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:37:23:0:0:38:24:0:0 chr17 75401191 . C T 398.95 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0121726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.652;QD=20.9973;RBI=0.0225116;REFB=-0.018093;REVB=0.0189367;RO=35;SAF=12;SAR=28;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219447;STB=0.629146;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0193854;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:28:12:19:16:28:12:20:16 chr17 75425078 . G C 346.95 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00731809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.612;QD=22.3839;RBI=0.0106349;REFB=-0.0242656;REVB=0.00771664;RO=27;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209922;STB=0.505615;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0163254;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:24:10:8:19:25:10:8:19 chr17 75425206 . A G 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0192482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7649;QD=16.9228;RBI=0.0192761;REFB=-0.0069268;REVB=0.0010383;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109163;STB=0.561142;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00698311;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:12:22:16:14:12:22 chr17 75425456 . A G 320.49 PASS AF=0.675;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00056185;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.584;QD=32.0485;RBI=0.0107873;REFB=-0.0207242;REVB=0.0107727;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782699;STB=0.555514;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0130012;OID=.;OPOS=75425456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:12:13:27:27:0.675:15:12:7:5:15:12:8:5 chr17 75478481 . C T 371.8 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0171269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.351;QD=17.4963;RBI=0.0173578;REFB=-0.00391597;REVB=0.00282163;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372702;STB=0.52086;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00546628;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:18:21:23:23:18:21:23:23 chr17 75494705 . A G 1539.92 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0386542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.768;QD=61.597;RBI=0.0528305;REFB=-0.0680531;REVB=0.0360127;RO=1;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758897;STB=0.503105;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000908646;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:1:2:97:98:0.98:62:35:0:1:63:35:1:1 chr17 75495065 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.393;QD=62.6711;RBI=0.0178571;REFB=0;REVB=0.00989365;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.718e-05;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr17 75495397 . T C 272.86 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.8;QD=45.4761;RBI=0.0222089;REFB=-0.033284;REVB=0.0152095;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430223;STB=0.523343;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00654448;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:16:6:1:1:16:6:1:1 chr17 75496342 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7913;QD=39.2057;RBI=0.049142;REFB=0;REVB=0.0337241;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483176;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 75496361 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7885;QD=40.762;RBI=0.0532033;REFB=0;REVB=-0.011773;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246909;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 75558676 . A T 32.53 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.126903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.461;QD=16.2672;RBI=0.136903;REFB=-0.0535601;REVB=0.0513601;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0277729;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:4:1:1:1:4:1:2:1 chr17 75558738 . A C 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.162566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2712;QD=15.2504;RBI=0.164415;REFB=-0.0602941;REVB=-0.024584;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0366386;OID=.;OPOS=75558738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr17 75558978 . A G 121.98 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0295681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.362;QD=17.425;RBI=0.0357549;REFB=-0.0218067;REVB=0.0201032;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24933;STB=0.612755;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0240177;OID=.;OPOS=75558978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:2:11:8:6:3:11 chr17 75559019 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.477;QD=58.5873;RBI=0.014963;REFB=0;REVB=-0.00773486;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4508e-05;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr17 76113954 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0123756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.916;QD=18.7116;RBI=0.0454434;REFB=-0.01732;REVB=-0.0437258;RO=19;SAF=2;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465852;STB=0.771561;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.028762;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:16:2:9:10:16:2:9:10 chr17 76121004 . G A 579.22 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=0.0097112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1622;QD=18.6846;RBI=0.0551007;REFB=-0.00432431;REVB=-0.0542382;RO=64;SAF=36;SAR=24;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135005;STB=0.574371;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00411295;OID=.;OPOS=76121004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:64:60:60:0.483871:24:36:47:17:24:36:47:17 chr17 76157266 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0216232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.344;QD=19.1094;RBI=0.023838;REFB=-0.0141995;REVB=-0.0100344;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120425;STB=0.567516;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0110117;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:12:14:18:9:12:14 chr17 76178748 . T C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0470225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.868;QD=13.0369;RBI=0.0472186;REFB=-0.0115092;REVB=0.00429908;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332178;STB=0.701082;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0298912;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:6:12:11:20:6:12:11:21 chr17 76183043 . A G 122.35 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00718463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7346;QD=15.7869;RBI=0.024599;REFB=-0.0160308;REVB=0.0235264;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123893;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0381223;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:9:7:8:6:9:8 chr17 76210367 . G C 784.9 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0389829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9465;QD=22.7506;RBI=0.0483641;REFB=-0.000775408;REVB=-0.0286256;RO=63;SAF=36;SAR=39;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233174;STB=0.512758;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00163079;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:63:75:75:0.543478:39:36:32:31:39:36:32:31 chr17 76219591 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000143915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0304;QD=60.6049;RBI=0.086136;REFB=0;REVB=0.0861359;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147851;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 76230729 . T C 384.5 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0343582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6145;QD=18.3094;RBI=0.0356016;REFB=-0.0446363;REVB=-0.0093267;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127479;STB=0.570879;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0422544;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:21:19:15:29:21:19:15:29 chr17 76367106 . G A 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00635614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7707;QD=19.9044;RBI=0.0296861;REFB=0.000464127;REVB=0.0289977;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047336;STB=0.526299;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000358037;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:16:15:12:16:16:15:12:16 chr17 76395430 . C T 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0215279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4484;QD=13.0594;RBI=0.0785645;REFB=-0.0136069;REVB=-0.0755574;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671044;STB=0.538432;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0174238;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:19:21:12:14:19:21 chr17 76423097 . G A 1542.62 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132227;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.346;QD=59.9076;RBI=0.0225683;REFB=0;REVB=0.0182889;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92982e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:48:55:0:0:48:55:0:0 chr17 76433898 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.549;QD=63.2867;RBI=0.040334;REFB=0;REVB=0.0403091;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248082;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 76449505 . G C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.606;QD=60.2039;RBI=0.0167186;REFB=0;REVB=0.0075784;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31242e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr17 76451921 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.811;QD=61.2126;RBI=0.0307354;REFB=0;REVB=-0.00259346;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28387e-05;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr17 76462770 . G A 1545.11 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0398892;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.074;QD=57.7612;RBI=0.0433931;REFB=-0.186087;REVB=0.0170828;RO=2;SAF=59;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158138;STB=0.508332;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000985914;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:46:59:2:0:46:59:2:0 chr17 76468839 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0302585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.817;QD=18.2512;RBI=0.0302718;REFB=-0.0238885;REVB=-0.000896259;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285692;STB=0.671036;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.026977;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:8:7:2:12:8:7:2:13 chr17 76468843 . C T 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.088381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.149;QD=15.7863;RBI=0.088662;REFB=-0.0134155;REVB=0.00705404;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183448;STB=0.575815;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0183559;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:9:5:3:13:9:5:4:13 chr17 76471366 . G A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.01312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.461;QD=17.223;RBI=0.030388;REFB=-0.00949792;REVB=0.0274098;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425155;STB=0.523795;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00880205;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:12:24:20:12:12:24 chr17 76472768 . G A 456.16 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.011743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.373;QD=20.2737;RBI=0.0228846;REFB=-0.00603454;REVB=-0.0196419;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216986;STB=0.512033;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00681419;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:17:28:29:16:17:28 chr17 76481693 . C G 1400.35 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.324;QD=61.5537;RBI=0.0343574;REFB=0.0276007;REVB=0.0248538;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-2.57986e-05;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:44:46:0:0:44:46:0:1 chr17 76482432 . A G 127.18 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0122782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.506;QD=11.5615;RBI=0.0458078;REFB=-0.00411562;REVB=0.0441317;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324432;STB=0.695363;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0116602;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:12:3:13:16:12:3:13:16 chr17 76482435 . C T 338.02 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0204248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4141;QD=28.7675;RBI=0.0206915;REFB=-0.0437133;REVB=-0.00331151;RO=17;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23241;STB=0.611461;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0495777;OID=.;OPOS=76482435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:16:13:2:15:16:13:3:15 chr17 76491127 . TG CC 1011.34 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204715;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.337;QD=59.4905;RBI=0.0254451;REFB=0;REVB=-0.015112;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.8353e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr17 76496492 . A G 2362.9 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.08;QD=60.2014;RBI=0.0530387;REFB=0;REVB=0.0446344;RO=0;SAF=52;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50162e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22642e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:157:0:0:142:157:1:90:52:0:0:99:58:0:0 chr17 76497920 . C A 769.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000972594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0118;QD=56.9869;RBI=0.00528123;REFB=0;REVB=-0.0051909;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76822e-05;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr17 76498692 . C T 805.48 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.904;QD=64.4385;RBI=0.0503557;REFB=0;REVB=-0.00461911;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32482e-05;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr17 76503624 . C T 1902.47 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.754;QD=61.3699;RBI=0.040538;REFB=0;REVB=0.0298904;RO=0;SAF=45;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199716;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:124:0:0:118:124:1:73:45:0:0:77:47:0:0 chr17 76503678 . C A 576.36 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00278541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.668;QD=24.0149;RBI=0.00774809;REFB=-0.0302147;REVB=-0.0072301;RO=43;SAF=22;SAR=31;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076437;STB=0.541856;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0258391;OID=.;OPOS=76503678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:31:22:14:29:31:22:14:29 chr17 76535948 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00448338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.755;QD=16.6186;RBI=0.0334638;REFB=0.00439597;REVB=-0.0331621;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272982;STB=0.654294;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00223413;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:9:19:9:14:9:19 chr17 76557862 . T C 1498.82 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269986;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.204;QD=59.9526;RBI=0.00907581;REFB=0;REVB=0.00866493;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60429e-05;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr17 76567707 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.423;QD=62.6711;RBI=0.0104345;REFB=0;REVB=-0.00151842;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35818e-05;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr17 76672002 . T C 181.22 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00724645;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.23;QD=18.122;RBI=0.00746944;REFB=-0.00596674;REVB=0.00181146;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24189;STB=0.626813;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0139261;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:21:19:19:0.475:11:8:15:7:11:8:14:7 chr17 76798548 . TTTTTTC T 77.92 PASS AF=0.478261;AO=8;DP=20;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0392746;FXX=0.257981;HRUN=7;LEN=6;MLLD=190.152;QD=13.5505;RBI=0.0474238;REFB=-0.0235957;REVB=-0.0265804;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175135;STB=0.564402;STBP=0.556;TYPE=del;VARB=0.0269824;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:8:20:11:23:12:5:6:4:8:77:5:5:3:3:2 chr17 76799795 . G A 469.97 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0119178;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.79;QD=14.3502;RBI=0.0149529;REFB=-0.0265891;REVB=-0.00903069;RO=78;SAF=22;SAR=31;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866364;STB=0.504884;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0410973;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:78:78:53:53:0.40458:31:22:33:45:31:22:33:45 chr17 76799860 . T C 462.66 PASS AF=0.416;AO=40;DP=118;FAO=52;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.00101864;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.517;QD=14.8051;RBI=0.0119925;REFB=-0.0140506;REVB=-0.0119492;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146022;STB=0.612862;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0130773;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:46:72:40:52:0.416:20:20:16:30:26:26:22:50 chr17 76799898 . A G 514.7 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=-0.0029805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.928;QD=15.9596;RBI=0.0104699;REFB=-0.00701351;REVB=-0.0100367;RO=73;SAF=26;SAR=29;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192309;STB=0.611027;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.01014;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:73:55:56:0.434109:29:26:21:52:29:27:21:52 chr17 76817090 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00278752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.193;QD=12.0241;RBI=0.0277803;REFB=-0.0235595;REVB=-0.0276401;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421448;STB=0.749583;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0322657;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:7:13:3:9:7:13 chr17 76823227 . T G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0693788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.136;QD=20.4558;RBI=0.0751067;REFB=-0.0245282;REVB=0.0287681;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154764;STB=0.587681;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0151833;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:8:7:11:6:8:7 chr17 76823260 . A C 164.78 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0206795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.142;QD=21.2625;RBI=0.0335987;REFB=-0.0208183;REVB=0.0264808;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179543;STB=0.601441;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0248626;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:8:6:11:6:8:6 chr17 76887360 . G C 202.66 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0689137;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1132;QD=27.9528;RBI=0.0691556;REFB=-0.124139;REVB=-0.00577907;RO=6;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313275;STB=0.701862;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0332529;OID=.;OPOS=76887360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:29:6:9:16:16:0.551724:12:4:5:1:12:4:7:2 chr17 76887658 . G A 293.21 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0122608;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.14;QD=26.6553;RBI=0.0283247;REFB=-0.0224761;REVB=0.0255336;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181556;STB=0.599927;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0154308;OID=.;OPOS=76887658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:4:14:14:12:4:14 chr17 76887854 . C A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0195283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.515;QD=6.54484;RBI=0.0242933;REFB=-0.00636269;REVB=-0.0144503;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171073;STB=0.610814;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0218879;OID=.;OPOS=76887854;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:15:9:2:6:15:9 chr17 76970879 . A G 1527.73 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010163;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.185;QD=59.9111;RBI=0.0123552;REFB=0;REVB=0.00702592;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57582e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr17 76988785 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0145397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.756;QD=21.9438;RBI=0.0214214;REFB=-0.0109308;REVB=-0.0157313;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123823;STB=0.545815;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0163599;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:7:9:8:3:7:9:8:4 chr17 76989782 . G A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0377208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.901;QD=11.3236;RBI=0.0422674;REFB=-0.000995998;REVB=-0.0190702;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161235;STB=0.593625;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00190532;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:22:19:14:9:22:19 chr17 76993546 . A G 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00128547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.286;QD=25.6495;RBI=0.0110667;REFB=-0.0236309;REVB=-0.0109918;RO=18;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146346;STB=0.581421;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0381239;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:8:17:9:9:8:17:9:9 chr17 77039835 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0178819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8482;QD=19.7628;RBI=0.0580278;REFB=-0.0118165;REVB=0.0552039;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114588;STB=0.564262;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0155316;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:6:19:15:8:6:19 chr17 77039852 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00884193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.286;QD=17.5646;RBI=0.0245972;REFB=-0.0297048;REVB=0.0229531;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119102;STB=0.566434;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0309161;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:11:24:18:14:11:24 chr17 77042718 . C T 152.82 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00636254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.91;QD=10.3608;RBI=0.00716462;REFB=-0.00429236;REVB=0.0032939;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018133;STB=0.510628;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00918805;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:12:8:15:24:12:8:15:24 chr17 77073566 . G A 505.99 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.00464131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.376;QD=16.3222;RBI=0.0056642;REFB=0.00344398;REVB=-0.00324675;RO=69;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131714;STB=0.573409;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00529068;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:27:28:26:43:27:28:26:43 chr17 77075670 . C T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00833304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.72;QD=18.1916;RBI=0.0105713;REFB=-0.0100245;REVB=0.00650485;RO=44;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370154;STB=0.515997;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00674598;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:26:14:17:27:26:14:17:28 chr17 77075673 . A G 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00257952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.481;QD=18.1631;RBI=0.00580153;REFB=-0.00450502;REVB=0.00519652;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403712;STB=0.507039;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0133033;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:42:38:38:0.475:24:14:16:23:24:14:16:26 chr17 77076440 . G T 391.44 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0232407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.628;QD=24.853;RBI=0.0240798;REFB=-0.0169123;REVB=-0.00630146;RO=25;SAF=16;SAR=22;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761325;STB=0.541645;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0138144;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:22:16:8:17:22:16:8:17 chr17 77078109 . A G 567.08 PASS AF=0.433566;AO=54;DP=136;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00677164;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.373;QD=15.8623;RBI=0.0250022;REFB=-0.0236102;REVB=0.0240677;RO=81;SAF=38;SAR=16;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186029;STB=0.567891;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0274295;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:143:81:81:54:62:0.433566:16:38:44:37:22:40:43:38 chr17 77086889 . GTTTTTTTTG GTTTTTTT,GTTTTTTTG 75.62 PASS AF=0,0.68;AO=5,4;DP=26;FAO=0,17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00620416,0.215325;FXX=0.0384468;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=231.516,9.41359;QD=12.0993;RBI=0.0475299,0.238583;REFB=-0.00435843,-0.0930525;REVB=0.0471233,0.102748;RO=11;SAF=1,4;SAR=4,0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.463715,0.657755;STB=0.5,0.528812;STBP=1,0.722;TYPE=del,del;VARB=0,0.111139;OID=.,.;OPOS=77086897,77086890;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTTTT,GTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.68:5,4:26:0,17:25:8:0,10:0,7:4:4:25:11:1,4:4,0:7:4 chr17 77087005 . C CA 417.59 PASS AF=0.506024;AO=38;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0139999;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=229.786;QD=20.1248;RBI=0.0165427;REFB=-0.0102;REVB=0.0088127;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872461;STB=0.530551;STBP=0.596;TYPE=ins;VARB=0.00895345;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506024:38:84:42:83:41:20:22:17:24:99:44:19:19:18:26 chr17 77093768 . T C 388.81 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=39;FWDB=0.0283448;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.8795;QD=17.8763;RBI=0.100195;REFB=-0.0244664;REVB=-0.096102;RO=45;SAF=8;SAR=31;SRF=6;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114341;STB=0.570466;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0137353;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:45:46:39:41:0.471264:31:8:6:39:31:10:7:39 chr17 77704912 . T C 431.23 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00875968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.603;QD=26.9516;RBI=0.0102276;REFB=-0.0207742;REVB=0.00527943;RO=23;SAF=15;SAR=25;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115923;STB=0.509799;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0124294;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:40:41:0.640625:25:15:9:14:26:15:9:14 chr17 77705045 . T C 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0204259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.088;QD=19.0368;RBI=0.0234211;REFB=-0.00735922;REVB=-0.01146;RO=45;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120682;STB=0.567206;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00975296;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:17:25:21:24:17:25:21:24 chr17 77768654 . C A 527.21 PASS AF=0.422222;AO=51;DP=136;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.00117931;FXX=0.0287749;HRUN=8;LEN=1;MLLD=319.816;QD=15.621;RBI=0.00606446;REFB=-0.0091349;REVB=-0.00594869;RO=52;SAF=30;SAR=21;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812716;STB=0.508667;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0108908;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:52:78:51:57:0.422222:21:30:35:17:22:35:49:29 chr17 77984389 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00929162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.133;QD=17.0328;RBI=0.013143;REFB=-0.0152783;REVB=0.00929534;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323033;STB=0.518498;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0220316;OID=.;OPOS=77984389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:14:8:6:12:14:8 chr17 78013724 . G A,C 630.4 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=2,40;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308557,-0.0084908;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=98.1927,87.9091;QD=60.0376;RBI=0.00895891,0.033758;REFB=0,0;REVB=0.00841079,0.0326727;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.17587e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0619382,0.00146974;OID=.,.;OPOS=78013724,78013724;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:2,40:1,41:0.0238095,0.97619:2,21:0,19:0:0:1,22:0,19:0:0 chr17 78022378 . C G 126.85 PASS AF=0.319149;AO=16;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00958051;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.481;QD=10.7955;RBI=0.0104639;REFB=-0.00310917;REVB=-0.00420807;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179827;STB=0.501423;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00736734;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:32:16:15:0.319149:8:8:16:15:7:8:17:15 chr17 78055758 . T G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0116977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.429;QD=14.0471;RBI=0.0355512;REFB=-0.00501822;REVB=-0.0335716;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107325;STB=0.575671;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00575455;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:6:12:16:12:6:12:16:13 chr17 78063957 . A G 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00556642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.652;QD=11.0899;RBI=0.00559781;REFB=-0.00577854;REVB=0.000592009;RO=54;SAF=19;SAR=10;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536147;STB=0.534247;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0144045;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:56:29:29:0.341176:10:19:33:21:10:19:34:22 chr17 78063964 . A G 216.33 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00713918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0987;QD=11.0939;RBI=0.0107523;REFB=-0.0180259;REVB=-0.0080402;RO=51;SAF=17;SAR=10;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454263;STB=0.526297;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0347241;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:10:17:34:17:10:17:34:17 chr17 78063966 . A G 228.62 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.032271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.819;QD=11.724;RBI=0.0323944;REFB=-0.039889;REVB=-0.00282477;RO=50;SAF=18;SAR=10;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020875;STB=0.51204;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0612098;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:10:18:33:17:10:18:33:17 chr17 78063996 . A G 87.15 PASS AF=0.235294;AO=14;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0547701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4868;QD=6.83561;RBI=0.0596955;REFB=-0.0330426;REVB=0.0237444;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218676;STB=0.573647;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0952924;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:37:39:14:12:0.235294:5:9:17:20:5:7:19:20 chr17 78064015 . G C 38.12 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0214099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4673;QD=5.25786;RBI=0.110032;REFB=-0.0351972;REVB=-0.107929;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.587392;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.12342;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:29:29:12:22:7:7:0.241379:4:3:7:5:4:3:7:15 chr17 78071052 . T C 288.31 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00985672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.397;QD=18.9055;RBI=0.0148013;REFB=-0.0330271;REVB=-0.0110419;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134379;STB=0.556458;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0146358;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:30:31:0.508197:13:17:12:17:14:17:13:17 chr17 78078642 . C G 101.61 PASS AF=0.254237;AO=12;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0298498;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=211.1;QD=6.88856;RBI=0.0301927;REFB=-0.0100747;REVB=0.00453752;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132298;STB=0.541611;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0251441;OID=.;OPOS=78078642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:44:12:15:0.254237:8:4:11:23:9:6:20:24 chr17 78078709 . T C 661.0 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00297548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.348;QD=25.9216;RBI=0.0283033;REFB=-0.0240979;REVB=-0.0281465;RO=40;SAF=30;SAR=32;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656321;STB=0.53568;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0150576;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:40:40:62:62:0.607843:32:30:23:17:32:30:23:17 chr17 78079597 . A G 457.73 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00788254;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.707;QD=20.3434;RBI=0.0278988;REFB=-0.00546106;REVB=0.026762;RO=45;SAF=17;SAR=28;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295043;STB=0.663052;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0051058;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:45:45:45:0.5:28:17:32:13:28:17:32:13 chr17 78079669 . G A 277.98 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0205885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.743;QD=17.6492;RBI=0.0515762;REFB=-0.0166169;REVB=0.0472887;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222707;STB=0.626781;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0210884;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:32:30:31:0.492063:21:9:16:14:21:10:18:14 chr17 78082504 . G A 342.14 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00548774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.6;QD=12.9108;RBI=0.00555954;REFB=-0.00764445;REVB=0.000890584;RO=63;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056986;STB=0.523444;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00917583;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:65:41:41:0.386792:23:18:31:32:23:18:31:34 chr17 78084769 . G A 436.26 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0144163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.793;QD=20.774;RBI=0.0396605;REFB=-0.0528216;REVB=-0.0369476;RO=32;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141744;STB=0.558113;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0387518;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:41:43:43:0.511905:19:24:12:20:19:24:18:23 chr17 78091405 . G A 797.92 PASS AF=0.522876;AO=80;DP=153;FAO=80;FDP=153;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.00097717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.199;QD=20.8607;RBI=0.00868303;REFB=-0.0242087;REVB=0.00862787;RO=73;SAF=26;SAR=54;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566875;STB=0.53114;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0206401;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:73:73:80:80:0.522876:54:26:28:45:54:26:28:45 chr17 78092063 . G A 196.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00188803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.272;QD=18.7334;RBI=0.0233102;REFB=-0.0102102;REVB=0.0232337;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223096;STB=0.624888;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0157202;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:18:4:8:12:18:4 chr17 78113832 . G A 298.39 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.044923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.571;QD=29.8388;RBI=0.0450354;REFB=-0.00817956;REVB=-0.00318073;RO=12;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122826;STB=0.59992;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00341654;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:14:26:26:0.65:18:8:6:6:18:8:8:6 chr17 78157995 . G A 352.1 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0052844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.245;QD=18.291;RBI=0.0110271;REFB=-0.0053778;REVB=-0.00967846;RO=39;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117669;STB=0.562865;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00546;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:36:37:0.480519:22:14:20:19:22:15:21:19 chr17 78162170 . G A 401.3 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0347744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2875;QD=18.8848;RBI=0.0425512;REFB=-0.0322701;REVB=0.0245224;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109584;STB=0.555145;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0287952;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:18:23:19:24:18:23:20:24 chr17 78172292 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00788162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.248;QD=21.43;RBI=0.0247204;REFB=-0.0293523;REVB=-0.0234303;RO=29;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151144;STB=0.583666;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0234395;OID=.;OPOS=78172292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:13:22:13:16:13:22:13:16 chr17 78178893 . C T 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5395;QD=60.5355;RBI=0.0561967;REFB=0;REVB=0.0290721;RO=0;SAF=11;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414818;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:64:11:0:0:64:11:0:0 chr17 78219065 . C A 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128938;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.211;QD=57.0405;RBI=0.0484448;REFB=0;REVB=0.0466974;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336942;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr17 78293189 . A T 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0379842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.818;QD=17.0286;RBI=0.0416177;REFB=-0.0151764;REVB=-0.0170069;RO=54;SAF=18;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132579;STB=0.579226;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0225436;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:47:47:0.460784:29:18:28:26:29:18:29:26 chr17 78298938 . A G 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.88;QD=61.8509;RBI=0.0454391;REFB=0;REVB=-0.00946256;RO=0;SAF=9;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132557;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:74:9:0:0:74:9:0:0 chr17 78327358 . G A 384.78 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.0142723;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.307;QD=20.5217;RBI=0.0142799;REFB=-0.0230757;REVB=0.000463856;RO=36;SAF=28;SAR=10;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08137;STB=0.55435;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0209528;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:36:38:39:0.52:10:28:29:7:11:28:29:7 chr17 78354661 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0160709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.304;QD=19.9927;RBI=0.0248019;REFB=-0.0314184;REVB=-0.0188908;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103146;STB=0.558229;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0298255;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:12:11:13:9:12:11 chr17 78401588 . G T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.857;QD=60.6088;RBI=0.0581637;REFB=0;REVB=-0.00783925;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514696;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 78411228 . A G 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0224669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.233;QD=20.7355;RBI=0.0590246;REFB=-0.0125871;REVB=0.0545815;RO=16;SAF=16;SAR=2;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305424;STB=0.666534;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0167773;OID=.;OPOS=78411228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:2:16:16:0:2:16:16:0 chr17 78444658 . T G 575.58 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.398;QD=60.5871;RBI=0.0417718;REFB=0;REVB=0.0410692;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236184;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr17 78445702 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.822;QD=61.3756;RBI=0.0129722;REFB=0;REVB=-0.00845624;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55314e-06;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr17 78854223 . A G 219.02 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0255959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4239;QD=15.9289;RBI=0.0825535;REFB=0.00593493;REVB=-0.0784852;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129789;STB=0.57347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00804417;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:16:14:15:10:16:14 chr17 78865630 . A G 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.063358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2498;QD=15.6426;RBI=0.0633617;REFB=-0.010839;REVB=-0.000682278;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300826;STB=0.673463;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0115876;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:6:14:12:17:6:14:12:17 chr17 78935197 . C T 486.79 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0236147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.816;QD=16.6424;RBI=0.0340891;REFB=-0.0200638;REVB=-0.0245847;RO=64;SAF=20;SAR=32;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599741;STB=0.539554;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0234847;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:52:53:0.452991:32:20:21:43:32:21:21:43 chr17 79005225 . A ATCT 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0241752;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=3;MLLD=283.636;QD=11.13;RBI=0.0454961;REFB=-0.000957063;REVB=-0.0385416;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433491;STB=0.747;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.00130062;OID=.;OPOS=79005226;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:25:9:24:15:7:2:6:9:66:16:7:2:6:10 chr17 79006850 . T C 329.43 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00187069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.239;QD=13.3104;RBI=0.0371011;REFB=-0.0134772;REVB=0.0370539;RO=62;SAF=22;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893327;STB=0.539856;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0194122;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:62:62:36:37:0.373737:14:22:33:29:15:22:33:29 chr17 79059230 . C T 787.41 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=186;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0125937;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.162;QD=17.025;RBI=0.0299323;REFB=-0.0231594;REVB=-0.027154;RO=101;SAF=39;SAR=44;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637612;STB=0.532276;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0322654;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:101:102:83:83:0.448649:44:39:41:60:44:39:42:60 chr17 79082862 . G A 129.86 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.012034;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.584;QD=14.8406;RBI=0.0143676;REFB=0.00131196;REVB=0.00784937;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232219;STB=0.599863;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000541727;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:4:10:10:10:5:10:10:10 chr17 79089590 . A G 226.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0164685;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.744;QD=20.1476;RBI=0.0169707;REFB=-0.00912836;REVB=-0.00409788;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271975;STB=0.644324;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00592815;OID=.;OPOS=79089590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:22:22:0.488889:11:11:5:19:11:11:5:18 chr17 79093822 . A G 211.73 PASS AF=0.45098;AO=24;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0420483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.141;QD=16.6064;RBI=0.0481312;REFB=0.0136213;REVB=-0.0234213;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.660878;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0219014;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:24:23:0.45098:15:9:17:10:15:8:18:10 chr17 79095144 . G A 410.04 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00869917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.641;QD=26.4541;RBI=0.0336493;REFB=-0.0471827;REVB=0.0325054;RO=23;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234626;STB=0.512814;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0323009;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:19:20:11:12:19:20:11:12 chr17 79095629 . C A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0128725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.61;QD=24.7087;RBI=0.0284905;REFB=-0.0199381;REVB=-0.0254167;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.555506;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0170717;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:8:15:9:8:8:15:9:8 chr17 79139473 . C G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.028;QD=63.2867;RBI=0.022415;REFB=0;REVB=0.0219468;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11179e-05;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr17 79140505 . C G 688.36 PASS AF=0.857143;AO=39;DP=62;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0311595;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=101.474;QD=43.7053;RBI=0.0315093;REFB=-0.114172;REVB=-0.00468228;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.569206;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00443382;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:63:0:9:39:54:0.857143:13:26:0:0:26:28:9:0 chr17 79167744 . C T 41.15 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0368577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2527;QD=16.4585;RBI=0.0455592;REFB=-0.00231423;REVB=0.0267796;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000724633;OID=.;OPOS=79167744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr17 79171967 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.114;QD=56.9379;RBI=0.0764822;REFB=0;REVB=-0.0764315;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268457;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr17 79173184 . T C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00651044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8559;QD=11.9708;RBI=0.0209146;REFB=0.00286767;REVB=-0.0198754;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252381;STB=0.663433;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00880834;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:33:17:17:0.34:7:10:11:20:7:10:11:22 chr17 79173224 . T C 163.34 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.013568;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.08;QD=10.8893;RBI=0.0184941;REFB=-0.0109978;REVB=-0.0125675;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2;STB=0.651026;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0116804;OID=.;OPOS=79173224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:39:21:21:0.35:9:12:13:21:9:12:13:26 chr17 79174221 . T C 793.59 PASS AF=0.435233;AO=84;DP=193;FAO=84;FDP=193;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.0168591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.815;QD=16.4475;RBI=0.0184992;REFB=-0.0068587;REVB=0.007615;RO=108;SAF=33;SAR=51;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153444;STB=0.511769;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00859322;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:108:109:84:84:0.435233:51:33:44:64:51:33:45:64 chr17 79182778 . T C 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0378833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2697;QD=23.1611;RBI=0.0432394;REFB=0.00285066;REVB=0.0208446;RO=23;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472587;STB=0.526296;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00277381;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:8:18:17:6:8:18:17:6 chr17 79202956 . T C 217.78 PASS AF=0.360656;AO=17;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0042595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.492;QD=14.2804;RBI=0.0156009;REFB=-0.0134175;REVB=-0.0150082;RO=25;SAF=1;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431335;STB=0.629781;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0152451;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:33:17:22:0.360656:16:1:6:19:20:2:6:27 chr17 79205736 . G A 624.82 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0200802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6449;QD=16.0211;RBI=0.0222311;REFB=-0.0224375;REVB=-0.0095396;RO=87;SAF=40;SAR=29;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185409;STB=0.510326;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.03249;OID=.;OPOS=79205736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:87:87:69:69:0.442308:29:40:52:35:29:40:52:35 chr17 79219500 . AATG A 379.37 PASS AF=0.326271;AO=76;DP=227;FAO=77;FDP=236;FR=.;FRO=159;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=87;FSRR=72;FWDB=0.00252945;FXX=0.020746;HRUN=2;LEN=3;MLLD=295.299;QD=6.42999;RBI=0.00859616;REFB=-0.000833311;REVB=-0.00821559;RO=121;SAF=32;SAR=44;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911729;STB=0.588503;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.00176207;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326271:76:227:77:236:159:32:45:87:72:99:121:32:44:61:60 chr17 79220224 . G C 210.13 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0182779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5512;QD=13.5565;RBI=0.0865083;REFB=-0.0358987;REVB=0.0845553;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239589;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0852744;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:15:11:14:21:15:11:15:21 chr17 79226264 . T C 545.19 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.038422;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3118;QD=25.3578;RBI=0.0396579;REFB=-0.00552768;REVB=0.00982345;RO=36;SAF=13;SAR=37;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166384;STB=0.591472;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00678134;OID=.;OPOS=79226264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:36:36:50:50:0.581395:37:13:16:20:37:13:16:20 chr17 79244802 . T C 247.12 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0212727;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.782;QD=17.9723;RBI=0.0212777;REFB=-0.0174502;REVB=0.000461754;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113757;STB=0.563639;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.019695;OID=.;OPOS=79244802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:18:10:13:14:18:10 chr17 79409434 . A C,G 340.7 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,22;DP=24;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912882,0.0238967;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.891,87.0703;QD=52.4152;RBI=0.0246104,0.0527792;REFB=0,0;REVB=0.0228547,0.0470595;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.134266,0.000501144;OID=.,.;OPOS=79409434,79409434;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:24:26:0:0:2,22:2,24:0.0769231,0.923077:2,14:0,8:0:0:2,14:0,10:0:0 chr17 79410256 . G A 891.79 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0651398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4572;QD=52.4584;RBI=0.0651887;REFB=-0.0732432;REVB=-0.00252427;RO=3;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065727;STB=0.529279;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00742316;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:3:4:64:64:0.941176:20:44:0:3:20:44:1:3 chr17 79414307 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.821;QD=62.0218;RBI=0.0497784;REFB=0;REVB=0.00930723;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168982;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr17 79419025 . G A 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0276769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.617;QD=22.5844;RBI=0.0280027;REFB=-0.0285228;REVB=-0.00425901;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184829;STB=0.604217;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0128613;OID=.;OPOS=79419025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:1:5:6:5:1:5 chr17 79424516 . A G 114.04 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00335138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2128;QD=12.6711;RBI=0.00913898;REFB=0.00155108;REVB=-0.0085023;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168078;STB=0.598286;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00766771;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:13:9:8:6:13:9 chr17 79424537 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00373521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.355;QD=13.2124;RBI=0.0666542;REFB=-0.00167326;REVB=0.0665495;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240764;STB=0.650958;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00379314;OID=.;OPOS=79424537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:14:7:8:6:15:7 chr17 79478019 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.746;QD=59.6787;RBI=0.0167635;REFB=0;REVB=-0.00346327;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10717e-05;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr17 79507170 . T C 719.3 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.888;QD=62.5482;RBI=0.0655152;REFB=0;REVB=0.0626523;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398373;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:40:46:1:20:20:0:0:25:21:0:0 chr17 79508400 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.542;QD=57.3858;RBI=0.0149291;REFB=0;REVB=0.0144825;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22722e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr17 79511135 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.015346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.086;QD=14.6164;RBI=0.0154484;REFB=-0.0100413;REVB=-0.00177545;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193114;STB=0.58514;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.014725;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:38:27:28:0.424242:18:9:20:19:18:10:19:19 chr17 79525118 . T G 234.15 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0183048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.01;QD=24.6477;RBI=0.0225861;REFB=-0.00376905;REVB=0.0132313;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426487;STB=0.53395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00230567;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:12:9:6:10:12:10:6:10 chr17 79577221 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0030029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.011;QD=12.4824;RBI=0.0295436;REFB=0.000972125;REVB=0.0293906;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356085;STB=0.711497;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0013087;OID=.;OPOS=79577221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:8:11:3:9:8:11 chr17 79580457 . C A 575.47 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00569329;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.624;QD=21.1181;RBI=0.0125587;REFB=-0.0370441;REVB=0.011194;RO=49;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985052;STB=0.545555;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0291025;OID=.;OPOS=79580457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:49:51:58:58:0.53211:34:24:26:23:34:24:26:25 chr17 79589242 . G A 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00410207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.434;QD=19.3925;RBI=0.00815236;REFB=-0.0118905;REVB=0.00704514;RO=52;SAF=14;SAR=39;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184402;STB=0.602464;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0117943;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:39:14:23:29:39:14:23:29 chr17 79596811 . C T 223.42 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00257102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.507;QD=14.8949;RBI=0.00373676;REFB=-0.00521533;REVB=-0.00271168;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824335;STB=0.540024;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00845819;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:17:9:14:19:17:9:14:20 chr17 79609410 . G T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0298675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.334;QD=21.2647;RBI=0.0314179;REFB=-0.0237548;REVB=0.00974745;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177651;STB=0.5999;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0196887;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:11:7:12:8:11:7 chr17 79612161 . C T 553.08 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00372846;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.799;QD=24.5813;RBI=0.00715999;REFB=-0.013864;REVB=-0.00611262;RO=39;SAF=29;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16488;STB=0.590264;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00793557;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:22:29:14:25:22:29:14:25 chr17 79612333 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00138522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.605;QD=13.486;RBI=0.0394473;REFB=-0.00271732;REVB=0.039423;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61306;STB=0.866593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0101872;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:8:3:8:1:8:3 chr17 79612397 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.157;QD=45.8067;RBI=0.0498433;REFB=0;REVB=-0.00960186;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132681;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 79612413 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.263;QD=51.9167;RBI=0.0380959;REFB=0;REVB=0.000170974;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052388;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:6:15:0:0 chr17 79612443 . T C 643.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128104;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.078;QD=59.9047;RBI=0.0752426;REFB=0;REVB=0.0741441;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452416;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:16:24:0:0:18:25:0:0 chr17 79612633 . T C 159.83 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0131747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.435;QD=11.6243;RBI=0.0216643;REFB=-0.00679353;REVB=-0.017198;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231348;STB=0.646373;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.014251;OID=.;OPOS=79612633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:11:8:8:27:11:9:8:27 chr17 79614481 . A G 191.04 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.233;QD=47.7593;RBI=0.0728577;REFB=0;REVB=0.0435182;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137704;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:11:3:0:0:11:5:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 310.76 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000454193;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=4;MLLD=298.084;QD=41.4349;RBI=0.0294312;REFB=-0.00162222;REVB=-0.0294277;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.513504;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=5.77133e-05;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:28:31:28:30:2:9:19:1:1:6:0:9:19:0:0 chr17 79632363 . C T 402.12 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.00402433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.666;QD=15.6161;RBI=0.00593655;REFB=-0.0143038;REVB=-0.00436434;RO=57;SAF=12;SAR=33;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272576;STB=0.505821;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0182596;OID=.;OPOS=79632363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:33:12:14:43:33:12:15:43 chr17 79637278 . T C 666.18 PASS AF=0.478571;AO=66;DP=139;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0015739;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.147;QD=19.0336;RBI=0.00970577;REFB=-0.0215883;REVB=-0.0095773;RO=72;SAF=19;SAR=47;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659049;STB=0.536574;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0217344;OID=.;OPOS=79637278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:72:73:66:67:0.478571:47:19:25:47:48:19:25:48 chr17 79637349 . T C 1738.04 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272653;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.882;QD=60.9837;RBI=0.0274425;REFB=0;REVB=0.00311368;RO=0;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164001;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:114:114:1:72:42:0:0:72:42:0:0 chr17 79637367 . C G 401.9 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.036519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.411;QD=14.7484;RBI=0.0456637;REFB=-0.0126764;REVB=-0.0274142;RO=63;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03425;STB=0.519246;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0205009;OID=.;OPOS=79637367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:27:19:24:39:27:19:24:39 chr17 79639550 . G A 254.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0487348;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.667;QD=21.2122;RBI=0.0673229;REFB=0.00242036;REVB=0.0464467;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370741;STB=0.520816;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00107323;OID=.;OPOS=79639550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:12:12:13:11:12:12:13:11 chr17 79639708 . C T 460.64 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00953253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.468;QD=23.9292;RBI=0.0172718;REFB=-0.0130211;REVB=0.014403;RO=33;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122012;STB=0.506696;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0096819;OID=.;OPOS=79639708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:26:18:14:19:26:18:14:19 chr17 79650828 . T G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0249976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.296;QD=18.3443;RBI=0.03267;REFB=-0.0294345;REVB=0.0210345;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150899;STB=0.58636;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.042808;OID=.;OPOS=79650828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:8:10:12:5:8:10 chr17 79657194 . A G 188.94 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0463578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8658;QD=20.9937;RBI=0.0464944;REFB=-0.047168;REVB=-0.00356085;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026009;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294313;OID=.;OPOS=79657194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:9:8:9:10:9:8 chr17 79662067 . A G 46.78 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0391361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8893;QD=10.3951;RBI=0.0392189;REFB=-0.0180675;REVB=-0.00254718;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0265201;OID=.;OPOS=79662067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:7:3:4:3:7:4 chr17 79663880 . T C 274.36 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.014476;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.221;QD=17.1473;RBI=0.0145244;REFB=-0.00583521;REVB=0.00118426;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323152;STB=0.666556;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00680864;OID=.;OPOS=79663880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:20:10:22:10:20:10:22:12 chr17 79663931 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0117763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.762;QD=14.3348;RBI=0.0165512;REFB=-0.0172;REVB=0.0116302;RO=26;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36241;STB=0.714001;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0256617;OID=.;OPOS=79663931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:14:3:12:14:14:3:12:14 chr17 79801977 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00293701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.683;QD=17.8252;RBI=0.0286768;REFB=-0.0215818;REVB=0.028526;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360738;STB=0.721873;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00868152;OID=.;OPOS=79801977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:2:8:4:8:2:9 chr17 79803101 . A G 471.8 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0183258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.682;QD=20.9688;RBI=0.024439;REFB=-0.00303189;REVB=-0.0161689;RO=44;SAF=29;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273107;STB=0.650843;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00285836;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:17:29:14:30:17:29:14:30 chr17 79825897 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.251;QD=57.6807;RBI=0.032563;REFB=0;REVB=0.02728;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122339;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr17 79872241 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.633;QD=59.4356;RBI=0.0399536;REFB=0;REVB=0.0137477;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61101e-05;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 79891147 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.599;QD=57.1056;RBI=0.051129;REFB=0;REVB=0.045614;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381897;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr17 79893013 . G A 346.85 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0564054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.476;QD=22.3772;RBI=0.0564101;REFB=0.0118526;REVB=0.000727371;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342368;STB=0.510652;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00742857;OID=.;OPOS=79893013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:19:16:12:14:19:16:13:14 chr17 79899272 . A G 237.85 PASS AF=0.296296;AO=20;DP=82;FAO=24;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0499269;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.226;QD=11.7455;RBI=0.0593975;REFB=-0.0350287;REVB=-0.032177;RO=47;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155593;STB=0.540507;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0875793;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:50:20:24:0.296296:8:12:22:25:12:12:22:28 chr17 79899495 . G A 505.63 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00425469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.044;QD=19.8287;RBI=0.0113033;REFB=-0.0236825;REVB=-0.010472;RO=50;SAF=26;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177489;STB=0.5098;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0202673;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:26:26:24:26:26:26:24:26 chr17 79899698 . G A 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0276648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.165;QD=18.0345;RBI=0.0323091;REFB=-0.0213489;REVB=0.0166894;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435255;STB=0.535284;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0246391;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:12:10:13:13:12:10:14:13 chr17 79954544 . T A 491.64 PASS AF=0.404412;AO=43;DP=137;FAO=55;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=0.00230005;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.356;QD=14.4599;RBI=0.00938419;REFB=-0.0215552;REVB=-0.00909796;RO=67;SAF=16;SAR=27;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334454;STB=0.578485;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0212504;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:67:80:43:55:0.404412:27:16:23:44:30:25:26:54 chr17 79974731 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9961;QD=58.1407;RBI=0.0595333;REFB=0;REVB=0.00467669;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898165;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 79980756 . C A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.755;QD=56.9375;RBI=0.108787;REFB=0;REVB=0.0515937;RO=0;SAF=8;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912793;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:45:8:0:0:45:8:0:0 chr17 80006957 . A C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=62.0216;RBI=0.00674916;REFB=0;REVB=-0.000508415;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73866e-05;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr17 80007887 . A G 1447.2 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0352944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7036;QD=56.202;RBI=0.0635725;REFB=0.000730231;REVB=0.0528751;RO=2;SAF=41;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345677;STB=0.502309;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00158442;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:2:3:100:100:0.970874:59:41:1:1:59:41:1:2 chr17 80008392 . G T 1937.94 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6308;QD=61.0375;RBI=0.0451152;REFB=0;REVB=0.0221628;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330412;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:123:127:1:60:63:0:0:60:67:0:0 chr17 80009156 . T G 358.76 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.161;QD=55.1945;RBI=0.0735261;REFB=0;REVB=0.0706588;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747016;OID=.;OPOS=80009156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:6:15:0:0:9:17:0:0 chr17 80012657 . G A 330.83 PASS AF=0.58;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0287549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.237;QD=26.4662;RBI=0.0288292;REFB=-0.00858658;REVB=-0.00206943;RO=20;SAF=7;SAR=22;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042888;STB=0.501885;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00616422;OID=.;OPOS=80012657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:21:29:29:0.58:22:7:4:16:22:7:5:16 chr17 80013235 . A G 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.475;QD=60.0242;RBI=0.0259942;REFB=0;REVB=0.00444659;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13624e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr17 80038735 . C G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0279277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.365;QD=14.7986;RBI=0.0314922;REFB=-0.0317221;REVB=0.0145533;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0481979;OID=.;OPOS=80038735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr17 80039481 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3263;QD=57.3856;RBI=0.0416557;REFB=0;REVB=-0.0113336;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380532;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr17 80042573 . C T 452.18 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.042534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2568;QD=19.4487;RBI=0.0432891;REFB=-0.0216284;REVB=-0.00805044;RO=47;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584156;STB=0.53734;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0271432;OID=.;OPOS=80042573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:22:23:27:20:22:23:28:20 chr17 80045016 . T C 596.77 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0112843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.363;QD=23.4028;RBI=0.022047;REFB=-0.0143909;REVB=-0.0189403;RO=43;SAF=31;SAR=27;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540657;STB=0.534471;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00928265;OID=.;OPOS=80045016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:27:31:20:23:27:31:20:24 chr17 80099639 . C A 595.12 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3598;QD=61.0382;RBI=0.0888359;REFB=0;REVB=-0.083253;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100035;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:14:25:0:0 chr17 80103737 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.92;QD=57.711;RBI=0.0118494;REFB=0;REVB=0.00173047;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19792e-05;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr17 80136418 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1516;QD=57.1047;RBI=0.0574398;REFB=0;REVB=0.0126634;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491751;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr17 80151881 . G A 2285.83 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00114916;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.451;QD=59.3721;RBI=0.0321829;REFB=-0.075833;REVB=0.0321624;RO=2;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121936;STB=0.506409;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00124073;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:154:2:2:152:152:0.987013:77:75:0:2:77:75:0:2 chr17 80159566 . T C 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7676;QD=56.952;RBI=0.0255077;REFB=0;REVB=-0.00453069;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409678;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 80195287 . C T 204.47 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0453019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3051;QD=22.7188;RBI=0.0473266;REFB=-0.0209772;REVB=0.0136946;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138107;STB=0.577271;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0187251;OID=.;OPOS=80195287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:6:10:9:11:6:10 chr17 80195582 . T C 647.97 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.562;QD=57.5971;RBI=0.0320996;REFB=-0.00324036;REVB=0.028489;RO=2;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335232;STB=0.517849;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000159391;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:27:16:0:2:27:16:0:2 chr17 80197048 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00559308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.082;QD=13.4858;RBI=0.0262048;REFB=-0.00609074;REVB=-0.0256009;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400842;STB=0.744243;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0130595;OID=.;OPOS=80197048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:4:5:1:9:4:5:1:10 chr17 80218800 . G A 61.6 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1221;QD=35.1976;RBI=0.166287;REFB=0;REVB=0.140688;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316771;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:2:5:0:0 chr17 80280865 . G A 679.41 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00938909;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.397;QD=53.2873;RBI=0.0527795;REFB=-0.12317;REVB=0.0519377;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00167909;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:51:0:1:48:50:0.980392:19:29:0:0:21:29:0:1 chr17 80373452 . C T 783.06 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4331;QD=56.9501;RBI=0.0948369;REFB=0;REVB=0.0696516;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141799;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:27:25:0:0:29:26:0:0 chr17 80377690 . T G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00722146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.078;QD=51.5086;RBI=0.0358566;REFB=-0.0299991;REVB=-0.0351219;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000315971;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr17 80391684 . A G 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.113;QD=60.076;RBI=0.0404391;REFB=0;REVB=-0.0191954;RO=0;SAF=36;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217276;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:71:36:0:0:71:36:0:0 chr17 80394530 . G T 306.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0901;QD=53.2555;RBI=0.0898476;REFB=0;REVB=0.0664435;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282573;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 80401946 . A G 73.47 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0173234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3797;QD=9.48027;RBI=0.017764;REFB=-0.00197078;REVB=-0.00393219;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389581;STB=0.731306;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00562063;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:16:5:6:4:16:5 chr17 80452592 . G C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.623;QD=59.4298;RBI=0.13646;REFB=0;REVB=0.0167017;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760489;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 80481088 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.222;QD=62.3508;RBI=0.0363067;REFB=0;REVB=-0.0175812;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113394;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 80585094 . C T 187.15 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.039965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.896;QD=20.7944;RBI=0.0575086;REFB=-0.0268609;REVB=-0.0413527;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0210603;OID=.;OPOS=80585094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:9:8:8:11:9:8 chr17 80614933 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9435;QD=57.1773;RBI=0.0831997;REFB=0;REVB=0.057747;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113331;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr17 80615040 . A C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.662;QD=59.3217;RBI=0.0589698;REFB=0;REVB=-0.0165773;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256668;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr17 80626104 . T C 121.04 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0894517;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5991;QD=13.8333;RBI=0.0895053;REFB=-0.0445399;REVB=0.0030972;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343219;STB=0.705536;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0193697;OID=.;OPOS=80626104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:13:8:2:12:13:8 chr17 80674643 . C G 500.95 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00790232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.748;QD=54.1563;RBI=0.0742351;REFB=-0.178938;REVB=-0.0738133;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0036675;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:37:1:2:35:35:0.945946:18:17:1:0:18:17:2:0 chr17 80696410 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.429;QD=56.9567;RBI=0.0473042;REFB=0;REVB=0.0468445;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109998;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr17 80700592 . T C 976.89 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.611;QD=57.464;RBI=0.0359986;REFB=-0.108285;REVB=-0.00460947;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000267994;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:66:67:0.985294:37:29:0:0:37:30:0:1 chr17 80788465 . T C 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124653;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.436;QD=58.7991;RBI=0.0172172;REFB=0;REVB=0.0118764;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05228e-05;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr17 80788492 . A G 948.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.844;QD=58.3445;RBI=0.0367535;REFB=0;REVB=0.00218838;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010178;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:27:36:0:0:28:37:0:0 chr17 80863857 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.019559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.895;QD=13.2307;RBI=0.0209871;REFB=-0.00272088;REVB=-0.00760956;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251434;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00442824;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:17:12:11:6:17:12 chr17 80887244 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0211896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.097;QD=14.7661;RBI=0.022602;REFB=-0.0137753;REVB=-0.00786457;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490401;STB=0.527928;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0225888;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:8:17:21:12:8:17:21:12 chr17 80887451 . A G 539.72 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00175287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.048;QD=24.5326;RBI=0.00845935;REFB=-0.0403717;REVB=0.00827575;RO=38;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889621;STB=0.54875;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0225952;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:28:22:21:17:28:22:21:17 chr17 80895745 . T C 299.79 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0104013;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.677;QD=13.6266;RBI=0.0147994;REFB=-0.00605302;REVB=0.0105278;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115621;STB=0.565999;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0106115;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:54:54:34:34:0.386364:20:14:28:26:20:14:28:26 chr17 80895769 . A G 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0147073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6541;QD=14.4062;RBI=0.0152557;REFB=-0.00034698;REVB=0.00405356;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186842;STB=0.605995;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000756232;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:19:13:27:19:19:13:27:19 chr17 80895933 . A G 291.72 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.889;QD=53.0403;RBI=0.17298;REFB=0;REVB=0.171726;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958303;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:3:13:0:0:9:13:0:0 chr17 80899281 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0140096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.095;QD=22.9085;RBI=0.0240752;REFB=-0.0195726;REVB=0.0195793;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517698;STB=0.52894;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0154877;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:10:7:10:11:10:7 chr17 80900403 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0108505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.932;QD=15.6448;RBI=0.0217527;REFB=-0.00555555;REVB=0.0188533;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274134;STB=0.655517;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00583683;OID=.;OPOS=80900403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:20:9:13:9:20:9 chr17 80904844 . C T 305.63 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0239366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.564;QD=12.8686;RBI=0.0248599;REFB=0.00182568;REVB=-0.00671234;RO=60;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990125;STB=0.545428;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00288434;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:34:35:0.368421:20:14:30:30:20:15:30:30 chr17 80923536 . C T 188.19 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.121007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8308;QD=22.8108;RBI=0.13977;REFB=-0.0881415;REVB=0.0699486;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173213;STB=0.584683;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0691531;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:6:13:6:7:6:13:7:7 chr17 80992932 . A C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0203214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.822;QD=16.0768;RBI=0.0436691;REFB=-0.00926834;REVB=-0.0386527;RO=43;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126763;STB=0.571622;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00987422;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:11:23:24:19:11:23:24:19 chr17 81006387 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000841622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.374;QD=19.6923;RBI=0.0393985;REFB=-0.00566136;REVB=-0.0393895;RO=25;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134572;STB=0.575696;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00384858;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:7:19:15:10:7:19:15:10 chr17 81006629 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.040458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.391;QD=19.9669;RBI=0.0404704;REFB=0.00407727;REVB=-0.00100043;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229955;STB=0.510043;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00355191;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:15:14:12:13:15:14:12:14 chr17 81009595 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0145769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8294;QD=12.8608;RBI=0.0154857;REFB=0.0202903;REVB=0.00522707;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490947;STB=0.788741;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00539159;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:1:7:2:5:1:7 chr17 81043039 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.48;QD=57.6806;RBI=0.0516996;REFB=0;REVB=0.0194351;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218875;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr17 81043090 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0150727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.73;QD=14.4903;RBI=0.0161692;REFB=-0.0312594;REVB=0.00585312;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17053;STB=0.599886;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0319899;OID=.;OPOS=81043090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:15:4:10:20:15:4:10:20 chr17 81050982 . G C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0124374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.679;QD=18.0871;RBI=0.0173634;REFB=-0.0199015;REVB=0.0121161;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019775;STB=0.511103;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0194997;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:12:15:15:11:12:15 chr18 47492 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00931851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.432;QD=24.293;RBI=0.0227573;REFB=-0.0297484;REVB=0.020762;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17789;STB=0.598418;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0235504;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:11:2:7:12:11:2 chr18 49034 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0145898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.101;QD=10.6681;RBI=0.0165523;REFB=-0.0164955;REVB=0.00781763;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059334;STB=0.535643;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0323517;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:10:8:5:5:10:8 chr18 49169 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00489113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.502;QD=16.4266;RBI=0.0100901;REFB=-0.0103618;REVB=0.00882533;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.633914;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00893774;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:3:8:5:6:3:8 chr18 224131 . G A 576.01 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0257139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.156;QD=26.4834;RBI=0.0259802;REFB=-0.016727;REVB=-0.00371003;RO=34;SAF=29;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938291;STB=0.551994;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00887576;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:34:35:51:52:0.597701:22:29:15:19:23:29:15:20 chr18 252559 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.841;QD=58.6002;RBI=0.0316161;REFB=0;REVB=-0.00406822;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55285e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr18 319446 . C A 3825.52 PASS AF=1;AO=241;DP=243;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576482;FXX=0.0119517;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8622;QD=61.7019;RBI=0.0690919;REFB=0.000492074;REVB=0.0380839;RO=1;SAF=104;SAR=137;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130681;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:243:248:1:0:241:248:1:137:104:1:0:138:110:0:0 chr18 334758 . T C 2129.14 PASS AF=0.978723;AO=133;DP=139;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0020683;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.32;QD=60.4011;RBI=0.0454028;REFB=-0.0951767;REVB=0.0453557;RO=3;SAF=35;SAR=98;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143271;STB=0.507176;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00115069;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:141:3:3:133:138:0.978723:98:35:0:3:103:35:0:3 chr18 334994 . A G 398.34 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0066819;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.364;QD=12.954;RBI=0.014091;REFB=-0.0157224;REVB=-0.012406;RO=72;SAF=32;SAR=15;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339831;STB=0.542982;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0272291;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:72:76:47:47:0.382114:15:32:47:25:15:32:47:29 chr18 346821 . C T 433.39 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0045071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3128;QD=20.6376;RBI=0.00842331;REFB=-0.0211495;REVB=0.00711605;RO=40;SAF=15;SAR=28;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180783;STB=0.606563;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.021003;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:28:15:22:18:28:15:23:18 chr18 580623 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0229381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.63;QD=16.7315;RBI=0.0298154;REFB=0.00497509;REVB=-0.0190474;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829299;STB=0.546407;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00382602;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:11:20:26:10:11:20:26:10 chr18 581123 . T C 759.91 PASS AF=0.465116;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=0.00243753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.57;QD=17.6723;RBI=0.0879372;REFB=-0.00476045;REVB=0.0879034;RO=92;SAF=43;SAR=37;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101853;STB=0.556295;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0053797;OID=.;OPOS=581123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:92:80:80:0.465116:37:43:59:33:37:43:59:33 chr18 581201 . T A 2569.34 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189988;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.016;QD=61.9117;RBI=0.0459929;REFB=0;REVB=0.0418855;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179654;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:81:85:0:0:81:85:0:0 chr18 581203 . TT GA 2550.91 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118836;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.75;QD=61.8402;RBI=0.0123534;REFB=0;REVB=0.00337411;RO=0;SAF=86;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.28232e-05;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:79:86:0:0:79:86:0:0 chr18 586700 . T C 430.17 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0460273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5836;QD=22.6404;RBI=0.0526945;REFB=-0.0016469;REVB=-0.0256554;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824981;STB=0.545433;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=7.39621e-07;OID=.;OPOS=586700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:24:18:18:16:24:18:18:16 chr18 586714 . A G 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0205288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.919;QD=21.1963;RBI=0.0258763;REFB=-0.0237;REVB=0.0157529;RO=33;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317254;STB=0.517541;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0183262;OID=.;OPOS=586714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:21:17:16:17:21:17:16:17 chr18 586736 . C T 311.26 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0132213;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.763;QD=18.8644;RBI=0.0133905;REFB=-0.00539056;REVB=-0.00212156;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680559;STB=0.53129;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00678433;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:33:33:33:0.5:20:13:15:17:20:13:15:18 chr18 658064 . G C 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.982;QD=61.1346;RBI=0.0248333;REFB=0;REVB=-0.00720838;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47128e-06;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:77:74:0:0:77:74:0:0 chr18 658332 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000131884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.723;QD=33.4239;RBI=0.0305095;REFB=0;REVB=0.0305093;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043635;OID=.;OPOS=658332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr18 662247 . A G 1523.09 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1091;QD=58.5806;RBI=0.055806;REFB=0.0563056;REVB=0.0373471;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00414978;OID=.;OPOS=662247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:52:51:0:0:52:51:0:1 chr18 722009 . TAA T 507.95 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933749;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=2;MLLD=110.798;QD=47.2512;RBI=0.0114958;REFB=0;REVB=-0.00670566;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000393084;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:43:43:0:21:22:0:0:9:0:21:21:0:0 chr18 722402 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.842;QD=56.9567;RBI=0.0910953;REFB=0;REVB=0.0268923;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063444;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr18 724612 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4721;QD=55.0982;RBI=0.0368327;REFB=0;REVB=0.036071;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001017;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 907675 . G A 1360.19 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1035;QD=61.132;RBI=0.0615183;REFB=-0.0436255;REVB=0.0485538;RO=2;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206357;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:2:0:87:89:1:53:34:0:2:55:34:0:0 chr18 909561 . A G 2488.59 PASS AF=0.976331;AO=164;DP=168;FAO=165;FDP=169;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00876185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.094;QD=58.9015;RBI=0.013717;REFB=-0.100608;REVB=0.010554;RO=2;SAF=64;SAR=100;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942166;STB=0.509708;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00118527;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:168:169:2:4:164:165:0.976331:100:64:0:2:101:64:0:4 chr18 2538644 . G A 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6805;QD=61.999;RBI=0.00961149;REFB=0;REVB=-0.0033141;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191538;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr18 2539016 . C G 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00893831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8263;QD=57.636;RBI=0.0537206;REFB=0.0408533;REVB=0.0529718;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000451647;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:1:0:32:36:1:0 chr18 2705700 . A G 644.03 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018551;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.34;QD=59.9097;RBI=0.0439989;REFB=-0.118029;REVB=0.039897;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.508768;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00258843;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:0:1:28:14:0:1 chr18 2707619 . G A 1813.67 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271709;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.757;QD=60.9638;RBI=0.0289466;REFB=0;REVB=-0.00998235;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85208e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:64:55:0:0 chr18 2740714 . A G 1589.61 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.344;QD=59.9854;RBI=0.0505258;REFB=0;REVB=0.0372884;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173187;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:45:60:0:0:46:60:0:0 chr18 2750477 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4072;QD=57;RBI=0.0624572;REFB=0;REVB=0.0491075;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096969;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr18 2774946 . C T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0165235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.753;QD=18.2898;RBI=0.0191549;REFB=0.0187964;REVB=0.00968934;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698225;STB=0.538904;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0132385;OID=.;OPOS=2774946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:11:22:19:13:11:22 chr18 2778979 . G T 1640.68 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0930198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8026;QD=60.2084;RBI=0.106136;REFB=0;REVB=0.05111;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264111;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:47:61:0:0:48:61:0:0 chr18 2909700 . C T 486.68 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.02811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.251;QD=16.6386;RBI=0.0281839;REFB=-0.0192016;REVB=-0.0020389;RO=64;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617125;STB=0.53442;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0216016;OID=.;OPOS=2909700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:24:29:31:33:24:29:31:33 chr18 2920288 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.88;QD=57.1054;RBI=0.08788;REFB=0;REVB=0.0448186;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435591;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr18 2946291 . C T 2443.42 PASS AF=0.987805;AO=160;DP=163;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00822663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1018;QD=59.5956;RBI=0.0183258;REFB=-0.00916294;REVB=-0.0163755;RO=2;SAF=80;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117452;STB=0.506172;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000296399;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:164:2:2:160:162:0.987805:80:80:2:0:82:80:2:0 chr18 2982689 . C T 647.27 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0349766;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.885;QD=19.7641;RBI=0.0353337;REFB=0.00683732;REVB=0.00501087;RO=65;SAF=23;SAR=42;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185945;STB=0.606757;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00439811;OID=.;OPOS=2982689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:66:65:65:0.496183:42:23:36:29:42:23:37:29 chr18 3025464 . A G 407.59 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.130405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.644;QD=13.7005;RBI=0.130913;REFB=-0.00293434;REVB=-0.0115254;RO=69;SAF=20;SAR=27;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206017;STB=0.615497;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00306881;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:71:47:48:0.403361:27:20:43:26:27:21:45:26 chr18 3067278 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0196201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.873;QD=15.2295;RBI=0.0216886;REFB=-0.0160163;REVB=-0.00924373;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042412;STB=0.517027;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0319222;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:5:14:19:8:5:14:20:8 chr18 3075503 . C A,CAAA 1043.14 PASS AF=0.0428571,0.957143;AO=4,63;DP=76;FAO=3,67;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469649,0.0267752;FXX=0.078937;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=50.3039,199.255;QD=59.6078;RBI=0.0581064,0.0322728;REFB=0,0;REVB=-0.0342148,-0.0180174;RO=6;SAF=4,26;SAR=0,37;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.776095,0.0418813;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.115744,0.00143009;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:76:70:6:0:4,63:3,67:0.0428571,0.957143:0,37:4,26:1:5:0,39:3,28:0:0 chr18 3075712 . C A 408.33 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0137397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.401;QD=20.4167;RBI=0.038902;REFB=-0.0130811;REVB=-0.0363948;RO=39;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110024;STB=0.560946;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0110533;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:23:18:22:17:23:18:22:17 chr18 3075746 . G A 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0504236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6244;QD=16.2789;RBI=0.0695504;REFB=-0.00937237;REVB=-0.0479032;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145377;STB=0.508191;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0124977;OID=.;OPOS=3075746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:17:16:14:14:17:16 chr18 3075778 . A C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0156024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.258;QD=9.49166;RBI=0.0178347;REFB=-0.00708478;REVB=-0.00863966;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00989866;OID=.;OPOS=3075778;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr18 3089522 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.66;QD=58.2396;RBI=0.0106193;REFB=0;REVB=-0.00176155;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87408e-05;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr18 3126811 . A G 521.61 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0175657;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.016;QD=16.8261;RBI=0.0240148;REFB=-0.0137864;REVB=-0.0163755;RO=68;SAF=25;SAR=31;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239624;STB=0.51336;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0236805;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:68:68:56:56:0.451613:31:25:32:36:31:25:32:36 chr18 3174009 . A G 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00353438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.43;QD=15.6938;RBI=0.00519688;REFB=-0.00599437;REVB=-0.00380994;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154312;STB=0.58707;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00724986;OID=.;OPOS=3174009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:18:23:13:19:18:23 chr18 3188976 . A G 2389.71 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.349;QD=64.1533;RBI=0.0466191;REFB=0;REVB=-0.000400652;RO=0;SAF=33;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.5076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19057e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:116:33:0:0:116:33:0:0 chr18 3457539 . A G 624.31 PASS AF=0.553571;AO=60;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0294308;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1736;QD=22.2968;RBI=0.0303425;REFB=-0.00481934;REVB=-0.00738186;RO=47;SAF=27;SAR=33;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150281;STB=0.599283;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00523579;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:47:50:60:62:0.553571:33:27:30:17:35:27:33:17 chr18 3571217 . T C 1030.14 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00533485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.371;QD=58.0358;RBI=0.0687253;REFB=-0.0589346;REVB=0.0685179;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111254;STB=0.505881;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000980623;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:28:42:1:0:28:42:1:0 chr18 3598067 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.024286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.118;QD=19.8494;RBI=0.0272927;REFB=-0.0211339;REVB=-0.0124533;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421615;STB=0.534839;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0194125;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:12:3:2:10:12:3:2:11 chr18 3729175 . C T 2108.44 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146064;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.148;QD=62.9385;RBI=0.0505569;REFB=0;REVB=0.0484009;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70606e-05;OID=.;OPOS=3729175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:58:76:0:0:58:76:0:0 chr18 5292030 . A G 334.21 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00438471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.208;QD=16.7106;RBI=0.00668889;REFB=-0.000469513;REVB=0.00505129;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580686;STB=0.53256;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000674136;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:16:20:27:17:16:20:27:17 chr18 5410574 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.154;QD=60.2045;RBI=0.0302047;REFB=0;REVB=-0.0280363;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51255e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr18 5630531 . G A 1974.93 PASS AF=0.956204;AO=131;DP=139;FAO=131;FDP=137;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0164309;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.731;QD=57.6622;RBI=0.0399501;REFB=-0.101408;REVB=0.0364148;RO=6;SAF=83;SAR=48;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412882;STB=0.521762;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0012748;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:139:137:6:6:131:131:0.956204:48:83:1:5:48:83:1:5 chr18 5955911 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.618;QD=62.9827;RBI=0.010307;REFB=0;REVB=-0.00988596;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51045e-05;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr18 5955932 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4224;QD=62.3474;RBI=0.0744057;REFB=0;REVB=0.0709757;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139509;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr18 5956145 . T C 674.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268223;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.871;QD=62.7864;RBI=0.0321979;REFB=0;REVB=0.017812;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105828;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr18 5956238 . C T 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.4;QD=60.8766;RBI=0.0187227;REFB=0;REVB=-0.0180708;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72163e-05;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr18 5960165 . G A 2814.77 PASS AF=0.989071;AO=181;DP=183;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.521;QD=61.5249;RBI=0.0130193;REFB=-0.0728189;REVB=-0.00799107;RO=2;SAF=87;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100207;STB=0.505263;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000203901;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:183:2:2:181:181:0.989071:94:87:0:2:94:87:0:2 chr18 6046717 . T C 2704.65 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194469;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2045;QD=61.8206;RBI=0.0263513;REFB=-0.0188129;REVB=0.0177823;RO=0;SAF=83;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000191101;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:175:0:1:174:174:0.994286:91:83:0:0:91:83:1:0 chr18 6455000 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8184;QD=60.2039;RBI=0.0169391;REFB=0;REVB=-0.000384047;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126908;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr18 6455037 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.678;QD=61.0492;RBI=0.0210311;REFB=0;REVB=0.0204073;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90615e-05;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:43:35:0:0 chr18 6588865 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.963;QD=59.4351;RBI=0.0262102;REFB=0;REVB=0.0119758;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252182;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr18 6851058 . C G 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0762;QD=64.02;RBI=0.0155616;REFB=0;REVB=0.0139718;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6461e-05;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr18 6889973 . A G 1264.58 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.438;QD=61.6868;RBI=0.00643184;REFB=0;REVB=0.00228786;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24752e-06;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr18 6890434 . A G 803.79 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250472;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.377;QD=57.4137;RBI=0.029047;REFB=0;REVB=0.0147094;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89724e-05;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr18 6912143 . A C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1976;QD=56.936;RBI=0.0119155;REFB=0;REVB=-0.00316058;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106292;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr18 6928138 . A G 40.33 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0206553;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.748;QD=11.5219;RBI=0.0276711;REFB=0.00448149;REVB=-0.0184134;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264432;STB=0.66603;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0131614;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:5:3:1:5:5:3 chr18 6928180 . G T 109.12 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.754;QD=36.3744;RBI=0.0405698;REFB=-0.0953445;REVB=-0.0368779;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00164986;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:4:7:0:0:4:7:1:0 chr18 6977844 . A G 299.26 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0304303;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3115;QD=15.7504;RBI=0.0343341;REFB=-0.0381121;REVB=-0.0159005;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323183;STB=0.524366;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0314052;OID=.;OPOS=6977844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:42:43:33:33:0.434211:17:16:19:23:17:16:19:24 chr18 6980523 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.75;QD=58.2393;RBI=0.0137574;REFB=0;REVB=-0.0121502;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30516e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr18 6985631 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.405;QD=56.1916;RBI=0.0501237;REFB=0;REVB=0.0196117;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412137;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr18 6999628 . T C 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0227192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8131;QD=13.5147;RBI=0.0485829;REFB=-0.00857902;REVB=-0.0429434;RO=42;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438767;STB=0.524983;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0157911;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:19:9:12:30:19:9:12:30 chr18 7008583 . A C 190.13 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.101031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4667;QD=15.2104;RBI=0.101181;REFB=-0.0189781;REVB=-0.00550157;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357916;STB=0.52064;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0392834;OID=.;OPOS=7008583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:17:13:8:12:17:13 chr18 7011413 . G A 209.73 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0100913;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.308;QD=11.6516;RBI=0.0152041;REFB=-0.0193749;REVB=0.0113723;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362151;STB=0.520909;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0309416;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:15:11:18:28:15:11:18:28 chr18 7567803 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0431455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.256;QD=21.1726;RBI=0.0481221;REFB=-0.0418432;REVB=0.021312;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177776;STB=0.59985;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0186604;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:7:1:4:8:7:1 chr18 8069868 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.010857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.485;QD=13.0911;RBI=0.0109746;REFB=-0.0179725;REVB=-0.00160206;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295423;STB=0.670994;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0156679;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:5:15:6:7:5:15 chr18 8387195 . G A 1952.2 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.56;QD=61.9745;RBI=0.0390852;REFB=0;REVB=0.038089;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.324e-05;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:67:59:0:0:67:59:0:0 chr18 8387219 . G C 1419.36 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3474;QD=61.7112;RBI=0.0223437;REFB=-0.0557839;REVB=0.010116;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000564133;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:46:45:1:0:46:45:1:0 chr18 8471976 . A G 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7579;QD=60.6004;RBI=0.032011;REFB=0;REVB=-0.0123756;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863114;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr18 8472047 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0105433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9759;QD=16.2716;RBI=0.0263233;REFB=0.0101974;REVB=-0.0241196;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.604806;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00987895;OID=.;OPOS=8472047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:13:5:7:8:13:5 chr18 8545736 . A G 514.51 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00699981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.285;QD=27.4405;RBI=0.0152126;REFB=-0.0276159;REVB=0.0135065;RO=28;SAF=20;SAR=27;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048341;STB=0.526305;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0143697;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:27:20:10:18:27:20:10:18 chr18 8545785 . A G 517.27 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0542017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5712;QD=25.2327;RBI=0.0542406;REFB=-0.00816392;REVB=0.00205399;RO=34;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755614;STB=0.541384;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00506264;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:30:18:16:18:30:18:16:18 chr18 8545823 . T C 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0353438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2858;QD=22.1267;RBI=0.0467719;REFB=-0.0268038;REVB=-0.0306338;RO=33;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118343;STB=0.565338;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0263339;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:25:15:17:16:25:15:17:16 chr18 8545859 . A G 403.82 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0145958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5574;QD=22.1271;RBI=0.0158861;REFB=0.00305619;REVB=0.00627142;RO=33;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214204;STB=0.618407;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00198325;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:27:13:19:14:27:13:19:14 chr18 8784370 . A G 1714.86 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000919079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.04;QD=58.6276;RBI=0.017603;REFB=-0.048439;REVB=-0.0175789;RO=2;SAF=49;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018985;STB=0.509998;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000627087;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:66:49:2:0:66:49:2:0 chr18 8784723 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0247174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.272;QD=14.7015;RBI=0.0251992;REFB=0.00350437;REVB=-0.00490411;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00429603;OID=.;OPOS=8784723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:7:5:8:6:7:5:8:7 chr18 8809445 . G C 383.22 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0092029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.029;QD=14.5988;RBI=0.0422205;REFB=-0.0167833;REVB=-0.0412053;RO=60;SAF=27;SAR=17;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201859;STB=0.618089;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0163453;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:17:27:25:35:17:27:25:36 chr18 8813046 . A C 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0187555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.788;QD=17.0585;RBI=0.0198571;REFB=-0.0206881;REVB=0.00652207;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395393;STB=0.522171;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0209456;OID=.;OPOS=8813046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:17:16:20:18:17:16:20:18 chr18 8825192 . A G 83.12 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0543986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.702;QD=11.4653;RBI=0.0548112;REFB=-0.0192439;REVB=0.00671309;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372062;STB=0.545369;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0307176;OID=.;OPOS=8825192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:27:29:18:18:9:11:0.37931:8:1:6:12:8:3:6:12 chr18 8826083 . G C 728.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.923;QD=63.338;RBI=0.0411011;REFB=0;REVB=0.0333743;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152586;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:10:35:0:0:10:36:0:0 chr18 9117867 . T C 1591.61 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351481;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.334;QD=64.3076;RBI=0.0384831;REFB=0;REVB=0.0156704;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119917;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr18 9255982 . A G 859.06 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4818;QD=57.2709;RBI=0.037243;REFB=0;REVB=-0.0369796;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293676;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr18 9518126 . G A 551.86 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.019649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1281;QD=16.4734;RBI=0.021005;REFB=-0.00882486;REVB=0.00742461;RO=75;SAF=32;SAR=27;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15511;STB=0.586464;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0146152;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:75:59:59:0.440299:27:32:29:46:27:32:29:46 chr18 9562042 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00640797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.58;QD=16.728;RBI=0.00982307;REFB=-0.0115542;REVB=-0.00744518;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259379;STB=0.649255;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00839584;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:8:11:5:11:8:11 chr18 9618005 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6841;QD=54.5176;RBI=0.0550683;REFB=0;REVB=0.047795;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196913;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr18 9618049 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.696;QD=55.6561;RBI=0.0154952;REFB=0;REVB=-0.0137826;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11389e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr18 9844829 . AGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT A 35.74 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00343497;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=20;MLLD=302.196;QD=11.9147;RBI=0.00621795;REFB=-0.00635312;REVB=-0.00518304;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.00526543;OID=.;OPOS=9844830;OREF=GTTTTGTTTTGTTTTGTTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:4:8:5:12:7:2:3:4:3:35:0:2:2:0:0 chr18 9887497 . G A 85.3 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4719;QD=37.9112;RBI=0.182382;REFB=0;REVB=0.171844;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163602;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:1:0:8:9:1:6:2:0:1:7:2:0:0 chr18 9888069 . A G 1362.92 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0232108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7704;QD=53.9768;RBI=0.0343555;REFB=0.0515442;REVB=0.0253291;RO=5;SAF=39;SAR=57;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187496;STB=0.509902;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0419357;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:101:5:5:96:96:0.950495:57:39:3:2:57:39:3:2 chr18 9955960 . A G 1606.87 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.235;QD=64.2749;RBI=0.0483951;REFB=0;REVB=0.00222034;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18516e-05;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:55:43:0:0:55:45:0:0 chr18 10454960 . C G 548.25 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.9271;QD=56.2307;RBI=0.1156;REFB=0;REVB=0.052131;RO=2;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310792;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:39:2:0:35:39:1:11:24:1:1:12:27:0:0 chr18 10471732 . G A 145.58 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0431254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.533;QD=16.1756;RBI=0.0485471;REFB=-0.00626094;REVB=0.0222939;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282658;STB=0.662913;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00826659;OID=.;OPOS=10471732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:8:12:5:11:8:12 chr18 10471764 . C T 185.64 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00903285;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.339;QD=18.1113;RBI=0.0121435;REFB=-0.0154947;REVB=-0.00811621;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304272;STB=0.673391;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0252557;OID=.;OPOS=10471764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:8:14:6:13:8:14 chr18 10471773 . C G 224.5 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.000767981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.664;QD=20.4092;RBI=0.0186964;REFB=-0.0263859;REVB=-0.0186806;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.590083;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0384477;OID=.;OPOS=10471773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:10:11:8:14:10:12:8:14 chr18 10681711 . C T 395.74 PASS AF=0.382114;AO=45;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0114311;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.506;QD=12.8694;RBI=0.0133566;REFB=-0.00501555;REVB=0.00690859;RO=64;SAF=15;SAR=30;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149152;STB=0.619263;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00689063;OID=.;OPOS=10681711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:76:45:47:0.382114:30:15:30:34:30:17:42:34 chr18 10741011 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.335;QD=62.1623;RBI=0.0135938;REFB=0;REVB=-8.99027e-05;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30241e-05;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr18 10748603 . A T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000912114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.185;QD=56.9478;RBI=0.00123909;REFB=-0.0897586;REVB=-0.000838678;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000695255;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:0:1:15:21:0:1 chr18 10752666 . C T 130.64 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00587596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.825;QD=13.7514;RBI=0.00656611;REFB=-0.00835736;REVB=-0.00293033;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.548322;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0183046;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:23:13:15:0.394737:7:6:8:9:9:6:11:12 chr18 10758023 . G A 1419.08 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752075;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.027;QD=63.0703;RBI=0.0112408;REFB=0;REVB=0.00835424;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114271;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr18 10762962 . G A 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0338;QD=57.0934;RBI=0.0675679;REFB=0;REVB=0.0623672;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497965;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr18 10763007 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0474;QD=60.9783;RBI=0.00926834;REFB=0;REVB=-0.00180397;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141085;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr18 10787047 . G A 568.41 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.913;QD=59.8322;RBI=0.00556179;REFB=0;REVB=0.00221453;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290036;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr18 11609727 . C A 151.84 PASS AF=0.282051;AO=21;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0221965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7748;QD=7.78672;RBI=0.0285906;REFB=-0.0250559;REVB=-0.0180205;RO=56;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144161;STB=0.507036;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0387584;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:21:22:0.282051:10:11:30:26:10:12:30:26 chr18 11609903 . CA GG 1338.44 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323781;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=349.507;QD=62.2532;RBI=0.0389674;REFB=0;REVB=0.0216822;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.91463e-05;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:46:40:0:0 chr18 11609978 . C T 184.27 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0111085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8872;QD=8.18966;RBI=0.025212;REFB=-0.00222348;REVB=0.0226328;RO=64;SAF=7;SAR=18;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243563;STB=0.652544;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00349693;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:65:25:25:0.277778:18:7:30:34:18:7:31:34 chr18 11609981 . T C 174.07 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0205357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.494;QD=7.91206;RBI=0.0214585;REFB=-0.00118318;REVB=0.00622527;RO=63;SAF=7;SAR=17;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236118;STB=0.648466;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00399494;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:64:24:24:0.272727:17:7:30:33:17:7:31:33 chr18 11609994 . C T 197.9 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00458639;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.109;QD=10.8437;RBI=0.0100134;REFB=-0.0097955;REVB=-0.00890133;RO=50;SAF=8;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277304;STB=0.649316;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0231065;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:50:48:25:25:0.342466:17:8:28:22:17:8:26:22 chr18 11610001 . A G 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0494743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.051;QD=12.1357;RBI=0.0500358;REFB=-0.0121373;REVB=0.00747485;RO=48;SAF=8;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250455;STB=0.645053;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0182481;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:20:8:24:24:20:8:24:24 chr18 11610024 . A G 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0198849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.071;QD=10.1037;RBI=0.0286585;REFB=-0.00428965;REVB=-0.0206373;RO=40;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331325;STB=0.696222;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00692559;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:15:5:21:19:15:5:21:19 chr18 11610042 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0250835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.151;QD=11.8415;RBI=0.0251625;REFB=-0.00461592;REVB=0.00199305;RO=39;SAF=7;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183821;STB=0.606883;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00449427;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:16:7:18:21:16:7:18:21 chr18 11610121 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.033032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0218;QD=10.8093;RBI=0.0766461;REFB=0.0111084;REVB=0.0691629;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212581;STB=0.62639;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0146971;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:15:4:13:23:15:4:13:23 chr18 11610149 . G A 103.72 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00151182;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.791;QD=9.64829;RBI=0.00267303;REFB=0.00636648;REVB=0.00220443;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103632;STB=0.563277;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0164945;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:10:3:9:21:10:3:9:21 chr18 11610162 . GG AT,GC 589.5 PASS AF=0.25,0.75;AO=10,30;DP=40;FAO=10,30;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=8,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813231,0.0743241;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=211.603,47.2373;QD=58.95;RBI=0.0117163,0.074641;REFB=0,0;REVB=-0.00843425,0.00687005;RO=0;SAF=2,9;SAR=8,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00806575,0.0317136;OID=.,.;OPOS=11610162,11610163;OREF=GG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:40:40:0:0:10,30:10,30:0.25,0.75:8,21:2,9:0:0:8,21:2,9:0:0 chr18 11610332 . G T 338.34 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0173676;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.114;QD=14.3975;RBI=0.0215211;REFB=-0.0171337;REVB=0.0127092;RO=56;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955956;STB=0.566478;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0231581;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:57:36:37:0.393617:18:18:33:23:19:18:34:23 chr18 11610349 . G A 551.54 PASS AF=0.573034;AO=42;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0302562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5561;QD=24.7883;RBI=0.112095;REFB=-0.0343931;REVB=0.107935;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128168;STB=0.551994;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0302926;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:42:51:0.573034:17:25:17:21:22:29:17:21 chr18 11610382 . C A 275.57 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00188008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.381;QD=18.0703;RBI=0.0305123;REFB=0.0194006;REVB=0.0304543;RO=31;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238717;STB=0.634053;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0234604;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:9:21:14:17:9:21:14:17 chr18 11619799 . ATGT A 1410.8 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157643;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.684;QD=61.3392;RBI=0.044961;REFB=-0.0449042;REVB=0.0421068;RO=1;SAF=26;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178761;STB=0.509089;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.000729937;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.98913:89:93:91:92:1:27:64:1:0:4:1:26:63:1:0 chr18 11619908 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.344;QD=45.8068;RBI=0.0687774;REFB=0;REVB=0.0147181;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866161;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr18 11625886 . T C 1834.85 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6637;QD=60.6562;RBI=0.0502235;REFB=0;REVB=0.0141763;RO=1;SAF=72;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530234;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:121:1:0:120:121:1:48:72:0:1:49:72:0:0 chr18 11639356 . G C 1291.55 PASS AF=0.510204;AO=125;DP=245;FAO=125;FDP=245;FR=.;FRO=120;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.00335656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.657;QD=21.0865;RBI=0.0144016;REFB=-0.0226485;REVB=0.014005;RO=119;SAF=64;SAR=61;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293905;STB=0.514037;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0210441;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:119:120:125:125:0.510204:61:64:57:62:61:64:58:62 chr18 11853053 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.587;QD=57.1045;RBI=0.0282044;REFB=0;REVB=0.0102327;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86017e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr18 11853731 . A G 939.65 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678326;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.842;QD=58.728;RBI=0.00751676;REFB=0;REVB=0.00323869;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166553;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr18 11886563 . C G 536.43 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00813296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.596;QD=23.8414;RBI=0.0105453;REFB=-0.0256265;REVB=0.0067126;RO=40;SAF=25;SAR=25;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121624;STB=0.56664;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0153277;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:25:25:14:26:25:25:14:26 chr18 11999115 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.982;QD=58.1407;RBI=0.0274108;REFB=0;REVB=-0.00196724;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317141;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr18 12348285 . T C 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0257455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.281;QD=10.4167;RBI=0.0282629;REFB=0.00903603;REVB=-0.0116604;RO=45;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137168;STB=0.58024;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0100841;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:9:14:22:23:9:14:22:23 chr18 12351342 . C T 428.18 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00711808;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.808;QD=19.244;RBI=0.017843;REFB=-0.0134594;REVB=0.0163617;RO=46;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991923;STB=0.555233;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00909495;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:46:46:43:43:0.483146:26:17:23:23:26:17:23:23 chr18 12698983 . C T 321.84 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.099;QD=53.6401;RBI=0.0155775;REFB=0;REVB=-0.0150782;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3123e-05;OID=.;OPOS=12698983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr18 12793695 . C T 377.82 PASS AF=0.348148;AO=46;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0186806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2787;QD=11.1947;RBI=0.0402363;REFB=-0.00812894;REVB=-0.0356371;RO=88;SAF=21;SAR=25;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815651;STB=0.540176;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0159037;OID=.;OPOS=12793695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:46:47:0.348148:25:21:34:54:26:21:34:54 chr18 12984144 . C A 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.030604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4735;QD=18.9366;RBI=0.0394417;REFB=-0.0279917;REVB=-0.0248806;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30883;STB=0.671712;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0330917;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:8:21:11:19:8:21 chr18 13001512 . G C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00480877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.98;QD=20.072;RBI=0.0107371;REFB=-0.000523745;REVB=0.0096001;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118237;STB=0.565655;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000513069;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:20:14:17:14:20:14:17:14 chr18 13038431 . A G 397.78 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00165356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8123;QD=18.0811;RBI=0.0399635;REFB=-0.00766902;REVB=0.0399293;RO=47;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280859;STB=0.515687;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0123016;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:18:23:25:22:18:23:25:22 chr18 13068132 . T C 428.62 PASS AF=0.455446;AO=43;DP=97;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0527248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.377;QD=16.9751;RBI=0.0534198;REFB=-0.0157987;REVB=0.00858866;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140399;STB=0.591709;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0162513;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:53:55:43:46:0.455446:19:24:22:31:19:27:23:32 chr18 13069782 . C T 223.83 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0246278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.372;QD=19.4632;RBI=0.0348226;REFB=-0.0232178;REVB=0.0246188;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290404;STB=0.665735;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0197108;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:17:5:12:12:17:5:12:12 chr18 13092424 . G A 287.57 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0515452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.217;QD=13.8589;RBI=0.0515501;REFB=-0.0021275;REVB=0.000712099;RO=49;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20898;STB=0.619396;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00418236;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:50:32:33:0.39759:12:20:21:28:12:21:22:28 chr18 13095609 . T C 595.19 PASS AF=0.424051;AO=67;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0359552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.94;QD=15.068;RBI=0.0359948;REFB=-0.0202064;REVB=-0.00168811;RO=89;SAF=34;SAR=33;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024813;STB=0.520107;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0286817;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:91:67:67:0.424051:33:34:43:46:33:34:43:48 chr18 13100451 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00716025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.232;QD=20.3167;RBI=0.0112395;REFB=0.000735802;REVB=0.00866354;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359949;STB=0.70392;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000773188;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:12:6:14:5:12:6 chr18 13116432 . G T 1196.63 PASS AF=0.481781;AO=119;DP=248;FAO=119;FDP=247;FR=.;FRO=128;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=0.0166861;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.447;QD=19.3786;RBI=0.0180064;REFB=0.0051529;REVB=-0.00676808;RO=127;SAF=60;SAR=59;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145257;STB=0.509969;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00578788;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:127:128:119:119:0.481781:59:60:66:61:59:60:67:61 chr18 14105923 . T C 1183.96 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00577038;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=236.177;QD=58.467;RBI=0.00589319;REFB=-0.0974299;REVB=0.00119685;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500784;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00014714;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:0:2:79:79:0.975309:42:37:0:0:42:37:1:1 chr18 14106039 . T C 246.92 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0845184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.17;QD=24.6917;RBI=0.0871869;REFB=-0.0223746;REVB=-0.0214054;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642457;STB=0.535684;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0277304;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:6:11:13:10:6:11 chr18 14183720 . C T 335.31 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00396847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2145;QD=12.193;RBI=0.00625484;REFB=-0.0169325;REVB=-0.0048347;RO=69;SAF=22;SAR=19;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640735;STB=0.536513;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0283134;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:19:22:41:28:19:22:41:28 chr18 14186497 . G C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0101559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.839;QD=20.156;RBI=0.0159732;REFB=0.00479699;REVB=-0.0123288;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311456;STB=0.674029;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0047241;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:20:8:16:9:20:8:16:9 chr18 14187255 . A T 49.47 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0329898;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2944;QD=9.42211;RBI=0.033572;REFB=-0.0339954;REVB=-0.00622518;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0545543;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:24:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:8:6:3:4:8:6 chr18 14187273 . C G 120.88 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.016577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.54;QD=14.6518;RBI=0.0178456;REFB=-0.00918307;REVB=0.0066082;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246357;STB=0.628635;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0153582;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:9:5:11:7:9:5:11:8 chr18 14187304 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00935228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.026;QD=12.3948;RBI=0.0106182;REFB=-0.00301386;REVB=0.00502799;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.666433;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00429162;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:15:9:9:5:15:9 chr18 14187327 . T G 51.25 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0137989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.506;QD=5.54001;RBI=0.0147369;REFB=0.00165971;REVB=-0.00517369;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206554;STB=0.51348;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00720819;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:15:14:4:4:15:14 chr18 14187346 . A G 52.1 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.027832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2204;QD=6.31489;RBI=0.0291673;REFB=-0.0196459;REVB=0.00872421;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330551;STB=0.71373;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0914881;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:12:13:2:6:12:13 chr18 14513678 . T G 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00253476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.965;QD=1.84568;RBI=0.00534247;REFB=0.00101911;REVB=0.00470287;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171736;STB=0.513125;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00942118;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:4:4:35:33:4:4:35:33 chr18 14752957 . G A 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0359186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.26;QD=22.8011;RBI=0.0368667;REFB=0.00629295;REVB=0.008307;RO=47;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058011;STB=0.531903;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0045685;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:28:25:19:28:28:25:19:28 chr18 14759244 . G C 326.7 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00424226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.387;QD=15.0205;RBI=0.0109658;REFB=-0.00682947;REVB=-0.010112;RO=51;SAF=24;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109134;STB=0.561948;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00791785;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:12:24:29:22:12:24:29:22 chr18 14779969 . C G 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00115309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.751;QD=10.1036;RBI=0.0214682;REFB=-0.00380234;REVB=-0.0214372;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00757911;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:37:40:20:20:0.333333:10:10:20:17:10:10:20:20 chr18 14796214 . G T 125.08 PASS AF=0.303571;AO=18;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00999998;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.743;QD=8.9345;RBI=0.0131857;REFB=-0.0101038;REVB=-0.00859435;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602805;STB=0.547114;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0254986;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:39:18:17:0.303571:9:9:17:21:8:9:18:21 chr18 14848820 . C T 683.36 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=72;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00910865;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.805;QD=39.0489;RBI=0.0254827;REFB=-0.0313349;REVB=-0.0237992;RO=13;SAF=39;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713467;STB=0.559786;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00124976;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:72:70:13:15:55:55:0.785714:16:39:7:6:16:39:7:8 chr18 14848821 . G A 90.88 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.00830294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.623;QD=5.04898;RBI=0.02286;REFB=-0.00140455;REVB=0.0212989;RO=52;SAF=7;SAR=8;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279097;STB=0.68218;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00764882;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:52:57:15:15:0.208333:8:7:36:16:8:7:40:17 chr18 14850375 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0280897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.836;QD=14.1955;RBI=0.0281803;REFB=-0.00334683;REVB=-0.0022581;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531393;STB=0.530766;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00545794;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:5:17:11:4:5:17 chr18 18529872 . A G 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0222289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.259;QD=3.67476;RBI=0.0222435;REFB=-0.00481396;REVB=-0.000805391;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194225;STB=0.631903;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0241995;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:4:5:19:29:4:5:19:29 chr18 18529880 . G A 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00527111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.039;QD=3.61592;RBI=0.0188336;REFB=0.0013388;REVB=-0.0180809;RO=52;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119237;STB=0.580488;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0112039;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:5:5:21:31:5:5:21:31 chr18 19034556 . T C 1989.23 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.383;QD=62.1634;RBI=0.0673552;REFB=0;REVB=-0.00727607;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49756e-05;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:62:65:0:0:62:66:0:0 chr18 19079853 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.855;QD=63.1951;RBI=0.0135301;REFB=0;REVB=0.00370955;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89047e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 349.21 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0371528;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=3;MLLD=194.549;QD=24.9436;RBI=0.037208;REFB=-0.0238405;REVB=-0.00202502;RO=25;SAF=6;SAR=27;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556213;STB=0.789886;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0222792;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:33:61:34:56:22:6:28:19:3:99:25:6:27:22:3 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 948.61 PASS AF=0.73913,0.246377;AO=36,22;DP=69;FAO=51,17;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26,6;FSAR=25,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.20039,-0.00489558;FXX=0.054787;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=76.0422,59.3694;QD=54.9916;RBI=0.20392,0.011409;REFB=-0.0852895,-0.0362241;REVB=0.037776,0.0103052;RO=2;SAF=16,11;SAR=20,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00553034,0;STB=0.50943,0.538415;STBP=0.512,0.287;TYPE=del,snp;VARB=0.0626253,0.0629712;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.73913,0.246377:36,22:69:51,17:69:1:26,6:25,11:1:0:99:2:16,11:20,11:1:1 chr18 19153494 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.123;QD=60.0297;RBI=0.00659616;REFB=0;REVB=0.00480018;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46913e-06;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr18 19154143 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.524;QD=46.8464;RBI=0.0217604;REFB=0;REVB=0.0194978;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145877;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr18 19373962 . T TATG 702.03 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125693;FXX=0.039208;HRUN=0;LEN=3;MLLD=256.35;QD=57.3087;RBI=0.0173823;REFB=0;REVB=-0.0120065;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.09858e-06;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:51:49:49:0:11:38:0:0:4:0:11:38:0:0 chr18 19373993 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0303643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.959;QD=17.588;RBI=0.0304989;REFB=-0.00560352;REVB=0.00286213;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208887;STB=0.61755;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0076771;OID=.;OPOS=19373993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:6:22:13:9:6:22 chr18 19397683 . C T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0129475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.755;QD=21.8824;RBI=0.0311139;REFB=2.2362e-06;REVB=0.028292;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014834;STB=0.508192;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.000288711;OID=.;OPOS=19397683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:17:17:14:13:17:17:14:13 chr18 19449304 . A G 200.7 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.043506;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0619;QD=13.6067;RBI=0.0573197;REFB=0.0133021;REVB=-0.0373199;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612979;STB=0.535021;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0240974;OID=.;OPOS=19449304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:13:11:14:21:13:11:14:21 chr18 19450386 . T C 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=8.93011e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.6561;QD=18.2513;RBI=0.0299719;REFB=0.00538793;REVB=0.0299717;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00421876;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:8:7:7:8:8:7 chr18 19508949 . G A 149.65 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396684;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.624;QD=46.0455;RBI=0.0481347;REFB=0;REVB=-0.0272648;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366888;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr18 19840623 . A G 1137.62 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692382;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1981;QD=59.8749;RBI=0.0696094;REFB=0;REVB=0.00717863;RO=1;SAF=25;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510205;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:1:0:75:76:1:50:25:1:0:50:26:0:0 chr18 19995753 . T C 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00400908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.767;QD=11.1571;RBI=0.0118518;REFB=0.00157634;REVB=-0.0111531;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101339;STB=0.505878;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00236867;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:15:10:18:28:15:10:18:28 chr18 19996011 . G A 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00832572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7772;QD=15.2894;RBI=0.0936904;REFB=0.0124812;REVB=0.0933198;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00670529;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:5:4:6:3:5:4 chr18 20945585 . C T 72.39 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00860745;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.84;QD=7.82634;RBI=0.0376155;REFB=0.00125675;REVB=0.0366174;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442781;STB=0.528244;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00614158;OID=.;OPOS=20945585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:24:27:10:10:0.27027:3:7:16:8:3:7:18:9 chr18 20953720 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00795162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6493;QD=14.096;RBI=0.0313526;REFB=-0.00752725;REVB=0.0303275;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0122487;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:5:9:5:6:5:9 chr18 20965034 . G A 64.47 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00363205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.734;QD=9.91811;RBI=0.00746529;REFB=0.00302781;REVB=0.00652218;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.593016;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0144186;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:4:5:5:10:4:5:7:10 chr18 21017836 . T C 718.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.157;QD=62.4523;RBI=0.0208883;REFB=0;REVB=0.0147409;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85612e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:22:24:0:0 chr18 21100240 . C T 1957.52 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.198;QD=61.1725;RBI=0.0319088;REFB=-0.0864257;REVB=0.00520329;RO=1;SAF=48;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335534;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:128:128:1:0:127:128:1:79:48:1:0:79:49:0:0 chr18 21109250 . T C 444.57 PASS AF=1;AO=21;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.687;QD=57.3642;RBI=0.0462873;REFB=0;REVB=0.0200014;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98525e-05;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:21:31:1:12:9:0:0:12:19:0:0 chr18 21111680 . GT G 132.75 PASS AF=0.440559;AO=66;DP=151;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.093941;FXX=0.0529766;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.0354;QD=3.71341;RBI=0.168181;REFB=-0.161192;REVB=0.139499;RO=69;SAF=40;SAR=26;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261698;STB=0.604976;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.162162;OID=.;OPOS=21111681;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440559:66:151:63:143:80:34:29:28:52:99:69:40:26:22:47 chr18 21119777 . G A 187.05 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0125191;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.393;QD=10.5379;RBI=0.0145464;REFB=-0.00297553;REVB=0.00740744;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352851;STB=0.520595;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00487613;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:13:11:23:24:13:11:23:24 chr18 21120444 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0491136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.157;QD=17.827;RBI=0.0516651;REFB=0.00687499;REVB=0.0160352;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267683;STB=0.651943;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00778353;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:2:9:6:6:2:9 chr18 21124945 . C G 710.6 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7687;QD=54.6617;RBI=0.0367883;REFB=-0.135632;REVB=-0.0124294;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00254137;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:33:18:0:0:33:18:0:1 chr18 21140432 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00163681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.548;QD=16.1191;RBI=0.00459318;REFB=-0.00649753;REVB=0.00429163;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00691085;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr18 21413869 . T C 418.59 PASS AF=0.382812;AO=45;DP=124;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00118863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.65;QD=13.081;RBI=0.00440843;REFB=-0.031513;REVB=-0.00424516;RO=79;SAF=15;SAR=30;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186074;STB=0.623166;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0500431;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:79:79:45:49:0.382812:30:15:39:40:34:15:39:40 chr18 21481233 . C G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0203808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.234;QD=24.9293;RBI=0.0226866;REFB=-0.0222514;REVB=-0.00996512;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.594423;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00965383;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:5:14:13:12:5:14 chr18 21511034 . C A 489.8 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00354941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5153;QD=23.0495;RBI=0.00965474;REFB=0.0029354;REVB=-0.00897862;RO=38;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134584;STB=0.56706;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00262146;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:38:46:47:0.552941:28:18:21:17:28:19:21:17 chr18 21511089 . A G 1365.91 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.183;QD=62.0868;RBI=0.0430243;REFB=0;REVB=-0.00998629;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57396e-05;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:46:42:0:0 chr18 21513768 . C T 464.21 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0162955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8752;QD=16.4322;RBI=0.0221922;REFB=-0.000703243;REVB=0.0150648;RO=62;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994723;STB=0.555534;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000880558;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:29:22:33:29:29:22:33:29 chr18 21710321 . C T 2961.07 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.715;QD=63.3383;RBI=0.0227817;REFB=0;REVB=-0.00934908;RO=0;SAF=64;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.41655e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76471e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:186:187:1:122:64:0:0:123:64:0:0 chr18 21712554 . C T 288.49 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00535171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.062;QD=18.3166;RBI=0.00951283;REFB=-0.0194811;REVB=0.00786468;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137584;STB=0.507687;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.017001;OID=.;OPOS=21712554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:15:17:16:15:15:17 chr18 21736933 . T G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.059;QD=62.1622;RBI=0.0309139;REFB=0;REVB=-0.00903154;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38946e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr18 21759055 . G C 1245.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.57;QD=61.5281;RBI=0.0153443;REFB=0;REVB=-0.0085929;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15993e-06;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:32:47:0:0:34:47:0:0 chr18 21759190 . G C 435.74 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.077863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0175;QD=54.4668;RBI=0.0978512;REFB=-0.119147;REVB=0.0592638;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0043044;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:12:19:0:0:12:19:1:0 chr18 22009559 . CTTAA C 350.34 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.000670674;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=4;MLLD=222.802;QD=14.155;RBI=0.0059534;REFB=0.00280712;REVB=0.0059155;RO=47;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232071;STB=0.5042;STBP=0.938;TYPE=del;VARB=-0.00276174;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505051:50:102:50:99:49:20:30:20:29:99:47:20:30:20:27 chr18 22020543 . C G 1234.88 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023446;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.161;QD=61.7438;RBI=0.0237333;REFB=0;REVB=-0.00368121;RO=0;SAF=12;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12955e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:68:12:0:0:68:12:0:0 chr18 22775185 . C T 171.15 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0143659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.731;QD=17.5539;RBI=0.0197181;REFB=-0.0153654;REVB=-0.0135064;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215916;STB=0.623093;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0131951;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:8:13:7:11:8:13 chr18 23597811 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.139;QD=61.3364;RBI=0.0709943;REFB=0;REVB=0.0698755;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316869;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr18 23865998 . G T 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00265748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.947;QD=15.9466;RBI=0.0132381;REFB=0.00459262;REVB=0.0129686;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472235;STB=0.526585;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00654866;OID=.;OPOS=23865998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:19:17:20:27:19:17:20:27 chr18 23873463 . T C 3220.25 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234628;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.466;QD=61.6316;RBI=0.0387173;REFB=-0.0899062;REVB=0.0307982;RO=0;SAF=83;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248578;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:209:0:0:208:209:1:125:83:0:0:126:83:0:0 chr18 23879134 . T C,TC 214.89 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=17,2;DP=20;FAO=16,1;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150891,0.0150327;FXX=0.149925;HRUN=10,1;LEN=1,1;MLLD=296.366,305.47;QD=50.5617;RBI=0.015183,0.0151524;REFB=0,0;REVB=0.00168609,0.00190075;RO=1;SAF=6,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0398535,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000374378,-0.0100276;OID=.,.;OPOS=23879134,23879135;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:20:17:1:0:17,2:16,1:0.941176,0.0588235:11,1:6,1:0:1:10,0:6,1:0:0 chr18 23879142 . T A 305.43 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260234;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.6751;QD=53.1188;RBI=0.273132;REFB=0;REVB=0.271889;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123557;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:15:23:1:7:8:0:0:14:9:0:0 chr18 24035399 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9888;QD=60.2294;RBI=0.0880718;REFB=0;REVB=0.0471528;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508388;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr18 24269386 . G A 294.87 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=0.00349237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.97;QD=11.2331;RBI=0.0203929;REFB=-0.0190789;REVB=-0.0200916;RO=67;SAF=9;SAR=28;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797113;STB=0.554425;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0236604;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:37:37:0.352381:28:9:20:47:28:9:21:47 chr18 25531125 . CTTTTTT CTTTCTT,C,CT,CTT 426.04 PASS AF=0.277778,0.222222,0.5,0;AO=2,4,6,7;DP=32;FAO=10,8,18,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,1,0;FSAR=10,7,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454232,0.0247401,0.030246,0.0372658;FXX=0.0526177;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,6,5,4;MLLD=97.0628,27.3179,28.65,25.41;QD=47.338;RBI=0.0269602,0.0260177,0.0311251,0.0377361;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0265748,-0.00805276,-0.00734529,-0.0059395;RO=0;SAF=0,1,0,0;SAR=2,3,6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.114357,0.0799788,0.0244351,0.00437841;OID=.,.,.,.;OPOS=25531129,25531126,25531126,25531126;OREF=T,TTTTTT,TTTTT,TTTT;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTCTT,C,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.277778,0.222222,0.5,0:2,4,6,7:32:10,8,18,0:36:0:0,1,1,0:10,7,17,0:0:0:52:0:0,1,0,0:2,3,6,7:0:0 chr18 25565082 . A G 2121.33 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.734;QD=62.8541;RBI=0.0410116;REFB=0;REVB=0.0346563;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126429;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:72:63:0:0:72:63:0:0 chr18 25570228 . G C 2148.75 PASS AF=0.966887;AO=146;DP=151;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00474117;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.271;QD=56.9204;RBI=0.00484062;REFB=-0.0078606;REVB=-0.000976173;RO=5;SAF=76;SAR=70;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050084;STB=0.502636;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=4.41599e-05;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:151:151:5:5:146:146:0.966887:70:76:3:2:70:76:3:2 chr18 25616451 . A T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00997923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.136;QD=56.0077;RBI=0.0138933;REFB=0.0120846;REVB=0.00966642;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=3.49341e-05;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:0:1:33:27:0:1 chr18 28570025 . G T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1521;QD=58.5969;RBI=0.0655054;REFB=0;REVB=0.0310618;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198268;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr18 28586964 . A G 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.881;QD=62.7684;RBI=0.0322163;REFB=0;REVB=0.0300939;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87282e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:65:69:0:0:65:69:0:0 chr18 28610988 . C T 941.74 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00336516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4963;QD=53.0557;RBI=0.0205101;REFB=0.0121683;REVB=-0.0202321;RO=2;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551277;STB=0.505665;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00606742;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:71:2:4:67:67:0.943662:27:40:1:1:27:40:2:2 chr18 28611061 . A T 1533.41 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115087;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9374;QD=63.2332;RBI=0.0385178;REFB=0;REVB=0.0367582;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107917;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:39:56:0:0:41:56:0:0 chr18 28611139 . A C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.013;QD=63.8689;RBI=0.0394371;REFB=0;REVB=0.0378189;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260794;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr18 28720147 . C T 2392.59 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.011;QD=60.9577;RBI=0.0079713;REFB=0;REVB=-0.00481977;RO=0;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73642e-06;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:84:72:0:0:85:72:0:0 chr18 28722039 . G A 1120.22 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556871;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4073;QD=60.5523;RBI=0.0206817;REFB=0;REVB=0.0199179;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114921;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr18 28722103 . T C 1153.74 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208572;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.59;QD=61.533;RBI=0.0230432;REFB=0;REVB=-0.00979626;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308058;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr18 28734749 . A G 1556.69 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285645;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.212;QD=64.1935;RBI=0.0286719;REFB=0;REVB=-0.00247881;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113562;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 2617.76 PASS AF=0.0174419,0.982558;AO=29,142;DP=172;FAO=3,169;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=3,73;FSAR=0,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982996,-0.0206222;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8291,48.6938;QD=60.8781;RBI=0.0320544,0.145609;REFB=0,0;REVB=-0.03051,0.144142;RO=0;SAF=3,72;SAR=26,70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0220399,0.00326898;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0174419,0.982558:29,142:172:3,169:172:0:3,73:0,96:0:0:3:0:3,72:26,70:0:0 chr18 28968959 . C T 1115.54 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239673;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1516;QD=59.4953;RBI=0.0567239;REFB=0;REVB=0.0566732;RO=1;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390545;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:75:1:0:74:75:1:48:26:0:1:49:26:0:0 chr18 28986333 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.235;QD=63.2868;RBI=0.0302568;REFB=0;REVB=-0.00467614;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01224e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr18 28993183 . A G 558.15 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000129302;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2477;QD=60.3407;RBI=0.0118212;REFB=0;REVB=-0.0118205;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212082;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr18 28993501 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.8543;QD=47.8218;RBI=0.0523101;REFB=0;REVB=-0.0326844;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355933;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr18 29055957 . A G 1517.75 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237662;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7784;QD=59.5194;RBI=0.0621679;REFB=0;REVB=0.0574458;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219321;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:101:102:1:46:55:0:0:46:56:0:0 chr18 29122798 . AG A,AA 121.88 PASS AF=0.259259,0.259259;AO=6,9;DP=28;FAO=7,7;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3,6;FSAR=4,1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0242387,-0.0240193;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.862,244.763;QD=18.0563;RBI=0.0521339,0.0510482;REFB=-0.0225744,-0.0189369;REVB=0.0461566,0.0450444;RO=13;SAF=2,7;SAR=4,2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133506,0.519322;STB=0.636016,0.878996;STBP=0.429,0.026;TYPE=del,snp;VARB=0.0242164,0.0192079;OID=.,.;OPOS=29122799,29122799;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0.259259:6,9:28:7,7:27:13:3,6:4,1:3:10:38:13:2,7:4,2:3:10 chr18 29126670 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000981035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.424;QD=23.0883;RBI=0.00755343;REFB=-0.00637951;REVB=0.00748945;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744335;STB=0.541628;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00549758;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:9:9:9:13:9:9 chr18 29339910 . G T 382.37 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.581;QD=54.6245;RBI=0.0297992;REFB=0;REVB=-0.014024;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192533;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr18 29497573 . A G 1552.83 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00796323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.719;QD=62.7405;RBI=0.0112804;REFB=0.0646208;REVB=0.0079897;RO=1;SAF=59;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007972;STB=0.504201;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000220072;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:39:59:1:0:39:59:1:0 chr18 29795076 . T C 1532.74 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00660538;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.297;QD=58.9517;RBI=0.0126419;REFB=0.0341978;REVB=0.010779;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886897;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000152102;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:104:1:1:103:103:0.990385:53:50:0:1:53:50:0:1 chr18 29795101 . T C 1609.41 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.829;QD=60.1649;RBI=0.0631984;REFB=0;REVB=0.0628372;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81857e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:50:53:0:0:54:53:0:0 chr18 30253010 . T C,TC 198.68 PASS AF=0.0192308,0.442308;AO=5,16;DP=56;FAO=1,23;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=1,8;FSAR=0,15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0165613,0.0266042;FXX=0.0188644;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=108.911,104.136;QD=15.2828;RBI=0.0351586,0.0422713;REFB=-0.0127671,-0.0172321;REVB=-0.0310137,-0.0328494;RO=31;SAF=4,5;SAR=1,11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.138613,-0.424226;STB=0.986542,0.67824;STBP=0.49,0.027;TYPE=snp,ins;VARB=0.0258282,0.042158;OID=.,.;OPOS=30253010,30253011;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:52:31:28:5,16:1,23:0.0192308,0.442308:1,11:4,5:22:9:0,15:1,8:19:9 chr18 30349691 . C T 704.93 PASS AF=0.611111;AO=65;DP=107;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.000750407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.007;QD=26.1086;RBI=0.00823325;REFB=-0.00997102;REVB=-0.00819898;RO=41;SAF=21;SAR=44;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908662;STB=0.557603;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00661841;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:41:42:65:66:0.611111:44:21:18:23:45:21:19:23 chr18 30804756 . C T 1007.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8244;QD=59.2441;RBI=0.0432444;REFB=0;REVB=-0.0366444;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000594617;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr18 30846895 . A T 1208.88 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041463;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.933;QD=60.4438;RBI=0.0429433;REFB=0;REVB=0.0111781;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129864;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:72:80:0:0:72:80:1:42:30:0:0:46:34:0:0 chr18 30908047 . A T 87.68 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=10;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0122302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.103;QD=25.0511;RBI=0.0516604;REFB=-0.00469925;REVB=0.0501919;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.590752;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00180053;OID=.;OPOS=30908047;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:14:2:4:5:10:0.714286:0:5:2:0:1:9:4:0 chr18 31320229 . A G 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8466;QD=59.8504;RBI=0.0699786;REFB=0;REVB=0.0662716;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540516;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr18 31324934 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.841;QD=56.9993;RBI=0.0363695;REFB=0;REVB=0.00256278;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125109;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr18 31523144 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG 483.55 PASS AF=0.728972,0.0841121,0.140187;AO=51,13,13;DP=107;FAO=78,9,15;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=17,2,11;FSAR=61,7,4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.136969,-0.071708,-0.0275461;FXX=0.0092584;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=6.02752,9.74,197.641;QD=18.0767;RBI=0.154441,0.0820547,0.0285106;REFB=0.107998,0.0639773,0.00283009;REVB=-0.0713552,-0.0398866,-0.00735307;RO=15;SAF=6,3,11;SAR=45,10,2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.13403,-0.0453036,0.56069;STB=0.51968,0.631339,0.692041;STBP=0.257,0.332,0.007;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0894509,0.00270713,-0.00940812;OID=.,.,.;OPOS=31523145,31523145,31523154;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.728972,0.0841121,0.140187:51,13,13:107:78,9,15:107:5:17,2,11:61,7,4:0:5:82:15:6,3,11:45,10,2:4:11 chr18 32721078 . C T 182.47 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0532434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7228;QD=13.7712;RBI=0.0541045;REFB=-0.040998;REVB=-0.00961434;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202251;STB=0.638185;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0627251;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:31:20:22:0.415094:12:8:7:24:12:10:7:24 chr18 32834095 . T C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-1.33412e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.812;QD=13.5517;RBI=0.012675;REFB=0.00313382;REVB=0.012675;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273874;STB=0.515682;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00192709;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:14:21:15:9:14:21 chr18 32834186 . T G 146.23 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0242756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1937;QD=16.7123;RBI=0.0415683;REFB=0.022528;REVB=0.0337434;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0274888;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:8:11:9:7:8:11 chr18 32889193 . C T 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0326314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.069;QD=10.7384;RBI=0.0369054;REFB=-0.0188022;REVB=-0.0172393;RO=53;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111524;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0197735;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:14:13:25:28:14:13:25:28 chr18 32947616 . A ATTTTAT,T 470.77 PASS AF=0.833333,0.0238095;AO=32,2;DP=43;FAO=35,1;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=16,1;FSAR=19,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0133197,-0.0429354;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=6,1;MLLD=235.636,44.154;QD=44.8351;RBI=0.0173141,0.0460041;REFB=0.0136394,0.0612889;REVB=-0.0110619,-0.0165205;RO=7;SAF=15,1;SAR=17,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0134194,0.0720733;STB=0.506308,0.98873;STBP=0.909,0.486;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00278282,0.0309835;OID=.,.;OPOS=32947617,32947616;OREF=-,A;OALT=TTTTAT,T;OMAPALT=ATTTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:42:7:6:32,2:35,1:0.833333,0.0238095:17,1:15,1:3:4:19,0:16,1:3:3 chr18 33647254 . A C 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.438;QD=56.9945;RBI=0.0245005;REFB=0;REVB=-0.00912087;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0812e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr18 33702162 . G A 228.83 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0607767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.946;QD=15.5141;RBI=0.0631644;REFB=-0.015803;REVB=0.0172027;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842919;STB=0.530281;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0174996;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:32:26:27:0.457627:12:14:13:16:12:15:16:16 chr18 33706614 . C G 1225.34 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340734;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.209;QD=61.2671;RBI=0.0427855;REFB=0;REVB=0.0426496;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108425;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:35:43:0:0:36:44:0:0 chr18 33721325 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00562389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.698;QD=14.7985;RBI=0.00566812;REFB=-0.011991;REVB=-0.000706748;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0344383;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:8:5:3:8:8:5 chr18 33721376 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00757467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.964;QD=11.9536;RBI=0.0241658;REFB=-0.0163886;REVB=-0.022948;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815412;STB=0.548274;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0180755;OID=.;OPOS=33721376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:10:1:1:7:10:1 chr18 33754507 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00748648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5014;QD=14.047;RBI=0.038606;REFB=0.0111229;REVB=0.0378731;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270009;STB=0.656967;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.016198;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:12:17:6:12:12:17 chr18 33779821 . C A 1437.79 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107155;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.81;QD=63.1995;RBI=0.013247;REFB=0;REVB=0.00778848;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94238e-06;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr18 33779855 . C T 1193.05 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491149;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.224;QD=61.1822;RBI=0.0202001;REFB=0;REVB=0.0195939;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45594e-05;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr18 33779896 . A G 1026.91 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.171;QD=59.5308;RBI=0.0316424;REFB=0;REVB=-0.00274782;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51212e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr18 33780020 . A G 588.38 PASS AF=1;AO=30;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4281;QD=58.8377;RBI=0.0624246;REFB=0;REVB=-0.010776;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270794;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:30:40:1:21:9:0:0:21:19:0:0 chr18 33780021 . C G 81.29 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0305415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.9296;QD=8.12898;RBI=0.0763185;REFB=-0.0638398;REVB=-0.069941;RO=29;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666222;STB=0.916304;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0219236;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:29:29:10:11:0.275:1:9:9:20:1:10:9:20 chr18 33785093 . G A 1194.55 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00946375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.193;QD=59.7275;RBI=0.0229129;REFB=-0.092475;REVB=0.0208671;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000271395;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:50:29:0:0:50:29:1:0 chr18 33785185 . A G 638.85 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00368207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.603;QD=59.4281;RBI=0.0141289;REFB=-0.124198;REVB=-0.0136407;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000526903;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:1:0 chr18 33831189 . C A 599.66 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=129;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00139662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.083;QD=18.4509;RBI=0.0103282;REFB=-0.0212249;REVB=-0.0102334;RO=68;SAF=22;SAR=39;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221862;STB=0.51557;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0167246;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:68:68:61:62:0.476923:39:22:26:42:40:22:26:42 chr18 34205551 . C T 855.34 PASS AF=0.442857;AO=93;DP=212;FAO=93;FDP=210;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=77;FWDB=0.0223166;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.29;QD=16.2921;RBI=0.0237388;REFB=-0.0141925;REVB=0.0080934;RO=115;SAF=40;SAR=53;SRF=39;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939758;STB=0.550837;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0262876;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:115:117:93:93:0.442857:53:40:39:76:53:40:40:77 chr18 34378445 . G A 609.37 PASS AF=0.414201;AO=63;DP=162;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0291676;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1799;QD=14.423;RBI=0.0697934;REFB=-0.0137936;REVB=0.0634064;RO=99;SAF=36;SAR=27;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158501;STB=0.552617;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0219594;OID=.;OPOS=34378445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:169:99:99:63:70:0.414201:27:36:42:57:34:36:42:57 chr18 34398883 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.021324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.217;QD=11.6672;RBI=0.043483;REFB=0.00263007;REVB=-0.0378954;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119122;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00725928;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:12:14:9:5:12:14 chr18 39761310 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.789;QD=57.0007;RBI=0.0133515;REFB=0;REVB=0.0129215;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57652e-05;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr18 39761342 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.119;QD=64.1539;RBI=0.0374239;REFB=0;REVB=-0.00287876;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015591;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr18 40323497 . G T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00918531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.647;QD=12.73;RBI=0.0138231;REFB=-0.0100641;REVB=-0.01033;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.682485;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0192038;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:6:6:2:7:6:6 chr18 40554120 . A G 605.46 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00501916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.596;QD=20.6996;RBI=0.0100533;REFB=-0.0128814;REVB=0.00871069;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113334;STB=0.553138;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0105869;OID=.;OPOS=40554120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:56:60:61:0.521368:34:26:32:25:34:27:31:25 chr18 40613840 . A G 71.15 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.000369914;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.0357;QD=16.7407;RBI=0.107085;REFB=0.0308274;REVB=-0.107084;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0244875;OID=.;OPOS=40613840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:5:8:7:9:0.529412:6:1:3:2:7:2:5:3 chr18 42456653 . G A 214.6 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0498948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.569;QD=15.3287;RBI=0.0515552;REFB=-0.0177867;REVB=0.0129788;RO=31;SAF=1;SAR=23;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531913;STB=0.714067;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0190208;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:23:1:8:23:23:2:8:23 chr18 42456670 . C CTCTT,T 255.74 PASS AF=0.396552,0.103448;AO=22,6;DP=59;FAO=23,6;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0;FSAR=21,6;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0499679,0.0276694;FXX=0.0169463;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=239.237,80.2037;QD=17.6372;RBI=0.0501399,0.0352935;REFB=-0.00304536,0.0112428;REVB=0.00414987,0.0219097;RO=31;SAF=2,0;SAR=20,6;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.291193,-0.599711;STB=0.68707,0.997339;STBP=0.098,0.096;TYPE=ins,snp;VARB=0.0114873,0.0353028;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:29:22,6:23,6:0.396552,0.103448:20,6:2,0:7:24:21,6:2,0:7:22 chr18 42532606 . G A 444.94 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0183614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.36;QD=17.9772;RBI=0.0186417;REFB=-0.00456089;REVB=-0.0032209;RO=53;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763226;STB=0.53046;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00587783;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:44:45:0.454545:25:19:27:26:25:20:27:27 chr18 42533130 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.243;QD=58.4196;RBI=0.0129124;REFB=0;REVB=0.0111438;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18554e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:45:18:0:0:45:18:0:0 chr18 43206985 . A G 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000542245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.317;QD=62.8648;RBI=0.0168865;REFB=0;REVB=-0.0168778;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81312e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:66:69:0:0:66:69:0:0 chr18 43307246 . C T 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.281;QD=59.3189;RBI=0.0164805;REFB=0;REVB=0.0106861;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3701e-05;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr18 43307338 . C A 991.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.481;QD=59.2061;RBI=0.0495405;REFB=0;REVB=0.0388584;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136871;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:35:32:0:0 chr18 43316538 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.395;QD=62.671;RBI=0.0470434;REFB=0;REVB=0.0324492;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234464;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr18 43319519 . G A 1044.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0675;QD=59.6676;RBI=0.0142944;REFB=0;REVB=-0.0139372;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123998;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr18 43416974 . T A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0150086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.655;QD=16.2791;RBI=0.0184457;REFB=0.000844119;REVB=-0.0107232;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112381;STB=0.563335;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00108795;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:15:18:12:16:15:18 chr18 43419003 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.004522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5976;QD=10.1733;RBI=0.0208791;REFB=0.0067139;REVB=-0.0203835;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46249;STB=0.764161;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0117349;OID=.;OPOS=43419003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:0:9:4:2:0:9 chr18 43420177 . G A 363.68 PASS AF=0.625;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00262955;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.835;QD=25.9768;RBI=0.00525072;REFB=-0.0430367;REVB=-0.00454484;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334705;STB=0.518314;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0232238;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:21:21:35:35:0.625:15:20:13:8:15:20:13:8 chr18 43497710 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0104951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.527;QD=19.9759;RBI=0.0194481;REFB=0.00581929;REVB=0.0163732;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227773;STB=0.598913;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00378349;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:20:20:20:0.5:11:9:5:7:11:9:13:7 chr18 43534824 . T C 280.17 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00382587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4246;QD=16.7267;RBI=0.00963588;REFB=-0.011829;REVB=-0.00884381;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13661;STB=0.576835;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0116268;OID=.;OPOS=43534824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:19:12:19:17:19:12:19:17 chr18 43563677 . T C 236.53 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0430489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.345;QD=15.7688;RBI=0.0451763;REFB=-0.0112764;REVB=0.0137;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115124;STB=0.565168;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0121147;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:17:10:16:17:17:10:16:17 chr18 43565380 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0108091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.795;QD=15.6192;RBI=0.0194009;REFB=-0.00319192;REVB=-0.0161108;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298632;STB=0.672825;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00372034;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:14:11:13:5:14:11 chr18 43565399 . C A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00517506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.283;QD=13.336;RBI=0.0122452;REFB=0.00219501;REVB=-0.011098;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343714;STB=0.70185;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00499384;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:14:10:11:4:14:10 chr18 43568717 . T C 177.11 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00037983;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.133;QD=20.2415;RBI=0.00611669;REFB=0.00905442;REVB=0.00610488;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00793443;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:8:9:8:10:8:9 chr18 43671690 . A G 97.7 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0132796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.962;QD=13.4761;RBI=0.0139515;REFB=-0.0130921;REVB=0.00427767;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848265;STB=0.549915;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0257328;OID=.;OPOS=43671690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:7:10:8:4:7:10 chr18 43701587 . G A 173.16 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.343;QD=46.1758;RBI=0.0374565;REFB=0;REVB=0.0364109;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811947;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr18 43833701 . T TCTG 956.92 PASS AF=0.907895;AO=69;DP=76;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0109276;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.217;QD=50.3641;RBI=0.0112961;REFB=-0.0726684;REVB=0.00286166;RO=7;SAF=28;SAR=41;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104594;STB=0.555539;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.00513024;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907895:69:76:69:76:7:28:41:7:0:28:7:28:41:7:0 chr18 43843736 . T G 347.8 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2284;QD=51.5259;RBI=0.0507807;REFB=-0.163378;REVB=-0.00125639;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0114049;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr18 44040559 . G A 97.32 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00665676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.272;QD=12.9754;RBI=0.00776057;REFB=-0.00865689;REVB=-0.00398924;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147429;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0067594;OID=.;OPOS=44040559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:11:6:6:6:12:6 chr18 44040660 . T C 220.41 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0231807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4643;QD=24.4896;RBI=0.0295159;REFB=0.00127855;REVB=0.0182713;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253328;STB=0.641372;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000887378;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:5:10:7:14:5:10 chr18 44063598 . G A 758.45 PASS AF=0.437838;AO=81;DP=184;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0265144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1187;QD=16.3989;RBI=0.0355672;REFB=-0.0185755;REVB=0.0237069;RO=102;SAF=32;SAR=49;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874909;STB=0.543911;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0168569;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:102:104:81:81:0.437838:49:32:49:53:49:32:49:55 chr18 44135143 . T C 298.82 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0102919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.585;QD=11.8343;RBI=0.0103471;REFB=-0.00782068;REVB=-0.0010678;RO=64;SAF=19;SAR=17;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213785;STB=0.506898;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0160174;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:65:36:36:0.356436:17:19:35:29:17:19:35:30 chr18 44146287 . G A 312.66 PASS AF=0.37;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0062827;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2047;QD=12.5064;RBI=0.00780711;REFB=-0.0109458;REVB=0.00463452;RO=63;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165261;STB=0.594543;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0224652;OID=.;OPOS=44146287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:63:63:37:37:0.37:15:22:28:35:15:22:28:35 chr18 44560300 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2036;QD=53.2771;RBI=0.0976494;REFB=0;REVB=-0.0961612;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298559;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr18 44560429 . C A 670.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.19;QD=62.3268;RBI=0.046815;REFB=0;REVB=0.04538;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206103;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr18 44560875 . C A 1264.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.626;QD=61.6946;RBI=0.0172447;REFB=0;REVB=0.00759736;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95545e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:51:30:0:0:52:30:0:0 chr18 44561100 . C G 272.31 PASS AF=0.916667;AO=23;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0593948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1142;QD=45.3854;RBI=0.0616121;REFB=0.00831747;REVB=0.0163802;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.538427;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00449847;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:23:22:0.916667:13:10:0:1:12:10:0:2 chr18 44561795 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.701;QD=53.9112;RBI=0.0518906;REFB=0;REVB=-0.0234839;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249541;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr18 44585943 . C G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00101501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.798;QD=22.5344;RBI=0.0157536;REFB=-0.00167459;REVB=0.0157209;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990445;STB=0.555497;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00468558;OID=.;OPOS=44585943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:9:6:10:9:9:6 chr18 44585955 . G A 146.65 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0620387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.557;QD=16.7598;RBI=0.0620481;REFB=0.00651454;REVB=-0.00108304;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.583835;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00594702;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:6:9:9:10:6:10:9:10 chr18 44610718 . T C 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00631836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.854;QD=11.6769;RBI=0.0134365;REFB=-0.011623;REVB=-0.0118583;RO=48;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665616;STB=0.538433;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0190816;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:13:14:22:26:13:14:22:26 chr18 44626630 . T G 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0231906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.874;QD=15.3052;RBI=0.0235732;REFB=-0.0218829;REVB=0.00422994;RO=39;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264704;STB=0.65108;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0236002;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:23:7:18:21:23:7:18:21 chr18 45555829 . T C 1175.77 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000265649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9356;QD=59.5328;RBI=0.0576903;REFB=-0.0140849;REVB=-0.0576897;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000291644;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:37:41:0:1:37:41:0:1 chr18 45566276 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00760508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.47;QD=17.4274;RBI=0.00842808;REFB=-0.0209001;REVB=-0.00363253;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0273744;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:13:10:8:11:13:10 chr18 45696158 . G A 72.66 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0122755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.944;QD=8.30346;RBI=0.0123701;REFB=-0.0110251;REVB=-0.00152711;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407829;STB=0.711446;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0173688;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:35:25:25:8:10:0.285714:6:2:15:10:7:3:15:10 chr18 45696204 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00572606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.989;QD=10.1405;RBI=0.01181;REFB=-0.0072601;REVB=-0.010329;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927648;STB=0.555897;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.010719;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:13:15:8:5:13:15 chr18 45696256 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00902674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.559;QD=9.47554;RBI=0.0180894;REFB=0.011319;REVB=-0.0156762;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861957;STB=0.552525;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0215728;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:11:10:4:6:11:10 chr18 46001932 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.227;QD=58.2396;RBI=0.0202011;REFB=0;REVB=0.0196937;RO=0;SAF=55;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59847e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:7:55:0:0:7:55:0:0 chr18 46163049 . C T 666.91 PASS AF=0.37561;AO=28;DP=208;FAO=77;FDP=205;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0170347;FXX=0.0191378;HRUN=7;LEN=1;MLLD=218.233;QD=13.0128;RBI=0.0192396;REFB=-0.0399475;REVB=0.00894305;RO=81;SAF=17;SAR=11;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806965;STB=0.569831;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0311798;OID=.;OPOS=46163049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:205:81:111:28:77:0.37561:11:17:44:37:49:28:53:58 chr18 46284587 . T C 1428.08 PASS AF=0.989362;AO=89;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00785642;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0324;QD=60.7693;RBI=0.0176236;REFB=-0.145077;REVB=0.0157755;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0042863;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:89:93:0.989362:42:47:0:1:45:48:0:1 chr18 46343666 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00487813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9776;QD=10.3788;RBI=0.041606;REFB=-0.0127417;REVB=-0.041319;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625012;STB=0.879862;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0176748;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:11:5:8:1:11:5 chr18 46474746 . C T 224.85 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0182476;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.812;QD=21.9363;RBI=0.0231231;REFB=-0.0367742;REVB=0.0142023;RO=18;SAF=17;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106976;STB=0.523055;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0295006;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:18:19:21:22:0.536585:4:17:13:5:5:17:14:5 chr18 46545924 . A G 1181.66 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0894597;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.207;QD=59.8309;RBI=0.08953;REFB=0.0292486;REVB=-0.00354828;RO=1;SAF=5;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644162;STB=0.5034;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000540678;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:73:5:0:1:73:5:0:1 chr18 47013723 . A T 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00525273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.336;QD=14.5963;RBI=0.00720685;REFB=-0.0139688;REVB=0.00493432;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238338;STB=0.5229;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.023171;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:53:36:36:0.404494:17:19:27:22:17:19:30:23 chr18 47014953 . G GTGT 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00115499;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.19;QD=5.95778;RBI=0.0232628;REFB=-0.00343568;REVB=0.0232341;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370753;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=ins;VARB=0.0525649;OID=.;OPOS=47014954;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:24:6:24:18:5:1:10:8:35:18:5:1:10:8 chr18 47017820 . A G 591.32 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=125;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0585723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8278;QD=18.1943;RBI=0.0646355;REFB=-0.0259022;REVB=-0.027332;RO=64;SAF=36;SAR=25;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127673;STB=0.574337;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0250134;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:64:68:61:62:0.476923:25:36:29:35:25:37:31:37 chr18 47352639 . A C 66.22 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00157014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.335;QD=2.97599;RBI=0.00584821;REFB=-0.000174168;REVB=-0.00563349;RO=75;SAF=6;SAR=7;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396156;STB=0.532821;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000678368;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:75:76:13:13:0.146067:7:6:37:38:7:6:38:38 chr18 47352677 . A C 84.22 PASS AF=0.215385;AO=13;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0291107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.665;QD=5.18283;RBI=0.0308991;REFB=-0.00267339;REVB=0.0103595;RO=50;SAF=7;SAR=6;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229337;STB=0.523044;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0348963;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:65:65:50:51:13:14:0.215385:6:7:26:24:7:7:27:24 chr18 47369757 . TC T,TT 1457.93 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=10,82;DP=94;FAO=3,90;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=1,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109783,0.0375206;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.654,171.566;QD=62.7065;RBI=0.011009,0.0375211;REFB=0,0;REVB=0.000821567,-0.000191915;RO=0;SAF=9,26;SAR=1,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0354696,0.000243369;OID=.,.;OPOS=47369758,47369758;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:10,82:94:3,90:93:0:2,33:1,57:0:0:5:0:9,26:1,56:0:0 chr18 47383243 . C T 800.4 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0536413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6619;QD=54.2642;RBI=0.0905929;REFB=-0.0850025;REVB=0.0730047;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900834;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00446872;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:2:1:57:58:0.983051:21:36:1:1:21:37:0:1 chr18 47500836 . G A 1216.17 PASS AF=0.560606;AO=110;DP=197;FAO=111;FDP=198;FR=.;FRO=87;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00191213;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.884;QD=24.569;RBI=0.0140442;REFB=-0.0178125;REVB=0.0139135;RO=86;SAF=58;SAR=52;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344435;STB=0.517944;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0146532;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:86:87:110:111:0.560606:52:58:49:37:53:58:49:38 chr18 47563299 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00558932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7476;QD=58.2425;RBI=0.00573552;REFB=-0.0096183;REVB=-0.00128672;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00040054;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr18 47795629 . C A 1245.93 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7633;QD=61.5274;RBI=0.0368717;REFB=0;REVB=-0.00942618;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160466;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr18 47801800 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00330871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8566;QD=8.40167;RBI=0.00402181;REFB=-0.0133735;REVB=-0.00228635;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.615148;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0291529;OID=.;OPOS=47801800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:15:6:4:5:15:6 chr18 47803354 . C T 442.02 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00126767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.84;QD=21.302;RBI=0.0202009;REFB=-0.0176722;REVB=-0.0201611;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430801;STB=0.506021;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0107327;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:43:44:0.53012:22:21:21:18:22:22:20:19 chr18 47809871 . G T 170.11 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0147767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4596;QD=17.0112;RBI=0.0539029;REFB=-0.0234716;REVB=-0.051838;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131387;STB=0.574919;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0163069;OID=.;OPOS=47809871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:8:14:9:9:8:14 chr18 47810251 . C G 467.41 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00977496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.408;QD=20.1034;RBI=0.0147445;REFB=-0.035462;REVB=0.0110386;RO=47;SAF=16;SAR=30;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555067;STB=0.530826;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0308343;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:30:16:19:28:30:16:19:28 chr18 47810351 . A G 1205.35 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.569;QD=61.0306;RBI=0.0702318;REFB=0;REVB=0.0588444;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171849;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:43:30:0:0:48:31:0:0 chr18 47908556 . G A 474.05 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.000856097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.271;QD=21.3054;RBI=0.00819725;REFB=0.00554814;REVB=-0.00815243;RO=43;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137514;STB=0.506364;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00610209;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:43:45:46:0.516854:24:21:20:23:24:22:20:23 chr18 48190412 . C T 1083.66 PASS AF=0.530928;AO=101;DP=192;FAO=103;FDP=194;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0269596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.533;QD=22.3436;RBI=0.0281327;REFB=0.00267151;REVB=0.00803931;RO=87;SAF=51;SAR=50;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674593;STB=0.535133;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00195432;OID=.;OPOS=48190412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:87:91:101:103:0.530928:50:51:37:50:50:53:40:51 chr18 48190440 . G A 855.85 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=190;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.00691657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5851;QD=18.0179;RBI=0.0197281;REFB=-0.0295416;REVB=0.0184759;RO=102;SAF=36;SAR=52;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127058;STB=0.570379;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.041198;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:102:102:88:88:0.463158:52:36:55:47:52:36:55:47 chr18 48333203 . C G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00251335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.832;QD=10.3431;RBI=0.0120547;REFB=-0.0152081;REVB=0.0117898;RO=41;SAF=6;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318212;STB=0.687021;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0211286;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:15:6:23:18:15:6:23:18 chr18 48346024 . G T 513.87 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0587511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3083;QD=14.3741;RBI=0.0698356;REFB=-0.00232138;REVB=0.0377536;RO=86;SAF=23;SAR=34;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671453;STB=0.537907;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00325237;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:86:57:57:0.398601:34:23:40:46:34:23:40:46 chr18 48458662 . G A 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00211202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.318;QD=15.4435;RBI=0.0031343;REFB=-0.00276917;REVB=-0.00231585;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104241;STB=0.558792;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00411777;OID=.;OPOS=48458662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:18:19:21:30:18:19:21:30 chr18 48723217 . C T 392.52 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.917;QD=50.6478;RBI=0.0365668;REFB=-0.239444;REVB=0.0295521;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00346425;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:14:15:0:1:14:15:1:1 chr18 49088605 . GT G 134.11 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0770214;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5637;QD=5.89491;RBI=0.16905;REFB=-0.0404116;REVB=-0.150485;RO=53;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291635;STB=0.722126;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0504274;OID=.;OPOS=49088606;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373626:33:91:34:91:57:25:9:22:35:99:53:22:11:21:32 chr18 49867224 . T C 3116.41 PASS AF=0.990291;AO=204;DP=207;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0247254;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.972;QD=60.5128;RBI=0.0254747;REFB=-0.0810253;REVB=0.0061329;RO=2;SAF=75;SAR=129;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263021;STB=0.501381;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000769371;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:207:206:2:2:204:204:0.990291:129:75:1:1:129:75:1:1 chr18 50432602 . C G 888.33 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1606;QD=56.4019;RBI=0.0350949;REFB=-0.00589325;REVB=0.0262664;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000865333;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:34:28:1:0:34:28:1:0 chr18 51795957 . GCGA G,GCGG 606.58 PASS AF=0.414966,0.0408163;AO=42,8;DP=148;FAO=61,6;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=26,1;FSAR=35,5;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0307509,-0.0312757;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=213.073,94.2287;QD=16.5056;RBI=0.0342048,0.0314466;REFB=-0.0309275,-0.0196672;REVB=0.0149782,-0.00327385;RO=67;SAF=21,1;SAR=21,7;SRF=35;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.024202,-0.474549;STB=0.54224,0.818904;STBP=0.382,0.159;TYPE=del,snp;VARB=0.0391078,0.0670395;OID=.,.;OPOS=51795958,51795960;OREF=CGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414966,0.0408163:42,8:148:61,6:147:80:26,1:35,5:40:40:99:67:21,1:21,7:35:32 chr18 51820805 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0157511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.795;QD=22.9576;RBI=0.0157657;REFB=-0.0115026;REVB=0.000679206;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243896;STB=0.638112;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00428061;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:5:6:4:12:5:6 chr18 52265308 . A C 311.9 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0434652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6501;QD=14.1771;RBI=0.0611579;REFB=0.0010303;REVB=0.043024;RO=53;SAF=15;SAR=20;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261049;STB=0.647539;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00153865;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:20:15:36:17:20:15:36:17 chr18 52570281 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.138;QD=53.2772;RBI=0.0366527;REFB=0;REVB=0.0343964;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165991;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr18 52570345 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.558;QD=57.6807;RBI=0.024144;REFB=0;REVB=-0.00268905;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81197e-05;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr18 52609945 . C T 441.01 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0233868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.759;QD=22.3298;RBI=0.0254133;REFB=0.00252777;REVB=0.00994464;RO=36;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176831;STB=0.597704;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00199519;OID=.;OPOS=52609945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:29:14:19:17:29:14:19:17 chr18 52889967 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0111984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.358;QD=14.5589;RBI=0.0115711;REFB=0.00222624;REVB=-0.00291314;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121109;STB=0.568847;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0027322;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:16:19:11:15:16:19 chr18 52895531 . T C 398.72 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000550985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.104;QD=26.5815;RBI=0.0108749;REFB=-0.00434431;REVB=0.0108609;RO=22;SAF=11;SAR=27;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189696;STB=0.604028;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0015717;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:27:11:12:10:27:11:12:10 chr18 53070914 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.706;QD=63.5829;RBI=0.0166293;REFB=0;REVB=-0.016505;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37368e-05;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr18 53177774 . G C 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00306612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9291;QD=9.18813;RBI=0.0301785;REFB=-0.0268892;REVB=-0.0300223;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252878;STB=0.65544;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0547533;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:12:13:8:3:12:13 chr18 53303101 . C G 1617.92 PASS AF=1;AO=63;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.342;QD=61.0538;RBI=0.134372;REFB=0;REVB=0.134346;RO=0;SAF=53;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87395e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185149;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:63:106:1:10:53:0:0:53:53:0:0 chr18 54339818 . C G 1459.84 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0140487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0057;QD=58.9836;RBI=0.0143307;REFB=-0.0262098;REVB=0.00282916;RO=3;SAF=34;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193667;STB=0.517064;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0070714;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:3:4:95:95:0.959596:61:34:2:1:61:34:3:1 chr18 54448778 . G A 1380.8 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181039;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.321;QD=62.7638;RBI=0.0293009;REFB=0;REVB=0.023039;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57912e-05;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr18 54815025 . G T 714.55 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0048923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.966;QD=60.8131;RBI=0.00847588;REFB=-0.0964833;REVB=-0.00692141;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-7.50223e-05;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr18 54951861 . G A 77.68 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0332169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2175;QD=14.1241;RBI=0.0525942;REFB=-0.0289526;REVB=-0.0407773;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.617401;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0436978;OID=.;OPOS=54951861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:6:6:3:7:6:6 chr18 55021725 . A C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0218331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.998;QD=18.6206;RBI=0.022238;REFB=-0.00795972;REVB=0.00422431;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107582;STB=0.565922;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00875151;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:36:37:0.486842:18:18:15:24:18:19:15:24 chr18 55027334 . G T 247.1 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0165536;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7941;QD=17.9706;RBI=0.025737;REFB=-0.0395225;REVB=0.0197072;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094273;STB=0.545421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0219592;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:28:27:27:0.490909:15:12:10:19:15:12:10:18 chr18 55034359 . T C 378.54 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00801353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.399;QD=16.4581;RBI=0.00809243;REFB=0.000175965;REVB=0.00112734;RO=52;SAF=16;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102166;STB=0.557493;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000236292;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:24:16:26:26:24:16:26:26 chr18 55124087 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0112155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.013;QD=21.7444;RBI=0.0228532;REFB=-0.00833367;REVB=0.0199118;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.671425;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.011601;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:9:2:9:6:9:2 chr18 55143766 . C T 404.63 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0404663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.731;QD=22.4796;RBI=0.0405237;REFB=0.00051396;REVB=0.00215523;RO=32;SAF=27;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151016;STB=0.583414;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-8.49213e-05;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:13:27:16:16:13:27:16:16 chr18 55144035 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.004191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.589;QD=23.6751;RBI=0.0416436;REFB=-0.00459001;REVB=-0.0414322;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704467;STB=0.503933;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0027404;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:9:7:9:12:9:7 chr18 55144045 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00907736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7102;QD=24.2458;RBI=0.114795;REFB=0.0013311;REVB=-0.114436;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482616;STB=0.52686;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00225007;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:10:10:11:14:10:10 chr18 55144748 . G A 563.79 PASS AF=0.53271;AO=56;DP=106;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00192091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.084;QD=21.0764;RBI=0.00316651;REFB=-0.00110327;REVB=0.00251732;RO=50;SAF=22;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115863;STB=0.502943;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000927752;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:50:56:57:0.53271:34:22:19:31:35:22:19:31 chr18 55145575 . C G 695.76 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00929018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3482;QD=60.5008;RBI=0.0214471;REFB=-0.106471;REVB=0.0193305;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00357987;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:24:21:0:0:24:21:0:1 chr18 55145765 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.558;QD=53.9112;RBI=0.0116907;REFB=0;REVB=0.0108765;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20055e-05;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr18 55145906 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.439;QD=61.6839;RBI=0.0373032;REFB=0;REVB=0.0270155;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10584e-05;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr18 55146261 . G A 1521.68 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.244;QD=61.4819;RBI=0.0222553;REFB=-0.033888;REVB=0.00454751;RO=2;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000197454;STB=0.500104;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000642941;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:49:48:1:1:49:48:1:1 chr18 55150271 . A C 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022783;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.427;QD=60.998;RBI=0.0593781;REFB=0;REVB=0.0548333;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592585;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr18 55151334 . G A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.925;QD=62.6651;RBI=0.00713485;REFB=0;REVB=-0.00468225;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14203e-05;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr18 55153371 . T C 360.05 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.024;QD=51.4359;RBI=0.0141888;REFB=0.0451024;REVB=0.00408989;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.513504;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00341233;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:17:9:0:1:18:9:0:1 chr18 55155489 . A G 1491.49 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.408;QD=63.4676;RBI=0.0159499;REFB=0;REVB=-0.00673499;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84124e-06;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr18 55155711 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.519;QD=64.4153;RBI=0.0246786;REFB=0;REVB=0.000578302;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78814e-05;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr18 55155870 . G A 1156.77 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495862;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8897;QD=60.8828;RBI=0.0508539;REFB=0;REVB=0.011284;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523984;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 542.39 PASS AF=0.8;AO=37;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00395965;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=312.295;QD=43.3908;RBI=0.00539393;REFB=-0.030511;REVB=0.00366274;RO=10;SAF=9;SAR=28;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799836;STB=0.530472;STBP=0.415;TYPE=ins;VARB=0.00749579;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:37:50:40:50:10:11:29:4:6:67:10:9:28:4:6 chr18 55221648 . T C 2319.99 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106289;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.116;QD=63.9998;RBI=0.00853556;REFB=0;REVB=0.00846912;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51659e-05;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:145:145:1:67:78:0:0:67:78:0:0 chr18 55226383 . G C 891.28 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253449;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8753;QD=58.4445;RBI=0.0304225;REFB=0;REVB=0.0168275;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358741;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:18:42:0:0:18:43:0:0 chr18 55314820 . C A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.428;QD=60.0288;RBI=0.043375;REFB=0;REVB=0.036507;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96472e-05;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr18 55317675 . G GT 412.69 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474315;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.3246;QD=43.4414;RBI=0.112272;REFB=-0.0076699;REVB=0.112172;RO=32;SAF=3;SAR=1;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00768422;OID=.;OPOS=55317676;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:38:38:38:0:23:15:0:0:3:32:3:1:20:12 chr18 55317676 . C T 522.92 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00534647;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.74;QD=56.5321;RBI=0.0498998;REFB=-0.113962;REVB=0.0496125;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00376347;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:37:1:1:34:36:0.972973:11:23:0:1:13:23:0:1 chr18 55335366 . G T 115.91 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00281195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4102;QD=21.0748;RBI=0.0816845;REFB=-0.00154853;REVB=0.0816361;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.525508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00308453;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:7:5:4:5:8:5:4:5 chr18 55346232 . A G 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7819;QD=39.3189;RBI=0.0347211;REFB=-0.0986573;REVB=-0.0218928;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0082892;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr18 55362532 . T G 1553.95 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.338;QD=59.7672;RBI=0.0478164;REFB=0;REVB=0.0215485;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88413e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:55:47:0:0:55:49:0:0 chr18 55364852 . A G 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.534;QD=61.773;RBI=0.0186685;REFB=0;REVB=0.00607241;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73335e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:61:63:0:0:61:63:0:0 chr18 55816791 . G A 430.23 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.00659171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.686;QD=13.1367;RBI=0.0215242;REFB=0.0147884;REVB=0.02049;RO=80;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937188;STB=0.547866;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.024197;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:81:50:50:0.381679:29:21:27:53:29:21:28:53 chr18 56064177 . GTTTTTTTG GGTTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT 54.47 PASS AF=0,0.229508,0.0819672;AO=5,11,5;DP=64;FAO=0,14,5;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=0,6,5;FSAR=0,8,0;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.035493,0.138522,0.0914977;FXX=0.0757461;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=14.901,8.85715,19.4069;QD=3.57192;RBI=0.0795907,0.211241,0.141905;REFB=-0.095484,-0.0980991,-0.0324933;REVB=0.0712385,-0.159482,-0.108467;RO=34;SAF=2,4,5;SAR=3,7,0;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.181609,-0.233327,0.613216;STB=0.5,0.571327,0.99771;STBP=1,0.557,0.019;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.123874,0.0735378;OID=.,.,.;OPOS=56064178,56064178,56064184;OREF=T,T,TG;OALT=G,-,GT;OMAPALT=GGTTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.229508,0.0819672:5,11,5:64:0,14,5:61:42:0,6,5:0,8,0:22:20:40:34:2,4,5:3,7,0:19:15 chr18 56148796 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.652;QD=43.4861;RBI=0.0335383;REFB=0;REVB=-0.00766337;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253502;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr18 56149099 . T C 1584.18 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.1;QD=59.2217;RBI=0.0428801;REFB=0;REVB=0.0124053;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135098;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:107:0:0:105:107:1:60:45:0:0:61:46:0:0 chr18 56202418 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.983;QD=51.1843;RBI=0.0432479;REFB=0;REVB=0.0374825;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581915;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr18 56202982 . A T 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0063941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.419;QD=14.1673;RBI=0.0149138;REFB=-0.010623;REVB=0.0134736;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249911;STB=0.644696;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0139242;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:17:16:12:36:17:16:12:37 chr18 56203411 . G C 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00683598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.371;QD=17.3239;RBI=0.0205955;REFB=-0.0334132;REVB=-0.0194279;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166352;STB=0.604294;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0397876;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:9:11:9:15:9:11:9:16 chr18 56203447 . A G 192.12 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0109347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.115;QD=15.0686;RBI=0.0205191;REFB=-0.0201421;REVB=0.0173627;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174312;STB=0.608596;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0403487;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:21:22:0.431373:8:13:13:16:8:14:13:16 chr18 56203891 . G T 106.26 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0201467;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.978;QD=10.8989;RBI=0.0222944;REFB=-0.0288324;REVB=-0.00954739;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262225;STB=0.658287;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.041391;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:26:13:13:0.333333:9:4:13:11:9:4:14:12 chr18 56203898 . T G 105.42 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00512583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.471;QD=11.3972;RBI=0.00557961;REFB=-0.0137464;REVB=0.00220406;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191176;STB=0.576152;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0217514;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:8:4:12:12:8:5:12:12 chr18 56204250 . A C 305.06 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00380917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3456;QD=15.0648;RBI=0.0147224;REFB=-0.00101355;REVB=-0.0142211;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628276;STB=0.535538;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000974582;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:16:18:22:25:16:18:22:25 chr18 56204644 . T G 295.27 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00217357;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.268;QD=22.2845;RBI=0.0181011;REFB=-0.0493302;REVB=0.0179701;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0320989;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:23:30:30:0.566038:15:15:12:12:15:15:11:12 chr18 56204747 . G A 319.28 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00610443;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.287;QD=15.5745;RBI=0.0106385;REFB=-0.00324527;REVB=-0.00871283;RO=47;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838236;STB=0.547341;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00317089;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:47:35:35:0.426829:15:20:23:24:15:20:23:24 chr18 56279025 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.085;QD=60.9786;RBI=0.0080736;REFB=0;REVB=-0.00209632;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77424e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr18 56470255 . G C 152.32 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0962426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4717;QD=40.6174;RBI=0.0962608;REFB=-0.0227064;REVB=0.0018692;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.571319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00194687;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:1:0:11:3:1:0 chr18 56470264 . T TGG 70.64 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.028777;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=36.0148;QD=16.6208;RBI=0.0861683;REFB=-1.11991e-05;REVB=0.081221;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=ins;VARB=0.0120451;OID=.;OPOS=56470265;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:18:9:17:8:3:6:3:5:59:9:3:5:3:6 chr18 56587802 . A C 185.69 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0106215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.515;QD=19.0447;RBI=0.0291606;REFB=0.00271075;REVB=-0.0271574;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721724;STB=0.54094;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00337628;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:10:10:8:11:10:10 chr18 56593521 . T G 671.22 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0467417;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6154;QD=58.3667;RBI=0.0492767;REFB=-0.148444;REVB=0.0156014;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529398;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00632414;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:44:44:0.956522:28:16:0:0:28:16:2:0 chr18 56887507 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.897;QD=60.6099;RBI=0.0382889;REFB=0;REVB=0.0167754;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336641;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr18 57000469 . T A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.028448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.28;QD=17.3254;RBI=0.029688;REFB=-0.00196025;REVB=0.00849072;RO=25;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511947;STB=0.792496;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00245543;OID=.;OPOS=57000469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:4:16:7:18:4:16:7:18 chr18 57570528 . G A 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0135715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.676;QD=15.6175;RBI=0.0136347;REFB=-0.0028052;REVB=0.00131121;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103606;STB=0.558437;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00428908;OID=.;OPOS=57570528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:15:18:19:24:15:18:19:24 chr18 57640254 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0233041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.495;QD=21.0649;RBI=0.0236091;REFB=-0.0144291;REVB=0.00378249;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741341;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0127295;OID=.;OPOS=57640254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:13:11:13:11:13:11 chr18 57640352 . C CAA 175.58 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00681206;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.5097;QD=14.632;RBI=0.0406024;REFB=0.0154108;REVB=0.0400269;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082488;STB=0.579768;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=-0.0152878;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:24:56:25:48:23:15:10:10:13:99:30:14:10:15:15 chr18 59166541 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00901947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.416;QD=12.2757;RBI=0.0104338;REFB=-0.00770197;REVB=0.00524537;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326489;STB=0.519208;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00872736;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:16:16:9:8:16:16 chr18 59170304 . C G 943.12 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00919376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.668;QD=57.159;RBI=0.00934461;REFB=-0.147184;REVB=0.00167233;RO=1;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101608;STB=0.505375;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0012066;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:46:19:0:1:46:19:0:1 chr18 59780392 . AT A,AA 528.32 PASS AF=0.194444,0.805556;AO=8,26;DP=35;FAO=7,29;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=6,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709027,0.0664295;FXX=0.099975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.491,258.556;QD=58.7022;RBI=0.0809499,0.0787375;REFB=0,0;REVB=0.03906,0.0422695;RO=0;SAF=1,10;SAR=7,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0173212,0.00458199;OID=.,.;OPOS=59780393,59780393;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.194444,0.805556:8,26:35:7,29:36:0:1,11:6,18:0:0:31:0:1,10:7,16:0:0 chr18 59805532 . T C 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1709;QD=60.8815;RBI=0.0437616;REFB=0;REVB=0.0427421;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495638;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr18 59814324 . G C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.859;QD=62.4647;RBI=0.0200047;REFB=0;REVB=-0.0137993;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29312e-06;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr18 60027241 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.098;QD=62.3146;RBI=0.0104888;REFB=0;REVB=0.00738858;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8474e-05;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr18 60036083 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2582;QD=57.6806;RBI=0.0561255;REFB=0;REVB=0.042673;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105786;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr18 60111488 . G A 157.68 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.012563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3518;QD=16.5977;RBI=0.026473;REFB=-0.016743;REVB=-0.0233022;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631391;STB=0.536235;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0190891;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:10:11:10:7:10:11 chr18 60191428 . G A 144.19 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4998;QD=44.3662;RBI=0.168681;REFB=0;REVB=0.166607;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104364;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr18 60237388 . A G 1134.95 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5149;QD=60.5305;RBI=0.0304164;REFB=0;REVB=0.0300836;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241298;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:51:24:0:0:51:24:0:0 chr18 60241732 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.343;QD=55.0986;RBI=0.0398289;REFB=0;REVB=0.0376244;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337548;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr18 60244856 . A G 2566.25 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.554;QD=61.8374;RBI=0.0308003;REFB=0;REVB=0.0300612;RO=0;SAF=92;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39251e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:74:92:0:0:74:92:0:0 chr18 60562298 . A T 453.66 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0250599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.94;QD=19.7244;RBI=0.0268891;REFB=-0.0114158;REVB=-0.00974799;RO=46;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797486;STB=0.508768;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00694512;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:28:17:17:29:28:17:17:30 chr18 60985600 . G A 57.92 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0718023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.16;QD=12.8703;RBI=0.0720759;REFB=-0.0792659;REVB=0.00627457;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3708;STB=0.728476;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0375589;OID=.;OPOS=60985600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:4:6:7:1:4:6 chr18 60985775 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 221.56 PASS AF=0.857143,0.142857,0;AO=12,5,3;DP=24;FAO=18,3,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,0;FSAR=10,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207097,0.0591021,-0.142206;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=26.5816,15.4784,7.29574;QD=42.2012;RBI=0.236855,0.14628,0.144777;REFB=0,0,0;REVB=0.11494,0.133809,0.0271623;RO=3;SAF=3,3,3;SAR=9,2,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.177598,-0.0436878,0.664835;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000574959,0.115489,0;OID=.,.,.;OPOS=60985780,60985776,60985780;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857,0:12,5,3:24:18,3,0:21:0:8,0,0:10,3,0:0:0:14:3:3,3,3:9,2,0:2:1 chr18 60995261 . G C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0248251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.127;QD=19.9671;RBI=0.0307212;REFB=0.00984707;REVB=0.0180971;RO=25;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836983;STB=0.540062;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0093094;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:21:8:9:16:21:8:9:17 chr18 61022791 . C T 241.05 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.015459;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.823;QD=20.515;RBI=0.0312979;REFB=-0.00284596;REVB=-0.0272136;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123185;STB=0.554683;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00546267;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:13:9:13:11:13:10:13:11 chr18 61156606 . G C 426.73 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0257206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6278;QD=21.8838;RBI=0.0497063;REFB=-0.0290226;REVB=0.0425344;RO=36;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132208;STB=0.57287;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0304779;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:23:19:22:14:23:19:22:14 chr18 61160287 . T C 315.54 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00926023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2431;QD=17.5298;RBI=0.0275197;REFB=0.0330535;REVB=-0.0259149;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343795;STB=0.519252;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0364774;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:20:14:17:21:20:14:17:21 chr18 61160385 . T C 139.12 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0110029;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.292;QD=10.3049;RBI=0.0293347;REFB=-0.013895;REVB=0.0271931;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232652;STB=0.610988;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0251088;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:36:17:18:0.333333:6:11:16:20:7:11:16:20 chr18 61170721 . T C 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0412671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5138;QD=11.4911;RBI=0.048523;REFB=-0.00247253;REVB=0.0255248;RO=31;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41019;STB=0.739192;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00960361;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:3:13:15:16:3:13:16:16 chr18 61170782 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.017332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.113;QD=14.1319;RBI=0.0174771;REFB=-0.00345435;REVB=0.00224737;RO=31;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320825;STB=0.687294;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00610601;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:5:14:14:17:5:14:14:17 chr18 61170925 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.164;QD=58.7803;RBI=0.0350529;REFB=0;REVB=0.0115248;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26021e-05;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr18 61264298 . G A 2335.69 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.056;QD=61.0637;RBI=0.0162947;REFB=0;REVB=0.0162016;RO=0;SAF=79;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96534e-05;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:74:79:0:0:74:79:0:0 chr18 61264468 . C T 1024.42 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.298;QD=56.9123;RBI=0.0544095;REFB=-0.124809;REVB=0.0203834;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00293112;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:0:1:68:71:0.986111:34:34:0:0:34:37:0:1 chr18 61310376 . A G 325.8 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0189761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.578;QD=11.0441;RBI=0.0190197;REFB=-0.00378798;REVB=-0.00128679;RO=76;SAF=17;SAR=24;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973846;STB=0.560437;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00715696;OID=.;OPOS=61310376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:77:41:41:0.347458:24:17:38:38:24:17:39:38 chr18 61326597 . A C 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262697;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.976;QD=62.9972;RBI=0.0487013;REFB=0;REVB=-0.0410088;RO=0;SAF=43;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94038e-05;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:1:43:0:0:1:43:0:0 chr18 61326602 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.526;QD=56.9569;RBI=0.0136365;REFB=0;REVB=0.000413447;RO=0;SAF=51;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57806e-05;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:1:51:0:0:1:51:0:0 chr18 61326609 . T G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.518;QD=57.385;RBI=0.148122;REFB=0;REVB=0.145171;RO=0;SAF=56;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450992;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:1:56:0:0:1:56:0:0 chr18 61377579 . A C 1441.45 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177403;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.736;QD=61.998;RBI=0.0198001;REFB=-0.0464826;REVB=0.00879342;RO=1;SAF=34;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137378;STB=0.507245;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-2.26498e-05;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:58:34:1:0:58:34:1:0 chr18 61390316 . C A 679.58 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00482441;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.366;QD=49.4237;RBI=0.00848534;REFB=-0.122439;REVB=-0.00698041;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.503874;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000789775;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:55:0:4:51:51:0.927273:36:15:0:0:36:15:1:3 chr18 61390332 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.869;QD=57.3857;RBI=0.0546187;REFB=0;REVB=0.00898481;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85292e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr18 61390361 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.827;QD=57.8849;RBI=0.0134539;REFB=0;REVB=0.00982996;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27487e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr18 61390570 . T G 230.33 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00488621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.89;QD=46.066;RBI=0.0151883;REFB=-0.093987;REVB=0.0143808;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000699669;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr18 61564394 . A G 363.08 PASS AF=0.566667;AO=28;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0076044;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3636;QD=24.2052;RBI=0.0547391;REFB=-0.028014;REVB=0.0542083;RO=23;SAF=21;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284806;STB=0.575298;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0725678;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:23:28:34:0.566667:7:21:10:13:13:21:10:13 chr18 61570503 . C G 237.54 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0465432;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8186;QD=13.5734;RBI=0.0497334;REFB=4.62963e-05;REVB=0.0175255;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163457;STB=0.593362;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000764279;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:17:11:23:19:17:11:23:19 chr18 61570529 . C G 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00704051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.518;QD=13.3677;RBI=0.0173694;REFB=-0.0030727;REVB=-0.0158785;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240009;STB=0.639668;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00917853;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:19:12:11:7:19:12 chr18 61575213 . T G 809.66 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00963142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.243;QD=21.0301;RBI=0.0109248;REFB=0.000399142;REVB=0.00515621;RO=72;SAF=39;SAR=42;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679178;STB=0.540087;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00043416;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:73:81:81:0.525974:42:39:29:43:42:39:29:44 chr18 61575232 . A G 939.18 PASS AF=0.522727;AO=92;DP=177;FAO=92;FDP=176;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0177765;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.453;QD=21.345;RBI=0.0186742;REFB=-0.0184055;REVB=-0.00572012;RO=84;SAF=45;SAR=47;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424553;STB=0.523251;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0195771;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:84:84:92:92:0.522727:47:45:37:47:47:45:37:47 chr18 61582867 . A G 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=7.38084e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.155;QD=19.8663;RBI=0.00680456;REFB=-0.0048383;REVB=-0.00680416;RO=45;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716585;STB=0.539698;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00619799;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:25:19:16:29:25:19:16:29 chr18 61587053 . G A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00841023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.075;QD=16.9233;RBI=0.0150588;REFB=-0.0105432;REVB=-0.0124915;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861491;STB=0.548165;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.01743;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:13:21:28:12:13:21:28:12 chr18 61587067 . C T 324.79 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0155392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.697;QD=17.0942;RBI=0.019603;REFB=-0.0117757;REVB=-0.0119503;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153766;STB=0.590502;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0189614;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:35:35:0.460526:15:20:29:11:15:20:30:11 chr18 61600384 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00780006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.216;QD=17.9915;RBI=0.0112167;REFB=-0.00452452;REVB=-0.0080606;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174887;STB=0.609419;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00347383;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:8:21:16:13:8:21:16:14 chr18 61647069 . G A 388.81 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00506876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.193;QD=16.2005;RBI=0.0404388;REFB=-0.00318241;REVB=-0.0401199;RO=54;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497174;STB=0.522589;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00340549;OID=.;OPOS=61647069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:20:21:25:29:20:21:26:29 chr18 61654463 . A G 264.88 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.138339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3692;QD=27.1671;RBI=0.139907;REFB=-0.0811554;REVB=-0.0208918;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603251;STB=0.533306;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.04957;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:5:10:14:10:5:10 chr18 62036875 . G A 1906.49 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.12;QD=61.4996;RBI=0.0186931;REFB=0;REVB=-0.00298346;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03592e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:61:62:0:0:61:63:0:0 chr18 63489378 . C T 1231.87 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00993745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3803;QD=60.091;RBI=0.0148232;REFB=0.0911045;REVB=-0.0109989;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104059;STB=0.505375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000127057;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:45:35:0:1:46:35:0:1 chr18 63530016 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000116913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.217;QD=62.0069;RBI=0.0263629;REFB=0;REVB=0.0263626;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01346e-05;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr18 64176269 . G A 387.78 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0232546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.726;QD=15.9908;RBI=0.0280883;REFB=-0.0103407;REVB=0.0157535;RO=55;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144657;STB=0.586165;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0136645;OID=.;OPOS=64176269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:18:23:23:32:18:23:23:33 chr18 65178103 . G GCA 208.42 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0140888;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.023;QD=23.819;RBI=0.0911402;REFB=-0.0838858;REVB=0.0900446;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108155;STB=0.64692;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0730324;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:20:44:20:35:15:9:11:12:3:99:23:9:11:13:10 chr18 65179829 . G A 241.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0122264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.204;QD=12.3848;RBI=0.0426131;REFB=-0.00868018;REVB=-0.0408215;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065741;STB=0.545423;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0161082;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:18:11:21:27:18:11:22:27 chr18 66358514 . TAA T 203.35 PASS AF=0.358491;AO=36;DP=107;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00234339;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=2;MLLD=51.0499;QD=7.67347;RBI=0.00840503;REFB=-0.0013659;REVB=0.00807174;RO=66;SAF=15;SAR=21;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00874195;STB=0.503559;STBP=0.971;TYPE=del;VARB=0.00327396;OID=.;OPOS=66358515;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491:36:107:38:106:68:16:22:29:39:99:66:15:21:28:38 chr18 66504093 . A C 1316.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.686;QD=61.2463;RBI=0.0416635;REFB=0;REVB=0.038142;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791989;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:86:0:0:76:86:1:29:47:0:0:36:50:0:0 chr18 66504459 . A T 947.03 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00227241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.021;QD=55.7074;RBI=0.0184082;REFB=-0.160858;REVB=0.0182674;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.504321;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000886637;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:66:66:0.970588:24:42:0:0:24:42:1:1 chr18 66513615 . A G 318.56 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00476783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7099;QD=20.8893;RBI=0.00619005;REFB=-0.0144918;REVB=-0.00394773;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047371;STB=0.512041;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.011924;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:28:32:33:0.540984:17:15:12:17:18:15:12:16 chr18 66513662 . T C 228.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00450824;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.196;QD=15.7903;RBI=0.0100112;REFB=-0.000269494;REVB=0.00893871;RO=25;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13081;STB=0.508355;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000362217;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:25:32:26:26:0.448276:19:7:4:21:19:7:9:23 chr18 66526176 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.997;QD=43.4858;RBI=0.0790507;REFB=0;REVB=0.0737416;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253941;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr18 67345034 . T C 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.24;QD=61.3639;RBI=0.0307836;REFB=0;REVB=-0.00590079;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131026;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:65:55:0:0:65:55:0:0 chr18 67365668 . A G 1478.45 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140246;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.648;QD=62.2504;RBI=0.0271839;REFB=-0.126659;REVB=-0.0232868;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957862;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000291685;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:95:1:1:94:94:0.989474:45:49:1:0:45:49:1:0 chr18 67531642 . T C 386.7 PASS AF=0.423077;AO=42;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0166889;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.449;QD=14.8732;RBI=0.0183838;REFB=-0.016715;REVB=0.00771006;RO=60;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115326;STB=0.551578;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.021068;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:60:60:42:44:0.423077:22:20:22:38:24:20:22:38 chr18 67687860 . T C 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0225383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.117;QD=20.5296;RBI=0.023054;REFB=-0.0136644;REVB=0.0048487;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110225;STB=0.560947;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0119345;OID=.;OPOS=67687860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:25:15:21:21:25:15 chr18 67718688 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.951;QD=62.7621;RBI=0.0151047;REFB=0;REVB=0.00862348;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77365e-06;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr18 67727173 . C T 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0101082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.399;QD=15.1138;RBI=0.0156699;REFB=-0.00159277;REVB=0.0119737;RO=59;SAF=21;SAR=23;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662304;STB=0.537224;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00209059;OID=.;OPOS=67727173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:23:21:32:27:23:21:32:27 chr18 67863850 . T TCTC 242.39 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0065071;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.047;QD=29.3806;RBI=0.0110208;REFB=-0.0233829;REVB=0.00889467;RO=11;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187036;STB=0.603674;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.0160142;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:22:33:22:33:11:6:16:6:5:83:11:6:16:6:5 chr18 67871343 . A C 874.6 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592409;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.163;QD=56.4256;RBI=0.00983399;REFB=-0.0922354;REVB=0.00784936;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00136137;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:61:61:0.983871:38:23:0:0:38:23:0:1 chr18 67992279 . G A 272.94 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0307694;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2065;QD=14.7537;RBI=0.0345915;REFB=-0.0134958;REVB=0.0158055;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052208;STB=0.529513;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.021701;OID=.;OPOS=67992279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:21:10:12:31:21:10:12:31 chr18 67994632 . A AATT 243.95 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00240686;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=3;MLLD=299.858;QD=17.4252;RBI=0.00867542;REFB=-0.00391082;REVB=-0.00833487;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566566;STB=0.539781;STBP=0.585;TYPE=ins;VARB=0.0041935;OID=.;OPOS=67994633;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143:27:57:27:56:29:16:11:15:14:99:30:16:11:16:14 chr18 67995695 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.032869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.967;QD=16.0719;RBI=0.03953;REFB=0.0105325;REVB=0.0219601;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247827;STB=0.630877;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00872537;OID=.;OPOS=67995695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:17:12:23:11:17:12:23:12 chr18 70209177 . C T 1899.58 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.481;QD=60.7866;RBI=0.0611042;REFB=-0.0746761;REVB=0.0454625;RO=0;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000278163;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:0:1:123:124:0.992:75:48:0:0:75:49:0:1 chr18 70417396 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.556;QD=64.1538;RBI=0.0422054;REFB=0;REVB=0.0193748;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91802e-05;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr18 70532840 . T G 613.83 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.00433573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.958;QD=17.0507;RBI=0.0243542;REFB=-0.0101219;REVB=-0.0239652;RO=77;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110735;STB=0.557125;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00936475;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:77:80:64:64:0.444444:31:33:31:46:31:33:33:47 chr18 71412428 . C T 186.59 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0239967;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.512;QD=18.6585;RBI=0.0250184;REFB=-0.00532092;REVB=-0.00707664;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29324;STB=0.668594;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00607511;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:15:4:10:11:15:4:10:11 chr18 71816278 . G A 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00224911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.955;QD=21.3987;RBI=0.00396065;REFB=-0.00541029;REVB=-0.00326009;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961844;STB=0.553288;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00376196;OID=.;OPOS=71816278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:22:12:13:15:22:12:13:15 chr18 71996294 . A G 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0323791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5734;QD=16.4116;RBI=0.04291;REFB=-0.0464365;REVB=0.0281579;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314877;STB=0.685403;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0531875;OID=.;OPOS=71996294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:6:10:12:2:6:10 chr18 72009544 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0203811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.712;QD=12.1431;RBI=0.0204391;REFB=-0.00406166;REVB=-0.00153825;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189966;STB=0.609747;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00698963;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:10:23:10:9:10:23 chr18 72021717 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7483;QD=60.9781;RBI=0.00647152;REFB=0;REVB=0.00223673;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152334;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr18 72114455 . C T 1166.84 PASS AF=1;AO=57;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.03;QD=61.4128;RBI=0.12401;REFB=0;REVB=0.0965811;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408111;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:57:76:1:35:22:0:0:53:23:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 877.34 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.081205;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.452;QD=54.8334;RBI=0.0902606;REFB=-0.0559821;REVB=0.0394046;RO=4;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478887;STB=0.520827;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=0.00109421;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:60:64:62:64:2:39:23:0:2:6:4:38:22:1:3 chr18 72228124 . A G 1540.52 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.395;QD=59.8259;RBI=0.0306327;REFB=0;REVB=-0.0146286;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96993e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr18 72234635 . C T 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0233361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.143;QD=13.8303;RBI=0.0277907;REFB=-0.0150275;REVB=-0.0150913;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633553;STB=0.536056;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0138301;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:15:12:15:24:15:12:15:24 chr18 72343008 . T C 617.75 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00868212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.706;QD=58.8334;RBI=0.0364437;REFB=-0.0124458;REVB=0.0353944;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000831742;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:22:17:1:0:24:17:1:0 chr18 72776121 . G A 1492.28 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322288;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.674;QD=58.5208;RBI=0.0397346;REFB=-0.0233684;REVB=0.0232409;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106601;STB=0.505617;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000329559;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:101:101:0.990196:57:44:1:0:57:44:1:0 chr18 72776958 . ATTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA 192.75 PASS AF=0.108108,0.108108,0.486486,0.216216;AO=4,5,10,7;DP=36;FAO=4,4,18,8;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=2,1,10,2;FSAR=2,3,8,6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0713861,0.119543,0.258599,0.191622;FXX=0.0263089;HRUN=12,12,12,12;LEN=3,2,1,1;MLLD=11.409,8.07599,5.97714,14.4094;QD=20.8378;RBI=0.0775015,0.128497,0.269835,0.201575;REFB=0.0133034,0.0188145,0.0271263,0.0161952;REVB=-0.0301747,-0.0471256,-0.0770532,-0.062557;RO=6;SAF=2,1,6,1;SAR=2,4,4,6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.308675,0.066985,-0.372308;STB=0.713404,0.666019,0.57886,0.59978;STBP=0.307,0.709,0.115,0.541;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0103715,0.00919544,0.0214011,-0.0698033;OID=.,.,.,.;OPOS=72776959,72776959,72776959,72776970;OREF=TTT,TT,T,T;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.108108,0.108108,0.486486,0.216216:4,5,10,7:36:4,4,18,8:37:3:2,1,10,2:2,3,8,6:0:3:51:6:2,1,6,1:2,4,4,6:3:3 chr18 72914280 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0369594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.173;QD=19.3688;RBI=0.0402816;REFB=0.0251449;REVB=-0.0160189;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.620002;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0178975;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:7:3:3:3:7:3:4:3 chr18 72997677 . C T 348.65 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0286287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.337;QD=17.4326;RBI=0.0287992;REFB=0.00203391;REVB=-0.00312944;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481169;STB=0.531898;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00468736;OID=.;OPOS=72997677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:22:15:15:27:22:15:15:28 chr18 72998004 . T C 317.26 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0257253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.843;QD=25.8983;RBI=0.0352579;REFB=-0.013589;REVB=-0.0241108;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140872;STB=0.577724;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00962899;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:6:15:15:13:6:15 chr18 72998268 . T C 233.19 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0380854;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7734;QD=18.2893;RBI=0.0411543;REFB=-0.00791791;REVB=0.0155942;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199663;STB=0.612349;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0149853;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:11:15:9:16:11:15 chr18 72998886 . T C 502.96 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0171521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.01;QD=21.1771;RBI=0.0216852;REFB=-0.0157355;REVB=0.0132685;RO=46;SAF=27;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557362;STB=0.524828;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.016427;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:46:48:49:0.515789:21:27:23:23:22:27:23:23 chr18 72999359 . T C 426.81 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0213286;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.556;QD=18.9693;RBI=0.0251983;REFB=-0.00965935;REVB=-0.0134182;RO=47;SAF=29;SAR=13;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336858;STB=0.52314;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.018785;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:42:43:0.477778:13:29:31:16:13:30:31:16 chr18 74090957 . CG C 510.78 PASS AF=1;AO=57;DP=85;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116267;FXX=0.03529;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.30954;QD=24.916;RBI=0.192021;REFB=0;REVB=0.15282;RO=13;SAF=29;SAR=28;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00877491;OID=.;OPOS=74090958;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:85:82:82:0:39:43:0:0:9:13:29:28:4:9 chr18 74208284 . G A 942.98 PASS AF=0.531792;AO=92;DP=173;FAO=92;FDP=173;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0028532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3437;QD=21.8031;RBI=0.0487256;REFB=0.00582183;REVB=0.048642;RO=81;SAF=50;SAR=42;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637021;STB=0.534853;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00481902;OID=.;OPOS=74208284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:81:81:92:92:0.531792:42:50:38:43:42:50:38:43 chr18 74611127 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.604;QD=58.0603;RBI=0.0396626;REFB=0;REVB=0.0193941;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256791;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr18 74671768 . T C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000770204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.27;QD=13.9502;RBI=0.00107281;REFB=0.00151431;REVB=-0.000746798;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153905;STB=0.594191;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00271675;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:19:12:24:21:19:12:25:21 chr18 74680259 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.614;QD=56.9382;RBI=0.0087159;REFB=0;REVB=0.00793096;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93133e-05;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:44:9:0:0:44:9:0:0 chr18 74692336 . A G 407.44 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0142882;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.705;QD=16.9765;RBI=0.015994;REFB=-0.0117046;REVB=0.00718711;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536792;STB=0.525642;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0157074;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:55:54:42:42:0.4375:23:19:22:33:23:19:22:32 chr18 74701984 . G A 881.72 PASS AF=0.505682;AO=88;DP=176;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0215198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.567;QD=20.039;RBI=0.0232023;REFB=-0.00780142;REVB=0.0086744;RO=86;SAF=36;SAR=52;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883143;STB=0.500986;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0064916;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:86:87:88:89:0.505682:52:36:36:50:52:37:36:51 chr18 74702864 . G A 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0137916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9433;QD=16.0286;RBI=0.0157333;REFB=-0.0242003;REVB=-0.00757159;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127725;STB=0.578887;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0301166;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:11:14:20:9:11:14:21:9 chr18 74980809 . G A 576.3 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.18;QD=60.6635;RBI=0.0535278;REFB=0;REVB=0.0234083;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341589;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:19:19:0:0 chr18 76753588 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0473474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4091;QD=10.0339;RBI=0.0846723;REFB=-0.0142278;REVB=-0.070197;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.02627;OID=.;OPOS=76753588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr18 76753882 . C T 278.78 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.038941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0158;QD=21.8647;RBI=0.0434285;REFB=-0.0376063;REVB=0.0192258;RO=22;SAF=21;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690908;STB=0.531622;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.04506;OID=.;OPOS=76753882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:7:21:15:7:7:21:16:7 chr18 76754466 . C T 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8027;QD=60.6043;RBI=0.0350933;REFB=0;REVB=0.0326368;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318852;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:32:6:0:0:32:6:0:0 chr18 77067000 . T G 318.44 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00275717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.962;QD=18.1963;RBI=0.0269035;REFB=-0.0362814;REVB=-0.0267618;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22316;STB=0.617578;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0352911;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:13:21:13:22:13:21:14:22 chr18 77171061 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.338;QD=55.0984;RBI=0.0434021;REFB=0;REVB=-0.00606181;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212643;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr18 77211764 . T C 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00528496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.552;QD=22.1268;RBI=0.03248;REFB=-0.00945536;REVB=-0.0320471;RO=33;SAF=27;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140743;STB=0.57782;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00713099;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:13:27:17:16:13:27:17:16 chr18 77227476 . A G 399.0 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000682683;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.712;QD=20.7271;RBI=0.00380683;REFB=-0.00883023;REVB=-0.00374512;RO=35;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608746;STB=0.517638;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00965689;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:37:40:40:0.519481:22:18:16:19:22:18:18:19 chr18 77246406 . T G 560.82 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.015084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.15;QD=16.1388;RBI=0.0157703;REFB=-0.01256;REVB=-0.00460188;RO=78;SAF=22;SAR=38;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151593;STB=0.588755;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0171331;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:79:60:60:0.431655:38:22:40:38:38:22:41:38 chr18 77420703 . C G 191.95 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0185055;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8644;QD=11.6335;RBI=0.0265805;REFB=-0.035123;REVB=-0.0190806;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167311;STB=0.556628;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0181015;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:42:23:24:0.363636:13:10:23:16:13:11:23:19 chr18 77439532 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0139358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.22;QD=18.49;RBI=0.0181094;REFB=-0.0177402;REVB=0.0115647;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195574;STB=0.610802;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0203439;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:10:16:9:13:10:16 chr18 77473127 . C T 190.92 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0170234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.879;QD=13.3976;RBI=0.0237953;REFB=-0.00712165;REVB=-0.0166258;RO=33;SAF=4;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41319;STB=0.748863;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0288473;OID=.;OPOS=77473127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:19:4:17:16:19:4:18:16 chr18 77477822 . T C 254.3 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00548728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.64;QD=13.0409;RBI=0.00558277;REFB=-0.0273766;REVB=0.0010281;RO=47;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161023;STB=0.58328;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0290911;OID=.;OPOS=77477822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:48:30:30:0.384615:14:16:32:15:14:16:32:16 chr18 77513721 . T C 2320.52 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.294;QD=61.0662;RBI=0.0182898;REFB=0;REVB=-0.0113734;RO=0;SAF=68;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04891e-06;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:84:68:0:0:84:68:0:0 chr18 77728135 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.396;QD=63.2868;RBI=0.016183;REFB=0;REVB=-0.00596552;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108464;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:35:11:0:0:35:11:0:0 chr18 77736735 . T C 630.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.0248;QD=60.0284;RBI=0.0970686;REFB=0;REVB=0.0687013;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565542;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:25:17:0:0 chr18 77773006 . A G 59.04 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.0229753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.451;QD=2.71433;RBI=0.0253493;REFB=-0.00319735;REVB=-0.0107108;RO=75;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166561;STB=0.613324;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0421886;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:7:5:22:53:7:5:22:53 chr18 77773035 . G A 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0111586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.321;QD=4.51188;RBI=0.0128376;REFB=-0.00130966;REVB=-0.00634743;RO=51;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315397;STB=0.520514;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00625883;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:7:5:20:31:7:5:20:31 chr18 77805856 . A C 669.53 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.411;QD=62.2818;RBI=0.0281145;REFB=0;REVB=-0.0279728;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488746;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr18 77806138 . G C 244.16 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0249915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1591;QD=17.4398;RBI=0.0249928;REFB=-0.0134682;REVB=-0.000256949;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263232;STB=0.64885;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0327673;OID=.;OPOS=77806138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:20:7:15:14:20:7:15:14 chr18 77891039 . T A 480.59 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0118855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.66;QD=20.4505;RBI=0.0304211;REFB=-0.0185837;REVB=0.0280032;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189853;OID=.;OPOS=77891039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:26:21:21:26:26:21:21:26 chr18 77893683 . A G 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0150275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.287;QD=15.6935;RBI=0.030693;REFB=-0.00815747;REVB=0.0267625;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187765;STB=0.605534;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00541144;OID=.;OPOS=77893683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:14:27:15:17:14:27 chr18 77894844 . G A 40.25 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0431648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.907;QD=14.6347;RBI=0.0537306;REFB=-0.0242011;REVB=-0.0319966;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0236258;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr18 77895192 . G A 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0751276;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3853;QD=16.0276;RBI=0.0830165;REFB=-0.0124952;REVB=0.0353211;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775915;STB=0.543825;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0180805;OID=.;OPOS=77895192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:18:12:12:13:18:12 chr18 77896242 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00152926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.677;QD=21.5947;RBI=0.0248389;REFB=-0.0275287;REVB=0.0247917;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124785;STB=0.568826;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0324491;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:20:18:20:12:20:18:20:12 chr18 77915113 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00405448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.149;QD=19.7623;RBI=0.0412974;REFB=0.00192885;REVB=-0.0410979;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151672;STB=0.585512;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00186123;OID=.;OPOS=77915113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:15:10:13:10:15:10 chr18 77915906 . T C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0395203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.729;QD=10.1038;RBI=0.0402394;REFB=-0.0092389;REVB=-0.00757337;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119047;STB=0.561593;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0270249;OID=.;OPOS=77915906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:24:24:0.328767:12:12:19:29:12:12:20:29 chr18 77918221 . C T 487.79 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00504786;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.894;QD=24.0885;RBI=0.0249686;REFB=-0.0177473;REVB=0.024453;RO=36;SAF=31;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103109;STB=0.548651;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0155237;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:35:46:46:0.567901:15:31:20:16:15:31:20:15 chr19 372661 . C A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00462895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1339;QD=17.0326;RBI=0.0347344;REFB=-0.0323154;REVB=-0.0344246;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151944;STB=0.586981;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0368571;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:12:10:11:7:12:10 chr19 407900 . A G 471.47 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=-0.0124916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.254;QD=23.5736;RBI=0.0131222;REFB=-0.0385706;REVB=-0.0040191;RO=35;SAF=31;SAR=14;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2;STB=0.608653;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0356331;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:14:31:31:4:14:31:31:4 chr19 422238 . G T 980.15 PASS AF=0.497512;AO=100;DP=203;FAO=100;FDP=201;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.0423573;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.072;QD=19.5055;RBI=0.0425786;REFB=-0.0278998;REVB=-0.00433542;RO=101;SAF=48;SAR=52;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499263;STB=0.527441;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0270907;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:101:101:100:100:0.497512:52:48:54:47:52:48:54:47 chr19 434718 . G A 551.65 PASS AF=0.443609;AO=57;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00817865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.754;QD=16.5909;RBI=0.00917768;REFB=-0.0281547;REVB=-0.00416409;RO=74;SAF=23;SAR=34;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989476;STB=0.562625;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0330104;OID=.;OPOS=434718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:57:59:0.443609:34:23:37:37:36:23:37:37 chr19 436690 . C T 208.82 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0295509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7476;QD=25.3114;RBI=0.0845928;REFB=-0.0828353;REVB=0.0792634;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10307;STB=0.55722;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0237953;OID=.;OPOS=436690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:9:4:9:11:9:4 chr19 453160 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.277;QD=61.3744;RBI=0.0422516;REFB=0;REVB=0.000868661;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3569e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:37:43:0:0 chr19 498524 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.948;QD=61.0491;RBI=0.0425983;REFB=0;REVB=-0.0210249;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68892e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr19 499822 . C T 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0140958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.775;QD=20.9368;RBI=0.0170839;REFB=0.000422356;REVB=0.00965241;RO=29;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142211;STB=0.5789;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000578278;OID=.;OPOS=499822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:12:22:14:15:12:22:14:15 chr19 501900 . C A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00644277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.56;QD=15.8391;RBI=0.0159356;REFB=-0.0254859;REVB=0.0145751;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287934;STB=0.666295;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0190831;OID=.;OPOS=501900;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:6:1:4:4:6:1 chr19 549678 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.379;QD=57.2026;RBI=0.0227546;REFB=0;REVB=-0.0209097;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2231e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr19 579010 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8763;QD=35.5759;RBI=0.043821;REFB=0;REVB=-0.0212656;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167501;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 579035 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00131573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.219;QD=22.5856;RBI=0.0467877;REFB=-0.0141249;REVB=0.0467692;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00514275;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:3:3:4:7:3:3 chr19 579100 . C T 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0189021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2758;QD=12.3939;RBI=0.0550464;REFB=-0.0146385;REVB=-0.0516993;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179668;STB=0.605119;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0251385;OID=.;OPOS=579100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:8:16:7:7:8:16 chr19 579157 . T C 80.88 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.011421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.484;QD=8.98713;RBI=0.0228248;REFB=-0.0155404;REVB=-0.0197619;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20231;STB=0.538388;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0301913;OID=.;OPOS=579157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:36:20:24:10:10:0.277778:8:2:2:18:8:2:4:20 chr19 579252 . AGGGTGCCTTCCCGAAGG A 82.07 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0302907;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=17;MLLD=353.757;QD=10.259;RBI=0.0303028;REFB=-0.0228235;REVB=0.000856467;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.0165486;OID=.;OPOS=579253;OREF=GGGTGCCTTCCCGAAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:38:13:32:19:6:7:12:7:82:20:6:7:11:9 chr19 579450 . G A 272.57 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00921223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.151;QD=12.5319;RBI=0.0137567;REFB=-0.0115675;REVB=-0.0102168;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544686;STB=0.525505;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0132969;OID=.;OPOS=579450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:32:32:0.367816:17:15:28:26:17:15:28:27 chr19 579627 . C T 252.74 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.015312;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.832;QD=19.0744;RBI=0.0961994;REFB=-0.0468969;REVB=0.094973;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167096;STB=0.59275;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0350818;OID=.;OPOS=579627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:20:6:11:16:20:6 chr19 580388 . C G 523.76 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0317026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0075;QD=19.9528;RBI=0.0425826;REFB=-0.02659;REVB=-0.0284292;RO=51;SAF=29;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674608;STB=0.503721;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0240305;OID=.;OPOS=580388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:25:29:27:24:25:29:27:24 chr19 580665 . T C 276.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00959005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.542;QD=13.3047;RBI=0.0108499;REFB=-0.0208377;REVB=-0.0050746;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119729;STB=0.568378;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0307535;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:14:18:23:28:14:18:23:28 chr19 582775 . A G 269.17 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0222366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8056;QD=29.0995;RBI=0.0271558;REFB=-0.0420645;REVB=0.0155875;RO=13;SAF=19;SAR=5;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139536;STB=0.576151;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0283579;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:5:19:12:1:5:19:12:1 chr19 582927 . T A 321.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000179043;FXX=0.0377287;HRUN=7;LEN=1;MLLD=245.717;QD=25.1824;RBI=0.00981242;REFB=-0.0166732;REVB=-0.00981079;RO=18;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484657;STB=0.5205;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0111616;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:18:20:31:31:0.607843:14:17:10:8:14:17:12:8 chr19 603625 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.134;QD=57.5452;RBI=0.0299717;REFB=0;REVB=-0.00583637;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7241e-05;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr19 603634 . T C 884.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.089;QD=57.9953;RBI=0.00662347;REFB=0;REVB=-0.0039289;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83557e-06;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr19 603769 . T C 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.375;QD=62.6713;RBI=0.0171724;REFB=0;REVB=0.0161549;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33874e-05;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:68:65:0:0:68:65:0:0 chr19 603826 . C T 1594.52 PASS AF=0.981818;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0621519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9945;QD=57.9825;RBI=0.0625248;REFB=0.0733495;REVB=0.00681859;RO=1;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939754;STB=0.509998;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000472569;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:110:1:2:106:108:0.981818:50:56:0:1:49:59:0:2 chr19 603874 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.852;QD=58.5988;RBI=0.0468238;REFB=0;REVB=0.0281188;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321243;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:32:32:0:0 chr19 605171 . T C 681.74 PASS AF=0.467949;AO=71;DP=154;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.105105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.663;QD=17.4806;RBI=0.105612;REFB=-0.00540386;REVB=-0.0103401;RO=82;SAF=36;SAR=35;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656885;STB=0.532459;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00861574;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:82:83:71:73:0.467949:35:36:36:46:36:37:37:46 chr19 613307 . C T 395.46 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0171702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.072;QD=20.2803;RBI=0.0251801;REFB=-0.0156455;REVB=-0.0184179;RO=38;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135841;STB=0.575218;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0101133;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:18:22:15:23:18:22:15:23 chr19 613898 . T C 1737.65 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.045;QD=58.9035;RBI=0.0536489;REFB=-0.05441;REVB=0.0515899;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000670957;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:118:0:2:116:116:0.983051:56:60:0:0:56:60:0:2 chr19 617344 . A T 892.54 PASS AF=0.508571;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=175;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00397087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.965;QD=20.401;RBI=0.0121377;REFB=-0.0199692;REVB=-0.0114698;RO=85;SAF=28;SAR=61;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171632;STB=0.592212;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0172761;OID=.;OPOS=617344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:85:86:89:89:0.508571:61:28:42:43:61:28:42:44 chr19 621712 . A G 157.11 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0756445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2684;QD=7.95516;RBI=0.132874;REFB=-0.000280569;REVB=-0.10924;RO=56;SAF=4;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440541;STB=0.763236;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0053938;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:57:22:22:0.278481:18:4:29:27:18:4:29:28 chr19 625198 . A G 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0235123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.991;QD=17.49;RBI=0.0235136;REFB=-0.0164426;REVB=0.000243756;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105902;STB=0.559542;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0183842;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:14:16:18:10:14:16 chr19 632915 . G A 139.13 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00815076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.592;QD=12.3669;RBI=0.0121122;REFB=-0.0125836;REVB=0.00895933;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550721;STB=0.549071;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0227195;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:9:6:13:16:10:6:13:16 chr19 651852 . C T 199.87 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0332726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5782;QD=11.5869;RBI=0.0443286;REFB=-0.0124354;REVB=0.029291;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182966;STB=0.606308;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0147338;OID=.;OPOS=651852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:17:8:21:23:17:8:21:23 chr19 687142 . G A 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.906;QD=47.8134;RBI=0.0530398;REFB=0;REVB=0.0340061;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696095;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr19 691909 . T C 489.19 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0363505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.13;QD=21.9861;RBI=0.0378706;REFB=-0.0309761;REVB=-0.0106219;RO=42;SAF=23;SAR=24;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134268;STB=0.573866;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0299256;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:24:23:14:28:24:23:14:28 chr19 731144 . A G 1548.24 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.572;QD=63.1934;RBI=0.026851;REFB=0;REVB=0.00919807;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152182;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:1:0:97:98:1:44:53:1:0:44:54:0:0 chr19 746409 . G A 909.55 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0722595;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1376;QD=56.847;RBI=0.0741018;REFB=-0.00344637;REVB=0.016421;RO=1;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230178;STB=0.512191;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000605909;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:20:42:0:1:20:43:0:1 chr19 756985 . T G 819.1 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375697;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1035;QD=57.4806;RBI=0.0383822;REFB=0;REVB=-0.00785541;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809414;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr19 757399 . A C 1005.05 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.925;QD=58.2637;RBI=0.0238158;REFB=0;REVB=0.0229242;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209436;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:67:69:1:28:39:0:0:29:40:0:0 chr19 757412 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.717;QD=59.3229;RBI=0.0459021;REFB=0;REVB=0.0329773;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274391;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr19 757606 . T C 701.55 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.764;QD=62.3603;RBI=0.0427592;REFB=0;REVB=0.0140157;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140495;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:41:45:1:17:24:0:0:18:27:0:0 chr19 815086 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.675;QD=60.9755;RBI=0.0243485;REFB=0;REVB=0.0239124;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102388;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr19 829568 . C T 83.13 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0225466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.64;QD=9.50111;RBI=0.0438273;REFB=-0.0143889;REVB=-0.0375829;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151945;STB=0.614779;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0405258;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:35:19:24:11:11:0.314286:6:5:6:13:6:5:7:17 chr19 830854 . T C 571.8 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0472397;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.174;QD=18.9024;RBI=0.0499118;REFB=-0.00992779;REVB=-0.0161123;RO=62;SAF=27;SAR=32;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942219;STB=0.505214;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0130027;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:62:62:59:59:0.487603:32:27:29:33:32:27:29:33 chr19 863220 . C G 689.0 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00296769;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.249;QD=22.2259;RBI=0.0112604;REFB=-0.000847665;REVB=-0.0108623;RO=57;SAF=23;SAR=44;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704535;STB=0.53867;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000384677;OID=.;OPOS=863220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:57:57:67:67:0.540323:44:23:24:33:44:23:24:33 chr19 880066 . G A 463.62 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00298904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.093;QD=19.3177;RBI=0.00306898;REFB=-0.0184169;REVB=-0.000695901;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091699;STB=0.550865;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0164297;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:26:20:17:33:26:20:17:33 chr19 885818 . A G 212.13 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0518751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7192;QD=14.3817;RBI=0.0518815;REFB=0.000375579;REVB=-0.000811309;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108849;STB=0.561597;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00181382;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:9:16:25:9:9:16:25:9 chr19 918617 . C T 654.5 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0376206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3714;QD=17.6891;RBI=0.0376216;REFB=-0.0397181;REVB=-0.000274922;RO=80;SAF=36;SAR=31;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620858;STB=0.537415;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0399426;OID=.;OPOS=918617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:81:67:67:0.452703:31:36:48:32:31:36:49:32 chr19 965043 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.611;QD=59.0182;RBI=0.044111;REFB=0;REVB=0.0223429;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309161;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:21:11:0:0:22:12:0:0 chr19 966693 . C T 416.14 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00140148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.308;QD=22.1944;RBI=0.0108961;REFB=-0.0256525;REVB=0.0108056;RO=34;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208646;STB=0.615224;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0223594;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:27:14:20:14:27:14:20:14 chr19 971933 . A G 40.23 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0928433;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.607;QD=9.4649;RBI=0.0942723;REFB=-0.000635862;REVB=-0.0163521;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00147739;OID=.;OPOS=971933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:19:17:13:11:6:6:0.352941:5:1:5:8:5:1:3:8 chr19 984533 . T C 278.11 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0179261;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.46;QD=13.5662;RBI=0.0202166;REFB=-0.0150297;REVB=-0.00934684;RO=50;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300317;STB=0.676812;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0283192;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:31:32:0.390244:10:21:20:30:10:22:20:30 chr19 984554 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00381602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.779;QD=12.7914;RBI=0.0550031;REFB=-0.0227567;REVB=-0.0548706;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304685;STB=0.679735;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0287823;OID=.;OPOS=984554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:10:13:4:10:10:13 chr19 990281 . G A 770.03 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375094;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.693;QD=64.1692;RBI=0.0988833;REFB=0;REVB=0.0914929;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223626;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr19 990317 . GGC G,GG,GGG 407.86 PASS AF=0.977778,0,0;AO=8,6,7;DP=43;FAO=44,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.25432,-0.0480738,-0.30605;FXX=0.0217344;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.1265,8.19624,6.90898;QD=36.2539;RBI=0.292479,0.388324,0.402316;REFB=-0.158468,-0.0704195,0.0610781;REVB=0.144448,0.385337,0.261136;RO=11;SAF=5,6,3;SAR=3,0,4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0.305556,0,0;SSEP=0,0.555556,0;SSSB=-0.0117224,0.720817,-0.205271;STB=0.508768,0.5,0.5;STBP=0.538,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.03415,0.0462166,0;OID=.,.,.;OPOS=990318,990319,990319;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.977778,0,0:8,6,7:43:44,0,0:45:1:28,0,0:16,0,0:1:0:5:11:5,6,3:3,0,4:7:4 chr19 1004710 . C T 306.53 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0106555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.536;QD=20.4355;RBI=0.0141138;REFB=-0.0215707;REVB=0.0092553;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600255;STB=0.53123;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0170476;OID=.;OPOS=1004710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:28:31:32:0.533333:16:15:15:12:17:15:15:13 chr19 1004724 . A G 293.06 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.000791695;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0975;QD=16.989;RBI=0.0624777;REFB=-0.00816445;REVB=-0.0624727;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162866;STB=0.583732;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0121491;OID=.;OPOS=1004724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:37:32:32:0.463768:18:14:22:14:18:14:22:15 chr19 1004740 . T C 1301.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.667;QD=61.9659;RBI=0.0294153;REFB=0;REVB=-0.00195666;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56559e-05;OID=.;OPOS=1004740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr19 1004823 . G A 419.32 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0437397;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.708;QD=16.4439;RBI=0.0463279;REFB=-0.0199086;REVB=0.0152679;RO=53;SAF=16;SAR=30;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196384;STB=0.624945;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0221319;OID=.;OPOS=1004823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:53:56:46:46:0.45098:30:16:29:24:30:16:32:24 chr19 1004844 . T C 436.68 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0157688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.606;QD=17.8238;RBI=0.0185142;REFB=-0.0140791;REVB=0.00970162;RO=53;SAF=12;SAR=32;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36807;STB=0.708588;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0173675;OID=.;OPOS=1004844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:53:44:45:0.459184:32:12:34:19:33:12:34:19 chr19 1004896 . G GCGTT 382.29 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00368051;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=300.297;QD=17.781;RBI=0.00515062;REFB=-0.0293576;REVB=0.00360316;RO=51;SAF=12;SAR=27;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324418;STB=0.680003;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.026711;OID=.;OPOS=1004897;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=GCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:39:91:40:86:46:12:28:29:17:99:51:12:27:32:19 chr19 1005230 . C T 831.2 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0357919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.367;QD=20.1503;RBI=0.0375435;REFB=-0.017334;REVB=-0.0113337;RO=81;SAF=51;SAR=33;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025024;STB=0.513754;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0158343;OID=.;OPOS=1005230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:81:84:84:0.509091:33:51:47:34:33:51:47:34 chr19 1005531 . G C 225.16 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0457568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4338;QD=15.2653;RBI=0.0458151;REFB=-0.0185612;REVB=-0.00231079;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07572;STB=0.53498;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0155631;OID=.;OPOS=1005531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:11:15:16:16:11:15:17:16 chr19 1008683 . G A 196.68 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.021613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1481;QD=18.2961;RBI=0.0525004;REFB=-0.0411623;REVB=0.0478453;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203023;STB=0.616314;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.063389;OID=.;OPOS=1008683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:10:13:15:5:10:13 chr19 1008879 . G C 138.24 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00493709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6385;QD=11.7651;RBI=0.0110024;REFB=-0.00411883;REVB=-0.00983245;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251807;STB=0.650401;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00741923;OID=.;OPOS=1008879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:17:14:4:12:17:14 chr19 1009485 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.253;QD=42.1826;RBI=0.0885865;REFB=0;REVB=-0.0848088;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173605;OID=.;OPOS=1009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 1009550 . GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G,GGCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT 113.97 PASS AF=0.339623,0.0377358;AO=18,10;DP=55;FAO=18,2;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14,2;FSAR=4,0;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00701228,-0.0695247;FXX=0.0185151;HRUN=2,5;LEN=27,1;MLLD=678.368,11.919;QD=8.60147;RBI=0.0212328,0.0713283;REFB=-0.0107586,-0.128026;REVB=-0.0200415,-0.0159384;RO=22;SAF=14,10;SAR=4,0;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0668602,0.73343;STB=0.518498,0.992381;STBP=0.924,0.364;TYPE=del,del;VARB=0.0103709,0.119378;OID=.,.;OPOS=1009551,1009552;OREF=GCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623,0.0377358:18,10:55:18,2:53:33:14,2:4,0:25:8:99:22:14,10:4,0:16:6 chr19 1009585 . C G 687.69 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0173136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3496;QD=21.4903;RBI=0.0317087;REFB=-0.0325989;REVB=-0.0265647;RO=58;SAF=47;SAR=21;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159099;STB=0.59713;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0319692;OID=.;OPOS=1009585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:60:68:68:0.53125:21:47:30:28:21:47:30:30 chr19 1009883 . A G 660.52 PASS AF=0.910714;AO=50;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.111894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9997;QD=47.1799;RBI=0.134994;REFB=-0.059291;REVB=-0.0755185;RO=3;SAF=23;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057529;STB=0.513394;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0138167;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:56:3:5:50:51:0.910714:27:23:3:0:28:23:3:2 chr19 1014398 . A G 1453.48 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.853;QD=63.1947;RBI=0.0244551;REFB=0;REVB=0.0235322;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128385;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:55:36:0:0:55:37:0:0 chr19 1021622 . AT A,ATT 66.29 PASS AF=0.55,0;AO=8,2;DP=20;FAO=11,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0264668,-0.026991;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.4485,13.5784;QD=13.2573;RBI=0.292364,0.298693;REFB=-0.0459354,0.0418487;REVB=0.291164,-0.297471;RO=9;SAF=5,0;SAR=3,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.162764,-0.565098;STB=0.594426,0.5;STBP=0.401,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0799601,0;OID=.,.;OPOS=1021623,1021623;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55,0:8,2:20:11,0:20:9:6,0:5,0:3:6:37:9:5,0:3,2:4:5 chr19 1032689 . G T 151.35 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0171197;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.8943;QD=18.9183;RBI=0.0175756;REFB=-0.0165687;REVB=-0.00397696;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223322;STB=0.628853;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0156577;OID=.;OPOS=1032689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:10:6:3:13:10:6 chr19 1036552 . T C 910.8 PASS AF=0.576159;AO=87;DP=152;FAO=87;FDP=151;FR=.;FRO=64;FSAF=65;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.0344758;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5257;QD=24.1272;RBI=0.0373918;REFB=-0.0367367;REVB=-0.0144763;RO=64;SAF=65;SAR=22;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593525;STB=0.532364;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0255611;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:64:64:87:87:0.576159:22:65:44:20:22:65:44:20 chr19 1036574 . C T 438.51 PASS AF=0.377778;AO=50;DP=134;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=23;FWDB=-0.0207195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.268;QD=12.993;RBI=0.0215037;REFB=-0.0205806;REVB=-0.00575398;RO=81;SAF=34;SAR=16;SRF=60;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788091;STB=0.542841;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.036418;OID=.;OPOS=1036574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:81:84:50:51:0.377778:16:34:60:21:17:34:61:23 chr19 1038995 . A C 694.33 PASS AF=0.465409;AO=65;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=16;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00253207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.91;QD=17.4674;RBI=0.00372635;REFB=-0.0191702;REVB=-0.00273391;RO=68;SAF=16;SAR=49;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317692;STB=0.665922;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107648;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:68:81:65:74:0.465409:49:16:38:30:58:16:39:42 chr19 1041352 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.043994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.758;QD=14.1392;RBI=0.0720254;REFB=-0.0150318;REVB=-0.0570279;RO=19;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.68542;STB=0.900336;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.036553;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:1:13:6:13:1:13:7:13 chr19 1045173 . G A 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0146301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.436;QD=8.23027;RBI=0.0162215;REFB=-0.0132212;REVB=-0.00700699;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787474;STB=0.548919;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0479448;OID=.;OPOS=1045173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:9:16:7:3:9:16 chr19 1047002 . A G 196.95 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0378786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6635;QD=12.9147;RBI=0.0402759;REFB=-0.0377372;REVB=-0.0136881;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208466;STB=0.628457;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0389098;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:23:24:0.393443:17:6:16:21:18:6:16:21 chr19 1047161 . A G 473.01 PASS AF=0.5;AO=45;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0193524;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.067;QD=19.3064;RBI=0.0252325;REFB=-0.00770801;REVB=-0.0161915;RO=50;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486347;STB=0.521692;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00639448;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:49:45:49:0.5:30:15:19:31:31:18:20:29 chr19 1047537 . A C 195.61 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0198886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8474;QD=12.6199;RBI=0.026783;REFB=-0.0234447;REVB=-0.0179381;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255377;STB=0.654635;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0247092;OID=.;OPOS=1047537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:9:14:14:24:9:15:14:24 chr19 1049269 . G A 944.76 PASS AF=0.458716;AO=100;DP=219;FAO=100;FDP=218;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.0240544;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.925;QD=17.335;RBI=0.0240977;REFB=-0.0243884;REVB=0.00144303;RO=118;SAF=39;SAR=61;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849931;STB=0.547101;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0287701;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:118:118:100:100:0.458716:61:39:56:62:61:39:56:62 chr19 1053524 . C G 404.77 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0119039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.598;QD=32.3816;RBI=0.045242;REFB=-0.0163555;REVB=-0.0436478;RO=16;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118997;STB=0.514678;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00877799;OID=.;OPOS=1053524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:13:20:10:6:13:20:11:6 chr19 1058176 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0138646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8154;QD=15.2678;RBI=0.0141349;REFB=-0.00933922;REVB=0.00275121;RO=31;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182269;STB=0.606656;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0134046;OID=.;OPOS=1058176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:33:26:26:0.440678:18:8:15:16:18:8:16:17 chr19 1062192 . T C 300.07 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000680527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.599;QD=16.4424;RBI=0.00958411;REFB=-0.0259924;REVB=0.00955991;RO=40;SAF=9;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26581;STB=0.65031;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.048086;OID=.;OPOS=1062192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:24:9:21:19:24:9:21:19 chr19 1074000 . A T 597.22 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0040966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.83;QD=17.9614;RBI=0.0110842;REFB=-0.0165605;REVB=-0.0102994;RO=70;SAF=30;SAR=32;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667736;STB=0.540396;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0206034;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:71:62:62:0.466165:32:30:29:41:32:30:29:42 chr19 1080311 . G C 113.07 PASS AF=0.481481;AO=14;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.013524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7542;QD=16.7517;RBI=0.0343366;REFB=-0.00667328;REVB=0.0315611;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.55483;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00236973;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:14:13:0.481481:6:8:8:5:6:7:9:5 chr19 1081617 . A G 47.14 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0407436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6987;QD=10.4751;RBI=0.11909;REFB=-0.0159129;REVB=0.111904;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433121;STB=0.796364;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0400508;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:5:7:0.388889:3:2:9:2:5:2:9:2 chr19 1085966 . A G 327.63 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00400945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.088;QD=22.9912;RBI=0.00601748;REFB=-0.0163545;REVB=-0.00448714;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887484;STB=0.541376;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0103314;OID=.;OPOS=1085966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:32:33:0.578947:15:17:10:14:16:17:10:14 chr19 1094004 . G A 1532.04 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.631;QD=59.4968;RBI=0.047324;REFB=0;REVB=0.0106483;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68383e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:60:40:0:0:61:42:0:0 chr19 1106615 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.418;QD=60.6073;RBI=0.0242408;REFB=0;REVB=0.017314;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115718;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr19 1109213 . A G 565.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.945;QD=59.4851;RBI=0.0137021;REFB=0;REVB=-0.0116795;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57799e-05;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:24:14:0:0 chr19 1110829 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.811;QD=43.4861;RBI=0.0428703;REFB=0;REVB=0.00640535;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280979;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 1112943 . G C 658.48 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00874239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1385;QD=59.8615;RBI=0.106265;REFB=-0.00580948;REVB=0.105905;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375076;STB=0.519991;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0021921;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:30:12:1:0:31:12:1:0 chr19 1127615 . G C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.626;QD=64.4138;RBI=0.0812966;REFB=0;REVB=0.0812764;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330996;OID=.;OPOS=1127615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr19 1127720 . G A 1154.33 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1905;QD=60.7543;RBI=0.110398;REFB=0;REVB=0.109645;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113099;OID=.;OPOS=1127720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:48:26:0:0:50:26:0:0 chr19 1222010 . G GC 189.18 PASS AF=1;AO=5;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157008;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.73715;QD=30.2687;RBI=0.160856;REFB=0;REVB=0.0349734;RO=22;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00542373;OID=.;OPOS=1222011;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:28:25:25:0:16:9:0:0:4:22:5:0:10:12 chr19 1222012 . G C 258.8 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0116214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2661;QD=38.3403;RBI=0.090834;REFB=-0.117834;REVB=0.0900875;RO=5;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170228;STB=0.592511;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0181402;OID=.;OPOS=1222012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:27:27:5:5:22:22:0.814815:11:11:5:0:11:11:5:0 chr19 1231142 . T C 748.42 PASS AF=1;AO=36;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.71;QD=56.4846;RBI=0.0557303;REFB=0;REVB=0.0552566;RO=0;SAF=31;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445126;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:36:53:1:5:31:0:0:17:36:0:0 chr19 1272040 . T C 2331.85 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.978;QD=63.8864;RBI=0.00961921;REFB=0;REVB=-0.00956019;RO=0;SAF=65;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29285e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:81:65:0:0:81:65:0:0 chr19 1277275 . G C 727.4 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.199;QD=57.0507;RBI=0.0239062;REFB=0;REVB=0.01266;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037285;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr19 1321754 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.007;QD=57.1775;RBI=0.0236305;REFB=0;REVB=-0.00236495;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17017e-05;OID=.;OPOS=1321754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr19 1357082 . T C 1567.27 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.792;QD=59.7054;RBI=0.0165826;REFB=0;REVB=0.00261041;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22236e-05;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:54:50:0:0:55:50:0:0 chr19 1358726 . C T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0192914;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.526;QD=20.892;RBI=0.0193503;REFB=-0.00829619;REVB=0.0015077;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339873;STB=0.68543;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0105211;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:2:25:17:15:2:25 chr19 1360575 . G A 1115.58 PASS AF=0.939024;AO=78;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0170273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1835;QD=54.4186;RBI=0.0421407;REFB=-0.00446702;REVB=0.0385475;RO=4;SAF=41;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207655;STB=0.517149;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00286988;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:82:4:5:78:77:0.939024:37:41:3:1:37:40:4:1 chr19 1370675 . C G 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00285724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=20.6409;RBI=0.00501725;REFB=-0.0164161;REVB=-0.0041242;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220231;STB=0.512189;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0311089;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:22:19:21:22:22:19 chr19 1388538 . C T 139.95 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0136882;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.786;QD=19.3028;RBI=0.0144779;REFB=-0.0200904;REVB=-0.00471615;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268408;STB=0.651396;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0196011;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:3:11:7:8:3:11 chr19 1389517 . C A 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0186143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.952;QD=19.7363;RBI=0.0188481;REFB=-0.00881804;REVB=-0.00295961;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108438;STB=0.506021;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00865191;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:20:17:17:21:20:17 chr19 1394466 . G GTGC 133.62 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0118352;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.098;QD=15.7204;RBI=0.0121243;REFB=-0.0299087;REVB=-0.00263166;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196548;STB=0.624816;STBP=0.252;TYPE=ins;VARB=0.0453752;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:15:35:15:34:19:3:12:7:12:99:20:3:12:7:13 chr19 1435170 . CA C 32.67 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0923444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.7299;QD=8.71215;RBI=0.115891;REFB=-0.0541544;REVB=0.0700227;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0.347826;SSEP=0;SSSB=0.637077;STB=0.881272;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.104528;OID=.;OPOS=1435171;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:15:6:15:9:5:1:1:8:32:9:5:1:1:8 chr19 1495634 . G A 240.05 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0199766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.711;QD=14.331;RBI=0.0200129;REFB=-0.0268217;REVB=0.00120512;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040702;STB=0.507457;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0335907;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:28:28:0.41791:14:14:17:20:14:14:19:20 chr19 1497543 . A G 140.75 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00922797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.338;QD=12.2393;RBI=0.0249885;REFB=-0.0252012;REVB=-0.0232222;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184491;STB=0.615163;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0461648;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:46:46:29:29:11:11:0.23913:8:3:12:17:8:3:12:17 chr19 1510661 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.355;QD=49.5989;RBI=0.0232273;REFB=0;REVB=0.0211975;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628689;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr19 1533972 . C G 1753.04 PASS AF=0.967213;AO=118;DP=123;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00993063;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.541;QD=57.4768;RBI=0.0467393;REFB=-0.0506257;REVB=0.0456722;RO=4;SAF=53;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344998;STB=0.518179;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0043827;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:123:122:4:4:118:118:0.967213:65:53:4:0:65:53:4:0 chr19 1534042 . T C 1204.01 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6662;QD=60.9625;RBI=0.0421409;REFB=0;REVB=-0.0236894;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36765e-05;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr19 1535084 . G A 1945.03 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238645;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.478;QD=60.3111;RBI=0.0326951;REFB=-0.026962;REVB=0.0223486;RO=1;SAF=69;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068371;STB=0.504273;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00013392;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:130:129:1:1:126:128:0.992248:57:69:1:0:58:70:0:1 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 957.47 PASS AF=0.865672,0.134328;AO=56,11;DP=67;FAO=58,9;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=26,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579694,-0.0167374;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=46.7382,192.691;QD=57.1626;RBI=0.00580818,0.0167382;REFB=0,0;REVB=-0.000361237,0.000171152;RO=0;SAF=30,5;SAR=26,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.29784e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00114674,0.00337213;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.865672,0.134328:56,11:67:58,9:67:0:32,3:26,6:0:0:46:0:30,5:26,6:0:0 chr19 1535205 . G C 940.47 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3165;QD=57.8748;RBI=0.0511625;REFB=0;REVB=0.00103306;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912513;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:30:34:0:1:31:34:0:0 chr19 1609267 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.98773e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.939;QD=62.022;RBI=0.0246225;REFB=0;REVB=0.0246224;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.265e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr19 1624007 . A G 1193.29 PASS AF=0.434932;AO=126;DP=289;FAO=127;FDP=292;FR=.;FRO=165;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=81;FSRR=84;FWDB=-0.0071237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2397;QD=16.3464;RBI=0.0527897;REFB=-0.00386409;REVB=-0.0523068;RO=163;SAF=68;SAR=58;SRF=81;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435151;STB=0.525192;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00484973;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:163:165:126:127:0.434932:58:68:81:82:59:68:81:84 chr19 1782798 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.547;QD=58.5878;RBI=0.042277;REFB=0;REVB=0.0167367;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416599;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr19 1789556 . C T 1007.65 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0220386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4095;QD=55.2139;RBI=0.0258018;REFB=-0.0152713;REVB=-0.0134178;RO=3;SAF=39;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862308;STB=0.504564;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00202501;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:31:39:2:1:31:39:2:1 chr19 1796166 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.236;QD=57.0007;RBI=0.0187035;REFB=0;REVB=0.0162957;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84058e-05;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr19 1810605 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.502;QD=51.1846;RBI=0.0369062;REFB=0;REVB=0.0283412;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162626;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 1811547 . A G 358.98 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=44;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0102777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.213;QD=31.9091;RBI=0.0411759;REFB=-0.0481929;REVB=0.0398726;RO=15;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159553;STB=0.580842;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0143053;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:15:29:30:0.666667:16:13:3:12:17:13:3:12 chr19 1811603 . C T 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0330106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.871;QD=24.5146;RBI=0.0330943;REFB=-0.031733;REVB=-0.00235101;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451551;STB=0.525095;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0248671;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:11:11:15:12:11:11 chr19 1819125 . T C 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0119899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.117;QD=19.4776;RBI=0.0163701;REFB=-0.00892024;REVB=-0.0111455;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088084;STB=0.543072;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00874923;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:23:18:22:19:23:18:22:20 chr19 1821637 . A G 175.4 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0180858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.661;QD=16.7049;RBI=0.0199442;REFB=-0.00651399;REVB=0.00840676;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175795;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0159862;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:16:17:0.404762:10:6:9:14:11:6:9:14 chr19 1825927 . TCTC T 229.15 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0152034;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.996;QD=13.6804;RBI=0.0153527;REFB=-0.00672392;REVB=0.00213596;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175558;STB=0.600881;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.00608707;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:25:69:27:67:40:11:16:10:30:99:39:11:14:11:28 chr19 1880950 . T C 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0105132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.055;QD=22.7107;RBI=0.0147914;REFB=-0.0363066;REVB=-0.0104047;RO=41;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20645;STB=0.613275;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0187907;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:22:26:12:29:22:26:12:29 chr19 1912934 . T C 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00236491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.443;QD=20.5629;RBI=0.0184353;REFB=-0.0035469;REVB=-0.018283;RO=30;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470334;STB=0.531329;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00285869;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:24:11:8:22:24:11:8:23 chr19 1912986 . C T 309.92 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0285371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9234;QD=18.7831;RBI=0.073456;REFB=0.00995979;REVB=-0.0676861;RO=32;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808657;STB=0.533314;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0102881;OID=.;OPOS=1912986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:21:12:9:23:21:12:10:23 chr19 1925970 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.699;QD=58.5878;RBI=0.0212734;REFB=0;REVB=0.00957953;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33038e-05;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 1979386 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0147754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.045;QD=15.1604;RBI=0.0499473;REFB=-0.0121867;REVB=0.0477118;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329155;STB=0.687686;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0119522;OID=.;OPOS=1979386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:17:5:9:7:17:5 chr19 1997363 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.652;QD=55.4103;RBI=0.0364536;REFB=-0.077338;REVB=0.0311964;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000755176;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr19 2040976 . C T 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0117693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2153;QD=18.7432;RBI=0.100689;REFB=0.00140851;REVB=0.0999986;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00788307;OID=.;OPOS=2040976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr19 2041032 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.241;QD=57.8848;RBI=0.0498499;REFB=0;REVB=-0.0496476;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36408e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr19 2046403 . G A 62.44 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0861997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7283;QD=20.8149;RBI=0.0878443;REFB=-0.0769956;REVB=0.0169181;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788369;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0407689;OID=.;OPOS=2046403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:1:3:5:3:1:3 chr19 2050823 . G T 231.7 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0102908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.231;QD=13.6295;RBI=0.0209733;REFB=0.00640521;REVB=0.0182751;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590881;STB=0.506325;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00393062;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:27:28:0.411765:14:13:19:20:15:13:19:21 chr19 2101170 . C G 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0250652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.517;QD=26.3047;RBI=0.0250652;REFB=-0.0155145;REVB=-2.71096e-05;RO=21;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117371;STB=0.564167;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00870046;OID=.;OPOS=2101170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:20:16:13:8:20:16:13:8 chr19 2110746 . G A 2435.65 PASS AF=0.975904;AO=162;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00893997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.916;QD=58.6903;RBI=0.0602255;REFB=-0.0995576;REVB=0.0595583;RO=1;SAF=88;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537681;STB=0.507109;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000578075;OID=.;OPOS=2110746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:1:4:162:162:0.975904:74:88:1:0:74:88:1:3 chr19 2116281 . T C 1163.79 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151553;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0295;QD=61.2523;RBI=0.0263576;REFB=0;REVB=0.0215648;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104948;OID=.;OPOS=2116281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr19 2116649 . A G 3806.35 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.756;QD=63.4392;RBI=0.0512673;REFB=0;REVB=0.00572394;RO=0;SAF=110;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5347e-05;OID=.;OPOS=2116649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:231:240:0:0:230:240:1:120:110:0:0:125:115:0:0 chr19 2138654 . T G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00502691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.023;QD=23.236;RBI=0.0205603;REFB=0.0179866;REVB=-0.0199363;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0167176;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:6:7:9:9:6:7 chr19 2226676 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0625861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.004;QD=25.4671;RBI=0.0660516;REFB=-0.0678803;REVB=0.0211139;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0274443;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:1:2:4:5:1:2 chr19 2245540 . GCCCG GCC,GCCG 201.89 PASS AF=0.532258,0;AO=29,8;DP=66;FAO=33,0;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=9,0;FSAR=24,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.196034,-0.287682;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=23.2685,10.4229;QD=13.0251;RBI=0.199057,0.315759;REFB=-0.193665,-0.244786;REVB=0.0345629,0.130165;RO=24;SAF=9,8;SAR=20,0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0590712,0.803452;STB=0.611224,0.5;STBP=0.079,1;TYPE=del,del;VARB=0.157981,0;OID=.,.;OPOS=2245543,2245541;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532258,0:29,8:66:33,0:62:29:9,0:24,0:14:15:99:24:9,8:20,0:6:18 chr19 2249477 . G T 531.08 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00481525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.415;QD=15.1737;RBI=0.0246511;REFB=-0.0154119;REVB=0.0241763;RO=81;SAF=32;SAR=26;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602947;STB=0.53042;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.021455;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:82:58:58:0.414286:26:32:40:41:26:32:41:41 chr19 2249583 . G A 369.29 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0197923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.894;QD=25.0364;RBI=0.0202287;REFB=-0.0276599;REVB=-0.00417893;RO=23;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876881;STB=0.548136;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0181244;OID=.;OPOS=2249583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:13:23:12:11:13:23:12:11 chr19 2249634 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0110344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.361;QD=26.8493;RBI=0.0112585;REFB=-0.0158129;REVB=-0.00223469;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188936;STB=0.604806;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0102514;OID=.;OPOS=2249634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:8:7:1:6:8:7:1:6 chr19 2251817 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000890117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.218;QD=62.6707;RBI=0.00104604;REFB=0;REVB=0.000549455;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21782e-06;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 2255311 . C G 223.7 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.052022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6893;QD=12.7827;RBI=0.0645041;REFB=-0.00687267;REVB=0.0381377;RO=42;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102194;STB=0.553357;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0126271;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:19:8:16:26:19:8:16:27 chr19 2278755 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0276111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.787;QD=20.7548;RBI=0.0339875;REFB=-0.0119515;REVB=-0.0198187;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.559922;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00864226;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:4:8:8:7:4:8 chr19 2280885 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0243111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.191;QD=12.8607;RBI=0.0339755;REFB=0.00431658;REVB=-0.0237341;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00578834;OID=.;OPOS=2280885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:5:3:2:5:5:3 chr19 2339949 . T C 928.59 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228324;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.597;QD=57.1441;RBI=0.141563;REFB=-0.0896828;REVB=-0.13971;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000461553;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chr19 2339958 . T C 782.34 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.768;QD=56.8971;RBI=0.0436426;REFB=0;REVB=0.0371751;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95697e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr19 2340154 . G GC 2100.52 PASS AF=1;AO=171;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10486;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4397;QD=40.7868;RBI=0.240772;REFB=0;REVB=0.216739;RO=36;SAF=76;SAR=95;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00346473;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:171:207:206:206:0:91:115:0:0:39:36:76:95:15:21 chr19 2341047 . C T 695.81 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6892;QD=60.505;RBI=0.0684928;REFB=-0.0181685;REVB=0.00839737;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00117384;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:14:31:0:1:14:31:0:1 chr19 2341059 . GT AC 631.9 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344044;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=225.574;QD=61.6489;RBI=0.0383309;REFB=0;REVB=0.0168996;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000154162;OID=.;OPOS=2341059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:14:27:0:0 chr19 2341301 . G A 1011.77 PASS AF=0.488263;AO=104;DP=213;FAO=104;FDP=213;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=-0.0254249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.912;QD=19.0003;RBI=0.0259961;REFB=-0.0127377;REVB=0.00541934;RO=109;SAF=46;SAR=58;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365929;STB=0.520129;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0145957;OID=.;OPOS=2341301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:109:109:104:104:0.488263:58:46:44:65:58:46:44:65 chr19 2353368 . G A 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239;QD=64.4038;RBI=0.045134;REFB=0;REVB=0.0171948;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109512;OID=.;OPOS=2353368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr19 2353372 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.401;QD=62.982;RBI=0.0433111;REFB=0;REVB=-0.00460225;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113256;OID=.;OPOS=2353372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr19 2389872 . G C 324.42 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0189618;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.38;QD=28.2108;RBI=0.0237876;REFB=-0.0176643;REVB=0.0143632;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095996;STB=0.553043;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0108525;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:19:9:8:10:19:9:8:10 chr19 2398849 . A G 1272.72 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191318;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.624;QD=60.6058;RBI=0.0197964;REFB=-0.11678;REVB=0.0050862;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000179316;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:83:83:0.988095:54:29:0:0:54:29:1:0 chr19 2405456 . C T 433.66 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0114342;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.754;QD=20.4075;RBI=0.0365827;REFB=-0.0140492;REVB=-0.0347499;RO=40;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711505;STB=0.52985;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0122846;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:40:42:43:43:0.505882:28:15:17:23:28:15:17:25 chr19 2405505 . C T 254.91 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.000367342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.668;QD=15.6867;RBI=0.00133046;REFB=-0.0138556;REVB=-0.00127874;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427383;STB=0.514276;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0168868;OID=.;OPOS=2405505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:17:12:13:22:17:12:14:22 chr19 2408486 . T C 186.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00633806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3695;QD=19.6602;RBI=0.0526645;REFB=0.0216443;REVB=-0.0522817;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252438;STB=0.640819;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0308042;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:3:16:11:8:3:16 chr19 2408495 . T G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00302971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.346;QD=21.1301;RBI=0.022219;REFB=-0.0175526;REVB=-0.0220115;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206612;STB=0.614939;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0225037;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:4:17:13:9:4:17 chr19 2408530 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0178871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.258;QD=21.1305;RBI=0.0191064;REFB=-0.00692174;REVB=-0.0067162;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194677;STB=0.608603;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0069085;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:5:16:12:10:5:16 chr19 2410332 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7038;QD=58.1401;RBI=0.0269719;REFB=0;REVB=0.0205287;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73586e-05;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 2413961 . G C 543.15 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.529;QD=58.7186;RBI=0.0377507;REFB=0;REVB=-0.0293727;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218668;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chr19 2415801 . G A 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00228922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.416;QD=25.8479;RBI=0.0131351;REFB=-0.0256138;REVB=0.0129341;RO=21;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108132;STB=0.559288;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0133836;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:22:13:11:10:22:13:11:10 chr19 2418031 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.533;QD=59.8393;RBI=0.00458846;REFB=0;REVB=6.55269e-05;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68201e-05;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 2422177 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00254499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.809;QD=12.329;RBI=0.00360968;REFB=-0.00518569;REVB=0.00255984;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358412;STB=0.726859;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0142374;OID=.;OPOS=2422177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:3:8:6:10:3:8:6:11 chr19 2427266 . G A 674.32 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00898804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.334;QD=18.7311;RBI=0.0121788;REFB=-0.00835564;REVB=-0.00821823;RO=75;SAF=26;SAR=42;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307897;STB=0.521398;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0127329;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:76:68:68:0.472222:42:26:31:44:42:26:32:44 chr19 2433890 . A C,G 803.03 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=3,54;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428939,0.02117;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.9486,137.528;QD=56.3527;RBI=0.047868,0.0283195;REFB=0,0;REVB=-0.0212475,-0.0188101;RO=0;SAF=2,20;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.77753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111283,0.00168935;OID=.,.;OPOS=2433890,2433890;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:57:57:0:0:3,54:2,55:0.0350877,0.964912:1,34:2,20:0:0:1,34:1,21:0:0 chr19 2538760 . A T 443.5 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0512066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.459;QD=49.2776;RBI=0.0623509;REFB=-0.00655241;REVB=0.0355741;RO=2;SAF=25;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365765;STB=0.506325;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00107811;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:36:2:3:33:33:0.916667:8:25:1:1:9:24:2:1 chr19 2714720 . A G 77.91 PASS AF=0.454545;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00637269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.538;QD=14.1654;RBI=0.0298058;REFB=-0.0233144;REVB=0.0291165;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466707;STB=0.806938;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0236456;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:7:10:0.454545:6:1:6:5:9:1:6:6 chr19 2714771 . T C 171.94 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0484946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2404;QD=20.2283;RBI=0.0539187;REFB=-0.0653349;REVB=0.023569;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181454;STB=0.610988;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0125436;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:10:7:10:6:11:7:10:6 chr19 2717256 . C G 280.73 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0157885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.128;QD=28.0728;RBI=0.0161058;REFB=-0.0117422;REVB=-0.00318151;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362204;STB=0.519984;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00440759;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:12:13:7:8:12:13:7:8 chr19 2732986 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.315;QD=57.2025;RBI=0.0211407;REFB=0;REVB=-0.00473109;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21111e-05;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr19 2762585 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.091;QD=57.2376;RBI=0.0730715;REFB=0;REVB=0.0486474;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382236;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr19 2767192 . G T 1818.24 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197314;FXX=0.0247913;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.982;QD=61.6354;RBI=0.0278378;REFB=0;REVB=0.0196371;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306233;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:71:47:0:0:71:47:0:0 chr19 2834808 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4862;QD=52.6131;RBI=0.0192696;REFB=0;REVB=-0.00549076;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382095;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 2853566 . A G 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.392;QD=56.1819;RBI=0.0579551;REFB=0;REVB=-0.0537722;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411107;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr19 2896818 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2283;QD=59.679;RBI=0.0117945;REFB=0;REVB=-0.00384034;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16496e-05;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr19 2896948 . T C 1731.2 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8591;QD=60.7439;RBI=0.0662546;REFB=0;REVB=0.0117508;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298332;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:44:70:0:0:44:70:0:0 chr19 2896953 . A G 1701.12 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161213;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.036;QD=60.7542;RBI=0.017892;REFB=0;REVB=-0.00776075;RO=0;SAF=69;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44047e-06;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:43:69:0:0:43:69:0:0 chr19 2915738 . T A 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.028037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.421;QD=13.4972;RBI=0.0315438;REFB=-0.016161;REVB=0.0144547;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556361;STB=0.531786;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0181764;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:19:12:21:27:19:12:21:27 chr19 2917186 . T C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00777667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.935;QD=15.5754;RBI=0.0078213;REFB=-0.00558094;REVB=-0.000834265;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804248;STB=0.545419;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00530336;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:10:21:15:10:10:21 chr19 2917287 . C A 162.25 PASS AF=0.34375;AO=19;DP=60;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00492451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6681;QD=10.1409;RBI=0.00526966;REFB=-0.0259781;REVB=-0.00187578;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13023;STB=0.603572;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0530176;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:41:42:19:22:0.34375:12:7:11:30:13:9:11:31 chr19 2917612 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00258702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.989;QD=12.0826;RBI=0.0133982;REFB=0.00176384;REVB=0.0131461;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668407;STB=0.549248;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0034312;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:13:8:15:19:13:8:16:19 chr19 2917689 . C T 171.82 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0145516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0468;QD=11.0849;RBI=0.0211587;REFB=-0.0130338;REVB=0.0153604;RO=40;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295062;STB=0.672733;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0229144;OID=.;OPOS=2917689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:16:6:21:19:16:6:21:19 chr19 2934054 . G A 194.87 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0101476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.578;QD=17.3215;RBI=0.0417637;REFB=-0.00401652;REVB=0.0405122;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984044;STB=0.505612;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00889433;OID=.;OPOS=2934054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:11:14:11:9:11:14 chr19 2934282 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.874;QD=56.938;RBI=0.0335096;REFB=0;REVB=0.0328774;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287155;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr19 2936623 . C T 805.02 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.174;QD=64.4012;RBI=0.0268796;REFB=0;REVB=0.00459427;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72478e-05;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr19 2993427 . T C 1536.8 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.48;QD=62.7267;RBI=0.0308448;REFB=0.00106749;REVB=0.0276827;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024894;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:98:1:0:95:98:1:50:45:0:1:52:46:0:0 chr19 3028871 . G C 277.72 PASS AF=0.5;AO=28;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0174909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.327;QD=17.9177;RBI=0.0208579;REFB=-0.0369834;REVB=0.0113631;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103917;STB=0.54928;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0344738;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:31:28:31:0.5:13:15:20:11:14:17:20:11 chr19 3062857 . T C 847.2 PASS AF=0.417778;AO=94;DP=225;FAO=94;FDP=225;FR=.;FRO=131;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=0.0120209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.922;QD=15.0613;RBI=0.0130229;REFB=-0.0251112;REVB=0.00500926;RO=131;SAF=42;SAR=52;SRF=50;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069308;STB=0.538661;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0469091;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:131:131:94:94:0.417778:52:42:50:81:52:42:50:81 chr19 3150238 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.84;QD=61.3342;RBI=0.0302134;REFB=0;REVB=0.00346082;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108326;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 3155902 . G A 291.17 PASS AF=0.434211;AO=30;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0351765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.998;QD=15.3246;RBI=0.035205;REFB=-0.0190278;REVB=0.0014144;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244554;STB=0.50602;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0303972;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:42:43:30:33:0.434211:15:15:22:20:15:18:23:20 chr19 3186085 . G T 418.12 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0196968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.387;QD=14.5433;RBI=0.0243936;REFB=-0.0214586;REVB=0.0143903;RO=67;SAF=27;SAR=21;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206641;STB=0.511623;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0375125;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:21:27:39:28:21:27:39:28 chr19 3208890 . T C 724.4 PASS AF=0.626168;AO=67;DP=107;FAO=67;FDP=107;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0115442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6541;QD=27.0802;RBI=0.0285623;REFB=-0.0279198;REVB=-0.0261254;RO=39;SAF=15;SAR=52;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202482;STB=0.607184;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0201677;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:39:40:67:67:0.626168:52:15:18:21:52:15:18:22 chr19 3224896 . G C 580.12 PASS AF=0.531532;AO=57;DP=110;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00564471;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.021;QD=20.9054;RBI=0.011795;REFB=-0.012486;REVB=-0.0103566;RO=51;SAF=21;SAR=36;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394771;STB=0.515382;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0114661;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:51:52:57:59:0.531532:36:21:21:30:37:22:21:31 chr19 3534842 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0211279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.28;QD=11.8306;RBI=0.0230627;REFB=-0.0145616;REVB=-0.00924653;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0216273;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:7:11:7:4:7:11 chr19 3543397 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00689941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.313;QD=8.62782;RBI=0.00873294;REFB=-0.00400842;REVB=-0.00535371;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369931;STB=0.72686;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0126917;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:16:11:8:3:16:11 chr19 3576314 . CCTT C 698.8 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0251028;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.296;QD=44.368;RBI=0.0302525;REFB=-0.0644123;REVB=-0.0168839;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504782;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.00142209;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.968254:59:63:61:63:2:22:39:1:1:4:0:20:39:0:0 chr19 3595923 . G A 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.522;QD=62.3439;RBI=0.0432467;REFB=0;REVB=0.0158877;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299074;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr19 3611765 . A G 151.64 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00382392;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.222;QD=15.5533;RBI=0.0363914;REFB=-0.00709899;REVB=0.03619;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241174;STB=0.669887;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0119466;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:22:15:17:0.435897:11:4:11:12:13:4:11:11 chr19 3611972 . G A 478.64 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00473375;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.289;QD=22.0063;RBI=0.00510545;REFB=-0.0106191;REVB=0.00191237;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863996;STB=0.545248;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00533747;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:41:45:46:0.528736:26:19:13:27:26:20:14:27 chr19 3614403 . T C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.277;QD=53.9324;RBI=0.0322277;REFB=-0.0270655;REVB=0.0290836;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00186199;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr19 3633115 . C A 86.05 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528196;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.274;QD=38.2425;RBI=0.0528196;REFB=-0.0616426;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486244;OID=.;OPOS=3633115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:0:9:0:0 chr19 3633192 . A G 35.53 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.00394341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1601;QD=5.92117;RBI=0.0297109;REFB=-0.00122387;REVB=-0.029448;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470504;STB=0.777234;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00261858;OID=.;OPOS=3633192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:17:1:2:4:17:1 chr19 3653525 . C T 1360.43 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.010397;FXX=0.0107515;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.744;QD=59.1491;RBI=0.0187104;REFB=0.063383;REVB=0.0155558;RO=2;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164759;STB=0.50418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00012392;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:48:41:1:1:48:41:1:2 chr19 3728609 . G A 749.47 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298815;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.512;QD=63.7844;RBI=0.0572444;REFB=0;REVB=0.0488264;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897896;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:29:18:0:0 chr19 3730041 . C T 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8513;QD=53.9018;RBI=0.0752129;REFB=0;REVB=0.0578309;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180957;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr19 3731985 . G A 127.81 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.015372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.272;QD=24.3453;RBI=0.0416351;REFB=-0.0383859;REVB=0.0386934;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243242;STB=0.618887;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0311572;OID=.;OPOS=3731985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:21:7:7:13:14:0.666667:7:6:6:1:7:7:6:1 chr19 3738649 . A C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6631;QD=62.0211;RBI=0.0559557;REFB=0;REVB=0.00992561;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000740156;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr19 3738971 . A G 803.27 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3701;QD=55.3976;RBI=0.0107881;REFB=-0.117755;REVB=-0.00208576;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00247962;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:1:0:27:30:1:0 chr19 3740658 . T G 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.652;QD=60.8493;RBI=0.0318434;REFB=0;REVB=0.0278751;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25337e-05;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr19 3746087 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.271;QD=58.5977;RBI=0.0137882;REFB=0;REVB=0.0101915;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75549e-05;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr19 3762698 . C T 1324.49 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.868;QD=61.604;RBI=0.0517023;REFB=0;REVB=0.043827;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248479;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:30:52:0:0:34:52:0:0 chr19 3767265 . C T 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.296;QD=63.8659;RBI=0.0423191;REFB=0;REVB=0.0146597;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020763;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 3779584 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0821902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5293;QD=12.0149;RBI=0.0822572;REFB=0.00871484;REVB=0.00331968;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00907171;OID=.;OPOS=3779584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:2:5:3:3:2:5 chr19 3820191 . C T 321.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.879;QD=53.5676;RBI=0.0439551;REFB=0;REVB=0.0119595;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361508;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr19 3831449 . G A 260.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248271;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.868;QD=52.1582;RBI=0.0343764;REFB=0;REVB=0.0237771;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264775;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 3831524 . AC AA,A 443.27 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=27,4;DP=32;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680241,-0.00131246;FXX=0.0312402;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=50.122,24.9871;QD=57.1964;RBI=0.0826593,0.0382093;REFB=0,0;REVB=0.0469605,-0.0381867;RO=0;SAF=15,1;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00688084,0.0336637;OID=.,.;OPOS=3831525,3831525;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967742,0.0322581:27,4:32:30,1:31:0:16,0:14,1:0:0:5:0:15,1:12,3:0:0 chr19 3831765 . G A 537.39 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=59.7102;RBI=0.0174644;REFB=0;REVB=0.0159297;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153217;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:26:10:0:0 chr19 3920750 . T C 422.93 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=43;FWDB=-0.0231875;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.707;QD=16.7497;RBI=0.0288301;REFB=-0.0034156;REVB=-0.0171323;RO=56;SAF=15;SAR=31;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132211;STB=0.570079;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00357647;OID=.;OPOS=3920750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:55:46:46:0.455446:31:15:12:44:31:15:12:43 chr19 3977486 . A G 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.323;QD=59.8235;RBI=0.0753061;REFB=0;REVB=0.0678247;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198458;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 3979408 . A G 670.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5072;QD=62.3275;RBI=0.0524121;REFB=0;REVB=-0.0163198;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917451;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 3982967 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0351065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4187;QD=27.8589;RBI=0.0356424;REFB=-0.00985608;REVB=-0.0061577;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886834;STB=0.549238;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00604677;OID=.;OPOS=3982967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:3:5:8:9:3:5 chr19 3983151 . G A 193.91 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0721421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.045;QD=16.8619;RBI=0.0738715;REFB=-0.0205214;REVB=-0.0158906;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447096;STB=0.755887;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0259388;OID=.;OPOS=3983151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:20:20:0.434783:8:12:3:22:8:12:3:23 chr19 3983184 . A G 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000713387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.282;QD=18.5769;RBI=0.027351;REFB=-0.00416575;REVB=-0.0273417;RO=31;SAF=7;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352619;STB=0.698349;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00758936;OID=.;OPOS=3983184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:24:7:18:13:24:7:18:13 chr19 4028783 . C T 289.87 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0261806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.713;QD=19.0075;RBI=0.0269388;REFB=-0.0230372;REVB=0.00634614;RO=30;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268881;STB=0.65084;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0235196;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:23:8:16:14:23:8:16:14 chr19 4033462 . T C 1144.8 PASS AF=0.5;AO=113;DP=230;FAO=115;FDP=230;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.041346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.53;QD=19.9096;RBI=0.0424786;REFB=-0.0140522;REVB=-0.00974358;RO=112;SAF=54;SAR=59;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694309;STB=0.530568;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0142521;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:112:115:113:115:0.5:59:54:45:67:60:55:48:67 chr19 4042858 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0247356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7282;QD=13.0607;RBI=0.0345236;REFB=-0.0246821;REVB=-0.0240838;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124416;STB=0.571373;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0374983;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:20:20:16:10:20:20 chr19 4042923 . A G 320.24 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.034943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1462;QD=15.8141;RBI=0.0423355;REFB=-0.0114368;REVB=-0.0239014;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190436;STB=0.516598;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0123275;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:17:18:24:21:17:18:25:21 chr19 4043024 . T C 369.56 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0143465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.967;QD=19.7096;RBI=0.0235073;REFB=-0.0388993;REVB=-0.0186219;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612058;STB=0.53293;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0318754;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:37:38:0.506667:23:14:16:20:23:15:17:20 chr19 4054154 . G C 890.26 PASS AF=0.455;AO=91;DP=200;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.00832675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.576;QD=17.8052;RBI=0.0179232;REFB=-0.0249266;REVB=-0.0158716;RO=109;SAF=41;SAR=50;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352821;STB=0.519562;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0300368;OID=.;OPOS=4054154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:109:109:91:91:0.455:50:41:53:56:50:41:53:56 chr19 4101062 . G T 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0294886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.175;QD=19.8249;RBI=0.0347499;REFB=-0.0180746;REVB=-0.0183842;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217537;STB=0.613247;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0219948;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:9:18:10:14:9:18:11:14 chr19 4180836 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.531;QD=62.9822;RBI=0.0424414;REFB=0;REVB=0.0385797;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124604;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr19 4186395 . T G 391.56 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=70;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00186706;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.534;QD=21.7535;RBI=0.00734682;REFB=-0.00955018;REVB=0.00710562;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154788;STB=0.559623;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00871463;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:33:36:39:0.541667:18:18:11:23:21:18:11:22 chr19 4200156 . G A 246.83 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.02355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5542;QD=24.6833;RBI=0.0240305;REFB=-0.0321799;REVB=0.00478136;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027687;STB=0.515405;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0266389;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:8:9:13:10:8:9 chr19 4210356 . G A 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0242987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.925;QD=16.5361;RBI=0.0288336;REFB=-0.0102046;REVB=-0.0155225;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.586108;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0138734;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:6:12:12:10:6:12:12:11 chr19 4217207 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.176;QD=57.0008;RBI=0.0190075;REFB=0;REVB=0.013931;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73357e-06;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr19 4236996 . G A 338.71 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00801159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.634;QD=15.2227;RBI=0.00986563;REFB=-0.00684226;REVB=-0.00575718;RO=52;SAF=14;SAR=23;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261624;STB=0.647615;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0127568;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:23:14:33:19:23:14:33:19 chr19 4237067 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0235401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.436;QD=14.6688;RBI=0.0318274;REFB=-0.0319494;REVB=-0.0214208;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29641;STB=0.667499;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0590748;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:23:9:14:10:23:9 chr19 4251069 . T C 498.05 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00594525;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1296;QD=20.538;RBI=0.0119172;REFB=-0.00377632;REVB=-0.0103283;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120942;STB=0.566939;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00402117;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:49:49:48:48:0.494845:23:25:19:30:23:25:19:30 chr19 4254375 . C T 77.74 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0209353;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.007;QD=12.4377;RBI=0.0427004;REFB=-0.00960412;REVB=-0.037216;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179822;STB=0.608457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.012994;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:2:8:10:5:2:8:10:5 chr19 4280186 . C T 500.05 PASS AF=0.465517;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0449186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6855;QD=17.2431;RBI=0.0599861;REFB=-0.00330863;REVB=0.0397574;RO=62;SAF=33;SAR=20;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106336;STB=0.552146;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00332219;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:62:53:54:0.465517:20:33:32:30:21:33:32:30 chr19 4288332 . A G 204.78 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00703301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.389;QD=22.7533;RBI=0.0145261;REFB=-0.00530419;REVB=0.0127101;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383127;STB=0.728337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00740308;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:16:20:20:0.555556:15:5:10:3:15:5:12:4 chr19 4292597 . C T 132.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0388888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6132;QD=14.6669;RBI=0.0590706;REFB=-0.0159487;REVB=0.0444634;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0258479;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:9:12:9:6:9:12 chr19 4325433 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.027;QD=55.6561;RBI=0.0298958;REFB=0;REVB=0.0246117;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0506e-05;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 4333711 . C T 2065.42 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000338839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6367;QD=61.6542;RBI=0.0840147;REFB=-0.0509431;REVB=0.084014;RO=2;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133844;STB=0.503448;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000513902;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:2:1:131:133:0.992537:70:61:0:2:72:61:0:1 chr19 4345941 . T C 86.78 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0179128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.129;QD=12.3968;RBI=0.0528688;REFB=-0.0291088;REVB=0.0497417;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128126;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0428645;OID=.;OPOS=4345941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:4:6:10:7:5:6:10:7 chr19 4352959 . A G 115.3 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.447;QD=41.9272;RBI=0.0332;REFB=0;REVB=0.0131805;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423335;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 4357555 . A G 2205.08 PASS AF=1;AO=137;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448624;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8712;QD=63.0022;RBI=0.0512404;REFB=0;REVB=0.0247578;RO=0;SAF=56;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232867;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:137:140:1:81:56:0:0:81:59:0:0 chr19 4362691 . G C 538.45 PASS AF=0.401361;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.0176461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.409;QD=14.6517;RBI=0.0241646;REFB=-0.0140124;REVB=-0.0165089;RO=85;SAF=22;SAR=37;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022537;STB=0.520671;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0229766;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:85:88:59:59:0.401361:37:22:30:55:37:22:30:58 chr19 4365494 . C T 518.42 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0196131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.044;QD=22.7875;RBI=0.0196148;REFB=-0.0181294;REVB=0.000258407;RO=42;SAF=28;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139542;STB=0.576771;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.014383;OID=.;OPOS=4365494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:21:28:17:25:21:28:17:25 chr19 4400314 . C T 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.135487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.476;QD=12.7346;RBI=0.139645;REFB=0.00477544;REVB=0.0338227;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00670324;OID=.;OPOS=4400314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr19 4442336 . C G,T 954.22 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,63;DP=66;FAO=3,63;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525928,0.0372449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.6193,181.159;QD=57.8316;RBI=0.017284,0.0616556;REFB=0,0;REVB=-0.0164644,0.0491348;RO=0;SAF=2,18;SAR=1,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18913e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00263763,0.00338306;OID=.,.;OPOS=4442336,4442336;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:66:66:0:0:3,63:3,63:0.0454545,0.954545:1,45:2,18:0:0:1,45:2,18:0:0 chr19 4442999 . T G 937.55 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.653;QD=58.5967;RBI=0.0307677;REFB=0;REVB=-0.0026807;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115669;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr19 4443046 . T C 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.012659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.032;QD=18.7913;RBI=0.0168141;REFB=-0.00603786;REVB=-0.0110662;RO=49;SAF=32;SAR=12;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334542;STB=0.687028;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00596107;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:12:32:19:30:12:32:19:30 chr19 4454083 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0227803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3858;QD=19.058;RBI=0.0527773;REFB=0.00472331;REVB=0.0476078;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252995;STB=0.643282;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0135809;OID=.;OPOS=4454083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:13:7:12:7:13:7 chr19 4457650 . C T 201.3 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0584759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.96;QD=15.1926;RBI=0.0599185;REFB=-0.0148597;REVB=0.0130687;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211506;STB=0.580689;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0193431;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:30:21:23:0.433962:16:5:12:17:16:7:13:17 chr19 4491642 . C T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00550845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0946;QD=15.5684;RBI=0.0862895;REFB=0.00559063;REVB=0.0861135;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983855;STB=0.555516;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00538368;OID=.;OPOS=4491642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:14:21:14:14:14:21 chr19 4493708 . A G 570.0 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0317027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.649;QD=15.8333;RBI=0.0348566;REFB=-0.0156037;REVB=-0.0144887;RO=80;SAF=29;SAR=32;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881906;STB=0.538414;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0154517;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:83:61:61:0.423611:32:29:45:35:32:29:45:38 chr19 4508945 . A G 1011.92 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.589;QD=57.8239;RBI=0.0546464;REFB=-0.0296683;REVB=0.0522021;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000561106;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:37:31:1:0:37:32:1:0 chr19 4510560 . C T 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0065875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.948;QD=23.8427;RBI=0.0393016;REFB=0.000569888;REVB=0.0387456;RO=30;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176775;STB=0.596447;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000109444;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:24:17:6:24:24:17:6:24 chr19 4511140 . C G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0178317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.975;QD=14.6538;RBI=0.0201957;REFB=-0.0203431;REVB=-0.00948136;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157287;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr19 4511278 . C T 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.000505346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.101;QD=3.89771;RBI=0.00925063;REFB=-0.00626984;REVB=-0.00923682;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372272;STB=0.747131;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0216014;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:3:5:13:29:3:5:13:29 chr19 4511281 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0179669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.989;QD=18.6419;RBI=0.0292491;REFB=-0.0419374;REVB=0.0230803;RO=26;SAF=4;SAR=21;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45069;STB=0.756883;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166116;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:21:4:15:11:21:4:15:11 chr19 4511283 . CA TG 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00100877;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.319;QD=3.67731;RBI=0.00914294;REFB=-0.00616025;REVB=-0.00908712;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335752;STB=0.726765;STBP=0.205;TYPE=mnp;VARB=0.0348145;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:3:5:15:29:3:5:15:29 chr19 4511350 . T A 531.5 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0632292;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.897;QD=39.3704;RBI=0.063243;REFB=-0.0642972;REVB=0.00132108;RO=10;SAF=16;SAR=28;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500199;STB=0.526869;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00362595;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:54:10:10:44:44:0.814815:28:16:5:5:28:16:5:5 chr19 4511453 . G A 383.04 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0490062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1126;QD=52.8325;RBI=0.155203;REFB=-0.0558272;REVB=0.147263;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.52939;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00448154;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:20:8:0:0:20:8:1:0 chr19 4511479 . A T 51.26 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.025919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.957;QD=5.54205;RBI=0.028827;REFB=-0.0133782;REVB=-0.0126173;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549494;STB=0.503588;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157957;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:11:18:5:3:11:18 chr19 4511491 . A G 69.95 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.025114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=7.17404;RBI=0.0255907;REFB=-0.00875431;REVB=0.00491646;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765366;STB=0.566336;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.052429;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:38:39:28:29:9:10:0.25641:6:3:11:17:7:3:11:18 chr19 4511525 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.083;QD=56.1916;RBI=0.0359764;REFB=0;REVB=0.0281947;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300989;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 4511647 . C G 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7788;QD=60.9687;RBI=0.0354648;REFB=0;REVB=0.0230304;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552988;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr19 4511674 . C T 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0117659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.595;QD=3.54655;RBI=0.0150307;REFB=-0.00492724;REVB=0.0093533;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998856;STB=0.571216;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0293018;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:5:2:14:25:5:2:14:25 chr19 4511677 . A G 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00219139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.841;QD=20.8105;RBI=0.018803;REFB=0.00637865;REVB=-0.0186749;RO=23;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179607;STB=0.601676;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00607899;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:17:6:10:13:17:6:10:13 chr19 4511679 . CA TG 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00799699;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.682;QD=3.63778;RBI=0.0102794;REFB=0.000758792;REVB=0.00645864;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782077;STB=0.555391;STBP=0.786;TYPE=mnp;VARB=-0.00267283;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:13:25:5:2:13:25 chr19 4511719 . G GC 328.57 PASS AF=1;AO=5;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171651;FXX=0.0465008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6452;QD=32.0557;RBI=0.177981;REFB=0;REVB=0.0470453;RO=38;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00779263;OID=.;OPOS=4511720;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:45:41:41:0:14:27:0:0:7:38:3:2:11:27 chr19 4511725 . T C 624.48 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0602586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5781;QD=56.7707;RBI=0.0724169;REFB=0.00350684;REVB=0.0401635;RO=2;SAF=12;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021039;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00193513;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:44:2:1:40:43:0.977273:28:12:1:1:29:14:0:1 chr19 4511730 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.574;QD=56.9382;RBI=0.0276521;REFB=0;REVB=-0.00762306;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2237e-05;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr19 4511737 . T C 230.45 PASS AF=0.45;AO=23;DP=56;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0297155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5479;QD=15.3634;RBI=0.0547302;REFB=-0.0253907;REVB=0.0459607;RO=33;SAF=5;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224932;STB=0.536558;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0190846;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:33:33:23:27:0.45:18:5:13:20:18:9:13:20 chr19 4511746 . A T 207.11 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0394279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.583;QD=13.1496;RBI=0.0433508;REFB=0.0125158;REVB=0.0180204;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504486;STB=0.522431;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0051746;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:16:9:15:22:16:9:15:23 chr19 4511791 . A C 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0265829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.383;QD=12.2917;RBI=0.0266533;REFB=-0.00870315;REVB=-0.00193549;RO=54;SAF=9;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245979;STB=0.64224;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.014276;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:22:9:27:27:22:9:27:27 chr19 4511830 . A G 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0088509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.825;QD=20.4406;RBI=0.0097471;REFB=-0.00595755;REVB=0.0040826;RO=35;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154069;STB=0.585409;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00574358;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:23:15:20:15:23:15:20:15 chr19 4511908 . C T 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0314229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.773;QD=15.7527;RBI=0.0318232;REFB=-0.00108096;REVB=0.00503151;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15872;STB=0.589423;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00161375;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:19:27:15:20:19:27 chr19 4511920 . T C 32.49 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0150423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.997;QD=1.54691;RBI=0.0299999;REFB=-0.0021045;REVB=-0.0259562;RO=76;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230661;STB=0.678762;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.022917;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:3:5:32:44:3:5:32:44 chr19 4511927 . G A 285.29 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0620686;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1536;QD=15.2156;RBI=0.0621674;REFB=-0.00969298;REVB=-0.00350468;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611951;STB=0.534537;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0114263;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:43:32:32:0.426667:19:13:15:28:19:13:15:28 chr19 4511929 . A G 249.77 PASS AF=0.407895;AO=27;DP=70;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0188251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9626;QD=13.1456;RBI=0.0348329;REFB=-0.0277179;REVB=0.0293078;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151412;STB=0.539251;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.038691;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:76:42:45:27:31:0.407895:17:10:15:27:18:13:16:29 chr19 4511955 . T C 1327.12 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295583;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.33;QD=61.7266;RBI=0.0300308;REFB=0;REVB=0.00530643;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208098;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:1:0:85:86:1:50:35:0:1:51:35:0:0 chr19 4512100 . T A 616.18 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0346597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.594;QD=18.9595;RBI=0.0377593;REFB=-0.00790562;REVB=-0.0149823;RO=67;SAF=34;SAR=29;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140521;STB=0.577646;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00769211;OID=.;OPOS=4512100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:29:34:26:41:29:34:26:41 chr19 4512514 . G C 219.44 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000326981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.014;QD=23.7235;RBI=0.0376606;REFB=-0.00102756;REVB=0.0376592;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.523787;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000995782;OID=.;OPOS=4512514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:8:12:10:6:9:12:10:6 chr19 4512894 . TG TC,T 40.12 PASS AF=0.0212766,0.170213;AO=4,6;DP=47;FAO=1,8;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=1,4;FSAR=0,4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0442406,0.00278851;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=46.7458,20.5712;QD=3.41466;RBI=0.0455992,0.0283436;REFB=-0.00230523,-0.0124484;REVB=-0.011048,0.0282061;RO=36;SAF=2,4;SAR=2,2;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0607658,0.260024;STB=0.990428,0.521685;STBP=0.278,0.928;TYPE=snp,del;VARB=0.104616,0.0644257;OID=.,.;OPOS=4512895,4512895;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0212766,0.170213:4,6:47:1,8:47:38:1,4:0,4:18:20:26:36:2,4:2,2:16:20 chr19 4513143 . CA TG 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00250098;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.743;QD=39.4353;RBI=0.0621765;REFB=-0.204439;REVB=-0.0621261;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151283;STB=0.583225;STBP=0.103;TYPE=mnp;VARB=0.00799377;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:0:2:5:11:0:2 chr19 4513559 . A G 865.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.116;QD=56.7494;RBI=0.0439983;REFB=0;REVB=0.0436481;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013889;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:42:17:0:0:44:17:0:0 chr19 4525046 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0189927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.197;QD=15.2626;RBI=0.0217334;REFB=-0.0227587;REVB=0.0105648;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154499;STB=0.589338;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0367483;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:6:10:6:7:6:10 chr19 4538599 . G A 540.56 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0166275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.794;QD=12.8704;RBI=0.0167182;REFB=-0.00509134;REVB=0.00173936;RO=103;SAF=26;SAR=38;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139972;STB=0.582186;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00973081;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:103:104:64:64:0.380952:38:26:55:48:38:26:56:48 chr19 4558431 . C G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0041541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.336;QD=15.1663;RBI=0.0125531;REFB=-0.0376995;REVB=-0.0118458;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0382845;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:11:9:7:8:11:9 chr19 4769740 . C A 985.52 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413998;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.765;QD=58.837;RBI=0.042779;REFB=-0.0337947;REVB=-0.0107748;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68408e-06;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr19 4794257 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.525;QD=63.872;RBI=0.0240769;REFB=0;REVB=-0.00622844;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07855e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 260.21 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136741;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=8;MLLD=314.813;QD=52.0411;RBI=0.0144623;REFB=0;REVB=0.00470915;RO=3;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.76158e-05;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:23:20:20:0:9:11:0:0:4:3:8:11:2:1 chr19 4818378 . T C 388.12 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0122032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.411;QD=26.7666;RBI=0.0133784;REFB=-0.0251938;REVB=-0.00548298;RO=21;SAF=8;SAR=29;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145511;STB=0.579954;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0230189;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:29:8:8:13:29:8:8:13 chr19 4847713 . A G 159.21 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00680498;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.756;QD=11.3723;RBI=0.00853674;REFB=-0.0111335;REVB=-0.00515443;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236114;STB=0.636712;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0195819;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:24:12:11:9:24:12 chr19 4847874 . A G 307.55 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0557661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1111;QD=15.9768;RBI=0.0604777;REFB=-0.0269421;REVB=-0.023403;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224347;STB=0.619266;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0200084;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:34:34:0.441558:20:14:27:15:20:14:27:16 chr19 4852106 . A G 478.07 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00800393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.91;QD=19.7142;RBI=0.00990275;REFB=0.0142181;REVB=0.00583109;RO=49;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230882;STB=0.508394;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0134101;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:19:28:28:21:19:28:29:21 chr19 4852137 . C T 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0017325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.569;QD=19.587;RBI=0.013981;REFB=-0.0175676;REVB=0.0138733;RO=46;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14041;STB=0.577855;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0192647;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:23:21:29:17:23:21:29:17 chr19 4859937 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00679196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.866;QD=16.8984;RBI=0.0105628;REFB=-0.0179779;REVB=0.00808962;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157971;STB=0.590739;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0147144;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:7:2:4:6:7:2 chr19 4945914 . A C 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00436936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.526;QD=20.5973;RBI=0.0309787;REFB=-0.0106955;REVB=-0.0306691;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652459;STB=0.536805;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0164316;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:9:10:12:8:9:10 chr19 4945917 . C T 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0273677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.069;QD=20.5989;RBI=0.0280276;REFB=-0.0118617;REVB=-0.00604635;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652459;STB=0.536805;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0210471;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:9:10:12:8:9:10 chr19 4945974 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.708;QD=54.5143;RBI=0.0767509;REFB=0;REVB=0.0763514;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086422;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 4950770 . C T 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0197099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.692;QD=18.0087;RBI=0.0293967;REFB=-0.00806876;REVB=0.0218102;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332661;STB=0.69148;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00581221;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:11:24:12:25:11:24:12:26 chr19 4954679 . G C,GC 664.71 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=5,36;DP=59;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488855,0.0296785;FXX=0.0172384;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=8.9844,20.5446;QD=46.6464;RBI=0.0853247,0.0325034;REFB=0,0;REVB=-0.0699323,-0.0132534;RO=16;SAF=4,22;SAR=1,14;SRF=1;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.718911,0.303519;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0455447,0.0159243;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:59:57:16:0:5,36:4,53:0.0701754,0.929825:1,14:4,22:1:15:0,31:4,22:0:0 chr19 5135392 . A G 1541.79 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0159052;FXX=0.0178555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.339;QD=56.065;RBI=0.0186949;REFB=-0.0044696;REVB=0.00982481;RO=4;SAF=51;SAR=55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130268;STB=0.500687;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000272192;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:4:4:106:106:0.963636:55:51:2:2:55:51:2:2 chr19 5206775 . A G 689.85 PASS AF=1;AO=33;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5588;QD=62.7139;RBI=0.147658;REFB=0;REVB=0.138606;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648077;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:33:44:1:17:16:0:0:23:21:0:0 chr19 5214697 . A G 958.41 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798922;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.056;QD=58.9793;RBI=0.0126247;REFB=0;REVB=-0.00977524;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80989e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr19 5455611 . C T 190.43 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0413922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5871;QD=12.091;RBI=0.0574221;REFB=0.0155572;REVB=0.0397993;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17647;STB=0.587231;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0241755;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:12:11:25:14:12:12:25:14 chr19 5455735 . G A 398.94 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0210323;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3852;QD=20.7243;RBI=0.0557641;REFB=-0.0257566;REVB=0.0516457;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173362;STB=0.607136;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0228774;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:37:39:40:0.519481:21:18:25:13:22:18:25:12 chr19 5455796 . A G 1044.86 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.155;QD=59.7065;RBI=0.0601166;REFB=0;REVB=0.0132785;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143792;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr19 5455971 . G T 268.57 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0480179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.327;QD=10.1346;RBI=0.0483111;REFB=-0.00899033;REVB=-0.00531498;RO=71;SAF=24;SAR=11;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319955;STB=0.685608;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0520543;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:71:35:35:0.330189:11:24:29:42:11:24:29:42 chr19 5455978 . T C 311.96 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0223879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.794;QD=11.448;RBI=0.0234815;REFB=-0.0117581;REVB=-0.00708249;RO=70;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311904;STB=0.678697;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.02033;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:70:39:39:0.357798:13:26:27:43:13:26:27:43 chr19 5455990 . G A 260.35 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00783641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.973;QD=9.29829;RBI=0.053136;REFB=-0.0309115;REVB=0.0525549;RO=77;SAF=21;SAR=14;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185852;STB=0.608479;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0422151;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:77:77:35:35:0.3125:14:21:34:43:14:21:34:43 chr19 5456450 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.597;QD=57.0006;RBI=0.011086;REFB=0;REVB=0.00467881;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23639e-06;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr19 5696146 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00596665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.752;QD=10.715;RBI=0.0199373;REFB=0.0014773;REVB=0.0190235;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152806;STB=0.534834;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00438319;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:13:14:0.325581:6:7:16:13:7:7:16:13 chr19 5766090 . T C 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0246027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4756;QD=11.1293;RBI=0.0310502;REFB=-0.0096065;REVB=-0.0189426;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266185;STB=0.655473;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0229368;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:3:14:6:4:3:14 chr19 5772897 . C T 385.29 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0182515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.979;QD=17.9203;RBI=0.0196852;REFB=0.0037799;REVB=-0.00737493;RO=46;SAF=9;SAR=31;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151542;STB=0.585302;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00337103;OID=.;OPOS=5772897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:31:9:16:30:31:9:16:30 chr19 5772950 . G A 324.59 PASS AF=0.55;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0162411;FXX=0.0322529;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.885;QD=21.6393;RBI=0.0511094;REFB=0.00490965;REVB=-0.0484602;RO=23;SAF=9;SAR=24;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105173;STB=0.552694;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00514629;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:23:27:33:33:0.55:24:9:9:14:24:9:10:17 chr19 5778517 . A T 215.23 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.000613069;FXX=0.101435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.509;QD=13.886;RBI=0.00304579;REFB=0.00418358;REVB=-0.00298346;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518286;STB=0.519984;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00859578;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:31:37:25:25:0.403226:15:10:14:17:15:10:16:21 chr19 5783905 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0083157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7973;QD=15.645;RBI=0.0653594;REFB=-0.00687496;REVB=0.0648282;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124398;STB=0.571361;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0127927;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:18:11:6:16:18:11 chr19 5786815 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00609571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.652;QD=13.23;RBI=0.00901143;REFB=-0.0199608;REVB=-0.00663688;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030743;STB=0.517984;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0336072;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:11:18:11:6:11:18 chr19 5789565 . T C 255.05 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0178422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.306;QD=18.218;RBI=0.018617;REFB=-0.046728;REVB=0.00531473;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451088;STB=0.536057;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0293561;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:28:28:25:28:0.5:11:14:17:11:13:15:17:11 chr19 5831577 . G C 250.49 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0131446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7907;QD=14.5212;RBI=0.0133066;REFB=-0.0134141;REVB=-0.00206991;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114288;STB=0.56491;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0234654;OID=.;OPOS=5831577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:19:21:12:17:19:21 chr19 5831602 . C T 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0255247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.844;QD=21.2932;RBI=0.0288289;REFB=-0.0198642;REVB=0.0134011;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753369;STB=0.542338;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0148325;OID=.;OPOS=5831602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:14:11:9:16:14:11 chr19 5831841 . GA AA,G 545.39 PASS AF=0.537313,0.238806;AO=36,15;DP=67;FAO=36,16;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=18,0;FSAR=18,16;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00174902,-0.0664882;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=283.432,28.1083;QD=32.5604;RBI=0.00175857,0.0804083;REFB=-0.00356237,-0.0120208;REVB=0.000182978,-0.0452196;RO=15;SAF=18,0;SAR=18,15;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0.45756;SSEP=0,0;SSSB=-0.235816,-0.867765;STB=0.627385,0.999314;STBP=0.007,0;TYPE=snp,del;VARB=0.00600435,0.121194;OID=.,.;OPOS=5831841,5831842;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:67:67:15:15:36,15:36,16:0.537313,0.238806:18,15:18,0:14:1:18,16:18,0:14:1 chr19 5843784 . A T 195.47 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0191477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.764;QD=17.3747;RBI=0.0191497;REFB=-0.029275;REVB=0.000275661;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592025;STB=0.516762;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0383664;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:8:11:13:12:9:11:13:12 chr19 5844537 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.045;QD=62.022;RBI=0.0161671;REFB=0;REVB=0.0152283;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79849e-05;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 5844649 . G A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.503;QD=47.8162;RBI=0.0126017;REFB=0;REVB=0.0097845;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08999e-05;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr19 5844792 . A C 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0103001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.081;QD=15.3763;RBI=0.0808401;REFB=-0.00953697;REVB=-0.0801812;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38095;STB=0.725377;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0206442;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:7:7:2:10:7:7 chr19 5866654 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.568;QD=59.4349;RBI=0.0253165;REFB=0;REVB=0.0215213;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159045;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr19 5867053 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0389355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.924;QD=15.8391;RBI=0.0391862;REFB=-0.035084;REVB=-0.00442485;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0239722;OID=.;OPOS=5867053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr19 5867177 . G A 43.56 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.305;QD=21.778;RBI=0.0729656;REFB=-0.0340426;REVB=0.0647176;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.090642;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:8:2:2:5:6:0.75:1:4:2:0:2:4:2:0 chr19 5892954 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0343317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.18;QD=20.4561;RBI=0.0492319;REFB=-0.00551296;REVB=-0.0352862;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099476;STB=0.556352;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00310389;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:8:7:6:11:8:7 chr19 6016142 . A G 474.38 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0124892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.843;QD=14.9412;RBI=0.0139309;REFB=-0.00515773;REVB=0.00617172;RO=74;SAF=23;SAR=30;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068919;STB=0.538746;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00792962;OID=.;OPOS=6016142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:30:23:37:37:30:23:37:37 chr19 6042059 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.231;QD=62.9828;RBI=0.0334333;REFB=0;REVB=0.0259697;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123409;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 6047451 . C T 732.1 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00101462;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.267;QD=19.7863;RBI=0.00306695;REFB=-0.0311064;REVB=0.00289426;RO=73;SAF=32;SAR=40;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821615;STB=0.55554;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0327133;OID=.;OPOS=6047451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:76:72:72:0.486486:40:32:39:34:40:32:42:34 chr19 6375831 . G A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00720365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.261;QD=15.5688;RBI=0.00862557;REFB=-0.0185662;REVB=-0.00474425;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11145;STB=0.562617;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0220806;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:18:10:9:26:18:10:9:26 chr19 6376212 . TGGGGT TCGGGT,TGGG,TGGGT 44.51 PASS AF=0.0689655,0,0.37931;AO=3,5,6;DP=30;FAO=2,0,11;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,10;FSAR=2,0,1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0775087,-0.172526,-0.0871038;FXX=0.0333222;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=65.7312,68.0567,9.74508;QD=6.13913;RBI=0.0885905,0.173107,0.120878;REFB=-0.0313463,-0.0406977,-0.159336;REVB=0.042903,-0.0141679,0.0838118;RO=12;SAF=0,5,5;SAR=3,0,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0.309091,0.309091;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.613239,0.736642,0.469147;STB=0.993395,0.5,0.872244;STBP=0.292,1,0.007;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0232152,0,0.199051;OID=.,.,.;OPOS=6376213,6376216,6376213;OREF=G,GT,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=TCGGGT,TGGG,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0689655,0,0.37931:3,5,6:30:2,0,11:29:16:0,0,10:2,0,1:6:10:36:12:0,5,5:3,0,1:5:7 chr19 6376722 . A G 255.06 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0336769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3105;QD=10.9702;RBI=0.0484869;REFB=-0.0214754;REVB=-0.0348834;RO=61;SAF=15;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464825;STB=0.532204;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0350548;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:62:31:31:0.333333:16:15:32:29:16:15:33:29 chr19 6415437 . TGGGGGT CGGGGGC,TGGGGGC 761.13 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,41;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973264,0.0398157;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=70.4323,78.917;QD=55.3551;RBI=0.0130118,0.0551988;REFB=0,0;REVB=0.00863612,0.038231;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0177409,0.000219824;OID=.,.;OPOS=6415437,6415443;OREF=TGGGGGT,T;OALT=CGGGGGC,C;OMAPALT=CGGGGGC,TGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:0:0:2,41:2,53:0.0363636,0.963636:2,21:0,20:0:0:2,31:0,22:0:0 chr19 6417855 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0133615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.651;QD=22.6786;RBI=0.0293533;REFB=-0.053677;REVB=0.0261359;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11821;STB=0.567431;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00866777;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:3:2:6:4:3:2 chr19 6419275 . A G 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0328714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.069;QD=13.0595;RBI=0.0332038;REFB=0.0256768;REVB=-0.00468696;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134209;STB=0.576864;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0399743;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:18:22:11:15:18:22 chr19 6456019 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.076;QD=44.6893;RBI=0.00230628;REFB=0;REVB=-0.000454216;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33849e-05;OID=.;OPOS=6456019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 6456021 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.41;QD=45.8067;RBI=0.0468764;REFB=0;REVB=0.0462601;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119838;OID=.;OPOS=6456021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 6456062 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.347;QD=46.848;RBI=0.0471101;REFB=0;REVB=0.0470737;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348399;OID=.;OPOS=6456062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 6466482 . A G 1497.88 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119089;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.308;QD=59.9152;RBI=0.0136464;REFB=0;REVB=0.00666352;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99461e-05;OID=.;OPOS=6466482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:98:100:1:45:53:0:0:45:55:0:0 chr19 6477256 . G T 528.69 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00593887;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=256.007;QD=48.0628;RBI=0.00671824;REFB=-0.0102396;REVB=-0.00314078;RO=5;SAF=25;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138771;STB=0.501329;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000342487;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:5:6:38:38:0.863636:13:25:3:2:13:25:4:2 chr19 6535080 . T C 818.1 PASS AF=0.410714;AO=91;DP=223;FAO=92;FDP=224;FR=.;FRO=132;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=82;FSRR=50;FWDB=-0.00222324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.218;QD=14.6088;RBI=0.00229637;REFB=-0.00669347;REVB=-0.000574888;RO=129;SAF=59;SAR=32;SRF=81;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232973;STB=0.512772;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00982412;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:129:132:91:92:0.410714:32:59:81:48:33:59:82:50 chr19 6665020 . T C 870.89 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0513851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1426;QD=56.1867;RBI=0.0531562;REFB=-0.0647963;REVB=-0.013607;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0103237;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:0:1:36:25:0:1 chr19 6669934 . G A 887.16 PASS AF=0.928571;AO=64;DP=69;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0146807;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.112;QD=50.6948;RBI=0.0154869;REFB=-0.035553;REVB=0.00493156;RO=0;SAF=9;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00626891;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:70:0:5:64:65:0.928571:55:9:0:0:55:10:5:0 chr19 6677989 . G A 270.42 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00636585;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.742;QD=22.075;RBI=0.0196878;REFB=-0.00700228;REVB=-0.0186302;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901406;STB=0.550448;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00807081;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:14:10:13:12:14:10 chr19 6679511 . C T 208.99 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0307848;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9839;QD=12.8609;RBI=0.0308397;REFB=-0.0267012;REVB=0.00183814;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280576;STB=0.509952;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0432134;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:16:9:15:24:16:9:15:25 chr19 6696597 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0103935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=18.0506;RBI=0.0109165;REFB=-0.0103395;REVB=-0.00333867;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.011637;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:2:6:7:3:2:6 chr19 6697406 . A G 580.73 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0163412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.939;QD=22.7737;RBI=0.0164223;REFB=-0.0101421;REVB=0.00163072;RO=44;SAF=31;SAR=26;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127929;STB=0.505203;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00865289;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:45:57:57:0.558824:26:31:24:20:26:31:25:20 chr19 6702157 . C G 269.78 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0164649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.139;QD=14.199;RBI=0.0743472;REFB=-0.0121249;REVB=0.0725011;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10888;STB=0.574277;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0127274;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:45:31:31:0.407895:14:17:19:24:14:17:19:26 chr19 6709704 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0125113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.098;QD=16.9316;RBI=0.0195751;REFB=-0.00720216;REVB=0.0150549;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.588084;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00474164;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:6:6:8:4:6:6 chr19 6709848 . C T 326.59 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0438522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4615;QD=36.2881;RBI=0.0443096;REFB=-0.00154964;REVB=0.0063498;RO=9;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683011;STB=0.537163;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00158331;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:13:14:6:3:13:14:6:3 chr19 6713291 . C T 275.54 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0712089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2349;QD=25.6319;RBI=0.141688;REFB=-0.0285682;REVB=0.122494;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691082;STB=0.538287;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0263864;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:13:12:7:11:13:12:7:11 chr19 6731057 . T C 72.79 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0517052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8347;QD=8.82255;RBI=0.0723774;REFB=-0.00554682;REVB=-0.0506464;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113609;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00359287;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:11:11:4:6:11:12 chr19 6737481 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.66;QD=60.9786;RBI=0.0315269;REFB=0;REVB=0.0225337;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85358e-06;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr19 6737509 . G A 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381799;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.299;QD=60.2518;RBI=0.0598524;REFB=0;REVB=0.0460934;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332109;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 6751279 . A G 639.58 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.758;QD=60.9125;RBI=0.0347021;REFB=0;REVB=-0.0064385;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95647e-05;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:37:42:1:22:15:0:0:24:18:0:0 chr19 6751281 . C T 618.31 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.883;QD=58.8867;RBI=0.0448562;REFB=0.100305;REVB=0.00809049;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00294729;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:39:41:0.97619:23:16:0:1:23:18:0:1 chr19 6751293 . T G 650.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.394;QD=61.9897;RBI=0.0165172;REFB=0;REVB=0.0116402;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13765e-07;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr19 6754188 . T C 973.24 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.191;QD=58.9844;RBI=0.0312768;REFB=0;REVB=-0.00579274;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178487;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:26:40:0:0 chr19 6755007 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.742;QD=47.8224;RBI=0.0227838;REFB=0;REVB=0.0217779;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68245e-05;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 6821668 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00396753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.576;QD=18.2899;RBI=0.00570571;REFB=-0.00208645;REVB=0.00410046;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221271;STB=0.629412;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00242319;OID=.;OPOS=6821668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:18:14:22:10:18:14:23:10 chr19 6833777 . A G 644.89 PASS AF=0.584906;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0188753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.674;QD=24.3353;RBI=0.0205798;REFB=-0.0121893;REVB=0.00820081;RO=44;SAF=25;SAR=37;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224925;STB=0.512268;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00489638;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:44:62:62:0.584906:37:25:19:25:37:25:19:25 chr19 6896483 . G A 333.61 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0171564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2272;QD=24.2625;RBI=0.0412693;REFB=0.00887017;REVB=-0.0375341;RO=21;SAF=8;SAR=25;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418276;STB=0.516214;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00883938;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:22:33:33:0.6:25:8:5:16:25:8:6:16 chr19 6897464 . C G 250.35 PASS AF=0.52;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0328152;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.984;QD=20.0278;RBI=0.0346772;REFB=-0.011129;REVB=0.0112106;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653606;STB=0.51514;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0106078;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:24:25:26:0.52:17:8:10:16:17:9:9:15 chr19 6901891 . G A 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.061264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3678;QD=11.9315;RBI=0.0635699;REFB=-0.00274539;REVB=-0.0169662;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090499;STB=0.552201;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00627884;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:16:12:25:24:16:12:25:24 chr19 6903920 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000298212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4644;QD=16.9929;RBI=0.0517892;REFB=-0.00877505;REVB=-0.0517883;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832719;STB=0.54684;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00882218;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:14:16:12:15:14:16 chr19 6904137 . C T 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0449659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.912;QD=25.6509;RBI=0.0453484;REFB=0.0142858;REVB=-0.00587747;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771509;STB=0.542822;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0132445;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:9:9:15:10:9:9 chr19 6913811 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2434;QD=58.4188;RBI=0.0501852;REFB=0;REVB=0.0254177;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112758;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr19 6919624 . A C 690.37 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0262936;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0502;QD=55.2299;RBI=0.0371336;REFB=-0.145603;REVB=0.0262212;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00685718;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:0:1:28:21:0:1 chr19 6919753 . A G 439.48 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.7;QD=56.707;RBI=0.0322137;REFB=0;REVB=-0.0280705;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818754;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:17:11:0:0:18:13:0:0 chr19 6974564 . C T 833.38 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.444;QD=57.4742;RBI=0.0373644;REFB=0;REVB=0.0222796;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017602;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:25:33:0:0 chr19 7005905 . T A 368.06 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1831;QD=54.5268;RBI=0.0225091;REFB=0;REVB=-0.0214726;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409176;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:17:27:1:6:11:0:0:15:12:0:0 chr19 7005935 . G C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00598681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.679;QD=9.18856;RBI=0.0212235;REFB=-0.0183696;REVB=-0.0203616;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907501;STB=0.555453;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0403362;OID=.;OPOS=7005935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:11:14:7:4:11:14 chr19 7012162 . C A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0223299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2836;QD=7.52751;RBI=0.0347423;REFB=-0.00203627;REVB=-0.0266158;RO=43;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612423;STB=0.537267;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00304823;OID=.;OPOS=7012162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:9:7:21:22:9:7:21:22 chr19 7012180 . G A 116.85 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0303216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8705;QD=8.498;RBI=0.0385209;REFB=-0.0260594;REVB=0.0237583;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733959;STB=0.535425;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0663507;OID=.;OPOS=7012180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:9:7:19:19:9:7:19:20 chr19 7012198 . T G 143.35 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.062359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9983;QD=9.88613;RBI=0.0671317;REFB=0.0109407;REVB=0.02486;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126436;STB=0.507455;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0230865;OID=.;OPOS=7012198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:11:8:16:23:11:8:16:23 chr19 7012449 . T A 236.08 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0191679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.326;QD=19.2722;RBI=0.0222447;REFB=-0.00757244;REVB=-0.0112878;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.531887;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00805215;OID=.;OPOS=7012449;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:12:14:11:12:12:14 chr19 7012575 . CT C,CC 274.16 PASS AF=0.571429,0.0238095;AO=21,3;DP=42;FAO=24,1;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13,1;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00727236,0.000578368;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=285.537,278.01;QD=26.1106;RBI=0.00747648,0.00193214;REFB=-0.00574961,-0.00525658;REVB=-0.00173508,-0.00184354;RO=18;SAF=11,3;SAR=10,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0262197,0.585524;STB=0.505108,0.989094;STBP=0.962,0.439;TYPE=del,snp;VARB=0.00226566,0.0362409;OID=.,.;OPOS=7012576,7012576;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0.0238095:21,3:42:24,1:42:17:13,1:11,0:9:8:99:18:11,3:10,0:10:8 chr19 7032902 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.809;QD=49.5991;RBI=0.0457991;REFB=0;REVB=0.0448221;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212954;OID=.;OPOS=7032902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr19 7076418 . C A 304.13 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0185093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8288;QD=12.5415;RBI=0.0555644;REFB=-0.0089606;REVB=-0.0523909;RO=62;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104869;STB=0.506021;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0142438;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:20:15:26:36:20:15:26:36 chr19 7125297 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3367;QD=59.8385;RBI=0.0198713;REFB=0;REVB=0.00101893;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251213;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr19 7504982 . C T 696.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426481;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.834;QD=54.649;RBI=0.0722388;REFB=-0.128779;REVB=0.0583059;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000854022;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:0:1:29:21:0:1 chr19 7528734 . A G 727.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1771;QD=63.2215;RBI=0.043102;REFB=0;REVB=0.0417258;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459937;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr19 7533767 . T G 1264.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.672;QD=61.6644;RBI=0.0295016;REFB=0;REVB=0.0277009;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46968e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:42:40:0:0 chr19 7533850 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.654;QD=59.501;RBI=0.0158583;REFB=0;REVB=0.00743784;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41536e-05;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr19 7538039 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.927;QD=62.4654;RBI=0.0240401;REFB=0;REVB=-0.00884534;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58565e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr19 7538117 . A G 953.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.429;QD=58.7;RBI=0.0113075;REFB=0;REVB=0.0100367;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21369e-05;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr19 7570978 . T C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0941329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5952;QD=16.6609;RBI=0.140321;REFB=-0.0239922;REVB=0.104063;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522636;STB=0.510018;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0181845;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:32:27:28:0.466667:16:11:11:20:17:11:12:20 chr19 7571030 . T A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0222782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.637;QD=16.6154;RBI=0.0265329;REFB=-0.0217148;REVB=-0.014411;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631391;STB=0.536235;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0312753;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:11:10:7:10:11:10 chr19 7600847 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0391721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=14.0789;RBI=0.0398532;REFB=-0.0144874;REVB=0.00733622;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.535655;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0290217;OID=.;OPOS=7600847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:6:6:9:6:6:6:9:7 chr19 7685843 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0222524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.284;QD=11.6171;RBI=0.0239635;REFB=-0.0206294;REVB=-0.00889262;RO=34;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184249;STB=0.605537;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0306553;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:14:5:5:29:14:5:5:29 chr19 7706658 . C T 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0249433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7494;QD=12.0696;RBI=0.0298835;REFB=-0.0204668;REVB=0.0164578;RO=41;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925458;STB=0.570439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0433084;OID=.;OPOS=7706658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:44:26:26:0.371429:19:7:14:27:19:7:16:28 chr19 7712277 . A G 930.61 PASS AF=0.532164;AO=90;DP=171;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0110792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.627;QD=21.7685;RBI=0.0154968;REFB=-0.0205697;REVB=-0.0108353;RO=80;SAF=45;SAR=45;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429865;STB=0.520829;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0206023;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:80:90:91:0.532164:45:45:36:44:46:45:36:44 chr19 7755056 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0303346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8572;QD=9.76016;RBI=0.0510774;REFB=-0.00484435;REVB=-0.041094;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453553;STB=0.773931;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00837991;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:3:9:2:5:3:9 chr19 7763703 . A G 1399.81 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690343;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7975;QD=62.9127;RBI=0.0780836;REFB=0;REVB=0.0364872;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256888;OID=.;OPOS=7763703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr19 7913974 . T C 346.08 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00360355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3514;QD=19.4975;RBI=0.0138716;REFB=-0.0200837;REVB=-0.0133953;RO=35;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165369;STB=0.592064;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0279895;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:13:23:16:19:13:23:16:19 chr19 7916620 . A G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00064481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.969;QD=11.2145;RBI=0.028161;REFB=-0.0217335;REVB=-0.0281536;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190405;STB=0.614305;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0317371;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:12:4:13:20:12:4:13:20 chr19 7928462 . T C 764.15 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.933;QD=56.6038;RBI=0.0353099;REFB=0;REVB=0.0351015;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710143;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr19 7928788 . A C 220.42 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00774865;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.635;QD=23.2023;RBI=0.0439269;REFB=-0.0183063;REVB=-0.0432381;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0223643;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:9:8:11:10:9:8 chr19 7936208 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0159719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.682;QD=18.2486;RBI=0.0506652;REFB=-0.0148581;REVB=-0.0480818;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0153319;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:6:6:6:7:6:6 chr19 7938306 . A AG 686.53 PASS AF=1;AO=57;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.7429;QD=41.6079;RBI=0.131417;REFB=0;REVB=0.130993;RO=8;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00304923;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:67:66:66:0:36:30:0:0:13:8:36:21:1:7 chr19 7944348 . TC T 313.84 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9951;QD=44.8336;RBI=0.0468306;REFB=0;REVB=0.0286002;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000318171;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:28:28:28:0:10:18:0:0:6:0:10:18:0:0 chr19 7944537 . CT CTG,TG 217.94 PASS AF=0.417722,0.0379747;AO=37,3;DP=82;FAO=33,3;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14,3;FSAR=19,0;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0761252,0.0211566;FXX=0.0365809;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=13.3241,30.8389;QD=11.0351;RBI=0.145924,0.108316;REFB=-0.0894452,-0.0317405;REVB=-0.124494,-0.10623;RO=37;SAF=14,3;SAR=23,0;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0757553,0.53488;STB=0.503266,0.996971;STBP=0.973,0.049;TYPE=ins,mnp;VARB=0.102106,-0.010034;OID=.,.;OPOS=7944539,7944537;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:37:43:37,3:33,3:0.417722,0.0379747:23,0:14,3:17:20:19,0:14,3:18:25 chr19 7944700 . A G 565.2 PASS AF=0.508621;AO=58;DP=115;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0136344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.863;QD=19.4896;RBI=0.0254067;REFB=-0.0101714;REVB=-0.0214383;RO=56;SAF=23;SAR=35;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109899;STB=0.559788;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00816326;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:56:57:58:59:0.508621:35:23:29:27:36:23:29:28 chr19 7963914 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.409;QD=54.5174;RBI=0.0714643;REFB=0;REVB=0.0289482;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387696;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 7968168 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.010453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.026;QD=20.0175;RBI=0.0329423;REFB=-0.0165673;REVB=0.0312399;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270773;STB=0.652015;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00697366;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:13:4:10:8:13:4 chr19 7975586 . C T 90.61 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0518879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.064;QD=15.7574;RBI=0.0917854;REFB=-0.0605205;REVB=0.0757113;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597674;STB=0.830185;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0315465;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:12:11:11:0.478261:2:9:1:10:2:9:2:10 chr19 7986638 . C G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.000849956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.032;QD=14.0542;RBI=0.00958927;REFB=-0.0258375;REVB=-0.00955153;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133172;STB=0.576115;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0402408;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:18:17:9:16:18:17 chr19 8121360 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00215412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.074;QD=13.4547;RBI=0.0197971;REFB=-0.029045;REVB=0.0196795;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231583;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0261411;OID=.;OPOS=8121360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:9:6:7:4:9:6 chr19 8122737 . G A 224.72 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.071977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2934;QD=19.9749;RBI=0.106859;REFB=-0.0453235;REVB=-0.0789817;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268929;STB=0.652033;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0397697;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:9:14:7:15:9:14 chr19 8122767 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.676;QD=58.4161;RBI=0.0284992;REFB=0;REVB=-0.0277382;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95994e-05;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr19 8138054 . C A 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0127348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.402;QD=20.8095;RBI=0.0194222;REFB=-0.0358918;REVB=-0.0146645;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120448;STB=0.567458;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0321263;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:7:16:13:10:7:16 chr19 8152725 . A G 495.94 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0133418;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.133;QD=26.1018;RBI=0.0154111;REFB=-0.0186237;REVB=0.00771342;RO=29;SAF=29;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332773;STB=0.526623;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0136664;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:30:46:46:0.605263:17:29:17:12:17:29:17:13 chr19 8154984 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0143833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.459;QD=19.3435;RBI=0.0149773;REFB=-0.0168808;REVB=0.00417598;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206282;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:8:10:10:8:8:10 chr19 8159362 . G T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.403;QD=32.822;RBI=0.0447459;REFB=-0.0192985;REVB=0.0433617;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000400025;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr19 8159409 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.128;QD=43.4862;RBI=0.0816198;REFB=0;REVB=0.0814897;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682518;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 8160334 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0409056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2144;QD=12.024;RBI=0.0422618;REFB=-0.00170262;REVB=0.0106205;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191599;STB=0.613216;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00774936;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:8:12:5:7:8:12 chr19 8160897 . G C 212.44 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0270258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7647;QD=16.0329;RBI=0.0279952;REFB=-0.00710322;REVB=-0.00730323;RO=29;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284103;STB=0.667614;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0191041;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:23:24:0.45283:16:7:17:12:17:7:17:12 chr19 8165868 . G A 344.31 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0184609;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.186;QD=24.1621;RBI=0.0350188;REFB=-0.0372098;REVB=-0.0297576;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187301;STB=0.520493;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0256544;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:23:34:34:0.596491:19:15:10:14:19:15:9:14 chr19 8176569 . G A 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0144398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4163;QD=7.95316;RBI=0.0218694;REFB=-0.0252762;REVB=-0.0164245;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194632;STB=0.512164;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0422907;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:5:14:6:2:5:14 chr19 8176640 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0364101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.111;QD=15.9167;RBI=0.0390179;REFB=-0.0400035;REVB=-0.0140251;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.028855;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:9:4:6:8:9:4:6:9 chr19 8176919 . C T 469.33 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0654163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.65;QD=49.4037;RBI=0.0662046;REFB=-0.181571;REVB=-0.0101866;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254074;STB=0.525532;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00195804;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:38:38:2:4:34:34:0.894737:24:10:1:1:24:10:2:2 chr19 8176945 . T C 184.85 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=-0.040654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5156;QD=18.4849;RBI=0.0646023;REFB=-0.00530748;REVB=0.0502067;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388636;STB=0.714524;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00577065;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:1:20:11:8:1:20 chr19 8183871 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0401276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.279;QD=21.5106;RBI=0.0428143;REFB=0.000637573;REVB=0.0149279;RO=18;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100989;STB=0.578234;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00172224;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:21:21:0.525:16:5:6:12:16:5:7:12 chr19 8188812 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00328445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.403;QD=13.7738;RBI=0.00494954;REFB=-0.00224677;REVB=0.00370275;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236582;STB=0.635709;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00363679;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:21:10:11:9:21:10 chr19 8191184 . C T 86.68 PASS AF=0.392857;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0396931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.898;QD=12.3829;RBI=0.0417425;REFB=-0.0464189;REVB=0.0129188;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175982;STB=0.642565;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0708632;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:28:17:17:9:11:0.392857:2:7:11:6:2:9:11:6 chr19 8191238 . C T 433.43 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122602;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6803;QD=57.7904;RBI=0.0370396;REFB=0;REVB=0.0349516;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811178;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr19 8191248 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.204;QD=59.0186;RBI=0.0117734;REFB=0;REVB=-0.0115663;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95943e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 8196444 . C T 836.84 PASS AF=1;AO=45;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202251;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.655;QD=57.7131;RBI=0.108742;REFB=0;REVB=0.106844;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459742;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:45:58:1:10:35:0:0:16:42:0:0 chr19 8326904 . G A 381.42 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00763841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.198;QD=22.4366;RBI=0.0162505;REFB=-0.0232572;REVB=-0.0143435;RO=29;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492907;STB=0.520494;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.017664;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:16:22:15:14:16:22:16:14 chr19 8367033 . T C 463.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.628;QD=57.9917;RBI=0.0125667;REFB=0;REVB=-0.00735634;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56531e-05;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr19 8387207 . G A 314.47 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0134963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4498;QD=14.9748;RBI=0.0257719;REFB=-0.018504;REVB=0.0219554;RO=48;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636404;STB=0.528909;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0166102;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:35:35:0.416667:16:19:29:19:16:19:29:20 chr19 8387809 . GGA G 56.17 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00185239;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.449;QD=7.7475;RBI=0.00849365;REFB=-0.00274937;REVB=-0.0082892;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.709857;STB=0.849384;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.00214422;OID=.;OPOS=8387810;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:28:10:29:19:8:2:4:15:56:15:8:1:2:13 chr19 8389405 . G A 477.13 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00758528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.874;QD=28.0666;RBI=0.0094587;REFB=-0.0124681;REVB=0.00565071;RO=19;SAF=24;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138528;STB=0.58385;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00397094;OID=.;OPOS=8389405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:20:40:40:0.588235:16:24:7:12:16:24:7:13 chr19 8389892 . GTCC G 474.8 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00360069;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.714;QD=23.1612;RBI=0.0103161;REFB=-0.00232703;REVB=-0.00966735;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490396;STB=0.521163;STBP=0.718;TYPE=del;VARB=0.0018947;OID=.;OPOS=8389893;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54878:44:86:45:82:37:24:21:18:19:99:37:24:20:18:19 chr19 8398006 . C T 453.99 PASS AF=0.529412;AO=42;DP=83;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.083185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8414;QD=21.364;RBI=0.0838904;REFB=0.000309697;REVB=0.010856;RO=40;SAF=27;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864319;STB=0.547148;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00124896;OID=.;OPOS=8398006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:40:40:42:45:0.529412:15:27:22:18:16:29:22:18 chr19 8399272 . G A 289.77 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0372178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.186;QD=19.0012;RBI=0.0372185;REFB=-0.0188222;REVB=-0.000224711;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168532;STB=0.593421;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.011582;OID=.;OPOS=8399272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:22:8:14:17:22:8 chr19 8468337 . C T 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.811;QD=57.8829;RBI=0.0321667;REFB=0;REVB=0.0198882;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221149;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr19 8551094 . T C 102.09 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.311;QD=40.8352;RBI=0.0573477;REFB=0;REVB=0.0302479;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479004;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr19 8553630 . C T 1338.44 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0229676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.646;QD=58.8326;RBI=0.0230255;REFB=-0.0526112;REVB=0.00163255;RO=2;SAF=42;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220283;STB=0.517237;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000273678;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:2:3:88:88:0.967033:46:42:2:0:46:42:3:0 chr19 8555559 . C T 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0214347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.957;QD=23.1587;RBI=0.0214411;REFB=-0.013024;REVB=-0.000521811;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312499;STB=0.517231;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00816628;OID=.;OPOS=8555559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:14:18:12:11:14:18:12:11 chr19 8563456 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00531826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.656;QD=23.2181;RBI=0.0121796;REFB=-0.00306675;REVB=-0.0109571;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00919649;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr19 8578035 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.643;QD=56.9382;RBI=0.0200754;REFB=0;REVB=0.0165342;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5481e-05;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr19 8642301 . C T 124.8 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0451641;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.106;QD=16.1035;RBI=0.0461335;REFB=-0.0195274;REVB=0.00940754;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0225922;OID=.;OPOS=8642301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:9:8:10:4:9:8 chr19 8645785 . CA C,CC 937.95 PASS AF=0.0307692,0.969231;AO=13,51;DP=66;FAO=2,63;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418323,0.0558011;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.576,180.223;QD=57.7201;RBI=0.0429897,0.0581179;REFB=0,0;REVB=0.00990822,0.016246;RO=0;SAF=11,11;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0453659,0.00444086;OID=.,.;OPOS=8645786,8645786;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0307692,0.969231:13,51:66:2,63:65:0:1,22:1,41:0:0:5:0:11,11:2,40:0:0 chr19 8669931 . G C 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.892;QD=60.7489;RBI=0.0442748;REFB=-0.0562965;REVB=0.0108208;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997334;STB=0.505262;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.17039e-05;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:47:38:0:1:47:38:0:1 chr19 8808373 . G T 1540.91 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8448;QD=59.8412;RBI=0.0839287;REFB=0;REVB=0.082366;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677054;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:64:38:0:0:65:38:0:0 chr19 8808900 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.755;QD=48.7371;RBI=0.0219519;REFB=0;REVB=-0.0216206;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152812;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr19 8808942 . A G 320.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8997;QD=53.3701;RBI=0.0386721;REFB=0;REVB=0.0267012;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05398e-05;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:6:16:0:0:7:17:0:0 chr19 8841558 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.483;QD=58.4189;RBI=0.0456081;REFB=0;REVB=-0.00367729;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05336e-05;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr19 8922155 . C T 372.79 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0118242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.845;QD=26.628;RBI=0.0359406;REFB=-0.0185421;REVB=-0.0339398;RO=20;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286129;STB=0.519989;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0104646;OID=.;OPOS=8922155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:20:35:36:0.642857:19:16:10:10:20:16:10:10 chr19 8953383 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00328431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.113;QD=19.6682;RBI=0.00582817;REFB=-0.0127583;REVB=-0.00481465;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524808;STB=0.529749;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0132322;OID=.;OPOS=8953383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:13:6:7:12:13:6:7:12 chr19 8953801 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.006;QD=58.5874;RBI=0.0223798;REFB=0;REVB=-0.0211754;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145493;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 8953922 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.427;QD=56.1912;RBI=0.0295479;REFB=0;REVB=0.023182;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236092;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 8961981 . C G 2373.37 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385257;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5804;QD=64.1452;RBI=0.0596337;REFB=0;REVB=0.0455186;RO=0;SAF=56;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339167;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:92:56:0:0:92:56:0:0 chr19 8973559 . T C 168.74 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0183473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2461;QD=16.0702;RBI=0.0425945;REFB=0.018648;REVB=-0.0384405;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456741;STB=0.526286;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0285927;OID=.;OPOS=8973559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:15:9:6:12:15:9 chr19 8976362 . C T 272.93 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0387335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.079;QD=23.2282;RBI=0.0419517;REFB=-0.00373037;REVB=-0.0161139;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130674;STB=0.553151;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00566977;OID=.;OPOS=8976362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:21:25:26:0.553191:13:12:14:8:13:13:13:8 chr19 8982212 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00933973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.168;QD=19.6662;RBI=0.0142329;REFB=-0.0228405;REVB=0.0107399;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025694;STB=0.514277;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0318597;OID=.;OPOS=8982212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:16:16:18:16:16:16 chr19 8982266 . G A 451.71 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00916852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.505;QD=24.7512;RBI=0.0165436;REFB=-0.0274313;REVB=-0.0137705;RO=30;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512069;STB=0.528048;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0243166;OID=.;OPOS=8982266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:23:20:16:14:23:20:16:14 chr19 8987218 . G T 412.6 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0165954;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.853;QD=15.8691;RBI=0.0281276;REFB=-0.0232839;REVB=0.0227103;RO=58;SAF=31;SAR=15;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231771;STB=0.630132;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0235959;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:58:46:46:0.442308:15:31:26:32:15:31:26:32 chr19 8993383 . G C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0120061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.934;QD=18.9386;RBI=0.0148637;REFB=-0.00222777;REVB=-0.00876256;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260408;STB=0.64398;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000791864;OID=.;OPOS=8993383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:6:23:15:15:6:23 chr19 8996019 . A T 102.53 PASS AF=0.48;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0317348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7065;QD=16.4046;RBI=0.0485444;REFB=-0.107105;REVB=-0.036735;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371805;STB=0.764274;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0385007;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:23:25:10:13:12:12:0.48:3:9:3:7:3:9:3:10 chr19 8999438 . A T 48.04 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0605559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7907;QD=1.94103;RBI=0.0612906;REFB=0.00036065;REVB=0.00946122;RO=88;SAF=7;SAR=4;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254668;STB=0.68595;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00175872;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:88:88:11:11:0.111111:4:7:37:51:4:7:37:51 chr19 8999449 . G T 54.11 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0356239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3866;QD=2.14278;RBI=0.0679212;REFB=-0.00864758;REVB=-0.0578294;RO=89;SAF=7;SAR=5;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175008;STB=0.625811;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.055598;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:89:89:12:12:0.118812:5:7:39:50:5:7:39:50 chr19 8999453 . C T 388.94 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0242433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.406;QD=15.1046;RBI=0.0271725;REFB=-0.011478;REVB=0.0122722;RO=59;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975253;STB=0.51154;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0145929;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:23:20:28:31:24:20:28:31 chr19 8999478 . T C 41.66 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0362904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.673;QD=1.7181;RBI=0.0370806;REFB=-0.00891069;REVB=-0.0076142;RO=86;SAF=7;SAR=3;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275851;STB=0.703906;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0675572;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:86:87:10:10:0.103093:3:7:40:46:3:7:41:46 chr19 9001822 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00201675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.79;QD=15.9168;RBI=0.030882;REFB=-0.0155011;REVB=0.0308161;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249568;STB=0.643036;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0189692;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:11:4:7:6:11:4 chr19 9001833 . A G 155.29 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00149795;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.546;QD=20.7053;RBI=0.025313;REFB=0.00628492;REVB=0.0252686;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224986;STB=0.626896;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00580064;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:10:4:9:7:10:4 chr19 9001835 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0159351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.205;QD=22.3411;RBI=0.0202661;REFB=-0.0169874;REVB=0.0125215;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193942;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0149353;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:9:8:10:4:10:8:10:4 chr19 9002504 . T C 45.81 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.013792;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.724;QD=1.71242;RBI=0.0230117;REFB=-0.00865;REVB=-0.0184206;RO=96;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584121;STB=0.543963;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0444909;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:108:107:96:96:11:11:0.102804:6:5:39:57:6:5:39:57 chr19 9002519 . G C 45.71 PASS AF=0.101562;AO=9;DP=126;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.0151785;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.929;QD=1.42844;RBI=0.0629248;REFB=-0.0122134;REVB=0.0610667;RO=108;SAF=3;SAR=6;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961806;STB=0.584597;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0953298;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:126:128:108:115:9:13:0.101562:6:3:45:63:6:7:51:64 chr19 9003618 . C T 635.67 PASS AF=0.45098;AO=68;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00592314;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.311;QD=16.6189;RBI=0.0236438;REFB=-0.00614147;REVB=-0.0228899;RO=84;SAF=31;SAR=37;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439312;STB=0.527971;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00650485;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:84:68:69:0.45098:37:31:42:42:38:31:42:42 chr19 9003645 . G A 636.88 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00608763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.501;QD=16.9835;RBI=0.0186563;REFB=-0.00535745;REVB=-0.0176351;RO=84;SAF=28;SAR=38;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648478;STB=0.536185;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0111363;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:84:84:66:66:0.44:38:28:41:43:38:28:41:43 chr19 9005719 . A G 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9547;QD=62.9689;RBI=0.0207116;REFB=0;REVB=0.0102923;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5482e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr19 9006370 . A G 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0206598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.967;QD=4.81374;RBI=0.0316473;REFB=-0.0110058;REVB=-0.0239734;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913109;STB=0.559889;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0390576;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:4:7:26:20:4:7:26:20 chr19 9006415 . TT CA,TA 85.13 PASS AF=0.227273,0.0454545;AO=10,2;DP=43;FAO=10,2;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7,1;FSAR=3,1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000851847,0.0176338;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=196.863,82.2795;QD=7.73902;RBI=0.0329438,0.0378951;REFB=-0.00274939,-0.0125934;REVB=-0.0329328,-0.0335424;RO=31;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.192748,-0.0426356;STB=0.63608,0.529121;STBP=0.365,0.866;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0190493,-0.0477775;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:43:44:31:32:10,2:10,2:0.227273,0.0454545:3,1:7,1:17:14:3,1:7,1:17:15 chr19 9006418 . G A 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00493187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.207;QD=8.508;RBI=0.023168;REFB=-0.00863621;REVB=-0.022637;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182844;STB=0.61271;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0247618;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:16:15:4:8:16:15 chr19 9014551 . T C 417.16 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0268449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1645;QD=15.4504;RBI=0.0268451;REFB=0.0165162;REVB=9.86979e-05;RO=61;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101427;STB=0.556799;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0225175;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:23:24:25:36:23:24:25:36 chr19 9014569 . A G 332.15 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00608766;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.363;QD=14.1341;RBI=0.0064914;REFB=-0.0105112;REVB=-0.00225359;RO=57;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141943;STB=0.587583;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0192323;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:57:57:36:37:0.393617:18:18:21:36:18:19:21:36 chr19 9019605 . C G 2518.94 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.001;QD=60.6974;RBI=0.0475491;REFB=-0.0981116;REVB=0.0341066;RO=0;SAF=66;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23137e-08;STB=0.502512;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000415192;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:0:1:165:165:0.993976:99:66:0:0:99:66:0:1 chr19 9020154 . A G 290.09 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0140893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.758;QD=16.5767;RBI=0.0185487;REFB=-0.0114867;REVB=-0.0120642;RO=38;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230109;STB=0.630051;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0205733;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:23:9:19:19:23:9:19:19 chr19 9021075 . T C 31.38 PASS AF=0.0727273;AO=11;DP=165;FAO=12;FDP=165;FR=.;FRO=153;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=0.00222902;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.195;QD=0.760632;RBI=0.0127535;REFB=0.000818899;REVB=-0.0125572;RO=150;SAF=2;SAR=9;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324514;STB=0.802068;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0191097;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:165:165:150:153:11:12:0.0727273:9:2:71:79:10:2:72:81 chr19 9024871 . C T 253.7 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00120287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.893;QD=15.1465;RBI=0.00924583;REFB=-0.0191411;REVB=-0.00916725;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095687;STB=0.505151;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0192455;OID=.;OPOS=9024871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:15:13:18:20:15:14:18:20 chr19 9026257 . G A 778.19 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=171;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00233171;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.075;QD=18.3103;RBI=0.0279279;REFB=-0.0180352;REVB=0.0278304;RO=89;SAF=36;SAR=45;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599101;STB=0.50331;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0186754;OID=.;OPOS=9026257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:89:89:81:81:0.476471:45:36:39:50:45:36:39:50 chr19 9026318 . A G 549.67 PASS AF=0.5;AO=56;DP=113;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0100452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.946;QD=19.2865;RBI=0.0102093;REFB=-0.00446851;REVB=0.00182309;RO=56;SAF=18;SAR=38;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435535;OID=.;OPOS=9026318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:57:56:57:0.5:38:18:18:38:38:19:19:38 chr19 9046876 . G T 350.85 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0251079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.59;QD=15.4221;RBI=0.0251087;REFB=-0.00668909;REVB=-0.000206924;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400952;STB=0.528748;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00896634;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:37:38:0.417582:23:14:22:31:24:14:22:31 chr19 9048320 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0152702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.899;QD=12.5695;RBI=0.0159254;REFB=-0.0079979;REVB=-0.00452113;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413251;STB=0.742445;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0226912;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:9:17:4:11:9:17 chr19 9048342 . C T 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000508428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.307;QD=22.9035;RBI=0.0283576;REFB=-0.000264501;REVB=0.028353;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256824;STB=0.64343;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000715525;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:12:5:13:8:12:5 chr19 9048421 . T C 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0652189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.092;QD=15.6488;RBI=0.0656366;REFB=-0.0012501;REVB=-0.00739375;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520987;STB=0.797126;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00565944;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:4:17:4:12:4:17 chr19 9049339 . C G 659.36 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00509376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.296;QD=19.9805;RBI=0.0113123;REFB=0.000126368;REVB=-0.0101006;RO=66;SAF=40;SAR=26;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152429;STB=0.584119;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000193214;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:66:66:66:0.5:26:40:29:37:26:40:29:37 chr19 9049726 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00255052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.224;QD=23.0081;RBI=0.00857475;REFB=-0.00856249;REVB=-0.00818664;RO=24;SAF=9;SAR=24;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227895;STB=0.626253;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00837971;OID=.;OPOS=9049726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:24:9:13:11:24:9:13:11 chr19 9049910 . C T 618.91 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0169488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.122;QD=19.3409;RBI=0.0176835;REFB=-0.00971644;REVB=-0.00504411;RO=64;SAF=31;SAR=32;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212879;STB=0.515508;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0109589;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:65:63:63:0.492188:32:31:30:34:32:31:30:35 chr19 9050042 . A G 656.5 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0212591;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.153;QD=20.8413;RBI=0.021276;REFB=-0.0117238;REVB=-0.000848162;RO=60;SAF=30;SAR=35;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450053;STB=0.506746;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0121233;OID=.;OPOS=9050042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:60:61:65:65:0.515873:35:30:28:32:35:30:29:32 chr19 9056982 . G A 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0275359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2275;QD=17.389;RBI=0.047412;REFB=0.0298397;REVB=-0.0385962;RO=40;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124685;STB=0.570134;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0351857;OID=.;OPOS=9056982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:25:10:16:24:25:10:16:24 chr19 9056989 . C G 395.03 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00429181;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.969;QD=22.5731;RBI=0.0210337;REFB=-0.0200671;REVB=-0.0205912;RO=28;SAF=15;SAR=23;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900612;STB=0.540686;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0127325;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:31:38:39:0.557143:23:15:8:20:23:16:10:21 chr19 9057408 . A G 2063.52 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.254;QD=62.5311;RBI=0.0193306;REFB=0;REVB=0.0119978;RO=0;SAF=43;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7012e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:89:43:0:0:89:43:0:0 chr19 9057687 . A G 960.48 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387426;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.062;QD=59.1064;RBI=0.0424381;REFB=0;REVB=-0.0173206;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170039;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr19 9057721 . C T 758.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339511;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2291;QD=57.2177;RBI=0.0880732;REFB=0;REVB=0.0812663;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142522;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr19 9058624 . G A 587.31 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.000669445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4303;QD=18.2111;RBI=0.043425;REFB=-0.01641;REVB=0.0434199;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131273;STB=0.576392;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0196923;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:68:61:61:0.472868:27:34:28:39:27:34:28:40 chr19 9058907 . G C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00324422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.101;QD=11.6204;RBI=0.00738918;REFB=0.000412028;REVB=0.0066389;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884132;STB=0.538424;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.000904775;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:11:23:12:8:12:23 chr19 9058942 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.205;QD=59.5017;RBI=0.0424383;REFB=0;REVB=-0.00485143;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47125e-05;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr19 9059808 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.489;QD=59.8656;RBI=0.0384517;REFB=0;REVB=0.00607541;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07847e-05;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:40:64:0:0:40:64:0:0 chr19 9060085 . C T 599.77 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0291041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.919;QD=18.3137;RBI=0.0291079;REFB=-0.0138959;REVB=0.000470127;RO=69;SAF=16;SAR=46;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222911;STB=0.624392;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0163235;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:46:16:32:37:46:16:32:37 chr19 9060541 . C T 313.04 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0277361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.975;QD=16.9212;RBI=0.0349893;REFB=-0.00958048;REVB=-0.0213298;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071705;STB=0.533314;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0156052;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:33:34:0.459459:20:13:13:27:21:13:13:27 chr19 9060572 . G A 339.72 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00533828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.59;QD=15.442;RBI=0.0186244;REFB=-0.0186096;REVB=0.0178429;RO=48;SAF=12;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205746;STB=0.601765;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0232494;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:51:37:37:0.420455:25:12:25:23:25:12:25:26 chr19 9060605 . G A 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.959;QD=61.3734;RBI=0.0298238;REFB=0;REVB=0.0117619;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130845;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr19 9060656 . C T 554.98 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00498114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4397;QD=22.4233;RBI=0.0551657;REFB=-0.0266072;REVB=-0.0549403;RO=47;SAF=21;SAR=31;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117087;STB=0.564259;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.017997;OID=.;OPOS=9060656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:31:21:13:34:31:21:13:34 chr19 9060812 . T C 757.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298523;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.786;QD=57.1709;RBI=0.0368785;REFB=0;REVB=-0.0216533;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32569e-05;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr19 9061559 . C G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0188323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.95;QD=15.5688;RBI=0.0207403;REFB=-0.0141789;REVB=-0.00868929;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899779;STB=0.55843;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0166787;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:27:28:0.444444:10:17:19:16:10:18:19:16 chr19 9062415 . T G 260.45 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.042213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.421;QD=14.4693;RBI=0.0432414;REFB=-0.0210099;REVB=-0.00937467;RO=42;SAF=7;SAR=23;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131066;STB=0.574947;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0302377;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:23:7:14:28:23:7:14:28 chr19 9062544 . T G 700.77 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6506;QD=62.2902;RBI=0.0323704;REFB=0;REVB=-0.0248592;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03401e-05;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:28:17:0:0 chr19 9063678 . T G 420.75 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00644141;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.749;QD=14.6347;RBI=0.0177189;REFB=-0.0182982;REVB=-0.0165065;RO=67;SAF=30;SAR=18;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229337;STB=0.629014;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0207122;OID=.;OPOS=9063678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:18:30:27:40:18:30:27:40 chr19 9063935 . G A 229.13 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0147879;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.44;QD=13.8867;RBI=0.034909;REFB=-0.0182555;REVB=-0.0316221;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160372;STB=0.599927;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0255263;OID=.;OPOS=9063935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:26:27:0.409091:12:14:15:24:12:15:15:24 chr19 9065632 . T C 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00820416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.857;QD=17.536;RBI=0.0100945;REFB=-0.016108;REVB=0.00588133;RO=37;SAF=11;SAR=23;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370433;STB=0.711784;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0162726;OID=.;OPOS=9065632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:23:11:27:10:23:11:28:10 chr19 9066874 . G T 532.85 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=57;FWDB=0.00167402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.095;QD=15.3337;RBI=0.0522902;REFB=-0.022902;REVB=-0.0522634;RO=80;SAF=27;SAR=31;SRF=24;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17511;STB=0.600422;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0216643;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:81:58:58:0.417266:31:27:24:56:31:27:24:57 chr19 9069792 . G A 430.65 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0583361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8443;QD=13.5638;RBI=0.0880683;REFB=-0.0156168;REVB=0.0659767;RO=66;SAF=19;SAR=31;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177084;STB=0.538849;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0569477;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:77:50:50:0.393701:31:19:24:42:31:19:34:43 chr19 9069892 . A C 889.52 PASS AF=0.502825;AO=89;DP=177;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=63;FWDB=-0.00161557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.643;QD=20.102;RBI=0.0106359;REFB=0.00161099;REVB=-0.0105125;RO=84;SAF=42;SAR=47;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167614;STB=0.594651;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00143357;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:84:88:89:89:0.502825:47:42:24:60:47:42:25:63 chr19 9070194 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.766;QD=56.9382;RBI=0.030345;REFB=0;REVB=0.0303163;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11773e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr19 9070225 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3372;QD=60.547;RBI=0.0747525;REFB=0;REVB=0.0129386;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672231;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr19 9070837 . G A 1436.48 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0132068;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.815;QD=58.0396;RBI=0.0172094;REFB=0.0579445;REVB=-0.0110337;RO=5;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487936;STB=0.525768;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.000953825;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:100:99:5:5:94:94:0.949495:46:48:0:5:46:48:0:5 chr19 9071763 . T A 1493.11 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181667;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.407;QD=57.9849;RBI=0.0209683;REFB=-0.10003;REVB=0.010471;RO=1;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771465;STB=0.503999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000205715;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:103:1:1:101:102:0.990291:61:40:0:1:62:40:0:1 chr19 9071834 . G C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00991123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.258;QD=23.0407;RBI=0.0105798;REFB=-0.0266495;REVB=0.00370136;RO=40;SAF=11;SAR=37;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200038;STB=0.610799;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0224394;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:37:11:17:23:37:11:17:23 chr19 9072221 . G A 185.77 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0603696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.455;QD=19.053;RBI=0.0623129;REFB=-0.010779;REVB=0.0154406;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195907;STB=0.511099;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0133108;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:8:12:11:8:8:12 chr19 9072313 . A G 51.28 PASS AF=0.636364;AO=5;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.042146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6334;QD=18.649;RBI=0.0493204;REFB=-0.0448137;REVB=0.0256168;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.125611;OID=.;OPOS=9072313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:5:7:0.636364:3:2:1:3:5:2:1:3 chr19 9072742 . T C 203.33 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0789209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0626;QD=14.2687;RBI=0.0818022;REFB=-0.00795538;REVB=0.0215195;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340876;STB=0.519464;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0187242;OID=.;OPOS=9072742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:12:21:16:8:12:21 chr19 9072875 . G A 388.85 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00916855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.053;QD=18.7399;RBI=0.0126264;REFB=-0.0182427;REVB=0.00868126;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134656;STB=0.575183;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.019857;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:26:14:21:22:26:14:21:22 chr19 9072975 . G A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.000358493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.551;QD=14.3921;RBI=0.0109378;REFB=-0.0062154;REVB=0.0109319;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1492;STB=0.58433;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0114587;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:17:19:36:18:17:19:36:18 chr19 9074073 . G A 267.18 PASS AF=0.5;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0447529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2868;QD=18.4259;RBI=0.0823193;REFB=-0.0117464;REVB=0.0690916;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128406;STB=0.589998;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0177549;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:26:29:28:29:0.5:18:10:13:13:19:10:15:14 chr19 9074950 . G T 380.77 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00638394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4851;QD=19.5265;RBI=0.0608613;REFB=-0.0198271;REVB=-0.0605255;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461086;STB=0.525611;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.018117;OID=.;OPOS=9074950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:18:21:19:20:18:21 chr19 9075217 . T A 302.25 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0493729;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7033;QD=19.1907;RBI=0.0543208;REFB=-0.0354259;REVB=-0.0226509;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108901;STB=0.560426;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0207354;OID=.;OPOS=9075217;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:9:22:19:13:9:22 chr19 9075346 . T A 727.26 PASS AF=0.542636;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00444635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.171;QD=22.5507;RBI=0.0111289;REFB=-0.00495936;REVB=0.0102021;RO=59;SAF=29;SAR=41;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938713;STB=0.551431;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00352961;OID=.;OPOS=9075346;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:59:59:70:70:0.542636:41:29:31:28:41:29:31:28 chr19 9075584 . T A 492.66 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0266985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.531;QD=17.4391;RBI=0.0275488;REFB=-0.0152279;REVB=-0.00679156;RO=59;SAF=14;SAR=39;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158467;STB=0.585274;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0183056;OID=.;OPOS=9075584;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:60:53:53:0.469027:39:14:24:35:39:14:24:36 chr19 9075635 . G A 492.4 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00212062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.367;QD=20.098;RBI=0.0104857;REFB=-0.0119072;REVB=0.010269;RO=49;SAF=17;SAR=31;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013066;STB=0.503245;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0107296;OID=.;OPOS=9075635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:50:48:48:0.489796:31:17:18:31:31:17:18:32 chr19 9075737 . T C 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0099409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2016;QD=23.369;RBI=0.0143682;REFB=-0.0217184;REVB=0.0103742;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149128;STB=0.51612;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0102095;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:18:18:12:13:18:18:12:14 chr19 9075967 . GCC GC,GCT 565.12 PASS AF=0.622951,0.360656;AO=22,21;DP=63;FAO=38,22;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=12,16;FSAR=26,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.12213,-0.0295735;FXX=0.031741;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.8819,95.858;QD=37.0573;RBI=0.460562,0.0710351;REFB=-0.135055,-0.0910373;REVB=0.444074,0.0645863;RO=17;SAF=11,15;SAR=11,6;SRF=2;SRR=15;SSEN=0.369369,0;SSEP=0.578947,0;SSSB=0.30206,0.45878;STB=0.519989,0.515138;STBP=0.26,0.619;TYPE=del,snp;VARB=0.1997,-0.0544896;OID=.,.;OPOS=9075968,9075969;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.622951,0.360656:22,21:63:38,22:61:1:12,16:26,6:1:0:99:17:11,15:11,6:2:15 chr19 9076083 . G A 355.02 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0013113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4146;QD=16.3228;RBI=0.0158063;REFB=0.00357226;REVB=-0.0157518;RO=49;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204879;STB=0.615323;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0083826;OID=.;OPOS=9076083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:14:24:21:28:14:24:21:28 chr19 9076163 . C T 501.11 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0429555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5975;QD=15.6597;RBI=0.0511676;REFB=0.00583578;REVB=-0.0278019;RO=71;SAF=26;SAR=29;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802383;STB=0.511836;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0114943;OID=.;OPOS=9076163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:71:73:55:55:0.429688:29:26:33:38:29:26:33:40 chr19 9076278 . G A 199.72 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0090166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.811;QD=19.4853;RBI=0.0114731;REFB=-0.0225952;REVB=-0.00709456;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.58939;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0272357;OID=.;OPOS=9076278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:5:16:12:8:5:16 chr19 9076728 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0256645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3207;QD=14.0964;RBI=0.0315731;REFB=-0.0492387;REVB=-0.01839;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0241491;OID=.;OPOS=9076728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr19 9076858 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00161967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.665;QD=11.6341;RBI=0.0302006;REFB=-0.00151512;REVB=-0.0301572;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217976;STB=0.630875;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00288924;OID=.;OPOS=9076858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:8:8:3:7:8:8 chr19 9076929 . T G 133.99 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0179579;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.698;QD=10.307;RBI=0.0222801;REFB=-0.0184361;REVB=-0.0131878;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033353;STB=0.50908;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.036666;OID=.;OPOS=9076929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:35:17:17:0.326923:9:8:15:19:9:8:16:19 chr19 9076950 . C A 132.12 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0153039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.77;QD=9.11157;RBI=0.0495726;REFB=-0.0112727;REVB=-0.0471512;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228834;STB=0.513604;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.043939;OID=.;OPOS=9076950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:10:8:17:23:10:8:17:23 chr19 9076991 . C T 158.99 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0402983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.832;QD=12.7192;RBI=0.0429055;REFB=-0.00308651;REVB=-0.0147283;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228983;STB=0.633046;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00722583;OID=.;OPOS=9076991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:11:21:8:10:11:21 chr19 9077060 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00508867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.125;QD=14.6657;RBI=0.0196259;REFB=-0.00812823;REVB=-0.0189547;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872643;STB=0.550496;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0129894;OID=.;OPOS=9077060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:8:13:8:7:8:13 chr19 9077264 . T G 358.4 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00420202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.625;QD=17.0669;RBI=0.0388193;REFB=-0.0128537;REVB=-0.0385912;RO=46;SAF=9;SAR=28;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414918;STB=0.717832;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0255352;OID=.;OPOS=9077264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:37:38:0.452381:28:9:30:16:28:10:30:16 chr19 9077436 . G A 338.29 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00423975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.502;QD=15.0352;RBI=0.0113837;REFB=-0.00256834;REVB=0.0105647;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078146;STB=0.540519;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00353381;OID=.;OPOS=9077436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:53:36:37:0.411111:16:20:25:27:17:20:25:28 chr19 9077581 . G T 794.38 PASS AF=0.50625;AO=81;DP=160;FAO=81;FDP=160;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00951471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.848;QD=19.8596;RBI=0.034612;REFB=0.00667747;REVB=-0.0332785;RO=79;SAF=38;SAR=43;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787469;STB=0.543287;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00771911;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:79:79:81:81:0.50625:43:38:44:35:43:38:44:35 chr19 9077803 . T C 210.59 PASS AF=0.5;AO=19;DP=45;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00807578;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.855;QD=16.8472;RBI=0.10597;REFB=0.00160891;REVB=0.105662;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28856;STB=0.638565;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0132925;OID=.;OPOS=9077803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:50:20:25:19:25:0.5:7:12:18:2:13:12:19:6 chr19 9080462 . C G 2455.88 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150878;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.742;QD=61.3969;RBI=0.0161873;REFB=0;REVB=0.0161168;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08664e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:163:160:0:0:159:160:1:88:71:0:0:88:72:0:0 chr19 9083162 . TCCCCCA TCCCC,TCCCCA 36.93 PASS AF=0,0.318182;AO=3,6;DP=22;FAO=0,7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0831252,-0.0974515;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=29.1467,9.59414;QD=6.7141;RBI=0.231679,0.0995666;REFB=-0.0458454,-0.121065;REVB=-0.216253,-0.0204136;RO=13;SAF=0,5;SAR=3,1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.76561,-0.0255261;STB=0.5,0.77989;STBP=1,0.134;TYPE=del,del;VARB=0,0.185875;OID=.,.;OPOS=9083167,9083163;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.318182:3,6:22:0,7:22:15:0,3:0,4:13:2:37:13:0,5:3,1:11:2 chr19 9083427 . A G 399.6 PASS AF=0.619048;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00988346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.963;QD=25.3716;RBI=0.0227608;REFB=-0.00155652;REVB=-0.020503;RO=24;SAF=27;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307766;STB=0.670568;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00100748;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:24:24:38:39:0.619048:11:27:7:17:11:28:7:17 chr19 9083457 . C T 457.97 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0214377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.366;QD=29.0772;RBI=0.0238372;REFB=-0.019579;REVB=0.0104228;RO=21;SAF=29;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230913;STB=0.625837;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0116284;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:13:29:7:14:13:29:7:14 chr19 9084183 . G A 424.18 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.010539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.387;QD=15.1492;RBI=0.0272104;REFB=-0.0142112;REVB=-0.0250865;RO=63;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130614;STB=0.502979;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0182078;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:48:48:0.428571:25:23:31:32:25:23:31:33 chr19 9084299 . T C 153.79 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0133654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3305;QD=11.607;RBI=0.0377823;REFB=0.0135987;REVB=0.0353393;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451219;STB=0.535677;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0100911;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:10:9:17:16:10:9:18:16 chr19 9085004 . T C 427.08 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0265837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.645;QD=24.7584;RBI=0.0424425;REFB=-0.0138563;REVB=0.0330859;RO=28;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439483;STB=0.524068;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00789851;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:21:20:12:16:21:20:12:16 chr19 9085643 . A G 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0329072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.134;QD=20.4043;RBI=0.0329542;REFB=-0.000177087;REVB=-0.0017598;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449735;STB=0.524984;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000234786;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:21:11:11:17:21:11:11:17 chr19 9086318 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00118727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.251;QD=18.4438;RBI=0.00129547;REFB=-0.0195429;REVB=-0.000518294;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0154123;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr19 9086819 . G A 158.64 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00912064;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.241;QD=16.2708;RBI=0.0115645;REFB=-0.00986575;REVB=-0.00710993;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206074;STB=0.6427;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0129409;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:7:15:8:9:6:16 chr19 9087615 . T A 1102.4 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2794;QD=59.589;RBI=0.0508183;REFB=0;REVB=-0.00215454;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484665;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chr19 9087758 . G A 1115.87 PASS AF=0.532995;AO=104;DP=195;FAO=105;FDP=197;FR=.;FRO=92;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00250898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.969;QD=22.6572;RBI=0.0138392;REFB=-0.00847795;REVB=-0.0136099;RO=91;SAF=50;SAR=54;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164572;STB=0.504119;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00711224;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:91:92:104:105:0.532995:54:50:42:49:55:50:43:49 chr19 9088017 . T G 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0359164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1376;QD=15.6244;RBI=0.0429543;REFB=-0.0427689;REVB=0.0235602;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102876;STB=0.559429;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.053273;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:11:16:13:6:11:16 chr19 9088330 . G A 382.87 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0167011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0975;QD=17.403;RBI=0.0168163;REFB=-0.0244834;REVB=0.00196507;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160213;STB=0.58348;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0332323;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:18:22:18:29:18:22:19:29 chr19 9088772 . T C 673.94 PASS AF=0.528;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00681547;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.862;QD=21.5662;RBI=0.00809886;REFB=-0.00610639;REVB=0.00437503;RO=59;SAF=35;SAR=30;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991094;STB=0.550166;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00494976;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:65:66:0.528:30:35:25:34:31:35:25:34 chr19 9204307 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.35;QD=61.6825;RBI=0.0414883;REFB=0;REVB=0.0358786;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340482;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr19 9213026 . T C 192.16 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0271286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7039;QD=16.0131;RBI=0.0273496;REFB=-0.018775;REVB=-0.00346957;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134577;STB=0.576849;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0259112;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:9:19:11:9:9:19 chr19 9213079 . A C 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00522337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1463;QD=9.09886;RBI=0.00963922;REFB=-0.00417418;REVB=-0.00810129;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162054;STB=0.599771;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00806212;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:9:10:6:3:9:10 chr19 9213132 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0216003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8477;QD=10.3902;RBI=0.0392372;REFB=-0.00711372;REVB=-0.0327565;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0103111;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:6:5:4:3:6:5 chr19 9225685 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.531;QD=56.1877;RBI=0.0676178;REFB=0;REVB=-0.0626282;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448471;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 9226017 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.837;QD=56.1916;RBI=0.0329621;REFB=0;REVB=0.0322818;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76029e-05;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 9226192 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0226;QD=47.8223;RBI=0.0291721;REFB=0;REVB=-0.00968016;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756509;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 9236697 . AG AGATGGT,GT 545.25 PASS AF=0.860465,0.0465116;AO=36,2;DP=43;FAO=37,2;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=18,1;FSAR=19,1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0138148,0.0168083;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=5,2;MLLD=218.864,87.0031;QD=50.7209;RBI=0.0187229,0.0176214;REFB=-0.0418686,-0.0804256;REVB=0.0126371,0.00529099;RO=4;SAF=18,1;SAR=18,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0466295,0.237547;STB=0.523105,0.665181;STBP=0.38,0.732;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00612817,-0.00172621;OID=.,.;OPOS=9236699,9236697;OREF=-,AG;OALT=ATGGT,GT;OMAPALT=AGATGGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:36,2:37,2:0.860465,0.0465116:18,1:18,1:1:3:19,1:18,1:1:3 chr19 9236886 . A G 567.55 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487801;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.563;QD=58.2102;RBI=0.0131434;REFB=-0.117623;REVB=-0.0122047;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000558352;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr19 9237435 . A G 414.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815162;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.995;QD=57.2366;RBI=0.0166135;REFB=0;REVB=0.0144762;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49854e-05;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr19 9237542 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.634;QD=43.4827;RBI=0.0352851;REFB=0;REVB=0.00881672;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297755;OID=.;OPOS=9237542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 9296664 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0308892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.302;QD=12.3292;RBI=0.0309679;REFB=-0.0129277;REVB=0.00220658;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271342;STB=0.516099;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0226635;OID=.;OPOS=9296664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:5:12:8:3:5:12 chr19 9297606 . C T 69.15 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=26;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00680182;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.112;QD=9.22029;RBI=0.00828246;REFB=-0.00848296;REVB=-0.00472593;RO=16;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67111;STB=0.666296;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0325848;OID=.;OPOS=9297606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:30:16:20:5:10:0.333333:0:5:10:6:2:8:12:8 chr19 9297874 . G A 121.43 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0295625;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.221;QD=13.8773;RBI=0.0296356;REFB=-0.00052433;REVB=-0.00208037;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.000970601;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:12:9:5:9:12:9 chr19 9298063 . CA C 34.22 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0891901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1315;QD=8.55614;RBI=0.0960632;REFB=-0.0484298;REVB=0.0356827;RO=8;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691811;STB=0.58039;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=0.072081;OID=.;OPOS=9298064;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:16:7:16:9:1:6:2:7:34:8:0:5:2:6 chr19 9298174 . T A,TAA 52.44 PASS AF=0.666667,0.166667;AO=8,2;DP=12;FAO=8,2;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0660324,-0.0935481;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=29.5734,8.07797;QD=17.4808;RBI=0.0791777,0.174972;REFB=0.0962812,0.0441285;REVB=0.0436901,0.147864;RO=2;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108557,-0.639851;STB=0.571264,0.5;STBP=0.613,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00019313,0.0990047;OID=.,.;OPOS=9298174,9298175;OREF=T,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:12:12:2:2:8,2:8,2:0.666667,0.166667:6,2:2,0:1:1:6,2:2,0:0:2 chr19 9298364 . C T 60.38 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00847136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7421;QD=17.2502;RBI=0.0294437;REFB=-0.082196;REVB=-0.0281987;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121731;STB=0.545336;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0607731;OID=.;OPOS=9298364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:14:5:6:8:8:0.571429:2:6:3:2:2:6:4:2 chr19 9325116 . G A 272.85 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0099924;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.327;QD=14.7488;RBI=0.0103095;REFB=-0.00475996;REVB=-0.00253715;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378422;STB=0.521459;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00562779;OID=.;OPOS=9325116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:21:22:17:14:21:22 chr19 9325252 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0102971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.565;QD=13.0537;RBI=0.0316877;REFB=-0.0120122;REVB=-0.0299679;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206362;STB=0.617507;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0133314;OID=.;OPOS=9325252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:10:25:12:11:10:25 chr19 9346427 . T C 756.9 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434026;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.27;QD=61.7879;RBI=0.0554609;REFB=-0.14032;REVB=0.0345272;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000800134;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:48:48:0.979592:29:19:0:0:29:19:1:0 chr19 9346599 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2675;QD=60.61;RBI=0.0221666;REFB=0;REVB=0.0221373;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362434;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 9434872 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00231315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.278;QD=16.5326;RBI=0.00245378;REFB=-0.00908789;REVB=-0.000818746;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207733;STB=0.616106;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0133271;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:17:18:13:30:17:18:13:30 chr19 9449888 . A G 710.15 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.026132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.817;QD=23.6716;RBI=0.0279612;REFB=-0.024864;REVB=0.00994727;RO=52;SAF=37;SAR=31;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198626;STB=0.510845;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0168518;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:52:68:68:0.566667:31:37:27:25:31:37:27:25 chr19 9452026 . ACT A 108.38 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0132583;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.565;QD=11.717;RBI=0.0178322;REFB=-0.00949015;REVB=-0.011925;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341313;STB=0.724873;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0193697;OID=.;OPOS=9452027;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:13:39:13:37:24:2:11:10:14:99:23:2:11:9:14 chr19 9490814 . C T 337.35 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.013014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.739;QD=34.5995;RBI=0.0191419;REFB=-0.00571779;REVB=-0.0140374;RO=11;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125842;STB=0.568811;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00249477;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:19:9:6:5:19:9:6:5 chr19 9492141 . C T 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0223307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8427;QD=19.6919;RBI=0.0273781;REFB=-0.0359683;REVB=-0.0158398;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1202;STB=0.56727;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0330003;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:14:11:15:11:14:11 chr19 9492370 . A T 124.55 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0252553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.632;QD=17.7922;RBI=0.0263745;REFB=-0.00838897;REVB=0.00760172;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985294;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0111505;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:7:6:8:6:8:6:8:6 chr19 9524185 . A G 450.53 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0560104;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1833;QD=14.8935;RBI=0.0613981;REFB=-0.0211406;REVB=-0.0251506;RO=70;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083576;STB=0.546907;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0211734;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:70:70:51:51:0.421488:25:26:30:40:25:26:30:40 chr19 9801668 . T C 419.64 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.000125426;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.245;QD=17.4852;RBI=0.00177402;REFB=0.00247805;REVB=0.00176958;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216332;STB=0.501211;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00238451;OID=.;OPOS=9801668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:53:53:43:43:0.447917:22:21:26:27:22:21:26:27 chr19 9921575 . C T 76.78 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.006099;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.727;QD=11.8127;RBI=0.0206664;REFB=-0.00312807;REVB=-0.0197459;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475038;STB=0.788231;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000900054;OID=.;OPOS=9921575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:3:12:3:7:3:13 chr19 9964946 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00538304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=13.7843;RBI=0.0209732;REFB=0.0103946;REVB=0.0202706;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212378;STB=0.627587;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0113976;OID=.;OPOS=9964946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:10:22:11:12:10:23 chr19 10071063 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.979;QD=46.8455;RBI=0.0413158;REFB=0;REVB=0.00447539;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581088;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 10077419 . C G 175.92 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.486;QD=46.9119;RBI=0.0538339;REFB=0;REVB=0.0196919;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145812;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:12:3:0:0 chr19 10078589 . T C 206.96 PASS AF=0.350649;AO=22;DP=70;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0399638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0349;QD=10.7512;RBI=0.0477542;REFB=-0.00762452;REVB=0.0261411;RO=48;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483994;STB=0.549096;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.014075;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:48:50:22:27:0.350649:11:11:22:26:12:15:24:26 chr19 10079093 . C T 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0110904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.014;QD=17.5864;RBI=0.0261895;REFB=-0.0113648;REVB=-0.0237253;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284378;STB=0.659869;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0193916;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:6:22:11:11:6:22 chr19 10080619 . A AG,G 142.7 PASS AF=0.96,0.04;AO=13,2;DP=29;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215809,-0.0247196;FXX=0.0740466;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.19464,220.498;QD=22.8321;RBI=0.235242,0.0275033;REFB=-0.0979637,-0.00428073;REVB=0.0936226,0.012057;RO=12;SAF=4,1;SAR=9,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0248839,0.175485;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0126192,0.0451291;OID=.,.;OPOS=10080620,10080619;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:29:25:12:0:13,2:24,1:0.96,0.04:9,1:4,1:4:8:17,1:7,0:0:0 chr19 10081276 . C G 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.00315985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.654;QD=12.1359;RBI=0.0168523;REFB=-0.00959093;REVB=0.0165534;RO=47;SAF=20;SAR=8;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103076;STB=0.545424;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0125919;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:8:20:37:10:8:20:37:11 chr19 10084292 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00453277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.501;QD=15.3789;RBI=0.00853593;REFB=-0.0175533;REVB=-0.00723299;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199941;STB=0.615202;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0304073;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:4:10:6:6:4:10 chr19 10084422 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00857873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.216;QD=16.8984;RBI=0.00857879;REFB=-0.019395;REVB=-3.31796e-05;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0172927;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr19 10085054 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0145072;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.961;QD=12.3963;RBI=0.0263052;REFB=-0.0161009;REVB=-0.0219433;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00890591;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:1:4:1:4:1:4 chr19 10088271 . C G 288.74 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00219107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.128;QD=20.9995;RBI=0.0315644;REFB=-0.00879825;REVB=0.0314883;RO=25;SAF=21;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162127;STB=0.590299;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00253262;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:9:21:13:12:9:21:13:12 chr19 10089262 . G A 990.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.574;QD=59.1307;RBI=0.0588671;REFB=0;REVB=-0.0586145;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54943e-05;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr19 10100061 . C A 1106.11 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00931603;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.83;QD=58.9925;RBI=0.0192648;REFB=-0.0447666;REVB=0.0168625;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000221399;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:50:24:0:0:50:24:1:0 chr19 10102676 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.022;QD=42.1826;RBI=0.0381504;REFB=0;REVB=0.0370643;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518174;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 10104272 . G C 48.9 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-6.7209e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.574;QD=13.9717;RBI=0.0675144;REFB=-0.00824646;REVB=-0.0675143;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00550846;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr19 10104322 . A C 106.44 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00581746;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.268;QD=10.6439;RBI=0.00673013;REFB=-0.0154772;REVB=0.00338406;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479557;STB=0.786089;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0199112;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:10:3:18:9:10:3:18:9 chr19 10106936 . G C 632.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1338;QD=61.6781;RBI=0.0342941;REFB=0;REVB=0.0341531;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294819;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:30:9:0:0:31:10:0:0 chr19 10108714 . G A 1097.59 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5876;QD=60.1417;RBI=0.125461;REFB=0;REVB=0.0257894;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950379;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:32:38:0:0:32:41:0:0 chr19 10108850 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000986864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.88;QD=47.8224;RBI=0.0301741;REFB=0;REVB=0.0301579;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102854;OID=.;OPOS=10108850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 10131999 . T C 859.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.657;QD=57.3116;RBI=0.0359628;REFB=0;REVB=0.0337914;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008711;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr19 10132289 . TCA T,TA,TTA 800.7 PASS AF=0,0.0204082,0.979592;AO=5,20,18;DP=49;FAO=0,1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,27;FSAR=0,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381084,0.0358167,0.0523101;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=218.544,235.141,260.293;QD=65.3635;RBI=0.0382926,0.0437923,0.0562032;REFB=0,0,0;REVB=-0.00375112,0.0251979,0.0205539;RO=0;SAF=5,20,2;SAR=0,0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00546573,0.000570536;OID=.,.,.;OPOS=10132290,10132290,10132290;OREF=CA,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0204082,0.979592:5,20,18:49:0,1,48:49:0:0,1,27:0,0,21:0:0:3:0:5,20,2:0,0,16:0:0 chr19 10132859 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.165;QD=40.7629;RBI=0.0840171;REFB=0;REVB=0.00902992;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340895;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr19 10218524 . C G 241.51 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0330354;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.696;QD=18.2272;RBI=0.0331761;REFB=-0.0127947;REVB=-0.00305226;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904817;STB=0.550858;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0194144;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:14:13:10:16:14:13 chr19 10224526 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0711521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.759;QD=23.2183;RBI=0.0891821;REFB=-0.0537494;REVB=0.0537664;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0165428;OID=.;OPOS=10224526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr19 10225777 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0100383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.272;QD=23.0881;RBI=0.010234;REFB=-0.014252;REVB=-0.0019918;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345072;STB=0.504583;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0112342;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:18:22:22:0.55:12:10:8:8:12:10:8:10 chr19 10229297 . C A 398.03 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000809475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.156;QD=28.9479;RBI=0.0319295;REFB=-0.00637855;REVB=-0.0319192;RO=18;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417014;STB=0.522715;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00246839;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:23:14:8:10:23:14:8:10 chr19 10265312 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.053;QD=55.0983;RBI=0.0345919;REFB=0;REVB=0.0243141;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7688e-06;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 10267077 . T C 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.00079262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.264;QD=17.0348;RBI=0.00864235;REFB=0.00181619;REVB=0.00860593;RO=53;SAF=17;SAR=25;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150681;STB=0.583967;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00217781;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:25:17:14:39:25:17:14:39 chr19 10370444 . A C 223.98 PASS AF=0.421875;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.0249978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9056;QD=13.9988;RBI=0.0250016;REFB=-0.0266395;REVB=-0.000439841;RO=29;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34777;STB=0.533307;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0608033;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:29:37:25:27:0.421875:24:1:0:29:24:3:5:32 chr19 10415781 . T C 152.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00072983;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.476;QD=19.6233;RBI=0.00730214;REFB=0.0128846;REVB=-0.00726558;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129841;STB=0.551804;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0102212;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:15:16:16:0.516129:9:7:4:10:9:7:5:10 chr19 10416552 . C T 185.75 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0259575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.524;QD=19.0513;RBI=0.031381;REFB=-0.00536012;REVB=-0.0176345;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185549;STB=0.607013;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0135241;OID=.;OPOS=10416552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:2:17:16:4:2:17:16:4 chr19 10449392 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.177;QD=55.6561;RBI=0.0264987;REFB=0;REVB=0.0115084;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111557;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 10475652 . C A 290.05 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.106765;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.267;QD=16.3405;RBI=0.106822;REFB=-0.00162446;REVB=-0.00347753;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142436;STB=0.580003;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00441685;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:15:24:15:17:15:24 chr19 10579474 . T G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0502692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5603;QD=15.5749;RBI=0.0956192;REFB=-0.0152378;REVB=0.0813391;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464912;STB=0.526295;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0219667;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:20:11:10:15:20:11 chr19 10579834 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.043687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.943;QD=13.9594;RBI=0.0574936;REFB=-0.0600604;REVB=-0.0373759;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434081;STB=0.768637;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00754375;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:3:4:0:6:3:4:0:7 chr19 10599965 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.776;QD=58.5876;RBI=0.0705919;REFB=0;REVB=0.0158263;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837507;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 10600442 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.569;QD=53.2772;RBI=0.0321988;REFB=0;REVB=0.0316095;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106913;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr19 10668383 . T C 120.36 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0178505;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.1;QD=13.3738;RBI=0.01973;REFB=0.00198681;REVB=-0.0084044;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387449;STB=0.694208;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00185406;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:22:14:14:0.388889:7:7:2:16:7:7:4:18 chr19 10668452 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.615;QD=50.4133;RBI=0.00737886;REFB=0;REVB=-0.00530915;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74977e-06;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 10670184 . C G 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00370511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.403;QD=12.0831;RBI=0.00660379;REFB=-0.012572;REVB=0.00546645;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320513;STB=0.506323;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0331978;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:8:13:22:12:8:13:22:13 chr19 10670992 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0212761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3141;QD=12.0154;RBI=0.0213818;REFB=0.0287293;REVB=0.00212391;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32405;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0379461;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:6:1:3:3:6:1 chr19 10676423 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00715763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.298;QD=18.0355;RBI=0.0183367;REFB=-0.0300538;REVB=-0.0168821;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713905;STB=0.540605;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0318289;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:14:13:9:13:14:13 chr19 10676681 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0190888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.223;QD=14.0792;RBI=0.0496447;REFB=-0.0243245;REVB=-0.045828;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174839;STB=0.601109;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0327721;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:4:12:7:5:4:12 chr19 10683477 . A G 841.94 PASS AF=1;AO=51;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.485;QD=57.0809;RBI=0.0426746;REFB=0;REVB=0.0425972;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077856;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:51:59:1:28:23:0:0:33:26:0:0 chr19 10692000 . T C 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.016463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.193;QD=9.23681;RBI=0.01816;REFB=-0.000998748;REVB=-0.00766506;RO=57;SAF=7;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224933;STB=0.633825;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0019921;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:18:7:26:31:18:7:26:31 chr19 10738639 . C T 556.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0457;QD=60.208;RBI=0.0807798;REFB=0;REVB=0.0330039;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109948;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr19 10742170 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9345;QD=49.3982;RBI=0.0764963;REFB=-0.0711797;REVB=-0.0721081;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.538427;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00281296;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:17:6:1:0:17:6:1:0 chr19 10794630 . G T 1785.72 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.04;QD=61.0504;RBI=0.0332554;REFB=0;REVB=0.0142532;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85365e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr19 11224265 . A G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0209163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.66;QD=16.9415;RBI=0.030315;REFB=-0.0124924;REVB=0.0219432;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560016;STB=0.531986;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0186812;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:14:10:9:10:14:10 chr19 11227602 . C T 195.2 PASS AF=0.415385;AO=21;DP=56;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00180657;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.226;QD=12.0121;RBI=0.0410454;REFB=-0.0512695;REVB=-0.0410056;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275185;STB=0.58508;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0592837;OID=.;OPOS=11227602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:65:28:38:21:27:0.415385:7:14:11:17:11:16:17:21 chr19 11227603 . G T 43.78 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0277991;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.602;QD=2.65355;RBI=0.0505558;REFB=-0.0048165;REVB=-0.0422268;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388434;STB=0.755511;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.164212;OID=.;OPOS=11227603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:63:66:52:57:9:9:0.136364:7:2:28:24:7:2:29:28 chr19 11230881 . T C 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0146065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0211;QD=16.071;RBI=0.0186404;REFB=0.0239078;REVB=-0.0115808;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641952;STB=0.536191;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0316334;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:17:18:13:16:17:18 chr19 11233941 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0278816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.165;QD=21.546;RBI=0.0299312;REFB=-0.0191942;REVB=-0.0108856;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110077;STB=0.562409;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00812468;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:5:5:9:5:5:5 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 269.12 PASS AF=0.444444,0.25;AO=9,14;DP=37;FAO=16,9;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11,6;FSAR=5,3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00954622,0.145597;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=112.562,58.5182;QD=29.9018;RBI=0.0517507,0.145757;REFB=-0.0771869,-0.0706532;REVB=-0.0508626,-0.00681377;RO=11;SAF=5,11;SAR=4,3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.342062,0.477419;STB=0.702946,0.749499;STBP=0.014,0.067;TYPE=del,snp;VARB=0.0336618,0.0638881;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.25:9,14:37:16,9:36:11:11,6:5,3:2:9:99:11:5,11:4,3:2:9 chr19 11303943 . A G 180.99 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0132191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6933;QD=16.0878;RBI=0.051388;REFB=-0.0098867;REVB=-0.0496587;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337466;STB=0.693533;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00733189;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:6:13:9:17:6:13:9:17 chr19 11319491 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0446367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.288;QD=11.6338;RBI=0.0580231;REFB=-0.0127611;REVB=-0.0370708;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406149;STB=0.745234;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0397287;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:9:7:8:2:9:7 chr19 11319636 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0215767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.586;QD=26.338;RBI=0.0215804;REFB=-0.00824478;REVB=0.00039944;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774579;STB=0.543042;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00395028;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:16:7:6:9:16:7:6:9 chr19 11326119 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00958595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.338;QD=19.4666;RBI=0.0195783;REFB=-0.0119194;REVB=-0.0170711;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276696;STB=0.65611;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00895335;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:8:14:8:16:8:14:8:16 chr19 11326125 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0612464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.019;QD=18.3009;RBI=0.0632761;REFB=-0.00938859;REVB=0.0158979;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272943;STB=0.654396;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.017603;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:7:16:8:12:7:16 chr19 11327608 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00190924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.043;QD=20.017;RBI=0.0844265;REFB=-0.0316984;REVB=-0.0844049;RO=17;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232863;STB=0.633635;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0245966;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:3:15:11:6:3:15:11:6 chr19 11327626 . A G 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0252862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.748;QD=16.5366;RBI=0.0624719;REFB=-0.0176282;REVB=-0.0571257;RO=23;SAF=16;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488521;STB=0.787491;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0450208;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:2:16:12:11:2:16:12:11 chr19 11347493 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0127568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.408;QD=17.7534;RBI=0.0222767;REFB=-0.0150939;REVB=0.0182625;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269287;STB=0.51514;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0169762;OID=.;OPOS=11347493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:18:9:9:16:18:9 chr19 11350340 . C G 239.44 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0136683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.2;QD=16.5129;RBI=0.0204552;REFB=-0.0330556;REVB=0.0152181;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181109;STB=0.602332;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0443746;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:16:15:18:9:16:15 chr19 11350488 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.026503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.18;QD=11.2612;RBI=0.0295664;REFB=-0.0300799;REVB=-0.0131058;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0577039;OID=.;OPOS=11350488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:18:12:6:9:18:12 chr19 11358799 . G A 146.6 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0168958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.295;QD=20.22;RBI=0.0351468;REFB=-0.109215;REVB=0.0308193;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345162;STB=0.654316;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0456256;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:29:29:9:13:13:15:0.517241:3:10:3:6:3:12:7:6 chr19 11363146 . A T 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0200761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.039;QD=26.4127;RBI=0.0261025;REFB=-0.00544294;REVB=-0.0166822;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162791;STB=0.571374;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00352039;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:15:10:3:13:15:10:4:13 chr19 11465316 . G C 195.91 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0416272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3865;QD=13.2821;RBI=0.0505716;REFB=-0.0240318;REVB=-0.0287168;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133601;STB=0.576209;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0339366;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:13:22:12:12:13:22 chr19 11516007 . T G 151.31 PASS AF=0.64;AO=14;DP=23;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000999848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.952;QD=24.209;RBI=0.0177404;REFB=-0.0106413;REVB=-0.0177122;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187933;STB=0.553004;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00553475;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:25:7:9:14:16:0.64:4:10:3:4:5:11:5:4 chr19 11526759 . G A 1164.54 PASS AF=0.964706;AO=78;DP=87;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000756091;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1579;QD=54.8017;RBI=0.119768;REFB=-0.183017;REVB=0.119765;RO=6;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674479;STB=0.505035;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0108459;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:85:6:3:78:82:0.964706:39:39:0:6:43:39:1:2 chr19 11617079 . C T 648.46 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00578034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.379;QD=27.5942;RBI=0.0158474;REFB=-0.0442465;REVB=-0.0147556;RO=37;SAF=32;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934445;STB=0.55088;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0269089;OID=.;OPOS=11617079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:25:32:16:21:25:32:16:21 chr19 11664068 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.001;QD=51.1846;RBI=0.0680545;REFB=0;REVB=0.0655347;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460004;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr19 11708464 . G C 407.18 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0265744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4005;QD=22.9398;RBI=0.0275854;REFB=0.00100723;REVB=0.00739982;RO=29;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154561;STB=0.59582;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0011497;OID=.;OPOS=11708464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:31:40:40:0.56338:19:21:21:8:19:21:23:8 chr19 11833654 . TA AT,T 101.7 PASS AF=0.0983607,0.295082;AO=9,14;DP=60;FAO=6,18;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=0,4;FSAR=6,14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0147184,-0.0354417;FXX=0.0161264;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=69.6533,12.1601;QD=6.66859;RBI=0.0690054,0.11923;REFB=-0.0013025,-0.0808914;REVB=-0.0674175,-0.11384;RO=32;SAF=3,2;SAR=6,12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0286885,-0.288759;STB=0.997681,0.610124;STBP=0.037,0.285;TYPE=mnp,del;VARB=0.0279652,0.114891;OID=.,.;OPOS=11833654,11833655;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:60:61:32:37:9,14:6,18:0.0983607,0.295082:6,12:3,2:10:22:6,14:0,4:13:24 chr19 11891003 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.377;QD=57.2374;RBI=0.0329884;REFB=0;REVB=0.018148;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145374;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr19 11943697 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.954;QD=44.6898;RBI=0.0288938;REFB=0;REVB=0.0132995;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402532;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 12128726 . T C 206.63 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00329409;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6821;QD=16.8676;RBI=0.0168154;REFB=-0.0172118;REVB=-0.0164896;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156676;STB=0.589657;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0239343;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:15:13:13:8:15:13 chr19 12222381 . C G 665.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.023;QD=61.8769;RBI=0.0191765;REFB=0;REVB=0.0189232;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41536e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr19 12256358 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.756;QD=59.8391;RBI=0.0479494;REFB=0;REVB=-0.0325702;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.136e-05;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 12360870 . GA G 60.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0206909;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.6495;QD=7.16125;RBI=0.196048;REFB=-0.0934398;REVB=0.194953;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384167;STB=0.673269;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.153096;OID=.;OPOS=12360871;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:34:17:34:17:11:6:5:12:53:16:11:4:5:11 chr19 12502457 . A G 303.96 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0260095;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.876;QD=17.1247;RBI=0.0282792;REFB=-0.0222367;REVB=-0.0111003;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563179;STB=0.538438;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0176998;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:38:33:33:0.464789:18:15:20:19:18:15:20:18 chr19 12739038 . G A 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0325151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.425;QD=11.257;RBI=0.0364508;REFB=0.000947798;REVB=-0.0164751;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105261;STB=0.562358;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00307674;OID=.;OPOS=12739038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:1:11:7:1:1:11 chr19 12876964 . G C 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0134262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.246;QD=21.5101;RBI=0.0201974;REFB=-0.0672027;REVB=-0.0150889;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137313;STB=0.576852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0462923;OID=.;OPOS=12876964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:6:13:11:10:6:13 chr19 12958697 . T C 346.39 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0220635;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4233;QD=31.4903;RBI=0.0284171;REFB=0.0177026;REVB=-0.0179089;RO=15;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072947;STB=0.539909;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0136374;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:15:15:29:29:0.659091:13:16:10:5:13:16:10:5 chr19 12963143 . T C 159.07 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0250154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7069;QD=17.6742;RBI=0.0266853;REFB=-0.0380429;REVB=0.0092916;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381231;STB=0.521714;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0410147;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:6:13:11:6:6:13 chr19 12985576 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0103467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.672;QD=19.6177;RBI=0.0103498;REFB=-0.0336112;REVB=-0.000252451;RO=35;SAF=9;SAR=28;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110413;STB=0.556786;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0269673;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:28:9:12:23:28:9:12:24 chr19 12989560 . G A 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0167905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.055;QD=13.8093;RBI=0.0171123;REFB=-0.00177896;REVB=0.00330321;RO=57;SAF=12;SAR=24;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121043;STB=0.569191;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00259198;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:24:12:25:32:24:12:25:32 chr19 12996740 . A G 205.06 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0119075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.944;QD=23.4352;RBI=0.0215957;REFB=-0.037147;REVB=0.0180163;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988308;STB=0.58612;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0161677;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:15:18:20:0.571429:10:8:8:6:12:8:9:6 chr19 13010520 . A G 299.3 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0101999;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.484;QD=21.0038;RBI=0.018222;REFB=-0.00954199;REVB=-0.0150997;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354459;STB=0.527791;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0095361;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:16:15:11:14:16:15:11:15 chr19 13317457 . T C 77.41 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.000555648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.417;QD=13.4619;RBI=0.0518153;REFB=0.000796254;REVB=0.0518123;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.526261;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00059834;OID=.;OPOS=13317457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:11:13:9:10:0.434783:1:8:8:3:2:8:10:3 chr19 13317490 . GTTATTATTA GTTATTA,GTTATTATTAT 86.19 PASS AF=0.473684,0.157895;AO=8,2;DP=20;FAO=9,3;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7,2;FSAR=2,1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0142633,0.00938674;FXX=0;HRUN=2,7;LEN=3,1;MLLD=290.88,7.30934;QD=18.145;RBI=0.0416785,0.0199751;REFB=-0.0115911,0.143939;REVB=0.0391619,0.0176322;RO=6;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0771948,0.562437;STB=0.538372,0.538213;STBP=0.821,0.967;TYPE=del,ins;VARB=0.00180094,-0.0610062;OID=.,.;OPOS=13317491,13317500;OREF=TTA,-;OALT=-,T;OMAPALT=GTTATTA,GTTATTATTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0.157895:8,2:20:9,3:19:7:7,2:2,1:5:2:45:6:6,2:2,0:4:2 chr19 13414594 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0243238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.647;QD=14.6651;RBI=0.0245009;REFB=-0.0135988;REVB=-0.00294022;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152343;STB=0.58812;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0149772;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:13:8:8:7:13:8 chr19 13445208 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.148;QD=57.1772;RBI=0.0378672;REFB=0;REVB=-0.00506729;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106859;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 13470522 . T C 282.21 PASS AF=0.52459;AO=28;DP=58;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0245704;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1286;QD=18.5053;RBI=0.0463914;REFB=-0.0298582;REVB=0.0393505;RO=29;SAF=21;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300958;STB=0.639508;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0354536;OID=.;OPOS=13470522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:29:29:28:32:0.52459:7:21:13:16:9:23:13:16 chr19 13868669 . G A 545.89 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00741785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5232;QD=57.4617;RBI=0.0276256;REFB=-0.136576;REVB=0.0266111;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00011175;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:0:1 chr19 13885309 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.587;QD=59.0175;RBI=0.0695156;REFB=0;REVB=0.0686617;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316055;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr19 13885484 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0543;QD=60.9755;RBI=0.0515852;REFB=0;REVB=0.0487301;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001159;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr19 13900981 . G A 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5703;QD=61.8485;RBI=0.0458148;REFB=0;REVB=-0.0266081;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356158;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr19 13942221 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0452246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5379;QD=9.11017;RBI=0.0452953;REFB=-0.0153841;REVB=0.00252909;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211064;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:8:8:4:4:8:8 chr19 13947292 . T C 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0406075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.508;QD=19.6921;RBI=0.0409209;REFB=0.0118718;REVB=0.00505487;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876366;STB=0.548982;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0102808;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:15:10:13:13:15:10 chr19 13950860 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0228333;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.794;QD=14.6539;RBI=0.0262081;REFB=-0.0282709;REVB=-0.012865;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309389;STB=0.681384;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0180627;OID=.;OPOS=13950860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:6:2:5:3:6:2 chr19 13988416 . A G 824.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.072;QD=56.857;RBI=0.0361176;REFB=0;REVB=-0.000271317;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254627;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:34:24:0:0 chr19 14000170 . T C 1242.07 PASS AF=0.964706;AO=73;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0872395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6401;QD=58.4502;RBI=0.0927369;REFB=-0.0615101;REVB=0.0314548;RO=2;SAF=54;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472133;STB=0.519995;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0183817;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:73:82:0.964706:19:54:0:2:24:58:0:2 chr19 14000400 . A G 955.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.628;QD=58.7719;RBI=0.0194831;REFB=0;REVB=0.012661;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21675e-05;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr19 14000870 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.314;QD=57.0007;RBI=0.0187696;REFB=0;REVB=0.0099246;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50248e-05;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr19 14015711 . C A 620.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.162;QD=60.4909;RBI=0.0325069;REFB=0;REVB=-0.00555389;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012545;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:28:13:0:0 chr19 14017269 . A C 69.29 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0461725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0149;QD=6.02524;RBI=0.0974948;REFB=-0.00938737;REVB=-0.0858681;RO=33;SAF=1;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.669155;STB=0.908347;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0984197;OID=.;OPOS=14017269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:46:46:33:35:11:11:0.23913:10:1:22:11:10:1:22:13 chr19 14040896 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0153029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4731;QD=15.5715;RBI=0.0385749;REFB=0.00457821;REVB=0.0354096;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.586989;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00432627;OID=.;OPOS=14040896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:5:7:8:3:5:7 chr19 14083761 . T C 72.83 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0328119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8417;QD=8.82732;RBI=0.037156;REFB=-0.0333031;REVB=-0.0174342;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103103;STB=0.506316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0669457;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:14:9:4:6:14:9 chr19 14141666 . G T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0231744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.273;QD=18.2899;RBI=0.0283357;REFB=-0.0161488;REVB=-0.0163052;RO=33;SAF=7;SAR=25;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683726;STB=0.538333;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00895153;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:25:7:9:24:25:7:9:24 chr19 14153293 . T C 149.91 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=2.23838e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.504;QD=19.9878;RBI=0.000857279;REFB=-0.00387002;REVB=-0.000856987;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644073;STB=0.566585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00482024;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:14:14:14:16:0.533333:8:6:5:9:8:8:5:9 chr19 14185226 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0125206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.899;QD=10.1406;RBI=0.0125209;REFB=-0.00559849;REVB=8.17414e-05;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132854;STB=0.580028;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00960597;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:14:14:8:5:14:14 chr19 14273649 . C T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0144195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.003;QD=18.0733;RBI=0.0171192;REFB=-0.00867052;REVB=0.00922732;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431898;STB=0.524122;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00720014;OID=.;OPOS=14273649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:11:20:18:12:11:20 chr19 14512489 . G A 69.58 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.015568;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=75.3118;QD=14.6477;RBI=0.0656919;REFB=-0.00240617;REVB=0.0638206;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138165;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00445457;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:6:4:5:4:6:4 chr19 14561722 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.189;QD=39.2067;RBI=0.0447753;REFB=0;REVB=0.0101517;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000795201;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 14582468 . G A 243.52 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173305;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.148;QD=51.2683;RBI=0.022146;REFB=0;REVB=0.0137877;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293975;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr19 14590236 . C T 1027.72 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0012793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9941;QD=57.0953;RBI=0.0595569;REFB=-0.0400418;REVB=0.0595432;RO=2;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248698;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00131912;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:2:1:70:71:0.986111:37:33:0:2:38:33:0:1 chr19 14736316 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0467834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2224;QD=20.1595;RBI=0.059526;REFB=0.00323534;REVB=-0.0368057;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715741;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00608222;OID=.;OPOS=14736316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:6:7:10:6:6:8 chr19 14752325 . C T 1363.44 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119972;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.181;QD=62.6869;RBI=0.0066552;REFB=0;REVB=0.00654617;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26091e-06;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr19 14758168 . G A 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0834391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.46;QD=11.2582;RBI=0.08828;REFB=-0.00981659;REVB=-0.0288318;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0311438;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:5:7:4:4:5:7 chr19 14769339 . C G 1370.28 PASS AF=0.5;AO=137;DP=274;FAO=137;FDP=274;FR=.;FRO=137;FSAF=92;FSAR=45;FSRF=88;FSRR=49;FWDB=0.0308216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1607;QD=20.0041;RBI=0.0373057;REFB=-0.00983226;REVB=-0.0210178;RO=135;SAF=92;SAR=45;SRF=87;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274899;STB=0.516358;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00882851;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:135:137:137:137:0.5:45:92:87:48:45:92:88:49 chr19 14817548 . T A 145.49 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0186819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3051;QD=16.165;RBI=0.0200987;REFB=-0.0121689;REVB=-0.00741229;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542796;STB=0.812109;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0163751;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:13:3:15:5:13:3:15:5 chr19 14862430 . C G 164.16 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00592122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.873;QD=11.1297;RBI=0.00836194;REFB=-0.00839728;REVB=-0.00590433;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217159;STB=0.611655;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0256298;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:21:21:0.355932:14:7:19:17:14:7:19:19 chr19 14875388 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0805957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.394;QD=22.1437;RBI=0.082819;REFB=-0.0077917;REVB=0.0190612;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00539878;OID=.;OPOS=14875388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:9:4:8:9:9:4 chr19 14910438 . C T 463.79 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=57.9743;RBI=0.0169516;REFB=0;REVB=0.0113215;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87764e-05;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:27:4:0:0:28:4:0:0 chr19 14910573 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.465;QD=57.6807;RBI=0.0183441;REFB=0;REVB=0.0068415;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76485e-05;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 14938616 . T C 247.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00308468;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.314;QD=19.3727;RBI=0.00585641;REFB=-0.0188296;REVB=0.00497818;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366064;STB=0.533955;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.01195;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:25:26:26:0.509804:16:10:9:17:16:10:8:17 chr19 14951898 . G T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0231674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6025;QD=10.4387;RBI=0.0421509;REFB=0.00199443;REVB=0.0352132;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129455;STB=0.578814;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0034258;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:11:2:6:21:11:2:6:21 chr19 14952017 . T A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0572126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.036;QD=10.3903;RBI=0.0574472;REFB=-0.0153065;REVB=0.00518732;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0177274;OID=.;OPOS=14952017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr19 14952238 . A G 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0235448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9215;QD=12.083;RBI=0.0434419;REFB=0.00726934;REVB=0.0365082;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123224;STB=0.571361;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.012887;OID=.;OPOS=14952238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:12:9:19:16:12:9:19:16 chr19 14974930 . G A 1059.91 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.241;QD=59.7132;RBI=0.0111218;REFB=0;REVB=0.0106791;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56815e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:43:28:0:0 chr19 14975368 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.597;QD=35.5759;RBI=0.0408048;REFB=0;REVB=0.0180117;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331796;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 14991963 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.122;QD=51.9167;RBI=0.044621;REFB=0;REVB=0.0437619;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193473;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 14992031 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.188;QD=50.4101;RBI=0.0397342;REFB=0;REVB=-0.0349299;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174499;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr19 14992042 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.187;QD=51.1846;RBI=0.0405721;REFB=0;REVB=-0.0404423;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254293;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr19 14992045 . C T 255.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6563;QD=51.1646;RBI=0.0511309;REFB=0;REVB=0.0387013;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172299;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr19 15052983 . T TATC 835.39 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=70;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000520686;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.316;QD=50.6294;RBI=0.00917928;REFB=-0.0317651;REVB=0.0091645;RO=8;SAF=31;SAR=30;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290055;STB=0.508194;STBP=0.674;TYPE=ins;VARB=0.0033135;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.924242:61:70:61:66:5:31:30:2:3:20:8:31:30:3:5 chr19 15063757 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0808045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.975;QD=15.2621;RBI=0.081352;REFB=-0.0241565;REVB=-0.00942186;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313219;STB=0.670447;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0247718;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:10:3:8:7:10:3:8:8 chr19 15083693 . C A 337.67 PASS AF=0.559322;AO=20;DP=57;FAO=33;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0119514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.577;QD=22.8929;RBI=0.0458785;REFB=-0.0333709;REVB=0.0442945;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984044;STB=0.566195;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0250598;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:25:25:20:33:0.559322:11:9:11:14:23:10:11:14 chr19 15133762 . G C 457.82 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00941967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1821;QD=17.7794;RBI=0.0750678;REFB=-0.0325599;REVB=-0.0744744;RO=52;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846411;STB=0.547467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0369234;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:54:49:49:0.475728:21:28:25:27:21:28:26:28 chr19 15198024 . A T 92.23 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0243913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.211;QD=18.4451;RBI=0.0290854;REFB=-0.0489742;REVB=-0.0158438;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157971;STB=0.571306;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0425154;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:4:6:7:2:4:7:7:2 chr19 15198263 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.948;QD=51.9164;RBI=0.0597678;REFB=0;REVB=0.00563435;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102703;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 15198292 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.086;QD=51.1844;RBI=0.0122392;REFB=0;REVB=-0.00546225;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37199e-05;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 15198441 . G T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00916208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.788;QD=27.1542;RBI=0.00920689;REFB=-0.0500248;REVB=-0.000907262;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526313;STB=0.52937;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0189285;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:4:2:6:8:4:2 chr19 15198507 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3239;QD=52.6132;RBI=0.0295691;REFB=0;REVB=-0.0114714;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351911;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 15198606 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00131918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5465;QD=20.156;RBI=0.0013192;REFB=-0.000935156;REVB=6.72337e-06;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758204;STB=0.542272;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000871834;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:17:11:12:13:17:11:12:13 chr19 15198631 . A C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00950344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.054;QD=16.0643;RBI=0.0287614;REFB=-0.0112455;REVB=-0.027146;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181409;STB=0.602332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00889381;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:12:19:11:15:12:19 chr19 15198751 . T C 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0317731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.004;QD=10.8934;RBI=0.0318007;REFB=-0.00972091;REVB=0.00132339;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684179;STB=0.533142;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0165614;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:14:10:21:23:14:10:21:24 chr19 15198764 . T C 958.8 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8681;QD=57.2415;RBI=0.0446279;REFB=-0.105912;REVB=-0.0415491;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000846569;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:36:30:0:0:36:30:0:1 chr19 15198851 . A T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00382207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.172;QD=13.9987;RBI=0.030622;REFB=-0.00675046;REVB=0.0303825;RO=56;SAF=13;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152761;STB=0.587124;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0103134;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:23:13:28:28:23:13:28:28 chr19 15225348 . T C 93.67 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.090845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9416;QD=10.1262;RBI=0.112967;REFB=0.00309135;REVB=-0.0671466;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022417;STB=0.513491;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0146033;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:12:13:6:6:12:13 chr19 15225358 . T A,C 425.86 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=28,2;DP=30;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375424,0.0493368;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.517,95.682;QD=54.9501;RBI=0.0376189,0.04934;REFB=0,0;REVB=0.00239876,0.000562081;RO=0;SAF=12,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00048107,0.140985;OID=.,.;OPOS=15225358,15225358;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:31:0:0:28,2:29,2:0.935484,0.0645161:16,1:12,1:0:0:17,1:12,1:0:0 chr19 15226970 . G A 197.57 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0538377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7929;QD=18.8165;RBI=0.0538456;REFB=-0.00506497;REVB=0.000920042;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.62789;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00700722;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:7:13:9:13:7:13:9:13 chr19 15227030 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0420733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.024;QD=10.3903;RBI=0.0426545;REFB=-0.00198699;REVB=-0.00701727;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0303717;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:3:8:3:4:3:8 chr19 15229993 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0324891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.839;QD=9.82169;RBI=0.0362044;REFB=-0.00738027;REVB=-0.0159755;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750187;STB=0.545372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0145202;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:11:12:5:6:11:12 chr19 15233581 . C A 288.43 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0264977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.657;QD=25.0805;RBI=0.0289239;REFB=-0.0141237;REVB=-0.0115958;RO=20;SAF=18;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272874;STB=0.656237;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.016911;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:7:18:8:12:7:19:8:12 chr19 15270805 . C A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0129489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3855;QD=18.767;RBI=0.0299499;REFB=0.00621022;REVB=-0.027006;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00684325;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr19 15271135 . T G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0858554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7217;QD=10.0331;RBI=0.0858655;REFB=0.000207503;REVB=-0.00131892;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369772;STB=0.749164;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0157846;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:1:5:2:3:1:6 chr19 15278057 . A G 543.39 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0704682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1497;QD=23.8851;RBI=0.0705028;REFB=-0.0318439;REVB=-0.00220823;RO=31;SAF=23;SAR=27;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749023;STB=0.512948;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0447886;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:91:31:40:50:51:0.56044:27:23:11:20:27:24:20:20 chr19 15285052 . T C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0186642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.931;QD=18.8286;RBI=0.0270503;REFB=-0.0285992;REVB=0.0195797;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705438;STB=0.529382;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0294156;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:10:11:12:8:10:12 chr19 15292437 . T C 350.58 PASS AF=0.396226;AO=32;DP=96;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.040079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.44;QD=13.2294;RBI=0.0430659;REFB=-0.0401103;REVB=-0.0157588;RO=63;SAF=20;SAR=12;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824713;STB=0.611884;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0434878;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:106:63:64:32:42:0.396226:12:20:35:28:12:30:35:29 chr19 15295134 . G A 1041.55 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.664;QD=58.6789;RBI=0.0877505;REFB=0;REVB=0.0142693;RO=2;SAF=20;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804802;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:2:0:69:71:1:49:20:2:0:49:22:0:0 chr19 15302844 . T C 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.65;QD=49.5865;RBI=0.0146925;REFB=0;REVB=-0.0131399;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235077;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 15484618 . TC T 160.98 PASS AF=0.514286;AO=28;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0162452;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4578;QD=9.19891;RBI=0.178448;REFB=-0.0665997;REVB=0.177707;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233579;STB=0.556069;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=0.0695326;OID=.;OPOS=15484619;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:28:70:36:70:34:8:28:5:29:99:35:8:20:4:31 chr19 15490485 . C T 650.4 PASS AF=0.60396;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0547962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.777;QD=25.7583;RBI=0.0671587;REFB=-0.0432121;REVB=0.0388287;RO=40;SAF=30;SAR=31;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304462;STB=0.516564;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0253948;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:40:40:61:61:0.60396:31:30:18:22:31:30:18:22 chr19 15508362 . G C 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.348;QD=60.3497;RBI=0.016438;REFB=0;REVB=-0.00176934;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25841e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr19 15533821 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.925;QD=62.3492;RBI=0.0153044;REFB=0;REVB=0.0151391;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6327e-05;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr19 15549939 . C T 347.62 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0976708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6749;QD=51.4998;RBI=0.105538;REFB=-0.0926423;REVB=0.0399827;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0123235;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr19 15565046 . G A 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00308172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.876;QD=19.4503;RBI=0.00367699;REFB=-0.0160893;REVB=-0.00200582;RO=48;SAF=29;SAR=16;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195591;STB=0.510876;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.016075;OID=.;OPOS=15565046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:16:29:30:18:16:29:30:18 chr19 15582863 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.020007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.932;QD=12.7371;RBI=0.0236841;REFB=-0.00913028;REVB=-0.0126752;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115678;STB=0.65364;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0141536;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:28:10:16:0.363636:6:4:12:12:12:4:13:15 chr19 15586672 . A T 191.73 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0526793;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.829;QD=28.404;RBI=0.0530892;REFB=-0.0264767;REVB=0.00658419;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154706;STB=0.559936;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0167471;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:27:11:9:18:18:0.666667:11:7:2:9:11:7:2:7 chr19 15587185 . C T 162.18 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0105489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=12.0133;RBI=0.0105845;REFB=-0.00020322;REVB=-0.000867616;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379509;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:17:17:10:10:17:17 chr19 15587345 . T C 204.28 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00348601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.184;QD=16.0219;RBI=0.0142069;REFB=-0.0225466;REVB=0.0137726;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073897;STB=0.543822;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0276684;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:21:23:0.45098:12:9:10:18:13:10:10:18 chr19 15729056 . C G 784.99 PASS AF=0.95;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00798566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.843;QD=52.3328;RBI=0.0229363;REFB=-0.191795;REVB=0.0215012;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.514701;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00281822;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:60:2:3:56:57:0.95:35:21:2:0:35:22:2:1 chr19 15730498 . G GC 1990.89 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536086;FXX=0.0153834;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.0648;QD=62.2153;RBI=0.0795203;REFB=0;REVB=-0.0587333;RO=3;SAF=62;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.55232e-05;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:131:128:128:0:62:66:0:0:11:3:62:66:2:1 chr19 15739597 . A C 483.62 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.828;QD=58.621;RBI=0.0169137;REFB=0;REVB=0.00449114;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74201e-05;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr19 15757927 . T C 1453.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.233;QD=63.1899;RBI=0.0134353;REFB=0;REVB=-0.0132475;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80779e-05;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr19 15763721 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.318;QD=57.0007;RBI=0.0179152;REFB=0;REVB=0.0067448;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37479e-05;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 15769379 . G C 660.76 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.952;QD=61.4661;RBI=0.0532521;REFB=0;REVB=0.00763344;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35669e-05;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:38:43:1:20:18:0:0:21:22:0:0 chr19 15769529 . GC TT 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296639;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.76;QD=57.5453;RBI=0.0296691;REFB=0;REVB=0.000553764;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.71754e-05;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr19 15769625 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.608;QD=57.1774;RBI=0.04045;REFB=0;REVB=0.0076893;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16882e-05;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr19 15784061 . C A 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4231;QD=62.6664;RBI=0.0500714;REFB=0;REVB=-0.00359359;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447474;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 15784377 . C T 274.26 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.000601825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2389;QD=22.8548;RBI=0.0569319;REFB=-0.00973057;REVB=0.0569287;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689383;STB=0.538431;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0089083;OID=.;OPOS=15784377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:24:24:0.5:17:7:5:17:17:7:5:17 chr19 15784386 . C T 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.94;QD=64.1514;RBI=0.0291797;REFB=0;REVB=-0.00176098;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120536;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr19 15789098 . A G 1058.05 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2682;QD=59.6087;RBI=0.142365;REFB=0;REVB=0.030203;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184659;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr19 15789140 . A G 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.465;QD=62.1618;RBI=0.0232047;REFB=0;REVB=0.0196228;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73002e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr19 15791180 . C T 1289.16 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00330287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.348;QD=60.6665;RBI=0.0742758;REFB=-0.132872;REVB=0.0742023;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000786423;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:82:84:0.988235:32:50:0:0:34:50:1:0 chr19 15793235 . T C 1452.43 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.902;QD=63.1492;RBI=0.0333355;REFB=0;REVB=0.0290444;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78e-05;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr19 15806867 . G GC,GCC 54.38 PASS AF=0.142857,0.114286;AO=4,4;DP=36;FAO=5,4;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1,0;FSAR=4,4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0644298,-0.0183283;FXX=0.0277701;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=62.9964,73.9352;QD=6.2151;RBI=0.0666506,0.0257489;REFB=-0.00716272,-0.0103124;REVB=-0.0170618,-0.0180853;RO=26;SAF=0,0;SAR=4,4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.571421,-0.571421;STB=0.655047,0.996515;STBP=0.587,0.092;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0388531,0.101685;OID=.,.;OPOS=15806868,15806868;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.114286:4,4:36:5,4:35:26:1,0:4,4:9:17:26:26:0,0:4,4:9:17 chr19 15807305 . T C 82.48 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0340213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4874;QD=7.49774;RBI=0.0341327;REFB=-0.00539447;REVB=-0.00275581;RO=32;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126829;STB=0.543789;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0240808;OID=.;OPOS=15807305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:44:44:32:32:11:12:0.272727:3:8:23:9:4:8:23:9 chr19 15807830 . T C 356.55 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0364075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.969;QD=19.2728;RBI=0.0368815;REFB=-0.0186995;REVB=0.00589376;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14642;STB=0.581454;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0185014;OID=.;OPOS=15807830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:22:15:21:16:22:15:21:16 chr19 15807884 . A G 716.15 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0659505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9218;QD=51.1538;RBI=0.0775776;REFB=-0.0753137;REVB=-0.0408513;RO=3;SAF=21;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626724;STB=0.533321;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0146946;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:32:21:3:0:32:21:3:0 chr19 15838972 . T A 400.69 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0314169;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.907;QD=22.5739;RBI=0.0419657;REFB=-0.0359491;REVB=-0.0278226;RO=24;SAF=23;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121508;STB=0.603446;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0249212;OID=.;OPOS=15838972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:24:31:39:39:0.549296:16:23:10:14:16:23:11:20 chr19 15839081 . C T 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00616153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.399;QD=23.8429;RBI=0.0189574;REFB=-0.0327456;REVB=0.0179282;RO=29;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594591;STB=0.525975;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0200407;OID=.;OPOS=15839081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:18:23:14:15:18:23:15:15 chr19 15852223 . A C 163.73 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0217447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6908;QD=13.3659;RBI=0.0217897;REFB=0.0127818;REVB=-0.00140005;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204277;STB=0.619582;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0359246;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:15:16:6:12:15:16 chr19 15852242 . C A 295.94 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0387726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5647;QD=20.7678;RBI=0.0393839;REFB=-0.0414569;REVB=-0.00691189;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873579;STB=0.519618;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0481741;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:30:31:0.54386:13:17:15:11:13:18:14:12 chr19 15852363 . G A 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.025096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.162;QD=20.8549;RBI=0.0261508;REFB=-0.0246382;REVB=0.007352;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434784;STB=0.504444;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0199233;OID=.;OPOS=15852363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:23:19:17:21:23:19:18:21 chr19 15852544 . C T 307.09 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.021864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4847;QD=27.2965;RBI=0.0236661;REFB=-0.0338856;REVB=-0.00905822;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460959;STB=0.515243;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0226235;OID=.;OPOS=15852544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:16:10:8:10:16:11:8:10 chr19 15853150 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0401342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.272;QD=9.19916;RBI=0.143391;REFB=0.0102134;REVB=0.13766;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275446;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00880347;OID=.;OPOS=15853150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:7:6:5:2:7:6 chr19 15881953 . A G 439.41 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00708944;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.189;QD=20.2028;RBI=0.0125323;REFB=-0.0127194;REVB=-0.0103343;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426979;STB=0.516686;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0153367;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:43:43:44:0.505747:18:25:23:20:19:25:23:20 chr19 15905002 . T C 1486.27 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357725;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.335;QD=61.2896;RBI=0.0358829;REFB=-0.165622;REVB=-0.00281301;RO=1;SAF=29;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160683;STB=0.516663;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00166488;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:1:2:95:95:0.979381:66:29:1:0:66:29:2:0 chr19 15905431 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.068;QD=60.7162;RBI=0.0533275;REFB=0;REVB=0.0117075;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160852;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr19 15905529 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8889;QD=58.5861;RBI=0.13361;REFB=0;REVB=0.125671;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232226;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr19 15989696 . G C 101.32 PASS AF=0.228571;AO=15;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.00339042;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.933;QD=5.78986;RBI=0.0202391;REFB=-0.00408717;REVB=-0.0199531;RO=55;SAF=13;SAR=2;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292375;STB=0.599863;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0101512;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:55:54:15:16:0.228571:2:13:39:16:3:13:39:15 chr19 15989730 . T C 221.8 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0219477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.16;QD=10.1975;RBI=0.0239011;REFB=-0.00763356;REVB=-0.00946366;RO=59;SAF=25;SAR=3;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412621;STB=0.749454;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0231461;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:3:25:39:20:3:25:39:20 chr19 15990431 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0316507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7002;QD=16.6185;RBI=0.0396786;REFB=-0.000604188;REVB=0.0239295;RO=28;SAF=3;SAR=20;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562191;STB=0.823216;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00106202;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:20:3:18:10:20:3:18:10 chr19 16024662 . G C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00437501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.376;QD=14.3999;RBI=0.0180477;REFB=-0.0179251;REVB=-0.0175094;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031249;STB=0.517794;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.022272;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:18:16:11:14:18:16 chr19 16025176 . C T 367.48 PASS AF=0.6;AO=34;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.100404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3011;QD=24.4988;RBI=0.101079;REFB=-0.0293658;REVB=0.0116588;RO=25;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514946;STB=0.552297;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0219441;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:24:34:36:0.6:21:13:8:17:21:15:7:17 chr19 16034714 . A G 1086.66 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.961;QD=58.7386;RBI=0.0661846;REFB=-0.121942;REVB=0.0421764;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00153693;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:0:1:73:73:0.986486:32:41:0:0:32:41:0:1 chr19 16040292 . A G 390.53 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.100269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3351;QD=19.0503;RBI=0.100793;REFB=-0.00747915;REVB=-0.0102547;RO=41;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657981;STB=0.545064;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00607687;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:42:40:40:0.487805:13:27:25:16:13:27:25:17 chr19 16045140 . CT C,CC 987.97 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=9,57;DP=66;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482706,0.0474284;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.492,232.532;QD=58.9834;RBI=0.0550873,0.0554806;REFB=0,0;REVB=0.0265435,0.0287861;RO=0;SAF=5,29;SAR=4,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0588668,0.00016627;OID=.,.;OPOS=16045141,16045141;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:9,57:66:1,66:67:0:0,34:1,32:0:0:4:0:5,29:4,28:0:0 chr19 16136528 . G GCAGCACCTGGC 368.19 PASS AF=0.258216;AO=55;DP=221;FAO=55;FDP=213;FR=.;FRO=158;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.0274267;FXX=0.0318167;HRUN=1;LEN=11;MLLD=350.986;QD=6.91445;RBI=0.0284554;REFB=-0.0095151;REVB=-0.00758201;RO=158;SAF=14;SAR=41;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357309;STB=0.71385;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0240602;OID=.;OPOS=16136529;OREF=-;OALT=CAGCACCTGGC;OMAPALT=GCAGCACCTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258216:55:221:55:213:158:14:41:84:74:99:158:14:41:84:74 chr19 16136923 . T C 185.26 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00349145;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.112;QD=20.584;RBI=0.00736344;REFB=-0.00846996;REVB=0.00648306;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197662;STB=0.605687;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00575035;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:18:19:0.527778:7:11:5:9:8:11:6:11 chr19 16146350 . G A 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00439457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.658;QD=25.8144;RBI=0.0455632;REFB=0.00234014;REVB=-0.0453508;RO=20;SAF=21;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397305;STB=0.721474;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00198277;OID=.;OPOS=16146350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:6:21:6:14:6:21:6:14 chr19 16146400 . A G 621.93 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00630838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.23;QD=25.1283;RBI=0.0091294;REFB=-0.002954;REVB=-0.00659926;RO=42;SAF=34;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123293;STB=0.572867;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00203177;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:43:56:56:0.565657:22:34:19:23:22:34:19:24 chr19 16244326 . G C 771.44 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388615;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1984;QD=57.1438;RBI=0.0104247;REFB=0;REVB=0.00967325;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69339e-05;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr19 16268207 . TA T 373.82 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157462;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.6267;QD=41.536;RBI=0.186518;REFB=0;REVB=-0.0999735;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0105983;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:36:36:0:11:25:0:0:7:0:10:24:0:0 chr19 16275655 . C T 935.1 PASS AF=0.8625;AO=70;DP=81;FAO=69;FDP=80;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0100733;FXX=0.0123442;HRUN=8;LEN=1;MLLD=157.677;QD=46.7549;RBI=0.0104127;REFB=0.0263528;REVB=-0.00263685;RO=11;SAF=22;SAR=48;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917435;STB=0.551709;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00240708;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:81:80:11:11:70:69:0.8625:48:22:7:4:48:21:7:4 chr19 16301312 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.436;QD=62.6706;RBI=0.0711714;REFB=0;REVB=0.0655157;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197854;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr19 16339715 . C T 448.97 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0136364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7743;QD=18.9041;RBI=0.0330542;REFB=-0.00534964;REVB=0.0301103;RO=50;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609828;STB=0.5339;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00713027;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:26:19:18:32:26:19:18:32 chr19 16591464 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.867;QD=61.6838;RBI=0.0144717;REFB=0;REVB=-0.00409164;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23764e-05;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 16601194 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4716;QD=59.5017;RBI=0.019658;REFB=0;REVB=-0.00657409;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84147e-05;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr19 16625375 . G A 601.04 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0213105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.729;QD=21.6593;RBI=0.0614205;REFB=-0.0288256;REVB=0.0576051;RO=51;SAF=29;SAR=31;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575039;STB=0.503155;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0265926;OID=.;OPOS=16625375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:31:29:25:26:31:29:25:26 chr19 16633950 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.794;QD=44.6898;RBI=0.0342019;REFB=0;REVB=0.0125031;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238266;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 16640673 . C T 235.66 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0217181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9507;QD=26.1842;RBI=0.0372151;REFB=-0.0268295;REVB=-0.0302207;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.57136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0366981;OID=.;OPOS=16640673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:16:6:6:8:16:6:6:8 chr19 16650553 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0116252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.683;QD=17.4007;RBI=0.0174842;REFB=-0.0265253;REVB=-0.0130595;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135944;STB=0.578191;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0175072;OID=.;OPOS=16650553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:6:7:5:8:6:7 chr19 16666101 . G C 672.93 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0277166;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.625;QD=54.9328;RBI=0.0485334;REFB=-0.0509961;REVB=0.0398407;RO=4;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271313;STB=0.514466;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00130045;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:49:4:4:45:45:0.918367:26:19:1:3:26:19:1:3 chr19 16770837 . AG AC,A 169.42 PASS AF=0,0.590164;AO=3,32;DP=62;FAO=0,36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=0,23;FSAR=0,13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0407124,-0.0134052;FXX=0.0161264;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=42.358,10.0808;QD=11.1095;RBI=0.0521879,0.0135179;REFB=-0.0433997,-0.196647;REVB=-0.0326508,0.00174181;RO=24;SAF=3,19;SAR=0,13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.669239,0.23172;STB=0.5,0.646338;STBP=1,0.012;TYPE=snp,del;VARB=0,0.167663;OID=.,.;OPOS=16770838,16770838;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.590164:3,32:62:0,36:61:25:0,23:0,13:7:18:99:24:3,19:0,13:7:17 chr19 16842052 . G T 198.42 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0355487;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.992;QD=18.4577;RBI=0.0361981;REFB=-0.00166697;REVB=0.00682585;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206343;STB=0.617458;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00197357;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:10:13:7:13:10:13 chr19 16855265 . A G 343.02 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.019693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.207;QD=16.142;RBI=0.0207826;REFB=-0.0239773;REVB=-0.00664088;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782554;STB=0.550133;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0238863;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:48:37:37:0.435294:21:16:24:23:21:16:25:23 chr19 16860105 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.838;QD=62.6711;RBI=0.0261109;REFB=0;REVB=0.018676;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106877;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 16899838 . A T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.415;QD=60.0767;RBI=0.0146559;REFB=0;REVB=-0.0125993;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69974e-06;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr19 16976286 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.071;QD=62.6145;RBI=0.0148732;REFB=0;REVB=6.38646e-05;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27284e-05;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr19 16976289 . T C 549.67 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00377166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.472;QD=23.8986;RBI=0.0148581;REFB=-0.0159585;REVB=-0.0143714;RO=41;SAF=31;SAR=20;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234097;STB=0.628329;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0112932;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:20:31:13:28:20:31:13:28 chr19 16989394 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0154102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7761;QD=23.0009;RBI=0.0208617;REFB=-0.0512459;REVB=-0.0140618;RO=21;SAF=22;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125052;STB=0.567313;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0263032;OID=.;OPOS=16989394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:21:22:28:29:0.568627:6:22:14:7:6:23:15:7 chr19 17006738 . A G 268.99 PASS AF=0.343137;AO=36;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0995788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4953;QD=10.5485;RBI=0.104155;REFB=-0.0455874;REVB=-0.0305331;RO=66;SAF=12;SAR=24;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274056;STB=0.677099;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.116653;OID=.;OPOS=17006738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:67:36:35:0.343137:24:12:38:28:24:11:39:28 chr19 17008578 . G C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00275219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.447;QD=16.6157;RBI=0.0146275;REFB=-0.03027;REVB=-0.0143663;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35868;STB=0.70564;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0274087;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:14:7:12:5:14:7 chr19 17017878 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0255936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.158;QD=15.8824;RBI=0.0262763;REFB=-0.0368514;REVB=0.00595077;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.608497;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0270208;OID=.;OPOS=17017878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:2:8:6:4:2:8 chr19 17025292 . G A 137.75 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0157763;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.395;QD=17.7747;RBI=0.0171616;REFB=-0.00739693;REVB=-0.00675498;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238094;STB=0.622055;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0123123;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:9:6:10:5:9:7 chr19 17062859 . T C 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0311145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8846;QD=8.88625;RBI=0.0405746;REFB=0.00449192;REVB=-0.026042;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246202;STB=0.649149;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0134194;OID=.;OPOS=17062859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:10:5:20:17:10:5:20:17 chr19 17108135 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00810485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.741;QD=8.24621;RBI=0.0268434;REFB=-0.0112469;REVB=-0.0255906;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191487;STB=0.516084;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.025314;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:13:15:7:7:0.318182:2:5:11:2:2:5:11:4 chr19 17111297 . A G 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0746167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3404;QD=17.5585;RBI=0.0746358;REFB=-0.00622362;REVB=0.00168605;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895477;STB=0.534845;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00625136;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:10:8:7:13:10:8:8:13 chr19 17170885 . C T 56.35 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0170866;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.346;QD=10.2448;RBI=0.0172216;REFB=-0.0193799;REVB=-0.00215254;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0246184;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:8:6:3:5:8:6 chr19 17173563 . G C 620.08 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0116545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.913;QD=24.5575;RBI=0.0119407;REFB=-0.02779;REVB=-0.00259855;RO=42;SAF=19;SAR=40;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127474;STB=0.569735;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0184292;OID=.;OPOS=17173563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:40:19:20:22:40:19:20:22 chr19 17273893 . G T 706.28 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.9;QD=62.7807;RBI=0.0544715;REFB=0;REVB=0.0541638;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017864;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:30:12:0:0:32:13:0:0 chr19 17283657 . C T 405.52 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0765178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.556;QD=22.5291;RBI=0.0765333;REFB=-0.0113021;REVB=-0.00153855;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358739;STB=0.519764;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00568346;OID=.;OPOS=17283657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:23:17:15:17:23:17:15:17 chr19 17303774 . T G 525.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0229531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.777;QD=21.6743;RBI=0.0318877;REFB=-0.0170181;REVB=-0.0221356;RO=47;SAF=16;SAR=34;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819682;STB=0.545353;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.015004;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:34:16:19:28:34:16:19:28 chr19 17305440 . T C 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0265297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2583;QD=19.406;RBI=0.0281472;REFB=-0.0286763;REVB=0.00940435;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180103;STB=0.600162;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0215264;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:18:10:17:13:18:10 chr19 17306031 . T C 45.98 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00995995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.797;QD=10.2172;RBI=0.017501;REFB=0.00391421;REVB=-0.0143904;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205781;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00758538;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:10:11:5:6:0.333333:3:2:6:4:4:2:6:5 chr19 17330060 . T C 905.89 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0859;QD=56.618;RBI=0.0373638;REFB=0.0318265;REVB=-0.0329256;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00127144;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:29:33:0:1:29:34:0:1 chr19 17366278 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0176874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.645;QD=12.3941;RBI=0.0185728;REFB=-0.0187203;REVB=0.00566605;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824663;STB=0.512178;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.036647;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:13:14:0.368421:9:4:9:15:9:5:9:15 chr19 17392572 . G C 30.31 PASS AF=0.077381;AO=17;DP=168;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=74;FSRR=81;FWDB=0.00884743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.535;QD=0.721647;RBI=0.0357575;REFB=-0.00171797;REVB=-0.0346456;RO=150;SAF=15;SAR=2;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504311;STB=0.842497;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.121366;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:168:168:150:155:17:13:0.077381:2:15:70:80:2:11:74:81 chr19 17392894 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00803399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.038;QD=20.8117;RBI=0.025868;REFB=-0.0182338;REVB=0.0245887;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266171;STB=0.649224;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0273276;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:16:7:14:9:16:7 chr19 17393015 . C T 117.01 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0366556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.687;QD=23.4026;RBI=0.0408737;REFB=-0.0156788;REVB=0.0180839;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567703;STB=0.832591;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00784285;OID=.;OPOS=17393015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:20:20:7:7:11:11:0.55:10:1:5:2:10:1:5:2 chr19 17393504 . G C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0236013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.625;QD=13.6309;RBI=0.0261653;REFB=-0.00516628;REVB=0.011296;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298237;STB=0.682379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00304884;OID=.;OPOS=17393504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:6:3:1:7:6:3 chr19 17393530 . T A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00300014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9255;QD=20.7546;RBI=0.00949895;REFB=-0.0289129;REVB=-0.00901273;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585624;STB=0.533287;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0306579;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:3:12:9:3:3:12:9:3 chr19 17394124 . T G 412.72 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0506514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4131;QD=13.6437;RBI=0.0510754;REFB=0.00376522;REVB=-0.00656772;RO=72;SAF=18;SAR=30;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917297;STB=0.548367;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00464283;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:73:48:48:0.396694:30:18:33:39:30:18:33:40 chr19 17394504 . A C 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.03333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4752;QD=13.4562;RBI=0.0490194;REFB=0.0261916;REVB=-0.0359446;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0333002;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:10:5:3:8:10:5 chr19 17395003 . A G 263.68 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0108023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.351;QD=17.5788;RBI=0.0116889;REFB=-0.0173809;REVB=-0.00446553;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198286;STB=0.521724;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0192027;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:18:11:12:18:18:11:13:18 chr19 17395055 . C G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00521452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.065;QD=17.953;RBI=0.00853996;REFB=-0.0227623;REVB=0.00676311;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137136;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.018683;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:11:17:16:11:11:17 chr19 17396549 . T C 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0497743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.52;QD=19.274;RBI=0.0533625;REFB=-0.0237175;REVB=-0.0192372;RO=37;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803166;STB=0.544769;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0363135;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:25:12:15:22:25:12:15:22 chr19 17397481 . G T 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5016;QD=16.1973;RBI=0.00762232;REFB=0.00556167;REVB=-0.00762232;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00809643;OID=.;OPOS=17397481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr19 17412366 . G A 83.8 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0584357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.122;QD=10.1573;RBI=0.0593149;REFB=-0.0224754;REVB=0.0101749;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279205;STB=0.691913;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0370782;OID=.;OPOS=17412366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:11:11:0.333333:9:2:8:13:9:2:9:13 chr19 17435884 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0276094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.831;QD=19.523;RBI=0.029554;REFB=-0.041363;REVB=0.0105432;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256667;STB=0.646839;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0158953;OID=.;OPOS=17435884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:7:5:10:4:7:5 chr19 17435887 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0122011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.623;QD=18.645;RBI=0.0202077;REFB=-0.0364041;REVB=0.0161085;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.66642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.010294;OID=.;OPOS=17435887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:8:5:10:4:8:5 chr19 17438642 . A G 467.64 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00172305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.624;QD=20.1135;RBI=0.0326638;REFB=0.00260127;REVB=0.0326183;RO=47;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029508;STB=0.516363;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00296831;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:24:22:24:23:24:22:24:23 chr19 17448961 . A C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0186121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.344;QD=15.3564;RBI=0.0240259;REFB=-0.0246582;REVB=-0.0151931;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232301;STB=0.513119;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0255271;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:18:15:19:25:18:15:19:25 chr19 17450016 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0365147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6128;QD=9.82172;RBI=0.0367305;REFB=-0.0053;REVB=-0.00397499;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527786;STB=0.811111;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00639339;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:18:5:8:3:18:5 chr19 17451981 . G A 419.86 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0224367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6301;QD=13.224;RBI=0.0347268;REFB=-0.00784482;REVB=-0.0265056;RO=77;SAF=19;SAR=30;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102427;STB=0.554616;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0137658;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:78:49:49:0.385827:30:19:37:40:30:19:37:41 chr19 17463214 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.064;QD=44.6853;RBI=0.0760749;REFB=0;REVB=0.0618317;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269121;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 17544244 . C T 254.23 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00916865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.555;QD=10.8181;RBI=0.015067;REFB=-0.00654224;REVB=0.0119562;RO=63;SAF=18;SAR=13;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267939;STB=0.515571;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.012054;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:13:18:38:25:13:18:38:25 chr19 17547292 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.396;QD=59.141;RBI=0.0271074;REFB=0;REVB=0.00061374;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62206e-05;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr19 17556054 . A G 195.76 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0018369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.119;QD=24.4705;RBI=0.0952349;REFB=-0.051612;REVB=0.0952172;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031244;STB=0.516761;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0354247;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:11:8:5:7:11:8:6:7 chr19 17611490 . T G 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0127657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.946;QD=16.1568;RBI=0.0129422;REFB=-0.006361;REVB=0.00213028;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226867;STB=0.510043;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0101992;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:13:14:16:15:13:14:16:16 chr19 17616171 . G A 420.48 PASS AF=0.438776;AO=37;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0203156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0103;QD=17.1624;RBI=0.0208683;REFB=-0.0336611;REVB=0.00477064;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647327;STB=0.531991;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0411658;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:55:37:43:0.438776:21:16:21:21:22:21:30:25 chr19 17628587 . A G 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00438442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.889;QD=21.6642;RBI=0.0162119;REFB=0.00629804;REVB=-0.0156078;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186816;STB=0.60257;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00574627;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:8:25:21:18:8:25 chr19 17648350 . T C 223.37 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.381;QD=49.6377;RBI=0.0775935;REFB=0;REVB=0.0261655;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354792;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr19 17651370 . A G 124.5 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.101112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.116;QD=17.172;RBI=0.10131;REFB=-0.0249296;REVB=-0.00632191;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149726;STB=0.51513;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0359744;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:8:5:6:9:8:6:6:9 chr19 17654181 . C T 96.12 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0114231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7313;QD=12.0153;RBI=0.0642498;REFB=-0.0161508;REVB=-0.0632261;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128512;STB=0.576787;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0469682;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:7:13:9:3:7:13 chr19 17660300 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0166274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3577;QD=11.3692;RBI=0.0182007;REFB=-0.00421395;REVB=0.00740237;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296694;STB=0.674268;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00683537;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:14:5:6:5:14:5 chr19 17692324 . T G 285.2 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0229625;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.991;QD=29.2515;RBI=0.0233391;REFB=0.012948;REVB=0.00417547;RO=14;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113278;STB=0.562449;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00757715;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:14:25:25:0.641026:15:10:8:6:15:10:8:6 chr19 17729260 . C T 543.41 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0122175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.49;QD=25.2751;RBI=0.0336741;REFB=-0.0184515;REVB=0.0313795;RO=36;SAF=25;SAR=25;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149094;STB=0.581364;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0126778;OID=.;OPOS=17729260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:25:25:25:11:25:25:25:11 chr19 17746947 . A G 1590.27 PASS AF=0.979798;AO=61;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.771;QD=64.2533;RBI=0.0558461;REFB=0;REVB=0.0199676;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113008;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:99:0:0:61:97:0.979798:44:17:0:0:45:52:0:0 chr19 17767109 . C T 652.87 PASS AF=0.389474;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=190;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.00889605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3878;QD=13.7446;RBI=0.033264;REFB=-0.0174381;REVB=-0.0320524;RO=114;SAF=39;SAR=35;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573971;STB=0.532263;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0423035;OID=.;OPOS=17767109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:114:116:74:74:0.389474:35:39:54:60:35:39:55:61 chr19 17838600 . GC G,GG 37.55 PASS AF=0.128205,0.0384615;AO=17,3;DP=79;FAO=10,3;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=1,0;FSAR=9,3;FSRF=13;FSRR=52;FWDB=-0.159305,-0.0999666;FXX=0.0126566;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0026,30.3672;QD=1.9254;RBI=0.229509,0.107087;REFB=-0.029223,-0.0230303;REVB=-0.165216,-0.0383977;RO=55;SAF=2,0;SAR=15,3;SRF=12;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.22488,-0.354905;STB=0.673374,0.994654;STBP=0.409,0.261;TYPE=del,snp;VARB=-0.0812911,0.0701903;OID=.,.;OPOS=17838601,17838601;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128205,0.0384615:17,3:79:10,3:78:65:1,0:9,3:13:52:27:55:2,0:15,3:12:43 chr19 17885270 . A G 557.05 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.743;QD=60.2216;RBI=0.066453;REFB=0;REVB=0.0636495;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173842;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr19 17886940 . G A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.253;QD=58.6488;RBI=0.036939;REFB=-0.0459801;REVB=0.0238316;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000340608;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr19 17887024 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.094;QD=64.414;RBI=0.0487234;REFB=0;REVB=0.0451386;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196265;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:39:11:0:0:39:11:0:0 chr19 17892591 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.935;QD=46.848;RBI=0.0145727;REFB=0;REVB=0.0140784;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123237;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 17922795 . G A 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0263529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.633;QD=20.2669;RBI=0.0273236;REFB=0.00543586;REVB=-0.00721837;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00635492;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:12:9:9:12:12:9 chr19 18047283 . T G 477.41 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0227295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.974;QD=18.0153;RBI=0.0587936;REFB=-0.0237634;REVB=-0.0542223;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631149;STB=0.521731;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0305479;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:55:51:51:0.481132:29:22:26:26:29:22:26:29 chr19 18123738 . T C 240.97 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0147017;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.165;QD=14.3863;RBI=0.0167937;REFB=-0.00382317;REVB=0.0081172;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175824;STB=0.593154;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00600613;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:39:28:28:0.41791:16:12:24:16:16:12:23:16 chr19 18124184 . C T 266.61 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00526324;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.879;QD=24.8011;RBI=0.0354102;REFB=-0.03949;REVB=0.0350168;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122424;STB=0.506817;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0393014;OID=.;OPOS=18124184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:24:24:0.55814:11:13:10:9:11:13:10:9 chr19 18180413 . C G 1190.9 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0469751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.813;QD=57.3927;RBI=0.0484608;REFB=-0.191864;REVB=0.0119072;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.518068;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00775589;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:83:83:1:3:80:80:0.963855:40:40:1:0:40:40:3:0 chr19 18180451 . A G 1213.03 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438332;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.33;QD=61.4194;RBI=0.0442771;REFB=0;REVB=-0.00625365;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017703;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr19 18186575 . G A 739.07 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.864;QD=50.9701;RBI=0.0502998;REFB=-0.0587502;REVB=-0.00193786;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236363;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:58:0:0:46:58:1:34:12:0:0:38:20:0:0 chr19 18186618 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.94;QD=63.5815;RBI=0.0663575;REFB=0;REVB=0.0343994;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496214;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr19 18191664 . C G 480.69 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.733;QD=58.2658;RBI=0.0618984;REFB=0;REVB=0.0239614;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054193;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:23:10:0:0 chr19 18197744 . T A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0176107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.483;QD=13.631;RBI=0.0177951;REFB=-0.00711859;REVB=0.00255495;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00617659;OID=.;OPOS=18197744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:5:4:5:3:5:4 chr19 18218444 . A G 116.06 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4911;QD=42.2017;RBI=0.120243;REFB=0;REVB=0.120127;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177143;OID=.;OPOS=18218444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:3:8:0:0 chr19 18234789 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0117659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.247;QD=22.144;RBI=0.0120211;REFB=-0.0303526;REVB=0.00246408;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829262;STB=0.562427;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0238152;OID=.;OPOS=18234789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:9:8:7:5:9:8:8:5 chr19 18248146 . T C 369.37 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.127;QD=54.7212;RBI=0.0470609;REFB=0;REVB=0.0349146;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529828;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr19 18273047 . T C 394.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.89;QD=56.2975;RBI=0.0780738;REFB=0;REVB=0.0147435;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227299;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:15:13:0:0 chr19 18279638 . T C 376.06 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0198714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8784;QD=14.6043;RBI=0.0484072;REFB=-0.0177849;REVB=-0.0441405;RO=60;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305495;STB=0.517233;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0290083;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:27:16:24:36:27:16:24:36 chr19 18284651 . G T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.013124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.902;QD=22.3408;RBI=0.0152851;REFB=-0.00803401;REVB=0.00783538;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088825;STB=0.549944;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00388387;OID=.;OPOS=18284651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:7:7:7:11:7:7 chr19 18288069 . A G 400.22 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0390673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.842;QD=15.8501;RBI=0.0476632;REFB=-0.0225459;REVB=-0.0273043;RO=57;SAF=27;SAR=17;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142768;STB=0.58021;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.028003;OID=.;OPOS=18288069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:17:27:27:30:17:27:27:30 chr19 18288642 . A G 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00016347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.018;QD=19.0231;RBI=0.0154937;REFB=-0.0103148;REVB=0.0154929;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153654;STB=0.585318;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00972471;OID=.;OPOS=18288642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:23:12:18:17:23:12 chr19 18288898 . T C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.000113764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.39;QD=12.3465;RBI=0.0113392;REFB=0.00846405;REVB=-0.0113386;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101164;STB=0.564839;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0127479;OID=.;OPOS=18288898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:16:12:24:22:16:12:25:22 chr19 18288929 . C T 187.72 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.000101433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6219;QD=10.8824;RBI=0.0502003;REFB=-0.0122202;REVB=-0.0502002;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128625;STB=0.521721;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0157818;OID=.;OPOS=18288929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:45:24:24:0.347826:12:12:22:21:12:12:24:21 chr19 18288947 . A C 169.35 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0119451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.998;QD=10.5842;RBI=0.0144454;REFB=3.59391e-05;REVB=-0.00812314;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511763;STB=0.529887;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-1.91869e-05;OID=.;OPOS=18288947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:10:12:21:21:10:12:21:21 chr19 18359037 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00584119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.884;QD=17.9407;RBI=0.00632316;REFB=-0.0177354;REVB=0.00242132;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.020582;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:10:12:10:9:10:12 chr19 18368810 . G T 692.42 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.00874964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.993;QD=19.5047;RBI=0.0233096;REFB=-0.0141532;REVB=0.0216052;RO=72;SAF=32;SAR=37;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122908;STB=0.564121;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0182827;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:73:69:69:0.485915:37:32:43:29:37:32:43:30 chr19 18369120 . G A 543.41 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0213968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9772;QD=31.052;RBI=0.0219945;REFB=-0.0269805;REVB=0.00509292;RO=22;SAF=23;SAR=25;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143242;STB=0.507753;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0206289;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:25:23:10:12:25:23:10:12 chr19 18369644 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-2.08267e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.563;QD=16.6259;RBI=0.00304459;REFB=-0.00170389;REVB=0.00304452;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352907;STB=0.699733;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00366716;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:12:2:7:6:12:2 chr19 18370160 . A AG 165.73 PASS AF=0.954545;AO=17;DP=25;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.1645;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9789;QD=30.1333;RBI=0.168474;REFB=-0.0344208;REVB=0.0363768;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652751;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=ins;VARB=0.000909879;OID=.;OPOS=18370161;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545:17:25:21:22:1:12:9:0:1:6:6:9:8:4:2 chr19 18371394 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00442667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.732;QD=24.3281;RBI=0.0140261;REFB=-0.00865143;REVB=0.0133092;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00212323;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr19 18375608 . G A 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00775412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.275;QD=28.0222;RBI=0.021002;REFB=-0.0082744;REVB=0.0195181;RO=19;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133924;STB=0.573412;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00524626;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:11:18:15:4:11:18:15:4 chr19 18375815 . G A 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0169969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.217;QD=14.7341;RBI=0.0397751;REFB=-0.0283075;REVB=0.0359605;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186436;STB=0.51058;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0261259;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:18:18:14:13:18:18 chr19 18375846 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0135669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.225;QD=13.6997;RBI=0.0136847;REFB=-0.021437;REVB=-0.00179188;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185813;STB=0.608572;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0317982;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:6:12:15:15:6:12:15:15 chr19 18375882 . G C 127.16 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0482129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1135;QD=11.5604;RBI=0.0811784;REFB=-0.0136876;REVB=-0.0653104;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173186;STB=0.603033;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0202482;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:15:14:5:10:15:14 chr19 18376407 . T A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0118475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.37;QD=17.1565;RBI=0.0123525;REFB=-0.0252908;REVB=-0.00349587;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227217;STB=0.652002;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0188075;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:7:10:6:12:7:10:6:14 chr19 18376517 . C T 181.22 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0131754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.424;QD=16.8575;RBI=0.0157812;REFB=-0.00775205;REVB=0.00868647;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27568;STB=0.652492;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00712759;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:17:19:0.44186:10:7:4:20:11:8:4:20 chr19 18376522 . T G 171.75 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0138003;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.906;QD=16.3576;RBI=0.0138833;REFB=-0.00593357;REVB=-0.00151657;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320179;STB=0.666508;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00695722;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:26:24:18:18:0.428571:10:8:4:22:10:8:4:20 chr19 18377496 . C G 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0513939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0323;QD=19.2743;RBI=0.0545928;REFB=-0.0211891;REVB=-0.018413;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111896;STB=0.506324;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0227129;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:11:15:13:10:11:15 chr19 18377647 . G C 49.28 PASS AF=0.416667;AO=3;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0132747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.359;QD=16.4266;RBI=0.0563171;REFB=0.000787875;REVB=0.0547302;RO=5;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462295;STB=0.691764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000166733;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:5:5:3:5:0.416667:1:2:5:0:1:4:5:0 chr19 18377761 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0165958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.918;QD=6.01628;RBI=0.0218568;REFB=-0.0185614;REVB=-0.0142232;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396867;STB=0.754028;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0339827;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:14:8:5:2:14:8 chr19 18378219 . A G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0326683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.785;QD=20.9185;RBI=0.0326691;REFB=-0.0139043;REVB=0.000241289;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134092;STB=0.574277;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00930859;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:10:16:14:17:10:16 chr19 18392894 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00751639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8106;QD=15.6252;RBI=0.0226646;REFB=0.019785;REVB=0.021382;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264698;STB=0.650208;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0376883;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:21:6:9:10:21:6 chr19 18392913 . A G 175.71 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.00930756;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4371;QD=14.3432;RBI=0.0196565;REFB=-0.0189076;REVB=-0.0173132;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290596;STB=0.649749;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0166041;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:18:19:0.387755:9:9:23:7:9:10:23:7 chr19 18444360 . T G 145.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9249;QD=44.6729;RBI=0.113446;REFB=0;REVB=-0.106822;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00268939;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 18497024 . G C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00174078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.908;QD=17.3212;RBI=0.0236592;REFB=-0.0119837;REVB=-0.0235951;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995299;STB=0.556749;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0151226;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:12:6:7:9:12:6 chr19 18497141 . T A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0361069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9037;QD=12.4026;RBI=0.03771;REFB=-0.0160953;REVB=-0.0108785;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121422;STB=0.571772;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0268408;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:17:12:5:11:17:12 chr19 18499238 . G T 230.76 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.061081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1987;QD=17.7507;RBI=0.0675628;REFB=-0.0200668;REVB=0.0288764;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306291;STB=0.517228;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0234102;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:11:16:14:11:11:16 chr19 18502835 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00289377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.175;QD=19.9056;RBI=0.00736047;REFB=-0.00391901;REVB=-0.00676777;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133701;STB=0.574418;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00290486;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:15:12:18:12:15:12 chr19 18710461 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00771488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.491;QD=15.2374;RBI=0.0077338;REFB=-0.0109082;REVB=-0.000540525;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914161;STB=0.551849;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0129172;OID=.;OPOS=18710461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:16:20:18:10:16:20 chr19 18876309 . A G 403.75 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0104865;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.108;QD=17.747;RBI=0.010944;REFB=-0.0156232;REVB=0.00313121;RO=48;SAF=10;SAR=31;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259437;STB=0.626943;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0250751;OID=.;OPOS=18876309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:48:49:41:42:0.461538:31:10:23:25:31:11:23:26 chr19 18977937 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.604;QD=59.3228;RBI=0.0342601;REFB=0;REVB=0.0334483;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00746e-05;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr19 19040312 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1778;QD=40.7629;RBI=0.0814513;REFB=0;REVB=-0.0556241;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.007905;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr19 19136541 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.428;QD=59.8394;RBI=0.0246016;REFB=0;REVB=0.0244068;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57862e-05;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr19 19230868 . A G 2661.88 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227077;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.427;QD=61.5463;RBI=0.0366296;REFB=0;REVB=0.0287418;RO=0;SAF=78;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.29459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481119;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:173:0:0:164:173:1:86:78:0:0:95:78:0:0 chr19 19243175 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00937323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.615;QD=50.1339;RBI=0.0375261;REFB=0.0645064;REVB=0.0363367;RO=1;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000817931;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:6:18:0:1:6:18:0:1 chr19 19267910 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.018619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.247;QD=9.47525;RBI=0.02189;REFB=-0.00148311;REVB=-0.011511;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108729;STB=0.565098;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0043644;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:3:18:8:2:3:18 chr19 19312496 . C G 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0277328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4077;QD=13.4403;RBI=0.0375019;REFB=-0.0192171;REVB=0.0252445;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177933;STB=0.603583;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0487787;OID=.;OPOS=19312496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:3:10:6:4:3:10 chr19 19446936 . G A 952.67 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.81371e-05;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2357;QD=58.6256;RBI=0.00362257;REFB=0;REVB=0.00362193;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356888;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:35:30:0:0 chr19 19449686 . G T 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00307508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.049;QD=58.529;RBI=0.00502827;REFB=-0.0324833;REVB=0.00397836;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978143;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000338133;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:53:48:1:0:53:48:1:0 chr19 19467085 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.568;QD=56.1916;RBI=0.013684;REFB=0;REVB=-0.00471694;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01431e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 19467937 . T C 348.85 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0313796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.5;QD=48.1168;RBI=0.0331103;REFB=0.0198405;REVB=-0.0105647;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.506591;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00072875;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:26:27:0.931034:16:10:0:1:16:11:1:1 chr19 19468710 . C G 724.46 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.247;QD=62.9969;RBI=0.0623671;REFB=0;REVB=0.0295736;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021638;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:29:17:0:0 chr19 19468734 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.812;QD=56.7066;RBI=0.0246735;REFB=0;REVB=0.0212788;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123638;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 19613284 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00693071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.133;QD=17.6896;RBI=0.0337538;REFB=0.00171128;REVB=0.0330346;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362158;STB=0.520588;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00212705;OID=.;OPOS=19613284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:17:9:8:13:17:9 chr19 19735257 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.383;QD=57.7124;RBI=0.0290565;REFB=0;REVB=0.00400071;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17754e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:41:18:0:0:41:18:0:0 chr19 19749013 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00423066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.847;QD=15.6998;RBI=0.11611;REFB=-0.0188349;REVB=0.116033;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072901;STB=0.542112;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0233827;OID=.;OPOS=19749013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:10:9:6:9:10:9 chr19 19753336 . A G 207.77 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0099894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.865;QD=17.3143;RBI=0.0196206;REFB=-0.00223471;REVB=-0.0168872;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623481;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00254857;OID=.;OPOS=19753336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:20:21:0.4375:8:12:14:12:9:12:15:12 chr19 19823270 . T A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0440981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.139;QD=15.1969;RBI=0.0446233;REFB=0.0105651;REVB=-0.00682619;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323285;STB=0.687798;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0330948;OID=.;OPOS=19823270;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:7:11:4:10:7:11 chr19 19855654 . C T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0160169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.055;QD=14.3344;RBI=0.0160179;REFB=-0.0165187;REVB=-0.000174761;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168616;STB=0.509792;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0194885;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:8:18:12:5:8:18 chr19 19910250 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.839;QD=59.8551;RBI=0.0370543;REFB=0;REVB=0.0017896;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205045;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr19 19990951 . C G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0139842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.325;QD=19.2749;RBI=0.014228;REFB=-0.00752524;REVB=-0.00262275;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421663;STB=0.523789;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0086455;OID=.;OPOS=19990951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:18:8:8:15:18:8 chr19 20003109 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7981;QD=50.4083;RBI=0.0328773;REFB=0;REVB=0.0315187;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361824;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 20044041 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000575885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.441;QD=48.7372;RBI=0.048505;REFB=0;REVB=-0.0485016;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451755;OID=.;OPOS=20044041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 20116963 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0167545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.254;QD=17.0638;RBI=0.0273548;REFB=-0.00885266;REVB=-0.0216234;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203363;STB=0.614887;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0172565;OID=.;OPOS=20116963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:20:8:15:16:20:8:15:16 chr19 20133846 . C T 437.28 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.058968;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8141;QD=15.479;RBI=0.0637779;REFB=-0.0396403;REVB=-0.0242979;RO=64;SAF=17;SAR=32;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478182;STB=0.526841;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0353973;OID=.;OPOS=20133846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:64:49:49:0.433628:32:17:25:39:32:17:25:39 chr19 20150125 . T C 163.22 PASS AF=0.418605;AO=15;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0542624;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.534;QD=15.1829;RBI=0.0559101;REFB=-0.0238215;REVB=-0.0134731;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109202;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0279952;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:26:25:15:18:0.418605:9:6:13:13:9:9:13:12 chr19 20150175 . G C 91.18 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.045303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.714;QD=8.48215;RBI=0.0453193;REFB=-0.0153112;REVB=0.00121469;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296834;STB=0.542301;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0338622;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:31:31:11:12:0.27907:7:4:12:19:8:4:12:19 chr19 20229486 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.817;QD=46.8481;RBI=0.0133375;REFB=0;REVB=-0.00475752;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80806e-05;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 20308415 . G C 124.94 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.028084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.175;QD=17.8482;RBI=0.0497307;REFB=-0.0430881;REVB=-0.0410419;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305188;STB=0.673038;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0274386;OID=.;OPOS=20308415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:3:11:6:8:3:11 chr19 20369503 . C G 1312.06 PASS AF=0.604167;AO=116;DP=192;FAO=116;FDP=192;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=0.00226617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.313;QD=27.3347;RBI=0.0116631;REFB=-0.00270977;REVB=-0.0114408;RO=76;SAF=39;SAR=77;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278053;STB=0.515032;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00164754;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:76:76:116:116:0.604167:77:39:23:53:77:39:23:53 chr19 20727463 . T C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100971;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.132;QD=45.9653;RBI=0.0429579;REFB=0;REVB=0.0417544;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940288;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr19 20727932 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.481;QD=43.4857;RBI=0.0928738;REFB=0;REVB=0.013745;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216158;OID=.;OPOS=20727932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 20807053 . T G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00351728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.822;QD=13.4415;RBI=0.0197242;REFB=-0.0176568;REVB=-0.019408;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177933;STB=0.603583;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.020758;OID=.;OPOS=20807053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:3:10:6:4:3:10 chr19 20808149 . A G 302.76 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0153178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.665;QD=14.5906;RBI=0.0244421;REFB=-0.0107607;REVB=-0.0190468;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107786;STB=0.554185;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0285379;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:17:17:29:19:17:17:29:20 chr19 21115243 . T C 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00100038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.822;QD=9.62222;RBI=0.00883237;REFB=-0.000479537;REVB=0.00877554;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562037;STB=0.533179;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000913888;OID=.;OPOS=21115243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:10:9:17:23:10:9:17:23 chr19 21115247 . T C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00348449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.448;QD=8.92386;RBI=0.0100071;REFB=0.00124004;REVB=0.00938084;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647123;STB=0.538421;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00851851;OID=.;OPOS=21115247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:10:9:18:25:10:9:18:25 chr19 21131571 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0121201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.765;QD=14.6539;RBI=0.0624976;REFB=-0.0268705;REVB=0.0613111;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299237;OID=.;OPOS=21131571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr19 21131664 . G T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00718002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.929;QD=16.9797;RBI=0.00907878;REFB=-0.00501972;REVB=0.00555622;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243047;STB=0.645457;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00217765;OID=.;OPOS=21131664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:17:9:17:11:17:9:18:11 chr19 21131850 . C G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00011267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.679;QD=7.32293;RBI=0.00964775;REFB=-0.000947808;REVB=0.00964709;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493816;STB=0.53115;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00192895;OID=.;OPOS=21131850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:12:2:1:5:12:2 chr19 21131870 . G C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00956429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7396;QD=8.25479;RBI=0.0185144;REFB=-0.0343768;REVB=-0.0158527;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0416485;OID=.;OPOS=21131870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:10:2:1:5:10:2 chr19 21132129 . T C 80.13 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0518591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8456;QD=16.8697;RBI=0.0519783;REFB=-0.0508992;REVB=-0.00351728;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128055;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0452804;OID=.;OPOS=21132129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:4:5:4:6:4:5 chr19 21132211 . A T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00168121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.34;QD=12.7913;RBI=0.00517498;REFB=0.0125855;REVB=0.00489427;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116027;STB=0.567594;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0124215;OID=.;OPOS=21132211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:6:17:9:5:6:17 chr19 21132751 . A T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0158046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.933;QD=12.8605;RBI=0.05504;REFB=-0.00656072;REVB=0.052722;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490947;STB=0.788741;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0348281;OID=.;OPOS=21132751;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:7:1:5:2:7:1 chr19 21133129 . T C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00610387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.78;QD=5.19175;RBI=0.0137475;REFB=0.00215463;REVB=0.0123181;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667511;STB=0.504412;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0136336;OID=.;OPOS=21133129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:11:15:4:3:11:15 chr19 21133225 . TATAAAA T 35.34 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.000600245;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=6;MLLD=299.359;QD=2.35616;RBI=0.00361929;REFB=-0.000120287;REVB=-0.00356917;RO=52;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335414;STB=0.72706;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.000245893;OID=.;OPOS=21133226;OREF=ATAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116667:7:63:7:60:53:5:2:24:29:35:52:5:2:22:30 chr19 21133243 . G A 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0157984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.184;QD=2.58563;RBI=0.0158227;REFB=-0.00295007;REVB=-0.000876465;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107208;STB=0.576753;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0329684;OID=.;OPOS=21133243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:4:5:28:32:4:5:28:32 chr19 21133269 . C A 77.12 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0440334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.898;QD=3.76187;RBI=0.0468677;REFB=0.00259473;REVB=-0.0160512;RO=67;SAF=8;SAR=6;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080472;STB=0.559355;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0131398;OID=.;OPOS=21133269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:67:68:14:14:0.170732:6:8:34:33:6:8:34:34 chr19 21133299 . C CTTTAT 73.39 PASS AF=0.162791;AO=12;DP=88;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00327532;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=5;MLLD=254.269;QD=3.41348;RBI=0.00328043;REFB=0.00233231;REVB=0.000182998;RO=72;SAF=8;SAR=4;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224709;STB=0.571327;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=-0.00791238;OID=.;OPOS=21133300;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:12:88:14:86:72:8:6:35:37:73:72:8:4:35:37 chr19 21133309 . G A 74.78 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00175671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.289;QD=3.39927;RBI=0.0113214;REFB=-0.00358971;REVB=0.0111843;RO=74;SAF=9;SAR=5;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180666;STB=0.621535;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0281551;OID=.;OPOS=21133309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:5:9:37:37:5:9:37:37 chr19 21133340 . A G 78.25 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00998968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.18;QD=3.86416;RBI=0.0423062;REFB=-0.00237787;REVB=0.0411098;RO=67;SAF=9;SAR=5;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17205;STB=0.613839;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0148006;OID=.;OPOS=21133340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:81:67:67:14:14:0.17284:5:9:34:33:5:9:34:33 chr19 21133378 . C T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0420036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0249;QD=5.26436;RBI=0.0443932;REFB=-0.00211694;REVB=0.0143686;RO=55;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200453;STB=0.627277;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0118468;OID=.;OPOS=21133378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:5:10:28:27:5:10:28:27 chr19 21133439 . C T 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00365976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.638;QD=8.0218;RBI=0.011047;REFB=-0.00508726;REVB=0.0104232;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426965;STB=0.526276;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0166343;OID=.;OPOS=21133439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:5:8:24:13:5:8:24:13 chr19 21299774 . T TATA 123.19 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00582893;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=255.742;QD=37.904;RBI=0.0136834;REFB=-0.0024066;REVB=-0.0123798;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=-1.68684e-05;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:11:13:12:13:1:4:8:1:0:6:1:4:7:1:0 chr19 21300462 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.332;QD=59.0187;RBI=0.00796768;REFB=0;REVB=0.00727445;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23609e-06;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 21477379 . C T 336.64 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0042436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.464;QD=17.2634;RBI=0.00748912;REFB=-0.0132012;REVB=-0.00617081;RO=42;SAF=9;SAR=27;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269475;STB=0.652083;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0239115;OID=.;OPOS=21477379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:27:9:21:21:27:9:21:21 chr19 21492062 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0098967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.034;QD=15.6509;RBI=0.0145692;REFB=-0.00472673;REVB=0.0106919;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.559365;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0113435;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:10:11:10:6:10:11 chr19 21580012 . T G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00948774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.05;QD=16.7847;RBI=0.00948816;REFB=-0.0218249;REVB=8.89655e-05;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194463;STB=0.510925;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0272872;OID=.;OPOS=21580012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:12:17:20:13:12:17:20:13 chr19 21607878 . ATAAT A 849.54 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209881;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.412;QD=57.596;RBI=0.020997;REFB=0;REVB=-0.000611812;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.16642e-05;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:59:59:0:30:29:0:0:5:0:29:29:0:0 chr19 21608110 . C T 413.06 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00437824;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.157;QD=21.1827;RBI=0.0201573;REFB=0.000596142;REVB=-0.0196761;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198601;STB=0.51098;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000542309;OID=.;OPOS=21608110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:37:41:41:0.525641:22:19:18:19:22:19:18:19 chr19 21608153 . C T 457.0 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0135765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3814;QD=23.1391;RBI=0.0211023;REFB=-0.0285795;REVB=-0.0161551;RO=35;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528042;STB=0.529026;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0214368;OID=.;OPOS=21608153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:21:23:16:19:21:23:16:19 chr19 21608264 . T C 590.37 PASS AF=1;AO=26;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154015;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4839;QD=62.1439;RBI=0.226699;REFB=0;REVB=0.226175;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435427;OID=.;OPOS=21608264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:26:38:1:6:20:0:0:18:20:0:0 chr19 21608269 . AC GT 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682495;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.106;QD=57.6807;RBI=0.014707;REFB=0;REVB=0.0130276;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.65238e-05;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr19 21608272 . A T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.729;QD=57.6772;RBI=0.0323465;REFB=0;REVB=0.0141091;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33172e-05;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr19 21608275 . C T 447.6 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.076711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8536;QD=57.7542;RBI=0.0811887;REFB=0;REVB=0.0265899;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114664;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr19 21608280 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.09;QD=58.5878;RBI=0.0149242;REFB=0;REVB=0.00079602;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38931e-05;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr19 21608283 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.486;QD=58.5878;RBI=0.0083053;REFB=0;REVB=0.00169865;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64675e-05;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 21608287 . G C 501.44 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1674;QD=58.9924;RBI=0.062065;REFB=0;REVB=0.0444729;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015271;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 21608311 . G A 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0136;QD=58.9945;RBI=0.0316281;REFB=0;REVB=-0.0266433;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00096837;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 21608319 . A C 499.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5805;QD=58.7171;RBI=0.0347348;REFB=0;REVB=-0.00144871;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791372;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr19 21609743 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.031775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.722;QD=13.5766;RBI=0.0327124;REFB=-0.00310607;REVB=0.00777497;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374026;STB=0.717983;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00595982;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:13:6:9:4:13:6 chr19 21609755 . GT G 72.53 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0128732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.2681;QD=9.06652;RBI=0.0211869;REFB=-0.0198479;REVB=-0.0168275;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296918;STB=0.672643;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=0.0277112;OID=.;OPOS=21609756;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:32:13:32:19:5:8:13:6:72:19:5:8:13:6 chr19 21688602 . C G 254.44 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0193276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.259;QD=15.4203;RBI=0.0268306;REFB=-0.0185623;REVB=-0.0186097;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670122;STB=0.543063;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0277604;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:37:29:29:0.439394:20:9:13:22:20:9:14:23 chr19 21720803 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00947624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.634;QD=10.1732;RBI=0.0376566;REFB=0.0266722;REVB=0.0364448;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.029931;OID=.;OPOS=21720803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr19 21909948 . G A 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.030736;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7258;QD=14.3522;RBI=0.0403068;REFB=-0.0118594;REVB=-0.0260756;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925042;STB=0.553022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0171502;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:13:17:10:11:13:17 chr19 22115982 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8678;QD=45.8066;RBI=0.0989636;REFB=0;REVB=0.0989496;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00512776;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 22115990 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0303256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.195;QD=11.9196;RBI=0.0783508;REFB=-0.0096131;REVB=-0.0722441;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131013;STB=0.58039;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00986873;OID=.;OPOS=22115990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:2:7:6:1:2:7 chr19 22153495 . A T 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.568;QD=49.3966;RBI=0.0403097;REFB=0.0361582;REVB=-0.0379774;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00229696;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:1:0:11:12:1:0 chr19 22154732 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.4;QD=60.6101;RBI=0.0165273;REFB=0;REVB=0.0154909;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24647e-05;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr19 22154954 . C T 590.22 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.727;QD=60.5355;RBI=0.00798157;REFB=0;REVB=0.00571128;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85483e-07;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr19 22155918 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0407574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.034;QD=10.1734;RBI=0.0449471;REFB=-0.015537;REVB=0.0189492;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0113661;OID=.;OPOS=22155918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr19 22156482 . G T 127.45 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-3.84686e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8802;QD=11.8559;RBI=0.00815277;REFB=0.0245402;REVB=0.00815268;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01619;STB=0.52171;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0385605;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:8:7:13:14:8:7:14:14 chr19 22156585 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6523;QD=48.7358;RBI=0.0574324;REFB=0;REVB=0.0453595;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215802;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr19 22156992 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.207;QD=40.7629;RBI=0.0245889;REFB=0;REVB=0.016934;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180352;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr19 22157302 . G A 1573.47 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.952;QD=58.8212;RBI=0.0305187;REFB=0.0194413;REVB=-0.00905988;RO=1;SAF=37;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126531;STB=0.506665;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=4.44047e-05;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:69:37:1:0:69:37:1:0 chr19 22235478 . G C 206.39 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0463232;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.966;QD=18.3459;RBI=0.0466794;REFB=-0.011336;REVB=-0.00575547;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167062;STB=0.588701;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0122838;OID=.;OPOS=22235478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:24:20:20:0.444444:11:9:5:14:11:9:7:17 chr19 22364233 . C T 623.02 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0139677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.928;QD=19.1699;RBI=0.0140802;REFB=-0.000265801;REVB=-0.00177633;RO=65;SAF=25;SAR=39;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380924;STB=0.525703;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000287095;OID=.;OPOS=22364233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:66:64:64:0.492308:39:25:28:37:39:25:29:37 chr19 22375868 . C T 264.96 PASS AF=0.376471;AO=30;DP=83;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00783273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1069;QD=12.4689;RBI=0.0412377;REFB=-0.00336487;REVB=0.040487;RO=53;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125948;STB=0.588007;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00953133;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:53:53:30:32:0.376471:17:13:29:24:19:13:29:24 chr19 22498943 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0131295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.169;QD=10.1734;RBI=0.0346794;REFB=-0.00695997;REVB=-0.0320979;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0102673;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:3:6:1:5:3:6 chr19 22575488 . C T 149.0 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00441623;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.943;QD=17.5293;RBI=0.00566633;REFB=-0.00520005;REVB=0.00355024;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.503727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0204003;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:18:16:16:0.470588:7:9:10:9:7:9:10:8 chr19 22817278 . T G 346.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.226745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.693;QD=53.3275;RBI=0.280615;REFB=0;REVB=0.165323;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0057957;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr19 22846601 . G T 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0167594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.621;QD=13.2007;RBI=0.0494391;REFB=-0.0223983;REVB=0.0465118;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161074;OID=.;OPOS=22846601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr19 22846680 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.898;QD=33.4285;RBI=0.0516017;REFB=0;REVB=0.042773;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430543;OID=.;OPOS=22846680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 22846697 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5428;QD=42.1824;RBI=0.0335649;REFB=0;REVB=0.0215794;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255082;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 22846867 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0115821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.717;QD=16.4438;RBI=0.0324884;REFB=-0.0202264;REVB=0.0303537;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999497;STB=0.568896;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0177783;OID=.;OPOS=22846867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:11:8:14:13:12:8:14:13 chr19 22848028 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.195;QD=43.484;RBI=0.0234391;REFB=0;REVB=-0.0144696;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439281;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 22868096 . A G 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.274;QD=58.0542;RBI=0.0219771;REFB=0;REVB=0.017808;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21836e-06;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr19 22868147 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.011078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.113;QD=9.9929;RBI=0.025432;REFB=-0.0068343;REVB=0.0228924;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441854;STB=0.526284;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0132;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:14:22:11:6:14:22 chr19 22868205 . T C 520.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830041;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4428;QD=57.8494;RBI=0.0833465;REFB=0;REVB=0.00754712;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192073;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:21:13:0:0:21:15:0:0 chr19 22868445 . C T 453.88 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6489;QD=55.0157;RBI=0.0251212;REFB=-0.0810549;REVB=0.0215022;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00406794;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr19 22868470 . G T 293.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.111;QD=51.0865;RBI=0.0472349;REFB=0;REVB=0.00936392;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613254;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:13:10:0:0 chr19 22868479 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.259;QD=46.96;RBI=0.0310451;REFB=-0.129733;REVB=-0.0230229;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00237045;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr19 22868484 . C T 272.49 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.277;QD=51.902;RBI=0.0344431;REFB=0;REVB=-0.00626814;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53788e-05;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr19 22868541 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7149;QD=42.1821;RBI=0.0445434;REFB=0;REVB=0.0444163;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237321;OID=.;OPOS=22868541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 22869030 . G A 75.09 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.857;QD=37.5468;RBI=0.0821489;REFB=0;REVB=0.0574814;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118295;OID=.;OPOS=22869030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 22937167 . TCAAAAAA TAAAAA,TC 233.55 PASS AF=0.47619,0.52381;AO=3,3;DP=24;FAO=10,11;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868756,-0.0142169;FXX=0.249911;HRUN=1,16;LEN=2,6;MLLD=97.5986,13.9703;QD=44.485;RBI=0.135535,0.332211;REFB=0,0;REVB=0.104031,0.331907;RO=0;SAF=0,3;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0044732,0.222548;OID=.,.;OPOS=22937168,22937169;OREF=CA,AAAAAA;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47619,0.52381:3,3:24:10,11:21:0:2,5:8,6:0:0:82:0:0,3:3,0:0:0 chr19 22937238 . T C 319.42 PASS AF=0.328;AO=40;DP=124;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=0.0103256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=10.2214;RBI=0.0351292;REFB=0.00335424;REVB=0.0335774;RO=83;SAF=18;SAR=22;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105719;STB=0.548274;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00509442;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:83:84:40:41:0.328:22:18:30:53:23:18:31:53 chr19 22937334 . G T 407.41 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0108016;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.041;QD=12.5358;RBI=0.019583;REFB=-0.0145135;REVB=-0.0163346;RO=81;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165421;STB=0.589511;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0189504;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:82:48:48:0.369231:23:25:30:51:23:25:31:51 chr19 22939096 . T G 356.99 PASS AF=0.875;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0995948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8999;QD=44.6238;RBI=0.100616;REFB=0.0341551;REVB=-0.0143004;RO=5;SAF=5;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704699;STB=0.541638;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.013899;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:32:32:5:4:27:28:0.875:22:5:1:4:22:6:0:4 chr19 22939326 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.035;QD=40.7629;RBI=0.0089633;REFB=0;REVB=0.00602385;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13503e-06;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 22939931 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.000507549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.614;QD=11.7808;RBI=0.00509077;REFB=0.00114524;REVB=0.0050654;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158616;STB=0.593552;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00294085;OID=.;OPOS=22939931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:18:13:9:7:18:13 chr19 22940046 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.445;QD=42.1826;RBI=0.0457246;REFB=0;REVB=0.0417601;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256999;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 22940659 . C T 556.85 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.898;QD=60.2001;RBI=0.0678709;REFB=0;REVB=0.0655575;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968341;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 22940694 . C T 141.85 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0134727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.069;QD=8.59692;RBI=0.0207583;REFB=-0.00818022;REVB=0.0157921;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184414;STB=0.609175;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0349655;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:11:9:28:18:11:9:28:18 chr19 22940827 . T C 72.82 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0317353;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6658;QD=18.2062;RBI=0.0328001;REFB=-0.068739;REVB=-0.0082896;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286547;STB=0.666296;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0462544;OID=.;OPOS=22940827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:2:5:3:6:2:5 chr19 22940898 . AG A,AA 62.23 PASS AF=1,0;AO=4,3;DP=7;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084194,-0.0434069;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.675,129.287;QD=35.5607;RBI=0.0431013,0.0460489;REFB=0,0;REVB=0.0422709,0.0153734;RO=0;SAF=2,2;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000629637,0.0391736;OID=.,.;OPOS=22940899,22940899;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,3:7:7,0:7:0:4,0:3,0:0:0:4:0:2,2:2,1:0:0 chr19 22941591 . A T 73.8 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0501052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.569;QD=14.0563;RBI=0.0625329;REFB=-0.0219353;REVB=-0.0374144;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0414835;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:21:10:11:7:8:0.380952:4:3:5:5:4:4:6:5 chr19 22941617 . T C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8934;QD=40.7576;RBI=0.049408;REFB=0;REVB=-0.0199468;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157351;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr19 22941938 . T G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00771234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288;QD=20.1561;RBI=0.00860531;REFB=-0.0190917;REVB=0.00381722;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549764;STB=0.530591;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0197045;OID=.;OPOS=22941938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:10:15:15:13:10:15 chr19 22942061 . A C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-2.48905e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1655;QD=23.8207;RBI=0.00602687;REFB=-0.0256897;REVB=0.00602682;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175807;STB=0.598411;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0129738;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:15:7:9:8:15:7:9:8 chr19 22942325 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.387;QD=51.9167;RBI=0.00914452;REFB=0;REVB=-0.00665386;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23195e-06;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 22942335 . G A 107.3 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0112047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.965;QD=22.5887;RBI=0.0132022;REFB=-0.0166776;REVB=-0.00698235;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139548;STB=0.578819;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00637651;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:2:5:6:6:2:5 chr19 22952111 . A G 256.68 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0278696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.775;QD=44.6401;RBI=0.0282548;REFB=-0.188374;REVB=0.0046494;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767822;STB=0.541627;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0166534;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:11:10:0:2:11:10:0:2 chr19 22966839 . C T 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0404277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4634;QD=15.2598;RBI=0.0901129;REFB=-0.00808879;REVB=0.0805353;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381833;STB=0.710318;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0127036;OID=.;OPOS=22966839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:0:16:11:2:0:16 chr19 23316947 . C T 61.83 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00282545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.1;QD=7.27387;RBI=0.0227338;REFB=0.00917578;REVB=-0.0225575;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226365;STB=0.640728;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0247439;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:9:16:4:5:9:16 chr19 23328940 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000552108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.15;QD=56.7065;RBI=0.0201575;REFB=0;REVB=0.0201499;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26652e-05;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 23406801 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0149747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.157;QD=10.0752;RBI=0.0278522;REFB=-0.017186;REVB=-0.0234841;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103271;STB=0.562351;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0262708;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:4:10:5:3:4:10 chr19 23542290 . AG GC 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0157272;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.65;QD=17.7534;RBI=0.026435;REFB=-0.0181931;REVB=0.0212477;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306291;STB=0.517228;STBP=0.835;TYPE=mnp;VARB=0.0201835;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:11:16:14:11:11:16 chr19 23543095 . T C 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0218804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.427;QD=14.4325;RBI=0.0256574;REFB=-0.0111931;REVB=0.0133996;RO=44;SAF=22;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20957;STB=0.619637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0168055;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:9:22:23:21:9:22:23:21 chr19 23545447 . A G 207.3 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0473502;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.607;QD=22.4113;RBI=0.0478745;REFB=-0.00682827;REVB=-0.00706579;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512063;STB=0.528673;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00439822;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:5:12:13:7:5:12 chr19 23557502 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0413743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.074;QD=7.76204;RBI=0.0453124;REFB=-0.00287184;REVB=-0.0184763;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110573;STB=0.57117;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00513411;OID=.;OPOS=23557502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:3:10:5:1:3:10 chr19 23837145 . A G 166.43 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0347701;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4963;QD=14.1646;RBI=0.0351089;REFB=-0.00622489;REVB=0.00486557;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287274;STB=0.656967;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00881556;OID=.;OPOS=23837145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:12:6:17:11:12:6:17:12 chr19 23837195 . T C 353.55 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0148677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.824;QD=23.9691;RBI=0.0154006;REFB=-0.00682144;REVB=-0.00401644;RO=24;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189924;STB=0.604454;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00289596;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:13:22:9:15:13:22:9:15 chr19 23837365 . A C 206.96 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.511;QD=48.6964;RBI=0.0548687;REFB=0;REVB=-0.047556;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000854189;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 23869823 . T G 670.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9444;QD=62.3269;RBI=0.0661051;REFB=0;REVB=0.00400297;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087963;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr19 23927252 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.146;QD=37.4885;RBI=0.022499;REFB=0;REVB=0.0208596;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308408;OID=.;OPOS=23927252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 23927468 . A G 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.376;QD=64.143;RBI=0.0203815;REFB=0;REVB=-0.00218315;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33315e-05;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr19 23927741 . CCA C 132.82 PASS AF=0.487179;AO=14;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00817081;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=310.286;QD=13.623;RBI=0.00963508;REFB=-0.0136586;REVB=0.00510614;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504553;STB=0.566325;STBP=0.459;TYPE=del;VARB=0.01698;OID=.;OPOS=23927742;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:14:39:19:39:20:8:11:11:9:99:20:7:7:11:9 chr19 24010929 . A G 35.21 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0122982;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=116.172;QD=5.03071;RBI=0.0128364;REFB=0.00359002;REVB=0.00367791;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424006;STB=0.754797;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00651394;OID=.;OPOS=24010929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:2:4:6:15:2:4:7:15 chr19 24183515 . G T 236.59 PASS AF=0.45;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00549578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.732;QD=15.7726;RBI=0.0171122;REFB=-0.00694388;REVB=-0.0162056;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125812;STB=0.571374;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00551724;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:33:26:27:0.45:9:17:17:15:9:18:18:15 chr19 24183566 . C T 398.93 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0346144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3103;QD=20.9963;RBI=0.0393822;REFB=0.00427262;REVB=0.0187831;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214307;STB=0.511852;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00320971;OID=.;OPOS=24183566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:21:19:18:18:21:19:18:18 chr19 24184295 . C T 716.18 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00664056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.88;QD=22.7359;RBI=0.0237967;REFB=-0.0110926;REVB=-0.0228514;RO=56;SAF=32;SAR=37;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735014;STB=0.536221;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00801747;OID=.;OPOS=24184295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:57:69:69:0.547619:37:32:31:25:37:32:31:26 chr19 24186114 . C G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0290302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4699;QD=21.5459;RBI=0.0415499;REFB=-0.00787935;REVB=-0.0297261;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00595211;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:3:7:5:9:3:7 chr19 24186163 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0957583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4921;QD=17.2291;RBI=0.0963829;REFB=0.00641762;REVB=-0.0109547;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572582;STB=0.839066;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00135288;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:1:5:1:7:1:5 chr19 29724086 . A C 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6105;QD=60.5985;RBI=0.0435806;REFB=0;REVB=-0.0435113;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765973;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 29724111 . T G 611.32 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.103473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1579;QD=56.8672;RBI=0.103483;REFB=-0.173125;REVB=-0.00141606;RO=2;SAF=12;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719707;STB=0.538442;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0103159;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:2:2:41:41:0.953488:29:12:2:0:29:12:2:0 chr19 30102856 . A G 386.94 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0222057;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.612;QD=23.4509;RBI=0.0415448;REFB=-0.0154895;REVB=0.0351123;RO=27;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339202;STB=0.511176;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.013855;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:18:20:13:14:18:20:14:14 chr19 30156601 . G C 294.82 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0392221;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9645;QD=19.9875;RBI=0.0791742;REFB=-0.00113417;REVB=0.0687763;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10005;STB=0.555642;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00548187;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:28:31:31:0.525424:13:18:13:15:13:18:13:15 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1371.89 PASS AF=0.879121,0.120879;AO=67,12;DP=95;FAO=80,11;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38,7;FSAR=42,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148419,-0.0148403;FXX=0.0421008;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=130.592,103.42;QD=60.3027;RBI=0.0148685,0.0179813;REFB=0,0;REVB=-0.000888837,0.0101535;RO=0;SAF=31,8;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00664642,0.0357262;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.879121,0.120879:67,12:95:80,11:91:0:38,7:42,4:0:0:51:0:31,8:36,4:0:0 chr19 31038995 . T C 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0128514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.966;QD=21.6129;RBI=0.0304479;REFB=-0.0122787;REVB=-0.0276028;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189612;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0129537;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:11:12:12:12:11:12 chr19 31039146 . A G 276.14 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0110722;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.975;QD=15.5572;RBI=0.0235505;REFB=-0.022261;REVB=0.0207854;RO=40;SAF=8;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139635;STB=0.579354;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0221857;OID=.;OPOS=31039146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:23:8:15:25:23:8:15:25 chr19 31768416 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00716845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.713;QD=24.493;RBI=0.0118343;REFB=-0.014398;REVB=-0.0094162;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180555;STB=0.599911;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0113724;OID=.;OPOS=31768416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:3:12:12:9:3:12 chr19 31770009 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.22;QD=58.7817;RBI=0.0561131;REFB=0;REVB=0.0534625;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113631;OID=.;OPOS=31770009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:20:45:0:0:20:45:0:0 chr19 32083696 . T C 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.763;QD=58.6494;RBI=0.0154469;REFB=-0.0220672;REVB=0.00785532;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=3.02103e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:48:56:0:0:48:56:1:0 chr19 32873697 . CA C,CG 612.51 PASS AF=0.121951,0.878049;AO=5,36;DP=41;FAO=5,36;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411522,0.00790662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.17,284.291;QD=59.7573;RBI=0.029376,0.0301034;REFB=0,0;REVB=0.0290863,0.0290465;RO=0;SAF=4,5;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00679694,-0.000820662;OID=.,.;OPOS=32873698,32873698;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.121951,0.878049:5,36:41:5,36:41:0:4,5:1,31:0:0:24:0:4,5:1,31:0:0 chr19 32930069 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0193378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9891;QD=24.3828;RBI=0.0228724;REFB=-0.0183451;REVB=-0.0122146;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157104;STB=0.586856;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.015314;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:16:5:11:15:16:5 chr19 32973077 . C T 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.000205534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.304;QD=14.3921;RBI=0.0127693;REFB=0.00417042;REVB=0.0127677;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162699;STB=0.591788;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00576397;OID=.;OPOS=32973077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:20:16:16:38:20:16:16:38 chr19 33099277 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0245462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5352;QD=8.40197;RBI=0.027532;REFB=0.0040095;REVB=0.0124697;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168149;STB=0.604412;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0209967;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:11:10:3:6:11:10 chr19 33099305 . T C 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0255624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.977;QD=6.20606;RBI=0.0285201;REFB=-0.0124469;REVB=0.0126476;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666862;STB=0.542762;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0188212;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:15:15:4:5:15:15 chr19 33099336 . A G 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00654391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.743;QD=5.54307;RBI=0.0684384;REFB=0.000194547;REVB=-0.0681249;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674498;STB=0.543943;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00178529;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:17:17:4:5:17:17 chr19 33106621 . C T 204.49 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0157511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.843;QD=22.7212;RBI=0.0157511;REFB=-0.00595444;REVB=-2.2714e-05;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445968;STB=0.74975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00393446;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:13:3:15:5:13:3 chr19 33117666 . T C 259.78 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=60;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000312308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.775;QD=16.7603;RBI=0.00856592;REFB=-0.0154602;REVB=-0.00856023;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335026;STB=0.640352;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0179823;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:33:27:29:0.467742:19:8:20:11:19:10:20:13 chr19 33140652 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0177008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.577;QD=12.2127;RBI=0.0213909;REFB=-0.00725475;REVB=-0.0120105;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30826;STB=0.680587;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0164049;OID=.;OPOS=33140652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:7:15:5:8:7:15 chr19 33167208 . C G 489.51 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0120196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.948;QD=15.5399;RBI=0.0124595;REFB=-0.0201123;REVB=-0.00328126;RO=72;SAF=19;SAR=35;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103078;STB=0.505778;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.023303;OID=.;OPOS=33167208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:35:19:26:46:35:19:26:46 chr19 33168322 . G A 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00704614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.931;QD=11.8835;RBI=0.0191098;REFB=-0.00660163;REVB=-0.0177633;RO=47;SAF=5;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231099;STB=0.635376;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0117261;OID=.;OPOS=33168322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:22:5:16:31:22:5:16:31 chr19 33168412 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0190563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.102;QD=9.99288;RBI=0.035375;REFB=-0.00919201;REVB=-0.0298034;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607851;STB=0.535939;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0229902;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:11:25:11:6:11:25 chr19 33239450 . C G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.036;QD=60.2308;RBI=0.0197679;REFB=0;REVB=0.00444049;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37146e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr19 33281924 . A G 1780.76 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0117694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9257;QD=58.3855;RBI=0.0258947;REFB=-0.00626781;REVB=0.0230655;RO=3;SAF=66;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021098;STB=0.511109;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000330725;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:122:122:3:3:119:119:0.97541:53:66:3:0:53:66:3:0 chr19 33333155 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00272383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.786;QD=23.8999;RBI=0.0128892;REFB=-0.00593047;REVB=0.0125981;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900473;STB=0.549964;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00440925;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:7:16:16:11:7:16 chr19 33353041 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0120958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.419;QD=9.49166;RBI=0.0176359;REFB=0.00125047;REVB=-0.0128343;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.644856;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00264588;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:6:12:4:5:6:12 chr19 33353061 . G T 63.3 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0223891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.611;QD=8.43937;RBI=0.0411023;REFB=-0.04429;REVB=-0.0344693;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403765;STB=0.651856;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0772572;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:17:21:9:9:0.3:4:5:3:14:4:5:7:14 chr19 33353464 . G A 262.86 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0709125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1478;QD=12.6681;RBI=0.0709125;REFB=-0.00673837;REVB=-8.18921e-06;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324224;STB=0.684572;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0157437;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:12:19:16:36:12:19:16:36 chr19 33353854 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00853756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.519;QD=16.2717;RBI=0.0204592;REFB=-0.00322808;REVB=-0.0185927;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0047371;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:9:9:9:6:9:9 chr19 33355055 . A G 194.26 PASS AF=0.558824;AO=14;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00238823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.192;QD=22.8538;RBI=0.0648973;REFB=-0.0199988;REVB=0.0648533;RO=11;SAF=13;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239205;STB=0.541622;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0116062;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:11:15:14:19:0.558824:1:13:9:2:6:13:9:6 chr19 33355081 . G A 268.9 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0173696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.959;QD=22.4081;RBI=0.0215563;REFB=-0.0335247;REVB=0.012766;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835506;STB=0.559392;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0340266;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:9:16:12:10:9:16:12:11 chr19 33390796 . G A 1525.41 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3077;QD=59.2393;RBI=0.0504002;REFB=0;REVB=-0.0456265;RO=0;SAF=26;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2814e-05;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:74:26:0:0:74:29:0:0 chr19 33414420 . A G 258.56 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=50;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0484342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.947;QD=19.8896;RBI=0.048807;REFB=-0.0119421;REVB=0.00602082;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0138997;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:25:25:25:27:0.519231:15:10:10:15:15:12:10:15 chr19 33430816 . T G 582.51 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00589019;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6165;QD=17.0075;RBI=0.00609951;REFB=-0.0298671;REVB=-0.0015842;RO=74;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434863;STB=0.532007;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0226193;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:74:76:61:61:0.445255:34:27:36:38:34:27:38:38 chr19 33439187 . G A 107.43 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0281081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.221;QD=13.0215;RBI=0.0335106;REFB=-0.0134377;REVB=0.0182453;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295423;STB=0.670994;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0206677;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:5:15:6:7:5:15 chr19 33444519 . A G 183.68 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.000319739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.846;QD=8.07399;RBI=0.0504322;REFB=0.00716554;REVB=0.0504312;RO=65;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220659;STB=0.636257;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00739504;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:66:25:25:0.274725:10:15:27:38:10:15:27:39 chr19 33444556 . T C 501.06 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.00233538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.264;QD=19.4587;RBI=0.041559;REFB=0.00184815;REVB=-0.0414933;RO=50;SAF=32;SAR=20;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3244;STB=0.682015;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0026029;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:50:51:52:52:0.504854:20:32:12:38:20:32:12:39 chr19 33444576 . C T 442.89 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.000187486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.401;QD=16.2527;RBI=0.00626715;REFB=-0.02168;REVB=0.00626434;RO=59;SAF=30;SAR=19;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309569;STB=0.675558;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0149125;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:19:30:17:42:19:30:17:43 chr19 33444588 . T G 320.65 PASS AF=0.375;AO=38;DP=105;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.00241417;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.933;QD=12.3326;RBI=0.00772925;REFB=-0.0033218;REVB=-0.00734255;RO=59;SAF=27;SAR=11;SRF=15;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465924;STB=0.762315;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0124613;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:65:38:39:0.375:11:27:15:44:11:28:18:47 chr19 33467515 . T C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0132016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1915;QD=18.9977;RBI=0.014739;REFB=-0.00634683;REVB=-0.00655413;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653343;STB=0.542226;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00526834;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:30:30:31:0.508197:10:20:18:12:10:21:18:12 chr19 33487071 . G C 168.61 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0333188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.56;QD=16.0584;RBI=0.0430878;REFB=-0.0402376;REVB=0.0273207;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191355;STB=0.599886;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0289981;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:12:6:12:11:12:6:12:12 chr19 33487111 . C T 53.34 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0035783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.876;QD=7.62046;RBI=0.00654413;REFB=-0.0360459;REVB=-0.00547918;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144365;STB=0.590679;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0546791;OID=.;OPOS=33487111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:10:10:5:3:10:10 chr19 33490500 . C T 51.02 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0300602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.955;QD=1.87214;RBI=0.0378344;REFB=-0.000426214;REVB=-0.0229744;RO=97;SAF=3;SAR=9;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280005;STB=0.70978;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00539053;OID=.;OPOS=33490500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:97:97:12:12:0.110092:9:3:46:51:9:3:46:51 chr19 33490566 . T C 36.99 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.00927059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.626;QD=1.13811;RBI=0.0418198;REFB=-0.00252723;REVB=-0.0407793;RO=118;SAF=3;SAR=8;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201214;STB=0.668336;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0268139;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:130:130:118:119:11:11:0.0846154:8:3:52:66:8:3:53:66 chr19 33490585 . G A 96.96 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.037796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.974;QD=3.25919;RBI=0.0395083;REFB=0.00186793;REVB=0.0115051;RO=100;SAF=6;SAR=13;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177859;STB=0.618918;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0128081;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:119:119:100:100:19:19:0.159664:13:6:45:55:13:6:45:55 chr19 33498978 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0137043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0129;QD=13.7268;RBI=0.0175442;REFB=-0.00629585;REVB=0.010954;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641949;STB=0.544467;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0114969;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:12:13:16:19:12:13:16:20 chr19 33499071 . G A 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.000289907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.426;QD=13.0528;RBI=0.00533701;REFB=-0.00547237;REVB=0.00532913;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024448;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0131383;OID=.;OPOS=33499071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:23:23:0.396552:13:10:14:20:13:10:15:20 chr19 33572089 . G C 308.55 PASS AF=0.52439;AO=35;DP=74;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0467759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8249;QD=15.0514;RBI=0.219429;REFB=-0.108424;REVB=0.214386;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487376;STB=0.53246;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.184046;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:82:38:39:35:43:0.52439:22:13:16:22:26:17:18:21 chr19 33579128 . T C 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0493948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7756;QD=24.8168;RBI=0.0498126;REFB=-0.0131135;REVB=0.00643843;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997102;STB=0.555508;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0120897;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:15:9:9:9:15:9:9:9 chr19 33586739 . G C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.03697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6563;QD=14.9039;RBI=0.0370108;REFB=-0.0078314;REVB=0.00173682;RO=34;SAF=6;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304302;STB=0.674342;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0111239;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:20:6:17:17:20:6:17:17 chr19 33600764 . T C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00198355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.517;QD=12.7371;RBI=0.00837398;REFB=-0.0156488;REVB=-0.00813567;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175895;STB=0.603318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.035951;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:15:13:10:6:15:13 chr19 33602757 . C T 545.27 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0515499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.763;QD=25.6599;RBI=0.0519269;REFB=-0.0190917;REVB=-0.00624596;RO=35;SAF=29;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071919;STB=0.539326;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0123879;OID=.;OPOS=33602757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:21:29:17:18:21:29:17:18 chr19 33605300 . A G 257.49 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.609;QD=49.0457;RBI=0.17278;REFB=0;REVB=-0.00348326;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323434;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:11:9:1:0:11:10:0:0 chr19 33605312 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.031;QD=49.5992;RBI=0.0796307;REFB=0;REVB=-0.079418;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170706;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 33608733 . C A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00350788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.253;QD=18.9665;RBI=0.00845911;REFB=-0.00896298;REVB=-0.00769749;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130141;STB=0.585578;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0104846;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:8:14:12:12:8:14:12:13 chr19 33635761 . C T 279.12 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0176378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.113;QD=16.419;RBI=0.0181399;REFB=-0.00341316;REVB=0.00423827;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377923;STB=0.513299;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00397975;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:31:31:0.455882:16:15:16:20:16:15:17:20 chr19 33638539 . T A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00618796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.02;QD=25.3153;RBI=0.0108146;REFB=-0.00191391;REVB=-0.00886932;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627317;STB=0.534919;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000604917;OID=.;OPOS=33638539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:7:6:11:9:7:6 chr19 33696708 . T C 374.78 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.187;QD=49.97;RBI=0.0231889;REFB=0.0184768;REVB=-0.0170231;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619468;STB=0.53331;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00159997;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:14:14:2:0:14:14:2:0 chr19 33696897 . C T 1025.61 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0759;QD=59.4559;RBI=0.0481392;REFB=0;REVB=0.0133246;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387599;OID=.;OPOS=33696897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:34:35:0:0 chr19 33698291 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.386;QD=61.3362;RBI=0.0151621;REFB=0;REVB=-0.00849551;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92553e-05;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr19 33702245 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9097;QD=60.976;RBI=0.0331003;REFB=0;REVB=0.0312324;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372685;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 33882222 . G A 825.22 PASS AF=0.536424;AO=81;DP=151;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00455269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7976;QD=21.86;RBI=0.030906;REFB=-0.0214443;REVB=-0.0305689;RO=70;SAF=30;SAR=51;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645265;STB=0.535355;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0198455;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:70:70:81:81:0.536424:51:30:31:39:51:30:31:39 chr19 34291382 . C T 1513.91 PASS AF=0.462908;AO=156;DP=337;FAO=156;FDP=337;FR=.;FRO=181;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=71;FSRR=110;FWDB=0.00802993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.259;QD=17.9692;RBI=0.0150223;REFB=-0.0128932;REVB=0.012696;RO=180;SAF=88;SAR=68;SRF=70;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169059;STB=0.591619;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.018887;OID=.;OPOS=34291382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:180:181:156:156:0.462908:68:88:70:110:68:88:71:110 chr19 34584137 . A G 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0125438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.585;QD=31.2775;RBI=0.0161687;REFB=-0.0346333;REVB=0.010202;RO=15;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181556;STB=0.599927;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0159964;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:21:8:8:7:21:8:8:7 chr19 34842488 . T C 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0107138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.556;QD=20.904;RBI=0.0216427;REFB=-0.0067098;REVB=-0.0188048;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089062;STB=0.549331;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00913795;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:24:15:17:18:24:15:17:18 chr19 34959979 . A G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.617;QD=60.2308;RBI=0.0199628;REFB=0;REVB=0.0170619;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54483e-05;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 34972146 . G C 708.44 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1121;QD=62.9728;RBI=0.083852;REFB=0;REVB=0.0610257;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180875;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:31:13:0:1:32:13:0:0 chr19 35170730 . T C 466.34 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00108697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1407;QD=19.8443;RBI=0.0721054;REFB=-0.00730054;REVB=0.0720972;RO=48;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879957;STB=0.54894;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0112368;OID=.;OPOS=35170730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:30:16:21:27:30:16:21:27 chr19 35175592 . G A 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0303644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.962;QD=11.513;RBI=0.0441477;REFB=0.000688413;REVB=-0.0320472;RO=56;SAF=9;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255917;STB=0.648678;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00274769;OID=.;OPOS=35175592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:21:9:29:27:21:9:29:27 chr19 35270362 . G C 1071.13 PASS AF=0.525773;AO=102;DP=194;FAO=102;FDP=194;FR=.;FRO=92;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0225296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.296;QD=22.0851;RBI=0.0357595;REFB=0.00383169;REVB=-0.0277698;RO=92;SAF=60;SAR=42;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776827;STB=0.542532;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00325306;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:92:92:102:102:0.525773:42:60:46:46:42:60:46:46 chr19 35577870 . G A 269.72 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.017777;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2871;QD=16.3469;RBI=0.0247813;REFB=-0.0160159;REVB=-0.0172653;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529582;STB=0.506156;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0223819;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:28:30:0.454545:17:11:16:20:17:13:16:20 chr19 35590180 . T A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.118;QD=57.1062;RBI=0.0406591;REFB=0;REVB=0.0380861;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114944;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr19 35597352 . T C,G 761.47 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=53;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946808,0.00868955;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.384,96.489;QD=56.405;RBI=0.0531601,0.0608094;REFB=0,0;REVB=0.0523101,0.0601853;RO=0;SAF=18,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=8.62909e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00259823,0.0317972;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:54:0:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:33,0:18,2:0:0:34,0:18,2:0:0 chr19 35610245 . A G 151.0 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00296352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.819;QD=15.4872;RBI=0.0160397;REFB=-0.00282114;REVB=0.0157636;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138257;STB=0.590795;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00472615;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:12:4:8:14:13:4:8:14 chr19 35612168 . T A 97.13 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0445224;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.876;QD=11.4267;RBI=0.0447486;REFB=-0.0154279;REVB=0.00449342;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449392;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0201338;OID=.;OPOS=35612168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:34:17:22:12:12:0.352941:8:4:5:12:8:4:10:12 chr19 35614336 . T C 283.6 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0537771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4614;QD=19.9014;RBI=0.0547443;REFB=-0.00835848;REVB=-0.0102447;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562036;STB=0.523061;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0262665;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:27:30:30:0.526316:17:13:13:13:17:13:13:14 chr19 35614534 . A T 172.11 PASS AF=0.384615;AO=11;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.03393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.1264;QD=17.6521;RBI=0.0866546;REFB=-0.013629;REVB=-0.0797357;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139686;STB=0.555485;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0877072;OID=.;OPOS=35614534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:39:39:20:20:11:15:0.384615:4:7:15:5:5:10:15:5 chr19 35616315 . GC AT 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0153099;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.629;QD=14.0966;RBI=0.0178913;REFB=-0.00733663;REVB=-0.00925783;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.578801;STBP=0.532;TYPE=mnp;VARB=0.00975539;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:7:7:4:7:7:7 chr19 35616663 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0216905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.954;QD=18.1184;RBI=0.0223541;REFB=-0.0279066;REVB=0.00540614;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252279;STB=0.645214;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0623065;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:9:11:14:4:9:11 chr19 35616692 . C T 215.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.045707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.091;QD=21.5028;RBI=0.0459194;REFB=0.00471103;REVB=0.00441216;RO=19;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301507;STB=0.671549;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00221732;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:17:4:9:10:17:4:9:10 chr19 35617122 . A G 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0299503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2572;QD=15.158;RBI=0.0387948;REFB=-0.00462851;REVB=-0.024658;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309403;STB=0.517835;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00499158;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:5:17:12:4:5:17 chr19 35617270 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0472945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7848;QD=11.9196;RBI=0.0476324;REFB=-0.040715;REVB=0.00566289;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642184;STB=0.538357;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0459577;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:1:8:6:1:1:8 chr19 35622695 . A G 976.35 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.367;QD=57.4322;RBI=0.042062;REFB=-0.110159;REVB=0.029747;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000311055;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:39:27:0:0:39:28:0:1 chr19 35640586 . G A 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00491075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.84;QD=12.4812;RBI=0.00599487;REFB=0.00189967;REVB=-0.00343845;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225979;STB=0.622422;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00334885;OID=.;OPOS=35640586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:9:3:8:10:9:3:8:11 chr19 35648365 . T G 542.04 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0294148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.949;QD=23.3135;RBI=0.0314719;REFB=-0.0388267;REVB=-0.0111916;RO=42;SAF=23;SAR=27;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135099;STB=0.511465;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0239984;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:42:50:51:0.548387:27:23:20:22:28:23:20:22 chr19 35649281 . A G 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0126195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8676;QD=26.3116;RBI=0.0289195;REFB=-0.0136405;REVB=0.0260208;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138909;STB=0.576849;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00928932;OID=.;OPOS=35649281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:9:11:9:3:9:11:9:3 chr19 35649324 . C G 306.49 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.45;QD=53.302;RBI=0.0267697;REFB=0;REVB=0.00579147;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50185e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr19 35655151 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.895;QD=50.4135;RBI=0.0186899;REFB=0;REVB=0.0172138;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41969e-05;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 35660508 . G A 595.23 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3612;QD=61.0492;RBI=0.0873474;REFB=0;REVB=-0.0118536;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127986;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr19 35741456 . T C 923.42 PASS AF=0.491979;AO=92;DP=188;FAO=92;FDP=187;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.057475;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3805;QD=19.7522;RBI=0.0821473;REFB=0.00242822;REVB=-0.0586925;RO=93;SAF=46;SAR=46;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638935;STB=0.529405;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00348462;OID=.;OPOS=35741456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:93:95:92:92:0.491979:46:46:40:53:46:46:42:53 chr19 35770056 . G A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0208173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.671;QD=21.1201;RBI=0.0273264;REFB=0.00184377;REVB=-0.0177024;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602428;STB=0.533315;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00143349;OID=.;OPOS=35770056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:17:15:20:17:17:15 chr19 35790503 . G A 300.48 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00791592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7929;QD=25.0402;RBI=0.0460061;REFB=-0.012652;REVB=0.0453199;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266066;STB=0.647776;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0121944;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:14:7:18:9:14:7 chr19 35843086 . G A 190.04 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0415832;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5931;QD=28.1543;RBI=0.0620351;REFB=-0.0316143;REVB=0.0460346;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00907595;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:8:9:18:18:0.666667:10:8:4:4:10:8:4:5 chr19 35849883 . C G 470.37 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0734354;FXX=0.0249969;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.794;QD=24.1214;RBI=0.0735129;REFB=-0.0140877;REVB=-0.00337296;RO=24;SAF=14;SAR=30;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154155;STB=0.538445;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00909896;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:24:33:44:44:0.564103:30:14:3:21:30:14:8:25 chr19 35863707 . G A 39.86 PASS AF=0.5;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000502604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.906;QD=13.2854;RBI=0.0281891;REFB=-0.128626;REVB=-0.0281846;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0211063;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:11:12:4:6:6:6:0.5:4:2:0:4:4:2:1:5 chr19 35898859 . T C 990.61 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3129;QD=59.141;RBI=0.0553327;REFB=0;REVB=0.0142085;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412124;OID=.;OPOS=35898859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr19 35899928 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.389;QD=57.2022;RBI=0.0275376;REFB=0;REVB=-0.0167502;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10125e-05;OID=.;OPOS=35899928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr19 35991373 . C T 972.13 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00936894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.743;QD=54.7679;RBI=0.0253243;REFB=-0.116437;REVB=0.0235275;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236208;STB=0.504026;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000773954;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:68:68:0.957746:39:29:0:2:39:29:1:2 chr19 35991442 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.449;QD=57.5451;RBI=0.0625088;REFB=0;REVB=-0.0159132;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168513;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr19 36002381 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.061;QD=53.277;RBI=0.0658091;REFB=0;REVB=-0.00769629;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425673;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 36002393 . C T 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.000697344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.5;QD=15.2892;RBI=0.0243457;REFB=-0.040786;REVB=0.0243358;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467139;STB=0.764255;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0494794;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:9:0:5:4:9:0 chr19 36002710 . C A 837.35 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034395;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.304;QD=57.7486;RBI=0.0484943;REFB=0;REVB=0.034186;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53309e-06;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr19 36004106 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4;QD=60.9744;RBI=0.00919821;REFB=0;REVB=-0.00711662;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015728;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr19 36049548 . C G 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00169517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.868;QD=22.0715;RBI=0.00411677;REFB=-0.0135336;REVB=-0.00375156;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591612;STB=0.510303;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00938288;OID=.;OPOS=36049548;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:20:11:8:15:20:11:8:16 chr19 36066570 . A G 3822.42 PASS AF=0.867925;AO=274;DP=316;FAO=276;FDP=318;FR=.;FRO=42;FSAF=98;FSAR=178;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0074042;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.853;QD=48.0807;RBI=0.0171076;REFB=-0.00347669;REVB=0.0154223;RO=42;SAF=98;SAR=176;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448948;STB=0.52399;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000524737;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:318:42:42:274:276:0.867925:176:98:22:20:178:98:22:20 chr19 36066577 . A G 3755.9 PASS AF=0.871383;AO=271;DP=312;FAO=271;FDP=311;FR=.;FRO=40;FSAF=97;FSAR=174;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00596929;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.243;QD=48.3074;RBI=0.02045;REFB=0.00263479;REVB=0.0195594;RO=40;SAF=97;SAR=174;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501351;STB=0.526466;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00032832;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:40:40:271:271:0.871383:174:97:22:18:174:97:22:18 chr19 36066634 . A G 3124.63 PASS AF=0.903766;AO=216;DP=239;FAO=216;FDP=239;FR=.;FRO=23;FSAF=92;FSAR=124;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0252813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2792;QD=52.295;RBI=0.042438;REFB=-0.0161902;REVB=0.0340857;RO=23;SAF=92;SAR=124;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258946;STB=0.513649;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0031425;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:239:239:23:23:216:216:0.903766:124:92:13:10:124:92:13:10 chr19 36066642 . A G 2655.55 PASS AF=0.892019;AO=190;DP=213;FAO=190;FDP=213;FR=.;FRO=23;FSAF=85;FSAR=105;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0165605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.54;QD=49.8694;RBI=0.0209571;REFB=0.00578269;REVB=0.0128433;RO=23;SAF=85;SAR=105;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421787;STB=0.522256;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00109914;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:213:213:23:23:190:190:0.892019:105:85:15:8:105:85:15:8 chr19 36066645 . A G 2627.23 PASS AF=0.895238;AO=185;DP=207;FAO=188;FDP=210;FR=.;FRO=22;FSAF=87;FSAR=101;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00477752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.455;QD=50.0425;RBI=0.0254323;REFB=-0.0322274;REVB=0.0249796;RO=22;SAF=87;SAR=98;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243474;STB=0.513471;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00512808;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:207:210:22:22:185:188:0.895238:98:87:13:9:101:87:13:9 chr19 36066661 . A G 1953.89 PASS AF=0.843023;AO=142;DP=172;FAO=145;FDP=172;FR=.;FRO=27;FSAF=79;FSAR=66;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00261288;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.515;QD=45.4393;RBI=0.00551661;REFB=0.00219006;REVB=0.00485858;RO=27;SAF=77;SAR=65;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184216;STB=0.510005;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000543893;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:27:27:142:145:0.843023:65:77:13:14:66:79:13:14 chr19 36066667 . A G 1608.8 PASS AF=0.783951;AO=127;DP=162;FAO=127;FDP=162;FR=.;FRO=35;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0245162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.162;QD=39.7235;RBI=0.0254261;REFB=-0.0248318;REVB=0.00674109;RO=35;SAF=77;SAR=50;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859455;STB=0.545765;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00810775;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:35:35:127:127:0.783951:50:77:14:21:50:77:14:21 chr19 36109312 . C A 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000144194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.826;QD=26.0479;RBI=0.0731516;REFB=0.000295095;REVB=0.0731515;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405126;STB=0.731268;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00116006;OID=.;OPOS=36109312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:10:2:4:1:10:2:4:1 chr19 36133528 . T G 314.51 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00300228;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4524;QD=19.6571;RBI=0.0146735;REFB=-0.00339615;REVB=0.0143631;RO=31;SAF=8;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215464;STB=0.620689;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0087908;OID=.;OPOS=36133528;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:31:33:33:0.515625:25:8:14:17:25:8:14:17 chr19 36142187 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.873;QD=53.2772;RBI=0.0309807;REFB=0;REVB=0.0254002;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184923;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 36168914 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3174;QD=40.7629;RBI=0.0348596;REFB=0;REVB=-0.0185379;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301985;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr19 36211359 . A G 184.68 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00993436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6145;QD=18.9419;RBI=0.0252459;REFB=0.00431375;REVB=-0.0232092;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308996;STB=0.677214;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00643028;OID=.;OPOS=36211359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:10:10:15:4:10:10 chr19 36214632 . A AG 1440.56 PASS AF=0.99187;AO=115;DP=131;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.174604;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4831;QD=46.8474;RBI=0.177342;REFB=0.012824;REVB=-0.0310393;RO=9;SAF=52;SAR=63;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143194;STB=0.503597;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.00149689;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.99187:115:131:122:123:1:53:69:0:1:19:9:52:63:5:4 chr19 36214865 . C T 1067.7 PASS AF=0.414894;AO=117;DP=285;FAO=117;FDP=282;FR=.;FRO=165;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=76;FSRR=89;FWDB=0.00307509;FXX=0.0275853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.032;QD=15.1447;RBI=0.0031496;REFB=-0.0150277;REVB=-0.000681019;RO=142;SAF=61;SAR=56;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141974;STB=0.535503;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0139997;OID=.;OPOS=36214865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:282:142:165:117:117:0.414894:56:61:72:70:56:61:76:89 chr19 36224705 . A G 253.08 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.00235174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.951;QD=15.1095;RBI=0.00488938;REFB=-0.0176569;REVB=0.00428665;RO=37;SAF=4;SAR=23;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769748;STB=0.576865;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0186543;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:27:29:0.432836:23:4:7:30:25:4:8:30 chr19 36243089 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.39;QD=57.2372;RBI=0.0455367;REFB=0;REVB=-0.0343016;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000817107;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr19 36243813 . G A 1986.68 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00608155;FXX=0.0151504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.18;QD=61.1286;RBI=0.00708734;REFB=0.0147359;REVB=0.00363937;RO=1;SAF=54;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087192;STB=0.504586;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=4.09754e-05;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:130:130:1:1:129:129:0.992308:75:54:1:0:75:54:1:0 chr19 36255965 . C G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0470502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3777;QD=18.7459;RBI=0.0637627;REFB=-0.0177302;REVB=0.0430344;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00827917;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 622.6 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=32,2;DP=36;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.223835,-0.131955;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.8395,5.50056;QD=59.2949;RBI=0.24715,0.136902;REFB=0,0;REVB=-0.10479,0.0364695;RO=0;SAF=15,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0134989,0.000302694;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97619,0.0238095:32,2:36:41,1:42:0:21,1:20,0:0:0:5:0:15,2:17,0:0:0 chr19 36259415 . G A 516.32 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00644504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.416;QD=22.4485;RBI=0.0557039;REFB=-0.0223014;REVB=0.0553298;RO=42;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655525;STB=0.54141;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0223006;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:49:49:0.532609:26:23:23:19:26:23:24:19 chr19 36268771 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0165192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.382;QD=18.0872;RBI=0.0176901;REFB=-0.0153048;REVB=-0.00632911;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342964;STB=0.52828;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0175377;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:13:13:14:12:13:13:15:12 chr19 36270052 . A G 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0128854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.068;QD=21.2921;RBI=0.0179645;REFB=0.00481554;REVB=-0.0125176;RO=24;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271992;STB=0.644034;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00697634;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:8:17:9:15:8:17:10:15 chr19 36271139 . C T 471.61 PASS AF=0.75;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00363162;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8837;QD=39.3008;RBI=0.0354126;REFB=0.0214769;REVB=0.0352259;RO=13;SAF=24;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00639836;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:48:13:12:36:36:0.75:12:24:9:4:12:24:8:4 chr19 36277637 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.547;QD=15.2583;RBI=0.0139009;REFB=-0.00335738;REVB=0.0139009;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566835;OID=.;OPOS=36277637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chr19 36278470 . C G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00150218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.214;QD=13.6997;RBI=0.0108947;REFB=-0.0215693;REVB=0.0107907;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395261;STB=0.523051;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0270901;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:11:19:12:6:11:19 chr19 36355595 . A G 754.5 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00344557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7306;QD=54.8726;RBI=0.0828778;REFB=-0.115647;REVB=-0.0828061;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00246262;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:1:0:26:28:1:0 chr19 36430465 . A C 183.06 PASS AF=0.263158;AO=7;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0276176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.168;QD=19.2699;RBI=0.0339943;REFB=-0.0194639;REVB=-0.0198211;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523944;STB=0.852634;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0395188;OID=.;OPOS=36430465;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:17:18:7:10:0.263158:1:6:7:10:1:9:8:10 chr19 36430798 . A G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000471054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.38;QD=28.016;RBI=0.0381883;REFB=-0.00498987;REVB=-0.0381854;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122903;STB=0.506771;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00188068;OID=.;OPOS=36430798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:9:11:17:13:9:11 chr19 36435564 . G A 216.93 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00685439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.352;QD=22.8351;RBI=0.069899;REFB=-0.0230641;REVB=0.0695621;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218893;STB=0.622109;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0240081;OID=.;OPOS=36435564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:12:5:12:9:12:5 chr19 36486445 . G C 538.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.264;QD=59.8802;RBI=0.0695373;REFB=0;REVB=0.0270956;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231263;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:12:24:0:0 chr19 36497358 . C G 1136.34 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.298;QD=59.0306;RBI=0.0730098;REFB=-0.0565285;REVB=0.0169829;RO=1;SAF=26;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178459;STB=0.509431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0003212;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:74:76:0.987013:48:26:1:0:50:26:1:0 chr19 36497373 . A G 490.74 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.007955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2488;QD=22.3064;RBI=0.0211056;REFB=-0.0304784;REVB=-0.019549;RO=41;SAF=14;SAR=33;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133603;STB=0.57388;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0138677;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:33:14:18:23:33:14:18:23 chr19 36499173 . C T 205.58 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0621994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.193;QD=21.0848;RBI=0.0661808;REFB=-0.00811085;REVB=0.0226082;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.518779;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0139332;OID=.;OPOS=36499173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:18:20:21:0.538462:12:8:5:11:12:9:7:11 chr19 36530332 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00647209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.85;QD=9.44485;RBI=0.00649943;REFB=-0.0157814;REVB=-0.000595463;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0302847;OID=.;OPOS=36530332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr19 36530343 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0125572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.537;QD=9.44486;RBI=0.027662;REFB=-0.0249269;REVB=-0.0246476;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0506197;OID=.;OPOS=36530343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr19 36530562 . T C 174.23 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00736794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3905;QD=19.9117;RBI=0.0892006;REFB=-0.0118434;REVB=0.0888958;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333473;STB=0.685536;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0171532;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:15:2:9:9:15:2 chr19 36530913 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0192232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.241;QD=27.3082;RBI=0.0204303;REFB=-0.0186984;REVB=0.00691845;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209645;STB=0.61552;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00544695;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:14:6:17:12:14:6 chr19 36590329 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.368;QD=46.848;RBI=0.00488;REFB=0;REVB=-6.89135e-05;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33296e-05;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 36594659 . A T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.304;QD=57.5434;RBI=0.0158256;REFB=0;REVB=0.00544759;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1945e-05;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:43:15:0:0:43:15:0:0 chr19 36595436 . A C 980.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.862;QD=58.514;RBI=0.0380868;REFB=0;REVB=-0.016365;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45561e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:29:36:0:0:31:36:0:0 chr19 36602729 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0467;QD=64.4147;RBI=0.0476629;REFB=0;REVB=0.0264008;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198909;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr19 36603703 . T A 1019.65 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000381863;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.423;QD=59.9793;RBI=0.020916;REFB=0;REVB=0.0209125;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42623e-05;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr19 36604735 . CA C 237.94 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0171712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.534;QD=16.1312;RBI=0.017272;REFB=-0.00537061;REVB=0.00186314;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131016;STB=0.573591;STBP=0.337;TYPE=del;VARB=0.00604812;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:27:59:27:59:32:15:12:22:10:99:32:15:12:22:10 chr19 36642884 . T C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00608714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.37;QD=55.5196;RBI=0.00692805;REFB=-0.0224802;REVB=-0.00330827;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000664443;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:1:0:21:12:1:0 chr19 36674305 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0482012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.788;QD=11.8137;RBI=0.0525422;REFB=-0.00575906;REVB=-0.0209123;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0122546;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:8:15:7:6:8:15 chr19 36674533 . C A 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0268342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.84;QD=18.0344;RBI=0.0270191;REFB=-0.0125046;REVB=-0.00315504;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131765;STB=0.550974;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.015588;OID=.;OPOS=36674533;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:27:22:22:0.44898:11:11:9:16:11:11:11:16 chr19 36727365 . G A 739.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.043;QD=62.9637;RBI=0.0149586;REFB=0;REVB=0.00303472;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182993;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:1:0:45:47:1:27:18:1:0:27:20:0:0 chr19 36729041 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0225802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.409;QD=8.81104;RBI=0.0382077;REFB=0.00528655;REVB=-0.0308214;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0167456;OID=.;OPOS=36729041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chr19 37117302 . A G 337.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.784;QD=53.9634;RBI=0.0453062;REFB=0;REVB=0.00109256;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732006;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr19 37210805 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.968;QD=57.202;RBI=0.038255;REFB=0;REVB=0.036226;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397103;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr19 37369525 . CTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTG,CTTTTTTTTGTA,CTTTTTTTTTG 293.78 PASS AF=0.0454545,0.0757576,0.818182;AO=10,5,27;DP=69;FAO=3,5,54;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=2,4,40;FSAR=1,1,14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.181278,0.0425355,0.320801;FXX=0.043472;HRUN=10,10,10;LEN=2,3,1;MLLD=10.8508,201.088,6.99141;QD=17.8051;RBI=0.196715,0.0454432,0.34401;REFB=-0.0232343,-0.0140072,-0.0296594;REVB=-0.0763873,-0.0159944,-0.124216;RO=20;SAF=4,4,21;SAR=6,1,6;SRF=19;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.582008,-0.394552,-0.220413;STB=0.748908,0.666163,0.523801;STBP=0.766,0.725,0.322;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0161062,0.0231975,0.0199527;OID=.,.,.;OPOS=37369526,37369534,37369526;OREF=TT,TTG,T;OALT=-,GTA,-;OMAPALT=CTTTTTTTTG,CTTTTTTTTGTA,CTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0454545,0.0757576,0.818182:10,5,27:69:3,5,54:66:4:2,4,40:1,1,14:4:0:24:20:4,4,21:6,1,6:19:1 chr19 37690420 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.099;QD=52.6131;RBI=0.0487508;REFB=0;REVB=0.0478322;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151095;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 37758904 . T C 39.38 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0109823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9543;QD=1.9212;RBI=0.046422;REFB=-0.00544229;REVB=-0.0451043;RO=71;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398294;STB=0.78547;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.082784;OID=.;OPOS=37758904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:82:71:73:9:9:0.109756:7:2:40:31:7:2:40:33 chr19 37854580 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.021211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.057;QD=16.8983;RBI=0.0246018;REFB=0.00049702;REVB=-0.0124636;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128055;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00401211;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:4:5:4:6:4:5 chr19 37879264 . G A 251.4 PASS AF=0.510638;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00405191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.125;QD=21.3955;RBI=0.00548605;REFB=-0.0200955;REVB=-0.00369848;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985473;STB=0.553148;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0204303;OID=.;OPOS=37879264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:23:22:24:0.510638:11:11:9:14:12:12:9:14 chr19 38030265 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.278;QD=57.5453;RBI=0.0139803;REFB=0;REVB=-0.013665;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68446e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr19 38033251 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00941611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4229;QD=8.73771;RBI=0.0326433;REFB=-0.00742529;REVB=-0.0312558;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169421;STB=0.60296;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0114947;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:6:14:5:4:6:14 chr19 38034016 . TTA T,TAA 46.01 PASS AF=0.264706,0;AO=11,9;DP=51;FAO=9,0;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.148843,-0.0902091;FXX=0.105235;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.7288,17.211;QD=5.41239;RBI=0.216813,0.117212;REFB=-0.0703318,-0.027675;REVB=-0.15765,0.0748391;RO=25;SAF=3,5;SAR=8,4;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.048462,0.366592;STB=0.618816,0.5;STBP=0.488,1;TYPE=del,snp;VARB=0.145002,0;OID=.,.;OPOS=38034017,38034017;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706,0:11,9:51:9,0:34:25:3,0:6,0:5:20:46:25:3,5:8,4:6:19 chr19 38046946 . C A 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00321195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5537;QD=21.3748;RBI=0.0162369;REFB=-0.00094648;REVB=0.015916;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056904;STB=0.531972;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00136838;OID=.;OPOS=38046946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:12:10:9:14:12:10 chr19 38046967 . G A 278.63 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00987563;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.826;QD=18.5754;RBI=0.0111611;REFB=-0.0140113;REVB=0.00520029;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629163;STB=0.535187;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0183044;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:11:19:17:13:11:19:17:13 chr19 38055612 . A T 395.62 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0138563;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.348;QD=17.39;RBI=0.0141105;REFB=-0.00424617;REVB=0.00266583;RO=50;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903122;STB=0.550537;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00525756;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:50:41:41:0.450549:20:21:21:29:20:21:21:29 chr19 38056574 . T A 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0103465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0823;QD=17.7907;RBI=0.049026;REFB=-0.00516646;REVB=-0.0479218;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356932;STB=0.519987;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00400342;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:19:12:14:19:19:12:14:19 chr19 38091932 . A T 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0224734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.312;QD=25.814;RBI=0.032584;REFB=0.00610424;REVB=-0.0235938;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172109;STB=0.595745;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00343699;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:10:10:8:19:10:10 chr19 38161070 . A T 317.15 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00336964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.785;QD=25.8896;RBI=0.00359825;REFB=-0.0108137;REVB=-0.00126212;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110809;STB=0.56136;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00307772;OID=.;OPOS=38161070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:12:9:16:12:12:9 chr19 38189440 . T C 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0103063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.621;QD=26.5504;RBI=0.0136987;REFB=-0.0133305;REVB=0.00902417;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113641;STB=0.506231;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00755841;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:8:11:18:14:8:11 chr19 38189616 . T C 238.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00364192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.098;QD=18.7209;RBI=0.00366986;REFB=-0.0213977;REVB=0.000451966;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0163704;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:25:25:0.490196:13:12:12:13:13:12:12:14 chr19 38202515 . GA AC,GC 270.72 PASS AF=0.521739,0.434783;AO=12,10;DP=23;FAO=12,10;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2,5;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0935378,-0.0305746;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=59.662,112.688;QD=47.0813;RBI=0.0963349,0.101338;REFB=-0.0385889,0.0249352;REVB=0.0230453,0.0966157;RO=1;SAF=2,5;SAR=10,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0430526,0.0811734;STB=0.523771,0.545364;STBP=0.669,0.509;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00575628,0.00337561;OID=.,.;OPOS=38202515,38202516;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:79:23:23:1:1:12,10:12,10:0.521739,0.434783:10,5:2,5:0:1:10,5:2,5:0:1 chr19 38314767 . A G 211.84 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00288145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.973;QD=16.6146;RBI=0.00882097;REFB=0.00244623;REVB=0.00833707;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107247;STB=0.560922;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00301965;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:14:14:9:14:14:14 chr19 38315089 . G A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00576066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.47;QD=20.6401;RBI=0.0104325;REFB=-0.0240029;REVB=-0.00869786;RO=32;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501305;STB=0.527762;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0163278;OID=.;OPOS=38315089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:19:17:17:15:19:17:17:15 chr19 38375666 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00133915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.851;QD=24.293;RBI=0.0139757;REFB=-0.0374987;REVB=0.0139114;RO=13;SAF=17;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859249;STB=0.548332;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0299113;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:2:17:11:2:2:17:11:2 chr19 38376485 . T A 801.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.909;QD=57.2253;RBI=0.0109848;REFB=0;REVB=-0.0103029;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58335e-05;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr19 38377564 . T C 646.18 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0317683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4636;QD=48.7686;RBI=0.0317917;REFB=-0.136025;REVB=0.00121998;RO=5;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140352;STB=0.502317;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0101325;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:53:53:5:4:48:49:0.924528:25:23:2:3:26:23:2:2 chr19 38377773 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0752697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3101;QD=17.1;RBI=0.101812;REFB=-0.0165277;REVB=-0.0685583;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34729;STB=0.69971;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0174019;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:5:10:4:10:5:10 chr19 38378107 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0187395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9956;QD=16.1724;RBI=0.0373361;REFB=-0.0196178;REVB=-0.0322926;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0220815;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:12:8:10:6:12:8 chr19 38378539 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.462;QD=57.1768;RBI=0.019627;REFB=0;REVB=-0.0127669;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74142e-06;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 38379446 . C T 509.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.671;QD=58.2078;RBI=0.0247696;REFB=0;REVB=0.0127381;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52291e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr19 38382328 . C T 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1349;QD=59.9237;RBI=0.0315483;REFB=0;REVB=-0.0137155;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186393;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr19 38384421 . C G 145.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1645;QD=44.6745;RBI=0.0259679;REFB=0;REVB=-0.0135719;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483198;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 38706989 . G A 263.12 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00670263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.911;QD=47.8391;RBI=0.0141096;REFB=-0.176613;REVB=0.0124159;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00197335;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr19 38709568 . C T 361.15 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5691;QD=53.5033;RBI=0.0400586;REFB=0;REVB=-0.0197323;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566857;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr19 38794895 . T C 1712.94 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.43;QD=60.6352;RBI=0.0360529;REFB=0;REVB=-0.0324283;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95955e-05;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:61:52:0:0:61:52:0:0 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 253.65 PASS AF=0.568182;AO=22;DP=56;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00607776;FXX=0.214247;HRUN=2;LEN=15;MLLD=299.456;QD=23.0592;RBI=0.006642;REFB=-0.016343;REVB=0.00267901;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179427;STB=0.578887;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=0.0137304;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568182:22:56:25:44:19:11:14:5:14:99:27:11:11:13:14 chr19 38798086 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0124202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.914;QD=15.2589;RBI=0.0177502;REFB=0.016953;REVB=-0.012681;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304739;STB=0.681283;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0225851;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:2:4:2:5:2:4 chr19 38800176 . G A 337.39 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0100637;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.433;QD=19.8466;RBI=0.0354092;REFB=-0.0258867;REVB=0.033949;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130955;STB=0.572911;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0190502;OID=.;OPOS=38800176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:23:12:16:17:23:12:16:17 chr19 38817313 . A AC 56.29 PASS AF=0.212121;AO=17;DP=80;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0491247;FXX=0.0294074;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.3367;QD=3.41165;RBI=0.0505256;REFB=-0.0317642;REVB=-0.0118149;RO=63;SAF=1;SAR=16;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.676293;STB=0.919461;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.118022;OID=.;OPOS=38817314;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:17:80:14:66:52:1:13:30:22:56:63:1:16:36:27 chr19 38847431 . T C 325.18 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0287839;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.55;QD=17.1146;RBI=0.0289601;REFB=-0.00672638;REVB=0.0031897;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809992;STB=0.548611;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00909469;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:41:34:35:0.460526:20:14:14:28:20:15:14:27 chr19 38852453 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0445324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.482;QD=19.9926;RBI=0.0497196;REFB=-0.028266;REVB=0.0221112;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1473;STB=0.583256;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0189559;OID=.;OPOS=38852453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:12:11:14:8:12:11 chr19 38855745 . GC G,GG 69.37 PASS AF=0.314286,0.0571429;AO=8,2;DP=31;FAO=11,2;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10,1;FSAR=1,1;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.188238,0.00649222;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.5612,24.4987;QD=7.92822;RBI=0.238973,0.0532604;REFB=-0.0611296,-0.0575945;REVB=-0.147222,-0.0528633;RO=19;SAF=7,1;SAR=1,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.436937,0;SSSB=0.428491,-0.0776352;STB=0.832593,0.541256;STBP=0.024,0.883;TYPE=del,snp;VARB=0.0340369,-0.0105998;OID=.,.;OPOS=38855746,38855746;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286,0.0571429:8,2:31:11,2:35:22:10,1:1,1:12:10:56:19:7,1:1,1:11:8 chr19 38861333 . G A 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0274415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.104;QD=14.9478;RBI=0.0339269;REFB=-0.0279325;REVB=0.0199499;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377508;STB=0.513408;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0395065;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:17:14:17:24:17:14:18:24 chr19 38876352 . G A 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0221156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.228;QD=17.9914;RBI=0.0226118;REFB=-0.0239291;REVB=-0.00471101;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450249;STB=0.525188;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0195061;OID=.;OPOS=38876352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:13:17:15:14:13:17 chr19 38893856 . G C 188.54 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00634216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.712;QD=14.2292;RBI=0.0089877;REFB=-0.0102085;REVB=0.00636834;RO=31;SAF=4;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39867;STB=0.731473;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0182996;OID=.;OPOS=38893856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:18:4:16:15:18:4:16:15 chr19 38905683 . A G 569.22 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00664689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7405;QD=21.6846;RBI=0.0216034;REFB=-0.0307619;REVB=-0.0205555;RO=48;SAF=20;SAR=37;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181562;STB=0.599826;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0165887;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:37:20:27:21:37:20:27:21 chr19 38912764 . A G 797.42 PASS AF=1;AO=35;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1844;QD=55.9595;RBI=0.0340779;REFB=0;REVB=0.00490867;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119712;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:35:57:1:16:19:0:0:34:23:0:0 chr19 38912765 . T G 165.7 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0408915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.642;QD=11.4278;RBI=0.0496666;REFB=-0.0693376;REVB=0.0281897;RO=37;SAF=4;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400685;STB=0.736099;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0132358;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:17:4:19:18:17:4:19:18 chr19 38935280 . A G 616.13 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00518693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0771;QD=22.203;RBI=0.0144666;REFB=-0.0148443;REVB=-0.0135047;RO=50;SAF=37;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122465;STB=0.567155;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0150589;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:24:37:23:27:24:37:23:27 chr19 38939408 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.89;QD=63.2867;RBI=0.0611021;REFB=0;REVB=0.0584924;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248799;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 38949904 . C T 200.78 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0522779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.702;QD=20.5929;RBI=0.0566623;REFB=-0.0119011;REVB=0.0218551;RO=19;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449718;STB=0.755283;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0105463;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:16:4:13:6:16:4:13:6 chr19 38956803 . G A 1077.87 PASS AF=0.495455;AO=106;DP=218;FAO=109;FDP=220;FR=.;FRO=111;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.00547214;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.47;QD=19.5977;RBI=0.0475952;REFB=-0.016245;REVB=0.0472796;RO=112;SAF=47;SAR=59;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364468;STB=0.518758;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0159378;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:112:111:106:109:0.495455:59:47:54:58:60:49:54:57 chr19 38956839 . C T 903.58 PASS AF=0.505618;AO=90;DP=178;FAO=90;FDP=178;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00264617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2687;QD=20.3051;RBI=0.0247962;REFB=0.00532559;REVB=0.0246546;RO=88;SAF=39;SAR=51;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297003;STB=0.516321;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0039859;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:88:88:90:90:0.505618:51:39:41:47:51:39:41:47 chr19 38959680 . C T 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00908611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.103;QD=28.048;RBI=0.0248788;REFB=-0.0419068;REVB=0.0231603;RO=16;SAF=5;SAR=21;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792044;STB=0.543447;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0286946;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:21:5:2:14:21:5:2:14 chr19 38991516 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00237374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.614;QD=24.293;RBI=0.00302957;REFB=-0.0378723;REVB=0.00188246;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860085;STB=0.547896;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0295679;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:4:9:11:8:4:9 chr19 38991543 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00832681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.277;QD=20.7383;RBI=0.0086336;REFB=-0.0188495;REVB=0.00228107;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586403;STB=0.503308;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0124447;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:7:9:10:8:7:9 chr19 38993547 . C T 543.85 PASS AF=0.387879;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0201205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.199;QD=13.1842;RBI=0.0205976;REFB=-0.00498819;REVB=0.00440742;RO=101;SAF=38;SAR=26;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129327;STB=0.573097;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0108121;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:101:101:64:64:0.387879:26:38:48:53:26:38:48:53 chr19 38994910 . G A 161.82 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00811987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.296;QD=16.1821;RBI=0.0127201;REFB=-0.0215455;REVB=-0.00979123;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270738;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0258523;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:10:7:9:13:11:7:9:13 chr19 38995438 . T C 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0186507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.471;QD=9.41608;RBI=0.0212067;REFB=-0.0193256;REVB=-0.0100933;RO=53;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119867;STB=0.571365;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0344962;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:19:5:15:38:19:5:15:38 chr19 38995510 . T C 191.37 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0167212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.243;QD=15.6221;RBI=0.0211886;REFB=-0.0177695;REVB=-0.0130137;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533689;STB=0.530774;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0429188;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:14:6:10:19:14:6:10:19 chr19 38995975 . G A 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0187377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.695;QD=8.11429;RBI=0.0231522;REFB=-0.00604419;REVB=0.0135987;RO=38;SAF=3;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466141;STB=0.785306;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0172079;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:11:3:23:15:11:3:23:15 chr19 38996990 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0363092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.762;QD=17.1566;RBI=0.0363107;REFB=0.000266268;REVB=-0.000330263;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979281;STB=0.529378;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.000214777;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:12:5:4:15:12:5:5:15 chr19 39002725 . A G 429.3 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.000838108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.643;QD=19.738;RBI=0.00404168;REFB=-0.00674969;REVB=-0.00395383;RO=44;SAF=16;SAR=27;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013845;STB=0.507689;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00725846;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:27:16:17:27:27:16:17:27 chr19 39010053 . C T 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0261193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.257;QD=16.0051;RBI=0.0275381;REFB=-0.0197964;REVB=0.00872524;RO=45;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303259;STB=0.669811;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0133064;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:14:21:13:32:14:21:13:32 chr19 39086604 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0704878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.71;QD=14.0966;RBI=0.132781;REFB=-0.00183053;REVB=-0.112527;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228385;STB=0.636086;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00880302;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:9:5:2:9:9:5 chr19 39100594 . G A 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00334995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.9;QD=24.9348;RBI=0.0127118;REFB=-0.025469;REVB=-0.0122625;RO=24;SAF=13;SAR=24;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184928;STB=0.510139;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0150487;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:24:13:9:15:24:13:9:15 chr19 39101870 . T C 473.88 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3584;QD=57.4403;RBI=0.0630547;REFB=0;REVB=0.0253525;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178418;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:25:6:0:0:26:7:0:0 chr19 39101879 . G A 210.39 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0445569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.1;QD=26.2992;RBI=0.0465535;REFB=-0.0156099;REVB=0.0134877;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148184;STB=0.543437;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0124024;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:11:12:20:20:0.625:15:5:1:10:15:5:2:10 chr19 39109975 . C T 441.76 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0196674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5369;QD=19.8544;RBI=0.0199898;REFB=-0.0217189;REVB=0.00357541;RO=44;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411623;STB=0.52795;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0229478;OID=.;OPOS=39109975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:45:44:44:0.494382:21:23:25:19:21:23:26:19 chr19 39116734 . G T 302.95 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0083479;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.514;QD=31.0714;RBI=0.00945682;REFB=-0.0107949;REVB=-0.00444342;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142421;STB=0.578252;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00322907;OID=.;OPOS=39116734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:13:13:26:26:0.666667:10:16:5:8:10:16:5:8 chr19 39196745 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.012333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.477;QD=10.1573;RBI=0.017963;REFB=0.00709185;REVB=-0.01306;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276772;STB=0.668936;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0252818;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:13:18:11:3:13:18 chr19 39212400 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0181527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.692;QD=18.0869;RBI=0.0208493;REFB=-0.0181956;REVB=-0.0102553;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.591456;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.018954;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:13:14:9:17:13:14 chr19 39224413 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.881;QD=55.656;RBI=0.0571077;REFB=0;REVB=-0.0566519;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353362;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:21:6:0:0 chr19 39233146 . A G 1572.39 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7653;QD=59.9005;RBI=0.0711961;REFB=0;REVB=0.0651113;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032162;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:68:36:0:0:68:37:0:0 chr19 39279824 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.916;QD=33.4285;RBI=0.0104787;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120493;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 39294466 . C A 449.09 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0168168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3556;QD=21.3851;RBI=0.0354277;REFB=0.000739969;REVB=-0.031182;RO=38;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356206;STB=0.529399;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0015584;OID=.;OPOS=39294466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:38:40:44:44:0.52381:26:18:14:24:26:18:14:26 chr19 39306529 . C T 325.79 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00824652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.157;QD=17.3753;RBI=0.0118025;REFB=-0.0226483;REVB=0.00844359;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174895;OID=.;OPOS=39306529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:34:35:0.466667:20:14:16:24:21:14:16:24 chr19 39308190 . C T 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0186144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.461;QD=9.4674;RBI=0.0245493;REFB=-0.00754489;REVB=0.0160054;RO=50;SAF=8;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268742;STB=0.658226;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0176176;OID=.;OPOS=39308190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:15:8:29:21:15:8:29:21 chr19 39322087 . T G 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0135835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.906;QD=19.1823;RBI=0.0143426;REFB=-0.0143819;REVB=-0.00460411;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439947;STB=0.512814;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0137212;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:43:41:41:0.488095:22:19:21:20:22:19:21:22 chr19 39364584 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00160692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7284;QD=11.4257;RBI=0.0296367;REFB=0.00191926;REVB=-0.0295932;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281721;STB=0.516392;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00395479;OID=.;OPOS=39364584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:22:15:8:13:22:15 chr19 39589189 . C T 1187.14 PASS AF=0.524887;AO=116;DP=222;FAO=116;FDP=221;FR=.;FRO=105;FSAF=75;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.0210626;FXX=0.0045043;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.03;QD=21.4867;RBI=0.0263477;REFB=-0.025383;REVB=-0.0158294;RO=104;SAF=75;SAR=41;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197709;STB=0.610564;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0215169;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:104:105:116:116:0.524887:41:75:44:60:41:75:44:61 chr19 39590955 . G A 126.93 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00458547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.195;QD=19.5273;RBI=0.0077944;REFB=-0.0543513;REVB=-0.00630287;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0395473;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:8:4:6:8:8:4 chr19 39592099 . T C 210.94 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0491366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3109;QD=16.5439;RBI=0.0573748;REFB=-0.00122003;REVB=-0.0296219;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452431;STB=0.746409;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000993137;OID=.;OPOS=39592099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:28:23:23:0.45098:17:6:19:6:17:6:20:8 chr19 39592138 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0200528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.875;QD=15.2559;RBI=0.0298816;REFB=0.0021077;REVB=0.0221539;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377519;STB=0.718524;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00217408;OID=.;OPOS=39592138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:15:5:18:12:15:5:18:12 chr19 39688901 . G T 192.3 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0130901;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.117;QD=21.9766;RBI=0.0147953;REFB=-0.0361717;REVB=0.00689562;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165088;STB=0.592717;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0211449;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:10:6:11:8:10:6 chr19 39891161 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.561;QD=62.0078;RBI=0.0495052;REFB=0;REVB=0.049493;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111809;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr19 39891219 . C T 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433671;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.003;QD=60.8813;RBI=0.00434401;REFB=0;REVB=-0.000251666;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0864e-06;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr19 39913634 . G A 86.07 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0841943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.967;QD=12.2955;RBI=0.0855645;REFB=-0.00994265;REVB=0.015251;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452116;STB=0.770897;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.031029;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:10:7:9:2:10:7 chr19 39914748 . G A 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000902157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.76;QD=28.7636;RBI=0.00424084;REFB=-0.0133073;REVB=0.00414378;RO=9;SAF=3;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165455;STB=0.592484;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00627216;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:16:3:3:6:16:3:3:6 chr19 39915637 . G A 33.08 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0340775;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.767;QD=13.2324;RBI=0.034796;REFB=-0.0537673;REVB=0.00703455;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0379493;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:6:5:5:5:0.5:1:4:4:2:1:4:3:2 chr19 39915758 . C G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0374738;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.051;QD=15.2625;RBI=0.0375615;REFB=-0.0110151;REVB=0.00256535;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141401;STB=0.581278;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0129526;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:4:12:8:5:4:12 chr19 39916110 . GGGA G 182.57 PASS AF=0.5;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000895995;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=3;MLLD=209.214;QD=14.0434;RBI=0.00204226;REFB=0.0117589;REVB=-0.00183522;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0.0876366;STB=0.557648;STBP=0.445;TYPE=del;VARB=-0.0133582;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:51:26:52:26:13:13:10:16:99:25:13:13:10:15 chr19 39926509 . A C 165.21 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0397618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.352;QD=14.6856;RBI=0.0503754;REFB=-0.0315694;REVB=-0.0309302;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20743;STB=0.605958;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0606367;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:12:5:4:23:13:5:4:23 chr19 39926521 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0409417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.244;QD=16.9411;RBI=0.0445958;REFB=-0.0166996;REVB=-0.0176793;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131302;STB=0.574253;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0255605;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:4:20:14:5:4:20 chr19 39932023 . T C 516.89 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.00264867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.716;QD=17.8238;RBI=0.0273301;REFB=-0.00991778;REVB=0.0272014;RO=61;SAF=19;SAR=36;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901017;STB=0.549822;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00879538;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:36:19:16:45:36:19:16:45 chr19 39932066 . T C 384.88 PASS AF=0.427184;AO=41;DP=99;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0174417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.228;QD=14.9467;RBI=0.0209443;REFB=-0.0155184;REVB=0.0115953;RO=58;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290947;STB=0.508696;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0171302;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:58:59:41:44:0.427184:28:13:17:41:30:14:18:41 chr19 39944082 . C T 131.71 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0170998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.315;QD=14.2385;RBI=0.0177203;REFB=-0.0105756;REVB=0.00464826;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247147;STB=0.657301;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.022867;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:11:3:9:13:12:3:9:13 chr19 39967318 . T C 130.37 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0404689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5813;QD=22.673;RBI=0.0508306;REFB=-0.00870587;REVB=0.0307574;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.51019;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00802436;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:3:6:9:5:3:6 chr19 39967320 . T C 115.55 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.076246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.586;QD=19.2575;RBI=0.0762485;REFB=-0.0547377;REVB=-0.000616721;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0526405;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:3:8:8:5:3:8 chr19 39967322 . T C 104.72 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0496076;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2297;QD=18.2119;RBI=0.0524864;REFB=-0.0198858;REVB=-0.0171438;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126749;STB=0.572403;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0488883;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:3:8:7:5:3:8 chr19 39994711 . T C 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0232202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3887;QD=21.1197;RBI=0.0238279;REFB=0.00566721;REVB=0.00534678;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555384;STB=0.537293;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00699003;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:19:18:13:18:19:18:13:19 chr19 40009396 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0306979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.7569;QD=6.92879;RBI=0.030698;REFB=0.0152914;REVB=-4.1753e-05;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0380043;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:7:8:4:2:7:8 chr19 40023088 . T G 1020.37 PASS AF=0.615894;AO=92;DP=150;FAO=93;FDP=151;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0105188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.331;QD=27.0296;RBI=0.0111328;REFB=-0.0125821;REVB=-0.00364621;RO=58;SAF=45;SAR=47;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415546;STB=0.520338;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00836015;OID=.;OPOS=40023088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:58:58:92:93:0.615894:47:45:25:33:48:45:25:33 chr19 40023308 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.552;QD=49.5992;RBI=0.00633052;REFB=0;REVB=-0.00204333;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66762e-05;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 40030654 . G C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0174448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.088;QD=15.6036;RBI=0.0178272;REFB=-0.0171604;REVB=-0.00367298;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403712;STB=0.522802;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0253143;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:20:18:13:17:20:18 chr19 40030704 . C T 517.79 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0139661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.152;QD=19.1772;RBI=0.0220665;REFB=-0.0338451;REVB=-0.0170845;RO=52;SAF=32;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318842;STB=0.52845;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0204779;OID=.;OPOS=40030704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:54:54:54:0.5:22:32:29:23:22:32:29:25 chr19 40149297 . T A 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5557;QD=59.8529;RBI=0.0510773;REFB=0;REVB=0.0464187;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496419;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr19 40196627 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.107;QD=63.8718;RBI=0.00508132;REFB=0;REVB=-0.00192129;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.499e-05;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr19 40357683 . T G 201.68 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00311888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.132;QD=11.8634;RBI=0.0683756;REFB=-0.0249601;REVB=-0.0683044;RO=42;SAF=19;SAR=6;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650965;STB=0.551102;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0242866;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:43:25:25:0.367647:6:19:30:12:6:19:30:13 chr19 40363020 . G A 1087.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.58;QD=59.5654;RBI=0.0679478;REFB=0;REVB=0.0657358;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103278;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:43:30:0:0 chr19 40363926 . C G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.052;QD=57.1758;RBI=0.0342514;REFB=0;REVB=-0.0108319;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174377;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 40366362 . G C 1448.97 PASS AF=1;AO=75;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.496;QD=57.3851;RBI=0.0225332;REFB=0;REVB=0.0143109;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0080214;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:75:101:1:49:26:0:0:51:50:0:0 chr19 40368330 . C T 45.53 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0131696;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.738;QD=4.92174;RBI=0.0169443;REFB=0.0397203;REVB=-0.0106616;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424006;STB=0.730055;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0427217;OID=.;OPOS=40368330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:38:37:21:27:6:6:0.162162:2:4:6:15:2:4:10:17 chr19 40368395 . C T 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00202643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.765;QD=57.0273;RBI=0.00707241;REFB=-0.0112706;REVB=0.00677588;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=8.93201e-06;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:1:0:31:34:1:0 chr19 40368498 . AA CC 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146311;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=228.165;QD=60.2307;RBI=0.0280435;REFB=0;REVB=0.0239243;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.13515e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr19 40368520 . G C 246.33 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0849;QD=46.9201;RBI=0.0813152;REFB=-0.0125784;REVB=0.0738594;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.517224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00247038;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:6:14:0:0:6:14:1:0 chr19 40376880 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4408;QD=45.8067;RBI=0.0352821;REFB=0;REVB=-0.0339336;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000875517;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr19 40580581 . AC A 32.84 PASS AF=0.171429;AO=7;DP=38;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0604571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3878;QD=3.75269;RBI=0.0795241;REFB=-0.0331462;REVB=-0.0516626;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28099;STB=0.695454;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0506056;OID=.;OPOS=40580582;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:7:38:6:35:29:5:1:19:10:32:29:6:1:20:9 chr19 40719076 . T C 323.67 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.981;QD=53.9454;RBI=0.00660622;REFB=0;REVB=0.00454598;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10714e-06;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:4:19:1:0:4:20:0:0 chr19 40739513 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.426;QD=62.3501;RBI=0.0295611;REFB=0;REVB=0.0178372;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38536e-05;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr19 40900865 . C T 1493.82 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372683;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.759;QD=58.5813;RBI=0.0416258;REFB=0.0634996;REVB=0.0185413;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000247438;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:102:1:1:101:101:0.990196:50:51:1:0:50:51:1:0 chr19 40901011 . G C 193.07 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.016701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1516;QD=13.0893;RBI=0.0273473;REFB=-0.00710904;REVB=-0.0216553;RO=31;SAF=4;SAR=18;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197992;STB=0.592932;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0233998;OID=.;OPOS=40901011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:31:35:22:24:0.40678:18:4:6:25:17:7:6:29 chr19 40901383 . A AC 32.04 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0119288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5513;QD=4.57746;RBI=0.0768538;REFB=-0.0726019;REVB=0.0759224;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383311;STB=0.852634;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.103091;OID=.;OPOS=40901384;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:28:10:28:18:1:9:10:8:32:17:2:8:9:8 chr19 40901496 . T C 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0305747;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.807;QD=22.5889;RBI=0.0314174;REFB=-0.00979074;REVB=-0.00722755;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813913;STB=0.571369;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0100609;OID=.;OPOS=40901496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:16:6:4:16:16:6:3:16 chr19 40901604 . A G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0271593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.395;QD=23.3999;RBI=0.0272134;REFB=-0.0296111;REVB=-0.00171393;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00474093;OID=.;OPOS=40901604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr19 40901614 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0885867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2985;QD=21.8419;RBI=0.100484;REFB=-0.0672369;REVB=-0.0474276;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.599697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0121511;OID=.;OPOS=40901614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:0:2:4:2:0:2 chr19 40904602 . G A 281.42 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00481194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.988;QD=19.4079;RBI=0.0142703;REFB=-0.0143505;REVB=0.0134345;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884831;STB=0.549364;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0128058;OID=.;OPOS=40904602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:13:15:19:11:13:15 chr19 40929363 . T C 412.77 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0692711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.987;QD=18.7624;RBI=0.0713983;REFB=-0.00893155;REVB=-0.0172983;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735786;STB=0.541038;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00883268;OID=.;OPOS=40929363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:26:16:21:25:26:16:21:25 chr19 40946845 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0027753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.129;QD=21.5453;RBI=0.0112829;REFB=0.00732932;REVB=-0.0109362;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327439;STB=0.687207;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0124331;OID=.;OPOS=40946845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:3:11:4:6:3:11:4:6 chr19 40947076 . G A 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0302667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4539;QD=14.4088;RBI=0.075059;REFB=0.00908617;REVB=0.068686;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169465;STB=0.597979;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0169057;OID=.;OPOS=40947076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:17:11:10:8:17:11 chr19 40947448 . A G 227.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0182119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1617;QD=13.5524;RBI=0.0257494;REFB=-0.00325088;REVB=-0.0182033;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214833;STB=0.60842;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00451467;OID=.;OPOS=40947448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:17:10:22:16:17:10:22:18 chr19 41082868 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0225568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8862;QD=21.8421;RBI=0.042243;REFB=-0.00678115;REVB=-0.0357165;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00144944;OID=.;OPOS=41082868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:2:0:2:4:2:0 chr19 41096189 . A G 308.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00237145;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.709;QD=17.8844;RBI=0.0120991;REFB=-0.0262131;REVB=-0.0118644;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377575;STB=0.521114;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0244818;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:16:17:20:16:16:17:20:16 chr19 41097276 . C G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0043356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.293;QD=13.5806;RBI=0.0332226;REFB=-0.0046801;REVB=-0.0329385;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451358;STB=0.526285;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00743915;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:16:12:8:9:16:12 chr19 41111069 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0415323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6128;QD=11.6171;RBI=0.0439619;REFB=-0.00496371;REVB=-0.0144125;RO=34;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309612;STB=0.682002;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0141721;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:14:5:18:16:14:5:18:16 chr19 41117869 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0951636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0612;QD=14.7417;RBI=0.0961001;REFB=-0.000244353;REVB=-0.0133831;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291449;STB=0.668313;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00376952;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:6:11:9:16:6:11:9:16 chr19 41118056 . A G 248.47 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0746614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.076;QD=25.4841;RBI=0.0759985;REFB=-0.0129795;REVB=-0.0141935;RO=16;SAF=3;SAR=20;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294619;STB=0.666495;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0112167;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:20:3:6:10:20:3:6:10 chr19 41123093 . A AG 417.85 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119028;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5838;QD=46.4277;RBI=0.13796;REFB=0;REVB=-0.0697516;RO=6;SAF=12;SAR=22;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00472037;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:42:36:36:0:13:23:0:0:8:6:12:22:4:2 chr19 41129842 . C T 223.34 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0282984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.592;QD=26.2751;RBI=0.0355722;REFB=-0.0446324;REVB=0.0215542;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117234;STB=0.564911;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0289544;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:4:9:11:10:4:9 chr19 41173880 . C T 102.73 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010033;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6802;QD=37.3558;RBI=0.0726259;REFB=-0.112621;REVB=0.0719296;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0389854;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:12:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr19 41173892 . CTGCTGT CTGCTGC,C 51.09 PASS AF=0.3,0.4;AO=3,4;DP=9;FAO=3,4;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1,2;FSAR=2,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.129551,-0.16199;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,6;MLLD=65.5773,153.628;QD=20.4365;RBI=0.143573,0.162475;REFB=-0.126805,-0.0724226;REVB=-0.0618847,0.0125417;RO=0;SAF=1,2;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665552,0.571077;STBP=0.592,0.786;TYPE=snp,del;VARB=0.12485,0.0441569;OID=.,.;OPOS=41173898,41173893;OREF=T,TGCTGT;OALT=C,-;OMAPALT=CTGCTGC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.3,0.4:3,4:9:3,4:10:3:1,2:2,2:2:1:20:0:1,2:2,2:0:0 chr19 41186879 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.444;QD=59.0186;RBI=0.0518647;REFB=0;REVB=-0.0498933;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000604397;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr19 41235120 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.121;QD=60.9786;RBI=0.0304318;REFB=0;REVB=0.0294648;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73084e-05;OID=.;OPOS=41235120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr19 41255500 . C G 239.64 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.278;QD=50.4515;RBI=0.0815659;REFB=0;REVB=0.0389929;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277821;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:13:3:0:0:15:4:0:0 chr19 41257396 . C T 450.8 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348961;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8284;QD=58.1671;RBI=0.0411555;REFB=0;REVB=0.0218183;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496833;OID=.;OPOS=41257396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 41263403 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0271258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.862;QD=10.0337;RBI=0.0296969;REFB=-0.00166994;REVB=-0.012087;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000971265;OID=.;OPOS=41263403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr19 41281700 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00904682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.165;QD=14.7423;RBI=0.0102654;REFB=-0.0043302;REVB=0.00485115;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152274;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0112617;OID=.;OPOS=41281700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:11:14:7:10:11:14 chr19 41307170 . G A 480.41 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.000679308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.94;QD=20.228;RBI=0.000835557;REFB=-0.0185256;REVB=-0.000486514;RO=47;SAF=25;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171809;STB=0.589114;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0168012;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:22:25:16:31:22:25:17:31 chr19 41316355 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0020721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.553;QD=24.3828;RBI=0.00289669;REFB=-0.00506429;REVB=0.00202416;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281117;STB=0.645052;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00249857;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:10:16:5:15:10:16:6:15 chr19 41316370 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00832145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.705;QD=20.3167;RBI=0.0282418;REFB=-0.0163213;REVB=-0.026988;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299218;STB=0.668351;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0123878;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:5:13:7:12:5:13 chr19 41349732 . C A 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=1;FWDB=0.00441389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.829;QD=5.85755;RBI=0.0129058;REFB=-0.00205114;REVB=-0.0121275;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564317;STB=0.821876;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0156338;OID=.;OPOS=41349732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:31:1:3:6:31:1 chr19 41349774 . A G 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=1;FWDB=0.0117301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.188;QD=4.04957;RBI=0.0118873;REFB=0.00233092;REVB=-0.00192701;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=33;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576749;STB=0.834752;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00819096;OID=.;OPOS=41349774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:2:5:33:1:2:5:33:1 chr19 41350664 . A T 902.97 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.275;QD=58.256;RBI=0.0934613;REFB=0;REVB=0.010855;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021401;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr19 41356281 . T C 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4799;QD=60.1628;RBI=0.0202661;REFB=0;REVB=0.00576218;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10278e-05;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr19 41356310 . G A 450.34 PASS AF=0.48913;AO=41;DP=89;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0130229;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.77;QD=19.58;RBI=0.0363952;REFB=-0.0194932;REVB=0.0339855;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109389;STB=0.565273;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0191941;OID=.;OPOS=41356310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:48:47:41:45:0.48913:20:21:30:18:23:22:29:18 chr19 41381629 . C A 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0432529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.663;QD=4.6385;RBI=0.0592712;REFB=0.00055083;REVB=0.0405249;RO=41;SAF=7;SAR=2;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208747;STB=0.642896;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0037635;OID=.;OPOS=41381629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:2:7:26:15:2:7:26:15 chr19 41381647 . A C 797.59 PASS AF=1;AO=34;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4307;QD=65.1095;RBI=0.263877;REFB=0;REVB=0.259829;RO=0;SAF=30;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367006;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:34:49:1:4:30:0:0:17:32:0:0 chr19 41381671 . A G 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0229197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.845;QD=4.20317;RBI=0.0245748;REFB=0.00593721;REVB=0.00886626;RO=39;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395343;STB=0.782382;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0247617;OID=.;OPOS=41381671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:1:7:24:15:1:7:24:15 chr19 41383153 . A G 514.24 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00381091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.271;QD=33.1767;RBI=0.0259993;REFB=-0.0127547;REVB=-0.0257184;RO=17;SAF=26;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552113;STB=0.529827;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00538801;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:45:45:0.725806:19:26:8:9:19:26:8:9 chr19 41383217 . T C 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0136352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.836;QD=8.24506;RBI=0.0142873;REFB=-0.0084053;REVB=0.00426712;RO=43;SAF=6;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265642;STB=0.652003;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0209324;OID=.;OPOS=41383217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:12:6:24:19:12:6:24:20 chr19 41383799 . G A 469.06 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00106117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6041;QD=20.3937;RBI=0.0120609;REFB=-0.00343937;REVB=0.0120141;RO=46;SAF=26;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117665;STB=0.565189;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00438358;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:20:26:20:26:20:26:20:26 chr19 41384675 . T C 2316.18 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620045;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3414;QD=63.8946;RBI=0.0635582;REFB=0;REVB=-0.0139673;RO=0;SAF=59;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220989;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:86:59:0:0:86:59:0:0 chr19 41386033 . T C 723.52 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.000559471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.57;QD=20.381;RBI=0.00131113;REFB=-0.00342472;REVB=-0.00118578;RO=71;SAF=35;SAR=36;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338014;OID=.;OPOS=41386033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:71:71:71:0.5:36:35:35:36:36:35:35:36 chr19 41386136 . A C 246.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0364691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.478;QD=13.494;RBI=0.0373852;REFB=-0.0343536;REVB=0.00822538;RO=43;SAF=10;SAR=19;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337766;STB=0.685352;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0441204;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:19:10:29:14:19:10:29:15 chr19 41386420 . A C 464.44 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.093429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5202;QD=17.0436;RBI=0.0973623;REFB=-0.0438981;REVB=-0.0273943;RO=57;SAF=29;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406567;STB=0.518417;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0435564;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:58:51:51:0.46789:22:29:30:27:22:29:31:27 chr19 41386486 . CA AG 461.12 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00129406;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.999;QD=16.6169;RBI=0.0308416;REFB=-0.0125088;REVB=-0.0308145;RO=55;SAF=30;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360153;STB=0.514919;STBP=0.783;TYPE=mnp;VARB=0.0172765;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:61:50:50:0.45045:20:30:35:20:20:30:35:26 chr19 41386494 . A C 524.53 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0328727;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.024;QD=18.7332;RBI=0.0329165;REFB=-0.0116957;REVB=0.00169774;RO=57;SAF=33;SAR=22;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366323;STB=0.520288;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0174827;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:57:55:55:0.491071:22:33:32:25:22:33:32:25 chr19 41386527 . G A 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0101337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.011;QD=22.3057;RBI=0.0117242;REFB=-0.0197965;REVB=0.00589629;RO=41;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633279;STB=0.534869;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0196394;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:23:24:24:17:23:24:24:17 chr19 41387620 . A G 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.012604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4871;QD=5.83167;RBI=0.0714431;REFB=-0.00372529;REVB=-0.0703225;RO=41;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494273;STB=0.817604;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00871346;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:2:9:17:24:2:9:17:24 chr19 41387647 . A G 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0204281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7357;QD=4.55126;RBI=0.020573;REFB=-0.00398018;REVB=0.00243805;RO=45;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594381;STB=0.895875;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0176957;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:1:9:19:26:1:9:19:26 chr19 41387656 . A T 66.17 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00103785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.17;QD=5.08961;RBI=0.00944348;REFB=0.00261036;REVB=-0.00938628;RO=42;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592645;STB=0.892048;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00644733;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:1:9:18:24:1:9:18:24 chr19 41404196 . A G 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0125984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.691;QD=14.3852;RBI=0.012963;REFB=-0.0154518;REVB=0.00305289;RO=52;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106814;STB=0.560713;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0177937;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:21:14:26:26:21:14:26:26 chr19 41405962 . T G 253.68 PASS AF=0.5;AO=20;DP=44;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0471363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.326;QD=21.1401;RBI=0.0483984;REFB=-0.0605388;REVB=-0.0109809;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127152;STB=0.521035;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0686461;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:24:24:20:24:0.5:11:9:14:10:11:13:14:10 chr19 41414481 . G A 748.73 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00332326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.5;QD=19.4476;RBI=0.00336692;REFB=-0.00986005;REVB=-0.000540495;RO=77;SAF=36;SAR=41;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118293;STB=0.506514;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00997067;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:41:36:37:40:41:36:37:40 chr19 41532005 . G A 589.79 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0107145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.495;QD=21.6436;RBI=0.0107192;REFB=-0.046935;REVB=-0.000316976;RO=49;SAF=30;SAR=29;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691073;STB=0.532845;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0346138;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:50:59:59:0.541284:29:30:29:20:29:30:29:21 chr19 41700493 . G C 722.58 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.272161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.071;QD=62.833;RBI=0.274873;REFB=0;REVB=0.0385147;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664458;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:36:46:1:26:10:0:0:26:20:0:0 chr19 41743861 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00576486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.208;QD=52.1522;RBI=0.0110484;REFB=-0.0871715;REVB=0.00942512;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00575646;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr19 41848139 . GC AG,G 41.77 PASS AF=0,0.533333;AO=2,5;DP=15;FAO=0,8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0517799,-0.116362;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=18.4461,15.2512;QD=11.1392;RBI=0.051971,0.162053;REFB=-0.0431754,-0.0862765;REVB=0.00445367,-0.112787;RO=7;SAF=2,3;SAR=0,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0.397173;SSEP=0,0;SSSB=0.539624,-0.115149;STB=0.5,0.545344;STBP=1,0.763;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0422849;OID=.,.;OPOS=41848139,41848140;OREF=GC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:15:15:7:7:2,5:0,8:0,0.533333:0,2:2,3:5:2:0,3:0,5:5:2 chr19 41937095 . G A 871.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042029;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.62;QD=58.083;RBI=0.0610414;REFB=0;REVB=-0.0442676;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83252e-06;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr19 41939297 . C G 876.83 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.57;QD=57.497;RBI=0.0736168;REFB=0;REVB=0.0625436;RO=0;SAF=10;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169863;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:55:61:1:45:10:0:0:47:14:0:0 chr19 41944237 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.645;QD=56.4873;RBI=0.0173879;REFB=0.0328044;REVB=-0.00155841;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000884365;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:15:19:0:1:16:19:0:1 chr19 41945837 . T A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.835;QD=57.7117;RBI=0.0198249;REFB=0;REVB=-0.00179519;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54898e-05;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr19 41949870 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.914;QD=57.1062;RBI=0.0216531;REFB=0;REVB=0.00813359;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92223e-05;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr19 42070360 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.288;QD=57.7099;RBI=0.0454462;REFB=0;REVB=0.0179798;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359527;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr19 42070528 . G C 910.02 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147956;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.942;QD=58.7107;RBI=0.0184829;REFB=0;REVB=0.0110773;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70515e-05;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr19 42071289 . T C 2463.62 PASS AF=0.987805;AO=159;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00518835;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.626;QD=60.0884;RBI=0.00999755;REFB=-0.0419251;REVB=0.00854587;RO=1;SAF=98;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773573;STB=0.507936;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.000171167;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:164:1:2:159:162:0.987805:61:98:0:1:62:100:0:2 chr19 42083849 . C A 716.59 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.111041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1641;QD=52.1153;RBI=0.111721;REFB=0.0370681;REVB=0.0123075;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037631;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000585728;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:55:2:2:51:53:0.963636:27:24:2:0:28:25:2:0 chr19 42085873 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.587;QD=57.1059;RBI=0.0339181;REFB=0;REVB=0.0192565;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120048;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr19 42132273 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.03;QD=51.1828;RBI=0.0389098;REFB=0;REVB=0.0388838;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023926;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 42132314 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.376;QD=48.7351;RBI=0.028681;REFB=0;REVB=0.00619915;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373129;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 42190859 . A T 261.75 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00763281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6002;QD=17.1639;RBI=0.0110323;REFB=-0.0132377;REVB=-0.00796569;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101874;STB=0.505717;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0194356;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:14:18:16:13:14:18 chr19 42221607 . A G 1048.2 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127042;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.503;QD=57.4355;RBI=0.0137025;REFB=-0.100719;REVB=-0.00513446;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248734;STB=0.513154;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000327964;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:34:37:2:0:34:37:2:0 chr19 42260569 . G A 1489.39 PASS AF=0.989583;AO=91;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121392;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1491;QD=62.0581;RBI=0.0154582;REFB=-0.0217372;REVB=-0.00957057;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0109322;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:1:91:95:0.989583:44:47:0:0:46:49:0:1 chr19 42265889 . G T 408.26 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0154695;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9724;QD=20.1611;RBI=0.0156312;REFB=-0.0158948;REVB=-0.00224266;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034115;STB=0.505744;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0199403;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:40:41:41:0.506173:19:22:20:17:19:22:21:19 chr19 42312933 . G A 251.41 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0171913;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.221;QD=10.4753;RBI=0.0298157;REFB=-0.0119422;REVB=0.0243606;RO=65;SAF=15;SAR=16;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454734;STB=0.526511;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.023304;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:65:65:31:31:0.322917:16:15:34:31:16:15:34:31 chr19 42315281 . G T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00140647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.456;QD=20.8716;RBI=0.00756021;REFB=-0.00731651;REVB=0.00742824;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148028;STB=0.583254;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00575244;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:8:12:9:12:8:12 chr19 42342319 . A G 72.81 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0218898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.098;QD=8.82584;RBI=0.0228249;REFB=-0.00647451;REVB=-0.00646628;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281769;STB=0.686738;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0130216;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:22:23:10:10:0.30303:7:3:12:10:7:3:13:10 chr19 42354629 . T C 355.38 PASS AF=0.603448;AO=33;DP=56;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0397313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.038;QD=24.5091;RBI=0.0424354;REFB=-0.0114742;REVB=-0.014906;RO=22;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153889;STB=0.559887;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0101191;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:22:23:33:35:0.603448:14:19:8:14:16:19:9:14 chr19 42463447 . C T 301.06 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0518236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.126;QD=23.158;RBI=0.0550113;REFB=-0.0301513;REVB=0.0184542;RO=22;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244603;STB=0.503997;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0220238;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:18:11:9:13:18:12:9:13 chr19 42489516 . A C 539.01 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0222802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.513;QD=29.9449;RBI=0.0228958;REFB=-0.0289635;REVB=0.0052733;RO=24;SAF=27;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387969;STB=0.521044;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0127996;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:48:48:0.666667:21:27:12:12:21:27:12:12 chr19 42583753 . G A 394.31 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00803413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.853;QD=13.8355;RBI=0.00817686;REFB=-0.0094082;REVB=0.00152109;RO=66;SAF=23;SAR=23;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126902;STB=0.570146;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0192776;OID=.;OPOS=42583753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:68:46:46:0.403509:23:23:25:41:23:23:26:42 chr19 42593716 . A G 1420.43 PASS AF=0.423497;AO=155;DP=365;FAO=155;FDP=366;FR=.;FRO=211;FSAF=49;FSAR=106;FSRF=80;FSRR=131;FWDB=-0.0303142;FXX=0.0161286;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.477;QD=15.5238;RBI=0.0325385;REFB=-0.00895267;REVB=-0.0118239;RO=210;SAF=49;SAR=106;SRF=79;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696337;STB=0.540747;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0130314;OID=.;OPOS=42593716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:210:211:155:155:0.423497:106:49:79:131:106:49:80:131 chr19 42703764 . G A 348.59 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0202327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.624;QD=17.4296;RBI=0.0303076;REFB=-0.0282291;REVB=0.0225653;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205397;STB=0.511496;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0275471;OID=.;OPOS=42703764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:18:19:23:20:18:19:23:20 chr19 42703833 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0124312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.189;QD=14.6164;RBI=0.0126368;REFB=-0.00122439;REVB=0.00227002;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218237;STB=0.629697;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00157088;OID=.;OPOS=42703833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:16:12:24:13:16:12:25:13 chr19 42728836 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00491126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.248;QD=19.0582;RBI=0.0321666;REFB=-0.0111749;REVB=-0.0317894;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0101972;OID=.;OPOS=42728836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:10:10:9:10:10:10 chr19 42736267 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.423;QD=57.8828;RBI=0.0453907;REFB=0;REVB=-0.00460028;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126747;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr19 42747229 . GG AC 243.19 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=110;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0272551;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.133;QD=9.007;RBI=0.0306058;REFB=0.000717565;REVB=0.0139239;RO=75;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029551;STB=0.517311;STBP=0.816;TYPE=mnp;VARB=-0.00143962;OID=.;OPOS=42747229;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:75:75:33:33:0.305556:19:14:30:45:19:14:30:45 chr19 42747474 . C T 217.59 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000461946;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.918;QD=13.39;RBI=0.00138025;REFB=-0.0262434;REVB=-0.00130065;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040757;STB=0.530782;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0332632;OID=.;OPOS=42747474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:39:26:26:0.4:14:12:20:20:14:12:20:19 chr19 42748683 . A G 232.28 PASS AF=0.575;AO=24;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0175799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.7088;QD=23.2283;RBI=0.0183963;REFB=0.0265973;REVB=0.00541944;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582899;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00606064;OID=.;OPOS=42748683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:17:24:23:0.575:13:11:7:8:12:11:7:10 chr19 42753034 . A G 229.96 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0283344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.734;QD=9.89066;RBI=0.0331911;REFB=-0.0112731;REVB=-0.0172861;RO=63;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158667;STB=0.584994;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0384753;OID=.;OPOS=42753034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:64:29:29:0.311828:16:13:20:43:16:13:21:43 chr19 42753283 . G A 716.78 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0199696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.621;QD=19.5041;RBI=0.0313718;REFB=-0.0185767;REVB=0.0241952;RO=73;SAF=31;SAR=40;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127236;STB=0.58002;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0107743;OID=.;OPOS=42753283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:73:76:71:71:0.482993:40:31:42:31:40:31:45:31 chr19 42753649 . G C 299.51 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0104243;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.661;QD=29.2205;RBI=0.030826;REFB=-0.00999565;REVB=0.0290099;RO=15;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285009;STB=0.657713;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0102133;OID=.;OPOS=42753649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:19:7:10:5:19:7:10:5 chr19 42852480 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0466699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9768;QD=15.7002;RBI=0.0587144;REFB=-0.010207;REVB=-0.0356274;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0195761;OID=.;OPOS=42852480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:12:7:7:8:12:7 chr19 42852549 . C T 99.87 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0155878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.391;QD=14.7949;RBI=0.0395478;REFB=-0.02244;REVB=0.0363463;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224736;STB=0.628946;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.017934;OID=.;OPOS=42852549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:12:3:5:7:12:3 chr19 42853782 . T C 522.77 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00482958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.601;QD=21.1222;RBI=0.00536639;REFB=0.000503255;REVB=0.0023395;RO=48;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901953;STB=0.545139;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.000570432;OID=.;OPOS=42853782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:21:29:23:25:21:29:24:25 chr19 42857179 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.731;QD=14.6525;RBI=0.00204561;REFB=-0.0300188;REVB=0.00204561;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379676;OID=.;OPOS=42857179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:6:0:0:5:6:0:0:5 chr19 42858793 . T C 603.1 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.029746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.429;QD=21.931;RBI=0.0483624;REFB=-0.0293225;REVB=-0.0381327;RO=50;SAF=22;SAR=38;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029465;STB=0.516165;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0198644;OID=.;OPOS=42858793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:38:22:20:30:38:22:20:30 chr19 42863035 . A G 128.42 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0603248;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1803;QD=9.51259;RBI=0.097421;REFB=0.00105236;REVB=-0.0764969;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193469;STB=0.50765;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00819442;OID=.;OPOS=42863035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:39:37:17:17:0.314815:9:8:19:20:9:8:17:20 chr19 42882829 . TA T 107.71 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0574469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.27;QD=13.0551;RBI=0.0580453;REFB=0.00320614;REVB=-0.00831328;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938032;STB=0.555466;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=-0.0056441;OID=.;OPOS=42882830;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:13:33:13:33:20:3:10:6:14:99:20:3:10:6:14 chr19 42882853 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0823847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.484;QD=8.30758;RBI=0.0835977;REFB=-0.00563989;REVB=-0.0141888;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340931;STB=0.719924;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0119812;OID=.;OPOS=42882853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:6:12:7:1:6:12 chr19 43013363 . A G 341.93 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00375136;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.29;QD=20.4138;RBI=0.00470757;REFB=-0.0117646;REVB=0.00284403;RO=32;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119331;STB=0.566463;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0176984;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:32:32:35:35:0.522388:25:10:13:19:25:10:13:19 chr19 43032561 . G A 144.99 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00798906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6272;QD=8.78725;RBI=0.0408544;REFB=-0.00881376;REVB=0.0400657;RO=45;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277672;STB=0.660845;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0247767;OID=.;OPOS=43032561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:15:5:21:24:15:5:21:25 chr19 43087484 . A C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0211808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.359;QD=21.3533;RBI=0.0211822;REFB=0.00264415;REVB=-0.000244658;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345162;STB=0.697348;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0024787;OID=.;OPOS=43087484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:3:6:3:10:3:6 chr19 43243217 . AA GG 754.15 PASS AF=0.428571;AO=81;DP=189;FAO=81;FDP=189;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.00526496;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=131.038;QD=15.9608;RBI=0.0175242;REFB=-0.00325635;REVB=0.0167146;RO=108;SAF=39;SAR=42;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190048;STB=0.510602;STBP=0.809;TYPE=mnp;VARB=0.00446356;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:108:108:81:81:0.428571:42:39:50:58:42:39:50:58 chr19 43243238 . A G 643.67 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0238623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.699;QD=16.6107;RBI=0.0285699;REFB=0.00643376;REVB=-0.0157109;RO=85;SAF=31;SAR=39;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756407;STB=0.504205;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00908053;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:85:70:70:0.451613:39:31:37:48:39:31:37:48 chr19 43371292 . A T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00934342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.21;QD=12.5696;RBI=0.0121487;REFB=-0.00477505;REVB=0.00776475;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109202;STB=0.56427;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00372666;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:13:13:9:6:13:13 chr19 43372386 . T C 871.03 PASS AF=0.43578;AO=95;DP=218;FAO=95;FDP=218;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0107878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.329;QD=15.9822;RBI=0.0181872;REFB=0.0133592;REVB=-0.0146423;RO=123;SAF=47;SAR=48;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034182;STB=0.519015;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0164919;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:123:123:95:95:0.43578:48:47:65:58:48:47:65:58 chr19 43372941 . T C 635.51 PASS AF=0.586538;AO=60;DP=103;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0191694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.885;QD=24.4427;RBI=0.0355879;REFB=-0.00237003;REVB=-0.0299839;RO=43;SAF=43;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598151;STB=0.526131;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00145692;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:43:43:60:61:0.586538:17:43:28:15:18:43:28:15 chr19 43382368 . T G 1027.49 PASS AF=0.399306;AO=114;DP=289;FAO=115;FDP=288;FR=.;FRO=173;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=90;FSRR=83;FWDB=-0.0091569;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2175;QD=14.2706;RBI=0.0112285;REFB=0.00278532;REVB=0.00649853;RO=173;SAF=66;SAR=48;SRF=90;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639469;STB=0.532643;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00573217;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:173:173:114:115:0.399306:48:66:90:83:49:66:90:83 chr19 43382374 . C G 1056.77 PASS AF=0.40625;AO=117;DP=288;FAO=117;FDP=288;FR=.;FRO=171;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=0.00688177;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.96;QD=14.6773;RBI=0.00854491;REFB=-0.0131827;REVB=-0.00506525;RO=169;SAF=64;SAR=53;SRF=88;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279561;STB=0.515849;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0211836;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:169:171:117:117:0.40625:53:64:88:81:53:64:89:82 chr19 43383680 . G T 619.97 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0148489;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7885;QD=17.7135;RBI=0.0148501;REFB=-0.00411816;REVB=-0.000188248;RO=76;SAF=29;SAR=35;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186689;STB=0.510376;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00747322;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:76:76:64:64:0.457143:35:29:33:43:35:29:33:43 chr19 43411230 . C G 1271.01 PASS AF=0.469534;AO=131;DP=279;FAO=131;FDP=279;FR=.;FRO=148;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=59;FSRR=89;FWDB=0.0030634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.779;QD=18.2223;RBI=0.0219947;REFB=-0.00638274;REVB=-0.0217803;RO=148;SAF=60;SAR=71;SRF=59;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578625;STB=0.531881;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00699585;OID=.;OPOS=43411230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:148:148:131:131:0.469534:71:60:59:89:71:60:59:89 chr19 43420451 . G C 914.1 PASS AF=0.472906;AO=96;DP=203;FAO=96;FDP=203;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00530718;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.18;QD=18.0119;RBI=0.0157836;REFB=-0.0144581;REVB=0.0148645;RO=107;SAF=52;SAR=44;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044343;STB=0.524491;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0153786;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:107:107:96:96:0.472906:44:52:53:54:44:52:53:54 chr19 43433805 . A G 483.44 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00809433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.154;QD=17.5795;RBI=0.00813509;REFB=-0.000607837;REVB=-0.000813332;RO=57;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175536;STB=0.513498;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000689735;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:58:52:52:0.472727:31:21:22:35:31:21:22:36 chr19 43439793 . G A 2351.95 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.946;QD=61.0897;RBI=0.0165091;REFB=0;REVB=-0.0159206;RO=0;SAF=123;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38942e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:31:123:0:0:31:123:0:0 chr19 43519362 . C T 2657.71 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.215;QD=62.1685;RBI=0.0192404;REFB=0;REVB=0.0116581;RO=0;SAF=64;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41239e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:106:64:0:0:107:64:0:0 chr19 43519442 . T C 1927.86 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0337292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.443;QD=59.3187;RBI=0.0446178;REFB=-0.000781197;REVB=0.0292077;RO=1;SAF=61;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772643;STB=0.511998;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=5.85723e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:1:3:127:127:0.976923:66:61:1:0:66:61:3:0 chr19 43529026 . CA TG 1305.83 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216551;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.745;QD=62.1826;RBI=0.0221921;REFB=0;REVB=-0.00485237;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000289975;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr19 43530473 . G C 1485.0 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.397;QD=58.2352;RBI=0.0159366;REFB=-0.0614982;REVB=-0.00994253;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007972;STB=0.504131;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=1.40373e-05;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:102:1:1:98:101:0.990196:59:39:0:1:60:41:0:1 chr19 43679410 . A G 2341.53 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000202928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.578;QD=60.819;RBI=0.0476559;REFB=0;REVB=0.0476554;RO=0;SAF=81;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26693e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:154:0:0:146:154:1:65:81:0:0:73:81:0:0 chr19 43680051 . C T 2335.83 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.128;QD=63.1304;RBI=0.0350083;REFB=-0.139235;REVB=0.0264715;RO=0;SAF=96;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504854;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000416805;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:147:147:0.993243:51:96:0:0:51:96:0:1 chr19 43680147 . C T 2460.95 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159652;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.039;QD=61.5238;RBI=0.0412207;REFB=0;REVB=0.0380034;RO=0;SAF=89;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14388e-05;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:159:160:1:70:89:0:0:71:89:0:0 chr19 43689004 . G A 1552.1 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117008;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9681;QD=64.004;RBI=0.0120012;REFB=0;REVB=0.00266799;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01517e-05;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr19 43690506 . G C 928.63 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.109;QD=58.0394;RBI=0.0252175;REFB=0;REVB=-0.0065354;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77406e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:26:34:0:0:27:37:0:0 chr19 43699336 . T C 773.51 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.00729641;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.424;QD=19.8337;RBI=0.00747194;REFB=-0.00576004;REVB=0.00161006;RO=77;SAF=30;SAR=49;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405593;STB=0.522279;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00683272;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:77:77:79:79:0.50641:49:30:26:51:49:30:26:51 chr19 43699417 . A G 600.97 PASS AF=0.453237;AO=58;DP=135;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0170907;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.258;QD=17.294;RBI=0.017115;REFB=-0.0303243;REVB=-0.000911736;RO=75;SAF=26;SAR=32;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220928;STB=0.504702;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0630946;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:75:76:58:63:0.453237:32:26:32:43:37:26:32:44 chr19 43702342 . C T 1314.84 PASS AF=0.543478;AO=125;DP=230;FAO=125;FDP=230;FR=.;FRO=105;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0466536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.168;QD=22.8668;RBI=0.04693;REFB=-0.0103892;REVB=0.00508541;RO=104;SAF=60;SAR=65;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056694;STB=0.528671;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00843518;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:104:105:125:125:0.543478:65:60:57:47:65:60:57:48 chr19 43709619 . C T 347.45 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00796354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.247;QD=20.4381;RBI=0.0364315;REFB=0.00935257;REVB=0.0355505;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115478;STB=0.555525;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00697813;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:32:35:36:0.529412:15:20:14:18:16:20:14:18 chr19 43709647 . G A 416.08 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0115261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0909;QD=22.1909;RBI=0.107735;REFB=0.00480421;REVB=0.107116;RO=35;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544845;STB=0.541156;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0019199;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:34:40:41:0.546667:18:22:17:18:18:23:16:18 chr19 43709654 . C A 1171.75 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.261;QD=60.8704;RBI=0.116458;REFB=0;REVB=0.116391;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193323;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr19 43709656 . C G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.302;QD=60.8836;RBI=0.0295872;REFB=0;REVB=0.0258493;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62015e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr19 43763019 . T C 213.09 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=30;FWDB=-0.00386791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.418;QD=6.55669;RBI=0.0342034;REFB=-0.0141372;REVB=-0.033984;RO=98;SAF=23;SAR=9;SRF=68;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374434;STB=0.522713;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0450926;OID=.;OPOS=43763019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:98:98:32:32:0.246154:9:23:68:30:9:23:68:30 chr19 43763023 . A G 253.97 PASS AF=0.264706;AO=36;DP=137;FAO=36;FDP=136;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=30;FWDB=-0.0170026;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.168;QD=7.4697;RBI=0.019952;REFB=-0.0141066;REVB=0.0104399;RO=99;SAF=26;SAR=10;SRF=69;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377935;STB=0.519989;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0430811;OID=.;OPOS=43763023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:99:100:36:36:0.264706:10:26:69:30:10:26:70:30 chr19 43766113 . T C 555.12 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00648645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.275;QD=22.4292;RBI=0.0470767;REFB=-0.0010465;REVB=0.0466277;RO=47;SAF=32;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183064;STB=0.6009;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000720834;OID=.;OPOS=43766113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:20:32:19:28:20:32:19:28 chr19 43773599 . T C 370.02 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0285857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.659;QD=19.7341;RBI=0.0296793;REFB=0.00702882;REVB=-0.00798228;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130923;STB=0.572588;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0102654;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:14:23:18:20:14:23 chr19 43857873 . G C 557.31 PASS AF=0.528302;AO=45;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0486068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.151;QD=21.0307;RBI=0.0488215;REFB=-0.0271042;REVB=-0.00457315;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504285;STB=0.528915;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0243245;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:49:45:56:0.528302:24:21:26:24:24:32:25:24 chr19 43864548 . C A 375.37 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00434193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.035;QD=13.7749;RBI=0.0217964;REFB=-0.0157472;REVB=-0.0213596;RO=65;SAF=28;SAR=16;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233529;STB=0.632047;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0347041;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:16:28:27:38:16:28:27:38 chr19 43865692 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00923971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.814;QD=17.8398;RBI=0.0100936;REFB=-0.0121243;REVB=0.00406295;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170674;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0337693;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:14:13:14:0.5:7:6:8:4:8:6:8:6 chr19 43910648 . AG A,AT 361.34 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,23;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880409,-0.00519013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.635,238.935;QD=53.5317;RBI=0.0289811,0.0490058;REFB=0,0;REVB=0.0276114,0.0487302;RO=0;SAF=0,13;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0143226,0.00115216;OID=.,.;OPOS=43910649,43910649;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,23:27:1,26:27:0:0,13:1,13:0:0:5:0:0,13:3,10:0:0 chr19 43910764 . A G 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.379;QD=62.9764;RBI=0.0233176;REFB=0;REVB=0.022913;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151833;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 43922061 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8929;QD=59.6778;RBI=0.0369624;REFB=0;REVB=-0.00027005;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205281;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr19 43965029 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0357576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0683;QD=17.3211;RBI=0.0368618;REFB=-0.0244755;REVB=-0.00895465;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670294;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0270053;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:8:10:10:6:8:10 chr19 43979589 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.297;QD=57.2025;RBI=0.0396993;REFB=0;REVB=0.030234;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294721;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 43999432 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0047192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.087;QD=15.2624;RBI=0.0152199;REFB=-0.03576;REVB=-0.0144697;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252748;STB=0.514683;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0324425;OID=.;OPOS=43999432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:12:4:3:10:12:4 chr19 44001345 . C T 250.11 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.046343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.189;QD=16.6737;RBI=0.0502018;REFB=-0.0232551;REVB=0.0193016;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10358;STB=0.558352;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.028349;OID=.;OPOS=44001345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:11:17:16:16:11:17:16:16 chr19 44039828 . G GA 128.18 PASS AF=0.473684;AO=15;DP=47;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0780372;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.6008;QD=13.4927;RBI=0.0969209;REFB=0.00180949;REVB=0.0574792;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223614;STB=0.509793;STBP=0.927;TYPE=ins;VARB=0.0075629;OID=.;OPOS=44039829;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:15:47:18:38:20:6:12:7:13:99:29:4:11:13:16 chr19 44047550 . T C 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4965;QD=55.0836;RBI=0.0419036;REFB=0;REVB=0.041711;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629041;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr19 44047826 . T A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.141;QD=56.9569;RBI=0.0327194;REFB=0;REVB=0.00479865;RO=0;SAF=9;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82924e-05;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:43:9:0:0:43:9:0:0 chr19 44055726 . T C 1232.94 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.778;QD=60.8858;RBI=0.091203;REFB=0;REVB=0.042195;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170745;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:72:81:0:0:72:81:1:47:25:0:0:47:34:0:0 chr19 44057574 . G A 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0163821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.174;QD=13.0315;RBI=0.0176104;REFB=-0.013229;REVB=0.00646171;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134362;STB=0.576866;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0142131;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:18:24:12:15:18:24 chr19 44081288 . A C,G 750.76 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071266,0.00214798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.394,64.1432;QD=62.5635;RBI=0.0157179,0.00975512;REFB=0,0;REVB=-0.0140094,0.0095157;RO=0;SAF=0,28;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.06241e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0293767,0.000589699;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:2,18:0,28:0:0:2,18:0,28:0:0 chr19 44082945 . T C,G 371.56 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=25,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243715,-0.0447345;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.262,45.3887;QD=55.0455;RBI=0.027308,0.0707432;REFB=0,0;REVB=-0.0123189,-0.0548035;RO=0;SAF=9,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000304621,0.0131112;OID=.,.;OPOS=44082945,44082945;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:27:27:0:0:25,2:26,1:0.962963,0.037037:16,0:9,2:0:0:16,0:10,1:0:0 chr19 44098963 . C G 739.79 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0183622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.909;QD=24.2554;RBI=0.019012;REFB=-0.0359939;REVB=0.00492807;RO=51;SAF=38;SAR=32;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710882;STB=0.534699;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0277444;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:51:52:70:70:0.57377:32:38:23:28:32:38:24:28 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGG 340.07 PASS AF=0.912281,0.0877193;AO=34,7;DP=58;FAO=52,5;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24,5;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136969,-0.147348;FXX=0.0338926;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=9.52264,12.2335;QD=23.8649;RBI=0.138946,0.147558;REFB=0.0167786,-0.0529218;REVB=-0.0233587,0.00786367;RO=7;SAF=14,7;SAR=20,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347962;SSSB=-0.141636,0.733671;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0184234,0.138164;OID=.,.;OPOS=44102990,44102995;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.912281,0.0877193:34,7:58:52,5:57:0:24,5:28,0:0:0:6:7:14,7:20,0:6:1 chr19 44118188 . A C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0235703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0319;QD=10.1733;RBI=0.0376459;REFB=-0.0306603;REVB=0.0293539;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280298;STB=0.66622;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0525595;OID=.;OPOS=44118188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:8:1:2:4:8:1 chr19 44118353 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00346502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.212;QD=21.5459;RBI=0.0240762;REFB=0.000732457;REVB=-0.0238256;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408514;STB=0.726997;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00134465;OID=.;OPOS=44118353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:10:0:8:6:10:0 chr19 44126738 . G A 994.16 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.246;QD=57.6327;RBI=0.0280753;REFB=-0.0267306;REVB=0.0188895;RO=1;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201037;STB=0.510635;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00126557;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:23:45:0:1:23:45:0:1 chr19 44223113 . G A 1205.24 PASS AF=0.534247;AO=116;DP=218;FAO=117;FDP=219;FR=.;FRO=102;FSAF=79;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.01314;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.612;QD=22.0135;RBI=0.0352674;REFB=-0.0149263;REVB=0.0327281;RO=100;SAF=78;SAR=38;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155794;STB=0.591892;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0110859;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:100:102:116:117:0.534247:38:78:50:50:38:79:50:52 chr19 44302624 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.481;QD=59.8392;RBI=0.0290313;REFB=0;REVB=0.0227799;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83367e-05;OID=.;OPOS=44302624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 44303066 . C G 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.215;QD=59.8295;RBI=0.0682298;REFB=0;REVB=0.0606369;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343175;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 44341340 . A G 513.47 PASS AF=0.661972;AO=46;DP=70;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0240801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.313;QD=28.928;RBI=0.0240919;REFB=0.00144691;REVB=-0.000756647;RO=24;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662311;STB=0.531723;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000522851;OID=.;OPOS=44341340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:24:24:46:47:0.661972:24:22:14:10:24:23:14:10 chr19 44351166 . GGGAGAT G 44.43 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00773698;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=328.158;QD=8.46352;RBI=0.00774049;REFB=-0.00493363;REVB=-0.000233057;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0.621918;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.68373;STBP=0.291;TYPE=del;VARB=0.0107422;OID=.;OPOS=44351167;OREF=GGAGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:4:3:4:10:44:14:4:3:5:9 chr19 44351694 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.358;QD=52.6132;RBI=0.00714894;REFB=0;REVB=-0.00594112;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23101e-06;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr19 44351836 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.875;QD=57.8848;RBI=0.0568516;REFB=0;REVB=0.00420819;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202758;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr19 44352665 . TG CA,CG 379.89 PASS AF=0.428571,0.571429;AO=12,16;DP=28;FAO=12,16;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=8,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324795,0.0792685;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=298.473,256.753;QD=54.2702;RBI=0.0346751,0.0810116;REFB=0,0;REVB=0.0121428,0.016715;RO=0;SAF=4,5;SAR=8,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00515637,-0.00256614;OID=.,.;OPOS=44352665,44352665;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:98:28:28:0:0:12,16:12,16:0.428571,0.571429:8,11:4,5:0:0:8,11:4,5:0:0 chr19 44352688 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0285186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.479;QD=10.6681;RBI=0.0346598;REFB=0.0055431;REVB=-0.0196976;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141912;STB=0.584456;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0107629;OID=.;OPOS=44352688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:5:13:6:4:5:13 chr19 44377357 . C T 598.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143249;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.212;QD=61.363;RBI=0.0325781;REFB=0;REVB=0.0292598;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117882;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 44377669 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0151604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.16;QD=12.0148;RBI=0.0230668;REFB=-0.00104291;REVB=-0.0173851;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538761;STB=0.531219;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00179331;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:12:22:12:8:12:22 chr19 44417575 . A G 158.56 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0520589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1162;QD=17.1414;RBI=0.0579364;REFB=-0.00893972;REVB=-0.0254264;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234864;STB=0.634456;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0120798;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:12:8:11:6:12:8 chr19 44418077 . C T 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0417576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6177;QD=22.7212;RBI=0.0418102;REFB=0.00398051;REVB=0.00209644;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162903;STB=0.589718;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00587353;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:7:16:15:16:7:16 chr19 44418343 . C T 385.34 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00717806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.795;QD=26.1246;RBI=0.0089395;REFB=-0.00279056;REVB=-0.00532824;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132908;STB=0.572564;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000697272;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:7:15:18:19:7:15 chr19 44418544 . A G 353.45 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0216353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9314;QD=23.9629;RBI=0.023569;REFB=-0.0068839;REVB=0.00934947;RO=23;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12651;STB=0.575716;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00382;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:20:15:6:17:20:15:6:18 chr19 44418680 . G C 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0668868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.769;QD=18.2513;RBI=0.0685233;REFB=0.00853935;REVB=0.0148862;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638684;STB=0.536536;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0180736;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:6:9:10:5:6:9 chr19 44418693 . T C 194.4 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00201524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.724;QD=24.2999;RBI=0.0093207;REFB=0.00825769;REVB=0.00910023;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710913;STB=0.53975;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00346589;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:6:7:12:7:6:7 chr19 44418824 . C T 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0107269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1752;QD=18.4656;RBI=0.0757409;REFB=-0.0303757;REVB=-0.0749775;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152757;STB=0.585064;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0317335;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:18:22:17:27:18:22:17:27 chr19 44419030 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.949;QD=62.3495;RBI=0.00886061;REFB=0;REVB=0.00338106;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57396e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 44470189 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.705;QD=60.9785;RBI=0.0218159;REFB=0;REVB=-0.00241021;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165132;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr19 44470420 . T C 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3467;QD=64.1488;RBI=0.0439536;REFB=0;REVB=0.0393554;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546647;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr19 44470548 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.302;QD=61.3353;RBI=0.0851453;REFB=0;REVB=0.0278634;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908736;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 44470663 . G C 716.09 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.547;QD=62.2685;RBI=0.0244762;REFB=0;REVB=-0.00323926;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54352e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:16:22:0:0:22:24:0:0 chr19 44471181 . A G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0381844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8946;QD=12.143;RBI=0.067234;REFB=0.0134783;REVB=-0.0553387;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209157;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0273532;OID=.;OPOS=44471181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:18:15:9:10:18:15 chr19 44471209 . T A 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0452174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3577;QD=14.5591;RBI=0.0647931;REFB=-0.0137971;REVB=-0.0464062;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432477;STB=0.524571;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0151843;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:16:19:13:13:16:19 chr19 44471252 . T C 413.02 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000598973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.711;QD=24.2954;RBI=0.0141546;REFB=-0.014479;REVB=-0.014142;RO=28;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130081;STB=0.571393;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0100414;OID=.;OPOS=44471252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:24:16:16:12:24:16:16:12 chr19 44471323 . G A 228.54 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00533523;FXX=0.0289813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.772;QD=13.6444;RBI=0.00643473;REFB=-0.0104144;REVB=0.00359736;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164923;STB=0.585197;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0222855;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:27:27:0.402985:13:14:14:25:13:14:15:25 chr19 44494215 . T C 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0424968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5036;QD=18.1545;RBI=0.0535434;REFB=-0.0059122;REVB=0.0325717;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0101911;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:12:9:13:11:12:9:14:11 chr19 44496070 . A G 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.000203427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.166;QD=20.9596;RBI=0.0110664;REFB=-0.014542;REVB=-0.0110645;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738828;STB=0.540854;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.016207;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:20:23:18:22:20:23:18:22 chr19 44500478 . A T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.523;QD=58.9614;RBI=0.0373538;REFB=0;REVB=0.0371068;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70668e-05;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr19 44500761 . G A 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00172659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.18;QD=56.2107;RBI=0.0092173;REFB=-0.0780674;REVB=-0.00905415;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000386542;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:33:28:0:0:33:28:1:0 chr19 44501116 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.284;QD=60.9785;RBI=0.0217474;REFB=0;REVB=-0.00756038;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17162e-05;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 44501227 . A G 885.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.496;QD=58.0499;RBI=0.0553421;REFB=0;REVB=-0.0501301;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00093979;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr19 44501518 . G A 569.76 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0138518;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.301;QD=18.6805;RBI=0.0193837;REFB=-0.00218924;REVB=-0.0135593;RO=65;SAF=34;SAR=25;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230592;STB=0.522765;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00186108;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:65:63:59:59:0.483607:25:34:39:26:25:34:39:24 chr19 44501627 . T C 443.47 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00636948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.54;QD=25.7083;RBI=0.0066288;REFB=0.0094928;REVB=0.00183594;RO=27;SAF=24;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195089;STB=0.606507;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00497576;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:18:24:8:19:18:24:8:19 chr19 44511223 . T G 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7281;QD=62.3052;RBI=0.0133229;REFB=0;REVB=0.00657575;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34965e-05;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr19 44515352 . T G 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086129;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.416;QD=61.5432;RBI=0.0357687;REFB=0;REVB=0.0347163;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55161e-05;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr19 44515514 . C A 1231.34 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9622;QD=60.0654;RBI=0.0233104;REFB=-0.0302681;REVB=-4.85347e-06;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010407;STB=0.505493;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0041322;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:45:36:0:1:45:36:0:1 chr19 44564981 . G A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.495;QD=61.8513;RBI=0.0137227;REFB=0;REVB=0.00916207;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48601e-07;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr19 44570551 . G A 474.16 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0143389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.63;QD=51.2611;RBI=0.0237478;REFB=-0.100568;REVB=-0.0189303;RO=3;SAF=19;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682798;STB=0.536564;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00287588;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:15:19:3:0:15:19:3:0 chr19 44591360 . G A 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.951;QD=56.9538;RBI=0.040942;REFB=0;REVB=0.0405092;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8843e-05;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr19 44610665 . A G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00547475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.316;QD=18.413;RBI=0.00568438;REFB=0.0017166;REVB=0.00152944;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716279;STB=0.540013;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00136959;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:16:18:20:13:16:18 chr19 44610798 . A T 739.66 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.588;QD=56.8968;RBI=0.0585824;REFB=0;REVB=0.0480586;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268917;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr19 44611066 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6774;QD=59.0184;RBI=0.0116218;REFB=0;REVB=0.00351334;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81559e-05;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 44611420 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000271459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.377;QD=56.1916;RBI=0.00135331;REFB=0;REVB=-0.0013258;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34909e-06;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 44611747 . C CAGTGG 82.77 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0157078;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=293.608;QD=9.45898;RBI=0.0168471;REFB=0.00493333;REVB=-0.00609009;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302951;STB=0.691532;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=-0.00870327;OID=.;OPOS=44611748;OREF=-;OALT=AGTGG;OMAPALT=CAGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:36:11:35:24:8:3:11:13:82:25:7:3:11:14 chr19 44612004 . GA G,GG 549.26 PASS AF=0.0769231,0.897436;AO=4,34;DP=39;FAO=3,35;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=3,21;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00768168,0.00810355;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.163,275.277;QD=56.3341;RBI=0.0235622,0.0171342;REFB=-0.0653472,-0.062884;REVB=0.0222749,0.0150968;RO=1;SAF=4,20;SAR=0,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.022804;STB=0.5,0.511621;STBP=1,0.508;TYPE=del,snp;VARB=-0.0320043,0.00502337;OID=.,.;OPOS=44612005,44612005;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.897436:4,34:39:3,35:39:1:3,21:0,14:1:0:11:1:4,20:0,14:1:0 chr19 44612014 . A T 651.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.272;QD=62.017;RBI=0.0384499;REFB=0;REVB=0.00411996;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37442e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:15:27:0:0 chr19 44612231 . A G 727.57 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8797;QD=61.9207;RBI=0.0621684;REFB=0;REVB=0.0621384;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665435;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:29:17:0:1:30:17:0:0 chr19 44652954 . G A 1449.19 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0190934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.188;QD=56.2792;RBI=0.0645487;REFB=-0.147845;REVB=0.0616601;RO=3;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270854;STB=0.514283;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00190082;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:103:103:3:3:100:100:0.970874:51:49:0:3:51:49:0:3 chr19 44660967 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2766;QD=55.6533;RBI=0.0492922;REFB=0;REVB=0.0322204;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115188;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr19 44764064 . A G 1729.84 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8666;QD=60.6963;RBI=0.0405741;REFB=0;REVB=-0.0357956;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029572;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:66:48:0:0:66:48:0:0 chr19 44778405 . A C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265323;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.996;QD=56.7418;RBI=0.0399411;REFB=0;REVB=0.0298552;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173103;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 44778797 . T A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00851406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.225;QD=49.3979;RBI=0.0144315;REFB=0.0295629;REVB=0.0116524;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00535912;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:0:1:11:12:0:1 chr19 44778799 . G A 312.11 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701332;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8602;QD=54.2805;RBI=0.072786;REFB=0;REVB=0.0194713;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342981;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 44792969 . G A 280.69 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3846;QD=51.0347;RBI=0.0527231;REFB=0;REVB=0.0469945;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00521453;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr19 44832684 . T G 1208.87 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.245;QD=61.2086;RBI=0.0077181;REFB=0;REVB=-0.00307301;RO=0;SAF=17;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78092e-06;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:61:17:0:0:62:17:0:0 chr19 44832875 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.31;QD=57.0007;RBI=0.0141202;REFB=0;REVB=-0.0051408;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66964e-05;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr19 44832992 . C G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4663;QD=63.8674;RBI=0.0225771;REFB=0;REVB=0.0181846;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87609e-05;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr19 44833506 . C T 865.15 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0480677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0019;QD=53.2402;RBI=0.0481738;REFB=-0.0117094;REVB=0.00319511;RO=3;SAF=26;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514105;STB=0.527264;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00409228;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:36:26:3:0:36:26:3:0 chr19 44833851 . G C 920.33 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.432;QD=58.4338;RBI=0.0160857;REFB=0;REVB=0.00424442;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28473e-05;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr19 44840789 . T C 1313.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.874;QD=61.8292;RBI=0.0505352;REFB=0;REVB=0.0426422;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93544e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:38:41:0:0:39:46:0:0 chr19 44890697 . A G 184.95 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00911733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.362;QD=16.8141;RBI=0.0354977;REFB=-0.0131089;REVB=0.0343069;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114392;STB=0.585221;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0164249;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:24:19:20:0.454545:12:7:12:13:13:7:12:12 chr19 44930880 . G A 895.35 PASS AF=0.358553;AO=108;DP=304;FAO=109;FDP=304;FR=.;FRO=195;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=88;FSRR=107;FWDB=-0.0222234;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6086;QD=11.7809;RBI=0.0241494;REFB=-0.00501905;REVB=0.00945072;RO=193;SAF=48;SAR=60;SRF=87;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724177;STB=0.501128;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00636296;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:193:195:108:109:0.358553:60:48:87:106:60:49:88:107 chr19 44933504 . G A 334.64 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00487565;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.17;QD=16.732;RBI=0.0281735;REFB=-0.0067093;REVB=0.0277484;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137931;STB=0.577306;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00810054;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:19:17:27:17:19:17:27:17 chr19 44933706 . C T 474.54 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0230611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.296;QD=27.1164;RBI=0.023062;REFB=-0.0379267;REVB=-0.00020651;RO=25;SAF=13;SAR=31;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791926;STB=0.547791;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0151418;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:26:44:44:0.628571:31:13:5:20:31:13:5:21 chr19 44934489 . G A 323.66 PASS AF=0.378641;AO=40;DP=104;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0200407;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9282;QD=12.5693;RBI=0.0841347;REFB=-0.00608671;REVB=0.081713;RO=64;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126329;STB=0.592097;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0077681;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:64:64:40:39:0.378641:24:16:33:31:24:15:34:30 chr19 44934653 . T C 142.64 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0469994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5706;QD=22.822;RBI=0.0508858;REFB=0.00107055;REVB=-0.0195044;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327413;STB=0.683968;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000575142;OID=.;OPOS=44934653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:8:2:10:5:8:2 chr19 45004305 . G C 638.88 PASS AF=0.942308;AO=50;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0557405;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.165;QD=49.1447;RBI=0.0570509;REFB=-0.0705956;REVB=0.0121577;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447671;STB=0.53657;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00579449;OID=.;OPOS=45004305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:53:52:2:3:50:49:0.942308:30:20:2:0:30:19:3:0 chr19 45016116 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.517;QD=62.6707;RBI=0.0343804;REFB=0;REVB=0.0260306;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273585;OID=.;OPOS=45016116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 45016990 . CT CC,C 2009.0 PASS AF=0.0373134,0.962687;AO=6,126;DP=134;FAO=5,129;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=3,58;FSAR=2,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193426,0.0412754;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.68514,32.4839;QD=59.9701;RBI=0.0506124,0.119746;REFB=0,0;REVB=0.0505754,0.112407;RO=2;SAF=4,57;SAR=2,69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.284202,0.0135724;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0285558,-0.00121949;OID=.,.;OPOS=45016991,45016991;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0373134,0.962687:6,126:134:5,129:134:0:3,58:2,71:0:0:8:2:4,57:2,69:0:2 chr19 45028169 . C T 367.98 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00285964;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.723;QD=21.6461;RBI=0.00835195;REFB=-0.0171342;REVB=-0.00784713;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213774;STB=0.518449;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00655642;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:31:37:37:0.544118:20:17:13:17:20:17:13:18 chr19 45050747 . C T 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.025006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.821;QD=23.8995;RBI=0.0250444;REFB=-0.03411;REVB=0.00138687;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205211;STB=0.612829;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0226325;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:18:9:3:20:18:9:3:20 chr19 45050756 . T C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00142276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.222;QD=17.5879;RBI=0.00803566;REFB=0.000151689;REVB=0.0079087;RO=28;SAF=3;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286432;STB=0.666489;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000216426;OID=.;OPOS=45050756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:19:3:9:19:19:3:9:19 chr19 45121424 . G A 307.05 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=92;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0200529;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.966;QD=12.9283;RBI=0.0200553;REFB=-0.0199454;REVB=-0.000307524;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070174;STB=0.548049;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0308683;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:58:60:34:35:0.368421:16:18:27:31:16:19:28:32 chr19 45150614 . G A 646.05 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00854668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.863;QD=23.0733;RBI=0.00877851;REFB=-0.0170493;REVB=0.00200412;RO=49;SAF=34;SAR=29;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056312;STB=0.530788;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0164936;OID=.;OPOS=45150614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:29:34:23:26:29:34:23:26 chr19 45162038 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0854;QD=58.6005;RBI=0.0365219;REFB=0;REVB=0.0112925;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213181;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr19 45389224 . A G 467.38 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.598;QD=56.6515;RBI=0.0265222;REFB=0;REVB=-0.0146854;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53575e-05;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:23:9:1:0:23:10:0:0 chr19 45392254 . C T 125.24 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0243381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1976;QD=19.2672;RBI=0.102973;REFB=-0.0105431;REVB=0.100055;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192184;STB=0.512031;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0292416;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:11:14:0.538462:2:9:8:4:5:9:8:4 chr19 45395714 . T C 213.77 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.040356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1493;QD=12.7623;RBI=0.0405775;REFB=0.00218555;REVB=0.00423391;RO=41;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146714;STB=0.584128;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00392672;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:15:11:23:18:15:11:23:18 chr19 45396144 . C T 224.14 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000796958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.723;QD=17.5795;RBI=0.0155928;REFB=-0.012983;REVB=0.0155724;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307803;STB=0.683261;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0236708;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:7:17:10:16:7:17:10:17 chr19 45411941 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00253328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.372;QD=12.9748;RBI=0.0035106;REFB=-0.00589781;REVB=0.00243039;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289056;STB=0.517017;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00749805;OID=.;OPOS=45411941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:10:8:5:7:10:8 chr19 45448036 . T C 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.078;QD=56.9435;RBI=0.0309638;REFB=0;REVB=-0.0269175;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57032e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 45448465 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.298;QD=48.7373;RBI=0.0464291;REFB=0;REVB=0.0223513;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417772;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr19 45452694 . G GT 890.28 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105097;FXX=0.0161264;HRUN=0;LEN=1;MLLD=277.393;QD=58.379;RBI=0.0226963;REFB=0;REVB=0.0201164;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.46469e-05;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:61:61:0:31:30:0:0:5:1:30:30:1:0 chr19 45476422 . T C 1357.43 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.075;QD=62.4105;RBI=0.0377316;REFB=0;REVB=-0.00107665;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25991e-05;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:50:35:0:0:50:37:0:0 chr19 45488567 . T C 237.61 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.899;QD=50.023;RBI=0.0303941;REFB=0;REVB=0.00581351;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201514;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:15:19:1:2:13:0:0:6:13:0:0 chr19 45490570 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.364;QD=56.9569;RBI=0.00667769;REFB=0;REVB=-0.00302813;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31642e-05;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr19 45561063 . A G 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6646;QD=59.4999;RBI=0.00918328;REFB=0;REVB=0.00566374;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122354;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr19 45790001 . T A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0439472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3298;QD=13.6295;RBI=0.0700691;REFB=-0.030777;REVB=0.054574;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0348771;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:2:6:3:5:2:6:4:5 chr19 45801018 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8136;QD=37.4885;RBI=0.0913802;REFB=0;REVB=-0.0911278;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00601888;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 45806609 . A G 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0254897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9311;QD=15.7833;RBI=0.0339351;REFB=0.000212606;REVB=-0.0224024;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248365;STB=0.636139;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00337697;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:12:2:5:11:12:2:5:12 chr19 45810035 . A G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0047632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1893;QD=25.429;RBI=0.0260459;REFB=-0.0120592;REVB=0.0256067;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267747;STB=0.648646;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0067804;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:4:11:8:14:4:11 chr19 45849909 . A G 304.74 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0104391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.918;QD=26.4993;RBI=0.01224;REFB=-0.0235573;REVB=-0.00639081;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128985;STB=0.571375;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0192578;OID=.;OPOS=45849909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:11:16:8:11:11:16:8:11 chr19 45854919 . T G 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.005466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.314;QD=11.1305;RBI=0.00602306;REFB=-0.00817006;REVB=0.00252985;RO=37;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264804;STB=0.650903;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0139041;OID=.;OPOS=45854919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:17:4:14:23:17:4:14:24 chr19 45855524 . G A 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.029215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.005;QD=14.1694;RBI=0.0307063;REFB=-0.0209087;REVB=0.00945308;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874849;STB=0.55434;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.020777;OID=.;OPOS=45855524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:51:34:34:0.4:15:19:32:18:15:19:33:18 chr19 45865002 . C A 48.84 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0426315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.02;QD=13.9537;RBI=0.0426321;REFB=0.00721065;REVB=-0.000233009;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00493245;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:6:7:0.5:4:2:4:3:5:2:4:3 chr19 45868309 . T G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00631251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.118;QD=17.8275;RBI=0.00694662;REFB=-0.0121592;REVB=0.00289961;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113581;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0170312;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:4:7:6:6:4:7 chr19 45909934 . G A 173.11 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00881111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.522;QD=18.7144;RBI=0.0159541;REFB=-0.0197043;REVB=-0.0133003;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197068;STB=0.612662;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0168713;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:10:9:5:13:10:9 chr19 45910003 . G T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0402918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7245;QD=24.7066;RBI=0.0418249;REFB=-0.0206727;REVB=0.0112203;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510151;STB=0.52836;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0240181;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:10:7:11:12:10:7 chr19 45912002 . A C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0126501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=383.229;QD=20.8979;RBI=0.0234984;REFB=-0.0038237;REVB=-0.0198028;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336275;STB=0.699397;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00360994;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:2:2:1:7:2:2 chr19 45912343 . A G 210.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00346411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4002;QD=15.5753;RBI=0.00537302;REFB=-0.00469358;REVB=0.00410723;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311821;STB=0.528278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00596142;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:14:10:13:16:14:10:14:16 chr19 45912406 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00230758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.004;QD=16.1724;RBI=0.00589603;REFB=-0.0107767;REVB=-0.0054257;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.598467;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0195385;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:9:11:6:10:9:11 chr19 45923653 . A G 1434.35 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.206;QD=63.0485;RBI=0.0484731;REFB=0;REVB=0.048456;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27975e-05;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:53:37:0:0:54:37:0:0 chr19 46002455 . C CT 678.16 PASS AF=0.98;AO=5;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244507;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=261.664;QD=54.2527;RBI=0.0319364;REFB=0.0415577;REVB=0.020545;RO=45;SAF=2;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123912;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=-0.000257079;OID=.;OPOS=46002456;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.98:5:50:49:50:1:24:25:1:0:5:45:2:3:23:22 chr19 46002456 . G T 555.78 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00113529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.52;QD=43.5909;RBI=0.0204518;REFB=-0.167567;REVB=0.0204203;RO=6;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373949;STB=0.509799;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00138499;OID=.;OPOS=46002456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:51:6:7:44:44:0.862745:22:22:2:4:22:22:3:4 chr19 46003066 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.828;QD=60.6102;RBI=0.0122156;REFB=0;REVB=0.0115059;RO=0;SAF=33;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25976e-05;OID=.;OPOS=46003066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:5:33:0:0:5:33:0:0 chr19 46003068 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2286;QD=60.2305;RBI=0.0307701;REFB=0;REVB=0.0192128;RO=0;SAF=33;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25741e-05;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:4:33:0:0:4:33:0:0 chr19 46024581 . AGGT AG,AGG,AGGG,GAGC 568.36 PASS AF=0.589744,0.307692,0.025641,0.0769231;AO=16,8,9,2;DP=40;FAO=23,12,1,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,10,1,0;FSAR=6,2,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146749,0.0082356,0.00294822,0.0467209;FXX=0.0249938;HRUN=2,1,1,1;LEN=2,1,1,4;MLLD=195.345,193.605,184.747,34.6781;QD=58.2936;RBI=0.166587,0.20233,0.206415,0.0516736;REFB=0,0,0,0;REVB=0.165939,0.202162,0.206394,0.0220752;RO=0;SAF=12,8,8,0;SAR=4,0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.07465e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.00221375,0.00142351,-0.0373099,0.11291;OID=.,.,.,.;OPOS=46024583,46024584,46024584,46024581;OREF=GT,T,T,AGGT;OALT=-,-,G,GAGC;OMAPALT=AG,AGG,AGGG,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:40:39:0:0:16,8,9,2:23,12,1,3:0.589744,0.307692,0.025641,0.0769231:4,0,1,2:12,8,8,0:0:0:6,2,0,3:17,10,1,0:0:0 chr19 46026970 . T A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0515;QD=62.6703;RBI=0.0497168;REFB=0;REVB=-0.00807102;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058515;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 46029811 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAT 905.0 PASS AF=0,0.822222,0.177778;AO=16,23,15;DP=104;FAO=0,74,16;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48,10;FSAR=0,26,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.199389,-0.10823,-0.0499884;FXX=0.134602;HRUN=9,9,9;LEN=1,2,1;MLLD=7.89844,13.53,149.635;QD=40.2223;RBI=0.763045,0.388837,0.0593807;REFB=-0.0183704,-0.0290565,-0.045239;REVB=0.736534,0.373471,0.0320504;RO=6;SAF=3,21,9;SAR=13,2,6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0170151,0.482977,0.220378;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0440248,0.0424446,-0.0501071;OID=.,.,.;OPOS=46029812,46029812,46029819;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.822222,0.177778:16,23,15:104:0,74,16:90:0:0,48,10:0,26,6:0:0:85:6:3,21,9:13,2,6:1:5 chr19 46029981 . T C 1952.14 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7959;QD=61.9728;RBI=0.0256634;REFB=0;REVB=0.0250178;RO=0;SAF=60;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103459;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:66:60:0:0:66:60:0:0 chr19 46057081 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.341;QD=64.1538;RBI=0.00901285;REFB=0;REVB=0.000113376;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60269e-05;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr19 46141845 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0333585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.3;QD=18.1185;RBI=0.0333694;REFB=-0.0170487;REVB=0.000852799;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238777;STB=0.635689;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.026465;OID=.;OPOS=46141845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:7:13:7:11:7:13 chr19 46154806 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0481084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.935;QD=7.32768;RBI=0.0481645;REFB=-0.02326;REVB=0.00232279;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.050817;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:11:10:3:5:11:10 chr19 46154820 . G A 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0121874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.557;QD=9.49089;RBI=0.0444738;REFB=-0.0411166;REVB=-0.0427713;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430506;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0467053;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:13:11:5:6:13:11 chr19 46154902 . G GC 119.3 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0266316;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.565;QD=9.94135;RBI=0.0322795;REFB=0.0102926;REVB=-0.0182407;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432554;STB=0.517224;STBP=0.866;TYPE=ins;VARB=-0.0115646;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:18:48:20:48:28:12:8:16:12:99:28:11:7:16:12 chr19 46154906 . C CT 129.13 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0154597;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.068;QD=11.7392;RBI=0.0157529;REFB=-0.00149712;REVB=0.00302499;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040977;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=ins;VARB=0.00196489;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:20:45:20:44:24:12:8:15:9:99:25:12:8:16:9 chr19 46198967 . CAA CA,C,CAC,GAC 277.35 PASS AF=0.647059,0.117647,0.176471,0.0588235;AO=12,3,2,2;DP=28;FAO=22,4,6,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0,0;FSAR=4,4,6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.265389,0.143948,0.0302683,0.0210379;FXX=0;HRUN=6,6,6,2;LEN=1,2,1,3;MLLD=11.0523,13.7462,107.41,162.864;QD=32.6299;RBI=0.439551,0.235475,0.0982324,0.0709005;REFB=0.00512497,0.00849572,0.00911013,0.0154459;REVB=-0.350392,-0.186353,-0.0934529,-0.0677074;RO=6;SAF=12,0,0,0;SAR=0,3,2,2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.421875,0.421875,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.804025,-0.794076,-0.794076;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0850386,0.0514375,0.126927,0.0550343;OID=.,.,.,.;OPOS=46198968,46198968,46198969,46198967;OREF=A,AA,A,CAA;OALT=-,-,C,GAC;OMAPALT=CA,C,CAC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:27:28:34:6:0:12,3,2,2:22,4,6,2:0.647059,0.117647,0.176471,0.0588235:0,3,2,2:12,0,0,0:6:0:4,4,6,2:18,0,0,0:0:0 chr19 46206262 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0133743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.843;QD=19.2749;RBI=0.0341622;REFB=-0.00693959;REVB=0.0314353;RO=26;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237372;STB=0.635632;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0090854;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:18:5:11:15:18:5:11:15 chr19 46216642 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0197656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.639;QD=11.6342;RBI=0.0247414;REFB=-0.0186041;REVB=-0.0148815;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0306162;OID=.;OPOS=46216642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:6:10:6:4:6:10 chr19 46262286 . C A 150.48 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0230171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4178;QD=12.8071;RBI=0.0248171;REFB=-0.00905667;REVB=0.00927909;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104339;STB=0.561026;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0157596;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:13:17:8:9:13:17 chr19 46268902 . C T 269.51 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.000973405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.019;QD=14.1848;RBI=0.0138634;REFB=-0.00250206;REVB=0.0138292;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156425;STB=0.592675;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00200912;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:19:12:11:33:19:12:11:34 chr19 46269076 . G A 93.31 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0338077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.871;QD=9.82157;RBI=0.0479639;REFB=-0.0106779;REVB=-0.0340231;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820682;STB=0.549913;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0578078;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:8:18:9:3:8:18 chr19 46269313 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.219;QD=42.182;RBI=0.0293986;REFB=0;REVB=0.0204109;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02887e-06;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr19 46275976 . G C 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0253222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.462;QD=20.1581;RBI=0.0257483;REFB=-0.0280286;REVB=0.00466482;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0396475;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:8:6:8:8:8:6 chr19 46282503 . A C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.012874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.069;QD=19.0583;RBI=0.0155834;REFB=-0.00676437;REVB=-0.00878079;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787433;STB=0.564906;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00879711;OID=.;OPOS=46282503;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:8:11:12:6:8:11:14:6 chr19 46287200 . C G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.013528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.091;QD=8.24623;RBI=0.0245286;REFB=-0.00276253;REVB=0.0204609;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366314;STB=0.717834;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.01259;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:13:2:3:4:13:2 chr19 46289392 . G C 789.73 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0019012;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=270.377;QD=50.9502;RBI=0.0205257;REFB=-0.115199;REVB=-0.0204375;RO=3;SAF=47;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684736;STB=0.531293;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000558393;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:11:47:1:2:11:47:2:2 chr19 46289503 . C T 430.61 PASS AF=0.443478;AO=34;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.00222644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7799;QD=14.9776;RBI=0.0406905;REFB=-0.0284286;REVB=0.0406295;RO=65;SAF=16;SAR=18;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250674;STB=0.58028;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0332236;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:64:34:51:0.443478:18:16:45:20:24:27:43:21 chr19 46289504 . G T 69.07 PASS AF=0.130435;AO=14;DP=108;FAO=15;FDP=115;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=-0.0413074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.5217;QD=2.40242;RBI=0.0459004;REFB=-0.0501452;REVB=-0.0200136;RO=94;SAF=9;SAR=5;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341683;STB=0.509079;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0392933;OID=.;OPOS=46289504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:108:115:94:100:14:15:0.130435:5:9:58:36:6:9:61:39 chr19 46319415 . G C 289.57 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00866587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.051;QD=46.3308;RBI=0.0132497;REFB=-0.131312;REVB=0.0100228;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559384;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00139296;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:23:23:0.92:3:20:0:0:3:20:1:1 chr19 46341824 . C T 341.5 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00658898;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.087;QD=18.4596;RBI=0.0154492;REFB=-0.0174486;REVB=-0.0139737;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629696;STB=0.52598;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0136138;OID=.;OPOS=46341824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:36:38:35:36:0.486486:19:16:14:22:20:16:15:23 chr19 46352122 . A G 258.41 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00457645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0554;QD=18.7936;RBI=0.0153694;REFB=0.00995834;REVB=0.0146722;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989762;STB=0.545422;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00589169;OID=.;OPOS=46352122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:13:14:11:16:14:14:11:16 chr19 46367703 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.705;QD=21.8415;RBI=0.0240099;REFB=-0.108363;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0338901;OID=.;OPOS=46367703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr19 46404579 . A G 477.04 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.123;QD=57.8227;RBI=0.0582649;REFB=0;REVB=0.0393928;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118847;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:25:5:0:0:27:6:0:0 chr19 46443886 . C A 223.42 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.435;QD=49.6483;RBI=0.0626034;REFB=0;REVB=0.0527519;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613221;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:2:15:0:0:3:15:0:0 chr19 46498353 . C G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0403642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.401;QD=15.5688;RBI=0.0404271;REFB=-0.0145399;REVB=-0.0022535;RO=35;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930184;STB=0.505259;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0175785;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:21:7:9:26:21:7:9:26 chr19 46511548 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.861;QD=54.5173;RBI=0.019851;REFB=0;REVB=0.00848024;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235963;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr19 46520026 . A G 243.28 PASS AF=0.288136;AO=32;DP=119;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=-0.0184008;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.735;QD=8.24674;RBI=0.029319;REFB=-0.0096553;REVB=-0.0228257;RO=81;SAF=9;SAR=23;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744661;STB=0.507923;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0252334;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:81:84:32:34:0.288136:23:9:27:54:23:11:28:56 chr19 46520027 . GC G,GG 59.98 PASS AF=0.13913,0.0608696;AO=21,7;DP=115;FAO=16,7;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=1,3;FSAR=15,4;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=0.0291187,0.0408096;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0539,34.4416;QD=2.08619;RBI=0.0707296,0.0581007;REFB=-0.0567807,-0.0373381;REVB=-0.0644576,-0.0413554;RO=81;SAF=2,3;SAR=19,4;SRF=27;SRR=54;SSEN=0.511628,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.43871,0.111523;STB=0.862721,0.588884;STBP=0.005,0.692;TYPE=del,snp;VARB=0.031438,0.142807;OID=.,.;OPOS=46520028,46520028;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.13913,0.0608696:21,7:115:16,7:115:92:1,3:15,4:31:61:34:81:2,3:19,4:27:54 chr19 46808371 . C T 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00149426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.341;QD=17.3696;RBI=0.017848;REFB=-0.00876128;REVB=-0.0177854;RO=55;SAF=26;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824056;STB=0.546197;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0112897;OID=.;OPOS=46808371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:18:26:28:27:18:26:28:27 chr19 46811984 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.114;QD=52.6132;RBI=0.0580704;REFB=0;REVB=0.051726;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030302;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr19 46815310 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00472616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.613;QD=11.634;RBI=0.00896411;REFB=0.00352849;REVB=-0.007617;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334607;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00709259;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:10:6:7:3:10:6 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 51.56 PASS AF=0.266667,0.2;AO=3,3;DP=17;FAO=4,3;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2,2;FSAR=2,1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00490827,-0.0736434;FXX=0.117578;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=257.807,48.1129;QD=13.7492;RBI=0.0238501,0.117434;REFB=-0.00271579,0.00926784;REVB=-0.0233395,-0.0914735;RO=8;SAF=1,2;SAR=2,1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.535477,-0.294841;STB=0.749059,0.691333;STBP=0.4,0.792;TYPE=del,snp;VARB=0.0151326,0.0162223;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.2:3,3:17:4,3:15:8:2,2:2,1:7:1:29:8:1,2:2,1:7:1 chr19 46823702 . A G 340.32 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00416975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1648;QD=15.4693;RBI=0.0045942;REFB=-0.0227553;REVB=-0.00192871;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157844;STB=0.583545;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.038374;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:51:37:37:0.420455:15:22:21:27:15:22:23:28 chr19 46823751 . C T 433.39 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0154965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.921;QD=18.058;RBI=0.0213004;REFB=-0.0086712;REVB=0.0146139;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16159;STB=0.588472;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.008344;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:52:43:44:0.458333:19:24:19:30:19:25:21:31 chr19 46823776 . GCCCCCT CGCCCCT,GCCCCT,GCCCCTC 127.51 PASS AF=0.0379747,0.405063,0;AO=3,34,3;DP=80;FAO=3,32,0;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=1,15,0;FSAR=2,17,0;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0584169,-0.111618,-0.142002;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=30.3398,9.44476,24.0121;QD=6.45601;RBI=0.0729971,0.138749,0.145564;REFB=-0.0852684,-0.172446,-0.0759226;REVB=-0.0437725,-0.0824169,-0.0320073;RO=38;SAF=1,15,2;SAR=2,19,1;SRF=20;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.414179,0;SSSB=-0.18901,-0.0804844,0.140183;STB=0.674898,0.53123,0.5;STBP=0.589,0.682,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0112639,0.150404,0.109596;OID=.,.,.;OPOS=46823776,46823777,46823781;OREF=GC,C,CT;OALT=CG,-,TC;OMAPALT=CGCCCCT,GCCCCT,GCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:79:38:44:3,34,3:3,32,0:0.0379747,0.405063,0:2,19,1:1,15,2:20:18:2,17,0:1,15,0:23:21 chr19 46850392 . GC CG,G 71.14 PASS AF=0,0.364865;AO=8,24;DP=74;FAO=0,27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=0,18;FSAR=0,9;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0308236,0.124066;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=152.992,6.94022;QD=3.84523;RBI=0.0885633,0.140871;REFB=-0.00643014,-0.145137;REVB=-0.0830263,-0.0667262;RO=32;SAF=8,9;SAR=0,15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727269,-0.0973269;STB=0.5,0.629532;STBP=1,0.101;TYPE=mnp,del;VARB=0.0181482,0.177777;OID=.,.;OPOS=46850392,46850393;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:74:74:32:47:8,24:0,27:0,0.364865:0,15:8,9:15:17:0,9:0,18:22:25 chr19 47177913 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.758;QD=62.6709;RBI=0.0739711;REFB=0;REVB=0.0479882;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716592;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr19 47223543 . T C 605.12 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.00363657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.884;QD=19.0588;RBI=0.0864501;REFB=-0.010579;REVB=-0.0863736;RO=64;SAF=38;SAR=24;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895759;STB=0.543654;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0135845;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:64:65:62:62:0.488189:24:38:45:19:24:38:45:20 chr19 47223949 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00103437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.35;QD=15.6262;RBI=0.0189544;REFB=-0.013964;REVB=-0.0189261;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164133;STB=0.612131;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0169642;OID=.;OPOS=47223949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:9:10:9:16:9:10:9:18 chr19 47258842 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0234736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.479;QD=14.0443;RBI=0.0245293;REFB=-0.00844241;REVB=-0.00711856;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112631;STB=0.564193;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0132052;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:17:11:20:20:17:11:20:20 chr19 47291174 . G C 87.36 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0345286;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8687;QD=20.5544;RBI=0.04766;REFB=-0.15812;REVB=0.032852;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0217872;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:17:4:5:8:8:0.470588:2:6:2:2:2:6:3:2 chr19 47353979 . GC G 141.34 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=53;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.189268;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.55634;QD=10.2789;RBI=0.195454;REFB=-0.107893;REVB=0.0487854;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376673;STB=0.531232;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.110153;OID=.;OPOS=47353980;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:28:53:35:55:20:17:18:8:12:41:20:14:14:9:11 chr19 47543774 . G A 686.68 PASS AF=0.511278;AO=67;DP=132;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=16;FSRR=49;FWDB=0.0114019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.026;QD=20.6521;RBI=0.031941;REFB=0.00507735;REVB=0.0298366;RO=65;SAF=20;SAR=47;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574471;STB=0.536874;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00386765;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:65:65:67:68:0.511278:47:20:16:49:47:21:16:49 chr19 47761646 . G C 408.96 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.984;QD=56.4089;RBI=0.0613767;REFB=0;REVB=0.0520515;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265664;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr19 47768128 . G C 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0413002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3952;QD=24.3822;RBI=0.0463848;REFB=-0.003743;REVB=-0.021115;RO=20;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123362;STB=0.560391;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00167619;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:8:18:11:9:8:18:12:9 chr19 47770015 . A C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0209778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4643;QD=13.0144;RBI=0.0211784;REFB=-0.053945;REVB=0.00290866;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410768;STB=0.523786;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0841882;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:14:18:12:8:14:18 chr19 47774447 . G A 81.77 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0571762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.353;QD=15.575;RBI=0.0588644;REFB=-0.00168595;REVB=-0.0139965;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204937;STB=0.575089;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00155979;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:10:10:11:0.52381:5:5:8:3:5:6:7:3 chr19 47774572 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0326983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.637;QD=11.9196;RBI=0.0327428;REFB=-0.0147679;REVB=0.00170733;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0295301;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:5:4:2:5:5:4 chr19 47774772 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0234268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.663;QD=12.7823;RBI=0.0238871;REFB=-0.00908989;REVB=-0.00466665;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0305663;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:7:7:6:4:7:7 chr19 47778851 . C T 160.39 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0418428;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2561;QD=17.3393;RBI=0.0745958;REFB=-0.0723624;REVB=-0.0617553;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275789;STB=0.674815;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0508315;OID=.;OPOS=47778851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:20:17:17:0.459459:8:9:4:14:8:9:4:16 chr19 47778857 . C G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0257027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.816;QD=19.976;RBI=0.0274389;REFB=-0.0176977;REVB=-0.00960549;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305068;STB=0.670575;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0367881;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:4:16:9:11:4:16 chr19 47813165 . G A 220.37 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.021188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.815;QD=24.485;RBI=0.0414853;REFB=-0.0237367;REVB=0.0356665;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0220637;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr19 47823038 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2991;QD=40.7626;RBI=0.0233569;REFB=0;REVB=-0.0225195;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110576;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr19 47823484 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.036;QD=57.7124;RBI=0.0239507;REFB=0;REVB=0.00182331;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38967e-05;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr19 47823871 . G T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8102;QD=63.5819;RBI=0.0534758;REFB=0;REVB=-0.052342;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365196;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr19 47858424 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00168872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.348;QD=18.6734;RBI=0.0221082;REFB=-0.0078235;REVB=0.0220436;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113851;STB=0.563367;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00637018;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:14:22:17:18:14:22 chr19 47865911 . A G 495.79 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00809441;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.777;QD=22.2828;RBI=0.0176403;REFB=-0.0144921;REVB=0.0156736;RO=41;SAF=18;SAR=29;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10574;STB=0.562182;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0154699;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:41:42:47:47:0.52809:29:18:11:30:29:18:11:31 chr19 47879279 . G A 608.61 PASS AF=0.364103;AO=71;DP=194;FAO=71;FDP=195;FR=.;FRO=124;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=68;FSRR=56;FWDB=0.0170948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.367;QD=12.4842;RBI=0.0210963;REFB=-0.0101639;REVB=-0.0123621;RO=123;SAF=39;SAR=32;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400418;STB=0.500583;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0194897;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:123:124:71:71:0.364103:32:39:68:55:32:39:68:56 chr19 47933257 . G A 259.85 PASS AF=0.54;AO=24;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00574453;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.245;QD=20.788;RBI=0.00971499;REFB=-0.0203639;REVB=-0.00783463;RO=15;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344372;STB=0.507457;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0167386;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:23:24:27:0.54:7:17:10:5:9:18:15:8 chr19 47935352 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.159;QD=53.277;RBI=0.0132369;REFB=0;REVB=0.0128917;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107231;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 47980153 . G A 710.53 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00105493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.847;QD=54.6561;RBI=0.0215949;REFB=-0.134023;REVB=0.0215691;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000678512;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:0:1:28:23:0:1 chr19 48182787 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0384;QD=58.4178;RBI=0.0608713;REFB=0;REVB=0.050165;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156965;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr19 48183771 . C T 989.68 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.018393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.129;QD=54.9825;RBI=0.034944;REFB=-0.115791;REVB=0.0297116;RO=2;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.502537;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00323965;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:42:27:0:2:42:27:1:2 chr19 48198675 . A G 1083.22 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026178;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.489;QD=60.1789;RBI=0.0944085;REFB=0;REVB=-0.0907066;RO=0;SAF=52;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269888;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:19:52:0:0:19:53:0:0 chr19 48244194 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.908;QD=60.2279;RBI=0.0453863;REFB=0;REVB=-0.0334068;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91727e-06;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr19 48244569 . G A 109.0 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00169626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8639;QD=36.3334;RBI=0.0498449;REFB=-0.021522;REVB=0.0498161;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.025659;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr19 48255804 . A G 255.17 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0728;QD=51.0339;RBI=0.0605069;REFB=0;REVB=0.0556754;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287076;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:15:4:0:0:16:4:0:0 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 337.92 PASS AF=1;AO=19;DP=36;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029686;FXX=0.361011;HRUN=0;LEN=7;MLLD=243.104;QD=58.7693;RBI=0.0304918;REFB=0;REVB=-0.00696355;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000261813;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:19:36:23:23:0:10:13:0:0:3:17:6:13:9:8 chr19 48282078 . C G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0520367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.617;QD=17.732;RBI=0.0632301;REFB=-0.041797;REVB=-0.0359197;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196355;STB=0.611524;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00616724;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:6:13:8:9:6:13 chr19 48284163 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0638353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8984;QD=10.1733;RBI=0.0791995;REFB=-0.0316285;REVB=-0.0468788;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0377839;OID=.;OPOS=48284163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr19 48305850 . A G 41.88 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0458414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.5136;QD=18.6151;RBI=0.0458414;REFB=-0.132194;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0640799;OID=.;OPOS=48305850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:0:6:3:0:0:6:3:0 chr19 48351527 . T C 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00532387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.284;QD=29.3797;RBI=0.0372161;REFB=0.0127543;REVB=0.0368333;RO=11;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10895;STB=0.560382;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00644123;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:17:5:4:7:17:5:4:7 chr19 48352054 . G C 91.15 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0215765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8769;QD=17.3616;RBI=0.0237219;REFB=-0.0241827;REVB=0.00985798;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559951;STB=0.832592;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0245833;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:4:6:1:10:4:6 chr19 48389425 . A G 1405.74 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169277;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.066;QD=61.7908;RBI=0.0208458;REFB=-0.0771844;REVB=0.0121656;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957528;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000237514;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:49:41:0:1:49:41:0:1 chr19 48484159 . AG A,AT 215.98 PASS AF=0.442623,0;AO=19,6;DP=63;FAO=27,0;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12,0;FSAR=15,0;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0124257,-0.0635436;FXX=0.0468677;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.4108,93.8443;QD=14.1626;RBI=0.0151898,0.0668578;REFB=-0.00702221,-0.0078254;REVB=0.00873685,0.0207888;RO=31;SAF=8,4;SAR=11,2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0332318,0.25372;STB=0.514695,0.5;STBP=0.86,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0172465,0.0133501;OID=.,.;OPOS=48484160,48484160;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623,0:19,6:63:27,0:61:34:12,0:15,0:16:18:99:31:8,4:11,2:14:17 chr19 48525507 . G A 1518.16 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.935;QD=58.9577;RBI=0.0362328;REFB=0;REVB=0.0351135;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526054;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:57:42:0:0:60:43:0:0 chr19 48543862 . G A 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259572;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.263;QD=60.6306;RBI=0.0421506;REFB=0;REVB=0.0332099;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197797;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr19 48598823 . A G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00918622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.5;QD=28.4028;RBI=0.0345394;REFB=-0.0190464;REVB=0.0332954;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430355;STB=0.523787;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00867004;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:5:6:10:11:5:6 chr19 48601454 . T C 980.48 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483716;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.616;QD=59.4228;RBI=0.0565988;REFB=0;REVB=0.0293873;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02024e-05;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr19 48602948 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.015;QD=56.9378;RBI=0.0314368;REFB=0;REVB=0.0309103;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115661;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr19 48621036 . C G 306.69 PASS AF=0.722222;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0288469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.64;QD=34.0769;RBI=0.0386797;REFB=-0.0263169;REVB=0.0257677;RO=10;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187424;STB=0.605306;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00857675;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:10:10:25:26:0.722222:18:7:6:4:19:7:6:4 chr19 48622427 . A G 1152.0 PASS AF=0.455224;AO=121;DP=267;FAO=122;FDP=268;FR=.;FRO=146;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=80;FSRR=66;FWDB=-0.00299769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.676;QD=17.194;RBI=0.0244826;REFB=-0.0133589;REVB=-0.0242984;RO=146;SAF=61;SAR=60;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043312;STB=0.521672;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0315143;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:146:146:121:122:0.455224:60:61:80:66:60:62:80:66 chr19 48654553 . G T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0614079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4752;QD=17.4543;RBI=0.0623668;REFB=0.0419828;REVB=0.0108941;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646628;STB=0.536301;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.05067;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:16:13:14:13:16:13 chr19 48668795 . G A 315.62 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0346242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3892;QD=23.8206;RBI=0.0346344;REFB=-0.0673553;REVB=0.000842898;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463073;STB=0.540611;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0473179;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:21:31:32:0.603774:15:16:10:12:15:17:9:12 chr19 48697961 . C T 817.43 PASS AF=0.538462;AO=76;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0319646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6911;QD=22.865;RBI=0.0491816;REFB=0.0039181;REVB=0.0373776;RO=67;SAF=32;SAR=44;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874424;STB=0.553502;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00320602;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:66:76:77:0.538462:44:32:35:32:45:32:35:31 chr19 48715153 . T C 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0653359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.89;QD=22.9067;RBI=0.0657241;REFB=0.0152456;REVB=-0.00713222;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.571364;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0145748;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:4:13:13:8:4:13 chr19 48725062 . C T 168.32 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0270884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7202;QD=12.4681;RBI=0.0283804;REFB=-0.000386784;REVB=-0.00846547;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274384;STB=0.652904;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00213796;OID=.;OPOS=48725062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:16:5:15:17:16:5:15:18 chr19 48727086 . C G 275.81 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0350783;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3532;QD=14.5162;RBI=0.0362967;REFB=-0.00557938;REVB=0.00932548;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405452;STB=0.518111;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00806106;OID=.;OPOS=48727086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:44:31:32:0.421053:16:15:22:20:17:15:22:22 chr19 48735992 . A G 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0151862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.96;QD=28.9922;RBI=0.0228519;REFB=-0.00431532;REVB=0.017076;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858314;STB=0.547287;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0032067;OID=.;OPOS=48735992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:14:11:8:6:14:11:8:6 chr19 48823545 . G A 236.05 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00735101;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.089;QD=13.1141;RBI=0.00768273;REFB=0.00359219;REVB=-0.00223315;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218986;STB=0.624913;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00438322;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:12:16:16:28:12:16:16:28 chr19 48835668 . G C 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0296781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.161;QD=20.9871;RBI=0.0409756;REFB=-0.0190723;REVB=-0.0282527;RO=30;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163159;STB=0.589879;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0163377;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:19:16:8:22:19:16:8:22 chr19 48863386 . C T 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.006861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.104;QD=30.2994;RBI=0.00693727;REFB=-0.0177922;REVB=-0.0010258;RO=17;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248977;STB=0.51366;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00865266;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:17:13:8:9:17:13:8:9 chr19 48908597 . G A 258.29 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0246407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.057;QD=18.4491;RBI=0.0275312;REFB=-0.0204727;REVB=-0.0122802;RO=27;SAF=20;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156499;STB=0.586891;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0169143;OID=.;OPOS=48908597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:27:28:0.5:7:20:16:11:7:21:17:11 chr19 48918157 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.112;QD=53.2771;RBI=0.0363527;REFB=0;REVB=0.0239972;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523304;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 49106995 . G A 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0200043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5933;QD=16.4777;RBI=0.0222586;REFB=-0.0241227;REVB=0.00976097;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238075;STB=0.634907;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0406648;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:19:6:9:10:19:6 chr19 49116359 . T C 710.45 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00562084;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2112;QD=59.2042;RBI=0.0278098;REFB=-0.139419;REVB=-0.0272359;RO=1;SAF=13;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.535698;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000383656;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:1:2:46:46:0.958333:33:13:1:0:33:13:2:0 chr19 49116438 . A G 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0923758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5338;QD=11.5701;RBI=0.0923849;REFB=-0.0119138;REVB=0.00129774;RO=42;SAF=6;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299504;STB=0.674845;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0193797;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:18:6:21:21:18:6:21:21 chr19 49116555 . AA GA,GG 734.86 PASS AF=0.978723,0.0212766;AO=45,2;DP=47;FAO=46,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0834643,-0.0424716;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=52.6591,15.4711;QD=62.5415;RBI=0.113281,0.0597326;REFB=0,0;REVB=-0.0765914,-0.0420018;RO=0;SAF=27,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00488238,0.062947;OID=.,.;OPOS=49116555,49116555;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:45,2:46,1:0.978723,0.0212766:18,1:27,1:0:0:19,0:27,1:0:0 chr19 49123833 . A C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00617834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.751;QD=18.6422;RBI=0.0421416;REFB=-0.0247754;REVB=0.0416862;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258549;STB=0.64583;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0399362;OID=.;OPOS=49123833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:17:7:12:9:17:7 chr19 49133761 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0161852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.5;QD=13.7742;RBI=0.0168479;REFB=-0.0299323;REVB=-0.00467885;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111113;STB=0.563698;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0418563;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:13:7:8:23:13:7:8:23 chr19 49183705 . G A 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00588367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1723;QD=54.8214;RBI=0.0178125;REFB=-0.0873553;REVB=0.0168128;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0026158;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr19 49206603 . C T 785.7 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6643;QD=64.1391;RBI=0.0642206;REFB=0;REVB=0.0114414;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901892;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:44:49:1:17:27:0:0:22:27:0:0 chr19 49206631 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.233;QD=57.0007;RBI=0.0176308;REFB=0;REVB=0.0172506;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71062e-05;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr19 49217261 . A G 964.0 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.736;QD=58.4243;RBI=0.051447;REFB=0;REVB=-0.0467234;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32771e-05;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr19 49217305 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.381;QD=58.6006;RBI=0.0235671;REFB=0;REVB=0.0225793;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36647e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr19 49244219 . CG AA 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787052;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.852;QD=57.2706;RBI=0.0448007;REFB=0;REVB=0.044104;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000118445;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:12:43:0:0:12:43:0:0 chr19 49247786 . G A 968.61 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.556;QD=58.7036;RBI=0.00410222;REFB=0;REVB=0.003643;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13835e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:38:27:0:0:39:27:0:0 chr19 49259529 . A G 1330.6 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.115;QD=61.8884;RBI=0.00593715;REFB=0;REVB=0.00163588;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18375e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:42:42:0:0:43:43:0:0 chr19 49261368 . T C 462.7 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.497;QD=57.8368;RBI=0.107998;REFB=0;REVB=0.00470232;RO=0;SAF=3;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155567;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:27:3:0:0:27:5:0:0 chr19 49299533 . A G 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00593212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.085;QD=25.4136;RBI=0.00614654;REFB=-0.0175335;REVB=-0.00160934;RO=24;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782961;STB=0.504286;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0136679;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:17:21:13:11:17:21:13:11 chr19 49363674 . T C 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00693048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1756;QD=23.0073;RBI=0.0157701;REFB=-0.0143936;REVB=-0.0141656;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167469;STB=0.592535;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00990829;OID=.;OPOS=49363674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:11:22:11:13:11:22:11:13 chr19 49416456 . G A 264.59 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.088;QD=50.3977;RBI=0.00681841;REFB=0;REVB=0.00656813;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131386;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr19 49421966 . T C 156.74 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0029748;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.28;QD=13.9326;RBI=0.025592;REFB=-0.0062677;REVB=-0.0254185;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134538;STB=0.618896;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00859383;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:30:28:17:17:0.377778:4:13:20:10:4:13:17:11 chr19 49438363 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00342332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.547;QD=28.0163;RBI=0.00531518;REFB=-0.0231624;REVB=0.00406595;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850927;STB=0.546885;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0135598;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:9:11:13:17:9:11 chr19 49442933 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.624;QD=57.8849;RBI=0.00867314;REFB=0;REVB=0.00156986;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81711e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr19 49445817 . T C,G 694.67 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176867,-0.0250302;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.635,61.7863;QD=61.7482;RBI=0.0209569,0.0332025;REFB=0,0;REVB=0.0112417,-0.021815;RO=0;SAF=23,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00024856,0.139823;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:20,0:23,2:0:0:20,0:23,2:0:0 chr19 49513273 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0321356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.51;QD=20.0174;RBI=0.0333126;REFB=-0.0149401;REVB=-0.0087768;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0133547;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr19 49513349 . C G 306.06 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.032406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.9179;QD=27.2057;RBI=0.0537017;REFB=-0.0637467;REVB=-0.042822;RO=18;SAF=21;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244655;STB=0.636253;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0217282;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:6:21:9:9:6:21:9:9 chr19 49621964 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00981179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.127;QD=12.3948;RBI=0.015979;REFB=-0.0136446;REVB=0.0126117;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077004;STB=0.545389;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0178567;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:12:12:6:8:12:12 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 1105.58 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=25,10;DP=116;FAO=108,10;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=54,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.562616,0.0293239;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=13.7379,148.63;QD=37.4773;RBI=0.600982,0.113162;REFB=0,0;REVB=0.211289,-0.109297;RO=56;SAF=13,0;SAR=12,10;SRF=38;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.18948,-0.755978;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0274751,0.250603;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:116:118:56:0:25,10:108,10:0.915254,0.0847458:12,10:13,0:38:18:54,10:54,0:0:0 chr19 49658209 . A C 241.2 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0240973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.566;QD=14.6179;RBI=0.0244719;REFB=-0.00527979;REVB=-0.00426515;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994809;STB=0.556481;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00430793;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:20:18:16:12:20:18 chr19 49658367 . C T 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000637609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.691;QD=11.4259;RBI=0.00298646;REFB=-0.0171005;REVB=0.0029176;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203895;STB=0.618931;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0219789;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:18:19:7:14:18:19 chr19 49658390 . T C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0101271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.479;QD=15.6501;RBI=0.0213167;REFB=-0.0188134;REVB=-0.0187574;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552059;STB=0.531874;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.024408;OID=.;OPOS=49658390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:12:9:6:10:12:9 chr19 49658467 . C T 62.71 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.100578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138;QD=20.9044;RBI=0.100956;REFB=-0.0154336;REVB=0.00873651;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00789905;OID=.;OPOS=49658467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr19 49661112 . G A 164.85 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0583327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9379;QD=21.2705;RBI=0.080428;REFB=-0.101111;REVB=0.055371;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.507803;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0581292;OID=.;OPOS=49661112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:7:6:7:10:8:6 chr19 49839015 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.695;QD=37.4884;RBI=0.0432932;REFB=0;REVB=0.0126485;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135516;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 49950298 . C T 460.79 PASS AF=0.46729;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00198652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7898;QD=17.2259;RBI=0.00221761;REFB=-0.00331177;REVB=0.000985678;RO=56;SAF=32;SAR=16;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117141;STB=0.553873;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00361707;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:48:50:0.46729:16:32:31:25:18:32:31:26 chr19 49950356 . C G 383.31 PASS AF=0.45977;AO=36;DP=82;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0632379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9986;QD=17.6235;RBI=0.0632388;REFB=-0.0477804;REVB=0.000344572;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277132;STB=0.507768;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0612478;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:46:47:36:40:0.45977:19:17:23:23:21:19:23:24 chr19 49954803 . C T 236.63 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0282219;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.487;QD=11.1354;RBI=0.0300457;REFB=-0.0111339;REVB=-0.0103086;RO=56;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588917;STB=0.534178;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0207678;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:56:29:29:0.341176:16:13:28:28:16:13:28:28 chr19 49954807 . T G 234.84 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0361885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8662;QD=10.9226;RBI=0.0369901;REFB=-0.00776325;REVB=-0.00765925;RO=57;SAF=12;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128739;STB=0.574827;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0431011;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:17:12:30:27:17:12:30:27 chr19 50019455 . A G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00281978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.082;QD=12.8973;RBI=0.00302528;REFB=-0.00823769;REVB=-0.00109597;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267588;STB=0.656533;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0199297;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:18:12:11:6:18:12 chr19 50028040 . T C 285.59 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0181578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.949;QD=15.4371;RBI=0.0511021;REFB=-0.00645792;REVB=0.0477673;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011973;STB=0.504235;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00912167;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:14:17:22:19:15:17:22:20 chr19 50028163 . A G 562.13 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0291276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9037;QD=26.4531;RBI=0.0386984;REFB=-0.0119033;REVB=-0.0254783;RO=34;SAF=23;SAR=28;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206253;STB=0.612258;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0101083;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:28:23:25:9:28:23:25:9 chr19 50028221 . C T 627.42 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0292431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.069;QD=28.8467;RBI=0.0350237;REFB=-0.0184076;REVB=-0.0192744;RO=31;SAF=25;SAR=30;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195932;STB=0.516801;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0133948;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:31:32:55:55:0.632184:30:25:15:16:30:25:16:16 chr19 50028731 . T A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0151464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.376;QD=18.6448;RBI=0.0151677;REFB=-0.0494594;REVB=0.00080413;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930297;STB=0.553115;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0194534;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:6:7:6:8:6:7 chr19 50038017 . C T 33.31 PASS AF=0.25;AO=4;DP=20;FAO=5;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00817529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.127;QD=6.66208;RBI=0.0421155;REFB=-0.0164535;REVB=-0.0413144;RO=8;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479483;STB=0.699117;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0674581;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:20:8:14:4:5:0.25:1:3:2:6:1:4:8:6 chr19 50086806 . C T 310.34 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0129497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2093;QD=18.8086;RBI=0.0597201;REFB=0.00316378;REVB=0.0582992;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814091;STB=0.545344;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00197972;OID=.;OPOS=50086806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:19:14:17:16:19:14 chr19 50091798 . G T 177.43 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00494769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.175;QD=21.5064;RBI=0.025475;REFB=-0.00200298;REVB=-0.0249899;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226244;STB=0.628102;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00187272;OID=.;OPOS=50091798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:8:7:13:5:8:7 chr19 50097784 . T C 971.2 PASS AF=0.492537;AO=99;DP=201;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=-0.0185661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4366;QD=19.3273;RBI=0.0760045;REFB=-0.00117198;REVB=-0.073702;RO=101;SAF=46;SAR=53;SRF=29;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166603;STB=0.593166;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000720943;OID=.;OPOS=50097784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:101:102:99:99:0.492537:53:46:29:72:53:46:29:73 chr19 50100295 . A G 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00652306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.329;QD=18.914;RBI=0.0262823;REFB=0.00491988;REVB=-0.02546;RO=27;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13222;STB=0.567519;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00673194;OID=.;OPOS=50100295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:21:8:11:16:21:8:11:17 chr19 50140092 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.986;QD=47.8224;RBI=0.0595014;REFB=0;REVB=0.00885147;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455125;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr19 50156896 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.932;QD=60.0309;RBI=0.0133935;REFB=0;REVB=-0.00579676;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09478e-05;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr19 50248501 . T C 177.28 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0227917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.476;QD=12.2264;RBI=0.0228575;REFB=-0.0114218;REVB=-0.00173376;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188227;STB=0.596187;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.025578;OID=.;OPOS=50248501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:36:22:22:0.37931:12:10:21:12:12:10:22:14 chr19 50249905 . T C 159.83 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0109645;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0671;QD=11.6238;RBI=0.0219823;REFB=-0.0135296;REVB=-0.0190526;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127809;STB=0.581739;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0267759;OID=.;OPOS=50249905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:34:35:20:20:0.363636:10:10:21:13:10:10:22:13 chr19 50249932 . TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 72.85 PASS AF=0.211538;AO=16;DP=66;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0506797;FXX=0.212089;HRUN=1;LEN=18;MLLD=259.078;QD=5.60367;RBI=0.051086;REFB=-0.0163301;REVB=0.00643044;RO=46;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153388;STB=0.551509;STBP=0.714;TYPE=del;VARB=0.0596825;OID=.;OPOS=50249933;OREF=CTGCTTCTCCTCCGGCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538:16:66:11:52:41:5:6:16:25:72:46:10:6:23:23 chr19 50250401 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0194455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.479;QD=14.6975;RBI=0.0276025;REFB=-0.00780012;REVB=0.01959;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497535;STB=0.502854;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0127878;OID=.;OPOS=50250401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:13:17:12:9:13:17 chr19 50306198 . G T 270.7 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00016342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.413;QD=12.1661;RBI=0.0249207;REFB=-0.0190931;REVB=-0.0249201;RO=56;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506126;STB=0.533792;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.035415;OID=.;OPOS=50306198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:57:32:32:0.359551:18:14:22:34:18:14:22:35 chr19 50312653 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0331559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.901;QD=17.6438;RBI=0.0360678;REFB=-0.0391157;REVB=0.0141976;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378665;STB=0.726651;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0428412;OID=.;OPOS=50312653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:1:8:4:3:1:8:4:3 chr19 50354211 . C T 199.78 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.120836;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3885;QD=11.0988;RBI=0.12137;REFB=-0.0119003;REVB=0.0113662;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102086;STB=0.577767;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0146076;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:47:24:25:0.347222:13:11:17:29:13:12:17:30 chr19 50383591 . A G 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.347;QD=61.8518;RBI=0.00981172;REFB=0;REVB=0.00571303;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23769e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:57:26:0:0:57:26:0:0 chr19 50387759 . C T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0108094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.092;QD=11.9168;RBI=0.0111801;REFB=-0.00696247;REVB=-0.00285501;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355498;STB=0.703968;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0192036;OID=.;OPOS=50387759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:26:11:14:8:26:11 chr19 50411742 . A G 638.7 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028425;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.746;QD=62.3118;RBI=0.0413082;REFB=0;REVB=0.0299731;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974563;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr19 50412417 . G A 450.09 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915227;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.924;QD=58.0766;RBI=0.00922397;REFB=0;REVB=0.00114784;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84401e-05;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr19 50453317 . C T 431.78 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0314758;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.762;QD=15.4208;RBI=0.0399137;REFB=-0.0449084;REVB=-0.0245435;RO=63;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676382;STB=0.543445;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0501565;OID=.;OPOS=50453317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:63:63:48:49:0.4375:25:23:26:37:25:24:26:37 chr19 50455180 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0203727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9058;QD=16.4268;RBI=0.026835;REFB=0.0134373;REVB=0.0174663;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481452;STB=0.788808;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0115954;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:5:6:10:1:5:6 chr19 50462298 . G C 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00382507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.354;QD=15.5563;RBI=0.00729278;REFB=-0.00699657;REVB=-0.00620914;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789621;STB=0.544603;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0133433;OID=.;OPOS=50462298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:14:20:23:22:14:20:23:22 chr19 50463670 . T G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0187441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.394;QD=17.8007;RBI=0.0417432;REFB=-0.00403367;REVB=-0.0372981;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280439;STB=0.660212;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00168803;OID=.;OPOS=50463670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:10:14:6:14:10:14 chr19 50463982 . T G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00463407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.578;QD=13.6997;RBI=0.0128761;REFB=-0.00996154;REVB=-0.0120133;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156203;STB=0.591019;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.016216;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:14:16:7:11:14:16 chr19 50464023 . C G 102.47 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0448049;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.233;QD=8.72098;RBI=0.0474603;REFB=-0.0105852;REVB=0.0156526;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329024;STB=0.700992;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0256671;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:34:34:13:13:0.276596:9:4:20:14:9:4:20:14 chr19 50474571 . A G 56.84 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0266383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5783;QD=8.74488;RBI=0.0471615;REFB=-0.0380323;REVB=-0.038918;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386833;STB=0.679182;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0316933;OID=.;OPOS=50474571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:13:17:8:8:0.307692:3:5:3:10:3:5:6:11 chr19 50475114 . G C 545.41 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.152;QD=57.4117;RBI=0.030174;REFB=-0.156288;REVB=-0.0141974;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00547985;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:0:1 chr19 50475174 . A C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00105147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.261;QD=12.9748;RBI=0.0344807;REFB=-0.00883009;REVB=0.0344646;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228726;STB=0.633127;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0291616;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:13:5:6:6:13:5 chr19 50475208 . C T 54.0 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.014282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.754;QD=7.44807;RBI=0.0292827;REFB=-0.00865546;REVB=0.0255637;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32725;STB=0.654822;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0120622;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:21:21:7:8:0.275862:4:3:15:6:4:4:15:6 chr19 50475211 . T G 37.14 PASS AF=0.259259;AO=8;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00313127;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.812;QD=5.50218;RBI=0.0380035;REFB=-0.0184506;REVB=0.0378743;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22957;STB=0.693379;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.106753;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:27:27:17:20:8:7:0.259259:4:4:12:5:4:3:14:6 chr19 50475259 . G C 72.38 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000587584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.938;QD=8.51535;RBI=0.0181058;REFB=-0.0119105;REVB=0.0180962;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741239;STB=0.529353;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0211311;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:5:5:13:10:5:5:13:11 chr19 50479999 . A G 208.85 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.058607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2793;QD=18.1608;RBI=0.0607871;REFB=-0.0016864;REVB=-0.0161335;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125413;STB=0.584532;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00152441;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:7:14:13:11:7:14:13:12 chr19 50485454 . A G 271.25 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0256985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8492;QD=23.587;RBI=0.0337043;REFB=-0.0126516;REVB=-0.0218075;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201312;STB=0.611515;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00881748;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:5:16:13:12:5:16 chr19 50510971 . CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC 253.46 PASS AF=0.191489;AO=16;DP=106;FAO=18;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0374496;FXX=0.104752;HRUN=1;LEN=2;MLLD=320.059;QD=10.7855;RBI=0.0374906;REFB=-0.00321978;REVB=-0.00175291;RO=41;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32874;STB=0.643317;STBP=0.216;TYPE=mnp;VARB=-0.00750785;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489:16:106:18:94:60:6:12:31:29:99:41:4:12:21:20 chr19 50510998 . CTT CAC 55.93 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0230169;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.43;QD=1.97992;RBI=0.0416592;REFB=-0.00733134;REVB=-0.0347233;RO=74;SAF=2;SAR=11;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395657;STB=0.8568;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0303912;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115044:13:111:13:113:100:2:11:57:43:55:74:2:11:32:42 chr19 50511010 . ACC CTT 30.92 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=-0.0151916;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.476;QD=1.09448;RBI=0.0349099;REFB=-0.00550272;REVB=-0.0314311;RO=96;SAF=1;SAR=8;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528062;STB=0.914686;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.0558659;OID=.;OPOS=50511010;OREF=ACC;OALT=CTT;OMAPALT=CTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:96:104:9:9:0.079646:8:1:58:38:8:1:64:40 chr19 50562372 . T C 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.817;QD=62.0114;RBI=0.0260743;REFB=0;REVB=0.0239154;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44269e-05;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr19 50562459 . T G 1190.04 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2419;QD=61.0279;RBI=0.0251789;REFB=0;REVB=0.0162878;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234781;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr19 50665984 . C G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0049807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.407;QD=15.6454;RBI=0.0589459;REFB=-0.0145848;REVB=0.0587351;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303949;STB=0.680397;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0111622;OID=.;OPOS=50665984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:8:14:9:19:8:14:9:20 chr19 50666389 . G A 269.79 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00121019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.231;QD=22.9605;RBI=0.00331484;REFB=-0.0619635;REVB=-0.00308604;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079192;STB=0.504421;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.042231;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:13:9:10:15:13:9 chr19 50727391 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00954694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.509;QD=11.4258;RBI=0.0111978;REFB=-0.00757508;REVB=0.00585213;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782587;STB=0.545412;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0160632;OID=.;OPOS=50727391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:22:15:10:11:22:15 chr19 50760716 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.556;QD=59.0187;RBI=0.0243984;REFB=0;REVB=0.0189159;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408994;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 50771609 . G A 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0347645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.075;QD=10.6678;RBI=0.042073;REFB=-0.0492608;REVB=0.0236974;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0805508;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:8:10:6:4:8:10 chr19 50779443 . C T 173.77 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0191182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2619;QD=11.5843;RBI=0.0722194;REFB=-0.0159259;REVB=0.0696429;RO=37;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153484;STB=0.552677;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0320337;OID=.;OPOS=50779443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:38:21:22:0.366667:16:5:13:24:16:6:13:25 chr19 50796905 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.649;QD=63.8717;RBI=0.0486855;REFB=0;REVB=0.0280897;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361705;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr19 50818228 . G A 54.04 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.125755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0572;QD=21.6167;RBI=0.125755;REFB=-0.283284;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216912;OID=.;OPOS=50818228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:10:10:3:3:7:7:0.7:0:7:3:0:0:7:3:0 chr19 50902164 . G A 394.42 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00936916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.699;QD=22.8649;RBI=0.0252505;REFB=-0.00943125;REVB=-0.023448;RO=30;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433002;STB=0.523797;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0080355;OID=.;OPOS=50902164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:24:15:10:20:24:15:10:20 chr19 50926264 . TG CC 187.31 PASS AF=0.396825;AO=22;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0242617;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.887;QD=11.8928;RBI=0.0282985;REFB=-0.0254091;REVB=0.0145663;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664062;STB=0.575162;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.0605666;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:38:22:25:0.396825:12:10:15:23:12:13:15:23 chr19 50965272 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0578835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1411;QD=15.1712;RBI=0.0579184;REFB=-0.00498617;REVB=-0.00200968;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559472;STB=0.512643;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00640618;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:11:6:8:15:11:6:8:16 chr19 50985830 . TCCCCCT TCCCCTC 39.6 PASS AF=0.25;AO=3;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.053176;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=125.952;QD=4.3997;RBI=0.0595766;REFB=-0.00675148;REVB=-0.0268643;RO=18;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690065;STB=0.908265;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.195389;OID=.;OPOS=50985835;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:3:36:9:36:27:8:1:8:19:39:18:2:1:1:17 chr19 51015404 . T C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00811539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.618;QD=6.81372;RBI=0.016258;REFB=-0.00712385;REVB=0.0140877;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276205;STB=0.670177;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0302285;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:15:4:3:4:15:4 chr19 51159571 . T G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0314413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.008;QD=14.6579;RBI=0.0347343;REFB=-0.0162113;REVB=-0.0147621;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26923;STB=0.658418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0379207;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:8:9:10:3:8:9 chr19 51170706 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00482276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.634;QD=16.8229;RBI=0.0461149;REFB=-0.0301769;REVB=-0.045862;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0123525;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr19 51217550 . G A 192.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00640272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.998;QD=14.8304;RBI=0.00919471;REFB=-0.0178815;REVB=0.00659909;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737932;STB=0.542333;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0245497;OID=.;OPOS=51217550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:16:6:10:20:16:6:10:20 chr19 51293955 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0858121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9955;QD=14.6524;RBI=0.0871333;REFB=-0.0137535;REVB=0.0151162;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0195725;OID=.;OPOS=51293955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr19 51297825 . GC AA 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0117302;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.115;QD=17.2645;RBI=0.0160221;REFB=-0.0143528;REVB=0.0109137;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237263;STB=0.638812;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.0204651;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:13:23:16:25:13:23:16:26 chr19 51301395 . C T 946.6 PASS AF=0.578231;AO=85;DP=147;FAO=85;FDP=147;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=5.28067e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.615;QD=25.7577;RBI=0.00821082;REFB=-0.0190254;REVB=0.00821065;RO=62;SAF=28;SAR=57;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034774;STB=0.518895;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0142019;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:62:62:85:85:0.578231:57:28:18:44:57:28:18:44 chr19 51301456 . G A 432.11 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=0.0413946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.491;QD=20.3345;RBI=0.043925;REFB=-0.0159625;REVB=-0.0146933;RO=42;SAF=16;SAR=27;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23598;STB=0.629161;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0249081;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:27:16:6:36:27:16:6:36 chr19 51302066 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00411249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.856;QD=11.6341;RBI=0.0076616;REFB=-0.0111897;REVB=0.00646433;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289664;STB=0.671317;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0190379;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:11:5:6:4:11:5 chr19 51302154 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0320484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.024;QD=12.8607;RBI=0.0426086;REFB=-0.0019558;REVB=0.0280782;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00214354;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:2:6:5:2:2:6 chr19 51321813 . A G 1248.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174953;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.346;QD=61.6782;RBI=0.0176096;REFB=0;REVB=-0.00200293;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28969e-05;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr19 51323232 . T C 306.05 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00503608;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.898;QD=21.8604;RBI=0.00536869;REFB=-0.00636114;REVB=0.00186032;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199696;STB=0.573348;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00401349;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:31:32:0.571429:11:20:9:14:12:20:11:13 chr19 51323473 . C G 340.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.21;QD=54.4778;RBI=0.0401037;REFB=0;REVB=0.0162146;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328306;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 51323501 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.37;QD=59.8369;RBI=0.0267358;REFB=0;REVB=0.00237805;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228062;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 51330932 . G T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0205445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.789;QD=15.6192;RBI=0.0206291;REFB=-0.0144303;REVB=0.0018664;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361876;STB=0.705963;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.025122;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:19:6:11:7:19:6 chr19 51359497 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7359;QD=59.0175;RBI=0.067651;REFB=0;REVB=-0.0297389;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573641;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr19 51359503 . A C,G 555.01 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,35;DP=37;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033957,0.0203102;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9512,126.549;QD=58.4218;RBI=0.00357857,0.0542444;REFB=0,0;REVB=-0.00112935,0.0502987;RO=0;SAF=1,19;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143152,-4.90094e-05;OID=.,.;OPOS=51359503,51359503;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:38:0:0:2,35:2,36:0.0526316,0.947368:1,16:1,19:0:0:1,17:1,19:0:0 chr19 51411636 . G T 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.695;QD=57.7084;RBI=0.0269334;REFB=0;REVB=0.0126037;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123361;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr19 51412666 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.527;QD=51.1846;RBI=0.0390357;REFB=0;REVB=0.0377891;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252827;OID=.;OPOS=51412666;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr19 51452250 . T C 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00920839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.637;QD=57.3886;RBI=0.0108448;REFB=-0.0974665;REVB=0.00572856;RO=1;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192984;STB=0.505253;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00194919;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:73:74:0.973684:24:49:0:1:24:50:1:1 chr19 51485622 . A G 3237.87 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1178;QD=61.9688;RBI=0.0324493;REFB=0;REVB=-0.0301384;RO=0;SAF=92;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136499;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:208:209:1:116:92:0:0:116:93:0:0 chr19 51487175 . T G 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765642;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.579;QD=55.1427;RBI=0.0780609;REFB=0;REVB=-0.015213;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291474;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr19 51517731 . A G 405.6 PASS AF=0.518987;AO=39;DP=77;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00359173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.895;QD=20.5367;RBI=0.0218292;REFB=-0.0223288;REVB=0.0215317;RO=38;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151447;STB=0.591985;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0249525;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:38:38:39:41:0.518987:24:15:21:17:26:15:21:17 chr19 51519227 . CGGGGCCCCA CGGGCCCCA,CGGGGCCA,CGGGGCCCCG 199.26 PASS AF=0.2,0.2,0.6;AO=3,4,4;DP=20;FAO=4,4,12;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,8;FSAR=4,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551534,-0.137085,-0.0413345;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,1;MLLD=16.245,29.0225,164.662;QD=39.8527;RBI=0.114655,0.13792,0.0737326;REFB=-0.0536992,0.00121519,-0.0283482;REVB=0.100519,-0.0151469,0.061057;RO=1;SAF=0,4,4;SAR=3,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.509542,0,0;SSEP=0,0.466667,0;SSSB=0,0.749895,0.749895;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.109477,0.177546,0.0322829;OID=.,.,.;OPOS=51519228,51519232,51519236;OREF=G,CC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CGGGCCCCA,CGGGGCCA,CGGGGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.2,0.2,0.6:3,4,4:20:4,4,12:20:0:0,4,8:4,0,4:0:0:24:1:0,4,4:3,0,0:0:1 chr19 51519259 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00593874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.729;QD=17.1565;RBI=0.00694144;REFB=-0.0363907;REVB=0.00359374;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126365;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0386654;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:8:9:7:11:8:9:9:11 chr19 51519364 . T G 663.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02404;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7935;QD=61.7512;RBI=0.0243279;REFB=0;REVB=0.0037316;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567329;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:27:14:0:0:29:14:0:0 chr19 51520487 . A C 1193.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296432;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4122;QD=61.2269;RBI=0.0336542;REFB=0;REVB=0.0159338;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305613;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:52:26:0:0:52:26:0:0 chr19 51530693 . G A 1340.44 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.546;QD=62.3462;RBI=0.0616864;REFB=0;REVB=0.0389151;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186605;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:52:32:0:0:52:34:0:0 chr19 51535130 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.104738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.626;QD=18.3451;RBI=0.107383;REFB=-0.0280997;REVB=-0.0236865;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205826;STB=0.627764;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0145988;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:9:8:12:5:9:8:13:5 chr19 51537682 . C A 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00231579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.888;QD=29.8266;RBI=0.00328791;REFB=-0.0314598;REVB=0.00233398;RO=6;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192661;STB=0.606611;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00658738;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:9:7:5:1:9:7:5:1 chr19 51566943 . G A 334.29 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0247406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8437;QD=16.7147;RBI=0.0320128;REFB=0.0188585;REVB=-0.0203155;RO=43;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121826;STB=0.576879;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0140032;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:25:11:18:25:25:11:19:25 chr19 51584916 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0162686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.555;QD=16.1724;RBI=0.0169476;REFB=0.00213716;REVB=0.00474922;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217118;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00133361;OID=.;OPOS=51584916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:8:12:6:10:8:12 chr19 51584951 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00424887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.34;QD=18.3451;RBI=0.0132936;REFB=-0.0184508;REVB=-0.0125963;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074462;STB=0.542324;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.013713;OID=.;OPOS=51584951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:7:11:9:8:7:11 chr19 51628529 . A G 328.76 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0200026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.101;QD=15.4709;RBI=0.0202274;REFB=-0.0140493;REVB=0.00300748;RO=49;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188078;STB=0.504422;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0152723;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:35:36:0.423529:23:12:16:33:24:12:16:33 chr19 51630482 . C A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0264543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.955;QD=15.1011;RBI=0.0270191;REFB=-0.0268408;REVB=0.00549523;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390688;STB=0.522187;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0352624;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:18:13:11:13:18:13 chr19 51656454 . A T 180.82 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0288333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.37;QD=13.9094;RBI=0.0292789;REFB=-0.0163234;REVB=0.00508909;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314893;STB=0.68164;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0128372;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:15:6:18:13:15:6:18:13 chr19 51835892 . T TG 482.6 PASS AF=1;AO=34;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.1679;QD=42.8977;RBI=0.0555066;REFB=0;REVB=-0.0437897;RO=10;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00221492;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:46:45:45:0:10:35:0:0:9:10:8:26:0:10 chr19 51837171 . A G 308.58 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00441221;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0499;QD=11.8684;RBI=0.0889094;REFB=-0.00192011;REVB=-0.0887999;RO=65;SAF=16;SAR=22;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162761;STB=0.597535;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00202251;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:65:66:38:38:0.365385:22:16:37:28:22:16:38:28 chr19 51841417 . C T 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0184315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.344;QD=12.6385;RBI=0.0187038;REFB=0.00110525;REVB=0.00318028;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242909;STB=0.642641;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00168651;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:13:8:8:5:13:8 chr19 51843808 . C T 359.54 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0435317;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2673;QD=20.8426;RBI=0.049911;REFB=-0.0276835;REVB=0.0244151;RO=32;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407786;STB=0.529976;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0309665;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:36:37:0.536232:22:14:11:21:22:15:11:21 chr19 51844978 . G T 273.95 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0049202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.46;QD=15.2196;RBI=0.0346033;REFB=-0.0158755;REVB=-0.0342517;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762307;STB=0.511662;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0164424;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:41:31:31:0.430556:15:16:22:15:15:16:22:19 chr19 51845371 . T G 248.02 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0232786;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0424;QD=16.2633;RBI=0.0232876;REFB=-0.00645384;REVB=-0.000645096;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127345;STB=0.560051;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0110955;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:27:28:0.459016:12:15:14:19:13:15:14:19 chr19 51850290 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.758;QD=63.5829;RBI=0.0745836;REFB=0;REVB=0.0252534;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305212;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr19 51871195 . G A 397.03 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0182047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.982;QD=23.3547;RBI=0.0182343;REFB=-0.0425454;REVB=-0.00103909;RO=29;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149343;STB=0.581981;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0194698;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:21:18:19:10:21:18:19:10 chr19 51875061 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000470638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4036;QD=22.83;RBI=0.021034;REFB=-0.0529121;REVB=-0.0210287;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.020604;OID=.;OPOS=51875061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:5:5:8:7:5:5 chr19 51919240 . C T 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.00767631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.971;QD=2.59134;RBI=0.012107;REFB=-0.00446627;REVB=-0.00936236;RO=54;SAF=6;SAR=2;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119158;STB=0.582306;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0255803;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:54:55:8:8:0.126984:2:6:36:18:2:6:37:18 chr19 51920613 . C T 446.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2452;QD=57.6304;RBI=0.0799975;REFB=0;REVB=0.0551239;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243953;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 51984725 . T A 657.36 PASS AF=0.462069;AO=66;DP=147;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00397409;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.74;QD=18.134;RBI=0.0185343;REFB=-0.0197926;REVB=0.0181032;RO=78;SAF=32;SAR=34;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856205;STB=0.551233;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0342325;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:78:78:66:67:0.462069:34:32:31:47:34:33:31:47 chr19 51984727 . A G 700.13 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0149124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.293;QD=18.9224;RBI=0.0391169;REFB=-0.0191553;REVB=-0.0361628;RO=77;SAF=36;SAR=34;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130044;STB=0.56811;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00560663;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:78:70:70:0.472973:34:36:29:48:34:36:30:48 chr19 52000624 . T G 546.36 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00852021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.942;QD=18.8401;RBI=0.0148469;REFB=-0.0132535;REVB=-0.0121588;RO=59;SAF=23;SAR=34;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219178;STB=0.621102;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0120199;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:34:23:38:21:34:23:38:21 chr19 52000672 . G A 538.76 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0300827;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.351;QD=17.6643;RBI=0.0326582;REFB=-0.0257104;REVB=0.0127119;RO=65;SAF=26;SAR=31;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137255;STB=0.576182;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0372347;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:65:65:57:57:0.467213:31:26:39:26:31:26:39:26 chr19 52001485 . G A 232.18 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0332735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.774;QD=17.8601;RBI=0.0352988;REFB=-0.00531426;REVB=-0.0117847;RO=27;SAF=4;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403833;STB=0.697073;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00120547;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:20:4:14:13:20:5:14:13 chr19 52002488 . C A 422.29 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0169151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.183;QD=20.8539;RBI=0.03834;REFB=0.0050631;REVB=-0.034407;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954954;STB=0.552874;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00400626;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:17:25:19:20:17:25:19:20 chr19 52002729 . G A 267.54 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0168768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.675;QD=13.7201;RBI=0.0406287;REFB=0.00445031;REVB=0.0369577;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143137;STB=0.573615;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0071866;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:47:31:31:0.397436:17:14:26:18:17:14:27:20 chr19 52003331 . G C 814.23 PASS AF=0.44878;AO=78;DP=191;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0276415;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.507;QD=15.8875;RBI=0.028968;REFB=-0.0079759;REVB=0.00866571;RO=113;SAF=37;SAR=41;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317363;STB=0.527674;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0112717;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:205:113:113:78:92:0.44878:41:37:57:56:41:51:57:56 chr19 52004743 . G A 320.05 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0330784;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.2;QD=13.3356;RBI=0.0353704;REFB=-0.0206605;REVB=0.0125254;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555644;STB=0.531784;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0371376;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:21:15:28:32:21:15:28:32 chr19 52004795 . G T 319.36 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0153147;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.633;QD=15.3909;RBI=0.01546;REFB=-0.0181147;REVB=0.00211432;RO=48;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587474;STB=0.533264;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0162333;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:48:48:35:35:0.421687:23:12:19:29:23:12:19:29 chr19 52032963 . TCCCCCCA TCCCCCA,TGCCCCAC,TGCCCCCA 364.1 PASS AF=0.25,0,0.5625;AO=9,2,14;DP=49;FAO=12,0,27;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=6,0,18;FSAR=6,0,9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0140282,0.0109709,0.0144756;FXX=0.058812;HRUN=6,6,6;LEN=1,7,1;MLLD=9.54464,198.103,201.394;QD=30.3417;RBI=0.107869,0.0334378,0.0276525;REFB=-0.0796195,-0.0357776,-0.0385793;REVB=-0.106953,-0.0315867,-0.0235609;RO=8;SAF=3,2,7;SAR=6,0,7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.5,0,0;SSEP=0.833333,0,0;SSSB=-0.238988,0.55315,-0.0808139;STB=0.52377,0.5,0.530589;STBP=0.818,1,0.574;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0574279,-0.0368018,0.0233195;OID=.,.,.;OPOS=52032964,52032964,52032964;OREF=C,CCCCCCA,C;OALT=-,GCCCCAC,G;OMAPALT=TCCCCCA,TGCCCCAC,TGCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.25,0,0.5625:9,2,14:49:12,0,27:48:9:6,0,18:6,0,9:5:4:68:8:3,2,7:6,0,7:5:3 chr19 52033742 . G A 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.000423406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.042;QD=15.9784;RBI=0.00202842;REFB=-0.00808819;REVB=0.00198373;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111176;STB=0.562806;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00999477;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:11:21:22:18:11:21:22:18 chr19 52076960 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.004;QD=42.1826;RBI=0.00527108;REFB=0;REVB=0.00516634;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56848e-05;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 52076974 . C T 215.51 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.015;QD=45.3698;RBI=0.0557161;REFB=-0.115599;REVB=0.0539469;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00247924;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:17:18:0.947368:4:13:0:0:5:13:0:1 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 324.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000108163;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=291.779;QD=46.3318;RBI=0.0158245;REFB=0;REVB=-0.0158242;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.93929e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:28:28:0:17:11:0:0:6:0:16:11:0:0 chr19 52077069 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.292;QD=59.4356;RBI=0.0133441;REFB=0;REVB=-0.0129737;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22813e-05;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 52092821 . C G 363.28 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0302524;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=276.211;QD=18.164;RBI=0.0313106;REFB=0.00336597;REVB=0.00807145;RO=37;SAF=27;SAR=11;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503462;STB=0.768434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00464708;OID=.;OPOS=52092821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:42:38:38:0.475:11:27:4:33:11:27:7:35 chr19 52096033 . GATAAA G 76.05 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00450152;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=5;MLLD=293.272;QD=10.8636;RBI=0.0190237;REFB=-0.00289889;REVB=-0.0184835;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416072;STB=0.709358;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.00662381;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:29:10:28:18:6:4:16:2:76:16:6:4:15:1 chr19 52096053 . T A 74.45 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0307493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.904;QD=7.26337;RBI=0.157935;REFB=-0.0243795;REVB=-0.154913;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271362;STB=0.607192;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0653128;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:39:41:26:30:11:11:0.268293:3:8:23:3:3:8:25:5 chr19 52097461 . A C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0314915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.69;QD=16.5776;RBI=0.0359379;REFB=-0.00637006;REVB=-0.0173153;RO=38;SAF=26;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235565;STB=0.634053;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0096621;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:6:26:24:14:6:26:24:14 chr19 52130488 . G A 65.64 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.051925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0648;QD=11.4158;RBI=0.0555832;REFB=-0.0159415;REVB=0.0198317;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.691844;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0234075;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:13:14:9:9:0.391304:2:7:7:6:2:7:7:7 chr19 52131119 . A G 196.22 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0250241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1491;QD=10.7517;RBI=0.0479289;REFB=-0.0042618;REVB=-0.0408776;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217289;STB=0.625184;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00613073;OID=.;OPOS=52131119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:34:14:12:13:34:14 chr19 52223121 . A G 1153.34 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.936;QD=60.7023;RBI=0.0434084;REFB=0;REVB=0.0354435;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111064;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr19 52223180 . A G 1472.29 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000283865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.319;QD=63.3243;RBI=0.00513561;REFB=0;REVB=0.00512776;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91498e-06;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr19 52249211 . T G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.022314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.426;QD=17.6173;RBI=0.0472922;REFB=0.00138582;REVB=0.0416969;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320725;STB=0.518119;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00210724;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:16:11:9:15:16:11 chr19 52250216 . A G 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3711;QD=63.6126;RBI=0.0199921;REFB=0;REVB=0.00592611;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64402e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr19 52468683 . T C 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000695137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.447;QD=12.9412;RBI=0.0190774;REFB=-0.0193491;REVB=0.0190647;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343714;STB=0.692041;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0219377;OID=.;OPOS=52468683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:4:11:10:14:4:11:11:14 chr19 52496149 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00172631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9057;QD=20.8918;RBI=0.00173978;REFB=-0.00194611;REVB=-0.000216043;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105414;STB=0.505841;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00113943;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:13:14:17:15:13:14 chr19 52497250 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0236347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6115;QD=11.1312;RBI=0.0237719;REFB=0.0180807;REVB=-0.00255002;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0293249;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:10:7:4:6:10:7 chr19 52497943 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00161313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.942;QD=20.0176;RBI=0.0178821;REFB=0.0133731;REVB=0.0178091;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0180098;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr19 52519608 . C T 274.92 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0316873;FXX=0.0769132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.135;QD=15.2731;RBI=0.0469742;REFB=-0.0628931;REVB=0.0346769;RO=40;SAF=8;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101183;STB=0.558459;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0752419;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:72:40:41:30:31:0.430556:22:8:14:26:23:8:14:27 chr19 52521296 . G A 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00463538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.021;QD=16.2355;RBI=0.0138482;REFB=-0.00408755;REVB=0.0130493;RO=53;SAF=12;SAR=28;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330432;STB=0.68618;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00602588;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:28:12:33:20:28:12:33:20 chr19 52537576 . T G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00879927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.36;QD=11.3693;RBI=0.0122595;REFB=0.00745981;REVB=0.00853631;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21212;STB=0.624792;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00963953;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:14:5:5:6:14:5 chr19 52538428 . A G 154.81 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00533278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=14.7437;RBI=0.0197419;REFB=-0.00632369;REVB=0.019008;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297347;STB=0.517221;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0111982;OID=.;OPOS=52538428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:11:14:10:7:11:14 chr19 52570714 . C G 273.93 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0188347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7884;QD=17.6726;RBI=0.0210502;REFB=-0.0184947;REVB=0.00940038;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155328;STB=0.587137;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0185373;OID=.;OPOS=52570714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:15:17:11:19:15:17 chr19 52570783 . A G 437.22 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00396363;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5485;QD=18.6051;RBI=0.00411575;REFB=0.00293088;REVB=-0.00110863;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697783;STB=0.551271;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00298481;OID=.;OPOS=52570783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:50:44:44:0.468085:17:27:26:22:17:27:26:24 chr19 52658510 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6143;QD=52.6132;RBI=0.0302941;REFB=0;REVB=-0.02021;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9322e-05;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 52659991 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.343;QD=61.333;RBI=0.0303502;REFB=0;REVB=0.0152654;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233049;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr19 52660279 . C T 707.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.742;QD=62.9312;RBI=0.00809945;REFB=0;REVB=-0.00726342;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75078e-05;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr19 52762384 . C A 241.1 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0383932;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1488;QD=20.9654;RBI=0.0619636;REFB=-0.0188045;REVB=-0.0486359;RO=23;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382363;STB=0.716778;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0158304;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:18:5:14:9:18:5:14:9 chr19 52803669 . CTG C 357.77 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00181872;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.381;QD=17.2421;RBI=0.0124301;REFB=-0.0229572;REVB=0.0122963;RO=44;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901002;STB=0.546796;STBP=0.477;TYPE=del;VARB=0.01593;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457831:37:85:38:83:45:25:13:26:19:99:44:25:12:26:18 chr19 52825032 . C T 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0101897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.667;QD=14.0472;RBI=0.019242;REFB=0.00179516;REVB=-0.0163225;RO=29;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436404;STB=0.754609;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00242033;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:4:14:11:18:4:14:11:18 chr19 52825235 . A G 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00971807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.654;QD=26.0255;RBI=0.0470749;REFB=-0.052608;REVB=-0.0460609;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00409285;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr19 52856955 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00592491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.538;QD=17.3255;RBI=0.0107782;REFB=0.0153623;REVB=-0.00900357;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.5333;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0197712;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:14:11:10:10:14:11 chr19 52869278 . G C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0101087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.618;QD=12.024;RBI=0.0134942;REFB=-0.00800192;REVB=0.00893915;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248495;STB=0.642665;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0148552;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:2:18:9:3:2:18 chr19 52869312 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0252304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.343;QD=10.9409;RBI=0.0266924;REFB=-0.0141334;REVB=0.00871248;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18725;STB=0.609583;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0164932;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:3:17:8:3:3:17 chr19 52887282 . A G 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0128775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.817;QD=6.25198;RBI=0.0141587;REFB=-0.00333092;REVB=0.00588555;RO=39;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328879;STB=0.710721;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00928271;OID=.;OPOS=52887282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:8:3:21:18:8:3:21:18 chr19 52888048 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000224361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.376;QD=22.1437;RBI=0.0164868;REFB=-0.0188294;REVB=-0.0164852;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205673;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0114767;OID=.;OPOS=52888048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:8:5:11:6:8:5 chr19 52937100 . G T 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0221373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2191;QD=14.7342;RBI=0.0432055;REFB=0.0123461;REVB=-0.0371034;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135573;STB=0.569343;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0165241;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:11:16:16:19:11:16:17:19 chr19 52937339 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00755756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0267;QD=20.3169;RBI=0.0286509;REFB=-0.0229348;REVB=0.0276361;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209274;STB=0.617856;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0231168;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:6:12:8:11:6:12 chr19 52938361 . C A 360.24 PASS AF=0.363636;AO=45;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0106106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8407;QD=11.9088;RBI=0.07568;REFB=-0.00275576;REVB=-0.0749325;RO=76;SAF=21;SAR=24;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360319;STB=0.53113;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00353867;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:77:45:44:0.363636:24:21:33:43:23:21:33:44 chr19 52938417 . A G 309.41 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0104008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.648;QD=11.9005;RBI=0.0233534;REFB=-0.000994675;REVB=0.0209094;RO=64;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109688;STB=0.504599;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00298665;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:66:38:38:0.365385:21:17:28:36:21:17:30:36 chr19 52938459 . A G 317.91 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.05064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6581;QD=15.5079;RBI=0.0681793;REFB=-0.0278874;REVB=-0.045651;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126823;STB=0.571389;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0262812;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:18:17:17:30:18:17:17:30 chr19 52941171 . T C 253.85 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00178386;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.7564;QD=21.6039;RBI=0.054683;REFB=0.0158392;REVB=-0.0546539;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546515;STB=0.53066;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0219557;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:11:12:14:10:11:12 chr19 52941540 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0215927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.384;QD=11.0198;RBI=0.0217084;REFB=0.0247879;REVB=-0.00223848;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0205953;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr19 52941618 . A C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00547938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.635;QD=15.2589;RBI=0.00676294;REFB=-0.0191742;REVB=-0.00396405;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0228;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr19 52941847 . A T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00786825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.809;QD=16.728;RBI=0.0207745;REFB=-0.0134928;REVB=-0.0192268;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787552;STB=0.545395;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00405823;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:6:13:12:4:6:13 chr19 52942411 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.014703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.744;QD=10.3902;RBI=0.043023;REFB=-0.0254662;REVB=-0.0404327;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496025;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0944221;OID=.;OPOS=52942411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:6:4:6:1:6:5 chr19 52942445 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00579733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.426;QD=16.4544;RBI=0.0936334;REFB=-0.0366823;REVB=-0.0934538;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0265261;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:1:5:1:2:1:5:2:2 chr19 52954507 . T C 1158.27 PASS AF=0.506608;AO=114;DP=226;FAO=115;FDP=227;FR=.;FRO=112;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.00379563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.277;QD=20.41;RBI=0.00621051;REFB=-0.0168553;REVB=-0.00491566;RO=112;SAF=68;SAR=46;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104813;STB=0.554597;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0179092;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:112:112:114:115:0.506608:46:68:54:58:47:68:54:58 chr19 53014346 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00527411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.329;QD=18.4897;RBI=0.00681285;REFB=0.00498311;REVB=0.00431262;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137578;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00457021;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:11:15:13:9:11:15 chr19 53015384 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00463604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.915;QD=21.9446;RBI=0.00595145;REFB=-0.0268589;REVB=-0.00373187;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098321;STB=0.555485;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0184822;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:6:6:6:10:6:6 chr19 53015864 . T G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0972049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6798;QD=10.0752;RBI=0.097222;REFB=0.0119462;REVB=-0.00182364;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0298127;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr19 53015987 . C G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0227644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5967;QD=14.0965;RBI=0.0299851;REFB=-0.00982117;REVB=0.0195164;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0169482;OID=.;OPOS=53015987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:5:9:5:6:5:9 chr19 53016129 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0463837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4611;QD=9.75977;RBI=0.0505656;REFB=0.0111839;REVB=0.0201353;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240999;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0246063;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:4:8:3:4:4:8 chr19 53056953 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0118846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.721;QD=13.037;RBI=0.0158024;REFB=0.00597667;REVB=-0.0104151;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189841;STB=0.610988;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0106339;OID=.;OPOS=53056953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:14:18:7:11:14:18 chr19 53077411 . T C 1367.71 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0305758;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4963;QD=60.1191;RBI=0.0372896;REFB=-0.0180869;REVB=-0.0213455;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.510636;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000635178;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:1:2:89:89:0.978022:43:46:1:0:43:46:2:0 chr19 53085659 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.989;QD=49.3981;RBI=0.0103922;REFB=-0.0125431;REVB=-0.00186176;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00109706;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:15:8:0:0:15:8:1:0 chr19 53085813 . T C 61.51 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0255081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.295;QD=12.302;RBI=0.0255496;REFB=0.00562304;REVB=-0.00145579;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00298112;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:19:20:11:11:8:9:0.45:4:4:7:4:4:5:7:4 chr19 53086124 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.648;QD=55.0977;RBI=0.0381312;REFB=0;REVB=0.0258499;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44011e-05;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr19 53086918 . C T 303.21 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0659404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0704;QD=25.805;RBI=0.0802313;REFB=-0.00841947;REVB=-0.0457048;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16489;STB=0.577722;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00471968;OID=.;OPOS=53086918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:14:13:5:14:14:13:6:14 chr19 53086954 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0105741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.167;QD=24.2457;RBI=0.0142158;REFB=0.00207524;REVB=0.00950154;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.587411;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0011172;OID=.;OPOS=53086954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:5:15:14:11:5:15 chr19 53117531 . C T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0580307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.027;QD=26.6376;RBI=0.0637107;REFB=0.000327012;REVB=-0.0262961;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138943;STB=0.576834;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0021304;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:5:11:7:1:5:11:7:1 chr19 53117809 . C A 476.97 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00137085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5278;QD=24.7779;RBI=0.0161931;REFB=-0.0106954;REVB=0.016135;RO=31;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051929;STB=0.534398;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00696969;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:32:45:45:0.584416:22:23:18:13:22:23:19:13 chr19 53209553 . GG AT 104.57 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00597974;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=2;MLLD=146.017;QD=18.1865;RBI=0.00985331;REFB=0.0133757;REVB=0.00783137;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=mnp;VARB=-0.00539719;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:5:6:5:7:5:6 chr19 53269296 . G A 300.05 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0159409;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.996;QD=18.753;RBI=0.0159935;REFB=-0.00788052;REVB=0.00129578;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228094;STB=0.627409;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0114965;OID=.;OPOS=53269296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:11:21:13:19:11:21:13:19 chr19 53269614 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0150343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.309;QD=20.1937;RBI=0.0159574;REFB=0.0160821;REVB=-0.00534858;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00060869;STB=0.500337;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0123974;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:20:19:18:19:20:19:18:19 chr19 53270384 . A G 220.12 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0145997;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.75;QD=22.5763;RBI=0.0349647;REFB=-0.0103262;REVB=-0.0317707;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100864;STB=0.55662;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0175573;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:9:9:13:8:9:9 chr19 53302942 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.526;QD=35.5759;RBI=0.0209734;REFB=0;REVB=-0.0100658;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37479e-05;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 53303527 . A G 447.6 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.907;QD=57.7545;RBI=0.0224293;REFB=0;REVB=0.0117987;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63734e-05;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr19 53303705 . T G 252.48 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0271429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.643;QD=25.8954;RBI=0.0272371;REFB=0.0200371;REVB=-0.00226362;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128396;STB=0.545416;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0168183;OID=.;OPOS=53303705;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:15:23:24:0.615385:9:14:7:9:10:14:7:8 chr19 53303890 . C G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0787765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.769;QD=16.9315;RBI=0.0806656;REFB=-0.0066755;REVB=0.0173548;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292983;STB=0.666419;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00752933;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:2:10:6:6:2:10 chr19 53304563 . T C 311.51 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00447872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0092;QD=19.17;RBI=0.0271005;REFB=-0.0126938;REVB=0.0267278;RO=32;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204012;STB=0.613193;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0145089;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:15:18:10:22:15:18:10:22 chr19 53321171 . G A 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00223132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.85;QD=15.2711;RBI=0.0223519;REFB=-0.00721818;REVB=-0.0222403;RO=48;SAF=24;SAR=11;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926595;STB=0.55254;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0110167;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:11:24:29:19:11:24:29:19 chr19 53384185 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000538005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.767;QD=59.3229;RBI=0.0146039;REFB=0;REVB=-0.014594;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51161e-05;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr19 53391453 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6071;QD=51.9166;RBI=0.0271535;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994645;OID=.;OPOS=53391453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:0:21:0:0:0:21:0:0 chr19 53391486 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2525;QD=35.5759;RBI=0.0182773;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201308;OID=.;OPOS=53391486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 53453777 . C T 169.63 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0192921;FXX=0.142806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.81;QD=28.2716;RBI=0.020747;REFB=-0.00370563;REVB=0.00763252;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759351;STB=0.523779;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00203607;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:27:24:12:8:15:16:0.666667:10:5:3:9:11:5:3:5 chr19 53454475 . C CACT,T 194.41 PASS AF=0.396226,0.0377358;AO=21,2;DP=53;FAO=21,2;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7,0;FSAR=14,2;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00281886,-0.0128335;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=225.922,105.445;QD=14.6722;RBI=0.00446867,0.0151086;REFB=-0.00320757,0.00097973;REVB=-0.00346743,-0.00797303;RO=30;SAF=7,0;SAR=14,2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.274764,-0.505428;STB=0.657743,0.995655;STBP=0.065,0.093;TYPE=ins,snp;VARB=0.0082768,-0.000433674;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:21,2:21,2:0.396226,0.0377358:14,2:7,0:18:12:14,2:7,0:18:12 chr19 53454543 . G A 409.75 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0139803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6118;QD=20.7468;RBI=0.0261709;REFB=-0.0143956;REVB=0.0221239;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988427;STB=0.554704;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0236965;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:23:18:21:17:23:18:21:17 chr19 53454789 . A T 334.37 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-1.34348e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3698;QD=19.3837;RBI=0.0464126;REFB=-0.0106994;REVB=-0.0464126;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291517;STB=0.661698;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00969237;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:13:22:10:24:13:22:10:24 chr19 53553125 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.734;QD=48.7373;RBI=0.0201445;REFB=0;REVB=-0.00476172;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4605e-05;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr19 53553686 . G A 726.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150954;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.717;QD=63.1412;RBI=0.0249475;REFB=0;REVB=0.0198621;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140743;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr19 53576589 . C G 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.342;QD=60.2024;RBI=0.0310837;REFB=0;REVB=0.0147445;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245807;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr19 53577419 . G C 723.4 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0392393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4022;QD=54.596;RBI=0.0396173;REFB=0.0885797;REVB=0.00546028;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00160396;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:22:29:1:0:22:30:1:0 chr19 53612311 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.806;QD=54.5163;RBI=0.0653567;REFB=0;REVB=0.0648317;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323744;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 53612720 . T C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.537;QD=58.5759;RBI=0.0796204;REFB=0;REVB=0.0792524;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630066;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 53612745 . T C 560.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386587;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.293;QD=60.6452;RBI=0.00502391;REFB=0;REVB=-0.00320854;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79002e-05;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr19 53612757 . T G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7144;QD=58.1391;RBI=0.0206913;REFB=0;REVB=0.0202208;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169053;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr19 53612989 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3364;QD=57.2346;RBI=0.0280965;REFB=0;REVB=0.0106394;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228872;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr19 53619017 . T C 493.71 PASS AF=0.424242;AO=54;DP=127;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.058185;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1093;QD=14.9608;RBI=0.0643328;REFB=-0.0309523;REVB=0.0274449;RO=73;SAF=19;SAR=35;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939109;STB=0.551163;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0359234;OID=.;OPOS=53619017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:73:76:54:56:0.424242:35:19:32:41:35:21:35:41 chr19 53645291 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.026;QD=61.6817;RBI=0.0322204;REFB=0;REVB=0.0311811;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130666;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 53667804 . C T 799.88 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7056;QD=57.134;RBI=0.0506317;REFB=0;REVB=-0.0123037;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613777;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr19 53667913 . A G 606.21 PASS AF=0.75;AO=51;DP=68;FAO=51;FDP=68;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0197198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.991;QD=35.6592;RBI=0.0197432;REFB=-0.00530234;REVB=-0.000960947;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.616393;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00594853;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:0:17:51:51:0.75:21:30:0:0:21:30:2:15 chr19 53667940 . A G 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0414615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.66;QD=52.7023;RBI=0.0426208;REFB=-0.0320981;REVB=0.00987305;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407395;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000456748;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:29:23:1:1:29:23:1:1 chr19 53669273 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.844;QD=58.5839;RBI=0.0138923;REFB=0;REVB=0.00777867;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9672e-05;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 53669492 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.699;QD=62.9829;RBI=0.0220315;REFB=0;REVB=0.0145847;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56002e-05;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr19 53727097 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00722064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.431;QD=20.4858;RBI=0.00905906;REFB=-0.0200371;REVB=-0.00547073;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110077;STB=0.545388;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00920921;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:9:5:5:5:9:5:5:6 chr19 53740822 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.16;QD=15.8407;RBI=3.67665e-05;REFB=-0.0094422;REVB=3.67665e-05;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00544625;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:8:0:0:7:8:0:0:7 chr19 53741068 . C T 295.43 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0101987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8988;QD=22.2969;RBI=0.0341578;REFB=-0.0117249;REVB=-0.0325998;RO=23;SAF=21;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283789;STB=0.661089;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0059309;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:8:21:9:14:8:22:9:14 chr19 53741188 . C T 460.21 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0135789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.55;QD=18.5942;RBI=0.0142877;REFB=-0.00843322;REVB=0.00444444;RO=51;SAF=31;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3041;STB=0.660382;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104321;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:53:46:46:0.464646:15:31:18:33:15:31:20:33 chr19 53762537 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00106068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.829;QD=15.1962;RBI=0.0288102;REFB=0.00656431;REVB=-0.0287907;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409567;STB=0.740438;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00654174;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:3:15:13:13:3:15:13:13 chr19 53793042 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0381297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.71;QD=15.5715;RBI=0.0429862;REFB=0.0146352;REVB=-0.019848;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0161038;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr19 53793574 . A G 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.000621362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.672;QD=14.3848;RBI=0.000674045;REFB=-0.0113369;REVB=-0.000261238;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166885;STB=0.594844;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0142729;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:21:13:27:23:21:13:27:23 chr19 53793911 . T A 208.42 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0145875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2403;QD=33.3466;RBI=0.0173218;REFB=0.0235207;REVB=-0.00934064;RO=6;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123997;STB=0.568452;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00679286;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:5:14:3:3:5:14:3:3 chr19 53848812 . G A 219.9 PASS AF=0.318182;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00840366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6984;QD=9.99535;RBI=0.023591;REFB=-0.0147556;REVB=-0.0220434;RO=60;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963074;STB=0.544304;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0459404;OID=.;OPOS=53848812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:27:28:0.318182:14:13:24:36:15:13:24:36 chr19 53854397 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0269485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.725;QD=14.0959;RBI=0.0422748;REFB=-0.0181306;REVB=0.0325721;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0175175;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:6:8:8:3:6:8 chr19 53879561 . GACA G 255.6 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00718455;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.126;QD=12.9417;RBI=0.0159017;REFB=-0.00144031;REVB=-0.0141862;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100168;STB=0.561562;STBP=0.425;TYPE=del;VARB=0.00218495;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747:30:80:30:79:49:9:21:19:30:99:47:9:21:18:29 chr19 53884412 . G A 232.07 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0241052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1245;QD=23.802;RBI=0.0312959;REFB=0.0147209;REVB=-0.0199592;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04913;STB=0.527421;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0134916;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:8:9:13:9:8:9 chr19 53901309 . TTC T 156.26 PASS AF=0.31068;AO=31;DP=104;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0008998;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=2;MLLD=286.268;QD=6.06838;RBI=0.00724532;REFB=-0.00115141;REVB=-0.00718923;RO=71;SAF=15;SAR=16;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607384;STB=0.545701;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.00293688;OID=.;OPOS=53901310;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.31068:31:104:32:103:71:15:17:38:33:99:71:15:16:38:33 chr19 53912242 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00171503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.443;QD=18.0505;RBI=0.0309801;REFB=0.00503815;REVB=-0.0309326;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0117777;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr19 53958126 . T G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0232977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7555;QD=24.1066;RBI=0.0269594;REFB=0.00772541;REVB=0.0135657;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129136;STB=0.571924;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00645052;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:8:11:10:14:8:11 chr19 53958263 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0632074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.542;QD=8.08965;RBI=0.0634345;REFB=-0.0147363;REVB=0.00536366;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638755;STB=0.894249;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0172429;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:8:1:15:7:8:1:15:7 chr19 53959343 . G A 148.26 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0185789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.862;QD=17.9707;RBI=0.0257298;REFB=-0.0277856;REVB=-0.0178002;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428137;STB=0.719765;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0634438;OID=.;OPOS=53959343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:2:15:7:9:2:15 chr19 53959568 . G C 112.03 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00618991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9596;QD=16.5963;RBI=0.0529249;REFB=0.0271362;REVB=0.0525617;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169167;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.026178;OID=.;OPOS=53959568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:6:8:5:8:6:8 chr19 53990002 . G A 1145.44 PASS AF=0.546798;AO=111;DP=203;FAO=111;FDP=203;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=34;FSRR=58;FWDB=0.0145004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.354;QD=22.5702;RBI=0.0147625;REFB=0.00289168;REVB=0.00276955;RO=92;SAF=45;SAR=66;SRF=34;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311129;STB=0.516951;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00271028;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:92:92:111:111:0.546798:66:45:34:58:66:45:34:58 chr19 53993764 . A T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0424752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.798;QD=55.6055;RBI=0.0425343;REFB=0.0262934;REVB=0.00224065;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00128362;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:58:58:0.983051:33:25:0:0:33:25:1:0 chr19 53995004 . G A 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0352;QD=40.7508;RBI=0.0471584;REFB=0;REVB=-0.0315355;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211842;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 54080144 . A G 414.43 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.471;QD=55.2567;RBI=0.0107992;REFB=0;REVB=0.00447578;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663519;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:14:16:0:0 chr19 54182249 . T C 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0072661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1531;QD=16.5027;RBI=0.013541;REFB=-0.0205505;REVB=0.0114264;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174112;STB=0.598262;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0213987;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:13:17:10:16:13:17 chr19 54191743 . A G 95.14 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0237342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6459;QD=14.6366;RBI=0.027397;REFB=0.0113458;REVB=0.0136852;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00869531;OID=.;OPOS=54191743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:26:26:14:14:11:12:0.461538:5:6:5:9:6:6:5:9 chr19 54225501 . C T 43.99 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.00579569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.825;QD=1.59948;RBI=0.0172536;REFB=-0.0041795;REVB=-0.0162511;RO=98;SAF=4;SAR=7;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427582;STB=0.538391;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0395047;OID=.;OPOS=54225501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:98:99:11:11:0.1:7:4:39:59:7:4:40:59 chr19 54228742 . G GAAAGA 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00600625;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=191.73;QD=5.95779;RBI=0.0148034;REFB=-0.00286296;REVB=-0.0135302;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39826;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=ins;VARB=0.0095073;OID=.;OPOS=54228743;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:25:6:24:18:1:5:8:10:35:19:1:5:9:10 chr19 54245839 . A AGT 79.88 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0127671;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.32;QD=5.80956;RBI=0.0267257;REFB=-0.00995135;REVB=-0.023479;RO=42;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15231;STB=0.607411;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=0.0279778;OID=.;OPOS=54245840;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218182:12:55:12:55:43:8:4:23:20:79:42:8:4:23:19 chr19 54307322 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.879;QD=63.8705;RBI=0.015577;REFB=0;REVB=0.00466803;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13882e-05;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr19 54378477 . T G 37.89 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0778944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.917;QD=11.6597;RBI=0.0794419;REFB=-0.0306688;REVB=0.0156036;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683376;STB=0.523732;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0232535;OID=.;OPOS=54378477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:7:7:5:6:0.461538:5:0:1:6:5:1:1:6 chr19 54378627 . T A 2354.18 PASS AF=0.981366;AO=156;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017743;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.969;QD=58.489;RBI=0.0199172;REFB=-0.096838;REVB=-0.00904876;RO=3;SAF=87;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396536;STB=0.502072;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000462086;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:3:3:156:158:0.981366:69:87:2:1:70:88:2:1 chr19 54378789 . C G 2816.56 PASS AF=1;AO=173;DP=178;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114175;FXX=0.0473659;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9211;QD=62.2444;RBI=0.0298843;REFB=0;REVB=0.0276172;RO=0;SAF=49;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188491;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:181:0:0:173:181:1:124:49:0:0:129:52:0:0 chr19 54379573 . C T 545.28 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0538617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1806;QD=57.3979;RBI=0.121144;REFB=-0.0211334;REVB=0.108512;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00172851;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:27:10:1:0:27:10:1:0 chr19 54385820 . C T 3422.11 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.14;QD=62.5043;RBI=0.0210254;REFB=0;REVB=0.0163734;RO=0;SAF=94;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95405e-06;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:219:0:0:218:219:1:124:94:0:0:124:95:0:0 chr19 54403925 . T C 501.92 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0383807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3876;QD=30.4195;RBI=0.0383941;REFB=0.00556401;REVB=0.00101687;RO=21;SAF=27;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130018;STB=0.570521;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00481368;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:21:45:45:0.681818:18:27:8:13:18:27:8:13 chr19 54545186 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0154527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.232;QD=19.8484;RBI=0.0167966;REFB=-0.0144439;REVB=-0.00658324;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203831;STB=0.574782;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0126182;OID=.;OPOS=54545186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:14:15:0.535714:7:7:3:9:8:7:4:9 chr19 54545390 . A AC 66.99 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0448788;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.4822;QD=13.3976;RBI=0.0448788;REFB=-0.0245445;REVB=0;RO=11;SAF=9;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0289392;OID=.;OPOS=54545391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:20:9:20:11:9:0:11:0:66:11:9:0:11:0 chr19 54545531 . T C 330.23 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00777349;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.028;QD=15.183;RBI=0.022121;REFB=-0.0235979;REVB=-0.0207102;RO=52;SAF=22;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196032;STB=0.616496;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0330809;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:52:51:36:36:0.413793:14:22:22:30:14:22:21:30 chr19 54561792 . G A 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0132019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.579;QD=23.2615;RBI=0.0432933;REFB=-0.0225877;REVB=-0.0412313;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.592514;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0104118;OID=.;OPOS=54561792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:11:12:6:12:11:12:6:13 chr19 54606209 . T G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0104018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.511;QD=12.8689;RBI=0.0423683;REFB=-0.0139384;REVB=-0.0410715;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115667;STB=0.567454;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0183873;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:13:3:3:8:13:3 chr19 54649671 . T C 175.94 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.665;QD=46.9178;RBI=0.159586;REFB=0;REVB=0.0152373;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213415;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:9:15:1:8:1:0:0:8:7:0:0 chr19 54667596 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0154993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.529;QD=30.8214;RBI=0.0160874;REFB=-0.0275578;REVB=0.00430991;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903656;STB=0.550477;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00863188;OID=.;OPOS=54667596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:2:1:7:5:2:1 chr19 54677759 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.554;QD=58.0601;RBI=0.0292273;REFB=0;REVB=-0.0274115;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76471e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr19 54697079 . C T 510.07 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0265834;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.265;QD=26.4972;RBI=0.027807;REFB=-0.0038411;REVB=0.008158;RO=28;SAF=16;SAR=31;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999344;STB=0.547856;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00233388;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:30:47:47:0.61039:31:16:6:22:31:16:7:23 chr19 54723355 . A G 837.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601169;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2437;QD=57.7914;RBI=0.00722441;REFB=0;REVB=-0.00400645;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68364e-05;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr19 54723738 . G C 830.79 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.678;QD=57.296;RBI=0.00549838;REFB=0;REVB=0.000437242;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67654e-05;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr19 54725930 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7659;QD=55.6551;RBI=0.0112314;REFB=0;REVB=0.00905448;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364529;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 54725995 . G A 464.74 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7953;QD=58.092;RBI=0.0508263;REFB=0;REVB=0.033905;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28324e-05;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr19 54726226 . T C 428.8 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.062;QD=57.1733;RBI=0.0937278;REFB=0;REVB=0.000904729;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151522;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr19 54726241 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0502757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1786;QD=6.31801;RBI=0.0693014;REFB=-0.00143002;REVB=0.0476974;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155554;STB=0.631227;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0119595;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:33:22:25:8:8:0.242424:6:2:8:14:6:2:10:15 chr19 54726299 . A C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0204106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5204;QD=8.69125;RBI=0.0204593;REFB=0.00192506;REVB=0.00141163;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35954;STB=0.730647;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00188776;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:6:11:7:1:6:11 chr19 54726324 . G C 145.39 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.051;QD=44.7357;RBI=0.0432248;REFB=0;REVB=0.0209313;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319192;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:10:2:0:0:11:2:0:0 chr19 54726816 . A T 258.06 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0355377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.101;QD=23.4601;RBI=0.038761;REFB=-0.0233593;REVB=-0.0154755;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297043;STB=0.689636;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0232958;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:17:20:24:24:0.545455:10:14:3:14:10:14:3:17 chr19 54726833 . T C 209.67 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0364624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5208;QD=18.6376;RBI=0.0881195;REFB=-0.0363473;REVB=-0.0802218;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395735;STB=0.727089;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0320205;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:3:20:9:12:3:21 chr19 54726839 . C T 185.61 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0288865;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8599;QD=17.266;RBI=0.0313276;REFB=-0.042481;REVB=-0.012124;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45521;STB=0.761673;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0214812;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:24:19:19:0.44186:7:12:3:20:7:12:3:21 chr19 54726843 . C G 193.63 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.00379908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.138;QD=17.2112;RBI=0.0173749;REFB=-0.0348779;REVB=-0.0169545;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391998;STB=0.730002;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0346993;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:19:20:0.444444:9:10:3:21:9:11:3:22 chr19 54726861 . C T 155.55 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0035409;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.317;QD=13.5256;RBI=0.0114481;REFB=-0.00262812;REVB=-0.0108867;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484811;STB=0.760963;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0120643;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:29:17:17:0.369565:8:9:2:25:8:9:3:26 chr19 54726872 . C G 101.23 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.00340812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.518;QD=10.1231;RBI=0.0186731;REFB=-0.0216131;REVB=-0.0183594;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430986;STB=0.746711;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0747859;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:3:24:7:6:3:24 chr19 54743758 . C A 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.175847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.482;QD=27.2318;RBI=0.178993;REFB=0.0162354;REVB=-0.0334139;RO=17;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120948;STB=0.56711;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00628992;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:19:7:7:10:19:7:7:10 chr19 54744799 . G C 292.78 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.000368504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.603;QD=11.0483;RBI=0.01493;REFB=-0.0143084;REVB=-0.0149255;RO=67;SAF=16;SAR=21;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15034;STB=0.595091;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0255636;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:69:37:37:0.349057:21:16:38:29:21:16:40:29 chr19 54746081 . T C 210.4 PASS AF=0.219355;AO=34;DP=155;FAO=34;FDP=155;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.00842422;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.6;QD=5.42956;RBI=0.0109483;REFB=-0.0050858;REVB=-0.00699271;RO=121;SAF=7;SAR=27;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411151;STB=0.755622;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0146408;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:121:121:34:34:0.219355:27:7:62:59:27:7:62:59 chr19 54754752 . T C 439.35 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0546873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.967;QD=24.7523;RBI=0.0574391;REFB=-0.0237662;REVB=0.0175656;RO=29;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130148;STB=0.564485;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0194572;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:41:42:0.591549:24:17:17:12:24:18:17:12 chr19 54767879 . T C 720.98 PASS AF=0.522388;AO=71;DP=135;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00565644;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.125;QD=21.5219;RBI=0.0204511;REFB=0.0024996;REVB=-0.0196533;RO=63;SAF=30;SAR=41;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603882;STB=0.52699;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00206392;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:63:64:71:70:0.522388:41:30:31:32:40:30:31:33 chr19 54781466 . C G 232.68 PASS AF=0.454545;AO=16;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00796235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.962;QD=16.9225;RBI=0.0101385;REFB=-0.0140648;REVB=-0.00627617;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578709;STB=0.568696;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0626896;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:26:16:25:0.454545:11:5:8:14:12:13:10:16 chr19 54782159 . A G 325.65 PASS AF=0.57377;AO=29;DP=55;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00166243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.25;QD=21.3542;RBI=0.0563381;REFB=-0.011745;REVB=0.0563136;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053274;STB=0.536211;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0203372;OID=.;OPOS=54782159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:61:25:26:29:35:0.57377:11:18:17:8:15:20:17:9 chr19 54782407 . C T 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.01142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.785;QD=15.157;RBI=0.0249741;REFB=-0.0112713;REVB=-0.0222101;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340369;STB=0.519298;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0158264;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:19:13:11:14:19:13 chr19 54782704 . G C 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0119457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.899;QD=6.66197;RBI=0.0281071;REFB=-0.0198619;REVB=-0.0254423;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375095;STB=0.523762;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0201086;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:15:17:5:5:15:17 chr19 54782710 . A G 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0155758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.908;QD=6.66153;RBI=0.0358127;REFB=0.00138767;REVB=-0.0322481;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375095;STB=0.523762;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00258338;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:15:17:5:5:15:17 chr19 54782724 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.012591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8727;QD=9.93216;RBI=0.0249491;REFB=-0.00398944;REVB=-0.0215389;RO=35;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676631;STB=0.560894;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.005733;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:35:14:15:0.3:8:6:17:18:9:6:17:18 chr19 54782919 . C T 312.32 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.033919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.977;QD=16.8821;RBI=0.0402266;REFB=-0.0226717;REVB=-0.0216259;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319116;STB=0.516686;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0273695;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:33:34:0.459459:12:21:26:13:12:22:27:13 chr19 54783375 . T A 2639.56 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.852;QD=62.1072;RBI=0.0213042;REFB=0;REVB=-0.00414194;RO=0;SAF=113;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04699e-05;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:57:113:0:0:57:113:0:0 chr19 54783923 . A G 556.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2718;QD=60.2121;RBI=0.0546669;REFB=0;REVB=0.0329466;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180081;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr19 54784130 . T C 345.98 PASS AF=0.455696;AO=19;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0775663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1435;QD=17.5178;RBI=0.0859007;REFB=0.00125092;REVB=-0.0369106;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120712;STB=0.533265;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00371301;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:43:19:36:0.455696:6:13:18:13:23:13:18:25 chr19 54786022 . G C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00556865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.619;QD=13.0884;RBI=0.0342468;REFB=-0.00563812;REVB=-0.033791;RO=27;SAF=14;SAR=2;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298181;STB=0.679344;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0159828;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:2:14:19:8:2:14:19:8 chr19 54848684 . G A 269.69 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00644731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6367;QD=18.9259;RBI=0.00978841;REFB=-0.00039848;REVB=0.00736513;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569673;STB=0.507457;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000225032;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:17:12:11:16:17:12:12:16 chr19 54849942 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0268595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.822;QD=19.646;RBI=0.0289611;REFB=-0.0293546;REVB=-0.0108311;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744319;STB=0.5423;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0220981;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:1:7:9:2:1:7 chr19 54867572 . C T 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00402453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.452;QD=12.1824;RBI=0.00643238;REFB=-0.0107213;REVB=0.00501783;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540521;STB=0.531062;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0163736;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:16:13:20:30:16:13:20:30 chr19 54871664 . G C 282.3 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=11;FWDB=-0.0180613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7359;QD=12.4087;RBI=0.034436;REFB=-0.00761422;REVB=-0.0293193;RO=58;SAF=22;SAR=11;SRF=47;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195308;STB=0.61056;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0166103;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:11:22:47:11:11:22:47:11 chr19 54881922 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0392227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4905;QD=13.1191;RBI=0.0493679;REFB=-0.00183819;REVB=-0.0299795;RO=38;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195341;STB=0.612671;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000780205;OID=.;OPOS=54881922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:18:7:17:21:18:7:17:21 chr19 54930472 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0502217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.612;QD=25.4671;RBI=0.0588321;REFB=-0.0222914;REVB=0.0306431;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671366;STB=0.538372;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00504253;OID=.;OPOS=54930472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:1:2:7:2:1:2 chr19 54946784 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0289762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.882;QD=16.8244;RBI=0.0347678;REFB=-0.00966104;REVB=-0.019214;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225019;STB=0.628505;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0177104;OID=.;OPOS=54946784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:11:17:8:13:11:17 chr19 54962579 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0185935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0086;QD=13.0536;RBI=0.0490377;REFB=-0.013322;REVB=0.045376;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112064;STB=0.564648;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0218336;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:7:16:21:14:7:16:21:14 chr19 54963871 . G C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0155601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6617;QD=10.8848;RBI=0.0539457;REFB=0.00103837;REVB=0.0516529;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604518;STB=0.853011;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00127763;OID=.;OPOS=54963871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:2:13:2:7:2:13 chr19 54965860 . G A 214.88 PASS AF=0.583333;AO=19;DP=34;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0216769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.147;QD=23.8754;RBI=0.0225162;REFB=-0.0149576;REVB=0.00609017;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808369;STB=0.559941;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.01066;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:15:15:19:21:0.583333:7:12:8:7:7:14:8:7 chr19 54966579 . C G 486.01 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.100764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2094;QD=24.0004;RBI=0.122269;REFB=-0.0268962;REVB=-0.069256;RO=35;SAF=19;SAR=27;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815959;STB=0.544669;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0161401;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:27:19:11:24:27:19:11:24 chr19 54973280 . C G 281.43 PASS AF=0.358696;AO=31;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0344867;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.068;QD=12.2361;RBI=0.0380154;REFB=-0.00181503;REVB=0.0159948;RO=60;SAF=22;SAR=9;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353581;STB=0.709548;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00389648;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:59:31:33:0.358696:9:22:24:36:9:24:24:35 chr19 54973988 . GCCT G 59.25 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00397383;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.469;QD=6.97014;RBI=0.0362859;REFB=-0.0204832;REVB=-0.0360676;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.434842;STB=0.781958;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0458358;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:10:33:11:34:23:1:10:8:15:59:19:1:9:7:12 chr19 55009497 . A C 101.46 PASS AF=0.160714;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0145635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.261;QD=7.2474;RBI=0.0273652;REFB=-0.00313317;REVB=0.0231681;RO=40;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339308;STB=0.555432;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0276202;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:56:56:40:41:8:9:0.160714:2:6:19:21:4:5:20:21 chr19 55014124 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00760536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.906;QD=5.71707;RBI=0.0147167;REFB=-0.0112006;REVB=-0.0125991;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614868;STB=0.885742;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0219512;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:1:7:9:18:1:7:10:18 chr19 55014914 . A C 495.54 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.0211312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.71;QD=17.8572;RBI=0.0275366;REFB=-0.0310774;REVB=-0.0176561;RO=56;SAF=29;SAR=24;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177102;STB=0.60437;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0372897;OID=.;OPOS=55014914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:58:53:53:0.477477:24:29:41:15:24:29:43:15 chr19 55019402 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.83;QD=51.1846;RBI=0.0795188;REFB=0;REVB=0.0266137;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595631;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr19 55045042 . G A 1437.28 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=107;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0285941;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.574;QD=55.2799;RBI=0.0312953;REFB=-0.0508676;REVB=-0.012719;RO=4;SAF=48;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145992;STB=0.50077;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00051524;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:107:104:4:4:100:100:0.961538:52:48:2:2:52:48:2:2 chr19 55085399 . G A 914.86 PASS AF=0.5;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=182;FR=.;FRO=91;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00643208;FXX=0.00546418;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.576;QD=20.1069;RBI=0.0202659;REFB=-0.0207736;REVB=-0.0192181;RO=90;SAF=51;SAR=40;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449969;STB=0.527687;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0222819;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:90:91:91:91:0.5:40:51:46:44:40:51:46:45 chr19 55086775 . C T 1473.31 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00480196;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.415;QD=58.3489;RBI=0.00482177;REFB=0.0403335;REVB=-0.000436545;RO=1;SAF=38;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123185;STB=0.506492;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=2.60264e-06;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:61:38:1:0:62:38:1:0 chr19 55098667 . G A 648.56 PASS AF=0.458333;AO=65;DP=145;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00052057;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0804;QD=18.0156;RBI=0.0135972;REFB=0.00151969;REVB=-0.0135873;RO=80;SAF=34;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476101;STB=0.52208;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00366139;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:80:78:65:66:0.458333:31:34:38:42:32:34:37:41 chr19 55105722 . G C 530.9 PASS AF=0.42029;AO=57;DP=137;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.00461783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.651;QD=15.3883;RBI=0.021461;REFB=-0.00728427;REVB=-0.0209582;RO=80;SAF=25;SAR=32;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813824;STB=0.550774;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0393682;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:80:80:57:58:0.42029:32:25:29:51:32:26:29:51 chr19 55105727 . A G 561.01 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.000632781;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.352;QD=16.0289;RBI=0.0313892;REFB=-0.019374;REVB=-0.0313828;RO=80;SAF=28;SAR=32;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948318;STB=0.552969;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0317651;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:80:80:60:60:0.428571:32:28:30:50:32:28:30:50 chr19 55105743 . A G 587.81 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=2.55138e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.006;QD=16.6755;RBI=0.00514511;REFB=-0.0104537;REVB=0.00514504;RO=79;SAF=31;SAR=31;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826491;STB=0.546085;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0110632;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:79:62:62:0.439716:31:31:33:46:31:31:33:46 chr19 55106317 . A G 510.14 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0127398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.741;QD=13.2505;RBI=0.0148268;REFB=-0.00248334;REVB=-0.00758498;RO=93;SAF=21;SAR=39;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915777;STB=0.549152;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00991194;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:93:94:60:60:0.38961:39:21:40:53:39:21:40:54 chr19 55106338 . A C 420.05 PASS AF=0.346667;AO=51;DP=152;FAO=52;FDP=150;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.015252;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.995;QD=11.2013;RBI=0.0160654;REFB=-0.0114729;REVB=-0.00504711;RO=95;SAF=20;SAR=31;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931588;STB=0.509166;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0210767;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:95:98:51:52:0.346667:31:20:38:57:32:20:39:59 chr19 55106590 . A G 357.7 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0117754;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.227;QD=15.8979;RBI=0.0197802;REFB=-0.0165199;REVB=-0.0158932;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815435;STB=0.552604;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.018975;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:37:38:0.422222:17:20:24:28:17:21:24:28 chr19 55106865 . T C 569.85 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00569967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.323;QD=25.3266;RBI=0.00721948;REFB=-0.0115972;REVB=-0.00443111;RO=37;SAF=13;SAR=39;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687895;STB=0.50735;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00750595;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:38:52:52:0.577778:39:13:9:28:39:13:10:28 chr19 55107308 . G C 310.85 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00733382;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.021;QD=15.9411;RBI=0.00735218;REFB=-0.012951;REVB=-0.000519316;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139786;STB=0.573415;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0146626;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:43:44:34:34:0.435897:22:12:21:22:22:12:21:23 chr19 55107313 . T C 317.91 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0308458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.633;QD=15.5079;RBI=0.0311851;REFB=-0.0186914;REVB=-0.00458799;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155385;STB=0.587969;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0136359;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:23:12:23:24:23:12:23:24 chr19 55107336 . C T 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00684803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1751;QD=13.4955;RBI=0.0393119;REFB=-0.0174601;REVB=0.0387108;RO=43;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203815;STB=0.610438;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0219903;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:19:10:23:20:19:10:23:21 chr19 55107343 . T C 237.61 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0239268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.963;QD=13.7745;RBI=0.0241405;REFB=-0.00404311;REVB=-0.00320541;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195531;STB=0.594814;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00669035;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:18:9:21:20:18:10:21:20 chr19 55142101 . G A 207.68 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.005895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9482;QD=17.6748;RBI=0.0153267;REFB=-0.0191763;REVB=0.0141477;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231369;STB=0.513172;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0247258;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:13:13:10:11:13:13 chr19 55142739 . A C 325.49 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00798459;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.86;QD=24.5652;RBI=0.0280027;REFB=-0.0211603;REVB=0.0268402;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148591;STB=0.577912;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0110544;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:21:31:32:0.603774:16:15:15:7:17:15:14:7 chr19 55143083 . T C 894.8 PASS AF=0.514451;AO=88;DP=172;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00204218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.765;QD=20.689;RBI=0.00266519;REFB=-0.00710974;REVB=0.00171252;RO=83;SAF=53;SAR=35;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976757;STB=0.553061;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00803565;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:83:84:88:89:0.514451:35:53:41:42:35:54:42:42 chr19 55143156 . TG CA 956.3 PASS AF=0.540698;AO=92;DP=173;FAO=93;FDP=172;FR=.;FRO=79;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0176203;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.19;QD=22.2394;RBI=0.0183534;REFB=-0.0122681;REVB=-0.00513509;RO=79;SAF=51;SAR=41;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193666;STB=0.507749;STBP=0.839;TYPE=mnp;VARB=0.0115223;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:79:79:92:93:0.540698:41:51:42:37:42:51:42:37 chr19 55143452 . T C 429.84 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00386504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.747;QD=16.6928;RBI=0.00613166;REFB=-0.016634;REVB=0.00476012;RO=56;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917524;STB=0.551127;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0194624;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:25:22:21:35:25:22:21:35 chr19 55143491 . G T 461.58 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.00915798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.392;QD=13.1879;RBI=0.0164426;REFB=-0.00226496;REVB=0.0136562;RO=87;SAF=22;SAR=31;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275424;STB=0.515619;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00570967;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:87:53:53:0.378571:31:22:34:53:31:22:34:53 chr19 55144186 . C T 162.47 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00408073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6662;QD=12.0346;RBI=0.0416223;REFB=-0.00735738;REVB=0.0414218;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198252;STB=0.615413;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.006277;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:18:16:13:7:18:16 chr19 55174498 . T C 439.18 PASS AF=0.583333;AO=45;DP=75;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0913819;FXX=0.0526247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2877;QD=24.3989;RBI=0.100445;REFB=-0.0654605;REVB=-0.0416969;RO=30;SAF=19;SAR=26;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674924;STB=0.536273;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0593431;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:30:30:45:42:0.583333:26:19:10:20:23:19:11:19 chr19 55175740 . C T 318.26 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0622842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7717;QD=18.7213;RBI=0.0647812;REFB=-0.00465497;REVB=0.0178124;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174758;STB=0.587578;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00704305;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:14:19:13:21:15:19:13:21 chr19 55176262 . A G 135.73 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0126806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.334;QD=27.1469;RBI=0.0261471;REFB=-0.0273819;REVB=0.0228665;RO=6;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284443;STB=0.666388;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0121163;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:11:2:3:3:12:2:3:3 chr19 55178162 . A G 381.48 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00156402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7319;QD=34.6796;RBI=0.152331;REFB=0.00390545;REVB=-0.152323;RO=13;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012124;STB=0.506604;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00514678;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:15:16:7:6:15:16:7:6 chr19 55179364 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00420983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.249;QD=14.2412;RBI=0.0383293;REFB=-0.00707309;REVB=0.0380974;RO=31;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355423;STB=0.704035;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0182218;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:16:6:19:12:16:6:19:12 chr19 55237603 . G A 473.24 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0151292;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.964;QD=23.3698;RBI=0.0152684;REFB=-0.00350973;REVB=-0.002057;RO=36;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860959;STB=0.547347;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00236738;OID=.;OPOS=55237603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:36:36:45:45:0.555556:26:19:19:17:26:19:19:17 chr19 55237616 . C T 292.34 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0135423;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.687;QD=14.4364;RBI=0.0144864;REFB=2.98386e-05;REVB=0.00514409;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810171;STB=0.504598;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=2.76606e-05;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:48:33:33:0.407407:19:14:20:28:19:14:20:28 chr19 55237677 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0338661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.247;QD=14.6164;RBI=0.0446562;REFB=-0.00894569;REVB=0.0291077;RO=37;SAF=4;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367034;STB=0.7079;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0110199;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:24:4:15:22:24:4:15:23 chr19 55239223 . G A 420.56 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00370458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.886;QD=17.8963;RBI=0.0152437;REFB=-0.0176812;REVB=0.0147867;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176545;STB=0.515735;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0241534;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:24:19:23:27:24:19:24:27 chr19 55246739 . C T 1249.44 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243568;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0909;QD=61.7008;RBI=0.0317891;REFB=0;REVB=0.0204277;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42556e-05;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:29:51:0:0:29:52:0:0 chr19 55316329 . A G 1756.13 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.786;QD=60.5563;RBI=0.0205963;REFB=0;REVB=-0.0176665;RO=0;SAF=72;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36583e-05;OID=.;OPOS=55316329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:114:116:1:42:72:0:0:44:72:0:0 chr19 55320279 . G A 2046.03 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5591;QD=62.4742;RBI=0.0200798;REFB=0;REVB=-0.0140359;RO=0;SAF=56;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151944;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:75:56:0:0:75:56:0:0 chr19 55328959 . G T 1492.69 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00857146;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.952;QD=58.5368;RBI=0.011455;REFB=-0.0905854;REVB=-0.00759912;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114303;STB=0.505881;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-7.88574e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:1:0:59:42:1:0 chr19 55331419 . C T 1030.24 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.752;QD=58.0419;RBI=0.0166726;REFB=-0.115598;REVB=0.0036249;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000270261;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:1:0:39:31:1:0 chr19 55333246 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.999;QD=57.2018;RBI=0.0519624;REFB=0;REVB=0.00549531;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256506;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr19 55333275 . G T 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1757;QD=56.686;RBI=0.0784356;REFB=0;REVB=0.0529506;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236475;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr19 55349031 . G A 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0709;QD=61.3241;RBI=0.0372706;REFB=0;REVB=-0.0187028;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000873032;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr19 55349273 . C A 1528.7 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.956;QD=63.0393;RBI=0.0118028;REFB=0;REVB=-0.00758137;RO=1;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00781e-05;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:50:46:1:0:50:47:0:0 chr19 55359272 . C G 1601.41 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0623072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8432;QD=58.2332;RBI=0.0679675;REFB=0.0805412;REVB=0.0271549;RO=1;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070321;STB=0.503703;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000527775;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:110:1:1:107:109:0.990909:67:40:0:1:67:42:0:1 chr19 55361942 . G T 849.94 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0157339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.352;QD=53.1212;RBI=0.0578078;REFB=-0.159221;REVB=0.0556254;RO=3;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463587;STB=0.524582;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00218924;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:29:32:0:3:29:32:0:3 chr19 55362719 . G T 2119.46 PASS AF=1;AO=132;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536426;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.242;QD=62.3372;RBI=0.0588653;REFB=0;REVB=0.0242406;RO=2;SAF=57;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50273e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:2:0:132:136:1:75:57:1:1:77:59:0:0 chr19 55365320 . G T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00590679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.39;QD=15.219;RBI=0.0319457;REFB=-0.00180023;REVB=0.0313948;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233704;STB=0.632254;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00175271;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:11:20:17:24:11:20:17:24 chr19 55385734 . C T 153.85 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0433136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.661;QD=11.6111;RBI=0.044274;REFB=0.00106871;REVB=-0.00917194;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298474;STB=0.676755;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00209613;OID=.;OPOS=55385734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:15:4:15:19:15:4:15:19 chr19 55396900 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0199872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.372;QD=24.1067;RBI=0.0225945;REFB=-0.00773202;REVB=0.0105367;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557402;STB=0.503103;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00610945;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:7:12:15:9:7:12 chr19 55399719 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.00561502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.89;QD=10.2398;RBI=0.0192037;REFB=-0.0123571;REVB=-0.0183645;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170435;STB=0.599833;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0172388;OID=.;OPOS=55399719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:1:18:9:1:1:18 chr19 55401124 . G A 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000284884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.739;QD=25.8143;RBI=0.000302684;REFB=-0.0082271;REVB=0.000102267;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10334;STB=0.557334;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00700498;OID=.;OPOS=55401124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:17:10:10:10:17:10:10:10 chr19 55418054 . A C 254.32 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0329786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3692;QD=13.042;RBI=0.0406636;REFB=-0.0230265;REVB=-0.0237895;RO=48;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109028;STB=0.562458;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.032735;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:12:18:24:24:12:18:24:24 chr19 55420801 . C A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.01078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.48;QD=17.588;RBI=0.0147467;REFB=-0.0177898;REVB=0.0100626;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.565158;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.024818;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:16:12:12:10:16:12 chr19 55423530 . C T 271.26 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00150667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.811;QD=23.5876;RBI=0.0699795;REFB=0.00835019;REVB=0.0699633;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107581;STB=0.559952;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00807067;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:12:9:14:11:12:9 chr19 55441902 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.604;QD=54.5177;RBI=0.0448194;REFB=0;REVB=0.039082;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305279;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 55441995 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.478;QD=60.608;RBI=0.027108;REFB=0;REVB=0.0171619;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262155;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 55450430 . A G 139.06 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0303431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.725;QD=17.3819;RBI=0.0307977;REFB=-0.0169746;REVB=0.00527186;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534704;STB=0.517216;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0142911;OID=.;OPOS=55450430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:13:14:0.4375:4:9:11:5:4:10:11:5 chr19 55485899 . G A 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0256103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.922;QD=19.3845;RBI=0.0298328;REFB=-0.00665708;REVB=0.0153006;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00651392;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:11:10:11:9:11:10 chr19 55494881 . C G 175.87 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0246269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8597;QD=15.6329;RBI=0.0411941;REFB=0.00835306;REVB=0.0330222;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00773219;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:7:11:14:12:8:11:14:12 chr19 55501579 . A C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00905446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.781;QD=21.227;RBI=0.0162281;REFB=-0.0180574;REVB=-0.0134674;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332819;STB=0.6833;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0150683;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:4:20:12:17:4:20 chr19 55512137 . C A 759.13 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.363;QD=55.2094;RBI=0.0089757;REFB=-0.0902727;REVB=0.00222183;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703097;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr19 55512232 . C A 36.03 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0152859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.786;QD=4.23911;RBI=0.023819;REFB=-0.0163883;REVB=-0.018267;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167553;STB=0.639526;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0693073;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:19:28:6:6:0.176471:4:2:9:10:4:2:14:14 chr19 55525596 . T C 101.21 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.526;QD=40.4857;RBI=0.0583203;REFB=0;REVB=0.0283933;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138073;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:5:3:0:0:5:5:0:0 chr19 55525894 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0246;QD=46.8471;RBI=0.0378683;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165689;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr19 55526345 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.115;QD=45.8068;RBI=0.0342038;REFB=0;REVB=-0.0188337;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38538e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 55526359 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.029;QD=45.8068;RBI=0.0430581;REFB=0;REVB=0.0361936;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416345;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 55526373 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0346223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.272;QD=11.9197;RBI=0.0406938;REFB=-0.00307365;REVB=0.0213842;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520396;STB=0.805709;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00368988;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:8:1:5:2:8:1 chr19 55527081 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.859;QD=59.679;RBI=0.0374209;REFB=0;REVB=0.0297182;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115525;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr19 55530035 . C T 868.6 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8395;QD=57.9069;RBI=0.0194379;REFB=0;REVB=0.0152079;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164406;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:34:26:0:0 chr19 55536595 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.094;QD=62.4654;RBI=0.0133441;REFB=0;REVB=-0.0129516;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02577e-05;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr19 55538980 . T C 1473.28 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.279;QD=63.3668;RBI=0.069297;REFB=0;REVB=0.0692314;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186598;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:36:56:0:0:37:56:0:0 chr19 55539061 . A G 1903.16 PASS AF=0.984615;AO=124;DP=126;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0429519;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4913;QD=58.5589;RBI=0.0455028;REFB=0.0396422;REVB=0.015021;RO=2;SAF=75;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330431;STB=0.501906;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000128252;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:130:2:2:124:128:0.984615:49:75:1:1:49:79:1:1 chr19 55539072 . T G 1873.33 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0144541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.433;QD=59.0024;RBI=0.0185422;REFB=-0.0916527;REVB=0.0116142;RO=1;SAF=77;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613092;STB=0.509553;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000594409;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:127:1:3:124:124:0.976378:47:77:1:0:47:77:3:0 chr19 55559715 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0265797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.861;QD=18.8287;RBI=0.0266078;REFB=-0.00895053;REVB=0.00122172;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216397;STB=0.62252;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00994795;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:14:8:12:8:14:8 chr19 55570574 . A G 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.662;QD=62.1617;RBI=0.0233149;REFB=0;REVB=0.0165709;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28506e-05;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:44:41:0:0 chr19 55574403 . C G 50.56 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00236908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8468;QD=16.8523;RBI=0.0336424;REFB=0.00675379;REVB=0.0335589;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00286714;OID=.;OPOS=55574403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:4:5:6:7:0.583333:2:4:2:2:3:4:2:3 chr19 55623955 . TG GT,T 48.31 PASS AF=0,0.5;AO=2,9;DP=24;FAO=0,12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=0,11;FSAR=0,1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0370657,0.0402512;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=39.857,13.1807;QD=8.05121;RBI=0.131621,0.0753509;REFB=-0.00484344,-0.0699634;REVB=-0.126295,-0.0636993;RO=13;SAF=1,9;SAR=1,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.204413,0.757212;STB=0.5,0.742721;STBP=1,0.11;TYPE=mnp,del;VARB=0.0124931,0.106794;OID=.,.;OPOS=55623955,55623956;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:24:24:13:12:2,9:0,12:0,0.5:1,0:1,9:9:4:0,1:0,11:8:4 chr19 55644325 . A C 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7428;QD=58.135;RBI=0.0797105;REFB=0;REVB=0.0520499;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110436;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 55660537 . T C 310.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013491;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9881;QD=53.9599;RBI=0.0197305;REFB=0;REVB=0.0143975;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688215;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 55668509 . A T 359.72 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.014872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3553;QD=17.5474;RBI=0.0149615;REFB=-0.012759;REVB=-0.00163382;RO=41;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525932;STB=0.531898;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0203743;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:44:36:38:0.463415:16:20:25:16:16:22:28:16 chr19 55670989 . G A 53.07 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0298533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.541;QD=7.86263;RBI=0.0551591;REFB=-0.0286106;REVB=-0.0463821;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251967;STB=0.629327;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0990812;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:13:5:4:4:13:6 chr19 55671337 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7489;QD=57.1993;RBI=0.0292883;REFB=0;REVB=0.00618953;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634557;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 55672055 . A G 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00850938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.243;QD=9.92261;RBI=0.0336251;REFB=-0.00562063;REVB=-0.0325306;RO=49;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208592;STB=0.629519;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0153438;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:50:24:24:0.324324:8:16:24:25:8:16:24:26 chr19 55673145 . C T 244.45 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00804939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.439;QD=10.8644;RBI=0.0130232;REFB=-0.0128103;REVB=0.0102378;RO=60;SAF=19;SAR=11;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0391969;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:11:19:38:22:11:19:38:22 chr19 55673164 . T C 283.22 PASS AF=0.366667;AO=32;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0274532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.246;QD=12.5877;RBI=0.0705636;REFB=-0.0096171;REVB=-0.0650042;RO=56;SAF=17;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648503;STB=0.551693;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0229792;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:57:32:33:0.366667:15:17:33:23:16:17:34:23 chr19 55673654 . T C 561.02 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0321333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9626;QD=19.3455;RBI=0.0323555;REFB=-0.0139125;REVB=0.00378546;RO=58;SAF=33;SAR=25;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139367;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:25:33:33:25:25:33:33:25 chr19 55686705 . G T 284.58 PASS AF=0.484375;AO=25;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00395783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.002;QD=17.7861;RBI=0.0141419;REFB=-0.00520495;REVB=0.0135768;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590725;STB=0.504936;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00364141;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:33:25:31:0.484375:14:11:11:18:20:11:12:21 chr19 55690424 . G A 659.73 PASS AF=0.447205;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.0181101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.391;QD=16.3908;RBI=0.0204704;REFB=-0.0122882;REVB=0.00954265;RO=89;SAF=38;SAR=33;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632192;STB=0.53857;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0156761;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:89:89:71:72:0.447205:33:38:42:47:33:39:42:47 chr19 55693123 . T C 300.44 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00563155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3733;QD=19.0755;RBI=0.00587055;REFB=-0.0227176;REVB=-0.00165801;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152087;STB=0.508469;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0195912;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:17:14:15:17:17:14 chr19 55693244 . T C 553.06 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0204119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.859;QD=24.5804;RBI=0.0235385;REFB=-0.011235;REVB=0.0117225;RO=39;SAF=21;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101304;STB=0.555534;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00778727;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:30:21:21:18:30:21:21:18 chr19 55699454 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8553;QD=57.5435;RBI=0.0480214;REFB=0;REVB=-0.0390547;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114679;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr19 55702910 . C A 298.72 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0642247;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3482;QD=15.5181;RBI=0.0646449;REFB=0.00593277;REVB=0.00735862;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269088;STB=0.656088;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00553823;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:14:19:13:30:14:19:13:31 chr19 55703237 . C CG 35.0 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00682472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4245;QD=3.88888;RBI=0.00740766;REFB=0.0159889;REVB=-0.00288038;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170787;STB=0.650315;STBP=0.349;TYPE=ins;VARB=-0.0472588;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:8:39:8:36:28:5:3:12:16:34:31:5:3:15:16 chr19 55708557 . A G 451.21 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0125816;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.557;QD=18.9985;RBI=0.0153541;REFB=-0.00130398;REVB=0.00880075;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220309;STB=0.621726;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00191877;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:50:45:45:0.473684:24:21:12:38:24:21:12:38 chr19 55710021 . A G 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0214379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.85;QD=19.9055;RBI=0.0215234;REFB=-0.021743;REVB=-0.00191693;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275022;STB=0.652785;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0206223;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:20:11:19:9:20:11:19:9 chr19 55713535 . G A 474.62 PASS AF=0.380282;AO=54;DP=142;FAO=54;FDP=142;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0131512;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.537;QD=13.3697;RBI=0.0132257;REFB=-0.0104441;REVB=0.00140166;RO=87;SAF=24;SAR=30;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845477;STB=0.507934;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0163622;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:88:54:54:0.380282:30:24:38:49:30:24:38:50 chr19 55715319 . C G 591.85 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0127012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.839;QD=21.9202;RBI=0.012992;REFB=2.87119e-05;REVB=0.00273355;RO=47;SAF=28;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225692;STB=0.511653;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-6.69812e-05;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:49:59:59:0.546296:31:28:21:26:31:28:22:27 chr19 55738634 . T C 923.7 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145538;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0855;QD=58.6475;RBI=0.125951;REFB=0;REVB=0.125107;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244956;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr19 55739689 . G A 1940.53 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.81;QD=61.6043;RBI=0.0158148;REFB=0;REVB=0.0152856;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91669e-05;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:60:65:0:0:61:65:0:0 chr19 55785934 . C A 188.7 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0131939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.729;QD=20.9661;RBI=0.0138643;REFB=-0.0275003;REVB=-0.00425905;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343481;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0300657;OID=.;OPOS=55785934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:17:19:19:0.527778:10:9:6:8:10:9:7:10 chr19 55791091 . C T 643.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143952;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.772;QD=61.2605;RBI=0.0285111;REFB=0;REVB=0.0246102;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45474e-05;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:30:11:0:0:31:11:0:0 chr19 55856083 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.734;QD=60.5468;RBI=0.0285676;REFB=0;REVB=-0.0130922;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177974;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr19 55856211 . C T 325.75 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00765507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.17;QD=14.8066;RBI=0.0121435;REFB=-9.0761e-05;REVB=-0.00942675;RO=52;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693301;STB=0.539168;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00010189;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:22:14:17:35:22:14:17:35 chr19 55859439 . C A 756.18 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447788;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.994;QD=57.0699;RBI=0.00552843;REFB=0;REVB=-0.00324224;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62126e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:41:11:0:0:42:11:0:0 chr19 55870104 . G C 1030.1 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00143901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.986;QD=58.034;RBI=0.00292794;REFB=-0.0416635;REVB=-0.00254992;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165852;STB=0.508769;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=8.90558e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:28:42:0:1:28:42:0:1 chr19 55870289 . C T 741.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019797;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.684;QD=57.0145;RBI=0.0969934;REFB=0;REVB=0.0949516;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100019;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr19 55870351 . T C 629.88 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.762;QD=61.4514;RBI=0.0385165;REFB=0;REVB=-0.00350977;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20497e-05;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:31:9:0:0:31:10:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 591.3 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=15,23;DP=39;FAO=3,36;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191042,-0.0620942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.865,155.641;QD=60.6458;RBI=0.0387564,0.0963055;REFB=0,0;REVB=0.0387093,0.0736144;RO=0;SAF=0,20;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0292546,0.000988402;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:15,23:39:3,36:39:0:0,21:3,15:0:0:12:0:0,20:15,3:0:0 chr19 55871019 . A G 330.37 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8349;QD=50.8264;RBI=0.0444825;REFB=-0.147158;REVB=0.0263773;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238057;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0107553;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:1:0:6:19:1:0 chr19 55872397 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.913;QD=46.848;RBI=0.0256682;REFB=0;REVB=0.00449356;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496183;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 55872531 . C G 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.453;QD=60.9615;RBI=0.0155024;REFB=0;REVB=0.00438324;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018522;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr19 55872566 . A G 530.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.435;QD=58.9876;RBI=0.0420709;REFB=0;REVB=0.00980606;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645094;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:28:7:0:0:29:7:0:0 chr19 55873642 . C G,T 1297.71 PASS AF=0.0352941,0.964706;AO=3,81;DP=84;FAO=3,82;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=3,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130581,0.0112224;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.0961,114.037;QD=61.0689;RBI=0.0130628,0.0272837;REFB=0,0;REVB=-0.000351879,0.0248689;RO=0;SAF=0,53;SAR=3,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.50795e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143833,-0.000486926;OID=.,.;OPOS=55873642,55873642;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:85:0:0:3,81:3,82:0.0352941,0.964706:3,28:0,53:0:0:3,28:0,54:0:0 chr19 55879872 . C T 845.08 PASS AF=0.939394;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0107883;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.472;QD=51.217;RBI=0.0435918;REFB=-0.0151052;REVB=0.0422357;RO=4;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192283;STB=0.510571;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000178591;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:66:66:4:4:61:62:0.939394:36:25:1:3:36:26:1:3 chr19 55913038 . C T 508.4 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0115411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.105;QD=26.0718;RBI=0.0256184;REFB=-0.0133271;REVB=0.0228715;RO=31;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594464;STB=0.53244;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0117133;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:22:25:19:12:22:25:19:12 chr19 55994240 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0181733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.641;QD=20.8976;RBI=0.0707391;REFB=-0.0226544;REVB=0.0683648;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0111304;OID=.;OPOS=55994240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr19 55998863 . C T 258.28 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0871093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.086;QD=23.4802;RBI=0.087827;REFB=-0.0363559;REVB=-0.011205;RO=17;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388043;STB=0.740514;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0211278;OID=.;OPOS=55998863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:17:20:23:24:0.545455:19:4:10:7:20:4:12:8 chr19 55999993 . A G 428.28 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0188783;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.337;QD=15.0274;RBI=0.0328939;REFB=0.00635238;REVB=-0.0269373;RO=63;SAF=23;SAR=25;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141109;STB=0.574044;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00858356;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:63:65:48:49:0.429825:25:23:39:24:26:23:39:26 chr19 56002329 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00371727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.683;QD=22.5346;RBI=0.00609183;REFB=-0.0106766;REVB=0.00482621;RO=14;SAF=17;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703962;STB=0.594293;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00952804;OID=.;OPOS=56002329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:2:17:12:2:2:17:12:3 chr19 56011915 . G A 487.5 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0491392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.833;QD=21.6668;RBI=0.0494255;REFB=-0.0130599;REVB=0.00531268;RO=43;SAF=31;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942678;STB=0.55214;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0136363;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:16:31:24:19:16:31:24:19 chr19 56024519 . T C 389.41 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.856;QD=55.6296;RBI=0.0501647;REFB=0;REVB=0.0460388;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276894;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr19 56041255 . C G 647.57 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.543;QD=61.6729;RBI=0.0923459;REFB=0;REVB=0.0878791;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122358;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:42:0:0:44:42:1:14:30:0:0:14:28:0:0 chr19 56052770 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00405896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.582;QD=24.7084;RBI=0.00467941;REFB=-0.026742;REVB=-0.00232846;RO=16;SAF=16;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248345;STB=0.651448;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0126556;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:7:16:6:10:7:16:6:11 chr19 56056184 . A G 490.63 PASS AF=0.432;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.014787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4133;QD=15.7001;RBI=0.102352;REFB=-0.0224354;REVB=-0.101278;RO=70;SAF=32;SAR=22;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151424;STB=0.580922;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0268315;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:71:54:54:0.432:22:32:31:39:22:32:32:39 chr19 56089353 . C T 442.75 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0314112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4099;QD=17.7101;RBI=0.0724238;REFB=-0.0187073;REVB=0.0652576;RO=54;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469563;STB=0.521092;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0332199;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:23:22:29:25:23:22:29:26 chr19 56114045 . C T 334.14 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00953388;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.7;QD=51.4068;RBI=0.0378433;REFB=-0.0329775;REVB=0.0366226;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000756217;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:0:1:25:25:0.961538:9:16:0:0:9:16:0:1 chr19 56114237 . G A 1800.67 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9778;QD=61.0398;RBI=0.127498;REFB=0;REVB=0.122639;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815617;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:114:118:1:64:50:0:0:68:50:0:0 chr19 56160399 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2296;QD=63.8694;RBI=0.010424;REFB=0;REVB=-0.0076317;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140709;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr19 56241265 . A G 1338.87 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00336025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.937;QD=60.8578;RBI=0.0106134;REFB=-0.00991727;REVB=0.0100674;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000239996;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:86:87:0.988636:39:47:0:0:40:47:1:0 chr19 56249615 . G C 448.82 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.150337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.127;QD=32.6414;RBI=0.150425;REFB=0.0149435;REVB=0.00514567;RO=15;SAF=20;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167966;STB=0.509086;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00537683;OID=.;OPOS=56249615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:20:20:7:8:20:20:7:8 chr19 56274424 . C A 307.31 PASS AF=0.31746;AO=40;DP=127;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0471822;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.14;QD=9.75599;RBI=0.0479557;REFB=-0.00978867;REVB=-0.00857844;RO=83;SAF=15;SAR=25;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130256;STB=0.502118;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0150982;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:83:86:40:40:0.31746:25:15:32:51:25:15:32:54 chr19 56274453 . G A 156.49 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.0382011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0234;QD=6.01887;RBI=0.0514579;REFB=-0.0057955;REVB=0.0344759;RO=79;SAF=7;SAR=17;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724489;STB=0.541163;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0107462;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:79:80:24:24:0.230769:17:7:27:52:17:7:27:53 chr19 56274460 . A G 331.99 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0143467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5773;QD=12.7688;RBI=0.0208296;REFB=-0.0344579;REVB=0.0151011;RO=64;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138842;STB=0.578475;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0943314;OID=.;OPOS=56274460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:24:16:18:46:24:16:18:46 chr19 56284428 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.392;QD=35.5759;RBI=0.0289877;REFB=0;REVB=-0.0166786;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318767;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 56284457 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5683;QD=47.8219;RBI=0.0515076;REFB=0;REVB=0.0496638;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126376;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 56284507 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.609;QD=52.6132;RBI=0.0678893;REFB=0;REVB=0.00991154;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743397;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr19 56284511 . C G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.74;QD=52.6084;RBI=0.0249533;REFB=0;REVB=0.0135034;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041027;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr19 56284534 . GA G,GG 173.59 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,14;DP=17;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178572,0.01801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=278.948,297.651;QD=46.2909;RBI=0.0271056,0.025512;REFB=0,0;REVB=0.0203919,0.0180694;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0706959,0.00413734;OID=.,.;OPOS=56284535,56284535;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:3,14:17:1,14:15:0:0,5:1,9:0:0:6:0:1,4:2,10:0:0 chr19 56307583 . A G 264.12 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00700912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0368;QD=13.0429;RBI=0.00725943;REFB=-0.00444723;REVB=0.00188986;RO=50;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445984;STB=0.525531;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00748096;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:13:18:27:23:13:18:27:23 chr19 56321414 . C A 747.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.456;QD=63.6132;RBI=0.172081;REFB=0;REVB=0.169369;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127948;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:20:27:0:0 chr19 56321517 . T C 118.2 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00237296;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.403;QD=12.4422;RBI=0.0182262;REFB=-0.0213771;REVB=-0.018071;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325853;STB=0.671305;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0294887;OID=.;OPOS=56321517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:13:14:0.368421:8:5:16:7:8:6:17:7 chr19 56329447 . G A 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0130456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0229;QD=16.2649;RBI=0.0325361;REFB=0.00673928;REVB=-0.0298062;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137933;STB=0.577573;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0111061;OID=.;OPOS=56329447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:15:20:19:25:15:20:19:25 chr19 56369189 . G A 150.94 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00561234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.309;QD=12.8457;RBI=0.00627656;REFB=-0.00549646;REVB=0.00281013;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424159;STB=0.545402;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0131955;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:30:16:17:0.361702:7:9:18:12:8:9:18:12 chr19 56369215 . C T 141.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0337788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9372;QD=13.8471;RBI=0.0403623;REFB=-0.0315665;REVB=0.0220932;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111447;STB=0.54853;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0402256;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:7:9:16:8:7:9:16:9 chr19 56369314 . G A 153.58 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0126758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.437;QD=21.9402;RBI=0.0267415;REFB=0.0164484;REVB=-0.0235463;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338333;STB=0.689431;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00924593;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:2:10:6:10:2:10 chr19 56369593 . T C 163.97 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00974287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.814;QD=16.3965;RBI=0.00999118;REFB=-0.0154194;REVB=0.00221363;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158032;STB=0.524972;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0157323;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:9:8:10:12:9:9:10:12 chr19 56390237 . A T 571.56 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0221165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.648;QD=23.0934;RBI=0.0489898;REFB=-0.0253233;REVB=-0.0437133;RO=44;SAF=30;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018027;STB=0.510634;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0230828;OID=.;OPOS=56390237;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:46:53:53:0.535354:23:30:25:19:23:30:25:21 chr19 56392875 . T G 321.36 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00317507;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.894;QD=13.675;RBI=0.0257211;REFB=-0.00780382;REVB=0.0255244;RO=58;SAF=10;SAR=26;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106846;STB=0.561246;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.010423;OID=.;OPOS=56392875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:58:36:36:0.382979:26:10:21:37:26:10:21:37 chr19 56410222 . C T 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000952801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.038;QD=14.8494;RBI=0.01256;REFB=-0.00414547;REVB=-0.0125238;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318498;STB=0.684017;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00892583;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:18:11:13:6:18:11 chr19 56423074 . C G 144.72 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0362225;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.423;QD=11.1326;RBI=0.0384819;REFB=-0.0086272;REVB=0.0129919;RO=34;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610811;STB=0.535676;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0231577;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:5:13:26:8:5:13:26:8 chr19 56423254 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.023934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7517;QD=16.9927;RBI=0.0249676;REFB=-0.00735827;REVB=-0.00710954;RO=30;SAF=22;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436893;STB=0.748319;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00636084;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:5:22:12:18:5:22:12:18 chr19 56423692 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0378396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.874;QD=6.81341;RBI=0.0385024;REFB=-0.000436569;REVB=-0.00711321;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229193;STB=0.644765;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0012634;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:12:7:4:3:12:7 chr19 56423728 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0187831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.563;QD=9.49167;RBI=0.0216615;REFB=-0.000783269;REVB=0.0107895;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128484;STB=0.578767;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00214043;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:10:8:3:6:10:8 chr19 56423893 . G A 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00145055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.16;QD=21.4067;RBI=0.0391558;REFB=-0.024221;REVB=-0.0391289;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118463;STB=0.557999;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0172757;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:20:12:13:12:20:12:13:13 chr19 56424443 . T C 68.33 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0107095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.898;QD=9.1108;RBI=0.029822;REFB=-0.00542244;REVB=-0.0278327;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23176;STB=0.608497;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0125706;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:29:30:20:20:9:10:0.333333:4:5:15:5:4:6:15:5 chr19 56443519 . C T 411.36 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0163901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.069;QD=35.7705;RBI=0.0181176;REFB=-0.00460186;REVB=0.00772107;RO=13;SAF=11;SAR=21;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675789;STB=0.529394;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0028006;OID=.;OPOS=56443519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:32:33:0.717391:21:11:6:7:21:12:6:7 chr19 56459342 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.803;QD=58.1421;RBI=0.0490161;REFB=0;REVB=0.0084535;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441578;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr19 56459614 . G C 523.58 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034086;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9457;QD=59.8372;RBI=0.0364782;REFB=0;REVB=0.0129923;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531163;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 56477687 . A G 820.12 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5578;QD=55.6016;RBI=0.0359913;REFB=-0.123008;REVB=0.016161;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00376738;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:23:35:0:0:23:35:0:1 chr19 56477710 . T C 680.28 PASS AF=0.980392;AO=40;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0711133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.004;QD=53.3555;RBI=0.0928922;REFB=-0.145902;REVB=0.059765;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00193253;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:40:50:0.980392:13:27:0:0:22:28:0:1 chr19 56477724 . C G 31.53 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0742753;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.0214;QD=2.74171;RBI=0.0845772;REFB=-0.0372845;REVB=-0.0404535;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273648;STB=0.696332;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.151611;OID=.;OPOS=56477724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:46:46:30:37:6:6:0.130435:4:2:17:13:4:2:21:16 chr19 56487603 . A G 1568.35 PASS AF=1;AO=87;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7729;QD=59.7467;RBI=0.167728;REFB=0;REVB=0.166989;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013969;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:87:105:1:40:47:0:0:56:49:0:0 chr19 56499279 . G C 122.28 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.134204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.582;QD=15.778;RBI=0.134401;REFB=-0.0117066;REVB=0.00727964;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289336;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0118951;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:17:14:14:0.451613:8:6:2:13:8:6:4:13 chr19 56511082 . C G 520.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.199;QD=59.4647;RBI=0.0325482;REFB=0;REVB=0.0198515;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100733;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr19 56511090 . T C 144.6 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0115609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.057;QD=15.6328;RBI=0.0116319;REFB=-0.00579694;REVB=-0.00128301;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754966;STB=0.54367;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00732424;OID=.;OPOS=56511090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:8:13:11:5:8:13 chr19 56515334 . C T 403.22 PASS AF=0.6;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0251096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.834;QD=24.8136;RBI=0.0252327;REFB=-0.00759929;REVB=-0.00248923;RO=26;SAF=24;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101411;STB=0.547652;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0026213;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:26:38:39:0.6:14:24:13:13:15:24:13:13 chr19 56549510 . T C 198.0 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0122701;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.31;QD=10.9997;RBI=0.0167158;REFB=-0.00370081;REVB=0.0113518;RO=47;SAF=16;SAR=9;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125866;STB=0.57335;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00561951;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:9:16:25:22:9:16:25:22 chr19 56549532 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00578159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.554;QD=11.1851;RBI=0.0209347;REFB=-0.00301856;REVB=0.0201205;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228067;STB=0.634001;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00641304;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:17:18:6:13:17:18 chr19 56552456 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1437;QD=62.3509;RBI=0.0603721;REFB=0;REVB=0.0126948;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692397;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 56565127 . G A 237.56 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0315471;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.956;QD=19.3927;RBI=0.065302;REFB=-0.0228494;REVB=0.0571763;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204062;STB=0.511535;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0247599;OID=.;OPOS=56565127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:13:13:11:12:13:13 chr19 56565164 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.258;QD=58.1418;RBI=0.0714385;REFB=0;REVB=0.047262;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615371;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr19 56694505 . C T 452.57 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00652096;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.474;QD=19.4653;RBI=0.00944197;REFB=-0.0117316;REVB=-0.00682846;RO=43;SAF=17;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141667;STB=0.554157;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00974103;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:48:45:45:0.483871:28:17:23:20:28:17:23:25 chr19 56702323 . C T 440.32 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.00573533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.276;QD=16.9352;RBI=0.0094343;REFB=-0.0115491;REVB=-0.00749079;RO=56;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171378;STB=0.594963;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0137959;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:27:21:15:41:27:21:15:41 chr19 56717325 . T G 258.8 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0148246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.042;QD=24.6474;RBI=0.0185214;REFB=-0.00851348;REVB=0.0111029;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337737;STB=0.672942;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0126649;OID=.;OPOS=56717325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:14:9:15:3:14:10:15:3 chr19 56717353 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.259;QD=64.4154;RBI=0.0340226;REFB=0;REVB=0.0318967;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26881e-05;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr19 56718585 . A G 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.436;QD=61.5349;RBI=0.00250089;REFB=0;REVB=0.00057596;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30577e-06;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr19 56719405 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.567;QD=52.613;RBI=0.103753;REFB=0;REVB=-0.101487;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917538;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:3:18:0:0:4:18:0:0 chr19 56719822 . G T 314.87 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00566153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.742;QD=50.3786;RBI=0.00954399;REFB=-0.106155;REVB=0.00768341;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00081516;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:25:1:1:24:24:0.96:7:17:0:1:7:17:0:1 chr19 56719853 . C A 537.47 PASS AF=1;AO=23;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.0688;QD=58.1044;RBI=0.155519;REFB=0;REVB=0.0144432;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121172;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:23:37:1:11:12:0:0:14:23:0:0 chr19 56733425 . C A 689.63 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00451002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.485;QD=17.9125;RBI=0.0341725;REFB=-0.0144917;REVB=-0.0338736;RO=80;SAF=40;SAR=33;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104212;STB=0.560764;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.01956;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:80:81:73:73:0.474026:33:40:35:45:33:40:35:46 chr19 56827938 . C A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8637;QD=57.1031;RBI=0.0734433;REFB=0;REVB=-0.0254352;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116088;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr19 56888450 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0324917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.44;QD=22.9824;RBI=0.0325272;REFB=-0.00776039;REVB=-0.00152006;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103031;STB=0.547787;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00528836;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:15:10:11:10:15:10:11:11 chr19 56888454 . A C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00110043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8175;QD=16.8735;RBI=0.0661571;REFB=0.0245496;REVB=0.066148;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974454;STB=0.565153;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0315314;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:10:10:10:15:10:10:10:16 chr19 56888526 . A T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00502861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.673;QD=19.8484;RBI=0.0130074;REFB=-0.0100758;REVB=0.011996;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294963;STB=0.666455;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0167908;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:3:10:6:9:3:10 chr19 56895496 . C T 120.55 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0331013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8496;QD=15.5547;RBI=0.115937;REFB=-0.0792386;REVB=-0.111111;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27317;STB=0.548319;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0721361;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:17:14:14:0.451613:7:7:10:2:7:7:10:7 chr19 56934930 . TA T,TG 35.57 PASS AF=0.129032,0.0967742;AO=4,3;DP=31;FAO=4,3;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3,0;FSAR=1,3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0454339,-0.0164241;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=13.632,64.4201;QD=4.59013;RBI=0.0826077,0.0633575;REFB=0.0149372,-0.00360698;REVB=0.0689913,0.0611917;RO=20;SAF=2,0;SAR=2,3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.114792,-0.559415;STB=0.821193,0.995339;STBP=0.293,0.162;TYPE=del,snp;VARB=-0.0158141,0.0530714;OID=.,.;OPOS=56934931,56934931;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032,0.0967742:4,3:31:4,3:31:24:3,0:1,3:8:16:20:20:2,0:2,3:8:12 chr19 56935527 . A G 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0156753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.449;QD=14.9769;RBI=0.0194996;REFB=-0.0285985;REVB=-0.0115981;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0219794;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr19 56953585 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0251884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.215;QD=16.2716;RBI=0.0295448;REFB=-0.00543007;REVB=0.0154415;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.548323;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00697615;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:8:7:10:7:8:7:10:8 chr19 56953863 . T C 1108.57 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2899;QD=57.5878;RBI=0.0233007;REFB=0.0240257;REVB=-0.0205174;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516125;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000585757;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:75:75:0.974026:30:45:0:0:30:45:0:2 chr19 56953963 . G A 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0221997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0028;QD=16.0049;RBI=0.0396473;REFB=0.0117374;REVB=0.0328494;RO=45;SAF=11;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228477;STB=0.629137;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0142316;OID=.;OPOS=56953963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:24:11:24:21:24:11:24:21 chr19 56954103 . C A 81.17 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00624989;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.4748;QD=10.8226;RBI=0.00804166;REFB=0.00228625;REVB=-0.00506035;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186954;STB=0.674268;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00637447;OID=.;OPOS=56954103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:31:30:21:19:10:11:0.366667:5:5:7:14:5:6:5:14 chr19 56972062 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00531266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4088;QD=16.8247;RBI=0.00743128;REFB=0.00790201;REVB=0.00519611;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0108806;OID=.;OPOS=56972062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:12:16:11:10:12:16 chr19 57036653 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0106052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.543;QD=25.3168;RBI=0.0336898;REFB=-0.00719257;REVB=0.0319771;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124111;STB=0.5185;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00331032;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:7:13:8:4:7:13:9:4 chr19 57036678 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0157356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.905;QD=19.3861;RBI=0.0608427;REFB=-0.0159451;REVB=-0.0587727;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510194;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00895204;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:8:12:12:8:8:12:13:8 chr19 57050515 . C G 818.17 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.918;QD=55.4691;RBI=0.128762;REFB=0.0633178;REVB=-0.0600895;RO=2;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473428;STB=0.510201;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00101282;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:2:1:56:58:0.983051:24:32:1:1:24:34:0:1 chr19 57062073 . T C 348.74 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0134599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.929;QD=17.4368;RBI=0.0186524;REFB=-0.00794863;REVB=-0.0129129;RO=43;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168901;STB=0.594543;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0158269;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:15:22:18:25:15:22:18:25 chr19 57065189 . T C 546.11 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0238547;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3989;QD=20.0406;RBI=0.0249907;REFB=-0.0103544;REVB=-0.00744902;RO=51;SAF=34;SAR=22;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266744;STB=0.645796;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0105844;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:51:53:56:56:0.513761:22:34:15:36:22:34:16:37 chr19 57088850 . T C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0121792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.258;QD=15.419;RBI=0.0128881;REFB=0.00284707;REVB=0.00421561;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063165;STB=0.535692;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00304856;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:21:21:18:14:21:21 chr19 57089050 . C T 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0122154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5969;QD=14.8154;RBI=0.0122568;REFB=-0.0149753;REVB=-0.00100593;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092504;STB=0.552296;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0214228;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:14:25:16:13:14:25 chr19 57132968 . G A 273.04 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00408122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.894;QD=24.2698;RBI=0.0139494;REFB=-0.00938259;REVB=0.013339;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126837;STB=0.586485;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00523218;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:18:7:8:11:18:7:9:11 chr19 57135023 . T C 524.13 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222314;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.43;QD=59.9009;RBI=0.0225705;REFB=0;REVB=-0.0038978;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340768;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 57175578 . C T 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0148399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9574;QD=24.1898;RBI=0.0195841;REFB=-0.00700659;REVB=-0.0127795;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00861117;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:2:4:6:6:2:4 chr19 57293394 . A G 1007.78 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6796;QD=59.281;RBI=0.0293508;REFB=0;REVB=0.0266265;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63557e-05;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr19 57293831 . G A 291.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0560291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4325;QD=19.4385;RBI=0.0939358;REFB=-0.013533;REVB=-0.0753968;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184929;STB=0.60193;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0124752;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:5:24:20:11:5:24 chr19 57325083 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.658;QD=35.569;RBI=0.0218512;REFB=0;REVB=0.0218151;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503646;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 57327503 . A G 478.96 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0085507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.017;QD=15.5758;RBI=0.0121229;REFB=0.000499764;REVB=-0.00859362;RO=70;SAF=22;SAR=31;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582087;STB=0.532634;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000770181;OID=.;OPOS=57327503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:31:22:33:37:31:22:33:37 chr19 57335799 . C T 491.51 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00195467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.241;QD=25.2057;RBI=0.0131426;REFB=-0.000987512;REVB=0.0129965;RO=32;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101708;STB=0.555724;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000878786;OID=.;OPOS=57335799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:29:17:16:16:29:17:16:16 chr19 57335822 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00542727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=352.165;QD=22.5294;RBI=0.00587941;REFB=-0.015277;REVB=-0.00226102;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824198;STB=0.545432;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0136357;OID=.;OPOS=57335822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:24:16:16:16:24:16:16:16 chr19 57433619 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.134;QD=63.5829;RBI=0.0209485;REFB=0;REVB=-0.00379253;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90011e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr19 57641146 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.989;QD=51.1846;RBI=0.0135625;REFB=0;REVB=0.00343664;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109146;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr19 57642782 . C A 573.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.17;QD=60.3163;RBI=0.0273195;REFB=0;REVB=0.0164904;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399096;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr19 57643051 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.444;QD=61.213;RBI=0.0357173;REFB=0;REVB=-0.00702779;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48942e-05;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr19 57647236 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.566;QD=57.7124;RBI=0.00849907;REFB=0;REVB=0.000823386;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70042e-05;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr19 57649962 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.596;QD=58.2396;RBI=0.0256237;REFB=0;REVB=-0.0229657;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01067e-05;OID=.;OPOS=57649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr19 57723007 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.71;QD=57.1062;RBI=0.005719;REFB=0;REVB=0.00558959;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11162e-05;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr19 57723013 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.21;QD=56.9569;RBI=0.0111724;REFB=0;REVB=0.000191831;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3621e-05;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr19 57760018 . G A 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0104503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.224;QD=15.947;RBI=0.0355545;REFB=-0.0173073;REVB=-0.0339841;RO=47;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145888;STB=0.582641;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0253545;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:26:10:19:28:26:10:19:28 chr19 57760057 . G A 234.32 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0326411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6456;QD=13.0179;RBI=0.0342912;REFB=-0.024807;REVB=-0.0105093;RO=44;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752225;STB=0.504307;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0555537;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:18:10:16:28:18:10:16:28 chr19 57764770 . G A 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.01303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.507;QD=27.2638;RBI=0.013102;REFB=-0.0198687;REVB=0.00137137;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100496;STB=0.555506;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00897426;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:4:9:12:10:4:9 chr19 57765432 . A G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.008825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.76;QD=16.1562;RBI=0.0194556;REFB=-0.00382504;REVB=-0.017339;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197516;STB=0.610894;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00442316;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:10:22:13:14:10:22 chr19 57766549 . A T 31.46 PASS AF=0.117647;AO=11;DP=66;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0503119;FXX=0.0285673;HRUN=7;LEN=1;MLLD=17.498;QD=1.8505;RBI=0.198246;REFB=-0.0252393;REVB=-0.191755;RO=37;SAF=1;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578171;STB=0.82083;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0931841;OID=.;OPOS=57766549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:66:68:37:60:11:8:0.117647:10:1:19:18:7:1:26:34 chr19 57768066 . A G 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0148554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6239;QD=14.094;RBI=0.0236745;REFB=-0.0256285;REVB=-0.0184336;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.522354;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0363613;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:6:7:8:9:6:7:9:9 chr19 57769994 . C CTTCCA 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00274476;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=299.651;QD=6.57185;RBI=0.00791684;REFB=-0.0010331;REVB=0.00742581;RO=37;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500782;STB=0.817604;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.00229505;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:11:48:11:48:37:9:2:15:22:78:37:9:2:15:22 chr19 57770554 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.010428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.606;QD=11.1041;RBI=0.0213573;REFB=-0.0125471;REVB=-0.0186384;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0190474;OID=.;OPOS=57770554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:2:8:6:1:2:8 chr19 57771883 . A G 136.44 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00977633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.24;QD=17.6051;RBI=0.0173606;REFB=-0.0155104;REVB=0.0143463;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118918;STB=0.589634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0226346;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:10:4:3:13:10:5:3:13 chr19 57772069 . T C 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0419557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.379;QD=11.4912;RBI=0.0419681;REFB=-0.00407401;REVB=0.00101926;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785478;STB=0.546724;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00870515;OID=.;OPOS=57772069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:11:5:12:20:11:5:12:20 chr19 57772232 . T C 221.5 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00654344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1937;QD=12.3056;RBI=0.0124439;REFB=0.00360715;REVB=-0.0105846;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243502;STB=0.514008;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00484808;OID=.;OPOS=57772232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:15:12:21:24:15:12:21:24 chr19 57774102 . T A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000675925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.233;QD=22.9085;RBI=0.0074854;REFB=-0.012107;REVB=0.00745482;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.538424;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0169509;OID=.;OPOS=57774102;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:7:10:14:7:7:10 chr19 57803539 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0393076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.218;QD=16.5359;RBI=0.045428;REFB=-0.00886589;REVB=-0.0227731;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024826;STB=0.501423;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00529225;OID=.;OPOS=57803539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:14:9:7:11:14:9 chr19 57839150 . A G 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0344581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.437;QD=22.6271;RBI=0.0453794;REFB=-0.0145945;REVB=-0.0295284;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155171;STB=0.571312;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0196675;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:7:8:13:13:0.619048:3:10:4:3:3:10:5:3 chr19 57839506 . C G 340.97 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0605993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1734;QD=20.9828;RBI=0.0870768;REFB=-0.00873472;REVB=-0.0625308;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717282;STB=0.53966;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00759727;OID=.;OPOS=57839506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:17:18:18:12:17:18:18:12 chr19 57839567 . T A 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0278809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7039;QD=17.7909;RBI=0.0473437;REFB=-0.0256997;REVB=-0.0382633;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168936;STB=0.594346;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.023556;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:14:17:12:21:14:17:12:21 chr19 57839690 . A T 287.77 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0165648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.721;QD=18.566;RBI=0.0229073;REFB=-0.0130097;REVB=-0.0158225;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161226;STB=0.595816;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0107089;OID=.;OPOS=57839690;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:14:16:11:20:14:17:11:20 chr19 57865149 . C T 404.45 PASS AF=0.493976;AO=39;DP=81;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0160766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6222;QD=19.4916;RBI=0.0169817;REFB=-0.00252215;REVB=0.00546994;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579604;STB=0.530573;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00261725;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:42:42:39:41:0.493976:21:18:22:20:22:19:22:20 chr19 57868336 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.775;QD=58.1375;RBI=0.0125327;REFB=0;REVB=-0.00946206;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9329e-06;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr19 57868879 . T C 438.55 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0164213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.678;QD=30.2447;RBI=0.0168017;REFB=-0.00818271;REVB=-0.00355503;RO=18;SAF=20;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317568;STB=0.517233;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00392753;OID=.;OPOS=57868879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:20:20:8:10:20:20:8:10 chr19 57909827 . G T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0207296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5123;QD=13.4055;RBI=0.039795;REFB=0.00422148;REVB=0.0339695;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.607164;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00461362;OID=.;OPOS=57909827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:16:18:16:7:16:18 chr19 57909872 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.98;QD=59.6794;RBI=0.0353006;REFB=0;REVB=0.0241249;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37839e-06;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr19 57956828 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6002;QD=54.5176;RBI=0.0156996;REFB=0;REVB=-0.00942719;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62536e-05;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr19 57967049 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3336;QD=59.5013;RBI=0.0118212;REFB=0;REVB=0.00944554;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109018;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr19 57967133 . G A 698.48 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0947;QD=54.7828;RBI=0.0246189;REFB=-0.0677945;REVB=0.0165285;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00263757;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:0:1:29:21:0:1 chr19 57984426 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.471;QD=63.2867;RBI=0.0413795;REFB=0;REVB=0.00821746;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113825;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 57984918 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.309;QD=59.6784;RBI=0.0124055;REFB=0;REVB=0.0121703;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08215e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr19 57985460 . T A 1190.05 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1279;QD=61.0281;RBI=0.0415858;REFB=0;REVB=-0.0411005;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361487;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr19 57985566 . G C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.653;QD=60.4469;RBI=0.0253001;REFB=0;REVB=0.0230232;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22827e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr19 57987905 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.074;QD=59.9375;RBI=0.0241376;REFB=0;REVB=0.0206265;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01231e-05;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr19 57988666 . A AGCC 315.88 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0195686;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.602;QD=37.162;RBI=0.0206172;REFB=-0.0412069;REVB=0.00649153;RO=17;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112354;STB=0.51831;STBP=0.727;TYPE=ins;VARB=0.0131977;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:25:42:26:34:8:8:18:3:5:52:17:7:18:7:10 chr19 58001512 . T A 1329.88 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.989;QD=61.8547;RBI=0.036589;REFB=0;REVB=0.0359717;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66182e-05;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:42:42:0:0:44:42:0:0 chr19 58003141 . A G 78.9 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.143902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6055;QD=28.6902;RBI=0.14988;REFB=-0.160271;REVB=0.0419097;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586432;STB=0.533258;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0377968;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:6:3:1:1:6:3:1:1 chr19 58003488 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3667;QD=58.962;RBI=0.0515297;REFB=0;REVB=0.0420292;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610354;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr19 58003580 . A G 2299.72 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.183;QD=63.4406;RBI=0.0116788;REFB=0;REVB=0.00751635;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90532e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:76:68:0:0:77:68:0:0 chr19 58003613 . C T 2073.39 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.309;QD=62.3575;RBI=0.0290551;REFB=0;REVB=0.0189441;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94867e-05;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:73:57:0:0:73:60:0:0 chr19 58004346 . G C 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1982;QD=57.544;RBI=0.0362818;REFB=0;REVB=0.0343697;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313899;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr19 58004931 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.854;QD=35.5757;RBI=0.0241535;REFB=0;REVB=-0.00931506;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186793;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 58011421 . G T 118.45 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00459096;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.397;QD=20.5992;RBI=0.0117272;REFB=-0.0404986;REVB=0.0107912;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708289;STB=0.540476;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0288304;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:3:7:10:3:3:7 chr19 58038964 . T A 2087.24 PASS AF=0.985401;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1843;QD=60.9415;RBI=0.106791;REFB=-0.0545297;REVB=0.0962065;RO=2;SAF=75;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125054;STB=0.506493;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00248744;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:137:2:2:133:135:0.985401:58:75:2:0:59:76:2:0 chr19 58058536 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7869;QD=60.5468;RBI=0.0308288;REFB=0;REVB=-0.0227049;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr19 58058739 . T C 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0164434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.602;QD=24.3814;RBI=0.0172769;REFB=-0.0176275;REVB=-0.00530156;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500831;STB=0.527847;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0153591;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:10:11:12:14:10:11 chr19 58117223 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.075;QD=61.3362;RBI=0.036799;REFB=0;REVB=0.00864504;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380227;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 58125650 . G A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0229806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.317;QD=20.3419;RBI=0.0247285;REFB=-0.0134777;REVB=0.0091319;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159193;STB=0.508821;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0146306;OID=.;OPOS=58125650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:15:19:20:17:15:19 chr19 58151338 . TG T,TT 1149.63 PASS AF=0.948052,0.0519481;AO=72,4;DP=77;FAO=73,4;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25,4;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490886,0.0468446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=266.837,242.996;QD=59.7213;RBI=0.0496365,0.0476988;REFB=0,0;REVB=0.0073544,0.00898664;RO=0;SAF=25,4;SAR=47,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000105648,0.00467293;OID=.,.;OPOS=58151339,58151339;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.948052,0.0519481:72,4:77:73,4:77:0:25,4:48,0:0:0:11:0:25,4:47,0:0:0 chr19 58189287 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.396;QD=55.6557;RBI=0.0422348;REFB=0;REVB=0.0382597;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172911;OID=.;OPOS=58189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 58199291 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.706;QD=64.1538;RBI=0.0369775;REFB=0;REVB=0.0225725;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4831e-05;OID=.;OPOS=58199291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr19 58200097 . A AC 605.98 PASS AF=1;AO=6;DP=56;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891274;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7194;QD=45.734;RBI=0.0296478;REFB=0;REVB=-0.0282765;RO=50;SAF=0;SAR=6;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000627202;OID=.;OPOS=58200098;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:56:53:53:0:21:32:0:0:11:50:0:6:25:25 chr19 58200099 . T C 594.78 PASS AF=0.859649;AO=46;DP=54;FAO=49;FDP=57;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.000156556;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.9688;QD=41.7386;RBI=0.0184943;REFB=-0.124205;REVB=-0.0184937;RO=8;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12908;STB=0.568938;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0091833;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:54:57:8:8:46:49:0.859649:25:21:0:8:25:24:0:8 chr19 58200497 . G A 567.68 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5781;QD=59.7553;RBI=0.0405948;REFB=0;REVB=0.0374964;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105016;OID=.;OPOS=58200497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:34:38:1:23:11:0:0:24:14:0:0 chr19 58200628 . G T 785.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.491;QD=64.1222;RBI=0.0287379;REFB=0;REVB=-0.0035225;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145176;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr19 58201740 . TAC T 69.68 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0329937;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.564;QD=17.4191;RBI=0.0577322;REFB=-0.182135;REVB=0.0473754;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.637406;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.106429;OID=.;OPOS=58201741;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:7:17:9:16:7:5:4:6:1:46:6:3:4:4:2 chr19 58213952 . C A 1497.41 PASS AF=0.97;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0106368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8944;QD=59.8964;RBI=0.013933;REFB=-0.0546723;REVB=0.0089992;RO=4;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179535;STB=0.504541;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00208122;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:100:4:3:95:97:0.97:49:46:1:3:50:47:1:2 chr19 58258466 . G T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.435;QD=60.3767;RBI=0.0166864;REFB=0;REVB=-0.00323601;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30485e-05;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr19 58301766 . TG T 1902.06 PASS AF=1;AO=149;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105699;FXX=0.0129024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.8295;QD=49.7271;RBI=0.106817;REFB=0;REVB=-0.0154126;RO=0;SAF=52;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=4.17984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00110624;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:149:153:153:153:0:54:99:0:0:34:0:52:97:0:0 chr19 58352522 . G A 839.88 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00280115;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.502;QD=55.9921;RBI=0.0143528;REFB=-0.136166;REVB=0.0140769;RO=1;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103722;STB=0.505493;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0121849;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:45:14:0:1:45:14:0:1 chr19 58374130 . C T 670.51 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.551;QD=62.3727;RBI=0.0215927;REFB=0;REVB=0.0167333;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01741e-05;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:9:33:0:0:10:33:0:0 chr19 58378690 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.095;QD=41.8678;RBI=0.00550605;REFB=-0.0349766;REVB=0.00550605;RO=1;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028692;OID=.;OPOS=58378690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:15:0:0:1:15:0:0:1 chr19 58385707 . GTTTTTTTT GTTTTTTT,GTTTTTTTC,TGTTTTTTT 46.99 PASS AF=0.266667,0.133333,0.0666667;AO=9,3,2;DP=32;FAO=8,4,2;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2,3,1;FSAR=6,1,1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.192635,-0.123337,-0.0675546;FXX=0.0908816;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.16301,19.8859,17.6546;QD=6.26527;RBI=0.194281,0.123366,0.0935003;REFB=-0.00932618,-0.0361738,-0.0126937;REVB=0.0252331,0.00266042,0.0646427;RO=12;SAF=3,2,1;SAR=6,1,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.243311,0.0961013,-0.0855427;STB=0.749375,0.617018,0.610061;STBP=0.101,0.702,0.763;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0968975,-0.0278611,0.136708;OID=.,.,.;OPOS=58385708,58385715,58385707;OREF=T,T,GT;OALT=-,C,TG;OMAPALT=GTTTTTTT,GTTTTTTTC,TGTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:32:30:12:16:9,3,2:8,4,2:0.266667,0.133333,0.0666667:6,1,1:3,2,1:7:5:6,1,1:2,3,1:10:6 chr19 58385748 . G A 66.65 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0591057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.431;QD=10.2533;RBI=0.0647296;REFB=-0.0664555;REVB=-0.0263901;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0786255;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:26:14:16:10:10:0.384615:5:5:8:6:5:5:8:8 chr19 58385954 . T C 275.18 PASS AF=1;AO=11;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296205;FXX=0.0434594;HRUN=8;LEN=1;MLLD=112.114;QD=50.0331;RBI=0.26293;REFB=0;REVB=0.262913;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113394;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:1:0:11:22:1:5:6:0:1:10:12:0:0 chr19 58420152 . C A 152.44 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.000320873;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.308;QD=8.4686;RBI=0.0272599;REFB=-0.00111577;REVB=0.027258;RO=51;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147066;STB=0.588149;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00255273;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:14:7:23:28:14:7:23:28 chr19 58420162 . T C 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0146274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.647;QD=8.51761;RBI=0.0257382;REFB=-0.0100426;REVB=0.0211777;RO=45;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700847;STB=0.541828;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0252736;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:9:10:21:24:9:10:21:24 chr19 58420167 . T C 134.36 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00518953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.562;QD=8.1432;RBI=0.0139033;REFB=-0.00226643;REVB=0.0128985;RO=47;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438514;STB=0.526288;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00226781;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:9:10:23:24:9:10:23:24 chr19 58420699 . C A 152.65 PASS AF=0.283784;AO=15;DP=68;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0337779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.192;QD=8.25157;RBI=0.0350157;REFB=-0.028301;REVB=-0.00922762;RO=53;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993787;STB=0.654397;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0364937;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:53:53:15:21:0.283784:7:8:24:29:7:14:24:29 chr19 58420811 . G A 171.79 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00778186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.793;QD=11.0831;RBI=0.0312743;REFB=0.00348004;REVB=-0.0302907;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181504;STB=0.510564;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00642034;OID=.;OPOS=58420811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:13:9:17:23:13:9:17:23 chr19 58439306 . G A 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0134719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.622;QD=29.7234;RBI=0.0135395;REFB=-0.0140283;REVB=-0.00135082;RO=15;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24589;STB=0.636253;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0085761;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:21:6:8:7:21:6:8:7 chr19 58453342 . T C 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0142669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.303;QD=24.3362;RBI=0.01693;REFB=-0.0175332;REVB=-0.00911492;RO=26;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195094;STB=0.510703;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0115248;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:18:20:13:13:18:20:13:13 chr19 58455381 . C T 1136.0 PASS AF=0.987013;AO=64;DP=73;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0737742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.949;QD=59.0128;RBI=0.0741405;REFB=-0.141269;REVB=0.00736058;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00414679;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:77:1:1:64:76:0.987013:35:29:1:0:35:41:1:0 chr19 58549366 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0679223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.397;QD=14.0437;RBI=0.085628;REFB=-0.0178113;REVB=-0.0521413;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0188384;OID=.;OPOS=58549366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr19 58549593 . C G 262.0 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00849183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6528;QD=25.5611;RBI=0.0438073;REFB=-0.0311549;REVB=0.0429764;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851636;STB=0.547285;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00680186;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:9:8:14:10:9:8 chr19 58572959 . G A 392.16 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0112242;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.144;QD=16.6878;RBI=0.01135;REFB=0.0025827;REVB=0.00168503;RO=53;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880857;STB=0.549629;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0038038;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:41:41:0.43617:28:13:21:32:28:13:21:32 chr19 58572979 . G A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.562;QD=64.2847;RBI=0.0164663;REFB=0;REVB=0.0142877;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08017e-05;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:60:40:0:0:60:40:0:0 chr19 58581572 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.352;QD=54.5177;RBI=0.0550149;REFB=0;REVB=0.0453882;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236611;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr19 58600080 . C T 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0177461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.994;QD=28.0215;RBI=0.0212445;REFB=-0.0181359;REVB=0.0116793;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156194;STB=0.586145;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00978818;OID=.;OPOS=58600080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:11:17:7:11:11:17:7:11 chr19 58718332 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00444419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.871;QD=18.8287;RBI=0.0110251;REFB=-0.0026457;REVB=0.0100897;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126575;STB=0.57136;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00338399;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:6:16:12:8:6:16 chr19 58718360 . A AG 319.28 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3961;QD=42.5704;RBI=0.163426;REFB=0;REVB=-0.0926916;RO=2;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00156955;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:30:30:0:14:16:0:0:6:2:12:15:1:1 chr19 58724380 . G A 35.56 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0403901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9988;QD=5.92619;RBI=0.0668295;REFB=0.00454863;REVB=-0.0532431;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424601;STB=0.768454;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0245486;OID=.;OPOS=58724380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:5:13:2:4:5:13 chr19 58755366 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00838375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.811;QD=12.7982;RBI=0.0111296;REFB=-0.0084393;REVB=0.00731988;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256037;STB=0.646945;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.013527;OID=.;OPOS=58755366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:17:24:9:17:17:24 chr19 58772579 . C G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00653451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0836;QD=14.0541;RBI=0.0244565;REFB=-0.00793515;REVB=-0.0235673;RO=35;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22911;STB=0.631468;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00985;OID=.;OPOS=58772579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:18:7:17:18:18:7:17:18 chr19 58790675 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0126167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.524;QD=12.1199;RBI=0.0228944;REFB=-0.0163931;REVB=-0.0191042;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140428;STB=0.578656;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.017318;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:38:23:23:0.377049:11:12:14:22:11:12:15:23 chr19 58790713 . G C 133.19 PASS AF=0.326923;AO=18;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5583;QD=10.2455;RBI=0.112028;REFB=-0.024837;REVB=-0.107682;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219389;STB=0.6427;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.11765;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:35:18:17:0.326923:9:9:10:23:8:9:11:24 chr19 58861744 . T C 452.19 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.107835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.248;QD=19.4491;RBI=0.108396;REFB=-0.0352638;REVB=0.0110158;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579662;STB=0.532252;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0417444;OID=.;OPOS=58861744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:28:17:21:27:28:17:21:27 chr19 58864479 . T C 731.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682571;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.763;QD=63.5948;RBI=0.0684162;REFB=0;REVB=-0.00466352;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041982;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr19 58870087 . TGGA TGA,TGAC 991.47 PASS AF=1,0;AO=64,3;DP=72;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476804,-0.0233495;FXX=0.013887;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.9035,4.87846;QD=55.8575;RBI=0.0979782,0.0513455;REFB=0,0;REVB=-0.0978621,-0.0457292;RO=0;SAF=37,3;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.445813,0;SSSB=5.1743e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00201537,0;OID=.,.;OPOS=58870088,58870089;OREF=G,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGA,TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:64,3:72:71,0:71:0:42,0:29,0:0:0:6:0:37,3:27,0:0:0 chr19 58879965 . A G 271.3 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7092;QD=51.6767;RBI=0.2033;REFB=0;REVB=0.203227;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027096;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:2:17:0:0:4:17:0:0 chr19 58879976 . C T 248.17 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0849646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.275;QD=47.2708;RBI=0.131812;REFB=-0.166473;REVB=0.100774;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279067;STB=0.515137;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00622729;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:21:1:1:19:20:0.952381:3:16:1:0:4:16:1:0 chr19 58880184 . T C 623.25 PASS AF=0.396648;AO=71;DP=179;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0145924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.862;QD=13.9274;RBI=0.0175474;REFB=-0.012548;REVB=-0.0097453;RO=102;SAF=28;SAR=43;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092421;STB=0.536879;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0180697;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:102:108:71:71:0.396648:43:28:49:53:43:28:49:59 chr19 58880242 . T C 515.61 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.000963907;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.235;QD=13.0533;RBI=0.00656965;REFB=0.00311293;REVB=-0.00649855;RO=97;SAF=26;SAR=35;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188757;STB=0.510675;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00486238;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:97:61:61:0.386076:35:26:43:54:35:26:43:54 chr19 58904396 . G A 677.64 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0132134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2136;QD=25.5713;RBI=0.0132607;REFB=0.0048278;REVB=-0.00111916;RO=42;SAF=31;SAR=33;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407528;STB=0.522156;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00261623;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:33:31:18:24:33:31:18:24 chr19 58945961 . ACT A,AAT,AT,ATT 627.48 PASS AF=0.0465116,0.0697674,0.55814,0.325581;AO=5,3,13,22;DP=44;FAO=2,3,24,14;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9,11;FSAR=2,3,15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400232,-0.0429001,-0.0479571,-0.0503241;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=99.1972,99.3109,113.333,111.642;QD=58.3702;RBI=0.0555374,0.0535401,0.0538099,0.0898192;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0385038,0.0320331,0.0244054,0.0743974;RO=0;SAF=0,0,0,19;SAR=5,3,13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=-0.0334344,-0.105074,-0.0298644,0.0267175;OID=.,.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962,58945962;OREF=CT,C,C,C;OALT=-,A,-,T;OMAPALT=A,AAT,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0465116,0.0697674,0.55814,0.325581:5,3,13,22:44:2,3,24,14:43:0:0,0,9,11:2,3,15,3:0:0:49:0:0,0,0,19:5,3,13,3:0:0 chr19 58951123 . T C 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00647247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.84;QD=18.0145;RBI=0.00805751;REFB=-0.00475976;REVB=-0.00479902;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032174;STB=0.51785;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00467313;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:24:27:31:24:24:27:31:24 chr19 58965660 . A G 248.83 PASS AF=0.313131;AO=30;DP=98;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0158491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.779;QD=10.0538;RBI=0.0177804;REFB=-0.00838873;REVB=-0.00805901;RO=68;SAF=7;SAR=23;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210451;STB=0.600545;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0152071;OID=.;OPOS=58965660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:68:68:30:31:0.313131:23:7:26:42:23:8:26:42 chr19 58982044 . C T 281.74 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0364323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7015;QD=14.636;RBI=0.0538633;REFB=-0.000888662;REVB=-0.039673;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107351;STB=0.569851;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=6.91006e-05;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:45:32:32:0.415584:20:12:12:31:20:12:12:33 chr19 58982384 . A G 999.43 PASS AF=1;AO=53;DP=71;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647761;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.597;QD=58.79;RBI=0.0678817;REFB=0;REVB=0.0202974;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134995;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:68:0:0:53:68:1:36:17:0:0:38:30:0:0 chr19 58982386 . A G 136.93 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0262394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0986;QD=7.50283;RBI=0.0388177;REFB=-0.0522096;REVB=-0.0286061;RO=53;SAF=17;SAR=3;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613222;STB=0.866318;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.132651;OID=.;OPOS=58982386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:3:17:17:36:3:17:17:36 chr19 59059729 . G A 395.04 PASS AF=0.471264;AO=38;DP=84;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0297142;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.424;QD=18.1625;RBI=0.0666684;REFB=-0.026994;REVB=0.0596803;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100483;STB=0.566597;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0162781;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:45:46:38:41:0.471264:20:18:26:19:23:18:26:20 chr19 59074605 . TG TC,T 67.91 PASS AF=0,0.55;AO=4,4;DP=20;FAO=0,11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0352834,0.163147;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=71.6602,12.9061;QD=13.5829;RBI=0.0538179,0.177991;REFB=-0.0314426,-0.174048;REVB=-0.0406379,0.0711603;RO=9;SAF=0,4;SAR=4,0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.663921,0.738373;STB=0.5,0.514825;STBP=1,0.968;TYPE=snp,del;VARB=0.0670416,0.177428;OID=.,.;OPOS=59074606,59074606;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.55:4,4:20:0,11:20:9:0,4:0,7:3:6:41:9:0,4:4,0:3:6 chr20 138178 . GC G 146.12 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0995762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5652;QD=10.8238;RBI=0.0996093;REFB=-0.0239306;REVB=-0.00256623;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142537;STB=0.607386;STBP=0.188;TYPE=del;VARB=0.0229694;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:22:52:24:54:30:15:9:13:17:99:29:13:9:13:16 chr20 139456 . G A 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0418773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7955;QD=18.4381;RBI=0.0673907;REFB=-0.0224933;REVB=0.0527996;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160876;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:15:14:14:15:15:14 chr20 139576 . C A 401.78 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0521691;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.003;QD=20.3435;RBI=0.052281;REFB=-0.0213559;REVB=0.00341894;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181493;STB=0.627676;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0229579;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:32:38:40:41:0.518987:24:16:20:12:24:17:26:12 chr20 168728 . T A 369.62 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0150738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.839;QD=16.9938;RBI=0.0159354;REFB=-0.00361626;REVB=-0.00516876;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231727;STB=0.628059;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00425148;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:47:48:38:39:0.448276:16:22:16:31:16:23:17:31 chr20 238435 . CTGGTCT C 372.06 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769083;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=6;MLLD=305.858;QD=57.2399;RBI=0.0834015;REFB=0;REVB=0.0322635;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00137086;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:26:26:0:4:22:0:0:4:0:4:22:0:0 chr20 256726 . AT A,AA 686.05 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=7,44;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392721,-0.00114778;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.0134,78.2056;QD=53.8077;RBI=0.0166744,0.108324;REFB=0,0;REVB=0.0162053,0.108318;RO=0;SAF=1,29;SAR=6,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0188382,0.0137586;OID=.,.;OPOS=256727,256727;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:7,44:51:1,50:51:0:0,30:1,20:0:0:4:0:1,29:6,15:0:0 chr20 257733 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.996;QD=63.2846;RBI=0.0223139;REFB=0;REVB=0.0202321;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134891;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr20 259818 . G A 1120.51 PASS AF=0.475;AO=112;DP=236;FAO=114;FDP=240;FR=.;FRO=126;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=0.0199107;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2406;QD=18.6751;RBI=0.0784165;REFB=-0.0275767;REVB=0.0758466;RO=124;SAF=58;SAR=54;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604557;STB=0.503729;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0314951;OID=.;OPOS=259818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:240:124:126:112:114:0.475:54:58:65:59:56:58:65:61 chr20 259969 . G C 3569.17 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2439;QD=62.8928;RBI=0.0343431;REFB=0;REVB=0.00530893;RO=0;SAF=77;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06051e-05;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:150:77:0:0:150:77:0:0 chr20 279483 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.382;QD=57.2023;RBI=0.0308547;REFB=0;REVB=-0.0257919;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84183e-05;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr20 368783 . GCCCCCCTG GCCCCCTCG,GCCCCCTGC 62.89 PASS AF=0.135593,0;AO=9,5;DP=61;FAO=8,0;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0926142,-0.173408;FXX=0.0327815;HRUN=6,6;LEN=2,3;MLLD=60.0559,20.6712;QD=4.2639;RBI=0.101574,0.216606;REFB=-0.0441951,-0.116622;REVB=-0.0417116,-0.129798;RO=27;SAF=6,2;SAR=3,3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.379561,0.0838839;STB=0.756646,0.5;STBP=0.147,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.194579,0.105604;OID=.,.;OPOS=368789,368789;OREF=CT,CTG;OALT=TC,TGC;OMAPALT=GCCCCCTCG,GCCCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135593,0:9,5:61:8,0:59:43:6,0:2,0:19:24:45:27:6,2:3,3:9:18 chr20 368905 . A G 239.29 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0273376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5131;QD=18.0598;RBI=0.0380456;REFB=-0.0224198;REVB=0.0264598;RO=26;SAF=5;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266187;STB=0.644789;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0234626;OID=.;OPOS=368905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:21:5:11:15:21:5:11:16 chr20 371972 . T C 914.81 PASS AF=0.502762;AO=90;DP=180;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00409884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.263;QD=20.2167;RBI=0.0576025;REFB=-0.0214452;REVB=-0.0574565;RO=89;SAF=48;SAR=42;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454381;STB=0.524696;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0262091;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:89:90:90:91:0.502762:42:48:43:46:42:49:44:46 chr20 418199 . T A 1382.38 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173563;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.495;QD=62.8355;RBI=0.0296526;REFB=0;REVB=0.0240424;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409353;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:50:37:0:0:51:37:0:0 chr20 428553 . T C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0400748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0326;QD=15.9147;RBI=0.0401867;REFB=0.00552277;REVB=-0.00299738;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.523348;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0056076;OID=.;OPOS=428553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:16:18:16:12:16:18 chr20 590542 . CG GC 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138173;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.5186;QD=44.6898;RBI=0.0147779;REFB=0;REVB=-0.00524101;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000837943;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr20 628890 . T C 325.75 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.030392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5161;QD=24.5851;RBI=0.0498989;REFB=0.00346064;REVB=-0.0395756;RO=21;SAF=21;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170657;STB=0.594036;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00344268;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:11:21:9:12:11:21:9:12 chr20 741847 . A G 323.59 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00503941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.348;QD=16.8096;RBI=0.0276094;REFB=-0.0117007;REVB=-0.0271455;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15243;STB=0.585318;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0133663;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:17:18:15:27:17:18:15:27 chr20 744570 . G A 896.84 PASS AF=0.597015;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=134;FR=.;FRO=54;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=10;FWDB=-0.0201333;FXX=0.0359686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.682;QD=26.7712;RBI=0.0218691;REFB=-0.0364552;REVB=-0.00853859;RO=49;SAF=58;SAR=22;SRF=42;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123856;STB=0.547306;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0224653;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:49:54:80:80:0.597015:22:58:42:7:22:58:44:10 chr20 825678 . T C 632.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.147;QD=61.6613;RBI=0.0861373;REFB=0;REVB=-0.0855005;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr20 826492 . G C 803.48 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.893;QD=55.4124;RBI=0.0168757;REFB=-0.137766;REVB=0.0122786;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.506022;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000680623;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:16:41:0:0:16:41:1:0 chr20 826710 . C T 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.247;QD=51.8888;RBI=0.139093;REFB=0;REVB=0.0426072;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592823;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 853433 . GTTG GT,GTG,GTGG 280.12 PASS AF=0,1,0;AO=7,4,11;DP=24;FAO=0,22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.462316,0.00102563,-0.468334;FXX=0.0434594;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=17.8475,23.0767,15.9367;QD=50.9299;RBI=0.555827,0.0688578,0.514862;REFB=0,0,0;REVB=-0.308558,-0.0688502,0.213882;RO=0;SAF=0,0,10;SAR=7,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00125005,0;OID=.,.,.;OPOS=853435,853434,853435;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,4,11:24:0,22,0:22:0:0,11,0:0,11,0:0:0:4:0:0,0,10:7,4,1:0:0 chr20 854940 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0546737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7903;QD=17.4014;RBI=0.0561675;REFB=0.00444617;REVB=0.0128675;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.578191;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0064182;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:7:6:8:5:7:6 chr20 939130 . T A 260.1 PASS AF=0.491803;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00975121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7799;QD=17.0555;RBI=0.0269771;REFB=-0.0138017;REVB=0.0251531;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308746;STB=0.655777;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00390126;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:31:28:30:0.491803:11:17:5:18:11:19:10:21 chr20 939161 . A G 241.53 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.029489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.711;QD=18.5793;RBI=0.0402573;REFB=-0.016424;REVB=0.0274054;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248652;STB=0.632556;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0213897;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:26:26:24:26:0.5:11:13:7:19:12:14:7:19 chr20 1099523 . T G 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00120685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.301;QD=20.6789;RBI=0.00860543;REFB=-0.0171978;REVB=-0.00852039;RO=45;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491582;STB=0.527209;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0168129;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:22:24:21:24:22:24:21:24 chr20 1108122 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0573354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6716;QD=11.3327;RBI=0.0577275;REFB=-0.00937395;REVB=-0.00671677;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615589;STB=0.536533;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0200778;OID=.;OPOS=1108122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:15:12:7:7:15:12 chr20 1115681 . C T 456.16 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0159666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.867;QD=20.2739;RBI=0.0175427;REFB=-0.0157519;REVB=-0.00726734;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137809;STB=0.575896;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.016796;OID=.;OPOS=1115681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:10:35:29:16:10:35 chr20 1115919 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0189042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7619;QD=16.6272;RBI=0.0189094;REFB=-0.0016509;REVB=-0.000445785;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103812;STB=0.559354;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00411145;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:3:11:9:4:3:11 chr20 1285933 . G A 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0106496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.374;QD=12.6244;RBI=0.0109057;REFB=-0.00855444;REVB=0.00234948;RO=69;SAF=25;SAR=18;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497616;STB=0.524317;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0136238;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:70:43:43:0.380531:18:25:37:32:18:25:38:32 chr20 1291076 . G C 1136.5 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.366;QD=60.6131;RBI=0.0967333;REFB=0;REVB=0.00972245;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108663;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:42:33:0:0 chr20 1293008 . C T 1523.09 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00443259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.186;QD=58.5803;RBI=0.0104251;REFB=-0.12393;REVB=0.00943586;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000445555;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:65:38:0:0:65:38:0:1 chr20 1298794 . G A 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2796;QD=60.6021;RBI=0.0495169;REFB=0;REVB=-0.0333259;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03477e-05;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr20 1459060 . T G 994.29 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842358;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.032;QD=59.3609;RBI=0.0567252;REFB=0;REVB=0.0560963;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509489;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr20 1532595 . T C 513.99 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0163567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.606;QD=17.4234;RBI=0.0191895;REFB=-0.00985485;REVB=-0.0100348;RO=62;SAF=28;SAR=27;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838641;STB=0.541819;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0111071;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:27:28:37:25:27:28:37:26 chr20 1546911 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0157715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.554;QD=19.0001;RBI=0.0218267;REFB=-0.0188005;REVB=-0.0150886;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.030816;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:8:9:8:9:8:9 chr20 1551485 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.104;QD=62.0218;RBI=0.0220581;REFB=0;REVB=-0.00558665;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242114;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr20 1552430 . T C 5125.73 PASS AF=1;AO=322;DP=324;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000818321;FXX=0.00613478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.556;QD=63.2806;RBI=0.0192805;REFB=0;REVB=0.0192631;RO=0;SAF=161;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11773e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:324:0:0:322:324:1:161:161:0:0:163:161:0:0 chr20 1559101 . T G 1887.74 PASS AF=0.508152;AO=187;DP=368;FAO=187;FDP=368;FR=.;FRO=181;FSAF=80;FSAR=107;FSRF=84;FSRR=97;FWDB=0.0144975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.638;QD=20.5189;RBI=0.0145089;REFB=-0.00752887;REVB=-0.00057656;RO=181;SAF=80;SAR=107;SRF=84;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331364;STB=0.518127;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00809425;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:181:181:187:187:0.508152:107:80:84:97:107:80:84:97 chr20 1592139 . G T 59.79 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.142;QD=34.1662;RBI=0.173087;REFB=0;REVB=0.116704;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147575;OID=.;OPOS=1592139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr20 1592141 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.375;QD=35.5759;RBI=0.0202416;REFB=0;REVB=0.00986959;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157029;OID=.;OPOS=1592141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr20 1592152 . AGG GAC 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405508;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=107.8;QD=44.6898;RBI=0.0656305;REFB=0;REVB=0.0516042;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00164724;OID=.;OPOS=1592152;OREF=AGG;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr20 1592175 . T G 306.04 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.277;QD=53.2246;RBI=0.0325993;REFB=0;REVB=0.0321807;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271048;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:6:13:0:0:10:13:0:0 chr20 1592193 . C T 340.8 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000832742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.804;QD=54.5286;RBI=0.0277434;REFB=0;REVB=0.0277309;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156611;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:11:14:0:0 chr20 1592215 . C G 346.95 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0326326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8764;QD=51.3998;RBI=0.124697;REFB=-0.0524001;REVB=0.120352;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00555356;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:26:26:0.962963:11:15:0:0:12:14:1:0 chr20 1592265 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0611;QD=57.6758;RBI=0.0449424;REFB=0;REVB=0.0199049;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127165;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr20 1592284 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.037;QD=57.678;RBI=0.102668;REFB=0;REVB=0.0217397;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126048;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr20 1592312 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.469;QD=52.6132;RBI=0.0579347;REFB=0;REVB=-0.0238701;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167459;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr20 1592343 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9747;QD=35.5753;RBI=0.0402476;REFB=0;REVB=0.0199618;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144876;OID=.;OPOS=1592343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr20 1610894 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0183168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.859;QD=12.9747;RBI=0.0198726;REFB=-0.0105636;REVB=-0.00770804;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.615195;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.016482;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:5:7:7:10:5:7:7:11 chr20 1610939 . G A 55.88 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00376051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.64;QD=9.31378;RBI=0.0689889;REFB=-0.0236131;REVB=-0.0688863;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380371;STB=0.779333;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0318921;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:24:9:16:8:8:0.333333:2:6:3:6:2:6:5:11 chr20 1615959 . T C 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0147315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.795;QD=17.5987;RBI=0.0147329;REFB=-0.0208693;REVB=0.000208511;RO=44;SAF=12;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208939;STB=0.617304;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0398864;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:26:12:23:21:26:12:23:21 chr20 1616137 . G A 888.55 PASS AF=0.558442;AO=86;DP=154;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0106649;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0914;QD=23.0793;RBI=0.037289;REFB=0.00874602;REVB=-0.0357314;RO=67;SAF=51;SAR=35;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336866;STB=0.515548;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00912916;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:67:68:86:86:0.558442:35:51:37:30:35:51:38:30 chr20 1616206 . A G 583.46 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=115;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0107731;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.591;QD=20.6533;RBI=0.0160625;REFB=-0.00360521;REVB=-0.011914;RO=54;SAF=34;SAR=24;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108803;STB=0.554497;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00496294;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:54:54:58:59:0.522124:24:34:25:29:25:34:25:29 chr20 1616892 . A G 902.09 PASS AF=0.461905;AO=97;DP=210;FAO=97;FDP=210;FR=.;FRO=113;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=72;FSRR=41;FWDB=-0.0053885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.911;QD=17.1826;RBI=0.00662481;REFB=-0.0124971;REVB=0.00385386;RO=112;SAF=52;SAR=45;SRF=72;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.555102;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0291521;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:112:113:97:97:0.461905:45:52:72:40:45:52:72:41 chr20 1629906 . C T 1144.21 PASS AF=0.474104;AO=119;DP=252;FAO=119;FDP=251;FR=.;FRO=132;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=0.000858445;FXX=0.0039681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.105;QD=18.2344;RBI=0.00795345;REFB=-0.0054756;REVB=0.00790699;RO=132;SAF=58;SAR=61;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264711;STB=0.514593;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00616215;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:132:132:119:119:0.474104:61:58:68:64:61:58:68:64 chr20 1895889 . G C 145.01 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8077;QD=44.6191;RBI=0.0848301;REFB=0;REVB=-0.0344078;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209609;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600929;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=171.176;QD=56.1916;RBI=0.0269261;REFB=0;REVB=0.0262469;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000155312;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr20 1895963 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000939174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.898;QD=58.5878;RBI=0.00297197;REFB=0;REVB=0.00281967;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13456e-06;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr20 1895965 . C A 406.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.739;QD=54.2286;RBI=0.187935;REFB=0;REVB=0.139606;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0067267;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr20 1895984 . C A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.822;QD=57.1769;RBI=0.0197803;REFB=0;REVB=0.0134046;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119638;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr20 1895990 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.387;QD=57.8849;RBI=0.0169954;REFB=0;REVB=-0.00925945;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62843e-06;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr20 1896051 . CCGA C 765.07 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.12858e-05;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=3;MLLD=296.6;QD=47.8168;RBI=0.0112139;REFB=0;REVB=0.0112138;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.19173e-05;OID=.;OPOS=1896052;OREF=CGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:64:64:0:37:27:0:0:14:0:35:25:0:0 chr20 1896059 . GT AC 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137331;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.841;QD=58.7985;RBI=0.0145497;REFB=0;REVB=0.00480574;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.40021e-05;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr20 1896100 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.226;QD=59.1426;RBI=0.0527403;REFB=0;REVB=0.0380407;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02623e-06;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr20 1959939 . G A 1228.2 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.858;QD=61.4098;RBI=0.016073;REFB=0;REVB=-0.00563417;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0348e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr20 2082767 . G A 428.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4742;QD=57.1659;RBI=0.0607551;REFB=0;REVB=0.0228016;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180143;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr20 2097688 . T C 977.45 PASS AF=0.985294;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0063675;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.56;QD=57.4968;RBI=0.052603;REFB=-0.0937966;REVB=0.0522162;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185128;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000882564;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:68:1:1:63:67:0.985294:25:38:0:1:28:39:0:1 chr20 2127684 . C T 2480.83 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327802;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0325;QD=61.2551;RBI=0.0345456;REFB=0;REVB=0.0109021;RO=0;SAF=75;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627002;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:160:162:1:85:75:0:0:86:76:0:0 chr20 2127930 . C T 829.27 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7584;QD=57.1911;RBI=0.0698712;REFB=0;REVB=0.0689888;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093066;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr20 2290333 . C A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00461717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.156;QD=19.0001;RBI=0.0268502;REFB=-0.0148935;REVB=-0.0264502;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205145;STB=0.616303;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0221455;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:6:11:7:10:6:11 chr20 2315884 . G A 743.66 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0297749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4736;QD=21.4002;RBI=0.033581;REFB=0.00201129;REVB=0.0155287;RO=67;SAF=37;SAR=35;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579561;STB=0.531834;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00156936;OID=.;OPOS=2315884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:72:72:0.517986:35:37:30:37:35:37:30:37 chr20 2321105 . G C 1997.09 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00387355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.292;QD=60.5179;RBI=0.0226875;REFB=0.00445974;REVB=-0.0223544;RO=1;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072558;STB=0.507575;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-4.04754e-05;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:65:65:0:1:65:65:0:2 chr20 2375262 . A G 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.075;QD=62.1705;RBI=0.0256125;REFB=0.0517998;REVB=-0.0193214;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000170697;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:94:94:0.989474:55:39:0:0:55:39:1:0 chr20 2539387 . G A 441.8 PASS AF=0.630769;AO=30;DP=64;FAO=41;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.000228099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3141;QD=27.1879;RBI=0.0982601;REFB=-0.125319;REVB=0.0982599;RO=22;SAF=20;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269923;STB=0.572686;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0757937;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:22:24:30:41:0.630769:10:20:7:15:21:20:7:17 chr20 2572970 . GC CG,G 334.31 PASS AF=0,0.576471;AO=4,37;DP=85;FAO=0,49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=0,5;FSAR=0,44;FSRF=34;FSRR=2;FWDB=0.00327081,0.00377925;FXX=0.0116266;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=42.99,13.9998;QD=15.7324;RBI=0.114174,0.0181778;REFB=-0.031958,-0.0838763;REVB=-0.114127,-0.0177806;RO=39;SAF=0,1;SAR=4,36;SRF=38;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.565445;SSSB=-0.862261,-0.852865;STB=0.5,0.881643;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0872046;OID=.,.;OPOS=2572970,2572971;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:85:85:39:36:4,37:0,49:0,0.576471:4,36:0,1:38:1:0,44:0,5:34:2 chr20 2618140 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.303;QD=63.2841;RBI=0.0163358;REFB=0;REVB=-0.00752291;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29509e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr20 2621998 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.923;QD=52.6127;RBI=0.0114089;REFB=0;REVB=-0.0109185;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88619e-05;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr20 2633296 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.749;QD=40.7629;RBI=0.0393408;REFB=0;REVB=0.00360397;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508425;OID=.;OPOS=2633296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr20 2633936 . T C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.218;QD=59.4995;RBI=0.0258403;REFB=0;REVB=-0.0236023;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55155e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr20 2644407 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.423;QD=57.2368;RBI=0.0258384;REFB=0;REVB=0.0248649;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166403;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr20 2740193 . C G 348.87 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0487478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3477;QD=22.8768;RBI=0.0490498;REFB=-0.00818972;REVB=-0.00543411;RO=26;SAF=26;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15328;STB=0.584875;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00676635;OID=.;OPOS=2740193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:9:26:15:11:9:26:15:11 chr20 2778834 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00365934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.496;QD=19.0005;RBI=0.0258238;REFB=-0.0195882;REVB=0.0255633;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162332;OID=.;OPOS=2778834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:7:10:10:7:7:10 chr20 2840773 . C T 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00507902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.957;QD=28.8062;RBI=0.0066563;REFB=-0.0244745;REVB=-0.00430232;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447417;STB=0.524625;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0129151;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:9:8:15:13:9:8 chr20 2840929 . G A 541.73 PASS AF=0.491379;AO=55;DP=114;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0231688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4536;QD=18.6805;RBI=0.0566608;REFB=-0.00863298;REVB=0.0517074;RO=59;SAF=33;SAR=22;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210673;STB=0.603924;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00724199;OID=.;OPOS=2840929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:59:59:55:57:0.491379:22:33:22:37:24:33:22:37 chr20 2844911 . C T 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00663269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.383;QD=15.1952;RBI=0.0184116;REFB=-0.011772;REVB=0.0171754;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220966;STB=0.613472;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00944276;OID=.;OPOS=2844911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:9:5:10:7:9:5:10:8 chr20 2996497 . C T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0106367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.131;QD=8.28296;RBI=0.0319297;REFB=-0.000282574;REVB=-0.0301059;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303643;STB=0.686262;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000464552;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:8:4:19:13:8:4:19:13 chr20 3008448 . C T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0390348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.096;QD=17.4231;RBI=0.0443114;REFB=-0.0161768;REVB=-0.0209711;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803059;STB=0.545053;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0156921;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:19:12:16:18:19:12:16:18 chr20 3018782 . G A 642.55 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00789335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5411;QD=22.3496;RBI=0.0181099;REFB=-0.0225399;REVB=-0.0162992;RO=52;SAF=17;SAR=46;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164715;STB=0.59066;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0140842;OID=.;OPOS=3018782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:46:17:23:29:46:17:23:29 chr20 3025107 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3176;QD=64.4143;RBI=0.164772;REFB=0;REVB=0.0220339;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262699;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr20 3074835 . C T 618.09 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0365803;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1112;QD=25.7537;RBI=0.0495905;REFB=-0.0136399;REVB=0.0334829;RO=39;SAF=42;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35706;STB=0.672348;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111935;OID=.;OPOS=3074835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:39:40:55:56:0.583333:13:42:13:26:14:42:15:25 chr20 3214581 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0198194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2085;QD=19.8494;RBI=0.0203627;REFB=0.00312588;REVB=-0.00467225;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240592;STB=0.639128;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00114379;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:2:13:9:4:2:13:9:4 chr20 3214819 . T G 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00558208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.323;QD=11.0822;RBI=0.00829824;REFB=-0.0227804;REVB=0.00614012;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178708;STB=0.510377;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0308073;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:15:8:14:28:15:8:14:28 chr20 3218634 . G C 1047.9 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425786;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8065;QD=59.8803;RBI=0.0487121;REFB=0;REVB=-0.0236629;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065118;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr20 3232031 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0477765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.145;QD=20.0172;RBI=0.0483464;REFB=-0.0144506;REVB=-0.00740168;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.540938;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0105763;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:9:8:7:11:9:8 chr20 3235916 . T C 386.66 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0483537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6109;QD=15.7822;RBI=0.0492984;REFB=0.00148427;REVB=-0.00960459;RO=57;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178624;STB=0.510076;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00358476;OID=.;OPOS=3235916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:23:18:26:31:23:18:26:31 chr20 3275239 . G A 776.21 PASS AF=0.565891;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0257103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2358;QD=24.0684;RBI=0.0270433;REFB=-0.0325596;REVB=-0.0083856;RO=56;SAF=28;SAR=45;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811122;STB=0.544303;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0168248;OID=.;OPOS=3275239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:73:73:0.565891:45:28:27:29:45:28:27:29 chr20 3285140 . T C 472.32 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00997611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5131;QD=55.5669;RBI=0.032405;REFB=-0.123248;REVB=0.0308312;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00442893;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:18:14:0:1:19:14:0:1 chr20 3362033 . T C 296.94 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0102707;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.798;QD=34.9345;RBI=0.0397146;REFB=0.0259294;REVB=0.0383636;RO=9;SAF=8;SAR=17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557111;STB=0.530363;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00304983;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:9:9:25:25:0.735294:17:8:2:7:17:8:2:7 chr20 3564672 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.405;QD=58.0609;RBI=0.0138014;REFB=0;REVB=0.00740519;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76564e-05;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr20 3628918 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.116;QD=56.9383;RBI=0.0294284;REFB=0;REVB=0.00237798;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42208e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:21:32:0:0 chr20 3640823 . C T 166.44 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0211375;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.07;QD=14.1655;RBI=0.0222422;REFB=-0.0102266;REVB=-0.00692269;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391007;STB=0.541018;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0131601;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:29:18:18:0.382979:10:8:11:16:10:8:11:18 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 156.29 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0131429;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=311.489;QD=15.6291;RBI=0.0136241;REFB=-0.0210877;REVB=-0.00358897;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=0.0322343;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:17:40:17:40:23:6:11:12:11:99:21:6:11:12:9 chr20 3651742 . C G 385.48 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00764295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.308;QD=15.575;RBI=0.0543265;REFB=-0.00308606;REVB=-0.0537861;RO=58;SAF=30;SAR=11;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154654;STB=0.587851;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00314942;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:11:30:35:23:11:30:35:23 chr20 3655219 . T C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0138309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.563;QD=16.5041;RBI=0.0215928;REFB=-0.0317137;REVB=-0.0165819;RO=30;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225706;STB=0.627805;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0345658;OID=.;OPOS=3655219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:8:18:14:16:8:18:14:16 chr20 3672836 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5711;QD=62.3506;RBI=0.0672605;REFB=0;REVB=0.00403375;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101503;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr20 3675333 . G A 1029.77 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4165;QD=58.015;RBI=0.0717227;REFB=-0.00886177;REVB=0.0708698;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000621028;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:31:39:0:1:31:39:0:1 chr20 3675498 . T G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=19;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00856183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.679;QD=45.1041;RBI=0.015936;REFB=0.112568;REVB=-0.0134407;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00150856;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:19:18:0.947368:6:13:0:0:5:13:0:1 chr20 3677357 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.352;QD=57.5437;RBI=0.117008;REFB=0;REVB=-0.0311757;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943971;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr20 3677736 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.801;QD=57.6806;RBI=0.0105282;REFB=0;REVB=0.00383818;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98595e-05;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr20 3682011 . G A 1447.41 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000442591;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.351;QD=60.9438;RBI=0.0307197;REFB=0.00681833;REVB=0.0307165;RO=2;SAF=57;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163438;STB=0.508619;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=3.71713e-05;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:2:2:93:93:0.978947:36:57:2:0:36:57:2:0 chr20 3682149 . G A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0051989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.483;QD=17.2392;RBI=0.0114589;REFB=-0.00196377;REVB=-0.0102116;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365333;STB=0.520479;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00336978;OID=.;OPOS=3682149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:23:16:21:26:23:16:21:26 chr20 3682275 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.666;QD=59.4356;RBI=0.0308261;REFB=0;REVB=0.0254582;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92201e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr20 3684022 . A G 318.59 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.361;QD=53.0985;RBI=0.0205705;REFB=0;REVB=0.00735839;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155407;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr20 3684729 . T C 398.4 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0296405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1646;QD=49.8004;RBI=0.031091;REFB=0.0129374;REVB=0.00938561;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714284;STB=0.53569;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0241698;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:2:2:28:30:0.9375:16:12:2:0:17:13:2:0 chr20 3686436 . C T 2265.75 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0067551;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.328;QD=62.9376;RBI=0.0102431;REFB=-0.117356;REVB=0.00769992;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.503546;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000252676;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:144:0:1:143:143:0.993056:70:73:0:0:70:73:0:1 chr20 3726565 . C T 435.52 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0131151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.496;QD=23.8643;RBI=0.014255;REFB=-0.0385125;REVB=0.00558553;RO=28;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112802;STB=0.540804;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0310702;OID=.;OPOS=3726565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:31:42:42:0.575342:19:23:11:17:19:23:14:17 chr20 3784110 . C T 754.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.384;QD=56.9699;RBI=0.0250293;REFB=0;REVB=0.0052065;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91727e-05;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:33:20:0:0 chr20 3838441 . C G 252.38 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00878045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.133;QD=14.631;RBI=0.0121975;REFB=-0.0333355;REVB=0.00846652;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306167;STB=0.508259;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0457104;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:17:12:15:24:17:12:16:24 chr20 3842984 . C T 269.26 PASS AF=0.604651;AO=24;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0149958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.963;QD=25.0473;RBI=0.0598323;REFB=-0.0220466;REVB=0.0579226;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129136;STB=0.526861;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0170086;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:17:24:26:0.604651:10:14:8:11:12:14:8:9 chr20 4053254 . A G 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.263;QD=62.6714;RBI=0.0186786;REFB=0;REVB=0.0166924;RO=0;SAF=53;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8248e-06;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:80:53:0:0:80:53:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T 150.88 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00659974;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=16;MLLD=494.041;QD=26.2406;RBI=0.015146;REFB=-0.00638892;REVB=0.0136325;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.68547;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.00270605;OID=.;OPOS=4124038;OREF=ACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:14:22:15:23:8:5:10:7:1:57:0:5:9:0:0 chr20 4162978 . C T 272.61 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0199464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4166;QD=14.9374;RBI=0.0322179;REFB=-0.0323389;REVB=0.0253009;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128546;STB=0.572965;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0449569;OID=.;OPOS=4162978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:20:22:20:11:20:22 chr20 4163302 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.593;QD=60.6038;RBI=0.0600409;REFB=0;REVB=0.0231822;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403078;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr20 4164283 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.243;QD=56.938;RBI=0.0340861;REFB=0;REVB=0.0311465;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73838e-05;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr20 4705718 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00268258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.185;QD=19.3688;RBI=0.0423865;REFB=-0.0439358;REVB=-0.0423015;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25827;STB=0.64679;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0167623;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:1:6:5:5:1:6 chr20 4705756 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.324;QD=45.8068;RBI=0.10796;REFB=0;REVB=0.0211772;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226843;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr20 4705865 . T C 738.08 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.923;QD=56.7753;RBI=0.0487793;REFB=0;REVB=0.0127339;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026683;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:29:19:0:0:29:23:0:0 chr20 4705924 . G A 329.32 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00171862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.194;QD=13.1726;RBI=0.0163479;REFB=-0.00709177;REVB=0.0162573;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112861;STB=0.573237;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0201138;OID=.;OPOS=4705924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:63:37:37:0.37:18:19:25:36:18:19:25:38 chr20 4706310 . T C 947.15 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2918;QD=56.5461;RBI=0.076935;REFB=-0.0572577;REVB=0.0214199;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280044;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:2:0:65:67:1:31:34:2:0:31:36:0:0 chr20 4707066 . G C 339.14 PASS AF=0.564516;AO=29;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00707385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.18;QD=21.8802;RBI=0.0072222;REFB=0.000962061;REVB=0.00145631;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101697;STB=0.526787;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.000309207;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:27:29:35:0.564516:17:12:11:9:19:16:14:13 chr20 4707388 . G T 651.86 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.149;QD=62.0822;RBI=0.0224693;REFB=0;REVB=0.0150518;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61724e-05;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr20 4707553 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0232542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.128;QD=21.0649;RBI=0.0245154;REFB=-0.0164941;REVB=-0.00776173;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111393;STB=0.562449;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0132855;OID=.;OPOS=4707553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:9:15:12:12:9:15 chr20 4708130 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0451218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3734;QD=50.1339;RBI=0.071124;REFB=0.00761469;REVB=0.0549785;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0034535;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:1:0:9:15:1:0 chr20 4708778 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0125202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.88;QD=11.9196;RBI=0.0132719;REFB=-0.014819;REVB=-0.00440303;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228386;STB=0.633826;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0155986;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:1:8:5:2:1:8 chr20 4708979 . T C 157.87 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00258136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.224;QD=16.6181;RBI=0.0709365;REFB=0.00558101;REVB=0.0708896;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.646886;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00727291;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:6:11:8:12:6:11:8:13 chr20 4713176 . A G 281.07 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00452089;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.044;QD=21.2124;RBI=0.0080652;REFB=-0.0405032;REVB=0.00667899;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371465;STB=0.520625;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0467004;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:13:11:12:17:13:11 chr20 4762577 . C G 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.018767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.874;QD=14.5976;RBI=0.0196919;REFB=-0.0027585;REVB=0.00596429;RO=51;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754423;STB=0.542832;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0037642;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:21:14:24:27:21:14:24:27 chr20 4762869 . G A 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.888;QD=60.2543;RBI=0.012036;REFB=0;REVB=0.0117276;RO=0;SAF=72;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07255e-05;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:37:72:0:0:37:72:0:0 chr20 4764629 . G A 452.08 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.036576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8509;QD=19.4442;RBI=0.0553012;REFB=-0.026679;REVB=-0.041478;RO=47;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642359;STB=0.541831;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0332237;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:27:18:22:25:27:18:23:25 chr20 4764682 . T C 233.93 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00696692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.755;QD=15.8595;RBI=0.00905606;REFB=-0.0132379;REVB=-0.00578569;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136349;STB=0.605684;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0114727;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:21:6:10:20:21:6:12:20 chr20 4768846 . GT G 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0146202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.552;QD=12.3937;RBI=0.016779;REFB=-0.0228047;REVB=0.00823313;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107662;STB=0.516506;STBP=0.882;TYPE=del;VARB=0.040904;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:14:37:14:38:24:5:9:8:16:99:23:5:9:8:15 chr20 4773213 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00432681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.98;QD=25.2872;RBI=0.0228663;REFB=-0.0285984;REVB=0.0224532;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0168826;OID=.;OPOS=4773213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:6:3:5:11:6:3 chr20 4834338 . C T 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0513188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.953;QD=33.9515;RBI=0.0545865;REFB=0.0186903;REVB=0.0186028;RO=13;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784573;STB=0.542828;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00783403;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:18:12:7:6:18:12:7:6 chr20 4854682 . A G 989.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.221;QD=59.0802;RBI=0.0286177;REFB=0;REVB=0.0211528;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101747;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:41:26:0:0 chr20 4880308 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.553;QD=57.8351;RBI=0.0452053;REFB=-0.0445444;REVB=0.029514;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000239094;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:41:28:0:0:41:28:0:1 chr20 5166418 . G A 278.41 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=97;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00716729;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.064;QD=11.2488;RBI=0.0214356;REFB=-0.0111501;REVB=0.0202019;RO=67;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122211;STB=0.540318;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0212342;OID=.;OPOS=5166418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:67:66:30:33:0.333333:13:17:31:36:16:17:30:36 chr20 5283256 . C G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.052759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3765;QD=22.7935;RBI=0.0671464;REFB=0.0246542;REVB=-0.0415346;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10251;STB=0.571367;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.022126;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:16:8:9:11:16:8:10:11 chr20 5283376 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0240844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.385;QD=16.4267;RBI=0.0408197;REFB=-0.0143272;REVB=-0.0329575;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0241433;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:5:6:7:4:5:6 chr20 5296798 . T C 1009.74 PASS AF=0.46875;AO=104;DP=223;FAO=105;FDP=224;FR=.;FRO=119;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=76;FWDB=0.00262505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7932;QD=18.031;RBI=0.0172883;REFB=-0.00685916;REVB=-0.0170879;RO=119;SAF=71;SAR=33;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312608;STB=0.668289;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00714041;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:119:119:104:105:0.46875:33:71:43:76:34:71:43:76 chr20 5454400 . A T 34.56 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0322748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7432;QD=4.45906;RBI=0.0323683;REFB=-0.000236729;REVB=0.00245823;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618292;STB=0.886785;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0030395;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:5:1:18:6:5:1:18:7 chr20 5527176 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.784;QD=39.2056;RBI=0.0594651;REFB=0;REVB=-0.0315635;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167609;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 5527291 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.566;QD=53.2772;RBI=0.00995547;REFB=0;REVB=-0.00230322;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99606e-05;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr20 5843812 . T C 249.52 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0119518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9964;QD=16.6345;RBI=0.0603081;REFB=-0.0104442;REVB=0.0591119;RO=32;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119524;STB=0.567483;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0118253;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:19:9:14:18:19:9:14:18 chr20 5897040 . A G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0132515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.244;QD=13.6997;RBI=0.0136305;REFB=-0.00280281;REVB=0.00319214;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107493;STB=0.562432;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00527456;OID=.;OPOS=5897040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:18:12:9:9:18:12 chr20 5903067 . T A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0182169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.161;QD=14.0973;RBI=0.022427;REFB=-0.00246156;REVB=0.0130811;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19204;STB=0.613308;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00282885;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:11:7:3:10:11:7 chr20 5903223 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0100866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.291;QD=18.8207;RBI=0.0473117;REFB=-0.00401794;REVB=0.046224;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038738;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:5:5:6:6:5:5 chr20 5903517 . A G 764.53 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.134;QD=63.7109;RBI=0.0339405;REFB=0;REVB=0.0336563;RO=0;SAF=7;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67346e-05;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:40:7:0:0:40:8:0:0 chr20 5903848 . C G 175.3 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0777712;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8029;QD=14.919;RBI=0.0801166;REFB=-0.0344809;REVB=-0.0192434;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25303;STB=0.621493;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.045887;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:6:12:12:16:7:12:12:16 chr20 5903894 . A G 133.37 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0674004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2659;QD=15.6904;RBI=0.0915604;REFB=-0.0159452;REVB=-0.0619717;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0145256;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:9:10:6:9:9:10 chr20 5904040 . G A 62.0 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0140531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.165;QD=7.51487;RBI=0.0367116;REFB=-0.014284;REVB=-0.0339154;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38685;STB=0.744113;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0442483;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:13:11:7:2:13:11 chr20 5923203 . TT CC 558.05 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00371073;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.008;QD=15.6097;RBI=0.00596098;REFB=-0.00901453;REVB=-0.00466517;RO=83;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025066;STB=0.51405;STBP=0.781;TYPE=mnp;VARB=0.011713;OID=.;OPOS=5923203;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:83:60:60:0.41958:34:26:34:49:34:26:34:49 chr20 5935832 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00334584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.581;QD=13.3137;RBI=0.0207966;REFB=-0.0220667;REVB=-0.0205257;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158109;STB=0.509083;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0330752;OID=.;OPOS=5935832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:17:16:11:11:17:16 chr20 5935875 . G A 142.79 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0158745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9223;QD=9.84738;RBI=0.0222925;REFB=-0.00140974;REVB=-0.0156511;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119377;STB=0.578864;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00867912;OID=.;OPOS=5935875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:19:19:0.327586:8:11:18:20:8:11:18:21 chr20 5937833 . A G 487.77 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0158927;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6365;QD=16.676;RBI=0.0167228;REFB=-0.0187279;REVB=0.00520314;RO=64;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594379;STB=0.5331;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0165042;OID=.;OPOS=5937833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:64:53:53:0.452991:23:30:40:24:23:30:40:24 chr20 5939214 . A C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.116;QD=59.8658;RBI=0.0159175;REFB=0;REVB=0.0158842;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52169e-05;OID=.;OPOS=5939214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr20 5943956 . G C 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00584018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.564;QD=16.5348;RBI=0.0201683;REFB=-0.00860553;REVB=-0.0193042;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668602;STB=0.530268;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0123435;OID=.;OPOS=5943956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:14:4:6:16:14:4:6:17 chr20 5948542 . G A 245.86 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00145673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.122;QD=18.5555;RBI=0.0279085;REFB=-0.0191704;REVB=-0.0278705;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166023;STB=0.605183;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0185349;OID=.;OPOS=5948542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:16:9:14:12:18:9:14:12 chr20 5953833 . A G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00391196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.746;QD=57.2344;RBI=0.00522812;REFB=-0.0234511;REVB=0.00346841;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-3.79295e-07;OID=.;OPOS=5953833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:1:0:35:31:1:0 chr20 5982604 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=57.0007;RBI=0.0200275;REFB=0;REVB=-0.00688859;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49578e-05;OID=.;OPOS=5982604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr20 5988095 . A G 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.831;QD=62.0067;RBI=0.0378415;REFB=0;REVB=-0.017858;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54512e-05;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr20 6064710 . A G 266.54 PASS AF=0.330189;AO=33;DP=105;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00178865;FXX=0.0535666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.716;QD=10.058;RBI=0.00817525;REFB=-0.0157669;REVB=0.00797719;RO=71;SAF=23;SAR=10;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30845;STB=0.648505;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0203666;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:71:71:33:35:0.330189:10:23:31:40:12:23:31:40 chr20 6065729 . C T 380.8 PASS AF=0.657534;AO=47;DP=72;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.030973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.438;QD=20.8657;RBI=0.0603231;REFB=-0.0279857;REVB=0.0517643;RO=19;SAF=27;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312808;STB=0.527134;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0728758;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:19:25:47:48:0.657534:20:27:12:7:21:27:16:9 chr20 6065731 . T C 432.51 PASS AF=0.56;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00170655;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.767;QD=23.0669;RBI=0.0041828;REFB=-0.0189973;REVB=-0.00381883;RO=32;SAF=26;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111172;STB=0.572529;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00779736;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:41:42:0.56:15:26:16:16:15:27:16:17 chr20 6751034 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.966;QD=63.7519;RBI=0.0315786;REFB=0;REVB=0.0312839;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87629e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr20 6759115 . A T 1025.63 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.392;QD=59.4571;RBI=0.0288714;REFB=0;REVB=0.0243121;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303912;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr20 7863999 . C A 1352.92 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490582;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5834;QD=62.9264;RBI=0.0510647;REFB=0;REVB=0.0141738;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55767e-05;OID=.;OPOS=7863999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:44:42:0:0 chr20 7962707 . C A 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.813;QD=58.7787;RBI=0.0250841;REFB=0;REVB=0.0234189;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92721e-05;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr20 7963041 . C T 413.22 PASS AF=0.8;AO=5;DP=37;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0428522;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6503;QD=41.3219;RBI=0.0481147;REFB=-0.0265501;REVB=-0.0218794;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.568921;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0701659;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:40:0:8:5:32:0.8:0:5:0:0:10:22:3:5 chr20 7999642 . G A 1797.54 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113411;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.695;QD=59.4229;RBI=0.0114856;REFB=-0.144515;REVB=0.0018163;RO=2;SAF=57;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163723;STB=0.508619;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000360599;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:121:2:2:119:119:0.983471:62:57:2:0:62:57:2:0 chr20 8769180 . C T 415.35 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.179359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8693;QD=53.5934;RBI=0.180232;REFB=0.0346722;REVB=-0.0177244;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00227068;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:1:0:18:12:1:0 chr20 8865006 . C T 2279.48 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02137;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.04;QD=63.7617;RBI=0.0290646;REFB=0;REVB=-0.0196997;RO=0;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29531e-05;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:74:69:0:0:74:69:0:0 chr20 9288522 . G A 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00124654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.512;QD=13.3343;RBI=0.00969525;REFB=-0.00951271;REVB=0.00961478;RO=53;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624141;STB=0.535559;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0137195;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:20:13:18:35:20:13:18:35 chr20 9424810 . A C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0186936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4388;QD=15.5713;RBI=0.0387901;REFB=-0.00950383;REVB=0.0339885;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192184;STB=0.613407;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00715547;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:4:8:9:2:4:8 chr20 9460659 . A C 90.01 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0053588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5938;QD=10.5891;RBI=0.00942574;REFB=-0.0163823;REVB=0.00775422;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123092;STB=0.529363;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0316194;OID=.;OPOS=9460659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:34:34:23:22:11:12:0.352941:5:6:10:13:6:6:10:12 chr20 9543622 . C T 489.44 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2439;QD=55.9362;RBI=0.0677345;REFB=-0.19541;REVB=-0.0644194;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00699599;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr20 9546554 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0138652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8404;QD=24.1064;RBI=0.0362225;REFB=-0.0245408;REVB=0.0334638;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221129;STB=0.50199;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.022236;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:14:10:7:11:14:10:8:11 chr20 9547018 . C G 301.52 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0648874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.189;QD=16.751;RBI=0.064943;REFB=-0.0324741;REVB=-0.00268499;RO=39;SAF=8;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244472;STB=0.638416;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0344665;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:25:8:18:21:25:8:18:21 chr20 10006682 . T A 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1742;QD=54.6464;RBI=0.0443558;REFB=-0.0898746;REVB=-0.0320107;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00244804;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:1:0:23:29:1:0 chr20 10019093 . A G 266.04 PASS AF=0.388889;AO=26;DP=83;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0180171;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.757;QD=11.8238;RBI=0.0542014;REFB=-0.0538158;REVB=0.0511193;RO=56;SAF=21;SAR=5;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0645342;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:90:56:55:26:35:0.388889:5:21:34:22:14:21:33:22 chr20 10386059 . G A 323.0 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0150779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2227;QD=12.7922;RBI=0.0365832;REFB=-0.00510776;REVB=-0.0333315;RO=63;SAF=16;SAR=22;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129751;STB=0.574074;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00747133;OID=.;OPOS=10386059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:22:16:34:29:22:16:34:29 chr20 10653469 . C T 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00514192;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.991;QD=19.0373;RBI=0.00654457;REFB=-0.0109098;REVB=0.00404871;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114712;STB=0.563765;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0116223;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:22:20:27:18:22:20:27:18 chr20 11790885 . C CTT 146.46 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0485576;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=43.4227;QD=13.9484;RBI=0.0549933;REFB=0.0182751;REVB=0.025815;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102867;STB=0.5479;STBP=0.569;TYPE=ins;VARB=-0.0178703;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:21:43:21:42:21:10:11:8:13:99:22:10:11:8:14 chr20 11791008 . C T 1024.82 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0327;QD=59.4097;RBI=0.0376821;REFB=0;REVB=0.00327743;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021637;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:36:33:0:0 chr20 11903654 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0674387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.025;QD=17.9406;RBI=0.0682769;REFB=-0.0321419;REVB=-0.0106655;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247003;STB=0.641675;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0336337;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:11:11:14:5:11:11 chr20 11907058 . C T 935.39 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.109;QD=58.4617;RBI=0.0145338;REFB=0;REVB=0.0079717;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93335e-05;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr20 13029764 . A C 1268.91 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00470284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.486;QD=60.4241;RBI=0.0141848;REFB=-0.11542;REVB=-0.0133826;RO=0;SAF=12;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000100216;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:71:12:0:0:71:12:0:1 chr20 13029862 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3678;QD=57.1761;RBI=0.0362821;REFB=0;REVB=0.0334612;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286625;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr20 13029920 . C G 1036.06 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191587;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.27;QD=59.2033;RBI=0.0242291;REFB=0;REVB=0.0148322;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68643e-06;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:39:31:0:0 chr20 13053018 . T G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.182;QD=54.6514;RBI=0.0254192;REFB=-0.0724054;REVB=-0.0135099;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00148318;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:0:1:26:26:0:1 chr20 13053035 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.486;QD=64.4154;RBI=0.0216714;REFB=0;REVB=0.0170429;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116411;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr20 13071816 . C T 379.45 PASS AF=0.43956;AO=38;DP=89;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0518886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0995;QD=16.6793;RBI=0.0527586;REFB=-0.00388865;REVB=-0.00954167;RO=51;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367715;STB=0.535637;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0121845;OID=.;OPOS=13071816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:51:51:38:40:0.43956:21:17:21:30:21:19:21:30 chr20 13134768 . T C 725.2 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=121;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0489911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0048;QD=23.9737;RBI=0.0495642;REFB=-0.0356332;REVB=0.00751577;RO=52;SAF=33;SAR=36;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624894;STB=0.534089;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0267958;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:52:52:69:69:0.570248:36:33:29:23:36:33:29:23 chr20 13610664 . G A 574.58 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00563967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.1;QD=24.1927;RBI=0.0310289;REFB=-0.00140527;REVB=-0.0305121;RO=42;SAF=29;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666544;STB=0.539985;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000941829;OID=.;OPOS=13610664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:42:42:52:53:0.557895:23:29:20:22:23:30:20:22 chr20 13747441 . A G 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.977;QD=61.5323;RBI=0.0366047;REFB=0;REVB=0.0111;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152673;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr20 13847420 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5843;QD=59.5012;RBI=0.0367759;REFB=0;REVB=0.0353115;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242251;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr20 13954028 . A G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0255613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2949;QD=18.2898;RBI=0.0590444;REFB=-0.0342869;REVB=0.0532247;RO=32;SAF=22;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286137;STB=0.667213;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0373551;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:33:32:32:0.492308:10:22:12:20:10:22:12:21 chr20 14066276 . C T 1023.41 PASS AF=0.392491;AO=114;DP=294;FAO=115;FDP=293;FR=.;FRO=178;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=-0.00672012;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.397;QD=13.9715;RBI=0.00703383;REFB=-0.00556958;REVB=0.00207721;RO=177;SAF=48;SAR=66;SRF=80;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341235;STB=0.521342;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00854047;OID=.;OPOS=14066276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:177:178:114:115:0.392491:66:48:80:97:66:49:82:96 chr20 14203735 . T C 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.306;QD=63.1936;RBI=0.0527833;REFB=0;REVB=0.0521948;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193952;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr20 14306896 . G A 620.33 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00768627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4033;QD=19.538;RBI=0.0101314;REFB=-0.00496603;REVB=-0.00660047;RO=64;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035746;STB=0.519734;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00563719;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:31:32:30:34:31:32:30:34 chr20 14307388 . T C 393.93 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0471176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7825;QD=17.3158;RBI=0.0478023;REFB=-0.0131288;REVB=-0.00806145;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172071;STB=0.596128;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0167295;OID=.;OPOS=14307388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:18:32:19:22:18:32 chr20 15874325 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.159;QD=57.1028;RBI=0.0528653;REFB=0;REVB=0.0507883;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120092;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr20 15874488 . G A 353.29 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0262362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.965;QD=21.7411;RBI=0.0286267;REFB=-0.0266427;REVB=0.011452;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110854;STB=0.558636;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0248754;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:29:35:36:0.553846:14:21:13:15:14:22:14:15 chr20 15967719 . T C 655.32 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146827;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.272;QD=62.4115;RBI=0.0184448;REFB=0;REVB=0.0111637;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5814e-05;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr20 16033818 . ATTTG A 570.73 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732676;FXX=0.0769083;HRUN=3;LEN=4;MLLD=192.796;QD=47.5611;RBI=0.0145192;REFB=0;REVB=-0.012535;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000488681;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:49:48:48:0:22:26:0:0:10:0:21:22:0:0 chr20 16240344 . T C 50.43 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.989;QD=33.6212;RBI=0.0291517;REFB=0;REVB=-0.0118256;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452206;OID=.;OPOS=16240344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:1:2:0:0:2:4:0:0 chr20 16359567 . A G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.97;QD=51.9105;RBI=0.0641322;REFB=0;REVB=0.0479231;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750098;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr20 16486698 . G A 680.96 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00787305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.609;QD=21.2801;RBI=0.0215269;REFB=-0.00949582;REVB=-0.0200355;RO=61;SAF=20;SAR=47;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10932;STB=0.560246;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0125323;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:47:20:25:36:47:20:25:36 chr20 16493533 . T C 252.55 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0197275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.911;QD=21.9608;RBI=0.032792;REFB=-0.0212787;REVB=0.0261942;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147333;STB=0.572461;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.013334;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:13:10:6:16:14:10:6:16 chr20 16719558 . T G 236.5 PASS AF=0.385714;AO=23;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0160445;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=255.33;QD=13.5145;RBI=0.0165512;REFB=-0.0054888;REVB=-0.0040641;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705763;STB=0.502956;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00441832;OID=.;OPOS=16719558;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:40:23:27:0.385714:16:7:11:19:17:10:15:25 chr20 16729138 . T C 1534.62 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.963;QD=63.9423;RBI=0.112606;REFB=0;REVB=0.01793;RO=0;SAF=25;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136368;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:96:0:0:89:96:1:64:25:0:0:64:32:0:0 chr20 16963522 . G C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1588;QD=56.9938;RBI=0.0240455;REFB=0;REVB=-0.00806359;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245308;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr20 16963542 . A G 339.63 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00365835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.536;QD=20.5838;RBI=0.0179236;REFB=-0.0216386;REVB=0.0175462;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798302;STB=0.504422;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0228584;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:15:20:18:13:15:20:18:13 chr20 17470035 . C G 107.9 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00122832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.766;QD=13.9229;RBI=0.00766959;REFB=-0.00747075;REVB=0.00757059;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.604249;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0147857;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:7:5:4:14:8:5:4:14 chr20 17474968 . T C 532.17 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00770816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.695;QD=25.6469;RBI=0.00800555;REFB=-0.0166912;REVB=-0.0021617;RO=34;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736932;STB=0.540259;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.013468;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:25:24:20:14:25:24:20:14 chr20 17475217 . C T 381.43 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0037175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.051;QD=27.7404;RBI=0.00372229;REFB=0.00390801;REVB=-0.000188754;RO=19;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833333;STB=0.545429;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00170519;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:18:18:12:7:18:18:12:7 chr20 17477592 . C T 187.92 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00284247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.644;QD=10.8937;RBI=0.0480653;REFB=-0.000135663;REVB=-0.0479812;RO=44;SAF=16;SAR=7;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118885;STB=0.51647;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000125172;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:44:45:23:24:0.347826:7:16:31:13:8:16:31:14 chr20 17556930 . T C 174.32 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00282206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4074;QD=11.621;RBI=0.00547763;REFB=-0.0207993;REVB=-0.00469472;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121935;STB=0.561877;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0335778;OID=.;OPOS=17556930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:12:10:21:16:12:10:21:17 chr20 17594714 . GC G 1045.85 PASS AF=0.630137;AO=90;DP=148;FAO=92;FDP=146;FR=.;FRO=54;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0118472;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.741;QD=28.6534;RBI=0.0169482;REFB=-0.0210908;REVB=-0.0121196;RO=56;SAF=51;SAR=39;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110674;STB=0.569367;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0207339;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630137:90:148:92:146:54:53:39:21:33:99:56:51:39:23:33 chr20 17594729 . G A 443.96 PASS AF=0.358621;AO=52;DP=145;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0011988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.947;QD=12.2473;RBI=0.00482919;REFB=0.0060957;REVB=-0.00467803;RO=93;SAF=17;SAR=35;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253554;STB=0.645104;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00946932;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:93:93:52:52:0.358621:35:17:51:42:35:17:51:42 chr20 17596155 . C A 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0243456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.804;QD=16.9853;RBI=0.0297424;REFB=-0.0125238;REVB=0.0170851;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686688;STB=0.531628;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.014434;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:18:18:18:24:18:18:19:24 chr20 17605240 . A T 1261.05 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.785;QD=60.7735;RBI=0.0117206;REFB=0;REVB=0.0113535;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46913e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:0:0:82:83:1:48:34:0:0:48:35:0:0 chr20 17610535 . C T 1082.65 PASS AF=0.519231;AO=108;DP=208;FAO=108;FDP=208;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.00487856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.016;QD=20.8202;RBI=0.0189845;REFB=-0.0254082;REVB=0.018347;RO=99;SAF=50;SAR=58;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789884;STB=0.540338;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0233662;OID=.;OPOS=17610535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:99:100:108:108:0.519231:58:50:37:62:58:50:38:62 chr20 17705677 . A G 1677.29 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.7;QD=60.443;RBI=0.0377315;REFB=0;REVB=-0.0356203;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101557;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:45:66:0:0:45:66:0:0 chr20 17932210 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00299761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.07;QD=13.3343;RBI=0.0161589;REFB=-0.00250977;REVB=-0.0158785;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538234;STB=0.530782;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00365746;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:14:12:20:19:14:12:20:19 chr20 17968923 . T C 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0101526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7481;QD=15.1947;RBI=0.02315;REFB=0.00352066;REVB=0.020805;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176619;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00386526;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:12:14:10:8:12:14 chr20 18143117 . T G 375.45 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6167;QD=55.6217;RBI=0.0999743;REFB=0;REVB=-0.0979176;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0022097;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr20 18143355 . C T 2023.38 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.568;QD=62.258;RBI=0.022398;REFB=0;REVB=0.0201404;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08846e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:70:59:0:0:70:60:0:0 chr20 18167977 . T C 939.12 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.404;QD=56.9163;RBI=0.090685;REFB=-0.0573076;REVB=0.00987399;RO=1;SAF=18;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482508;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:66:1:0:63:66:1:45:18:1:0:45:21:0:0 chr20 18296072 . T A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.576;QD=58.5841;RBI=0.0562982;REFB=0;REVB=0.0516058;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813621;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr20 18309650 . GT G 712.22 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2913;QD=45.9499;RBI=0.0844642;REFB=0;REVB=0.0806049;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0029588;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:62:62:62:0:16:46:0:0:13:0:15:44:0:0 chr20 18414356 . A G 721.67 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4027;QD=61.4189;RBI=0.0968333;REFB=0;REVB=0.0211544;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109656;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr20 18433335 . T C 1074.93 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4711;QD=58.9005;RBI=0.0967229;REFB=0;REVB=0.070094;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144105;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:0:0:72:73:1:47:25:0:0:48:25:0:0 chr20 18445963 . A G 747.14 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9442;QD=62.2619;RBI=0.0374174;REFB=0;REVB=0.0315129;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610633;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:20:27:0:1:21:27:0:0 chr20 18462421 . A G 704.66 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.514;QD=61.275;RBI=0.0796555;REFB=0;REVB=0.0184772;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643044;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:46:0:0:41:46:1:23:18:0:0:23:23:0:0 chr20 18469209 . CA C,CC 53.58 PASS AF=0.533333,0.0333333;AO=9,2;DP=30;FAO=16,1;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0;FSAR=10,1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0877885,0.00884634;FXX=0.0322477;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.85027,15.0049;QD=7.14458;RBI=0.125369,0.0591913;REFB=-0.140622,-0.0782696;REVB=0.0895016,0.0585265;RO=14;SAF=2,1;SAR=7,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.377757,-0.0725367;STB=0.575126,0.990155;STBP=0.413,0.486;TYPE=del,snp;VARB=0.189873,-0.00142468;OID=.,.;OPOS=18469210,18469210;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0.0333333:9,2:30:16,1:30:13:6,0:10,1:7:6:42:14:2,1:7,1:8:6 chr20 18491553 . C A 835.66 PASS AF=0.508982;AO=84;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=56;FWDB=-0.00499592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1391;QD=20.0157;RBI=0.0264919;REFB=-0.00774234;REVB=-0.0260165;RO=81;SAF=44;SAR=40;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180382;STB=0.603328;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0118675;OID=.;OPOS=18491553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:81:82:84:85:0.508982:40:44:26:55:40:45:26:56 chr20 18541699 . T TA 662.9 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=65;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0860061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.551;QD=42.7675;RBI=0.106258;REFB=-0.027693;REVB=0.0623988;RO=6;SAF=26;SAR=31;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790395;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=0.00475638;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983871:57:65:61:62:1:26:35:1:0:8:6:26:31:3:3 chr20 18589025 . TA T,TT 81.14 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=3,4;DP=8;FAO=3,6;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235588,0.0962385;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=17.0615,17.961;QD=36.0622;RBI=0.0529353,0.155088;REFB=0,0;REVB=0.0474039,0.121616;RO=0;SAF=2,3;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00184747,0.0715517;OID=.,.;OPOS=18589026,18589026;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:3,4:8:3,6:9:0:2,4:1,2:0:0:8:0:2,3:1,1:0:0 chr20 19261623 . G A 903.86 PASS AF=0.623077;AO=80;DP=129;FAO=81;FDP=130;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0056699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8263;QD=27.811;RBI=0.0426314;REFB=-0.0347636;REVB=0.0422526;RO=49;SAF=28;SAR=52;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593004;STB=0.533804;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0125532;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:49:49:80:81:0.623077:52:28:21:28:53:28:21:28 chr20 19560664 . G A 335.61 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00217999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.319;QD=14.5917;RBI=0.00229852;REFB=-0.00552123;REVB=-0.000728582;RO=55;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530297;STB=0.530104;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0092984;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:22:15:25:30:22:15:25:30 chr20 19634732 . G A 705.23 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00210044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.162;QD=19.5896;RBI=0.00229037;REFB=0.00690162;REVB=-0.000913189;RO=72;SAF=33;SAR=37;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050664;STB=0.527149;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0081556;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:74:70:70:0.486111:37:33:30:42:37:33:31:43 chr20 19634747 . T C 667.72 PASS AF=0.489051;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00299263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.697;QD=19.4954;RBI=0.0159369;REFB=-0.00765496;REVB=-0.0156534;RO=70;SAF=28;SAR=38;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311652;STB=0.512601;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00983421;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:66:67:0.489051:38:28:32:38:38:29:32:38 chr20 19702049 . G A 1471.51 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.608;QD=63.2907;RBI=0.00738142;REFB=0;REVB=0.00576111;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.502e-06;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:90:93:1:46:44:0:0:49:44:0:0 chr20 19970705 . C T 394.24 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00726997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5709;QD=14.8771;RBI=0.00733121;REFB=-0.0127609;REVB=-0.000945641;RO=61;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654695;STB=0.536826;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.016245;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:20:25:30:31:20:25:30:31 chr20 20033137 . T A 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.218;QD=60.9522;RBI=0.00820839;REFB=0;REVB=0.00282612;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08246e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr20 20033223 . A T 332.19 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0102863;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.067;QD=16.0094;RBI=0.0213722;REFB=-0.0271382;REVB=-0.018734;RO=47;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776217;STB=0.543835;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0292513;OID=.;OPOS=20033223;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:24:12:19:28:24:12:19:28 chr20 20050397 . G A 837.45 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141716;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.734;QD=57.7554;RBI=0.0150359;REFB=0;REVB=-0.00502418;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87305e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr20 20152462 . A C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00739381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4607;QD=13.7412;RBI=0.0111105;REFB=0.0157681;REVB=0.00829299;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788336;STB=0.544902;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0183849;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:24:19:15:14:24:19 chr20 20341333 . G C 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.13;QD=60.8494;RBI=0.0125562;REFB=0;REVB=-0.0088653;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12706e-07;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:66:49:0:0:66:49:0:0 chr20 20350516 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.312;QD=57.1774;RBI=0.0185801;REFB=0;REVB=0.0184582;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43808e-05;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:39:12:0:0:39:12:0:0 chr20 20377421 . A AC 173.79 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427073;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1312;QD=34.7584;RBI=0.121469;REFB=0;REVB=0.113714;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00898247;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:22:20:20:0:9:11:0:0:3:4:8:8:0:4 chr20 20493222 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00675558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.405;QD=14.0975;RBI=0.0329012;REFB=-0.00576048;REVB=-0.0322001;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0114776;OID=.;OPOS=20493222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:8:10:7:6:8:10 chr20 21142523 . C G 449.92 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00700836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.609;QD=32.7212;RBI=0.0543248;REFB=-0.0149086;REVB=0.0538708;RO=15;SAF=19;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294186;STB=0.515916;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00603303;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:21:19:8:7:21:19:8:7 chr20 21142813 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00895228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.341;QD=14.3348;RBI=0.0094311;REFB=-0.0137682;REVB=-0.00296687;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0314031;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:26:16:17:0.395349:8:8:11:11:9:8:13:13 chr20 21186161 . A AG 571.35 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.733;QD=45.7081;RBI=0.161782;REFB=0;REVB=0.0394169;RO=3;SAF=23;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00550903;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:50:50:50:0:26:24:0:0:10:3:23:24:3:0 chr20 21362703 . TA T 1387.9 PASS AF=1;AO=122;DP=132;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607897;FXX=0.0227256;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.1993;QD=43.0356;RBI=0.135418;REFB=-0.0751292;REVB=-0.121006;RO=4;SAF=53;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0345069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00414059;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:132:129:129:0:58:71:0:0:17:4:53:69:4:0 chr20 22562674 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.417;QD=61.684;RBI=0.00888732;REFB=0;REVB=0.0088244;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41589e-05;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr20 23065209 . G A 960.76 PASS AF=0.429167;AO=103;DP=240;FAO=103;FDP=240;FR=.;FRO=137;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=0.0047838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.993;QD=16.0127;RBI=0.0116258;REFB=-0.0161603;REVB=0.010596;RO=137;SAF=51;SAR=52;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00624766;STB=0.503479;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0201794;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:137:137:103:103:0.429167:52:51:67:70:52:51:67:70 chr20 23065342 . A G 472.0 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.023704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.278;QD=18.3299;RBI=0.0445064;REFB=-0.0213939;REVB=-0.0376689;RO=53;SAF=26;SAR=24;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970796;STB=0.553813;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0164012;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:24:26:22:31:24:26:22:31 chr20 23335120 . CTT CTC,C 81.54 PASS AF=0,0.5;AO=2,8;DP=21;FAO=0,10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0142657,0.0161477;FXX=0.0475964;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=217.499,47.5711;QD=16.3071;RBI=0.0238238,0.0368032;REFB=-0.0143982,-0.00649426;REVB=-0.0190805,-0.0330715;RO=10;SAF=0,4;SAR=2,4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513477,0.187303;STB=0.5,0.553088;STBP=1,0.71;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00703477;OID=.,.;OPOS=23335122,23335121;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,8:21:0,10:20:10:0,4:0,6:3:7:76:10:0,4:2,4:3:7 chr20 23345844 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.08;QD=58.1411;RBI=0.0226729;REFB=0;REVB=0.0175086;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26099e-05;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr20 23352480 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1624;QD=63.5809;RBI=0.0260944;REFB=0;REVB=-0.00480955;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308814;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr20 23352685 . C A 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00648625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7851;QD=11.9315;RBI=0.0175494;REFB=0.00901308;REVB=0.0163067;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565365;STB=0.50326;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0152691;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:15:13:23:26:15:13:23:26 chr20 23355454 . ATAC A 127.5 PASS AF=0.636364;AO=10;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0270851;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.765;QD=23.1823;RBI=0.0302255;REFB=-0.00103362;REVB=-0.0134156;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123877;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=-0.000259819;OID=.;OPOS=23355455;OREF=TAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:10:22:14:22:8:6:8:5:3:55:7:4:6:4:3 chr20 23361613 . C T 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0107484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.988;QD=23.5973;RBI=0.0460266;REFB=0.00748356;REVB=-0.044754;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163068;STB=0.509084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00707945;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:8:13:15:10:8:13 chr20 23401975 . T C 217.19 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0177109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6923;QD=11.2826;RBI=0.0177112;REFB=-0.0060036;REVB=9.7145e-05;RO=50;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170557;STB=0.598775;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0150793;OID=.;OPOS=23401975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:16:11:28:22:16:11:28:22 chr20 23421101 . G A 327.26 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0292781;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.161;QD=17.4538;RBI=0.0297327;REFB=-0.0339087;REVB=-0.00517976;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146058;STB=0.57399;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0382108;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:35:35:0.466667:17:18:14:25:17:18:15:25 chr20 23424613 . T C 905.98 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198065;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.79;QD=58.4501;RBI=0.0259573;REFB=0;REVB=0.0258816;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74015e-06;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr20 23424638 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0531382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.16;QD=14.8163;RBI=0.0576188;REFB=-0.0215616;REVB=0.0222769;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654506;STB=0.537106;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0185148;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:20:19:16:13:20:19 chr20 23432528 . A G 134.12 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0178602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.856;QD=10.3171;RBI=0.0184618;REFB=-0.00284873;REVB=-0.00467476;RO=35;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296842;STB=0.608554;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00756013;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:35:16:17:0.326923:14:2:10:25:14:3:10:25 chr20 23472391 . A G 2735.26 PASS AF=0.989011;AO=172;DP=176;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00349555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.796;QD=60.1156;RBI=0.00572977;REFB=-0.0711822;REVB=-0.00453998;RO=1;SAF=74;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638868;STB=0.506249;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000589302;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:182:1:2:172:180:0.989011:98:74:1:0:101:79:2:0 chr20 23531276 . G A 57.34 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0425032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.649;QD=13.4926;RBI=0.0438135;REFB=-0.0240285;REVB=-0.010635;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256503;STB=0.6518;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0165999;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:6:3:5:3:6:3 chr20 23546639 . T G 455.16 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0007999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.446;QD=16.7029;RBI=0.00818951;REFB=-0.013735;REVB=0.00815035;RO=58;SAF=12;SAR=37;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325603;STB=0.675055;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.012638;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:59:49:50:0.458716:37:12:32:26:37:13:33:26 chr20 23586360 . G A 404.59 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0425409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5383;QD=21.5782;RBI=0.0439116;REFB=-0.0471433;REVB=0.0108858;RO=35;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249789;STB=0.523991;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0280702;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:34:40:41:0.546667:16:24:20:15:16:25:19:15 chr20 23618395 . T C 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.118;QD=62.3434;RBI=0.0104337;REFB=0;REVB=-0.0101376;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49335e-06;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:91:82:0:0:91:82:0:0 chr20 23618427 . C T 688.53 PASS AF=0.641304;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0780715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.972;QD=29.936;RBI=0.0781121;REFB=-0.0409966;REVB=-0.00251707;RO=33;SAF=21;SAR=38;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902276;STB=0.548987;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0171439;OID=.;OPOS=23618427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:33:59:59:0.641304:38:21:16:17:38:21:16:17 chr20 23729722 . G T 3893.44 PASS AF=1;AO=242;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035214;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5808;QD=63.5663;RBI=0.0430115;REFB=-0.0993924;REVB=-0.0246974;RO=1;SAF=122;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389091;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230658;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:245:245:1:0:242:245:1:120:122:1:0:123:122:0:0 chr20 23731426 . C T 589.32 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0811209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0445;QD=16.9589;RBI=0.0857792;REFB=-0.00746753;REVB=0.0278832;RO=77;SAF=24;SAR=38;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823584;STB=0.545962;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0138841;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:62:62:0.446043:38:24:36:41:38:24:36:41 chr20 23731494 . A G 1084.16 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0685733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.402;QD=58.6032;RBI=0.0755043;REFB=-0.000133219;REVB=0.0316005;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103967;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00019624;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:45:28:0:1:45:28:0:1 chr20 23860178 . A G 260.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0384471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.766;QD=16.7834;RBI=0.0407386;REFB=-0.0102045;REVB=-0.0134704;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30192;STB=0.669488;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0222624;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:19:10:22:11:19:10:22:11 chr20 24646847 . T G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0135225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.044;QD=26.8493;RBI=0.024053;REFB=0.00335843;REVB=0.019892;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689833;STB=0.538411;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00163906;OID=.;OPOS=24646847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:5:2:6:9:5:2 chr20 24930085 . G A 380.46 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00661287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.863;QD=19.7639;RBI=0.015256;REFB=-0.0157992;REVB=-0.0137483;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928039;STB=0.548995;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0213611;OID=.;OPOS=24930085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:38:38:39:0.506494:23:15:11:26:23:16:12:26 chr20 24939590 . G C 172.76 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0323012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.324;QD=11.3282;RBI=0.0429084;REFB=-0.00421788;REVB=-0.0282446;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203388;STB=0.617544;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00941519;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:10:12:14:25:10:12:14:25 chr20 24944166 . C T 462.59 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00980223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.355;QD=19.0758;RBI=0.0194755;REFB=-0.0163366;REVB=-0.0168288;RO=51;SAF=28;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236847;STB=0.635167;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0133658;OID=.;OPOS=24944166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:51:45:46:0.474227:17:28:19:32:17:29:19:32 chr20 24954887 . A T 163.35 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0163465;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.135;QD=19.2176;RBI=0.0675654;REFB=-0.0286317;REVB=0.0655582;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333354;STB=0.697463;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0190373;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:17:17:17:0.5:10:7:13:3:10:7:14:3 chr20 25027526 . G A 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00311214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.79;QD=15.5563;RBI=0.00486774;REFB=-0.0102464;REVB=0.00374292;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855544;STB=0.548263;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0101962;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:18:16:25:20:18:16:25:20 chr20 25195394 . C T 372.34 PASS AF=0.414141;AO=37;DP=94;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0193807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.985;QD=15.0439;RBI=0.0207036;REFB=-0.020289;REVB=0.00728181;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203634;STB=0.584119;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0339045;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:56:58:37:41:0.414141:18:19:18:38:21:20:20:38 chr20 25195509 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116454;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=307.187;QD=63.3368;RBI=0.0127464;REFB=0;REVB=-0.00518214;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01157e-06;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr20 25207074 . T C 469.87 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=52;FWDB=-0.0140567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.325;QD=15.794;RBI=0.0141853;REFB=-0.0127088;REVB=-0.0019058;RO=66;SAF=20;SAR=32;SRF=14;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19302;STB=0.599965;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0174938;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:32:20:14:52:32:20:15:52 chr20 25228880 . A T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00728932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.054;QD=23.8242;RBI=0.00842673;REFB=-0.00653711;REVB=-0.00422794;RO=27;SAF=27;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170521;STB=0.587893;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00369856;OID=.;OPOS=25228880;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:12:27:13:14:12:27:14:14 chr20 25255338 . C T 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0368871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.538;QD=17.7161;RBI=0.040945;REFB=-0.00726481;REVB=-0.0177717;RO=42;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283503;STB=0.65872;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00996909;OID=.;OPOS=25255338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:12:25:16:26:12:25:16:26 chr20 25259006 . G T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0113859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.319;QD=18.4582;RBI=0.0114169;REFB=-0.0157001;REVB=0.000841259;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029566;STB=0.516475;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0134674;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:16:25:22:16:16:25 chr20 25260931 . A G 426.59 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0239327;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.861;QD=16.4073;RBI=0.0239682;REFB=-0.0170223;REVB=0.00130303;RO=57;SAF=29;SAR=18;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711804;STB=0.539666;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0155874;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:57:57:47:47:0.451923:18:29:39:18:18:29:39:18 chr20 25262769 . G A 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0184904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.661;QD=19.2772;RBI=0.0228083;REFB=-0.0101645;REVB=0.0133537;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147884;STB=0.582043;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00720822;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:11:22:17:17:11:22 chr20 25264814 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0375152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5486;QD=15.1009;RBI=0.0375222;REFB=0.000119758;REVB=-0.000724521;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125156;STB=0.571367;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0014308;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:14:17:16:8:14:17 chr20 25268920 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0222578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4221;QD=13.7263;RBI=0.0303652;REFB=-0.0198377;REVB=-0.0206552;RO=36;SAF=17;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864574;STB=0.549104;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0320044;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:8:17:27:9:8:17:27:9 chr20 25275621 . T C 671.6 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00983023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.067;QD=21.6644;RBI=0.0218102;REFB=-0.0165891;REVB=0.0194693;RO=58;SAF=23;SAR=43;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120675;STB=0.566353;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.018897;OID=.;OPOS=25275621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:58:58:66:66:0.532258:43:23:28:30:43:23:28:30 chr20 25276297 . G A 197.84 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0226202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.942;QD=14.655;RBI=0.0248301;REFB=0.0076605;REVB=0.0102402;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498307;STB=0.52843;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0121187;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:16:15:10:13:16:15 chr20 25282944 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0117632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.67;QD=15.7382;RBI=0.0165083;REFB=-0.0118281;REVB=-0.0115824;RO=36;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171007;STB=0.596945;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0148057;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:20:9:17:19:20:9:17:19 chr20 25433447 . CTTTT CTTTC,CT,CTT,CTTT 259.86 PASS AF=0.1875,0.8125,0,0;AO=3,5,6,6;DP=33;FAO=6,26,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0,0;FSAR=6,9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423099,0.285881,0.416983,0.787684;FXX=0.0302939;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,3,2,1;MLLD=104.762,11.1374,8.10065,4.38499;QD=32.4826;RBI=0.0476155,0.293102,0.425634,0.803567;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0218428,-0.064658,-0.0853751,-0.15898;RO=4;SAF=0,2,4,5;SAR=3,3,2,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.782218,-0.422723,-0.28888,-0.248791;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.0623747,0.0635252,0.12353,-0.00391681;OID=.,.,.,.;OPOS=25433451,25433448,25433448,25433448;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1875,0.8125,0,0:3,5,6,6:33:6,26,0,0:32:0:0,17,0,0:6,9,0,0:0:0:34:4:0,2,4,5:3,3,2,1:4:0 chr20 25456698 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00334303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.727;QD=15.1663;RBI=0.00879152;REFB=-0.00866943;REVB=0.00813111;RO=20;SAF=13;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125289;STB=0.573422;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0110316;OID=.;OPOS=25456698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:2:13:16:4:2:13:16:4 chr20 25456888 . A G 777.9 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.00374907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5475;QD=18.4119;RBI=0.00464272;REFB=-0.00308023;REVB=-0.00273849;RO=88;SAF=30;SAR=51;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071953;STB=0.539797;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00302341;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:88:88:81:81:0.47929:51:30:39:49:51:30:39:49 chr20 25457049 . GCTCCCA G 197.28 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00861251;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=237.909;QD=12.9366;RBI=0.00902515;REFB=-0.0259982;REVB=0.00269777;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159954;STB=0.606958;STBP=0.205;TYPE=del;VARB=0.0374989;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393443:24:62:24:61:37:14:10:15:22:99:35:14:10:15:20 chr20 25591862 . A T 680.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.15;QD=61.8962;RBI=0.157123;REFB=0;REVB=0.056991;RO=0;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207684;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:44:0:0:37:44:1:33:4:0:0:38:6:0:0 chr20 25591864 . A T 263.69 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0294191;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.784;QD=27.0454;RBI=0.0317025;REFB=-0.0300063;REVB=0.0118138;RO=16;SAF=1;SAR=22;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518274;STB=0.771493;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0157347;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:15:23:24:0.615385:22:1:5:11:23:1:4:11 chr20 25666737 . C T 248.63 PASS AF=0.533333;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.017212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.62;QD=22.1005;RBI=0.0329213;REFB=-0.0119443;REVB=-0.0280635;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142114;STB=0.594018;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00564281;OID=.;OPOS=25666737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:22:24:0.533333:10:12:8:13:10:14:8:13 chr20 25755672 . G T 145.82 PASS AF=0.178082;AO=26;DP=146;FAO=26;FDP=146;FR=.;FRO=120;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.00330576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.793;QD=3.99508;RBI=0.00807429;REFB=-0.00818021;REVB=-0.00736655;RO=119;SAF=14;SAR=12;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438237;STB=0.524796;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0423101;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:119:120:26:26:0.178082:12:14:60:59:12:14:61:59 chr20 26061803 . C A 65.34 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0484818;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7098;QD=21.7816;RBI=0.0717347;REFB=-0.0408101;REVB=-0.0528714;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141787;STB=0.5831;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0217701;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:13:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:3:1:1:7:3:1 chr20 26061859 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4739;QD=40.7624;RBI=0.0225715;REFB=0;REVB=0.00396421;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122684;OID=.;OPOS=26061859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr20 26061877 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.696;QD=35.5759;RBI=0.0370292;REFB=0;REVB=0.0172497;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495776;OID=.;OPOS=26061877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr20 26061880 . A G 60.64 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.09;QD=34.6519;RBI=0.232915;REFB=0;REVB=0.150475;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196448;OID=.;OPOS=26061880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr20 26061884 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.028;QD=35.5759;RBI=0.0133421;REFB=0;REVB=0.00764182;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117535;OID=.;OPOS=26061884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr20 26094564 . T G 3462.84 PASS AF=0.618852;AO=302;DP=491;FAO=302;FDP=488;FR=.;FRO=186;FSAF=144;FSAR=158;FSRF=78;FSRR=108;FWDB=0.0341118;FXX=0.00610986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9523;QD=28.3839;RBI=0.0363156;REFB=-0.00064213;REVB=-0.0124584;RO=184;SAF=144;SAR=158;SRF=76;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450992;STB=0.521994;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000766758;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:488:184:186:302:302:0.618852:158:144:76:108:158:144:78:108 chr20 26094567 . T C 3787.15 PASS AF=0.649798;AO=319;DP=492;FAO=321;FDP=494;FR=.;FRO=173;FSAF=147;FSAR=174;FSRF=79;FSRR=94;FWDB=0.00575656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.534;QD=30.6652;RBI=0.00686625;REFB=-0.00670215;REVB=0.00374265;RO=173;SAF=146;SAR=173;SRF=79;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000682093;STB=0.500457;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0045321;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:494:173:173:319:321:0.649798:173:146:79:94:174:147:79:94 chr20 26094605 . G A 2450.38 PASS AF=0.576227;AO=223;DP=388;FAO=223;FDP=387;FR=.;FRO=164;FSAF=100;FSAR=123;FSRF=64;FSRR=100;FWDB=-0.0107267;FXX=0.00257725;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.97;QD=25.3269;RBI=0.0188377;REFB=-0.02858;REVB=-0.0154854;RO=162;SAF=100;SAR=123;SRF=63;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470748;STB=0.52505;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0183516;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:387:162:164:223:223:0.576227:123:100:63:99:123:100:64:100 chr20 26094609 . C A 2379.34 PASS AF=0.578249;AO=216;DP=377;FAO=218;FDP=377;FR=.;FRO=159;FSAF=99;FSAR=119;FSRF=60;FSRR=99;FWDB=0.00546816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8129;QD=25.245;RBI=0.0270351;REFB=0.0147128;REVB=-0.0264764;RO=159;SAF=97;SAR=119;SRF=60;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571587;STB=0.532846;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0103857;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:159:159:216:218:0.578249:119:97:60:99:119:99:60:99 chr20 29623218 . A G 37.61 PASS AF=0.0641509;AO=17;DP=265;FAO=17;FDP=265;FR=.;FRO=248;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=131;FSRR=117;FWDB=-0.0196349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3066;QD=0.567623;RBI=0.0230029;REFB=0.000480143;REVB=-0.0119835;RO=248;SAF=7;SAR=10;SRF=131;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123651;STB=0.608071;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0133788;OID=.;OPOS=29623218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:265:265:248:248:17:17:0.0641509:10:7:131:117:10:7:131:117 chr20 29623223 . T C 1016.39 PASS AF=0.427481;AO=112;DP=262;FAO=112;FDP=262;FR=.;FRO=150;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.0111981;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.914;QD=15.5175;RBI=0.0145857;REFB=-0.00249926;REVB=-0.00934578;RO=149;SAF=61;SAR=51;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424958;STB=0.525642;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00280533;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:149:150:112:112:0.427481:51:61:75:74:51:61:75:75 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 1352.74 PASS AF=0.092437,0.470588;AO=20,110;DP=251;FAO=22,112;FDP=238;FR=.;FRO=104;FSAF=12,60;FSAR=10,52;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0203985,0.00347846;FXX=0.0517908;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=33.7646,234.404;QD=22.7351;RBI=0.0673155,0.0154072;REFB=0.0524132,0.00134051;REVB=0.0641505,0.0150094;RO=94;SAF=12,59;SAR=8,51;SRF=46;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140766,0.0397563;STB=0.561096,0.5311;STBP=0.542,0.342;TYPE=snp,del;VARB=-0.0145522,-0.000275765;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.092437,0.470588:20,110:251:22,112:238:104:12,60:10,52:49:55:99:94:12,59:8,51:46:48 chr20 29623263 . C T 60.87 PASS AF=0.0843373;AO=20;DP=248;FAO=21;FDP=249;FR=.;FRO=228;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=118;FSRR=110;FWDB=-0.0039479;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.3;QD=0.977885;RBI=0.00552321;REFB=-0.00169928;REVB=-0.00386263;RO=228;SAF=11;SAR=9;SRF=118;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373067;STB=0.505742;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0263149;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:248:249:228:228:20:21:0.0843373:9:11:118:110:10:11:118:110 chr20 29624068 . T C 146.2 PASS AF=0.17931;AO=25;DP=144;FAO=26;FDP=145;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=0.01413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.052;QD=4.03311;RBI=0.0260443;REFB=-0.00222434;REVB=0.021878;RO=119;SAF=8;SAR=17;SRF=50;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136447;STB=0.59992;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00628664;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:119:119:25:26:0.17931:17:8:50:69:18:8:50:69 chr20 29624070 . G A 563.32 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=0.00396793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.259;QD=14.6316;RBI=0.00838469;REFB=0.0081937;REVB=-0.00738638;RO=90;SAF=31;SAR=33;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147159;STB=0.582254;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00868062;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:90:90:64:64:0.415584:33:31:31:59:33:31:31:59 chr20 29625876 . C T 192.1 PASS AF=0.252174;AO=29;DP=115;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.038556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.373;QD=6.68188;RBI=0.040688;REFB=-0.0131406;REVB=-0.012998;RO=83;SAF=14;SAR=15;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434665;STB=0.512889;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0365129;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:86:29:29:0.252174:15:14:43:40:15:14:43:43 chr20 29625877 . G A 135.06 PASS AF=0.201754;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0132251;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.329;QD=4.73876;RBI=0.0440347;REFB=-0.00500769;REVB=-0.0420018;RO=91;SAF=12;SAR=11;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666537;STB=0.504198;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0228599;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:91:91:23:23:0.201754:11:12:47:44:11:12:47:44 chr20 29625925 . C CTTG 77.69 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=115;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00651386;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=3;MLLD=241.97;QD=2.77451;RBI=0.0309565;REFB=-0.00359558;REVB=-0.0302634;RO=98;SAF=6;SAR=9;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112292;STB=0.53591;STBP=0.749;TYPE=ins;VARB=0.0174451;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:15:115:16:112:96:7:9:46:50:77:98:6:9:48:50 chr20 29625935 . A G 124.87 PASS AF=0.189655;AO=20;DP=114;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0220633;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.472;QD=4.30571;RBI=0.0310571;REFB=-0.00324953;REVB=-0.0218576;RO=93;SAF=9;SAR=11;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535594;STB=0.568904;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0133189;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:93:94:20:22:0.189655:11:9:38:55:11:11:39:55 chr20 29625979 . C A 43.13 PASS AF=0.0909091;AO=13;DP=132;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.0036122;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.771;QD=1.30696;RBI=0.00898019;REFB=-0.00155903;REVB=-0.00822167;RO=117;SAF=4;SAR=9;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188406;STB=0.530797;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0142863;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:132:132:117:120:13:12:0.0909091:9:4:54:63:7:5:54:66 chr20 29625984 . TG CC,TA 104.86 PASS AF=0.101562,0.0703125;AO=13,9;DP=129;FAO=13,9;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=3,5;FSAR=10,4;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.00593297,-0.0034932;FXX=0.00775134;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=266.821,63.0247;QD=3.27684;RBI=0.00597856,0.00533888;REFB=-0.000938971,-0.0100094;REVB=-0.000736906,-0.00403747;RO=105;SAF=3,5;SAR=10,4;SRF=47;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.279247,0.119006;STB=0.706874,0.602072;STBP=0.144,0.545;TYPE=mnp,snp;VARB=6.20655e-05,0.0596617;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:129:128:105:106:13,9:13,9:0.101562,0.0703125:10,4:3,5:47:58:10,4:3,5:47:59 chr20 29628226 . G A 37.65 PASS AF=0.0669456;AO=15;DP=229;FAO=16;FDP=239;FR=.;FRO=223;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=100;FSRR=123;FWDB=0.00473681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5493;QD=0.630121;RBI=0.045012;REFB=-0.00100743;REVB=0.044762;RO=214;SAF=10;SAR=5;SRF=98;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221007;STB=0.717007;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0169823;OID=.;OPOS=29628226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:229:239:214:223:15:16:0.0669456:5:10:98:116:5:11:100:123 chr20 29628236 . G C 58.28 PASS AF=0.0829876;AO=19;DP=240;FAO=20;FDP=241;FR=.;FRO=221;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=116;FWDB=0.00229116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.994;QD=0.96734;RBI=0.00407444;REFB=0.00408473;REVB=0.00336922;RO=220;SAF=7;SAR=12;SRF=104;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120537;STB=0.617092;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0536558;OID=.;OPOS=29628236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:240:241:220:221:19:20:0.0829876:12:7:104:116:13:7:105:116 chr20 29628237 . C A 96.02 PASS AF=0.108787;AO=26;DP=240;FAO=26;FDP=239;FR=.;FRO=213;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=98;FSRR=115;FWDB=-0.0182481;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.082;QD=1.60699;RBI=0.0183141;REFB=-0.00139506;REVB=0.00155339;RO=208;SAF=13;SAR=13;SRF=97;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415752;STB=0.535538;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00949046;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:240:239:208:213:26:26:0.108787:13:13:97:111:13:13:98:115 chr20 29628251 . A G 52.75 PASS AF=0.0788382;AO=19;DP=241;FAO=19;FDP=241;FR=.;FRO=222;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=101;FSRR=121;FWDB=0.00518485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.276;QD=0.875597;RBI=0.0190122;REFB=-0.00115958;REVB=-0.0182915;RO=222;SAF=10;SAR=9;SRF=101;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081153;STB=0.565395;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.017255;OID=.;OPOS=29628251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:241:241:222:222:19:19:0.0788382:9:10:101:121:9:10:101:121 chr20 29628254 . A G 37.67 PASS AF=0.0666667;AO=16;DP=240;FAO=16;FDP=240;FR=.;FRO=224;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=107;FSRR=117;FWDB=-0.00570681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.819;QD=0.627771;RBI=0.00571046;REFB=-0.00248299;REVB=-0.000204239;RO=224;SAF=3;SAR=13;SRF=107;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323208;STB=0.785341;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0232583;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:240:240:224:224:16:16:0.0666667:13:3:107:117:13:3:107:117 chr20 29628271 . C T 1336.57 PASS AF=0.555066;AO=126;DP=227;FAO=126;FDP=227;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0152454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.424;QD=23.552;RBI=0.0153357;REFB=-0.0148491;REVB=0.00166232;RO=100;SAF=52;SAR=74;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227979;STB=0.514993;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0119879;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:100:101:126:126:0.555066:74:52:44:56:74:52:45:56 chr20 29628328 . C G 74.29 PASS AF=0.124088;AO=17;DP=137;FAO=17;FDP=137;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=-0.00686954;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2108;QD=2.16913;RBI=0.0184611;REFB=-0.00171146;REVB=-0.0171354;RO=119;SAF=8;SAR=9;SRF=47;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955396;STB=0.569859;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00739634;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:137:137:119:120:17:17:0.124088:9:8:47:72:9:8:47:73 chr20 29628361 . A C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00859381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.437;QD=7.66801;RBI=0.0115105;REFB=-0.0131745;REVB=-0.00765752;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238755;STB=0.650334;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.034883;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:9:3:15:20:9:3:15:20 chr20 29628431 . C T 206.11 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00657193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.764;QD=24.248;RBI=0.0106927;REFB=-0.0167236;REVB=-0.00843461;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321207;STB=0.649839;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00741999;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:15:4:8:6:15:5:8:6 chr20 29630666 . T C 172.13 PASS AF=0.187879;AO=31;DP=164;FAO=31;FDP=165;FR=.;FRO=134;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=-0.0204072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4312;QD=4.17279;RBI=0.0208092;REFB=-0.0161128;REVB=-0.00407052;RO=133;SAF=17;SAR=14;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284129;STB=0.521213;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0200488;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:133:134:31:31:0.187879:14:17:70:63:14:17:70:64 chr20 29630674 . A T 204.67 PASS AF=0.205882;AO=35;DP=170;FAO=35;FDP=170;FR=.;FRO=135;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=0.00761796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.308;QD=4.81573;RBI=0.0456517;REFB=-0.00503755;REVB=0.0450116;RO=135;SAF=18;SAR=17;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148821;STB=0.509251;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0186584;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:135:135:35:35:0.205882:17:18:71:64:17:18:71:64 chr20 29630681 . G A 119.37 PASS AF=0.147059;AO=25;DP=180;FAO=25;FDP=170;FR=.;FRO=145;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=71;FWDB=0.00265316;FXX=0.0555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.84;QD=2.8088;RBI=0.0173653;REFB=0.000529006;REVB=0.0171615;RO=142;SAF=17;SAR=8;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207625;STB=0.648358;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00333889;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:170:142:145:25:25:0.147059:8:17:74:68:8:17:74:71 chr20 29630695 . C A 551.08 PASS AF=0.364641;AO=66;DP=180;FAO=66;FDP=181;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.00450513;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.451;QD=12.1785;RBI=0.00796696;REFB=-0.0184615;REVB=-0.00657086;RO=113;SAF=27;SAR=39;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136123;STB=0.56762;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0336844;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:113:115:66:66:0.364641:39:27:60:53:38:28:61:54 chr20 29630697 . A G 247.15 PASS AF=0.218579;AO=41;DP=183;FAO=40;FDP=183;FR=.;FRO=143;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=0.0175789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2926;QD=5.4022;RBI=0.0190834;REFB=-0.0178326;REVB=-0.00742686;RO=142;SAF=20;SAR=21;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113468;STB=0.519116;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0687618;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:142:143:41:40:0.218579:21:20:68:74:20:20:68:75 chr20 29630725 . T C 364.77 PASS AF=0.260204;AO=51;DP=196;FAO=51;FDP=196;FR=.;FRO=145;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=-0.0246252;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.55;QD=7.44432;RBI=0.0308709;REFB=-0.00698849;REVB=-0.0186176;RO=145;SAF=19;SAR=32;SRF=66;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105974;STB=0.563238;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0186433;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:145:145:51:51:0.260204:32:19:66:79:32:19:66:79 chr20 29632638 . C A 93.08 PASS AF=0.147287;AO=17;DP=127;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=0.0129373;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.065;QD=2.88626;RBI=0.0133043;REFB=0.000685385;REVB=0.00310308;RO=109;SAF=8;SAR=9;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968279;STB=0.606688;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00328272;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:127:129:109:110:17:19:0.147287:9:8:43:66:9:10:44:66 chr20 29632643 . T C 46.12 PASS AF=0.0921986;AO=14;DP=140;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=0.0101668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0722;QD=1.30829;RBI=0.0101671;REFB=0.00185338;REVB=-7.37532e-05;RO=125;SAF=7;SAR=7;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100858;STB=0.611485;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0270965;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:141:125:128:14:13:0.0921986:7:7:52:73:6:7:53:75 chr20 29632662 . G C 378.04 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=160;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.0169934;FXX=0.106243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.786;QD=10.5747;RBI=0.0184152;REFB=-0.00249347;REVB=-0.00709538;RO=95;SAF=20;SAR=28;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519537;STB=0.502993;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00648009;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:143:95:95:48:48:0.335664:28:20:40:55:28:20:40:55 chr20 29632707 . G A 170.13 PASS AF=0.172973;AO=32;DP=185;FAO=32;FDP=185;FR=.;FRO=153;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=94;FWDB=0.00962301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.107;QD=3.67838;RBI=0.0131944;REFB=-0.00176362;REVB=-0.00902713;RO=153;SAF=13;SAR=19;SRF=59;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276817;STB=0.517789;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0111018;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:153:153:32:32:0.172973:19:13:59:94:19:13:59:94 chr20 29632709 . C T 144.06 PASS AF=0.156757;AO=29;DP=185;FAO=29;FDP=185;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=64;FSRR=92;FWDB=-0.0284025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.116;QD=3.11475;RBI=0.0286083;REFB=-0.00690049;REVB=-0.00342543;RO=156;SAF=8;SAR=21;SRF=64;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188374;STB=0.625736;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0121107;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:156:156:29:29:0.156757:21:8:64:92:21:8:64:92 chr20 29632714 . CT AG 153.4 PASS AF=0.163934;AO=30;DP=183;FAO=30;FDP=183;FR=.;FRO=153;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=91;FWDB=-0.00469945;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.38;QD=3.35309;RBI=0.00732446;REFB=-0.00286062;REVB=-0.00561808;RO=152;SAF=10;SAR=20;SRF=61;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934489;STB=0.564662;STBP=0.488;TYPE=mnp;VARB=0.0210537;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:152:153:30:30:0.163934:20:10:61:91:20:10:62:91 chr20 29633854 . G A 57.92 PASS AF=0.0981595;AO=16;DP=165;FAO=16;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=147;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=71;FSRR=76;FWDB=-0.0195038;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5206;QD=1.4213;RBI=0.060099;REFB=-0.0103912;REVB=-0.0568462;RO=116;SAF=10;SAR=6;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714541;STB=0.627712;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0316638;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:165:163:116:147:16:16:0.0981595:6:10:66:50:6:10:71:76 chr20 29633861 . A T 49.3 PASS AF=0.0882353;AO=15;DP=170;FAO=15;FDP=170;FR=.;FRO=155;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=0.00934789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.508;QD=1.16004;RBI=0.031025;REFB=-0.000984635;REVB=-0.0295832;RO=146;SAF=13;SAR=2;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46231;STB=0.871526;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0154209;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:170:170:146:155:15:15:0.0882353:2:13:70:76:2:13:70:85 chr20 29633887 . G A 33.95 PASS AF=0.0691489;AO=13;DP=188;FAO=13;FDP=188;FR=.;FRO=175;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=86;FSRR=89;FWDB=-0.00760171;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.669;QD=0.722305;RBI=0.037616;REFB=-0.00198638;REVB=-0.0368398;RO=172;SAF=2;SAR=11;SRF=85;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37983;STB=0.828241;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0274677;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:188:188:172:175:13:13:0.0691489:11:2:85:87:11:2:86:89 chr20 29633900 . A G 61.1 PASS AF=0.0923077;AO=16;DP=195;FAO=18;FDP=195;FR=.;FRO=177;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=99;FWDB=0.0492005;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6376;QD=1.25339;RBI=0.0625616;REFB=-0.00738535;REVB=0.0386427;RO=176;SAF=5;SAR=11;SRF=77;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149856;STB=0.602034;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0371877;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:195:195:176:177:16:18:0.0923077:11:5:77:99:12:6:78:99 chr20 29633915 . C T 49.9 PASS AF=0.0851064;AO=16;DP=188;FAO=16;FDP=188;FR=.;FRO=172;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=104;FWDB=-0.0373195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.515;QD=1.06166;RBI=0.0481834;REFB=-0.00118792;REVB=-0.0304777;RO=165;SAF=14;SAR=2;SRF=61;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549286;STB=0.900037;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.020828;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:188:188:165:172:16:16:0.0851064:2:14:61:104:2:14:68:104 chr20 29633916 . G T 968.52 PASS AF=0.6;AO=86;DP=188;FAO=87;FDP=145;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00785283;FXX=0.228711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.379;QD=26.7179;RBI=0.0155603;REFB=-0.00722198;REVB=-0.0134333;RO=54;SAF=38;SAR=48;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151996;STB=0.520819;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00786193;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:145:54:58:86:87:0.6:48:38:25:29:48:39:29:29 chr20 29633927 . C A 215.13 PASS AF=0.255639;AO=83;DP=183;FAO=34;FDP=133;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.0135584;FXX=0.273209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.526;QD=6.46993;RBI=0.0163963;REFB=-0.0227924;REVB=0.00922005;RO=96;SAF=37;SAR=46;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596301;STB=0.733086;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.205958;OID=.;OPOS=29633927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:133:96:99:83:34:0.255639:46:37:37:59:10:24:38:61 chr20 29633929 . A G 762.05 PASS AF=0.445055;AO=81;DP=182;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.00879012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.854;QD=16.7483;RBI=0.0180888;REFB=-0.0177219;REVB=0.0158095;RO=101;SAF=36;SAR=45;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492488;STB=0.527357;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0122877;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:101:101:81:81:0.445055:45:36:40:61:45:36:40:61 chr20 29633938 . A G 185.62 PASS AF=0.19186;AO=33;DP=172;FAO=33;FDP=172;FR=.;FRO=139;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.0166334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6406;QD=4.31677;RBI=0.01735;REFB=0.00372405;REVB=0.00493466;RO=136;SAF=13;SAR=20;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715931;STB=0.543255;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0350045;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:136:139:33:33:0.19186:20:13:61:75:20:13:62:77 chr20 29633952 . C T 504.39 PASS AF=0.392157;AO=59;DP=151;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0025244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.88;QD=13.1867;RBI=0.00262994;REFB=-0.0107977;REVB=0.000737565;RO=91;SAF=27;SAR=32;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435449;STB=0.525539;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00845429;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:91:93:59:60:0.392157:32:27:38:53:33:27:38:55 chr20 29652157 . G A 50.65 PASS AF=0.0756972;AO=19;DP=251;FAO=19;FDP=251;FR=.;FRO=232;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=92;FSRR=140;FWDB=-0.0377318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.865;QD=0.807222;RBI=0.0377324;REFB=3.91944e-05;REVB=0.000215732;RO=232;SAF=5;SAR=14;SRF=92;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164078;STB=0.638004;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00083611;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:251:251:232:232:19:19:0.0756972:14:5:92:140:14:5:92:140 chr20 29652164 . G A 55.34 PASS AF=0.0822511;AO=19;DP=239;FAO=19;FDP=231;FR=.;FRO=212;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=137;FWDB=-0.0288971;FXX=0.0334714;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.104;QD=0.95824;RBI=0.0289221;REFB=-0.0001655;REVB=-0.00120148;RO=211;SAF=6;SAR=13;SRF=74;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449226;STB=0.539128;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0137156;OID=.;OPOS=29652164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:239:231:211:212:19:19:0.0822511:13:6:74:137:13:6:75:137 chr20 29652165 . C T 164.74 PASS AF=0.148305;AO=25;DP=228;FAO=35;FDP=236;FR=.;FRO=201;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=66;FSRR=135;FWDB=-0.00422927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1782;QD=2.79214;RBI=0.0758363;REFB=-0.0137195;REVB=-0.0757183;RO=200;SAF=12;SAR=13;SRF=66;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192115;STB=0.589305;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0768377;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:236:200:201:25:35:0.148305:13:12:66:134:20:15:66:135 chr20 29652166 . G A 112.49 PASS AF=0.120172;AO=25;DP=234;FAO=28;FDP=233;FR=.;FRO=205;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=132;FWDB=-0.0189174;FXX=0.0168769;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1238;QD=1.9312;RBI=0.0197711;REFB=-0.00196369;REVB=-0.00574715;RO=209;SAF=6;SAR=19;SRF=73;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1573;STB=0.652773;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0167364;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:209:205:25:28:0.120172:19:6:73:136:22:6:73:132 chr20 29652172 . TG CA,CG 2502.0 PASS AF=0.387097,0.493088;AO=83,106;DP=217;FAO=84,107;FDP=217;FR=.;FRO=26;FSAF=31,24;FSAR=53,83;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00430474,-0.00192292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.874,109.376;QD=46.1197;RBI=0.00547893,0.0168012;REFB=0.00922691,0.0246554;REVB=0.00338939,-0.0166908;RO=26;SAF=30,24;SAR=53,82;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00740585,-0.0608929;STB=0.505826,0.532977;STBP=0.834,0.193;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000217237,-0.00500463;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:217:217:26:26:83,106:84,107:0.387097,0.493088:53,82:30,24:9:17:53,83:31,24:9:17 chr20 29652182 . C T 54.72 PASS AF=0.0859729;AO=19;DP=222;FAO=19;FDP=221;FR=.;FRO=202;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=144;FWDB=-0.0233945;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8868;QD=0.990325;RBI=0.0245321;REFB=0.00183306;REVB=-0.0073838;RO=197;SAF=2;SAR=17;SRF=56;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303906;STB=0.759721;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0435219;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:222:221:197:202:19:19:0.0859729:17:2:56:141:17:2:58:144 chr20 29652183 . G A 232.88 PASS AF=0.189189;AO=42;DP=218;FAO=42;FDP=222;FR=.;FRO=180;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=133;FWDB=-0.040826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.467;QD=4.1961;RBI=0.0408799;REFB=-0.0113421;REVB=0.0020982;RO=176;SAF=13;SAR=29;SRF=44;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946383;STB=0.54756;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0470729;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:222:176:180:42:42:0.189189:29:13:44:132:29:13:47:133 chr20 29652190 . T G 33.99 PASS AF=0.0660377;AO=14;DP=212;FAO=14;FDP=212;FR=.;FRO=198;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=146;FWDB=-0.0472214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.666;QD=0.641405;RBI=0.0492425;REFB=-0.00197199;REVB=0.0139629;RO=197;SAF=2;SAR=12;SRF=51;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179946;STB=0.671912;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0297738;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:212:212:197:198:14:14:0.0660377:12:2:51:146:12:2:52:146 chr20 29652191 . C T 2198.27 PASS AF=0.808612;AO=168;DP=208;FAO=169;FDP=209;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=124;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0403892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2985;QD=42.0722;RBI=0.04199;REFB=-0.0108808;REVB=0.0114837;RO=40;SAF=44;SAR=124;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416459;STB=0.522827;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00382756;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:40:40:168:169:0.808612:124:44:7:33:124:45:7:33 chr20 29652194 . C T 216.2 PASS AF=0.186047;AO=38;DP=213;FAO=40;FDP=215;FR=.;FRO=175;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=137;FWDB=0.0182472;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.631;QD=4.02226;RBI=0.0212805;REFB=-0.00396498;REVB=0.0109498;RO=175;SAF=15;SAR=23;SRF=38;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265086;STB=0.647075;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0205939;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:175:175:38:40:0.186047:23:15:38:137:25:15:38:137 chr20 29652196 . T C 175.22 PASS AF=0.162791;AO=35;DP=211;FAO=35;FDP=215;FR=.;FRO=180;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=134;FWDB=-0.0581069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.378;QD=3.25988;RBI=0.059266;REFB=-0.0106155;REVB=0.0116641;RO=176;SAF=7;SAR=28;SRF=42;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072356;STB=0.566804;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.055401;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:215:176:180:35:35:0.162791:28:7:42:134:28:7:46:134 chr20 29652235 . CG CC,GC 1707.14 PASS AF=0.784314,0.0784314;AO=117,12;DP=167;FAO=120,12;FDP=153;FR=.;FRO=21;FSAF=27,4;FSAR=93,8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0100746,-0.0204314;FXX=0.094669;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.776,168.88;QD=44.6311;RBI=0.0266502,0.0248491;REFB=-0.0456605,0.00566595;REVB=0.0246725,0.0141434;RO=21;SAF=24,4;SAR=93,8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0543876,0;STB=0.522554,0.5;STBP=0.27,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00666267,0.0286283;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:153:21:21:117,12:120,12:0.784314,0.0784314:93,8:24,4:7:14:93,8:27,4:7:14 chr20 29652254 . G A 328.18 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=147;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=76;FWDB=-0.0185909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.64;QD=8.93005;RBI=0.0206822;REFB=-0.00328887;REVB=0.00906273;RO=104;SAF=13;SAR=30;SRF=28;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485029;STB=0.528361;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00702372;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:104:104:43:43:0.292517:30:13:28:76:30:13:28:76 chr20 29652260 . C T 41.49 PASS AF=0.0888889;AO=12;DP=135;FAO=12;FDP=135;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=86;FWDB=-0.0035271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.951;QD=1.22935;RBI=0.0067697;REFB=-0.000350498;REVB=0.00577827;RO=123;SAF=4;SAR=8;SRF=37;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435997;STB=0.534036;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00521136;OID=.;OPOS=29652260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:135:135:123:123:12:12:0.0888889:8:4:37:86:8:4:37:86 chr20 29965014 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0672;QD=58.7809;RBI=0.026323;REFB=0;REVB=0.0246581;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023232;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr20 29978216 . T C 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.366;QD=55.7003;RBI=0.0160614;REFB=0.0311642;REVB=0.010034;RO=2;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000842368;STB=0.500446;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000262899;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:34:32:1:1:34:32:1:1 chr20 30408125 . CGGGGGG CGGGGG,CGGGGGC 68.86 PASS AF=0.197531,0.0740741;AO=13,4;DP=80;FAO=16,6;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=2,5;FSAR=14,1;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0284894,0.0145136;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.28647,21.931;QD=3.40035;RBI=0.0895214,0.167538;REFB=-0.0930081,-0.0607804;REVB=0.0848672,0.166908;RO=44;SAF=5,4;SAR=8,0;SRF=14;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0.475,0;SSSB=0.0888003,0.641683;STB=0.730995,0.894153;STBP=0.077,0.126;TYPE=del,snp;VARB=0.0740503,0.105494;OID=.,.;OPOS=30408126,30408131;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197531,0.0740741:13,4:80:16,6:81:59:2,5:14,1:19:40:43:44:5,4:8,0:14:30 chr20 30432953 . A G 82.99 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0903072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0987;QD=9.48462;RBI=0.0906598;REFB=-0.0114561;REVB=0.00798791;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190887;STB=0.615182;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.019665;OID=.;OPOS=30432953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:15:9:6:5:15:9 chr20 30676401 . AG A 386.04 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6326;QD=37.6625;RBI=0.228996;REFB=0;REVB=0.227939;RO=5;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.185384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00854671;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:41:41:41:0:25:16:0:0:6:5:24:10:0:5 chr20 30746248 . T C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.858;QD=59.5372;RBI=0.0594087;REFB=-0.0286745;REVB=0.0286905;RO=1;SAF=53;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884847;STB=0.504672;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000989812;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:25:53:1:0:25:53:1:0 chr20 30777800 . T C 1246.67 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027741;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.29;QD=61.5642;RBI=0.0471742;REFB=0;REVB=0.0381555;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160743;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:52:28:0:0:53:28:0:0 chr20 30777860 . A G 617.83 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466998;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.295;QD=61.7827;RBI=0.0467226;REFB=0;REVB=0.00146135;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262536;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr20 30795819 . T C 1548.93 PASS AF=0.990385;AO=82;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=86;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812922;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.397;QD=59.5741;RBI=0.0968867;REFB=0;REVB=0.0527125;RO=0;SAF=65;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111299;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:104:0:0:82:103:0.990385:17:65:0:0:17:86:0:0 chr20 30922398 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.054;QD=57.2362;RBI=0.0217999;REFB=0;REVB=0.00363117;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08286e-05;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr20 31022959 . T C 729.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.637;QD=57.2037;RBI=0.0535546;REFB=0;REVB=0.0531154;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192015;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr20 31024274 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.401;QD=62.6681;RBI=0.0219213;REFB=0;REVB=0.0202352;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9703e-05;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr20 31025163 . A G 676.65 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.248;QD=60.1468;RBI=0.0383001;REFB=-0.0483139;REVB=0.001654;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00553002;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:0:1 chr20 31025535 . A C,G 1402.09 PASS AF=0.0947368,0.905263;AO=10,79;DP=89;FAO=9,86;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=8,46;FSAR=1,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000284289,0.0149405;FXX=0.0306091;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.6695,189.239;QD=59.0354;RBI=0.0528662,0.0312489;REFB=0,0;REVB=0.0528654,0.0274458;RO=0;SAF=9,45;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,-3.40017e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0176865,0.000538026;OID=.,.;OPOS=31025535,31025535;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:89:95:0:0:10,79:9,86:0.0947368,0.905263:1,34:9,45:0:0:1,40:8,46:0:0 chr20 31025536 . C G 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0341464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.2867;QD=1.40164;RBI=0.0377779;REFB=-0.00801842;REVB=-0.0161614;RO=90;SAF=1;SAR=8;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53249;STB=0.908265;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0460184;OID=.;OPOS=31025536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:8:1:54:36:8:1:54:36 chr20 31196471 . A G 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0198014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0343;QD=26.3138;RBI=0.0287565;REFB=-0.00485225;REVB=0.0208528;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282747;STB=0.657071;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.004398;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:15:7:10:4:15:7:10:4 chr20 31291625 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.509;QD=57.6807;RBI=0.0097484;REFB=0;REVB=0.000238919;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88855e-05;OID=.;OPOS=31291625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr20 31386347 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.597;QD=56.9383;RBI=0.0328643;REFB=0;REVB=0.0111176;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53329e-05;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr20 31386449 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.29;QD=35.5759;RBI=0.058363;REFB=0;REVB=-0.0438359;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229208;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr20 31388636 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.829;QD=59.8394;RBI=0.0596879;REFB=0;REVB=0.0323334;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031512;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr20 31427635 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9495;QD=59.3226;RBI=0.0435238;REFB=0;REVB=0.0433153;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305533;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr20 31436747 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.779;QD=53.2771;RBI=0.0280983;REFB=0;REVB=-0.0268351;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104329;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr20 31494382 . G A 322.19 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00636595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9316;QD=16.5228;RBI=0.00970441;REFB=-0.00988757;REVB=-0.00732464;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18359;STB=0.596309;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0305146;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:15:20:16:26:15:20:17:26 chr20 31505292 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00314333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.822;QD=9.49475;RBI=0.00403979;REFB=-0.00756047;REVB=-0.0025376;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213753;STB=0.595568;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0150145;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:23:24:10:11:0.314286:7:3:11:12:7:4:12:12 chr20 31584178 . G A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0186554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.62;QD=15.3051;RBI=0.018795;REFB=-0.0116454;REVB=0.00228654;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.59993;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0180694;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:21:9:18:21:21:9:18:21 chr20 31585432 . G T 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0125915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8633;QD=24.1236;RBI=0.0898838;REFB=-0.015448;REVB=0.0889975;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115872;STB=0.564778;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.012734;OID=.;OPOS=31585432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:4:7:8:9:4:7 chr20 31587752 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00439849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.351;QD=22.7197;RBI=0.00458042;REFB=-0.0313322;REVB=-0.00127811;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127549;STB=0.521708;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0168259;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:7:9:14:14:0.608696:7:7:5:2:7:7:5:4 chr20 31587793 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2533;QD=59.8333;RBI=0.0456009;REFB=0;REVB=0.0172677;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066681;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr20 31590745 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000927488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.306;QD=63.8713;RBI=0.0072327;REFB=0;REVB=-0.00717299;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80696e-05;OID=.;OPOS=31590745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr20 31609581 . C T 1753.67 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142846;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.279;QD=60.9974;RBI=0.0163135;REFB=0;REVB=0.00787905;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73939e-05;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr20 31671209 . G C 453.7 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0156871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.368;QD=21.6048;RBI=0.060326;REFB=0.00666371;REVB=0.0582507;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417221;STB=0.522993;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0130494;OID=.;OPOS=31671209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:18:21:22:23:18:21 chr20 31671599 . A G 225.76 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0270699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.745;QD=20.524;RBI=0.0310979;REFB=-0.0129324;REVB=-0.0153068;RO=20;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134896;STB=0.61329;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0105313;OID=.;OPOS=31671599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:22:22:0.5:5:17:13:7:5:17:13:9 chr20 31671663 . T C 224.21 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00144388;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3125;QD=16.6084;RBI=0.0157194;REFB=-0.0295112;REVB=-0.015653;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10358;STB=0.556823;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0433971;OID=.;OPOS=31671663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:12:13:11:16:12:13:12:17 chr20 31678534 . T C 269.32 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0342409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.716;QD=11.8384;RBI=0.0369036;REFB=-0.00778288;REVB=0.0137636;RO=59;SAF=9;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178655;STB=0.603793;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0161741;OID=.;OPOS=31678534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:23:9:25:34:23:9:25:34 chr20 31688241 . T C 1268.61 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.979;QD=60.4102;RBI=0.0143314;REFB=0.0578118;REVB=0.00334802;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000295674;OID=.;OPOS=31688241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:0:1:42:41:0:1 chr20 31688260 . C T 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.523;QD=60.241;RBI=0.0254849;REFB=0.0355809;REVB=-0.00013664;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00163885;OID=.;OPOS=31688260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:0:1:39:43:0:1 chr20 31812923 . G A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.654;QD=62.4649;RBI=0.0229045;REFB=0;REVB=0.00832412;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50355e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr20 31830955 . T C 159.12 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0100902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0675;QD=10.1031;RBI=0.0282658;REFB=-0.0604956;REVB=-0.0264034;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954513;STB=0.547466;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.04396;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:11:10:23:18:11:10:23:19 chr20 31897554 . G C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.021509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.548;QD=9.09999;RBI=0.0215745;REFB=-0.00388229;REVB=-0.00167997;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0285994;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr20 31981849 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.845;QD=53.9112;RBI=0.0422645;REFB=0;REVB=-0.0119756;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331403;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr20 32212690 . C T 416.34 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00112385;FXX=0.048187;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.229;QD=21.0804;RBI=0.0048874;REFB=-0.00977256;REVB=-0.00475643;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26632;STB=0.651516;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00902381;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:79:33:38:41:41:0.518987:26:15:23:10:26:15:26:12 chr20 32295541 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0153522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.011;QD=9.76019;RBI=0.0160913;REFB=-0.00274715;REVB=0.00482088;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00354457;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr20 32336755 . G A 152.48 PASS AF=0.369565;AO=13;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0330833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.738;QD=13.2589;RBI=0.0352374;REFB=0.00437748;REVB=-0.0121314;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550574;STB=0.722386;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00456118;OID=.;OPOS=32336755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:29:13:17:0.369565:10:3:16:4:11:6:21:8 chr20 32379263 . T C 612.01 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.231;QD=61.2005;RBI=0.070958;REFB=0;REVB=0.07093;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1086e-05;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 359.28 PASS AF=1;AO=20;DP=60;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654146;FXX=0.333241;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.612;QD=59.8802;RBI=0.0658578;REFB=0;REVB=-0.00762769;RO=40;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000410049;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:20:60:24:24:0:9:15:0:0:3:40:6:14:15:25 chr20 32664866 . G A 303.54 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0113555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.938;QD=22.0755;RBI=0.0114729;REFB=-0.00884877;REVB=0.00163662;RO=21;SAF=6;SAR=25;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146617;STB=0.630821;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00314851;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:24:31:31:0.563636:25:6:7:14:25:6:10:14 chr20 32664880 . T C 92.28 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0285768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9171;QD=9.22843;RBI=0.0519159;REFB=-0.00603738;REVB=-0.0433431;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231737;STB=0.642602;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0124426;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:9:3:12:16:9:3:12:16 chr20 32972053 . TGCA T 141.57 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.589;QD=40.448;RBI=0.0435834;REFB=-0.00136321;REVB=0.0321739;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=del;VARB=0.000212296;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:11:15:13:14:1:6:7:1:0:6:0:6:5:0:0 chr20 33000354 . T C 407.94 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0384028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0893;QD=17.7367;RBI=0.0384249;REFB=0.00300222;REVB=0.00130425;RO=50;SAF=16;SAR=26;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249403;STB=0.639279;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00261848;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:26:16:32:18:26:16:32:18 chr20 33104592 . G C 272.78 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00861417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8803;QD=14.9468;RBI=0.125108;REFB=0.0200035;REVB=0.124811;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781075;STB=0.504422;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0221244;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:20:22:16:15:20:22 chr20 33324481 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00192965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.333;QD=17.2469;RBI=0.01607;REFB=-0.00915878;REVB=-0.0159537;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314148;STB=0.517911;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0104166;OID=.;OPOS=33324481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:12:15:11:10:12:15 chr20 33337751 . T C 435.73 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0139207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5879;QD=24.2072;RBI=0.0177934;REFB=-0.0418822;REVB=0.0110825;RO=30;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868077;STB=0.547596;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0226027;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:23:19:17:13:23:19:17:13 chr20 33462951 . G T 154.05 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00449186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8996;QD=17.6055;RBI=0.00975178;REFB=0.00379097;REVB=-0.00865566;RO=17;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111203;STB=0.555485;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00477511;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:15:2:3:14:15:2:3:15 chr20 33470694 . C T 356.62 PASS AF=0.5;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0101827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.826;QD=19.2768;RBI=0.0103368;REFB=0.00335789;REVB=-0.00177818;RO=35;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971345;STB=0.542182;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00393719;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:35:37:37:37:0.5:14:23:18:17:14:23:20:17 chr20 33565480 . C T 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0394936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.674;QD=21.8465;RBI=0.042098;REFB=-0.113798;REVB=0.0145771;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0428489;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr20 33572941 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000338957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.548;QD=11.8305;RBI=0.0459202;REFB=-0.0106949;REVB=-0.0459189;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0212319;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:7:11:7:4:7:11 chr20 33578899 . T C 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0109915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.209;QD=23.9612;RBI=0.0113262;REFB=-0.00618732;REVB=0.00273329;RO=34;SAF=29;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209066;STB=0.614848;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00627274;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:16:29:13:21:16:29:13:21 chr20 33581955 . G A 293.2 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.041356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.119;QD=14.8456;RBI=0.0527246;REFB=-0.00950914;REVB=0.0327043;RO=45;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143518;STB=0.575382;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.014874;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:20:13:24:21:20:13:24:22 chr20 33583331 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9275;QD=47.8221;RBI=0.0649871;REFB=0;REVB=0.0394615;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513701;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr20 33584289 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00810517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.773;QD=18.7119;RBI=0.0130816;REFB=-0.00992808;REVB=0.0102681;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.576835;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0130407;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:9:10:12:6:9:10 chr20 33591006 . G A 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.042147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.778;QD=17.5537;RBI=0.0528501;REFB=-0.0044721;REVB=0.0318867;RO=40;SAF=26;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107445;STB=0.569942;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00670283;OID=.;OPOS=33591006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:10:26:25:15:10:26:25:16 chr20 33657126 . G A 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0183374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2987;QD=17.7626;RBI=0.0298707;REFB=-0.0242779;REVB=0.0235797;RO=45;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698087;STB=0.53911;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0309266;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:13:26:27:18:13:26:27:18 chr20 33867924 . G A 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0220322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.982;QD=23.3485;RBI=0.0238605;REFB=-0.00646935;REVB=0.00916002;RO=28;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275477;STB=0.515144;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00506646;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:19:19:13:15:19:19:13:15 chr20 33874720 . C T 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0527399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.301;QD=9.73853;RBI=0.0529598;REFB=-0.0207428;REVB=-0.00482145;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166062;STB=0.602852;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0381293;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:11:11:16:29:11:11:16:30 chr20 33969530 . C T 198.93 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.029951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.901;QD=19.4081;RBI=0.0303841;REFB=0.0067964;REVB=-0.00511209;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.5111;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00595781;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:11:9:8:12:11:9:9:12 chr20 33971914 . C T 374.89 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0239458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1818;QD=19.2249;RBI=0.0239632;REFB=0.0113682;REVB=0.00091111;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00926794;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:38:39:0.5:19:19:20:19:19:20:20:19 chr20 33974163 . T A 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0202649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.615;QD=12.052;RBI=0.0479824;REFB=0.0207558;REVB=0.0434931;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315875;STB=0.705442;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0129493;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:8:4:6:3:9:4 chr20 34022196 . C T 596.82 PASS AF=0.582418;AO=40;DP=88;FAO=53;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.187913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7698;QD=26.2337;RBI=0.188501;REFB=-0.0193154;REVB=-0.0148697;RO=36;SAF=14;SAR=26;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036112;STB=0.535056;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0182507;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:36:37:40:53:0.582418:26:14:14:22:27:26:15:22 chr20 34022672 . C A 333.7 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0231094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.325;QD=24.2687;RBI=0.0255251;REFB=0.00333441;REVB=0.0108392;RO=19;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113457;STB=0.585316;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00257136;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:22:33:33:0.6:17:16:6:13:17:16:6:16 chr20 34062642 . C T 182.31 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00513085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.494;QD=11.5754;RBI=0.0677504;REFB=-0.00375507;REVB=-0.0675558;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34378;STB=0.693702;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0143785;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:23:23:0.365079:17:6:22:17:17:6:22:18 chr20 34081340 . G C 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00757392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.979;QD=22.6427;RBI=0.00846758;REFB=-0.0129821;REVB=0.00378625;RO=34;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121066;OID=.;OPOS=34081340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:21:21:17:17:21:21:17:17 chr20 34081351 . A T 360.97 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00166601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.927;QD=20.3366;RBI=0.00213094;REFB=-0.0181821;REVB=-0.00132865;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060475;STB=0.533518;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0263779;OID=.;OPOS=34081351;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:18:16:20:17:18:16 chr20 34090519 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00290478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.293;QD=12.467;RBI=0.0256995;REFB=-0.00845278;REVB=-0.0255348;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507968;STB=0.529502;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0178378;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:13:20:13:7:13:20 chr20 34144107 . T C 937.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.223;QD=58.5747;RBI=0.0135589;REFB=0;REVB=0.0127282;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76667e-06;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr20 34147286 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0287076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.927;QD=21.5459;RBI=0.0480657;REFB=0.00354258;REVB=0.0385511;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00469865;OID=.;OPOS=34147286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:7:3:9:5:7:3 chr20 34164422 . T C 976.32 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00620846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6102;QD=57.4306;RBI=0.0070987;REFB=-0.0027625;REVB=0.00344189;RO=1;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185257;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000394979;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:25:42:0:1:25:42:0:1 chr20 34170035 . C G 508.3 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00582768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.999;QD=56.4774;RBI=0.0301876;REFB=-0.125526;REVB=0.0296197;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00126052;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:0:1:13:22:0:1 chr20 34170316 . C A 501.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.906;QD=58.9882;RBI=0.0333552;REFB=0;REVB=0.0227665;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124434;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr20 34173046 . C T 454.18 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.492;QD=55.0524;RBI=0.049389;REFB=-0.17445;REVB=0.00684789;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00202396;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:12:20:0:0:12:20:1:0 chr20 34173178 . A G 421.27 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.402;QD=56.1698;RBI=0.019006;REFB=0;REVB=0.0184988;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102738;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr20 34179907 . C T 1510.67 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.802;QD=63.6073;RBI=0.0474406;REFB=0;REVB=-0.0458703;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438854;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:62:33:0:0:62:33:0:0 chr20 34596371 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0138964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.756;QD=16.1562;RBI=0.023511;REFB=-0.0286062;REVB=0.0189646;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365231;STB=0.520624;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0261481;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:13:19:17:10:13:19 chr20 35236275 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 172.78 PASS AF=0.76087,0.0217391;AO=21,3;DP=45;FAO=35,1;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=16,1;FSAR=19,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0438215,0.0826875;FXX=0.0212721;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.29385,20.5548;QD=15.0242;RBI=0.258707,0.153162;REFB=-0.0458486,-0.0426982;REVB=0.254969,0.128924;RO=19;SAF=9,3;SAR=12,0;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00649354,0.629797;STB=0.509573,0.989266;STBP=0.8,0.5;TYPE=del,snp;VARB=0.105394,0.0574549;OID=.,.;OPOS=35236276,35236282;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76087,0.0217391:21,3:45:35,1:46:10:16,1:19,0:5:5:28:19:9,3:12,0:8:11 chr20 35710453 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0585733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4926;QD=19.0183;RBI=0.0610235;REFB=-0.040054;REVB=-0.0171185;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863963;STB=0.549229;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0192546;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:7:7:6:9:7:7 chr20 35740794 . T C 176.07 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0210472;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4564;QD=10.061;RBI=0.0233862;REFB=0.00898305;REVB=-0.0101946;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235996;STB=0.635467;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0185098;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:47:23:23:0.328571:14:9:26:17:14:9:28:19 chr20 35769592 . T C 218.0 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00674793;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.7821;QD=15.5712;RBI=0.00916532;REFB=-0.0184091;REVB=0.0062023;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167666;STB=0.594826;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00817263;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:12:19:11:14:12:19 chr20 35769647 . G T 289.34 PASS AF=0.545455;AO=26;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.132043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9192;QD=21.0429;RBI=0.146965;REFB=-0.0465051;REVB=0.0645241;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114436;STB=0.590001;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0416671;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:25:26:30:0.545455:10:16:10:11:11:19:11:14 chr20 35783494 . T C 132.39 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00412844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2639;QD=9.99189;RBI=0.0728668;REFB=0.00250594;REVB=0.0727497;RO=36;SAF=13;SAR=4;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240673;STB=0.644724;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00199018;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:4:13:21:15:4:13:21:15 chr20 35807788 . TGG ACT,TGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,TGGCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 203.71 PASS AF=0.04,0.26,0.18;AO=2,12,6;DP=56;FAO=2,13,9;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=2,9,7;FSAR=0,4,2;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-4.01471e-05,-0.0156907,0.000601794;FXX=0.107124;HRUN=1,1,1;LEN=3,29,29;MLLD=259.807,657.566,457.21;QD=16.2969;RBI=0.0087965,0.0157014,0.000683128;REFB=-0.0123199,-0.0129679,-0.010554;REVB=-0.00879641,0.000581049,-0.000323278;RO=28;SAF=2,8,4;SAR=0,4,2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.378369,-0.114002,-0.119824;STB=0.992586,0.53076,0.547715;STBP=0.358,0.814,0.812;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0116996,0.00591187,0.00772178;OID=.,.,.;OPOS=35807788,35807791,35807791;OREF=TGG,-,-;OALT=ACT,CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=ACT,TGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,TGGCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:50:28:26:2,12,6:2,13,9:0.04,0.26,0.18:0,4,2:2,8,4:21:7:0,4,2:2,9,7:19:7 chr20 35865054 . C T 345.89 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0195567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8079;QD=19.4868;RBI=0.0196789;REFB=-0.0230238;REVB=-0.00218925;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.506663;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0438964;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:17:19:18:17:17:19:18:17 chr20 35945238 . C G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0342077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.875;QD=15.9153;RBI=0.0349699;REFB=-0.00628242;REVB=0.00726138;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232782;STB=0.630593;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00827058;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:10:24:13:15:10:24 chr20 36030939 . G C 1323.53 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0240953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3561;QD=60.8522;RBI=0.0620977;REFB=-0.0635028;REVB=0.0572323;RO=1;SAF=54;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869391;STB=0.504586;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00138222;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:32:54:1:0:32:54:1:0 chr20 36146148 . T C 2027.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.745;QD=62.3759;RBI=0.0225238;REFB=0;REVB=0.0186264;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60371e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr20 36603611 . A C 308.36 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0180868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.998;QD=15.8136;RBI=0.0192309;REFB=-0.0155232;REVB=0.00653404;RO=44;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937998;STB=0.553036;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0300758;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:23:11:18:26:23:11:18:26 chr20 36603765 . G A 128.1 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00107834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.959;QD=11.6455;RBI=0.00292414;REFB=-0.0335618;REVB=-0.00271804;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194819;STB=0.613724;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0355839;OID=.;OPOS=36603765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:7:22:9:6:7:22 chr20 36603780 . T C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0170155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.778;QD=28.1268;RBI=0.0186624;REFB=-0.0228405;REVB=-0.00766538;RO=13;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152336;STB=0.60746;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00978304;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:19:5:5:8:19:5:6:8 chr20 36603807 . C T 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00622693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.397;QD=51.5095;RBI=0.0158088;REFB=0.013347;REVB=0.0145308;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-4.00058e-05;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:0:1:17:9:0:1 chr20 36841756 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.029273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0115;QD=9.11009;RBI=0.0300715;REFB=-0.0165122;REVB=0.00688402;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0549421;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:8:8:5:3:8:8 chr20 36841914 . G A 282.03 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0271605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.627;QD=17.0927;RBI=0.0310685;REFB=-0.000886124;REVB=0.015085;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228496;STB=0.636273;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00105131;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:21:10:19:15:21:10:20:15 chr20 36845738 . C T 380.7 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00588578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.227;QD=16.9201;RBI=0.0219937;REFB=-0.0109607;REVB=0.0211915;RO=50;SAF=12;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249919;STB=0.640772;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.018204;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:28:12:27:23:28:12:27:23 chr20 36869516 . C A 301.8 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0099375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.206;QD=25.1498;RBI=0.00993857;REFB=-0.0193356;REVB=-0.000145964;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415133;STB=0.52306;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0158134;OID=.;OPOS=36869516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:8:13:18:9:8:13 chr20 36870122 . T G 39.04 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00809563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.791;QD=5.7835;RBI=0.0201687;REFB=-0.00218039;REVB=0.0184726;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362124;STB=0.637355;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0106294;OID=.;OPOS=36870122;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:26:27:20:20:6:7:0.259259:1:5:17:3:2:5:17:3 chr20 36932660 . C T 461.25 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0690394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5995;QD=16.0434;RBI=0.0690741;REFB=-0.00947877;REVB=0.00218935;RO=64;SAF=18;SAR=33;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105119;STB=0.558895;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0261586;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:33:18:29:35:33:18:29:35 chr20 36932676 . G C 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00275182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.546;QD=16.2358;RBI=0.00719304;REFB=-0.0142026;REVB=0.00664585;RO=63;SAF=18;SAR=33;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957341;STB=0.553589;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.016936;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:33:18:28:35:33:18:28:35 chr20 36952342 . C T 1150.37 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7745;QD=60.5456;RBI=0.0956753;REFB=0;REVB=0.0552675;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104965;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:75:76:1:36:39:1:0:36:40:0:0 chr20 36959436 . T G 511.69 PASS AF=0.592593;AO=45;DP=79;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00636485;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.502;QD=25.2687;RBI=0.0122643;REFB=-0.0182355;REVB=0.0104834;RO=31;SAF=23;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116319;STB=0.584235;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0169276;OID=.;OPOS=36959436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:31:33:45:48:0.592593:22:23:11:20:22:26:11:22 chr20 36974945 . C T 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0281972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.815;QD=17.9231;RBI=0.0330973;REFB=-0.0216863;REVB=-0.0173306;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167809;STB=0.583695;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0163564;OID=.;OPOS=36974945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:46:40:40:0.465116:14:26:21:23:14:26:23:23 chr20 36977970 . G A 406.11 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00061914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.997;QD=17.2814;RBI=0.0105562;REFB=-0.0216935;REVB=-0.010538;RO=50;SAF=11;SAR=31;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157847;STB=0.603844;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0245656;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:52:42:42:0.446809:31:11:20:30:31:11:22:30 chr20 36979265 . T C 143.23 PASS AF=0.354167;AO=14;DP=45;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00333708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.452;QD=11.9357;RBI=0.013934;REFB=-0.0178517;REVB=-0.0135285;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302961;STB=0.685378;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0400877;OID=.;OPOS=36979265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:31:14:17:0.354167:6:8:9:21:7:10:9:22 chr20 36989381 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.482;QD=60.8818;RBI=0.0506201;REFB=0;REVB=-0.0489362;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35277e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr20 37005536 . T C 1550.07 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.404;QD=62.629;RBI=0.0678314;REFB=0;REVB=0.011353;RO=0;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94093e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:99:0:0:90:99:1:63:27:0:0:64:35:0:0 chr20 37062583 . T C 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.013116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.795;QD=53.6846;RBI=0.0231933;REFB=-0.00850466;REVB=0.0191285;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392525;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000291342;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:34:23:2:0:34:23:2:0 chr20 37203813 . C T 726.74 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214116;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8629;QD=56.9988;RBI=0.0226765;REFB=0;REVB=0.00746787;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143029;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr20 37257590 . C G 279.28 PASS AF=0.347368;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00938702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.344;QD=11.7592;RBI=0.0178235;REFB=0.00784731;REVB=0.0151513;RO=62;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214779;STB=0.61129;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.015945;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:62:62:32:33:0.347368:13:19:25:37:14:19:25:37 chr20 37277271 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.589;QD=56.1916;RBI=0.0408127;REFB=0;REVB=-0.0350502;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80137e-05;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr20 37377139 . C T 68.77 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0697821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7682;QD=15.2819;RBI=0.0699325;REFB=0.00640351;REVB=-0.0045838;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0011288;OID=.;OPOS=37377139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr20 37383640 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00102869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.145;QD=8.30758;RBI=0.0212588;REFB=0.0010462;REVB=-0.0212339;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163863;STB=0.510178;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00498375;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:11:7:3:5:11:7 chr20 37390255 . G GTC 383.03 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00311584;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=364.397;QD=22.5315;RBI=0.0139151;REFB=-0.00637196;REVB=0.0135618;RO=30;SAF=14;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823327;STB=0.54543;STBP=0.455;TYPE=ins;VARB=0.0047133;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:38:69:38:68:30:14:24:14:16:99:30:14:24:14:16 chr20 37396120 . A G 241.29 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0108557;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.865;QD=19.3033;RBI=0.0215105;REFB=-0.0109573;REVB=-0.0185702;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124989;STB=0.579554;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00912355;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:14:11:14:10:14:11:15:10 chr20 37501507 . T C 888.76 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340564;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.8;QD=58.2792;RBI=0.00351682;REFB=0;REVB=0.000877284;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52426e-05;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr20 37534665 . C T 131.12 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0167078;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.291;QD=9.89591;RBI=0.0189098;REFB=-0.00800941;REVB=-0.00885613;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701741;STB=0.541711;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0227253;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:17:19:10:7:17:19 chr20 37547374 . G A 119.31 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0176609;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.209;QD=11.9307;RBI=0.0238365;REFB=-0.0145584;REVB=-0.0160084;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20259;STB=0.619551;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0218912;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:6:8:10:16:6:8:10:16 chr20 37555116 . G C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0680871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.492;QD=15.5712;RBI=0.0740909;REFB=-0.0313799;REVB=-0.0292165;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115026;STB=0.566808;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.024037;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:7:5:6:5:7:5 chr20 37570725 . C T 274.89 PASS AF=0.37931;AO=28;DP=83;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00585013;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.173;QD=12.6386;RBI=0.00590309;REFB=-0.00472315;REVB=0.000788996;RO=54;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823441;STB=0.525124;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00747557;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:54:54:28:33:0.37931:15:13:29:25:16:17:30:24 chr20 37597822 . A G 291.53 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.072169;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.933;QD=20.8235;RBI=0.0725404;REFB=-0.017426;REVB=0.00733179;RO=25;SAF=7;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170179;STB=0.608745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0108892;OID=.;OPOS=37597822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:26:30:30:0.535714:23:7:10:15:23:7:11:15 chr20 37977945 . T C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0131042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.91;QD=22.5342;RBI=0.0131886;REFB=-0.00399131;REVB=-0.00148965;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163832;STB=0.509044;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00250936;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:18:14:11:13:18:14:11:13 chr20 39609426 . C T 591.15 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0312434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6322;QD=20.3845;RBI=0.0349444;REFB=0.00346568;REVB=0.0156511;RO=56;SAF=30;SAR=30;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125448;STB=0.568943;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00252353;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:30:30:36:20:30:30:36:20 chr20 39634616 . C T 414.81 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0121764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.061;QD=17.4657;RBI=0.031342;REFB=-0.00611812;REVB=0.0288801;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759771;STB=0.548365;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00744373;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:42:43:0.452632:21:21:30:22:22:21:30:22 chr20 39652431 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.647;QD=14.6518;RBI=0.00989616;REFB=-0.0297886;REVB=0.00989616;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0198086;OID=.;OPOS=39652431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:6:0:0:5:6:0:0:5 chr20 39797465 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.238;QD=56.1916;RBI=0.0188539;REFB=0;REVB=0.0034713;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56358e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr20 39798092 . C T 465.29 PASS AF=0.471698;AO=51;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00448069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.307;QD=17.5583;RBI=0.00497776;REFB=-0.0145854;REVB=0.0021683;RO=54;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060554;STB=0.51886;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0164709;OID=.;OPOS=39798092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:51:50:0.471698:26:25:30:24:25:25:30:26 chr20 39798952 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00818155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.608;QD=24.5164;RBI=0.0127197;REFB=-0.0362513;REVB=0.00973921;RO=22;SAF=4;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267332;STB=0.650814;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0128043;OID=.;OPOS=39798952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:23:4:8:14:23:4:8:14 chr20 39802851 . G A 171.41 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0122255;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.429;QD=16.7227;RBI=0.0242452;REFB=-0.0141625;REVB=-0.0209372;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536527;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00658495;OID=.;OPOS=39802851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:11:11:8:10:12:11 chr20 39813741 . G A 314.23 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-9.793e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.612;QD=17.218;RBI=0.0021143;REFB=-0.00996986;REVB=0.00211203;RO=39;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646403;STB=0.536301;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00627747;OID=.;OPOS=39813741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:23:11:15:24:23:11:15:24 chr20 39986085 . A C 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00199019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3552;QD=13.0876;RBI=0.0327064;REFB=-0.00333358;REVB=0.0326458;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.504419;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00652442;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:14:12:7:9:15:12 chr20 39989181 . C T 154.38 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.012609;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0821;QD=11.8753;RBI=0.0311222;REFB=0.00125533;REVB=-0.0284536;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760025;STB=0.517223;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00400936;OID=.;OPOS=39989181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:32:33:19:19:0.365385:7:12:20:12:7:12:20:13 chr20 40701456 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.752;QD=63.8718;RBI=0.027434;REFB=0;REVB=0.0148583;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103576;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr20 40702071 . G A 118.84 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00431669;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.512;QD=11.8841;RBI=0.00698104;REFB=-0.000903794;REVB=-0.00548645;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13947;STB=0.581978;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00304776;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:8:6:8:18:8:6:8:18 chr20 41306600 . A G 639.04 PASS AF=0.575758;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0124231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.871;QD=25.8199;RBI=0.0179934;REFB=-0.00261997;REVB=0.0130165;RO=42;SAF=24;SAR=32;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130578;STB=0.566348;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0019426;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:56:57:0.575758:32:24:25:17:32:25:25:17 chr20 42034149 . C T 57.46 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0182592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.088;QD=13.5195;RBI=0.0236405;REFB=-0.026222;REVB=-0.0150158;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0583535;OID=.;OPOS=42034149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:17:8:8:8:9:0.529412:5:3:4:4:5:4:4:4 chr20 42034196 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0344015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.947;QD=11.0923;RBI=0.0412788;REFB=-0.0146983;REVB=0.022814;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0193295;OID=.;OPOS=42034196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr20 42089511 . T C 162.73 PASS AF=0.375;AO=19;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.020693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.259;QD=11.6235;RBI=0.0225149;REFB=-0.0144028;REVB=-0.00887232;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932609;STB=0.541556;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0217456;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:19:21:0.375:9:10:15:19:10:11:16:19 chr20 42196550 . T G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0192482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.461;QD=17.4264;RBI=0.020242;REFB=-0.0168216;REVB=-0.00626464;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073141;STB=0.541624;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0142229;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:8:15:11:8:8:15 chr20 42225114 . G A 136.64 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00603235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.885;QD=12.4217;RBI=0.00651131;REFB=-0.0115416;REVB=-0.00245109;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227404;STB=0.64687;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0169484;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:5:10:13:15:5:11:13:15 chr20 42310509 . T C 133.47 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00835657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.018;QD=15.702;RBI=0.0213861;REFB=-0.0203646;REVB=0.0196858;RO=19;SAF=1;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51649;STB=0.811041;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0159164;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:14:1:7:12:14:1:7:12 chr20 42320881 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0186519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.624;QD=20.0719;RBI=0.0186976;REFB=-0.00822357;REVB=-0.00130682;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430795;STB=0.502391;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00499014;OID=.;OPOS=42320881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:21:13:12:19:21:13:12:19 chr20 42328639 . T C 1413.81 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.579;QD=62.1454;RBI=0.020245;REFB=0;REVB=0.0123669;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44595e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:91:1:0:86:91:1:49:37:0:1:53:38:0:0 chr20 42331457 . A G 183.99 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0254566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.195;QD=17.9498;RBI=0.0272868;REFB=-0.00504344;REVB=-0.00982485;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251204;STB=0.620028;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00658007;OID=.;OPOS=42331457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:6:12:9:13:7:12:9:13 chr20 42425127 . G A 755.8 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108358;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.831;QD=57.0413;RBI=0.0128361;REFB=0;REVB=-0.0068813;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54043e-05;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:14:39:0:0:14:39:0:0 chr20 42425178 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.534;QD=58.1421;RBI=0.0568439;REFB=0;REVB=0.00592684;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412613;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr20 42815190 . G A 317.43 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0680754;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.103;QD=50.7884;RBI=0.0730634;REFB=-0.0873391;REVB=0.0265328;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00105578;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:14:10:0:1:14:10:0:1 chr20 42825563 . GTTTTTA GTTTTA,GTTTTAT 41.31 PASS AF=0.297872,0;AO=5,3;DP=47;FAO=14,0;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0502089,0.00364123;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.0071,19.1201;QD=3.5159;RBI=0.0928591,0.0883073;REFB=-0.0702741,-0.0412503;REVB=-0.0781146,-0.0882322;RO=24;SAF=1,3;SAR=4,0;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.511473,0.515717;STB=0.574364,0.5;STBP=0.482,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0783087,0;OID=.,.;OPOS=42825564,42825568;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=GTTTTA,GTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872,0:5,3:47:14,0:47:33:7,0:7,0:20:13:41:24:1,3:4,0:16:8 chr20 42908965 . G C 475.65 PASS AF=0.489583;AO=40;DP=89;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0289793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.073;QD=19.8185;RBI=0.0400351;REFB=-0.0321234;REVB=0.0276226;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494985;STB=0.559328;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0320799;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:96:49:49:40:47:0.489583:24:16:22:27:31:16:22:27 chr20 42939750 . T C 394.32 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00646856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5454;QD=52.5764;RBI=0.00654146;REFB=-0.00248401;REVB=0.000973865;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00219718;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr20 42965863 . C T 533.36 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.013881;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.826;QD=22.9403;RBI=0.0229071;REFB=-0.0146573;REVB=-0.0182223;RO=43;SAF=26;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850372;STB=0.546762;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0113183;OID=.;OPOS=42965863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:24:26:18:25:24:26:18:25 chr20 42966025 . T C 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0548291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.07;QD=20.0284;RBI=0.0558176;REFB=-0.00472059;REVB=0.0104584;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661291;STB=0.550681;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0059728;OID=.;OPOS=42966025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:16:8:10:15:16:8:11:15 chr20 43089819 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0269;QD=51.9162;RBI=0.0714705;REFB=0;REVB=0.0708312;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199548;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr20 43138641 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0197024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.625;QD=16.0653;RBI=0.0208558;REFB=-0.00593195;REVB=-0.00683957;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.540938;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00993371;OID=.;OPOS=43138641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:11:13:11:7:11:13 chr20 43264927 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00281358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.442;QD=58.6488;RBI=0.023863;REFB=0.0106827;REVB=0.0236966;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-1.24151e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:13:27:0:0:13:27:0:1 chr20 43356102 . C T 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0135256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.652;QD=27.5919;RBI=0.0156194;REFB=-0.0141228;REVB=-0.00781192;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132375;STB=0.573803;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00962255;OID=.;OPOS=43356102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:7:6:1:4:7:6:1:4 chr20 43378770 . A G 597.22 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.00321618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.211;QD=19.5811;RBI=0.016591;REFB=-0.0217201;REVB=-0.0162763;RO=60;SAF=38;SAR=23;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257948;STB=0.645731;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0196194;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:61:61:61:0.5:23:38:20:40:23:38:20:41 chr20 43379264 . A C 108.29 PASS AF=0.619048;AO=11;DP=19;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00749595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.015;QD=20.6267;RBI=0.0895279;REFB=-0.0570025;REVB=0.0892135;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0791202;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:21:8:8:11:13:0.619048:7:4:4:4:9:4:4:4 chr20 43379454 . T C 113.3 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.020638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5538;QD=9.64225;RBI=0.0293953;REFB=-0.0251796;REVB=0.0209322;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878931;STB=0.547104;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0928777;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:33:14:14:0.297872:8:6:11:20:8:6:12:21 chr20 43565559 . G C 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0050839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.783;QD=21.9527;RBI=0.00528912;REFB=-0.0216901;REVB=0.00145902;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271981;STB=0.649038;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0116332;OID=.;OPOS=43565559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:21:4:16:16:21:4 chr20 43566787 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0544432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.209;QD=22.9824;RBI=0.0558108;REFB=-0.00883998;REVB=-0.0122794;RO=22;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412452;STB=0.523058;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00962018;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:17:8:8:14:17:8:8:14 chr20 43571822 . G A 431.36 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0137883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.806;QD=25.7525;RBI=0.0286939;REFB=-0.00171389;REVB=0.0251639;RO=26;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565029;STB=0.530867;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00117514;OID=.;OPOS=43571822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:22:19:10:16:22:19:10:16 chr20 43572217 . T C 392.25 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0224458;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.361;QD=16.6917;RBI=0.0227676;REFB=-0.0372769;REVB=-0.0038145;RO=53;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05232;STB=0.52943;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0292667;OID=.;OPOS=43572217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:41:41:0.43617:26:15:22:31:26:15:22:31 chr20 43933021 . G T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.689;QD=57.2374;RBI=0.0352823;REFB=0;REVB=0.00667936;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117457;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr20 43933163 . T C 1529.89 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.163;QD=63.7454;RBI=0.0212691;REFB=0;REVB=0.0211268;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88153e-05;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:40:55:0:0:41:55:0:0 chr20 43942676 . T C 345.15 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00974482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.971;QD=16.6336;RBI=0.0126119;REFB=-0.0296726;REVB=0.00800607;RO=42;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198669;STB=0.591048;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0346008;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:46:37:37:0.445783:25:12:22:20:25:12:22:24 chr20 43951000 . G A 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00475068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.116;QD=19.7385;RBI=0.0102287;REFB=-0.00507151;REVB=-0.00905852;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325417;STB=0.51807;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00542855;OID=.;OPOS=43951000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:23:21:19:24:23:21 chr20 43951012 . G A 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.018087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4347;QD=18.208;RBI=0.0191945;REFB=0.00191795;REVB=0.00642569;RO=53;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669868;STB=0.53742;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00181942;OID=.;OPOS=43951012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:19:26:27:26:19:26:27:26 chr20 43951032 . C T 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5378;QD=60.1613;RBI=0.0540745;REFB=0;REVB=0.0540512;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358732;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr20 43955910 . G A 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0377659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.379;QD=24.7528;RBI=0.0383736;REFB=-0.0181788;REVB=0.00680219;RO=29;SAF=15;SAR=27;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158352;STB=0.586169;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0161461;OID=.;OPOS=43955910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:27:15:5:24:27:15:5:24 chr20 43976991 . A G 187.0 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=39;FWDB=0.0090651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.367;QD=10.6855;RBI=0.0167613;REFB=-0.0359791;REVB=-0.0140984;RO=46;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163533;STB=0.593681;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0573316;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:18:6:7:39:18:6:7:39 chr20 43995880 . T G 236.52 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00648971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.225;QD=13.5152;RBI=0.0333008;REFB=-0.0111135;REVB=-0.0326623;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11449;STB=0.565441;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0169197;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:17:11:21:21:17:11:21:21 chr20 43996012 . G T 300.23 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0147387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0183;QD=24.5085;RBI=0.0400543;REFB=0.0142766;REVB=0.037244;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240484;STB=0.632097;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0121516;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:11:16:19:3:11:16:19:3 chr20 43996132 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00910002;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.938;QD=25.4983;RBI=0.00928612;REFB=-0.0167032;REVB=-0.00184977;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123643;STB=0.568481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0140768;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:11:5:11:12:11:5 chr20 43996466 . C T 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0256987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.578;QD=21.9725;RBI=0.0262395;REFB=-0.00824567;REVB=0.00529972;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00691115;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:9:12:13:10:9:12 chr20 44038574 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0485299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=25.4671;RBI=0.0486766;REFB=-0.00954808;REVB=0.00377624;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00272276;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chr20 44052992 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0013475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.358;QD=16.6185;RBI=0.0158815;REFB=0.00401912;REVB=0.0158242;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219971;STB=0.606657;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00577851;OID=.;OPOS=44052992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:9:14:22:5:9:14:22:6 chr20 44054349 . T C 621.67 PASS AF=0.444444;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.00823291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.204;QD=16.2529;RBI=0.011902;REFB=-0.0114543;REVB=-0.00859514;RO=85;SAF=39;SAR=29;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897836;STB=0.505001;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0148028;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:85:68:68:0.444444:29:39:48:37:29:39:48:37 chr20 44108323 . A C 732.35 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.000129518;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.436;QD=23.066;RBI=0.000327246;REFB=-0.00367382;REVB=-0.000300525;RO=53;SAF=38;SAR=32;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487027;STB=0.516359;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00440137;OID=.;OPOS=44108323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:53:57:70:70:0.551181:32:38:32:21:32:38:33:24 chr20 44141331 . A G 1010.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168328;FXX=0.0422476;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.121;QD=59.4272;RBI=0.0202505;REFB=0;REVB=-0.0112578;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118174;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:68:0:0:66:68:1:42:24:0:0:43:25:0:0 chr20 44170797 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0349477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.163;QD=16.8738;RBI=0.0660393;REFB=0.00175428;REVB=-0.0560344;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105214;STB=0.559942;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00779947;OID=.;OPOS=44170797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:9:17:11:9:9:17 chr20 44171455 . T C 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00360021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.044;QD=11.6769;RBI=0.0113467;REFB=-0.00166975;REVB=0.0107604;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158608;STB=0.59129;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00341547;OID=.;OPOS=44171455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:30:18:14:13:30:18 chr20 44174238 . G C 295.71 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0113446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.161;QD=21.9048;RBI=0.050539;REFB=-0.0220769;REVB=-0.0492493;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151455;STB=0.583282;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0130103;OID=.;OPOS=44174238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:6:17:17:14:6:17 chr20 44174249 . G T 336.04 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0102169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0116;QD=22.4026;RBI=0.0148114;REFB=-0.0246901;REVB=0.0107235;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172166;STB=0.59446;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0140505;OID=.;OPOS=44174249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:19:15:6:20:19:15:6:20 chr20 44174423 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.574;QD=64.2852;RBI=0.01555;REFB=0;REVB=-0.00598635;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56573e-06;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr20 44184375 . T C 464.26 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00192793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.969;QD=24.7603;RBI=0.020988;REFB=0.010723;REVB=-0.0208993;RO=31;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931037;STB=0.550923;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00725189;OID=.;OPOS=44184375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:21:23:20:11:21:23:20:11 chr20 44188489 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.441;QD=57.3858;RBI=0.0101533;REFB=0;REVB=0.00996416;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55998e-05;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr20 44238741 . T G 263.99 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00639643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1674;QD=15.3036;RBI=0.032492;REFB=0.00516985;REVB=-0.0318562;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185191;STB=0.60371;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00819965;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:9:30:18:12:9:30 chr20 44314609 . A G 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1003;QD=62.9704;RBI=0.0394197;REFB=0;REVB=-0.0119299;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349757;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr20 44352620 . G A 363.22 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00105351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.852;QD=18.161;RBI=0.00824628;REFB=-0.00165476;REVB=-0.00817871;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072033;STB=0.540216;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00186628;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:21:17:22:20:21:17:22:20 chr20 44378577 . T C 83.49 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00388606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.911;QD=10.4365;RBI=0.0102499;REFB=-0.00382153;REVB=-0.00948463;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155879;STB=0.615163;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0119679;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:32:21:21:10:11:0.34375:7:3:9:12:8:3:9:12 chr20 44417643 . A G 72.98 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0656882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3928;QD=9.12309;RBI=0.0830169;REFB=-0.0113785;REVB=0.0507629;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335205;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:11:11:5:5:11:11 chr20 44417675 . G C 87.54 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0465844;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.293;QD=10.9426;RBI=0.0495722;REFB=-0.0217546;REVB=-0.0169498;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0422008;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:33:32:20:20:9:9:0.28125:4:5:10:10:4:5:10:10 chr20 44418564 . A G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00916332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.4;QD=24.2743;RBI=0.021718;REFB=-0.0170546;REVB=0.0196902;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774725;STB=0.542686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0105817;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:10:11:13:18:10:11 chr20 44441403 . C G 676.75 PASS AF=0.369318;AO=52;DP=181;FAO=65;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=0.000255231;FXX=0.0329652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.969;QD=15.3806;RBI=0.0180043;REFB=-0.0155357;REVB=0.0180025;RO=104;SAF=31;SAR=21;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349779;STB=0.526152;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0299846;OID=.;OPOS=44441403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:176:104:100:52:65:0.369318:21:31:65:39:24:41:59:41 chr20 44470676 . T C 303.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0121443;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.007;QD=25.3153;RBI=0.0208603;REFB=-0.0258265;REVB=-0.0169608;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290223;STB=0.507037;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0189579;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:21:27:27:0.5625:12:15:13:9:12:15:12:9 chr20 44505830 . C T 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0109346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.552;QD=9.07914;RBI=0.0124147;REFB=0.00595069;REVB=0.0058788;RO=47;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360693;STB=0.709502;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0223958;OID=.;OPOS=44505830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:9:12:12:35:9:12:12:35 chr20 44505973 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00901963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.319;QD=10.0749;RBI=0.0100857;REFB=0.00585714;REVB=0.00451306;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0226386;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:6:8:6:2:6:8 chr20 44506548 . C G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0134599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.865;QD=9.56963;RBI=0.0541054;REFB=-0.0105932;REVB=-0.0524044;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319318;STB=0.697155;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0138671;OID=.;OPOS=44506548;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:7:8:2:6:7:8 chr20 44506661 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00908784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.956;QD=17.8401;RBI=0.0683198;REFB=0.000373507;REVB=0.0677127;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124945;STB=0.571329;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000657498;OID=.;OPOS=44506661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:9:5:7:7:9:5 chr20 44513252 . C T 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0169773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.803;QD=21.2879;RBI=0.0207818;REFB=-0.0215909;REVB=-0.0119856;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171233;STB=0.509462;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0210981;OID=.;OPOS=44513252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:19:24:21:18:19:24:21:18 chr20 44513289 . T C 521.85 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00939079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4644;QD=20.8738;RBI=0.088036;REFB=-0.00496109;REVB=0.0875337;RO=50;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065725;STB=0.530205;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00568201;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:49:50:0.5:21:28:25:25:22:28:25:25 chr20 44513357 . G A 450.74 PASS AF=0.5;AO=37;DP=83;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0456851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.08;QD=19.5976;RBI=0.0458671;REFB=-0.0172766;REVB=0.00408302;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118078;STB=0.534347;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0146748;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:92:46:46:37:46:0.5:25:12:20:26:29:17:20:26 chr20 44515339 . C T 489.83 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00472624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.708;QD=19.5933;RBI=0.00945623;REFB=-0.0197925;REVB=-0.00819042;RO=52;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149933;STB=0.583299;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0297456;OID=.;OPOS=44515339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:20:28:22:30:20:28:22:30 chr20 44520579 . C G 126.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0103556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.073;QD=19.5122;RBI=0.0190372;REFB=-0.0763351;REVB=-0.0159743;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597973;STB=0.533852;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0352033;OID=.;OPOS=44520579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:2:10:11:3:2:10 chr20 44523547 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00444878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.316;QD=12.9748;RBI=0.00950186;REFB=-0.0064819;REVB=0.00839606;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.634375;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00803966;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:10:8:3:9:10:8 chr20 44581348 . G A 350.21 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0111289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.068;QD=28.0171;RBI=0.0119876;REFB=0.00411137;REVB=0.00445514;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139826;STB=0.507458;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00302954;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:20:10:6:13:20:10:7:13 chr20 44590732 . G A 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0161354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.036;QD=19.017;RBI=0.0203371;REFB=-0.0413517;REVB=0.0123792;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242932;STB=0.636204;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0287276;OID=.;OPOS=44590732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:2:12:9:6:2:12 chr20 44590768 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-1.72018e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.465;QD=17.4272;RBI=0.00601549;REFB=0.00845236;REVB=-0.00601546;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253151;STB=0.642721;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00670405;OID=.;OPOS=44590768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:5:18:10:9:5:18 chr20 44596207 . C G 150.19 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0212734;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.669;QD=10.3581;RBI=0.0260923;REFB=-0.0086652;REVB=-0.0151079;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515609;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0193302;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:9:10:20:18:9:11:20:18 chr20 44639692 . G T 295.79 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0125144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.5;QD=20.3992;RBI=0.0342877;REFB=0.00141664;REVB=0.0319223;RO=27;SAF=6;SAR=25;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20228;STB=0.613416;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.000975535;OID=.;OPOS=44639692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:25:6:10:17:25:6:10:17 chr20 44640225 . A G 1132.1 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.926;QD=60.3788;RBI=0.0252107;REFB=0;REVB=0.0240862;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.562e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr20 44642406 . G C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7385;QD=57.711;RBI=0.0314358;REFB=0;REVB=0.0185102;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38178e-05;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr20 44642833 . A C 189.86 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0113101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.603;QD=11.3347;RBI=0.0133732;REFB=-0.0432996;REVB=0.00713612;RO=43;SAF=8;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344444;STB=0.698868;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0500189;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:16:8:28:15:16:8:28:15 chr20 44643111 . G A 2895.38 PASS AF=0.523452;AO=277;DP=533;FAO=279;FDP=533;FR=.;FRO=254;FSAF=119;FSAR=160;FSRF=106;FSRR=148;FWDB=0.000928154;FXX=0.00559691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.856;QD=21.7289;RBI=0.0198363;REFB=-0.0197505;REVB=0.0198146;RO=254;SAF=118;SAR=159;SRF=105;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113343;STB=0.504487;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0137477;OID=.;OPOS=44643111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:533:533:254:254:277:279:0.523452:159:118:105:149:160:119:106:148 chr20 44644965 . G A 511.83 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00090923;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.694;QD=19.6858;RBI=0.00861778;REFB=-0.0220143;REVB=-0.00856968;RO=51;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333543;STB=0.518417;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0153486;OID=.;OPOS=44644965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:29:24:25:26:29:24:25:26 chr20 44678348 . G A 1074.05 PASS AF=0.925926;AO=74;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0060574;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.192;QD=53.0397;RBI=0.0130392;REFB=-0.169998;REVB=0.0115468;RO=6;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808383;STB=0.541656;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00352736;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:74:75:0.925926:32:42:0:6:33:42:0:6 chr20 44680412 . C T 456.42 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0079709;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.058;QD=13.6246;RBI=0.00818259;REFB=-0.00197642;REVB=-0.00184921;RO=70;SAF=21;SAR=31;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128648;STB=0.60328;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00428964;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:82:52:52:0.38806:31:21:37:33:31:21:47:35 chr20 44688665 . G A 574.43 PASS AF=0.406061;AO=61;DP=159;FAO=67;FDP=165;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0284905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3239;QD=13.9254;RBI=0.0431007;REFB=-0.00873501;REVB=0.0323413;RO=98;SAF=28;SAR=33;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336363;STB=0.501628;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00734697;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:165:98:98:61:67:0.406061:33:28:48:50:34:33:48:50 chr20 44688730 . G A 1673.39 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125622;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8099;QD=60.3024;RBI=0.0298894;REFB=0;REVB=0.0271213;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543254;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:1:0:110:111:1:57:53:1:0:57:54:0:0 chr20 44691350 . T G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.014432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.65;QD=14.7422;RBI=0.0453001;REFB=-0.0117336;REVB=0.0429397;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00668533;STB=0.503871;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0134674;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:19:6:4:13:19:6 chr20 44746982 . T C 340.53 PASS AF=0.530303;AO=32;DP=63;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0091987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.721;QD=20.6382;RBI=0.0527788;REFB=-0.0209767;REVB=0.051971;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427333;STB=0.542833;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0153693;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:31:31:32:35:0.530303:16:16:17:14:19:16:17:14 chr20 44806628 . G A 335.83 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0169451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.908;QD=22.3885;RBI=0.0360502;REFB=-0.003185;REVB=-0.0318195;RO=26;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113333;STB=0.562464;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00245745;OID=.;OPOS=44806628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:16:18:10:16:16:18:10:16 chr20 44980702 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0209441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.327;QD=14.8342;RBI=0.0233279;REFB=-0.00990351;REVB=-0.0102729;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549419;STB=0.531467;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0175452;OID=.;OPOS=44980702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:19:11:7:15:19:11 chr20 44983517 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00797356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8063;QD=17.4897;RBI=0.00951378;REFB=0.00539216;REVB=-0.00518983;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304618;STB=0.678444;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0106831;OID=.;OPOS=44983517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:19:9:19:10:19:9:20:10 chr20 44987318 . C G 442.72 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0560741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.93;QD=22.7038;RBI=0.0560952;REFB=-0.0104234;REVB=-0.00153823;RO=35;SAF=27;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241555;STB=0.513302;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0110732;OID=.;OPOS=44987318;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:16:27:21:14:16:27:21:14 chr20 44994696 . A G 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0206604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.262;QD=16.4181;RBI=0.0527307;REFB=0.000497246;REVB=0.0485147;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168876;STB=0.50943;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.000356923;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:24:24:30:28:24:24:30:28 chr20 44996182 . A G 465.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.374;QD=58.128;RBI=0.142356;REFB=0;REVB=0.011235;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005464;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr20 44999028 . T C 260.12 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00739117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.205;QD=20.0092;RBI=0.0113601;REFB=-0.0227708;REVB=0.00862682;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667044;STB=0.521723;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0299859;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:25:27:27:0.519231:15:12:8:14:15:12:10:15 chr20 45085437 . C CTTT 187.76 PASS AF=0.276596;AO=23;DP=96;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00930011;FXX=0.0105252;HRUN=0;LEN=3;MLLD=275.359;QD=7.98963;RBI=0.0208565;REFB=-0.00529427;REVB=-0.0186683;RO=68;SAF=17;SAR=6;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325444;STB=0.695756;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0121826;OID=.;OPOS=45085438;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:23:96:26:94:68:19:7:32:36:99:68:17:6:33:35 chr20 45204266 . G A 417.5 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.068632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0032;QD=22.5677;RBI=0.101598;REFB=-0.047424;REVB=-0.0749125;RO=30;SAF=26;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207975;STB=0.608642;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0276023;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:30:33:41:41:0.554054:15:26:11:19:15:26:13:20 chr20 45717954 . C T 337.71 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00361737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.658;QD=20.162;RBI=0.0101166;REFB=-0.0207639;REVB=0.00944772;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472255;STB=0.509461;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0166898;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:16:19:17:14:16:19:18:14 chr20 45817255 . A C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.318;QD=58.5993;RBI=0.0280217;REFB=0;REVB=0.0261926;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155743;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr20 45839078 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0493;QD=40.7614;RBI=0.0398214;REFB=0;REVB=0.0378301;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287103;OID=.;OPOS=45839078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr20 45853037 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=56.7066;RBI=0.0381682;REFB=0;REVB=-0.01678;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016222;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr20 46268748 . C T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0171687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.096;QD=25.8141;RBI=0.0180452;REFB=-0.0188479;REVB=0.00555583;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871352;STB=0.548138;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.008962;OID=.;OPOS=46268748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:11:16:14:6:11:16:14:6 chr20 46279814 . TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAG TGCAGCAGCAGCAACAG,TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA 298.1 PASS AF=0.5,0.5;AO=7,8;DP=28;FAO=12,12;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,8;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998218,0.00260994;FXX=0.142806;HRUN=1,1;LEN=9,3;MLLD=404.038,83.0512;QD=49.6836;RBI=0.0322946,0.0195961;REFB=0,0;REVB=0.0307132,-0.0194215;RO=0;SAF=6,5;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.073287,0.124683;OID=.,.;OPOS=46279815,46279837;OREF=GCAGCAGCA,CAG;OALT=-,-;OMAPALT=TGCAGCAGCAGCAACAG,TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:7,8:28:12,12:24:0:9,8:3,4:0:0:95:0:6,5:1,3:0:0 chr20 46365571 . A G 578.02 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00486087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.527;QD=24.3376;RBI=0.00486147;REFB=-0.0230995;REVB=-7.63063e-05;RO=42;SAF=15;SAR=38;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926778;STB=0.550962;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0195696;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:38:15:16:26:38:15:16:26 chr20 47241618 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.003924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.705;QD=16.6157;RBI=0.0160759;REFB=-0.00444963;REVB=-0.0155897;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311226;STB=0.505611;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00449196;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:11:5:6:15:12:5:6:15 chr20 47244450 . G A 1280.25 PASS AF=0.527897;AO=121;DP=231;FAO=123;FDP=233;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=0.0663573;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0402;QD=21.9786;RBI=0.0664926;REFB=-0.0112036;REVB=0.00423949;RO=107;SAF=49;SAR=72;SRF=67;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189486;STB=0.599678;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00980704;OID=.;OPOS=47244450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:107:110:121:123:0.527897:72:49:67:40:73:50:68:42 chr20 47246077 . C G 542.32 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0575408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7561;QD=16.6868;RBI=0.0789243;REFB=-0.0339632;REVB=-0.0540194;RO=70;SAF=23;SAR=35;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071007;STB=0.537129;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0404535;OID=.;OPOS=47246077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:72:58:58:0.446154:35:23:23:47:35:23:24:48 chr20 47246127 . G A 597.02 PASS AF=0.5;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.00303593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.695;QD=19.5744;RBI=0.0110538;REFB=-0.0244965;REVB=-0.0106287;RO=61;SAF=18;SAR=42;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025439;OID=.;OPOS=47246127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:61:61:60:61:0.5:42:18:19:42:42:19:19:42 chr20 47249116 . G A 547.37 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=0.0456062;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.097;QD=14.1256;RBI=0.0456162;REFB=-0.015316;REVB=0.000952091;RO=95;SAF=28;SAR=35;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715181;STB=0.532154;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0265807;OID=.;OPOS=47249116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:95:92:63:63:0.406452:35:28:36:59:35:28:36:56 chr20 47249170 . G A 469.99 PASS AF=0.369863;AO=54;DP=146;FAO=54;FDP=146;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=58;FWDB=-0.00971728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.887;QD=12.8765;RBI=0.0103126;REFB=-0.0142335;REVB=-0.00345312;RO=91;SAF=23;SAR=31;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072457;STB=0.536694;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0199556;OID=.;OPOS=47249170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:91:92:54:54:0.369863:31:23:33:58:31:23:34:58 chr20 47253150 . T C 1624.33 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5308;QD=60.1602;RBI=0.0316325;REFB=0;REVB=0.0253752;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66776e-05;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:66:42:0:0:66:42:0:0 chr20 47261017 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0136533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.17;QD=16.6186;RBI=0.0136967;REFB=-0.0107524;REVB=-0.00108964;RO=28;SAF=20;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253955;STB=0.646909;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.016932;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:3:20:20:8:3:20:20:8 chr20 47351095 . G A 165.95 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00874834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.091;QD=14.7508;RBI=0.0267053;REFB=-0.0220244;REVB=-0.0252317;RO=27;SAF=15;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951058;STB=0.55549;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.032583;OID=.;OPOS=47351095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:3:15:21:6:3:15:21:6 chr20 47850182 . C T 919.92 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5936;QD=58.4073;RBI=0.0666723;REFB=0;REVB=-0.0664376;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815596;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:34:29:0:0 chr20 47862450 . T C 634.26 PASS AF=0.918367;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0123508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6724;QD=51.7759;RBI=0.0526911;REFB=-0.240691;REVB=-0.0512231;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.521296;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0260135;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:47:49:1:4:44:45:0.918367:23:21:1:0:23:22:3:1 chr20 47865372 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.392;QD=59.8559;RBI=0.0358379;REFB=0;REVB=0.0281196;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72486e-05;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr20 47865509 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00590346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.194;QD=44.6062;RBI=0.0540098;REFB=-0.0754245;REVB=0.0536862;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837164;STB=0.545411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00184558;OID=.;OPOS=47865509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:0:2:10:11:0:2 chr20 47872377 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.099;QD=62.9828;RBI=0.0303776;REFB=0;REVB=-0.0292627;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110776;OID=.;OPOS=47872377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr20 47886684 . G A 837.49 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208367;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.472;QD=57.7576;RBI=0.0027537;REFB=0;REVB=0.00180033;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99202e-05;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:39:18:0:0:39:19:0:0 chr20 48120777 . G A 178.29 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0410522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.644;QD=17.3943;RBI=0.0617426;REFB=0.00126627;REVB=-0.046118;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226446;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00220496;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:22:18:19:0.463415:10:8:8:9:10:9:10:12 chr20 48129706 . G T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00273612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.814;QD=17.379;RBI=0.0294488;REFB=-0.00581081;REVB=0.0293214;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601164;STB=0.523795;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00662191;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:20:13:12:24:20:13:13:24 chr20 48257149 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5611;QD=61.3362;RBI=0.0252698;REFB=0;REVB=0.00755721;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296538;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr20 48259034 . A G 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0222258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0348;QD=14.6507;RBI=0.0247876;REFB=-0.0159298;REVB=-0.0109745;RO=19;SAF=13;SAR=1;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236984;STB=0.641728;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0166936;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:1:13:16:3:1:13:16:3 chr20 48429508 . GG CC 641.4 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.172458;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=259.209;QD=58.3093;RBI=0.174508;REFB=-0.0306169;REVB=0.0266687;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153937;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=mnp;VARB=0.00174436;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:30:12:0:1:31:12:0:1 chr20 48491258 . T G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0187851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.869;QD=19.8256;RBI=0.0220456;REFB=-0.0134527;REVB=0.011538;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426759;STB=0.523792;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0122005;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:9:16:16:11:9:16 chr20 48522585 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0180156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.374;QD=12.5793;RBI=0.0180158;REFB=-0.0214097;REVB=7.13136e-05;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803418;STB=0.547208;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0331584;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:16:15:7:10:16:15 chr20 48524827 . A G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00589713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.614;QD=13.8995;RBI=0.00661245;REFB=-0.00142977;REVB=-0.00299139;RO=34;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228885;STB=0.631464;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00194841;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:7:17:17:17:7:17:17:17 chr20 48569240 . TG T 437.14 PASS AF=0.446541;AO=69;DP=160;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00637742;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.9401;QD=10.9971;RBI=0.00663819;REFB=0.00303851;REVB=-0.00184228;RO=88;SAF=34;SAR=35;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155688;STB=0.508682;STBP=0.849;TYPE=del;VARB=-0.00711853;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446541:69:160:71:159:88:35:36:42:46:99:88:34:35:42:46 chr20 48569278 . T C 758.28 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00516901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.72;QD=21.6653;RBI=0.0153437;REFB=-0.00475046;REVB=0.0144468;RO=67;SAF=39;SAR=34;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493984;STB=0.527123;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00395488;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:67:73:73:0.521429:34:39:32:35:34:39:32:35 chr20 48700947 . T C 450.23 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0288099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.443;QD=15.9374;RBI=0.0308539;REFB=0.012693;REVB=0.0110433;RO=63;SAF=24;SAR=26;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051478;STB=0.528773;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0138618;OID=.;OPOS=48700947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:26:24:27:36:26:24:27:36 chr20 48713049 . G A 382.84 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00977383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.327;QD=52.8061;RBI=0.00990935;REFB=-0.152896;REVB=0.00163326;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000175126;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:0:1 chr20 48729677 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000722312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.304;QD=50.4135;RBI=0.0218088;REFB=0;REVB=0.0217969;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65149e-05;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr20 48746189 . C T 508.94 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0629361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.206;QD=20.773;RBI=0.0629392;REFB=-0.0158935;REVB=0.00062111;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654039;STB=0.540749;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0157073;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:49:48:49:0.5:23:25:22:27:23:26:22:27 chr20 49196284 . C T 111.11 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0430139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.585;QD=18.5179;RBI=0.0481621;REFB=-0.00748127;REVB=0.0216655;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398568;STB=0.726372;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0190862;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:2:9:4:9:2:9 chr20 49214156 . A G 557.27 PASS AF=0.593023;AO=48;DP=84;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0012197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.165;QD=25.9196;RBI=0.00449207;REFB=-0.0259044;REVB=-0.00432331;RO=33;SAF=27;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012878;STB=0.509221;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0159077;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:33:35:48:51:0.593023:21:27:18:15:23:28:20:15 chr20 49367076 . T G 1895.82 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.426;QD=61.6526;RBI=0.064106;REFB=0;REVB=0.0556567;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138134;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:65:58:0:0:65:58:0:0 chr20 49369006 . A G 1697.32 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6986;QD=59.5552;RBI=0.0422385;REFB=0.0246447;REVB=0.0389856;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959154;STB=0.50505;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=1.39374e-05;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:64:49:1:0:64:49:1:0 chr20 49369591 . ATTTTTAC ATTTTAC,ATTTTACT,ATTTTATC,TATTTTAC 44.37 PASS AF=0.18,0,0.04,0.04;AO=7,3,4,6;DP=53;FAO=9,0,2,2;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=3,0,2,0;FSAR=6,0,0,2;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00255905,-0.058913,-0.0698159,0.012961;FXX=0.0740604;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,3,2,2;MLLD=11.8379,41.5319,140.04,22.3013;QD=3.54972;RBI=0.0971832,0.119007,0.074382,0.0779203;REFB=-0.125938,-0.0403497,-0.0152381,-0.0607447;REVB=-0.0971495,-0.103401,-0.0256598,-0.0768348;RO=25;SAF=1,0,4,0;SAR=6,3,0,6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.569946,-0.630762,0.580471,-0.738992;STB=0.584422,0.5,0.99542,0.994162;STBP=0.681,1,0.11,0.206;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.130434,0,0.0659643,0.145188;OID=.,.,.,.;OPOS=49369592,49369596,49369596,49369591;OREF=T,TAC,TA,AT;OALT=-,ACT,AT,TA;OMAPALT=ATTTTAC,ATTTTACT,ATTTTATC,TATTTTAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:53:50:25:37:7,3,4,6:9,0,2,2:0.18,0,0.04,0.04:6,3,0,6:1,0,4,0:16:9:6,0,0,2:3,0,2,0:16:21 chr20 49369613 . T TC 490.4 PASS AF=0.86;AO=27;DP=72;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00711224;FXX=0.122785;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.442;QD=39.2317;RBI=0.0328022;REFB=0.00369449;REVB=0.0320218;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148735;STB=0.50638;STBP=0.881;TYPE=ins;VARB=-0.00125493;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.86:27:72:43:50:7:14:29:2:5:43:42:12:15:13:29 chr20 49369614 . T C 198.33 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0011594;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=107.445;QD=11.1736;RBI=0.0274913;REFB=-0.0159458;REVB=0.0274668;RO=45;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125032;STB=0.567618;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00933678;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:18:7:17:28:18:7:17:29 chr20 49434829 . T TGCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG 58.07 PASS AF=0.1875;AO=8;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.01045;FXX=0;HRUN=1;LEN=21;MLLD=309.22;QD=4.83954;RBI=0.0112916;REFB=-0.0112017;REVB=0.00427771;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122376;STB=0.549655;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=0.0422725;OID=.;OPOS=49434830;OREF=-;OALT=GCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG;OMAPALT=TGCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:8:49:9:48:39:5:4:24:15:58:40:4:4:24:16 chr20 49620783 . G T 741.48 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.809;QD=61.79;RBI=0.0862959;REFB=-0.0545962;REVB=-0.00145432;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184133;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:1:0:47:48:1:33:14:1:0:33:15:0:0 chr20 50139819 . TGG TGC,TG 76.45 PASS AF=0.352941,0.294118;AO=4,5;DP=16;FAO=6,5;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2,3;FSAR=4,2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.011651,-0.0239826;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=241.167,8.22833;QD=17.9873;RBI=0.0819057,0.292937;REFB=-0.0339147,-0.156527;REVB=-0.0810728,-0.291954;RO=5;SAF=2,3;SAR=2,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.268008,0.317065;STB=0.599699,0.723349;STBP=0.621,0.278;TYPE=snp,del;VARB=0.00242747,0.219296;OID=.,.;OPOS=50139821,50139820;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TGC,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.352941,0.294118:4,5:16:6,5:17:6:2,3:4,2:1:5:37:5:2,3:2,2:1:4 chr20 50287736 . C T 1399.58 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.18;QD=61.5198;RBI=0.0639781;REFB=-0.0380812;REVB=0.0627667;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276266;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:91:1:0:87:91:1:41:46:0:1:44:47:0:0 chr20 50287790 . A G 929.52 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0215122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9125;QD=55.494;RBI=0.0278609;REFB=-0.0369257;REVB=0.0177047;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000522311;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:33:32:0:0:33:32:0:2 chr20 50407162 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.155;QD=55.0987;RBI=0.0375058;REFB=0;REVB=0.00700177;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366432;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr20 50407502 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.007;QD=59.4357;RBI=0.0172239;REFB=0;REVB=0.00656702;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09715e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr20 50408482 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.636;QD=57.1774;RBI=0.0143406;REFB=0;REVB=0.00523197;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89696e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:21:30:0:0 chr20 51218359 . C T 852.27 PASS AF=0.524691;AO=85;DP=162;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00912511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.296;QD=21.0438;RBI=0.013091;REFB=-0.00196011;REVB=0.00938654;RO=76;SAF=44;SAR=41;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530176;STB=0.525635;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0017982;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:76:77:85:85:0.524691:41:44:44:32:41:44:44:33 chr20 51870849 . T C 1524.91 PASS AF=0.981132;AO=101;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.847;QD=57.5439;RBI=0.0309273;REFB=-0.0966736;REVB=0.00841315;RO=1;SAF=37;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126487;STB=0.502963;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00356546;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:101:104:0.981132:64:37:1:0:67:37:1:1 chr20 52192408 . C T 1556.37 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.253;QD=59.8604;RBI=0.0507687;REFB=0;REVB=0.0223278;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180862;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr20 52193368 . C T 1717.87 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018684;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.494;QD=60.8094;RBI=0.0228293;REFB=0;REVB=-0.0131182;RO=0;SAF=43;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179725;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:70:43:0:0:70:43:0:0 chr20 52193660 . G A 837.74 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025288;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.49;QD=57.7752;RBI=0.0329133;REFB=0;REVB=-0.0210667;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75178e-05;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr20 52193698 . G A 750.67 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366016;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.107;QD=63.8869;RBI=0.0406856;REFB=0;REVB=-0.0177663;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81615e-05;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr20 52198340 . T A 940.71 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351087;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.008;QD=58.7943;RBI=0.0394981;REFB=0;REVB=0.0180962;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151627;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr20 52561469 . A G 567.98 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00369384;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.825;QD=15.7773;RBI=0.0123126;REFB=-0.0069875;REVB=0.0117455;RO=83;SAF=38;SAR=23;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987019;STB=0.545248;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00862965;OID=.;OPOS=52561469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:83:83:61:61:0.423611:23:38:44:39:24:37:44:39 chr20 52645166 . A G 865.01 PASS AF=0.530864;AO=83;DP=159;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00104634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6122;QD=21.3584;RBI=0.0253386;REFB=-0.0206717;REVB=-0.025317;RO=74;SAF=44;SAR=39;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607647;STB=0.540376;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0194409;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:74:76:83:86:0.530864:39:44:34:40:39:47:35:41 chr20 52674615 . A G 689.58 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.499;QD=62.6894;RBI=0.0491123;REFB=0;REVB=0.0293295;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273472;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr20 52675188 . G T 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0125313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5644;QD=21.0629;RBI=0.0139582;REFB=0.0463816;REVB=0.00614805;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228217;STB=0.628462;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0415708;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:8:16:10:14:8:16:10:14 chr20 52775528 . C T 393.53 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00127001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.618;QD=19.4333;RBI=0.0360628;REFB=-0.0112222;REVB=-0.0360404;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332749;STB=0.519245;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0114312;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:41:40:40:0.493827:22:18:19:20:22:18:20:21 chr20 52781091 . C T 512.38 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0706961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.077;QD=21.5737;RBI=0.0801838;REFB=-0.0109168;REVB=0.0378353;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112943;STB=0.567124;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.012102;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:46:49:49:0.515789:26:23:27:18:26:23:28:18 chr20 52786219 . G A 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00666343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.969;QD=25.4019;RBI=0.0127206;REFB=-0.0196945;REVB=0.0108357;RO=21;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703011;STB=0.53863;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0147892;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:24:10:8:13:24:10:8:13 chr20 54961463 . T C 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.716;QD=61.8507;RBI=0.0243938;REFB=0;REVB=0.0237833;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42539e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr20 55033476 . C G 262.11 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.004338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7916;QD=25.5718;RBI=0.0273306;REFB=-0.0123026;REVB=0.0269842;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16197;STB=0.589986;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00602849;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:7:10:9:15:7:10 chr20 55033635 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0108871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.096;QD=19.1802;RBI=0.0193718;REFB=-0.019773;REVB=0.016023;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256042;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.025778;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:6:7:2:8:6:7:3:8 chr20 55033647 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0219537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.941;QD=15.5713;RBI=0.0292848;REFB=-0.0386959;REVB=0.0193812;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262014;STB=0.650906;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0347145;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:3:9:5:6:3:9 chr20 55033713 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00215799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.656;QD=20.838;RBI=0.00910875;REFB=-0.0324884;REVB=0.00884943;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0134683;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr20 55066713 . C T 673.88 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0115265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.641;QD=27.2276;RBI=0.0154711;REFB=-0.0240322;REVB=0.0103197;RO=38;SAF=30;SAR=29;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318173;STB=0.526902;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0152015;OID=.;OPOS=55066713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:40:59:59:0.59596:29:30:21:17:29:30:23:17 chr20 55070268 . A T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0417771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5364;QD=12.1822;RBI=0.041784;REFB=-0.00462416;REVB=-0.00075684;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101015;STB=0.559882;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00415387;OID=.;OPOS=55070268;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:9:6:5:5:9:6 chr20 55072459 . AAT AA,A 40.27 PASS AF=0,0.4375;AO=2,5;DP=16;FAO=0,7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00461739,-0.091326;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.3309,20.3024;QD=10.0663;RBI=0.325076,0.163184;REFB=-0.121893,-0.121518;REVB=-0.325044,-0.135235;RO=6;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524163,0.369772;STB=0.5,0.691862;STBP=1,0.276;TYPE=del,del;VARB=0.00144657,0.157882;OID=.,.;OPOS=55072461,55072460;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4375:2,5:16:0,7:16:9:0,3:0,4:1:8:37:6:0,3:2,2:1:5 chr20 55072470 . TTA T,TT,TTG 250.16 PASS AF=0,1,0;AO=2,6,11;DP=20;FAO=0,20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911975,-0.0113161,-0.0119549;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=126.791,137.545,131.452;QD=50.0319;RBI=0.0841115,0.0829671,0.0523935;REFB=0,0,0;REVB=0.0836157,0.0821917,0.0510113;RO=0;SAF=0,3,1;SAR=2,3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00115205,-0.0189027;OID=.,.,.;OPOS=55072471,55072472,55072472;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=T,TT,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,6,11:20:0,20,0:20:0:0,4,0:0,16,0:0:0:4:0:0,3,1:2,3,10:0:0 chr20 55088404 . A G 715.58 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142583;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.284;QD=57.2467;RBI=0.0221953;REFB=0;REVB=0.0170098;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147962;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr20 55263544 . AGT A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866051;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.488;QD=50.4135;RBI=0.020441;REFB=0;REVB=0.0185157;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000156836;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:7:12:0:0:4:0:7:12:0:0 chr20 55263660 . A AG 157.65 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.197953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.59917;QD=25.2238;RBI=0.211905;REFB=0;REVB=-0.0756185;RO=22;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0150721;OID=.;OPOS=55263661;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:25:25:0:12:13:0:0:4:22:3:0:9:13 chr20 55263662 . T G 338.15 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8269;QD=54.1033;RBI=0.0593833;REFB=0;REVB=-0.0330503;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554769;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr20 55748206 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9551;QD=56.9382;RBI=0.0474579;REFB=0;REVB=0.0443811;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261911;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr20 56090807 . A G 114.44 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00842858;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.765;QD=9.73947;RBI=0.0147624;REFB=-0.0109598;REVB=0.0121197;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169736;STB=0.602265;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0208209;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:19:14:8:6:19:14 chr20 56098733 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000351844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.156;QD=62.3507;RBI=0.0365682;REFB=0;REVB=0.0365665;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229011;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr20 56099114 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0253092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.501;QD=13.4556;RBI=0.025519;REFB=-0.0117392;REVB=0.00326516;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.620478;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0157148;OID=.;OPOS=56099114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:5:10:5:6:5:10 chr20 56131216 . A G 276.82 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0322449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9321;QD=18.4544;RBI=0.0694396;REFB=-0.00858743;REVB=-0.061499;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300353;STB=0.516767;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00695211;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:14:16:17:13:14:16:17:13 chr20 56136536 . A G 402.28 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=132;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.00975384;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.426;QD=12.0987;RBI=0.0229763;REFB=-0.000724945;REVB=-0.0208032;RO=80;SAF=21;SAR=27;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23037;STB=0.624372;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00172816;OID=.;OPOS=56136536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:80:85:48:48:0.360902:27:21:52:28:27:21:54:31 chr20 56137895 . G C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7987;QD=62.6688;RBI=0.0429281;REFB=0;REVB=0.0372387;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970163;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr20 56139403 . T C 1325.28 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134735;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4026;QD=62.3662;RBI=0.0172849;REFB=0;REVB=-0.0108274;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468255;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr20 56179422 . C A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.264;QD=44.6852;RBI=0.0924559;REFB=0;REVB=-0.0218546;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876156;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr20 56182296 . A C 1572.48 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.543;QD=62.8992;RBI=0.0292783;REFB=0.00544309;REVB=0.0237381;RO=1;SAF=32;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014591;STB=0.507691;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=3.98161e-05;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:67:32:1:0:67:32:1:0 chr20 56185303 . G A 377.12 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00438477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.909;QD=15.3926;RBI=0.0135103;REFB=-0.0166618;REVB=0.0127789;RO=58;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261742;STB=0.526408;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0244741;OID=.;OPOS=56185303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:57:40:41:0.418367:21:19:29:29:22:19:29:28 chr20 56186884 . T C 1459.2 PASS AF=1;AO=82;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8317;QD=63.4433;RBI=0.153671;REFB=0;REVB=0.0743309;RO=0;SAF=26;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179916;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:82:92:1:56:26:0:0:57:35:0:0 chr20 56190634 . C T 164.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00481544;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.006;QD=19.9381;RBI=0.00663087;REFB=-0.00767039;REVB=0.0045585;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308919;STB=0.662983;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00719769;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:16:17:17:0.515152:9:8:14:3:9:8:13:3 chr20 56227514 . T C 105.37 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0284429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.186;QD=12.7726;RBI=0.0299191;REFB=-0.0171235;REVB=0.00928195;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620182;STB=0.779393;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0193082;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:20:12:13:0.393939:2:10:3:14:3:10:6:14 chr20 56227532 . T C 330.1 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.602;QD=52.8153;RBI=0.0189172;REFB=0;REVB=0.00088886;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742969;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr20 56285540 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.549;QD=58.4196;RBI=0.0102035;REFB=0;REVB=0.00485658;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44287e-05;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr20 56793706 . G A 521.43 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.936;QD=57.937;RBI=0.0380524;REFB=0;REVB=0.000615238;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171414;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:26:10:0:0 chr20 56793764 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.704;QD=60.2302;RBI=0.00818534;REFB=0;REVB=-0.00788573;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41207e-05;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr20 56814892 . G T 990.2 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6206;QD=59.1163;RBI=0.0449104;REFB=0;REVB=0.026829;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102265;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr20 56942082 . A T 622.24 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0192406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.575;QD=18.1676;RBI=0.0194861;REFB=-0.000371121;REVB=0.00308356;RO=73;SAF=37;SAR=27;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273679;STB=0.501519;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000397962;OID=.;OPOS=56942082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:27:37:42:31:27:37:42:31 chr20 56942312 . C T 503.36 PASS AF=0.382166;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=157;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.000440983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.632;QD=12.8245;RBI=0.00301276;REFB=-0.00714818;REVB=0.00298032;RO=97;SAF=24;SAR=36;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234193;STB=0.501326;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0126133;OID=.;OPOS=56942312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:97:60:60:0.382166:36:24:39:58:36:24:39:58 chr20 56942520 . G A 155.52 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00137237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1072;QD=10.9135;RBI=0.0395588;REFB=-0.0216159;REVB=-0.039535;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132527;STB=0.565466;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.034955;OID=.;OPOS=56942520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:37:20:20:0.350877:11:9:12:24:11:9:13:24 chr20 56942557 . A G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0142542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.854;QD=18.9016;RBI=0.0198642;REFB=0.0125265;REVB=-0.0138349;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161249;STB=0.589423;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00572128;OID=.;OPOS=56942557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:18:16:10:24:18:16:10:24 chr20 57020556 . G C 586.67 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0325753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.464;QD=19.7199;RBI=0.0325922;REFB=-0.0103738;REVB=0.00104877;RO=59;SAF=29;SAR=31;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833757;STB=0.545973;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0076875;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:31:29:34:25:31:29:34:25 chr20 57478807 . C T 747.81 PASS AF=0.59322;AO=70;DP=118;FAO=70;FDP=118;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0583255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3229;QD=25.3496;RBI=0.0607106;REFB=-0.0080018;REVB=0.0168497;RO=48;SAF=28;SAR=42;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449542;STB=0.524468;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00510587;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:48:48:70:70:0.59322:42:28:22:26:42:28:22:26 chr20 57571763 . A G 1319.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.131;QD=61.3753;RBI=0.0667312;REFB=0;REVB=-0.00957954;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471178;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:53:27:0:0:53:33:0:0 chr20 57572675 . A G,T 675.68 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176044,0.0151373;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.453,145.695;QD=61.4252;RBI=0.0252177,0.0201719;REFB=0,0;REVB=0.018056,0.0133329;RO=0;SAF=21,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00176081,0.0968702;OID=.,.;OPOS=57572675,57572675;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:21,2:21,0:0:0:21,2:21,0:0:0 chr20 57599016 . T G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.074;QD=57.1981;RBI=0.0222319;REFB=0;REVB=-0.0193031;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5922e-05;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr20 57599402 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0237657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.404;QD=21.9722;RBI=0.0239623;REFB=-0.0127393;REVB=0.00306373;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270386;STB=0.651035;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00781552;OID=.;OPOS=57599402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:6:15:9:14:6:15 chr20 57610059 . C A 210.74 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00782354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.106;QD=14.049;RBI=0.018414;REFB=-0.00544995;REVB=0.0166693;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528278;STB=0.530097;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0095771;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:15:20:13:12:15:20 chr20 57612390 . C G 801.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8038;QD=57.221;RBI=0.0264132;REFB=0;REVB=0.0243028;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272014;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr20 57767043 . G C 1034.6 PASS AF=0.972973;AO=65;DP=68;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0322043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4732;QD=55.9241;RBI=0.194853;REFB=0.0084257;REVB=0.192173;RO=3;SAF=42;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186825;STB=0.511625;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0020359;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:74:3:2:65:72:0.972973:23:42:2:1:30:42:2:0 chr20 57768399 . T C 940.82 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.561;QD=57.8966;RBI=0.027243;REFB=0;REVB=-0.000125256;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60608e-05;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:59:65:1:31:28:0:0:35:30:0:0 chr20 57768607 . G C 117.41 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0258971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.285;QD=21.3476;RBI=0.0293701;REFB=-0.00712725;REVB=0.0138542;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109623;STB=0.5624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00302672;OID=.;OPOS=57768607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:4:5:9:4:4:5 chr20 57768743 . C T 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.018104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3684;QD=10.8219;RBI=0.0462039;REFB=-0.0126509;REVB=0.0425093;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693119;STB=0.541596;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.061741;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:9:14:8:4:9:14 chr20 57769140 . G C 73.6 PASS AF=0.6;AO=5;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0469101;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=74.5338;QD=19.626;RBI=0.206188;REFB=-0.027641;REVB=-0.200781;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.699519;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0184059;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:15:15:2:6:5:9:0.6:3:2:2:0:7:2:4:2 chr20 57829301 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.945;QD=57.3857;RBI=0.0277169;REFB=0;REVB=-0.015307;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135203;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr20 57833518 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0183052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.054;QD=21.2676;RBI=0.0192082;REFB=-0.00985751;REVB=-0.00582043;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00858892;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:9:5:7:10:9:5 chr20 57833740 . T C 450.57 PASS AF=0.584416;AO=42;DP=71;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00666159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6853;QD=23.406;RBI=0.0100405;REFB=-0.0171794;REVB=-0.00751237;RO=29;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490521;STB=0.508373;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0157799;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:29:32:42:45:0.584416:22:20:14:15:22:23:17:15 chr20 57834150 . A T 247.45 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0234529;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6432;QD=16.2262;RBI=0.0237006;REFB=-0.0316385;REVB=-0.00341759;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13826;STB=0.576198;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0299133;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:33:28:28:0.459016:15:13:19:12:15:13:20:13 chr20 57875916 . G A 736.62 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00663968;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.194;QD=19.2579;RBI=0.0454403;REFB=-0.0106366;REVB=0.0449525;RO=77;SAF=35;SAR=41;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302212;STB=0.516654;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0144396;OID=.;OPOS=57875916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:77:77:76:76:0.496732:41:35:38:39:41:35:38:39 chr20 58342372 . G A 474.04 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0214264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2447;QD=23.1241;RBI=0.0261056;REFB=1.28665e-05;REVB=-0.0149135;RO=35;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123288;STB=0.564075;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000764688;OID=.;OPOS=58342372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:35:36:45:46:0.560976:24:21:11:24:24:22:12:24 chr20 60293919 . C A 1510.76 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3449;QD=63.611;RBI=0.0416723;REFB=0;REVB=0.00752968;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317996;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:37:58:0:0:37:58:0:0 chr20 60294279 . A G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0145869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.472;QD=24.2036;RBI=0.0158964;REFB=-0.00928424;REVB=0.00631809;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140939;STB=0.578859;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00393169;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:7:5:11:7:7:5 chr20 60294388 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0180842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.459;QD=16.1989;RBI=0.0545373;REFB=-0.0113888;REVB=-0.0514517;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00159254;OID=.;OPOS=60294388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr20 60503350 . A G 2800.29 PASS AF=0.983696;AO=181;DP=184;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=105;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0159454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5599;QD=60.8759;RBI=0.0302873;REFB=-0.0414417;REVB=-0.02575;RO=3;SAF=76;SAR=105;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018418;STB=0.509676;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00678295;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:184:184:3:3:181:181:0.983696:105:76:3:0:105:76:3:0 chr20 60509209 . C T 589.84 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0111726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.45;QD=20.1653;RBI=0.0142482;REFB=-0.0219195;REVB=0.00884221;RO=57;SAF=28;SAR=32;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406431;STB=0.522381;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0277761;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:32:28:24:33:32:28:24:33 chr20 60572663 . C A 339.72 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0161833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.396;QD=15.4418;RBI=0.0284036;REFB=-0.0275463;REVB=0.0233423;RO=51;SAF=22;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274468;STB=0.515508;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0503097;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:15:22:29:22:15:22:29:22 chr20 60712511 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.588;QD=61.5362;RBI=0.0129599;REFB=0;REVB=0.0122996;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94601e-05;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr20 60713311 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000951198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5468;QD=60.9786;RBI=0.0416387;REFB=0;REVB=-0.0416279;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074523;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr20 60713332 . A G 353.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2818;QD=54.3726;RBI=0.136688;REFB=0;REVB=0.135892;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178137;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:4:20:0:0:6:20:0:0 chr20 60831300 . G A 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.01175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.118;QD=54.8232;RBI=0.0154551;REFB=0.00977325;REVB=0.0100399;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-7.5167e-05;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:32:18:1:0:32:18:1:0 chr20 60881330 . G A 1607.04 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.381;QD=60.0764;RBI=0.0378815;REFB=0;REVB=0.0375859;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54004e-05;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:54:52:0:0:54:53:0:0 chr20 60881780 . T C 1227.42 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169772;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8847;QD=61.3709;RBI=0.0252033;REFB=0;REVB=0.0186274;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145069;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:45:35:0:0 chr20 60892526 . A G 1592.26 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188837;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.893;QD=60.0852;RBI=0.0221997;REFB=0;REVB=0.0116719;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.636e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr20 60895697 . C T 694.47 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786514;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.612;QD=61.7303;RBI=0.087309;REFB=0;REVB=0.0379053;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129872;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:31:12:0:0:32:13:0:0 chr20 60897488 . G A 1235.47 PASS AF=1;AO=69;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.096;QD=61.0107;RBI=0.163251;REFB=0;REVB=0.118547;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246458;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:69:81:1:40:29:0:0:48:33:0:0 chr20 60897772 . T C 1981.75 PASS AF=0.992366;AO=110;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0177414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2851;QD=60.5113;RBI=0.0282412;REFB=-0.0601766;REVB=0.0219728;RO=1;SAF=70;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673428;STB=0.503144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000501409;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:110:130:0.992366:40:70:1:0:51:79:1:0 chr20 60897773 . G C 74.55 PASS AF=0.125;AO=15;DP=134;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=-0.0149042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.9028;QD=2.19265;RBI=0.0288657;REFB=-0.0383585;REVB=0.0247203;RO=118;SAF=8;SAR=7;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117443;STB=0.589373;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0298451;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:134:136:118:119:15:17:0.125:7:8:74:44:8:9:75:44 chr20 60899182 . C T 948.12 PASS AF=0.984848;AO=49;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220731;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4218;QD=57.4618;RBI=0.0400916;REFB=-0.116092;REVB=0.0334681;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000626239;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:0:1:49:65:0.984848:22:27:0:0:32:33:0:1 chr20 60900481 . A G 2055.24 PASS AF=0.992593;AO=124;DP=126;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1858;QD=60.8961;RBI=0.0813182;REFB=-0.0527359;REVB=0.0777093;RO=2;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126669;STB=0.502994;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00329528;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:135:2:1:124:134:0.992593:74:50:0:2:83:51:0:1 chr20 60900579 . C A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0123;QD=60.0302;RBI=0.0234781;REFB=0;REVB=0.00942917;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189139;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr20 60903419 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4993;QD=57.7113;RBI=0.0431663;REFB=0;REVB=0.0427908;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369637;OID=.;OPOS=60903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr20 60904853 . T C 736.3 PASS AF=0.681319;AO=61;DP=91;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.00066252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.219;QD=32.3649;RBI=0.00759396;REFB=-0.0217434;REVB=0.00756501;RO=29;SAF=26;SAR=35;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236051;STB=0.628013;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0159957;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:29:29:61:62:0.681319:35:26:24:5:36:26:24:5 chr20 60904854 . G C 229.97 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.000536646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1278;QD=10.1087;RBI=0.0288501;REFB=-0.0731649;REVB=-0.0288451;RO=62;SAF=24;SAR=5;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50382;STB=0.79719;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.131686;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:5:24:26:36:5:24:26:36 chr20 60905878 . A G 191.19 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.026;QD=47.7984;RBI=0.10563;REFB=0;REVB=0.100605;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137301;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr20 60907446 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.09;QD=60.3767;RBI=0.0705436;REFB=0;REVB=0.0596879;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151474;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr20 60907675 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.699;QD=60.9764;RBI=0.0397667;REFB=0;REVB=0.00953784;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100644;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr20 60908964 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00104481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.329;QD=39.318;RBI=0.10393;REFB=-0.0369823;REVB=0.103924;RO=1;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394551;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00336424;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:2:11:1:0:2:11:1:0 chr20 60908969 . T C 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00715576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7891;QD=44.0916;RBI=0.027678;REFB=-0.0604791;REVB=-0.026737;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339667;STB=0.518497;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00218474;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:4:13:1:0:4:13:1:0 chr20 60909059 . CA C,CG 699.7 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=5,39;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000609271,0.00178238;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.71,223.477;QD=62.1953;RBI=0.016019,0.012524;REFB=0,0;REVB=-0.0160074,-0.0123965;RO=0;SAF=2,24;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0110467,0.00107611;OID=.,.;OPOS=60909060,60909060;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:5,39:45:1,44:45:0:1,26:0,18:0:0:5:0:2,24:3,15:0:0 chr20 60912683 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.902;QD=64.1528;RBI=0.0914673;REFB=0;REVB=-0.0866879;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919386;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr20 60913127 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.331;QD=64.1512;RBI=0.0228778;REFB=0;REVB=-0.00147634;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171062;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr20 60921643 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.547;QD=50.4129;RBI=0.0992843;REFB=0;REVB=0.0963312;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133009;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr20 60927349 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.692;QD=60.0308;RBI=0.0234913;REFB=0;REVB=0.00104275;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02979e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr20 60966318 . G T 709.56 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.482;QD=63.0715;RBI=0.0714481;REFB=0;REVB=0.0234025;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712954;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:16:27:0:0:16:29:0:0 chr20 60968596 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.168;QD=58.9608;RBI=0.0319669;REFB=0;REVB=0.013302;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21745e-05;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr20 60986019 . A C 942.82 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320681;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.776;QD=58.9261;RBI=0.0355419;REFB=0;REVB=0.0153253;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21543e-05;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr20 61143487 . T C 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0220579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.981;QD=13.2237;RBI=0.024388;REFB=-0.00533828;REVB=0.0104031;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140037;STB=0.57993;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00675284;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:19:16:34:24:19:16:34:24 chr20 61162267 . T C 45.97 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00464027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9217;QD=9.19434;RBI=0.0365963;REFB=-0.00873607;REVB=-0.0363009;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476186;STB=0.529329;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.019217;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:8:5:3:4:8:5 chr20 61273578 . C T 359.35 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=44;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0669011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.619;QD=31.9418;RBI=0.0669047;REFB=-0.0385055;REVB=0.000693016;RO=15;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412042;STB=0.522373;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0356192;OID=.;OPOS=61273578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:15:28:30:0.666667:15:13:6:9:16:14:6:9 chr20 61273640 . G C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0347527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.254;QD=30.5927;RBI=0.0362676;REFB=-0.0516254;REVB=0.0103724;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0110688;OID=.;OPOS=61273640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:6:4:1:1:6:4:1:1 chr20 61326380 . C T 935.56 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.881;QD=58.4726;RBI=0.0417696;REFB=0;REVB=0.0378222;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126033;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr20 61431614 . T A 401.49 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00576348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.52;QD=18.8935;RBI=0.0341917;REFB=-0.00238962;REVB=0.0337024;RO=44;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13865;STB=0.577461;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0043983;OID=.;OPOS=61431614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:28:13:20:24:28:13:20:24 chr20 61448933 . C A 464.68 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00648745;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.832;QD=18.4032;RBI=0.0199565;REFB=-0.00508561;REVB=0.0188726;RO=50;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155632;STB=0.595467;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00299573;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:50:52:49:49:0.485149:21:28:20:30:21:28:20:32 chr20 61448969 . C T 411.45 PASS AF=0.525641;AO=32;DP=76;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00488527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.828;QD=21.1;RBI=0.00629785;REFB=-0.033711;REVB=-0.00397455;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237455;STB=0.614135;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0152229;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:32:37:32:41:0.525641:18:14:6:26:20:21:10:27 chr20 61467800 . A G 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0393132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.769;QD=21.3877;RBI=0.0393219;REFB=-0.0052744;REVB=-0.00082623;RO=26;SAF=9;SAR=24;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344703;STB=0.533313;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00261288;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:24:9:8:18:24:9:9:18 chr20 61468571 . T C 4598.46 PASS AF=1;AO=271;DP=271;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325114;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.674;QD=61.3128;RBI=0.0361848;REFB=-0.0229464;REVB=0.0158853;RO=0;SAF=160;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48667e-05;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:271:300:0:0:271:300:1:111:160:0:0:124:176:0:0 chr20 61512581 . TCCCCCT TCCCC,TCCCCT 95.23 PASS AF=0,0.538462;AO=6,17;DP=55;FAO=0,28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=0,10;FSAR=0,18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.087787,0.0472892;FXX=0.0370302;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=182.652,9.94253;QD=7.32546;RBI=0.0897375,0.0615858;REFB=-0.00814309,-0.11643;REVB=-0.018608,-0.0394531;RO=27;SAF=4,2;SAR=2,15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261551,-0.463916;STB=0.5,0.51204;STBP=1,0.898;TYPE=del,del;VARB=0,0.125314;OID=.,.;OPOS=61512586,61512582;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.538462:6,17:55:0,28:52:24:0,10:0,18:8:16:86:27:4,2:2,15:12:15 chr20 61512606 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.519;QD=62.0211;RBI=0.0632046;REFB=0;REVB=0.00851598;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465249;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr20 61528074 . T C 2197.75 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.032;QD=63.2446;RBI=0.0765907;REFB=0;REVB=0.0644223;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133072;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:81:58:0:0:81:58:0:0 chr20 61536938 . G A 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.053;QD=63.8677;RBI=0.0613724;REFB=0;REVB=0.0607515;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225077;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr20 61594679 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.432;QD=62.3509;RBI=0.0271291;REFB=0;REVB=0.0265203;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19793e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr20 61595636 . C T 728.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.657;QD=57.1559;RBI=0.02006;REFB=0;REVB=0.00467376;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212952;OID=.;OPOS=61595636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 1042.33 PASS AF=1,0;AO=65,3;DP=71;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276667,0.0785469;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=30.9254,15.1927;QD=58.723;RBI=0.0289446,0.0851229;REFB=0,0;REVB=0.00850531,-0.032807;RO=0;SAF=26,1;SAR=39,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.10038e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000627201,0;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:65,3:71:71,0:71:0:29,0:42,0:0:0:6:0:26,1:39,2:0:0 chr20 61834695 . G A 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0109009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7248;QD=13.7847;RBI=0.0128448;REFB=-0.02463;REVB=-0.00679409;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26544;STB=0.650862;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0449463;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:10:23:10:13:10:23 chr20 61869826 . C T 459.14 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00336202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7918;QD=20.87;RBI=0.00722411;REFB=-0.00804153;REVB=-0.00639411;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11562;STB=0.568647;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00413896;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:22:23:27:15:22:23:28:15 chr20 61870727 . G C 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000310179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.108;QD=26.0487;RBI=0.0252724;REFB=-0.0118588;REVB=0.0252705;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198498;STB=0.611467;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00884074;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:4:1:7:5:4:1 chr20 61873080 . T A 156.47 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0587052;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.672;QD=22.3534;RBI=0.0612745;REFB=-0.0234205;REVB=-0.0175576;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104792;STB=0.558753;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.016402;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:3:9:10:6:3:9 chr20 61880169 . T G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0582176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.972;QD=15.2625;RBI=0.0582369;REFB=-0.00211681;REVB=0.0015011;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0025211;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:16:13:13:0.448276:8:5:5:7:8:5:7:9 chr20 61881296 . A G 1250.03 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0029294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.35;QD=60.2424;RBI=0.0114959;REFB=-0.0367312;REVB=0.0111164;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000342114;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:39:43:0:0:39:43:0:1 chr20 61912715 . T C 285.81 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.040555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.208;QD=23.8172;RBI=0.0409459;REFB=-0.0226394;REVB=-0.00564376;RO=22;SAF=18;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31204;STB=0.655506;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.032407;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:7:18:8:14:8:18:8:14 chr20 61918164 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.866;QD=48.7373;RBI=0.0119963;REFB=0;REVB=0.0108014;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54703e-05;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr20 61938843 . C A 207.87 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00624438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.046;QD=17.6911;RBI=0.0110526;REFB=-0.00326274;REVB=-0.00911964;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187494;STB=0.599898;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00350451;OID=.;OPOS=61938843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:16:5:10:15:16:5:10:16 chr20 61941747 . A G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5635;QD=57.1731;RBI=0.0273141;REFB=0;REVB=0.0141675;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102292;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr20 61951489 . G C 278.44 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0789332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9626;QD=48.424;RBI=0.0820236;REFB=-0.00433306;REVB=0.0223027;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182729;STB=0.599895;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00144072;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:20:2:1:0:20:2:1:0 chr20 61981536 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2464;QD=57.2023;RBI=0.024134;REFB=0;REVB=-0.0228769;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457322;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr20 61981554 . C A 139.84 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0254635;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1052;QD=14.3421;RBI=0.0391375;REFB=-0.0374849;REVB=0.0297212;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194421;STB=0.60857;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0229759;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:23:15:16:0.410256:6:9:17:5:7:9:17:6 chr20 61982085 . A G 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.347;QD=63.7514;RBI=0.0209098;REFB=0;REVB=-0.0187062;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86792e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr20 61982124 . A G 546.43 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00407845;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.396;QD=23.0076;RBI=0.0167418;REFB=-0.0290547;REVB=-0.0162374;RO=44;SAF=26;SAR=25;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846978;STB=0.546561;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0248826;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:25:26:18:26:25:26:18:26 chr20 61986863 . C G 106.58 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0211555;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.208;QD=11.2192;RBI=0.0290126;REFB=-0.00924464;REVB=-0.0198538;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809768;STB=0.510622;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0184361;OID=.;OPOS=61986863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:12:13:0.342105:4:8:15:10:5:8:15:10 chr20 61986949 . T C 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0163402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.765;QD=14.3318;RBI=0.0398943;REFB=-0.0268251;REVB=-0.0363944;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0426472;OID=.;OPOS=61986949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr20 61990939 . G A 274.23 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.013909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.344;QD=17.6921;RBI=0.0564271;REFB=-0.0217585;REVB=0.054686;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816066;STB=0.552596;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0238159;OID=.;OPOS=61990939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:17:12:16:16:18:12:16:16 chr20 62038275 . GGT GGG,GG,G 2865.94 PASS AF=0.0245098,0.970588,0.00490196;AO=72,54,52;DP=207;FAO=5,198,1;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=0,82,0;FSAR=5,116,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.528771,-0.0396127,0.485357;FXX=0.0144921;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=12.1855,21.3277,7.54466;QD=56.1948;RBI=0.568939,0.0506229,0.541657;REFB=0,0,0;REVB=0.209982,-0.03152,-0.24046;RO=0;SAF=64,0,0;SAR=8,54,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0336406,-0.000116332,-0.0357443;OID=.,.,.;OPOS=62038277,62038277,62038276;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGG,GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0245098,0.970588,0.00490196:72,54,52:207:5,198,1:204:0:0,82,0:5,116,1:0:0:7:0:64,0,0:8,54,52:0:0 chr20 62070966 . G A 1319.15 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.405;QD=62.0778;RBI=0.0516763;REFB=0;REVB=0.0508656;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67671e-05;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:35:44:0:0:41:44:0:0 chr20 62126185 . A G 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9078;QD=62.1603;RBI=0.0726774;REFB=0;REVB=-0.0695748;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714064;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr20 62127296 . C T 615.07 PASS AF=0.516667;AO=61;DP=119;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0126323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.843;QD=20.5022;RBI=0.0201063;REFB=-0.0173923;REVB=0.0156425;RO=57;SAF=25;SAR=36;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103374;STB=0.556079;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.016111;OID=.;OPOS=62127296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:57:58:61:62:0.516667:36:25:30:27:36:26:31:27 chr20 62127326 . G A 492.47 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0107811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0787;QD=18.5837;RBI=0.0260152;REFB=-0.0199942;REVB=0.0236761;RO=54;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102275;STB=0.556582;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0235683;OID=.;OPOS=62127326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:26:26:21:33:26:26:21:33 chr20 62172219 . G A 1619.69 PASS AF=0.990909;AO=103;DP=104;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.626;QD=58.8978;RBI=0.0975721;REFB=-0.0306981;REVB=0.0963382;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.503936;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000704375;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:110:0:1:103:109:0.990909:59:44:0:0:63:46:0:1 chr20 62173562 . G T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.936;QD=62.4651;RBI=0.0111186;REFB=0;REVB=0.0102148;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71234e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chr20 62174724 . G A 740.37 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7736;QD=56.9514;RBI=0.140094;REFB=0;REVB=0.136713;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168395;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:24:25:0:0:27:25:0:0 chr20 62187187 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.872;QD=58.1419;RBI=0.0508788;REFB=0;REVB=0.0351421;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378886;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr20 62187439 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.794;QD=55.0986;RBI=0.0257066;REFB=0;REVB=0.0228266;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216475;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr20 62191321 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000995948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.18;QD=60.2306;RBI=0.0355428;REFB=0;REVB=0.0355288;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177133;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr20 62191558 . G A 458.22 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9747;QD=57.2774;RBI=0.0711936;REFB=0;REVB=0.0298999;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330443;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:22:10:0:0 chr20 62193019 . C T 557.88 PASS AF=1;AO=24;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677831;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.349;QD=57.2179;RBI=0.0760965;REFB=0;REVB=0.0757941;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412083;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:24:39:1:8:16:0:0:23:16:0:0 chr20 62193445 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.361;QD=56.9373;RBI=0.015995;REFB=0;REVB=-0.000872603;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33952e-05;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr20 62194030 . G C 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.298;QD=63.3384;RBI=0.0274159;REFB=0;REVB=0.0190576;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06725e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr20 62194103 . A G 1109.82 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.945;QD=59.9903;RBI=0.0488694;REFB=0;REVB=0.0397743;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19846e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:39:33:0:0:39:35:0:0 chr20 62195220 . C T 545.3 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00736751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.7303;QD=57.3996;RBI=0.0222523;REFB=-0.165875;REVB=0.0209972;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00155209;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:1:0 chr20 62195672 . C T 620.03 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.218;QD=60.4902;RBI=0.0713458;REFB=0;REVB=0.0573941;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992033;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:19:22:0:0 chr20 62196033 . C T 1008.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9967;QD=59.298;RBI=0.0621019;REFB=0;REVB=-0.00721613;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391869;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr20 62196182 . G C 779.51 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3102;QD=63.6333;RBI=0.0750214;REFB=0;REVB=0.0397567;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963265;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:32:15:0:0:33:16:0:0 chr20 62196807 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.912;QD=57.3858;RBI=0.0569992;REFB=0;REVB=0.0515124;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314771;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr20 62196884 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.567;QD=60.8835;RBI=0.0173571;REFB=0;REVB=-0.0116942;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77015e-06;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr20 62198348 . C T 1337.07 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.628;QD=62.1892;RBI=0.0537531;REFB=0;REVB=0.0279524;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39165e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:50:35:0:0:51:35:0:0 chr20 62198662 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.254;QD=59.4334;RBI=0.0310258;REFB=0;REVB=-0.0245013;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348868;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chr20 62200575 . TG CA 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185044;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.089;QD=63.8843;RBI=0.045087;REFB=0;REVB=0.0411148;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000308075;OID=.;OPOS=62200575;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr20 62200860 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.296;QD=60.0304;RBI=0.0786136;REFB=0;REVB=0.0396501;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290656;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr20 62221364 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.771;QD=54.5144;RBI=0.0415856;REFB=0;REVB=0.0268473;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322873;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr20 62221610 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.669;QD=62.6145;RBI=0.0178613;REFB=0;REVB=-0.00821318;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59385e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr20 62221766 . C T 449.02 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00169318;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.594;QD=52.8257;RBI=0.0339883;REFB=0.0400577;REVB=0.0339461;RO=2;SAF=19;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466437;STB=0.524985;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00247761;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:13:19:2:0:13:19:2:0 chr20 62227081 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.572;QD=62.0197;RBI=0.0152104;REFB=0;REVB=0.0140997;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012851;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr20 62236148 . T C 756.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.635;QD=57.1283;RBI=0.128677;REFB=0;REVB=0.125109;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405676;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:23:25:0:0:28:25:0:0 chr20 62324289 . C T 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6446;QD=59.8644;RBI=0.0581131;REFB=0;REVB=0.0576327;RO=0;SAF=71;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030042;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:33:71:0:0:33:71:0:0 chr20 62328267 . C T 1460.45 PASS AF=0.990476;AO=99;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309293;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8806;QD=55.6361;RBI=0.0310561;REFB=-0.124685;REVB=-0.00280359;RO=4;SAF=43;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235551;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00238767;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:105:4:1:99:104:0.990476:56:43:3:1:56:48:0:1 chr20 62328375 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.999;QD=61.8525;RBI=0.00848582;REFB=0;REVB=-0.00686695;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8473e-06;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr20 62328453 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.532;QD=61.536;RBI=0.030925;REFB=0;REVB=0.0179454;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4819e-05;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr20 62328742 . C T 511.6 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.249;QD=58.4684;RBI=0.0324839;REFB=0;REVB=0.0173802;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230419;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:20:12:0:0:21:14:0:0 chr20 62328829 . C G 879.43 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.284;QD=54.9645;RBI=0.0371829;REFB=-0.237156;REVB=0.0122615;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00230106;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:0:2:61:62:0.96875:34:27:0:0:34:28:1:1 chr20 62331989 . T G 972.71 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4245;QD=58.9521;RBI=0.0679206;REFB=0;REVB=-0.000270612;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482792;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr20 62332641 . T C 1530.43 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.597;QD=63.7681;RBI=0.0444736;REFB=0;REVB=0.0283497;RO=0;SAF=29;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78569e-05;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:66:29:0:0:67:29:0:0 chr20 62340115 . C G 757.27 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.828;QD=63.106;RBI=0.0223804;REFB=0;REVB=0.0179888;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108859;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr20 62372813 . G A 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.536;QD=60.9141;RBI=0.0318394;REFB=-0.0471857;REVB=0.0066583;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00040066;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:47:39:1:0:47:39:1:0 chr20 62421622 . A G 664.17 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=-0.0184121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.213;QD=17.364;RBI=0.0278291;REFB=-0.0134578;REVB=0.0208675;RO=80;SAF=37;SAR=34;SRF=23;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222561;STB=0.621362;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0147914;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:82:71:71:0.464052:34:37:23:57:34:37:24:58 chr20 62422080 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0207915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.801;QD=11.4398;RBI=0.0609278;REFB=-0.00920878;REVB=-0.0572704;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44622;STB=0.777026;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0131249;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:6:8:8:1:6:8 chr20 62522466 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.644;QD=55.0984;RBI=0.032923;REFB=0;REVB=0.0171072;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328515;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr20 62540460 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.303;QD=56.1915;RBI=0.0390214;REFB=0;REVB=0.0182415;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251242;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr20 62576991 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0203611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.297;QD=18.2899;RBI=0.0218835;REFB=-0.00699118;REVB=0.00801973;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470475;STB=0.526299;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00824648;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:12:20:19:14:12:20:19:14 chr20 62595169 . A G 323.36 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0169866;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.822;QD=14.0591;RBI=0.0171421;REFB=-0.00882138;REVB=-0.00230394;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241182;STB=0.641589;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0180423;OID=.;OPOS=62595169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:22:14:34:21:22:14:35:21 chr20 62597694 . T G 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00837021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.815;QD=13.305;RBI=0.0122306;REFB=-0.00791236;REVB=-0.00891783;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157505;STB=0.584562;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0137163;OID=.;OPOS=62597694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:12:20:24:26:12:20:25:26 chr20 62598815 . C T 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.010146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.967;QD=20.8551;RBI=0.0147081;REFB=-0.0129085;REVB=0.0106483;RO=39;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291324;STB=0.516121;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0115704;OID=.;OPOS=62598815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:24:18:18:21:24:18:18:21 chr20 62607160 . C T 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0252717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.149;QD=18.1142;RBI=0.0378717;REFB=-0.00703614;REVB=0.0282065;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292454;STB=0.666481;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00846343;OID=.;OPOS=62607160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:7:13:6:12:7:13 chr20 62609670 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0190161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.07;QD=19.6971;RBI=0.0330513;REFB=-0.0601475;REVB=-0.0270328;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19093;STB=0.607914;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0439064;OID=.;OPOS=62609670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:13:8:13:9:13:8:13:9 chr20 62612675 . G A 308.18 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0250765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.783;QD=20.8936;RBI=0.0344004;REFB=-0.0100957;REVB=-0.0235489;RO=25;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111845;STB=0.584241;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0092097;OID=.;OPOS=62612675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:27:32:32:0.542373:10:22:14:11:10:22:14:13 chr20 62703490 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0268869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.349;QD=15.1662;RBI=0.0521368;REFB=-0.00559629;REVB=0.0446693;RO=30;SAF=17;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162088;STB=0.592938;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00749518;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:6:17:18:12:6:17:18:12 chr20 62714783 . C G 776.54 PASS AF=0.448087;AO=82;DP=184;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=60;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.0141066;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.311;QD=16.9735;RBI=0.0176848;REFB=-0.0203239;REVB=-0.0106656;RO=99;SAF=22;SAR=60;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112189;STB=0.570867;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0230851;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:99:101:82:82:0.448087:60:22:36:63:60:22:38:63 chr20 62729431 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0252012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.304;QD=20.4858;RBI=0.0342544;REFB=-0.0225262;REVB=0.0232005;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218499;STB=0.624098;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0109143;OID=.;OPOS=62729431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:7:4:9:5:7:4 chr20 62737318 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00862053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.337;QD=16.2793;RBI=0.03729;REFB=-0.0247945;REVB=-0.0362799;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204194;STB=0.511494;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0309885;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:23:10:9:19:23:10 chr21 9907271 . A G 2185.55 PASS AF=0.712598;AO=181;DP=253;FAO=181;FDP=254;FR=.;FRO=73;FSAF=89;FSAR=92;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0396946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5596;QD=34.4181;RBI=0.0601991;REFB=-0.053263;REVB=-0.0452577;RO=72;SAF=89;SAR=92;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326219;STB=0.519287;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0199166;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:72:73:181:181:0.712598:92:89:31:41:92:89:31:42 chr21 9907302 . C T 81.39 PASS AF=0.0885246;AO=27;DP=305;FAO=27;FDP=305;FR=.;FRO=278;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=134;FSRR=144;FWDB=-0.0132515;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.815;QD=1.06747;RBI=0.0209212;REFB=-0.00236993;REVB=-0.0161893;RO=277;SAF=15;SAR=12;SRF=133;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889633;STB=0.566811;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0274199;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:305:305:277:278:27:27:0.0885246:12:15:133:144:12:15:134:144 chr21 9907322 . G T 107.19 PASS AF=0.10231;AO=31;DP=303;FAO=31;FDP=303;FR=.;FRO=272;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=132;FSRR=140;FWDB=0.0114284;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3926;QD=1.41506;RBI=0.019187;REFB=0.0021239;REVB=0.0154121;RO=270;SAF=16;SAR=15;SRF=131;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378071;STB=0.527642;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0199429;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:270:272:31:31:0.10231:15:16:131:139:15:16:132:140 chr21 9907324 . G C 157.92 PASS AF=0.126246;AO=38;DP=302;FAO=38;FDP=301;FR=.;FRO=263;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=123;FSRR=140;FWDB=-0.0220924;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.246;QD=2.09863;RBI=0.0241641;REFB=-0.00178126;REVB=-0.0097892;RO=263;SAF=22;SAR=16;SRF=123;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140195;STB=0.596611;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0107527;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:263:263:38:38:0.126246:16:22:123:140:16:22:123:140 chr21 9907340 . A G 1476.54 PASS AF=0.519856;AO=144;DP=277;FAO=144;FDP=277;FR=.;FRO=133;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=0.0135843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.347;QD=21.3219;RBI=0.0201842;REFB=-0.00387109;REVB=-0.0149288;RO=132;SAF=71;SAR=73;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337361;STB=0.520144;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0032529;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:132:133:144:144:0.519856:73:71:60:72:73:71:60:73 chr21 9907345 . C T 845.97 PASS AF=0.377358;AO=100;DP=263;FAO=100;FDP=265;FR=.;FRO=165;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=0.00966191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.927;QD=12.7693;RBI=0.0172826;REFB=-0.0079525;REVB=-0.0143295;RO=163;SAF=48;SAR=52;SRF=78;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162107;STB=0.504536;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0119155;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:265:163:165:100:100:0.377358:52:48:78:85:52:48:78:87 chr21 9907375 . T C 1823.41 PASS AF=0.71564;AO=151;DP=211;FAO=151;FDP=211;FR=.;FRO=60;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0161036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9146;QD=34.5669;RBI=0.0288629;REFB=-0.00254337;REVB=-0.0239529;RO=60;SAF=72;SAR=79;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143117;STB=0.507648;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000837879;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:60:60:151:151:0.71564:79:72:27:33:79:72:27:33 chr21 9907384 . G A 1786.27 PASS AF=0.727723;AO=142;DP=202;FAO=147;FDP=202;FR=.;FRO=55;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00367572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.827;QD=35.3716;RBI=0.00932365;REFB=-0.0246147;REVB=0.00856852;RO=54;SAF=66;SAR=76;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000946356;STB=0.505909;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00395783;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:54:55:142:147:0.727723:76:66:25:29:77:70:25:30 chr21 9907397 . C T 1696.58 PASS AF=0.717277;AO=136;DP=191;FAO=137;FDP=191;FR=.;FRO=54;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00578958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.054;QD=35.5305;RBI=0.00613576;REFB=-0.024638;REVB=0.00203183;RO=54;SAF=61;SAR=75;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221474;STB=0.510854;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0195556;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:54:54:136:137:0.717277:75:61:22:32:76:61:22:32 chr21 9907416 . C T 419.13 PASS AF=0.3125;AO=55;DP=176;FAO=55;FDP=176;FR=.;FRO=121;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=-0.0275879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.546;QD=9.52563;RBI=0.0295466;REFB=-0.0203033;REVB=-0.0105788;RO=120;SAF=24;SAR=31;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954683;STB=0.557406;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0345282;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:120:121:55:55:0.3125:31:24:43:77:31:24:43:78 chr21 9907419 . A G 498.71 PASS AF=0.37037;AO=61;DP=161;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=-0.0170612;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.665;QD=12.3139;RBI=0.0183225;REFB=-0.027714;REVB=0.00668061;RO=99;SAF=19;SAR=42;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764703;STB=0.53946;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0299426;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:99:102:61:60:0.37037:42:19:37:62:41:19:38:64 chr21 9907422 . G A 470.91 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=155;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.00732707;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6845;QD=12.2314;RBI=0.0128265;REFB=-0.0158502;REVB=0.0105278;RO=95;SAF=18;SAR=39;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650331;STB=0.539156;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0184366;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:95:97:57:57:0.37013:39:18:35:60:39:18:36:61 chr21 9907434 . T A 35.8 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=78;FWDB=-0.0823851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.366;QD=1.06864;RBI=0.083553;REFB=0.000890904;REVB=-0.0139215;RO=119;SAF=4;SAR=7;SRF=41;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237939;STB=0.502192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0134411;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:130:134:119:123:11:11:0.0820896:7:4:41:78:7:4:45:78 chr21 9907438 . A T 41.4 PASS AF=0.0967742;AO=11;DP=125;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=75;FWDB=-0.0289073;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.13;QD=1.33541;RBI=0.0369617;REFB=-0.000497556;REVB=-0.0230335;RO=112;SAF=4;SAR=7;SRF=39;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019402;STB=0.582256;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00553396;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:125:124:112:112:11:12:0.0967742:7:4:39:73:7:5:37:75 chr21 9907470 . G A 63.89 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.044378;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.709;QD=3.40755;RBI=0.0471374;REFB=-0.00233803;REVB=-0.0158913;RO=61;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094184;STB=0.554527;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00808176;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:61:63:12:12:0.16:9:3:19:42:9:3:19:44 chr21 9907503 . C A 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00136984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.318;QD=11.9512;RBI=0.00145608;REFB=0.000348649;REVB=-0.000493667;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.000526731;OID=.;OPOS=9907503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:3:8:6:2:3:8 chr21 9908330 . AC GC,GG 2262.76 PASS AF=0.246753,0.753247;AO=38,116;DP=154;FAO=38,116;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=17,41;FSAR=21,75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131913,0.0131487;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=164.959,111.677;QD=58.7729;RBI=0.016252,0.0299349;REFB=0,0;REVB=-0.0161984,-0.0268926;RO=0;SAF=17,41;SAR=21,75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0325199,0.00143325;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:154:154:0:0:38,116:38,116:0.246753,0.753247:21,75:17,41:0:0:21,75:17,41:0:0 chr21 9908366 . C T 36.33 PASS AF=0.0696517;AO=14;DP=201;FAO=14;FDP=201;FR=.;FRO=187;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=124;FWDB=-0.0404038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1803;QD=0.722912;RBI=0.0618031;REFB=-0.00253732;REVB=0.046767;RO=187;SAF=7;SAR=7;SRF=63;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18442;STB=0.651545;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0329092;OID=.;OPOS=9908366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:201:201:187:187:14:14:0.0696517:7:7:63:124:7:7:63:124 chr21 9909078 . G A 975.34 PASS AF=0.407407;AO=110;DP=270;FAO=110;FDP=270;FR=.;FRO=160;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=-0.000346029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.692;QD=14.4494;RBI=0.0349203;REFB=-0.0312378;REVB=0.0349186;RO=159;SAF=56;SAR=54;SRF=74;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461436;STB=0.523888;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0352821;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:159:160:110:110:0.407407:54:56:74:85:54:56:75:85 chr21 9909079 . C T 122.35 PASS AF=0.115942;AO=32;DP=276;FAO=32;FDP=276;FR=.;FRO=244;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=116;FSRR=128;FWDB=-0.0058952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.209;QD=1.77323;RBI=0.0381493;REFB=-0.00756616;REVB=-0.037691;RO=242;SAF=17;SAR=15;SRF=114;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075025;STB=0.549224;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0480675;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:242:244:32:32:0.115942:15:17:114:128:15:17:116:128 chr21 9909080 . G A 562.41 PASS AF=0.282609;AO=78;DP=276;FAO=78;FDP=276;FR=.;FRO=198;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=97;FSRR=101;FWDB=-0.00294082;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.321;QD=8.15085;RBI=0.0145487;REFB=-0.019612;REVB=0.0142484;RO=197;SAF=34;SAR=44;SRF=96;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633206;STB=0.538984;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0427123;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:197:198:78:78:0.282609:44:34:96:101:44:34:97:101 chr21 9909089 . T C 120.28 PASS AF=0.108553;AO=33;DP=304;FAO=33;FDP=304;FR=.;FRO=271;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=132;FSRR=139;FWDB=-0.00979117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.709;QD=1.58259;RBI=0.0427461;REFB=-0.00306865;REVB=-0.0416097;RO=271;SAF=18;SAR=15;SRF=132;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720313;STB=0.55194;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0247599;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:271:271:33:33:0.108553:15:18:132:139:15:18:132:139 chr21 9909099 . C T 63.83 PASS AF=0.0769231;AO=25;DP=325;FAO=25;FDP=325;FR=.;FRO=300;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=153;FSRR=147;FWDB=-0.0106292;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.035;QD=0.785567;RBI=0.0397052;REFB=-0.00486493;REVB=-0.0382561;RO=283;SAF=12;SAR=13;SRF=151;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617895;STB=0.527653;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0661251;OID=.;OPOS=9909099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:325:325:283:300:25:25:0.0769231:13:12:151:132:13:12:153:147 chr21 9909103 . G A 159.67 PASS AF=0.119534;AO=41;DP=344;FAO=41;FDP=343;FR=.;FRO=302;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=152;FSRR=150;FWDB=-0.00404051;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.506;QD=1.86203;RBI=0.00518903;REFB=-0.0108485;REVB=-0.00325581;RO=297;SAF=25;SAR=16;SRF=148;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14096;STB=0.594339;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0408492;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:343:297:302:41:41:0.119534:16:25:148:149:16:25:152:150 chr21 9909121 . C T 272.74 PASS AF=0.153034;AO=58;DP=379;FAO=58;FDP=379;FR=.;FRO=321;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=168;FSRR=153;FWDB=0.00789951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.008;QD=2.87853;RBI=0.0291448;REFB=-0.00586975;REVB=0.0280538;RO=319;SAF=27;SAR=31;SRF=167;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748394;STB=0.54888;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.036014;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:319:321:58:58:0.153034:31:27:167:152:31:27:168:153 chr21 9909124 . C T 71.09 PASS AF=0.075718;AO=29;DP=383;FAO=29;FDP=383;FR=.;FRO=354;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=187;FSRR=167;FWDB=-0.00196461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.976;QD=0.742468;RBI=0.0104935;REFB=-0.00105945;REVB=-0.010308;RO=354;SAF=10;SAR=19;SRF=187;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207117;STB=0.66792;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0133502;OID=.;OPOS=9909124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:383:383:354:354:29:29:0.075718:19:10:187:167:19:10:187:167 chr21 9909163 . G A 100.87 PASS AF=0.0909091;AO=33;DP=372;FAO=34;FDP=374;FR=.;FRO=340;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=168;FSRR=172;FWDB=0.0195336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9283;QD=1.07886;RBI=0.0647141;REFB=-0.00774722;REVB=0.0616957;RO=339;SAF=14;SAR=19;SRF=168;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847625;STB=0.575177;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0853474;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:374:339:340:33:34:0.0909091:19:14:168:171:20:14:168:172 chr21 9909176 . C A 2912.15 PASS AF=0.689266;AO=244;DP=354;FAO=244;FDP=354;FR=.;FRO=110;FSAF=126;FSAR=118;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.0503597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7824;QD=32.9056;RBI=0.0532685;REFB=0.00722971;REVB=0.0173619;RO=106;SAF=126;SAR=118;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046702;STB=0.522033;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0033265;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:106:110:244:244:0.689266:118:126:46:60:118:126:49:61 chr21 9909179 . C A 577.6 PASS AF=0.250729;AO=85;DP=344;FAO=86;FDP=343;FR=.;FRO=257;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=123;FSRR=134;FWDB=-0.00221956;FXX=0.0365158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.676;QD=6.73584;RBI=0.00592092;REFB=-0.00831105;REVB=0.00548916;RO=256;SAF=40;SAR=45;SRF=123;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124764;STB=0.501392;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.03478;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:343:256:257:85:86:0.250729:45:40:123:133:45:41:123:134 chr21 9909204 . C T 65.87 PASS AF=0.0805369;AO=24;DP=299;FAO=24;FDP=298;FR=.;FRO=274;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=140;FSRR=134;FWDB=-0.0096664;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.929;QD=0.884139;RBI=0.0125719;REFB=-0.00573258;REVB=-0.00803825;RO=274;SAF=9;SAR=15;SRF=140;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156385;STB=0.624896;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0480298;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:299:298:274:274:24:24:0.0805369:15:9:140:134:15:9:140:134 chr21 9909208 . C T 567.65 PASS AF=0.273973;AO=78;DP=290;FAO=80;FDP=292;FR=.;FRO=212;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=104;FSRR=108;FWDB=0.0372958;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.863;QD=7.77601;RBI=0.0375378;REFB=-0.0113925;REVB=-0.00425581;RO=212;SAF=42;SAR=36;SRF=104;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593954;STB=0.524994;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0477226;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:292:212:212:78:80:0.273973:36:42:104:108:38:42:104:108 chr21 9909217 . C A 67.09 PASS AF=0.0851852;AO=23;DP=271;FAO=23;FDP=270;FR=.;FRO=247;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=129;FSRR=118;FWDB=0.0123129;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.549;QD=0.99386;RBI=0.0173145;REFB=-0.00244032;REVB=-0.0121732;RO=247;SAF=9;SAR=14;SRF=129;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152248;STB=0.619128;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0302133;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:271:270:247:247:23:23:0.0851852:14:9:129:118:14:9:129:118 chr21 9909218 . GT AC,GC 649.65 PASS AF=0.25283,0.0830189;AO=67,22;DP=266;FAO=67,22;FDP=265;FR=.;FRO=176;FSAF=33,9;FSAR=34,13;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.0185577,-0.0650579;FXX=0.00375926;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=160.837,90.8417;QD=9.80607;RBI=0.0185597,0.0650596;REFB=-0.0131723,-0.0188964;REVB=-0.000271213,0.00046208;RO=170;SAF=33,9;SAR=34,13;SRF=88;SRR=82;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0307027,-0.133891;STB=0.525959,0.605384;STBP=0.593,0.286;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0326269,0.0208045;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:170:176:67,22:67,22:0.25283,0.0830189:34,13:33,9:88:82:34,13:33,9:93:83 chr21 9909273 . C T 55.49 PASS AF=0.106061;AO=14;DP=134;FAO=14;FDP=132;FR=.;FRO=118;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.0165327;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.424;QD=1.68151;RBI=0.0252391;REFB=-0.00912149;REVB=0.0190704;RO=113;SAF=4;SAR=10;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305454;STB=0.720118;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0546612;OID=.;OPOS=9909273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:134:132:113:118:14:14:0.106061:10:4:61:52:10:4:63:55 chr21 9909274 . G A 101.06 PASS AF=0.152672;AO=20;DP=128;FAO=20;FDP=131;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0112148;FXX=0.0296274;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.356;QD=3.08567;RBI=0.0537322;REFB=-0.00107139;REVB=-0.0525488;RO=107;SAF=14;SAR=6;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28519;STB=0.690101;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00599302;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:107:111:20:20:0.152672:6:14:51:56:6:14:53:58 chr21 10181184 . T C 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00991301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.367;QD=15.2529;RBI=0.024788;REFB=-0.0139857;REVB=-0.0227196;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176904;STB=0.61259;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0204391;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:20:20:0.4:13:7:15:14:13:7:16:14 chr21 10862599 . C T 605.14 PASS AF=0.350467;AO=75;DP=214;FAO=75;FDP=214;FR=.;FRO=139;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.00645284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.686;QD=11.3109;RBI=0.00651383;REFB=-0.00883267;REVB=-0.000889331;RO=139;SAF=43;SAR=32;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10439;STB=0.559544;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0150289;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:139:139:75:75:0.350467:32:43:67:72:32:43:67:72 chr21 10862618 . T C 2194.36 PASS AF=0.737288;AO=174;DP=236;FAO=174;FDP=236;FR=.;FRO=62;FSAF=88;FSAR=86;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00212321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.092;QD=37.1926;RBI=0.0114085;REFB=-0.0190363;REVB=0.0112092;RO=62;SAF=88;SAR=86;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283207;STB=0.50151;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00817313;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:62:62:174:174:0.737288:86:88:31:31:86:88:31:31 chr21 10862846 . A T 2318.77 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.663;QD=61.0202;RBI=0.0481754;REFB=0;REVB=-0.0153592;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196182;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:152:0:0:145:152:1:81:64:0:0:81:71:0:0 chr21 10862874 . A G 439.28 PASS AF=0.335329;AO=56;DP=167;FAO=56;FDP=167;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=-0.0258003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0345;QD=10.5218;RBI=0.0288823;REFB=-0.0154985;REVB=-0.0129819;RO=111;SAF=30;SAR=26;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582839;STB=0.533466;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0342525;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:111:111:56:56:0.335329:26:30:65:46:26:30:65:46 chr21 10862947 . G A 523.17 PASS AF=0.366279;AO=63;DP=172;FAO=63;FDP=172;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=0.000528443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.603;QD=12.1668;RBI=0.00408067;REFB=-0.00151375;REVB=-0.00404631;RO=108;SAF=35;SAR=28;SRF=66;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631225;STB=0.538247;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00271085;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:108:109:63:63:0.366279:28:35:66:42:28:35:67:42 chr21 10906989 . C T 290.52 PASS AF=0.27044;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.0233028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9594;QD=7.30869;RBI=0.0269752;REFB=0.0124961;REVB=0.0135883;RO=116;SAF=26;SAR=17;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150685;STB=0.589475;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0340779;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:116:116:43:43:0.27044:17:26:56:60:17:26:56:60 chr21 10909652 . G A 106.72 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=100;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.00822148;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.499;QD=4.31208;RBI=0.0242203;REFB=-0.00544038;REVB=-0.0227822;RO=82;SAF=11;SAR=7;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375772;STB=0.733107;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0509627;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:82:81:18:18:0.181818:7:11:25:57:7:11:25:56 chr21 10909683 . T C 151.22 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=60;FWDB=0.0110404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.115;QD=5.65309;RBI=0.0111003;REFB=-0.00198793;REVB=0.00115177;RO=83;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286199;STB=0.67277;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0099914;OID=.;OPOS=10909683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:83:83:24:24:0.224299:12:12:23:60:12:12:23:60 chr21 10909693 . TGCGAA T 144.5 PASS AF=0.219048;AO=22;DP=107;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=-0.0360955;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.11;QD=5.50493;RBI=0.0368906;REFB=-0.000815684;REVB=-0.0076179;RO=81;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29505;STB=0.66654;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.00288741;OID=.;OPOS=10909694;OREF=GCGAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219048:22:107:23:105:82:11:12:22:60:99:81:11:11:22:59 chr21 10910311 . T G 989.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.762;QD=59.0717;RBI=0.0119115;REFB=0;REVB=0.00946465;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18667e-05;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr21 10910340 . C G 85.39 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00250651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.623;QD=5.09782;RBI=0.00775854;REFB=-0.00397041;REVB=-0.00734251;RO=52;SAF=1;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610099;STB=0.897043;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0255172;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:52:53:14:14:0.208955:13:1:26:26:13:1:26:27 chr21 10910347 . A G 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.65239e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2936;QD=58.7782;RBI=0.0211605;REFB=0;REVB=0.0211604;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150242;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr21 10920098 . T C 1704.55 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0042658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.42;QD=58.7776;RBI=0.026389;REFB=-0.153622;REVB=0.026042;RO=1;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978979;STB=0.505154;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000288103;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:116:1:1:114:115:0.991379:48:66:0:1:48:67:0:1 chr21 10935004 . A T 243.82 PASS AF=0.184874;AO=44;DP=239;FAO=44;FDP=238;FR=.;FRO=194;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=77;FSRR=117;FWDB=0.00500451;FXX=0.00418393;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.575;QD=4.09783;RBI=0.0147271;REFB=0.000860734;REVB=0.0138507;RO=194;SAF=19;SAR=25;SRF=77;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463364;STB=0.529214;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00413262;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:194:194:44:44:0.184874:25:19:77:117:25:19:77:117 chr21 10942756 . G A 182.64 PASS AF=0.138047;AO=41;DP=297;FAO=41;FDP=297;FR=.;FRO=256;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=117;FSRR=139;FWDB=-0.00861355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.745;QD=2.45973;RBI=0.0691518;REFB=7.224e-05;REVB=-0.0686132;RO=255;SAF=18;SAR=23;SRF=116;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205142;STB=0.515687;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00162461;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:255:256:41:41:0.138047:23:18:116:139:23:18:117:139 chr21 10942923 . G A 547.27 PASS AF=0.373563;AO=65;DP=174;FAO=65;FDP=174;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.0184662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4905;QD=12.581;RBI=0.0244782;REFB=0.00207454;REVB=-0.016068;RO=109;SAF=28;SAR=37;SRF=40;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728206;STB=0.541198;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00592707;OID=.;OPOS=10942923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:109:109:65:65:0.373563:37:28:40:69:37:28:40:69 chr21 10942924 . CCTT C 130.47 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=169;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00440932;FXX=0.385942;HRUN=2;LEN=3;MLLD=206.999;QD=4.97018;RBI=0.00558251;REFB=-0.00145457;REVB=-0.00342378;RO=137;SAF=11;SAR=18;SRF=56;SRR=81;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.0394827;STB=0.501741;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.00412511;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27619:29:169:29:105:76:11:18:29:47:99:137:11:18:56:81 chr21 10943003 . C T 143.69 PASS AF=0.192308;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=130;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0393234;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6813;QD=4.42137;RBI=0.0394403;REFB=-0.00539216;REVB=-0.00303499;RO=106;SAF=9;SAR=16;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11022;STB=0.565863;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0270817;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:106:105:25:25:0.192308:16:9:47:59:16:9:46:59 chr21 10951387 . T G 421.27 PASS AF=0.173362;AO=81;DP=473;FAO=82;FDP=473;FR=.;FRO=391;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=182;FSRR=209;FWDB=0.018642;FXX=0.00210966;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.11;QD=3.5625;RBI=0.0199066;REFB=-0.00552767;REVB=-0.00698187;RO=390;SAF=33;SAR=48;SRF=182;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078117;STB=0.553034;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0236315;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:473:390:391:81:82:0.173362:48:33:182:208:49:33:182:209 chr21 10951426 . G T 447.91 PASS AF=0.193237;AO=81;DP=413;FAO=80;FDP=414;FR=.;FRO=334;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=157;FSRR=177;FWDB=0.00989167;FXX=0.00480758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8286;QD=4.32769;RBI=0.030659;REFB=-0.00809584;REVB=-0.0290195;RO=329;SAF=33;SAR=48;SRF=155;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835972;STB=0.557508;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0293665;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:414:329:334:81:80:0.193237:48:33:155:174:48:32:157:177 chr21 10959806 . G T 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000597432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.761;QD=20.1937;RBI=0.00587185;REFB=0.000932898;REVB=-0.00584138;RO=37;SAF=25;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928625;STB=0.551574;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.000810516;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:14:25:20:17:14:25:20:17 chr21 10970003 . G A 531.15 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0308294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.093;QD=13.9776;RBI=0.0328572;REFB=-0.00346996;REVB=0.0113641;RO=89;SAF=30;SAR=31;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566375;STB=0.531307;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00300443;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:91:61:61:0.401316:31:30:39:50:31:30:40:51 chr21 10970017 . C T 572.83 PASS AF=0.402439;AO=66;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.00777195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.857;QD=13.9714;RBI=0.0099773;REFB=-0.00522537;REVB=0.00625646;RO=98;SAF=30;SAR=36;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610483;STB=0.534298;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0101601;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:98:98:66:66:0.402439:36:30:39:59:36:30:39:59 chr21 11029596 . AC A 96.83 PASS AF=0.169291;AO=52;DP=252;FAO=43;FDP=254;FR=.;FRO=211;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=112;FSRR=99;FWDB=-0.194428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0862;QD=1.5248;RBI=0.200055;REFB=-0.0122546;REVB=-0.0471153;RO=200;SAF=28;SAR=24;SRF=101;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=0.0430385;STB=0.592806;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.0487326;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169291:52:252:43:254:211:18:25:112:99:96:200:28:24:101:99 chr21 11029616 . G T 1010.77 PASS AF=0.422642;AO=112;DP=264;FAO=112;FDP=265;FR=.;FRO=153;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.0399702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9822;QD=15.2569;RBI=0.0417194;REFB=0.00778788;REVB=-0.0119539;RO=152;SAF=54;SAR=58;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875447;STB=0.502901;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0115489;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:152:153:112:112:0.422642:58:54:72:80:58:54:73:80 chr21 11029624 . C T 956.71 PASS AF=0.409091;AO=108;DP=263;FAO=108;FDP=264;FR=.;FRO=156;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.00992186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.715;QD=14.4956;RBI=0.0619425;REFB=-0.0110599;REVB=-0.0611427;RO=155;SAF=51;SAR=57;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549277;STB=0.501266;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0141702;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:155:156:108:108:0.409091:57:51:74:81:57:51:74:82 chr21 11029630 . GC G 916.01 PASS AF=0.400763;AO=102;DP=261;FAO=105;FDP=262;FR=.;FRO=157;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=-0.00126603;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.541;QD=13.9848;RBI=0.0232357;REFB=-0.000622584;REVB=0.0232012;RO=155;SAF=47;SAR=55;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179546;STB=0.518157;STBP=0.648;TYPE=del;VARB=0.00145253;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.400763:102:261:105:262:157:47:58:75:82:99:155:47:55:74:81 chr21 11029679 . C G 1026.86 PASS AF=0.420664;AO=113;DP=269;FAO=114;FDP=271;FR=.;FRO=157;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=70;FSRR=87;FWDB=-0.0125136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.419;QD=15.1566;RBI=0.0292407;REFB=-0.0119875;REVB=-0.0264278;RO=154;SAF=49;SAR=64;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083427;STB=0.50945;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0159442;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:271:154:157:113:114:0.420664:64:49:68:86:65:49:70:87 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 186.54 PASS AF=0.42029,0.144928;AO=18,21;DP=70;FAO=29,10;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=26,9;FSAR=3,1;FSRF=29;FSRR=1;FWDB=-0.021302,-0.0052983;FXX=0.0142837;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.0687,12.4711;QD=10.8137;RBI=0.0757874,0.034953;REFB=-0.114032,-0.175036;REVB=-0.0727321,-0.0345491;RO=26;SAF=15,20;SAR=3,1;SRF=25;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.299523,-0.0519589;STB=0.61332,0.678326;STBP=0.467,0.842;TYPE=del,del;VARB=0.130941,0.232773;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029,0.144928:18,21:70:29,10:69:30:26,9:3,1:29:1:99:26:15,20:3,1:25:1 chr21 11038796 . T C 382.06 PASS AF=0.310976;AO=51;DP=164;FAO=51;FDP=164;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0224778;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.324;QD=9.31848;RBI=0.0328269;REFB=-0.00699572;REVB=-0.023924;RO=111;SAF=23;SAR=28;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527445;STB=0.524738;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0151589;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:111:113:51:51:0.310976:28:23:55:56:28:23:55:58 chr21 11038843 . G C 320.43 PASS AF=0.3;AO=42;DP=139;FAO=42;FDP=140;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0281395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.218;QD=9.15504;RBI=0.0283087;REFB=-0.0174365;REVB=0.00309001;RO=97;SAF=20;SAR=22;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997307;STB=0.502385;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.057591;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:97:98:42:42:0.3:22:20:47:50:22:20:47:51 chr21 11049584 . C T 74.73 PASS AF=0.106383;AO=20;DP=188;FAO=20;FDP=188;FR=.;FRO=168;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=89;FWDB=-0.0134357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.349;QD=1.59007;RBI=0.0154725;REFB=-0.00059765;REVB=-0.00767333;RO=166;SAF=9;SAR=11;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317355;STB=0.518183;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00598535;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:188:188:166:168:20:20:0.106383:11:9:79:87:11:9:79:89 chr21 11049592 . C T 86.47 PASS AF=0.108491;AO=23;DP=212;FAO=23;FDP=212;FR=.;FRO=189;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=0.0209988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.229;QD=1.63157;RBI=0.0217439;REFB=-0.00176372;REVB=-0.0056434;RO=189;SAF=11;SAR=12;SRF=86;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286174;STB=0.520772;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0179126;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:212:212:189:189:23:23:0.108491:12:11:86:103:12:11:86:103 chr21 11057855 . A T 545.3 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00459997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.825;QD=25.6613;RBI=0.0156591;REFB=-0.00387739;REVB=-0.0149682;RO=34;SAF=27;SAR=23;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582428;STB=0.536908;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00254721;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:35:50:50:0.588235:23:27:21:13:23:27:22:13 chr21 11057888 . T A 97.88 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0175241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.833;QD=4.03611;RBI=0.0249103;REFB=-0.0129438;REVB=-0.017704;RO=80;SAF=9;SAR=8;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904457;STB=0.558756;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0512795;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:80:80:17:17:0.175258:8:9:48:32:8:9:48:32 chr21 11057929 . T C 53.69 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00752777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.7;QD=2.65133;RBI=0.00754367;REFB=-0.0011938;REVB=-0.000489603;RO=70;SAF=5;SAR=6;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732691;STB=0.551476;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00913789;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:6:5:36:34:6:5:36:34 chr21 11058226 . G C 851.45 PASS AF=0.389764;AO=99;DP=254;FAO=99;FDP=254;FR=.;FRO=155;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=93;FWDB=-0.00501088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.169;QD=13.4086;RBI=0.00518284;REFB=-0.00600664;REVB=-0.00132398;RO=154;SAF=50;SAR=49;SRF=62;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110968;STB=0.564016;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0107016;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:154:155:99:99:0.389764:49:50:62:92:49:50:62:93 chr21 11058248 . G A 51.39 PASS AF=0.0721649;AO=21;DP=292;FAO=21;FDP=291;FR=.;FRO=270;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=108;FSRR=162;FWDB=0.0469134;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9224;QD=0.706331;RBI=0.0510065;REFB=0.00299569;REVB=0.0200199;RO=270;SAF=5;SAR=16;SRF=108;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197841;STB=0.669952;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0427161;OID=.;OPOS=11058248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:292:291:270:270:21:21:0.0721649:16:5:108:162:16:5:108:162 chr21 11097557 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0651869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5137;QD=7.83715;RBI=0.0701703;REFB=-0.0209995;REVB=-0.025972;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112483;STB=0.571216;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.033421;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:6:10:5:2:6:10 chr21 11097574 . T A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00872086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.432;QD=9.18858;RBI=0.0106001;REFB=-0.0116554;REVB=0.00602562;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254659;STB=0.653205;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0235389;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:8:17:5:6:8:17 chr21 11097608 . C T 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00838472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5873;QD=5.75061;RBI=0.00861726;REFB=-0.00911782;REVB=0.00198837;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194646;STB=0.512179;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0158614;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:8:7:23:28:8:7:23:28 chr21 11098674 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.858;QD=63.2868;RBI=0.0410021;REFB=0;REVB=-0.00153083;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82216e-05;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr21 11098723 . TG CA,CG 453.68 PASS AF=0.258621,0.465517;AO=15,27;DP=58;FAO=15,27;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=14,9;FSAR=1,18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0105446,-0.019449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.893,131.658;QD=31.2879;RBI=0.0260664,0.0258213;REFB=-0.0272689,-0.0296776;REVB=-0.0238384,-0.0169846;RO=16;SAF=14,9;SAR=1,18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.552811,-0.16323;STB=0.829049,0.590095;STBP=0.013,0.129;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00605879,0.0228896;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:58:16:16:15,27:15,27:0.258621,0.465517:1,18:14,9:9:7:1,18:14,9:9:7 chr21 11098732 . C T 193.17 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0422494;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.135;QD=13.7978;RBI=0.0449588;REFB=-0.0321827;REVB=0.0153717;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409395;STB=0.738998;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0274284;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:33:23:23:0.410714:16:7:23:9:16:7:24:9 chr21 11098756 . C A 290.1 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0197007;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.816;QD=21.0978;RBI=0.0258511;REFB=-0.0259768;REVB=0.0167381;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191123;STB=0.575166;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0264666;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:23:23:26:27:0.490909:15:11:15:8:15:12:14:9 chr21 11098763 . C T 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0149345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.454;QD=23.6161;RBI=0.0487656;REFB=-0.0108792;REVB=0.0464225;RO=23;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122477;STB=0.567526;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0102345;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:21:12:12:11:21:12:12:11 chr21 14419915 . A G 1562.76 PASS AF=0.519031;AO=149;DP=295;FAO=150;FDP=289;FR=.;FRO=139;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=0.00332848;FXX=0.0203383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.854;QD=21.6299;RBI=0.029463;REFB=-0.0178216;REVB=0.0292744;RO=144;SAF=81;SAR=68;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455394;STB=0.517348;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0149737;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:289:144:139:149:150:0.519031:68:81:71:73:68:82:71:68 chr21 14420005 . A G 3053.69 PASS AF=0.717201;AO=243;DP=342;FAO=246;FDP=343;FR=.;FRO=97;FSAF=119;FSAR=127;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.00513586;FXX=0.00867027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.676;QD=35.6115;RBI=0.011266;REFB=-0.00593475;REVB=-0.0100273;RO=96;SAF=116;SAR=127;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101308;STB=0.505613;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.002628;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:343:96:97:243:246:0.717201:127:116:44:52:127:119:45:52 chr21 14778721 . A T 120.18 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406383;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.369;QD=43.7019;RBI=0.041263;REFB=0;REVB=0.00715284;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170793;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr21 14982886 . G A 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00767765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1372;QD=14.0923;RBI=0.0125978;REFB=-0.0384455;REVB=-0.00998795;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0482214;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:6:8:7:4:6:8 chr21 14982952 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00210256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.649;QD=7.62906;RBI=0.00363672;REFB=-0.0032778;REVB=-0.00296732;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351552;STB=0.721649;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00844657;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:11:9:6:2:11:9 chr21 15013735 . A G 548.22 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00807466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.502;QD=17.5429;RBI=0.0213995;REFB=-0.00655623;REVB=0.0198176;RO=67;SAF=31;SAR=27;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031745;STB=0.517638;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00742728;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:27:31:38:29:27:31:38:29 chr21 15457318 . T G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0257791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5903;QD=2.99311;RBI=0.0294911;REFB=0.00478325;REVB=-0.0143235;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183999;STB=0.624575;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0167872;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:4:2:18:19:4:2:18:20 chr21 15457339 . T G 49.43 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0157314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3287;QD=4.2984;RBI=0.0184786;REFB=-0.0119635;REVB=0.00969448;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319678;STB=0.521685;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0806286;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:4:4:18:20:4:4:18:20 chr21 15457350 . TA CG 50.36 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0174442;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=2;MLLD=324.324;QD=4.47616;RBI=0.0354525;REFB=-0.000358009;REVB=-0.0308639;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168818;STB=0.614238;STBP=0.525;TYPE=mnp;VARB=0.00102319;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:37:37:8:8:0.177778:3:5:18:19:3:5:18:19 chr21 15457374 . G C 70.02 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0195056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.036;QD=6.83081;RBI=0.0208553;REFB=-0.00654218;REVB=0.00738073;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135742;STB=0.5852;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.025609;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:12:19:5:5:12:19 chr21 15457399 . G C 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00570341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.605;QD=6.39527;RBI=0.00940872;REFB=0.000241855;REVB=-0.00748299;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462376;STB=0.502952;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000897159;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:13:16:5:4:13:16 chr21 15457410 . C G 51.23 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0390549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4757;QD=5.53856;RBI=0.0396314;REFB=-0.0110396;REVB=-0.0067356;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103706;STB=0.567402;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0387627;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:12:17:4:4:12:17 chr21 15457463 . CACACACAGT C 253.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122028;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=276.148;QD=50.732;RBI=0.0128947;REFB=0;REVB=0.0041673;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.74746e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:6:14:0:0:4:0:6:14:0:0 chr21 15481365 . G T 1120.02 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170455;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.852;QD=60.5417;RBI=0.0176148;REFB=0;REVB=-0.00444218;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05089e-05;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:39:35:0:0 chr21 15516976 . T A 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0983;QD=59.4986;RBI=0.038467;REFB=0;REVB=-0.00185658;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021979;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr21 15524921 . C T 294.12 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.013937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4224;QD=20.2841;RBI=0.0778668;REFB=-0.0424747;REVB=-0.0766094;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021978;STB=0.501113;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0393358;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:25:27:30:31:0.534483:14:16:14:11:15:16:14:13 chr21 15558346 . G A 429.71 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.00802096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.856;QD=14.5664;RBI=0.0154419;REFB=-0.0109809;REVB=-0.0131953;RO=69;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153563;STB=0.586173;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0173552;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:24:25:25:44:24:25:25:44 chr21 15596772 . T G 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0280695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8872;QD=19.2738;RBI=0.0595191;REFB=0.0195366;REVB=-0.0524846;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157279;STB=0.508889;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0215662;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:12:14:12:11:12:14 chr21 15599466 . A G 273.04 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00330421;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3772;QD=14.0021;RBI=0.0268312;REFB=-0.0218243;REVB=-0.026627;RO=46;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230727;STB=0.636858;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0154182;OID=.;OPOS=15599466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:12:19:18:28:12:20:18:28 chr21 15646397 . A G 3055.84 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.887;QD=63.3334;RBI=0.0605426;REFB=0;REVB=0.0491586;RO=0;SAF=106;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30099e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:193:0:0:190:193:1:84:106:0:0:85:108:0:0 chr21 15918577 . G C 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00286046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4596;QD=18.6733;RBI=0.0130666;REFB=-0.0072219;REVB=0.0127496;RO=36;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182881;STB=0.510198;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00994399;OID=.;OPOS=15918577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:23:12:13:23:23:12:13:23 chr21 15954528 . G A 326.9 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0143666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.383;QD=17.6703;RBI=0.117611;REFB=-0.00944955;REVB=-0.11673;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853921;STB=0.521655;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0146418;OID=.;OPOS=15954528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:32:39:35:35:0.472973:13:22:23:9:13:22:23:16 chr21 15954593 . G A 429.81 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0508176;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0837;QD=19.537;RBI=0.061122;REFB=0.00490486;REVB=-0.0339628;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359168;STB=0.533462;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00506115;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:45:42:43:0.488636:24:18:18:28:24:19:17:28 chr21 15954660 . T C 1767.56 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.706;QD=60.9505;RBI=0.0347635;REFB=0;REVB=-0.0342365;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5874e-05;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:68:47:0:0:69:47:0:0 chr21 15964920 . C G 946.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.83;QD=58.2664;RBI=0.00339789;REFB=0;REVB=-0.00146971;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39344e-05;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr21 15974409 . T C 1024.05 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.214;QD=57.6928;RBI=0.0185467;REFB=-0.0898974;REVB=0.0137189;RO=1;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252099;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:69:71:1:48:21:0:1:50:21:0:0 chr21 16986637 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.991;QD=63.8713;RBI=0.0681147;REFB=0;REVB=0.0214944;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254943;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr21 18827130 . G A 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0167245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.114;QD=29.6346;RBI=0.0182452;REFB=-0.00948139;REVB=-0.00729222;RO=16;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596731;STB=0.532764;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00446853;OID=.;OPOS=18827130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:15:13:6:10:15:13:6:10 chr21 18885504 . A C 71.0 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00965129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.041;QD=7.10007;RBI=0.0138306;REFB=-0.00381255;REVB=0.00990641;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105027;STB=0.556701;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0114806;OID=.;OPOS=18885504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:40:29:30:10:10:0.25:7:3:11:18:7:3:11:19 chr21 18937758 . A G 479.57 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0118748;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6652;QD=19.7762;RBI=0.0372693;REFB=-0.0104653;REVB=0.0353269;RO=48;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161085;STB=0.587942;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0119102;OID=.;OPOS=18937758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:50:47:47:0.484536:22:25:17:31:22:25:18:32 chr21 19161403 . A G 509.69 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0151496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5579;QD=18.7043;RBI=0.0155723;REFB=-0.0241687;REVB=0.00360362;RO=53;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756955;STB=0.532235;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0412538;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:55:54:54:0.495413:26:28:23:30:26:28:25:30 chr21 19163391 . GAACTC G 163.12 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0053695;FXX=0.0506265;HRUN=2;LEN=5;MLLD=275.668;QD=8.69994;RBI=0.00573348;REFB=-0.00987347;REVB=-0.0020103;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597351;STB=0.53331;STBP=0.681;TYPE=del;VARB=0.0171332;OID=.;OPOS=19163392;OREF=AACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373333:28:77:28:75:47:14:14:26:21:99:45:14:14:25:20 chr21 19163707 . C T 496.23 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=114;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.000280079;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.414;QD=17.26;RBI=0.0126242;REFB=-0.0145332;REVB=-0.0126211;RO=58;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445675;STB=0.516563;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.018189;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:58:61:53:54:0.469565:29:24:29:29:30:24:29:32 chr21 19165259 . ACT A 456.72 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00334322;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.096;QD=19.2304;RBI=0.0131099;REFB=-0.0106105;REVB=-0.0126764;RO=52;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138842;STB=0.566171;STBP=0.25;TYPE=del;VARB=0.0107595;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:45:99:45:95:50:17:28:25:25:99:52:17:28:27:25 chr21 19169155 . G C 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0138469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5372;QD=13.3129;RBI=0.0146812;REFB=-0.0182539;REVB=0.00487845;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188227;STB=0.607748;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0258795;OID=.;OPOS=19169155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:12:21:10:12:12:21 chr21 19666910 . A G 754.96 PASS AF=1;AO=30;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2197;QD=62.9136;RBI=0.064423;REFB=0;REVB=0.038018;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00055709;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:30:48:1:5:25:0:0:22:26:0:0 chr21 19670118 . G A 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00485475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.467;QD=55.4093;RBI=0.0157651;REFB=-0.0741528;REVB=-0.014999;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000328401;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr21 22746187 . T C 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0125177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.996;QD=15.1112;RBI=0.0174711;REFB=-0.0176737;REVB=-0.012188;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116203;STB=0.506574;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0305642;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:14:24:18:11:14:24 chr21 24804558 . T C 694.1 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457139;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.493;QD=63.0996;RBI=0.0554703;REFB=0;REVB=-0.0314197;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55922e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr21 26965148 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.156;QD=59.5015;RBI=0.0659263;REFB=0;REVB=-0.0638627;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10548e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr21 26965205 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.719;QD=60.2033;RBI=0.0544999;REFB=0;REVB=0.0495868;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168451;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr21 26969703 . T C 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4112;QD=57.2272;RBI=0.0375432;REFB=0;REVB=0.0187315;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168644;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr21 26978950 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0752;QD=46.8474;RBI=0.0505424;REFB=0;REVB=-0.0396271;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027072;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr21 27056250 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.016278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.377;QD=13.2106;RBI=0.0165663;REFB=-0.00446214;REVB=-0.00307746;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34561;STB=0.713979;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0070601;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:10:4:13:8:10:4:14:8 chr21 27563105 . G A 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.507;QD=60.3699;RBI=0.00619218;REFB=0;REVB=-0.00584141;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27518e-05;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr21 27838622 . AACTTTC A 156.79 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00988706;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=269.886;QD=12.2969;RBI=0.010141;REFB=-0.00283509;REVB=0.00225507;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0.328467;SSEP=0;SSSB=-0.199506;STB=0.577824;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=0.0026879;OID=.;OPOS=27838623;OREF=ACTTTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:22:52:24:51:27:9:15:14:13:99:25:7:15:13:12 chr21 27852724 . A G 255.76 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.006515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.988;QD=15.7392;RBI=0.00717556;REFB=-0.0123532;REVB=-0.00300721;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247827;STB=0.622953;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0162895;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:12:17:11:23:12:17:13:23 chr21 28212760 . G A 411.74 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.00511696;FXX=0.0749938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.936;QD=14.8374;RBI=0.00707771;REFB=-0.0240728;REVB=-0.00488985;RO=48;SAF=21;SAR=25;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13516;STB=0.60971;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0366154;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:65:46:46:0.414414:25:21:29:19:25:21:42:23 chr21 28215826 . C CACA 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188061;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.214;QD=58.4388;RBI=0.0334422;REFB=0;REVB=0.0276534;RO=5;SAF=27;SAR=35;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000102686;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:67:62:62:0:27:35:0:0:5:5:27:35:4:1 chr21 28215836 . GC G 709.54 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.5834;QD=46.5274;RBI=0.0938183;REFB=0;REVB=-0.0888969;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00261046;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:61:61:61:0:27:34:0:0:13:0:27:33:0:0 chr21 28216038 . C A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.943;QD=57.2347;RBI=0.0154068;REFB=0;REVB=-0.0150141;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90991e-05;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr21 28216059 . A G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00430053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4124;QD=24.2743;RBI=0.00661701;REFB=-0.00273413;REVB=0.00502894;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102684;STB=0.556385;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00303733;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:18:13:6:15:18:13:6:15 chr21 28216066 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.727;QD=63.5824;RBI=0.0275592;REFB=0;REVB=0.0274137;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151204;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr21 28216595 . C G 2606.31 PASS AF=0.956044;AO=167;DP=177;FAO=174;FDP=182;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=104;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.116485;FXX=0.0162153;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4775;QD=57.2814;RBI=0.136213;REFB=-0.234788;REVB=-0.0706057;RO=10;SAF=65;SAR=102;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568426;STB=0.52142;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00975821;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:177:182:10:8:167:174:0.956044:102:65:9:1:104:70:7:1 chr21 28216674 . G C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.011941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.712;QD=17.9199;RBI=0.038178;REFB=-0.0346969;REVB=-0.0362625;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801468;STB=0.54472;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0328958;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:12:22:18:14:12:22 chr21 28216692 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.584;QD=63.5829;RBI=0.05784;REFB=0;REVB=0.0268341;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475871;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr21 28217178 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.459;QD=42.1826;RBI=0.0168046;REFB=0;REVB=-0.00519231;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184518;OID=.;OPOS=28217178;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr21 28295339 . T C 695.28 PASS AF=0.451807;AO=75;DP=166;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00354314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.695;QD=16.7536;RBI=0.030925;REFB=-0.0215551;REVB=0.0307214;RO=89;SAF=39;SAR=36;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101715;STB=0.555968;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0180285;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:91:75:75:0.451807:36:39:37:52:36:39:38:53 chr21 28296049 . T C 120.88 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.031412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.171;QD=8.19534;RBI=0.0323904;REFB=-0.00482284;REVB=-0.00790096;RO=41;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212716;STB=0.62188;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0683657;OID=.;OPOS=28296049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:42:17:17:0.288136:12:5:19:22:12:5:19:23 chr21 28296324 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0208772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=15.7907;RBI=0.0367447;REFB=-0.00134849;REVB=0.0302376;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353008;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00174922;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:19:20:17:14:19:20 chr21 28302355 . A G 511.9 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=102;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0231977;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.433;QD=19.6883;RBI=0.0234763;REFB=-0.0203933;REVB=-0.00360616;RO=51;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123565;STB=0.575576;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0159558;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:51:51:51:53:0.509615:24:27:20:31:24:29:20:31 chr21 28326276 . G A 1806.66 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.281;QD=60.222;RBI=0.0166719;REFB=-0.0361323;REVB=0.00876763;RO=1;SAF=59;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798283;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.42435e-06;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:60:59:1:0:60:59:1:0 chr21 30250555 . T C 1360.34 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.921;QD=61.8335;RBI=0.00404546;REFB=0;REVB=-0.00309449;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02635e-06;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:44:44:0:0 chr21 30250615 . T C 1438.47 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00710588;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.563;QD=61.8695;RBI=0.00759832;REFB=-0.114715;REVB=-0.0026909;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000193976;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:50:42:0:0:50:42:0:1 chr21 30257560 . C G 1182.24 PASS AF=0.484127;AO=122;DP=252;FAO=122;FDP=252;FR=.;FRO=130;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=50;FSRR=80;FWDB=-0.0585701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.121;QD=18.7657;RBI=0.0771786;REFB=-0.0350429;REVB=0.0502601;RO=127;SAF=45;SAR=77;SRF=50;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024567;STB=0.508691;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0372854;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:127:130:122:122:0.484127:77:45:50:77:77:45:50:80 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 3666.31 PASS AF=0.158333,0.841667;AO=37,198;DP=243;FAO=38,202;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=11,75;FSAR=27,127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.164528,-0.0888815;FXX=0.0123452;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.821,49.2385;QD=61.1051;RBI=0.172985,0.0970187;REFB=0,0;REVB=-0.0534255,-0.0388935;RO=0;SAF=10,71;SAR=27,127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.67388e-08,4.69374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0632972,-0.0013917;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.158333,0.841667:37,198:243:38,202:240:0:11,75:27,127:0:0:99:0:10,71:27,127:0:0 chr21 30257570 . A C 152.38 PASS AF=0.151394;AO=39;DP=251;FAO=38;FDP=251;FR=.;FRO=213;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=81;FSRR=132;FWDB=-0.0556505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8377;QD=2.42832;RBI=0.0848561;REFB=-0.0341556;REVB=-0.0640592;RO=212;SAF=11;SAR=28;SRF=81;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143815;STB=0.58677;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.206622;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:212:213:39:38:0.151394:28:11:81:131:27:11:81:132 chr21 30318207 . T C 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00254019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.741;QD=11.3699;RBI=0.0217557;REFB=0.00358492;REVB=-0.0216069;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344978;STB=0.519984;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0107915;OID=.;OPOS=30318207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:23:22:13:12:23:22 chr21 30341891 . A G 774.5 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.572;QD=63.2242;RBI=0.0173598;REFB=0;REVB=0.00749844;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75773e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:32:17:0:0 chr21 30342933 . C A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0192594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.936;QD=19.1772;RBI=0.02884;REFB=-0.0156778;REVB=-0.0214667;RO=45;SAF=17;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674588;STB=0.543971;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0170506;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:26:17:21:24:26:17:22:24 chr21 30343017 . T C 326.14 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0229494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4508;QD=17.3939;RBI=0.0341219;REFB=-0.0114605;REVB=-0.0252513;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470495;STB=0.519073;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0210304;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:35:35:0.466667:18:17:17:22:18:17:18:22 chr21 30357163 . G T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0259083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.35;QD=17.9198;RBI=0.0260666;REFB=-0.0037277;REVB=-0.00286838;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136535;STB=0.576224;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00561224;OID=.;OPOS=30357163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:17:15:21:13:17:15:21:13 chr21 30511691 . G A 234.98 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0211626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.892;QD=25.4033;RBI=0.0254183;REFB=-0.0239925;REVB=-0.0140795;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890102;STB=0.504946;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0109929;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:8:7:10:12:8:7 chr21 30552839 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0299157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.066;QD=12.4131;RBI=0.0300794;REFB=-0.00720666;REVB=0.00313334;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197804;STB=0.613637;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00811787;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:14:23:10:13:14:23 chr21 30552877 . T C 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00795983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.293;QD=13.0291;RBI=0.0107214;REFB=-0.00407965;REVB=0.00718256;RO=46;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116331;STB=0.56662;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00523619;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:12:17:22:24:12:17:22:24 chr21 30716955 . TTGTGTGTG T 103.12 PASS AF=0.56;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0268083;FXX=0.358882;HRUN=3;LEN=8;MLLD=141.445;QD=16.4999;RBI=0.0328815;REFB=-0.0358264;REVB=-0.0190398;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.632885;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0893695;OID=.;OPOS=30716956;OREF=TGTGTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:12:23:14:25:11:11:3:6:5:73:0:12:0:0:0 chr21 30717151 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.513;QD=58.0611;RBI=0.063853;REFB=0;REVB=-0.0634466;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111254;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr21 30718201 . G A 607.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.16;QD=60.7641;RBI=0.0283869;REFB=0;REVB=0.0146773;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105449;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:25:13:0:0:27:13:0:0 chr21 30830393 . T G 2730.06 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0504137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9077;QD=61.6963;RBI=0.0528565;REFB=-0.0612411;REVB=0.0158828;RO=1;SAF=89;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550302;STB=0.502857;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000323907;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:176:177:1:1:175:176:0.99435:86:89:0:1:87:89:0:1 chr21 30925928 . A G 510.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.00381179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.489;QD=18.3992;RBI=0.00818457;REFB=0.00543475;REVB=-0.00724276;RO=57;SAF=18;SAR=36;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754266;STB=0.541652;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00503187;OID=.;OPOS=30925928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:36:18:15:42:36:18:15:42 chr21 30969901 . T C 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0605373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2408;QD=21.3763;RBI=0.0607245;REFB=-9.18066e-06;REVB=0.00476438;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968126;STB=0.554407;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00145916;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:11:11:14:9:11:11 chr21 31587793 . A G 279.81 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00814577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.211;QD=30.25;RBI=0.0132445;REFB=-0.0252075;REVB=0.0104433;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756913;STB=0.533451;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0102307;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:37:12:12:24:25:0.675676:11:13:5:7:12:13:5:7 chr21 31655212 . A C 1597.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.254;QD=63.8904;RBI=0.028688;REFB=0;REVB=0.0283668;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218326;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:54:43:0:0:55:45:0:0 chr21 31768539 . G C 514.59 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0435704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.994;QD=16.0809;RBI=0.0464581;REFB=-0.0214865;REVB=-0.0161238;RO=71;SAF=29;SAR=27;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151363;STB=0.587698;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.030955;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:72:56:56:0.4375:27:29:26:45:27:29:26:46 chr21 31802768 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00896752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0385;QD=19.4207;RBI=0.0104627;REFB=-0.00199138;REVB=0.00538991;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301568;STB=0.504584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00311801;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:18:11:9:17:18:11:10:17 chr21 31812772 . C A 304.05 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0191875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.234;QD=25.8768;RBI=0.0196855;REFB=-0.0348026;REVB=-0.00439999;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929875;STB=0.557334;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0245083;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:26:27:0.574468:10:16:10:10:10:17:10:10 chr21 31859677 . G A 344.68 PASS AF=0.408602;AO=36;DP=91;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0330327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.507;QD=14.825;RBI=0.0330488;REFB=-0.0245237;REVB=-0.00103021;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410557;STB=0.504286;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.023369;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:55:55:36:38:0.408602:15:21:30:25:17:21:30:25 chr21 31869286 . T C 648.54 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.000216863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.689;QD=21.7997;RBI=0.00627126;REFB=-0.0263014;REVB=-0.00626751;RO=55;SAF=30;SAR=34;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187158;STB=0.510265;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0167702;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:34:30:27:28:34:30:27:28 chr21 31913981 . AG A 1208.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.476;QD=61.2045;RBI=0.035517;REFB=0;REVB=-0.0199099;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.46314e-06;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:79:79:79:0:49:30:0:0:6:0:49:30:0:0 chr21 31914000 . T A 1329.32 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250588;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.916;QD=62.5563;RBI=0.00534383;REFB=0;REVB=-0.00471986;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50469e-05;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:32:51:0:0:32:53:0:0 chr21 31964916 . A C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0608932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6087;QD=8.51155;RBI=0.0626016;REFB=-0.0375367;REVB=-0.0145251;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682721;STB=0.542084;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0550118;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:13:11:4:6:13:11 chr21 31973516 . T A 528.34 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00530001;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.108;QD=17.7593;RBI=0.0174783;REFB=-0.0221354;REVB=-0.0166554;RO=63;SAF=29;SAR=27;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100023;STB=0.555503;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0238001;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:63:56:56:0.470588:27:29:26:37:27:29:26:37 chr21 32201822 . G T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.827;QD=61.8526;RBI=0.016004;REFB=0;REVB=0.0087196;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08341e-05;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr21 32201835 . A C 1437.79 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519462;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.062;QD=63.1994;RBI=0.0129744;REFB=0;REVB=-0.0118891;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13943e-05;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr21 32201866 . A G 1499.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.632;QD=59.3986;RBI=0.0315796;REFB=0;REVB=0.0278758;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59607e-06;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:101:0:0:95:101:1:53:42:0:0:57:44:0:0 chr21 32201951 . A G 1540.51 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.111;QD=59.8257;RBI=0.0335467;REFB=0;REVB=0.0298407;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21697e-05;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr21 32201969 . GA G 1193.82 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757922;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.1573;QD=49.7424;RBI=0.0514408;REFB=0;REVB=-0.0508794;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00063866;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:97:96:96:0:39:57:0:0:21:0:39:57:0:0 chr21 32410582 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0109696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.823;QD=10.8236;RBI=0.0178499;REFB=-0.00589732;REVB=-0.0140814;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.627234;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0113771;OID=.;OPOS=32410582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:12:11:8:4:12:11 chr21 32410619 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.022242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.256;QD=12.4554;RBI=0.0244311;REFB=-0.0197798;REVB=0.0101082;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273895;STB=0.659183;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0262847;OID=.;OPOS=32410619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:15:6:18:16:15:6:18:16 chr21 32493031 . A G 2845.85 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191647;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2609;QD=62.8917;RBI=0.0309219;REFB=0;REVB=-0.0242669;RO=0;SAF=88;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.27878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239041;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:179:181:1:91:88:0:0:93:88:0:0 chr21 32499473 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0268653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.231;QD=16.1177;RBI=0.0270451;REFB=-0.0115353;REVB=0.00311407;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.563652;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0107501;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:7:6:7:5:7:6 chr21 33368188 . T C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0222537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.185;QD=20.8919;RBI=0.0223504;REFB=-0.00863477;REVB=-0.0020768;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634568;STB=0.535189;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00666198;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:13:14:19:13:13:14 chr21 33694224 . C G 673.95 PASS AF=0.912281;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.137519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8909;QD=47.2951;RBI=0.140025;REFB=-0.113722;REVB=0.0263735;RO=3;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269969;STB=0.555534;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00626139;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:57:3:5:46:52:0.912281:20:26:1:2:20:32:0:5 chr21 33714962 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.791;QD=16.8249;RBI=0.00445203;REFB=-0.016946;REVB=-0.00445203;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0099158;OID=.;OPOS=33714962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:7:0:0:5:7:0:0:5 chr21 33714966 . AG GA 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.807;QD=38.0149;RBI=0.0153664;REFB=0;REVB=0.0153664;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000509086;OID=.;OPOS=33714966;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 33719695 . C T 412.94 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0118565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4707;QD=47.1933;RBI=0.0242068;REFB=-0.0406668;REVB=0.0211043;RO=3;SAF=24;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971936;STB=0.542685;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0190182;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:3:4:31:31:0.885714:7:24:1:2:7:24:2:2 chr21 33749533 . A C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.373;QD=58.9627;RBI=0.0260015;REFB=0;REVB=0.0101645;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51901e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr21 33840208 . A G 417.43 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0298169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.331;QD=14.271;RBI=0.029838;REFB=-0.0091548;REVB=0.00112149;RO=68;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335065;STB=0.514013;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.011561;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:68:69:48:48:0.410256:26:22:29:39:26:22:30:39 chr21 33887131 . G A 141.21 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0305073;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.937;QD=8.68999;RBI=0.0326982;REFB=-0.0144543;REVB=0.0117674;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442458;STB=0.769914;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0322942;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:43:46:19:19:0.292308:7:12:10:33:7:12:10:36 chr21 33951068 . T C 922.34 PASS AF=0.514124;AO=89;DP=176;FAO=91;FDP=177;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.00864304;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.85;QD=20.8438;RBI=0.00934515;REFB=-0.00576997;REVB=0.00355384;RO=85;SAF=33;SAR=56;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165517;STB=0.511011;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00531755;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:85:86:89:91:0.514124:56:33:33:52:58:33:33:53 chr21 33956579 . T C 440.98 PASS AF=0.446429;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0148656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8115;QD=15.7493;RBI=0.0149668;REFB=-0.024254;REVB=-0.0017375;RO=59;SAF=12;SAR=36;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235071;STB=0.624553;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0218193;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:59:62:48:50:0.446429:36:12:27:32:36:14:30:32 chr21 34003928 . A AAGTATT 206.94 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00490996;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=308.543;QD=16.8934;RBI=0.011335;REFB=-0.00583568;REVB=0.0102164;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142176;STB=0.569654;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.00796662;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:20:52:21:49:28:13:8:14:14:99:29:13:7:15:14 chr21 34014192 . G A 223.63 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0152904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.433;QD=14.9089;RBI=0.0219451;REFB=0.00581355;REVB=-0.0157413;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220779;STB=0.624906;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00921203;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:22:12:15:11:22:12 chr21 34014283 . C A 278.58 PASS AF=0.421053;AO=28;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0127796;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.139;QD=14.6619;RBI=0.0142142;REFB=-0.00629987;REVB=-0.00622294;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369305;STB=0.534804;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0127088;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:44:28:32:0.421053:17:11:20:27:17:15:18:26 chr21 34059352 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00582723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.715;QD=10.168;RBI=0.00596691;REFB=-0.0150005;REVB=-0.00128351;RO=38;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287271;STB=0.670469;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0232518;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:14:5:19:19:14:5:19:19 chr21 34163742 . A G 2459.34 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291957;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.452;QD=61.4834;RBI=0.0415141;REFB=0;REVB=0.0295133;RO=0;SAF=50;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0835e-07;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:159:160:1:109:50:0:0:109:51:0:0 chr21 34166190 . A T 1282.79 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202354;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2825;QD=60.3666;RBI=0.0262128;REFB=0.0800688;REVB=0.0166625;RO=2;SAF=52;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178652;STB=0.504672;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00118078;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:82:84:0.988235:30:52:2:0:31:53:1:0 chr21 34166343 . C T 800.47 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0723169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.661;QD=55.2048;RBI=0.0883461;REFB=-0.0896796;REVB=0.0507473;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00981309;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr21 34169317 . C CT 510.24 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166882;FXX=0.0444346;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.978;QD=47.4645;RBI=0.0176472;REFB=0;REVB=0.00573828;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000970065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000123696;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:43:43:0:22:21:0:0:9:2:22:21:1:1 chr21 34444137 . G A 412.89 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0106946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0173;QD=18.7679;RBI=0.0126024;REFB=-0.0160831;REVB=0.00666689;RO=46;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194629;STB=0.501084;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0172042;OID=.;OPOS=34444137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:22:20:22:24:22:20:22:24 chr21 34614255 . T G 327.99 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00882658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.3;QD=30.5105;RBI=0.0263327;REFB=-0.00144494;REVB=0.0248093;RO=15;SAF=22;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478083;STB=0.526296;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000867784;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:6:22:11:4:6:22:11:4 chr21 34640788 . A G 319.07 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.011011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.843;QD=15.7567;RBI=0.0323408;REFB=-0.00826019;REVB=-0.0304086;RO=45;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163636;STB=0.587553;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0108717;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:35:35:0.432099:24:11:21:24:24:11:21:25 chr21 34666376 . A G 432.58 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282975;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.61;QD=57.6777;RBI=0.0399625;REFB=0;REVB=-0.028218;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736194;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr21 34668747 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6213;QD=53.2766;RBI=0.022595;REFB=0;REVB=0.00302856;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304845;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr21 34787312 . A G 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.212;QD=62.3134;RBI=0.0645021;REFB=0;REVB=0.0644777;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166116;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr21 34821570 . G A 287.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.609;QD=52.3219;RBI=0.0626035;REFB=0;REVB=0.0252122;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469965;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:9:11:0:0:10:12:0:0 chr21 34822150 . T A 471.71 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.069391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5421;QD=55.4955;RBI=0.0756725;REFB=-0.0469161;REVB=-0.0301864;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00895951;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:0:1:12:21:0:1 chr21 34822452 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.859;QD=44.6876;RBI=0.0648903;REFB=0;REVB=0.00599903;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088996;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr21 34897113 . C T 1437.77 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320251;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.327;QD=63.1985;RBI=0.00502997;REFB=0;REVB=0.00387873;RO=0;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05949e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:62:29:0:0:62:29:0:0 chr21 34922700 . C T 207.8 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0348545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6075;QD=17.6849;RBI=0.0490415;REFB=-0.0223185;REVB=-0.0344998;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877298;STB=0.550214;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0267176;OID=.;OPOS=34922700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:18:8:5:16:18:8 chr21 34923933 . GTT GT,GTC 141.85 PASS AF=0.47619,0.285714;AO=8,4;DP=22;FAO=10,6;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=3,5;FSAR=7,1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.135253,0.242076;FXX=0.0454339;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.7689,18.8334;QD=27.0181;RBI=0.172456,0.246541;REFB=-0.183432,-0.147221;REVB=0.106995,0.0467114;RO=6;SAF=5,3;SAR=3,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.326506,0.508365;STB=0.540904,0.805371;STBP=0.749,0.089;TYPE=del,snp;VARB=0.153337,0.0613306;OID=.,.;OPOS=34923934,34923935;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47619,0.285714:8,4:22:10,6:21:5:3,5:7,1:1:4:34:6:5,3:3,1:1:5 chr21 34925142 . C T 804.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.108;QD=64.3353;RBI=0.0352418;REFB=0;REVB=-0.0302246;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93084e-05;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr21 34926260 . C T 1339.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.817;QD=62.309;RBI=0.0260592;REFB=0;REVB=-0.00906347;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08686e-05;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr21 34939589 . TTAAAAAAAA TAAAAAAAAT,TAAAAAAA,TTAAAAAAA,TTAAAAAAAT,TTTAAAAAAA 129.06 PASS AF=0.152174,0.304348,0,0,0;AO=5,8,9,2,2;DP=54;FAO=7,14,0,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6,3,0,0,0;FSAR=1,11,0,0,0;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0259862,0.00444779,-0.0470534,-0.0777577,-0.050364;FXX=0.09802;HRUN=6,6,8,8,8;LEN=9,2,1,1,1;MLLD=20.6262,17.428,9.35649,19.0552,13.3003;QD=11.2226;RBI=0.187042,0.03571,0.0915489,0.0996398,0.126277;REFB=-0.0354713,-0.0656776,-0.024399,0.00664782,0.041809;REVB=0.185228,0.0354319,-0.0785314,0.0623042,-0.115799;RO=19;SAF=4,2,1,2,0;SAR=1,6,8,0,2;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.652843,0.155022,-0.114205,0.710029,-0.404815;STB=0.918823,0.513793,0.5,0.5,0.5;STBP=0.074,0.932,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp,snp;VARB=0.0528007,0.146341,0.0530666,0.0106668,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=34939590,34939590,34939591,34939598,34939591;OREF=TAAAAAAAA,TA,A,A,A;OALT=AAAAAAAAT,-,-,T,T;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAA,TTAAAAAAA,TTAAAAAAAT,TTTAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.152174,0.304348,0,0,0:5,8,9,2,2:54:7,14,0,0,0:46:25:6,3,0,0,0:1,11,0,0,0:5:20:79:19:4,2,1,2,0:1,6,8,0,2:3:16 chr21 34948684 . G GA 987.64 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830886;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6391;QD=47.0306;RBI=0.0887799;REFB=0;REVB=0.0312757;RO=2;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00163162;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:85:84:84:0:42:42:0:0:18:2:41:41:0:2 chr21 34948696 . GAC G,GC,GCC 1164.39 PASS AF=0,1,0;AO=12,62,3;DP=79;FAO=0,77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,0;FSAR=0,40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522944,0.059451,0.0594725;FXX=0.0253133;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=90.392,111.483,92.046;QD=60.4877;RBI=0.0666093,0.0660775,0.0594997;REFB=0,0,0;REVB=-0.0412565,-0.0288412,-0.00179887;RO=0;SAF=12,25,1;SAR=0,37,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00750561,0.000132147,0;OID=.,.,.;OPOS=34948697,34948697,34948697;OREF=AC,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,62,3:79:0,77,0:77:0:0,37,0:0,40,0:0:0:6:0:12,25,1:0,37,2:0:0 chr21 35201947 . C T 373.03 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0293344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0703;QD=20.4401;RBI=0.0758586;REFB=0.000826222;REVB=0.0699573;RO=34;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429811;STB=0.517638;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000916031;OID=.;OPOS=35201947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:16:22:18:16:16:22:19:16 chr21 35237608 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.332;QD=55.6561;RBI=0.0272824;REFB=0;REVB=0.0223238;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09224e-05;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr21 35260481 . T C 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00831697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.779;QD=14.2151;RBI=0.00896428;REFB=-0.00689291;REVB=-0.0033446;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403368;STB=0.522903;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0106002;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:17:13:17:26:17:13:17:26 chr21 35275955 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9955;QD=51.9163;RBI=0.0290958;REFB=0;REVB=-0.00334583;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760261;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr21 35281393 . A G 205.77 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0227425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=10.8299;RBI=0.0232657;REFB=-0.0200265;REVB=-0.00490619;RO=49;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223716;STB=0.645454;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0316399;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:50:25:26:0.342105:8:17:24:25:8:18:24:26 chr21 35286740 . A G 88.73 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00718678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.858;QD=14.7886;RBI=0.00761061;REFB=-0.0226349;REVB=0.0025043;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0288;OID=.;OPOS=35286740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:7:6:6:5:7:6 chr21 35291543 . G A 135.96 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0159772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.7;QD=17.5427;RBI=0.016607;REFB=-0.0138098;REVB=0.00453006;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101128;STB=0.55806;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00858824;OID=.;OPOS=35291543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:9:7:5:10:9:7 chr21 35467645 . A G 2439.81 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.366;QD=60.6165;RBI=0.0455615;REFB=-0.0354705;REVB=-0.00663441;RO=1;SAF=79;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583813;STB=0.503067;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=3.99168e-05;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:81:79:0:1:81:79:0:1 chr21 35469193 . C A 198.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6019;QD=44.0866;RBI=0.0181314;REFB=0.00596629;REVB=-0.000347506;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00621811;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:1:0:5:12:1:0 chr21 35469708 . G GA 539.21 PASS AF=1;AO=63;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.256126;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.88136;QD=23.9651;RBI=0.276792;REFB=0.0377144;REVB=-0.104944;RO=19;SAF=32;SAR=31;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00183097;OID=.;OPOS=35469709;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:92:90:90:0:47:43:0:0:8:19:32:31:14:5 chr21 35469726 . G GT 993.49 PASS AF=1;AO=84;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5791;QD=45.1587;RBI=0.0533355;REFB=0;REVB=-0.00625746;RO=6;SAF=40;SAR=44;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000819475;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:90:88:88:0:44:44:0:0:19:6:40:44:6:0 chr21 35469852 . C A 938.63 PASS AF=0.906667;AO=70;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00137022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2341;QD=50.0604;RBI=0.0163412;REFB=-0.0347794;REVB=0.0162836;RO=5;SAF=33;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901751;STB=0.518659;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0126608;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:75:75:5:7:70:68:0.906667:37:33:2:3:35:33:2:5 chr21 35470041 . AG A,AT 553.33 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=10,23;DP=37;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062552,0.00738964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.293,145.532;QD=58.2454;RBI=0.0292262,0.0242214;REFB=0,0;REVB=0.0285489,0.0230667;RO=0;SAF=3,10;SAR=7,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0106799,0.00229992;OID=.,.;OPOS=35470042,35470042;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:10,23:37:1,37:38:0:0,13:1,24:0:0:13:0:3,10:7,13:0:0 chr21 35470210 . T G 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00509236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.509;QD=55.2224;RBI=0.00765765;REFB=0.0580832;REVB=-0.00571905;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000139277;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:1:0:30:26:1:0 chr21 35470213 . C A 815.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8089;QD=57.2626;RBI=0.0324096;REFB=0;REVB=-0.0106554;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190499;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr21 35471815 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00540318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.955;QD=55.2224;RBI=0.0054175;REFB=0.0412535;REVB=0.000393674;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000792673;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:24:32:1:0:24:32:1:0 chr21 35474410 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.882;QD=59.4356;RBI=0.0173531;REFB=0;REVB=0.0118877;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39844e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr21 35821821 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00361364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.973;QD=21.2676;RBI=0.00628567;REFB=-0.0237808;REVB=0.00514308;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00764996;OID=.;OPOS=35821821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:5:9:10:7:5:9 chr21 35890409 . C T 629.32 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00650492;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.175;QD=22.2767;RBI=0.00812092;REFB=-0.00959363;REVB=0.00486163;RO=51;SAF=19;SAR=43;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197172;STB=0.608392;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00818685;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:51:51:62:62:0.548673:43:19:27:24:43:19:27:24 chr21 35893737 . T C 1298.36 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.57;QD=61.0994;RBI=0.0291886;REFB=0;REVB=0.0143137;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915906;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:47:34:0:0:49:36:0:0 chr21 36042203 . G C 446.66 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.746;QD=57.6329;RBI=0.0412816;REFB=0;REVB=0.0391892;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116357;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr21 36042579 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0196392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.321;QD=16.199;RBI=0.0631168;REFB=0.00866001;REVB=0.0599836;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00510283;OID=.;OPOS=36042579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:3:2:1:1:3:2:2:1 chr21 36042584 . G A 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00538047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.065;QD=16.1909;RBI=0.0232022;REFB=-0.0119419;REVB=-0.0225697;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0109416;OID=.;OPOS=36042584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr21 36080290 . C T 251.88 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0323944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.653;QD=17.0767;RBI=0.0334279;REFB=-0.00735451;REVB=-0.00824774;RO=31;SAF=4;SAR=23;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793484;STB=0.513175;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0126183;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:23:4:6:25:23:5:6:25 chr21 36411119 . G T 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0174066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.402;QD=10.9723;RBI=0.0299948;REFB=-0.00592774;REVB=0.0244275;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263825;STB=0.666444;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0207321;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:31:15:15:0.326087:10:5:16:12:10:5:18:13 chr21 37429679 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.557;QD=45.8068;RBI=0.0304233;REFB=0;REVB=-0.028603;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127885;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr21 37443480 . T G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0230109;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.886;QD=16.408;RBI=0.0275358;REFB=-0.0157131;REVB=0.0151235;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241298;STB=0.636248;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0258652;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:6:23:12:9:6:23 chr21 37507745 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000723594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.612;QD=62.0079;RBI=0.0129328;REFB=0;REVB=0.0129126;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86615e-05;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr21 37507769 . C T 344.2 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0217382;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.699;QD=16.1974;RBI=0.0321669;REFB=-0.00117665;REVB=-0.0237099;RO=49;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241447;STB=0.518654;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00100565;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:48:37:37:0.435294:15:22:28:21:15:22:27:21 chr21 37518706 . G A 141.79 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00536504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.86;QD=13.5038;RBI=0.0104908;REFB=-0.0139251;REVB=0.00901513;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630847;STB=0.811147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140056;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:15:16:0.380952:14:1:13:12:14:2:14:12 chr21 37584306 . C A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0229549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.809;QD=17.089;RBI=0.0421152;REFB=0.00544739;REVB=-0.0353096;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122833;STB=0.569222;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00953571;OID=.;OPOS=37584306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:12:16:11:14:12:16 chr21 37617630 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.727;QD=48.7373;RBI=0.0131534;REFB=0;REVB=0.0130883;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129374;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr21 37692589 . A T 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00469696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.827;QD=32.1184;RBI=0.00671067;REFB=-0.0178306;REVB=-0.00479287;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142137;STB=0.507789;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0122806;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:12:13:6:5:12:13:6:5 chr21 37759957 . C T 667.16 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0106422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.301;QD=17.791;RBI=0.0203602;REFB=-0.0151283;REVB=-0.0173574;RO=82;SAF=27;SAR=41;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150275;STB=0.583605;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0197461;OID=.;OPOS=37759957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:41:27:45:37:41:27:45:37 chr21 37781046 . C T 315.17 PASS AF=0.459459;AO=36;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0349004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2295;QD=17.0359;RBI=0.035632;REFB=-0.0413064;REVB=0.0071833;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911475;STB=0.551693;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0449996;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:40:36:34:0.459459:14:22:19:18:13:21:21:19 chr21 37788625 . C T 268.96 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0562494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6307;QD=16.5515;RBI=0.0598755;REFB=-0.0338125;REVB=-0.0205204;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110964;STB=0.562458;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0259945;OID=.;OPOS=37788625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:12:18:17:18:12:18:17:18 chr21 38081562 . T G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0033703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.073;QD=15.2929;RBI=0.00510588;REFB=-0.0254783;REVB=-0.00383551;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36755;STB=0.713832;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0108672;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:2:7:3:6:2:7 chr21 38081577 . C G 78.1 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0287061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.418;QD=14.2005;RBI=0.0536883;REFB=-0.0631725;REVB=0.0453695;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829008;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0642253;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:22:12:12:8:10:0.454545:4:4:5:7:5:5:5:7 chr21 38444863 . C T 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.384;QD=61.5349;RBI=0.0367545;REFB=0;REVB=0.0102181;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148592;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr21 38495269 . GA AT,GAT 982.74 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,63;DP=71;FAO=3,66;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=2,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755585,-0.167094;FXX=0.028165;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=115.014,30.1123;QD=56.9705;RBI=0.0774221,0.173055;REFB=0,0;REVB=-0.0168847,0.0450303;RO=0;SAF=1,22;SAR=2,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00495845,-0.00249144;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:69:0:0:3,63:3,66:0.0434783,0.956522:2,41:1,22:0:0:2,41:1,25:0:0 chr21 38512956 . A G 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.206;QD=60.7134;RBI=0.0181361;REFB=0;REVB=-0.0179194;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35072e-05;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr21 38522440 . C A 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0799208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4326;QD=14.8492;RBI=0.0893598;REFB=-0.0115386;REVB=-0.0399729;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232442;STB=0.528468;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0135092;OID=.;OPOS=38522440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:13:6:8:19:13:6:8:21 chr21 38525356 . T C 2064.44 PASS AF=1;AO=130;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.319;QD=61.6249;RBI=0.0742574;REFB=0;REVB=0.00598945;RO=1;SAF=50;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583625;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:1:0:130:134:1:80:50:1:0:80:54:0:0 chr21 38532058 . TG T 1123.66 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000141132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3149;QD=48.8546;RBI=0.0295993;REFB=0;REVB=-0.029599;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000475197;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:92:92:92:0:46:46:0:0:20:0:46:44:0:0 chr21 38532068 . G GA 919.19 PASS AF=1;AO=78;DP=91;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3355;QD=44.8387;RBI=0.213955;REFB=0;REVB=0.137952;RO=13;SAF=36;SAR=42;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826042;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00540421;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:91:82:82:0:38:44:0:0:17:13:36:42:10:3 chr21 38539844 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.696;QD=59.4355;RBI=0.0307996;REFB=0;REVB=-0.00192754;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80646e-05;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr21 38563725 . G A 1424.17 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8113;QD=61.2547;RBI=0.018646;REFB=0.0675071;REVB=-0.0146723;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106514;STB=0.505493;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00626013;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:44:47:0:1:45:47:0:1 chr21 38568009 . G C 1245.82 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6075;QD=61.522;RBI=0.00559588;REFB=0;REVB=0.00550957;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59506e-05;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr21 38568308 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.19;QD=47.8117;RBI=0.0463392;REFB=0;REVB=-0.00202841;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109426;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr21 38587916 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4323;QD=57.7119;RBI=0.0207852;REFB=0;REVB=0.0200025;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123554;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr21 38885442 . A G 1389.58 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000733665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.866;QD=62.4532;RBI=0.00235475;REFB=0;REVB=-0.00223754;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116446;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:45:44:0:0 chr21 38997701 . G A 1517.65 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132254;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.787;QD=58.9378;RBI=0.0191143;REFB=0;REVB=0.0138002;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64772e-05;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:103:1:0:102:103:1:47:55:1:0:47:56:0:0 chr21 39086965 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00913738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.937;QD=21.1302;RBI=0.0100731;REFB=-0.018561;REVB=-0.00423968;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387148;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0186804;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:10:12:10:10:10:12:11:10 chr21 39213020 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.89;QD=57.545;RBI=0.0438544;REFB=0;REVB=-0.0046838;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212236;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr21 39672624 . C G 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0152986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.768;QD=18.426;RBI=0.0334079;REFB=-0.000202211;REVB=0.0296992;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800724;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000284059;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:13:15:12:15:13:15:13:15 chr21 39870310 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.618;QD=56.7066;RBI=0.00863858;REFB=0;REVB=-0.00711371;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50102e-06;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr21 40195277 . T A 1107.08 PASS AF=0.486957;AO=112;DP=230;FAO=112;FDP=230;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=84;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0518997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7537;QD=19.2535;RBI=0.0563466;REFB=-0.00210752;REVB=-0.0219397;RO=118;SAF=28;SAR=84;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200108;STB=0.610804;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00261774;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:118:118:112:112:0.486957:84:28:51:67:84:28:51:67 chr21 40567352 . G A 281.67 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00478755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.656;QD=17.0709;RBI=0.0161975;REFB=-0.00639304;REVB=-0.0154738;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826029;STB=0.546312;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00677857;OID=.;OPOS=40567352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:15:20:15:16:15:20 chr21 40570769 . T A 551.33 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0208274;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.248;QD=26.5702;RBI=0.0258435;REFB=0.00656438;REVB=0.0153006;RO=33;SAF=28;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116655;STB=0.506364;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00411671;OID=.;OPOS=40570769;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:33:33:50:50:0.60241:22:28:19:14:22:28:19:14 chr21 40571246 . A G 676.21 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00568046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.057;QD=23.9365;RBI=0.00568768;REFB=-0.000565774;REVB=0.000286378;RO=48;SAF=19;SAR=46;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128166;STB=0.570167;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000357568;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:65:65:0.575221:46:19:21:27:46:19:21:27 chr21 40574305 . A G 527.17 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.022832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.37;QD=19.1698;RBI=0.0307338;REFB=-0.0241857;REVB=0.0205736;RO=55;SAF=32;SAR=23;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169536;STB=0.509366;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0231992;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:23:32:33:22:23:32:33:22 chr21 40584598 . C T 394.55 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0194544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9982;QD=15.6257;RBI=0.0269463;REFB=-0.0211581;REVB=-0.0186448;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366512;STB=0.523907;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0261425;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:55:57:43:44:0.435644:18:25:30:25:19:25:30:27 chr21 40585488 . C G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0166694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.869;QD=14.7986;RBI=0.045345;REFB=-0.00607793;REVB=0.0421699;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00800476;OID=.;OPOS=40585488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:8:5:3:8:8:5 chr21 40686078 . G C 895.62 PASS AF=0.514451;AO=89;DP=173;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0209186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.341;QD=20.7081;RBI=0.021338;REFB=-0.0216179;REVB=-0.00420942;RO=84;SAF=34;SAR=55;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159286;STB=0.587478;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0178676;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:84:84:89:89:0.514451:55:34:47:37:55:34:47:37 chr21 40686327 . T C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=36;FWDB=0.0163269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.674;QD=14.6163;RBI=0.0164972;REFB=-0.010259;REVB=0.00236425;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=2;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348042;STB=0.691258;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0207408;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:20:8:2:36:20:8:2:36 chr21 40769290 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00846251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.236;QD=7.95468;RBI=0.0238506;REFB=-0.000989595;REVB=0.0222989;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296329;STB=0.518472;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00286622;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:10:9:4:4:10:9 chr21 40823981 . G A 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.26;QD=63.887;RBI=0.0191373;REFB=0;REVB=0.0184753;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3956e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr21 40871788 . CAAAA CAAA,CAAAG 633.32 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=30,3;DP=84;FAO=76,6;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38,6;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.216336,-0.0167612;FXX=0.0238067;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.9512,172.417;QD=30.8935;RBI=0.757394,0.0764028;REFB=0,0;REVB=0.72584,0.0745416;RO=41;SAF=22,3;SAR=8,0;SRF=11;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.460375,0.627903;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0143944,0.175806;OID=.,.;OPOS=40871789,40871792;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAA,CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.926829,0.0731707:30,3:84:76,6:82:0:38,6:38,0:0:0:19:41:22,3:8,0:11:30 chr21 40871810 . T C 225.47 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0157887;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8538;QD=10.4872;RBI=0.0188989;REFB=-0.0159186;REVB=-0.0103869;RO=58;SAF=23;SAR=5;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510391;STB=0.799777;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0389369;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:5:23:23:35:5:23:23:35 chr21 40883671 . G GAGA 318.49 PASS AF=0.55;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00640382;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.925;QD=21.2328;RBI=0.0120152;REFB=-0.022416;REVB=0.0101665;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390947;STB=0.504584;STBP=0.957;TYPE=ins;VARB=0.0176268;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:32:61:33:60:27:15:18:12:15:99:29:14:18:14:15 chr21 40969826 . G C 1377.52 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.224;QD=62.6146;RBI=0.0298806;REFB=0;REVB=0.0254637;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72413e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:49:37:0:0:51:37:0:0 chr21 41032740 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00852167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.293;QD=7.71672;RBI=0.0087957;REFB=-0.00673754;REVB=-0.00217841;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651077;STB=0.54046;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00801568;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:12:15:5:5:12:15 chr21 41032804 . G A 159.47 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0218452;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9196;QD=11.5974;RBI=0.0366136;REFB=-0.00796446;REVB=0.0293827;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237237;STB=0.513798;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00492204;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:35:35:20:20:0.363636:9:11:20:15:9:11:20:15 chr21 41137507 . G C 248.12 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0221223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4365;QD=16.2702;RBI=0.0288391;REFB=0.0138352;REVB=-0.0185012;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126008;STB=0.570683;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0228252;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:23:10:12:16:23:10 chr21 41151203 . G A 507.83 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0140699;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.421;QD=17.8186;RBI=0.0180292;REFB=-0.00705847;REVB=-0.0112735;RO=60;SAF=25;SAR=29;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926032;STB=0.551331;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00770069;OID=.;OPOS=41151203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:29:25:22:38:29:25:22:38 chr21 41300964 . A AC 30.09 PASS AF=0.14;AO=8;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0147307;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.2767;QD=2.40714;RBI=0.0761093;REFB=-0.0133772;REVB=-0.0746702;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176254;STB=0.550156;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.170804;OID=.;OPOS=41300965;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:8:51:7:50:43:4:3:27:16:30:42:4:4:27:15 chr21 41416066 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0107981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.87;QD=20.0308;RBI=0.0194365;REFB=-0.0171735;REVB=-0.0161611;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117871;STB=0.565906;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0137483;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:17:7:5:21:17:7:5:21 chr21 41434841 . T C 1495.61 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.353;QD=62.3172;RBI=0.016849;REFB=-0.0699649;REVB=0.00254769;RO=1;SAF=54;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870097;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00208859;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:41:54:1:0:41:54:1:0 chr21 41465748 . G A 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00378485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.482;QD=13.9456;RBI=0.0163055;REFB=-0.00712118;REVB=-0.0158601;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442974;STB=0.525221;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0104898;OID=.;OPOS=41465748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:14:18:25:23:14:18:25:23 chr21 42540398 . TC T 39.38 PASS AF=0.392857;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.107785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7353;QD=5.6257;RBI=0.126279;REFB=-0.117931;REVB=0.0657935;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414557;STB=0.74387;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.124635;OID=.;OPOS=42540399;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:12:28:11:28:17:9:2:8:9:39:15:10:2:7:8 chr21 42556885 . A G 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0214542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.39;QD=9.62195;RBI=0.0345092;REFB=-0.00390002;REVB=0.0270297;RO=40;SAF=14;SAR=5;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118759;STB=0.570737;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00870752;OID=.;OPOS=42556885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:5:14:26:14:5:14:26:14 chr21 42622786 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.765;QD=60.7159;RBI=0.0227347;REFB=0;REVB=-0.00447305;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16867e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr21 42717662 . T C 960.57 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00680628;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.678;QD=57.3476;RBI=0.0227839;REFB=0.0781827;REVB=0.0217435;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119621;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000387518;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:27:39:1:0:27:39:1:0 chr21 42720579 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.013087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.006;QD=21.5099;RBI=0.0350136;REFB=0.00331135;REVB=0.0324759;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.519981;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00223678;OID=.;OPOS=42720579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:8:11:13:8:8:11 chr21 42775555 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.12;QD=48.7318;RBI=0.0108301;REFB=0;REVB=-0.00991021;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215609;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr21 43161022 . C T 284.32 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0486751;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.239;QD=17.4964;RBI=0.0536555;REFB=-0.0373678;REVB=0.0225752;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330593;STB=0.527255;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0356677;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:34:31:31:0.476923:18:13:15:18:18:13:16:18 chr21 43161357 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.851;QD=57.1037;RBI=0.020415;REFB=0;REVB=0.0155954;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202359;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr21 43161805 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0205217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.529;QD=18.5417;RBI=0.0217213;REFB=-0.011305;REVB=0.00711853;RO=35;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131128;STB=0.573363;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00831088;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:11:23:19:16:11:23:19:16 chr21 43161877 . C T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0419287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.169;QD=17.2228;RBI=0.0436212;REFB=-0.0113257;REVB=-0.0120328;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140452;STB=0.507869;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0173231;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:23:13:12:20:23:13 chr21 43162150 . G A 474.14 PASS AF=0.380282;AO=53;DP=141;FAO=54;FDP=142;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.00608894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.159;QD=13.356;RBI=0.0139108;REFB=0.00156658;REVB=0.0125074;RO=78;SAF=22;SAR=31;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866364;STB=0.506224;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00267715;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:78:88:53:54:0.380282:31:22:33:45:32:22:35:53 chr21 43164232 . C A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0123819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.835;QD=16.1192;RBI=0.013105;REFB=-0.0215389;REVB=0.00429318;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.585215;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0414616;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:5:8:9:3:5:8 chr21 43218520 . G A 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0107575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.277;QD=15.9472;RBI=0.0161933;REFB=-0.00686723;REVB=-0.0121036;RO=47;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16829;STB=0.595364;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00928902;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:26:10:20:27:26:10:20:27 chr21 43218807 . C T 265.6 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00272576;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.827;QD=15.1771;RBI=0.00306586;REFB=-0.0165425;REVB=-0.00140348;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172735;STB=0.514276;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.027488;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:40:29:30:0.428571:14:15:19:19:15:15:19:21 chr21 43218864 . G T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00469027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.769;QD=21.0641;RBI=0.00496632;REFB=-0.0235348;REVB=0.0016327;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919942;STB=0.505086;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0166066;OID=.;OPOS=43218864;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:23:21:20:21:23:21:20:21 chr21 43219728 . A T 328.01 PASS AF=0.38835;AO=38;DP=101;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00461804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.313;QD=12.7382;RBI=0.00756819;REFB=0.000767231;REVB=0.00599593;RO=63;SAF=19;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607159;STB=0.533964;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000474207;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:63:63:38:40:0.38835:19:19:35:28:20:20:35:28 chr21 43220380 . C A 1042.55 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.99;QD=59.5742;RBI=0.0291099;REFB=0;REVB=0.0260755;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83476e-05;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:30:40:0:0 chr21 43221483 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.934;QD=55.0987;RBI=0.0277961;REFB=0;REVB=-0.00292056;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1384e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr21 43221555 . G A 135.91 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0109594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7129;QD=17.5362;RBI=0.0179767;REFB=-0.0118093;REVB=0.0142498;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836314;STB=0.547763;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0132804;OID=.;OPOS=43221555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:10:6:7:8:10:6 chr21 43221826 . T C 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109274;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.073;QD=63.3007;RBI=0.115719;REFB=0;REVB=-0.0380808;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378162;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr21 43222889 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0092557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.885;QD=13.7269;RBI=0.00987682;REFB=-0.016823;REVB=-0.00344725;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908028;STB=0.551864;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0289485;OID=.;OPOS=43222889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:17:19:11:14:17:19 chr21 43239972 . A G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0044859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.776;QD=21.1302;RBI=0.0134871;REFB=-0.0212131;REVB=0.0127192;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165061;STB=0.606641;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.018706;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:7:15:10:10:7:15:10:11 chr21 43305619 . C T 242.89 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00561468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.646;QD=12.7834;RBI=0.00566629;REFB=-0.0101817;REVB=-0.00076304;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.517229;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0184198;OID=.;OPOS=43305619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:15:14:23:23:15:14:24:23 chr21 43315057 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.81;QD=54.5176;RBI=0.0454551;REFB=0;REVB=0.0272044;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520056;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr21 43327793 . C T 435.33 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00832056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.686;QD=17.0716;RBI=0.0211688;REFB=-0.0307218;REVB=0.019465;RO=54;SAF=18;SAR=29;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128404;STB=0.500662;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0307116;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:47:47:0.460784:29:18:20:34:29:18:21:34 chr21 43327856 . A G 342.68 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00126257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.521;QD=16.318;RBI=0.0133789;REFB=-0.00860102;REVB=-0.0133192;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120209;STB=0.561051;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00877809;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:23:13:12:35:24:13:12:35 chr21 43408317 . T TAAAGA 385.52 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936622;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=201.06;QD=55.0748;RBI=0.0197714;REFB=0;REVB=-0.0174122;RO=3;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000465468;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:31:28:28:0:12:16:0:0:4:3:9:14:3:0 chr21 43413731 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.494;QD=61.536;RBI=0.0225908;REFB=0;REVB=0.00706463;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3574e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr21 43504228 . T C 983.55 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.364;QD=57.8556;RBI=0.0117249;REFB=0;REVB=0.0115527;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381846;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:32:33:0:0:34:34:0:0 chr21 43510427 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.416;QD=57.2374;RBI=0.0388632;REFB=0;REVB=0.0300868;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33872e-05;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr21 43510437 . A C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2158;QD=57.2339;RBI=0.0639652;REFB=0;REVB=0.0604366;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524544;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr21 43513989 . C T 591.71 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2106;QD=56.3531;RBI=0.0775621;REFB=0.00441804;REVB=0.0732969;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492943;STB=0.526303;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000225778;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:22:18:2:0:22:18:2:0 chr21 43522349 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.494;QD=61.6838;RBI=0.0244842;REFB=0;REVB=0.0167106;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021954;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr21 43523941 . C A 1109.59 PASS AF=0.547368;AO=103;DP=189;FAO=104;FDP=190;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00085533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.852;QD=23.3598;RBI=0.0166539;REFB=-0.00939216;REVB=0.0166319;RO=86;SAF=51;SAR=52;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250518;STB=0.511444;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00503728;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:86:86:103:104:0.547368:52:51:40:46:53:51:40:46 chr21 43523972 . G C 840.27 PASS AF=0.455497;AO=87;DP=191;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.000450907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.87;QD=17.5972;RBI=0.00786669;REFB=-0.0312082;REVB=-0.00785376;RO=104;SAF=41;SAR=46;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753169;STB=0.541752;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0335939;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:104:104:87:87:0.455497:46:41:57:47:46:41:57:47 chr21 43531008 . T C 1852.62 PASS AF=0.983871;AO=116;DP=123;FAO=122;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00824959;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.168;QD=59.762;RBI=0.0394212;REFB=0.00355774;REVB=0.0385484;RO=2;SAF=65;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143869;STB=0.507575;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000782377;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:124:2:2:116:122:0.983871:51:65:2:0:57:65:2:0 chr21 43531553 . A C 464.24 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.000974916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.624;QD=24.7593;RBI=0.00207473;REFB=-0.0239908;REVB=-0.00183141;RO=30;SAF=18;SAR=26;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851552;STB=0.537467;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0151461;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:26:18:9:21:26:18:10:21 chr21 43531632 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.567;QD=61.3754;RBI=0.011828;REFB=0;REVB=0.00588993;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1202e-06;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr21 43539293 . G A 475.65 PASS AF=0.47;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0275332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2737;QD=19.0261;RBI=0.0275332;REFB=-0.0241605;REVB=-2.27854e-05;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698082;STB=0.524827;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0227985;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:53:47:47:0.47:27:20:25:25:27:20:25:28 chr21 43547165 . G A 401.88 PASS AF=0.488095;AO=37;DP=79;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0106717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.491;QD=19.1371;RBI=0.0107058;REFB=-0.0165231;REVB=0.00085404;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206835;STB=0.62097;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0124022;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:40:43:37:41:0.488095:14:23:16:24:16:25:16:27 chr21 43547788 . T C 742.24 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.822;QD=63.1692;RBI=0.0426841;REFB=0;REVB=0.0425602;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012769;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:1:0:43:47:1:23:20:0:1:26:21:0:0 chr21 43547873 . G A 505.5 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0214192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.755;QD=17.7368;RBI=0.0214285;REFB=0.00425404;REVB=-0.000632154;RO=60;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106743;STB=0.505927;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00560003;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:30:24:26:34:30:24:26:34 chr21 43641347 . G A 576.47 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0248296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.704;QD=18.3005;RBI=0.0255416;REFB=-0.00404538;REVB=0.00598845;RO=66;SAF=25;SAR=35;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734977;STB=0.504075;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00478401;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:66:60:60:0.47619:35:25:28:38:35:25:28:38 chr21 43676586 . A T 347.96 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0323346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.881;QD=20.1719;RBI=0.0323599;REFB=-0.00287679;REVB=-0.00127788;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212818;STB=0.622247;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0025301;OID=.;OPOS=43676586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:11:24:15:18:11:25:15:18 chr21 43679438 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0275342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.733;QD=20.5465;RBI=0.029775;REFB=-0.00915955;REVB=0.011332;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279322;STB=0.657002;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0104596;OID=.;OPOS=43679438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:8:14:7:15:8:14:7:15 chr21 43679513 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0565447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2334;QD=17.454;RBI=0.0627875;REFB=0.0113032;REVB=-0.0272943;RO=29;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284257;STB=0.640341;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0142097;OID=.;OPOS=43679513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:7:19:13:16:8:19:13:16 chr21 43679554 . C T 230.33 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0421734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.544;QD=17.718;RBI=0.0421769;REFB=-0.0061956;REVB=0.000536981;RO=27;SAF=21;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439682;STB=0.751184;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0081579;OID=.;OPOS=43679554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:4:21:12:15:4:21:12:15 chr21 43786512 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00761486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.012;QD=16.2714;RBI=0.0191849;REFB=-0.0318191;REVB=-0.0176089;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248822;STB=0.642672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0392075;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:6:12:6:9:6:12 chr21 43792869 . C T 622.19 PASS AF=0.639535;AO=52;DP=83;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00492236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.362;QD=28.9392;RBI=0.0221951;REFB=-0.0154357;REVB=0.0216423;RO=30;SAF=17;SAR=35;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300203;STB=0.52407;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00808175;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:30:31:52:55:0.639535:35:17:11:19:37:18:12:19 chr21 43803167 . T C 343.2 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.010217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.403;QD=24.0845;RBI=0.0111928;REFB=-0.0207896;REVB=-0.00457089;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168027;STB=0.592422;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0161828;OID=.;OPOS=43803167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:14:9:21:13:14:9 chr21 43805637 . C T 346.13 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00339654;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.399;QD=25.173;RBI=0.0246963;REFB=0.00349444;REVB=0.0244616;RO=21;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399436;STB=0.51612;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00312745;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:21:33:34:0.618182:16:17:12:9:16:18:12:9 chr21 43824106 . A G 1062.32 PASS AF=0.46281;AO=107;DP=237;FAO=112;FDP=242;FR=.;FRO=130;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=59;FSRR=71;FWDB=0.024799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.161;QD=17.559;RBI=0.0273593;REFB=-0.0189854;REVB=0.0115561;RO=129;SAF=42;SAR=65;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659577;STB=0.523726;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0228096;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:242:129:130:107:112:0.46281:65:42:59:70:66:46:59:71 chr21 43824123 . G C 933.19 PASS AF=0.460465;AO=97;DP=214;FAO=99;FDP=215;FR=.;FRO=116;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.00601932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.037;QD=17.3617;RBI=0.00861936;REFB=-0.0228849;REVB=-0.00616937;RO=114;SAF=38;SAR=59;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821374;STB=0.545587;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0206687;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:114:116:97:99:0.460465:59:38:54:60:61:38:54:62 chr21 43852232 . C T 525.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00333653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.512;QD=21.6744;RBI=0.00542707;REFB=-0.0121536;REVB=0.00428026;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631502;STB=0.53486;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0101114;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:27:23:25:22:27:23:25:22 chr21 43854985 . A C 602.2 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0203312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8325;QD=19.7442;RBI=0.0226618;REFB=-0.0110407;REVB=-0.0100099;RO=60;SAF=22;SAR=40;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745216;STB=0.541136;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0109523;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:40:22:26:34:40:22:26:34 chr21 43863521 . A G 165.47 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00693397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.299;QD=11.4114;RBI=0.0069423;REFB=-0.00993791;REVB=-0.000339879;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704646;STB=0.540945;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0170449;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:20:17:11:10:20:17 chr21 43985955 . G A 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0142729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.398;QD=15.2539;RBI=0.0145316;REFB=-0.00864842;REVB=0.00273015;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105585;STB=0.560914;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:15:15:8:12:15:15 chr21 43988553 . G A 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0275641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7532;QD=16.9926;RBI=0.0308711;REFB=-0.00197234;REVB=-0.0139013;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266191;STB=0.648751;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00142221;OID=.;OPOS=43988553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:8:22:12:15:8:22 chr21 44189166 . T C 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0164916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.921;QD=18.6199;RBI=0.0203752;REFB=-0.00119521;REVB=-0.0119656;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597122;STB=0.539209;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000818077;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:18:19:22:16:18:19:23:16 chr21 44189172 . A C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0148791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.07;QD=18.0082;RBI=0.0199981;REFB=0.005639;REVB=0.0133617;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660065;STB=0.536822;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00517618;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:25:16:17:20:25:16 chr21 44293744 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0877;QD=62.9823;RBI=0.0218071;REFB=0;REVB=-0.00187598;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254495;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr21 44323461 . G A 405.17 PASS AF=0.545455;AO=38;DP=73;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0131924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.718;QD=21.0476;RBI=0.0173278;REFB=-0.00619915;REVB=-0.0112344;RO=33;SAF=8;SAR=30;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392167;STB=0.564543;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00492205;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:33:35:38:42:0.545455:30:8:8:25:34:8:10:25 chr21 44323590 . T G 739.77 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6424;QD=56.9056;RBI=0.0254006;REFB=0;REVB=-0.00598542;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151156;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr21 44323720 . C T 239.01 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0263923;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.281;QD=18.0388;RBI=0.0263973;REFB=-0.00631598;REVB=-0.000511912;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184351;STB=0.596138;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00504143;OID=.;OPOS=44323720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:27:26:26:0.490566:18:8:13:13:18:8:13:14 chr21 44324365 . G A 1328.71 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2031;QD=59.7172;RBI=0.0171967;REFB=-0.125894;REVB=0.00434124;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.500129;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00351867;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:43:44:0:1:43:44:1:1 chr21 44327013 . A G 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00864485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.192;QD=9.91168;RBI=0.0097205;REFB=0.00123996;REVB=-0.00444463;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00680853;OID=.;OPOS=44327013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr21 44327015 . G A 323.92 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.619;QD=53.9873;RBI=0.0882882;REFB=0;REVB=0.0184256;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452891;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr21 44371114 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0054505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.773;QD=10.0339;RBI=0.0228243;REFB=-0.00571245;REVB=-0.022164;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0104678;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr21 44430325 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0316526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.078;QD=18.637;RBI=0.0338643;REFB=-0.00340092;REVB=-0.0120375;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833065;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00303895;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:11:5:6:9:11:5:6:10 chr21 44450370 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGC 153.06 PASS AF=0.333333,0.444444;AO=5,7;DP=23;FAO=6,8;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=1,6;FSAR=5,2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0012125,0.122529;FXX=0.249896;HRUN=1,1;LEN=10,9;MLLD=236.211,126.483;QD=34.0138;RBI=0.0430895,0.130524;REFB=-0.0515106,-0.0468396;REVB=0.0430724,0.0449799;RO=4;SAF=1,5;SAR=4,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268008,0.149414;STB=0.681121,0.599732;STBP=0.296,0.441;TYPE=del,mnp;VARB=0.0364409,0.0278008;OID=.,.;OPOS=44450371,44450394;OREF=GTGTGTGTGT,TGTGTGTGT;OALT=-,CGTGTGTGC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.444444:5,7:23:6,8:18:4:1,6:5,2:2:2:52:4:1,5:4,2:2:2 chr21 44450404 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0134826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3717;QD=6.78772;RBI=0.0231085;REFB=-0.0274075;REVB=-0.0187676;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640546;STB=0.879352;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0409843;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:3:20:2:6:3:20 chr21 44476179 . C G 77.96 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.057429;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=211.86;QD=14.1751;RBI=0.057555;REFB=-0.00231658;REVB=0.00380697;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294979;STB=0.533269;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00335288;OID=.;OPOS=44476179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:3:8:7:3:3:9 chr21 44480616 . G A 325.99 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0163678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.755;QD=29.6357;RBI=0.0168654;REFB=-0.0230974;REVB=-0.00406676;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191349;STB=0.590846;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0152115;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:15:16:28:28:0.636364:14:14:3:12:14:14:4:12 chr21 44749141 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00156077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.848;QD=14.6524;RBI=0.00995678;REFB=0.0377758;REVB=-0.00983369;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333798;STB=0.691819;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0176154;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:5:0:2:4:5:0 chr21 44835508 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0021869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.821;QD=19.8487;RBI=0.0306837;REFB=0.00173219;REVB=-0.0306057;RO=13;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427934;STB=0.75224;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00290797;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:1:14:9:4:1:14:9:4 chr21 44837550 . CGGGGG CAGGGA 375.79 PASS AF=0.5;AO=31;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00907631;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=283.828;QD=22.1051;RBI=0.014086;REFB=-0.0442948;REVB=0.010772;RO=19;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709772;STB=0.53977;STBP=0.477;TYPE=mnp;VARB=0.0261837;OID=.;OPOS=44837551;OREF=GGGGG;OALT=AGGGA;OMAPALT=CAGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:31:68:34:68:21:21:13:15:6:99:19:20:11:14:5 chr21 45092257 . T A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.000519084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.081;QD=17.2229;RBI=0.0161649;REFB=-0.0124717;REVB=0.0161565;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239744;STB=0.633132;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0183372;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:8:28:17:15:8:28 chr21 45096206 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00179185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.272;QD=12.071;RBI=0.0502044;REFB=-0.0181036;REVB=0.0501724;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222776;STB=0.628101;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0275161;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:15:25:10:14:15:25 chr21 45107518 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.42;QD=57.2376;RBI=0.0286401;REFB=0;REVB=0.00785173;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58802e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr21 45107562 . T C 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0261298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.201;QD=25.8478;RBI=0.0261964;REFB=-0.0264662;REVB=-0.00186726;RO=21;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142697;STB=0.578049;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0170458;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:16:19:7:14:16:19:7:14 chr21 45152500 . G A 273.7 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.030664;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.534;QD=23.7996;RBI=0.0547693;REFB=0.00662215;REVB=-0.0453805;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26911;STB=0.648771;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00303542;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:4:17:12:13:4:17 chr21 45175571 . C A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000936742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.638;QD=14.2415;RBI=0.0210978;REFB=-0.0126097;REVB=-0.021077;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067306;STB=0.528276;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0228336;OID=.;OPOS=45175571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:17:13:11:11:17:14 chr21 45181311 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00318719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.87;QD=18.4387;RBI=0.018839;REFB=-0.0230684;REVB=-0.0185674;RO=29;SAF=23;SAR=6;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454298;STB=0.525465;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0269914;OID=.;OPOS=45181311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:6:23:22:7:6:23:22:7 chr21 45181446 . G A 645.63 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=142;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00234477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.341;QD=18.0595;RBI=0.0516327;REFB=-0.0257783;REVB=0.0515795;RO=76;SAF=37;SAR=28;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155855;STB=0.584554;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0241872;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:76:77:65:66:0.461538:28:37:31:45:29:37:31:46 chr21 45181492 . T C 717.09 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0282988;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.947;QD=20.9369;RBI=0.0362511;REFB=-0.0200679;REVB=-0.0226566;RO=67;SAF=29;SAR=41;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162206;STB=0.589227;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0141822;OID=.;OPOS=45181492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:67:67:70:70:0.510949:41:29:40:27:41:29:40:27 chr21 45181571 . A AG,G 458.78 PASS AF=0.433071,0;AO=47,7;DP=138;FAO=55,0;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=35,0;FSAR=20,0;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00385968,-0.018936;FXX=0.00781189;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=21.4603,226.893;QD=14.4497;RBI=0.170393,0.0337323;REFB=0.032206,0.00108413;REVB=0.170349,0.0279159;RO=80;SAF=35,0;SAR=12,7;SRF=39;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.306997,-0.571106;STB=0.587596,0.5;STBP=0.103,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0350325,0;OID=.,.;OPOS=45181572,45181571;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:127:80:72:47,7:55,0:0.433071,0:12,7:35,0:39:41:20,0:35,0:35:37 chr21 45215055 . C G 271.3 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00393592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.489;QD=12.3318;RBI=0.0249304;REFB=-0.0151161;REVB=-0.0246177;RO=54;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222002;STB=0.514632;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0243156;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:54:56:32:32:0.363636:19:13:23:31:19:13:24:32 chr21 45217559 . T C 359.54 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00612884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.968;QD=17.3272;RBI=0.0118429;REFB=-0.0501481;REVB=-0.0101337;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167064;STB=0.587813;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0324322;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:23:15:25:19:23:15:25:20 chr21 45217929 . T C 508.67 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0164996;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.346;QD=23.1213;RBI=0.0166705;REFB=-0.0326079;REVB=-0.00238084;RO=40;SAF=19;SAR=29;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250376;STB=0.513774;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0254715;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:29:19:17:23:29:19:17:23 chr21 45219524 . T C 287.85 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0194134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1223;QD=25.0305;RBI=0.0236338;REFB=0.0292097;REVB=0.0134788;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0218747;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:13:13:10:10:13:13:10:10 chr21 45220483 . A G 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0197298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.829;QD=11.0822;RBI=0.0197538;REFB=-0.00690442;REVB=0.000973557;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103279;STB=0.559948;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0131187;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:11:12:18:24:11:12:18:24 chr21 45220787 . A G 980.33 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.26;QD=58.527;RBI=0.0171312;REFB=0;REVB=0.0115729;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133826;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr21 45527291 . G A 460.42 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00394311;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.067;QD=20.9281;RBI=0.0153612;REFB=-0.0108084;REVB=0.0148465;RO=43;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100284;STB=0.555531;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0113813;OID=.;OPOS=45527291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:18:27:21:22:18:27:21:22 chr21 45528919 . G A 2138.34 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.27;QD=61.981;RBI=0.0229498;REFB=-0.0962707;REVB=0.0181717;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000257718;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:76:61:0:0:76:61:0:1 chr21 45538647 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.498;QD=59.6795;RBI=0.00851378;REFB=0;REVB=-0.00085245;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85037e-05;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr21 45538724 . CC CA,TA 1208.97 PASS AF=0.95122,0.0365854;AO=78,3;DP=82;FAO=78,3;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=63,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108051,-0.0176053;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=215.634,187.98;QD=58.9744;RBI=0.0176864,0.0212018;REFB=-0.000103751,0.00413784;REVB=0.014002,0.011814;RO=1;SAF=15,0;SAR=63,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0305047,-0.727144;STB=0.516125,0.994936;STBP=0.096,0.121;TYPE=snp,mnp;VARB=8.99089e-05,0.000865472;OID=.,.;OPOS=45538725,45538724;OREF=C,CC;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:82:82:1:1:78,3:78,3:0.95122,0.0365854:63,3:15,0:1:0:63,3:15,0:1:0 chr21 45540919 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.788;QD=63.4764;RBI=0.0285439;REFB=0;REVB=0.0142349;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11801e-05;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr21 45544594 . T C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.274;QD=59.924;RBI=0.0142786;REFB=0;REVB=0.0140743;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89558e-05;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:47:58:0:0:47:58:0:0 chr21 45553596 . T C 447.18 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.808;QD=57.7009;RBI=0.114044;REFB=0;REVB=0.110406;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797878;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr21 45565473 . C T 400.65 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.286;QD=53.4201;RBI=0.0190452;REFB=-0.198716;REVB=0.00197851;RO=1;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163549;STB=0.508766;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000371369;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:28:1:0:1:28:1:0:1 chr21 45649494 . A G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0256438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.397;QD=10.1571;RBI=0.0354584;REFB=-0.0320218;REVB=-0.0244886;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554657;STB=0.533286;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0652479;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:14:17:7:7:14:17 chr21 45656774 . C T 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0192444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.333;QD=18.6205;RBI=0.022798;REFB=-0.0127621;REVB=-0.0122231;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949084;STB=0.552846;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0120878;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:19:18:23:16:19:18:23:16 chr21 45678469 . G A 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00672308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.438;QD=15.8995;RBI=0.0146307;REFB=-0.0177011;REVB=0.0129945;RO=49;SAF=19;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142225;STB=0.57987;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0280841;OID=.;OPOS=45678469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:18:19:32:17:18:19:32:17 chr21 45709906 . C G 240.12 PASS AF=0.465517;AO=25;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0015568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.72;QD=16.5599;RBI=0.00521215;REFB=-0.0311571;REVB=0.00497423;RO=30;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252225;STB=0.609399;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0357586;OID=.;OPOS=45709906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:31:25:27:0.465517:6:19:16:14:8:19:16:15 chr21 45717550 . T C 1249.28 PASS AF=0.486692;AO=127;DP=262;FAO=128;FDP=263;FR=.;FRO=135;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=-0.00946587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.507;QD=19.0004;RBI=0.0290649;REFB=-0.0258272;REVB=0.0274803;RO=132;SAF=69;SAR=58;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506933;STB=0.507002;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0282466;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:132:135:127:128:0.486692:58:69:71:61:58:70:72:63 chr21 45725715 . A G 138.84 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000287629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.901;QD=12.073;RBI=0.0163812;REFB=-0.0138921;REVB=-0.0163787;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076315;STB=0.519207;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0244624;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:6:9:16:14:7:9:16:14 chr21 45732116 . C T 504.73 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.00369589;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.247;QD=19.7934;RBI=0.00960496;REFB=-0.0114751;REVB=-0.00886542;RO=51;SAF=24;SAR=28;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208819;STB=0.621286;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0114143;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:50:52:52:0.509804:28:24:12:39:28:24:11:39 chr21 45750346 . C A 468.56 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00783755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.455;QD=18.0214;RBI=0.0223777;REFB=-0.0168311;REVB=-0.0209603;RO=54;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110042;STB=0.561121;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0139654;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:21:29:25:29:21:29:25:29 chr21 45844751 . A G 4357.57 PASS AF=1;AO=276;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372671;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.04;QD=62.9251;RBI=0.041766;REFB=-0.103314;REVB=0.0188564;RO=1;SAF=144;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13345e-05;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:277:277:1:0:276:277:1:132:144:0:1:133:144:0:0 chr21 45878636 . GA G,GG 226.34 PASS AF=1,0;AO=7,11;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.202297,-0.213152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.199,156.349;QD=50.2966;RBI=0.203757,0.220721;REFB=0,0;REVB=-0.0243508,-0.0573056;RO=0;SAF=0,2;SAR=7,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00109592,0;OID=.,.;OPOS=45878637,45878637;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,11:18:18,0:18:0:2,0:16,0:0:0:4:0:0,2:7,9:0:0 chr21 45959195 . G A 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0277462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.467;QD=50.6184;RBI=0.0387377;REFB=-0.0755397;REVB=0.0270325;RO=2;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00672363;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:22:7:0:2:22:7:0:2 chr21 45959386 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.796;QD=23.2183;RBI=0.0880289;REFB=0.0315217;REVB=0.0856844;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00142339;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr21 45959918 . G A 154.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.153;QD=44.0544;RBI=0.062268;REFB=0;REVB=0.061956;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475799;OID=.;OPOS=45959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chr21 45970718 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.416;QD=43.4862;RBI=0.0307119;REFB=0;REVB=0.0292991;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313114;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr21 45971018 . C G 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0608219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6525;QD=16.1934;RBI=0.0612693;REFB=-0.180193;REVB=-0.00739017;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.10958;OID=.;OPOS=45971018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr21 45971023 . G T 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0277228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1438;QD=16.1912;RBI=0.0399459;REFB=-0.0926101;REVB=0.0287597;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.059676;OID=.;OPOS=45971023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:4:1:0:2:4:1:0:3 chr21 45971299 . T C 89.67 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601681;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.637;QD=39.8527;RBI=0.0602715;REFB=0;REVB=0.00352868;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179996;OID=.;OPOS=45971299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr21 45978090 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138;QD=39.2067;RBI=0.0293094;REFB=0;REVB=-0.0220277;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92633e-05;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr21 45978488 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00476486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.112;QD=23.2183;RBI=0.0594545;REFB=-0.0372559;REVB=-0.0592633;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000721414;OID=.;OPOS=45978488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr21 45978503 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4078;QD=33.4256;RBI=0.156789;REFB=0;REVB=0.154546;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301084;OID=.;OPOS=45978503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr21 45993746 . C T 75.2 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8825;QD=37.6006;RBI=0.205577;REFB=0;REVB=0.0472977;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020013;OID=.;OPOS=45993746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:6:0:0:0:6:2:0:0 chr21 46011745 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.949;QD=42.1826;RBI=0.0765731;REFB=0;REVB=0.0724513;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195276;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr21 46011751 . C T 88.87 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00283736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.179;QD=32.3153;RBI=0.0624089;REFB=-0.0312693;REVB=0.0623444;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00416589;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:9:10:0.909091:4:5:0:0:5:5:1:0 chr21 46012181 . CG TA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406383;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.786;QD=37.4885;RBI=0.0406383;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000555803;OID=.;OPOS=46012181;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr21 46012240 . A G 195.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363571;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1401;QD=48.8223;RBI=0.0751104;REFB=0;REVB=-0.0657246;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00425198;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr21 46020527 . C T 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.026764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.415;QD=55.1973;RBI=0.0370533;REFB=-0.0697004;REVB=-0.025625;RO=3;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18592;STB=0.599947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00192092;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:6:36:0:3:6:36:0:3 chr21 46021205 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1105;QD=23.2151;RBI=0.0056371;REFB=-0.0175802;REVB=0.0056371;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592686;OID=.;OPOS=46021205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr21 46021370 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.757;QD=37.4885;RBI=0.0624325;REFB=0;REVB=0.0129945;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141275;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr21 46021390 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3445;QD=33.4285;RBI=0.0364558;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445316;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr21 46021494 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.177;QD=33.4285;RBI=0.0749527;REFB=0;REVB=-0.0749181;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00393637;OID=.;OPOS=46021494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr21 46021607 . A G 361.89 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343807;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.476;QD=55.6749;RBI=0.0352423;REFB=0;REVB=0.00774474;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238624;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr21 46021759 . A G 1205.76 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.832;QD=61.0512;RBI=0.0117863;REFB=0;REVB=-0.00502599;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00872e-05;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:39:38:0:0:40:39:0:0 chr21 46021934 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.338;QD=62.6689;RBI=0.01599;REFB=0;REVB=0.00832003;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30099e-05;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr21 46021946 . C G 714.93 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00419799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5225;QD=60.8449;RBI=0.0152952;REFB=0.0263459;REVB=-0.0147079;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000744852;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:32:14:0:0:32:14:0:1 chr21 46021954 . CTGTGG CTGG,CTGGGT 628.04 PASS AF=1,0;AO=37,2;DP=43;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535437,-0.00378043;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=257.212,74.2007;QD=61.2723;RBI=0.00786328,0.013018;REFB=0,0;REVB=0.00575863,0.012457;RO=0;SAF=13,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-6.86026e-05,0;OID=.,.;OPOS=46021955,46021957;OREF=TG,TGG;OALT=-,GGT;OMAPALT=CTGG,CTGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:37,2:43:41,0:41:0:13,0:28,0:0:0:4:0:13,0:24,2:0:0 chr21 46032094 . A G 466.21 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.708;QD=58.2757;RBI=0.0382954;REFB=0;REVB=0.026861;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260604;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr21 46047633 . A G 130.19 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0343995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.462;QD=22.6421;RBI=0.0498629;REFB=-0.0226597;REVB=-0.0360969;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.571322;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0283886;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:4:5:10:4:4:5 chr21 46047710 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.027793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.427;QD=20.2097;RBI=0.030392;REFB=-0.0127243;REVB=-0.0122973;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233879;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00654742;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:6:4:9:4:6:4 chr21 46047971 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5435;QD=39.2063;RBI=0.0362511;REFB=0;REVB=-0.029939;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204109;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr21 46057393 . T A 55.13 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00518636;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.405;QD=7.87592;RBI=0.0391386;REFB=-0.00791068;REVB=0.0387934;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257095;STB=0.691801;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.020313;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:28:20:20:7:8:0.285714:2:5:10:10:2:6:10:10 chr21 46057548 . A C 145.6 PASS AF=0.695652;AO=8;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.129307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0507;QD=25.3211;RBI=0.150636;REFB=-0.00573115;REVB=-0.0772722;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.608566;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00460206;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:23:7:7:8:16:0.695652:3:5:6:1:8:8:6:1 chr21 46057625 . T C 54.75 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=13;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0261055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.224;QD=15.6433;RBI=0.0267376;REFB=-0.0318339;REVB=-0.00577922;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0688989;OID=.;OPOS=46057625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:14:5:6:4:5:0.357143:2:2:4:1:2:3:5:1 chr21 46057806 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0878388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8321;QD=15.5714;RBI=0.0896176;REFB=-0.0146051;REVB=-0.0177668;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462034;STB=0.778576;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0168417;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:10:1:5:7:10:1:5:7 chr21 46057958 . C T 147.19 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0867848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.263;QD=17.317;RBI=0.101299;REFB=-0.0192485;REVB=0.0522478;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118788;STB=0.568095;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0297937;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:9:9:10:6:9:9 chr21 46058060 . C T 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0138921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.284;QD=14.6556;RBI=0.0237073;REFB=-0.0311165;REVB=0.0192105;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26923;STB=0.658418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0458649;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:8:9:10:3:8:9 chr21 46066764 . C T 40.26 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0507732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.394;QD=14.6401;RBI=0.0859547;REFB=-0.0795086;REVB=0.0693562;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.071809;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:3:2:4:1:3:3:4:1 chr21 46077946 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0133944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3571;QD=17.5879;RBI=0.0135144;REFB=-0.0169409;REVB=-0.00179669;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773359;STB=0.551678;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0205125;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:18:9:9:13:19:9 chr21 46086377 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00601616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.232;QD=18.767;RBI=0.00602742;REFB=-0.0254034;REVB=-0.000368263;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0103059;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr21 46086718 . GA CG 75.91 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0238377;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.863;QD=11.2455;RBI=0.0605407;REFB=-0.0186876;REVB=-0.0556502;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=mnp;VARB=0.0392311;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:14:17:10:10:0.37037:5:5:8:6:5:5:8:9 chr21 46086757 . GC AT 149.97 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0196758;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.995;QD=18.1779;RBI=0.0282345;REFB=-0.0399282;REVB=-0.0202497;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831558;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=mnp;VARB=0.0351021;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:8:9:7:9:8:9 chr21 46233836 . C A 202.06 PASS AF=0.413793;AO=21;DP=55;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.037356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8191;QD=13.9349;RBI=0.0453005;REFB=-0.0289787;REVB=0.0256254;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129771;STB=0.524475;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.019527;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:34:34:21:24:0.413793:8:13:17:17:11:13:17:17 chr21 46233863 . G C 436.57 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0114973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.225;QD=32.3384;RBI=0.0208269;REFB=-0.0315056;REVB=0.0173658;RO=15;SAF=18;SAR=21;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665523;STB=0.536005;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0147603;OID=.;OPOS=46233863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:21:18:5:10:21:18:5:10 chr21 46311813 . A G 394.6 PASS AF=0.506329;AO=38;DP=77;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0250063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4867;QD=19.9797;RBI=0.0373995;REFB=-0.0288666;REVB=0.0278103;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589027;STB=0.518978;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0333613;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:39:38:40:0.506329:20:18:21:18:20:20:21:18 chr21 46314907 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.02;QD=57.0006;RBI=0.0250846;REFB=0;REVB=0.00407518;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8034e-05;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr21 46320313 . C T 404.69 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.0389705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0449;QD=14.1998;RBI=0.0572059;REFB=0.00479725;REVB=0.0418787;RO=67;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613555;STB=0.534496;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00517923;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:29:18:22:45:29:18:22:45 chr21 46328026 . G A 1145.28 PASS AF=0.421053;AO=128;DP=304;FAO=128;FDP=304;FR=.;FRO=176;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=66;FSRR=110;FWDB=0.00399851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.188;QD=15.0694;RBI=0.00466984;REFB=0.00196797;REVB=0.00241233;RO=176;SAF=64;SAR=64;SRF=66;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130162;STB=0.572357;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00302326;OID=.;OPOS=46328026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:176:176:128:128:0.421053:64:64:66:110:64:64:66:110 chr21 46328071 . G T 759.91 PASS AF=0.39726;AO=87;DP=218;FAO=87;FDP=219;FR=.;FRO=132;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=88;FWDB=-0.0219418;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.973;QD=13.8796;RBI=0.0259153;REFB=-0.0195258;REVB=0.0137899;RO=131;SAF=45;SAR=42;SRF=44;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193665;STB=0.610113;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0214735;OID=.;OPOS=46328071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:131:132:87:87:0.39726:42:45:44:87:42:45:44:88 chr21 46328099 . T C 563.28 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=64;FWDB=-0.0313051;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.799;QD=14.6307;RBI=0.0313521;REFB=-0.0160812;REVB=0.00171719;RO=88;SAF=25;SAR=39;SRF=24;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132825;STB=0.564179;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0223118;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:88:90:64:64:0.415584:39:25:24:64:39:25:26:64 chr21 46353637 . T C 795.45 PASS AF=0.403587;AO=90;DP=223;FAO=90;FDP=223;FR=.;FRO=133;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=78;FWDB=-0.00333839;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.865;QD=14.2681;RBI=0.0062496;REFB=0.00446952;REVB=0.00528324;RO=132;SAF=34;SAR=56;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349523;STB=0.522427;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00689843;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:132:133:90:90:0.403587:56:34:54:78:56:34:55:78 chr21 46353678 . G A 746.3 PASS AF=0.434783;AO=80;DP=184;FAO=80;FDP=184;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.0576785;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4909;QD=16.2239;RBI=0.0669359;REFB=-0.0173853;REVB=0.0339648;RO=104;SAF=29;SAR=51;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650263;STB=0.536292;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0172129;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:104:104:80:80:0.434783:51:29:44:60:51:29:44:60 chr21 46353949 . C G 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0068164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.071;QD=22.0084;RBI=0.0188082;REFB=-0.0131207;REVB=-0.0175296;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835897;STB=0.546008;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.014741;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:21:10:16:22:21:10 chr21 46353985 . A G 503.03 PASS AF=0.64;AO=46;DP=76;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.016474;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1715;QD=26.828;RBI=0.0599166;REFB=-0.0560565;REVB=0.0576073;RO=29;SAF=32;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878866;STB=0.523799;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0208068;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:29:27:46:48:0.64:14:32:17:12:15:33:17:10 chr21 46354055 . A G 1855.78 PASS AF=1;AO=105;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8277;QD=59.8639;RBI=0.0644082;REFB=0;REVB=-0.0615671;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294239;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:105:124:1:40:65:0:0:54:70:0:0 chr21 46354056 . C G 81.77 PASS AF=0.144;AO=17;DP=124;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=0.00932567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.27;QD=2.61666;RBI=0.0405009;REFB=-0.0357834;REVB=-0.0394126;RO=107;SAF=5;SAR=12;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379167;STB=0.767654;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0427628;OID=.;OPOS=46354056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:124:125:107:107:17:18:0.144:12:5:65:42:13:5:65:42 chr21 46355710 . A G 564.48 PASS AF=0.40625;AO=64;DP=160;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.00549673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.715;QD=14.1121;RBI=0.00685011;REFB=-0.0154395;REVB=-0.00408778;RO=95;SAF=24;SAR=40;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446341;STB=0.506171;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0186107;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:95:95:64:65:0.40625:40:24:36:59:41:24:36:59 chr21 46572572 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.398;QD=60.0294;RBI=0.0463253;REFB=0;REVB=-0.00371477;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70884e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr21 46641968 . G A 421.14 PASS AF=0.364964;AO=34;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0234936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.194;QD=12.296;RBI=0.023935;REFB=-0.0240693;REVB=0.00457568;RO=82;SAF=19;SAR=15;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128612;STB=0.650656;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0845097;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:82:87:34:50:0.364964:15:19:37:45:16:34:39:48 chr21 46702822 . A G 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00560806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.635;QD=19.3415;RBI=0.0124823;REFB=-0.0161465;REVB=0.0111516;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100257;STB=0.556898;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0130952;OID=.;OPOS=46702822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:9:9:11:7:9:9 chr21 46705354 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00796468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.289;QD=21.6129;RBI=0.0244668;REFB=-0.00666416;REVB=-0.0231341;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189612;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00713512;OID=.;OPOS=46705354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:11:12:12:12:11:12 chr21 46875564 . T C 1138.55 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226694;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.116;QD=60.7226;RBI=0.0254567;REFB=0;REVB=0.0115819;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87798e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr21 46888504 . G A 172.38 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0151656;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.095;QD=11.1215;RBI=0.0161493;REFB=-0.00582508;REVB=-0.00555022;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015427;OID=.;OPOS=46888504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:40:22:22:0.354839:11:11:21:20:11:11:20:20 chr21 46898243 . C G 921.67 PASS AF=0.55625;AO=79;DP=152;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0131059;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.783;QD=23.0418;RBI=0.0257648;REFB=-0.0137601;REVB=0.0221824;RO=71;SAF=48;SAR=31;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137284;STB=0.565017;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.013721;OID=.;OPOS=46898243;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:160:71:71:79:89:0.55625:31:48:32:39:36:53:32:39 chr21 46911188 . C G 1205.92 PASS AF=0.487069;AO=98;DP=235;FAO=113;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.0107328;FXX=0.0169484;HRUN=7;LEN=1;MLLD=286.74;QD=20.7917;RBI=0.0147824;REFB=-0.0240608;REVB=-0.010165;RO=75;SAF=43;SAR=55;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438457;STB=0.503611;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00911852;OID=.;OPOS=46911188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:232:75:103:98:113:0.487069:55:43:37:38:59:54:50:53 chr21 46950863 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.015763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.766;QD=16.2718;RBI=0.0158282;REFB=-0.0211843;REVB=-0.00143526;RO=18;SAF=1;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630104;STB=0.874375;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0265033;OID=.;OPOS=46950863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:14:1:10:8:14:1:10:8 chr21 46951556 . A G 285.23 PASS AF=0.375;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0302651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.758;QD=12.9649;RBI=0.0340832;REFB=-0.0147548;REVB=-0.0156744;RO=53;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093084;STB=0.553366;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0253154;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:55:32:33:0.375:13:19:27:26:14:19:27:28 chr21 46957794 . T C 605.17 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00430112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.986;QD=19.0604;RBI=0.027927;REFB=-0.0339893;REVB=0.0275938;RO=65;SAF=25;SAR=37;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12639;STB=0.569939;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0298721;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:37:25:35:30:37:25:35:30 chr21 47329352 . T C 2091.84 PASS AF=0.992701;AO=132;DP=133;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.84;QD=61.0756;RBI=0.0208904;REFB=-0.128065;REVB=0.00206538;RO=1;SAF=84;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562527;STB=0.502958;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00152556;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:137:1:1:132:136:0.992701:48:84:1:0:52:84:1:0 chr21 47409503 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.255;QD=58.2394;RBI=0.0157963;REFB=0;REVB=-0.00192726;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26904e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr21 47410931 . T C 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0312112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.696;QD=20.2215;RBI=0.0312892;REFB=-0.00351681;REVB=-0.00220732;RO=51;SAF=16;SAR=33;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134615;STB=0.50746;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00383711;OID=.;OPOS=47410931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:33:16:16:35:33:16:16:35 chr21 47417415 . C A 286.61 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.035132;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3675;QD=24.3924;RBI=0.0582646;REFB=-0.0184112;REVB=-0.0464812;RO=21;SAF=2;SAR=24;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491495;STB=0.52745;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00819435;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:24:2:2:19:24:2:2:19 chr21 47420726 . C G 355.21 PASS AF=0.393162;AO=34;DP=109;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.031888;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9924;QD=12.144;RBI=0.0370844;REFB=-0.0138773;REVB=0.0189316;RO=64;SAF=33;SAR=1;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.765862;STB=0.677565;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.054005;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:117:64:71:34:46:0.393162:1:33:27:37:13:33:31:40 chr21 47536546 . C T 726.53 PASS AF=0.586207;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0263501;FXX=0.0333306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.095;QD=25.0526;RBI=0.0325031;REFB=-0.0268573;REVB=-0.0190296;RO=47;SAF=40;SAR=28;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185258;STB=0.604808;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.013811;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:116:47:48:68:68:0.586207:28:40:16:31:28:40:16:32 chr21 47538960 . G A 409.23 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.037;QD=56.4452;RBI=0.0918123;REFB=0;REVB=0.0476725;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105174;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:9:18:0:0:9:20:0:0 chr21 47540421 . T C 194.47 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00568494;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6936;QD=16.9107;RBI=0.110429;REFB=-0.0115252;REVB=-0.110283;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164113;STB=0.599896;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0265511;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:26:19:20:0.434783:6:13:15:13:6:14:14:12 chr21 47542861 . A G 576.02 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000578352;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8177;QD=60.6333;RBI=0.0121039;REFB=0;REVB=-0.0120901;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00658822;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr21 47544838 . G A 343.24 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.0240498;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1313;QD=18.5536;RBI=0.0241181;REFB=0.00648736;REVB=0.00181361;RO=38;SAF=6;SAR=30;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147084;STB=0.508192;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00610308;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:38:36:36:0.486486:30:6:6:32:30:6:6:32 chr21 47545155 . A G 1173.17 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7247;QD=60.1626;RBI=0.012824;REFB=0;REVB=0.011594;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357618;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:74:78:1:29:45:0:0:30:48:0:0 chr21 47545768 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00104495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.167;QD=18.2508;RBI=0.0263996;REFB=0.00488825;REVB=-0.0263789;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137254;STB=0.578836;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00632544;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:4:11:9:6:4:11:9:6 chr21 47545823 . G A 356.58 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00393544;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.624;QD=19.0174;RBI=0.0169348;REFB=-0.0131589;REVB=-0.0164712;RO=37;SAF=30;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256735;STB=0.654555;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00766742;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:38:37:37:0.493333:7:30:22:15:7:30:22:16 chr21 47545826 . C T 368.55 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00169189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.328;QD=19.3976;RBI=0.011965;REFB=-0.00430584;REVB=-0.0118448;RO=38;SAF=31;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304496;STB=0.671378;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0170917;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:7:31:21:17:7:31:21:17 chr21 47545913 . G A 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00233743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.636;QD=18.5726;RBI=0.035886;REFB=-0.0181636;REVB=-0.0358098;RO=53;SAF=36;SAR=15;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230817;STB=0.628449;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0209618;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:15:36:25:28:15:36:25:28 chr21 47556793 . C T 222.1 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0232257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.787;QD=28.6586;RBI=0.0263684;REFB=0.00467226;REVB=0.0124845;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447173;STB=0.734395;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00141479;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:31:8:9:15:16:0.516129:4:11:0:8:4:12:1:8 chr21 47556809 . C T 132.21 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0295651;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.326;QD=15.5542;RBI=0.0295979;REFB=-0.0027694;REVB=-0.00139315;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236955;STB=0.615856;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0026225;OID=.;OPOS=47556809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:14:5:7:8:14:5 chr21 47557222 . G A 283.28 PASS AF=0.625;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0093166;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.084;QD=28.3275;RBI=0.0237978;REFB=-0.0208252;REVB=0.0218983;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845316;STB=0.540951;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0236905;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:15:25:25:0.625:11:14:9:4:11:14:10:5 chr21 47575372 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2245;QD=44.6877;RBI=0.0964017;REFB=0;REVB=-0.0315657;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271377;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr21 47608580 . G A 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.727;QD=62.761;RBI=0.0271236;REFB=0;REVB=0.00463154;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96668e-05;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr21 47609677 . A G 726.93 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.439;QD=52.8673;RBI=0.0446152;REFB=0.0385917;REVB=-0.0412114;RO=2;SAF=41;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263034;STB=0.513977;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0019766;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:12:41:1:1:12:41:1:1 chr21 47610066 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.595;QD=63.2867;RBI=0.039565;REFB=0;REVB=0.00944323;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86475e-05;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr21 47612466 . A G 716.74 PASS AF=0.888889;AO=55;DP=62;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.104516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.177;QD=45.507;RBI=0.104735;REFB=-0.10279;REVB=-0.00676117;RO=6;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291352;STB=0.507934;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.016213;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:62:63:6:7:55:56:0.888889:28:27:2:4:28:28:3:4 chr21 47612471 . T C 709.83 PASS AF=0.931034;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.117776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0772;QD=48.954;RBI=0.118212;REFB=-0.1023;REVB=0.0101491;RO=5;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116549;STB=0.515999;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0213224;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:5:4:53:54:0.931034:28:25:2:3:28:26:1:3 chr21 47612512 . C CTG,G 450.29 PASS AF=0.942857,0;AO=30,3;DP=37;FAO=33,0;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12,0;FSAR=21,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0298888,0.0212045;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.785,48.1489;QD=51.4612;RBI=0.0306969,0.0371306;REFB=0.039466,0.0269369;REVB=0.00699714,-0.0304803;RO=3;SAF=12,1;SAR=18,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103179,-0.483116;STB=0.538438,0.5;STBP=0.121,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00200969,0;OID=.,.;OPOS=47612513,47612512;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:35:3:2:30,3:33,0:0.942857,0:18,2:12,1:3:0:21,0:12,0:2:0 chr21 47612703 . T C 30.3 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0171067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3301;QD=2.47326;RBI=0.0972037;REFB=-0.00669032;REVB=0.0956866;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.51017;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0776285;OID=.;OPOS=47612703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:21:22:3:3:21:22 chr21 47613161 . C T 142.82 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00885622;FXX=0.315623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.316;QD=43.9445;RBI=0.0140913;REFB=-0.104104;REVB=0.0109605;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178334;STB=0.599814;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00657101;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:19:13:1:1:12:12:0.923077:10:2:1:0:10:2:1:0 chr21 47613623 . C T 88.3 PASS AF=0.163636;AO=22;DP=110;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.0942458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1047;QD=3.21076;RBI=0.0996894;REFB=-0.0316112;REVB=-0.0324918;RO=86;SAF=3;SAR=19;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386238;STB=0.699746;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.1564;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:110:110:86:92:22:18:0.163636:19:3:32:54:15:3:32:60 chr21 47613639 . C T 76.36 PASS AF=0.172414;AO=19;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0456672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8116;QD=3.51067;RBI=0.0885406;REFB=-0.0236016;REVB=-0.0758548;RO=68;SAF=3;SAR=16;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352707;STB=0.764291;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0796918;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:87:87:68:72:19:15:0.172414:16:3:26:42:13:2:27:45 chr21 47614443 . A G 793.21 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9261;QD=56.6575;RBI=0.0150747;REFB=0;REVB=-0.00102393;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159225;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:36:19:1:0:36:20:0:0 chr21 47614469 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.951;QD=63.583;RBI=0.0215134;REFB=0;REVB=0.00474889;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51844e-05;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr21 47773103 . C A 179.71 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0453925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.073;QD=15.6267;RBI=0.0453982;REFB=-0.021207;REVB=-0.000715206;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33112;STB=0.682725;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.030478;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:14:5:15:11:14:5:15:12 chr21 47773177 . C T 236.37 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00125926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.19;QD=17.5085;RBI=0.00157386;REFB=-0.0132164;REVB=0.000944087;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184726;STB=0.59315;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0207279;OID=.;OPOS=47773177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:12:14:9:18:12:14:10:18 chr21 47777063 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0246586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.164;QD=21.0649;RBI=0.0248525;REFB=-0.00969043;REVB=0.0030984;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378335;STB=0.521259;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00988256;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:11:13:14:10:11:13 chr21 47783796 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00935278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.257;QD=15.2376;RBI=0.0262347;REFB=-0.0138487;REVB=-0.0245109;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439225;STB=0.524869;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0252928;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:12:16:19:17:12:16:19:17 chr21 47786524 . A G 288.23 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00974078;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.948;QD=15.7936;RBI=0.0137686;REFB=0.00755076;REVB=-0.00973093;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607054;STB=0.534225;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00623438;OID=.;OPOS=47786524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:16:16:18:23:16:16:18:23 chr21 47786817 . C G 547.08 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0105792;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0771;QD=25.1533;RBI=0.01811;REFB=-0.0136697;REVB=0.0146988;RO=37;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834658;STB=0.545687;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0149198;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:27:23:21:16:27:23:21:16 chr21 47787002 . T C 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00543338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.274;QD=10.1476;RBI=0.0776407;REFB=-0.0155552;REVB=-0.0774503;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259716;STB=0.515222;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0348212;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:21:23:12:10:21:23 chr21 47808679 . C T 132.91 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.045043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.021;QD=15.6367;RBI=0.0451295;REFB=-0.0356486;REVB=0.00279284;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33392;STB=0.692057;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0276098;OID=.;OPOS=47808679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:13:6:10:5:13:6 chr21 47811272 . C T 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.039803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.183;QD=7.32423;RBI=0.04089;REFB=-0.0261691;REVB=-0.0093656;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0634152;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:5:9:4:2:5:9 chr21 47821588 . A G 156.45 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0697635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.063;QD=15.6452;RBI=0.0702234;REFB=-0.0126149;REVB=0.00802355;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149397;STB=0.575294;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0175235;OID=.;OPOS=47821588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:6:11:11:11:6:11:12:11 chr21 47836653 . C T 339.46 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0281604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6855;QD=15.43;RBI=0.0374317;REFB=-0.00316703;REVB=-0.0246602;RO=48;SAF=29;SAR=8;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346424;STB=0.695231;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00695573;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:51:37:37:0.420455:8:29:23:25:8:29:25:26 chr21 47836654 . G T 35.07 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=-0.0325374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.1806;QD=1.59398;RBI=0.0398036;REFB=-0.0117967;REVB=-0.022927;RO=76;SAF=1;SAR=8;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600623;STB=0.926275;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.148539;OID=.;OPOS=47836654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:85:88:76:79:9:9:0.102273:8:1:51:25:8:1:53:26 chr21 47850484 . G C 1647.65 PASS AF=0.944882;AO=110;DP=118;FAO=120;FDP=127;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0208916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.674;QD=51.8944;RBI=0.0323435;REFB=-0.209725;REVB=-0.024691;RO=7;SAF=65;SAR=45;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314063;STB=0.517558;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0015795;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:118:127:7:7:110:120:0.944882:45:65:6:1:55:65:6:1 chr21 47851753 . A G 926.32 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.502;QD=57.895;RBI=0.0117747;REFB=0;REVB=0.00434115;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022135;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr21 47851796 . G A 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00471991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.402;QD=16.8168;RBI=0.0143525;REFB=-0.0154455;REVB=0.0135542;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230941;STB=0.632779;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0365436;OID=.;OPOS=47851796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:15:6:14:14:15:6:14:14 chr21 47855876 . A G 330.41 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0072255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.142;QD=12.4681;RBI=0.00849419;REFB=-0.0126414;REVB=-0.00446581;RO=65;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168593;STB=0.599671;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0193781;OID=.;OPOS=47855876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:66:40:40:0.377358:19:21:24:41:19:21:24:42 chr21 47863757 . A C 253.53 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0035318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.044;QD=12.6767;RBI=0.00784371;REFB=-0.00208824;REVB=0.00700359;RO=50;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116129;STB=0.566622;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00221349;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:13:17:23:27:13:17:23:27 chr21 47910523 . A G 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000630672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.339;QD=14.7405;RBI=0.000777039;REFB=-0.0144949;REVB=0.000453919;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.541262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0243029;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:12:13:10:7:12:13 chr21 47945533 . GCTC G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00622139;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=318.001;QD=18.7119;RBI=0.00737;REFB=-0.0151372;REVB=-0.00395111;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119094;STB=0.567494;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.014146;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:18:37:18:37:19:9:9:7:12:99:19:9:9:7:12 chr21 47959692 . G A 262.69 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0342216;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3314;QD=25.0181;RBI=0.0366476;REFB=-0.00720235;REVB=-0.0131121;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477819;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:6:12:16:8:6:12 chr21 47959698 . C T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00552456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.253;QD=25.8143;RBI=0.016415;REFB=-0.0299123;REVB=0.0154574;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168548;STB=0.509331;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0179579;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:17:10:7:13:17:10:7:13 chr21 47961711 . G A 877.43 PASS AF=0.57971;AO=80;DP=138;FAO=80;FDP=138;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00860755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8952;QD=25.4326;RBI=0.0139174;REFB=-0.0109465;REVB=-0.0109364;RO=58;SAF=36;SAR=44;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254754;STB=0.513865;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00695818;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:58:58:80:80:0.57971:44:36:28:30:44:36:28:30 chr21 47978321 . G C,GC 1590.15 PASS AF=0.00917431,0.990826;AO=5,100;DP=110;FAO=1,108;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=0,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523696,-0.0015746;FXX=0.00909008;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=7.00167,27.4531;QD=58.3543;RBI=0.136539,0.127136;REFB=0,0;REVB=0.126097,0.127127;RO=3;SAF=4,35;SAR=1,65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116878,-0.0190935;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0405844,0.000550296;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:110:109:3:0:5,100:1,108:0.00917431,0.990826:1,65:4,35:2:1:0,68:1,40:0:0 chr21 47985655 . C T 63.03 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0151462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.956;QD=8.40362;RBI=0.0224647;REFB=-0.00252764;REVB=0.0165909;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00391871;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:8:9:0.3:4:4:8:13:5:4:8:13 chr21 48022230 . C G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0349727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.374;QD=23.0883;RBI=0.0362384;REFB=0.00692429;REVB=-0.00949401;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162544;STB=0.590826;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00474053;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:11:7:13:9:11:7 chr21 48063476 . C G 1320.31 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5109;QD=62.1321;RBI=0.032202;REFB=0;REVB=0.0238706;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38836e-05;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr21 48084820 . C G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.423;QD=60.5471;RBI=0.0336104;REFB=0;REVB=-0.00615913;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96533e-05;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:52:23:0:0:52:23:0:0 chr22 16157791 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0242288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.633;QD=11.9195;RBI=0.0277889;REFB=-0.0375522;REVB=0.0136084;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0572813;OID=.;OPOS=16157791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:6:3:1:6:6:3 chr22 16157883 . T C 68.62 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00922338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.285;QD=15.2496;RBI=0.105362;REFB=-0.0528891;REVB=-0.104957;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305668;STB=0.674995;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0390586;OID=.;OPOS=16157883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:8:1:4:5:8:1 chr22 17072483 . A G 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7349;QD=55.0433;RBI=0.0192942;REFB=0.0634282;REVB=-0.00621349;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000780187;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:36:19:0:1:36:19:0:1 chr22 17073066 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.237;QD=44.6894;RBI=0.089972;REFB=0;REVB=0.0193328;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122488;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr22 17073475 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00832458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.25;QD=18.6422;RBI=0.012408;REFB=-0.00725115;REVB=0.0092011;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176444;STB=0.599481;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0116499;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:17:7:10:11:17:7 chr22 17264565 . G T 894.29 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.981;QD=55.0333;RBI=0.0181141;REFB=-0.025145;REVB=-0.00900255;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122662;STB=0.512816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000822006;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:25:38:1:0:25:38:2:0 chr22 17264904 . A G 345.94 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0181857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.62;QD=19.4898;RBI=0.0269872;REFB=-0.0284476;REVB=0.0199397;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.562465;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0224807;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:20:16:20:15:20:16:20:15 chr22 17265124 . A C 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00965409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.49;QD=45.1014;RBI=0.0188422;REFB=0.117045;REVB=0.0161811;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0011914;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr22 17265194 . G A 210.51 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00393246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.753;QD=26.3139;RBI=0.0347886;REFB=-0.0454757;REVB=0.0345657;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899418;STB=0.54995;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0214183;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:7:5:11:9:7:5 chr22 17446991 . C T 390.29 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0616328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.552;QD=19.0385;RBI=0.0636251;REFB=-0.0151062;REVB=-0.0157971;RO=41;SAF=25;SAR=15;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107129;STB=0.563728;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0132712;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:15:25:30:11:15:25:31:11 chr22 17469026 . G A 128.62 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00223895;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.559;QD=11.6925;RBI=0.0143041;REFB=-0.00744677;REVB=-0.0141277;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219438;STB=0.628326;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0274375;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:8:21:8:7:8:21 chr22 17469049 . C A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00879989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.76;QD=9.49528;RBI=0.0247143;REFB=-0.0218214;REVB=-0.0230945;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331235;STB=0.696656;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0505415;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:6:18:5:6:6:18 chr22 17582958 . T C 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0250152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.358;QD=13.0231;RBI=0.025021;REFB=-0.0279865;REVB=-0.000539304;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210213;STB=0.62023;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0155404;OID=.;OPOS=17582958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:26:18:17:11:26:18 chr22 17586471 . C T 1661.15 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.433;QD=59.8611;RBI=0.0468608;REFB=0;REVB=0.0197278;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82489e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:51:56:0:0:52:59:0:0 chr22 17589209 . C T 463.15 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0484419;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.368;QD=18.904;RBI=0.0484785;REFB=-0.0131584;REVB=-0.00188268;RO=52;SAF=33;SAR=13;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311288;STB=0.674016;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0207691;OID=.;OPOS=17589209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:52:46:46:0.469388:13:33:21:31:13:33:21:31 chr22 17590269 . C T 53.08 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0178367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.29;QD=7.32127;RBI=0.0700456;REFB=0.000443529;REVB=0.0677365;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184739;STB=0.511599;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00079457;OID=.;OPOS=17590269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:16:5:2:6:16:5 chr22 17600293 . G A 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0986012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6038;QD=13.9519;RBI=0.10253;REFB=-0.0180186;REVB=0.0281092;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439386;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.01017;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:3:4:1:6:3:4 chr22 17600497 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0374358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.59;QD=12.3961;RBI=0.0668382;REFB=-0.00191739;REVB=0.0553707;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00294509;OID=.;OPOS=17600497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr22 17600977 . G A 228.96 PASS AF=0.459016;AO=22;DP=55;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00164652;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.688;QD=15.0138;RBI=0.183826;REFB=-0.019403;REVB=0.183819;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950431;STB=0.52753;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.026971;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:61:32:33:22:28:0.459016:9:13:16:16:15:13:17:16 chr22 17602839 . G A 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00831037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.8;QD=57.6362;RBI=0.0530527;REFB=-0.199765;REVB=-0.0523977;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00399863;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr22 17603477 . A G 304.62 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0023114;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.681;QD=23.8917;RBI=0.0343425;REFB=-0.0196852;REVB=-0.0342647;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160335;STB=0.588178;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0180503;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:6:15:15:15:6:15 chr22 17603503 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.023095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9109;QD=13.5518;RBI=0.0240855;REFB=-0.0101709;REVB=0.00683603;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126522;STB=0.50724;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0169679;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:15:20:14:10:15:20 chr22 17630486 . C A 382.59 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.905;QD=52.7714;RBI=0.0224862;REFB=-0.182101;REVB=-0.0144254;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00115249;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr22 17990852 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.968;QD=59.8394;RBI=0.00696697;REFB=0;REVB=0.00366299;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55843e-05;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr22 18021604 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00231381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.258;QD=14.7422;RBI=0.0106018;REFB=0.00192111;REVB=-0.0103462;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712159;STB=0.541262;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00432909;OID=.;OPOS=18021604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:13:12:7:10:13:12 chr22 18033103 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0531692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9125;QD=12.4822;RBI=0.0612178;REFB=0.00367113;REVB=-0.0303422;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136949;STB=0.580514;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00907055;OID=.;OPOS=18033103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:7:12:6:6:7:12 chr22 18111431 . T C 315.39 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0244922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3929;QD=25.2311;RBI=0.0280239;REFB=-0.0161037;REVB=-0.0136188;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643703;STB=0.535689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0173706;OID=.;OPOS=18111431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:15:13:12:10:15:13:12:10 chr22 18209612 . CA C,CG 375.04 PASS AF=1,0;AO=8,19;DP=27;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.084768,-0.14181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.0928,33.7116;QD=55.5617;RBI=0.0894282,0.526841;REFB=0,0;REVB=0.0284918,-0.507396;RO=0;SAF=8,5;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00147473,0;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,19:27:27,0:27:0:13,0:14,0:0:0:4:0:8,5:0,14:0:0 chr22 18211983 . T C 823.97 PASS AF=0.614754;AO=75;DP=122;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00242433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.802;QD=27.0154;RBI=0.00671061;REFB=-0.00690321;REVB=0.00625739;RO=47;SAF=29;SAR=46;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600102;STB=0.532568;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00414029;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:47:47:75:75:0.614754:46:29:22:25:46:29:22:25 chr22 18300240 . T C 623.93 PASS AF=0.429448;AO=69;DP=164;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00673063;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.485;QD=15.311;RBI=0.00687706;REFB=0.00360134;REVB=-0.00141159;RO=90;SAF=28;SAR=41;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969144;STB=0.552565;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00360771;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:90:93:69:70:0.429448:41:28:45:45:41:29:47:46 chr22 18300775 . G A 389.54 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00175436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.279;QD=19.0019;RBI=0.0153876;REFB=-0.0138102;REVB=0.0152872;RO=41;SAF=11;SAR=29;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122835;STB=0.564088;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.016352;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:42:40:40:0.487805:29:11:16:25:29:11:16:26 chr22 18304821 . G A 227.66 PASS AF=0.48;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0522275;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.213;QD=18.2127;RBI=0.0522396;REFB=-0.0319439;REVB=-0.00112224;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125417;STB=0.538428;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0314125;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:26:24:24:0.48:18:6:6:17:18:6:8:18 chr22 18304891 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0561859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.527;QD=16.6157;RBI=0.0563831;REFB=-0.0107702;REVB=0.00471171;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513058;STB=0.535674;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0138262;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:21:15:17:0.447368:12:3:3:15:13:4:4:17 chr22 18305797 . C T 137.87 PASS AF=0.5;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0182351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.42;QD=18.383;RBI=0.0397584;REFB=-0.0386131;REVB=0.03533;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0386924;OID=.;OPOS=18305797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:12:15:0.5:7:5:7:8:8:7:7:8 chr22 18310439 . G A 527.53 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00309415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2071;QD=20.8921;RBI=0.0647787;REFB=-0.0204882;REVB=0.0647048;RO=48;SAF=30;SAR=23;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181327;STB=0.599741;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0204289;OID=.;OPOS=18310439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:23:30:17:31:23:30:17:31 chr22 18324564 . C T 448.78 PASS AF=0.6;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0285383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.297;QD=25.6446;RBI=0.0294105;REFB=-0.0451039;REVB=0.00710937;RO=22;SAF=31;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205747;STB=0.600433;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0458706;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:22:27:42:42:0.6:11:31:10:12:11:31:14:13 chr22 18354766 . C T 287.27 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0101998;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.253;QD=13.3615;RBI=0.0291516;REFB=0.00827678;REVB=0.027309;RO=53;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871545;STB=0.549521;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0142379;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:53:33:33:0.383721:22:11:14:39:22:11:14:39 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 538.31 PASS AF=0.851613,0,0;AO=63,7,8;DP=152;FAO=132,0,0;FDP=155;FR=.;FRO=23;FSAF=64,0,0;FSAR=68,0,0;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.116291,0.0800353,-0.0237576;FXX=0.012738;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.3665,9.34898,33.1925;QD=13.8918;RBI=0.118824,0.105519,0.0587826;REFB=-0.143056,-0.123942,-0.0580626;REVB=0.0244076,0.0687653,-0.0537678;RO=52;SAF=29,6,0;SAR=34,1,8;SRF=28;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0645271,0.407913,-0.679998;STB=0.507438,0.5,0.5;STBP=0.651,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.16804,-0.0114032,0;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:152:155:52:23:63,7,8:132,0,0:0.851613,0,0:34,1,8:29,6,0:28:24:68,0,0:64,0,0:10:13 chr22 18571008 . G A 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0147415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.868;QD=14.9196;RBI=0.0187023;REFB=-0.0125345;REVB=-0.0115093;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735969;STB=0.541589;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.014315;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:12:25:17:11:12:25 chr22 18571828 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.203;QD=56.6986;RBI=0.0238417;REFB=0;REVB=-0.0186302;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50689e-05;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr22 18572106 . T A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.030083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.304;QD=16.9316;RBI=0.0305302;REFB=0.0135189;REVB=0.00520606;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292983;STB=0.666419;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0162928;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:10:2:6:6:10:2 chr22 18609642 . C T 200.5 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0566732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6807;QD=15.1322;RBI=0.0608675;REFB=-0.0449538;REVB=-0.0222035;RO=30;SAF=5;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151227;STB=0.586875;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0571473;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:18:5:10:20:18:5:10:20 chr22 18628436 . T C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0291051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.368;QD=15.5755;RBI=0.0312748;REFB=-0.00497113;REVB=0.0114458;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151149;STB=0.599914;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0147942;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:19:6:11:19:19:6:12:19 chr22 18628499 . G T 391.84 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00456354;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.697;QD=19.1143;RBI=0.0069649;REFB=-0.0181689;REVB=-0.00526155;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241789;STB=0.509799;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0186812;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:42:40:40:0.487805:25:15:14:26:25:15:15:27 chr22 18628632 . C T 377.9 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0361887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2184;QD=21.5944;RBI=0.0608911;REFB=0.000558316;REVB=0.0489704;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826596;STB=0.504564;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.000366752;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:21:17:14:18:21:17:14:18 chr22 18628715 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00198961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.876;QD=23.6742;RBI=0.00302322;REFB=-0.00514758;REVB=0.00227625;RO=16;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166169;STB=0.591758;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00465925;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:15:6:2:14:15:6:2:14 chr22 18870981 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0114216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.908;QD=8.6914;RBI=0.0116571;REFB=0.00725125;REVB=-0.00233153;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205275;STB=0.59976;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0198082;OID=.;OPOS=18870981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:4:4:11:5:4:4:11:6 chr22 18893902 . G C 170.89 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0311626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1153;QD=17.0886;RBI=0.100064;REFB=-0.0401421;REVB=-0.0950881;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499439;STB=0.571352;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0307654;OID=.;OPOS=18893902;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:22:18:18:0.45:10:8:7:11:10:8:7:15 chr22 18893995 . C G 211.87 PASS AF=0.466667;AO=18;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0205187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.414;QD=18.8332;RBI=0.0205742;REFB=-0.0551928;REVB=-0.00151053;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271526;STB=0.669947;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0360843;OID=.;OPOS=18893995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:24:18:21:0.466667:6:12:7:12:8:13:7:17 chr22 18900750 . G A 398.81 PASS AF=0.672727;AO=35;DP=53;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0682869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.265;QD=29.0046;RBI=0.0684568;REFB=-0.044193;REVB=0.00482041;RO=18;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450333;STB=0.522376;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0184415;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:18:18:35:37:0.672727:15:20:9:9:16:21:9:9 chr22 18901004 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0219562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.406;QD=17.3782;RBI=0.0474144;REFB=-0.00359773;REVB=0.0420244;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154239;STB=0.588087;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00254076;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:2:8:7:4:2:8 chr22 18904414 . A G 164.06 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0209269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0371;QD=12.8674;RBI=0.0250526;REFB=0.00120215;REVB=0.0137732;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208191;STB=0.621607;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00613528;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:16:16:13:6:16:16 chr22 18905882 . G T 335.32 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00885175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.428;QD=12.1934;RBI=0.0144524;REFB=-0.00724736;REVB=0.0114244;RO=69;SAF=20;SAR=21;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104965;STB=0.505989;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0152772;OID=.;OPOS=18905882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:21:20:33:36:21:20:33:36 chr22 18905977 . C T 254.42 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00230231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.025;QD=15.4194;RBI=0.00448649;REFB=-0.0109466;REVB=-0.00385071;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941007;STB=0.546605;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0119259;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:11:18:19:17:11:18:20:17 chr22 18910355 . G T 240.1 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00916043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0781;QD=16.8494;RBI=0.065292;REFB=-0.0238857;REVB=0.0646462;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222222;STB=0.62641;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0379435;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:30:27:27:0.473684:9:18:12:16:9:18:13:17 chr22 18912678 . A G 444.92 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00324008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1849;QD=17.9766;RBI=0.0200513;REFB=-0.00960728;REVB=0.0197878;RO=53;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900878;STB=0.554681;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0180827;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:45:45:0.454545:23:22:21:32:23:22:21:33 chr22 19052521 . G C 258.47 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0276537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4336;QD=14.7697;RBI=0.0292125;REFB=-0.0155192;REVB=0.00941496;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12606;STB=0.578532;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0229225;OID=.;OPOS=19052521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:29:30:0.428571:11:18:20:20:11:19:20:20 chr22 19132061 . C T 457.56 PASS AF=0.422764;AO=49;DP=121;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0550224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8228;QD=14.8801;RBI=0.0626727;REFB=-0.0194879;REVB=-0.0300067;RO=72;SAF=44;SAR=5;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497774;STB=0.767233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0438114;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:72:71:49:52:0.422764:5:44:41:31:6:46:40:31 chr22 19163577 . C CAT 1000.21 PASS AF=1;AO=66;DP=76;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389156;FXX=0.0563301;HRUN=0;LEN=2;MLLD=310.876;QD=59.7138;RBI=0.0447464;REFB=0;REVB=0.0220866;RO=9;SAF=40;SAR=26;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.31106e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:76:67:67:0:40:27:0:0:5:9:40:26:4:5 chr22 19167385 . C A 469.22 PASS AF=0.5;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0336423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3232;QD=20.4009;RBI=0.067954;REFB=-0.004673;REVB=-0.0590418;RO=45;SAF=20;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107989;STB=0.554479;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00320162;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:46:46:46:0.5:26:20:25:20:26:20:25:21 chr22 19167409 . T C 1165.72 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346311;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.782;QD=59.7806;RBI=0.0169005;REFB=0.0607776;REVB=-0.0165419;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00208337;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:1:0:35:42:1:0 chr22 19172006 . T C,G 1747.15 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=110,6;DP=116;FAO=111,6;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54,6;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971718,0.00730338;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.11,123.148;QD=59.7316;RBI=0.0216247,0.0325099;REFB=0,0;REVB=0.0193185,0.0316789;RO=0;SAF=54,6;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.46761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00156871,0.0309635;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:116:117:0:0:110,6:111,6:0.948718,0.0512821:56,0:54,6:0:0:57,0:54,6:0:0 chr22 19184095 . T C 357.88 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00756713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.201;QD=19.6098;RBI=0.0140832;REFB=-0.0149314;REVB=0.0118775;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249874;STB=0.506663;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0130366;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:36:37:0.506849:17:19:18:18:18:19:18:18 chr22 19189003 . A AC,C 501.06 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=21,14;DP=39;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705264,-0.242326;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.5442,6.38806;QD=57.2634;RBI=0.0947822,0.242595;REFB=0,0;REVB=0.0633221,0.0114173;RO=4;SAF=6,13;SAR=15,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15417,0.210178;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00105733,0.00705398;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:35:4:0:21,14:34,1:0.971429,0.0285714:15,1:6,13:3:1:15,1:19,0:0:0 chr22 19196502 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0266221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.194;QD=17.3291;RBI=0.0273226;REFB=-0.00594229;REVB=-0.00614718;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968896;STB=0.554189;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0077175;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:19:19:27:18:19:19:27:18 chr22 19197896 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.149;QD=57.7119;RBI=0.0211285;REFB=0;REVB=0.0191974;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122189;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr22 19455430 . G C 664.47 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00606029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.338;QD=25.3132;RBI=0.0101391;REFB=-0.0205744;REVB=-0.00812855;RO=42;SAF=24;SAR=39;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.56835;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0123288;OID=.;OPOS=19455430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:42:63:63:0.6:39:24:23:19:39:24:23:19 chr22 19458184 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0207509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8372;QD=21.1666;RBI=0.0331486;REFB=-0.0136012;REVB=0.0258502;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00969863;OID=.;OPOS=19458184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr22 19486600 . C T 1117.15 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000604531;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.345;QD=60.3866;RBI=0.00153437;REFB=0;REVB=0.00141026;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00396e-05;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:34:38:0:0:34:40:0:0 chr22 19750773 . T C 1305.78 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00254623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1582;QD=60.734;RBI=0.0300941;REFB=-0.10982;REVB=0.0299862;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00193953;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:37:48:1:0:37:48:1:0 chr22 19776159 . T TG 782.88 PASS AF=1;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100302;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=329.462;QD=56.9366;RBI=0.00804187;REFB=0;REVB=0.00797907;RO=4;SAF=18;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.7596e-06;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:59:55:55:0:19:36:0:0:4:4:18:36:3:1 chr22 19789541 . A C 837.6 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415662;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.92;QD=57.7655;RBI=0.0500327;REFB=0;REVB=0.0278482;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26977e-05;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr22 19868218 . A G 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0194605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9468;QD=15.6172;RBI=0.0553155;REFB=-0.019061;REVB=0.0517793;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.599888;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0296669;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:11:7:14:10:11:7:14:11 chr22 19907099 . C A 1305.73 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3154;QD=60.7317;RBI=0.0561535;REFB=0.00532971;REVB=0.053354;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000371947;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:0:1:43:42:0:1 chr22 19907118 . G A 1141.92 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444249;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.97;QD=60.9024;RBI=0.0513634;REFB=0;REVB=0.0257803;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22147e-05;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr22 19920949 . G A 167.18 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00577681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.04;QD=15.1984;RBI=0.00594233;REFB=-0.0106943;REVB=-0.00139276;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212035;STB=0.632354;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0220612;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:11:7:15:10:11:7:16:10 chr22 19921003 . T C 471.49 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0314735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7518;QD=55.4694;RBI=0.0338845;REFB=-0.119215;REVB=0.012553;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00156763;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:18:15:0:0:18:15:1:0 chr22 19951207 . C G 776.35 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0211201;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1367;QD=25.4539;RBI=0.0245771;REFB=-0.0227638;REVB=0.0125688;RO=49;SAF=38;SAR=34;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103984;STB=0.560328;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0185758;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:49:50:72:72:0.590164:34:38:19:30:34:38:19:31 chr22 19959473 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.026962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.279;QD=15.1566;RBI=0.045035;REFB=-0.00829638;REVB=0.0360722;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175422;STB=0.509946;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0146108;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:11:21:16:9:11:21 chr22 19959955 . A G 527.09 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00225539;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.666;QD=27.0301;RBI=0.0252313;REFB=-0.0161094;REVB=0.0251303;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198703;STB=0.506605;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0121513;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:30:48:48:0.615385:28:20:13:18:28:20:12:18 chr22 19969075 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0147602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.692;QD=17.8402;RBI=0.0405553;REFB=-0.0268564;REVB=0.0377739;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0358038;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:14:12:14:0.5:7:5:6:5:8:6:8:6 chr22 20130512 . TGAG TGGA 106.63 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141667;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=2;MLLD=13.0728;QD=25.0897;RBI=0.143262;REFB=-0.0865332;REVB=0.0213134;RO=17;SAF=0;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.782597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0160907;OID=.;OPOS=20130514;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:27:17:17:0:8:9:0:0:4:17:0:3:15:2 chr22 20136263 . G A 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00354305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.429;QD=16.3497;RBI=0.0179346;REFB=-0.0179049;REVB=0.0175811;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198196;STB=0.629924;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.020891;OID=.;OPOS=20136263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:42:34:34:0.447368:21:13:23:16:21:13:26:16 chr22 20136379 . C A 406.51 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0239275;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.456;QD=15.1968;RBI=0.0506967;REFB=-0.0244446;REVB=0.0446948;RO=61;SAF=35;SAR=11;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241214;STB=0.636604;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0186993;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:61:61:46:46:0.429907:11:35:34:27:11:35:34:27 chr22 20137723 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0132263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.769;QD=14.6982;RBI=0.0218318;REFB=-0.0166203;REVB=0.0173694;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300881;STB=0.675822;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0273237;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:11:12:4:12:11:12 chr22 20138105 . T C 297.22 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0114638;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.964;QD=17.4836;RBI=0.0117721;REFB=-0.0319456;REVB=0.00267667;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052459;STB=0.529393;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0336905;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:36:36:32:32:0.470588:16:16:16:20:16:16:16:20 chr22 20255191 . AC CA 55.92 PASS AF=0.692308;AO=6;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.1342;QD=17.2052;RBI=0.182856;REFB=-0.161166;REVB=0.182856;RO=7;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0253392;OID=.;OPOS=20255191;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:13:13:7:4:6:9:0.692308:6:0:0:7:9:0:0:4 chr22 20302276 . A T 417.02 PASS AF=0.447619;AO=45;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.01114;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.978;QD=15.8863;RBI=0.0205962;REFB=-0.00516097;REVB=0.0173235;RO=57;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987702;STB=0.56959;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00356104;OID=.;OPOS=20302276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:45:47:0.447619:28:17:27:30:30:17:28:30 chr22 20302797 . AC AA,A 125.29 PASS AF=0.0980392,0.352941;AO=6,14;DP=48;FAO=5,18;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=0,15;FSAR=5,3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0080135,-0.158737;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.6007,13.7934;QD=9.82645;RBI=0.129442,0.215155;REFB=-0.0637631,-0.0893697;REVB=-0.129194,-0.145239;RO=23;SAF=0,12;SAR=6,2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0.353952;SSEP=0,0;SSSB=-0.761507,0.263104;STB=0.998426,0.610973;STBP=0.002,0.373;TYPE=snp,del;VARB=0.0430075,0.0123698;OID=.,.;OPOS=20302798,20302798;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0980392,0.352941:6,14:48:5,18:51:28:0,15:5,3:20:8:77:23:0,12:6,2:16:7 chr22 20303664 . G A 391.56 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0166574;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.681;QD=21.4553;RBI=0.0408783;REFB=-0.0557331;REVB=0.0373305;RO=34;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101553;STB=0.556159;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0197677;OID=.;OPOS=20303664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:16:23:16:18:16:23:16:18 chr22 20458029 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.677;QD=58.5878;RBI=0.0187389;REFB=0;REVB=0.0108939;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75312e-05;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr22 20729885 . C T 770.75 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.837;QD=55.0537;RBI=0.0358384;REFB=-0.090998;REVB=-0.00788272;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020053;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-6.56169e-06;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:1:0:32:23:1:0 chr22 20759672 . G A 807.57 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8256;QD=55.6948;RBI=0.115975;REFB=-0.0935372;REVB=0.015584;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622383;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:57:58:1:35:22:1:0:35:23:0:0 chr22 20771144 . A T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00160122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.546;QD=55.6052;RBI=0.0127578;REFB=-0.0200363;REVB=0.0126569;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000277069;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chr22 20784050 . T A 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.018422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.397;QD=19.9919;RBI=0.0239847;REFB=-0.0218929;REVB=0.015359;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211409;STB=0.610175;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0140813;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:15:7:12:10:15:7:12:11 chr22 20800835 . A G 263.55 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0418726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.62;QD=17.5698;RBI=0.0419066;REFB=-0.0256996;REVB=-0.00168831;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922242;STB=0.551688;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0181736;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:14:17:13:16:14:17 chr22 20847449 . G C 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.029237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1187;QD=11.4258;RBI=0.0302683;REFB=0.00227206;REVB=-0.00783371;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237897;STB=0.637555;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00540507;OID=.;OPOS=20847449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:13:24:9:12:13:24 chr22 20847472 . A T 268.31 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00809728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.227;QD=16.5111;RBI=0.0203734;REFB=0.00190139;REVB=-0.0186952;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552241;STB=0.534224;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00170652;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:35:30:30:0.461538:17:13:12:20:17:13:13:22 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 470.84 PASS AF=0.467742,0.306452;AO=29,18;DP=63;FAO=29,19;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=13,0;FSAR=16,19;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0024229,-0.0397864;FXX=0.0158705;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=238.077,23.4362;QD=30.3769;RBI=0.0179968,0.068532;REFB=-0.0157757,-0.0839285;REVB=0.0178329,0.0558004;RO=15;SAF=13,0;SAR=16,18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.135263,-0.849744;STB=0.585929,0.999266;STBP=0.108,0;TYPE=ins,del;VARB=0.0109433,0.120372;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.467742,0.306452:29,18:63:29,19:62:14:13,0:16,19:10:4:99:15:13,0:16,18:10:5 chr22 20937601 . C T 142.74 PASS AF=0.380952;AO=17;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00540429;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.008;QD=13.5944;RBI=0.0153291;REFB=-0.000467721;REVB=-0.0143449;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969463;STB=0.52378;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000969155;OID=.;OPOS=20937601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:17:16:0.380952:9:8:12:13:8:8:12:14 chr22 20940085 . G A 86.08 PASS AF=0.392857;AO=7;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0623246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.346;QD=12.2973;RBI=0.0935758;REFB=-0.0322355;REVB=0.0698003;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387889;STB=0.713979;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0325007;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:7:11:0.392857:5:2:1:15:6:5:2:15 chr22 21044848 . A T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.001;QD=59.0187;RBI=0.0403204;REFB=0;REVB=-0.027492;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04928e-05;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr22 21213416 . A G 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00909929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=350.076;QD=58.5352;RBI=0.0113397;REFB=-0.0191895;REVB=0.00676701;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921259;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000116565;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:51:51:0:1:51:51:0:1 chr22 21301004 . CT C,CC 264.14 PASS AF=0.954545,0;AO=5,13;DP=19;FAO=21,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443827,0.0459495;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.198,245.317;QD=48.0259;RBI=0.0940471,0.0963144;REFB=-0.13625,-0.13896;REVB=-0.0829157,-0.084647;RO=1;SAF=2,0;SAR=3,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169284,-0.836493;STB=0.545409,0.5;STBP=0.187,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00468005,0;OID=.,.;OPOS=21301005,21301005;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545,0:5,13:19:21,0:22:1:5,0:16,0:1:0:6:1:2,0:3,13:1:0 chr22 21304408 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.33;QD=62.6692;RBI=0.0201368;REFB=0;REVB=0.0192153;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26112e-05;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr22 21306743 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3819;QD=62.0207;RBI=0.0529702;REFB=0;REVB=0.0519049;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525249;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 262.65 PASS AF=0.714286,0.0571429;AO=14,6;DP=28;FAO=25,2;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=18,0;FSAR=7,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.022946,-0.00259112;FXX=0.124969;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=137.901,130.312;QD=30.0176;RBI=0.0374943,0.021384;REFB=-0.035069,-0.033181;REVB=0.029653,0.0212264;RO=0;SAF=11,0;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.527836,0.99502;STBP=0.645,0.184;TYPE=del,del;VARB=0.0179626,-0.036009;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286,0.0571429:14,6:28:25,2:35:8:18,0:7,2:5:3:39:0:11,0:3,6:0:0 chr22 21327589 . C T 255.91 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0129769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.373;QD=22.2532;RBI=0.0167259;REFB=-0.0373228;REVB=-0.0105526;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255163;STB=0.514694;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0289574;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:22:23:24:0.521739:17:6:5:16:18:6:5:17 chr22 21331043 . A T 400.72 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.419;QD=53.4294;RBI=0.0612117;REFB=-0.191658;REVB=0.0553479;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00223614;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:1:0 chr22 21335259 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.743;QD=64.4154;RBI=0.0466763;REFB=0;REVB=0.0287038;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105552;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr22 21335606 . C T 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0383;QD=62.3466;RBI=0.023046;REFB=0;REVB=0.00670308;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232757;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr22 21335611 . A G 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0085698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.817;QD=59.7968;RBI=0.0196919;REFB=0.0418114;REVB=0.0177294;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000237967;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chr22 21354970 . C G 1084.43 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.491;QD=59.421;RBI=0.0187567;REFB=0;REVB=0.0165211;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54693e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:73:0:0:67:73:1:30:37:0:0:32:41:0:0 chr22 21355005 . G A 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00144363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.64;QD=18.7633;RBI=0.00506971;REFB=-0.00523653;REVB=0.00485983;RO=46;SAF=28;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164599;STB=0.591955;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00690111;OID=.;OPOS=21355005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:14:28:23:23:14:28:23:23 chr22 21377301 . C A 1553.29 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00249987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.741;QD=62.759;RBI=0.0172116;REFB=-0.0818257;REVB=-0.0170291;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000290087;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:52:46:0:0:52:46:1:0 chr22 21384578 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0355776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4213;QD=22.957;RBI=0.0400464;REFB=-0.0346704;REVB=-0.0183832;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0228849;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:5:6:8:8:5:6 chr22 21385277 . C T 348.92 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0181954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8833;QD=22.88;RBI=0.0337989;REFB=0.000235879;REVB=0.0284832;RO=26;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103204;STB=0.556929;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=2.65931e-05;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:22:13:13:13:22:13:13:13 chr22 21385843 . G A 281.46 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.032316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6611;QD=19.4113;RBI=0.0637997;REFB=-0.0168885;REVB=-0.0550098;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550716;STB=0.5378;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0137853;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:13:17:17:10:13:17:18:10 chr22 21570296 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.464;QD=40.7629;RBI=0.0129498;REFB=0;REVB=0.0111918;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383899;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr22 21570340 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0194337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3446;QD=19.1803;RBI=0.0585931;REFB=0.0493356;REVB=-0.0552764;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400481;STB=0.732918;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0426868;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:6:5:11:2:6:5 chr22 21797101 . CG C,CC 104.92 PASS AF=0.615385,0.230769;AO=3,4;DP=9;FAO=8,3;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5,0;FSAR=3,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.122974,0.127587;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.423,229.985;QD=32.2838;RBI=0.130129,0.134014;REFB=-0.112137,-0.0894161;REVB=-0.0425552,-0.0410032;RO=2;SAF=1,0;SAR=2,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39997,-0.767801;STB=0.583138,0.995982;STBP=0.398,0.069;TYPE=del,snp;VARB=-0.0108119,0.0167712;OID=.,.;OPOS=21797102,21797102;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385,0.230769:3,4:9:8,3:13:2:5,0:3,3:2:0:11:2:1,0:2,4:2:0 chr22 21800444 . T C 1305.6 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448829;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.817;QD=62.1716;RBI=0.0454995;REFB=0;REVB=0.00746504;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37124e-05;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr22 21801588 . T A 785.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.634;QD=57.1214;RBI=0.0124699;REFB=0;REVB=0.00416544;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27086e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr22 21805509 . G C 329.86 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00596312;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.015;QD=32.1815;RBI=0.0115018;REFB=-0.0330687;REVB=0.00983524;RO=13;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111533;STB=0.560933;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0165872;OID=.;OPOS=21805509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:14:14:9:4:14:14:9:4 chr22 21822665 . T C 48.5 PASS AF=0.0942029;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=138;FR=.;FRO=125;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=117;FWDB=-0.00198951;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.576;QD=1.40586;RBI=0.040072;REFB=-0.0065088;REVB=-0.0400226;RO=124;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631756;STB=0.883381;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0382697;OID=.;OPOS=21822665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:139:138:124:125:13:13:0.0942029:7:6:8:116:7:6:8:117 chr22 21822725 . T C 811.72 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0496945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2345;QD=47.056;RBI=0.0509265;REFB=-0.0183781;REVB=-0.0111342;RO=8;SAF=5;SAR=56;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287292;STB=0.654909;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00131646;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:8:8:61:61:0.884058:56:5:5:3:56:5:5:3 chr22 21982892 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0015957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.714;QD=16.4264;RBI=0.0171525;REFB=-0.0100526;REVB=-0.0170782;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.560337;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0109033;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:2:9:8:3:2:9 chr22 21984205 . A G 664.18 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.000757982;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7853;QD=16.7089;RBI=0.00231109;REFB=-0.00427293;REVB=0.00218325;RO=87;SAF=47;SAR=25;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939229;STB=0.552307;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00541801;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:87:87:72:72:0.45283:25:47:49:38:25:47:49:38 chr22 22036792 . C A 433.13 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0105836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.872;QD=17.861;RBI=0.0128067;REFB=-0.0156593;REVB=-0.00721098;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682986;STB=0.500945;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0190286;OID=.;OPOS=22036792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:53:44:44:0.453608:20:24:28:24:20:24:29:24 chr22 22049783 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.242;QD=62.9079;RBI=0.0348736;REFB=0;REVB=0.0304558;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62758e-05;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr22 22287862 . G A 228.23 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0256656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.905;QD=21.736;RBI=0.0335902;REFB=-0.0338481;REVB=-0.0216697;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849073;STB=0.547576;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0429273;OID=.;OPOS=22287862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:8:12:11:11:8:12 chr22 22288560 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0198463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.597;QD=17.956;RBI=0.0253812;REFB=-0.0166529;REVB=0.0158218;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.577262;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0135181;OID=.;OPOS=22288560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:10:7:9:7:10:7 chr22 22312315 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00580482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.801;QD=13.8995;RBI=0.0246893;REFB=-0.0246139;REVB=0.0239972;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279146;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:17:17:12:12:17:17 chr22 22312350 . GG CC 166.84 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0300782;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=76.2808;QD=16.2774;RBI=0.0301084;REFB=-0.0236052;REVB=-0.00134705;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117594;STB=0.567489;STBP=0.454;TYPE=mnp;VARB=0.0502679;OID=.;OPOS=22312350;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:17:17:0.414634:8:9:9:13:8:9:9:13 chr22 22312790 . C G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0164579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.048;QD=16.4168;RBI=0.10589;REFB=-0.0190356;REVB=0.104603;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457514;STB=0.526279;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0132314;OID=.;OPOS=22312790;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:5:11:9:5:5:11 chr22 22318538 . C T 440.88 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00757187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.341;QD=16.0319;RBI=0.0194108;REFB=-0.00944501;REVB=0.017873;RO=61;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051586;STB=0.528863;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0128144;OID=.;OPOS=22318538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:29:20:28:33:29:20:28:33 chr22 22318671 . G A 289.23 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00112393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.392;QD=21.035;RBI=0.0262044;REFB=-0.0172948;REVB=0.0261803;RO=23;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108149;STB=0.595061;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0153315;OID=.;OPOS=22318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:25:29:30:0.545455:22:7:8:15:23:7:10:15 chr22 22326326 . GC G 173.07 PASS AF=0.481481;AO=27;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0803758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.308;QD=12.8199;RBI=0.098423;REFB=-0.0537032;REVB=-0.056805;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.268505;SSSB=0.117136;STB=0.579151;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0598293;OID=.;OPOS=22326327;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:27:54:26:54:28:9:17:6:22:99:27:9:18:6:21 chr22 22330082 . T C 536.12 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.159;QD=54.9868;RBI=0.0963984;REFB=0.0304748;REVB=-0.0958548;RO=2;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583921;STB=0.531233;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00057877;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:36:37:0.948718:15:21:0:2:15:22:0:2 chr22 22516766 . G GTC 106.46 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00695931;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.048;QD=12.9045;RBI=0.0100061;REFB=-0.0262642;REVB=0.00718956;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987403;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.034727;OID=.;OPOS=22516767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:12:35:13:33:20:7:6:11:9:99:22:6:6:13:9 chr22 22516998 . C T 281.95 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00187375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.833;QD=14.6469;RBI=0.0124841;REFB=-0.0220979;REVB=-0.0123427;RO=45;SAF=24;SAR=8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274377;STB=0.656829;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0208232;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:8:24:23:22:8:24:23:22 chr22 22517026 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.173;QD=58.9627;RBI=0.00991891;REFB=0;REVB=0.00186037;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21979e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr22 22550510 . T G 290.99 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00819818;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.993;QD=13.8568;RBI=0.0194363;REFB=-0.003671;REVB=-0.0176227;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020994;STB=0.504422;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00524685;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:51:33:33:0.392857:19:14:20:25:19:14:22:29 chr22 22556270 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.2;QD=59.4356;RBI=0.0417635;REFB=0;REVB=0.0346691;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197751;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr22 22556368 . C T 709.88 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023607;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.862;QD=59.1564;RBI=0.0302017;REFB=-0.0494409;REVB=0.0188376;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010919;STB=0.505811;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000871367;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:48:2:2:46:46:0.958333:29:17:1:1:29:17:1:1 chr22 22569448 . T A 804.98 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9572;QD=64.398;RBI=0.0636657;REFB=0;REVB=-0.0464729;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26796e-05;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr22 22569554 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.646;QD=59.8387;RBI=0.0208807;REFB=0;REVB=-0.00468536;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161611;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr22 22569640 . T G 214.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1789;QD=45.0974;RBI=0.112869;REFB=-0.0540316;REVB=0.0493841;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00979071;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:0:1:6:12:0:1 chr22 22599215 . AT GC 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00412593;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.177;QD=16.1065;RBI=0.0144832;REFB=-0.019882;REVB=-0.0138831;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217802;STB=0.624856;STBP=0.206;TYPE=mnp;VARB=0.0246179;OID=.;OPOS=22599215;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:8:14:7:10:8:14 chr22 22681721 . T C 240.33 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0429986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0061;QD=21.3626;RBI=0.0430351;REFB=-0.0281232;REVB=-0.00177315;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150783;STB=0.508467;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0255823;OID=.;OPOS=22681721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:8:14:15:8:8:14 chr22 22681765 . G A 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0773903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.949;QD=24.1067;RBI=0.0774996;REFB=-0.00642061;REVB=0.00411456;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557402;STB=0.503103;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00625188;OID=.;OPOS=22681765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:7:12:15:9:7:12 chr22 22698027 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000303505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4589;QD=60.2294;RBI=0.0230178;REFB=0;REVB=0.0230158;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027909;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr22 22707275 . C A 654.15 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00312779;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.779;QD=25.1596;RBI=0.0056391;REFB=-0.0255;REVB=-0.00469217;RO=42;SAF=37;SAR=25;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194379;STB=0.510587;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0163604;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:42:62:62:0.596154:25:37:24:18:25:37:24:18 chr22 22707299 . A C 639.25 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0403905;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6082;QD=24.8252;RBI=0.0436693;REFB=-0.0395492;REVB=0.0166017;RO=40;SAF=38;SAR=23;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158774;STB=0.511953;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0206607;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:40:42:61:61:0.592233:23:38:25:15:23:38:25:17 chr22 22707309 . C T 324.56 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0407016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5421;QD=12.6042;RBI=0.0689373;REFB=-0.0213757;REVB=0.0556393;RO=64;SAF=27;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153932;STB=0.588188;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0337059;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:12:27:36:28:12:27:36:28 chr22 22707316 . T C 115.75 PASS AF=0.19;AO=19;DP=99;FAO=19;FDP=100;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0221941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.179;QD=4.63002;RBI=0.0264436;REFB=-0.00422531;REVB=-0.0143766;RO=80;SAF=11;SAR=8;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606201;STB=0.542626;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0201032;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:80:81:19:19:0.19:8:11:50:30:8:11:51:30 chr22 22707349 . C A 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0172299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.018;QD=2.25224;RBI=0.0190748;REFB=-0.00150659;REVB=-0.00818417;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251428;STB=0.678909;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0332126;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:6:4:44:28:6:4:44:28 chr22 22707351 . G C 46.14 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.013237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0324;QD=2.25069;RBI=0.0133003;REFB=-0.0060561;REVB=0.00129686;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251428;STB=0.678909;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0225721;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:6:4:44:28:6:4:44:28 chr22 22707361 . T C 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0396836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.444;QD=2.13931;RBI=0.0536527;REFB=-0.00135709;REVB=-0.0361085;RO=67;SAF=3;SAR=6;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291743;STB=0.71621;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0188219;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:77:67:68:9:9:0.116883:6:3:39:28:6:3:40:28 chr22 22707473 . C G 269.91 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0652286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.379;QD=22.9714;RBI=0.0821627;REFB=0.0287003;REVB=0.0499595;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655864;STB=0.536557;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0216534;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:8:14:14:11:8:14 chr22 22707555 . A G 112.33 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0688306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.092;QD=7.74715;RBI=0.0948621;REFB=0.000526648;REVB=0.0652777;RO=42;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121383;STB=0.57437;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00130633;OID=.;OPOS=22707555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:12:4:14:28:12:4:14:28 chr22 22707557 . C G 107.75 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0058447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0265;QD=7.4308;RBI=0.0386187;REFB=-0.0553159;REVB=0.0381739;RO=41;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217376;STB=0.57437;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0853903;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:41:42:15:16:0.275862:12:3:14:27:12:4:14:28 chr22 22707576 . T A 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.030475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.674;QD=5.46118;RBI=0.0425323;REFB=0.00204321;REVB=-0.0296693;RO=50;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312795;STB=0.701217;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0379558;OID=.;OPOS=22707576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:11:3:22:28:11:3:22:28 chr22 22707597 . A G 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0108206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.407;QD=4.09686;RBI=0.0111278;REFB=-0.000420544;REVB=-0.00259663;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179969;STB=0.621968;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00220773;OID=.;OPOS=22707597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:7:3:21:27:7:3:21:27 chr22 22707601 . C T 59.44 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0362124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6122;QD=4.1711;RBI=0.0532112;REFB=-0.0217661;REVB=-0.0389884;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150557;STB=0.611933;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.042842;OID=.;OPOS=22707601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:56:57:46:47:10:10:0.175439:7:3:19:27:7:3:20:27 chr22 22707608 . C A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0266744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.71;QD=3.44842;RBI=0.0373191;REFB=0.00304334;REVB=0.0260996;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242124;STB=0.673009;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0364485;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:20:26:6:2:20:26 chr22 22712467 . T G 288.99 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0306195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.187;QD=13.7615;RBI=0.0306199;REFB=0.00533076;REVB=-0.000155846;RO=50;SAF=27;SAR=5;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369179;STB=0.714976;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00983009;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:51:32:33:0.392857:5:27:29:21:5:28:30:21 chr22 22724394 . T C 609.95 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0234372;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.293;QD=16.3744;RBI=0.0234504;REFB=-0.00766216;REVB=0.000788295;RO=84;SAF=27;SAR=37;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559469;STB=0.528225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00973006;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:84:85:64:64:0.42953:37:27:40:44:37:27:40:45 chr22 22730696 . C T 65.44 PASS AF=0.12844;AO=13;DP=111;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.100418;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9702;QD=2.4016;RBI=0.103378;REFB=-0.0167928;REVB=-0.024564;RO=98;SAF=3;SAR=10;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315436;STB=0.679084;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.128568;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:111:109:98:95:13:14:0.12844:10:3:47:51:10:4:46:49 chr22 22730702 . A G 62.54 PASS AF=0.122807;AO=13;DP=113;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0159853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.726;QD=2.19423;RBI=0.0172969;REFB=-0.00335731;REVB=-0.00660702;RO=100;SAF=3;SAR=10;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33497;STB=0.76071;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0192808;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:114:100:100:13:14:0.122807:10:3:50:50:11:3:50:50 chr22 22730787 . GG AA 59.03 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.00651536;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=2;MLLD=122.058;QD=2.20654;RBI=0.0065317;REFB=0.000671464;REVB=0.000461741;RO=94;SAF=4;SAR=9;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226442;STB=0.66346;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=-0.00545789;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:109:107:94:94:13:13:0.121495:9:4:46:48:9:4:46:48 chr22 22730799 . GA CC 40.11 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.000504543;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=2;MLLD=174.947;QD=1.72532;RBI=0.00729075;REFB=-0.00177092;REVB=-0.00727327;RO=63;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428936;STB=0.859341;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.0119378;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:93:93:63:83:9:9:0.0967742:8:1:26:37:8:1:39:44 chr22 22782150 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00454141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.449;QD=14.5588;RBI=0.0215458;REFB=-0.0288266;REVB=-0.0210617;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110524;STB=0.562766;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0377421;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:15:20:12:14:15:20 chr22 22842206 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.972;QD=57.884;RBI=0.0412425;REFB=0;REVB=0.0206949;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362234;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr22 22842957 . T G 1783.78 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00877933;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.685;QD=58.4845;RBI=0.0127112;REFB=-0.141066;REVB=-0.00919223;RO=2;SAF=51;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228818;STB=0.502392;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=4.3156e-05;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:122:2:3:119:119:0.97541:68:51:1:1:68:51:1:2 chr22 22843118 . C T 787.46 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561239;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.688;QD=57.27;RBI=0.0118012;REFB=0;REVB=-0.0103811;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77547e-05;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr22 22868493 . G T 501.01 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0153316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.567;QD=14.1129;RBI=0.0153391;REFB=0.00300408;REVB=0.000478707;RO=86;SAF=27;SAR=29;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440577;STB=0.524878;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00934852;OID=.;OPOS=22868493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:86:86:56:56:0.394366:29:27:45:41:29:27:45:41 chr22 22868497 . G C 460.75 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0057247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.292;QD=13.0709;RBI=0.00942551;REFB=-0.00363587;REVB=-0.00748786;RO=88;SAF=27;SAR=26;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212058;STB=0.501204;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00681016;OID=.;OPOS=22868497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:88:88:53:53:0.375887:26:27:45:43:26:27:45:43 chr22 22868773 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00230024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.843;QD=14.3349;RBI=0.00300257;REFB=-0.0149366;REVB=-0.00192985;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0264135;OID=.;OPOS=22868773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:10:16:10:7:10:16 chr22 22868776 . G A 142.46 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00487927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.598;QD=12.9511;RBI=0.00899894;REFB=-0.0122889;REVB=0.00756133;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329526;STB=0.529034;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0215469;OID=.;OPOS=22868776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:9:7:11:16:9:7:11:17 chr22 22869123 . T C 714.12 PASS AF=0.419355;AO=78;DP=186;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=72;FWDB=0.0228113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.571;QD=15.3574;RBI=0.0235319;REFB=-0.00991141;REVB=0.00577899;RO=108;SAF=28;SAR=50;SRF=36;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292108;STB=0.51632;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00926444;OID=.;OPOS=22869123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:108:108:78:78:0.419355:50:28:36:72:50:28:36:72 chr22 22869209 . C G 273.65 PASS AF=0.313559;AO=35;DP=116;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0847632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9995;QD=9.27617;RBI=0.112116;REFB=-0.0153654;REVB=-0.0733833;RO=81;SAF=16;SAR=19;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902745;STB=0.571522;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0354067;OID=.;OPOS=22869209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:81:81:35:37:0.313559:19:16:31:50:19:18:31:50 chr22 22869218 . T C 227.99 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=111;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0425041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4184;QD=8.21576;RBI=0.0483293;REFB=-0.0134416;REVB=-0.0230027;RO=79;SAF=13;SAR=19;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029865;STB=0.51767;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0377383;OID=.;OPOS=22869218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:79:32:32:0.288288:19:13:34:45:19:13:34:45 chr22 22869439 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0150299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.485;QD=16.0717;RBI=0.0210914;REFB=-0.000966378;REVB=-0.014797;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132764;STB=0.582385;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000856165;OID=.;OPOS=22869439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:28:29:0.453125:13:15:14:21:13:16:14:21 chr22 22869538 . A G 209.37 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0183489;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.657;QD=17.8189;RBI=0.0185696;REFB=-0.00886794;REVB=-0.00285464;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897061;STB=0.550973;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00940334;OID=.;OPOS=22869538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:16:10:10:11:16:10 chr22 22869545 . T G 195.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00309604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.713;QD=17.7986;RBI=0.0137129;REFB=0.0018036;REVB=0.0133588;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244369;STB=0.638261;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00148835;OID=.;OPOS=22869545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:17:7:11:9:17:7 chr22 22869548 . T C 196.75 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0252805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.303;QD=18.3018;RBI=0.0256898;REFB=-0.0102155;REVB=-0.00456787;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268425;STB=0.651339;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0144906;OID=.;OPOS=22869548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:17:6:11:9:17:6 chr22 22869649 . G C 113.14 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00797104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7459;QD=17.406;RBI=0.0264614;REFB=0.000745469;REVB=-0.0252322;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00259696;OID=.;OPOS=22869649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:6:7:9:4:6:7 chr22 22869742 . C A 197.72 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00771601;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.572;QD=12.9654;RBI=0.00790574;REFB=-0.00846162;REVB=-0.00172157;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126387;STB=0.517132;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0113785;OID=.;OPOS=22869742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:37:24:24:0.393443:11:13:18:16:11:13:19:18 chr22 22899234 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00295253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.447;QD=17.6719;RBI=0.0407563;REFB=-0.00870899;REVB=-0.0406492;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230976;STB=0.628881;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00962932;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:22:10:17:13:22:10 chr22 22989256 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.124;QD=55.0987;RBI=0.0490348;REFB=0;REVB=-0.0487255;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153831;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr22 22989520 . G T 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00625237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3333;QD=5.45426;RBI=0.148704;REFB=-0.000208676;REVB=0.148572;RO=57;SAF=9;SAR=7;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452774;STB=0.528462;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00704501;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:7:9:30:27:7:9:30:27 chr22 22989622 . T C 63.89 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.137081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0438;QD=3.40727;RBI=0.138988;REFB=-0.00296466;REVB=0.0229483;RO=63;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942387;STB=0.563652;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0128779;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:63:63:12:12:0.16:7:5:31:32:7:5:31:32 chr22 23029263 . T C 793.67 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.119326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.086;QD=29.6698;RBI=0.133204;REFB=-0.00577822;REVB=-0.0591987;RO=36;SAF=31;SAR=40;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840726;STB=0.545319;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00201331;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:36:71:71:0.663551:40:31:11:25:40:31:11:25 chr22 23029698 . T C 941.2 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186966;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.225;QD=58.8248;RBI=0.0299039;REFB=0;REVB=0.0233384;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146614;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr22 23040462 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00818453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.838;QD=16.6613;RBI=0.0100423;REFB=-0.00856765;REVB=0.00581899;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068273;STB=0.538434;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00891498;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:16:16:12:16:16:16 chr22 23040767 . G T 752.3 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0293051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.816;QD=19.6679;RBI=0.0324284;REFB=0.00868967;REVB=0.0138857;RO=76;SAF=37;SAR=40;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018085;STB=0.509951;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00625203;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:76:77:77:0.503268:40:37:35:41:40:37:35:41 chr22 23055421 . G A 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0124313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.768;QD=14.6473;RBI=0.016274;REFB=-0.0116043;REVB=0.0105026;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131789;STB=0.574769;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0166908;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:19:13:24:21:19:13:24:21 chr22 23055440 . C A 1177.11 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.557;QD=59.6004;RBI=0.0454745;REFB=-0.147835;REVB=0.0268277;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.506848;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000675882;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:79:0:1:76:78:0.987342:42:34:0:0:42:36:1:0 chr22 23055533 . G A 428.33 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.000624309;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.274;QD=14.2776;RBI=0.00368254;REFB=-0.0131752;REVB=-0.00362923;RO=68;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152562;STB=0.576239;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.017968;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:71:49:49:0.408333:34:15:30:38:34:15:30:41 chr22 23055539 . G T 453.03 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.040032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4178;QD=14.9763;RBI=0.0419345;REFB=-0.00312567;REVB=0.0124875;RO=70;SAF=16;SAR=34;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122437;STB=0.572924;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00586538;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:70:70:50:51:0.421488:34:16:30:40:35:16:30:40 chr22 23077555 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.37;QD=58.2395;RBI=0.0301203;REFB=0;REVB=0.0290916;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66186e-05;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:33:27:0:0:35:27:0:0 chr22 23089941 . ACT A 677.46 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06599;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.351;QD=63.0193;RBI=0.0675724;REFB=0;REVB=-0.0145377;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00023867;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:45:43:43:0:28:15:0:0:4:0:26:13:0:0 chr22 23101216 . A G 305.95 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.419;QD=53.2081;RBI=0.0178087;REFB=0;REVB=0.0175829;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115141;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:11:10:0:0:13:10:0:0 chr22 23101221 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.316;QD=55.0958;RBI=0.0456262;REFB=0;REVB=-0.00684992;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330902;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 23101247 . GC AT 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060983;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.706;QD=59.4356;RBI=0.0749009;REFB=0;REVB=0.0434882;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000651163;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr22 23101280 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.423;QD=62.0218;RBI=0.0263871;REFB=0;REVB=0.0252773;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101293;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr22 23101301 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.484;QD=61.3364;RBI=0.0148396;REFB=0;REVB=0.0125741;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62815e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr22 23101523 . G A 643.94 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00144872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.273;QD=17.8873;RBI=0.00876929;REFB=-0.0154132;REVB=0.00864879;RO=78;SAF=28;SAR=38;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994074;STB=0.555256;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0216549;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:38:28:41:37:38:28:41:37 chr22 23101559 . G T 1841.39 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.518;QD=61.3797;RBI=0.0124;REFB=0;REVB=-0.00771956;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77393e-06;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:61:57:0:0:62:58:0:0 chr22 23114327 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.394;QD=57.2025;RBI=0.0395193;REFB=0;REVB=-0.00408697;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188845;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr22 23114350 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.829;QD=52.6131;RBI=0.0721254;REFB=0;REVB=-0.0248075;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043723;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr22 23114938 . C A 656.76 PASS AF=0.496241;AO=64;DP=131;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.016609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.001;QD=19.752;RBI=0.023441;REFB=-0.00813503;REVB=0.0165415;RO=66;SAF=40;SAR=24;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239325;STB=0.63173;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00895105;OID=.;OPOS=23114938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:66:67:64:66:0.496241:24:40:24:42:25:41:24:43 chr22 23114993 . G A 407.78 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0216098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.512;QD=14.308;RBI=0.0309479;REFB=-0.000410011;REVB=0.0221537;RO=67;SAF=17;SAR=30;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18638;STB=0.605208;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00076881;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:30:17:36:31:30:17:36:31 chr22 23115001 . A G 745.73 PASS AF=0.588235;AO=70;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-1.1318e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.096;QD=25.0667;RBI=0.00892932;REFB=-0.0133818;REVB=-0.00892931;RO=49;SAF=38;SAR=32;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101672;STB=0.555327;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00598848;OID=.;OPOS=23115001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:49:70:70:0.588235:32:38:20:29:32:38:20:29 chr22 23241705 . G A 318.59 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0955236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4702;QD=32.6759;RBI=0.108489;REFB=0.0174082;REVB=0.0514297;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.730596;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00483502;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:0:12:27:27:0.692308:20:7:0:0:20:7:12:0 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA 450.57 PASS AF=0,1;AO=5,20;DP=33;FAO=0,33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016334,0.018303;FXX=0.0294031;HRUN=4,0;LEN=3,1;MLLD=117.685,131.538;QD=54.6144;RBI=0.0166072,0.0410413;REFB=0,0;REVB=0.0030001,0.036734;RO=6;SAF=0,14;SAR=5,6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.694502,0.238091;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0492393,-0.000657601;OID=.,.;OPOS=23241751,23241754;OREF=GCT,-;OALT=CTA,A;OMAPALT=CTA,GCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:33:33:6:0:5,20:0,33:0,1:5,6:0,14:1:5:0,18:0,15:0:0 chr22 23241754 . G A 51.22 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0180184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7799;QD=5.53681;RBI=0.0316918;REFB=-0.0400377;REVB=0.0260713;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485231;STB=0.825855;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0731359;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:7:1:14:15:7:1:14:15 chr22 23247082 . C G 1510.32 PASS AF=0.56917;AO=142;DP=249;FAO=144;FDP=253;FR=.;FRO=109;FSAF=88;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0394583;FXX=0.0117183;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4734;QD=23.8786;RBI=0.0396184;REFB=-0.00360804;REVB=-0.0035587;RO=107;SAF=88;SAR=54;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101598;STB=0.551234;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00265451;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:253:107:109:142:144:0.56917:54:88:53:54:56:88:54:55 chr22 23248758 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0302133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.731;QD=20.7548;RBI=0.0304415;REFB=-0.0247982;REVB=-0.00372055;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913102;STB=0.551655;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0173397;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:7:5:8:7:7:5 chr22 23256464 . G C 1549.18 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2187;QD=63.8837;RBI=0.0526311;REFB=0;REVB=-0.00977413;RO=1;SAF=39;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442906;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:57:39:1:0:57:40:0:0 chr22 23263602 . C T 1206.47 PASS AF=1;AO=45;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650409;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.497;QD=49.2437;RBI=0.106539;REFB=0;REVB=0.10634;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00966446;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:45:98:1:22:23:0:0:75:23:0:0 chr22 23438191 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.000652493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.486;QD=13.224;RBI=0.000776518;REFB=-0.0229874;REVB=0.000420991;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201581;STB=0.61529;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0323666;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:14:22:10:14:14:22 chr22 23466377 . ATTTTTTTTTTG ATTTTTTTTGTT 61.13 PASS AF=0.3;AO=4;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0462359;FXX=0;HRUN=10;LEN=3;MLLD=28.4072;QD=8.15113;RBI=0.11803;REFB=-0.0793919;REVB=-0.108597;RO=11;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630016;STB=0.724029;STBP=0.193;TYPE=mnp;VARB=0.120087;OID=.;OPOS=23466386;OREF=TTG;OALT=GTT;OMAPALT=ATTTTTTTTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:4:30:9:30:21:5:4:18:3:56:11:2:2:11:0 chr22 23474972 . A G 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00577084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.185;QD=12.8066;RBI=0.0109823;REFB=-0.0222711;REVB=-0.00934389;RO=47;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388909;STB=0.522278;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0209654;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:15:14:21:26:15:14:21:26 chr22 23482460 . A G 393.09 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0273156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0603;QD=16.3787;RBI=0.029161;REFB=-0.0374428;REVB=-0.0102089;RO=53;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231281;STB=0.615103;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.064932;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:54:41:42:0.4375:16:25:20:33:17:25:21:33 chr22 23498329 . CA TG 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.00813428;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.702;QD=5.68927;RBI=0.0153829;REFB=0.00710288;REVB=0.0130563;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148719;STB=0.594323;STBP=0.822;TYPE=mnp;VARB=-0.0175608;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:1:5:17:2:1:5:17:2 chr22 23503121 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0186848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.107;QD=22.724;RBI=0.0214555;REFB=-0.0193688;REVB=-0.0105459;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193409;STB=0.62487;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0107185;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:6:14:7:8:6:14:7:9 chr22 23503170 . A G 164.24 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00592486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.479;QD=15.2785;RBI=0.0312462;REFB=-0.0275233;REVB=-0.0306793;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098029;STB=0.55021;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0522109;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:25:17:18:0.418605:8:9:15:9:8:10:16:9 chr22 23503205 . G C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0226778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.995;QD=16.5359;RBI=0.023089;REFB=-0.00526025;REVB=0.00433812;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.567493;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00664446;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:13:10:10:8:13:10 chr22 23503756 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0130706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.8;QD=12.3961;RBI=0.0162932;REFB=-0.0175134;REVB=-0.00972773;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0225848;OID=.;OPOS=23503756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr22 23504862 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0352668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.849;QD=22.9576;RBI=0.0453029;REFB=-0.0398698;REVB=0.028436;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105562;STB=0.530768;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0222794;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:5:11:16:16:0.592593:9:7:1:4:9:7:4:7 chr22 23504916 . G A 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0033505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.343;QD=21.2263;RBI=0.0072185;REFB=-0.0208527;REVB=-0.00639382;RO=24;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101506;STB=0.556412;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0194292;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:18:11:12:12:18:11:12:12 chr22 23504959 . C T 220.53 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0058198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.763;QD=14.2276;RBI=0.0452885;REFB=-0.019003;REVB=0.044913;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109435;STB=0.50623;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0345789;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:17:19:14:12:17:19 chr22 23513128 . C G 533.1 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00696205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1905;QD=17.0593;RBI=0.0104276;REFB=-0.0191184;REVB=0.00776303;RO=67;SAF=31;SAR=26;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375583;STB=0.516306;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0187914;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:68:57:57:0.456:26:31:39:28:26:31:39:29 chr22 23513523 . A C 260.6 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359712;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.252;QD=52.1198;RBI=0.0393774;REFB=0;REVB=0.0160204;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123279;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 23523630 . C A 332.92 PASS AF=0.5;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00317947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.146;QD=19.0242;RBI=0.0287481;REFB=-0.0323128;REVB=-0.0285718;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103369;STB=0.57104;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0333225;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:35:35:35:0.5:19:16:19:14:19:16:21:14 chr22 23541488 . C T 318.11 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0448281;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.239;QD=20.5229;RBI=0.0451867;REFB=-0.00436681;REVB=0.00568075;RO=29;SAF=25;SAR=8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374719;STB=0.52082;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00617693;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:29:33:33:0.532258:8:25:21:8:8:25:21:8 chr22 23585132 . A G 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00435966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.121;QD=27.2513;RBI=0.00858313;REFB=-0.0213807;REVB=0.00739348;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823999;STB=0.545421;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0118024;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:15:12:6:12:15:12:6:12 chr22 23627369 . A G 385.27 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0334242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.496;QD=17.9196;RBI=0.034858;REFB=-0.0395094;REVB=0.00989435;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416135;STB=0.523244;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0456704;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:20:20:21:25:20:20:21:25 chr22 23658372 . A G 102.81 PASS AF=0.309524;AO=11;DP=40;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.034487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.503;QD=9.79137;RBI=0.0344871;REFB=-0.00556506;REVB=-6.00896e-05;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911486;STB=0.510188;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00826691;OID=.;OPOS=23658372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:28:29:11:13:0.309524:8:3:6:22:10:3:7:22 chr22 23915652 . G A 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00547331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.515;QD=13.7389;RBI=0.0226448;REFB=0.00324904;REVB=0.0219734;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2126;STB=0.616661;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00446392;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:51:33:33:0.392857:17:16:14:35:17:16:15:36 chr22 23915761 . C T 45.39 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0229289;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.274;QD=7.26271;RBI=0.0267235;REFB=-0.00119386;REVB=-0.0137262;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186904;STB=0.6151;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0078619;OID=.;OPOS=23915761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:18:18:7:7:0.28:5:2:3:15:5:2:3:15 chr22 23962744 . T TTTC 229.98 PASS AF=0.415385;AO=24;DP=69;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0219937;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=3;MLLD=293.64;QD=14.1524;RBI=0.0309194;REFB=0.00171196;REVB=0.0217321;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400134;STB=0.517229;STBP=0.857;TYPE=ins;VARB=-0.00256594;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:24:69:27:65:38:15:12:20:18:99:42:14:10:23:19 chr22 24034288 . A G 274.53 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=71;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00675502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7808;QD=14.6415;RBI=0.0792784;REFB=-0.00543266;REVB=0.0789901;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252219;STB=0.502091;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00820883;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:40:43:30:32:0.426667:15:15:19:21:17:15:20:23 chr22 24035970 . C T 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00156411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.405;QD=16.0641;RBI=0.0157635;REFB=-0.00504097;REVB=0.0156857;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286346;STB=0.661621;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00524933;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:20:11:17:9:20:11 chr22 24038847 . T C 175.24 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0167261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1698;QD=22.6114;RBI=0.0449408;REFB=-0.043538;REVB=0.0417123;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.56403;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0340632;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:12:13:17:18:0.580645:6:11:6:6:7:11:6:7 chr22 24086107 . A G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0069994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.391;QD=21.2932;RBI=0.0209109;REFB=-0.010405;REVB=-0.0197046;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213164;STB=0.618957;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0199254;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:18:7:13:12:18:7 chr22 24106448 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0125103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.486;QD=15.2296;RBI=0.0437582;REFB=-0.0125156;REVB=0.0419317;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102745;STB=0.559377;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00948691;OID=.;OPOS=24106448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:15:13:7:12:15:13 chr22 24110012 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00850237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.29;QD=16.993;RBI=0.0124336;REFB=-0.0197007;REVB=-0.00907212;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172585;STB=0.597912;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0218733;OID=.;OPOS=24110012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:21:6:11:19:21:6:11:19 chr22 24143502 . C G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0285872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.578;QD=11.2571;RBI=0.0286276;REFB=-0.0252961;REVB=0.00152082;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380618;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0574334;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:2:6:4:7:2:6:5:7 chr22 24158895 . A G 173.76 PASS AF=0.515152;AO=13;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00484372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.405;QD=21.0621;RBI=0.0265494;REFB=-0.0118136;REVB=0.0261038;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188592;STB=0.618045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0142591;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:13:17:0.515152:7:6:10:5:10:7:10:5 chr22 24167513 . G A 586.67 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0114993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.186;QD=19.72;RBI=0.0276411;REFB=-0.0278541;REVB=0.0251356;RO=58;SAF=31;SAR=29;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608998;STB=0.529237;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0303703;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:59:60:60:0.504202:29:31:26:32:29:31:27:32 chr22 24167657 . G GA,GAA 147.47 PASS AF=0.139241,0.253165;AO=16,15;DP=92;FAO=11,20;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=4,6;FSAR=7,14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.170117,0.0905213;FXX=0.102261;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.9531,22.7268;QD=7.4666;RBI=0.17739,0.0937414;REFB=0.0104947,0.00515565;REVB=0.0502752,0.0243586;RO=56;SAF=9,1;SAR=7,14;SRF=25;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143175,-0.588646;STB=0.57947,0.620128;STBP=0.57,0.221;TYPE=ins,ins;VARB=-0.277187,0.131078;OID=.,.;OPOS=24167658,24167658;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.139241,0.253165:16,15:92:11,20:79:48:4,6:7,14:22:26:62:56:9,1:7,14:25:31 chr22 24176287 . G A 819.25 PASS AF=0.509202;AO=82;DP=163;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0598598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9658;QD=20.1044;RBI=0.0873787;REFB=-0.0356903;REVB=0.063654;RO=81;SAF=28;SAR=54;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167019;STB=0.583583;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0359379;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:81:80:82:83:0.509202:54:28:42:39:54:29:41:39 chr22 24180449 . C T 664.61 PASS AF=0.485507;AO=65;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00686051;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.527;QD=19.2641;RBI=0.00832394;REFB=-0.00949636;REVB=-0.00471396;RO=72;SAF=24;SAR=41;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166793;STB=0.576934;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00971371;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:72:71:65:67:0.485507:41:24:39:33:41:26:38:33 chr22 24212248 . A G 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00399476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6938;QD=20.8082;RBI=0.0040307;REFB=0.0130929;REVB=0.000537103;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155866;STB=0.587709;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0136033;OID=.;OPOS=24212248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:13:10:14:9:13:10 chr22 24237463 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.958;QD=61.6839;RBI=0.0407827;REFB=0;REVB=-0.0358742;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001246;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:15:26:0:0 chr22 24238079 . T A 121.6 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0228674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.552;QD=15.1999;RBI=0.0495951;REFB=-0.0209242;REVB=0.0440086;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07888;STB=0.545392;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0224519;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:4:14:10:4:4:14 chr22 24459438 . T C 1766.53 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.943;QD=60.9148;RBI=0.0548629;REFB=0;REVB=0.0202952;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016443;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:111:116:1:50:61:0:0:50:66:0:0 chr22 24535243 . TTA T,TTT 248.42 PASS AF=0.506329,0;AO=17,17;DP=99;FAO=40,0;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=11,0;FSAR=29,0;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.110512,0.160454;FXX=0.0919435;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.7989,17.9685;QD=12.5782;RBI=0.143349,0.163775;REFB=-0.104749,-0.00788017;REVB=-0.0913016,0.0328149;RO=57;SAF=5,0;SAR=12,17;SRF=15;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0474888,-0.718818;STB=0.562418,0.5;STBP=0.352,1;TYPE=del,snp;VARB=0.101027,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506329,0:17,17:99:40,0:79:39:11,0:29,0:7:32:99:57:5,0:12,17:15:42 chr22 24579049 . G A 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0072739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.668;QD=9.37564;RBI=0.00778584;REFB=0.00312482;REVB=-0.00277662;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07768;STB=0.54605;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00743087;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:8:11:21:20:8:11:21:20 chr22 24579157 . GA TC 78.77 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00263111;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=2;MLLD=263.374;QD=4.92323;RBI=0.0223055;REFB=-0.00789341;REVB=-0.0221498;RO=51;SAF=8;SAR=5;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035113;STB=0.522578;STBP=0.906;TYPE=mnp;VARB=0.029101;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:65:64:51:51:13:13:0.203125:5:8:30:21:5:8:30:21 chr22 24717518 . G A 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00416657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.458;QD=30.324;RBI=0.0512985;REFB=0.00339652;REVB=-0.051129;RO=11;SAF=18;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180237;STB=0.599906;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0022695;OID=.;OPOS=24717518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:5:18:6:5:5:18:6:5 chr22 24717850 . A G 501.51 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.319;QD=59.0005;RBI=0.0228249;REFB=0;REVB=0.0209159;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175899;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr22 24761467 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.652;QD=64.414;RBI=0.0575206;REFB=0;REVB=0.0559973;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159214;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:13:37:0:0:13:37:0:0 chr22 24765214 . T C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0180493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.253;QD=19.2749;RBI=0.0190687;REFB=-0.00171585;REVB=0.00615102;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112004;STB=0.552167;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00185731;OID=.;OPOS=24765214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:10:15:11:12:11:15 chr22 24811667 . G A 200.93 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00334707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.87;QD=20.6081;RBI=0.0106611;REFB=-0.00241236;REVB=-0.010122;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385902;STB=0.510628;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00192386;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:8:12:10:8:8:12:11:8 chr22 24837301 . T C 1032.05 PASS AF=0.484018;AO=106;DP=219;FAO=106;FDP=219;FR=.;FRO=113;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.0105324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.581;QD=18.8502;RBI=0.0219011;REFB=-0.0034278;REVB=-0.0192022;RO=112;SAF=54;SAR=52;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108689;STB=0.557265;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00338942;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:112:113:106:106:0.484018:52:54:44:68:52:54:45:68 chr22 24898310 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0190098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.879;QD=15.4997;RBI=0.0226319;REFB=-0.000166791;REVB=-0.0122812;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250816;STB=0.641052;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000389069;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:13:27:13:18:13:27 chr22 24964128 . T C 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.756;QD=55.5176;RBI=0.0406842;REFB=0.0352356;REVB=-0.0127386;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000629844;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:1:0 chr22 25003922 . G A 372.43 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0430459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.979;QD=15.2013;RBI=0.0430851;REFB=-0.0136524;REVB=-0.00183857;RO=55;SAF=14;SAR=26;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940646;STB=0.551061;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0226641;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:55:58:40:40:0.408163:26:14:24:31:26:14:25:33 chr22 25003934 . G A 223.45 PASS AF=0.295918;AO=28;DP=97;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0140079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.203;QD=9.12042;RBI=0.016572;REFB=-0.0135911;REVB=-0.00885497;RO=69;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202886;STB=0.501869;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0303117;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:69:69:28:29:0.295918:17:11:26:43:18:11:26:43 chr22 25011027 . C T 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0180891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.91;QD=3.64836;RBI=0.02372;REFB=-0.00374206;REVB=-0.0153434;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301651;STB=0.702138;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0776302;OID=.;OPOS=25011027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:23:8:3:3:23:8 chr22 25011031 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00494682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.336;QD=3.54004;RBI=0.0167644;REFB=0.00361132;REVB=-0.0160179;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46328;STB=0.811699;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0221038;OID=.;OPOS=25011031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:4:2:23:8:4:2:24:8 chr22 25145453 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.195;QD=62.0219;RBI=0.087888;REFB=0;REVB=0.0854095;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428671;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr22 25145471 . A G 591.59 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376906;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.237;QD=60.6754;RBI=0.0425139;REFB=0;REVB=0.0196685;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167319;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr22 25424579 . C A 36.88 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.112248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6402;QD=7.76357;RBI=0.129562;REFB=-0.00147908;REVB=-0.0647043;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498727;STB=0.782133;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00737259;OID=.;OPOS=25424579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:0:13:5:1:0:13 chr22 25436904 . T C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0126846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.592;QD=21.612;RBI=0.0142429;REFB=-0.00471324;REVB=0.0064777;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204803;STB=0.614877;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00454133;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:14:9:15:9:14:9 chr22 25577688 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0428676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9808;QD=21.3767;RBI=0.0437183;REFB=-0.0152104;REVB=0.00858238;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441328;STB=0.747397;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0145367;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:6:17:5:17:6:17:5:17 chr22 25577733 . T C 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0328568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.826;QD=22.9077;RBI=0.0358535;REFB=-0.0398249;REVB=0.0143494;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343021;STB=0.69065;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.012424;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:3:14:8:13:3:14 chr22 25599759 . G A 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00209555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0266;QD=14.2304;RBI=0.0733553;REFB=0.0053253;REVB=0.0733253;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675194;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00607914;OID=.;OPOS=25599759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:17:19:12:14:17:19 chr22 25601196 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3552;QD=64.4146;RBI=0.0418008;REFB=0;REVB=0.0398134;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289598;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr22 25617436 . T A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00480667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5755;QD=13.8304;RBI=0.0130032;REFB=0.0099481;REVB=0.0120821;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080169;STB=0.511802;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0231909;OID=.;OPOS=25617436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:13:14:20:18:13:14:21:18 chr22 26159289 . G A 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0064659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.982;QD=27.2217;RBI=0.0182811;REFB=-0.00906468;REVB=-0.0170994;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18986;STB=0.60457;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00379107;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:12:4:13:12:12:4 chr22 26164079 . C T 98.51 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00203378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9412;QD=14.0732;RBI=0.0323116;REFB=-0.0385097;REVB=0.0322476;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0474875;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr22 26164413 . C T 267.4 PASS AF=0.540984;AO=22;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0322985;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.7817;QD=17.5343;RBI=0.0329743;REFB=-0.0532184;REVB=0.00664191;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31189;STB=0.59569;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.041974;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:27:22:33:0.540984:15:7:1:20:19:14:6:21 chr22 26166900 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000389063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.591;QD=60.2307;RBI=0.00387359;REFB=0;REVB=0.003854;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77756e-06;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr22 26173661 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000595335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.205;QD=56.1915;RBI=0.0126667;REFB=0;REVB=0.0126527;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40075e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr22 26193982 . C G 1099.56 PASS AF=1;AO=64;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9219;QD=58.6431;RBI=0.114445;REFB=0;REVB=0.113677;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00853922;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:64:75:1:33:31:0:0:43:32:0:0 chr22 26194045 . T C 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059662;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.718;QD=60.042;RBI=0.00624186;REFB=0;REVB=0.00183447;RO=0;SAF=13;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27717e-05;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:58:13:0:0:58:13:0:0 chr22 26239850 . C A 411.21 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0551877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6339;QD=51.4008;RBI=0.0639564;REFB=-0.00589372;REVB=0.0323225;RO=2;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788608;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00452931;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:2:2:30:30:0.9375:13:17:1:1:13:17:1:1 chr22 26688401 . T C 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00818972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.111;QD=22.884;RBI=0.0171366;REFB=-0.00804072;REVB=0.015053;RO=29;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200523;STB=0.51103;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00582053;OID=.;OPOS=26688401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:14:24:19:10:14:24:19:10 chr22 26695077 . G T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0329136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.062;QD=18.4582;RBI=0.0507108;REFB=-0.0186262;REVB=0.0385782;RO=41;SAF=13;SAR=25;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105777;STB=0.558681;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0181155;OID=.;OPOS=26695077;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:25:13:10:31:25:13:10:31 chr22 26702015 . A C 267.05 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0202976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7187;QD=20.1548;RBI=0.0601647;REFB=-0.0208485;REVB=-0.0566374;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895085;STB=0.54976;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0153505;OID=.;OPOS=26702015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:9:16:15:13:9:16 chr22 26829914 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0297489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.816;QD=7.95465;RBI=0.0297898;REFB=0.00236427;REVB=-0.00156058;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157867;STB=0.599733;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00453082;OID=.;OPOS=26829914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:7:12:6:2:7:12 chr22 26830316 . G A 298.08 PASS AF=0.54386;AO=32;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.020495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.421;QD=20.918;RBI=0.025099;REFB=-0.00149176;REVB=-0.0144885;RO=25;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275719;STB=0.535188;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00169057;OID=.;OPOS=26830316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:32:31:0.54386:13:19:14:11:12:19:14:12 chr22 26853905 . C A 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.198;QD=62.0151;RBI=0.0348833;REFB=0;REVB=0.0274216;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171645;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr22 26854441 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.316;QD=57.1775;RBI=0.071953;REFB=0;REVB=0.0295718;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219005;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr22 26859942 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.499;QD=58.5878;RBI=0.016697;REFB=0;REVB=0.0165542;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60386e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr22 26860269 . G C 1025.89 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.864;QD=59.4717;RBI=0.044154;REFB=0;REVB=0.0373165;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258775;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr22 26862041 . G A 250.06 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00561438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1827;QD=11.9077;RBI=0.0844411;REFB=-0.00370535;REVB=-0.0842542;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577143;STB=0.538436;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00648114;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:16:14:22:31:16:14:22:32 chr22 26862212 . T C 1186.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.774;QD=60.8424;RBI=0.0261659;REFB=0;REVB=0.0179317;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49898e-05;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr22 26879958 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00785626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.145;QD=19.134;RBI=0.0143516;REFB=-0.0180459;REVB=0.0120103;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0160004;OID=.;OPOS=26879958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr22 26879962 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00144641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.512;QD=19.1341;RBI=0.0190403;REFB=-0.0193893;REVB=0.0189852;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00618114;OID=.;OPOS=26879962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr22 26879967 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00150036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.69;QD=25.4671;RBI=0.0721264;REFB=-0.00736446;REVB=0.0721108;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00234896;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chr22 26884039 . G A 696.89 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00267127;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.539;QD=54.6583;RBI=0.0223854;REFB=-0.027746;REVB=0.0222254;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000982839;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:1:0:27:23:1:0 chr22 26895337 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.253;QD=58.2395;RBI=0.0320451;REFB=0;REVB=-0.0069888;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29436e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr22 26932150 . G A 455.35 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00802968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2496;QD=22.7677;RBI=0.0510493;REFB=-0.00631495;REVB=-0.0504138;RO=36;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146115;STB=0.580371;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0043263;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:19:25:14:22:19:25:14:22 chr22 26937087 . C A 305.15 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0199503;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9912;QD=32.1208;RBI=0.029171;REFB=-0.0330924;REVB=0.0212823;RO=12;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143241;STB=0.578661;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0273111;OID=.;OPOS=26937087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:12:12:26:26:0.684211:17:9:7:5:17:9:7:5 chr22 26937327 . C G 785.92 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.596;QD=57.1574;RBI=0.0483374;REFB=0;REVB=0.0364718;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33408e-05;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:25:30:0:0 chr22 27021457 . T C 726.69 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000672712;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.033;QD=63.1901;RBI=0.0208929;REFB=0;REVB=0.0208821;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28854e-05;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr22 28248840 . C T 456.94 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00235253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.416;QD=23.1363;RBI=0.0123723;REFB=-0.0223462;REVB=-0.0121466;RO=35;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593577;STB=0.526547;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0201637;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:43:44:0.556962:24:19:18:17:24:20:18:17 chr22 28315207 . C T 160.41 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0817043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1305;QD=18.3327;RBI=0.0818012;REFB=0.0127603;REVB=-0.0039821;RO=18;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450782;STB=0.767573;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0137126;OID=.;OPOS=28315207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:16:1:5:13:16:1:5:13 chr22 28316591 . T TG 586.82 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.492;QD=40.4703;RBI=0.223542;REFB=0;REVB=-0.218268;RO=1;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00411511;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:57:58:58:0:13:45:0:0:12:1:12:38:0:1 chr22 28378472 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0279126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.868;QD=16.7848;RBI=0.028428;REFB=0.00496068;REVB=0.00538858;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655985;STB=0.536986;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00520289;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:21:8:11:22:21:8:11:22 chr22 28559120 . G C 243.76 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0484515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2635;QD=15.2351;RBI=0.0505546;REFB=-0.0277017;REVB=0.0144298;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11017;STB=0.531228;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0368641;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:21:28:0.4375:14:7:15:20:14:14:16:20 chr22 29182500 . C A 956.96 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260269;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.995;QD=58.8901;RBI=0.0297371;REFB=0;REVB=0.0143839;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11263e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:27:36:0:0:29:36:0:0 chr22 29449690 . AAATT AA,AAT,AATTT,AT 101.31 PASS AF=0.8125,0.0625,0,0;AO=4,6,2,4;DP=22;FAO=13,1,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4,1,0,0;FSAR=9,0,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0328655,-0.0088521,-0.175716,-0.0443315;FXX=0.111049;HRUN=6,6,6,6;LEN=3,2,1,3;MLLD=19.8715,12.6183,6.64943,15.106;QD=25.3281;RBI=0.27958,0.272365,0.525222,0.0811287;REFB=-0.13549,-0.200107,-0.00196548,-0.13596;REVB=0.277642,0.272221,-0.494957,0.0679454;RO=6;SAF=3,1,2,2;SAR=1,5,0,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.388047,-0.202122,0.658493,0.156622;STB=0.59984,0.5,0.5,0.5;STBP=0.122,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0405652,0.137858,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=29449692,29449692,29449692,29449691;OREF=ATT,AT,A,AAT;OALT=-,-,T,-;OMAPALT=AA,AAT,AATTT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125,0.0625,0,0:4,6,2,4:22:13,1,0,0:16:2:4,1,0,0:9,0,0,0:2:0:15:6:3,1,2,2:1,5,0,2:2:4 chr22 29450923 . A G 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00796972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.886;QD=22.9073;RBI=0.0118527;REFB=-0.0428984;REVB=0.00877321;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136077;STB=0.575989;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0341687;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:6:11:10:11:6:11 chr22 29453027 . A G 131.82 PASS AF=0.326531;AO=14;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00472467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.658;QD=10.7607;RBI=0.017056;REFB=-0.010352;REVB=-0.0163885;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405702;STB=0.66037;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0173091;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:14:16:0.326531:11:3:18:15:11:5:18:15 chr22 29453193 . G C 292.4 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0157962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.49;QD=14.6197;RBI=0.0201664;REFB=-0.0206493;REVB=-0.0125365;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261193;STB=0.647322;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0179103;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:14:19:15:32:14:19:15:32 chr22 29456733 . T C 821.79 PASS AF=0.546099;AO=77;DP=141;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.022758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1813;QD=23.3133;RBI=0.0265438;REFB=-0.00789296;REVB=0.0136619;RO=64;SAF=33;SAR=44;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02073;STB=0.511337;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00712065;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:64:77:77:0.546099:44:33:29:35:44:33:29:35 chr22 29542182 . AT A 251.95 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0869647;FXX=0.0333306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.8202;QD=8.68807;RBI=0.0962739;REFB=-0.0229485;REVB=-0.0413013;RO=68;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111702;STB=0.561043;STBP=0.305;TYPE=del;VARB=0.0402342;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:46:120:46:116:70:21:25:25:45:99:68:21:25:24:44 chr22 29542748 . C A 2482.45 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9454;QD=61.295;RBI=0.0110186;REFB=0;REVB=0.0109281;RO=0;SAF=63;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28132e-06;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:99:63:0:0:99:63:0:0 chr22 29621128 . C G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00196703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.73;QD=14.0792;RBI=0.0222109;REFB=-0.00383075;REVB=0.0221236;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174839;STB=0.601109;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00455794;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:12:4:5:7:12:4 chr22 29659951 . G A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00911468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3287;QD=22.7933;RBI=0.0708053;REFB=-0.0173516;REVB=0.0702162;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106358;STB=0.559274;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0163138;OID=.;OPOS=29659951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:7:14:13:11:7:14 chr22 29727866 . C T 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0235503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.302;QD=20.4556;RBI=0.0240876;REFB=-0.0117678;REVB=-0.00505914;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918183;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0179615;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:9:8:5:9:9:8:6:9 chr22 29727886 . T C 78.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269025;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9481;QD=39.475;RBI=0.0515644;REFB=-0.0798131;REVB=0.0439902;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234353;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr22 29755888 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.648;QD=61.3755;RBI=0.039131;REFB=0;REVB=0.0368889;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17023e-05;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:24:56:0:0:24:56:0:0 chr22 29815161 . G C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.159856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8344;QD=60.6052;RBI=0.160752;REFB=0;REVB=0.016954;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237211;OID=.;OPOS=29815161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr22 29835060 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0783526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3792;QD=61.2393;RBI=0.0797326;REFB=-0.0679452;REVB=0.0147702;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00098005;OID=.;OPOS=29835060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:0:1:87:88:0.988764:41:46:0:0:42:46:0:1 chr22 29837884 . C T 2584.77 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0251874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.51;QD=61.1781;RBI=0.0298098;REFB=-0.0378212;REVB=0.0159442;RO=1;SAF=89;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598635;STB=0.503144;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=9.73552e-05;OID=.;OPOS=29837884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:1:1:168:168:0.994083:79:89:0:1:79:89:0:1 chr22 29885861 . T A,C 157.44 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,12;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000637892,0.00340203;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.942,225.346;QD=44.9815;RBI=0.02527,0.0151469;REFB=0,0;REVB=0.0252619,0.0147599;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.04158,-0.0100664;OID=.,.;OPOS=29885861,29885861;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:0:0:2,12:2,12:0.142857,0.857143:2,9:0,3:0:0:2,9:0,3:0:0 chr22 29886413 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0834;QD=58.5854;RBI=0.0412803;REFB=0;REVB=0.0272681;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113373;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr22 29886893 . G T 548.85 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00990106;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.625;QD=57.7734;RBI=0.0178412;REFB=-0.039722;REVB=-0.0148417;RO=1;SAF=8;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.529395;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00107976;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:29:8:1:0:29:8:1:0 chr22 29908072 . C T 207.23 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00769976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.186;QD=16.5786;RBI=0.0109681;REFB=-0.0134826;REVB=-0.00781114;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127152;STB=0.60293;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00633779;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:29:20:21:0.42:9:11:10:14:10:11:10:19 chr22 29913272 . C T 1026.96 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.061;QD=59.5342;RBI=0.0578793;REFB=0;REVB=0.0525577;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241321;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:32:37:0:0 chr22 29925221 . C T 173.59 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0046252;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.976;QD=11.383;RBI=0.0103359;REFB=0.00563048;REVB=-0.00924334;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.56967;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0114889;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:21:17:12:10:22:17 chr22 29957570 . G A 659.81 PASS AF=0.597938;AO=57;DP=96;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.03482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.381;QD=27.2088;RBI=0.0348661;REFB=-0.00438041;REVB=-0.00179194;RO=39;SAF=24;SAR=33;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826021;STB=0.508533;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00313152;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:39:39:57:58:0.597938:33:24:16:23:33:25:16:23 chr22 30367014 . A T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00443715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2287;QD=5.21555;RBI=0.0366156;REFB=-0.00766816;REVB=-0.0363458;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648388;STB=0.542719;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0320465;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:6:15:4:2:6:15 chr22 30403996 . C T 286.86 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00411825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.425;QD=11.3609;RBI=0.00949056;REFB=-0.00870709;REVB=-0.00855048;RO=64;SAF=20;SAR=15;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045668;STB=0.527205;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0180326;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:66:35:35:0.346535:15:20:34:30:15:20:35:31 chr22 30423744 . G A 242.09 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0498561;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.679;QD=21.5192;RBI=0.0503353;REFB=0.00699392;REVB=-0.00692899;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424814;STB=0.511618;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00799332;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:22:23:23:0.511111:12:11:9:12:12:11:10:12 chr22 30603118 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00680685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.956;QD=14.904;RBI=0.00836329;REFB=0.00385574;REVB=0.00485915;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164088;STB=0.593041;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00474659;OID=.;OPOS=30603118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:14:20:11:15:14:20 chr22 30681256 . GC AG,G,GG 475.0 PASS AF=0,0.030303,0.969697;AO=2,5,26;DP=33;FAO=0,1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,21;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034895,0.0315326,0.0282973;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=230.726,258.033,265.547;QD=57.5756;RBI=0.0409795,0.038508,0.0357721;REFB=0,0,0;REVB=0.0214861,0.0221034,0.021884;RO=0;SAF=0,4,18;SAR=2,1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.28381e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0203848,0.00390862;OID=.,.,.;OPOS=30681256,30681257,30681257;OREF=GC,C,C;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:33:33:0:0:2,5,26:0,1,32:0,0.030303,0.969697:2,1,8:0,4,18:0:0:0,0,11:0,1,21:0:0 chr22 30714683 . CA C,CC 431.87 PASS AF=1,0;AO=11,19;DP=30;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103728,-0.151944;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.548,188.801;QD=57.5823;RBI=0.109716,0.151996;REFB=0,0;REVB=0.0357495,0.00399079;RO=0;SAF=0,16;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000266629,0;OID=.,.;OPOS=30714684,30714684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,19:30:30,0:30:0:16,0:14,0:0:0:4:0:0,16:11,3:0:0 chr22 30770603 . T A 1265.38 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173;FXX=0.0459717;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.537;QD=60.9822;RBI=0.0124969;REFB=0.0205385;REVB=0.0123766;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-2.84404e-05;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:38:44:0:1:38:44:0:1 chr22 30771554 . T G 1157.95 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225699;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.469;QD=60.9447;RBI=0.122326;REFB=0;REVB=-0.120226;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240538;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:46:29:0:0:46:30:0:0 chr22 30772686 . C T 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.47;QD=56.0096;RBI=0.0487902;REFB=-0.113967;REVB=0.0356569;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00239063;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr22 30782089 . A G 535.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5977;QD=59.5541;RBI=0.0744779;REFB=0;REVB=-0.074357;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146622;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr22 30793137 . G A 753.52 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7634;QD=61.5121;RBI=0.135081;REFB=-0.00262119;REVB=0.0623395;RO=1;SAF=6;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113364;STB=0.506022;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00308418;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:41:6:0:1:41:7:0:1 chr22 30793179 . CG CC,C 275.27 PASS AF=0.117647,0.705882;AO=4,23;DP=34;FAO=4,24;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=0,1;FSAR=4,23;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0209514,-0.0527848;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.7148,17.7322;QD=32.3845;RBI=0.0314727,0.0632534;REFB=-0.00659481,-0.0821813;REVB=0.0234855,-0.0348532;RO=7;SAF=0,1;SAR=4,22;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0.252469;SSEP=0,0;SSSB=-0.751977,-0.611647;STB=0.997498,0.851434;STBP=0.014,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0385183,0.045871;OID=.,.;OPOS=30793180,30793180;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.705882:4,23:34:4,24:34:6:0,1:4,23:5:1:27:7:0,1:4,22:5:2 chr22 30819758 . G A 1456.67 PASS AF=0.989362;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0321083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2926;QD=61.9861;RBI=0.0321582;REFB=-0.094132;REVB=0.0017916;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00111628;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:94:93:0.989362:41:53:0:0:40:53:0:1 chr22 30823196 . T C 599.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150642;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.61;QD=61.4919;RBI=0.0158248;REFB=0;REVB=-0.00484702;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850765;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr22 30857373 . A C 851.66 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.707;QD=57.7397;RBI=0.0169448;REFB=0;REVB=-0.00617307;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149792;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr22 30857448 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.632;QD=60.2298;RBI=0.0149041;REFB=0;REVB=0.00713217;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115418;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr22 30860830 . C T 617.09 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577337;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7038;QD=61.7088;RBI=0.058707;REFB=0;REVB=-0.0106459;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466063;OID=.;OPOS=30860830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr22 30862400 . T A 703.7 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000205413;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.45;QD=57.4451;RBI=0.00351438;REFB=0;REVB=-0.00350837;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130025;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr22 30864817 . A G 99.23 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00202053;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.357;QD=36.0849;RBI=0.0313775;REFB=-0.0267693;REVB=-0.0313124;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000831477;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:11:0:1:10:10:0.909091:5:5:0:0:5:5:0:1 chr22 30927975 . C T 275.42 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3946;QD=47.8996;RBI=0.167684;REFB=0;REVB=-0.00735993;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103264;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:7:16:0:0 chr22 30934816 . T C 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0221064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5006;QD=15.3045;RBI=0.0506334;REFB=0.00704276;REVB=-0.0455527;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403712;STB=0.530711;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00892667;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:17:13:18:20:17:13:19:20 chr22 30934887 . G A 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0194198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.38;QD=11.1841;RBI=0.104131;REFB=-0.0106221;REVB=0.102304;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560478;STB=0.50209;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0224856;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:12:7:12:21:12:7:13:22 chr22 30953295 . C T 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0346767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.639;QD=21.9587;RBI=0.0590501;REFB=-0.0235714;REVB=0.0477958;RO=30;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711208;STB=0.539304;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0195997;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:24:13:13:17:24:13:13:17 chr22 31011610 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.333;QD=56.1915;RBI=0.0151169;REFB=0;REVB=0.00562173;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08998e-05;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr22 31032528 . C T 231.54 PASS AF=0.536585;AO=23;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0222816;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.645;QD=22.5891;RBI=0.0228765;REFB=-0.00455807;REVB=0.00518333;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389085;STB=0.533303;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00357663;OID=.;OPOS=31032528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:23:22:0.536585:11:12:9:10:10:12:9:10 chr22 31032920 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00638903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.441;QD=12.8732;RBI=0.0224553;REFB=-0.0325311;REVB=-0.0215272;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22655;STB=0.64051;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0310318;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:7:12:13:18:7:12:13:19 chr22 31266546 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.24;QD=63.8716;RBI=0.0371279;REFB=0;REVB=0.00462361;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197795;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr22 31302125 . C G 613.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3272;QD=61.307;RBI=0.19451;REFB=0;REVB=0.18781;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343855;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:8:30:0:0:8:32:0:0 chr22 31302233 . T C 920.74 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.225;QD=58.4598;RBI=0.0614201;REFB=0;REVB=0.0528164;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131457;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:27:31:0:0:27:36:0:0 chr22 31303606 . GTTTTTA GTTT,GTTTTA 1026.89 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=21,26;DP=146;FAO=25,120;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=9,94;FSAR=16,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147896,0.625321;FXX=0.0136045;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=191.942,9.53269;QD=28.3281;RBI=0.0429256,0.718086;REFB=0,0;REVB=0.0402973,0.353018;RO=86;SAF=7,17;SAR=14,9;SRF=71;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.579155,-0.269915;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000168974,0.0458233;OID=.,.;OPOS=31303610,31303607;OREF=TTA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172414,0.827586:21,26:146:25,120:145:0:9,94:16,26:0:0:78:86:7,17:14,9:71:15 chr22 31303619 . TAAA TAA,TA,T,TATA 1122.93 PASS AF=0.130435,0.514493,0.144928,0.202899;AO=41,31,17,30;DP=147;FAO=18,71,20,28;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=5,41,16,8;FSAR=13,30,4,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0696683,-0.0326175,-0.0236436,0.00119492;FXX=0.0738206;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,3,1;MLLD=6.44586,10.8098,10.8745,132.471;QD=32.5487;RBI=0.327286,0.175147,0.124806,0.00128393;REFB=0.212316,0.213944,0.179024,0.0101496;REVB=0.319785,0.172083,0.122546,-0.000469735;RO=3;SAF=9,29,15,8;SAR=32,2,2,22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0419906,0.390355,0.382976,0.0594535;STB=0.518498,0.508194,0.555497,0.512187;STBP=0.608,0.292,0.134,0.614;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0967221,0.090282,0.0565836,0.00554825;OID=.,.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303620,31303621;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TAA,TA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.130435,0.514493,0.144928,0.202899:41,31,17,30:147:18,71,20,28:138:1:5,41,16,8:13,30,4,20:0:1:99:3:9,29,15,8:32,2,2,22:0:3 chr22 31333631 . T C,G 1322.85 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=82,4;DP=86;FAO=82,4;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43,4;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580363,0.00508229;FXX=0.0337041;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.463,204.899;QD=61.5279;RBI=0.0207087,0.0136595;REFB=0,0;REVB=-0.0198788,-0.0126789;RO=0;SAF=43,4;SAR=39,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10525e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00271115,0.0248599;OID=.,.;OPOS=31333631,31333631;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:86:86:0:0:82,4:82,4:0.953488,0.0465116:39,0:43,4:0:0:39,0:43,4:0:0 chr22 31342376 . G C 1476.56 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00605105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.935;QD=62.1711;RBI=0.0437223;REFB=-0.106128;REVB=0.0433016;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000409919;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:55:39:0:1:55:39:0:1 chr22 31354653 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00474017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.922;QD=61.5109;RBI=0.0159887;REFB=0.08966;REVB=0.0152699;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=2.6108e-05;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr22 31521404 . G A 689.35 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9481;QD=62.6678;RBI=0.0699586;REFB=0;REVB=0.0472665;RO=0;SAF=3;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112031;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:40:3:0:0:41:3:0:0 chr22 31521850 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.319;QD=37.4885;RBI=0.0852624;REFB=0;REVB=0.0173366;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900895;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr22 31533796 . G C 545.27 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0232909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.667;QD=25.6597;RBI=0.0287833;REFB=-0.00180813;REVB=0.0169119;RO=35;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245977;STB=0.63396;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00175645;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:28:22:27:8:28:22:27:8 chr22 31533967 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.254;QD=19.134;RBI=0.105678;REFB=-0.0131509;REVB=0.0255268;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00798971;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr22 31535872 . G C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0541832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8349;QD=8.73669;RBI=0.0567182;REFB=-0.0061996;REVB=-0.0167674;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.610892;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00790865;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:6:3:4:15:6:3:4:16 chr22 31535995 . C G 227.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0594413;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.368;QD=20.2597;RBI=0.0599429;REFB=-0.0431281;REVB=-0.00773835;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609466;STB=0.534382;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0337171;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:11:12:10:12:11:12 chr22 31536133 . A C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6749;QD=59.142;RBI=0.0222456;REFB=0;REVB=0.00612878;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109243;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr22 31556035 . T C 1311.55 PASS AF=0.538793;AO=125;DP=232;FAO=125;FDP=232;FR=.;FRO=107;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0109577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.978;QD=22.6129;RBI=0.0153862;REFB=-0.015766;REVB=0.010801;RO=107;SAF=56;SAR=69;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849101;STB=0.504631;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.012447;OID=.;OPOS=31556035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:107:107:125:125:0.538793:69:56:49:58:69:56:49:58 chr22 31556103 . A G 791.51 PASS AF=0.413953;AO=88;DP=216;FAO=89;FDP=215;FR=.;FRO=126;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.00999071;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.369;QD=14.7258;RBI=0.0177223;REFB=-0.0118629;REVB=0.0146379;RO=126;SAF=52;SAR=36;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170448;STB=0.597722;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0164497;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:126:126:88:89:0.413953:36:52:54:72:36:53:54:72 chr22 31602671 . C T 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00435367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2313;QD=5.79489;RBI=0.0119337;REFB=0.000591225;REVB=0.0111112;RO=54;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869902;STB=0.505428;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00163523;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:9:7:24:30:9:7:24:30 chr22 31602710 . G T 53.23 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0524368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9205;QD=3.80238;RBI=0.0537315;REFB=-0.000313814;REVB=0.011724;RO=47;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266807;STB=0.681953;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00653875;OID=.;OPOS=31602710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:3:6:21:26:3:6:21:26 chr22 31663842 . C G 626.04 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202735;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.022;QD=61.0767;RBI=0.0205391;REFB=-0.0486446;REVB=0.0204388;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245408;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr22 31673111 . A G 148.46 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00107912;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.822;QD=10.7971;RBI=0.00480753;REFB=0.00384748;REVB=-0.00468485;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147327;STB=0.59293;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00795881;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:36:19:19:0.345455:9:10:23:12:9:10:24:12 chr22 31673116 . A G 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00270592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.59;QD=11.6208;RBI=0.0210659;REFB=-0.00874532;REVB=0.0208914;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153473;STB=0.588701;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00875193;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:9:11:24:11:9:11:24:11 chr22 31679110 . G C 427.73 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000400376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.505;QD=51.8459;RBI=0.0693844;REFB=-0.202787;REVB=0.0693833;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00271351;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:0:2:31:31:0.939394:16:15:0:0:16:15:0:2 chr22 31685256 . C G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0172486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.058;QD=15.1663;RBI=0.0266107;REFB=-0.00295704;REVB=0.0202636;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00685475;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:5:15:10:5:5:15 chr22 31722886 . T G 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0300507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.438;QD=29.0287;RBI=0.0300529;REFB=0.000274386;REVB=0.000363147;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531802;STB=0.52938;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.000342872;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:6:12:6:2:6:12:6:2 chr22 31723034 . AG A 192.57 PASS AF=1;AO=11;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.72951;QD=24.0716;RBI=0.21113;REFB=0;REVB=0.203128;RO=5;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0108001;OID=.;OPOS=31723035;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:32:32:32:0:4:28:0:0:4:5:0:11:0:5 chr22 31744072 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0232426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.338;QD=11.257;RBI=0.0262123;REFB=0.0103673;REVB=-0.0121187;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00898452;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:5:7:3:5:5:7 chr22 31859859 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00578764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.797;QD=15.2296;RBI=0.0228703;REFB=-0.00929492;REVB=-0.0221259;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296365;STB=0.669398;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0126341;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:20:8:11:8:20:8 chr22 31924729 . A G 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00544081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.797;QD=19.7384;RBI=0.00635684;REFB=-0.0112859;REVB=-0.00328739;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519483;STB=0.528833;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0127792;OID=.;OPOS=31924729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:21:22:20:24:21:22:20:24 chr22 31971258 . T C 733.87 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6833;QD=61.1558;RBI=0.110182;REFB=-0.105466;REVB=0.109455;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0066557;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:0:1 chr22 31998612 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0135341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3082;QD=11.1308;RBI=0.0936421;REFB=-0.0287693;REVB=0.0926589;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512113;STB=0.81741;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0513836;OID=.;OPOS=31998612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:1:9:9:8:1:9:9:8 chr22 32000930 . C T 677.19 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=170;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.071139;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.015;QD=16.0281;RBI=0.0711643;REFB=-0.0195847;REVB=-0.00189671;RO=95;SAF=19;SAR=55;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246328;STB=0.638219;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0178641;OID=.;OPOS=32000930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:95:95:74:74:0.43787:55:19:45:50:55:19:45:50 chr22 32011225 . T C 75.04 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.248832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4646;QD=10.7194;RBI=0.252422;REFB=-0.0238596;REVB=-0.042421;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222444;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:28:14:18:9:9:0.321429:5:4:5:9:5:4:8:10 chr22 32015450 . T G 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0265861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.39;QD=24.3825;RBI=0.0529203;REFB=-0.0600597;REVB=0.0457574;RO=21;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249689;STB=0.640402;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00722858;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:5:21:12:9:5:21:12:9 chr22 32377135 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7968;QD=48.7371;RBI=0.0410839;REFB=0;REVB=0.0330586;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177175;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr22 32546946 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00617106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.851;QD=14.0975;RBI=0.0070559;REFB=0.00483979;REVB=0.00342107;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00788718;OID=.;OPOS=32546946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr22 32547012 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00560669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.655;QD=8.73809;RBI=0.00829556;REFB=-0.00364939;REVB=0.00611403;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345317;STB=0.710662;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00913552;OID=.;OPOS=32547012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:7:13:3:6:7:13 chr22 32554985 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00824418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.498;QD=17.7108;RBI=0.0182166;REFB=-0.00142618;REVB=-0.0162443;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1425;STB=0.579459;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00133885;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:16:17:24:12:16:17:24:12 chr22 32586854 . C T 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0115298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.01;QD=5.53974;RBI=0.0138409;REFB=-0.0125894;REVB=0.00765725;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135762;STB=0.589924;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0381775;OID=.;OPOS=32586854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:6:2:10:19:6:2:10:19 chr22 32586875 . G A 49.67 PASS AF=0.170213;AO=9;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0207692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2561;QD=4.22751;RBI=0.0334943;REFB=-0.00442744;REVB=0.0262776;RO=38;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389847;STB=0.747348;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00131047;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:38:39:9:8:0.170213:8:1:13:25:7:1:13:26 chr22 32586878 . A G 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00807441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.183;QD=3.20656;RBI=0.00993351;REFB=-0.00223643;REVB=-0.00578605;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315028;STB=0.737665;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0101357;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:6:1:15:28:6:1:15:28 chr22 32587023 . C G 472.54 PASS AF=0.34104;AO=59;DP=175;FAO=59;FDP=173;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.00684111;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2395;QD=10.9257;RBI=0.0260706;REFB=-0.00523511;REVB=-0.0251571;RO=114;SAF=29;SAR=30;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000341714;STB=0.51136;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0124332;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:114:114:59:59:0.34104:30:29:56:58:30:29:58:56 chr22 32587027 . G C 453.39 PASS AF=0.324022;AO=58;DP=179;FAO=58;FDP=179;FR=.;FRO=121;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.00284175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.045;QD=10.1317;RBI=0.0295502;REFB=-0.00581204;REVB=-0.0294132;RO=120;SAF=29;SAR=29;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194811;STB=0.508377;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0137854;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:120:121:58:58:0.324022:29:29:62:58:29:29:62:59 chr22 32589023 . C T 577.11 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.000762737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7324;QD=15.3897;RBI=0.0241364;REFB=-0.00580389;REVB=0.0241244;RO=87;SAF=20;SAR=42;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300126;STB=0.671509;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0136691;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:88:62:62:0.413333:42:20:53:34:42:20:54:34 chr22 32589034 . T C 502.91 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.00775322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.813;QD=14.3689;RBI=0.00775666;REFB=-0.014038;REVB=-0.000230753;RO=83;SAF=18;SAR=38;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288206;STB=0.659528;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0175127;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:84:56:56:0.4:38:18:49:34:38:18:49:35 chr22 32590449 . G A 305.76 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00827149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.619;QD=12.8742;RBI=0.011298;REFB=-0.0267041;REVB=0.00769595;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135133;STB=0.503066;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0278493;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:60:35:35:0.368421:15:20:33:26:15:20:34:26 chr22 32617002 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0102342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.948;QD=14.7659;RBI=0.0106425;REFB=-0.00388161;REVB=0.00291957;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156024;STB=0.588408;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00611033;OID=.;OPOS=32617002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:13:12:21:12:13:12:21:12 chr22 32630946 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0304177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.94;QD=15.7907;RBI=0.0305839;REFB=-0.00725786;REVB=0.00318384;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730266;STB=0.541139;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00871027;OID=.;OPOS=32630946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:23:16:15:16:23:16 chr22 32754103 . A C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.011253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.556;QD=16.077;RBI=0.0233848;REFB=0.00416754;REVB=0.0204992;RO=42;SAF=24;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17136;STB=0.59178;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00399096;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:10:24:23:19:10:24:24:19 chr22 32754230 . A G 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00424648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.76;QD=16.812;RBI=0.00425409;REFB=-0.0145503;REVB=0.000254365;RO=46;SAF=14;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897989;STB=0.557389;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00974757;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:38:38:0.447059:24:14:21:25:24:14:22:25 chr22 32754232 . C T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00859509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.939;QD=16.8123;RBI=0.00860941;REFB=-0.0223258;REVB=0.000496378;RO=47;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102067;STB=0.557389;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0250414;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:24:14:22:25:24:14:22:25 chr22 32754306 . T C 672.03 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0497974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.636;QD=23.3749;RBI=0.0498052;REFB=-0.0254744;REVB=0.000881925;RO=50;SAF=33;SAR=32;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041666;STB=0.522757;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.019818;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:32:33:28:22:32:33:28:22 chr22 32756407 . A G 507.19 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0187417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.064;QD=16.4941;RBI=0.0426219;REFB=-0.0291876;REVB=-0.0382802;RO=66;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446385;STB=0.517081;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.027873;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:66:68:55:55:0.447154:30:25:33:33:30:25:33:35 chr22 32756555 . G C 697.98 PASS AF=0.414894;AO=75;DP=185;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0273943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7383;QD=14.8506;RBI=0.0359526;REFB=-0.00539806;REVB=0.023284;RO=110;SAF=30;SAR=45;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145399;STB=0.581982;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0107922;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:110:110:75:78:0.414894:45:30:59:51:47:31:59:51 chr22 32756684 . C A 30.37 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=135;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.0217944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4027;QD=0.899703;RBI=0.0489842;REFB=-0.00610755;REVB=-0.0438686;RO=125;SAF=7;SAR=3;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232004;STB=0.696486;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0745711;OID=.;OPOS=32756684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:135:125:125:10:10:0.0740741:3:7:61:64:3:7:61:64 chr22 32756703 . C T 37.65 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0312029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.049;QD=1.36916;RBI=0.0465876;REFB=-0.000650532;REVB=0.0345945;RO=100;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252956;STB=0.699601;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0123949;OID=.;OPOS=32756703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:110:100:100:10:10:0.0909091:3:7:48:52:3:7:48:52 chr22 32756744 . A G 315.63 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0236814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6408;QD=17.5349;RBI=0.0331357;REFB=8.40532e-05;REVB=0.0231768;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124926;STB=0.56372;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.000201071;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:13:21:18:19:13:21:19:19 chr22 32759025 . G C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00610431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.131;QD=18.3356;RBI=0.0108529;REFB=-0.0221811;REVB=-0.00897339;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179634;STB=0.605202;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0175648;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:22:12:20:17:23:12:20:17 chr22 32784051 . T C 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0115145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.142;QD=19.5208;RBI=0.012574;REFB=-0.00379937;REVB=0.00505186;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00243752;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:5:7:9:5:5:7 chr22 32795641 . C T 405.48 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0154029;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.301;QD=19.5413;RBI=0.0181058;REFB=-0.0392774;REVB=0.00951692;RO=43;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180094;STB=0.605682;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0418233;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:42:41:41:0.493976:26:15:24:19:26:15:24:18 chr22 32811952 . A G 302.27 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0129932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.059;QD=18.3193;RBI=0.0234027;REFB=-0.0058333;REVB=-0.0194644;RO=33;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027316;STB=0.515226;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00749707;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:15:18:17:16:15:18:17:16 chr22 32871383 . T G 531.56 PASS AF=0.361582;AO=64;DP=177;FAO=64;FDP=177;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0073054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3679;QD=12.0126;RBI=0.0461633;REFB=-0.00567985;REVB=-0.0455816;RO=113;SAF=37;SAR=27;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436607;STB=0.524862;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0106178;OID=.;OPOS=32871383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:113:113:64:64:0.361582:27:37:61:52:27:37:61:52 chr22 32875190 . G A 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00573093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.382;QD=17.7907;RBI=0.0108614;REFB=-0.0102462;REVB=-0.00922644;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180095;STB=0.60097;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00749702;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:20:11:18:15:20:11:18:15 chr22 32887150 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0111128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.492;QD=14.1959;RBI=0.0203712;REFB=-0.0141626;REVB=0.0170731;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098376;STB=0.556211;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0236864;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:17:15:13:10:17:15 chr22 33253280 . T C 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0192442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6701;QD=17.8597;RBI=0.0303738;REFB=0.0112952;REVB=-0.0234996;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281549;STB=0.657602;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00810325;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:11:23:14:23:11:23:14:23 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 674.71 PASS AF=0.349206,0.571429;AO=18,35;DP=62;FAO=22,36;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=1,26;FSAR=21,10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00308254,-0.00406242;FXX=0.0307645;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.4898,180.588;QD=42.839;RBI=0.15362,0.0529698;REFB=-0.0913937,-0.0174748;REVB=-0.153589,-0.0528138;RO=6;SAF=0,25;SAR=18,10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.865848,-0.0999751;STB=0.856688,0.543836;STBP=0,0.219;TYPE=del,snp;VARB=-0.0520862,0.0444795;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.349206,0.571429:18,35:62:22,36:63:5:1,26:21,10:5:0:99:6:0,25:18,10:6:0 chr22 35463162 . A G 462.95 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0161473;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.534;QD=16.3875;RBI=0.016644;REFB=-0.0132172;REVB=0.00403579;RO=63;SAF=32;SAR=18;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120611;STB=0.566238;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0182089;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:62:50:51:0.451327:18:32:33:30:18:33:33:29 chr22 35463179 . T C 427.43 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0148333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.03;QD=14.2478;RBI=0.0251669;REFB=-0.00273549;REVB=-0.0203309;RO=71;SAF=32;SAR=17;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144674;STB=0.581784;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00572287;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:17:32:37:34:17:32:37:34 chr22 35463249 . C T 620.75 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00566875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.51;QD=21.222;RBI=0.0184964;REFB=-0.00878636;REVB=-0.0176063;RO=55;SAF=39;SAR=23;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263956;STB=0.514507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00790717;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:23:39:33:22:23:39:33:22 chr22 35660875 . G T 221.43 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00232871;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6842;QD=14.2856;RBI=0.0147366;REFB=0.00423404;REVB=0.0145514;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619906;STB=0.535383;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00415642;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:36:26:26:0.419355:8:18:23:13:8:18:23:13 chr22 35679951 . T C 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00692207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.05;QD=17.2386;RBI=0.0167496;REFB=-0.00628553;REVB=-0.0152523;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134763;STB=0.575467;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00581563;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:27:20:22:17:27:20 chr22 35813802 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0430071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.247;QD=12.0517;RBI=0.0492341;REFB=0.000794679;REVB=-0.0239663;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.000770605;OID=.;OPOS=35813802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:5:8:3:6:5:8 chr22 35817553 . C T 452.6 PASS AF=0.581081;AO=44;DP=75;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0259421;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.688;QD=24.465;RBI=0.0413821;REFB=-0.0297067;REVB=0.0322411;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015447;STB=0.503619;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0206607;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:30:31:44:43:0.581081:27:17:11:19:26:17:12:19 chr22 36007045 . G A 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000274274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.713;QD=17.8518;RBI=0.0236313;REFB=-0.0162867;REVB=-0.0236297;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261809;STB=0.514633;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0197004;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:19:17:20:20:19:17:20:20 chr22 36007075 . C T 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0515681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3772;QD=17.9915;RBI=0.0536184;REFB=-0.013748;REVB=0.0146854;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137374;STB=0.507687;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0118302;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:17:13:13:16:17:13 chr22 36122930 . C T 384.13 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00574312;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.328;QD=13.7187;RBI=0.0129907;REFB=-0.00889912;REVB=-0.0116522;RO=66;SAF=18;SAR=27;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138239;STB=0.573974;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0162766;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:66:67:45:45:0.401786:27:18:35:31:27:18:35:32 chr22 36124860 . C G 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00717557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.249;QD=20.4038;RBI=0.0120024;REFB=-0.0151881;REVB=0.00962126;RO=28;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075921;STB=0.542226;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0147466;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:22:10:11:17:22:10:11:17 chr22 36537500 . A T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.57;QD=58.6002;RBI=0.0205354;REFB=0;REVB=0.0200305;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88828e-05;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr22 36545137 . A T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.249;QD=57.7123;RBI=0.0203824;REFB=0;REVB=0.0177303;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49726e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr22 36556823 . G T 1012.13 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.005559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2133;QD=57.8362;RBI=0.0082307;REFB=-0.0732158;REVB=0.00606975;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000790475;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:1:0 chr22 36573945 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0271221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.832;QD=17.9427;RBI=0.0292829;REFB=-0.0171568;REVB=0.0110399;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240834;STB=0.513504;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0213347;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:10:19:19:9:10:19 chr22 36575664 . G A 387.37 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0130039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.386;QD=12.9122;RBI=0.0134986;REFB=-0.00404356;REVB=0.00362081;RO=73;SAF=21;SAR=25;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986175;STB=0.559945;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00542326;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:73:74:46:46:0.383333:25:21:40:33:25:21:41:33 chr22 36587223 . G T 59.8 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00181243;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.365;QD=8.85911;RBI=0.0085902;REFB=-0.00841155;REVB=0.00839682;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613202;STB=0.644856;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0194561;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:27:27:16:18:7:9:0.333333:4:3:6:10:4:5:6:12 chr22 36587279 . A G 191.69 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.114993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8141;QD=16.3136;RBI=0.115556;REFB=0.0038788;REVB=-0.0113907;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19953;STB=0.602005;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00691868;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:20:20:0.425532:9:11:9:17:9:11:10:17 chr22 36587486 . A G 352.4 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0102246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4756;QD=18.3064;RBI=0.019931;REFB=0.0105373;REVB=0.0171085;RO=40;SAF=7;SAR=30;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306484;STB=0.673144;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00677292;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:30:7:18:22:30:7:18:22 chr22 36587511 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0304633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9964;QD=14.6688;RBI=0.0339287;REFB=-0.00747649;REVB=-0.0149381;RO=32;SAF=3;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484843;STB=0.782075;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0083909;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:21:3:16:16:21:3:16:16 chr22 36587704 . T C 218.98 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0222098;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.088;QD=13.6864;RBI=0.0535678;REFB=-0.0111033;REVB=-0.0487466;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298492;STB=0.651297;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0110764;OID=.;OPOS=36587704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:11:15:10:26:11:15:12:26 chr22 36587845 . A ACT 256.84 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00936059;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.923;QD=22.8301;RBI=0.0286968;REFB=-0.0029713;REVB=0.0271272;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307167;STB=0.502956;STBP=0.98;TYPE=ins;VARB=0.00234374;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:23:45:24:45:21:15:9:13:8:99:21:15:8:13:8 chr22 36587952 . C T 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.043298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5964;QD=31.6776;RBI=0.0436483;REFB=0.0508067;REVB=-0.00551808;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164147;STB=0.590073;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0190332;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:6:1:9:10:6:1 chr22 36591380 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.541;QD=62.3504;RBI=0.0410755;REFB=0;REVB=0.0407889;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108434;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr22 36597744 . A C 209.4 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0115358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.142;QD=15.8036;RBI=0.0191175;REFB=-0.00795108;REVB=0.0152448;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012387;STB=0.521155;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00923532;OID=.;OPOS=36597744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:14:9:11:18:14:10:11:18 chr22 36598049 . C G 632.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.235;QD=61.6596;RBI=0.0411324;REFB=0;REVB=0.00564798;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465726;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr22 36598058 . T C 619.15 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327494;FXX=0.0697512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.868;QD=61.9145;RBI=0.0340177;REFB=0;REVB=-0.00920187;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390863;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr22 36598081 . A T 222.18 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0054772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.056;QD=19.3196;RBI=0.0290413;REFB=-0.0321822;REVB=0.0285201;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753841;STB=0.551819;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0329575;OID=.;OPOS=36598081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:13:8:11:13:14:8:11:13 chr22 36623731 . T C 1014.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112178;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.631;QD=59.659;RBI=0.0206538;REFB=0;REVB=0.0173419;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.103e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr22 36661330 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.49;QD=59.5016;RBI=0.0106547;REFB=0;REVB=0.00877592;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58216e-06;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr22 36661536 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.404;QD=57.2026;RBI=0.007891;REFB=0;REVB=0.00188247;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98176e-05;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr22 36661566 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.892;QD=59.018;RBI=0.0254459;REFB=0;REVB=0.0002772;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127644;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr22 36661646 . G A 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0118;QD=56.9525;RBI=0.0902765;REFB=0;REVB=0.0624392;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165378;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr22 36661842 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.35;QD=52.6124;RBI=0.063871;REFB=0;REVB=0.0637764;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279453;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr22 36677400 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.763;QD=63.8719;RBI=0.0317533;REFB=0;REVB=0.0261863;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152215;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr22 36678453 . C G 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.616;QD=60.9625;RBI=0.0449355;REFB=0;REVB=0.0118935;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338755;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr22 36678476 . C A 453.82 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00249164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.567;QD=55.008;RBI=0.02699;REFB=0.0197611;REVB=0.0268747;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-8.25297e-05;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:12:19:1:0:13:19:1:0 chr22 36684354 . T C 770.9 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448117;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5035;QD=64.2417;RBI=0.0481527;REFB=0;REVB=-0.0176238;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119301;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr22 36684358 . C A 765.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.184;QD=63.7814;RBI=0.0654178;REFB=0;REVB=0.0457739;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585477;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr22 36691607 . A C 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.612;QD=58.1319;RBI=0.0318349;REFB=0;REVB=0.0104573;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139012;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr22 37163329 . C T 746.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9316;QD=63.5216;RBI=0.0595154;REFB=0;REVB=0.0594539;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804061;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr22 37196970 . AC A,AA 456.3 PASS AF=0.21875,0.78125;AO=10,20;DP=30;FAO=7,25;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=3,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574308,-0.00567929;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.394,247.217;QD=57.0378;RBI=0.127448,0.111326;REFB=0,0;REVB=0.127319,0.111181;RO=0;SAF=4,12;SAR=6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0120502,0.00772879;OID=.,.;OPOS=37196971,37196971;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.21875,0.78125:10,20:30:7,25:32:0:4,12:3,13:0:0:25:0:4,12:6,8:0:0 chr22 37260123 . G A 533.17 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0246467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.575;QD=23.1814;RBI=0.0286613;REFB=-0.0145696;REVB=0.0146292;RO=42;SAF=16;SAR=34;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160247;STB=0.588364;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0131804;OID=.;OPOS=37260123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:34:16:21:21:34:16:21:21 chr22 37267767 . A G 182.98 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0435179;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.135;QD=13.3075;RBI=0.0436145;REFB=-0.017014;REVB=-0.00290121;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219273;STB=0.625298;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.025549;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:12:10:22:11:12:10:22:11 chr22 37271802 . C T 316.87 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0056615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.371;QD=15.271;RBI=0.005868;REFB=-0.0072176;REVB=-0.00154302;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930641;STB=0.50526;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0122586;OID=.;OPOS=37271802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:21:27:20:15:21:27 chr22 37271882 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00670041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.104;QD=12.6376;RBI=0.03457;REFB=-0.0205955;REVB=0.0339144;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348754;STB=0.520516;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0373954;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:12:9:6:7:12:9 chr22 37273742 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0118024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.752;QD=17.0948;RBI=0.0169563;REFB=-0.0275426;REVB=0.0121745;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102449;STB=0.505744;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0338737;OID=.;OPOS=37273742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:20:15:18:23:20:15:18:23 chr22 37319293 . C T 373.52 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00954288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8186;QD=18.2204;RBI=0.0276663;REFB=0.0145228;REVB=0.0259684;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013973;STB=0.514117;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0149007;OID=.;OPOS=37319293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:18:20:22:21:18:21:22:21 chr22 37329999 . C T 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0295208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0906;QD=15.418;RBI=0.0324559;REFB=-0.0107541;REVB=0.0134872;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780718;STB=0.536662;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0138828;OID=.;OPOS=37329999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:13:16:17:19:13:16:18:19 chr22 37333794 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0186491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.257;QD=20.456;RBI=0.0186506;REFB=-0.0335761;REVB=0.000236293;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216459;STB=0.621681;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0193044;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:11:4:9:8:11:4 chr22 37387257 . T C 363.95 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0154051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.63;QD=15.8237;RBI=0.0188289;REFB=0.00201857;REVB=-0.0108264;RO=52;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068956;STB=0.534424;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00340034;OID=.;OPOS=37387257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:25:14:22:30:25:14:22:31 chr22 37398195 . C T 437.85 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0269426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9887;QD=21.6223;RBI=0.0341147;REFB=-0.0157954;REVB=0.0209263;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138299;STB=0.576294;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0146551;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:23:15:24:19:23:15 chr22 37398201 . C A 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00151209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.156;QD=20.2748;RBI=0.00866694;REFB=-0.0148958;REVB=0.00853402;RO=45;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140278;STB=0.577743;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0155643;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:26:19:26:19:26:19:26:19 chr22 37420890 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0443045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.754;QD=14.6506;RBI=0.0443061;REFB=0.000630958;REVB=-0.00037582;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303105;STB=0.671224;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00104021;OID=.;OPOS=37420890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:8:23:10:13:8:23 chr22 37453452 . C T 759.02 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0700111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.914;QD=53.2643;RBI=0.0842685;REFB=-0.0574095;REVB=0.0469003;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00100146;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:29:26:0:0:29:26:0:2 chr22 37462926 . G A 566.38 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0119293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.369;QD=21.3727;RBI=0.0120228;REFB=-0.0212942;REVB=0.00149652;RO=49;SAF=35;SAR=22;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723033;STB=0.539624;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0182467;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:22:35:34:15:22:35:34:15 chr22 37462936 . A G 567.18 PASS AF=0.553398;AO=54;DP=100;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0334082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.875;QD=22.0264;RBI=0.0482064;REFB=-0.0249267;REVB=0.0347527;RO=45;SAF=35;SAR=19;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583288;STB=0.549781;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0202504;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:45:46:54:57:0.553398:19:35:32:13:22:35:33:13 chr22 37469591 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00195326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.977;QD=17.5879;RBI=0.00922591;REFB=-0.00710065;REVB=-0.00901677;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.664055;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0152796;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:15:7:17:11:15:7:17:11 chr22 37578579 . C T 1134.69 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1111;QD=60.5168;RBI=0.0714069;REFB=0;REVB=0.037083;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889995;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr22 37578807 . G A 901.57 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0181803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.217;QD=53.8252;RBI=0.0299359;REFB=-0.111499;REVB=0.0237831;RO=3;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063923;STB=0.503387;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00144587;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:38:26:1:2:38:26:1:2 chr22 37581485 . C A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00590206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.508;QD=56.4863;RBI=0.0060763;REFB=-0.0244066;REVB=0.00144467;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-1.58397e-05;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:0:1:21:14:0:1 chr22 37602583 . G GC 363.65 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3334;QD=44.0792;RBI=0.0736494;REFB=0;REVB=0.0452355;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00129851;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:33:33:0:20:13:0:0:7:0:19:13:0:0 chr22 37603021 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.657;QD=46.9605;RBI=0.0355471;REFB=-0.139923;REVB=-0.00071518;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00224189;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr22 37603051 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.766;QD=45.8067;RBI=0.153338;REFB=0;REVB=0.0107617;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483809;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr22 37603390 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.74;QD=40.7629;RBI=0.087756;REFB=0;REVB=0.0064894;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041015;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr22 37603744 . C T 380.75 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029885;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.862;QD=56.4077;RBI=0.0355516;REFB=0;REVB=0.0192563;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735459;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr22 37637653 . G C 426.72 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0135429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.918;QD=19.1784;RBI=0.0164175;REFB=-0.0162289;REVB=-0.00928037;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164806;STB=0.58563;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0165967;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:43:43:0.483146:24:19:28:17:24:19:28:18 chr22 37678551 . A G 376.09 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0188726;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.964;QD=26.392;RBI=0.0198749;REFB=-0.0271683;REVB=0.00623192;RO=21;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856655;STB=0.546849;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0156332;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:21:36:36:0.631579:16:20:9:12:16:20:9:12 chr22 37678565 . G A 418.34 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0336961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.99;QD=28.3618;RBI=0.0389136;REFB=-0.0270173;REVB=0.0194639;RO=20;SAF=23;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149632;STB=0.581475;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0136884;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:16:23:7:13:16:23:7:13 chr22 37699377 . T C 1288.24 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.352;QD=60.6231;RBI=0.0311786;REFB=-0.0707168;REVB=0.00428331;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000268878;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:0:1:84:84:0.988235:42:42:0:0:42:42:1:0 chr22 37770066 . G T 1641.2 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8133;QD=60.2276;RBI=0.0262799;REFB=0;REVB=-0.0138916;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84989e-05;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr22 37770357 . A G 1264.61 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9149;QD=61.6884;RBI=0.0660351;REFB=0;REVB=-0.0605418;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511807;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr22 37771158 . G A 207.44 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0473094;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3672;QD=15.0869;RBI=0.0558285;REFB=-0.0221907;REVB=0.0296418;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0208269;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:14:17:12:12:14:17 chr22 37771985 . A G 946.54 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.831;QD=57.3662;RBI=0.0857871;REFB=0;REVB=0.0253328;RO=0;SAF=13;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431447;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:63:66:1:50:13:0:0:50:16:0:0 chr22 38049843 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0154262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.559;QD=18.8286;RBI=0.0154311;REFB=-0.0073122;REVB=0.000391589;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135421;STB=0.576846;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0104491;OID=.;OPOS=38049843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:10:12:8:12:10:12 chr22 38051999 . C T 447.74 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00878661;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.806;QD=20.8252;RBI=0.0165956;REFB=-0.0199397;REVB=-0.0140787;RO=42;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143756;STB=0.579521;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0146376;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:25:19:25:17:25:19:25:17 chr22 38062112 . C G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00425434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.506;QD=22.3968;RBI=0.00434848;REFB=-0.0262754;REVB=0.000899913;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.024202;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:13:10:14:11:13:10 chr22 38065590 . GTCC G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0064663;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.607;QD=15.6454;RBI=0.0126512;REFB=-0.00586837;REVB=-0.0108738;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773359;STB=0.538284;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=0.00887299;OID=.;OPOS=38065591;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:22:50:22:51:29:13:9:19:10:99:27:13:9:18:9 chr22 38065655 . A G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00323681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.761;QD=23.0011;RBI=0.00346868;REFB=0.0104725;REVB=0.00124693;RO=22;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229792;STB=0.627584;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00311985;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:9:20:9:13:9:20:9:13 chr22 38071729 . GGAC G,GAGC,GGA 315.17 PASS AF=0.96,0,0;AO=12,4,4;DP=31;FAO=24,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0898032,-0.163735,-1.16283;FXX=0;HRUN=4,4,9;LEN=3,2,1;MLLD=36.9386,26.7981,3.83215;QD=50.4277;RBI=0.117742,0.170116,1.44412;REFB=0.0291214,-0.133423,0.0513687;REVB=-0.0761486,0.0461569,-0.85632;RO=6;SAF=10,4,4;SAR=2,0,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0.360215,0,0;SSSB=0.372859,0.742829,0.742829;STB=0.511618,0.5,0.5;STBP=0.638,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.0518951,0,0.147945;OID=.,.,.;OPOS=38071730,38071730,38071732;OREF=GAC,GA,C;OALT=-,AG,-;OMAPALT=G,GAGC,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96,0,0:12,4,4:31:24,0,0:25:1:21,0,0:3,0,0:1:0:3:6:10,4,4:2,0,0:2:4 chr22 38074343 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000827663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.658;QD=19.9672;RBI=0.00612495;REFB=-0.0151685;REVB=0.00606877;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102898;STB=0.546568;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.012805;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:15:14:9:16:15:14:10:16 chr22 38074434 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0161906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.003;QD=19.0236;RBI=0.0432079;REFB=-0.0126915;REVB=0.0400598;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692542;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0157742;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:20:15:12:22:20:15:13:22 chr22 38119213 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.333;QD=59.3229;RBI=0.0607303;REFB=0;REVB=0.0256226;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31962e-05;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr22 38119754 . TCAA T,TCGA 78.26 PASS AF=0.875,0.125;AO=7,2;DP=9;FAO=7,1;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316921,-0.0619276;FXX=0.110988;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=300.907,44.666;QD=39.1312;RBI=0.0438306,0.062602;REFB=0,0;REVB=0.0302777,0.00916409;RO=0;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00188644,-0.013462;OID=.,.;OPOS=38119755,38119756;OREF=CAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:7,2:9:7,1:8:0:3,0:4,1:0:0:7:0:3,0:4,2:0:0 chr22 38121152 . C A 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1367;QD=55.515;RBI=0.0355501;REFB=0.103795;REVB=-0.00228144;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00468303;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:1:0 chr22 38122122 . T C 1043.71 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3482;QD=58.8006;RBI=0.0344922;REFB=0;REVB=-0.0341514;RO=1;SAF=15;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00867559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317374;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:69:71:1:54:15:0:1:56:15:0:0 chr22 38122448 . C T 684.47 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1909;QD=62.2247;RBI=0.128224;REFB=0;REVB=0.0471809;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285647;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:37:44:1:22:15:0:0:27:17:0:0 chr22 38122449 . G T 41.17 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0122793;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.4554;QD=3.74312;RBI=0.055501;REFB=-0.0455949;REVB=0.0541256;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157132;STB=0.611177;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0329768;OID=.;OPOS=38122449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:5:2:15:22:5:2:15:22 chr22 38122462 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.835;QD=58.1421;RBI=0.0369403;REFB=0;REVB=-0.0360553;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311315;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr22 38129332 . G A 2476.83 PASS AF=0.954545;AO=165;DP=175;FAO=168;FDP=176;FR=.;FRO=8;FSAF=76;FSAR=92;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0535589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4618;QD=56.2917;RBI=0.159838;REFB=-0.0194285;REVB=0.150597;RO=9;SAF=76;SAR=89;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159803;STB=0.502183;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00712078;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:175:176:9:8:165:168:0.954545:89:76:4:5:92:76:4:4 chr22 38130472 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.537;QD=62.3505;RBI=0.0245983;REFB=0;REVB=-0.0234351;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95353e-05;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr22 38170026 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.561;QD=35.5758;RBI=0.0346508;REFB=0;REVB=0.00588307;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524464;OID=.;OPOS=38170026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr22 38202552 . T C 833.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8242;QD=57.5159;RBI=0.0143033;REFB=0;REVB=0.0110319;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10062e-05;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr22 38202642 . G T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128787;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.083;QD=50.1335;RBI=0.0136668;REFB=-0.0575282;REVB=-0.00457395;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000214735;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr22 38202734 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.514;QD=55.0987;RBI=0.0280447;REFB=0;REVB=0.0276715;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90962e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 38204089 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.808;QD=58.6006;RBI=0.0415512;REFB=0;REVB=0.00227885;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69159e-05;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr22 38341134 . T C 1163.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.048;QD=60.4196;RBI=0.0352352;REFB=0;REVB=-0.0217414;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47394e-05;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr22 38369976 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.3;QD=45.8067;RBI=0.0360598;REFB=0;REVB=0.0233517;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057228;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr22 38383334 . A C 47.1 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.019037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.848;QD=11.0816;RBI=0.0194539;REFB=-0.0219307;REVB=0.00400614;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0180901;OID=.;OPOS=38383334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr22 38474696 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.398;QD=61.3363;RBI=0.0128849;REFB=0;REVB=-0.00740896;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71418e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr22 38477930 . G A 166.86 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0795221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4553;QD=15.1692;RBI=0.102804;REFB=-0.00921252;REVB=0.0651523;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.018925;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:13:13:8:10:13:13 chr22 38503847 . C T 106.88 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0192903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.163;QD=12.2144;RBI=0.0201016;REFB=-0.0148683;REVB=-0.00565325;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218069;STB=0.628624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0189096;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:9:13:5:8:9:13 chr22 38506509 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.454;QD=51.1846;RBI=0.00928813;REFB=0;REVB=-0.00181092;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50158e-05;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr22 38611045 . C A 1069.75 PASS AF=0.492891;AO=95;DP=219;FAO=104;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0156538;FXX=0.036528;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.141;QD=20.2796;RBI=0.0198847;REFB=-0.0343847;REVB=-0.012262;RO=60;SAF=52;SAR=43;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116967;STB=0.562344;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0264642;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:211:60:98:95:104:0.492891:43:52:23:37:44:60:44:54 chr22 38611080 . C G 982.97 PASS AF=0.481132;AO=102;DP=212;FAO=102;FDP=212;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.00166606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.049;QD=18.5465;RBI=0.00399398;REFB=-0.018937;REVB=-0.00362989;RO=109;SAF=47;SAR=55;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411662;STB=0.525116;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0165085;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:109:110:102:102:0.481132:55:47:55:54:55:47:56:54 chr22 38622871 . G A 370.52 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00777075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1771;QD=17.2337;RBI=0.0733422;REFB=-0.0197966;REVB=-0.0729294;RO=43;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822116;STB=0.522113;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0228747;OID=.;OPOS=38622871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:43:47:39:39:0.453488:26:13:14:29:26:13:14:33 chr22 38757547 . G C 35.26 PASS AF=0.0764331;AO=12;DP=157;FAO=12;FDP=157;FR=.;FRO=145;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=0.0125242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9662;QD=0.89845;RBI=0.0165926;REFB=-0.00117223;REVB=0.0108838;RO=145;SAF=1;SAR=11;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45443;STB=0.892944;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00866871;OID=.;OPOS=38757547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:157:157:145:145:12:12:0.0764331:11:1:67:78:11:1:67:78 chr22 38757572 . T C 66.68 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.00965386;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.085;QD=2.99681;RBI=0.0134729;REFB=-0.00740582;REVB=0.00939799;RO=75;SAF=1;SAR=12;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525099;STB=0.880518;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0589304;OID=.;OPOS=38757572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:91:89:75:76:13:13:0.146067:12:1:32:43:12:1:33:43 chr22 38823136 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3394;QD=62.0209;RBI=0.0156561;REFB=0;REVB=0.0127726;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40024e-05;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr22 38877461 . T G 503.61 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0133315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.227;QD=22.3826;RBI=0.014758;REFB=-0.0217954;REVB=0.00633009;RO=42;SAF=22;SAR=26;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107889;STB=0.559298;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0168392;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:26:22:14:28:26:22:14:28 chr22 38993370 . C T 357.52 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00189406;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.416;QD=16.629;RBI=0.00696624;REFB=0.00252348;REVB=0.0067038;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731128;STB=0.541083;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00335991;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:48:38:38:0.44186:17:21:23:25:17:21:23:25 chr22 39069181 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00619894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.041;QD=14.6657;RBI=0.0237313;REFB=-0.00824294;REVB=-0.0229073;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071126;STB=0.541123;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0231725;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:14:7:6:9:14:7 chr22 39079964 . T C 161.86 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0480062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0042;QD=28.149;RBI=0.0595239;REFB=-0.0174488;REVB=-0.0351923;RO=7;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33579;STB=0.691997;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0294686;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:15:1:2:5:15:1:2:5 chr22 39130843 . C G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00236916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.446;QD=17.8275;RBI=0.00251392;REFB=-0.0161046;REVB=-0.000840779;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341189;STB=0.697328;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0155716;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:4:7:3:9:4:7 chr22 39134207 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.016919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.578;QD=18.942;RBI=0.0190706;REFB=-0.034956;REVB=0.00879988;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875159;STB=0.548763;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0277371;OID=.;OPOS=39134207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:15:22:19:19:15:22:19:19 chr22 39134715 . T C 417.34 PASS AF=0.293103;AO=15;DP=56;FAO=17;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0183278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.82;QD=28.7819;RBI=0.0513658;REFB=-0.0153539;REVB=-0.0479848;RO=16;SAF=14;SAR=1;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153386;STB=0.507927;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316568;OID=.;OPOS=39134715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:16:16:15:17:0.293103:1:14:15:1:1:16:15:1 chr22 39148537 . T C 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0435969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9881;QD=17.9842;RBI=0.0437611;REFB=-0.0292094;REVB=-0.00378773;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105912;STB=0.559044;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0382653;OID=.;OPOS=39148537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:22:20:18:31:22:20:18:31 chr22 39178701 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1043;QD=56.9378;RBI=0.0475797;REFB=0;REVB=0.0460307;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555996;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr22 39222652 . G A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.948;QD=64.2848;RBI=0.0266503;REFB=0;REVB=0.025837;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116992;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:36:64:0:0:36:64:0:0 chr22 39440149 . C T 115.87 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.0115;QD=42.1361;RBI=0.101221;REFB=0;REVB=-0.100773;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024823;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr22 39441096 . G T 1419.37 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.507;QD=61.7117;RBI=0.0275546;REFB=-0.134932;REVB=0.0205459;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00131799;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:1:0:45:46:1:0 chr22 39441203 . C T 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.071;QD=54.649;RBI=0.018508;REFB=-0.0807864;REVB=-0.00959928;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00040674;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr22 39445554 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.611;QD=57.5446;RBI=0.0298043;REFB=0;REVB=-0.0297629;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215525;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:23:35:0:0 chr22 39497509 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5484;QD=57.6789;RBI=0.0152396;REFB=0;REVB=-0.00162982;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025461;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr22 39709009 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.087;QD=58.9627;RBI=0.0602235;REFB=0;REVB=0.0205798;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163184;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr22 39712981 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.782;QD=63.2868;RBI=0.0044681;REFB=0;REVB=0.00071952;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19221e-06;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr22 39770597 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.565;QD=59.434;RBI=0.0514547;REFB=0;REVB=0.0417604;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778976;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 999.08 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241064;FXX=0.0694348;HRUN=3;LEN=3;MLLD=305.381;QD=59.6465;RBI=0.025082;REFB=0;REVB=0.00692711;RO=8;SAF=25;SAR=43;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.5896e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:78:67:67:0:26:41:0:0:5:8:25:43:6:2 chr22 39781585 . C T 1549.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5112;QD=63.88;RBI=0.0382719;REFB=0;REVB=0.034147;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318461;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr22 39813741 . C T 195.08 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0541949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0801;QD=14.1873;RBI=0.0549622;REFB=-0.00638478;REVB=-0.00915139;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268176;STB=0.655024;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00947828;OID=.;OPOS=39813741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:18:5:14:18:18:5:14:18 chr22 39886217 . C G 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0108413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.955;QD=23.6751;RBI=0.0210882;REFB=-0.0163103;REVB=0.018088;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177992;STB=0.598869;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0128462;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:12:4:10:11:12:4 chr22 39887686 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00670067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.352;QD=25.2545;RBI=0.0478905;REFB=-0.0252828;REVB=0.0474194;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253606;STB=0.639861;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0111252;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:10:1:8:10:10:1 chr22 39911354 . A C 566.47 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00109417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.963;QD=20.0519;RBI=0.0078001;REFB=0.000227389;REVB=-0.00772298;RO=55;SAF=29;SAR=29;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240802;STB=0.51327;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000218931;OID=.;OPOS=39911354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:29:29:29:26:29:29:29:26 chr22 39913557 . G A 376.09 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0224726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4515;QD=20.0581;RBI=0.0571537;REFB=-0.0230953;REVB=0.0525503;RO=35;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788592;STB=0.540818;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.024542;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:36:38:39:0.52:14:24:25:10:15:24:25:11 chr22 39917457 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00602044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7457;QD=6.2614;RBI=0.0309276;REFB=-0.0143623;REVB=-0.030336;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157867;STB=0.612607;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0399538;OID=.;OPOS=39917457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:3:4:14:6:3:4:15:6 chr22 39917515 . A C 239.21 PASS AF=0.611111;AO=19;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0450194;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.527;QD=26.5788;RBI=0.0485723;REFB=-0.0532837;REVB=0.0182352;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273118;STB=0.507805;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0294481;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:13:14:19:22:0.611111:8:11:8:5:9:13:8:6 chr22 40054948 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.366;QD=60.978;RBI=0.0472165;REFB=0;REVB=0.0460736;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019734;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr22 40057273 . T C 2140.64 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.293;QD=62.96;RBI=0.0679398;REFB=0;REVB=0.0497791;RO=0;SAF=81;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142632;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:55:81:0:0:55:81:0:0 chr22 40140137 . G T 536.43 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00868241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.056;QD=23.8414;RBI=0.0103317;REFB=-0.0252815;REVB=-0.00560004;RO=40;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815394;STB=0.504474;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0209975;OID=.;OPOS=40140137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:27:23:18:22:27:23:18:22 chr22 40574170 . T A 144.79 PASS AF=0.44186;AO=13;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.258958;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.4028;QD=13.4691;RBI=0.291336;REFB=0.0414614;REVB=0.133483;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278387;STB=0.550968;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0571551;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:9:24:13:19:0.44186:8:5:7:2:8:11:16:8 chr22 40660813 . C T 179.78 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0157119;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.172;QD=10.7332;RBI=0.0157271;REFB=-0.00196198;REVB=0.000690855;RO=43;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192403;STB=0.606645;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00392058;OID=.;OPOS=40660813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:43:44:23:23:0.343284:16:7:20:23:16:7:20:24 chr22 40673999 . C T 1074.5 PASS AF=0.986667;AO=69;DP=70;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0868;QD=57.3068;RBI=0.101126;REFB=-0.092175;REVB=0.0974382;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108681;STB=0.505375;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00823929;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:75:1:1:69:74:0.986667:26:43:1:0:28:46:1:0 chr22 40719120 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGG 219.5 PASS AF=0,0,1,0,0;AO=6,4,4,5,3;DP=26;FAO=0,0,25,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,0,0;FSAR=0,0,18,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446603,0.254421,-0.130439,0.440399,-0.650802;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=3,2,2,1,1;MLLD=16.9044,11.6198,18.312,10.8263,9.42748;QD=35.1205;RBI=0.180542,0.407997,0.172177,0.762898,0.791871;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.174931,-0.318954,-0.112385,-0.622947,0.451128;RO=3;SAF=0,0,3,0,3;SAR=6,4,1,5,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0,0,0.305263;SSSB=-0.754681,-0.705357,0.305979,-0.73361,0.712642;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,del;VARB=0.032713,0,-0.0111993,0,0.0621741;OID=.,.,.,.,.;OPOS=40719124,40719121,40719125,40719121,40719126;OREF=GGC,GG,GC,G,C;OALT=-,-,-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0,0:6,4,4,5,3:26:0,0,25,0,0:25:0:0,0,7,0,0:0,0,18,0,0:0:0:4:3:0,0,3,0,3:6,4,1,5,0:1:2 chr22 40731777 . G A 37.67 PASS AF=0.108108;AO=14;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00684076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.285;QD=2.0362;RBI=0.00696615;REFB=0.00134862;REVB=0.0013158;RO=47;SAF=4;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260898;STB=0.903728;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00398719;OID=.;OPOS=40731777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:74:74:47:65:14:8:0.108108:10:4:23:24:1:7:24:41 chr22 41075543 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2874;QD=53.2687;RBI=0.0403996;REFB=0;REVB=-0.0403416;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751644;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr22 41075695 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.941;QD=57.2024;RBI=0.0176435;REFB=0;REVB=0.00372766;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06418e-05;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr22 41215183 . A G 526.63 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00757083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.113;QD=21.4951;RBI=0.00757264;REFB=-0.0194868;REVB=-0.000165647;RO=47;SAF=20;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613347;STB=0.5294;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0164725;OID=.;OPOS=41215183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:48:50:50:0.510204:30:20:22:25:30:20:22:26 chr22 41240835 . G A 147.22 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0253583;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.869;QD=16.3573;RBI=0.02909;REFB=-0.00657354;REVB=-0.0142544;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.543423;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0127781;OID=.;OPOS=41240835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:20:16:16:0.444444:10:6:9:10:10:6:9:11 chr22 41551039 . T A 368.65 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.000178368;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.696;QD=19.1504;RBI=0.00592482;REFB=-0.00485392;REVB=0.00592213;RO=39;SAF=11;SAR=27;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328058;STB=0.682965;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00700691;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:27:11:25:14:27:11:25:14 chr22 41610024 . G A 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0494336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.235;QD=9.64361;RBI=0.0494907;REFB=-0.00154422;REVB=-0.00237824;RO=49;SAF=17;SAR=6;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306432;STB=0.681593;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00612792;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:6:17:24:25:6:17:24:25 chr22 41617318 . G C 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0150246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.947;QD=19.7384;RBI=0.0153597;REFB=-0.0211525;REVB=0.00319062;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200612;STB=0.505374;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0180571;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:44:43:43:0.494253:20:23:21:20:20:23:24:20 chr22 41623351 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.018738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.641;QD=8.25461;RBI=0.0194469;REFB=-0.0126348;REVB=0.00520288;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0364395;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:4:8:1:5:4:8 chr22 41623890 . T A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.009743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.509;QD=17.4014;RBI=0.0407078;REFB=-0.00448239;REVB=-0.0395246;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0195077;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr22 41645757 . C G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00214082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.121;QD=22.9576;RBI=0.00767167;REFB=-0.0183535;REVB=-0.00736691;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880256;STB=0.504944;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0147788;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:4:7:10:6:4:7 chr22 41829794 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.682;QD=53.9112;RBI=0.0210406;REFB=0;REVB=0.0006814;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63503e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr22 41833116 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.919;QD=56.7066;RBI=0.0220135;REFB=0;REVB=0.00132948;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155712;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr22 41903813 . A C 327.97 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.000612855;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.57;QD=15.0789;RBI=0.00134517;REFB=-0.00738398;REVB=-0.00119746;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158919;STB=0.58371;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00984096;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:51:36:36:0.413793:20:16:30:20:20:16:30:21 chr22 42059768 . G T 328.6 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0207064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.995;QD=18.0053;RBI=0.0246034;REFB=-0.0269504;REVB=-0.0132881;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271354;STB=0.508657;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0201709;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:19:16:18:19:19:16:18:20 chr22 42089623 . T C 1017.61 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187921;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.439;QD=58.149;RBI=0.0272683;REFB=-0.152768;REVB=0.019759;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000359184;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:44:25:0:0:44:25:0:1 chr22 42159229 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5804;QD=57.6802;RBI=0.0567371;REFB=0;REVB=0.037653;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124494;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr22 42336172 . G A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0271643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.834;QD=19.577;RBI=0.0271877;REFB=-0.00990728;REVB=0.00112893;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146933;STB=0.581348;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0103218;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:18:15:9:22:18:15:9:22 chr22 42416056 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.291;QD=57.1774;RBI=0.0196795;REFB=0;REVB=0.0153345;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00718e-05;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr22 42423110 . G C 563.86 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00769468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.295;QD=57.832;RBI=0.0111876;REFB=-0.0679715;REVB=-0.0081212;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000586658;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:0:1:16:22:0:1 chr22 42428727 . A T 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3245;QD=60.2537;RBI=0.0629201;REFB=0;REVB=0.0143767;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248038;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr22 42463814 . C T 888.76 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157359;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.321;QD=58.2791;RBI=0.0302647;REFB=0;REVB=0.0258521;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31907e-05;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr22 42473603 . C T 369.92 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0150764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.402;QD=19.7289;RBI=0.0289564;REFB=-0.0363709;REVB=-0.024722;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845806;STB=0.547034;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0488457;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:24:14:17:20:24:14:17:20 chr22 42523505 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.357;QD=51.5087;RBI=0.0352534;REFB=0.010132;REVB=0.0287792;RO=1;SAF=21;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215948;STB=0.511619;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000720009;OID=.;OPOS=42523505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:4:21:1:0:5:21:1:0 chr22 42523514 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.978;QD=47.8221;RBI=0.0380913;REFB=0;REVB=0.0331639;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301341;OID=.;OPOS=42523514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr22 42524795 . A G 369.69 PASS AF=0.965517;AO=23;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3545;QD=50.9914;RBI=0.120308;REFB=-0.0985094;REVB=0.11741;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00826502;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:23:28:0.965517:10:13:0:0:15:13:1:0 chr22 42524924 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2495;QD=42.1822;RBI=0.0329857;REFB=0;REVB=0.00737412;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000922418;OID=.;OPOS=42524924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr22 42536362 . C T 73.43 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0138101;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.081;QD=8.63857;RBI=0.0258211;REFB=-0.000248882;REVB=0.0218176;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985747;OID=.;OPOS=42536362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:12:12:5:5:12:12 chr22 42537196 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.25;QD=63.2866;RBI=0.0199046;REFB=0;REVB=0.0117571;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19979e-05;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr22 42537271 . T C 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.289;QD=63.6128;RBI=0.0379225;REFB=0;REVB=0.0306278;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16683e-05;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr22 42537364 . G A 297.66 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.000938098;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.172;QD=13.2295;RBI=0.0123296;REFB=-0.0209154;REVB=-0.0122939;RO=56;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933974;STB=0.553161;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0355352;OID=.;OPOS=42537364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:56:34:34:0.377778:21:13:17:39:21:13:17:39 chr22 42537404 . G C 994.21 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.138;QD=57.6354;RBI=0.0287628;REFB=-0.0821125;REVB=-0.0105183;RO=1;SAF=20;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230419;STB=0.512191;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000580003;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:48:20:1:0:48:20:1:0 chr22 42537597 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.349;QD=57.5452;RBI=0.0308851;REFB=0;REVB=0.0114095;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137366;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr22 42538029 . A G 746.96 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.284;QD=63.5711;RBI=0.0352589;REFB=0;REVB=0.0052568;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50793e-05;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr22 42538618 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.191;QD=37.4881;RBI=0.073931;REFB=0;REVB=-0.00477692;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00551986;OID=.;OPOS=42538618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr22 42538669 . C T 184.86 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.00717808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.907;QD=26.408;RBI=0.00832053;REFB=-0.0293187;REVB=0.00420789;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349232;STB=0.692117;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0282365;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:0:10:8:10:0:10 chr22 42538876 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.647;QD=48.7372;RBI=0.070595;REFB=0;REVB=0.0531035;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71015e-05;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 42607679 . CCT CC,C 44.64 PASS AF=0.526316,0;AO=11,2;DP=19;FAO=10,0;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0341204,-0.0602186;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,2;MLLD=9.67216,17.8898;QD=9.39786;RBI=0.231627,0.226552;REFB=-0.0880762,-0.0424625;REVB=-0.2291,-0.218402;RO=6;SAF=1,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123875,-0.524163;STB=0.514256,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0901745,0;OID=.,.;OPOS=42607681,42607680;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316,0:11,2:19:10,0:19:9:1,0:9,0:1:8:36:6:1,0:10,2:1:5 chr22 42912106 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0095589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.909;QD=24.3828;RBI=0.0246279;REFB=0.00387029;REVB=0.0226972;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191212;STB=0.51063;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00345291;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:11:10:13:13:11:10 chr22 42965169 . A AG,G 440.86 PASS AF=0.878788,0.0909091;AO=25,3;DP=33;FAO=29,3;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9,3;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110669,-0.00988897;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=190.705,177.94;QD=53.4374;RBI=0.0188516,0.0190028;REFB=-0.0624214,-0.0580481;REVB=0.0152613,0.016227;RO=3;SAF=8,3;SAR=17,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0751372,0.767807;STB=0.512187,0.994936;STBP=0.618,0.122;TYPE=ins,snp;VARB=0.00383111,0.0144385;OID=.,.;OPOS=42965170,42965169;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:33:33:3:1:25,3:29,3:0.878788,0.0909091:17,0:8,3:0:3:20,0:9,3:0:1 chr22 43089911 . G T 32.25 PASS AF=0.131579;AO=5;DP=37;FAO=5;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0196864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.2267;QD=3.39504;RBI=0.0635508;REFB=-0.0472134;REVB=0.0604247;RO=26;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532395;STB=0.853144;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.154374;OID=.;OPOS=43089911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:38:26:32:5:5:0.131579:4:1:18:8:4:1:21:11 chr22 43193641 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.948;QD=55.6561;RBI=0.0169826;REFB=0;REVB=0.012596;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20026e-05;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr22 43206950 . A C 734.07 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8394;QD=61.1728;RBI=0.067499;REFB=0.019623;REVB=0.0462507;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000730812;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:0:1:31:16:0:1 chr22 43435812 . C T 149.37 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435735;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.21;QD=45.9598;RBI=0.059428;REFB=0;REVB=0.0404108;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907121;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr22 43455432 . G A 1302.02 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.823;QD=62.0007;RBI=0.0385953;REFB=0;REVB=-0.0319339;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33521e-05;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:57:27:0:0:57:27:0:0 chr22 43466217 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.797;QD=50.4134;RBI=0.0115248;REFB=0;REVB=0.00746268;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19929e-05;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 43466247 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.444;QD=42.1826;RBI=0.0819514;REFB=0;REVB=0.0127421;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126685;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr22 43558926 . A G 1116.93 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0681;QD=60.3743;RBI=0.0148337;REFB=0;REVB=-0.00112192;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152804;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:39:33:0:0:39:35:0:0 chr22 43563672 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9432;QD=51.9139;RBI=0.0302554;REFB=0;REVB=0.0232217;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131286;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr22 43576904 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00492554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.918;QD=11.257;RBI=0.0192116;REFB=-0.0184022;REVB=0.0185695;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0249659;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:3:9:6:2:3:9 chr22 43606143 . C T 1312.09 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277581;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.066;QD=62.4802;RBI=0.0409189;REFB=0;REVB=0.030064;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322114;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr22 43614316 . C G 740.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.351;QD=56.9803;RBI=0.0542977;REFB=0;REVB=0.0110589;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61768e-05;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:35:16:0:0:35:17:0:0 chr22 43623395 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5828;QD=44.6897;RBI=0.0131375;REFB=0;REVB=0.00425293;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082499;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr22 43976396 . G A 1062.15 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193703;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.432;QD=59.8392;RBI=0.0337253;REFB=0;REVB=0.0276078;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135134;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:30:39:0:0:30:41:0:0 chr22 44112845 . C T 579.22 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0575201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.888;QD=18.6845;RBI=0.0578734;REFB=-0.00358255;REVB=0.00638425;RO=64;SAF=30;SAR=30;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728623;STB=0.540309;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00150813;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:64:60:60:0.483871:30:30:37:27:30:30:37:27 chr22 44131786 . T C 256.33 PASS AF=0.348315;AO=29;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0654848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2455;QD=11.5203;RBI=0.0736893;REFB=0.0135179;REVB=0.0337914;RO=59;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879404;STB=0.555279;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0212683;OID=.;OPOS=44131786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:59:58:29:31:0.348315:14:15:26:33:15:16:25:33 chr22 44221565 . C A,CAATA 1138.83 PASS AF=0.0119048,0.952381;AO=3,72;DP=85;FAO=1,80;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=0,39;FSAR=1,41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0031879,0.00162286;FXX=0.0232531;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=151.313,124.456;QD=54.2301;RBI=0.00503765,0.00774164;REFB=0.00447844,-0.0628608;REVB=0.00390067,-0.00756964;RO=8;SAF=0,35;SAR=3,37;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819744,-0.0966443;STB=0.994936,0.518514;STBP=0.123,0.146;TYPE=snp,ins;VARB=0.075569,0.00190126;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:7:85:84:8:3:3,72:1,80:0.0119048,0.952381:3,37:0,35:8:0:1,41:0,39:3:0 chr22 44282276 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.093;QD=62.3501;RBI=0.0184633;REFB=0;REVB=0.0152588;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76662e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr22 44282307 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.583;QD=62.3509;RBI=0.0302525;REFB=0;REVB=0.0226604;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015021;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr22 44285765 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.727;QD=57.0007;RBI=0.00842161;REFB=0;REVB=-0.000707935;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82562e-05;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr22 44286950 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0345031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.081;QD=22.5828;RBI=0.0360531;REFB=-0.0216332;REVB=-0.0104576;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426327;STB=0.523791;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0212481;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:9:15:15:11:9:15 chr22 44287062 . A G 463.79 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0686347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1156;QD=17.8379;RBI=0.100809;REFB=-0.0593218;REVB=-0.0738354;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893553;STB=0.509612;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0770131;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:51:54:50:50:0.480769:25:25:26:25:25:25:26:28 chr22 44342116 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.6;QD=59.4356;RBI=0.0215728;REFB=0;REVB=0.0164475;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02004e-05;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr22 44368204 . A G 1494.97 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0480857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0814;QD=62.2903;RBI=0.0481302;REFB=-0.0596103;REVB=-0.00206951;RO=1;SAF=36;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129888;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000522422;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:59:36:1:0:59:36:1:0 chr22 44379822 . T C 707.73 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00225474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.376;QD=60.2323;RBI=0.00815926;REFB=-0.0188867;REVB=0.00784154;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000192439;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:43:45:0.957447:19:24:1:0:21:24:1:0 chr22 44379838 . A G 711.85 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177359;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.37;QD=63.2754;RBI=0.0177619;REFB=0;REVB=-0.00096026;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157085;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr22 44386281 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.27;QD=57.7122;RBI=0.0117102;REFB=0;REVB=0.0116068;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88675e-05;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr22 44489868 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8384;QD=56.9371;RBI=0.0743031;REFB=0;REVB=-0.0549349;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.835e-05;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr22 44489896 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0113704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.771;QD=18.4831;RBI=0.0216445;REFB=-0.0117564;REVB=-0.0184173;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845586;STB=0.547896;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0168487;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:7:14:11:8:7:14 chr22 44546582 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.043081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.142;QD=14.5588;RBI=0.0430812;REFB=-0.0082258;REVB=-0.000139438;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309694;STB=0.673953;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.013173;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:8:27:12:14:8:27 chr22 44559755 . C T 236.34 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.124691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3379;QD=17.5069;RBI=0.124986;REFB=-0.0054935;REVB=0.00857985;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.501432;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0110516;OID=.;OPOS=44559755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:14:11:13:15:14:12:13:15 chr22 44582499 . T C 196.97 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00214292;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.139;QD=14.5903;RBI=0.016984;REFB=-0.0111124;REVB=-0.0168483;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592832;STB=0.509023;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0128562;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:31:31:21:23:0.425926:10:11:18:13:10:13:18:13 chr22 44594584 . C G 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00186925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.231;QD=16.633;RBI=0.00198902;REFB=-0.00144519;REVB=-0.000679806;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708811;STB=0.501638;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00185039;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:20:17:21:24:20:17:21:25 chr22 44602229 . A C 535.0 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.000905179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.295;QD=24.5975;RBI=0.00181808;REFB=-0.00338812;REVB=-0.00157672;RO=36;SAF=41;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229489;STB=0.606543;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00348984;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:36:37:49:50:0.574713:8:41:23:13:9:41:24:13 chr22 44640466 . G A 108.25 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0357877;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=142.761;QD=12.3717;RBI=0.0547887;REFB=-0.00864712;REVB=-0.0414855;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177943;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138106;OID=.;OPOS=44640466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:35:11:22:13:13:0.371429:3:10:10:1:3:10:17:5 chr22 44640472 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0169628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.575;QD=15.1969;RBI=0.0218579;REFB=-0.0175397;REVB=-0.0137851;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548562;STB=0.531868;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0293089;OID=.;OPOS=44640472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:12:6:4:10:12:6 chr22 44891370 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00277017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.743;QD=14.0792;RBI=0.00342505;REFB=0.00895726;REVB=-0.00201422;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246987;STB=0.642638;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00980785;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:12:4:6:6:12:4 chr22 44893563 . A G 276.15 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00733549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9418;QD=15.7798;RBI=0.115141;REFB=-0.0394573;REVB=-0.114907;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209767;STB=0.618479;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0478021;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:11:20:17:22:11:20:17:22 chr22 44965320 . G A 315.47 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.027123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3781;QD=22.5338;RBI=0.0577796;REFB=0.0193905;REVB=0.0510179;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950956;STB=0.552598;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0130654;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:11:13:21:11:11:13 chr22 45126775 . T C 392.16 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0200217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.756;QD=14.6601;RBI=0.036991;REFB=-0.0168356;REVB=0.0311041;RO=59;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469304;STB=0.507809;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0299396;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:62:45:45:0.420561:27:18:21:38:27:18:24:38 chr22 45128232 . T C 2726.05 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206747;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.616;QD=62.3098;RBI=0.0224849;REFB=0;REVB=0.00883896;RO=0;SAF=77;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10034e-05;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:98:77:0:0:98:77:0:0 chr22 45132687 . G A 795.81 PASS AF=0.439791;AO=83;DP=191;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.00127678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.551;QD=16.6661;RBI=0.01402;REFB=-0.00866517;REVB=-0.0139617;RO=107;SAF=47;SAR=36;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909785;STB=0.553371;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0134452;OID=.;OPOS=45132687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:107:107:83:84:0.439791:36:47:51:56:36:48:51:56 chr22 45198009 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5276;QD=60.2304;RBI=0.0544498;REFB=0;REVB=-0.0462767;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308683;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr22 45244911 . AG A 181.95 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.106604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9652;QD=11.5522;RBI=0.11494;REFB=-0.0195522;REVB=0.0429731;RO=31;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.306517;SSSB=-0.180952;STB=0.633235;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0114257;OID=.;OPOS=45244912;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:29:63:30:63:33:6:24:13:20:99:31:6:23:11:20 chr22 45244930 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0675227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.147;QD=16.9931;RBI=0.0675511;REFB=-0.00435291;REVB=0.00196143;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204232;STB=0.614094;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00689759;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:8:22:14:13:8:22 chr22 45255580 . G C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0175064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.402;QD=10.1037;RBI=0.0265538;REFB=-0.0101612;REVB=-0.0199658;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294301;STB=0.51665;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0298588;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:10:10:18:20:10:10:19:21 chr22 45255637 . G C 335.69 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00769766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8557;QD=14.5952;RBI=0.0267512;REFB=-0.0112631;REVB=-0.0256198;RO=54;SAF=15;SAR=22;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213463;STB=0.625586;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0209449;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:55:37:37:0.402174:22:15:33:21:22:15:34:21 chr22 45258324 . C T 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0190262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.513;QD=19.4197;RBI=0.0190914;REFB=0.00304655;REVB=0.00157729;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177781;STB=0.598362;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00370022;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:6:21:17:12:6:21 chr22 45405434 . G C 30.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0610895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6413;QD=12.3884;RBI=0.0612748;REFB=0.0144832;REVB=0.00476159;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0338115;OID=.;OPOS=45405434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr22 45566843 . A G 314.07 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00814018;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.514;QD=14.4398;RBI=0.0180469;REFB=0.010877;REVB=0.0161068;RO=53;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045078;STB=0.531478;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0107827;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:53:52:35:35:0.402299:18:17:28:25:18:17:28:24 chr22 45566912 . C A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00660304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.893;QD=11.8203;RBI=0.0149475;REFB=-0.00705215;REVB=-0.01341;RO=43;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148361;STB=0.58573;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0141896;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:10:15:20:23:10:15:20:23 chr22 45577231 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00841392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.592;QD=21.5108;RBI=0.00854901;REFB=0.00962378;REVB=0.00151378;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306258;STB=0.517225;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00589285;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:6:13:15:6:6:13 chr22 45579422 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00864504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.349;QD=21.6124;RBI=0.00888276;REFB=0.00949503;REVB=-0.00204125;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592592;STB=0.533186;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00754975;OID=.;OPOS=45579422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:9:14:13:11:9:14 chr22 45580836 . G C 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00399794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.32;QD=15.0112;RBI=0.0111185;REFB=0.00695522;REVB=-0.0103749;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869041;STB=0.548994;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0084423;OID=.;OPOS=45580836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:23:14:16:37:23:14:16:37 chr22 45583740 . G C 256.53 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00433692;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.802;QD=13.3265;RBI=0.0223757;REFB=-0.0132478;REVB=-0.0219514;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711251;STB=0.547401;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0156387;OID=.;OPOS=45583740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:13:17:23:23:13:17:23:24 chr22 45583803 . A G 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0299187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.325;QD=14.1723;RBI=0.0307027;REFB=-0.020529;REVB=-0.00689405;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100314;STB=0.556927;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0352033;OID=.;OPOS=45583803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:19:28:16:16:19:28 chr22 45583898 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00108223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.802;QD=58.6483;RBI=0.00372709;REFB=0.0669404;REVB=0.00356651;RO=1;SAF=11;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000261631;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:29:11:1:0:29:11:1:0 chr22 45608192 . G A 314.66 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.909;QD=52.443;RBI=0.0390023;REFB=0;REVB=0.0143582;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394487;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr22 45683246 . C T 154.95 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0785537;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.197;QD=16.3104;RBI=0.0796633;REFB=-0.0183596;REVB=0.01325;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208041;STB=0.517664;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0275166;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:22:21:14:17:0.447368:8:6:9:13:10:7:8:13 chr22 45683304 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.517;QD=57.2026;RBI=0.0136673;REFB=0;REVB=-0.00328086;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8506e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr22 45685002 . A G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.012213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.41;QD=20.563;RBI=0.0122876;REFB=0.000240188;REVB=0.00135158;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310039;STB=0.517229;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000217888;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:12:13:14:15:12:13 chr22 45691594 . A G 239.77 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00335888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.644;QD=18.0957;RBI=0.00337146;REFB=-0.0158716;REVB=-0.000290997;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240382;STB=0.513503;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0146872;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:10:17:17:9:10:17 chr22 45718041 . A G 527.14 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0134226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.863;QD=14.6428;RBI=0.0144731;REFB=0.00286127;REVB=0.00541331;RO=85;SAF=29;SAR=29;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310528;STB=0.513884;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00382795;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:86:58:58:0.402778:29:29:45:40:29:29:45:41 chr22 45723807 . G C 266.55 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.016226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2713;QD=13.4962;RBI=0.0746772;REFB=-0.00750581;REVB=-0.0728931;RO=48;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413381;STB=0.514734;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00979364;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:17:13:19:29:18:13:19:29 chr22 45723842 . G A 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0101828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.887;QD=12.785;RBI=0.0125414;REFB=-0.0025039;REVB=-0.00732106;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536493;STB=0.530722;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0041373;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:17:26:15:12:17:26 chr22 45723854 . C G 369.67 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0230423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.613;QD=22.404;RBI=0.0238654;REFB=0.00193956;REVB=0.00621348;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054342;STB=0.534767;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0010986;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:21:15:14:15:22:15:14:15 chr22 45723920 . C T 70.51 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00746367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.035;QD=7.05077;RBI=0.0116842;REFB=-0.039042;REVB=0.00898969;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807581;STB=0.550917;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0826166;OID=.;OPOS=45723920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:16:14:4:6:16:14 chr22 45723947 . A G 119.02 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0584439;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4047;QD=15.3579;RBI=0.0631042;REFB=-0.0447113;REVB=-0.0238002;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.565122;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0363575;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:17:13:14:0.451613:4:9:8:6:5:9:9:8 chr22 45728370 . G A 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0213984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.877;QD=18.9076;RBI=0.022386;REFB=-0.000729546;REVB=-0.00657588;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131816;STB=0.56698;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000564876;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:43:43:0.477778:21:22:17:29:21:22:18:29 chr22 45736485 . C T 620.75 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0232908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.711;QD=21.2221;RBI=0.0375106;REFB=-0.0119465;REVB=-0.0294038;RO=55;SAF=27;SAR=35;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478772;STB=0.526307;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0103228;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:35:27:27:28:35:27:27:28 chr22 45737787 . A G 684.45 PASS AF=0.584071;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.124273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.108;QD=24.2284;RBI=0.130262;REFB=-0.031275;REVB=-0.0390428;RO=44;SAF=33;SAR=33;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334237;STB=0.530964;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0206725;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:44:47:66:66:0.584071:33:33:24:20:33:33:27:20 chr22 45748339 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00928738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.432;QD=27.1542;RBI=0.0365698;REFB=-0.0284365;REVB=-0.0353708;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.549929;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0184387;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:7:7:4:2:7:7:4:2 chr22 45749983 . G T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0509625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.672;QD=11.3325;RBI=0.0511283;REFB=-0.0147428;REVB=-0.00411344;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205041;STB=0.512178;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0265574;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:14:13:7:7:14:13 chr22 45767455 . A G 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0315714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6338;QD=17.4555;RBI=0.039573;REFB=-0.0168513;REVB=0.0238592;RO=29;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278319;STB=0.656865;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0213167;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:8:19:12:17:8:19:12:17 chr22 45782903 . T C 555.08 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00438755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.726;QD=20.0029;RBI=0.024336;REFB=-0.0106048;REVB=-0.0239372;RO=54;SAF=28;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774054;STB=0.504267;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00910081;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:29:28:27:27:29:28:27:27 chr22 45789642 . A C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00758736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.753;QD=53.9324;RBI=0.0332715;REFB=-0.0158624;REVB=0.0323948;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000507474;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr22 45813687 . G A 299.28 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0212388;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.297;QD=23.0218;RBI=0.0416626;REFB=0.019908;REVB=0.0358425;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153835;STB=0.576873;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0121964;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:22:30:30:0.576923:15:15:7:16:15:15:7:15 chr22 45821887 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0014116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.11;QD=23.433;RBI=0.0018233;REFB=0.00356767;REVB=0.00115404;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688524;STB=0.538429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00131655;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:10:10:14:10:10:10 chr22 45821909 . C T 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0136692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.815;QD=17.2473;RBI=0.0137845;REFB=-0.00361968;REVB=-0.0017792;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592063;STB=0.533711;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00532221;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:10:17:12:9:10:17 chr22 45821935 . G A 226.51 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.011422;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5492;QD=15.6216;RBI=0.0385227;REFB=-0.0465852;REVB=0.0367904;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033801;STB=0.501465;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0489921;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:32:24:26:0.448276:15:9:11:21:17:9:11:21 chr22 45826880 . G A 277.68 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0179023;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.119;QD=18.2083;RBI=0.0192018;REFB=-0.0243282;REVB=0.00694392;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161226;STB=0.589963;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0200792;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:20:11:16:14:20:11 chr22 45923827 . A G 2438.76 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.555;QD=61.3524;RBI=0.0112754;REFB=0;REVB=-0.0105661;RO=0;SAF=77;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97707e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:157:159:1:80:77:0:0:81:78:0:0 chr22 45927220 . C G 440.71 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0135036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.512;QD=19.587;RBI=0.0422066;REFB=-0.00390997;REVB=-0.0399882;RO=46;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210255;STB=0.516122;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00441865;OID=.;OPOS=45927220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:43:44:0.488889:28:15:17:29:29:15:17:29 chr22 45937149 . C T 531.01 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.016155;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.674;QD=19.1355;RBI=0.0161555;REFB=-0.0318928;REVB=0.000119417;RO=55;SAF=19;SAR=36;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0293138;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:56:55:55:0.495495:36:19:19:36:36:19:20:36 chr22 46156412 . C G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.020542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.669;QD=23.0011;RBI=0.0206069;REFB=0.00169776;REVB=0.00163437;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141005;STB=0.577726;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00130851;OID=.;OPOS=46156412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:6:16:16:13:6:16 chr22 46318285 . A G 94.52 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0321038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1398;QD=10.5026;RBI=0.0329731;REFB=-0.0072332;REVB=0.00752127;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933329;STB=0.588097;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00960146;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:19:24:11:12:0.333333:5:6:12:7:5:7:17:7 chr22 46677607 . T C 753.83 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0912674;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0151;QD=56.8927;RBI=0.0913873;REFB=0;REVB=0.00468092;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145944;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:36:15:0:0:37:16:0:0 chr22 46722400 . T C 712.3 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687286;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.245;QD=63.3153;RBI=0.00783381;REFB=0;REVB=0.0037593;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05381e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr22 46766127 . G A 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0321341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.731;QD=16.8624;RBI=0.0373711;REFB=-0.00463791;REVB=0.0190788;RO=52;SAF=15;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799241;STB=0.544931;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00535354;OID=.;OPOS=46766127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:26:15:23:29:26:15:23:29 chr22 46929692 . A G 1084.28 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.925;QD=58.6095;RBI=0.0231295;REFB=-0.0264281;REVB=-0.00523534;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00135752;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:49:23:0:0:50:23:0:1 chr22 46930107 . C T 428.54 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0133679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9731;QD=22.2616;RBI=0.0697263;REFB=-0.0235176;REVB=0.0684328;RO=35;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394485;STB=0.521729;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0132132;OID=.;OPOS=46930107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:20:22:20:15:20:22:20:15 chr22 46931077 . G C 689.34 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.945;QD=62.6673;RBI=0.0104613;REFB=0;REVB=-0.00802658;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56722e-06;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr22 46931793 . G C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0419895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.934;QD=55.5196;RBI=0.0419996;REFB=-0.0605099;REVB=0.000920305;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000283128;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr22 46931838 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.016;QD=55.6557;RBI=0.0198173;REFB=0;REVB=0.0197278;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193263;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr22 47058992 . T C 3617.03 PASS AF=0.991379;AO=230;DP=238;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0078576;FXX=0.025209;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3059;QD=62.3626;RBI=0.0499046;REFB=-0.0608037;REVB=-0.0492821;RO=1;SAF=121;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392222;STB=0.504098;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=7.29805e-05;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:238:232:1:2:230:230:0.991379:109:121:1:0:109:121:2:0 chr22 47185265 . G T 493.45 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151733;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4307;QD=56.3946;RBI=0.0152477;REFB=-0.0294419;REVB=0.00150406;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0017296;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:18:16:0:0:18:16:1:0 chr22 47309290 . C T 418.38 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0688916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9418;QD=14.5522;RBI=0.0710495;REFB=-0.0176096;REVB=0.0173775;RO=66;SAF=14;SAR=34;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199817;STB=0.609514;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0293517;OID=.;OPOS=47309290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:67:48:48:0.417391:34:14:31:35:34:14:31:36 chr22 47311358 . G T 157.39 PASS AF=0.365385;AO=16;DP=49;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0218049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.122;QD=12.1068;RBI=0.0319452;REFB=-0.0225088;REVB=-0.0233461;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188739;STB=0.502073;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0493436;OID=.;OPOS=47311358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:29:33:16:19:0.365385:8:8:15:14:8:11:19:14 chr22 47311382 . A G 218.64 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00761296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.025;QD=11.8186;RBI=0.037869;REFB=-0.0039244;REVB=-0.0370959;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23279;STB=0.642043;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0064315;OID=.;OPOS=47311382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:47:47:26:27:0.364865:10:16:19:28:10:17:19:28 chr22 47311404 . A T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.589;QD=62.3145;RBI=0.0516347;REFB=0;REVB=0.0514411;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139138;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr22 47569571 . G C 321.95 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.395;QD=53.6576;RBI=0.113707;REFB=0;REVB=0.0335959;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138475;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr22 47569605 . G C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3418;QD=45.8028;RBI=0.0322695;REFB=0;REVB=0.0254014;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130147;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr22 48023241 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.166;QD=58.4197;RBI=0.0247924;REFB=0;REVB=-0.018433;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81056e-06;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr22 48940553 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.74;QD=58.6004;RBI=0.0328253;REFB=0;REVB=0.0144033;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85872e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr22 48942315 . T G 989.17 PASS AF=0.985915;AO=60;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00845956;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.9386;QD=55.7276;RBI=0.0632118;REFB=0.00931951;REVB=0.0626432;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0045632;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:60:70:0.985915:26:34:0:0:36:34:0:1 chr22 49145928 . C A 397.31 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00113256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3231;QD=20.6394;RBI=0.0329495;REFB=-0.00223785;REVB=-0.03293;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146435;STB=0.581111;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00165054;OID=.;OPOS=49145928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:16:21:16:24:16:21 chr22 49246723 . A C 3111.78 PASS AF=1;AO=201;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0834259;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.547;QD=61.0152;RBI=0.0852437;REFB=0.0666529;REVB=0.01751;RO=1;SAF=63;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111747;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:1:0:201:204:1:138:63:1:0:138:66:0:0 chr22 50017234 . A G 329.87 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=59;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00687083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5474;QD=21.631;RBI=0.0954933;REFB=-0.0569339;REVB=0.0952458;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15389;STB=0.57354;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0318679;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:27:32:34:0.557377:21:11:5:22:23:11:5:22 chr22 50018069 . A G 168.36 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=30;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0417638;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.787;QD=24.9422;RBI=0.0418552;REFB=-0.0241397;REVB=-0.0027644;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.583186;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0249345;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:27:11:10:13:12:0.444444:5:8:6:5:3:9:6:4 chr22 50018497 . G A 1143.59 PASS AF=0.583333;AO=103;DP=178;FAO=105;FDP=180;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0541836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.144;QD=25.4131;RBI=0.0566918;REFB=0.0112337;REVB=-0.0166762;RO=73;SAF=41;SAR=62;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850315;STB=0.546775;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00701543;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:73:75:103:105:0.583333:62:41:37:36:62:43:39:36 chr22 50216754 . G A 186.08 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0317516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9032;QD=8.55548;RBI=0.0556173;REFB=0.00312775;REVB=0.0456631;RO=62;SAF=10;SAR=15;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120947;STB=0.572035;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00680704;OID=.;OPOS=50216754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:15:10:31:31:15:10:31:31 chr22 50277835 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.951;QD=54.517;RBI=0.0121412;REFB=0;REVB=0.0103261;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90332e-05;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr22 50277883 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.274;QD=59.0114;RBI=0.077708;REFB=0;REVB=-0.00342735;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488098;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr22 50278438 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.824;QD=63.2868;RBI=0.0185876;REFB=0;REVB=-0.00814959;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1038e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr22 50278568 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.659;QD=46.8474;RBI=0.0088723;REFB=0;REVB=-0.00123861;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212256;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr22 50278642 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4794;QD=47.8193;RBI=0.113841;REFB=0;REVB=0.00335142;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339236;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr22 50280136 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.099;QD=58.4197;RBI=0.0475614;REFB=0;REVB=0.0202036;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123019;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr22 50281917 . A G 1175.43 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668576;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.161;QD=61.0614;RBI=0.0177714;REFB=0;REVB=-0.0164658;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69855e-05;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr22 50297990 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCG 122.55 PASS AF=1,0;AO=12,2;DP=24;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205645,-0.014993;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.25805,39.1236;QD=18.8544;RBI=0.226208,0.150126;REFB=0.0118018,0.0208689;REVB=-0.0942356,-0.149375;RO=6;SAF=7,1;SAR=5,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157135,-0.359974;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0105331,0;OID=.,.;OPOS=50297991,50297997;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:12,2:24:26,0:26:0:14,0:12,0:0:0:5:6:7,1:5,1:5:1 chr22 50356685 . CG C,GC 166.98 PASS AF=0.409091,0.0681818;AO=39,7;DP=89;FAO=36,6;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20,0;FSAR=16,6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0323953,-0.0186855;FXX=0.0329634;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.98027,178.627;QD=7.59006;RBI=0.16057,0.0230969;REFB=-0.191557,-0.010654;REVB=-0.157268,-0.0135764;RO=38;SAF=21,0;SAR=18,7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0363291,-0.70686;STB=0.531318,0.998146;STBP=0.675,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=0.159212,0.0444435;OID=.,.;OPOS=50356686,50356685;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:38:46:39,7:36,6:0.409091,0.0681818:18,7:21,0:22:16:16,6:20,0:23:23 chr22 50356692 . GT G,GC 1500.38 PASS AF=0.0104167,0.989583;AO=11,84;DP=95;FAO=1,95;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309164,0.0297264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.1953,108.993;QD=62.5158;RBI=0.0408711,0.0463499;REFB=0,0;REVB=0.0267324,0.035562;RO=0;SAF=11,33;SAR=0,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.09613e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00713189,0.010259;OID=.,.;OPOS=50356693,50356693;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0104167,0.989583:11,84:95:1,95:96:0:1,44:0,51:0:0:3:0:11,33:0,51:0:0 chr22 50439194 . C T 743.15 PASS AF=0.96;AO=42;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.038581;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.182;QD=59.4522;RBI=0.044688;REFB=-0.130654;REVB=0.0225505;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.51666;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000538945;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:42:48:0.96:13:29:0:0:19:29:2:0 chr22 50480108 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0800497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7143;QD=13.9456;RBI=0.0915036;REFB=0.00507714;REVB=0.0443278;RO=48;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174294;STB=0.59901;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00517967;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:18:14:29:19:18:14:29:19 chr22 50528916 . C T 110.14 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0144496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1087;QD=14.6852;RBI=0.0154071;REFB=-0.0173446;REVB=0.00534694;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213164;STB=0.603905;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0190209;OID=.;OPOS=50528916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:7:6:11:5:7:6:11:6 chr22 50529134 . T C 87.37 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0565514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2249;QD=13.4417;RBI=0.0629499;REFB=0.0240174;REVB=0.0276519;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467471;STB=0.764736;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0358806;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:1:14:5:6:1:14 chr22 50529146 . C T 55.79 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.100756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3484;QD=10.6266;RBI=0.105247;REFB=0.00796515;REVB=-0.0304164;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501146;STB=0.782185;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00554622;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:0:13:5:3:0:13 chr22 50529148 . C G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.041818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.169;QD=10.6346;RBI=0.0595495;REFB=-0.000762355;REVB=-0.0423958;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501146;STB=0.782185;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00402544;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:0:13:5:3:0:13 chr22 50529462 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000907107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.346;QD=17.5645;RBI=0.0345458;REFB=-0.00340308;REVB=-0.0345339;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229097;STB=0.635676;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00456347;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:11:21:14:20:11:21:14:21 chr22 50530501 . A T 396.53 PASS AF=0.436893;AO=42;DP=100;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00888519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.919;QD=15.3992;RBI=0.0191526;REFB=-0.0227166;REVB=0.0169669;RO=58;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740774;STB=0.557287;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0272326;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:58:58:42:45:0.436893:24:18:29:29:27:18:29:29 chr22 50546666 . C T 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0045419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.331;QD=18.1912;RBI=0.00528555;REFB=-0.0137932;REVB=-0.00270336;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17233;STB=0.599953;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0199681;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:22:18:12:32:22:18:12:33 chr22 50547247 . A G 1525.89 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153563;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.027;QD=59.8389;RBI=0.0373318;REFB=0;REVB=0.0340272;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42523e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr22 50555619 . C T 2031.84 PASS AF=0.992424;AO=124;DP=124;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.225;QD=61.5708;RBI=0.0438369;REFB=-0.0804797;REVB=0.0240327;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000360374;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:132:0:1:124:131:0.992424:65:59:0:0:66:65:1:0 chr22 50555635 . C T 717.77 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00780053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8022;QD=21.2673;RBI=0.038936;REFB=-0.00107221;REVB=0.0381466;RO=63;SAF=36;SAR=34;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738717;STB=0.540141;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00208975;OID=.;OPOS=50555635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:65:70:70:0.518519:34:36:27:36:34:36:28:37 chr22 50555686 . A C 641.25 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0343615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.957;QD=19.1418;RBI=0.0345071;REFB=-0.0204249;REVB=0.00316646;RO=63;SAF=28;SAR=37;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124282;STB=0.532241;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0232773;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:69:65:65:0.485075:37:28:28:35:37:28:34:35 chr22 50564618 . A AT 110.39 PASS AF=0.766667;AO=17;DP=31;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.118074;FXX=0.0624805;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.61104;QD=14.7188;RBI=0.182718;REFB=0.0849262;REVB=-0.139443;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106481;STB=0.533304;STBP=0.584;TYPE=ins;VARB=-0.00664599;OID=.;OPOS=50564619;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:17:31:23:30:7:7:16:3:4:19:9:5:12:4:5 chr22 50572473 . G A 377.98 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0154578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.482;QD=26.9982;RBI=0.0255528;REFB=-0.00339921;REVB=-0.0203471;RO=20;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762348;STB=0.504164;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00170802;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:22:14:8:12:22:14:8:12 chr22 50581707 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00478834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.651;QD=15.2625;RBI=0.00490672;REFB=-0.0128477;REVB=-0.0010713;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0165648;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr22 50582626 . A G 2351.65 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.41;QD=63.558;RBI=0.110712;REFB=0;REVB=-0.0110798;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197111;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:148:0:0:142:148:1:83:59:0:0:83:65:0:0 chr22 50584201 . A C 324.26 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00566015;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.759;QD=19.3586;RBI=0.00902962;REFB=-0.00926222;REVB=-0.00703539;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263904;STB=0.522375;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00719162;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:33:34:34:0.507463:17:17:16:18:17:17:15:18 chr22 50585595 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.024364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8071;QD=21.2673;RBI=0.0261898;REFB=-0.0352699;REVB=-0.00960748;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235764;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0387587;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:7:7:9:8:7:7 chr22 50589196 . C A 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.000131509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5501;QD=8.84543;RBI=0.0101522;REFB=-0.0026326;REVB=0.0101513;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834124;STB=0.549939;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00522706;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:7:9:24:14:7:9:24:14 chr22 50599466 . C A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00623252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.137;QD=14.6164;RBI=0.00859667;REFB=-0.0134175;REVB=-0.00592101;RO=38;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145675;STB=0.58327;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0194521;OID=.;OPOS=50599466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:21:7:14:24:21:7:14:24 chr22 50618738 . G A 146.7 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0273658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.163;QD=22.5692;RBI=0.0280136;REFB=-0.0149135;REVB=0.00598922;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111594;STB=0.57438;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00949311;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:26:10:10:15:16:0.615385:10:5:2:8:10:6:2:8 chr22 50637597 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.842;QD=59.3228;RBI=0.0231596;REFB=0;REVB=0.0119641;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65196e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr22 50644848 . C T 422.05 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0542131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.786;QD=20.842;RBI=0.055315;REFB=-0.0227876;REVB=-0.0109859;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417398;STB=0.523066;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.024321;OID=.;OPOS=50644848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:17:25:25:14:17:25:25:14 chr22 50646936 . G C 772.58 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0289945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6847;QD=61.8065;RBI=0.0304355;REFB=-0.111212;REVB=-0.00925401;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00286775;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:29:20:0:0:29:20:0:1 chr22 50657010 . C G 1175.32 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2736;QD=59.5098;RBI=0.106257;REFB=-0.149232;REVB=0.00444029;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00203946;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:50:28:0:0:50:28:0:1 chr22 50658698 . T A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00625542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.95;QD=21.267;RBI=0.0120313;REFB=-0.00085925;REVB=-0.0102772;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338122;STB=0.689821;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00016056;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:3:11:6:11:3:11 chr22 50659566 . C CG 34.76 PASS AF=0.229167;AO=10;DP=54;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0082219;FXX=0.058812;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.69;QD=2.89691;RBI=0.0607979;REFB=-0.00277224;REVB=-0.0602394;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510326;STB=0.856378;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0662423;OID=.;OPOS=50659567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:10:54:11:48:37:10:1:20:17:34:40:9:1:22:18 chr22 50659592 . T TC 33.59 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0623628;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.9041;QD=2.85914;RBI=0.0627014;REFB=0.000367525;REVB=-0.00650749;RO=41;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265585;STB=0.703216;STBP=0.206;TYPE=ins;VARB=-0.0107351;OID=.;OPOS=50659593;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489:9:50:9:47:38:2:7:17:21:33:41:2:7:17:24 chr22 50664612 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3734;QD=57.3844;RBI=0.0710852;REFB=0;REVB=0.0399078;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159202;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr22 50678620 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6534;QD=53.2765;RBI=0.0319894;REFB=0;REVB=0.0294181;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288074;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr22 50684256 . T C 734.11 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.163567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9925;QD=61.176;RBI=0.167422;REFB=-0.127148;REVB=-0.0357195;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00167832;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:1:0:31:16:1:0 chr22 50684415 . T C 594.61 PASS AF=1;AO=31;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.923;QD=59.4613;RBI=0.0645516;REFB=0;REVB=0.0118093;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185073;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:31:40:1:19:12:0:0:19:21:0:0 chr22 50684747 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4448;QD=61.6834;RBI=0.0100082;REFB=0;REVB=-0.00284579;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153407;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr22 50686830 . G A 472.01 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00179892;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.497;QD=20.7479;RBI=0.0118716;REFB=-0.0169823;REVB=-0.0117345;RO=43;SAF=20;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268594;STB=0.504852;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0120191;OID=.;OPOS=50686830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:43:45:46:46:0.505495:26:20:20:23:26:20:20:25 chr22 50687178 . C T 724.64 PASS AF=0.560976;AO=68;DP=119;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00640336;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.466;QD=23.5655;RBI=0.00902107;REFB=-0.0199369;REVB=0.00635426;RO=51;SAF=28;SAR=40;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782129;STB=0.551709;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0128789;OID=.;OPOS=50687178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:51:54:68:69:0.560976:40:28:26:25:40:29:29:25 chr22 50687328 . C A 374.84 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0298388;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1782;QD=20.8245;RBI=0.0557382;REFB=-0.0348845;REVB=0.0470786;RO=33;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12483;STB=0.55985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0326658;OID=.;OPOS=50687328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:33:34:38:38:0.527778:21:17:10:23:21:17:11:23 chr22 50687595 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0307993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6349;QD=12.4824;RBI=0.0543976;REFB=-0.00685348;REVB=0.0448387;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292487;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0113411;OID=.;OPOS=50687595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:16:19:11:12:0.387097:8:3:4:12:8:4:7:12 chr22 50688348 . A G 1007.03 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1159;QD=59.2371;RBI=0.0274262;REFB=0;REVB=-0.00973335;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230618;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr22 50693538 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.115;QD=37.4885;RBI=0.011296;REFB=0;REVB=-0.0110017;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32929e-05;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr22 50693554 . A G 165.21 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455666;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.455;QD=47.2022;RBI=0.079803;REFB=0;REVB=0.065515;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053725;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr22 50693558 . C T 46.06 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00909841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5056;QD=9.69612;RBI=0.0523452;REFB=-0.0180449;REVB=-0.0515484;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0333312;OID=.;OPOS=50693558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:13:12:6:7:0.368421:2:4:8:5:2:5:7:5 chr22 50693889 . G A 187.3 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0345453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6988;QD=14.6899;RBI=0.035369;REFB=-0.00630895;REVB=0.0075886;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305611;STB=0.675159;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00341838;OID=.;OPOS=50693889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:19:11:14:7:19:11 chr22 50694297 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.969;QD=56.1915;RBI=0.0257173;REFB=0;REVB=0.0172063;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105006;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr22 50695370 . G A 84.63 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0306888;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0797;QD=9.95608;RBI=0.0323306;REFB=-0.0291307;REVB=0.0101719;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246225;STB=0.636116;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0663839;OID=.;OPOS=50695370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:24:23:11:11:0.323529:4:7:10:14:4:7:10:13 chr22 50696662 . C T 154.25 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0628182;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.666;QD=20.567;RBI=0.0728665;REFB=-0.0203732;REVB=0.0369243;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.586715;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0257812;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:13:15:17:0.566667:12:3:4:9:14:3:4:9 chr22 50699668 . A G 473.76 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.073516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4617;QD=16.3364;RBI=0.074428;REFB=-0.033007;REVB=-0.0116159;RO=64;SAF=18;SAR=34;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303476;STB=0.669227;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0341017;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:34:18:42:22:34:18:42:22 chr22 50704661 . T C 191.59 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0217918;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.502;QD=21.2875;RBI=0.0652879;REFB=-0.00399654;REVB=-0.0615437;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187911;STB=0.605687;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00503769;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:11:6:11:8:11:6 chr22 50705059 . A G 352.43 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0171909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.99;QD=18.7962;RBI=0.018653;REFB=-0.00959065;REVB=0.00723924;RO=38;SAF=9;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204512;STB=0.602919;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00640091;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:38:35:37:0.493333:26:9:17:21:27:10:17:21 chr22 50705466 . A G 609.55 PASS AF=0.976744;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025292;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.385;QD=56.7019;RBI=0.0292617;REFB=-0.0577249;REVB=0.014716;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00184606;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:43:1:1:38:42:0.976744:22:16:1:0:25:17:1:0 chr22 50713866 . G C 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.3;QD=56.0105;RBI=0.0294194;REFB=-0.0765544;REVB=-0.0169083;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000991141;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:1:0 chr22 50716167 . G A 520.22 PASS AF=0.643836;AO=44;DP=70;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0344475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.581;QD=28.5051;RBI=0.0386068;REFB=-0.0461671;REVB=0.0174315;RO=26;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983128;STB=0.506937;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0264411;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:26:26:44:47:0.643836:18:26:15:11:19:28:15:11 chr22 50719251 . A G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00273033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.028;QD=13.0291;RBI=0.0350382;REFB=-0.000979054;REVB=-0.0349316;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106553;STB=0.556339;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00185002;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:46:29:29:0.386667:14:15:26:16:14:15:28:18 chr22 50720622 . C T 1311.98 PASS AF=0.518519;AO=122;DP=238;FAO=126;FDP=243;FR=.;FRO=117;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=0.0119919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4561;QD=21.5964;RBI=0.0527809;REFB=-0.01482;REVB=0.0514006;RO=115;SAF=51;SAR=71;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851773;STB=0.501213;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.014414;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:243:115:117:122:126:0.518519:71:51:47:68:74:52:48:69 chr22 50728062 . T C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0288411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.798;QD=11.2146;RBI=0.0290811;REFB=-0.0214174;REVB=0.00372864;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037005;STB=0.534715;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.042707;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:10:6:13:19:10:6:14:19 chr22 50750835 . G A 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.025682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6373;QD=48.6218;RBI=0.0258799;REFB=-0.0522814;REVB=-0.00319485;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00291785;OID=.;OPOS=50750835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr22 50754512 . C T 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274137;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.519;QD=57.7375;RBI=0.0409129;REFB=0;REVB=0.0303703;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194149;OID=.;OPOS=50754512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr22 50754648 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.351;QD=56.1907;RBI=0.0431719;REFB=0;REVB=0.0193528;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95461e-05;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:15:10:0:0:15:13:0:0 chr22 50757470 . T C 728.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.055;QD=63.3219;RBI=0.131194;REFB=0;REVB=0.0255053;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105776;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:25:21:0:0 chr22 50809687 . T C 191.58 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0238653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.119;QD=15.6392;RBI=0.0285079;REFB=-0.0112957;REVB=0.0155932;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870443;STB=0.561492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0140793;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:7:12:16:13:7:13:16:13 chr22 50877164 . GCG CGC,GC,GCC 446.76 PASS AF=0.03125,0,0.96875;AO=3,10,18;DP=32;FAO=1,0,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,16;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507044,0.0487764,0.0448321;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=120.884,147.82,154.112;QD=55.8452;RBI=0.0652026,0.0624499,0.0661103;REFB=0,0,0;REVB=0.0409932,0.0389982,0.0485866;RO=0;SAF=3,4,9;SAR=0,6,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0366686,-0.00403553,0.00650275;OID=.,.,.;OPOS=50877164,50877166,50877166;OREF=GCG,G,G;OALT=CGC,-,C;OMAPALT=CGC,GC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:32:32:0:0:3,10,18:1,0,31:0.03125,0,0.96875:0,6,9:3,4,9:0:0:0,0,15:1,0,16:0:0 chr22 50898026 . G A 975.65 PASS AF=0.485577;AO=101;DP=208;FAO=101;FDP=208;FR=.;FRO=107;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0277804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.433;QD=18.7625;RBI=0.0299235;REFB=-0.0276688;REVB=0.0111203;RO=107;SAF=54;SAR=47;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193325;STB=0.510648;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0287798;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:107:107:101:101:0.485577:47:54:55:52:47:54:55:52 chr22 50901009 . C T 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0169192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.539;QD=20.3419;RBI=0.0189197;REFB=-0.0176956;REVB=0.00846743;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134325;STB=0.574428;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0170717;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:16:21:14:20:16:21:14:20 chr22 50921148 . AACACTCGGGCCCCCGAAG A,AACACTCGGGCCCCGAAG 249.8 PASS AF=0.564103,0.205128;AO=21,8;DP=44;FAO=22,8;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=12,8;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00773525,-0.0595252;FXX=0.133304;HRUN=2,5;LEN=18,1;MLLD=294.73,15.6245;QD=25.6206;RBI=0.00773574,0.0735424;REFB=-0.00728972,-0.0950264;REVB=8.68885e-05,-0.0431883;RO=7;SAF=11,8;SAR=10,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0217704,0.778926;STB=0.502956,0.998085;STBP=0.972,0.022;TYPE=del,del;VARB=0.0103779,0.050475;OID=.,.;OPOS=50921149,50921158;OREF=ACACTCGGGCCCCCGAAG,C;OALT=-,-;OMAPALT=A,AACACTCGGGCCCCGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103,0.205128:21,8:44:22,8:39:9:12,8:10,0:5:4:37:7:11,8:10,0:4:3 chr22 50921694 . C T 193.93 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0123712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2376;QD=17.2381;RBI=0.0408616;REFB=-0.000691924;REVB=-0.0389438;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040977;STB=0.523341;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000374409;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:16:9:8:12:16:9 chr22 50923217 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.105;QD=56.953;RBI=0.0229602;REFB=0;REVB=0.00129312;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03889e-05;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr22 50924182 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.048848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.899;QD=17.8266;RBI=0.0545007;REFB=-0.0217857;REVB=0.0241703;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0127134;OID=.;OPOS=50924182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr22 50928026 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.023497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.238;QD=9.76018;RBI=0.0299292;REFB=0.00509111;REVB=0.0185378;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0055612;OID=.;OPOS=50928026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr22 50941865 . G T 99.84 PASS AF=0.219512;AO=15;DP=78;FAO=18;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0843599;FXX=0.0238067;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4085;QD=4.87003;RBI=0.0863765;REFB=-0.0594195;REVB=-0.0185555;RO=45;SAF=1;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620755;STB=0.925748;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.205035;OID=.;OPOS=50941865;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:78:82:45:62:15:18:0.219512:14:1:22:23:17:1:33:29 chr22 50941985 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0466;QD=58.5875;RBI=0.0704974;REFB=0;REVB=-0.040639;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147728;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr22 50944163 . G A 714.93 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.127;QD=60.8447;RBI=0.0457662;REFB=0.0353657;REVB=0.0100001;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-5.39089e-05;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:46:46:0.978723:19:27:0:0:19:27:0:1 chr22 50959434 . AGGG A,AG,AGG 336.53 PASS AF=0,0.975,0;AO=10,13,6;DP=41;FAO=0,39,0;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21,0;FSAR=0,18,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550041,0.0822491,0.156897;FXX=0.0243843;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=12.4732,19.3498,9.4814;QD=33.6527;RBI=0.190424,0.278236,0.545157;REFB=-0.0964976,-0.122779,-0.135312;REVB=-0.182307,-0.265801,-0.522092;RO=2;SAF=0,6,6;SAR=10,7,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.826059,-0.128919,0;STB=0.5,0.511622,0.5;STBP=1,0.516,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0191227,0.198605;OID=.,.,.;OPOS=50959435,50959435,50959435;OREF=GGG,GG,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=A,AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.975,0:10,13,6:41:0,39,0:40:1:0,21,0:0,18,0:1:0:3:2:0,6,6:10,7,0:2:0 chr22 50961169 . A G 160.98 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.139;QD=45.9939;RBI=0.122171;REFB=0;REVB=0.118273;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060675;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:1:10:0:0:4:10:0:0 chr22 50962208 . T G 1843.97 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269418;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.127;QD=60.9577;RBI=0.027968;REFB=0;REVB=0.00750678;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05931e-05;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:56:63:0:0:58:63:0:0 chr22 50962782 . C G 857.15 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1794;QD=56.2063;RBI=0.0430677;REFB=-0.0929402;REVB=-0.00794283;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207843;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:0:60:61:1:22:38:0:0:22:39:0:0 chr22 50988062 . G T 1587.92 PASS AF=0.941176;AO=110;DP=118;FAO=112;FDP=119;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0232372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4331;QD=53.3755;RBI=0.0281269;REFB=0.00560207;REVB=-0.0158479;RO=8;SAF=38;SAR=72;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900735;STB=0.541169;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000500454;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:118:119:8:7:110:112:0.941176:72:38:8:0:73:39:7:0 chr22 50988193 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.919;QD=46.8479;RBI=0.0316121;REFB=0;REVB=-0.0264471;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185666;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr22 50989326 . A G 293.95 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2075;QD=48.9924;RBI=0.116016;REFB=0.0218321;REVB=-0.110672;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00355226;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:1:0:7:16:1:0 chr22 51009953 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0196273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.924;QD=10.075;RBI=0.0219514;REFB=-0.0025742;REVB=-0.00983022;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343095;STB=0.706044;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00746415;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:4:10:3:5:4:10 chr22 51042513 . C CG 174.73 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.797;QD=46.5945;RBI=0.104171;REFB=0;REVB=0.0920387;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00075853;OID=.;OPOS=51042514;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:10:5:0:0:4:1:10:4:0:1 chr22 51043278 . G A 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0313546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.111;QD=59.1086;RBI=0.0706733;REFB=-0.0365907;REVB=0.0633372;RO=2;SAF=17;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521576;STB=0.527766;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00125705;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:30:17:2:0:30:17:2:0 chr22 51045190 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.664;QD=45.8068;RBI=0.0191023;REFB=0;REVB=0.00685435;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153812;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr22 51045433 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1447;QD=39.2067;RBI=0.0561099;REFB=0;REVB=-0.00763265;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223985;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 51064039 . G C 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0193681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1214;QD=12.7791;RBI=0.0210266;REFB=-0.0394736;REVB=-0.0081849;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0504189;OID=.;OPOS=51064039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:10:4:5:5:10:4 chr22 51065524 . C A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00291172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.652;QD=22.5856;RBI=0.00291172;REFB=-0.00141689;REVB=0;RO=6;SAF=11;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139902;OID=.;OPOS=51065524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:0:11:6:0:0:11:6:0 chr22 51117580 . T C 491.66 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00915403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.973;QD=15.86;RBI=0.00916217;REFB=-0.0105125;REVB=0.000385982;RO=70;SAF=23;SAR=31;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174489;STB=0.597532;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0136789;OID=.;OPOS=51117580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:31:23:42:28:31:23:42:28 chr22 51171497 . G A 1225.71 PASS AF=0.428184;AO=128;DP=376;FAO=158;FDP=369;FR=.;FRO=211;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=98;FSRR=113;FWDB=-0.00602016;FXX=0.0289466;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.959;QD=13.2868;RBI=0.0162399;REFB=-0.00580599;REVB=0.0150829;RO=177;SAF=56;SAR=72;SRF=81;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212208;STB=0.538383;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.010786;OID=.;OPOS=51171497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:369:177:211:128:158:0.428184:72:56:81:96:74:84:98:113 chr22 51176664 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.00335524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6222;QD=11.1978;RBI=0.0788453;REFB=-0.00426503;REVB=0.0787739;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625616;STB=0.536978;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0114526;OID=.;OPOS=51176664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:2:10:19:3:2:10:19:3 chr22 51183255 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.181;QD=37.4885;RBI=0.106405;REFB=0;REVB=0.0531132;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447477;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chrX 200860 . T C 1411.21 PASS AF=1;AO=69;DP=82;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000721971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.867;QD=62.7203;RBI=0.0668251;REFB=0;REVB=0.0668212;RO=0;SAF=54;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160392;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:90:0:0:69:90:1:15:54:0:0:36:54:0:0 chrX 207362 . C T 692.75 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00139785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.794;QD=22.9009;RBI=0.0066737;REFB=-0.0164465;REVB=0.00652566;RO=54;SAF=34;SAR=33;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362876;STB=0.519846;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0120076;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:54:67:67:0.553719:33:34:25:29:33:34:25:29 chrX 228879 . G C 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0419294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.485;QD=21.4484;RBI=0.0493184;REFB=-0.0199159;REVB=0.025966;RO=35;SAF=2;SAR=39;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725515;STB=0.90835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.017226;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:39:2:24:11:39:2:24:12 chrX 228892 . C A 116.04 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.107728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.116;QD=19.3405;RBI=0.108989;REFB=-0.104327;REVB=0.0165311;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443666;STB=0.822605;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0276004;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:24:10:11:13:13:0.541667:10:3:8:2:11:2:9:2 chrX 228934 . A G 198.67 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00830786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7284;QD=36.1217;RBI=0.059113;REFB=-0.0122931;REVB=-0.0585263;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383221;STB=0.521029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.000501159;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:2:2:11:7:2:2 chrX 228940 . A G 277.84 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0131549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.328;QD=41.1609;RBI=0.0330771;REFB=0.0297019;REVB=0.0303487;RO=4;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038497;STB=0.50209;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0841873;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:17:6:1:3:17:6:1:3 chrX 228976 . G C 391.88 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0392371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.174;QD=22.0776;RBI=0.0704849;REFB=-0.0984691;REVB=0.058554;RO=32;SAF=5;SAR=34;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144237;STB=0.580324;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0365868;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:34:5:7:25:34:5:7:25 chrX 229137 . A G 993.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.378;QD=58.42;RBI=0.0628378;REFB=0;REVB=0.0627904;RO=0;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256837;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:16:50:0:0:18:50:0:0 chrX 295132 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00202197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.351;QD=13.753;RBI=0.0188127;REFB=-0.00852858;REVB=-0.0187037;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127399;STB=0.574368;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.016456;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:11:12:6:9:11:12 chrX 295231 . A G 212.62 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00261496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.943;QD=14.9207;RBI=0.0168215;REFB=-0.00881557;REVB=-0.016617;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210912;STB=0.501423;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00780349;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:13:11:14:18:14:11:14:18 chrX 299362 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.889;QD=62.022;RBI=0.0223702;REFB=0;REVB=-0.00995756;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72669e-05;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chrX 299591 . A G 1896.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.815;QD=61.672;RBI=0.0260561;REFB=0;REVB=-0.0104755;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76035e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:55:68:0:0:55:68:0:0 chrX 305984 . G A 734.65 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1464;QD=62.5231;RBI=0.0899314;REFB=0;REVB=0.0190423;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124795;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:1:0:45:47:1:31:14:1:0:31:16:0:0 chrX 306056 . G A 481.51 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00466635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.476;QD=53.5009;RBI=0.0218467;REFB=-0.0955627;REVB=0.0213425;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.523796;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00165602;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:14:20:1:0:14:20:2:0 chrX 306152 . T G 355.81 PASS AF=1;AO=19;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.465;QD=54.7395;RBI=0.064647;REFB=0;REVB=0.0519606;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254992;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:19:26:1:9:10:0:0:12:14:0:0 chrX 322161 . A G 877.63 PASS AF=0.443925;AO=95;DP=215;FAO=95;FDP=214;FR=.;FRO=119;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=-0.00190908;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.547;QD=16.4042;RBI=0.0191768;REFB=-0.0145188;REVB=-0.0190816;RO=118;SAF=56;SAR=39;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222353;STB=0.510326;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0128764;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:118:119:95:95:0.443925:39:56:67:51:39:56:68:51 chrX 322193 . C T 1098.15 PASS AF=0.407895;AO=124;DP=306;FAO=124;FDP=304;FR=.;FRO=180;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=87;FSRR=93;FWDB=0.00366413;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.871;QD=14.4493;RBI=0.0045158;REFB=-0.0106675;REVB=-0.00263944;RO=178;SAF=72;SAR=52;SRF=87;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977128;STB=0.558041;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0175587;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:304:178:180:124:124:0.407895:52:72:87:91:52:72:87:93 chrX 610715 . C G 3858.84 PASS AF=1;AO=241;DP=244;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066287;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.912;QD=63.7825;RBI=0.00680264;REFB=0;REVB=0.00152846;RO=0;SAF=94;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97415e-06;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:242:0:0:241:242:1:147:94:0:0:147:95:0:0 chrX 1422868 . G A 4075.47 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310448;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.614;QD=62.2209;RBI=0.00581077;REFB=-0.0957466;REVB=0.00491195;RO=1;SAF=145;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172664;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:261:262:1:0:260:262:1:115:145:0:1:116:146:0:0 chrX 1460740 . A G 789.69 PASS AF=0.935484;AO=49;DP=61;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0397982;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.669;QD=50.9476;RBI=0.0430671;REFB=-0.138934;REVB=0.0164586;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539986;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000602452;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:62:0:4:49:58:0.935484:28:21:0:0:35:23:4:0 chrX 1531648 . C T 621.06 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0484222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5477;QD=15.6241;RBI=0.0503048;REFB=-0.0148552;REVB=0.013633;RO=88;SAF=38;SAR=31;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061935;STB=0.502764;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0203697;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:90:69:69:0.433962:31:38:49:39:31:38:50:40 chrX 1537002 . C G 1933.34 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2481;QD=61.867;RBI=0.0338896;REFB=0;REVB=0.0114855;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24022e-05;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:68:57:0:0:68:57:0:0 chrX 1537881 . C T 680.93 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=105;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0105009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.419;QD=25.94;RBI=0.0108791;REFB=-0.0178485;REVB=0.00284338;RO=41;SAF=36;SAR=28;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346608;STB=0.518828;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0117539;OID=.;OPOS=1537881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:41:41:64:64:0.609524:28:36:25:16:28:36:25:16 chrX 1546792 . G A 445.04 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294038;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2126;QD=57.425;RBI=0.046727;REFB=0;REVB=0.0363156;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164134;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chrX 1546876 . A G 731.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.25;QD=56.2846;RBI=0.0102169;REFB=0;REVB=0.00909862;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103603;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chrX 1553907 . G A 879.21 PASS AF=0.428571;AO=96;DP=224;FAO=96;FDP=224;FR=.;FRO=128;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=0.0100533;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.144;QD=15.7002;RBI=0.0113511;REFB=-0.00973411;REVB=0.0052706;RO=127;SAF=51;SAR=45;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841328;STB=0.548988;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0148282;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:127:128:96:96:0.428571:45:51:57:70:45:51:57:71 chrX 1554649 . T C 744.89 PASS AF=0.409091;AO=81;DP=198;FAO=81;FDP=198;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=-0.0410812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.892;QD=15.0483;RBI=0.0410866;REFB=-0.00544467;REVB=-0.000665977;RO=117;SAF=28;SAR=53;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349355;STB=0.519603;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00576592;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:117:117:81:81:0.409091:53:28:44:73:53:28:44:73 chrX 1554655 . T C 718.28 PASS AF=0.403061;AO=79;DP=196;FAO=79;FDP=196;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=0.0564496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8921;QD=14.6587;RBI=0.0677284;REFB=0.001525;REVB=-0.0374243;RO=109;SAF=27;SAR=52;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694144;STB=0.522422;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00186333;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:109:117:79:79:0.403061:52:27:44:65:52:27:44:73 chrX 1713021 . C T 670.59 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=68;FWDB=-0.0685031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0535;QD=15.4158;RBI=0.0692423;REFB=-0.0129173;REVB=-0.0100907;RO=99;SAF=32;SAR=42;SRF=31;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127377;STB=0.566993;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0169232;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:99:100:74:74:0.425287:42:32:31:68:42:32:32:68 chrX 1718360 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0277604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.579;QD=13.4415;RBI=0.036509;REFB=-0.0141205;REVB=-0.0237121;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133539;STB=0.578788;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0105978;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:6:7:4:6:6:7 chrX 1718400 . G A 156.61 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0333088;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.555;QD=21.6016;RBI=0.0865229;REFB=-0.065695;REVB=0.0798545;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511614;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0599082;OID=.;OPOS=1718400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:13:16:16:0.551724:4:12:9:3:4:12:10:3 chrX 1719897 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00640887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.815;QD=17.3782;RBI=0.00768783;REFB=-0.0189931;REVB=0.00424608;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0192361;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chrX 1720027 . C T 239.28 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00323753;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.054;QD=18.0588;RBI=0.0133869;REFB=-0.0259532;REVB=0.0129896;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36614;STB=0.695201;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0180793;OID=.;OPOS=1720027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:27:26:26:0.490566:17:9:20:6:17:9:20:7 chrX 1755404 . C T 391.91 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0127673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0826;QD=13.5141;RBI=0.0137269;REFB=-1.87383e-05;REVB=-0.00504214;RO=70;SAF=21;SAR=25;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616525;STB=0.534895;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000179248;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:25:21:36:34:25:21:36:34 chrX 2139186 . C T 2389.47 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.878;QD=64.147;RBI=0.0397733;REFB=0;REVB=0.0196187;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49317e-05;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:69:80:0:0:69:80:0:0 chrX 2139200 . T C 2049.32 PASS AF=0.985185;AO=131;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0096404;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.788;QD=60.7207;RBI=0.0101315;REFB=-0.0768011;REVB=-0.00311596;RO=2;SAF=66;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141828;STB=0.507352;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00120576;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:131:133:0.985185:65:66:2:0:66:67:2:0 chrX 2407207 . G A 726.52 PASS AF=0.445714;AO=78;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.00602281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.909;QD=16.6062;RBI=0.0165524;REFB=-0.0118918;REVB=0.0154178;RO=97;SAF=39;SAR=39;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12868;STB=0.571411;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0215235;OID=.;OPOS=2407207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:97:97:78:78:0.445714:39:39:36:61:39:39:36:61 chrX 2609983 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0111189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6968;QD=12.8683;RBI=0.0214678;REFB=-0.0282715;REVB=0.018364;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0163917;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:7:9:6:5:7:9 chrX 2644302 . C T 379.43 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00417689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.409;QD=19.2117;RBI=0.00824363;REFB=-0.0190802;REVB=-0.00710711;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354538;STB=0.518846;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0190288;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:40:39:39:0.493671:19:20:21:17:19:20:22:18 chrX 2645366 . G C 1699.68 PASS AF=0.484241;AO=168;DP=347;FAO=169;FDP=349;FR=.;FRO=180;FSAF=78;FSAR=91;FSRF=72;FSRR=108;FWDB=0.00263109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.272;QD=19.4806;RBI=0.0215054;REFB=-0.00878094;REVB=-0.0213438;RO=179;SAF=78;SAR=90;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588785;STB=0.532082;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00902825;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:349:179:180:168:169:0.484241:90:78:72:107:91:78:72:108 chrX 2715425 . A G 204.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.959;QD=48.0199;RBI=0.103872;REFB=0;REVB=0.103844;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015553;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chrX 2724760 . T C 648.27 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.61;QD=61.7399;RBI=0.0588651;REFB=0;REVB=0.0572968;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359027;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:26:10:0:0:32:10:0:0 chrX 2748253 . G C 1135.75 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.066;QD=60.5733;RBI=0.05885;REFB=0;REVB=0.0309914;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186919;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:46:28:0:0:46:29:0:0 chrX 2777985 . C T 2087.16 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550586;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.171;QD=62.7716;RBI=0.0102686;REFB=0;REVB=0.00866774;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2426e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:79:54:0:0:79:54:0:0 chrX 2779570 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0837;QD=62.9077;RBI=0.0109087;REFB=0;REVB=0.00116002;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84583e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:47:43:0:0 chrX 2832668 . A G 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0154785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.713;QD=10.103;RBI=0.0172057;REFB=0.00308468;REVB=-0.00751356;RO=38;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503905;STB=0.540944;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0080479;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:14:6:10:28:14:6:10:30 chrX 2832696 . T C 210.34 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0107048;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.549;QD=11.5253;RBI=0.0113036;REFB=-0.0126363;REVB=0.00363024;RO=47;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103356;STB=0.505987;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0227923;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:19:7:13:34:19:7:13:34 chrX 2832708 . G T 267.15 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.000527613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.247;QD=13.5264;RBI=0.0113301;REFB=-0.00616795;REVB=-0.0113178;RO=48;SAF=8;SAR=23;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411896;STB=0.523431;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.011616;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:23:8:11:37:23:8:11:37 chrX 2832715 . T C 267.84 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0427198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8645;QD=13.7354;RBI=0.0428806;REFB=-0.00249282;REVB=0.00370934;RO=47;SAF=8;SAR=22;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015632;STB=0.502163;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00496846;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:30:31:0.397436:22:8:12:35:23:8:12:35 chrX 2832742 . G C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1837;QD=63.052;RBI=0.0264348;REFB=0;REVB=-0.0154052;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89003e-05;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:63:28:0:0:63:28:0:0 chrX 2832771 . C T 401.38 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0100101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.776;QD=16.3827;RBI=0.0116861;REFB=0.00263903;REVB=-0.00603022;RO=56;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605486;STB=0.533965;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0033168;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:27:15:17:39:27:15:17:39 chrX 2832787 . A G 375.41 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00752471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.827;QD=15.8068;RBI=0.00828397;REFB=-0.0199218;REVB=0.00346452;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149271;STB=0.583744;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0244347;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:22:18:17:38:22:18:17:38 chrX 2833605 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0188866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.162;QD=20.2744;RBI=0.0233579;REFB=-0.0210038;REVB=-0.0137437;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167399;STB=0.509426;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0160017;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:14:10:10:13:14:10 chrX 2833628 . A C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0119428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.61;QD=21.227;RBI=0.0130213;REFB=-0.0182449;REVB=-0.00518884;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241382;STB=0.50134;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169026;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:14:10:12:17:14:10 chrX 2833631 . A G 260.05 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0123071;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.84;QD=19.6267;RBI=0.0128901;REFB=-0.0375673;REVB=0.00383282;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629878;STB=0.52306;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0061489;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:27:28:0.528302:10:17:14:11:11:17:14:11 chrX 2833638 . C T 276.8 PASS AF=0.56;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0346395;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.454;QD=22.1441;RBI=0.0360739;REFB=-0.00796674;REVB=-0.0100712;RO=21;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10345;STB=0.568265;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0158101;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:21:22:28:28:0.56:11:17:10:11:11:17:10:12 chrX 2833643 . C A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00569554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.471;QD=22.3224;RBI=0.00760602;REFB=-0.0139567;REVB=0.00504107;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629713;STB=0.53486;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00950671;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:12:18:12:11:12:18:12:11 chrX 2835863 . G T 680.38 PASS AF=0.386473;AO=80;DP=207;FAO=80;FDP=207;FR=.;FRO=127;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.00583336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.445;QD=13.1475;RBI=0.00617273;REFB=-0.000703208;REVB=-0.00201854;RO=126;SAF=36;SAR=44;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630401;STB=0.533196;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00109985;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:126:127:80:80:0.386473:44:36:64:62:44:36:64:63 chrX 2835964 . G A 739.21 PASS AF=0.496732;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0189694;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0581;QD=19.3258;RBI=0.0189772;REFB=-0.0047013;REVB=0.000546301;RO=67;SAF=38;SAR=37;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891586;STB=0.58147;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0120107;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:67:77:75:76:0.496732:37:38:27:40:37:39:27:50 chrX 2835985 . G A 457.11 PASS AF=0.534483;AO=58;DP=112;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.193057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0547;QD=15.7625;RBI=0.207679;REFB=-0.0981895;REVB=0.0765479;RO=47;SAF=29;SAR=29;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113087;STB=0.553056;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.129188;OID=.;OPOS=2835985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:47:54:58:62:0.534483:29:29:17:30:32:30:20:34 chrX 2835989 . A C 514.33 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00344524;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.735;QD=18.7028;RBI=0.0150465;REFB=-0.00615008;REVB=-0.0146468;RO=56;SAF=28;SAR=25;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157869;STB=0.58174;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00552432;OID=.;OPOS=2835989;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:56:53:54:0.490909:25:28:20:36:26:28:20:36 chrX 2835993 . G A 492.76 PASS AF=0.494845;AO=49;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0169905;FXX=0.029997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9882;QD=20.3199;RBI=0.0218923;REFB=0.0017106;REVB=-0.0138056;RO=47;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206954;STB=0.598659;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00129857;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:49:49:48:0.494845:24:25:13:34:25:23:14:35 chrX 2835995 . C A 266.55 PASS AF=0.445783;AO=47;DP=94;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0819268;FXX=0.153046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.126;QD=12.8456;RBI=0.0819447;REFB=-0.0085639;REVB=-0.00171093;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203762;STB=0.711465;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0353673;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:83:46:46:47:37:0.445783:23:24:13:33:12:25:13:33 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C 335.99 PASS AF=0.621212;AO=38;DP=71;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00881219;FXX=0.0833218;HRUN=3;LEN=9;MLLD=267.829;QD=20.363;RBI=0.0093042;REFB=-0.0108544;REVB=0.00298555;RO=27;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117524;STB=0.590565;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=0.0106973;OID=.;OPOS=2835999;OREF=CCACGCCGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621212:38:71:41:66:25:23:18:8:17:99:27:20:18:10:17 chrX 2836041 . A T 387.24 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0087369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.706;QD=23.8304;RBI=0.00908273;REFB=-0.0150012;REVB=0.00248247;RO=27;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956516;STB=0.552582;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0144904;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:15:23:13:14:15:23:13:14 chrX 2836047 . C T 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0151284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.669;QD=24.336;RBI=0.0161133;REFB=-0.00629035;REVB=-0.00554722;RO=26;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143841;STB=0.578906;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00552595;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:16:22:10:16:16:22:10:16 chrX 2836060 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00467065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.55;QD=22.5343;RBI=0.0131559;REFB=-0.000201898;REVB=-0.0122989;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887484;STB=0.548967;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=8.41636e-05;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:10:14:15:17:10:14 chrX 2836084 . C G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00769697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.593;QD=18.3009;RBI=0.0189618;REFB=-0.0188697;REVB=-0.0173293;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297829;STB=0.669683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100842;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:9:14:6:14:9:14 chrX 2836138 . G A 97.1 PASS AF=0.3;AO=8;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0092222;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.548;QD=9.71021;RBI=0.0322368;REFB=-0.00598852;REVB=-0.0308895;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530842;STB=0.630935;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00360679;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:41:40:20:28:8:12:0.3:1:7:9:11:5:7:11:17 chrX 2836181 . A T 146.82 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00238259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.014;QD=9.32212;RBI=0.00721207;REFB=-0.0266754;REVB=-0.00680714;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079161;STB=0.561228;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0486699;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:43:19:20:0.31746:11:8:21:22:12:8:21:22 chrX 2836184 . C T 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00758818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.771;QD=9.85655;RBI=0.0174454;REFB=-0.0215033;REVB=-0.0157086;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739046;STB=0.54358;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0266374;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:12:8:19:22:12:8:19:22 chrX 2836211 . A T 151.69 PASS AF=0.327273;AO=13;DP=51;FAO=18;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000279913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.924;QD=11.0323;RBI=0.0225004;REFB=-0.00522762;REVB=0.0224986;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449609;STB=0.546384;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0142546;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:32:35:13:18:0.327273:6:7:16:16:11:7:16:19 chrX 2836238 . G A 147.29 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0385756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6863;QD=12.2745;RBI=0.0394131;REFB=-0.00344356;REVB=0.00808208;RO=31;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380701;STB=0.680212;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0101897;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:31:16:17:0.354167:13:3:15:16:13:4:15:16 chrX 2852951 . G A 1268.14 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283279;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.174;QD=61.8605;RBI=0.0284023;REFB=0;REVB=-0.00205442;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93641e-05;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chrX 2856155 . C T 673.9 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458449;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.165;QD=62.6881;RBI=0.0359252;REFB=0;REVB=-0.0356315;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202992;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chrX 2942109 . T C 1012.1 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6172;QD=57.8343;RBI=0.0305878;REFB=-0.106438;REVB=-0.0170336;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00225034;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:0:1:39:30:0:1 chrX 3002687 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000943534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.829;QD=37.4885;RBI=0.036668;REFB=0;REVB=-0.0366559;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030709;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chrX 3228411 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000768226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.51;QD=56.1915;RBI=0.0170579;REFB=0;REVB=-0.0170406;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54153e-05;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chrX 3228891 . A G 783.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.731;QD=63.9991;RBI=0.017567;REFB=0;REVB=-0.0131439;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09643e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chrX 3235724 . C T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.256;QD=64.0214;RBI=0.0025643;REFB=0;REVB=0.0022224;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68465e-06;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chrX 3238167 . T G 1572.59 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0025457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.705;QD=58.7883;RBI=0.0401106;REFB=-0.10921;REVB=0.0400298;RO=1;SAF=32;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654592;STB=0.503355;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000112817;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:1:1:104:106:0.990654:72:32:0:1:74:32:0:1 chrX 3238733 . G A 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3387;QD=59.4912;RBI=0.0588338;REFB=0;REVB=0.0347448;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890851;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chrX 3239545 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.714;QD=62.9797;RBI=0.0507397;REFB=0;REVB=-0.0168351;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372199;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chrX 3240343 . G A 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.934;QD=56.9962;RBI=0.0425954;REFB=0;REVB=-0.0107133;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018518;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chrX 3241050 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.086;QD=57.0006;RBI=0.00495646;REFB=0;REVB=0.00285925;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32641e-06;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chrX 3241255 . AT AC,CA 350.88 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965445,0.0517783;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=62.5364,17.8401;QD=53.981;RBI=0.100956,0.0520785;REFB=0,0;REVB=0.0295176,0.00558312;RO=0;SAF=15,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00601186,0.187791;OID=.,.;OPOS=3241256,3241255;OREF=T,AT;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:9,0:15,2:0:0:9,0:15,2:0:0 chrX 3241284 . A G 390.88 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.712;QD=55.84;RBI=0.0374692;REFB=0;REVB=0.0351757;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102296;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:11:17:0:0 chrX 3241317 . T C,G 746.78 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=43,3;DP=46;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659502,-0.00525557;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.3154,41.4366;QD=62.2317;RBI=0.0178034,0.0605257;REFB=0,0;REVB=0.0165369,-0.0602971;RO=0;SAF=18,2;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00654612,0.121998;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:48:0:0:43,3:47,1:0.979167,0.0208333:25,1:18,2:0:0:26,1:21,0:0:0 chrX 3241791 . G A 769.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.44;QD=56.9707;RBI=0.0152693;REFB=0;REVB=0.00197816;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39321e-05;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:23:31:0:0 chrX 3261847 . G C 62.25 PASS AF=0.192308;AO=11;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00516066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.309;QD=4.78836;RBI=0.0189706;REFB=0.00132163;REVB=-0.0182552;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211832;STB=0.5998;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0172072;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:52:52:41:42:11:10:0.192308:4:7:19:22:4:6:20:22 chrX 3592725 . G A 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.389;QD=59.8935;RBI=0.0321744;REFB=-0.0561338;REVB=0.0303802;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919411;STB=0.504853;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000355693;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:51:29:0:1:51:29:0:1 chrX 3977734 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.679;QD=56.9569;RBI=0.0246217;REFB=0;REVB=-0.00143736;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3632e-05;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chrX 5810088 . GTA G,GTG 349.06 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=3,20;DP=26;FAO=4,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=4,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196917,0.0793645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=70.5751,125.419;QD=53.701;RBI=0.0409239,0.120663;REFB=0,0;REVB=-0.0358749,0.0908889;RO=0;SAF=0,5;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000301315,0.0112606;OID=.,.;OPOS=5810089,5810090;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:3,20:26:4,22:26:0:0,6:4,16:0:0:20:0:0,5:3,15:0:0 chrX 8138080 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.619;QD=51.9167;RBI=0.0182139;REFB=0;REVB=-0.0161847;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119326;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chrX 8138160 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2874;QD=45.8066;RBI=0.0630201;REFB=0;REVB=-0.0102009;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0035006;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 8138165 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.316;QD=43.4861;RBI=0.024884;REFB=0;REVB=-0.0167379;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000901446;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chrX 8138170 . CT GC 87.32 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966478;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.446;QD=31.7524;RBI=0.153404;REFB=0;REVB=0.11913;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0130268;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chrX 8138181 . CA C,CG 105.62 PASS AF=0.9,0.1;AO=5,4;DP=11;FAO=9,1;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201908,-0.0214771;FXX=0.0908265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.438,210.443;QD=42.2477;RBI=0.0209712,0.123995;REFB=0,0;REVB=0.00566796,-0.12212;RO=0;SAF=5,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00273518,0.0154089;OID=.,.;OPOS=8138182,8138182;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:5,4:11:9,1:10:0:6,1:3,0:0:0:8:0:5,2:0,2:0:0 chrX 9370301 . T G,TATAG 793.44 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=40,49;DP=123;FAO=4,104;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=1,53;FSAR=3,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333825,4.93289e-05;FXX=0.0847386;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=106.485,74.2935;QD=29.3867;RBI=0.138855,0.101745;REFB=0,0;REVB=0.134783,0.101745;RO=30;SAF=14,24;SAR=26,25;SRF=27;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.410587,-0.286321;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0916823,0.00779378;OID=.,.;OPOS=9370301,9370302;OREF=T,-;OALT=G,ATAG;OMAPALT=G,TATAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:123:108:30:0:40,49:4,104:0.037037,0.962963:26,25:14,24:27:3:3,51:1,53:0:0 chrX 9684778 . G A 1324.62 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747512;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7332;QD=62.335;RBI=0.0141829;REFB=0;REVB=0.0120531;RO=0;SAF=24;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38955e-05;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:60:24:0:0:61:24:0:0 chrX 9842669 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3354;QD=54.5172;RBI=0.0500674;REFB=0;REVB=-0.0469825;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515936;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chrX 9859098 . A G 2983.58 PASS AF=1;AO=188;DP=189;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697703;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9273;QD=63.4805;RBI=0.0127504;REFB=0;REVB=-0.0106721;RO=0;SAF=77;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77783e-05;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:188:0:0:188:188:1:111:77:0:0:111:77:0:0 chrX 9863112 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.961;QD=64.1511;RBI=0.0388616;REFB=0;REVB=-0.00804282;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102537;OID=.;OPOS=9863112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:28:13:0:0:32:17:0:0 chrX 9863374 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=365.247;QD=60.2307;RBI=0.0186987;REFB=0;REVB=0.000659657;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.038e-05;OID=.;OPOS=9863374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chrX 9935526 . G C,T 910.81 PASS AF=0.0447761,0.925373;AO=3,62;DP=67;FAO=3,62;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=3,22;FSAR=0,40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00885281,0.054861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.016,57.429;QD=54.3766;RBI=0.0233154,0.0559477;REFB=-0.0667952,-0.146996;REVB=-0.0215694,0.0109732;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994603,0.504938;STBP=0.221,0.79;TYPE=snp,snp;VARB=0.152116,0.0015041;OID=.,.;OPOS=9935526,9935526;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:67:67:0:2:3,62:3,62:0.0447761,0.925373:0,40:3,22:0:0:0,40:3,22:1:1 chrX 9935844 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194396;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.033;QD=60.6308;RBI=0.0505014;REFB=0;REVB=0.04661;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322603;OID=.;OPOS=9935844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chrX 10085674 . T C 132.81 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153255;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.815;QD=44.2703;RBI=0.0480811;REFB=0;REVB=0.0455732;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197958;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chrX 10202343 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.22;QD=51.1846;RBI=0.0263955;REFB=0;REVB=-0.0251327;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452531;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chrX 12725701 . C G 2056.71 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.125;QD=62.3245;RBI=0.0186841;REFB=0;REVB=0.0180729;RO=0;SAF=54;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0762e-05;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:77:54:0:0:78:54:0:0 chrX 12924826 . A G 884.1 PASS AF=0.969697;AO=62;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00433915;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.126;QD=53.5817;RBI=0.00441411;REFB=-0.120528;REVB=0.000810001;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012264;STB=0.512191;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00243471;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:62:64:0.969697:38:24:0:1:40:24:0:2 chrX 12937513 . C T 188.64 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000716444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.064;QD=47.1613;RBI=0.0126193;REFB=0;REVB=0.0125989;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352675;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chrX 12937804 . C T 1659.41 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.167;QD=60.3423;RBI=0.0284454;REFB=0;REVB=0.0125522;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31655e-05;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:50:60:0:0:50:60:0:0 chrX 12939112 . G C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2166;QD=59.8553;RBI=0.0637074;REFB=0;REVB=0.00466721;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561866;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chrX 12939412 . C A 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.542;QD=51.8942;RBI=0.0341983;REFB=0;REVB=0.000580305;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142982;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chrX 12939928 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.516;QD=42.1826;RBI=0.035913;REFB=0;REVB=0.0356876;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023793;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chrX 13337059 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.786;QD=63.8719;RBI=0.0259319;REFB=0;REVB=-0.0107788;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019586;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chrX 13681115 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.303;QD=61.3361;RBI=0.0182796;REFB=0;REVB=-0.0140285;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165937;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chrX 13681638 . C T 917.11 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.936;QD=56.4377;RBI=0.0170361;REFB=-0.134332;REVB=-0.0131091;RO=1;SAF=40;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116608;STB=0.506022;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00247991;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:23:40:1:0:23:41:1:0 chrX 13681679 . G T 770.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9071;QD=55.0404;RBI=0.0406698;REFB=-0.0831585;REVB=-0.030246;RO=1;SAF=35;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132799;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0103472;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:20:35:1:0:20:35:1:0 chrX 13682066 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4039;QD=61.3361;RBI=0.0528726;REFB=0;REVB=0.0106214;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497212;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chrX 13682577 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.834;QD=56.1915;RBI=0.0282075;REFB=0;REVB=0.0176609;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33887e-05;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chrX 13682715 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.975;QD=40.7626;RBI=0.0661004;REFB=0;REVB=-0.0647987;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00477601;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 13683170 . G A 3105.59 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.132;QD=61.8027;RBI=0.00220556;REFB=0;REVB=0.00179332;RO=0;SAF=100;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12358e-07;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:101:100:0:0:101:100:0:0 chrX 13684432 . T A 3595.94 PASS AF=0.991379;AO=230;DP=232;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0087085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.612;QD=61.999;RBI=0.0140307;REFB=-0.0668937;REVB=0.0110011;RO=0;SAF=107;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22092e-08;STB=0.504629;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=9.65665e-05;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:232:232:0:2:230:230:0.991379:123:107:0:0:123:107:2:0 chrX 13758375 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.889;QD=52.6103;RBI=0.0383136;REFB=0;REVB=0.0354385;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212629;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chrX 13771576 . A G 1051.93 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.0976;QD=50.6954;RBI=0.191782;REFB=0;REVB=0.173237;RO=2;SAF=48;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138666;OID=.;OPOS=13771576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:83:2:0:67:83:1:19:48:1:1:29:54:0:0 chrX 13789349 . T G 444.93 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.449;QD=57.41;RBI=0.0508063;REFB=0;REVB=0.0380543;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159383;OID=.;OPOS=13789349;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:27:31:1:9:18:0:0:11:20:0:0 chrX 15415583 . C T 1572.44 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0528826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.887;QD=62.8975;RBI=0.068229;REFB=0.099284;REVB=0.0431119;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886635;STB=0.504672;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00558395;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:46:53:1:0:46:53:1:0 chrX 15800751 . G A 1277.53 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.637;QD=61.5679;RBI=0.0789992;REFB=0;REVB=0.0785893;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74726e-05;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:34:44:0:0:39:44:0:0 chrX 15845010 . T C 322.14 PASS AF=1;AO=2;DP=53;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868344;FXX=0.142832;HRUN=15;LEN=1;MLLD=7.84013;QD=26.8451;RBI=0.152809;REFB=0;REVB=-0.12574;RO=5;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00843675;OID=.;OPOS=15845010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:48:5:0:2:48:1:0:2:5:0:0:48:0:0 chrX 16859628 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.807;QD=63.3368;RBI=0.0192672;REFB=0;REVB=0.010416;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6772e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chrX 16860134 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8811;QD=47.8224;RBI=0.0293342;REFB=0;REVB=0.0291942;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997083;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chrX 17166219 . C T 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.962;QD=57.1015;RBI=0.0351462;REFB=0;REVB=0.0276877;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10334e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chrX 17705850 . C CT 1524.99 PASS AF=1;AO=126;DP=136;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281328;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7541;QD=46.5647;RBI=0.0959383;REFB=0;REVB=0.0917208;RO=4;SAF=65;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0014362;OID=.;OPOS=17705851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:126:136:131:131:0:65:66:0:0:28:4:65:61:3:1 chrX 17746244 . T C 3656.66 PASS AF=0.987342;AO=234;DP=237;FAO=234;FDP=237;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0226306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3193;QD=61.7157;RBI=0.0226525;REFB=0.027592;REVB=-0.00099523;RO=3;SAF=109;SAR=125;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00486591;STB=0.502553;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000178509;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:237:237:3:3:234:234:0.987342:125:109:2:1:125:109:2:1 chrX 17772589 . C T 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.303;QD=63.8871;RBI=0.0131469;REFB=0;REVB=0.00103991;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12973e-05;OID=.;OPOS=17772589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chrX 19041592 . C T 2373.51 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031147;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.743;QD=64.1489;RBI=0.0355235;REFB=0;REVB=0.0170816;RO=0;SAF=59;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60951e-05;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:147:148:1:88:59:0:0:88:60:0:0 chrX 19389184 . TAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT 203.77 PASS AF=0.0555556,0.777778,0.166667;AO=10,6,4;DP=48;FAO=2,28,6;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,5;FSAR=2,27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284335,0.0340715,0.0142571;FXX=0.249948;HRUN=14,14,14;LEN=1,2,1;MLLD=4.91314,8.77712,220.702;QD=22.6411;RBI=0.407655,0.212537,0.0253;REFB=-0.0311335,-0.049117,-0.0265207;REVB=0.406662,0.209788,0.0209003;RO=10;SAF=0,0,4;SAR=10,6,0;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.836524;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00526222,0.138742,-0.044934;OID=.,.,.;OPOS=19389185,19389185,19389196;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0555556,0.777778,0.166667:10,6,4:48:2,28,6:36:0:0,1,5:2,27,1:0:0:39:10:0,0,4:10,6,0:0:10 chrX 19482476 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.439;QD=51.9167;RBI=0.096352;REFB=0;REVB=0.00988552;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178547;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 21508666 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0985793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4056;QD=58.1414;RBI=0.109109;REFB=0;REVB=0.0467633;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000933817;OID=.;OPOS=21508666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chrX 23858452 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7692;QD=62.3142;RBI=0.0666794;REFB=0;REVB=-0.0244347;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031411;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chrX 23925834 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.152;QD=57.0006;RBI=0.0514235;REFB=0;REVB=0.0392584;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307698;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chrX 24073761 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.034;QD=60.9785;RBI=0.0212796;REFB=0;REVB=0.0197603;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22064e-05;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chrX 24232095 . C T 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.957;QD=62.6714;RBI=0.0153717;REFB=0;REVB=0.00637134;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38823e-05;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:72:61:0:0:72:61:0:0 chrX 24330316 . CT C 30.28 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0477666;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.94901;QD=5.76673;RBI=0.0527047;REFB=-0.102088;REVB=0.0222742;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0.302326;SSEP=0;SSSB=-0.353742;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.127559;OID=.;OPOS=24330317;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:21:10:21:11:4:6:7:4:30:8:4:6:7:1 chrX 24381387 . G C 428.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.138;QD=57.0939;RBI=0.0204482;REFB=0;REVB=0.0130721;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248254;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chrX 24381409 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6288;QD=57.2022;RBI=0.0505402;REFB=0;REVB=0.0208595;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000562861;OID=.;OPOS=24381409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chrX 24578803 . C T 708.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1731;QD=62.9474;RBI=0.0264341;REFB=0;REVB=0.0260544;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258096;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chrX 24751958 . T C 1488.34 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00812058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.265;QD=58.3662;RBI=0.0295907;REFB=0.0733807;REVB=0.0284547;RO=1;SAF=33;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141557;STB=0.507461;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=3.50847e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:102:1:1:99:101:0.990196:66:33:1:0:68:33:1:0 chrX 25014409 . T G 902.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.843;QD=58.2324;RBI=0.0346014;REFB=0;REVB=-0.00499546;RO=0;SAF=14;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4586e-05;OID=.;OPOS=25014409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:48:14:0:0:48:14:0:0 chrX 26157220 . C T 1520.8 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00813161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.51;QD=61.4467;RBI=0.00831045;REFB=-0.0869413;REVB=-0.00171478;RO=2;SAF=65;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014369;STB=0.507574;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00027359;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:32:65:2:0:32:65:2:0 chrX 26157792 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.77;QD=57.0001;RBI=0.0432839;REFB=0;REVB=0.00942605;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229153;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chrX 26212251 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2211;QD=30.7903;RBI=0.0765794;REFB=0.016634;REVB=-0.0737404;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00661852;OID=.;OPOS=26212251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chrX 26212256 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0168867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.222;QD=30.7925;RBI=0.0382891;REFB=-0.154493;REVB=-0.0343641;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0114282;OID=.;OPOS=26212256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chrX 26212262 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8397;QD=30.7903;RBI=0.0613129;REFB=0.0649077;REVB=-0.0396767;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00722177;OID=.;OPOS=26212262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:0:1:7:8:0.888889:2:5:0:0:3:5:0:1 chrX 26212316 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0308195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5392;QD=16.1978;RBI=0.0346659;REFB=-0.0290882;REVB=-0.0158707;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0149622;OID=.;OPOS=26212316;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chrX 26212324 . GGC TAT 46.9 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000959545;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.059;QD=23.4514;RBI=0.0484842;REFB=0.00389802;REVB=0.0484747;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=mnp;VARB=-0.000351448;OID=.;OPOS=26212324;OREF=GGC;OALT=TAT;OMAPALT=TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chrX 26212334 . AT CC 76.43 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0255409;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.839;QD=25.4755;RBI=0.0367028;REFB=-0.0565437;REVB=0.0263583;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=mnp;VARB=0.0152111;OID=.;OPOS=26212334;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chrX 26213219 . T C 411.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.753;QD=56.7224;RBI=0.129821;REFB=0;REVB=0.0226092;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129958;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chrX 26213364 . T C,TTGTC,TTTGTC 435.34 PASS AF=0,0,1;AO=8,6,20;DP=37;FAO=0,0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375727,0.00801676,-0.0125554;FXX=0.216158;HRUN=4,4,4;LEN=1,4,5;MLLD=146.473,198.073,213.125;QD=60.047;RBI=0.0611205,0.0442859,0.0510978;REFB=0,0,0;REVB=0.048208,0.0435542,0.0495313;RO=0;SAF=8,0,10;SAR=0,6,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0,0.00250216;OID=.,.,.;OPOS=26213364,26213365,26213365;OREF=T,-,-;OALT=C,TGTC,TTGTC;OMAPALT=C,TTGTC,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:37:29:0:0:8,6,20:0,0,29:0,0,1:0,6,10:8,0,10:0:0:0,0,16:0,0,13:0:0 chrX 27479339 . A G 659.86 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01731;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.064;QD=59.9873;RBI=0.0192904;REFB=-0.0515682;REVB=0.00851384;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533317;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000549131;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:36:7:0:0:36:7:1:0 chrX 27839572 . T C 1654.59 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0431144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7413;QD=58.0557;RBI=0.0879021;REFB=-0.162142;REVB=-0.0766024;RO=1;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724901;STB=0.507574;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00202465;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:65:47:0:1:65:47:0:2 chrX 27839617 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.661;QD=62.0082;RBI=0.0173118;REFB=0;REVB=0.0140378;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28249e-05;OID=.;OPOS=27839617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chrX 27999146 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9764;QD=35.5758;RBI=0.0831841;REFB=0;REVB=0.069409;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010926;OID=.;OPOS=27999146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 30269887 . T A 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.227;QD=62.9059;RBI=0.0130962;REFB=0;REVB=0.0120191;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32193e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chrX 30323916 . T G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0665;QD=55.647;RBI=0.0146963;REFB=0;REVB=0.0061677;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159828;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chrX 30577846 . A C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.356;QD=58.9624;RBI=0.0179746;REFB=0;REVB=0.0103867;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62883e-05;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chrX 30715827 . C T 929.3 PASS AF=0.970149;AO=66;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00709252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.021;QD=55.4806;RBI=0.00717829;REFB=0.045005;REVB=0.00110633;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.502597;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0013659;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:66:65:0.970149:27:39:0:1:27:38:1:1 chrX 30849176 . G A 846.18 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.726;QD=57.3678;RBI=0.0240353;REFB=0;REVB=-0.0231887;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10409e-05;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:33:26:0:0 chrX 30872602 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.823;QD=56.9331;RBI=0.0214321;REFB=0;REVB=0.0202164;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25561e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chrX 31496350 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.722;QD=60.9786;RBI=0.0460187;REFB=0;REVB=0.00565691;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48701e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chrX 32380996 . C T 1476.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165135;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2814;QD=63.5066;RBI=0.0148749;REFB=0;REVB=0.0147829;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157598;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chrX 32503193 . AT A,AC 696.52 PASS AF=1,0;AO=5,39;DP=45;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.177785,-0.225128;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.535,88.0685;QD=63.3198;RBI=0.177853,0.267326;REFB=0,0;REVB=0.00492527,-0.144155;RO=0;SAF=0,21;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.34792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00180888,0.0644722;OID=.,.;OPOS=32503194,32503194;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,39:45:44,0:44:0:21,0:23,0:0:0:4:0:0,21:5,18:0:0 chrX 34149267 . C A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000787652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.106;QD=59.6776;RBI=0.0129179;REFB=0;REVB=0.0128939;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15663e-05;OID=.;OPOS=34149267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chrX 34648280 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3523;QD=60.6102;RBI=0.0146072;REFB=0;REVB=-0.00527864;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102413;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chrX 34674970 . C G 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.426;QD=63.0503;RBI=0.0221472;REFB=0;REVB=0.0204416;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78799e-05;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chrX 34962909 . A C 487.14 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023076;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.955;QD=59.0468;RBI=0.0282987;REFB=0;REVB=0.0163802;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042606;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 35820265 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.509;QD=57.2374;RBI=0.0298645;REFB=0;REVB=0.0133829;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126114;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chrX 35820425 . C T 438.81 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0549319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8485;QD=50.1496;RBI=0.060358;REFB=-0.192334;REVB=-0.0250117;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559962;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0162908;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:0:3:32:32:0.914286:21:11:0:0:21:11:3:0 chrX 35820695 . T TA 136.53 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017973;FXX=0.269127;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.576;QD=28.7423;RBI=0.0216268;REFB=0;REVB=0.0120287;RO=23;SAF=0;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00215771;OID=.;OPOS=35820696;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:26:19:19:0:8:11:0:0:3:23:0:3:13:10 chrX 35820696 . G A 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.154;QD=56.6873;RBI=0.0378116;REFB=0;REVB=0.0273009;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376388;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chrX 35820795 . A G 1536.03 PASS AF=1;AO=84;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.091;QD=63.3416;RBI=0.093888;REFB=0;REVB=0.090938;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161379;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:84:97:1:35:49:0:0:48:49:0:0 chrX 35821055 . AT GA 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491056;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.033;QD=55.0987;RBI=0.0550748;REFB=0;REVB=0.0548554;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000269957;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chrX 35821127 . C T 151.01 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934875;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.5;QD=46.4651;RBI=0.0322197;REFB=0;REVB=0.0308336;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334408;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chrX 35821302 . C G 231.09 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.051;QD=46.2188;RBI=0.0187113;REFB=-0.144436;REVB=0.0111359;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00432022;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:0:1 chrX 35821308 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3335;QD=51.1815;RBI=0.110949;REFB=0;REVB=0.0910811;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963217;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chrX 35821464 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1688;QD=50.4125;RBI=0.0225972;REFB=0;REVB=0.0101883;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349741;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 35821558 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.715;QD=54.5176;RBI=0.0148353;REFB=0;REVB=-0.0120703;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80237e-05;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 35821763 . G A 330.41 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0744626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5225;QD=50.8319;RBI=0.0870917;REFB=0.107697;REVB=-0.0451695;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00617343;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:1:0:16:9:1:0 chrX 35821789 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.436;QD=54.5161;RBI=0.042817;REFB=0;REVB=0.0219682;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309918;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chrX 36371745 . GT G 72.34 PASS AF=0.380952;AO=10;DP=39;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0231456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1246;QD=6.88995;RBI=0.169893;REFB=-0.0408089;REVB=-0.168309;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519787;STB=0.72674;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.0316021;OID=.;OPOS=36371746;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:10:39:16:42:26:5:11:18:8:72:24:2:8:16:8 chrX 37883200 . A G 732.83 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.06;QD=62.3685;RBI=0.0755156;REFB=0;REVB=0.0193965;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649214;OID=.;OPOS=37883200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chrX 37932886 . A G 1191.64 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149733;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.982;QD=61.1097;RBI=0.016518;REFB=0;REVB=-0.00697469;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655528;OID=.;OPOS=37932886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:36:42:0:0 chrX 37967868 . T C 1492.48 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.311;QD=58.5287;RBI=0.0243006;REFB=-0.114745;REVB=-0.0117417;RO=1;SAF=42;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111615;STB=0.505881;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000444718;OID=.;OPOS=37967868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:59:42:1:0:59:42:1:0 chrX 38547862 . G A 1644.64 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322375;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.931;QD=60.3539;RBI=0.0325929;REFB=0;REVB=-0.00480036;RO=0;SAF=17;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50416e-05;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:92:17:0:0:92:17:0:0 chrX 39933339 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.305;QD=59.4356;RBI=0.0122081;REFB=0;REVB=0.00886271;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52263e-05;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chrX 40573157 . G A 1080.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4237;QD=60.0231;RBI=0.00812763;REFB=0;REVB=0.00428153;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82772e-05;OID=.;OPOS=40573157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chrX 41198279 . ATT ATA,AT,TAT 503.27 PASS AF=0.180851,0.797872,0;AO=11,27,5;DP=92;FAO=17,75,0;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=0,42,0;FSAR=17,33,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0267991,0.469902,0.265661;FXX=0.0208312;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=142.489,8.0132,12.8333;QD=21.4159;RBI=0.0397527,0.503941,0.26991;REFB=-0.0106914,-0.0662675,-0.0289653;REVB=0.0293612,0.182067,-0.0477021;RO=37;SAF=0,16,0;SAR=11,11,5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.793992,-0.0894002,-0.695724;STB=0.5,0.514702,0.5;STBP=1,0.144,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0582314,0.11724,0;OID=.,.,.;OPOS=41198281,41198280,41198279;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATA,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:92:94:37:2:11,27,5:17,75,0:0.180851,0.797872,0:11,11,5:0,16,0:25:12:17,33,0:0,42,0:0:2 chrX 41203676 . T G 41.76 PASS AF=0.833333;AO=7;DP=8;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191436;FXX=0.249688;HRUN=7;LEN=1;MLLD=196.185;QD=27.8424;RBI=0.053147;REFB=-0.0028939;REVB=-0.0495794;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000181871;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:8:6:0:1:7:5:0.833333:3:4:0:0:3:2:1:0 chrX 41205030 . G A 356.92 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0894;QD=54.9114;RBI=0.0800615;REFB=0;REVB=-0.0494692;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384099;OID=.;OPOS=41205030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chrX 41556195 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.918;QD=55.0986;RBI=0.0150964;REFB=0;REVB=0.0133908;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55408e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chrX 41587218 . T C 1820.47 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116769;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.785;QD=61.7109;RBI=0.0153473;REFB=0;REVB=0.00995934;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8094e-05;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chrX 41587569 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4358;QD=61.3364;RBI=0.055174;REFB=0;REVB=0.0505449;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989946;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chrX 41588169 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.366;QD=61.213;RBI=0.0117737;REFB=0;REVB=0.0102261;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0857e-06;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chrX 44091828 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.23;QD=62.6711;RBI=0.04038;REFB=0;REVB=0.0332332;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117909;OID=.;OPOS=44091828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chrX 44202890 . G GC 1545.27 PASS AF=1;AO=123;DP=144;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029272;FXX=0.0588192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0605;QD=48.2897;RBI=0.0715919;REFB=0;REVB=0.0653341;RO=17;SAF=52;SAR=71;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00129176;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:123:144:128:128:0:55:73:0:0:28:17:52:71:10:7 chrX 44938563 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.699;QD=53.2769;RBI=0.0541269;REFB=0;REVB=0.0214836;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459422;OID=.;OPOS=44938563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chrX 45051111 . C T 1408.7 PASS AF=1;AO=73;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139331;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.915;QD=63.3124;RBI=0.0719847;REFB=0;REVB=0.0706234;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470004;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:73:89:1:38:35:0:0:53:36:0:0 chrX 46618321 . C G 772.63 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1021;QD=61.8101;RBI=0.0590751;REFB=-0.0704435;REVB=0.0171234;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00192629;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:24:25:0:0:24:25:1:0 chrX 46740032 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.903;QD=57.2375;RBI=0.0123136;REFB=0;REVB=0.00777918;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90908e-06;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chrX 46920599 . C A 954.27 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00571741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.374;QD=52.2886;RBI=0.00938332;REFB=-0.0278821;REVB=0.00744029;RO=5;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703551;STB=0.537302;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000729655;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:5:5:68:68:0.931507:31:37:0:5:31:37:0:5 chrX 46946966 . T C 755.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.301;QD=56.9809;RBI=0.0488429;REFB=0;REVB=0.046236;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301977;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:16:34:0:0:19:34:0:0 chrX 47057647 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.968;QD=55.656;RBI=0.0369369;REFB=0;REVB=0.0302966;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207293;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chrX 47062534 . G A 1102.59 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4042;QD=58.8046;RBI=0.10443;REFB=-0.0792733;REVB=0.0982416;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00147408;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:31:43:0:0:31:43:0:1 chrX 47068897 . TCC CTG,TCG 1436.73 PASS AF=0.159574,0.840426;AO=15,79;DP=94;FAO=15,79;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=15,22;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167564,-0.0162998;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=3,1;MLLD=84.4146,188.712;QD=61.1376;RBI=0.017265,0.0169679;REFB=0,0;REVB=0.00415961,-0.00471445;RO=0;SAF=15,22;SAR=0,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.14853e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0185707,-0.000425192;OID=.,.;OPOS=47068897,47068899;OREF=TCC,C;OALT=CTG,G;OMAPALT=CTG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:71:94:94:0:0:15,79:15,79:0.159574,0.840426:0,57:15,22:0:0:0,57:15,22:0:0 chrX 47426419 . CCG CCC,CC,C 96.37 PASS AF=0,0.37037,0.296296;AO=4,4,11;DP=29;FAO=0,10,8;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=0,3,5;FSAR=0,7,3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.284105,0.227526,-0.0363024;FXX=0;HRUN=5,5,6;LEN=1,1,2;MLLD=11.6038,10.0687,13.6096;QD=14.277;RBI=0.284142,0.258415,0.134891;REFB=-0.0361633,-0.104002,-0.0826092;REVB=-0.00454296,-0.122517,-0.129914;RO=10;SAF=0,1,6;SAR=4,3,5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0.576923;SSEP=0,0,0.714286;SSSB=-0.694591,-0.282644,0.0376028;STB=0.5,0.576311,0.596769;STBP=1,0.567,0.529;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0941018,0.14695;OID=.,.,.;OPOS=47426421,47426421,47426420;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.37037,0.296296:4,4,11:29:0,10,8:27:9:0,3,5:0,7,3:4:5:37:10:0,1,6:4,3,5:5:5 chrX 47487912 . T TG 530.83 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318983;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3526;QD=47.1845;RBI=0.0492082;REFB=0;REVB=-0.0374692;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000366357;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:46:45:45:0:22:23:0:0:10:2:21:23:2:0 chrX 47695547 . T C 3152.98 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.543;QD=64.02;RBI=0.0446811;REFB=0;REVB=0.0402789;RO=0;SAF=105;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26218e-05;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:195:197:1:90:105:0:0:92:105:0:0 chrX 47695742 . CT C 304.77 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2651;QD=43.5387;RBI=0.0845728;REFB=0;REVB=-0.0650649;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0051614;OID=.;OPOS=47695743;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:28:28:0:21:7:0:0:6:0:18:7:0:0 chrX 47918205 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7899;QD=39.2068;RBI=0.028697;REFB=0;REVB=0.0285722;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175055;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chrX 48049666 . C T 428.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5912;QD=57.1617;RBI=0.0335358;REFB=0;REVB=0.00883598;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505448;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chrX 48054740 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.832;QD=53.2772;RBI=0.067906;REFB=0;REVB=0.0657694;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324141;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 48125798 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.951;QD=57.2374;RBI=0.0350325;REFB=0;REVB=0.020476;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324499;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chrX 48159107 . C T 783.2 PASS AF=0.813333;AO=60;DP=76;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00421301;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.878;QD=41.7708;RBI=0.00667331;REFB=-0.0244277;REVB=0.00517529;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502657;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00029294;OID=.;OPOS=48159107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:76:75:0:14:60:61:0.813333:40:20:0:0:40:21:5:9 chrX 48163733 . TC T 537.59 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.5009;QD=45.7519;RBI=0.0594022;REFB=0;REVB=-0.00404763;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00176602;OID=.;OPOS=48163734;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:44:47:47:0:19:28:0:0:10:0:18:25:0:0 chrX 48382174 . G T 393.97 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103107;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.869;QD=54.3402;RBI=0.0243529;REFB=-0.124442;REVB=-0.0220625;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849574;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:29:1:0:28:29:1:12:16:1:0:12:17:0:0 chrX 48418126 . A G 1523.96 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217896;FXX=0.0306091;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.962;QD=64.1668;RBI=0.029238;REFB=0;REVB=0.0194955;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63531e-05;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chrX 48418659 . G A 1011.72 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721682;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.416;QD=59.513;RBI=0.083585;REFB=0;REVB=0.0421686;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457365;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chrX 48435928 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00238625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.224;QD=50.8364;RBI=0.0158972;REFB=0.0312776;REVB=0.0157171;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000126042;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:14:11:0:0:14:11:1:0 chrX 48459102 . C G 440.4 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562169;FXX=0.114253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1937;QD=56.8258;RBI=0.0642103;REFB=0;REVB=0.0310262;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144354;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:31:0:0:5:31:1:5:0:0:0:14:17:0:0 chrX 48460314 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.926;QD=59.8554;RBI=0.0248441;REFB=0;REVB=-0.0246322;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135001;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chrX 48751471 . A G 464.06 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5681;QD=53.0356;RBI=0.087717;REFB=-0.206837;REVB=0.0854255;RO=2;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776232;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0161758;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:2:2:33:33:0.942857:11:22:0:2:11:22:0:2 chrX 48759204 . C T 615.34 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000105039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.575;QD=60.0336;RBI=0.104344;REFB=0;REVB=0.104344;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176376;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chrX 48847456 . GGA GAC 36.39 PASS AF=0.181818;AO=4;DP=28;FAO=4;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0837001;FXX=0.185117;HRUN=5;LEN=2;MLLD=88.0338;QD=6.61591;RBI=0.0839312;REFB=-0.00798266;REVB=-0.00622433;RO=17;SAF=4;SAR=0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0370909;OID=.;OPOS=48847457;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:4:28:4:22:16:4:0:16:0:23:17:4:0:14:3 chrX 49021052 . C T 383.0 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.061197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.111;QD=52.8279;RBI=0.0640849;REFB=-0.121594;REVB=0.0190213;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00307722;OID=.;OPOS=49021052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chrX 49021256 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.948;QD=61.2132;RBI=0.0250761;REFB=0;REVB=0.0183154;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04022e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chrX 49021537 . G C 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2409;QD=60.2027;RBI=0.0129788;REFB=0;REVB=-0.0119177;RO=0;SAF=18;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75761e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:55:18:0:0:55:18:0:0 chrX 49022700 . T C 634.11 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.116;QD=61.8648;RBI=0.0191691;REFB=0;REVB=0.012057;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116767;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:38:41:1:18:20:0:0:21:20:0:0 chrX 49061742 . C T 1438.17 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.984;QD=61.8566;RBI=0.0639415;REFB=-0.0338929;REVB=0.0416449;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108971;STB=0.505746;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00104071;OID=.;OPOS=49061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:43:49:0:1:43:49:0:1 chrX 49127094 . C T 2068.63 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409244;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.745;QD=61.2927;RBI=0.127705;REFB=-0.0586056;REVB=0.12097;RO=2;SAF=94;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237466;STB=0.506172;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000768856;OID=.;OPOS=49127094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:137:135:2:1:133:134:0.992593:39:94:0:2:40:94:0:1 chrX 49179698 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0255341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8984;QD=11.6342;RBI=0.0271676;REFB=-0.000430063;REVB=-0.00927855;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669214;STB=0.8992;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00216737;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:1:9:4:12:1:9:4:12 chrX 49179711 . A T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0359499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.118;QD=20.8931;RBI=0.0359529;REFB=-0.0158453;REVB=-0.000464805;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5865;STB=0.842943;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.009969;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:1:9:1:5:1:9:1:5 chrX 49179719 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.776;QD=37.4885;RBI=0.00971252;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167179;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chrX 49767832 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00615988;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.463;QD=26.0292;RBI=0.00696545;REFB=-0.0745603;REVB=-0.00325167;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00163273;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chrX 49767835 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198431;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=302.334;QD=35.5759;RBI=0.0285471;REFB=0;REVB=0.0205229;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424251;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 50121146 . A AG,G 523.27 PASS AF=1,0;AO=34,2;DP=41;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107842,0.00257962;FXX=0.0263089;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.2423,5.09527;QD=56.5697;RBI=0.113488,0.00310554;REFB=0,0;REVB=-0.0353508,0.00172916;RO=5;SAF=12,2;SAR=22,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112367,0.544828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00304979,0;OID=.,.;OPOS=50121147,50121146;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:37:5:0:34,2:37,0:1,0:22,0:12,2:4:1:22,0:15,0:0:0 chrX 51075841 . A G 76.33 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0145246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.247;QD=3.63491;RBI=0.059373;REFB=-0.00114398;REVB=-0.057569;RO=69;SAF=7;SAR=7;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100288;STB=0.571329;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00421298;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:69:70:14:14:0.166667:7:7:40:29:7:7:41:29 chrX 51075901 . G A 45.23 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00567811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.324;QD=1.69076;RBI=0.0255633;REFB=-0.00627216;REVB=-0.0249247;RO=96;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102511;STB=0.578063;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0582548;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:107:107:96:96:11:11:0.102804:4:7:53:43:4:7:53:43 chrX 52825546 . C G 734.67 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0619;QD=62.5249;RBI=0.00449279;REFB=0;REVB=0.00209999;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120115;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chrX 52891619 . GT G 114.81 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0207812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8859;QD=7.28941;RBI=0.0573627;REFB=-0.00825348;REVB=0.053466;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038805;STB=0.504084;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0202384;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:23:63:24:63:39:10:14:16:23:99:38:9:14:15:23 chrX 52891645 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0217121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.273;QD=11.623;RBI=0.0223848;REFB=-0.00106556;REVB=0.00544621;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10828;STB=0.562445;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00186193;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:12:26:13:9:12:26 chrX 52891653 . C T 164.18 PASS AF=0.355932;AO=22;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0360328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1173;QD=11.1305;RBI=0.0534097;REFB=0.0109844;REVB=0.0394237;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.564315;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0201955;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:38:22:21:0.355932:13:9:9:26:13:8:11:27 chrX 53105890 . G A 1145.21 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00466832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.99;QD=57.9854;RBI=0.0168872;REFB=-0.0629142;REVB=-0.0162291;RO=1;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106357;STB=0.501845;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000227315;OID=.;OPOS=53105890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:33:44:1:0:33:44:1:1 chrX 53106865 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00717413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.311;QD=54.0124;RBI=0.0425985;REFB=-0.0274665;REVB=0.0419901;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467253;STB=0.524986;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000398538;OID=.;OPOS=53106865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:19:16:0:2:19:16:0:2 chrX 53107941 . C T 1811.12 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0101639;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1101;QD=59.3811;RBI=0.0111197;REFB=-0.121232;REVB=0.00451027;RO=2;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155678;STB=0.508195;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00389448;OID=.;OPOS=53107941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:122:2:2:119:120:0.983607:60:59:0:2:60:60:0:2 chrX 53108771 . C CTG 253.07 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=26;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.158834;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.272;QD=48.2044;RBI=0.207082;REFB=-0.172375;REVB=0.132871;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531802;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=ins;VARB=0.0115463;OID=.;OPOS=53108772;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:18:26:20:21:1:7:13:0:1:6:8:6:12:2:6 chrX 53108953 . TAC T 733.86 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545755;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.844;QD=63.8137;RBI=0.111261;REFB=0;REVB=0.0969565;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000695208;OID=.;OPOS=53108954;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:49:46:46:0:21:25:0:0:4:0:21:23:0:0 chrX 53109075 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.962;QD=54.5177;RBI=0.0124307;REFB=0;REVB=0.0100668;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63037e-05;OID=.;OPOS=53109075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 53563589 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.702;QD=50.4134;RBI=0.0543822;REFB=0;REVB=0.0258681;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123449;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chrX 53576103 . G A 712.96 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0385546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9767;QD=60.6772;RBI=0.039195;REFB=-0.028383;REVB=0.00705671;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.014143;OID=.;OPOS=53576103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chrX 53652838 . G A 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656496;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.581;QD=58.1709;RBI=0.0104833;REFB=0;REVB=-0.00817317;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46666e-06;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chrX 53652846 . G T 438.44 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00258354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.504;QD=50.1074;RBI=0.0182113;REFB=-0.0132566;REVB=0.0180271;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621254;STB=0.548357;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000129187;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:2:3:32:32:0.914286:14:18:0:2:14:18:0:3 chrX 53652852 . T G 756.97 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154776;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.213;QD=57.1297;RBI=0.0368043;REFB=0;REVB=0.0333916;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89954e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:20:32:0:0:20:33:0:0 chrX 54209387 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.243;QD=43.4858;RBI=0.0489625;REFB=0;REVB=0.0171718;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402175;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chrX 54491957 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.374;QD=39.318;RBI=0.0591377;REFB=-0.0248179;REVB=0.0396736;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000712668;OID=.;OPOS=54491957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:0:1:5:8:0:1 chrX 54836361 . A G 822.01 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.298;QD=55.7298;RBI=0.0325801;REFB=-0.138246;REVB=0.0284955;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00119358;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:1:56:58:0.983051:32:24:1:0:33:25:1:0 chrX 54836505 . A G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154872;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.61;QD=53.9627;RBI=0.0414134;REFB=0;REVB=0.0384085;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152798;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:1:0:23:23:1:4:19:0:1:4:19:0:0 chrX 54837340 . C T 770.69 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00787684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.684;QD=55.0493;RBI=0.00880844;REFB=-0.138869;REVB=-0.00394259;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.505745;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000289543;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:12:43:0:0:12:43:1:0 chrX 54838077 . C T 554.41 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00641556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1238;QD=55.4408;RBI=0.0171804;REFB=-0.0701558;REVB=-0.0159375;RO=2;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933061;STB=0.549972;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0292888;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:9:29:0:2:9:29:0:2 chrX 55116466 . C G 787.34 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385558;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1647;QD=57.261;RBI=0.0482303;REFB=0;REVB=0.0289761;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472209;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chrX 55172516 . A C 199.26 PASS AF=0.252101;AO=30;DP=119;FAO=30;FDP=119;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00299455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.886;QD=6.69789;RBI=0.00737464;REFB=-0.0051502;REVB=0.00673929;RO=89;SAF=13;SAR=17;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144598;STB=0.587129;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0126677;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:89:89:30:30:0.252101:17:13:49:40:17:13:49:40 chrX 55172537 . G A 1888.36 PASS AF=0.874214;AO=139;DP=159;FAO=139;FDP=159;FR=.;FRO=20;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0396062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5168;QD=47.5058;RBI=0.0629193;REFB=-0.0380506;REVB=-0.0488895;RO=20;SAF=74;SAR=65;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421056;STB=0.502227;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00537971;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:159:159:20:20:139:139:0.874214:65:74:11:9:65:74:11:9 chrX 55172572 . G A 76.43 PASS AF=0.102439;AO=21;DP=205;FAO=21;FDP=205;FR=.;FRO=184;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=106;FSRR=78;FWDB=-0.00442859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.583;QD=1.49138;RBI=0.00780487;REFB=-0.00273539;REVB=0.00642679;RO=184;SAF=8;SAR=13;SRF=106;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233004;STB=0.670432;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0225322;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:205:205:184:184:21:21:0.102439:13:8:106:78:13:8:106:78 chrX 55172606 . G A 71.05 PASS AF=0.0888031;AO=23;DP=259;FAO=23;FDP=259;FR=.;FRO=236;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=145;FSRR=91;FWDB=-0.00404472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2572;QD=1.0973;RBI=0.0281016;REFB=-0.00718873;REVB=-0.027809;RO=236;SAF=10;SAR=13;SRF=145;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21092;STB=0.659444;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0625093;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:259:259:236:236:23:23:0.0888031:13:10:145:91:13:10:145:91 chrX 55172630 . G A 72.49 PASS AF=0.0882353;AO=24;DP=271;FAO=24;FDP=272;FR=.;FRO=248;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=154;FSRR=94;FWDB=-0.000841726;FXX=0.00366287;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.9197;QD=1.06609;RBI=0.043809;REFB=0.00188005;REVB=0.0438009;RO=246;SAF=11;SAR=13;SRF=152;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188868;STB=0.645581;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0109563;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:271:272:246:248:24:24:0.0882353:13:11:152:94:13:11:154:94 chrX 55172645 . C T 2854.08 PASS AF=0.81749;AO=215;DP=264;FAO=215;FDP=263;FR=.;FRO=48;FSAF=138;FSAR=77;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.000455812;FXX=0.0149807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.834;QD=43.4081;RBI=0.00335205;REFB=-0.0254959;REVB=-0.00332091;RO=45;SAF=138;SAR=77;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696708;STB=0.507449;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00447894;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:45:48:215:215:0.81749:77:138:28:17:77:138:29:19 chrX 55172680 . G C 64.5 PASS AF=0.0878661;AO=21;DP=239;FAO=21;FDP=239;FR=.;FRO=218;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=143;FSRR=75;FWDB=-0.0280331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8989;QD=1.07945;RBI=0.0280405;REFB=-0.00315065;REVB=0.000642669;RO=218;SAF=16;SAR=5;SRF=143;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146143;STB=0.616748;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0287929;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:239:239:218:218:21:21:0.0878661:5:16:143:75:5:16:143:75 chrX 55172686 . CT CC,TC 2449.74 PASS AF=0.711864,0.0974576;AO=168,23;DP=236;FAO=168,23;FDP=236;FR=.;FRO=45;FSAF=117,19;FSAR=51,4;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00931592,-0.0193579;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=52.7514,183.449;QD=41.521;RBI=0.0137736,0.0239789;REFB=0.0190226,0.00186278;REVB=-0.0101452,-0.0141512;RO=45;SAF=117,19;SAR=51,4;SRF=28;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0343682,0.301388;STB=0.51827,0.67955;STBP=0.347,0.067;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0072276,0.0289308;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:45:45:168,23:168,23:0.711864,0.0974576:51,4:117,19:28:17:51,4:117,19:28:17 chrX 55172708 . T G 2431.93 PASS AF=0.84186;AO=180;DP=214;FAO=181;FDP=215;FR=.;FRO=34;FSAF=142;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00813631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.865;QD=45.2452;RBI=0.0140862;REFB=-0.00431043;REVB=-0.0114988;RO=34;SAF=141;SAR=39;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934336;STB=0.54979;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00110828;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:34:34:180:181:0.84186:39:141:19:15:39:142:19:15 chrX 55172716 . C T 440.23 PASS AF=0.292929;AO=58;DP=198;FAO=58;FDP=198;FR=.;FRO=140;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=109;FSRR=31;FWDB=-0.0151254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.154;QD=8.89356;RBI=0.0172677;REFB=-0.00986492;REVB=0.00833055;RO=140;SAF=44;SAR=14;SRF=109;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337158;STB=0.519644;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0190189;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:140:140:58:58:0.292929:14:44:109:31:14:44:109:31 chrX 55185568 . A G 357.63 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.000906485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.103;QD=11.5364;RBI=0.013551;REFB=0.00245314;REVB=-0.0135206;RO=80;SAF=14;SAR=30;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329532;STB=0.68869;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00284764;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:80:80:44:44:0.354839:30:14:49:31:30:14:49:31 chrX 55185656 . C A 114.38 PASS AF=0.162963;AO=22;DP=135;FAO=22;FDP=135;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=44;FWDB=-0.00367185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.324;QD=3.38908;RBI=0.00531703;REFB=0.00309319;REVB=0.00384556;RO=111;SAF=14;SAR=8;SRF=67;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441855;STB=0.522967;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0142466;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:113:22:22:0.162963:8:14:67:44:8:14:69:44 chrX 55247030 . C G 2222.71 PASS AF=0.992958;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142611;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.763;QD=62.6116;RBI=0.015216;REFB=-0.0684441;REVB=-0.00530554;RO=0;SAF=50;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=2.39299e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:142:0:1:139:141:0.992958:89:50:0:0:89:52:0:1 chrX 55287031 . T G 5430.74 PASS AF=1;AO=338;DP=344;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525888;FXX=0.0115939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.132;QD=63.7037;RBI=0.0649634;REFB=0;REVB=0.0381401;RO=1;SAF=172;SAR=166;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155387;OID=.;OPOS=55287031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:344:341:1:0:338:341:1:166:172:0:1:169:172:0:0 chrX 55289774 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.131;QD=64.1538;RBI=0.0238845;REFB=0;REVB=0.0218746;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01988e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chrX 55479299 . G A 1467.55 PASS AF=0.936937;AO=103;DP=114;FAO=104;FDP=111;FR=.;FRO=7;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0272403;FXX=0.0263135;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.4461;QD=52.8846;RBI=0.0289582;REFB=-0.0640291;REVB=0.00982562;RO=5;SAF=60;SAR=43;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379111;STB=0.527554;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00123853;OID=.;OPOS=55479299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:114:111:5:7:103:104:0.936937:43:60:5:0:44:60:7:0 chrX 55651001 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0942;QD=58.5877;RBI=0.0420223;REFB=0;REVB=0.0171933;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867424;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chrX 57405163 . T C 1099.27 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.448;QD=60.234;RBI=0.0545988;REFB=0;REVB=0.0113673;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176017;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:40:33:0:0 chrX 57475132 . T C 762.68 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2204;QD=62.2592;RBI=0.162526;REFB=0;REVB=0.148154;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031226;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:31:17:0:1:32:17:0:0 chrX 57619648 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.151;QD=56.9569;RBI=0.0249524;REFB=0;REVB=0.0114164;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80939e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chrX 57622100 . CAA CA,C 44.26 PASS AF=0.75,0;AO=6,2;DP=16;FAO=12,0;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.276037,0.162349;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.5064,12.0069;QD=11.0641;RBI=0.277364,0.162982;REFB=-0.0177729,-0.0100291;REVB=-0.027094,-0.014348;RO=7;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.215036,-0.621371;STB=0.543407,0.5;STBP=0.661,1;TYPE=del,del;VARB=0.0786757,0.0742262;OID=.,.;OPOS=57622101,57622101;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0:6,2:16:12,0:16:4:5,0:7,0:1:3:15:7:2,0:4,2:4:3 chrX 65382685 . T A,C 919.98 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=3,61;DP=64;FAO=2,62;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107646,0.0248523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.5031,56.3193;QD=57.4987;RBI=0.0143566,0.0313512;REFB=0,0;REVB=0.00949921,-0.0191118;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.89926e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.121577,0.00274945;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:64:64:0:0:3,61:2,62:0.03125,0.96875:0,44:3,17:0:0:0,44:2,18:0:0 chrX 65393487 . CCG CC,C 51.6 PASS AF=0.0285714,0.142857;AO=22,28;DP=143;FAO=4,20;FDP=140;FR=.;FRO=116;FSAF=4,6;FSAR=0,14;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=-0.285487,-0.164869;FXX=0.0070917;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=10.5913,19.8424;QD=1.47435;RBI=0.304015,0.179465;REFB=-0.0641286,-0.0435976;REVB=-0.10451,-0.0708926;RO=78;SAF=16,13;SAR=6,15;SRF=47;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0.54717,0;SSSB=0.175446,-0.1686;STB=0.996851,0.758095;STBP=0.061,0.021;TYPE=del,del;VARB=0.113593,0.187648;OID=.,.;OPOS=65393489,65393488;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0285714,0.142857:22,28:143:4,20:140:116:4,6:0,14:72:44:27:78:16,13:6,15:47:31 chrX 65822607 . T C 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000410111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.346;QD=63.0559;RBI=0.0323117;REFB=0;REVB=-0.0323091;RO=0;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6207e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:52:85:0:0:52:85:0:0 chrX 65824986 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.745;QD=63.3368;RBI=0.0144946;REFB=0;REVB=0.00710642;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16239e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:57:36:0:0:57:36:0:0 chrX 66909401 . C T 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8771;QD=54.5045;RBI=0.0594707;REFB=0;REVB=0.0518597;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472581;OID=.;OPOS=66909401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chrX 67674210 . AATT A,AAAT 278.35 PASS AF=1,0;AO=10,14;DP=40;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.180476,0.268203;FXX=0.0624805;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=14.3676,1.36831;QD=37.1139;RBI=0.191454,0.404907;REFB=0,0;REVB=0.0638984,0.303342;RO=4;SAF=0,0;SAR=10,14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.810028,-0.833859;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00490605,0;OID=.,.;OPOS=67674211,67674212;OREF=ATT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,14:40:30,0:30:0:2,0:28,0:0:0:3:4:0,0:10,14:2:2 chrX 68725640 . T C 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.858;QD=33.4098;RBI=0.0368568;REFB=0;REVB=-0.00643486;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353679;OID=.;OPOS=68725640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chrX 69258515 . T G 976.67 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00253382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.955;QD=57.4514;RBI=0.0174478;REFB=-0.140603;REVB=0.0172628;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00224864;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:1:0:37:30:1:0 chrX 69510335 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.096;QD=64.4154;RBI=0.025871;REFB=0;REVB=0.0156259;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55164e-05;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:38:12:0:0:38:12:0:0 chrX 69652762 . A G 799.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2391;QD=57.1134;RBI=0.0960965;REFB=0;REVB=-0.0483521;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159634;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chrX 69774517 . A T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.263;QD=60.9775;RBI=0.0160404;REFB=0;REVB=0.011319;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84642e-05;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 69890301 . C T 824.55 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8295;QD=56.8652;RBI=0.0247171;REFB=0;REVB=-0.000688718;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472923;OID=.;OPOS=69890301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:36:22:0:0 chrX 69964084 . GAAAAAAA AAAAAATA,GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAATA 491.69 PASS AF=0.047619,0.309524,0.571429,0.0714286;AO=2,12,19,4;DP=43;FAO=2,13,24,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,3;FSAR=2,13,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674221,-0.304349,-0.0790456,-0.0755407;FXX=0.0232504;HRUN=2,8,8,8;LEN=7,1,1,1;MLLD=191.526,6.52963,215.522,195.976;QD=46.8272;RBI=0.0685387,0.307189,0.0796649,0.0761539;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0123212,-0.0416793,-0.00991409,-0.00964434;RO=0;SAF=0,0,4,4;SAR=2,12,15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,5.00629e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0.0640047,-0.222423,0.0155485,0.0545533;OID=.,.,.,.;OPOS=69964084,69964085,69964091,69964090;OREF=GAAAAAA,A,A,A;OALT=AAAAAAT,-,T,T;OMAPALT=AAAAAATA,GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:43:42:0:0:2,12,19,4:2,13,24,3:0.047619,0.309524,0.571429,0.0714286:2,12,15,0:0,0,4,4:0:0:2,13,17,0:0,0,7,3:0:0 chrX 70066017 . ACAT A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353305;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.057;QD=53.2772;RBI=0.0417129;REFB=0;REVB=0.0221749;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000223738;OID=.;OPOS=70066018;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:23:23:0:10:13:0:0:4:0:10:13:0:0 chrX 70073159 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.149;QD=56.1916;RBI=0.0180586;REFB=0;REVB=0.00603678;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97637e-05;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chrX 70146398 . A G 1422.72 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408773;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.283;QD=62.5371;RBI=0.0422467;REFB=-0.0953154;REVB=0.0106691;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51185e-05;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chrX 70146475 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.188;QD=59.1431;RBI=0.0154161;REFB=0;REVB=0.0153441;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69203e-05;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGG,CGGGG,CGGGGC 419.73 PASS AF=0.22807,0.385965,0.350877;AO=10,20,14;DP=58;FAO=13,22,20;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=4,10,5;FSAR=9,12,15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.111321,0.134836,0.268004;FXX=0.0338926;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=22.0221,17.8805,11.383;QD=29.4547;RBI=0.122215,0.158081,0.284314;REFB=-0.122511,-0.140082,-0.201121;REVB=-0.0504383,-0.0825172,-0.0949117;RO=8;SAF=3,8,1;SAR=7,12,13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.345755,-0.181415,-0.618727;STB=0.59984,0.545413,0.583245;STBP=0.122,0.238,0.059;TYPE=del,del,del;VARB=0.00967361,0.0426984,0.209792;OID=.,.,.;OPOS=70836831,70836832,70836828;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.22807,0.385965,0.350877:10,20,14:58:13,22,20:57:2:4,10,5:9,12,15:2:0:44:8:3,8,1:7,12,13:6:2 chrX 71351519 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5576;QD=42.1824;RBI=0.04767;REFB=0;REVB=0.00373368;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000947505;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chrX 71363415 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00260679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.83;QD=55.0097;RBI=0.00343409;REFB=0.111408;REVB=0.00223554;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000858317;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chrX 71379881 . G A 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.981;QD=64.4034;RBI=0.0433661;REFB=0;REVB=0.0312541;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253075;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chrX 71406301 . T C 1121.23 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241923;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.733;QD=60.6068;RBI=0.0770923;REFB=0;REVB=0.0731981;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671421;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:34:37:0:0:37:37:0:0 chrX 71416721 . C T 1434.11 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.637;QD=63.0379;RBI=0.0271869;REFB=0;REVB=0.0243051;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81894e-05;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:47:44:0:0 chrX 71521867 . G C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.586;QD=61.3354;RBI=0.0391425;REFB=0;REVB=0.036693;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192587;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chrX 71549512 . G C 958.67 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549996;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7604;QD=58.9952;RBI=0.00828329;REFB=0;REVB=-0.00619381;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77453e-05;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chrX 71791912 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.015;QD=58.6006;RBI=0.0434207;REFB=0;REVB=0.0415848;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75369e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chrX 71819691 . A G 1065.87 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122885;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.706;QD=60.0489;RBI=0.034275;REFB=0;REVB=0.0319963;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72311e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chrX 73043817 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.227;QD=58.1421;RBI=0.0262432;REFB=0;REVB=0.0253543;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06806e-05;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chrX 73048607 . TTA T,TT,TTT 73.16 PASS AF=0,0.5,0;AO=4,7,4;DP=27;FAO=0,11,0;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1,0;FSAR=0,10,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.105203,0.115572,0.025729;FXX=0.119952;HRUN=4,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=21.885,18.0645,19.136;QD=13.3019;RBI=0.272418,0.167643,0.137475;REFB=-0.00156614,-0.0711961,-0.0720365;REVB=-0.251284,-0.121439,0.135045;RO=12;SAF=0,0,0;SAR=4,7,4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.685298,-0.759704,-0.685298;STB=0.5,0.788808,0.5;STBP=1,0.046,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0658057,0.0636535,0;OID=.,.,.;OPOS=73048608,73048609,73048609;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5,0:4,7,4:27:0,11,0:22:11:0,1,0:0,10,0:5:6:66:12:0,0,0:4,7,4:6:6 chrX 73066439 . T C 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.287;QD=57.538;RBI=0.0185581;REFB=0;REVB=0.0176144;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14016e-05;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chrX 73406097 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.47;QD=52.613;RBI=0.0332822;REFB=0;REVB=0.0299357;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102332;OID=.;OPOS=73406097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chrX 73462520 . T C 721.78 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.68;QD=56.6098;RBI=0.0802938;REFB=0;REVB=0.0798498;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213439;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chrX 73641569 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.313;QD=59.4356;RBI=0.00980943;REFB=0;REVB=0.00388207;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48012e-05;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chrX 73963537 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.143;QD=56.1915;RBI=0.00243081;REFB=0;REVB=0.00163503;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49749e-06;OID=.;OPOS=73963537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chrX 74494470 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.407;QD=57.2377;RBI=0.033622;REFB=0;REVB=0.0131633;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54127e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chrX 74511202 . G C 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5424;QD=60.5453;RBI=0.0129612;REFB=0;REVB=-0.000374527;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37386e-05;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chrX 75004529 . C A 767.7 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0661;QD=56.8664;RBI=0.0903766;REFB=0;REVB=-0.077341;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041293;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chrX 77298857 . G A 375.92 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.066;QD=55.6924;RBI=0.0709769;REFB=0;REVB=0.0700425;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305177;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chrX 77528317 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.762;QD=56.9383;RBI=0.017563;REFB=0;REVB=-0.0136407;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99511e-06;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chrX 78011737 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.579;QD=61.6821;RBI=0.0707697;REFB=0;REVB=0.0329099;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189228;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chrX 78012579 . A T 263.57 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=38;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.000158591;FXX=0.0638162;HRUN=12;LEN=1;MLLD=156.119;QD=23.961;RBI=0.00077009;REFB=0.00277411;REVB=-0.000753583;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.653709;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000717499;OID=.;OPOS=78012579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:44:0:20:17:24:0.545455:11:6:0:0:18:6:11:9 chrX 79699998 . T A 1120.69 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.503;QD=58.9836;RBI=0.037228;REFB=-0.0394511;REVB=-0.0253794;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975651;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00026889;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:48:27:0:1:48:27:0:1 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 252.06 PASS AF=0.65,0.35;AO=10,7;DP=19;FAO=13,7;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069762,0.0394792;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=140.754,156.009;QD=50.4119;RBI=0.0751649,0.039757;REFB=0,0;REVB=-0.0279825,0.00469107;RO=0;SAF=4,1;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00018278,-0.00210402;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.65,0.35:10,7:19:13,7:20:0:5,1:8,6:0:0:47:0:4,1:6,6:0:0 chrX 79943569 . T C 2307.89 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8259;QD=63.6658;RBI=0.08014;REFB=0;REVB=0.0398795;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132218;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:81:64:0:0:81:64:0:0 chrX 79989018 . C G,T 705.29 PASS AF=0.94,0.06;AO=45,3;DP=48;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192067,0.108441;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.525,68.8624;QD=56.4232;RBI=0.0220216,0.108839;REFB=0,0;REVB=-0.0107727,-0.00929735;RO=0;SAF=18,3;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000154112,0.135915;OID=.,.;OPOS=79989018,79989018;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:48:50:0:0:45,3:47,3:0.94,0.06:27,0:18,3:0:0:28,0:19,3:0:0 chrX 83362720 . CT C 60.16 PASS AF=0.252174;AO=32;DP=116;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.133696;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2721;QD=2.09257;RBI=0.146169;REFB=-0.0448483;REVB=0.0590828;RO=79;SAF=27;SAR=5;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57652;STB=0.824865;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0462709;OID=.;OPOS=83362721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252174:32:116:29:115:86:24:5:34:52:60:79:27:5:29:50 chrX 84350010 . A G 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.14;QD=52.6039;RBI=0.0227154;REFB=0;REVB=0.00154273;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375247;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chrX 84358864 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.008;QD=61.6827;RBI=0.0174111;REFB=0;REVB=0.0150975;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00344e-05;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chrX 84363140 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.597;QD=59.9375;RBI=0.0306706;REFB=0;REVB=0.0168073;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1102e-05;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:48:53:0:0 chrX 84534383 . A C 828.32 PASS AF=0.983607;AO=30;DP=64;FAO=60;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033805;FXX=0.0468677;HRUN=10;LEN=1;MLLD=102.377;QD=54.3162;RBI=0.0578637;REFB=-0.129476;REVB=0.0469621;RO=1;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176011;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000253295;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:61:1:1:30:60:0.983607:26:4:0:1:38:22:0:1 chrX 84563135 . T A 3095.26 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.674;QD=63.8198;RBI=0.0123209;REFB=0;REVB=0.0108692;RO=0;SAF=93;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2692e-06;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:101:93:0:0:101:93:0:0 chrX 88008423 . A C 932.64 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8121;QD=57.3932;RBI=0.0623327;REFB=0;REVB=0.0620473;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103418;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:36:28:0:1:37:28:0:0 chrX 88008713 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.903;QD=51.1846;RBI=0.044497;REFB=0;REVB=0.0416631;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309507;OID=.;OPOS=88008713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chrX 88009322 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.575;QD=59.854;RBI=0.010048;REFB=0;REVB=-0.00976624;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10895e-06;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chrX 90693458 . A T 2292.37 PASS AF=1;AO=127;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9056;QD=59.9313;RBI=0.162247;REFB=0;REVB=0.160099;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122806;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:127:153:1:62:65:0:0:80:73:0:0 chrX 99355146 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.815;QD=54.517;RBI=0.0328315;REFB=0;REVB=0.010499;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113072;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chrX 99941705 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4313;QD=57.6799;RBI=0.0111056;REFB=0;REVB=-0.00450509;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61295e-05;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chrX 100098355 . TAAG T 1838.8 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125339;FXX=0.0736151;HRUN=2;LEN=3;MLLD=214.98;QD=48.7099;RBI=0.0145346;REFB=0;REVB=0.00735912;RO=0;SAF=73;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000225632;OID=.;OPOS=100098356;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:147:151:151:0:73:78:0:0:33:0:73:71:0:0 chrX 100243459 . G T 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.519;QD=58.7789;RBI=0.0230021;REFB=0;REVB=0.00820866;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65616e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chrX 100245606 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.395;QD=58.5877;RBI=0.0203354;REFB=0;REVB=0.0196176;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263075;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 100547933 . A G 1219.52 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00564485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1146;QD=57.3893;RBI=0.00567826;REFB=-0.0370018;REVB=0.000615051;RO=0;SAF=23;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512394;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.003824;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:0:3:82:82:0.964706:59:23:0:0:59:23:0:3 chrX 100608191 . G A 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.752;QD=59.8513;RBI=0.011865;REFB=0;REVB=0.00286149;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07482e-05;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chrX 100645467 . T C 306.27 PASS AF=0.923077;AO=25;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0208767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.276;QD=47.1178;RBI=0.0209769;REFB=-0.0342968;REVB=-0.00204758;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00869307;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:25:24:0.923077:12:13:0:1:12:12:1:1 chrX 100668489 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.402;QD=60.9787;RBI=0.00472954;REFB=0;REVB=0.00427863;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46652e-06;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chrX 100748078 . A G 116.3 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.588;QD=42.2893;RBI=0.0688969;REFB=0;REVB=-0.00767275;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202638;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:1:8:0:0:1:10:0:0 chrX 100911066 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3564;QD=56.7061;RBI=0.0686811;REFB=0;REVB=-0.0356655;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018478;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chrX 101138792 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.95084e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.635;QD=58.5867;RBI=0.0311939;REFB=0;REVB=0.0311938;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110605;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chrX 101395780 . T G,TG 421.59 PASS AF=0,1;AO=2,24;DP=38;FAO=0,35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350956,0.280051;FXX=0.0277701;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=14.6464,18.4415;QD=48.1812;RBI=0.0617939,0.289332;REFB=0,0;REVB=-0.0508605,-0.0726954;RO=10;SAF=1,10;SAR=1,14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213474,-0.151918;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00915731;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:38:35:10:0:2,24:0,35:0,1:1,14:1,10:7:3:0,19:0,16:0:0 chrX 101933644 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3189;QD=45.8068;RBI=0.0244135;REFB=0;REVB=0.0243103;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632971;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chrX 102006226 . G A 400.12 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.729;QD=53.3492;RBI=0.0282143;REFB=0.0240396;REVB=-0.00110448;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00384814;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chrX 102192263 . GC G 38.01 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.130126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1148;QD=2.98146;RBI=0.214152;REFB=-0.0601082;REVB=-0.170084;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254154;STB=0.636198;STBP=0.26;TYPE=del;VARB=0.0906554;OID=.;OPOS=102192264;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:15:51:15:51:36:8:7:26:10:38:35:8:7:26:9 chrX 102564583 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.111;QD=59.4356;RBI=0.00954543;REFB=0;REVB=-0.00722198;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44467e-06;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chrX 102930960 . A G 62.01 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.5226;QD=35.4338;RBI=0.259928;REFB=0;REVB=0.222459;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00875628;OID=.;OPOS=102930960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:1:0:5:7:1:2:3:0:1:4:3:0:0 chrX 102979486 . T C 738.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.252;QD=56.8411;RBI=0.0145736;REFB=0;REVB=0.0130954;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13158e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chrX 103042882 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.516;QD=59.1431;RBI=0.0321955;REFB=0;REVB=0.0165828;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95946e-05;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chrX 103046526 . TGGGGGT ATGGGGT,TGGGGT,TGGGGTA 463.27 PASS AF=0,1,0;AO=2,31,2;DP=37;FAO=0,37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130928,0.129012,0.0741527;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=7.9926,20.5816,7.84438;QD=50.0831;RBI=0.131354,0.132628,0.0744141;REFB=0,0,0;REVB=-0.0105736,0.0307598,-0.00623115;RO=2;SAF=1,8,0;SAR=1,23,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.390188,-0.103179,-0.727176;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.00716021,0;OID=.,.,.;OPOS=103046526,103046527,103046531;OREF=TG,G,GT;OALT=AT,-,TA;OMAPALT=ATGGGGT,TGGGGT,TGGGGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:37:37:2:0:2,31,2:0,37,0:0,1,0:1,23,2:1,8,0:2:0:0,26,0:0,11,0:0:0 chrX 104464276 . CA C 191.23 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.042;QD=44.9951;RBI=0.0415583;REFB=0;REVB=-0.0195077;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0074014;OID=.;OPOS=104464277;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:17:17:17:0:8:9:0:0:4:0:6:8:0:0 chrX 104464281 . TC T 201.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.5093;QD=47.3157;RBI=0.0463988;REFB=0;REVB=0.0361213;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00439366;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:8:9:0:0:4:0:8:9:0:0 chrX 105150508 . TAA TA,TAT 165.99 PASS AF=0.358491,0.226415;AO=16,12;DP=53;FAO=19,12;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=12,0;FSAR=7,12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000121811,0.0233383;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.49793,208.194;QD=12.5275;RBI=0.0090797,0.0270803;REFB=-0.0863326,-0.012248;REVB=-0.00907888,-0.0137355;RO=20;SAF=13,0;SAR=3,12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.33042,0;SSSB=0.359388,-0.796001;STB=0.572866,0.998873;STBP=0.401,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.0264272,0.0171445;OID=.,.;OPOS=105150509,105150510;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491,0.226415:16,12:53:19,12:53:22:12,0:7,12:11:11:60:20:13,0:3,12:10:10 chrX 105153001 . A G 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1401;QD=57.188;RBI=0.0304957;REFB=0;REVB=0.0127072;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658173;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 106200202 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.553;QD=64.1537;RBI=0.00582814;REFB=0;REVB=-0.00525251;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30424e-06;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chrX 106313508 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4489;QD=60.376;RBI=0.0757061;REFB=0;REVB=-0.0743743;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000694718;OID=.;OPOS=106313508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chrX 106396402 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.059;QD=55.0954;RBI=0.0045655;REFB=0;REVB=0.00156806;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89768e-05;OID=.;OPOS=106396402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chrX 106396455 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.286;QD=53.2772;RBI=0.0183922;REFB=0;REVB=-0.00517759;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106007;OID=.;OPOS=106396455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chrX 107417730 . G A,C 1982.96 PASS AF=0.862595,0.137405;AO=113,18;DP=131;FAO=113,18;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64,14;FSAR=49,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176439,0.00556238;FXX=0.0150365;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.172,132.371;QD=60.5484;RBI=0.0312692,0.0226781;REFB=0,0;REVB=0.0258159,0.0219854;RO=0;SAF=64,14;SAR=49,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.34554e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000816888,0.0708983;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:131:131:0:0:113,18:113,18:0.862595,0.137405:49,4:64,14:0:0:49,4:64,14:0:0 chrX 107418906 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.111;QD=63.3367;RBI=0.0631242;REFB=0;REVB=0.062832;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180409;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chrX 107976940 . G C 657.44 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0448038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8074;QD=50.572;RBI=0.045861;REFB=-0.0680243;REVB=-0.00979031;RO=3;SAF=33;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408839;STB=0.52173;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00423802;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:16:33:3:0:16:33:3:0 chrX 107979512 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.432;QD=63.7518;RBI=0.0536982;REFB=0;REVB=0.049132;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028676;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chrX 107979515 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.758;QD=63.7519;RBI=0.0340652;REFB=0;REVB=0.0335435;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107293;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chrX 108297375 . T C 5660.33 PASS AF=0.991803;AO=362;DP=365;FAO=363;FDP=366;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=262;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0156045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.291;QD=61.8615;RBI=0.016006;REFB=-0.039662;REVB=-0.00356266;RO=3;SAF=101;SAR=261;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545269;STB=0.502846;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000150775;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:365:366:3:3:362:363:0.991803:261:101:0:3:262:101:0:3 chrX 108297445 . A G 8359.52 PASS AF=1;AO=522;DP=524;FAO=528;FDP=528;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=348;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504759;FXX=0.00564961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.243;QD=63.3297;RBI=0.0236208;REFB=0.0408036;REVB=-0.0230752;RO=2;SAF=177;SAR=345;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18994e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:524:528:2:0:522:528:1:345:177:0:2:348:180:0:0 chrX 108297500 . G C 6431.38 PASS AF=1;AO=408;DP=412;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=260;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141161;FXX=0.0097085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.07;QD=63.0527;RBI=0.0149365;REFB=0;REVB=0.00488195;RO=0;SAF=148;SAR=260;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23268e-06;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:412:408:0:0:408:408:1:260:148:0:0:260:148:0:0 chrX 108297573 . A G 1191.41 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.843;QD=59.5707;RBI=0.0409606;REFB=-0.0841673;REVB=-0.0307358;RO=1;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106357;STB=0.505493;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000575914;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:77:79:0.9875:44:33:0:1:45:34:0:1 chrX 108297602 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.81;QD=57.8849;RBI=0.00331592;REFB=0;REVB=0.00170403;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64654e-06;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chrX 108297641 . G A 963.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5298;QD=58.3701;RBI=0.107935;REFB=0;REVB=0.00396559;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154633;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:49:15:0:0:49:17:0:0 chrX 108297699 . T C 550.53 PASS AF=0.930233;AO=36;DP=39;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00817918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.314;QD=51.2117;RBI=0.030911;REFB=-0.0131713;REVB=0.0298092;RO=3;SAF=8;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146732;STB=0.571391;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0032411;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:43:3:3:36:40:0.930233:28:8:3:0:31:9:3:0 chrX 108297702 . A C,G 493.85 PASS AF=0.102564,0.820513;AO=4,32;DP=39;FAO=4,32;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=1,8;FSAR=3,24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00719014,0.00392458;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.436,204.602;QD=50.6514;RBI=0.0233691,0.0233921;REFB=-0.0530423,-0.0439301;REVB=0.0222355,0.0230605;RO=3;SAF=1,8;SAR=3,24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490704,-0.146385;STB=0.798623,0.578895;STBP=0.147,0.014;TYPE=snp,snp;VARB=0.00820814,0.00628542;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:39:39:3:3:4,32:4,32:0.102564,0.820513:3,24:1,8:3:0:3,24:1,8:3:0 chrX 108297713 . T C 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0124134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.38;QD=39.8679;RBI=0.0177518;REFB=-0.0476401;REVB=0.01269;RO=3;SAF=3;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301148;STB=0.666464;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00429721;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:16:3:3:0:16:3:3:0 chrX 108708516 . C T 935.89 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128033;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.468;QD=56.7203;RBI=0.0725856;REFB=-0.136127;REVB=-0.0714475;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000199349;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:28:37:0:0:28:37:1:0 chrX 108867302 . A T 542.56 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013474;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.378;QD=60.2844;RBI=0.013719;REFB=0;REVB=0.00258091;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63719e-05;OID=.;OPOS=108867302;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chrX 111020088 . GCCCGA GCCGA,GCCGAC 30.28 PASS AF=0.32,0;AO=7,2;DP=26;FAO=8,0;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0590402,-0.119475;FXX=0.0384468;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=15.927,65.1152;QD=4.844;RBI=0.0784675,0.128347;REFB=-0.102947,-0.0235862;REVB=-0.0516855,-0.0468902;RO=13;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.23296,0;SSSB=0.604161,0.778926;STB=0.841413,0.5;STBP=0.035,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.133091,0;OID=.,.;OPOS=111020089,111020091;OREF=C,CGA;OALT=-,GAC;OMAPALT=GCCGA,GCCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0:7,2:26:8,0:25:17:6,0:2,0:3:14:31:13:5,2:2,0:1:12 chrX 113193211 . A T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.55;QD=53.908;RBI=0.045742;REFB=0;REVB=0.000633856;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038212;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chrX 113219823 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.773;QD=49.5992;RBI=0.0430473;REFB=0;REVB=-0.0149581;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235255;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chrX 114346355 . GTTTTTTA GTTTTA,GTTTTTA,GTTTTTAC 580.97 PASS AF=0,0.964286,0.0357143;AO=6,46,2;DP=55;FAO=0,54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,0;FSAR=0,30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10089,-0.193119,-0.120307;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=9.66313,14.7648,14.6717;QD=41.4978;RBI=0.125351,0.242017,0.164268;REFB=-0.0391903,-0.0242419,-0.0328723;REVB=-0.0743909,-0.145868,-0.111849;RO=0;SAF=3,21,0;SAR=3,25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.44,0.44,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,-0.0188134,0.114655;OID=.,.,.;OPOS=114346356,114346356,114346361;OREF=TT,T,TA;OALT=-,-,AC;OMAPALT=GTTTTA,GTTTTTA,GTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.964286,0.0357143:6,46,2:55:0,54,2:56:0:0,24,0:0,30,2:0:0:7:0:3,21,0:3,25,2:0:0 chrX 114425196 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000997514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=10.0337;RBI=0.0242871;REFB=-0.0147857;REVB=-0.0242666;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0996208;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chrX 114426171 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.146423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.607;QD=28.5374;RBI=0.157477;REFB=-0.108241;REVB=0.0579591;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0234089;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chrX 114426765 . C T 766.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.215;QD=63.8409;RBI=0.0483795;REFB=0;REVB=0.00322224;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026612;OID=.;OPOS=114426765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chrX 114426992 . C CG 36.66 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0242649;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5188;QD=2.09511;RBI=0.0547251;REFB=-0.0384355;REVB=0.0490515;RO=57;SAF=2;SAR=11;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375128;STB=0.752979;STBP=0.09;TYPE=ins;VARB=0.0992558;OID=.;OPOS=114426993;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185714:13:70:13:70:57:2:11:23:34:36:57:2:11:23:34 chrX 114427149 . A G 705.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.736;QD=62.7458;RBI=0.0298094;REFB=0;REVB=0.0128901;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97443e-05;OID=.;OPOS=114427149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:28:13:0:0:30:15:0:0 chrX 114540809 . A G 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.866;QD=63.5619;RBI=0.018293;REFB=0;REVB=0.0158634;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86327e-05;OID=.;OPOS=114540809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chrX 115305728 . G C 962.85 PASS AF=0.974026;AO=59;DP=71;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0374826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9786;QD=50.018;RBI=0.0377889;REFB=-0.178828;REVB=-0.00480231;RO=11;SAF=21;SAR=38;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19419;STB=0.51351;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00727343;OID=.;OPOS=115305728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:77:11:2:59:75:0.974026:38:21:11:0:39:36:2:0 chrX 117521338 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00086946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1804;QD=57.3923;RBI=0.00833109;REFB=-0.00887347;REVB=-0.00828559;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000198167;OID=.;OPOS=117521338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chrX 117528056 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8284;QD=63.5826;RBI=0.0718362;REFB=0;REVB=0.0611625;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770147;OID=.;OPOS=117528056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chrX 117528142 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.498;QD=64.1514;RBI=0.00916705;REFB=0;REVB=-0.0069864;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24963e-05;OID=.;OPOS=117528142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chrX 117566782 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.869;QD=62.9815;RBI=0.0247736;REFB=0;REVB=-0.00939495;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36005e-05;OID=.;OPOS=117566782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chrX 117700141 . A G 529.77 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8397;QD=57.2722;RBI=0.0694155;REFB=-0.0885675;REVB=0.0433268;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445769;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:19:17:1:0:19:18:0:0 chrX 118108785 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.022;QD=61.2132;RBI=0.0145904;REFB=0;REVB=0.00526794;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07932e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chrX 118219347 . T C 536.5 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131153;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.335;QD=59.6108;RBI=0.114824;REFB=0;REVB=0.114073;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411388;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:29:36:1:10:19:0:0:14:22:0:0 chrX 118220720 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.027;QD=60.6102;RBI=0.0284933;REFB=0;REVB=-0.0273082;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215262;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chrX 118222360 . T A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3219;QD=59.0138;RBI=0.0439079;REFB=0;REVB=-0.0107119;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662022;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chrX 118281538 . C A 787.03 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7686;QD=55.23;RBI=0.0580295;REFB=-0.0401632;REVB=0.0556194;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00138893;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:1:0:27:29:1:0 chrX 118603713 . T C 43.84 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0309436;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3761;QD=5.48037;RBI=0.042702;REFB=0.00690144;REVB=0.0294271;RO=26;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633211;STB=0.896672;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0256068;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:26:25:7:7:0.21875:1:6:7:19:1:6:7:18 chrX 118603729 . G A 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0352383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.963;QD=5.90503;RBI=0.03531;REFB=-0.00140812;REVB=-0.00224939;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538507;STB=0.834749;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00574396;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:7:20:2:6:7:20 chrX 118603742 . A C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.000984098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.085;QD=4.5552;RBI=0.0111387;REFB=-0.000644978;REVB=-0.0110951;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564732;STB=0.874905;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00638635;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:1:6:11:19:1:6:11:19 chrX 118603773 . T C 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.019536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.226;QD=3.54655;RBI=0.0208411;REFB=-0.00743697;REVB=-0.00725921;RO=38;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557682;STB=0.885372;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.047807;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:1:6:14:24:1:6:14:25 chrX 118678364 . G A 668.3 PASS AF=0.944444;AO=47;DP=51;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00671337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.504;QD=49.5035;RBI=0.0127843;REFB=-0.0223678;REVB=0.0108798;RO=3;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599159;STB=0.5294;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00127336;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:54:3:3:47:51:0.944444:22:25:0:3:24:27:0:3 chrX 118699320 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.703;QD=61.0492;RBI=0.0290086;REFB=0;REVB=0.028783;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9714e-05;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chrX 118829479 . G A 3108.58 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120925;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.562;QD=63.4403;RBI=0.0308065;REFB=-0.0754309;REVB=0.0307828;RO=0;SAF=83;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51401e-05;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:196:0:0:195:196:1:112:83:0:0:113:83:0:0 chrX 119005587 . T C 1435.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.804;QD=63.0799;RBI=0.0214547;REFB=0;REVB=-0.00419474;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92402e-06;OID=.;OPOS=119005587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:51:40:0:0 chrX 119005705 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.608;QD=51.9167;RBI=0.0318242;REFB=0;REVB=0.0139646;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193589;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chrX 119065893 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.03;QD=54.481;RBI=0.0438019;REFB=-0.0219487;REVB=0.0346936;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000676872;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:1:0:17:14:1:0 chrX 119387833 . C CTGA 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00172609;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.757;QD=49.3981;RBI=0.0269439;REFB=0.037283;REVB=0.0268885;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05446;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=ins;VARB=7.37854e-05;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:23:38:23:24:1:10:13:1:0:6:14:10:13:5:9 chrX 119389966 . C T 301.1 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.372;QD=52.3654;RBI=0.0211219;REFB=0;REVB=0.0210346;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231391;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:6:17:0:0 chrX 119390465 . A G 287.34 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.537;QD=52.2442;RBI=0.0319073;REFB=0;REVB=0.031719;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243397;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:8:11:0:0:10:12:0:0 chrX 119391880 . G A 235.71 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9472;QD=49.6222;RBI=0.0173435;REFB=0;REVB=-0.00615154;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240309;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chrX 119590533 . T A 4087.7 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334833;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1833;QD=62.1704;RBI=0.0642656;REFB=-0.114467;REVB=0.0548537;RO=0;SAF=136;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:261:263:0:0:259:263:1:123:136:0:0:125:138:0:0 chrX 120008979 . T C 202.57 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.945;QD=47.6643;RBI=0.0621062;REFB=0;REVB=0.0358428;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748076;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:13:17:1:5:8:0:0:5:12:0:0 chrX 120008980 . G C 34.82 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0100341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8095;QD=7.33057;RBI=0.0115002;REFB=-0.0227041;REVB=0.00561898;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302036;STB=0.696919;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0356224;OID=.;OPOS=120008980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:8:5:1:5:8:5 chrX 122318386 . A AG 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207063;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=312.785;QD=60.3493;RBI=0.0226119;REFB=0;REVB=-0.00908556;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.14778e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:110:110:110:0:64:46:0:0:9:0:64:46:0:0 chrX 122336600 . T TG 506.32 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171607;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9994;QD=42.1935;RBI=0.0260509;REFB=0;REVB=0.0196001;RO=9;SAF=15;SAR=29;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000639498;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:55:48:48:0:17:31:0:0:10:9:15:29:3:6 chrX 125954900 . C G,T 720.91 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,48;DP=50;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365169,0.0501212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.1146,117.632;QD=55.4548;RBI=0.0366129,0.050172;REFB=0,0;REVB=-0.00264861,0.00225706;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138037,0.000682738;OID=.,.;OPOS=125954900,125954900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:52:0:0:2,48:2,50:0.0384615,0.961538:0,29:2,19:0:0:0,30:2,20:0:0 chrX 125955199 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.619;QD=56.9382;RBI=0.0276498;REFB=0;REVB=0.0234663;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12581e-05;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chrX 128633813 . T A 70.83 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.198553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.7949;QD=9.76923;RBI=0.198553;REFB=0.00636079;REVB=0.000176695;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513548;STB=0.812866;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000988933;OID=.;OPOS=128633813;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:19:19:8:8:0.275862:2:6:5:14:2:6:5:14 chrX 128780176 . A AAGC 86.91 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0405133;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.517;QD=23.1765;RBI=0.0766412;REFB=-0.0515056;REVB=0.0650581;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.0259058;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:8:24:10:15:5:3:7:2:3:30:14:3:5:6:8 chrX 128781864 . C A 279.01 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0282754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.935;QD=41.3351;RBI=0.0426088;REFB=-0.0439319;REVB=0.031875;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.590829;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00990443;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:0:4:22:23:0.851852:14:8:0:0:14:9:4:0 chrX 128880614 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.662;QD=62.4654;RBI=0.0262114;REFB=0;REVB=-0.00296589;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01729e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chrX 129147079 . T C 670.38 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.028;QD=60.9432;RBI=0.140479;REFB=0;REVB=0.0192165;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425306;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:1:0:42:44:1:26:16:1:0:26:18:0:0 chrX 129546757 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.601;QD=55.6555;RBI=0.0396554;REFB=0;REVB=0.0103593;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131068;OID=.;OPOS=129546757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chrX 130223137 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.109;QD=57.7124;RBI=0.0224679;REFB=0;REVB=0.0147376;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6683e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chrX 130408745 . G A 903.08 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0211672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7524;QD=50.1711;RBI=0.0298392;REFB=-0.0729901;REVB=0.0210316;RO=5;SAF=36;SAR=30;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194295;STB=0.517761;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0287711;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:72:5:6:66:66:0.916667:30:36:2:3:30:36:2:4 chrX 130416956 . G GT 343.84 PASS AF=1;AO=7;DP=69;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137489;FXX=0.0882223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.56463;QD=22.1833;RBI=0.176865;REFB=0;REVB=-0.111257;RO=60;SAF=0;SAR=7;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00141909;OID=.;OPOS=130416957;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:69:62:62:0:39:23:0:0:10:60:0:7:41:19 chrX 130416958 . C T 870.58 PASS AF=0.926471;AO=62;DP=67;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0509301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4495;QD=51.2106;RBI=0.0744269;REFB=-0.0648116;REVB=0.0542724;RO=5;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959637;STB=0.551004;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00294548;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:68:5:5:62:63:0.926471:22:40:0:5:22:41:0:5 chrX 130420006 . T C 677.62 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.142;QD=61.6015;RBI=0.0357976;REFB=0;REVB=0.0112948;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010442;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:32:11:0:0:32:12:0:0 chrX 130420415 . T C 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0942574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.171;QD=49.3967;RBI=0.0979876;REFB=-0.000482398;REVB=0.0267789;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00110784;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:1:0:9:14:1:0 chrX 133379551 . C T 871.04 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365355;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.504;QD=58.0694;RBI=0.0162725;REFB=0;REVB=0.015857;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00422e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:36:21:0:0:37:23:0:0 chrX 134807790 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.828;QD=44.6898;RBI=0.031042;REFB=0;REVB=0.00997948;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757359;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chrX 134948034 . A G 657.91 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.059;QD=61.2004;RBI=0.0531396;REFB=0;REVB=0.0249903;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285645;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:11:31:0:0:11:32:0:0 chrX 135047227 . T G 1556.71 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00494608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.369;QD=58.7438;RBI=0.00802224;REFB=-0.113767;REVB=0.00631606;RO=1;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088702;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000261287;OID=.;OPOS=135047227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:53:52:0:1:53:52:0:1 chrX 135307045 . T TA 216.58 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.201383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3694;QD=34.6522;RBI=0.202894;REFB=0;REVB=0.0247148;RO=23;SAF=3;SAR=0;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00862861;OID=.;OPOS=135307046;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:25:25:0:12:13:0:0:5:23:3:0:10:13 chrX 135307049 . G A 313.01 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6126;QD=50.0819;RBI=0.0397921;REFB=0.0242367;REVB=-0.0216586;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0213349;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:1:0:13:11:1:0 chrX 135310785 . T C 1035.16 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0277206;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.266;QD=58.3188;RBI=0.0279664;REFB=0.0590845;REVB=0.00369934;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000197313;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:29:41:0:0:29:41:1:0 chrX 135313034 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.856;QD=57.7123;RBI=0.0172224;REFB=0;REVB=-0.000462265;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63942e-05;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chrX 135474420 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.495;QD=62.6711;RBI=0.008575;REFB=0;REVB=-0.000609599;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9417e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126399;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.338;QD=62.022;RBI=0.0125904;REFB=0;REVB=0.0125268;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.68161e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:42:42:42:0:20:22:0:0:4:0:20:22:0:0 chrX 135480126 . T C 669.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.603;QD=62.2329;RBI=0.0396231;REFB=0;REVB=-0.0331548;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183372;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chrX 135496398 . G A 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.42;QD=57.541;RBI=0.0304066;REFB=0;REVB=-0.00639102;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118841;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chrX 135956342 . C G 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0166181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.333;QD=7.66807;RBI=0.019198;REFB=-0.0119571;REVB=0.00961272;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150623;STB=0.593484;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0221155;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:5:7:16:19:5:7:16:19 chrX 135956370 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0156768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1113;QD=7.40585;RBI=0.0243937;REFB=-0.00652662;REVB=-0.0186893;RO=40;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240946;STB=0.649494;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0302543;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:4:10:21:19:4:10:21:19 chrX 135956391 . A G 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0306012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.696;QD=7.3027;RBI=0.0306013;REFB=-0.00977148;REVB=-5.26491e-05;RO=42;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644267;STB=0.539515;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0227343;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:6:9:23:19:6:9:23:19 chrX 135956408 . A G 102.83 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00988522;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.182;QD=8.75162;RBI=0.0099238;REFB=-0.00570565;REVB=0.000874211;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638884;STB=0.520516;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0110005;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:34:13:13:0.276596:5:8:18:14:5:8:20:14 chrX 135956462 . G C 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0190816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.184;QD=6.22523;RBI=0.0221013;REFB=-0.00128743;REVB=0.0111515;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100534;STB=0.563282;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00190322;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:20:23:8:5:20:23 chrX 135956467 . C T 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00155667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.525;QD=5.06433;RBI=0.0165253;REFB=-0.00151138;REVB=-0.0164518;RO=46;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460054;STB=0.507234;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00505868;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:46:47:12:12:0.20339:7:5:19:27:7:5:20:27 chrX 135956506 . C G 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00454266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.867;QD=5.7034;RBI=0.0235655;REFB=-0.00502134;REVB=-0.0231235;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129245;STB=0.583171;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0157085;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:15:23:5:5:15:23 chrX 136112707 . A G 145.78 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000409333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.286;QD=44.8538;RBI=0.136027;REFB=0;REVB=0.136026;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182419;OID=.;OPOS=136112707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:10:13:1:0:10:0:0:3:10:0:0 chrX 138067202 . A G 1066.1 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00978511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0549;QD=58.4165;RBI=0.0528581;REFB=0.0444248;REVB=-0.0519445;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00555432;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chrX 138774209 . C T 2258.82 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.521;QD=63.1837;RBI=0.0374619;REFB=0;REVB=0.0351486;RO=0;SAF=94;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601943;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:143:0:0:138:143:1:44:94:0:0:47:96:0:0 chrX 138811003 . G A 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5211;QD=57.1733;RBI=0.0710457;REFB=0;REVB=0.0600827;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251056;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chrX 138897130 . A C 738.7 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0888;QD=56.8233;RBI=0.0945633;REFB=0;REVB=-0.0273392;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449577;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:35:15:0:0:35:17:0:0 chrX 139038443 . G A 786.58 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.051;QD=64.2108;RBI=0.0500622;REFB=0;REVB=0.0429358;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208825;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:26:23:0:0 chrX 139099847 . AT AA,A 156.21 PASS AF=0.5,0.5;AO=7,6;DP=14;FAO=7,7;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510783,-0.00779865;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=32.2814,30.9869;QD=44.6311;RBI=0.128872,0.0424268;REFB=0,0;REVB=-0.118318,-0.0417038;RO=0;SAF=5,0;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0106734,0.000501561;OID=.,.;OPOS=139099848,139099848;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:7,6:14:7,7:14:0:5,0:2,7:0:0:42:0:5,0:2,6:0:0 chrX 139858438 . TCGG T 731.7 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574657;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.703;QD=56.2844;RBI=0.0252452;REFB=0;REVB=0.0245825;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.75919e-05;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:51:52:52:0:29:23:0:0:4:0:27:21:0:0 chrX 140008385 . G T 2243.34 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.696;QD=61.8854;RBI=0.0240629;REFB=-0.0244058;REVB=-0.0056573;RO=2;SAF=59;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236383;STB=0.501243;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000199319;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:84:59:1:1:84:59:1:1 chrX 140270418 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.793;QD=56.1915;RBI=0.0360252;REFB=0;REVB=0.0304595;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67466e-05;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chrX 140271268 . G C 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362259;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0218;QD=36.2796;RBI=0.0769826;REFB=0;REVB=0.0679265;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328155;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:1:0:6:6:1:3:3:1:0:3:3:0:0 chrX 140714231 . A G 505.67 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872581;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.316;QD=59.4901;RBI=0.0219243;REFB=0;REVB=0.0201131;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175277;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chrX 140714251 . A G 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3554;QD=57.6632;RBI=0.0354606;REFB=0;REVB=0.0341205;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555039;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chrX 140967165 . T C 1293.94 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00878034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5776;QD=58.1546;RBI=0.0179771;REFB=-0.112433;REVB=-0.015687;RO=3;SAF=37;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631242;STB=0.501716;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00463515;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:89:3:2:86:87:0.977528:49:37:1:2:50:37:1:1 chrX 140967195 . T A 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.496;QD=56.9977;RBI=0.0143832;REFB=0;REVB=-0.00492803;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23701e-05;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chrX 140968628 . G T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.08;QD=48.626;RBI=0.0316192;REFB=0.0470477;REVB=0.0129476;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00119033;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:0:1:8:14:0:1 chrX 140968664 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.303;QD=53.2772;RBI=0.0318538;REFB=0;REVB=0.00547591;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164637;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chrX 140983064 . G A 2996.48 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.433;QD=62.7535;RBI=0.113845;REFB=0;REVB=0.0144714;RO=1;SAF=76;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200996;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:191:1:0:187:191:1:111:76:1:0:111:80:0:0 chrX 140983127 . G A 4337.88 PASS AF=0.989324;AO=273;DP=277;FAO=278;FDP=281;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0204786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.598;QD=61.7492;RBI=0.0274028;REFB=-0.0120949;REVB=0.0182082;RO=2;SAF=112;SAR=161;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588601;STB=0.504531;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000122865;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:277:281:2:3:273:278:0.989324:161:112:0:2:164:114:0:3 chrX 140993910 . C CT 151.01 PASS AF=0.95;AO=3;DP=22;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0659123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.3456;QD=30.2015;RBI=0.0660784;REFB=-0.0196558;REVB=0.00468197;RO=18;SAF=1;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473354;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0378452;OID=.;OPOS=140993911;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:3:22:19:20:1:14:5:0:1:4:18:1:2:14:4 chrX 140993912 . C T 136.89 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0067093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2118;QD=27.3771;RBI=0.0231123;REFB=-0.0105173;REVB=0.022117;RO=6;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19672;STB=0.610938;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0218302;OID=.;OPOS=140993912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:20:20:6:6:14:14:0.7:3:11:3:3:3:11:3:3 chrX 140993989 . T C 53.62 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0260027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1017;QD=6.70294;RBI=0.100398;REFB=-0.0426773;REVB=-0.0969725;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290067;STB=0.6864;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.211977;OID=.;OPOS=140993989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:32:21:22:10:10:0.3125:4:6:7:14:4:6:7:15 chrX 141290865 . C T 926.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2413;QD=57.9116;RBI=0.0254595;REFB=0;REVB=-0.00735648;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492012;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chrX 142517782 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.027;QD=53.2772;RBI=0.00919762;REFB=0;REVB=0.00797956;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12772e-05;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chrX 142795225 . G A 197.05 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0469084;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.138;QD=24.6311;RBI=0.0491355;REFB=-0.0828752;REVB=0.0146254;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400472;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0462871;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:19:19:0.59375:15:4:3:9:15:4:3:10 chrX 142967468 . T G 490.06 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.528;QD=56.0066;RBI=0.0214832;REFB=0.039559;REVB=0.000382002;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000312718;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chrX 142968082 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.451;QD=63.583;RBI=0.0220891;REFB=0;REVB=0.0149003;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.038e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chrX 144904882 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=381.139;QD=43.4862;RBI=0.0112216;REFB=0;REVB=-0.00012854;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42945e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chrX 144910142 . G A 1530.05 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.358;QD=63.7519;RBI=0.036243;REFB=0;REVB=0.00556785;RO=0;SAF=26;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44357e-05;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:69:26:0:0:69:27:0:0 chrX 144910936 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.11;QD=53.9112;RBI=0.0400762;REFB=0;REVB=-0.0125578;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9697e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chrX 146340338 . CT C 66.59 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390588;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.612;QD=38.0536;RBI=0.0430741;REFB=0;REVB=0.0181599;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00164377;OID=.;OPOS=146340339;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:4:3:0:0:4:0:4:3:0:0 chrX 147014960 . C T 1787.98 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5334;QD=60.1001;RBI=0.0158692;REFB=-0.0904529;REVB=0.0113233;RO=1;SAF=57;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082599;STB=0.504347;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00114601;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:61:57:1:0:61:57:1:0 chrX 147088249 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.71;QD=62.6146;RBI=0.0154441;REFB=0;REVB=-7.30864e-05;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8088e-06;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chrX 147903704 . C T 1589.87 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.974;QD=59.9949;RBI=0.0351569;REFB=0;REVB=-0.01473;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137433;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:46:59:0:0:47:59:0:0 chrX 147903927 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.109;QD=59.4339;RBI=0.0517093;REFB=0;REVB=0.0013078;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261406;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chrX 148628490 . A T 203.83 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.42;QD=47.9605;RBI=0.0229649;REFB=0;REVB=0.00811333;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115622;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chrX 149013727 . A G 398.4 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405134;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.95;QD=56.9138;RBI=0.0518572;REFB=0;REVB=0.0323702;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134974;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chrX 149639243 . AG A 210.11 PASS AF=0.72093;AO=25;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0521776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1026;QD=19.5447;RBI=0.13003;REFB=-0.105394;REVB=0.119102;RO=16;SAF=0;SAR=25;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.207592;SSSB=-0.842812;STB=0.797591;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0848449;OID=.;OPOS=149639244;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72093:25:43:31:43:12:1:30:4:8:37:16:0:25:5:11 chrX 149642019 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.481;QD=62.0216;RBI=0.0182343;REFB=0;REVB=0.0101136;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98529e-06;OID=.;OPOS=149642019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chrX 149931106 . C T 1134.87 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.251;QD=60.5264;RBI=0.0322797;REFB=0;REVB=0.0186494;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123063;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chrX 149933341 . T C 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.02146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.654;QD=52.5804;RBI=0.0389035;REFB=-0.0673308;REVB=0.0324492;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047012;STB=0.52499;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00200074;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:32:19:2:0:32:19:2:0 chrX 150840185 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.382;QD=57.5452;RBI=0.00826817;REFB=0;REVB=-0.00725147;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20668e-05;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chrX 150867321 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.113;QD=58.061;RBI=0.0197064;REFB=0;REVB=0.000980243;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99136e-05;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chrX 150869267 . A G 1317.62 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432598;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.791;QD=61.2846;RBI=0.0432829;REFB=-0.0759334;REVB=-0.00141122;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116948;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000448786;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:86:1:1:84:85:0.988372:40:44:0:1:40:45:0:1 chrX 150884620 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.48;QD=56.1902;RBI=0.0477763;REFB=0;REVB=0.0163263;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379157;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chrX 151092220 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7238;QD=64.4094;RBI=0.0069077;REFB=0;REVB=-0.00365608;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76338e-05;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chrX 151092653 . G A 661.09 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.048;QD=61.4964;RBI=0.0284371;REFB=0;REVB=0.0271904;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026916;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chrX 151125971 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.62;QD=62.6134;RBI=0.0144906;REFB=0;REVB=0.00756383;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67061e-05;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chrX 151129822 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.9;QD=61.3754;RBI=0.0107641;REFB=0;REVB=0.00647113;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76223e-06;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:55:25:0:0:55:25:0:0 chrX 151138179 . A C 1098.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7168;QD=60.1975;RBI=0.0639974;REFB=0;REVB=0.0639129;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614402;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chrX 151303393 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.933;QD=54.5176;RBI=0.0372389;REFB=0;REVB=0.0142689;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110278;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chrX 151303596 . C T 393.18 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.633;QD=56.1691;RBI=0.0490859;REFB=0;REVB=0.0402214;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986656;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:10:14:0:0:13:15:0:0 chrX 151899913 . T C 1096.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.167;QD=60.0725;RBI=0.0190714;REFB=0;REVB=0.0108439;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37517e-05;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:28:42:0:0:30:43:0:0 chrX 151904488 . C A 1029.56 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00597072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.846;QD=58.0035;RBI=0.017204;REFB=-0.0550585;REVB=-0.0161347;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00232706;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:1:0:39:31:1:0 chrX 152018832 . T G 493.07 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.277;QD=58.0083;RBI=0.0280413;REFB=0;REVB=0.027559;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92378e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:18:13:0:0:21:13:0:0 chrX 152226542 . T C 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6785;QD=60.5971;RBI=0.0261313;REFB=0;REVB=0.0248499;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314586;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:8:30:0:0:8:30:0:0 chrX 152227132 . C T 1427.19 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571975;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.823;QD=63.4308;RBI=0.084364;REFB=0;REVB=0.0841699;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146615;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:90:0:0:87:90:1:46:41:0:0:49:41:0:0 chrX 152228447 . G A 483.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.594;QD=58.654;RBI=0.062007;REFB=0;REVB=0.0313015;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033732;OID=.;OPOS=152228447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chrX 152228523 . T C 237.01 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0619;QD=49.8963;RBI=0.0650818;REFB=0;REVB=0.0650703;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315905;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:15:2:0:0:17:2:0:0 chrX 152482198 . G A 411.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.008;QD=56.7238;RBI=0.0537491;REFB=0;REVB=-0.0454808;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55226e-05;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chrX 152482917 . T C 586.82 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260705;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5636;QD=60.1861;RBI=0.0265072;REFB=0;REVB=-0.00479158;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335882;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chrX 152751346 . G A 1695.05 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.799;QD=60.5375;RBI=0.040843;REFB=0;REVB=0.0321714;RO=0;SAF=75;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177723;OID=.;OPOS=152751346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:37:75:0:0:37:75:0:0 chrX 152770230 . G A 2302.82 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199538;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.863;QD=59.4275;RBI=0.0232574;REFB=-0.0699156;REVB=0.0119479;RO=2;SAF=64;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205952;STB=0.501083;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000175741;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:155:2:2:153:153:0.987097:89:64:1:1:89:64:1:1 chrX 152815089 . A G 431.01 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.631;QD=57.468;RBI=0.0835601;REFB=0;REVB=0.000842814;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324686;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:16:9:0:0:16:14:0:0 chrX 152823728 . G C 907.26 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453242;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2113;QD=58.533;RBI=0.0634836;REFB=0;REVB=0.0444509;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180623;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chrX 152956762 . TG T 43.6 PASS AF=0.253968;AO=18;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.294161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5853;QD=2.7683;RBI=0.295287;REFB=-0.0537277;REVB=-0.0257605;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.283563;SSSB=-0.395793;STB=0.852063;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.119297;OID=.;OPOS=152956763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253968:18:63:16:63:47:3:13:33:14:43:44:6:12:30:14 chrX 153049535 . A G 745.27 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.685;QD=55.205;RBI=0.0731298;REFB=0;REVB=0.0255573;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238351;OID=.;OPOS=153049535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:54:0:0:46:54:1:30:16:0:0:31:23:0:0 chrX 153056311 . C CAG 599.08 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0192351;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.965;QD=46.9864;RBI=0.0331236;REFB=-0.0190547;REVB=0.0269663;RO=6;SAF=24;SAR=21;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666685;STB=0.525442;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.0102144;OID=.;OPOS=153056312;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901961:45:51:46:51:5:25:21:4:1:24:6:24:21:5:1 chrX 153067740 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.359;QD=40.7629;RBI=0.063858;REFB=0;REVB=0.0389442;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123506;OID=.;OPOS=153067740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chrX 153070999 . G A 2184.4 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.821;QD=62.4114;RBI=0.0141677;REFB=-0.0187901;REVB=-0.0125509;RO=1;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002192;OID=.;OPOS=153070999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:140:140:1:0:139:140:1:66:73:0:1:67:73:0:0 chrX 153128007 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.509;QD=54.5173;RBI=0.0461116;REFB=0;REVB=0.0342145;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219831;OID=.;OPOS=153128007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chrX 153149708 . G GC 777.62 PASS AF=1;AO=62;DP=70;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287906;FXX=0.0298463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=298.689;QD=47.8536;RBI=0.0152856;REFB=0;REVB=0.015012;RO=5;SAF=38;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.39357e-05;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:70:65:65:0:39:26:0:0:14:5:38:24:3:2 chrX 153149715 . C G 940.92 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00597321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.88;QD=57.0253;RBI=0.00664897;REFB=-0.136577;REVB=-0.00292055;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125954;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00258097;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:27:37:1:0:27:38:1:0 chrX 153171993 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.239;QD=45.8068;RBI=0.015429;REFB=0;REVB=-0.00437079;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148782;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chrX 153176254 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.177;QD=60.716;RBI=0.0537069;REFB=0;REVB=0.0534204;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60156e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chrX 153178459 . G GC 363.47 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.57941;QD=25.5065;RBI=0.214243;REFB=0;REVB=0.209203;RO=9;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00413397;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:55:57:57:0:27:30:0:0:7:9:24:20:1:8 chrX 153218365 . C A 955.96 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1238;QD=58.8285;RBI=0.0676103;REFB=0;REVB=0.0628652;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582121;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:28:37:0:0 chrX 153219665 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5291;QD=55.0985;RBI=0.0286854;REFB=0;REVB=0.00809135;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005669;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chrX 153221657 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00512641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.297;QD=44.0934;RBI=0.0701173;REFB=-0.0660428;REVB=-0.0699296;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000423313;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:14:3:0:1:14:3:0:1 chrX 153222835 . G C 582.46 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.535;QD=58.2461;RBI=0.042553;REFB=-0.134089;REVB=0.0398608;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00176156;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:16:22:0:1:17:22:0:1 chrX 153247722 . C T 555.45 PASS AF=0.974359;AO=34;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6985;QD=56.9694;RBI=0.123823;REFB=-0.115883;REVB=0.061453;RO=1;SAF=8;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548779;STB=0.519989;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00646458;OID=.;OPOS=153247722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:1:34:38:0.974359:26:8:1:0:26:12:1:0 chrX 153247745 . A G 574.27 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.111;QD=60.4494;RBI=0.00679683;REFB=0;REVB=-0.00454098;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29043e-06;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chrX 153247954 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.468;QD=58.2395;RBI=0.0246813;REFB=0;REVB=0.00354519;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101281;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chrX 153248248 . G A 3263.03 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655535;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.394;QD=61.5666;RBI=0.091606;REFB=0.00674786;REVB=0.0913711;RO=2;SAF=115;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000811933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116017;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:212:2:0:211:212:1:96:115:1:1:97:115:0:0 chrX 153418514 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.786;QD=60.0308;RBI=0.0273679;REFB=0;REVB=0.0144316;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66325e-05;OID=.;OPOS=153418514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chrX 153418516 . G T 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5755;QD=60.0286;RBI=0.0240701;REFB=0;REVB=-0.0184987;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351123;OID=.;OPOS=153418516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chrX 153609616 . GC CT 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303587;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.266;QD=47.8224;RBI=0.0412592;REFB=0;REVB=0.0279405;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.53965e-05;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chrX 153629155 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.478;QD=57.2026;RBI=0.062944;REFB=0;REVB=-0.0583467;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289014;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chrX 153633359 . G C 623.96 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0194875;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.511;QD=47.0914;RBI=0.0200777;REFB=-0.0783395;REVB=-0.00483208;RO=5;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333278;STB=0.517759;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00129316;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:54:53:5:5:48:48:0.90566:30:18:1:4:30:18:1:4 chrX 153657083 . A G 116.21 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.165;QD=42.2572;RBI=0.0901617;REFB=0;REVB=0.0743136;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150463;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chrX 153667356 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0184;QD=55.6557;RBI=0.0600291;REFB=0;REVB=0.0343061;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011207;OID=.;OPOS=153667356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chrX 153693811 . C T 1125.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.756;QD=60.0434;RBI=0.0241474;REFB=0;REVB=0.023559;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66045e-05;OID=.;OPOS=153693811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:29:42:0:0:31:44:0:0 chrX 153694334 . C G 848.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644446;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.654;QD=57.504;RBI=0.0868632;REFB=0;REVB=0.0582419;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235741;OID=.;OPOS=153694334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chrX 153695908 . G T 1525.58 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.187;QD=59.8266;RBI=0.0247216;REFB=0;REVB=0.0236918;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05538e-05;OID=.;OPOS=153695908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chrX 153696247 . G C 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.074;QD=63.6132;RBI=0.10439;REFB=0;REVB=0.103976;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408217;OID=.;OPOS=153696247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chrX 153713787 . C T 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00911914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1809;QD=58.2252;RBI=0.0517234;REFB=-0.0905007;REVB=0.0509132;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.508194;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00168241;OID=.;OPOS=153713787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:41:30:0:0:41:30:1:0 chrX 153724351 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5279;QD=51.9154;RBI=0.141293;REFB=0;REVB=0.0737697;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00672232;OID=.;OPOS=153724351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 153724598 . GC G 254.92 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7276;QD=44.3345;RBI=0.067745;REFB=0;REVB=0.0179888;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.292629;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00483414;OID=.;OPOS=153724599;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:23:23:0:15:8:0:0:5:0:15:7:0:0 chrX 153994596 . G T 952.89 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.408;QD=58.6392;RBI=0.0248003;REFB=0;REVB=-0.0229693;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.998e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chrX 154003479 . CA C 62.35 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.095629;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.33319;QD=6.74007;RBI=0.173919;REFB=-0.104592;REVB=-0.145268;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513925;STB=0.814468;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0968673;OID=.;OPOS=154003480;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:14:36:16:37:21:4:12:18:3:61:19:4:10:16:3 chrX 154020114 . C A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.295;QD=62.9828;RBI=0.0217855;REFB=0;REVB=-0.0175669;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219345;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chrX 154456747 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.148;QD=61.3343;RBI=0.0143984;REFB=0;REVB=-0.001761;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39628e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chrX 155004437 . G T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0243499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.53;QD=16.0424;RBI=0.0243667;REFB=0.00708167;REVB=0.000903026;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118019;STB=0.568049;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00743613;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:11:15:13:6:11:15 chrX 155004512 . C G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.004838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.695;QD=9.13238;RBI=0.0116706;REFB=0.000389198;REVB=-0.0106205;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330287;STB=0.705428;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00161787;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:10:12:8:2:10:12 chrX 155005254 . C T 1367.55 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.653;QD=62.1612;RBI=0.0441232;REFB=0;REVB=0.037667;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659024;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:35:52:0:0:35:53:0:0 chrX 155006050 . C T 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0054698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1154;QD=47.8801;RBI=0.00876573;REFB=-0.0873684;REVB=-0.00684977;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.519839;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00492121;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:18:7:1:0:18:7:1:1 chrX 155006982 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2123;QD=61.6835;RBI=0.0376989;REFB=0;REVB=0.0162403;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440589;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chrX 155008583 . G A 345.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149905;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.093;QD=55.3099;RBI=0.0301297;REFB=0;REVB=0.0261359;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686851;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chrX 155008671 . G A 944.13 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000881766;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.69;QD=57.2199;RBI=0.0143014;REFB=-0.0695508;REVB=0.0142742;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000282446;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:1:0:34:31:1:0 chrX 155009102 . G A 1246.36 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.196;QD=61.5486;RBI=0.0662729;REFB=0;REVB=0.0111826;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103022;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:46:34:0:0:47:34:0:0 chrX 155009225 . C T 364.94 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0332035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.191;QD=52.1345;RBI=0.0393116;REFB=-0.0247756;REVB=-0.0210459;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=1.71091e-05;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:0:1 chrX 155009829 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.829;QD=59.323;RBI=0.00857537;REFB=0;REVB=-0.00800836;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61824e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chrX 155010062 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.435;QD=56.9569;RBI=0.0131717;REFB=0;REVB=-0.00217332;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0467e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chrX 155010077 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.134;QD=64.1539;RBI=0.0360123;REFB=0;REVB=0.024243;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17576e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chrX 155010308 . G A 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7346;QD=58.411;RBI=0.0426312;REFB=0;REVB=-0.0388458;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489383;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chrX 155011012 . T C 404.96 PASS AF=0.477778;AO=40;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00795745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.757;QD=17.9984;RBI=0.0142887;REFB=-0.00422305;REVB=0.0118678;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480367;STB=0.532869;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00500557;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:40:43:0.477778:19:21:27:20:21:22:27:20 chrX 155011216 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.503;QD=42.1826;RBI=0.0291586;REFB=0;REVB=0.0290487;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869032;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chrX 155011276 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000516764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.986;QD=46.848;RBI=0.0050014;REFB=0;REVB=0.00497463;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95697e-05;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chrX 155011472 . T A 571.47 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.425;QD=57.1471;RBI=0.0194686;REFB=-0.162868;REVB=0.00403554;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00122294;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:38:39:0.975:23:15:0:0:24:15:0:1 chrX 155012060 . C G 225.36 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0068995;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.205;QD=27.3157;RBI=0.00694678;REFB=-0.0165233;REVB=0.000809139;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945353;STB=0.552276;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00831001;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:8:4:10:11:8:4 chrX 155252868 . T A 30.85 PASS AF=0.0637255;AO=13;DP=204;FAO=13;FDP=204;FR=.;FRO=191;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=125;FWDB=-0.0303684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.366;QD=0.604827;RBI=0.0539146;REFB=-0.00694987;REVB=-0.0445481;RO=191;SAF=7;SAR=6;SRF=66;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208156;STB=0.676509;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.087071;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:204:204:191:191:13:13:0.0637255:6:7:66:125:6:7:66:125 chrX 155254706 . C T 216.38 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0282106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.42;QD=11.0963;RBI=0.0319481;REFB=-0.00514593;REVB=-0.0149947;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374765;STB=0.521723;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00671785;OID=.;OPOS=155254706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:15:12:21:30:15:12:21:30 chrY 7235421 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.11;QD=58.7816;RBI=0.00776944;REFB=0;REVB=0.00506979;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18602e-05;OID=.;OPOS=7235421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chrY 10034888 . C G 79.57 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0486402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8288;QD=10.2671;RBI=0.0486431;REFB=-0.00164081;REVB=0.000529747;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357767;STB=0.728523;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0145916;OID=.;OPOS=10034888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:31:31:20:20:7:7:0.225806:5:2:12:8:5:2:12:8 chrY 10034941 . C A 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0160962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.058;QD=8.37077;RBI=0.0182853;REFB=-0.0036156;REVB=0.00867554;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240661;STB=0.647881;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00807105;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:16:12:7:4:16:12 chrY 10034954 . A G 52.02 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0116248;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.133;QD=5.94506;RBI=0.0328879;REFB=-0.00318724;REVB=0.0307649;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110655;STB=0.571254;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00283291;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:16:11:4:4:16:11 chrY 10035664 . C G 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.044;QD=62.6645;RBI=0.0363175;REFB=0;REVB=0.0210125;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015321;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chrY 10035915 . T A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0465282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.349;QD=7.12511;RBI=0.0542426;REFB=-0.00700166;REVB=-0.0278815;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113243;STB=0.571233;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0341758;OID=.;OPOS=10035915;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:6:12:4:3:6:12 chrY 10036057 . GT AC 539.94 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0117095;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=2;MLLD=191.055;QD=45.9521;RBI=0.0184224;REFB=-0.00810806;REVB=-0.0142222;RO=7;SAF=23;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087472;STB=0.558469;STBP=0.074;TYPE=mnp;VARB=0.00413814;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:47:7:8:39:39:0.829787:16:23:2:5:16:23:2:6 chrY 10036088 . A G 3215.26 PASS AF=0.931624;AO=218;DP=234;FAO=218;FDP=234;FR=.;FRO=16;FSAF=137;FSAR=81;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00249016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.884;QD=54.9618;RBI=0.00808192;REFB=-0.0142875;REVB=-0.00768873;RO=16;SAF=137;SAR=81;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263626;STB=0.513877;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000884083;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:234:234:16:16:218:218:0.931624:81:137:7:9:81:137:7:9 chrY 10036105 . T C 4633.03 PASS AF=0.953846;AO=310;DP=326;FAO=310;FDP=325;FR=.;FRO=15;FSAF=230;FSAR=80;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0140613;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.504;QD=57.0219;RBI=0.0159143;REFB=-0.0354373;REVB=-0.00745267;RO=15;SAF=230;SAR=80;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384376;STB=0.520202;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00216959;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:326:325:15:15:310:310:0.953846:80:230:6:9:80:230:6:9 chrY 10036107 . T C 4751.11 PASS AF=0.954545;AO=315;DP=331;FAO=315;FDP=330;FR=.;FRO=15;FSAF=234;FSAR=81;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0189602;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.908;QD=57.5892;RBI=0.0291581;REFB=-0.0170516;REVB=0.0221519;RO=15;SAF=234;SAR=81;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380538;STB=0.519999;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000221825;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:331:330:15:15:315:315:0.954545:81:234:6:9:81:234:6:9 chrY 10036132 . T C 5333.31 PASS AF=0.954301;AO=355;DP=372;FAO=355;FDP=372;FR=.;FRO=17;FSAF=269;FSAR=86;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0342588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8581;QD=57.3474;RBI=0.0465371;REFB=-0.0258983;REVB=0.0314966;RO=17;SAF=269;SAR=86;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266614;STB=0.514005;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00123122;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:372:372:17:17:355:355:0.954301:86:269:9:8:86:269:9:8 chrY 10036156 . G C 5184.11 PASS AF=0.948229;AO=347;DP=367;FAO=348;FDP=367;FR=.;FRO=19;FSAF=266;FSAR=82;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0208043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.881;QD=56.5025;RBI=0.0262329;REFB=-0.00947134;REVB=0.0159795;RO=18;SAF=265;SAR=82;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405594;STB=0.520436;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000664828;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:367:367:18:19:347:348:0.948229:82:265:8:10:82:266:9:10 chrY 10036164 . T C 5212.33 PASS AF=0.950954;AO=348;DP=367;FAO=349;FDP=367;FR=.;FRO=18;FSAF=267;FSAR=82;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00502355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.303;QD=56.8101;RBI=0.0100806;REFB=-0.00622379;REVB=-0.00873968;RO=18;SAF=266;SAR=82;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406121;STB=0.521372;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000107242;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:367:367:18:18:348:349:0.950954:82:266:8:10:82:267:8:10 chrY 10036171 . A G 5212.42 PASS AF=0.950954;AO=349;DP=367;FAO=349;FDP=367;FR=.;FRO=18;FSAF=266;FSAR=83;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0207349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.413;QD=56.8111;RBI=0.0208084;REFB=-0.0148955;REVB=0.00174749;RO=18;SAF=266;SAR=83;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331319;STB=0.51741;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000495558;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:367:367:18:18:349:349:0.950954:83:266:9:9:83:266:9:9 chrY 10036189 . C CCGTT 5158.64 PASS AF=0.948229;AO=340;DP=368;FAO=348;FDP=367;FR=.;FRO=19;FSAF=266;FSAR=82;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00926924;FXX=0.00271732;HRUN=2;LEN=4;MLLD=233.906;QD=56.2249;RBI=0.00981709;REFB=-0.0245731;REVB=0.00323363;RO=20;SAF=259;SAR=81;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373203;STB=0.520436;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0017453;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948229:340:368:348:367:19:266:82:9:10:29:20:259:81:10:10 chrY 10036204 . T C 5100.6 PASS AF=0.940054;AO=345;DP=367;FAO=345;FDP=367;FR=.;FRO=22;FSAF=266;FSAR=79;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0048877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7887;QD=55.5923;RBI=0.00887724;REFB=-0.00799922;REVB=-0.00741052;RO=22;SAF=266;SAR=79;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565106;STB=0.52973;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000683818;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:367:367:22:22:345:345:0.940054:79:266:9:13:79:266:9:13 chrY 10036229 . T C 3789.08 PASS AF=0.915493;AO=259;DP=283;FAO=260;FDP=284;FR=.;FRO=24;FSAF=217;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0307745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.771;QD=53.3673;RBI=0.0309277;REFB=-0.00339835;REVB=0.00307452;RO=24;SAF=217;SAR=42;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093201;STB=0.547926;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000259169;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:283:284:24:24:259:260:0.915493:42:217:12:12:43:217:12:12 chrY 10036233 . G C 3564.35 PASS AF=0.931559;AO=244;DP=261;FAO=245;FDP=263;FR=.;FRO=18;FSAF=210;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0186498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.336;QD=54.2106;RBI=0.0192275;REFB=-0.0186373;REVB=-0.00467767;RO=17;SAF=209;SAR=35;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903548;STB=0.553274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00156931;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:261:263:17:18:244:245:0.931559:35:209:8:9:35:210:8:10 chrY 10036269 . A G 716.67 PASS AF=0.848485;AO=56;DP=66;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=51;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00926383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.923;QD=43.4347;RBI=0.0213429;REFB=-0.0199165;REVB=-0.0192276;RO=10;SAF=51;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357478;STB=0.693791;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00855241;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:10:10:56:56:0.848485:5:51:3:7:5:51:3:7 chrY 10036277 . A G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00997627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.265;QD=27.4997;RBI=0.0122605;REFB=-0.0470059;REVB=-0.00712699;RO=10;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293818;STB=0.663849;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00598501;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:5:14:3:7:5:14:3:7 chrY 10036280 . A G 214.2 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00406748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.407;QD=28.5595;RBI=0.00412599;REFB=-0.0502857;REVB=0.000692405;RO=10;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234759;STB=0.608582;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00235624;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:5:14:4:6:6:14:4:6 chrY 10036483 . T C 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0132824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.21;QD=6.80723;RBI=0.0254923;REFB=-0.0252269;REVB=0.0217585;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446862;STB=0.52824;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00988972;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:11:16:5:4:11:16 chrY 10036486 . C G 42.3 PASS AF=0.194444;AO=8;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0145925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.36;QD=4.70048;RBI=0.0182123;REFB=-0.00271912;REVB=-0.0108971;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404796;STB=0.51216;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0141246;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:27:29:8:7:0.194444:5:3:11:16:4:3:12:17 chrY 10036545 . T C 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00552881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.495;QD=4.92107;RBI=0.0134652;REFB=-0.000441162;REVB=-0.0122778;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466366;STB=0.808298;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00148928;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:2:6:11:21:2:6:11:22 chrY 10036561 . T C 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00866079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.395;QD=3.33868;RBI=0.0278778;REFB=-0.000546738;REVB=-0.0264984;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699085;STB=0.549835;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00215045;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:15:19:3:3:15:19 chrY 10036586 . T C 79.29 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0193613;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8281;QD=9.61036;RBI=0.0638904;REFB=0.011114;REVB=-0.0608862;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0372199;OID=.;OPOS=10036586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:34:33:20:22:7:7:0.212121:3:4:9:11:3:4:9:13 chrY 10036617 . C G 42.17 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00599485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.044;QD=5.62319;RBI=0.00736065;REFB=-0.0386523;REVB=-0.00427093;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448782;STB=0.871716;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.121467;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:30:14:23:7:7:0.233333:1:6:7:7:1:6:8:15 chrY 10036621 . TG CC,CG 82.73 PASS AF=0.214286,0.178571;AO=6,5;DP=29;FAO=6,5;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5,3;FSAR=1,2;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.068717,-0.108206;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=78.7344,54.2571;QD=11.8187;RBI=0.0827011,0.111098;REFB=-0.0266565,-0.0302193;REVB=-0.0460158,-0.0251815;RO=16;SAF=5,3;SAR=1,2;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.603731,0.388841;STB=0.885005,0.761862;STBP=0.074,0.28;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0238564,0.0367784;OID=.,.;OPOS=10036621,10036621;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:29:28:16:17:6,5:6,5:0.214286,0.178571:1,2:5,3:4:12:1,2:5,3:4:13 chrY 10036672 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0381739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.493;QD=7.76112;RBI=0.0399497;REFB=0.000737169;REVB=-0.0117785;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551606;STB=0.846342;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00661233;OID=.;OPOS=10036672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:4:9:1:5:4:9 chrY 10037768 . T C 1927.14 PASS AF=0.752525;AO=149;DP=198;FAO=149;FDP=198;FR=.;FRO=49;FSAF=60;FSAR=89;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00423619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.239;QD=38.932;RBI=0.0102981;REFB=-0.0157387;REVB=0.00938641;RO=49;SAF=60;SAR=89;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060929;STB=0.532485;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00481723;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:49:49:149:149:0.752525:89:60:26:23:89:60:26:23 chrY 10037786 . G A 51.3 PASS AF=0.08;AO=18;DP=224;FAO=18;FDP=225;FR=.;FRO=207;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=99;FSRR=108;FWDB=-0.00593523;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.805;QD=0.911915;RBI=0.0339141;REFB=-0.00199495;REVB=-0.0333907;RO=206;SAF=7;SAR=11;SRF=99;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105569;STB=0.583198;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0158783;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:224:225:206:207:18:18:0.08:11:7:99:107:11:7:99:108 chrY 10037791 . C G 2318.15 PASS AF=0.774892;AO=179;DP=232;FAO=179;FDP=231;FR=.;FRO=52;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0122897;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.089;QD=40.1412;RBI=0.01872;REFB=-0.0183905;REVB=0.0141211;RO=52;SAF=82;SAR=97;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260051;STB=0.513825;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00436872;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:52:52:179:179:0.774892:97:82:27:25:97:82:27:25 chrY 10037797 . T C 2282.65 PASS AF=0.748954;AO=178;DP=239;FAO=179;FDP=239;FR=.;FRO=60;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.011075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.811;QD=38.2033;RBI=0.0273582;REFB=-0.0169312;REVB=0.0250163;RO=60;SAF=83;SAR=95;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000178073;STB=0.500657;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00474582;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:60:60:178:179:0.748954:95:83:28:32:95:84:28:32 chrY 10037807 . T C 2517.24 PASS AF=0.779592;AO=189;DP=244;FAO=191;FDP=245;FR=.;FRO=54;FSAF=90;FSAR=101;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0389506;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.928;QD=41.0978;RBI=0.0491642;REFB=-0.0411735;REVB=0.0299995;RO=54;SAF=90;SAR=99;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177249;STB=0.510449;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0104092;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:54:54:189:191:0.779592:99:90:28:26:101:90:28:26 chrY 10037819 . T C 2556.81 PASS AF=0.773077;AO=201;DP=261;FAO=201;FDP=260;FR=.;FRO=59;FSAF=99;FSAR=102;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00629098;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.936;QD=39.3355;RBI=0.0690237;REFB=-0.0767579;REVB=0.0687364;RO=59;SAF=99;SAR=102;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680592;STB=0.503617;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0164627;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:59:59:201:201:0.773077:102:99:30:29:102:99:30:29 chrY 10037892 . A G 1671.41 PASS AF=0.838926;AO=67;DP=159;FAO=125;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0835732;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.105;QD=44.8699;RBI=0.0848943;REFB=-0.0554161;REVB=0.0149183;RO=26;SAF=14;SAR=53;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22152;STB=0.526506;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00795118;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:149:26:24:67:125:0.838926:53:14:14:12:48:77:11:13 chrY 10037899 . T C 1386.52 PASS AF=0.796992;AO=106;DP=133;FAO=106;FDP=133;FR=.;FRO=27;FSAF=74;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0121512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.46;QD=41.6999;RBI=0.0127157;REFB=-0.00853319;REVB=-0.00374656;RO=27;SAF=74;SAR=32;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784188;STB=0.541808;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00771026;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:27:27:106:106:0.796992:32:74:14:13:32:74:14:13 chrY 10037912 . T G 711.4 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0135154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.552;QD=36.9557;RBI=0.03429;REFB=-0.0178801;REVB=-0.0315141;RO=19;SAF=36;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454636;STB=0.524428;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00974153;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:19:58:58:0.753247:22:36:10:9:22:36:10:9 chrY 10037914 . T C 695.03 PASS AF=0.75;AO=57;DP=76;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0247666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.414;QD=36.5804;RBI=0.0252023;REFB=-0.0176276;REVB=0.00466571;RO=19;SAF=36;SAR=21;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518001;STB=0.527849;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.016307;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:19:57:57:0.75:21:36:10:9:21:36:10:9 chrY 13262943 . AC AA,A 477.31 PASS AF=0.0434783,0.76087;AO=2,35;DP=46;FAO=2,35;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=1,33;FSAR=1,2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00894075,-0.056683;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.8288,31.2055;QD=41.5049;RBI=0.043256,0.12799;REFB=-0.0105334,-0.0187193;REVB=0.0423219,0.114754;RO=9;SAF=1,33;SAR=1,2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.204545;SSSB=-0.307174,0.223831;STB=0.72547,0.622557;STBP=0.718,0.081;TYPE=snp,del;VARB=0.0259984,0.00650195;OID=.,.;OPOS=13262944,13262944;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0434783,0.76087:2,35:46:2,35:46:9:1,33:1,2:7:2:57:9:1,33:1,2:7:2 chrY 13262958 . C A 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=6;FWDB=0.0103585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.165;QD=2.9284;RBI=0.0195125;REFB=0.00229034;REVB=-0.016536;RO=51;SAF=7;SAR=1;SRF=45;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208356;STB=0.514815;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0145322;OID=.;OPOS=13262958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:1:7:45:6:1:7:45:6 chrY 13263091 . G A 1276.84 PASS AF=0.694268;AO=109;DP=158;FAO=109;FDP=157;FR=.;FRO=48;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00249746;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.551;QD=32.531;RBI=0.0540898;REFB=-0.0240089;REVB=0.0540322;RO=48;SAF=47;SAR=62;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844921;STB=0.504532;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00760372;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:48:48:109:109:0.694268:62:47:20:28:62:47:20:28 chrY 13263170 . A C 160.42 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0540757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.388;QD=18.334;RBI=0.0639154;REFB=-0.0343543;REVB=0.0340735;RO=18;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439634;STB=0.767573;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.019692;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:15:1:5:13:16:1:5:13 chrY 13263175 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0303884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.052;QD=17.3212;RBI=0.0321101;REFB=0.000252932;REVB=-0.0103733;RO=18;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439634;STB=0.762271;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00251296;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:15:1:5:13:15:1:5:13 chrY 21152701 . G T 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00132301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.62;QD=24.7733;RBI=0.00787275;REFB=0.0106715;REVB=0.00776079;RO=32;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134597;STB=0.573549;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0173341;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:22:23:22:10:22:23:22:10 chrY 21152719 . T C 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0101966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.906;QD=19.999;RBI=0.0101967;REFB=-0.0149712;REVB=-4.48858e-05;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127044;STB=0.570428;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.012986;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:19:11:17:16:19:11 chrY 21153609 . T C 586.75 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0438892;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2032;QD=21.1442;RBI=0.0482354;REFB=-0.00495151;REVB=0.0200099;RO=52;SAF=38;SAR=21;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911738;STB=0.505008;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00657757;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:52:52:59:59:0.531532:21:38:34:18:21:38:34:18 chrY 21154466 . T A 572.05 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0173781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.071;QD=25.7101;RBI=0.018015;REFB=0.00284631;REVB=0.00474764;RO=37;SAF=31;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165938;STB=0.590697;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00383276;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:21:31:14:23:21:31:14:23